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T C 200.05 PASS AF=0.944444;AO=18;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2232;QD=44.4547;RBI=0.0721105;REFB=-0.144319;REVB=-0.0697706;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00497843;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:18:18:0:1:18:17:0.944444:8:10:0:0:8:9:1:0 chr1 900972 . T G 836.75 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.05699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4293;QD=55.7834;RBI=0.0761106;REFB=0.162239;REVB=-0.0504476;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00577423;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:59:59:0.983333:34:25:0:0:34:25:1:0 chr1 901023 . T C 876.26 PASS AF=0.984375;AO=58;DP=60;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0749237;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9671;QD=54.7662;RBI=0.0755614;REFB=-0.0908856;REVB=0.00979616;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0128718;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:64:1:1:58:63:0.984375:33:25:0:1:36:27:0:1 chr1 901024 . G C 32.23 PASS AF=0.104478;AO=6;DP=66;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0280811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8262;QD=1.92426;RBI=0.0433226;REFB=-0.0199514;REVB=-0.0329894;RO=60;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746042;STB=0.504335;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0377397;OID=.;OPOS=901024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:67:60:60:6:7:0.104478:3:3:26:34:4:3:26:34 chr1 909238 . G C 763.84 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.928;QD=63.6537;RBI=0.0446561;REFB=0;REVB=0.027819;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013035;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:28:20:0:0 chr1 909309 . T C 117.76 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0284541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.485;QD=12.3953;RBI=0.0290318;REFB=-0.0157432;REVB=-0.0057627;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154863;STB=0.590429;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0259128;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:7:17:8:6:7:17 chr1 909363 . A C 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0362043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.703;QD=10.9363;RBI=0.0388444;REFB=-0.00945954;REVB=-0.0140761;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146993;STB=0.580215;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0238794;OID=.;OPOS=909363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:34:16:16:0.32:9:7:10:22:9:7:11:23 chr1 909768 . A G 2455.52 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.738;QD=61.388;RBI=0.0104431;REFB=0;REVB=-0.00912527;RO=0;SAF=64;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2073e-06;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:159:160:1:95:64:0:0:95:65:0:0 chr1 911595 . A C,G 1847.63 PASS AF=0.0314961,0.96063;AO=5,121;DP=126;FAO=4,122;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=4,49;FSAR=0,73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00151009,0.0668972;FXX=0.00781189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.464,74.6328;QD=58.193;RBI=0.00993864,0.074191;REFB=-0.0177175,-0.0503924;REVB=-0.00982324,-0.0320789;RO=0;SAF=5,48;SAR=0,73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.99806e-08;STB=0.995941,0.503401;STBP=0.099,0.49;TYPE=snp,snp;VARB=0.154037,0.000643502;OID=.,.;OPOS=911595,911595;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:126:127:0:1:5,121:4,122:0.0314961,0.96063:0,73:5,48:0:0:0,73:4,49:0:1 chr1 914333 . C G 418.38 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00999824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.191;QD=53.9845;RBI=0.0123423;REFB=-0.124148;REVB=0.00723659;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.545422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000607381;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:29:30:0.967742:25:4:0:0:25:5:1:0 chr1 914852 . G C 119.1 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0209788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9469;QD=13.6113;RBI=0.0218207;REFB=0.0133008;REVB=-0.00600291;RO=21;SAF=12;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168049;STB=0.59984;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00701584;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:2:12:16:5:2:12:16:5 chr1 914876 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.061;QD=56.9569;RBI=0.023541;REFB=0;REVB=-0.0235194;RO=0;SAF=43;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21907e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:9:43:0:0:9:43:0:0 chr1 914940 . T C 144.17 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0863104;FXX=0.0864091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0275;QD=7.79293;RBI=0.0907467;REFB=-0.0193044;REVB=-0.0280266;RO=52;SAF=6;SAR=14;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37172;STB=0.73276;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0500393;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:52:54:20:20:0.27027:14:6:32:20:14:6:34:20 chr1 915227 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.01;QD=44.6896;RBI=0.041422;REFB=0;REVB=-0.0293066;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98956e-07;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr1 915264 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0326246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.335;QD=21.015;RBI=0.111952;REFB=-0.0322818;REVB=0.107093;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207677;STB=0.615262;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.022652;OID=.;OPOS=915264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:12:1:4:12:12:1 chr1 916499 . G A 188.15 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0154764;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2763;QD=12.7562;RBI=0.0486959;REFB=-0.0432503;REVB=0.0461711;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352333;STB=0.508663;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.03708;OID=.;OPOS=916499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:36:23:23:0.389831:6:17:26:8:6:17:27:9 chr1 916549 . A G 832.61 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460504;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.106;QD=57.4212;RBI=0.0477895;REFB=0;REVB=-0.0127748;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137724;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:36:22:0:0 chr1 935222 . C A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.313;QD=36.3484;RBI=0.000900473;REFB=0.00108453;REVB=-0.000900473;RO=1;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19952e-06;OID=.;OPOS=935222;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:11:0:0:1:11:0:0:1 chr1 948921 . T C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7988;QD=56.7012;RBI=0.0553986;REFB=0;REVB=-0.0547121;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000812243;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr1 949654 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.226;QD=60.6101;RBI=0.0452448;REFB=0;REVB=0.0312221;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2269e-05;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr1 981931 . A G 328.31 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094675;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5683;QD=54.7184;RBI=0.0327588;REFB=0;REVB=-0.0313609;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498225;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 982994 . T C 417.83 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0838575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7417;QD=53.913;RBI=0.119385;REFB=-0.0623812;REVB=-0.0849751;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443379;STB=0.523793;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000684999;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:20:10:1:0:20:10:1:0 chr1 984302 . T C 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=75;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.78;QD=58.8007;RBI=0.0708241;REFB=0.0120316;REVB=0.0279339;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-8.88742e-05;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:75:74:0.986667:46:29:0:0:46:28:1:0 chr1 986443 . C T 137.59 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00118989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3267;QD=39.3118;RBI=0.00422888;REFB=-0.107182;REVB=-0.00405803;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00736769;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:12:1:0:0:12:1:0:1 chr1 987200 . C T 774.25 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427344;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.777;QD=55.3037;RBI=0.0428129;REFB=-0.151035;REVB=0.00259133;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00106157;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:0:1:55:55:0.982143:26:29:0:0:26:29:1:0 chr1 990280 . C T 1284.41 PASS AF=0.977528;AO=82;DP=87;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0835408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2171;QD=57.7262;RBI=0.0899894;REFB=-0.14374;REVB=0.033452;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511902;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00293089;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:89:0:2:82:87:0.977528:41:41:0:0:46:41:2:0 chr1 990806 . G A 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0544206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.717;QD=57.8235;RBI=0.0712867;REFB=-0.0212306;REVB=0.0460455;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.521727;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000619111;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:11:27:0:1:11:27:0:1 chr1 1026707 . C A 770.78 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00909258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.004;QD=55.0557;RBI=0.0177917;REFB=-0.128398;REVB=0.0152928;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000410991;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:1:0:25:30:1:0 chr1 1078138 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00539215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.828;QD=10.6345;RBI=0.0066666;REFB=0.00733129;REVB=-0.00392025;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118061;STB=0.571254;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0100383;OID=.;OPOS=1078138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:5:8:4:4:5:8 chr1 1115605 . G A 387.63 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00275483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.328;QD=18.4585;RBI=0.0290558;REFB=-0.0259182;REVB=0.0289249;RO=42;SAF=16;SAR=24;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455871;STB=0.507459;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0243759;OID=.;OPOS=1115605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:44:40:40:0.47619:24:16:17:25:24:16:17:27 chr1 1139565 . G A 493.29 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00570739;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.281;QD=25.297;RBI=0.0110008;REFB=0.00644128;REVB=-0.0094044;RO=31;SAF=28;SAR=18;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538609;STB=0.520652;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00410198;OID=.;OPOS=1139565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:31:32:46:46:0.589744:18:28:21:10:18:28:21:11 chr1 1147422 . C T 192.75 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0206678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.112;QD=24.8706;RBI=0.0552772;REFB=-0.0131335;REVB=-0.051268;RO=11;SAF=18;SAR=0;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.844094;STB=0.839508;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00440143;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:18:19:0.612903:0:18:5:6:1:18:6:6 chr1 1153113 . G A 434.68 PASS AF=0.640625;AO=38;DP=60;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0312122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.924;QD=27.1675;RBI=0.0339836;REFB=-0.0586191;REVB=0.0134418;RO=20;SAF=13;SAR=25;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553458;STB=0.516685;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0286827;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:20:23:38:41:0.640625:25:13:7:13:25:16:10:13 chr1 1156131 . T A,C 487.5 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,31;DP=33;FAO=4,30;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=3,19;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383747,-0.00324204;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.41,142.291;QD=57.353;RBI=0.00385185,0.0222924;REFB=0,0;REVB=0.0003326,0.0220554;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.040743,-0.00557421;OID=.,.;OPOS=1156131,1156131;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:33:34:0:0:2,31:4,30:0.117647,0.882353:0,11:2,20:0:0:1,11:3,19:0:0 chr1 1158561 . CAAC CA,CAC 107.75 PASS AF=0.535714,0;AO=15,3;DP=28;FAO=15,0;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10,0;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0234194,-0.111414;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=100.645,23.5676;QD=15.3933;RBI=0.0373165,0.244635;REFB=-0.0474052,-0.0366146;REVB=0.0290526,-0.217792;RO=6;SAF=10,0;SAR=5,3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100199,-0.754726;STB=0.564015,0.5;STBP=0.493,1;TYPE=del,del;VARB=0.0607224,0;OID=.,.;OPOS=1158563,1158562;OREF=AC,A;OALT=-,-;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714,0:15,3:28:15,0:28:13:10,0:5,0:7:6:85:6:10,0:5,3:5:1 chr1 1158631 . A G 771.09 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388341;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.307;QD=64.2578;RBI=0.0388773;REFB=0;REVB=-0.00183374;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120461;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr1 1169381 . C T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00303256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.321;QD=16.993;RBI=0.0192822;REFB=-0.00123313;REVB=0.0190423;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010536;STB=0.505924;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00121042;OID=.;OPOS=1169381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:17:13:12:15:17:13 chr1 1178245 . C T 471.0 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0167644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6532;QD=17.9429;RBI=0.0243934;REFB=-0.00733238;REVB=0.0177199;RO=52;SAF=29;SAR=21;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290167;STB=0.507494;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00850368;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:54:50:51:0.485714:21:29:30:22:21:30:31:23 chr1 1178482 . A G 321.37 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0182372;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.749;QD=16.0685;RBI=0.0309831;REFB=-0.0240939;REVB=-0.0250471;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475084;STB=0.526751;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0330819;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:17:18:21:24:17:18:21:24 chr1 1178925 . G A 272.73 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0471026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.798;QD=14.9439;RBI=0.0511827;REFB=-0.0115767;REVB=0.0200253;RO=41;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635963;STB=0.508641;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0282337;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:21:10:13:28:21:10:13:29 chr1 1220954 . G A 956.32 PASS AF=0.484694;AO=95;DP=196;FAO=95;FDP=196;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.0032736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.533;QD=19.5166;RBI=0.0986357;REFB=-0.0153026;REVB=0.0985814;RO=95;SAF=37;SAR=58;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299591;STB=0.529969;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0273595;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:95:101:95:95:0.484694:58:37:40:55:58:37:45:56 chr1 1223385 . G C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0421664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.304;QD=14.8514;RBI=0.0428265;REFB=-0.00949527;REVB=0.00749012;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184928;STB=0.607359;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0125827;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:14:15:13:6:14:15 chr1 1226292 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00238488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.009;QD=13.8496;RBI=0.0128645;REFB=-0.0153551;REVB=0.0126415;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448387;STB=0.526121;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0243191;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:13:12:7:9:13:12 chr1 1226348 . C G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302878;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.41;QD=44.0922;RBI=0.0306696;REFB=-0.0224778;REVB=0.00482387;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00113627;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:0:1:6:11:0:1 chr1 1226757 . G A 125.55 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00309597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.156;QD=18.5998;RBI=0.0240593;REFB=-0.0394015;REVB=0.0238593;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.518492;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0374312;OID=.;OPOS=1226757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:7:6:7:7:7:6 chr1 1226889 . G A 198.43 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=2;FWDB=-0.0195934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4761;QD=15.2637;RBI=0.123772;REFB=-0.0169181;REVB=0.122211;RO=29;SAF=21;SAR=1;SRF=27;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116642;STB=0.533306;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0328213;OID=.;OPOS=1226889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:1:21:27:2:2:21:27:2 chr1 1234762 . AG A 150.49 PASS AF=0.586957;AO=25;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0207704;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.0878;QD=13.0865;RBI=0.141342;REFB=0.0366242;REVB=0.139807;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164505;STB=0.568832;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.0270799;OID=.;OPOS=1234763;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586957:25:47:27:46:19:13:14:6:13:64:17:13:12:5:12 chr1 1242468 . G A 79.77 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0297971;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.077;QD=14.5028;RBI=0.0563071;REFB=-0.00134731;REVB=0.0477769;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00230731;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr1 1246004 . A G 843.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245634;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.237;QD=57.2014;RBI=0.0272195;REFB=0;REVB=0.0117278;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595231;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:23:34:0:0:23:36:0:0 chr1 1254436 . A G 260.48 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00268604;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.473;QD=12.8631;RBI=0.0172859;REFB=-0.00390714;REVB=-0.017076;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849123;STB=0.507242;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00588363;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:47:50:30:31:0.382716:17:13:20:27:17:14:22:28 chr1 1254443 . G A 250.34 PASS AF=0.37037;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0163408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.25;QD=12.3626;RBI=0.0230416;REFB=-0.011523;REVB=0.0162448;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419847;STB=0.532973;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.012914;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:51:29:30:0.37037:17:12:23:28:18:12:23:28 chr1 1254841 . C G 35.48 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00461936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.153;QD=7.46889;RBI=0.047594;REFB=-0.056522;REVB=-0.0473693;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177233;STB=0.578691;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0836015;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:19:13:13:5:6:0.315789:3:2:5:8:3:3:5:8 chr1 1262966 . C T 70.56 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0523882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.132;QD=17.64;RBI=0.0540264;REFB=-0.0407373;REVB=0.0132036;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0322673;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:3:4:5:4:3:4 chr1 1263144 . G A 63.03 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0175905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.474;QD=8.40381;RBI=0.0241305;REFB=-0.0162627;REVB=-0.0165184;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201491;STB=0.621386;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0404483;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:4:17:6:3:4:17 chr1 1268159 . C T 109.07 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.072062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.4589;QD=16.1588;RBI=0.0733202;REFB=-0.0274769;REVB=0.0135248;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087178;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0237203;OID=.;OPOS=1268159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:6:14:11:12:0.444444:8:3:1:5:9:3:6:8 chr1 1269554 . T C 470.12 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176529;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.498;QD=58.7648;RBI=0.0807108;REFB=0;REVB=0.0787566;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121315;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr1 1271750 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0121579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.481;QD=10.8843;RBI=0.0193559;REFB=-0.0222066;REVB=0.015061;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265437;STB=0.654889;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0292772;OID=.;OPOS=1271750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:13:2:3:6:13:2 chr1 1273116 . A G 767.67 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0133021;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1591;QD=22.9154;RBI=0.0233024;REFB=-0.00434134;REVB=-0.0191326;RO=58;SAF=22;SAR=51;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878574;STB=0.564037;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00182304;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:58:61:73:73:0.544776:51:22:23:35:51:22:26:35 chr1 1277533 . T C 1022.85 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0717334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.531;QD=55.289;RBI=0.0777869;REFB=-0.0667679;REVB=0.0300853;RO=2;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236314;STB=0.518513;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000643279;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:2:3:71:71:0.959459:39:32:0:2:39:32:0:3 chr1 1310073 . GC G,GG 641.78 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=10,32;DP=43;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717804,0.0690896;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=241.452,258.511;QD=61.1222;RBI=0.0837644,0.0866494;REFB=0,0;REVB=0.0431747,0.0522948;RO=1;SAF=4,25;SAR=6,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0990155,-0.0183157;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0083412,0.000874638;OID=.,.;OPOS=1310074,1310074;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:10,32:43:1,41:42:0:1,29:0,12:0:0:4:1:4,25:6,7:1:0 chr1 1361633 . G A 82.72 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00336348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.156;QD=33.0864;RBI=0.0265688;REFB=-0.0365116;REVB=0.026355;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000130393;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:10:1:1:9:9:0.9:7:2:0:1:7:2:0:1 chr1 1361641 . C T 101.14 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.382;QD=40.4542;RBI=0.038909;REFB=0;REVB=0.00556861;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246048;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 1375810 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.341;QD=40.7627;RBI=0.0227798;REFB=0;REVB=0.0227798;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290947;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr1 1376214 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.922;QD=50.4133;RBI=0.0625192;REFB=0;REVB=0.051612;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368907;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:6:11:0:0:6:13:0:0 chr1 1376567 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.214;QD=58.1421;RBI=0.0601855;REFB=0;REVB=0.0548163;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144907;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 1378173 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.324;QD=55.0956;RBI=0.042783;REFB=0;REVB=-0.0234429;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97134e-05;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 1387764 . G A 480.31 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0168374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.579;QD=21.8325;RBI=0.0168521;REFB=-0.0205317;REVB=-0.000705;RO=41;SAF=13;SAR=34;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112885;STB=0.562437;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0142525;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:34:13:16:25:34:13:16:25 chr1 1390875 . C T 412.49 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0272209;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.603;QD=26.1895;RBI=0.0273832;REFB=-0.0277351;REVB=0.0029769;RO=24;SAF=17;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434125;STB=0.523718;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0170049;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:24:24:39:39:0.619048:22:17:9:15:22:17:9:15 chr1 1396238 . G T 220.74 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0310062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2412;QD=18.0193;RBI=0.0374176;REFB=-0.00510743;REVB=0.020945;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366509;STB=0.70762;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00746141;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:7:15:8:19:7:15:8:19 chr1 1418004 . T C 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00990008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4635;QD=10.1073;RBI=0.0249777;REFB=-0.00405373;REVB=-0.0229319;RO=42;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270452;STB=0.51587;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00997948;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:10:11:21:21:10:11:21:21 chr1 1421531 . C A 183.17 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0385347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2528;QD=17.8706;RBI=0.047915;REFB=-0.020852;REVB=-0.0284766;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265505;STB=0.651552;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0294301;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:13:9:13:6:13:9 chr1 1421991 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00173337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.189;QD=15.2586;RBI=0.0135597;REFB=-0.0415785;REVB=0.0134485;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.021792;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr1 1423267 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00520865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.586;QD=15.6507;RBI=0.00646194;REFB=-0.0171102;REVB=0.00382448;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260042;STB=0.647524;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.020061;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:17:4:7:9:17:4 chr1 1425700 . T C 257.12 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0455843;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.653;QD=22.3585;RBI=0.0467799;REFB=-0.0331981;REVB=-0.0105087;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242229;STB=0.624896;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0356463;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:22:24:24:0.521739:15:9:14:7:15:9:14:8 chr1 1451380 . T C 676.01 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0883;QD=60.09;RBI=0.0735979;REFB=0.0562161;REVB=-0.0435366;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0121517;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:42:44:0.977778:25:17:0:1:25:19:0:1 chr1 1452551 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.146;QD=33.4284;RBI=0.0194499;REFB=0;REVB=-0.0117831;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219708;OID=.;OPOS=1452551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 1458255 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3441;QD=52.6124;RBI=0.0849735;REFB=0;REVB=-0.047946;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00334276;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 1458954 . C G,T 350.93 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271819,0.0292872;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.218,156.841;QD=53.9885;RBI=0.0350968,0.0305034;REFB=0,0;REVB=-0.0222021,-0.00852752;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.079792,0.00127903;OID=.,.;OPOS=1458954,1458954;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:2,15:0,9:0:0:2,15:0,9:0:0 chr1 1479333 . A G 619.04 PASS AF=1;AO=29;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.77;QD=61.9036;RBI=0.112326;REFB=0;REVB=0.0992342;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781031;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:29:40:1:14:15:0:0:24:16:0:0 chr1 1510801 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.602;QD=49.5952;RBI=0.0229893;REFB=0;REVB=0.00668318;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138405;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 1511104 . G C 521.32 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00615983;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4547;QD=54.8761;RBI=0.0368557;REFB=-0.109018;REVB=-0.0363373;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128044;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:2:2:36:36:0.947368:18:18:1:1:18:18:1:1 chr1 1558792 . T C 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.562;QD=53.2687;RBI=0.015994;REFB=0;REVB=0.00534252;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15392e-05;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr1 1560982 . G T 598.69 PASS AF=0.42236;AO=63;DP=155;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=66;FWDB=0.022402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.13;QD=14.8742;RBI=0.0227348;REFB=-0.0229938;REVB=-0.00387581;RO=92;SAF=20;SAR=43;SRF=26;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432857;STB=0.512634;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.035049;OID=.;OPOS=1560982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:92:93:63:68:0.42236:43:20:26:66:47:21:27:66 chr1 1562437 . C G 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6508;QD=61.6696;RBI=0.0150713;REFB=0;REVB=0.00324158;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022512;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 1562536 . G A 448.99 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000840803;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.963;QD=52.8227;RBI=0.0472988;REFB=-0.148164;REVB=0.0472913;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.535692;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00299248;OID=.;OPOS=1562536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:1:2:32:32:0.941176:13:19:0:1:13:19:0:2 chr1 1588670 . G A 185.57 PASS AF=0.230159;AO=27;DP=131;FAO=29;FDP=126;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0340618;FXX=0.059697;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.302;QD=5.89104;RBI=0.0506799;REFB=-0.0110241;REVB=-0.0375266;RO=84;SAF=18;SAR=9;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239934;STB=0.675778;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.036762;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:126:84:97:27:29:0.230159:9:18:40:44:9:20:45:52 chr1 1588717 . G A 198.8 PASS AF=0.226277;AO=31;DP=137;FAO=31;FDP=137;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.011205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.785;QD=5.80439;RBI=0.0148913;REFB=-0.00391843;REVB=0.00980806;RO=106;SAF=20;SAR=11;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25313;STB=0.655025;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0112471;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:106:106:31:31:0.226277:11:20:47:59:11:20:47:59 chr1 1588737 . C T 162.49 PASS AF=0.207692;AO=28;DP=130;FAO=27;FDP=130;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0143985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.097;QD=4.99971;RBI=0.0159201;REFB=-0.00430163;REVB=-0.00679213;RO=102;SAF=16;SAR=12;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151666;STB=0.614605;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00733149;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:102:103:28:27:0.207692:12:16:46:56:11:16:46:57 chr1 1588743 . A T 110.33 PASS AF=0.168;AO=21;DP=124;FAO=21;FDP=125;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0105492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.381;QD=3.53046;RBI=0.0151176;REFB=-0.00513158;REVB=-0.0108285;RO=103;SAF=12;SAR=9;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169743;STB=0.613889;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0270651;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:103:104:21:21:0.168:9:12:45:58:9:12:45:59 chr1 1588744 . AGCG A 97.45 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=124;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.00682492;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.37;QD=3.27569;RBI=0.0113114;REFB=-1.70261e-05;REVB=0.00902037;RO=98;SAF=11;SAR=8;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188736;STB=0.623238;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.000199184;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.159664:19:124:19:119:100:11:8:43:57:97:98:11:8:42:56 chr1 1599812 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0232128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.707;QD=26.6005;RBI=0.0486485;REFB=-0.0334752;REVB=-0.0427533;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00483364;OID=.;OPOS=1599812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:1:7:2:0:1:7:2:0 chr1 1599888 . A G 304.12 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0488779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9012;QD=43.445;RBI=0.0531598;REFB=-0.0110486;REVB=0.0209027;RO=4;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555403;STB=0.511619;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00408818;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:4:3:24:25:0.892857:11:13:3:1:11:14:2:1 chr1 1647814 . T C 663.89 PASS AF=0.411111;AO=74;DP=180;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.0173311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.091;QD=14.7531;RBI=0.017808;REFB=-0.00154496;REVB=-0.00409357;RO=105;SAF=52;SAR=22;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23133;STB=0.633296;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00246177;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:105:106:74:74:0.411111:22:52:52:53:22:52:52:54 chr1 1647871 . T C 599.11 PASS AF=0.414634;AO=68;DP=164;FAO=68;FDP=164;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0314185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8551;QD=14.6124;RBI=0.0315113;REFB=-0.0307628;REVB=0.0024177;RO=95;SAF=37;SAR=31;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295953;STB=0.5137;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0449797;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:95:96:68:68:0.414634:31:37:49:46:31:37:50:46 chr1 1647893 . C CTTTCTT 253.86 PASS AF=0.272059;AO=24;DP=145;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.00461929;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=6;MLLD=159.942;QD=7.46654;RBI=0.044901;REFB=-0.0135887;REVB=-0.0446627;RO=96;SAF=10;SAR=14;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119204;STB=0.525882;STBP=0.743;TYPE=ins;VARB=0.0311168;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272059:24:145:37:136:99:17:20:49:50:99:96:10:14:49:47 chr1 1650787 . T C 291.52 PASS AF=0.714286;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00737148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.039;QD=33.3163;RBI=0.0296599;REFB=-0.00784515;REVB=0.0287292;RO=10;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181525;STB=0.592524;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00430585;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:24:25:0.714286:10:14:9:1:10:15:9:1 chr1 1650797 . A G 362.98 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0126729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.319;QD=39.2414;RBI=0.0300145;REFB=-0.0209737;REVB=0.0272079;RO=7;SAF=19;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082658;STB=0.554335;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000710654;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:7:8:29:29:0.783784:10:19:6:1:10:19:7:1 chr1 1650801 . T C 332.6 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00198569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.347;QD=32.4492;RBI=0.0319032;REFB=-0.0209244;REVB=0.0318413;RO=11;SAF=20;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825643;STB=0.508469;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0061075;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:11:13:28:28:0.682927:8:20:8:3:8:20:9:4 chr1 1650807 . T C 89.43 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0123562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7554;QD=7.30029;RBI=0.0316834;REFB=-0.00535572;REVB=-0.0291747;RO=35;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374618;STB=0.726066;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0137488;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:35:37:12:12:0.244898:2:10:20:15:2:10:22:15 chr1 1650832 . A G 479.31 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0139951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.717;QD=28.1947;RBI=0.0147755;REFB=0.00513233;REVB=0.00473853;RO=24;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523171;STB=0.528442;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00279538;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:44:44:0.647059:20:24:15:9:20:24:15:9 chr1 1650845 . G A 254.39 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00969455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.094;QD=13.0457;RBI=0.014766;REFB=0.00231662;REVB=-0.0111378;RO=46;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992074;STB=0.571633;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00191062;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:48:30:30:0.384615:11:19:25:21:11:19:25:23 chr1 1654038 . G A 38.19 PASS AF=0.6;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0136178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.835;QD=15.2771;RBI=0.0158416;REFB=-0.00294767;REVB=0.00809406;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554117;STB=0.832219;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0122865;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:5:6:0.6:4:1:4:0:5:1:4:0 chr1 1654058 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.02387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.428;QD=24.4133;RBI=0.0367905;REFB=0.0339947;REVB=0.0279957;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188919;STB=0.606552;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00580026;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:4:1:6:5:4:1 chr1 1654064 . A T 97.64 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00656665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.658;QD=24.4089;RBI=0.0307301;REFB=-0.00791365;REVB=0.0300203;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188919;STB=0.606552;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00609298;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:4:1:6:5:4:1 chr1 1654065 . AGCG A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00942907;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.572;QD=24.4133;RBI=0.0135265;REFB=6.8067e-06;REVB=0.00969835;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188919;STB=0.606552;STBP=0.281;TYPE=del;VARB=-2.40634e-06;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:11:16:11:16:5:5:6:4:1:28:5:5:6:4:1 chr1 1666175 . C T 86.83 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00127653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.769;QD=12.8644;RBI=0.0475583;REFB=-0.0248822;REVB=-0.0475412;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231514;STB=0.635527;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0340237;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:11:5:6:5:11:5 chr1 1684472 . C T 140.62 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0135077;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3107;QD=17.5772;RBI=0.062763;REFB=-0.00520598;REVB=0.0612922;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348757;STB=0.506485;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0173362;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:16:17:15:15:0.46875:6:9:9:7:6:9:10:7 chr1 1823922 . A G 272.22 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7134;QD=51.8515;RBI=0.0606546;REFB=0;REVB=0.0565287;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006425;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr1 1846765 . G A 217.46 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00829367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.859;QD=15.5327;RBI=0.00940228;REFB=-0.012398;REVB=-0.00442922;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061548;STB=0.534926;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0170684;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:13:18:16:9:13:18 chr1 1847979 . T C 162.21 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0289376;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7414;QD=18.5385;RBI=0.0428735;REFB=-0.0218921;REVB=-0.0316347;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201325;STB=0.615242;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0292271;OID=.;OPOS=1847979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:9:9:12:5:9:9 chr1 1849529 . A G 186.23 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0468219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2798;QD=12.4154;RBI=0.0503932;REFB=-0.050427;REVB=0.018633;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657324;STB=0.544149;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0265776;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:14:9:12:24:14:9:12:25 chr1 1849530 . T C 353.57 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0064021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.017;QD=23.9711;RBI=0.0197041;REFB=-0.0177803;REVB=0.018635;RO=24;SAF=10;SAR=25;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777406;STB=0.542832;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0032068;OID=.;OPOS=1849530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:25:10:9:15:25:10:9:15 chr1 1849744 . G A 102.41 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0397163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2712;QD=17.8099;RBI=0.0405582;REFB=-0.00366487;REVB=0.00822064;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555584;STB=0.820345;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00225101;OID=.;OPOS=1849744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:2:10:2:9:2:10:2:9 chr1 1854109 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000811087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.994;QD=58.5877;RBI=0.0374629;REFB=0;REVB=-0.0374541;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104187;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 1854546 . C T 109.88 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0282297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8352;QD=14.1781;RBI=0.0423337;REFB=-0.017734;REVB=0.0315472;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.567469;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0230969;OID=.;OPOS=1854546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:8:5:5:12:8:5:5:13 chr1 1855319 . C T 394.5 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0109578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1095;QD=25.4517;RBI=0.0345842;REFB=-0.0163827;REVB=-0.0328024;RO=24;SAF=14;SAR=24;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268728;STB=0.514698;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0095672;OID=.;OPOS=1855319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:24:14:8:16:24:14:8:16 chr1 1858161 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.017744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.762;QD=11.0193;RBI=0.0177602;REFB=-0.000990466;REVB=0.000758227;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247224;STB=0.646649;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00316199;OID=.;OPOS=1858161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:7:1:2:4:7:1 chr1 1859176 . T C 376.54 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0471143;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8528;QD=23.907;RBI=0.0505473;REFB=0.0031162;REVB=0.0183106;RO=26;SAF=9;SAR=28;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631987;STB=0.534812;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00417179;OID=.;OPOS=1859176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:26:37:37:0.587302:28:9:8:18:28:9:8:18 chr1 1861582 . C T 371.63 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00499773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.656;QD=22.8693;RBI=0.0151553;REFB=-0.0279864;REVB=-0.0143075;RO=28;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116069;STB=0.564115;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0138849;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:11:26:16:12:11:26:16:12 chr1 1873514 . A G 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6279;QD=56.1799;RBI=0.0362157;REFB=0;REVB=-0.0348687;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000753743;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 1873525 . T C 353.29 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0479657;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9478;QD=52.3395;RBI=0.0860201;REFB=0.00101717;REVB=-0.0714055;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00195331;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:13:12:0:0:13:13:1:0 chr1 1875858 . CA GG 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0193282;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.472;QD=9.49166;RBI=0.0242214;REFB=-0.00428679;REVB=-0.0145979;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219477;STB=0.636033;STBP=0.37;TYPE=mnp;VARB=0.00696715;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:7:11:7:2:7:11 chr1 1887019 . A G 250.2 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.469;QD=50.0394;RBI=0.0567028;REFB=0;REVB=0.0458989;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469784;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr1 1916890 . C T 202.57 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0161808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.761;QD=13.9701;RBI=0.0164295;REFB=-0.0114448;REVB=-0.00284785;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175007;STB=0.592028;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0174387;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:24:24:0.413793:15:9:18:15:15:9:18:16 chr1 1957037 . T C 125.7 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0316374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.573;QD=9.66957;RBI=0.0339711;REFB=-0.00947138;REVB=-0.0123738;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642918;STB=0.538414;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0174166;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:8:8:20:16:8:8:20:16 chr1 1987993 . T C 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.788;QD=51.906;RBI=0.0416278;REFB=0;REVB=-0.0141729;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159304;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr1 1991014 . A G 379.16 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0122472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.383;QD=14.1742;RBI=0.019531;REFB=-0.00927698;REVB=-0.015214;RO=59;SAF=29;SAR=15;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243109;STB=0.646311;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0121529;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:59:63:44:44:0.411215:15:29:25:34:15:29:26:37 chr1 2005740 . T C 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9846;QD=55.0807;RBI=0.0545133;REFB=0;REVB=0.0516898;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130111;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr1 2144982 . G T 625.87 PASS AF=0.976744;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0599121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.428;QD=58.22;RBI=0.0987359;REFB=0.0843073;REVB=0.0784814;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000894611;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:43:0:1:39:42:0.976744:22:17:0:0:23:19:1:0 chr1 2145524 . G A 66.81 PASS AF=0.409091;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0170127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.415;QD=12.1466;RBI=0.0252463;REFB=-0.0284257;REVB=-0.0186533;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490059;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0357981;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:22:22:8:13:7:9:0.409091:4:3:3:5:6:3:5:8 chr1 2340200 . T C 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0199892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0889;QD=17.2472;RBI=0.0744211;REFB=-0.0292566;REVB=-0.0716863;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324546;STB=0.684758;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0324447;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:7:14:9:18:7:14:9:18 chr1 2399119 . A G 323.96 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.00154519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.883;QD=13.4981;RBI=0.00638097;REFB=-0.00446369;REVB=-0.00619105;RO=59;SAF=17;SAR=20;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215529;STB=0.622159;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0113553;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:20:17:39:20:20:17:39:20 chr1 2430617 . C T 344.44 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0131541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.398;QD=19.4053;RBI=0.0167094;REFB=-0.0208551;REVB=-0.0103041;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154444;STB=0.576282;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0184012;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:35:35:36:0.507042:15:20:13:20:16:20:14:21 chr1 2433900 . C T 53.71 PASS AF=0.32;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0132724;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.378;QD=8.59301;RBI=0.0257932;REFB=-0.00546519;REVB=-0.0221163;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396358;STB=0.585139;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0248919;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:25:11:17:7:8:0.32:1:6:6:5:2:6:11:6 chr1 2441358 . T C 120.69 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00107444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.867;QD=15.0868;RBI=0.0118591;REFB=-0.0262323;REVB=0.0118103;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254806;STB=0.613472;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0314453;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:9:4:10:8:9:5:10:8 chr1 2444414 . G A 759.99 PASS AF=0.481928;AO=79;DP=165;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0185867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.954;QD=18.3131;RBI=0.0345327;REFB=-0.039317;REVB=0.029104;RO=85;SAF=41;SAR=38;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564096;STB=0.530998;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0365722;OID=.;OPOS=2444414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:85:86:79:80:0.481928:38:41:39:46:38:42:40:46 chr1 2452569 . T C 1344.77 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.052295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4494;QD=60.4393;RBI=0.0527276;REFB=-0.0280368;REVB=-0.00674042;RO=2;SAF=38;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242799;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000783238;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:2:1:86:88:0.988764:48:38:2:0:49:39:1:0 chr1 2488153 . A G 657.12 PASS AF=0.352423;AO=80;DP=228;FAO=80;FDP=227;FR=.;FRO=147;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.0075651;FXX=0.00438577;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.911;QD=11.5791;RBI=0.00821208;REFB=-0.00572929;REVB=-0.00319493;RO=146;SAF=34;SAR=46;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154523;STB=0.585709;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00763556;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:146:147:80:80:0.352423:46:34:82:64:46:34:82:65 chr1 2490898 . C A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00315825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.363;QD=17.3774;RBI=0.0170735;REFB=-0.012426;REVB=0.0167788;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02212;STB=0.512796;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00663404;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:9:1:1:10:9:1 chr1 2490942 . C A 183.32 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.10283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9595;QD=17.8847;RBI=0.122405;REFB=-0.0362272;REVB=0.0663995;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200832;STB=0.614095;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0465436;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:8:14:8:11:8:14 chr1 2491205 . C T 523.89 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00348277;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.608;QD=23.5455;RBI=0.00369054;REFB=-0.0248101;REVB=-0.00122082;RO=40;SAF=32;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192105;STB=0.60573;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0210889;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:40:49:49:0.550562:17:32:17:23:17:32:17:23 chr1 2526746 . A G 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0292967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.316;QD=15.2901;RBI=0.0455174;REFB=-0.0165235;REVB=-0.0348358;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0159432;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:4:5:4:5:4:5 chr1 2535613 . C A 254.4 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00148348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.068;QD=15.4184;RBI=0.0486253;REFB=-0.0126523;REVB=0.0486027;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253242;STB=0.648715;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0245166;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:37:28:29:0.439394:17:11:24:13:18:11:24:13 chr1 2541269 . A G 136.62 PASS AF=0.32;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00241836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8736;QD=10.9297;RBI=0.0671304;REFB=-0.0132953;REVB=-0.0670868;RO=31;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251807;STB=0.627736;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0456335;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:31:34:16:16:0.32:12:4:14:17:12:4:14:20 chr1 2560882 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0476758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.69;QD=13.9477;RBI=0.0691023;REFB=-0.0295447;REVB=0.0500214;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386586;STB=0.724151;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0172849;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:18:9:12:5:18:9 chr1 2560903 . T G 193.17 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0108817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.74;QD=17.5611;RBI=0.017954;REFB=-0.0189131;REVB=0.0142806;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190857;STB=0.607367;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.017727;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:19:20:0.454545:12:7:13:10:13:7:13:11 chr1 2573103 . G A 262.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00210007;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.604;QD=17.2326;RBI=0.00302701;REFB=-0.0244151;REVB=-0.00218001;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674638;STB=0.537747;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0310051;OID=.;OPOS=2573103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:10:19:23:9:10:19:23:9 chr1 2573199 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.596;QD=58.9619;RBI=0.0161911;REFB=0;REVB=0.0160199;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77435e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr1 2938265 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0351223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.851;QD=16.9316;RBI=0.0388674;REFB=-0.0121837;REVB=-0.0166462;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00769851;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:7:5:5:7:7:5 chr1 2938697 . T G 269.3 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0148652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.943;QD=16.5725;RBI=0.0154467;REFB=-0.0261484;REVB=0.00419848;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858497;STB=0.5562;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0327006;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:14:15:15:20:14:16:15:20 chr1 2939409 . G T 115.12 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0338888;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.3424;QD=14.3901;RBI=0.0341888;REFB=-0.0215112;REVB=-0.00451933;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143325;STB=0.531206;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0187642;OID=.;OPOS=2939409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:18:12:14:0.4375:7:5:8:6:7:7:8:10 chr1 2980793 . T C 367.84 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0414655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.65;QD=13.8807;RBI=0.043288;REFB=0.00413314;REVB=0.0124282;RO=61;SAF=17;SAR=26;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507108;STB=0.520464;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0112732;OID=.;OPOS=2980793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:63:43:43:0.40566:26:17:27:34:26:17:27:36 chr1 2980834 . G A 319.75 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0141629;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.585;QD=18.2715;RBI=0.0150445;REFB=-0.0117612;REVB=0.00507432;RO=37;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255764;STB=0.635508;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.013308;OID=.;OPOS=2980834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:36:34:34:0.485714:25:9:19:18:25:9:18:18 chr1 2984087 . C A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.061745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.63;QD=14.7017;RBI=0.0625644;REFB=-0.032823;REVB=-0.0100922;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268155;STB=0.666419;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0407744;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:3:11:6:6:3:12 chr1 2985885 . C G 100.34 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0370211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0173;QD=10.2916;RBI=0.0652849;REFB=-0.0089957;REVB=-0.0537732;RO=26;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447734;STB=0.596854;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0290588;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:26:26:11:13:0.333333:10:1:9:17:10:3:9:17 chr1 3301721 . C T 180.62 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00566672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.408;QD=16.0546;RBI=0.0118991;REFB=-0.00876404;REVB=-0.0104632;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229424;STB=0.621048;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.024628;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:19:19:0.422222:12:7:15:10:12:7:15:11 chr1 3312914 . T G 110.79 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0042168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.874;QD=15.8272;RBI=0.00822352;REFB=-0.0211573;REVB=0.0070601;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692817;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0241506;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:8:4:6:9:9:4:6:9 chr1 3328358 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.873;QD=37.4867;RBI=0.0672308;REFB=0;REVB=0.0478528;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180198;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 3353890 . A G 1323.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417414;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7066;QD=62.2943;RBI=0.0432646;REFB=0;REVB=-0.011379;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23833e-05;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr1 3353949 . A G 1330.13 PASS AF=0.949495;AO=93;DP=98;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0284553;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.527;QD=53.7427;RBI=0.0298054;REFB=-0.0562167;REVB=-0.00886901;RO=5;SAF=36;SAR=57;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614204;STB=0.532461;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0014542;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:98:99:5:5:93:94:0.949495:57:36:5:0:58:36:5:0 chr1 3354595 . T C 1171.76 PASS AF=0.864078;AO=89;DP=103;FAO=89;FDP=103;FR=.;FRO=14;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0083142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.4239;QD=45.5053;RBI=0.0182496;REFB=-0.121022;REVB=0.0162456;RO=3;SAF=44;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106392;STB=0.5381;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00343597;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:103:103:3:14:89:89:0.864078:45:44:2:1:45:44:3:11 chr1 3354615 . T C 1116.27 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000169982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.28;QD=54.4524;RBI=0.004881;REFB=-0.00606831;REVB=0.00487804;RO=4;SAF=30;SAR=47;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590236;STB=0.538451;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000111653;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:82:82:4:5:77:77:0.939024:47:30:4:0:47:30:5:0 chr1 3380057 . G A 655.38 PASS AF=0.455128;AO=70;DP=155;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.000520784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0127;QD=16.8046;RBI=0.0192059;REFB=-0.000507854;REVB=-0.0191988;RO=85;SAF=35;SAR=35;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290038;STB=0.51985;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.000628557;OID=.;OPOS=3380057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:85:85:70:71:0.455128:35:35:45:40:36:35:45:40 chr1 3383898 . A C,G 742.89 PASS AF=0.0363636,0.945455;AO=3,52;DP=55;FAO=2,52;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=0,20;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169203,0.0160352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.463,177.597;QD=54.0286;RBI=0.0185416,0.018055;REFB=-0.0488097,0.0215055;REVB=-0.0075824,-0.00829777;RO=0;SAF=0,20;SAR=3,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.00761e-08;STB=0.5,0.507689;STBP=1,0.511;TYPE=snp,snp;VARB=0.0249025,-0.00265204;OID=.,.;OPOS=3383898,3383898;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:0:1:3,52:2,52:0.0363636,0.945455:3,32:0,20:0:0:2,32:0,20:0:1 chr1 3389727 . C T 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0107373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.054;QD=22.7926;RBI=0.0190951;REFB=-0.0163552;REVB=-0.0157903;RO=20;SAF=6;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31144;STB=0.666518;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0201623;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:18:6:12:8:18:6:12:9 chr1 3394456 . T C 816.11 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.572;QD=57.2711;RBI=0.0227849;REFB=0;REVB=0.0111454;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25478e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr1 3394511 . CT C,TC 40.87 PASS AF=0.160494,0.0246914;AO=24,4;DP=83;FAO=13,2;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=10,0;FSAR=3,2;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.0705272,-0.00496867;FXX=0.03571;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=13.0105,167.948;QD=2.01821;RBI=0.137962,0.0489089;REFB=-0.0786391,-0.00326511;REVB=-0.118573,-0.0486558;RO=50;SAF=14,0;SAR=10,4;SRF=16;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296775,-0.466208;STB=0.837252,0.993173;STBP=0.013,0.329;TYPE=del,mnp;VARB=0.0255773,0.202606;OID=.,.;OPOS=3394512,3394511;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:83:81:50:66:24,4:13,2:0.160494,0.0246914:10,4:14,0:16:34:3,2:10,0:21:45 chr1 3395039 . G A 152.82 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00419936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.982;QD=13.5836;RBI=0.0139308;REFB=-0.0176618;REVB=0.0132828;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674743;STB=0.503932;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0267579;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:13:15:9:8:13:15 chr1 3418427 . GGCCCCCCCA GCCCCCA,GCCCCCCA,GGCCCCACGA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA 552.64 PASS AF=0,0,0.140187,0.859813,0,0;AO=15,18,5,15,8,9;DP=120;FAO=0,0,15,92,0,0;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15,25,0,0;FSAR=0,0,0,67,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.581172,-0.952855,-0.183371,-0.774933,-0.437008,0.146874;FXX=0.0092584;HRUN=5,5,7,7,7,7;LEN=3,2,3,1,2,1;MLLD=12.8403,7.30154,150.533,5.94952,11.2053,3.39453;QD=20.6594;RBI=0.581225,0.95572,0.183912,0.798853,0.437297,0.303956;REFB=0.0607513,0.0953198,0.000871333,0.00208914,-0.00444636,-0.0895237;REVB=0.00784769,-0.0739429,-0.0140985,0.194025,-0.0158996,0.266115;RO=17;SAF=9,2,5,0,0,0;SAR=6,16,0,15,8,9;SRF=0;SRR=17;SSEN=0.375,0.375,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0.527702,0.317864,0.861835,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,del,mnp,snp;VARB=0.0750649,0,0.263991,-0.209127,-0.0865373,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=3418428,3418428,3418433,3418429,3418435,3418429;OREF=GCC,GC,CCC,C,CA,C;OALT=-,-,ACG,-,AC,G;OMAPALT=GCCCCCA,GCCCCCCA,GGCCCCACGA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.140187,0.859813,0,0:15,18,5,15,8,9:120:0,0,15,92,0,0:107:0:0,0,15,25,0,0:0,0,0,67,0,0:0:0:71:17:9,2,5,0,0,0:6,16,0,15,8,9:0:17 chr1 3428160 . T G 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9536;QD=57.2254;RBI=0.0686353;REFB=0;REVB=-0.018755;RO=0;SAF=41;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482889;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:15:41:0:0:15:41:0:0 chr1 3428608 . G A 1296.7 PASS AF=1;AO=49;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.124;QD=61.021;RBI=0.0544695;REFB=0;REVB=0.0517094;RO=0;SAF=43;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672654;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:49:85:1:6:43:0:0:39:46:0:0 chr1 3496479 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.474;QD=56.7058;RBI=0.030818;REFB=0;REVB=0.00893784;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140917;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 3511934 . A G 440.54 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.035;QD=56.8434;RBI=0.0217486;REFB=0;REVB=-0.00553367;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178048;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:12:19:0:0 chr1 3548136 . T C 673.81 PASS AF=1;AO=36;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041905;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.977;QD=62.6802;RBI=0.06051;REFB=0;REVB=0.0436512;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425648;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:36:43:1:11:25:0:0:16:27:0:0 chr1 3607520 . G A 2506.95 PASS AF=0.987952;AO=163;DP=168;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00112229;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.911;QD=60.4086;RBI=0.0198227;REFB=-0.041961;REVB=0.0197909;RO=2;SAF=89;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107027;STB=0.500593;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000107955;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:166:2:2:163:164:0.987952:74:89:1:1:74:90:1:1 chr1 3638674 . C T 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0310231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.415;QD=24.2742;RBI=0.0333096;REFB=-0.029607;REVB=0.0121282;RO=20;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022146;STB=0.526445;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0160039;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:21:10:7:13:21:10:8:13 chr1 3644715 . C T 281.52 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0121101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.438;QD=17.0618;RBI=0.0122708;REFB=-0.0171412;REVB=0.00197902;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124775;STB=0.558103;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.010957;OID=.;OPOS=3644715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:19:12:9:25:19:12:10:25 chr1 3644754 . T C 471.69 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0345652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3036;QD=20.9639;RBI=0.039028;REFB=-0.0219394;REVB=-0.0181228;RO=44;SAF=16;SAR=30;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752077;STB=0.541467;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0236633;OID=.;OPOS=3644754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:30:16:12:32:30:16:12:32 chr1 3649403 . G A 453.47 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0172242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.177;QD=22.3938;RBI=0.0590116;REFB=-0.0708705;REVB=0.056442;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100938;STB=0.555531;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0550412;OID=.;OPOS=3649403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:22:22:14:23:22:22:14:23 chr1 3649562 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.01127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.117;QD=16.199;RBI=0.044319;REFB=-0.0384036;REVB=0.0428621;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0269566;OID=.;OPOS=3649562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr1 3659742 . C T 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00865378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.049;QD=19.6087;RBI=0.0087945;REFB=-0.0156558;REVB=0.00156697;RO=43;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162762;STB=0.589953;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0134236;OID=.;OPOS=3659742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:19:23:31:12:19:23:31:12 chr1 3669201 . A G 295.73 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0102198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.377;QD=20.395;RBI=0.0107102;REFB=-0.019869;REVB=-0.00320377;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331252;STB=0.518383;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0182989;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:12:15:16:15:12:15 chr1 3669205 . C G 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0391669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3044;QD=21.0064;RBI=0.0566301;REFB=-0.00720546;REVB=0.0409013;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109591;STB=0.506079;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00691958;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:16:14:12:13:16:14:12:13 chr1 3677933 . T C 245.34 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0195171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.232;QD=23.9357;RBI=0.0228145;REFB=-0.036237;REVB=0.0118145;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518098;STB=0.528883;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0275991;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:13:10:9:9:13:10:9:9 chr1 3743319 . G A 138.03 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00129193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.925;QD=8.90528;RBI=0.0106571;REFB=-0.0112911;REVB=0.0105786;RO=40;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300429;STB=0.638628;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0310518;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:43:18:19:0.306452:14:4:18:22:14:5:19:24 chr1 3745924 . G A 379.99 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=53;FWDB=-0.000187679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4562;QD=13.2172;RBI=0.00939099;REFB=-0.0107667;REVB=0.00938912;RO=69;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239534;STB=0.627715;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0150547;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:69:70:45:45:0.391304:25:20:16:53:25:20:17:53 chr1 3753136 . A T 253.7 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00162121;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.821;QD=12.5285;RBI=0.0123751;REFB=-0.00149065;REVB=-0.0122684;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295626;STB=0.509927;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0117814;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:49:51:30:30:0.37037:16:14:23:26:16:14:23:28 chr1 3755675 . T C 157.83 PASS AF=0.447368;AO=18;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.156424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.782;QD=16.614;RBI=0.159942;REFB=-0.0157467;REVB=-0.0333646;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340777;STB=0.775471;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0187793;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:18:17:0.447368:15:3:9:11:15:2:10:11 chr1 3759784 . A G 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0221686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.62;QD=10.6295;RBI=0.0227877;REFB=-0.00646298;REVB=-0.00527592;RO=42;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678471;STB=0.558569;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0148978;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:44:23:23:0.343284:15:8:17:25:15:8:19:25 chr1 3761479 . C T 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0088887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.304;QD=13.0352;RBI=0.00892982;REFB=-0.0109037;REVB=0.000856;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.021268;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:16:16:9:9:16:16 chr1 3786245 . G A 967.55 PASS AF=0.682927;AO=82;DP=122;FAO=84;FDP=123;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0338465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6414;QD=31.4651;RBI=0.0411085;REFB=0.00993213;REVB=0.0233307;RO=39;SAF=24;SAR=58;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987;STB=0.545245;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00210277;OID=.;OPOS=3786245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:39:39:82:84:0.682927:58:24:17:22:58:26:17:22 chr1 3800242 . A G 166.92 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0253276;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.485;QD=30.3493;RBI=0.0258435;REFB=-0.00259193;REVB=0.00513812;RO=6;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564865;STB=0.531212;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00061433;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:6:6:16:16:0.727273:12:4:1:5:12:4:1:5 chr1 3807258 . G C 276.22 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0355522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.085;QD=15.7837;RBI=0.0515116;REFB=-0.0106239;REVB=-0.0372758;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191582;STB=0.621741;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0102545;OID=.;OPOS=3807258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:39:30:31:0.442857:17:13:25:15:18:13:25:14 chr1 4772053 . T C 144.07 PASS AF=0.3125;AO=24;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.111128;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.9797;QD=9.00455;RBI=0.117376;REFB=-0.0105188;REVB=-0.037786;RO=39;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166773;STB=0.579063;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.020407;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:44:24:20:0.3125:16:8:8:31:13:7:11:33 chr1 4772717 . G A 258.34 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0111895;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.117;QD=16.1464;RBI=0.0497864;REFB=0.000409547;REVB=0.0485127;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206542;STB=0.625646;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.000473039;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:35:29:29:0.453125:12:17:26:7:12:17:28:7 chr1 5926507 . T C 202.8 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00970915;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.57;QD=15.5999;RBI=0.0206026;REFB=-0.0175153;REVB=-0.0181714;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142763;STB=0.578967;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.02499;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:29:21:23:0.442308:10:11:18:9:12:11:18:11 chr1 5937168 . G A 2275.0 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314988;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2721;QD=59.8685;RBI=0.0427027;REFB=0.00058045;REVB=0.0288331;RO=1;SAF=95;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841791;STB=0.504424;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000199918;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:152:1:1:151:151:0.993421:56:95:0:1:56:95:0:1 chr1 5948677 . G A 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.495;QD=59.7968;RBI=0.0115995;REFB=-0.0582782;REVB=-0.00389655;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034749;STB=0.51851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=1.32567e-05;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:30:13:1:0:30:13:1:0 chr1 6007194 . C A 199.6 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.025888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.711;QD=19.9599;RBI=0.0265151;REFB=0.00984326;REVB=0.00573269;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979282;STB=0.574553;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00867475;OID=.;OPOS=6007194;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:20:18:20:0.5:10:8:10:8:11:9:12:8 chr1 6149053 . C T 269.64 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00746268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.799;QD=16.5931;RBI=0.0248751;REFB=-0.0190238;REVB=0.0237293;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152749;STB=0.58328;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0168409;OID=.;OPOS=6149053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:35:29:30:0.461538:13:16:24:10:14:16:24:11 chr1 6149122 . G A 200.3 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0265251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.756;QD=15.1168;RBI=0.0285081;REFB=-0.0213542;REVB=0.0104466;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334398;STB=0.519067;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0248078;OID=.;OPOS=6149122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:20:10:7:16:20:10 chr1 6157434 . C T 310.74 PASS AF=0.363636;AO=35;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0577828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9287;QD=12.5553;RBI=0.0580637;REFB=0.000731714;REVB=-0.00570484;RO=63;SAF=24;SAR=11;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225787;STB=0.63564;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00841654;OID=.;OPOS=6157434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:35:36:0.363636:11:24:31:32:11:25:31:32 chr1 6158562 . A G 872.14 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497739;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.139;QD=58.1429;RBI=0.0218596;REFB=0;REVB=-0.0212854;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165043;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr1 6162054 . T C 413.03 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2891;QD=55.071;RBI=0.0273563;REFB=0;REVB=-0.0161476;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746171;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:23:5:0:0:23:7:0:0 chr1 6162348 . C A,CA 40.54 PASS AF=0,0.230769;AO=2,7;DP=39;FAO=0,9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0262379,-0.0489374;FXX=0.0487686;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=155.132,15.3513;QD=4.15758;RBI=0.0278414,0.0969176;REFB=-0.00156989,-0.00656355;REVB=-0.00931219,-0.083655;RO=30;SAF=2,3;SAR=0,4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.442851,-0.125246;STB=0.5,0.542762;STBP=1,0.798;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0461509;OID=.,.;OPOS=6162348,6162349;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:39:39:30:30:2,7:0,9:0,0.230769:0,4:2,3:16:14:0,4:0,5:15:15 chr1 6162407 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0154183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.873;QD=13.6605;RBI=0.0158891;REFB=-0.0124555;REVB=-0.00383946;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12693;STB=0.574359;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0211134;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:10:11:9:5:10:11 chr1 6184092 . A G 804.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.82;QD=64.3977;RBI=0.059175;REFB=0;REVB=-0.0576612;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136861;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:12:38:0:0:12:38:0:0 chr1 6196869 . A G 94.62 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0470301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8619;QD=10.8133;RBI=0.051291;REFB=-0.0102634;REVB=-0.020468;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42436;STB=0.749625;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0110359;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:6:17:4:8:6:17 chr1 6270039 . G T 220.65 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00807095;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.677;QD=14.2356;RBI=0.0165452;REFB=-0.0101424;REVB=0.0144431;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205198;STB=0.623379;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0138308;OID=.;OPOS=6270039;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:15:11:22:13:15:11:23:13 chr1 6313938 . C T 911.8 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.599;QD=57.8922;RBI=0.0250685;REFB=0;REVB=0.0238188;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92793e-05;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:29:32:0:0:30:33:0:0 chr1 6314822 . T C 979.46 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9463;QD=58.4753;RBI=0.0511031;REFB=0;REVB=0.031929;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423452;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:34:32:0:1:35:32:0:0 chr1 6473294 . A G 165.12 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0256015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8172;QD=14.677;RBI=0.0480633;REFB=-0.0131687;REVB=-0.0406773;RO=27;SAF=1;SAR=17;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.761611;STB=0.941565;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0228891;OID=.;OPOS=6473294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:17:1:21:6:17:1:21:6 chr1 6501044 . C G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0124995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.001;QD=18.6423;RBI=0.0184934;REFB=-0.0223515;REVB=0.0136296;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168346;STB=0.509545;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0299097;OID=.;OPOS=6501044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:13:11:10:11:13:11 chr1 6592800 . T C 326.84 PASS AF=0.62;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00695352;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8471;QD=26.1474;RBI=0.00778948;REFB=0.0010078;REVB=-0.00351062;RO=19;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364217;STB=0.519987;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.000644122;OID=.;OPOS=6592800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:19:31:31:0.62:18:13:7:12:18:13:7:12 chr1 6614535 . G A 280.11 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2181;QD=50.9281;RBI=0.109044;REFB=0;REVB=0.0982572;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423688;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr1 6635231 . A G 177.43 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0292398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0332;QD=39.4297;RBI=0.0309247;REFB=0.000103393;REVB=-0.0100684;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.549939;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00174318;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:7:9:1:0:7:9:2:0 chr1 6646959 . GCCTGCCTTCCCTGCCTTC GCCTGCCTTC,GCCTGCCTTCCCTGCCTTT 468.19 PASS AF=1,0;AO=30,4;DP=39;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035707,0.0880146;FXX=0.184162;HRUN=3,3;LEN=9,1;MLLD=323.477,41.4054;QD=60.411;RBI=0.0456935,0.0975708;REFB=0,0;REVB=0.0285116,0.0421127;RO=1;SAF=12,0;SAR=18,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.4,0;SSSB=-0.0372625,-0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000105984,0;OID=.,.;OPOS=6646960,6646977;OREF=CCTGCCTTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCCTGCCTTC,GCCTGCCTTCCCTGCCTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:30,4:39:31,0:31:0:12,0:19,0:0:0:3:1:12,0:18,4:1:0 chr1 6659505 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0305655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.022;QD=21.3533;RBI=0.0308474;REFB=-0.0032638;REVB=-0.0041612;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972524;STB=0.555466;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00483784;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:10:3:3:6:10:3:3:6 chr1 6693097 . A G 76.42 PASS AF=0.416667;AO=11;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00306438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1317;QD=12.7369;RBI=0.00336591;REFB=0.00976708;REVB=-0.00139246;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504152;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0080613;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:12:14:11:10:0.416667:7:4:5:7:6:4:5:9 chr1 6695244 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5521;QD=49.5987;RBI=0.03271;REFB=0;REVB=-0.000688223;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116156;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 6704635 . A G 608.46 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277372;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2503;QD=59.3616;RBI=0.0437207;REFB=0.0268255;REVB=0.0337956;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000460762;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr1 6711146 . T C 218.08 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0386522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.849;QD=22.956;RBI=0.0389931;REFB=-0.0355596;REVB=0.00514518;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809967;STB=0.545411;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0201121;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:16:17:20:21:0.552632:8:12:8:8:9:12:8:9 chr1 7723534 . G A 292.73 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0543994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.687;QD=27.2308;RBI=0.0544052;REFB=0.00274695;REVB=-0.000799285;RO=17;SAF=5;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344033;STB=0.692142;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00270427;OID=.;OPOS=7723534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:21:5:10:7:21:5:10:7 chr1 7811014 . G A 1066.0 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.727;QD=59.2222;RBI=0.0381626;REFB=0;REVB=0.0350434;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26183e-05;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:28:41:0:0:28:44:0:0 chr1 7870048 . T C 302.81 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0250981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3862;QD=17.5544;RBI=0.0348523;REFB=-0.001063;REVB=0.0241819;RO=33;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113143;STB=0.559192;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00200968;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:36:33:33:0.478261:21:12:16:17:21:12:17:19 chr1 7887248 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.307;QD=56.7063;RBI=0.0254759;REFB=0;REVB=0.00420714;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124779;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 7887493 . T C 1227.93 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6615;QD=61.3966;RBI=0.0676079;REFB=0;REVB=0.0671773;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242451;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:42:36:0:0:43:37:0:0 chr1 7887605 . G A 79.9 PASS AF=0.4;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0130579;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.113;QD=12.7835;RBI=0.0203969;REFB=-0.0246454;REVB=0.0156692;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193811;STB=0.639742;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0116985;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:25:15:15:9:10:0.4:4:5:11:4:5:5:11:4 chr1 7889941 . C T 431.77 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0090464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.026;QD=23.0276;RBI=0.060615;REFB=-0.0170318;REVB=0.0599362;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417458;STB=0.522948;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0125012;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:22:20:14:19:22:20:14:19 chr1 7890053 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0109845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3432;QD=6.81351;RBI=0.017404;REFB=-0.0314438;REVB=0.0134997;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113585;STB=0.57124;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0374056;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:4:15:5:2:4:15 chr1 7890055 . T A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00363038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7994;QD=6.81339;RBI=0.0173616;REFB=-0.00153956;REVB=0.0169778;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113585;STB=0.57124;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00619873;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:4:15:5:2:4:15 chr1 7906476 . G T 519.77 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4145;QD=59.4018;RBI=0.0129747;REFB=0;REVB=-0.012666;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202323;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr1 7909737 . C T 295.66 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0232648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5275;QD=20.39;RBI=0.0235571;REFB=-0.0242635;REVB=0.00369936;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562489;STB=0.53123;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0168527;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:17:14:14:13:17:14:14:13 chr1 7913430 . G A 159.77 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00741866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1744;QD=11.6196;RBI=0.0605315;REFB=-0.00520964;REVB=-0.0600752;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659222;STB=0.52533;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00814181;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:35:19:20:0.363636:12:7:11:24:13:7:11:24 chr1 7990367 . G A 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0417348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2784;QD=11.258;RBI=0.0420791;REFB=-0.044292;REVB=-0.00537209;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0439283;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:6:6:4:4:6:6 chr1 8031054 . G A 320.48 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00722463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.812;QD=16.0238;RBI=0.0408597;REFB=-0.0278868;REVB=0.0402159;RO=45;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249344;STB=0.640867;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0355247;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:11:24:20:25:11:24:20:25 chr1 8042970 . G T 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.024846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.896;QD=16.2706;RBI=0.028939;REFB=-0.00534541;REVB=0.0148373;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316188;STB=0.518194;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00787041;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:9:9:7:8:9:9 chr1 8352240 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0200513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.209;QD=22.5851;RBI=0.0482849;REFB=-0.0438609;REVB=-0.0439247;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263925;STB=0.650873;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0192693;OID=.;OPOS=8352240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:2:4:3:8:2:4 chr1 8390888 . G A 450.95 PASS AF=0.462264;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00242213;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.573;QD=17.0169;RBI=0.00685273;REFB=-0.0195404;REVB=0.0064104;RO=57;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103552;STB=0.562137;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0185183;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:57:57:48:49:0.462264:21:27:26:31:21:28:26:31 chr1 8412935 . C T 1574.79 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.181;QD=63.6278;RBI=0.0228207;REFB=0;REVB=0.000194479;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197618;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:99:0:0:89:99:1:53:36:0:0:56:43:0:0 chr1 8412989 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.239;QD=59.5013;RBI=0.00815865;REFB=0;REVB=0.00103758;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.094e-05;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr1 8418644 . C A 153.62 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0121093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.744;QD=21.9455;RBI=0.0126402;REFB=-0.0670245;REVB=0.00362502;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548302;STB=0.545815;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0313028;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:9:7:4:7:9:7:4:8 chr1 8418650 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00745807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.507;QD=21.7443;RBI=0.0377231;REFB=-0.0280172;REVB=-0.0369785;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252524;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.039723;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:4:7:10:5:4:7 chr1 8928125 . G T 449.14 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238412;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.141;QD=52.8402;RBI=0.038884;REFB=-0.0950657;REVB=0.0307174;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.529393;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0010967;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:2:2:32:32:0.941176:16:16:2:0:16:16:2:0 chr1 9009406 . C T 191.85 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0112863;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.27;QD=21.9252;RBI=0.017917;REFB=-0.00301217;REVB=0.0139155;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325719;STB=0.67155;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00122333;OID=.;OPOS=9009406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:16:18:19:0.542857:13:5:10:5:13:6:11:5 chr1 9009444 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.718;QD=54.5165;RBI=0.0388056;REFB=0;REVB=-0.00965263;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246166;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 9009451 . G C 65.18 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00745078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.508;QD=10.8638;RBI=0.00749128;REFB=0.0266681;REVB=-0.000777938;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456799;STB=0.768713;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0469712;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:3:12:3:6:3:12 chr1 9009470 . G C 38.24 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0279376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.562;QD=10.1973;RBI=0.0279455;REFB=0.00914901;REVB=0.000666201;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.749249;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0102255;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:2:4:2:6:2:4:2:7 chr1 9011537 . G A 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0051947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.871;QD=26.371;RBI=0.0235975;REFB=-0.027186;REVB=-0.0230186;RO=16;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311231;STB=0.517227;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0208633;OID=.;OPOS=9011537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:10:14:10:6:10:14:10:6 chr1 9011586 . T G 727.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.033;QD=63.2656;RBI=0.0377113;REFB=0;REVB=0.0267336;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24441e-07;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr1 9011627 . G A 120.71 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.006673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8118;QD=9.11014;RBI=0.0320242;REFB=-0.0240235;REVB=0.0313213;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057711;STB=0.522863;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0574422;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:9:7:14:22:9:7:15:22 chr1 9011722 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.368;QD=53.2769;RBI=0.0442142;REFB=0;REVB=0.0114828;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231489;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 9034421 . G A 104.82 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00908158;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.168;QD=10.2262;RBI=0.0192635;REFB=-0.00974722;REVB=-0.0169884;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.614275;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0204437;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:28:13:13:0.317073:4:9:14:13:4:9:15:13 chr1 9039704 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.203;QD=40.7625;RBI=0.0964786;REFB=0;REVB=-0.0953461;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140961;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 9074861 . C T 191.29 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0171845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.195;QD=22.505;RBI=0.0244336;REFB=-0.0121809;REVB=0.0173693;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103608;STB=0.545406;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0089636;OID=.;OPOS=9074861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:7:12:7:7:7:12:8:7 chr1 9099951 . C G 421.49 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=8.54158e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.376;QD=18.1287;RBI=0.00591057;REFB=-0.026965;REVB=0.00590995;RO=49;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114388;STB=0.561506;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0258197;OID=.;OPOS=9099951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:42:43:0.462366:19:23:21:28:20:23:21:29 chr1 9307033 . G A 175.34 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0140793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.396;QD=21.9177;RBI=0.0714387;REFB=-0.0542667;REVB=0.0700376;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144203;STB=0.593649;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0496836;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:9:9:9:4:9:9:10:4 chr1 9307129 . C A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.029402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.493;QD=11.1305;RBI=0.047492;REFB=-0.0126464;REVB=-0.0372964;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552068;STB=0.533264;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0214007;OID=.;OPOS=9307129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:2:8:13:4:2:8:13:4 chr1 9307138 . T C 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00722776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5856;QD=10.6331;RBI=0.0171609;REFB=0.000111994;REVB=0.0155645;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266423;STB=0.516089;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.000235011;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:10:3:2:6:10:3 chr1 9323910 . G A 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.974;QD=57.3936;RBI=0.0365651;REFB=-0.0867283;REVB=0.0192114;RO=1;SAF=3;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135805;STB=0.507242;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00105999;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:34:3:0:1:34:3:0:1 chr1 9324213 . C T 523.23 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0466797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2013;QD=21.3562;RBI=0.0480676;REFB=-0.0307371;REVB=0.0114674;RO=47;SAF=18;SAR=32;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11842;STB=0.561138;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0225193;OID=.;OPOS=9324213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:50:50:0.510204:32:18:23:24:32:18:23:25 chr1 9324571 . T C 200.15 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0193265;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.772;QD=16.0117;RBI=0.0200302;REFB=-0.0208261;REVB=-0.00526234;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11837;STB=0.571363;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0248683;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:28:21:22:0.44:13:8:13:13:13:9:15:13 chr1 9324670 . A G 241.23 PASS AF=0.4375;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0278151;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5734;QD=15.0766;RBI=0.0278394;REFB=-0.0181891;REVB=0.00116253;RO=36;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122776;STB=0.55878;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0226958;OID=.;OPOS=9324670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:26:28:0.4375:18:8:15:21:19:9:15:21 chr1 9427842 . A G 368.08 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0335093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.397;QD=17.1202;RBI=0.0336166;REFB=-0.0131633;REVB=0.00268427;RO=47;SAF=14;SAR=24;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765735;STB=0.551232;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0150279;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:47:38:39:0.453488:24:14:14:33:24:15:14:33 chr1 9427869 . G A 185.51 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.111293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.255;QD=13.7417;RBI=0.111796;REFB=-0.0123246;REVB=-0.010591;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289983;STB=0.653335;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0228309;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:10:12:8:23:10:12:9:23 chr1 9670834 . C T 1079.31 PASS AF=0.938272;AO=75;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0708543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0271;QD=53.2991;RBI=0.0710026;REFB=-0.05831;REVB=-0.0045867;RO=3;SAF=32;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177808;STB=0.50215;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00490441;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:81:81:3:5:75:76:0.938272:43:32:2:1:43:33:2:3 chr1 9888202 . C T 275.1 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.5;QD=47.8433;RBI=0.0314293;REFB=0.0413697;REVB=0.0228788;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341449;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000175984;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:20:22:0.956522:7:13:1:0:7:15:1:0 chr1 10218439 . T C 511.99 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1601;QD=58.5129;RBI=0.0513625;REFB=0;REVB=-0.0425736;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110932;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr1 10318652 . C G 1109.93 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00539943;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.944;QD=59.196;RBI=0.0496912;REFB=-0.0561662;REVB=0.049397;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155074;STB=0.508194;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00150485;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:75:1:1:74:74:0.986667:30:44:0:1:30:44:0:1 chr1 10339209 . CAT C 599.31 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286522;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.386;QD=58.4689;RBI=0.0360846;REFB=-0.110901;REVB=0.0219352;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=del;VARB=0.00183909;OID=.;OPOS=10339210;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.97561:37:41:40:41:1:19:21:0:1:5:1:17:20:0:1 chr1 10366692 . C G 727.93 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.148;QD=57.0926;RBI=0.0198375;REFB=0;REVB=0.017048;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83206e-05;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:24:27:0:0 chr1 10435324 . C A 874.52 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101263;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.501;QD=58.3011;RBI=0.0155819;REFB=0;REVB=0.0118429;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12786e-05;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr1 10460485 . T C 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.132;QD=60.1583;RBI=0.0225138;REFB=-0.0358743;REVB=0.0121677;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00012145;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:0:1:16:28:0:1 chr1 10473196 . C T 344.67 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237125;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.665;QD=55.1479;RBI=0.0413781;REFB=0;REVB=-0.0339096;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09361e-05;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr1 10490539 . G C 236.69 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00588302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8328;QD=26.2986;RBI=0.0525614;REFB=0.00160797;REVB=-0.0522311;RO=14;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011396;STB=0.506323;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00269392;OID=.;OPOS=10490539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:6:16:10:4:6:16:10:4 chr1 10490550 . G C 209.6 PASS AF=0.552632;AO=17;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00752448;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.82;QD=22.0634;RBI=0.0235411;REFB=-0.0340888;REVB=-0.0223062;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528276;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0387619;OID=.;OPOS=10490550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:17:21:0.552632:4:13:13:4:6:15:13:4 chr1 10511544 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-2.08443e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.647;QD=13.2127;RBI=0.00754544;REFB=-0.0202287;REVB=0.00754541;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473803;STB=0.527738;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0315278;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:10:12:7:7:10:12 chr1 10511589 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00926786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.343;QD=14.2617;RBI=0.0191536;REFB=-0.0143293;REVB=0.0167621;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451865;STB=0.526283;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0286913;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:10:14:10:6:10:14 chr1 10705110 . G A 412.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.024016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.246;QD=18.7634;RBI=0.030272;REFB=-0.0140612;REVB=0.018429;RO=45;SAF=13;SAR=29;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116029;STB=0.572333;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0151145;OID=.;OPOS=10705110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:29:13:19:26:29:13:20:26 chr1 10708142 . A G 255.14 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6877;QD=51.0279;RBI=0.1488;REFB=0;REVB=-0.0831119;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00658093;OID=.;OPOS=10708142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr1 10709441 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.083;QD=45.8068;RBI=0.0853757;REFB=0;REVB=0.0518853;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388883;OID=.;OPOS=10709441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 10713305 . G T 63.59 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0277392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.4259;QD=12.718;RBI=0.111001;REFB=-0.00613491;REVB=0.107479;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590354;STB=0.856122;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00650637;OID=.;OPOS=10713305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:20:20:9:11:7:7:0.35:1:6:2:7:1:6:3:8 chr1 10713765 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7285;QD=50.4128;RBI=0.0289945;REFB=0;REVB=0.0144512;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343946;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr1 10725498 . G A 317.23 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0160019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.146;QD=25.8966;RBI=0.0162208;REFB=-0.00458201;REVB=0.00265568;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898238;STB=0.542139;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00497795;OID=.;OPOS=10725498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:27:28:0.571429:12:15:14:7:12:16:14:7 chr1 11008341 . G A 182.89 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0123335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.747;QD=17.418;RBI=0.0129428;REFB=-0.0189081;REVB=0.00392446;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.521388;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0254624;OID=.;OPOS=11008341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:10:13:10:9:10:13 chr1 11008497 . G C 323.9 PASS AF=0.385417;AO=29;DP=87;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=0.0504554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.832;QD=13.4958;RBI=0.0554924;REFB=-0.0181036;REVB=0.0231011;RO=56;SAF=2;SAR=27;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467713;STB=0.547143;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0373481;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:96:56:59:29:37:0.385417:27:2:16:40:29:8:16:43 chr1 11008695 . T C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00946852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.109;QD=22.5343;RBI=0.0101794;REFB=-0.0292516;REVB=0.00373742;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323374;STB=0.517846;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0227942;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:16:16:13:11:16:16:13:11 chr1 11014118 . C T 251.92 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0640454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1187;QD=20.9935;RBI=0.0643219;REFB=-0.0348108;REVB=0.00595691;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556139;STB=0.521565;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.038808;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:24:23:24:0.5:10:13:15:9:10:14:15:9 chr1 11015165 . A G 382.46 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00535313;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.037;QD=19.6131;RBI=0.00595467;REFB=-0.0161522;REVB=0.00260809;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093733;STB=0.551974;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0119296;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:39:39:39:0.5:18:21:25:14:18:21:25:14 chr1 11087524 . G A 579.38 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505491;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.8;QD=60.9872;RBI=0.055958;REFB=0;REVB=0.0240018;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200834;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 11090916 . C A 323.74 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.859;QD=53.9567;RBI=0.0677413;REFB=0;REVB=-0.0414279;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25805e-05;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr1 11132217 . G A 726.11 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.801;QD=63.1396;RBI=0.0210461;REFB=0;REVB=-0.0176976;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98823e-05;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:19:27:0:0 chr1 11137586 . C CA 124.13 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0301552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8387;QD=15.0461;RBI=0.0995623;REFB=-0.00495385;REVB=0.0948858;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244069;STB=0.666502;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.0137977;OID=.;OPOS=11137587;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:18:34:18:33:15:9:9:2:13:99:15:9:9:3:12 chr1 11141187 . C G 239.14 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6169;QD=43.48;RBI=0.0669037;REFB=-0.0662939;REVB=0.0565551;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0382151;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:22:22:2:2:20:20:0.909091:10:10:1:1:10:10:1:1 chr1 11205056 . A AT 185.08 PASS AF=1;AO=5;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283729;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.35294;QD=23.8817;RBI=0.030617;REFB=0;REVB=-0.0115056;RO=28;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00778695;OID=.;OPOS=11205057;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:33:31:31:0:19:12:0:0:5:28:5:0:13:15 chr1 11205058 . C T 342.7 PASS AF=0.84375;AO=26;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0313593;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7757;QD=42.8379;RBI=0.0338378;REFB=-0.162871;REVB=-0.0127117;RO=5;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159227;STB=0.580587;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.021417;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:32:32:5:5:26:27:0.84375:14:12:5:0:14:13:5:0 chr1 11288758 . G A 692.83 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215225;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.246;QD=62.9845;RBI=0.00864891;REFB=0;REVB=-0.00837684;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49965e-05;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 11301714 . A G,T 741.78 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255344,-0.00872297;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.023,145.314;QD=55.9834;RBI=0.0276805,0.0110824;REFB=0,0;REVB=-0.0106866,-0.00683594;RO=0;SAF=25,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94283e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000227408,0.0605297;OID=.,.;OPOS=11301714,11301714;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:26,0:25,2:0:0:26,0:25,2:0:0 chr1 11561593 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0361883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.302;QD=18.7442;RBI=0.0397875;REFB=0.00424817;REVB=0.0165365;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0018508;OID=.;OPOS=11561593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:0:4:5:2:0:4 chr1 11576206 . C T 195.73 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0158699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.319;QD=17.7936;RBI=0.0323002;REFB=-0.0121589;REVB=0.0281327;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573397;STB=0.532677;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0145981;OID=.;OPOS=11576206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:13:11:8:12:13:11 chr1 11579470 . G A 337.88 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0346949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.799;QD=20.1716;RBI=0.0346985;REFB=-0.0254023;REVB=0.000494137;RO=31;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056404;STB=0.538045;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0175302;OID=.;OPOS=11579470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:18:17:13:18:18:17:13:19 chr1 11579504 . G C 220.79 PASS AF=0.380282;AO=28;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.053456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3603;QD=12.4391;RBI=0.0565196;REFB=-0.0205656;REVB=-0.0183552;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127047;STB=0.50261;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0219704;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:44:28:27:0.380282:14:14:21:20:13:14:23:21 chr1 11589911 . G A 411.15 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0186572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.071;QD=21.0844;RBI=0.021496;REFB=-0.0286116;REVB=0.0106765;RO=37;SAF=10;SAR=31;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088437;STB=0.549089;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0208323;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:31:10:12:25:31:10:12:25 chr1 11710561 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.65;QD=57.6795;RBI=0.0623655;REFB=0;REVB=0.0507615;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039591;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 11766507 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0337842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.676;QD=24.3281;RBI=0.0476394;REFB=-0.0186767;REVB=0.0335878;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00455508;OID=.;OPOS=11766507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:0:2:4:3:0:2 chr1 11772491 . C A 120.26 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0414164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2015;QD=24.0521;RBI=0.0433159;REFB=-0.0417964;REVB=0.0126867;RO=6;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535368;STB=0.836549;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0199721;OID=.;OPOS=11772491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:12:1:4:2:12:1:5:2 chr1 11810765 . T A,C 1044.41 PASS AF=0.918919,0.0675676;AO=67,3;DP=72;FAO=68,5;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28,3;FSAR=40,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302546,0.0208801;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.827,64.389;QD=56.4546;RBI=0.0306346,0.0233519;REFB=-0.069397,-0.173711;REVB=0.00480978,0.0104562;RO=1;SAF=28,2;SAR=39,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0119641,0.266641;STB=0.506171,0.599598;STBP=0.523,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00955137,0.0682758;OID=.,.;OPOS=11810765,11810765;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:72:74:1:1:67,3:68,5:0.918919,0.0675676:39,1:28,2:0:1:40,2:28,3:0:1 chr1 11826630 . C T 195.68 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335105;FXX=0.0587889;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.65;QD=48.919;RBI=0.0343996;REFB=0;REVB=-0.00777023;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95946e-05;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:1:0:14:16:1:5:9:0:1:7:9:0:0 chr1 11827304 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.588;QD=39.2047;RBI=0.0448523;REFB=0;REVB=-0.0343756;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07804e-05;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 11828238 . G A 272.43 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.625;QD=51.8915;RBI=0.0409613;REFB=0;REVB=-0.00101493;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207292;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 11828319 . G A 347.97 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0325778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.693;QD=51.5516;RBI=0.0422109;REFB=-0.161587;REVB=0.0268411;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00133792;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:14:12:0:0:14:12:0:1 chr1 11831615 . C T 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0449423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.506;QD=52.7639;RBI=0.0467232;REFB=0.0271326;REVB=0.0127768;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00500542;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:1:0 chr1 11832311 . G C 742.77 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0336371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5946;QD=59.4216;RBI=0.073752;REFB=-0.150205;REVB=0.0656346;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.501677;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0147818;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:1:2:47:48:0.96:26:21:1:0:26:22:1:1 chr1 11836628 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.689;QD=62.9829;RBI=0.0158195;REFB=0;REVB=0.0150353;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17925e-05;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr1 11836682 . C T 356.28 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.155167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1012;QD=50.8975;RBI=0.157397;REFB=-0.153722;REVB=0.0264014;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00448361;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:11:15:0:1:11:16:0:1 chr1 11838848 . G T 989.21 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.178;QD=59.0571;RBI=0.066418;REFB=0;REVB=0.0284049;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312308;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:28:39:0:0 chr1 11839966 . G A 765.75 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3854;QD=63.8127;RBI=0.0533306;REFB=0;REVB=0.0513688;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505804;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr1 11839998 . T C 571.07 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.325;QD=60.1121;RBI=0.0149579;REFB=0;REVB=-0.00517788;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19795e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr1 11844330 . C T 1588.32 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00100337;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.164;QD=58.287;RBI=0.00903649;REFB=-0.0543458;REVB=0.00898061;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.505746;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00028207;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:0:1:106:108:0.990826:65:41:0:0:65:43:1:0 chr1 11849447 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.421;QD=48.7366;RBI=0.0238227;REFB=0;REVB=-0.0120137;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09218e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 11854457 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.522;QD=64.4124;RBI=0.0406077;REFB=0;REVB=-0.0404103;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136922;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr1 11856378 . G A 298.05 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0221299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1764;QD=18.6284;RBI=0.0266657;REFB=-0.0151665;REVB=-0.014877;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301486;STB=0.516796;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.012737;OID=.;OPOS=11856378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:20:12:11:21:20:12:11:21 chr1 11884554 . GA G,GG 318.97 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=3,21;DP=24;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131056,-0.0126766;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.248,222.24;QD=53.1612;RBI=0.0595148,0.0522555;REFB=0,0;REVB=0.0580539,0.0506946;RO=0;SAF=1,17;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.45803e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0192305,0.00118864;OID=.,.;OPOS=11884555,11884555;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:3,21:24:1,23:24:0:1,17:0,6:0:0:5:0:1,17:2,4:0:0 chr1 12010443 . G A 354.81 PASS AF=0.436782;AO=12;DP=85;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0122815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.098;QD=16.313;RBI=0.0255117;REFB=-0.0111078;REVB=-0.0223609;RO=24;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5545;STB=0.532027;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0197203;OID=.;OPOS=12010443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:24:49:12:38:0.436782:1:11:13:11:18:20:23:26 chr1 12024235 . C T 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00869561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0464;QD=30.1497;RBI=0.0146165;REFB=0.00989772;REVB=0.0117486;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242034;STB=0.634001;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00255219;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:13:6:6:2:13:6:6:2 chr1 12081851 . TGGGGC TGGGC,TGGGCG 34.34 PASS AF=0.263158,0.0263158;AO=7,3;DP=38;FAO=10,1;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6,0;FSAR=4,1;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0614499,-0.145929;FXX=0.0256345;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.8988,35.0804;QD=3.61426;RBI=0.064872,0.179486;REFB=-0.0977091,-0.0410664;REVB=-0.0207915,-0.104499;RO=23;SAF=4,2;SAR=3,1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.34058,0;SSSB=0.00743092,0.11326;STB=0.522682,0.992247;STBP=0.866,0.27;TYPE=del,mnp;VARB=0.164268,0.0709795;OID=.,.;OPOS=12081852,12081855;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGC,TGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158,0.0263158:7,3:38:10,1:38:27:6,0:4,1:17:10:28:23:4,2:3,1:13:10 chr1 12082926 . A G 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0183885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.355;QD=12.4556;RBI=0.0586494;REFB=-0.0114016;REVB=-0.0556921;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169522;STB=0.597846;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0184024;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:14:20:9:12:14:20 chr1 12164437 . C T 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0149676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.244;QD=18.6725;RBI=0.0216417;REFB=-0.0222454;REVB=0.0156312;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926618;STB=0.551694;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0311211;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:14:21:18:18:14:21:18:18 chr1 12175729 . C T 529.99 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0310919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.667;QD=52.9985;RBI=0.0312896;REFB=-0.135764;REVB=0.00351122;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.509532;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00161066;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:40:40:1:3:37:37:0.925:17:20:1:0:17:20:2:1 chr1 12186058 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0101215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.33;QD=15.7005;RBI=0.0133932;REFB=-0.0270882;REVB=-0.00877113;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13619;STB=0.59132;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0279247;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:8:7:11:7:8:7:12:7 chr1 12382669 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.010506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.493;QD=18.7772;RBI=0.0198329;REFB=-0.0139069;REVB=0.0168216;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572013;STB=0.519802;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0100457;OID=.;OPOS=12382669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:11:15:16:9:11:15:16:10 chr1 12401868 . A C,T 689.83 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=39,2;DP=41;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467856,0.0202004;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.328,99.5933;QD=61.3181;RBI=0.0687852,0.0465003;REFB=0,0;REVB=0.0504234,0.0418834;RO=0;SAF=12,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00032097,0.0227295;OID=.,.;OPOS=12401868,12401868;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:41:45:0:0:39,2:43,2:0.955556,0.0444444:27,2:12,0:0:0:28,2:15,0:0:0 chr1 12429611 . C T 392.91 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0227958;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.8;QD=19.1664;RBI=0.0252208;REFB=-0.0219141;REVB=-0.0107908;RO=41;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182843;STB=0.611595;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0279407;OID=.;OPOS=12429611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:42:39:40:0.487805:16:23:16:25:16:24:16:26 chr1 12638964 . T C 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00953426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.024;QD=11.9915;RBI=0.0475559;REFB=-0.0221704;REVB=-0.0465903;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173367;STB=0.601637;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0202461;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:18:15:11:7:18:15 chr1 12639168 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0314669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.829;QD=11.0924;RBI=0.0511525;REFB=-0.0158974;REVB=-0.0403288;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429493;STB=0.7681;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0297618;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:2:4:1:4:2:4 chr1 12776344 . A T 1151.76 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0063;QD=60.6187;RBI=0.03185;REFB=0;REVB=0.0304827;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154722;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:30:45:0:0:30:46:0:0 chr1 12779560 . T C 1035.6 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.737;QD=59.1772;RBI=0.0272621;REFB=0;REVB=0.0266504;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12011e-05;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:34:36:0:0 chr1 12779618 . T C 1249.9 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=80;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.396;QD=60.2362;RBI=0.0235056;REFB=-0.0188133;REVB=0.00538531;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111386;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000327574;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:83:1:1:79:82:0.987952:37:42:1:0:37:45:1:0 chr1 12785493 . TG T,TT 655.65 PASS AF=0.744186,0.255814;AO=22,17;DP=39;FAO=32,11;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11,7;FSAR=21,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234841,-0.00342406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.592,167.502;QD=60.9904;RBI=0.0116218,0.0140057;REFB=0,0;REVB=0.0113821,0.0135807;RO=0;SAF=4,12;SAR=18,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0141727,0.0126509;OID=.,.;OPOS=12785494,12785494;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.744186,0.255814:22,17:39:32,11:43:0:11,7:21,4:0:0:21:0:4,12:18,5:0:0 chr1 12799736 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.255;QD=59.3228;RBI=0.0617808;REFB=0;REVB=0.014275;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254516;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:48:19:0:0:49:19:0:0 chr1 12820870 . T C 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0067383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.038;QD=50.134;RBI=0.0206515;REFB=-0.0847942;REVB=0.0195212;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00755409;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr1 12835868 . T C 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.532;QD=62.1589;RBI=0.0292777;REFB=0;REVB=0.0280964;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87132e-05;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr1 12837634 . T A 1576.23 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00265108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9653;QD=57.8432;RBI=0.0314084;REFB=0.0526175;REVB=-0.0312963;RO=2;SAF=43;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355104;STB=0.501871;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00570564;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:2:2:107:107:0.981651:64:43:1:1:64:43:1:1 chr1 12853403 . A C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4268;QD=37.4821;RBI=0.0699827;REFB=0;REVB=-0.0219549;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171687;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 12854428 . C T 466.86 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00172688;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.818;QD=53.3558;RBI=0.028972;REFB=0.0486938;REVB=0.0289205;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05184;STB=0.527761;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000701191;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:17:16:0:2:17:16:0:2 chr1 12854530 . C G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0568393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9767;QD=24.1896;RBI=0.0823642;REFB=0.0310119;REVB=0.0596084;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.649783;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0156372;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:0:6:12:12:0.666667:7:5:0:0:7:5:0:6 chr1 12854544 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.634;QD=51.1846;RBI=0.047739;REFB=0;REVB=0.0477267;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192641;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr1 12855835 . C G 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1403;QD=44.0904;RBI=0.0916758;REFB=-0.0534971;REVB=-0.0849354;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830155;STB=0.545399;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00265237;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:1:0:12:5:1:0 chr1 12855844 . GG AC,GC 174.38 PASS AF=0.375,0.625;AO=6,9;DP=15;FAO=6,10;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=5,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030789,0.00229425;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=49.0781,51.515;QD=43.5954;RBI=0.0365435,0.0433203;REFB=0,0;REVB=-0.0196842,-0.0432595;RO=0;SAF=1,3;SAR=5,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0450038,0.0402711;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:15:16:0:0:6,9:6,10:0.375,0.625:5,6:1,3:0:0:5,6:1,4:0:0 chr1 12855878 . A C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00818677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.621;QD=28.226;RBI=0.0091817;REFB=-0.0484782;REVB=0.00415697;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136204;STB=0.576787;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.016125;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:2:2:9:3:2:2 chr1 12856010 . C G 236.95 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0268637;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3395;QD=19.343;RBI=0.0622144;REFB=-0.00432685;REVB=-0.0561157;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181358;STB=0.500978;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00240765;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:22:23:0.469388:8:14:17:9:8:15:17:9 chr1 12856111 . C T 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.018498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.769;QD=7.05007;RBI=0.0212311;REFB=-0.0108625;REVB=-0.0104204;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283371;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:5:5:15:15:5:5:15:15 chr1 12887549 . T C 1406.29 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8078;QD=60.4855;RBI=0.0135045;REFB=-0.0368333;REVB=-0.00799138;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977343;STB=0.500592;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00459922;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:1:2:91:91:0.978495:48:43:0:1:48:43:1:1 chr1 12907379 . T C 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0180871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.093;QD=2.91671;RBI=0.0186751;REFB=-0.00668982;REVB=0.00464919;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482319;STB=0.84995;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0396193;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:36:39:6:6:0.133333:5:1:21:15:5:1:23:16 chr1 12907396 . C G 69.43 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00334096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.135;QD=5.90926;RBI=0.00980817;REFB=-0.00807581;REVB=0.00922161;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147368;STB=0.54773;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00749744;OID=.;OPOS=12907396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:47:47:34:37:10:10:0.212766:4:6:20:14:4:6:20:17 chr1 12907449 . C G 42.14 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0169288;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.05;QD=4.11168;RBI=0.0450182;REFB=-0.00544325;REVB=-0.0417139;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669247;STB=0.539457;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.022552;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:42:41:32:34:7:7:0.170732:3:4:20:12:3:4:21:13 chr1 12907496 . T C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00141777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.541;QD=4.15688;RBI=0.00487052;REFB=-0.00482431;REVB=0.0046596;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371962;STB=0.763726;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.026844;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:15:12:1:5:15:12 chr1 12907524 . C T 45.6 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0358716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4657;QD=8.68515;RBI=0.0586287;REFB=0.0204015;REVB=-0.046374;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0457638;OID=.;OPOS=12907524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:8:6:3:4:8:6 chr1 12907633 . G A 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00390105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.209;QD=8.11416;RBI=0.0201688;REFB=0.00593596;REVB=0.0197879;RO=38;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112695;STB=0.569517;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0306011;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:10:4:14:24:10:4:14:24 chr1 12907762 . T C 37.45 PASS AF=0.0789474;AO=12;DP=152;FAO=12;FDP=152;FR=.;FRO=140;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=-0.00710637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.798;QD=0.985643;RBI=0.0269326;REFB=-0.00463697;REVB=-0.0259782;RO=131;SAF=7;SAR=5;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167584;STB=0.65787;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0403101;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:152:152:131:140:12:12:0.0789474:5:7:57:74:5:7:57:83 chr1 12907777 . T C 302.85 PASS AF=0.275168;AO=39;DP=147;FAO=41;FDP=149;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.0219144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3167;QD=8.13018;RBI=0.0475403;REFB=-0.0097787;REVB=0.0421881;RO=104;SAF=21;SAR=18;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17563;STB=0.588999;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0150927;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:104:108:39:41:0.275168:18:21:41:63:20:21:42:66 chr1 12907781 . T C 76.23 PASS AF=0.117647;AO=18;DP=151;FAO=18;FDP=153;FR=.;FRO=135;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=77;FWDB=0.00756763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.163;QD=1.99282;RBI=0.0345804;REFB=-0.00338514;REVB=-0.0337422;RO=132;SAF=7;SAR=11;SRF=57;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546539;STB=0.537148;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0169038;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:151:153:132:135:18:18:0.117647:11:7:57:75:11:7:58:77 chr1 12907798 . A C 101.18 PASS AF=0.14094;AO=21;DP=143;FAO=21;FDP=149;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0414138;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.536;QD=2.71616;RBI=0.0421541;REFB=-0.00195318;REVB=-0.00786535;RO=122;SAF=10;SAR=11;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939912;STB=0.50032;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132302;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:149:122:128:21:21:0.14094:11:10:59:63:11:10:61:67 chr1 12907802 . CC TT 110.99 PASS AF=0.151724;AO=22;DP=145;FAO=22;FDP=145;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0322349;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.535;QD=3.06174;RBI=0.0322459;REFB=-0.00415207;REVB=-0.000838714;RO=122;SAF=11;SAR=11;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520961;STB=0.531006;STBP=0.747;TYPE=mnp;VARB=0.0240266;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:122:123:22:22:0.151724:11:11:56:66:11:11:57:66 chr1 12907837 . C T 247.74 PASS AF=0.246575;AO=36;DP=146;FAO=36;FDP=146;FR=.;FRO=110;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.0033803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.745;QD=6.78747;RBI=0.0376573;REFB=-0.00608627;REVB=-0.0375053;RO=109;SAF=22;SAR=14;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189782;STB=0.611049;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0160735;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:109:110:36:36:0.246575:14:22:50:59:14:22:51:59 chr1 12907885 . T C 506.87 PASS AF=0.376543;AO=61;DP=162;FAO=61;FDP=162;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=0.0162257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.837;QD=12.5153;RBI=0.0169021;REFB=-0.00171188;REVB=-0.00473359;RO=101;SAF=29;SAR=32;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975761;STB=0.555269;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00180126;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:101:101:61:61:0.376543:32:29:57:44:32:29:57:44 chr1 12918891 . A C 104.63 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0194352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.244;QD=5.16676;RBI=0.0519129;REFB=-0.0176283;REVB=-0.0481375;RO=64;SAF=6;SAR=11;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186663;STB=0.618202;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.08753;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:64:64:17:17:0.209877:11:6:32:32:11:6:32:32 chr1 12919064 . T G 202.44 PASS AF=0.27451;AO=28;DP=102;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0371203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8958;QD=7.93872;RBI=0.0373205;REFB=-0.0145572;REVB=0.00386051;RO=72;SAF=19;SAR=9;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269511;STB=0.661105;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0464912;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:74:28:28:0.27451:9:19:33:39:9:19:34:40 chr1 12919111 . G A 93.44 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0623505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3152;QD=5.49676;RBI=0.0624197;REFB=0.00715889;REVB=-0.002938;RO=53;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296252;STB=0.518639;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0277158;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:7:8:27:26:7:8:27:26 chr1 12919872 . T G 235.33 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=110;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.00546426;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.931;QD=8.7972;RBI=0.0103643;REFB=-0.00569053;REVB=-0.0088069;RO=73;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624723;STB=0.543973;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0132823;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:73:75:32:32:0.299065:19:13:26:47:19:13:26:49 chr1 12919891 . G T 240.25 PASS AF=0.3;AO=33;DP=110;FAO=33;FDP=110;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0073404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.745;QD=8.73637;RBI=0.0125622;REFB=-0.0042224;REVB=-0.0101945;RO=73;SAF=10;SAR=23;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712804;STB=0.548276;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00937501;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:77:33:33:0.3:23:10:26:47:23:10:28:49 chr1 12919934 . A G 174.05 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0313275;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5955;QD=7.73533;RBI=0.0329273;REFB=-0.00221171;REVB=-0.0101386;RO=65;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749604;STB=0.508921;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00601462;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:66:24:24:0.266667:15:9:24:41:15:9:24:42 chr1 12921127 . A G 118.94 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0061776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.108;QD=6.51718;RBI=0.0165161;REFB=-0.00129269;REVB=0.0153173;RO=55;SAF=12;SAR=6;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198685;STB=0.622502;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00605032;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:6:12:28:27:6:12:28:27 chr1 12921332 . TG CA,CG 62.08 PASS AF=0.142857,0.0612245;AO=7,3;DP=49;FAO=7,3;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6,2;FSAR=1,1;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00628393,0.00407199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=145.169,89.233;QD=5.06801;RBI=0.0389339,0.0174857;REFB=-0.019559,-0.0162678;REVB=0.0384234,-0.017005;RO=38;SAF=6,2;SAR=1,1;SRF=10;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.635651,0.399753;STB=0.910073,0.815304;STBP=0.064,0.467;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0274653,-0.00292697;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:38:39:7,3:7,3:0.142857,0.0612245:1,1:6,2:10:28:1,1:6,2:11:28 chr1 12921635 . G A 51.68 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00451926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.238;QD=5.90619;RBI=0.00628478;REFB=-0.00241312;REVB=-0.00436747;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258158;STB=0.674179;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00936394;OID=.;OPOS=12921635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:7:1:7:20:7:1:7:20 chr1 13001312 . C G 552.88 PASS AF=0.566667;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0182517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.949;QD=24.5723;RBI=0.0183126;REFB=-0.00656038;REVB=0.0014922;RO=39;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830933;STB=0.549;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00657276;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:39:39:50:51:0.566667:27:23:22:17:28:23:22:17 chr1 13036587 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.617;QD=35.5753;RBI=0.0239917;REFB=0;REVB=0.023952;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454719;OID=.;OPOS=13036587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 13052789 . G A 759.21 PASS AF=0.585366;AO=71;DP=122;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=54;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0151986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4353;QD=24.6897;RBI=0.0155007;REFB=-0.0154966;REVB=-0.00304544;RO=51;SAF=53;SAR=18;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14698;STB=0.582065;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0103166;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:51:51:71:72:0.585366:18:53:30:21:18:54:30:21 chr1 13052871 . C T 1343.65 PASS AF=0.598985;AO=118;DP=197;FAO=118;FDP=197;FR=.;FRO=79;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0054164;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.589;QD=27.2822;RBI=0.00542355;REFB=-0.0107793;REVB=-0.000278468;RO=79;SAF=65;SAR=53;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.523099;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00633239;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:79:79:118:118:0.598985:53:65:48:31:53:65:48:31 chr1 13052907 . T C 2889.3 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209422;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.606;QD=63.1541;RBI=0.0216505;REFB=0;REVB=0.00549257;RO=0;SAF=97;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.12811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1124e-05;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:182:183:1:85:97:0:0:85:98:0:0 chr1 13183439 . T C 2402.46 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164499;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.681;QD=61.2093;RBI=0.0105648;REFB=0;REVB=0.0104359;RO=0;SAF=69;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49661e-06;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:88:69:0:0:88:69:0:0 chr1 13183472 . G A 231.47 PASS AF=0.228395;AO=37;DP=163;FAO=37;FDP=162;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=68;FWDB=0.00199894;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3776;QD=5.71519;RBI=0.0528122;REFB=0.00113937;REVB=0.0527743;RO=125;SAF=17;SAR=20;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440325;STB=0.502687;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00334231;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:125:125:37:37:0.228395:20:17:57:68:20:17:57:68 chr1 13183511 . T C 510.36 PASS AF=0.387755;AO=56;DP=146;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0151843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.966;QD=13.8874;RBI=0.0259156;REFB=-0.0185512;REVB=-0.0210013;RO=88;SAF=18;SAR=38;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237264;STB=0.626123;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0240254;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:88:90:56:57:0.387755:38:18:47:41:38:19:48:42 chr1 13183528 . A C 336.52 PASS AF=0.347107;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=121;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0182716;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.795;QD=11.1247;RBI=0.0242895;REFB=-0.00838637;REVB=-0.016004;RO=74;SAF=13;SAR=29;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194003;STB=0.619029;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0176051;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:121:74:79:42:42:0.347107:29:13:35:39:29:13:38:41 chr1 13183532 . CC TT 270.92 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0299849;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.075;QD=10.3206;RBI=0.0303664;REFB=-0.00936368;REVB=0.00479779;RO=69;SAF=12;SAR=23;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14504;STB=0.589691;STBP=0.193;TYPE=mnp;VARB=0.0187546;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:70:35:35:0.333333:23:12:32:37:23:12:33:37 chr1 13183567 . C T 146.83 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0246662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.113;QD=7.52973;RBI=0.0318654;REFB=-0.0083046;REVB=-0.0201738;RO=57;SAF=6;SAR=15;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24174;STB=0.646912;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.029064;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:15:6:27:30:15:6:27:30 chr1 13183573 . G T 228.3 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00186905;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.371;QD=13.6298;RBI=0.0102624;REFB=0.00146521;REVB=-0.0100907;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330014;STB=0.518833;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00499719;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:40:27:27:0.402985:14:13:18:22:14:13:18:22 chr1 13183578 . G C 47.92 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0403104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.744;QD=3.04274;RBI=0.04158;REFB=-0.00454925;REVB=-0.0101963;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369895;STB=0.771633;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0201443;OID=.;OPOS=13183578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:62:63:52:54:9:9:0.142857:7:2:27:25:7:2:29:25 chr1 13448283 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.502;QD=49.599;RBI=0.0584266;REFB=0;REVB=0.0581186;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552764;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr1 13448351 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1746;QD=39.2054;RBI=0.0292435;REFB=0;REVB=-0.0108624;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671339;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 13474951 . C G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0188813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.935;QD=10.1734;RBI=0.0488172;REFB=-0.0156634;REVB=-0.0450179;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39381;STB=0.732723;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0192061;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:1:8:3:3:1:8 chr1 13474974 . G A 127.89 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00852464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.544;QD=20.4622;RBI=0.0382751;REFB=-0.0144605;REVB=-0.0373137;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321845;STB=0.679776;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0176509;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:1:10:7:7:1:10 chr1 13695787 . C G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00720698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.701;QD=50.134;RBI=0.00796201;REFB=0.0179236;REVB=0.00338423;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=4.48348e-05;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr1 13695816 . G A 636.19 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.099;QD=60.5893;RBI=0.0351598;REFB=0;REVB=0.0318637;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119559;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:35:42:1:14:21:0:1:21:21:0:0 chr1 13716855 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0171725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.773;QD=7.83713;RBI=0.0220994;REFB=-0.0061152;REVB=-0.01391;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21358;STB=0.631241;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0183817;OID=.;OPOS=13716855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:4:12:4:3:4:12 chr1 13802325 . T C 254.4 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0144898;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.175;QD=17.5451;RBI=0.0242656;REFB=-0.0223089;REVB=-0.0194644;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873602;STB=0.559542;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0225861;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:30:28:28:0.482759:18:10:13:16:18:10:14:16 chr1 13802437 . G A 300.45 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0257394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.443;QD=19.0764;RBI=0.0258052;REFB=-0.0151176;REVB=0.00184165;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10463;STB=0.558461;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0147478;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:22:10:13:18:22:10:13:18 chr1 13910417 . C T 659.72 PASS AF=0.910714;AO=53;DP=58;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00745321;FXX=0.0344768;HRUN=7;LEN=1;MLLD=186.993;QD=47.1227;RBI=0.0117363;REFB=-0.0391943;REVB=0.00906585;RO=3;SAF=10;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023418;STB=0.527886;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00112017;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:58:56:3:5:53:51:0.910714:43:10:1:2:41:10:2:3 chr1 13940864 . C G 1189.53 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.74;QD=61.0017;RBI=0.018627;REFB=0;REVB=0.0185717;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51143e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr1 13944236 . C CTT,T 538.47 PASS AF=1,0;AO=30,3;DP=35;FAO=36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192234,-0.0216269;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=44.1145,143.844;QD=59.8294;RBI=0.0260218,0.0222565;REFB=0,0;REVB=0.0175384,-0.00525657;RO=1;SAF=20,3;SAR=10,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0227444,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00032769,0;OID=.,.;OPOS=13944237,13944236;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:1:0:30,3:36,0:1,0:10,0:20,3:1:0:10,0:26,0:0:0 chr1 13944293 . CCTTT C,CCTT 30.07 PASS AF=0.128205,0.0769231;AO=5,5;DP=42;FAO=5,3;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3,2;FSAR=2,1;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00235438,-0.1021;FXX=0.0714116;HRUN=2,3;LEN=4,1;MLLD=227.664,19.58;QD=3.08371;RBI=0.0183749,0.103974;REFB=5.65317e-05,0.024017;REVB=-0.0182234,-0.0196542;RO=28;SAF=3,4;SAR=2,1;SRF=21;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0.299213;SSSB=-0.200207,0.082667;STB=0.666111,0.618356;STBP=0.562,0.802;TYPE=del,del;VARB=0.00943893,-0.0456822;OID=.,.;OPOS=13944294,13944295;OREF=CTTT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.128205,0.0769231:5,5:42:5,3:39:31:3,2:2,1:24:7:18:28:3,4:2,1:21:7 chr1 14105139 . T A 125.57 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.055635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.366;QD=10.6869;RBI=0.056229;REFB=-0.0358718;REVB=0.008152;RO=31;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128355;STB=0.571324;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0659114;OID=.;OPOS=14105139;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:13:2:6:25:13:2:6:26 chr1 14105298 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0202842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2526;QD=19.5226;RBI=0.0253686;REFB=0.0374294;REVB=-0.0152354;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799787;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0303976;OID=.;OPOS=14105298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:4:8:8:6:4:8 chr1 14106394 . A ACTC,C 196.95 PASS AF=0.387755,0.0408163;AO=17,2;DP=49;FAO=19,2;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14,2;FSAR=5,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0143192,0.0100925;FXX=0.019996;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=202.197,47.2469;QD=16.0776;RBI=0.0150996,0.0107097;REFB=-0.0182937,0.00790793;REVB=0.00479136,0.00358304;RO=28;SAF=12,2;SAR=5,0;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118818,0.424235;STB=0.590928,0.993732;STBP=0.355,0.188;TYPE=ins,snp;VARB=0.0355668,0.0207349;OID=.,.;OPOS=14106395,14106394;OREF=-,A;OALT=CTC,C;OMAPALT=ACTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:17,2:19,2:0.387755,0.0408163:5,0:12,2:17:11:5,0:14,2:17:11 chr1 14109114 . A G 591.33 PASS AF=0.484127;AO=62;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0392169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4943;QD=18.7724;RBI=0.0434854;REFB=-0.00396818;REVB=-0.0187887;RO=63;SAF=19;SAR=43;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252736;STB=0.649139;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00192193;OID=.;OPOS=14109114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:65:62:61:0.484127:43:19:36:27:43:18:37:28 chr1 14143003 . A G 1011.94 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.099;QD=58.663;RBI=0.0208791;REFB=0;REVB=0.0150807;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81538e-05;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr1 14149622 . T C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.062;QD=56.4861;RBI=0.0109664;REFB=0.0363163;REVB=0.00302865;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000592842;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:0:1:22:13:0:1 chr1 14150709 . C T 1849.81 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182943;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.582;QD=59.6713;RBI=0.0412392;REFB=-0.13514;REVB=0.0369593;RO=2;SAF=49;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128367;STB=0.506756;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000366939;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:73:49:0:2:73:49:0:2 chr1 14150714 . G A 1800.07 PASS AF=0.96063;AO=121;DP=128;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0501515;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5977;QD=56.6951;RBI=0.075735;REFB=-0.12499;REVB=0.0567505;RO=3;SAF=48;SAR=73;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191195;STB=0.516337;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00449003;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:128:127:3:5:121:122:0.96063:73:48:0:3:74:48:0:5 chr1 14150740 . G T 1572.83 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.562;QD=59.9173;RBI=0.0261642;REFB=0;REVB=0.0257519;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54894e-05;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:66:39:0:0:66:39:0:0 chr1 14150992 . T C,G 1319.35 PASS AF=0.943182,0.0568182;AO=83,4;DP=87;FAO=83,5;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37,4;FSAR=46,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259208,-0.00731385;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.986,133.224;QD=59.9704;RBI=0.0294823,0.0157724;REFB=-0.085489,-0.142631;REVB=0.0293681,0.0139742;RO=0;SAF=38,3;SAR=45,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.04629e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0034457,0.0704225;OID=.,.;OPOS=14150992,14150992;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:87:88:0:0:83,4:83,5:0.943182,0.0568182:45,1:38,3:0:0:46,1:37,4:0:0 chr1 14220186 . A G 436.86 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0242203;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.994;QD=18.5899;RBI=0.0282304;REFB=-0.0105693;REVB=0.0145027;RO=50;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116722;STB=0.565;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0105508;OID=.;OPOS=14220186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:50:50:44:44:0.468085:21:23:20:30:21:23:20:30 chr1 14450771 . G A 122.25 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0140592;FXX=0.0405351;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.689;QD=6.88706;RBI=0.025279;REFB=-0.0123242;REVB=-0.0210087;RO=51;SAF=5;SAR=13;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432626;STB=0.759846;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0248292;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:51:53:18:18:0.253521:13:5:33:18:13:5:34:19 chr1 14506944 . C A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000369743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.143;QD=16.1065;RBI=0.00108193;REFB=-0.018815;REVB=0.00101679;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786889;STB=0.545399;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.022926;OID=.;OPOS=14506944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:14:8:5:12:14:8 chr1 15438990 . G A 823.79 PASS AF=0.924242;AO=60;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.000262722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8469;QD=49.9265;RBI=0.0568741;REFB=-0.187068;REVB=0.0568735;RO=6;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784355;STB=0.534235;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00932602;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:66:66:6:5:60:61:0.924242:33:27:0:6:34:27:0:5 chr1 15490865 . T A 274.38 PASS AF=0.380952;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00645651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.525;QD=13.0656;RBI=0.0106677;REFB=-0.0102158;REVB=0.00849201;RO=52;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206478;STB=0.607079;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0185668;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:52:52:31:32:0.380952:15:16:17:35:16:16:17:35 chr1 15495110 . A G 393.89 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00909045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.847;QD=25.4119;RBI=0.0094577;REFB=0.000613809;REVB=-0.00260995;RO=24;SAF=12;SAR=25;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135877;STB=0.565064;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.000529248;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:37:38:0.612903:25:12:12:12:25:13:12:12 chr1 15497727 . T C 373.84 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.222;QD=55.3835;RBI=0.0307441;REFB=0;REVB=0.0302927;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144384;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr1 15541607 . T C 681.79 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.409;QD=61.9808;RBI=0.0290515;REFB=0;REVB=0.0159503;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225934;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr1 15599021 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0187125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8965;QD=10.9405;RBI=0.0258714;REFB=0.0202267;REVB=0.0178654;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291707;STB=0.670465;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.035833;OID=.;OPOS=15599021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:4:16:6:5:4:16 chr1 15623214 . A G 269.41 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00649781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.149;QD=29.125;RBI=0.00825231;REFB=-0.00477249;REVB=-0.00508716;RO=13;SAF=18;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127326;STB=0.509083;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00285794;OID=.;OPOS=15623214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:13:13:23:24:0.648649:5:18:10:3:6:18:10:3 chr1 15627776 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0342386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.321;QD=12.3943;RBI=0.0354311;REFB=0.00892647;REVB=0.00911503;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893784;STB=0.552557;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0205678;OID=.;OPOS=15627776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:10:14:7:7:10:14 chr1 15723843 . G A 258.35 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00016712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.993;QD=13.9649;RBI=0.0234183;REFB=-0.024706;REVB=-0.0234177;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584661;STB=0.533311;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0251247;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:18:12:20:24:18:12:20:24 chr1 15754484 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.04;QD=59.8558;RBI=0.032785;REFB=0;REVB=0.0276895;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32932e-05;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr1 15788269 . A C 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0247516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0579;QD=26.3364;RBI=0.0281033;REFB=0.0191964;REVB=-0.01331;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252323;STB=0.627794;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0112293;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:15:23:23:0.605263:15:8:10:4:15:8:10:5 chr1 15788630 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0287141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.489;QD=15.166;RBI=0.0307731;REFB=-0.00113849;REVB=-0.0110673;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441764;STB=0.506573;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00117493;OID=.;OPOS=15788630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:11:12:15:14:11:12:16:14 chr1 15788693 . C T 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00640143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.583;QD=18.9384;RBI=0.00660583;REFB=-0.0136116;REVB=0.00163055;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883627;STB=0.558581;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0130205;OID=.;OPOS=15788693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:18:12:14:14:18:12:15:14 chr1 15789297 . A C 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0169991;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.33;QD=11.264;RBI=0.0411123;REFB=-0.0121537;REVB=-0.0374333;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394496;STB=0.74292;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0477004;OID=.;OPOS=15789297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:36:20:20:0.357143:6:14:12:24:6:14:11:25 chr1 15808198 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.924;QD=59.5005;RBI=0.0541491;REFB=0;REVB=-0.0156365;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013191;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr1 15808767 . G A 593.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.178;QD=60.889;RBI=0.0488983;REFB=0;REVB=0.0482328;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143711;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 15808872 . G A 901.99 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.387;QD=57.2692;RBI=0.0760292;REFB=0;REVB=0.0103014;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212979;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:32:29:0:0:34:29:0:0 chr1 15809876 . G A 377.08 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.772;QD=52.0115;RBI=0.0123584;REFB=-0.114721;REVB=0.0115734;RO=1;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321082;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:29:1:0:27:29:1:24:3:0:1:26:3:0:0 chr1 15812432 . A G 858.33 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134922;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.519;QD=58.1916;RBI=0.0135954;REFB=0;REVB=-0.00167164;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638039;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr1 15832543 . T C 928.98 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6302;QD=58.0615;RBI=0.0123646;REFB=0;REVB=0.00554421;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18727e-05;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:44:19:0:0:44:20:0:0 chr1 15833396 . TG T 38.6 PASS AF=0.368421;AO=8;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0398099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.9717;QD=8.1257;RBI=0.0549984;REFB=-0.0476458;REVB=0.0379473;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.617143;SSSB=0.646677;STB=0.86855;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.0623453;OID=.;OPOS=15833397;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:8:19:7:19:12:6:1:3:9:38:11:7:1:2:9 chr1 15844615 . A G 1099.41 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1751;QD=57.8636;RBI=0.0496075;REFB=-0.0551445;REVB=0.0137065;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00104147;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:1:1:72:75:0.986842:39:33:0:1:39:36:0:1 chr1 15850613 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.995;QD=46.8478;RBI=0.051403;REFB=0;REVB=0.0206167;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842881;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr1 15909850 . C G 445.55 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0299864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.2929;QD=52.4171;RBI=0.0350508;REFB=-0.18366;REVB=0.0181488;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.5057;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0070984;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:13:19:0:1:13:19:1:1 chr1 15911349 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.555;QD=33.4285;RBI=0.0740902;REFB=0;REVB=0.00980834;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088432;OID=.;OPOS=15911349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 16096934 . C T 186.32 PASS AF=0.941176;AO=14;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240979;FXX=0.0555247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.8543;QD=43.8392;RBI=0.144761;REFB=-0.0693757;REVB=0.142741;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698108;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.014517;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:14:16:0.941176:8:6:1:0:10:6:1:0 chr1 16256007 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00498879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.813;QD=15.8391;RBI=0.0311023;REFB=-0.00661752;REVB=-0.0306996;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351206;STB=0.713795;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00294677;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:7:8:0.533333:4:3:6:1:5:3:6:1 chr1 16259813 . A G 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00243284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6543;QD=9.18761;RBI=0.0472406;REFB=-0.00922404;REVB=0.0471779;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223495;STB=0.636116;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0217407;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:14:11:7:4:14:11 chr1 16272250 . A G 194.11 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.014442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4811;QD=24.2635;RBI=0.0204015;REFB=-0.054897;REVB=-0.0144101;RO=13;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407504;STB=0.522797;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0325996;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:5:14:9:4:5:14:9:4 chr1 16330816 . C T 474.59 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00714821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.948;QD=27.1193;RBI=0.00937815;REFB=-0.020878;REVB=0.00607065;RO=25;SAF=19;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324837;STB=0.525612;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0148687;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:26:44:44:0.628571:25:19:12:13:25:19:13:13 chr1 16332571 . C T 199.48 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0609299;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9864;QD=18.9984;RBI=0.0737826;REFB=0.0129982;REVB=-0.0416104;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613768;STB=0.523786;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0137457;OID=.;OPOS=16332571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:22:20:20:0.47619:10:10:10:13:10:10:10:12 chr1 16341649 . C T 888.83 PASS AF=0.90411;AO=65;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0314619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.855;QD=48.7029;RBI=0.0724171;REFB=-0.0680358;REVB=0.0652257;RO=4;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353856;STB=0.526572;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0025069;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:73:4:7:65:66:0.90411:28:37:1:3:29:37:2:5 chr1 16341733 . T C 1134.6 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.642;QD=60.512;RBI=0.0299722;REFB=0;REVB=0.0135701;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70382e-05;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:47:27:0:0:47:28:0:0 chr1 16342237 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.595;QD=60.2307;RBI=0.0036909;REFB=0;REVB=-0.00118225;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76866e-05;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 16344360 . A G 2214.94 PASS AF=0.986111;AO=137;DP=138;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0257038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.188;QD=61.526;RBI=0.0638695;REFB=-0.0095648;REVB=0.0584691;RO=1;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079895;STB=0.501102;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000200558;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:144:1:2:137:142:0.986111:59:78:0:1:60:82:1:1 chr1 16344402 . G A 2444.46 PASS AF=0.987805;AO=161;DP=164;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0890965;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0256;QD=59.6209;RBI=0.0912007;REFB=-0.104624;REVB=0.0194779;RO=3;SAF=74;SAR=87;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188955;STB=0.506578;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00750924;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:164:3:2:161:162:0.987805:87:74:3:0:87:75:2:0 chr1 16344494 . G A 872.54 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.503;QD=56.293;RBI=0.178533;REFB=-0.0814609;REVB=0.174289;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368867;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:62:2:0:58:62:1:31:27:0:2:35:27:0:0 chr1 16344625 . C G 974.14 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247289;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0625;QD=59.0386;RBI=0.0292802;REFB=0;REVB=0.0156784;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9277e-05;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr1 16344664 . G A 349.04 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.020007;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.055;QD=17.6728;RBI=0.0264579;REFB=-0.0228053;REVB=0.0173131;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206835;STB=0.627489;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0286079;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:42:37:37:0.468354:14:23:16:24:14:23:16:26 chr1 16344683 . C T 373.05 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.016535;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.117;QD=20.165;RBI=0.0229937;REFB=-0.0192214;REVB=0.0159782;RO=35;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248944;STB=0.63151;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0227325;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:35:36:38:38:0.513514:24:14:23:12:24:14:23:13 chr1 16345735 . C T 375.55 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00835949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8397;QD=23.8442;RBI=0.0488269;REFB=-0.0202181;REVB=0.048106;RO=25;SAF=8;SAR=29;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141135;STB=0.591783;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0178962;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:29:8:9:16:29:8:10:16 chr1 16351275 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.542;QD=61.336;RBI=0.0380406;REFB=0;REVB=0.0208263;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45168e-05;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 16355638 . T A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0603369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.708;QD=12.3959;RBI=0.0630149;REFB=0.0261546;REVB=-0.0181752;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0161075;OID=.;OPOS=16355638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr1 16356501 . G A 612.52 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9664;QD=61.252;RBI=0.0906934;REFB=0;REVB=0.0357454;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177832;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 16358932 . T C 516.13 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.036;QD=58.9865;RBI=0.0321877;REFB=0;REVB=0.0285344;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58669e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:20:13:0:0:20:15:0:0 chr1 16361916 . G A 33.45 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.022728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.374;QD=19.1159;RBI=0.127953;REFB=-0.0858968;REVB=-0.125919;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00305829;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr1 16371067 . G T 289.47 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0588767;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.919;QD=19.2977;RBI=0.059704;REFB=-0.0208871;REVB=0.00990441;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178815;STB=0.581145;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0420997;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:29:31:31:0.516667:14:17:9:18:14:17:11:18 chr1 16373124 . A G 790.87 PASS AF=1;AO=40;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.196;QD=64.5606;RBI=0.0971734;REFB=0;REVB=0.0449168;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412961;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:40:49:1:22:18:0:0:26:23:0:0 chr1 16374533 . G C 604.7 PASS AF=0.857143;AO=47;DP=58;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00604859;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.505;QD=43.1926;RBI=0.0104613;REFB=-0.0395258;REVB=-0.00853544;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559629;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000392724;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:58:56:0:8:47:48:0.857143:31:16:0:0:31:17:6:2 chr1 16374994 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000971162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.019;QD=54.5177;RBI=0.0100948;REFB=0;REVB=-0.010048;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28522e-05;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 16375063 . CA GC 231.45 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101013;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.139;QD=44.0859;RBI=0.160457;REFB=-0.141919;REVB=0.124671;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=mnp;VARB=0.00565883;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:0:1:11:9:0:1 chr1 16375601 . A T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00335985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.304;QD=7.7984;RBI=0.00373311;REFB=0.00291388;REVB=-0.00162711;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173183;STB=0.608448;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0507285;OID=.;OPOS=16375601;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:12:11:3:6:12:11 chr1 16376191 . C T 526.8 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.439;QD=58.5335;RBI=0.0813954;REFB=0;REVB=0.0789268;RO=0;SAF=33;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246129;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:2:33:0:0:3:33:0:0 chr1 16376319 . T C 1522.97 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933875;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6386;QD=64.125;RBI=0.0135293;REFB=0;REVB=0.00978923;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645669;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr1 16380196 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.035;QD=57.1774;RBI=0.00913434;REFB=0;REVB=0.00325683;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12278e-05;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 16380243 . A G 689.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.798;QD=62.6544;RBI=0.0648135;REFB=0;REVB=-0.0638637;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148417;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr1 16380252 . C T 643.46 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9156;QD=58.496;RBI=0.0805371;REFB=-0.015011;REVB=-0.0768728;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00173707;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:0:1:25:18:0:1 chr1 16383682 . G C 62.08 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00252955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4979;QD=3.14311;RBI=0.017651;REFB=-0.00898227;REVB=0.0174689;RO=67;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00926322;STB=0.506319;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0535162;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:6:6:34:33:6:6:34:33 chr1 16383742 . C G 583.74 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0278447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1921;QD=19.2971;RBI=0.0493792;REFB=-0.0273645;REVB=-0.0407796;RO=59;SAF=29;SAR=31;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231435;STB=0.520568;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0276493;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:61:60:60:0.495868:31:29:27:32:31:29:27:34 chr1 16384986 . G T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=8;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00586328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.484;QD=24.8026;RBI=0.0537556;REFB=-0.0182382;REVB=0.0534349;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.517207;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00919218;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:1:4:8:10:0.714286:5:3:1:0:7:3:1:3 chr1 16384998 . GG CA 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00756383;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=292.065;QD=30.8215;RBI=0.0138847;REFB=-0.0106474;REVB=0.0116436;RO=3;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00254219;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:8:4:1:2:8:4:1:2 chr1 16385042 . G A 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0532115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1941;QD=16.8211;RBI=0.0588102;REFB=-0.0330083;REVB=0.0250435;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0601773;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr1 16385175 . G A 194.38 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0109017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.798;QD=24.2973;RBI=0.0257466;REFB=-0.0211427;REVB=0.0233247;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355744;STB=0.507035;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0110634;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:7:12:7:5:7:12:8:5 chr1 16386007 . CT CC,C 385.12 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=19,5;DP=28;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322328,-0.12753;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=36.7256,18.8351;QD=55.0178;RBI=0.194795,0.129463;REFB=0,0;REVB=0.19211,-0.0222847;RO=0;SAF=10,0;SAR=9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.33753e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00969218,-0.14079;OID=.,.;OPOS=16386008,16386008;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964286,0.0357143:19,5:28:27,1:28:0:10,1:17,0:0:0:5:0:10,0:9,5:0:0 chr1 16386416 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8483;QD=51.1829;RBI=0.0325255;REFB=0;REVB=0.00131834;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866924;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 16386447 . G C 209.62 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.8593;QD=46.582;RBI=0.110082;REFB=0;REVB=0.103866;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00690101;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:14:18:1:6:8:0:1:7:11:0:0 chr1 16386495 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.045;QD=26.0262;RBI=0.111229;REFB=0.0618855;REVB=-0.0211251;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00152601;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr1 16388646 . T C 1081.06 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.916;QD=59.2361;RBI=0.0277601;REFB=0;REVB=0.0212542;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350444;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:41:28:0:0:42:31:0:0 chr1 16532803 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0312234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5376;QD=23.3998;RBI=0.0486377;REFB=0.0096436;REVB=0.0372925;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203264;STB=0.615125;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000621774;OID=.;OPOS=16532803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:3:0:3:5:3:0 chr1 16532848 . A G 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00327017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.508;QD=16.8205;RBI=0.0152825;REFB=-0.00625776;REVB=0.0149286;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394184;STB=0.72672;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0339283;OID=.;OPOS=16532848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:5:0:4:3:5:0 chr1 16533022 . C T 95.32 PASS AF=0.909091;AO=11;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3109;QD=34.6613;RBI=0.0304271;REFB=0.0475415;REVB=0.0304271;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00512632;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:11:10:0.909091:11:0:0:0:10:0:0:1 chr1 16534255 . C G 154.16 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00111417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.055;QD=14.3407;RBI=0.00197918;REFB=-0.00667916;REVB=-0.00163578;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163822;STB=0.609632;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0126161;OID=.;OPOS=16534255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:26:16:17:0.395349:8:8:9:17:8:9:9:17 chr1 16534646 . C G 218.04 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00580916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3932;QD=11.4761;RBI=0.0393269;REFB=-0.0155363;REVB=-0.0388955;RO=48;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548465;STB=0.511933;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0272702;OID=.;OPOS=16534646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:27:27:0.355263:17:10:18:30:17:10:19:30 chr1 16641899 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0140586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.02;QD=13.661;RBI=0.0180733;REFB=-0.0121;REVB=-0.0113578;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214111;STB=0.626744;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0135754;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:8:13:11:3:8:13 chr1 16723084 . G A 379.2 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00400167;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.942;QD=18.4975;RBI=0.00400529;REFB=-0.010814;REVB=0.000170288;RO=41;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123518;STB=0.558445;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0156186;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:41:43:39:39:0.47561:25:14:20:21:25:14:20:23 chr1 16731510 . C G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0238433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.126;QD=12.9728;RBI=0.0239251;REFB=-0.0273288;REVB=0.00197689;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289056;STB=0.517017;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0399964;OID=.;OPOS=16731510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:8:10:7:5:8:10 chr1 16840730 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00481409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.544;QD=5.00557;RBI=0.00662912;REFB=-0.00107803;REVB=0.00455739;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217505;STB=0.64242;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00464455;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:15:7:3:3:15:7 chr1 16858909 . G C 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.616;QD=61.8508;RBI=0.0188803;REFB=0;REVB=0.0185767;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95799e-05;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr1 16860633 . G A 175.8 PASS AF=0.187135;AO=32;DP=171;FAO=32;FDP=171;FR=.;FRO=139;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=87;FWDB=0.0308386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6994;QD=4.11234;RBI=0.0418761;REFB=-0.0202823;REVB=-0.02833;RO=138;SAF=15;SAR=17;SRF=52;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120198;STB=0.577945;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0895893;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:138:139:32:32:0.187135:17:15:52:86:17:15:52:87 chr1 16860652 . A C 373.78 PASS AF=0.294798;AO=51;DP=173;FAO=51;FDP=173;FR=.;FRO=122;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=79;FWDB=0.028958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6919;QD=8.64224;RBI=0.02909;REFB=-0.0053091;REVB=0.00276796;RO=122;SAF=26;SAR=25;SRF=43;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190126;STB=0.61048;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.014677;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:122:122:51:51:0.294798:25:26:43:79:25:26:43:79 chr1 16860705 . C T 60.06 PASS AF=0.0994152;AO=17;DP=171;FAO=17;FDP=171;FR=.;FRO=154;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=94;FWDB=0.0871833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6877;QD=1.40498;RBI=0.0874962;REFB=0.000143679;REVB=0.0073928;RO=152;SAF=10;SAR=7;SRF=59;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237478;STB=0.673142;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00488095;OID=.;OPOS=16860705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:171:171:152:154:17:17:0.0994152:7:10:59:93:7:10:60:94 chr1 16861772 . A G 366.48 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=-0.0090866;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.014;QD=12.423;RBI=0.0224504;REFB=0.000793466;REVB=-0.0205294;RO=74;SAF=26;SAR=18;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115002;STB=0.565224;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00128933;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:74:74:44:44:0.372881:18:26:51:23:18:26:51:23 chr1 16861804 . G A 60.22 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.0392111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.778;QD=2.04149;RBI=0.0415608;REFB=-0.00663277;REVB=0.0137765;RO=103;SAF=8;SAR=6;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173444;STB=0.504943;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0498123;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:117:118:103:104:14:14:0.118644:6:8:59:44:6:8:60:44 chr1 16861847 . A T 304.46 PASS AF=0.271605;AO=44;DP=162;FAO=44;FDP=162;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=-0.00933841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.834;QD=7.51746;RBI=0.0309066;REFB=-0.0102846;REVB=-0.029462;RO=116;SAF=18;SAR=26;SRF=43;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492625;STB=0.527537;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0325483;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:116:118:44:44:0.271605:26:18:43:73:26:18:44:74 chr1 16861849 . A G 300.63 PASS AF=0.271605;AO=44;DP=163;FAO=44;FDP=162;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=0.012287;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.813;QD=7.42291;RBI=0.040805;REFB=-0.00502353;REVB=-0.0389112;RO=117;SAF=18;SAR=26;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423484;STB=0.527537;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0338115;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:117:118:44:44:0.271605:26:18:44:73:26:18:44:74 chr1 16862282 . G A 40.5 PASS AF=0.152174;AO=6;DP=45;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000161003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.973;QD=3.52205;RBI=0.0180819;REFB=-0.015371;REVB=-0.0180812;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462998;STB=0.73106;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0652978;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:46:39:39:6:7:0.152174:5:1:22:17:5:2:22:17 chr1 16862296 . G C 102.46 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0396991;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.336;QD=8.53812;RBI=0.0432677;REFB=-0.00418953;REVB=-0.0172067;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04547;STB=0.517658;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00946399;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:34:35:13:13:0.270833:7:6:17:17:7:6:17:18 chr1 16862340 . G A 83.07 PASS AF=0.2;AO=13;DP=69;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.00193241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.844;QD=4.74688;RBI=0.0227281;REFB=-0.00653363;REVB=-0.0226458;RO=55;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41274;STB=0.763831;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0294206;OID=.;OPOS=16862340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:70:55:56:13:14:0.2:5:8:15:40:5:9:16:40 chr1 16862454 . T G 791.34 PASS AF=0.429268;AO=88;DP=206;FAO=88;FDP=205;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=74;FSRR=43;FWDB=-0.00607653;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.64;QD=15.4408;RBI=0.0285183;REFB=-0.00509327;REVB=0.0278634;RO=113;SAF=51;SAR=37;SRF=70;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417197;STB=0.531297;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0220532;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:113:117:88:88:0.429268:37:51:70:43:37:51:74:43 chr1 16862461 . T A 1091.41 PASS AF=0.534314;AO=106;DP=190;FAO=109;FDP=204;FR=.;FRO=95;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=-0.000856449;FXX=0.0239223;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.791;QD=21.4002;RBI=0.0111928;REFB=-0.0131424;REVB=-0.01116;RO=83;SAF=65;SAR=41;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425243;STB=0.532722;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00535385;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:204:83:95:106:109:0.534314:41:65:55:28:44:65:63:32 chr1 16862472 . G C 69.19 PASS AF=0.0901639;AO=22;DP=244;FAO=22;FDP=244;FR=.;FRO=222;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=132;FSRR=90;FWDB=-0.0219004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.587;QD=1.13432;RBI=0.0229131;REFB=-0.00116384;REVB=-0.00673653;RO=221;SAF=13;SAR=9;SRF=131;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002264;STB=0.503469;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0265502;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:244:244:221:222:22:22:0.0901639:9:13:131:90:9:13:132:90 chr1 16862502 . A G 1978.14 PASS AF=0.588629;AO=176;DP=297;FAO=176;FDP=299;FR=.;FRO=123;FSAF=110;FSAR=66;FSRF=81;FSRR=42;FWDB=0.000284396;FXX=0.00333322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6322;QD=26.4634;RBI=0.0323242;REFB=0.00777327;REVB=-0.032323;RO=121;SAF=110;SAR=66;SRF=79;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225662;STB=0.514823;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00273601;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:299:121:123:176:176:0.588629:66:110:79:42:66:110:81:42 chr1 16862566 . G A 71.3 PASS AF=0.081761;AO=26;DP=317;FAO=26;FDP=318;FR=.;FRO=292;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=182;FSRR=110;FWDB=-0.0132579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.992;QD=0.896821;RBI=0.042433;REFB=-0.00432379;REVB=-0.0403087;RO=290;SAF=12;SAR=14;SRF=182;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193966;STB=0.645946;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0478273;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:317:318:290:292:26:26:0.081761:14:12:182:108:14:12:182:110 chr1 16863304 . T C 141.61 PASS AF=0.210084;AO=23;DP=117;FAO=25;FDP=119;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.00124979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.412;QD=4.76008;RBI=0.00273716;REFB=-0.00681272;REVB=-0.00243518;RO=94;SAF=7;SAR=16;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151713;STB=0.618272;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0220556;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:94:94:23:25:0.210084:16:7:39:55:18:7:39:55 chr1 16863308 . G T 186.17 PASS AF=0.235772;AO=29;DP=123;FAO=29;FDP=123;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.000696434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.903;QD=6.05432;RBI=0.00944507;REFB=-0.00588438;REVB=-0.00941936;RO=93;SAF=11;SAR=18;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038388;STB=0.520033;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0171938;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:93:94:29:29:0.235772:18:11:38:55:18:11:38:56 chr1 16863313 . CA CG,TG 152.6 PASS AF=0.0569106,0.162602;AO=8,20;DP=126;FAO=7,20;FDP=123;FR=.;FRO=96;FSAF=4,8;FSAR=3,12;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.00265374,0.00457053;FXX=0.0238076;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=199.599,121.267;QD=4.96271;RBI=0.0142884,0.00460006;REFB=0.00183869,-0.000974139;REVB=-0.0140398,0.000520325;RO=94;SAF=4,8;SAR=4,12;SRF=38;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.106318,-0.00561404;STB=0.649999,0.505371;STBP=0.485,0.959;TYPE=snp,mnp;VARB=-1.69378e-05,-0.000797052;OID=.,.;OPOS=16863314,16863313;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:126:123:94:96:8,20:7,20:0.0569106,0.162602:4,12:4,8:38:56:3,12:4,8:39:57 chr1 16863328 . T G 254.65 PASS AF=0.288;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0431355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.123;QD=8.14864;RBI=0.0433198;REFB=-0.010924;REVB=0.0039916;RO=87;SAF=12;SAR=24;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103834;STB=0.563182;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.022107;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:87:89:36:36:0.288:24:12:36:51:24:12:37:52 chr1 16863352 . C T 302.98 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0128025;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8004;QD=10.3582;RBI=0.0186502;REFB=-0.00689731;REVB=-0.0135619;RO=77;SAF=11;SAR=28;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124834;STB=0.578587;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0184652;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:77:78:39:39:0.333333:28:11:29:48:28:11:30:48 chr1 16874206 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4609;QD=54.5163;RBI=0.0161152;REFB=0;REVB=0.015833;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534386;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr1 16890441 . C T 245.32 PASS AF=0.24183;AO=36;DP=152;FAO=37;FDP=153;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=50;FWDB=-0.0111134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.21;QD=6.41366;RBI=0.0181325;REFB=-0.00108193;REVB=-0.0143276;RO=116;SAF=20;SAR=16;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171097;STB=0.501079;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00417547;OID=.;OPOS=16890441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:116:116:36:37:0.24183:16:20:66:50:16:21:66:50 chr1 16890484 . G C 390.34 PASS AF=0.273171;AO=56;DP=205;FAO=56;FDP=205;FR=.;FRO=149;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=80;FSRR=69;FWDB=-0.0298144;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8367;QD=7.6163;RBI=0.0445947;REFB=-0.00202409;REVB=-0.0331632;RO=146;SAF=33;SAR=23;SRF=77;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770394;STB=0.538762;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00661937;OID=.;OPOS=16890484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:146:149:56:56:0.273171:23:33:77:69:23:33:80:69 chr1 16890598 . T A 865.62 PASS AF=0.617188;AO=77;DP=127;FAO=79;FDP=128;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00320052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.353;QD=27.0507;RBI=0.00809568;REFB=-0.00180674;REVB=-0.00743618;RO=50;SAF=42;SAR=35;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845867;STB=0.542267;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00104298;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:50:49:77:79:0.617188:35:42:33:17:36:43:32:17 chr1 16890602 . T G 57.28 PASS AF=0.112;AO=14;DP=125;FAO=14;FDP=125;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.00904225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.45;QD=1.83289;RBI=0.0108507;REFB=-0.000695205;REVB=-0.00599798;RO=111;SAF=8;SAR=6;SRF=66;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289324;STB=0.521097;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00538233;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:125:125:111:111:14:14:0.112:6:8:66:45:6:8:66:45 chr1 16890639 . C T 414.8 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00770283;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.287;QD=21.5483;RBI=0.0153966;REFB=-0.014644;REVB=-0.0133312;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082498;STB=0.537295;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0138249;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:18:23:23:12:18:23:23:13 chr1 16890644 . C T 47.84 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0121527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.107;QD=2.48522;RBI=0.0383804;REFB=-0.00393946;REVB=-0.0364056;RO=66;SAF=5;SAR=5;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130488;STB=0.584252;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0267906;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:77:77:66:67:10:10:0.12987:5:5:40:26:5:5:40:27 chr1 16890671 . TG CA 276.08 PASS AF=0.625;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00346897;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207;QD=27.6081;RBI=0.0365921;REFB=-0.0264754;REVB=0.0364273;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603251;STB=0.540951;STBP=0.519;TYPE=mnp;VARB=0.0173806;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:15:24:25:0.625:10:14:10:5:11:14:10:5 chr1 16893701 . G A 172.93 PASS AF=0.139286;AO=39;DP=280;FAO=39;FDP=280;FR=.;FRO=241;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=141;FSRR=100;FWDB=-0.0156292;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.503;QD=2.4704;RBI=0.016365;REFB=-0.00435268;REVB=-0.00485197;RO=239;SAF=19;SAR=20;SRF=140;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12636;STB=0.5839;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0227857;OID=.;OPOS=16893701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:239:241:39:39:0.139286:20:19:140:99:20:19:141:100 chr1 16893721 . A C 148.59 PASS AF=0.117117;AO=39;DP=333;FAO=39;FDP=333;FR=.;FRO=294;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=157;FSRR=137;FWDB=0.00593427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.008;QD=1.7848;RBI=0.00650447;REFB=0.00105228;REVB=0.0026632;RO=293;SAF=26;SAR=13;SRF=157;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168606;STB=0.621054;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0077636;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:293:294:39:39:0.117117:13:26:157:136:13:26:157:137 chr1 16901668 . T C 51.88 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00769899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5422;QD=6.10392;RBI=0.0511628;REFB=0.0110896;REVB=0.0505802;RO=26;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400962;STB=0.769197;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0280518;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:1:7:16:10:1:7:16:10 chr1 16901714 . G A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0488931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.42;QD=11.095;RBI=0.113967;REFB=-0.0483383;REVB=0.102946;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.694785;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0621701;OID=.;OPOS=16901714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:3:3:1:4:3:3 chr1 16907303 . C T 147.5 PASS AF=0.0878049;AO=53;DP=614;FAO=54;FDP=615;FR=.;FRO=561;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=263;FSRR=298;FWDB=-0.0135723;FXX=0.00162335;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.321;QD=0.95937;RBI=0.0282331;REFB=-0.000139982;REVB=-0.0247568;RO=559;SAF=30;SAR=23;SRF=261;SRR=298;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117168;STB=0.59537;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00132045;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:614:615:559:561:53:54:0.0878049:23:30:261:298:23:31:263:298 chr1 16907328 . G T 1465.13 PASS AF=0.355691;AO=175;DP=494;FAO=175;FDP=492;FR=.;FRO=317;FSAF=68;FSAR=107;FSRF=137;FSRR=180;FWDB=-0.00676462;FXX=0.00606048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.993;QD=11.9116;RBI=0.0110772;REFB=-0.00432504;REVB=-0.00877177;RO=316;SAF=68;SAR=107;SRF=136;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493354;STB=0.529176;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00624217;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:494:492:316:317:175:175:0.355691:107:68:136:180:107:68:137:180 chr1 16909052 . C T 1454.8 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.395;QD=63.252;RBI=0.0361264;REFB=0;REVB=0.0266496;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4214e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:44:46:0:0:44:48:0:0 chr1 16909100 . G C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00502716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.888;QD=7.76204;RBI=0.00656884;REFB=-0.0174113;REVB=0.00422815;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133506;STB=0.583077;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0260721;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:3:10:4:2:3:10 chr1 16913584 . A C 56.23 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=128;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0198753;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3872;QD=1.75721;RBI=0.0393024;REFB=0.00233767;REVB=0.0339065;RO=111;SAF=9;SAR=5;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189992;STB=0.642653;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0194234;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:128:128:111:114:14:14:0.109375:5:9:54:57:5:9:55:59 chr1 16913612 . G A 59.39 PASS AF=0.107914;AO=15;DP=140;FAO=15;FDP=139;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.00692845;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8689;QD=1.70901;RBI=0.00867844;REFB=0.000153408;REVB=0.00522607;RO=117;SAF=9;SAR=6;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167832;STB=0.616988;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00204745;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:140:139:117:124:15:15:0.107914:6:9:54:63:6:9:58:66 chr1 16914252 . C T 94.93 PASS AF=0.112108;AO=25;DP=224;FAO=25;FDP=223;FR=.;FRO=198;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=120;FSRR=78;FWDB=-0.0138152;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9098;QD=1.7027;RBI=0.0507461;REFB=-0.00231121;REVB=0.0488294;RO=199;SAF=13;SAR=12;SRF=120;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104086;STB=0.576947;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0205636;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:224:223:199:198:25:25:0.112108:12:13:120:79:12:13:120:78 chr1 16915357 . C T 252.3 PASS AF=0.521739;AO=18;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00440825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.185;QD=21.9387;RBI=0.00561812;REFB=-0.028274;REVB=0.0034829;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436846;STB=0.539739;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0313712;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:18:24:0.521739:9:9:12:10:9:15:12:10 chr1 16918498 . G A 428.43 PASS AF=0.240876;AO=66;DP=274;FAO=66;FDP=274;FR=.;FRO=208;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=91;FSRR=117;FWDB=-0.0374687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.503;QD=6.25447;RBI=0.0375256;REFB=-0.0084906;REVB=0.00206555;RO=207;SAF=18;SAR=48;SRF=90;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224062;STB=0.637849;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0208062;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:207:208:66:66:0.240876:48:18:90:117:48:18:91:117 chr1 16918502 . A G 791.35 PASS AF=0.384921;AO=78;DP=232;FAO=97;FDP=252;FR=.;FRO=155;FSAF=30;FSAR=67;FSRF=71;FSRR=84;FWDB=0.0164047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.81;QD=12.5611;RBI=0.0225784;REFB=-0.0186172;REVB=0.0155135;RO=149;SAF=28;SAR=50;SRF=66;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101131;STB=0.598987;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0253953;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:252:149:155:78:97:0.384921:50:28:66:83:67:30:71:84 chr1 17004770 . G T 459.27 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.831;QD=57.409;RBI=0.0039023;REFB=0;REVB=0.000903294;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217452;OID=.;OPOS=17004770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr1 17022952 . C A 563.11 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4324;QD=57.7547;RBI=0.0954111;REFB=-0.0570241;REVB=0.0912017;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00181623;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:1:0 chr1 17022988 . G A 36.8 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.000811789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7831;QD=2.62877;RBI=0.0786325;REFB=-0.00795763;REVB=0.0786283;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247168;STB=0.683671;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.112236;OID=.;OPOS=17022988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:56:56:49:49:7:7:0.125:5:2:24:25:5:2:24:25 chr1 17023110 . G A 152.74 PASS AF=0.226415;AO=24;DP=106;FAO=24;FDP=106;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0216207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0991;QD=5.76384;RBI=0.0275137;REFB=-0.00614926;REVB=0.017016;RO=82;SAF=11;SAR=13;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00640729;STB=0.503952;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0247072;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:82:82:24:24:0.226415:13:11:38:44:13:11:38:44 chr1 17023143 . C T 709.17 PASS AF=0.659341;AO=60;DP=91;FAO=60;FDP=91;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00671803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.742;QD=31.1724;RBI=0.00968442;REFB=-0.0177622;REVB=0.00697539;RO=31;SAF=29;SAR=31;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200041;STB=0.510822;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0126328;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:31:31:60:60:0.659341:31:29:14:17:31:29:14:17 chr1 17023182 . C G 1130.81 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5428;QD=60.3096;RBI=0.0121592;REFB=0;REVB=0.0106361;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0003e-05;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:42:33:0:0 chr1 17023376 . C T 717.1 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00627206;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.303;QD=21.0912;RBI=0.0324698;REFB=-0.0170531;REVB=0.0318582;RO=65;SAF=47;SAR=23;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21863;STB=0.62431;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0157705;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:65:66:70:70:0.514706:23:47:28:37:23:47:28:38 chr1 17023403 . G A 165.05 PASS AF=0.234234;AO=25;DP=110;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00723331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6205;QD=5.94758;RBI=0.0128696;REFB=-0.00919374;REVB=-0.0106446;RO=84;SAF=15;SAR=10;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212637;STB=0.615929;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0529152;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:84:85:25:26:0.234234:10:15:36:48:11:15:36:49 chr1 17026087 . G A 137.53 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0304237;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.838;QD=17.7462;RBI=0.0880764;REFB=-0.0129262;REVB=0.0826551;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.643888;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0289122;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:16:14:15:0.483871:8:6:12:4:8:7:12:4 chr1 17029257 . T C 78.91 PASS AF=0.137097;AO=17;DP=123;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00227288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7746;QD=2.5454;RBI=0.0158532;REFB=0.000130797;REVB=-0.0156894;RO=104;SAF=5;SAR=12;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218912;STB=0.656526;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00147211;OID=.;OPOS=17029257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:123:124:104:107:17:17:0.137097:12:5:48:56:12:5:50:57 chr1 17029462 . A G 84.64 PASS AF=0.140625;AO=19;DP=122;FAO=18;FDP=128;FR=.;FRO=110;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=48;FWDB=-0.135806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2879;QD=2.64509;RBI=0.163953;REFB=-0.00697729;REVB=-0.0918551;RO=103;SAF=15;SAR=4;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316444;STB=0.767742;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0334551;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:122:128:103:110:19:18:0.140625:4:15:58:45:3:15:62:48 chr1 17033805 . C T 750.88 PASS AF=0.449438;AO=80;DP=178;FAO=80;FDP=178;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.00467437;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.889;QD=16.8738;RBI=0.0132841;REFB=-0.0229732;REVB=0.0124346;RO=95;SAF=39;SAR=41;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276756;STB=0.523717;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0286369;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:95:98:80:80:0.449438:41:39:49:46:41:39:52:46 chr1 17033854 . C T 1034.01 PASS AF=0.656716;AO=88;DP=136;FAO=88;FDP=134;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00699069;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.69;QD=30.866;RBI=0.00970979;REFB=-0.0372785;REVB=0.00673871;RO=46;SAF=32;SAR=56;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481966;STB=0.526006;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0186827;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:46:46:88:88:0.656716:56:32:20:26:56:32:20:26 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 74.27 PASS AF=0.20339;AO=11;DP=61;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0148845;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=8;MLLD=258.007;QD=5.03532;RBI=0.0332227;REFB=-0.00959225;REVB=0.0297018;RO=42;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322986;STB=0.524455;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.034861;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.20339:11:61:12:59:47:7:5:26:21:74:42:6:5:24:18 chr1 17046456 . T C 398.39 PASS AF=0.385246;AO=46;DP=121;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00327695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.15;QD=13.062;RBI=0.0383205;REFB=-0.00297031;REVB=-0.0381801;RO=73;SAF=31;SAR=15;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203596;STB=0.613067;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00374053;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:73:75:46:47:0.385246:15:31:36:37:15:32:38:37 chr1 17052116 . CG GC 132.99 PASS AF=0.0893536;AO=47;DP=525;FAO=47;FDP=526;FR=.;FRO=479;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=258;FSRR=221;FWDB=-0.00244352;FXX=0.0018975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.108;QD=1.01129;RBI=0.0369024;REFB=-0.00337399;REVB=-0.0368215;RO=468;SAF=25;SAR=22;SRF=253;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104707;STB=0.506135;STBP=0.912;TYPE=mnp;VARB=0.0441822;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:526:468:479:47:47:0.0893536:22:25:253:215:22:25:258:221 chr1 17052136 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT 134.82 PASS AF=0.143552,0.0510949,0.00243309;AO=95,21,18;DP=431;FAO=59,21,1;FDP=411;FR=.;FRO=330;FSAF=7,0,0;FSAR=52,21,1;FSRF=206;FSRR=124;FWDB=0.0580408,-0.00523581,0.00303326;FXX=0.0701342;HRUN=6,6,2;LEN=1,1,2;MLLD=9.62603,24.9739,209.957;QD=1.31208;RBI=0.131023,0.065557,0.058887;REFB=-0.112636,-0.0612081,-0.00507645;REVB=-0.117466,-0.0653476,-0.0588088;RO=246;SAF=26,0,0;SAR=69,21,18;SRF=169;SRR=77;SSEN=0,0,0;SSEP=0.454545,0,0;SSSB=-0.483519,-0.688261,-0.661107;STB=0.899777,0.999606,0.992548;STBP=0,0,0.266;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0947095,0.0656757,0.0645493;OID=.,.,.;OPOS=17052137,17052142,17052136;OREF=T,T,GT;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:431:411:246:330:95,21,18:59,21,1:0.143552,0.0510949,0.00243309:69,21,18:26,0,0:169:77:52,21,1:7,0,0:206:124 chr1 17053766 . G A 1030.58 PASS AF=0.722689;AO=86;DP=119;FAO=86;FDP=119;FR=.;FRO=33;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00875054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.246;QD=34.6415;RBI=0.020143;REFB=-0.0399889;REVB=0.018143;RO=32;SAF=51;SAR=35;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482675;STB=0.530711;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.012449;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:32:33:86:86:0.722689:35:51:16:16:35:51:16:17 chr1 17053769 . G A 324.81 PASS AF=0.344538;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0186426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.582;QD=10.918;RBI=0.0262387;REFB=-0.0129796;REVB=-0.0184641;RO=78;SAF=27;SAR=14;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.599438;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0258048;OID=.;OPOS=17053769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:78:78:41:41:0.344538:14:27:40:38:14:27:40:38 chr1 17053782 . C A,G 1184.46 PASS AF=0.258065,0.532258;AO=32,65;DP=124;FAO=32,66;FDP=124;FR=.;FRO=26;FSAF=17,36;FSAR=15,30;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00832822,-0.0189553;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=124.852,79.4382;QD=38.2084;RBI=0.0197626,0.0469212;REFB=-0.01531,-0.0154274;REVB=-0.0179221,-0.042922;RO=24;SAF=17,35;SAR=15,30;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0734863,-0.043863;STB=0.53802,0.519994;STBP=0.571,0.545;TYPE=snp,snp;VARB=0.00289797,0.017951;OID=.,.;OPOS=17053782,17053782;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:124:124:24:26:32,65:32,66:0.258065,0.532258:15,30:17,35:15:9:15,30:17,36:16:10 chr1 17053809 . C T 206.29 PASS AF=0.25;AO=30;DP=123;FAO=31;FDP=124;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00730993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0261;QD=6.65444;RBI=0.0275066;REFB=-0.0129669;REVB=-0.0265175;RO=92;SAF=12;SAR=18;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138742;STB=0.564812;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0272919;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:92:93:30:31:0.25:18:12:47:45:18:13:47:46 chr1 17053826 . C T 134.64 PASS AF=0.201754;AO=22;DP=114;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.00325555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.306;QD=4.72428;RBI=0.0316006;REFB=-0.00711286;REVB=-0.0314324;RO=91;SAF=11;SAR=11;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13315;STB=0.566431;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0289768;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:91:91:22:23:0.201754:11:11:36:55:12:11:36:55 chr1 17053834 . A AC 40.5 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=106;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0115282;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=295.621;QD=1.52831;RBI=0.015662;REFB=-0.00281848;REVB=-0.0106018;RO=90;SAF=3;SAR=13;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357211;STB=0.739508;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0156201;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150943:16:106:16:106:90:3:13:39:51:40:90:3:13:40:50 chr1 17053861 . C T 422.32 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0249578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.07;QD=19.1962;RBI=0.0302261;REFB=-0.00720164;REVB=0.0170506;RO=44;SAF=16;SAR=26;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395069;STB=0.521431;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00691541;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:45:42:43:0.488636:26:16:15:29:27:16:15:30 chr1 17084510 . G A 54.91 PASS AF=0.112069;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=116;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0186902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6037;QD=1.89335;RBI=0.0604319;REFB=0.00337005;REVB=0.057469;RO=102;SAF=8;SAR=5;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151831;STB=0.607025;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0262295;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:116:102:103:13:13:0.112069:5:8:50:52:5:8:51:52 chr1 17084755 . T C 33.71 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0358218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.024;QD=1.30898;RBI=0.0604277;REFB=-0.00679172;REVB=-0.0486652;RO=94;SAF=3;SAR=6;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144487;STB=0.617182;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0741866;OID=.;OPOS=17084755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:94:94:9:9:0.0873786:6:3:43:51:6:3:43:51 chr1 17084968 . G C 173.92 PASS AF=0.252525;AO=23;DP=96;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0176133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.329;QD=7.02687;RBI=0.0201548;REFB=-0.0108261;REVB=-0.00979737;RO=73;SAF=13;SAR=10;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123222;STB=0.595065;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0382874;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:73:74:23:25:0.252525:10:13:34:39:10:15:35:39 chr1 17085412 . C T 74.53 PASS AF=0.0931174;AO=23;DP=247;FAO=23;FDP=247;FR=.;FRO=224;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=78;FSRR=146;FWDB=-0.000376513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.402;QD=1.20699;RBI=0.0148572;REFB=-0.00581681;REVB=-0.0148524;RO=219;SAF=9;SAR=14;SRF=76;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570821;STB=0.541725;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0661457;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:247:247:219:224:23:23:0.0931174:14:9:76:143:14:9:78:146 chr1 17085427 . T C 63.29 PASS AF=0.0830189;AO=22;DP=264;FAO=22;FDP=265;FR=.;FRO=243;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=91;FSRR=152;FWDB=-0.0376051;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9665;QD=0.955345;RBI=0.037946;REFB=-0.00182712;REVB=0.00507449;RO=240;SAF=8;SAR=14;SRF=90;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141317;STB=0.510676;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0207079;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:264:265:240:243:22:22:0.0830189:14:8:90:150:14:8:91:152 chr1 17085502 . T C 394.64 PASS AF=0.365672;AO=46;DP=126;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0677571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.201;QD=11.7804;RBI=0.0726639;REFB=-0.0150349;REVB=-0.026249;RO=80;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444473;STB=0.503267;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0286937;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:134:80:85:46:49:0.365672:28:18:31:49:28:21:36:49 chr1 17085834 . G T 127.12 PASS AF=0.309091;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0201046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.451;QD=9.24515;RBI=0.0278405;REFB=-0.0219327;REVB=-0.0192588;RO=38;SAF=10;SAR=6;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024414;STB=0.530997;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.055757;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:16:17:0.309091:6:10:23:15:6:11:23:15 chr1 17086052 . T C 99.64 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3573;QD=39.8579;RBI=0.105611;REFB=0;REVB=0.0878917;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316189;OID=.;OPOS=17086052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 17086941 . C T 89.22 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=56;FWDB=0.0138138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.014;QD=3.71747;RBI=0.0277458;REFB=-0.00380674;REVB=-0.0240625;RO=78;SAF=4;SAR=12;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710965;STB=0.552563;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0190498;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:78:80:16:16:0.166667:12:4:23:55:12:4:24:56 chr1 17087262 . C T 102.11 PASS AF=0.161538;AO=21;DP=129;FAO=21;FDP=130;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=91;FWDB=0.0527457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0758;QD=3.14195;RBI=0.0803351;REFB=0.000577332;REVB=0.060594;RO=108;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280579;STB=0.710961;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000671455;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:108:109:21:21:0.161538:14:7:18:90:13:8:18:91 chr1 17087363 . AAC A,AAG 1415.12 PASS AF=0.0315789,0.968421;AO=10,53;DP=96;FAO=3,92;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=2,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491225,0.00338465;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=48.937,79.812;QD=59.5839;RBI=0.052293,0.0425208;REFB=0,0;REVB=-0.0179314,0.0423858;RO=0;SAF=1,32;SAR=9,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,-3.81969e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.122422,0.0217648;OID=.,.;OPOS=17087364,17087365;OREF=AC,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0315789,0.968421:10,53:96:3,92:95:0:1,37:2,55:0:0:7:0:1,32:9,21:0:0 chr1 17087465 . G A 262.17 PASS AF=0.264286;AO=37;DP=140;FAO=37;FDP=140;FR=.;FRO=103;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0124226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.671;QD=7.49067;RBI=0.0124226;REFB=-0.0157401;REVB=-1.3354e-05;RO=103;SAF=20;SAR=17;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020137;STB=0.512018;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0462717;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:103:103:37:37:0.264286:17:20:54:49:17:20:54:49 chr1 17087541 . GGTGCT G 72.76 PASS AF=0.176871;AO=24;DP=155;FAO=26;FDP=147;FR=.;FRO=121;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.00102732;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=5;MLLD=245.49;QD=1.97994;RBI=0.0148422;REFB=-0.00231662;REVB=-0.0148067;RO=126;SAF=13;SAR=11;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531533;STB=0.539937;STBP=0.653;TYPE=del;VARB=0.0108884;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176871:24:155:26:147:121:15:11:64:57:72:126:13:11:63:63 chr1 17087582 . G A 185.44 PASS AF=0.215827;AO=30;DP=139;FAO=30;FDP=139;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.019981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.877;QD=5.33644;RBI=0.0203929;REFB=-0.00197526;REVB=0.00407789;RO=107;SAF=11;SAR=19;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165243;STB=0.602664;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00669396;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:107:109:30:30:0.215827:19:11:53:54:19:11:54:55 chr1 17186685 . T C 122.18 PASS AF=0.184874;AO=22;DP=119;FAO=22;FDP=119;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.00500072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5834;QD=4.10696;RBI=0.0104995;REFB=-0.00926497;REVB=0.0092321;RO=94;SAF=16;SAR=6;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198477;STB=0.626795;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0489459;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:94:97:22:22:0.184874:6:16:55:39:6:16:57:40 chr1 17186719 . T G 274.03 PASS AF=0.273381;AO=38;DP=139;FAO=38;FDP=139;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-8.18532e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1725;QD=7.88562;RBI=0.0356021;REFB=-0.00773414;REVB=0.035602;RO=101;SAF=23;SAR=15;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100309;STB=0.559644;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0208514;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:101:101:38:38:0.273381:15:23:53:48:15:23:53:48 chr1 17197563 . G T 51.54 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0295292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3564;QD=1.90904;RBI=0.0295305;REFB=-0.00434928;REVB=-0.000273961;RO=96;SAF=7;SAR=5;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382504;STB=0.528254;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0357916;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:108:108:96:96:12:12:0.111111:5:7:53:43:5:7:53:43 chr1 17197595 . A C 38.27 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=127;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=63;FSRR=52;FWDB=-0.00406469;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.158;QD=1.21486;RBI=0.0331658;REFB=0.000355473;REVB=-0.0329158;RO=116;SAF=8;SAR=3;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218916;STB=0.673484;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00864246;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:127:126:116:115:11:11:0.0873016:3:8:63:53:3:8:63:52 chr1 17197609 . T C 52.73 PASS AF=0.100719;AO=12;DP=139;FAO=14;FDP=139;FR=.;FRO=125;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=0.00313139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.648;QD=1.51729;RBI=0.0134099;REFB=-0.00534656;REVB=0.0130392;RO=123;SAF=8;SAR=4;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144758;STB=0.661366;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0401448;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:139:139:123:125:12:14:0.100719:4:8:67:56:4:10:68:57 chr1 17197615 . C A 55.11 PASS AF=0.10687;AO=14;DP=130;FAO=14;FDP=131;FR=.;FRO=117;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=0.00477376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.715;QD=1.68265;RBI=0.00852479;REFB=-0.00532497;REVB=-0.00706281;RO=113;SAF=10;SAR=4;SRF=63;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199848;STB=0.657964;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0203608;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:130:131:113:117:14:14:0.10687:4:10:63:50:4:10:64:53 chr1 17197619 . A G 69.76 PASS AF=0.124031;AO=16;DP=131;FAO=16;FDP=129;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.00723846;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.836;QD=2.1632;RBI=0.0081816;REFB=-0.00921427;REVB=-0.00381357;RO=110;SAF=12;SAR=4;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298157;STB=0.703437;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0409345;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:131:129:110:113:16:16:0.124031:4:12:57:53:4:12:60:53 chr1 17199074 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0276985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.157;QD=11.1977;RBI=0.0384728;REFB=-0.0114805;REVB=0.0267011;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558269;STB=0.832778;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0493854;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:15:7:10:2:15:7 chr1 17199076 . T A 94.9 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.048899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.968;QD=11.165;RBI=0.0494004;REFB=-0.0134886;REVB=0.00702052;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528122;STB=0.832778;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0310207;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:20:22:12:12:0.352941:10:2:13:7:10:2:15:7 chr1 17200217 . G A 78.26 PASS AF=0.100437;AO=23;DP=227;FAO=23;FDP=229;FR=.;FRO=206;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=114;FSRR=92;FWDB=0.00859265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0706;QD=1.36702;RBI=0.0707556;REFB=-0.00424142;REVB=0.0702319;RO=204;SAF=13;SAR=10;SRF=112;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019858;STB=0.510776;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0127537;OID=.;OPOS=17200217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:227:229:204:206:23:23:0.100437:10:13:112:92:10:13:114:92 chr1 17200227 . C A 43.87 PASS AF=0.0678571;AO=19;DP=280;FAO=19;FDP=280;FR=.;FRO=261;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=141;FSRR=120;FWDB=-0.0182545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4556;QD=0.626767;RBI=0.0239291;REFB=0.00161853;REVB=-0.0154718;RO=260;SAF=11;SAR=8;SRF=141;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403879;STB=0.536547;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0159234;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:280:280:260:261:19:19:0.0678571:8:11:141:119:8:11:141:120 chr1 17200270 . T G 2052.54 PASS AF=0.494005;AO=206;DP=420;FAO=206;FDP=417;FR=.;FRO=211;FSAF=102;FSAR=104;FSRF=121;FSRR=90;FWDB=0.00901096;FXX=0.00714269;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8759;QD=19.6886;RBI=0.0508512;REFB=-0.0266752;REVB=0.0500464;RO=210;SAF=102;SAR=104;SRF=121;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746578;STB=0.539596;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0264024;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:417:210:211:206:206:0.494005:104:102:121:89:104:102:121:90 chr1 17200289 . C T 2427.58 PASS AF=0.52809;AO=217;DP=425;FAO=235;FDP=445;FR=.;FRO=210;FSAF=114;FSAR=121;FSRF=114;FSRR=96;FWDB=-0.027654;FXX=0.0022421;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0183;QD=21.8209;RBI=0.105206;REFB=-0.0534566;REVB=0.101507;RO=208;SAF=114;SAR=103;SRF=110;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314405;STB=0.527231;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0472369;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:445:208:210:217:235:0.52809:103:114:110:98:121:114:114:96 chr1 17264920 . C T 122.28 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0168871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1738;QD=8.4334;RBI=0.0222989;REFB=-0.0202307;REVB=0.0145624;RO=40;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224757;STB=0.644984;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0263836;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:17:17:0.293103:5:12:21:19:5:12:21:20 chr1 17264939 . T C 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0204399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.685;QD=7.4059;RBI=0.0443462;REFB=-0.00670764;REVB=-0.0393548;RO=36;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366608;STB=0.715643;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0188315;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:40:14:14:0.259259:3:11:18:18:3:11:21:19 chr1 17265560 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.393;QD=23.2183;RBI=0.0266721;REFB=-0.0778622;REVB=0.0239378;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.015454;OID=.;OPOS=17265560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr1 17270751 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00562634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6266;QD=7.83716;RBI=0.0952831;REFB=-0.00242677;REVB=0.0951168;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147359;STB=0.59233;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0139406;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:7:9:3:4:7:9 chr1 17295679 . T C 586.71 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151239;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.608;QD=61.7591;RBI=0.0445222;REFB=0;REVB=0.0444965;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868251;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 17296361 . C G 330.04 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00637427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.196;QD=18.3356;RBI=0.0278635;REFB=-0.0124285;REVB=-0.0271246;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271354;STB=0.515143;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0129289;OID=.;OPOS=17296361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:18:19:19:16:18:19 chr1 17301780 . A G 138.98 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00743616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2775;QD=12.0849;RBI=0.115517;REFB=-0.0125062;REVB=-0.115278;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606935;STB=0.51722;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0140121;OID=.;OPOS=17301780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:30:16:16:0.347826:10:6:12:16:10:6:12:18 chr1 17312743 . C T 39.9 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.076806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.695;QD=7.25495;RBI=0.0777386;REFB=-0.0210165;REVB=0.0120056;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623591;STB=0.571205;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0519614;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:22:22:15:15:6:7:0.318182:5:1:3:12:6:1:3:12 chr1 17313343 . G A 338.46 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0256893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8449;QD=26.5457;RBI=0.0276365;REFB=0.00918363;REVB=0.0101901;RO=19;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122643;STB=0.567048;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00639229;OID=.;OPOS=17313343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:14:18:14:5:14:18:14:5 chr1 17313448 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00636782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.325;QD=9.49535;RBI=0.0357074;REFB=-0.00942331;REVB=-0.035135;RO=24;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.592255;STB=0.868794;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0105897;OID=.;OPOS=17313448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:1:10:11:13:1:10:11:13 chr1 17313454 . G A 72.53 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0256503;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.067;QD=8.79098;RBI=0.0258469;REFB=0.00264187;REVB=-0.00318203;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560759;STB=0.8532;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0129121;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:1:9:11:12:1:9:11:12 chr1 17313654 . C T 30.96 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0359015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.054;QD=12.3833;RBI=0.0374288;REFB=-0.063266;REVB=0.0105827;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0256325;OID=.;OPOS=17313654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr1 17314702 . C T 303.27 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0038273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.21;QD=25.8105;RBI=0.0477918;REFB=-0.0118338;REVB=0.0476383;RO=19;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806243;STB=0.557334;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00694827;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:10:17:10:9:10:17:10:10 chr1 17314942 . G A 180.34 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00240905;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9591;QD=15.0282;RBI=0.0400451;REFB=-0.025942;REVB=0.0399725;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500627;STB=0.528971;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0407647;OID=.;OPOS=17314942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:12:17:12:7:12:17 chr1 17319011 . G A 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0307551;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.328;QD=29.7813;RBI=0.0339064;REFB=-0.000200048;REVB=-0.0142748;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121094;STB=0.567464;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=9.87046e-05;OID=.;OPOS=17319011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:6:7:1:3:6:7:1:3 chr1 17380497 . G T 1294.36 PASS AF=0.955556;AO=85;DP=91;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0749649;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.249;QD=57.5273;RBI=0.0753732;REFB=-0.0453424;REVB=0.0078345;RO=4;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386232;STB=0.519995;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00256015;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:90:4:4:85:86:0.955556:47:38:0:4:48:38:0:4 chr1 17394613 . T C 684.4 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.187;QD=60.8357;RBI=0.0650331;REFB=0;REVB=0.0648121;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586661;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:1:0:44:45:1:26:18:1:0:26:19:0:0 chr1 17394623 . C T 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.213;QD=61.3282;RBI=0.0169734;REFB=0;REVB=-0.0140582;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33098e-05;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr1 17395480 . G A 278.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00160596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.924;QD=20.6358;RBI=0.0243706;REFB=-0.0232242;REVB=0.0243176;RO=22;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636736;STB=0.50773;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0189937;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:25:29:29:0.537037:10:19:16:6:10:19:16:9 chr1 17395521 . G A 301.17 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00762192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.163;QD=19.1217;RBI=0.0785811;REFB=-0.0252753;REVB=0.0782105;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312499;STB=0.509085;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0182911;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:31:32:32:0.507937:14:18:12:11:14:18:18:13 chr1 17396703 . T C 171.12 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00526969;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.008;QD=13.421;RBI=0.00599995;REFB=-0.0158144;REVB=0.00286876;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410768;STB=0.512183;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0194552;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:31:20:20:0.392157:12:8:14:18:12:8:13:18 chr1 17402255 . C T 73.42 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0543908;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.633;QD=8.63758;RBI=0.0625899;REFB=-0.00704048;REVB=-0.0309698;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208064;STB=0.627655;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0243238;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:10:14:4:6:10:14 chr1 17405809 . G A 188.63 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0159274;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.918;QD=17.9647;RBI=0.0183029;REFB=-0.0115244;REVB=0.00901729;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200832;STB=0.601884;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0160933;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:8:11:8:14:8:11:9:14 chr1 17413121 . A C 105.96 PASS AF=0.269231;AO=12;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00504181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.055;QD=8.15098;RBI=0.0337873;REFB=-0.0228353;REVB=-0.033409;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247733;STB=0.53349;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0584279;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:38:12:14:0.269231:9:3:12:15:9:5:12:26 chr1 17419024 . G A 180.89 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00747695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1379;QD=16.0787;RBI=0.0356738;REFB=0.0110682;REVB=0.0348814;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103537;STB=0.574392;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00913699;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:8:10:17:9:9:10:17:9 chr1 17575645 . A C 313.9 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0665451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3652;QD=19.6187;RBI=0.107148;REFB=-0.0437154;REVB=0.0839791;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124219;STB=0.574132;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0405252;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:30:33:34:0.53125:18:15:18:12:19:15:18:12 chr1 17586134 . A G 408.31 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0106056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3133;QD=20.4154;RBI=0.0258437;REFB=-0.00742334;REVB=-0.0235673;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911602;STB=0.550434;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00733198;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:24:15:20:21:24:15 chr1 17593316 . G A 229.27 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.049483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9392;QD=14.1086;RBI=0.0534007;REFB=-0.0396436;REVB=0.0200767;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189101;STB=0.607762;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0407595;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:17:10:21:17:17:10:21:17 chr1 17604437 . C T 333.8 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0155477;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.106;QD=20.5413;RBI=0.0266616;REFB=-0.0119003;REVB=0.021659;RO=30;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246359;STB=0.51612;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00997072;OID=.;OPOS=17604437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:33:35:0.538462:20:13:11:19:21:14:11:19 chr1 17609448 . G T 320.9 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0395475;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6707;QD=26.7416;RBI=0.0401066;REFB=0.020764;REVB=0.00667372;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838059;STB=0.55634;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00789013;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:15:13:11:8:15:13:12:8 chr1 17657534 . G A 201.53 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0208525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.62;QD=13.8984;RBI=0.0213269;REFB=-0.0144206;REVB=-0.00447319;RO=33;SAF=6;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32309;STB=0.679087;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0151373;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:24:24:0.413793:18:6:18:15:18:6:18:16 chr1 17657616 . T C 225.72 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0140892;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.115;QD=17.0356;RBI=0.0141405;REFB=-0.0194048;REVB=0.00120401;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286599;STB=0.503934;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0225036;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:28:25:25:0.471698:15:10:10:17:15:10:11:17 chr1 17662639 . T C 126.0 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0388453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6237;QD=10.9566;RBI=0.0391704;REFB=0.00638868;REVB=-0.00503651;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146544;STB=0.586101;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0142355;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:10:5:7:24:10:5:7:24 chr1 17662662 . T C 143.18 PASS AF=0.351852;AO=17;DP=52;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.012459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9094;QD=10.6059;RBI=0.063522;REFB=-0.0183762;REVB=-0.0622882;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125412;STB=0.545409;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0372062;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:35:35:17:19:0.351852:11:6:9:26:13:6:9:26 chr1 17674537 . C A 202.77 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00532992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.496;QD=19.7828;RBI=0.0225374;REFB=-0.0158424;REVB=0.0218981;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495315;STB=0.542674;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0134249;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:7:13:14:6:8:13:14:6 chr1 17718671 . AG A 420.79 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0625913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.4166;QD=40.0753;RBI=0.073728;REFB=0.126339;REVB=0.0389634;RO=2;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0.00845566;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=del;VARB=-0.000268844;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.97619:39:42:41:42:1:24:17:0:1:5:2:23:16:1:1 chr1 17733267 . ATGT A 379.36 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=113;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.009917;FXX=0.0442439;HRUN=1;LEN=3;MLLD=155.588;QD=14.0504;RBI=0.0284909;REFB=-0.00104885;REVB=0.0267092;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776902;STB=0.503789;STBP=0.957;TYPE=del;VARB=0.00200261;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:39:113:45:108:63:19:26:27:36:99:47:18:21:18:29 chr1 17739586 . G A 261.56 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0138953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8257;QD=14.7357;RBI=0.0389398;REFB=-0.0073568;REVB=0.0363762;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00589286;STB=0.503341;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.010834;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:18:23:17:13:18:23 chr1 17907108 . T G 432.03 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00336964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.024;QD=20.3306;RBI=0.0354942;REFB=-0.0286752;REVB=-0.0353339;RO=42;SAF=14;SAR=29;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164103;STB=0.509087;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0287866;OID=.;OPOS=17907108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:29:14:13:29:29:14:13:29 chr1 17958863 . G A 357.13 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0128105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1541;QD=14.4295;RBI=0.0192949;REFB=-0.00462369;REVB=0.0144286;RO=60;SAF=18;SAR=21;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411207;STB=0.523353;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0101836;OID=.;OPOS=17958863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:21:18:30:30:21:18:30:30 chr1 17981184 . A C 238.39 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0471849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.871;QD=27.2444;RBI=0.0475911;REFB=-0.00131327;REVB=-0.0062045;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360801;STB=0.519982;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000200594;OID=.;OPOS=17981184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:9:13:7:6:9:13:7:6 chr1 17982559 . G A 561.2 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0530436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.915;QD=17.8158;RBI=0.0532414;REFB=-0.017484;REVB=0.00458501;RO=66;SAF=32;SAR=26;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060664;STB=0.503815;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0178993;OID=.;OPOS=17982559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:66:67:58:59:0.468254:26:32:36:30:26:33:37:30 chr1 17991052 . T C,G 349.46 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=22,2;DP=24;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196785,0.013151;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.755,140.617;QD=53.7631;RBI=0.0307733,0.0349608;REFB=0,0;REVB=0.0236591,0.032393;RO=0;SAF=11,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00224254,0.0426458;OID=.,.;OPOS=17991052,17991052;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:26:0:0:22,2:24,2:0.923077,0.0769231:11,0:11,2:0:0:11,0:13,2:0:0 chr1 18021406 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0088203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.038;QD=16.199;RBI=0.0357555;REFB=0.0157067;REVB=-0.0346505;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0270653;OID=.;OPOS=18021406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr1 18023365 . C T 186.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0141757;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.11;QD=18.2326;RBI=0.0158993;REFB=-0.0165223;REVB=-0.00719979;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.565145;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0195908;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:22:19:19:0.463415:5:14:14:5:5:14:14:8 chr1 18023509 . T C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0201393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.588;QD=16.5618;RBI=0.0613298;REFB=-0.0181156;REVB=-0.0579289;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169106;STB=0.50953;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0263251;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:17:10:12:19:17:10:12:19 chr1 18023690 . A G 140.73 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0230695;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.376;QD=18.1592;RBI=0.0243091;REFB=-0.0283898;REVB=0.0076638;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342688;STB=0.716101;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0230675;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:16:15:15:0.483871:12:3:8:7:12:3:9:7 chr1 18149510 . G T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0121812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.888;QD=22.3406;RBI=0.0126554;REFB=-0.0247293;REVB=0.00343197;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207807;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0246535;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:10:4:10:8:10:4 chr1 18149566 . C A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.104;QD=63.8715;RBI=0.0368158;REFB=0;REVB=0.0130596;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122482;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr1 18692139 . C T 274.49 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0883462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.102;QD=15.6853;RBI=0.0895779;REFB=-0.0144008;REVB=0.0148035;RO=39;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678509;STB=0.538293;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0205567;OID=.;OPOS=18692139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:18:13:19:20:18:13:19:20 chr1 18704742 . T C 362.77 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00608292;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.701;QD=13.3125;RBI=0.0241194;REFB=-0.0164011;REVB=-0.0233398;RO=64;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127485;STB=0.506435;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0264688;OID=.;OPOS=18704742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:66:43:43:0.394495:20:23:35:29:20:23:36:30 chr1 18807897 . C G 182.83 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00137117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.785;QD=43.0189;RBI=0.00163182;REFB=-0.142274;REVB=0.000884707;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.518496;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00148296;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:13:3:0:0:13:3:0:1 chr1 18807938 . C A 38.99 PASS AF=0.416667;AO=4;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0272042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.525;QD=12.9956;RBI=0.0281499;REFB=-0.00196288;REVB=0.00723518;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321971;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00335346;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:6:6:4:5:0.416667:2:2:1:5:3:2:1:5 chr1 18808291 . GC G,GA 214.67 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,14;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816041,0.0504542;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.0555,99.8454;QD=47.7042;RBI=0.082534,0.0527691;REFB=0,0;REVB=0.0123543,0.015458;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00429432,0.00814214;OID=.,.;OPOS=18808292,18808292;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,14:18:1,17:18:0:1,10:0,7:0:0:4:0:2,8:0,6:0:0 chr1 18808465 . T A 877.25 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00224311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.613;QD=55.6986;RBI=0.031022;REFB=-0.0833008;REVB=0.0309408;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000428557;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:61:62:0.984127:19:42:0:0:19:43:1:0 chr1 18808526 . A C 871.25 PASS AF=0.983871;AO=62;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00940029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.238;QD=56.2097;RBI=0.0261243;REFB=0.0811554;REVB=-0.0243744;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00033786;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:62:61:0.983871:20:42:0:0:20:41:1:0 chr1 18808711 . G C 94.27 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.016432;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.938;QD=9.6687;RBI=0.0246298;REFB=-0.00478269;REVB=-0.0183472;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222004;STB=0.64412;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00934182;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:39:26:27:12:12:0.307692:7:5:16:10:7:5:17:10 chr1 18809896 . A T 435.92 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.38;QD=54.4903;RBI=0.0359943;REFB=-0.14517;REVB=-0.00742682;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.533311;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00107635;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:24:7:0:0:24:7:1:0 chr1 18809916 . G A 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0927599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4521;QD=16.1174;RBI=0.0960537;REFB=0.00527327;REVB=0.0249384;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506435;STB=0.529362;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.000983862;OID=.;OPOS=18809916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:5:8:8:4:5:8 chr1 18810344 . G T 545.0 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0277742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7545;QD=54.4997;RBI=0.0710582;REFB=-0.00304739;REVB=0.0654054;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584216;STB=0.529396;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000925697;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:15:22:0:2:16:22:0:2 chr1 18810484 . G A 60.93 PASS AF=0.30303;AO=8;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0451671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.283;QD=7.38556;RBI=0.0473655;REFB=-0.0213262;REVB=0.0142626;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122879;STB=0.515121;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.100688;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:32:33:23:23:8:10:0.30303:3:5:12:11:5:5:12:11 chr1 18810486 . A C 71.92 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0174829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.351;QD=8.21968;RBI=0.0216858;REFB=0.0025519;REVB=-0.0128306;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882612;STB=0.514257;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00639383;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:35:25:25:9:10:0.285714:4:5:12:13:5:5:12:13 chr1 18811668 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.788;QD=35.5759;RBI=0.0423806;REFB=0;REVB=0.0407692;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617366;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 18812176 . G A 288.91 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00406281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.149;QD=21.0113;RBI=0.0260642;REFB=-0.00943565;REVB=-0.0257456;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663181;STB=0.538436;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0160474;OID=.;OPOS=18812176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:25:30:30:0.545455:12:18:15:7:12:18:17:8 chr1 18812316 . C T 276.46 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0270102;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.684;QD=13.1645;RBI=0.0270832;REFB=0.0059817;REVB=0.00198732;RO=52;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187801;STB=0.510746;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00806955;OID=.;OPOS=18812316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:52:32:32:0.380952:19:13:22:30:19:13:22:30 chr1 19018405 . G A 282.27 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0157347;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.273;QD=16.8521;RBI=0.0571664;REFB=0.00581124;REVB=0.0549583;RO=36;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255429;STB=0.643822;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00542636;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:10:21:15:21:10:21:15:21 chr1 19018432 . A C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0382669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.498;QD=17.953;RBI=0.0458152;REFB=-0.0132649;REVB=-0.0251926;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808904;STB=0.545298;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00652407;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:11:17:14:13:11:17 chr1 19027239 . A G 170.35 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0129604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9346;QD=21.2939;RBI=0.0300818;REFB=-0.0102324;REVB=0.0271467;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289807;STB=0.583252;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0081586;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:17:18:0.5625:14:3:0:13:15:3:1:13 chr1 19166294 . G A 53.94 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.014315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.391;QD=10.7878;RBI=0.0158966;REFB=-0.00894382;REVB=0.00691244;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311223;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0359482;OID=.;OPOS=19166294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:19:20:12:12:7:8:0.4:2:5:5:7:3:5:5:7 chr1 19186129 . G C 1406.31 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0426058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.456;QD=60.4863;RBI=0.0426061;REFB=-0.104608;REVB=0.000159954;RO=2;SAF=39;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027948;STB=0.501567;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00078271;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:90:91:0.978495:51:39:1:1:52:39:1:1 chr1 19201956 . A G 294.38 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0216335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2027;QD=19.3037;RBI=0.0401169;REFB=-0.0264687;REVB=-0.033784;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167405;STB=0.506676;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0205986;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:29:31:32:0.52459:15:16:15:13:15:17:15:14 chr1 19202896 . G A 181.03 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0158491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.876;QD=12.9309;RBI=0.016405;REFB=-0.0152153;REVB=0.0042343;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227826;STB=0.60705;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0169051;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:34:22:22:0.392857:11:11:23:9:11:11:23:11 chr1 19202917 . T C 207.8 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0582719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.264;QD=17.6853;RBI=0.0593445;REFB=-0.0159416;REVB=-0.0112318;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283873;STB=0.659861;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00945479;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:20:6:11:10:20:6 chr1 19202926 . T C 145.1 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0244308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.772;QD=12.8981;RBI=0.0244349;REFB=-0.0254976;REVB=0.000442777;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30312;STB=0.69211;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0577554;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:16:17:0.377778:8:8:21:6:9:8:22:6 chr1 19203997 . C G 887.17 PASS AF=0.566434;AO=81;DP=144;FAO=81;FDP=143;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0174357;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.559;QD=24.8158;RBI=0.0271271;REFB=-0.0317538;REVB=0.0207816;RO=61;SAF=45;SAR=36;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409369;STB=0.52531;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.02508;OID=.;OPOS=19203997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:61:62:81:81:0.566434:36:45:37:24:36:45:38:24 chr1 19238473 . A T 317.31 PASS AF=0.589286;AO=31;DP=54;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0215739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.397;QD=22.6651;RBI=0.0288877;REFB=-0.0143406;REVB=0.0192111;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120723;STB=0.575712;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00872688;OID=.;OPOS=19238473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:23:23:31:33:0.589286:14:17:9:14:14:19:9:14 chr1 19401405 . G A 308.23 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0123338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.531;QD=28.0206;RBI=0.0185967;REFB=-0.0426674;REVB=-0.0139182;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583101;STB=0.532087;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0242362;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:17:10:5:12:17:10:5:12 chr1 19411129 . A G 262.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0270738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7384;QD=15.0164;RBI=0.0449058;REFB=0.00796842;REVB=-0.0358266;RO=40;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163156;STB=0.59253;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00860918;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:19:11:21:19:19:11:21:19 chr1 19413261 . T A 442.56 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00019997;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.394;QD=19.6692;RBI=0.0342017;REFB=-0.0218038;REVB=0.0342011;RO=46;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020924;STB=0.511623;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0226332;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:46:44:44:0.488889:23:21:23:23:23:21:23:23 chr1 19415304 . C T 328.12 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0378682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.885;QD=20.5072;RBI=0.0406776;REFB=-0.0299235;REVB=0.0148547;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20846;STB=0.60323;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0254553;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:30:33:34:0.53125:14:19:9:19:14:20:11:19 chr1 19426178 . A G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0226279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.66;QD=17.7315;RBI=0.0228545;REFB=0.00584799;REVB=0.00321046;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225855;STB=0.638556;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00662131;OID=.;OPOS=19426178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:5:13:8:9:5:14 chr1 19433449 . A G 219.18 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0266328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3764;QD=13.9162;RBI=0.0266435;REFB=-0.00628396;REVB=0.000754731;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933039;STB=0.577611;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00755158;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:35:37:25:26:0.412698:13:12:20:15:14:12:22:15 chr1 19447843 . C G 165.66 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0744225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6213;QD=14.7254;RBI=0.0859041;REFB=-0.0428298;REVB=-0.0429046;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152668;STB=0.588138;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0503486;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:16:11:10:8:16:11 chr1 19510394 . A G 209.62 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00317927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.867;QD=18.6331;RBI=0.0144047;REFB=-0.00484106;REVB=-0.0140495;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168346;STB=0.509545;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0039541;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:11:13:11:10:11:13 chr1 19565344 . C G 70.72 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0469101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9905;QD=10.1026;RBI=0.0697857;REFB=-0.037203;REVB=0.0516671;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153571;STB=0.63354;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0777249;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:28:28:17:18:9:10:0.357143:4:5:7:10:4:6:7:11 chr1 19584406 . C T 688.96 PASS AF=0.536;AO=56;DP=124;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0156801;FXX=0.00793588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.047;QD=22.0467;RBI=0.0168015;REFB=-0.0337835;REVB=0.00603541;RO=40;SAF=29;SAR=27;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245783;STB=0.547405;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0290617;OID=.;OPOS=19584406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:40:58:56:67:0.536:27:29:22:18:38:29:31:27 chr1 19595137 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.165;QD=53.9313;RBI=0.0395784;REFB=-0.00558834;REVB=0.0182739;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000618711;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:12:18:0:0:12:18:0:1 chr1 19596124 . C T 1459.98 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292589;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0071;QD=63.4776;RBI=0.0322287;REFB=0;REVB=-0.0135132;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0959e-05;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:54:38:0:0:54:38:0:0 chr1 19596156 . G T 1255.7 PASS AF=0.965909;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0662134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5951;QD=57.0772;RBI=0.0865832;REFB=-0.0298993;REVB=0.0557893;RO=4;SAF=31;SAR=51;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344632;STB=0.510479;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00515166;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:88:4:3:82:85:0.965909:51:31:3:1:53:32:2:1 chr1 19597420 . G T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00966229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.31;QD=15.2589;RBI=0.0385406;REFB=-0.017406;REVB=0.0373097;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00983681;OID=.;OPOS=19597420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:1:5:6:1:1:5 chr1 19609254 . T C 746.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.525;QD=63.5695;RBI=0.0608935;REFB=0;REVB=0.0605759;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147344;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr1 19611241 . T C 784.77 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6361;QD=57.0745;RBI=0.0851822;REFB=0;REVB=-0.0828158;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001022;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 19612477 . C T 263.68 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0375018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5718;QD=26.3682;RBI=0.0684038;REFB=-0.00387635;REVB=0.0572075;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407371;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:6:10:15:9:6:10 chr1 19621380 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00380821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.997;QD=10.4362;RBI=0.00404751;REFB=0.00242692;REVB=0.0013711;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166869;STB=0.599867;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00451528;OID=.;OPOS=19621380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:6:9:15:18:6:9:15:18 chr1 19652063 . G A 77.19 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00337155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4229;QD=13.4235;RBI=0.00677478;REFB=-0.028434;REVB=-0.00587624;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154027;STB=0.509073;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0853029;OID=.;OPOS=19652063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:5:8:6:4:5:8 chr1 19726907 . A T 131.03 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00715508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.968;QD=14.5583;RBI=0.00947729;REFB=-0.00514109;REVB=-0.00621481;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505926;STB=0.7996;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00737153;OID=.;OPOS=19726907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:14:15:0.416667:11:3:15:6:12:3:15:6 chr1 19750909 . G T 249.75 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00150216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.103;QD=18.5001;RBI=0.0121112;REFB=-0.0160745;REVB=0.0120177;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377723;STB=0.521111;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0154096;OID=.;OPOS=19750909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:9:18:19:8:9:18:19:8 chr1 19751063 . C T 429.1 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0246758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.838;QD=35.7583;RBI=0.029522;REFB=-0.00447575;REVB=0.0162066;RO=14;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318551;STB=0.517316;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00186085;OID=.;OPOS=19751063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:19:15:7:7:19:15:7:7 chr1 19953118 . G T 772.68 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271576;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1061;QD=56.1951;RBI=0.0271949;REFB=0;REVB=0.00142483;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599668;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:21:32:0:0:22:33:0:0 chr1 19992513 . C T 495.54 PASS AF=0.597561;AO=45;DP=81;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00530877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.573;QD=24.1725;RBI=0.00554006;REFB=-0.0472973;REVB=0.00158407;RO=30;SAF=27;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502036;STB=0.552691;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0340466;OID=.;OPOS=19992513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:30:33:45:49:0.597561:18:27:16:14:19:30:16:17 chr1 20009737 . G A 266.36 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0114878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.93;QD=21.3088;RBI=0.0144219;REFB=-0.0139607;REVB=0.00871898;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11658;STB=0.56562;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0147332;OID=.;OPOS=20009737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:14:11:8:17:14:11 chr1 20020993 . A G 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7407;QD=62.9779;RBI=0.0169077;REFB=0;REVB=0.0152119;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019941;OID=.;OPOS=20020993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr1 20141528 . C T 130.78 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0145944;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.985;QD=10.676;RBI=0.0146992;REFB=-0.0182216;REVB=0.0017522;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143159;STB=0.591726;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0344079;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:15:16:0.326531:7:8:21:11:8:8:21:12 chr1 20304962 . C G 164.78 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0190656;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.284;QD=12.4363;RBI=0.0191202;REFB=-0.00157115;REVB=0.00144405;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133961;STB=0.576935;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00391557;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:8:25:13:7:8:25 chr1 20411332 . C T 665.41 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0151098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.562;QD=16.8457;RBI=0.0167933;REFB=-0.0191444;REVB=-0.00732877;RO=85;SAF=25;SAR=47;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556052;STB=0.528384;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0219047;OID=.;OPOS=20411332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:85:86:72:72:0.455696:47:25:34:51:47:25:34:52 chr1 20442054 . T C 1246.65 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.691;QD=61.5628;RBI=0.0603358;REFB=0;REVB=0.060055;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76099e-05;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:48:33:0:0 chr1 20490518 . T C 306.5 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00915212;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.995;QD=22.291;RBI=0.023181;REFB=-0.0153645;REVB=-0.0212978;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383599;STB=0.521213;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0123716;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:31:31:0.563636:17:14:12:12:17:14:12:12 chr1 20639336 . C T 254.24 PASS AF=0.69697;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0210831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.851;QD=30.8165;RBI=0.0330184;REFB=-0.018217;REVB=0.025411;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567528;STB=0.523789;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00508252;OID=.;OPOS=20639336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:10:10:22:23:0.69697:11:11:6:4:11:12:6:4 chr1 20880905 . A G 262.67 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00954496;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.354;QD=25.0162;RBI=0.0101736;REFB=-0.0253393;REVB=-0.00352089;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164374;STB=0.579201;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0178279;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:18:24:24:0.571429:15:9:11:8:15:9:10:8 chr1 20881309 . T A 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0075478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.795;QD=26.3384;RBI=0.0215983;REFB=-0.00815442;REVB=0.0202366;RO=15;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184998;STB=0.602745;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00543856;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:8:15:6:9:8:15:6:9 chr1 20972048 . G A,C 754.68 PASS AF=0.897959,0.102041;AO=43,4;DP=48;FAO=44,5;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,4;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334803,-0.000702548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.0057,122.071;QD=61.6064;RBI=0.0448079,0.00688949;REFB=0,0;REVB=0.0297794,-0.00685358;RO=0;SAF=27,3;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00120844,0.173241;OID=.,.;OPOS=20972048,20972048;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:48:49:0:0:43,4:44,5:0.897959,0.102041:16,1:27,3:0:0:17,1:27,4:0:0 chr1 20972111 . G A 302.38 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00446358;FXX=0.0821805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.682;QD=18.0523;RBI=0.00685586;REFB=-0.00627168;REVB=-0.00520377;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157697;STB=0.574665;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00627064;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:67:33:35:32:32:0.477612:12:20:15:18:12:20:17:18 chr1 20977000 . A C 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00132599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.42;QD=13.4584;RBI=0.0302343;REFB=-0.0144265;REVB=0.0302052;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852039;STB=0.549936;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0277896;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:5:11:16:10:5:11:16:10 chr1 20987873 . G C 617.01 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336956;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.431;QD=61.7007;RBI=0.0439894;REFB=0;REVB=0.0282785;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328918;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr1 20992819 . G C 161.3 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0288606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4022;QD=18.9765;RBI=0.0897896;REFB=-0.02596;REVB=0.085025;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117167;STB=0.566847;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0284228;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:7:10:12:5:7:10 chr1 21011346 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.45;QD=50.4128;RBI=0.0527734;REFB=0;REVB=0.0524236;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603297;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 21011622 . C CGACA 85.83 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00948104;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.374;QD=13.7327;RBI=0.0136167;REFB=-0.019562;REVB=-0.00977362;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646038;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=ins;VARB=0.0346913;OID=.;OPOS=21011623;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=CGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:10:25:11:25:14:4:7:5:9:85:14:3:7:5:9 chr1 21031042 . T C 325.07 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0218836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4236;QD=17.3371;RBI=0.0352443;REFB=-0.0206768;REVB=0.0276272;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558158;STB=0.538439;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0338861;OID=.;OPOS=21031042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:20:15:19:20:20:15:20:20 chr1 21042094 . G A 354.88 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0288966;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7478;QD=13.3916;RBI=0.0300906;REFB=-0.0190089;REVB=0.00839239;RO=61;SAF=16;SAR=26;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138119;STB=0.51606;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0315142;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:64:42:42:0.396226:26:16:24:37:26:16:26:38 chr1 21044161 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.523;QD=39.2064;RBI=0.042619;REFB=0;REVB=0.00749516;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308197;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr1 21050958 . C T 709.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.803;QD=63.0225;RBI=0.0711189;REFB=0;REVB=0.0684227;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267004;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chr1 21167404 . A G 718.5 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158316;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.642;QD=61.1492;RBI=0.0196768;REFB=-0.0607563;REVB=-0.0116848;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00156469;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:1:0:27:19:1:0 chr1 21325360 . C A 71.23 PASS AF=0.24;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.018612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.431;QD=11.397;RBI=0.0311234;REFB=-0.0119464;REVB=-0.0249451;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06903;STB=0.599657;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0260831;OID=.;OPOS=21325360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:25:25:13:15:5:6:0.24:2:3:7:6:4:2:7:8 chr1 21795388 . A G 328.51 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0127379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.154;QD=18.0003;RBI=0.0183438;REFB=-0.0061011;REVB=0.0132001;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702882;STB=0.539303;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00453196;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:21:14:18:20:21:14:18:20 chr1 21808159 . G A 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.0359941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6059;QD=19.8473;RBI=0.0361842;REFB=-0.0116035;REVB=-0.00370435;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320767;STB=0.685531;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00795016;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:4:11:12:0:4:11:13:0 chr1 21808207 . A C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0869154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.478;QD=28.6827;RBI=0.0893385;REFB=0.101429;REVB=0.0206658;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147719;STB=0.583156;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00523341;OID=.;OPOS=21808207;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:2:0:4:5:2:0 chr1 21808223 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0551325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.644;QD=23.2183;RBI=0.0972718;REFB=0.00733899;REVB=-0.0801387;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0170846;OID=.;OPOS=21808223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr1 21889635 . T C 733.63 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9326;QD=61.1354;RBI=0.0215445;REFB=-0.0520209;REVB=-0.00192974;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000362699;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:27:20:0:0:27:20:0:1 chr1 21894735 . T C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00186211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.165;QD=16.5042;RBI=0.00969141;REFB=-0.00417985;REVB=0.00951083;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375563;STB=0.527757;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00389336;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:17:9:9:20:17:9:9:21 chr1 21900171 . A G 452.83 PASS AF=0.54321;AO=42;DP=78;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0068909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.325;QD=22.3617;RBI=0.00744937;REFB=-0.00404214;REVB=-0.00282994;RO=35;SAF=27;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111169;STB=0.558658;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0026517;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:35:37:42:44:0.54321:15:27:18:17:16:28:19:18 chr1 21904267 . A G 433.24 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0281803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0676;QD=18.0516;RBI=0.029395;REFB=0.0323573;REVB=-0.00836288;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793991;STB=0.505778;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0166594;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:52:44:44:0.458333:25:19:22:28:25:19:23:29 chr1 21926063 . C T 785.76 PASS AF=0.47929;AO=81;DP=173;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=0.0524169;FXX=0.028734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3285;QD=18.5977;RBI=0.0525248;REFB=-0.0104262;REVB=0.0033642;RO=85;SAF=34;SAR=47;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156123;STB=0.594567;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0104124;OID=.;OPOS=21926063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:169:85:88:81:81:0.47929:47:34:50:35:47:34:53:35 chr1 21935433 . G T 290.71 PASS AF=0.492308;AO=30;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0097435;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.331;QD=17.8895;RBI=0.0106869;REFB=-0.016812;REVB=-0.00439019;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115342;STB=0.569188;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0161147;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:30:32:0.492308:15:15:12:20:16:16:12:21 chr1 21940555 . C T 110.62 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00817524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5965;QD=15.2581;RBI=0.058439;REFB=-0.0695171;REVB=-0.0578643;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0605574;OID=.;OPOS=21940555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:9:7:6:7:9:7 chr1 21943820 . G A 344.02 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0145772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.07;QD=17.4185;RBI=0.0145877;REFB=-0.0097923;REVB=0.000553607;RO=42;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21757;STB=0.621139;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0131259;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:17:20:13:29:17:20:13:29 chr1 22141030 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0597841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.566;QD=12.8682;RBI=0.063499;REFB=-0.0379283;REVB=0.0214006;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618033;STB=0.872244;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0254966;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:10:1:10:6:10:1:10:6 chr1 22149935 . T C 873.33 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184106;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.944;QD=58.222;RBI=0.0215324;REFB=0;REVB=0.0111667;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313274;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:20:39:0:0:21:39:0:0 chr1 22150795 . C T 196.78 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0631019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.326;QD=19.6779;RBI=0.0720416;REFB=0.0132097;REVB=0.0347583;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155274;STB=0.575681;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0097974;OID=.;OPOS=22150795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:12:8:11:8:12:8:11:9 chr1 22168534 . TG T 58.1 PASS AF=0.594595;AO=19;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0273373;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.08477;QD=6.28126;RBI=0.0274815;REFB=-0.0723679;REVB=0.00281185;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.5625;SSSB=-0.150779;STB=0.565976;STBP=0.359;TYPE=del;VARB=0.106548;OID=.;OPOS=22168535;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.594595:19:36:22:37:15:7:15:7:8:42:14:6:13:7:7 chr1 22180292 . TA T 37.29 PASS AF=0.319444;AO=19;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0622783;FXX=0.0399947;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.77231;QD=2.07174;RBI=0.063352;REFB=-0.104782;REVB=0.0116145;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179081;STB=0.502536;STBP=0.991;TYPE=del;VARB=0.0885173;OID=.;OPOS=22180293;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319444:19:72:23:72:49:14:9:30:19:37:34:12:7:16:18 chr1 22191454 . G A 344.84 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7685;QD=53.0521;RBI=0.094244;REFB=0;REVB=0.0785957;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390824;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr1 22199245 . C T 138.9 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0458985;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2053;QD=18.5198;RBI=0.0459139;REFB=-0.0233263;REVB=-0.00118931;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408332;STB=0.733022;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0355816;OID=.;OPOS=22199245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:4:11:4:11:4:11:4:11 chr1 22206649 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.784;QD=55.6547;RBI=0.0182628;REFB=0;REVB=0.000602835;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158891;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 22206942 . G A 771.4 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284217;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.626;QD=57.1409;RBI=0.0411706;REFB=0;REVB=0.0297864;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69634e-05;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr1 22207235 . T C,G 350.58 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225357,-0.0228663;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.1,112.633;QD=53.9361;RBI=0.0690014,0.0399374;REFB=0,0;REVB=0.0652176,0.0327434;RO=0;SAF=15,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=5.49583e-05,0.0515504;OID=.,.;OPOS=22207235,22207235;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:9,0:15,2:0:0:9,0:15,2:0:0 chr1 22214127 . A G 365.88 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0157158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.076;QD=18.7629;RBI=0.0969056;REFB=-0.034481;REVB=-0.0956227;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132304;STB=0.564;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0316657;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:38:40:37:38:0.487179:19:18:13:25:20:18:14:26 chr1 22216574 . C A 111.47 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.031846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.65;QD=15.9239;RBI=0.034158;REFB=-0.0025009;REVB=0.012353;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192974;STB=0.521707;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00216;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:11:2:2:12:11:2:2:13 chr1 22216604 . C G 86.66 PASS AF=0.625;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.109619;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.963;QD=21.6647;RBI=0.112413;REFB=-0.0409558;REVB=0.0249091;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10769;STB=0.562362;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0252681;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:6:6:10:10:0.625:9:1:1:5:9:1:1:5 chr1 22217108 . G A 775.89 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9413;QD=55.421;RBI=0.0489931;REFB=-0.0788239;REVB=0.0238846;RO=1;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500666;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:1:0:55:56:1:41:14:0:1:42:14:0:0 chr1 22303524 . G A 63.9 PASS AF=0.12844;AO=14;DP=109;FAO=14;FDP=109;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0380043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4049;QD=2.34478;RBI=0.0434071;REFB=-0.00915042;REVB=-0.0209724;RO=95;SAF=11;SAR=3;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389639;STB=0.775898;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0795458;OID=.;OPOS=22303524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:109:109:95:95:14:14:0.12844:3:11:45:50:3:11:45:50 chr1 22304428 . CC GT 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069352;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=240.591;QD=35.5759;RBI=0.037094;REFB=0;REVB=0.0364399;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000497814;OID=.;OPOS=22304428;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 22304431 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.967;QD=35.5759;RBI=0.0385372;REFB=0;REVB=-0.00675393;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000760313;OID=.;OPOS=22304431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 22307340 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4736;QD=44.6871;RBI=0.0635985;REFB=0;REVB=-0.00569799;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263453;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 22307358 . C G 191.17 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5875;QD=47.7936;RBI=0.0301434;REFB=0;REVB=-0.0234023;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110186;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 22307538 . C T 617.92 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157023;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.08;QD=56.1745;RBI=0.0165126;REFB=-0.0795041;REVB=0.00510916;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010638;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000643265;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:41:42:0.954545:20:21:1:1:20:22:1:1 chr1 22310190 . T C 88.93 PASS AF=0.423077;AO=12;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0671596;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0152;QD=13.6811;RBI=0.0785493;REFB=-0.00548808;REVB=-0.040738;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197057;STB=0.599815;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00428621;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:15:15:12:11:0.423077:8:4:8:7:7:4:8:7 chr1 22310262 . G C 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0857506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6996;QD=59.4275;RBI=0.086072;REFB=0;REVB=-0.00743118;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140188;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr1 22310725 . G C 934.96 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5287;QD=58.4347;RBI=0.0517036;REFB=0;REVB=0.0490501;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347588;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:27:35:0:0:29:35:0:0 chr1 22310824 . T C 785.11 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.715;QD=57.0988;RBI=0.0298614;REFB=0;REVB=-0.000107398;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84302e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:33:22:0:0 chr1 22313161 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.791;QD=51.1836;RBI=0.0390452;REFB=0;REVB=0.0318276;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129401;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 22314015 . GA G 101.95 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.527;QD=40.7811;RBI=0.0647907;REFB=0;REVB=0.0503384;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.65738e-05;OID=.;OPOS=22314016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:9:10:10:0:3:7:0:0:4:0:3:6:0:0 chr1 22324705 . T C 471.46 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0381714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.891;QD=55.4657;RBI=0.038791;REFB=-0.107661;REVB=0.00690529;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00527843;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:19:14:0:0:19:14:0:1 chr1 22328228 . C G 211.8 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.0949277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7153;QD=12.278;RBI=0.0949441;REFB=0.000950929;REVB=-0.00176632;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167032;STB=0.604865;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000201509;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:43:26:26:0.376812:16:10:10:31:16:10:10:33 chr1 22332008 . T C 72.65 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0228632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.21;QD=4.76425;RBI=0.0232727;REFB=-0.00372865;REVB=-0.00434645;RO=49;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149558;STB=0.597534;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0184172;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:8:4:22:27:8:4:22:27 chr1 22336277 . C G 545.52 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0253578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0661;QD=57.4227;RBI=0.0271276;REFB=0.0556249;REVB=0.00963805;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0224284;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:16:20:1:0:17:20:1:0 chr1 22336305 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=11;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0172979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.591;QD=14.1383;RBI=0.0317116;REFB=0.000488419;REVB=-0.0265783;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00151299;OID=.;OPOS=22336305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:20:11:14:0.411765:5:6:8:9:8:6:10:10 chr1 22336308 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0158248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.995;QD=13.6605;RBI=0.0225862;REFB=-0.0110154;REVB=0.0161156;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146058;STB=0.585244;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0212389;OID=.;OPOS=22336308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:12:9:8:6:12:9 chr1 22835677 . A G 568.63 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0166702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.699;QD=21.8703;RBI=0.0182681;REFB=-0.0234577;REVB=0.00747174;RO=45;SAF=27;SAR=30;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030172;STB=0.507097;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0153488;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:47:57:57:0.548077:30:27:23:22:30:27:23:24 chr1 22846709 . G A 755.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.466;QD=62.9981;RBI=0.0512321;REFB=0;REVB=0.016882;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578806;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr1 22852715 . G C 343.37 PASS AF=0.690476;AO=27;DP=39;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0226016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.414;QD=32.7016;RBI=0.0897504;REFB=0.000522374;REVB=0.086858;RO=12;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101255;STB=0.563655;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00164471;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:12:13:27:29:0.690476:18:9:6:6:19:10:7:6 chr1 22853141 . G A 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00587827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.127;QD=15.9145;RBI=0.0109199;REFB=-0.0409793;REVB=-0.00920272;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376485;STB=0.72223;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0420419;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:11:2:7:8:11:2:7:8 chr1 22903102 . C T 135.55 PASS AF=0.535714;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.194046;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.6895;QD=19.3646;RBI=0.221119;REFB=0.0255068;REVB=0.106017;RO=6;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78806e-08;STB=0.534839;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0160845;OID=.;OPOS=22903102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:6:13:12:15:0.535714:2:10:5:1:3:12:11:2 chr1 22915753 . T C 132.68 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0088136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.398;QD=19.6557;RBI=0.0211883;REFB=-0.02597;REVB=-0.0192683;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156004;STB=0.532662;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0161444;OID=.;OPOS=22915753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:27:10:11:13:13:0.481481:3:10:9:1:3:10:9:2 chr1 22929715 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTC 188.95 PASS AF=1,0;AO=13,4;DP=22;FAO=21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194484,-0.00618969;FXX=0.0454339;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.5191,15.2813;QD=35.991;RBI=0.195188,0.472857;REFB=-0.0377047,-0.0471771;REVB=-0.0165632,-0.472817;RO=3;SAF=13,0;SAR=0,4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.782218;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0153536,0;OID=.,.;OPOS=22929716,22929720;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:13,4:22:21,0:21:0:16,0:5,0:0:0:3:3:13,0:0,4:3:0 chr1 22965438 . A G 2393.27 PASS AF=1;AO=128;DP=137;FAO=150;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.434;QD=63.8204;RBI=0.0453029;REFB=0;REVB=0.01982;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27233e-05;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:137:150:0:0:128:150:1:66:62:0:0:71:79:0:0 chr1 22970642 . C T 1659.1 PASS AF=0.920635;AO=116;DP=126;FAO=116;FDP=126;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0159528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9687;QD=52.6698;RBI=0.0210885;REFB=-0.0692766;REVB=0.0137925;RO=7;SAF=60;SAR=56;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585322;STB=0.514534;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00290846;OID=.;OPOS=22970642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:126:126:7:10:116:116:0.920635:56:60:4:3:56:60:7:3 chr1 23101688 . T G 1015.47 PASS AF=1;AO=54;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100599;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1816;QD=58.8677;RBI=0.0190944;REFB=0;REVB=0.0190679;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145517;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:54:69:1:34:20:0:0:47:22:0:0 chr1 23219493 . T C 448.74 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00938283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2406;QD=52.793;RBI=0.0390876;REFB=-0.0875211;REVB=0.0379447;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0085605;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:34:0:1:30:32:0.941176:20:10:0:0:21:11:0:1 chr1 23241601 . C T 155.13 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0125064;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.976;QD=20.0164;RBI=0.0301538;REFB=-0.0288249;REVB=0.027438;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199849;STB=0.612769;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0353919;OID=.;OPOS=23241601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:4:11:8:8:4:11 chr1 23385826 . CTT C 50.8 PASS AF=0.202899;AO=13;DP=72;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.000434453;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=2;MLLD=185.682;QD=2.94509;RBI=0.0119183;REFB=-0.00445772;REVB=-0.0119104;RO=54;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122245;STB=0.608722;STBP=0.367;TYPE=del;VARB=0.019956;OID=.;OPOS=23385827;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202899:13:72:14:69:55:5:9:27:28:50:54:5:8:26:28 chr1 23413027 . T C 941.63 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000227442;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.112;QD=58.852;RBI=0.00439924;REFB=0;REVB=-0.00439335;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51617e-06;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:40:24:0:0 chr1 23415438 . G A 351.95 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00809382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.617;QD=15.6422;RBI=0.00822043;REFB=-0.0170395;REVB=-0.00143721;RO=51;SAF=12;SAR=26;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207568;STB=0.612842;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00963615;OID=.;OPOS=23415438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:26:12:26:25:26:12:26:26 chr1 23418153 . C T 1358.57 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00735183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5091;QD=59.7174;RBI=0.00769887;REFB=-0.00314677;REVB=-0.00228541;RO=2;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220283;STB=0.511361;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000199333;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:88:89:0.978022:42:46:0:2:43:46:0:2 chr1 23419261 . G A 508.31 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0633257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1037;QD=56.4789;RBI=0.0650521;REFB=-0.0410848;REVB=0.0148874;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0032175;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:21:14:1:0:21:14:1:0 chr1 23419374 . G T 1025.6 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00905085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8903;QD=59.455;RBI=0.025328;REFB=0;REVB=-0.0236557;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307329;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr1 23419383 . C T 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.573;QD=58.6109;RBI=0.0604937;REFB=0.0363185;REVB=-0.0576951;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000219815;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:36:37:0:1:36:37:0:1 chr1 23419855 . T C 464.19 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.243;QD=58.0235;RBI=0.0470901;REFB=0;REVB=0.0215416;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316821;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:24:7:0:0:25:7:0:0 chr1 23664998 . G A 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.01948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7113;QD=11.6314;RBI=0.0194813;REFB=-0.0143056;REVB=0.000226726;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501911;STB=0.7994;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0113254;OID=.;OPOS=23664998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:11:5:8:2:11:5 chr1 23688933 . A G 347.64 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0184836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.38;QD=51.5026;RBI=0.0192474;REFB=-0.102372;REVB=0.00536829;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00172829;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr1 23696152 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.634;QD=47.8219;RBI=0.0400777;REFB=0;REVB=0.0265341;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036703;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 23710805 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.015351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.185;QD=51.5083;RBI=0.023492;REFB=0.0768697;REVB=0.0177826;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00256128;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:1:0:12:14:1:0 chr1 23833611 . G T 253.32 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00113964;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.903;QD=19.1185;RBI=0.00311722;REFB=-0.00342;REVB=-0.00290143;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834894;STB=0.546748;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0020654;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:12:14:17:10:12:14 chr1 23835794 . A G 268.65 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00806293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.468;QD=22.3872;RBI=0.0176405;REFB=-0.00405911;REVB=-0.01569;RO=22;SAF=3;SAR=22;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510964;STB=0.785442;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00305656;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:22:3:13:9:22:3:13:10 chr1 23836364 . A G 35.03 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00862665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8828;QD=5.00458;RBI=0.0295721;REFB=0.00067721;REVB=0.0282858;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044619;STB=0.555379;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00138968;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:28:20:22:6:6:0.214286:2:4:14:6:2:4:16:6 chr1 23847464 . C A 252.85 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0144523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.632;QD=15.0958;RBI=0.0190253;REFB=-0.0232381;REVB=0.0123731;RO=38;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149687;STB=0.584846;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0183192;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:11:18:18:20:11:18:18:20 chr1 23884780 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00554489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.241;QD=12.3289;RBI=0.0055878;REFB=-0.0105082;REVB=0.000691197;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0190858;OID=.;OPOS=23884780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:9:8:5:6:9:8 chr1 23885498 . T C 1525.48 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.22;QD=59.8227;RBI=0.0105336;REFB=0;REVB=0.00355058;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59362e-05;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr1 23885599 . T C 129.67 PASS AF=0.4;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00228456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2695;QD=12.9667;RBI=0.00417192;REFB=-0.00593056;REVB=-0.0034908;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343242;STB=0.619051;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00666554;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:24:14:16:0.4:11:3:12:12:11:5:12:12 chr1 24018277 . C G 1491.72 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.93;QD=59.0781;RBI=0.0495925;REFB=0;REVB=0.0392692;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342015;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:1:0:98:101:1:53:45:0:1:55:46:0:0 chr1 24083494 . C T 163.81 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.054193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3522;QD=12.8477;RBI=0.0579596;REFB=-0.0120318;REVB=0.0205532;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342995;STB=0.519979;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0171196;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:11:21:13:6:11:21 chr1 24121601 . C T 306.84 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00510869;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=191.181;QD=39.5917;RBI=0.0181368;REFB=-0.0497007;REVB=0.0174024;RO=4;SAF=4;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412189;STB=0.604844;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00591946;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:30:31:4:6:25:25:0.806452:21:4:1:3:21:4:3:3 chr1 24130856 . G A 290.12 PASS AF=0.56;AO=18;DP=48;FAO=28;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0356403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.314;QD=23.2099;RBI=0.0380329;REFB=-0.077255;REVB=0.0132768;RO=11;SAF=0;SAR=18;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.83841;STB=0.564015;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0781549;OID=.;OPOS=24130856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:11:22:18:28:0.56:18:0:5:6:19:9:10:12 chr1 24134721 . T C 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00487497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0368;QD=13.9183;RBI=0.0126052;REFB=0.00219007;REVB=-0.0116244;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175592;STB=0.517228;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00476223;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:14:12:16:20:14:12:16:21 chr1 24180962 . T C 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0140898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.228;QD=21.2267;RBI=0.0151217;REFB=-0.0188207;REVB=-0.00549035;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261428;STB=0.514502;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0179581;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:13:16:14:10:13:16:14:10 chr1 24201162 . G A 68.35 PASS AF=0.27027;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0369863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5613;QD=7.38932;RBI=0.0385462;REFB=-0.0226901;REVB=0.0108545;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875417;STB=0.586782;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0690305;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:37:37:27:27:9:10:0.27027:5:4:14:13:6:4:14:13 chr1 24288404 . A G 407.44 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0206367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7285;QD=22.9545;RBI=0.0230698;REFB=-0.00584919;REVB=0.0103121;RO=31;SAF=23;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123706;STB=0.568067;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0069815;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:17:23:13:18:17:23:13:18 chr1 24288432 . C T 1138.82 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129424;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.06;QD=60.7368;RBI=0.0139409;REFB=0;REVB=0.00518101;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429108;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr1 24392600 . G A 313.44 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0227119;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.536;QD=26.6756;RBI=0.0294822;REFB=-0.0447695;REVB=0.0187982;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14158;STB=0.592409;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0341305;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:20:19:27:28:0.595745:17:10:11:9:18:10:11:8 chr1 24392671 . T C 163.57 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00769966;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6861;QD=13.9211;RBI=0.00824465;REFB=-0.0435167;REVB=0.0029478;RO=29;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319821;STB=0.695641;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0686053;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:17:18:0.382979:12:5:17:12:13:5:17:12 chr1 24393563 . C T 572.11 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.00978834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.495;QD=16.1157;RBI=0.0150391;REFB=-0.0176344;REVB=-0.0114177;RO=81;SAF=27;SAR=34;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624617;STB=0.534894;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0183551;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:61:61:0.429577:34:27:31:50:34:27:31:50 chr1 24394811 . A G 132.06 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0211783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.713;QD=14.6732;RBI=0.0276085;REFB=-0.0163209;REVB=-0.0177119;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522358;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0288818;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:8:6:9:12:8:7:9:12 chr1 24406647 . G A 398.62 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.019247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.844;QD=18.5405;RBI=0.020561;REFB=-0.00939461;REVB=0.00723226;RO=45;SAF=8;SAR=32;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172813;STB=0.579144;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00995385;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:40:41:0.476744:32:8:15:30:32:9:15:30 chr1 24409165 . C T 727.22 PASS AF=0.541985;AO=59;DP=119;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.120441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7617;QD=22.2054;RBI=0.121734;REFB=-0.0120406;REVB=-0.0176985;RO=60;SAF=12;SAR=47;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248329;STB=0.539207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0111904;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:131:60:60:59:71:0.541985:47:12:25:35:47:24:25:35 chr1 24409191 . C T 493.66 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00368063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.295;QD=20.3571;RBI=0.00513257;REFB=-0.0244856;REVB=-0.00357719;RO=47;SAF=15;SAR=33;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286724;STB=0.519933;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.017479;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:49:48:48:0.494845:33:15:16:31:33:15:17:32 chr1 24413159 . TT CC,CT 107.95 PASS AF=0.097561,0.243902;AO=3,10;DP=42;FAO=4,10;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3,6;FSAR=1,4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.000256376,0.0038229;FXX=0.0465008;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=73.6276,177.791;QD=10.5317;RBI=0.0488707,0.0272701;REFB=-0.0162354,-0.0353105;REVB=-0.04887,-0.0270008;RO=25;SAF=3,6;SAR=0,4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.594196,0.18386;STB=0.783274,0.638028;STBP=0.313,0.291;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0795219,0.106499;OID=.,.;OPOS=24413159,24413159;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:42:41:25:27:3,10:4,10:0.097561,0.243902:0,4:3,6:11:14:1,4:3,6:11:16 chr1 24416059 . T C 778.82 PASS AF=1;AO=39;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945505;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9798;QD=55.63;RBI=0.118772;REFB=0;REVB=0.071882;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258266;OID=.;OPOS=24416059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:39:56:1:16:23:0:0:22:34:0:0 chr1 24416070 . G C 232.94 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0011262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.281;QD=14.7895;RBI=0.00284624;REFB=-0.0325219;REVB=0.00261396;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142778;STB=0.578889;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0203036;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:32:36:27:27:0.428571:15:12:19:13:15:12:21:15 chr1 24416133 . C T 313.82 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00796266;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.37;QD=16.7372;RBI=0.012672;REFB=-0.0210361;REVB=-0.00985773;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277631;STB=0.503935;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0270729;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:41:34:34:0.453333:18:16:19:19:18:16:19:22 chr1 24434539 . G C 343.58 PASS AF=0.5;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.060684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4709;QD=19.088;RBI=0.0879881;REFB=-0.0261906;REVB=-0.0637132;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290548;STB=0.528286;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0247813;OID=.;OPOS=24434539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:34:36:36:36:0.5:20:16:14:20:20:16:14:22 chr1 24447468 . G C 1264.29 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8567;QD=61.6724;RBI=0.116235;REFB=0;REVB=0.105035;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115787;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr1 24465113 . C T 1011.86 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00809686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.922;QD=57.8204;RBI=0.0172191;REFB=-0.101424;REVB=0.0151966;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0002241;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:37:32:0:0:37:32:0:1 chr1 24496085 . G A 152.94 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0308247;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.665;QD=19.1172;RBI=0.0398936;REFB=-0.0211517;REVB=0.0253247;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316202;OID=.;OPOS=24496085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:15:16:17:16:0.5:4:13:12:3:4:12:12:4 chr1 24680915 . C T 906.63 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7725;QD=55.7928;RBI=0.0492277;REFB=-0.133756;REVB=0.0479425;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00378373;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:61:64:0.984615:27:34:0:1:27:37:0:1 chr1 24706113 . G A 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2058;QD=58.7729;RBI=0.0537271;REFB=0;REVB=0.0230932;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191504;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr1 24706269 . A G 1201.88 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970865;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.411;QD=61.6348;RBI=0.0269018;REFB=0;REVB=0.0250888;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109782;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr1 24706292 . T C 1080.43 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.223;QD=60.0239;RBI=0.0303312;REFB=0;REVB=0.0220096;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103283;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:46:26:0:0:46:26:0:0 chr1 24718075 . T C 914.86 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1898;QD=57.1784;RBI=0.0454229;REFB=0;REVB=0.0364285;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171689;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:34:29:0:1:35:29:0:0 chr1 24782710 . C T 699.68 PASS AF=0.430168;AO=76;DP=177;FAO=77;FDP=179;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0114067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.243;QD=15.6352;RBI=0.0173113;REFB=-0.00593769;REVB=-0.0130219;RO=98;SAF=32;SAR=44;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392199;STB=0.518634;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00717843;OID=.;OPOS=24782710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:98:102:76:77:0.430168:44:32:45:53:44:33:47:55 chr1 24785393 . C T 726.65 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.025864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9128;QD=52.8476;RBI=0.0313337;REFB=-0.14756;REVB=0.0176876;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.519992;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0102854;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:24:29:0:1:24:29:0:2 chr1 24859617 . G A 438.65 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192675;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.371;QD=58.4864;RBI=0.0208351;REFB=0;REVB=0.00792884;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101573;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr1 24859665 . G A 683.33 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0031531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.216;QD=47.9527;RBI=0.00854677;REFB=-0.0104939;REVB=-0.00794388;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134251;STB=0.527973;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000336812;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:2:5:52:52:0.912281:27:25:1:1:27:25:4:1 chr1 24861704 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5529;QD=50.407;RBI=0.0388963;REFB=0;REVB=0.0308335;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731296;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 25291010 . A T 141.91 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.011764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7782;QD=9.62102;RBI=0.0230091;REFB=-0.019934;REVB=-0.0197744;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21202;STB=0.623457;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0329862;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:11:8:10:30:11:8:10:30 chr1 25634143 . T C 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00470386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.146;QD=12.9421;RBI=0.0260272;REFB=-0.0248156;REVB=0.0255986;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991377;STB=0.558062;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0380394;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:11:14:7:8:11:14 chr1 26131654 . G A 1208.76 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.691;QD=61.2031;RBI=0.0393404;REFB=0;REVB=0.0391491;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108793;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr1 26138262 . T C 573.63 PASS AF=1;AO=27;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.204181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0722;QD=60.382;RBI=0.212384;REFB=0;REVB=0.0584563;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00717398;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:27:38:1:22:5:0:0:23:15:0:0 chr1 26140573 . C A 753.11 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0089426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1973;QD=54.7714;RBI=0.0223988;REFB=-0.0838285;REVB=0.0205363;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00601681;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:26:27:1:0:26:28:1:0 chr1 26144674 . G A 179.41 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00458388;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.625;QD=12.5904;RBI=0.00824262;REFB=-0.0103292;REVB=0.00685046;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124333;STB=0.561349;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0195315;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:11:11:13:21:11:11:14:21 chr1 26158498 . T C 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.016239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.04;QD=14.8156;RBI=0.0175646;REFB=-0.00671345;REVB=-0.00669403;RO=39;SAF=6;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28226;STB=0.661954;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00579624;OID=.;OPOS=26158498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:23:6:17:22:23:6:17:22 chr1 26158962 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.376;QD=58.1419;RBI=0.052896;REFB=0;REVB=0.0527878;RO=0;SAF=28;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202668;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:4:28:0:0:4:28:0:0 chr1 26290745 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.657;QD=49.5992;RBI=0.0248283;REFB=0;REVB=0.0246437;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25584e-05;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 26357656 . C A 856.16 PASS AF=0.969231;AO=58;DP=59;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.752;QD=52.6865;RBI=0.0586876;REFB=0.0130816;REVB=0.0572945;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.502767;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000776596;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:65:1:2:58:63:0.969231:33:25:0:1:37:26:1:1 chr1 26378002 . C T 411.46 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.375;QD=56.7535;RBI=0.0310804;REFB=0;REVB=-0.0125082;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54902e-05;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chr1 26488947 . C T 198.35 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0389092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8196;QD=22.6681;RBI=0.0389281;REFB=-0.0290969;REVB=0.00121215;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111614;STB=0.571359;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0230723;OID=.;OPOS=26488947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:19:20:0.571429:9:10:10:5:10:10:10:5 chr1 26496651 . T C 54.07 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0112024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.157;QD=12.7229;RBI=0.017916;REFB=-0.0479385;REVB=-0.0139817;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.538364;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0505612;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:17:17:9:9:7:8:0.470588:5:2:4:5:5:3:4:5 chr1 26504036 . G A 30.48 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00938683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3662;QD=11.0844;RBI=0.0150627;REFB=-0.0259215;REVB=0.0117802;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477139;STB=0.529298;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0283247;OID=.;OPOS=26504036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:5:1:1:4:5:1 chr1 26511139 . G A 60.04 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0161706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.129;QD=8.57723;RBI=0.0281004;REFB=-0.0150484;REVB=0.0229814;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124219;STB=0.516093;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.016306;OID=.;OPOS=26511139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:26:28:18:19:8:9:0.321429:4:4:11:7:4:5:11:8 chr1 26517267 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3097;QD=57.1993;RBI=0.038275;REFB=0;REVB=-0.00572527;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667963;OID=.;OPOS=26517267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 26517794 . A G 1556.97 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.984;QD=63.5497;RBI=0.0537693;REFB=0;REVB=0.0397998;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100889;OID=.;OPOS=26517794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:36:61:0:0:36:62:0:0 chr1 26517891 . C T 1030.58 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0458406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.094;QD=58.0607;RBI=0.0530661;REFB=-0.0893679;REVB=0.026733;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000589303;OID=.;OPOS=26517891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:38:31:1:0:39:31:1:0 chr1 26526439 . A G 609.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.942;QD=60.9529;RBI=0.0454257;REFB=0;REVB=0.0436266;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247597;OID=.;OPOS=26526439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr1 26608814 . A G 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.142;QD=44.6064;RBI=0.0175461;REFB=-0.0214301;REVB=0;RO=2;SAF=21;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371838;OID=.;OPOS=26608814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:0:21:2:0:0:21:2:0 chr1 26608852 . G A 62.52 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0216177;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.497;QD=6.75907;RBI=0.0230042;REFB=-0.0235335;REVB=-0.00786564;RO=26;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014354;STB=0.508753;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0505927;OID=.;OPOS=26608852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:37:26:28:9:9:0.243243:2:7:20:6:2:7:22:6 chr1 26609259 . C T 75.05 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0390113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3434;QD=11.1179;RBI=0.0772429;REFB=-0.0394231;REVB=-0.0666678;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196337;STB=0.617414;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0673926;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:10:7:6:4:10:7 chr1 26610891 . A C 135.97 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00518768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.795;QD=9.71193;RBI=0.0381507;REFB=-0.0152817;REVB=-0.0377963;RO=36;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747185;STB=0.531214;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0323915;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:36:38:18:18:0.321429:13:5:12:24:13:5:12:26 chr1 26627478 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0487491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.576;QD=16.1989;RBI=0.0490328;REFB=-0.0310445;REVB=0.00526647;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0104508;OID=.;OPOS=26627478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr1 26646726 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.000622289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.206;QD=11.4394;RBI=0.0220129;REFB=-0.01354;REVB=0.0220041;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297224;STB=0.682676;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0231018;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:17:6:7:6:18:6 chr1 26646730 . A G 105.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00758049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.257;QD=11.4381;RBI=0.00823375;REFB=-0.0156026;REVB=0.00321416;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280608;STB=0.682676;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0242768;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:24:13:13:0.351351:7:6:16:6:7:6:18:6 chr1 26648551 . G C 86.89 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0238239;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.693;QD=13.3672;RBI=0.0285194;REFB=-0.00489491;REVB=-0.0156773;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0120447;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:7:8:5:6:7:8 chr1 26663362 . C T 368.34 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0111859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.102;QD=47.5281;RBI=0.039269;REFB=0.0155365;REVB=-0.0376421;RO=3;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433253;STB=0.523348;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00032235;OID=.;OPOS=26663362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:12:16:1:2:12:16:1:2 chr1 26664968 . C T 163.39 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0127034;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.111;QD=19.222;RBI=0.0377196;REFB=-0.00775845;REVB=-0.0355161;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411352;STB=0.742539;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00404234;OID=.;OPOS=26664968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:16:17:0.5:3:13:7:10:3:14:7:10 chr1 26672074 . T C 104.3 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00363855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5096;QD=10.4297;RBI=0.0128739;REFB=0.000194203;REVB=-0.0123491;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245315;STB=0.647766;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00202415;OID=.;OPOS=26672074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:4:9:13:14:4:9:13:14 chr1 26691174 . C A 253.53 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0859278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.874;QD=23.5842;RBI=0.086388;REFB=-0.0196342;REVB=0.00890528;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145041;STB=0.588049;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.032675;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:13:10:5:14:13:11:5:14 chr1 26694245 . T C 93.28 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0714165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.994;QD=10.0841;RBI=0.0718346;REFB=-0.0166357;REVB=-0.00773968;RO=25;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387776;STB=0.752215;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0323587;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:25:25:11:12:0.324324:9:2:12:13:10:2:12:13 chr1 26694260 . T C 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0249382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.069;QD=6.59528;RBI=0.0251785;REFB=-0.0124881;REVB=0.00347015;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419739;STB=0.767688;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0284649;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:7:2:16:12:7:2:16:12 chr1 26700795 . T C 799.92 PASS AF=1;AO=44;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.324;QD=57.137;RBI=0.0678406;REFB=0;REVB=0.0289145;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626441;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:44:56:1:33:11:0:0:36:20:0:0 chr1 26755919 . A G 445.68 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00859389;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.183;QD=52.4324;RBI=0.0221942;REFB=-0.111097;REVB=0.0204629;RO=2;SAF=18;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.526299;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000619742;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:14:18:2:0:14:18:2:0 chr1 26786627 . G A 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0121251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.071;QD=12.0521;RBI=0.0129932;REFB=-0.0216876;REVB=0.00466947;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121026;STB=0.50723;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0292207;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:3:10:7:2:3:10 chr1 26879920 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.328;QD=49.5992;RBI=0.0247305;REFB=0;REVB=-0.00457129;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48945e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 26883511 . A C 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00153177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.55;QD=18.6758;RBI=0.0243225;REFB=-0.0238752;REVB=0.0242742;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023815;OID=.;OPOS=26883511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:19:13:13:19:19:13:13:19 chr1 26887255 . C T 319.83 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0117779;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.771;QD=18.2761;RBI=0.0236707;REFB=-0.0158103;REVB=-0.0205325;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229424;STB=0.614222;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0181807;OID=.;OPOS=26887255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:36:34:34:0.485714:17:17:8:25:17:17:10:26 chr1 26887592 . T C 54.5 PASS AF=0.32;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00224822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.541;QD=8.7205;RBI=0.00260309;REFB=-0.0228779;REVB=-0.00131209;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.51995;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0371903;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:15:17:8:8:0.32:4:4:7:8:4:4:9:8 chr1 26900735 . C G 275.43 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0323144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5437;QD=18.3623;RBI=0.0347593;REFB=-0.019729;REVB=-0.0128056;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177618;STB=0.599054;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0217373;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:13:17:11:19:13:17:11:19 chr1 26901319 . G A 242.49 PASS AF=0.45;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0173596;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7973;QD=16.1662;RBI=0.0355999;REFB=-0.0174897;REVB=0.0310805;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956183;STB=0.554176;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0214122;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:33:33:27:27:0.45:9:18:19:14:9:18:19:14 chr1 27210721 . T C 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399758;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.984;QD=53.963;RBI=0.0420818;REFB=0;REVB=0.0131459;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169294;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 27426796 . T C 775.37 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9485;QD=63.2953;RBI=0.0465653;REFB=0;REVB=-0.0460117;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508481;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr1 27427041 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.086068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7856;QD=51.9152;RBI=0.102821;REFB=0;REVB=-0.0562529;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00436202;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 27480757 . A G 194.1 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00089393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7729;QD=11.5883;RBI=0.0194255;REFB=-0.0419495;REVB=-0.0194049;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932572;STB=0.571881;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0600814;OID=.;OPOS=27480757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:24:25:0.373134:12:12:17:24:12:13:17:25 chr1 27676925 . G A 237.44 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0273817;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.692;QD=15.8294;RBI=0.0275499;REFB=-0.00694014;REVB=-0.00303931;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445654;STB=0.525143;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00812888;OID=.;OPOS=27676925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:12:21:16:11:12:21 chr1 27679797 . A G 360.32 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0366645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3353;QD=18.2441;RBI=0.0369451;REFB=-0.00110124;REVB=-0.00454453;RO=39;SAF=29;SAR=9;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768041;STB=0.52204;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00176962;OID=.;OPOS=27679797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:41:38:38:0.481013:9:29:30:9:9:29:30:11 chr1 27679954 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0318648;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.339;QD=22.1441;RBI=0.0321487;REFB=-0.00952099;REVB=-0.00426304;RO=13;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.599866;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00704752;OID=.;OPOS=27679954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:15:2:3:10:15:2:3:10 chr1 27680292 . A G 165.56 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0542856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.157;QD=9.73885;RBI=0.0635216;REFB=-0.0134225;REVB=-0.0329858;RO=45;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359575;STB=0.701627;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0308842;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:46:22:22:0.323529:8:14:14:31:8:14:15:31 chr1 27688633 . G A 857.09 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0198919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.888;QD=53.5679;RBI=0.0476232;REFB=-0.151209;REVB=0.0432698;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799323;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:60:62:0.96875:29:31:0:2:31:31:1:1 chr1 27709020 . T C 224.58 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0217533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.267;QD=17.614;RBI=0.0221217;REFB=-0.0281917;REVB=0.00402012;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868684;STB=0.548979;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0250363;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:16:11:12:12:16:11 chr1 27875824 . C T 87.94 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3606;QD=39.0836;RBI=0.0348995;REFB=0;REVB=-0.00750111;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181518;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 27876482 . C A 1164.57 PASS AF=0.920455;AO=80;DP=89;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0725699;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6236;QD=52.935;RBI=0.07257;REFB=-0.00645041;REVB=-8.49691e-05;RO=6;SAF=8;SAR=72;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129508;STB=0.565874;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000317784;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:89:88:6:7:80:81:0.920455:72:8:3:3:73:8:3:4 chr1 27878033 . G A 250.61 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0151503;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.838;QD=14.3206;RBI=0.0333703;REFB=-0.0409429;REVB=-0.0297329;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159737;STB=0.602283;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0463651;OID=.;OPOS=27878033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:41:29:29:0.414286:14:15:14:25:14:15:14:27 chr1 28060574 . A G 319.69 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.163756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.365;QD=51.1495;RBI=0.164253;REFB=0;REVB=0.0127704;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042199;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:13:12:0:0 chr1 28149924 . A T 470.71 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.23;QD=55.3774;RBI=0.123323;REFB=0.0289075;REVB=-0.0438103;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0221988;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:0:1:14:19:0:1 chr1 28173614 . C G 747.03 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.111;QD=63.5771;RBI=0.0457847;REFB=0;REVB=0.0327043;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2595e-06;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr1 28209305 . A G 681.82 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.501;QD=61.9836;RBI=0.0293392;REFB=0;REVB=-0.00831035;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46428e-05;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr1 28209362 . T C 307.75 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.008053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.964;QD=49.2392;RBI=0.0287677;REFB=0.035581;REVB=-0.0276175;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00131706;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:0:1:23:24:0.96:16:7:0:0:16:8:0:1 chr1 28209366 . A G 322.86 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6491;QD=53.8094;RBI=0.0706735;REFB=0;REVB=-0.0649764;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243912;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 28268835 . A C 607.1 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00231102;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5915;QD=56.4745;RBI=0.134218;REFB=-0.0569344;REVB=-0.134199;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0183443;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:16:25:1:0:16:26:1:0 chr1 28422847 . C T 502.71 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4735;QD=55.8565;RBI=0.152191;REFB=0;REVB=0.0925807;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00921803;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:21:12:0:0:23:13:0:0 chr1 28476862 . G T 113.85 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00728815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0444;QD=18.2158;RBI=0.0129059;REFB=-0.00107405;REVB=0.010651;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.596124;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00147024;OID=.;OPOS=28476862;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:5:7:5:7:5:8:5:7 chr1 28586397 . G A 172.18 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0665823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6763;QD=18.6136;RBI=0.0728254;REFB=-0.0311465;REVB=-0.0295016;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165154;STB=0.603655;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.035398;OID=.;OPOS=28586397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:11:6:10:9:12:6:10:9 chr1 28599898 . G A 288.18 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0287873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8506;QD=25.6158;RBI=0.0670845;REFB=-0.0391219;REVB=0.0605939;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718357;STB=0.539762;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0210732;OID=.;OPOS=28599898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:12:14:12:7:12:14:12:7 chr1 28638859 . A T 1414.59 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239912;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.415;QD=62.8706;RBI=0.0336544;REFB=0;REVB=0.0236017;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53728e-05;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:55:34:0:0:55:35:0:0 chr1 29189483 . C T 265.74 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00422435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0602;QD=21.259;RBI=0.0793182;REFB=0.00707;REVB=-0.0792056;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164374;STB=0.562763;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0148579;OID=.;OPOS=29189483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:25:24:25:0.5:9:15:8:11:9:16:13:12 chr1 29189597 . C T 729.35 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.642;QD=54.0258;RBI=0.0146647;REFB=-0.0765706;REVB=6.78835e-05;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000573708;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:52:53:0.981481:19:33:0:0:20:33:0:1 chr1 29443524 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0114177;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.869;QD=17.2466;RBI=0.0152296;REFB=-0.0114917;REVB=0.0100785;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223426;STB=0.626605;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.012779;OID=.;OPOS=29443524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:19:8:11:10:19:8 chr1 29446332 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTA 66.1 PASS AF=0.466667,0.0222222;AO=17,3;DP=45;FAO=21,1;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8,0;FSAR=13,1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0478176,-0.0947823;FXX=0.0217344;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.06541,14.5074;QD=5.87587;RBI=0.0806056,0.123084;REFB=-0.00994555,-0.0294344;REVB=0.0648902,-0.0785233;RO=16;SAF=8,0;SAR=9,3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.137389,-0.55716;STB=0.518501,0.986975;STBP=0.797,0.477;TYPE=del,snp;VARB=-0.01934,-0.0654517;OID=.,.;OPOS=29446333,29446340;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0.0222222:17,3:45:21,1:45:23:8,0:13,1:8:15:61:16:8,0:9,3:5:11 chr1 29446811 . A G 129.91 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0862072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1488;QD=14.0444;RBI=0.0887707;REFB=0.00480207;REVB=0.0211794;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803326;STB=0.5467;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00194471;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:12:10:8:7:12:10 chr1 29475648 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.106;QD=49.5992;RBI=0.0194238;REFB=0;REVB=0.0101641;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40293e-05;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr1 29522674 . C T 284.03 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.000553801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.331;QD=29.898;RBI=0.039008;REFB=0.00880447;REVB=-0.0390041;RO=13;SAF=7;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228662;STB=0.626343;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0073247;OID=.;OPOS=29522674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:18:7:8:5:18:7:8:5 chr1 29529699 . T C 483.26 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0337;QD=58.5766;RBI=0.0574669;REFB=0;REVB=0.0536862;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918463;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 29542637 . A G 695.77 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0084963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5625;QD=60.5013;RBI=0.0159938;REFB=-0.0743737;REVB=0.0135504;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00574119;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:1:0:27:18:1:0 chr1 29630455 . C T 760.33 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.178;QD=53.3565;RBI=0.0421255;REFB=-0.151802;REVB=0.0371828;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.502267;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.000592839;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:1:2:55:55:0.964912:24:31:1:0:24:31:1:1 chr1 29631909 . A G 1194.16 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.837;QD=59.7078;RBI=0.0282726;REFB=-0.00328592;REVB=0.00406992;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=9.48151e-05;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:78:79:0.9875:37:41:0:0:37:42:0:1 chr1 31188901 . A G 255.05 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00479313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.692;QD=15.2268;RBI=0.00482149;REFB=0.00655566;REVB=0.000522207;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142316;STB=0.580257;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0110734;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:15:14:13:25:15:14:13:25 chr1 31215364 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0171545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.099;QD=11.6342;RBI=0.0212407;REFB=-0.0251203;REVB=-0.0125256;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334607;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0241813;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:10:6:7:3:10:6 chr1 31346057 . A G 153.4 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00716283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0629;QD=13.9456;RBI=0.0311246;REFB=-0.0136659;REVB=-0.0302892;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147442;STB=0.585269;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0188825;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:9:18:9:8:9:18 chr1 31347320 . G A 388.79 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0123171;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5848;QD=18.5136;RBI=0.0578897;REFB=-0.0259398;REVB=0.0565642;RO=44;SAF=12;SAR=28;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159688;STB=0.589427;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0322998;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:44:40:40:0.47619:28:12:20:24:28:12:20:24 chr1 31349675 . G A 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0211777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.953;QD=19.8457;RBI=0.0302905;REFB=-0.0225185;REVB=-0.0216569;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244954;STB=0.640013;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0036455;OID=.;OPOS=31349675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:6:7:4:11:6:7 chr1 31351485 . C A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0211283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.725;QD=17.6896;RBI=0.0211619;REFB=-0.0164323;REVB=-0.00119204;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24053;STB=0.62901;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.022839;OID=.;OPOS=31351485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:6:15:12:13:6:15:13:13 chr1 31445932 . C A,G 1457.24 PASS AF=0.0531915,0.946809;AO=5,87;DP=92;FAO=5,89;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=4,47;FSAR=1,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332832,-0.00308892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.04,71.9066;QD=62.0103;RBI=0.0166359,0.0499784;REFB=0,0;REVB=0.0162995,0.0498829;RO=0;SAF=4,47;SAR=1,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0191506,0.000844618;OID=.,.;OPOS=31445932,31445932;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:92:94:0:0:5,87:5,89:0.0531915,0.946809:1,40:4,47:0:0:1,42:4,47:0:0 chr1 31653733 . T C 176.12 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0210053;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.704;QD=19.0395;RBI=0.0342916;REFB=-0.0266829;REVB=0.0271052;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146151;STB=0.568786;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0417059;OID=.;OPOS=31653733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:18:19:18:18:0.486486:10:8:11:7:10:8:11:8 chr1 31732788 . C T 349.61 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0120674;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6089;QD=19.6963;RBI=0.015179;REFB=-0.0261739;REVB=-0.00920751;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204982;STB=0.605578;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0195787;OID=.;OPOS=31732788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:35:35:36:0.507042:17:18:10:25:18:18:10:25 chr1 31733830 . T C 109.81 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0120849;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.765;QD=14.1685;RBI=0.0273635;REFB=-0.0247244;REVB=0.0245503;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135257;STB=0.552988;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0329871;OID=.;OPOS=31733830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:18:13:13:0.419355:4:9:9:7:4:9:11:7 chr1 31733926 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.025162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.364;QD=15.2623;RBI=0.0264456;REFB=0.0053649;REVB=0.00813891;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112115;STB=0.565116;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00648474;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:8:8:8:5:8:8 chr1 31740706 . A G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00665896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.767;QD=26.8489;RBI=0.0103137;REFB=-0.0118731;REVB=-0.00787595;RO=7;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442565;STB=0.751668;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0262432;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:13:2:5:2:13:2:5:2 chr1 31837196 . G T 750.67 PASS AF=0.506944;AO=72;DP=143;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0159182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.554;QD=20.8518;RBI=0.0228412;REFB=-0.0156417;REVB=-0.0163808;RO=70;SAF=36;SAR=36;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768065;STB=0.541521;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0172762;OID=.;OPOS=31837196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:70:71:72:73:0.506944:36:36:29:41:36:37:30:41 chr1 31882730 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00827581;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.661;QD=18.8866;RBI=0.0183224;REFB=-0.0324586;REVB=-0.0163469;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788369;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0248682;OID=.;OPOS=31882730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:3:5:3:1:3:5:4:1 chr1 31883295 . T C 1281.27 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910417;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8074;QD=61.7481;RBI=0.0451204;REFB=0;REVB=0.0441924;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204202;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:1:0:80:83:1:51:29:1:0:52:31:0:0 chr1 31898234 . T C 263.52 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0524656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6926;QD=19.5197;RBI=0.0748562;REFB=-0.00352688;REVB=-0.053393;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041376;STB=0.515141;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00519508;OID=.;OPOS=31898234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:17:11:11:14:17:11:11:15 chr1 31905889 . A ACAG 194.9 PASS AF=0.282609;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=92;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0396265;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.066;QD=8.47392;RBI=0.0407764;REFB=-0.0451126;REVB=-0.00961568;RO=65;SAF=11;SAR=15;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468344;STB=0.522941;STBP=0.812;TYPE=ins;VARB=0.0948822;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282609:26:93:26:92:66:11:15:30:36:99:65:11:15:30:35 chr1 31907457 . A G 831.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4182;QD=57.3179;RBI=0.0327083;REFB=0;REVB=-0.0274897;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15945e-05;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr1 31970513 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0112921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7036;QD=13.959;RBI=0.0818831;REFB=0.0138362;REVB=0.0811007;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456174;STB=0.76852;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00995485;OID=.;OPOS=31970513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:1:6:2:5:1:6 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 120.36 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0319474;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=11;MLLD=302.992;QD=13.3728;RBI=0.0320474;REFB=-0.0203327;REVB=-0.00252992;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282608;STB=0.66642;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=0.0246276;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:14:37:14:36:22:4:10:12:10:99:22:4:10:12:10 chr1 31973138 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0293944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.457;QD=14.6656;RBI=0.0301856;REFB=-0.0183268;REVB=0.00686565;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197969;STB=0.615227;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0182808;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:11:10:10:5:11:10 chr1 31973348 . A C 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0187871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.418;QD=15.6177;RBI=0.0241708;REFB=-0.00459851;REVB=-0.0152076;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283849;STB=0.656403;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00374441;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:8:10:6:17:8:10:7:18 chr1 31973409 . G A 146.36 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0470493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6668;QD=16.7269;RBI=0.0475192;REFB=0.000194323;REVB=0.00666591;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413708;STB=0.736957;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00125259;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:7:8:2:17:7:9:2:17 chr1 31973440 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.000509785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.063;QD=15.1961;RBI=0.00272582;REFB=0.00128796;REVB=-0.00267772;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387449;STB=0.718497;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000817575;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:2:16:7:7:2:16 chr1 32089201 . G A 424.52 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00899794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.135;QD=19.9776;RBI=0.00920639;REFB=-0.012951;REVB=-0.00194798;RO=42;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133874;STB=0.578276;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00712388;OID=.;OPOS=32089201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:42:42:43:0.505882:27:15:21:21:28:15:21:21 chr1 32119590 . G T 173.16 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0217562;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.413;QD=18.2268;RBI=0.024907;REFB=-0.00293347;REVB=0.0121254;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19497;STB=0.610988;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00241136;OID=.;OPOS=32119590;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:12:8:11:7:12:8 chr1 32127953 . G A 641.58 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.095;QD=59.6822;RBI=0.0266379;REFB=-0.143927;REVB=0.0144607;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123247;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr1 32148571 . A G 631.54 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.833;QD=61.6132;RBI=0.0366822;REFB=0;REVB=0.0365638;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88486e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr1 32158374 . T C 322.05 PASS AF=0.771429;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.003247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.985;QD=36.8061;RBI=0.0174959;REFB=-0.0144603;REVB=-0.0171919;RO=7;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412019;STB=0.529932;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00770206;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:7:8:26:27:0.771429:10:16:5:2:10:17:6:2 chr1 32208507 . TG CT,T 220.48 PASS AF=0,0.837209;AO=2,23;DP=43;FAO=0,36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=0,11;FSAR=0,25;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0425325,0.0829534;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=12.323,9.79713;QD=20.5099;RBI=0.15135,0.273838;REFB=-0.0526616,-0.0646327;REVB=0.14525,0.260971;RO=15;SAF=1,6;SAR=1,17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10165,-0.119607;STB=0.5,0.523156;STBP=1,0.55;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0500457;OID=.,.;OPOS=32208507,32208508;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:43:43:15:7:2,23:0,36:0,0.837209:1,17:1,6:6:9:0,25:0,11:3:4 chr1 32279629 . G A 1231.7 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.26;QD=60.0828;RBI=0.036191;REFB=-0.12971;REVB=0.0125218;RO=1;SAF=45;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104059;STB=0.505493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000234858;OID=.;OPOS=32279629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:80:81:0.987805:35:45:1:0:36:45:1:0 chr1 32280610 . T C 1098.45 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.324;QD=60.1889;RBI=0.025399;REFB=0;REVB=-0.0145525;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114301;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr1 32373841 . T G 33.64 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00276976;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=214.841;QD=3.05828;RBI=0.00643665;REFB=7.49232e-06;REVB=-0.00581024;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349819;STB=0.723936;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-5.68923e-05;OID=.;OPOS=32373841;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:44:36:38:6:6:0.136364:4:2:23:13:4:2:23:15 chr1 32544768 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.003528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.749;QD=13.9591;RBI=0.0441494;REFB=-0.000812694;REVB=-0.0440082;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260141;STB=0.651795;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.000137399;OID=.;OPOS=32544768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:6:1:3:4:6:1 chr1 32557486 . A G 210.47 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0873144;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.359;QD=17.9119;RBI=0.0916492;REFB=-0.0245142;REVB=-0.0278527;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494707;STB=0.529504;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0315693;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:20:21:0.446809:11:9:10:15:11:10:11:15 chr1 32672908 . T G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0039131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.315;QD=16.4159;RBI=0.0160303;REFB=-0.0253074;REVB=-0.0155454;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180419;STB=0.591261;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0235639;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:4:10:8:7:4:10:9:7 chr1 32672932 . G A 187.84 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0105478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1765;QD=20.3064;RBI=0.0450504;REFB=0.0229403;REVB=0.0437982;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787433;STB=0.544333;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0266596;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:12:6:8:11:12:6 chr1 32694819 . A G 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.134639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4389;QD=20.4855;RBI=0.134823;REFB=0.0236327;REVB=-0.00704908;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173528;STB=0.59984;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0601549;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:3:8:12:2:3:8 chr1 32706791 . G T 187.61 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0311485;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.456;QD=18.7614;RBI=0.0317361;REFB=-0.0263518;REVB=-0.00607844;RO=21;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263901;STB=0.650994;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0385328;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:5:14:10:11:5:14:10:11 chr1 32713199 . A G 88.71 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0469403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1271;QD=14.7846;RBI=0.117651;REFB=-0.0183027;REVB=-0.107881;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140286;STB=0.581059;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0104393;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:10:3:4:7:10:3 chr1 32829281 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00910018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.932;QD=22.3983;RBI=0.0227783;REFB=-0.0594625;REVB=0.0208816;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183289;STB=0.602556;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0354151;OID=.;OPOS=32829281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:7:12:9:13:7:12 chr1 32849512 . C T 595.64 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00952644;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.519;QD=24.0663;RBI=0.0117551;REFB=-0.0391679;REVB=0.00688691;RO=42;SAF=26;SAR=31;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216133;STB=0.511807;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0208554;OID=.;OPOS=32849512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:42:42:57:57:0.575758:31:26:18:24:31:26:18:24 chr1 32936827 . ACC AC,ACT 31.27 PASS AF=0.15,0.075;AO=8,3;DP=43;FAO=6,3;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3,1;FSAR=3,2;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0595182,-0.0041539;FXX=0.0697512;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.4905,213.626;QD=3.12709;RBI=0.174832,0.110508;REFB=-0.08176,-0.00896651;REVB=-0.164389,-0.11043;RO=25;SAF=2,1;SAR=6,2;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.101576,0.0161224;STB=0.648197,0.511038;STBP=0.492,0.949;TYPE=del,snp;VARB=0.141903,0.0544142;OID=.,.;OPOS=32936828,32936829;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15,0.075:8,3:43:6,3:40:31:3,1:3,2:10:21:16:25:2,1:6,2:8:17 chr1 33065947 . G C 347.64 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.947;QD=51.5027;RBI=0.0373837;REFB=-0.103253;REVB=0.0253492;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545418;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00349628;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:21:5:0:0:21:5:1:0 chr1 33133968 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171822;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.717;QD=54.481;RBI=0.0173534;REFB=0.0166032;REVB=-0.00243169;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000205633;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:0:1:16:15:0:1 chr1 33160878 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.15;QD=56.1913;RBI=0.0247243;REFB=0;REVB=0.0222687;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77085e-05;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr1 33161212 . T C,G 529.37 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=34,2;DP=36;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291411,-0.011764;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.021,120.098;QD=58.8187;RBI=0.0342011,0.0291007;REFB=0,0;REVB=0.0179027,-0.0266168;RO=0;SAF=19,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.40663e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00124523,0.115768;OID=.,.;OPOS=33161212,33161212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:36:36:0:0:34,2:35,1:0.972222,0.0277778:15,0:19,2:0:0:15,0:20,1:0:0 chr1 33235626 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0241151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.531;QD=23.0935;RBI=0.0402175;REFB=-0.0198149;REVB=0.0321855;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014906;STB=0.50837;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0110923;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:4:13:9:3:4:13:9:3 chr1 33328165 . G A 1420.27 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000493063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.223;QD=56.2482;RBI=0.00982356;REFB=-0.165362;REVB=0.00981118;RO=2;SAF=50;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000387092;STB=0.504649;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.000575156;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:2:3:98:98:0.970297:48:50:1:1:48:50:2:1 chr1 33475750 . A G 31.14 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=49;FWDB=-0.0192935;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.16;QD=1.73009;RBI=0.0198681;REFB=-0.0198334;REVB=-0.00474375;RO=65;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237758;STB=0.676176;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0648361;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:72:72:65:65:7:7:0.0972222:4:3:16:49:4:3:16:49 chr1 33475767 . G A 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=49;FWDB=-0.00490605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.237;QD=2.08406;RBI=0.00723285;REFB=-0.0069438;REVB=-0.00531459;RO=63;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21919;STB=0.655544;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0386933;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:5:3:14:49:5:3:14:49 chr1 33502376 . G A 96.55 PASS AF=0.158333;AO=19;DP=121;FAO=19;FDP=120;FR=.;FRO=101;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.00798212;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.43;QD=3.21839;RBI=0.00851334;REFB=-0.00557878;REVB=-0.00296019;RO=101;SAF=2;SAR=17;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493139;STB=0.840445;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.014492;OID=.;OPOS=33502376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:121:120:101:101:19:19:0.158333:17:2:44:57:17:2:44:57 chr1 33646950 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.867;QD=44.6892;RBI=0.0707214;REFB=0;REVB=0.0701498;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198506;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 33765272 . A G 101.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5403;QD=40.4754;RBI=0.0614173;REFB=0;REVB=-0.0587425;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000642283;OID=.;OPOS=33765272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:1:8:0:0:1:9:0:0 chr1 33789588 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.598;QD=56.1914;RBI=0.0483565;REFB=0;REVB=0.0455426;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015063;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 33802351 . C T 277.99 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00184894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0628;QD=20.5915;RBI=0.00918479;REFB=-0.0313432;REVB=0.00899677;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293779;STB=0.50953;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0427502;OID=.;OPOS=33802351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:28:29:0.537037:17:11:9:16:18:11:9:16 chr1 33820033 . C T 110.7 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0443627;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.202;QD=13.838;RBI=0.0447984;REFB=-0.0446318;REVB=0.00623318;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247318;STB=0.644331;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0444402;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:12:7:8:5:12:7 chr1 33832864 . CA C,CG 1124.72 PASS AF=0.0394737,0.960526;AO=18,57;DP=77;FAO=3,73;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=2,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659429,0.00684427;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.007,212.258;QD=59.196;RBI=0.057754,0.0689809;REFB=0,0;REVB=0.0573763,0.0686406;RO=0;SAF=6,30;SAR=12,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.024491,0.00525502;OID=.,.;OPOS=33832865,33832865;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0394737,0.960526:18,57:77:3,73:76:0:1,37:2,36:0:0:6:0:6,30:12,27:0:0 chr1 33957130 . C A 146.7 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0180381;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.372;QD=15.8596;RBI=0.018965;REFB=-0.0137928;REVB=-0.00585621;RO=21;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250792;STB=0.646853;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0302975;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:3:13:13:8:3:13:13:8 chr1 33957152 . T G 740.09 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.398;QD=56.9296;RBI=0.0879963;REFB=0;REVB=0.0856707;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218421;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:47:52:1:12:35:0:0:17:35:0:0 chr1 33960062 . A G 722.46 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.884;QD=56.6639;RBI=0.0260803;REFB=0;REVB=0.00573811;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364447;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:33:18:0:0 chr1 33961722 . C T 592.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6074;QD=60.7717;RBI=0.0158563;REFB=0;REVB=0.00811302;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408695;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 33981769 . C T 284.55 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00934478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.702;QD=23.7124;RBI=0.0190901;REFB=-0.015937;REVB=-0.0166466;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142535;STB=0.57889;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00724945;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:5:17:16:10:5:17 chr1 33998687 . C T 262.04 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00259937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.361;QD=12.4783;RBI=0.00439844;REFB=-0.0164155;REVB=0.00354817;RO=50;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692015;STB=0.519618;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0306031;OID=.;OPOS=33998687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:53:31:31:0.369048:16:15:21:29:16:15:24:29 chr1 34038214 . T C 959.05 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359176;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6754;QD=59.0182;RBI=0.0477457;REFB=0;REVB=0.0314576;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119418;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr1 34090679 . T C 389.24 PASS AF=0.358779;AO=45;DP=129;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=20;FWDB=-0.0289697;FXX=0.0223864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.619;QD=11.8851;RBI=0.0292207;REFB=-0.0190963;REVB=-0.00382228;RO=80;SAF=32;SAR=13;SRF=61;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727678;STB=0.547561;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0309461;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:80:84:45:47:0.358779:13:32:61:19:14:33:64:20 chr1 34238283 . T C 407.12 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00228779;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8429;QD=22.618;RBI=0.00834817;REFB=-0.0509361;REVB=-0.00802857;RO=31;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14443;STB=0.572997;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0165654;OID=.;OPOS=34238283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:31:32:40:40:0.555556:24:16:18:13:24:16:18:14 chr1 34270498 . G A 833.88 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.411;QD=57.5092;RBI=0.0310778;REFB=0;REVB=-0.00562594;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78834e-05;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr1 34285342 . G A 1065.55 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0573;QD=58.3861;RBI=0.060245;REFB=0.017614;REVB=0.0271962;RO=1;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103952;STB=0.505493;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000822888;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:45:27:0:1:45:27:0:1 chr1 34285381 . C T 1064.23 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00769969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.498;QD=58.3137;RBI=0.00914665;REFB=-0.069607;REVB=0.00493722;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000269528;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:42:30:0:0:42:30:0:1 chr1 34329897 . T C 766.62 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107969;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.512;QD=63.8848;RBI=0.0142441;REFB=0;REVB=-0.00929094;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78595e-06;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr1 34330067 . A C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.15;QD=63.8717;RBI=0.0488737;REFB=0;REVB=0.0217185;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94511e-05;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr1 34578613 . A G 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0256537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.471;QD=22.981;RBI=0.0261194;REFB=-0.0355209;REVB=0.00491026;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564858;STB=0.531429;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.023895;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:18:7:5:17:18:7:5:17 chr1 35184033 . C T 639.61 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284197;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.673;QD=62.4007;RBI=0.0287613;REFB=0;REVB=-0.00441937;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236133;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr1 35223913 . A C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0425249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.946;QD=18.8207;RBI=0.0429494;REFB=-0.0239514;REVB=0.00602392;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184616;STB=0.604677;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0225337;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:2:8:7:5:2:8 chr1 35227362 . C G 161.44 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0225685;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6717;QD=18.9929;RBI=0.0260093;REFB=-0.0162045;REVB=-0.0129285;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527849;STB=0.53;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0154196;OID=.;OPOS=35227362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:8:9:10:7:8:9 chr1 35227673 . A G 312.98 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0507261;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3874;QD=16.6924;RBI=0.0517526;REFB=-0.00794375;REVB=-0.0102568;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456975;STB=0.525676;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0129534;OID=.;OPOS=35227673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:19:15:20:21:19:15:20:21 chr1 35251229 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0308044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9798;QD=11.5958;RBI=0.0597298;REFB=-0.00068296;REVB=0.0511735;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130543;STB=0.507759;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00368085;OID=.;OPOS=35251229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:12:9:5:7:12:9 chr1 35259946 . G A 423.87 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00153414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.989;QD=15.1382;RBI=0.00155064;REFB=-0.0164496;REVB=0.000225642;RO=64;SAF=26;SAR=22;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583839;STB=0.532773;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0218021;OID=.;OPOS=35259946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:22:26:31:33:22:26:31:33 chr1 35259961 . A G 455.68 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0128449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5085;QD=16.5703;RBI=0.025833;REFB=-0.00315703;REVB=-0.0224132;RO=59;SAF=27;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142194;STB=0.503656;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00889249;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:60:50:50:0.454545:23:27:31:28:23:27:32:28 chr1 35260769 . C T 92.21 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0162424;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.25;QD=8.99598;RBI=0.0196936;REFB=-0.00396205;REVB=-0.0111365;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114002;STB=0.547094;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00824848;OID=.;OPOS=35260769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:8:4:7:21:8:4:8:21 chr1 35260929 . G A 179.23 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0145251;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.726;QD=12.5774;RBI=0.0151627;REFB=-0.00943923;REVB=-0.00435092;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170722;STB=0.588528;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0160352;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:35:22:22:0.385965:10:12:13:21:10:12:14:21 chr1 35261166 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0398405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.551;QD=21.9722;RBI=0.0574636;REFB=-0.006456;REVB=0.0414102;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232382;STB=0.630025;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0107517;OID=.;OPOS=35261166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:14:7:14:9:14:7 chr1 35562965 . G A 345.22 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117061;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.044;QD=55.235;RBI=0.0372391;REFB=0;REVB=-0.0353514;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231159;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr1 35563206 . C G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0797065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.611;QD=50.8375;RBI=0.082236;REFB=-0.0822174;REVB=-0.0202394;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00162357;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:1:0:18:7:1:0 chr1 35757843 . A T 741.96 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00272586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7774;QD=52.9973;RBI=0.0538028;REFB=0.0549699;REVB=0.0537337;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.501329;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00167959;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:29:25:1:0:29:25:1:1 chr1 35852852 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.024179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.655;QD=20.7548;RBI=0.036748;REFB=-0.000852748;REVB=0.0276729;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138447;STB=0.578836;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000921083;OID=.;OPOS=35852852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:5:7:11:4:5:7 chr1 35900615 . A G 823.81 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349351;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.202;QD=57.8114;RBI=0.055406;REFB=0;REVB=0.0430043;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028715;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr1 35919979 . A G 342.18 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00879642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.878;QD=24.4413;RBI=0.0218434;REFB=-0.00703396;REVB=-0.0199939;RO=21;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337382;STB=0.501084;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00511331;OID=.;OPOS=35919979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:22:34:34:0.607143:13:21:12:9:14:20:13:9 chr1 36031342 . T A 293.48 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179795;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.321;QD=53.3605;RBI=0.0296097;REFB=0;REVB=0.0235259;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29072e-05;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:18:2:0:0:20:2:0:0 chr1 36225948 . T C 1404.98 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0396469;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.568;QD=61.7573;RBI=0.0466286;REFB=0.134347;REVB=0.0245427;RO=1;SAF=51;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920359;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000621595;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:90:90:0.989011:39:51:1:0:39:51:1:0 chr1 36228779 . GTTTTTTA GTTTTTA,GTTTTTAT,TTTTTTTA 34.03 PASS AF=0.134615,0.0576923,0;AO=12,3,2;DP=52;FAO=7,3,0;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=4,2,0;FSAR=3,1,0;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.148715,-0.0637487,0.00308024;FXX=0.0188644;HRUN=6,6,1;LEN=1,2,1;MLLD=9.91028,107.07,194.107;QD=2.61806;RBI=0.149838,0.0663749,0.0156586;REFB=-0.0753349,-0.0135561,0.00307634;REVB=-0.0183158,-0.018486,-0.0153527;RO=28;SAF=2,2,1;SAR=10,1,1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0.408163,0,0;SSSB=-0.433961,0.175204,0;STB=0.600871,0.694388,0.5;STBP=0.612,0.571,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.110405,0.0519355,0;OID=.,.,.;OPOS=36228780,36228785,36228779;OREF=T,TA,G;OALT=-,AT,T;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTTAT,TTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:52:52:28:42:12,3,2:7,3,0:0.134615,0.0576923,0:10,1,1:2,2,1:14:14:3,1,0:4,2,0:19:23 chr1 36359669 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.171;QD=63.583;RBI=0.0303044;REFB=0;REVB=-0.0291234;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55257e-05;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr1 36448262 . GAAAAAAC GAAAAAC,GAAAAACG 42.69 PASS AF=0.37931,0;AO=7,2;DP=29;FAO=11,0;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.201682,0.0654199;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.6528,74.5413;QD=5.8888;RBI=0.205712,0.0752165;REFB=-0.0487773,-0.0139874;REVB=0.0405179,-0.0371181;RO=15;SAF=0,0;SAR=7,2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.5,0;SSSB=-0.757216,-0.554201;STB=0.839586,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.118132,0;OID=.,.;OPOS=36448263,36448268;OREF=A,AC;OALT=-,CG;OMAPALT=GAAAAAC,GAAAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0:7,2:29:11,0:29:18:1,0:10,0:9:9:43:15:0,0:7,2:8:7 chr1 36550658 . C T 145.89 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0398193;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.822;QD=23.3424;RBI=0.0401755;REFB=-0.0296439;REVB=0.00533762;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025075;OID=.;OPOS=36550658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:10:10:15:15:0.6:6:9:6:4:6:9:6:4 chr1 36553673 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.318;QD=54.5158;RBI=0.054516;REFB=0;REVB=0.0181526;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714503;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 36556867 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00267079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.585;QD=12.7299;RBI=0.0273832;REFB=-0.0381723;REVB=0.0272526;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385795;STB=0.7268;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0319036;OID=.;OPOS=36556867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:3:9:3:6:3:9 chr1 36557619 . G A 318.48 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0172402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5816;QD=14.3135;RBI=0.0172406;REFB=-0.0119111;REVB=-0.000125458;RO=53;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559556;STB=0.540794;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0215907;OID=.;OPOS=36557619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:53:35:36:0.404494:20:15:20:33:20:16:20:33 chr1 36559030 . C G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0215779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.449;QD=13.4057;RBI=0.0237652;REFB=-0.00719003;REVB=0.00995886;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100636;STB=0.557554;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0134718;OID=.;OPOS=36559030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:13:21:12:11:13:21 chr1 36563797 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8729;QD=44.6861;RBI=0.0209362;REFB=0;REVB=0.0204076;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689427;OID=.;OPOS=36563797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 36565739 . C T 574.97 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0591394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.831;QD=29.1124;RBI=0.0597033;REFB=-0.0289216;REVB=0.00818585;RO=28;SAF=18;SAR=33;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158592;STB=0.585585;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0233966;OID=.;OPOS=36565739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:28:51:51:0.64557:33:18:4:24:33:18:4:24 chr1 36642420 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.852;QD=55.0094;RBI=0.0398282;REFB=-0.0351903;REVB=0.0286326;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533312;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00200457;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:32:32:0.969697:25:7:0:0:25:7:1:0 chr1 36643685 . C A 164.75 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0733122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2959;QD=21.2575;RBI=0.0744941;REFB=-0.0332543;REVB=0.0132174;RO=14;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188781;STB=0.60734;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0250669;OID=.;OPOS=36643685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:4:13:8:6:4:13:8:6 chr1 36643783 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00427206;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=160.737;QD=16.1993;RBI=0.0154578;REFB=-0.0236954;REVB=-0.0148557;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0125454;OID=.;OPOS=36643783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chr1 36752433 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.279;QD=55.6556;RBI=0.0662205;REFB=0;REVB=0.0610239;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270362;OID=.;OPOS=36752433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr1 36773405 . T G 1562.46 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.257;QD=58.9607;RBI=0.0575791;REFB=0;REVB=0.0462176;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96542e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:40:62:0:0:43:63:0:0 chr1 36807481 . C T 151.26 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0325318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.68;QD=12.1008;RBI=0.0345489;REFB=-0.0244127;REVB=0.0116322;RO=32;SAF=12;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138675;STB=0.595183;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0355865;OID=.;OPOS=36807481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:5:12:19:13:5:12:19:14 chr1 36888462 . A G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0127998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6232;QD=19.8253;RBI=0.0143222;REFB=0.0165923;REVB=-0.00642589;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793802;STB=0.544196;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00711564;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:11:16:17:8:11:16:17:8 chr1 36889005 . G A 264.03 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0159768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.014;QD=15.3058;RBI=0.0161009;REFB=-0.0138205;REVB=-0.0019957;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028557;STB=0.51615;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0101862;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:17:13:18:21:17:13:18:21 chr1 36893968 . A G 99.85 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0102272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.822;QD=15.3614;RBI=0.0711556;REFB=0.00285026;REVB=0.0704168;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113119;STB=0.506568;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00598361;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:8:6:5:7:8:6 chr1 36926853 . G A 158.47 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0156069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.307;QD=24.3795;RBI=0.0194093;REFB=-0.0304436;REVB=0.0115388;RO=10;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219118;STB=0.624819;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0149098;OID=.;OPOS=36926853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:26:26:10:10:16:16:0.615385:14:2:3:7:14:2:3:7 chr1 36927733 . G A 769.05 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032247;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8273;QD=64.0876;RBI=0.0190179;REFB=0;REVB=0.0187425;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180154;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr1 36937059 . A G 278.29 PASS AF=0.362637;AO=31;DP=90;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00689031;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.027;QD=12.2324;RBI=0.0151748;REFB=-0.0136381;REVB=-0.0135203;RO=57;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512204;STB=0.50403;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0190661;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:57:58:31:33:0.362637:17:14:26:31:18:15:26:32 chr1 36937065 . A G 290.41 PASS AF=0.368421;AO=33;DP=93;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00722633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7321;QD=12.2279;RBI=0.0360737;REFB=-0.00954066;REVB=-0.0353425;RO=60;SAF=15;SAR=18;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513384;STB=0.513754;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0157445;OID=.;OPOS=36937065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:60:60:33:35:0.368421:18:15:27:33:20:15:27:33 chr1 38006359 . A G 449.4 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106043;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.135;QD=57.9868;RBI=0.0161772;REFB=0;REVB=0.0122168;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83086e-05;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr1 38019746 . C CT 121.71 PASS AF=0.866667;AO=4;DP=32;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0520042;FXX=0.499833;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.97;QD=32.4566;RBI=0.0520737;REFB=-0.0707667;REVB=0.00268998;RO=28;SAF=1;SAR=3;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216151;STB=0.545388;STBP=0.606;TYPE=ins;VARB=0.00323574;OID=.;OPOS=38019747;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:4:32:13:15:2:3:10:0:2:11:28:1:3:12:16 chr1 38019747 . C T 325.21 PASS AF=0.84375;AO=26;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.000648867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.875;QD=40.6507;RBI=0.0464293;REFB=-0.176668;REVB=0.0464248;RO=5;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788755;STB=0.538979;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00471067;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:32:32:5:5:26:27:0.84375:14:12:1:4:15:12:1:4 chr1 38077420 . A ACC,C 186.73 PASS AF=0.375,0.625;AO=6,10;DP=16;FAO=6,10;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6,10;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022005,-0.0271293;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=239.08,105.031;QD=46.6824;RBI=0.022005,0.0271293;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=6,10;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00426016,-0.0165236;OID=.,.;OPOS=38077421,38077420;OREF=-,A;OALT=CC,C;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:16:16:0:0:6,10:6,10:0.375,0.625:0,0:6,10:0:0:0,0:6,10:0:0 chr1 38095243 . G A 120.07 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0684136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6681;QD=14.1262;RBI=0.0695104;REFB=0.0101315;REVB=0.0122996;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892394;STB=0.557438;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.014729;OID=.;OPOS=38095243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:20:14:14:0.411765:9:5:8:10:9:5:9:11 chr1 38148765 . A G 1678.04 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047141;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0757;QD=59.9301;RBI=0.0476194;REFB=0;REVB=0.00673307;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286265;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:110:112:1:52:58:0:0:54:58:0:0 chr1 38173983 . TTTC T,TT 397.46 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=27,6;DP=34;FAO=32,1;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276676,-0.0251725;FXX=0.0294031;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=198.607,191.753;QD=48.1766;RBI=0.0334584,0.0317334;REFB=0,0;REVB=-0.0188139,-0.0193224;RO=0;SAF=15,3;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0019734,-0.0236381;OID=.,.;OPOS=38173984,38173985;OREF=TTC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.969697,0.030303:27,6:34:32,1:33:0:17,1:15,0:0:0:4:0:15,3:12,3:0:0 chr1 38185169 . G A 481.67 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0207174;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.341;QD=25.0219;RBI=0.0340683;REFB=-0.0422921;REVB=0.0270451;RO=29;SAF=22;SAR=23;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944387;STB=0.556427;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0237328;OID=.;OPOS=38185169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:29:32:45:45:0.584416:23:22:18:11:23:22:20:12 chr1 38260198 . GCC GC,GCG 263.01 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=5,5;DP=26;FAO=20,6;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8,6;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.259783,-0.00154689;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.7946,149.785;QD=40.4632;RBI=0.835452,0.0943918;REFB=0,0;REVB=0.794036,0.0943791;RO=14;SAF=5,5;SAR=0,0;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.341176,0;SSSB=0.785852,0.785852;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0539538,0.118066;OID=.,.;OPOS=38260199,38260200;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.769231,0.230769:5,5:26:20,6:26:0:8,6:12,0:0:0:34:14:5,5:0,0:3:11 chr1 38266725 . AACTG A 75.46 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00759334;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=4;MLLD=276.2;QD=5.11572;RBI=0.00760455;REFB=-0.0113324;REVB=0.000412812;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059127;STB=0.525392;STBP=0.825;TYPE=del;VARB=0.0278098;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271186:16:59:16:59:43:8:8:20:23:75:40:8:8:18:22 chr1 38327935 . CAG C 346.2 PASS AF=0.486842;AO=34;DP=80;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00562115;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.74;QD=18.2213;RBI=0.00732976;REFB=-0.00076932;REVB=0.00470405;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139695;STB=0.59317;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=0.00107204;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486842:34:80:37:76:39:16:21:24:15:99:41:15:19:24:17 chr1 38327982 . G T 355.3 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0815838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1477;QD=18.9493;RBI=0.0875281;REFB=-0.0327902;REVB=0.0317058;RO=35;SAF=12;SAR=25;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176122;STB=0.594728;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0322349;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:38:37:37:0.493333:25:12:18:17:25:12:19:19 chr1 38338795 . A G 309.13 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0356144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.762;QD=28.7561;RBI=0.0357525;REFB=-0.00957187;REVB=0.00313939;RO=16;SAF=7;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189204;STB=0.604756;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00580266;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:20:7:8:8:20:7:8:8 chr1 38423853 . G C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.546;QD=57.384;RBI=0.0379312;REFB=0;REVB=-0.00394645;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91443e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr1 38442547 . G A 251.77 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6669;QD=50.3532;RBI=0.0570441;REFB=0;REVB=-0.0512513;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000761536;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr1 38450367 . A G 516.76 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.932;QD=59.0582;RBI=0.0643983;REFB=0;REVB=0.0262545;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014517;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:10:21:0:0:10:25:0:0 chr1 38463504 . C T 934.67 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2906;QD=58.4169;RBI=0.049337;REFB=0;REVB=0.0457732;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135911;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr1 38862336 . T A 263.7 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0217939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5701;QD=26.3698;RBI=0.0394848;REFB=-0.0183418;REVB=-0.0329253;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135593;STB=0.574939;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00502458;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:12:12:5:11:12:12:5:11 chr1 39330399 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0146735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.051;QD=11.1312;RBI=0.014731;REFB=-0.000405291;REVB=0.00130089;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092771;STB=0.555446;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0005136;OID=.;OPOS=39330399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:7:10:5:5:7:10 chr1 39339449 . C T 220.79 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00986225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.027;QD=12.0981;RBI=0.0194258;REFB=-0.0137461;REVB=-0.0167362;RO=46;SAF=9;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234535;STB=0.635412;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0182735;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:18:9:25:21:18:9:25:21 chr1 39340282 . C T 635.01 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0161565;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.286;QD=25.9189;RBI=0.0168046;REFB=-0.0244734;REVB=-0.004622;RO=41;SAF=26;SAR=31;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132304;STB=0.507223;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0155086;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:41:41:57:57:0.581633:31:26:18:23:31:26:18:23 chr1 39340862 . A G 95.47 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0534985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9037;QD=11.5726;RBI=0.0771515;REFB=-0.0274968;REVB=-0.0555901;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.568413;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0382864;OID=.;OPOS=39340862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:10:11:5:7:10:11 chr1 39352083 . T G 184.2 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0358749;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.2846;QD=22.3277;RBI=0.0386705;REFB=0.0145768;REVB=0.0144361;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325116;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00148852;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:15:16:0.484848:7:8:8:6:7:9:8:6 chr1 39352271 . G T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0115228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.279;QD=24.0302;RBI=0.0132507;REFB=-0.0101876;REVB=0.00654256;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127774;STB=0.571338;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00614556;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:2:7:9:6:2:7 chr1 39734598 . G C 224.69 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0155801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0125;QD=19.9725;RBI=0.0710237;REFB=-0.00196843;REVB=0.0692937;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199178;STB=0.611021;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00362587;OID=.;OPOS=39734598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:4:19:14:8:4:19 chr1 39748921 . G A 178.1 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0368811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3848;QD=10.6331;RBI=0.0386311;REFB=-0.0039908;REVB=0.0114956;RO=44;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103284;STB=0.560529;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0108518;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:16:7:17:27:16:7:17:27 chr1 39797055 . A G 962.18 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349221;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6784;QD=59.2112;RBI=0.0432368;REFB=0;REVB=0.0254925;RO=0;SAF=16;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387986;OID=.;OPOS=39797055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:48:16:0:0:48:17:0:0 chr1 39801815 . A C 146.18 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0246261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6635;QD=16.7059;RBI=0.0278219;REFB=-0.0294842;REVB=0.0129465;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212598;STB=0.622483;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0447598;OID=.;OPOS=39801815;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:10:9:11:5:10:9 chr1 39806610 . C T 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00583148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.692;QD=59.796;RBI=0.00727291;REFB=-0.0235197;REVB=0.00434615;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218371;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00166916;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:22:21:1:0:22:21:1:0 chr1 39812822 . C A 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2945;QD=62.016;RBI=0.00972826;REFB=0;REVB=0.00243113;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110766;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr1 39835817 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0125807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2411;QD=20.1596;RBI=0.0357665;REFB=0.00300564;REVB=-0.0334809;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171681;STB=0.573188;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00540498;OID=.;OPOS=39835817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:9:7:3:10:9:7:4:10 chr1 39847730 . G A 241.71 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00526649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.944;QD=21.9736;RBI=0.0111651;REFB=-0.00638166;REVB=0.00984502;RO=20;SAF=4;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2603;STB=0.665604;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.006231;OID=.;OPOS=39847730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:19:4:8:12:19:4:9:12 chr1 39881468 . T A 797.79 PASS AF=0.42381;AO=89;DP=210;FAO=89;FDP=210;FR=.;FRO=121;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=-0.0109933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.54;QD=15.1959;RBI=0.0135657;REFB=-0.010396;REVB=-0.00794826;RO=121;SAF=39;SAR=50;SRF=49;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035037;STB=0.519541;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0145339;OID=.;OPOS=39881468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:121:121:89:89:0.42381:50:39:49:72:50:39:49:72 chr1 39908506 . G A 278.43 PASS AF=0.449275;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0189824;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.916;QD=16.1409;RBI=0.0191693;REFB=-0.0121998;REVB=0.00267028;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818304;STB=0.538897;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0140612;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:29:31:0.449275:19:10:16:22:20:11:16:22 chr1 39914363 . G C 240.92 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.024862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.491;QD=14.6012;RBI=0.0261812;REFB=-0.00959259;REVB=0.00820583;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162925;STB=0.592526;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0149144;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:11:17:17:21:11:17:17:21 chr1 39988145 . T C 65.42 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=106;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0314512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.211;QD=2.46858;RBI=0.035007;REFB=-0.00523671;REVB=-0.0153723;RO=91;SAF=8;SAR=6;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954057;STB=0.571327;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.04439;OID=.;OPOS=39988145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:106:106:91:92:14:14:0.132075:6:8:45:46:6:8:45:47 chr1 40098328 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.922;QD=59.8393;RBI=0.0281644;REFB=0;REVB=-0.000170381;RO=0;SAF=4;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58688e-05;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:32:4:0:0:32:4:0:0 chr1 40129066 . G A 316.65 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0106372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1098;QD=26.3874;RBI=0.0129153;REFB=-0.00995034;REVB=-0.00732484;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173943;STB=0.583275;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0081038;OID=.;OPOS=40129066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:14:14:14:5:14:14:14:6 chr1 40147817 . C A 255.25 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.00916948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7522;QD=22.1952;RBI=0.012597;REFB=-0.0300885;REVB=-0.00863741;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315494;STB=0.672613;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0279683;OID=.;OPOS=40147817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:16:8:1:21:16:8:1:21 chr1 40148382 . G A 363.66 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0245214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1239;QD=15.9852;RBI=0.0275247;REFB=0.0046824;REVB=0.0125023;RO=52;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805586;STB=0.545431;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00827748;OID=.;OPOS=40148382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:24:15:24:28:24:15:24:28 chr1 40149642 . G T 640.94 PASS AF=0.577982;AO=60;DP=106;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0143047;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.582;QD=23.5207;RBI=0.0144322;REFB=-0.0325971;REVB=-0.00191429;RO=46;SAF=36;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637314;STB=0.528248;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0270815;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:46:46:60:63:0.577982:24:36:24:22:26:37:24:22 chr1 40150156 . G A 259.88 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00648778;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0553;QD=16.5004;RBI=0.0565575;REFB=-0.0142389;REVB=0.0561842;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167668;STB=0.593822;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0167338;OID=.;OPOS=40150156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:34:29:29:0.460317:12:17:13:19:12:17:14:20 chr1 40226103 . G A 108.84 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00194128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.169;QD=24.187;RBI=0.0600121;REFB=-0.0280819;REVB=0.0599807;RO=6;SAF=10;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274816;STB=0.657594;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0138451;OID=.;OPOS=40226103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:2:10:3:3:2:10:3:3 chr1 40230385 . G A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0163854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.606;QD=6.80708;RBI=0.0171526;REFB=-0.00531898;REVB=-0.00507247;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437709;STB=0.777161;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0302382;OID=.;OPOS=40230385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:7:2:16:11:7:2:16:11 chr1 40236074 . A C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0420322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.782;QD=25.7104;RBI=0.0425694;REFB=-0.0210615;REVB=0.00674167;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306968;STB=0.517215;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0166195;OID=.;OPOS=40236074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:5:8:4:2:5:8:4:2 chr1 40310221 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00495093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.977;QD=22.7239;RBI=0.0285056;REFB=-0.0141597;REVB=0.0280724;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100231;STB=0.505612;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0132881;OID=.;OPOS=40310221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:9:7:9:11:9:7 chr1 40349131 . G A 237.94 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0187661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9842;QD=20.25;RBI=0.0237706;REFB=-0.0231707;REVB=-0.0145903;RO=24;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810302;STB=0.54583;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0287683;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:6:17:16:8:6:17:16:8 chr1 40363054 . G C 766.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.14;QD=63.8572;RBI=0.103231;REFB=0;REVB=0.0347206;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169693;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr1 40533266 . T G 255.83 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.095;QD=51.1651;RBI=0.0756779;REFB=0;REVB=0.0190137;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083528;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:14:6:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 166.48 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,13;DP=15;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.7416,54.2179;QD=44.3937;RBI=0.00162432,0.0367262;REFB=0,0;REVB=0.00162432,0.0367262;RO=0;SAF=0,0;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0771529,0.000215241;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:2,13:15:1,14:15:0:0,0:1,14:0:0:6:0:0,0:2,13:0:0 chr1 40533315 . T G 152.41 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.583;QD=40.6427;RBI=0.0161588;REFB=-0.0459702;REVB=-0.0161588;RO=1;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138569;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:14:0:0:1:14:0:0:1 chr1 40533320 . T G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.799;QD=46.8461;RBI=0.0288476;REFB=0;REVB=0.0288476;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461627;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:15:0:0:0:15:0:0:0 chr1 40533326 . T G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1331;QD=46.8371;RBI=0.0106383;REFB=0;REVB=0.0106383;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461827;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:15:0:0:0:15:0:0:0 chr1 40533347 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.104;QD=47.8221;RBI=0.0559103;REFB=0;REVB=0.0559103;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594145;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr1 40773123 . G C 401.91 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00422358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.305;QD=18.9134;RBI=0.0231504;REFB=-0.0147949;REVB=0.0227619;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340848;STB=0.518978;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0130649;OID=.;OPOS=40773123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:19:22:22:22:19:22:22:22 chr1 40773149 . T C 372.46 PASS AF=0.46988;AO=40;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0134171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.536;QD=17.9498;RBI=0.0161256;REFB=-0.0240706;REVB=0.00894521;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116758;STB=0.520436;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0263195;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:44:40:39:0.46988:21:19:20:21:21:18:22:22 chr1 40776752 . C A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0178984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.627;QD=10.5424;RBI=0.0187312;REFB=-0.0252286;REVB=0.00552311;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744314;STB=0.544827;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0484086;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:9:12:7:4:9:12 chr1 40777800 . T G 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00709557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9945;QD=14.0959;RBI=0.00731921;REFB=0.00761948;REVB=0.00179549;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122807;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0109816;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:6:7:7:10:6:7:8:10 chr1 40840353 . A G 190.61 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0101969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2515;QD=19.5494;RBI=0.0265927;REFB=-0.0460318;REVB=-0.0245601;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215939;STB=0.620579;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0400302;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:4:15:11:9:4:15 chr1 40881041 . C G 1277.27 PASS AF=0.908163;AO=89;DP=97;FAO=89;FDP=98;FR=.;FRO=9;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0552102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9515;QD=52.1336;RBI=0.0613974;REFB=-0.0814013;REVB=0.0268602;RO=7;SAF=49;SAR=40;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05642;STB=0.529162;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0267146;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:98:7:9:89:89:0.908163:40:49:1:6:41:48:2:7 chr1 40887849 . CA AC,CAC 32.75 PASS AF=0.04,0.12;AO=7,6;DP=50;FAO=2,6;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=2,3;FSAR=0,3;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0921804,-0.0660706;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=55.224,45.5633;QD=2.62035;RBI=0.0948165,0.0705367;REFB=-0.00949803,-0.0112686;REVB=-0.0222024,-0.0247003;RO=37;SAF=7,2;SAR=0,4;SRF=9;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.775041,0.130734;STB=0.996609,0.666174;STBP=0.05,0.425;TYPE=mnp,ins;VARB=0.139658,0.176221;OID=.,.;OPOS=40887849,40887851;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:50:50:37:42:7,6:2,6:0.04,0.12:0,4:7,2:9:28:0,3:2,3:13:29 chr1 40923019 . G A 97.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0423075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.671;QD=12.9695;RBI=0.0425424;REFB=0.0100837;REVB=0.00446433;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330707;STB=0.696084;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0125679;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:10:8:9:3:10:8 chr1 40980731 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.071;QD=37.4885;RBI=0.0641384;REFB=0;REVB=0.024904;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520662;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 40981845 . T C 39.92 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.021072;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.67;QD=10.6443;RBI=0.0300429;REFB=0.00246203;REVB=0.0214137;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00316912;OID=.;OPOS=40981845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:2:6:4:2:3:6 chr1 41013015 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00469465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.11;QD=11.8306;RBI=0.02203;REFB=-0.0070047;REVB=-0.021524;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361346;STB=0.712216;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0206249;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:5:13:4:7:5:13 chr1 41204569 . C A,T 701.8 PASS AF=0.0192308,0.961538;AO=2,49;DP=52;FAO=1,50;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=1,25;FSAR=0,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0048646,0.00959471;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=67.9345,142.447;QD=53.9845;RBI=0.0211798,0.0198347;REFB=-0.0316703,-0.0818265;REVB=0.0206136,0.0173596;RO=1;SAF=2,24;SAR=0,25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0192048;STB=0.5,0.5098;STBP=1,0.518;TYPE=snp,snp;VARB=0.170255,0.00171649;OID=.,.;OPOS=41204569,41204569;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:52:1:1:2,49:1,50:0.0192308,0.961538:0,25:2,24:1:0:0,25:1,25:1:0 chr1 41285087 . T C 2142.34 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.798;QD=63.0099;RBI=0.0454039;REFB=0;REVB=0.0316894;RO=0;SAF=72;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23203e-05;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:131:136:1:59:72:0:0:63:73:0:0 chr1 41285585 . G A 788.75 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895875;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7899;QD=64.3873;RBI=0.0527959;REFB=0;REVB=0.0520302;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560225;OID=.;OPOS=41285585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr1 41285591 . A G 727.44 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.485;QD=63.2556;RBI=0.0870127;REFB=0;REVB=-0.0857367;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000948965;OID=.;OPOS=41285591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:31:14:0:0:31:15:0:0 chr1 41292377 . G A 505.31 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0112656;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6469;QD=22.2114;RBI=0.011469;REFB=-0.00455688;REVB=-0.0021502;RO=43;SAF=21;SAR=27;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164871;STB=0.509087;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00157649;OID=.;OPOS=41292377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:43:43:48:48:0.527473:27:21:18:25:27:21:18:25 chr1 41463092 . C G 294.26 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0140287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.596;QD=17.5678;RBI=0.0142816;REFB=-0.0254427;REVB=-0.00267579;RO=34;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198796;STB=0.516473;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0225094;OID=.;OPOS=41463092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:22:10:10:24:22:10:10:25 chr1 41486245 . C T 274.57 PASS AF=0.462687;AO=29;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0165081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.531;QD=16.3919;RBI=0.0484423;REFB=-0.0266602;REVB=0.0455427;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994387;STB=0.516888;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0271386;OID=.;OPOS=41486245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:29:31:0.462687:11:18:22:14:13:18:22:14 chr1 41976017 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.957;QD=57.6801;RBI=0.0302303;REFB=0;REVB=0.0297031;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79871e-05;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 41978566 . T G 1662.82 PASS AF=1;AO=99;DP=103;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111673;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0485;QD=59.3863;RBI=0.119401;REFB=0;REVB=0.0422577;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308502;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:112:0:0:99:112:1:61:38:0:0:64:48:0:0 chr1 41978825 . C G 1003.49 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.428;QD=59.0291;RBI=0.0555461;REFB=0;REVB=0.0436842;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89674e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:37:31:0:0 chr1 41979156 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.952;QD=35.5759;RBI=0.0262098;REFB=0;REVB=0.0256498;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477968;OID=.;OPOS=41979156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 42046812 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.29;QD=39.2067;RBI=0.0525565;REFB=0;REVB=0.0525447;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422778;OID=.;OPOS=42046812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr1 42048745 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2256;QD=56.9552;RBI=0.0527171;REFB=0;REVB=0.0181237;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558415;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr1 42049032 . G A 3024.67 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.102;QD=63.3439;RBI=0.045091;REFB=0;REVB=0.0319873;RO=0;SAF=105;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120436;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:191:0:0:189:191:1:84:105:0:0:86:105:0:0 chr1 42049140 . C G 1511.85 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595979;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.761;QD=63.6569;RBI=0.0598322;REFB=0;REVB=0.00528936;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89341e-05;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:92:95:1:32:60:0:0:33:62:0:0 chr1 42050366 . C T 491.54 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=5.698e-05;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.375;QD=23.9773;RBI=0.0361715;REFB=-0.0163111;REVB=-0.0361715;RO=36;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888804;STB=0.548759;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0153555;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:36:36:46:46:0.560976:23:23:14:22:23:23:14:22 chr1 42630364 . G A 475.14 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0145683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6582;QD=19.1976;RBI=0.0434325;REFB=-0.0209262;REVB=0.0409163;RO=52;SAF=20;SAR=27;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587039;STB=0.532609;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0233098;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:27:20:19:33:27:20:19:33 chr1 42693597 . A G 1157.23 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000352706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.224;QD=59.345;RBI=0.0163607;REFB=-0.0201494;REVB=-0.0163569;RO=1;SAF=24;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193086;STB=0.510201;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00011471;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:53:24:1:0:53:24:1:0 chr1 42898843 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.256;QD=59.8394;RBI=0.0117237;REFB=0;REVB=0.00934333;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1148e-05;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr1 42915727 . C G 382.68 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.07;QD=52.7832;RBI=0.0175584;REFB=-0.144588;REVB=0.00581928;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-4.86587e-05;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:21:7:0:0:21:7:0:1 chr1 42923006 . TGGGGG TGGGG,TGGGGC 36.76 PASS AF=0.176471,0.0441176;AO=15,4;DP=69;FAO=12,3;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=4,0;FSAR=8,3;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.227974,-0.0185586;FXX=0.0285673;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.688,25.4866;QD=2.16221;RBI=0.264383,0.0889473;REFB=-0.0447013,-0.0320209;REVB=0.133889,0.0869897;RO=43;SAF=10,0;SAR=5,4;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296529,-0.525051;STB=0.616821,0.996332;STBP=0.413,0.071;TYPE=del,snp;VARB=0.0421884,0.0845142;OID=.,.;OPOS=42923007,42923011;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471,0.0441176:15,4:69:12,3:68:53:4,0:8,3:25:28:27:43:10,0:5,4:18:25 chr1 42925688 . T G 1370.19 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282076;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0622;QD=62.997;RBI=0.0348071;REFB=0;REVB=0.0203928;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267047;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr1 43034740 . T C 223.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4394;QD=49.5797;RBI=0.0998732;REFB=0;REVB=0.099786;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347603;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr1 43042703 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.416;QD=52.6132;RBI=0.0418888;REFB=0;REVB=-0.025317;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53701e-05;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 43047057 . A G 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.543;QD=60.8526;RBI=0.0412715;REFB=-0.0166215;REVB=-0.0108756;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00072767;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:20:26:0:0:20:26:0:1 chr1 43108188 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00350388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.281;QD=20.4847;RBI=0.00435126;REFB=-0.0227125;REVB=0.00257999;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204611;STB=0.511611;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0118518;OID=.;OPOS=43108188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:5:6:8:6:5:6 chr1 43119855 . A C 178.79 PASS AF=0.403846;AO=18;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0067174;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.155;QD=13.7527;RBI=0.0310055;REFB=-0.0180307;REVB=0.0302691;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271402;STB=0.649207;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0211359;OID=.;OPOS=43119855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:31:18:21:0.403846:6:12:8:13:7:14:13:18 chr1 43131653 . G A 218.44 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00492502;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6392;QD=13.6524;RBI=0.0449273;REFB=0.00321761;REVB=-0.0446565;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984345;STB=0.556055;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0108398;OID=.;OPOS=43131653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:24:14:12:14:24:14 chr1 43212111 . C T 104.69 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00148995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.226;QD=19.9403;RBI=0.031888;REFB=-0.0177886;REVB=0.0318532;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155545;STB=0.588097;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0160583;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:7:2:5:7:7:2 chr1 43212430 . GA G,GG 1961.85 PASS AF=0.0150376,0.984962;AO=36,92;DP=134;FAO=2,131;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=2,87;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138535,0.0271043;FXX=0.00746213;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.1774,59.3482;QD=59.003;RBI=0.0303854,0.0420417;REFB=0,0;REVB=0.0270435,0.0321382;RO=1;SAF=21,66;SAR=15,26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.021769,-0.00712971;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.015229,0.0101932;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0150376,0.984962:36,92:134:2,131:133:0:2,87:0,44:0:0:4:1:21,66:15,26:1:0 chr1 43215571 . A G 1081.77 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199129;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.179;QD=58.4741;RBI=0.0235374;REFB=-0.107589;REVB=-0.0125493;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00375635;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:36:37:0:0:36:37:0:1 chr1 43217997 . G C 308.23 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0291306;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.99;QD=18.1309;RBI=0.0335443;REFB=2.04858e-05;REVB=-0.0166321;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174758;STB=0.604178;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.000427717;OID=.;OPOS=43217997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:19:14:21:13:19:14:22:13 chr1 43296118 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00937694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.864;QD=16.6272;RBI=0.0128715;REFB=-0.0163006;REVB=0.00881752;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20736;STB=0.632566;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0132808;OID=.;OPOS=43296118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:7:5:9:5:8:5:9:5 chr1 43309842 . G C 851.08 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.313;QD=57.7002;RBI=0.0376054;REFB=0;REVB=0.0270835;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60733e-06;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr1 43457170 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.131;QD=33.4285;RBI=0.0626834;REFB=0;REVB=0.0363793;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349551;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 43610910 . T G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00250733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.996;QD=15.1974;RBI=0.0175374;REFB=-0.0150089;REVB=0.0173572;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154271;STB=0.588122;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0142577;OID=.;OPOS=43610910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:15:3:4:10:15:3 chr1 43637549 . A G 246.31 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0266401;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3955;QD=15.6385;RBI=0.0506843;REFB=-0.0184986;REVB=-0.0431184;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874126;STB=0.549261;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0301539;OID=.;OPOS=43637549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:35:28:28:0.444444:12:16:23:12:12:16:23:12 chr1 43649336 . T C 293.9 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00674403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3919;QD=12.6407;RBI=0.01334;REFB=0.00259828;REVB=-0.0115097;RO=58;SAF=18;SAR=16;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101655;STB=0.562624;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00247019;OID=.;OPOS=43649336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:58:59:34:34:0.365591:16:18:36:22:16:18:37:22 chr1 43649393 . T C 272.33 PASS AF=0.415584;AO=27;DP=72;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.036804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.113;QD=14.1471;RBI=0.0368106;REFB=-0.0122304;REVB=-0.000695795;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803296;STB=0.504116;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0174031;OID=.;OPOS=43649393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:45:45:27:32:0.415584:14:13:25:20:14:18:25:20 chr1 43649508 . A G 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0126962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.246;QD=18.0348;RBI=0.0349899;REFB=0.00106174;REVB=-0.0326052;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538499;STB=0.530585;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00187775;OID=.;OPOS=43649508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:12:15:11:11:12:15 chr1 43652442 . G C 312.83 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00380779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.303;QD=21.9526;RBI=0.00416747;REFB=-0.0246016;REVB=-0.00169368;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734863;STB=0.530368;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0141063;OID=.;OPOS=43652442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:32:32:0.561404:17:15:9:15:17:15:10:15 chr1 43662106 . G C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0160049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.146;QD=18.2508;RBI=0.022923;REFB=-0.00611062;REVB=-0.0164105;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483869;STB=0.777393;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0121804;OID=.;OPOS=43662106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:3:12:4:11:3:12:4:11 chr1 43675467 . G A 192.01 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0116858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1703;QD=16.0006;RBI=0.04057;REFB=-0.0281113;REVB=0.0388506;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103135;STB=0.559262;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0384384;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:14:14:8:12:14:14 chr1 43699970 . G A 355.65 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0225727;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.642;QD=21.5548;RBI=0.0285118;REFB=-0.016867;REVB=-0.0174183;RO=30;SAF=12;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117657;STB=0.56518;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0234255;OID=.;OPOS=43699970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:24:12:14:16:24:12:14:16 chr1 43771016 . TA GT,T 363.27 PASS AF=0,1;AO=2,24;DP=27;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396009,-0.0406565;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=5.51372,26.0219;QD=53.817;RBI=0.0961525,0.0421564;REFB=0,0;REVB=-0.0876189,-0.0111452;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00239616;OID=.,.;OPOS=43771016,43771017;OREF=TA,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:27:27:0:0:2,24:0,27:0,1:0,10:2,14:0:0:0,11:0,16:0:0 chr1 43779564 . T C 1377.2 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.448;QD=62.5999;RBI=0.0476367;REFB=0;REVB=0.0463215;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.089e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr1 43888460 . A C 34.12 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=112;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.059346;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.279;QD=1.2409;RBI=0.0593461;REFB=-0.00133067;REVB=1.11304e-05;RO=87;SAF=9;SAR=1;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.568728;STB=0.895875;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.109405;OID=.;OPOS=43888460;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:112:110:87:100:10:10:0.0909091:1:9:34:53:1:9:47:53 chr1 44035352 . C T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.000837875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.891;QD=12.2292;RBI=0.016102;REFB=-0.0181124;REVB=0.0160802;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107184;STB=0.568047;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0256513;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:9:13:24:11:9:13:25:11 chr1 44058265 . C A 514.86 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00212327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.967;QD=49.034;RBI=0.0264264;REFB=-0.120367;REVB=0.0263409;RO=2;SAF=25;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019078;STB=0.510199;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00526746;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:2:5:37:37:0.880952:12:25:1:1:12:25:3:2 chr1 44063508 . C T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00797366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.164;QD=19.1824;RBI=0.0135285;REFB=-0.0225196;REVB=0.0109289;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646541;STB=0.535945;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0199231;OID=.;OPOS=44063508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:21:20:24:19:21:20:24:19 chr1 44071221 . G A 728.7 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.783;QD=53.9777;RBI=0.0655032;REFB=-0.0904872;REVB=0.0615343;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000987784;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:0:1:51:53:0.981481:22:29:0:0:23:30:0:1 chr1 44072018 . C T 1489.1 PASS AF=0.938596;AO=105;DP=114;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0222939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1227;QD=52.2492;RBI=0.0233335;REFB=-0.124189;REVB=-0.00688721;RO=8;SAF=52;SAR=53;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508731;STB=0.521649;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0165553;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:114:114:8:7:105:107:0.938596:53:52:7:1:53:54:6:1 chr1 44072066 . C T 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.486;QD=63.4766;RBI=0.0240801;REFB=0;REVB=6.35685e-05;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04467e-05;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr1 44083507 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.768;QD=64.1511;RBI=0.0262063;REFB=0;REVB=0.0261854;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46153e-05;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr1 44083519 . G A 698.95 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.271;QD=54.8196;RBI=0.0175783;REFB=-0.0434838;REVB=-0.0141013;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00983494;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:0:1:28:22:0:1 chr1 44084739 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7385;QD=51.1828;RBI=0.0430449;REFB=0;REVB=0.0371581;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135049;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 44086831 . C G,T 527.33 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033163,0.0400068;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.7969,151.52;QD=58.5923;RBI=0.057476,0.0565001;REFB=0,0;REVB=-0.0469436,-0.0398963;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.108175,-0.000992412;OID=.,.;OPOS=44086831,44086831;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:1,19:1,15:0:0:1,19:1,15:0:0 chr1 44137257 . C A 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.64;QD=63.5783;RBI=0.0152369;REFB=0;REVB=0.0142442;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04425e-05;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 44395786 . C T 573.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.418;QD=60.4087;RBI=0.0415502;REFB=0;REVB=0.0223804;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031744;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:25:13:0:0 chr1 44401384 . A G 512.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.64;QD=58.5778;RBI=0.0622813;REFB=0;REVB=0.0576086;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432138;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:12:23:0:0 chr1 44415415 . C T 404.65 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155583;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.342;QD=53.9539;RBI=0.0187186;REFB=-0.0670596;REVB=-0.0104079;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000158296;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:0:1:29:29:0.966667:17:12:0:0:17:12:1:0 chr1 44433073 . G A 267.78 PASS AF=0.528302;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0654891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.304;QD=20.2101;RBI=0.0668562;REFB=0.0132274;REVB=0.013451;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189832;STB=0.509427;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0105631;OID=.;OPOS=44433073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:24:25:25:28:0.528302:13:12:11:13:14:14:12:13 chr1 44457305 . G A 755.65 PASS AF=0.981818;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194645;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8174;QD=54.9564;RBI=0.0198321;REFB=-0.0491049;REVB=0.00380079;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218873;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000427464;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:55:1:1:50:54:0.981818:21:29:0:1:25:29:0:1 chr1 44595113 . G C 174.22 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0321753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1684;QD=15.1498;RBI=0.0336179;REFB=-0.0385506;REVB=-0.00974239;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303854;STB=0.702493;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0415754;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:24:27:19:19:0.413043:13:6:15:9:13:6:18:9 chr1 44595426 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0254596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.049;QD=19.8485;RBI=0.0299316;REFB=-0.00950586;REVB=-0.0157387;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114985;STB=0.565622;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0138909;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:11:4:5:8:11:4:5:8 chr1 44596379 . CCAA C 159.67 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=62;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00130475;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=208.605;QD=9.53269;RBI=0.00337527;REFB=-0.00755184;REVB=0.00311289;RO=23;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189681;STB=0.709736;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.00977179;OID=.;OPOS=44596380;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:25:62:27:67:40:8:19:26:14:99:23:7:18:11:12 chr1 44680719 . G C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0327022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9251;QD=14.1955;RBI=0.0358486;REFB=0.0144082;REVB=0.0146863;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214795;STB=0.618489;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0234077;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:19:4:10:21:19:4:10:22 chr1 44685834 . CCGGGC CCGGC,CCGGCG,CGGC,CGGCGC 163.03 PASS AF=0.62069,0.0344828,0,0.172414;AO=6,2,8,2;DP=32;FAO=18,1,0,5;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=11,1,0,5;FSAR=7,0,0,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0106237,-0.0724082,-0.320162,-0.179213;FXX=0.0333222;HRUN=3,3,3,3;LEN=1,2,2,3;MLLD=11.0707,40.6847,14.2057,91.713;QD=22.4863;RBI=0.120176,0.0753243,0.330483,0.198722;REFB=-0.175598,-0.0242857,-0.0505054,-0.00573616;REVB=0.119705,-0.0207559,-0.0819459,-0.0858671;RO=8;SAF=2,2,7,2;SAR=4,0,1,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.603774,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0427406,0.634114,0.507765,0.634114;STB=0.502535,0.986861,0.5,0.996784;STBP=0.996,0.509,1,0.089;TYPE=del,mnp,del,mnp;VARB=0.194346,0.171219,0,0.119221;OID=.,.,.,.;OPOS=44685836,44685838,44685835,44685835;OREF=G,GC,CG,CGG;OALT=-,CG,-,GGC;OMAPALT=CCGGC,CCGGCG,CGGC,CGGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.62069,0.0344828,0,0.172414:6,2,8,2:32:18,1,0,5:29:5:11,1,0,5:7,0,0,0:3:2:27:8:2,2,7,2:4,0,1,0:3:5 chr1 44788397 . CA C,CT 496.77 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=4,30;DP=35;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=3,15;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027659,0.02389;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.229,138.588;QD=56.7736;RBI=0.0429513,0.045487;REFB=0,0;REVB=-0.0328603,-0.0387083;RO=0;SAF=4,13;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.63861e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0340183,0.00666063;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0857143,0.914286:4,30:35:3,32:35:0:3,15:0,17:0:0:11:0:4,13:0,17:0:0 chr1 45187511 . T C 666.99 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.926;QD=57.9992;RBI=0.012153;REFB=-0.0502016;REVB=-0.00133199;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.507655;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000845943;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:43:44:0.956522:28:15:1:0:29:15:1:1 chr1 45196754 . A G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0235519;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.453;QD=24.8023;RBI=0.033555;REFB=0.00747107;REVB=0.0239008;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381322;STB=0.521694;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00313416;OID=.;OPOS=45196754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:1:3:8:2:1:3 chr1 45196770 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.042;QD=43.4862;RBI=0.0173747;REFB=0;REVB=0.0168747;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69939e-05;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr1 45218895 . A T 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0236502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1257;QD=14.6493;RBI=0.0309392;REFB=0.00286803;REVB=-0.0199475;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357661;STB=0.695482;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00447276;OID=.;OPOS=45218895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:7:16:10:20:7:16:11:20 chr1 45224925 . C T 130.23 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.000325199;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.227;QD=20.837;RBI=0.0136839;REFB=-0.0299785;REVB=0.01368;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344775;STB=0.699663;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0229281;OID=.;OPOS=45224925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:12:2:5:6:12:2:5:6 chr1 45224998 . A C 99.21 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00141946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.915;QD=14.698;RBI=0.0290939;REFB=-0.013232;REVB=-0.0290593;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145413;STB=0.594455;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0173987;OID=.;OPOS=45224998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:9:3:2:12:9:3:2:13 chr1 45226084 . G A 241.78 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.011185;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.582;QD=21.4918;RBI=0.0112706;REFB=-0.0193158;REVB=0.00138589;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742616;STB=0.533304;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0132099;OID=.;OPOS=45226084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:23:23:0.511111:16:7:8:13:16:7:8:14 chr1 45244051 . T TG 59.07 PASS AF=0.521739;AO=5;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0660284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.4381;QD=10.2732;RBI=0.126757;REFB=-0.0797906;REVB=0.108202;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250969;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=ins;VARB=0.117227;OID=.;OPOS=45244052;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:5:24:12:23:11:4:8:5:6:40:19:2:3:8:11 chr1 45270024 . G C 392.48 PASS AF=0.445652;AO=42;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.062697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4897;QD=17.0642;RBI=0.0632393;REFB=0.0122255;REVB=0.00826411;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194307;STB=0.523041;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0204998;OID=.;OPOS=45270024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:42:41:0.445652:21:21:24:26:20:21:24:27 chr1 45285648 . C T 212.96 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0310534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.86;QD=21.8415;RBI=0.0310797;REFB=-0.030372;REVB=0.00127834;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217926;STB=0.637558;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0177045;OID=.;OPOS=45285648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:18:20:21:0.538462:10:10:4:13:10:11:4:14 chr1 45292866 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00970566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.472;QD=17.247;RBI=0.0122505;REFB=-0.00472394;REVB=0.00747489;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180014;STB=0.61166;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0129869;OID=.;OPOS=45292866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:12:9:16:10:12:9:17:10 chr1 45293752 . T C 71.58 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0694912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2844;QD=7.95363;RBI=0.069517;REFB=-0.027901;REVB=0.00189457;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331209;STB=0.70176;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0676024;OID=.;OPOS=45293752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:18:8:6:4:18:8 chr1 45444038 . G A 153.35 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.064237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2966;QD=8.88982;RBI=0.0724863;REFB=-0.0133325;REVB=-0.0335838;RO=48;SAF=14;SAR=7;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794721;STB=0.547322;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0272415;OID=.;OPOS=45444038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:7:14:29:19:7:14:29:19 chr1 45469586 . G A 99.91 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0195024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.403;QD=15.371;RBI=0.047324;REFB=-0.0433494;REVB=0.0431186;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199941;STB=0.615202;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0431217;OID=.;OPOS=45469586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:10:4:6:6:10:4 chr1 45474008 . T C 802.48 PASS AF=0.627119;AO=73;DP=118;FAO=74;FDP=118;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0181881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.022;QD=27.2026;RBI=0.0186363;REFB=-0.0245336;REVB=0.00406296;RO=44;SAF=35;SAR=38;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331628;STB=0.515412;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0148882;OID=.;OPOS=45474008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:44:44:73:74:0.627119:38:35:19:25:39:35:19:25 chr1 45476570 . C T 343.43 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0166132;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7372;QD=13.6013;RBI=0.0212177;REFB=0.00510724;REVB=0.0131982;RO=58;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610725;STB=0.535547;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00623229;OID=.;OPOS=45476570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:61:40:40:0.39604:24:16:20:38:24:16:21:40 chr1 45476663 . G A 40.26 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00769265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2653;QD=14.6415;RBI=0.0449648;REFB=-0.0174657;REVB=0.0443019;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0626771;OID=.;OPOS=45476663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr1 45479709 . A G 173.4 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0165047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.443;QD=11.3706;RBI=0.0263159;REFB=-0.016479;REVB=-0.0204969;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371991;STB=0.5045;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0311353;OID=.;OPOS=45479709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:39:21:22:0.360656:12:9:18:21:12:10:18:21 chr1 45479772 . G T 306.79 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.144186;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5042;QD=20.4525;RBI=0.153216;REFB=-0.038235;REVB=0.0518222;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251422;STB=0.638219;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0376143;OID=.;OPOS=45479772;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:5:23:17:15:5:23 chr1 45671966 . A G 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0421796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.51;QD=12.731;RBI=0.0430002;REFB=-0.0418369;REVB=-0.00836037;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385795;STB=0.7268;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0501165;OID=.;OPOS=45671966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:9:3:6:3:9:3 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1069.21 PASS AF=0,1;AO=22,74;DP=115;FAO=0,120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=0,93;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040233,-0.129725;FXX=0.0163921;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=145.714,14.1328;QD=35.6402;RBI=0.0582309,0.208628;REFB=0.00288758,-0.0479014;REVB=0.0420968,0.163392;RO=5;SAF=19,64;SAR=3,10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.341508,0.149332;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0237987;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:22,74:115:0,120:120:0:0,93:0,27:0:0:18:5:19,64:3,10:1:4 chr1 45797505 . C G 295.52 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0310225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.34;QD=17.91;RBI=0.0344975;REFB=-0.0315712;REVB=-0.0150892;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123502;STB=0.569233;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0178529;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:21:11:16:18:21:11:16:18 chr1 45805566 . G C 754.54 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.345;QD=62.8783;RBI=0.0400276;REFB=0;REVB=0.0265812;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68635e-05;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:38:48:1:28:10:0:0:37:11:0:0 chr1 45810091 . A G 201.97 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00850165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.675;QD=21.2596;RBI=0.00853897;REFB=0.0079536;REVB=0.000797454;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132178;STB=0.574393;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00516627;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:10:8:12:8:10:8 chr1 45810923 . G A 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00697035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.913;QD=5.90508;RBI=0.0524502;REFB=-0.00364336;REVB=-0.051985;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540598;STB=0.534798;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00997906;OID=.;OPOS=45810923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:3:5:18:9:3:5:18:9 chr1 45962137 . T C 134.91 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0204463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.692;QD=14.5845;RBI=0.0207831;REFB=-0.0151243;REVB=0.00372632;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148733;STB=0.549091;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0358346;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:15:16:0.432432:6:9:9:11:7:9:10:11 chr1 45973928 . G A 101.88 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00322859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.994;QD=16.3011;RBI=0.0202381;REFB=-0.0339914;REVB=0.0199789;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140078;STB=0.559345;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0372565;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:6:5:4:9:7:5:4:9 chr1 46073489 . G A 144.95 PASS AF=0.681818;AO=12;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00625817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8212;QD=26.3551;RBI=0.0680302;REFB=-0.0493906;REVB=0.0677417;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119488;STB=0.558206;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0331521;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:5:7:12:15:0.681818:7:5:1:4:8:7:2:5 chr1 46078854 . A G 65.29 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00533596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.006;QD=10.8821;RBI=0.00545726;REFB=-0.00968306;REVB=0.00114422;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212338;STB=0.62828;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.02144;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:8:7:6:3:8:7 chr1 46078884 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0104532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.682;QD=8.24621;RBI=0.0114699;REFB=-0.00282797;REVB=0.0047212;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425239;STB=0.773293;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0109451;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:7:8:6:1:7:8 chr1 46087577 . G A 398.65 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0134711;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.644;QD=17.5231;RBI=0.0301952;REFB=-0.0420974;REVB=0.0270237;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945186;STB=0.552915;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0488355;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:50:50:41:41:0.450549:19:22:22:28:19:22:22:28 chr1 46094027 . A G 216.2 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0358963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5869;QD=18.0171;RBI=0.0359645;REFB=0.00375977;REVB=-0.00221349;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273522;STB=0.646715;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0712332;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:26:21:22:0.458333:12:9:18:7:12:10:19:7 chr1 46095272 . T C 271.1 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0550371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9939;QD=30.1216;RBI=0.0642805;REFB=-0.0159562;REVB=0.0332098;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101036;STB=0.55551;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0110616;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:8:4:12:12:8:4 chr1 46159001 . G A 259.7 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00260237;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.083;QD=23.6094;RBI=0.00812426;REFB=-0.00232779;REVB=0.00769618;RO=20;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192293;STB=0.608012;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00140876;OID=.;OPOS=46159001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:18:6:9:11:18:6:9:11 chr1 46195375 . T C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0119843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.072;QD=19.1095;RBI=0.0120281;REFB=-0.0120867;REVB=-0.00102524;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495727;STB=0.527757;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0113752;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:18:9:10:16:18:9:10:16 chr1 46379518 . A G 860.78 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00752649;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.609;QD=56.4443;RBI=0.0235003;REFB=-0.139948;REVB=-0.0222624;RO=1;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122592;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000931451;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:38:22:0:1:38:22:0:1 chr1 46476587 . T G 437.17 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.136741;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8898;QD=51.4317;RBI=0.143088;REFB=-0.0836571;REVB=0.0421461;RO=1;SAF=1;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153059;STB=0.515615;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00464306;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:1:2:31:32:0.941176:30:1:0:1:31:1:0:2 chr1 46493460 . T G 394.38 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.055697;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6486;QD=15.6192;RBI=0.0571205;REFB=0.0121011;REVB=0.0126724;RO=58;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404462;STB=0.517777;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0196895;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:58:57:44:44:0.435644:21:23:28:30:21:23:28:29 chr1 46496709 . A G 328.95 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0255873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0677;QD=11.4418;RBI=0.0294025;REFB=-0.0183106;REVB=-0.0144843;RO=74;SAF=19;SAR=22;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411093;STB=0.523575;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0425243;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:74:41:41:0.356522:22:19:37:37:22:19:37:37 chr1 46498375 . A G 429.14 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00624931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4487;QD=19.9601;RBI=0.0246366;REFB=-0.0360898;REVB=-0.0238309;RO=43;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991205;STB=0.549631;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0367104;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:43:42:43:0.5:25:17:13:30:26:17:13:30 chr1 46500744 . G C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0102518;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.969;QD=23.1636;RBI=0.0124977;REFB=-0.00242426;REVB=-0.00714792;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242389;STB=0.643854;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00293937;OID=.;OPOS=46500744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:10:16:7:15:10:16:7:16 chr1 46521517 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00393567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.234;QD=11.0864;RBI=0.00481988;REFB=-0.0019279;REVB=0.00278239;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276413;STB=0.663788;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00179717;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:9:16:5:8:9:16 chr1 46521559 . A T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00242584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.922;QD=6.31778;RBI=0.00708209;REFB=0.000663689;REVB=-0.00665367;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198082;STB=0.605807;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00127796;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:24:25:8:8:0.242424:4:4:8:16:4:4:9:16 chr1 46546377 . T C 147.94 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0396047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9755;QD=9.39313;RBI=0.0396677;REFB=0.00511255;REVB=0.00223607;RO=43;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15023;STB=0.58938;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0176356;OID=.;OPOS=46546377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:14:6:18:25:14:6:18:25 chr1 46655158 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.061;QD=63.2865;RBI=0.0221725;REFB=0;REVB=0.0134147;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15639e-06;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr1 46658910 . G A 42.95 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00533883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2557;QD=5.92366;RBI=0.00785171;REFB=-0.0103428;REVB=-0.00575728;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233486;STB=0.515108;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.044108;OID=.;OPOS=46658910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:29:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:13:9:3:4:13:9 chr1 46807597 . G A 321.26 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0181424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.535;QD=18.8977;RBI=0.0182775;REFB=-0.00981005;REVB=-0.00221812;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120355;OID=.;OPOS=46807597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:18:16:16:18:18:16:16:18 chr1 46810530 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0542231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4127;QD=14.798;RBI=0.0547465;REFB=-0.0179515;REVB=0.00755219;RO=13;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502668;STB=0.803903;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0174673;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:1:10:7:6:1:10:7:6 chr1 46870761 . C A 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0233974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.126;QD=9.09802;RBI=0.0243153;REFB=-0.00861833;REVB=-0.00661765;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.5998;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0224819;OID=.;OPOS=46870761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:4:15:6:3:4:15 chr1 46871986 . T C 762.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.291;QD=62.2293;RBI=0.043469;REFB=0;REVB=-0.0198922;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229112;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chr1 46976717 . C T 486.29 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0153387;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.296;QD=19.4517;RBI=0.0165104;REFB=-0.0180051;REVB=-0.00610898;RO=49;SAF=24;SAR=26;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172559;STB=0.599326;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0252185;OID=.;OPOS=46976717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:50:50:50:0.5:26:24:33:16:26:24:34:16 chr1 46978497 . C T 690.65 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=52;FSRF=11;FSRR=53;FWDB=-0.00258797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.052;QD=20.9287;RBI=0.00258955;REFB=-0.0126275;REVB=9.05661e-05;RO=63;SAF=16;SAR=52;SRF=10;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989693;STB=0.544735;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00971373;OID=.;OPOS=46978497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:64:68:68:0.515152:52:16:10:53:52:16:11:53 chr1 47013311 . C T 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00768438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.451;QD=17.4538;RBI=0.0278983;REFB=-0.0120443;REVB=0.0268191;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030689;STB=0.517229;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0192524;OID=.;OPOS=47013311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:16:13:13:14:16:13 chr1 47013364 . T C 322.36 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397833;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7179;QD=51.5769;RBI=0.0119091;REFB=0;REVB=-0.0112249;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335068;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:22:25:1:9:13:0:0:11:14:0:0 chr1 47059934 . T C 899.67 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.545;QD=55.3645;RBI=0.0373514;REFB=-0.058265;REVB=0.0268752;RO=2;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138569;STB=0.508194;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00474754;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:65:2:1:63:64:0.984615:33:30:1:1:34:30:1:0 chr1 47078637 . T C 368.23 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.010858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.696;QD=12.9203;RBI=0.0130721;REFB=-0.0158344;REVB=0.00727909;RO=70;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753862;STB=0.542695;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0232191;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:26:18:24:46:26:18:24:46 chr1 47080679 . G A 111.34 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0542183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6823;QD=15.9063;RBI=0.0630539;REFB=-0.00945759;REVB=0.0321896;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257566;STB=0.648425;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0174173;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:10:5:8:5:10:5 chr1 47101015 . C A 254.97 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00191234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.595;QD=10.9663;RBI=0.0100235;REFB=-0.00984478;REVB=-0.00983934;RO=62;SAF=14;SAR=17;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237978;STB=0.637271;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0191678;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:17:14:41:21:17:14:41:21 chr1 47131319 . A T 578.72 PASS AF=0.545455;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0183288;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.701;QD=23.3827;RBI=0.0216684;REFB=-0.0109119;REVB=-0.0115575;RO=43;SAF=22;SAR=31;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798646;STB=0.539116;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00701335;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:45:53:54:0.545455:31:22:22:21:31:23:23:22 chr1 47138819 . T G 538.7 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255934;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.387;QD=58.2376;RBI=0.0458745;REFB=0;REVB=0.0380716;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179525;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:17:18:0:0:19:18:0:0 chr1 47139103 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.017162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.398;QD=10.634;RBI=0.0192396;REFB=0.00362066;REVB=0.00869653;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743475;STB=0.545336;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0125912;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:4:9:6:2:4:9 chr1 47154166 . C G 293.15 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0121388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.099;QD=12.4744;RBI=0.0122911;REFB=-0.00690531;REVB=0.00192901;RO=58;SAF=11;SAR=23;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881264;STB=0.542277;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0140523;OID=.;OPOS=47154166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:60:34:34:0.361702:23:11:23:35:23:11:23:37 chr1 47279175 . C T 707.23 PASS AF=0.457831;AO=60;DP=156;FAO=76;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.0029993;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.198;QD=17.0417;RBI=0.0314824;REFB=-0.0120352;REVB=0.0313392;RO=70;SAF=39;SAR=21;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151199;STB=0.562207;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0122546;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:166:70:90:60:76:0.457831:21:39:35:35:36:40:37:53 chr1 47280746 . GAT G 257.61 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0045153;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.363;QD=21.9238;RBI=0.0240872;REFB=-0.0241694;REVB=0.0236602;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134234;STB=0.552169;STBP=0.469;TYPE=del;VARB=0.0263128;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510638:23:49:24:47:23:13:11:10:13:99:24:13:10:10:14 chr1 47280859 . G A 529.0 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.011991;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.724;QD=19.2362;RBI=0.0272474;REFB=-0.0104933;REVB=-0.0244671;RO=54;SAF=36;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128631;STB=0.5674;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00817545;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:55:55:55:0.5:19:36:28:26:19:36:29:26 chr1 47280884 . C T 489.39 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00328979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.387;QD=18.295;RBI=0.0248898;REFB=-0.00509725;REVB=0.0246714;RO=54;SAF=31;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10688;STB=0.554966;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0148145;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:55:52:52:0.485981:21:31:26:28:21:31:27:28 chr1 47282772 . C T 197.64 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00841779;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.894;QD=12.9597;RBI=0.0151176;REFB=-0.00843843;REVB=-0.0125571;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636306;STB=0.547578;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0143927;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:37:24:24:0.393443:16:8:14:22:16:8:15:22 chr1 47395973 . G A 261.78 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00190985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4405;QD=17.1662;RBI=0.00685483;REFB=0.00122927;REVB=0.0065834;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997266;STB=0.555782;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00224314;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:10:22:17:12:10:22 chr1 47398496 . A G 384.07 PASS AF=0.405405;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0814418;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3578;QD=13.8402;RBI=0.0847365;REFB=-0.00357259;REVB=0.0233989;RO=66;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962236;STB=0.546742;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00409916;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:66:66:44:45:0.405405:20:24:30:36:21:24:30:36 chr1 47399967 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00949302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0474;QD=12.9747;RBI=0.0137297;REFB=-0.00764174;REVB=0.009919;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167999;STB=0.599822;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0110511;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:11:7:3:9:11:7 chr1 47571902 . C T 357.34 PASS AF=0.931034;AO=24;DP=26;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0190773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.451;QD=49.2885;RBI=0.0191035;REFB=-0.00493879;REVB=-0.000999992;RO=2;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770585;STB=0.541636;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000398089;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:29:2:2:24:27:0.931034:11:13:0:2:11:16:0:2 chr1 47571905 . C T 328.79 PASS AF=0.928571;AO=20;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0571252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2499;QD=46.9701;RBI=0.115858;REFB=-0.0509692;REVB=0.100796;RO=2;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102025;STB=0.545419;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0109539;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:28:2:2:20:26:0.928571:8:12:0:2:10:16:0:2 chr1 47607281 . C T 197.94 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0361324;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9037;QD=10.9969;RBI=0.036554;REFB=0.0121322;REVB=-0.00553582;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132067;STB=0.581547;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0210559;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:47:25:25:0.347222:14:11:15:31:14:11:15:32 chr1 47607785 . G A 137.84 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0289522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.451;QD=19.0123;RBI=0.0345105;REFB=-0.0162129;REVB=0.0187816;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282995;STB=0.516107;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.020567;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:7:7:7:8:7:7 chr1 47607851 . A T 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.462;QD=53.3616;RBI=0.0425578;REFB=0.0545214;REVB=0.0325165;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000253111;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr1 47608983 . G T 291.54 PASS AF=0.516667;AO=32;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00611765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.363;QD=19.4363;RBI=0.00612748;REFB=0.00983709;REVB=-0.000347006;RO=28;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256604;STB=0.666556;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00782453;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:32:31:0.516667:22:10:17:11:22:9:18:11 chr1 47609489 . T C 1127.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.049;QD=60.1557;RBI=0.0106381;REFB=0;REVB=-0.00195753;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361118;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:36:39:0:0 chr1 47610065 . A C 326.0 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00238157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5423;QD=17.3864;RBI=0.00624168;REFB=-0.013728;REVB=0.00576946;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102121;STB=0.505718;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0124904;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:18:17:19:21:18:17:19:21 chr1 47610293 . C T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0618811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.522;QD=16.0334;RBI=0.0633969;REFB=-0.00434192;REVB=0.0137802;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178596;STB=0.59082;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00685903;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:11:9:17:10:11:9:17:11 chr1 47611598 . T C 1070.87 PASS AF=0.628205;AO=97;DP=154;FAO=98;FDP=156;FR=.;FRO=58;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00693;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1294;QD=27.4582;RBI=0.0082253;REFB=-0.0274507;REVB=-0.00443065;RO=57;SAF=43;SAR=54;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104945;STB=0.557344;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0116251;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:57:58:97:98:0.628205:54:43:34:23:54:44:35:23 chr1 47685455 . T C 361.77 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4616;QD=53.5948;RBI=0.0355917;REFB=0;REVB=0.0354441;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931531;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr1 47717189 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.35;QD=51.1846;RBI=0.0301067;REFB=0;REVB=0.029825;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92314e-05;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 47834209 . G T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.417;QD=58.5872;RBI=0.0335354;REFB=0;REVB=0.033516;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246019;OID=.;OPOS=47834209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr1 47842431 . G A 737.33 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0272425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0646;QD=58.9863;RBI=0.0333258;REFB=0.00704472;REVB=0.0191953;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391497;STB=0.520825;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00408414;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:23:24:0:2:23:25:0:2 chr1 47842666 . A T 774.41 PASS AF=1;AO=41;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160383;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.0546;QD=52.5022;RBI=0.160458;REFB=0;REVB=-0.00492939;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294164;OID=.;OPOS=47842666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:59:0:0:41:59:1:27:14:0:0:37:22:0:0 chr1 47883024 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8183;QD=39.2067;RBI=0.028861;REFB=0;REVB=0.028861;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241767;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr1 47906338 . G A 2154.02 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.913;QD=62.891;RBI=0.0274126;REFB=0;REVB=0.0147426;RO=0;SAF=51;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7359e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:0:0:134:137:1:83:51:0:0:85:52:0:0 chr1 48694594 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.754;QD=61.8145;RBI=0.028838;REFB=-0.0852892;REVB=0.0246472;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000384239;OID=.;OPOS=48694594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:21:28:0:0:21:28:0:1 chr1 48697226 . T C 1179.1 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.081;QD=60.4665;RBI=0.0328031;REFB=0;REVB=0.00806237;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99743e-05;OID=.;OPOS=48697226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:40:37:0:0:41:37:0:0 chr1 48697733 . T G 1284.4 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00688502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.278;QD=58.382;RBI=0.0174106;REFB=-0.040498;REVB=0.0159914;RO=3;SAF=43;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103784;STB=0.505481;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000100066;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:88:88:3:3:85:85:0.965909:42:43:2:1:42:43:2:1 chr1 48697781 . C T 868.36 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.093;QD=57.8907;RBI=0.0244978;REFB=0;REVB=0.0140094;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2678e-05;OID=.;OPOS=48697781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:28:29:0:0:30:30:0:0 chr1 48713100 . C A 1859.33 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.436;QD=61.4655;RBI=0.0530116;REFB=0;REVB=0.019449;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201737;OID=.;OPOS=48713100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:61:60:0:0:61:60:0:0 chr1 48764419 . C T 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0107597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.269;QD=14.8154;RBI=0.0175925;REFB=-0.00647028;REVB=-0.0139185;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129277;STB=0.507323;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00714651;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:19:10:13:26:19:10:13:26 chr1 49224584 . G T 620.05 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.148;QD=60.4923;RBI=0.0338873;REFB=0;REVB=-0.00776525;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039958;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:13:26:0:0:15:26:0:0 chr1 49511424 . A G 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6375;QD=59.4243;RBI=0.0236074;REFB=0.0247983;REVB=-0.0149021;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00114901;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:0:1:18:24:0:1 chr1 50661411 . C T 650.52 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0860297;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.659;QD=51.021;RBI=0.0882222;REFB=-0.19728;REVB=0.0195458;RO=2;SAF=6;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133489;STB=0.527461;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00197747;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:48:49:0.960784:42:6:2:0:42:7:1:1 chr1 50666515 . C T 1090.0 PASS AF=0.906977;AO=77;DP=85;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0402669;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.5259;QD=50.6976;RBI=0.0604274;REFB=-0.147445;REVB=0.045056;RO=8;SAF=41;SAR=36;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501648;STB=0.526875;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0122076;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:85:86:8:8:77:78:0.906977:36:41:2:6:36:42:2:6 chr1 50884366 . T C 169.85 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0385824;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1376;QD=12.1322;RBI=0.0597445;REFB=0.00568747;REVB=-0.0456159;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171839;STB=0.599902;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0127955;OID=.;OPOS=50884366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:14:7:17:18:14:7:17:18 chr1 51826921 . T C 261.08 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00294081;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.647;QD=16.8437;RBI=0.012537;REFB=-0.0188205;REVB=0.0121872;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816066;STB=0.538435;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.022971;OID=.;OPOS=51826921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:33:29:29:0.467742:12:17:16:16:12:17:17:16 chr1 51873951 . G A 1088.09 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00905808;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.98;QD=58.8154;RBI=0.0161795;REFB=-0.0681224;REVB=0.0134062;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000465502;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:45:28:0:0:45:28:0:1 chr1 51912760 . T G 375.18 PASS AF=0.673913;AO=30;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00132701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.7;QD=32.6242;RBI=0.00926597;REFB=-0.0042323;REVB=0.00917045;RO=15;SAF=12;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427303;STB=0.518617;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00279722;OID=.;OPOS=51912760;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:30:31:0.673913:18:12:5:10:19:12:5:10 chr1 52264064 . A G 240.47 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0313434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3846;QD=21.375;RBI=0.0395643;REFB=0.00426607;REVB=0.0241438;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15984;STB=0.598765;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0071869;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:11:12:7:14:11:12:7:15 chr1 52266242 . G A 208.3 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0112206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.522;QD=15.149;RBI=0.0184787;REFB=-0.0139744;REVB=-0.014682;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871079;STB=0.549256;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0203729;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:8:23:16:8:8:23 chr1 52266350 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0437996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0258;QD=13.5766;RBI=0.0454008;REFB=-0.000293782;REVB=-0.0119511;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228943;STB=0.635611;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00104395;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:8:11:10:3:8:11 chr1 52290984 . T G 392.19 PASS AF=0.555556;AO=38;DP=70;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0897435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5715;QD=21.7883;RBI=0.0961668;REFB=-0.0275228;REVB=0.0345565;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00141792;STB=0.517233;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0252053;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:31:32:38:40:0.555556:16:22:18:13:16:24:18:14 chr1 52306063 . ATCT A 123.36 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728254;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=3;MLLD=160.148;QD=44.8577;RBI=0.110155;REFB=0;REVB=-0.0826476;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000213258;OID=.;OPOS=52306064;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:13:11:11:0:6:5:0:0:3:1:6:4:1:0 chr1 52489185 . A G 111.84 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0241295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.8408;QD=15.9773;RBI=0.0266631;REFB=-0.0192016;REVB=-0.011344;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119776;STB=0.568761;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0194347;OID=.;OPOS=52489185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:4:11:8:5:4:11 chr1 52498137 . T TG 604.0 PASS AF=1;AO=52;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.5846;QD=42.3859;RBI=0.0491275;REFB=0;REVB=0.0472114;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00160712;OID=.;OPOS=52498138;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:57:57:57:0:33:24:0:0:12:2:30:22:0:2 chr1 52498370 . C T 1212.3 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198347;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.85;QD=61.3825;RBI=0.0259503;REFB=0;REVB=0.0167333;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220259;OID=.;OPOS=52498370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:47:32:0:0 chr1 52498861 . A T 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0275;QD=57.1838;RBI=0.0433076;REFB=0;REVB=0.00860172;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000714533;OID=.;OPOS=52498861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 52518164 . A G 856.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3181;QD=57.0802;RBI=0.0161375;REFB=0;REVB=-0.0155704;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127869;OID=.;OPOS=52518164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr1 52851608 . G A 716.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000675981;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.734;QD=57.2852;RBI=0.0183998;REFB=0;REVB=0.0183873;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847078;OID=.;OPOS=52851608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr1 52882406 . A G 1884.82 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0133044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.824;QD=59.8354;RBI=0.0135847;REFB=-0.0723781;REVB=-0.00274505;RO=2;SAF=53;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223499;STB=0.501176;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-3.17676e-05;OID=.;OPOS=52882406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:124:124:0.984127:71:53:1:1:71:53:1:1 chr1 52882970 . A G 737.23 PASS AF=1;AO=37;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.618;QD=55.6401;RBI=0.0162408;REFB=0;REVB=-0.0159079;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551124;OID=.;OPOS=52882970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:37:53:1:23:14:0:0:32:21:0:0 chr1 52882971 . T G 37.32 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00387658;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=86.2102;QD=2.81653;RBI=0.0193883;REFB=-0.0110803;REVB=0.0189968;RO=46;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392724;STB=0.796515;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0567372;OID=.;OPOS=52882971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:53:53:46:46:7:7:0.132075:6:1:20:26:6:1:20:26 chr1 53099279 . C T 271.12 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00184086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.35;QD=23.074;RBI=0.0319033;REFB=-0.0682056;REVB=0.0318501;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102209;STB=0.578454;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0532091;OID=.;OPOS=53099279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:19:22:25:25:0.531915:8:17:15:4:8:17:18:4 chr1 53250650 . G A 861.33 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.04049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1233;QD=54.6877;RBI=0.0868537;REFB=-0.174882;REVB=0.0768383;RO=2;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471202;STB=0.512191;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00877903;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:2:1:61:62:0.984127:19:42:0:2:20:42:0:1 chr1 53372138 . A G 210.03 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0178696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0301;QD=17.875;RBI=0.0181476;REFB=-0.0316095;REVB=-0.00316482;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100971;STB=0.553794;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.030914;OID=.;OPOS=53372138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:26:21:21:0.446809:14:7:10:13:14:7:11:15 chr1 53380922 . T G 508.68 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.344;QD=56.5204;RBI=0.0266343;REFB=-0.158954;REVB=0.0204851;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000681069;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:18:17:0:0:18:17:0:1 chr1 53535478 . G A 567.67 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00507066;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1698;QD=58.2221;RBI=0.0419168;REFB=-0.0676318;REVB=0.041609;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00091841;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:38:38:0.974359:20:18:0:0:20:18:1:0 chr1 53537266 . G A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.152;QD=56.9992;RBI=0.0590106;REFB=0;REVB=0.0314621;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030094;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr1 53544439 . G A 282.97 PASS AF=0.595238;AO=16;DP=44;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0106285;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.065;QD=26.9492;RBI=0.0260004;REFB=-0.0539222;REVB=0.0237288;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993111;STB=0.559952;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0265779;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:17:17:16:25:0.595238:11:5:7:10:11:14:7:10 chr1 53544513 . C T 267.36 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0609558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.976;QD=21.8252;RBI=0.0765474;REFB=-0.0335872;REVB=0.0463022;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114202;STB=0.572312;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0294828;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:13:12:8:15:13:12:8:16 chr1 53544597 . T C 264.36 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.010323;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.782;QD=17.0555;RBI=0.0119405;REFB=-0.0135166;REVB=-0.00600106;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523489;STB=0.529392;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0228834;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:13:20:16:13:13:20 chr1 53547800 . A G 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0376286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4052;QD=17.0971;RBI=0.0410967;REFB=-0.0375534;REVB=0.0165237;RO=15;SAF=13;SAR=1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170435;STB=0.599833;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0266738;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:1:13:13:2:1:13:13:2 chr1 53553702 . A G 1158.19 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000707875;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.852;QD=60.9572;RBI=0.0202155;REFB=0;REVB=0.0202031;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273826;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr1 53553754 . T C 296.9 PASS AF=0.445946;AO=30;DP=72;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00114566;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.128;QD=16.0487;RBI=0.0238964;REFB=-0.024496;REVB=0.0238689;RO=39;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13622;STB=0.576875;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0325509;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:39:41:30:33:0.445946:20:10:18:21:22:11:19:22 chr1 53555783 . A C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00783924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.192;QD=27.592;RBI=0.0148399;REFB=-0.0132918;REVB=-0.0126004;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00803709;STB=0.504498;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00456694;OID=.;OPOS=53555783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:8:5:2:3:8:5:2:3 chr1 53558270 . A G 446.66 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3341;QD=57.6341;RBI=0.0992907;REFB=0;REVB=0.0756303;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243032;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 53600078 . A G 319.08 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00378779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.156;QD=27.1555;RBI=0.0229622;REFB=-0.00134634;REVB=-0.0226477;RO=19;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111776;STB=0.553154;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000898994;OID=.;OPOS=53600078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:19:27:28:0.595745:13:14:7:12:14:14:7:12 chr1 53676401 . T G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0128163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.772;QD=12.8689;RBI=0.0175187;REFB=-0.0111484;REVB=-0.0119435;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185652;STB=0.610474;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0104863;OID=.;OPOS=53676401;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:9:7:3:8:9:7 chr1 53676448 . G A 88.45 PASS AF=0.407407;AO=12;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0305339;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.802;QD=13.1033;RBI=0.0450984;REFB=-0.0231293;REVB=-0.0331896;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325913;STB=0.755216;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0509698;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:12:11:0.407407:3:9:7:9:2:9:7:9 chr1 53684525 . C G 158.92 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.609;QD=45.4052;RBI=0.0796971;REFB=0;REVB=0.0719514;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318059;OID=.;OPOS=53684525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:11:14:1:5:6:0:0:7:7:0:0 chr1 53716416 . G A 1632.93 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764896;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.469;QD=60.4789;RBI=0.0814855;REFB=0;REVB=0.0811257;RO=0;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49589e-05;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:108:0:0:108:108:1:48:60:0:0:48:60:0:0 chr1 53723060 . C G 40.86 PASS AF=0.078125;AO=19;DP=188;FAO=15;FDP=192;FR=.;FRO=177;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=100;FSRR=77;FWDB=-0.0195357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.209;QD=0.851186;RBI=0.0808541;REFB=-0.000868788;REVB=-0.0784585;RO=169;SAF=1;SAR=18;SRF=97;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612598;STB=0.938977;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0738893;OID=.;OPOS=53723060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:188:192:169:177:19:15:0.078125:18:1:97:72:14:1:100:77 chr1 53732315 . G T 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00150473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.459;QD=22.9891;RBI=0.0100492;REFB=-0.0101056;REVB=0.00993589;RO=32;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902297;STB=0.549574;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00879671;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:21:20:12:20:21:20:12:20 chr1 53792651 . A C 305.42 PASS AF=0.478261;AO=31;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0407432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.147;QD=17.7054;RBI=0.048003;REFB=-0.0152754;REVB=-0.0253827;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630994;STB=0.547339;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0226727;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:36:31:33:0.478261:20:11:15:21:22:11:15:21 chr1 53793511 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5533;QD=26.0261;RBI=0.0884637;REFB=0.0238473;REVB=0.0856245;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00512548;OID=.;OPOS=53793511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr1 53995515 . G A 509.67 PASS AF=0.533333;AO=43;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=38;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0717635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.2458;QD=22.6519;RBI=0.171207;REFB=0.00688775;REVB=0.155441;RO=18;SAF=28;SAR=15;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780538;STB=0.506854;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0167429;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:18:38:43:48:0.533333:15:28:14:4:17:31:24:14 chr1 54359922 . C T 467.96 PASS AF=0.476636;AO=44;DP=101;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0129447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.338;QD=17.4936;RBI=0.0761;REFB=-0.0315104;REVB=0.074991;RO=53;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739517;STB=0.521124;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0342974;OID=.;OPOS=54359922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:53:56:44:51:0.476636:25:19:19:34:32:19:23:33 chr1 54571318 . CG CTTTTG,GT,TG 253.53 PASS AF=0.142857,0.047619,0.809524;AO=3,5,14;DP=22;FAO=3,1,17;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,5;FSAR=1,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192363,-0.0724147,-0.0243589;FXX=0;HRUN=0,1,1;LEN=4,2,1;MLLD=77.15,116.754,113.611;QD=48.2917;RBI=0.0448621,0.0748151,0.0329267;REFB=0,0,0;REVB=0.0405286,0.0187994,0.0221543;RO=0;SAF=2,2,4;SAR=1,3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.63386e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,mnp,snp;VARB=-0.0225984,0.142212,0.00150999;OID=.,.,.;OPOS=54571319,54571318,54571318;OREF=-,CG,C;OALT=TTTT,GT,T;OMAPALT=CTTTTG,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:15:22:21:0:0:3,5,14:3,1,17:0.142857,0.047619,0.809524:1,3,10:2,2,4:0:0:1,0,12:2,1,5:0:0 chr1 54605319 . G GC 493.72 PASS AF=0.94;AO=26;DP=52;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00226769;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.79;QD=39.4975;RBI=0.157204;REFB=-0.0226026;REVB=-0.157188;RO=24;SAF=23;SAR=3;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65281;STB=0.529399;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=0.000770183;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.94:26:52:47:50:3:24:23:3:0:5:24:23:3:4:20 chr1 54606804 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.197;QD=54.5176;RBI=0.0127246;REFB=0;REVB=0.00731242;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58315e-05;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 54607051 . A G 357.77 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.965;QD=55.042;RBI=0.0368901;REFB=0;REVB=-0.00436894;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82371e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr1 54637167 . T C,G 297.44 PASS AF=0.73913,0.26087;AO=17,6;DP=23;FAO=17,6;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104504,-0.0106861;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=106.268,24.4451;QD=51.728;RBI=0.0154652,0.080598;REFB=0,0;REVB=-0.0114001,-0.0798864;RO=0;SAF=7,1;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00560611,0.0496131;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:23:23:0:0:17,6:17,6:0.73913,0.26087:10,5:7,1:0:0:10,5:7,1:0:0 chr1 54637417 . G A 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.94;QD=57.705;RBI=0.041751;REFB=0;REVB=0.0388017;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99228e-05;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr1 54637697 . A G 725.31 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.577;QD=54.7407;RBI=0.029263;REFB=-0.174862;REVB=0.0181475;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000882669;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:0:1:52:52:0.981132:32:20:0:0:32:20:0:1 chr1 54637915 . C T 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.95;QD=37.4801;RBI=0.0497819;REFB=0;REVB=-0.00571982;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001781;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 54683856 . C G 1179.37 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8146;QD=58.2404;RBI=0.053916;REFB=0;REVB=0.0530802;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226631;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:81:1:0:76:81:1:44:32:0:1:48:33:0:0 chr1 54683924 . C T 209.64 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00338544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.722;QD=18.6347;RBI=0.019227;REFB=-0.000447374;REVB=-0.0189266;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247949;STB=0.64986;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00107131;OID=.;OPOS=54683924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:8:13:8:15:8:13:8:16 chr1 54683925 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0249214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.021;QD=21.3767;RBI=0.0507429;REFB=-0.00332913;REVB=0.0442014;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215558;STB=0.621195;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00355551;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:13:9:15:8:13:9 chr1 54686374 . T C 746.53 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8253;QD=63.5342;RBI=0.053612;REFB=0;REVB=-0.0535313;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525963;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr1 54686413 . C G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00265058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.866;QD=24.3828;RBI=0.0119777;REFB=0.00442695;REVB=0.0116807;RO=21;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186611;STB=0.603979;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00348446;OID=.;OPOS=54686413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:9:17:9:12:9:17:9:12 chr1 54686464 . C T 195.16 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0135546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8896;QD=14.1933;RBI=0.0308634;REFB=0.00500417;REVB=-0.0277276;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337837;STB=0.692146;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00731243;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:22:10:15:8:22:10 chr1 54690954 . T C 215.93 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0114097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4543;QD=22.1468;RBI=0.0172592;REFB=-0.0223608;REVB=0.0129498;RO=17;SAF=3;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192936;STB=0.594307;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0168002;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:17:18:20:21:0.538462:17:3:5:12:17:4:6:12 chr1 54703768 . G A 953.77 PASS AF=0.489583;AO=92;DP=195;FAO=94;FDP=192;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0028642;FXX=0.0204071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.977;QD=19.8702;RBI=0.0140931;REFB=-0.0169879;REVB=0.0137989;RO=99;SAF=51;SAR=41;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370944;STB=0.511625;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0119848;OID=.;OPOS=54703768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:192:99:98:92:94:0.489583:41:51:51:48:42:52:52:46 chr1 54704563 . G A 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00118801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6874;QD=30.7851;RBI=0.00807817;REFB=-0.0698299;REVB=0.00799033;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00774423;OID=.;OPOS=54704563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:0:1:6:2:0:1 chr1 54704567 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2165;QD=43.4829;RBI=0.0607201;REFB=0;REVB=-0.045889;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159827;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 54704629 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00318404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.903;QD=9.47588;RBI=0.031341;REFB=-0.0120698;REVB=-0.0311788;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150214;STB=0.581641;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0241644;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:8:2:6:14:8:2:6:15 chr1 55118565 . GC G,GG 846.2 PASS AF=0.0169492,0.983051;AO=9,50;DP=60;FAO=1,58;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588997,0.0548141;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=272.822,285.772;QD=57.3693;RBI=0.0742962,0.0682218;REFB=0,0;REVB=0.0452853,0.0406156;RO=0;SAF=4,13;SAR=5,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.32377e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0150319,0.00156391;OID=.,.;OPOS=55118566,55118566;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0169492,0.983051:9,50:60:1,58:59:0:0,17:1,41:0:0:4:0:4,13:5,37:0:0 chr1 55119144 . A G 432.88 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304129;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1585;QD=57.7168;RBI=0.0557144;REFB=0;REVB=0.0466814;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567433;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr1 55119289 . G C 344.63 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342394;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1038;QD=55.1401;RBI=0.0853369;REFB=0;REVB=0.0781668;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745676;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 55119546 . A G 862.09 PASS AF=1;AO=38;DP=52;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.499;QD=58.4464;RBI=0.141553;REFB=0;REVB=0.0166232;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907354;OID=.;OPOS=55119546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:59:0:0:38:59:1:30:8:0:0:30:29:0:0 chr1 55139741 . A G 1411.5 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.714;QD=62.7331;RBI=0.00263773;REFB=0;REVB=-0.00238018;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39926e-06;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr1 55144419 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0111385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.556;QD=18.2487;RBI=0.0233194;REFB=-0.0377584;REVB=0.0204872;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0357548;OID=.;OPOS=55144419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:7:5:6:7:7:5 chr1 55167773 . T A 641.33 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0366854;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8328;QD=17.3331;RBI=0.0472241;REFB=-0.00692148;REVB=0.0297371;RO=74;SAF=27;SAR=39;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879753;STB=0.537583;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00955971;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:74:82:66:66:0.445946:39:27:37:37:39:27:39:43 chr1 55182300 . T A 402.87 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00560733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0764;QD=22.0753;RBI=0.0280166;REFB=-0.0354494;REVB=-0.0274497;RO=33;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410472;STB=0.515854;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0244657;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:17:22:17:16:18:22:17:16 chr1 55224131 . T C 191.88 PASS AF=0.782609;AO=17;DP=22;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0252187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0784;QD=33.3704;RBI=0.0567093;REFB=0.00164857;REVB=-0.0507933;RO=5;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787256;STB=0.54721;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0074294;OID=.;OPOS=55224131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:23:5:5:17:18:0.782609:7:10:2:3:7:11:2:3 chr1 55224751 . C A 247.67 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0331833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1149;QD=27.5186;RBI=0.0443949;REFB=0.0400532;REVB=-0.0294921;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184879;STB=0.605975;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0242124;OID=.;OPOS=55224751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:13:22:23:0.638889:9:13:11:2:10:13:11:2 chr1 55248074 . A G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0160827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.455;QD=15.5773;RBI=0.0187;REFB=-0.0107381;REVB=-0.00954118;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214337;STB=0.607049;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.015248;OID=.;OPOS=55248074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:30:24:24:0.444444:17:7:14:14:17:7:14:16 chr1 55250479 . C T 234.89 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0236422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.368;QD=18.7908;RBI=0.0274619;REFB=-0.0225788;REVB=0.0139715;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589451;STB=0.533305;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0258696;OID=.;OPOS=55250479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:9:18:14:9:9:18 chr1 55251689 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.636;QD=58.0606;RBI=0.0495959;REFB=0;REVB=0.0475591;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63175e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr1 55273580 . G T 758.65 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00215672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.155;QD=53.2384;RBI=0.0125449;REFB=0.0248268;REVB=0.0123581;RO=2;SAF=39;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166193;STB=0.508823;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.000152437;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:16:39:1:1:16:39:1:1 chr1 55277599 . T C 526.66 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0540573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3204;QD=56.9361;RBI=0.0989664;REFB=0.0418908;REVB=-0.0828985;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00672678;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chr1 55319902 . A G 585.11 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0278367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.62;QD=55.7245;RBI=0.0287463;REFB=-0.0292227;REVB=0.00717405;RO=2;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374922;STB=0.51999;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000628088;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:24:16:0:2:24:16:0:2 chr1 55446697 . G A 338.08 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00299418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.704;QD=28.7724;RBI=0.0211946;REFB=-0.0465587;REVB=0.0209821;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478878;STB=0.536058;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0227139;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:14:15:10:7:14:15:11:7 chr1 55457710 . G A 309.59 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.00348763;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.402;QD=15.8764;RBI=0.00372775;REFB=-0.00939913;REVB=0.00131625;RO=42;SAF=7;SAR=27;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110309;STB=0.586901;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.012058;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:44:34:34:0.435897:27:7:12:30:27:7:14:30 chr1 55523033 . A G 1424.6 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0167335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1046;QD=60.6212;RBI=0.0549338;REFB=-0.0202795;REVB=-0.0523231;RO=2;SAF=54;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172329;STB=0.509089;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00105182;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:38:54:2:0:38:54:2:0 chr1 55524197 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000832768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.303;QD=56.956;RBI=0.0250812;REFB=0;REVB=-0.0250673;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0436e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:49:52:1:13:36:0:0:14:38:0:0 chr1 55524237 . G A 887.3 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.861;QD=54.6028;RBI=0.0337084;REFB=-0.0444106;REVB=0.0268005;RO=2;SAF=39;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235969;STB=0.512496;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00183575;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:65:2:2:62:63:0.969231:23:39:2:0:24:39:2:0 chr1 55529187 . G A 1306.1 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.04;QD=60.7486;RBI=0.0432533;REFB=0.0596101;REVB=0.0162241;RO=1;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902308;STB=0.504672;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-5.4188e-05;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:52:32:0:1:53:32:0:1 chr1 55541174 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.673;QD=57.6784;RBI=0.0282714;REFB=0;REVB=-0.00472024;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017003;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 55638075 . G A 1153.49 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.158;QD=60.7099;RBI=0.034104;REFB=0;REVB=-0.0325024;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23458e-05;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:29:45:0:0:29:47:0:0 chr1 55842312 . G C 221.34 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00449889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.383;QD=10.4159;RBI=0.0112767;REFB=-0.00065274;REVB=0.0103404;RO=55;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303955;STB=0.529836;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00122896;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:55:57:28:28:0.329412:13:15:28:27:13:15:28:29 chr1 55864258 . C T 776.92 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5685;QD=56.5033;RBI=0.0373447;REFB=0;REVB=-0.0045669;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240896;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr1 56961756 . A G 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0834919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3209;QD=19.3455;RBI=0.0926644;REFB=0.000693545;REVB=0.040197;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590125;STB=0.533544;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00111906;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:6:12:13:5:6:12 chr1 56961955 . T C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00225773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.126;QD=19.7626;RBI=0.00417348;REFB=0.00738828;REVB=0.00351007;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50474;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00795299;OID=.;OPOS=56961955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:25:23:23:0.479167:9:14:14:9:9:14:15:10 chr1 56962098 . T C 42.12 PASS AF=0.0869565;AO=4;DP=48;FAO=4;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0215393;FXX=0.041658;HRUN=10;LEN=1;MLLD=22.7257;QD=3.66286;RBI=0.0219212;REFB=-0.03339;REVB=0.00407401;RO=22;SAF=2;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051776;STB=0.574635;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0309669;OID=.;OPOS=56962098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:48:46:22:36:4:4:0.0869565:2:2:12:10:2:2:21:15 chr1 57002627 . C T 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.013503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.499;QD=14.8163;RBI=0.0148671;REFB=-0.0112817;REVB=0.00622086;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116824;STB=0.566183;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.011783;OID=.;OPOS=57002627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:16:13:22:17:16:13:22:17 chr1 57180867 . A G 729.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.032;QD=57.2138;RBI=0.0467465;REFB=0;REVB=0.0275665;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121053;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:32:19:0:0 chr1 57221548 . C CT,T 543.96 PASS AF=0.982456,0.0175439;AO=11,2;DP=56;FAO=56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.148512,-0.0139644;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=15.0234,163.117;QD=38.1725;RBI=0.204901,0.0288215;REFB=0,0;REVB=-0.14117,-0.0252126;RO=41;SAF=2,2;SAR=9,0;SRF=18;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.360429,0.438999;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0119176,0.12773;OID=.,.;OPOS=57221549,57221548;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:56:57:41:0:11,2:56,1:0.982456,0.0175439:9,0:2,2:18:23:35,0:21,1:0:0 chr1 57340727 . C A 1577.51 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.086;QD=63.7379;RBI=0.0181925;REFB=0;REVB=0.005636;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86815e-05;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:99:0:0:94:99:1:53:41:0:0:57:42:0:0 chr1 57422484 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.896;QD=61.3753;RBI=0.0184959;REFB=0;REVB=0.0155045;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38276e-05;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr1 58971831 . G A 232.29 PASS AF=0.353659;AO=30;DP=83;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00250333;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.203;QD=11.3312;RBI=0.00298544;REFB=-0.00456246;REVB=-0.00162671;RO=52;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153207;STB=0.574273;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00883305;OID=.;OPOS=58971831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:52:53:30:29:0.353659:12:18:24:28:12:17:25:28 chr1 59031326 . T A 404.81 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0177771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.064;QD=32.3849;RBI=0.0199271;REFB=-0.0218626;REVB=0.00900371;RO=17;SAF=20;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12285;STB=0.56716;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0123255;OID=.;OPOS=59031326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:13:20:7:10:13:20:7:10 chr1 59031475 . T A 134.2 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00102756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.433;QD=16.2671;RBI=0.016759;REFB=0.00552609;REVB=0.0167275;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112983;STB=0.524966;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00763918;OID=.;OPOS=59031475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:6:9:10:7:6:9:10:8 chr1 59142713 . T C 172.74 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0226097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.6713;QD=9.46525;RBI=0.0226097;REFB=0.0020113;REVB=-2.91793e-05;RO=46;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256529;STB=0.665703;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00318117;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:50:23:23:0.315068:16:7:24:22:16:7:27:23 chr1 59147926 . T C 167.92 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00149632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8436;QD=8.39576;RBI=0.0928691;REFB=0.00388732;REVB=0.092857;RO=55;SAF=11;SAR=12;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230611;STB=0.645044;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00771451;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:55:57:23:23:0.2875:12:11:37:18:12:11:39:18 chr1 59160885 . A G 224.43 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0348116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.728;QD=19.9497;RBI=0.0386994;REFB=-0.0215562;REVB=0.0169056;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211409;STB=0.631456;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0439127;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:15:7:12:10:15:7:13:10 chr1 59213743 . G A 101.95 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00253431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.965;QD=17.7298;RBI=0.031181;REFB=-0.00893355;REVB=-0.0310778;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793454;STB=0.56511;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0418954;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:6:6:6:4:6:6:7:4 chr1 59248813 . G C 123.44 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00431881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5958;QD=37.9822;RBI=0.00985075;REFB=-0.117918;REVB=-0.00885354;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00729834;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr1 59249031 . T G 3095.9 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.068;QD=61.305;RBI=0.0588134;REFB=0;REVB=0.0325717;RO=0;SAF=127;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77359e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:202:0:0:195:202:1:68:127:0:0:71:131:0:0 chr1 59249347 . G C 3098.52 PASS AF=0.985507;AO=204;DP=207;FAO=204;FDP=207;FR=.;FRO=3;FSAF=106;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.028335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.248;QD=59.8747;RBI=0.0284244;REFB=-0.0676697;REVB=-0.00225192;RO=3;SAF=106;SAR=98;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132878;STB=0.506976;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000594582;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:207:207:3:3:204:204:0.985507:98:106:3:0:98:106:3:0 chr1 59364918 . G A 198.22 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.0491033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0352;QD=11.3266;RBI=0.0491042;REFB=-0.0230056;REVB=0.00028939;RO=43;SAF=4;SAR=21;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130735;STB=0.567509;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0572501;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:45:25:25:0.357143:21:4:10:33:21:4:10:35 chr1 59787350 . T G 203.08 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0117977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.721;QD=12.3079;RBI=0.0206636;REFB=0.00194186;REVB=-0.0169646;RO=41;SAF=19;SAR=6;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272891;STB=0.65867;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00363399;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:6:19:22:19:6:19:22:19 chr1 59844471 . G A 1733.68 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00276345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.736;QD=59.7819;RBI=0.0100414;REFB=-0.0164505;REVB=0.00965364;RO=1;SAF=46;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102112;STB=0.505375;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-2.72526e-05;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:69:46:1:0:69:46:1:0 chr1 60466814 . T C 726.9 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0869295;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3866;QD=54.8606;RBI=0.0874018;REFB=-0.0675211;REVB=0.00907386;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000431511;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:51:52:0.981132:38:13:0:0:38:14:0:1 chr1 60474375 . C T 165.66 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0257646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2774;QD=22.0885;RBI=0.0343246;REFB=-0.00580358;REVB=-0.0226796;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00259415;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:14:3:6:7:14:3:6:7 chr1 60505783 . G C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00159509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0744;QD=19.3693;RBI=0.0353142;REFB=-0.0428719;REVB=-0.0352781;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833065;STB=0.54745;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0387678;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:6:9:11:5:6:9 chr1 60506744 . G A 300.09 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00179909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7163;QD=16.4431;RBI=0.0431118;REFB=-0.0223339;REVB=-0.0430743;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184802;STB=0.621859;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0307591;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:37:40:33:33:0.452055:14:19:14:23:14:19:14:26 chr1 61869783 . G A 161.58 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0618821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1141;QD=9.64644;RBI=0.100999;REFB=-0.0284578;REVB=-0.0798212;RO=45;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964435;STB=0.556766;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0438486;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:8:14:25:20:8:14:25:20 chr1 62232031 . C T 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.996;QD=60.0758;RBI=0.0374876;REFB=0;REVB=0.0242949;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52443e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:58:49:0:0:58:49:0:0 chr1 62261168 . A G 1509.41 PASS AF=0.97;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0244027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9486;QD=60.3762;RBI=0.027144;REFB=-0.218911;REVB=-0.0118872;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.504845;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00617603;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:99:100:0:3:96:97:0.97:49:47:0:0:49:48:1:2 chr1 62318192 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.359;QD=51.1844;RBI=0.0538991;REFB=0;REVB=-0.0371;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130322;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 62330080 . T G 451.76 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.928;QD=53.1476;RBI=0.0410642;REFB=-0.0970002;REVB=0.0358427;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00322575;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:34:2:1:32:33:0.970588:16:16:1:1:17:16:1:0 chr1 62380270 . C T 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.962;QD=47.8083;RBI=0.0472028;REFB=0;REVB=0.0177628;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068785;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr1 62579823 . G A 1074.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.65;QD=59.6881;RBI=0.104119;REFB=0;REVB=0.0902056;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012116;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:32:37:0:0:34:38:0:0 chr1 62579907 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.462;QD=61.6807;RBI=0.0609421;REFB=0;REVB=0.031861;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100249;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr1 62603421 . C T 2014.51 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178713;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.235;QD=61.5119;RBI=0.0271916;REFB=-0.052261;REVB=-0.0204939;RO=1;SAF=50;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590415;STB=0.503105;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=5.76949e-05;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:1:1:130:130:0.992366:80:50:0:1:80:50:0:1 chr1 62603544 . C T 704.22 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.102177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5949;QD=51.216;RBI=0.104483;REFB=-0.166128;REVB=0.0218267;RO=1;SAF=17;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268968;STB=0.520744;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00317016;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:3:52:52:0.945455:35:17:1:0:35:17:2:1 chr1 62644118 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.264;QD=56.1908;RBI=0.0409771;REFB=0;REVB=0.035955;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347965;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr1 62673037 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.024065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.378;QD=19.0177;RBI=0.025524;REFB=-0.0144246;REVB=-0.00850594;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156623;STB=0.588672;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0114408;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:4:10:8:7:4:10 chr1 62673225 . G A 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0207365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7836;QD=16.7537;RBI=0.0208616;REFB=-0.0236068;REVB=-0.0022817;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107701;STB=0.57441;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0182821;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:28:24:24:0.461538:15:9:7:19:15:9:7:21 chr1 62675709 . T C 118.87 PASS AF=0.485714;AO=12;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0020635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.2423;QD=13.5856;RBI=0.0155943;REFB=-0.0487437;REVB=0.0154572;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27891;STB=0.555916;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.112963;OID=.;OPOS=62675709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:16:18:12:17:0.485714:10:2:6:10:12:5:7:11 chr1 62675892 . A G 68.59 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0606511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6947;QD=15.2421;RBI=0.0897997;REFB=-0.0173478;REVB=0.0662225;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112036;STB=0.565081;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.03024;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:7:2:3:6:7:2 chr1 62676091 . C A 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0393978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1854;QD=13.9583;RBI=0.114673;REFB=0.0069342;REVB=0.107692;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197466;STB=0.620296;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000823672;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:2:5:6:1:2:5 chr1 62713224 . C G 1411.84 PASS AF=0.961905;AO=100;DP=106;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00656166;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.065;QD=53.7843;RBI=0.00899519;REFB=-0.0221573;REVB=0.00615289;RO=6;SAF=45;SAR=55;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233951;STB=0.511705;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000647155;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:106:105:6:4:100:101:0.961905:55:45:4:2:56:45:3:1 chr1 62713246 . G A 508.97 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00228567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1853;QD=19.3895;RBI=0.0038924;REFB=-0.0176296;REVB=0.00315063;RO=52;SAF=19;SAR=34;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27986;STB=0.654488;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0240152;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:34:19:35:17:34:19:35:17 chr1 62728784 . A G 206.27 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0620922;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3468;QD=10.7152;RBI=0.0873339;REFB=-0.0238099;REVB=-0.0614148;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100466;STB=0.558397;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0506696;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:51:51:26:26:0.337662:13:13:30:21:13:13:30:21 chr1 62728838 . T C 330.94 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0310836;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3867;QD=13.1064;RBI=0.0318717;REFB=-0.034671;REVB=-0.00704387;RO=60;SAF=16;SAR=23;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166599;STB=0.603987;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0402622;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:60:62:39:39:0.386139:23:16:34:26:23:16:36:26 chr1 62728861 . T C 345.56 PASS AF=0.385321;AO=41;DP=107;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0070322;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.936;QD=12.6811;RBI=0.0482076;REFB=-0.0255675;REVB=-0.047692;RO=66;SAF=16;SAR=25;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153192;STB=0.588245;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0260723;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:66:67:41:42:0.385321:25:16:35:31:26:16:35:32 chr1 62728918 . G A 405.02 PASS AF=0.441176;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00401988;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.412;QD=15.8831;RBI=0.0139671;REFB=-0.0112038;REVB=0.0133762;RO=57;SAF=20;SAR=24;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141972;STB=0.584378;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0172343;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:57:44:45:0.441176:24:20:34:23:25:20:34:23 chr1 62738904 . T C 334.11 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=126;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.0240362;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.569;QD=10.7776;RBI=0.0240403;REFB=-0.0166162;REVB=0.000441593;RO=81;SAF=22;SAR=20;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160728;STB=0.595684;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0487963;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:81:82:42:42:0.33871:20:22:31:50:20:22:31:51 chr1 62739198 . G A 186.78 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0448937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1414;QD=19.6606;RBI=0.0920482;REFB=-0.0202284;REVB=0.0803581;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210311;STB=0.63144;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0152817;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:7:12:7:11:7:12:7:12 chr1 62740065 . A G 74.57 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0208639;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.757;QD=9.03871;RBI=0.0247897;REFB=-0.00316632;REVB=-0.0133876;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244319;STB=0.56033;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0109829;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:33:22:22:9:11:0.333333:3:6:10:12:5:6:10:12 chr1 62740446 . T C 132.65 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.000669345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4452;QD=15.1604;RBI=0.0199633;REFB=-0.0149572;REVB=0.0199521;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241819;STB=0.653639;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0328265;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:10:5:11:8:10:5:12:8 chr1 62740449 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0313658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0093;QD=15.167;RBI=0.0336428;REFB=-0.0184291;REVB=-0.0121663;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131025;STB=0.575658;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0336698;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:12:8:8:7:12:8 chr1 63881552 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0214367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.78;QD=12.7388;RBI=0.045666;REFB=-0.0177432;REVB=-0.0403218;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136846;STB=0.583101;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0190154;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:8:2:1:7:8:2 chr1 63991267 . T C 197.27 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0185883;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6485;QD=12.9361;RBI=0.0478564;REFB=-0.0246723;REVB=-0.0440988;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.597617;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0298768;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:37:24:24:0.393443:8:16:19:18:8:16:19:18 chr1 64015217 . G A 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0400516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6131;QD=15.6426;RBI=0.0405086;REFB=-0.0127339;REVB=0.00606787;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219375;STB=0.612138;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0128164;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:10:10:20:8:10:10:20:9 chr1 64097432 . C T 412.89 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0204524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.837;QD=21.4486;RBI=0.0205369;REFB=-0.0130445;REVB=0.00186131;RO=36;SAF=14;SAR=26;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424687;STB=0.518879;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00894467;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:36:40:41:0.532468:26:14:11:25:27:14:11:25 chr1 64515377 . C CT 222.14 PASS AF=1;AO=6;DP=43;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880471;FXX=0.232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.2059;QD=26.9266;RBI=0.114698;REFB=0;REVB=0.0735066;RO=37;SAF=0;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00637191;OID=.;OPOS=64515378;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:43:33:33:0:9:24:0:0:6:37:0:6:19:18 chr1 64515379 . C T 620.4 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3512;QD=57.7115;RBI=0.224683;REFB=0;REVB=0.223347;RO=6;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284833;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:6:0:37:43:1:18:19:0:6:24:19:0:0 chr1 64608329 . G T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.827;QD=49.5992;RBI=0.0363669;REFB=0;REVB=0.0113995;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200183;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr1 64608778 . A G 709.49 PASS AF=0.525926;AO=58;DP=122;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.129292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4117;QD=21.0218;RBI=0.131018;REFB=-0.0415232;REVB=-0.0211988;RO=64;SAF=17;SAR=41;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211983;STB=0.537183;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0412451;OID=.;OPOS=64608778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:135:64:64:58:71:0.525926:41:17:32:32:41:30:32:32 chr1 64624842 . A G 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0273435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.514;QD=23.1587;RBI=0.0379241;REFB=-0.0251522;REVB=-0.0262787;RO=23;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890051;STB=0.549102;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0151247;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:13:19:11:12:13:19:11:12 chr1 64643277 . C T 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0164337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.742;QD=18.1747;RBI=0.0269416;REFB=-0.00831612;REVB=-0.0213491;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122528;STB=0.506845;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0127182;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:18:13:13:19:18:13:13:19 chr1 65016349 . A T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.72;QD=54.5173;RBI=0.0339705;REFB=0;REVB=0.027882;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635786;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 65113568 . T C 2242.02 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162415;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1175;QD=63.6035;RBI=0.022855;REFB=0;REVB=0.0160799;RO=0;SAF=58;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115775;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:83:58:0:0:83:58:0:0 chr1 65158724 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.849;QD=57.5452;RBI=0.00649509;REFB=0;REVB=0.00459668;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34849e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr1 65310489 . T C,G 1349.94 PASS AF=0.965909,0.0340909;AO=83,4;DP=87;FAO=85,3;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42,2;FSAR=43,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223879,-0.00231602;FXX=0.0112347;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.4534,119.509;QD=61.361;RBI=0.0346204,0.0144821;REFB=0,0;REVB=0.0264075,0.0142957;RO=0;SAF=41,3;SAR=42,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00377743,0.0766012;OID=.,.;OPOS=65310489,65310489;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:87:88:0:0:83,4:85,3:0.965909,0.0340909:42,1:41,3:0:0:43,1:42,2:0:0 chr1 65523519 . A G 462.72 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0522785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7244;QD=52.8817;RBI=0.0557722;REFB=-0.0386975;REVB=0.0194291;RO=1;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176365;STB=0.518507;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00671073;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:26:7:0:1:26:7:0:2 chr1 65591719 . GC G 293.83 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.5696;QD=45.2042;RBI=0.198453;REFB=0;REVB=-0.19746;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0102395;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:26:26:0:18:8:0:0:5:0:18:7:0:0 chr1 65690461 . G A 809.5 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.737;QD=56.807;RBI=0.0191535;REFB=0;REVB=0.00866925;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92836e-05;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr1 65818115 . ATGCACTATCCATTG A 89.41 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00615745;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=14;MLLD=413.582;QD=9.17001;RBI=0.00862991;REFB=-0.00889947;REVB=-0.00604658;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554187;STB=0.560441;STBP=0.647;TYPE=del;VARB=0.0247673;OID=.;OPOS=65818116;OREF=TGCACTATCCATTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:11:41:12:39:27:5:7:9:18:89:22:4:7:7:15 chr1 65818133 . C T 130.79 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00332182;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.444;QD=13.0792;RBI=0.00508738;REFB=-0.00864017;REVB=-0.00385317;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910528;STB=0.553123;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00962591;OID=.;OPOS=65818133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:8:17:9:6:8:17 chr1 65858151 . C T 425.27 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00672479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.519;QD=18.9009;RBI=0.0277823;REFB=-0.0190382;REVB=-0.0269561;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744644;STB=0.536087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.027349;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:19:24:22:24:19:24:23:24 chr1 65860660 . T C 388.92 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00681436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7798;QD=18.743;RBI=0.00697155;REFB=0.0016702;REVB=0.00147207;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110324;STB=0.566854;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00165887;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:21:19:25:17:21:19:26:17 chr1 65860687 . A C 240.8 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0166477;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7445;QD=14.3762;RBI=0.0270277;REFB=-0.0106596;REVB=-0.0212921;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175824;STB=0.593154;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.01999;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:39:28:28:0.41791:16:12:24:16:16:12:23:16 chr1 65867519 . G A 593.79 PASS AF=0.525;AO=54;DP=115;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.00126825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.435;QD=19.7931;RBI=0.00457649;REFB=-0.0280059;REVB=-0.00439726;RO=55;SAF=13;SAR=41;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101146;STB=0.517641;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0242011;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:55:57:54:63:0.525:41:13:18:37:44:19:19:38 chr1 65879252 . A G 54.68 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.072407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7641;QD=8.74937;RBI=0.110829;REFB=-0.00628914;REVB=0.0839063;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162757;STB=0.59976;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0212831;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:6:11:4:4:6:11 chr1 65886398 . T C 301.69 PASS AF=0.354545;AO=38;DP=108;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.068782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.168;QD=10.9706;RBI=0.0687836;REFB=-0.024357;REVB=0.000470393;RO=70;SAF=16;SAR=22;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215213;STB=0.60824;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.039049;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:70:71:38:39:0.354545:22:16:43:27:22:17:43:28 chr1 65886448 . T C 510.32 PASS AF=0.38255;AO=57;DP=150;FAO=57;FDP=149;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0194005;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.835;QD=13.6998;RBI=0.0814713;REFB=-0.00253929;REVB=-0.0791277;RO=92;SAF=21;SAR=36;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204242;STB=0.615782;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0052859;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:92:92:57:57:0.38255:36:21:51:41:36:21:51:41 chr1 66036441 . A G 106.3 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0569419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0329;QD=11.8111;RBI=0.0642635;REFB=0.00357948;REVB=0.0297895;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276494;STB=0.660576;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00809109;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:5:18:7:6:5:18 chr1 66058513 . A G 770.01 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312753;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.062;QD=64.1671;RBI=0.00950534;REFB=0;REVB=-0.00897608;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5199e-05;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:49:48:1:33:16:0:0:33:15:0:0 chr1 66067109 . T C 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00639242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.121;QD=18.009;RBI=0.00969105;REFB=-0.00494687;REVB=0.00728378;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086723;STB=0.54841;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00522663;OID=.;OPOS=66067109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:18:17:22:16:18:17:22:16 chr1 66102257 . G A 294.61 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0241141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.365;QD=28.058;RBI=0.0261544;REFB=-0.0176602;REVB=-0.0101273;RO=14;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095063;STB=0.576864;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00905297;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:16:26:26:0.619048:11:15:6:8:11:15:6:10 chr1 67094171 . G A 179.3 PASS AF=0.328767;AO=23;DP=71;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0335228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.234;QD=9.82461;RBI=0.0387585;REFB=-0.0122791;REVB=-0.0194536;RO=48;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146278;STB=0.589902;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.022972;OID=.;OPOS=67094171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:48:49:23:24:0.328767:13:10:27:21:14:10:27:22 chr1 67109335 . A G 302.17 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0562093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1562;QD=19.4948;RBI=0.0583174;REFB=0.00992262;REVB=0.0155383;RO=30;SAF=7;SAR=25;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132632;STB=0.574275;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0117534;OID=.;OPOS=67109335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:25:7:10:20:25:7:10:20 chr1 67185083 . A C 332.07 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=78;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.124154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1479;QD=16.3986;RBI=0.133795;REFB=0.00958941;REVB=0.049869;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.509549;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00976631;OID=.;OPOS=67185083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:44:45:34:36:0.444444:21:13:18:26:21:15:18:27 chr1 67236097 . A T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0056976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0072;QD=20.4398;RBI=0.0228031;REFB=-0.0218778;REVB=-0.0220799;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206636;STB=0.519276;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0258324;OID=.;OPOS=67236097;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:29:32:33:0.532258:18:14:12:17:18:15:12:17 chr1 67242087 . G A 213.99 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0300478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.534;QD=10.5673;RBI=0.0310365;REFB=-0.00107275;REVB=0.0077715;RO=51;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517954;STB=0.524843;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0027352;OID=.;OPOS=67242087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:54:27:27:0.333333:12:15:26:25:12:15:28:26 chr1 67266756 . T A 756.99 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205249;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.998;QD=55.0538;RBI=0.0205915;REFB=-0.089243;REVB=0.00165597;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00361401;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:22:32:0:1:22:32:0:1 chr1 67288045 . C T 311.7 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00324125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.762;QD=21.4966;RBI=0.00962577;REFB=-0.00453836;REVB=-0.00906365;RO=24;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083621;STB=0.525426;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00326636;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:26:32:32:0.551724:13:19:14:10:13:19:14:12 chr1 67313249 . G A 1355.19 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314031;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.985;QD=62.3075;RBI=0.0329173;REFB=0;REVB=0.0098687;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27148e-05;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:42:45:0:0 chr1 67390416 . G C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.719;QD=60.7155;RBI=0.0226231;REFB=0;REVB=0.0164259;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58628e-07;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr1 67390468 . C G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00277883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.395;QD=57.0317;RBI=0.00316714;REFB=-0.0130232;REVB=-0.00151951;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-2.53996e-06;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:64:65:0.984848:34:30:0:0:35:30:1:0 chr1 67558739 . C T 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9392;QD=52.6051;RBI=0.0639646;REFB=0;REVB=-0.0307004;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749938;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 67560956 . C T 1712.97 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.895;QD=60.6362;RBI=0.0501762;REFB=0;REVB=-0.0241372;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83244e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:66:47:0:0:66:47:0:0 chr1 67568351 . C T 888.72 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.488;QD=56.4269;RBI=0.0505372;REFB=0.0469388;REVB=0.0353165;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-9.64069e-05;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:0:1:61:62:0.984127:31:30:0:0:31:31:0:1 chr1 67579386 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6126;QD=60.2265;RBI=0.0575626;REFB=0;REVB=0.0548298;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003405;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 67633812 . G T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00766175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.131;QD=11.5979;RBI=0.0117771;REFB=-0.00372407;REVB=-0.00894418;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209275;STB=0.624787;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00643036;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:11:10:8:4:11:10 chr1 67685387 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.863;QD=49.5964;RBI=0.0461363;REFB=0;REVB=-0.0125296;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233016;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr1 67733321 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00884996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.27;QD=14.0966;RBI=0.00901449;REFB=-0.00515202;REVB=0.00171443;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264132;STB=0.654398;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00716044;OID=.;OPOS=67733321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:5:9:4:7:5:9 chr1 67733346 . G A 331.01 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00262551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.758;QD=50.9244;RBI=0.0241816;REFB=-0.167304;REVB=-0.0240386;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00124133;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr1 67795319 . T C 546.12 PASS AF=0.533981;AO=54;DP=102;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00333461;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.109;QD=21.2085;RBI=0.0125253;REFB=-0.0167024;REVB=0.0120733;RO=48;SAF=31;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134571;STB=0.568381;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0113056;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:48:48:54:55:0.533981:23:31:20:28:24:31:20:28 chr1 68006815 . T C 179.78 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140376;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.443;QD=47.9424;RBI=0.0668466;REFB=0;REVB=0.0653561;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868654;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:6:9:0:0 chr1 68462247 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.262;QD=56.1898;RBI=0.0422414;REFB=0;REVB=0.0418758;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227697;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 68591253 . C T 80.53 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0334096;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.862;QD=6.85366;RBI=0.0365813;REFB=-0.0110152;REVB=-0.0148993;RO=36;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012341;STB=0.507798;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0297661;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:49:47:36:36:11:11:0.234043:5:6:20:16:5:6:20:16 chr1 68614320 . G A 367.36 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0129763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.245;QD=20.409;RBI=0.0146603;REFB=0.00958746;REVB=0.00682214;RO=34;SAF=24;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560899;STB=0.521728;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00746251;OID=.;OPOS=68614320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:13:24:20:14:14:24:20:14 chr1 68903942 . C T 2026.4 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.758;QD=62.3509;RBI=0.0319007;REFB=0;REVB=-0.0196674;RO=0;SAF=42;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135806;OID=.;OPOS=68903942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:88:42:0:0:88:42:0:0 chr1 68942433 . A G 264.35 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0147055;FXX=0.0605969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2861;QD=17.0547;RBI=0.0210035;REFB=-0.0231859;REVB=0.0149965;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115749;STB=0.57398;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0179915;OID=.;OPOS=68942433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:32:33:29:29:0.467742:18:11:16:16:18:11:17:16 chr1 70034372 . G A 168.1 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.000915608;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.555;QD=10.1882;RBI=0.0107448;REFB=-0.00560306;REVB=-0.0107057;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109998;STB=0.564084;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0131655;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:44:44:22:22:0.333333:13:9:14:30:13:9:14:30 chr1 70345344 . A G 780.2 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0587;QD=56.742;RBI=0.00346645;REFB=0;REVB=-0.00330813;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32733e-05;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:28:25:0:0:29:26:0:0 chr1 70611346 . CA C,CG 658.23 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=7,36;DP=43;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820181,-0.00181568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.497,191.674;QD=59.8387;RBI=0.0251777,0.0462868;REFB=0,0;REVB=0.0238044,0.0462512;RO=0;SAF=0,18;SAR=7,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0116273,0.00120122;OID=.,.;OPOS=70611347,70611347;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:7,36:43:1,43:44:0:0,18:1,25:0:0:5:0:0,18:7,18:0:0 chr1 70904800 . G T 140.6 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0411007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3331;QD=10.6116;RBI=0.0411105;REFB=-0.0169145;REVB=0.000898267;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235681;STB=0.637714;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0352861;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:8:10:12:23:8:10:12:23 chr1 71331498 . A G 392.37 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.169;QD=56.0523;RBI=0.0336243;REFB=0;REVB=0.0219685;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263718;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:11:14:0:0:13:15:0:0 chr1 71419499 . C T 357.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000115528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.527;QD=55.0191;RBI=0.0136287;REFB=0;REVB=0.0136282;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74565e-05;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr1 72058552 . G A 1090.61 PASS AF=0.949367;AO=73;DP=77;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0419162;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.758;QD=55.2205;RBI=0.0426591;REFB=0.000828329;REVB=0.00792663;RO=4;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341209;STB=0.517463;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000627035;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:79:4:4:73:75:0.949367:30:43:1:3:31:44:1:3 chr1 74506942 . G A 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0210633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.058;QD=12.0821;RBI=0.0237717;REFB=-0.00813575;REVB=0.0110196;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717878;STB=0.541556;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0150294;OID=.;OPOS=74506942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:10:11:16:19:10:11:16:19 chr1 74507315 . C T 259.25 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0335773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.799;QD=17.576;RBI=0.0377706;REFB=-0.0220134;REVB=0.0172969;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512992;STB=0.528744;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.036598;OID=.;OPOS=74507315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:18:11:13:17:18:11:13:17 chr1 74575182 . C T 972.33 PASS AF=1;AO=61;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.79;QD=58.9293;RBI=0.00761105;REFB=0;REVB=0.000275582;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04109e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:61:66:1:33:28:0:0:38:28:0:0 chr1 74648408 . C T 394.68 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.028676;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0817;QD=19.7339;RBI=0.028793;REFB=-0.000754156;REVB=-0.00259348;RO=40;SAF=26;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163265;STB=0.590863;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00212315;OID=.;OPOS=74648408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:40:40:40:40:0.5:14:26:19:21:14:26:19:21 chr1 74670172 . A G 274.94 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.00163306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.649;QD=13.0924;RBI=0.00598696;REFB=-0.0103602;REVB=0.00575993;RO=51;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232545;STB=0.517533;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0102761;OID=.;OPOS=74670172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:22:10:15:36:22:10:15:37 chr1 74937828 . C T 273.39 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0132103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4095;QD=15.1885;RBI=0.0359075;REFB=0.00276068;REVB=-0.0333891;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134029;STB=0.575709;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00401793;OID=.;OPOS=74937828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:24:17:17:14:24:17 chr1 74941210 . C T 535.24 PASS AF=0.529412;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.021906;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.414;QD=20.9899;RBI=0.0224684;REFB=-0.0152424;REVB=-0.00499568;RO=46;SAF=16;SAR=37;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105886;STB=0.574787;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0135844;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:46:48:53:54:0.529412:37:16:19:27:38:16:21:27 chr1 74941293 . G A 885.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.021;QD=58.0905;RBI=0.0849407;REFB=0;REVB=-0.00734093;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136134;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:38:21:0:0:38:23:0:0 chr1 74946373 . C T 452.91 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0146168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.488;QD=19.4799;RBI=0.0181085;REFB=0.00413089;REVB=-0.0106896;RO=46;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094697;STB=0.554157;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00573716;OID=.;OPOS=74946373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:46:48:45:45:0.483871:28:17:22:24:28:17:23:25 chr1 75035240 . C T 654.98 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332647;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.627;QD=62.3787;RBI=0.0389405;REFB=0;REVB=-0.0202442;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010408;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:43:42:1:24:19:0:0:24:18:0:0 chr1 75036812 . C T 1157.19 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192517;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.771;QD=60.9048;RBI=0.047264;REFB=0;REVB=0.0472248;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06773e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr1 75037845 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8078;QD=62.0201;RBI=0.0430445;REFB=0;REVB=-0.0425136;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509424;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr1 75038228 . A C 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.684;QD=59.8558;RBI=0.025833;REFB=0;REVB=-0.0209547;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39488e-06;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr1 75175886 . T C 272.92 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.000848531;FXX=0.108672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.287;QD=26.626;RBI=0.00371931;REFB=-0.0132634;REVB=0.00362123;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213715;STB=0.618377;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00638072;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:12:5:14:10:12:5 chr1 75190452 . C T 35.18 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.01531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.312;QD=5.21187;RBI=0.145902;REFB=-0.00627126;REVB=-0.145097;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304021;STB=0.713606;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0193369;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:27:20:21:6:6:0.222222:2:4:8:12:2:4:8:13 chr1 75214441 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0101137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.752;QD=12.4824;RBI=0.0241544;REFB=-0.00420909;REVB=0.0219351;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147809;STB=0.588079;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00796931;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:12:7:3:9:12:7 chr1 75229986 . C T 296.86 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0094346;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.572;QD=10.6976;RBI=0.0170663;REFB=-0.006752;REVB=-0.0142213;RO=73;SAF=20;SAR=18;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844784;STB=0.548697;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0165653;OID=.;OPOS=75229986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:73:73:38:38:0.342342:18:20:33:40:18:20:33:40 chr1 75672376 . A G 1990.11 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.521;QD=62.1909;RBI=0.0537403;REFB=0;REVB=0.00171513;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41748e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:71:56:0:0:71:57:0:0 chr1 75681511 . T C 1043.26 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0269327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.044;QD=55.6404;RBI=0.0276561;REFB=-0.0550482;REVB=0.00628427;RO=3;SAF=33;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158317;STB=0.508378;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00351381;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:39:33:2:1:39:33:2:1 chr1 75708668 . AAT AA,A 259.15 PASS AF=0.0895522,0.522388;AO=8,19;DP=71;FAO=6,35;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=3,24;FSAR=3,11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0401696,-0.0451508;FXX=0.0563301;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.9621,20.3983;QD=15.4714;RBI=0.12884,0.0687948;REFB=-0.0581437,-0.0650834;REVB=0.122418,0.051905;RO=16;SAF=2,13;SAR=6,6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.72236e-08,0.349617;STB=0.62461,0.649188;STBP=0.563,0.014;TYPE=del,del;VARB=0.0206008,0.121581;OID=.,.;OPOS=75708670,75708669;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0895522,0.522388:8,19:71:6,35:67:26:3,24:3,11:9:17:99:16:2,13:6,6:4:12 chr1 75716925 . C T 1507.39 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.189974;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0395;QD=56.8828;RBI=0.190522;REFB=-0.0931001;REVB=0.0144333;RO=2;SAF=41;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384024;STB=0.507935;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0010381;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:106:2:2:103:104:0.981132:62:41:1:1:62:42:0:2 chr1 76257892 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.564;QD=60.9781;RBI=0.0733669;REFB=0;REVB=-0.072863;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352205;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr1 76344705 . T C 572.9 PASS AF=0.975;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.374;QD=57.2898;RBI=0.0456384;REFB=0.117314;REVB=0.00934941;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000436131;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:37:39:0.975:20:17:0:0:22:17:1:0 chr1 76344711 . A T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.475;QD=62.022;RBI=0.064918;REFB=0;REVB=-0.0242459;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155548;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr1 77555481 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000733777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.402;QD=12.7368;RBI=0.0184254;REFB=-0.00486795;REVB=0.0184108;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19185;STB=0.603524;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0084602;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:5:11:14:13:5:11:15:13 chr1 77558057 . G C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0154965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.069;QD=22.7195;RBI=0.0183553;REFB=-0.000648719;REVB=0.00983747;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.571322;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00105378;OID=.;OPOS=77558057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:5:4:4:10:5:4 chr1 77634948 . G A 1052.45 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437722;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.168;QD=60.1403;RBI=0.0201147;REFB=0;REVB=-0.0196326;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214436;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr1 77763542 . G A 995.87 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.147;QD=58.5808;RBI=0.0312317;REFB=0;REVB=0.0273136;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35525e-05;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:61:68:1:38:23:0:0:44:24:0:0 chr1 78024284 . T C 471.68 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.712;QD=57.173;RBI=0.0191966;REFB=0;REVB=0.00250307;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10032e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:18:14:0:1:19:14:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 674.63 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=59;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0167384;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.406;QD=48.1877;RBI=0.0198231;REFB=-0.0168971;REVB=0.0106198;RO=7;SAF=18;SAR=33;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531376;STB=0.504585;STBP=0.849;TYPE=ins;VARB=0.00135723;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910714:51:59:51:56:5:18:33:2:3:23:7:18:33:4:3 chr1 78111153 . A G 257.36 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0265437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.762;QD=19.7971;RBI=0.0273875;REFB=-0.0218996;REVB=-0.00674605;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278487;STB=0.663573;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00679313;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:26:27:0.519231:15:11:3:21:15:12:3:22 chr1 78162073 . A G 145.5 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0202979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.484;QD=16.1668;RBI=0.0447623;REFB=-0.0199773;REVB=0.0398956;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0178967;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:10:10:10:6:10:10 chr1 78201745 . G T 244.3 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0105895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3105;QD=17.4502;RBI=0.0107782;REFB=-0.00859785;REVB=0.00200794;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673308;STB=0.53782;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0162314;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:14:15:12:15:14:15 chr1 78279543 . A G 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00852813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.706;QD=17.0592;RBI=0.0085409;REFB=-0.00956323;REVB=-0.000466814;RO=38;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501609;STB=0.528073;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0101415;OID=.;OPOS=78279543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:12:21:26:12:12:21:26:12 chr1 78392446 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=8;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0608696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.533;QD=15.5715;RBI=0.0649344;REFB=-0.0208419;REVB=-0.0226133;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313604;STB=0.566257;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0228547;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:8:11:0.478261:4:4:2:9:7:4:3:9 chr1 78432646 . AG A,AA 30.07 PASS AF=0.166667,0.111111;AO=2,3;DP=19;FAO=3,2;FDP=18;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=2,2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00294367,0.00313255;FXX=0.142789;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.298,182.277;QD=6.68281;RBI=0.0596521,0.0633984;REFB=-0.00402034,-0.00458689;REVB=0.0595795,0.063321;RO=12;SAF=1,0;SAR=1,3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0855427,-0.664653;STB=0.607954,0.994046;STBP=0.697,0.178;TYPE=del,snp;VARB=0.000177063,0.101355;OID=.,.;OPOS=78432647,78432647;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.111111:2,3:19:3,2:18:13:1,0:2,2:6:7:13:12:1,0:1,3:7:5 chr1 78560583 . G A 1348.03 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.079;QD=61.9785;RBI=0.0382395;REFB=0;REVB=0.0279093;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32658e-05;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:39:46:0:0:41:46:0:0 chr1 78585086 . T C 209.45 PASS AF=0.38806;AO=24;DP=65;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00478289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.916;QD=12.5043;RBI=0.0270782;REFB=-0.00784506;REVB=0.0266524;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175965;STB=0.617553;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0148599;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:41:41:24:26:0.38806:8:16:21:20:8:18:21:20 chr1 79093818 . A G 902.66 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.433;QD=58.2358;RBI=0.0222599;REFB=0;REVB=0.0220677;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107027;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:35:27:0:0 chr1 79094081 . T A 392.33 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00438806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.792;QD=50.6236;RBI=0.0126034;REFB=-0.0682768;REVB=0.0118149;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153102;STB=0.50823;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00428551;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:18:11:1:1:18:11:1:1 chr1 79095526 . G A 343.36 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.000420668;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.126;QD=15.9701;RBI=0.0018493;REFB=-0.0193171;REVB=-0.00180082;RO=49;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165884;STB=0.593698;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0271866;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:49:37:37:0.430233:24:13:25:24:24:13:25:24 chr1 79095535 . ATTTTTC ATTTTC,ATTTTCT 38.16 PASS AF=0.197531,0.0246914;AO=36,3;DP=82;FAO=16,2;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=7,2;FSAR=9,0;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.204302,-0.0895845;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.83268,154.982;QD=1.88426;RBI=0.23987,0.0945238;REFB=-0.184008,-0.0259157;REVB=-0.125691,-0.0301556;RO=40;SAF=19,3;SAR=17,0;SRF=17;SRR=23;SSEN=0.316667,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0965115,0.539975;STB=0.531061,0.99512;STBP=0.841,0.116;TYPE=del,mnp;VARB=0.14071,0.0933354;OID=.,.;OPOS=79095536,79095540;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTC,ATTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197531,0.0246914:36,3:82:16,2:81:63:7,2:9,0:30:33:33:40:19,3:17,0:17:23 chr1 79095581 . T C 474.63 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0181694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.925;QD=21.5739;RBI=0.0267031;REFB=-0.0177408;REVB=-0.0195685;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160009;STB=0.588198;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0140525;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:21:25:15:27:21:25:15:27 chr1 79115905 . T C 187.32 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0259995;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2161;QD=10.553;RBI=0.0607276;REFB=-0.0284212;REVB=0.0548804;RO=45;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112304;STB=0.577402;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0182703;OID=.;OPOS=79115905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:47:24:24:0.338028:12:12:18:27:12:12:18:29 chr1 79128570 . G GT 544.59 PASS AF=0.52027;AO=76;DP=161;FAO=77;FDP=148;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.00711197;FXX=0.0133324;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.511;QD=14.7185;RBI=0.0156789;REFB=-0.00458891;REVB=-0.0139731;RO=84;SAF=42;SAR=34;SRF=55;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993605;STB=0.549987;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.0080007;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52027:76:161:77:148:71:42:35:46:25:99:84:42:34:55:29 chr1 79357360 . G C 547.26 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0267499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3392;QD=19.035;RBI=0.0268131;REFB=-0.0134391;REVB=-0.00184063;RO=58;SAF=29;SAR=28;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118007;STB=0.565142;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0135404;OID=.;OPOS=79357360;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:28:29:22:36:28:29:22:36 chr1 79392756 . C A 186.8 PASS AF=0.642857;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0109667;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.045;QD=26.6862;RBI=0.0281941;REFB=-0.022039;REVB=0.0259738;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314641;STB=0.660183;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0148953;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:28:11:10:17:18:0.642857:13:4:7:4:14:4:6:4 chr1 82421596 . C T 351.24 PASS AF=0.9;AO=23;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0400921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.044;QD=46.8322;RBI=0.0630276;REFB=4.82772e-05;REVB=0.0486324;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542824;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000204073;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:0:3:23:27:0.9:4:19:0:0:8:19:1:2 chr1 82457662 . G A 872.06 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.022454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.229;QD=55.3691;RBI=0.0225852;REFB=-0.0541152;REVB=-0.00243056;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136765;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00335991;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:59:62:0.984127:34:25:0:1:36:26:0:1 chr1 84335412 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00253628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.055;QD=13.3417;RBI=0.00274443;REFB=-0.016881;REVB=-0.00104841;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255701;STB=0.5045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0167582;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:11:10:14:17:11:10:15:17 chr1 84376849 . G A 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0219451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.8;QD=19.2739;RBI=0.0258652;REFB=-0.0204121;REVB=-0.0136902;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794133;STB=0.517545;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.023503;OID=.;OPOS=84376849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:26:23:23:0.469388:14:9:11:12:14:9:11:15 chr1 84640691 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.459;QD=57.2026;RBI=0.0393346;REFB=0;REVB=0.0387747;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101128;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr1 84810815 . A G 471.55 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0598014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.633;QD=55.4762;RBI=0.0601237;REFB=-0.0357321;REVB=-0.0062173;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000347551;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:17:16:0:0:17:16:1:0 chr1 84853957 . A T 1060.34 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00292582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9254;QD=55.8072;RBI=0.0491406;REFB=-0.0464133;REVB=0.0490534;RO=2;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173467;STB=0.507957;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0111152;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:73:73:0.960526:34:39:1:1:34:39:1:2 chr1 84864256 . G C 147.31 PASS AF=0.4;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00942349;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3545;QD=14.731;RBI=0.0175385;REFB=-0.0150201;REVB=-0.0147918;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216566;STB=0.642666;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0434941;OID=.;OPOS=84864256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:23:24:16:16:0.4:4:12:13:10:4:12:13:11 chr1 84880380 . T C 391.63 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00523341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0992;QD=22.0637;RBI=0.0300613;REFB=-0.017497;REVB=0.0296022;RO=32;SAF=8;SAR=31;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24238;STB=0.634933;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0120234;OID=.;OPOS=84880380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:31:8:14:18:31:8:14:18 chr1 84944989 . A G 257.71 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0228925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.479;QD=19.8236;RBI=0.0407869;REFB=-0.0406545;REVB=0.0337565;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389473;STB=0.521723;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0221273;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:12:15:15:10:12:15:15:10 chr1 85009894 . A G 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00661332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.792;QD=18.8954;RBI=0.00662554;REFB=-0.00342046;REVB=0.000402314;RO=44;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13749;STB=0.576333;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00330936;OID=.;OPOS=85009894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:21:20:15:29:21:20:15:29 chr1 85016177 . A G 540.71 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00856024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.766;QD=19.485;RBI=0.0129196;REFB=-0.0168729;REVB=-0.0096767;RO=54;SAF=32;SAR=24;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161626;STB=0.593317;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0189148;OID=.;OPOS=85016177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:56:56:0.504505:24:32:21:33:24:32:21:34 chr1 85031630 . G A 934.52 PASS AF=0.479592;AO=92;DP=194;FAO=94;FDP=196;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.00098483;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.414;QD=19.0719;RBI=0.0334735;REFB=-0.0127695;REVB=0.0334591;RO=101;SAF=35;SAR=57;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157927;STB=0.587646;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0182519;OID=.;OPOS=85031630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:101:102:92:94:0.479592:57:35:55:46:58:36:56:46 chr1 85039955 . G A 266.69 PASS AF=0.55102;AO=24;DP=47;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00942985;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.96;QD=21.7702;RBI=0.0302415;REFB=-0.0286903;REVB=0.0287337;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131254;STB=0.579649;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0183377;OID=.;OPOS=85039955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:22:24:27:0.55102:15:9:12:11:18:9:11:11 chr1 85113203 . T C 1338.87 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7737;QD=62.2732;RBI=0.0171877;REFB=0;REVB=-0.00104169;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00181e-05;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr1 85113229 . A G 1095.21 PASS AF=0.986667;AO=69;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.223;QD=58.4114;RBI=0.0145186;REFB=0.0183349;REVB=-0.00260714;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00264168;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:0:1:69:74:0.986667:36:33:0:0:37:37:1:0 chr1 85121255 . A G 1301.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.441;QD=61.9597;RBI=0.0256686;REFB=0;REVB=0.00712473;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58871e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr1 85488030 . G A 610.37 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5374;QD=61.0365;RBI=0.0763936;REFB=0;REVB=0.0173134;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101568;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:19:19:0:0:19:21:0:0 chr1 85537706 . T C 275.1 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.103063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.019;QD=15.4987;RBI=0.103092;REFB=-0.00104207;REVB=-0.00245246;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111212;STB=0.563017;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00265304;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:10:21:23:17:10:21:23:17 chr1 85559452 . A G 1108.98 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7462;QD=59.9446;RBI=0.0539662;REFB=0;REVB=-2.48446e-05;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520625;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr1 85594466 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9078;QD=48.7308;RBI=0.116249;REFB=0;REVB=-0.116022;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183655;OID=.;OPOS=85594466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 85599563 . A C 345.9 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141764;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6331;QD=53.2158;RBI=0.141962;REFB=0;REVB=0.00750141;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161116;OID=.;OPOS=85599563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:23:26:1:13:10:0:0:14:12:0:0 chr1 85624549 . C T 1095.9 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.535;QD=60.0491;RBI=0.017556;REFB=0;REVB=-0.00288752;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167354;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:29:43:0:0:29:44:0:0 chr1 85624864 . G A 610.4 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176251;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.634;QD=61.0401;RBI=0.022378;REFB=0;REVB=0.0137888;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122227;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:38:40:1:23:15:0:0:24:16:0:0 chr1 85648620 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.336;QD=57.7114;RBI=0.0106742;REFB=0;REVB=0.0103741;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38383e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr1 85666156 . T G 394.51 PASS AF=0.532468;AO=39;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0167623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.2;QD=20.4942;RBI=0.0168627;REFB=-0.00350518;REVB=0.00183744;RO=36;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539378;STB=0.539549;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00265086;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:36:39:41:0.532468:15:24:20:16:16:25:19:17 chr1 85724328 . C T 527.25 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0312742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.335;QD=27.3896;RBI=0.0442793;REFB=-0.0268102;REVB=-0.0313462;RO=27;SAF=16;SAR=32;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15573;STB=0.587119;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0149772;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:29:48:48:0.623377:32:16:15:12:32:16:16:13 chr1 85741968 . G C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0152012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.466;QD=7.12518;RBI=0.030734;REFB=-0.00637269;REVB=-0.0267115;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633268;STB=0.540421;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0151191;OID=.;OPOS=85741968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:6:12:5:2:6:12 chr1 86202016 . C T 1274.28 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278357;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.716;QD=62.1602;RBI=0.0126493;REFB=0;REVB=0.0123392;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202401;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr1 86202102 . C A 348.12 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0195989;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.979;QD=22.4592;RBI=0.0196187;REFB=-0.00968205;REVB=-0.000880931;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150794;STB=0.582901;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0109013;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:27:35:35:0.564516:18:17:8:19:18:17:8:19 chr1 86375654 . C G 952.38 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.642;QD=58.6081;RBI=0.0175261;REFB=0;REVB=-0.0082706;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90518e-06;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:27:37:0:0:28:37:0:0 chr1 86487912 . TTC T,TAA,TTA 812.56 PASS AF=0.0508475,0.0508475,0.898305;AO=8,3,38;DP=53;FAO=3,3,53;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3,16;FSAR=0,0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328559,0.0470026,0.0750288;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=2,2,1;MLLD=158.154,159.581,189.997;QD=55.0887;RBI=0.0342039,0.0493105,0.0764821;REFB=0,0,0;REVB=-0.00950773,-0.0149092,-0.0148389;RO=0;SAF=8,3,3;SAR=0,0,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.024142,0.0339971,0.00344909;OID=.,.,.;OPOS=86487913,86487913,86487914;OREF=TC,TC,C;OALT=-,AA,A;OMAPALT=T,TAA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0508475,0.0508475,0.898305:8,3,38:53:3,3,53:59:0:3,3,16:0,0,37:0:0:10:0:8,3,3:0,0,35:0:0 chr1 86487981 . G A 784.98 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.68;QD=57.0892;RBI=0.0393621;REFB=0;REVB=0.0144582;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6302e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:39:15:0:0:40:15:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 392.85 PASS AF=0.775;AO=30;DP=43;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0146404;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=265.919;QD=39.2854;RBI=0.0148483;REFB=-0.0133244;REVB=-0.00247588;RO=12;SAF=9;SAR=21;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866639;STB=0.550989;STBP=0.324;TYPE=ins;VARB=0.00390634;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.775:30:43:31:40:9:9:22:1:8:56:12:9:21:2:10 chr1 86512536 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.731;QD=44.6898;RBI=0.0156359;REFB=0;REVB=0.00538128;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113524;OID=.;OPOS=86512536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 86557967 . G A 152.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00766807;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.209;QD=19.6235;RBI=0.0215393;REFB=-0.00826728;REVB=0.0201281;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199204;STB=0.613586;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0106854;OID=.;OPOS=86557967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:7:8:5:11:7:8 chr1 86590915 . G A 739.21 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00916197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.364;QD=54.7564;RBI=0.0151088;REFB=-0.115351;REVB=0.0120139;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000445854;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:0:1:31:22:0:1 chr1 86591837 . G A 160.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.303;QD=45.7844;RBI=0.0457556;REFB=0;REVB=0.0296992;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889285;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 86818572 . T C 182.53 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0281119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.3;QD=16.9791;RBI=0.0290553;REFB=-0.00936967;REVB=0.0073439;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554787;STB=0.544507;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.017684;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:8:10:12:12:8:11:12:12 chr1 86820267 . C T 445.23 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0110724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.069;QD=17.9891;RBI=0.0396506;REFB=-0.00938045;REVB=-0.0380732;RO=54;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865842;STB=0.548366;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00962606;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:24:21:30:24:24:21:30:24 chr1 86838158 . C T 1297.25 PASS AF=0.4375;AO=141;DP=319;FAO=140;FDP=320;FR=.;FRO=180;FSAF=83;FSAR=57;FSRF=112;FSRR=68;FWDB=0.00034549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.456;QD=16.2156;RBI=0.020738;REFB=-0.00260016;REVB=-0.0207351;RO=174;SAF=83;SAR=58;SRF=109;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392545;STB=0.517215;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00377324;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:320:174:180:141:140:0.4375:58:83:109:65:57:83:112:68 chr1 86852621 . A G 579.14 PASS AF=0.542056;AO=57;DP=106;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0260278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.968;QD=21.6501;RBI=0.0271194;REFB=-0.046999;REVB=-0.00761689;RO=49;SAF=31;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00607575;STB=0.500326;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.030582;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:49:49:57:58:0.542056:26:31:27:22:26:32:27:22 chr1 86900332 . T C 385.26 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0333303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1497;QD=17.9189;RBI=0.0353679;REFB=-0.00251538;REVB=0.0118312;RO=42;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179631;STB=0.58874;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00188988;OID=.;OPOS=86900332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:46:40:40:0.465116:24:16:25:17:24:16:26:20 chr1 86900372 . C G 414.19 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0129695;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.258;QD=18.8267;RBI=0.0151294;REFB=-0.0150681;REVB=-0.00779034;RO=46;SAF=17;SAR=25;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111076;STB=0.561922;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0153802;OID=.;OPOS=86900372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:25:17:24:22:25:17:24:22 chr1 86913265 . C T 426.77 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0668303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5185;QD=21.8856;RBI=0.0738345;REFB=-0.00725497;REVB=-0.0313886;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697378;STB=0.538443;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0108941;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:15:21:21:21:15:21 chr1 86920904 . A G 378.2 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00311956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.735;QD=16.4432;RBI=0.00461875;REFB=-0.0106205;REVB=-0.00340604;RO=52;SAF=24;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828839;STB=0.546643;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0146021;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:16:24:27:25:16:24:27:25 chr1 86939130 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.048;QD=58.061;RBI=0.0273178;REFB=0;REVB=0.0162228;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26976e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr1 86947975 . A T 207.19 PASS AF=0.3;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.022619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3971;QD=9.20846;RBI=0.0494471;REFB=0.00210146;REVB=0.0439704;RO=62;SAF=20;SAR=7;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30336;STB=0.676019;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00358457;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:62:63:27:27:0.3:7:20:31:31:7:20:32:31 chr1 86952324 . A G 579.93 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00772168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8385;QD=18.8594;RBI=0.0383158;REFB=-0.00695798;REVB=0.0375296;RO=59;SAF=28;SAR=32;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022394;STB=0.504895;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0074861;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:63:60:60:0.487805:32:28:29:30:32:28:30:33 chr1 86959173 . T C 2368.54 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00643505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.238;QD=60.3449;RBI=0.0118922;REFB=0.0418619;REVB=-0.0100007;RO=0;SAF=68;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502824;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-1.7334e-06;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:155:156:0.993631:87:68:0:0:88:68:0:1 chr1 86965419 . T C 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.115;QD=63.2815;RBI=0.026021;REFB=0;REVB=-0.0215448;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80088e-05;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 403.45 PASS AF=0.862069,0.137931;AO=23,8;DP=31;FAO=25,4;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473902,0.00408394;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=255.731,175.552;QD=55.6486;RBI=0.039763,0.0321745;REFB=0,0;REVB=0.0394796,0.0319143;RO=0;SAF=12,4;SAR=11,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00618005,0.00254761;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.862069,0.137931:23,8:31:25,4:29:0:14,2:11,2:0:0:28:0:12,4:11,4:0:0 chr1 87101375 . C G 328.23 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.342;QD=52.5166;RBI=0.0636779;REFB=0;REVB=0.0610812;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416522;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:13:12:0:0 chr1 87101649 . T C 1264.26 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4953;QD=61.6712;RBI=0.0461341;REFB=0;REVB=0.0444178;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305696;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:31:51:0:0:31:51:0:0 chr1 87208953 . T A 248.46 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00577366;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.821;QD=16.8444;RBI=0.0076788;REFB=-0.0227339;REVB=0.00506249;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10034;STB=0.55655;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0222652;OID=.;OPOS=87208953;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:28:28:0.474576:19:9:13:18:19:9:13:18 chr1 87599697 . G A 731.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9828;QD=62.2521;RBI=0.0348627;REFB=0;REVB=0.0126445;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107005;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:30:17:0:0 chr1 89322982 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0910713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.667;QD=55.0956;RBI=0.0913231;REFB=0;REVB=0.00677758;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000708134;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr1 89426902 . G A 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.571;QD=56.9989;RBI=0.0223531;REFB=0;REVB=0.00531978;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010719;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr1 89518623 . C T 432.36 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.00467345;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.516;QD=17.6472;RBI=0.0117072;REFB=-0.00288027;REVB=-0.0107339;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145168;STB=0.568152;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00388219;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:54:43:44:0.44898:20:23:36:17:20:24:36:18 chr1 89521841 . G C 661.27 PASS AF=0.546218;AO=62;DP=113;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0198345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.965;QD=22.2276;RBI=0.0211388;REFB=-0.0134914;REVB=0.00731031;RO=51;SAF=34;SAR=28;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167166;STB=0.584955;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00898469;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:119:51:54:62:65:0.546218:28:34:38:13:30:35:39:15 chr1 89522646 . G C 566.49 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.00852418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.364;QD=20.0527;RBI=0.0104638;REFB=-0.0344944;REVB=0.00606865;RO=53;SAF=24;SAR=34;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211859;STB=0.615903;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0194876;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:55:58:58:0.513274:34:24:35:18:34:24:36:19 chr1 89579941 . T C 334.89 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0491653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.965;QD=14.4039;RBI=0.0513304;REFB=-0.00105615;REVB=-0.0147507;RO=56;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17699;STB=0.599948;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000709748;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:19:18:18:38:19:18:18:38 chr1 89582690 . G C 447.54 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.0233908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.977;QD=16.274;RBI=0.0237416;REFB=-0.00535667;REVB=0.00406594;RO=59;SAF=24;SAR=26;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175158;STB=0.592155;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0131658;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:60:50:50:0.454545:26:24:39:20:26:24:39:21 chr1 89582702 . A G 726.06 PASS AF=0.575;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0338826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6047;QD=24.2021;RBI=0.0353545;REFB=-0.0226967;REVB=-0.0100952;RO=49;SAF=45;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145824;STB=0.589097;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0157834;OID=.;OPOS=89582702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:49:51:69:69:0.575:24:45:23:26:24:45:23:28 chr1 89630472 . G T 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00746511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.599;QD=15.5764;RBI=0.0445605;REFB=-0.014232;REVB=-0.0439308;RO=30;SAF=23;SAR=1;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702648;STB=0.913101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0232044;OID=.;OPOS=89630472;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:1:23:14:16:1:23:14:16 chr1 89637578 . G A 355.19 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.027706;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.375;QD=18.6943;RBI=0.027911;REFB=-0.00268806;REVB=-0.00337712;RO=40;SAF=26;SAR=11;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392538;STB=0.724116;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00470574;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:39:37:37:0.486842:11:26:11:29:11:26:10:29 chr1 89844035 . T C 466.1 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.00387848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.76;QD=15.2819;RBI=0.0123037;REFB=0.00497923;REVB=-0.0116764;RO=69;SAF=22;SAR=30;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064099;STB=0.530627;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00752896;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:69:70:52:52:0.42623:30:22:25:44:30:22:26:44 chr1 89847372 . G T 610.49 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0262364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.937;QD=56.79;RBI=0.0279547;REFB=-0.125171;REVB=0.00964949;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.506696;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00094583;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:26:15:0:1:26:15:1:1 chr1 89847411 . C T 678.02 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4701;QD=58.9583;RBI=0.0440805;REFB=-0.109348;REVB=0.0283177;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.515145;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0135848;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:46:0:1:42:45:0.978261:29:13:0:0:29:16:1:0 chr1 89847444 . A G 573.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3287;QD=60.4185;RBI=0.0459152;REFB=0;REVB=0.0406257;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723401;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr1 89849268 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0202831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6927;QD=14.7027;RBI=0.0593208;REFB=-0.00417368;REVB=0.0557454;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152525;STB=0.588097;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00658885;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:4:11:7:5:4:11 chr1 89849742 . A T 590.37 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.521;QD=60.5504;RBI=0.0254885;REFB=0;REVB=0.0243793;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143631;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr1 90049040 . A G 559.47 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=0.0146933;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.638;QD=18.9652;RBI=0.0147089;REFB=-0.0146012;REVB=-0.000677451;RO=60;SAF=38;SAR=20;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463968;STB=0.525616;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00948235;OID=.;OPOS=90049040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:60:58:58:0.491525:20:38:42:18:20:38:42:18 chr1 90171835 . C T 764.71 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0508;QD=63.7256;RBI=0.087581;REFB=0;REVB=-0.0873699;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000851857;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr1 90178743 . A G 173.86 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2113;QD=46.3624;RBI=0.0769197;REFB=0;REVB=-0.0277616;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204856;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr1 90486412 . T G 1509.03 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0129185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.679;QD=60.3611;RBI=0.0129871;REFB=-0.0472563;REVB=0.00133318;RO=1;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092091;STB=0.514283;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000272775;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:1:3:97:97:0.97:51:46:0:1:51:46:0:3 chr1 90493026 . G A 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0629663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9698;QD=45.1032;RBI=0.063137;REFB=0.0423353;REVB=0.00463967;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0199662;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:0:1:11:7:0:1 chr1 91728053 . G A 727.78 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00744568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.927;QD=59.4109;RBI=0.0224924;REFB=-0.0316608;REVB=0.0212243;RO=2;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361449;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000426303;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:2:1:47:48:0.979592:25:22:0:2:26:22:0:1 chr1 91781413 . T G 1323.59 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.944;QD=61.5621;RBI=0.0553311;REFB=0;REVB=0.00933586;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244027;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:44:41:0:0:45:41:0:0 chr1 91817174 . G T 151.5 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0281256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4258;QD=12.8933;RBI=0.0340529;REFB=0.0151933;REVB=-0.0191977;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549036;STB=0.53222;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0286386;OID=.;OPOS=91817174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:18:12:6:11:18:12 chr1 91851253 . T C 409.63 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0178155;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.745;QD=45.5147;RBI=0.0179295;REFB=-0.0176028;REVB=0.00201852;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548082;STB=0.539543;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000679936;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:36:36:2:5:31:31:0.861111:16:15:0:2:16:15:1:4 chr1 91853111 . A C 5254.74 PASS AF=0.979827;AO=334;DP=347;FAO=340;FDP=347;FR=.;FRO=7;FSAF=177;FSAR=163;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0354069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.399;QD=60.5734;RBI=0.0387044;REFB=0.0790677;REVB=0.0156326;RO=3;SAF=171;SAR=163;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303554;STB=0.501027;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00440106;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:347:347:3:7:334:340:0.979827:163:171:1:2:163:177:4:3 chr1 91859795 . T C 1537.0 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7802;QD=63.3814;RBI=0.0585849;REFB=0;REVB=0.0282483;RO=1;SAF=36;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501428;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:1:0:96:97:1:60:36:1:0:60:37:0:0 chr1 91870410 . G C 2661.95 PASS AF=0.994286;AO=173;DP=176;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0667613;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.834;QD=60.8445;RBI=0.0789676;REFB=-0.109256;REVB=0.042176;RO=2;SAF=92;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116062;STB=0.50303;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000104455;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:176:175:2:1:173:174:0.994286:81:92:0:2:82:92:0:1 chr1 91980447 . A G 1180.68 PASS AF=0.952381;AO=77;DP=81;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00319516;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.788;QD=56.2227;RBI=0.00735372;REFB=-0.148894;REVB=-0.0066233;RO=4;SAF=46;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039392;STB=0.520828;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00127309;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:84:4:4:77:80:0.952381:31:46:4:0:34:46:4:0 chr1 91985828 . A G 296.03 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00631265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.855;QD=17.9413;RBI=0.0066127;REFB=-0.0285539;REVB=-0.00196934;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413119;STB=0.530284;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0184062;OID=.;OPOS=91985828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:34:32:32:0.484848:16:16:15:18:16:16:15:19 chr1 92108899 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00922639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.503;QD=58.2429;RBI=0.0186248;REFB=-0.0173031;REVB=-0.0161789;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000674268;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:26:13:0:0:26:13:1:0 chr1 92174260 . A G 797.08 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.486;QD=56.934;RBI=0.0267301;REFB=0;REVB=-0.00994539;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18526e-05;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:25:29:0:0:26:30:0:0 chr1 92185657 . C T 241.15 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0105895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.846;QD=14.6153;RBI=0.0146101;REFB=0.00150556;REVB=-0.0100657;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628846;STB=0.535689;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00185504;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:13:15:18:20:13:15:18:20 chr1 92262874 . T C 998.68 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.069;QD=57.0674;RBI=0.0332549;REFB=-0.0535713;REVB=0.0164881;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00150305;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:70:0:1:66:69:0.985714:36:30:0:0:36:33:0:1 chr1 92295565 . C T 58.5 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00525578;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.149;QD=12.3156;RBI=0.00529667;REFB=-0.0218786;REVB=-0.000656844;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.547823;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0200232;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:10:11:8:8:0.421053:3:5:6:4:3:5:6:5 chr1 92327045 . G A 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.040304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8355;QD=15.6984;RBI=0.0421042;REFB=0.00600422;REVB=0.0121802;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288517;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00545322;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:12:7:10:5:12:7 chr1 92428495 . C A 530.01 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0144352;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.991;QD=20.5827;RBI=0.0156018;REFB=-0.0171824;REVB=-0.00591955;RO=50;SAF=21;SAR=33;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993305;STB=0.559094;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0146331;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:50:49:54:54:0.524272:33:21:25:25:33:21:25:24 chr1 92442695 . A C 240.29 PASS AF=0.411765;AO=24;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00630875;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.275;QD=14.1345;RBI=0.0165329;REFB=-0.0368067;REVB=-0.0152819;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183948;STB=0.586945;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0192497;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:38:24:28:0.411765:11:13:8:16:15:13:12:26 chr1 92457843 . C T 356.33 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0192508;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.892;QD=16.1967;RBI=0.0198377;REFB=-0.0160255;REVB=0.00478969;RO=48;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199681;STB=0.505152;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0199489;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:50:37:38:0.431818:24:13:16:32:24:14:18:32 chr1 92646021 . G A 238.42 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.143;QD=50.1933;RBI=0.0421591;REFB=0;REVB=-0.000677277;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553736;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:8:7:0:0:8:11:0:0 chr1 92647223 . A G 358.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.49;QD=55.0766;RBI=0.0485049;REFB=0;REVB=0.0270811;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271031;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr1 92647532 . C A 509.83 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.256;QD=58.2667;RBI=0.0320247;REFB=0;REVB=0.0315832;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274531;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:16:17:0:0:17:18:0:0 chr1 92711152 . CT CA,C 229.15 PASS AF=0.535714,0.321429;AO=15,9;DP=28;FAO=15,9;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=7,0;FSAR=8,9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0135422,-0.059787;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=248.94,17.5162;QD=32.7355;RBI=0.0218197,0.189628;REFB=0.00470738,-0.0529635;REVB=-0.0171088,0.179956;RO=4;SAF=7,0;SAR=8,9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0.335025;SSEP=0,0;SSSB=-0.201273,-0.831617;STB=0.610968,0.998457;STBP=0.097,0;TYPE=snp,del;VARB=0.00210083,0.166731;OID=.,.;OPOS=92711153,92711153;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.535714,0.321429:15,9:28:15,9:28:4:7,0:8,9:4:0:60:4:7,0:8,9:4:0 chr1 92889408 . C T 351.43 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0583014;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9787;QD=52.0643;RBI=0.0611242;REFB=-0.0458747;REVB=-0.0183609;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00206166;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:27:1:1:25:26:0.962963:12:13:1:0:12:14:1:0 chr1 92946479 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1939;QD=51.915;RBI=0.0867919;REFB=0;REVB=0.0330674;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205548;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 92974595 . G A 1132.18 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0183604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.043;QD=57.3253;RBI=0.0184486;REFB=-0.107185;REVB=0.00180256;RO=2;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205664;STB=0.510636;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000530597;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:79:2:2:76:77:0.974684:45:31:0:2:46:31:0:2 chr1 92979124 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.801;QD=40.7629;RBI=0.0721275;REFB=0;REVB=-0.0613868;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0027026;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 92979354 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.967;QD=57.2024;RBI=0.011567;REFB=0;REVB=-0.00141911;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99182e-05;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr1 93089823 . T C 696.35 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00757008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.339;QD=52.5547;RBI=0.0302401;REFB=-0.141889;REVB=0.0292773;RO=2;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587232;STB=0.531237;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00704279;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:2:2:51:51:0.962264:15:36:0:2:15:36:0:2 chr1 93160902 . T C 438.38 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0586784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9904;QD=50.1003;RBI=0.094097;REFB=-0.231973;REVB=0.0735601;RO=1;SAF=25;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183034;STB=0.528285;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0125357;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:35:1:3:31:32:0.914286:6:25:1:0:7:25:3:0 chr1 93306317 . G A 1223.51 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8163;QD=61.1753;RBI=0.071063;REFB=0;REVB=0.0334023;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718394;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:38:40:0:0:39:41:0:0 chr1 93307908 . T A 538.1 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.143;QD=59.789;RBI=0.0111752;REFB=0;REVB=0.00944013;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98065e-05;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr1 93311708 . G A 384.72 PASS AF=0.5;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0427574;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4045;QD=19.2362;RBI=0.0564688;REFB=0.00457497;REVB=0.0368853;RO=40;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147964;STB=0.586806;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00309604;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:40:40:39:40:0.5:18:21:15:25:18:22:15:25 chr1 93440474 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0130344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.333;QD=10.6347;RBI=0.0139878;REFB=-0.032934;REVB=-0.00507575;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0367727;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:8:5:3:5:8:5 chr1 93580581 . G C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.493;QD=63.2867;RBI=0.0576308;REFB=0;REVB=0.0566445;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201372;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 93581024 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.171;QD=58.142;RBI=0.0391072;REFB=0;REVB=0.0272124;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194716;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 93603183 . C CAT,T 607.4 PASS AF=0.697674,0.27907;AO=26,13;DP=49;FAO=30,12;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18,8;FSAR=12,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215204,-0.00444245;FXX=0.122424;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=102.064,42.7434;QD=56.5021;RBI=0.0216514,0.112644;REFB=-0.0135495,-0.0183383;REVB=0.00237826,-0.112557;RO=6;SAF=15,8;SAR=11,5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0922617,-0.134616;STB=0.513505,0.529364;STBP=0.54,0.633;TYPE=ins,snp;VARB=0.0117175,-0.00388826;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:98:49:43:6:1:26,13:30,12:0.697674,0.27907:11,5:15,8:5:1:12,4:18,8:1:0 chr1 93603184 . G A 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0574183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1895;QD=2.21238;RBI=0.0615052;REFB=-0.00418536;REVB=-0.022046;RO=49;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137495;STB=0.607227;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00227188;OID=.;OPOS=93603184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:2:4:27:22:2:4:27:22 chr1 93617546 . T C 775.63 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6425;QD=62.0502;RBI=0.0890312;REFB=-0.0913314;REVB=0.062277;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317674;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr1 93620393 . G A 305.5 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00289645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.982;QD=48.8803;RBI=0.0205861;REFB=0.00418758;REVB=0.0203814;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=9.75133e-05;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:0:1:23:24:0.96:14:9:0:0:15:9:0:1 chr1 93672723 . A C 667.66 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00513154;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.5405;QD=56.8219;RBI=0.0229806;REFB=-0.0480952;REVB=0.0224003;RO=2;SAF=26;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347746;STB=0.517849;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000336305;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:44:45:0.957447:18:26:2:0:18:27:2:0 chr1 93851295 . T C 727.09 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0178191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.679;QD=52.8791;RBI=0.0181695;REFB=-0.0563744;REVB=0.00355137;RO=1;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122398;STB=0.512816;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000526268;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:38:15:0:1:38:15:0:2 chr1 93995245 . GAAAAG AGAAAG,GAGAAA 54.55 PASS AF=0.196078,0;AO=3,2;DP=55;FAO=10,0;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0467865,-0.00115928;FXX=0.0727141;HRUN=1,4;LEN=2,4;MLLD=42.1031,166.35;QD=4.27836;RBI=0.0528215,0.149886;REFB=-0.0953367,-0.0103847;REVB=-0.0245182,-0.149881;RO=33;SAF=0,2;SAR=3,0;SRF=28;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.735843,0.329259;STB=0.87941,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0900156,0;OID=.,.;OPOS=93995245,93995247;OREF=GA,AAAG;OALT=AG,GAAA;OMAPALT=AGAAAG,GAGAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:51:33:41:3,2:10,0:0.196078,0:3,0:0,2:28:5:8,0:2,0:31:10 chr1 94341267 . A G 226.17 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0075553;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.914;QD=19.6671;RBI=0.00805404;REFB=-0.00929649;REVB=0.00279015;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155667;STB=0.579324;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0122712;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:15:7:11:12:15:7:11:13 chr1 94342564 . C A 224.06 PASS AF=0.42623;AO=27;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00288941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.245;QD=14.6924;RBI=0.00309308;REFB=-0.0331585;REVB=0.00110381;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133746;STB=0.594929;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0251936;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:27:26:0.42623:13:14:13:21:12:14:13:22 chr1 94343023 . A G 167.33 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00169769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.58;QD=11.7421;RBI=0.00363168;REFB=-0.00695354;REVB=-0.00321045;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227405;STB=0.661216;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.011423;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:36:21:21:0.368421:15:6:16:17:15:6:19:17 chr1 94343233 . T C 247.31 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0147182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.503;QD=13.7396;RBI=0.0213692;REFB=-0.0181609;REVB=-0.0154926;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679677;STB=0.503873;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0249319;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:13:16:24:19:13:16:24:19 chr1 94344716 . C T 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000895575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.337;QD=28.0214;RBI=0.0212413;REFB=-0.0432512;REVB=0.0212224;RO=18;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114737;STB=0.506325;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0254245;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:16:12:8:10:16:12:8:10 chr1 94466659 . A G 37.38 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0400439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1393;QD=8.79543;RBI=0.0453194;REFB=-0.0144741;REVB=-0.0212212;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0652472;OID=.;OPOS=94466659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr1 94471075 . A G 681.74 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0345381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5157;QD=52.4419;RBI=0.0365455;REFB=-0.0940566;REVB=0.0119452;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752343;STB=0.503998;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0152061;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:30:20:1:1:30:20:1:1 chr1 94473845 . T C 69.43 PASS AF=0.25;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0327435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.997;QD=6.94348;RBI=0.0414516;REFB=-0.0158427;REVB=-0.0254184;RO=29;SAF=8;SAR=1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514082;STB=0.856327;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0519656;OID=.;OPOS=94473845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:39:40:29:30:9:10:0.25:1:8:15:14:1:9:15:15 chr1 94474328 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0155373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.296;QD=12.5699;RBI=0.0184214;REFB=-0.00352473;REVB=-0.00989648;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16369;STB=0.586089;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00593173;OID=.;OPOS=94474328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:5:10:13:12:5:10:14:12 chr1 94476203 . CT C 216.35 PASS AF=0.409091;AO=25;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0469041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9314;QD=13.1121;RBI=0.0499833;REFB=0.00262009;REVB=-0.0172725;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129866;STB=0.572829;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=-0.00371568;OID=.;OPOS=94476204;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:25:66:27:66:39:14:13:25:14:99:39:13:12:25:14 chr1 94476388 . C G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.021909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.091;QD=14.8337;RBI=0.0261501;REFB=-0.0123331;REVB=-0.0142766;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125424;STB=0.571366;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0214857;OID=.;OPOS=94476388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:10:20:12:10:10:20 chr1 94578548 . T C 747.26 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627039;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3367;QD=63.5966;RBI=0.0665464;REFB=0;REVB=0.0222856;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909677;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:40:47:1:19:21:0:0:25:22:0:0 chr1 94639337 . A G 265.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.672;QD=50.5575;RBI=0.0285669;REFB=0;REVB=-0.00580911;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6979e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:10:9:0:0:11:10:0:0 chr1 94639447 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.325;QD=33.4285;RBI=0.0068025;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131425;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr1 94921305 . T G,TG 432.97 PASS AF=0.00943396,0.490566;AO=4,45;DP=107;FAO=1,52;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=1,21;FSAR=0,31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.04718,-0.0280584;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.3568,21.6731;QD=16.3383;RBI=0.0518015,0.0577092;REFB=-0.0262397,-0.012765;REVB=-0.0213878,0.0504289;RO=57;SAF=1,20;SAR=3,25;SRF=24;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.180139,0.0236908;STB=0.991615,0.50588;STBP=0.283,0.913;TYPE=snp,ins;VARB=0.139907,0.00638363;OID=.,.;OPOS=94921305,94921306;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:107:106:57:53:4,45:1,52:0.00943396,0.490566:3,25:1,20:24:33:0,31:1,21:22:31 chr1 94930345 . G A 350.21 PASS AF=0.398148;AO=38;DP=104;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0806247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3522;QD=12.9709;RBI=0.115175;REFB=-0.0438175;REVB=0.0822493;RO=66;SAF=20;SAR=18;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106372;STB=0.585369;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0678044;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:66:65:38:43:0.398148:18:20:41:25:22:21:41:24 chr1 95001600 . A C 990.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413397;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.309;QD=59.113;RBI=0.0441058;REFB=0;REVB=0.0153735;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92852e-05;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:33:34:0:0 chr1 95330372 . G A 1135.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.348;QD=60.5431;RBI=0.0177531;REFB=0;REVB=-0.00607962;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57826e-05;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chr1 95363054 . T C 358.31 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00808196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.101;QD=22.3945;RBI=0.00865881;REFB=-0.0295561;REVB=0.00310754;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266183;STB=0.519187;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0185081;OID=.;OPOS=95363054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:28:35:36:0.5625:19:16:11:15:19:17:12:16 chr1 95709821 . T C 505.38 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500649;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9869;QD=59.4565;RBI=0.0746891;REFB=0;REVB=0.0554254;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019652;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 95709939 . T G 1338.54 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854801;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.002;QD=62.2577;RBI=0.0142271;REFB=0;REVB=0.0113728;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015154;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:45:41:0:0 chr1 97189091 . G A 601.57 PASS AF=0.953488;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00954542;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1841;QD=55.9599;RBI=0.0106789;REFB=-0.00904911;REVB=0.004788;RO=2;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594803;STB=0.502875;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00970353;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:39:41:0.953488:22:17:1:1:23:18:1:1 chr1 97272456 . A G 1367.79 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201941;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.242;QD=62.887;RBI=0.0242044;REFB=0;REVB=0.0133437;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31929e-07;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:52:35:0:0:52:35:0:0 chr1 97981395 . T C 265.73 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00889238;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.673;QD=15.1843;RBI=0.0109281;REFB=-0.00650556;REVB=-0.00635204;RO=36;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18561;STB=0.606311;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0108879;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:36:40:30:30:0.428571:19:11:20:16:19:11:22:18 chr1 98348885 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.879;QD=60.8827;RBI=0.0331819;REFB=0;REVB=0.0330841;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02063e-05;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr1 99127392 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4558;QD=59.4309;RBI=0.0729518;REFB=0;REVB=0.0679998;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051656;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr1 99225627 . G A 1386.13 PASS AF=0.978261;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0344907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.257;QD=60.2667;RBI=0.0393984;REFB=-0.0126766;REVB=-0.0190426;RO=2;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215283;STB=0.511109;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000784882;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:92:2:2:88:90:0.978261:43:45:0:2:44:46:0:2 chr1 100174670 . C T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00697671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.528;QD=16.5267;RBI=0.00727601;REFB=-0.00852697;REVB=0.00206538;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155638;STB=0.578109;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00834945;OID=.;OPOS=100174670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:14:11:17:11:14:11:17:12 chr1 100203648 . C T 481.92 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00890247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6313;QD=20.5072;RBI=0.0152001;REFB=-0.00822234;REVB=0.0123203;RO=47;SAF=21;SAR=26;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194695;STB=0.51078;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00781041;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:26:21:20:27:26:21:20:27 chr1 100203693 . G A 551.52 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0170739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2287;QD=16.4633;RBI=0.0171584;REFB=-0.013286;REVB=0.00170114;RO=75;SAF=27;SAR=32;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072213;STB=0.540264;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.014767;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:75:59:59:0.440299:32:27:29:46:32:27:29:46 chr1 100335977 . A G 298.75 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0115412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.749;QD=23.8999;RBI=0.0168128;REFB=-0.00130077;REVB=0.0122259;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182825;STB=0.501483;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00108488;OID=.;OPOS=100335977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:23:26:27:0.54:13:13:12:11:13:14:12:11 chr1 100336361 . C T 967.45 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.555;QD=56.9088;RBI=0.0235336;REFB=0.0156563;REVB=0.0207787;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149975;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-9.70768e-05;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:35:31:1:0:35:32:1:0 chr1 100340787 . G A 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0710338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2553;QD=14.1946;RBI=0.0762266;REFB=0.00353003;REVB=-0.0276529;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964467;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00871601;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:9:13:9:6:9:13 chr1 100547994 . T C 1084.18 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00144534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.432;QD=58.6041;RBI=0.019595;REFB=-0.0741102;REVB=0.0195416;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506665;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000341845;OID=.;OPOS=100547994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:37:36:0:0:37:36:0:1 chr1 100575933 . G A 1354.41 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4676;QD=62.2719;RBI=0.030313;REFB=0;REVB=0.0093177;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026312;OID=.;OPOS=100575933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:36:50:0:0:37:50:0:0 chr1 100598866 . GC AT 862.86 PASS AF=1;AO=58;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021114;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.815;QD=57.5241;RBI=0.0206973;REFB=0;REVB=0.0205893;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00133322;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:58:60:1:35:23:0:0:36:24:0:0 chr1 100671860 . ATTT AATT,TAAA,TAAT 35.94 PASS AF=0.181818,0,0;AO=5,2,3;DP=38;FAO=6,0,0;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00458127,0.00169005,0.00168885;FXX=0.153807;HRUN=6,1,1;LEN=1,4,3;MLLD=31.5753,90.7653,69.2443;QD=4.35617;RBI=0.0360884,0.00726864,0.0142007;REFB=-0.00806214,0.00276535,-0.00607879;REVB=0.0357965,0.00706943,-0.0140999;RO=26;SAF=0,0,0;SAR=5,2,3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.662866,-0.476737,-0.564679;STB=0.785481,0.5,0.5;STBP=0.159,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0413077,0,0.0441694;OID=.,.,.;OPOS=100671861,100671860,100671860;OREF=T,ATTT,ATT;OALT=A,TAAA,TAA;OMAPALT=AATT,TAAA,TAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:38:33:26:27:5,2,3:6,0,0:0.181818,0,0:5,2,3:0,0,0:13:13:5,0,0:1,0,0:13:14 chr1 100671866 . T A 40.82 PASS AF=0.289474;AO=6;DP=30;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0603862;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.8;QD=4.29735;RBI=0.0618448;REFB=-0.0405405;REVB=0.013352;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196188;STB=0.674641;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.218979;OID=.;OPOS=100671866;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:30:38:17:27:6:11:0.289474:5:1:3:14:9:2:10:17 chr1 100672060 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.147;QD=62.0082;RBI=0.038643;REFB=0;REVB=0.0285469;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03439e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr1 100757144 . T G 172.03 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00160328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.76;QD=18.108;RBI=0.0185498;REFB=-0.00977483;REVB=0.0184804;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243472;STB=0.640848;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00713231;OID=.;OPOS=100757144;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:15:3:7:13:15:3:7:13 chr1 101005855 . T C 994.42 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116686;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.407;QD=59.3685;RBI=0.0117764;REFB=0;REVB=-0.00158912;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37818e-05;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr1 101006577 . A G,T 729.45 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395869,-0.00388409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.0014,159.812;QD=62.0811;RBI=0.0396347,0.0189482;REFB=0,0;REVB=0.00194644,0.0185458;RO=0;SAF=18,1;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000793266,-0.03326;OID=.,.;OPOS=101006577,101006577;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:27,1:18,1:0:0:27,1:18,1:0:0 chr1 101007055 . C T 831.78 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8904;QD=57.3644;RBI=0.0199423;REFB=0;REVB=0.0198414;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151037;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:24:32:0:0:25:33:0:0 chr1 101203827 . G A 470.59 PASS AF=0.560976;AO=43;DP=79;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0240046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.909;QD=22.9556;RBI=0.0247568;REFB=-0.00375498;REVB=0.00605624;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683625;STB=0.523694;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00581871;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:36:36:43:46:0.560976:24:19:13:23:27:19:13:23 chr1 102325412 . C T 291.57 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.0380135;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.59;QD=14.2229;RBI=0.0405266;REFB=-0.0258189;REVB=0.0140491;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25322;STB=0.642125;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0359221;OID=.;OPOS=102325412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:49:49:33:33:0.402439:15:18:38:11:15:18:38:11 chr1 103352451 . A G 295.72 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0212414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8106;QD=22.3185;RBI=0.0310057;REFB=-0.018518;REVB=-0.0225867;RO=23;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206586;STB=0.511432;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0100648;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:11:19:14:9:11:19:14:9 chr1 103354115 . T C 529.91 PASS AF=0.478632;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0485963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1986;QD=18.1167;RBI=0.0724398;REFB=0.0297081;REVB=-0.0537208;RO=61;SAF=28;SAR=27;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318857;STB=0.522116;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0266094;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:61:61:55:56:0.478632:27:28:29:32:27:29:29:32 chr1 103354138 . A G 612.28 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00795533;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.137;QD=19.7508;RBI=0.0266814;REFB=-0.0129485;REVB=0.0254678;RO=58;SAF=27;SAR=35;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072215;STB=0.532518;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0160927;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:58:62:62:62:0.5:35:27:30:28:35:27:31:31 chr1 103354428 . A G 296.53 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0221638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.024;QD=13.1792;RBI=0.0228366;REFB=-0.00883141;REVB=0.00550245;RO=55;SAF=15;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932233;STB=0.558789;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0164292;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:19:15:29:26:19:15:30:26 chr1 103379918 . G A 330.75 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0473134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.201;QD=18.6339;RBI=0.0610443;REFB=0.0162055;REVB=0.0385727;RO=35;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611928;STB=0.538883;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0133547;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:24:11:9:26:24:11:9:27 chr1 103444679 . T G 1508.87 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311193;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.872;QD=58.5968;RBI=0.0321506;REFB=0.0476032;REVB=0.00807779;RO=1;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106609;STB=0.505617;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-5.68524e-05;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:1:1:102:102:0.990291:44:58:0:1:44:58:0:1 chr1 103471456 . CCAT C 685.92 PASS AF=0.463519;AO=95;DP=248;FAO=108;FDP=233;FR=.;FRO=125;FSAF=2;FSAR=106;FSRF=26;FSRR=99;FWDB=-0.113786;FXX=0.33045;HRUN=2;LEN=3;MLLD=185.192;QD=11.7755;RBI=0.114587;REFB=-0.0219899;REVB=-0.0135252;RO=1;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977679;STB=0.878516;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0310612;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463519:95:248:108:233:125:2:106:26:99:99:1:47:48:0:1 chr1 104234137 . G A 64.96 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0594801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.995;QD=9.28042;RBI=0.0648129;REFB=-0.025034;REVB=0.0257453;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.526256;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0600597;OID=.;OPOS=104234137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:28:28:14:19:9:9:0.321429:3:6:8:6:3:6:12:7 chr1 107599918 . C T 355.72 PASS AF=0.4;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0264885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.5392;QD=13.5513;RBI=0.0268268;REFB=-0.0100316;REVB=0.00424706;RO=60;SAF=23;SAR=19;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250293;STB=0.51437;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0175684;OID=.;OPOS=107599918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:60:63:42:42:0.4:19:23:33:27:19:23:33:30 chr1 107979396 . A C 2356.61 PASS AF=0.975309;AO=156;DP=163;FAO=158;FDP=162;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00379888;FXX=0.0181807;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.816;QD=58.1879;RBI=0.038161;REFB=-0.134059;REVB=0.0379714;RO=4;SAF=88;SAR=68;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015148;STB=0.507665;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000519079;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:163:162:4:4:156:158:0.975309:68:88:1:3:70:88:1:3 chr1 108113438 . A C 41.38 PASS AF=0.175;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0449875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.564;QD=4.13795;RBI=0.0482332;REFB=-0.00692441;REVB=-0.0173942;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348447;STB=0.713674;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.021604;OID=.;OPOS=108113438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:40:31:33:7:7:0.175:2:5:13:18:2:5:15:18 chr1 108113449 . C T 42.29 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00955802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6018;QD=4.69907;RBI=0.0114268;REFB=0.014215;REVB=0.00626222;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282313;STB=0.6905;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0527158;OID=.;OPOS=108113449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:2:5:14:15:2:5:14:15 chr1 108113490 . TG CA 35.37 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00975562;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=124.607;QD=5.44174;RBI=0.0245548;REFB=-0.0067956;REVB=-0.0225336;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224955;STB=0.631132;STBP=0.503;TYPE=mnp;VARB=0.0188559;OID=.;OPOS=108113490;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:2:4:9:10:2:4:10:10 chr1 108113500 . T G 35.71 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0597946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7121;QD=6.49233;RBI=0.0733181;REFB=-0.0062119;REVB=0.0424282;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225087;STB=0.624574;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00594255;OID=.;OPOS=108113500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:15:16:6:6:0.272727:2:4:7:8:2:4:8:8 chr1 108113510 . G T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0141782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.996;QD=7.83717;RBI=0.0301339;REFB=0.0111319;REVB=0.0265901;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248764;STB=0.657425;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0158406;OID=.;OPOS=108113510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:8:8:2:5:8:8 chr1 108113526 . C G 263.02 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0607672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3905;QD=47.821;RBI=0.0679912;REFB=-0.102474;REVB=-0.0304984;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00729694;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:0:1:9:12:0:1 chr1 108113547 . TG CA 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00892005;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.118;QD=9.44487;RBI=0.0137906;REFB=-0.00565326;REVB=-0.0105172;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=mnp;VARB=0.0154897;OID=.;OPOS=108113547;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:6:4:4:2:6:4 chr1 108113856 . G A 144.0 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0658062;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5506;QD=9.59991;RBI=0.0658107;REFB=-0.0232744;REVB=-0.000769571;RO=40;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189815;STB=0.596811;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0316261;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:40:19:20:0.333333:12:7:9:31:13:7:9:31 chr1 108113865 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0210377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.403;QD=9.41536;RBI=0.0260894;REFB=-0.0146218;REVB=-0.0154295;RO=39;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704157;STB=0.541517;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0249233;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:13:5:9:30:13:5:9:30 chr1 108115145 . T C 1259.35 PASS AF=0.988235;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.061674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1454;QD=59.2634;RBI=0.0652694;REFB=0.0155351;REVB=0.0213638;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106407;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00113304;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:85:1:1:81:84:0.988235:37:44:1:0:40:44:1:0 chr1 108313258 . C T 111.9 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0252453;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5459;QD=8.60795;RBI=0.0324697;REFB=0.0152814;REVB=0.0204194;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193989;STB=0.646283;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0371583;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:38:37:15:15:0.288462:8:7:24:14:8:7:25:12 chr1 108771721 . T C 32.14 PASS AF=0.0659898;AO=13;DP=198;FAO=13;FDP=197;FR=.;FRO=184;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=71;FSRR=113;FWDB=-0.04695;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.162;QD=0.652514;RBI=0.0469774;REFB=0.000834591;REVB=0.0016062;RO=180;SAF=5;SAR=8;SRF=69;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00145473;STB=0.501235;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0142174;OID=.;OPOS=108771721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:198:197:180:184:13:13:0.0659898:8:5:69:111:8:5:71:113 chr1 109010230 . G A 130.84 PASS AF=0.275362;AO=18;DP=68;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0333329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.33;QD=7.58506;RBI=0.0391944;REFB=-0.00422774;REVB=0.0206185;RO=50;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233939;STB=0.619215;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00975223;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:50:18:19:0.275362:8:10:18:32:9:10:18:32 chr1 109173710 . G A 128.33 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0151225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7545;QD=12.2223;RBI=0.0153726;REFB=0.0298608;REVB=-0.00276196;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474041;STB=0.514358;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0387205;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:27:15:15:0.357143:7:8:15:11:7:8:15:12 chr1 109256135 . T C 337.99 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00226419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.7;QD=28.765;RBI=0.0204571;REFB=-0.00187168;REVB=0.0203315;RO=18;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127639;STB=0.570128;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00166308;OID=.;OPOS=109256135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:14:15:6:12:14:15:6:12 chr1 109265029 . G T 1529.74 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0089979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5765;QD=62.4383;RBI=0.0268852;REFB=-0.0798938;REVB=0.0253348;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00066593;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:1:0:50:47:1:0 chr1 109351501 . A G 617.01 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254537;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.393;QD=61.7005;RBI=0.0266578;REFB=0;REVB=-0.00792137;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7397e-05;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 109363232 . T C 153.97 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00435145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.945;QD=14.3228;RBI=0.0246059;REFB=-0.0200116;REVB=-0.0242181;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189915;STB=0.609632;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0251339;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:9:17:8:9:9:17 chr1 109394564 . T C 193.56 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00159597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.433;QD=10.1875;RBI=0.0119485;REFB=-0.00295627;REVB=0.0118414;RO=51;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256603;STB=0.649369;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0080041;OID=.;OPOS=109394564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:10:15:19:32:10:15:19:32 chr1 109395105 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00465163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.01;QD=13.7739;RBI=0.00533781;REFB=-0.0106468;REVB=0.00261812;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674753;STB=0.538884;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0155504;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:12:19:11:9:12:19 chr1 109465165 . ACTT ACAA,A 190.39 PASS AF=0.0545455,0.363636;AO=3,17;DP=54;FAO=3,20;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=3,11;FSAR=0,9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00925721,-0.0147118;FXX=0.017854;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=108.837,158.211;QD=13.8465;RBI=0.0199536,0.0167391;REFB=0.000240313,-0.00635911;REVB=-0.0176763,0.00798493;RO=26;SAF=3,9;SAR=0,8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.509255,-0.131742;STB=0.99546,0.566864;STBP=0.152,0.488;TYPE=mnp,del;VARB=-0.00887885,0.00912021;OID=.,.;OPOS=109465167,109465166;OREF=TT,CTT;OALT=AA,-;OMAPALT=ACAA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0545455,0.363636:3,17:54:3,20:55:32:3,11:0,9:21:11:99:26:3,9:0,8:17:9 chr1 109472773 . G A,T 1611.27 PASS AF=0.963964,0.027027;AO=103,5;DP=110;FAO=107,3;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=50,2;FSAR=57,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193488,-0.031311;FXX=0.00892777;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.1178,21.9562;QD=58.0638;RBI=0.056694,0.0313391;REFB=-0.0268969,0.0175803;REVB=0.0532901,-0.00132547;RO=0;SAF=48,3;SAR=55,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.50495,0.59939;STBP=0.317,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=0.0062494,0.100885;OID=.,.;OPOS=109472773,109472773;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:110:111:0:1:103,5:107,3:0.963964,0.027027:55,2:48,3:0:0:57,1:50,2:1:0 chr1 109486196 . A G 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00763626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.957;QD=20.4556;RBI=0.00832446;REFB=-0.0279557;REVB=-0.00331423;RO=15;SAF=2;SAR=15;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586855;STB=0.836463;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0301747;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:15:2:11:4:15:2:11:4 chr1 109656946 . T C 524.24 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0157574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.425;QD=21.3975;RBI=0.0171943;REFB=-0.0309446;REVB=0.00688095;RO=46;SAF=15;SAR=35;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448535;STB=0.507243;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0215381;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:48:50:50:0.510204:35:15:14:32:35:15:15:33 chr1 109704618 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.29;QD=43.486;RBI=0.0303705;REFB=0;REVB=-0.0279845;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08053e-05;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr1 109735298 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.492;QD=56.9992;RBI=0.0242158;REFB=0;REVB=0.00449856;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27531e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr1 109735416 . A C 574.57 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.569;QD=60.4807;RBI=0.0726359;REFB=0;REVB=0.0194841;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143116;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:16:22:0:0 chr1 109737063 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.014;QD=52.6132;RBI=0.0546275;REFB=0;REVB=0.0534684;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392123;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 109737090 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.405;QD=55.6554;RBI=0.0362709;REFB=0;REVB=0.0329851;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030455;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 109737132 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3084;QD=59.0173;RBI=0.0337175;REFB=0;REVB=0.0295772;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041523;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr1 109737172 . C T 478.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.03;QD=58.0518;RBI=0.00423195;REFB=0;REVB=0.00367714;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34946e-05;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:19:14:0:0 chr1 109742485 . G A 591.81 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.523;QD=56.3624;RBI=0.0232871;REFB=-0.080298;REVB=0.0182522;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302369;STB=0.506326;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000761275;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:15:25:0:1:15:25:1:1 chr1 109745618 . T C 1226.78 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00736334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0016;QD=59.8428;RBI=0.00984067;REFB=0.00884678;REVB=0.0065284;RO=1;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996796;STB=0.505262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.000209429;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:47:33:0:1:47:34:0:1 chr1 109771063 . T C 918.86 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041892;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.875;QD=58.3401;RBI=0.110029;REFB=0;REVB=0.10995;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310664;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr1 109794252 . T C,G 713.53 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190207,-0.0169093;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.1187,194.142;QD=55.9628;RBI=0.0317147,0.0203705;REFB=0,0;REVB=0.0253778,0.0113592;RO=0;SAF=19,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.48867e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.001735,0.0846461;OID=.,.;OPOS=109794252,109794252;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:30,2:19,0:0:0:30,2:19,0:0:0 chr1 109795608 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.206555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2487;QD=44.6888;RBI=0.214625;REFB=0;REVB=-0.0583027;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0119324;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 109806834 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0725408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.455;QD=15.8391;RBI=0.0743504;REFB=-0.0119512;REVB=-0.0163037;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539065;STB=0.822615;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00956137;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:5:2:7:1:5:2 chr1 109807099 . G A 426.86 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00313908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.27;QD=21.8904;RBI=0.0129503;REFB=-0.0068122;REVB=0.0125641;RO=36;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188649;STB=0.607482;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0105388;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:36:41:42:0.538462:24:17:23:13:25:17:23:13 chr1 109810544 . C A 431.02 PASS AF=0.351724;AO=49;DP=144;FAO=51;FDP=145;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.0229362;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.397;QD=11.8903;RBI=0.0231228;REFB=-0.0194953;REVB=-0.00293199;RO=94;SAF=24;SAR=25;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000496898;STB=0.500541;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0292579;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:94:94:49:51:0.351724:25:24:46:48:26:25:46:48 chr1 109816176 . AG CC,CG 245.35 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,17;DP=19;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028805,0.0498372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=152.119,188.1;QD=49.0696;RBI=0.0288523,0.0498397;REFB=0,0;REVB=-0.00165059,-0.000498398;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.53656e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0283953,-0.0025317;OID=.,.;OPOS=109816176,109816176;OREF=AG,A;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:19:20:0:0:2,17:2,18:0.1,0.9:2,14:0,3:0:0:2,15:0,3:0:0 chr1 109818263 . G A 1208.82 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.046;QD=61.2061;RBI=0.0310432;REFB=0;REVB=0.00840325;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30122e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:38:41:0:0 chr1 109825360 . C T 350.85 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0013401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.835;QD=48.3937;RBI=0.0440081;REFB=-0.20275;REVB=0.0439877;RO=2;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422244;STB=0.521723;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00360479;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:2:2:26:27:0.931034:21:5:0:2:22:5:0:2 chr1 109836835 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.000620863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.064;QD=18.2489;RBI=0.0168883;REFB=-0.00290432;REVB=-0.0168769;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583577;STB=0.533283;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00284689;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:3:9:9:4:3:9 chr1 109836842 . C G 99.55 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0174245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2048;QD=15.928;RBI=0.0612152;REFB=0.00255042;REVB=-0.058683;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066069;STB=0.538395;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00210229;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:4:9:9:3:4:9 chr1 109838918 . C T 754.1 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2766;QD=56.913;RBI=0.0327853;REFB=0;REVB=0.0137219;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316358;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:15:37:0:0:16:37:0:0 chr1 109839433 . A G 1661.31 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.244;QD=59.3325;RBI=0.0193626;REFB=-0.0475805;REVB=0.010933;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.504424;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000681798;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:55:55:0:1:56:55:0:1 chr1 109856306 . G A 839.48 PASS AF=0.587786;AO=77;DP=131;FAO=77;FDP=131;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00924906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0648;QD=25.6331;RBI=0.011228;REFB=-0.0462131;REVB=-0.00636584;RO=52;SAF=34;SAR=43;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100505;STB=0.554659;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0299167;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:52:54:77:77:0.587786:43:34:30:22:43:34:31:23 chr1 109856384 . CAA C 742.7 PASS AF=1;AO=38;DP=64;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187424;FXX=0.0142837;HRUN=6;LEN=2;MLLD=21.8861;QD=43.0553;RBI=0.188104;REFB=0;REVB=-0.0159763;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000258043;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:64:69:69:0:28:41:0:0:14:0:14:24:0:0 chr1 109884775 . T G 1015.84 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.032046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5723;QD=56.4357;RBI=0.0354138;REFB=-0.0538191;REVB=0.0150729;RO=2;SAF=24;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912438;STB=0.504827;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0103157;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:46:24:1:1:46:24:1:1 chr1 109897103 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00231637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.223;QD=55.4102;RBI=0.0658097;REFB=-0.065732;REVB=0.0657689;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000899757;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:27:30:1:0:27:30:1:0 chr1 110086451 . G A 345.23 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252011;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.26;QD=55.2375;RBI=0.0360112;REFB=0;REVB=0.0257238;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012234;OID=.;OPOS=110086451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 110087405 . T C 718.22 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2971;QD=53.2014;RBI=0.0544672;REFB=-0.122392;REVB=0.0274543;RO=1;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122367;STB=0.506491;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0014101;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:38:14:0:1:38:15:0:1 chr1 110134210 . TA T 560.44 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.2262;QD=46.7029;RBI=0.0612458;REFB=0;REVB=-0.0127955;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00135498;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:47:48:48:0:27:21:0:0:10:0:26:20:0:0 chr1 110151395 . G T 1484.57 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287214;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.289;QD=59.9825;RBI=0.0223235;REFB=0;REVB=-0.022138;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10316e-05;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr1 110162918 . T C 1120.25 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468161;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.325;QD=60.5539;RBI=0.053365;REFB=0;REVB=0.025614;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032394;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:43:31:0:0 chr1 110163879 . G A 1737.69 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0710808;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.896;QD=59.9204;RBI=0.0766326;REFB=-0.015691;REVB=0.0286371;RO=1;SAF=53;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887525;STB=0.504672;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000158906;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:61:53:1:0:62:53:1:0 chr1 110170896 . T C 803.66 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175943;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5173;QD=57.4046;RBI=0.0179274;REFB=0;REVB=0.0178409;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69082e-05;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr1 110201699 . T C 1084.41 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0491988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.823;QD=58.6167;RBI=0.0738588;REFB=0.0478005;REVB=-0.0550872;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00121838;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:35:37:0:1:35:38:0:1 chr1 110201809 . G T 937.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.179;QD=58.5875;RBI=0.0271684;REFB=0;REVB=-0.0170192;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06458e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr1 110201812 . A G 896.11 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.95;QD=57.8138;RBI=0.0545231;REFB=0;REVB=0.0438454;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257263;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:32:30:0:0 chr1 110210780 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.026;QD=40.7628;RBI=0.0732086;REFB=0;REVB=0.0267442;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000931226;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 110233147 . C T 977.26 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00896327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.967;QD=57.4858;RBI=0.0485719;REFB=-0.16557;REVB=-0.0477377;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00095344;OID=.;OPOS=110233147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:42:25:0:0:42:25:1:0 chr1 110257814 . G C 314.64 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0398341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8146;QD=14.8068;RBI=0.0451075;REFB=-0.00416495;REVB=0.0211643;RO=50;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847269;STB=0.548049;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0046094;OID=.;OPOS=110257814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:14:21:26:24:14:21:26:24 chr1 110279701 . C T 238.22 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.872;QD=45.3752;RBI=0.0876729;REFB=-0.0922845;REVB=0.0632894;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025834;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:21:1:0:18:21:1:6:12:1:0:7:14:0:0 chr1 110282972 . G T 691.74 PASS AF=0.928571;AO=51;DP=55;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0690288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.237;QD=49.4096;RBI=0.0692632;REFB=-0.0345328;REVB=0.00569357;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.552611;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00034745;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:55:56:0:4:51:52:0.928571:35:16:0:0:35:17:4:0 chr1 110295772 . T C 443.77 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.602;QD=57.2603;RBI=0.0968482;REFB=0;REVB=0.0937819;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003432;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:11:18:0:0:13:18:0:0 chr1 110300441 . G A 1061.47 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.327;QD=59.8012;RBI=0.00679514;REFB=0;REVB=0.00549903;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97595e-05;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:23:48:0:0:23:48:0:0 chr1 110300504 . A G 1479.45 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5243;QD=58.5919;RBI=0.0527337;REFB=-0.0810229;REVB=-0.0472361;RO=1;SAF=67;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141568;STB=0.507461;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000148348;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:33:67:0:1:33:67:0:1 chr1 110466338 . C A 159.34 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0018381;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.931;QD=24.5139;RBI=0.0240256;REFB=-0.0016509;REVB=0.0239552;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.599877;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00171181;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:7:3:9:7:7:3 chr1 110466466 . T C 575.12 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0066;QD=60.5384;RBI=0.0469715;REFB=0;REVB=-0.038489;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445926;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr1 110466555 . G A 493.08 PASS AF=0.49;AO=46;DP=97;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00902588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.838;QD=19.7234;RBI=0.0116245;REFB=-0.0186404;REVB=0.00732541;RO=48;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425707;STB=0.533432;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0229802;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:48:51:46:49:0.49:27:19:22:26:30:19:23:28 chr1 110466709 . T C 2526.88 PASS AF=0.971098;AO=168;DP=173;FAO=168;FDP=173;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0510309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6551;QD=58.425;RBI=0.0568608;REFB=-0.0281413;REVB=-0.0250798;RO=4;SAF=73;SAR=95;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831531;STB=0.501015;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00419351;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:173:173:4:5:168:168:0.971098:95:73:1:3:95:73:2:3 chr1 110466810 . C A 487.33 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0391033;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.039;QD=16.2443;RBI=0.0397629;REFB=-0.0155379;REVB=0.007213;RO=62;SAF=18;SAR=35;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000985421;STB=0.502274;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0190771;OID=.;OPOS=110466810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:62:67:53:53:0.441667:35:18:21:41:35:18:23:44 chr1 110467745 . A G 826.14 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00951525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.322;QD=54.1728;RBI=0.0247895;REFB=0.0258325;REVB=-0.0228906;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.502557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000348711;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:61:0:2:59:59:0.967213:25:34:0:0:25:34:1:1 chr1 110740790 . C T 595.74 PASS AF=0.574257;AO=57;DP=103;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.05008;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9028;QD=23.5935;RBI=0.082586;REFB=-0.0190004;REVB=0.0656692;RO=45;SAF=32;SAR=25;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766455;STB=0.554318;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0153244;OID=.;OPOS=110740790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:45:43:57:58:0.574257:25:32:21:24:25:33:19:24 chr1 110884839 . AAG AA,A 625.9 PASS AF=1,0;AO=42,10;DP=58;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162797,0.106042;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=17.4653,6.41973;QD=43.1656;RBI=0.187332,0.150658;REFB=0,0;REVB=0.0926844,-0.107018;RO=4;SAF=10,0;SAR=32,10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=-0.00266553,-0.79738;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00570647,0;OID=.,.;OPOS=110884841,110884840;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:42,10:58:58,0:58:0:12,0:46,0:0:0:12:4:10,0:32,10:1:3 chr1 111060669 . T C 356.02 PASS AF=0.493333;AO=26;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00589383;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.653;QD=18.9875;RBI=0.0267571;REFB=-0.00689202;REVB=0.0260999;RO=33;SAF=4;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412726;STB=0.535379;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00817461;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:38:26:37:0.493333:22:4:16:17:22:15:18:20 chr1 111061011 . C A 185.6 PASS AF=0.383333;AO=21;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0185277;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.756;QD=12.3737;RBI=0.0185513;REFB=-0.0143926;REVB=0.000936566;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343531;STB=0.543245;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0181443;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:21:23:0.383333:9:12:20:17:9:14:20:17 chr1 111061062 . T C 300.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0142471;FXX=0.0259707;HRUN=6;LEN=1;MLLD=296.533;QD=16.0461;RBI=0.0191893;REFB=0.00368742;REVB=-0.0128549;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632685;STB=0.542831;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00496402;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:14:19:21:20:14:19:21:21 chr1 111441829 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.064855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1655;QD=13.7271;RBI=0.0992914;REFB=0.0224265;REVB=-0.0751839;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28395;STB=0.671128;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0341295;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:25:25:0.409836:7:18:16:19:7:18:16:20 chr1 111584463 . G GT 169.6 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0366653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6843;QD=9.29316;RBI=0.0617356;REFB=0.0104691;REVB=0.0496683;RO=43;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161179;STB=0.589225;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=-0.013696;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424658:30:74:31:73:42:9:22:18:24:99:43:9:21:19:24 chr1 111584509 . G A 352.65 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.01825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.54;QD=15.8492;RBI=0.033776;REFB=-0.0166014;REVB=0.0284211;RO=51;SAF=9;SAR=29;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253046;STB=0.643915;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0276224;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:29:9:23:28:29:9:23:28 chr1 111773568 . G C 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0144058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9611;QD=21.9717;RBI=0.0210385;REFB=-0.00361778;REVB=-0.0153326;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255163;STB=0.514273;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0031416;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:17:6:5:16:17:6:5:16 chr1 111783982 . C A 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00704143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.424;QD=13.2651;RBI=0.0516848;REFB=-0.0175553;REVB=-0.0512029;RO=46;SAF=20;SAR=10;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424313;STB=0.533311;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0269972;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:10:20:29:17:10:20:29:18 chr1 111783996 . A G 1128.38 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00959628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.8;QD=57.8654;RBI=0.0228859;REFB=-0.0888117;REVB=0.0207768;RO=2;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607549;STB=0.503211;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000446607;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:2:2:76:76:0.974359:29:47:1:1:29:47:1:1 chr1 111833488 . C CCT 1608.3 PASS AF=0.973451;AO=103;DP=115;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0245379;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=2;MLLD=268.577;QD=56.9309;RBI=0.0301251;REFB=-0.0790088;REVB=0.017476;RO=4;SAF=37;SAR=66;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297963;STB=0.517644;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.000857999;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.973451:103:115:110:113:3:41:69:3:0:5:4:37:66:3:1 chr1 111833517 . G A 1730.43 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0816;QD=60.7169;RBI=0.0322859;REFB=0;REVB=0.0287459;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84463e-05;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:71:42:0:0:72:42:0:0 chr1 111857154 . T C 236.46 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00578787;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.58;QD=13.3219;RBI=0.0126373;REFB=-0.0060268;REVB=0.011234;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639168;STB=0.536559;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00955535;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:43:28:28:0.394366:16:12:21:22:16:12:21:22 chr1 111858444 . C T 94.26 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0105801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.303;QD=10.4728;RBI=0.0235801;REFB=-0.0033878;REVB=-0.0210732;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16234;STB=0.60991;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00763609;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:7:5:13:10:7:5:14:10 chr1 111861841 . A G 174.39 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00371444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.977;QD=11.8231;RBI=0.00463542;REFB=-0.0100604;REVB=0.00277309;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109495;STB=0.503103;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0199877;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:12:10:16:20:12:10:17:20 chr1 111861974 . T C 223.58 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00558969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.97;QD=14.9051;RBI=0.00702051;REFB=-0.00391935;REVB=-0.00424771;RO=33;SAF=6;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130117;STB=0.568506;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00571154;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:20:6:11:22:20:6:11:23 chr1 111862952 . T G 315.41 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0640792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9353;QD=18.5537;RBI=0.0641076;REFB=-0.0238474;REVB=-0.00190924;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206436;STB=0.603597;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0249766;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:33:34:0.5:12:21:14:20:13:21:14:20 chr1 111957097 . C G 316.52 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0145435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6602;QD=18.0867;RBI=0.026574;REFB=-0.032604;REVB=0.0222411;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00150932;STB=0.500843;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0287911;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:19:17:16:18:19:17 chr1 111957245 . G A 411.99 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00903514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.0014;QD=14.8464;RBI=0.0290655;REFB=-0.0162325;REVB=-0.0276255;RO=61;SAF=16;SAR=31;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126564;STB=0.559908;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0261073;OID=.;OPOS=111957245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:61:64:47:47:0.423423:31:16:28:33:31:16:28:36 chr1 111957517 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00965245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.414;QD=16.8248;RBI=0.00996689;REFB=-0.0181604;REVB=-0.00248376;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18975;STB=0.599902;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0187302;OID=.;OPOS=111957517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:7:14:13:14:7:14:14:14 chr1 111957570 . G C 44.3 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0106262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.414;QD=6.81476;RBI=0.0129189;REFB=-0.0136202;REVB=-0.00734718;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194397;STB=0.64662;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.035092;OID=.;OPOS=111957570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:5:2:8:10:5:2:9:10 chr1 111957583 . A G 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0379985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.672;QD=8.69034;RBI=0.0404353;REFB=-0.000341351;REVB=0.0138249;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232376;STB=0.64321;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000293652;OID=.;OPOS=111957583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:10:7:5:3:10:7 chr1 111957592 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00671808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.585;QD=12.8689;RBI=0.0191375;REFB=-0.00923822;REVB=0.0179195;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231514;STB=0.635527;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0147378;OID=.;OPOS=111957592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:11:5:6:5:11:5 chr1 111957693 . A G 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.010124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.533;QD=13.7837;RBI=0.0234199;REFB=0.00469422;REVB=0.0211187;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095895;STB=0.543094;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0131123;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:10:13:21:11:10:13:21:12 chr1 111966291 . C T 242.82 PASS AF=0.446154;AO=23;DP=60;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00412773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.33;QD=14.9429;RBI=0.0241563;REFB=-0.0041123;REVB=0.023801;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539318;STB=0.553201;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00749054;OID=.;OPOS=111966291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:35:36:23:29:0.446154:13:10:17:18:18:11:17:19 chr1 112029193 . A G 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.86;QD=58.2415;RBI=0.0403362;REFB=-0.0508427;REVB=-0.0348025;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00071842;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:1:0:24:15:1:0 chr1 112032285 . TA GC 44.6 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.332963;HRUN=2;LEN=2;MLLD=104.378;QD=29.7348;RBI=0.00946607;REFB=0.0523614;REVB=-0.00946607;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00627747;OID=.;OPOS=112032285;OREF=TA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:9:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr1 112033285 . G C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.604;QD=56.9542;RBI=0.0176502;REFB=0;REVB=-0.0172185;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150472;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 112042632 . A G 1053.84 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0489042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0556;QD=56.9643;RBI=0.0489174;REFB=-0.0811545;REVB=-0.00113488;RO=2;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255447;STB=0.51351;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0103748;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:2:2:71:72:0.972973:36:35:0:2:36:36:0:2 chr1 112042727 . T C 236.57 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0261326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.875;QD=15.7716;RBI=0.0348618;REFB=-0.0110111;REVB=0.0230745;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327553;STB=0.518505;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.015073;OID=.;OPOS=112042727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:17:16:14:13:17:16 chr1 112251902 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0138497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.309;QD=20.3167;RBI=0.013859;REFB=-0.00816961;REVB=0.000506518;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210311;STB=0.618785;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00634802;OID=.;OPOS=112251902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:11:7:12:7:11:7 chr1 112269872 . G A 179.58 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=42;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0188196;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.6;QD=16.325;RBI=0.0301999;REFB=-0.0217676;REVB=0.0236189;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113823;STB=0.571354;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0246003;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:25:17:19:0.431818:8:9:10:14:9:10:10:15 chr1 112308972 . G A 87.02 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.033524;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1833;QD=21.7555;RBI=0.0905658;REFB=-0.00502403;REVB=-0.0841327;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224249;STB=0.6248;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00295739;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:6:6:10:10:0.625:1:9:6:0:1:9:6:0 chr1 112524974 . C T 203.73 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00441876;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.86;QD=12.1632;RBI=0.0100483;REFB=-0.00522323;REVB=0.00902455;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13128;STB=0.596374;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0116032;OID=.;OPOS=112524974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:42:25:25:0.373134:11:14:17:22:11:14:17:25 chr1 112539061 . A G 224.39 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0175591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.439;QD=19.9454;RBI=0.057783;REFB=-0.00407213;REVB=0.0550505;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383911;STB=0.533303;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00563735;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:10:11:13:10:11:11:13:10 chr1 112999227 . G A 573.01 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6618;QD=60.3173;RBI=0.0654748;REFB=0;REVB=-0.0515564;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00163271;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr1 113000565 . A G 725.89 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.724;QD=56.9327;RBI=0.0519272;REFB=0;REVB=-0.00469021;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115747;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:23:26:0:0:25:26:0:0 chr1 113000946 . GGTCA G 413.36 PASS AF=0.923077;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0308338;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=4;MLLD=272.308;QD=42.3959;RBI=0.0317929;REFB=-0.00147526;REVB=0.00774996;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.533315;STBP=0.198;TYPE=del;VARB=0.000218202;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:34:35:36:39:3:15:21:0:3:7:0:14:20:0:0 chr1 113255389 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.899;QD=56.9998;RBI=0.005701;REFB=0;REVB=0.00487357;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33264e-06;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr1 113456546 . A T 1731.25 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.049;QD=60.7457;RBI=0.0335973;REFB=0;REVB=-0.0160744;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9859e-05;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:58:56:0:0:58:56:0:0 chr1 113657092 . A C 190.3 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.562;QD=47.5746;RBI=0.0207557;REFB=0;REVB=0.0170044;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170423;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr1 114240319 . T TA 135.87 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0353308;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3191;QD=9.37011;RBI=0.0398069;REFB=-0.00303334;REVB=0.0183392;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146328;STB=0.538888;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=0.00357406;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396552:22:62:23:58:35:12:11:16:19:99:37:11:11:18:19 chr1 114301335 . C T 762.99 PASS AF=0.470588;AO=79;DP=171;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0109344;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.699;QD=17.9527;RBI=0.0167488;REFB=-0.0255282;REVB=-0.0126871;RO=90;SAF=48;SAR=31;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517781;STB=0.531299;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0312086;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:90:90:79:80:0.470588:31:48:50:40:31:49:50:40 chr1 114354789 . CG C 33.89 PASS AF=0.258621;AO=17;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0819043;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.6735;QD=2.33708;RBI=0.260031;REFB=-0.0779863;REVB=-0.246795;RO=35;SAF=3;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0.321192;SSEP=0;SSSB=-0.545575;STB=0.746283;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.136805;OID=.;OPOS=114354790;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258621:17:59:15:58:43:4:11:26:17:33:35:3:14:23:12 chr1 114354942 . T G 128.0 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3031;QD=20.4806;RBI=0.0120402;REFB=-0.0244497;REVB=-0.0120402;RO=11;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0352795;OID=.;OPOS=114354942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:14:0:0:11:14:0:0:11 chr1 114377568 . A G 235.55 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.509;QD=49.5896;RBI=0.0683715;REFB=0;REVB=0.0277854;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565786;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:15:3:0:0:15:4:0:0 chr1 114424601 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1227;QD=55.6548;RBI=0.0476752;REFB=0;REVB=0.0427627;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528286;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 114443899 . G A 265.8 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0294626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.806;QD=23.1132;RBI=0.0308768;REFB=-0.0229873;REVB=-0.00923742;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240149;STB=0.523541;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.014969;OID=.;OPOS=114443899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:12:13:11:9:12:13:12:9 chr1 114448389 . C T 289.35 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0122191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.211;QD=10.7167;RBI=0.0128061;REFB=-0.000499947;REVB=-0.00383271;RO=69;SAF=22;SAR=15;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100012;STB=0.558344;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00113914;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:69:71:37:37:0.342593:15:22:35:34:15:22:36:35 chr1 114449662 . T C 430.95 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.011817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.359;QD=14.7334;RBI=0.0145324;REFB=0.00253572;REVB=0.00845875;RO=68;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592179;STB=0.53332;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00301821;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:28:21:33:35:28:21:33:35 chr1 114505000 . G A 416.65 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0144771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9799;QD=19.6071;RBI=0.0687129;REFB=-0.00328298;REVB=-0.0671705;RO=42;SAF=11;SAR=31;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175029;STB=0.593352;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00179419;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:31:11:18:24:31:11:18:25 chr1 114515717 . G A 39.18 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0140943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.586;QD=14.2489;RBI=0.0482178;REFB=-0.0214041;REVB=-0.0461119;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487487;STB=0.805371;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0123651;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:5:5:6:0.545455:1:4:1:4:1:5:1:4 chr1 114523869 . T C 222.18 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.045797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.993;QD=18.9088;RBI=0.0529456;REFB=-0.0308787;REVB=0.0265683;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157792;STB=0.572832;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0502948;OID=.;OPOS=114523869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:13:9:6:18:13:9:7:18 chr1 114632114 . TTA T,TT 118.45 PASS AF=0.338983,0.135593;AO=9,11;DP=68;FAO=20,8;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13,2;FSAR=7,6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.124874,0.00468673;FXX=0.15712;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=16.4673,9.10105;QD=8.03046;RBI=0.168628,0.0630882;REFB=0.0133054,-0.00624425;REVB=0.113321,-0.0629139;RO=14;SAF=7,3;SAR=2,8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.392857,0;SSSB=0.435168,-0.0957667;STB=0.658711,0.626526;STBP=0.067,0.49;TYPE=del,del;VARB=0.00611267,0.0162019;OID=.,.;OPOS=114632115,114632116;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338983,0.135593:9,11:68:20,8:59:31:13,2:7,6:12:19:73:14:7,3:2,8:5:9 chr1 114948281 . A G 732.44 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0165977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.46;QD=51.3991;RBI=0.0206111;REFB=-0.0611029;REVB=0.0122202;RO=3;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532554;STB=0.528291;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00415612;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:25:29:0:3:25:29:0:3 chr1 115119392 . T C 88.62 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00304645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.104;QD=15.4121;RBI=0.0617841;REFB=-0.00573321;REVB=0.0617089;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514282;STB=0.830185;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0276465;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:23:10:12:10:11:0.478261:8:2:8:2:9:2:10:2 chr1 115537933 . A G 158.75 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00453624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7956;QD=17.6391;RBI=0.0394451;REFB=-0.0128659;REVB=0.0391834;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106788;STB=0.560984;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0162822;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:10:9:10:7:10:9 chr1 115576023 . A G 1010.29 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186862;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7868;QD=59.429;RBI=0.0208723;REFB=0;REVB=-0.00929944;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140434;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr1 115590998 . T C 1001.4 PASS AF=0.497462;AO=96;DP=196;FAO=98;FDP=197;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.0314374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2878;QD=20.3331;RBI=0.0381171;REFB=-0.00639553;REVB=0.0215547;RO=99;SAF=49;SAR=47;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328909;STB=0.512688;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00597371;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:99:99:96:98:0.497462:47:49:47:52:49:49:47:52 chr1 115591058 . T C 1033.35 PASS AF=0.448413;AO=103;DP=244;FAO=113;FDP=252;FR=.;FRO=139;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=60;FSRR=79;FWDB=-0.00420434;FXX=0.0117642;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.434;QD=16.4024;RBI=0.0279111;REFB=-0.0087811;REVB=0.0275926;RO=137;SAF=43;SAR=60;SRF=60;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214866;STB=0.519081;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0128911;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:252:137:139:103:113:0.448413:60:43:60:77:68:45:60:79 chr1 115604798 . C T 186.43 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0107179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.039;QD=14.0705;RBI=0.0203429;REFB=-0.0131849;REVB=0.0172905;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242561;STB=0.639302;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0306521;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:15:7:17:14:15:7:17:14 chr1 116149152 . G A 2273.91 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205418;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.233;QD=59.4485;RBI=0.0412752;REFB=-0.0202851;REVB=0.0358005;RO=2;SAF=59;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285127;STB=0.504201;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=4.2298e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:154:153:2:1:151:152:0.993464:92:59:1:1:93:59:1:0 chr1 116234313 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0405928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.271;QD=14.1957;RBI=0.0408069;REFB=-0.00704133;REVB=-0.00417494;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668076;STB=0.538183;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0138955;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:16:16:13:10:16:16 chr1 116234505 . A G 294.73 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0138246;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.458;QD=19.9815;RBI=0.0172948;REFB=-0.0337992;REVB=-0.0103918;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12149;STB=0.554877;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.038115;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:20:10:13:15:20:11:13:15 chr1 116239633 . T G 636.45 PASS AF=0.547826;AO=62;DP=114;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0237096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8157;QD=22.1372;RBI=0.0693173;REFB=-0.0257114;REVB=0.0651364;RO=52;SAF=29;SAR=33;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212815;STB=0.508203;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0201808;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:52:52:62:63:0.547826:33:29:23:29:34:29:23:29 chr1 116260532 . A T 311.86 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00598837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.901;QD=16.6324;RBI=0.00676382;REFB=-0.00677165;REVB=0.00314462;RO=41;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329242;STB=0.518508;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00824779;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:21:13:17:24:21:13:17:24 chr1 116310937 . C T 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0205184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7388;QD=15.6032;RBI=0.027284;REFB=-0.0227773;REVB=0.0179837;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104291;STB=0.558785;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0284011;OID=.;OPOS=116310937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:15:15:23:15:15:15:23:15 chr1 116310967 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.471;QD=59.1428;RBI=0.0183806;REFB=0;REVB=0.0151674;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2393e-05;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr1 116382318 . A G 361.07 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0877178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.504;QD=15.2028;RBI=0.110148;REFB=-0.0301543;REVB=-0.0666197;RO=54;SAF=24;SAR=15;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213426;STB=0.630159;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0278223;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:56:39:39:0.410526:15:24:22:32:15:24:22:34 chr1 116382511 . A T 834.08 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7371;QD=57.5227;RBI=0.0534151;REFB=0;REVB=0.0219208;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047633;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:1:0:57:58:1:34:23:0:1:35:23:0:0 chr1 116382778 . T C 1020.36 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296448;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.445;QD=58.3065;RBI=0.0341085;REFB=-0.059541;REVB=0.0168693;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276815;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:29:41:0:0 chr1 116383300 . T C 159.65 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0467;QD=45.6127;RBI=0.0755513;REFB=0;REVB=0.0606288;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734949;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 116384090 . G A 337.57 PASS AF=0.523077;AO=24;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0314123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.532;QD=20.7738;RBI=0.0330132;REFB=-0.0156947;REVB=0.0101559;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137954;STB=0.588183;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.020053;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:24:34:0.523077:11:13:12:18:14:20:12:18 chr1 116384773 . A G 137.44 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0080614;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9886;QD=8.72643;RBI=0.0124629;REFB=0.00771655;REVB=-0.00950465;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272153;STB=0.659136;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0215341;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:9:10:33:11:9:10:33:11 chr1 116385051 . C A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0195601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.049;QD=16.0341;RBI=0.021362;REFB=-0.0111524;REVB=-0.00858718;RO=28;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349289;STB=0.51998;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0171288;OID=.;OPOS=116385051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:16:4:5:23:16:4:5:23 chr1 116385171 . C T 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0557964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5613;QD=13.9501;RBI=0.061276;REFB=-0.0110915;REVB=0.0253281;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334793;STB=0.705189;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0427166;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:3:4:6:1:3:4 chr1 116385309 . C A 168.62 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0622917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8206;QD=24.0884;RBI=0.0624832;REFB=-0.000590964;REVB=0.00488758;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035106;STB=0.519628;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00253139;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:7:4:7:10:7:4 chr1 116386139 . G A 2063.96 PASS AF=0.992593;AO=123;DP=124;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00971819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0234;QD=61.1543;RBI=0.0399162;REFB=-0.0386372;REVB=0.0387151;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50303;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000467287;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:135:0:1:123:134:0.992593:71:52:0:0:82:52:0:1 chr1 116386244 . C T 1082.32 PASS AF=0.545455;AO=102;DP=187;FAO=102;FDP=187;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00187329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.711;QD=23.1512;RBI=0.00632798;REFB=-0.00741025;REVB=-0.00604435;RO=83;SAF=35;SAR=67;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151067;STB=0.58867;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00605477;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:83:85:102:102:0.545455:67:35:43:40:67:35:45:40 chr1 116534852 . C T 2202.49 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0254387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.893;QD=60.3421;RBI=0.0536138;REFB=-0.120849;REVB=0.0471944;RO=3;SAF=63;SAR=79;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887328;STB=0.504707;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00172369;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:146:3:3:142:143:0.979452:79:63:2:1:80:63:2:1 chr1 116569530 . G C 2367.34 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829568;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9556;QD=61.0927;RBI=0.0360903;REFB=0;REVB=0.0351239;RO=0;SAF=85;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284368;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:69:85:0:0:69:86:0:0 chr1 116610388 . A G 462.89 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2745;QD=57.861;RBI=0.01331;REFB=0;REVB=0.00446492;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4157e-05;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 116769830 . A C 177.44 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0210216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7139;QD=14.4851;RBI=0.0210219;REFB=0.0101031;REVB=-0.000106325;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221481;STB=0.627776;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00608578;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:19:11:11:8:19:11 chr1 117102649 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0645904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7561;QD=19.1794;RBI=0.108232;REFB=-0.0177597;REVB=-0.0868468;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131312;STB=0.575046;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00870188;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:6:5:8:5:6:5 chr1 117122130 . T C 985.18 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00656163;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.287;QD=51.8517;RBI=0.00885788;REFB=-0.00798168;REVB=-0.00595038;RO=6;SAF=39;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336082;STB=0.517825;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000635253;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:77:76:6:6:70:70:0.921053:31:39:2:4:31:39:2:4 chr1 117142613 . C T 67.46 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0157785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0226;QD=4.65242;RBI=0.0177209;REFB=-0.00621254;REVB=-0.00806658;RO=46;SAF=4;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246139;STB=0.667395;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0443779;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:46:47:11:11:0.189655:7:4:26:20:7:4:27:20 chr1 117142641 . G A 98.06 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=107;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.008431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.085;QD=3.66592;RBI=0.00843165;REFB=-0.0049804;REVB=-0.000104759;RO=89;SAF=10;SAR=8;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022477;STB=0.514752;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0248652;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:107:107:89:89:18:18:0.168224:8:10:51:38:8:10:51:38 chr1 117142700 . C A 178.56 PASS AF=0.189349;AO=32;DP=169;FAO=32;FDP=169;FR=.;FRO=137;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=62;FWDB=-0.0146022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.907;QD=4.2263;RBI=0.02311;REFB=-0.00194074;REVB=0.0179122;RO=135;SAF=21;SAR=11;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153161;STB=0.592062;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00851515;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:135:137:32:32:0.189349:11:21:73:62:11:21:75:62 chr1 117142736 . A G 570.49 PASS AF=0.39759;AO=66;DP=166;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.00406612;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.197;QD=13.7467;RBI=0.031329;REFB=-0.00721982;REVB=-0.031064;RO=100;SAF=38;SAR=28;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496247;STB=0.527965;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00777814;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:100:100:66:66:0.39759:28:38:53:47:28:38:53:47 chr1 117142855 . C T 412.7 PASS AF=0.411765;AO=33;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.122454;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2494;QD=19.4211;RBI=0.12249;REFB=-0.0542507;REVB=0.00293827;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132839;STB=0.594419;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0119874;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:32:30:33:35:0.411765:19:14:9:23:20:15:7:23 chr1 117142868 . CA TG 164.72 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00218402;FXX=0.126566;HRUN=3;LEN=2;MLLD=135.172;QD=9.54912;RBI=0.00219905;REFB=-0.0107148;REVB=0.000256695;RO=40;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163177;STB=0.592505;STBP=0.326;TYPE=mnp;VARB=0.0148882;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:69:40:48:21:21:0.304348:12:9:23:17:12:9:27:21 chr1 117146504 . G A 95.81 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0142613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.667;QD=4.79029;RBI=0.0190549;REFB=0.00120512;REVB=0.0126374;RO=64;SAF=8;SAR=8;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784313;STB=0.549938;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00457429;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:64:64:16:16:0.2:8:8:28:36:8:8:28:36 chr1 117146563 . G A 39.32 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0183606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.219;QD=3.02432;RBI=0.0284075;REFB=-0.00678927;REVB=0.0216766;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239054;STB=0.525352;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0572114;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:44:45:7:7:0.134615:4:3:18:26:4:3:18:27 chr1 117150928 . C T 328.92 PASS AF=0.479452;AO=33;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0330637;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.301;QD=18.0229;RBI=0.0391289;REFB=-0.0281666;REVB=0.0209253;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323357;STB=0.518977;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0262704;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:33:35:0.479452:18:15:16:22:19:16:16:22 chr1 117150933 . G A 333.42 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00507128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.724;QD=18.7841;RBI=0.00526195;REFB=-0.0244807;REVB=0.00140362;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370817;STB=0.520649;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.011828;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:20:15:14:22:20:15:14:22 chr1 117156418 . G A 47.2 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0195741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.776;QD=3.5625;RBI=0.023489;REFB=-0.00889675;REVB=-0.0129841;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122214;STB=0.5847;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0684837;OID=.;OPOS=117156418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:4:4:27:18:4:4:27:18 chr1 117156459 . C T 226.28 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0629501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7688;QD=11.1741;RBI=0.0690579;REFB=0.00529438;REVB=0.0283951;RO=53;SAF=12;SAR=16;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21628;STB=0.624913;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00808041;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:16:12:33:20:16:12:33:20 chr1 117156490 . T C 218.75 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=22;FWDB=-0.0190703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.521;QD=8.66349;RBI=0.0415927;REFB=-0.00189606;REVB=-0.0369631;RO=69;SAF=12;SAR=17;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327711;STB=0.692389;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0140206;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:69:72:29:29:0.287129:17:12:48:21:17:12:50:22 chr1 117156584 . TG CA 99.89 PASS AF=0.165217;AO=17;DP=116;FAO=19;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0290079;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.198;QD=3.47441;RBI=0.0620662;REFB=-0.0153276;REVB=-0.0548703;RO=66;SAF=3;SAR=14;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612543;STB=0.719391;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.0628954;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:66:96:17:19:0.165217:14:3:47:19:14:5:50:46 chr1 117156600 . T C 74.49 PASS AF=0.140351;AO=15;DP=114;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.00704805;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.795;QD=2.61375;RBI=0.0291692;REFB=-0.00515154;REVB=-0.0283049;RO=99;SAF=6;SAR=9;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106169;STB=0.591402;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0340606;OID=.;OPOS=117156600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:114:114:99:98:15:16:0.140351:9:6:48:51:10:6:47:51 chr1 117487710 . AT GA 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144287;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.917;QD=44.6898;RBI=0.0207449;REFB=0;REVB=0.0149051;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000245111;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 117503940 . G A 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00987726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.004;QD=13.9779;RBI=0.01041;REFB=-0.015537;REVB=0.0032875;RO=53;SAF=11;SAR=24;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17798;STB=0.59704;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0258933;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:24:11:25:28:24:11:25:29 chr1 117529458 . G A 403.3 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00175465;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.591;QD=15.662;RBI=0.0117809;REFB=-0.0131241;REVB=0.0116495;RO=58;SAF=27;SAR=18;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143695;STB=0.508061;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0112056;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:18:27:34:24:18:27:34:24 chr1 117530273 . A G 279.56 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.020169;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4533;QD=26.0059;RBI=0.0314265;REFB=-0.00199285;REVB=-0.0241005;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609576;STB=0.506378;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.000791375;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:18:25:25:0.581395:8:17:11:5:8:17:12:6 chr1 117559726 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.281;QD=61.683;RBI=0.0247017;REFB=0;REVB=-0.019328;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164679;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr1 117560818 . A G 147.17 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0278458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4656;QD=17.3145;RBI=0.0317888;REFB=0.0240141;REVB=0.0153342;RO=18;SAF=14;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367437;STB=0.715584;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0290092;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:2:14:11:7:2:14:11:7 chr1 117568200 . G A 312.97 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00981575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.006;QD=19.8711;RBI=0.0351131;REFB=-0.0260917;REVB=0.0337132;RO=30;SAF=28;SAR=5;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241995;STB=0.636269;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0239755;OID=.;OPOS=117568200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:5:28:20:10:5:28:20:10 chr1 117602960 . C A 335.43 PASS AF=0.417582;AO=36;DP=88;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0139829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2555;QD=14.7441;RBI=0.0213803;REFB=-0.032619;REVB=0.0161739;RO=52;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107672;STB=0.536255;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0461735;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:52:53:36:38:0.417582:15:21:25:27:17:21:26:27 chr1 117603156 . G T 367.49 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0280415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.782;QD=20.416;RBI=0.0329733;REFB=-0.0204882;REVB=0.0173469;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937471;STB=0.536878;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0204045;OID=.;OPOS=117603156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:37:38:0.527778:23:14:16:17:23:15:16:18 chr1 117617705 . A G 191.53 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.011002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.437;QD=22.5332;RBI=0.01624;REFB=0.00906058;REVB=0.0119454;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468823;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00716544;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:7:8:9:10:7:8 chr1 117618067 . C T 122.37 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0382759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.478;QD=16.3159;RBI=0.0801617;REFB=-0.00875948;REVB=-0.0704334;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141401;STB=0.564429;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0139479;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:5:8:12:4:5:9:12:4 chr1 117656088 . A G 257.71 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0264933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.843;QD=30.3185;RBI=0.0265179;REFB=-0.027522;REVB=0.00114165;RO=10;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199329;STB=0.596731;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0188789;OID=.;OPOS=117656088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:34:10:11:23:23:0.676471:15:8:7:3:15:8:7:4 chr1 117659292 . C T 247.87 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00807706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.276;QD=18.0269;RBI=0.0298404;REFB=-0.0206316;REVB=-0.0287265;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330534;STB=0.509427;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0115292;OID=.;OPOS=117659292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:27:27:0.490909:13:14:13:14:13:14:14:14 chr1 117715026 . C A,T 690.45 PASS AF=0.0416667,0.916667;AO=2,44;DP=48;FAO=2,44;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=2,20;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0108441,-0.00948217;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=148.335,187.703;QD=57.5375;RBI=0.0165134,0.0171433;REFB=-0.0625426,0.0375002;REVB=-0.0124538,-0.0142822;RO=2;SAF=2,20;SAR=0,24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727176,0.03755;STB=0.994977,0.519991;STBP=0.131,0.247;TYPE=snp,snp;VARB=0.0112883,-0.000328327;OID=.,.;OPOS=117715026,117715026;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:2:2:2,44:2,44:0.0416667,0.916667:0,24:2,20:0:2:0,24:2,20:0:2 chr1 117785931 . G A 140.25 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0207007;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6505;QD=14.0252;RBI=0.0313566;REFB=0.00604626;REVB=0.0235525;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.576825;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00108997;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:24:15:16:0.4:9:6:10:9:10:6:12:12 chr1 117785979 . T C 420.41 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0338687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5886;QD=49.4603;RBI=0.0472786;REFB=-0.00624675;REVB=0.0329876;RO=3;SAF=10;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121057;STB=0.565174;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00447005;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:21:10:3:0:21:10:3:0 chr1 118166853 . C A 196.97 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00863281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.391;QD=21.2937;RBI=0.0198757;REFB=-0.0191777;REVB=0.017903;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110883;STB=0.560378;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.012021;OID=.;OPOS=118166853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:19:20:0.540541:7:12:8:8:8:12:8:9 chr1 118166877 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0089824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.198;QD=19.1093;RBI=0.0221298;REFB=-0.0179193;REVB=-0.0202249;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331541;STB=0.509084;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0178055;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:14:13:13:12:14:13:13:13 chr1 118167199 . A G 423.88 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00848314;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.627;QD=18.4295;RBI=0.0273824;REFB=-0.0130613;REVB=0.0260352;RO=49;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964628;STB=0.553728;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0170602;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:49:43:43:0.467391:22:21:19:30:22:21:19:30 chr1 118167653 . C T 350.36 PASS AF=0.641509;AO=33;DP=50;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00754314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.362;QD=26.4421;RBI=0.0117652;REFB=-0.00668711;REVB=-0.00902891;RO=14;SAF=15;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014352;STB=0.536891;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00346094;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:14:19:33:34:0.641509:18:15:6:8:18:16:7:12 chr1 118167874 . G A 534.89 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=91;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00807235;FXX=0.019998;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111.609;QD=21.8324;RBI=0.00817767;REFB=-0.0229392;REVB=0.00130822;RO=41;SAF=30;SAR=20;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229758;STB=0.636598;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0179973;OID=.;OPOS=118167874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:98:41:47:50:51:0.520408:20:30:13:28:20:31:15:32 chr1 118495626 . A G 441.92 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0105931;FXX=0.0212743;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4986;QD=19.2137;RBI=0.0128174;REFB=0.00200025;REVB=-0.00721607;RO=48;SAF=11;SAR=33;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164367;STB=0.592061;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00604917;OID=.;OPOS=118495626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:48:44:44:0.478261:33:11:19:29:33:11:19:29 chr1 118530796 . C T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.699;QD=60.3757;RBI=0.00755392;REFB=0;REVB=0.000909466;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12534e-06;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr1 118537074 . A G 1610.25 PASS AF=1;AO=95;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000504232;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.599;QD=60.1962;RBI=0.0171087;REFB=0;REVB=0.0171013;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71979e-05;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:95:107:1:50:45:0:0:59:48:0:0 chr1 118624123 . C T 810.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.247;QD=56.8694;RBI=0.016469;REFB=0;REVB=0.000869466;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76318e-05;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr1 118629599 . G A 1183.16 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00964315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.309;QD=58.4274;RBI=0.0433572;REFB=-0.101981;REVB=0.0422712;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.502429;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00065529;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:0:2:79:79:0.975309:47:32:0:0:47:32:1:1 chr1 118644430 . A G 1164.51 PASS AF=0.987013;AO=72;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389624;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1007;QD=60.494;RBI=0.0525383;REFB=0;REVB=-0.0523936;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217362;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:0:72:76:0.987013:33:39:0:0:33:43:0:0 chr1 118657952 . C T 1316.69 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0103781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.271;QD=58.5195;RBI=0.0158181;REFB=-0.0396086;REVB=0.0119376;RO=3;SAF=41;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123634;STB=0.506529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000672543;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:90:90:3:3:87:87:0.966667:46:41:2:1:46:41:2:1 chr1 118807059 . T C 946.97 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00693722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.076;QD=55.7039;RBI=0.0192297;REFB=-0.0139923;REVB=0.0179348;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.500446;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=7.08352e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:32:34:0:1:32:34:1:1 chr1 119923724 . T C 530.05 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00167525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.673;QD=18.1212;RBI=0.00172615;REFB=-0.00378152;REVB=0.000416111;RO=61;SAF=25;SAR=31;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583024;STB=0.53234;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00282798;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:31:25:31:30:31:25:31:30 chr1 120057158 . C T 850.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.045;QD=57.6546;RBI=0.0320822;REFB=0;REVB=-0.0169718;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37425e-05;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:37:21:0:0:37:22:0:0 chr1 120057246 . C A 508.45 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203386;FXX=0.0555401;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.919;QD=59.8173;RBI=0.0711955;REFB=0;REVB=-0.0682286;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00199579;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chr1 120164738 . C T 1710.99 PASS AF=0.983193;AO=113;DP=115;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0405284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9757;QD=57.5124;RBI=0.102642;REFB=-0.0667493;REVB=0.0943015;RO=2;SAF=44;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013563;STB=0.507041;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00282305;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:119:2:2:113:117:0.983193:69:44:0:2:70:47:0:2 chr1 120165826 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.299;QD=37.4885;RBI=0.0607475;REFB=0;REVB=0.0542577;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117895;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr1 120166681 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00513944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.312;QD=53.9324;RBI=0.0154279;REFB=0.0594286;REVB=0.0145467;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207257;STB=0.511104;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0025861;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:22:8:0:1:22:8:0:1 chr1 120285546 . G A 2042.34 PASS AF=0.977941;AO=132;DP=138;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00913999;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.857;QD=60.0689;RBI=0.0115679;REFB=-0.15478;REVB=0.00709056;RO=3;SAF=72;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193893;STB=0.510066;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000172471;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:136:3:3:132:133:0.977941:60:72:3:0:60:73:3:0 chr1 120291724 . G A 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.486;QD=54.6361;RBI=0.0479573;REFB=-0.00182235;REVB=0.0452303;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.51219;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00025311;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:20:31:0:0:20:31:0:1 chr1 120378678 . C T 926.56 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231474;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7998;QD=57.0191;RBI=0.0232757;REFB=-0.0853757;REVB=-0.00244008;RO=2;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294967;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00786401;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:2:1:64:64:0.984615:31:33:0:2:31:33:0:1 chr1 120384205 . A G 977.59 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4453;QD=56.6718;RBI=0.0380121;REFB=0.0291612;REVB=-0.0365327;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00289993;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:0:1:66:68:0.985507:37:29:0:0:39:29:0:1 chr1 120387120 . G A 474.05 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0458579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8813;QD=21.5478;RBI=0.0519194;REFB=-0.0137272;REVB=0.0243449;RO=42;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140586;STB=0.513467;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0129079;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:42:42:45:46:0.522727:25:20:18:24:25:21:18:24 chr1 120437718 . G A 184.63 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0202263;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3101;QD=17.1748;RBI=0.0781336;REFB=-0.0484932;REVB=-0.0754703;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164873;STB=0.573697;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0517963;OID=.;OPOS=120437718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:7:12:18:5:7:12:18:6 chr1 120455441 . A G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0062952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.489;QD=10.7925;RBI=0.00684352;REFB=-0.000369901;REVB=-0.00268407;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125524;STB=0.58377;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.000959562;OID=.;OPOS=120455441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:11:7:17:17:11:7:18:17 chr1 120457501 . C T 389.32 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0208987;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9349;QD=26.8499;RBI=0.0273078;REFB=-0.0280007;REVB=0.0175772;RO=21;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877178;STB=0.547881;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0162991;OID=.;OPOS=120457501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:21:21:37:37:0.637931:19:18:13:8:19:18:13:8 chr1 120458924 . G A 209.62 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000888086;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.874;QD=24.661;RBI=0.0384242;REFB=-0.0282264;REVB=0.038414;RO=14;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126225;STB=0.507035;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0160487;OID=.;OPOS=120458924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:14:20:20:0.588235:6:14:10:4:6:14:10:4 chr1 120539331 . C T 599.22 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.00513205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.711;QD=16.6448;RBI=0.0113526;REFB=-0.0204026;REVB=0.0101264;RO=80;SAF=35;SAR=28;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582846;STB=0.535422;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.027175;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:81:63:63:0.4375:28:35:49:31:28:35:50:31 chr1 120611554 . TT CG 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0012783;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.461;QD=10.3792;RBI=0.0462133;REFB=-0.0110018;REVB=-0.0461956;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212338;STB=0.610858;STBP=0.434;TYPE=mnp;VARB=0.0181093;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:3:6:7:8:3:6:8:8 chr1 121116688 . A G 186.05 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=23;FWDB=0.0318377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8661;QD=7.36848;RBI=0.075385;REFB=-0.00513678;REVB=0.0683319;RO=74;SAF=12;SAR=14;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277963;STB=0.668539;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0178721;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:74:75:26:26:0.257426:14:12:51:23:14:12:52:23 chr1 121116733 . A G 272.52 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0152989;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.953;QD=9.73282;RBI=0.0160426;REFB=0.00149542;REVB=-0.00482802;RO=77;SAF=26;SAR=10;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323167;STB=0.684811;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00566905;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:77:76:36:36:0.321429:10:26:35:42:10:26:35:41 chr1 121306665 . C A 263.41 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0118841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8806;QD=15.2704;RBI=0.0261893;REFB=-0.0170892;REVB=-0.0233377;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562829;STB=0.540514;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0143106;OID=.;OPOS=121306665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:15:14:21:18:16:14:21:18 chr1 142667306 . C T 248.19 PASS AF=0.733333;AO=21;DP=29;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0165302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.756;QD=33.0925;RBI=0.0221267;REFB=-0.0154384;REVB=-0.0147085;RO=8;SAF=2;SAR=19;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185112;STB=0.558766;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00244537;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:29:30:8:8:21:22:0.733333:19:2:2:6:19:3:2:6 chr1 144014051 . G A 302.56 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=132;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0240956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9472;QD=9.16853;RBI=0.0241641;REFB=0.00274738;REVB=0.00181833;RO=90;SAF=8;SAR=32;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338569;STB=0.695544;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00635119;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:90:92:40:40:0.30303:32:8:40:50:32:8:40:52 chr1 144014068 . T C 630.96 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0314353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.122;QD=26.8492;RBI=0.0378442;REFB=-0.0228949;REVB=0.0210714;RO=38;SAF=19;SAR=37;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864715;STB=0.54723;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0130333;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:38:56:56:0.595745:37:19:17:21:37:19:17:21 chr1 144534038 . A G 220.74 PASS AF=0.191919;AO=38;DP=199;FAO=38;FDP=198;FR=.;FRO=160;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=103;FSRR=57;FWDB=-0.0323832;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.259;QD=4.45947;RBI=0.0377286;REFB=-0.00756969;REVB=-0.019359;RO=158;SAF=23;SAR=15;SRF=101;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04634;STB=0.532978;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0286031;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:158:160:38:38:0.191919:15:23:101:57:15:23:103:57 chr1 144534045 . T C 1312.19 PASS AF=0.572093;AO=120;DP=212;FAO=123;FDP=215;FR=.;FRO=92;FSAF=76;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=29;FWDB=-0.00672911;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.979;QD=24.4128;RBI=0.0262501;REFB=-0.0243142;REVB=0.025373;RO=91;SAF=74;SAR=46;SRF=63;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646405;STB=0.530745;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.018978;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:215:91:92:120:123:0.572093:46:74:63:28:47:76:63:29 chr1 144534053 . G A 76.93 PASS AF=0.0966387;AO=23;DP=239;FAO=23;FDP=238;FR=.;FRO=215;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=131;FSRR=84;FWDB=-0.00321675;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8177;QD=1.29296;RBI=0.037183;REFB=-0.00168769;REVB=0.0370435;RO=214;SAF=18;SAR=5;SRF=130;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237425;STB=0.6824;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0191371;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:239:238:214:215:23:23:0.0966387:5:18:130:84:5:18:131:84 chr1 144534076 . G A 454.29 PASS AF=0.231013;AO=72;DP=320;FAO=73;FDP=316;FR=.;FRO=243;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=151;FSRR=92;FWDB=-0.000282542;FXX=0.0124996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.772;QD=5.75045;RBI=0.00407828;REFB=-0.00157115;REVB=0.00406849;RO=236;SAF=44;SAR=28;SRF=150;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330775;STB=0.51507;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00465138;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:316:236:243:72:73:0.231013:28:44:150:86:29:44:151:92 chr1 144534082 . TC CT,TT 4048.53 PASS AF=0.13354,0.785714;AO=43,231;DP=325;FAO=43,253;FDP=322;FR=.;FRO=26;FSAF=36,152;FSAR=7,101;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00114887,-0.0271987;FXX=0.00923049;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=202.087,48.7321;QD=50.2923;RBI=0.0427547,0.0312001;REFB=-0.00904612,-0.0187586;REVB=-0.0427393,0.0152865;RO=26;SAF=36,145;SAR=7,86;SRF=8;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.443886,0.0645266;STB=0.744904,0.528145;STBP=0.001,0.005;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0128769,0.0291403;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:325:322:26:26:43,231:43,253:0.13354,0.785714:7,86:36,145:8:18:7,101:36,152:8:18 chr1 144534092 . G A 2931.81 PASS AF=0.656992;AO=249;DP=380;FAO=249;FDP=379;FR=.;FRO=130;FSAF=155;FSAR=94;FSRF=72;FSRR=58;FWDB=-0.00104908;FXX=0.00524921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.871;QD=30.9426;RBI=0.0104593;REFB=-0.0123251;REVB=0.0104066;RO=101;SAF=155;SAR=94;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162833;STB=0.524743;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0137709;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:379:101:130:249:249:0.656992:94:155:60:41:94:155:72:58 chr1 144534096 . T C 3194.59 PASS AF=0.670792;AO=272;DP=407;FAO=271;FDP=404;FR=.;FRO=133;FSAF=167;FSAR=104;FSRF=73;FSRR=60;FWDB=-0.00668863;FXX=0.00737083;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.152;QD=31.6296;RBI=0.00681065;REFB=-0.0127029;REVB=0.00128343;RO=127;SAF=166;SAR=106;SRF=73;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220789;STB=0.523189;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00770811;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:404:127:133:272:271:0.670792:106:166:73:54:104:167:73:60 chr1 144534186 . TCG T 494.94 PASS AF=0.183594;AO=82;DP=523;FAO=94;FDP=512;FR=.;FRO=418;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=190;FSRR=228;FWDB=0.00255608;FXX=0.0191567;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.437;QD=3.86673;RBI=0.0223976;REFB=-0.00416313;REVB=-0.0222512;RO=378;SAF=46;SAR=36;SRF=182;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103191;STB=0.605795;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0226484;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183594:82:523:94:512:418:55:39:190:228:99:378:46:36:182:196 chr1 144618144 . A G 523.38 PASS AF=0.251572;AO=77;DP=314;FAO=80;FDP=318;FR=.;FRO=238;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=104;FSRR=134;FWDB=-0.00501007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.162;QD=6.58339;RBI=0.0105567;REFB=-0.00959759;REVB=0.00929209;RO=233;SAF=42;SAR=35;SRF=104;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124321;STB=0.565596;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0154566;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:318:233:238:77:80:0.251572:35:42:104:129:38:42:104:134 chr1 144619346 . G A 898.84 PASS AF=0.568345;AO=66;DP=140;FAO=79;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00943441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.1;QD=25.866;RBI=0.0403105;REFB=-0.0264577;REVB=0.0391909;RO=56;SAF=37;SAR=29;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244606;STB=0.54701;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0251086;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:56:56:66:79:0.568345:29:37:33:23:40:39:34:22 chr1 144621555 . A G 81.96 PASS AF=0.149533;AO=16;DP=107;FAO=16;FDP=107;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.000365074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.378;QD=3.06404;RBI=0.0512119;REFB=-0.0012004;REVB=-0.0512106;RO=83;SAF=9;SAR=7;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863463;STB=0.548591;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00383223;OID=.;OPOS=144621555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:107:107:83:91:16:16:0.149533:7:9:41:42:7:9:46:45 chr1 144621587 . AG GT 48.42 PASS AF=0.0984848;AO=13;DP=132;FAO=13;FDP=132;FR=.;FRO=119;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.0066027;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.807;QD=1.46715;RBI=0.0133904;REFB=-0.00317495;REVB=-0.0116493;RO=118;SAF=6;SAR=7;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855723;STB=0.568341;STBP=0.647;TYPE=mnp;VARB=0.0222866;OID=.;OPOS=144621587;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:132:132:118:119:13:13:0.0984848:7:6:63:55:7:6:64:55 chr1 144621642 . AG GA 89.13 PASS AF=0.151261;AO=18;DP=120;FAO=18;FDP=119;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.00576746;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.755;QD=2.99597;RBI=0.0139618;REFB=-0.00502839;REVB=-0.0127149;RO=101;SAF=13;SAR=5;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259233;STB=0.67595;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.0358465;OID=.;OPOS=144621642;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:120:119:101:101:18:18:0.151261:5:13:53:48:5:13:53:48 chr1 144811835 . T TA 305.55 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417438;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.93;QD=40.74;RBI=0.0623052;REFB=0;REVB=0.0462536;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000392432;OID=.;OPOS=144811836;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:30:30:0:12:18:0:0:6:27:2:1:10:17 chr1 144811836 . G A 351.14 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.035702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.985;QD=46.8192;RBI=0.058768;REFB=-0.00329069;REVB=0.0466803;RO=3;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578511;STB=0.531227;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00119623;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:17:10:2:1:17:10:2:1 chr1 144811924 . T G 1887.86 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255421;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.242;QD=61.8969;RBI=0.0302232;REFB=0;REVB=0.0161568;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445883;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:65:56:0:0:66:56:0:0 chr1 144852390 . C T 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0150935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.406;QD=5.32583;RBI=0.015862;REFB=-0.00288985;REVB=-0.00487729;RO=48;SAF=11;SAR=2;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448619;STB=0.79201;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0087137;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:2:11:25:23:2:11:25:23 chr1 144852450 . G A 31.77 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0194892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.808;QD=1.86886;RBI=0.0293054;REFB=-0.00308045;REVB=0.0218855;RO=60;SAF=2;SAR=5;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250892;STB=0.701544;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0447548;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:67:68:60:61:7:7:0.102941:5:2:30:30:5:2:31:30 chr1 144852476 . TG CA,CG 205.09 PASS AF=0.14,0.32;AO=7,16;DP=51;FAO=7,16;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=2,9;FSAR=5,7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00562377,-0.00405101;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=129.988,137.826;QD=16.4073;RBI=0.0573452,0.0561729;REFB=-0.0171244,-0.00307388;REVB=-0.0570688,-0.0560266;RO=26;SAF=2,9;SAR=5,7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.381282,-0.0574909;STB=0.737045,0.519264;STBP=0.183,0.815;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00191111,0.00548017;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:50:26:27:7,16:7,16:0.14,0.32:5,7:2,9:16:10:5,7:2,9:16:11 chr1 144852518 . C T 40.85 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00398188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1346;QD=3.47652;RBI=0.0373948;REFB=-0.00732612;REVB=-0.0371822;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318579;STB=0.738982;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.015169;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:38:40:7:7:0.148936:5:2:21:17:5:2:23:17 chr1 144852522 . C T 40.73 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00787737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.936;QD=3.54134;RBI=0.0462774;REFB=-0.00376077;REVB=-0.045602;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330073;STB=0.73106;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0383776;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:5:2:22:17:5:2:22:17 chr1 144854180 . T C 321.27 PASS AF=0.19788;AO=56;DP=283;FAO=56;FDP=283;FR=.;FRO=227;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=95;FSRR=132;FWDB=-0.00855131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5471;QD=4.5409;RBI=0.0113872;REFB=-0.010843;REVB=-0.00751961;RO=227;SAF=34;SAR=22;SRF=95;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239913;STB=0.64845;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0448584;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:227:227:56:56:0.19788:22:34:95:132:22:34:95:132 chr1 144854528 . A G 191.94 PASS AF=0.202454;AO=32;DP=160;FAO=33;FDP=163;FR=.;FRO=130;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.00627361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.026;QD=4.71015;RBI=0.0354982;REFB=-0.000984919;REVB=0.0349394;RO=128;SAF=9;SAR=23;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243336;STB=0.661768;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00609873;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:128:130:32:33:0.202454:23:9:59:69:24:9:60:70 chr1 144854537 . T C 272.07 PASS AF=0.238636;AO=42;DP=176;FAO=42;FDP=176;FR=.;FRO=134;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=-0.00617874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.787;QD=6.18334;RBI=0.0191212;REFB=-0.00647624;REVB=-0.0180954;RO=134;SAF=16;SAR=26;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105457;STB=0.563929;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0268067;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:134:134:42:42:0.238636:26:16:62:72:26:16:62:72 chr1 144854564 . G A 221.86 PASS AF=0.182222;AO=41;DP=224;FAO=41;FDP=225;FR=.;FRO=184;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=86;FSRR=98;FWDB=-0.0279301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.274;QD=3.94419;RBI=0.0303844;REFB=-0.00073151;REVB=0.0119633;RO=180;SAF=24;SAR=17;SRF=82;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166302;STB=0.596066;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00426537;OID=.;OPOS=144854564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:180:184:41:41:0.182222:17:24:82:98:17:24:86:98 chr1 144854581 . T C 196.03 PASS AF=0.159836;AO=39;DP=242;FAO=39;FDP=244;FR=.;FRO=205;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=100;FSRR=105;FWDB=0.0480642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7538;QD=3.2136;RBI=0.050056;REFB=-0.00272551;REVB=-0.0139797;RO=203;SAF=17;SAR=22;SRF=99;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669736;STB=0.543819;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0160148;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:203:205:39:39:0.159836:22:17:99:104:22:17:100:105 chr1 144854594 . G T 188.27 PASS AF=0.156379;AO=38;DP=243;FAO=38;FDP=243;FR=.;FRO=205;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=98;FSRR=107;FWDB=-0.0259578;FXX=0.00816293;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.935;QD=3.09905;RBI=0.0361826;REFB=-0.0112928;REVB=-0.0252066;RO=204;SAF=16;SAR=22;SRF=97;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706394;STB=0.548531;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0534584;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:204:205:38:38:0.156379:22:16:97:107:22:16:98:107 chr1 144854597 . T C 1203.04 PASS AF=0.652361;AO=65;DP=240;FAO=152;FDP=233;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=77;FSAR=75;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0280709;FXX=0.0566779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9619;QD=20.6531;RBI=0.0280715;REFB=-0.0681687;REVB=0.00017598;RO=75;SAF=31;SAR=34;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228401;STB=0.515194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0673113;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:233:75:80:65:152:0.652361:34:31:34:41:75:77:37:43 chr1 144855782 . C T 107.73 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0419149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.731;QD=6.95044;RBI=0.0434333;REFB=-0.00857959;REVB=-0.0113835;RO=45;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355142;STB=0.514268;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.044847;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:46:16:16:0.258065:7:9:24:21:7:9:25:21 chr1 144855812 . T C 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00891997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0627;QD=13.3407;RBI=0.0405357;REFB=-0.0093822;REVB=-0.0395421;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747104;STB=0.533182;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00904222;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:11:10:17:14:11:10:17:15 chr1 144865850 . G T 776.43 PASS AF=0.382979;AO=89;DP=234;FAO=90;FDP=235;FR=.;FRO=145;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=90;FWDB=-0.0176784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.163;QD=13.2159;RBI=0.0177507;REFB=-0.00400875;REVB=0.00159985;RO=145;SAF=40;SAR=49;SRF=55;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786409;STB=0.541054;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00654991;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:145:145:89:90:0.382979:49:40:55:90:50:40:55:90 chr1 144866643 . G A 468.53 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00686752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.392;QD=18.0205;RBI=0.0120011;REFB=-0.0177322;REVB=0.00984197;RO=53;SAF=19;SAR=31;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00260103;STB=0.505317;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0199053;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:53:54:50:50:0.480769:31:19:20:33:31:19:20:34 chr1 144866662 . T C 928.27 PASS AF=0.75;AO=72;DP=96;FAO=72;FDP=96;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000916791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.776;QD=38.6779;RBI=0.0185532;REFB=-0.0201002;REVB=-0.0185305;RO=24;SAF=28;SAR=44;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135838;STB=0.50728;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0133164;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:24:24:72:72:0.75:44:28:10:14:44:28:10:14 chr1 144868170 . C T 447.64 PASS AF=0.672131;AO=40;DP=62;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00797619;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.184;QD=29.3536;RBI=0.0116572;REFB=-0.0204967;REVB=0.00850123;RO=20;SAF=8;SAR=32;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463026;STB=0.514344;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0117548;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:20:20:40:41:0.672131:32:8:5:15:32:9:5:15 chr1 144871738 . C A 218.43 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0121677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.882;QD=9.49703;RBI=0.0137433;REFB=-0.0134331;REVB=-0.00638941;RO=62;SAF=11;SAR=17;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236384;STB=0.637729;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0382568;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:62:64:28:28:0.304348:17:11:37:25:17:11:38:26 chr1 144871755 . A T 164.74 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0124994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4928;QD=7.84472;RBI=0.0167464;REFB=-0.00951744;REVB=-0.0111448;RO=58;SAF=4;SAR=19;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452942;STB=0.780558;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0374494;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:61:23:23:0.27381:19:4:30:28:19:4:32:29 chr1 144871782 . A G 122.27 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0322526;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.163;QD=6.88868;RBI=0.0360139;REFB=-0.0170594;REVB=-0.016024;RO=54;SAF=2;SAR=16;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518448;STB=0.812596;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0479874;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:54:53:18:18:0.253521:16:2:25:29:16:2:23:30 chr1 144873887 . C T 758.97 PASS AF=0.416244;AO=82;DP=197;FAO=82;FDP=197;FR=.;FRO=115;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=98;FSRR=17;FWDB=-0.00112621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8573;QD=15.4105;RBI=0.0153896;REFB=-0.0131124;REVB=-0.0153483;RO=112;SAF=58;SAR=24;SRF=97;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221494;STB=0.611541;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0173742;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:112:115:82:82:0.416244:24:58:97:15:24:58:98:17 chr1 144874760 . T C 564.41 PASS AF=0.472;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0164695;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.157;QD=18.0612;RBI=0.0167656;REFB=-0.0194116;REVB=-0.00313711;RO=66;SAF=28;SAR=31;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124669;STB=0.569091;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0219253;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:66:66:59:59:0.472:31:28:40:26:31:28:40:26 chr1 144874815 . T C 142.37 PASS AF=0.18797;AO=25;DP=134;FAO=25;FDP=133;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0195894;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.316;QD=4.28181;RBI=0.0197376;REFB=-0.0092701;REVB=-0.00241446;RO=104;SAF=13;SAR=12;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132254;STB=0.508723;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0334058;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:104:108:25:25:0.18797:12:13:53:51:12:13:55:53 chr1 144877176 . C T 187.51 PASS AF=0.239669;AO=29;DP=121;FAO=29;FDP=121;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00948651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.044;QD=6.19875;RBI=0.0202028;REFB=-0.00488918;REVB=-0.017837;RO=88;SAF=10;SAR=19;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995944;STB=0.563856;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0176886;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:88:92:29:29:0.239669:19:10:37:51:19:10:39:53 chr1 144879090 . T C 102.4 PASS AF=0.213333;AO=15;DP=77;FAO=16;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0333731;FXX=0.0259707;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.077;QD=5.46141;RBI=0.0340881;REFB=-0.00731927;REVB=-0.00694531;RO=42;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20551;STB=0.692961;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0176509;OID=.;OPOS=144879090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:42:59:15:16:0.213333:10:5:21:21:11:5:33:26 chr1 144879264 . A G 1274.39 PASS AF=0.684848;AO=102;DP=156;FAO=113;FDP=165;FR=.;FRO=52;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0071159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.309;QD=30.8943;RBI=0.0428433;REFB=-0.0296307;REVB=0.0422482;RO=51;SAF=60;SAR=42;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983674;STB=0.542511;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0121388;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:165:51:52:102:113:0.684848:42:60:22:29:50:63:22:30 chr1 144879339 . C T 266.63 PASS AF=0.225131;AO=41;DP=190;FAO=43;FDP=191;FR=.;FRO=148;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=73;FSRR=75;FWDB=0.000464556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.612;QD=5.58386;RBI=0.0225855;REFB=-0.00302137;REVB=-0.0225807;RO=148;SAF=20;SAR=21;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692991;STB=0.503774;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0123857;OID=.;OPOS=144879339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:148:148:41:43:0.225131:21:20:73:75:22:21:73:75 chr1 144879375 . T C 690.69 PASS AF=0.482517;AO=69;DP=143;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0479853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.843;QD=19.32;RBI=0.0495064;REFB=0.0117502;REVB=0.0121777;RO=74;SAF=17;SAR=52;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304814;STB=0.669627;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0152283;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:74:69:69:0.482517:52:17:40:34:52:17:40:34 chr1 144880832 . T C 99.47 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0267925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.885;QD=4.32487;RBI=0.0359661;REFB=-0.0132994;REVB=-0.0239943;RO=75;SAF=10;SAR=7;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533236;STB=0.534509;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0666519;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:75:75:17:17:0.184783:7:10:41:34:7:10:41:34 chr1 144880864 . T A 57.08 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0288044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.502;QD=3.12756;RBI=0.0600224;REFB=-0.000679173;REVB=-0.0526592;RO=59;SAF=8;SAR=3;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279235;STB=0.687147;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00293333;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:59:62:11:11:0.150685:3:8:30:29:3:8:32:30 chr1 144882581 . A G 631.68 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0112458;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8485;QD=17.7939;RBI=0.0243423;REFB=-0.00296522;REVB=-0.0215889;RO=75;SAF=28;SAR=37;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737798;STB=0.541372;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00552222;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:77:65:65:0.457746:37:28:38:37:37:28:39:38 chr1 144882823 . C T 741.45 PASS AF=0.514286;AO=69;DP=137;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00504082;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.471;QD=21.1842;RBI=0.00806801;REFB=-0.021931;REVB=0.00629944;RO=68;SAF=18;SAR=51;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20215;STB=0.598347;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0224023;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:68:68:69:72:0.514286:51:18:31:37:52:20:31:37 chr1 144886197 . A T 239.38 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=123;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0297257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.437;QD=7.78469;RBI=0.0306219;REFB=-0.0090661;REVB=-0.00735413;RO=88;SAF=16;SAR=18;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474857;STB=0.523567;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0251407;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:88:89:34:34:0.276423:18:16:38:50:18:16:39:50 chr1 144892089 . G T 143.32 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0229349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7268;QD=9.88403;RBI=0.0245893;REFB=0.00400999;REVB=-0.00886692;RO=38;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287271;STB=0.679413;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00598933;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:14:5:19:19:14:5:20:19 chr1 144892149 . G A 260.04 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=88;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00174634;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.899;QD=12.2374;RBI=0.0172773;REFB=-0.0235001;REVB=-0.0171888;RO=51;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627634;STB=0.539974;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0259402;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:51:54:30:31:0.364706:17:13:25:26:18:13:26:28 chr1 144903087 . G A 141.85 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0194006;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.084;QD=10.7056;RBI=0.0195124;REFB=-0.018929;REVB=0.0020861;RO=34;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13377;STB=0.592218;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0303333;OID=.;OPOS=144903087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:13:5:13:21:13:5:14:21 chr1 144909956 . G A 45.57 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0267812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1855;QD=2.72066;RBI=0.0428816;REFB=-0.00743437;REVB=-0.0334903;RO=57;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731897;STB=0.54228;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0697407;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:57:58:9:9:0.134328:5:4:22:35:5:4:23:35 chr1 144912153 . A G 2857.36 PASS AF=0.994595;AO=178;DP=180;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00213065;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.831;QD=61.7807;RBI=0.0206693;REFB=0.0163843;REVB=0.0205591;RO=1;SAF=85;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509156;STB=0.502538;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-2.03679e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:185:1:1:178:184:0.994595:93:85:0:1:98:86:0:1 chr1 144912233 . C T 437.26 PASS AF=0.345912;AO=55;DP=160;FAO=55;FDP=159;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=-0.0393442;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.89;QD=11.0003;RBI=0.0393465;REFB=0.000883056;REVB=-0.00042447;RO=103;SAF=13;SAR=42;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218687;STB=0.624229;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00158563;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:103:104:55:55:0.345912:42:13:41:62:42:13:41:63 chr1 144915561 . G A 1281.01 PASS AF=0.568075;AO=120;DP=212;FAO=121;FDP=213;FR=.;FRO=92;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00207969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.494;QD=24.0565;RBI=0.00574741;REFB=-0.00590827;REVB=0.00535795;RO=91;SAF=57;SAR=63;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282478;STB=0.515754;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00439539;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:91:92:120:121:0.568075:63:57:40:51:64:57:40:52 chr1 144915624 . G A 748.28 PASS AF=0.503448;AO=72;DP=144;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00752586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.848;QD=20.6423;RBI=0.0110407;REFB=-0.0162078;REVB=-0.00807829;RO=71;SAF=35;SAR=37;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702612;STB=0.538247;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.017139;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:71:72:72:73:0.503448:37:35:29:42:38:35:29:43 chr1 144916676 . C T 272.95 PASS AF=0.221649;AO=43;DP=195;FAO=43;FDP=194;FR=.;FRO=151;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=-0.0590401;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.689;QD=5.62791;RBI=0.065165;REFB=-0.00754259;REVB=-0.0275818;RO=149;SAF=17;SAR=26;SRF=66;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621104;STB=0.538709;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0299673;OID=.;OPOS=144916676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:149:151:43:43:0.221649:26:17:66:83:26:17:67:84 chr1 144916748 . C G 451.19 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0560234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.15;QD=17.1882;RBI=0.0704241;REFB=-0.0246052;REVB=0.0426723;RO=55;SAF=18;SAR=31;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037977;STB=0.504379;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0286819;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:56:49:49:0.466667:31:18:20:35:31:18:21:35 chr1 144917546 . A G 509.75 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00166224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9374;QD=16.8514;RBI=0.0168871;REFB=-0.00926081;REVB=-0.0168051;RO=65;SAF=28;SAR=27;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136056;STB=0.504958;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0106556;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:66:55:55:0.454545:27:28:33:32:27:28:33:33 chr1 144917827 . CA C 128.56 PASS AF=0.351351;AO=23;DP=77;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0168234;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0555;QD=6.94926;RBI=0.0209782;REFB=0.0144787;REVB=0.0125323;RO=47;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370544;STB=0.550276;STBP=0.525;TYPE=del;VARB=-0.0208384;OID=.;OPOS=144917828;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:23:77:26:74:48:11:15:24:24:99:47:11:12:24:23 chr1 144917841 . T C 495.8 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.008831;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.615;QD=22.7955;RBI=0.0144758;REFB=-0.031417;REVB=0.01147;RO=40;SAF=17;SAR=30;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181868;STB=0.600257;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.02171;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:30:17:23:17:30:17:23:17 chr1 144918957 . T A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0147962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.419;QD=13.8991;RBI=0.0185883;REFB=-0.000224203;REVB=0.0112516;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215733;STB=0.591276;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000503966;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:24:24:0.413793:15:9:6:26:15:9:8:26 chr1 144922523 . C T 120.32 PASS AF=0.161972;AO=23;DP=142;FAO=23;FDP=142;FR=.;FRO=119;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=-0.00904765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.856;QD=3.38927;RBI=0.0335953;REFB=0.00406529;REVB=-0.032354;RO=118;SAF=21;SAR=2;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523995;STB=0.858119;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0497361;OID=.;OPOS=144922523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:118:119:23:23:0.161972:2:21:68:50:2:21:69:50 chr1 144922583 . G A 470.84 PASS AF=0.410853;AO=52;DP=127;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.0136434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5246;QD=14.5997;RBI=0.0234107;REFB=-0.0114998;REVB=-0.0190241;RO=74;SAF=29;SAR=23;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683107;STB=0.53166;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0130214;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:74:76:52:53:0.410853:23:29:46:28:23:30:47:29 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 790.47 PASS AF=1;AO=51;DP=115;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183415;FXX=0.324633;HRUN=1;LEN=14;MLLD=342.568;QD=60.8053;RBI=0.0245374;REFB=0;REVB=0.0162994;RO=46;SAF=15;SAR=36;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.3985e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:115:52:52:0:15:37:0:0:4:46:15:36:36:10 chr1 144930596 . C A 348.3 PASS AF=0.378378;AO=38;DP=107;FAO=42;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.000430368;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.147;QD=12.5514;RBI=0.00345189;REFB=-0.0213776;REVB=-0.00342495;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134527;STB=0.558112;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0239068;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:45:69:38:42:0.378378:15:23:33:12:18:24:33:36 chr1 144930940 . T C 421.01 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0747614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3036;QD=23.3896;RBI=0.0774928;REFB=0.00275574;REVB=-0.0203929;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123661;STB=0.574575;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00425113;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:18:23:12:18:18:23:12:19 chr1 144931087 . T C 189.05 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.00268499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.227;QD=7.63845;RBI=0.0260332;REFB=-0.00378079;REVB=0.0258944;RO=71;SAF=8;SAR=18;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042428;STB=0.529389;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0121916;OID=.;OPOS=144931087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:71:73:26:26:0.262626:18:8:24:47:18:8:25:48 chr1 144931330 . C T 693.55 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00604903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0855;QD=19.6752;RBI=0.00612961;REFB=-0.00875439;REVB=-0.000990609;RO=72;SAF=40;SAR=29;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873684;STB=0.548272;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00929321;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:72:69:69:0.489362:29:40:35:37:29:40:35:37 chr1 144931392 . G A 643.6 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0196745;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4178;QD=17.7543;RBI=0.02328;REFB=-0.00551965;REVB=-0.0124448;RO=79;SAF=26;SAR=40;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124382;STB=0.569223;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00854983;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:79:79:66:66:0.455172:40:26:41:38:40:26:41:38 chr1 144931461 . A T 126.76 PASS AF=0.203704;AO=21;DP=108;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.02108;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.344;QD=4.69467;RBI=0.0367273;REFB=-2.43721e-05;REVB=-0.0300753;RO=87;SAF=5;SAR=16;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376856;STB=0.704473;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000962189;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:87:86:21:22:0.203704:16:5:46:41:16:6:45:41 chr1 144952207 . C T 55.41 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.0277599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9216;QD=2.2848;RBI=0.119214;REFB=-0.00587678;REVB=-0.115937;RO=84;SAF=9;SAR=3;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195423;STB=0.638805;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0425485;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:96:97:84:85:12:12:0.123711:3:9:51:33:3:9:52:33 chr1 144952220 . C T 243.05 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0162567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.975;QD=10.5673;RBI=0.0175234;REFB=-0.0117149;REVB=-0.00654119;RO=62;SAF=16;SAR=14;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131746;STB=0.576421;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0227356;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:62:62:30:30:0.326087:14:16:40:22:14:16:40:22 chr1 144994658 . C A 663.62 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00418363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.939;QD=19.097;RBI=0.00425093;REFB=-0.0206184;REVB=0.000753421;RO=71;SAF=32;SAR=35;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666316;STB=0.540297;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0189112;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:72:67:67:0.482014:35:32:39:32:35:32:40:32 chr1 145014103 . G C 154.38 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0103374;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.449;QD=10.2921;RBI=0.0299506;REFB=-0.0246609;REVB=0.0281101;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728911;STB=0.566601;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0321135;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:40:19:20:0.333333:9:10:23:16:10:10:24:16 chr1 145014210 . G A 36.59 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0103725;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.6275;QD=2.76182;RBI=0.037006;REFB=-0.0204028;REVB=0.0355225;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303667;STB=0.687014;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0547265;OID=.;OPOS=145014210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:48:53:41:46:7:7:0.132075:3:4:13:28:3:4:16:30 chr1 145014263 . C T 316.7 PASS AF=0.507463;AO=30;DP=63;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0477545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4581;QD=18.9075;RBI=0.0703851;REFB=-0.0552159;REVB=0.0517065;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523686;STB=0.553041;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.045555;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:33:33:30:34:0.507463:18:12:15:18:22:12:15:18 chr1 145018023 . G T 161.79 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0140721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0574;QD=9.11476;RBI=0.0660233;REFB=-0.00726279;REVB=0.0645062;RO=48;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726446;STB=0.549251;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0194676;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:49:22:22:0.309859:11:11:21:27:11:11:21:28 chr1 145038952 . C T 535.59 PASS AF=0.452381;AO=55;DP=124;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00167005;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.996;QD=17.0027;RBI=0.00712868;REFB=-0.0161853;REVB=0.0069303;RO=69;SAF=24;SAR=31;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031103;STB=0.518312;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0194107;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:69:69:55:57:0.452381:31:24:28:41:32:25:28:41 chr1 145039562 . C T 400.29 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0340028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6033;QD=15.3959;RBI=0.0343354;REFB=-0.0289627;REVB=0.00476714;RO=58;SAF=18;SAR=27;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20316;STB=0.618268;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0360159;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:27:18:35:23:27:18:36:23 chr1 145074975 . G A 160.55 PASS AF=0.165775;AO=31;DP=186;FAO=31;FDP=187;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=94;FWDB=-0.0118224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.176;QD=3.4343;RBI=0.0136726;REFB=-0.00252679;REVB=0.00686802;RO=155;SAF=10;SAR=21;SRF=61;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986938;STB=0.567949;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0127975;OID=.;OPOS=145074975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:155:156:31:31:0.165775:21:10:61:94:21:10:62:94 chr1 145075683 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0368099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.982;QD=15.1969;RBI=0.0598123;REFB=-0.0198514;REVB=-0.0471438;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438678;STB=0.749687;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0182871;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:3:15:5:9:3:15 chr1 145075854 . G C 186.76 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0144907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.241;QD=19.6592;RBI=0.0219545;REFB=-0.0179661;REVB=-0.016493;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257597;STB=0.63144;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0206448;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:19:19:19:0.5:12:7:11:5:12:7:12:7 chr1 145103947 . T C 387.12 PASS AF=0.324675;AO=50;DP=153;FAO=50;FDP=154;FR=.;FRO=104;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0278368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.078;QD=10.0552;RBI=0.0295985;REFB=-0.00678404;REVB=0.0100589;RO=101;SAF=22;SAR=28;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983494;STB=0.559976;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0193034;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:101:104:50:50:0.324675:28:22:53:48:28:22:55:49 chr1 145109549 . G T 283.37 PASS AF=0.150852;AO=62;DP=411;FAO=62;FDP=411;FR=.;FRO=349;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=150;FSRR=199;FWDB=-0.0153642;FXX=0.00242713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.68;QD=2.75786;RBI=0.0181763;REFB=0.00201651;REVB=0.00971166;RO=348;SAF=28;SAR=34;SRF=149;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307474;STB=0.51876;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.013145;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:411:348:349:62:62:0.150852:34:28:149:199:34:28:150:199 chr1 145109583 . C A 1492.62 PASS AF=0.386878;AO=167;DP=440;FAO=171;FDP=442;FR=.;FRO=271;FSAF=58;FSAR=113;FSRF=131;FSRR=140;FWDB=-0.00739391;FXX=0.00896841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5205;QD=13.5079;RBI=0.0648072;REFB=0.00463633;REVB=0.064384;RO=270;SAF=58;SAR=109;SRF=130;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153686;STB=0.592728;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00812174;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:442:270:271:167:171:0.386878:109:58:130:140:113:58:131:140 chr1 145109661 . G A 517.97 PASS AF=0.220472;AO=84;DP=382;FAO=84;FDP=381;FR=.;FRO=297;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=102;FSRR=195;FWDB=-0.0109032;FXX=0.0078123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.73;QD=5.43796;RBI=0.0109616;REFB=-0.00547424;REVB=-0.00113043;RO=296;SAF=24;SAR=60;SRF=102;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876436;STB=0.552619;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.019809;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:381:296:297:84:84:0.220472:60:24:102:194:60:24:102:195 chr1 145112414 . T C 260.65 PASS AF=0.262411;AO=37;DP=141;FAO=37;FDP=141;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.0535569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.421;QD=7.39418;RBI=0.0535618;REFB=-0.00859262;REVB=0.000725004;RO=103;SAF=20;SAR=17;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679048;STB=0.536996;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0228865;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:103:104:37:37:0.262411:17:20:50:53:17:20:51:53 chr1 145112420 . C T 227.25 PASS AF=0.237762;AO=34;DP=143;FAO=34;FDP=143;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=0.0403257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7032;QD=6.35667;RBI=0.040534;REFB=-0.00142004;REVB=-0.00410451;RO=105;SAF=23;SAR=11;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286387;STB=0.66712;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00904203;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:105:109:34:34:0.237762:11:23:47:58:11:23:50:59 chr1 145112428 . C T 251.44 PASS AF=0.258993;AO=36;DP=139;FAO=36;FDP=139;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0227572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5698;QD=7.23553;RBI=0.0251217;REFB=-0.00131829;REVB=-0.01064;RO=103;SAF=19;SAR=17;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283846;STB=0.516997;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00431191;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:103:103:36:36:0.258993:17:19:52:51:17:19:52:51 chr1 145112485 . C T 240.44 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=120;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0318912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3543;QD=7.94851;RBI=0.0323134;REFB=-0.00344237;REVB=-0.00520669;RO=86;SAF=16;SAR=18;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215615;STB=0.508767;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00704541;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:86:87:34:34:0.280992:18:16:42:44:18:16:42:45 chr1 145112501 . C T 31.27 PASS AF=0.0810811;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=111;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0453682;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7868;QD=1.12702;RBI=0.0500144;REFB=8.50916e-05;REVB=-0.0210517;RO=100;SAF=5;SAR=4;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117693;STB=0.586291;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00561303;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:111:100:102:9:9:0.0810811:4:5:45:55:4:5:47:55 chr1 145115810 . A G 1164.23 PASS AF=0.42517;AO=125;DP=294;FAO=125;FDP=294;FR=.;FRO=169;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=68;FSRR=101;FWDB=0.00209924;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.147;QD=15.8398;RBI=0.0113548;REFB=-0.00823066;REVB=-0.0111591;RO=169;SAF=60;SAR=65;SRF=68;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806676;STB=0.544851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00935887;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:169:169:125:125:0.42517:65:60:68:101:65:60:68:101 chr1 145115820 . T C 402.47 PASS AF=0.227758;AO=62;DP=279;FAO=64;FDP=281;FR=.;FRO=217;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=93;FSRR=124;FWDB=-0.0093731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.859;QD=5.72907;RBI=0.0151231;REFB=-0.00278173;REVB=0.0118681;RO=217;SAF=31;SAR=31;SRF=93;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091442;STB=0.56699;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0261488;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:281:217:217:62:64:0.227758:31:31:93:124:31:33:93:124 chr1 145116147 . T TA 163.27 PASS AF=0.263158;AO=35;DP=175;FAO=45;FDP=171;FR=.;FRO=126;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=47;FWDB=0.0669242;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.8647;QD=3.81907;RBI=0.0805983;REFB=0.00554417;REVB=-0.0449138;RO=136;SAF=14;SAR=21;SRF=89;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317122;STB=0.601303;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=-0.014352;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:35:175:45:171:126:22:23:79:47:99:136:14:21:89:47 chr1 145116311 . G T 115.64 PASS AF=0.541667;AO=11;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0164189;FXX=0.11107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.584;QD=19.2737;RBI=0.0317046;REFB=-0.00604398;REVB=0.0271219;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20624;STB=0.571326;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00667092;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:24:24:12:11:11:13:0.541667:4:7:10:2:4:9:9:2 chr1 145116319 . G T 42.75 PASS AF=0.4;AO=4;DP=17;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0322131;FXX=0.210416;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.047;QD=11.3994;RBI=0.0494216;REFB=-0.0263304;REVB=0.0374807;RO=12;SAF=3;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555357;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0143237;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:15:12:9:4:6:0.4:1:3:9:3:1:5:7:2 chr1 145116326 . TG GT,TGT,TT 124.71 PASS AF=0.0714286,0.214286,0.714286;AO=2,2,6;DP=14;FAO=1,3,10;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,6;FSAR=0,2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.360965,-0.160543,0.0500598;FXX=0.0666222;HRUN=7,8,1;LEN=2,1,1;MLLD=7.86692,7.31161,128.229;QD=35.6312;RBI=0.379863,0.262993,0.0525782;REFB=-0.0981388,-0.047386,0.0442197;REVB=0.118322,0.208306,0.0160775;RO=0;SAF=2,0,3;SAR=0,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.15758,-0.0978534,0.0289162;OID=.,.,.;OPOS=145116326,145116328,145116327;OREF=TG,-,G;OALT=GT,T,T;OMAPALT=GT,TGT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:13:14:14:0:0:2,2,6:1,3,10:0.0714286,0.214286,0.714286:0,2,3:2,0,3:0:0:0,2,4:1,1,6:0:0 chr1 145273302 . A G 262.17 PASS AF=0.283465;AO=35;DP=126;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=82;FWDB=-0.00726615;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.953;QD=8.25737;RBI=0.0189785;REFB=-0.00854708;REVB=-0.0175324;RO=88;SAF=2;SAR=33;SRF=9;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19432;STB=0.617084;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0126408;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:88:91:35:36:0.283465:33:2:9:79:34:2:9:82 chr1 145273345 . T C 406.55 PASS AF=0.278607;AO=56;DP=200;FAO=56;FDP=201;FR=.;FRO=145;FSAF=2;FSAR=54;FSRF=8;FSRR=137;FWDB=-0.070955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4114;QD=8.09059;RBI=0.0720109;REFB=-0.00468505;REVB=0.0122865;RO=144;SAF=2;SAR=54;SRF=8;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144367;STB=0.585648;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00828502;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:144:145:56:56:0.278607:54:2:8:136:54:2:8:137 chr1 145273431 . A G 188.91 PASS AF=0.186813;AO=34;DP=182;FAO=34;FDP=182;FR=.;FRO=148;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=119;FWDB=-0.0407168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8452;QD=4.15186;RBI=0.0479079;REFB=-0.00307843;REVB=-0.025245;RO=147;SAF=7;SAR=27;SRF=28;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310767;STB=0.51253;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0114623;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:147:148:34:34:0.186813:27:7:28:119:27:7:29:119 chr1 145277376 . A G 43.54 PASS AF=0.09375;AO=12;DP=128;FAO=12;FDP=128;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0198569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.963;QD=1.36057;RBI=0.0255157;REFB=-0.00156886;REVB=-0.0160236;RO=115;SAF=8;SAR=4;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191509;STB=0.645257;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0310956;OID=.;OPOS=145277376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:115:116:12:12:0.09375:4:8:58:57:4:8:59:57 chr1 145277384 . T C 61.17 PASS AF=0.112782;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=133;FR=.;FRO=118;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.0170966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.71;QD=1.83972;RBI=0.0175539;REFB=-0.00095421;REVB=-0.00398046;RO=117;SAF=11;SAR=4;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257623;STB=0.69301;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0107431;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:132:133:117:118:15:15:0.112782:4:11:62:55:4:11:62:56 chr1 145277398 . A G 173.16 PASS AF=0.21875;AO=28;DP=128;FAO=28;FDP=128;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.000547488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.033;QD=5.41128;RBI=0.00276497;REFB=-0.00253843;REVB=-0.00271023;RO=100;SAF=24;SAR=4;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506873;STB=0.818611;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00757045;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:100:100:28:28:0.21875:4:24:49:51:4:24:49:51 chr1 145277402 . A G 191.62 PASS AF=0.229008;AO=30;DP=128;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0151314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.825;QD=5.85097;RBI=0.0204057;REFB=-0.00953831;REVB=-0.0136906;RO=97;SAF=26;SAR=4;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536449;STB=0.824444;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0183413;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:97:101:30:30:0.229008:4:26:46:51:4:26:50:51 chr1 145277411 . G A 332.01 PASS AF=0.304965;AO=43;DP=141;FAO=43;FDP=141;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.00264633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.875;QD=9.41862;RBI=0.00303692;REFB=-0.00279085;REVB=0.00148992;RO=98;SAF=38;SAR=5;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544726;STB=0.824916;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116397;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:98:98:43:43:0.304965:5:38:49:49:5:38:49:49 chr1 145277430 . T C 515.92 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=52;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.00395595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.768;QD=14.6362;RBI=0.00402934;REFB=-0.00802173;REVB=-0.000765567;RO=83;SAF=52;SAR=5;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619502;STB=0.854783;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0154685;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:84:57:57:0.404255:5:52:37:46:5:52:38:46 chr1 145277457 . A G 569.83 PASS AF=0.412162;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=57;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0112265;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.194;QD=15.4008;RBI=0.0626096;REFB=-0.00702741;REVB=-0.0615949;RO=84;SAF=57;SAR=4;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.676748;STB=0.890985;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0110656;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:84:87:61:61:0.412162:4:57:36:48:4:57:37:50 chr1 145277469 . G A 604.59 PASS AF=0.416107;AO=56;DP=150;FAO=62;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=57;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.00334277;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.634;QD=16.2306;RBI=0.0413121;REFB=-0.0283801;REVB=-0.0411766;RO=61;SAF=51;SAR=5;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.691571;STB=0.875097;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.02581;OID=.;OPOS=145277469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:61:85:56:62:0.416107:5:51:15:46:5:57:34:51 chr1 145277481 . A G 477.61 PASS AF=0.369427;AO=58;DP=157;FAO=58;FDP=157;FR=.;FRO=99;FSAF=54;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=-0.00429396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.894;QD=12.1684;RBI=0.0525374;REFB=-0.00727334;REVB=-0.0523617;RO=99;SAF=54;SAR=4;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.705388;STB=0.907173;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0190752;OID=.;OPOS=145277481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:99:99:58:58:0.369427:4:54:37:62:4:54:37:62 chr1 145281408 . C T 240.58 PASS AF=0.20202;AO=40;DP=198;FAO=40;FDP=198;FR=.;FRO=158;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=77;FSRR=81;FWDB=-0.0222525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.184;QD=4.86021;RBI=0.022506;REFB=-0.00781353;REVB=-0.00336823;RO=158;SAF=14;SAR=26;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17972;STB=0.612262;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0334472;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:158:158:40:40:0.20202:26:14:77:81:26:14:77:81 chr1 145281543 . C T 370.85 PASS AF=0.288136;AO=51;DP=177;FAO=51;FDP=177;FR=.;FRO=126;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=-0.0107006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.988;QD=8.38073;RBI=0.0289778;REFB=-0.0112975;REVB=-0.0269297;RO=126;SAF=18;SAR=33;SRF=54;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967519;STB=0.556939;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.028541;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:126:126:51:51:0.288136:33:18:54:72:33:18:54:72 chr1 145281613 . C A 216.08 PASS AF=0.213018;AO=36;DP=167;FAO=36;FDP=169;FR=.;FRO=133;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.0134509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8547;QD=5.11439;RBI=0.0192008;REFB=-0.00903261;REVB=-0.0137019;RO=131;SAF=13;SAR=23;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146301;STB=0.591088;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0215716;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:131:133:36:36:0.213018:23:13:62:69:23:13:63:70 chr1 145281633 . C A 184.66 PASS AF=0.201299;AO=31;DP=154;FAO=31;FDP=154;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.0390478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.969;QD=4.79627;RBI=0.0395897;REFB=-0.0119237;REVB=-0.00652782;RO=123;SAF=11;SAR=20;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182909;STB=0.614784;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0370477;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:123:123:31:31:0.201299:20:11:61:62:20:11:61:62 chr1 145281656 . A T 51.35 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=144;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.0488042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1923;QD=1.42637;RBI=0.0629173;REFB=-0.00702282;REVB=-0.0397082;RO=129;SAF=5;SAR=9;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174587;STB=0.629813;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0431767;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:144:144:129:130:14:14:0.0972222:9:5:65:64:9:5:65:65 chr1 145290409 . G A 68.86 PASS AF=0.107595;AO=18;DP=160;FAO=17;FDP=158;FR=.;FRO=141;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=65;FWDB=-0.0119092;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.135;QD=1.7433;RBI=0.016723;REFB=-0.00165985;REVB=0.01174;RO=131;SAF=11;SAR=7;SRF=70;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964771;STB=0.544577;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0129068;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:160:158:131:141:18:17:0.107595:7:11:70:61:7:10:76:65 chr1 145290498 . T G 41.5 PASS AF=0.0940171;AO=10;DP=116;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.0234406;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.737;QD=1.4189;RBI=0.0240696;REFB=-0.00520411;REVB=-0.00546636;RO=105;SAF=5;SAR=5;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162669;STB=0.549599;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0674321;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:116:117:105:106:10:11:0.0940171:5:5:51:54:5:6:52:54 chr1 145293425 . C A 105.48 PASS AF=0.117391;AO=27;DP=230;FAO=27;FDP=230;FR=.;FRO=203;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=115;FSRR=88;FWDB=0.00777523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.993;QD=1.83446;RBI=0.00805839;REFB=-0.00220769;REVB=-0.00211739;RO=200;SAF=14;SAR=13;SRF=114;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647485;STB=0.542512;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0148252;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:200:203:27:27:0.117391:13:14:114:86:13:14:115:88 chr1 145293490 . G C 178.19 PASS AF=0.104046;AO=54;DP=519;FAO=54;FDP=519;FR=.;FRO=465;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=245;FSRR=220;FWDB=-0.0238984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5464;QD=1.37334;RBI=0.047008;REFB=-0.000988962;REVB=-0.0404798;RO=460;SAF=32;SAR=22;SRF=243;SRR=217;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803677;STB=0.559596;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0109234;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:519:460:465:54:54:0.104046:22:32:243:217:22:32:245:220 chr1 145293498 . G C 176.46 PASS AF=0.104126;AO=53;DP=513;FAO=53;FDP=509;FR=.;FRO=456;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=240;FSRR=216;FWDB=-0.00773556;FXX=0.00972744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.616;QD=1.3867;RBI=0.0126865;REFB=-0.00547911;REVB=0.0100553;RO=434;SAF=31;SAR=22;SRF=223;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889007;STB=0.553053;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0362808;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:509:434:456:53:53:0.104126:22:31:223:211:22:31:240:216 chr1 145293510 . C G 188.89 PASS AF=0.108268;AO=53;DP=507;FAO=55;FDP=508;FR=.;FRO=453;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=237;FSRR=216;FWDB=-0.0275298;FXX=0.0019646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0686;QD=1.48731;RBI=0.028075;REFB=-0.00712773;REVB=-0.00550568;RO=450;SAF=31;SAR=22;SRF=235;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781229;STB=0.569353;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0720029;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:507:508:450:453:53:55:0.108268:22:31:235:215:22:33:237:216 chr1 145293515 . A G 315.01 PASS AF=0.141717;AO=71;DP=499;FAO=71;FDP=501;FR=.;FRO=430;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=240;FSRR=190;FWDB=-0.0122811;FXX=0.00199199;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.771;QD=2.51505;RBI=0.0128025;REFB=-0.00420327;REVB=-0.00361633;RO=423;SAF=27;SAR=44;SRF=236;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226688;STB=0.650241;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0237278;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:499:501:423:430:71:71:0.141717:44:27:236:187:44:27:240:190 chr1 145293566 . G A 766.68 PASS AF=0.294118;AO=103;DP=356;FAO=105;FDP=357;FR=.;FRO=252;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=141;FSRR=111;FWDB=-0.00647165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.885;QD=8.59022;RBI=0.00880572;REFB=-0.00504855;REVB=0.00597148;RO=251;SAF=54;SAR=49;SRF=140;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410193;STB=0.525324;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.012545;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:357:251:252:103:105:0.294118:49:54:140:111:50:55:141:111 chr1 145296372 . A G 714.14 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.311;QD=56.0107;RBI=0.0477582;REFB=0;REVB=0.0175835;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190042;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:1:0:49:51:1:20:29:1:0:20:31:0:0 chr1 145296478 . G T 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.608;QD=43.469;RBI=0.0881049;REFB=0;REVB=-0.00645185;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119067;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr1 145311083 . A C 1378.53 PASS AF=0.55794;AO=109;DP=212;FAO=130;FDP=233;FR=.;FRO=103;FSAF=78;FSAR=52;FSRF=68;FSRR=35;FWDB=0.00689329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.043;QD=23.6658;RBI=0.0290653;REFB=-0.0259339;REVB=0.028236;RO=101;SAF=78;SAR=31;SRF=68;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446344;STB=0.528025;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0198239;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:233:101:103:109:130:0.55794:31:78:68:33:52:78:68:35 chr1 145311110 . G C 347.68 PASS AF=0.235808;AO=54;DP=229;FAO=54;FDP=229;FR=.;FRO=175;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=109;FSRR=66;FWDB=-0.00661021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.944;QD=6.07307;RBI=0.00690797;REFB=-0.0142056;REVB=-0.00200629;RO=170;SAF=33;SAR=21;SRF=104;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000867266;STB=0.509479;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.037683;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:170:175:54:54:0.235808:21:33:104:66:21:33:109:66 chr1 145311828 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.988;QD=53.2762;RBI=0.00914111;REFB=0;REVB=-0.00584612;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05458e-06;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 145368461 . A C 743.57 PASS AF=0.478528;AO=78;DP=162;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.00294235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.874;QD=18.2471;RBI=0.00642112;REFB=-0.0200998;REVB=0.0057073;RO=83;SAF=38;SAR=40;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11867;STB=0.564778;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0254502;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:83:85:78:78:0.478528:40:38:51:32:40:38:52:33 chr1 145368518 . C T 52.78 PASS AF=0.0818182;AO=18;DP=218;FAO=18;FDP=220;FR=.;FRO=202;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=101;FSRR=101;FWDB=-0.036995;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6642;QD=0.95967;RBI=0.0645792;REFB=-0.0117766;REVB=-0.0529325;RO=193;SAF=11;SAR=7;SRF=98;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120386;STB=0.60232;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0598232;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:218:220:193:202:18:18:0.0818182:7:11:98:95:7:11:101:101 chr1 145397942 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.153;QD=45.8068;RBI=0.0152757;REFB=0;REVB=-0.0150254;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123689;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 145397947 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4408;QD=44.689;RBI=0.0374193;REFB=0;REVB=0.00292283;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153123;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 145399229 . C T 483.56 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.653;QD=58.6138;RBI=0.0461824;REFB=0;REVB=0.044868;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168518;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr1 145442254 . G C 1134.96 PASS AF=1;AO=57;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3552;QD=58.959;RBI=0.0631114;REFB=0;REVB=0.00474217;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119461;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:57:77:1:42:15:0:0:45:32:0:0 chr1 145474968 . A G 55.86 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0400199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.207;QD=10.6397;RBI=0.0400991;REFB=0.0200741;REVB=-0.00251937;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319996;STB=0.736129;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0430318;OID=.;OPOS=145474968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:7:1:4:8:7:1:5:8 chr1 145532549 . T C 497.5 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303322;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.07;QD=56.8566;RBI=0.0348511;REFB=-0.0487845;REVB=0.0171627;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028727;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:1:0:33:35:1:17:16:0:1:18:17:0:0 chr1 145561594 . C T 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.8529;QD=47.8111;RBI=0.0769688;REFB=0;REVB=0.00385619;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107712;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 145562881 . T C 1194.3 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.018889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.551;QD=59.7149;RBI=0.0224739;REFB=-0.00855834;REVB=0.0121769;RO=1;SAF=24;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193133;STB=0.510201;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=4.08161e-05;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:55:24:1:0:55:24:1:0 chr1 145586309 . C T 1523.09 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.238;QD=58.5803;RBI=0.0381881;REFB=-0.0891991;REVB=0.0367116;RO=1;SAF=60;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784321;STB=0.504131;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000387505;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:43:60:1:0:43:60:1:0 chr1 145586403 . G T 1771.54 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170201;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.762;QD=61.0875;RBI=0.0177687;REFB=0;REVB=0.017687;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7175e-05;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:63:52:0:0:64:52:0:0 chr1 146395447 . A G 209.96 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=81;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00582752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.46;QD=10.242;RBI=0.00953134;REFB=-0.0136115;REVB=-0.00754231;RO=54;SAF=17;SAR=9;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304569;STB=0.508191;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0261655;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:54:55:26:27:0.329268:9:17:34:20:10:17:34:21 chr1 146494510 . T C 190.89 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0347047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.643;QD=13.3956;RBI=0.0364784;REFB=-0.0326056;REVB=0.0112364;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579333;STB=0.533304;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0506919;OID=.;OPOS=146494510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:16:7:12:22:16:7:12:22 chr1 146551375 . G T 270.33 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0185256;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.699;QD=16.6354;RBI=0.0211841;REFB=-0.0122717;REVB=0.0102746;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561898;STB=0.531624;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0167594;OID=.;OPOS=146551375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:18:12:16:19:18:12:16:19 chr1 146556236 . G A 109.42 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0295566;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.685;QD=13.2625;RBI=0.03021;REFB=0.00551273;REVB=-0.00624928;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257812;STB=0.651933;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00923522;OID=.;OPOS=146556236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:9:11:4:9:9:11 chr1 146626922 . T C 298.03 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0403793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3335;QD=20.9147;RBI=0.0576905;REFB=-0.00302854;REVB=0.0412033;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788707;STB=0.527791;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00129644;OID=.;OPOS=146626922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:26:30:31:0.54386:15:15:16:11:15:16:15:11 chr1 146650058 . T C 312.76 PASS AF=0.561404;AO=30;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0283145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0587;QD=21.9481;RBI=0.0293802;REFB=-0.0129058;REVB=-0.0078412;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141523;STB=0.589924;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00881349;OID=.;OPOS=146650058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:30:32:0.561404:18:12:6:19:18:14:6:19 chr1 146672906 . C T 1365.49 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102992;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.164;QD=62.0676;RBI=0.0209927;REFB=0;REVB=-0.0182926;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78607e-05;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:52:34:0:0:54:34:0:0 chr1 146714392 . G C,T 648.77 PASS AF=0.533333,0.444444;AO=24,20;DP=45;FAO=24,20;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16,8;FSAR=8,12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00192388,-0.000602039;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.911,121.47;QD=57.6685;RBI=0.00341634,0.093382;REFB=-0.0826472,-0.112584;REVB=-0.00282313,0.0933801;RO=0;SAF=16,8;SAR=8,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.529387,0.51998;STBP=0.274,0.546;TYPE=snp,snp;VARB=0.0149046,0.00598172;OID=.,.;OPOS=146714392,146714392;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:45:45:0:1:24,20:24,20:0.533333,0.444444:8,12:16,8:0:0:8,12:16,8:0:1 chr1 146728162 . T A,TA 459.4 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,30;DP=35;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164242,-0.0081292;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.858,26.9933;QD=55.6842;RBI=0.0221776,0.177957;REFB=0,0;REVB=-0.0149028,-0.177771;RO=2;SAF=2,17;SAR=0,13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0517385;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.149591,-0.0248698;OID=.,.;OPOS=146728162,146728163;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:35:33:2:0:2,30:2,31:0.0606061,0.939394:0,13:2,17:2:0:0,14:2,17:0:0 chr1 146736092 . C T 203.92 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.000343108;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.2;QD=16.314;RBI=0.0019614;REFB=-0.0159328;REVB=-0.00193116;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111726;STB=0.551678;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0216328;OID=.;OPOS=146736092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:28:21:22:0.44:9:12:19:9:9:13:19:9 chr1 146740502 . C G 437.58 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0094463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.395;QD=16.6695;RBI=0.00951753;REFB=-0.00588564;REVB=0.00116218;RO=56;SAF=29;SAR=18;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641757;STB=0.524015;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00665477;OID=.;OPOS=146740502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:56:57:47:48:0.457143:18:29:31:25:19:29:32:25 chr1 146751782 . A C 1446.58 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105227;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.402;QD=62.2186;RBI=0.020336;REFB=-0.0882717;REVB=0.0174019;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000296542;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:93:0:1:91:92:0.989247:46:45:0:0:47:45:0:1 chr1 146767149 . G T 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.72;QD=62.4642;RBI=0.0253218;REFB=0;REVB=9.67574e-05;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.223e-05;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr1 147121977 . C T 1568.32 PASS AF=1;AO=104;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861213;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2698;QD=59.1819;RBI=0.0288612;REFB=0;REVB=0.0275463;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944048;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:108:106:0:0:104:106:1:44:60:0:0:46:60:0:0 chr1 147229299 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0341632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1449;QD=22.9153;RBI=0.0755642;REFB=-0.0341226;REVB=-0.0674004;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00935692;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:2:2:5:4:2:2 chr1 147229654 . A G 79.55 PASS AF=0.126984;AO=5;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.12016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7051;QD=5.05056;RBI=0.148807;REFB=-0.00930634;REVB=-0.08778;RO=46;SAF=2;SAR=3;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18208;STB=0.573208;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.14232;OID=.;OPOS=147229654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:63:63:46:48:5:8:0.126984:3:2:26:20:3:5:26:22 chr1 147719046 . G C 98.47 PASS AF=0.171171;AO=18;DP=111;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0241595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1595;QD=3.54839;RBI=0.024241;REFB=-0.00825729;REVB=0.00198627;RO=92;SAF=7;SAR=11;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458442;STB=0.548111;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0532434;OID=.;OPOS=147719046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:111:111:92:92:18:19:0.171171:11:7:39:53:12:7:39:53 chr1 147735828 . C T 769.44 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0839682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7111;QD=61.5551;RBI=0.0990722;REFB=-0.00592386;REVB=-0.0525798;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284913;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000604098;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:32:16:1:0:33:16:1:0 chr1 147781062 . A G 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0159323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.837;QD=19.8554;RBI=0.0186038;REFB=-0.00793036;REVB=-0.00960546;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115373;STB=0.557922;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00918021;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:23:16:20:17:23:16:20:18 chr1 147806874 . G C 297.21 PASS AF=0.492308;AO=33;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0113257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.999;QD=18.2899;RBI=0.0161071;REFB=-0.0182227;REVB=-0.0114528;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526423;STB=0.524257;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0181895;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:33:33:32:0.492308:19:14:15:16:18:14:16:17 chr1 147806880 . T C 903.57 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.726;QD=57.3692;RBI=0.0229199;REFB=0;REVB=0.0144104;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00714229;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:33:28:0:0:33:30:0:0 chr1 147825770 . C T 182.11 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00577832;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.631;QD=15.8358;RBI=0.0187239;REFB=-0.0122958;REVB=-0.01781;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961317;STB=0.53913;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0253572;OID=.;OPOS=147825770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:27:18:19:0.413043:9:9:16:11:9:10:16:11 chr1 148000850 . A G 160.62 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0535701;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.0925;QD=10.8896;RBI=0.0972694;REFB=-0.0237924;REVB=0.0811885;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437406;STB=0.533299;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0178388;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:35:18:19:0.322034:7:11:17:11:8:11:22:13 chr1 148000879 . C G 228.07 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00308103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.93;QD=13.8222;RBI=0.0055841;REFB=-0.0184074;REVB=-0.00465719;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302594;STB=0.525405;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0287419;OID=.;OPOS=148000879;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:15:12:18:20:15:12:19:20 chr1 148009349 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00422731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.522;QD=15.196;RBI=0.0790431;REFB=0.00389652;REVB=0.07893;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723732;STB=0.54161;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00495808;OID=.;OPOS=148009349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:3:11:15:3:3:11:15:3 chr1 148009510 . G A 53.64 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0633413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.041;QD=2.64897;RBI=0.0642368;REFB=-0.0047253;REVB=-0.0106884;RO=69;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114048;STB=0.514646;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0255119;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:69:70:11:11:0.135802:6:5:32:37:6:5:33:37 chr1 148017578 . C T 54.5 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0218;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.1;QD=7.78551;RBI=0.0821708;REFB=0.00604026;REVB=-0.0792262;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337897;STB=0.71984;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0297144;OID=.;OPOS=148017578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:19:20:8:8:0.285714:5:3:13:6:5:3:14:6 chr1 148022991 . G A 91.05 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.01681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.619;QD=17.3422;RBI=0.0252329;REFB=-0.0215165;REVB=0.0188182;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26049;STB=0.624791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.020813;OID=.;OPOS=148022991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:5:5:8:2:5:6:8:2 chr1 148344660 . G C 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.075723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7079;QD=2.92818;RBI=0.0895246;REFB=-0.0024618;REVB=-0.0477565;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434568;STB=0.802463;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0125643;OID=.;OPOS=148344660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:6:2:32:19:6:2:32:19 chr1 148598361 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0129961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.935;QD=16.8228;RBI=0.0130021;REFB=-0.0180856;REVB=0.000395212;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0293338;OID=.;OPOS=148598361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:2:3:2:5:2:3 chr1 149155848 . C T 1081.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364451;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0132;QD=60.078;RBI=0.0365972;REFB=0;REVB=0.00333331;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262397;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:44:27:0:0:45:27:0:0 chr1 149211947 . C G 77.02 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.044773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6132;QD=5.40488;RBI=0.0847781;REFB=0.012219;REVB=-0.071991;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222868;STB=0.641606;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0449914;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:45:45:12:12:0.210526:7:5:27:18:7:5:27:18 chr1 149211962 . T C 97.33 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.018891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.01;QD=6.17985;RBI=0.0189238;REFB=-0.00925266;REVB=-0.00111365;RO=48;SAF=7;SAR=8;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167754;STB=0.603639;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0143954;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:8:7:29:19:8:7:29:19 chr1 149211967 . G A 102.46 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0181845;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.814;QD=5.93965;RBI=0.0268895;REFB=-0.00836141;REVB=-0.0198083;RO=52;SAF=8;SAR=8;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948674;STB=0.565137;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0181918;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:52:53:16:16:0.231884:8:8:30:22:8:8:31:22 chr1 149211975 . C A 173.45 PASS AF=0.269663;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0192582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0465;QD=7.79548;RBI=0.0277616;REFB=-0.00599448;REVB=-0.0199957;RO=64;SAF=13;SAR=11;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835588;STB=0.512562;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0147537;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:64:65:24:24:0.269663:11:13:39:25:10:14:39:26 chr1 149211992 . G A 228.11 PASS AF=0.288288;AO=31;DP=109;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0195157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.908;QD=8.22013;RBI=0.0204495;REFB=-0.0114442;REVB=-0.00610907;RO=73;SAF=19;SAR=12;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217749;STB=0.531895;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0262188;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:73:79:31:32:0.288288:12:19:46:27:12:20:46:33 chr1 149211998 . T G 267.85 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0320323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.521;QD=9.23604;RBI=0.0418903;REFB=-0.0127011;REVB=-0.026995;RO=78;SAF=23;SAR=13;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919756;STB=0.546485;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0311415;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:78:80:36:36:0.310345:13:23:44:34:13:23:46:34 chr1 149224148 . G A 46.69 PASS AF=0.0942029;AO=13;DP=138;FAO=13;FDP=138;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=-0.00561567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.523;QD=1.35334;RBI=0.00565682;REFB=-0.00226608;REVB=0.000681057;RO=125;SAF=7;SAR=6;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404332;STB=0.531202;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0215068;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:138:138:125:125:13:13:0.0942029:6:7:63:62:6:7:63:62 chr1 149224185 . C A 506.47 PASS AF=0.336066;AO=36;DP=126;FAO=41;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=46;FWDB=-0.0209694;FXX=0.0317435;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.872;QD=16.6054;RBI=0.022187;REFB=-0.00670962;REVB=-0.00724898;RO=53;SAF=20;SAR=16;SRF=8;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416316;STB=0.676365;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00301328;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:122:53:60:36:41:0.336066:16:20:8:45:19:22:14:46 chr1 149286406 . T C 35.85 PASS AF=0.114286;AO=9;DP=101;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=62;FWDB=-0.0935715;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8584;QD=1.36587;RBI=0.0961712;REFB=-0.00790154;REVB=-0.0222097;RO=92;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264943;STB=0.647395;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0818593;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:101:105:92:93:9:12:0.114286:4:5:30:62:6:6:31:62 chr1 149286469 . C G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=27;FWDB=0.0458305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.484;QD=12.7371;RBI=0.0483937;REFB=-0.00670389;REVB=0.0155407;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398733;STB=0.722039;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.018614;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:12:4:1:27:12:4:1:27 chr1 149287392 . T G 383.72 PASS AF=0.335714;AO=46;DP=141;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.0104305;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.874;QD=10.9635;RBI=0.0201884;REFB=0.000576888;REVB=-0.0172851;RO=90;SAF=20;SAR=26;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150791;STB=0.58834;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00243484;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:90:93:46:47:0.335714:26:20:51:39:27:20:52:41 chr1 149294658 . G A 177.41 PASS AF=0.247788;AO=22;DP=109;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0138061;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.475;QD=6.27996;RBI=0.0157903;REFB=-0.00634552;REVB=0.00766314;RO=84;SAF=7;SAR=15;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26243;STB=0.611277;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0161062;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:84:85:22:28:0.247788:15:7:44:40:17:11:46:39 chr1 149294693 . G C 184.65 PASS AF=0.25;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=112;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.00135854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.868;QD=6.5945;RBI=0.0120157;REFB=-0.009307;REVB=-0.0119387;RO=81;SAF=9;SAR=19;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160735;STB=0.61282;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0145839;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:81:84:28:28:0.25:19:9:36:45:19:9:39:45 chr1 149298554 . C A 45.63 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0545617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3144;QD=8.69196;RBI=0.0571461;REFB=-0.0203469;REVB=-0.016991;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168697;STB=0.605742;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00299989;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:6:8:5:2:6:8 chr1 149298562 . GC AT 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00388458;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.649;QD=7.12517;RBI=0.0366991;REFB=-0.00203788;REVB=-0.0364929;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463469;STB=0.529329;STBP=0.87;TYPE=mnp;VARB=0.00518602;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:7:11:4:3:7:11 chr1 149298603 . G A 141.7 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0167218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.903;QD=11.1139;RBI=0.0359344;REFB=-0.00995361;REVB=-0.0318066;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226796;STB=0.62671;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.020827;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:12:5:16:17:12:5:16:18 chr1 149334339 . G C 1028.92 PASS AF=0.363095;AO=121;DP=337;FAO=122;FDP=336;FR=.;FRO=214;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=87;FSRR=127;FWDB=-0.0157352;FXX=0.00296727;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.771;QD=12.249;RBI=0.0167823;REFB=-0.0050533;REVB=-0.00583528;RO=212;SAF=46;SAR=75;SRF=87;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035674;STB=0.519795;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00789791;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:336:212:214:121:122:0.363095:75:46:87:125:76:46:87:127 chr1 149514196 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.527;QD=45.8068;RBI=0.0495766;REFB=0;REVB=-0.0480741;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288715;OID=.;OPOS=149514196;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 149514218 . CT C 42.92 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.214457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9363;QD=11.4466;RBI=0.272051;REFB=-0.0310628;REVB=0.167391;RO=9;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.819176;STB=0.871714;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0228961;OID=.;OPOS=149514219;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:6:15:7:15:8:6:1:1:7:40:9:6:0:1:8 chr1 149664423 . A G 524.32 PASS AF=0.5;AO=52;DP=110;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0352597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5489;QD=18.3973;RBI=0.0369662;REFB=-0.000732463;REVB=-0.0111019;RO=55;SAF=27;SAR=25;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243714;STB=0.517729;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.001346;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:55:57:52:57:0.5:25:27:30:25:25:32:30:27 chr1 149676401 . A G 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.041322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.557;QD=8.96068;RBI=0.0414456;REFB=-0.000921442;REVB=-0.00319946;RO=39;SAF=6;SAR=11;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353877;STB=0.709446;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00161352;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:11:6:26:13:11:6:26:13 chr1 149680227 . A G 1259.17 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014474;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.264;QD=61.4231;RBI=0.02189;REFB=0;REVB=-0.0164218;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195494;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:40:40:0:0:40:42:0:0 chr1 149680290 . G A 30.41 PASS AF=0.107692;AO=6;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=-0.0289431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.109;QD=1.87144;RBI=0.0289591;REFB=-0.00825382;REVB=-0.000962298;RO=57;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238661;STB=0.73584;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.051578;OID=.;OPOS=149680290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:65:65:57:58:6:7:0.107692:3:3:17:40:3:4:17:41 chr1 149684085 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0175913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3644;QD=11.9191;RBI=0.0427222;REFB=0.0275433;REVB=0.0389323;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318742;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0105745;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:2:7:3:4:2:7 chr1 149684119 . TA T,TT 765.9 PASS AF=1,0;AO=47,6;DP=54;FAO=55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020681,0.0245804;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.966,200.772;QD=55.7015;RBI=0.00680294,0.0259506;REFB=0,0;REVB=-0.00648097,-0.00832075;RO=0;SAF=24,0;SAR=23,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00106178,0.0113348;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:47,6:54:55,0:55:0:26,0:29,0:0:0:4:0:24,0:23,6:0:0 chr1 149684166 . G A 265.32 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.000877167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5773;QD=17.988;RBI=0.00378078;REFB=0.00120893;REVB=0.00367761;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213635;STB=0.626643;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00164524;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:30:29:29:0.491525:12:17:10:19:12:17:10:20 chr1 149684169 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0304504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.835;QD=18.4385;RBI=0.0315123;REFB=-0.00999877;REVB=-0.00811166;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213635;STB=0.619191;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0209191;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:10:19:12:17:10:19 chr1 149684171 . A T 264.06 PASS AF=0.491525;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00989151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1529;QD=17.9021;RBI=0.0123232;REFB=-0.0619249;REVB=0.00734972;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239201;STB=0.626643;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0403328;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:27:29:0.491525:11:16:10:20:12:17:10:20 chr1 149711845 . C A 44.78 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=124;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.0105924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.249;QD=1.44458;RBI=0.010981;REFB=0.00232392;REVB=0.00289545;RO=112;SAF=6;SAR=6;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525693;STB=0.540256;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0154876;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:124:124:112:112:12:12:0.0967742:6:6:51:61:6:6:51:61 chr1 149906413 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0118358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.173;QD=17.8515;RBI=0.0203953;REFB=-0.00848739;REVB=0.0166097;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974614;STB=0.579394;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0122167;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:40:36:36:0.473684:24:12:16:21:24:12:19:21 chr1 149914204 . CTTTTTTTC CTTTTTT,CTTTTTTC,CTTTTTTTTC 50.77 PASS AF=0.195122,0.219512,0;AO=7,11,6;DP=47;FAO=8,9,0;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8,6,0;FSAR=0,3,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0126342,0.0739621,-0.074602;FXX=0.0465008;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=16.6859,8.49552,8.90772;QD=4.953;RBI=0.0394346,0.0743243,0.0747629;REFB=-0.0335524,-0.0232129,0.02504;REVB=-0.0373559,0.00732898,-0.00490202;RO=18;SAF=7,5,4;SAR=0,6,2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.741465,-0.0475298,0.195321;STB=0.998439,0.624716,0.5;STBP=0.003,0.419,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.118082,0.099829,0.0188066;OID=.,.,.;OPOS=149914211,149914205,149914205;OREF=TC,T,-;OALT=-,-,T;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC,CTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.195122,0.219512,0:7,11,6:47:8,9,0:41:24:8,6,0:0,3,0:12:12:21:18:7,5,4:0,6,2:9:9 chr1 149914683 . G A 115.15 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7216;QD=41.8733;RBI=0.15431;REFB=0;REVB=0.138386;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:5:3:0:0:7:4:0:0 chr1 149915896 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.0126434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3825;QD=12.4807;RBI=0.0135907;REFB=-0.00211481;REVB=0.00498506;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441039;STB=0.748214;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0050824;OID=.;OPOS=149915896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:1:18:7:5:1:18 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 183.53 PASS AF=0.413793,0.241379;AO=8,8;DP=29;FAO=12,7;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=6,6;FSAR=6,1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00481752,0.0021417;FXX=0.0333222;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=121.777,40.8628;QD=25.3139;RBI=0.0197384,0.0517555;REFB=-0.0412533,0.00324531;REVB=-0.0191415,-0.0517112;RO=9;SAF=3,7;SAR=5,1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.256503,0.298237;STB=0.545379,0.713564;STBP=0.653,0.223;TYPE=del,snp;VARB=0.0599545,0.0287932;OID=.,.;OPOS=150199040,150199051;OREF=TCCTCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793,0.241379:8,8:29:12,7:29:10:6,6:6,1:6:4:80:9:3,7:5,1:6:3 chr1 150278741 . G GTC 44.18 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00104517;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.405;QD=9.81804;RBI=0.00494094;REFB=-0.0188442;REVB=-0.00482913;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.599733;STBP=0.575;TYPE=ins;VARB=0.0314771;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:6:18:7:18:11:4:3:8:3:44:11:3:3:8:3 chr1 150483355 . C T 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0138235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.598;QD=27.2645;RBI=0.0235123;REFB=-0.0253885;REVB=0.0190195;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472495;STB=0.502615;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0135838;OID=.;OPOS=150483355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:6:7:12:10:6:7 chr1 150484987 . G A 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0719881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.967;QD=29.5043;RBI=0.0784871;REFB=-0.00395506;REVB=-0.031272;RO=18;SAF=10;SAR=20;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183597;STB=0.59994;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00527631;OID=.;OPOS=150484987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:20:10:2:16:20:10:2:16 chr1 150526044 . G C 237.38 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000415822;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5404;QD=19.3783;RBI=0.0617718;REFB=0.00940358;REVB=-0.0617704;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154021;STB=0.579067;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.011249;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:26:22:23:0.469388:14:8:14:13:14:9:14:12 chr1 150531008 . T C 345.49 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0155624;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.35;QD=30.7099;RBI=0.0245458;REFB=-0.0341033;REVB=0.0189818;RO=15;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934824;STB=0.560822;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0153407;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:16:29:29:0.644444:15:14:5:10:15:14:5:11 chr1 150531050 . G A 748.68 PASS AF=1;AO=34;DP=50;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262208;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7059;QD=63.717;RBI=0.0441391;REFB=0;REVB=0.0355068;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000814538;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:47:0:0:34:47:1:19:15:0:0:26:21:0:0 chr1 150531170 . C T 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.112;QD=58.5801;RBI=0.0336832;REFB=0;REVB=0.00917352;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025622;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:27:6:0:0:27:6:0:0 chr1 150548887 . C CCTAT,T 43.02 PASS AF=0.75,0;AO=4,2;DP=8;FAO=6,0;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5,0;FSAR=1,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00100132,-0.0150316;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=243.491,140.929;QD=21.5115;RBI=0.0311806,0.0194086;REFB=-0.0292785,-0.0707843;REVB=0.0311645,0.0122778;RO=2;SAF=3,2;SAR=1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210252,0;STB=0.583085,0.5;STBP=0.683,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00454929,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:4,2:6,0:0.75,0:1,0:3,2:2:0:1,0:5,0:2:0 chr1 150597890 . G A 97.93 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0217274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.621;QD=13.5076;RBI=0.0262311;REFB=-0.0119879;REVB=-0.0146966;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147216;STB=0.574337;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0127359;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:16:17:12:12:0.413793:3:9:10:6:3:9:11:6 chr1 150679033 . G A 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0316035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1195;QD=20.3159;RBI=0.0325244;REFB=-0.0304041;REVB=-0.00768511;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687735;STB=0.538881;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0209869;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:10:8:7:12:10:8 chr1 150727539 . G A 251.88 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0252303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2149;QD=27.2305;RBI=0.0370472;REFB=-0.0320708;REVB=0.027128;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320014;STB=0.508228;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0207059;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:10:12:7:7:11:12:7:7 chr1 150771703 . T C 1008.14 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.743;QD=59.3023;RBI=0.0423691;REFB=0;REVB=-0.0129057;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21642e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr1 150779755 . C T 2242.72 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0233012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3331;QD=61.8681;RBI=0.0250123;REFB=-0.112291;REVB=-0.00909229;RO=3;SAF=55;SAR=87;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115405;STB=0.501567;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0106829;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:3:2:142:143:0.986207:87:55:2:1:87:56:1:1 chr1 150782797 . C T 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.066263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1624;QD=16.882;RBI=0.0709832;REFB=-0.0188119;REVB=0.0254526;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0186243;OID=.;OPOS=150782797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:6:11:11:4:6:11 chr1 150808889 . C G 245.63 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0133907;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.09;QD=22.8494;RBI=0.0137086;REFB=-0.0353432;REVB=0.00293503;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177488;STB=0.599113;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0390335;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:7:13:10:13:7:13 chr1 150937766 . ATTTTT AATTTT,ATTTT,ATTTTA 1217.68 PASS AF=0,1,0;AO=6,26,57;DP=119;FAO=0,119,0;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=0,77,0;FSAR=0,42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061367,0.0595297,-0.39106;FXX=0.0165276;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=6.12648,14.0399,11.0508;QD=40.9303;RBI=0.0613927,0.136998,0.42179;REFB=-0.0227921,-0.00885693,0.158111;REVB=-0.0017786,0.123388,-0.158045;RO=4;SAF=3,6,46;SAR=3,20,11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.088288,0.0583748;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,0.00439615,-0.117026;OID=.,.,.;OPOS=150937767,150937767,150937771;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,26,57:119:0,119,0:119:0:0,77,0:0,42,0:0:0:6:4:3,6,46:3,20,11:2:2 chr1 150940357 . GC TT 137.79 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0101329;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=2;MLLD=144.296;QD=17.7797;RBI=0.026708;REFB=0.000281962;REVB=0.0247111;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279667;STB=0.656965;STBP=0.149;TYPE=mnp;VARB=9.0973e-05;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:2:14:9:6:2:14 chr1 150960350 . A C 158.4 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0270301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.695;QD=16.6738;RBI=0.0277011;REFB=-0.0297203;REVB=0.0060603;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234155;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0349487;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:16:17:0.447368:8:8:11:10:8:9:11:10 chr1 150969567 . AT GT,TG 729.05 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=48,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148834,0.0116339;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=117.118,77.2527;QD=56.0811;RBI=0.0299604,0.0430821;REFB=0,0;REVB=-0.0260021,-0.0414816;RO=0;SAF=20,0;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56477e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000249716,0.0781285;OID=.,.;OPOS=150969567,150969567;OREF=A,AT;OALT=G,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:48,2:50,2:0.961538,0.0384615:28,2:20,0:0:0:30,2:20,0:0:0 chr1 150969992 . T C 358.88 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.475;QD=55.2122;RBI=0.0486439;REFB=0;REVB=0.0370876;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252946;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:7:17:0:0:9:17:0:0 chr1 150970577 . G T 374.31 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7922;QD=55.4535;RBI=0.0492185;REFB=0;REVB=0.0450881;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722202;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:7:18:0:0:7:20:0:0 chr1 150975108 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.615;QD=57.6762;RBI=0.00823521;REFB=0;REVB=-0.00816675;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17805e-05;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 150995236 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.457;QD=35.5759;RBI=0.0235572;REFB=0;REVB=-0.0227144;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166073;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 150999737 . A G 159.63 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.020566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1836;QD=18.2434;RBI=0.0627017;REFB=0.00562623;REVB=0.059233;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133138;STB=0.519976;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00469793;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:16:17:0.485714:5:11:10:8:6:11:11:7 chr1 151006537 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0534585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.719;QD=15.2588;RBI=0.0570871;REFB=0.0111481;REVB=0.0200279;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304739;STB=0.681283;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0124789;OID=.;OPOS=151006537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:2:4:2:5:2:4 chr1 151006539 . C A 128.71 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0929;QD=42.9029;RBI=0.0816665;REFB=0;REVB=0.0792854;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334423;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr1 151019180 . A G 582.52 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6899;QD=58.2521;RBI=0.0854261;REFB=0;REVB=0.0854196;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384311;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:38:40:1:18:20:0:1:20:20:0:0 chr1 151040435 . G A 704.1 PASS AF=0.980769;AO=47;DP=48;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.537;QD=54.1614;RBI=0.0315843;REFB=0.00713455;REVB=0.0236664;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016502;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000297478;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:52:1:1:47:51:0.980769:28:19:0:1:30:21:0:1 chr1 151104950 . G A 317.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00502351;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.073;QD=50.7739;RBI=0.0707344;REFB=0.00598973;REVB=0.0705558;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000104558;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:25:1:1:24:24:0.96:10:14:0:1:10:14:0:1 chr1 151108137 . T G 592.14 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0463785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.0726;QD=57.7697;RBI=0.0486036;REFB=0.0924214;REVB=0.0145377;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00395955;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:1:1:38:40:0.97561:17:21:0:1:19:21:0:1 chr1 151209063 . C T 673.77 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171657;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.84;QD=62.6762;RBI=0.0299752;REFB=0;REVB=-0.0245734;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10072e-05;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr1 151237367 . A G 340.78 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0645729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8828;QD=25.7193;RBI=0.075347;REFB=-0.0202317;REVB=-0.0388266;RO=20;SAF=20;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209764;STB=0.614965;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00919537;OID=.;OPOS=151237367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:13:20:6:14:13:20:6:14 chr1 151239051 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.577;QD=59.8365;RBI=0.029591;REFB=0;REVB=0.00337868;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103549;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 151254041 . T C 740.09 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.267;QD=56.9299;RBI=0.0284111;REFB=0;REVB=0.0195908;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82225e-06;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 151273144 . G C 88.56 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0161692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.877;QD=14.7597;RBI=0.0467412;REFB=-0.00754804;REVB=0.0438554;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133539;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0147349;OID=.;OPOS=151273144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:13:13:10:11:0.458333:6:4:7:6:7:4:7:6 chr1 151288172 . G A 526.2 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000750261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.058;QD=56.8868;RBI=0.0318473;REFB=-0.0690679;REVB=0.0318384;RO=1;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164281;STB=0.508767;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000484218;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:28:8:0:1:28:8:0:1 chr1 151288391 . A G 500.95 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.768;QD=58.9355;RBI=0.0489535;REFB=0;REVB=0.0401587;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055501;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr1 151316161 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.789;QD=42.1823;RBI=0.020002;REFB=0;REVB=-0.00233005;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110052;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 151372138 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.764;QD=22.9822;RBI=0.0130599;REFB=0.00162904;REVB=0.00466075;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167715;STB=0.509362;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00285945;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:11:11:13:12:11:11 chr1 151374025 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00293773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.751;QD=22.7947;RBI=0.00318483;REFB=-0.0161252;REVB=-0.00123;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213713;STB=0.614429;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0116732;OID=.;OPOS=151374025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:23:24:0.533333:15:8:12:8:15:9:13:8 chr1 151675414 . A G 213.98 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6479;QD=45.0482;RBI=0.0425366;REFB=-0.0266573;REVB=0.0265853;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0145017;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr1 151686983 . T A 293.97 PASS AF=0.6;AO=25;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0700206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0703;QD=26.1309;RBI=0.0856503;REFB=-0.010685;REVB=-0.0493263;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140404;STB=0.573717;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0148547;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:25:27:0.6:12:13:6:12:13:14:6:12 chr1 151740666 . T C 972.79 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2871;QD=58.957;RBI=0.0854557;REFB=0;REVB=0.032856;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112708;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:34:32:0:0 chr1 151746235 . C T 311.86 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00520815;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.671;QD=16.4137;RBI=0.00615065;REFB=0.0178853;REVB=-0.00327195;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409676;STB=0.517675;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0225171;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:42:34:34:0.447368:20:14:16:27:20:14:16:26 chr1 151747970 . A G 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0417451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1836;QD=20.6397;RBI=0.0423812;REFB=0.0108939;REVB=-0.00731501;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236277;STB=0.513086;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0145135;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:17:19:16:16:17:19:16:16 chr1 151803449 . G T 1058.24 PASS AF=0.52551;AO=100;DP=190;FAO=103;FDP=196;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0133648;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7558;QD=21.5968;RBI=0.0254282;REFB=-0.0326456;REVB=-0.0216328;RO=88;SAF=45;SAR=55;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256262;STB=0.513686;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0486313;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:196:88:93:100:103:0.52551:55:45:37:51:58:45:38:55 chr1 151814234 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8364;QD=53.9109;RBI=0.0452887;REFB=0;REVB=0.0142528;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366231;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr1 151820298 . G C 916.9 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7172;QD=57.3063;RBI=0.0234364;REFB=0;REVB=0.0130449;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967637;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:23:38:0:0:24:40:0:0 chr1 151820324 . T C 733.26 PASS AF=0.981481;AO=48;DP=49;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0428878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5356;QD=54.3158;RBI=0.0989724;REFB=-0.169263;REVB=0.0891974;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241145;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00236881;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:54:1:1:48:53:0.981481:19:29:0:1:20:33:0:1 chr1 151825991 . G T 620.74 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.011485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.745;QD=41.3825;RBI=0.0289519;REFB=-0.170396;REVB=0.0265764;RO=7;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00698541;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:60:60:7:10:50:50:0.833333:35:15:0:7:35:15:3:7 chr1 151845569 . A G 726.35 PASS AF=0.963636;AO=37;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0177107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.127;QD=52.8257;RBI=0.031754;REFB=-0.116331;REVB=0.0263562;RO=0;SAF=37;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531238;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00955596;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:37:53:0.963636:0:37:0:0:15:38:0:2 chr1 151845650 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.432;QD=50.4131;RBI=0.0217706;REFB=0;REVB=0.00610608;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393389;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 151862661 . G A 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7553;QD=47.8186;RBI=0.0544425;REFB=0;REVB=-0.041056;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149138;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr1 151867560 . G A 715.95 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108888;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.262;QD=57.2758;RBI=0.00496992;REFB=0;REVB=0.00484917;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258564;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr1 152058192 . G A 276.29 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0175459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9939;QD=15.7881;RBI=0.0214571;REFB=-0.0213325;REVB=0.012351;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585017;STB=0.533048;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0255443;OID=.;OPOS=152058192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:20:11:16:23:20:11:16:23 chr1 152079989 . T G 563.61 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00370065;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.407;QD=26.5227;RBI=0.00605571;REFB=-0.019443;REVB=0.00479341;RO=33;SAF=34;SAR=17;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243237;STB=0.508768;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0115596;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:34:51:51:0.6:17:34:21:12:17:34:22:12 chr1 152081921 . G C 464.6 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00376243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.914;QD=27.7374;RBI=0.00943267;REFB=-0.0241531;REVB=0.00864982;RO=24;SAF=19;SAR=24;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659529;STB=0.535922;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0235452;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:24:19:13:11:24:19:13:11 chr1 152085505 . A C 1304.65 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.529;QD=61.3952;RBI=0.0952968;REFB=0;REVB=0.0876687;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374862;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:43:41:1:0:43:42:0:0 chr1 152129087 . T C 262.06 PASS AF=0.369048;AO=30;DP=83;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.000144746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.249;QD=12.4788;RBI=0.0238041;REFB=-0.0307408;REVB=-0.0238036;RO=53;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577143;STB=0.543534;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0594737;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:53:53:30:31:0.369048:16:14:22:31:16:15:22:31 chr1 152129094 . A G 193.4 PASS AF=0.325;AO=22;DP=76;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0102634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.62;QD=9.67015;RBI=0.0114713;REFB=-0.0390563;REVB=-0.0051239;RO=53;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935769;STB=0.536825;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0601457;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:53:54:22:26:0.325:12:10:20:33:15:11:20:34 chr1 152185750 . G A 590.6 PASS AF=0.65;AO=50;DP=78;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0584295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1222;QD=29.5299;RBI=0.0586336;REFB=-0.0120259;REVB=0.00488799;RO=28;SAF=40;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229643;STB=0.628851;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0136581;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:28:28:50:52:0.65:10:40:15:13:10:42:15:13 chr1 152185762 . C G 175.38 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=6;FWDB=-0.0154522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0409;QD=8.35133;RBI=0.0661436;REFB=-0.0110988;REVB=0.0643133;RO=59;SAF=12;SAR=12;SRF=53;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50126;STB=0.785554;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0350922;OID=.;OPOS=152185762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:60:24:24:0.285714:12:12:53:6:12:12:54:6 chr1 152185768 . T G 176.81 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=6;FWDB=-0.00822473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.878;QD=8.41938;RBI=0.0255885;REFB=-0.0100595;REVB=-0.0242306;RO=60;SAF=12;SAR=12;SRF=54;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505759;STB=0.785554;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0213706;OID=.;OPOS=152185768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:12:12:54:6:12:12:54:6 chr1 152185774 . A G 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=-0.0138693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.53;QD=8.52529;RBI=0.0148731;REFB=-0.00946157;REVB=-0.00537142;RO=38;SAF=7;SAR=9;SRF=33;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49858;STB=0.773936;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0123155;OID=.;OPOS=152185774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:9:7:33:5:9:7:33:6 chr1 152185780 . G A 87.21 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=7;FWDB=0.00338256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.413;QD=6.22937;RBI=0.00864355;REFB=0.000369465;REVB=0.0079542;RO=41;SAF=5;SAR=8;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518026;STB=0.813553;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000331052;OID=.;OPOS=152185780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:41:43:13:13:0.232143:8:5:34:7:8:5:36:7 chr1 152185790 . T C 56.03 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=8;FWDB=-0.0271805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5506;QD=3.61455;RBI=0.0272214;REFB=-0.0096341;REVB=-0.00149216;RO=48;SAF=7;SAR=3;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229155;STB=0.664957;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0550802;OID=.;OPOS=152185790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:48:52:10:10:0.16129:3:7:40:8:3:7:44:8 chr1 152185792 . G A 54.64 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=8;FWDB=-0.00152732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.586;QD=3.4148;RBI=0.0366255;REFB=-0.00257216;REVB=-0.0365937;RO=53;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263696;STB=0.67346;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0419985;OID=.;OPOS=152185792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:53:54:10:10:0.15625:3:7:45:8:3:7:46:8 chr1 152185796 . A G 43.47 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=8;FWDB=-0.0132575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2002;QD=2.71684;RBI=0.0506799;REFB=-0.0103971;REVB=0.0489152;RO=55;SAF=7;SAR=2;SRF=47;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.606539;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0881031;OID=.;OPOS=152185796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:64:64:55:55:9:9:0.140625:2:7:47:8:2:7:47:8 chr1 152187183 . C A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0071939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.265;QD=18.7471;RBI=0.0473003;REFB=0.00227361;REVB=0.04675;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2378;STB=0.66626;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000289071;OID=.;OPOS=152187183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:3:4:7:7:0.636364:3:4:3:0:3:4:4:0 chr1 152188109 . T A 80.43 PASS AF=0.153061;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=98;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0178838;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1276;QD=3.28273;RBI=0.0497006;REFB=-0.00190801;REVB=-0.0463715;RO=82;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163929;STB=0.613582;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0124879;OID=.;OPOS=152188109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:100:98:82:83:15:15:0.153061:7:8:33:49:7:8:33:50 chr1 152188118 . C T 47.91 PASS AF=0.103448;AO=12;DP=116;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.0083754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.668;QD=1.6519;RBI=0.0331967;REFB=-0.00694138;REVB=-0.0321228;RO=103;SAF=6;SAR=6;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110909;STB=0.586068;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.052949;OID=.;OPOS=152188118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:116:103:104:12:12:0.103448:6:6:42:61:6:6:42:62 chr1 152188413 . C T 97.0 PASS AF=0.131737;AO=22;DP=167;FAO=22;FDP=167;FR=.;FRO=145;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=72;FWDB=-0.0140786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.301;QD=2.32333;RBI=0.014589;REFB=-0.00748711;REVB=-0.00382511;RO=145;SAF=15;SAR=7;SRF=73;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227503;STB=0.657822;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0415994;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:167:167:145:145:22:22:0.131737:7:15:73:72:7:15:73:72 chr1 152188463 . G A 146.07 PASS AF=0.147619;AO=31;DP=210;FAO=31;FDP=210;FR=.;FRO=179;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=98;FSRR=81;FWDB=-0.0305395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1802;QD=2.7822;RBI=0.0412993;REFB=0.0033398;REVB=0.0278024;RO=176;SAF=20;SAR=11;SRF=95;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138535;STB=0.586304;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0207529;OID=.;OPOS=152188463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:176:179:31:31:0.147619:11:20:95:81:11:20:98:81 chr1 152190835 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.019344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.068;QD=18.6371;RBI=0.0775816;REFB=-0.00524944;REVB=0.0751313;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335724;STB=0.693902;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00440258;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:8:8:3:13:8:8 chr1 152190945 . C T 786.47 PASS AF=0.560606;AO=73;DP=131;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00399502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.397;QD=23.8324;RBI=0.0111247;REFB=-0.0308083;REVB=0.0103826;RO=58;SAF=38;SAR=35;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306315;STB=0.519462;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.023027;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:58:58:73:74:0.560606:35:38:28:30:35:39:28:30 chr1 152191709 . C G 324.76 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00948007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8829;QD=17.0927;RBI=0.0498313;REFB=0.0220165;REVB=-0.0489213;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112738;STB=0.564943;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0256248;OID=.;OPOS=152191709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:22:13:19:20:22:13:20:21 chr1 152191879 . G A 356.51 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0758256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5339;QD=19.2707;RBI=0.0759026;REFB=-0.0194096;REVB=-0.00341662;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088707;STB=0.554867;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0159395;OID=.;OPOS=152191879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:20:17:13:23:20:17:13:24 chr1 152192098 . AA GG 197.3 PASS AF=0.236641;AO=30;DP=128;FAO=31;FDP=131;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.0209115;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=2;MLLD=157.732;QD=6.02437;RBI=0.022394;REFB=-0.00335929;REVB=0.00801268;RO=96;SAF=10;SAR=20;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18859;STB=0.639502;STBP=0.093;TYPE=mnp;VARB=0.00934575;OID=.;OPOS=152192098;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:96:100:30:31:0.236641:20:10:46:50:21:10:50:50 chr1 152192114 . C T 371.4 PASS AF=0.306748;AO=50;DP=163;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=0.0113203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.322;QD=9.11406;RBI=0.0270075;REFB=-0.00278464;REVB=-0.0245205;RO=113;SAF=23;SAR=27;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00021206;STB=0.500123;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599487;OID=.;OPOS=152192114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:113:113:50:50:0.306748:27:23:52:61:27:23:52:61 chr1 152192163 . G T 408.98 PASS AF=0.278846;AO=58;DP=208;FAO=58;FDP=208;FR=.;FRO=150;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=72;FSRR=78;FWDB=0.00429846;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5858;QD=7.86507;RBI=0.0128989;REFB=-0.0171647;REVB=0.0121616;RO=150;SAF=28;SAR=30;SRF=72;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00338462;STB=0.501991;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0525138;OID=.;OPOS=152192163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:150:150:58:58:0.278846:30:28:72:78:30:28:72:78 chr1 152192219 . G C 362.42 PASS AF=0.245536;AO=55;DP=226;FAO=55;FDP=224;FR=.;FRO=169;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=89;FSRR=80;FWDB=0.00519371;FXX=0.00884917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.066;QD=6.4717;RBI=0.00786753;REFB=-0.0119098;REVB=-0.0059096;RO=168;SAF=26;SAR=29;SRF=89;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715702;STB=0.540592;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0262064;OID=.;OPOS=152192219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:224:168:169:55:55:0.245536:29:26:89:79:29:26:89:80 chr1 152192259 . T C 231.59 PASS AF=0.1875;AO=42;DP=224;FAO=42;FDP=224;FR=.;FRO=182;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=99;FSRR=83;FWDB=-0.0150262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.994;QD=4.13558;RBI=0.0229066;REFB=-0.00316042;REVB=0.0172895;RO=180;SAF=20;SAR=22;SRF=99;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094853;STB=0.55487;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0128347;OID=.;OPOS=152192259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:180:182:42:42:0.1875:22:20:99:81:22:20:99:83 chr1 152192293 . C T 565.07 PASS AF=0.360215;AO=67;DP=187;FAO=67;FDP=186;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=0.0146798;FXX=0.0106377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.7;QD=12.152;RBI=0.0227177;REFB=-0.00643968;REVB=0.0173377;RO=118;SAF=36;SAR=31;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079764;STB=0.542643;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0121566;OID=.;OPOS=152192293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:118:119:67:67:0.360215:31:36:55:63:31:36:56:63 chr1 152192555 . T C 251.06 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0126444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.059;QD=19.6911;RBI=0.0236955;REFB=-0.0185745;REVB=0.0200398;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504917;STB=0.52828;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0228569;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:11:14:16:10:11:14 chr1 152192631 . C T 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0303537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.788;QD=16.5257;RBI=0.0308507;REFB=0.00104764;REVB=0.00551517;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353931;STB=0.519984;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.000980229;OID=.;OPOS=152192631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:14:15:12:13:14:15 chr1 152192687 . T C 1073.46 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.376;QD=59.6364;RBI=0.0339977;REFB=0;REVB=0.0333082;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521652;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:33:36:0:0:35:37:0:0 chr1 152192825 . C T 196.68 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0608302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9241;QD=18.2953;RBI=0.0743509;REFB=0.0179708;REVB=0.042752;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115994;STB=0.565971;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.013627;OID=.;OPOS=152192825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:11:12:8:12:11:12 chr1 152192978 . T C 1342.98 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.984;QD=61.0447;RBI=0.0442479;REFB=-0.0533543;REVB=-0.0320937;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119932;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00107222;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:47:39:1:0:48:39:1:0 chr1 152193052 . A G 1434.33 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.88433e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.176;QD=63.0476;RBI=0.012192;REFB=0;REVB=0.0121918;RO=0;SAF=60;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81352e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:31:60:0:0:31:60:0:0 chr1 152193121 . G T 358.47 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00283336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.004;QD=14.1967;RBI=0.041606;REFB=-0.00375249;REVB=0.0415094;RO=58;SAF=24;SAR=17;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758629;STB=0.529634;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0069997;OID=.;OPOS=152193121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:60:41:41:0.405941:17:24:38:20:17:24:38:22 chr1 152193286 . G T 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0109192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.426;QD=12.9138;RBI=0.0236311;REFB=0.00028672;REVB=-0.0209571;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714019;STB=0.54095;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.000407276;OID=.;OPOS=152193286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:12:12:21:16:12:12:21:16 chr1 152193291 . G T 192.98 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0092643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2115;QD=12.0614;RBI=0.0326452;REFB=-0.0151092;REVB=-0.0313031;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841905;STB=0.531224;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0164127;OID=.;OPOS=152193291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:40:24:24:0.375:12:12:22:16:12:12:22:18 chr1 152193544 . A G 266.51 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00189966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4215;QD=15.911;RBI=0.0162179;REFB=-0.00187548;REVB=-0.0161062;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010932;STB=0.514622;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0024144;OID=.;OPOS=152193544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:17:13:16:20:17:13:17:20 chr1 152193547 . G A 1013.37 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.22;QD=57.907;RBI=0.032174;REFB=-0.138615;REVB=0.0305721;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00047394;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:37:32:0:0:37:32:1:0 chr1 152193741 . G A 665.34 PASS AF=0.471831;AO=66;DP=149;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0102573;FXX=0.0533298;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2573;QD=18.7419;RBI=0.0103331;REFB=-0.00669572;REVB=0.0012485;RO=71;SAF=24;SAR=42;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856715;STB=0.537026;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00690244;OID=.;OPOS=152193741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:142:71:75:66:67:0.471831:42:24:32:39:42:25:33:42 chr1 152193851 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.236;QD=13.4861;RBI=0.00410725;REFB=0.00795626;REVB=-0.00410725;RO=11;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0116726;OID=.;OPOS=152193851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:9:0:0:11:9:0:0:11 chr1 152276149 . C T 731.85 PASS AF=0.503268;AO=75;DP=152;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.000334199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.965;QD=19.1333;RBI=0.0641693;REFB=-0.036064;REVB=-0.0641684;RO=72;SAF=39;SAR=36;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317669;STB=0.509951;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0279174;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:72:76:75:77:0.503268:36:39:40:32:37:40:41:35 chr1 152276659 . TG CC 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0151605;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.027;QD=1.80361;RBI=0.0186425;REFB=-0.00114843;REVB=-0.010849;RO=66;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164335;STB=0.630742;STBP=0.45;TYPE=mnp;VARB=0.0104064;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:66:69:8:8:0.103896:3:5:32:34:3:5:33:36 chr1 152276671 . C T 83.89 PASS AF=0.174419;AO=14;DP=85;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.000190185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.92;QD=3.90191;RBI=0.00205793;REFB=-0.00297283;REVB=-0.00204912;RO=71;SAF=5;SAR=9;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172434;STB=0.577361;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0293252;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:85:86:71:71:14:15:0.174419:9:5:35:36:9:6:35:36 chr1 152276699 . A G 30.6 PASS AF=0.075188;AO=10;DP=133;FAO=10;FDP=133;FR=.;FRO=123;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.0307944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9545;QD=0.920196;RBI=0.0569138;REFB=-0.00571304;REVB=-0.0478632;RO=123;SAF=3;SAR=7;SRF=63;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233199;STB=0.696439;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0796179;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:133:133:123:123:10:10:0.075188:7:3:63:60:7:3:63:60 chr1 152276772 . C A 735.02 PASS AF=0.48125;AO=76;DP=159;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0059375;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.966;QD=18.3755;RBI=0.0318444;REFB=-0.0425698;REVB=0.031286;RO=83;SAF=47;SAR=29;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251658;STB=0.633877;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0348493;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:83:83:76:77:0.48125:29:47:29:54:30:47:29:54 chr1 152276871 . A G 402.85 PASS AF=0.415929;AO=45;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0648309;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.959;QD=14.2601;RBI=0.0664436;REFB=-0.0145086;REVB=-0.0145501;RO=63;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169684;STB=0.582856;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.020016;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:66:45:47:0.415929:17:28:29:34:19:28:30:36 chr1 152276889 . A G 388.3 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00789378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.517;QD=14.2496;RBI=0.0331513;REFB=-0.00524255;REVB=-0.0321978;RO=64;SAF=28;SAR=17;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162081;STB=0.591508;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00650523;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:17:28:30:34:17:28:30:34 chr1 152277055 . C G 330.43 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0024407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.729;QD=13.4869;RBI=0.0119606;REFB=-0.0234111;REVB=-0.011709;RO=61;SAF=16;SAR=21;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135843;STB=0.577516;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0336618;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:21:16:34:27:21:16:34:27 chr1 152277168 . A G 599.52 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0101213;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.195;QD=16.5385;RBI=0.0108999;REFB=-0.0329906;REVB=0.00404546;RO=79;SAF=24;SAR=39;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18936;STB=0.602616;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0340629;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:82:63:63:0.434483:39:24:45:34:39:24:46:36 chr1 152277345 . C T 300.29 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.022625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5854;QD=15.8049;RBI=0.0427406;REFB=-0.00939239;REVB=0.0362612;RO=43;SAF=11;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208736;STB=0.597386;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0182204;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:42:33:34:0.447368:22:11:23:20:22:12:22:20 chr1 152277396 . T C 268.41 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0103427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0373;QD=13.9431;RBI=0.0311057;REFB=-0.0348807;REVB=-0.0293359;RO=45;SAF=9;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200201;STB=0.62218;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0507326;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:45:46:31:31:0.402597:22:9:21:24:22:9:22:24 chr1 152277717 . C A 327.33 PASS AF=0.369369;AO=39;DP=109;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00433467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.782;QD=11.7958;RBI=0.00700127;REFB=-0.0225974;REVB=0.00549803;RO=69;SAF=17;SAR=22;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175072;STB=0.585474;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0482548;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:69:70:39:41:0.369369:22:17:41:28:22:19:42:28 chr1 152278555 . T C 72.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0291754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0939;QD=8.51015;RBI=0.0293048;REFB=-0.0227984;REVB=0.00275142;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406483;STB=0.542084;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0491316;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:4:6:13:10:4:6:13:11 chr1 152278689 . C A 1435.99 PASS AF=0.765517;AO=99;DP=136;FAO=111;FDP=145;FR=.;FRO=34;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0319219;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.701;QD=39.6135;RBI=0.0323626;REFB=-0.0414522;REVB=0.00532272;RO=36;SAF=51;SAR=48;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340519;STB=0.516175;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0120904;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:145:36:34:99:111:0.765517:48:51:21:15:50:61:21:13 chr1 152278814 . C T 68.57 PASS AF=0.107143;AO=18;DP=168;FAO=18;FDP=168;FR=.;FRO=150;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=78;FSRR=72;FWDB=-0.0538073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.466;QD=1.6327;RBI=0.0538774;REFB=-0.00541664;REVB=-0.00274709;RO=147;SAF=9;SAR=9;SRF=77;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290329;STB=0.517837;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0430909;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:168:168:147:150:18:18:0.107143:9:9:77:70:9:9:78:72 chr1 152278856 . T G 341.44 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.00367536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.885;QD=11.8761;RBI=0.010807;REFB=-0.0189901;REVB=0.0101628;RO=73;SAF=22;SAR=20;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268972;STB=0.515371;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0340516;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:73:42:42:0.365217:20:22:40:33:20:22:40:33 chr1 152279019 . G A 237.51 PASS AF=0.267717;AO=32;DP=125;FAO=34;FDP=127;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0048652;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.593;QD=7.48064;RBI=0.00818715;REFB=-0.00889654;REVB=-0.00658478;RO=91;SAF=13;SAR=19;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136439;STB=0.554905;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0209495;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:91:93:32:34:0.267717:19:13:47:44:19:15:48:45 chr1 152279729 . C T 707.12 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0110978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.678;QD=16.8361;RBI=0.0123279;REFB=-0.0164127;REVB=0.00536814;RO=88;SAF=38;SAR=38;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329986;STB=0.511902;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0182485;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:88:92:76:76:0.452381:38:38:41:47:38:38:44:48 chr1 152279841 . G C 408.82 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0177673;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.532;QD=16.191;RBI=0.0236695;REFB=-0.0172455;REVB=0.0156387;RO=56;SAF=32;SAR=13;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242834;STB=0.636602;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0306575;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:13:32:27:29:13:32:27:29 chr1 152279920 . A G 324.42 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0118902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.026;QD=11.9053;RBI=0.0304288;REFB=-0.0166573;REVB=-0.0280095;RO=68;SAF=15;SAR=25;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140709;STB=0.585437;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0344705;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:68:69:40:40:0.366972:25:15:34:34:25:15:35:34 chr1 152280032 . T C 971.05 PASS AF=0.492308;AO=96;DP=196;FAO=96;FDP=195;FR=.;FRO=99;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=-0.0304297;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5209;QD=19.9189;RBI=0.0347293;REFB=-0.0374316;REVB=-0.016738;RO=98;SAF=52;SAR=44;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027595;STB=0.517476;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0535375;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:98:99:96:96:0.492308:44:52:56:42:44:52:57:42 chr1 152280170 . C G 580.61 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0427523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0744;QD=22.1184;RBI=0.0489272;REFB=-0.0110052;REVB=-0.023793;RO=45;SAF=23;SAR=34;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404941;STB=0.514281;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00690588;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:47:57:58:0.552381:34:23:16:29:34:24:18:29 chr1 152280471 . C G 57.58 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0537542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2992;QD=3.19916;RBI=0.056149;REFB=0.000368934;REVB=-0.0162231;RO=61;SAF=4;SAR=7;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274852;STB=0.68595;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00620304;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:7:4:36:25:7:4:36:25 chr1 152280736 . T C 69.19 PASS AF=0.0941704;AO=21;DP=223;FAO=21;FDP=223;FR=.;FRO=202;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=101;FSRR=101;FWDB=0.00226024;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.378;QD=1.241;RBI=0.00935392;REFB=-0.00323171;REVB=-0.00907673;RO=202;SAF=5;SAR=16;SRF=101;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317462;STB=0.743296;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0366796;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:223:223:202:202:21:21:0.0941704:16:5:101:101:16:5:101:101 chr1 152280759 . A G 107.19 PASS AF=0.135593;AO=24;DP=177;FAO=24;FDP=177;FR=.;FRO=153;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=78;FSRR=75;FWDB=-0.00634464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.138;QD=2.4224;RBI=0.0259235;REFB=-0.00370697;REVB=-0.0251351;RO=153;SAF=8;SAR=16;SRF=78;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224393;STB=0.653863;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0216878;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:153:153:24:24:0.135593:16:8:78:75:16:8:78:75 chr1 152280782 . A G 868.72 PASS AF=0.572464;AO=79;DP=141;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.000885101;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3726;QD=25.1802;RBI=0.0358797;REFB=-0.0223014;REVB=-0.0358688;RO=58;SAF=40;SAR=39;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585125;STB=0.528046;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0129921;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:58:59:79:79:0.572464:39:40:25:33:39:40:26:33 chr1 152280788 . T G 118.11 PASS AF=0.181818;AO=21;DP=124;FAO=22;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0499204;FXX=0.0241916;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.861;QD=3.90461;RBI=0.0512486;REFB=-0.00783325;REVB=-0.0115919;RO=75;SAF=6;SAR=15;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255318;STB=0.670806;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0324358;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:121:75:99:21:22:0.181818:15:6:36:39:15:7:52:47 chr1 152280864 . A G 634.57 PASS AF=0.679012;AO=54;DP=80;FAO=55;FDP=81;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0166447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.164;QD=31.337;RBI=0.0168984;REFB=-0.024206;REVB=-0.00291708;RO=26;SAF=21;SAR=33;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102635;STB=0.557874;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0110144;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:26:26:54:55:0.679012:33:21:6:20:33:22:6:20 chr1 152280900 . T G 244.46 PASS AF=0.329787;AO=29;DP=92;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0116633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1336;QD=10.4025;RBI=0.0155614;REFB=-0.0021109;REVB=-0.0103017;RO=63;SAF=10;SAR=19;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122584;STB=0.563135;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00463742;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:63:63:29:31:0.329787:19:10:28:35:20:11:28:35 chr1 152281007 . AA GG 555.51 PASS AF=0.338384;AO=65;DP=195;FAO=67;FDP=198;FR=.;FRO=131;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.0212019;FXX=0.0099995;HRUN=2;LEN=2;MLLD=89.9902;QD=11.2223;RBI=0.0341226;REFB=-0.0120356;REVB=-0.0267364;RO=128;SAF=26;SAR=39;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152408;STB=0.592548;STBP=0.072;TYPE=mnp;VARB=0.0262601;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:198:128:131:65:67:0.338384:39:26:68:60:41:26:69:62 chr1 152281039 . G A 660.69 PASS AF=0.37619;AO=79;DP=211;FAO=79;FDP=210;FR=.;FRO=131;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=-0.00767882;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.15;QD=12.5846;RBI=0.0359158;REFB=-0.015529;REVB=0.0350853;RO=130;SAF=33;SAR=46;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108159;STB=0.558916;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0303492;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:130:131:79:79:0.37619:46:33:67:63:46:33:67:64 chr1 152281228 . C G 351.34 PASS AF=0.338462;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.0545263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0438;QD=10.8104;RBI=0.0572046;REFB=-0.0204481;REVB=-0.0172991;RO=85;SAF=22;SAR=22;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606121;STB=0.530755;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0454017;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:85:86:44:44:0.338462:22:22:38:47:22:22:39:47 chr1 152281290 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00529126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.746;QD=12.4133;RBI=0.00538;REFB=-0.0243259;REVB=0.000973088;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19934;STB=0.624353;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0310151;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:37:22:23:0.383333:9:13:15:22:9:14:15:22 chr1 152281304 . A C 191.61 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0228535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.453;QD=15.642;RBI=0.022855;REFB=-0.0149483;REVB=-0.00025505;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121791;STB=0.561492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0232068;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:7:13:15:13:7:13:16:13 chr1 152281479 . G T 1637.54 PASS AF=0.685279;AO=134;DP=196;FAO=135;FDP=197;FR=.;FRO=62;FSAF=80;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00128277;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3794;QD=33.2495;RBI=0.0235987;REFB=-0.00822959;REVB=0.0235638;RO=62;SAF=80;SAR=54;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000147555;STB=0.501363;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00404125;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:62:62:134:135:0.685279:54:80:37:25:55:80:37:25 chr1 152281523 . A C 408.68 PASS AF=0.251012;AO=56;DP=238;FAO=62;FDP=247;FR=.;FRO=185;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=97;FSRR=88;FWDB=-0.0152364;FXX=0.0119995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8309;QD=6.61822;RBI=0.0164601;REFB=-0.00194795;REVB=0.00622795;RO=180;SAF=35;SAR=21;SRF=99;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979079;STB=0.580502;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00431996;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:247:180:185:56:62:0.251012:21:35:99:81:23:39:97:88 chr1 152281534 . A T 390.66 PASS AF=0.243802;AO=59;DP=242;FAO=59;FDP=242;FR=.;FRO=183;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=90;FSRR=93;FWDB=-0.00439989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5321;QD=6.4571;RBI=0.0196472;REFB=0.00104748;REVB=-0.0191481;RO=183;SAF=36;SAR=23;SRF=90;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150321;STB=0.5903;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00520024;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:183:183:59:59:0.243802:23:36:90:93:23:36:90:93 chr1 152281690 . C T 1186.07 PASS AF=0.506494;AO=116;DP=232;FAO=117;FDP=231;FR=.;FRO=114;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.00461599;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.162;QD=20.538;RBI=0.00525902;REFB=-0.0193894;REVB=0.00251992;RO=110;SAF=61;SAR=55;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149275;STB=0.501782;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0194715;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:110:114:116:117:0.506494:55:61:56:54:55:62:60:54 chr1 152281948 . G A 490.07 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.0063171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.595;QD=14.1028;RBI=0.0139826;REFB=-0.0168815;REVB=-0.0124743;RO=83;SAF=35;SAR=20;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241591;STB=0.639636;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0298295;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:84:55:55:0.395683:20:35:34:49:20:35:34:50 chr1 152282267 . G A 248.72 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.001055;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.101;QD=13.6286;RBI=0.0375451;REFB=-0.0224726;REVB=0.0375303;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166725;STB=0.599934;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0245909;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:44:29:29:0.39726:15:14:14:29:15:14:14:30 chr1 152282311 . C T 185.41 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0185024;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3042;QD=18.0892;RBI=0.130763;REFB=-0.0627548;REVB=-0.129448;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307631;STB=0.659841;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0872227;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:8:11:5:16:8:11:6:16 chr1 152282917 . G T 512.14 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00801565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.481;QD=15.638;RBI=0.00820463;REFB=-0.00278505;REVB=-0.00175079;RO=75;SAF=37;SAR=19;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177932;STB=0.599963;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00544326;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:19:37:37:38:19:37:37:38 chr1 152283236 . T C 264.51 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00852729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.275;QD=20.7458;RBI=0.0304303;REFB=-0.021385;REVB=0.0292111;RO=24;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18532;STB=0.585023;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0345652;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:19:7:11:13:19:8:11:13 chr1 152283283 . C T 275.57 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00818581;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4662;QD=21.613;RBI=0.0371675;REFB=-0.0595292;REVB=-0.0362548;RO=21;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210992;STB=0.62979;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.030515;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:22:28:29:0.568627:17:11:14:7:18:11:15:7 chr1 152283862 . G C 384.16 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0200091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.863;QD=17.6623;RBI=0.0210123;REFB=-0.0234244;REVB=0.00641505;RO=47;SAF=11;SAR=29;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122053;STB=0.568592;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0377909;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:29:11:18:29:29:11:18:29 chr1 152283975 . A G 277.37 PASS AF=0.390244;AO=30;DP=80;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0223524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.49;QD=13.5302;RBI=0.0244829;REFB=-0.0205686;REVB=-0.00998921;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887573;STB=0.545779;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0335714;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:50:50:30:32:0.390244:18:12:24:26:19:13:24:26 chr1 152284010 . T G 365.3 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0162095;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.224;QD=15.8827;RBI=0.0164082;REFB=-0.0237313;REVB=0.00254609;RO=53;SAF=12;SAR=27;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141424;STB=0.591192;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.041115;OID=.;OPOS=152284010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:53:53:39:39:0.423913:27:12:23:30:27:12:24:29 chr1 152284854 . A G 851.71 PASS AF=0.502924;AO=85;DP=167;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00489563;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.291;QD=19.923;RBI=0.0110067;REFB=-0.00997703;REVB=-0.00985801;RO=81;SAF=51;SAR=34;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851348;STB=0.550253;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00698533;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:171:81:85:85:86:0.502924:34:51:41:40:34:52:43:42 chr1 152285099 . C T 341.5 PASS AF=0.538462;AO=32;DP=62;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0197072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.998;QD=21.0153;RBI=0.0310945;REFB=-0.0191342;REVB=0.0240519;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18621;STB=0.617298;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0154281;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:30:30:32:35:0.538462:18:14:7:23:18:17:7:23 chr1 152285807 . G T 215.97 PASS AF=0.36;AO=25;DP=73;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00280277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.942;QD=11.5185;RBI=0.00631452;REFB=-0.014023;REVB=0.00565841;RO=48;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490585;STB=0.531699;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0237564;OID=.;OPOS=152285807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:48:48:25:27:0.36:10:15:29:19:12:15:29:19 chr1 152285930 . G A 893.71 PASS AF=0.554054;AO=82;DP=148;FAO=82;FDP=148;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0248601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.862;QD=24.1542;RBI=0.0257952;REFB=0.0058868;REVB=0.00688243;RO=65;SAF=40;SAR=42;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659187;STB=0.532425;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00342151;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:65:66:82:82:0.554054:42:40:37:28:42:40:37:29 chr1 152286002 . T C 427.02 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00969018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5267;QD=16.9118;RBI=0.0200822;REFB=-0.024331;REVB=0.0175896;RO=54;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640732;STB=0.529555;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0214497;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:20:26:34:20:20:26:34:21 chr1 152286032 . C T 285.36 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0122979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.52;QD=10.9752;RBI=0.0125022;REFB=-0.0192417;REVB=-0.00225093;RO=67;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447541;STB=0.530091;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0328606;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:68:36:36:0.346154:19:17:29:38:19:17:29:39 chr1 152286367 . C A 456.34 PASS AF=0.564103;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00632237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.268;QD=23.402;RBI=0.0172421;REFB=-0.0323178;REVB=0.0160411;RO=34;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359266;STB=0.515463;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0239415;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:43:44:0.564103:26:17:12:22:27:17:12:22 chr1 152323132 . G T 425.97 PASS AF=0.392;AO=48;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0137066;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.234;QD=13.631;RBI=0.0143211;REFB=-0.00735937;REVB=0.0041501;RO=71;SAF=24;SAR=24;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520931;STB=0.538145;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0108279;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:76:48:49:0.392:24:24:39:32:25:24:42:34 chr1 152325732 . G A 528.15 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0165999;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.42;QD=21.5571;RBI=0.0177382;REFB=-0.0132452;REVB=0.00625204;RO=45;SAF=26;SAR=24;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498572;STB=0.532031;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00886599;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:45:47:50:51:0.520408:24:26:26:19:24:27:28:19 chr1 152326843 . C T 513.5 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0258454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.622;QD=24.4523;RBI=0.0525014;REFB=-0.00154148;REVB=-0.0456992;RO=35;SAF=30;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110754;STB=0.567456;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000995689;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:35:36:48:48:0.571429:18:30:17:18:18:30:17:19 chr1 152327469 . C T 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0016113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.007;QD=9.37552;RBI=0.0223436;REFB=-0.0138266;REVB=-0.0222854;RO=41;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11315;STB=0.567201;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0317712;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:12:7:19:22:12:7:19:22 chr1 152327502 . A G 67.68 PASS AF=0.189655;AO=10;DP=57;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0186102;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.207;QD=4.66769;RBI=0.0356785;REFB=-0.00906632;REVB=-0.0304404;RO=47;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187305;STB=0.579297;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0367488;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:57:58:47:47:10:11:0.189655:6:4:26:21:6:5:26:21 chr1 152327667 . C T 30.29 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0314655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.854;QD=1.68257;RBI=0.0362064;REFB=-0.000815471;REVB=-0.0179116;RO=65;SAF=6;SAR=1;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297653;STB=0.749168;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0347361;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:1:6:42:23:1:6:42:23 chr1 152328411 . A G 92.78 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00833831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.841;QD=5.37835;RBI=0.00914439;REFB=-0.00383386;REVB=-0.00375397;RO=54;SAF=8;SAR=7;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121959;STB=0.576372;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0139595;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:7:8:34:20:7:8:34:20 chr1 152329435 . C T 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00130422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.418;QD=9.62223;RBI=0.0213426;REFB=0.00178933;REVB=-0.0213027;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250162;STB=0.654769;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00556916;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:12:7:23:16:12:7:24:16 chr1 152331240 . G A 334.96 PASS AF=0.430233;AO=33;DP=82;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0043099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.588;QD=15.5796;RBI=0.0188429;REFB=-0.0195989;REVB=-0.0183433;RO=48;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908;STB=0.525112;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0254082;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:48:49:33:37:0.430233:15:18:22:26:18:19:23:26 chr1 152382120 . C T 167.8 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.000824265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2266;QD=15.6095;RBI=0.0521384;REFB=-0.00653971;REVB=0.0521319;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386449;STB=0.712555;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.011384;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:13:5:16:8:13:5:16:9 chr1 152484129 . G A 1382.32 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135254;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.751;QD=60.7612;RBI=0.0167178;REFB=-0.162218;REVB=0.00982598;RO=2;SAF=11;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351141;STB=0.521734;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000340955;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:91:2:1:89:90:0.989011:78:11:1:1:79:11:1:0 chr1 152487979 . C T 176.55 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8762;QD=44.1367;RBI=0.149544;REFB=0;REVB=0.119616;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444494;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr1 152488063 . C T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.05;QD=59.0154;RBI=0.098005;REFB=0;REVB=0.0921919;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161527;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr1 152488428 . T C 668.57 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021011;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1053;QD=59.4286;RBI=0.0454094;REFB=-0.0570199;REVB=0.0402561;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.508193;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00282875;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:43:44:0.977778:29:14:0:0:30:14:0:1 chr1 152552285 . C A 85.86 PASS AF=0.4;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00796836;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.092;QD=11.4486;RBI=0.0448301;REFB=-0.00752186;REVB=0.0441163;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662543;STB=0.628316;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0163726;OID=.;OPOS=152552285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:16:18:10:12:0.4:1:9:14:2:1:11:15:3 chr1 152648566 . A AC 43.2 PASS AF=0.288462;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=35;FWDB=-0.0192483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.6146;QD=3.32275;RBI=0.0196011;REFB=-0.0635423;REVB=-0.00370237;RO=36;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774318;STB=0.538413;STBP=0.81;TYPE=ins;VARB=0.0686437;OID=.;OPOS=152648567;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:14:52:15:52:37:1:14:2:35:43:36:1:13:2:34 chr1 152659471 . T G 230.8 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0148199;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.982;QD=17.7536;RBI=0.0186183;REFB=-0.026594;REVB=0.0112699;RO=25;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534548;STB=0.583264;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0148694;OID=.;OPOS=152659471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:25:26:0.5:20:5:6:19:21:5:8:18 chr1 152671913 . C G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0734963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.223;QD=26.6016;RBI=0.0735118;REFB=-0.00586509;REVB=0.00151087;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110633;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00468164;OID=.;OPOS=152671913;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:7:1:0:2:7:1:0:2 chr1 152681679 . CC CCAGCTCTGGGGCTGCTGT,CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT 47.92 PASS AF=0,0.235294,0.176471;AO=2,2,3;DP=17;FAO=0,4,3;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=0,2,3;FSAR=0,2,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0196625,-0.024821,-0.0226482;FXX=0;HRUN=1,1,2;LEN=17,18,2;MLLD=198.383,196.134,228.789;QD=11.2757;RBI=0.0237808,0.0285175,0.0252671;REFB=-0.025167,-0.0247758,-5.75925e-05;REVB=-0.0133759,-0.0140416,0.011202;RO=10;SAF=2,0,3;SAR=0,2,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.542827,-0.612877,0.622111;STB=0.5,0.571079,0.9954;STBP=1,0.813,0.138;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0765639,0.0463788,0.0365304;OID=.,.,.;OPOS=152681681,152681681,152681679;OREF=-,-,CC;OALT=AGCTCTGGGGCTGCTGT,AGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT;OMAPALT=CCAGCTCTGGGGCTGCTGT,CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:17:17:10:10:2,2,3:0,4,3:0,0.235294,0.176471:0,2,0:2,0,3:6:4:0,2,0:0,2,3:6:4 chr1 152692512 . G A 163.22 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0130845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6863;QD=20.4028;RBI=0.0425671;REFB=-0.00273098;REVB=-0.0405062;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315986;STB=0.67903;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00113143;OID=.;OPOS=152692512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:10:5:12:5:10:5 chr1 152732174 . T C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00911289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.125;QD=57.8246;RBI=0.0262868;REFB=-0.0333331;REVB=0.0246566;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170418;STB=0.509086;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000461724;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:11:27:1:0:11:27:1:0 chr1 152732436 . G C 755.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287456;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.985;QD=57.0089;RBI=0.0319927;REFB=0;REVB=0.0140437;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19267e-05;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 152732567 . G A 885.07 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461462;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.777;QD=55.3168;RBI=0.0710672;REFB=-0.12789;REVB=0.054047;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00154715;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:0:1:61:63:0.984375:40:21:0:0:40:23:0:1 chr1 152733301 . T A 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9911;QD=39.19;RBI=0.0515696;REFB=0;REVB=0.0174646;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000730193;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 152733376 . C G 343.2 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0250485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.767;QD=24.0843;RBI=0.0276041;REFB=-0.0223783;REVB=0.0116;RO=23;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819107;STB=0.545047;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0161102;OID=.;OPOS=152733376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:14:20:11:12:14:20:11:12 chr1 152734390 . C T 1404.2 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.897;QD=62.409;RBI=0.0312456;REFB=0;REVB=0.0125462;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57042e-05;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:40:48:0:0:42:48:0:0 chr1 152759950 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.184;QD=39.2068;RBI=0.0442504;REFB=0;REVB=-0.010101;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133272;OID=.;OPOS=152759950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 152760352 . T A 667.04 PASS AF=0.41573;AO=74;DP=179;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.00853393;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.197;QD=14.9896;RBI=0.0115901;REFB=-0.0141779;REVB=0.00784241;RO=104;SAF=27;SAR=47;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744653;STB=0.541775;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0238221;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:104:104:74:74:0.41573:47:27:45:59:47:27:45:59 chr1 152760543 . G GT 102.54 PASS AF=0.457831;AO=30;DP=94;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.105815;FXX=0.0348797;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.34978;QD=4.94179;RBI=0.249552;REFB=-0.115105;REVB=-0.226008;RO=55;SAF=10;SAR=20;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183711;STB=0.510551;STBP=0.895;TYPE=ins;VARB=0.100341;OID=.;OPOS=152760544;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457831:30:94:38:83:45:17:21:21:24:99:55:10:20:27:28 chr1 152760558 . G T 192.14 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0130358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.856;QD=9.85338;RBI=0.017905;REFB=-0.00583496;REVB=-0.0122742;RO=53;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018111;STB=0.51063;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0140389;OID=.;OPOS=152760558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:15:10:22:31:15:10:22:31 chr1 152760628 . T C 573.16 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00447504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.252;QD=55.9177;RBI=0.00510676;REFB=-0.0971411;REVB=-0.00246029;RO=2;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845566;STB=0.504514;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00442375;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:16:23:1:1:16:23:1:1 chr1 152760642 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.517;QD=59.0424;RBI=0.0202313;REFB=0.0754531;REVB=0.000883667;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000876451;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:0:1:16:25:0:1 chr1 152760644 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.297;QD=59.0424;RBI=0.0285015;REFB=-0.0299791;REVB=0.0204905;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00122279;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:0:1:16:25:0:1 chr1 152760647 . C A 629.18 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00166238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.904;QD=57.1978;RBI=0.0398106;REFB=-0.0790712;REVB=0.0397759;RO=2;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551181;STB=0.529398;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000974835;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:16:26:0:2:16:26:0:2 chr1 152760651 . C T 757.33 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138361;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.562;QD=61.8232;RBI=0.0257312;REFB=0.0699214;REVB=-0.0216946;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025416;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000207521;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:18:30:0:1:18:30:0:1 chr1 152770521 . G A 230.26 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00344452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.429;QD=46.0513;RBI=0.0632512;REFB=0.0233322;REVB=0.0631574;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=5.01874e-05;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:5:14:1:0:5:14:1:0 chr1 152770533 . G A 231.03 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0546355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.964;QD=38.5054;RBI=0.0548144;REFB=-0.030368;REVB=-0.00442589;RO=4;SAF=16;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129917;STB=0.571352;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00697259;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:24:24:4:4:20:20:0.833333:4:16:2:2:4:16:2:2 chr1 152770589 . A G 644.85 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8829;QD=61.4139;RBI=0.0143317;REFB=0;REVB=-0.0125473;RO=0;SAF=36;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04747e-05;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:4:36:0:0:5:37:0:0 chr1 152771207 . C A 147.63 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0999229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.879;QD=36.9084;RBI=0.100247;REFB=-0.0924734;REVB=-0.00805942;RO=2;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296967;STB=0.666388;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00216628;OID=.;OPOS=152771207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:12:2:2:0:12:2:2:0 chr1 152771293 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.601;QD=48.7346;RBI=0.0496413;REFB=0;REVB=0.0440903;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991728;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 152771360 . A T 428.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1604;QD=57.1854;RBI=0.0278264;REFB=0;REVB=-0.0208764;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21648e-05;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 152777908 . C G,T 209.0 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,15;DP=17;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040757,0.0587506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=32.7626,73.3162;QD=46.4447;RBI=0.0040757,0.0587506;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0516478,-0.00585324;OID=.,.;OPOS=152777908,152777908;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:17:18:0:0:2,15:2,16:0.111111,0.888889:0,0:2,15:0:0:0,0:2,16:0:0 chr1 152882610 . A G 138.8 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0113996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.269;QD=19.8288;RBI=0.0127617;REFB=-0.0224881;REVB=-0.00573676;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643304;STB=0.565622;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0127762;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:11:4:4:8:11:4:5:8 chr1 152883711 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0275212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.676;QD=12.3957;RBI=0.0493356;REFB=0.00415143;REVB=-0.0409462;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0162004;OID=.;OPOS=152883711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:1:4:1:4:1:4 chr1 152884111 . G A 232.06 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0170397;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9432;QD=14.2804;RBI=0.0447644;REFB=-0.0494406;REVB=-0.0413944;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777931;STB=0.535443;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0729094;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:37:38:27:27:0.415385:14:13:15:22:14:13:16:22 chr1 152884246 . GA TG 247.72 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0309509;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.024;QD=23.5923;RBI=0.0314465;REFB=-0.0285536;REVB=-0.00556088;RO=19;SAF=4;SAR=19;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114301;STB=0.564296;STBP=0.502;TYPE=mnp;VARB=0.0256856;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:19:4:5:14:19:4:5:14 chr1 152944594 . C T 395.07 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.013781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.812;QD=22.9026;RBI=0.0372987;REFB=-0.0167584;REVB=0.0346594;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528299;STB=0.527013;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0125664;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:30:39:39:0.565217:21:18:11:17:21:18:12:18 chr1 152957832 . C A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0388422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2173;QD=22.9136;RBI=0.0477941;REFB=-0.00461372;REVB=0.0278489;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476297;STB=0.779728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0059863;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:3:1:8:1:3:1 chr1 152957887 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00380028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.391;QD=8.24619;RBI=0.0141315;REFB=-0.0140499;REVB=0.0136109;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420002;STB=0.52624;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0350543;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:7:8:4:3:7:8 chr1 152958238 . A G 150.21 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0108375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3894;QD=8.23076;RBI=0.0117889;REFB=-0.0184217;REVB=0.00463982;RO=50;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051735;STB=0.516955;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0198289;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:52:21:21:0.287671:11:10:26:24:11:10:26:26 chr1 152958267 . T C 132.49 PASS AF=0.3;AO=19;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0902192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3479;QD=8.83296;RBI=0.10753;REFB=-0.00594137;REVB=-0.0585083;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443864;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102814;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:19:18:0.3:9:10:20:21:9:9:21:21 chr1 152975495 . G A 204.54 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=0.0704087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.08;QD=16.3631;RBI=0.0704292;REFB=-0.0184509;REVB=0.00169729;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380667;STB=0.710961;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0102006;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:2:27:13:8:2:27 chr1 152975715 . C T 52.31 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0301365;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0021;QD=13.0769;RBI=0.0529677;REFB=-0.0400123;REVB=0.0435588;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0636201;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:18:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:5:4:4:3:5:4 chr1 152975829 . A G 43.46 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0212245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2968;QD=5.99499;RBI=0.0212252;REFB=-0.0156577;REVB=-0.000171508;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331534;STB=0.699421;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0215656;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:5:2:12:9:5:2:12:10 chr1 152975941 . C G 244.17 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00638197;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.781;QD=21.7043;RBI=0.0165755;REFB=-0.00647354;REVB=-0.0152977;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159835;STB=0.60368;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00538201;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:16:7:10:11:16:7:11:11 chr1 152976108 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00984959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.84;QD=11.4395;RBI=0.0190425;REFB=0.00994607;REVB=0.0162973;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258276;STB=0.652832;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0142877;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:15:9:8:5:15:9 chr1 152976114 . G C 105.85 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00926813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4184;QD=11.4427;RBI=0.0652484;REFB=-0.00914434;REVB=-0.0645868;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177174;STB=0.604781;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00670167;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:15:9:7:6:15:9 chr1 152976306 . T G 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000375053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.857;QD=12.3933;RBI=0.00351067;REFB=-0.0181431;REVB=-0.00349058;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201609;STB=0.619655;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0344202;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:10:4:11:13:10:4:11:13 chr1 153004848 . T C 55.95 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0231233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5271;QD=8.28893;RBI=0.0331598;REFB=0.00316588;REVB=-0.0237672;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0200452;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:27:17:18:8:9:0.333333:5:3:9:8:5:4:9:9 chr1 153004853 . C T 75.32 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00655719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.294;QD=11.5881;RBI=0.0341793;REFB=-0.0269788;REVB=-0.0335444;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.666325;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0453678;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:9:7:7:3:9:7 chr1 153005156 . C T 223.03 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0408734;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3327;QD=24.7808;RBI=0.042286;REFB=0.00876445;REVB=-0.0108384;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158859;STB=0.588154;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00460121;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:4:11:11:10:4:11 chr1 153277423 . C T 1358.42 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.523;QD=62.4559;RBI=0.0121866;REFB=0;REVB=0.00596811;RO=0;SAF=56;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24433e-05;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:31:56:0:0:31:56:0:0 chr1 153314153 . C A 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0148378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.178;QD=54.8097;RBI=0.0226854;REFB=-0.0253582;REVB=0.01716;RO=2;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269626;STB=0.514281;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00045361;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:34:28:0:2:34:28:0:2 chr1 153315579 . A G 1164.6 PASS AF=0.951807;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0184657;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.356;QD=56.1251;RBI=0.0260735;REFB=-0.12954;REVB=-0.0184077;RO=2;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349053;STB=0.503417;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00118658;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:81:83:2:4:77:79:0.951807:33:44:1:1:34:45:2:2 chr1 153320334 . T C 284.29 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000897363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.705;QD=43.7366;RBI=0.0329013;REFB=-0.0444049;REVB=0.032889;RO=3;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498045;STB=0.527003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00206904;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:26:26:3:3:23:23:0.884615:10:13:1:2:10:13:1:2 chr1 153320372 . T G 362.02 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375297;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4571;QD=55.6948;RBI=0.0375389;REFB=0;REVB=0.000828548;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427947;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 153431406 . C G 1484.26 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293706;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.382;QD=59.9701;RBI=0.0365349;REFB=0;REVB=-0.0217295;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17786e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr1 153509890 . T C 114.71 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.027204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5376;QD=10.4278;RBI=0.0452446;REFB=-0.0219944;REVB=0.0361527;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256878;STB=0.642653;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0385797;OID=.;OPOS=153509890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:9:5:17:12:9:5:17:13 chr1 153509895 . G A 126.77 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0141802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3442;QD=11.5244;RBI=0.0143149;REFB=-0.0133477;REVB=0.00195906;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263825;STB=0.666444;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0261747;OID=.;OPOS=153509895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:29:15:15:0.340909:10:5:16:12:10:5:17:12 chr1 153588279 . G A 759.5 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.175;QD=56.259;RBI=0.0606406;REFB=0;REVB=0.060219;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72488e-05;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:48:54:1:27:21:0:0:30:24:0:0 chr1 153604029 . C T 535.35 PASS AF=0.928571;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00139645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9167;QD=50.9859;RBI=0.0570071;REFB=-0.0052318;REVB=0.05699;RO=3;SAF=14;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902693;STB=0.54052;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00922378;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:42:3:3:36:39:0.928571:22:14:3:0:22:17:3:0 chr1 153676713 . C A 228.37 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0441087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.996;QD=14.9749;RBI=0.0445787;REFB=-0.0161172;REVB=0.00645678;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149471;STB=0.51032;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0246188;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:34:26:27:0.442623:13:13:16:17:13:14:17:17 chr1 153743234 . T C 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0205699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.97;QD=8.66949;RBI=0.0227458;REFB=-0.0136777;REVB=-0.00970819;RO=42;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133064;STB=0.580392;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0286058;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:14:4:13:29:14:4:13:29 chr1 153910202 . G A 198.52 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0152904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0028;QD=19.3681;RBI=0.0165703;REFB=-0.00163396;REVB=0.00638576;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244909;STB=0.638681;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000970268;OID=.;OPOS=153910202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:13:8:13:7:13:8 chr1 153913770 . A G 753.47 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00189222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.195;QD=54.7975;RBI=0.00471722;REFB=0.000828151;REVB=-0.00432107;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409165;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000274162;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:2:1:53:54:0.981818:22:31:0:2:23:31:0:1 chr1 153991430 . T C 237.5 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0104248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.959;QD=20.6518;RBI=0.0134388;REFB=-0.0178559;REVB=0.00848083;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202773;STB=0.609852;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0194747;OID=.;OPOS=153991430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:23:23:21:23:0.5:11:10:6:17:12:11:6:17 chr1 154089438 . T C 120.02 PASS AF=0.293103;AO=16;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00818576;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8369;QD=8.27716;RBI=0.0101208;REFB=0.00959394;REVB=-0.00595181;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741335;STB=0.512181;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00322896;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:41:16:17:0.293103:7:9:20:20:8:9:21:20 chr1 154091208 . G A 67.31 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.014823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.849;QD=3.90219;RBI=0.0302063;REFB=-0.00684633;REVB=-0.0263192;RO=56;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222081;STB=0.521703;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0412378;OID=.;OPOS=154091208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:56:57:12:12:0.173913:6:6:27:29:6:6:27:30 chr1 154108387 . G A 837.58 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488257;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.195;QD=57.7642;RBI=0.053066;REFB=0;REVB=-0.0207859;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192239;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr1 154144681 . A T 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0100112;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=230.818;QD=19.3455;RBI=0.0117391;REFB=-0.00534397;REVB=-0.00613059;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196754;STB=0.637045;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00279999;OID=.;OPOS=154144681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:18:18:18:0.5:11:7:10:6:11:7:12:6 chr1 154268072 . ATTTTTAC ATTTTAC,ATTTTACA 31.64 PASS AF=0.318182,0.0454545;AO=5,2;DP=23;FAO=7,1;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3,0;FSAR=4,1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0306648,-0.0351187;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=13.325,29.5277;QD=5.75283;RBI=0.12436,0.0352463;REFB=-0.0289996,-0.0140117;REVB=0.12052,-0.00299617;RO=14;SAF=3,0;SAR=2,2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.265676,-0.497441;STB=0.549158,0.986952;STBP=0.83,0.513;TYPE=del,mnp;VARB=0.0305653,0.0672526;OID=.,.;OPOS=154268073,154268077;OREF=T,TAC;OALT=-,ACA;OMAPALT=ATTTTAC,ATTTTACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.0454545:5,2:23:7,1:22:14:3,0:4,1:5:9:27:14:3,0:2,2:5:9 chr1 154310048 . C G 1208.27 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.45;QD=61.1783;RBI=0.0247026;REFB=0;REVB=-0.00135292;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36434e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr1 154317153 . C T 753.22 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0531788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.7;QD=61.4874;RBI=0.0549426;REFB=-0.0615452;REVB=0.0138093;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000653338;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:19:29:0:0:19:29:0:1 chr1 154426970 . A C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0406074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.038;QD=11.4376;RBI=0.0426657;REFB=-0.00811798;REVB=-0.0130922;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271144;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0130374;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:12:14:9:9:0.391304:5:4:5:7:5:4:6:8 chr1 154437896 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.486;QD=59.8389;RBI=0.00825835;REFB=0;REVB=0.0048247;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71088e-06;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr1 154438474 . T C 169.44 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0684103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9617;QD=16.5311;RBI=0.070298;REFB=0.00832775;REVB=-0.0161815;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499538;STB=0.785783;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00850138;OID=.;OPOS=154438474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:17:6:14:4:17:6 chr1 154438880 . T C 731.69 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7818;QD=62.2713;RBI=0.120456;REFB=0;REVB=0.119775;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588455;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:1:0:44:47:1:19:25:0:1:20:27:0:0 chr1 154474131 . C G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.811;QD=44.0922;RBI=0.0351763;REFB=-0.00936005;REVB=0.0176824;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000747673;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:0:1:11:6:0:1 chr1 154516571 . T C 545.98 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.378;QD=59.0243;RBI=0.0296408;REFB=0;REVB=-0.0117005;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583685;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:20:14:0:0:21:16:0:0 chr1 154556663 . G A 185.62 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00238162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.963;QD=13.7499;RBI=0.00883557;REFB=-0.0177851;REVB=0.00850853;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134913;STB=0.555506;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0239649;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:22:22:0.407407:11:11:11:19:11:11:13:19 chr1 154561925 . C T 248.62 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00118882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.837;QD=25.4997;RBI=0.0264461;REFB=0.00893338;REVB=-0.0264194;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126768;STB=0.507036;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00610432;OID=.;OPOS=154561925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:14:9:6:10:14:9:6:10 chr1 154573967 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0182534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.634;QD=12.6376;RBI=0.0188488;REFB=-0.0100417;REVB=0.00470034;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138413;STB=0.581958;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.013937;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:9:12:9:4:9:12 chr1 154574820 . T C 1001.28 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00265873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.518;QD=57.2159;RBI=0.00771053;REFB=-0.0401648;REVB=-0.00723764;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149999;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000427011;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:67:69:0.985714:36:31:1:0:36:33:1:0 chr1 154575040 . C T 619.97 PASS AF=0.875;AO=47;DP=55;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0680783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.367;QD=44.2836;RBI=0.0710301;REFB=-0.185416;REVB=0.0202636;RO=4;SAF=14;SAR=33;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767401;STB=0.571623;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0106665;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:55:56:4:7:47:49:0.875:33:14:3:1:33:16:6:1 chr1 154600372 . A G 88.1 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.234923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0655;QD=39.1552;RBI=0.236423;REFB=0;REVB=-0.0265903;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00621319;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr1 154744852 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.569;QD=46.8462;RBI=0.118427;REFB=0;REVB=0.0173463;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103964;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr1 154917314 . G A 1530.83 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197159;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.646;QD=63.7845;RBI=0.0336383;REFB=0;REVB=0.0272547;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014025;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:94:96:1:48:46:0:0:49:47:0:0 chr1 154919080 . C T 588.72 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00326343;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.949;QD=57.4358;RBI=0.0487918;REFB=-0.0501364;REVB=0.0486826;RO=1;SAF=27;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170496;STB=0.508768;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000479624;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:41:1:1:39:40:0.97561:12:27:1:0:12:28:1:0 chr1 154987526 . C T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5798;QD=47.8167;RBI=0.0638582;REFB=0;REVB=0.0629988;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269618;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr1 154988957 . A G 351.46 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537029;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.976;QD=52.0675;RBI=0.0538598;REFB=0.00448415;REVB=0.00410734;RO=1;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182296;STB=0.509796;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000182444;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:27:1:1:26:26:0.962963:25:1:0:1:25:1:0:1 chr1 155006091 . A G 660.17 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0119269;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.141;QD=52.8137;RBI=0.0120566;REFB=-0.186064;REVB=-0.00176354;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.501677;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000876648;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:50:1:2:48:48:0.96:22:26:1:0:22:26:1:1 chr1 155006999 . C T 423.96 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0368;QD=56.5278;RBI=0.0955961;REFB=0;REVB=0.0950176;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222363;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:28:30:1:12:16:1:0:13:17:0:0 chr1 155019710 . A C 517.23 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.69;QD=59.1125;RBI=0.0521062;REFB=0;REVB=-0.00710033;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113181;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr1 155026942 . A C 542.63 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667686;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.327;QD=60.2927;RBI=0.0193305;REFB=0;REVB=-0.0181408;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87277e-05;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 155033250 . C G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0310847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3685;QD=18.4903;RBI=0.047948;REFB=-0.00527442;REVB=-0.0365068;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109688;STB=0.562441;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0115574;OID=.;OPOS=155033250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:15:7:11:15:15:7:11:15 chr1 155033317 . T C 375.96 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.45;QD=55.6976;RBI=0.0212304;REFB=0;REVB=0.012834;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145316;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr1 155059850 . A AG 253.74 PASS AF=1;AO=4;DP=29;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103924;FXX=0.0768935;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.5762;QD=42.2904;RBI=0.140804;REFB=0;REVB=-0.0950036;RO=25;SAF=0;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.734555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00775424;OID=.;OPOS=155059851;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:29:24:24:0:14:10:0:0:3:25:0:4:19:6 chr1 155059851 . A G 272.17 PASS AF=0.88;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0396637;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.479;QD=43.5466;RBI=0.0404956;REFB=-0.195543;REVB=0.00816613;RO=3;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183229;STB=0.599904;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00430635;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:26:25:3:3:22:22:0.88:6:16:0:3:6:16:0:3 chr1 155106697 . G A 417.92 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00845397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.436;QD=53.925;RBI=0.0143429;REFB=-0.0209863;REVB=0.0115866;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000229683;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:15:15:0:0:15:15:1:0 chr1 155149718 . G A 374.06 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0391743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.823;QD=49.8752;RBI=0.039661;REFB=-0.0749905;REVB=0.00619395;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040394;STB=0.541637;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00988656;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:30:1:2:27:28:0.933333:11:16:0:1:11:17:0:2 chr1 155162067 . C T 167.84 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00300168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.371;QD=41.9598;RBI=0.0505821;REFB=-0.200392;REVB=-0.0504929;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.555478;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00254368;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:0:1:15:15:0.9375:4:11:0:0:4:11:0:1 chr1 155178745 . AG GA 49.67 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0193159;FXX=0.095223;HRUN=1;LEN=2;MLLD=34.1015;QD=3.48592;RBI=0.0422462;REFB=-0.0319037;REVB=-0.0375718;RO=41;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378246;STB=0.735489;STBP=0.132;TYPE=mnp;VARB=0.184333;OID=.;OPOS=155178745;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:60:57:41:46:10:10:0.175439:8:2:20:21:8:2:21:25 chr1 155178782 . A T 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3281;QD=56.1849;RBI=0.0448431;REFB=0;REVB=0.0297887;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1566e-05;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 155186729 . T C 1740.64 PASS AF=0.967213;AO=117;DP=122;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0413122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.096;QD=57.07;RBI=0.0413584;REFB=0.0469058;REVB=0.00195505;RO=4;SAF=60;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000804718;STB=0.500278;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0167462;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:122:122:4:4:117:118:0.967213:57:60:2:2:58:60:2:2 chr1 155186742 . G A 1676.6 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.763;QD=60.4181;RBI=0.0867079;REFB=0;REVB=0.0860193;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153547;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT 345.37 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299824;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=3;MLLD=157.505;QD=55.2591;RBI=0.0919715;REFB=0;REVB=0.0869472;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00194836;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:22:25:1:14:8:0:0:14:11:0:0 chr1 155230131 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255146;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.313;QD=46.9601;RBI=0.0255162;REFB=-0.0337326;REVB=0.000287751;RO=1;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707039;STB=0.538422;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00198937;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:14:6:1:0:14:6:1:0 chr1 155247518 . G A 76.81 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0528647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8577;QD=13.3583;RBI=0.135125;REFB=-0.0234496;REVB=0.124355;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0728153;OID=.;OPOS=155247518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:23:13:13:8:10:0.434783:3:5:8:5:5:5:8:5 chr1 155258752 . G A 519.1 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.033;QD=59.3256;RBI=0.0349735;REFB=0;REVB=0.0312553;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253015;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr1 155258756 . C T 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0323402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.719;QD=55.5189;RBI=0.033881;REFB=0.0110495;REVB=0.0101011;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000425285;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:0:1:18:15:0:1 chr1 155260383 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.604;QD=55.6561;RBI=0.0512785;REFB=0;REVB=0.0382089;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213105;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 155279637 . CTG CT,GCT 48.05 PASS AF=0.333333,0;AO=5,2;DP=28;FAO=9,0;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0212778,-0.0265578;FXX=0.0357015;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=16.9518,103.197;QD=7.11804;RBI=0.103047,0.0732863;REFB=-0.00777661,0.0204246;REVB=-0.100826,-0.0683049;RO=14;SAF=1,0;SAR=4,2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.32,0;SSSB=-0.537412,-0.644719;STB=0.835167,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.031335,0.0244555;OID=.,.;OPOS=155279639,155279637;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:14:18:5,2:9,0:0.333333,0:4,2:1,0:10:4:7,0:2,0:14:4 chr1 155294274 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.232;QD=45.8041;RBI=0.0303014;REFB=0;REVB=0.00103087;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332931;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr1 155408558 . C T 188.7 PASS AF=0.475;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0219294;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.648;QD=18.8695;RBI=0.027009;REFB=-0.0185049;REVB=-0.0157666;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204779;STB=0.53842;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0215102;OID=.;OPOS=155408558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:21:17:19:0.475:13:4:9:13:13:6:8:13 chr1 155408635 . T C 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5175;QD=60.2246;RBI=0.0720434;REFB=0;REVB=0.0676026;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170469;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr1 155532316 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00173323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.616;QD=23.2172;RBI=0.0115229;REFB=-0.010998;REVB=0.0113918;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0111856;OID=.;OPOS=155532316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr1 155532325 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2938;QD=35.5741;RBI=0.0950496;REFB=0;REVB=-0.0944645;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00984581;OID=.;OPOS=155532325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 155532332 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.004;QD=35.5757;RBI=0.039269;REFB=0;REVB=0.0191026;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122835;OID=.;OPOS=155532332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 155532341 . T C 45.46 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0679264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9164;QD=25.9766;RBI=0.0681867;REFB=-0.01535;REVB=0.0059528;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0280712;OID=.;OPOS=155532341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:0:1:6:6:0.857143:4:2:0:0:4:2:1:0 chr1 155581311 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.004;QD=44.6895;RBI=0.0233683;REFB=0;REVB=-0.000463074;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111416;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr1 155658085 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.177;QD=60.6103;RBI=0.00838378;REFB=0;REVB=0.00654644;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73076e-05;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr1 155735012 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.764;QD=61.3345;RBI=0.01775;REFB=0;REVB=0.0155179;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50343e-05;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 155735901 . C T 119.46 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0121211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.913;QD=14.4801;RBI=0.0121663;REFB=-0.00328386;REVB=-0.00104822;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130454;STB=0.520803;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0038411;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:13:14:0.424242:3:10:12:6:4:10:13:6 chr1 155755097 . G A 364.43 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7931;QD=53.9893;RBI=0.0227456;REFB=0;REVB=-0.00484486;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228619;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:15:12:0:0 chr1 155837865 . G A,C 479.79 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217564,0.115451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.051,77.2698;QD=56.4454;RBI=0.0230341,0.116363;REFB=0,0;REVB=-0.0075649,0.0145414;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0620353,0.00360624;OID=.,.;OPOS=155837865,155837865;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:1,25:1,7:0:0:1,25:1,7:0:0 chr1 155838267 . T C 602.72 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.098;QD=60.2724;RBI=0.0471158;REFB=0;REVB=0.03801;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83003e-05;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:21:17:0:0:21:19:0:0 chr1 155880572 . TC CG,TG 541.26 PASS AF=0.108108,0.891892;AO=4,33;DP=37;FAO=4,33;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=4,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117217,0.0150188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=223.463,260.224;QD=58.515;RBI=0.0230501,0.0262558;REFB=0,0;REVB=0.0198471,0.0215361;RO=0;SAF=0,11;SAR=4,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0322463,0.00774364;OID=.,.;OPOS=155880572,155880573;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:37:37:0:0:4,33:4,33:0.108108,0.891892:4,22:0,11:0:0:4,22:0,11:0:0 chr1 155904177 . T C 1396.9 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.724;QD=62.782;RBI=0.0263369;REFB=0;REVB=0.00618676;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60283e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:54:34:0:0:54:35:0:0 chr1 155912486 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.3;QD=46.8466;RBI=0.0552863;REFB=0;REVB=0.0241702;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288114;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 156144971 . G A 137.42 PASS AF=0.32;AO=14;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00552329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.712;QD=10.9939;RBI=0.0103344;REFB=-0.0148051;REVB=-0.00873463;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306026;STB=0.519975;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0308139;OID=.;OPOS=156144971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:14:16:0.32:8:6:15:18:8:8:16:18 chr1 156202173 . A G 252.83 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0447766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.696;QD=45.9682;RBI=0.0453224;REFB=-0.0698096;REVB=-0.00701307;RO=2;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102025;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00129094;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:2:1:20:21:0.954545:8:12:0:2:9:12:0:1 chr1 156206121 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.94;QD=62.9805;RBI=0.051598;REFB=0;REVB=0.0502233;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234574;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:15:30:0:0 chr1 156215899 . G A 918.4 PASS AF=0.563758;AO=83;DP=147;FAO=84;FDP=149;FR=.;FRO=65;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0105808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7826;QD=24.6549;RBI=0.016158;REFB=-0.0354128;REVB=0.0122117;RO=64;SAF=53;SAR=30;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901539;STB=0.542348;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.019986;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:64:65:83:84:0.563758:30:53:34:30:31:53:35:30 chr1 156220056 . T C 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0423274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.165;QD=19.016;RBI=0.0453727;REFB=-0.00169212;REVB=0.0163426;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268408;STB=0.651396;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00445794;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:11:3:8:7:11:3 chr1 156278968 . T G 328.52 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00220189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9263;QD=18.001;RBI=0.045876;REFB=-0.0143825;REVB=-0.0458231;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113105;STB=0.563147;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0165816;OID=.;OPOS=156278968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:19:16:22:16:19:16:22:16 chr1 156347131 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0272557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3711;QD=13.2301;RBI=0.0272908;REFB=-0.0198424;REVB=-0.00138512;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216693;STB=0.626792;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0244887;OID=.;OPOS=156347131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:16:13:11:6:16:13 chr1 156347834 . T A 704.69 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00835034;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1636;QD=18.3037;RBI=0.0635552;REFB=-0.0261878;REVB=0.0630043;RO=76;SAF=36;SAR=38;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072458;STB=0.551589;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0270626;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:76:80:74:74:0.480519:38:36:31:45:38:36:31:49 chr1 156351699 . G A 382.73 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0192818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.383;QD=13.3123;RBI=0.0228917;REFB=-0.0386616;REVB=0.0123386;RO=65;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125345;STB=0.501933;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0524026;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:65:70:45:45:0.391304:23:22:31:34:23:22:34:36 chr1 156354367 . A G 220.63 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0184645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6431;QD=12.0891;RBI=0.0212661;REFB=-0.0138975;REVB=-0.0105502;RO=46;SAF=5;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334917;STB=0.696039;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0265124;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:22:5:20:26:22:5:20:26 chr1 156446903 . T C 75.39 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.011308;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9651;QD=10.399;RBI=0.0124242;REFB=-0.00974455;REVB=0.0051467;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201589;STB=0.620462;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0660184;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:13:6:5:5:13:6 chr1 156450719 . G A 68.21 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0277359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.716;QD=14.3597;RBI=0.0404124;REFB=-0.0226334;REVB=0.029392;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0390357;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:10:9:9:0.473684:5:4:6:3:5:4:6:4 chr1 156450740 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0260745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.064;QD=16.8983;RBI=0.031509;REFB=-0.010931;REVB=0.0176902;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128055;STB=0.574318;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0137111;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:4:5:4:6:4:5 chr1 156526387 . C G 1301.96 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6123;QD=61.9982;RBI=0.0339492;REFB=0;REVB=-0.025899;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309838;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr1 156526444 . T C 888.08 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.028;QD=56.3862;RBI=0.0400393;REFB=-0.00879147;REVB=0.0310477;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000195634;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:33:28:1:0:33:29:1:0 chr1 156532977 . T C 575.53 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0705373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9919;QD=57.5531;RBI=0.0705501;REFB=-0.0472817;REVB=0.0013438;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511105;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0098636;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:17:21:1:0:17:22:1:0 chr1 156536221 . G C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.921;QD=58.2392;RBI=0.0217236;REFB=0;REVB=-0.0216357;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66089e-05;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr1 156536251 . T C 1078.3 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.757;QD=59.085;RBI=0.0126441;REFB=0;REVB=0.006136;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111655;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:0:69:72:0.986301:48:21:0:0:49:23:0:0 chr1 156556321 . G A 601.27 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.62;QD=58.6604;RBI=0.0376892;REFB=-0.0234976;REVB=0.0198095;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000361944;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr1 156561651 . G C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.739;QD=40.7567;RBI=0.0265361;REFB=0;REVB=0.0222191;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682148;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 156563375 . G A 434.38 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.096;QD=52.6527;RBI=0.0469653;REFB=-0.10499;REVB=0.0435064;RO=1;SAF=25;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183034;STB=0.509428;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000355175;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:33:1:1:31:32:0.969697:6:25:1:0:6:26:1:0 chr1 156563726 . A C 1513.27 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0935;QD=59.9315;RBI=0.0240747;REFB=0;REVB=-0.0236374;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84982e-05;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr1 156563813 . G A 1175.59 PASS AF=0.987013;AO=63;DP=80;FAO=76;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.026;QD=61.0694;RBI=0.0937736;REFB=0;REVB=0.0171195;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11165e-05;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:77:0:0:63:76:0.987013:32:31:0:0:31:45:0:0 chr1 156563852 . C T 726.87 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0218226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3901;QD=52.8635;RBI=0.0225525;REFB=-0.0403064;REVB=-0.00569117;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336247;STB=0.51785;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00125523;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:26:27:2:0:26:27:2:0 chr1 156564922 . C T 323.97 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0511852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.068;QD=47.9956;RBI=0.0514565;REFB=-0.146956;REVB=-0.00527739;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.504501;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00205417;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:27:0:2:25:25:0.925926:14:11:0:0:14:11:1:1 chr1 156565049 . A AAC 401.72 PASS AF=1;AO=23;DP=33;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115899;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=2;MLLD=261.45;QD=55.4093;RBI=0.0270645;REFB=0;REVB=0.0244574;RO=7;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.8602e-05;OID=.;OPOS=156565050;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:33:29:29:0:15:14:0:0:4:7:12:11:4:3 chr1 156595447 . G A 723.8 PASS AF=0.861538;AO=57;DP=66;FAO=56;FDP=65;FR=.;FRO=9;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00452525;FXX=0.0151492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.435;QD=44.5412;RBI=0.0110334;REFB=-0.0323202;REVB=0.0100627;RO=9;SAF=46;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963268;STB=0.551001;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000273798;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:66:65:9:9:57:56:0.861538:11:46:5:4:11:45:5:4 chr1 156622252 . G A 206.91 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=0.0971126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5559;QD=17.2427;RBI=0.100358;REFB=0.00027157;REVB=0.0253165;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306891;STB=0.700314;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00325567;OID=.;OPOS=156622252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:27:20:21:0.4375:13:7:3:25:13:8:2:25 chr1 156639753 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.76;QD=39.3167;RBI=0.0171284;REFB=0.0176738;REVB=0.000630323;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00125979;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:9:4:0:1:9:4:0:1 chr1 156640156 . G A 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111252;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.336;QD=39.3186;RBI=0.0218653;REFB=0.0660629;REVB=0.0188234;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00044607;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr1 156640678 . G A 620.49 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.124;QD=62.0492;RBI=0.00137884;REFB=0;REVB=-0.00137884;RO=0;SAF=0;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307193;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:40:40:1:40:0:0:0:40:0:0:0 chr1 156705593 . G C 741.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.42;QD=63.081;RBI=0.0472746;REFB=0;REVB=0.0240587;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120797;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:28:17:0:0:30:17:0:0 chr1 156713512 . C T 434.22 PASS AF=0.96875;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.71;QD=54.277;RBI=0.0508841;REFB=-0.0499467;REVB=0.00769641;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0441745;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:32:31:0.96875:6:26:0:0:6:25:1:0 chr1 156715103 . GA G,GG 34.69 PASS AF=0.405405,0;AO=12,3;DP=36;FAO=15,0;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9,0;FSAR=6,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0228241,-0.033149;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.76888,22.3871;QD=3.7505;RBI=0.125145,0.100416;REFB=-0.0760274,-0.0351496;REVB=0.123046,0.0947864;RO=18;SAF=7,3;SAR=5,0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.196261,0.647452;STB=0.58684,0.5;STBP=0.373,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0642688,0;OID=.,.;OPOS=156715104,156715104;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405,0:12,3:36:15,0:37:22:9,0:6,0:10:12:35:18:7,3:5,0:7:11 chr1 156737969 . C T 170.41 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0506456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2588;QD=17.4778;RBI=0.0667748;REFB=-0.0453774;REVB=0.0435188;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251011;STB=0.642308;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0548609;OID=.;OPOS=156737969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:6:15:8:10:6:15 chr1 156752048 . C G 289.64 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1531;QD=52.6609;RBI=0.0567351;REFB=0;REVB=0.0566986;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173608;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:13:7:0:0:15:7:0:0 chr1 156760887 . C A 295.65 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00768012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.698;QD=17.9181;RBI=0.0196023;REFB=-0.0181927;REVB=0.0180352;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193696;STB=0.608219;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0233239;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:21:13:19:13:21:13 chr1 156784982 . T C 494.35 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.935;QD=56.4967;RBI=0.0283777;REFB=0;REVB=0.0126774;RO=0;SAF=4;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729407;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:29:4:0:0:30:5:0:0 chr1 156785617 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.328;QD=56.9383;RBI=0.0677587;REFB=0;REVB=0.0179766;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135871;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 156846233 . G A 371.52 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.0210091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.768;QD=20.0822;RBI=0.0428168;REFB=0.00329887;REVB=0.0373082;RO=35;SAF=12;SAR=26;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426714;STB=0.729023;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00121577;OID=.;OPOS=156846233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:26:12:29:6:26:12:29:7 chr1 156873727 . G A 338.62 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0120913;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1815;QD=15.3919;RBI=0.024862;REFB=-0.025841;REVB=0.0217237;RO=51;SAF=25;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118915;STB=0.567386;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.032039;OID=.;OPOS=156873727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:37:37:0.420455:12:25:29:22:12:25:29:22 chr1 156877457 . T C 491.86 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0621885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0263;QD=51.7743;RBI=0.062204;REFB=0.0738087;REVB=-0.00138879;RO=3;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310002;STB=0.516607;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0148155;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:16:19:1:2:16:19:1:2 chr1 156877797 . C A 174.03 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0129211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4182;QD=19.3366;RBI=0.0192291;REFB=0.00640652;REVB=0.0142409;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734303;STB=0.530578;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00819939;OID=.;OPOS=156877797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:6:12:10:7:6:12:11:7 chr1 156878531 . T C 296.27 PASS AF=0.542373;AO=30;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0563024;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0323;QD=20.0859;RBI=0.0583144;REFB=-0.0189231;REVB=-0.015186;RO=27;SAF=22;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238418;STB=0.601301;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0281104;OID=.;OPOS=156878531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:27:30:32:0.542373:8:22:13:14:10:22:13:14 chr1 156878737 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0368235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.001;QD=11.0198;RBI=0.06037;REFB=-0.0105313;REVB=-0.047839;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0174063;OID=.;OPOS=156878737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr1 156879580 . C T 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0173142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.502;QD=31.4405;RBI=0.0179317;REFB=-0.0132542;REVB=-0.00466545;RO=14;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209304;STB=0.612837;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00695078;OID=.;OPOS=156879580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:24:4:0:14:24:4:0:14 chr1 156882996 . G C 114.75 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0056799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6231;QD=13.5;RBI=0.0122407;REFB=-0.0340317;REVB=-0.0108431;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697263;STB=0.512802;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0488543;OID=.;OPOS=156882996;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:8:5:9:11:8:6:9:11 chr1 156883215 . C A 213.53 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=79;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.050606;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8451;QD=10.4162;RBI=0.0890798;REFB=-0.0408799;REVB=0.0733092;RO=53;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619;STB=0.508191;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0822308;OID=.;OPOS=156883215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:53:55:26:27:0.329268:17:9:21:32:17:10:21:34 chr1 156883493 . G A 205.33 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00712187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.472;QD=12.8331;RBI=0.0261763;REFB=-0.0113321;REVB=-0.0251889;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277496;STB=0.658415;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0240538;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:13:26:10:15:13:26 chr1 156883546 . A G 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0129829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3326;QD=13.0358;RBI=0.0174342;REFB=0.0117142;REVB=0.011636;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228983;STB=0.633046;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0109733;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:11:21:8:10:11:21 chr1 156884584 . C T 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0284365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.964;QD=22.5347;RBI=0.0292499;REFB=-0.0014067;REVB=0.00685026;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20463;STB=0.6042;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00150565;OID=.;OPOS=156884584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:14:5:7:7:14:5:7:8 chr1 156890672 . T C 404.93 PASS AF=0.321212;AO=52;DP=165;FAO=53;FDP=165;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=44;FWDB=0.00747026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.032;QD=9.81656;RBI=0.0513696;REFB=-0.00503027;REVB=-0.0508236;RO=112;SAF=15;SAR=37;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373877;STB=0.705645;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00795652;OID=.;OPOS=156890672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:112:112:52:53:0.321212:37:15:68:44:37:16:68:44 chr1 156902222 . G A 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0433373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.146;QD=12.1426;RBI=0.0472905;REFB=-0.00929119;REVB=-0.0189278;RO=33;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063848;STB=0.537274;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0176327;OID=.;OPOS=156902222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:7:12:19:14:7:12:19:14 chr1 156902259 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2547;QD=64.4131;RBI=0.00803168;REFB=0;REVB=0.00629024;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01169e-05;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 156902281 . TC CT,GC 220.11 PASS AF=0,0.44898;AO=2,22;DP=49;FAO=0,22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=0,14;FSAR=0,8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00759878,0.00554134;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=47.8935,122.347;QD=17.9684;RBI=0.0186142,0.029516;REFB=0.0130904,-0.0125121;REVB=0.0169925,-0.0289912;RO=25;SAF=2,14;SAR=0,8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.509229,0.187297;STB=0.5,0.587705;STBP=1,0.286;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.018568;OID=.,.;OPOS=156902281,156902281;OREF=TC,T;OALT=CT,G;OMAPALT=CT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:49:49:25:27:2,22:0,22:0,0.44898:0,8:2,14:11:14:0,8:0,14:13:14 chr1 156904644 . A G 303.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0239921;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1266;QD=19.5643;RBI=0.0393448;REFB=0.00468284;REVB=0.0311832;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737794;STB=0.548357;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00705949;OID=.;OPOS=156904644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:16:16:12:17:16:16:12:18 chr1 156904818 . G A 392.8 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0337237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3426;QD=17.0782;RBI=0.0563629;REFB=-0.00425415;REVB=0.0451607;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359569;STB=0.525744;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00562944;OID=.;OPOS=156904818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:19:22:25:25:19:22:25:26 chr1 156907081 . T C,G 402.49 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=27,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160145,-0.0308329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.909,77.2427;QD=55.5163;RBI=0.0428027,0.0339036;REFB=0,0;REVB=0.0396939,-0.0140991;RO=0;SAF=15,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000682565,0.0935296;OID=.,.;OPOS=156907081,156907081;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:27,2:27,2:0.931034,0.0689655:12,2:15,0:0:0:12,2:15,0:0:0 chr1 156907115 . T C 107.68 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0068066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0272;QD=14.8518;RBI=0.0662695;REFB=-0.0268974;REVB=0.065919;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259872;STB=0.622855;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0364861;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:5:7:5:11:6:7:5:11 chr1 156909695 . G A 315.84 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0169542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.837;QD=15.0402;RBI=0.017472;REFB=-0.00856459;REVB=0.00422203;RO=48;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136769;STB=0.583004;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0115377;OID=.;OPOS=156909695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:35:35:0.416667:15:20:21:27:15:20:21:28 chr1 156939067 . G A 283.55 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0115274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3431;QD=19.8982;RBI=0.0217992;REFB=-0.0062435;REVB=-0.018502;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528766;STB=0.539542;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00529076;OID=.;OPOS=156939067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:12:18:14:12:12:18:14:13 chr1 157069154 . A G 293.79 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0382725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5856;QD=34.5633;RBI=0.0597127;REFB=0.0339538;REVB=-0.0458347;RO=9;SAF=16;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994628;STB=0.554411;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0144421;OID=.;OPOS=157069154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:9:16:4:5:9:16:4:5 chr1 157069261 . A C 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00124339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.685;QD=29.0278;RBI=0.0213815;REFB=-0.0494103;REVB=0.0213453;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637946;STB=0.535358;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0169101;OID=.;OPOS=157069261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:7:11:4:4:7:11:4:4 chr1 157095470 . A G 758.8 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0378877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.317;QD=53.2489;RBI=0.0707591;REFB=-0.10105;REVB=0.059761;RO=2;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254704;STB=0.513509;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00143835;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:36:19:0:2:36:19:0:2 chr1 157508882 . C T 556.89 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6872;QD=60.2044;RBI=0.0587389;REFB=0;REVB=0.0496157;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980754;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 157509025 . C T 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.395;QD=57.3832;RBI=0.0168803;REFB=0;REVB=0.0147635;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37502e-05;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 157514091 . C T 198.0 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0315533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6665;QD=11.155;RBI=0.0521919;REFB=0.00312357;REVB=-0.0415739;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020066;STB=0.517781;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00747754;OID=.;OPOS=157514091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:14:11:19:26:14:11:19:27 chr1 157514097 . A G 1053.15 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0398192;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.815;QD=58.5083;RBI=0.0401978;REFB=-0.0923988;REVB=0.00550426;RO=1;SAF=30;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155009;STB=0.508194;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00505968;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:41:30:1:0:41:30:1:0 chr1 157517127 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0189497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.213;QD=14.4116;RBI=0.01895;REFB=-0.0112556;REVB=0.000101736;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813272;STB=0.547211;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0159229;OID=.;OPOS=157517127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:13:15:11:7:13:15 chr1 157557701 . G A 426.21 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000714392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.148;QD=54.9943;RBI=0.0188321;REFB=0;REVB=0.0188186;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138724;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:14:15:0:0:15:16:0:0 chr1 157567751 . A G 306.79 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.725;QD=53.3544;RBI=0.047368;REFB=0;REVB=0.0456699;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013239;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:20:23:1:7:13:0:0:10:13:0:0 chr1 157768000 . G C 334.45 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00792978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.204;QD=19.3886;RBI=0.0167374;REFB=-0.0259654;REVB=0.0147397;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053852;STB=0.536524;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0336733;OID=.;OPOS=157768000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:34:35:35:0.507246:17:18:19:14:17:18:20:14 chr1 157771880 . C T 167.92 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00448808;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.11;QD=14.9266;RBI=0.0182807;REFB=-0.0164244;REVB=0.0177213;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199556;STB=0.524562;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0179992;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:17:18:0.4:11:6:10:17:12:6:10:17 chr1 157802979 . C T 194.08 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0376006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8095;QD=24.2595;RBI=0.0506797;REFB=-0.0151646;REVB=0.0339798;RO=12;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281689;STB=0.517224;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0121554;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:12:13:18:19:0.59375:14:4:3:9:14:5:3:10 chr1 158066834 . A G,T 490.8 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278384,0.0110086;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.2915,88.0093;QD=57.741;RBI=0.0347677,0.0125617;REFB=0,0;REVB=-0.0208283,-0.00605026;RO=0;SAF=15,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00275157,0.107531;OID=.,.;OPOS=158066834,158066834;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:17,2:15,0:0:0:17,2:15,0:0:0 chr1 158151332 . TG GT,T 39.27 PASS AF=0,0.342105;AO=2,12;DP=38;FAO=0,13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=0,11;FSAR=0,2;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000153452,-0.0430804;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=93.0162,11.0758;QD=4.1332;RBI=0.0183355,0.172641;REFB=0.00300275,-0.0484836;REVB=0.0183348,0.16718;RO=22;SAF=0,12;SAR=2,0;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.46253,0.806547;STB=0.5,0.816074;STBP=1,0.015;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0648079;OID=.,.;OPOS=158151332,158151333;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:38:38:22:25:2,12:0,13:0,0.342105:2,0:0,12:9:13:0,2:0,11:10:15 chr1 158224904 . C T 321.83 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0135346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3154;QD=18.9311;RBI=0.0342305;REFB=-0.0302744;REVB=-0.031441;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156968;STB=0.514851;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0280953;OID=.;OPOS=158224904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:33:34:32:34:0.5:14:18:18:15:15:19:18:16 chr1 158225019 . C G 331.26 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0732634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9365;QD=14.7228;RBI=0.0779312;REFB=-0.0126809;REVB=0.0265658;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20997;STB=0.571828;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0156748;OID=.;OPOS=158225019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:47:53:37:37:0.411111:20:17:12:35:20:17:18:35 chr1 158301161 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00185522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.112;QD=15.3789;RBI=0.0193679;REFB=0.00444381;REVB=0.0192789;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28665;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0064171;OID=.;OPOS=158301161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:9:5:8:4:9:5 chr1 158324425 . A G 536.93 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.098;QD=59.6592;RBI=0.0604811;REFB=0;REVB=0.0161365;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148547;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:18:18:0:0 chr1 158368315 . G A 62.62 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0447522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.302;QD=20.8734;RBI=0.0712041;REFB=-0.00740618;REVB=0.0553829;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215906;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0136774;OID=.;OPOS=158368315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:3:1:5:3:3:1 chr1 158368541 . A G 785.06 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.325;QD=64.0867;RBI=0.0326156;REFB=0;REVB=0.00545604;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87769e-05;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr1 158368846 . T C 752.89 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00533064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.7332;QD=61.4607;RBI=0.0154939;REFB=-0.130884;REVB=0.0145481;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519992;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00206931;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:47:48:0.979592:36:11:0:0:36:12:1:0 chr1 158368964 . C T 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0291109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.039;QD=14.1369;RBI=0.0488501;REFB=-0.0209768;REVB=-0.0392287;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425507;STB=0.743786;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0438169;OID=.;OPOS=158368964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:4:16:5:9:4:16 chr1 158368974 . A G 108.25 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0135024;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6761;QD=11.7025;RBI=0.0521062;REFB=-0.0129364;REVB=-0.0503263;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540562;STB=0.805585;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0413599;OID=.;OPOS=158368974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:25:24:13:13:0.351351:4:9:4:21:4:9:4:20 chr1 158369064 . A G 263.52 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0333847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9333;QD=26.3523;RBI=0.0335454;REFB=-0.0457488;REVB=-0.00327935;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223695;STB=0.622135;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0156497;OID=.;OPOS=158369064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:17:7:1:15:17:7:1:15 chr1 158390252 . T G 1163.27 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0112832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.44;QD=58.1637;RBI=0.0209254;REFB=-0.143338;REVB=0.0176228;RO=2;SAF=25;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970873;STB=0.505131;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000444335;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:53:25:1:1:53:25:1:1 chr1 158390501 . G A 269.92 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.48;QD=49.0767;RBI=0.0319791;REFB=-0.068417;REVB=0.0278681;RO=1;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289236;OID=.;OPOS=158390501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:1:0:21:22:1:17:4:0:1:18:4:0:0 chr1 158436299 . T C 1098.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.268;QD=60.1922;RBI=0.0479578;REFB=0;REVB=0.0476546;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01347e-05;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:37:36:0:0 chr1 158450238 . G A 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265505;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.541;QD=59.8616;RBI=0.0242887;REFB=0;REVB=-0.0241431;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117355;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 158450314 . A G 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0453116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5046;QD=39.313;RBI=0.0612021;REFB=0.0381972;REVB=0.0411407;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.03273;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr1 158450382 . C T 756.86 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.85;QD=61.7846;RBI=0.0291834;REFB=-0.0744619;REVB=0.0291646;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346961;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr1 158533140 . A G 698.92 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5969;QD=62.1266;RBI=0.0862429;REFB=0;REVB=-0.0489877;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011771;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr1 158533224 . A G 593.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8302;QD=60.9017;RBI=0.0212955;REFB=0;REVB=0.0153236;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182222;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr1 158549264 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.461;QD=59.4356;RBI=0.0255553;REFB=0;REVB=0.00875864;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09792e-05;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr1 158549420 . C T 664.96 PASS AF=0.9375;AO=43;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0245291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8554;QD=55.4133;RBI=0.0245297;REFB=-0.151719;REVB=0.000179699;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523067;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00468952;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:0:3:43:45:0.9375:30:13:0:0:31:14:0:3 chr1 158549492 . C T 770.68 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00211595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.91;QD=55.0482;RBI=0.0286617;REFB=0.00141851;REVB=0.0285835;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125691;STB=0.506664;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=2.05442e-05;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:37:17:0:1:37:18:0:1 chr1 158549511 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.72;QD=56.9381;RBI=0.0187425;REFB=0;REVB=0.0165761;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34447e-05;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr1 158576989 . G A 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.018273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6261;QD=18.4978;RBI=0.0311013;REFB=-0.0367916;REVB=0.0251672;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660356;STB=0.536959;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.044836;OID=.;OPOS=158576989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:14:13:15:12:14:13:15:12 chr1 158582646 . T C 1231.38 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.138;QD=60.0674;RBI=0.0269266;REFB=0.0439892;REVB=0.0150717;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122979;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-8.21641e-05;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:43:38:1:0:43:38:1:0 chr1 158584091 . A G 423.06 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.018;QD=56.4077;RBI=0.0117327;REFB=0;REVB=-0.0105706;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09378e-05;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr1 158587390 . C T 870.18 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189725;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.632;QD=57.061;RBI=0.0355911;REFB=0;REVB=-0.0301126;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441954;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:57:61:1:28:29:0:0:32:29:0:0 chr1 158587858 . G A 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3827;QD=61.3313;RBI=0.0663009;REFB=0;REVB=-0.0474504;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132596;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 158592935 . G A 374.84 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102188;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.887;QD=51.7018;RBI=0.0265386;REFB=-0.0659572;REVB=0.0244923;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000958708;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:1:1:27:28:0.965517:15:12:0:1:16:12:0:1 chr1 158597506 . AG A,AC 721.19 PASS AF=0.125,0.875;AO=6,40;DP=49;FAO=6,42;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=5,14;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298894,-0.0398094;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.156,183.039;QD=60.0993;RBI=0.0299011,0.0399028;REFB=0,0;REVB=0.000835156,0.0027274;RO=0;SAF=5,13;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0213916,0.000111382;OID=.,.;OPOS=158597507,158597507;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:6,40:49:6,42:48:0:5,14:1,28:0:0:27:0:5,13:1,27:0:0 chr1 158597509 . A C 37.88 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0135008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4787;QD=3.09187;RBI=0.0415871;REFB=-0.018656;REVB=0.0393347;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433506;STB=0.797136;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.13601;OID=.;OPOS=158597509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:49:49:42:42:7:7:0.142857:2:5:14:28:2:5:14:28 chr1 158606449 . G T 1145.17 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0387227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.568;QD=57.9834;RBI=0.0521174;REFB=-0.0586286;REVB=-0.0348823;RO=1;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178528;STB=0.518514;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000280924;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:1:2:77:77:0.974684:26:51:0:1:26:51:0:2 chr1 158612236 . A G 4143.79 PASS AF=1;AO=267;DP=270;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.984;QD=61.3895;RBI=0.0455852;REFB=-0.121014;REVB=0.0405391;RO=3;SAF=128;SAR=139;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529019;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:270:270:3:0:267:270:1:139:128:1:2:141:129:0:0 chr1 158619728 . A C 1405.98 PASS AF=0.978495;AO=64;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.024227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.563;QD=60.4723;RBI=0.027658;REFB=-0.00746825;REVB=0.0133422;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510414;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000330605;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:0:2:64:91:0.978495:22:42:0:0:47:44:0:2 chr1 158647495 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.447;QD=57.0007;RBI=0.0164531;REFB=0;REVB=-0.0162128;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12211e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr1 158647522 . A G 226.04 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00823297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4874;QD=13.4949;RBI=0.0454491;REFB=-0.0212518;REVB=0.0446972;RO=40;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187038;STB=0.60648;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0471798;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:12:15:15:25:12:15:15:25 chr1 158655036 . G A 1115.14 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.726;QD=59.4742;RBI=0.0982496;REFB=0;REVB=-0.0324928;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062883;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:75:0:0:68:75:1:39:29:0:0:39:36:0:0 chr1 158656281 . T C 946.92 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0145374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.249;QD=55.701;RBI=0.0147382;REFB=-0.00723529;REVB=-0.00242429;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111183;STB=0.504321;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000105305;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:24:42:1:0:24:42:1:1 chr1 158687896 . C T 76.42 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0507951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0418;QD=25.4749;RBI=0.0621763;REFB=-0.0276882;REVB=-0.0358573;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157021;STB=0.588061;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0519063;OID=.;OPOS=158687896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:0:3:7:2:0:3 chr1 158735595 . C T 334.25 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0102207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.321;QD=12.8557;RBI=0.0215738;REFB=-0.00962378;REVB=0.0189991;RO=64;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3096;STB=0.675717;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0171545;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:14:26:23:41:14:26:23:41 chr1 158735691 . T C 443.02 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0257581;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.517;QD=16.2577;RBI=0.03209;REFB=0.00287269;REVB=-0.0191387;RO=58;SAF=26;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013027;STB=0.501503;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00476106;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:60:49:49:0.449541:23:26:30:28:23:26:32:28 chr1 158735740 . A G 382.25 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00746767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0247;QD=17.1798;RBI=0.0443981;REFB=0.000426913;REVB=-0.0437656;RO=47;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273351;STB=0.525679;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00132368;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:49:40:40:0.449438:19:21:26:21:19:21:28:21 chr1 158735892 . A G 238.16 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0599968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.28;QD=16.1461;RBI=0.0602245;REFB=0.00774884;REVB=0.00523217;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171449;STB=0.592339;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00719038;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:26:27:0.457627:13:13:10:21:14:13:10:22 chr1 158736215 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.825;QD=61.3339;RBI=0.117065;REFB=0;REVB=-0.0135897;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112489;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:17:21:0:0:17:23:0:0 chr1 158813819 . A C,G 770.0 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=2,47;DP=49;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584774,0.0293568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.7375,139.138;QD=56.0001;RBI=0.00741644,0.0293583;REFB=0,0;REVB=-0.00456152,-0.000302221;RO=0;SAF=1,29;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00992553,0.000395339;OID=.,.;OPOS=158813819,158813819;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:49:55:0:0:2,47:1,54:0.0181818,0.981818:1,18:1,29:0:0:0,21:1,33:0:0 chr1 158986477 . G C 301.66 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.102338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1864;QD=25.138;RBI=0.1105;REFB=-0.00167318;REVB=-0.0416802;RO=21;SAF=5;SAR=22;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214509;STB=0.620291;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00142649;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:22:5:8:13:22:5:8:13 chr1 158990219 . TCCCCT TCCCT,TCCCTC 50.28 PASS AF=0.350877,0;AO=20,2;DP=56;FAO=20,0;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=16,0;FSAR=4,0;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.235991,-0.148533;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.753,105.847;QD=3.52877;RBI=0.24252,0.14888;REFB=-0.170249,-0.0204927;REVB=-0.0558984,0.0101583;RO=30;SAF=18,0;SAR=2,2;SRF=2;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.764894,-0.322894;STB=0.845845,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0896214,0.0525132;OID=.,.;OPOS=158990220,158990223;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=TCCCT,TCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877,0:20,2:56:20,0:57:37:16,0:4,0:8:29:48:30:18,0:2,2:2:28 chr1 158990247 . A G 180.51 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00173883;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.452;QD=12.8938;RBI=0.0118146;REFB=-0.00511288;REVB=0.0116859;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214624;STB=0.633321;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0101256;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:33:34:22:22:0.392857:15:7:17:16:15:7:18:16 chr1 159002377 . C A 183.4 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0486796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0783;QD=15.6086;RBI=0.0491997;REFB=-0.0196372;REVB=0.00713493;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122546;STB=0.503223;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0297876;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:27:19:20:0.425532:9:10:14:12:9:11:15:12 chr1 159002389 . T A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.015002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.801;QD=17.247;RBI=0.019328;REFB=-0.0208323;REVB=0.0121865;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799634;STB=0.544512;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0228554;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:11:10:14:11:11:10:15:12 chr1 159024668 . A T 45.52 PASS AF=0.25;AO=4;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.112113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.656;QD=6.50258;RBI=0.115056;REFB=-0.0252147;REVB=0.0258586;RO=14;SAF=0;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656611;STB=0.639616;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0361283;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:28:14:21:4:7:0.25:4:0:6:8:4:3:13:8 chr1 159169641 . T C 375.5 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.001;QD=55.6298;RBI=0.0542432;REFB=0;REVB=0.0289773;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016797;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 159283494 . T C 321.94 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0690585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3049;QD=27.9949;RBI=0.126004;REFB=-0.0108006;REVB=-0.105394;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109848;STB=0.549964;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00357236;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:12:16:7:10:12:16:8:10 chr1 159283746 . T C 219.92 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0631525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.418;QD=17.5935;RBI=0.0635525;REFB=-0.0194041;REVB=0.00711868;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351417;STB=0.511226;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0164391;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:13:9:12:15:13:9:12:16 chr1 159409734 . G T 856.98 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0555698;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5594;QD=56.1954;RBI=0.0623133;REFB=0.0221944;REVB=-0.0281948;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00392987;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:28:32:0:1:28:32:0:1 chr1 159558258 . A G 804.78 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.249;QD=64.3825;RBI=0.015641;REFB=0;REVB=-0.0125299;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79674e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 159802683 . G A 487.71 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0227447;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.169;QD=21.4378;RBI=0.0262485;REFB=-0.0111665;REVB=-0.013102;RO=44;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887672;STB=0.548999;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00937108;OID=.;OPOS=159802683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:23:24:18:26:23:24:18:26 chr1 159824967 . G C 1548.5 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.872;QD=63.8557;RBI=0.0231902;REFB=0;REVB=0.0228401;RO=0;SAF=31;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95768e-05;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:65:31:0:0:65:32:0:0 chr1 159890121 . G A 211.02 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00863268;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.543;QD=17.585;RBI=0.0195858;REFB=-0.00177587;REVB=-0.0175806;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245586;STB=0.640885;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00361396;OID=.;OPOS=159890121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:6:15:13:14:6:15:13:14 chr1 159897559 . G T 593.88 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00363929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.82;QD=15.5262;RBI=0.00624302;REFB=-0.0170894;REVB=-0.00507257;RO=87;SAF=34;SAR=32;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212846;STB=0.501189;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0290844;OID=.;OPOS=159897559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:87:66:66:0.431373:32:34:45:42:32:34:45:42 chr1 159898100 . A G 285.01 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0137035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2845;QD=23.7508;RBI=0.0626292;REFB=-0.00484136;REVB=-0.0611116;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125985;STB=0.579557;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00442796;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:12:14:8:13:12:14:8:14 chr1 159912899 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0309675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.756;QD=13.208;RBI=0.0309766;REFB=-0.0292336;REVB=-0.000749826;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345446;STB=0.713468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0179727;OID=.;OPOS=159912899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:3:3:5:1:3:3 chr1 159923111 . T G 635.89 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570527;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.642;QD=62.0378;RBI=0.0573343;REFB=0;REVB=0.00567512;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500909;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr1 160062472 . C T 107.22 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0511969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9404;QD=22.5718;RBI=0.0967792;REFB=-0.0498365;REVB=0.0821284;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238292;STB=0.63612;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0368495;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:9:3:4:3:9:3:4:3 chr1 160062727 . A G 292.56 PASS AF=0.44;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00345434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8121;QD=15.603;RBI=0.0188809;REFB=-0.0207217;REVB=-0.0185623;RO=41;SAF=24;SAR=8;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332484;STB=0.66483;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0208221;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:32:33:0.44:8:24:18:23:9:24:19:23 chr1 160124875 . G A 192.88 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.644;QD=40.6058;RBI=0.021551;REFB=-0.0166834;REVB=0.0180073;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.55549;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00117763;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:9:8:1:0:9:8:2:0 chr1 160133955 . G A 284.8 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0162926;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.051;QD=29.2105;RBI=0.0178861;REFB=-0.0118099;REVB=-0.00737984;RO=14;SAF=21;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624107;STB=0.534517;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00610564;OID=.;OPOS=160133955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:4:21:11:3:4:21:11:3 chr1 160134205 . C T 286.15 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0135558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.399;QD=20.4392;RBI=0.0593042;REFB=0.00390008;REVB=-0.0577341;RO=26;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449025;STB=0.524983;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00365125;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:21:9:9:17:21:9:9:17 chr1 160141196 . C T 827.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2729;QD=57.0531;RBI=0.0499066;REFB=0;REVB=-0.00435355;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412749;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:36:20:0:0:38:20:0:0 chr1 160585554 . C G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.84;QD=57.1768;RBI=0.0612047;REFB=0;REVB=0.0516181;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55565e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr1 160650913 . A G 393.75 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00032009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.519;QD=50.8063;RBI=0.0763827;REFB=0.00185648;REVB=0.076382;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517006;STB=0.527759;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-3.32299e-05;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:31:31:2:2:29:29:0.935484:12:17:2:0:12:17:2:0 chr1 160793442 . A G 335.24 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0200914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0722;QD=18.3694;RBI=0.045794;REFB=-0.00320744;REVB=-0.0411512;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382355;STB=0.520933;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00232644;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:37:35:36:0.493151:18:17:19:17:19:17:19:18 chr1 160793560 . A G 123.7 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0569854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.474;QD=8.68056;RBI=0.0597176;REFB=-0.00114301;REVB=0.0178565;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344449;STB=0.520637;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00220803;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:9:8:20:20:9:8:20:20 chr1 160793962 . G C 328.68 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0104492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.412;QD=13.1473;RBI=0.0189411;REFB=-0.00856347;REVB=0.0157981;RO=63;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105915;STB=0.560408;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0150584;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:20:17:23:40:20:17:23:40 chr1 160851826 . A T 356.56 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0222926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6176;QD=19.2732;RBI=0.026004;REFB=-0.0174144;REVB=-0.0133884;RO=37;SAF=13;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175296;STB=0.597682;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0166642;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:24:13:20:17:24:13:20:17 chr1 160851894 . G A 302.72 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.020032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0443;QD=19.5302;RBI=0.0324817;REFB=-0.024859;REVB=0.025569;RO=29;SAF=8;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28036;STB=0.648493;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0269948;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:29:30:31:32:0.516129:23:8:16:13:23:9:17:13 chr1 160920966 . C T 470.42 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0363122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.89;QD=20.6777;RBI=0.0364196;REFB=-0.00709932;REVB=0.00279542;RO=45;SAF=13;SAR=33;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993969;STB=0.555219;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00637352;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:33:13:17:28:33:13:17:28 chr1 160971146 . A G 72.39 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0279375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.744;QD=8.77437;RBI=0.0428605;REFB=-0.00568202;REVB=-0.0325041;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138861;STB=0.585194;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0314603;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:12:11:6:4:12:11 chr1 160990875 . TC CA 35.07 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00849362;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=100.075;QD=5.01001;RBI=0.00851381;REFB=-0.0129267;REVB=-0.000586102;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357895;STB=0.734406;STBP=0.264;TYPE=mnp;VARB=0.0546213;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:22:6:6:0.214286:5:1:9:12:5:1:9:13 chr1 160990878 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0102686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.645;QD=5.00558;RBI=0.0209533;REFB=-0.0155746;REVB=0.0182646;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33919;STB=0.734406;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.040972;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:9:13:5:1:9:13 chr1 161068836 . A C 177.38 PASS AF=0.266667;AO=15;DP=58;FAO=16;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00400951;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.648;QD=11.8254;RBI=0.00731637;REFB=-0.024119;REVB=-0.00611989;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125893;STB=0.554389;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0482637;OID=.;OPOS=161068836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:58:60:36:36:15:16:0.266667:7:8:23:13:7:9:23:13 chr1 161141432 . C G 75.84 PASS AF=0.357143;AO=11;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00425179;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9543;QD=10.835;RBI=0.0175977;REFB=-0.0193147;REVB=0.0170764;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201167;STB=0.565086;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0369942;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:16:18:11:10:0.357143:7:4:9:7:6:4:9:9 chr1 161163037 . T C 614.4 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.549;QD=58.5142;RBI=0.20904;REFB=0;REVB=0.206615;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630846;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:42:0:0:31:42:1:10:21:0:0:19:23:0:0 chr1 161168004 . C T 270.27 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000572438;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.823;QD=18.966;RBI=0.0316476;REFB=-0.0324207;REVB=0.0316425;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140343;STB=0.578437;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0224823;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:18:11:15:13:18:11:15:13 chr1 161183516 . C T 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.339;QD=59.7164;RBI=0.018931;REFB=0.0593768;REVB=0.00463942;RO=1;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011984;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=1.54264e-05;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:39:40:0:1:39:40:0:1 chr1 161202605 . G A 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00082415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.611;QD=48.6244;RBI=0.0404308;REFB=0.119591;REVB=0.0404224;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00114168;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:1:0:8:14:1:0 chr1 161390656 . G A 419.39 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0287255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2431;QD=22.9805;RBI=0.0372758;REFB=-0.00977643;REVB=0.0237557;RO=32;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615874;STB=0.53917;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00711221;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:40:41:0.561644:18:22:20:12:19:22:20:12 chr1 161479745 . A G 418.65 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.000204172;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.439;QD=17.264;RBI=0.0101341;REFB=-0.0177302;REVB=0.010132;RO=54;SAF=28;SAR=15;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817232;STB=0.545899;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0198638;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:54:43:43:0.443299:15:28:31:23:15:28:31:23 chr1 161493715 . A C 191.25 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0326674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.144;QD=15.3;RBI=0.0344234;REFB=-0.00499205;REVB=0.0108539;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201137;STB=0.603001;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00817038;OID=.;OPOS=161493715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:13:6:5:25:14:6:5:25 chr1 161495338 . C A 49.36 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00323022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.174;QD=4.20099;RBI=0.0203242;REFB=-0.00632906;REVB=0.0200659;RO=39;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107517;STB=0.573583;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0422165;OID=.;OPOS=161495338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:5:3:18:21:5:3:18:21 chr1 161495477 . A T 541.58 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0119465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3768;QD=28.8844;RBI=0.0301125;REFB=0.00151486;REVB=0.0276413;RO=26;SAF=20;SAR=29;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156106;STB=0.508471;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000388775;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:29:20:10:16:29:20:10:16 chr1 161495571 . G T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0479022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.631;QD=8.81155;RBI=0.0485322;REFB=-0.0260051;REVB=-0.00779451;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0293227;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr1 161495885 . T C 306.19 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0105667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3187;QD=43.7409;RBI=0.0532186;REFB=0.0349457;REVB=0.052159;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121653;STB=0.511619;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.000665973;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:28:2:3:24:25:0.892857:10:14:1:1:11:14:2:1 chr1 161496530 . C G 160.35 PASS AF=0.328358;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0019737;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.583;QD=9.57328;RBI=0.0177292;REFB=7.7432e-05;REVB=-0.017619;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139295;STB=0.506843;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000119234;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:45:21:22:0.328358:11:10:21:22:12:10:20:25 chr1 161501904 . A T 500.69 PASS AF=0.41791;AO=54;DP=132;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00412475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.472;QD=14.946;RBI=0.0118579;REFB=0.00142219;REVB=0.0111174;RO=76;SAF=32;SAR=22;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426119;STB=0.511926;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00180815;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:76:78:54:56:0.41791:22:32:42:34:24:32:43:35 chr1 161518214 . T C 33.38 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.0443027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5101;QD=1.64835;RBI=0.0638993;REFB=-0.00181748;REVB=0.0460478;RO=73;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108352;STB=0.586237;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0180494;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:6:2:24:49:6:2:24:49 chr1 161518336 . C T 36.01 PASS AF=0.0653061;AO=15;DP=244;FAO=16;FDP=245;FR=.;FRO=229;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=142;FWDB=-0.0132937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.459;QD=0.587989;RBI=0.026524;REFB=-0.00291284;REVB=-0.0229522;RO=227;SAF=6;SAR=9;SRF=86;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234063;STB=0.555371;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0682004;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:244:245:227:229:15:16:0.0653061:9:6:86:141:9:7:87:142 chr1 161561151 . G A 112.36 PASS AF=0.25;AO=18;DP=69;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0223607;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.243;QD=6.60911;RBI=0.032906;REFB=-0.00605023;REVB=-0.0241414;RO=50;SAF=4;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341009;STB=0.694412;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0325387;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:50:51:18:17:0.25:14:4:24:26:13:4:24:27 chr1 161565408 . T C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.0697882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4637;QD=6.78743;RBI=0.0710322;REFB=-0.0153012;REVB=-0.0132359;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115003;STB=0.57127;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0329086;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:7:1:2:21:7:1:2:21 chr1 161565479 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.528;QD=55.0092;RBI=0.0172317;REFB=-0.0338058;REVB=0.00634451;RO=1;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198723;STB=0.510632;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00168141;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:23:9:0:1:23:9:0:1 chr1 161565705 . A G 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0274103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7574;QD=33.9776;RBI=0.0557848;REFB=-0.0920821;REVB=0.0485862;RO=2;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136871;STB=0.576783;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00876117;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:10:2:1:1:10:2:1:1 chr1 161574654 . G A 316.69 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00866974;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.797;QD=14.903;RBI=0.0272441;REFB=-0.0083115;REVB=-0.0258278;RO=50;SAF=10;SAR=25;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178045;STB=0.601443;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0116184;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:25:10:22:28:25:10:22:28 chr1 161591548 . C T 319.23 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0378153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.931;QD=26.6027;RBI=0.0382504;REFB=-0.0283568;REVB=0.00575321;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848886;STB=0.562456;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00828186;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:19:20:27:28:0.583333:14:13:7:12:14:14:7:13 chr1 161599693 . T C 299.69 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0422513;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8751;QD=46.1061;RBI=0.0441299;REFB=-0.0822125;REVB=0.0127386;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148246;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:26:2:2:23:24:0.923077:12:11:1:1:12:12:1:1 chr1 161600995 . C T 262.0 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0414563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.21;QD=17.1804;RBI=0.0414619;REFB=-0.0134733;REVB=-0.000684628;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119162;STB=0.534859;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0116494;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:32:27:29:0.47541:19:8:13:19:19:10:13:19 chr1 161643269 . C T 172.12 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0220915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4291;QD=26.4802;RBI=0.0228353;REFB=0.0153559;REVB=0.00578082;RO=8;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274954;STB=0.672688;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00257376;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:8:9:17:17:0.653846:5:12:2:6:5:12:2:7 chr1 161680258 . G A 1500.43 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502643;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.929;QD=60.0172;RBI=0.0560123;REFB=0;REVB=0.0247159;RO=0;SAF=72;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341639;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:26:72:0:0:26:74:0:0 chr1 161683136 . G A 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.045047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.89;QD=57.8254;RBI=0.0472645;REFB=-0.119751;REVB=0.0143073;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00077685;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:1:0:22:16:1:0 chr1 161695639 . G T 159.66 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.835;QD=45.6156;RBI=0.0550287;REFB=0;REVB=0.0417175;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143516;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:9:5:0:0 chr1 161696088 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.699;QD=39.2068;RBI=0.0316645;REFB=0;REVB=0.00394447;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245887;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 161696782 . G C 160.25 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2959;QD=45.7848;RBI=0.167938;REFB=0;REVB=-0.00974572;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00689518;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:11:3:0:0 chr1 161721707 . C T 236.8 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0297595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0746;QD=26.3108;RBI=0.0385362;REFB=-0.0283051;REVB=-0.0244829;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198394;STB=0.610155;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0316918;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:14:8:9:5:14:8:9:5 chr1 161751741 . A G 423.61 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0204898;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.439;QD=20.6641;RBI=0.0221867;REFB=-0.0219606;REVB=0.00850987;RO=39;SAF=24;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118096;STB=0.559412;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.020286;OID=.;OPOS=161751741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:39:40:42:42:0.512195:18:24:17:22:18:24:18:22 chr1 161823011 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.357;QD=59.4356;RBI=0.0384219;REFB=0;REVB=0.0345837;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83394e-05;OID=.;OPOS=161823011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 161928327 . A G 890.4 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333977;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.067;QD=58.3871;RBI=0.0336381;REFB=0;REVB=-0.00401415;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54868e-05;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:34:25:0:0:34:27:0:0 chr1 161953401 . C T 450.49 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0308797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6318;QD=21.7105;RBI=0.0470674;REFB=0.00679197;REVB=0.0355216;RO=39;SAF=25;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694846;STB=0.538359;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00744375;OID=.;OPOS=161953401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:19:25:19:20:19:25:19:20 chr1 162313735 . C T 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.327;QD=63.2798;RBI=0.0714612;REFB=0;REVB=0.0691728;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375266;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr1 162335256 . C T 887.96 PASS AF=0.601504;AO=78;DP=132;FAO=80;FDP=133;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=60;FSRF=10;FSRR=43;FWDB=0.0126554;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3461;QD=26.7056;RBI=0.0128544;REFB=-0.0390254;REVB=-0.00225267;RO=53;SAF=20;SAR=58;SRF=10;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687426;STB=0.533671;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0241048;OID=.;OPOS=162335256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:53:53:78:80:0.601504:58:20:10:43:60:20:10:43 chr1 162344069 . G A 616.06 PASS AF=0.571429;AO=59;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00432091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.433;QD=23.469;RBI=0.02367;REFB=-0.0107068;REVB=0.0232723;RO=44;SAF=29;SAR=30;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130889;STB=0.568785;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00484623;OID=.;OPOS=162344069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:45:59:60:0.571429:30:29:29:15:31:29:29:16 chr1 162345091 . G A 1949.49 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0391181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3126;QD=59.9845;RBI=0.0703725;REFB=-0.149253;REVB=0.0584984;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508927;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00166676;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:0:2:128:128:0.984615:55:73:0:0:55:73:0:2 chr1 162354803 . G C 726.65 PASS AF=0.445714;AO=78;DP=175;FAO=78;FDP=175;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.00230612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.098;QD=16.6091;RBI=0.0284869;REFB=-0.0217752;REVB=-0.0283934;RO=96;SAF=42;SAR=36;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279269;STB=0.518514;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0243466;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:96:97:78:78:0.445714:36:42:49:47:36:42:49:48 chr1 162367103 . G T 282.13 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=36;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0199688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.339;QD=29.698;RBI=0.0204265;REFB=-0.0208423;REVB=-0.00430005;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870604;STB=0.56175;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00820321;OID=.;OPOS=162367103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:13:13:23:25:0.657895:15:8:3:10:15:10:3:10 chr1 162467014 . C G 1069.48 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226297;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.937;QD=58.6014;RBI=0.0253416;REFB=-0.0919643;REVB=0.0114057;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165901;STB=0.508769;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000904155;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:73:1:1:72:72:0.986301:28:44:0:1:28:44:0:1 chr1 162493009 . C T 506.22 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156368;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.66;QD=59.555;RBI=0.0179385;REFB=0;REVB=0.00879097;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216927;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr1 162737116 . C G 280.86 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0138497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5268;QD=14.4033;RBI=0.0146597;REFB=-0.0332764;REVB=-0.0048057;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16702;STB=0.594537;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0559506;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:15:17:17:29:15:17:17:29 chr1 162740327 . T C 923.98 PASS AF=1;AO=67;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8406;QD=51.332;RBI=0.0691087;REFB=0;REVB=0.0690757;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210581;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:67:72:1:39:28:0:1:44:28:0:0 chr1 162765475 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.046;QD=45.8068;RBI=0.0242121;REFB=0;REVB=-0.0196758;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000593136;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 164529120 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.13;QD=43.484;RBI=0.0462279;REFB=0;REVB=-0.0254296;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83439e-05;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr1 164608825 . G A 1196.1 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156896;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.434;QD=61.3383;RBI=0.0170632;REFB=0;REVB=0.00670753;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132469;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr1 165173216 . A G 1121.9 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00526656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9073;QD=59.0475;RBI=0.0299677;REFB=-0.138899;REVB=0.0295013;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00255255;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:24:51:0:0:24:51:0:1 chr1 165218792 . G A 282.91 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.019097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5113;QD=14.8899;RBI=0.0365869;REFB=0.0131853;REVB=0.0312075;RO=44;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110309;STB=0.562461;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.018207;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:14:18:20:24:14:18:20:24 chr1 165377552 . G A 389.88 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0100042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9957;QD=16.416;RBI=0.0120698;REFB=0.00784239;REVB=0.00675243;RO=54;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954662;STB=0.553564;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0102628;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:22:19:20:34:22:19:20:34 chr1 165398115 . T C 422.36 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0129406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.97;QD=20.8574;RBI=0.0129591;REFB=-0.0113299;REVB=0.000692868;RO=33;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134377;STB=0.613153;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0116924;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:39:42:42:0.518519:26:16:18:15:26:16:24:15 chr1 165533005 . C A 115.03 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0744274;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.689;QD=17.6972;RBI=0.0747689;REFB=-0.00560215;REVB=-0.00713698;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00472339;OID=.;OPOS=165533005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:13:13:13:0.5:11:2:2:11:11:2:2:11 chr1 165601466 . G A 1036.15 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00377544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.011;QD=56.7752;RBI=0.0112128;REFB=-0.0454788;REVB=-0.0105581;RO=2;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018323;STB=0.500969;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000110456;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:38:33:1:1:38:33:1:1 chr1 165624799 . G T 140.58 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00799028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7759;QD=15.1978;RBI=0.0228302;REFB=-0.0285993;REVB=0.0213863;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232835;STB=0.59987;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00974915;OID=.;OPOS=165624799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:4:11:11:10:5:11:11:10 chr1 165630698 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0364;QD=60.6087;RBI=0.0733612;REFB=0;REVB=-0.0145597;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781087;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr1 165652273 . A G 450.94 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8991;QD=56.368;RBI=0.10045;REFB=0;REVB=-0.0891732;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498451;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:15:16:1:0:15:17:0:0 chr1 165737704 . C G 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0243302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.352;QD=54.5124;RBI=0.0244042;REFB=-0.00485559;REVB=0.00189949;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666971;STB=0.535694;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-6.24743e-06;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:13:23:0:2:13:23:0:2 chr1 166818566 . A G 286.48 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0127816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.944;QD=24.3813;RBI=0.0166441;REFB=-0.0196168;REVB=0.010661;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185948;STB=0.516981;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0110235;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:21:26:26:0.553191:17:9:7:12:17:9:8:13 chr1 166822566 . A G 121.24 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0204632;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.04;QD=8.21992;RBI=0.0233427;REFB=-0.00156785;REVB=0.0112312;RO=42;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357064;STB=0.521526;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0172337;OID=.;OPOS=166822566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:42:42:17:17:0.288136:11:6:16:26:11:6:16:26 chr1 166826655 . C T 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0497702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4725;QD=11.9525;RBI=0.0504433;REFB=-0.00370061;REVB=0.00821298;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215402;STB=0.626586;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00938962;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:2:9:5:3:2:9 chr1 166826773 . C T 227.2 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0534626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.01;QD=21.6378;RBI=0.0535288;REFB=-0.012199;REVB=-0.00266126;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253785;STB=0.50448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0120069;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:12:9:8:12:13:9:8:12 chr1 166958601 . T C 306.69 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0212361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6834;QD=10.8562;RBI=0.021686;REFB=-0.00683984;REVB=-0.0043944;RO=73;SAF=19;SAR=20;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554448;STB=0.535923;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00889465;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:73:74:39:39:0.345133:20:19:32:41:20:19:32:42 chr1 166958710 . T G 291.38 PASS AF=0.327586;AO=37;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0704717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.471;QD=10.0474;RBI=0.0729275;REFB=-0.012667;REVB=-0.0187658;RO=76;SAF=17;SAR=20;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124433;STB=0.50961;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0267037;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:76:78:37:38:0.327586:20:17:35:41:21:17:36:42 chr1 167095163 . G C 1447.04 PASS AF=0.978947;AO=90;DP=93;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00931355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9156;QD=60.928;RBI=0.0988608;REFB=-0.177224;REVB=0.0984211;RO=2;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278557;STB=0.513886;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0039162;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:95:2:2:90:93:0.978947:33:57:0:2:35:58:0:2 chr1 167095765 . G A 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00845726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.022;QD=55.221;RBI=0.0199496;REFB=-0.0504058;REVB=0.0180682;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00124077;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:0:1:34:22:0:1 chr1 167095881 . G A 1276.68 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0893823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.356;QD=59.3806;RBI=0.0964499;REFB=-0.19119;REVB=0.0362407;RO=0;SAF=20;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.14185e-08;STB=0.523804;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00227163;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:86:0:2:84:84:0.976744:64:20:0:0:64:20:2:0 chr1 167097739 . C A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8831;QD=53.2748;RBI=0.0502437;REFB=0;REVB=0.0144149;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593267;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr1 167408565 . G T 195.78 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0103422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.524;QD=23.0329;RBI=0.0204538;REFB=-0.0232747;REVB=0.0176465;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107503;STB=0.56921;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00934238;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:19:20:0.588235:8:11:10:4:9:11:10:4 chr1 167510996 . G A 538.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.25;QD=59.8277;RBI=0.0315184;REFB=0;REVB=-0.00852395;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314086;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr1 167817639 . A G 1016.38 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102263;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.781;QD=58.0787;RBI=0.0351459;REFB=0.00290756;REVB=0.0336252;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00288183;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:31:38:0:1:31:38:0:1 chr1 167825485 . T C 329.76 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00136668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7085;QD=18.32;RBI=0.00896941;REFB=-0.00598392;REVB=0.00886468;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108197;STB=0.53298;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00739526;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:37:34:35:0.486111:21:13:13:20:22:13:16:21 chr1 167849414 . A G 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.018791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.467;QD=19.2737;RBI=0.0235545;REFB=-0.017085;REVB=0.0142025;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175538;STB=0.611753;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0289053;OID=.;OPOS=167849414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:16:7:12:13:16:7:13:13 chr1 167906239 . A C,G 924.09 PASS AF=0.984375,0.015625;AO=61,3;DP=64;FAO=63,1;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125213,-0.0967653;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.052,24.2766;QD=57.7559;RBI=0.0203898,0.0976679;REFB=0,0;REVB=0.0160923,-0.0132471;RO=0;SAF=37,2;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000209107,0.116849;OID=.,.;OPOS=167906239,167906239;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:64:64:0:0:61,3:63,1:0.984375,0.015625:24,1:37,2:0:0:25,0:38,1:0:0 chr1 168511284 . T C 112.83 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.645;QD=41.028;RBI=0.104138;REFB=0;REVB=0.0871742;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396226;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:9:11:1:4:5:0:0:6:5:0:0 chr1 168513129 . C T 1244.19 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.201;QD=60.6921;RBI=0.0491336;REFB=0;REVB=0.0447766;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228176;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:82:0:0:74:82:1:33:41:0:0:36:46:0:0 chr1 168545949 . G A 421.36 PASS AF=0.44898;AO=42;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00108264;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.252;QD=17.1984;RBI=0.00495164;REFB=-0.0104699;REVB=0.00483184;RO=54;SAF=11;SAR=31;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189481;STB=0.603608;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0114911;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:42:44:0.44898:31:11:23:31:33:11:22:32 chr1 169101935 . C T 300.38 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0238117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3721;QD=19.0718;RBI=0.0243794;REFB=-0.0193948;REVB=-0.00523058;RO=29;SAF=6;SAR=26;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224271;STB=0.634053;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0263846;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:31:32:32:0.507937:26:6:11:18:26:6:12:19 chr1 169272451 . A T 965.99 PASS AF=0.933333;AO=69;DP=75;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0534645;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.806;QD=51.5194;RBI=0.0559987;REFB=-0.0709868;REVB=0.0166552;RO=5;SAF=30;SAR=39;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470274;STB=0.523985;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000946007;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:75:75:5:5:69:70:0.933333:39:30:4:1:39:31:4:1 chr1 169272453 . G A 1067.82 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0234825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.313;QD=58.5107;RBI=0.0279096;REFB=-0.0468885;REVB=-0.0150836;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000567737;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:38:33:1:0:38:34:1:0 chr1 169345868 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5537;QD=62.9817;RBI=0.0437632;REFB=0;REVB=0.0121917;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720095;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr1 169366516 . G A 2199.39 PASS AF=1;AO=109;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281279;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.917;QD=63.2918;RBI=0.0548726;REFB=0;REVB=0.047115;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002564;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:109:139:1:56:53:0:0:80:59:0:0 chr1 169391135 . G A 437.43 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0120182;FXX=0.0537577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.493;QD=19.8831;RBI=0.0168345;REFB=0.0050092;REVB=-0.0117883;RO=40;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011658;STB=0.511622;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00397026;OID=.;OPOS=169391135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:45:43:43:0.488636:21:22:21:19:21:22:22:23 chr1 169391154 . A G 1573.8 PASS AF=0.99;AO=97;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.239;QD=62.9519;RBI=0.0169684;REFB=-0.142596;REVB=0.00357953;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000165118;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:0:1:97:99:0.99:50:47:0:0:50:49:1:0 chr1 169435027 . C T 803.61 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267012;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9729;QD=57.4007;RBI=0.029998;REFB=0;REVB=0.013672;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325706;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:42:14:0:0:42:14:0:0 chr1 169510139 . G A 556.12 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.998;QD=60.1209;RBI=0.116631;REFB=0;REVB=0.114555;RO=0;SAF=32;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290261;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:33:37:1:1:32:0:0:3:34:0:0 chr1 169512296 . T C 207.81 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0171665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0095;QD=15.1131;RBI=0.0318985;REFB=0.00781769;REVB=-0.0268854;RO=30;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189108;STB=0.616341;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0115427;OID=.;OPOS=169512296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:9:15:13:17:9:15:13:18 chr1 169519049 . T C 1153.08 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.547;QD=60.6883;RBI=0.0311941;REFB=0;REVB=0.0287232;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56292e-05;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr1 169519112 . C T 1607.59 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.832;QD=64.3038;RBI=0.0150475;REFB=0;REVB=0.0138733;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26926e-06;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:46:53:0:0:47:53:0:0 chr1 169529826 . C A 1671.95 PASS AF=0.982609;AO=91;DP=116;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0126995;FXX=0.0170926;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.286;QD=58.1547;RBI=0.0200609;REFB=-0.126324;REVB=0.0155295;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00018364;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:115:0:2:91:113:0.982609:46:45:0:0:54:59:0:2 chr1 169529973 . C T 2018.9 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0170267;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.773;QD=60.7187;RBI=0.0232845;REFB=-0.0480559;REVB=0.0158827;RO=1;SAF=60;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664741;STB=0.500636;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000671163;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:133:1:2:131:131:0.984962:71:60:0:1:71:60:1:1 chr1 169562904 . C T 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.237;QD=64.1497;RBI=0.0865611;REFB=0;REVB=0.00330043;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485214;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 169566313 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.642;QD=63.6147;RBI=0.0231473;REFB=0;REVB=0.0113418;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27651e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:62:33:0:0:62:33:0:0 chr1 169580885 . C T 180.64 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0251347;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9923;QD=18.5275;RBI=0.098829;REFB=0.0095397;REVB=0.0955794;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582958;STB=0.512182;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00176063;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:20:17:19:0.487179:7:10:10:9:9:10:11:9 chr1 169702705 . G A 251.66 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.025735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8241;QD=27.2065;RBI=0.034851;REFB=-0.0132798;REVB=-0.0235011;RO=14;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206348;STB=0.614356;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00686205;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:8:15:5:9:8:15:5:9 chr1 169762807 . T G 93.3 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0288397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.406;QD=19.6431;RBI=0.0288459;REFB=0.0104536;REVB=0.000598034;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300156;STB=0.67464;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00654982;OID=.;OPOS=169762807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:2:9:4:4:2:9:4:4 chr1 169768033 . T C 471.62 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00317375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.553;QD=55.4849;RBI=0.0135617;REFB=0.0252248;REVB=0.0131851;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000581928;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:13:20:0:0:13:20:1:0 chr1 169768080 . C A 576.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.68;QD=60.6358;RBI=0.0162517;REFB=0;REVB=0.00798211;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31979e-05;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:14:24:0:0 chr1 169821135 . C T 104.67 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0477351;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.497;QD=9.96815;RBI=0.0479321;REFB=-0.0168013;REVB=0.0043411;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063689;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0289942;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:15:14:7:6:15:14 chr1 169823718 . T C 946.86 PASS AF=0.918919;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0219978;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.498;QD=51.1818;RBI=0.0221104;REFB=-0.0545505;REVB=-0.00222902;RO=4;SAF=31;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465872;STB=0.510029;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00097042;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:75:74:4:6:68:68:0.918919:37:31:2:2:37:31:2:4 chr1 169927228 . T TG 471.94 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0998846;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.9055;QD=48.4041;RBI=0.165986;REFB=0;REVB=0.132568;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00709879;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:39:39:0:27:12:0:0:8:1:27:11:0:1 chr1 170135669 . C T 260.47 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00134265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.346;QD=14.4708;RBI=0.0105259;REFB=-0.0411558;REVB=0.01044;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799317;STB=0.545424;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0544436;OID=.;OPOS=170135669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:18:12:20:22:18:12:20:22 chr1 170135760 . T C 344.6 PASS AF=0.394495;AO=41;DP=106;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0138209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.751;QD=12.6457;RBI=0.0286881;REFB=-0.00744583;REVB=0.0251394;RO=63;SAF=15;SAR=26;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104936;STB=0.558196;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0136596;OID=.;OPOS=170135760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:63:66:41:43:0.394495:26:15:29:34:28:15:29:37 chr1 170135765 . T C 444.27 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0257204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5286;QD=15.4529;RBI=0.027433;REFB=0.00745505;REVB=0.00954104;RO=65;SAF=18;SAR=32;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913908;STB=0.551299;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0088929;OID=.;OPOS=170135765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:32:18:29:36:32:18:29:36 chr1 170501385 . A C 697.58 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656298;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.198;QD=63.4161;RBI=0.0810001;REFB=0;REVB=0.0474737;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355655;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:24:15:0:0:29:15:0:0 chr1 170521376 . G A 406.97 PASS AF=0.532468;AO=39;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00887822;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9743;QD=21.1411;RBI=0.00955691;REFB=-0.0189288;REVB=-0.00353719;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107227;STB=0.568693;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0154617;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:36:39:41:0.532468:19:20:14:22:19:22:14:22 chr1 170705685 . CTATATATATATATATATATATATATATC CTATATATATATATATAT,CTATATATATATATATATC 1177.1 PASS AF=0,1;AO=10,36;DP=81;FAO=0,78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774959,0.082077;FXX=0.123582;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=320.108,338.578;QD=60.3639;RBI=0.0923675,0.097463;REFB=0,0;REVB=0.0502608,0.0525584;RO=0;SAF=10,20;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000440444;OID=.,.;OPOS=170705703,170705686;OREF=ATATATATATC,TATATATATA;OALT=-,-;OMAPALT=CTATATATATATATATAT,CTATATATATATATATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,36:81:0,78:78:0:0,42:0,36:0:0:6:0:10,20:0,16:0:0 chr1 170916646 . G T 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00613775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3212;QD=14.559;RBI=0.0128731;REFB=0.00133091;REVB=0.0113157;RO=31;SAF=19;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229249;STB=0.668335;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00131079;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:35:26:26:0.42623:7:19:16:15:7:19:16:19 chr1 170928671 . T C 243.07 PASS AF=0.376623;AO=27;DP=75;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=0.0429368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1764;QD=12.6271;RBI=0.0576984;REFB=-0.022878;REVB=-0.0385427;RO=48;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243973;STB=0.655981;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0341861;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:48:48:27:29:0.376623:16:11:10:38:16:13:10:38 chr1 171080080 . G A 800.7 PASS AF=0.555556;AO=74;DP=136;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00937285;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.553;QD=23.7244;RBI=0.0288823;REFB=-0.0189316;REVB=0.0273191;RO=60;SAF=37;SAR=37;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273047;STB=0.511855;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.015779;OID=.;OPOS=171080080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:60:60:74:75:0.555556:37:37:28:32:38:37:28:32 chr1 171112490 . C T 121.32 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0174264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.572;QD=15.1646;RBI=0.0260134;REFB=-0.0176148;REVB=-0.0193137;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275431;STB=0.670813;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0327677;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:8:5:12:6:9:5:12:6 chr1 171154959 . A G 538.24 PASS AF=0.372093;AO=64;DP=173;FAO=64;FDP=172;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.0152509;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.85;QD=12.5173;RBI=0.0318351;REFB=-0.0150967;REVB=-0.0279443;RO=107;SAF=29;SAR=35;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157385;STB=0.506223;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0226016;OID=.;OPOS=171154959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:107:108:64:64:0.372093:35:29:50:57:35:29:50:58 chr1 171168584 . CA TG 376.62 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00141829;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.117;QD=21.833;RBI=0.0085289;REFB=-0.00495008;REVB=-0.00841015;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118929;STB=0.550698;STBP=0.355;TYPE=mnp;VARB=0.00390512;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:31:37:38:0.550725:18:19:11:19:19:19:12:19 chr1 171461787 . G A,T 473.08 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130351,0.00976889;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.858,66.6269;QD=57.3431;RBI=0.0158496,0.00978287;REFB=0,0;REVB=-0.00901635,-0.000522943;RO=0;SAF=14,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00433605,0.114846;OID=.,.;OPOS=171461787,171461787;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:17,2:14,0:0:0:17,2:14,0:0:0 chr1 171509327 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8113;QD=44.6893;RBI=0.0464809;REFB=0;REVB=-0.0273059;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317232;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:9:4:0:0 chr1 171511039 . C G 474.59 PASS AF=0.9;AO=35;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0104299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6315;QD=47.4587;RBI=0.0451484;REFB=-0.116337;REVB=-0.0439272;RO=3;SAF=9;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145699;STB=0.5;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0139584;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:40:40:3:4:35:36:0.9:26:9:1:2:27:9:1:3 chr1 171514731 . C G 259.98 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950856;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.189;QD=51.9961;RBI=0.0148172;REFB=0;REVB=-0.0113639;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59404e-05;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 171526570 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.952;QD=44.6897;RBI=0.0306436;REFB=0;REVB=0.0232797;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335397;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 171556165 . G C 443.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.549;QD=57.2537;RBI=0.0262793;REFB=0;REVB=0.0208417;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152534;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr1 171558516 . C T 508.37 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.01;QD=56.4854;RBI=0.0649353;REFB=-0.0709242;REVB=0.0609358;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00183074;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:15:19:0:1:15:20:0:1 chr1 171621525 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0155046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.262;QD=24.493;RBI=0.01577;REFB=-0.0297715;REVB=-0.00288105;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165674;STB=0.592404;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0213348;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:13:8:9:6:13:8:9:6 chr1 171751236 . T A,C 966.39 PASS AF=0.0144928,0.971014;AO=4,63;DP=68;FAO=1,67;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=1,27;FSAR=0,40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137155,0.0141773;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.505,74.4172;QD=56.0225;RBI=0.0155094,0.0460134;REFB=-0.087813,0.0180892;REVB=0.00724071,0.0437748;RO=0;SAF=2,26;SAR=2,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.509088;STBP=1,0.279;TYPE=snp,snp;VARB=0.106165,0.00020774;OID=.,.;OPOS=171751236,171751236;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:68:69:0:1:4,63:1,67:0.0144928,0.971014:2,37:2,26:0:0:0,40:1,27:1:0 chr1 171753039 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.708;QD=56.9987;RBI=0.0240349;REFB=0;REVB=0.0182045;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121785;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr1 171755170 . G A 847.74 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188501;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.337;QD=57.4737;RBI=0.0562658;REFB=0;REVB=0.0530143;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360372;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr1 171810960 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.904;QD=62.0207;RBI=0.0641048;REFB=0;REVB=-0.0033538;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159361;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr1 172157585 . C A 464.94 PASS AF=0.734694;AO=34;DP=47;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0427367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.286;QD=37.9539;RBI=0.0455613;REFB=-0.05501;REVB=-0.0157925;RO=13;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104819;STB=0.545429;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0250232;OID=.;OPOS=172157585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:13:13:34:36:0.734694:20:14:8:5:20:16:8:5 chr1 172356437 . A G 616.7 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.197;QD=60.1663;RBI=0.026473;REFB=0;REVB=0.0220853;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613527;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:22:17:0:0:23:18:0:0 chr1 172410967 . G A 621.97 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.027927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4948;QD=43.6472;RBI=0.0627769;REFB=-0.0119632;REVB=-0.056223;RO=6;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127694;STB=0.560351;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00692046;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:57:57:6:7:50:50:0.877193:19:31:0:6:19:31:1:6 chr1 172411496 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.857;QD=37.4885;RBI=0.0177394;REFB=0;REVB=-0.0127349;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131185;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 172412995 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4856;QD=64.4134;RBI=0.0629361;REFB=0;REVB=-0.034344;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101273;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 172434812 . C T 279.01 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0130456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.022;QD=41.3352;RBI=0.0163529;REFB=-0.0251956;REVB=0.00986047;RO=4;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176344;STB=0.50957;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00427123;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:16:7:1:3:16:7:1:3 chr1 172437592 . G A 964.93 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.169;QD=58.4803;RBI=0.0361539;REFB=0;REVB=0.00623474;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141852;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:25:38:0:0:26:40:0:0 chr1 172502479 . T C 500.95 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0119037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5843;QD=19.4543;RBI=0.101033;REFB=0.00262395;REVB=-0.10033;RO=51;SAF=23;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255817;STB=0.51414;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00357746;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:29:23:24:27:29:23:24:27 chr1 173457017 . C T 1434.02 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.483;QD=63.0337;RBI=0.0216233;REFB=0;REVB=0.0214952;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93157e-05;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:35:55:0:0:36:55:0:0 chr1 173474429 . T C 325.29 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0309243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2811;QD=22.434;RBI=0.0315439;REFB=-0.0146726;REVB=0.00622173;RO=25;SAF=16;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980208;STB=0.554008;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0160784;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:17:16:9:16:17:16:9:16 chr1 173516871 . G C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00451253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.517;QD=13.2125;RBI=0.0274798;REFB=-0.0217989;REVB=0.0271067;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303876;STB=0.642653;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0200303;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:4:9:9:13:5:9:9:13 chr1 173516903 . A G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0216754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.475;QD=15.6983;RBI=0.0274972;REFB=-0.0116087;REVB=0.0169195;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198855;STB=0.599867;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0214357;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:6:9:7:11:6:9:8:11 chr1 173878832 . T C 707.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9638;QD=62.8724;RBI=0.0539798;REFB=0;REVB=-0.0270056;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107694;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 173878862 . T C 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.541;QD=61.3301;RBI=0.0450341;REFB=0;REVB=0.0190929;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179212;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 173903737 . G A 192.3 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00590331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0974;QD=16.0251;RBI=0.0108097;REFB=0.0114539;REVB=-0.00905542;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185573;STB=0.520813;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0165569;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:10:10:14:13:10:10:15:13 chr1 173934153 . T C 318.97 PASS AF=0.592593;AO=30;DP=51;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0458345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1766;QD=23.6277;RBI=0.095201;REFB=-0.0167008;REVB=-0.0834412;RO=21;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114538;STB=0.533959;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0103937;OID=.;OPOS=173934153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:21:22:30:32:0.592593:20:10:10:11:20:12:10:12 chr1 173934163 . A C 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00575015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3469;QD=15.2533;RBI=0.0224624;REFB=0.0199709;REVB=-0.0217139;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139181;STB=0.579922;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0272899;OID=.;OPOS=173934163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:11:19:10:10:11:19 chr1 174959108 . G A 211.95 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00202583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.657;QD=16.6234;RBI=0.01501;REFB=-0.0178621;REVB=0.0148726;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227624;STB=0.628273;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0299086;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:8:20:11:12:8:20 chr1 175046789 . A G 247.47 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0097792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9362;QD=15.4666;RBI=0.0246467;REFB=0.000747759;REVB=-0.0226236;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204577;STB=0.594792;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00103542;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:35:28:29:0.453125:14:14:8:21:14:15:12:23 chr1 175049379 . G A 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0919411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2785;QD=21.9675;RBI=0.106205;REFB=-0.0085212;REVB=0.053164;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105049;STB=0.55926;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.008989;OID=.;OPOS=175049379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:6:11:15:5:6:11 chr1 175054548 . C T 238.94 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00741127;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.251;QD=17.699;RBI=0.0297629;REFB=-0.00436505;REVB=-0.0288253;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894198;STB=0.518815;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00517785;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:27:27:24:27:0.5:10:14:16:11:12:15:16:11 chr1 175087884 . CA TG 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039436;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.614;QD=58.6006;RBI=0.0133395;REFB=0;REVB=0.0127433;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.01265e-05;OID=.;OPOS=175087884;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr1 175092674 . C G,T 732.43 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=3,43;DP=47;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130167,0.0303934;FXX=0.020404;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.7704,182.039;QD=61.0362;RBI=0.0343684,0.0344452;REFB=0,0;REVB=-0.0318081,0.0162083;RO=0;SAF=1,26;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.75441e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0238994,0.00108477;OID=.,.;OPOS=175092674,175092674;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:48:0:0:3,43:2,46:0.0416667,0.958333:2,17:1,26:0:0:1,18:1,28:0:0 chr1 175092707 . C T 184.0 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00150664;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.165;QD=17.5237;RBI=0.00558971;REFB=-0.00942599;REVB=-0.00538283;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378354;STB=0.718061;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0105613;OID=.;OPOS=175092707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:10:13:4:15:10:13 chr1 175113578 . T C 1663.03 PASS AF=1;AO=108;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.711;QD=59.3938;RBI=0.0309727;REFB=0;REVB=0.0256959;RO=1;SAF=59;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797772;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104016;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:1:0:108:112:1:49:59:1:0:52:60:0:0 chr1 175129946 . C T 660.73 PASS AF=0.746667;AO=21;DP=64;FAO=56;FDP=75;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0294068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.751;QD=35.239;RBI=0.0568996;REFB=-0.0696278;REVB=0.0487114;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501945;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.033534;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:75:0:19:21:56:0.746667:9:12:0:0:32:24:8:11 chr1 175299301 . T C 165.44 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00291562;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3211;QD=22.819;RBI=0.00715194;REFB=0.00690699;REVB=0.00653066;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374144;STB=0.630901;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00367169;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:14:12:16:17:0.586207:13:3:8:6:13:4:6:6 chr1 175324651 . A G 256.3 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0019912;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.27;QD=17.6758;RBI=0.0148056;REFB=-0.0195001;REVB=-0.0146711;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810446;STB=0.554416;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0215447;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:29:30:28:28:0.482759:16:12:15:14:16:12:16:14 chr1 175348723 . C T 2052.1 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00880254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3438;QD=59.9153;RBI=0.0488502;REFB=0.0111066;REVB=-0.0480506;RO=2;SAF=71;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132003;STB=0.510343;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.000882783;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:2:3:134:134:0.978102:63:71:2:0:63:71:3:0 chr1 175355391 . A G 1616.0 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0417493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3626;QD=57.2034;RBI=0.0490569;REFB=-0.0915062;REVB=0.0257601;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.509258;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00239158;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:113:113:0:2:110:111:0.982301:52:58:0:0:53:58:0:2 chr1 175375469 . C A 484.97 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00392204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.919;QD=16.4398;RBI=0.00507761;REFB=0.00200028;REVB=0.00322487;RO=65;SAF=34;SAR=19;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166877;STB=0.593313;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00214248;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:19:34:31:34:19:34:31:34 chr1 175375683 . T C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.344;QD=60.3765;RBI=0.0153616;REFB=0;REVB=-0.0127244;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92561e-06;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr1 175375802 . T C 672.92 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.020189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.709;QD=51.763;RBI=0.031979;REFB=-0.0617266;REVB=0.0248004;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712453;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:1:2:49:50:0.961538:25:24:1:0:25:25:1:1 chr1 176103053 . TACAC TAC,TACAG 753.15 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=49,2;DP=55;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155005,0.0393173;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=233.877,101.254;QD=55.7886;RBI=0.0200273,0.0412977;REFB=0,0;REVB=-0.0126818,-0.0126352;RO=0;SAF=20,1;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000294598,0.0640831;OID=.,.;OPOS=176103054,176103057;OREF=AC,C;OALT=-,G;OMAPALT=TAC,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.962963,0.037037:49,2:55:52,2:54:0:22,1:30,1:0:0:8:0:20,1:29,1:0:0 chr1 176118217 . TAG ATA,TAA 284.75 PASS AF=0,0.559322;AO=4,17;DP=60;FAO=0,33;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=0,8;FSAR=0,25;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0219458,0.017239;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=160.796,169.073;QD=19.3051;RBI=0.0310772,0.0314291;REFB=-0.022073,-0.0176617;REVB=0.0220039,0.0262794;RO=27;SAF=0,1;SAR=4,16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.624832,-0.650755;STB=0.5,0.615688;STBP=1,0.069;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0170949;OID=.,.;OPOS=176118217,176118219;OREF=TAG,G;OALT=ATA,A;OMAPALT=ATA,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:60:59:27:26:4,17:0,33:0,0.559322:4,16:0,1:14:13:0,25:0,8:12:14 chr1 176563860 . C T 166.38 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00513968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.2;QD=14.7892;RBI=0.0135388;REFB=-0.00417966;REVB=0.0125253;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191953;STB=0.511099;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00810617;OID=.;OPOS=176563860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:14:13:9:9:14:13 chr1 176863836 . G C 407.07 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0498049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5217;QD=50.8837;RBI=0.052282;REFB=-0.168372;REVB=0.0159023;RO=2;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00837156;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:2:2:29:30:0.9375:11:18:2:0:12:18:2:0 chr1 176863867 . T C 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5599;QD=58.1321;RBI=0.0409362;REFB=0;REVB=0.0394509;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532703;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr1 176903324 . G A 439.84 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00604956;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7632;QD=19.1236;RBI=0.00678834;REFB=-0.00260195;REVB=-0.00307968;RO=47;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473485;STB=0.531048;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00231609;OID=.;OPOS=176903324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:20:24:28:19:20:24:29:19 chr1 177908852 . C T 929.29 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.019188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.276;QD=55.4803;RBI=0.0192;REFB=-0.0519517;REVB=-0.000679736;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014534;STB=0.50023;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00294714;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:32:33:0:1:32:33:1:1 chr1 177915474 . A C 960.84 PASS AF=0.985075;AO=59;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154537;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.048;QD=57.3633;RBI=0.0324753;REFB=0.0447293;REVB=0.0285627;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-5.08046e-05;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:59:66:0.985075:20:39:0:0:23:43:0:1 chr1 177929554 . C T 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.622;QD=51.1786;RBI=0.0423604;REFB=0;REVB=-0.0405881;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227791;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 177929987 . T C 788.73 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318148;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.95;QD=64.3863;RBI=0.0335393;REFB=0;REVB=0.0106162;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248568;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 177935050 . T A 212.61 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0137618;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.614;QD=19.328;RBI=0.0140138;REFB=0.00181494;REVB=-0.0026457;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842361;STB=0.568901;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00226062;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:10:11:9:12:10:11:9:14 chr1 178483231 . G A 275.15 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0178816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.749;QD=13.1021;RBI=0.0181807;REFB=-0.0273945;REVB=0.00328423;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25341;STB=0.648008;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0295055;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:15:17:15:36:15:17:15:37 chr1 178489978 . T G 289.19 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00109136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.899;QD=16.066;RBI=0.0159481;REFB=-0.021957;REVB=-0.0159107;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985494;STB=0.54875;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0183988;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:40:32:32:0.444444:18:14:20:17:18:14:21:19 chr1 178492447 . T A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000326985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6524;QD=11.4253;RBI=0.0350968;REFB=-0.0178007;REVB=0.0350952;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113062;STB=0.506573;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0375858;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:18:19:11:10:18:19 chr1 178514560 . A AT,ATT 106.22 PASS AF=0.692308,0;AO=12,4;DP=27;FAO=18,0;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.101153,-0.0540251;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.9635,12.4657;QD=16.3418;RBI=0.217036,0.117547;REFB=0.0130791,0.0102173;REVB=0.192022,0.104397;RO=10;SAF=7,2;SAR=5,2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.221878,0.217427;STB=0.555494,0.5;STBP=0.426,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00791728,0.0245854;OID=.,.;OPOS=178514561,178514561;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308,0:12,4:27:18,0:26:8:10,0:8,0:3:5:21:10:7,2:5,2:3:7 chr1 178514622 . C T 150.49 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.185516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2387;QD=11.3579;RBI=0.188257;REFB=-0.0112559;REVB=-0.0320079;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747578;STB=0.567828;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0101154;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:34:18:19:0.358491:11:7:8:17:12:7:16:18 chr1 178514655 . T C 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0065839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.03;QD=11.8203;RBI=0.0129374;REFB=-0.00538019;REVB=-0.0111369;RO=42;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15391;STB=0.583159;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00969941;OID=.;OPOS=178514655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:17:8:19:23:17:8:19:24 chr1 178820159 . C A 310.45 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000839545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8981;QD=23.4304;RBI=0.0455378;REFB=-0.0369575;REVB=-0.04553;RO=22;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222653;STB=0.501228;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164775;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:17:14:10:12:17:14:10:12 chr1 178858759 . G A 347.81 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00456249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1061;QD=14.8004;RBI=0.0239419;REFB=0.0297028;REVB=-0.0235031;RO=56;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131003;STB=0.574308;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0226509;OID=.;OPOS=178858759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:23:15:29:27:23:15:29:27 chr1 179065125 . C T 129.5 PASS AF=0.375;AO=13;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0343484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4903;QD=12.95;RBI=0.0415057;REFB=-0.0111244;REVB=0.0233005;RO=25;SAF=11;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894263;STB=0.618866;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00670135;OID=.;OPOS=179065125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:13:15:0.375:2:11:20:5:2:13:19:6 chr1 179068851 . A G 192.11 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0492867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0632;QD=23.2854;RBI=0.0492953;REFB=-0.00739551;REVB=-0.00092172;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606299;STB=0.533945;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00755725;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:7:7:11:8:7:7 chr1 179072728 . T C 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00565771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.079;QD=14.4727;RBI=0.00565778;REFB=-0.00519606;REVB=-2.96152e-05;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870082;STB=0.541639;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00663253;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:15:15:17:24:15:15:18:24 chr1 179310262 . C T 225.96 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00250733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3769;QD=13.292;RBI=0.00493947;REFB=-0.00298197;REVB=0.00425578;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162315;STB=0.592524;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00291198;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:41:27:27:0.397059:16:11:22:17:16:11:23:18 chr1 179312752 . C T 937.48 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.937;QD=58.5928;RBI=0.0239483;REFB=0;REVB=0.00593986;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65185e-05;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr1 179319541 . C G 819.52 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0171391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3461;QD=52.033;RBI=0.0438816;REFB=-0.113988;REVB=0.0403961;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.527263;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00471948;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:63:63:0:3:58:58:0.920635:32:26:0:0:32:26:3:0 chr1 179320578 . A G 753.72 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.373;QD=56.8847;RBI=0.0311937;REFB=0;REVB=0.010437;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152739;OID=.;OPOS=179320578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:24:27:0:0:24:29:0:0 chr1 179347832 . T C 696.43 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.151;QD=52.5605;RBI=0.0305182;REFB=0.0185497;REVB=-0.0234833;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.521731;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000658874;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:29:22:1:0:29:22:2:0 chr1 179452275 . G A 1213.4 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620344;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0898;QD=61.4381;RBI=0.0326572;REFB=0;REVB=-0.0320626;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987242;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:29:49:0:0:30:49:0:0 chr1 179462056 . T G 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0117418;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.857;QD=15.7536;RBI=0.0376192;REFB=-0.000668549;REVB=-0.0357398;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106561;STB=0.561138;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00114154;OID=.;OPOS=179462056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:10:17:10:9:10:17 chr1 179520151 . C T 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.172;QD=57.5407;RBI=0.0137976;REFB=0;REVB=-0.00306927;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43529e-05;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr1 179604864 . C T 923.9 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.167;QD=56.8556;RBI=0.0188129;REFB=-0.129656;REVB=0.0144789;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000566687;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:32:32:0:1:32:32:0:1 chr1 179609589 . G T 1034.06 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.611;QD=59.0889;RBI=0.0148613;REFB=0;REVB=0.00774364;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57265e-05;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:43:25:0:0:43:27:0:0 chr1 179852074 . T C 507.56 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025485;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7203;QD=59.7132;RBI=0.0260082;REFB=0;REVB=-0.00519015;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00246712;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:25:9:0:0 chr1 179858444 . G A 1054.18 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.377;QD=58.5656;RBI=0.0401024;REFB=0;REVB=0.0337881;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919348;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:69:72:1:34:35:0:0:34:38:0:0 chr1 179876988 . C G 939.72 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00447516;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.575;QD=54.4767;RBI=0.00828926;REFB=-0.0129066;REVB=-0.00697745;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.506594;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-2.7438e-05;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:69:1:3:66:66:0.956522:34:32:1:0:34:32:1:2 chr1 179887125 . G A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0228282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4918;QD=56.4864;RBI=0.0332047;REFB=-0.0309139;REVB=-0.0241127;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000310264;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr1 179989584 . G C 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0212405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.107;QD=9.91544;RBI=0.0317014;REFB=-0.00964623;REVB=0.0235334;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912882;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0116597;OID=.;OPOS=179989584;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:9:8:5:4:9:8 chr1 179989742 . G C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0291433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.494;QD=10.6347;RBI=0.0411796;REFB=-0.0272809;REVB=0.0290934;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31536;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0220051;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:9:4:5:3:9:4 chr1 180010911 . A G 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.021325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5884;QD=15.5763;RBI=0.0317016;REFB=-0.00950823;REVB=0.0234571;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40911;STB=0.737833;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00904983;OID=.;OPOS=180010911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:7:17:8:21:7:17:8:22 chr1 180145088 . A G 958.32 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293798;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3878;QD=58.9736;RBI=0.0374566;REFB=0;REVB=0.023234;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517904;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr1 180159654 . C T 314.17 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0260591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5344;QD=16.3203;RBI=0.0261865;REFB=-0.0238037;REVB=0.00257924;RO=42;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059836;STB=0.51612;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0159526;OID=.;OPOS=180159654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:42:42:33:35:0.454545:20:13:19:23:21:14:18:24 chr1 180159657 . C T 364.09 PASS AF=0.487179;AO=29;DP=80;FAO=38;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.010838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.601;QD=18.671;RBI=0.0145725;REFB=-0.0311989;REVB=0.00974133;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105488;STB=0.524678;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0353602;OID=.;OPOS=180159657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:41:40:29:38:0.487179:14:15:17:24:21:17:16:24 chr1 180167440 . A G 285.21 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0355425;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6006;QD=13.745;RBI=0.0615828;REFB=-0.0207193;REVB=-0.0502909;RO=50;SAF=11;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130751;STB=0.560603;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0367546;OID=.;OPOS=180167440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:32:33:0.39759:21:11:23:27:21:12:23:27 chr1 180243524 . A G 1230.81 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521779;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.704;QD=61.5406;RBI=0.053512;REFB=0;REVB=-0.0118744;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98145e-05;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr1 180854067 . A G 805.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.135;QD=64.4012;RBI=0.0144239;REFB=0;REVB=0.0124937;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52112e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr1 180885430 . T C 695.71 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.788;QD=60.4963;RBI=0.0124884;REFB=-0.00291808;REVB=-0.005425;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=1.95814e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:45:45:0.978261:26:19:0:0:26:19:1:0 chr1 180897569 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.615;QD=61.3357;RBI=0.0403949;REFB=0;REVB=0.03972;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1829e-05;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 180905694 . C T 117.0 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.114082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7233;QD=21.2723;RBI=0.120511;REFB=-0.00211739;REVB=0.0388352;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109623;STB=0.5624;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00577147;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:4:5:9:4:4:5 chr1 180913597 . A G 776.92 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2559;QD=62.1533;RBI=0.115432;REFB=0;REVB=-0.0967714;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170819;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:42:50:1:21:21:0:0:23:27:0:0 chr1 180944532 . T TAA 502.65 PASS AF=1;AO=38;DP=47;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324238;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=35.9943;QD=46.7583;RBI=0.0374218;REFB=0;REVB=0.0186839;RO=5;SAF=21;SAR=17;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993591;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.52018e-05;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:47:43:43:0:25:18:0:0:9:5:21:17:5:0 chr1 180953853 . A G 770.09 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164573;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9599;QD=64.1739;RBI=0.0341052;REFB=0;REVB=0.0298717;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490575;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr1 181018236 . A G 87.81 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00252375;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1478;QD=12.5447;RBI=0.00763508;REFB=-0.00578085;REVB=-0.00720591;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.567442;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0130583;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:8:9:7:4:8:9 chr1 181024404 . G A 387.59 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0493464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.704;QD=18.4566;RBI=0.0500985;REFB=-0.0170864;REVB=0.00864829;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22284;STB=0.619509;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0292318;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:44:40:40:0.47619:21:19:10:32:21:19:11:33 chr1 181391978 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0103275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.761;QD=22.7213;RBI=0.0106432;REFB=0.00462132;REVB=-0.002573;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291936;STB=0.516119;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00526711;OID=.;OPOS=181391978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:15:16:11:12:15:16:11:12 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=70;DP=111;LEN=5;RO=41;SAF=30;SAR=39;SRF=19;SRR=23;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:111:41:70:39:30:19:23 chr1 182356399 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0227326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1479;QD=16.7846;RBI=0.0227521;REFB=-0.0145732;REVB=-0.000942397;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376532;STB=0.510925;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0229244;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:17:12:12:20:17:12:13:20 chr1 182369078 . G A 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0284054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.374;QD=11.9914;RBI=0.0285125;REFB=-0.00965628;REVB=0.00246824;RO=32;SAF=4;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367169;STB=0.726148;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.014898;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:33:18:18:0.352941:14:4:17:15:14:4:18:15 chr1 182369233 . A G 209.46 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0223947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.837;QD=18.6186;RBI=0.0305258;REFB=-0.00476814;REVB=0.0207437;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753841;STB=0.542816;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00894653;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:13:11:8:13:13:11 chr1 182496829 . A G 1189.62 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9921;QD=61.0061;RBI=0.0199193;REFB=0;REVB=0.0197734;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104848;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr1 182551337 . A C 1175.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610307;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.567;QD=61.057;RBI=0.0078716;REFB=0;REVB=0.00497138;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86791e-05;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr1 182554557 . C T 374.22 PASS AF=0.43956;AO=38;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0517052;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.363;QD=16.4494;RBI=0.0517408;REFB=-0.0119141;REVB=-0.00191811;RO=50;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602837;STB=0.53361;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.012401;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:50:51:38:40:0.43956:16:22:26:24:18:22:25:26 chr1 182568204 . G C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.428;QD=60.3767;RBI=0.0213795;REFB=0;REVB=0.0160227;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93629e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr1 182569626 . T C,G 714.75 PASS AF=0.958333,0.0208333;AO=44,2;DP=47;FAO=46,1;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=20,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00746717,-0.0236416;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.8512,145.452;QD=59.5625;RBI=0.0491454,0.0236981;REFB=-0.0724489,-0.0801572;REVB=0.0485748,-0.00163604;RO=0;SAF=24,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.30465e-08,0;STB=0.50943,0.989913;STBP=0.509,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00332783,0.100325;OID=.,.;OPOS=182569626,182569626;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:48:0:1:44,2:46,1:0.958333,0.0208333:20,1:24,1:0:0:20,1:26,0:1:0 chr1 182640851 . T G 369.55 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00655035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.924;QD=13.0815;RBI=0.0295286;REFB=-0.0212912;REVB=-0.0287929;RO=69;SAF=19;SAR=25;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143063;STB=0.581126;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0291986;OID=.;OPOS=182640851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:69:44:44:0.389381:25:19:39:30:25:19:39:30 chr1 182640864 . T C 403.33 PASS AF=0.405172;AO=46;DP=114;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00446658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0298;QD=13.9081;RBI=0.0265828;REFB=-0.0100934;REVB=-0.0262048;RO=68;SAF=19;SAR=27;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168931;STB=0.595704;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00918884;OID=.;OPOS=182640864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:68:69:46:47:0.405172:27:19:39:29:28:19:39:30 chr1 182778367 . G A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.117;QD=50.134;RBI=0.035623;REFB=-0.020703;REVB=0.0223092;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000315383;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr1 182850727 . T C 1404.31 PASS AF=0.97;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0500161;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4884;QD=56.1725;RBI=0.0632319;REFB=-0.0451643;REVB=0.0386867;RO=2;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158046;STB=0.512394;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0119665;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:100:2:3:97:97:0.97:59:38:0:2:59:38:0:3 chr1 182993025 . C T 399.5 PASS AF=0.415929;AO=48;DP=114;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0472365;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0213;QD=14.1415;RBI=0.0474327;REFB=0.0088836;REVB=-0.00431038;RO=59;SAF=25;SAR=23;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549437;STB=0.543708;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0117027;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:59:66:48:47:0.415929:23:25:34:25:22:25:40:26 chr1 183072590 . T C 182.04 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0223419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0162;QD=11.5581;RBI=0.0485857;REFB=-0.0244766;REVB=-0.0431441;RO=40;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108433;STB=0.562448;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0350487;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:14:9:12:28:14:9:12:28 chr1 183085755 . A G 537.51 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0657371;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.204;QD=23.6269;RBI=0.0660668;REFB=-0.00855409;REVB=0.00659244;RO=39;SAF=23;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042303;STB=0.523569;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0106085;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:41:50:50:0.549451:27:23:20:19:27:23:21:20 chr1 183086757 . A C 206.62 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0276022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.396;QD=11.0196;RBI=0.0368214;REFB=-0.00883543;REVB=-0.0243707;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245262;STB=0.634341;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0185811;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:49:26:26:0.346667:11:15:17:31:11:15:18:31 chr1 183093875 . T C 493.39 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00673343;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.941;QD=21.9286;RBI=0.0124741;REFB=0.000948332;REVB=0.0105007;RO=40;SAF=13;SAR=34;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165304;STB=0.597609;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00070741;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:40:42:47:48:0.533333:34:13:18:22:35:13:19:23 chr1 183094547 . T C 267.52 PASS AF=0.43662;AO=29;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00961931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.481;QD=15.0718;RBI=0.0101977;REFB=-0.0113309;REVB=-0.00338557;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16302;STB=0.590063;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0146644;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:40:29:31:0.43662:14:15:27:13:15:16:27:13 chr1 183105705 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0142338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.424;QD=13.3678;RBI=0.0207976;REFB=-0.00304189;REVB=-0.0151639;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206939;STB=0.620634;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00508324;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:7:11:13:18:7:11:13:18 chr1 183112041 . G C 477.83 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00761129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7538;QD=19.7045;RBI=0.00818647;REFB=-0.0280713;REVB=-0.00301441;RO=49;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387801;STB=0.526766;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0277014;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:25:22:25:24:25:22:26:24 chr1 183112412 . A G 272.36 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0660627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4464;QD=15.5633;RBI=0.0702058;REFB=0.0113425;REVB=0.0237609;RO=36;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229849;STB=0.533048;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0159716;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:39:30:31:0.442857:19:11:14:22:20:11:16:23 chr1 183112505 . T C 419.89 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0222282;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.571;QD=20.2355;RBI=0.0312033;REFB=-0.0110632;REVB=0.0218987;RO=38;SAF=8;SAR=34;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370909;STB=0.695242;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00774202;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:41:42:42:0.506024:34:8:21:17:34:8:21:20 chr1 183112566 . T C 527.17 PASS AF=0.6;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0148238;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.958;QD=26.3585;RBI=0.0148379;REFB=-0.000780919;REVB=0.00064803;RO=31;SAF=15;SAR=32;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294967;STB=0.542235;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000521645;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:32:47:48:0.6:32:15:11:20:33:15:13:19 chr1 183112764 . A G 106.41 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=51;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00949415;FXX=0.039208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.435;QD=8.68647;RBI=0.0138324;REFB=-0.00398212;REVB=0.0100596;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13356;STB=0.620521;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.014608;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:33:35:13:14:0.285714:6:7:14:19:6:8:14:21 chr1 183114634 . G A 340.08 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00438114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.497;QD=20.9281;RBI=0.0310801;REFB=-0.00539479;REVB=-0.0307698;RO=30;SAF=10;SAR=25;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474346;STB=0.5263;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0036814;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:25:10:10:20:25:10:10:20 chr1 183184616 . C T 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0270894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.809;QD=20.7383;RBI=0.0306734;REFB=0.00027126;REVB=0.0143883;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122168;STB=0.506889;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-1.3409e-05;OID=.;OPOS=183184616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:6:10:11:7:6:10 chr1 183187603 . C T 967.24 PASS AF=0.54386;AO=92;DP=171;FAO=93;FDP=171;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0131139;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.453;QD=22.6256;RBI=0.014085;REFB=-0.00440497;REVB=-0.00513931;RO=78;SAF=36;SAR=56;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093567;STB=0.552957;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00402975;OID=.;OPOS=183187603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:78:78:92:93:0.54386:56:36:39:39:57:36:39:39 chr1 183192304 . T G 270.45 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0494873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6938;QD=14.6189;RBI=0.0499182;REFB=-0.015464;REVB=-0.00654486;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225814;STB=0.627389;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0278689;OID=.;OPOS=183192304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:29:14:17:14:29:14 chr1 183201970 . G C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.011712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1322;QD=16.6267;RBI=0.0117828;REFB=0.0335056;REVB=0.00129061;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144167;STB=0.583803;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0197237;OID=.;OPOS=183201970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:5:9:10:3:5:9 chr1 183206573 . G A 139.07 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0205485;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.915;QD=11.5894;RBI=0.0226487;REFB=-0.0116676;REVB=-0.00952475;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105643;STB=0.562423;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0235125;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:19:13:8:8:19:13 chr1 183212548 . T G 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0367088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7458;QD=8.25229;RBI=0.0519698;REFB=-0.0444885;REVB=0.0367876;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343123;STB=0.713605;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.033475;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:4:8:2:4:4:8 chr1 183486859 . G A 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000514311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.803;QD=60.0766;RBI=0.018973;REFB=0;REVB=0.0189661;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02657e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr1 183516241 . C T 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00200587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.928;QD=17.7782;RBI=0.00971812;REFB=-0.00723164;REVB=0.00950886;RO=54;SAF=18;SAR=31;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129166;STB=0.571926;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00933679;OID=.;OPOS=183516241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:31:18:27:27:31:18:27:27 chr1 183542387 . T C 465.25 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0499287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4432;QD=37.9795;RBI=0.0504241;REFB=-0.0432866;REVB=-0.00705044;RO=12;SAF=12;SAR=24;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162622;STB=0.599943;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0189496;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:12:13:36:36:0.734694:24:12:8:4:24:12:9:4 chr1 183881394 . CA C 58.96 PASS AF=0.580645;AO=14;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.179505;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.72476;QD=7.60742;RBI=0.282586;REFB=-0.0840643;REVB=0.21825;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251864;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.146206;OID=.;OPOS=183881395;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:14:31:18:31:13:7:11:5:8:39:14:7:7:3:11 chr1 183895304 . AT A 32.83 PASS AF=0.277778;AO=17;DP=56;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.10543;FXX=0.0357079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.0206;QD=2.43149;RBI=0.177645;REFB=-0.0949983;REVB=-0.142977;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0.355932;SSEP=0;SSSB=-0.137661;STB=0.507682;STBP=0.963;TYPE=del;VARB=0.102766;OID=.;OPOS=183895305;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:17:56:15:54:39:6:9:16:23:32:34:6:11:16:18 chr1 184020945 . G A 1194.24 PASS AF=1;AO=76;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.054;QD=59.712;RBI=0.195687;REFB=0;REVB=0.191902;RO=3;SAF=58;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725714;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153846;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:3:0:76:80:1:18:58:0:3:22:58:0:0 chr1 184023529 . A C 1699.7 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0205762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.272;QD=58.6105;RBI=0.0395632;REFB=0.00317671;REVB=0.0337916;RO=0;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31232e-08;STB=0.501395;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-6.79273e-05;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:0:2:114:114:0.982759:48:66:0:0:48:66:1:1 chr1 184660205 . T A 262.06 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.00536726;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.459;QD=15.8823;RBI=0.00579436;REFB=-0.000449665;REVB=0.00218339;RO=36;SAF=8;SAR=21;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10602;STB=0.572474;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.000721779;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:29:30:0.454545:21:8:7:29:21:9:7:29 chr1 184660496 . GA AG,G 68.42 PASS AF=0,0.62963;AO=3,6;DP=27;FAO=0,17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=0,10;FSAR=0,7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.034331,0.225045;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=59.0798,9.96607;QD=10.1364;RBI=0.0844531,0.24364;REFB=-0.043735,-0.177778;REVB=-0.0771603,0.0933537;RO=16;SAF=0,3;SAR=3,3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.348837;SSSB=-0.687676,-0.2144;STB=0.5,0.504499;STBP=1,0.99;TYPE=mnp,del;VARB=0.0266057,0.175171;OID=.,.;OPOS=184660496,184660497;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:27:27:16:10:3,6:0,17:0,0.62963:3,3:0,3:11:5:0,7:0,10:6:4 chr1 184662181 . C T 401.95 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0147604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.533;QD=20.352;RBI=0.0309893;REFB=-0.0177507;REVB=0.0272483;RO=38;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042537;STB=0.514844;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0174866;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:38:40:41:0.518987:14:26:23:15:15:26:23:15 chr1 184663537 . A C 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0326643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.623;QD=20.7692;RBI=0.0348807;REFB=-0.0187386;REVB=0.0122356;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387046;STB=0.53059;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0126347;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:13:14:13:10:13:14:14:10 chr1 184663581 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0473269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.092;QD=24.4133;RBI=0.0535322;REFB=-0.00946884;REVB=-0.0250171;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202199;STB=0.615162;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00613814;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:2:3:3:8:2:3 chr1 184675814 . G A 458.97 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0139187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.663;QD=18.359;RBI=0.0187448;REFB=-0.00258267;REVB=-0.0125555;RO=52;SAF=26;SAR=20;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489931;STB=0.535699;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00335321;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:54:46:46:0.46:20:26:32:20:20:26:34:20 chr1 184677464 . G A 329.97 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0617608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1557;QD=18.3319;RBI=0.0707815;REFB=-0.00585292;REVB=-0.0345778;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331428;STB=0.518508;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00396304;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:13:22:22:15:13:22:22:15 chr1 184706211 . CGT ACG,CG 254.15 PASS AF=0,0.5;AO=3,26;DP=59;FAO=0,29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=0,9;FSAR=0,20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.06002,-0.0445546;FXX=0.0169463;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=40.0436,24.4453;QD=17.5274;RBI=0.0980978,0.0940005;REFB=0.0447749,0.0433328;REVB=-0.0775937,-0.0827707;RO=23;SAF=0,9;SAR=3,17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.525763,-0.00155245;STB=0.5,0.539056;STBP=1,0.603;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.0482202;OID=.,.;OPOS=184706211,184706213;OREF=CGT,T;OALT=ACG,-;OMAPALT=ACG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:59:58:23:29:3,26:0,29:0,0.5:3,17:0,9:8:15:0,20:0,9:11:18 chr1 184764067 . C G 637.68 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0210863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.072;QD=44.7496;RBI=0.0219837;REFB=-0.0100974;REVB=0.00621696;RO=4;SAF=13;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423839;STB=0.567746;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000362667;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:4:7:50:50:0.877193:37:13:2:2:37:13:5:2 chr1 184777177 . C A 381.14 PASS AF=0.527027;AO=35;DP=70;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0186593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.808;QD=20.6024;RBI=0.0191402;REFB=-0.058161;REVB=0.00426332;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672444;STB=0.505019;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.045883;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:34:35:35:39:0.527027:16:19:21:13:16:23:21:14 chr1 184787800 . G C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000497595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.727;QD=14.7347;RBI=0.00826037;REFB=-0.00615981;REVB=0.00824537;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744381;STB=0.542222;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00858697;OID=.;OPOS=184787800;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:20:16:14:13:20:16 chr1 184801065 . T C 111.38 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000985374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6831;QD=15.9107;RBI=0.0913263;REFB=0.0202921;REVB=0.091321;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219892;STB=0.627703;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0204978;OID=.;OPOS=184801065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:4:9:7:8:4:9:7:8 chr1 185260203 . G C 293.13 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00160772;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.576;QD=14.6563;RBI=0.0172861;REFB=0.00222857;REVB=0.0172112;RO=47;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119233;STB=0.506758;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00275187;OID=.;OPOS=185260203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:47:47:33:33:0.4125:20:13:18:29:20:13:18:29 chr1 185268919 . T C 397.1 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00518438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0941;QD=18.05;RBI=0.00608915;REFB=-0.0206159;REVB=-0.00319374;RO=47;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131201;STB=0.507325;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0135925;OID=.;OPOS=185268919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:18:23:27:20:18:23:27:20 chr1 185270156 . G A 501.96 PASS AF=0.397163;AO=56;DP=141;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00584699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.848;QD=14.2401;RBI=0.00586334;REFB=-0.0181544;REVB=-0.000437641;RO=85;SAF=29;SAR=27;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100554;STB=0.556686;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0279961;OID=.;OPOS=185270156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:85:56:56:0.397163:27:29:36:49:27:29:36:49 chr1 186026474 . T C 1264.55 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.69703e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3496;QD=61.6854;RBI=0.0577721;REFB=0;REVB=0.0577721;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219774;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr1 186031041 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.826;QD=57.8832;RBI=0.023012;REFB=0;REVB=-0.0210225;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.679e-05;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr1 186050417 . A G 1535.79 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.3;QD=59.6425;RBI=0.0231051;REFB=0;REVB=-0.019839;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60809e-05;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:53:49:0:0:54:49:0:0 chr1 186052065 . CA C,CC 566.57 PASS AF=0.547872,0.117021;AO=84,22;DP=183;FAO=103,22;FDP=188;FR=.;FRO=63;FSAF=60,6;FSAR=43,16;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0962741,0.0392024;FXX=0.0309262;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.68847,18.895;QD=12.0547;RBI=0.0991383,0.12859;REFB=-0.110292,-0.0915371;REVB=0.0236581,0.122468;RO=61;SAF=52,6;SAR=32,16;SRF=35;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0367349,-0.367907;STB=0.508077,0.740837;STBP=0.792,0.012;TYPE=del,snp;VARB=0.103469,0.0898208;OID=.,.;OPOS=186052066,186052066;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547872,0.117021:84,22:183:103,22:188:63:60,6:43,16:38:25:99:61:52,6:32,16:35:26 chr1 186101539 . A G 688.22 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0220387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.586;QD=55.0573;RBI=0.0251377;REFB=-0.0374865;REVB=0.0120913;RO=4;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569003;STB=0.53029;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00134917;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:50:4:4:46:46:0.92:31:15:0:4:31:15:0:4 chr1 186277088 . G C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.904;QD=49.5986;RBI=0.0199346;REFB=0;REVB=-0.0138544;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000565916;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr1 186277363 . ACCCCC ACCCC,ACCCCA,CACCCC,TCCCCC 130.42 PASS AF=0.538462,0.0512821,0,0.025641;AO=8,2,5,2;DP=38;FAO=21,2,0,1;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=6,2,0,1;FSAR=15,0,0,0;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0752104,0.162803,-0.024593,-0.00407709;FXX=0;HRUN=5,5,1,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=13.177,19.2061,68.4676,107.063;QD=13.3762;RBI=0.106365,0.167064,0.0693624,0.10716;REFB=-0.0861398,-0.0623136,0.000533639,0.00847757;REVB=0.0752131,0.0374912,-0.0648562,-0.107082;RO=14;SAF=2,2,0,1;SAR=6,0,5,1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0479673,0.644719,-0.661831,0.22986;STB=0.509795,0.996481,0.5,0.993798;STBP=0.926,0.044,1,0.149;TYPE=del,snp,mnp,snp;VARB=0.0984898,-0.0646639,0,0.16482;OID=.,.,.,.;OPOS=186277364,186277368,186277363,186277363;OREF=C,C,AC,A;OALT=-,A,CA,T;OMAPALT=ACCCC,ACCCCA,CACCCC,TCCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:39:14:15:8,2,5,2:21,2,0,1:0.538462,0.0512821,0,0.025641:6,0,5,1:2,2,0,1:4:10:15,0,0,0:6,2,0,1:4:11 chr1 186326757 . TA T 64.04 PASS AF=0.538462;AO=11;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0955849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2889;QD=9.85234;RBI=0.0996905;REFB=0.00880891;REVB=0.0283149;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274137;STB=0.713979;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=-0.0290415;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:11:25:14:26:12:10:4:3:9:59:10:7:4:3:7 chr1 186641795 . C CATT 55.54 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=26;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0369818;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.492;QD=9.25671;RBI=0.0403884;REFB=-0.0172746;REVB=0.016235;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141693;STB=0.642474;STBP=0.329;TYPE=ins;VARB=0.0331926;OID=.;OPOS=186641796;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:26:8:24:16:2:6:7:9:55:20:2:4:9:11 chr1 186643853 . C T 189.92 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0263321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2257;QD=23.7401;RBI=0.0272429;REFB=-0.0152521;REVB=-0.00698534;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129189;STB=0.516761;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0088789;OID=.;OPOS=186643853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:10:8:6:7:11:8:6:7 chr1 186839879 . AAG A 948.98 PASS AF=1;AO=74;DP=108;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394181;FXX=0.28701;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.376;QD=49.2976;RBI=0.0411131;REFB=0;REVB=-0.0116835;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.05518e-05;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:108:77:77:0:28:49:0:0:17:0:26:48:0:0 chr1 186946912 . G A 1614.59 PASS AF=0.957627;AO=110;DP=115;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0520408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3243;QD=54.7317;RBI=0.0571011;REFB=-0.0606849;REVB=-0.0235009;RO=5;SAF=42;SAR=68;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361666;STB=0.519233;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0018281;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:115:118:5:5:110:113:0.957627:68:42:4:1:71:42:4:1 chr1 187610537 . AC GG 857.09 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000722406;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=2;MLLD=301.43;QD=58.1081;RBI=0.0218971;REFB=0;REVB=0.0218852;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.76776e-05;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr1 187610852 . A C 579.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.895;QD=59.4385;RBI=0.0572946;REFB=0;REVB=0.0268226;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220322;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr1 192781172 . C G 1230.56 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358998;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.963;QD=61.5278;RBI=0.00925817;REFB=0;REVB=0.0085338;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000545973;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:43:36:0:0:44:36:0:0 chr1 192844886 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.553;QD=45.8067;RBI=0.0205885;REFB=0;REVB=0.0173182;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362125;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 193701055 . G C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.839;QD=62.9821;RBI=0.0179001;REFB=0;REVB=-0.0131611;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04079e-06;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 193701480 . G A 955.21 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.104;QD=58.7824;RBI=0.0249437;REFB=0;REVB=0.0134173;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114781;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:36:29:0:0 chr1 193701489 . C T 910.62 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389535;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5724;QD=57.8172;RBI=0.0765061;REFB=0;REVB=0.0658469;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297365;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:33:27:0:0:36:27:0:0 chr1 194457292 . T C 803.59 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00787625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.131;QD=55.4196;RBI=0.0252836;REFB=-0.0940877;REVB=0.0240255;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000358299;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:24:33:0:0:24:33:1:0 chr1 196227526 . A G 1465.29 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.678;QD=63.0231;RBI=0.0150338;REFB=0;REVB=-0.0106435;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6311e-06;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:43:49:0:0:44:49:0:0 chr1 196309523 . C T 618.21 PASS AF=0.409357;AO=70;DP=171;FAO=70;FDP=171;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.000786125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.495;QD=14.461;RBI=0.00438754;REFB=-0.000489266;REVB=0.00431654;RO=101;SAF=42;SAR=28;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704117;STB=0.539557;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.000880927;OID=.;OPOS=196309523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:101:101:70:70:0.409357:28:42:54:47:28:42:54:47 chr1 196392172 . A T 38.58 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0050554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.708;QD=11.0224;RBI=0.00944685;REFB=-0.00510084;REVB=-0.00798034;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296968;OID=.;OPOS=196392172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:3:3:3:4:3:3:4:4 chr1 196642233 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1277;QD=61.3323;RBI=0.0679491;REFB=0;REVB=0.0139742;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791103;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 196654324 . A C 1115.17 PASS AF=0.987342;AO=73;DP=76;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00937015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7802;QD=56.4641;RBI=0.0136749;REFB=-0.0906219;REVB=-0.0099601;RO=3;SAF=39;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993172;STB=0.506848;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0079851;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:79:3:1:73:78:0.987342:34:39:2:1:36:42:0:1 chr1 196659237 . C T 1392.19 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5465;QD=61.1953;RBI=0.0297146;REFB=0.0987758;REVB=-0.0210593;RO=1;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126348;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000638071;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:88:90:0.989011:37:51:0:1:38:52:0:1 chr1 196682947 . G A 286.22 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0653496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2409;QD=16.1249;RBI=0.0657489;REFB=0.0224853;REVB=0.00723515;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186897;STB=0.560463;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0169709;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:38:33:33:0.464789:18:15:8:24:19:14:12:26 chr1 196695661 . G T 382.13 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00608107;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.559;QD=21.5287;RBI=0.00841368;REFB=-0.0122084;REVB=0.00581469;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704034;STB=0.537294;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00402882;OID=.;OPOS=196695661;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:30:33:37:38:0.535211:18:19:18:12:18:20:20:13 chr1 196706049 . G A 642.65 PASS AF=0.5625;AO=61;DP=111;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.019692;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4182;QD=22.9518;RBI=0.0498096;REFB=-0.0173607;REVB=-0.0457518;RO=48;SAF=14;SAR=47;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456381;STB=0.517996;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0159894;OID=.;OPOS=196706049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:48:49:61:63:0.5625:47:14:13:35:47:16:14:35 chr1 196706645 . A G 220.21 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0266022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1922;QD=14.207;RBI=0.0332089;REFB=-0.0165463;REVB=0.0198786;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120106;STB=0.568474;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.022737;OID=.;OPOS=196706645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:18:18:10:16:18:18 chr1 196712586 . C T 328.67 PASS AF=0.2875;AO=46;DP=160;FAO=46;FDP=160;FR=.;FRO=114;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=0.0132224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2416;QD=8.21674;RBI=0.0150636;REFB=0.012627;REVB=0.00721656;RO=113;SAF=25;SAR=21;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580379;STB=0.537253;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0288836;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:113:114:46:46:0.2875:21:25:56:57:21:25:56:58 chr1 196749097 . C T 453.87 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00893942;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.058;QD=19.5211;RBI=0.00932312;REFB=-0.00631221;REVB=-0.00264713;RO=45;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607117;STB=0.526;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00604077;OID=.;OPOS=196749097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:48:45:45:0.483871:21:24:27:18:21:24:28:20 chr1 196757392 . C A,T 847.62 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,57;DP=60;FAO=3,57;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333624,0.0397493;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=126.506,191.984;QD=56.508;RBI=0.0369826,0.0398213;REFB=0,0;REVB=0.015958,-0.00239257;RO=0;SAF=3,21;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175417,-0.000285686;OID=.,.;OPOS=196757392,196757392;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:60:60:0:0:3,57:3,57:0.05,0.95:0,36:3,21:0:0:0,36:3,21:0:0 chr1 196757912 . T C 397.21 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0351408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.897;QD=20.6342;RBI=0.0437801;REFB=-0.00596201;REVB=-0.0261117;RO=36;SAF=16;SAR=24;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112117;STB=0.566635;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00620783;OID=.;OPOS=196757912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:37:40:40:0.519481:24:16:10:26:24:16:10:27 chr1 196797238 . C T 215.86 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7551;QD=47.9685;RBI=0.0688207;REFB=0;REVB=0.0682911;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00452497;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr1 196797244 . C G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7781;QD=47.82;RBI=0.0722512;REFB=0;REVB=0.0636846;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038402;OID=.;OPOS=196797244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 196799746 . C G 328.65 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0411207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.371;QD=18.0081;RBI=0.0450399;REFB=-0.0117719;REVB=-0.0183762;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000711364;STB=0.506266;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0124485;OID=.;OPOS=196799746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:17:18:19:18:17:18:20:18 chr1 196801042 . G T 2718.65 PASS AF=0.972678;AO=178;DP=183;FAO=178;FDP=183;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00404116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.474;QD=59.4241;RBI=0.00462129;REFB=-0.0713298;REVB=-0.00224172;RO=4;SAF=87;SAR=91;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999273;STB=0.502426;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-3.09581e-05;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:183:183:4:5:178:178:0.972678:91:87:1:3:91:87:2:3 chr1 196801078 . A T 666.16 PASS AF=0.437126;AO=73;DP=168;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.00340902;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.451;QD=15.956;RBI=0.0140658;REFB=-0.0128485;REVB=0.0136465;RO=94;SAF=36;SAR=37;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468401;STB=0.526101;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0135884;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:94:94:73:73:0.437126:37:36:42:52:37:36:42:52 chr1 196874356 . G T 2392.19 PASS AF=0.981481;AO=159;DP=162;FAO=159;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00872985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.682;QD=59.0664;RBI=0.0348829;REFB=-0.0679788;REVB=0.0337729;RO=2;SAF=74;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000821467;STB=0.503743;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000224011;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:162:2:3:159:159:0.981481:85:74:1:1:85:74:2:1 chr1 196876458 . A G 252.14 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00871044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.413;QD=9.98558;RBI=0.0269758;REFB=-0.0184468;REVB=0.0255309;RO=67;SAF=14;SAR=18;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469533;STB=0.537959;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0359732;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:69:32:32:0.316832:18:14:32:35:18:14:34:35 chr1 196920060 . AAATT A 462.66 PASS AF=0.586538;AO=58;DP=107;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00937234;FXX=0.0280348;HRUN=3;LEN=4;MLLD=264.697;QD=17.7946;RBI=0.0117628;REFB=-0.00631086;REVB=-0.00710787;RO=42;SAF=28;SAR=30;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234111;STB=0.507147;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.00537004;OID=.;OPOS=196920061;OREF=AATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586538:58:107:61:104:43:28:33:19:24:99:42:28:30:19:23 chr1 196920148 . C T 111.89 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.0198239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.238;QD=8.95085;RBI=0.0251589;REFB=-0.0151631;REVB=-0.0154915;RO=36;SAF=9;SAR=5;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231638;STB=0.637415;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.025295;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:5:9:29:7:5:9:29:7 chr1 196963213 . G A 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0310489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6235;QD=20.454;RBI=0.0348881;REFB=-0.00275541;REVB=-0.0159105;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589725;STB=0.533294;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000552284;OID=.;OPOS=196963213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:6:9:9:8:6:9 chr1 197009798 . A G 210.4 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0771686;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2537;QD=13.7969;RBI=0.0771727;REFB=0.0164049;REVB=0.000798333;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906125;STB=0.551864;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0406269;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:36:25:25:0.409836:14:11:18:16:14:11:19:17 chr1 197019858 . A C 594.6 PASS AF=0.574468;AO=53;DP=93;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0290933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.752;QD=25.3021;RBI=0.0299609;REFB=-0.0190572;REVB=0.00715779;RO=40;SAF=29;SAR=24;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221141;STB=0.516277;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0161328;OID=.;OPOS=197019858;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:40:40:53:54:0.574468:24:29:23:17:25:29:23:17 chr1 197026225 . T G 408.98 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0381827;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.48;QD=16.1973;RBI=0.0383241;REFB=-0.0110648;REVB=0.0032886;RO=56;SAF=14;SAR=30;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226351;STB=0.630837;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0101395;OID=.;OPOS=197026225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:44:45:0.445545:30:14:30:26:31:14:30:26 chr1 197030201 . T C 175.95 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.573;QD=46.9191;RBI=0.00528559;REFB=0;REVB=-0.000109138;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83193e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr1 197031021 . C T 353.93 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00817641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.31;QD=16.0877;RBI=0.00826623;REFB=-0.000600281;REVB=-0.00121526;RO=50;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602837;STB=0.533963;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00094312;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:22:16:24:26:22:16:24:26 chr1 197070215 . A G 1279.96 PASS AF=0.612903;AO=113;DP=186;FAO=114;FDP=186;FR=.;FRO=72;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.0685788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7246;QD=27.5261;RBI=0.0695396;REFB=0.0181761;REVB=0.0115197;RO=73;SAF=56;SAR=57;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127452;STB=0.564505;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0064902;OID=.;OPOS=197070215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:73:72:113:114:0.612903:57:56:49:24:57:57:48:24 chr1 197070594 . A G 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0327874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.27;QD=29.4446;RBI=0.033961;REFB=-0.0132374;REVB=0.00885063;RO=19;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491596;STB=0.527028;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00839555;OID=.;OPOS=197070594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:11:20:11:8:11:20:11:8 chr1 197070815 . T C 410.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.763;QD=56.6646;RBI=0.0497187;REFB=0;REVB=0.0459335;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229749;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 197070901 . A G 728.73 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156282;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8452;QD=57.1555;RBI=0.018906;REFB=0;REVB=0.0106395;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116501;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr1 197072560 . A G 540.97 PASS AF=0.54;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0273719;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.192;QD=21.6388;RBI=0.0313119;REFB=-0.0141813;REVB=-0.0152056;RO=46;SAF=24;SAR=30;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828402;STB=0.545438;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00780106;OID=.;OPOS=197072560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:46:54:54:0.54:30:24:16:30:30:24:16:30 chr1 197072802 . G A 233.66 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00533828;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.724;QD=22.7963;RBI=0.0275585;REFB=-0.00488974;REVB=-0.0270365;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265597;STB=0.669415;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00424114;OID=.;OPOS=197072802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:19:22:22:0.536585:14:8:12:5:14:8:14:5 chr1 197073318 . G A 31.61 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0107153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5699;QD=14.0509;RBI=0.0425114;REFB=-0.0441363;REVB=0.0411388;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554117;STB=0.832095;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0130078;OID=.;OPOS=197073318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:4:0:4:1:4:0 chr1 197091537 . A T 611.69 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.045;QD=59.6772;RBI=0.0812852;REFB=0;REVB=-0.026418;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199429;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr1 197112375 . G T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000918171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.05;QD=20.5466;RBI=0.0150144;REFB=-0.00532807;REVB=0.0149863;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847083;STB=0.547782;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00494973;OID=.;OPOS=197112375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:10:12:14:8:10:12 chr1 197112477 . C T 231.41 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00190628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.306;QD=12.1796;RBI=0.064795;REFB=0.00258102;REVB=-0.064767;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315299;STB=0.505743;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0046955;OID=.;OPOS=197112477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:48:28:28:0.368421:12:16:27:18:12:16:27:21 chr1 197112533 . G A 320.69 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0463257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.701;QD=23.7548;RBI=0.0470371;REFB=-0.0273248;REVB=-0.00814997;RO=22;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794041;STB=0.501198;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0182561;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:13:18:13:9:13:19:13:9 chr1 197112538 . T G 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0199569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.425;QD=12.4659;RBI=0.0229264;REFB=-0.000132451;REVB=0.0112847;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515609;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000276119;OID=.;OPOS=197112538;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:33:20:20:0.377358:8:12:18:12:8:12:19:14 chr1 197124448 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00904037;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=225.942;QD=13.9606;RBI=0.0090691;REFB=0.0122534;REVB=-0.000721307;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00795438;OID=.;OPOS=197124448;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:3:4:3:3:3:4:4:3 chr1 197127491 . A C 509.68 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0110412;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.586;QD=23.4335;RBI=0.0131469;REFB=0.00226064;REVB=-0.00713673;RO=39;SAF=25;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654454;STB=0.503596;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00339396;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:39:39:48:48:0.551724:23:25:20:19:23:25:20:19 chr1 197128726 . G A 295.57 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0495811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3637;QD=17.9133;RBI=0.0503536;REFB=-0.00846401;REVB=-0.00878602;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270859;STB=0.546285;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0104837;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:16:18:15:17:15:19 chr1 197168625 . C A 334.19 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00236425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.233;QD=16.7097;RBI=0.0230802;REFB=-0.0101476;REVB=-0.0229588;RO=44;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133101;STB=0.574817;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0127716;OID=.;OPOS=197168625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:14:22:21:23:14:22:21:23 chr1 197383079 . A G 768.35 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0226788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6863;QD=19.4519;RBI=0.0411969;REFB=-0.00326635;REVB=-0.0343927;RO=77;SAF=38;SAR=41;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355179;STB=0.512686;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00281361;OID=.;OPOS=197383079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:79:79:79:0.5:41:38:34:43:41:38:36:43 chr1 197390368 . A G 1193.64 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210337;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.325;QD=61.2124;RBI=0.0297829;REFB=0;REVB=-0.0210857;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36263e-06;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr1 197396761 . G A 348.53 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0248353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3775;QD=33.1928;RBI=0.0431367;REFB=0.0184559;REVB=0.0352702;RO=12;SAF=18;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674328;STB=0.550985;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00426311;OID=.;OPOS=197396761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:12:13:29:29:0.690476:11:18:6:6:11:18:6:7 chr1 197404622 . AC A 67.13 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0502902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9219;QD=13.4262;RBI=0.0508095;REFB=-0.0185147;REVB=0.00724571;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221468;STB=0.597497;STBP=0.5;TYPE=del;VARB=0.0173922;OID=.;OPOS=197404623;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:20:9:20:11:4:5:3:8:67:11:4:4:3:8 chr1 197643277 . T A 441.17 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0439174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.446;QD=16.0424;RBI=0.0440503;REFB=-0.0101661;REVB=0.00341872;RO=58;SAF=22;SAR=27;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497936;STB=0.54199;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0128416;OID=.;OPOS=197643277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:58:61:49:49:0.445455:27:22:29:29:27:22:32:29 chr1 197742171 . C T 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0390905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3487;QD=50.1293;RBI=0.0393269;REFB=0.00196338;REVB=-0.00430548;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000378034;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr1 197896728 . T C 190.91 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0317795;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.02;QD=20.6394;RBI=0.107807;REFB=-0.0124737;REVB=0.103017;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736315;STB=0.541504;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0124691;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:7:11:10:9:7:11 chr1 199977636 . C A 911.14 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.094;QD=57.8503;RBI=0.0302729;REFB=0;REVB=0.021626;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63877e-05;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:21:39:0:0:21:42:0:0 chr1 199977724 . G T 743.16 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9423;QD=56.0876;RBI=0.0429651;REFB=0;REVB=0.0234689;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840132;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:16:35:0:0:17:36:0:0 chr1 200143281 . C T 130.22 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00384304;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.317;QD=11.8383;RBI=0.00601787;REFB=0.00780291;REVB=0.00463097;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049783;STB=0.532666;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0154738;OID=.;OPOS=200143281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:29:15:15:0.340909:6:9:15:12:6:9:16:13 chr1 200182721 . G C 126.84 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0102133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5426;QD=19.5133;RBI=0.0285303;REFB=-0.0573312;REVB=-0.0266396;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.047141;OID=.;OPOS=200182721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:5:7:8:6:5:7 chr1 200182725 . G A 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0207358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.737;QD=17.4025;RBI=0.0251268;REFB=-0.0308891;REVB=-0.0141908;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0280894;OID=.;OPOS=200182725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr1 200182732 . AC GT 164.38 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0429254;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.398;QD=21.2096;RBI=0.0465958;REFB=-0.0549147;REVB=0.0181268;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513292;STBP=0.942;TYPE=mnp;VARB=0.0442666;OID=.;OPOS=200182732;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:16:17:0.548387:8:8:7:7:8:9:7:7 chr1 200182834 . A G 356.75 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0199848;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8622;QD=14.8647;RBI=0.0468694;REFB=-0.00641315;REVB=0.0423952;RO=58;SAF=18;SAR=20;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646007;STB=0.548775;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0125787;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:57:38:39:0.40625:20:18:31:27:21:18:31:26 chr1 200183398 . C A 298.34 PASS AF=0.54;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00055808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.612;QD=23.867;RBI=0.00206337;REFB=-0.00205022;REVB=0.00198647;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506998;STB=0.535688;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00233197;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:26:27:0.54:12:14:11:12:12:15:11:12 chr1 200311868 . C G 205.2 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0234617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.191;QD=16.416;RBI=0.0250039;REFB=-0.0395675;REVB=-0.00864527;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15707;STB=0.597214;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.038986;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:10:11:19:9:10:11:20:9 chr1 200534248 . C T 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0331614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.147;QD=11.7802;RBI=0.0378129;REFB=0.00864936;REVB=-0.0181697;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885007;STB=0.55242;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0125966;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:17:14:6:10:17:14 chr1 200558363 . T C 244.76 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00845276;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.616;QD=17.1764;RBI=0.0333732;REFB=-0.00900742;REVB=-0.032285;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214925;STB=0.620578;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0285822;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:28:20:21:0.368421:11:9:18:9:12:9:18:10 chr1 200618238 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.845;QD=57.1775;RBI=0.0451995;REFB=0;REVB=0.0332621;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107131;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr1 200776641 . C T 170.96 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00278307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.914;QD=17.0965;RBI=0.00285204;REFB=-0.0214738;REVB=-0.000623408;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186942;STB=0.596381;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0351502;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:12:6:11:10:12:6:11:11 chr1 200880702 . C T 256.48 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0352882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.9757;QD=22.3028;RBI=0.0391194;REFB=-0.0547533;REVB=0.0168838;RO=18;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813913;STB=0.592024;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0277522;OID=.;OPOS=200880702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:18:22:24:24:0.521739:18:6:6:12:18:6:9:13 chr1 200880978 . C T 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.06;QD=33.4199;RBI=0.177632;REFB=0;REVB=0.0316848;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132637;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 200940189 . C T 375.2 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0494508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6203;QD=20.8447;RBI=0.049941;REFB=-0.0109486;REVB=-0.00698022;RO=34;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111919;STB=0.566239;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0149563;OID=.;OPOS=200940189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:26:11:14:20:27:11:14:20 chr1 200945910 . G A 568.29 PASS AF=0.517857;AO=57;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0114568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.832;QD=20.2961;RBI=0.0136778;REFB=0.00412982;REVB=-0.00747155;RO=53;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065379;STB=0.526776;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0034675;OID=.;OPOS=200945910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:54:57:58:0.517857:29:28:30:23:29:29:30:24 chr1 200956288 . A G 214.64 PASS AF=0.375;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0183594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.557;QD=11.9243;RBI=0.0206593;REFB=-0.0171647;REVB=-0.0094731;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138406;STB=0.588168;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0327445;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:45:26:27:0.375:17:9:21:24:18:9:21:24 chr1 200957691 . G C 45.53 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1374;QD=26.0184;RBI=0.0776668;REFB=0.0179112;REVB=0.0658714;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00210284;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr1 200959302 . G A 230.71 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0268291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5281;QD=17.7468;RBI=0.0662165;REFB=0.0126114;REVB=0.0605378;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136784;STB=0.50077;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0039954;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:13:14:13:12:13:14 chr1 200959305 . G A 226.53 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00629906;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.116;QD=17.0967;RBI=0.0137025;REFB=-0.0184269;REVB=0.0121689;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355086;STB=0.529388;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0334311;OID=.;OPOS=200959305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:28:25:25:0.471698:13:12:14:13:13:12:15:13 chr1 200971353 . A G 251.65 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00918812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.375;QD=17.0611;RBI=0.0414197;REFB=-0.0215209;REVB=-0.0403877;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356248;STB=0.519986;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0365162;OID=.;OPOS=200971353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:10:18:21:10:10:18:21:10 chr1 201009027 . C T 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0105429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.97;QD=21.1201;RBI=0.0109159;REFB=-0.00387134;REVB=0.0028293;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169072;STB=0.592888;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0038402;OID=.;OPOS=201009027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:22:15:7:25:22:15:7:25 chr1 201060865 . G A 703.69 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8906;QD=53.1087;RBI=0.0205934;REFB=-0.0669761;REVB=0.0150272;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00154083;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:51:52:0.981132:24:27:0:0:25:27:0:1 chr1 201112981 . A G 690.88 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8713;QD=60.0761;RBI=0.0165744;REFB=-0.0917476;REVB=0.00613229;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00269215;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:1:0:16:29:1:0 chr1 201115822 . A G 150.91 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0190604;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1507;QD=9.89563;RBI=0.0222868;REFB=0.00268073;REVB=-0.01155;RO=40;SAF=15;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226408;STB=0.644705;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0069837;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:41:20:20:0.327869:5:15:23:17:5:15:23:18 chr1 201122947 . T G 817.53 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9939;QD=57.3706;RBI=0.0730238;REFB=0;REVB=0.00994693;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541228;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 201166383 . G A 693.32 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673452;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6069;QD=63.0292;RBI=0.00683152;REFB=0;REVB=-0.00114716;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124857;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 201166435 . T C 528.05 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.015;QD=58.6727;RBI=0.0268576;REFB=0;REVB=0.0123758;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035753;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:17:19:0:0 chr1 201168499 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0081042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.5;QD=26.3055;RBI=0.00955111;REFB=-0.0166162;REVB=0.00505427;RO=13;SAF=5;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127839;STB=0.571356;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00611528;OID=.;OPOS=201168499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:16:5:5:8:16:5:5:8 chr1 201175227 . C A 1514.64 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0542316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7659;QD=62.4593;RBI=0.0633619;REFB=-0.00200632;REVB=0.0327668;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109;STB=0.505746;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000117295;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:43:52:0:1:43:53:0:1 chr1 201175715 . G T 712.1 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0258936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.793;QD=52.7479;RBI=0.0426587;REFB=-0.0916325;REVB=0.0339011;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392057;STB=0.520825;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000747951;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:29:23:2:0:29:23:2:0 chr1 201176018 . A G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00631069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.453;QD=48.6261;RBI=0.107265;REFB=-0.100091;REVB=-0.107079;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00209986;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:23:22:0.956522:5:18:0:0:5:17:1:0 chr1 201178758 . G C 34.36 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00248607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.064;QD=4.2944;RBI=0.0226878;REFB=-0.00314166;REVB=-0.0225512;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575326;STB=0.878545;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0233058;OID=.;OPOS=201178758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:1:5:8:18:1:5:8:18 chr1 201181223 . A G 666.87 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0598327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.078;QD=57.9886;RBI=0.0609295;REFB=0.00629917;REVB=-0.0115085;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240823;STB=0.524989;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000243561;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:19:25:0:1:19:25:0:2 chr1 201181994 . A G 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.283;QD=56.6958;RBI=0.0643278;REFB=0;REVB=-0.0104241;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373179;OID=.;OPOS=201181994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:3:26:0:0:3:26:0:0 chr1 201187764 . T C 1050.84 PASS AF=0.986301;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.679;QD=57.58;RBI=0.0558283;REFB=-0.095118;REVB=0.0507266;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000502026;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:73:0:1:68:72:0.986301:26:42:0:0:29:43:1:0 chr1 201195119 . C T 569.97 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0242024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.328;QD=17.8116;RBI=0.0250505;REFB=-0.0262756;REVB=0.00646285;RO=68;SAF=43;SAR=17;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786335;STB=0.543785;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0344672;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:17:43:44:24:17:43:44:24 chr1 201285759 . A G 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.883;QD=61.7126;RBI=0.0145633;REFB=0.0328324;REVB=0.00618073;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101937;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-5.67141e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:45:46:1:0:45:46:1:0 chr1 201289488 . G A 783.64 PASS AF=0.436842;AO=82;DP=189;FAO=83;FDP=190;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.0237035;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.109;QD=16.4976;RBI=0.0254644;REFB=-0.0250581;REVB=-0.00930481;RO=107;SAF=32;SAR=50;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109007;STB=0.556117;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0318943;OID=.;OPOS=201289488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:107:107:82:83:0.436842:50:32:53:54:50:33:53:54 chr1 201299263 . A G 1324.29 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138674;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.66;QD=62.3193;RBI=0.0219207;REFB=0;REVB=-0.0169768;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14292e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr1 201331554 . T G 240.4 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.057903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4302;QD=21.369;RBI=0.0827617;REFB=-0.00421996;REVB=-0.0591333;RO=22;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132749;STB=0.507456;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00112049;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:17:6:6:16:17:6:6:16 chr1 201334382 . G A 279.15 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0146698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6709;QD=21.894;RBI=0.017261;REFB=-0.00623766;REVB=0.00909616;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116807;STB=0.564808;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00505589;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:9:14:13:15:9:14 chr1 201341175 . CAGAAG C 288.77 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00263093;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=5;MLLD=206.997;QD=15.401;RBI=0.0443014;REFB=-0.0266881;REVB=0.0442232;RO=29;SAF=27;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244453;STB=0.677291;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.0363897;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426667:32:77:32:75:43:27:5:27:16:99:29:27:5:19:10 chr1 201386916 . C T 86.68 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0150803;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.151;QD=11.557;RBI=0.0219514;REFB=0.00155511;REVB=-0.0159514;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020408;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00330939;OID=.;OPOS=201386916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:9:10:6:5:9:10 chr1 201860626 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0290279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.409;QD=13.2118;RBI=0.0357314;REFB=-0.0261264;REVB=-0.0208355;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780192;STB=0.545393;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.045342;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:5:17:10:4:5:17 chr1 201861016 . C G 153.02 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0108005;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.658;QD=13.023;RBI=0.0217657;REFB=0.00698476;REVB=0.0188969;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16479;STB=0.596783;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0101281;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:15:15:11:6:15:15 chr1 201865763 . A G 143.96 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=3.45546e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6933;QD=15.1534;RBI=0.00828247;REFB=0.0127315;REVB=0.00828247;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285167;STB=0.663271;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00952087;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:6:16:7:9:6:16 chr1 201869257 . G A 303.33 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.01871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.776;QD=25.8156;RBI=0.0271821;REFB=-0.0286097;REVB=0.0197181;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120381;STB=0.586791;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0247151;OID=.;OPOS=201869257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:20:27:27:0.574468:12:15:7:11:12:15:7:13 chr1 201952574 . T C 184.48 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00932731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.745;QD=16.398;RBI=0.0126684;REFB=-0.000397613;REVB=-0.00857257;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357912;STB=0.70883;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000990209;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:17:17:0.377778:4:13:11:14:4:13:11:14 chr1 201969082 . G A 198.33 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0361455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3442;QD=13.2222;RBI=0.0362119;REFB=-0.0126012;REVB=0.00219208;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153268;STB=0.58816;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0144906;OID=.;OPOS=201969082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:16:8:17:19:16:8:17:19 chr1 201970562 . T C 1789.95 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278908;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.104;QD=61.1949;RBI=0.0148833;REFB=0;REVB=-0.0146196;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10845e-06;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:113:117:1:65:48:0:0:68:49:0:0 chr1 201981218 . C G 263.88 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.000235856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.572;QD=18.1985;RBI=0.0105812;REFB=-0.0130919;REVB=0.0105786;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156348;STB=0.517229;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0118532;OID=.;OPOS=201981218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:28:29:27:29:0.5:13:14:15:13:15:14:15:14 chr1 201981862 . T C 96.33 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00496032;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.604;QD=9.88021;RBI=0.011895;REFB=-0.00335238;REVB=-0.0108113;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193011;STB=0.519618;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00904386;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:39:39:25:27:12:12:0.307692:7:5:10:15:7:5:12:15 chr1 202092332 . C G 39.19 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.169732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2932;QD=12.0573;RBI=0.199943;REFB=0.00972828;REVB=-0.10568;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505451;STB=0.809724;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00737788;OID=.;OPOS=202092332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:5:2:5:1:5:2 chr1 202092360 . G A 145.55 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.344;QD=44.7839;RBI=0.0486444;REFB=0;REVB=-0.0288767;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104646;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:7:4:0:0:7:6:0:0 chr1 202092415 . A G 160.4 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000100791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.234;QD=45.8294;RBI=0.0825461;REFB=0;REVB=0.082546;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100479;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:9:5:0:0 chr1 202092580 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.088935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.394;QD=56.9566;RBI=0.102447;REFB=0;REVB=0.0508514;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87181e-05;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr1 202104616 . T A 567.39 PASS AF=0.558824;AO=55;DP=99;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0175737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.859;QD=22.2506;RBI=0.0196963;REFB=-0.0233794;REVB=0.00889443;RO=44;SAF=33;SAR=22;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115462;STB=0.50651;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0366151;OID=.;OPOS=202104616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:44:45:55:57:0.558824:22:33:27:17:22:35:27:18 chr1 202119546 . C G 179.61 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00282231;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.235;QD=14.9678;RBI=0.0124798;REFB=-0.0171233;REVB=-0.0121565;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174078;STB=0.5999;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.022489;OID=.;OPOS=202119546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:9:20:10:9:9:20 chr1 202130671 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0421705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.986;QD=24.1265;RBI=0.0597022;REFB=-0.0346539;REVB=0.0422611;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254005;STB=0.643381;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0235629;OID=.;OPOS=202130671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:13:4:6:5:13:4:6:5 chr1 202155543 . A C 564.32 PASS AF=0.46875;AO=54;DP=122;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0391031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.662;QD=17.6351;RBI=0.0404366;REFB=-0.0223514;REVB=0.0102988;RO=68;SAF=28;SAR=26;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108843;STB=0.506779;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0257616;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:68:68:54:60:0.46875:26:28:36:32:29:31:36:32 chr1 202156134 . CCCCTCGCT CC,C 153.24 PASS AF=0.217687,0;AO=27,12;DP=120;FAO=32,0;FDP=147;FR=.;FRO=115;FSAF=4,0;FSAR=28,0;FSRF=74;FSRR=41;FWDB=-0.0373254,-0.0299021;FXX=0.0636902;HRUN=6,6;LEN=7,8;MLLD=143.809,143.334;QD=4.16992;RBI=0.0396142,0.0332043;REFB=-0.0340777,-0.0368799;REVB=-0.0132703,-0.0144357;RO=21;SAF=8,4;SAR=19,8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0.525,0.525;SSEP=0,0;SSSB=-0.3013,-0.348022;STB=0.887574,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,del;VARB=0.0559474,0;OID=.,.;OPOS=202156136,202156135;OREF=CCTCGCT,CCCTCGCT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217687,0:27,12:120:32,0:147:115:4,0:28,0:74:41:99:21:8,4:19,8:14:7 chr1 202156628 . A C 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0026899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.613;QD=21.2269;RBI=0.0162461;REFB=-0.01594;REVB=-0.0160218;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229241;STB=0.634183;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00775221;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:13:16:6:17:13:16:6:18 chr1 202183308 . C T 1539.78 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422472;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.97;QD=63.4962;RBI=0.0615531;REFB=0;REVB=0.0447655;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151596;OID=.;OPOS=202183308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:93:97:1:49:44:0:0:52:45:0:0 chr1 202200812 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2296;QD=45.8054;RBI=0.0129206;REFB=0;REVB=-0.0117076;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000767214;OID=.;OPOS=202200812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr1 202276494 . C T 422.95 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0487443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.157;QD=18.3892;RBI=0.0573067;REFB=-0.0129911;REVB=0.030134;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040808;STB=0.533318;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0151335;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:49:43:43:0.467391:21:22:22:25:21:22:22:27 chr1 202287206 . T C 228.14 PASS AF=0.4375;AO=23;DP=59;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00219013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.095;QD=14.259;RBI=0.014144;REFB=-0.0116465;REVB=-0.0139734;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268977;STB=0.535689;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0336268;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:64:31:36:23:28:0.4375:11:12:17:14:15:13:19:17 chr1 202287537 . G A 216.25 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0239094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.604;QD=22.1792;RBI=0.0628783;REFB=-0.0359387;REVB=0.0581551;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690758;STB=0.503872;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0272198;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:7:11:13:8:7:11 chr1 202304868 . T C 255.7 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00463515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.174;QD=15.7356;RBI=0.0150744;REFB=-0.0192116;REVB=0.0143441;RO=36;SAF=4;SAR=25;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327538;STB=0.688663;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0277662;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:25:4:13:23:25:4:13:23 chr1 202531741 . C T 509.58 PASS AF=0.526882;AO=46;DP=90;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.000759181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.906;QD=21.9176;RBI=0.0213191;REFB=-0.018197;REVB=0.0213056;RO=43;SAF=25;SAR=21;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887403;STB=0.54663;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0155809;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:43:44:46:49:0.526882:21:25:19:24:23:26:19:25 chr1 202565948 . G A 617.45 PASS AF=0.578947;AO=53;DP=97;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0403333;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3774;QD=25.998;RBI=0.0584929;REFB=-0.0111025;REVB=0.0423632;RO=43;SAF=29;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904261;STB=0.530806;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0115339;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:43:40:53:55:0.578947:24:29:24:19:26:29:24:16 chr1 202574784 . G A 139.51 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0230431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.058;QD=12.4005;RBI=0.0258884;REFB=-0.00932204;REVB=0.0117992;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119587;STB=0.507033;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0189073;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:9:7:13:16:9:7:13:16 chr1 202705455 . G C 464.56 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.052904;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4223;QD=18.3985;RBI=0.0658934;REFB=-0.0097979;REVB=0.0392824;RO=49;SAF=18;SAR=31;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20474;STB=0.609291;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00843121;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:49:52:49:49:0.485149:31:18:29:20:31:18:30:22 chr1 202715284 . G A 235.19 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00850888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.312;QD=25.4255;RBI=0.0107536;REFB=-0.0114243;REVB=-0.00657565;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430007;STB=0.523908;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0114999;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:7:8:13:9:7:8 chr1 202718202 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0604826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1195;QD=14.0972;RBI=0.0615816;REFB=-0.027107;REVB=0.0115825;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202481;STB=0.617473;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0247046;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:6:12:6:7:6:12 chr1 202733238 . C T 182.91 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0384809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.885;QD=17.4198;RBI=0.0405897;REFB=-0.0157226;REVB=-0.0129132;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138241;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0265111;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:13:10:11:8:13:10 chr1 202794729 . T C 381.61 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.000639406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.828;QD=25.4407;RBI=0.0124363;REFB=-0.0236038;REVB=-0.0124199;RO=23;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740202;STB=0.540519;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0138098;OID=.;OPOS=202794729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:17:20:10:13:17:20:10:13 chr1 202794787 . T C 397.07 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00053257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.217;QD=23.3571;RBI=0.00193474;REFB=-0.0254139;REVB=-0.00185999;RO=28;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334638;STB=0.524679;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0216704;OID=.;OPOS=202794787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:29:39:39:0.573529:22:17:11:17:22:17:11:18 chr1 202795849 . G A 146.21 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0136712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.783;QD=17.201;RBI=0.014982;REFB=-0.0114657;REVB=-0.00612841;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11279;STB=0.538413;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0129548;OID=.;OPOS=202795849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:5:10:10:8:6:10:10:8 chr1 202861342 . A G 749.52 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0270899;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.04;QD=53.537;RBI=0.0302737;REFB=-0.141555;REVB=0.0135144;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00133859;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:2:2:53:54:0.964286:25:28:0:2:25:29:0:2 chr1 202884063 . C T 368.09 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3738;QD=54.532;RBI=0.0536491;REFB=0;REVB=0.0116289;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027622;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:12:13:0:0:14:13:0:0 chr1 202888947 . T C 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.512;QD=52.1517;RBI=0.0423432;REFB=-0.0529783;REVB=0.0354536;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.512811;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000696294;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:8:19:0:0:8:19:1:0 chr1 202932154 . G A 498.92 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.000145827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.559;QD=18.3091;RBI=0.00436828;REFB=-0.01604;REVB=0.00436584;RO=54;SAF=31;SAR=22;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13269;STB=0.570048;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0192332;OID=.;OPOS=202932154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:56:53:53:0.486239:22:31:39:15:22:31:40:16 chr1 202935911 . T C 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0383657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.718;QD=25.9902;RBI=0.0405324;REFB=-0.00524582;REVB=0.0130747;RO=23;SAF=8;SAR=30;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265593;STB=0.646467;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00147453;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:30:8:12:11:30:8:12:11 chr1 203004367 . C T 802.39 PASS AF=0.488235;AO=82;DP=170;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0549403;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.956;QD=18.8797;RBI=0.0585217;REFB=-0.0172952;REVB=0.0201582;RO=86;SAF=42;SAR=40;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652243;STB=0.52953;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0192918;OID=.;OPOS=203004367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:87:82:83:0.488235:40:42:38:48:41:42:39:48 chr1 203008174 . G C 765.24 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.498;QD=56.6845;RBI=0.027119;REFB=0;REVB=0.0228785;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043358;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:46:54:1:16:30:0:0:22:32:0:0 chr1 203008286 . C G 334.16 PASS AF=0.507246;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0379537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.786;QD=19.3718;RBI=0.0385448;REFB=-0.0251429;REVB=-0.00672488;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217485;STB=0.578468;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0186122;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:34:33:35:0.507246:20:13:20:11:20:15:20:14 chr1 203024767 . C T 122.27 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00286408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.985;QD=14.821;RBI=0.0364825;REFB=-0.019441;REVB=-0.0363699;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154289;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0221393;OID=.;OPOS=203024767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:8:6:5:13:8:6:6:13 chr1 203025583 . G A 143.92 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0287073;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.404;QD=13.7069;RBI=0.0526446;REFB=-0.0222357;REVB=0.0441288;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708753;STB=0.53121;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0394875;OID=.;OPOS=203025583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:10:6:11:14:10:6:11:15 chr1 203040816 . G C 218.22 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00531959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.834;QD=9.48762;RBI=0.0243438;REFB=-0.0122955;REVB=-0.0237554;RO=63;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199608;STB=0.610523;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0286008;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:64:28:28:0.304348:13:15:23:40:13:15:24:40 chr1 203053768 . T C 532.62 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0100492;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.415;QD=16.7754;RBI=0.0167788;REFB=-0.0106435;REVB=-0.0134366;RO=68;SAF=31;SAR=26;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429794;STB=0.52425;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0171792;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:68:70:57:57:0.448819:26:31:34:34:26:31:35:35 chr1 203135840 . CT C 371.75 PASS AF=0.5;AO=54;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0644903;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5534;QD=13.0437;RBI=0.0907345;REFB=0.0390546;REVB=0.063826;RO=55;SAF=16;SAR=38;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12522;STB=0.567488;STBP=0.196;TYPE=del;VARB=-0.0296418;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:54:114:57:114:57:18:39:25:32:99:55:16:38:23:32 chr1 203140671 . G A 475.2 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0010453;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.127;QD=18.6354;RBI=0.0147123;REFB=-0.00683565;REVB=0.0146752;RO=49;SAF=34;SAR=15;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197634;STB=0.617113;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0056073;OID=.;OPOS=203140671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:52:49:50:0.490196:15:34:24:25:16:34:24:28 chr1 203144833 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0275606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.19;QD=14.3342;RBI=0.0949443;REFB=-0.0296253;REVB=0.0908561;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.578146;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0324724;OID=.;OPOS=203144833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:7:3:4:5:7:3 chr1 203148633 . A G 379.42 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563556;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.677;QD=56.211;RBI=0.0478033;REFB=0;REVB=-0.04747;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120158;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 203152801 . T C 329.07 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0191859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.889;QD=20.8931;RBI=0.022621;REFB=-0.00762607;REVB=0.0119839;RO=29;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105076;STB=0.562861;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00801616;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:23:10:12:17:24:10:12:17 chr1 203309880 . G A 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00468722;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.481;QD=17.8975;RBI=0.00477553;REFB=-0.0227206;REVB=-0.000914167;RO=51;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398086;STB=0.522245;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0245896;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:22:21:27:24:22:21:27:24 chr1 203309966 . G C 1501.69 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9375;QD=61.9253;RBI=0.117713;REFB=0;REVB=-0.0202259;RO=1;SAF=43;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751913;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:1:0:92:97:1:49:43:1:0:51:46:0:0 chr1 203317162 . C T 46.46 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0151598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.076;QD=7.43337;RBI=0.0157223;REFB=-0.0118469;REVB=-0.00416782;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725222;STB=0.51348;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0294358;OID=.;OPOS=203317162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:25:17:17:7:8:0.32:2:5:13:4:2:6:13:4 chr1 203458278 . C G 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.034846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1637;QD=18.438;RBI=0.0348536;REFB=0.0117309;REVB=0.000730922;RO=29;SAF=25;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25246;STB=0.64345;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0228855;OID=.;OPOS=203458278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:4:25:20:9:4:25:20:9 chr1 203652444 . A G 753.47 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00276889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.343;QD=61.5075;RBI=0.0167605;REFB=0.059831;REVB=-0.0165302;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00265562;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:0:1:26:22:0:1 chr1 203667409 . T C 1415.14 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2407;QD=62.8949;RBI=0.0420268;REFB=0;REVB=-0.0106882;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118913;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr1 203681085 . T C 292.0 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0223569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.034;QD=21.6297;RBI=0.022381;REFB=-0.0174369;REVB=-0.00103672;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167626;STB=0.592533;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0129494;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:15:15:17:7:15:15:17:7 chr1 203712996 . T C 453.76 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0193787;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1087;QD=22.1348;RBI=0.0201461;REFB=-0.019931;REVB=-0.00550727;RO=38;SAF=16;SAR=28;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141137;STB=0.577946;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0191189;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:38:44:44:0.536585:28:16:20:18:28:16:20:18 chr1 203713133 . G A 116.13 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0289054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.974;QD=11.3294;RBI=0.034595;REFB=-0.0115205;REVB=-0.0190078;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467181;STB=0.776983;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0160302;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:27:14:14:0.341463:11:3:16:9:11:3:17:10 chr1 203768328 . T C 849.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3749;QD=57.6232;RBI=0.0981547;REFB=0;REVB=-0.0801481;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264875;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr1 203769532 . G A 237.58 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00511631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.777;QD=45.2531;RBI=0.0118143;REFB=-0.0333786;REVB=0.010649;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0130954;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:0:1:19:20:0.952381:8:11:0:0:8:12:1:0 chr1 203787700 . T C,G 721.86 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332953,-0.00531947;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.174,107.313;QD=61.4351;RBI=0.0356531,0.0115905;REFB=0,0;REVB=-0.0127502,0.0102977;RO=1;SAF=27,2;SAR=17,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0170841,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-2.64385e-06,0.0512072;OID=.,.;OPOS=203787700,203787700;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:1:0:44,2:45,2:0.957447,0.0425532:17,0:27,2:1:0:17,0:28,2:0:0 chr1 204110334 . A G 577.17 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670289;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8458;QD=60.7545;RBI=0.0880302;REFB=0;REVB=0.0570653;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100734;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:16:22:0:0 chr1 204159701 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0452122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.455;QD=16.1989;RBI=0.0520635;REFB=0.041486;REVB=0.0258159;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00412186;OID=.;OPOS=204159701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr1 204230581 . G A 1143.88 PASS AF=0.898876;AO=80;DP=89;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0257854;FXX=0.0219756;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.318;QD=51.4101;RBI=0.0330224;REFB=-0.0731952;REVB=0.0206299;RO=8;SAF=40;SAR=40;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428817;STB=0.528083;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00223672;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:89:89:8:9:80:80:0.898876:40:40:2:6:40:40:2:7 chr1 204237416 . C T 1537.64 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116718;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.162;QD=62.7608;RBI=0.0141747;REFB=0.0145303;REVB=0.00804303;RO=1;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771231;STB=0.504064;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-9.43077e-05;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:61:36:0:1:61:36:0:1 chr1 204242838 . A C 921.96 PASS AF=1;AO=40;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474477;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.399;QD=58.5374;RBI=0.0560439;REFB=0;REVB=0.0558427;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657891;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:40:63:1:12:28:0:0:34:29:0:0 chr1 204379617 . T C 1004.96 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00367212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.635;QD=57.4264;RBI=0.00545544;REFB=0.0210435;REVB=0.00403452;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145434;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000113405;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:37:32:1:0:37:32:1:0 chr1 204403659 . A G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2829;QD=59.0118;RBI=0.0459679;REFB=0;REVB=-0.0375262;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209869;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr1 204425028 . G A 766.59 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.762;QD=63.8822;RBI=0.0553715;REFB=0;REVB=0.0511727;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136793;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:15:32:0:0:16:32:0:0 chr1 204436066 . G A 251.48 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0321507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.551;QD=17.0494;RBI=0.0343177;REFB=-0.0241327;REVB=0.0120015;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795805;STB=0.529391;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0336115;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:31:28:28:0.474576:12:16:13:14:12:16:16:15 chr1 204438643 . G T 154.94 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0060014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.678;QD=22.9544;RBI=0.00616386;REFB=-0.0160496;REVB=-0.00140584;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.571338;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0134031;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:6:5:10:6:6:5 chr1 204501383 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0147694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.178;QD=13.4419;RBI=0.0192593;REFB=-0.0136585;REVB=-0.0123607;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481956;STB=0.785128;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0180517;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:2:8:4:9:2:8:4:9 chr1 204531567 . C T 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00987415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.92;QD=15.7803;RBI=0.109943;REFB=0.00402416;REVB=0.109498;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167604;STB=0.597015;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00173717;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:8:9:5:9:8:9 chr1 204531623 . C T 208.1 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0326178;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.312;QD=23.7834;RBI=0.03876;REFB=-0.0143206;REVB=0.0209383;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264418;STB=0.662555;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00670317;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:15:20:20:0.571429:14:6:9:5:14:6:10:5 chr1 204587240 . G A 427.05 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00624659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.904;QD=24.7568;RBI=0.00626147;REFB=-0.024322;REVB=0.000431357;RO=28;SAF=23;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981939;STB=0.553798;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0131766;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:18:23:12:16:18:23:12:16 chr1 204587974 . T C 31.5 PASS AF=0.113208;AO=7;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0789144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3671;QD=2.37733;RBI=0.0978306;REFB=0.000664311;REVB=-0.0578216;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458486;STB=0.547014;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0251119;OID=.;OPOS=204587974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:45:47:7:6:0.113208:3:4:24:21:3:3:26:21 chr1 204590044 . G A 366.21 PASS AF=0.415842;AO=41;DP=100;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0036754;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.2;QD=14.5035;RBI=0.031473;REFB=-0.018858;REVB=0.0312576;RO=59;SAF=17;SAR=24;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457746;STB=0.531643;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0170343;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:59:41:42:0.415842:24:17:27:32:25:17:27:32 chr1 204591237 . A G 143.32 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0106619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.373;QD=14.6989;RBI=0.0120457;REFB=-0.0168203;REVB=-0.00560556;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.599877;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0241907;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:9:14:7:9:9:14 chr1 204943947 . C A 270.71 PASS AF=0.47619;AO=27;DP=61;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00638667;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.926;QD=17.1876;RBI=0.0273705;REFB=-0.0218481;REVB=-0.0266149;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131016;STB=0.570756;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0210721;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:33:27:30:0.47619:15:12:10:22:17:13:10:23 chr1 204948108 . G A 371.03 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00227784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.587;QD=17.257;RBI=0.0146791;REFB=-0.0124787;REVB=0.0145013;RO=46;SAF=14;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897989;STB=0.550634;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0168311;OID=.;OPOS=204948108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:47:38:39:0.453488:24:14:21:25:25:14:21:26 chr1 204966690 . G A 803.89 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723544;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.085;QD=57.4206;RBI=0.0306436;REFB=0;REVB=0.0297771;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263472;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr1 204970302 . T C 503.16 PASS AF=0.545455;AO=47;DP=87;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0218912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.473;QD=22.8707;RBI=0.0219368;REFB=-0.0224539;REVB=0.00141352;RO=39;SAF=33;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105191;STB=0.569084;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0227207;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:40:47:48:0.545455:14:33:23:16:14:34:23:17 chr1 204978533 . A G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0125409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.781;QD=18.4834;RBI=0.0291925;REFB=-0.00719271;REVB=-0.0263615;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141973;STB=0.576395;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00477341;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:21:19:19:0.475:12:7:4:14:12:7:5:16 chr1 205027737 . G A 652.55 PASS AF=0.48227;AO=62;DP=135;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0212661;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.942;QD=18.5121;RBI=0.0219875;REFB=-0.0201035;REVB=0.00558599;RO=71;SAF=26;SAR=36;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125328;STB=0.580087;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0183251;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:71:73:62:68:0.48227:36:26:39:32:42:26:39:34 chr1 205031116 . C T 1964.39 PASS AF=0.977273;AO=128;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0491575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2141;QD=59.527;RBI=0.0522014;REFB=-0.00217575;REVB=0.017565;RO=4;SAF=82;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684883;STB=0.508981;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000457375;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:4:3:128:129:0.977273:46:82:3:1:47:82:3:0 chr1 205041158 . C T 1055.09 PASS AF=0.517241;AO=105;DP=204;FAO=105;FDP=203;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.00519887;FXX=0.0193227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.016;QD=20.7899;RBI=0.0192518;REFB=-0.0476798;REVB=0.0185366;RO=94;SAF=42;SAR=63;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250314;STB=0.511338;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0396991;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:94:98:105:105:0.517241:63:42:35:59:63:42:37:61 chr1 205052939 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.63;QD=53.9104;RBI=0.0146061;REFB=0;REVB=-0.0132509;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01441e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 205053219 . C T 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.707;QD=62.6674;RBI=0.027332;REFB=0;REVB=0.0272873;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144043;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 205056844 . T A,TTA 85.1 PASS AF=0,0.692308;AO=3,9;DP=17;FAO=0,9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=0,7;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0124129,0.0190072;FXX=0.235156;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=221.293,249.332;QD=26.1833;RBI=0.0211636,0.0277166;REFB=0.0196642,0.0158395;REVB=-0.017141,-0.0201727;RO=4;SAF=2,7;SAR=1,2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.541115,0.434082;STB=0.5,0.749422;STBP=1,0.025;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00849884;OID=.,.;OPOS=205056844,205056845;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:17:13:4:4:3,9:0,9:0,0.692308:1,2:2,7:0:4:0,2:0,7:0:4 chr1 205113595 . AG CA 202.81 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00990482;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.639;QD=20.8013;RBI=0.0189241;REFB=-0.0209702;REVB=-0.016125;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201123;STB=0.63623;STBP=0.096;TYPE=mnp;VARB=0.0148575;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:19:20:20:0.512821:12:8:11:6:12:8:13:6 chr1 205129319 . G A 301.78 PASS AF=0.56;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0219922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8871;QD=24.1423;RBI=0.0259268;REFB=0.0100269;REVB=0.013731;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195862;STB=0.592752;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00850203;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:22:27:28:0.56:12:15:18:5:12:16:17:5 chr1 205130413 . A G 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.847;QD=56.9334;RBI=0.0336472;REFB=0;REVB=-0.0317419;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89771e-05;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 205272983 . C G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.000969874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.961;QD=8.24629;RBI=0.00190625;REFB=-0.0240921;REVB=0.00164107;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27463;STB=0.666262;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0657882;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:12:3:3:4:12:3 chr1 205275421 . A G 708.86 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0218897;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.531;QD=59.0715;RBI=0.0221516;REFB=-0.198854;REVB=-0.00339593;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229252;STB=0.523799;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00279801;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:48:1:2:46:46:0.958333:26:20:1:0:26:20:2:0 chr1 205306590 . G A 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0149133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.616;QD=19.6656;RBI=0.0164167;REFB=-0.0210967;REVB=-0.00686313;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160893;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220386;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:18:16:15:17:18:16:15:17 chr1 205353492 . A C 105.84 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.000494263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.277;QD=11.1412;RBI=0.0142406;REFB=-0.0160433;REVB=0.014232;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664102;STB=0.5678;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0265275;OID=.;OPOS=205353492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:5:7:16:9:6:7:16:9 chr1 205492756 . A G 78.18 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00378855;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.844;QD=13.0302;RBI=0.0356163;REFB=-0.0138112;REVB=-0.0354142;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239425;STB=0.663456;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0140989;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:13:14:10:10:0.416667:7:3:7:6:7:3:8:6 chr1 205498843 . G T 235.91 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00733919;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.813;QD=17.4745;RBI=0.0168188;REFB=0.0308167;REVB=0.0151331;RO=28;SAF=21;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167411;STB=0.595062;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0342857;OID=.;OPOS=205498843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:26:26:0.481481:5:21:19:9:5:21:19:9 chr1 205501843 . A G 283.79 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=0.0509039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3998;QD=21.8298;RBI=0.0513817;REFB=-0.0161707;REVB=0.00699126;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298285;STB=0.662268;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0188891;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:19:10:1:22:19:10:1:22 chr1 205570406 . T A 863.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3405;QD=57.5481;RBI=0.0632914;REFB=0;REVB=0.00215563;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432392;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:29:31:0:0 chr1 205588637 . C T 202.08 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1799;QD=47.5484;RBI=0.0580985;REFB=0;REVB=-0.0580361;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445942;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr1 205589574 . C T 452.33 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193688;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.484;QD=58.3656;RBI=0.0358605;REFB=0;REVB=0.0301798;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146467;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr1 205626995 . C G 305.98 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0782072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5556;QD=53.2146;RBI=0.0846769;REFB=0;REVB=0.0324624;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126942;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 205627101 . AC AA,A 301.81 PASS AF=0.0882353,0.911765;AO=4,24;DP=34;FAO=3,31;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565104,0.114063;FXX=0.0285633;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.72784,11.6857;QD=35.507;RBI=0.0638684,0.115019;REFB=0,0;REVB=0.0297614,0.0148004;RO=2;SAF=2,14;SAR=2,10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0121653;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0144399,-0.00415035;OID=.,.;OPOS=205627102,205627102;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0882353,0.911765:4,24:34:3,31:34:0:2,17:1,14:0:0:14:2:2,14:2,10:1:1 chr1 205738166 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.091;QD=48.7372;RBI=0.0327117;REFB=0;REVB=-0.0103928;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115452;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 205779231 . G A 281.63 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0159702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.071;QD=21.2551;RBI=0.0166745;REFB=-0.0469087;REVB=-0.00479494;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150901;STB=0.593602;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0299652;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:24:29:29:0.54717:18:11:13:10:18:11:14:10 chr1 205811828 . A T 306.08 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0377032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9607;QD=15.3039;RBI=0.038431;REFB=-0.00648795;REVB=0.00744373;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138249;STB=0.507808;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00799509;OID=.;OPOS=205811828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:21:13:17:29:21:13:17:29 chr1 205814497 . T C 217.86 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0322004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.366;QD=13.6163;RBI=0.0445856;REFB=0.000694091;REVB=-0.0308385;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135458;STB=0.561547;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00209938;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:38:26:26:0.40625:11:15:15:19:11:15:18:20 chr1 205817018 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0623456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7352;QD=9.09993;RBI=0.0625443;REFB=0.000297047;REVB=-0.00498137;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944287;STB=0.567763;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00365643;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:7:2:3:15:7:2:3:16 chr1 205819039 . C T 267.37 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00980915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3223;QD=16.2039;RBI=0.0403819;REFB=-0.0136463;REVB=0.0391724;RO=35;SAF=24;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376708;STB=0.709066;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00902347;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:6:24:16:19:6:24:17:19 chr1 205819104 . G A 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0243043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.806;QD=18.0091;RBI=0.0243679;REFB=-0.0109805;REVB=-0.00175934;RO=38;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160098;STB=0.589777;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0147252;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:11:24:20:18:11:24:20:18 chr1 206516261 . C T 160.24 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00490791;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4271;QD=9.86093;RBI=0.0238395;REFB=-0.00360096;REVB=0.0233289;RO=42;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213718;STB=0.637805;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0240317;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:42:44:21:21:0.323077:9:12:16:26:9:12:16:28 chr1 206566195 . C T 49.88 PASS AF=0.0933333;AO=14;DP=150;FAO=14;FDP=150;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=82;FWDB=-0.00726829;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5486;QD=1.33007;RBI=0.011445;REFB=-0.00142201;REVB=-0.00884082;RO=133;SAF=6;SAR=8;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459135;STB=0.52937;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0126879;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:150:150:133:136:14:14:0.0933333:8:6:52:81:8:6:54:82 chr1 206566903 . GT AC,GC 251.01 PASS AF=0.03125,0.302083;AO=4,29;DP=96;FAO=3,29;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=1,19;FSAR=2,10;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0406472,-0.0340742;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=162.766,134.589;QD=10.4585;RBI=0.044177,0.0400543;REFB=-0.0210219,-0.0252014;REVB=-0.0173037,-0.0210547;RO=63;SAF=2,19;SAR=2,10;SRF=27;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0690579,0.264766;STB=0.603457,0.650194;STBP=0.745,0.046;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0517017,0.035599;OID=.,.;OPOS=206566903,206566904;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:96:96:63:64:4,29:3,29:0.03125,0.302083:2,10:2,19:27:36:2,10:1,19:28:36 chr1 206603535 . G A 247.16 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00857308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.289;QD=15.9456;RBI=0.0252343;REFB=0.000604104;REVB=0.0237334;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209846;STB=0.618099;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000754848;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:22:12:16:12:22:12 chr1 206626607 . G A 341.94 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00494572;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5199;QD=16.0911;RBI=0.0397135;REFB=-0.00492458;REVB=0.0394043;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00118674;STB=0.505615;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00747829;OID=.;OPOS=206626607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:48:37:37:0.435294:15:22:28:19:15:22:29:19 chr1 206635570 . C T 489.58 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0115884;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.14;QD=17.0288;RBI=0.0128489;REFB=-0.00663251;REVB=-0.00555022;RO=61;SAF=27;SAR=26;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174587;STB=0.600356;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0083742;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:26:27:20:41:26:27:20:42 chr1 206637395 . C T 186.55 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0137145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.703;QD=20.1676;RBI=0.0155786;REFB=-0.0115965;REVB=0.00738952;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228824;STB=0.630079;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0139041;OID=.;OPOS=206637395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:9:9:5:14:9:9 chr1 206647742 . A G 1390.93 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1079;QD=62.5135;RBI=0.0457573;REFB=0;REVB=-0.0423647;RO=1;SAF=46;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452281;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:1:0:87:89:1:41:46:1:0:41:48:0:0 chr1 206647787 . T C 1530.03 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.534;QD=63.7515;RBI=0.0374716;REFB=0;REVB=0.0370658;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19283e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:51:44:0:0:52:44:0:0 chr1 206651107 . G A 955.15 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0187116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.928;QD=54.58;RBI=0.0474624;REFB=-0.0695176;REVB=0.0436183;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.505578;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0013001;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:70:70:1:3:67:67:0.957143:36:31:0:1:36:31:1:2 chr1 206665052 . C T 179.72 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0290766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.06;QD=15.628;RBI=0.0349016;REFB=-0.0268971;REVB=-0.0193048;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260962;STB=0.642697;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0193709;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:14:5:13:13:14:5:13:14 chr1 206665837 . G A 269.25 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0315516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7643;QD=22.9148;RBI=0.0449671;REFB=-0.00877088;REVB=0.0320395;RO=21;SAF=4;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307304;STB=0.667328;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0194068;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:21:4:9:12:21:4:9:13 chr1 206665896 . C G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0055137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.654;QD=16.727;RBI=0.00695128;REFB=-0.00996595;REVB=0.00423312;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671083;STB=0.538414;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0243688;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:7:12:9:7:7:12 chr1 206669465 . C T 250.76 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00606419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6942;QD=19.6676;RBI=0.0458843;REFB=-0.0124059;REVB=-0.0454819;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01751;STB=0.509796;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0119374;OID=.;OPOS=206669465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:13:12:13:13:13:12 chr1 206757857 . C A 1025.96 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3434;QD=59.476;RBI=0.017065;REFB=0;REVB=0.0122146;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192863;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr1 206758077 . T A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.047;QD=39.2066;RBI=0.043365;REFB=0;REVB=0.043365;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542406;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr1 206773659 . A G 1262.95 PASS AF=1;AO=38;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.022;QD=60.8652;RBI=0.108854;REFB=0;REVB=0.103551;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309234;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:38:83:1:24:14:0:0:37:46:0:0 chr1 207015957 . T C 413.04 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0442659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5595;QD=18.9905;RBI=0.0466728;REFB=-0.00690349;REVB=0.0147946;RO=45;SAF=16;SAR=26;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401787;STB=0.522377;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00835022;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:26:16:19:26:26:16:19:26 chr1 207110936 . T C 269.14 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0131877;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.385;QD=21.9709;RBI=0.0132976;REFB=0.000135064;REVB=0.00170602;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198956;STB=0.610936;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000312939;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:17:7:13:12:17:7 chr1 207132345 . A G 150.02 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0011433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.821;QD=19.3579;RBI=0.0175714;REFB=-0.00464693;REVB=0.0175342;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302913;STB=0.670391;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00722196;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:12:3:9:7:12:3 chr1 207140440 . C T 263.56 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.0121746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.905;QD=17.5706;RBI=0.018519;REFB=-0.0116049;REVB=-0.0139546;RO=30;SAF=7;SAR=22;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146795;STB=0.586272;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0110901;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:22:7:4:26:22:7:4:27 chr1 207143422 . A G 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00890311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.093;QD=13.4156;RBI=0.0110579;REFB=-0.0161097;REVB=-0.00655829;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911354;STB=0.552082;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0272111;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:12:13:16:21:12:13:16:21 chr1 207195779 . A G 418.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1467;QD=55.7496;RBI=0.0703075;REFB=0;REVB=0.055299;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237444;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr1 207217359 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.665;QD=47.8222;RBI=0.0317521;REFB=0;REVB=0.0302934;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635802;OID=.;OPOS=207217359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 207220800 . C A 255.14 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00492151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4123;QD=22.1862;RBI=0.00576562;REFB=0.00758947;REVB=-0.00300353;RO=20;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262038;STB=0.624896;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00776544;OID=.;OPOS=207220800;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:22:24:24:0.521739:15:9:14:6:15:9:14:8 chr1 207221612 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00884584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.48;QD=15.6193;RBI=0.0282415;REFB=0.00692296;REVB=-0.0268204;RO=24;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467935;STB=0.765438;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0079504;OID=.;OPOS=207221612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:3:15:10:14:3:15:11:14 chr1 207263829 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0034932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.902;QD=21.5107;RBI=0.0157864;REFB=-0.0155892;REVB=-0.0153951;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2965;STB=0.666508;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0183896;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:13:6:14:7:13:6 chr1 207297680 . T C 282.56 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0224922;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.9;QD=23.5465;RBI=0.0225809;REFB=-0.000991805;REVB=-0.00199963;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183204;STB=0.510196;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000223507;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:8:14:16:10:8:14 chr1 207653395 . C A 781.02 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.1;QD=63.7572;RBI=0.024052;REFB=0;REVB=0.00902589;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94537e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr1 207679307 . A G 3015.71 PASS AF=0.962085;AO=203;DP=211;FAO=203;FDP=211;FR=.;FRO=8;FSAF=94;FSAR=109;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0149545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.802;QD=57.1698;RBI=0.0255464;REFB=-0.0378681;REVB=0.0207118;RO=8;SAF=94;SAR=109;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638962;STB=0.503358;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0006693;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:211:211:8:8:203:203:0.962085:109:94:3:5:109:94:3:5 chr1 207760773 . C T 1305.1 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487303;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.705;QD=61.4166;RBI=0.0501725;REFB=0;REVB=0.0119429;RO=1;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033261;OID=.;OPOS=207760773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:1:0:83:85:1:47:36:0:1:48:37:0:0 chr1 207782916 . A T 1522.9 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.567;QD=58.5731;RBI=0.0244641;REFB=0;REVB=0.0243288;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109509;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:99:104:1:58:41:0:0:62:42:0:0 chr1 207795320 . A G 1670.11 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=116;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000204383;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6392;QD=59.6466;RBI=0.0315383;REFB=-0.12611;REVB=0.0315377;RO=1;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840273;STB=0.504424;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000993637;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:112:1:1:111:111:0.991071:56:55:0:1:56:55:0:1 chr1 207812791 . A G 169.17 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.000154802;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.578;QD=11.4689;RBI=0.0228516;REFB=-0.00369448;REVB=-0.0228511;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108458;STB=0.576203;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00874292;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:37:37:21:22:0.372881:10:11:23:14:11:11:23:14 chr1 207851611 . A G 818.24 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.813;QD=57.4205;RBI=0.0609089;REFB=0;REVB=0.0207483;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176599;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:25:30:0:0:25:32:0:0 chr1 207857254 . A G 625.17 PASS AF=0.564815;AO=60;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.026833;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9327;QD=23.1544;RBI=0.0269184;REFB=-0.0238577;REVB=0.00214234;RO=47;SAF=29;SAR=31;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637239;STB=0.531125;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0161767;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:60:61:0.564815:31:29:19:28:32:29:19:28 chr1 207875116 . GAGA G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00387587;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=300.498;QD=12.4824;RBI=0.00701828;REFB=-0.00296834;REVB=-0.00585098;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467161;STB=0.502758;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00537588;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:12:31:12:31:19:5:7:8:11:96:19:5:7:8:11 chr1 207881557 . A G 547.66 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00107059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.312;QD=17.3861;RBI=0.00728377;REFB=-0.0127474;REVB=0.00720466;RO=66;SAF=20;SAR=38;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816423;STB=0.547308;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0101242;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:68:58:58:0.460317:38:20:28:38:38:20:29:39 chr1 207884105 . C A 1100.54 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0926905;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6049;QD=56.4379;RBI=0.0949206;REFB=0.0189663;REVB=0.0204544;RO=3;SAF=25;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269911;STB=0.514282;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00671029;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:78:3:3:75:75:0.961538:50:25:2:1:50:25:2:1 chr1 207884107 . G A 1147.44 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.02338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.034;QD=58.0981;RBI=0.025264;REFB=0.00167793;REVB=0.00957317;RO=2;SAF=26;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848148;STB=0.50414;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000238401;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:79:2:2:76:77:0.974684:50:26:1:1:50:27:1:1 chr1 207885881 . C T 540.49 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0123875;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.102;QD=21.8378;RBI=0.0170139;REFB=-0.00695011;REVB=-0.0116628;RO=47;SAF=16;SAR=35;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236817;STB=0.636308;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00915364;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:47:48:51:51:0.515152:35:16:27:20:35:16:28:20 chr1 207886150 . C T 850.18 PASS AF=0.548611;AO=79;DP=144;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.000407196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.055;QD=23.616;RBI=0.000410745;REFB=-0.0253366;REVB=5.3879e-05;RO=64;SAF=36;SAR=43;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410114;STB=0.518395;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.019421;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:64:65:79:79:0.548611:43:36:26:38:43:36:27:38 chr1 207888739 . G T 710.09 PASS AF=0.552;AO=68;DP=126;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0220675;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.139;QD=22.7227;RBI=0.0224927;REFB=0.00354825;REVB=-0.00435259;RO=57;SAF=31;SAR=37;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149127;STB=0.506783;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00258739;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:57:56:68:69:0.552:37:31:27:30:38:31:26:30 chr1 207890866 . T C 361.99 PASS AF=0.372881;AO=42;DP=117;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.0457432;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4617;QD=12.271;RBI=0.0480715;REFB=0.00125126;REVB=-0.0147791;RO=74;SAF=17;SAR=25;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238467;STB=0.645231;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00229631;OID=.;OPOS=207890866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:74:74:42:44:0.372881:25:17:46:28:27:17:46:28 chr1 207941190 . AG A,AT 525.41 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=9,27;DP=37;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269078,0.0265053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.028,151.324;QD=58.3793;RBI=0.0307823,0.0267247;REFB=0,0;REVB=-0.0149507,0.00341753;RO=0;SAF=4,10;SAR=5,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.018767,0.00440366;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:9,27:37:2,34:36:0:1,13:1,21:0:0:10:0:4,10:5,17:0:0 chr1 208063067 . G A 90.31 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.010193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3132;QD=16.4206;RBI=0.0361481;REFB=-0.0290251;REVB=-0.0346813;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254322;STB=0.648363;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.026261;OID=.;OPOS=208063067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:5:6:3:8:5:6 chr1 208199100 . T A 390.63 PASS AF=0.445652;AO=38;DP=89;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0253809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.773;QD=16.9838;RBI=0.0261158;REFB=-0.0151979;REVB=-0.00615184;RO=50;SAF=6;SAR=32;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353182;STB=0.63234;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0133566;OID=.;OPOS=208199100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:50:51:38:41:0.445652:32:6:21:29:32:9:21:30 chr1 208199999 . T C 178.24 PASS AF=0.404255;AO=23;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0060984;FXX=0.078416;HRUN=17;LEN=1;MLLD=163.866;QD=15.1693;RBI=0.0165867;REFB=-0.00180754;REVB=-0.0154249;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398579;STB=0.824;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00167194;OID=.;OPOS=208199999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:28:23:19:0.404255:16:7:17:5:16:3:19:9 chr1 208207839 . G A 106.17 PASS AF=0.325;AO=11;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0253245;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.518;QD=10.6168;RBI=0.0519924;REFB=-0.0225071;REVB=0.0454079;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535672;STB=0.574349;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0321112;OID=.;OPOS=208207839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:27:11:13:0.325:7:4:11:16:9:4:11:16 chr1 208390086 . G C 460.67 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00414218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.416;QD=23.931;RBI=0.0062948;REFB=-0.0467592;REVB=0.00473992;RO=32;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111435;STB=0.566236;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0209522;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:32:33:44:44:0.571429:20:24:22:10:20:24:23:10 chr1 208390155 . C T 88.78 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0073143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.63;QD=6.45704;RBI=0.00738612;REFB=-0.0153633;REVB=-0.00102753;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165742;STB=0.581408;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0365748;OID=.;OPOS=208390155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:39:42:13:13:0.236364:9:4:17:22:9:4:17:25 chr1 208390162 . T C 105.51 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.000497156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.532;QD=8.11635;RBI=0.0152313;REFB=-0.0236366;REVB=-0.0152232;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956251;STB=0.565624;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0479817;OID=.;OPOS=208390162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:8:6:13:24:8:6:13:25 chr1 208391254 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0202719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.015;QD=9.44481;RBI=0.06854;REFB=-0.031668;REVB=0.0654735;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0433814;OID=.;OPOS=208391254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:3:7:4:2:3:7 chr1 209785206 . G A 47.89 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00212982;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8474;QD=10.0823;RBI=0.0650926;REFB=-0.0392485;REVB=-0.0650578;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453553;STB=0.773931;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0123748;OID=.;OPOS=209785206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:3:9:2:5:3:9 chr1 209788703 . T C 387.4 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0335341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.444;QD=23.8401;RBI=0.0379295;REFB=-0.000542612;REVB=-0.0177233;RO=27;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590889;STB=0.503245;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=6.0556e-05;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:20:18:13:14:20:18:13:14 chr1 209799253 . A G 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418641;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.329;QD=60.9974;RBI=0.0427513;REFB=0;REVB=-0.00866439;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189193;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 209800230 . C T 1595.84 PASS AF=0.940678;AO=111;DP=118;FAO=111;FDP=118;FR=.;FRO=7;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00403614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.762;QD=54.0961;RBI=0.0205117;REFB=-0.0796638;REVB=0.0201106;RO=7;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631407;STB=0.533327;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000883761;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:118:118:7:7:111:111:0.940678:49:62:0:7:49:62:0:7 chr1 209801519 . C T 278.3 PASS AF=0.96;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0758409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.403;QD=44.5272;RBI=0.0773338;REFB=-0.165445;REVB=0.0151219;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768812;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00260367;OID=.;OPOS=209801519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:25:2:1:22:24:0.96:11:11:0:2:12:12:0:1 chr1 209807972 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000682242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.294;QD=22.5859;RBI=0.0455623;REFB=-0.022443;REVB=0.0455572;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00692251;OID=.;OPOS=209807972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:3:3:6:5:3:3 chr1 209823354 . G A 238.65 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0329182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4947;QD=14.0384;RBI=0.0616931;REFB=-0.00842801;REVB=-0.0521769;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842004;STB=0.547793;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0122079;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:16:12:14:26:16:12:14:26 chr1 209849399 . AG A 569.65 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.638;QD=59.9627;RBI=0.0915624;REFB=0;REVB=0.0893858;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000472931;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:38:38:0:20:18:0:0:4:0:20:18:0:0 chr1 209849406 . T G 627.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.339;QD=61.2008;RBI=0.0455379;REFB=0;REVB=0.0454438;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153322;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr1 209933540 . A G 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0045795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.405;QD=11.2611;RBI=0.0107213;REFB=0.00133577;REVB=0.00969399;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11177;STB=0.566284;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00173168;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:7:8:13:17:7:8:13:17 chr1 209936466 . A G 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.000845209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3454;QD=16.5334;RBI=0.0320313;REFB=-0.0204158;REVB=0.0320201;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323325;STB=0.518498;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0496412;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:6:12:16:7:6:12:16:7 chr1 209936673 . C G 311.96 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0607359;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.975;QD=21.5143;RBI=0.0619994;REFB=-0.0129603;REVB=0.0124529;RO=26;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995555;STB=0.555253;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0101128;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:26:32:32:0.551724:22:10:11:15:22:10:11:15 chr1 209936914 . C T 853.6 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6433;QD=55.974;RBI=0.0216621;REFB=0.0133689;REVB=-0.000432519;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00798581;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:26:34:0:1:26:34:0:1 chr1 209950760 . C G 924.03 PASS AF=0.494624;AO=90;DP=185;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.00947133;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.91;QD=19.8717;RBI=0.0120918;REFB=-0.0256679;REVB=0.00751706;RO=92;SAF=40;SAR=50;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112268;STB=0.506171;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0272425;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:92:94:90:92:0.494624:50:40:41:51:52:40:42:52 chr1 210004199 . C G 225.71 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0011386;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.017;QD=17.0346;RBI=0.0120966;REFB=0.00409706;REVB=0.0120429;RO=27;SAF=4;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314797;STB=0.694035;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00435037;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:28:25:25:0.471698:21:4:11:16:21:4:12:16 chr1 210006603 . C T 195.27 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00402557;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.413;QD=14.2011;RBI=0.0159403;REFB=-0.0115599;REVB=0.0154236;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153618;STB=0.584833;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0136283;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:32:23:23:0.418182:12:11:19:11:12:11:20:12 chr1 210335028 . T C 145.19 PASS AF=0.516129;AO=14;DP=29;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00616998;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=93.2888;QD=18.7348;RBI=0.0355028;REFB=-0.0234516;REVB=0.0349626;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390763;STB=0.740814;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0250308;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:15:15:14:16:0.516129:12:2:7:8:14:2:7:8 chr1 210335066 . G A 261.06 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0173163;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.57;QD=16.5752;RBI=0.0174439;REFB=0.00235441;REVB=-0.00210622;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153275;STB=0.578431;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00214458;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:34:29:29:0.460317:17:12:19:14:17:12:19:15 chr1 210336584 . CTAAT ATAAC,C,CTGTT 147.84 PASS AF=0.05,0.375,0;AO=2,14,2;DP=43;FAO=2,15,0;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=2,9,0;FSAR=0,6,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.036688,0.0218746,0.0146699;FXX=0.0697512;HRUN=1,1,2;LEN=5,4,2;MLLD=78.8208,138.249,83.9937;QD=14.7837;RBI=0.0371451,0.0396818,0.0165661;REFB=-0.00410012,-0.0180403,-0.0081874;REVB=0.0058093,0.0331081,0.00769614;RO=23;SAF=2,9,0;SAR=0,5,2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.502119,0.177621,-0.483597;STB=0.994841,0.574368,0.5;STBP=0.169,0.464,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0104445,0.0389295,0;OID=.,.,.;OPOS=210336584,210336585,210336586;OREF=CTAAT,TAAT,AA;OALT=ATAAC,-,GT;OMAPALT=ATAAC,C,CTGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:40:23:23:2,14,2:2,15,0:0.05,0.375,0:0,5,2:2,9,0:11:12:0,6,0:2,9,0:11:12 chr1 210337043 . A G 306.39 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.141371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.829;QD=47.1369;RBI=0.143865;REFB=-0.0680691;REVB=0.0266704;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319609;STB=0.533306;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00270303;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:14:10:0:1:14:10:0:2 chr1 210407031 . G T 133.44 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0310147;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.039;QD=10.8932;RBI=0.042254;REFB=-0.0342666;REVB=-0.0286964;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105384;STB=0.552364;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0522692;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:32:33:16:16:0.326531:7:9:15:17:7:9:16:17 chr1 210547505 . C G 710.52 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000399178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.132;QD=54.6553;RBI=0.0224233;REFB=-0.082436;REVB=0.0224197;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000185209;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:1:0:27:24:1:0 chr1 210547517 . C T 218.36 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00204123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7687;QD=14.0878;RBI=0.00209789;REFB=-0.00744437;REVB=-0.000484289;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147297;STB=0.570317;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0167193;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:11:14:15:21:12:14:15:21 chr1 210547610 . GT G 247.74 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0057418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.033;QD=14.1566;RBI=0.00897769;REFB=0.000725763;REVB=0.0069015;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119446;STB=0.575708;STBP=0.284;TYPE=del;VARB=-0.00186326;OID=.;OPOS=210547611;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:29:70:30:70:40:16:14:16:24:99:40:15:14:16:24 chr1 210577873 . G C 1207.28 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938038;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.334;QD=61.128;RBI=0.0100194;REFB=0;REVB=-0.0035209;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67052e-05;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr1 210577884 . G A 325.97 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.02178;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.285;QD=17.1561;RBI=0.0218897;REFB=-0.011634;REVB=-0.00218871;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113639;STB=0.563518;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0161487;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:41:35:35:0.460526:19:16:14:27:19:16:14:27 chr1 210796908 . C T 332.6 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.000514456;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7111;QD=18.7382;RBI=0.00849517;REFB=0.0047037;REVB=-0.00847958;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114038;STB=0.563424;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00416327;OID=.;OPOS=210796908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:17:18:23:13:17:18:23:13 chr1 210796973 . A G 290.11 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00624685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.713;QD=16.5777;RBI=0.0222831;REFB=-0.0109416;REVB=-0.0213896;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197078;STB=0.597764;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0105665;OID=.;OPOS=210796973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:38:31:32:0.457143:11:20:17:21:12:20:17:21 chr1 210857457 . A G 143.1 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0160613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.068;QD=22.8959;RBI=0.0274161;REFB=-0.0233637;REVB=-0.0222188;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.553121;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0376679;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:7:7:4:6:7:8:4:6 chr1 211447625 . G A 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2955;QD=58.7726;RBI=0.0294015;REFB=0;REVB=-0.0231034;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92943e-05;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr1 211836194 . A G 78.78 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00820997;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=125.997;QD=11.6704;RBI=0.00995299;REFB=-0.00318317;REVB=0.00562657;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480808;STB=0.80738;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00545967;OID=.;OPOS=211836194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:27:15:16:9:11:0.407407:8:1:7:8:10:1:7:9 chr1 211836789 . T C 54.47 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0170258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.855;QD=9.47348;RBI=0.0171449;REFB=-0.000565406;REVB=-0.00201715;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303091;STB=0.683772;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000845536;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:10:5:5:3:10:5 chr1 211840498 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00239752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.962;QD=19.6676;RBI=0.0055414;REFB=0.00110006;REVB=0.0049959;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481396;STB=0.527192;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0011016;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:7:12:11:8:7:12 chr1 211846876 . A G 182.98 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00338938;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.835;QD=13.3074;RBI=0.0249909;REFB=0.0036861;REVB=0.0247599;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251889;STB=0.644606;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00412042;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:33:22:22:0.4:8:14:13:20:8:14:13:20 chr1 211918764 . T C 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00580143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.101;QD=20.1567;RBI=0.0141579;REFB=0.0153604;REVB=-0.0129147;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148148;STB=0.583236;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0268564;OID=.;OPOS=211918764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:3:11:10:6:3:11 chr1 211922603 . G A 1298.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.65;QD=61.852;RBI=0.026632;REFB=0;REVB=-0.0212647;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28943e-05;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr1 212193509 . GAAAAAA GAAAAA,GAAAAAT 33.61 PASS AF=0.108108,0.027027;AO=10,3;DP=75;FAO=8,2;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=1,0;FSAR=7,2;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.154362,0.0284345;FXX=0.0133316;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.24202,24.0838;QD=1.817;RBI=0.154452,0.0953579;REFB=-0.0576598,-0.0332947;REVB=0.00526764,0.0910198;RO=52;SAF=5,0;SAR=5,3;SRF=26;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.46296;STB=0.880021,0.99549;STBP=0.029,0.11;TYPE=del,snp;VARB=0.100574,0.0651598;OID=.,.;OPOS=212193510,212193515;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108108,0.027027:10,3:75:8,2:74:64:1,0:7,2:36:28:23:52:5,0:5,3:26:26 chr1 212273639 . C T 1058.53 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238521;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.518;QD=58.8072;RBI=0.0241581;REFB=-0.101336;REVB=-0.00383345;RO=1;SAF=42;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111269;STB=0.505881;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00036428;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:29:42:1:0:29:42:1:0 chr1 212274413 . A C 485.54 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00255322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.803;QD=55.4899;RBI=0.0025625;REFB=-0.00131207;REVB=-0.000217875;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=4.50334e-05;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:20:13:1:0:21:13:1:0 chr1 212276276 . A G 223.86 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0135015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.367;QD=19.8985;RBI=0.0145795;REFB=-0.0295242;REVB=-0.00550205;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121253;STB=0.555506;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0250551;OID=.;OPOS=212276276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:11:11:14:8:11:11:14:9 chr1 212515613 . C T 245.55 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.045059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7631;QD=23.9564;RBI=0.0460681;REFB=-0.00218552;REVB=-0.00958962;RO=18;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223202;STB=0.625549;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000332204;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:18:5:8:10:18:5:8:10 chr1 212526288 . C T 229.5 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0059061;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.388;QD=13.9092;RBI=0.0145313;REFB=-0.0193462;REVB=0.0132769;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227241;STB=0.629534;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0232713;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:17:10:23:16:17:10:23:16 chr1 212534377 . T A 241.48 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00641133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2282;QD=21.9531;RBI=0.0104182;REFB=-0.0344621;REVB=-0.00821181;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124682;STB=0.569662;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0222964;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:14:7:11:12:14:7 chr1 212560327 . A G 789.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582872;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9158;QD=64.4738;RBI=0.093825;REFB=0;REVB=-0.0735237;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176442;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr1 212798601 . C A 66.62 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00322362;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.647;QD=11.103;RBI=0.015495;REFB=0.000268916;REVB=-0.015156;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141492;OID=.;OPOS=212798601;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:15:15:9:9:0.375:6:3:6:9:6:3:5:10 chr1 212799870 . A G 879.33 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3875;QD=57.6609;RBI=0.0357005;REFB=0;REVB=-0.0221257;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385597;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:38:22:0:0:39:22:0:0 chr1 212799949 . C T 245.2 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0014108;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.485;QD=17.2073;RBI=0.0107734;REFB=-0.00777051;REVB=-0.0106806;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744622;STB=0.541802;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00754464;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:11:19:15:12:11:19 chr1 212900487 . A G 921.98 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00540188;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.425;QD=54.2344;RBI=0.0195058;REFB=-0.0539253;REVB=0.0187429;RO=2;SAF=42;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898087;STB=0.50099;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00310438;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:68:2:3:65:65:0.955882:23:42:1:1:23:42:2:1 chr1 212902901 . G A 470.73 PASS AF=0.555556;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00507678;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.468;QD=23.2459;RBI=0.0150988;REFB=-0.0190099;REVB=-0.0142197;RO=31;SAF=26;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130301;STB=0.582053;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0143582;OID=.;OPOS=212902901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:31:36:44:45:0.555556:18:26:13:18:18:27:15:21 chr1 212911836 . T C 291.62 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00894938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.152;QD=19.4413;RBI=0.0104405;REFB=-0.0113655;REVB=-0.00537702;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158967;STB=0.580733;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00604666;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:12:19:12:16:12:19:13:16 chr1 212965095 . G A 171.47 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.000589463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.903;QD=17.5866;RBI=0.0187174;REFB=-0.00647445;REVB=0.0187081;RO=21;SAF=2;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386706;STB=0.733625;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0077945;OID=.;OPOS=212965095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:15:2:8:13:16:2:8:13 chr1 212965284 . C G 534.22 PASS AF=0.395683;AO=43;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00576088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.771;QD=15.3731;RBI=0.00931577;REFB=-0.0218376;REVB=0.00732092;RO=78;SAF=35;SAR=8;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428323;STB=0.601071;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0331263;OID=.;OPOS=212965284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:79:43:55:0.395683:8:35:37:41:20:35:37:42 chr1 213009469 . A G 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0180274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.866;QD=29.0273;RBI=0.023408;REFB=0.0157723;REVB=0.0149314;RO=8;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170175;STB=0.594486;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00289159;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:12:6:5:3:12:6:5:3 chr1 213031948 . G C 172.06 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.14564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.8835;QD=19.1177;RBI=0.163187;REFB=0.0303028;REVB=-0.0736132;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21825;STB=0.534846;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0133355;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:11:15:17:18:0.5:11:6:1:10:12:6:4:11 chr1 213068595 . C T 115.89 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00885528;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.229;QD=19.3144;RBI=0.0152173;REFB=0.00698891;REVB=0.0123754;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105391;STB=0.579497;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00298716;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:25:24:10:11:13:13:0.541667:7:6:6:4:7:6:7:4 chr1 214492286 . G A 287.88 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0597341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9597;QD=18.573;RBI=0.0612454;REFB=0.030947;REVB=0.0135216;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177618;STB=0.596212;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0285711;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:30:31:0.5:13:17:11:19:13:18:12:19 chr1 214510115 . T G 311.2 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0549522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6622;QD=21.4623;RBI=0.0606153;REFB=0.00197357;REVB=0.0255827;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09615;STB=0.54201;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00153616;OID=.;OPOS=214510115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:14:18:17:8:14:18:17:9 chr1 214537946 . G A 601.97 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0165142;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.405;QD=26.1725;RBI=0.0194593;REFB=-0.0166379;REVB=-0.0102929;RO=38;SAF=27;SAR=27;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796487;STB=0.543462;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0198811;OID=.;OPOS=214537946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:38:38:54:54:0.586957:27:27:15:23:27:27:15:23 chr1 214542819 . T C 142.6 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0109574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1643;QD=22.8154;RBI=0.0159617;REFB=-0.000444407;REVB=0.0116065;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.000423189;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:5:5:7:8:5:5 chr1 214564340 . T C 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0354298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.063;QD=19.2749;RBI=0.0355714;REFB=-0.00465185;REVB=0.00317142;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128261;STB=0.572376;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00437888;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:16:10:12:11:16:10 chr1 214571251 . A C 114.18 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.04875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.181;QD=18.2686;RBI=0.099571;REFB=-0.0189623;REVB=0.0868206;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218292;STB=0.603623;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0328733;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:6:6:9:3:6:7:9:3 chr1 214826196 . G A 332.59 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.52;QD=53.215;RBI=0.0293752;REFB=0;REVB=-0.0275308;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907649;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr1 214830617 . A G 435.92 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0343222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.903;QD=54.4904;RBI=0.0350323;REFB=-0.0235954;REVB=0.00701783;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00213712;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:17:14:0:0:17:14:1:0 chr1 214837110 . C G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.034;QD=59.4324;RBI=0.0249948;REFB=0;REVB=0.0197897;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143359;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 215741053 . T G 47.58 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0105133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.554;QD=11.1955;RBI=0.0439299;REFB=-0.0182187;REVB=-0.0426533;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162992;STB=0.713564;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0269056;OID=.;OPOS=215741053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:8:10:7:7:0.411765:1:6:6:2:1:6:6:4 chr1 215793834 . G A 215.96 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.000598346;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.446;QD=17.2765;RBI=0.00572742;REFB=-0.00382575;REVB=-0.00569608;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182214;STB=0.60368;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0050742;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:16:7:13:14:16:7:13:14 chr1 215793935 . C A 173.55 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00313846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.444;QD=11.5699;RBI=0.00359667;REFB=0.00615793;REVB=-0.00175673;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085017;STB=0.541628;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00708372;OID=.;OPOS=215793935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:13:9:18:19:13:9:18:20 chr1 215848062 . C T 460.71 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0416665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0957;QD=21.1819;RBI=0.0420119;REFB=-0.0473367;REVB=-0.00537661;RO=41;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545841;STB=0.525524;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0287116;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:42:45:45:0.517241:29:16:17:24:29:16:17:25 chr1 215848587 . T C 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0108812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.923;QD=19.9932;RBI=0.0156635;REFB=0.00473479;REVB=-0.0112669;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138154;STB=0.577709;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0048921;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:15:8:11:11:15:8 chr1 215848641 . T C 310.0 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0165214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4773;QD=18.7877;RBI=0.0180683;REFB=-0.00508218;REVB=0.0073148;RO=33;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136999;STB=0.576132;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00358045;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:16:17:22:11:16:17:22:11 chr1 215914826 . T C 308.16 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0265665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.161;QD=18.3973;RBI=0.027396;REFB=-0.00203525;REVB=0.00669025;RO=33;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884589;STB=0.559103;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00196269;OID=.;OPOS=215914826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:22:11:14:19:22:11:15:19 chr1 215916563 . G A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0186427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.329;QD=11.4254;RBI=0.0263434;REFB=-0.0145257;REVB=-0.0186125;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200546;STB=0.615537;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.025123;OID=.;OPOS=215916563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:10:11:26:11:10:11:26:11 chr1 215960167 . T G 1344.59 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.89;QD=61.1178;RBI=0.0183164;REFB=-0.138256;REVB=-0.000499068;RO=1;SAF=27;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172233;STB=0.509089;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000159295;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:60:27:1:0:60:27:1:0 chr1 216172380 . A G 201.15 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00857386;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.907;QD=19.6246;RBI=0.0241221;REFB=0.00228899;REVB=-0.022547;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113857;STB=0.560915;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00248731;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:21:20:20:0.487805:10:10:12:7:10:10:13:8 chr1 216219781 . A G 1723.52 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194178;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8385;QD=60.4742;RBI=0.0281448;REFB=0;REVB=0.0203735;RO=0;SAF=68;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244072;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:46:68:0:0:46:68:0:0 chr1 216348764 . C T 2159.26 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1291;QD=63.0441;RBI=0.0557145;REFB=0;REVB=-0.00996921;RO=0;SAF=62;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228061;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:75:62:0:0:75:62:0:0 chr1 216405472 . T TA 30.14 PASS AF=0.368421;AO=5;DP=26;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.068838;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9338;QD=6.3447;RBI=0.153379;REFB=-0.0087707;REVB=0.137064;RO=18;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493254;STB=0.676997;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=-0.0140807;OID=.;OPOS=216405473;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:5:26:7:19:12:3:4:2:10:30:18:3:2:3:15 chr1 216592003 . T C 1508.0 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.527;QD=59.1373;RBI=0.00714957;REFB=0;REVB=0.00569935;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63857e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:55:45:0:0:56:46:0:0 chr1 216595306 . C T 1026.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2042;QD=59.4912;RBI=0.0264395;REFB=0;REVB=-0.0193086;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43276e-06;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr1 216692669 . C T 314.74 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00225617;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.636;QD=16.3502;RBI=0.00235199;REFB=-0.00800924;REVB=0.000664504;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153356;STB=0.58645;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00664013;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:43:43:34:34:0.441558:21:13:23:20:21:13:23:20 chr1 217480756 . G A 272.1 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0193105;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.618;QD=11.8306;RBI=0.0199054;REFB=-0.0131382;REVB=0.0048299;RO=58;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702132;STB=0.540958;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0205743;OID=.;OPOS=217480756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:60:32:32:0.347826:18:14:29:29:18:14:30:30 chr1 217804325 . G A 561.53 PASS AF=0.42;AO=63;DP=149;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.0119102;FXX=0.013157;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.611;QD=14.9741;RBI=0.0188885;REFB=-0.00820174;REVB=-0.0146602;RO=84;SAF=38;SAR=25;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166799;STB=0.603142;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0160964;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:84:87:63:63:0.42:25:38:37:47:25:38:37:50 chr1 217856622 . A G 339.89 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=0.00925595;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6135;QD=12.7061;RBI=0.0148647;REFB=-0.0319969;REVB=0.0116312;RO=65;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277312;STB=0.660378;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0292719;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:65:66:41:41:0.383178:17:24:21:44:17:24:21:45 chr1 217856626 . G A 627.03 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00455417;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.117;QD=23.4402;RBI=0.00914477;REFB=-0.0146773;REVB=-0.00793009;RO=46;SAF=21;SAR=40;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146556;STB=0.580244;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.01138;OID=.;OPOS=217856626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:46:46:61:61:0.570093:40:21:24:22:40:21:24:22 chr1 217915324 . C T 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00234833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.075;QD=23.8195;RBI=0.00367965;REFB=-0.0349461;REVB=0.00283288;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126138;STB=0.507036;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0279012;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:9:8:10:12:9:8 chr1 217947738 . G A 1182.4 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.237;QD=60.636;RBI=0.0193827;REFB=0;REVB=0.00319698;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18045e-05;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:39:36:0:0:39:39:0:0 chr1 218478411 . G C 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00623924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.265;QD=23.8195;RBI=0.00632637;REFB=-0.0176744;REVB=0.00104637;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176727;STB=0.598002;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0134991;OID=.;OPOS=218478411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:4:13:12:10:4:13 chr1 218509829 . C G 327.1 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0525458;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9238;QD=17.4453;RBI=0.0578255;REFB=-0.0231839;REVB=-0.0241397;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23531;STB=0.631505;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0314125;OID=.;OPOS=218509829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:21:14:26:14:21:14:26:14 chr1 218683528 . A G 298.05 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0143443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.921;QD=20.9156;RBI=0.0270244;REFB=-0.00038632;REVB=0.0229033;RO=26;SAF=8;SAR=23;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28745;STB=0.660315;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000593732;OID=.;OPOS=218683528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:23:8:15:11:23:8:15:11 chr1 219383866 . G GC 326.33 PASS AF=1;AO=5;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903433;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=168.75;QD=52.2122;RBI=0.0964947;REFB=0;REVB=0.0339014;RO=19;SAF=0;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.781931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00232731;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:25:25:25:0:15:10:0:0:4:19:0:5:15:4 chr1 219383867 . T C 216.96 PASS AF=0.8;AO=19;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0131564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.21;QD=34.7128;RBI=0.0177806;REFB=-0.212017;REVB=0.0119608;RO=6;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386461;STB=0.666489;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00308312;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:6:5:19:20:0.8:4:15:0:6:5:15:0:5 chr1 219383905 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.113;QD=57.6803;RBI=0.0188928;REFB=0;REVB=0.00223238;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48155e-05;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr1 220136115 . A G 326.16 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00385775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.986;QD=20.0713;RBI=0.0446454;REFB=0.0144912;REVB=0.0444784;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107951;STB=0.565655;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0103732;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:31:33:34:0.523077:19:14:16:13:20:14:17:14 chr1 220197625 . G T 177.38 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3264;QD=14.4804;RBI=0.0334543;REFB=-0.0232214;REVB=0.00658394;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652559;STB=0.520526;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0301761;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:30:19:19:0.387755:7:12:16:12:7:12:18:12 chr1 220231180 . CT C 146.29 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00816496;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.79;QD=13.2987;RBI=0.0781228;REFB=-0.000272801;REVB=-0.077695;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787323;STB=0.551939;STBP=0.6;TYPE=del;VARB=0.000657881;OID=.;OPOS=220231181;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:15:45:17:44:27:8:9:15:12:99:24:7:8:13:11 chr1 220239448 . T C 716.49 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0373611;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.407;QD=51.1778;RBI=0.0490159;REFB=-0.14898;REVB=0.0317286;RO=3;SAF=24;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553236;STB=0.529401;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00179873;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:53:53:0.946429:29:24:3:0:29:24:3:0 chr1 220267581 . G T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0440016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.446;QD=19.1066;RBI=0.199788;REFB=-0.00369531;REVB=0.194882;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409156;STB=0.743518;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00455414;OID=.;OPOS=220267581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:1:8:3:3:1:8:3:3 chr1 220316300 . T C 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0105259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.948;QD=20.0308;RBI=0.0105373;REFB=0.00387059;REVB=-0.000490193;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294814;STB=0.663674;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00391348;OID=.;OPOS=220316300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:22:4:11:13:22:4 chr1 220330672 . C T 191.03 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00690258;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.052;QD=14.6944;RBI=0.0163064;REFB=-0.0299212;REVB=-0.0147734;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397422;STB=0.727066;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0343119;OID=.;OPOS=220330672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:16:6:20:10:16:6:20:10 chr1 220331205 . C G 451.78 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.0161857;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.971;QD=21.5133;RBI=0.0505013;REFB=0.0072511;REVB=0.0478373;RO=40;SAF=23;SAR=21;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298467;STB=0.663394;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00254577;OID=.;OPOS=220331205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:21:23:7:33:21:23:7:33 chr1 220603314 . A T 69.91 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.03709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8405;QD=13.9814;RBI=0.0772264;REFB=-0.077162;REVB=0.0677366;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398438;STB=0.749374;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.134294;OID=.;OPOS=220603314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:18:20:9:10:8:10:0.5:7:1:4:5:9:1:4:6 chr1 220607685 . G A 239.13 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0296916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3677;QD=20.3511;RBI=0.0297054;REFB=-0.021866;REVB=0.000907751;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387148;STB=0.511101;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.012319;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:20:24:22:23:0.489362:10:12:10:10:11:12:12:12 chr1 220745153 . C T 300.31 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0631565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.578;QD=24.5154;RBI=0.0693787;REFB=0.0136631;REVB=-0.0287169;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117851;STB=0.557814;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0164941;OID=.;OPOS=220745153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:19:8:9:12:19:8:9:13 chr1 220935081 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0519158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.173;QD=18.4898;RBI=0.052035;REFB=-5.03877e-05;REVB=0.00352063;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110302;STB=0.562444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.000337399;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:10:16:11:11:10:16 chr1 220970028 . A G 903.45 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178364;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1589;QD=57.3621;RBI=0.0353088;REFB=0;REVB=0.0304724;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564867;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:61:63:1:28:33:0:1:30:33:0:0 chr1 221053545 . T C 304.71 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.662;QD=52.9926;RBI=0.0623427;REFB=0;REVB=0.00990928;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327846;OID=.;OPOS=221053545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:18:4:0:0:18:5:0:0 chr1 221509332 . G A 524.52 PASS AF=0.524752;AO=50;DP=98;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00658129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.51;QD=20.773;RBI=0.00931773;REFB=-0.0260835;REVB=-0.00659597;RO=47;SAF=33;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157124;STB=0.570031;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0267812;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:47:48:50:53:0.524752:17:33:23:24:20:33:23:25 chr1 222649341 . A C 359.96 PASS AF=1;AO=16;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3074;QD=55.3786;RBI=0.234866;REFB=0;REVB=0.234787;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00554365;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:16:26:1:8:8:0:0:17:9:0:0 chr1 222713503 . C G 903.11 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.444;QD=58.2653;RBI=0.0484808;REFB=0;REVB=0.0484474;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19746e-05;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:20:41:0:0:21:41:0:0 chr1 222713631 . G C 1043.75 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2055;QD=59.6429;RBI=0.0227007;REFB=0;REVB=0.0126616;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5105e-05;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr1 222717132 . C T 167.21 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0291338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.401;QD=15.5549;RBI=0.0465005;REFB=-0.0184338;REVB=0.0362425;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214113;STB=0.634375;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0291933;OID=.;OPOS=222717132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:8:9:8:17:8:10:8:17 chr1 222721288 . C T 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0330243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.83;QD=8.2467;RBI=0.0338287;REFB=-0.0166108;REVB=-0.00733313;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255737;STB=0.657802;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0164905;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:10:5:4:3:10:5 chr1 222798106 . G A,T 723.54 PASS AF=0.892857,0.0714286;AO=52,4;DP=56;FAO=50,4;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28,1;FSAR=22,3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00526254,-0.00239572;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.01,75.9439;QD=51.6813;RBI=0.0223724,0.00311222;REFB=0.0582175,0.0107128;REVB=0.0217447,0.00198657;RO=0;SAF=30,1;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.517235,0.748744;STBP=0.248,0.206;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000524266,0.192613;OID=.,.;OPOS=222798106,222798106;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:56:56:0:2:52,4:50,4:0.892857,0.0714286:22,3:30,1:0:0:22,3:28,1:2:0 chr1 222801940 . G A 257.61 PASS AF=0.519231;AO=28;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0280275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.652;QD=19.8165;RBI=0.0780774;REFB=-0.00149794;REVB=-0.0728735;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886367;STB=0.535206;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00100254;OID=.;OPOS=222801940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:28:27:0.519231:18:10:11:13:17:10:11:14 chr1 222802006 . A G 613.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000757154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.848;QD=61.3208;RBI=0.0108954;REFB=0;REVB=0.0108691;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83736e-05;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr1 222802376 . A G 289.7 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0155427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.537;QD=46.3521;RBI=0.0158924;REFB=-0.172051;REVB=0.00331571;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709998;STB=0.571363;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00128788;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:17:6:1:0:17:6:2:0 chr1 222802926 . CGA AGA,TAG,TGA 411.69 PASS AF=0.0666667,0,0.933333;AO=2,3,16;DP=27;FAO=2,0,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,11;FSAR=0,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539717,-0.100001,-0.0387132;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=24.9279,124.883,151.694;QD=54.8913;RBI=0.0742182,0.100329,0.0387133;REFB=0,0,0;REVB=-0.050945,-0.00810506,-0.000105124;RO=0;SAF=2,3,4;SAR=0,0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.07465e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.0930528,0.00611297,-0.00105484;OID=.,.,.;OPOS=222802926,222802926,222802926;OREF=C,CGA,C;OALT=A,TAG,T;OMAPALT=AGA,TAG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:8:27:30:0:0:2,3,16:2,0,28:0.0666667,0,0.933333:0,0,12:2,3,4:0:0:0,0,17:2,0,11:0:0 chr1 222803204 . A G 594.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.429;QD=60.974;RBI=0.0338385;REFB=0;REVB=0.03149;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04084e-05;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr1 222825403 . G A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00836013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8437;QD=49.3989;RBI=0.00850875;REFB=-0.113893;REVB=-0.00158336;RO=1;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237537;STB=0.51281;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00411415;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:19:4:0:1:19:4:0:1 chr1 222833601 . T C 1554.98 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847935;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1874;QD=63.4686;RBI=0.0859146;REFB=0;REVB=0.0138336;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79053e-05;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:47:50:0:0:48:50:0:0 chr1 222838215 . TC T,TT 319.03 PASS AF=0.75,0.25;AO=9,14;DP=24;FAO=18,6;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188944,-0.00318285;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.405,216.148;QD=53.1711;RBI=0.00237484,0.020089;REFB=0,0;REVB=0.00143871,-0.0198353;RO=0;SAF=4,5;SAR=5,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0112587,0.0239064;OID=.,.;OPOS=222838216,222838216;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:9,14:24:18,6:24:0:6,3:12,3:0:0:34:0:4,5:5,9:0:0 chr1 222919895 . T G 755.26 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.856;QD=54.9277;RBI=0.0263741;REFB=-0.172463;REVB=0.0163837;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000997676;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:53:54:0.981818:38:15:0:0:39:15:0:1 chr1 222923351 . A G 1205.07 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0505415;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2423;QD=58.7837;RBI=0.0505638;REFB=-0.0573032;REVB=0.00150165;RO=2;SAF=38;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242644;STB=0.512817;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00629073;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:42:38:2:0:42:38:2:0 chr1 223085251 . T A 218.35 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.014324;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.765;QD=15.5962;RBI=0.0198267;REFB=-0.0111853;REVB=-0.0137085;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17031;STB=0.596866;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0154415;OID=.;OPOS=223085251;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:16:15:8:17:16:15 chr1 223176849 . ATTTTTTT ATTTTTTA,ATTTTTT 51.93 PASS AF=0,0.454545;AO=2,15;DP=45;FAO=0,20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=0,11;FSAR=0,9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0589706,-0.0623569;FXX=0.0222173;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=80.4849,6.91289;QD=4.72129;RBI=0.0595172,0.0699868;REFB=0.0045194,-0.0610895;REVB=0.00804828,0.031777;RO=20;SAF=0,9;SAR=2,6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.509716,0.100239;STB=0.5,0.504583;STBP=1,0.962;TYPE=snp,del;VARB=0.0210616,-0.00480706;OID=.,.;OPOS=223176856,223176850;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.454545:2,15:45:0,20:44:24:0,11:0,9:13:11:47:20:0,9:2,6:10:10 chr1 223177214 . C T 43.67 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00466977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.8904;QD=8.73458;RBI=0.135633;REFB=-0.0805903;REVB=-0.135553;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0930253;OID=.;OPOS=223177214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:19:20:5:13:6:7:0.35:1:5:4:1:2:5:5:8 chr1 223177574 . A G 318.86 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0409362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0123;QD=15.7459;RBI=0.05782;REFB=-0.00899333;REVB=-0.0408336;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141413;STB=0.52044;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00876047;OID=.;OPOS=223177574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:46:35:35:0.432099:18:17:22:22:18:17:24:22 chr1 223283910 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.467;QD=58.7817;RBI=0.017812;REFB=0;REVB=0.00248601;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51918e-05;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr1 223284599 . T C 191.57 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=-0.0135932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.115;QD=15.6385;RBI=0.0155717;REFB=-0.00452855;REVB=0.00759606;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369248;STB=0.705137;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00852178;OID=.;OPOS=223284599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:2:27:13:7:2:27 chr1 223394147 . T TA 111.58 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0149594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2332;QD=15.9398;RBI=0.0387492;REFB=0.0052356;REVB=-0.0357452;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350725;STB=0.538411;STBP=0.816;TYPE=ins;VARB=-0.0111884;OID=.;OPOS=223394148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:15:28:16:28:12:2:14:2:10:71:13:2:13:2:11 chr1 223394228 . T C 171.17 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.000285448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4195;QD=17.5555;RBI=0.0248066;REFB=-0.0302877;REVB=-0.024805;RO=21;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816028;STB=0.54682;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.024215;OID=.;OPOS=223394228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:14:4:6:15:14:4:6:15 chr1 223396838 . G T 312.03 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0167915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7994;QD=16.8665;RBI=0.0386188;REFB=-0.0122105;REVB=0.0347772;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157568;STB=0.601207;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0210938;OID=.;OPOS=223396838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:40:34:34:0.459459:14:20:16:22:14:20:16:24 chr1 223715248 . GT G 183.7 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.104015;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.2306;QD=9.42032;RBI=0.104353;REFB=0.0272865;REVB=-0.00839275;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327871;STB=0.677415;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=-0.0337668;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:32:79:32:78:46:19:13:13:33:99:45:19:13:12:33 chr1 223717484 . G A 679.49 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1201;QD=61.7717;RBI=0.0320488;REFB=0;REVB=-0.000253708;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370589;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:24:18:0:0:25:19:0:0 chr1 223718651 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0034571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.075;QD=9.70525;RBI=0.0117248;REFB=-0.00367998;REVB=0.0112035;RO=38;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33949;STB=0.696244;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0135534;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:9:9:8:30:9:9:8:30 chr1 223718670 . G A 119.87 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00424603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.934;QD=9.78491;RBI=0.00552891;REFB=-0.00178752;REVB=-0.0035412;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344535;STB=0.701896;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0026216;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:7:8:8:26:7:8:8:26 chr1 223722780 . G A 250.79 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00530143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.744;QD=19.6695;RBI=0.0125168;REFB=-0.00406318;REVB=-0.0113387;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122813;STB=0.568576;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00327285;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:16:9:13:13:16:9 chr1 223810504 . GA G 38.2 PASS AF=0.354167;AO=9;DP=51;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0503996;FXX=0.058812;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.72665;QD=3.183;RBI=0.186863;REFB=-0.0513476;REVB=0.179938;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112343;STB=0.545637;STBP=0.668;TYPE=del;VARB=0.0328897;OID=.;OPOS=223810505;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354167:9:51:17:48:31:11:6:18:13:38:26:6:3:15:11 chr1 223813586 . G T 301.74 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0189739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.509;QD=25.1452;RBI=0.0192252;REFB=-0.0224191;REVB=-0.00309848;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415133;STB=0.52306;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0225253;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:8:13:18:9:8:13 chr1 223877789 . T C 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7554;QD=58.9581;RBI=0.0856593;REFB=0;REVB=0.0201631;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081502;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr1 223900408 . C G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9704;QD=62.6687;RBI=0.0258764;REFB=0;REVB=0.0144926;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233684;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 223900544 . A G 241.08 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0216633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.614;QD=18.1948;RBI=0.0218991;REFB=-0.0148538;REVB=0.00320465;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515236;STB=0.547476;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0145312;OID=.;OPOS=223900544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:25:26:0.490566:15:10:9:17:15:11:9:18 chr1 223905532 . G A 98.59 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00878051;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.391;QD=23.1972;RBI=0.00903702;REFB=-0.052375;REVB=-0.00213785;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0268611;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:3:3:6:5:3:3 chr1 223934720 . G A 294.59 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.00545216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.911;QD=23.1053;RBI=0.0438377;REFB=-0.0121233;REVB=-0.0434973;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313113;STB=0.67113;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0105748;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:20:2:14:15:20:2 chr1 223947081 . A G 315.4 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0948117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.857;QD=25.2323;RBI=0.0950372;REFB=0.00829432;REVB=-0.00654397;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340476;STB=0.518855;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0015629;OID=.;OPOS=223947081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:18:10:7:15:18:10:7:15 chr1 223951841 . T C 360.12 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0151234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.702;QD=22.8647;RBI=0.0245717;REFB=-0.00600001;REVB=-0.0193662;RO=26;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490079;STB=0.528286;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00363393;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:27:35:36:0.571429:21:14:12:14:21:15:13:14 chr1 223954080 . A C 326.03 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.03023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0783;QD=20.0634;RBI=0.0414651;REFB=-0.016315;REVB=0.0283813;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391477;STB=0.521726;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0166161;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:16:18:15:16:16:18:15:16 chr1 223962817 . C A 95.41 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0179648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4394;QD=11.2249;RBI=0.0191601;REFB=-0.0188275;REVB=0.00666166;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127763;STB=0.588093;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0231165;OID=.;OPOS=223962817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:6:6:8:13:6:6:8:14 chr1 223967953 . C T 223.93 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000740947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.397;QD=34.4514;RBI=0.0208953;REFB=-0.0108325;REVB=-0.0208822;RO=6;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182197;STB=0.5999;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00447199;OID=.;OPOS=223967953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:12:8:5:1:12:8:5:1 chr1 223976846 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0211821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.476;QD=11.1268;RBI=0.021538;REFB=-0.00628001;REVB=0.00389886;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323995;STB=0.690367;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00932295;OID=.;OPOS=223976846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:22:12:11:6:22:12 chr1 224346959 . G A 231.98 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0346913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.368;QD=14.7287;RBI=0.0662157;REFB=-0.0288662;REVB=-0.0564007;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126032;STB=0.578889;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0378382;OID=.;OPOS=224346959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:27:27:0.428571:15:12:20:15:15:12:21:15 chr1 224492746 . C T 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.242;QD=51.1771;RBI=0.0144644;REFB=0;REVB=-0.0143969;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187463;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 224495852 . C T 1259.98 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8529;QD=61.4624;RBI=0.0556371;REFB=0;REVB=-0.0475405;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588165;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr1 224505570 . T A,TAA 463.16 PASS AF=0.151515,0.848485;AO=6,25;DP=34;FAO=5,28;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=5,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186074,-0.0846061;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=173.064,42.7975;QD=56.1411;RBI=0.0196163,0.0872521;REFB=0,0;REVB=0.00620994,0.0213244;RO=1;SAF=0,6;SAR=6,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782178,-0.0711625;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0252277,0.00121243;OID=.,.;OPOS=224505570,224505571;OREF=T,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:34:33:1:0:6,25:5,28:0.151515,0.848485:6,19:0,6:1:0:5,22:0,6:0:0 chr1 224517842 . C T 206.58 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9996;QD=48.6059;RBI=0.0526824;REFB=0;REVB=0.0425887;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028709;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr1 224575373 . G A 605.07 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120569;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.497;QD=59.0313;RBI=0.039917;REFB=-0.150945;REVB=0.0380525;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00143523;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:40:40:0.97561:22:18:0:0:22:18:0:1 chr1 225230608 . C T 775.49 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3546;QD=54.4206;RBI=0.0393042;REFB=-0.0348591;REVB=0.0366835;RO=1;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116387;STB=0.506022;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00318462;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:54:56:0.982456:40:14:0:1:41:15:0:1 chr1 225266966 . C G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3091;QD=57.7109;RBI=0.0854747;REFB=0;REVB=-0.0811028;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000594992;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr1 225268343 . A G 105.14 PASS AF=0.846154;AO=12;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0471365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9041;QD=32.3518;RBI=0.0500647;REFB=0.124376;REVB=0.0168707;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.574321;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0965817;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:0:2:12:11:0.846154:10:2:0:0:9:2:1:1 chr1 225268346 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00327364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.382;QD=37.8913;RBI=0.0262153;REFB=-0.131346;REVB=-0.0260101;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00424975;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:0:1:12:12:0.923077:9:3:0:0:9:3:0:1 chr1 225270409 . A T 450.72 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0104565;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.214;QD=48.7268;RBI=0.0126942;REFB=-0.1315;REVB=0.00719749;RO=3;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382727;STB=0.535633;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00154728;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:37:37:3:4:33:33:0.891892:14:19:1:2:14:19:1:3 chr1 225273248 . G T 607.63 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.042;QD=60.7627;RBI=0.0220998;REFB=0;REVB=-0.00267361;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043309;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:15:21:0:0:17:23:0:0 chr1 225394900 . TAA TA,T 46.86 PASS AF=0.2,0.111111;AO=9,5;DP=45;FAO=9,5;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=2,0;FSAR=7,5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0865154,0.0438587;FXX=0.0217344;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.7678,30.5275;QD=4.16562;RBI=0.127544,0.0676557;REFB=-0.0526722,-0.0267986;REVB=-0.0937157,-0.0515141;RO=26;SAF=2,0;SAR=7,5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.456448,-0.702329;STB=0.777161,0.998004;STBP=0.096,0.015;TYPE=del,del;VARB=-0.0301892,0.0455575;OID=.,.;OPOS=225394901,225394901;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.111111:9,5:45:9,5:45:31:2,0:7,5:18:13:20:26:2,0:7,5:16:10 chr1 225454386 . T C 47.38 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0738097;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.369;QD=9.47622;RBI=0.0738275;REFB=-0.0157819;REVB=0.00162085;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554657;STB=0.856122;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0501511;OID=.;OPOS=225454386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:12:13:7:7:0.35:6:1:8:4:6:1:9:4 chr1 225454454 . GA G 31.45 PASS AF=0.409091;AO=10;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.202377;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.68757;QD=5.71844;RBI=0.229403;REFB=-0.0576198;REVB=-0.108024;RO=8;SAF=0;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.79271;STB=0.749317;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=0.0716156;OID=.;OPOS=225454455;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:10:22:9:22:13:1:8:5:8:31:8:0:10:3:5 chr1 225528183 . C A 639.55 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.569;QD=60.9092;RBI=0.0306914;REFB=0;REVB=0.0245829;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06765e-05;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:18:22:0:0:18:24:0:0 chr1 225533684 . A G 967.49 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155124;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.643;QD=56.0865;RBI=0.0496488;REFB=-0.0662546;REVB=0.0471632;RO=2;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314754;STB=0.516662;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000353624;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:69:2:2:67:67:0.971014:29:38:0:2:29:38:0:2 chr1 225533931 . A G 76.65 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0142994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2719;QD=12.7744;RBI=0.0150374;REFB=-0.0215811;REVB=0.00465305;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044472;STB=0.526264;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0367804;OID=.;OPOS=225533931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:9:5:4:6:9:5 chr1 225534218 . GT GC,TC 746.24 PASS AF=0.947368,0.0350877;AO=52,2;DP=57;FAO=54,2;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190977,-0.0365474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=64.2074,157.059;QD=52.3676;RBI=0.0789802,0.0366504;REFB=-0.0970703,0.107436;REVB=0.0766365,-0.00274613;RO=0;SAF=21,0;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.93989e-08,0;STB=0.507934,0.5;STBP=0.509,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00423494,0.00742508;OID=.,.;OPOS=225534219,225534218;OREF=T,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:1:52,2:54,2:0.947368,0.0350877:31,2:21,0:0:0:31,2:23,0:0:1 chr1 225534348 . G A 518.23 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.621;QD=59.226;RBI=0.0365792;REFB=0;REVB=0.0363352;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54402e-05;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr1 225555512 . C T 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0122937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.382;QD=23.1635;RBI=0.0305595;REFB=-0.0181391;REVB=0.0279777;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128245;STB=0.571375;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0183829;OID=.;OPOS=225555512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:15:8:13:13:15:8 chr1 225555602 . T G 244.82 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0159714;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.386;QD=15.3013;RBI=0.017106;REFB=-0.00935083;REVB=0.00612633;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135682;STB=0.576868;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00141385;OID=.;OPOS=225555602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:17:11:19:17:17:11:19:17 chr1 225555617 . A G 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00224825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.18;QD=21.892;RBI=0.00936997;REFB=-0.00400732;REVB=-0.00909625;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842518;STB=0.538022;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00304178;OID=.;OPOS=225555617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:17:18:11:16:17:18:12:16 chr1 225565015 . T C 671.65 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00226807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3662;QD=52.6784;RBI=0.0307185;REFB=-0.00408142;REVB=0.0306346;RO=2;SAF=31;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293977;STB=0.515619;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0030231;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:18:31:2:0:18:31:2:0 chr1 225565073 . C T 627.94 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169157;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.2;QD=61.262;RBI=0.0203795;REFB=0;REVB=0.0113659;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16009e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:12:28:0:0:12:29:0:0 chr1 225569241 . T G 1176.47 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=84;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00781838;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.394;QD=57.3886;RBI=0.0176233;REFB=0.0147564;REVB=0.0157941;RO=2;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021508;STB=0.51685;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000105131;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:84:82:2:3:79:79:0.963415:43:36:0:2:43:36:0:3 chr1 225594525 . A G 250.49 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0101441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.322;QD=14.5214;RBI=0.0106641;REFB=-0.00562265;REVB=0.00328952;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128865;STB=0.573084;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0074125;OID=.;OPOS=225594525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:17:23:13:16:17:23 chr1 225601647 . C T 272.3 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.849;QD=51.8659;RBI=0.0570167;REFB=0;REVB=0.0144536;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665944;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chr1 225607144 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.78;QD=51.1835;RBI=0.00808741;REFB=0;REVB=-0.00760051;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23096e-05;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:8:9:0:0:8:12:0:0 chr1 225609884 . A G 1800.3 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.945;QD=61.0272;RBI=0.0179267;REFB=0;REVB=0.0128343;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06176e-07;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:64:52:0:0:66:52:0:0 chr1 225611661 . C T 1007.43 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.669;QD=59.2604;RBI=0.0342742;REFB=0;REVB=-0.00440734;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67875e-05;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:35:31:0:0:36:32:0:0 chr1 225682560 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.533;QD=48.737;RBI=0.0331828;REFB=0;REVB=0.0294816;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566972;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 226019653 . G A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0263585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.368;QD=9.84392;RBI=0.0264113;REFB=0.00633093;REVB=0.00166945;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222398;STB=0.633085;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0111618;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:6:14:5:5:6:14 chr1 226026405 . CA AC,CG 167.56 PASS AF=0,0.418605;AO=2,18;DP=43;FAO=0,18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=0,6;FSAR=0,12;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0261931,0.026804;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=50.8093,234.242;QD=15.5865;RBI=0.0458367,0.0373921;REFB=-0.0519543,-0.0100479;REVB=-0.0376155,-0.0260714;RO=18;SAF=2,6;SAR=0,12;SRF=1;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.799984,0.315427;STB=0.5,0.622523;STBP=1,0.247;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0137435;OID=.,.;OPOS=226026405,226026406;OREF=CA,A;OALT=AC,G;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:43:18:25:2,18:0,18:0,0.418605:0,12:2,6:1:17:0,12:0,6:4:21 chr1 226040404 . C T 556.2 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0324786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5321;QD=27.8099;RBI=0.0496525;REFB=-0.0372853;REVB=0.0375568;RO=30;SAF=25;SAR=25;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229603;STB=0.512495;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0194909;OID=.;OPOS=226040404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:25:25:14:16:25:25:14:16 chr1 226074563 . T G 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0283381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0758;QD=16.1706;RBI=0.043952;REFB=-0.0146759;REVB=-0.0335965;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209539;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:10:10:8:8:10:10 chr1 226108200 . C T 172.19 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0572565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8462;QD=11.2913;RBI=0.0797083;REFB=-0.00927248;REVB=-0.0554537;RO=38;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738927;STB=0.564587;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0235604;OID=.;OPOS=226108200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:39:21:22:0.360656:7:14:23:15:7:15:23:16 chr1 226555302 . A G 471.75 PASS AF=0.511111;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0498131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3091;QD=20.9664;RBI=0.0498247;REFB=-0.0224025;REVB=0.00107765;RO=43;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100863;STB=0.55486;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.020627;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:43:44:45:46:0.511111:28:17:21:22:29:17:21:23 chr1 226570840 . T C 212.01 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00323841;FXX=0.039992;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.098;QD=17.6673;RBI=0.00331084;REFB=-0.0166447;REVB=-0.000688736;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428005;STB=0.515643;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.013524;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:13:8:11:15:13:8:11:16 chr1 226573364 . A G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00222377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.948;QD=18.637;RBI=0.00539309;REFB=-0.0159938;REVB=0.00491328;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.531457;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0133488;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:8:8:7:9:8:8 chr1 226589958 . G A 141.92 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.041072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.409;QD=13.8459;RBI=0.0412876;REFB=-0.00873086;REVB=0.00421421;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203965;STB=0.632417;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0105921;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:11:5:12:12:11:5:13:12 chr1 226819524 . CGGGGGGGGT CGGGGGGGTC 31.16 PASS AF=0.0909091;AO=4;DP=44;FAO=4;FDP=44;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=37;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.03051;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=31.8419;QD=2.83294;RBI=0.0629762;REFB=-0.0303113;REVB=-0.0550921;RO=27;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154612;STB=0.633088;STBP=0.659;TYPE=mnp;VARB=0.11166;OID=.;OPOS=226819532;OREF=GT;OALT=TC;OMAPALT=CGGGGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0909091:4:44:4:44:37:1:3:14:23:19:27:1:3:10:17 chr1 226923264 . G A 512.99 PASS AF=1;AO=25;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.2395;QD=58.6275;RBI=0.25747;REFB=0;REVB=0.185381;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00838009;OID=.;OPOS=226923264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:25:35:1:17:8:0:0:26:9:0:0 chr1 226923505 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.343;QD=62.6711;RBI=0.0243132;REFB=0;REVB=0.0180736;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9111e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr1 226923938 . A C 1061.61 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0104951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.466;QD=55.8744;RBI=0.012226;REFB=0.0293335;REVB=-0.00627125;RO=2;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248769;STB=0.506309;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=4.83946e-06;OID=.;OPOS=226923938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:76:2:3:72:73:0.960526:37:35:0:2:37:36:1:2 chr1 226924241 . C A 271.62 PASS AF=0.52;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0200436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.181;QD=21.7294;RBI=0.036498;REFB=-0.0122005;REVB=0.0305018;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556107;STB=0.521722;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00934456;OID=.;OPOS=226924241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:24:25:26:0.52:12:13:14:10:12:14:14:10 chr1 227069677 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.348;QD=55.0987;RBI=0.0281236;REFB=0;REVB=-0.00619431;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.66088e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr1 227069737 . C T 283.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6568;QD=51.5135;RBI=0.0344237;REFB=0;REVB=-0.0036992;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349545;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr1 227071525 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2894;QD=57.1048;RBI=0.0454885;REFB=0;REVB=-0.0425478;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234993;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr1 227178948 . G A 427.54 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0054;QD=57.0048;RBI=0.05529;REFB=0;REVB=0.0122983;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000874083;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr1 227182032 . AG A,AA 645.01 PASS AF=0.0681818,0.909091;AO=5,38;DP=44;FAO=3,40;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=0,33;FSAR=3,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00961209,0.0140779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.893,222.494;QD=58.6373;RBI=0.0438146,0.0376103;REFB=-0.11799,-0.112684;REVB=0.0427472,0.0348761;RO=1;SAF=2,31;SAR=3,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121807,0.0623004;STB=0.5,0.533316;STBP=1,0.093;TYPE=del,snp;VARB=-0.0139366,0.00172015;OID=.,.;OPOS=227182033,227182033;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0681818,0.909091:5,38:44:3,40:44:1:0,33:3,7:0:1:10:1:2,31:3,7:0:1 chr1 227182575 . A G 728.02 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.845;QD=63.3057;RBI=0.0166745;REFB=0;REVB=0.00866941;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90469e-05;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr1 227216662 . T C 689.29 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0812;QD=62.6631;RBI=0.0160353;REFB=0;REVB=0.000402703;RO=1;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023403;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:16:27:1:0:16:28:0:0 chr1 227216775 . C T 708.41 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.829;QD=62.9697;RBI=0.0103542;REFB=0;REVB=-0.000769355;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03283e-05;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:29:15:0:0:30:15:0:0 chr1 227504794 . T C 1153.87 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.907;QD=60.7301;RBI=0.00292024;REFB=0;REVB=0.00248392;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47886e-06;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:41:34:0:0:41:35:0:0 chr1 227681475 . T C 352.45 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00125912;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9841;QD=19.5806;RBI=0.0511672;REFB=-0.0208785;REVB=0.0511517;RO=32;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366736;STB=0.51421;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0253183;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:32:36:36:36:0.5:21:15:12:20:21:15:16:20 chr1 227935762 . G A 206.4 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0362767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6529;QD=13.1049;RBI=0.038411;REFB=0.00948976;REVB=0.0126255;RO=38;SAF=7;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348662;STB=0.700226;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0150542;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:18:7:23:15:18:7:23:15 chr1 228033197 . A G 242.84 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00413976;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.903;QD=21.5857;RBI=0.00999938;REFB=-0.0296139;REVB=0.00910219;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960076;STB=0.554216;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0236026;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:22:23:23:0.511111:13:10:11:9:13:10:12:10 chr1 228347352 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.641;QD=42.1826;RBI=0.0369801;REFB=0;REVB=-0.0289449;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539658;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 228352160 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1106;QD=45.8059;RBI=0.0432068;REFB=0;REVB=0.0401804;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639818;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 228399482 . C G 674.69 PASS AF=0.92;AO=44;DP=49;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00228157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.574;QD=53.9748;RBI=0.0525789;REFB=-0.063273;REVB=0.0525293;RO=4;SAF=36;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787452;STB=0.506846;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00470379;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:49:50:4:4:44:46:0.92:8:36:2:2:9:37:3:1 chr1 228399766 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.999;QD=49.5988;RBI=0.0380111;REFB=0;REVB=0.0367453;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231495;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 228402047 . A G 1624.67 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147375;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5419;QD=60.1728;RBI=0.0187812;REFB=0;REVB=-0.0116421;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024818;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:49:58:0:0:49:59:0:0 chr1 228402121 . A G 1206.31 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.445;QD=61.0792;RBI=0.0644794;REFB=0;REVB=0.00720794;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5608e-05;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:37:40:0:0:38:41:0:0 chr1 228433217 . A G 213.33 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0178953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.43;QD=20.8128;RBI=0.0216946;REFB=-0.0414105;REVB=0.0122643;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110453;STB=0.562003;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0267911;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:7:13:11:10:7:13 chr1 228444565 . T A 627.76 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.009;QD=61.2453;RBI=0.0428394;REFB=0;REVB=0.0353069;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161824;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:23:18:0:0 chr1 228461129 . A G 238.8 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00335952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0467;QD=20.7654;RBI=0.0133254;REFB=-0.0115228;REVB=-0.012895;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141193;STB=0.525142;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0136157;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:16:7:7:15:16:7:8:15 chr1 228464248 . T G 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00508796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.754;QD=11.2664;RBI=0.00511754;REFB=-0.0165955;REVB=-0.000549426;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451736;STB=0.52629;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0321228;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:8:12:23:13:8:12:23:13 chr1 228464276 . T C 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0237221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.208;QD=11.6203;RBI=0.0318595;REFB=-0.0313111;REVB=-0.0212672;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147322;STB=0.572957;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0432777;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:35:20:20:0.363636:5:15:21:12:5:15:23:12 chr1 228467711 . G A 464.51 PASS AF=0.444444;AO=51;DP=115;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00998581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.596;QD=15.8808;RBI=0.0363483;REFB=-0.0384242;REVB=-0.0349497;RO=63;SAF=22;SAR=29;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918279;STB=0.547427;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.03895;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:63:65:51:52:0.444444:29:22:33:30:30:22:33:32 chr1 228468244 . G A 210.17 PASS AF=0.583333;AO=19;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00152518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1443;QD=23.352;RBI=0.0146951;REFB=0.00116254;REVB=0.0146158;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683169;STB=0.530583;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000189464;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:15:19:21:0.583333:6:13:9:4:7:14:9:6 chr1 228468483 . G A 246.6 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0734996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.28;QD=39.4563;RBI=0.074625;REFB=-0.0341176;REVB=0.012911;RO=4;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412036;STB=0.522428;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00483338;OID=.;OPOS=228468483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:13:8:1:3:13:8:1:3 chr1 228469870 . C T 586.68 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.028587;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.746;QD=24.9651;RBI=0.0302716;REFB=-0.0389563;REVB=0.00995756;RO=40;SAF=21;SAR=32;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234847;STB=0.508358;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0270786;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:40:41:53:53:0.56383:32:21:17:23:32:21:17:24 chr1 228469903 . AG TT 321.34 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00712664;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.521;QD=18.902;RBI=0.00798531;REFB=-0.00979272;REVB=0.00360224;RO=34;SAF=10;SAR=24;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0117658;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:24:10:10:24:24:10:10:24 chr1 228476366 . GA TT 69.25 PASS AF=0.357143;AO=7;DP=26;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0233665;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.724;QD=9.89335;RBI=0.0286585;REFB=-0.0198771;REVB=0.0165928;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0590587;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:26:28:18:18:7:10:0.357143:4:3:9:9:5:5:9:9 chr1 228476414 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0354738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.547;QD=15.7004;RBI=0.0374897;REFB=-0.0481984;REVB=0.012128;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117088;STB=0.56798;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0822704;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:7:12:11:4:7:12 chr1 228480282 . A G 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0216755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.548;QD=15.2373;RBI=0.0232389;REFB=-0.011957;REVB=-0.00837979;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213145;STB=0.628286;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0108249;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:18:10:20:15:18:10:21:15 chr1 228494696 . G A 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0100793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.049;QD=14.5327;RBI=0.0209059;REFB=-0.0260861;REVB=0.0183157;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530162;STB=0.5301;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0375593;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:20:20:13:16:20:20 chr1 228495132 . C G 32.02 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.000665809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.682;QD=2.6138;RBI=0.0767372;REFB=-0.00294723;REVB=-0.0767343;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417438;STB=0.814513;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0915998;OID=.;OPOS=228495132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:41:43:6:6:0.122449:5:1:21:20:5:1:22:21 chr1 228503677 . A G 283.53 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0149996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.438;QD=19.8969;RBI=0.0157434;REFB=-0.0140865;REVB=-0.00478196;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550716;STB=0.530592;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0120019;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:13:17:17:10:13:17:17:10 chr1 228504472 . T C 143.96 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0121375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2905;QD=15.1533;RBI=0.0653525;REFB=0.00380816;REVB=-0.0642155;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121768;STB=0.507033;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00825671;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:14:8:6:10:14:8 chr1 228505204 . G A 164.68 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00381825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0643;QD=14.0156;RBI=0.0711289;REFB=-0.00802045;REVB=0.0710263;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104418;STB=0.531215;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0158868;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:17:18:0.382979:5:12:18:11:6:12:18:11 chr1 228505668 . C G 161.65 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00587942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.747;QD=16.1652;RBI=0.0317063;REFB=-0.0331626;REVB=-0.0311564;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.571347;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0307838;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:17:18:0.45:5:12:12:10:6:12:12:10 chr1 228505699 . T C 61.59 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.020208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6636;QD=7.24585;RBI=0.0499466;REFB=-0.032473;REVB=0.045676;RO=24;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279887;STB=0.710537;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0956469;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:8:1:6:18:8:1:7:18 chr1 228505727 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0101845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.347;QD=11.6667;RBI=0.0104605;REFB=-0.0157571;REVB=-0.00238702;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20601;STB=0.638176;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0240042;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:13:14:0.35:10:3:10:16:11:3:10:16 chr1 228505750 . C T 104.51 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0345044;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8699;QD=10.4515;RBI=0.0398341;REFB=-0.0127954;REVB=0.0199047;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332369;STB=0.519969;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0217763;OID=.;OPOS=228505750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:27:13:13:0.325:9:4:9:18:9:4:9:18 chr1 228509427 . A G 525.08 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00265036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7673;QD=26.927;RBI=0.0443397;REFB=-0.0295266;REVB=-0.0442604;RO=30;SAF=29;SAR=19;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145449;STB=0.57934;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0176239;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:30:48:48:0.615385:19:29:12:18:19:29:12:18 chr1 228526665 . T C 533.18 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.013726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.913;QD=15.4544;RBI=0.0249425;REFB=-0.0262362;REVB=-0.0208261;RO=76;SAF=29;SAR=29;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533693;STB=0.521732;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.037168;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:80:58:58:0.42029:29:29:42:34:29:29:43:37 chr1 228528563 . C G 306.06 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.016877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.174;QD=20.404;RBI=0.0178721;REFB=-0.00650818;REVB=0.00588038;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159845;STB=0.593691;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00374531;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:31:32:0.533333:18:13:17:11:19:13:17:11 chr1 228547901 . C T 379.53 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0198827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.665;QD=16.6828;RBI=0.0305728;REFB=-0.0138354;REVB=0.0232244;RO=51;SAF=12;SAR=28;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184786;STB=0.604262;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0213922;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:28:12:24:27:28:12:24:27 chr1 228548197 . G A 91.02 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0242755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.235;QD=12.1355;RBI=0.0256721;REFB=-0.00736758;REVB=-0.00835201;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406201;STB=0.698267;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0154767;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:30:18:18:9:10:0.333333:3:6:5:13:4:6:5:13 chr1 228550426 . C T 616.22 PASS AF=0.520325;AO=62;DP=120;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00376534;FXX=0.0159987;HRUN=5;LEN=1;MLLD=66.4272;QD=20.0396;RBI=0.0302121;REFB=-0.0250107;REVB=0.0299765;RO=58;SAF=34;SAR=28;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426766;STB=0.542377;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0179642;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:58:59:62:64:0.520325:28:34:29:29:28:36:28:31 chr1 228558891 . CCG CCC,CC,C 350.12 PASS AF=0,0.944444,0;AO=2,21,8;DP=37;FAO=0,34,0;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=0,10,0;FSAR=0,24,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.327842,0.229282,-0.0874607;FXX=0.0270197;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=6.60702,14.7698,8.45864;QD=38.9023;RBI=0.331712,0.232159,0.123829;REFB=-0.120393,0.0347354,0.160375;REVB=0.0505256,-0.0364367,-0.08766;RO=3;SAF=0,5,3;SAR=2,16,5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.384615,0.416667;SSSB=-0.599865,-0.0295955,0.0212058;STB=0.5,0.519988,0.5;STBP=1,0.427,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0601253,0.00692749,0;OID=.,.,.;OPOS=228558893,228558893,228558892;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.944444,0:2,21,8:37:0,34,0:36:2:0,10,0:0,24,0:0:2:7:3:0,5,3:2,16,5:1:2 chr1 228559994 . C T 1086.53 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.583;QD=59.5356;RBI=0.0450873;REFB=0;REVB=0.030681;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433742;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:39:34:0:0 chr1 228560139 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.459;QD=53.2771;RBI=0.0157668;REFB=0;REVB=-0.00872427;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154719;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr1 228560700 . T C 2644.25 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861162;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4581;QD=62.2176;RBI=0.0638288;REFB=0;REVB=-0.0632452;RO=0;SAF=80;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.86729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21307e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:90:80:0:0:90:80:0:0 chr1 228564884 . G A 312.93 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00937155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5237;QD=16.9151;RBI=0.0410695;REFB=-0.0292024;REVB=0.039986;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569861;STB=0.531981;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0245824;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:20:20:19:15:20:20 chr1 228602660 . G C 356.63 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.012457;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2732;QD=18.5264;RBI=0.0174;REFB=-0.0148789;REVB=-0.0121483;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744785;STB=0.535392;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.016627;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:21:16:20:19:21:16:20:20 chr1 228612838 . G T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00381713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.45;QD=26.4131;RBI=0.00785071;REFB=-0.00197869;REVB=-0.00686026;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130191;STB=0.583267;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00197659;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:11:14:6:10:11:14:6:11 chr1 228699477 . T C 218.56 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0226712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0841;QD=31.2224;RBI=0.0227167;REFB=0.00376252;REVB=-0.0014372;RO=7;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401159;STB=0.507805;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00144694;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:7:8:20:20:0.714286:7:13:4:3:7:13:5:3 chr1 228743499 . C A 2137.57 PASS AF=0.992857;AO=135;DP=138;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0759367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.784;QD=61.0733;RBI=0.0776618;REFB=-0.107479;REVB=-0.0162776;RO=2;SAF=97;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970031;STB=0.502487;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000422928;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:138:140:2:1:135:139:0.992857:38:97:2:0:39:100:1:0 chr1 229460246 . A T 368.07 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00406561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.598;QD=16.5423;RBI=0.00885364;REFB=-0.0203402;REVB=-0.00786497;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941473;STB=0.547429;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0339305;OID=.;OPOS=229460246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:50:39:39:0.438202:22:17:26:23:22:17:26:24 chr1 229461024 . C T 312.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0110798;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.556;QD=18.6522;RBI=0.0143393;REFB=-0.0131627;REVB=-0.00910236;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952066;STB=0.553701;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0122751;OID=.;OPOS=229461024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:34:33:33:0.492537:19:14:17:15:19:14:18:16 chr1 229622162 . A G 99.03 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0484798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2219;QD=14.6709;RBI=0.0491795;REFB=-0.0103728;REVB=0.00826635;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317486;STB=0.518488;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0193306;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:7:8:6:6:7:8 chr1 229623338 . T C 163.04 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.000350261;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.2;QD=13.3089;RBI=0.00232022;REFB=-0.00185703;REVB=0.00229363;RO=32;SAF=14;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206182;STB=0.629057;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00292079;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:31:18:18:0.367347:4:14:20:12:4:14:19:12 chr1 229631734 . T C 218.51 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00926111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4295;QD=17.4809;RBI=0.0346068;REFB=-0.00589084;REVB=0.0333446;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306992;STB=0.517494;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00982451;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:8:14:17:11:8:14:17:11 chr1 229635521 . A G 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0122351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.931;QD=15.4995;RBI=0.0140978;REFB=0.00742125;REVB=-0.00700354;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840829;STB=0.547415;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00695051;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:16:15:16:24:16:15:16:24 chr1 229652698 . G T 58.01 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0122693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.075;QD=13.6484;RBI=0.0182812;REFB=-0.0248064;REVB=-0.0135523;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206013;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0223692;OID=.;OPOS=229652698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:9:9:7:8:0.470588:4:3:2:7:4:4:2:7 chr1 229663064 . GAGGAA G 105.61 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0310056;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=5;MLLD=181.548;QD=30.1752;RBI=0.0424791;REFB=-0.0554354;REVB=0.0290366;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.731172;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0189268;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.785714:11:14:11:14:3:1:10:2:1:15:0:1:10:0:0 chr1 229683264 . G A 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0150441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.764;QD=12.059;RBI=0.0191436;REFB=-0.00559697;REVB=-0.0118386;RO=42;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116742;STB=0.567288;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00920299;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:11:14:19:23:11:14:19:23 chr1 229730452 . G A 73.47 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0297001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1395;QD=10.8842;RBI=0.0556639;REFB=-0.00832585;REVB=0.0470784;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313073;STB=0.685368;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0377754;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:12:5:6:4:12:5 chr1 229738170 . T G 188.8 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00355104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.842;QD=11.2714;RBI=0.00375714;REFB=-0.0109443;REVB=0.00122728;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243869;STB=0.514127;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0225959;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:14:10:17:26:14:10:17:26 chr1 229738236 . G A 705.83 PASS AF=0.901639;AO=53;DP=59;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00613794;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=102.937;QD=46.2839;RBI=0.0300368;REFB=-0.168353;REVB=0.029403;RO=6;SAF=20;SAR=33;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896219;STB=0.503225;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00147306;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:59:61:6:6:53:55:0.901639:33:20:2:4:35:20:2:4 chr1 229750036 . C T 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0124668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.716;QD=17.5364;RBI=0.0129725;REFB=-0.0132011;REVB=0.00358679;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203856;STB=0.62119;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0163542;OID=.;OPOS=229750036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:22:12:21:16:22:12:22:16 chr1 229772693 . T G 91.47 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00423296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.682;QD=17.4235;RBI=0.0195824;REFB=-0.0257115;REVB=0.0191194;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.613825;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0251406;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:6:4:6:4:7:4:6:4 chr1 229790048 . A G 2533.17 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00246396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1794;QD=60.6748;RBI=0.0764353;REFB=-0.0869301;REVB=-0.0763956;RO=1;SAF=80;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591148;STB=0.503067;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000212892;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:165:166:0.994012:85:80:1:0:85:81:1:0 chr1 230384937 . T C 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.015606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.872;QD=17.7519;RBI=0.0174979;REFB=-0.0161532;REVB=0.00791376;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1317;STB=0.584986;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0305519;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:16:9:13:13:16:9:14:13 chr1 230415293 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0296929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.58;QD=16.6266;RBI=0.0303019;REFB=-0.0233382;REVB=0.00604461;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278084;STB=0.661981;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0245368;OID=.;OPOS=230415293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:7:7:10:3:7:7 chr1 230417557 . T C 420.76 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00393678;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.212;QD=49.501;RBI=0.0240224;REFB=-0.11496;REVB=0.0236976;RO=2;SAF=22;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028333;STB=0.504584;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00126534;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:2:3:31:31:0.911765:9:22:1:1:9:22:2:1 chr1 230417560 . A G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3988;QD=58.5832;RBI=0.0321737;REFB=0;REVB=-0.0246621;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26968e-05;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr1 230814431 . A G 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00537009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.307;QD=5.00626;RBI=0.0144263;REFB=-0.0150502;REVB=-0.0133895;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292052;STB=0.702351;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0480641;OID=.;OPOS=230814431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:8:14:5:1:8:14 chr1 230829139 . A G 436.5 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00760981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.259;QD=54.562;RBI=0.109242;REFB=-0.149534;REVB=0.108976;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0105552;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:0:1:19:12:0:1 chr1 230841687 . T C 833.76 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.518;QD=57.5006;RBI=0.0474612;REFB=0;REVB=-0.0405556;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314302;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr1 230845794 . A G 1007.87 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.224;QD=59.2864;RBI=0.00935785;REFB=0;REVB=0.000492209;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58183e-05;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr1 230974609 . C T 1295.77 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000634712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.551;QD=60.9776;RBI=0.00686453;REFB=0;REVB=0.00683513;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121398;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:38:44:0:0:39:46:0:0 chr1 231057247 . A T 539.5 PASS AF=0.509259;AO=46;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=52;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0105117;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4489;QD=19.9814;RBI=0.0122734;REFB=-0.0136443;REVB=0.00633569;RO=40;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027568;STB=0.527549;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0110914;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:40:52:46:55:0.509259:24:22:19:21:33:22:18:34 chr1 231353589 . A G 177.79 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0119364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.187;QD=12.4766;RBI=0.0203627;REFB=-0.0103694;REVB=-0.0164974;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11017;STB=0.542049;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0235693;OID=.;OPOS=231353589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:7:14:20:15:8:14:20:15 chr1 231355912 . G T 148.53 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0424807;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.0959;QD=11.0023;RBI=0.0425121;REFB=-0.0125674;REVB=0.00163387;RO=34;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180322;STB=0.616368;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0346387;OID=.;OPOS=231355912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:19:19:0.351852:13:6:16:18:13:6:17:18 chr1 231355918 . CG GT 153.65 PASS AF=0.365385;AO=17;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00136484;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=302.878;QD=11.819;RBI=0.00137339;REFB=-0.0030913;REVB=-0.000153027;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194097;STB=0.594668;STBP=0.359;TYPE=mnp;VARB=0.00570225;OID=.;OPOS=231355918;OREF=CG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:17:19:0.365385:12:5:15:18:13:6:15:18 chr1 231357102 . G C 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.00243365;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=289.601;QD=12.8341;RBI=0.0136946;REFB=-0.0047989;REVB=-0.0134766;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222305;STB=0.626586;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00576742;OID=.;OPOS=231357102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:16:14:33:16:16:14:33:16 chr1 231401902 . G A 203.04 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00526535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.352;QD=12.3056;RBI=0.0577758;REFB=-0.00720433;REVB=-0.0575353;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240649;STB=0.638984;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0167891;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:17:8:22:19:17:8:22:19 chr1 231488524 . C T 239.2 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.000731596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4508;QD=18.0525;RBI=0.0163067;REFB=-0.016671;REVB=0.0162902;RO=26;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775618;STB=0.536395;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0187065;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:18:8:10:16:18:8:10:17 chr1 231830295 . G A 417.31 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00671772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.585;QD=19.6381;RBI=0.0112347;REFB=-0.0356174;REVB=0.00900498;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517292;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0445425;OID=.;OPOS=231830295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:43:41:42:0.494118:18:23:23:18:19:23:25:18 chr1 232534192 . CTTTTTTTTG CTTTTTTTG,CTTTTTTTTGT 68.22 PASS AF=0.46875,0.015625;AO=21,8;DP=65;FAO=30,1;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=8,0;FSAR=22,1;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.168134,0.0201572;FXX=0.0153822;HRUN=8,5;LEN=1,1;MLLD=7.08113,10.3058;QD=4.26359;RBI=0.16945,0.109434;REFB=-0.135039,-0.114119;REVB=-0.0210795,-0.107562;RO=23;SAF=4,0;SAR=17,8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.286871,-0.729471;STB=0.523793,0.986238;STBP=0.775,0.488;TYPE=del,ins;VARB=0.128119,0.0565352;OID=.,.;OPOS=232534193,232534202;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=CTTTTTTTG,CTTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875,0.015625:21,8:65:30,1:64:33:8,0:22,1:10:23:65:23:4,0:17,8:10:13 chr1 232534957 . T C 1522.42 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0148199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.795;QD=61.5119;RBI=0.0545207;REFB=-0.0865765;REVB=0.0524678;RO=1;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075884;STB=0.507811;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000945428;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:99:1:2:96:97:0.979798:62:34:0:1:63:34:0:2 chr1 232539219 . C T 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00531912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.375;QD=58.4205;RBI=0.0377817;REFB=-0.0539061;REVB=0.0374054;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000436703;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:42:30:0:0:42:30:0:1 chr1 232574921 . T C 268.28 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.066438;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3031;QD=18.5022;RBI=0.0674445;REFB=-0.0245702;REVB=0.0116083;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924849;STB=0.551688;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0227362;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:16:13:16:13:16:13:16:13 chr1 232581376 . G A 463.27 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.004316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.068;QD=18.1673;RBI=0.00600019;REFB=-0.0355336;REVB=-0.00416827;RO=45;SAF=20;SAR=29;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734042;STB=0.537349;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0362458;OID=.;OPOS=232581376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:45:53:49:49:0.480392:29:20:18:27:29:20:18:35 chr1 232650750 . A G 367.57 PASS AF=0.544118;AO=38;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0156913;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.11;QD=21.6217;RBI=0.0196378;REFB=-0.0122296;REVB=-0.011808;RO=31;SAF=10;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150219;STB=0.579787;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0105432;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:31:38:37:0.544118:28:10:13:18:27:10:13:18 chr1 232650867 . C T 326.47 PASS AF=0.58;AO=26;DP=47;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0131315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.749;QD=26.1178;RBI=0.0243631;REFB=-0.039956;REVB=-0.0205213;RO=21;SAF=7;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.516605;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0240884;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:21:21:26:29:0.58:19:7:8:13:19:10:8:13 chr1 232944569 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.672;QD=52.6132;RBI=0.0212701;REFB=0;REVB=0.00362526;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40501e-05;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 232967889 . T C 410.88 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.651;QD=56.673;RBI=0.0376892;REFB=0;REVB=-0.000979512;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60003e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 233086456 . T C 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0388292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.478;QD=17.6888;RBI=0.0542679;REFB=0.00189548;REVB=-0.0379117;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809754;STB=0.546174;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00461555;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:12:14:13:8:12:14 chr1 233086483 . GCC G,GC,GGC 397.88 PASS AF=0.179487,0.820513,0;AO=8,22,2;DP=39;FAO=7,32,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11,0;FSAR=4,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058273,0.0101912,-0.0523317;FXX=0.0249938;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=13.1088,13.9452,4.88077;QD=40.8078;RBI=0.0102084,0.018786,0.0580888;REFB=-0.0236316,-0.0156225,-0.0122745;REVB=-0.00838173,-0.0157814,0.0252132;RO=1;SAF=3,9,1;SAR=5,13,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.080241,0.0342405,0.25849;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0724333,-0.035092,0;OID=.,.,.;OPOS=233086484,233086484,233086484;OREF=CC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.179487,0.820513,0:8,22,2:39:7,32,0:39:0:3,11,0:4,21,0:0:0:28:1:3,9,1:5,13,1:0:1 chr1 233120192 . G A 249.63 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0288228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.842;QD=20.8023;RBI=0.0293264;REFB=-0.024409;REVB=0.00541156;RO=20;SAF=3;SAR=21;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350974;STB=0.760609;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0149812;OID=.;OPOS=233120192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:24:24:24:0.5:21:3:8:12:21:3:12:12 chr1 233121791 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=6;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0308068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.768;QD=14.9794;RBI=0.0314545;REFB=-0.00412447;REVB=-0.0063502;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501047;STB=0.846249;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0263299;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:6:10:0.47619:1:5:4:7:1:9:4:7 chr1 233122127 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000820919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.824;QD=15.5712;RBI=0.0181796;REFB=-0.0220159;REVB=-0.0181611;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188581;STB=0.609182;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.021254;OID=.;OPOS=233122127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:8:4:6:5:8:4 chr1 233134086 . C T 270.71 PASS AF=0.336634;AO=33;DP=100;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.033784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.641;QD=10.721;RBI=0.0389062;REFB=-0.0203935;REVB=0.019296;RO=66;SAF=12;SAR=21;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210338;STB=0.62404;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0370703;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:66:67:33:34:0.336634:21:12:36:30:22:12:36:31 chr1 233520860 . T A 51.31 PASS AF=0.152542;AO=8;DP=60;FAO=9;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=48;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0303318;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.6176;QD=3.47868;RBI=0.0326787;REFB=-0.0352609;REVB=-0.0121606;RO=34;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518348;STB=0.758446;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.1282;OID=.;OPOS=233520860;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:60:59:34:48:8:9:0.152542:7:1:18:16:7:2:25:23 chr1 233759918 . T C 1029.62 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382432;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.443;QD=59.6883;RBI=0.0382445;REFB=0;REVB=-0.000313908;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33937e-05;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:33:36:0:0 chr1 233785786 . A C 1339.4 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.206;QD=62.2977;RBI=0.0256302;REFB=0;REVB=0.0113749;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44731e-05;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:58:27:0:0:59:27:0:0 chr1 234041422 . G C 212.92 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00695151;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0409;QD=11.9957;RBI=0.0348153;REFB=-0.0157703;REVB=-0.0341142;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590875;STB=0.531429;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0324665;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:25:26:0.366197:13:12:24:21:14:12:23:22 chr1 234452356 . C T 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00260586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0067;QD=29.8316;RBI=0.00997849;REFB=0.0194185;REVB=0.00963223;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159818;STB=0.58772;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00825515;OID=.;OPOS=234452356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:14:12:10:4:14:12:10:4 chr1 234569192 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.976;QD=59.5007;RBI=0.012382;REFB=0;REVB=-0.0109135;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9882e-05;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr1 234573025 . T C 435.83 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0243;QD=54.4786;RBI=0.0431323;REFB=-0.0101436;REVB=-0.0379554;RO=1;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547301;STB=0.526298;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=1.43002e-05;OID=.;OPOS=234573025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:8:22:0:1:9:22:0:1 chr1 235040004 . G A 245.65 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00809934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.158;QD=23.9654;RBI=0.00908893;REFB=-0.0279358;REVB=0.00412425;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00199679;STB=0.501113;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180546;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:11:7:9:14:11:7 chr1 235040045 . A G 299.11 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.026781;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6981;QD=20.2787;RBI=0.0456369;REFB=-0.0323499;REVB=-0.0369527;RO=27;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241284;STB=0.513379;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0270907;OID=.;OPOS=235040045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:11:21:17:10:11:21:17:10 chr1 235652513 . T C 1071.42 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0899014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3142;QD=57.1423;RBI=0.0975515;REFB=-0.00189385;REVB=0.0378686;RO=2;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337447;STB=0.517237;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00152422;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:2:2:72:73:0.973333:27:45:0:2:28:45:0:2 chr1 235705001 . G T 754.26 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8191;QD=56.9253;RBI=0.0133213;REFB=0;REVB=0.0131929;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130646;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr1 235715523 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2866;QD=60.9756;RBI=0.00256663;REFB=0;REVB=0.000562087;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5576e-05;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr1 235964225 . AC ACA,CA 37.26 PASS AF=0.188679,0.0188679;AO=12,4;DP=55;FAO=10,1;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=1,0;FSAR=9,1;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0238576,-0.0348281;FXX=0.036357;HRUN=0,6;LEN=1,2;MLLD=57.4403,60.7206;QD=2.81172;RBI=0.0238576,0.0348564;REFB=-0.00270971,-0.00270893;REVB=4.61446e-05,-0.00140441;RO=34;SAF=1,0;SAR=11,4;SRF=10;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.420931,-0.518952;STB=0.729157,0.985517;STBP=0.193,0.504;TYPE=ins,mnp;VARB=0.159178,0.147519;OID=.,.;OPOS=235964227,235964225;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:55:53:34:42:12,4:10,1:0.188679,0.0188679:11,4:1,0:10:24:9,1:1,0:11:31 chr1 236139141 . A T 82.61 PASS AF=0.833333;AO=6;DP=11;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0336681;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=128.363;QD=27.5373;RBI=0.0496521;REFB=-0.00304664;REVB=0.0364937;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.749372;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00340118;OID=.;OPOS=236139141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:12:0:2:6:10:0.833333:5:1:0:0:9:1:2:0 chr1 236141174 . T C 261.1 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00930201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.226;QD=13.9254;RBI=0.0171898;REFB=-0.012893;REVB=-0.0144556;RO=43;SAF=21;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161179;STB=0.569645;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0234514;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:44:30:31:0.413333:9:21:24:19:10:21:25:19 chr1 236144951 . A G 266.32 PASS AF=0.518519;AO=22;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.291876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2715;QD=19.7277;RBI=0.292784;REFB=0.0269396;REVB=-0.0230459;RO=24;SAF=3;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370158;STB=0.573222;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0186265;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:26:22:28:0.518519:19:3:10:14:19:9:12:14 chr1 236175327 . C A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00202538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.178;QD=16.9415;RBI=0.00222757;REFB=0.00236186;REVB=0.00092731;RO=24;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339238;STB=0.697745;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00168119;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:16:3:10:14:16:3:10:14 chr1 236175339 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.173;QD=61.3363;RBI=0.0506299;REFB=0;REVB=-0.00445606;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169415;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr1 236208773 . C T 210.11 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00526747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.261;QD=19.1004;RBI=0.00539763;REFB=-0.00503684;REVB=0.00117821;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144846;STB=0.521719;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0037112;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:9:11:13:10:10:11:13:10 chr1 236228288 . C A 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00441255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.009;QD=24.5996;RBI=0.0101261;REFB=-0.0126215;REVB=0.00911416;RO=16;SAF=3;SAR=19;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185314;STB=0.5103;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00634274;OID=.;OPOS=236228288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:19:3:2:14:19:3:2:14 chr1 236381825 . G C 820.11 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528844;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6191;QD=57.5518;RBI=0.08977;REFB=0;REVB=0.0725389;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023091;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 236415347 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.271;QD=54.516;RBI=0.0393637;REFB=0;REVB=0.0288511;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70871e-06;OID=.;OPOS=236415347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr1 236557771 . G A 725.21 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.486;QD=60.434;RBI=0.0406857;REFB=-0.135117;REVB=0.033596;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000881716;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:48:0:1:46:47:0.979167:22:24:0:0:23:24:0:1 chr1 236700807 . T A 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.0103659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.027;QD=11.0822;RBI=0.0112209;REFB=-0.00854633;REVB=-0.00429618;RO=42;SAF=18;SAR=5;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619374;STB=0.851815;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0187081;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:5:18:7:35:5:18:7:35 chr1 236700823 . T C 178.05 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=37;FWDB=0.0274501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.272;QD=10.6298;RBI=0.0336861;REFB=-0.00827187;REVB=-0.0195256;RO=44;SAF=16;SAR=7;SRF=7;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553343;STB=0.813653;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0309174;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:7:16:7:37:7:16:7:37 chr1 236700857 . C T 175.26 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.00847421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.351;QD=10.0151;RBI=0.0716806;REFB=0.00182601;REVB=-0.071178;RO=46;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548948;STB=0.818352;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00194046;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:46:47:23:23:0.328571:6:17:10:36:6:17:10:37 chr1 236702209 . CA CG,TG 1129.39 PASS AF=0.441558,0.558442;AO=34,44;DP=79;FAO=34,43;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=18,13;FSAR=16,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330361,0.0153592;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=71.2786,168.623;QD=58.6695;RBI=0.0479333,0.0155049;REFB=0,0;REVB=-0.0347307,-0.00212096;RO=0;SAF=18,13;SAR=16,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00812629,0.0100112;OID=.,.;OPOS=236702210,236702209;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:79:77:0:0:34,44:34,43:0.441558,0.558442:16,31:18,13:0:0:16,30:18,13:0:0 chr1 236702374 . G A 238.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0229336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.501;QD=16.1554;RBI=0.0368305;REFB=-0.00741445;REVB=0.028819;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169106;STB=0.502686;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00582376;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:17:10:12:19:17:10:12:20 chr1 236706278 . G T 247.11 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0107403;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.925;QD=17.9713;RBI=0.0134561;REFB=0.0165421;REVB=0.00810635;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184807;STB=0.603747;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0162439;OID=.;OPOS=236706278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:10:17:12:16:10:17:12:16 chr1 236706300 . T A 291.87 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0166533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.338;QD=21.6197;RBI=0.0166724;REFB=-0.00992304;REVB=-0.000797266;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197059;STB=0.599933;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0147106;OID=.;OPOS=236706300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:12:18:8:15:12:18:9:15 chr1 236706780 . C T 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-7.06849e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.296;QD=58.2275;RBI=0.0204897;REFB=-0.125899;REVB=-0.0204895;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.506022;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-9.22517e-05;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:41:30:0:0:41:30:0:1 chr1 236706862 . G C 1245.37 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2167;QD=61.4996;RBI=0.0199148;REFB=0;REVB=0.0160899;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97677e-05;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr1 236711323 . T C 331.91 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00843016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.862;QD=16.1908;RBI=0.0213772;REFB=-0.0188968;REVB=0.0196448;RO=45;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329348;STB=0.524377;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0250074;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:46:36:36:0.439024:18:18:21:24:18:18:21:25 chr1 236714064 . A C 207.83 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0345363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3864;QD=17.6872;RBI=0.0720274;REFB=-0.0167584;REVB=0.0632076;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162969;STB=0.602313;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0171718;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:9:12:10:15:9:12:10:16 chr1 236716959 . C T 570.98 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00556332;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.389;QD=15.7512;RBI=0.00620252;REFB=-0.0113838;REVB=-0.00274239;RO=84;SAF=36;SAR=25;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943642;STB=0.55294;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0151595;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:84:84:61:61:0.42069:25:36:42:42:25:36:42:42 chr1 236717926 . T C 425.09 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0448986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9403;QD=24.2909;RBI=0.0547788;REFB=-0.0313965;REVB=-0.031382;RO=29;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118678;STB=0.565185;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0187159;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:26:15:15:14:26:15:15:14 chr1 236718620 . T C 316.97 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00367316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4608;QD=17.8574;RBI=0.0295869;REFB=0.00483754;REVB=0.029358;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104657;STB=0.558634;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00501352;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:17:20:22:12:17:20 chr1 236719135 . T C 512.36 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5069;QD=58.555;RBI=0.0240228;REFB=0;REVB=0.0170949;RO=0;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628125;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:6:28:0:0:7:28:0:0 chr1 236721610 . G A 533.28 PASS AF=0.973684;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5756;QD=56.1349;RBI=0.0791463;REFB=-0.0413461;REVB=0.0770285;RO=1;SAF=24;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190857;STB=0.509799;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0136575;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:34:37:0.973684:10:24:1:0:12:25:1:0 chr1 236721660 . T C 933.35 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330092;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.071;QD=56.5664;RBI=0.0612083;REFB=-0.12768;REVB=0.0515447;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.509088;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000907595;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:63:65:0.984848:26:37:0:1:27:38:0:1 chr1 236721731 . T C 1288.66 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131747;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2404;QD=60.6426;RBI=0.0647875;REFB=-0.0721289;REVB=0.0634338;RO=1;SAF=49;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956961;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00222661;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:85:1:1:84:84:0.988235:35:49:1:0:35:49:1:0 chr1 236723074 . G C 531.83 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0079384;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1745;QD=25.3253;RBI=0.0292613;REFB=-0.0131006;REVB=-0.0281639;RO=35;SAF=19;SAR=30;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184274;STB=0.600838;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0191805;OID=.;OPOS=236723074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:35:35:49:49:0.583333:30:19:22:13:30:19:22:13 chr1 236723108 . C T 389.72 PASS AF=0.557143;AO=37;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00551178;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.373;QD=22.2696;RBI=0.0125205;REFB=-0.0425654;REVB=-0.0112421;RO=31;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193892;STB=0.587928;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0259276;OID=.;OPOS=236723108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:37:39:0.557143:24:13:18:13:24:15:18:13 chr1 236724504 . G A 101.94 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.846;QD=40.7774;RBI=0.0679742;REFB=0;REVB=0.00833725;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804614;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:5:3:0:0:5:5:0:0 chr1 236732427 . G A 206.0 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0503241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.452;QD=23.5429;RBI=0.0503272;REFB=-0.0253146;REVB=0.000561102;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179883;STB=0.610516;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0203019;OID=.;OPOS=236732427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:15:19:20:0.571429:10:9:3:10:11:9:3:12 chr1 236737983 . A G 480.13 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0128563;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.707;QD=19.7992;RBI=0.0540627;REFB=-0.015188;REVB=-0.0525118;RO=49;SAF=28;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746057;STB=0.539893;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0194299;OID=.;OPOS=236737983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:46:47:0.484536:18:28:26:23:19:28:26:24 chr1 236744712 . C A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00643525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.59;QD=14.9777;RBI=0.0101857;REFB=-0.0771504;REVB=-0.00789534;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305863;STB=0.679246;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0201108;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:7:4:7:3:7:4 chr1 236746443 . C T 804.71 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.221;QD=64.3765;RBI=0.0456711;REFB=0;REVB=0.0188604;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289138;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 236748433 . G A 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0119587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.507;QD=9.82619;RBI=0.0455382;REFB=-0.0192726;REVB=-0.04394;RO=48;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250223;STB=0.514693;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0351238;OID=.;OPOS=236748433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:12:11:24:24:12:11:24:24 chr1 236748505 . T C 424.61 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0458764;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.821;QD=49.9536;RBI=0.0507377;REFB=-0.0480117;REVB=-0.0216719;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715886;STB=0.555519;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00526228;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:34:2:3:31:31:0.911765:19:12:2:0:19:12:3:0 chr1 236749626 . C T 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0169362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.894;QD=16.7535;RBI=0.0174435;REFB=-0.0216162;REVB=-0.00417607;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564863;STB=0.522489;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0200556;OID=.;OPOS=236749626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:13:11:14:13:13:11:14:14 chr1 236749649 . T C 318.59 PASS AF=0.55;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000675989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2606;QD=21.2393;RBI=0.0172247;REFB=-0.00128841;REVB=-0.0172115;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065842;STB=0.512188;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00076501;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:27:32:33:0.55:18:14:13:12:18:15:13:14 chr1 236749730 . C T 259.5 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0454439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.155;QD=20.7602;RBI=0.0455938;REFB=9.90216e-05;REVB=-0.00369465;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325798;STB=0.520048;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.000361501;OID=.;OPOS=236749730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:25:24:25:0.5:13:11:10:12:13:12:11:14 chr1 236755837 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.245;QD=45.8068;RBI=0.0706941;REFB=0;REVB=-0.0200938;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867427;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr1 236758887 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.145;QD=57.2026;RBI=0.048244;REFB=0;REVB=0.0376256;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3012e-05;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr1 236767330 . A G 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.634;QD=60.1992;RBI=0.0169143;REFB=0;REVB=-0.00638526;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47529e-05;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr1 236882303 . T C 693.48 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0126176;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.996;QD=56.6106;RBI=0.0337225;REFB=-0.0776426;REVB=0.0312731;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426858;STB=0.533319;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00113082;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:50:49:2:3:46:46:0.938776:25:21:2:0:25:21:3:0 chr1 236883421 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.918;QD=57.2376;RBI=0.053845;REFB=0;REVB=-0.0132264;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147152;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr1 236899899 . TC T 174.89 PASS AF=0.507042;AO=34;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0601104;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9974;QD=9.85305;RBI=0.0602031;REFB=0.0222064;REVB=0.00333964;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263904;STB=0.521115;STBP=0.76;TYPE=del;VARB=-0.00867051;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507042:34:72:36:71:35:18:18:19:16:99:34:17:17:18:16 chr1 236958937 . C T 483.07 PASS AF=0.74;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0218165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0384;QD=38.6457;RBI=0.0248272;REFB=-0.0157112;REVB=0.0118504;RO=13;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862025;STB=0.546613;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00508843;OID=.;OPOS=236958937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:13:37:37:0.74:18:19:9:4:18:19:9:4 chr1 236971998 . C T 452.69 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0239333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.575;QD=22.3552;RBI=0.0266669;REFB=0.00141358;REVB=-0.0117609;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112026;STB=0.50617;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00119638;OID=.;OPOS=236971998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:22:22:19:18:22:22:19:18 chr1 237048500 . A G 176.6 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000816799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.488;QD=14.1283;RBI=0.0491937;REFB=-0.000509291;REVB=0.0491869;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134712;STB=0.570362;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00148752;OID=.;OPOS=237048500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:13:6:13:17:13:6:13:18 chr1 237058828 . C T 89.36 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.102639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.152;QD=15.541;RBI=0.10529;REFB=-0.0286251;REVB=-0.0234782;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0309382;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr1 237061056 . A C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00681293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.362;QD=7.3229;RBI=0.014585;REFB=-0.00145404;REVB=0.012896;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00353041;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:7:7:3:3:7:7 chr1 237066853 . C T 139.96 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.000523963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.308;QD=10.3674;RBI=0.0682123;REFB=-0.00210065;REVB=-0.0682103;RO=36;SAF=16;SAR=2;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416982;STB=0.75437;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00387168;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:2:16:23:13:2:16:23:13 chr1 237433625 . C T 533.81 PASS AF=0.4;AO=62;DP=154;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.00982078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.383;QD=13.7758;RBI=0.0122266;REFB=-0.0187955;REVB=-0.00728299;RO=92;SAF=27;SAR=35;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048055;STB=0.529741;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0272156;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:92:93:62:62:0.4:35:27:36:56:35:27:36:57 chr1 237617757 . C T 295.76 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00247794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.993;QD=22.3218;RBI=0.0178913;REFB=-0.0111603;REVB=0.0177189;RO=23;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12175;STB=0.567521;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00614179;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:20:10:11:12:20:10:11:12 chr1 237634431 . A G 561.42 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0151958;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5794;QD=23.3923;RBI=0.0171347;REFB=-0.00541279;REVB=0.00791746;RO=44;SAF=33;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227083;STB=0.624851;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00725761;OID=.;OPOS=237634431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:44:44:52:52:0.541667:19:33:16:28:19:33:16:28 chr1 237711797 . A G 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8655;QD=59.1362;RBI=0.0407477;REFB=0;REVB=0.0256578;RO=0;SAF=47;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352376;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:20:47:0:0:20:47:0:0 chr1 237766753 . A G 753.21 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.833;QD=61.4868;RBI=0.0438927;REFB=0.101205;REVB=-0.0385623;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00110014;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr1 237778080 . G A 45.12 PASS AF=0.125;AO=6;DP=57;FAO=7;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0836007;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.3666;QD=3.22317;RBI=0.0920373;REFB=-0.0275806;REVB=0.0384939;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109034;STB=0.673644;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.130761;OID=.;OPOS=237778080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:57:56:38:46:6:7:0.125:4:2:16:22:5:2:22:24 chr1 237801770 . T C 1303.7 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5056;QD=60.6371;RBI=0.0305982;REFB=-0.112627;REVB=0.0135198;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000716772;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:0:1:85:85:0.988372:55:30:0:0:55:30:1:0 chr1 237814783 . C T 393.11 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1183;QD=56.1589;RBI=0.0273306;REFB=0;REVB=-0.0151301;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000825923;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 237863718 . T G 435.81 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.071009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.977;QD=54.4758;RBI=0.0722778;REFB=-0.0161092;REVB=0.013483;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00134716;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:0:1:19:12:0:1 chr1 237872218 . C T 196.4 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0081928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.496;QD=34.1569;RBI=0.021072;REFB=-0.000124943;REVB=-0.0194142;RO=3;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942463;STB=0.605939;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-5.89279e-05;OID=.;OPOS=237872218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:3:5:18:18:0.782609:6:12:1:2:6:12:1:4 chr1 237881770 . C T 1697.91 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178713;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.616;QD=60.6396;RBI=0.0254145;REFB=0;REVB=-0.0253516;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12488e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr1 237890437 . C T 1442.65 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154668;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.563;QD=62.0496;RBI=0.0176604;REFB=-0.0833061;REVB=-0.0085245;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101945;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000150384;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:46:46:1:0:46:46:1:0 chr1 237997087 . A G 290.09 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0183619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0192;QD=19.0223;RBI=0.0476167;REFB=-0.0221268;REVB=0.0439339;RO=28;SAF=9;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18804;STB=0.629203;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0237516;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:30:30:31:0.508197:21:9:14:14:22:9:16:14 chr1 238050801 . G A 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0411112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.794;QD=20.8084;RBI=0.0598499;REFB=-0.00856113;REVB=0.0434957;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038631;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.01506;OID=.;OPOS=238050801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:11:12:11:12:11:12 chr1 238107035 . C G 307.86 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0145552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.953;QD=27.9876;RBI=0.0159981;REFB=-0.00300002;REVB=0.00663981;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137637;STB=0.580584;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0017832;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:26:27:0.613636:17:9:9:8:18:9:9:8 chr1 238114860 . G A 303.33 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0170473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.953;QD=12.2557;RBI=0.0229161;REFB=-0.000289781;REVB=0.0153146;RO=64;SAF=13;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100419;STB=0.565076;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000408732;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:64:64:34:35:0.353535:21:13:30:34:22:13:30:34 chr1 238114934 . G A 308.26 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00471952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.207;QD=13.4024;RBI=0.00499127;REFB=0.00530194;REVB=0.00162448;RO=56;SAF=16;SAR=19;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846598;STB=0.553596;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0190362;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:19:16:30:26:19:16:31:26 chr1 238114936 . A G 262.04 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00602031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.157;QD=11.3932;RBI=0.0280806;REFB=-0.0145993;REVB=0.0274276;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833933;STB=0.573125;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0194703;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:57:60:32:32:0.347826:17:15:31:26:18:14:33:27 chr1 240073226 . C T 1042.06 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.176;QD=58.7077;RBI=0.0293225;REFB=0;REVB=0.0113994;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66899e-05;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:0:0:70:71:1:30:40:0:0:31:40:0:0 chr1 240073619 . G A 196.71 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8865;QD=43.713;RBI=0.0465207;REFB=-0.0614862;REVB=0.0411449;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545399;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00567642;OID=.;OPOS=240073619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:12:5:0:0:12:5:1:0 chr1 240074981 . A G 341.2 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.322;QD=54.5912;RBI=0.0577556;REFB=0;REVB=0.0499174;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025664;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr1 240075760 . C T 205.31 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.063037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.276;QD=12.8319;RBI=0.0678097;REFB=0.0125249;REVB=0.0249897;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242977;STB=0.637874;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0192555;OID=.;OPOS=240075760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:10:29:13:12:10:29 chr1 240076975 . G A 312.56 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0640805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1795;QD=50.0095;RBI=0.115112;REFB=-0.104349;REVB=0.0956269;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.010665;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr1 240077023 . A G 375.24 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.76;QD=55.5911;RBI=0.028242;REFB=0;REVB=0.027367;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119511;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:19:7:0:0:20:7:0:0 chr1 240341268 . A G 235.46 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0174191;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1503;QD=15.4402;RBI=0.0394402;REFB=0.000673109;REVB=0.0353851;RO=32;SAF=20;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298712;STB=0.663661;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000137493;OID=.;OPOS=240341268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:34:26:27:0.442623:6:20:16:16:6:21:18:16 chr1 240492734 . G A 1199.42 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446142;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.199;QD=61.5089;RBI=0.0447107;REFB=0;REVB=0.00293511;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397908;OID=.;OPOS=240492734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:33:45:0:0 chr1 240497265 . A C 1533.75 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00198085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.909;QD=62.6022;RBI=0.00583087;REFB=0.0456345;REVB=-0.00548409;RO=1;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797141;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-5.95244e-05;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:59:38:0:1:59:38:0:1 chr1 240939104 . G A 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000630822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.953;QD=7.47192;RBI=0.00890605;REFB=0.00202009;REVB=-0.00888368;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332627;STB=0.717549;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0436531;OID=.;OPOS=240939104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:8:3:17:14:8:3:18:14 chr1 240939152 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0102624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.233;QD=8.30793;RBI=0.0257415;REFB=-0.0362733;REVB=0.0236074;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446598;STB=0.786654;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0548862;OID=.;OPOS=240939152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:8:10:7:1:8:10 chr1 241712134 . C T 588.68 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0153904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.801;QD=18.3962;RBI=0.0153905;REFB=-0.00602373;REVB=6.68203e-05;RO=66;SAF=34;SAR=27;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166389;STB=0.587967;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00634421;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:66:67:61:61:0.476562:27:34:25:41:27:34:26:41 chr1 241755348 . C T 386.94 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.000662641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.449;QD=15.3244;RBI=0.0219307;REFB=-0.0177872;REVB=0.0219207;RO=58;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271396;STB=0.651911;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0303615;OID=.;OPOS=241755348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:18:25:18:40:18:25:18:40 chr1 241907817 . T C 1009.15 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.458;QD=59.3617;RBI=0.0111649;REFB=0;REVB=0.00821687;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29021e-05;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:34:33:0:0:35:33:0:0 chr1 242030151 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.133;QD=56.7034;RBI=0.00988054;REFB=0;REVB=0.00944055;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100092;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr1 242042545 . A G 634.32 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.142;QD=60.4115;RBI=0.0257925;REFB=0;REVB=0.0193382;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714949;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:16:22:0:0:19:23:0:0 chr1 242045275 . C T 1591.01 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678674;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.735;QD=64.283;RBI=0.0172302;REFB=0;REVB=-0.0158373;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40328e-05;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr1 242053042 . A G 479.54 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.033;QD=54.8043;RBI=0.0519824;REFB=-0.046518;REVB=0.0484456;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000266809;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:32:34:0.971429:18:14:0:1:20:14:0:1 chr1 242222754 . A G 1307.78 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00312845;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.557;QD=58.7765;RBI=0.00407075;REFB=-0.0954796;REVB=0.00260457;RO=3;SAF=42;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113804;STB=0.50601;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00241084;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:90:89:3:3:86:86:0.966292:44:42:2:1:44:42:2:1 chr1 243328887 . G T 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.021234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.777;QD=7.06633;RBI=0.0275471;REFB=0.00278184;REVB=-0.0175488;RO=48;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258965;STB=0.658897;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0116575;OID=.;OPOS=243328887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:12:5:24:24:12:5:24:24 chr1 243329049 . G A 442.02 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=-0.0130386;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.267;QD=16.0736;RBI=0.0283116;REFB=-0.00805462;REVB=0.0251305;RO=56;SAF=26;SAR=23;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144117;STB=0.598153;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00895436;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:61:49:49:0.445455:23:26:38:18:23:26:43:18 chr1 243329075 . T C 213.02 PASS AF=0.285714;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.0141355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.315;QD=8.11514;RBI=0.0582743;REFB=-0.0179475;REVB=-0.0565339;RO=72;SAF=20;SAR=10;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188294;STB=0.510784;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.06655;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:72:75:30:30:0.285714:10:20:49:23:10:20:51:24 chr1 243579112 . G A 302.12 PASS AF=0.563636;AO=29;DP=53;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0417948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9124;QD=21.9725;RBI=0.0693031;REFB=-0.0159075;REVB=0.0552821;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762886;STB=0.537167;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0146329;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:23:24:29:31:0.563636:19:10:6:17:21:10:6:18 chr1 244219563 . A G 689.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.587;QD=62.6546;RBI=0.00532596;REFB=0;REVB=-0.000796124;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10515e-06;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 244267433 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0553446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3661;QD=14.0963;RBI=0.0709857;REFB=0.0175315;REVB=-0.0444516;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301131;STB=0.67767;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0234242;OID=.;OPOS=244267433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:9:9:10:3:9:9 chr1 244723989 . C A 428.85 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0333142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8221;QD=19.7173;RBI=0.0405135;REFB=0.0195612;REVB=-0.0230545;RO=44;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543048;STB=0.530165;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0213107;OID=.;OPOS=244723989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:18:25:23:21:18:25:23:21 chr1 244773784 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.668;QD=46.8477;RBI=0.0746471;REFB=0;REVB=0.0743459;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154764;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr1 244773803 . T C 223.05 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.726;QD=49.5663;RBI=0.0684074;REFB=0;REVB=0.0631774;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102025;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 245133623 . T TCCTCC 66.38 PASS AF=0.375;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0225244;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=5;MLLD=165.379;QD=11.0632;RBI=0.0291406;REFB=-0.00950774;REVB=-0.0184885;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260944;STB=0.615148;STBP=0.438;TYPE=ins;VARB=0.0135849;OID=.;OPOS=245133624;OREF=-;OALT=CCTCC;OMAPALT=TCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:25:9:24:15:5:4:11:4:66:17:5:3:11:6 chr1 245133662 . G C 118.9 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00119614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7613;QD=14.4126;RBI=0.0200925;REFB=-0.0670507;REVB=-0.0200569;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.535664;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0605617;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:16:19:14:14:0.424242:6:8:12:4:6:8:12:7 chr1 245245378 . T C 118.3 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00499812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.329;QD=12.7891;RBI=0.0147015;REFB=-0.00410609;REVB=-0.0138258;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264141;STB=0.654953;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00562661;OID=.;OPOS=245245378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:9:14:5:9:9:14 chr1 245245402 . C T 152.63 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0136561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.673;QD=13.8753;RBI=0.0239517;REFB=-0.0235474;REVB=-0.0196773;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166926;STB=0.596706;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.039964;OID=.;OPOS=245245402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:10:17:8:9:10:17 chr1 245297243 . G A 142.58 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.000332609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.23;QD=14.258;RBI=0.0442705;REFB=0.00894174;REVB=-0.0442693;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.562418;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0149637;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:4:12:15:8:4:12:16:8 chr1 245703990 . G T 1417.4 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.19;QD=62.3031;RBI=0.0175728;REFB=0;REVB=0.014851;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32706e-05;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:91:0:0:86:91:1:42:44:0:0:43:48:0:0 chr1 245849000 . C T 224.17 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0124342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5705;QD=17.5816;RBI=0.0135376;REFB=-0.0253572;REVB=0.0053532;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286288;STB=0.52379;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0358919;OID=.;OPOS=245849000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:9:15:17:9:9:15:18:9 chr1 245850095 . C T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00444465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.03;QD=12.8586;RBI=0.00605422;REFB=-0.034348;REVB=-0.00411079;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197466;STB=0.68509;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0508569;OID=.;OPOS=245850095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:8:7:7:0.466667:6:1:2:5:6:1:3:5 chr1 245851304 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.97;QD=35.5759;RBI=0.0203165;REFB=0;REVB=-0.00119544;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223835;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 245861571 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0020336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.337;QD=15.626;RBI=0.0162702;REFB=-0.011938;REVB=0.0161426;RO=23;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28395;STB=0.666444;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0193919;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:14:3:9:14:14:3:9:14 chr1 246670481 . C G 3150.95 PASS AF=1;AO=205;DP=207;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499371;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9634;QD=61.482;RBI=0.0503758;REFB=-0.101942;REVB=0.0066336;RO=0;SAF=77;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317388;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:205:0:0:205:205:1:128:77:0:0:128:77:0:0 chr1 246714587 . G A 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00444959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.912;QD=4.78732;RBI=0.00451709;REFB=-0.00293573;REVB=0.000777991;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107349;STB=0.571254;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.012285;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:20:14:4:4:20:14 chr1 246720798 . G A 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6872;QD=53.2715;RBI=0.0308558;REFB=0;REVB=-0.028321;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109431;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 246755124 . T C 563.21 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051941;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2014;QD=60.8873;RBI=0.051956;REFB=0;REVB=0.00124789;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679545;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 246829616 . T C 1405.17 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0260729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.228;QD=55.6503;RBI=0.0269396;REFB=0.0244953;REVB=0.00677819;RO=2;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178913;STB=0.514016;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-3.21994e-05;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:2:3:98:98:0.970297:52:46:0:2:52:46:0:3 chr1 246922390 . A G 212.74 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.017554;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.368;QD=12.1567;RBI=0.0190786;REFB=-0.00928665;REVB=0.00747311;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845258;STB=0.548743;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0178193;OID=.;OPOS=246922390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:11:15:22:22:11:15:22:22 chr1 246939513 . G A 253.76 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0115926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7052;QD=17.5004;RBI=0.0671637;REFB=-0.0108194;REVB=0.0661556;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447531;STB=0.502511;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0206404;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:13:17:16:12:13:17 chr1 246939856 . G A 343.0 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00225177;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7089;QD=19.884;RBI=0.00640781;REFB=-0.00255355;REVB=0.00599913;RO=29;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123874;STB=0.51947;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00937543;OID=.;OPOS=246939856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:29:33:35:36:0.521739:20:15:12:17:20:16:16:17 chr1 246942159 . G A 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0128933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.678;QD=15.6493;RBI=0.0172067;REFB=-0.0281005;REVB=-0.0113944;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255214;STB=0.503593;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0241049;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:6:10:12:8:6:10:13:8 chr1 246942171 . G A 245.55 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000943814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6616;QD=23.9557;RBI=0.00812595;REFB=0.0471236;REVB=0.00807096;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772773;STB=0.504307;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0397956;OID=.;OPOS=246942171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:10:8:10:13:10:8 chr1 247048834 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0138664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.719;QD=11.4396;RBI=0.0209718;REFB=0.0205008;REVB=0.0157334;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172139;STB=0.602352;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0298069;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:13:11:8:5:13:11 chr1 247150740 . T C 398.82 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3158;QD=55.0093;RBI=0.148762;REFB=0;REVB=0.119207;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0083288;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:18:11:0:0 chr1 247162658 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.754;QD=60.6103;RBI=0.0219042;REFB=0;REVB=0.0117988;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83697e-05;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 247201137 . AG A 35.23 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.253886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.8487;QD=8.28874;RBI=0.279178;REFB=-0.0303285;REVB=0.116112;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.289883;SSSB=0.656508;STB=0.894549;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.0320737;OID=.;OPOS=247201138;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:6:17:7:17:10:6:1:1:9:35:10:5:1:1:9 chr1 247263704 . A G 220.4 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0097168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9436;QD=24.4887;RBI=0.0962969;REFB=0.00615953;REVB=-0.0958054;RO=15;SAF=16;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288728;STB=0.516113;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0110598;OID=.;OPOS=247263704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:5:16:11:4:5:16:11:4 chr1 247419509 . T C 347.58 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00120615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.028;QD=51.4932;RBI=0.00120969;REFB=0.0125149;REVB=9.24947e-05;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00107677;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:0:1:14:12:0:1 chr1 247419664 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.738;QD=51.1846;RBI=0.0314925;REFB=0;REVB=0.0168134;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250952;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 247587531 . A G 638.82 PASS AF=0.976744;AO=43;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0462922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.273;QD=59.425;RBI=0.0479918;REFB=0.0147861;REVB=0.0126587;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507459;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00103894;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:43:42:0.976744:34:9:0:0:33:9:0:1 chr1 247614617 . C T 488.8 PASS AF=0.972222;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0766402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4361;QD=54.3108;RBI=0.0819458;REFB=-0.0359182;REVB=0.0290069;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00501154;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:36:1:1:32:35:0.972222:15:17:1:0:17:18:1:0 chr1 247614693 . C T 175.6 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1368;QD=46.8271;RBI=0.0404722;REFB=0;REVB=0.0166121;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107248;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr1 247615252 . G A,C 1363.23 PASS AF=0.945055,0.0549451;AO=79,7;DP=88;FAO=86,5;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=42,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014005,0.00742271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.611,37.4847;QD=59.922;RBI=0.0197176,0.0218975;REFB=0,0;REVB=0.0138796,0.020601;RO=0;SAF=44,0;SAR=35,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.37809e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000277031,0.193595;OID=.,.;OPOS=247615252,247615252;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:88:91:0:0:79,7:86,5:0.945055,0.0549451:35,7:44,0:0:0:42,5:44,0:0:0 chr1 247615261 . GA G 1092.53 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068541;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.0247;QD=48.0232;RBI=0.148064;REFB=0;REVB=-0.131245;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000762609;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:91:91:91:0:44:47:0:0:19:0:43:46:0:0 chr1 247695612 . G A 1313.16 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0142871;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.962;QD=59.6889;RBI=0.0155275;REFB=-0.0587352;REVB=-0.00608118;RO=2;SAF=32;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588164;STB=0.503105;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00103548;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:2:2:86:86:0.977273:54:32:1:1:54:32:1:1 chr1 247695756 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.02;QD=53.9087;RBI=0.025845;REFB=0;REVB=0.0118464;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365471;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 247752019 . G C 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3676;QD=57.7017;RBI=0.0231863;REFB=0;REVB=0.0179181;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214642;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr1 247769591 . A AT 386.68 PASS AF=1;AO=5;DP=44;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360328;FXX=0.0908884;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.9521;QD=38.6684;RBI=0.0388608;REFB=0;REVB=-0.0145533;RO=39;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000471211;OID=.;OPOS=247769592;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:44:40:40:0:18:22:0:0:3:39:5:0:16:23 chr1 247769592 . C A,T 631.25 PASS AF=0.111111,0.866667;AO=5,39;DP=45;FAO=5,39;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=5,16;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00483573,0.00986402;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.682,54.3677;QD=56.1109;RBI=0.00492744,0.0242587;REFB=-0.0489031,-0.106145;REVB=0.000946237,0.0221627;RO=1;SAF=5,16;SAR=0,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.0199479;STB=0.996613,0.510633;STBP=0.062,0.515;TYPE=snp,snp;VARB=0.199961,0.00403651;OID=.,.;OPOS=247769592,247769592;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:45:45:1:1:5,39:5,39:0.111111,0.866667:0,23:5,16:0:1:0,23:5,16:0:1 chr1 247835674 . G A 362.37 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0454297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3328;QD=25.8834;RBI=0.0497946;REFB=-0.00427462;REVB=0.0203873;RO=21;SAF=15;SAR=20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334705;STB=0.518314;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00192127;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:20:15:8:13:20:15:8:13 chr1 247835908 . T A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00631097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.836;QD=16.884;RBI=0.0195329;REFB=-0.0169927;REVB=0.0184853;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0248167;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:7:10:9:6:7:10 chr1 247835950 . T C 194.08 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0251985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2868;QD=24.2602;RBI=0.0785858;REFB=-0.021393;REVB=0.0744363;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273118;STB=0.515238;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.015002;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:5:8:11:8:5:8 chr1 247836008 . G A 263.49 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00926039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.477;QD=19.5174;RBI=0.0119974;REFB=-0.0185654;REVB=-0.00762772;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639916;STB=0.535689;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0186422;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:13:15:12:14:13:15:12:14 chr1 247836207 . T A 263.54 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00493003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.934;QD=17.5691;RBI=0.00548587;REFB=-0.0188753;REVB=0.00240616;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121582;STB=0.568109;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.022279;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:13:18:13:16:13:18 chr1 247875415 . A G 244.02 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00167183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8856;QD=18.7709;RBI=0.0434461;REFB=0.00263016;REVB=0.0434139;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652495;STB=0.561272;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00118359;OID=.;OPOS=247875415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:26:26:26:0.5:9:17:14:10:9:17:14:12 chr1 247875608 . C G 223.64 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0130169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.037;QD=15.974;RBI=0.0144065;REFB=-0.0114682;REVB=-0.00617316;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163745;STB=0.592518;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0224421;OID=.;OPOS=247875608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:24:24:0.428571:12:12:10:20:12:12:10:20 chr1 247875689 . A G 184.99 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00463758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.555;QD=12.9816;RBI=0.0349119;REFB=-0.0164461;REVB=-0.0346025;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016415;STB=0.505613;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0199637;OID=.;OPOS=247875689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:22:23:0.403509:13:9:13:20:14:9:13:21 chr1 247921100 . T G 40.31 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0458382;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.035;QD=9.48541;RBI=0.0459607;REFB=-0.0239702;REVB=0.00335378;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194949;STB=0.6187;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0289946;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:2:9:4:2:2:9 chr1 247921352 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.725;QD=56.1907;RBI=0.0712428;REFB=0;REVB=0.0630991;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578427;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 247921717 . C A 908.61 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.609;QD=57.6893;RBI=0.0164363;REFB=0;REVB=0.00910037;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6584e-06;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:34:24:0:0:36:27:0:0 chr1 247921888 . C T 428.79 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6816;QD=57.1713;RBI=0.0349767;REFB=0;REVB=0.0158862;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660087;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:15:15:0:0 chr1 247978319 . A G 947.89 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0243562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.894;QD=55.7582;RBI=0.0411433;REFB=-0.0910176;REVB=0.0331593;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.501347;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000546572;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:1:2:66:66:0.970588:30:36:1:0:30:36:1:1 chr1 247978541 . AAGG A 269.6 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213858;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=266.389;QD=44.9335;RBI=0.0125501;REFB=0;REVB=-0.0123666;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.66311e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:20:4:0:0:5:0:19:4:0:0 chr1 248004614 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.596;QD=51.9155;RBI=0.040047;REFB=0;REVB=-0.0297356;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12828e-05;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 248004687 . C G 176.01 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.215;QD=46.9347;RBI=0.0632341;REFB=0;REVB=0.0342056;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585273;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:5:8:0:0:7:8:0:0 chr1 248004775 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4192;QD=46.8461;RBI=0.0679738;REFB=0;REVB=0.0353139;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224373;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr1 248004848 . G C 175.72 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2951;QD=46.8581;RBI=0.0920742;REFB=0;REVB=0.0354185;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474115;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:11:4:0:0 chr1 248004877 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.632;QD=43.4861;RBI=0.0852319;REFB=0;REVB=0.0459597;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130128;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 248004884 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.717;QD=43.4861;RBI=0.0452805;REFB=0;REVB=0.0169174;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686556;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 248005212 . T TC 253.96 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308556;FXX=0.0384468;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.2496;QD=40.633;RBI=0.0679424;REFB=0;REVB=0.0678723;RO=24;SAF=2;SAR=1;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00213882;OID=.;OPOS=248005213;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:25:25:0:14:11:0:0:3:24:2:1:12:12 chr1 248005213 . G A,C 322.65 PASS AF=0.0769231,0.884615;AO=2,23;DP=26;FAO=2,23;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=1,12;FSAR=1,11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000342293,0.0542375;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.0216,68.1171;QD=49.6384;RBI=0.0110004,0.0612681;REFB=-0.110511,-0.119692;REVB=0.0109951,0.0284967;RO=1;SAF=1,12;SAR=1,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0370176;STB=0.665164,0.519983;STBP=0.662,0.503;TYPE=snp,snp;VARB=0.0491607,0.00729303;OID=.,.;OPOS=248005213,248005213;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:26:26:1:1:2,23:2,23:0.0769231,0.884615:1,11:1,12:1:0:1,11:1,12:1:0 chr1 248023966 . C T 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0264801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6994;QD=14.8335;RBI=0.0294758;REFB=-0.0128862;REVB=-0.0129472;RO=30;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280014;STB=0.661725;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.015005;OID=.;OPOS=248023966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:17:5:14:16:17:5:14:16 chr1 248028032 . G A 128.01 PASS AF=0.56;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00589099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.22;QD=20.4819;RBI=0.00868078;REFB=-0.0364369;REVB=0.00637591;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155247;STB=0.57133;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0243947;OID=.;OPOS=248028032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:13:14:0.56:6:7:8:3:6:8:8:3 chr1 248028219 . G A 123.27 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000898581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.312;QD=37.928;RBI=0.0332486;REFB=-0.0756041;REVB=0.0332364;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000723101;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr1 248039451 . C T 222.81 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0049618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.908;QD=18.9624;RBI=0.00969138;REFB=0.000558025;REVB=-0.00832487;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587971;STB=0.525141;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.000938569;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:7:15:15:9:7:15:16:9 chr1 248039713 . A G 664.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2432;QD=60.3884;RBI=0.0434875;REFB=0;REVB=0.0107925;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661135;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:22:22:0:0 chr1 248059423 . C T 383.3 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0189776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.085;QD=22.8838;RBI=0.019231;REFB=-0.0134867;REVB=-0.00311142;RO=29;SAF=31;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42698;STB=0.737282;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0265701;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:7:31:10:19:7:31:10:19 chr1 248059456 . G A 549.63 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=43;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0224014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6653;QD=23.8969;RBI=0.0394325;REFB=0.00145176;REVB=0.0324514;RO=38;SAF=43;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435987;STB=0.750284;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00146972;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:41:51:51:0.554348:8:43:15:23:8:43:16:25 chr1 248059476 . A C 573.81 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=107;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0226264;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4513;QD=21.8595;RBI=0.0421644;REFB=-0.0155412;REVB=-0.0355793;RO=46;SAF=46;SAR=11;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363026;STB=0.707807;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0186014;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:46:47:57:58:0.552381:11:46:20:26:11:47:20:27 chr1 248059703 . T A 177.15 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0213041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.14;QD=13.1225;RBI=0.0244309;REFB=-0.0205276;REVB=-0.0119584;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252796;STB=0.653196;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0438207;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:13:8:20:12:14:8:20:12 chr1 248059712 . T C 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.029911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.162;QD=13.773;RBI=0.0301572;REFB=-0.00100284;REVB=0.00384591;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239618;STB=0.627781;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000760781;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:12:8:19:11:12:8:19:12 chr1 248059856 . T C 501.75 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0441639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5618;QD=22.3001;RBI=0.0496146;REFB=0.00709139;REVB=-0.0226088;RO=42;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201644;STB=0.511106;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00698252;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:24:24:20:22:24:24:20:22 chr1 248060029 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.682;QD=51.1846;RBI=0.0401562;REFB=0;REVB=0.0124268;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165986;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr1 248060037 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0651654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4666;QD=10.1731;RBI=0.0701685;REFB=-0.0030268;REVB=0.0260209;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00347148;OID=.;OPOS=248060037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr1 248060279 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00792859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8949;QD=6.81319;RBI=0.00898403;REFB=-0.00836485;REVB=0.00422495;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435122;STB=0.772481;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0225252;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:13:6:5:2:13:6 chr1 248060380 . C G 356.37 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0237748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4046;QD=24.5772;RBI=0.0284357;REFB=-0.013835;REVB=0.0155996;RO=23;SAF=24;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835637;STB=0.504585;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0168114;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:11:24:16:7:11:24:16:7 chr1 248084434 . G A 458.97 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00575549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.354;QD=20.8621;RBI=0.0174822;REFB=0.00101664;REVB=0.0165077;RO=43;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200764;STB=0.511106;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00119411;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:22:23:21:22:22:23:21:22 chr1 248084464 . T C 981.86 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0126616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.203;QD=51.677;RBI=0.0152721;REFB=-0.0191102;REVB=0.00853936;RO=6;SAF=31;SAR=39;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336082;STB=0.517825;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00201253;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:76:76:6:6:70:70:0.921053:39:31:4:2:39:31:4:2 chr1 248084511 . T C 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0309994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.66;QD=2.99308;RBI=0.0321661;REFB=-0.00223697;REVB=0.00858438;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255972;STB=0.685957;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0121628;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:2:4:17:21:2:4:17:21 chr1 248085108 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0496402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3686;QD=17.7309;RBI=0.0542134;REFB=-0.000928873;REVB=-0.021793;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18715;STB=0.594481;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00115054;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:6:11:8:10:6:11:9:10 chr1 248085124 . G A 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00150554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.791;QD=17.4259;RBI=0.060362;REFB=-0.00330127;REVB=-0.0603432;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129043;STB=0.57349;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00199527;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:14:9:10:9:14:9 chr1 248085149 . C G 165.03 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0451264;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.454;QD=13.4715;RBI=0.108293;REFB=-0.0250986;REVB=0.0984429;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169465;STB=0.585491;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0412787;OID=.;OPOS=248085149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:31:18:18:0.367347:10:8:17:11:10:8:18:13 chr1 248112627 . T C 364.64 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0202296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.506;QD=12.4662;RBI=0.0203998;REFB=-0.00452757;REVB=0.00262933;RO=73;SAF=24;SAR=20;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872322;STB=0.549667;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00723232;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:73:44:44:0.376068:20:24:34:39:20:24:34:39 chr1 248112745 . G T 426.45 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00897377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.151;QD=27.5127;RBI=0.0162098;REFB=-0.0305846;REVB=-0.0134992;RO=22;SAF=15;SAR=25;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846587;STB=0.546195;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0174446;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:25:15:11:11:25:15:11:11 chr1 248112754 . T C 142.41 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00869246;FXX=0.0476115;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.017;QD=9.49379;RBI=0.022969;REFB=-0.00571944;REVB=-0.0212607;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202977;STB=0.626813;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00807286;OID=.;OPOS=248112754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:41:19:19:0.316667:8:11:16:24:8:11:16:25 chr1 248112762 . TG CA 426.88 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00610216;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.016;QD=27.5408;RBI=0.0159924;REFB=-0.00860478;REVB=-0.0147825;RO=20;SAF=20;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00264354;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:22:40:40:0.645161:20:20:11:9:20:20:11:11 chr1 248112771 . C T 486.24 PASS AF=0.6875;AO=41;DP=61;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0102004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.763;QD=30.3901;RBI=0.0323584;REFB=-0.0304023;REVB=0.0307086;RO=18;SAF=20;SAR=21;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380884;STB=0.514279;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0133642;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:18:20:41:44:0.6875:21:20:10:8:24:20:10:10 chr1 248112794 . G C 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0127467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.06;QD=3.13403;RBI=0.0152803;REFB=-0.00403921;REVB=-0.00842684;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34799;STB=0.734212;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0574597;OID=.;OPOS=248112794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:51:53:9:9:0.145161:3:6:19:32:3:6:20:33 chr1 248112809 . A G 717.54 PASS AF=0.887097;AO=55;DP=62;FAO=55;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00609614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.949;QD=46.2928;RBI=0.0087208;REFB=-0.0116742;REVB=-0.00623614;RO=7;SAF=20;SAR=35;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017934;STB=0.509551;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00162716;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:7:7:55:55:0.887097:35:20:2:5:35:20:2:5 chr1 248112836 . A G 708.34 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0408456;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9518;QD=59.0282;RBI=0.0554823;REFB=-0.0950316;REVB=0.0375489;RO=2;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293708;STB=0.515618;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00318428;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:48:2:2:46:46:0.958333:31:15:0:2:31:15:0:2 chr1 248112915 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0483228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.626;QD=12.8686;RBI=0.0484211;REFB=-0.00677063;REVB=-0.00308347;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292487;STB=0.517211;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0042619;OID=.;OPOS=248112915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:4:12:8:3:4:12 chr1 248113026 . T A 802.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.944;QD=64.2275;RBI=0.0391313;REFB=0;REVB=0.0264648;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.369e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:28:20:0:0:30:20:0:0 chr1 248113040 . A G 746.43 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5124;QD=63.5261;RBI=0.017788;REFB=0;REVB=0.0154397;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293488;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:27:19:0:1:28:19:0:0 chr1 248128929 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0304646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.36;QD=24.204;RBI=0.038241;REFB=-0.0265587;REVB=-0.0231145;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481926;STB=0.526996;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0188094;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:4:8:13:5:4:8 chr1 248129240 . G A 262.52 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00995226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6293;QD=15.0012;RBI=0.010347;REFB=-0.00309845;REVB=0.00283064;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117691;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00460067;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:18:22:13:17:18:22 chr1 248202344 . G C 302.38 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=-0.0952692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2421;QD=18.0528;RBI=0.0959057;REFB=-0.0129535;REVB=0.0110308;RO=33;SAF=10;SAR=22;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185441;STB=0.601102;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0160226;OID=.;OPOS=248202344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:32:33:0.492537:22:10:5:28:23:10:5:29 chr1 248224099 . T C 192.91 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0145069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.201;QD=14.8393;RBI=0.0342636;REFB=-0.0123035;REVB=0.031041;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213502;STB=0.512184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0125037;OID=.;OPOS=248224099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:9:21:15:7:9:21 chr1 248224216 . C T 113.75 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0446621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7781;QD=7.98275;RBI=0.068698;REFB=0.000324226;REVB=-0.0521988;RO=40;SAF=6;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319693;STB=0.711055;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00334522;OID=.;OPOS=248224216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:15:16:0.280702:9:6:27:13:10:6:28:13 chr1 248224294 . C T 91.61 PASS AF=0.208333;AO=16;DP=74;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0281528;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.321;QD=5.08928;RBI=0.0281817;REFB=-0.00263591;REVB=-0.00127706;RO=57;SAF=7;SAR=9;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152942;STB=0.547072;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00785698;OID=.;OPOS=248224294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:74:72:57:57:16:15:0.208333:9:7:32:25:8:7:30:27 chr1 248224398 . A G 94.35 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.0146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.268;QD=3.66396;RBI=0.0146112;REFB=-0.00439253;REVB=-0.000572893;RO=85;SAF=5;SAR=12;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161147;STB=0.603646;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0308533;OID=.;OPOS=248224398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:103:103:85:86:17:17:0.165049:12:5:35:50:12:5:35:51 chr1 248262834 . C T 908.84 PASS AF=0.689655;AO=78;DP=114;FAO=80;FDP=116;FR=.;FRO=36;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0516062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2996;QD=31.3394;RBI=0.0668789;REFB=-0.0366544;REVB=0.0425393;RO=33;SAF=49;SAR=29;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166374;STB=0.575202;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0205758;OID=.;OPOS=248262834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:33:36:78:80:0.689655:29:49:11:22:30:50:14:22 chr1 248264018 . C T 587.54 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.0643502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.297;QD=20.4363;RBI=0.0645278;REFB=-0.0197216;REVB=0.00478367;RO=54;SAF=28;SAR=32;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202681;STB=0.614642;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00899939;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:55:60:60:0.521739:32:28:38:16:32:28:39:16 chr1 248285441 . G T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0340368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.179;QD=16.7844;RBI=0.0371592;REFB=-0.0175194;REVB=0.0149098;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131077;STB=0.501113;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0162185;OID=.;OPOS=248285441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:14:15:17:15:14:15:17:16 chr1 248285487 . A G 319.19 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0043829;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.877;QD=15.5702;RBI=0.00799343;REFB=-0.0215001;REVB=-0.0066847;RO=46;SAF=23;SAR=11;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188811;STB=0.607079;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0205575;OID=.;OPOS=248285487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:34:35:0.426829:11:23:23:23:11:24:24:23 chr1 248309363 . T A 131.83 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.010756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4456;QD=14.6478;RBI=0.101776;REFB=-0.0214333;REVB=-0.101207;RO=21;SAF=1;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533082;STB=0.822958;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0286515;OID=.;OPOS=248309363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:14:1:8:13:14:1:8:13 chr1 248343543 . C T 1478.04 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0462438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0991;QD=56.3062;RBI=0.0600543;REFB=-0.00293286;REVB=0.0383148;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998794;STB=0.515461;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00053105;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:1:3:102:102:0.971429:55:47:1:0:55:47:3:0 chr1 248343945 . C G 2105.82 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0073881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.34;QD=61.9358;RBI=0.0462821;REFB=-0.0373725;REVB=0.0456886;RO=0;SAF=54;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87219e-08;STB=0.503105;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000249434;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:136:0:1:134:135:0.992647:80:54:0:0:80:55:0:1 chr1 248343990 . T C 2177.87 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.38;QD=63.1268;RBI=0.0441232;REFB=0;REVB=0.0191136;RO=0;SAF=55;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61664e-05;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:83:55:0:0:83:55:0:0 chr1 248366702 . G A 1968.05 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.22;QD=61.9859;RBI=0.0507426;REFB=0;REVB=0.0214596;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128581;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:127:0:0:119:127:1:61:58:0:0:64:63:0:0 chr1 248402758 . C T 1156.34 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.699;QD=59.2996;RBI=0.0308046;REFB=0;REVB=0.0288231;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83889e-05;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:70:78:1:40:30:0:0:42:36:0:0 chr1 248436611 . G A 263.18 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00104126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.523;QD=47.8512;RBI=0.0340371;REFB=-0.0787187;REVB=0.0340211;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00489331;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:10:10:1:0:11:10:1:0 chr1 248436616 . A G 240.24 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00826792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.371;QD=43.6807;RBI=0.0202567;REFB=-0.000533634;REVB=0.0184925;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206776;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:10:10:1:1:10:10:1:1 chr1 248436805 . T G 254.43 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.666;QD=50.8865;RBI=0.0289925;REFB=0;REVB=0.0286994;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62916e-05;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 248457979 . C A 1283.42 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.992;QD=61.8514;RBI=0.0224986;REFB=0;REVB=0.0220466;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40466e-05;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:39:44:0:0 chr1 248458676 . T C 589.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.194;QD=60.4587;RBI=0.055942;REFB=0;REVB=0.0494701;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149806;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:27:12:0:0 chr1 248458689 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.194;QD=57.1775;RBI=0.0167847;REFB=0;REVB=0.00034188;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07403e-05;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr1 248458717 . C G 923.31 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354368;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2656;QD=58.6228;RBI=0.0355829;REFB=0;REVB=-0.035406;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190402;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:44:19:0:0:44:19:0:0 chr1 248487300 . C T 2223.04 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.896;QD=62.621;RBI=0.0782624;REFB=0;REVB=0.0779813;RO=1;SAF=74;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748644;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855344;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:142:1:0:137:142:1:63:74:0:1:68:74:0:0 chr1 248487338 . C A 2379.6 PASS AF=0.993671;AO=155;DP=157;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00601273;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.349;QD=60.243;RBI=0.0310375;REFB=-0.0306372;REVB=0.0304496;RO=0;SAF=79;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51355e-08;STB=0.503067;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0005129;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:158:0:1:155:157:0.993671:76:79:0:0:76:81:1:0 chr1 248487638 . A G 2172.65 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000283014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.253;QD=62.0756;RBI=0.0146587;REFB=0.0370358;REVB=0.0146559;RO=1;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694049;STB=0.503597;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000188918;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:1:1:138:139:0.992857:68:70:0:1:69:70:0:1 chr1 248487768 . A G 742.49 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0319016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.6936;QD=53.0349;RBI=0.0471774;REFB=-0.042226;REVB=-0.0347562;RO=1;SAF=42;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110913;STB=0.511624;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000736783;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:12:42:1:0:12:42:2:0 chr1 248512094 . C T 1557.37 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.398;QD=58.7686;RBI=0.0198583;REFB=-0.153993;REVB=0.00065154;RO=0;SAF=71;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000277225;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:34:71:0:0:34:71:1:0 chr1 248512637 . C T 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.406;QD=62.611;RBI=0.0279956;REFB=0;REVB=0.0276905;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85782e-05;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr1 248512749 . G A 709.42 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.002613;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.793;QD=60.3758;RBI=0.0270473;REFB=-0.108523;REVB=0.0269207;RO=1;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144681;STB=0.507689;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000772657;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:47:1:1:46:46:0.978723:32:14:0:1:32:14:0:1 chr1 248512767 . G T 625.35 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294282;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8865;QD=61.0098;RBI=0.029429;REFB=0;REVB=-0.000211775;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744724;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:32:8:0:0:32:9:0:0 chr1 248525135 . G A 42.7 PASS AF=0.0844156;AO=13;DP=155;FAO=13;FDP=154;FR=.;FRO=141;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=-0.0529354;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.503;QD=1.10903;RBI=0.0569396;REFB=-0.00622088;REVB=-0.0209753;RO=128;SAF=9;SAR=4;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267784;STB=0.675183;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0552164;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:155:154:128:141:13:13:0.0844156:4:9:59:69:4:9:71:70 chr1 248525138 . C T 36.66 PASS AF=0.0774194;AO=12;DP=155;FAO=12;FDP=155;FR=.;FRO=143;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=-0.00724721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.625;QD=0.945983;RBI=0.0197217;REFB=-0.00198648;REVB=-0.0183418;RO=142;SAF=8;SAR=4;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179778;STB=0.646042;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0195247;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:155:155:142:143:12:12:0.0774194:4:8:72:70:4:8:73:70 chr1 248525638 . CA C 976.47 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287761;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.47;QD=58.2969;RBI=0.0426807;REFB=0;REVB=0.0315211;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000139825;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:68:67:67:0:35:32:0:0:5:0:33:32:0:0 chr1 248550970 . A G 1163.29 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00905044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.441;QD=58.1647;RBI=0.0123048;REFB=0.00645186;REVB=0.00833659;RO=2;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248962;STB=0.513155;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000174594;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:37:41:0:2:37:41:0:2 chr1 248550976 . T G 1188.96 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.068;QD=59.4481;RBI=0.0394176;REFB=-0.0493321;REVB=0.0331457;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00033139;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:80:1:1:76:79:0.9875:39:37:1:0:39:40:1:0 chr1 248551203 . T C 372.66 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6549;QD=55.2088;RBI=0.126932;REFB=0;REVB=0.0288527;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243987;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:24:27:1:11:13:0:0:12:15:0:0 chr1 248551560 . C T 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00325539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5899;QD=56.006;RBI=0.0279538;REFB=-0.0114305;REVB=0.0277636;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00402341;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:31:29:0:0:31:29:1:0 chr1 248551636 . T G 1237.05 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0325071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.101;QD=56.876;RBI=0.0353869;REFB=-0.03667;REVB=0.0139831;RO=2;SAF=36;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300365;STB=0.514739;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000905893;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:87:87:2:4:83:83:0.954023:47:36:1:1:47:36:3:1 chr1 248616401 . G A 418.71 PASS AF=0.205202;AO=70;DP=349;FAO=71;FDP=346;FR=.;FRO=275;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=120;FSRR=155;FWDB=-0.00462251;FXX=0.0114282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.824;QD=4.84059;RBI=0.00524309;REFB=-0.0033481;REVB=0.00247435;RO=272;SAF=34;SAR=36;SRF=117;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720191;STB=0.545034;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0141278;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:346:272:275:70:71:0.205202:36:34:117:155:36:35:120:155 chr1 248616408 . C T 423.15 PASS AF=0.207602;AO=71;DP=342;FAO=71;FDP=342;FR=.;FRO=271;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=121;FSRR=150;FWDB=0.0166555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9603;QD=4.94909;RBI=0.0274214;REFB=0.0029415;REVB=-0.0217836;RO=270;SAF=35;SAR=36;SRF=121;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578303;STB=0.536853;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0129398;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:270:271:71:71:0.207602:36:35:121:149:36:35:121:150 chr1 248637046 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.034269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.066;QD=11.104;RBI=0.0346843;REFB=-0.00817835;REVB=-0.00535106;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130818;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0179774;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:3:7:4:3:3:7 chr1 248637362 . C T 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0286332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0032;QD=11.6857;RBI=0.0305581;REFB=-0.00987771;REVB=-0.0106743;RO=55;SAF=11;SAR=19;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221154;STB=0.627767;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0200947;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:19:11:31:24:19:11:31:24 chr1 248637416 . GC CT 399.46 PASS AF=0.355556;AO=48;DP=135;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00904926;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.672;QD=11.8358;RBI=0.018331;REFB=-0.010522;REVB=-0.0159416;RO=86;SAF=15;SAR=33;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220615;STB=0.630653;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0247357;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:87:48:48:0.355556:33:15:43:43:33:15:44:43 chr1 248637543 . C T 452.64 PASS AF=0.322222;AO=58;DP=180;FAO=58;FDP=180;FR=.;FRO=122;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=78;FSRR=44;FWDB=-0.00835216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.485;QD=10.0587;RBI=0.0168956;REFB=-0.0124095;REVB=0.0146868;RO=120;SAF=38;SAR=20;SRF=76;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279292;STB=0.51178;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0244658;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:120:122:58:58:0.322222:20:38:76:44:20:38:78:44 chr1 248685253 . T C 738.21 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00630348;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.064;QD=61.5174;RBI=0.0233216;REFB=-0.0855398;REVB=0.0224535;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024107;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000153282;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:48:1:1:47:47:0.979167:19:28:0:1:19:28:0:1 chr1 248722777 . T A 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00063775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5417;QD=15.8805;RBI=0.0226655;REFB=-0.0123126;REVB=0.0226565;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0132843;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:6:4:3:7:6:4 chr1 248737329 . C T 304.21 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=33;FWDB=-0.00350812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7171;QD=17.3832;RBI=0.0314432;REFB=-0.0218624;REVB=0.0312469;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=4;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341243;STB=0.680284;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00640259;OID=.;OPOS=248737329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:37:32:33:0.471429:18:14:4:33:19:14:4:33 chr1 248737343 . C T 83.82 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=52;FWDB=0.0179569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.819;QD=3.85392;RBI=0.0358229;REFB=-0.0104801;REVB=-0.0309972;RO=70;SAF=2;SAR=13;SRF=19;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264227;STB=0.687204;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0428592;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:70:72:15:15:0.172414:13:2:19:51:13:2:20:52 chr1 248737348 . G A 82.58 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=55;FWDB=-0.0355319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5681;QD=3.6702;RBI=0.0404111;REFB=0.00370191;REVB=0.0192495;RO=75;SAF=2;SAR=13;SRF=20;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25644;STB=0.677445;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0225379;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:90:75:75:15:15:0.166667:13:2:20:55:13:2:20:55 chr1 248737454 . A G 116.54 PASS AF=0.186916;AO=20;DP=107;FAO=20;FDP=107;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.00556497;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.769;QD=4.35652;RBI=0.00561165;REFB=-0.00798356;REVB=0.000722252;RO=86;SAF=14;SAR=6;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400221;STB=0.755515;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0511363;OID=.;OPOS=248737454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:86:87:20:20:0.186916:6:14:32:54:6:14:32:55 chr1 248789504 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.288;QD=60.9786;RBI=0.0374759;REFB=0;REVB=0.00524803;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010099;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 248790017 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0355385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.6;QD=11.0198;RBI=0.036177;REFB=0.00742126;REVB=-0.00676716;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0064933;OID=.;OPOS=248790017;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:5:1:3:4:5:1:3:5 chr1 248790075 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.693;QD=50.4127;RBI=0.0383428;REFB=0;REVB=0.0234507;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062533;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 248801592 . C T 554.61 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.006;QD=55.4612;RBI=0.0474064;REFB=-0.0335448;REVB=0.0441612;RO=2;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407079;STB=0.521728;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000916991;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:22:16:0:2:22:16:0:2 chr1 248801602 . T A,TCA 506.04 PASS AF=0,0.95;AO=4,32;DP=39;FAO=0,38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=0,16;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000289975,0.0377536;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=95.1287,160.78;QD=50.6044;RBI=0.0142629,0.0583213;REFB=-0.0713148,-0.118193;REVB=-0.01426,0.0444527;RO=2;SAF=0,15;SAR=4,17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.051808;STB=0.5,0.521728;STBP=1,0.303;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00614733;OID=.,.;OPOS=248801602,248801603;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:39:40:2:2:4,32:0,38:0,0.95:4,17:0,15:0:2:0,22:0,16:0:2 chr1 248801610 . GC AT 600.75 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295706;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.727;QD=61.6158;RBI=0.0769812;REFB=0;REVB=0.0710752;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000793933;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr1 248801633 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.403;QD=61.3364;RBI=0.06538;REFB=0;REVB=-0.0144337;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56024e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr1 248801897 . G A 224.58 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00891961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6428;QD=17.614;RBI=0.018109;REFB=0.0608178;REVB=0.01576;RO=27;SAF=5;SAR=19;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194481;STB=0.510993;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.067122;OID=.;OPOS=248801897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:19:5:6:21:19:5:6:21 chr1 248801944 . TCAGCACG T 98.21 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.025495;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=7;MLLD=274.115;QD=12.6729;RBI=0.0255406;REFB=-0.00705146;REVB=-0.0015249;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166159;STB=0.509788;STBP=0.99;TYPE=del;VARB=0.0101082;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:12:32:12:31:19:2:10:3:16:98:19:2:10:3:16 chr1 248814052 . T A 637.55 PASS AF=0.8;AO=52;DP=65;FAO=52;FDP=65;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00571489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.576;QD=39.234;RBI=0.031516;REFB=-0.00303497;REVB=0.0309936;RO=13;SAF=17;SAR=35;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866248;STB=0.546501;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000914917;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:13:13:52:52:0.8:35:17:7:6:35:17:7:6 chr1 248814080 . A C 954.45 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00882201;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.744;QD=52.2986;RBI=0.0200136;REFB=-0.184125;REVB=0.0179642;RO=3;SAF=22;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601923;STB=0.536312;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00142108;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:73:3:5:68:68:0.931507:46:22:3:0:46:22:4:1 chr1 248814126 . G A 375.35 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.021974;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8972;QD=27.2981;RBI=0.0219974;REFB=-0.0572859;REVB=0.00101379;RO=18;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450333;STB=0.53844;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0202111;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:19:35:36:0.654545:20:15:9:9:21:15:10:9 chr1 248845097 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.541;QD=46.848;RBI=0.00852243;REFB=0;REVB=0.00827856;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5627e-05;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 248845411 . G A 1243.75 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.208;QD=59.226;RBI=0.0400642;REFB=-0.0770417;REVB=0.0119232;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.506171;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000177946;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:42:40:1:0:43:40:1:0 chr1 248845458 . C T 972.18 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327117;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4091;QD=58.9202;RBI=0.056727;REFB=0;REVB=0.0463454;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190342;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr1 248845471 . T C 905.93 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.217;QD=56.6205;RBI=0.0173442;REFB=0.0817553;REVB=0.0129911;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=4.1374e-06;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:30:33:1:0:30:33:1:0 chr1 248845499 . A G 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.367;QD=63.2782;RBI=0.0620048;REFB=0;REVB=0.0161485;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501218;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr1 249168516 . A G 984.48 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9529;QD=57.9109;RBI=0.1014;REFB=0;REVB=-0.0763049;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165747;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235272;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:1:0:66:68:1:38:28:1:0:38:30:0:0 chr1 249213463 . TT AC 84.28 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=102.425;QD=11.6253;RBI=0.0414317;REFB=0.00890618;REVB=0.0414317;RO=18;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.016983;OID=.;OPOS=249213463;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:29:18:18:10:11:0.37931:10:0:0:18:11:0:0:18 chr2 45521 . T G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0568738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.504;QD=11.9535;RBI=0.05688;REFB=-0.00439415;REVB=-0.000836325;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380618;STB=0.729141;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0102076;OID=.;OPOS=45521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:4:7:2:6:4:7 chr2 224919 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.446;QD=56.9355;RBI=0.026354;REFB=0;REVB=0.0177694;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148405;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr2 242793 . G C 195.38 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273734;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4931;QD=48.844;RBI=0.0286244;REFB=0;REVB=-0.00837001;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140435;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr2 264019 . C A 628.02 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125481;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.636;QD=55.8243;RBI=0.12555;REFB=-0.139515;REVB=0.00414877;RO=4;SAF=14;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238457;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:4:0:40:45:1:26:14:4:0:27:18:0:0 chr2 272203 . C T 2225.28 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0188121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2819;QD=61.8133;RBI=0.0188624;REFB=-0.100233;REVB=-0.00137578;RO=1;SAF=42;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111852;STB=0.503394;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0008625;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:144:1:2:141:142:0.986111:99:42:1:0:100:42:1:1 chr2 277003 . A G 742.74 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0505297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.111;QD=53.0525;RBI=0.0509567;REFB=0.0295246;REVB=0.00658275;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012472;STB=0.500662;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00106498;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:26:28:1:1:26:28:1:1 chr2 676177 . C G 476.88 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0125695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.303;QD=24.7732;RBI=0.026838;REFB=-0.00875389;REVB=0.0237126;RO=32;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369657;STB=0.520229;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00816232;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:19:26:20:12:19:26:20:12 chr2 1079320 . C T 480.76 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0116106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7042;QD=20.2426;RBI=0.0320696;REFB=-0.00946272;REVB=-0.0298941;RO=47;SAF=19;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783261;STB=0.549249;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0107717;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:48:47:47:0.494737:28:19:23:24:28:19:24:24 chr2 1099076 . TA CT,TC 171.63 PASS AF=0,0.328358;AO=4,8;DP=75;FAO=0,22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=0,13;FSAR=0,9;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00703358,-0.00277337;FXX=0.21174;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=114.529,80.8158;QD=10.2468;RBI=0.0322158,0.0127872;REFB=-0.00483536,-0.00455582;REVB=-0.0314386,0.0124828;RO=7;SAF=2,7;SAR=2,1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539327,-0.29599;STB=0.5,0.537662;STBP=1,0.686;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0351787,0.0138262;OID=.,.;OPOS=1099076,1099077;OREF=TA,A;OALT=CT,C;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:67:7:45:4,8:0,22:0,0.328358:2,1:2,7:7:0:0,9:0,13:29:16 chr2 1320143 . C T 292.35 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0157281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7028;QD=12.3093;RBI=0.0262426;REFB=-0.0218838;REVB=-0.0210071;RO=57;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104593;STB=0.520293;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0461026;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:61:34:34:0.357895:20:14:24:33:20:14:27:34 chr2 1497803 . C T 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00468418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.55;QD=26.6163;RBI=0.00478954;REFB=-0.0297358;REVB=0.000999034;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741615;STB=0.549262;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0226655;OID=.;OPOS=1497803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:16:13:7:13:16:13:7:14 chr2 1499899 . C T 121.25 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00476642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.152;QD=6.92848;RBI=0.00675763;REFB=-0.00338435;REVB=-0.00479028;RO=50;SAF=6;SAR=12;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870669;STB=0.556636;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00727396;OID=.;OPOS=1499899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:50:52:18:18:0.257143:12:6:20:30:12:6:21:31 chr2 1499927 . A C 143.41 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.00503085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.311;QD=8.43608;RBI=0.0054706;REFB=-0.0180952;REVB=0.00214895;RO=48;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111318;STB=0.565974;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0536877;OID=.;OPOS=1499927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:12:8:15:33:12:8:15:33 chr2 1520676 . T C 201.49 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0165231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5999;QD=13.8959;RBI=0.0354878;REFB=-0.0299108;REVB=-0.0314066;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254166;STB=0.616382;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0210454;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:34:24:24:0.413793:10:14:10:21:10:14:13:21 chr2 1544617 . G A 270.41 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0102176;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.755;QD=16.3887;RBI=0.0119716;REFB=-0.00726425;REVB=0.00623857;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268955;STB=0.515141;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.011052;OID=.;OPOS=1544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:17:19:15:15:17:19 chr2 1637648 . T C 654.4 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122016;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.246;QD=62.3234;RBI=0.0228389;REFB=0;REVB=0.0193063;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126736;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:20:22:0:0 chr2 1647171 . T C 822.01 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133207;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.698;QD=57.6849;RBI=0.0279278;REFB=0;REVB=0.0245463;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198188;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr2 1652822 . T G 1476.06 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168855;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.073;QD=63.4865;RBI=0.00630114;REFB=0;REVB=0.00607068;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16674e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr2 1664654 . A G 1453.0 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.613;QD=63.174;RBI=0.0539282;REFB=0;REVB=0.0536689;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130465;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr2 1842968 . T C 1226.12 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.478;QD=61.3058;RBI=0.0386236;REFB=0;REVB=0.0272841;RO=0;SAF=23;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47315e-05;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:56:23:0:0:56:24:0:0 chr2 1926437 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.158;QD=56.1916;RBI=0.03345;REFB=0;REVB=0.0317471;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82746e-05;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr2 1946914 . A G 619.51 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.067;QD=60.4401;RBI=0.0379158;REFB=0;REVB=0.0210592;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305397;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr2 1946968 . C T 888.54 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0590368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7229;QD=56.4152;RBI=0.0590599;REFB=-0.158539;REVB=0.00165314;RO=2;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000491064;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00414987;OID=.;OPOS=1946968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:2:1:61:62:0.984127:30:31:1:1:31:31:1:0 chr2 3212704 . C A 152.62 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00383178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.713;QD=40.6981;RBI=0.031547;REFB=-0.172704;REVB=0.0313134;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00371897;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:1:0:6:8:1:0 chr2 3356995 . G A 255.59 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0478375;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2639;QD=15.2589;RBI=0.0596111;REFB=0.0121229;REVB=0.0355677;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435988;STB=0.524674;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0109942;OID=.;OPOS=3356995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:18:20:14:15:18:20 chr2 3392513 . TT CA 228.99 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0129487;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=2;MLLD=128.921;QD=21.3014;RBI=0.035031;REFB=0.00124174;REVB=-0.03255;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168711;STB=0.595594;STBP=0.25;TYPE=mnp;VARB=-0.0015683;OID=.;OPOS=3392513;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:17:5:8:13:17:5:8:13 chr2 3425514 . G C 532.13 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0300361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.241;QD=25.6448;RBI=0.0303103;REFB=0.0136329;REVB=-0.00406778;RO=32;SAF=21;SAR=28;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974206;STB=0.553611;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0083669;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:32:34:49:49:0.590361:28:21:18:14:28:21:19:15 chr2 3481531 . T C 227.54 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0582654;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9755;QD=20.6856;RBI=0.0719843;REFB=-0.0449191;REVB=0.0422715;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238718;STB=0.634027;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.04935;OID=.;OPOS=3481531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:13:9:15:7:13:9:15:7 chr2 3488502 . A G 330.82 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.000963879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.935;QD=15.9432;RBI=0.00684587;REFB=-0.0206345;REVB=0.00677767;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144894;STB=0.581459;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0290072;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:19:17:29:18:19:17:29:18 chr2 3504619 . G A 367.36 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-4.45318e-05;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5344;QD=19.0835;RBI=0.0217864;REFB=-0.00592704;REVB=0.0217864;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1951;STB=0.568928;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0126564;OID=.;OPOS=3504619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:29:34:33:35:0.454545:19:14:6:23:20:15:10:24 chr2 3504687 . A G 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0159331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.513;QD=17.433;RBI=0.0171267;REFB=-0.0118544;REVB=-0.00628192;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130864;STB=0.573367;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0122416;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:23:14:22:21:23:14:22:21 chr2 3605468 . A G 127.69 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.102093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.719;QD=11.8784;RBI=0.102096;REFB=-0.00525466;REVB=-0.000746626;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.610964;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0211941;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:9:6:15:12:9:6:16:12 chr2 3652616 . G C 600.22 PASS AF=0.437086;AO=65;DP=151;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0282559;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.855;QD=15.8999;RBI=0.0285582;REFB=-0.0258174;REVB=-0.00414423;RO=85;SAF=39;SAR=26;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852524;STB=0.541986;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0333485;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:85:85:65:66:0.437086:26:39:44:41:27:39:44:41 chr2 3653844 . T C 201.63 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0126337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.326;QD=22.4031;RBI=0.0332247;REFB=-0.0312259;REVB=0.030729;RO=16;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466319;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321246;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:15:4:4:12:15:5:4:12 chr2 3673648 . G A 118.29 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0268201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7471;QD=12.7884;RBI=0.0269;REFB=-0.0150552;REVB=0.00207164;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027518;STB=0.516106;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0549111;OID=.;OPOS=3673648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:2:12:20:3:2:12:20:3 chr2 3688880 . T C 204.44 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.031261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0256;QD=22.7158;RBI=0.0351684;REFB=-0.0282835;REVB=0.0161109;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217628;STB=0.628894;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0208357;OID=.;OPOS=3688880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:14:5:8:8:15:5:8:8 chr2 3721729 . A G 339.85 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0201818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3029;QD=15.4478;RBI=0.0204598;REFB=-0.0112801;REVB=-0.00336128;RO=50;SAF=24;SAR=13;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956087;STB=0.561005;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0156591;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:37:37:0.420455:13:24:28:22:13:24:28:23 chr2 3749151 . GGAAGAAGAAGC GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC 373.96 PASS AF=0.12987,0.519481;AO=11,32;DP=80;FAO=10,40;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=0,20;FSAR=10,20;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0282785,-0.00640901;FXX=0.0722804;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=20.0421,188.871;QD=19.4265;RBI=0.150167,0.0201931;REFB=-0.0745816,-0.0146201;REVB=-0.14748,0.0191491;RO=19;SAF=0,16;SAR=11,16;SRF=13;SRR=6;SSEN=0.455837,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819145,-0.125284;STB=0.998973,0.567131;STBP=0,0.203;TYPE=del,del;VARB=0.0444319,0.0151802;OID=.,.;OPOS=3749162,3749152;OREF=C,GAA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12987,0.519481:11,32:80:10,40:77:27:0,20:10,20:18:9:99:19:0,16:11,16:13:6 chr2 3800383 . C T 1434.26 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.7;QD=63.0446;RBI=0.0386451;REFB=0;REVB=-0.0350591;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97202e-05;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr2 3826387 . T C 563.04 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4385;QD=57.7479;RBI=0.077588;REFB=-0.059378;REVB=0.0539619;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00385468;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr2 5834435 . CTTTTTTT CCTTTTTT,CTTTTTTC,CTTTTTT 138.5 PASS AF=0,0,0.435484;AO=4,4,17;DP=62;FAO=0,0,27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.110708,0.0369166,0.20272;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=20.2033,77.3093,12.7828;QD=8.93535;RBI=0.111301,0.0458492,0.204337;REFB=-0.0327511,0.00232591,-0.0253994;REVB=0.0114738,-0.0271904,0.025658;RO=32;SAF=1,1,8;SAR=3,3,9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.189641,-0.189641,0.0720787;STB=0.5,0.5,0.525529;STBP=1,1,0.74;TYPE=snp,snp,del;VARB=0,0.0367565,0.0576038;OID=.,.,.;OPOS=5834436,5834442,5834436;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCTTTTTT,CTTTTTTC,CTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.435484:4,4,17:62:0,0,27:62:35:0,0,12:0,0,15:14:21:99:32:1,1,8:3,3,9:13:19 chr2 5837271 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.012229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.67;QD=11.1041;RBI=0.012229;REFB=-0.00382142;REVB=0;RO=9;SAF=7;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00504866;OID=.;OPOS=5837271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:0:7:9:0:0:7:10:0 chr2 5838030 . G A 157.36 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.072385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.915;QD=18.5125;RBI=0.0724846;REFB=-0.0100565;REVB=-0.00379834;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698884;STB=0.511099;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00962666;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:16:18:0.529412:12:4:5:11:12:6:5:11 chr2 5839686 . A G 196.88 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00461958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9574;QD=12.91;RBI=0.0143812;REFB=-0.0133313;REVB=0.0136191;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112232;STB=0.56465;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0175893;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:8:16:21:16:8:16:21:16 chr2 7018021 . G A 346.07 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0391691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.872;QD=24.7194;RBI=0.0436377;REFB=-0.0196279;REVB=0.0192363;RO=21;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120443;STB=0.517231;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0129371;OID=.;OPOS=7018021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:14:20:12:9:14:20:12:10 chr2 7137067 . A G 1716.67 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018674;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.724;QD=58.6895;RBI=0.0201928;REFB=0.11782;REVB=0.00768306;RO=1;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095921;STB=0.501291;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.000307606;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:117:1:2:114:115:0.982906:49:65:0:1:49:66:1:1 chr2 7154632 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.592;QD=59.5015;RBI=0.0383325;REFB=0;REVB=0.0330329;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74529e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr2 7208422 . T C 727.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.84;QD=63.2566;RBI=0.0599138;REFB=0;REVB=0.0590086;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154589;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:30:15:0:0:31:15:0:0 chr2 8871342 . C A 75.15 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0129632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.514;QD=11.1328;RBI=0.013684;REFB=-0.0101914;REVB=0.00438273;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191932;STB=0.615758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0188753;OID=.;OPOS=8871342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:9:8:3:7:9:8 chr2 9491017 . C T 1427.22 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0518489;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4938;QD=60.7329;RBI=0.0658824;REFB=-0.068341;REVB=0.040647;RO=2;SAF=67;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123168;STB=0.503703;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00189192;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:94:2:1:91:93:0.989362:24:67:1:1:26:67:1:0 chr2 9541459 . C T 298.77 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.02766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.32;QD=18.6733;RBI=0.0316221;REFB=-0.00961568;REVB=-0.0153259;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00883111;OID=.;OPOS=9541459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:15:17:17:14:15:17:17:15 chr2 9880827 . A G 497.95 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0359867;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2432;QD=23.7118;RBI=0.0428454;REFB=-0.0339383;REVB=-0.0232525;RO=36;SAF=22;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409432;STB=0.515794;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0231219;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:37:47:47:0.559524:25:22:15:21:25:22:16:21 chr2 9880897 . G A 317.16 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0145814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.879;QD=25.8905;RBI=0.0180859;REFB=-0.0254336;REVB=0.0106995;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151047;STB=0.571379;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0127893;OID=.;OPOS=9880897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:14:14:6:14:14:14:7:14 chr2 9983686 . G T 862.67 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.101894;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1348;QD=54.7728;RBI=0.101942;REFB=-0.027335;REVB=-0.00314375;RO=2;SAF=2;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157355;STB=0.508331;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00198529;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:2:2:61:61:0.968254:59:2:0:2:59:2:0:2 chr2 9983716 . A C 796.19 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.319;QD=55.8728;RBI=0.0408779;REFB=0;REVB=0.0372207;RO=0;SAF=2;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198733;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:52:57:1:50:2:0:0:55:2:0:0 chr2 10045014 . C A,T 1430.82 PASS AF=0.291262,0.708738;AO=23,68;DP=94;FAO=30,73;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=17,31;FSAR=13,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206466,-0.00830095;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.299,63.5452;QD=55.566;RBI=0.00923478,0.0197668;REFB=0,0;REVB=0.00900102,-0.0179393;RO=0;SAF=15,30;SAR=8,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0267392,0.00646657;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:94:103:0:0:23,68:30,73:0.291262,0.708738:8,38:15,30:0:0:13,42:17,31:0:0 chr2 10045015 . A T 39.4 PASS AF=0.0952381;AO=7;DP=102;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.00675064;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=104.028;QD=1.50095;RBI=0.0100491;REFB=-0.00141803;REVB=-0.00744399;RO=95;SAF=3;SAR=4;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585037;STB=0.576768;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00631162;OID=.;OPOS=10045015;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:102:105:95:95:7:10:0.0952381:4:3:46:49:6:4:46:49 chr2 10045024 . G A 1620.75 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.61;QD=57.8839;RBI=0.0157822;REFB=0;REVB=0.0129216;RO=1;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203207;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:1:0:106:112:1:53:53:0:1:58:54:0:0 chr2 10050947 . T C 401.77 PASS AF=0.422414;AO=42;DP=117;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0046002;FXX=0.0491763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.913;QD=13.8541;RBI=0.00602764;REFB=-0.00867255;REVB=-0.00389495;RO=59;SAF=16;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168907;STB=0.554433;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.013779;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:59:67:42:49:0.422414:26:16:32:27:28:21:35:32 chr2 10050960 . A G 378.25 PASS AF=0.381356;AO=46;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00798796;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.6848;QD=12.8221;RBI=0.01402;REFB=-0.0130917;REVB=-0.0115218;RO=62;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164705;STB=0.514322;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0232036;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:73:46:45:0.381356:23:23:30:32:23:22:34:39 chr2 10053412 . C T 472.8 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00956012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5393;QD=21.2495;RBI=0.023062;REFB=-0.0066434;REVB=0.0209872;RO=42;SAF=23;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205769;STB=0.505616;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00606814;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:23:23:20:22:23:23:21:22 chr2 10059770 . G T 123.32 PASS AF=0.466667;AO=12;DP=28;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00385961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.757;QD=16.4423;RBI=0.0171674;REFB=-0.0145212;REVB=0.0167279;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234756;STB=0.566573;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0268697;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:15:16:12:14:0.466667:5:7:5:10:7:7:6:10 chr2 10059844 . C T 115.59 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0513582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5977;QD=11.0082;RBI=0.0523384;REFB=0.00844449;REVB=-0.0100817;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214399;STB=0.625737;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00627167;OID=.;OPOS=10059844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:7:21:8:6:7:21 chr2 10094992 . A G 141.98 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.04613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.03;QD=14.9456;RBI=0.0487798;REFB=-0.0122621;REVB=0.0158587;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340965;STB=0.708061;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00765176;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:22:15:16:0.421053:11:4:12:8:12:4:13:9 chr2 10188649 . A T 669.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.635;QD=62.2517;RBI=0.0389248;REFB=0;REVB=0.0388378;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94978e-05;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:13:29:0:0:14:29:0:0 chr2 10262920 . T G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0194147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.428;QD=16.9314;RBI=0.0217946;REFB=-0.0541427;REVB=0.00990321;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198673;STB=0.599822;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0377081;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:3:9:6:5:3:9:7:5 chr2 10436178 . TCCCCCCCA TCCCCCA,TCCCCCC,TCCCCCCA 53.19 PASS AF=0,0,0.538462;AO=3,3,4;DP=27;FAO=0,0,14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,11;FSAR=0,0,3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0849661,-0.0785102,-0.148971;FXX=0.0714031;HRUN=7,7,7;LEN=2,2,1;MLLD=12.9583,163.83,7.70388;QD=8.1838;RBI=0.157521,0.0818166,0.282508;REFB=-0.0646066,-0.00886457,-0.124744;REVB=0.132641,0.0230242,0.240039;RO=12;SAF=3,3,3;SAR=0,0,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.693733,0.693733,0.438863;STB=0.5,0.5,0.695897;STBP=1,1,0.048;TYPE=del,del,del;VARB=0.0995971,0,0.0189616;OID=.,.,.;OPOS=10436179,10436185,10436179;OREF=CC,CA,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TCCCCCA,TCCCCCC,TCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.538462:3,3,4:27:0,0,14:26:12:0,0,11:0,0,3:5:7:32:12:3,3,3:0,0,1:4:8 chr2 10563233 . G A 152.76 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0375392;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.917;QD=29.0978;RBI=0.0492463;REFB=-0.0380806;REVB=0.0318749;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527419;STB=0.529372;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0147098;OID=.;OPOS=10563233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:21:6:6:15:15:0.714286:6:9:3:3:6:9:3:3 chr2 10595578 . T C 552.47 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00176989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7959;QD=17.131;RBI=0.0806312;REFB=0.000917001;REVB=-0.0806118;RO=70;SAF=30;SAR=28;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449448;STB=0.529278;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0016961;OID=.;OPOS=10595578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:70:70:58:59:0.457364:28:30:33:37:28:31:33:37 chr2 10712278 . C T 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2036;QD=61.8121;RBI=0.0952719;REFB=-0.103199;REVB=0.0936288;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00232989;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:0:1:30:19:0:1 chr2 10784491 . A G 842.41 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0249605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2875;QD=54.349;RBI=0.0712;REFB=-0.0269611;REVB=0.0666814;RO=2;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269523;STB=0.514281;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00804728;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:34:26:0:2:34:26:0:2 chr2 10808776 . C A,CAA 1554.18 PASS AF=0.020202,0.979798;AO=6,89;DP=99;FAO=2,97;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=2,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512592,0.00581989;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=29.6358,185.085;QD=62.795;RBI=0.0519353,0.0262813;REFB=0,0;REVB=0.00835288,0.0256288;RO=0;SAF=4,34;SAR=2,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0781594,0.000698809;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:99:99:0:0:6,89:2,97:0.020202,0.979798:2,55:4,34:0:0:2,58:0,39:0:0 chr2 10928906 . T C 146.62 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00677631;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0009;QD=24.437;RBI=0.0141656;REFB=-0.0272495;REVB=0.0124396;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174204;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:9:9:15:15:0.625:10:5:3:6:10:5:3:6 chr2 10930903 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0199967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.429;QD=14.6659;RBI=0.0213946;REFB=-0.0256811;REVB=-0.00760652;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.522358;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0340589;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:8:7:9:11:8:7:9:12 chr2 10933249 . C T 208.57 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0102749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0087;QD=18.1368;RBI=0.0383603;REFB=0.0151368;REVB=0.0369586;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162969;STB=0.592505;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0168184;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:10:15:9:12:10:15 chr2 10942687 . C T 419.57 PASS AF=0.594203;AO=40;DP=67;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0110424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2788;QD=24.3229;RBI=0.0162243;REFB=-0.0560596;REVB=0.0118867;RO=27;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477578;STB=0.504948;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0265154;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:27:28:40:41:0.594203:19:21:14:13:20:21:14:14 chr2 11053020 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.426;QD=59.435;RBI=0.0409575;REFB=0;REVB=0.0170099;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271749;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr2 11264830 . G A 1356.78 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7971;QD=60.3015;RBI=0.0631565;REFB=-0.103627;REVB=0.0413458;RO=2;SAF=35;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044891;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205964;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:90:2:0:88:90:1:53:35:1:1:54:36:0:0 chr2 11323276 . T C 249.77 PASS AF=0.317308;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0291604;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.674;QD=9.60654;RBI=0.0361578;REFB=-0.0119103;REVB=0.0213788;RO=69;SAF=8;SAR=25;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150066;STB=0.60277;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.026384;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:69:71:33:33:0.317308:25:8:24:45:25:8:26:45 chr2 11334384 . T G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0410631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8846;QD=11.2563;RBI=0.0416738;REFB=-0.031004;REVB=-0.00710822;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305926;STB=0.709978;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0227366;OID=.;OPOS=11334384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:6:2:6:5:6:2:7:5 chr2 11374200 . C G 417.47 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0113283;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3039;QD=17.0397;RBI=0.0126777;REFB=-0.00248144;REVB=-0.0056915;RO=55;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250087;STB=0.63977;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00330485;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:18:25:18:37:18:25:18:37 chr2 11696806 . C T 319.07 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0086188;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.524;QD=20.9226;RBI=0.0134267;REFB=-0.0157139;REVB=-0.0102953;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168874;STB=0.598146;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0197283;OID=.;OPOS=11696806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:32:33:0.540984:13:19:11:17:13:20:11:17 chr2 11706693 . T C 464.33 PASS AF=0.480769;AO=39;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0314155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7392;QD=17.8588;RBI=0.0350127;REFB=-0.011684;REVB=-0.0154583;RO=43;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175574;STB=0.583038;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0120363;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:43:54:39:50:0.480769:13:26:21:22:19:31:25:29 chr2 11725049 . T C 403.0 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.611;QD=55.5857;RBI=0.0450278;REFB=0;REVB=0.041881;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304877;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:17:12:0:0 chr2 11727507 . G A 501.7 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9162;QD=59.0235;RBI=0.0347774;REFB=0;REVB=0.0327112;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174541;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr2 11733134 . C G 226.28 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0604241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1711;QD=13.925;RBI=0.0617783;REFB=-0.00873811;REVB=0.0128643;RO=38;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178719;STB=0.602073;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0155102;OID=.;OPOS=11733134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:9:18:19:19:9:18:19:19 chr2 11738091 . T C 657.91 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.323;QD=59.8103;RBI=0.0467984;REFB=-0.0370967;REVB=0.0227696;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000694314;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:1:1:40:43:0.977273:18:22:1:0:21:22:1:0 chr2 11752635 . T C 1292.85 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290236;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.278;QD=60.8401;RBI=0.0291164;REFB=-0.0205537;REVB=-0.00232334;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000369838;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:82:84:0.988235:44:38:0:0:46:38:0:1 chr2 11817812 . G C 523.67 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00942632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6541;QD=21.3742;RBI=0.0133878;REFB=-0.0360591;REVB=-0.00950669;RO=47;SAF=20;SAR=29;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202448;STB=0.609496;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0264812;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:48:49:50:0.510204:29:20:30:17:29:21:31:17 chr2 11853913 . G A 147.96 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0352692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7014;QD=10.7604;RBI=0.0593612;REFB=-0.00867115;REVB=-0.0477476;RO=36;SAF=5;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416045;STB=0.743579;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0121498;OID=.;OPOS=11853913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:14:5:23:13:14:5:23:13 chr2 11965541 . A G 182.45 PASS AF=0.3;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0122241;FXX=0.0361402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6114;QD=9.12238;RBI=0.0150482;REFB=0.00536939;REVB=-0.00877609;RO=49;SAF=3;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55373;STB=0.823225;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0188544;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:49:56:24:24:0.3:21:3:27:22:21:3:29:27 chr2 12877501 . G A,GA 1683.18 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=9,98;DP=120;FAO=6,110;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=5,54;FSAR=1,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115344,0.0203063;FXX=0.0333306;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=56.8371,74.4732;QD=58.0405;RBI=0.0213284,0.0247989;REFB=0,0;REVB=0.0212972,0.014235;RO=3;SAF=7,50;SAR=2,48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.236511,0.00996014;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.034138,0.00283942;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:120:116:3:0:9,98:6,110:0.0517241,0.948276:2,48:7,50:1:2:1,56:5,54:0:0 chr2 12882822 . ATC A 2185.81 PASS AF=1;AO=131;DP=142;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000591092;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=2;MLLD=317.084;QD=62.4516;RBI=0.00140774;REFB=0;REVB=0.00127763;RO=0;SAF=41;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000141765;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:131:142:140:140:0:43:97:0:0:12:0:41:90:0:0 chr2 15307434 . T C 422.14 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00956223;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.099;QD=20.592;RBI=0.0118882;REFB=-0.00976386;REVB=0.00706355;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110225;STB=0.560947;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0100025;OID=.;OPOS=15307434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:40:42:42:0.512195:21:21:15:25:21:21:15:25 chr2 15470848 . C T 434.47 PASS AF=0.4375;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0147398;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1021;QD=15.5167;RBI=0.038731;REFB=-0.0155158;REVB=0.0358165;RO=59;SAF=29;SAR=19;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061984;STB=0.502636;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0253039;OID=.;OPOS=15470848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:63:48:49:0.4375:19:29:36:23:20:29:37:26 chr2 15533779 . G A 121.55 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0390022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.303;QD=15.1938;RBI=0.0393634;REFB=-0.0136024;REVB=0.00532034;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.59985;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00762469;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:8:10:10:4:8:10 chr2 15601441 . C T 429.84 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0332062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.788;QD=16.6927;RBI=0.0346816;REFB=-0.0271192;REVB=0.0100082;RO=55;SAF=19;SAR=28;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171597;STB=0.60037;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0234643;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:47:47:0.456311:28:19:32:23:28:19:33:23 chr2 15607842 . T C 455.85 PASS AF=0.474747;AO=45;DP=97;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0201631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.7825;QD=18.418;RBI=0.0692988;REFB=-0.019743;REVB=0.0663006;RO=52;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536632;STB=0.516789;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0229966;OID=.;OPOS=15607842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:52:52:45:47:0.474747:25:20:26:26:25:22:26:26 chr2 15614404 . T C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0140199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.188;QD=17.2231;RBI=0.0140288;REFB=-0.0196881;REVB=-0.00049874;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715183;STB=0.539976;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0195289;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:11:25:20:12:11:25 chr2 15615910 . A G 310.58 PASS AF=0.581818;AO=30;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0102645;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.208;QD=22.588;RBI=0.0233275;REFB=-0.0347587;REVB=0.0209479;RO=23;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501123;STB=0.521725;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0182449;OID=.;OPOS=15615910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:30:32:0.581818:20:10:9:14:21:11:9:14 chr2 15618339 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00422207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.318;QD=19.8256;RBI=0.0153501;REFB=-0.0390346;REVB=0.014758;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113213;STB=0.554855;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0280888;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:17:10:12:12:17:10:12:13 chr2 15674686 . T C 492.07 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=100;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0112882;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.077;QD=19.4879;RBI=0.0139652;REFB=-0.0115058;REVB=0.00822206;RO=50;SAF=30;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557081;STB=0.524424;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00902467;OID=.;OPOS=15674686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:50:50:51:0.50495:20:30:27:23:21:30:27:23 chr2 15735648 . T C 377.65 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00175248;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.504;QD=18.6493;RBI=0.00552365;REFB=-0.0174581;REVB=-0.00523827;RO=42;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653646;STB=0.53647;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0203472;OID=.;OPOS=15735648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:24:15:19:23:24:15:19:23 chr2 15747393 . C T 1047.78 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747865;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.703;QD=59.873;RBI=0.00795089;REFB=0;REVB=-0.00269935;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234526;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr2 15840522 . G T 282.68 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00945701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.536;QD=28.9924;RBI=0.0253094;REFB=-0.0136408;REVB=-0.0234761;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222367;STB=0.622127;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00577002;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:11:14:3:11:11:14:3:11 chr2 15840623 . A G 382.23 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0151554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.081;QD=19.8561;RBI=0.0151721;REFB=-0.00632175;REVB=-0.000712842;RO=38;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150316;STB=0.583291;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00660148;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:21:18:24:14:21:18:24:14 chr2 15840645 . T C 351.72 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0287365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9568;QD=18.2711;RBI=0.0522635;REFB=0.00788777;REVB=0.0436541;RO=40;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158586;STB=0.577847;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.013293;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:40:36:37:0.480519:13:23:19:21:14:23:19:21 chr2 16090820 . T C 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0840047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7915;QD=12.8585;RBI=0.120106;REFB=-0.0142712;REVB=-0.0858415;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0156011;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:5:3:3:4:5:3 chr2 17696573 . C T 873.25 PASS AF=0.468421;AO=89;DP=190;FAO=89;FDP=190;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=0.00263453;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.361;QD=18.3842;RBI=0.0171104;REFB=-0.00990476;REVB=-0.0169063;RO=100;SAF=46;SAR=43;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140221;STB=0.574442;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0105209;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:100:101:89:89:0.468421:43:46:37:63:43:46:38:63 chr2 17698678 . A G 301.87 PASS AF=0.330508;AO=39;DP=116;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.017841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.99;QD=10.2328;RBI=0.0211127;REFB=-0.00657054;REVB=-0.011289;RO=76;SAF=16;SAR=23;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118599;STB=0.581475;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0118089;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:76:79:39:39:0.330508:23:16:39:37:23:16:42:37 chr2 17942775 . T A 802.01 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105211;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1629;QD=57.2866;RBI=0.111426;REFB=0;REVB=0.0366935;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619455;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:36:20:0:0 chr2 17954027 . G A 1079.98 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6282;QD=59.9991;RBI=0.0877048;REFB=0;REVB=-0.0769153;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100995;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr2 17954421 . C G 1121.55 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641813;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4959;QD=60.6244;RBI=0.07695;REFB=0;REVB=0.0424507;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137824;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr2 17962450 . A G 738.65 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0607341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0283;QD=54.7151;RBI=0.0614749;REFB=0.117021;REVB=-0.0095146;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0087248;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:23:30:1:0:23:30:1:0 chr2 17962518 . C A,T 473.2 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,31;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061129,0.000328907;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.541,106.807;QD=57.357;RBI=0.00632091,0.0616119;REFB=0,0;REVB=-0.00160823,-0.061611;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00427231,-0.00132656;OID=.,.;OPOS=17962518,17962518;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:2,31:2,31:0.0606061,0.939394:1,17:1,14:0:0:1,17:1,14:0:0 chr2 18112473 . G A 1601.43 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9128;QD=64.0573;RBI=0.123813;REFB=0;REVB=0.12349;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070347;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:0:0:95:100:1:56:39:0:0:61:39:0:0 chr2 18113623 . A G 450.48 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181271;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.63;QD=58.1261;RBI=0.0422766;REFB=0;REVB=0.0422377;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202372;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr2 18113789 . G A 499.11 PASS AF=0.671642;AO=45;DP=67;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000608843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.639;QD=29.7976;RBI=0.00770188;REFB=-0.0183155;REVB=0.00767778;RO=21;SAF=15;SAR=30;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910216;STB=0.543458;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00749156;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:22:45:45:0.671642:30:15:10:11:30:15:10:12 chr2 20101487 . G A 444.58 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00570265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.76;QD=20.4403;RBI=0.0226822;REFB=-0.0286963;REVB=0.0219536;RO=41;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106354;STB=0.505745;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0393099;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:43:44:44:0.505747:22:22:21:20:22:22:21:22 chr2 20133221 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0301865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.311;QD=19.0173;RBI=0.0438292;REFB=-0.00830188;REVB=-0.031777;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103688;STB=0.558748;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00894023;OID=.;OPOS=20133221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:4:10:9:6:4:10 chr2 20135283 . T C 391.68 PASS AF=0.450549;AO=39;DP=88;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00584159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7835;QD=17.2167;RBI=0.0208541;REFB=-0.00503772;REVB=-0.0200193;RO=49;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658539;STB=0.542837;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00673688;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:49:50:39:41:0.450549:23:16:17:32:24:17:17:33 chr2 20205680 . C T 224.45 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0867367;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8835;QD=19.1017;RBI=0.100699;REFB=0.0263056;REVB=0.0511575;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08007;STB=0.534852;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0263116;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:25:22:22:0.468085:10:12:12:14:10:12:12:13 chr2 20205848 . G A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0231431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.461;QD=20.0307;RBI=0.0232021;REFB=-0.00680945;REVB=0.00165345;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073882;STB=0.541632;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00654243;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:14:12:13:11:14:12 chr2 20375332 . A G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0144351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.288;QD=24.1066;RBI=0.0371674;REFB=-0.00892832;REVB=-0.0342498;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879069;STB=0.548978;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00894531;OID=.;OPOS=20375332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:14:10:10:9:14:10:10:9 chr2 20403794 . A T 793.85 PASS AF=0.982456;AO=40;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00668525;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1255;QD=55.7085;RBI=0.0412144;REFB=-0.167278;REVB=0.0406686;RO=1;SAF=36;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128548;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00338371;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:57:1:1:40:56:0.982456:4:36:1:0:19:37:1:0 chr2 20403949 . C T 258.37 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0380129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0678;QD=13.7796;RBI=0.0579566;REFB=-0.0348651;REVB=0.0437491;RO=45;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081921;STB=0.546636;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0517891;OID=.;OPOS=20403949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:15:15:19:26:15:15:19:26 chr2 20403998 . G A 171.13 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0152826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8339;QD=12.4457;RBI=0.0324582;REFB=-0.00907052;REVB=0.0286353;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468065;STB=0.510628;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0340744;OID=.;OPOS=20403998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:12:9:14:19:12:9:14:20 chr2 20448561 . A G 162.35 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0414355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5523;QD=19.6783;RBI=0.0416887;REFB=-7.42617e-05;REVB=0.00458761;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312303;STB=0.678488;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00184121;OID=.;OPOS=20448561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:13:4:9:7:13:4:9:7 chr2 20601461 . C T 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0103754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.096;QD=14.0978;RBI=0.0118291;REFB=0.00290975;REVB=-0.00568143;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00306655;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:6:8:4:7:6:8 chr2 20648211 . G T 244.84 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211524;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.819;QD=51.5451;RBI=0.0783447;REFB=0;REVB=0.0754352;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001351;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr2 20680665 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.642;QD=48.7373;RBI=0.0436791;REFB=0;REVB=0.0411559;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126384;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr2 20680693 . G A 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7846;QD=49.5886;RBI=0.0474494;REFB=0;REVB=0.0415916;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584418;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr2 20798006 . CT C 1184.45 PASS AF=0.565445;AO=108;DP=195;FAO=108;FDP=191;FR=.;FRO=83;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0156023;FXX=0.0205118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.042;QD=24.8052;RBI=0.0206528;REFB=-0.00212265;REVB=0.0135316;RO=83;SAF=64;SAR=44;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413421;STB=0.522497;STBP=0.474;TYPE=del;VARB=0.00109122;OID=.;OPOS=20798007;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565445:108:195:108:191:83:64:44:45:38:99:83:64:44:45:38 chr2 20818454 . T A 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00277979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.539;QD=56.0099;RBI=0.00585078;REFB=0.132088;REVB=0.00514824;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000824475;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:1:0:15:19:1:0 chr2 20818458 . G A 444.59 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00508653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.056;QD=53.8901;RBI=0.00877901;REFB=-0.0690283;REVB=0.00715529;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00308252;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:15:16:1:0:15:17:1:0 chr2 20823724 . T C 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.973;QD=56.1801;RBI=0.0308586;REFB=0;REVB=0.0174113;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173212;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr2 20824559 . C T 1449.24 PASS AF=1;AO=72;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772386;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.9136;QD=61.0206;RBI=0.080272;REFB=0;REVB=-0.0218585;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202006;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:72:95:1:50:22:0:0:51:44:0:0 chr2 20838318 . G A 1190.42 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000421348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.505;QD=61.047;RBI=0.0265793;REFB=0;REVB=0.0265759;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53675e-05;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:35:42:0:0:36:42:0:0 chr2 20885321 . C A 249.12 PASS AF=0.439394;AO=25;DP=62;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0448122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.227;QD=15.0981;RBI=0.0504538;REFB=-0.0173716;REVB=0.0231831;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191011;STB=0.596208;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0218019;OID=.;OPOS=20885321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:35:37:25:29:0.439394:11:14:13:22:13:16:14:23 chr2 21225281 . C T 295.76 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0170569;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.526;QD=26.8876;RBI=0.0226284;REFB=-0.0157481;REVB=-0.0148697;RO=18;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105793;STB=0.558776;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0121917;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:19:7:7:11:19:7:7:11 chr2 21225713 . A G 213.91 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0200786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6292;QD=20.8692;RBI=0.0356848;REFB=0.00708798;REVB=0.0295001;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00643965;OID=.;OPOS=21225713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:10:10:10:11:10:10 chr2 21231524 . G A 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00257299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.453;QD=15.6035;RBI=0.00972353;REFB=-0.0132763;REVB=-0.00937693;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384245;STB=0.521724;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0166831;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:20:10:14:24:20:10:14:24 chr2 21232803 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.423;QD=51.1813;RBI=0.0431683;REFB=0;REVB=0.0254699;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553249;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr2 21235475 . T C 1541.69 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.739;QD=62.9262;RBI=0.0457362;REFB=0;REVB=0.04261;RO=1;SAF=36;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108357;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:1:0:96:98:1:60:36:1:0:60:38:0:0 chr2 21237786 . T G 289.46 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0699991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7136;QD=18.981;RBI=0.0700956;REFB=-0.0121334;REVB=-0.00367739;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101324;STB=0.556458;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0127315;OID=.;OPOS=21237786;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:17:14:17:13:17:14:17:13 chr2 21250914 . G A,T 775.0 PASS AF=0.947368,0.0350877;AO=54,2;DP=57;FAO=54,2;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=16,1;FSAR=38,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139539,0.00602635;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.619,51.0341;QD=54.3862;RBI=0.0336893,0.0479994;REFB=-0.0526749,-0.140659;REVB=0.0306636,-0.0476195;RO=1;SAF=16,1;SAR=38,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0285388,-0.25849;STB=0.515146,0.665164;STBP=0.184,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.000228545,0.0144635;OID=.,.;OPOS=21250914,21250914;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:1:1:54,2:54,2:0.947368,0.0350877:38,1:16,1:1:0:38,1:16,1:1:0 chr2 21252534 . G A 191.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0141366;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3561;QD=21.2255;RBI=0.0306802;REFB=-0.00271055;REVB=0.0272293;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151073;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00272944;OID=.;OPOS=21252534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:17:19:19:0.527778:9:10:5:10:9:10:7:10 chr2 21260084 . G A 773.53 PASS AF=0.528571;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00399071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.645;QD=22.1007;RBI=0.00439841;REFB=-0.0242118;REVB=-0.00184938;RO=64;SAF=28;SAR=46;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106179;STB=0.566304;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0223201;OID=.;OPOS=21260084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:64:66:74:74:0.528571:46:28:32:32:46:28:34:32 chr2 21360583 . A G 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.301;QD=62.6627;RBI=0.0152719;REFB=0;REVB=0.00395445;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31694e-05;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr2 23865260 . T C 2810.94 PASS AF=0.994475;AO=179;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.889;QD=62.1202;RBI=0.0295543;REFB=0.0211359;REVB=0.023846;RO=1;SAF=104;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630514;STB=0.503311;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000131905;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:181:1:1:179:180:0.994475:75:104:0:1:75:105:0:1 chr2 23865908 . G C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0301467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4568;QD=11.3691;RBI=0.0367085;REFB=-0.00444908;REVB=0.020945;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489507;STB=0.529356;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00918608;OID=.;OPOS=23865908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:2:9:15:4:2:9:15:4 chr2 23919375 . C T 737.68 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253175;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.026;QD=61.473;RBI=0.0263352;REFB=-0.0675033;REVB=0.00725016;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-5.65062e-05;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:29:18:0:0:29:18:0:1 chr2 23926659 . T C 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.534;QD=57.383;RBI=0.0184902;REFB=0;REVB=-0.0180818;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105594;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr2 23973799 . T C 419.34 PASS AF=0.615385;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000643943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4029;QD=25.8053;RBI=0.00957088;REFB=-0.00131153;REVB=0.00954919;RO=24;SAF=20;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124807;STB=0.563187;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000943092;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:25:39:40:0.615385:19:20:8:16:19:21:9:16 chr2 24055058 . G C 428.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.599;QD=57.1763;RBI=0.0497723;REFB=0;REVB=-0.0470704;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268542;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr2 24108652 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.724;QD=62.0209;RBI=0.0360375;REFB=0;REVB=0.0209825;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217427;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr2 24181159 . G T 73.03 PASS AF=0.357143;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00683909;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.133;QD=10.4325;RBI=0.00727502;REFB=-0.0260158;REVB=0.00248047;RO=19;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512194;STB=0.63608;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0436083;OID=.;OPOS=24181159;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:28:19:18:8:10:0.357143:1:7:9:10:3:7:9:9 chr2 24199905 . G A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0236235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0399;QD=20.9022;RBI=0.0272406;REFB=-0.0193909;REVB=0.0135639;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521612;STB=0.537291;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0268921;OID=.;OPOS=24199905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:33:33:0.540984:18:15:14:13:18:15:15:13 chr2 24223086 . G A 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00107273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.116;QD=8.61271;RBI=0.0103246;REFB=-0.00711849;REVB=-0.0102687;RO=47;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29847;STB=0.676134;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0155001;OID=.;OPOS=24223086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:8:12:16:31:8:12:16:31 chr2 24223572 . AT A,TA 46.44 PASS AF=0.280899,0;AO=25,5;DP=89;FAO=25,0;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=12,0;FSAR=13,0;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.079542,0.0059739;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.70373,20.3219;QD=2.08701;RBI=0.0816263,0.106766;REFB=-0.0765129,-0.0195077;REVB=0.018328,-0.106598;RO=47;SAF=14,1;SAR=11,4;SRF=22;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103168,-0.311692;STB=0.508102,0.5;STBP=0.927,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0970778,0;OID=.,.;OPOS=24223573,24223572;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:89:89:47:64:25,5:25,0:0.280899,0:11,4:14,1:22:25:13,0:12,0:30:34 chr2 24256071 . T C 184.26 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00732954;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1568;QD=18.8982;RBI=0.00750072;REFB=-0.0118289;REVB=0.00159333;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924797;STB=0.538004;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0118869;OID=.;OPOS=24256071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:18:19:0.487179:9:9:8:12:10:9:8:12 chr2 24369674 . C T 164.29 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00139247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.376;QD=13.6911;RBI=0.0732107;REFB=0.00767442;REVB=-0.0731975;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190675;STB=0.610988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00440824;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:13:17:7:11:13:17 chr2 24384424 . T C 251.69 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0978596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5465;QD=27.9655;RBI=0.0985446;REFB=-0.0595689;REVB=0.0115995;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52172;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0363095;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:13:22:23:0.638889:11:11:7:7:12:11:7:6 chr2 24387178 . G GC 141.58 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.038904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5467;QD=14.5205;RBI=0.0408397;REFB=-0.0656076;REVB=0.0124243;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914015;STB=0.555501;STBP=0.47;TYPE=ins;VARB=0.05767;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:21:42:21:39:18:7:14:8:10:99:21:7:14:9:12 chr2 24390517 . G A 467.01 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.000973272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.29;QD=13.9407;RBI=0.0121116;REFB=-0.0109734;REVB=0.0120724;RO=77;SAF=22;SAR=31;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698159;STB=0.525716;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0173749;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:81:53:53:0.395522:31:22:37:40:31:22:37:44 chr2 24402127 . C CAA 74.79 PASS AF=0.6;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.016584;FXX=0.062461;HRUN=0;LEN=2;MLLD=213.455;QD=19.9431;RBI=0.0168741;REFB=0.00129484;REVB=0.00311544;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144653;STB=0.522338;STBP=0.939;TYPE=ins;VARB=-0.000581979;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:9:17:9:15:6:4:5:3:3:39:8:4:5:5:3 chr2 24439048 . A G 195.15 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0468756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2931;QD=14.1928;RBI=0.0478128;REFB=-0.00559456;REVB=0.00941998;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320578;STB=0.538183;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00925863;OID=.;OPOS=24439048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:13:10:14:16:13:10:16:16 chr2 24524958 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0270305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.259;QD=17.8405;RBI=0.0271018;REFB=-0.00732032;REVB=-0.00196442;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00981421;OID=.;OPOS=24524958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:7:7:6:8:7:7 chr2 24587571 . A G 706.2 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226908;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.35;QD=64.1997;RBI=0.0239019;REFB=0;REVB=-0.00751186;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377207;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr2 24899185 . C G 369.67 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355976;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8229;QD=54.7652;RBI=0.0393061;REFB=0;REVB=0.0166667;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193672;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:16:11:0:0 chr2 24899204 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.362;QD=59.0185;RBI=0.0217175;REFB=0;REVB=0.0213268;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109818;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr2 24905927 . G C 586.29 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109317;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.746;QD=58.6287;RBI=0.0116539;REFB=-0.120185;REVB=-0.00403882;RO=1;SAF=9;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492505;STB=0.526302;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000969352;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:30:9:1:0:30:9:1:0 chr2 24974945 . T G 750.62 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288616;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.989;QD=63.8828;RBI=0.0288888;REFB=0;REVB=0.0012538;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23843e-05;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr2 25046090 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.791;QD=55.0984;RBI=0.0253;REFB=0;REVB=0.0146802;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125027;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr2 25047408 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.165;QD=49.5992;RBI=0.0416878;REFB=0;REVB=0.0137849;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038401;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr2 25050977 . T C 610.48 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0235153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.671;QD=56.789;RBI=0.0236873;REFB=-0.0943622;REVB=0.00284915;RO=2;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010028;STB=0.505348;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00471234;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:16:25:1:1:16:25:1:1 chr2 25064193 . G A 1525.14 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0490708;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.179;QD=61.6218;RBI=0.0640586;REFB=-0.0692175;REVB=0.0411771;RO=2;SAF=45;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138925;STB=0.500733;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000528537;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:97:97:0.979798:52:45:1:1:52:45:1:1 chr2 25194741 . G A 2344.78 PASS AF=0.98125;AO=155;DP=161;FAO=157;FDP=160;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.015492;FXX=0.0243888;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.942;QD=58.6194;RBI=0.0580109;REFB=-0.134343;REVB=0.055904;RO=3;SAF=75;SAR=80;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186454;STB=0.509803;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000826773;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:160:3:3:155:157:0.98125:80:75:3:0:82:75:3:0 chr2 25314186 . T C 723.52 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0286107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.107;QD=59.0629;RBI=0.0499416;REFB=0.0107451;REVB=-0.040934;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218674;STB=0.522718;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.000895671;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:21:26:0:1:21:26:0:2 chr2 25359422 . G A 262.93 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6952;QD=47.8049;RBI=0.0287811;REFB=-0.0341111;REVB=-0.0261076;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00569014;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:14:7:0:0:14:7:0:1 chr2 25377176 . T C 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.437;QD=55.6478;RBI=0.0392599;REFB=0;REVB=0.0333234;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155971;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr2 25469502 . C T 3377.66 PASS AF=0.995536;AO=219;DP=226;FAO=223;FDP=224;FR=.;FRO=1;FSAF=113;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177099;FXX=0.00884917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.982;QD=60.3153;RBI=0.0267904;REFB=0.0426903;REVB=0.0201018;RO=3;SAF=113;SAR=106;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0047062;STB=0.502202;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000196898;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:226:224:3:1:219:223:0.995536:106:113:1:2:110:113:1:0 chr2 26149968 . C T 474.39 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000167226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.029;QD=57.5015;RBI=0.00810316;REFB=0;REVB=-0.00810143;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09777e-05;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr2 26321526 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.333;QD=52.6091;RBI=0.0151449;REFB=0;REVB=0.000517025;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64835e-05;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 26358110 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3398;QD=44.6896;RBI=0.0377185;REFB=0;REVB=-0.0202463;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00253436;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr2 26399213 . GG CA,GA 1197.11 PASS AF=0.0379747,0.962025;AO=5,62;DP=84;FAO=3,76;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=3,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252465,0.0221848;FXX=0.0595167;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=120.128,175.373;QD=60.6134;RBI=0.0860789,0.084084;REFB=0,0;REVB=0.0860419,0.0811046;RO=0;SAF=0,46;SAR=5,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.50785e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0408947,0.00380956;OID=.,.;OPOS=26399213,26399214;OREF=GG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:84:79:0:0:5,62:3,76:0.0379747,0.962025:5,16:0,46:0:0:3,29:0,47:0:0 chr2 26410204 . G A 160.91 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.133005;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5387;QD=16.9375;RBI=0.13514;REFB=-0.0422807;REVB=-0.0239218;RO=18;SAF=1;SAR=16;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38352;STB=0.782764;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0471961;OID=.;OPOS=26410204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:21:17:17:0.447368:16:1:4:14:16:1:6:15 chr2 26507076 . A T 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00306665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.342;QD=15.6428;RBI=0.0175145;REFB=-0.00910849;REVB=-0.0172439;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692642;STB=0.539837;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0186329;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:15:14:11:9:15:14 chr2 26534801 . G A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.695;QD=50.1339;RBI=0.0661873;REFB=0.058567;REVB=0.0625708;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.001492;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:0:1:12:12:0:1 chr2 26536299 . C G 63.26 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0461545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.664;QD=4.51829;RBI=0.0600359;REFB=-0.0140674;REVB=0.0383937;RO=37;SAF=1;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498718;STB=0.885549;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0526679;OID=.;OPOS=26536299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:49:56:37:46:10:10:0.178571:9:1:16:21:9:1:25:21 chr2 26536694 . C T 222.45 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00895164;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.122;QD=24.7168;RBI=0.0168466;REFB=-0.0305464;REVB=-0.0142715;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0209009;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:8:7:11:10:8:7 chr2 26590084 . T G 368.01 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0130993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4806;QD=16.0002;RBI=0.0179693;REFB=0.0267144;REVB=0.0123006;RO=51;SAF=14;SAR=25;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770992;STB=0.528557;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0166211;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:39:40:0.434783:25:14:22:29:25:15:22:30 chr2 26606154 . T C 375.41 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0174483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.404;QD=20.8559;RBI=0.0330195;REFB=-0.00465249;REVB=0.0280328;RO=33;SAF=25;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222345;STB=0.619305;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00246554;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:37:38:0.527778:12:25:14:19:13:25:14:20 chr2 26607992 . T C 814.07 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3566;QD=55.1909;RBI=0.0289274;REFB=0.0169272;REVB=0.0121171;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209528;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000397324;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:22:35:0:1:23:35:1:0 chr2 26609306 . G C 768.19 PASS AF=0.457627;AO=81;DP=177;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0131896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.611;QD=17.3603;RBI=0.0134487;REFB=-0.0278317;REVB=-0.00262723;RO=96;SAF=42;SAR=39;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08925;STB=0.549466;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0230802;OID=.;OPOS=26609306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:96:96:81:81:0.457627:39:42:41:55:39:42:41:55 chr2 26613056 . C T 1361.91 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308379;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.27;QD=62.6165;RBI=0.0525021;REFB=0;REVB=-0.0524114;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150657;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr2 26613329 . A G 271.34 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0157092;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0916;QD=14.0958;RBI=0.0167297;REFB=-0.00989201;REVB=-0.00575345;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141274;STB=0.580298;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0165949;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:46:46:31:31:0.402597:17:14:27:19:17:14:27:19 chr2 26614583 . T TA,TAA 275.82 PASS AF=1,0;AO=34,10;DP=55;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.202888,-0.108065;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.56852,8.09081;QD=21.6328;RBI=0.241978,0.129584;REFB=0.0158286,0.0161361;REVB=-0.13187,-0.0715127;RO=10;SAF=20,8;SAR=14,2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00510575,0.22222;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00741558,-0.0066332;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:34,10:55:51,0:51:0:32,0:19,0:0:0:3:10:20,8:14,2:6:4 chr2 26647277 . T G 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00826516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1962;QD=6.66112;RBI=0.0222805;REFB=-0.00622991;REVB=-0.0206908;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234693;STB=0.666349;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0198257;OID=.;OPOS=26647277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:30:32:10:10:0.238095:4:6:12:18:4:6:12:20 chr2 26667130 . A G 314.1 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00509085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.673;QD=30.6439;RBI=0.00731406;REFB=0.00987152;REVB=-0.00525155;RO=14;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122752;STB=0.567224;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00664727;OID=.;OPOS=26667130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:13:14:10:4:13:14:10:4 chr2 26667615 . T C 591.43 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00140427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.252;QD=56.3263;RBI=0.015873;REFB=-0.177973;REVB=0.0158108;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.503648;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00948559;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:0:2:40:40:0.952381:17:23:0:0:17:23:1:1 chr2 26676322 . A G 1073.83 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0482928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5233;QD=55.7833;RBI=0.0485232;REFB=-0.075377;REVB=-0.00472377;RO=3;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280852;STB=0.514848;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0348157;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:49:25:0:3:49:25:0:3 chr2 26676395 . G T 292.26 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0693553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.406;QD=24.3548;RBI=0.0704537;REFB=-0.0179431;REVB=0.012392;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160109;STB=0.588175;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0121013;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:4:17:17:10:4:17 chr2 26693967 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0220341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.944;QD=10.1573;RBI=0.0260113;REFB=-0.00559949;REVB=0.0138234;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498847;STB=0.765075;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0110185;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:31:14:14:0.311111:9:5:24:5:9:5:24:7 chr2 26699126 . C G 1378.58 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.034;QD=61.2703;RBI=0.0963747;REFB=-0.111143;REVB=0.0940671;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.507245;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000778552;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:34:55:0:0:34:55:0:1 chr2 26699855 . G C 977.19 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.416;QD=57.4815;RBI=0.0495935;REFB=-0.0190468;REVB=0.0420216;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108628;STB=0.505616;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000329199;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:23:43:1:0:23:44:1:0 chr2 26700700 . G A 1530.04 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.707;QD=63.7518;RBI=0.0348581;REFB=0;REVB=0.0332481;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99995e-05;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:55:40:0:0:56:40:0:0 chr2 26739423 . T C 149.86 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0196616;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.331;QD=18.1642;RBI=0.0336257;REFB=-0.0127405;REVB=-0.0272784;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265217;STB=0.515133;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.012719;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:8:9:8:8:8:9 chr2 26798893 . A T 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.858;QD=53.3601;RBI=0.015859;REFB=-0.0730999;REVB=0.00470888;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000814453;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:1:0:13:16:1:0 chr2 26799031 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3361;QD=47.8216;RBI=0.0338867;REFB=0;REVB=-0.0337762;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134948;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr2 26804218 . G A 2086.48 PASS AF=0.993007;AO=129;DP=134;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0095368;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.037;QD=58.3632;RBI=0.0266768;REFB=-0.146584;REVB=0.0249139;RO=2;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133831;STB=0.503225;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00361911;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:134:143:2:1:129:142:0.993007:70:59:0:2:77:65:0:1 chr2 26804219 . T A 33.7 PASS AF=0.0763889;AO=10;DP=143;FAO=11;FDP=144;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=-0.0379696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.747;QD=0.936032;RBI=0.0392227;REFB=-0.0270977;REVB=-0.00983515;RO=133;SAF=5;SAR=5;SRF=60;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526837;STB=0.503179;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0457892;OID=.;OPOS=26804219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:143:144:133:133:10:11:0.0763889:5:5:60:73:6:5:60:73 chr2 26804247 . T C 611.1 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0332337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5923;QD=17.4599;RBI=0.0345104;REFB=0.00562488;REVB=-0.00930017;RO=76;SAF=32;SAR=32;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102894;STB=0.557125;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0110079;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:76:64:64:0.457143:32:32:30:46:32:32:30:46 chr2 26951449 . G A 379.51 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244553;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.941;QD=56.2232;RBI=0.0554217;REFB=0;REVB=0.0497343;RO=0;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288804;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:3:24:0:0:3:24:0:0 chr2 27169842 . C A 519.34 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.485;QD=57.7049;RBI=0.151385;REFB=0;REVB=0.00571479;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831147;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:1:0:34:36:1:21:13:1:0:21:15:0:0 chr2 27246285 . C T 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.253;QD=61.8121;RBI=0.0461439;REFB=-0.0104827;REVB=0.000332342;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000240784;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:22:27:0:0:22:27:0:1 chr2 27261329 . A G 408.26 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.135;QD=56.3118;RBI=0.0299045;REFB=0;REVB=0.0279672;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06138e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:10:17:0:0:11:18:0:0 chr2 27290525 . A G 1022.09 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0541;QD=58.405;RBI=0.0465226;REFB=0;REVB=-0.0248938;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674453;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:1:0:68:70:1:39:29:1:0:40:30:0:0 chr2 27303755 . A G 511.14 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.899;QD=58.4163;RBI=0.0518586;REFB=0;REVB=0.0309233;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190717;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:25:9:0:0:25:10:0:0 chr2 27305583 . C T 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.113548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.717;QD=16.7544;RBI=0.115053;REFB=-0.0257194;REVB=-0.0185508;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170654;STB=0.596077;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0446566;OID=.;OPOS=27305583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:9:19:12:12:9:19 chr2 27324036 . G A 726.56 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.292;QD=59.3108;RBI=0.0661088;REFB=-0.200852;REVB=0.0648482;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200087;STB=0.520824;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000515004;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:1:2:47:47:0.959184:23:24:0:1:23:24:0:2 chr2 27324724 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.424;QD=53.9112;RBI=0.0174113;REFB=0;REVB=-0.0140867;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81508e-05;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr2 27324751 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5084;QD=42.1817;RBI=0.03514;REFB=0;REVB=-0.0250536;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41613e-05;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr2 27351947 . AT AG,GG 521.98 PASS AF=0.918919,0.0540541;AO=34,3;DP=38;FAO=34,2;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136642,-0.0541547;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=72.007,143.794;QD=56.4302;RBI=0.034178,0.0542108;REFB=0.0145971,-0.00542056;REVB=0.0313277,-0.00246435;RO=1;SAF=18,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0283217,0;STB=0.515143,0.5;STBP=0.319,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00729222,0.102173;OID=.,.;OPOS=27351948,27351947;OREF=T,AT;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:38:37:1:1:34,3:34,2:0.918919,0.0540541:16,3:18,0:0:1:16,2:18,0:0:1 chr2 27360534 . G A 214.5 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0104649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6976;QD=28.5994;RBI=0.0252582;REFB=-0.0382942;REVB=0.0229883;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11678;STB=0.57136;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0296501;OID=.;OPOS=27360534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:7:12:8:2:8:12:8:2 chr2 27361222 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00214684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.358;QD=21.1302;RBI=0.00995629;REFB=-0.0177311;REVB=-0.00972208;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142114;STB=0.57976;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0189404;OID=.;OPOS=27361222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:8:13:10:12:8:13 chr2 27424636 . G A 953.07 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.176741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2498;QD=54.4612;RBI=0.179437;REFB=-0.147313;REVB=0.0309863;RO=2;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230419;STB=0.518067;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0255001;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:67:67:0.957143:40:27:0:2:40:27:0:3 chr2 27428295 . A G 1006.96 PASS AF=0.972603;AO=64;DP=67;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0293971;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.98;QD=55.1759;RBI=0.029499;REFB=-0.151752;REVB=0.00244952;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262242;STB=0.511625;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0062759;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:67:73:2:2:64:71:0.972603:29:35:2:0:29:42:2:0 chr2 27435250 . A G 1037.09 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.957;QD=57.6162;RBI=0.0519599;REFB=0;REVB=0.0516498;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00331878;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:65:72:1:27:38:0:0:30:42:0:0 chr2 27440784 . C CT 391.02 PASS AF=1;AO=8;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268471;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=102.637;QD=44.6875;RBI=0.0269672;REFB=0;REVB=-0.00254309;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000778509;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:35:35:35:0:17:18:0:0:4:25:1:7:16:9 chr2 27440785 . C T 287.46 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0350648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.961;QD=30.2587;RBI=0.0481668;REFB=-0.189493;REVB=0.0330227;RO=13;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341243;STB=0.686973;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0151363;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:38:13:13:25:25:0.657895:9:16:1:12:9:16:1:12 chr2 27466368 . C T 220.41 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0322161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.028;QD=16.0298;RBI=0.032341;REFB=-0.0163295;REVB=0.00283924;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161444;OID=.;OPOS=27466368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:30:25:25:0.454545:15:10:11:16:15:10:12:18 chr2 27730940 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0108478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.572;QD=15.8391;RBI=0.0177657;REFB=-0.0258407;REVB=-0.0140693;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287934;STB=0.666295;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0360718;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:1:6:4:4:1:6 chr2 27801403 . C G 105.06 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00499575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.403;QD=11.0591;RBI=0.0254213;REFB=-0.0380294;REVB=-0.0249256;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200996;STB=0.620497;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0929162;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:13:12:4:9:13:12 chr2 27801418 . C A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000228554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.525;QD=13.4589;RBI=0.0323334;REFB=-0.0141546;REVB=-0.0323326;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289961;STB=0.670825;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0167703;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:4:12:13:13:4:12:13:13 chr2 27801493 . T C 130.63 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0202068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.627;QD=13.751;RBI=0.0230636;REFB=-0.00220584;REVB=0.0111182;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103647;STB=0.548322;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00299595;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:6:9:11:11:6:9:12:11 chr2 27801759 . A G 192.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0390142;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.384;QD=21.9699;RBI=0.0390259;REFB=-0.0124626;REVB=0.00095574;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365105;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0144385;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:11:8:7:8:11:8:7:9 chr2 27803593 . G T 236.73 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0126989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.271;QD=20.147;RBI=0.0337282;REFB=-0.0310934;REVB=-0.0312463;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156049;STB=0.616689;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0324006;OID=.;OPOS=27803593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:21:24:23:23:0.489362:10:13:8:13:10:13:8:16 chr2 27838058 . C A 192.26 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00707021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.557;QD=16.0217;RBI=0.00907205;REFB=-0.0471528;REVB=-0.00568456;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220443;STB=0.512646;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0466396;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:12:16:11:9:12:16 chr2 27873415 . G A 305.13 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0221648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.692;QD=15.0682;RBI=0.0240748;REFB=-0.0056699;REVB=-0.00939773;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560665;STB=0.530846;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00509597;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:47:34:34:0.419753:17:17:20:25:17:17:21:26 chr2 27887034 . C A 440.5 PASS AF=0.438596;AO=49;DP=115;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.000625686;FXX=0.0086949;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.987;QD=15.4561;RBI=0.0111843;REFB=-0.00486052;REVB=0.0111668;RO=64;SAF=16;SAR=33;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137122;STB=0.567661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00631947;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:64:64:49:50:0.438596:33:16:29:35:33:17:29:35 chr2 28634776 . A G 620.8 PASS AF=0.508197;AO=61;DP=125;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00367556;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.126;QD=20.354;RBI=0.0111276;REFB=-0.0193999;REVB=-0.010503;RO=60;SAF=22;SAR=39;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217404;STB=0.613563;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0265604;OID=.;OPOS=28634776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:60:60:61:62:0.508197:39:22:36:24:39:23:36:24 chr2 28634790 . G A 587.77 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00797378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.945;QD=19.9244;RBI=0.0223255;REFB=-0.00669567;REVB=0.020853;RO=58;SAF=18;SAR=42;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223317;STB=0.623593;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0078568;OID=.;OPOS=28634790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:58:60:60:0.508475:42:18:31:27:42:18:31:27 chr2 28635674 . G A 337.67 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00621858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.462;QD=17.5411;RBI=0.00718275;REFB=-0.0227397;REVB=-0.00359459;RO=41;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487977;STB=0.502731;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0245022;OID=.;OPOS=28635674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:13:23:26:15:13:23:26:15 chr2 28635740 . T C 217.01 PASS AF=0.350649;AO=26;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0643304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4459;QD=11.2732;RBI=0.0673211;REFB=-0.00519607;REVB=-0.0198424;RO=50;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132634;STB=0.560811;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00416486;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:26:27:0.350649:16:10:25:25:16:11:25:25 chr2 28761981 . G C 147.54 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00942824;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.066;QD=14.0514;RBI=0.0115031;REFB=-0.0162328;REVB=-0.0065901;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865243;STB=0.562422;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0242684;OID=.;OPOS=28761981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:26:16:16:0.380952:9:7:13:12:9:7:14:12 chr2 28824793 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.321;QD=44.6896;RBI=0.0308008;REFB=0;REVB=0.0231605;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11155e-05;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr2 28854958 . C T 326.05 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.026691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8128;QD=12.0759;RBI=0.0525147;REFB=-0.0193093;REVB=-0.0452259;RO=67;SAF=23;SAR=17;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417901;STB=0.518086;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0359069;OID=.;OPOS=28854958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:68:40:40:0.37037:17:23:41:26:17:23:41:27 chr2 28865760 . T C 507.32 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0177773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.23;QD=20.4977;RBI=0.0225396;REFB=-0.0181034;REVB=0.0138566;RO=48;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00951315;STB=0.504948;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0246916;OID=.;OPOS=28865760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:50:49:49:0.494949:25:24:23:25:25:24:24:26 chr2 29001691 . A G 109.47 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00722934;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2472;QD=13.2695;RBI=0.00967414;REFB=-0.00560013;REVB=-0.0064285;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257812;STB=0.651933;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0086816;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:9:11:4:9:9:11 chr2 29022959 . T C 258.92 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0213618;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2989;QD=13.9957;RBI=0.0442323;REFB=-0.00937934;REVB=-0.038732;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070072;STB=0.539901;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0104736;OID=.;OPOS=29022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:13:17:22:22:13:17:22:22 chr2 29092679 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0180559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.949;QD=16.0428;RBI=0.0295493;REFB=-0.00965089;REVB=-0.0233911;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973853;STB=0.556037;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0136453;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:12:14:12:7:12:14 chr2 29092850 . G T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0105529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.975;QD=19.4668;RBI=0.0118686;REFB=-0.0128197;REVB=-0.00543146;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154286;STB=0.58688;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0124088;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:8:16:11:11:8:16 chr2 29129418 . A G 181.03 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00213406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.524;QD=16.4574;RBI=0.0170486;REFB=-0.0251815;REVB=-0.0169145;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124752;STB=0.571354;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0329798;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:10:15:9:10:10:15 chr2 29135468 . C G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0050511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.934;QD=23.0884;RBI=0.00542054;REFB=-0.0125786;REVB=0.00196689;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114165;STB=0.563922;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00756062;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:14:8:9:9:14:8:9:9 chr2 29170623 . G T 231.75 PASS AF=0.233766;AO=36;DP=155;FAO=36;FDP=154;FR=.;FRO=118;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.00275964;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.696;QD=6.01937;RBI=0.0226072;REFB=-0.00831149;REVB=0.0224382;RO=112;SAF=15;SAR=21;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827668;STB=0.53192;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0257954;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:112:118:36:36:0.233766:21:15:54:58:21:15:54:64 chr2 29222070 . G A 524.27 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266663;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.317;QD=58.2525;RBI=0.0267144;REFB=0;REVB=0.00160206;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025679;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:23:11:0:0:23:13:0:0 chr2 29226498 . G A 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0499;QD=55.0942;RBI=0.0279986;REFB=0;REVB=0.000352008;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348071;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr2 29226512 . A G 375.59 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.942;QD=55.6425;RBI=0.0441354;REFB=0;REVB=0.0104732;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168121;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:21:4:0:0:22:5:0:0 chr2 29246044 . T C 1003.75 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.804;QD=57.3572;RBI=0.030706;REFB=-0.0674195;REVB=0.0259618;RO=1;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010389;STB=0.505493;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000664214;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:45:23:0:1:45:24:0:1 chr2 29268375 . A C 749.28 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0080594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.894;QD=51.6744;RBI=0.030608;REFB=-0.15058;REVB=0.0295279;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.518981;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00094226;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:58:58:0:3:54:55:0.948276:37:17:0:0:38:17:0:3 chr2 29274704 . C T 963.56 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.869;QD=57.5259;RBI=0.0221756;REFB=-0.0965468;REVB=0.0194436;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259073;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:66:67:1:40:26:1:0:40:27:0:0 chr2 29274720 . A G 926.72 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000863484;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5354;QD=58.8395;RBI=0.00966631;REFB=0;REVB=-0.00962767;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118605;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr2 29286509 . T C 414.78 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0210418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8268;QD=16.7586;RBI=0.0239312;REFB=0.00303878;REVB=0.0113994;RO=56;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189414;STB=0.510633;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00729069;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:23:20:25:31:23:20:25:31 chr2 29287926 . C CGCT 155.54 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0190721;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=218.29;QD=15.1743;RBI=0.0381967;REFB=-0.0553786;REVB=0.0330945;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308025;STB=0.657935;STBP=0.117;TYPE=ins;VARB=0.0686454;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:17:43:17:41:24:6:11:15:9:99:26:6:11:17:9 chr2 29294629 . C T 277.66 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0132227;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.437;QD=15.8665;RBI=0.0167212;REFB=-0.00429547;REVB=-0.0102352;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239321;STB=0.513505;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0048781;OID=.;OPOS=29294629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:12:19:23:16:12:19:23:16 chr2 29294754 . G C 278.85 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00641721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.506;QD=21.8704;RBI=0.00772257;REFB=-0.0103546;REVB=-0.00429623;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122994;STB=0.559328;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00857649;OID=.;OPOS=29294754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:11:17:10:12:11:17:11:12 chr2 29295016 . A G 171.05 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0115754;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.799;QD=10.6906;RBI=0.014188;REFB=-0.00588412;REVB=0.00820411;RO=39;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229358;STB=0.529386;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0118078;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:42:22:22:0.34375:16:6:10:29:16:6:10:32 chr2 29295676 . G A 233.55 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0040284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.554;QD=16.6821;RBI=0.00561485;REFB=-0.017181;REVB=0.00391133;RO=29;SAF=20;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362005;STB=0.709084;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0209429;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:6:20:12:17:6:21:12:17 chr2 29296870 . C T 121.97 PASS AF=0.375;AO=13;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0565797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5431;QD=12.1972;RBI=0.0612083;REFB=0.0532676;REVB=-0.0233496;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0926833;OID=.;OPOS=29296870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:26:25:13:15:0.375:9:4:11:15:9:6:10:15 chr2 29297068 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0191117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.361;QD=17.3212;RBI=0.0193993;REFB=-0.000696099;REVB=-0.00332782;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399478;OID=.;OPOS=29297068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:9:9:8:8:9:9 chr2 29352870 . G A 196.27 PASS AF=0.393939;AO=24;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0611002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9551;QD=11.8951;RBI=0.0613237;REFB=-0.0285568;REVB=0.0052311;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169004;STB=0.568669;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0426861;OID=.;OPOS=29352870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:40:24:26:0.393939:12:12:13:25:14:12:14:26 chr2 29356669 . A G 213.16 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00800987;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.358;QD=10.1504;RBI=0.0205247;REFB=-0.00117078;REVB=0.0188972;RO=56;SAF=8;SAR=19;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124836;STB=0.581378;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00234337;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:57:27:27:0.321429:19:8:22:34:19:8:23:34 chr2 29416025 . C CATTG 471.83 PASS AF=0.398496;AO=49;DP=137;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0116042;FXX=0.0499964;HRUN=1;LEN=4;MLLD=260.147;QD=14.1904;RBI=0.0121395;REFB=-0.0013547;REVB=-0.00356509;RO=82;SAF=17;SAR=32;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147668;STB=0.5485;STBP=0.366;TYPE=ins;VARB=0.00184472;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.398496:49:137:53:133:80:21:32:38:42:99:82:17:32:39:43 chr2 29416366 . G C 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0485986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0835;QD=22.4374;RBI=0.0486352;REFB=0.00031066;REVB=0.001888;RO=30;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954748;STB=0.552604;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000937225;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:17:21:13:17:17:21:13:17 chr2 29416481 . T C 563.53 PASS AF=0.546392;AO=49;DP=92;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0228212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5956;QD=23.2385;RBI=0.044352;REFB=-0.0283463;REVB=0.0380302;RO=43;SAF=15;SAR=34;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207339;STB=0.607866;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0272207;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:43:44:49:53:0.546392:34:15:23:20:36:17:24:20 chr2 29416572 . T C 754.8 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.208;QD=54.8947;RBI=0.0434696;REFB=0.0796571;REVB=0.0265912;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000511998;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:53:54:0.981818:30:23:0:0:31:23:0:1 chr2 29430942 . GTC G 162.3 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0259922;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.261;QD=12.0219;RBI=0.0437642;REFB=-0.00965122;REVB=-0.0352094;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934425;STB=0.574002;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.0197045;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:19:55:20:54:34:10:10:21:13:99:31:10:9:19:12 chr2 29444076 . G T 272.48 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0170519;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.663;QD=22.2435;RBI=0.017869;REFB=-0.0167974;REVB=0.00534144;RO=22;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103691;STB=0.557814;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.016223;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:22:22:27:27:0.55102:19:8:9:13:19:8:9:13 chr2 29444095 . C T 285.71 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0291974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.746;QD=27.2101;RBI=0.0293675;REFB=-0.00748023;REVB=-0.00315627;RO=15;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145385;STB=0.575696;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00543668;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:25:26:0.619048:18:7:7:8:19:7:7:9 chr2 29445458 . G T 106.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.049093;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.551;QD=20.3045;RBI=0.0542179;REFB=-0.0445215;REVB=0.0230099;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977979;STB=0.555467;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0327902;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:2:7:8:4:2:7 chr2 29519923 . G A 219.5 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0232944;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.489;QD=23.105;RBI=0.0301096;REFB=-0.0201634;REVB=0.0190776;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994097;STB=0.555504;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00982916;OID=.;OPOS=29519923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:6:11:11:10:6:11 chr2 29543663 . T C 1487.21 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0218681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.952;QD=60.0894;RBI=0.0509356;REFB=-0.00832602;REVB=-0.0460024;RO=3;SAF=63;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204066;STB=0.510769;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000326717;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:96:96:0.969697:33:63:1:2:33:63:1:2 chr2 29903931 . T A 162.9 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0194917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7014;QD=13.0322;RBI=0.0770339;REFB=0.00370321;REVB=0.0745271;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276363;STB=0.524859;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00587596;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:8:10:18:13:8:10:19:13 chr2 29940529 . A T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0202474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.188;QD=14.2621;RBI=0.020485;REFB=-0.00916028;REVB=-0.00311135;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141214;STB=0.564438;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0149125;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:9:7:7:16:9:7:8:16 chr2 30381505 . T C 251.57 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0177598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2274;QD=15.0189;RBI=0.0188925;REFB=0.0019969;REVB=0.00644343;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265917;STB=0.6498;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00178103;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:12:17:12:26:12:17:12:26 chr2 30976058 . C T 345.45 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00518921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6914;QD=14.8582;RBI=0.034473;REFB=-0.0140733;REVB=-0.0340802;RO=55;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321582;STB=0.681598;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0224746;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:13:25:19:36:13:25:19:36 chr2 30980940 . C T 268.12 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0042605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.097;QD=21.8872;RBI=0.0381966;REFB=-0.0248986;REVB=0.0379583;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307934;STB=0.529388;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0240176;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:15:10:10:13:15:10:11:13 chr2 31178818 . C T 550.72 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.879;QD=59.5377;RBI=0.0414866;REFB=0;REVB=0.0212286;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208417;OID=.;OPOS=31178818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:24:13:0:0 chr2 31414807 . C G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.786;QD=58.6001;RBI=0.0312761;REFB=0;REVB=-0.0161398;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05843e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr2 31490716 . C G 302.76 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.08987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8009;QD=17.057;RBI=0.0982461;REFB=0.0165415;REVB=-0.0396947;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109661;STB=0.561321;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.017268;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:13:25:18:15:13:25 chr2 31571786 . A G 873.4 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184057;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.408;QD=58.2265;RBI=0.0185335;REFB=0;REVB=-0.00217298;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152181;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr2 31805880 . A AG 276.68 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.765;QD=38.1631;RBI=0.212842;REFB=0;REVB=-0.0907907;RO=4;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00271802;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:28:29:29:0:15:14:0:0:6:4:12:12:3:1 chr2 32342508 . A T 3151.64 PASS AF=0.985981;AO=204;DP=209;FAO=211;FDP=214;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0330432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6464;QD=58.9091;RBI=0.0589245;REFB=-0.09567;REVB=0.0487877;RO=5;SAF=83;SAR=121;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909526;STB=0.503674;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00140499;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:209:214:5:3:204:211:0.985981:121:83:3:2:124:87:2:1 chr2 32667182 . G C 857.69 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126034;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.32;QD=58.1486;RBI=0.0315363;REFB=0;REVB=0.0289083;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84039e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr2 32855615 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.411;QD=64.4139;RBI=0.0606436;REFB=0;REVB=0.0376307;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806501;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr2 32983480 . G A 1370.39 PASS AF=1;AO=64;DP=90;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348068;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.288;QD=63.0063;RBI=0.0507313;REFB=0;REVB=0.0369073;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484596;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:87:0:0:64:87:1:47:17:0:0:48:39:0:0 chr2 33412077 . G A 112.54 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00432949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.964;QD=9.18677;RBI=0.0241326;REFB=0.00138195;REVB=0.023741;RO=34;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165045;STB=0.594449;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00336668;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:11:3:11:23:11:3:11:24 chr2 33447202 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00981334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.577;QD=21.9441;RBI=0.025254;REFB=-6.02923e-05;REVB=-0.0232694;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219838;STB=0.624832;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-3.55172e-05;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:12:4:6:6:12:4:6:6 chr2 33488419 . G A 298.37 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0118823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.183;QD=10.8497;RBI=0.0121734;REFB=-0.0128211;REVB=-0.00264601;RO=72;SAF=20;SAR=18;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456485;STB=0.526302;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0297878;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:72:38:38:0.345455:18:20:35:37:18:20:35:37 chr2 33510916 . G T 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9531;QD=59.4983;RBI=0.0315146;REFB=0;REVB=-0.0294489;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221592;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr2 33540248 . G A 1449.87 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0217799;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.922;QD=61.0474;RBI=0.0251306;REFB=-0.0591803;REVB=0.0125372;RO=1;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101954;STB=0.510636;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00106984;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:95:1:2:93:93:0.978947:46:47:0:1:46:47:0:2 chr2 33557974 . A G 563.64 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.704;QD=57.809;RBI=0.072518;REFB=-0.0248396;REVB=0.064275;RO=1;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170418;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000997007;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:27:11:0:1:27:11:0:1 chr2 33585796 . T C,G 2094.67 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=130,6;DP=136;FAO=130,6;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=64,6;FSAR=66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105777,-0.00396138;FXX=0.00729874;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.6307,176.075;QD=61.608;RBI=0.0105816,0.00798959;REFB=0,0;REVB=0.000285355,0.00693837;RO=0;SAF=64,6;SAR=66,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.98038e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00141102,0.20614;OID=.,.;OPOS=33585796,33585796;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:136:136:0:0:130,6:130,6:0.955882,0.0441176:66,0:64,6:0:0:66,0:64,6:0:0 chr2 33764286 . T C 638.01 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0211996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5626;QD=22.0003;RBI=0.0227048;REFB=-0.0281979;REVB=-0.0081294;RO=52;SAF=16;SAR=47;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113383;STB=0.559314;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.020024;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:52:53:63:63:0.543103:47:16:19:33:47:16:19:34 chr2 33952413 . T C 487.17 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000151313;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.827;QD=59.0506;RBI=0.0101076;REFB=0;REVB=0.0101064;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28135e-05;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr2 33952456 . C G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.333;QD=54.481;RBI=0.0409817;REFB=0.0122633;REVB=0.0372187;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00017896;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:17:14:0:1:17:14:0:1 chr2 33952621 . G A 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00473472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.443;QD=17.2458;RBI=0.0159501;REFB=-0.0324304;REVB=0.0152311;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187016;STB=0.606202;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0313156;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:9:18:10:11:9:18 chr2 36704144 . C T 610.57 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0109329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.662;QD=21.4236;RBI=0.0461077;REFB=-0.00953808;REVB=-0.0447928;RO=52;SAF=26;SAR=35;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052657;STB=0.523379;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00818466;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:52:53:61:61:0.535088:35:26:19:33:35:26:20:33 chr2 36756288 . T C 1182.31 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628374;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.847;QD=60.6312;RBI=0.0157412;REFB=0;REVB=0.0144326;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528076;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:43:34:0:0:44:34:0:0 chr2 36776555 . G T 741.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.778;QD=55.9563;RBI=0.0502669;REFB=0;REVB=0.00849718;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097861;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:32:19:0:0:34:19:0:0 chr2 36779297 . T C 322.4 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.000122112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.904;QD=16.5331;RBI=0.0166015;REFB=-0.0240447;REVB=-0.0166011;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163264;STB=0.591875;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0263969;OID=.;OPOS=36779297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:13:22:20:23:13:22:20:23 chr2 36781401 . T C 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025656;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0009;QD=61.2209;RBI=0.0465077;REFB=0;REVB=0.0464369;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139559;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:51:27:0:0:51:27:0:0 chr2 36782886 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.274;QD=61.3324;RBI=0.0511984;REFB=0;REVB=0.049642;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211353;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr2 36808732 . T G 651.39 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10123;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.3058;QD=60.5942;RBI=0.104191;REFB=0;REVB=0.0246637;RO=2;SAF=13;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721068;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:2:0:41:43:1:28:13:2:0:28:15:0:0 chr2 37094945 . A G 246.42 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277549;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=90.7435;QD=46.9363;RBI=0.0346655;REFB=-0.194955;REVB=0.0207694;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516113;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00553162;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:5:15:0:0:5:15:1:0 chr2 37227797 . C G 169.35 PASS AF=0.4;AO=18;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0225805;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3371;QD=13.5477;RBI=0.0440247;REFB=-0.0296195;REVB=-0.0377929;RO=30;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549505;STB=0.7997;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0649858;OID=.;OPOS=37227797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:30:30:18:20:0.4:3:15:10:20:4:16:9:21 chr2 37306343 . G A 2239.1 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.838;QD=62.1973;RBI=0.013902;REFB=-0.0723745;REVB=0.00377919;RO=0;SAF=73;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=2.82123e-05;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:144:0:1:142:143:0.993056:69:73:0:0:69:74:1:0 chr2 37317869 . C T 580.69 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694276;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.184;QD=61.1248;RBI=0.00858649;REFB=0;REVB=-0.00505231;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632154;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr2 37406644 . A G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.088;QD=64.1501;RBI=0.0347788;REFB=0;REVB=0.0102693;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103616;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr2 37406679 . GCA AGG,GGA 746.73 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,44;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220237,0.0137262;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=75.9818,191.337;QD=62.2276;RBI=0.0236674,0.0207371;REFB=0,0;REVB=-0.00866628,0.015544;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0824352,-0.00024175;OID=.,.;OPOS=37406679,37406680;OREF=GCA,C;OALT=AGG,G;OMAPALT=AGG,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:48:48:0:0:2,44:2,46:0.0416667,0.958333:2,22:0,22:0:0:2,23:0,23:0:0 chr2 37456032 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7124;QD=40.7623;RBI=0.068674;REFB=0;REVB=0.0512274;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317183;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr2 37458668 . G A 316.31 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00896694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5949;QD=17.82;RBI=0.0137411;REFB=-0.0146836;REVB=0.0104122;RO=34;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305455;STB=0.516361;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0284036;OID=.;OPOS=37458668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:37:34:34:0.478873:11:23:24:10:11:23:24:13 chr2 37477794 . C A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3446;QD=50.4064;RBI=0.0814202;REFB=0;REVB=-0.0537268;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136142;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 37494591 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0121311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.662;QD=13.5766;RBI=0.0212166;REFB=0.00635893;REVB=-0.0174063;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375174;STB=0.721289;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00842847;OID=.;OPOS=37494591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:11:8:10:3:11:8 chr2 37505105 . T G 651.06 PASS AF=0.511811;AO=63;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00829364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0496;QD=20.5058;RBI=0.0228239;REFB=-0.0104082;REVB=-0.0212637;RO=61;SAF=26;SAR=37;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144126;STB=0.58858;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0082107;OID=.;OPOS=37505105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:62:63:65:0.511811:37:26:35:26:39:26:36:26 chr2 37506939 . A G 362.17 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0188239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.365;QD=19.0617;RBI=0.0195959;REFB=-0.0149362;REVB=0.00544643;RO=38;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179662;STB=0.592058;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0152408;OID=.;OPOS=37506939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:38:37:38:0.5:19:18:26:12:19:19:26:12 chr2 37579937 . C T 309.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0104281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.801;QD=18.7844;RBI=0.0287936;REFB=0.0335307;REVB=-0.0268389;RO=33;SAF=24;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212479;STB=0.619119;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00784911;OID=.;OPOS=37579937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:9:24:17:16:9:24:17:16 chr2 37579971 . C T 430.59 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0386232;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.304;QD=20.0276;RBI=0.0396465;REFB=-0.00744424;REVB=0.00894967;RO=43;SAF=29;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156374;STB=0.573344;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0194485;OID=.;OPOS=37579971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:14:29:22:21:15:28:22:21 chr2 37599963 . A C 239.42 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0510014;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.769;QD=25.2017;RBI=0.0512251;REFB=0.00701657;REVB=-0.00478159;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167828;STB=0.609034;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00256084;OID=.;OPOS=37599963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:15:16:22:22:0.578947:15:7:8:7:15:7:9:7 chr2 37872508 . G A 409.21 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0875572;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.87;QD=17.7917;RBI=0.0876639;REFB=0.00583313;REVB=-0.00432273;RO=48;SAF=23;SAR=19;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202757;STB=0.6114;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0117588;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:42:42:0.456522:19:23:16:32:19:23:17:33 chr2 38179134 . G A 712.06 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033916;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.349;QD=63.294;RBI=0.0511966;REFB=0;REVB=-0.038351;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477349;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr2 38298150 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0398458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.548;QD=18.1188;RBI=0.0398462;REFB=-0.0176214;REVB=0.000191362;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204267;STB=0.617505;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0138049;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:14:4:8:12:14:4:8:12 chr2 38298203 . C G 167.4 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0601406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5195;QD=23.0896;RBI=0.0604455;REFB=0.00106984;REVB=0.00606306;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174678;STB=0.598208;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00254659;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:7:5:11:6:7:5 chr2 38916970 . A T 395.44 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0157656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.76;QD=17.5751;RBI=0.0158366;REFB=-0.0106666;REVB=0.0014977;RO=48;SAF=27;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119656;STB=0.562469;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0115965;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:14:27:26:22:14:27:27:22 chr2 39008949 . G A 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0041775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.798;QD=16.4801;RBI=0.0356393;REFB=-0.000847243;REVB=0.0353937;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243098;STB=0.638161;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00244549;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:18:7:10:9:18:7 chr2 39025555 . G A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0976799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.528;QD=18.4264;RBI=0.0977429;REFB=-0.00554137;REVB=-0.00350919;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813953;STB=0.553534;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00547819;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:14:14:11:16:14:14:11:17 chr2 39050141 . A C 289.15 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1734;QD=52.5726;RBI=0.0333429;REFB=0;REVB=0.028401;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546133;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr2 39082344 . T C 899.96 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.948;QD=58.0619;RBI=0.0124092;REFB=0;REVB=0.0109543;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95788e-05;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr2 39209426 . A G 101.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.211;QD=40.748;RBI=0.023125;REFB=0;REVB=0.0225253;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222823;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 39212566 . T TG 37.37 PASS AF=0.24;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0143852;FXX=0.0740466;HRUN=0;LEN=1;MLLD=303.614;QD=5.97985;RBI=0.0224836;REFB=-0.0060612;REVB=-0.0172794;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13358;STB=0.515102;STBP=0.966;TYPE=ins;VARB=0.016011;OID=.;OPOS=39212567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:6:35:6:25:19:2:4:6:13:37:29:2:4:7:22 chr2 39212637 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.871;QD=39.2068;RBI=0.0110538;REFB=0;REVB=-0.00168567;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39335e-05;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr2 39347531 . GA G 253.54 PASS AF=1;AO=29;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.79672;QD=21.5778;RBI=0.276169;REFB=-0.000890544;REVB=0.0708602;RO=10;SAF=21;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0107464;OID=.;OPOS=39347532;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:45:47:47:0:26:21:0:0:4:10:21:8:4:6 chr2 39414818 . TA T 119.03 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0194869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.6816;QD=10.8209;RBI=0.0980471;REFB=0.0142438;REVB=-0.0960911;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148808;STB=0.543583;STBP=0.607;TYPE=del;VARB=-0.0204981;OID=.;OPOS=39414819;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:19:43:21:44:23:12:9:15:8:99:22:10:9:15:7 chr2 39477170 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00176662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.585;QD=10.6346;RBI=0.0043373;REFB=-0.0084128;REVB=-0.00396121;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31536;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0180091;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:9:4:5:3:9:4 chr2 39507417 . T A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0124309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3508;QD=12.0204;RBI=0.013794;REFB=0.00648956;REVB=-0.00597873;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196687;STB=0.615228;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0192331;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:8:17:7:7:8:17 chr2 39519910 . T C 284.55 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.031323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4928;QD=17.7846;RBI=0.0476062;REFB=0.0217265;REVB=-0.0358499;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127961;STB=0.562774;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0164076;OID=.;OPOS=39519910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:31:31:0.484375:16:15:20:12:16:15:20:13 chr2 39526947 . T C 1626.87 PASS AF=0.501548;AO=162;DP=323;FAO=162;FDP=323;FR=.;FRO=161;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=64;FSRR=97;FWDB=0.00326306;FXX=0.00308632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.409;QD=20.147;RBI=0.00420528;REFB=-0.0162192;REVB=0.0026527;RO=158;SAF=76;SAR=86;SRF=63;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640679;STB=0.535991;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0151629;OID=.;OPOS=39526947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:158:161:162:162:0.501548:86:76:63:95:86:76:64:97 chr2 39583446 . A G 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00853154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4121;QD=15.1653;RBI=0.00861449;REFB=0.00533602;REVB=0.00119259;RO=30;SAF=18;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35198;STB=0.702411;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00716421;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:5:18:14:16:5:18:14:16 chr2 40403104 . A G 341.23 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00639852;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.698;QD=20.3719;RBI=0.0198258;REFB=0.00300923;REVB=0.0187649;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110372;STB=0.544279;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00245972;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:31:32:34:35:0.522388:14:20:22:9:14:21:22:10 chr2 42396722 . A G 109.61 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=-0.034344;FXX=0.0754575;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.286;QD=8.9476;RBI=0.0506429;REFB=-0.0167267;REVB=-0.0372183;RO=32;SAF=13;SAR=1;SRF=29;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868955;STB=0.536028;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0805151;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:35:14:14:0.285714:1:13:29:3:1:13:32:3 chr2 42508018 . C T 258.17 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0304756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7272;QD=13.955;RBI=0.0405303;REFB=-0.00435414;REVB=-0.0267197;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463523;STB=0.526394;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00820248;OID=.;OPOS=42508018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:13:17:23:21:13:17:23:21 chr2 42510018 . A G 941.12 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0710678;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3887;QD=53.0209;RBI=0.0759726;REFB=-0.0653959;REVB=-0.0268553;RO=4;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483846;STB=0.524993;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00355335;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:70:71:4:4:66:67:0.943662:37:29:0:4:38:29:0:4 chr2 42515388 . A G 308.25 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0196704;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.251;QD=18.1321;RBI=0.0212692;REFB=-0.00983578;REVB=0.00809034;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502536;STB=0.528042;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00982077;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:19:14:13:22:19:14:13:22 chr2 42515437 . A G 230.86 PASS AF=0.464286;AO=27;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00493866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0383;QD=16.4901;RBI=0.0917654;REFB=-0.00701033;REVB=0.0916324;RO=29;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877185;STB=0.536022;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.01386;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:27:26:0.464286:19:8:11:18:18:8:11:19 chr2 42559444 . C T 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0113125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.476;QD=31.1373;RBI=0.0153582;REFB=-0.0209466;REVB=-0.0103876;RO=16;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885973;STB=0.548599;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0105687;OID=.;OPOS=42559444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:19:11:8:8:19:11:8:8 chr2 42560975 . A G 153.5 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00251519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.434;QD=11.5847;RBI=0.0231602;REFB=-0.00981307;REVB=0.0230232;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657909;STB=0.531421;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0142096;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:34:18:19:0.358491:11:7:11:22:12:7:11:23 chr2 42577803 . T TAAATACACAC 45.62 PASS AF=0.28;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00254233;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=10;MLLD=271.413;QD=7.29971;RBI=0.00947989;REFB=-0.00856048;REVB=-0.00913263;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229193;STB=0.628856;STBP=0.418;TYPE=ins;VARB=0.0142848;OID=.;OPOS=42577804;OREF=-;OALT=AAATACACAC;OMAPALT=TAAATACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:27:7:25:18:3:4:11:7:45:19:3:4:12:7 chr2 42588195 . T C 297.07 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0725512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3597;QD=16.0577;RBI=0.126175;REFB=0.022832;REVB=-0.10323;RO=41;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173682;STB=0.59793;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0261424;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:12:21:19:22:12:21:19:22 chr2 42990101 . G C 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00250488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.598;QD=20.3316;RBI=0.0150188;REFB=-0.0170165;REVB=0.0148085;RO=41;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040253;STB=0.517041;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0185399;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:42:43:43:0.505882:18:25:22:19:18:25:23:19 chr2 42990336 . T G 209.09 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.000796427;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.54;QD=17.7947;RBI=0.0140578;REFB=-0.0182513;REVB=-0.0140352;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162814;STB=0.591847;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0243492;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:6:20:13:8:6:20 chr2 42990522 . C T 309.9 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0226101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.863;QD=18.782;RBI=0.0267847;REFB=-0.036822;REVB=0.0143598;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999773;STB=0.546191;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0377857;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:18:15:11:21:18:15:12:21 chr2 42991088 . AC A 39.01 PASS AF=0.6;AO=5;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0501742;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.4506;QD=10.403;RBI=0.155028;REFB=0.0652655;REVB=-0.146685;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487487;STB=0.699519;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=-0.078655;OID=.;OPOS=42991089;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:5:14:9:15:6:7:2:2:4:27:5:4:1:1:4 chr2 43015704 . T A 70.44 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00619142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.274;QD=7.04358;RBI=0.0370103;REFB=-0.00721042;REVB=0.0364888;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771622;STB=0.575605;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0176427;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:28:30:10:10:0.25:6:4:13:15:6:4:15:15 chr2 43015719 . T C 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00348826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.435;QD=6.02718;RBI=0.0145351;REFB=0.00451878;REVB=-0.0141104;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222664;STB=0.643743;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0136239;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:6:3:16:15:6:3:16:15 chr2 43015757 . G A 42.13 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0111145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.817;QD=5.26563;RBI=0.0631043;REFB=-0.00412542;REVB=-0.0621178;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448574;STB=0.803157;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0558611;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:12:13:6:1:12:13 chr2 43625184 . T A 494.5 PASS AF=0.439024;AO=53;DP=121;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0238693;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.163;QD=16.0812;RBI=0.0265403;REFB=-0.00325162;REVB=0.0116037;RO=67;SAF=22;SAR=31;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151851;STB=0.596477;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00529611;OID=.;OPOS=43625184;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:67:69:53:54:0.439024:31:22:38:29:32:22:40:29 chr2 43635506 . T C 153.42 PASS AF=0.350877;AO=18;DP=55;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00742728;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.455;QD=10.7665;RBI=0.0170184;REFB=-0.0128803;REVB=0.0153122;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144755;STB=0.57887;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0211962;OID=.;OPOS=43635506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:35:37:18:20:0.350877:9:9:22:13:10:10:23:14 chr2 43793899 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.173066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2303;QD=21.8416;RBI=0.184805;REFB=-0.0155419;REVB=-0.0648153;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418591;STB=0.749058;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0166828;OID=.;OPOS=43793899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:0:2:1:5:0:2 chr2 43902511 . G C 63.64 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0982772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.311;QD=9.09148;RBI=0.098324;REFB=0.0183805;REVB=0.00303209;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498623;STB=0.815497;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0588383;OID=.;OPOS=43902511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:8:1:9:10:8:1:9:10 chr2 43903066 . A G 120.89 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0410144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.055;QD=14.653;RBI=0.0439315;REFB=-0.00965439;REVB=0.0157416;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950368;STB=0.555473;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0110579;OID=.;OPOS=43903066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:7:12:10:4:7:12 chr2 43903354 . T C 479.35 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00382577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.079;QD=22.5575;RBI=0.00443129;REFB=-0.00331196;REVB=0.00223601;RO=39;SAF=22;SAR=24;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15639;STB=0.585925;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0027149;OID=.;OPOS=43903354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:24:22:26:13:24:22:26:13 chr2 44053564 . A G 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0228804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.934;QD=8.99481;RBI=0.0308571;REFB=-0.00164038;REVB=-0.0207039;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096537;STB=0.571309;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00270577;OID=.;OPOS=44053564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:7:5:14:14:7:5:15:14 chr2 44066174 . T G 365.56 PASS AF=0.587302;AO=30;DP=56;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0327696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9626;QD=23.2104;RBI=0.0426846;REFB=-0.0559246;REVB=0.027352;RO=24;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105774;STB=0.531838;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0409083;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:63:24:26:30:37:0.587302:9:21:14:10:13:24:15:11 chr2 44071743 . A G 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0340112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.683;QD=25.3156;RBI=0.0362619;REFB=-0.0204226;REVB=0.0125763;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266373;STB=0.514836;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0156754;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:13:7:5:8:13:7:5:8 chr2 44099433 . C A 544.93 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.412;QD=57.3612;RBI=0.0218013;REFB=-0.124285;REVB=0.00656986;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00104993;OID=.;OPOS=44099433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:36:37:0.973684:17:19:0:0:17:20:1:0 chr2 44101538 . C T 1520.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.693;QD=61.4339;RBI=0.0829505;REFB=0;REVB=-0.0166879;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261314;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:99:0:0:88:99:1:51:37:0:0:54:45:0:0 chr2 44102491 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0640628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.465;QD=13.486;RBI=0.0652226;REFB=-0.0223415;REVB=0.0122452;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0253087;OID=.;OPOS=44102491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:4:7:7:2:4:7 chr2 44104925 . T C 920.44 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3553;QD=57.5274;RBI=0.120897;REFB=0;REVB=0.0814093;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100502;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:55:64:1:33:22:0:0:36:28:0:0 chr2 44201376 . T C 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00121629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.197;QD=19.0374;RBI=0.00307516;REFB=-0.00671773;REVB=-0.0028244;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283734;STB=0.515782;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0100635;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:23:19:19:26:23:19:19:26 chr2 44461103 . C G 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00445138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.327;QD=16.1701;RBI=0.0325161;REFB=-0.0208087;REVB=-0.03221;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194256;STB=0.610979;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0332966;OID=.;OPOS=44461103;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:6:14:8:8:6:14 chr2 44502788 . A C 263.7 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=79;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0405527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.03;QD=12.8636;RBI=0.0421035;REFB=-0.016427;REVB=-0.0113219;RO=49;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471377;STB=0.528284;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0310963;OID=.;OPOS=44502788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:49:51:30:31:0.378049:14:16:24:25:15:16:24:27 chr2 44547574 . G A 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0138167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.345;QD=16.1369;RBI=0.0144972;REFB=-0.00592272;REVB=-0.00438962;RO=47;SAF=19;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608294;STB=0.52771;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00675135;OID=.;OPOS=44547574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:18:19:27:20:18:19:27:21 chr2 45149003 . C T 173.87 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.000447251;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.249;QD=18.3025;RBI=0.0148353;REFB=-0.00386686;REVB=0.0148285;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251011;STB=0.65698;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00505842;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:20:18:18:0.473684:10:8:15:6:10:8:15:5 chr2 45171842 . A G 775.81 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.884;QD=56.4228;RBI=0.0372308;REFB=0;REVB=0.00807686;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24753e-05;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:32:21:0:0:33:22:0:0 chr2 45640334 . T C 406.5 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00623251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.702;QD=14.1391;RBI=0.0186234;REFB=0.00311529;REVB=-0.0175496;RO=65;SAF=11;SAR=36;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286269;STB=0.653061;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00489852;OID=.;OPOS=45640334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:68:47:47:0.408696:36:11:31:34:36:11:31:37 chr2 45640374 . C A 380.02 PASS AF=0.465909;AO=37;DP=84;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0249962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.62;QD=17.2737;RBI=0.0269605;REFB=-0.03547;REVB=-0.0101025;RO=47;SAF=25;SAR=12;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367789;STB=0.688462;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.031278;OID=.;OPOS=45640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:47:47:37:41:0.465909:12:25:14:33:14:27:14:33 chr2 45645512 . C T 266.75 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.00899978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.609;QD=11.2317;RBI=0.0112061;REFB=0.00520803;REVB=0.00667681;RO=63;SAF=18;SAR=14;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664379;STB=0.538438;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0106502;OID=.;OPOS=45645512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:14:18:39:24:14:18:39:24 chr2 45796468 . C G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0140915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.643;QD=24.2928;RBI=0.0151917;REFB=-0.0128241;REVB=-0.00567611;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564238;STB=0.531565;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0110023;OID=.;OPOS=45796468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:6:13:8:5:6:13:8:5 chr2 45796479 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00265558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.592;QD=21.7453;RBI=0.0120553;REFB=-0.0191582;REVB=0.0117591;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110883;STB=0.562433;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0102461;OID=.;OPOS=45796479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:8:8:7:12:8:8 chr2 45796481 . G A 133.4 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0275081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.654;QD=15.6939;RBI=0.0275106;REFB=-0.00207805;REVB=-0.000368874;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188278;STB=0.59132;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00397344;OID=.;OPOS=45796481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:15:15:0.441176:8:7:12:6:8:7:12:7 chr2 46313481 . C T 278.88 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00218037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.75;QD=16.4046;RBI=0.0203724;REFB=-0.0269976;REVB=0.0202554;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106351;STB=0.55996;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0287971;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:20:11:17:20:20:11:17:20 chr2 46707851 . G A 68.65 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.00148816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.112;QD=15.2552;RBI=0.0171073;REFB=-0.0467716;REVB=-0.0170425;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419765;STB=0.736453;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0730088;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:0:9:5:4:0:9 chr2 46707886 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.481;QD=16.4544;RBI=0.037557;REFB=0.0145134;REVB=0.037557;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706294;OID=.;OPOS=46707886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr2 46799852 . G T 419.14 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0481446;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3497;QD=14.3297;RBI=0.100142;REFB=-0.011374;REVB=-0.0878101;RO=65;SAF=30;SAR=18;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184921;STB=0.620934;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0135002;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:65:69:48:48:0.410256:18:30:29:36:18:30:29:40 chr2 46986182 . T G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0268306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.653;QD=27.3836;RBI=0.0515742;REFB=0.0263094;REVB=-0.0440456;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178335;STB=0.599815;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0130557;OID=.;OPOS=46986182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:3:0:4:6:3:0 chr2 47045309 . C T 58.49 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0181805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8686;QD=14.6221;RBI=0.0205698;REFB=0.0158611;REVB=-0.00962208;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0145079;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:5:3:3:5:5:3 chr2 47129927 . G C 57.95 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0335367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.3071;QD=12.8776;RBI=0.035588;REFB=-0.0128309;REVB=0.0119077;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0151463;OID=.;OPOS=47129927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:6:4:5:3:6:4 chr2 47129944 . G A 68.39 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0263599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.918;QD=10.9432;RBI=0.026711;REFB=-0.0275124;REVB=-0.00431639;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599808;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0323108;OID=.;OPOS=47129944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:25:13:15:8:10:0.4:3:5:10:3:5:5:10:5 chr2 47133055 . T C 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00446998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.744;QD=18.458;RBI=0.0199024;REFB=-0.0159995;REVB=0.0193939;RO=39;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388014;STB=0.523797;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0114678;OID=.;OPOS=47133055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:41:38:38:0.481013:23:15:17:22:23:15:18:23 chr2 47168774 . C G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.01814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.535;QD=19.9285;RBI=0.0181691;REFB=-0.043298;REVB=0.00102766;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253577;STB=0.644916;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0341603;OID=.;OPOS=47168774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:3:6:4:8:3:6 chr2 47201797 . A T 234.19 PASS AF=0.343434;AO=31;DP=90;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00235591;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.9224;QD=9.46233;RBI=0.00801177;REFB=-0.0509011;REVB=-0.00765755;RO=59;SAF=9;SAR=22;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27781;STB=0.653072;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.101185;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:99:59:65:31:34:0.343434:22:9:31:28:25:9:31:34 chr2 47251469 . G C 224.67 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0826591;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9083;QD=15.2321;RBI=0.0889908;REFB=-0.0266716;REVB=-0.0329672;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128322;STB=0.58025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0339812;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:33:26:26:0.440678:14:12:19:13:14:12:20:13 chr2 47274443 . G T 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.000341024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.867;QD=14.0958;RBI=0.00243658;REFB=0.000534252;REVB=0.0024126;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367603;STB=0.70987;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00182158;OID=.;OPOS=47274443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:3:15:6:7:3:15 chr2 47301029 . A G 692.8 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201283;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.764;QD=62.9823;RBI=0.0255424;REFB=0;REVB=0.0157247;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55299e-05;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 531.98 PASS AF=0.112903,0.677419;AO=16,29;DP=65;FAO=7,42;FDP=62;FR=.;FRO=13;FSAF=4,20;FSAR=3,22;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00491546,-0.029139;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=177.719,201.315;QD=34.3214;RBI=0.00765017,0.029358;REFB=-0.0173103,-0.049441;REVB=-0.00586203,0.00357861;RO=16;SAF=7,15;SAR=9,14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109669,-0.0293866;STB=0.571224,0.503471;STBP=0.714,0.958;TYPE=snp,ins;VARB=0.0182827,0.0114961;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:83:65:62:16:13:16,29:7,42:0.112903,0.677419:9,14:7,15:9:7:3,22:4,20:6:7 chr2 47596853 . C CG 147.63 PASS AF=0.648148;AO=30;DP=58;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0306561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9345;QD=10.9355;RBI=0.0595232;REFB=-0.0739511;REVB=-0.0510217;RO=26;SAF=7;SAR=23;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158767;STB=0.647525;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0301644;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.648148:30:58:35:54:19:7:28:10:9:90:26:7:23:10:16 chr2 47601106 . T C 255.14 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0226508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9819;QD=22.1857;RBI=0.0290124;REFB=-0.0141054;REVB=-0.018129;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470398;STB=0.526294;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0106511;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:8:14:14:10:8:14 chr2 47604176 . C T 120.76 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0164719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4298;QD=25.4237;RBI=0.0169959;REFB=0.0300673;REVB=-0.00418781;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984044;STB=0.564417;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.014623;OID=.;OPOS=47604176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:12:13:0.684211:6:6:2:4:6:7:2:4 chr2 47739551 . A G 396.18 PASS AF=0.588235;AO=36;DP=66;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00207549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.928;QD=23.3045;RBI=0.00868343;REFB=-0.0181737;REVB=0.00843174;RO=26;SAF=10;SAR=26;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279856;STB=0.501677;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0131778;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:26:28:36:40:0.588235:26:10:8:18:27:13:9:19 chr2 48010488 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0103041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.176;QD=15.8391;RBI=0.0125588;REFB=-0.00687596;REVB=0.00717976;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00480949;OID=.;OPOS=48010488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr2 48030691 . C CA,CT 899.12 PASS AF=0.47541,0.516393;AO=14,19;DP=128;FAO=58,63;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=22,22;FSAR=36,41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0706037,0.66707;FXX=0.00812942;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=45.4444,7.16303;QD=29.4794;RBI=0.0706284,1.01927;REFB=-0.0125813,0.142474;REVB=0.00186958,0.770664;RO=83;SAF=9,5;SAR=5,14;SRF=28;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.368276,-0.111402;STB=0.506847,0.506022;STBP=0.513,0.524;TYPE=ins,ins;VARB=0.00619126,-0.00482256;OID=.,.;OPOS=48030692,48030692;OREF=-,-;OALT=A,T;OMAPALT=CA,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.47541,0.516393:14,19:128:58,63:122:1:22,22:36,41:0:1:99:83:9,5:5,14:28:55 chr2 48030692 . T A 302.92 PASS AF=0.320611;AO=38;DP=118;FAO=42;FDP=131;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.00990092;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=64.952;QD=9.24947;RBI=0.00991492;REFB=-0.0172006;REVB=0.000526763;RO=80;SAF=12;SAR=26;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769818;STB=0.536295;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0184268;OID=.;OPOS=48030692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:131:80:89:38:42:0.320611:26:12:30:50:28:14:34:55 chr2 48602252 . C T 534.08 PASS AF=0.648649;AO=47;DP=73;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00171932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.081;QD=28.8691;RBI=0.0134885;REFB=-0.0360388;REVB=-0.0133784;RO=26;SAF=20;SAR=27;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106743;STB=0.554223;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0188127;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:26:47:48:0.648649:27:20:7:19:28:20:7:19 chr2 48756682 . C G 2214.49 PASS AF=0.986395;AO=139;DP=145;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0880621;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0678;QD=60.2583;RBI=0.130821;REFB=-0.126721;REVB=0.0967429;RO=6;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343276;STB=0.505746;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00668078;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:147:6:2:139:145:0.986395:80:59:0:6:86:59:0:2 chr2 48807796 . A C 259.89 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222706;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.418;QD=51.9781;RBI=0.0338741;REFB=0;REVB=0.025524;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038357;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr2 48807976 . T C 486.78 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.101451;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.1042;QD=49.9262;RBI=0.101594;REFB=-0.156408;REVB=-0.0053859;RO=4;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811604;STB=0.543454;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00883199;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:39:39:4:4:35:35:0.897436:21:14:0:4:21:14:0:4 chr2 48808152 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.596;QD=46.8478;RBI=0.0215836;REFB=0;REVB=0.013388;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053927;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr2 48808594 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.292;QD=62.3509;RBI=0.0230263;REFB=0;REVB=-0.0170091;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65851e-06;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr2 48808882 . T A 651.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000871348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.65;QD=62.0064;RBI=0.00279927;REFB=0;REVB=0.0026602;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14544e-05;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr2 48808898 . C T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.614;QD=62.9807;RBI=0.0278182;REFB=0;REVB=0.0276533;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09411e-05;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr2 48809593 . G T 738.89 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00945169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.253;QD=54.7326;RBI=0.0302433;REFB=0.00176837;REVB=0.0287285;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=5.91672e-05;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr2 48898798 . T A 1964.89 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6531;QD=61.8862;RBI=0.0595042;REFB=0;REVB=-0.0532948;RO=0;SAF=45;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413815;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:82:45:0:0:82:45:0:0 chr2 48915871 . A G 411.3 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0142798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0181;QD=21.0924;RBI=0.0430303;REFB=0.00516036;REVB=0.0405918;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661476;STB=0.536568;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00626081;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:22:19:20:17:22:19:20:17 chr2 48921375 . T C 299.72 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00200477;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.754;QD=18.4443;RBI=0.0168428;REFB=-0.0126596;REVB=0.016723;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330593;STB=0.525157;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0114452;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:33:31:32:0.492308:13:18:18:15:13:19:18:15 chr2 48948856 . A G 152.23 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0244905;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5948;QD=12.4267;RBI=0.0296186;REFB=-0.0230798;REVB=-0.0166576;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432554;STB=0.561416;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0544854;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:49:28:31:18:18:0.367347:7:11:16:12:7:11:16:15 chr2 49189921 . C T 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000747339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.405;QD=24.0443;RBI=0.00526459;REFB=-0.034281;REVB=0.00521127;RO=35;SAF=16;SAR=31;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142818;STB=0.573417;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0192773;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:36:47:47:0.566265:31:16:18:17:31:16:18:18 chr2 49191041 . C T 194.42 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00924593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.789;QD=24.3027;RBI=0.00940497;REFB=-0.0416514;REVB=-0.00172225;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114146;STB=0.548122;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0106018;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:18:19:0.59375:11:7:7:6:11:8:7:6 chr2 50148894 . G GT,T 71.81 PASS AF=0.325581,0;AO=8,2;DP=48;FAO=14,0;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=3,0;FSAR=11,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.136152,-0.000188;FXX=0.0444346;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=12.8608,241.905;QD=6.67957;RBI=0.143185,0.00406882;REFB=-0.0511033,-0.00225352;REVB=0.0443229,0.00406447;RO=35;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=14;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.031893,-0.394452;STB=0.724929,0.5;STBP=0.067,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.109009,0;OID=.,.;OPOS=50148895,50148894;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:48:43:35:29:8,2:14,0:0.325581,0:5,2:3,0:14:21:11,0:3,0:15:14 chr2 50148972 . C T 263.14 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0105384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.556;QD=26.3138;RBI=0.0106169;REFB=-0.0131825;REVB=0.00128841;RO=16;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695914;STB=0.53843;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00915235;OID=.;OPOS=50148972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:8:16:12:4:8:16:12:4 chr2 50201110 . A G 1026.26 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7492;QD=59.4934;RBI=0.0102546;REFB=0;REVB=0.00946911;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27964e-05;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr2 50850686 . G A 362.79 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0127279;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.457;QD=15.2755;RBI=0.0127483;REFB=-0.00219385;REVB=-0.000721371;RO=55;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350259;STB=0.516121;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00357113;OID=.;OPOS=50850686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:55:56:38:39:0.410526:24:14:22:33:24:15:23:33 chr2 53955850 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.446;QD=55.656;RBI=0.0267342;REFB=0;REVB=0.0112792;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151114;OID=.;OPOS=53955850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 54035447 . A G 1234.75 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4178;QD=58.7977;RBI=0.0414287;REFB=-0.0723196;REVB=0.0397058;RO=2;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210376;STB=0.511108;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00476831;OID=.;OPOS=54035447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:44:38:0:2:44:38:0:2 chr2 54115904 . A G 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0174864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.751;QD=13.0533;RBI=0.0302611;REFB=-0.00861532;REVB=-0.0246974;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175007;STB=0.590088;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0123382;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:12:11:22:12:12:11:22:13 chr2 54120025 . A T 319.23 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0183254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.27;QD=13.4411;RBI=0.0234352;REFB=-0.00428351;REVB=-0.0146078;RO=58;SAF=14;SAR=22;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122286;STB=0.575463;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00785968;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:58:59:36:36:0.378947:22:14:29:29:22:14:30:29 chr2 54120820 . G A 110.02 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00443772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6623;QD=14.6692;RBI=0.00533591;REFB=0.00303528;REVB=-0.00296287;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252173;STB=0.646244;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00649557;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:6:11:5:8:6:11 chr2 54125495 . T C 70.74 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00489488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.115;QD=7.2558;RBI=0.0306562;REFB=-0.00715466;REVB=-0.0302629;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522173;STB=0.612022;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0112799;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:39:17:29:10:10:0.25641:4:6:11:6:4:6:13:16 chr2 54127041 . C T 734.96 PASS AF=0.529851;AO=70;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0175758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.419;QD=21.9392;RBI=0.0198538;REFB=-0.00303203;REVB=-0.00923387;RO=62;SAF=42;SAR=28;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455333;STB=0.524993;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00217277;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:62:63:70:71:0.529851:28:42:34:28:29:42:34:29 chr2 54133744 . T C 234.89 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0142775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.19;QD=18.791;RBI=0.026306;REFB=-0.0269633;REVB=0.0220942;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363917;STB=0.706866;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0181972;OID=.;OPOS=54133744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:6:17:10:17:6:17:10:17 chr2 54144448 . T C 780.93 PASS AF=0.458101;AO=82;DP=180;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=0.00338911;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.517;QD=17.451;RBI=0.0438351;REFB=-0.0227271;REVB=0.0437039;RO=96;SAF=26;SAR=56;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409152;STB=0.520602;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0248762;OID=.;OPOS=54144448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:96:97:82:82:0.458101:56:26:34:62:56:26:34:63 chr2 54482989 . C T 141.97 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00538001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.429;QD=13.8505;RBI=0.00609504;REFB=-0.0180007;REVB=-0.00286444;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891363;STB=0.541349;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0256094;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:10:6:11:13:10:6:11:14 chr2 54494448 . G A 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.000901668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.267;QD=16.0499;RBI=0.00405971;REFB=-0.00760057;REVB=-0.00395831;RO=52;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805586;STB=0.545431;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0116567;OID=.;OPOS=54494448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:24:15:24:28:24:15:24:28 chr2 54557360 . A G 375.38 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.000615146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.926;QD=18.5373;RBI=0.013052;REFB=-0.0276034;REVB=-0.0130375;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568696;STB=0.516475;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0533868;OID=.;OPOS=54557360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:42:39:39:0.481481:22:17:15:25:22:17:17:25 chr2 54587596 . C T 400.39 PASS AF=0.815789;AO=33;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0260501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2822;QD=42.1468;RBI=0.0270338;REFB=-0.0789081;REVB=0.0072262;RO=3;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235671;STB=0.52217;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0295491;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:3:7:33:31:0.815789:17:16:1:2:17:14:4:3 chr2 54587659 . G C 140.18 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0199485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.092;QD=20.0251;RBI=0.0385245;REFB=-0.0341619;REVB=-0.0329575;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420983;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136319;OID=.;OPOS=54587659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:7:6:7:8:7:6 chr2 54756740 . C T 130.69 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00155389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.463;QD=22.7279;RBI=0.00470019;REFB=-0.0193456;REVB=0.0044359;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555298;STB=0.531207;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0157012;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:2:7:10:4:2:7 chr2 54858664 . C T 223.84 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0186834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9255;QD=16.8937;RBI=0.0580744;REFB=-0.00237892;REVB=0.054987;RO=28;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186046;STB=0.612146;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00435427;OID=.;OPOS=54858664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:19:5:10:18:20:5:10:18 chr2 55040426 . A G 1520.47 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.195;QD=63.3531;RBI=0.0202592;REFB=0;REVB=0.0182853;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51918e-05;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:53:41:0:0:54:42:0:0 chr2 55186394 . A C 600.84 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.274;QD=58.6189;RBI=0.0220077;REFB=0.0227507;REVB=0.00569552;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000760077;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:20:20:0:0:20:20:0:1 chr2 55404794 . G A 711.92 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350591;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.948;QD=63.282;RBI=0.0276917;REFB=0;REVB=0.0274688;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015955;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 55407754 . C T 701.55 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210614;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.478;QD=57.2697;RBI=0.0420641;REFB=0;REVB=0.0364116;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111376;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr2 55470115 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4408;QD=60.2293;RBI=0.0730937;REFB=0;REVB=0.0401235;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136139;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr2 55490819 . G T 384.97 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2106;QD=53.0992;RBI=0.0451822;REFB=-0.134961;REVB=0.0408062;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144858;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:29:0:0:27:29:1:17:10:0:0:19:10:0:0 chr2 55516723 . C T 769.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.752;QD=56.989;RBI=0.021101;REFB=0;REVB=-0.0204393;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31911e-05;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr2 55522422 . A G 1310.36 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010104;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.582;QD=60.9471;RBI=0.0125394;REFB=0.0101998;REVB=-0.00742604;RO=1;SAF=51;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919915;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000464417;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:34:51:1:0:34:51:1:0 chr2 55764627 . G A 356.08 PASS AF=0.407767;AO=40;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0140187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4838;QD=13.8284;RBI=0.0150973;REFB=-0.0116724;REVB=0.005604;RO=62;SAF=17;SAR=23;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132018;STB=0.5524;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0231987;OID=.;OPOS=55764627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:62:61:40:42:0.407767:23:17:34:28:23:19:33:28 chr2 55771161 . A G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0548766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6353;QD=17.5645;RBI=0.0548909;REFB=0.0104404;REVB=0.00125091;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632413;STB=0.535351;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0252791;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:13:22:18:14:13:22 chr2 55805440 . T C 727.2 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.456;QD=63.2347;RBI=0.0506791;REFB=0;REVB=0.0201258;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682228;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr2 58388696 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.83;QD=51.1846;RBI=0.0208041;REFB=0;REVB=0.00185496;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146491;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr2 60614572 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3856;QD=40.7615;RBI=0.0784127;REFB=0;REVB=0.0650565;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090049;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr2 60614577 . A G 101.77 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.899;QD=40.7067;RBI=0.054961;REFB=0;REVB=0.0139706;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702101;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr2 60687238 . GT AG,G 86.47 PASS AF=0,0.423077;AO=2,9;DP=27;FAO=0,11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1;FSAR=0,10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0881338,-0.063996;FXX=0.0714031;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=27.1113,22.2315;QD=13.3031;RBI=0.0889621,0.0756933;REFB=-0.0418981,-0.0362052;REVB=-0.0121112,0.0404225;RO=15;SAF=0,1;SAR=2,8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.427206,-0.0547831;STB=0.5,0.565905;STBP=1,0.737;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0407282;OID=.,.;OPOS=60687238,60687239;OREF=GT,T;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:27:26:15:15:2,9:0,11:0,0.423077:2,8:0,1:2:13:0,10:0,1:2:13 chr2 60687959 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.539;QD=58.5991;RBI=0.0185133;REFB=0;REVB=-0.0184713;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02659e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr2 60867976 . C T 670.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3621;QD=62.3342;RBI=0.0585293;REFB=0;REVB=0.0206328;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732488;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr2 61022435 . A T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0370225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.388;QD=15.3784;RBI=0.0399286;REFB=-0.00543961;REVB=-0.0149542;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394836;STB=0.718506;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00871666;OID=.;OPOS=61022435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:0:14:9:3:0:14 chr2 61175312 . T C 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0074351;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.202;QD=12.5668;RBI=0.0117299;REFB=0.00020797;REVB=0.00907242;RO=39;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114821;STB=0.570527;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000428745;OID=.;OPOS=61175312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:17:8:9:30:17:8:9:31 chr2 61315632 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 103.52 PASS AF=0.5,0;AO=18,4;DP=47;FAO=23,0;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=7,0;FSAR=16,0;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.103938,0.0366556;FXX=0.0212721;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.65231,16.7809;QD=9.00127;RBI=0.178119,0.0369532;REFB=-0.0646072,-0.00420053;REVB=0.144649,-0.00468052;RO=18;SAF=6,1;SAR=12,3;SRF=2;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.244769,0.269264;STB=0.642577,0.5;STBP=0.132,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0906256,0;OID=.,.;OPOS=61315633,61315637;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:18,4:47:23,0:46:23:7,0:16,0:2:21:91:18:6,1:12,3:2:16 chr2 61450454 . A G 932.28 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00217724;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.169;QD=54.8398;RBI=0.0308746;REFB=-0.0373641;REVB=-0.0307978;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129424;STB=0.513154;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000789804;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:1:2:65:66:0.970588:36:29:0:1:37:29:0:2 chr2 61522123 . T C 967.79 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8518;QD=58.654;RBI=0.0927833;REFB=0;REVB=0.0600052;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135358;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:28:38:0:0 chr2 61541818 . T C 361.81 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0217763;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.728;QD=20.1004;RBI=0.0270946;REFB=-0.017379;REVB=0.0161217;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209271;STB=0.502726;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0152645;OID=.;OPOS=61541818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:35:36:37:0.513889:22:14:14:20:22:15:14:21 chr2 61575308 . A G 786.64 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.639;QD=64.2157;RBI=0.0339206;REFB=0;REVB=0.0140326;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105563;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:22:27:0:0 chr2 61647901 . A G 501.06 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8061;QD=58.9482;RBI=0.109988;REFB=0;REVB=0.0973687;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025223;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 62066927 . A G 754.15 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192677;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0066;QD=56.9166;RBI=0.0245898;REFB=0;REVB=-0.0152779;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031152;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr2 62081012 . A C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.248;QD=63.8713;RBI=0.0587845;REFB=0;REVB=0.0295024;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249905;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr2 62718333 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00232552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.281;QD=22.9147;RBI=0.0432017;REFB=-0.00344673;REVB=0.043139;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476297;STB=0.779728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00750426;OID=.;OPOS=62718333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:3:1:8:1:3:1 chr2 62729674 . T C 532.64 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.617;QD=57.5822;RBI=0.101678;REFB=0;REVB=0.100462;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110681;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:0:0:35:37:1:16:19:0:0:18:19:0:0 chr2 62733253 . C T 1450.7 PASS AF=0.5;AO=142;DP=287;FAO=144;FDP=288;FR=.;FRO=144;FSAF=56;FSAR=88;FSRF=53;FSRR=91;FWDB=0.0303044;FXX=0.00689631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0362;QD=20.1487;RBI=0.0363566;REFB=-0.0305453;REVB=0.020086;RO=139;SAF=55;SAR=87;SRF=53;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574359;STB=0.51101;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0252435;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:139:144:142:144:0.5:87:55:53:86:88:56:53:91 chr2 62738931 . G C 755.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277056;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5259;QD=57.0092;RBI=0.0303684;REFB=0;REVB=-0.0124353;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458924;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr2 63170921 . C G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0044999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.887;QD=10.9407;RBI=0.0192792;REFB=-0.00471407;REVB=-0.0187467;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150282;STB=0.590194;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00966785;OID=.;OPOS=63170921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:10:10:4:7:10:10 chr2 63849491 . T C 1262.92 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270403;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.381;QD=60.8637;RBI=0.047227;REFB=0;REVB=0.0387196;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20989e-05;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:41:40:0:0:43:40:0:0 chr2 64069732 . G A 262.4 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0202454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.655;QD=40.3689;RBI=0.0352772;REFB=-0.0313614;REVB=0.0288896;RO=2;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.562446;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000964127;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:2:4:22:22:0.846154:14:8:0:2:14:8:0:4 chr2 64327544 . G T 955.01 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.082;QD=58.7699;RBI=0.0164924;REFB=0;REVB=-0.0150164;RO=0;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34907e-05;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:48:17:0:0:48:17:0:0 chr2 64327592 . T A,C 1351.5 PASS AF=0.0674157,0.932584;AO=5,82;DP=87;FAO=6,83;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=5,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115503,-0.00463559;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.216,64.3338;QD=60.7416;RBI=0.0198439,0.080095;REFB=0,0;REVB=-0.016136,0.0799607;RO=0;SAF=1,27;SAR=4,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0848736,-0.00554829;OID=.,.;OPOS=64327592,64327592;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:87:89:0:0:5,82:6,83:0.0674157,0.932584:4,55:1,27:0:0:5,55:1,28:0:0 chr2 64779509 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00344591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.711;QD=9.91657;RBI=0.00990221;REFB=-0.00487413;REVB=0.00928329;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00813114;OID=.;OPOS=64779509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:7:10:6:3:7:10 chr2 64796817 . A C 437.53 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00972588;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7092;QD=26.9248;RBI=0.0277144;REFB=-0.0197668;REVB=-0.0259518;RO=23;SAF=21;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509886;STB=0.51987;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0114202;OID=.;OPOS=64796817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:23:24:41:41:0.630769:20:21:10:13:20:21:11:13 chr2 64858885 . C T 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0149309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.688;QD=15.9468;RBI=0.0173435;REFB=-0.00854362;REVB=-0.00882417;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00603307;STB=0.502349;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.011643;OID=.;OPOS=64858885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:19:17:22:24:19:17:22:25 chr2 64860029 . CTTCAAA C 69.22 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00599798;FXX=0.124961;HRUN=2;LEN=6;MLLD=217.298;QD=9.88897;RBI=0.0126304;REFB=-0.0145538;REVB=-0.0111154;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.636116;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.0105968;OID=.;OPOS=64860030;OREF=TTCAAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:29:11:28:17:4:7:10:7:69:11:4:7:6:5 chr2 64861279 . AAT A,AAA 143.49 PASS AF=0.488372,0;AO=11,16;DP=67;FAO=21,0;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8,0;FSAR=13,0;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0926122,-0.0823565;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=16.7892,12.9467;QD=13.3478;RBI=0.131577,0.109549;REFB=-0.130381,0.00342238;REVB=-0.093464,0.0722387;RO=32;SAF=0,6;SAR=11,10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.768019,-0.177246;STB=0.629833,0.5;STBP=0.1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.13446,0.0522745;OID=.,.;OPOS=64861280,64861281;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372,0:11,16:67:21,0:43:22:8,0:13,0:14:8:99:32:0,6:11,10:17:15 chr2 65044680 . C T 624.81 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=4.19518e-05;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.184;QD=59.5055;RBI=0.0242426;REFB=-0.0325754;REVB=0.0242425;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0011583;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr2 65311555 . C T 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4594;QD=53.2704;RBI=0.0495634;REFB=0;REVB=-0.0470483;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047367;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr2 65495887 . G A 1804.15 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.991;QD=61.1575;RBI=0.0299956;REFB=0;REVB=0.0281338;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64048e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:63:55:0:0:63:55:0:0 chr2 65496018 . C G,T 818.93 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=54,4;DP=58;FAO=55,3;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115204,-0.0119938;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.11,120.023;QD=56.4777;RBI=0.014814,0.0153372;REFB=0,0;REVB=-0.00931312,-0.0095592;RO=0;SAF=25,3;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00241836,0.0610082;OID=.,.;OPOS=65496018,65496018;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:58:58:0:0:54,4:55,3:0.948276,0.0517241:29,1:25,3:0:0:29,1:26,2:0:0 chr2 65496144 . A G 726.69 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072702;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6983;QD=56.9954;RBI=0.0395078;REFB=0;REVB=0.0388331;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49291e-05;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr2 65496187 . G A 789.18 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597836;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.331;QD=64.4226;RBI=0.0636709;REFB=0;REVB=0.0219068;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285635;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr2 65497571 . C A 393.14 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.835;QD=56.1631;RBI=0.0511032;REFB=0;REVB=0.00177701;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163618;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr2 65540905 . C G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.18;QD=61.684;RBI=0.0229634;REFB=0;REVB=-0.000370843;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46549e-05;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr2 65561392 . C T 490.99 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.808;QD=56.113;RBI=0.0441929;REFB=-0.115868;REVB=0.0217573;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000502685;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:33:34:0.971429:22:11:0:0:22:12:0:1 chr2 66736111 . T A 377.07 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00172478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.238;QD=13.9657;RBI=0.00450356;REFB=-0.00954404;REVB=-0.00416019;RO=63;SAF=27;SAR=17;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114685;STB=0.512351;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0126219;OID=.;OPOS=66736111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:64:44:44:0.407407:17:27:38:25:17:27:38:26 chr2 67630980 . G A 153.47 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0211075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9028;QD=21.9245;RBI=0.024643;REFB=-0.0354558;REVB=-0.0127183;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190956;STB=0.607015;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0332202;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:3:9:8:8:3:9 chr2 67631831 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00799032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.731;QD=14.3341;RBI=0.0188324;REFB=0.00321175;REVB=0.0170533;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400842;STB=0.729911;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00437153;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:9:1:5:4:9:1 chr2 67632125 . C T 168.48 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0326321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0249;QD=10.3679;RBI=0.0335991;REFB=-0.0103995;REVB=0.00800259;RO=42;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766645;STB=0.554202;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0199976;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:43:22:22:0.338462:8:14:24:18:8:14:24:19 chr2 68385097 . A G 481.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8023;QD=58.323;RBI=0.0465717;REFB=0;REVB=-0.00512551;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293845;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr2 68388823 . A G 632.93 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0308436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3478;QD=48.6868;RBI=0.0355752;REFB=-0.0404888;REVB=-0.0177276;RO=3;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207305;STB=0.501604;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00164699;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:3:4:48:48:0.923077:25:23:2:1:25:23:2:2 chr2 68407926 . A G 228.57 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291503;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.859;QD=50.7938;RBI=0.0292633;REFB=0;REVB=-0.00256848;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140538;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr2 68415767 . G A 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.701;QD=60.0285;RBI=0.00556721;REFB=0;REVB=-0.00322544;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81124e-06;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr2 68511584 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0105498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.091;QD=15.2626;RBI=0.0140834;REFB=-0.0257548;REVB=0.0093298;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233108;STB=0.636714;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.038591;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:7:9:10:3:7:9 chr2 68546374 . T C 219.34 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00632046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.595;QD=12.0186;RBI=0.0154622;REFB=-0.0199925;REVB=-0.0141114;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125853;STB=0.515756;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.025764;OID=.;OPOS=68546374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:43:46:26:27:0.369863:13:13:21:22:14:13:21:25 chr2 68546449 . G A 141.76 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0107569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.318;QD=9.61076;RBI=0.0111327;REFB=-0.0105164;REVB=-0.0028681;RO=40;SAF=6;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27988;STB=0.676653;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0148295;OID=.;OPOS=68546449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:18:19:0.322034:12:6:23:17:13:6:23:17 chr2 68607947 . G T 976.21 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013222;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.782;QD=59.1643;RBI=0.0146659;REFB=0;REVB=-0.00634569;RO=0;SAF=7;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10719e-06;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:59:7:0:0:59:7:0:0 chr2 68622914 . G A 654.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.318;QD=60.9213;RBI=0.0412337;REFB=0;REVB=0.0222489;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171071;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:27:14:0:0:27:16:0:0 chr2 68882468 . T C 386.26 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00708181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.191;QD=30.9006;RBI=0.0168753;REFB=-0.0110494;REVB=0.0153174;RO=18;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041462;STB=0.522713;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00657748;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:14:18:9:9:14:18:9:9 chr2 68882661 . A G 138.82 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00282742;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.447;QD=18.5091;RBI=0.00440496;REFB=-0.00774793;REVB=0.00337777;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00829833;OID=.;OPOS=68882661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:6:9:6:9:6:9:6:9 chr2 69093312 . A G 210.77 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00533553;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.688;QD=17.5645;RBI=0.00538921;REFB=-0.013583;REVB=0.000758756;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405338;STB=0.516113;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0251897;OID=.;OPOS=69093312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:5:16:19:7:5:16:20:7 chr2 69204629 . T C 289.8 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00295182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3802;QD=14.1365;RBI=0.0101309;REFB=-0.00614825;REVB=0.00969137;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111972;STB=0.569495;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0161631;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:49:32:33:0.402439:17:15:26:19:18:15:28:21 chr2 69204671 . A T 428.9 PASS AF=0.44898;AO=42;DP=96;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0269522;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.864;QD=17.5061;RBI=0.0287468;REFB=-0.0325161;REVB=0.00999794;RO=54;SAF=17;SAR=25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408514;STB=0.507072;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0394618;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:54:54:42:44:0.44898:25:17:24:30:25:19:24:30 chr2 69240651 . G A 343.12 PASS AF=0.84375;AO=22;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0448041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.381;QD=42.8895;RBI=0.0537698;REFB=-0.0655937;REVB=0.0297286;RO=5;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133547;STB=0.562015;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.013472;OID=.;OPOS=69240651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:22:27:0.84375:9:13:1:4:11:16:1:4 chr2 69300243 . G A 627.84 PASS AF=0.632184;AO=54;DP=86;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0142098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.44;QD=28.8661;RBI=0.0154001;REFB=-0.0104301;REVB=0.00593682;RO=32;SAF=23;SAR=31;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298129;STB=0.518986;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00609055;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:32:32:54:55:0.632184:31:23:15:17:32:23:15:17 chr2 69362161 . C T 783.11 PASS AF=0.476471;AO=81;DP=172;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.00121241;FXX=0.0229872;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.135;QD=18.4262;RBI=0.00487534;REFB=-0.0164224;REVB=-0.00472218;RO=87;SAF=39;SAR=42;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959931;STB=0.500872;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0177118;OID=.;OPOS=69362161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:87:89:81:81:0.476471:42:39:41:46:42:39:43:46 chr2 69698158 . G A,T 692.96 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=38,7;DP=45;FAO=40,5;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17,3;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012694,-0.00384216;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.4111,37.5167;QD=61.5963;RBI=0.021052,0.0250137;REFB=0,0;REVB=0.0167943,-0.0247169;RO=0;SAF=17,3;SAR=21,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00725204,0.0562071;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:45:45:0:0:38,7:40,5:0.888889,0.111111:21,4:17,3:0:0:23,2:17,3:0:0 chr2 69702628 . C T 815.44 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.011914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.9;QD=52.6091;RBI=0.01481;REFB=-0.0176706;REVB=0.00879728;RO=3;SAF=33;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409807;STB=0.521732;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-9.29028e-06;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:26:33:3:0:26:33:3:0 chr2 69741609 . C T 223.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.344;QD=49.5741;RBI=0.0905966;REFB=0;REVB=0.0876448;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050991;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 627.84 PASS AF=0.785714,0.214286;AO=28,10;DP=42;FAO=33,9;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18,8;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288858,0.0352787;FXX=0.0232504;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=87.4674,49.4089;QD=59.7941;RBI=0.0810463,0.0489449;REFB=0,0;REVB=0.075724,-0.0339266;RO=0;SAF=14,9;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0105773,0.00638406;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.785714,0.214286:28,10:42:33,9:42:0:18,8:15,1:0:0:81:0:14,9:14,1:0:0 chr2 69741854 . T G 591.95 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0314358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.48;QD=56.3766;RBI=0.0353545;REFB=-0.0952044;REVB=0.0161782;RO=1;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159019;STB=0.513268;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000798792;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:29:11:0:1:29:11:1:1 chr2 70015181 . C T 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.463;QD=60.2308;RBI=0.0457035;REFB=0;REVB=0.0294319;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185483;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr2 70162534 . T G 921.1 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0789;QD=55.8242;RBI=0.0484543;REFB=-0.161327;REVB=0.0428211;RO=2;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032653;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00405563;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:2:1:63:65:0.984848:35:28:1:1:36:29:0:1 chr2 70182805 . T C 554.42 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0242243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.969;QD=55.4422;RBI=0.0327519;REFB=-0.05091;REVB=0.0220424;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102816;STB=0.505492;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00637572;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:23:15:1:1:23:15:1:1 chr2 70188676 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3115;QD=43.4851;RBI=0.0435365;REFB=0;REVB=-0.0324865;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.23883e-05;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr2 70191360 . C T 470.51 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.108;QD=55.3543;RBI=0.0251694;REFB=-0.126924;REVB=0.0113619;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000505973;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:16:16:0:1:17:16:0:1 chr2 70439223 . CAT ACA,CAA,CA 32.45 PASS AF=0.0243902,0.0487805,0.243902;AO=3,2,10;DP=41;FAO=1,2,10;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=1,2,6;FSAR=0,0,4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00514188,0.0522488,0.0717608;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=3,1,1;MLLD=130.203,29.4323,10.5593;QD=3.16564;RBI=0.028604,0.0524485,0.0717667;REFB=-0.00793164,-0.0420947,-0.100325;REVB=-0.028138,0.00457256,-0.000919057;RO=24;SAF=3,2,5;SAR=0,0,5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0,0.566667;SSEP=0,0,0;SSSB=0.574267,0.487253,0;STB=0.989844,0.994712,0.574318;STBP=0.459,0.175,0.584;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0993204,0.0754087,0.168261;OID=.,.,.;OPOS=70439223,70439225,70439225;OREF=CAT,T,T;OALT=ACA,A,-;OMAPALT=ACA,CAA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:24:41:41:24:28:3,2,10:1,2,10:0.0243902,0.0487805,0.243902:0,0,5:3,2,5:12:12:0,0,4:1,2,6:14:14 chr2 70524577 . G A 388.51 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126129;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.471;QD=53.5881;RBI=0.0211481;REFB=-0.0127483;REVB=-0.0169752;RO=1;SAF=20;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226895;STB=0.512187;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00141618;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:7:20:1:0:8:20:1:0 chr2 70528827 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.886;QD=33.4285;RBI=0.0509965;REFB=0;REVB=-0.0476345;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039045;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr2 70674582 . A T 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00466705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4795;QD=24.2007;RBI=0.0324475;REFB=-0.0366604;REVB=-0.0321101;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240114;STB=0.633196;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0347436;OID=.;OPOS=70674582;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:2:10:9:9:2:10 chr2 71004492 . T C 53.03 PASS AF=0.275862;AO=10;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0256338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5968;QD=7.31509;RBI=0.0340935;REFB=0.00416629;REVB=-0.0224784;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522173;STB=0.611945;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0435419;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:17:21:10:8:0.275862:6:4:6:11:6:2:8:13 chr2 71004494 . A T 79.45 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0358791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.146;QD=11.3506;RBI=0.0362894;REFB=-0.0215718;REVB=-0.0054417;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.54668;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0308897;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:28:16:17:10:11:0.392857:6:4:4:12:7:4:5:12 chr2 71012604 . G A 1540.17 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157472;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8247;QD=59.8125;RBI=0.0307502;REFB=0;REVB=-0.0264121;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100192;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr2 71012734 . C G 409.26 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9265;QD=56.4498;RBI=0.0643821;REFB=0;REVB=0.0637293;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132681;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr2 71043461 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00352311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.506;QD=16.8835;RBI=0.0355516;REFB=-0.00513632;REVB=-0.0353766;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788801;STB=0.545393;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0121397;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:7:10:10:5:7:10 chr2 71044211 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00428387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5211;QD=11.6666;RBI=0.00917338;REFB=-0.0102559;REVB=-0.00811168;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126888;STB=0.574895;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0309288;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:16:10:7:7:16:10 chr2 71058835 . A G 1226.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6589;QD=61.3185;RBI=0.0639649;REFB=0;REVB=-0.0634199;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312378;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr2 71062648 . G A 642.0 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00775303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.571;QD=22.5262;RBI=0.022771;REFB=-0.0316613;REVB=-0.0214105;RO=50;SAF=37;SAR=26;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167387;STB=0.59575;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0340912;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:51:63:63:0.552632:26:37:19:31:26:37:19:32 chr2 71062833 . G GC 593.37 PASS AF=1;AO=51;DP=58;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620217;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4399;QD=45.6437;RBI=0.110735;REFB=0;REVB=0.0917368;RO=6;SAF=22;SAR=29;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799013;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00451617;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:58:52:52:0:23:29:0:0:11:6:22:29:5:1 chr2 71160222 . C G 289.6 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0729645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3357;QD=16.5486;RBI=0.0831534;REFB=-0.00667506;REVB=-0.0398831;RO=38;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610538;STB=0.534391;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00837929;OID=.;OPOS=71160222;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:22:10:14:24:22:10:14:24 chr2 71163086 . T C 106.6 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00717957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2078;QD=12.1823;RBI=0.0367238;REFB=-0.0133701;REVB=0.0360151;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232621;STB=0.643374;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0430756;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:17:4:5:8:18:4 chr2 71163111 . T C 169.44 PASS AF=0.5;AO=12;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00747391;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.97;QD=18.8268;RBI=0.0347255;REFB=-0.00277908;REVB=-0.0339116;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2754;STB=0.583243;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00184526;OID=.;OPOS=71163111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:12:18:12:18:0.5:4:8:11:1:9:9:12:6 chr2 71163173 . C T 302.72 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.000997131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.493;QD=17.0547;RBI=0.0241922;REFB=-0.0136386;REVB=0.0241716;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144581;STB=0.508108;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0161815;OID=.;OPOS=71163173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:17:16:19:19:17:16:19:19 chr2 71190384 . C T 203.16 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0614849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7113;QD=21.9636;RBI=0.0684051;REFB=-0.00467273;REVB=-0.0299811;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436411;STB=0.524565;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00631266;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:4:16:13:4:4:16:13:4 chr2 71273543 . C T 771.48 PASS AF=0.5;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.010908;FXX=0.0186324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.171;QD=19.531;RBI=0.017222;REFB=-0.0222292;REVB=0.0133271;RO=78;SAF=36;SAR=43;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401465;STB=0.519068;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0223788;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:78:79:79:79:0.5:43:36:39:39:43:36:39:40 chr2 71305456 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.083;QD=54.5177;RBI=0.0209697;REFB=0;REVB=0.0178589;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54942e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr2 71360144 . A C 1304.03 PASS AF=0.90566;AO=93;DP=105;FAO=96;FDP=106;FR=.;FRO=10;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0173708;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.272;QD=49.2086;RBI=0.0322947;REFB=-0.021078;REVB=0.027225;RO=10;SAF=32;SAR=61;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011311;STB=0.506597;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00108112;OID=.;OPOS=71360144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:105:106:10:10:93:96:0.90566:61:32:4:6:61:35:3:7 chr2 71360625 . G T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0496907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.794;QD=36.3484;RBI=0.128762;REFB=-0.0805147;REVB=0.118787;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0078904;OID=.;OPOS=71360625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:3:8:0:0:3:8:0:1 chr2 71365676 . G A 1048.24 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.504;QD=59.0558;RBI=0.026754;REFB=0;REVB=0.0139696;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99052e-05;OID=.;OPOS=71365676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:44:25:0:0:46:25:0:0 chr2 71376999 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.598;QD=51.1842;RBI=0.0218343;REFB=0;REVB=0.00971587;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36654e-05;OID=.;OPOS=71376999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr2 71415479 . T C 393.68 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0777639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0089;QD=52.4906;RBI=0.0791584;REFB=-0.132299;REVB=-0.0147926;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00485286;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:19:9:0:1:20:9:0:1 chr2 71417065 . G T 859.38 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0308422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.465;QD=54.5639;RBI=0.0328261;REFB=-0.0903877;REVB=0.011239;RO=2;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247062;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-9.49931e-05;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:28:33:1:1:28:33:1:1 chr2 71615571 . C T 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4192;QD=57.165;RBI=0.017396;REFB=0;REVB=-0.0123014;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95154e-08;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr2 71633275 . T C 591.53 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0205093;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.562;QD=17.0226;RBI=0.0225124;REFB=-0.00823544;REVB=0.0092832;RO=77;SAF=27;SAR=35;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201721;STB=0.511239;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0108381;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:77:77:62:62:0.446043:35:27:32:45:35:27:32:45 chr2 71633389 . C T 230.51 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00663311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0294;QD=12.1323;RBI=0.00698962;REFB=-0.00559612;REVB=-0.00220379;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737549;STB=0.542522;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0136234;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:17:11:22:26:17:11:22:26 chr2 71649966 . A G 238.08 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00851172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.092;QD=20.2618;RBI=0.00911826;REFB=-0.00332778;REVB=-0.00327005;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108295;STB=0.560591;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00656613;OID=.;OPOS=71649966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:5:19:16:7:5:19 chr2 71654175 . G A 600.28 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00557731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.749;QD=16.7909;RBI=0.00559852;REFB=-0.0168766;REVB=-0.00048679;RO=79;SAF=37;SAR=26;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944917;STB=0.549489;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0197935;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:80:63:63:0.440559:26:37:39:40:26:37:40:40 chr2 71838597 . C A 310.68 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.021318;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.862;QD=21.4262;RBI=0.021545;REFB=-0.0304455;REVB=0.00311966;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812013;STB=0.520595;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0248225;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:24:26:32:32:0.551724:15:17:13:11:15:17:15:11 chr2 72356745 . T TG 98.75 PASS AF=0.345455;AO=8;DP=57;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00503659;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0539;QD=7.18192;RBI=0.0228553;REFB=0.0149849;REVB=0.0222934;RO=49;SAF=0;SAR=8;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.691422;STB=0.643409;STBP=0.136;TYPE=ins;VARB=-0.0258756;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:8:57:19:55:36:6:13:19:17:98:49:0:8:27:22 chr2 72356747 . A G 34.31 PASS AF=0.107143;AO=4;DP=53;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0342561;FXX=0.0344768;HRUN=8;LEN=1;MLLD=38.7386;QD=2.45043;RBI=0.0578289;REFB=-0.0176244;REVB=-0.0465907;RO=21;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541277;STB=0.860003;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0329829;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:53:56:21:50:4:6:0.107143:2:2:2:19:1:5:20:30 chr2 72692272 . A AAG 756.7 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=61;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243205;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=2;MLLD=224.225;QD=55.0327;RBI=0.0495677;REFB=-0.0114879;REVB=0.0431911;RO=8;SAF=30;SAR=22;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824536;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=ins;VARB=0.00022812;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981818:52:61:54:55:1:30:24:0:1:4:8:30:22:2:6 chr2 73184189 . T C 452.59 PASS AF=0.564103;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0508056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8025;QD=23.2097;RBI=0.0527595;REFB=-0.00741393;REVB=-0.0142254;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100911;STB=0.532695;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0123838;OID=.;OPOS=73184189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:34:43:44:0.564103:20:23:12:18:20:24:16:18 chr2 73226090 . G A 770.76 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3521;QD=55.054;RBI=0.0152524;REFB=-0.12521;REVB=-0.00685562;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00198869;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:55:55:0.982143:19:36:0:0:19:36:1:0 chr2 73316540 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.037;QD=40.7625;RBI=0.0228116;REFB=0;REVB=0.00760721;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415863;OID=.;OPOS=73316540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr2 73461483 . C A 397.66 PASS AF=0.44;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00453603;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7679;QD=15.9063;RBI=0.0282193;REFB=-0.0128704;REVB=0.0278523;RO=50;SAF=18;SAR=26;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898407;STB=0.500939;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0190564;OID=.;OPOS=73461483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:50:56:44:44:0.44:26:18:20:30:26:18:23:33 chr2 73475048 . A G 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.00628024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.333;QD=9.14913;RBI=0.0165227;REFB=-0.00476881;REVB=-0.0152826;RO=39;SAF=13;SAR=5;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312514;STB=0.524364;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00950516;OID=.;OPOS=73475048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:5:13:29:10:5:13:30:10 chr2 73478461 . A T 489.21 PASS AF=0.485981;AO=50;DP=105;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0449665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.394;QD=18.2883;RBI=0.0469615;REFB=-0.00794368;REVB=-0.0135424;RO=53;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13149;STB=0.588812;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0142981;OID=.;OPOS=73478461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:53:55:50:52:0.485981:25:25:19:34:25:27:19:36 chr2 73490412 . A G 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0348279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3285;QD=15.8805;RBI=0.0535274;REFB=-0.0283173;REVB=0.0406472;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150146;STB=0.571275;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0262887;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:8:2:3:6:8:2:3:7 chr2 73492614 . A T 303.15 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0342871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.966;QD=25.8001;RBI=0.0345633;REFB=-0.0108363;REVB=0.0043603;RO=18;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405033;STB=0.523792;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.021537;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:20:27:27:0.574468:15:12:9:9:15:12:10:10 chr2 73518867 . G A 803.91 PASS AF=0.982759;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0680471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.708;QD=55.4419;RBI=0.100117;REFB=-0.151514;REVB=0.0734373;RO=1;SAF=17;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269038;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00175551;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:58:1:1:53:57:0.982759:36:17:1:0:38:19:1:0 chr2 73675227 . T TCTC 629.51 PASS AF=0.484848;AO=59;DP=144;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.00944896;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.499;QD=19.076;RBI=0.00954096;REFB=-0.0223049;REVB=-0.00132178;RO=79;SAF=13;SAR=46;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145788;STB=0.526307;STBP=0.601;TYPE=ins;VARB=0.0225871;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:59:144:64:132:68:18:46:22:46:99:79:13:46:26:53 chr2 73675844 . C T 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00798345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.941;QD=24.1256;RBI=0.00798487;REFB=-0.0251086;REVB=-0.000150847;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524966;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0121654;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:6:5:9:8:6:5 chr2 73716810 . G A 215.16 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00451672;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9112;QD=12.8451;RBI=0.00518542;REFB=-0.0151905;REVB=0.00254713;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540568;STB=0.531011;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0237948;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:21:20:14:12:21:20 chr2 73717103 . G C 166.58 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00340503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.835;QD=31.73;RBI=0.0173532;REFB=-0.00942635;REVB=0.0170159;RO=5;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105562;STB=0.558211;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00359411;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:9:7:1:4:9:7:1:4 chr2 73828538 . G A 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.172602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2414;QD=36.3442;RBI=0.191297;REFB=-0.0474724;REVB=0.0824819;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.021601;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr2 73927931 . A G 224.46 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0332078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.217;QD=11.971;RBI=0.034687;REFB=-0.021606;REVB=-0.0100215;RO=47;SAF=5;SAR=22;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256604;STB=0.656164;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0330423;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:27:28:0.373333:22:5:17:30:23:5:17:30 chr2 73928098 . C G 357.58 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0139244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.694;QD=31.0942;RBI=0.0166579;REFB=-0.0222747;REVB=0.00914314;RO=15;SAF=8;SAR=22;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519986;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.013987;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:16:30:30:0.652174:22:8:4:11:22:8:5:11 chr2 73928366 . G C 62.8 PASS AF=0.37037;AO=5;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.100946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.9872;QD=9.30428;RBI=0.151916;REFB=-0.038709;REVB=0.113527;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439147;STB=0.599822;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0827219;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:27:27:17:17:5:10:0.37037:4:1:3:14:7:3:3:14 chr2 73957124 . A G 449.09 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155289;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.251;QD=52.8344;RBI=0.0165849;REFB=0.00922195;REVB=0.00582363;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051808;STB=0.527761;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00100152;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:2:2:32:32:0.941176:17:15:0:2:17:15:0:2 chr2 74007136 . T C 999.26 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.778;QD=58.78;RBI=0.0061983;REFB=0;REVB=0.004959;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334254;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:43:23:0:0:44:24:0:0 chr2 74135797 . T C 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00187261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.992;QD=17.9396;RBI=0.0278049;REFB=0.0241308;REVB=-0.0277418;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159409;STB=0.590698;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0176877;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:9:13:8:11:9:13 chr2 74135898 . A G 160.29 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0219988;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.897;QD=17.3284;RBI=0.0222894;REFB=-0.00760789;REVB=0.00358722;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162584;STB=0.593524;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00999955;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:12:5:9:11:12:5:9:11 chr2 74185876 . A T 153.59 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00854584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.275;QD=21.9417;RBI=0.0174731;REFB=-0.0200975;REVB=-0.0152407;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334215;STB=0.518844;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0197247;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:7:5:6:10:7:5 chr2 74300717 . T C 169.9 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0374136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9179;QD=16.9901;RBI=0.0477889;REFB=0.0109535;REVB=-0.0297321;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344119;STB=0.652015;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0221464;OID=.;OPOS=74300717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:17:18:0.45:7:10:5:17:8:10:6:16 chr2 74334462 . G A 642.18 PASS AF=0.455172;AO=65;DP=144;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00493188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.754;QD=17.7154;RBI=0.0403216;REFB=-0.0192271;REVB=-0.0400188;RO=75;SAF=29;SAR=36;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00601202;STB=0.515947;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0213818;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:75:79:65:66:0.455172:36:29:33:42:37:29:37:42 chr2 74362090 . A G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3789;QD=44.6842;RBI=0.10228;REFB=0;REVB=-0.0828875;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00653188;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 401.79 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133409;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=283.917;QD=50.2238;RBI=0.045006;REFB=-0.0187222;REVB=0.0429833;RO=3;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851881;STB=0.524984;STBP=0.36;TYPE=ins;VARB=0.00177505;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:29:33:30:32:2:19:11:2:0:9:3:18:11:2:1 chr2 74594011 . T G 210.64 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0606448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9027;QD=21.6037;RBI=0.0740855;REFB=-0.0327224;REVB=-0.0425542;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23189;STB=0.658757;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0237311;OID=.;OPOS=74594011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:18:21:21:0.538462:6:15:7:9:6:15:7:11 chr2 74641624 . G C 830.9 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9257;QD=56.3324;RBI=0.0162628;REFB=0;REVB=0.00445173;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316233;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:40:18:0:0:41:18:0:0 chr2 74682512 . C T 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.749;QD=57.5426;RBI=0.0474793;REFB=0;REVB=0.0302792;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142825;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr2 74687549 . CTCA CCA,CCAC,CCCA 494.46 PASS AF=0.882353,0,0.117647;AO=10,5,9;DP=31;FAO=30,0,4;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,2;FSAR=14,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105424,0.0517569,0.115071;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=168.688,145.571,165.831;QD=58.1723;RBI=0.105442,0.0517781,0.115087;REFB=0,0,0;REVB=0.00193615,0.00148229,0.00191968;RO=0;SAF=2,5,2;SAR=8,0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.000806936,0,-0.0039098;OID=.,.,.;OPOS=74687550,74687550,74687550;OREF=T,TCA,T;OALT=-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCAC,CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.882353,0,0.117647:10,5,9:31:30,0,4:34:0:16,0,2:14,0,2:0:0:16:0:2,5,2:8,0,7:0:0 chr2 74690039 . G A 2280.31 PASS AF=0.844086;AO=151;DP=186;FAO=157;FDP=186;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0331862;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=194.896;QD=49.0389;RBI=0.0333574;REFB=-0.0221873;REVB=-0.00337606;RO=6;SAF=75;SAR=76;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123414;STB=0.51782;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000635593;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:186:186:6:21:151:157:0.844086:76:75:4:2:76:81:14:7 chr2 74690378 . C T 755.68 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000716975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.677;QD=61.6881;RBI=0.000783672;REFB=-0.169537;REVB=0.000316366;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00039641;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:0:1:48:48:0.979592:18:30:0:0:18:30:0:1 chr2 74699778 . C A 785.81 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.253;QD=64.1473;RBI=0.0776739;REFB=0;REVB=-0.00931694;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101033;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:32:14:0:0:32:17:0:0 chr2 74710491 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.744;QD=55.098;RBI=0.0450825;REFB=0;REVB=0.0401645;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179435;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 74719530 . CCGGGG CCGGG,CCGGGC,CGGG 162.76 PASS AF=0.7,0.3,0;AO=5,4,4;DP=20;FAO=14,6,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8,5,0;FSAR=6,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21092,0.122138,-0.374648;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=10.7355,9.3784,7.15905;QD=32.5526;RBI=0.228553,0.139797,0.422038;REFB=0,0,0;REVB=-0.088029,0.0680113,-0.194305;RO=3;SAF=0,4,2;SAR=5,0,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.794084,0,-0.357477;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.003416,-0.0107686,0.0300204;OID=.,.,.;OPOS=74719532,74719535,74719531;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGGG,CCGGGC,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.7,0.3,0:5,4,4:20:14,6,0:20:0:8,5,0:6,1,0:0:0:19:3:0,4,2:5,0,2:3:0 chr2 74725144 . T C 757.53 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1867;QD=63.1278;RBI=0.148551;REFB=0;REVB=0.147225;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00561245;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:41:48:1:17:24:0:0:21:27:0:0 chr2 74725178 . G A 761.44 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6163;QD=56.4031;RBI=0.064153;REFB=0;REVB=0.0185414;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112246;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:32:22:0:0 chr2 74746322 . A T 803.6 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.591;QD=64.2884;RBI=0.0627137;REFB=0;REVB=-0.0571082;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101968;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:33:16:0:0:33:17:0:0 chr2 74756176 . G C 349.28 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.382;QD=51.7451;RBI=0.0129068;REFB=-0.165435;REVB=0.00206716;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000867338;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:0:1:12:14:0:1 chr2 74761539 . T A 1377.36 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.801;QD=62.6073;RBI=0.0864458;REFB=0;REVB=0.0689359;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288886;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:55:33:0:0:55:33:0:0 chr2 75101454 . T C 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0120716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.296;QD=13.5148;RBI=0.0164447;REFB=-0.005471;REVB=0.0111672;RO=42;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793969;STB=0.545421;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00821916;OID=.;OPOS=75101454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:10:18:24:18:10:18:24:18 chr2 75113657 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.547;QD=56.0115;RBI=0.0135611;REFB=-0.0168008;REVB=0.00804936;RO=1;SAF=24;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190857;STB=0.510198;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00060691;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:10:24:1:0:10:24:1:0 chr2 75113789 . C G 245.49 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0167812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8529;QD=13.4517;RBI=0.0265254;REFB=0.00780157;REVB=-0.0205423;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151764;STB=0.585308;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00953599;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:44:29:29:0.39726:13:16:17:25:13:16:18:26 chr2 75115108 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0160341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.219;QD=21.2924;RBI=0.0304568;REFB=-0.027874;REVB=-0.0258945;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222668;STB=0.625315;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0195516;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:17:8:14:11:17:8:14:11 chr2 75116527 . G A 629.96 PASS AF=0.580952;AO=60;DP=104;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0657934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3385;QD=23.9985;RBI=0.0659914;REFB=-0.00699404;REVB=-0.00510786;RO=44;SAF=36;SAR=24;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16608;STB=0.585521;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00458143;OID=.;OPOS=75116527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:44:44:60:61:0.580952:24:36:17:27:25:36:17:27 chr2 75118737 . C T 631.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7053;QD=61.6538;RBI=0.0498052;REFB=0;REVB=-0.0294027;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104202;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr2 75124037 . C T 754.32 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2299;QD=56.9297;RBI=0.0179109;REFB=0;REVB=-0.00900994;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20161e-05;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:26:27:0:0 chr2 75196731 . A G,T 969.81 PASS AF=0.940299,0.0597015;AO=62,5;DP=67;FAO=63,4;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29,3;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221694,-0.00269996;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.883,119.908;QD=57.8991;RBI=0.0138803,0.0203976;REFB=0,0;REVB=0.0137021,-0.0202181;RO=0;SAF=28,4;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00160417,0.0289992;OID=.,.;OPOS=75196731,75196731;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:67:67:0:0:62,5:63,4:0.940299,0.0597015:34,1:28,4:0:0:34,1:29,3:0:0 chr2 75276429 . C G 589.63 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00717722;FXX=0.0165276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.169;QD=19.8196;RBI=0.00914293;REFB=-0.0165455;REVB=-0.00566399;RO=57;SAF=22;SAR=38;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150999;STB=0.50331;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0145414;OID=.;OPOS=75276429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:57:59:60:60:0.504202:38:22:20:37:38:22:22:37 chr2 75276649 . C T 537.57 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00600764;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.488;QD=23.1212;RBI=0.0190403;REFB=-0.0428823;REVB=-0.0180677;RO=41;SAF=30;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124626;STB=0.519992;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0363964;OID=.;OPOS=75276649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:41:43:50:50:0.537634:20:30:24:17:20:30:24:19 chr2 75425728 . A G 439.1 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0406186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2726;QD=17.3902;RBI=0.0544915;REFB=0.00882534;REVB=-0.0363242;RO=54;SAF=29;SAR=18;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430459;STB=0.524009;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0113021;OID=.;OPOS=75425728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:18:29:31:23:18:29:31:23 chr2 75744918 . T C 209.37 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0074411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1697;QD=20.4265;RBI=0.0133875;REFB=-0.0152887;REVB=-0.011129;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772962;STB=0.539531;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0276587;OID=.;OPOS=75744918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:20:20:21:0.512195:12:8:6:13:12:9:7:13 chr2 76672457 . G T 66.55 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0304508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.817;QD=12.6753;RBI=0.0309368;REFB=-0.0274405;REVB=-0.00546191;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315875;STB=0.687091;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0751398;OID=.;OPOS=76672457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:4:8:3:6:4:8 chr2 79109771 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00199561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.241;QD=12.7374;RBI=0.0140019;REFB=-0.00582781;REVB=-0.0138589;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418021;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0128679;OID=.;OPOS=79109771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:3:7:2:6:3:7 chr2 79254261 . T C 1902.61 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00380938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5934;QD=59.9247;RBI=0.0395617;REFB=0.0772106;REVB=-0.0393779;RO=2;SAF=61;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000359215;STB=0.500189;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00284321;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:64:61:1:1:64:61:1:1 chr2 79350347 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7399;QD=60.6081;RBI=0.0308678;REFB=0;REVB=0.0154475;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17946e-05;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr2 79385786 . TG CA 320.19 PASS AF=0.272189;AO=46;DP=169;FAO=46;FDP=169;FR=.;FRO=123;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.0101695;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.219;QD=7.57841;RBI=0.0104108;REFB=-0.00596832;REVB=0.0022282;RO=123;SAF=19;SAR=27;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729147;STB=0.543226;STBP=0.507;TYPE=mnp;VARB=0.0138588;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:123:123:46:46:0.272189:27:19:58:65:27:19:58:65 chr2 79385823 . T G 143.07 PASS AF=0.178808;AO=19;DP=144;FAO=27;FDP=151;FR=.;FRO=124;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.00143629;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.528;QD=3.79001;RBI=0.0123872;REFB=-0.0143918;REVB=-0.0123036;RO=120;SAF=9;SAR=10;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001656;STB=0.614702;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0608788;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:151:120:124:19:27:0.178808:10:9:57:63:11:16:56:68 chr2 80101321 . T G 415.69 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=-0.0361231;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.562;QD=16.9667;RBI=0.0485645;REFB=-0.00499287;REVB=-0.0324597;RO=55;SAF=29;SAR=14;SRF=44;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152846;STB=0.584967;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0038705;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:14:29:44:11:14:29:44:11 chr2 80529956 . T C 190.83 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0165807;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.708;QD=13.1607;RBI=0.0166623;REFB=-0.0114108;REVB=0.00164711;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220421;STB=0.512647;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0143232;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:35:23:23:0.396552:9:14:22:13:9:14:22:13 chr2 80801346 . T C 195.0 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0172626;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5162;QD=16.9562;RBI=0.0224143;REFB=0.0162819;REVB=-0.0142969;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145052;STB=0.50239;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0246334;OID=.;OPOS=80801346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:26:20:20:0.434783:13:7:5:18:13:7:9:17 chr2 82194270 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.9;QD=57.2026;RBI=0.0401759;REFB=0;REVB=0.034093;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161321;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr2 82194363 . C A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0511484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9086;QD=21.7462;RBI=0.0776099;REFB=0.00626317;REVB=-0.0583707;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772372;STB=0.543438;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00589536;OID=.;OPOS=82194363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:8:12:15:7:8:12 chr2 84756049 . G A 1768.32 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0180895;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.128;QD=58.457;RBI=0.0345028;REFB=-0.0911909;REVB=0.0293805;RO=2;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166583;STB=0.513041;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00225962;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:121:2:3:118:118:0.975207:56:62:0:2:56:62:0:3 chr2 84771480 . G A 1175.01 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682571;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4396;QD=61.0395;RBI=0.0689342;REFB=0;REVB=-0.00963816;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395637;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr2 84771567 . C T 794.82 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00792675;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.541;QD=53.8862;RBI=0.0143031;REFB=-0.0408371;REVB=-0.0119056;RO=2;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728412;STB=0.504069;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000805393;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:22:34:1:1:22:35:1:1 chr2 84800605 . C A 710.23 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0465332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.146;QD=54.6327;RBI=0.0487253;REFB=-0.0203466;REVB=0.0144502;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00108402;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:27:23:1:0:28:23:1:0 chr2 84897517 . A G 443.52 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00217317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.977;QD=52.1791;RBI=0.0667084;REFB=-0.0270747;REVB=0.066673;RO=2;SAF=19;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466135;STB=0.524985;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000504628;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:31:32:0.941176:12:19:2:0:13:19:2:0 chr2 85282879 . A G 940.95 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066252;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.754;QD=58.8095;RBI=0.0675892;REFB=0;REVB=0.0133776;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137313;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr2 85283329 . CTT C,CCT 319.3 PASS AF=0.875,0.125;AO=18,3;DP=22;FAO=21,3;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065411,-0.0183668;FXX=0.039984;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=247.643,20.3269;QD=53.2172;RBI=0.00749297,0.0183824;REFB=0,0;REVB=0.00365496,0.000757998;RO=0;SAF=4,3;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00174251,0.0180257;OID=.,.;OPOS=85283330,85283330;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:18,3:22:21,3:24:0:6,3:15,0:0:0:14:0:4,3:14,0:0:0 chr2 85283395 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.435;QD=53.9102;RBI=0.0242324;REFB=0;REVB=-0.0225365;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18887e-05;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr2 85546615 . C T 731.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.852;QD=56.2731;RBI=0.0249564;REFB=0;REVB=0.0231468;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3115e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:52:0:0:46:52:1:19:27:0:0:23:29:0:0 chr2 85549527 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.886;QD=54.5173;RBI=0.0237634;REFB=0;REVB=0.0196921;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90057e-05;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr2 85549547 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.387;QD=59.4356;RBI=0.0366621;REFB=0;REVB=0.0184644;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91702e-05;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr2 85553784 . C T 609.73 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6398;QD=60.9726;RBI=0.2006;REFB=0;REVB=0.19178;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473346;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:15:21:0:0:18:22:0:0 chr2 85570849 . C T 100.54 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0338667;FXX=0.039208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.236;QD=8.2072;RBI=0.0339078;REFB=-0.0173704;REVB=0.00166997;RO=36;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106682;STB=0.565814;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0401959;OID=.;OPOS=85570849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:36:36:13:13:0.265306:8:5:17:19:8:5:17:19 chr2 85570857 . G A 112.12 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00292982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.016;QD=8.46216;RBI=0.0137603;REFB=-0.00471727;REVB=0.0134448;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039278;STB=0.534837;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0156255;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:9:6:16:21:9:6:17:21 chr2 85573033 . G A 1281.89 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0167009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0575;QD=58.2679;RBI=0.0315867;REFB=-0.00952194;REVB=0.0268104;RO=3;SAF=43;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111346;STB=0.505881;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00262;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:42:43:1:2:42:43:1:2 chr2 85573049 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.095;QD=62.3143;RBI=0.0114051;REFB=0;REVB=0.00214784;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0821e-06;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr2 85769711 . C G 1619.12 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239617;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.816;QD=56.8114;RBI=0.0254858;REFB=-0.057273;REVB=0.0086813;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250972;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:114:0:0:102:114:1:51:51:0:0:55:59:0:0 chr2 85780131 . G A 819.63 PASS AF=0.967213;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0269227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.363;QD=53.7459;RBI=0.0315801;REFB=-0.0776989;REVB=0.0165066;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514701;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00284206;OID=.;OPOS=85780131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:61:0:2:56:59:0.967213:25:31:0:0:26:33:2:0 chr2 85780536 . C G,T 619.86 PASS AF=0.0465116,0.930233;AO=2,36;DP=40;FAO=2,40;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,23;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00702041,0.0906995;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=11.4298,50.3945;QD=57.6615;RBI=0.00999638,0.135524;REFB=0.143483,0.0719556;REVB=0.00711629,0.1007;RO=1;SAF=0,21;SAR=2,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0301788;STB=0.5,0.514279;STBP=1,0.302;TYPE=snp,snp;VARB=0.116916,0.00627821;OID=.,.;OPOS=85780536,85780536;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:40:43:1:1:2,36:2,40:0.0465116,0.930233:2,15:0,21:0:1:2,17:0,23:0:1 chr2 85781318 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000993883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.321;QD=57.6799;RBI=0.0158533;REFB=0;REVB=0.0158221;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67217e-05;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr2 85806266 . C T 526.16 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131441;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3515;QD=60.1321;RBI=0.132974;REFB=0;REVB=0.0201308;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421099;OID=.;OPOS=85806266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr2 85808737 . A G 773.76 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150062;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3131;QD=55.2684;RBI=0.028353;REFB=-0.0161609;REVB=-0.0240564;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00774074;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:0:1:33:22:0:1 chr2 85808982 . T C 1415.76 PASS AF=1;AO=89;DP=99;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405898;FXX=0.0706999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3889;QD=61.5549;RBI=0.0485917;REFB=-0.0471618;REVB=0.0267137;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721288;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:92:0:0:89:92:1:38:51:0:0:39:53:0:0 chr2 85824084 . G C 293.53 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0239763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.733;QD=19.9004;RBI=0.0244597;REFB=-0.0291349;REVB=-0.00483846;RO=28;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129314;STB=0.572035;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0184561;OID=.;OPOS=85824084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:11:20:14:14:11:20:14:14 chr2 85824251 . T C 142.98 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0287055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.713;QD=14.2977;RBI=0.0287953;REFB=-0.0137295;REVB=-0.0022719;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127399;STB=0.576825;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0178264;OID=.;OPOS=85824251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:15:16:0.4:9:6:12:11:10:6:12:12 chr2 85846329 . G A 199.26 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0209395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9051;QD=27.4847;RBI=0.0252482;REFB=-0.0316689;REVB=-0.014107;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163744;STB=0.509081;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0101756;OID=.;OPOS=85846329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:5:5:9:10:5:5 chr2 85852667 . G A 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00168835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.457;QD=23.4297;RBI=0.0906931;REFB=-0.0105546;REVB=-0.0906774;RO=20;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094808;STB=0.55259;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00873267;OID=.;OPOS=85852667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:7:17:16:4:7:17:16:4 chr2 85924729 . C T 458.78 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0153556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.791;QD=16.9919;RBI=0.0186321;REFB=-0.0246914;REVB=-0.0105528;RO=56;SAF=19;SAR=31;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656821;STB=0.538179;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0392689;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:56:58:50:50:0.462963:31:19:25:31:31:19:26:32 chr2 85925529 . A G 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00671343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.107;QD=16.0315;RBI=0.0789674;REFB=-0.0201774;REVB=-0.0786815;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295089;STB=0.681625;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0388839;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:15:5:14:13:15:5:15:13 chr2 85925756 . C G 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0478257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1771;QD=16.8712;RBI=0.048029;REFB=0.00258554;REVB=0.0044146;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293765;STB=0.528356;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00192005;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:9:11:13:12:9:11:13:13 chr2 85925848 . C G 204.22 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0553831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.968;QD=17.0186;RBI=0.0558076;REFB=-0.016173;REVB=-0.00687028;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364795;STB=0.523787;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0234706;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:27:21:21:0.4375:11:10:12:13:11:10:14:13 chr2 85982017 . G C 346.16 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00929252;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.313;QD=21.9786;RBI=0.0139942;REFB=-0.0231475;REVB=0.0104636;RO=29;SAF=23;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279907;STB=0.664724;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00701477;OID=.;OPOS=85982017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:28:34:35:0.555556:11:23:10:19:11:24:9:19 chr2 86015096 . G A 41.67 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0102155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.464;QD=3.87614;RBI=0.0302255;REFB=-0.00409485;REVB=-0.0284468;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297403;STB=0.68439;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0111523;OID=.;OPOS=86015096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:43:32:36:7:7:0.162791:2:5:15:17:2:5:18:18 chr2 86260785 . C T 389.89 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00834268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.591;QD=16.4162;RBI=0.02002;REFB=-0.0263421;REVB=0.0181989;RO=54;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685996;STB=0.538603;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0433964;OID=.;OPOS=86260785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:17:24:28:26:17:24:28:26 chr2 86315741 . C T 461.49 PASS AF=0.754717;AO=39;DP=54;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00772401;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.809;QD=34.8292;RBI=0.0077262;REFB=-0.00625175;REVB=-0.000184032;RO=13;SAF=17;SAR=22;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608513;STB=0.535491;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00242402;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:53:13:13:39:40:0.754717:22:17:4:9:22:18:4:9 chr2 86317037 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.813;QD=58.0609;RBI=0.0201878;REFB=0;REVB=0.00189246;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21496e-05;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr2 86344237 . A G 370.16 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0341726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.349;QD=30.2174;RBI=0.0343451;REFB=-0.036978;REVB=-0.00343741;RO=18;SAF=17;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216003;STB=0.618108;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0244196;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:14:17:4:14:14:17:4:14 chr2 86363074 . A G 222.95 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00409253;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0985;QD=11.2884;RBI=0.0584107;REFB=-0.0233572;REVB=-0.0582671;RO=51;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198083;STB=0.614206;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0135428;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:51:28:28:0.35443:12:16:20:31:12:16:20:31 chr2 86364653 . A G 143.05 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0213798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.361;QD=14.6722;RBI=0.0228171;REFB=-0.0059077;REVB=-0.00797033;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106364;STB=0.598942;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00873326;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:15:16:0.410256:12:3:6:16:13:3:7:16 chr2 86400791 . T C 519.07 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00144822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.787;QD=25.6329;RBI=0.00523783;REFB=-0.00869424;REVB=0.00503364;RO=33;SAF=28;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969048;STB=0.552992;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00814959;OID=.;OPOS=86400791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:20:28:15:18:20:28:15:18 chr2 86400824 . G A 167.74 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00229795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.137;QD=8.38686;RBI=0.0240243;REFB=-0.0103895;REVB=-0.0239142;RO=55;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098566;STB=0.559947;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0207676;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:57:23:23:0.2875:14:9:26:29:14:9:27:30 chr2 86420201 . G C 38.33 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00483702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.239;QD=10.2202;RBI=0.0347307;REFB=-0.0144942;REVB=-0.0343922;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019298;OID=.;OPOS=86420201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:3:6:4:2:3:6 chr2 86440718 . T C 384.87 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0425224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.232;QD=20.8039;RBI=0.0427802;REFB=-0.00650602;REVB=0.0046889;RO=35;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187428;STB=0.603514;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00333044;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:22:17:23:12:22:17:23:12 chr2 86441334 . C CTGTT,T 104.29 PASS AF=0.24,0.04;AO=11,2;DP=50;FAO=12,2;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7,2;FSAR=5,0;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0064076,0.0111233;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=203.261,69.2977;QD=8.34291;RBI=0.00897759,0.0403361;REFB=-0.00352802,-0.0199808;REVB=-0.00628807,-0.0387721;RO=36;SAF=7,2;SAR=4,0;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.134744,0.418334;STB=0.542183,0.994525;STBP=0.685,0.189;TYPE=ins,snp;VARB=0.0081232,0.0375464;OID=.,.;OPOS=86441335,86441334;OREF=-,C;OALT=TGTT,T;OMAPALT=CTGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:50:50:36:36:11,2:12,2:0.24,0.04:4,0:7,2:19:17:5,0:7,2:19:17 chr2 86683642 . A G 408.59 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4279;QD=51.0741;RBI=0.181187;REFB=-0.0731435;REVB=0.0347696;RO=1;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00668746;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:1:0:28:32:1:20:8:0:1:21:11:0:0 chr2 86691250 . G A 2067.74 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00500811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.852;QD=61.7234;RBI=0.0235753;REFB=0.00724533;REVB=0.0230372;RO=1;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683923;STB=0.503597;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=6.29776e-06;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:69:64:0:1:69:64:0:1 chr2 86719435 . C T 327.67 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0223436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9488;QD=14.0935;RBI=0.0851797;REFB=-0.00997102;REVB=-0.082197;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283612;STB=0.660166;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0149484;OID=.;OPOS=86719435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:15:22:18:38:15:22:18:38 chr2 86979093 . G A 1518.05 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6976;QD=59.5314;RBI=0.0591121;REFB=0;REVB=0.0583888;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456763;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:46:53:0:0:49:53:0:0 chr2 87015633 . T TGA 515.66 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.030216;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.459;QD=54.2803;RBI=0.0485174;REFB=-0.104236;REVB=0.0379595;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518991;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=ins;VARB=0.000845825;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:35:38:36:38:2:18:18:0:2:9:2:18:17:0:2 chr2 88315954 . C A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.635;QD=50.837;RBI=0.0343418;REFB=0.184684;REVB=0.00452019;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00068323;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:16:9:0:0:16:9:1:0 chr2 88315993 . A G 323.21 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0819748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0129;QD=53.8682;RBI=0.0903304;REFB=0;REVB=0.0379437;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121608;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 88387402 . GC AG,GA 598.19 PASS AF=0.075,0.925;AO=3,29;DP=40;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332463,0.0211737;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=54.8781,104.591;QD=59.8185;RBI=0.0426117,0.0269258;REFB=0,0;REVB=0.0266541,0.0166335;RO=0;SAF=0,27;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.75607e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0120388,0.0055995;OID=.,.;OPOS=88387402,88387403;OREF=GC,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:40:40:0:0:3,29:3,37:0.075,0.925:3,2:0,27:0:0:3,9:0,28:0:0 chr2 88424066 . T C 769.69 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.425;QD=61.5753;RBI=0.0248853;REFB=0.0186623;REVB=0.0110122;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-9.58665e-06;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:0:1:27:22:0:1 chr2 88472791 . G A 1167.72 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0339515;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.765;QD=58.3859;RBI=0.0347733;REFB=-0.0828161;REVB=0.00751529;RO=2;SAF=49;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647946;STB=0.503424;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00163368;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:80:2:2:78:78:0.975:29:49:1:1:29:49:1:1 chr2 88874891 . C A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00240682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.913;QD=12.5664;RBI=0.00755581;REFB=-0.00606437;REVB=0.00716222;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128104;STB=0.573471;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00855665;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:16:24:12:13:16:24 chr2 88895123 . T C 202.98 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0014545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.975;QD=12.3018;RBI=0.0242633;REFB=-0.004042;REVB=0.0242197;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443738;STB=0.525527;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.010082;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:12:13:23:18:12:13:23:18 chr2 88895351 . T C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0236425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.873;QD=11.7417;RBI=0.0251653;REFB=-0.0169158;REVB=0.00862118;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175642;STB=0.510194;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0211111;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:16:20:12:9:16:20 chr2 88913273 . G C 438.99 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0110359;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.774;QD=21.6787;RBI=0.0113314;REFB=-0.00621243;REVB=0.00257098;RO=37;SAF=14;SAR=29;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25435;STB=0.646644;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00738836;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:38:43:43:0.530864:29:14:23:14:29:14:24:14 chr2 89197190 . C T 893.11 PASS AF=0.461929;AO=90;DP=197;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.00349299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.361;QD=18.1342;RBI=0.00352953;REFB=-0.0150883;REVB=0.000506565;RO=106;SAF=50;SAR=40;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103745;STB=0.503058;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0175067;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:106:106:90:91:0.461929:40:50:60:46:40:51:60:46 chr2 90121675 . T C 189.47 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.681;QD=47.3678;RBI=0.0248985;REFB=0;REVB=0.0244165;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01003;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr2 90139116 . G A 171.06 PASS AF=0.302632;AO=22;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00127666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.268;QD=9.00326;RBI=0.092298;REFB=-0.0242321;REVB=-0.0922892;RO=43;SAF=17;SAR=5;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279308;STB=0.744302;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0430791;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:53:22:23:0.302632:5:17:24:19:5:18:24:29 chr2 90249299 . C T 39.77 PASS AF=0.084507;AO=12;DP=142;FAO=12;FDP=142;FR=.;FRO=130;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.0350916;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.624;QD=1.12022;RBI=0.0685781;REFB=-0.00821328;REVB=-0.0589197;RO=130;SAF=3;SAR=9;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311356;STB=0.749584;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0528763;OID=.;OPOS=90249299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:142:142:130:130:12:12:0.084507:9:3:68:62:9:3:68:62 chr2 92129749 . T C 177.1 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0180757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3402;QD=14.4571;RBI=0.0246044;REFB=-0.00722574;REVB=0.0166927;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00199253;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105348;OID=.;OPOS=92129749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:19:11:7:12:19:11 chr2 95537447 . G A 631.4 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00299754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.175;QD=19.4275;RBI=0.00865161;REFB=-0.00473481;REVB=-0.00811573;RO=64;SAF=29;SAR=35;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989746;STB=0.554472;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00533204;OID=.;OPOS=95537447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:64:66:64:64:0.492308:35:29:36:28:35:29:37:29 chr2 95537501 . C T 321.08 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.0882889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0933;QD=16.2571;RBI=0.0896895;REFB=-0.0056644;REVB=0.0157887;RO=44;SAF=14;SAR=21;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213409;STB=0.618723;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0142621;OID=.;OPOS=95537501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:21:14:9:35:21:14:9:35 chr2 95537568 . C G 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0115445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.479;QD=3.43667;RBI=0.0118202;REFB=-0.00495272;REVB=0.00253845;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403575;STB=0.761138;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0160319;OID=.;OPOS=95537568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:32:33:6:6:0.153846:2:4:10:22:2:4:11:22 chr2 95537572 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0153957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.281;QD=16.107;RBI=0.0174401;REFB=-0.0278466;REVB=-0.00819339;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270738;STB=0.501556;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.04383;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:9:13:10:7:9:13 chr2 95537622 . A G 142.52 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00968483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4636;QD=14.6173;RBI=0.0271403;REFB=-0.0394212;REVB=0.0253535;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826904;STB=0.536866;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0567548;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:10:6:10:12:10:6:10:13 chr2 95542363 . C G 112.14 PASS AF=0.288462;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0112917;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.42;QD=8.62589;RBI=0.0371732;REFB=-0.0104439;REVB=-0.0354168;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467322;STB=0.543984;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0210056;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:14:15:0.288462:6:8:21:16:7:8:22:15 chr2 95542376 . GC GT,TT 192.23 PASS AF=0.107692,0.276923;AO=7,18;DP=65;FAO=7,18;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=3,9;FSAR=4,9;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0170023,-0.00629549;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=84.3681,174.847;QD=11.8298;RBI=0.0182108,0.00808133;REFB=-0.00333184,-0.0163865;REVB=0.00652352,-0.00506702;RO=37;SAF=3,9;SAR=4,9;SRF=26;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.328341,-0.23316;STB=0.681877,0.603338;STBP=0.36,0.311;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00741346,0.0372783;OID=.,.;OPOS=95542377,95542376;OREF=C,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:65:65:37:40:7,18:7,18:0.107692,0.276923:4,9:3,9:26:11:4,9:3,9:26:14 chr2 95542415 . CA CG,TG 121.01 PASS AF=0.0952381,0.142857;AO=8,12;DP=84;FAO=8,12;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=4,7;FSAR=4,5;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0140761,0.00519408;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=105.709,111.317;QD=5.76244;RBI=0.0156225,0.0253421;REFB=0.000102537,0.00130715;REVB=-0.00677683,0.0248041;RO=63;SAF=4,7;SAR=4,5;SRF=31;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00936444,0.11366;STB=0.5,0.570367;STBP=1,0.626;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00127286,-0.00795377;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:84:84:63:64:8,12:8,12:0.0952381,0.142857:4,5:4,7:31:32:4,5:4,7:32:32 chr2 95542418 . TG CA,TA 175.89 PASS AF=0.060241,0.240964;AO=6,19;DP=84;FAO=5,20;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=2,11;FSAR=3,9;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0718209,-0.0871734;FXX=0.0119033;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=136.161,59.4878;QD=8.47643;RBI=0.0720849,0.089238;REFB=-0.0092585,-0.0148343;REVB=-0.00616395,-0.0190843;RO=56;SAF=2,10;SAR=4,9;SRF=29;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.207876,0.0103586;STB=0.607167,0.52446;STBP=0.68,0.871;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0488477,0.0404504;OID=.,.;OPOS=95542418,95542419;OREF=TG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:84:83:56:58:6,19:5,20:0.060241,0.240964:4,9:2,10:29:27:3,9:2,11:30:28 chr2 95542433 . C G 259.8 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0125223;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.353;QD=11.8091;RBI=0.0166047;REFB=0.00188409;REVB=0.0109046;RO=57;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279253;STB=0.516119;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00312793;OID=.;OPOS=95542433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:57:57:31:31:0.352273:16:15:29:28:16:15:29:28 chr2 95542476 . C T 166.05 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0427014;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.624;QD=9.62617;RBI=0.0427014;REFB=-0.0243588;REVB=-3.68813e-06;RO=48;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287261;STB=0.538224;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0513339;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:48:47:22:22:0.318841:10:12:25:23:10:12:23:24 chr2 95542482 . C A 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00558547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.124;QD=2.19414;RBI=0.0124921;REFB=-0.00402928;REVB=-0.0111738;RO=61;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970979;STB=0.507228;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0111717;OID=.;OPOS=95542482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:4:4:31:30:4:4:31:30 chr2 95542485 . A C 46.23 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0106161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.217;QD=2.71937;RBI=0.0106592;REFB=-0.0132808;REVB=0.000957637;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143928;STB=0.5998;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.119754;OID=.;OPOS=95542485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:68:68:58:58:10:10:0.147059:4:6:28:30:4:6:28:30 chr2 95713709 . CGGGGG CGGGG,CGGGGC 59.57 PASS AF=0.166667,0.0925926;AO=7,4;DP=50;FAO=9,5;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5,5;FSAR=4,0;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0980931,-0.0109484;FXX=0.0181785;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.6149,27.67;QD=4.41236;RBI=0.0983213,0.0190637;REFB=-0.110538,-0.0691859;REVB=-0.00669612,-0.0156063;RO=29;SAF=3,4;SAR=4,0;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.227532,0.567822;STB=0.57927,0.997255;STBP=0.658,0.043;TYPE=del,snp;VARB=0.139816,0.112371;OID=.,.;OPOS=95713710,95713714;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.0925926:7,4:50:9,5:54:40:5,5:4,0:26:14:29:29:3,4:4,0:18:11 chr2 95753106 . G T 308.3 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00756826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.679;QD=28.0273;RBI=0.0302786;REFB=-0.0219513;REVB=0.0293175;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115686;STB=0.563712;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0218495;OID=.;OPOS=95753106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:14:13:11:6:14:13:11:6 chr2 95815306 . C T 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.083958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4856;QD=12.727;RBI=0.102187;REFB=0.0220287;REVB=-0.058252;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0577871;OID=.;OPOS=95815306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:8:4:3:6:8:4 chr2 95847040 . TGCG T 508.81 PASS AF=1;AO=28;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163122;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.551;QD=59.8599;RBI=0.0255282;REFB=0;REVB=0.0196366;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.14995e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:36:34:34:0:19:15:0:0:4:0:16:12:0:0 chr2 95848354 . G A 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2428;QD=59.4238;RBI=0.089585;REFB=0;REVB=-0.0165662;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154664;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr2 95944832 . AG A 228.91 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.078751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7366;QD=12.2083;RBI=0.11161;REFB=0.0221276;REVB=0.0790886;RO=38;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192563;STB=0.600891;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=-0.0187315;OID=.;OPOS=95944833;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:34:75:35:75:40:12:23:21:19:99:38:12:22:21:17 chr2 95947085 . A G 1438.36 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.887;QD=62.5372;RBI=0.0258874;REFB=0;REVB=0.022843;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90602e-05;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:48:41:0:0:50:42:0:0 chr2 96071362 . G T 172.62 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0186184;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4331;QD=16.8411;RBI=0.0301167;REFB=-0.00562573;REVB=-0.0236721;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157753;STB=0.60964;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0157162;OID=.;OPOS=96071362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:21:23:18:18:0.439024:9:9:14:7:9:9:16:7 chr2 96195307 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0198187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0985;QD=16.1985;RBI=0.0621354;REFB=0.0127454;REVB=0.0588899;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00385725;OID=.;OPOS=96195307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr2 96195632 . T C 1116.59 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.623;QD=60.3563;RBI=0.0127628;REFB=0;REVB=0.0118247;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63983e-05;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr2 96517471 . A G 33.37 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0333645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.2536;QD=1.64783;RBI=0.0333959;REFB=0.000803516;REVB=-0.00144816;RO=72;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483112;STB=0.543103;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00163555;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:72:73:8:8:0.0987654:4:4:33:39:4:4:33:40 chr2 96517474 . G A 39.42 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0228216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.888;QD=1.9229;RBI=0.0228313;REFB=-0.000667318;REVB=-0.000667799;RO=72;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166207;STB=0.506834;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0168347;OID=.;OPOS=96517474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:72:73:9:9:0.109756:5:4:33:39:5:4:33:40 chr2 96517484 . T G 74.75 PASS AF=0.159091;AO=13;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0677673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8215;QD=3.39753;RBI=0.0999907;REFB=0.00403156;REVB=0.0735237;RO=75;SAF=8;SAR=5;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216006;STB=0.604355;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0126486;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:75:74:13:14:0.159091:5:8:33:42:6:8:33:41 chr2 96517502 . A C 86.94 PASS AF=0.168831;AO=10;DP=82;FAO=13;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=62;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0090485;FXX=0.0722804;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.607;QD=4.51658;RBI=0.0408098;REFB=-0.0023646;REVB=0.0397941;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867285;STB=0.508252;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0059436;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:82:77:49:62:10:13:0.168831:4:6:26:23:7:6:28:34 chr2 96517518 . A G 225.95 PASS AF=0.319149;AO=27;DP=91;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0332796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4908;QD=9.61506;RBI=0.0348961;REFB=-0.0183277;REVB=0.0104982;RO=63;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01899;STB=0.501424;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0331971;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:63:64:27:30:0.319149:15:12:29:34:16:14:30:34 chr2 96517882 . G A 176.91 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0204964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.7;QD=8.5259;RBI=0.0231106;REFB=-0.0190046;REVB=-0.0106769;RO=58;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351937;STB=0.50515;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0333792;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:58:59:24:24:0.289157:14:10:24:34:14:10:25:34 chr2 96517885 . G A 353.88 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00643973;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.112;QD=18.1478;RBI=0.0242126;REFB=-0.00888282;REVB=-0.0233405;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142772;STB=0.591017;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0294333;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:41:37:37:0.474359:17:20:15:24:17:20:15:26 chr2 96517893 . T C 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0102892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.171;QD=2.55004;RBI=0.0253583;REFB=-0.00320222;REVB=-0.023177;RO=66;SAF=3;SAR=7;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230652;STB=0.665421;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0221881;OID=.;OPOS=96517893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:66:66:10:10:0.131579:7:3:32:34:7:3:32:34 chr2 96517905 . A T 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0264584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.012;QD=2.95735;RBI=0.0343672;REFB=-0.000585484;REVB=-0.0219329;RO=53;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822976;STB=0.561657;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00262464;OID=.;OPOS=96517905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:53:55:9:9:0.140625:6:3:21:32:6:3:22:33 chr2 96521297 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0318962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.567;QD=15.2588;RBI=0.0372558;REFB=-0.0210009;REVB=0.0192516;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.032731;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:2:4:4:3:2:4 chr2 96521481 . C T 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0002203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.432;QD=3.13444;RBI=0.0105091;REFB=-0.00754073;REVB=-0.0105068;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216418;STB=0.651833;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0189198;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:3:6:26:27:3:6:26:27 chr2 96521486 . G A 52.68 PASS AF=0.153846;AO=11;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00492023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.525;QD=3.24165;RBI=0.0187984;REFB=-0.00186972;REVB=-0.0181431;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193277;STB=0.679885;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00865427;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:65:65:52:55:11:10:0.153846:4:7:25:27:3:7:27:28 chr2 96521512 . A C 295.54 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0540806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5132;QD=10.6501;RBI=0.0542458;REFB=0.00379177;REVB=0.00422944;RO=72;SAF=13;SAR=25;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215252;STB=0.620373;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00712518;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:73:38:38:0.342342:25:13:38:34:25:13:38:35 chr2 96521548 . G A 240.63 PASS AF=0.251799;AO=35;DP=139;FAO=35;FDP=139;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.00165026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.506;QD=6.92465;RBI=0.0108091;REFB=-0.00561604;REVB=-0.0106824;RO=102;SAF=12;SAR=23;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187583;STB=0.620503;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0224461;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:102:104:35:35:0.251799:23:12:50:52:23:12:52:52 chr2 96521556 . T C 227.98 PASS AF=0.239437;AO=34;DP=142;FAO=34;FDP=142;FR=.;FRO=108;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.00563431;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.651;QD=6.4221;RBI=0.0132787;REFB=-0.0109974;REVB=-0.012024;RO=108;SAF=12;SAR=22;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187653;STB=0.614145;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0308573;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:108:108:34:34:0.239437:22:12:54:54:22:12:54:54 chr2 96521563 . G A 108.17 PASS AF=0.148649;AO=20;DP=145;FAO=22;FDP=148;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=0.00137226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.38;QD=2.92338;RBI=0.00614902;REFB=-0.00197265;REVB=-0.00599394;RO=125;SAF=7;SAR=13;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195295;STB=0.657749;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0537364;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:125:126:20:22:0.148649:13:7:63:62:15:7:63:63 chr2 96521607 . GGT CAC 161.51 PASS AF=0.167568;AO=31;DP=184;FAO=31;FDP=185;FR=.;FRO=154;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=84;FSRR=70;FWDB=-0.00336549;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=3;MLLD=209.948;QD=3.49199;RBI=0.0035146;REFB=0.00299152;REVB=0.00101289;RO=149;SAF=10;SAR=21;SRF=82;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290479;STB=0.684348;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=-0.0130696;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:149:154:31:31:0.167568:21:10:82:67:21:10:84:70 chr2 96521640 . C T 39.41 PASS AF=0.0752688;AO=11;DP=186;FAO=14;FDP=186;FR=.;FRO=172;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=94;FSRR=78;FWDB=-0.0352106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.803;QD=0.847473;RBI=0.0503921;REFB=-0.00389916;REVB=-0.0360496;RO=160;SAF=3;SAR=8;SRF=93;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316358;STB=0.735408;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0313792;OID=.;OPOS=96521640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:186:186:160:172:11:14:0.0752688:8:3:93:67:10:4:94:78 chr2 96521726 . G A 518.2 PASS AF=0.397351;AO=59;DP=151;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=-0.00429;FXX=0.0382141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.645;QD=13.7271;RBI=0.00649404;REFB=-0.0160167;REVB=0.00487529;RO=86;SAF=29;SAR=30;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143755;STB=0.585777;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0288199;OID=.;OPOS=96521726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:86:91:59:60:0.397351:30:29:54:32:31:29:57:34 chr2 96523096 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.613;QD=57.1774;RBI=0.0143452;REFB=0;REVB=-0.00927317;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27267e-06;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr2 96525640 . G T 31.39 PASS AF=0.1;AO=7;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0093694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.125;QD=1.56966;RBI=0.028122;REFB=-0.00847102;REVB=-0.0265153;RO=70;SAF=1;SAR=6;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380763;STB=0.830014;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0366427;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:80:80:70:72:7:8:0.1:6:1:32:38:7:1:32:40 chr2 96525643 . T C 86.66 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.012828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.4;QD=4.33316;RBI=0.0178254;REFB=-0.00847004;REVB=-0.0123769;RO=65;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849302;STB=0.554734;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0397086;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:65:65:15:15:0.1875:8:7:26:39:8:7:26:39 chr2 96525652 . T C 153.08 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0287677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.214;QD=7.12013;RBI=0.0332467;REFB=-0.00983902;REVB=-0.0166663;RO=64;SAF=8;SAR=14;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944153;STB=0.557469;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0342222;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:64:22:22:0.255814:14:8:28:36:14:8:28:36 chr2 96525659 . C T 62.24 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0826646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0906;QD=2.73587;RBI=0.0909031;REFB=-0.0089591;REVB=-0.0378144;RO=78;SAF=4;SAR=9;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183456;STB=0.627703;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0493434;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:91:91:78:78:13:13:0.142857:9:4:35:43:9:4:35:43 chr2 96525723 . C T 68.7 PASS AF=0.132743;AO=14;DP=112;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.00858572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.873;QD=2.43178;RBI=0.0093669;REFB=0.000900998;REVB=-0.00374491;RO=96;SAF=8;SAR=6;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242105;STB=0.506516;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.0670317;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:112:113:96:98:14:15:0.132743:6:8:53:43:7:8:53:45 chr2 96525736 . T C 63.61 PASS AF=0.119048;AO=15;DP=127;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.0103121;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9926;QD=2.01927;RBI=0.0113749;REFB=-0.00486081;REVB=-0.00480093;RO=108;SAF=8;SAR=7;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160578;STB=0.506374;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0255769;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:127:126:108:111:15:15:0.119048:7:8:59:49:7:8:60:51 chr2 96525750 . T A 30.3 PASS AF=0.0740741;AO=10;DP=135;FAO=10;FDP=135;FR=.;FRO=125;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=-0.0162303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1522;QD=0.89779;RBI=0.0271055;REFB=0.000769343;REVB=-0.0217091;RO=124;SAF=6;SAR=4;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101036;STB=0.589107;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0157423;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:135:135:124:125:10:10:0.0740741:4:6:63:61:4:6:63:62 chr2 96525755 . A T 42.15 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=135;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.0366903;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.173;QD=1.26755;RBI=0.0397992;REFB=-0.00350516;REVB=-0.0154206;RO=118;SAF=7;SAR=5;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874115;STB=0.579541;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.039415;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:135:133:118:121:12:12:0.0902256:5:7:60:58:5:7:60:61 chr2 96548068 . C T 1228.78 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0394331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.699;QD=56.4958;RBI=0.0423699;REFB=0.107491;REVB=-0.0154995;RO=4;SAF=42;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000523932;STB=0.500277;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00713935;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:87:4:4:83:83:0.954023:41:42:2:2:41:42:2:2 chr2 96563206 . A T 53.64 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8375;QD=30.6518;RBI=0.183667;REFB=0;REVB=0.0594388;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015934;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr2 96583735 . A C 306.69 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0624102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.331;QD=47.1837;RBI=0.103385;REFB=-0.149942;REVB=0.082422;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549958;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00570403;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:0:2:24:24:0.923077:15:9:0:0:15:9:2:0 chr2 96587496 . C T 738.97 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.914;QD=62.8912;RBI=0.0495395;REFB=0;REVB=0.0230911;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227949;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:31:15:0:0:32:15:0:0 chr2 96592982 . T C 54.36 PASS AF=0.113821;AO=14;DP=123;FAO=14;FDP=123;FR=.;FRO=109;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.00621248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.456;QD=1.76765;RBI=0.0121479;REFB=-0.00276922;REVB=-0.0104392;RO=107;SAF=2;SAR=12;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411684;STB=0.803806;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.021152;OID=.;OPOS=96592982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:123:123:107:109:14:14:0.113821:12:2:48:59:12:2:48:61 chr2 96593000 . A G 274.22 PASS AF=0.244186;AO=42;DP=172;FAO=42;FDP=172;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=73;FWDB=-0.0236617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.623;QD=6.37727;RBI=0.0316595;REFB=-0.00861078;REVB=0.0210344;RO=128;SAF=11;SAR=31;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251065;STB=0.648142;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0441205;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:128:130:42:42:0.244186:31:11:57:71:31:11:57:73 chr2 96593016 . C A 564.01 PASS AF=0.34;AO=68;DP=200;FAO=68;FDP=200;FR=.;FRO=132;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=75;FWDB=-0.0621944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2025;QD=11.2802;RBI=0.0652699;REFB=-0.0232145;REVB=-0.0197994;RO=125;SAF=24;SAR=44;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085555;STB=0.555124;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.03534;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:125:132:68:68:0.34:44:24:53:72:44:24:57:75 chr2 96593025 . C T 572.11 PASS AF=0.344498;AO=71;DP=208;FAO=72;FDP=209;FR=.;FRO=137;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=79;FWDB=-0.00743598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.698;QD=10.9495;RBI=0.0122811;REFB=-0.00213648;REVB=-0.00977399;RO=137;SAF=25;SAR=46;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869738;STB=0.55324;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00936531;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:137:137:71:72:0.344498:46:25:58:79:47:25:58:79 chr2 96593100 . G A 167.71 PASS AF=0.180233;AO=31;DP=173;FAO=31;FDP=172;FR=.;FRO=141;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=87;FWDB=-0.0182213;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6354;QD=3.90011;RBI=0.0241375;REFB=-0.00609822;REVB=-0.0158305;RO=140;SAF=14;SAR=17;SRF=54;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866216;STB=0.557391;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0204805;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:140:141:31:31:0.180233:17:14:54:86:17:14:54:87 chr2 96593108 . T G 345.0 PASS AF=0.292683;AO=48;DP=165;FAO=48;FDP=164;FR=.;FRO=116;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=0.0412226;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5549;QD=8.41461;RBI=0.0479415;REFB=-0.0018615;REVB=0.0244762;RO=115;SAF=20;SAR=28;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989828;STB=0.508382;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00744957;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:115:116:48:48:0.292683:28:20:47:68:28:20:47:69 chr2 96593118 . T A 303.39 PASS AF=0.277027;AO=41;DP=148;FAO=41;FDP=148;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=-0.00343161;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.57;QD=8.19969;RBI=0.024452;REFB=-0.000811382;REVB=0.02421;RO=106;SAF=15;SAR=26;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063245;STB=0.534664;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00206532;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:106:107:41:41:0.277027:26:15:44:62:26:15:44:63 chr2 96594958 . G A 50.95 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00237724;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0776;QD=4.85201;RBI=0.0753285;REFB=-0.00641015;REVB=-0.075291;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619515;STB=0.555415;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0377814;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:33:34:8:8:0.190476:3:5:19:14:3:5:19:15 chr2 96594966 . T G 354.04 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0319642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8542;QD=36.3123;RBI=0.0724739;REFB=-0.0126399;REVB=0.0650442;RO=10;SAF=19;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786293;STB=0.542827;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00894872;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:10:19:5:5:10:19:5:5 chr2 96595032 . A T 574.57 PASS AF=0.854545;AO=45;DP=54;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0166959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.362;QD=41.7866;RBI=0.0173475;REFB=-0.0444524;REVB=0.00470975;RO=9;SAF=23;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552258;STB=0.516647;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00743347;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:55:9:8:45:47:0.854545:22:23:3:6:24:23:3:5 chr2 96595037 . TAATC T 114.44 PASS AF=0.372549;AO=17;DP=53;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00248514;FXX=0.0727141;HRUN=2;LEN=4;MLLD=170.782;QD=8.97589;RBI=0.0114325;REFB=-0.0340474;REVB=0.0111591;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298214;STB=0.588385;STBP=0.349;TYPE=del;VARB=0.04446;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372549:17:53:19:51:32:11:8:14:18:99:24:9:8:12:12 chr2 96601240 . G A 294.14 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0153811;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.241;QD=30.9617;RBI=0.0238166;REFB=-0.00726529;REVB=0.0181839;RO=13;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220436;STB=0.622061;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00370125;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:13:13:25:25:0.657895:19:6:7:6:19:6:7:6 chr2 96601345 . T C 492.1 PASS AF=0.651515;AO=40;DP=79;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0229099;FXX=0.223503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.413;QD=29.8244;RBI=0.0700126;REFB=-0.0115747;REVB=0.0661582;RO=22;SAF=18;SAR=22;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08761;STB=0.549094;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0036881;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:66:22:23:40:43:0.651515:22:18:7:15:22:21:8:15 chr2 96601364 . C T 510.73 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0166863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.832;QD=29.6075;RBI=0.034413;REFB=-0.00724153;REVB=-0.0300969;RO=23;SAF=23;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667723;STB=0.536216;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00373824;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:23:46:46:0.666667:23:23:9:14:23:23:9:14 chr2 96604576 . C T 50.77 PASS AF=0.0738007;AO=20;DP=268;FAO=20;FDP=271;FR=.;FRO=251;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=139;FSRR=112;FWDB=0.00669855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.927;QD=0.749378;RBI=0.0252364;REFB=-0.00109117;REVB=-0.0243312;RO=247;SAF=14;SAR=6;SRF=138;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165459;STB=0.642653;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0230605;OID=.;OPOS=96604576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:268:271:247:251:20:20:0.0738007:6:14:138:109:6:14:139:112 chr2 96604591 . A G 2688.58 PASS AF=0.774908;AO=209;DP=270;FAO=210;FDP=271;FR=.;FRO=61;FSAF=117;FSAR=93;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0300326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.046;QD=39.6838;RBI=0.0308978;REFB=-0.0249987;REVB=0.00726049;RO=61;SAF=116;SAR=93;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101299;STB=0.500053;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00676261;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:61:61:209:210:0.774908:93:116:34:27:93:117:34:27 chr2 96604606 . C A 178.65 PASS AF=0.149194;AO=37;DP=249;FAO=37;FDP=248;FR=.;FRO=211;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=117;FSRR=94;FWDB=-0.0145269;FXX=0.0119517;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.303;QD=2.8815;RBI=0.0179619;REFB=0.000505205;REVB=-0.0105641;RO=210;SAF=22;SAR=15;SRF=117;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491102;STB=0.534891;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00456185;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:210:211:37:37:0.149194:15:22:117:93:15:22:117:94 chr2 96604632 . A T 1778.6 PASS AF=0.6375;AO=152;DP=240;FAO=153;FDP=240;FR=.;FRO=87;FSAF=94;FSAR=59;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.0033164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4792;QD=29.6434;RBI=0.00616453;REFB=-0.0209177;REVB=-0.00519643;RO=86;SAF=94;SAR=58;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976687;STB=0.50636;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.018749;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:86:87:152:153:0.6375:58:94:52:34:59:94:52:35 chr2 96604730 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.020392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.311;QD=15.1663;RBI=0.0215958;REFB=-0.000117873;REVB=0.00710956;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988718;STB=0.557524;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=6.77109e-05;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:7:13:11:4:7:13 chr2 96606944 . C T 131.23 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.000565529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8367;QD=14.1872;RBI=0.0158505;REFB=-0.00923098;REVB=-0.0158404;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204049;STB=0.617501;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.037931;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:6:16:8:7:6:16 chr2 96610399 . C A 315.48 PASS AF=0.315385;AO=41;DP=130;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00325914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.856;QD=9.70696;RBI=0.00485494;REFB=0.00172745;REVB=-0.00359839;RO=87;SAF=17;SAR=24;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401891;STB=0.532094;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00269352;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:87:89:41:41:0.315385:24:17:39:48:24:17:41:48 chr2 96610410 . T A 216.45 PASS AF=0.256;AO=32;DP=125;FAO=32;FDP=125;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0156405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.681;QD=6.92653;RBI=0.0181702;REFB=0.00308411;REVB=0.00924817;RO=92;SAF=13;SAR=19;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076785;STB=0.542553;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.0026918;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:92:93:32:32:0.256:19:13:43:49:19:13:43:50 chr2 96610413 . C T 197.63 PASS AF=0.306452;AO=37;DP=124;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0130297;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.982;QD=6.37523;RBI=0.030654;REFB=-0.0164077;REVB=0.027747;RO=87;SAF=15;SAR=22;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800541;STB=0.558028;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0500449;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:87:86:37:38:0.306452:22:15:41:46:23:15:41:45 chr2 96610420 . G T 262.63 PASS AF=0.303279;AO=32;DP=118;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0315538;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.308;QD=8.61073;RBI=0.0335034;REFB=-0.00610158;REVB=0.0112621;RO=83;SAF=11;SAR=21;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159036;STB=0.557863;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0159175;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:122:83:85:32:37:0.303279:21:11:39:44:23:14:39:46 chr2 96610455 . C A 87.79 PASS AF=0.2;AO=10;DP=76;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.0329659;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.434;QD=4.38965;RBI=0.0330636;REFB=-0.010487;REVB=0.00253965;RO=63;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681915;STB=0.513406;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0392676;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:76:80:63:64:10:16:0.2:7:3:22:41:10:6:23:41 chr2 96610899 . T C 1355.55 PASS AF=0.642857;AO=117;DP=182;FAO=117;FDP=182;FR=.;FRO=65;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0184387;FXX=0.010869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3989;QD=29.7924;RBI=0.0184421;REFB=-0.00625766;REVB=-0.000353489;RO=62;SAF=44;SAR=73;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935268;STB=0.543275;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00738871;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:62:65:117:117:0.642857:73:44:32:30:73:44:32:33 chr2 96610921 . T G 1693.11 PASS AF=0.706186;AO=135;DP=193;FAO=137;FDP=194;FR=.;FRO=57;FSAF=48;FSAR=89;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0234451;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.13;QD=34.9095;RBI=0.0238962;REFB=-0.0159892;REVB=-0.00462131;RO=57;SAF=48;SAR=87;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900033;STB=0.549596;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00904824;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:57:57:135:137:0.706186:87:48:29:28:89:48:29:28 chr2 96616485 . C G 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00301169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5548;QD=3.02332;RBI=0.00837308;REFB=-0.00189645;REVB=-0.0078127;RO=50;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17486;STB=0.624688;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0131786;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:5:3:26:24:5:3:26:24 chr2 96616506 . GC CA 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0372547;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.793;QD=3.20601;RBI=0.0459008;REFB=-0.00127259;REVB=-0.0268135;RO=42;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286813;STB=0.713674;STBP=0.285;TYPE=mnp;VARB=0.00433191;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:50:42:43:7:7:0.14:5:2:22:20:5:2:23:20 chr2 96616532 . T G 33.51 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00565627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.194;QD=3.35083;RBI=0.0199109;REFB=0.000434952;REVB=-0.0190906;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119068;STB=0.643582;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00665257;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:28:34:6:6:0.15:4:2:12:16:4:2:17:17 chr2 96617090 . A G 250.93 PASS AF=0.352273;AO=30;DP=89;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00552036;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.006;QD=11.406;RBI=0.0143202;REFB=-0.00890257;REVB=0.0132134;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174678;STB=0.514382;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0237761;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:56:57:30:31:0.352273:16:14:27:29:17:14:27:30 chr2 96617106 . A C 265.19 PASS AF=0.347826;AO=30;DP=90;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00431627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.167;QD=11.5302;RBI=0.0114788;REFB=-0.0233383;REVB=-0.0106363;RO=59;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280889;STB=0.52923;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0494959;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:59:60:30:32:0.347826:17:13:27:32:19:13:27:33 chr2 96617111 . G A 255.6 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0531486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7266;QD=11.1133;RBI=0.0531491;REFB=-0.0068798;REVB=0.000220733;RO=60;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355188;STB=0.526749;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0140314;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:61:31:31:0.336957:18:13:27:33:18:13:28:33 chr2 96617113 . G A 250.28 PASS AF=0.336957;AO=29;DP=90;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00356562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.106;QD=10.8819;RBI=0.00598354;REFB=-0.0155433;REVB=0.00480511;RO=61;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125678;STB=0.526749;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0289422;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:61:61:29:31:0.336957:16:13:28:33:18:13:28:33 chr2 96617125 . T C 229.22 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00773484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6669;QD=8.81614;RBI=0.031871;REFB=-0.00711863;REVB=0.0309181;RO=69;SAF=11;SAR=20;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15;STB=0.599807;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0153426;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:69:73:31:31:0.298077:20:11:33:36:20:11:36:37 chr2 96617132 . T C 207.72 PASS AF=0.272727;AO=29;DP=110;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00628654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.27;QD=7.55328;RBI=0.0141776;REFB=-0.00994805;REVB=-0.0127077;RO=80;SAF=8;SAR=21;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245775;STB=0.626371;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0334363;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:80:80:29:30:0.272727:21:8:37:43:21:9:37:43 chr2 96617155 . A G 178.99 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=120;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.000764647;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79;QD=6.01635;RBI=0.0338778;REFB=-0.000238239;REVB=0.0338692;RO=90;SAF=7;SAR=21;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241117;STB=0.653911;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0019802;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:90:91:28:28:0.235294:21:7:38:52:21:7:39:52 chr2 96619688 . T G 93.94 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00975049;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.395;QD=9.63484;RBI=0.0119212;REFB=-0.0119945;REVB=-0.00685872;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247733;STB=0.651902;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0282064;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:27:27:12:12:0.307692:3:9:15:12:3:9:15:12 chr2 96619734 . CA TA,TG 187.48 PASS AF=0.28,0.14;AO=14,7;DP=50;FAO=14,7;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11,4;FSAR=3,3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0409757,0.0306579;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=60.2332,86.8335;QD=14.9984;RBI=0.0657696,0.0395745;REFB=-0.00459969,-0.00331486;REVB=-0.0514454,-0.0250247;RO=29;SAF=11,4;SAR=3,3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.304287,0.023941;STB=0.684536,0.516083;STBP=0.114,0.948;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0331943,-0.00742474;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:14,7:14,7:0.28,0.14:3,3:11,4:16:13:3,3:11,4:16:13 chr2 96626292 . C T 92.38 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0158835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.262;QD=30.7922;RBI=0.0205698;REFB=-0.217239;REVB=-0.0130703;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00706875;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:1:1:5:5:1:1 chr2 96779695 . A C 336.25 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.000395063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.213;QD=28.021;RBI=0.003415;REFB=0.0105562;REVB=-0.00339207;RO=19;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111267;STB=0.561016;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00377561;OID=.;OPOS=96779695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:19:10:4:15:19:10:4:15 chr2 96789787 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.407;QD=64.1509;RBI=0.0375173;REFB=0;REVB=0.0326139;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65586e-05;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr2 96795608 . T G 710.0 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0407422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3106;QD=54.6156;RBI=0.041535;REFB=-0.114752;REVB=0.00807651;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00166067;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:28:23:0:0:28:23:1:0 chr2 96795714 . G A 1205.9 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0123469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.82;QD=57.4237;RBI=0.0297605;REFB=-0.0982091;REVB=0.0270784;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.508019;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00102108;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:0:3:81:81:0.964286:36:45:0:0:36:45:1:2 chr2 96795857 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.263;QD=59.8376;RBI=0.0387695;REFB=0;REVB=0.0274542;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242236;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr2 96809331 . T C 1072.47 PASS AF=0.925926;AO=74;DP=80;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0349163;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.006;QD=52.9614;RBI=0.0350868;REFB=-0.0519087;REVB=0.00345461;RO=4;SAF=45;SAR=29;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144691;STB=0.505153;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0105696;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:80:81:4:6:74:75:0.925926:29:45:3:1:30:45:4:2 chr2 96917588 . T G 1036.07 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00114091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.221;QD=56.771;RBI=0.00401334;REFB=-0.0650428;REVB=-0.00384776;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129547;STB=0.500193;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-1.31435e-05;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:36:35:0:1:36:35:1:1 chr2 96944553 . G A 177.38 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0079516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9637;QD=39.4174;RBI=0.0211166;REFB=-0.0352166;REVB=-0.0195623;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267697;STB=0.514687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.01507;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:10:6:1:1:10:6:1:1 chr2 96951032 . GGCC G,GC,GGGC 270.98 PASS AF=0.138889,0.666667,0;AO=8,14,4;DP=39;FAO=5,24,0;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=4,7,0;FSAR=1,17,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.140658,-0.179298,-0.149144;FXX=0.099975;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=21.3017,19.1347,6.79716;QD=30.1085;RBI=0.140659,0.181147,0.166896;REFB=-0.000555178,0.00797784,-0.0358754;REVB=-0.000718349,-0.0258161,0.0749026;RO=8;SAF=8,4,0;SAR=0,10,4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.813266,0.0286965,-0.655128;STB=0.847251,0.542054,0.5;STBP=0.097,0.433,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.088369,-0.0378198,0;OID=.,.,.;OPOS=96951033,96951033,96951034;OREF=GCC,GC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.138889,0.666667,0:8,14,4:39:5,24,0:36:7:4,7,0:1,17,0:1:6:38:8:8,4,0:0,10,4:2:6 chr2 97166204 . A G 129.44 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0144524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.847;QD=12.9438;RBI=0.0178484;REFB=0.00330347;REVB=-0.0104734;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224101;STB=0.643873;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00693036;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:5:10:11:13:5:10:11:14 chr2 97217274 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 321.8 PASS AF=0.58427,0.0898876;AO=44,9;DP=92;FAO=52,8;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=12,8;FSAR=40,0;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.129533,-0.00041157;FXX=0.0326052;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.6982,131.845;QD=14.4627;RBI=0.129658,0.0170324;REFB=-0.087348,-0.0186799;REVB=-0.00569515,-0.0170274;RO=28;SAF=7,9;SAR=37,0;SRF=19;SRR=9;SSEN=0.5625,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.45086,0.706558;STB=0.685148,0.99811;STBP=0,0.019;TYPE=del,mnp;VARB=0.126354,0.0767566;OID=.,.;OPOS=97217275,97217279;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.58427,0.0898876:44,9:92:52,8:89:29:12,8:40,0:20:9:99:28:7,9:37,0:19:9 chr2 97351840 . A G 180.89 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0239052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5492;QD=13.9145;RBI=0.0254076;REFB=0.00412052;REVB=-0.00860745;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441393;STB=0.514692;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0127387;OID=.;OPOS=97351840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:11:10:13:17:11:10:14:17 chr2 97559759 . G A 60.73 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00711323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5064;QD=6.39255;RBI=0.0138192;REFB=0.0109151;REVB=0.0118479;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405318;STB=0.729912;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0314226;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:38:28:29:9:9:0.236842:4:5:6:22:4:5:7:22 chr2 97613616 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.116465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.724;QD=8.24595;RBI=0.117578;REFB=0.0125948;REVB=-0.0161399;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611001;STB=0.538348;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0234024;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:5:10:5:2:5:10 chr2 97617140 . T C 49.05 PASS AF=0.228571;AO=7;DP=37;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0401717;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2994;QD=5.60623;RBI=0.0644707;REFB=-0.0112097;REVB=-0.0504252;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243322;STB=0.691801;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0573335;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:37:35:27:27:7:8:0.228571:2:5:14:13:2:6:14:13 chr2 97637905 . T C 62.64 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000657749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.929;QD=11.3882;RBI=0.0225731;REFB=-0.00878266;REVB=-0.0225635;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192383;STB=0.619962;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0468048;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:21:22:12:13:8:9:0.409091:2:6:7:5:2:7:8:5 chr2 97638038 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0164662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3877;QD=7.46482;RBI=0.0617843;REFB=-0.0316612;REVB=-0.0595497;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403073;STB=0.74645;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0365573;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:15:17:7:7:0.291667:2:5:5:10:2:5:6:11 chr2 97643576 . T C 272.59 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.014614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0092;QD=24.2302;RBI=0.0495582;REFB=0.000113801;REVB=0.0473544;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759698;STB=0.542338;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00118091;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:9:16:11:9:9:16:11:9 chr2 97766551 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.00604549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.679;QD=13.7843;RBI=0.0120796;REFB=0.00173305;REVB=0.010458;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161515;STB=0.591284;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00265075;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:16:7:6:27:16:7:6:27 chr2 97766574 . G A 131.25 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0242272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.269;QD=12.2089;RBI=0.0255043;REFB=-0.0165879;REVB=-0.00796948;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129143;STB=0.534202;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0398958;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:27:27:14:16:0.372093:11:3:6:21:13:3:6:21 chr2 97790243 . ATTC A 145.83 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.01612;FXX=0.0441112;HRUN=2;LEN=3;MLLD=149.754;QD=8.97415;RBI=0.026292;REFB=-0.0114912;REVB=-0.0207705;RO=33;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248209;STB=0.664194;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0186357;OID=.;OPOS=97790244;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:25:65:25:65:40:6:19:19:21:99:33:6:19:15:18 chr2 97808349 . T C 119.57 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.024967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8519;QD=9.37793;RBI=0.0328288;REFB=-0.0175859;REVB=0.0213162;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308518;STB=0.699005;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0637578;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:36:36:14:15:0.294118:6:8:11:25:6:9:11:25 chr2 97808394 . C G 116.07 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00672995;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.085;QD=7.25406;RBI=0.00838413;REFB=-0.00525349;REVB=0.00500014;RO=47;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334826;STB=0.701902;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0162519;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:47:47:17:17:0.265625:6:11:17:30:6:11:17:30 chr2 97827839 . G A 200.7 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00975229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4236;QD=11.8061;RBI=0.0253265;REFB=0.00133175;REVB=0.0233736;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276655;STB=0.503065;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0158277;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:40:43:25:25:0.367647:10:15:23:17:10:15:26:17 chr2 97828982 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0114074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.035;QD=18.0503;RBI=0.0615434;REFB=-0.00797302;REVB=-0.0604769;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167675;STB=0.597357;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00457771;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:4:4:3:7:4:4 chr2 97829003 . CAAAAATAA C,CAAAAATAAA 53.82 PASS AF=0.4375,0;AO=5,3;DP=16;FAO=7,0;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0123043,-0.196816;FXX=0;HRUN=5,8;LEN=8,1;MLLD=244.22,4.91068;QD=13.4556;RBI=0.0435514,0.234058;REFB=-0.0191496,-0.0312406;REVB=-0.0417772,0.126675;RO=3;SAF=3,2;SAR=2,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.361596,0.483116;STB=0.571224,0.5;STBP=0.714,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0277843,0.0573395;OID=.,.;OPOS=97829004,97829010;OREF=AAAAATAA,-;OALT=-,A;OMAPALT=C,CAAAAATAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0:5,3:16:7,0:16:9:4,0:3,0:4:5:45:3:3,2:2,1:0:3 chr2 97829029 . GT AG 46.73 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00250218;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=271.091;QD=10.385;RBI=0.0139886;REFB=-0.00328483;REVB=-0.013763;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.951;TYPE=mnp;VARB=0.0113328;OID=.;OPOS=97829029;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:6:5:3:4:6:5 chr2 97830053 . A G 125.49 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00972745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.519;QD=8.96334;RBI=0.015794;REFB=-0.00528919;REVB=-0.0124429;RO=38;SAF=15;SAR=2;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322187;STB=0.713979;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0197817;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:39:17:17:0.303571:2:15:27:11:2:15:27:12 chr2 97833342 . G A 269.08 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0116379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.499;QD=29.0896;RBI=0.0195139;REFB=-0.028547;REVB=-0.0156637;RO=12;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124669;STB=0.590084;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0142074;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:12:13:24:24:0.648649:6:18:7:5:6:18:7:6 chr2 97833361 . A G 60.6 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.089306;FXX=0.153787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.82;QD=11.0184;RBI=0.0895175;REFB=-0.0187722;REVB=-0.00614926;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0116579;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:26:22:13:14:8:8:0.363636:4:4:6:7:4:4:6:8 chr2 97833466 . C T 229.24 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00399836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0973;QD=22.3646;RBI=0.0051485;REFB=-0.0154847;REVB=-0.00324349;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243875;STB=0.649064;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0252643;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:19:22:22:0.536585:7:15:7:11:7:15:7:12 chr2 97849219 . T C 184.86 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00231977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.873;QD=12.122;RBI=0.0200718;REFB=-0.00821778;REVB=-0.0199373;RO=37;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437628;STB=0.732555;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0201284;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:38:22:23:0.377049:5:17:14:23:6:17:14:24 chr2 97851069 . A G 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0223657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.819;QD=19.7011;RBI=0.0294387;REFB=-0.0346077;REVB=-0.019142;RO=16;SAF=15;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354113;STB=0.705588;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.036569;OID=.;OPOS=97851069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:2:15:10:6:2:15:10:6 chr2 97860487 . T C 371.45 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=137;FAO=46;FDP=138;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.0153013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.605;QD=10.7665;RBI=0.0161313;REFB=-0.00658409;REVB=-0.00510767;RO=92;SAF=19;SAR=26;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109483;STB=0.514794;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0135906;OID=.;OPOS=97860487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:92:92:45:46:0.333333:26:19:38:54:26:20:38:54 chr2 97864333 . CC AT 218.49 PASS AF=0.297872;AO=27;DP=93;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00112192;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=2;MLLD=258.346;QD=9.29749;RBI=0.0138916;REFB=-0.00637004;REVB=-0.0138462;RO=65;SAF=12;SAR=15;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755855;STB=0.550422;STBP=0.546;TYPE=mnp;VARB=0.0163401;OID=.;OPOS=97864333;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:65:66:27:28:0.297872:15:12:33:32:16:12:33:33 chr2 97864374 . G T 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.01665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.859;QD=4.96868;RBI=0.0202741;REFB=0.000974041;REVB=-0.0115678;RO=48;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213619;STB=0.585652;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00371495;OID=.;OPOS=97864374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:48:54:14:14:0.205882:8:6:29:19:8:6:29:25 chr2 97873515 . C T 49.74 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00992616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7416;QD=4.52168;RBI=0.0276508;REFB=-0.00928128;REVB=-0.0258077;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178344;STB=0.512018;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0408488;OID=.;OPOS=97873515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:3:5:22:14:3:5:22:14 chr2 97877292 . C A 427.12 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0201524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.632;QD=24.7605;RBI=0.0220648;REFB=-0.0214402;REVB=0.00898543;RO=27;SAF=21;SAR=20;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129528;STB=0.57713;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0155606;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:20:21:9:18:20:21:9:19 chr2 97877399 . T C 832.82 PASS AF=0.528662;AO=83;DP=157;FAO=83;FDP=157;FR=.;FRO=74;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.00994074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.797;QD=21.2182;RBI=0.0179902;REFB=-0.0201726;REVB=0.0149943;RO=73;SAF=47;SAR=36;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04395;STB=0.52674;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0115128;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:73:74:83:83:0.528662:36:47:45:28:36:47:46:28 chr2 97877440 . T C 249.96 PASS AF=0.24375;AO=38;DP=160;FAO=39;FDP=160;FR=.;FRO=121;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=44;FWDB=-0.00497629;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.302;QD=6.24889;RBI=0.00743926;REFB=-0.00485803;REVB=0.00552984;RO=121;SAF=19;SAR=19;SRF=77;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172586;STB=0.593895;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0155738;OID=.;OPOS=97877440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:121:121:38:39:0.24375:19:19:77:44:19:20:77:44 chr2 97877478 . G A 402.49 PASS AF=0.329193;AO=53;DP=160;FAO=53;FDP=161;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.00864623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5809;QD=9.99968;RBI=0.0110766;REFB=-0.00160341;REVB=-0.00692343;RO=107;SAF=36;SAR=17;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231775;STB=0.631374;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00322577;OID=.;OPOS=97877478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:107:108:53:53:0.329193:17:36:52:55:17:36:53:55 chr2 97883094 . T G 38.74 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00277186;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6679;QD=1.84487;RBI=0.0163345;REFB=-0.00482624;REVB=-0.0160976;RO=76;SAF=5;SAR=4;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157732;STB=0.613332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.057589;OID=.;OPOS=97883094;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:84:76:75:9:9:0.107143:4:5:32:44:4:5:32:43 chr2 97884763 . T C 149.41 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.00109739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.858;QD=6.4262;RBI=0.0508142;REFB=-0.0133454;REVB=0.0508024;RO=71;SAF=15;SAR=7;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103394;STB=0.56385;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0358554;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:71:22:22:0.236559:7:15:43:28:7:15:43:28 chr2 97909739 . G A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0237863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.237;QD=3.73318;RBI=0.0323777;REFB=-0.00161097;REVB=-0.0219666;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400456;STB=0.789759;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00708669;OID=.;OPOS=97909739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:1:6:21:16:1:6:21:16 chr2 98128150 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0179893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4196;QD=12.0149;RBI=0.117566;REFB=-0.0451914;REVB=-0.116182;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32405;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0196524;OID=.;OPOS=98128150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:1:6:3:3:1:6 chr2 98128172 . C A 231.43 PASS AF=0.7;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0237068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2962;QD=30.8574;RBI=0.027159;REFB=-0.0485065;REVB=-0.0132514;RO=8;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160144;STB=0.599911;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0169159;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:8:9:21:21:0.7:12:9:1:7:12:9:1:8 chr2 98128194 . GGT CAC 475.85 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0113049;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=187.15;QD=41.3786;RBI=0.0167002;REFB=0.0233924;REVB=0.0122921;RO=10;SAF=21;SAR=15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154297;STB=0.583287;STBP=0.048;TYPE=mnp;VARB=-0.00613601;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:15:21:2:8:15:21:2:8 chr2 98128256 . C T 435.11 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0749692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.183;QD=43.5105;RBI=0.0749899;REFB=-0.0362522;REVB=-0.00176219;RO=7;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130062;STB=0.570094;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0027779;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:33:33:0.825:15:18:1:6:15:18:1:6 chr2 98128258 . G C 435.24 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0292497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.339;QD=43.5237;RBI=0.0299473;REFB=-0.0278109;REVB=0.00642649;RO=7;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130062;STB=0.570094;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00847803;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:33:33:0.825:15:18:1:6:15:18:1:6 chr2 98128313 . G A 96.56 PASS AF=0.785714;AO=9;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0511612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.108;QD=27.5884;RBI=0.0608809;REFB=-0.00788733;REVB=0.0330003;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147719;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00429877;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:14:2:3:9:11:0.785714:5:4:0:2:5:6:1:2 chr2 98164084 . T A 73.44 PASS AF=0.173333;AO=14;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0348023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.65;QD=3.91658;RBI=0.0350428;REFB=-0.00109671;REVB=-0.00409881;RO=61;SAF=2;SAR=12;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542715;STB=0.842119;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00404471;OID=.;OPOS=98164084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:75:75:61:62:14:13:0.173333:12:2:35:26:11:2:35:27 chr2 98164183 . G T 49.75 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0211656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.362;QD=2.72582;RBI=0.0306273;REFB=-0.00651844;REVB=0.022137;RO=63;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488655;STB=0.836118;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0554202;OID=.;OPOS=98164183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:2:8:24:39:2:8:24:39 chr2 98164215 . A C 102.06 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0493474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.684;QD=5.91666;RBI=0.0498441;REFB=-0.00400245;REVB=0.00701917;RO=52;SAF=10;SAR=6;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245614;STB=0.644982;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0335424;OID=.;OPOS=98164215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:53:16:16:0.231884:6:10:22:30:6:10:23:30 chr2 98177124 . T G 274.42 PASS AF=0.339806;AO=34;DP=102;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.007875;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7542;QD=10.6571;RBI=0.0201791;REFB=-0.00404342;REVB=0.018579;RO=68;SAF=20;SAR=14;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517236;STB=0.518299;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00928114;OID=.;OPOS=98177124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:68:68:34:35:0.339806:14:20:37:31:15:20:37:31 chr2 98273661 . A G 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0280903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7422;QD=22.7157;RBI=0.0288627;REFB=-0.0498243;REVB=-0.00663264;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555298;STB=0.531207;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0177246;OID=.;OPOS=98273661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:2:7:10:4:2:7 chr2 98274527 . G C 112.49 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0436299;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.8124;QD=12.4983;RBI=0.0521725;REFB=-0.0453139;REVB=0.0286077;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328766;STB=0.638706;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0646265;OID=.;OPOS=98274527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:12:14:0.388889:7:5:16:6:7:7:16:6 chr2 98844674 . C G 125.21 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0188993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8292;QD=10.4344;RBI=0.0219733;REFB=-0.0105867;REVB=-0.011209;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200299;STB=0.619677;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0234636;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:19:14:9:6:19:14 chr2 98853173 . G A 576.42 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.0144437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3643;QD=21.3489;RBI=0.0173398;REFB=-0.0282463;REVB=-0.0095942;RO=48;SAF=42;SAR=16;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408608;STB=0.716602;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.027272;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:48:50:58:58:0.537037:16:42:11:37:16:42:13:37 chr2 98928494 . G A 834.12 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7676;QD=57.5256;RBI=0.0727968;REFB=0;REVB=0.0526837;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112875;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr2 98948224 . C A 383.64 PASS AF=0.52;AO=33;DP=71;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00744722;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.083;QD=20.4605;RBI=0.00764784;REFB=-0.0209952;REVB=0.00174025;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883548;STB=0.515144;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0181292;OID=.;OPOS=98948224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:36:36:33:39:0.52:20:13:11:25:26:13:11:25 chr2 98994641 . G A 1638.34 PASS AF=0.982609;AO=110;DP=114;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0149697;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.111;QD=56.9857;RBI=0.030311;REFB=-0.150642;REVB=0.0263565;RO=3;SAF=54;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794145;STB=0.508473;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000738859;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:114:115:3:2:110:113:0.982609:56:54:1:2:58:55:0:2 chr2 99149946 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0287261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.77;QD=19.9928;RBI=0.0288258;REFB=-0.0114567;REVB=0.002395;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207967;STB=0.618068;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0129028;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:11:12:16:6:11:12 chr2 99172244 . A G 86.11 PASS AF=0.625;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0824318;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7698;QD=21.5284;RBI=0.0848336;REFB=0.040637;REVB=-0.0200436;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224249;STB=0.6248;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0205171;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:6:6:10:10:0.625:9:1:0:6:9:1:0:6 chr2 99193496 . C T 715.01 PASS AF=0.507143;AO=70;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0253871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1306;QD=20.429;RBI=0.0285088;REFB=-0.02292;REVB=0.012971;RO=69;SAF=24;SAR=46;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752535;STB=0.551484;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0258914;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:70:71:0.507143:46:24:29:40:47:24:30:39 chr2 99219071 . T C 115.1 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00997476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.87;QD=19.1826;RBI=0.010111;REFB=-0.0384655;REVB=0.00165444;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0275259;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:5:6:6:7:5:6 chr2 99226173 . T A 148.29 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00510551;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.752;QD=20.4532;RBI=0.00511943;REFB=0.00202113;REVB=0.000377246;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799787;STB=0.560356;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00199798;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:13:14:14:0.482759:6:8:8:4:6:8:9:4 chr2 99279812 . C A 167.96 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0366046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6169;QD=15.624;RBI=0.0595104;REFB=-0.0188042;REVB=-0.0469212;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287999;STB=0.506768;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0147479;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:18:18:0.418605:11:7:10:14:11:7:10:15 chr2 99778985 . T C 676.94 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3597;QD=61.5404;RBI=0.0779525;REFB=0;REVB=-0.0755083;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231683;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr2 99779131 . T C 652.44 PASS AF=0.960784;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000579523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5416;QD=51.1716;RBI=0.0271918;REFB=-0.0160695;REVB=0.0271857;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000816314;STB=0.501204;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0013096;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:51:2:2:47:49:0.960784:23:24:1:1:23:26:1:1 chr2 99804642 . T C 773.32 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.977;QD=61.8657;RBI=0.020581;REFB=-0.16159;REVB=0.00372542;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00065541;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:0:1:22:27:0:1 chr2 99812070 . G A 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2677;QD=56.9482;RBI=0.0325224;REFB=0;REVB=-0.0307232;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340512;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr2 99912153 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0402233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.827;QD=19.1086;RBI=0.0423434;REFB=-0.0027282;REVB=-0.0132308;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137772;STB=0.578784;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00166744;OID=.;OPOS=99912153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:1:5:6:3:1:5 chr2 99978048 . G A 121.06 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0684037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.427;QD=8.2077;RBI=0.0772849;REFB=-0.0186016;REVB=-0.0359706;RO=39;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590857;STB=0.503264;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0543071;OID=.;OPOS=99978048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:39:42:17:17:0.288136:11:6:12:27:11:6:15:27 chr2 99995804 . T C 296.76 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00266896;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.944;QD=15.4159;RBI=0.00274692;REFB=-0.00992517;REVB=0.000649768;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145259;STB=0.58204;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0142234;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:25:19:19:14:25:19 chr2 100019496 . A G 101.66 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0256695;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4526;QD=15.6399;RBI=0.0382676;REFB=-0.0214741;REVB=-0.0283811;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102811;STB=0.583208;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0194345;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:14:12:12:0.461538:9:3:2:10:9:3:2:12 chr2 100055506 . A G 111.28 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0188822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.053;QD=15.8967;RBI=0.0425549;REFB=-0.0145932;REVB=-0.0381364;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991777;STB=0.580879;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.01831;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:15:13:13:0.464286:5:8:6:6:5:8:7:8 chr2 100210074 . G C 794.83 PASS AF=0.519481;AO=80;DP=154;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0266127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.121;QD=20.645;RBI=0.0388546;REFB=-0.00294714;REVB=0.0283098;RO=74;SAF=44;SAR=36;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032146;STB=0.517643;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00283068;OID=.;OPOS=100210074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:74:74:80:80:0.519481:36:44:38:36:36:44:38:36 chr2 100210642 . T C 560.07 PASS AF=0.464567;AO=58;DP=126;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0105252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5136;QD=17.6399;RBI=0.0304991;REFB=-0.00558696;REVB=-0.0286254;RO=68;SAF=37;SAR=21;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211441;STB=0.515286;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00554292;OID=.;OPOS=100210642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:68:68:58:59:0.464567:21:37:42:26:21:38:42:26 chr2 100218080 . G A 175.63 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0208469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.647;QD=13.7751;RBI=0.0218481;REFB=-0.0262101;REVB=0.00653791;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585014;STB=0.5185;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0397596;OID=.;OPOS=100218080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:31:20:20:0.392157:13:7:9:21:13:7:10:21 chr2 100343557 . C T 594.03 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000952844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.818;QD=60.9257;RBI=0.0157861;REFB=0;REVB=0.0157573;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106766;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr2 100623151 . C T 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00881447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.089;QD=18.9018;RBI=0.00914868;REFB=-0.00811859;REVB=-0.00245023;RO=34;SAF=26;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273904;STB=0.653826;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00619962;OID=.;OPOS=100623151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:8:26:17:17:8:26:17:17 chr2 100897573 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.92;QD=64.4153;RBI=0.0309636;REFB=0;REVB=-0.011303;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67946e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr2 100915772 . A G 582.28 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0350842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4559;QD=58.2276;RBI=0.0556664;REFB=0.15187;REVB=-0.0432186;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0118034;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr2 100916306 . A G 750.91 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211793;FXX=0.0535619;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.956;QD=56.6727;RBI=0.044504;REFB=-0.0383792;REVB=-0.0444536;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240112;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr2 100916315 . A G 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0121473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.545;QD=17.7536;RBI=0.0193701;REFB=0.0020572;REVB=0.0150879;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14441;STB=0.58133;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00119196;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:10:15:12:15:10:15:12:15 chr2 100917109 . C T 2086.06 PASS AF=0.971429;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0215867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.8;QD=59.6016;RBI=0.0284781;REFB=-0.0550541;REVB=0.0185746;RO=2;SAF=64;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000813046;STB=0.508002;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00071271;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:140:140:2:4:136:136:0.971429:72:64:1:1:72:64:3:1 chr2 101010043 . G A 223.26 PASS AF=0.434783;AO=25;DP=63;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00857325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.828;QD=12.9428;RBI=0.0476424;REFB=-0.0154658;REVB=0.0468647;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099595;STB=0.559496;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0507485;OID=.;OPOS=101010043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:69:34:39:25:30:0.434783:12:13:21:13:17:13:21:18 chr2 101010082 . G C 1271.69 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174535;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.658;QD=60.5566;RBI=0.0177898;REFB=-0.0703217;REVB=-0.00344297;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=7.06408e-05;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:82:83:0.988095:38:44:0:1:38:45:0:1 chr2 101031561 . G T 754.01 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4374;QD=54.8369;RBI=0.0283272;REFB=-0.0536229;REVB=-0.0261989;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140687;STB=0.50746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00530258;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:33:21:0:1:33:21:0:1 chr2 101086966 . C T 971.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0287;QD=58.8956;RBI=0.0423018;REFB=0;REVB=0.0418536;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379515;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr2 101096960 . C T 1070.03 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.681;QD=59.4459;RBI=0.0604409;REFB=0;REVB=0.0601347;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140913;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:29:39:0:0:33:39:0:0 chr2 101182978 . A C 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0224485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.386;QD=16.4152;RBI=0.0429125;REFB=-0.0174692;REVB=-0.0365725;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0300726;OID=.;OPOS=101182978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:8:8:9:5:8:8 chr2 101186088 . C T 1482.51 PASS AF=0.989691;AO=92;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5865;QD=61.1344;RBI=0.0358446;REFB=-0.0247021;REVB=0.0358127;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00469483;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:0:1:92:96:0.989691:53:39:0:0:54:42:0:1 chr2 101437561 . G A 1254.5 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.431;QD=61.1952;RBI=0.0428457;REFB=0;REVB=0.0235756;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62848e-05;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:82:0:0:75:82:1:46:29:0:0:53:29:0:0 chr2 101437601 . C G 1302.88 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.903;QD=62.0419;RBI=0.0403169;REFB=0;REVB=0.0233509;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06377e-05;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:50:33:0:0:50:34:0:0 chr2 101591304 . A G 941.83 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0460437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5658;QD=57.0803;RBI=0.0460565;REFB=-0.125179;REVB=-0.00108659;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00350638;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:34:30:0:0:35:30:0:1 chr2 101609827 . C T 757.2 PASS AF=0.39726;AO=87;DP=219;FAO=87;FDP=219;FR=.;FRO=132;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=82;FWDB=0.00359597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.028;QD=13.8301;RBI=0.0153647;REFB=-0.000520888;REVB=-0.014938;RO=130;SAF=41;SAR=46;SRF=48;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110286;STB=0.556273;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00072374;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:130:132:87:87:0.39726:46:41:48:82:46:41:50:82 chr2 101612568 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0544377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.464;QD=13.959;RBI=0.0587148;REFB=-0.015045;REVB=-0.0219993;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12173;STB=0.594352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0236023;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:5:2:1:5:5:2:1:6 chr2 101624471 . T C 144.14 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0176268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0184;QD=24.0234;RBI=0.0178333;REFB=-0.0310591;REVB=-0.00270593;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468954;STB=0.526281;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0171953;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:3:6:9:6:3:6 chr2 101638888 . A G 372.65 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0463835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.265;QD=17.5363;RBI=0.046384;REFB=-0.0206533;REVB=0.000199552;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164964;STB=0.502731;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.016625;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:21:18:20:25:21:18:21:25 chr2 101644855 . G A 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0171322;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.729;QD=30.1269;RBI=0.0193478;REFB=-0.0264394;REVB=0.00899032;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253442;STB=0.513942;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0118954;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:11:13:6:6:11:13:6:6 chr2 101646144 . G A 433.46 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0122372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.543;QD=20.6411;RBI=0.0124274;REFB=-0.036285;REVB=-0.0021656;RO=41;SAF=21;SAR=21;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18544;STB=0.59595;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.046037;OID=.;OPOS=101646144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:41:42:43:0.511905:21:21:12:29:22:21:12:29 chr2 101656726 . T C 1698.9 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01566;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2153;QD=59.6105;RBI=0.0168449;REFB=-0.109961;REVB=0.00620613;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.503936;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000954603;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:114:0:1:112:113:0.991228:63:49:0:0:63:50:0:1 chr2 101898412 . G C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.806;QD=59.4339;RBI=0.0403895;REFB=0;REVB=0.0403335;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258357;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr2 102018908 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.75;QD=39.2068;RBI=0.0620726;REFB=0;REVB=-0.028122;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443556;OID=.;OPOS=102018908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:2:7:0:0 chr2 102038849 . T A 888.62 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.743;QD=56.4203;RBI=0.0856907;REFB=-0.118875;REVB=0.0850961;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129354;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00164653;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:26:36:1:0:26:36:1:0 chr2 102067083 . T C 643.04 PASS AF=0.852459;AO=51;DP=61;FAO=52;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.033804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.231;QD=42.1662;RBI=0.0340917;REFB=-0.186409;REVB=0.00441997;RO=9;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147826;STB=0.576242;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00944972;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:61:61:9:9:51:52:0.852459:24:27:0:9:25:27:0:9 chr2 102068872 . T A 175.44 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0456538;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5413;QD=15.2559;RBI=0.073187;REFB=-0.0246743;REVB=-0.0572019;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595565;STB=0.546713;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0422483;OID=.;OPOS=102068872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:18:19:0.413043:11:7:12:15:12:7:12:15 chr2 102477356 . T C 301.36 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0384163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.675;QD=14.3502;RBI=0.0396138;REFB=0.00108647;REVB=-0.00966634;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104061;STB=0.530307;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00260045;OID=.;OPOS=102477356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:46:50:34:34:0.404762:18:16:17:29:18:16:21:29 chr2 102851708 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00293529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.499;QD=16.5359;RBI=0.013327;REFB=-0.00981443;REVB=-0.0129997;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149345;STB=0.585274;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0100192;OID=.;OPOS=102851708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:8:15:9:9:8:15 chr2 102957716 . C T 419.87 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0120681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.216;QD=13.2242;RBI=0.0178664;REFB=-0.00410612;REVB=-0.0131746;RO=78;SAF=22;SAR=27;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426151;STB=0.524142;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00593412;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:78:78:49:49:0.385827:27:22:32:46:27:22:32:46 chr2 103001402 . C T 234.4 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00840369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.923;QD=26.0439;RBI=0.0200569;REFB=-0.0298414;REVB=0.0182115;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121082;STB=0.566951;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0206263;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:12:10:4:10:12:10:4:10 chr2 103095404 . G A 318.1 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00467741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0228;QD=16.7423;RBI=0.0331962;REFB=-0.0322787;REVB=-0.032865;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215153;STB=0.620112;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0766691;OID=.;OPOS=103095404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:19:16:28:13:19:16:28:13 chr2 103149100 . G A 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0435911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.811;QD=12.6187;RBI=0.0468587;REFB=-0.0330621;REVB=-0.0171916;RO=38;SAF=6;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182176;STB=0.605675;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0307315;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:18:6:15:23:18:6:15:23 chr2 103334969 . G A 669.14 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0255961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9226;QD=18.5872;RBI=0.050597;REFB=-0.0207074;REVB=0.0436452;RO=71;SAF=40;SAR=28;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632067;STB=0.533323;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0232318;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:76:68:68:0.472222:28:40:37:34:28:40:40:36 chr2 103431404 . T C 1570.87 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469289;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4661;QD=58.1803;RBI=0.0594435;REFB=-0.146379;REVB=0.0364858;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256545;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:0:105:108:1:62:43:0:0:62:46:0:0 chr2 105709023 . T A,C 757.61 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795811,0.0193092;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.208,116.523;QD=56.1193;RBI=0.0103618,0.0213085;REFB=0,0;REVB=0.00663585,0.00901164;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.84538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0901609,0.000350647;OID=.,.;OPOS=105709023,105709023;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:0,29:2,23:0:0:0,29:2,23:0:0 chr2 105915128 . G A 758.89 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3182;QD=61.9501;RBI=0.0778704;REFB=-0.0836533;REVB=0.0773077;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271986;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr2 105924510 . A G 739.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.259;QD=56.9013;RBI=0.0920846;REFB=0;REVB=-0.091156;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428886;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr2 105953938 . G GC 1108.47 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=78;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00883144;FXX=0.0384566;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.067;QD=59.1187;RBI=0.0213176;REFB=-0.168491;REVB=0.0194022;RO=2;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463235;STB=0.508194;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=0.00258234;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986667:73:78:74:75:1:44:30:0:1:3:2:43:30:1:1 chr2 105994564 . C A,CATCAA 165.24 PASS AF=0,0.4;AO=3,14;DP=46;FAO=0,18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=0,11;FSAR=0,7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.020465,0.00276009;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,5;MLLD=160.965,128.099;QD=14.6878;RBI=0.0420739,0.0220957;REFB=-0.0090014,-0.0222306;REVB=-0.0367614,-0.0219226;RO=28;SAF=2,8;SAR=1,6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175204,0.0803216;STB=0.5,0.578859;STBP=1,0.399;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0335454;OID=.,.;OPOS=105994564,105994565;OREF=C,-;OALT=A,ATCAA;OMAPALT=A,CATCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:45:28:27:3,14:0,18:0,0.4:1,6:2,8:14:14:0,7:0,11:13:14 chr2 106013147 . C T 147.6 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0123121;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.502;QD=10.7348;RBI=0.0157426;REFB=-0.0126703;REVB=-0.0098103;RO=37;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115847;STB=0.513144;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0195779;OID=.;OPOS=106013147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:36:18:19:0.345455:12:6:12:25:13:6:12:24 chr2 106510454 . TG CA,TGCA,TGCACA 306.15 PASS AF=0.0232558,0.534884,0.139535;AO=3,14,7;DP=46;FAO=1,23,6;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=0,11,6;FSAR=1,12,0;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0439971,0.0729182,0.0300095;FXX=0.0444346;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,4;MLLD=64.8814,55.4254,69.0039;QD=28.4788;RBI=0.0520901,0.106973,0.0427118;REFB=-0.0599387,-0.200535,-0.119211;REVB=-0.0278861,0.0782702,-0.0303928;RO=11;SAF=0,9,7;SAR=3,5,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.71899,-0.0731378,0.728032;STB=0.994317,0.604229,0.997187;STBP=0.159,0.127,0.122;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0189497,0.128444,0.0834656;OID=.,.,.;OPOS=106510454,106510456,106510456;OREF=TG,-,-;OALT=CA,CA,CACA;OMAPALT=CA,TGCA,TGCACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:43:11:13:3,14,7:1,23,6:0.0232558,0.534884,0.139535:3,5,0:0,9,7:8:3:1,12,0:0,11,6:10:3 chr2 106710108 . C T 883.8 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.362;QD=57.9542;RBI=0.0153645;REFB=0;REVB=0.0129195;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14881e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr2 106710425 . C A,CA 33.37 PASS AF=0,0.12069;AO=7,25;DP=185;FAO=0,21;FDP=174;FR=.;FRO=153;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=68;FSRR=85;FWDB=-0.0262702,-0.10884;FXX=0.0169482;HRUN=2,5;LEN=1,1;MLLD=27.8853,9.62037;QD=0.767116;RBI=0.121649,0.206401;REFB=-0.0254566,-0.0858954;REVB=0.118779,0.175372;RO=138;SAF=7,19;SAR=0,6;SRF=61;SRR=77;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.501886,0.40224;STB=0.5,0.650909;STBP=1,0.152;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0173207;OID=.,.;OPOS=106710425,106710426;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:185:174:138:153:7,25:0,21:0,0.12069:0,6:7,19:61:77:0,8:0,13:68:85 chr2 106742139 . C T 186.07 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359091;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.852;QD=43.7802;RBI=0.0792378;REFB=-0.119119;REVB=-0.070634;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479918;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00451519;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:15:16:0.941176:9:6:0:1:10:6:0:1 chr2 107032417 . A G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00314293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.795;QD=6.10493;RBI=0.00438517;REFB=-0.00196072;REVB=0.00305805;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450409;STB=0.811605;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00633219;OID=.;OPOS=107032417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:7:1:11:14:7:1:12:14 chr2 107042547 . A G 40.08 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0034916;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=85.3567;QD=12.3314;RBI=0.0704631;REFB=-0.016252;REVB=0.0703765;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215036;STB=0.631131;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0207727;OID=.;OPOS=107042547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:3:4:2:4:3:4 chr2 107073501 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.106;QD=33.4284;RBI=0.0180785;REFB=0;REVB=-0.00448334;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299741;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 107084739 . A G 1515.07 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03446;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.341;QD=63.7925;RBI=0.0424956;REFB=0;REVB=0.0248674;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107935;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:41:54:0:0:41:54:0:0 chr2 107107511 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.041;QD=53.9109;RBI=0.0159632;REFB=0;REVB=-0.0154563;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01168e-05;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chr2 107107567 . G C 323.03 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7191;QD=53.8391;RBI=0.0210428;REFB=0;REVB=-0.0163993;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737474;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr2 107450525 . T C 2076.55 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00275525;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.706;QD=61.9866;RBI=0.0183422;REFB=-0.0589455;REVB=0.0181341;RO=1;SAF=88;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104448;STB=0.505494;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=6.97412e-05;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:134:1:1:133:133:0.992537:45:88:0:1:45:88:0:1 chr2 107450589 . C T 1635.43 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9176;QD=57.8913;RBI=0.0176103;REFB=-0.0656774;REVB=0.00919872;RO=2;SAF=65;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143819;STB=0.507461;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00137381;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:110:111:0.982301:45:65:2:0:45:66:2:0 chr2 108863767 . A C 1061.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8071;QD=59.796;RBI=0.043189;REFB=0;REVB=-0.0122511;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266081;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr2 108875198 . G A 571.19 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00694489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.757;QD=17.575;RBI=0.00714783;REFB=-0.00718317;REVB=-0.00169113;RO=69;SAF=20;SAR=40;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268228;STB=0.645784;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00817841;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:69:70:60:60:0.461538:40:20:42:27:40:20:42:28 chr2 108875244 . T C 1839.68 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702918;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.059;QD=61.3226;RBI=0.0149269;REFB=0;REVB=-0.0131683;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6844e-05;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:67:53:0:0:67:53:0:0 chr2 108875471 . G T 1870.01 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6113;QD=60.8134;RBI=0.0455668;REFB=0;REVB=0.0170789;RO=1;SAF=65;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272435;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:123:1:0:119:123:1:54:65:1:0:57:66:0:0 chr2 108877062 . T A 1400.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00315805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.469;QD=61.5567;RBI=0.00697358;REFB=0.0252172;REVB=0.00621752;RO=1;SAF=38;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123092;STB=0.506492;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000258396;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:52:38:1:0:52:38:1:0 chr2 108922036 . T G 246.27 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00213961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.636;QD=15.8886;RBI=0.0037674;REFB=-0.00465939;REVB=0.00310086;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112381;STB=0.571378;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00721552;OID=.;OPOS=108922036;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:16:12:18:15:16:12:19:15 chr2 108994808 . C G 114.13 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0138966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5162;QD=10.1445;RBI=0.0932892;REFB=-0.012785;REVB=-0.0922484;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17295;STB=0.603627;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.026668;OID=.;OPOS=108994808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:6:8:13:18:6:8:13:18 chr2 109099572 . C G 257.13 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152747;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.791;QD=51.426;RBI=0.0155115;REFB=0;REVB=-0.00270006;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202207;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr2 109106381 . A G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.00172511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.595;QD=9.21742;RBI=0.00173023;REFB=-0.00347757;REVB=-0.000133051;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36538;STB=0.714055;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.010299;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:9:28:7:9:9:28 chr2 109276178 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00585847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.389;QD=25.4672;RBI=0.0134129;REFB=0.00652007;REVB=0.0120658;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198601;STB=0.615086;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00103278;OID=.;OPOS=109276178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:8:1:1:2:8:1:1:2 chr2 109374952 . A G 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.033084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.64;QD=13.8491;RBI=0.0427516;REFB=-0.00312124;REVB=-0.0270766;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113019;STB=0.565954;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00443644;OID=.;OPOS=109374952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:12:13:10:6:12:13 chr2 109381438 . A G 176.74 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0100808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6756;QD=13.3388;RBI=0.0438144;REFB=-5.28457e-05;REVB=-0.0426389;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163025;STB=0.593137;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000324356;OID=.;OPOS=109381438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:12:9:9:23:12:9:9:23 chr2 109389463 . G A 1015.82 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00283728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9953;QD=56.4343;RBI=0.0103943;REFB=-0.0142023;REVB=-0.00999953;RO=2;SAF=16;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197935;STB=0.509613;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00424939;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:2:2:69:70:0.972222:53:16:1:1:53:17:1:1 chr2 109401259 . C T 141.86 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00988891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6311;QD=13.84;RBI=0.0385121;REFB=-0.00155777;REVB=0.0372209;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276392;STB=0.516109;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00800914;OID=.;OPOS=109401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:10:15:10:6:10:15 chr2 109408159 . G T 138.84 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-5.64783e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0084;QD=19.8342;RBI=0.0292527;REFB=0.00657903;REVB=0.0292526;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176453;STB=0.584509;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00364906;OID=.;OPOS=109408159;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:8:6:3:10:9:6:3:10 chr2 109408208 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00436099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.037;QD=12.7389;RBI=0.00616338;REFB=-0.0211517;REVB=-0.00435534;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.675253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0252535;OID=.;OPOS=109408208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:3:7:3:5:3:7 chr2 109429146 . T A 189.19 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.019947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4431;QD=19.4041;RBI=0.0538028;REFB=-0.0259653;REVB=0.0499686;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177504;STB=0.56362;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0170712;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:19:19:20:0.512821:13:6:10:10:13:7:9:10 chr2 109510937 . G A 351.36 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0779504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2411;QD=12.0123;RBI=0.0819879;REFB=-0.0256902;REVB=-0.0254117;RO=74;SAF=16;SAR=27;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851369;STB=0.548712;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0428709;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:74:43:43:0.367521:27:16:33:41:27:16:33:41 chr2 109511467 . GACTC G 72.03 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0100334;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.374;QD=15.1639;RBI=0.0113102;REFB=-0.0177633;REVB=0.00522028;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305806;STB=0.681452;STBP=0.194;TYPE=del;VARB=0.0190589;OID=.;OPOS=109511468;OREF=ACTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:9:20:9:19:10:5:4:2:8:71:7:5:4:1:6 chr2 109512234 . T C 60.34 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0160549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.653;QD=16.0905;RBI=0.0650488;REFB=-0.0205396;REVB=-0.0630364;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392868;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0159992;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:15:15:6:7:8:8:0.533333:7:1:3:3:7:1:3:4 chr2 109513654 . G A 453.19 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=50;FWDB=-0.00741676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.872;QD=14.9815;RBI=0.0199252;REFB=-0.00465838;REVB=0.0184934;RO=70;SAF=13;SAR=37;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339372;STB=0.522927;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00724473;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:70:70:50:51:0.421488:37:13:20:50:38:13:20:50 chr2 109526969 . G A 1013.97 PASS AF=0.985915;AO=65;DP=68;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.666;QD=57.1253;RBI=0.0488635;REFB=0.00891882;REVB=0.0389169;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-6.85105e-05;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:71:1:1:65:70:0.985915:34:31:1:0:39:31:1:0 chr2 109527373 . A G 937.46 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.984;QD=58.5911;RBI=0.0290033;REFB=0;REVB=0.0020698;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018417;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr2 109539913 . C T 456.8 PASS AF=0.5625;AO=40;DP=84;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00328169;FXX=0.101112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.021;QD=22.8402;RBI=0.0207534;REFB=-0.00210416;REVB=-0.0204923;RO=26;SAF=16;SAR=24;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115616;STB=0.536258;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0035497;OID=.;OPOS=109539913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:80:26:35:40:45:0.5625:24:16:10:16:28:17:16:19 chr2 109745176 . G A 958.42 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.81;QD=57.2191;RBI=0.0410064;REFB=-0.0548691;REVB=0.0255428;RO=1;SAF=20;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230342;STB=0.512191;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00065854;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:46:20:1:0:46:20:1:0 chr2 110373191 . G GA 742.12 PASS AF=1;AO=12;DP=117;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771907;FXX=0.0176975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.97467;QD=26.7431;RBI=0.167928;REFB=-0.00288954;REVB=-0.149135;RO=104;SAF=5;SAR=7;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00685411;OID=.;OPOS=110373192;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:117:111:111:0:62:49:0:0:12:104:5:7:61:43 chr2 110373197 . G A 1684.93 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.362;QD=58.6063;RBI=0.0331467;REFB=-0.090315;REVB=-0.0107887;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103736;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:115:1:0:104:115:1:49:55:0:1:51:64:0:0 chr2 110373938 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.292;QD=48.7373;RBI=0.0363386;REFB=0;REVB=0.0324663;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038569;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr2 110374215 . T C 340.99 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3782;QD=54.5582;RBI=0.128005;REFB=0;REVB=0.127786;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337325;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr2 110375025 . C T 753.34 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000453505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8593;QD=55.8026;RBI=0.0110745;REFB=0;REVB=0.0110652;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656651;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:24:28:0:0:25:29:0:0 chr2 110376019 . A G 133.54 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0684587;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.457;QD=14.0567;RBI=0.0686143;REFB=-0.000571944;REVB=-0.00461873;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.519409;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00177651;OID=.;OPOS=110376019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:23:15:15:0.394737:7:8:12:10:7:8:13:10 chr2 110855123 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.714;QD=54.5177;RBI=0.0709935;REFB=0;REVB=0.0704877;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180683;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr2 110922703 . C T 709.04 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.202;QD=60.3438;RBI=0.0185266;REFB=-0.135708;REVB=0.0125267;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103271;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:47:1:0:45:47:1:18:27:0:1:20:27:0:0 chr2 111430381 . C A 286.43 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0415747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.612;QD=22.0331;RBI=0.0443082;REFB=0.000332659;REVB=-0.0153219;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106725;STB=0.564757;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000357587;OID=.;OPOS=111430381;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:28:29:0.557692:11:17:11:12:11:18:11:12 chr2 111691147 . G A 328.46 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00258925;FXX=0.0219756;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.2033;QD=14.7623;RBI=0.0028634;REFB=-0.016743;REVB=0.00122263;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117809;STB=0.561063;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0248856;OID=.;OPOS=111691147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:52:53:36:36:0.404494:16:20:23:29:16:20:24:29 chr2 111850515 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0263169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.032;QD=9.2582;RBI=0.0334118;REFB=0.010698;REVB=0.0205856;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161894;STB=0.597194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0226072;OID=.;OPOS=111850515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:8:20:7:5:8:20 chr2 111881475 . AG A 73.73 PASS AF=0.412698;AO=21;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.00900073;FXX=0.0454477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.0636;QD=4.68152;RBI=0.0357607;REFB=-0.116698;REVB=0.0346095;RO=31;SAF=4;SAR=17;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566709;STB=0.588402;STBP=0.357;TYPE=del;VARB=0.136282;OID=.;OPOS=111881476;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:21:64:26:63:37:4:22:9:28:73:31:4:17:7:24 chr2 111907691 . T C 1271.09 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01772;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4771;QD=60.5283;RBI=0.0379536;REFB=-0.0671652;REVB=0.0335631;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000111943;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:0:1:42:41:0:1 chr2 111908262 . G A 1420.02 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.057;QD=62.4186;RBI=0.0111567;REFB=0;REVB=0.00845588;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036618;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:52:37:0:0:52:39:0:0 chr2 112526866 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.333;QD=50.4135;RBI=0.0156776;REFB=0;REVB=-0.0144105;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204236;OID=.;OPOS=112526866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr2 112582766 . CTT C 419.3 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594059;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=2;MLLD=239.813;QD=47.9201;RBI=0.00718802;REFB=0;REVB=0.00404685;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000277279;OID=.;OPOS=112582767;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:35:35:0:15:20:0:0:7:0:12:19:0:0 chr2 112605302 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.67;QD=47.8224;RBI=0.0169369;REFB=0;REVB=-0.0162842;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128371;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr2 112641149 . G C 223.63 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.243;QD=49.6948;RBI=0.0299482;REFB=0;REVB=-0.0139839;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143273;OID=.;OPOS=112641149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:12:4:0:0:14:4:0:0 chr2 112641256 . GA AG 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000311031;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.467;QD=39.2068;RBI=0.000427094;REFB=0;REVB=0.000292692;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.28642e-05;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 112641266 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1401;QD=39.2051;RBI=0.111315;REFB=0;REVB=0.0427691;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00447788;OID=.;OPOS=112641266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 112641283 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.118;QD=39.2064;RBI=0.0355594;REFB=0;REVB=0.0249622;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171061;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 112939548 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0759176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6366;QD=47.8218;RBI=0.131451;REFB=0;REVB=0.107313;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121478;OID=.;OPOS=112939548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 113007785 . C T 304.81 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00291827;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.033;QD=14.5148;RBI=0.0242331;REFB=-0.00539056;REVB=-0.0240568;RO=49;SAF=24;SAR=10;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297915;STB=0.675219;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00784325;OID=.;OPOS=113007785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:10:24:21:28:10:24:21:29 chr2 113089267 . T C 1587.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9949;QD=64.152;RBI=0.00763983;REFB=0;REVB=0.00744198;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34935e-05;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:55:44:0:0:55:44:0:0 chr2 113090047 . T C 1249.62 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8853;QD=60.2226;RBI=0.0278934;REFB=0.118523;REVB=0.015894;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000866108;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:1:0:49:33:1:0 chr2 113091685 . T G 866.35 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4571;QD=57.7567;RBI=0.109331;REFB=0;REVB=0.0151214;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012938;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr2 113289032 . A G 280.76 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0381902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5178;QD=21.1893;RBI=0.03933;REFB=0.0198173;REVB=0.00939997;RO=24;SAF=7;SAR=22;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953968;STB=0.505297;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.0118122;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:22:7:6:18:22:7:6:18 chr2 113308516 . T A 526.62 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0179713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2979;QD=56.9316;RBI=0.0337859;REFB=-0.0358287;REVB=0.0286099;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0119166;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr2 113309473 . C T 605.49 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.901;QD=60.5489;RBI=0.03397;REFB=0;REVB=0.0322948;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236516;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:15:23:0:0:16:24:0:0 chr2 113344047 . T C 393.13 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.899;QD=56.1614;RBI=0.132434;REFB=0;REVB=-0.00856423;RO=0;SAF=1;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637291;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:27:1:0:0:27:1:0:0 chr2 113346413 . C G 264.33 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0199104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.766;QD=15.3233;RBI=0.0203902;REFB=-0.00865382;REVB=0.00439763;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167787;STB=0.601847;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00881498;OID=.;OPOS=113346413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:16:13:24:15:17:13:24:15 chr2 113404708 . G A 105.41 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00164959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8176;QD=10.8117;RBI=0.0370011;REFB=-0.0115151;REVB=0.0369643;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644495;STB=0.551103;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.02716;OID=.;OPOS=113404708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:7:6:13:12:7:6:14:12 chr2 113479614 . G A 154.97 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0304174;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.611;QD=13.4755;RBI=0.0462576;REFB=-0.0220724;REVB=0.0348504;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373323;STB=0.505611;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0334087;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:11:6:9:19:11:6:10:19 chr2 113482779 . A C 439.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4633;QD=56.7342;RBI=0.0251357;REFB=0;REVB=-0.0244908;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117337;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr2 113483037 . A T 239.65 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0588427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4731;QD=14.3077;RBI=0.0591396;REFB=-0.00174169;REVB=-0.00591941;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976793;STB=0.578667;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00149033;OID=.;OPOS=113483037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:39:27:28:0.41791:12:15:17:20:12:16:17:22 chr2 113484319 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.326;QD=53.9112;RBI=0.0291622;REFB=0;REVB=0.027968;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102923;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr2 113513825 . T C 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0648;QD=60.8803;RBI=0.0290187;REFB=0;REVB=0.0286759;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149358;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr2 113537223 . C A 280.11 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00204455;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.785;QD=16.4772;RBI=0.00626585;REFB=-0.00214016;REVB=0.00592289;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124525;STB=0.570138;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00232159;OID=.;OPOS=113537223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:19:12:19:18:19:12:19:18 chr2 113671378 . G T 292.68 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0504704;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8715;QD=19.5118;RBI=0.0507305;REFB=0.0164255;REVB=-0.00512994;RO=29;SAF=24;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209589;STB=0.622167;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00646821;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:30:31:0.516667:6:24:18:11:6:25:18:11 chr2 113671410 . A G 243.87 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0295814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9272;QD=18.7594;RBI=0.0329271;REFB=-0.0143557;REVB=0.0144615;RO=26;SAF=22;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258109;STB=0.646929;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0448982;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:4:22:17:9:4:22:17:9 chr2 113763574 . CA C,CG 955.19 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=11,51;DP=66;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069613,-0.00869459;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.539,148.812;QD=57.8905;RBI=0.0286079,0.0433722;REFB=0,0;REVB=0.027748,0.0424917;RO=0;SAF=3,26;SAR=8,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.94283e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0110071,0.00104813;OID=.,.;OPOS=113763575,113763575;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:11,51:66:1,65:66:0:0,31:1,34:0:0:3:0:3,26:8,25:0:0 chr2 113764287 . C T 261.37 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0161442;FXX=0.0882223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7592;QD=16.8625;RBI=0.0289383;REFB=0.00619511;REVB=0.0240165;RO=31;SAF=4;SAR=24;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492149;STB=0.786367;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00550597;OID=.;OPOS=113764287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:62:31:33:28:29:0.467742:24:4:18:13:25:4:19:14 chr2 113789316 . C T 657.28 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0509316;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4967;QD=59.753;RBI=0.052891;REFB=-0.0840443;REVB=0.014263;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323448;STB=0.516121;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00298674;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:28:14:1:0:28:15:1:0 chr2 113819725 . A G 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0282029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0704;QD=13.8297;RBI=0.0370832;REFB=-0.00607556;REVB=-0.0240782;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590881;STB=0.503368;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0124269;OID=.;OPOS=113819725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:13:14:20:19:13:14:20:19 chr2 113831945 . T C,G 636.42 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159598,0.00716488;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.38,150.008;QD=60.6112;RBI=0.0383852,0.0113959;REFB=0,0;REVB=0.03491,-0.00886173;RO=0;SAF=29,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97233e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00459416,0.0930283;OID=.,.;OPOS=113831945,113831945;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:11,1:29,1:0:0:11,1:29,1:0:0 chr2 113832333 . C A 2306.89 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00561907;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.744;QD=62.3483;RBI=0.0258536;REFB=-0.0186017;REVB=0.0252356;RO=2;SAF=95;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443592;STB=0.50236;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000101568;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:148:2:2:145:146:0.986486:50:95:1:1:50:96:1:1 chr2 113890304 . T C 334.44 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00559994;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.886;QD=16.3143;RBI=0.0311141;REFB=-0.0151701;REVB=-0.030606;RO=44;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307167;STB=0.527411;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0181284;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:46:36:36:0.439024:15:21:27:17:15:21:29:17 chr2 113940681 . T C 197.74 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.030887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3187;QD=23.2638;RBI=0.032705;REFB=0.0162002;REVB=-0.0107522;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129841;STB=0.573188;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0167049;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:16:16:0.470588:9:7:4:10:9:7:4:10 chr2 113940839 . G C 88.99 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00756841;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=304.82;QD=7.11899;RBI=0.00909088;REFB=-0.00356338;REVB=-0.0050362;RO=38;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175993;STB=0.610921;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00957628;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:8:4:18:20:8:4:18:20 chr2 113943470 . A G 98.04 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00239789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7637;QD=14.006;RBI=0.0132574;REFB=-0.0147719;REVB=0.0130387;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.524651;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0268831;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:12:12:0.428571:5:7:9:6:5:7:10:6 chr2 113955074 . G A 1047.08 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818207;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.691;QD=59.8329;RBI=0.0407892;REFB=0;REVB=0.0399601;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144352;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:67:70:1:39:28:0:0:42:28:0:0 chr2 113956371 . G C 102.02 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.306;QD=40.809;RBI=0.0874756;REFB=0;REVB=0.0721305;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114065;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr2 114035923 . A G 153.57 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0151334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.54;QD=14.9826;RBI=0.0211434;REFB=-0.0149671;REVB=0.0147657;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300606;STB=0.657935;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.012815;OID=.;OPOS=114035923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:24:16:17:0.414634:10:6:15:7:11:6:15:9 chr2 114220055 . T C 2688.54 PASS AF=0.942408;AO=177;DP=190;FAO=180;FDP=191;FR=.;FRO=11;FSAF=101;FSAR=79;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0383554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.268;QD=56.3046;RBI=0.0760974;REFB=-0.0880236;REVB=0.0657243;RO=9;SAF=100;SAR=77;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304317;STB=0.520444;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0113777;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:190:191:9:11:177:180:0.942408:77:100:8:1:79:101:10:1 chr2 114256840 . C T 316.61 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.164251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3687;QD=46.9046;RBI=0.164297;REFB=-0.0685462;REVB=-0.00388923;RO=3;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042859;STB=0.501482;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00707537;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:3:2:24:25:0.925926:13:11:2:1:13:12:1:1 chr2 114256859 . C T 150.52 PASS AF=1;AO=8;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.9684;QD=43.0049;RBI=0.190456;REFB=0;REVB=0.0124977;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118984;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:8:14:1:5:3:0:0:6:8:0:0 chr2 114391721 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.329;QD=62.0219;RBI=0.0251783;REFB=0;REVB=-0.00388925;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50603e-05;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr2 114392640 . CG C 104.01 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0655428;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6379;QD=9.4552;RBI=0.107768;REFB=0.00713585;REVB=0.0855453;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202691;STB=0.61154;STBP=0.237;TYPE=del;VARB=0.00528959;OID=.;OPOS=114392641;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:18:45:19:44:25:9:10:7:18:99:24:8:10:6:18 chr2 114392716 . C T 616.72 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000299295;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.672;QD=61.6721;RBI=0.00619437;REFB=0;REVB=-0.00618713;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38865e-05;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr2 116099725 . A T 538.11 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3656;QD=59.7904;RBI=0.0195634;REFB=0;REVB=-0.00469594;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429525;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr2 116510817 . G C 2121.68 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.287;QD=62.8645;RBI=0.017843;REFB=0;REVB=0.00864177;RO=0;SAF=61;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88207e-05;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:74:61:0:0:74:61:0:0 chr2 116525960 . G A 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.844;QD=63.3349;RBI=0.0244634;REFB=0;REVB=0.00582046;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84419e-05;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr2 116600388 . A G 669.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7957;QD=62.2666;RBI=0.0634213;REFB=0;REVB=0.0300663;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858809;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr2 118583940 . C A,T 1251.56 PASS AF=0.0352941,0.952941;AO=3,81;DP=84;FAO=3,81;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=3,21;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0039349,0.0214538;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.1434,183.815;QD=58.8969;RBI=0.00450439,0.0214802;REFB=-0.0256214,0.0504976;REVB=0.00219228,0.00106314;RO=0;SAF=3,21;SAR=0,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994936,0.504131;STBP=0.122,0.588;TYPE=snp,snp;VARB=0.14185,-2.50604e-05;OID=.,.;OPOS=118583940,118583940;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:85:0:1:3,81:3,81:0.0352941,0.952941:0,60:3,21:0:0:0,60:3,21:0:1 chr2 118589808 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.552;QD=47.821;RBI=0.0077389;REFB=0;REVB=-0.0057514;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9446e-06;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr2 118731573 . G A 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0415001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.967;QD=18.7957;RBI=0.0431065;REFB=0.00574219;REVB=-0.0116581;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880988;STB=0.549956;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0049063;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:14:13:9:14:14:13 chr2 118774025 . C T 146.91 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.000490927;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.786;QD=23.5057;RBI=0.0255589;REFB=-0.0545999;REVB=0.0255542;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0208524;OID=.;OPOS=118774025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:5:5:8:7:5:5 chr2 118774082 . T C 634.78 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00596716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0939;QD=56.4247;RBI=0.0194458;REFB=-0.112566;REVB=0.0185076;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084084;STB=0.504852;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00125191;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:42:43:0.955556:25:17:1:1:26:17:1:1 chr2 118774177 . A AC 311.74 PASS AF=1;AO=4;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177878;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.6381;QD=44.5347;RBI=0.199955;REFB=0;REVB=0.0913301;RO=28;SAF=4;SAR=0;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.68761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0123401;OID=.;OPOS=118774178;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:32:28:28:0:11:17:0:0:4:28:4:0:9:19 chr2 118866000 . G C 80.91 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0013054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.781;QD=7.7053;RBI=0.00209607;REFB=-0.00673588;REVB=-0.00163995;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244248;STB=0.590943;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0147968;OID=.;OPOS=118866000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:28:31:10:11:0.261905:7:3:14:14:7:4:15:16 chr2 119915249 . T C 374.69 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0163056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.682;QD=19.4643;RBI=0.0358647;REFB=-0.0252618;REVB=-0.0319438;RO=38;SAF=15;SAR=23;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256609;STB=0.632961;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.029972;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:38:39:0.506494:23:15:26:12:23:16:26:12 chr2 119988565 . G A 370.76 PASS AF=0.421053;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0214838;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.133;QD=15.6109;RBI=0.0250383;REFB=-0.0287902;REVB=0.0128593;RO=54;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190528;STB=0.606608;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0375368;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:39:40:0.421053:18:21:19:35:18:22:20:35 chr2 120021785 . T C 860.97 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5373;QD=57.3977;RBI=0.0452398;REFB=0;REVB=-0.00114334;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.75573e-05;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:44:15:0:0:45:15:0:0 chr2 120060082 . T C 143.32 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0841386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1076;QD=9.88424;RBI=0.0962292;REFB=-0.00789492;REVB=0.0466984;RO=39;SAF=4;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337527;STB=0.711098;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0215276;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:39:39:18:19:0.327586:14:4:19:20:15:4:19:20 chr2 120078778 . T C 640.6 PASS AF=0.356164;AO=77;DP=220;FAO=78;FDP=219;FR=.;FRO=141;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=73;FWDB=0.0132506;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.856;QD=11.7004;RBI=0.0246929;REFB=-0.0113405;REVB=0.0208365;RO=141;SAF=35;SAR=42;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031628;STB=0.513396;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0144208;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:141:141:77:78:0.356164:42:35:68:73:42:36:68:73 chr2 120125029 . A G 116.17 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.807;QD=42.2449;RBI=0.0958025;REFB=0;REVB=0.0901478;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809615;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:3:8:0:0 chr2 120194651 . A AGTGTGC 668.99 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=73;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0154964;FXX=0.0754575;HRUN=0;LEN=6;MLLD=303.361;QD=54.6114;RBI=0.016843;REFB=-0.175604;REVB=-0.00659918;RO=24;SAF=9;SAR=37;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403091;STB=0.523799;STBP=0.119;TYPE=ins;VARB=0.00195221;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.979592:46:73:48:49:1:10:38:1:0:5:24:9:37:18:6 chr2 120199140 . A G 216.91 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.434;QD=48.2015;RBI=0.0365155;REFB=0;REVB=-0.00797492;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159232;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:14:18:1:8:6:0:0:10:8:0:0 chr2 120303820 . A T 453.8 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0307183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.462;QD=55.0065;RBI=0.0345978;REFB=-0.0454072;REVB=-0.0159185;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000282399;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:1:0:13:19:1:0 chr2 120369300 . T C 725.39 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00174835;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.739;QD=54.7466;RBI=0.013749;REFB=0.024826;REVB=0.0136374;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-7.8376e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:1:0:25:27:1:0 chr2 120388412 . G A 1043.87 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2136;QD=59.65;RBI=0.0212042;REFB=0;REVB=-0.0166173;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61224e-05;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr2 120438523 . A G 894.28 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.61;QD=57.6957;RBI=0.0295246;REFB=0;REVB=0.0131687;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109395;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:25:35:0:0:26:36:0:0 chr2 120438696 . A G 840.57 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0656034;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1156;QD=56.0377;RBI=0.066028;REFB=0.174808;REVB=0.00747646;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122541;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00158737;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:38:20:0:1:39:20:0:1 chr2 120439230 . C G 738.66 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8678;QD=60.2984;RBI=0.0384703;REFB=0;REVB=0.00916747;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650795;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:49:0:0:45:49:1:18:27:0:0:19:30:0:0 chr2 120439459 . C A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8403;QD=60.9774;RBI=0.0129387;REFB=0;REVB=-0.00676677;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03944e-05;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr2 120704166 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.829;QD=62.6711;RBI=0.00583163;REFB=0;REVB=0.00381086;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3424e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr2 120885310 . G A 751.81 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.001;QD=54.6774;RBI=0.0306883;REFB=-0.0258138;REVB=0.0082369;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000944748;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:52:54:0.981818:23:29:0:1:25:29:0:1 chr2 120980428 . G C 1016.03 PASS AF=0.9125;AO=75;DP=80;FAO=73;FDP=80;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0289167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9424;QD=50.8017;RBI=0.0297991;REFB=-0.0254859;REVB=0.00719783;RO=5;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646552;STB=0.549282;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0362827;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:80:80:5:7:75:73:0.9125:34:41:0:5:32:41:0:7 chr2 121106850 . C T 1970.06 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=130;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033638;FXX=0.0303007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.566;QD=61.5644;RBI=0.033641;REFB=-0.0300381;REVB=-0.000447242;RO=1;SAF=64;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736683;STB=0.503816;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000402755;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:128:1:1:126:127:0.992188:62:64:1:0:62:65:1:0 chr2 121223274 . C T 346.9 PASS AF=0.4;AO=37;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.000800657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.399;QD=14.6061;RBI=0.0114071;REFB=-0.0131097;REVB=0.011379;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704185;STB=0.548362;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0218757;OID=.;OPOS=121223274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:57:57:37:38:0.4:21:16:21:36:21:17:21:36 chr2 121726447 . G A 300.94 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0847872;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.418;QD=50.1562;RBI=0.0916595;REFB=-0.137191;REVB=0.0348224;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00233458;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:1:0:9:14:1:0 chr2 121948235 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.064;QD=33.4285;RBI=0.0730652;REFB=0;REVB=-0.0689342;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00360949;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr2 121948239 . A C 72.42 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865246;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=147.68;QD=36.2085;RBI=0.0308504;REFB=0;REVB=-0.0296122;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02981e-05;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr2 121948262 . A G 181.26 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.715;QD=45.3155;RBI=0.057216;REFB=0;REVB=0.0223423;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118621;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr2 121980405 . TC T 87.8 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0912561;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.2039;QD=10.6424;RBI=0.123845;REFB=-0.0235906;REVB=-0.0837256;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516349;STB=0.795442;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.0181944;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:14:34:14:33:19:2:12:11:8:87:18:2:12:11:7 chr2 121989489 . G A 363.87 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0333554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.504;QD=13.4766;RBI=0.0337978;REFB=-0.00302907;REVB=-0.00545007;RO=64;SAF=22;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452898;STB=0.520868;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00554074;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:64:65:43:43:0.398148:21:22:30:34:21:22:31:34 chr2 122096257 . C T 247.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00845197;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.139;QD=15.9786;RBI=0.0297069;REFB=-0.018094;REVB=0.0284792;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117266;STB=0.559767;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0201576;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:34:28:28:0.451613:12:16:24:11:12:16:23:11 chr2 122098360 . G A 282.82 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00599656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.105;QD=14.6921;RBI=0.00884755;REFB=-0.0127099;REVB=0.00650542;RO=43;SAF=24;SAR=8;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383263;STB=0.545425;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0183548;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:45:32:32:0.415584:8:24:31:12:8:24:31:14 chr2 122125400 . C T 102.26 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0354917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9417;QD=17.7836;RBI=0.0365534;REFB=-0.0173014;REVB=0.00874605;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317615;STB=0.685918;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00650997;OID=.;OPOS=122125400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:5:6:10:2:5:6 chr2 122168473 . G A 90.32 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0535205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.336;QD=16.4215;RBI=0.0536638;REFB=-0.000523853;REVB=0.00391977;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377341;STB=0.716172;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0010795;OID=.;OPOS=122168473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:2:9:4:7:2:9 chr2 122216419 . A G 263.89 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0332304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6296;QD=15.2981;RBI=0.05368;REFB=-0.00459587;REVB=0.0421578;RO=39;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149897;STB=0.58515;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00784109;OID=.;OPOS=122216419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:9:21:22:17:9:21:22:17 chr2 122409207 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.434;QD=57.2019;RBI=0.0504007;REFB=0;REVB=0.0462957;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392578;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr2 122484976 . G A 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0181827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.077;QD=17.9546;RBI=0.0640157;REFB=0.0169138;REVB=-0.0613792;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811631;STB=0.551116;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0211166;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:17:16:16:0.484848:10:6:7:8:10:6:8:9 chr2 122513426 . GC CG 32.78 PASS AF=0.132353;AO=11;DP=70;FAO=9;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0388751;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=2;MLLD=59.424;QD=1.92835;RBI=0.0997938;REFB=-0.0110472;REVB=-0.0919105;RO=43;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658583;STB=0.888026;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.222346;OID=.;OPOS=122513426;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:70:68:43:59:11:9:0.132353:1:10:15:28:1:8:26:33 chr2 125192068 . T C 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00147051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.873;QD=23.7299;RBI=0.0436546;REFB=-0.00514714;REVB=0.0436298;RO=38;SAF=28;SAR=20;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625023;STB=0.53426;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00336269;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:20:28:25:13:20:28:25:13 chr2 125746817 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7895;QD=59.8391;RBI=0.11009;REFB=0;REVB=0.0618856;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016312;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr2 127453664 . A C 87.22 PASS AF=0.407407;AO=4;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0914018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0861;QD=12.9221;RBI=0.0963511;REFB=-0.0639187;REVB=-0.0304836;RO=15;SAF=4;SAR=0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.681029;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.077121;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:15:16:4:11:0.407407:0:4:7:8:5:6:8:8 chr2 127816632 . G A 175.21 PASS AF=0.529412;AO=14;DP=30;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0167763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2286;QD=20.6126;RBI=0.0334267;REFB=-0.0183401;REVB=0.028912;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37288;STB=0.741937;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0329364;OID=.;OPOS=127816632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:34:16:16:14:18:0.529412:12:2:7:9:16:2:7:9 chr2 127826533 . A G 233.81 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.001595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.812;QD=20.3313;RBI=0.00319216;REFB=-0.0100757;REVB=-0.00276511;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161549;STB=0.523026;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0121876;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:23:22:23:0.5:14:8:8:13:14:9:8:15 chr2 128065066 . CTTTTTTT ACTTTTTT,CTTTTTT,CTTTTTTA 116.15 PASS AF=0,0.442105,0;AO=6,32,4;DP=107;FAO=0,42,0;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=0,19,0;FSAR=0,23,0;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.0267929,-0.148202,0.039244;FXX=0.112139;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=111.523,8.13452,17.4046;QD=4.89061;RBI=0.0313811,0.152873,0.0597931;REFB=-0.0108985,-0.102346,-0.0519436;REVB=-0.0163376,0.0375017,-0.0451123;RO=42;SAF=0,22,0;SAR=6,10,4;SRF=10;SRR=32;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.559941,0.432825,-0.469638;STB=0.5,0.597071,0.5;STBP=1,0.13,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0997038,0;OID=.,.,.;OPOS=128065066,128065067,128065073;OREF=CT,T,T;OALT=AC,-,A;OMAPALT=ACTTTTTT,CTTTTTT,CTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:107:95:42:53:6,32,4:0,42,0:0,0.442105,0:6,10,4:0,22,0:10:32:0,23,0:0,19,0:15:38 chr2 128065075 . TAAAAAAG ATAAAAAG,TAAAAAG,TAAAAAGA,TTAAAAAG 155.32 PASS AF=0,0.431373,0,0.0196078;AO=4,30,5,5;DP=101;FAO=0,44,0,2;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=0,17,0,0;FSAR=0,27,0,2;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0145426,-0.0157678,-0.141049,-0.0760047;FXX=0.0097078;HRUN=1,6,6,6;LEN=2,1,2,1;MLLD=20.6372,8.93338,11.2607,17.696;QD=6.09094;RBI=0.0347481,0.0544539,0.149646,0.0822836;REFB=-0.0645771,-0.083055,-0.0683587,-0.02615;REVB=-0.0315586,-0.052121,-0.0499918,-0.0315258;RO=34;SAF=0,8,2,1;SAR=4,22,3,4;SRF=9;SRR=25;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.456311,0,0;SSSB=-0.510186,0.00237333,0.177643,-0.1027;STB=0.5,0.539007,0.5,0.993189;STBP=1,0.53,1,0.318;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0,0.0761926,0.0258156,-0.0250256;OID=.,.,.,.;OPOS=128065075,128065076,128065081,128065076;OREF=TA,A,AG,A;OALT=AT,-,GA,T;OMAPALT=ATAAAAAG,TAAAAAG,TAAAAAGA,TTAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:101:102:34:56:4,30,5,5:0,44,0,2:0,0.431373,0,0.0196078:4,22,3,4:0,8,2,1:9:25:0,27,0,2:0,17,0,0:18:38 chr2 128176040 . A T 148.62 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0367098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4981;QD=10.8084;RBI=0.037258;REFB=-0.00227343;REVB=0.0063678;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184699;STB=0.608842;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00463712;OID=.;OPOS=128176040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:13:6:17:19:13:6:17:19 chr2 128180872 . G T 242.65 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.016458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7035;QD=22.0587;RBI=0.0377777;REFB=0.0225128;REVB=0.0340042;RO=19;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687588;STB=0.564459;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0124037;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:21:23:23:0.522727:9:14:10:9:9:14:10:11 chr2 128229855 . G T 220.71 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0230809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6333;QD=18.017;RBI=0.0410871;REFB=0.00669804;REVB=-0.0339915;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987944;STB=0.505613;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0158964;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:15:12:10:12:15:12 chr2 128321770 . G A 424.86 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0223741;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.93;QD=23.936;RBI=0.0242505;REFB=-0.0216132;REVB=0.00935362;RO=30;SAF=19;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753766;STB=0.541328;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0138256;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:30:30:41:41:0.577465:22:19:11:19:22:19:11:19 chr2 128390835 . CGGGGC CGGG,CGGGC 370.99 PASS AF=0,1;AO=10,24;DP=53;FAO=0,47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107501,0.23942;FXX=0.0961354;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=8.51274,12.283;QD=31.5736;RBI=0.0511426,0.283655;REFB=0,0;REVB=0.0500001,0.152113;RO=14;SAF=10,15;SAR=0,9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0.418605,0.418605;SSEP=0,0;SSSB=0.7545,-0.118599;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0938093,0.0125009;OID=.,.;OPOS=128390839,128390836;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,24:53:0,47:47:0:0,36:0,11:0:0:7:14:10,15:0,9:11:3 chr2 128393800 . T C 403.64 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0127166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6197;QD=14.9497;RBI=0.0204864;REFB=-0.00917596;REVB=-0.0160618;RO=61;SAF=15;SAR=31;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169959;STB=0.502293;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0166804;OID=.;OPOS=128393800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:62:46:46:0.425926:31:15:19:42:31:15:20:42 chr2 128394758 . T C 120.73 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0408388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.683;QD=14.6343;RBI=0.0417077;REFB=-0.00874991;REVB=0.00846941;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26973;STB=0.656431;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0142439;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:7:12:5:9:7:12 chr2 128394877 . C T 283.14 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.027878;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=227.081;QD=17.4242;RBI=0.0292801;REFB=-0.00152529;REVB=0.00895228;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972221;STB=0.554421;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00175138;OID=.;OPOS=128394877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:14:20:15:16:14:20 chr2 128394955 . A G 442.95 PASS AF=0.729167;AO=34;DP=47;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00256423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8476;QD=36.9123;RBI=0.00285016;REFB=-0.0199377;REVB=-0.00124424;RO=12;SAF=14;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243199;STB=0.512188;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00889498;OID=.;OPOS=128394955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:12:13:34:35:0.729167:20:14:5:7:20:15:5:8 chr2 128396037 . C CAACA 281.17 PASS AF=0.517241;AO=27;DP=62;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0167978;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=4;MLLD=219.136;QD=19.391;RBI=0.0170369;REFB=-0.00587092;REVB=0.00284442;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028402;STB=0.518506;STBP=0.787;TYPE=ins;VARB=0.00525736;OID=.;OPOS=128396038;OREF=-;OALT=AACA;OMAPALT=CAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:27:62:30:58:28:14:16:12:16:99:31:13:14:14:17 chr2 128400608 . C T 192.88 PASS AF=0.423077;AO=23;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0114594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0107;QD=14.8365;RBI=0.0125163;REFB=-0.020881;REVB=-0.00503379;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132406;STB=0.59607;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0187104;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:23:22:0.423077:12:11:10:19:11:11:10:20 chr2 128401091 . A G 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0154988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.003;QD=21.7436;RBI=0.0173877;REFB=-0.0262227;REVB=0.00788147;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172991;STB=0.596916;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0173129;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:11:5:10:9:11:5 chr2 128408717 . G A 31.17 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0174547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.28;QD=8.31332;RBI=0.0187244;REFB=-0.018018;REVB=0.00677784;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386659;STB=0.726281;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0599158;OID=.;OPOS=128408717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:15:9:10:5:5:0.333333:1:4:4:5:1:4:5:5 chr2 128409331 . CGGGGGGC CGGGGGCA 47.13 PASS AF=0.4375;AO=5;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.069403;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=33.2787;QD=11.7836;RBI=0.0751106;REFB=-0.016662;REVB=-0.0287199;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.555401;STBP=0.705;TYPE=mnp;VARB=0.0047091;OID=.;OPOS=128409337;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CGGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:5:17:7:16:9:3:4:3:6:45:6:2:3:1:5 chr2 128460956 . G A 500.73 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.418;QD=58.9095;RBI=0.117897;REFB=0;REVB=-0.00799794;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456714;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:28:34:1:13:15:0:0:14:20:0:0 chr2 128608184 . C T 158.72 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0276267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3888;QD=17.1583;RBI=0.0276284;REFB=0.0331446;REVB=-0.000311488;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610493;STB=0.534843;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0117787;OID=.;OPOS=128608184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:13:7:7:10:13:7 chr2 128849114 . T C 709.86 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0577217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.215;QD=60.414;RBI=0.0666415;REFB=-0.144368;REVB=0.033306;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00307803;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:1:1:44:46:0.978723:24:20:1:0:25:21:1:0 chr2 128870808 . T C 600.94 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251649;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.89;QD=61.6351;RBI=0.0520812;REFB=0;REVB=0.045598;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397917;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:19:20:0:0 chr2 128878014 . G A 712.67 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0786471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8864;QD=57.014;RBI=0.0788065;REFB=-0.063898;REVB=-0.00501073;RO=2;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303261;STB=0.5238;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00280846;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:2:3:47:47:0.94:30:17:0:2:30:17:0:3 chr2 128934400 . T C 556.87 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.418;QD=60.2022;RBI=0.041558;REFB=0;REVB=0.0377826;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272555;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr2 128939817 . G A 532.29 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00885686;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0657;QD=18.355;RBI=0.00891118;REFB=0.012977;REVB=0.000982479;RO=60;SAF=32;SAR=24;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189462;STB=0.613099;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0088795;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:60:60:56:56:0.482759:24:32:22:38:24:32:21:39 chr2 129023201 . G T 52.84 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.00419871;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.687;QD=3.15487;RBI=0.00703543;REFB=0.00471515;REVB=-0.00564519;RO=55;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266291;STB=0.656434;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0209742;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:67:55:57:10:10:0.149254:5:5:16:39:5:5:18:39 chr2 129023282 . G C 213.42 PASS AF=0.45283;AO=19;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0923127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8824;QD=16.1071;RBI=0.0936722;REFB=-0.0336028;REVB=0.0159014;RO=18;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193775;STB=0.514274;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0379905;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:29:19:24:0.45283:16:3:1:17:16:8:9:20 chr2 129024439 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0225643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.828;QD=7.32293;RBI=0.0249928;REFB=0.00188888;REVB=0.0107468;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439476;STB=0.768237;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00911533;OID=.;OPOS=129024439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:1:5:6:7:1:5:7:7 chr2 129075877 . G T 47.2 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0123453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.785;QD=3.56246;RBI=0.0125765;REFB=-0.0100762;REVB=-0.0024005;RO=44;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179176;STB=0.615823;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0567053;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:44:45:8:8:0.150943:5:3:23:21:5:3:23:22 chr2 130738163 . G A 112.2 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00154605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.669;QD=11.2197;RBI=0.00365297;REFB=0.0076441;REVB=-0.00330967;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306053;STB=0.693149;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00836323;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:10:4:14:11:10:4:15:11 chr2 130738329 . C A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0228877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8224;QD=16.627;RBI=0.107277;REFB=0.035443;REVB=0.104807;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225385;STB=0.629024;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0314832;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:4:10:6:7:4:10 chr2 130739164 . A G 107.72 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0185427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.796;QD=6.9497;RBI=0.0211622;REFB=0.000512929;REVB=-0.0101984;RO=46;SAF=7;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153648;STB=0.593884;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0025133;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:9:7:26:20:9:7:26:20 chr2 130739444 . TGAAGACG T 139.1 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0276901;FXX=0.157812;HRUN=1;LEN=7;MLLD=299.303;QD=34.7746;RBI=0.0438676;REFB=-0.0135794;REVB=0.034024;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526274;STBP=0.778;TYPE=del;VARB=0.00513201;OID=.;OPOS=130739445;OREF=GAAGACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:13:15:13:16:3:3:10:1:2:17:0:3:10:0:0 chr2 130739542 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0210164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.512;QD=11.0199;RBI=0.0210683;REFB=-0.0185117;REVB=0.00147749;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373885;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0135912;OID=.;OPOS=130739542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:4:4:5:1:4:4 chr2 130739646 . TTAAC T 193.75 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0170804;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=4;MLLD=256.387;QD=28.7035;RBI=0.0318739;REFB=-0.0279923;REVB=0.0269111;RO=7;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20722;STB=0.599911;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.00585973;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:21:28:21:27:6:12:9:6:0:28:7:12:9:7:0 chr2 130739802 . A G 68.65 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0238649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7248;QD=15.2552;RBI=0.0750749;REFB=-0.0142667;REVB=0.0711808;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419704;STB=0.754021;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0122658;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:5:4:1:8:5:4 chr2 130739891 . T A 146.67 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0188798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.18;QD=16.7619;RBI=0.0194464;REFB=-0.0142409;REVB=-0.00465987;RO=18;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449002;STB=0.718844;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0138105;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:15:16:0.457143:13:2:9:9:13:3:10:9 chr2 130740230 . C T 207.44 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0107501;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.12;QD=12.9652;RBI=0.0259397;REFB=-0.00623638;REVB=-0.0236073;RO=39;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166153;STB=0.595558;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0108238;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:25:25:0.390625:9:16:19:20:9:16:19:20 chr2 130866805 . C G 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0152957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.523;QD=8.23015;RBI=0.0562008;REFB=0.00399503;REVB=0.0540793;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218721;STB=0.63608;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00731206;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:13:12:3:7:13:12 chr2 130897218 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0606661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.768;QD=16.417;RBI=0.0608794;REFB=-0.0134787;REVB=-0.00509157;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112676;STB=0.564429;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0164175;OID=.;OPOS=130897218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:4:12:9:5:4:12 chr2 130949411 . G T 101.95 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.741;QD=40.7781;RBI=0.0830705;REFB=0;REVB=0.0718016;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166617;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:8:2:0:0 chr2 130951548 . G A 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.861;QD=55.6053;RBI=0.0468866;REFB=-0.0935097;REVB=0.0304933;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219308;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00299917;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:21:37:0:1:21:37:0:1 chr2 130951566 . G A 878.63 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.631;QD=55.786;RBI=0.0422667;REFB=0.0565222;REVB=0.0311928;RO=1;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024187;STB=0.511624;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000511778;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:60:62:0.984127:19:41:0:1:21:41:0:1 chr2 131221170 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.582;QD=33.4285;RBI=0.0659496;REFB=0;REVB=0.0327163;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737784;OID=.;OPOS=131221170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 131266530 . C A 164.95 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069791;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.004;QD=47.1291;RBI=0.086201;REFB=0;REVB=0.0505947;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211134;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr2 131414176 . C T 90.99 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0422253;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8933;QD=4.98565;RBI=0.100768;REFB=0.00274525;REVB=-0.0914942;RO=55;SAF=11;SAR=4;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250624;STB=0.657149;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0222129;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:74:73:55:58:15:15:0.205479:4:11:30:25:4:11:32:26 chr2 131487673 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.463;QD=56.9569;RBI=0.00283323;REFB=0;REVB=-0.00194263;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41524e-06;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr2 131520663 . T C 716.11 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.705;QD=62.2701;RBI=0.0293005;REFB=0;REVB=0.0177653;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88956e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr2 131672950 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.512;QD=39.2066;RBI=0.112925;REFB=0;REVB=0.0666447;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175436;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr2 131674285 . A G 734.87 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00763716;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.584;QD=51.5701;RBI=0.0322842;REFB=-0.000483075;REVB=0.0313679;RO=3;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495172;STB=0.526306;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=1.76454e-05;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:53:54:0.947368:27:26:0:3:27:27:0:3 chr2 132044992 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2598;QD=33.4283;RBI=0.0954767;REFB=0;REVB=0.0865704;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407978;OID=.;OPOS=132044992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr2 132137239 . C T 1524.36 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293335;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.569;QD=63.5148;RBI=0.0343529;REFB=0;REVB=0.0342275;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58047e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:49:46:0:0:49:47:0:0 chr2 132140090 . A C 1856.5 PASS AF=0.968992;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0218292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9556;QD=57.566;RBI=0.0592348;REFB=-0.105183;REVB=0.0550659;RO=1;SAF=75;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629357;STB=0.503507;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00330018;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:129:129:1:4:125:125:0.968992:50:75:1:0:49:76:2:2 chr2 132140200 . C A 2444.59 PASS AF=0.970238;AO=162;DP=169;FAO=163;FDP=168;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.000698031;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.688;QD=58.2044;RBI=0.0116253;REFB=0.0825153;REVB=0.0116043;RO=2;SAF=60;SAR=102;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923826;STB=0.51196;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000546392;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:169:168:2:5:162:163:0.970238:102:60:0:2:102:61:0:5 chr2 132141767 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.392;QD=62.6697;RBI=0.0307785;REFB=0;REVB=0.0305602;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129295;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 132200256 . T C 164.9 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00612966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.196;QD=14.658;RBI=0.0399049;REFB=-0.0120099;REVB=-0.0394313;RO=27;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153075;STB=0.589131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0144958;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:13:5:11:16:13:5:11:16 chr2 132200307 . G A 320.41 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00235099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.23;QD=22.097;RBI=0.0520498;REFB=-0.0280808;REVB=0.0519967;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723031;STB=0.545427;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.015774;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:17:15:14:11:18:15:14:11 chr2 132200345 . C T 371.51 PASS AF=0.5;AO=37;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00989023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.237;QD=19.0517;RBI=0.0131463;REFB=-0.0626573;REVB=-0.00866073;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04009;STB=0.525883;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0508651;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:39:37:39:0.5:21:16:19:21:22:17:19:20 chr2 132200529 . A G 103.24 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.111975;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7952;QD=7.94177;RBI=0.134586;REFB=-0.022067;REVB=-0.0746664;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106816;STB=0.55548;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0496506;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:36:38:14:14:0.269231:9:5:10:26:9:5:11:27 chr2 132200568 . C T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0259056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.302;QD=26.3717;RBI=0.0274605;REFB=-0.0155225;REVB=0.00910931;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180251;STB=0.509992;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0113212;OID=.;OPOS=132200568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:17:7:5:11:17:7:5:11 chr2 132201288 . A G 54.61 PASS AF=0.172414;AO=9;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.019483;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.188;QD=3.76587;RBI=0.0210669;REFB=-0.0036253;REVB=-0.0080142;RO=48;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00861552;STB=0.551622;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0165759;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:58:58:48:48:9:10:0.172414:5:4:21:27:5:5:21:27 chr2 132201468 . G A 320.57 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00627514;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.2829;QD=18.3182;RBI=0.020321;REFB=0.00626195;REVB=0.0193279;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128247;STB=0.571388;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00888287;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:24:12:16:18:24:12 chr2 132201582 . A G 345.01 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0235498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8119;QD=22.6233;RBI=0.0823261;REFB=-0.027666;REVB=-0.0788859;RO=26;SAF=24;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293676;STB=0.649188;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.022028;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:10:24:9:17:11:24:9:17 chr2 132201663 . T C 430.46 PASS AF=0.709091;AO=38;DP=56;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00306715;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.603;QD=31.3058;RBI=0.00422064;REFB=-0.0324128;REVB=0.00289938;RO=16;SAF=19;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341193;STB=0.52189;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0164935;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:16:16:38:39:0.709091:19:19:7:9:19:20:7:9 chr2 132201718 . T C 282.62 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00137877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.675;QD=28.9861;RBI=0.00246906;REFB=-0.00639889;REVB=-0.00204824;RO=14;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17448;STB=0.596411;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00727088;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:17:8:8:6:17:8:8:6 chr2 132201736 . C G 210.33 PASS AF=0.488372;AO=23;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0160426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1991;QD=19.5658;RBI=0.0481379;REFB=-0.0151819;REVB=0.0453861;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176303;STB=0.676436;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0257838;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:22:23:21:0.488372:16:7:10:10:16:5:12:10 chr2 132201862 . C G 407.55 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0102034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.162;QD=17.9143;RBI=0.0102055;REFB=-0.00276294;REVB=0.000205827;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461205;STB=0.52575;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00338961;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:22:20:21:28:22:20:21:28 chr2 132201889 . C A 397.77 PASS AF=0.482353;AO=39;DP=83;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0148862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8273;QD=18.7185;RBI=0.0202907;REFB=-0.0227301;REVB=0.0137882;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125255;STB=0.553239;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0154856;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:40:44:39:41:0.482353:19:20:15:25:20:21:18:26 chr2 132201930 . T C 279.42 PASS AF=0.455882;AO=26;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00666156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1546;QD=16.4367;RBI=0.00739779;REFB=-0.00288863;REVB=0.00321728;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334007;STB=0.634246;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00330087;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:37:26:31:0.455882:10:16:8:23:14:17:11:26 chr2 132229720 . T C 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0160057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.047;QD=11.0155;RBI=0.0161068;REFB=0.000296554;REVB=0.00180141;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803216;STB=0.547876;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.000473706;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:14:14:6:8:14:14 chr2 132248379 . T G 241.01 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.012347;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2977;QD=14.3887;RBI=0.104869;REFB=-0.0224348;REVB=-0.104139;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062951;STB=0.563712;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0435762;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:39:28:28:0.41791:18:10:15:21:18:10:18:21 chr2 132248584 . T C 182.42 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0788724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2044;QD=42.9222;RBI=0.0860586;REFB=-0.0477772;REVB=-0.0344271;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00549987;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr2 132266142 . G C 395.25 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0325316;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.679;QD=18.1723;RBI=0.0325795;REFB=-0.00846485;REVB=0.00176434;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141516;STB=0.565016;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00673489;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:46:40:41:0.471264:22:18:27:18:22:19:27:19 chr2 132274474 . G A 353.62 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0163807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.007;QD=18.6113;RBI=0.0164461;REFB=-0.0200298;REVB=-0.00146505;RO=38;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060878;STB=0.527426;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0288467;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:17:20:18:20:17:20:19:20 chr2 132275343 . G T 321.06 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0221759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2075;QD=14.4297;RBI=0.0224278;REFB=-0.0211864;REVB=-0.00335146;RO=50;SAF=28;SAR=8;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107116;STB=0.590855;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0292322;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:53:36:36:0.404494:8:28:35:15:8:28:35:18 chr2 132275396 . T C 255.05 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0152035;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.481;QD=12.7527;RBI=0.0231696;REFB=-0.00697789;REVB=-0.0174838;RO=50;SAF=20;SAR=10;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123967;STB=0.57138;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0226546;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:10:20:28:22:10:20:28:22 chr2 132277686 . C T 121.28 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00967784;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4638;QD=23.1005;RBI=0.0295334;REFB=-0.0119709;REVB=0.0279027;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325197;STB=0.687164;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0111004;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:21:8:8:13:13:0.619048:2:11:4:4:2:11:4:4 chr2 132277962 . T C 148.74 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0420453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5129;QD=12.3947;RBI=0.042861;REFB=-0.00824647;REVB=-0.00832192;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424159;STB=0.533294;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0249212;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:31:16:17:0.354167:9:7:12:18:9:8:13:18 chr2 132277984 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0307148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.505;QD=12.7914;RBI=0.0318041;REFB=-0.0210115;REVB=-0.00825248;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530878;STB=0.531205;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0307925;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:11:12:8:6:11:12 chr2 132287824 . C T 388.95 PASS AF=0.653061;AO=24;DP=46;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0201503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.733;QD=31.7507;RBI=0.0406107;REFB=-0.0358293;REVB=0.0352589;RO=11;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217254;STB=0.571385;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0116024;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:11:17:24:32:0.653061:11:13:10:1:16:16:12:5 chr2 132909843 . T C 307.2 PASS AF=0.345133;AO=38;DP=112;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.00158617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.851;QD=10.8743;RBI=0.00775121;REFB=-0.00536918;REVB=0.00758718;RO=73;SAF=26;SAR=12;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345952;STB=0.513151;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00637803;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:73:74:38:39:0.345133:12:26:48:25:13:26:48:26 chr2 133010762 . G A 34.54 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0107078;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.091;QD=4.0633;RBI=0.0260013;REFB=-0.000262773;REVB=-0.0236941;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500596;STB=0.806216;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00589643;OID=.;OPOS=133010762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:27:28:6:6:0.176471:4:2:21:6:4:2:21:7 chr2 133010778 . CG C 49.38 PASS AF=0.210526;AO=9;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0128452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6705;QD=5.19815;RBI=0.0555132;REFB=-2.44309e-05;REVB=0.0540066;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504318;STB=0.865998;STBP=0.069;TYPE=del;VARB=0.00435724;OID=.;OPOS=133010779;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:9:38:8:38:30:2:6:24:6:49:28:3:6:22:6 chr2 133010783 . A T 50.9 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0203929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0886;QD=5.35779;RBI=0.0263964;REFB=-0.0249914;REVB=-0.0167599;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644547;STB=0.865998;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0749254;OID=.;OPOS=133010783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:28:30:8:8:0.210526:6:2:24:4:6:2:24:6 chr2 133010796 . C T 50.9 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0159686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1714;QD=5.35757;RBI=0.0281224;REFB=-0.00352274;REVB=-0.0231489;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453414;STB=0.782572;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0114824;OID=.;OPOS=133010796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:23:7:5:3:23:7 chr2 133010802 . T C 51.33 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0240711;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7184;QD=5.40299;RBI=0.0246348;REFB=-0.0165933;REVB=-0.00523959;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463536;STB=0.782572;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0575104;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:38:31:30:8:8:0.210526:5:3:24:7:5:3:23:7 chr2 133010834 . TG CA 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0307262;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.143;QD=6.57183;RBI=0.0311441;REFB=-0.0067905;REVB=-0.0050851;RO=37;SAF=3;SAR=8;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540622;STB=0.828948;STBP=0.032;TYPE=mnp;VARB=0.0219337;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:8:3:28:9:8:3:28:9 chr2 133010838 . G C 78.12 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0220876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.706;QD=6.24983;RBI=0.0232205;REFB=-0.000963844;REVB=-0.00716446;RO=39;SAF=3;SAR=8;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506182;STB=0.812631;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00763593;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:8:3:28:11:8:3:28:11 chr2 133010847 . CA TG 86.72 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0439475;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.286;QD=6.80187;RBI=0.0474604;REFB=-0.00643021;REVB=-0.0179197;RO=39;SAF=3;SAR=9;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528007;STB=0.822546;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0363908;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:52:51:39:39:12:12:0.235294:9:3:28:11:9:3:28:11 chr2 133011929 . C T 131.91 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0243014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2284;QD=14.6569;RBI=0.0282974;REFB=-0.0268667;REVB=0.0144977;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296633;STB=0.517218;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.032992;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:12:9:6:9:12:9 chr2 133011933 . G A 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00734347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.594;QD=4.70048;RBI=0.0226211;REFB=-0.0170481;REVB=0.021396;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20702;STB=0.640604;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0236675;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:2:5:16:13:2:5:16:13 chr2 133011947 . C G 277.87 PASS AF=0.5;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.024413;FXX=0.209254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1003;QD=32.6905;RBI=0.0640821;REFB=0.030227;REVB=0.0592497;RO=10;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334181;STB=0.663603;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0146671;OID=.;OPOS=133011947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:43:34:10:10:16:17:0.5:5:11:2:8:6:11:2:8 chr2 133011953 . T C 231.51 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0052296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3482;QD=19.2921;RBI=0.0252108;REFB=-0.0320535;REVB=-0.0246624;RO=24;SAF=17;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290404;STB=0.649761;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0259015;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:24:25:22:23:0.479167:5:17:12:12:6:17:12:13 chr2 133011994 . T C 196.85 PASS AF=0.409836;AO=21;DP=57;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00663224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.998;QD=12.9082;RBI=0.0130895;REFB=-0.0157268;REVB=0.0112849;RO=36;SAF=16;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391349;STB=0.7153;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0355788;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:36:36:21:25:0.409836:5:16:15:21:6:19:15:21 chr2 133012005 . C T 48.52 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.021619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.616;QD=3.13043;RBI=0.0245148;REFB=-0.0116099;REVB=-0.0115583;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442687;STB=0.808878;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0529289;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:52:53:9:9:0.145161:7:2:31:21:7:2:32:21 chr2 133012007 . T C 193.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0197558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.825;QD=12.4889;RBI=0.0517197;REFB=-0.0250391;REVB=-0.0477979;RO=37;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353556;STB=0.711681;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0392145;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:6:18:16:21:6:18:16:22 chr2 133012012 . C A 64.63 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0107975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.232;QD=4.23806;RBI=0.0112417;REFB=-0.0153765;REVB=0.00312896;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154497;STB=0.601589;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0395837;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:6:5:29:21:6:5:29:21 chr2 133012019 . A C 115.34 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00867153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.541;QD=8.23863;RBI=0.0286554;REFB=-0.000700833;REVB=-0.0273118;RO=40;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389829;STB=0.736063;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00465904;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:4:12:17:23:4:12:17:23 chr2 133012026 . T C 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00560139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.321;QD=6.71704;RBI=0.0346139;REFB=-0.00613334;REVB=-0.0341577;RO=41;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407652;STB=0.755413;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0190455;OID=.;OPOS=133012026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:3:10:18:23:3:10:18:23 chr2 133012032 . A G 58.35 PASS AF=0.183673;AO=14;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0168625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.315;QD=4.76332;RBI=0.0293037;REFB=-0.00228867;REVB=-0.0239659;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998837;STB=0.675288;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0225643;OID=.;OPOS=133012032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:27:40:14:9:0.183673:6:8:13:14:3:6:18:22 chr2 133012034 . C CG,G 228.92 PASS AF=0.3125,0.25;AO=6,18;DP=48;FAO=15,12;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=6,5;FSAR=9,7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0677516,0.0125961;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=15.2409,170.205;QD=19.0769;RBI=0.244323,0.0558335;REFB=-0.0165917,-0.0249306;REVB=0.234741,0.0543941;RO=24;SAF=1,8;SAR=5,10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.523806,-0.177996;STB=0.599867,0.597828;STBP=0.338,0.426;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0852449,0.144388;OID=.,.;OPOS=133012035,133012034;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:21:6,18:15,12:0.3125,0.25:5,10:1,8:15:9:9,7:6,5:12:9 chr2 133012039 . T C 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0101076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.116;QD=4.63852;RBI=0.0134754;REFB=-0.0116341;REVB=-0.00891188;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128459;STB=0.594507;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.049893;OID=.;OPOS=133012039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:40:41:9:9:0.18:4:5:18:22:4:5:18:23 chr2 133012061 . C T 47.2 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00710443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.817;QD=3.56252;RBI=0.0101175;REFB=-0.00919494;REVB=-0.00720349;RO=45;SAF=1;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494205;STB=0.851853;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0470165;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:7:1:23:22:7:1:23:22 chr2 133012078 . C T 57.95 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.000462274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8844;QD=4.63567;RBI=0.0367071;REFB=-0.00621863;REVB=-0.0367042;RO=41;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391056;STB=0.763039;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.030913;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:7:2:22:19:7:2:22:19 chr2 133012079 . G A 88.96 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0106529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.297;QD=7.11642;RBI=0.0266008;REFB=-0.00713503;REVB=0.0243745;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101433;STB=0.563652;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0361415;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:7:5:19:19:7:5:19:19 chr2 133012080 . A AC 141.13 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0376991;FXX=0.09998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.8559;QD=12.5449;RBI=0.0745085;REFB=0.0512873;REVB=0.0642673;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258984;STB=0.636231;STBP=0.105;TYPE=ins;VARB=-0.0552014;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:21:51:21:45:24:7:14:14:10:99:29:7:14:17:12 chr2 133012085 . A G 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00813528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.562;QD=2.50906;RBI=0.037031;REFB=-0.00635115;REVB=0.0361264;RO=50;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319574;STB=0.727515;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0231211;OID=.;OPOS=133012085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:50:51:7:7:0.12069:2:5:22:28:2:5:23:28 chr2 133012099 . G A 95.58 PASS AF=0.25;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.000461488;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.196;QD=6.82701;RBI=0.0155732;REFB=-0.00528337;REVB=-0.0155664;RO=42;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203502;STB=0.626107;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0202529;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:58:56:42:42:14:14:0.25:9:5:22:20:9:5:22:20 chr2 133012109 . C A 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0127766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2609;QD=2.83722;RBI=0.0432671;REFB=-0.00375409;REVB=-0.0413377;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34972;STB=0.736686;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.013307;OID=.;OPOS=133012109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:59:60:50:52:8:8:0.133333:2:6:23:27:2:6:25:27 chr2 133012111 . T C 144.11 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00458531;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.61;QD=9.77014;RBI=0.0108854;REFB=-0.0102585;REVB=-0.00987252;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185618;STB=0.615207;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0259322;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:59:39:39:13:13:0.220339:8:5:21:18:8:5:21:18 chr2 133012126 . A C 161.05 PASS AF=0.35;AO=18;DP=57;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0183153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.049;QD=10.7364;RBI=0.0188764;REFB=-0.0132322;REVB=-0.00456852;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108084;STB=0.509545;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0231415;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:39:39:18:21:0.35:10:8:21:18:10:11:21:18 chr2 133012130 . C T 68.78 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00963757;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.17;QD=4.74369;RBI=0.014778;REFB=-0.00169458;REVB=-0.0112029;RO=46;SAF=4;SAR=7;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271033;STB=0.667395;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0112593;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:58:58:46:47:11:11:0.189655:7:4:27:19:7:4:27:20 chr2 133012147 . A G 142.77 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.042849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.719;QD=10.7748;RBI=0.0430339;REFB=0.00772924;REVB=-0.00398447;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172053;STB=0.509423;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00562312;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:35:35:17:18:0.339623:8:9:18:17:9:9:18:17 chr2 133012170 . CC AA 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000790508;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=165.969;QD=6.66156;RBI=0.00258254;REFB=0.00599808;REVB=-0.00245858;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472393;STB=0.7994;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=-0.0174923;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:8:2:19:13:8:2:19:13 chr2 133012172 . T C 89.26 PASS AF=0.307692;AO=10;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0144269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.643;QD=9.15537;RBI=0.0144355;REFB=-0.00970516;REVB=0.000496738;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13934;STB=0.512799;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0143488;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:39:39:27:27:10:12:0.307692:4:6:13:14:6:6:13:14 chr2 133012182 . C T 61.41 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.028957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.997;QD=7.01881;RBI=0.0297747;REFB=-0.0235643;REVB=-0.00692984;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44479;STB=0.805416;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0454895;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:25:26:8:9:0.257143:6:2:16:9:7:2:17:9 chr2 133012267 . T C 1191.96 PASS AF=0.707143;AO=92;DP=135;FAO=99;FDP=140;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=77;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0129734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.798;QD=34.0561;RBI=0.0224192;REFB=-0.0197544;REVB=0.0182843;RO=40;SAF=19;SAR=73;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33269;STB=0.667253;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00554943;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:140:40:41:92:99:0.707143:73:19:28:12:77:22:29:12 chr2 133012274 . T C 1122.51 PASS AF=0.661972;AO=94;DP=143;FAO=94;FDP=142;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=76;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.00993148;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.077;QD=31.6199;RBI=0.0121005;REFB=0.000484411;REVB=0.00691295;RO=48;SAF=18;SAR=76;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419179;STB=0.727409;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000382122;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:48:48:94:94:0.661972:76:18:37:11:76:18:37:11 chr2 133012309 . A G 1248.84 PASS AF=0.701389;AO=99;DP=144;FAO=101;FDP=144;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=71;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00239432;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.645;QD=34.6899;RBI=0.0255109;REFB=-0.000526799;REVB=-0.0253983;RO=43;SAF=29;SAR=70;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206452;STB=0.607909;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000243167;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:43:43:99:101:0.701389:70:29:27:16:71:30:27:16 chr2 133012350 . T C 70.64 PASS AF=0.207547;AO=10;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0100238;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.927;QD=5.33163;RBI=0.0100744;REFB=-0.00449217;REVB=0.00100839;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166948;STB=0.627353;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.062686;OID=.;OPOS=133012350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:53:53:41:42:10:11:0.207547:4:6:19:22:4:7:20:22 chr2 133012354 . G A 56.52 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0319361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.053;QD=4.3477;RBI=0.0376698;REFB=-0.00166219;REVB=-0.0199773;RO=43;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272646;STB=0.683143;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00766873;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:6:3:24:19:6:3:24:19 chr2 133012358 . G A 112.65 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00186491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.928;QD=10.0129;RBI=0.011754;REFB=0.00570375;REVB=-0.0116051;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15392;STB=0.560423;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0125382;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:31:13:14:0.311111:8:5:16:15:8:6:16:15 chr2 133012361 . CCA CGG,TGG 95.43 PASS AF=0.261905,0.0714286;AO=7,2;DP=40;FAO=11,3;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4,2;FSAR=7,1;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0085297,-0.0115676;FXX=0.0454442;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=147.245,196.668;QD=9.089;RBI=0.00961651,0.0139654;REFB=-0.00510105,-0.000307139;REVB=-0.00444089,-0.00782464;RO=26;SAF=1,1;SAR=6,1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.464916,0;STB=0.599815,0.651154;STBP=0.446,0.665;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0558827,0.0168961;OID=.,.;OPOS=133012362,133012361;OREF=CA,CCA;OALT=GG,TGG;OMAPALT=CGG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:42:26:28:7,2:11,3:0.261905,0.0714286:6,1:1,1:13:13:7,1:4,2:14:14 chr2 133012369 . A G 208.91 PASS AF=0.45098;AO=19;DP=48;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.124053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1447;QD=16.3853;RBI=0.125251;REFB=-0.0448767;REVB=0.017286;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246024;STB=0.541264;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0480484;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:27:28:19:23:0.45098:14:5:13:14:14:9:13:15 chr2 133012401 . G A 174.12 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0423281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.637;QD=11.4176;RBI=0.0424788;REFB=0.00504041;REVB=-0.0035742;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137114;STB=0.581463;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0201517;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:39:22:22:0.360656:14:8:18:19:14:8:19:20 chr2 133012414 . G A 232.14 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.000850558;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.241;QD=16.5815;RBI=0.0106807;REFB=-0.00678693;REVB=-0.0106468;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239184;STB=0.644584;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00738839;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:30:26:26:0.464286:18:8:16:13:18:8:17:13 chr2 133012426 . A G 35.66 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2191;QD=2.41775;RBI=0.0514239;REFB=-0.00030297;REVB=0.0460435;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118587;STB=0.595882;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0098613;OID=.;OPOS=133012426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:51:52:7:7:0.118644:3:4:24:27:3:4:24:28 chr2 133012432 . G C 56.05 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0431336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.362;QD=3.61618;RBI=0.0446096;REFB=-0.00413007;REVB=-0.0113801;RO=52;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146831;STB=0.5998;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0352489;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:4:6:25:27:4:6:25:27 chr2 133012439 . A AGAAC,C 359.34 PASS AF=0.257143,0.161905;AO=26,17;DP=106;FAO=27,17;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=24,17;FSAR=3,0;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0150391,-0.0159997;FXX=0.00943307;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=200.006,56.1431;QD=13.6891;RBI=0.0211766,0.0228558;REFB=-0.00400357,-0.0153238;REVB=-0.0149089,-0.0163218;RO=60;SAF=24,17;SAR=2,0;SRF=30;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.61936,0.763757;STB=0.827304,0.999276;STBP=0.001,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.00775587,-0.0107805;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:60:61:26,17:27,17:0.257143,0.161905:2,0:24,17:30:30:3,0:24,17:31:30 chr2 133012457 . C T 51.06 PASS AF=0.0696203;AO=22;DP=316;FAO=22;FDP=316;FR=.;FRO=294;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=145;FSRR=149;FWDB=0.0294194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.98;QD=0.646367;RBI=0.0420938;REFB=-0.00205841;REVB=-0.0301063;RO=287;SAF=8;SAR=14;SRF=140;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13869;STB=0.621479;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.016544;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:316:316:287:294:22:22:0.0696203:14:8:140:147:14:8:145:149 chr2 133012458 . GT AC 3598.64 PASS AF=0.848387;AO=262;DP=313;FAO=263;FDP=310;FR=.;FRO=47;FSAF=126;FSAR=137;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00104234;FXX=0.0251564;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.72;QD=46.4341;RBI=0.0182796;REFB=-0.0234903;REVB=0.0182499;RO=46;SAF=126;SAR=136;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000751761;STB=0.501671;STBP=0.892;TYPE=mnp;VARB=0.00283809;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:310:46:47:262:263:0.848387:136:126:22:24:137:126:22:25 chr2 133012465 . C T 40.0 PASS AF=0.0575;AO=23;DP=399;FAO=23;FDP=400;FR=.;FRO=377;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=181;FSRR=196;FWDB=0.0397731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.621;QD=0.400047;RBI=0.0458216;REFB=-0.000360149;REVB=-0.0227535;RO=376;SAF=7;SAR=16;SRF=181;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185469;STB=0.669484;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00959284;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:399:400:376:377:23:23:0.0575:16:7:181:195:16:7:181:196 chr2 133012504 . A G 5875.44 PASS AF=0.894168;AO=409;DP=459;FAO=414;FDP=463;FR=.;FRO=49;FSAF=215;FSAR=199;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.000822289;FXX=0.00215513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.316;QD=50.7597;RBI=0.00228666;REFB=-0.0256915;REVB=-0.0021337;RO=48;SAF=213;SAR=196;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249465;STB=0.511771;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0022103;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:463:48:49:409:414:0.894168:196:213:19:29:199:215:20:29 chr2 133012508 . TG CA,CG 6309.03 PASS AF=0.0431965,0.900648;AO=17,399;DP=450;FAO=20,417;FDP=463;FR=.;FRO=26;FSAF=6,217;FSAR=14,200;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0130057,0.0133983;FXX=0.0148933;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=125.48,166.23;QD=54.5057;RBI=0.0130344,0.0421626;REFB=-0.0177647,-0.0182253;REVB=0.000864692,0.0399771;RO=26;SAF=6,212;SAR=11,187;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.234575,-0.0053334;STB=0.661995,0.503325;STBP=0.074,0.589;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0201346,0.00117955;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:450:463:26:26:17,399:20,417:0.0431965,0.900648:11,187:6,212:15:11:14,200:6,217:15:11 chr2 133012516 . T G 5685.44 PASS AF=0.882105;AO=381;DP=440;FAO=419;FDP=475;FR=.;FRO=56;FSAF=222;FSAR=197;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0347719;FXX=0.00835056;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3842;QD=47.8774;RBI=0.0528403;REFB=-0.0504162;REVB=0.039787;RO=57;SAF=219;SAR=162;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341984;STB=0.511963;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00647799;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:475:57:56:381:419:0.882105:162:219:25:32:197:222:24:32 chr2 133012523 . A G 6256.72 PASS AF=0.903967;AO=433;DP=480;FAO=433;FDP=479;FR=.;FRO=46;FSAF=229;FSAR=204;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.011894;FXX=0.00208329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.365;QD=52.2482;RBI=0.0190104;REFB=-0.0200004;REVB=0.0148299;RO=44;SAF=229;SAR=204;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907346;STB=0.504873;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00119042;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:479:44:46:433:433:0.903967:204:229:21:23:204:229:22:24 chr2 133012542 . T C 6394.0 PASS AF=0.923729;AO=431;DP=471;FAO=436;FDP=472;FR=.;FRO=36;FSAF=236;FSAR=200;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0141957;FXX=0.00421932;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.29;QD=54.1864;RBI=0.0217903;REFB=0.0149889;REVB=-0.0165317;RO=36;SAF=231;SAR=200;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939063;STB=0.505299;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00078345;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:471:472:36:36:431:436:0.923729:200:231:17:19:200:236:17:19 chr2 133012571 . T C 6688.22 PASS AF=0.935818;AO=448;DP=480;FAO=452;FDP=483;FR=.;FRO=31;FSAF=260;FSAR=192;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00718972;FXX=0.00206607;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.646;QD=55.389;RBI=0.0121431;REFB=-0.0352924;REVB=0.00978586;RO=31;SAF=258;SAR=190;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000599452;STB=0.500356;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00168199;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:480:483:31:31:448:452:0.935818:190:258:18:13:192:260:18:13 chr2 133012612 . T C 3099.78 PASS AF=0.927039;AO=192;DP=209;FAO=216;FDP=233;FR=.;FRO=17;FSAF=105;FSAR=111;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0426761;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.554;QD=53.2152;RBI=0.0431087;REFB=-0.0202392;REVB=-0.00609137;RO=17;SAF=89;SAR=103;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102152;STB=0.503161;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0015283;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:209:233:17:17:192:216:0.927039:103:89:9:8:111:105:9:8 chr2 133012634 . C CT 53.63 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=35;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0179203;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.5301;QD=6.50039;RBI=0.189386;REFB=0.138692;REVB=-0.188536;RO=27;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417836;STB=0.865896;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=-0.328451;OID=.;OPOS=133012635;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:35:11:33:22:1:10:12:10:53:27:1:6:12:15 chr2 133012642 . TT CC 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0160069;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=208.674;QD=19.7627;RBI=0.0267468;REFB=-0.0272359;REVB=0.0214283;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174666;STB=0.588588;STBP=0.253;TYPE=mnp;VARB=0.0206544;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:14:9:14:10:14:9:14:11 chr2 133012655 . A G 780.48 PASS AF=0.732558;AO=63;DP=86;FAO=63;FDP=86;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0040642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.624;QD=36.3013;RBI=0.00548029;REFB=-0.0210369;REVB=0.0036764;RO=21;SAF=20;SAR=43;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129264;STB=0.560241;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0037292;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:21:23:63:63:0.732558:43:20:12:9:43:20:12:11 chr2 133012674 . A G 1391.24 PASS AF=0.90991;AO=101;DP=113;FAO=101;FDP=111;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00232994;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9188;QD=50.1348;RBI=0.01301;REFB=-0.0731156;REVB=-0.0127996;RO=9;SAF=39;SAR=62;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863644;STB=0.500373;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00952855;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:113:111:9:10:101:101:0.90991:62:39:3:6:61:40:4:6 chr2 133012680 . A G 1161.2 PASS AF=0.786325;AO=92;DP=118;FAO=92;FDP=117;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0154975;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5986;QD=39.6991;RBI=0.0294263;REFB=-0.0412243;REVB=-0.0250148;RO=25;SAF=34;SAR=58;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112495;STB=0.560049;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.018458;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:25:25:92:92:0.786325:58:34:16:9:58:34:16:9 chr2 133012688 . A G 1187.47 PASS AF=0.778689;AO=93;DP=121;FAO=95;FDP=122;FR=.;FRO=27;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0218556;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.82;QD=38.9333;RBI=0.0369696;REFB=-0.027431;REVB=0.0298175;RO=26;SAF=35;SAR=58;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101391;STB=0.554521;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00774006;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:26:27:93:95:0.778689:58:35:16:10:58:37:17:10 chr2 133012691 . T C 1440.42 PASS AF=0.868852;AO=105;DP=121;FAO=106;FDP=122;FR=.;FRO=16;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0134457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.27;QD=47.2268;RBI=0.016121;REFB=-0.00817355;REVB=0.00889379;RO=13;SAF=44;SAR=61;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254022;STB=0.52807;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000760711;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:121:122:13:16:105:106:0.868852:61:44:7:6:62:44:10:6 chr2 133012712 . T C 1780.94 PASS AF=0.905109;AO=124;DP=137;FAO=124;FDP=137;FR=.;FRO=13;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0217617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2582;QD=51.9984;RBI=0.0405416;REFB=-0.0416322;REVB=0.0342059;RO=13;SAF=59;SAR=65;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112714;STB=0.505955;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00695555;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:137:137:13:13:124:124:0.905109:65:59:7:6:65:59:7:6 chr2 133012716 . A G 1796.85 PASS AF=0.881119;AO=126;DP=145;FAO=126;FDP=143;FR=.;FRO=17;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0222013;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.251;QD=50.2615;RBI=0.0225985;REFB=-0.00534096;REVB=0.00421822;RO=17;SAF=57;SAR=69;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439463;STB=0.523248;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000638678;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:145:143:17:17:126:126:0.881119:69:57:11:6:69:57:11:6 chr2 133012797 . C CCG 358.36 PASS AF=0.704545;AO=30;DP=100;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0137444;FXX=0.312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=85.0085;QD=32.5779;RBI=0.0539938;REFB=-0.0240754;REVB=0.0522152;RO=62;SAF=14;SAR=16;SRF=50;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392429;STB=0.525757;STBP=0.575;TYPE=ins;VARB=0.0286208;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.704545:30:100:31:44:13:14:17:7:6:99:62:14:16:50:12 chr2 133012798 . TAAACT CGTCTT,TCTTGC 437.53 PASS AF=0.152174,0.652174;AO=4,29;DP=61;FAO=7,30;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=3,14;FSAR=4,16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00537486,9.06398e-05;FXX=0.269798;HRUN=1,3;LEN=5,5;MLLD=95.1235,133.47;QD=38.0459;RBI=0.0147277,0.00412558;REFB=0.0129666,0.0188795;REVB=-0.0137119,0.00412459;RO=9;SAF=2,14;SAR=2,15;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.175958,-0.0800438;STB=0.631215,0.546044;STBP=0.397,0.327;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0490955,-0.00482947;OID=.,.;OPOS=133012798,133012799;OREF=TAAAC,AAACT;OALT=CGTCT,CTTGC;OMAPALT=CGTCTT,TCTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:61:46:9:9:4,29:7,30:0.152174,0.652174:2,15:2,14:6:3:4,16:3,14:6:3 chr2 133012807 . A G 423.13 PASS AF=0.625;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0184972;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.985;QD=26.4454;RBI=0.0300572;REFB=-0.0175907;REVB=0.0236916;RO=24;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958552;STB=0.546852;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0123118;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:24:24:39:40:0.625:20:19:15:9:20:20:15:9 chr2 133012832 . T C 928.37 PASS AF=0.75;AO=70;DP=96;FAO=72;FDP=96;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0166536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.369;QD=38.6819;RBI=0.0234747;REFB=0.0131201;REVB=-0.0165445;RO=24;SAF=30;SAR=40;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940575;STB=0.552617;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00395964;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:24:24:70:72:0.75:40:30:15:9:42:30:15:9 chr2 133012839 . T C 867.31 PASS AF=0.73;AO=71;DP=99;FAO=73;FDP=100;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00645415;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.111;QD=34.6924;RBI=0.00781266;REFB=-0.00826513;REVB=0.00440245;RO=27;SAF=28;SAR=43;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178402;STB=0.589017;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00586673;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:27:27:71:73:0.73:43:28:20:7:43:30:20:7 chr2 133012901 . T C 545.72 PASS AF=0.816327;AO=39;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000188653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.283;QD=44.5485;RBI=0.0086875;REFB=-0.0232291;REVB=-0.00868545;RO=9;SAF=17;SAR=22;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421273;STB=0.519497;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0052949;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:9:9:39:40:0.816327:22:17:5:4:22:18:5:4 chr2 133012903 . TG CA,CG 404.56 PASS AF=0.0652174,0.652174;AO=3,29;DP=47;FAO=3,30;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=1,12;FSAR=2,18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0417611,-0.0388044;FXX=0.041658;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=135.239,58.2374;QD=35.1794;RBI=0.0475794,0.0388129;REFB=-9.20918e-05,-0.0237212;REVB=-0.0227994,-0.000811982;RO=13;SAF=1,12;SAR=2,17;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.300774,-0.115047;STB=0.718617,0.565993;STBP=0.447,0.209;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0330624,0.010321;OID=.,.;OPOS=133012903,133012903;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:46:13:13:3,29:3,30:0.0652174,0.652174:2,17:1,12:8:5:2,18:1,12:8:5 chr2 133012923 . A T 270.29 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0125842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.123;QD=23.0029;RBI=0.0140157;REFB=-0.016329;REVB=-0.00617092;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074737;STB=0.551741;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00791151;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:25:25:0.531915:13:12:12:9:13:12:13:9 chr2 133012930 . A G 271.33 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.016693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.51;QD=23.5941;RBI=0.0178361;REFB=-0.00621111;REVB=0.00628238;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074737;STB=0.541633;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0136897;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:12:9:13:12:12:9 chr2 133012945 . T C 275.96 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0306883;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.11;QD=24.5298;RBI=0.0310346;REFB=-0.0219471;REVB=0.00462305;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169778;STB=0.570865;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0149682;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:20:25:25:0.555556:14:11:12:6:14:11:12:8 chr2 133013144 . A G 506.16 PASS AF=0.733333;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0187806;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7065;QD=33.7438;RBI=0.0201775;REFB=-0.0894219;REVB=-0.0073771;RO=15;SAF=19;SAR=25;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016687;STB=0.518425;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0352132;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:15:16:44:44:0.733333:25:19:7:8:25:19:8:8 chr2 133013145 . C T 42.83 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00878818;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.328;QD=2.80879;RBI=0.0430979;REFB=-0.0039115;REVB=-0.0421924;RO=50;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194737;STB=0.519431;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0226321;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:61:61:50:53:8:8:0.131148:5:3:18:32:5:3:21:32 chr2 133013175 . T G 828.23 PASS AF=0.885714;AO=62;DP=70;FAO=62;FDP=70;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0617818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6032;QD=47.3277;RBI=0.0654367;REFB=-0.0173664;REVB=0.0215632;RO=5;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318333;STB=0.534917;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00253457;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:5:8:62:62:0.885714:36:26:1:4:36:26:1:7 chr2 133013183 . A G 673.62 PASS AF=0.774648;AO=55;DP=71;FAO=55;FDP=71;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00774657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.265;QD=37.9504;RBI=0.00947639;REFB=0.000439291;REVB=0.00545826;RO=16;SAF=22;SAR=33;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109628;STB=0.50588;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000166036;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:16:16:55:55:0.774648:33:22:6:10:33:22:6:10 chr2 133013189 . A G 614.38 PASS AF=0.732394;AO=52;DP=71;FAO=52;FDP=71;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00227729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3886;QD=34.613;RBI=0.0572199;REFB=-0.0389523;REVB=0.0571745;RO=15;SAF=21;SAR=31;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166563;STB=0.509878;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0116085;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:15:19:52:52:0.732394:31:21:6:9:31:21:7:12 chr2 133013201 . C G 857.72 PASS AF=0.876712;AO=64;DP=72;FAO=64;FDP=73;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0241805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.752;QD=46.9983;RBI=0.0287295;REFB=-0.0342927;REVB=0.015514;RO=8;SAF=25;SAR=39;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310926;STB=0.523717;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00362222;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:72:73:8:9:64:64:0.876712:39:25:2:6:38:26:2:7 chr2 133013224 . A C 846.71 PASS AF=0.864865;AO=63;DP=76;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00921269;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1151;QD=45.7681;RBI=0.0160354;REFB=0.0192012;REVB=0.0131248;RO=11;SAF=25;SAR=38;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968787;STB=0.51496;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0012964;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:76:74:11:10:63:64:0.864865:38:25:4:7:38:26:3:7 chr2 133013266 . T G 382.31 PASS AF=0.5;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0195015;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.688;QD=19.6056;RBI=0.0199425;REFB=-0.0194399;REVB=-0.00417058;RO=40;SAF=13;SAR=25;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304149;STB=0.677876;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00826066;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:39:38:39:0.5:25:13:27:13:26:13:27:12 chr2 133013270 . A G 276.3 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0151039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.652;QD=15.7883;RBI=0.015365;REFB=-0.00455402;REVB=-0.0028205;RO=39;SAF=8;SAR=23;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408452;STB=0.73069;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00632504;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:23:8:26:13:23:8:26:13 chr2 133013286 . AG CA 160.88 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00802907;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.738;QD=12.3756;RBI=0.0100233;REFB=-0.0183315;REVB=0.00600012;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176932;STB=0.605912;STBP=0.429;TYPE=mnp;VARB=0.0299817;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:13:13:0.25:5:8:24:8:5:8:24:8 chr2 133013318 . A G 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0352343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4226;QD=20.8088;RBI=0.0420564;REFB=-0.000469782;REVB=-0.0229626;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362519;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:7:16:16:6:7:16:16:7 chr2 133013324 . C A 103.74 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0264784;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.11;QD=9.43125;RBI=0.0273648;REFB=-0.00343779;REVB=0.00690829;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163321;STB=0.582823;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0137511;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:32:31:13:13:0.295455:3:10:21:11:3:10:21:10 chr2 133013327 . G T 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0206596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.439;QD=9.33496;RBI=0.0241296;REFB=0.00838479;REVB=0.0124667;RO=31;SAF=10;SAR=3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17647;STB=0.608515;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.024593;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:3:10:20:11:3:10:20:11 chr2 133013332 . T C 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0181766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4145;QD=3.83312;RBI=0.0501115;REFB=0.00118182;REVB=0.0466987;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198083;STB=0.633461;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00653001;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:3:4:26:10:3:4:26:10 chr2 133013343 . T C 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00567015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.169;QD=3.83332;RBI=0.0133936;REFB=0.00907309;REVB=-0.0121342;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238678;STB=0.659183;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0306651;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:3:4:27:9:3:4:27:9 chr2 133013351 . G A 101.31 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0147589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.503;QD=9.00496;RBI=0.0432578;REFB=0.00431083;REVB=0.0406621;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780723;STB=0.547868;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0101893;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:3:10:23:9:3:10:23:9 chr2 133013378 . A G 199.67 PASS AF=0.403846;AO=18;DP=50;FAO=21;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0184874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.923;QD=15.3592;RBI=0.0431148;REFB=-0.0385263;REVB=0.03895;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212867;STB=0.592731;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0371617;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:27:29:18:21:0.403846:9:9:19:8:9:12:21:8 chr2 133013388 . C T 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.0112621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0412;QD=2.67233;RBI=0.0134791;REFB=0.00119935;REVB=-0.00740617;RO=48;SAF=4;SAR=3;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238094;STB=0.671718;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0166655;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:48:49:7:7:0.125:3:4:36:12:3:4:37:12 chr2 133013418 . A G 159.98 PASS AF=0.352941;AO=16;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0329936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.512;QD=12.5476;RBI=0.0331167;REFB=-0.0105679;REVB=0.00285269;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392979;STB=0.689467;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0197447;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:16:18:0.352941:10:6:23:8:10:8:24:8 chr2 133013449 . G A 60.82 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0320516;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.445;QD=5.93382;RBI=0.0321665;REFB=0.00866337;REVB=-0.00271651;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367981;STB=0.728743;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0136001;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:5:4:24:8:5:4:24:8 chr2 133013461 . C T 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0293447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.519;QD=5.06435;RBI=0.0293459;REFB=-0.00978948;REVB=-0.000259447;RO=32;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36544;STB=0.734775;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0228536;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:5:3:22:10:5:3:22:10 chr2 133013475 . A G 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00246806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3485;QD=10.822;RBI=0.0181123;REFB=-0.00599881;REVB=0.0179433;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119645;STB=0.571312;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0114883;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:14:9:6:6:14:9 chr2 133013498 . ACCCCCC ACCCCC,ACCCCCT 42.03 PASS AF=0.454545,0.0909091;AO=7,2;DP=23;FAO=10,2;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7,0;FSAR=3,2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.244926,-0.0544811;FXX=0.0434594;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.77908,94.3811;QD=7.64162;RBI=0.263487,0.0615802;REFB=-0.0210998,0.0186033;REVB=0.0971434,0.0287041;RO=8;SAF=4,0;SAR=3,2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.826087,0;SSSB=0.280299,-0.519945;STB=0.6996,0.992555;STBP=0.111,0.336;TYPE=del,snp;VARB=0.00841147,-0.071791;OID=.,.;OPOS=133013499,133013504;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCCCC,ACCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0.0909091:7,2:23:10,2:22:10:7,0:3,2:3:7:29:8:4,0:3,2:2:6 chr2 133013513 . A C 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0490439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.454;QD=7.95311;RBI=0.0647084;REFB=-0.0188171;REVB=-0.0422122;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326369;STB=0.705344;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0621111;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:10:9:6:2:10:9 chr2 133013567 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.022969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.997;QD=12.1822;RBI=0.028441;REFB=0.00824004;REVB=-0.0167725;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238149;STB=0.639742;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00654779;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:4:11:5:5:4:11 chr2 133013590 . A G 306.06 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.745;QD=53.2271;RBI=0.00638731;REFB=0;REVB=0.00207333;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31701e-05;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr2 133013631 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0396028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1082;QD=6.54439;RBI=0.0400581;REFB=-0.00242754;REVB=0.00602193;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350776;STB=0.725226;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00511523;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:11:13:2:6:11:13 chr2 133013644 . G A 42.12 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0209184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.675;QD=4.55313;RBI=0.0574343;REFB=-0.00307523;REVB=-0.0534894;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263679;STB=0.679471;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0125502;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:28:30:7:7:0.189189:2:5:14:14:2:5:15:15 chr2 133013680 . G A 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0168511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3331;QD=16.4782;RBI=0.0587165;REFB=-0.0161694;REVB=-0.0562465;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199577;STB=0.615255;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0111187;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:5:14:14:11:5:14:14:11 chr2 133013687 . T C 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00234244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.121;QD=5.69602;RBI=0.00815519;REFB=-0.00367964;REVB=0.00781154;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403413;STB=0.526256;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0168465;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:3:6:21:12:3:6:21:12 chr2 133013695 . CA CG,TG 159.5 PASS AF=0.243902,0.195122;AO=10,8;DP=42;FAO=10,8;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8,5;FSAR=2,3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00532619,0.00191621;FXX=0.0238039;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=122.186,150.291;QD=15.5611;RBI=0.0214964,0.0400126;REFB=-0.00697348,0.0106855;REVB=-0.0208261,-0.0399667;RO=23;SAF=8,5;SAR=2,3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.312368,0.0723403;STB=0.695219,0.546101;STBP=0.183,0.808;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00626752,-0.0225827;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:41:23:23:10,8:10,8:0.243902,0.195122:2,3:8,5:13:10:2,3:8,5:13:10 chr2 133013704 . G A 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0143211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.627;QD=5.85757;RBI=0.0346087;REFB=-0.00597196;REVB=-0.0315066;RO=32;SAF=7;SAR=2;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180279;STB=0.61876;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0187255;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:2:7:21:11:2:7:21:11 chr2 133013756 . G A 43.6 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0336201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8398;QD=6.01336;RBI=0.0781103;REFB=-0.00241585;REVB=-0.0705047;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289438;STB=0.694995;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00375574;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:1:6:15:7:1:6:15:7 chr2 133014592 . G A 46.19 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0123341;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.706;QD=7.69782;RBI=0.0218963;REFB=-0.0265418;REVB=-0.0180919;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192881;STB=0.51216;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0655604;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:10:7:3:4:10:7 chr2 133014602 . G C 97.11 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0179541;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.716;QD=21.5796;RBI=0.0209926;REFB=-0.0292601;REVB=-0.0108783;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207621;STB=0.583179;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0113071;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:18:7:7:10:11:0.611111:3:7:3:4:4:7:3:4 chr2 133014612 . A C 122.32 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0172567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.266;QD=25.7512;RBI=0.0173789;REFB=-0.0101671;REVB=0.00205668;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105799;STB=0.537756;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0047447;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:6:6:12:13:0.684211:4:8:3:3:5:8:3:3 chr2 133014619 . C T 45.8 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0367094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6908;QD=9.64181;RBI=0.0611037;REFB=-0.0432586;REVB=0.0488476;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.107428;OID=.;OPOS=133014619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chr2 133014640 . C T 46.32 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0468092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.268;QD=9.75231;RBI=0.0722461;REFB=-0.00460344;REVB=-0.055031;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00870308;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr2 133014651 . A AC 94.16 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0774234;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.4804;QD=22.156;RBI=0.0786424;REFB=0.0424215;REVB=-0.0137927;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249998;STB=0.574334;STBP=0.417;TYPE=ins;VARB=-0.0202084;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:11:21:11:17:6:5:6:4:2:35:9:5:6:7:2 chr2 133036630 . A G 71.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00190112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.168;QD=8.11664;RBI=0.0484464;REFB=-0.0102843;REVB=0.0484091;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458662;STB=0.777284;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0342715;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:18:7:7:3:18:7 chr2 133036632 . G A 93.0 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0177719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.823;QD=9.53885;RBI=0.0206818;REFB=-0.00425615;REVB=0.0105782;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360835;STB=0.713972;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0234124;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:20:7:7:5:20:7 chr2 133036650 . T G 460.57 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00812813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0311;QD=29.7142;RBI=0.0220044;REFB=-0.0222103;REVB=-0.0204482;RO=20;SAF=26;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103469;STB=0.556233;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0157996;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:20:42:42:0.677419:16:26:9:11:16:26:9:11 chr2 133036661 . A AT 421.86 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00150179;FXX=0.0869439;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.6797;QD=26.7844;RBI=0.00835736;REFB=0.006471;REVB=0.00822132;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028081;STB=0.510395;STBP=0.836;TYPE=ins;VARB=-0.00463471;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.634921:40:69:40:63:23:22:18:12:11:99:29:22:18:17:12 chr2 133036666 . AC A,AT 457.48 PASS AF=0.561644,0.0684932;AO=38,5;DP=74;FAO=41,5;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=23,4;FSAR=18,1;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0107015,-0.0164159;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.1103,79.0505;QD=25.0673;RBI=0.0137472,0.0164176;REFB=-0.0312274,-0.0115353;REVB=-0.00862925,0.000236651;RO=27;SAF=21,4;SAR=17,1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0540384,0.381727;STB=0.531776,0.778067;STBP=0.529,0.216;TYPE=del,snp;VARB=0.00414279,-0.0172789;OID=.,.;OPOS=133036667,133036667;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.561644,0.0684932:38,5:74:41,5:73:27:23,4:18,1:13:14:99:27:21,4:17,1:13:14 chr2 133036669 . G T 555.03 PASS AF=0.641026;AO=48;DP=76;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00223758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.15;QD=28.463;RBI=0.0141851;REFB=-0.00404015;REVB=-0.0140075;RO=28;SAF=27;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183659;STB=0.516224;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00206917;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:28:28:48:50:0.641026:21:27:15:13:21:29:15:13 chr2 133036693 . T G 888.83 PASS AF=0.8;AO=68;DP=86;FAO=68;FDP=85;FR=.;FRO=17;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00246174;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.602;QD=41.8271;RBI=0.0427924;REFB=-0.043975;REVB=0.0427215;RO=17;SAF=42;SAR=26;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346391;STB=0.518513;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00621129;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:17:17:68:68:0.8:26:42:9:8:26:42:9:8 chr2 133036695 . C A 31.35 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.00827606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.901;QD=1.42504;RBI=0.0398008;REFB=0.000667765;REVB=-0.0389309;RO=80;SAF=6;SAR=2;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200473;STB=0.664119;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0230872;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:8:8:0.0909091:2:6:47:33:2:6:47:33 chr2 133036697 . A G 877.31 PASS AF=0.772727;AO=67;DP=87;FAO=68;FDP=88;FR=.;FRO=20;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0256614;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.556;QD=39.8777;RBI=0.0275371;REFB=-0.00297443;REVB=0.00998929;RO=20;SAF=40;SAR=27;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208742;STB=0.512496;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00127321;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:20:20:67:68:0.772727:27:40:11:9:27:41:11:9 chr2 133036704 . T C 609.33 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00120451;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.905;QD=27.3856;RBI=0.00220736;REFB=-0.0136073;REVB=-0.00184975;RO=35;SAF=31;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191936;STB=0.510453;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0062886;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:23:31:21:14:23:31:21:14 chr2 133036714 . A G 543.99 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0180301;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6157;QD=24.7269;RBI=0.0210237;REFB=-0.00730674;REVB=0.0108125;RO=35;SAF=30;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222975;STB=0.50943;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0103337;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:35:38:50:50:0.568182:20:30:20:15:20:30:22:16 chr2 133036716 . G T 516.51 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00257861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.334;QD=22.956;RBI=0.0216051;REFB=-0.0231624;REVB=0.0214507;RO=36;SAF=30;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01324;STB=0.511516;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.011018;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:36:40:50:50:0.555556:20:30:21:15:20:30:23:17 chr2 133036720 . T C 36.73 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.0337205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.586;QD=1.61434;RBI=0.0347963;REFB=0.00094151;REVB=-0.0085854;RO=82;SAF=7;SAR=2;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258465;STB=0.705231;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00465793;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:82:82:9:9:0.0989011:2:7:47:35:2:7:47:35 chr2 133036742 . T C 441.07 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00468224;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2177;QD=22.0535;RBI=0.0234556;REFB=-0.0200882;REVB=0.0229835;RO=37;SAF=29;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121452;STB=0.56716;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0133862;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:37:37:43:43:0.5375:14:29:20:17:14:29:20:17 chr2 133036757 . A G 217.0 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0614807;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8284;QD=13.354;RBI=0.0638319;REFB=-0.0101864;REVB=-0.0171648;RO=39;SAF=22;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407629;STB=0.737594;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0162835;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:26:26:0.4:4:22:21:18:4:22:21:18 chr2 133036787 . C A 56.33 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00419787;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.371;QD=8.66627;RBI=0.0346132;REFB=-0.0084871;REVB=-0.0343577;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552557;STB=0.802883;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0176881;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:28:26:21:18:7:8:0.307692:1:6:8:13:2:6:5:13 chr2 133036812 . T C 35.21 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0289734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.196;QD=5.41759;RBI=0.0311755;REFB=-0.00167362;REVB=-0.0115088;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30106;STB=0.691761;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0496234;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:5:15:3:3:5:15 chr2 133037226 . T C 82.34 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00251324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.885;QD=19.3752;RBI=0.0215879;REFB=-0.00603567;REVB=0.0214411;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317856;STB=0.685302;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00372018;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:3:4:2:8:3:4 chr2 133037311 . C A 96.64 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0466159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2005;QD=12.4695;RBI=0.0562089;REFB=0.0147468;REVB=-0.031407;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386567;STB=0.732892;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00530392;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:10:2:9:10:10:2:9:10 chr2 133037397 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0243393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.383;QD=14.0962;RBI=0.0292441;REFB=0.00177788;REVB=0.0162116;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254806;STB=0.649248;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00251124;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:10:8:9:4:10:8 chr2 133037582 . G C 945.02 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.825;QD=53.2406;RBI=0.00841059;REFB=0.00523613;REVB=-0.00841059;RO=4;SAF=0;SAR=67;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340663;OID=.;OPOS=133037582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:67:0:0:4:67:0:0:4 chr2 133037584 . A G 884.13 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5975;QD=51.2537;RBI=0.0300493;REFB=0.020555;REVB=-0.0300493;RO=5;SAF=0;SAR=64;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00461569;OID=.;OPOS=133037584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:5:5:64:64:0.927536:64:0:0:5:64:0:0:5 chr2 133037592 . CTA C 595.29 PASS AF=0.952381;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.055;QD=56.6946;RBI=0.00502459;REFB=-0.021936;REVB=-0.00502459;RO=2;SAF=0;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.70845e-07;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:38:42:40:42:2:0:40:0:2:9:2:0:38:0:2 chr2 133037812 . A G 812.82 PASS AF=0.983871;AO=57;DP=58;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.126;QD=52.4399;RBI=0.0377208;REFB=-0.23738;REVB=-0.0199252;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00428041;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:62:0:1:57:61:0.983871:32:25:0:0:32:29:1:0 chr2 133038142 . C G 37.19 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.06217;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.504;QD=6.76246;RBI=0.0658664;REFB=-0.00295441;REVB=-0.0217548;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442109;STB=0.774851;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0142895;OID=.;OPOS=133038142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:22:15:16:6:6:0.272727:1:5:7:8:1:5:8:8 chr2 133038150 . A C 64.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.016367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.597;QD=9.91389;RBI=0.016367;REFB=-0.00865876;REVB=-9.94958e-06;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533097;STB=0.832479;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0113248;OID=.;OPOS=133038150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:1:8:8:9:1:8:8:9 chr2 133038166 . T C 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00108782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8143;QD=15.9143;RBI=0.00917144;REFB=-0.0319705;REVB=0.0091067;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25507;STB=0.649101;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0109064;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:8:7:3:10:8:7 chr2 133038179 . AG CC,CT 117.32 PASS AF=0.322581,0.129032;AO=10,4;DP=32;FAO=10,4;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9,2;FSAR=1,2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0216732,-0.0160455;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=103.574,111.124;QD=15.1379;RBI=0.0574047,0.0748393;REFB=0.00681469,-0.00619314;REVB=-0.0531561,-0.073099;RO=17;SAF=9,2;SAR=1,2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.512113,-0.0333506;STB=0.81741,0.523691;STBP=0.033,0.912;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0099686,0.00132208;OID=.,.;OPOS=133038179,133038179;OREF=AG,AG;OALT=CC,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:32:31:17:17:10,4:10,4:0.322581,0.129032:1,2:9,2:9:8:1,2:9,2:9:8 chr2 133038188 . T C 158.68 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0471385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3011;QD=18.1349;RBI=0.0473855;REFB=0.000880921;REVB=0.00483205;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577205;STB=0.519976;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00186729;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:18:15:17:0.485714:5:10:11:7:6:11:11:7 chr2 133038228 . C T 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.01649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.51;QD=6.31119;RBI=0.0532065;REFB=-0.00577251;REVB=-0.0505866;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174521;STB=0.5998;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0173149;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:33:34:10:10:0.227273:6:4:18:15:6:4:18:16 chr2 133038234 . C T 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0314824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.717;QD=5.39753;RBI=0.0320065;REFB=-0.00112689;REVB=-0.00576871;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254373;STB=0.666297;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00262837;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:19:16:6:3:19:16 chr2 133038264 . G A 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0389581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5926;QD=5.39768;RBI=0.0496794;REFB=0.0124035;REVB=0.0308271;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317037;STB=0.705442;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0255152;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:21:14:6:3:21:14 chr2 133038275 . C T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0249877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.148;QD=6.02737;RBI=0.0276017;REFB=-0.00326388;REVB=0.0117246;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313492;STB=0.709231;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00887825;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:6:3:18:12:6:3:19:12 chr2 133038280 . A C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0180942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.393;QD=7.48241;RBI=0.0462036;REFB=-0.0132083;REVB=-0.0425132;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301766;STB=0.6996;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.01803;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:7:3:15:12:7:3:16:12 chr2 133038366 . C T 203.95 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0340961;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6301;QD=37.0814;RBI=0.0398804;REFB=-0.0406988;REVB=0.0206857;RO=4;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314411;STB=0.517222;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0406941;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:22:22:4:4:18:18:0.818182:12:6:1:3:12:6:1:3 chr2 133038491 . T C 68.19 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0329746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.459;QD=4.07115;RBI=0.0358466;REFB=0.0013329;REVB=-0.0140588;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115105;STB=0.575933;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0139344;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:7:5:28:27:7:5:28:27 chr2 133038501 . G A 30.91 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0168164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.334;QD=1.71748;RBI=0.0187459;REFB=-0.00058286;REVB=0.00828368;RO=62;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118818;STB=0.584739;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00235262;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:69:72:62:65:7:7:0.0972222:4:3:33:29:4:3:34:31 chr2 133038515 . A G 41.56 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0043319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.902;QD=2.18737;RBI=0.00710226;REFB=0.00127096;REVB=0.00562821;RO=67;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110782;STB=0.581216;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0193638;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:5:4:36:31:5:4:36:31 chr2 133038530 . A G 41.56 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0123452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.026;QD=2.18731;RBI=0.0123542;REFB=0.00121341;REVB=0.000472612;RO=67;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110782;STB=0.581216;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0134317;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:5:4:36:31:5:4:36:31 chr2 133038543 . A G 41.06 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.0126235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.88;QD=1.88801;RBI=0.0126971;REFB=-0.0032119;REVB=0.00136567;RO=76;SAF=5;SAR=5;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111551;STB=0.58604;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0294599;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:87:87:76:77:10:10:0.114943:5:5:45:31:5:5:46:31 chr2 133038569 . T C 34.66 PASS AF=0.0967742;AO=8;DP=92;FAO=9;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0248732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.413;QD=1.49079;RBI=0.032337;REFB=-0.00636428;REVB=-0.0206641;RO=73;SAF=4;SAR=4;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222385;STB=0.547574;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0702118;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:92:93:73:84:8:9:0.0967742:4:4:50:23:4:5:51:33 chr2 133038580 . C T 34.94 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=98;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.00828711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.925;QD=1.42593;RBI=0.0116942;REFB=-0.00319136;REVB=0.00825096;RO=88;SAF=4;SAR=5;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141633;STB=0.605152;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0206634;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:98:98:88:89:9:9:0.0918367:5:4:50:38:5:4:50:39 chr2 133038686 . A G 1345.96 PASS AF=0.753623;AO=104;DP=146;FAO=104;FDP=138;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=95;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0151038;FXX=0.0547908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.483;QD=39.0134;RBI=0.0208555;REFB=-0.0241643;REVB=0.0143815;RO=34;SAF=9;SAR=95;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480372;STB=0.761077;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00420273;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:138:34:34:104:104:0.753623:95:9:23:11:95:9:23:11 chr2 133038693 . A T 1243.92 PASS AF=0.696552;AO=101;DP=145;FAO=101;FDP=145;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=95;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00659296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.628;QD=34.3151;RBI=0.00664024;REFB=-0.00300249;REVB=0.000790984;RO=41;SAF=6;SAR=95;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563363;STB=0.805003;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000807456;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:41:44:101:101:0.696552:95:6:24:17:95:6:24:20 chr2 133038724 . T C 481.55 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00449171;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.69;QD=28.7491;RBI=0.0071814;REFB=-0.0460284;REVB=-0.00560331;RO=22;SAF=4;SAR=40;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379577;STB=0.706404;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0389931;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:22:23:44:44:0.656716:40:4:9:13:40:4:9:14 chr2 133038728 . CTA CGA,GGC 266.9 PASS AF=0.565217,0.217391;AO=12,5;DP=24;FAO=13,5;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7,1;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020698,0.0142716;FXX=0.0416493;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=61.7399,109.777;QD=46.4176;RBI=0.0241356,0.0171159;REFB=0.0614894,0.00448505;REVB=-0.0124145,-0.0094486;RO=1;SAF=7,1;SAR=5,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0818676,0.0951258;STB=0.538402,0.555346;STBP=0.559,0.649;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0306682,0.0107583;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CTA;OALT=G,GGC;OMAPALT=CGA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:24:23:1:1:12,5:13,5:0.565217,0.217391:5,4:7,1:0:1:6,4:7,1:0:1 chr2 133038886 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.005;QD=41.8677;RBI=0.0374737;REFB=-0.105063;REVB=-0.0258653;RO=1;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129286;STB=0.571326;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00493917;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:3:12:0:1:3:12:0:1 chr2 133038925 . A G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00503849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3663;QD=6.25119;RBI=0.023635;REFB=-0.0387412;REVB=0.0230917;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16883;STB=0.608351;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0542645;OID=.;OPOS=133038925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:11:6:3:3:11:6 chr2 133038946 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00549894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.102;QD=5.21555;RBI=0.0351851;REFB=0.00490472;REVB=0.0347528;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257094;STB=0.666173;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0161966;OID=.;OPOS=133038946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:15:6:3:3:15:6 chr2 133038963 . TG CA 58.46 PASS AF=0.16129;AO=5;DP=31;FAO=5;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00935;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=249.631;QD=7.54339;RBI=0.0204239;REFB=-0.00663189;REVB=-0.018158;RO=22;SAF=2;SAR=3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429152;STB=0.779956;STBP=0.297;TYPE=mnp;VARB=0.0186086;OID=.;OPOS=133038963;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:31:31:22:22:5:5:0.16129:3:2:17:5:3:2:17:5 chr2 133038998 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0287579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.618;QD=14.1319;RBI=0.0321039;REFB=0.010953;REVB=-0.0142704;RO=31;SAF=4;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447792;STB=0.761302;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0110132;OID=.;OPOS=133038998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:15:4:19:12:15:4:19:12 chr2 133039014 . A G 240.01 PASS AF=0.482143;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00895776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.599;QD=17.1433;RBI=0.00961095;REFB=-0.0132836;REVB=0.00348267;RO=29;SAF=4;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518088;STB=0.767229;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0112215;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:25:27:0.482143:21:4:19:10:22:5:19:10 chr2 133039048 . A G 248.39 PASS AF=0.528302;AO=22;DP=48;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0140089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.048;QD=18.7463;RBI=0.0278461;REFB=-0.0257462;REVB=0.0240656;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321358;STB=0.680276;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0206596;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:25:25:22:28:0.528302:16:6:15:10:21:7:15:10 chr2 133039061 . A G 210.73 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0349063;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.251;QD=15.6093;RBI=0.035813;REFB=-0.0394288;REVB=0.00800765;RO=29;SAF=5;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428018;STB=0.752253;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.02111;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:19:5:18:11:19:5:19:11 chr2 133039063 . T C 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0306624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9577;QD=13.7484;RBI=0.0306813;REFB=-0.00163969;REVB=0.0010769;RO=31;SAF=4;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499795;STB=0.782336;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00494875;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:18:4:20:11:18:4:20:12 chr2 133039074 . AT GC 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0183887;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.909;QD=18.1541;RBI=0.0194498;REFB=-0.00733198;REVB=0.00633656;RO=25;SAF=4;SAR=17;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491513;STB=0.780901;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.00341699;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:17:4:17:8:17:4:17:8 chr2 133039087 . A G 201.89 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.028381;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.834;QD=18.7805;RBI=0.0342573;REFB=-0.0171914;REVB=-0.0191854;RO=20;SAF=2;SAR=18;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64516;STB=0.886292;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0143275;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:23:20:20:0.465116:18:2:15:5:18:2:18:5 chr2 133039090 . T C 235.15 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0122096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.977;QD=25.4212;RBI=0.0126297;REFB=-0.00259929;REVB=0.00323039;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261134;STB=0.645434;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00158357;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:15:7:10:5:15:7:10:5 chr2 133039101 . A G 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0450669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7544;QD=13.5753;RBI=0.0450748;REFB=-0.0166982;REVB=0.000846277;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498711;STB=0.790267;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.027157;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:14:5:10:3:14:5 chr2 133039105 . T C 107.94 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0260991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7277;QD=13.0837;RBI=0.0336974;REFB=-0.0162142;REVB=0.0213155;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345886;STB=0.710815;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0168787;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:8:5:14:5:8:5:15:5 chr2 133039128 . A G 88.15 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0104479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6728;QD=10.3708;RBI=0.0145723;REFB=0.00115607;REVB=-0.0101584;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248891;STB=0.617462;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-3.15504e-05;OID=.;OPOS=133039128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:33:34:22:22:11:12:0.352941:6:5:15:7:6:6:15:7 chr2 133039132 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=11;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00161988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.796;QD=9.13197;RBI=0.0188498;REFB=-0.0125701;REVB=-0.0187801;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229478;STB=0.593569;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0223829;OID=.;OPOS=133039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:21:22:11:10:0.3125:6:5:14:7:5:5:14:8 chr2 133039135 . G T 125.87 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.015815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.119;QD=13.2491;RBI=0.0178932;REFB=-0.0197134;REVB=-0.00836981;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405333;STB=0.505487;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0293467;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:6:8:14:9:6:9:14:9 chr2 133039137 . A G 152.89 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0770998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4633;QD=15.2887;RBI=0.129363;REFB=-0.0189911;REVB=0.103876;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589381;STB=0.523781;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0209841;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:6:11:13:9:6:11:14:9 chr2 133039143 . C T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00625148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6145;QD=4.65859;RBI=0.0132329;REFB=0.000736739;REVB=0.0116631;RO=35;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204673;STB=0.639625;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00359096;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:2:6:21:14:2:6:21:14 chr2 133039156 . TG CA,CG 442.23 PASS AF=0.12963,0.611111;AO=7,33;DP=54;FAO=7,33;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=5,26;FSAR=2,7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0107526,-0.0146473;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=135.548,161.921;QD=32.7581;RBI=0.0109709,0.0177662;REFB=-0.0335792,-0.0339467;REVB=-0.0021781,-0.0100545;RO=13;SAF=5,26;SAR=2,7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199998,0.171797;STB=0.65172,0.611691;STBP=0.374,0.031;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0398134,0.00673727;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:54:13:14:7,33:7,33:0.12963,0.611111:2,7:5,26:7:6:2,7:5,26:7:7 chr2 133039164 . C T 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=0.00390288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.887;QD=3.228;RBI=0.0322356;REFB=-0.00566492;REVB=-0.0319984;RO=47;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237797;STB=0.664609;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0434763;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:47:48:8:8:0.142857:3:5:37:10:3:5:38:10 chr2 133039166 . T C 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0335626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4694;QD=20.4367;RBI=0.0993844;REFB=0.00981915;REVB=-0.0935458;RO=26;SAF=27;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438822;STB=0.749792;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0170967;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:3:27:15:11:3:27:15:11 chr2 133039171 . C G 261.61 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0155585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.15;QD=18.6864;RBI=0.0168649;REFB=-0.0307449;REVB=0.00650833;RO=28;SAF=25;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440951;STB=0.760011;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0131257;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:27:28:29:0.517857:3:25:16:12:3:26:15:12 chr2 133039176 . A G 271.88 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00742509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.736;QD=19.4199;RBI=0.0127641;REFB=-0.00837197;REVB=-0.0103822;RO=27;SAF=26;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45525;STB=0.760011;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00611635;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:3:26:15:12:3:26:15:12 chr2 133039199 . AC TG 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0147622;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.801;QD=14.7664;RBI=0.0149863;REFB=0.000443748;REVB=0.00258218;RO=33;SAF=23;SAR=2;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630096;STB=0.866792;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.00141965;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:2:23:14:19:2:23:14:19 chr2 133039208 . AC GT 207.78 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00772089;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.525;QD=13.6251;RBI=0.0103406;REFB=-0.00173461;REVB=0.00687863;RO=36;SAF=23;SAR=1;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.738607;STB=0.881434;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00213738;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:1:23:14:22:2:23:14:22 chr2 133039221 . C T 108.47 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0408694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4978;QD=7.11299;RBI=0.0505519;REFB=0.00362831;REVB=-0.029752;RO=44;SAF=6;SAR=10;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356643;STB=0.705644;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0127326;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:45:16:16:0.262295:10:6:30:14:10:6:30:15 chr2 133281214 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.414;QD=57.3844;RBI=0.00874153;REFB=0;REVB=0.00778678;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36819e-05;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 133489601 . A G 483.45 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.030013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1356;QD=23.5828;RBI=0.0304065;REFB=-0.0205853;REVB=0.00487553;RO=36;SAF=26;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140529;STB=0.577134;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0224776;OID=.;OPOS=133489601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:20:26:14:22:20:26:14:22 chr2 134884697 . G C 265.29 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0368276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.694;QD=27.2088;RBI=0.06043;REFB=-0.0551737;REVB=0.0479115;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695422;STB=0.53843;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0177057;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:12:12:6:9:12:12:6:9 chr2 134884700 . G A 129.47 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0210678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.417;QD=12.6308;RBI=0.0213047;REFB=0.00776692;REVB=0.00316773;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201192;STB=0.588117;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00927127;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:14:15:0.365854:9:5:14:12:9:6:14:12 chr2 135710322 . A G 515.92 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5037;QD=58.9627;RBI=0.113429;REFB=0;REVB=-0.0485896;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987751;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:15:20:0:0 chr2 135711516 . C T 102.56 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275441;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.311;QD=41.0239;RBI=0.0445339;REFB=0;REVB=0.0349941;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157127;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr2 135711657 . G A 460.75 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.068;QD=57.5937;RBI=0.0539508;REFB=0;REVB=0.0299498;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111706;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:21:9:0:0:23:9:0:0 chr2 135740863 . C A 84.94 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0950598;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.14;QD=9.43778;RBI=0.0951207;REFB=-0.00788395;REVB=-0.00340428;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258749;STB=0.654203;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0249619;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:38:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:6:19:6:5:6:19 chr2 135745545 . C T 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00105627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1871;QD=25.3164;RBI=0.00996319;REFB=-0.0219771;REVB=-0.00990704;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13928;STB=0.577698;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00723843;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:13:7:7:6:13:7:7:6 chr2 135745722 . A G 92.3 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0527978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.47;QD=18.4602;RBI=0.0602094;REFB=-0.00966062;REVB=-0.0289409;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212942;STB=0.533271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00847664;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:8:9:11:11:0.55:8:3:2:6:8:3:3:6 chr2 135893372 . A G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0252196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.895;QD=11.8817;RBI=0.0309811;REFB=-0.0117877;REVB=-0.0179945;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873334;STB=0.566575;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0225842;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:10:5:11:16:10:5:12:16 chr2 135911422 . T C 1037.57 PASS AF=0.96;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.034536;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5713;QD=55.3369;RBI=0.0528079;REFB=-0.160183;REVB=0.0399491;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.506665;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00379991;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:75:1:3:71:72:0.96:35:36:0:1:36:36:1:2 chr2 136393658 . A G 204.91 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0202002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.081;QD=14.9027;RBI=0.0245268;REFB=-0.0203133;REVB=0.0139109;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309232;STB=0.683006;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0298998;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:31:23:24:0.436364:17:6:17:14:18:6:17:14 chr2 136396300 . T C 180.6 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0153922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.974;QD=12.4548;RBI=0.0264101;REFB=-0.00868483;REVB=-0.0214609;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10817;STB=0.538888;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0106488;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:35:22:23:0.396552:10:12:16:20:11:12:16:19 chr2 136407479 . A G 1003.69 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.856;QD=59.0405;RBI=0.0232241;REFB=0;REVB=0.0110767;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714165;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:22:45:0:0:22:46:0:0 chr2 136481627 . A AC,C 78.83 PASS AF=0.291667,0;AO=8,3;DP=49;FAO=14,0;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0548025,-0.0379792;FXX=0.020404;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=60.0017,202.357;QD=6.56881;RBI=0.0637856,0.0381428;REFB=-0.00831501,-0.00297882;REVB=0.0326387,-0.00352852;RO=37;SAF=1,0;SAR=7,3;SRF=12;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.336171,-0.450975;STB=0.518492,0.5;STBP=0.92,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.187682,0;OID=.,.;OPOS=136481628,136481627;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:48:37:34:8,3:14,0:0.291667,0:7,3:1,0:12:25:10,0:4,0:9:25 chr2 136482180 . T C 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00620951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.704;QD=22.9078;RBI=0.0263554;REFB=-0.000204092;REVB=0.0256135;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081141;STB=0.545411;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000378319;OID=.;OPOS=136482180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:8:9:9:12:8:9 chr2 136511817 . A G 396.3 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0234185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8728;QD=25.9867;RBI=0.0236421;REFB=0.00925919;REVB=0.00324371;RO=23;SAF=14;SAR=24;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169039;STB=0.592543;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0046373;OID=.;OPOS=136511817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:24:14:14:9:24:14:14:9 chr2 136511842 . C A 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0137018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.297;QD=13.3402;RBI=0.0150485;REFB=-0.0130937;REVB=-0.00622234;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300566;STB=0.662416;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0347469;OID=.;OPOS=136511842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:8:13:10:21:8:13:11:21 chr2 136561557 . G A 426.27 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00922657;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.505;QD=18.7373;RBI=0.0338812;REFB=-0.00189157;REVB=-0.0326008;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871631;STB=0.504857;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00280572;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:22:21:23:25:22:21:23:25 chr2 136567841 . G A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0216089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.653;QD=12.0843;RBI=0.0217287;REFB=-0.0216021;REVB=-0.00227841;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672479;STB=0.539722;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0404138;OID=.;OPOS=136567841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:13:17:10:6:13:17 chr2 136590746 . C T 888.37 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5175;QD=56.4043;RBI=0.0113129;REFB=-0.114355;REVB=0.00132816;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185094;STB=0.509801;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=6.47901e-05;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:37:25:1:0:37:25:1:0 chr2 136623717 . C T 275.65 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0260846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5256;QD=25.6422;RBI=0.0308575;REFB=0.0156173;REVB=-0.0164856;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873892;STB=0.548469;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0109554;OID=.;OPOS=136623717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:11:14:8:10:11:14:8:10 chr2 136624155 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0229197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.561;QD=12.0202;RBI=0.0286311;REFB=-0.00505209;REVB=-0.0171588;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.583822;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0115328;OID=.;OPOS=136624155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:25:14:14:0.358974:8:6:12:10:8:6:14:11 chr2 136690425 . A G 105.06 PASS AF=0.45;AO=5;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0129294;FXX=0.0475964;HRUN=15;LEN=1;MLLD=222.347;QD=21.0112;RBI=0.0140141;REFB=0.00941424;REVB=0.00540606;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.571284;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00165219;OID=.;OPOS=136690425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:21:20:2:8:5:9:0.45:3:2:0:2:7:2:1:7 chr2 136700927 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0135093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.338;QD=9.53628;RBI=0.0240651;REFB=-0.00504704;REVB=-0.0199155;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550851;STB=0.533279;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.011789;OID=.;OPOS=136700927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:10:17:7:5:10:17 chr2 136743080 . G C 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0306105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.257;QD=11.6169;RBI=0.0412579;REFB=-0.00457871;REVB=-0.0276625;RO=34;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280443;STB=0.665043;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0103647;OID=.;OPOS=136743080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:14:5:17:17:14:5:17:17 chr2 137814138 . T C 491.81 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00601798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.412;QD=18.5589;RBI=0.00605171;REFB=-0.020443;REVB=-0.000638118;RO=54;SAF=26;SAR=26;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681358;STB=0.537721;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0223564;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:26:26:31:23:26:26:31:23 chr2 137917922 . T A 289.17 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=79;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0161105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.586;QD=14.2801;RBI=0.0164266;REFB=-0.014735;REVB=0.00320694;RO=48;SAF=8;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194876;STB=0.597875;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0154539;OID=.;OPOS=137917922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:48:48:31:33:0.407407:23:8:20:28:24:9:20:28 chr2 138030234 . C T 441.2 PASS AF=0.53012;AO=42;DP=80;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0185689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.348;QD=21.2627;RBI=0.0208625;REFB=-0.0207545;REVB=-0.00951008;RO=38;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825074;STB=0.54882;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.014292;OID=.;OPOS=138030234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:38:39:42:44:0.53012:26:16:18:20:27:17:19:20 chr2 138237038 . C T 1042.21 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.047;QD=59.5549;RBI=0.0571867;REFB=0;REVB=-0.0250321;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000661094;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:37:32:1:0:37:33:0:0 chr2 138237093 . G A 296.78 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0353188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.154;QD=18.2631;RBI=0.0354646;REFB=-0.0179006;REVB=0.00321241;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163369;STB=0.594533;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.034979;OID=.;OPOS=138237093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:33:32:32:0.492308:22:10:15:16:22:10:16:17 chr2 138420996 . A G 1297.24 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0249926;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.157;QD=59.6431;RBI=0.0440903;REFB=-0.00830512;REVB=0.0363224;RO=2;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220196;STB=0.511361;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=3.79658e-05;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:84:85:0.977011:42:42:0:2:43:42:0:2 chr2 138759649 . C T 252.26 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0512676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1581;QD=14.8386;RBI=0.056958;REFB=0.00650474;REVB=-0.0248162;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037685;STB=0.512187;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0110035;OID=.;OPOS=138759649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:39:29:29:0.426471:15:14:16:20:15:14:18:21 chr2 138773229 . G A 598.4 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226313;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.136;QD=61.3742;RBI=0.0273122;REFB=0;REVB=-0.0152899;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113222;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr2 139045855 . C T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00696081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5623;QD=15.1953;RBI=0.0148016;REFB=-0.00660747;REVB=0.0130627;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317494;STB=0.683999;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0128713;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:15:11:13:5:15:11 chr2 139045929 . C T 85.83 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00826395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3641;QD=11.8385;RBI=0.00894974;REFB=0.0195815;REVB=-0.00343585;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334266;STB=0.69481;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0269613;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:14:4:6:5:14:4 chr2 139045972 . T C 427.87 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0459831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9597;QD=51.8633;RBI=0.0519293;REFB=-0.195385;REVB=0.024129;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.502957;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00775108;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:33:33:1:2:31:31:0.939394:17:14:0:1:17:14:1:1 chr2 139045987 . C T 206.97 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0428985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.369;QD=17.2474;RBI=0.0550081;REFB=-0.00249446;REVB=-0.0344326;RO=27;SAF=4;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274294;STB=0.658745;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00408883;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:17:4:11:16:17:4:11:16 chr2 139326879 . G C 746.46 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.485;QD=63.5283;RBI=0.014455;REFB=0;REVB=-0.00946956;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85575e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:20:27:0:0 chr2 139327084 . A G 292.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00528154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.279;QD=17.2216;RBI=0.00529231;REFB=-0.00390755;REVB=0.000337473;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101598;STB=0.556784;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00472703;OID=.;OPOS=139327084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:12:24:18:14:12:24 chr2 139621319 . A ATCT 124.42 PASS AF=0.263889;AO=17;DP=73;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0164402;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=228.334;QD=6.91203;RBI=0.0190929;REFB=-0.0151098;REVB=-0.00970871;RO=54;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323544;STB=0.515402;STBP=0.884;TYPE=ins;VARB=0.0344114;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263889:17:73:19:72:53:9:10:24:29:99:54:8:9:24:30 chr2 139621326 . G A 155.21 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00746502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3446;QD=9.26633;RBI=0.00758822;REFB=-0.0140007;REVB=0.00136184;RO=44;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249554;STB=0.513539;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0290602;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:46:21:21:0.313433:11:10:20:24:11:10:21:25 chr2 140979107 . C T 508.58 PASS AF=0.45082;AO=53;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00860187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.14;QD=16.6746;RBI=0.0497731;REFB=-0.0140527;REVB=-0.0490242;RO=54;SAF=31;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952877;STB=0.589742;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.014212;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:67:53:55:0.45082:22:31:26:28:23:32:28:39 chr2 141032088 . C T 534.71 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.012357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.293;QD=17.2487;RBI=0.0194333;REFB=-0.00176403;REVB=0.0149986;RO=67;SAF=33;SAR=24;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113394;STB=0.563118;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0025886;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:24:33:31:36:24:33:31:36 chr2 141113924 . G T 155.02 PASS AF=0.372549;AO=17;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.000730026;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.335;QD=12.1586;RBI=0.0271056;REFB=-0.00402839;REVB=0.0270958;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409754;STB=0.744121;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0098275;OID=.;OPOS=141113924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:17:19:0.372549:12:5:21:10:14:5:21:11 chr2 141113930 . C T 176.56 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0289952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.676;QD=14.1248;RBI=0.0290198;REFB=-0.0172286;REVB=0.00119528;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379631;STB=0.720793;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0171881;OID=.;OPOS=141113930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:14:5:19:12:14:5:19:12 chr2 141260668 . A G 467.3 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0444779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.488;QD=21.2408;RBI=0.0445012;REFB=-0.0206251;REVB=-0.00143881;RO=41;SAF=16;SAR=29;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013331;STB=0.504884;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0261794;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:45:46:0.522727:29:16:14:27:30:16:15:27 chr2 141274576 . T C 274.57 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0106537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.157;QD=19.9686;RBI=0.0106715;REFB=-0.0125944;REVB=-0.000615683;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118646;STB=0.504513;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0097277;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:17:12:10:15:17:12:11:15 chr2 141457962 . C T 128.9 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0370437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.893;QD=8.45238;RBI=0.0378258;REFB=0.0180762;REVB=0.00765209;RO=42;SAF=5;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371584;STB=0.7285;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0306496;OID=.;OPOS=141457962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:43:18:18:0.295082:13:5:25:17:13:5:26:17 chr2 141571329 . T C 243.99 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.000269955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.694;QD=13.746;RBI=0.00130724;REFB=-0.00839711;REVB=-0.00127906;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103452;STB=0.55229;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0143343;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:42:28:29:0.408451:14:14:16:24:14:15:18:24 chr2 141709419 . T G 1187.43 PASS AF=0.954023;AO=81;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0606362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5114;QD=54.5943;RBI=0.0715356;REFB=-0.183081;REVB=0.0379551;RO=5;SAF=51;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498852;STB=0.517537;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.016538;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:87:87:5:4:81:83:0.954023:30:51:1:4:32:51:1:3 chr2 141750164 . A T 337.3 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00244956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.925;QD=18.4824;RBI=0.0232847;REFB=-0.00589328;REVB=-0.0231555;RO=35;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19104;STB=0.596099;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00851883;OID=.;OPOS=141750164;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:35:37:35:36:0.493151:24:11:18:17:24:12:19:18 chr2 141751592 . G A 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00591651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.327;QD=10.5623;RBI=0.0102384;REFB=-0.0114788;REVB=-0.00835581;RO=48;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233944;STB=0.643535;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0193728;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:49:25:25:0.337838:8:17:23:25:8:17:23:26 chr2 141816621 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.763;QD=61.3362;RBI=0.0402291;REFB=0;REVB=0.0168883;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118869;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr2 142567910 . T C 279.47 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0119469;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.782;QD=14.9048;RBI=0.0297466;REFB=-0.00856201;REVB=-0.027242;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489243;STB=0.537861;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0109194;OID=.;OPOS=142567910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:30:32:0.426667:15:15:19:23:15:17:20:23 chr2 144899559 . C A 228.18 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0201607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5304;QD=16.0126;RBI=0.0687892;REFB=0.00813599;REVB=-0.0657686;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972698;STB=0.554659;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0123118;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:17:9:8:23:17:9:8:23 chr2 145145719 . CT C 74.23 PASS AF=0.6;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0733485;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.9966;QD=11.877;RBI=0.22732;REFB=-0.13989;REVB=0.215161;RO=11;SAF=11;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460257;STB=0.646851;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.162301;OID=.;OPOS=145145720;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:13:25:15:25:10:11:4:4:6:31:11:11:2:4:7 chr2 145145728 . TA T 60.04 PASS AF=0.727273;AO=9;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00641865;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.78501;QD=10.9171;RBI=0.0252217;REFB=0.055548;REVB=-0.0243913;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0.368071;SSEP=0;SSSB=0.301282;STB=0.51722;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.00885709;OID=.;OPOS=145145729;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:9:22:16:22:6:9:7:3:3:20:7:7:2:3:4 chr2 145146079 . A C 40.52 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0101241;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=180.135;QD=3.37675;RBI=0.0137656;REFB=-0.000323066;REVB=0.00932707;RO=41;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519744;STB=0.866037;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00276525;OID=.;OPOS=145146079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:6:1:24:17:6:1:24:17 chr2 145146084 . AAT A,AAA 52.12 PASS AF=0.34375,0;AO=6,9;DP=43;FAO=11,0;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0997185,-0.0969982;FXX=0.135099;HRUN=8,7;LEN=2,1;MLLD=12.8036,10.1842;QD=6.51496;RBI=0.151799,0.0970842;REFB=-0.0542972,-0.00919626;REVB=-0.114452,0.00408413;RO=21;SAF=5,1;SAR=1,8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.554145,-0.377889;STB=0.576134,0.5;STBP=0.54,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0458211,0;OID=.,.;OPOS=145146085,145146086;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375,0:6,9:43:11,0:32:21:6,0:5,0:9:12:53:21:5,1:1,8:7:14 chr2 147345583 . C T 297.37 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0179279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.357;QD=15.4479;RBI=0.0189798;REFB=-0.0213715;REVB=-0.0062309;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180097;STB=0.517617;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.025967;OID=.;OPOS=147345583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:44:33:33:0.428571:19:14:19:24:19:14:20:24 chr2 148657117 . G A 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0122224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.338;QD=13.5337;RBI=0.0148758;REFB=-0.00911416;REVB=-0.00847949;RO=52;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818688;STB=0.546734;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0147064;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:19:14:26:26:19:14:26:26 chr2 148716428 . T C 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.00413825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.542;QD=12.7361;RBI=0.00498636;REFB=-0.00856775;REVB=-0.00278184;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35795;STB=0.712884;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0228479;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:7:9:6:21:7:9:6:22 chr2 149803531 . C T 343.59 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0768928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0987;QD=13.0892;RBI=0.0910377;REFB=-0.00666517;REVB=-0.0487378;RO=61;SAF=17;SAR=24;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133799;STB=0.589938;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00929276;OID=.;OPOS=149803531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:64:41:41:0.390476:24:17:33:28:24:17:36:28 chr2 149838032 . C T 748.25 PASS AF=0.529412;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00103398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.289;QD=22.0075;RBI=0.00585597;REFB=-0.0204133;REVB=0.00576396;RO=63;SAF=35;SAR=37;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491051;STB=0.522916;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0117407;OID=.;OPOS=149838032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:63:64:72:72:0.529412:37:35:27:36:37:35:28:36 chr2 150432976 . C T 380.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218051;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.212;QD=56.3821;RBI=0.0658797;REFB=0;REVB=0.0658436;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421249;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 151219315 . C T 1028.14 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.536;QD=57.1189;RBI=0.0501778;REFB=-0.126582;REVB=0.0124096;RO=2;SAF=38;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024233;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.001086;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:2:1:70:71:0.986111:32:38:2:0:32:39:1:0 chr2 152118271 . G A 756.62 PASS AF=0.614035;AO=70;DP=114;FAO=70;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00120589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.313;QD=26.5479;RBI=0.00628297;REFB=-0.0346818;REVB=-0.00616616;RO=43;SAF=21;SAR=49;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400228;STB=0.518513;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0166847;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:43:44:70:70:0.614035:49:21:15:28:49:21:15:29 chr2 152118275 . A G 706.4 PASS AF=0.587719;AO=67;DP=108;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=49;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0887244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9044;QD=24.786;RBI=0.103658;REFB=0.0138697;REVB=-0.0536009;RO=41;SAF=18;SAR=49;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626234;STB=0.5568;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0122088;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:114:41:47:67:67:0.587719:49:18:14:27:49:18:18:29 chr2 152132130 . A G 416.07 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0312165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.143;QD=16.9823;RBI=0.0325294;REFB=-0.000875892;REVB=0.00914828;RO=53;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035089;STB=0.508785;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00110143;OID=.;OPOS=152132130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:55:43:43:0.438776:22:21:24:29:22:21:26:29 chr2 152138522 . T C 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0093712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.948;QD=64.409;RBI=0.0340651;REFB=0;REVB=-0.0327508;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106461;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr2 152139416 . G A 756.83 PASS AF=0.41206;AO=80;DP=197;FAO=82;FDP=199;FR=.;FRO=117;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=0.00189524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.029;QD=15.2127;RBI=0.0275066;REFB=-0.00902779;REVB=0.0274413;RO=114;SAF=41;SAR=39;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774427;STB=0.537679;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0114199;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:114:117:80:82:0.41206:39:41:50:64:41:41:51:66 chr2 152228757 . A G 219.28 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0065387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.778;QD=39.8682;RBI=0.00804277;REFB=-0.0117713;REVB=-0.00468311;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460898;STB=0.519211;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00104203;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:2:3:19:19:0.863636:9:10:1:1:9:10:2:1 chr2 152266473 . T C 125.71 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00791504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.472;QD=9.67016;RBI=0.0252213;REFB=-0.0123621;REVB=-0.0239472;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236561;STB=0.653672;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0261595;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:36:16:16:0.307692:8:8:9:22:8:8:10:26 chr2 152311570 . G A 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.05405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.259;QD=55.8051;RBI=0.0540564;REFB=0.00973126;REVB=0.000830246;RO=1;SAF=16;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285714;STB=0.515146;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=6.02553e-05;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:43:16:1:0:43:16:1:0 chr2 152314385 . G A 297.9 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00991482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.591;QD=15.8881;RBI=0.0120415;REFB=-0.00753477;REVB=0.00683336;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110348;STB=0.55291;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00679361;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:19:14:13:28:19:14:14:28 chr2 152317669 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0193135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.74;QD=16.7551;RBI=0.0237584;REFB=-0.00752815;REVB=-0.0138365;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205175;STB=0.615294;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0102353;OID=.;OPOS=152317669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:20:8:12:12:20:8 chr2 152320118 . G A 422.79 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.224;QD=56.3718;RBI=0.0510322;REFB=0;REVB=0.0509088;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204626;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:12:18:0:0 chr2 152322095 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8834;QD=48.7355;RBI=0.109969;REFB=0;REVB=0.0976497;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00540386;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr2 152331418 . C G 654.8 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187074;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.424;QD=62.3618;RBI=0.0188303;REFB=0;REVB=-0.00214817;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98724e-05;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr2 152352843 . C G 2941.27 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.172;QD=63.2531;RBI=0.0237282;REFB=0;REVB=-0.0227409;RO=0;SAF=80;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45465e-05;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:106:80:0:0:106:80:0:0 chr2 152387553 . T C 670.48 PASS AF=0.425287;AO=74;DP=174;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.0194436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.237;QD=15.4133;RBI=0.0195288;REFB=-0.00842333;REVB=0.00182212;RO=99;SAF=32;SAR=42;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438392;STB=0.527631;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00985348;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:99:100:74:74:0.425287:42:32:47:52:42:32:48:52 chr2 152398045 . G C 126.18 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00519016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.927;QD=10.972;RBI=0.00606532;REFB=-0.0181196;REVB=-0.00313853;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29801;STB=0.678763;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0187541;OID=.;OPOS=152398045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:11:4:16:15:11:4:16:15 chr2 152404218 . T A 407.69 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0105826;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.864;QD=16.9869;RBI=0.0151833;REFB=-0.0180106;REVB=0.0108877;RO=52;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127433;STB=0.581357;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.027279;OID=.;OPOS=152404218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:53:42:43:0.447917:24:18:29:23:25:18:30:23 chr2 152422076 . C G 621.45 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205459;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.1;QD=62.1446;RBI=0.0205567;REFB=0;REVB=-0.000668044;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277662;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 152422087 . A G 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000903021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.5;QD=17.9392;RBI=0.0186716;REFB=-0.0215132;REVB=0.0186498;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847374;STB=0.548335;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0173803;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:10:12:12:7:10:12 chr2 152432811 . A T 349.74 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00627565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5467;QD=17.7082;RBI=0.0378882;REFB=-0.0136612;REVB=-0.0373649;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118682;STB=0.566466;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0148198;OID=.;OPOS=152432811;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:23:14:21:21:23:14:21:21 chr2 152476130 . C T 417.7 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0156022;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.089;QD=16.3804;RBI=0.0214746;REFB=-0.0137753;REVB=0.0147556;RO=58;SAF=32;SAR=14;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139206;STB=0.585877;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0147012;OID=.;OPOS=152476130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:58:56:46:46:0.45098:14:32:33:25:14:32:31:25 chr2 152490219 . A G 1786.36 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.952;QD=61.072;RBI=0.0181442;REFB=0;REVB=0.0140501;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.434e-05;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:117:0:0:113:117:1:49:64:0:0:51:66:0:0 chr2 152490458 . A G 1657.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.351;QD=60.2564;RBI=0.0257468;REFB=0;REVB=0.0254027;RO=0;SAF=66;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23359e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:107:110:1:41:66:0:0:42:68:0:0 chr2 152496526 . A G 1003.0 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.87;QD=59.0001;RBI=0.0693332;REFB=0;REVB=-0.00427798;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179684;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:35:31:0:0:36:32:0:0 chr2 152515683 . G A 365.0 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0222497;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.782;QD=33.1818;RBI=0.0224524;REFB=-0.0335962;REVB=-0.00301062;RO=13;SAF=1;SAR=29;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330206;STB=0.679529;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0159571;OID=.;OPOS=152515683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:13:14:30:30:0.681818:29:1:2:11:29:1:2:12 chr2 152521096 . C T 417.88 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.038594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0381;QD=53.9204;RBI=0.0742367;REFB=0.094612;REVB=0.063416;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00371296;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:0:1 chr2 152527608 . C T 2060.7 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0186482;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.61;QD=61.0578;RBI=0.0188953;REFB=-0.186755;REVB=0.00304543;RO=1;SAF=56;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841211;STB=0.501199;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.000578701;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:135:1:2:133:133:0.985185:77:56:1:0:77:56:1:1 chr2 152698480 . C T 520.9 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0075199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.348;QD=19.2927;RBI=0.0174898;REFB=-0.0155012;REVB=-0.0157906;RO=52;SAF=34;SAR=20;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419355;STB=0.523012;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0092918;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:53:54:55:0.509259:20:34:35:17:20:35:36:17 chr2 152988610 . C CT,T 379.31 PASS AF=1,0;AO=22,2;DP=30;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.194442,-0.170438;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.0623,4.76451;QD=54.1876;RBI=0.195855,0.179533;REFB=0,0;REVB=-0.0234856,-0.0564186;RO=6;SAF=10,1;SAR=12,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0831641,-0.168213;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.010281,0;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:28:6:0:22,2:28,0:1,0:12,1:10,1:4:2:15,0:13,0:0:0 chr2 153399253 . GA AG,G 1052.44 PASS AF=0.060241,0.915663;AO=5,26;DP=78;FAO=5,76;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=0,38;FSAR=5,38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0380022,0.934848;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=168.16,21.259;QD=50.7199;RBI=0.0597121,0.956858;REFB=0.0825391,0.0732714;REVB=-0.0460582,0.204047;RO=44;SAF=0,0;SAR=5,26;SRF=37;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.771457,-0.87367;STB=0.5,0.512817;STBP=1,0.222;TYPE=mnp,del;VARB=0.110559,0.0298476;OID=.,.;OPOS=153399253,153399254;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:78:83:44:2:5,26:5,76:0.060241,0.915663:5,26:0,0:37:7:5,38:0,38:0:2 chr2 153405594 . G A 940.95 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.54;QD=57.0274;RBI=0.0104884;REFB=-0.0236833;REVB=0.00103555;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000505541;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:37:28:0:0:37:28:1:0 chr2 153476066 . G GCCA 153.58 PASS AF=1;AO=5;DP=19;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253955;FXX=0.0666222;HRUN=5;LEN=3;MLLD=228.1;QD=43.8806;RBI=0.256945;REFB=0;REVB=0.0390833;RO=12;SAF=0;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00122688;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:19:14:14:0:2:12:0:0:4:12:0:5:5:7 chr2 153476069 . C A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0124994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.704;QD=17.6438;RBI=0.0125529;REFB=-0.0119581;REVB=-0.00115764;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296964;STB=0.666386;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00550704;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:0:7:7:2:0:7 chr2 153476072 . T C 37.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.29041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.405;QD=11.3983;RBI=0.290547;REFB=-0.0326635;REVB=0.008924;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406329;STB=0.732802;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.125706;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:0:7:4:2:0:7 chr2 153511027 . T C 371.18 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.00523659;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.206;QD=17.0659;RBI=0.0416285;REFB=-0.00675718;REVB=0.0412979;RO=48;SAF=15;SAR=24;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994165;STB=0.555528;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00643755;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:48:48:39:39:0.448276:24:15:14:34:24:15:14:34 chr2 153533260 . G A 343.25 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00942147;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.36;QD=18.5542;RBI=0.0106498;REFB=-0.0258642;REVB=0.00496533;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979965;STB=0.554611;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0245479;OID=.;OPOS=153533260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:38:36:36:0.486486:17:19:16:22:17:19:16:22 chr2 153577013 . G A 307.44 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0199893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.009;QD=13.2231;RBI=0.0215201;REFB=-0.0164693;REVB=-0.00797131;RO=58;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155225;STB=0.588332;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0229828;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:18:17:20:38:18:17:20:38 chr2 155265623 . G A 726.21 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765615;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.949;QD=63.1483;RBI=0.00780995;REFB=0;REVB=-0.00154228;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470006;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr2 155307335 . TG CT,TC 1659.19 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=5,102;DP=113;FAO=4,108;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=2,52;FSAR=2,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075954,-0.0117552;FXX=0.00884877;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=158.315,130.872;QD=59.2567;RBI=0.00916271,0.0222712;REFB=0,0;REVB=0.00512495,-0.0189161;RO=0;SAF=3,50;SAR=2,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0922716,0.00017378;OID=.,.;OPOS=155307335,155307336;OREF=TG,G;OALT=CT,C;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:113:112:0:0:5,102:4,108:0.0357143,0.964286:2,52:3,50:0:0:2,56:2,52:0:0 chr2 157189011 . G C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.939;QD=60.9774;RBI=0.0434139;REFB=0;REVB=-0.00925762;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207579;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 157257361 . G A 871.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438609;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.872;QD=58.0823;RBI=0.0841926;REFB=0;REVB=-0.0718653;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09478e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:61:60:1:38:23:0:0:38:22:0:0 chr2 157406249 . G A 892.37 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0377321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4573;QD=52.4925;RBI=0.0507209;REFB=-0.0972694;REVB=0.0338954;RO=4;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312453;STB=0.516569;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00435904;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:4:4:64:64:0.941176:30:34:1:3:30:34:1:3 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 585.09 PASS AF=0.74359,0.25641;AO=23,10;DP=43;FAO=29,10;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17,6;FSAR=12,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184004,0.0183696;FXX=0.133304;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=190.472,261.934;QD=60.0094;RBI=0.0229445,0.0223925;REFB=0,0;REVB=0.0137068,-0.0128054;RO=0;SAF=11,6;SAR=12,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00698829,0.00822273;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.74359,0.25641:23,10:43:29,10:39:0:17,6:12,4:0:0:70:0:11,6:12,4:0:0 chr2 158155576 . G A 647.64 PASS AF=0.864407;AO=51;DP=59;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00122586;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.282;QD=43.9076;RBI=0.00822278;REFB=-0.198677;REVB=-0.00813089;RO=3;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478193;STB=0.562476;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0030596;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:59:59:3:8:51:51:0.864407:28:23:0:3:28:23:0:8 chr2 158157361 . C T 3146.92 PASS AF=1;AO=201;DP=207;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346028;FXX=0.0330173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.665;QD=61.4033;RBI=0.01175;REFB=0;REVB=0.011229;RO=0;SAF=113;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012358;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:207:205:0:0:201:205:1:88:113:0:0:89:116:0:0 chr2 158178291 . TC T 37.79 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0476684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.66;QD=8.39878;RBI=0.0729341;REFB=-0.0387085;REVB=0.0552005;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.406091;SSSB=0.567703;STB=0.832591;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.0742436;OID=.;OPOS=158178292;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:7:18:7:18:11:5:2:1:10:37:11:5:2:1:10 chr2 158291188 . A C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00630113;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=236.462;QD=44.6066;RBI=0.00667925;REFB=-0.0236755;REVB=0.00221544;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.571357;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00126381;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:15:6:2:0:15:6:2:0 chr2 158386938 . C T 355.93 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00965623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.434;QD=16.555;RBI=0.0361369;REFB=0.000621167;REVB=-0.0348229;RO=48;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145235;STB=0.581354;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000999405;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:19:19:17:31:19:19:17:31 chr2 158390168 . A G 389.01 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0212863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.051;QD=18.7476;RBI=0.054563;REFB=-0.00829026;REVB=0.0502396;RO=43;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145162;STB=0.580838;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00741752;OID=.;OPOS=158390168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:23:17:25:18:23:17:25:18 chr2 158443889 . G A 210.31 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0059515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.515;QD=15.5786;RBI=0.0161234;REFB=-0.00957444;REVB=0.0149848;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25902;STB=0.653492;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00629932;OID=.;OPOS=158443889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:10:14:9:20:10:14:9:21 chr2 158626980 . C T 1021.37 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.17;QD=59.2101;RBI=0.00848508;REFB=0;REVB=0.00702998;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56421e-05;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:65:69:1:43:22:0:0:47:22:0:0 chr2 158636910 . G A 1475.49 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160305;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.647;QD=63.4619;RBI=0.0363628;REFB=0;REVB=0.0326386;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122998;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr2 159166069 . T C 708.36 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7888;QD=62.9651;RBI=0.0959607;REFB=0;REVB=0.0736699;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206088;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:30:14:0:1:31:14:0:0 chr2 159195282 . C T 309.18 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0129537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.101;QD=18.7383;RBI=0.0130684;REFB=-0.0201132;REVB=0.00172801;RO=33;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689493;STB=0.546191;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0156898;OID=.;OPOS=159195282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:14:18:21:12:15:18:21:12 chr2 159196771 . T C 429.48 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=67;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0192911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7352;QD=25.2637;RBI=0.0217914;REFB=-0.00824275;REVB=0.010135;RO=27;SAF=29;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228246;STB=0.614059;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0132415;OID=.;OPOS=159196771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:27:40:41:0.602941:11:29:12:15:12:29:12:15 chr2 159222561 . T C 267.72 PASS AF=0.508772;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0279014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.422;QD=18.7872;RBI=0.027902;REFB=-0.0121417;REVB=-0.000184189;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481927;STB=0.509797;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00932799;OID=.;OPOS=159222561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:27:29:0.508772:13:14:16:12:13:16:16:12 chr2 159537868 . A G 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018987;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.092;QD=60.9979;RBI=0.0517113;REFB=0;REVB=0.0480994;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285298;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr2 159663599 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000719374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.274;QD=52.7695;RBI=0.0200511;REFB=0.0175302;REVB=-0.0200382;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00059515;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:0:1:28:28:0.965517:14:14:0:0:14:14:1:0 chr2 160019863 . A G 670.19 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000954552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5459;QD=62.3429;RBI=0.0696307;REFB=0;REVB=-0.0696242;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441779;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:37:43:1:19:18:0:0:19:24:0:0 chr2 160035207 . T C 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.078;QD=57.1693;RBI=0.0135335;REFB=0;REVB=0.00878379;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90534e-05;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr2 160084473 . A C 126.12 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0284752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3858;QD=10.9671;RBI=0.0521303;REFB=0.010562;REVB=0.0436662;RO=31;SAF=3;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450524;STB=0.770264;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0184464;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:12:3:18:13:12:3:18:13 chr2 160086653 . CA TG 428.3 PASS AF=0.362319;AO=50;DP=140;FAO=50;FDP=138;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0118544;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.112;QD=12.4144;RBI=0.0221388;REFB=-0.0215246;REVB=-0.0186976;RO=88;SAF=32;SAR=18;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122993;STB=0.570364;STBP=0.242;TYPE=mnp;VARB=0.035572;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:88:88:50:50:0.362319:18:32:47:41:18:32:47:41 chr2 160086692 . A G 560.01 PASS AF=0.412903;AO=62;DP=153;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0174395;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.697;QD=14.4518;RBI=0.0177267;REFB=-0.00444406;REVB=-0.00317784;RO=87;SAF=47;SAR=15;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294037;STB=0.666611;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00838221;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:87:91:62:64:0.412903:15:47:44:43:16:48:45:46 chr2 160136337 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.744;QD=56.7066;RBI=0.00638428;REFB=0;REVB=-0.00386865;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15356e-05;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr2 160294779 . T C 94.02 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0199501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.576;QD=10.4468;RBI=0.0209932;REFB=-0.0036649;REVB=0.00653497;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046246;STB=0.527732;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00586121;OID=.;OPOS=160294779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:13:11:6:6:13:11 chr2 160294842 . A G 300.6 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00314872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.18;QD=19.0854;RBI=0.038825;REFB=-0.00996596;REVB=0.0386971;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995253;STB=0.55552;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0048815;OID=.;OPOS=160294842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:12:20:16:15:12:20:16:15 chr2 160604452 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0168721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.827;QD=9.84343;RBI=0.0305695;REFB=0.00106513;REVB=0.0254918;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243796;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:14:6:3:7:14:6 chr2 160604812 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.021251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.526;QD=20.3167;RBI=0.0244239;REFB=-0.0192347;REVB=-0.0120383;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139958;STB=0.518499;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0142184;OID=.;OPOS=160604812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:7:12:11:6:7:12:12:6 chr2 160605268 . T C 591.04 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.439;QD=60.6199;RBI=0.0348659;REFB=0;REVB=0.0220119;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124562;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:29:39:1:16:13:0:0:22:17:0:0 chr2 160639970 . T C 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00269969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.275;QD=21.9988;RBI=0.0345996;REFB=-0.0245958;REVB=0.0344941;RO=23;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729302;STB=0.540512;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0248754;OID=.;OPOS=160639970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:20:9:9:14:20:9:9:14 chr2 160673526 . A G 139.43 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0135041;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5273;QD=25.3513;RBI=0.0503944;REFB=-0.0549458;REVB=0.0485513;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894563;STB=0.57821;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0224777;OID=.;OPOS=160673526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:23:22:6:7:14:15:0.681818:7:7:4:2:8:7:5:2 chr2 160676427 . C A 641.05 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.388;QD=61.0521;RBI=0.0431606;REFB=0;REVB=0.0257236;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713321;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:24:18:0:0 chr2 160710153 . T G 345.33 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0255884;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.009;QD=26.5641;RBI=0.0262429;REFB=-0.0203111;REVB=-0.00582432;RO=19;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217799;STB=0.501193;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00830239;OID=.;OPOS=160710153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:19:19:33:33:0.634615:14:19:11:8:14:19:11:8 chr2 160710922 . T C 2474.79 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.5;QD=61.4855;RBI=0.0252427;REFB=0;REVB=0.0220175;RO=0;SAF=82;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8772e-05;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:79:82:0:0:79:82:0:0 chr2 160711045 . G C 414.26 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.000837748;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.981;QD=18.6182;RBI=0.00103158;REFB=-0.0110996;REVB=-0.000601946;RO=47;SAF=19;SAR=23;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171951;STB=0.595339;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0136991;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:47:47:42:42:0.47191:23:19:13:34:23:19:13:34 chr2 160729005 . C T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0707923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2903;QD=10.9361;RBI=0.0714554;REFB=0.0205759;REVB=0.00971254;RO=34;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254166;STB=0.651867;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.049686;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:5:11:16:18:5:11:16:18 chr2 160737621 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00700927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.958;QD=13.4057;RBI=0.017172;REFB=0.00479004;REVB=-0.0156764;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695922;STB=0.539843;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00860795;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:14:20:12:11:14:20 chr2 160738677 . G A 319.75 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00921931;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.451;QD=18.2715;RBI=0.0136996;REFB=-0.0122449;REVB=-0.0101333;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588706;STB=0.542229;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.011485;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:36:34:34:0.485714:14:20:24:13:14:20:24:12 chr2 160808075 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00477325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.021;QD=18.4987;RBI=0.0121964;REFB=0.003382;REVB=0.0112236;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164849;STB=0.592021;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00344851;OID=.;OPOS=160808075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:9:18:13:14:9:18 chr2 160833188 . A G 1553.4 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.985;QD=58.6187;RBI=0.0203254;REFB=-0.115633;REVB=0.0106976;RO=1;SAF=68;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692711;STB=0.503496;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000369345;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:106:1:1:102:105:0.990566:34:68:1:0:34:71:1:0 chr2 160901517 . A G 296.61 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00174476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4493;QD=15.6111;RBI=0.0287822;REFB=0.0210192;REVB=0.0287293;RO=43;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143145;STB=0.580572;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0240071;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:16:17:16:27:16:17:16:27 chr2 160994348 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0459097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.235;QD=16.3859;RBI=0.0463697;REFB=-0.0328238;REVB=-0.00651514;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157762;STB=0.592997;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0255899;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:3:5:7:2:3:5 chr2 161174693 . C T 67.38 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00615784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.242;QD=13.4768;RBI=0.00646028;REFB=-0.00903708;REVB=0.00195351;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358971;STB=0.705518;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0138893;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:1:10:5:4:1:10 chr2 161253376 . A G 276.59 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0145053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.3;QD=15.8049;RBI=0.014554;REFB=-0.00177925;REVB=-0.00118973;RO=38;SAF=7;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290368;STB=0.619637;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00213231;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:38:39:29:31:0.442857:22:7:19:19:22:9:19:20 chr2 162696414 . C T 538.79 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.048941;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2876;QD=15.7309;RBI=0.0657406;REFB=-0.0301194;REVB=-0.0438932;RO=73;SAF=22;SAR=36;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473926;STB=0.553106;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0427603;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:73:79:58:58:0.423358:36:22:31:42:36:22:37:42 chr2 162821644 . C T 353.34 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00625418;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.774;QD=14.2764;RBI=0.00930063;REFB=-0.0132982;REVB=-0.00688382;RO=59;SAF=12;SAR=28;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144115;STB=0.58198;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0208082;OID=.;OPOS=162821644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:59:59:40:40:0.40404:28:12:25:34:28:12:25:34 chr2 162876768 . G A 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0221741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.68;QD=9.67075;RBI=0.0240783;REFB=0.00149163;REVB=0.00938462;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261295;STB=0.654747;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00696097;OID=.;OPOS=162876768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:9:7:24:12:9:7:24:12 chr2 163005674 . G A 271.79 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0277461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.843;QD=24.1589;RBI=0.0282134;REFB=0.00265056;REVB=0.00511339;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205336;STB=0.613946;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00187203;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:14:6:14:11:14:6 chr2 163078195 . T A 675.21 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0222611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.643;QD=57.4644;RBI=0.0435092;REFB=-0.107011;REVB=0.037383;RO=2;SAF=25;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036096;STB=0.51851;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00239814;OID=.;OPOS=163078195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:43:45:0.957447:18:25:2:0:19:26:2:0 chr2 163080982 . A G 840.47 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2543;QD=56.9808;RBI=0.0309652;REFB=0;REVB=0.0306591;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168653;OID=.;OPOS=163080982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:58:59:1:25:33:0:1:26:33:0:0 chr2 163128824 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.269;QD=62.0196;RBI=0.0682834;REFB=0;REVB=0.0217261;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649264;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr2 163137871 . C G 1713.28 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946496;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2043;QD=60.647;RBI=0.0113154;REFB=0;REVB=-0.006201;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131169;OID=.;OPOS=163137871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:54:57:0:0:54:59:0:0 chr2 163137983 . T C 1861.08 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241485;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3702;QD=61.5233;RBI=0.0450831;REFB=0;REVB=0.0380701;RO=0;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04499e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158485;OID=.;OPOS=163137983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:75:46:0:0:75:46:0:0 chr2 163175656 . A C 128.5 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0063717;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6758;QD=13.1793;RBI=0.011829;REFB=-0.00455467;REVB=0.00996624;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283311;STB=0.677731;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00844282;OID=.;OPOS=163175656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:9:5:15:9:10:5:15:9 chr2 163217272 . GAT AGA,GA 346.01 PASS AF=0,0.402062;AO=4,34;DP=99;FAO=0,39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=0,12;FSAR=0,27;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0127971,0.0211758;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=155.149,153.197;QD=14.2686;RBI=0.0184229,0.0260372;REFB=-0.00970049,-0.0107055;REVB=-0.0132528,-0.0151499;RO=58;SAF=1,11;SAR=3,23;SRF=22;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.140992,-0.0679304;STB=0.5,0.537051;STBP=1,0.575;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0135122;OID=.,.;OPOS=163217272,163217274;OREF=GAT,T;OALT=AGA,-;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:99:97:58:58:4,34:0,39:0,0.402062:3,23:1,11:22:36:0,27:0,12:21:37 chr2 163227849 . C T 158.9 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00789682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.564;QD=11.5565;RBI=0.0110976;REFB=0.0044359;REVB=0.00779722;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551477;STB=0.537276;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00672382;OID=.;OPOS=163227849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:35:19:20:0.363636:11:8:16:18:12:8:16:19 chr2 163256949 . G T 372.93 PASS AF=0.415094;AO=42;DP=104;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0158854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.326;QD=14.073;RBI=0.0172861;REFB=-0.00493945;REVB=0.00681644;RO=62;SAF=26;SAR=16;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144835;STB=0.57719;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00909955;OID=.;OPOS=163256949;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:62:62:42:44:0.415094:16:26:30:32:17:27:30:32 chr2 163291981 . G A 248.3 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.112136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4578;QD=21.5911;RBI=0.112722;REFB=-0.0313864;REVB=-0.011479;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508788;STB=0.517227;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0223162;OID=.;OPOS=163291981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:19:22:24:24:0.521739:15:9:6:13:15:9:9:13 chr2 163353469 . T C 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00421116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8983;QD=11.5764;RBI=0.00617928;REFB=0.0133314;REVB=0.00452213;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357888;STB=0.502073;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0204239;OID=.;OPOS=163353469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:21:19:11:12:21:19 chr2 164145582 . C A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0187839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.438;QD=12.8689;RBI=0.0187895;REFB=-0.0146827;REVB=0.000461244;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107964;STB=0.563643;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0239704;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:7:9:5:6:7:9 chr2 164465716 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0150719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.714;QD=12.7388;RBI=0.0256495;REFB=-0.00118999;REVB=-0.0207541;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119124;STB=0.571247;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000757204;OID=.;OPOS=164465716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:5:5:3:5:5:5 chr2 165578959 . T C 303.85 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00572742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.19;QD=17.3628;RBI=0.0487022;REFB=0.000257651;REVB=-0.0483642;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838554;STB=0.535692;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000650028;OID=.;OPOS=165578959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:37:32:33:0.471429:20:12:17:20:20:13:17:20 chr2 165586466 . T C 456.86 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00304111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.6636;QD=16.7656;RBI=0.00879149;REFB=0.00167545;REVB=0.00824875;RO=55;SAF=29;SAR=21;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331968;STB=0.51144;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00266825;OID=.;OPOS=165586466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:55:59:50:50:0.458716:21:29:30:25:21:29:33:26 chr2 165657066 . T C 250.93 PASS AF=0.510638;AO=22;DP=45;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0364744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.834;QD=21.3555;RBI=0.037903;REFB=-0.0160084;REVB=0.0103079;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138886;STB=0.593562;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0132861;OID=.;OPOS=165657066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:23:23:22:24:0.510638:10:12:9:14:10:14:9:14 chr2 165657096 . G C 244.67 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0145412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.39;QD=23.302;RBI=0.0159126;REFB=-0.0143138;REVB=0.00646257;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181085;STB=0.588401;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0209852;OID=.;OPOS=165657096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:10:13:6:12:10:13:7:12 chr2 165987772 . T G 347.81 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00687143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.715;QD=14.8005;RBI=0.0109974;REFB=-0.00944258;REVB=-0.00858642;RO=54;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130078;STB=0.584701;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0153422;OID=.;OPOS=165987772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:56:38:38:0.404255:15:23:26:28:15:23:26:30 chr2 165996107 . T A 1385.47 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871859;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.122;QD=62.2684;RBI=0.0884928;REFB=0;REVB=0.0151523;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254486;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:45:42:0:0:47:42:0:0 chr2 166003479 . G A 172.75 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.018981;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3801;QD=14.102;RBI=0.0232542;REFB=-0.0189717;REVB=-0.0134344;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176753;STB=0.568893;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0218564;OID=.;OPOS=166003479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:16:14:11:8:16:14 chr2 166170127 . T C 2319.99 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0888;QD=61.0523;RBI=0.0403261;REFB=0;REVB=0.0374522;RO=0;SAF=69;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196581;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:83:69:0:0:83:69:0:0 chr2 166248047 . G A 839.5 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00767655;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.135;QD=57.8966;RBI=0.024218;REFB=0;REVB=0.0229691;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195325;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr2 166535918 . C T 579.73 PASS AF=0.517544;AO=58;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0124579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9764;QD=20.3413;RBI=0.0274501;REFB=-0.0163725;REVB=0.0244603;RO=55;SAF=26;SAR=32;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101766;STB=0.551052;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0177864;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:58:59:0.517544:32:26:31:24:32:27:31:24 chr2 166605010 . A T 224.82 PASS AF=0.522727;AO=21;DP=42;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0160933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.197;QD=20.4382;RBI=0.0225886;REFB=-0.0344289;REVB=-0.0158509;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2965;STB=0.651035;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0236516;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:19:21:21:23:0.522727:14:7:13:6:14:9:15:6 chr2 166618262 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0248499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.463;QD=15.6254;RBI=0.0248505;REFB=-0.00261139;REVB=0.000178531;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209054;STB=0.621274;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00445822;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:5:14:15:12:5:14:15:12 chr2 166770120 . A G 395.68 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0175871;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8601;QD=15.6704;RBI=0.0231893;REFB=0.00503078;REVB=0.0151141;RO=56;SAF=17;SAR=27;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682332;STB=0.50413;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000301284;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:56:44:45:0.445545:27:17:22:34:27:18:22:34 chr2 166773971 . G A 96.21 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0147979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5565;QD=12.0265;RBI=0.016702;REFB=-0.00763682;REVB=-0.0077447;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195799;STB=0.511608;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0166709;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:13:7:4:8:13:7 chr2 166788336 . T C 1206.13 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000771059;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.368;QD=58.8357;RBI=0.038028;REFB=-0.207022;REVB=0.0380202;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.510867;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00156107;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:0:2:79:80:0.97561:44:35:0:0:45:35:0:2 chr2 166797646 . C T 361.23 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0282515;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.273;QD=19.7932;RBI=0.037269;REFB=-0.0207251;REVB=0.024307;RO=36;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360892;STB=0.520049;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0212658;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:36:36:37:37:0.506849:17:20:18:18:17:20:18:18 chr2 166810159 . C T 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00397248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.561;QD=35.274;RBI=0.120445;REFB=-0.0171658;REVB=0.120379;RO=5;SAF=16;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124212;STB=0.567503;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00538566;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:3:16:5:0:3:16:5:0 chr2 166810161 . G A 258.39 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00489119;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0317;QD=36.9124;RBI=0.0660679;REFB=-0.0621831;REVB=0.0658866;RO=4;SAF=19;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644207;STB=0.513501;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0413288;OID=.;OPOS=166810161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:4:6:22:22:0.785714:3:19:3:1:3:19:5:1 chr2 166892788 . C T 306.4 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0306438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.475;QD=15.7128;RBI=0.0306714;REFB=-0.0549116;REVB=-0.0013005;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151978;STB=0.560941;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0371001;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:42:44:33:34:0.435897:17:16:14:28:18:16:16:28 chr2 166897864 . A G 372.21 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.00731179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3129;QD=12.2036;RBI=0.0322954;REFB=-0.00670543;REVB=0.0314568;RO=77;SAF=20;SAR=25;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167969;STB=0.595626;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00899944;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:77:45:45:0.368852:25:20:46:31:25:20:46:31 chr2 166903445 . T C 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.020456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8593;QD=20.2395;RBI=0.0246591;REFB=0.0182686;REVB=0.0137704;RO=48;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105301;STB=0.558364;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0274791;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:21:26:21:27:21:26:21:27 chr2 167099158 . A G 231.93 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00782033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.656;QD=14.7254;RBI=0.00817399;REFB=-0.0162838;REVB=-0.00237834;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19383;STB=0.609677;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0219558;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:23:13:15:12:23:13 chr2 167144974 . A T 521.76 PASS AF=0.519231;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00928146;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3579;QD=20.0676;RBI=0.0486722;REFB=-0.0445531;REVB=-0.0477791;RO=50;SAF=18;SAR=35;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200294;STB=0.602967;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0407104;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:50:50:53:54:0.519231:35:18:28:22:35:19:28:22 chr2 167144995 . T C 519.06 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00574369;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.199;QD=19.4041;RBI=0.0266668;REFB=-0.0152128;REVB=0.0260409;RO=53;SAF=21;SAR=33;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765328;STB=0.542321;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0139468;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:53:53:54:54:0.504673:33:21:25:28:33:21:25:28 chr2 167145142 . A G 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.00620279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.17;QD=10.2705;RBI=0.0140056;REFB=-0.00602261;REVB=-0.0125571;RO=35;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119481;STB=0.570488;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.01785;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:11:5:8:27:11:5:8:27 chr2 167163043 . T C 376.47 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.0151119;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7592;QD=18.3644;RBI=0.0230863;REFB=-0.0106677;REVB=0.017453;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220382;STB=0.622108;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0134379;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:39:39:0.47561:19:20:32:11:19:20:32:11 chr2 167168093 . C T 2121.66 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000926252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.419;QD=62.864;RBI=0.0117054;REFB=0;REVB=0.0116687;RO=0;SAF=53;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26256e-05;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:82:53:0:0:82:53:0:0 chr2 167262088 . T G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0127418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.907;QD=20.5464;RBI=0.0217735;REFB=0.00200242;REVB=0.0176559;RO=22;SAF=19;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393685;STB=0.726226;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0030336;OID=.;OPOS=167262088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:3:19:12:10:3:19:12:10 chr2 167262353 . C G 593.62 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0183129;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4753;QD=20.2947;RBI=0.0279496;REFB=-0.0293096;REVB=0.0211144;RO=56;SAF=18;SAR=42;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109583;STB=0.566451;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0253724;OID=.;OPOS=167262353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:56:57:60:60:0.512821:42:18:23:33:42:18:24:33 chr2 167266344 . G A 469.25 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000512995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.976;QD=18.5842;RBI=0.0364797;REFB=0.00144647;REVB=-0.036476;RO=51;SAF=31;SAR=18;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15282;STB=0.590194;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00148251;OID=.;OPOS=167266344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:52:49:49:0.485149:18:31:24:27:18:31:24:28 chr2 167279922 . C A 695.77 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0370346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6073;QD=60.5016;RBI=0.0658338;REFB=-0.108935;REVB=-0.0544291;RO=1;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140319;STB=0.507459;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00962156;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:33:12:0:1:33:12:0:1 chr2 167298016 . G A 153.54 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0377671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.611;QD=13.9578;RBI=0.043343;REFB=-0.00867523;REVB=-0.0212666;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455323;STB=0.526432;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00658703;OID=.;OPOS=167298016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:17:10:7:10:17:10 chr2 167334085 . G T 1599.26 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.005;QD=59.7853;RBI=0.0216907;REFB=0;REVB=0.0173625;RO=0;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131112;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:63:43:0:0:64:43:0:0 chr2 168041087 . C T 330.98 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0207322;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.692;QD=13.3727;RBI=0.0216138;REFB=-0.00564152;REVB=-0.00611013;RO=61;SAF=22;SAR=15;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777044;STB=0.539856;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0104022;OID=.;OPOS=168041087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:62:37:37:0.373737:15:22:32:29:15:22:33:29 chr2 168099738 . T C 173.71 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0595687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1093;QD=12.8677;RBI=0.0610336;REFB=-0.0228352;REVB=0.013292;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137033;STB=0.578874;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0267612;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:11:10:20:13:11:10:20:13 chr2 168099775 . C G 115.63 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00213969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.519;QD=11.0121;RBI=0.00999194;REFB=-0.0171189;REVB=0.00976015;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160611;STB=0.595107;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0220454;OID=.;OPOS=168099775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:18:10:7:7:18:10 chr2 168099796 . T C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00928275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.781;QD=11.6667;RBI=0.0218832;REFB=0.00211242;REVB=-0.0198168;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120419;STB=0.571327;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0119961;OID=.;OPOS=168099796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:14:12:8:6:14:12 chr2 168103304 . G A 335.83 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0297966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.317;QD=14.6012;RBI=0.0307829;REFB=-0.00704229;REVB=0.00773004;RO=54;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798189;STB=0.549322;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00981904;OID=.;OPOS=168103304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:55:37:37:0.402174:22:15:18:36:22:15:18:37 chr2 168103863 . G A 334.88 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0868112;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.088;QD=32.6711;RBI=0.0868174;REFB=-0.0381199;REVB=0.0010365;RO=13;SAF=11;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524082;STB=0.52863;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0176955;OID=.;OPOS=168103863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:13:13:28:28:0.682927:17:11:4:9:17:11:4:9 chr2 168103925 . A G 181.49 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0236711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8912;QD=24.1982;RBI=0.0255204;REFB=-0.0249704;REVB=-0.00953786;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166926;OID=.;OPOS=168103925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:4:8:12:6:4:8 chr2 168104199 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00556291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.479;QD=20.2738;RBI=0.0176749;REFB=-0.0128112;REVB=-0.0167767;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11363;STB=0.564257;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0193754;OID=.;OPOS=168104199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:14:10:7:16:14:10 chr2 168104370 . A C 354.53 PASS AF=0.513514;AO=34;DP=72;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0235665;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.237;QD=19.1635;RBI=0.0307485;REFB=-0.0251005;REVB=-0.0197507;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557845;STB=0.513506;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.028344;OID=.;OPOS=168104370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:38:36:34:38:0.513514:19:15:19:19:19:19:19:17 chr2 168104627 . G A 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.01668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.458;QD=16.4231;RBI=0.0170299;REFB=-0.00499587;REVB=-0.00343422;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.006715;OID=.;OPOS=168104627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:5:6:6:5:5:6 chr2 168104988 . G T 275.87 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00867166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.6;QD=25.6619;RBI=0.0165129;REFB=-0.0096833;REVB=-0.0140527;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118729;STB=0.584546;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00853548;OID=.;OPOS=168104988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:24:25:0.581395:15:9:9:8:16:9:10:8 chr2 168106085 . G A 59.32 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0101077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9499;QD=15.8198;RBI=0.0408829;REFB=-0.0317579;REVB=-0.0396137;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0332217;OID=.;OPOS=168106085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:3:4:6:2:3:4 chr2 168106246 . G A 222.88 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00509622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.759;QD=18.9681;RBI=0.0129009;REFB=0.00105642;REVB=-0.0118517;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240293;STB=0.513606;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.000724953;OID=.;OPOS=168106246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:13:12:10:12:13:12 chr2 168107155 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0675948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.167;QD=10.0752;RBI=0.0797004;REFB=-0.000898396;REVB=-0.0422267;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34871;STB=0.713729;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000306139;OID=.;OPOS=168107155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:6:8:2:6:6:8 chr2 168107491 . A G 124.05 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0123941;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8994;QD=8.70508;RBI=0.020882;REFB=5.15266e-05;REVB=-0.016806;RO=39;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14745;STB=0.596594;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000978388;OID=.;OPOS=168107491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:39:40:17:17:0.298246:10:7:21:18:10:7:22:18 chr2 168107851 . C A 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0166699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.683;QD=16.8939;RBI=0.0206878;REFB=-0.00852228;REVB=-0.0122514;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00912587;OID=.;OPOS=168107851;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:5:4:5:5:5:4 chr2 168115710 . T G 112.3 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00895215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0045;QD=7.74449;RBI=0.0462306;REFB=0.00373938;REVB=-0.0453556;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219963;STB=0.624844;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0136627;OID=.;OPOS=168115710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:41:42:16:16:0.275862:6:10:18:23:6:10:19:23 chr2 168115769 . G C 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0364133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.218;QD=10.9728;RBI=0.0535972;REFB=0.00172505;REVB=0.0393285;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230414;STB=0.638514;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000784002;OID=.;OPOS=168115769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:11:4:14:17:11:4:14:17 chr2 168115797 . G C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0816667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.005;QD=13.2121;RBI=0.0816671;REFB=-0.0139978;REVB=0.000275334;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942026;STB=0.555473;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0311784;OID=.;OPOS=168115797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:8:14:10:4:8:14 chr2 168116187 . C A 180.98 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0148471;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.751;QD=12.9273;RBI=0.0473134;REFB=-0.0122317;REVB=0.0449236;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345868;STB=0.526667;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.017556;OID=.;OPOS=168116187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:34:22:22:0.392857:8:14:22:11:8:14:23:11 chr2 168116189 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0152264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7626;QD=13.4055;RBI=0.048329;REFB=-0.0123018;REVB=-0.0458678;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755988;STB=0.543193;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0105997;OID=.;OPOS=168116189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:9:14:23:11:9:14:23:11 chr2 168726659 . A C 459.84 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=8.3241e-05;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9051;QD=14.0408;RBI=0.0332074;REFB=-0.0167657;REVB=0.0332073;RO=76;SAF=25;SAR=27;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341105;STB=0.515413;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0209096;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:76:79:52:52:0.396947:27:25:39:37:27:25:40:39 chr2 169462973 . C T 586.15 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00870694;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6415;QD=19.7024;RBI=0.0450517;REFB=-0.0333555;REVB=-0.0442023;RO=60;SAF=21;SAR=38;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750288;STB=0.538676;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0288294;OID=.;OPOS=169462973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:59:59:60:0.504202:38:21:26:34:38:22:26:33 chr2 169681151 . C T 977.19 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0396264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4177;QD=57.4816;RBI=0.0651803;REFB=-0.164317;REVB=-0.0517515;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154888;STB=0.506847;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00199424;OID=.;OPOS=169681151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:30:36:0:1:31:36:1:0 chr2 169707455 . T C 599.24 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00225475;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.666;QD=25.2312;RBI=0.0091499;REFB=-0.00942389;REVB=0.00886774;RO=41;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18211;STB=0.599577;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00685702;OID=.;OPOS=169707455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:41:41:54:54:0.568421:31:23:27:14:31:23:27:14 chr2 169721377 . G A 546.1 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0330414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1258;QD=53.2784;RBI=0.0573583;REFB=-0.0103349;REVB=0.0468854;RO=3;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385647;STB=0.520628;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00151062;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:23:15:2:1:23:15:2:1 chr2 169721381 . A G 61.55 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0175469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.595;QD=6.00492;RBI=0.0203005;REFB=-0.00263869;REVB=0.0102086;RO=32;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408318;STB=0.757068;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00785116;OID=.;OPOS=169721381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:41:32:32:9:9:0.219512:3:6:10:22:3:6:10:22 chr2 169869901 . A G 303.66 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0118412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.149;QD=19.5913;RBI=0.0429295;REFB=-0.0191175;REVB=-0.0412641;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773328;STB=0.546172;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0113766;OID=.;OPOS=169869901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:26:30:32:32:0.516129:13:19:13:13:13:19:15:15 chr2 169870882 . A G 200.34 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00807111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3026;QD=13.5826;RBI=0.0238292;REFB=-0.00931913;REVB=-0.0224207;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175093;STB=0.591473;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0076034;OID=.;OPOS=169870882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:10:14:14:20:10:14:15:20 chr2 169938087 . G A 33.02 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00977333;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.6896;QD=3.38627;RBI=0.0247421;REFB=-0.00927145;REVB=-0.02273;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474883;STB=0.839223;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0694107;OID=.;OPOS=169938087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:30:33:6:6:0.153846:1:5:13:17:1:5:14:19 chr2 170053505 . C T 177.48 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0392583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.903;QD=21.5121;RBI=0.0402974;REFB=-0.0130873;REVB=-0.0090921;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226244;STB=0.628102;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00913465;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:7:8:5:13:7:8 chr2 170092395 . A G 397.06 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0235691;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8124;QD=17.4531;RBI=0.033221;REFB=-0.0107993;REVB=0.0234122;RO=49;SAF=11;SAR=29;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192152;STB=0.590373;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0290239;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:50:40:41:0.450549:29:11:22:27:29:12:22:28 chr2 170099473 . T C 152.78 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00542805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9651;QD=11.9823;RBI=0.0328895;REFB=-0.0281211;REVB=0.0324385;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728302;STB=0.542808;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0516516;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:12:6:13:20:12:6:13:20 chr2 170103336 . T C 509.44 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=147;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0130767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.059;QD=13.7688;RBI=0.0135481;REFB=-0.00956453;REVB=-0.00354259;RO=90;SAF=26;SAR=31;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863676;STB=0.544651;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0148615;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:90:91:57:57:0.385135:31:26:34:56:31:26:35:56 chr2 170103351 . G T 453.5 PASS AF=0.373239;AO=50;DP=141;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0109006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1285;QD=12.7747;RBI=0.0345914;REFB=-0.0232005;REVB=0.032829;RO=90;SAF=20;SAR=30;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501945;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0496602;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:90:89:50:53:0.373239:30:20:36:54:32:21:35:54 chr2 170103471 . C T 389.04 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.000268725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.858;QD=18.7489;RBI=0.00691067;REFB=-0.0101906;REVB=-0.00690544;RO=42;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018338;STB=0.515144;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0139304;OID=.;OPOS=170103471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:24:16:16:26:24:16:16:27 chr2 170115588 . T C 180.87 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0274468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.103;QD=12.9195;RBI=0.0285105;REFB=-0.00715715;REVB=-0.00771509;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969754;STB=0.55587;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0117394;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:13:9:17:17:13:9:17:17 chr2 170129528 . G A 754.33 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8316;QD=54.8604;RBI=0.018741;REFB=0.00477087;REVB=-0.014193;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.507689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000384019;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:22:32:1:0:22:32:1:0 chr2 170150671 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0356858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6938;QD=11.1041;RBI=0.0360482;REFB=0.00569616;REVB=0.00509842;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.635955;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00942488;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:5:5:2:5:5:5 chr2 170175334 . T C 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00815366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.022;QD=13.4911;RBI=0.00901378;REFB=-0.00844295;REVB=0.00384267;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834442;STB=0.547455;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.015108;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:18:12:15:31:18:12:15:31 chr2 170218847 . C G 409.24 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.149;QD=52.8052;RBI=0.0551904;REFB=-0.0809446;REVB=0.0247631;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00217538;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:16:13:1:0:17:13:1:0 chr2 170403030 . T C 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0202191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.348;QD=16.923;RBI=0.0202207;REFB=0.000763842;REVB=-0.000247474;RO=40;SAF=8;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243199;STB=0.637648;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.000858156;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:26:8:18:22:26:8:18:22 chr2 170411693 . T C 330.27 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0429112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.122;QD=50.811;RBI=0.0433897;REFB=0.0101824;REVB=0.00642586;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.526294;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000362568;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:1:0:16:9:1:0 chr2 170493253 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00483435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.348;QD=15.3791;RBI=0.00664589;REFB=-0.000974532;REVB=0.00456036;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198033;STB=0.624819;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00144081;OID=.;OPOS=170493253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:2:11:8:4:2:12 chr2 170558040 . G C 202.57 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0177474;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9129;QD=12.0936;RBI=0.0181591;REFB=-0.0250863;REVB=-0.00384479;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390913;STB=0.522516;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.041057;OID=.;OPOS=170558040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:14:11:17:25:14:11:17:25 chr2 170605981 . C T 849.35 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3253;QD=57.5833;RBI=0.0381172;REFB=0;REVB=0.0206842;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119459;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:22:37:0:0 chr2 170672843 . G A 323.56 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6825;QD=53.9269;RBI=0.0480438;REFB=0;REVB=0.0103626;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590421;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr2 170762566 . A T 583.39 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0610931;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2829;QD=55.5611;RBI=0.0611333;REFB=-0.0938368;REVB=-0.00221746;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.504948;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00822738;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:16:24:1:0:16:24:1:1 chr2 170917648 . A G 542.17 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.522;QD=57.0702;RBI=0.073549;REFB=0;REVB=0.0273552;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256368;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:1:0:36:38:1:25:11:1:0:26:12:0:0 chr2 170938659 . G A 246.65 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.777;QD=46.9804;RBI=0.0309259;REFB=-0.143998;REVB=0.0277209;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00674737;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:10:10:0:0:10:10:0:1 chr2 170976590 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.492;QD=53.2756;RBI=0.08403;REFB=0;REVB=-0.0121168;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256347;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr2 171055772 . A G 138.14 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0493548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6737;QD=19.7346;RBI=0.104876;REFB=-0.0250216;REVB=0.0925364;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175965;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0266321;OID=.;OPOS=171055772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:5:8:6:9:5:8 chr2 171070912 . T C 316.79 PASS AF=0.4375;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0103085;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.245;QD=15.8396;RBI=0.0103311;REFB=-0.0186141;REVB=0.000682121;RO=44;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186819;STB=0.62246;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.022332;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:33:35:0.4375:12:21:20:24:12:23:20:25 chr2 171073887 . G A 296.99 PASS AF=0.353535;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00659685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.457;QD=11.9996;RBI=0.00662213;REFB=-0.0103977;REVB=0.000578146;RO=62;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456396;STB=0.526301;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0168822;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:62:64:34:35:0.353535:20:14:28:34:20:15:30:34 chr2 171225841 . A G 595.0 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=97;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0140126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1691;QD=24.0405;RBI=0.0251595;REFB=-0.013005;REVB=0.0208961;RO=43;SAF=29;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394285;STB=0.520288;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0175794;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:43:44:54:55:0.555556:25:29:21:22:25:30:22:22 chr2 171240249 . C T 327.57 PASS AF=0.393617;AO=35;DP=93;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.014206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0205;QD=13.9391;RBI=0.0482791;REFB=-0.018538;REVB=-0.0461418;RO=57;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196211;STB=0.593358;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0164945;OID=.;OPOS=171240249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:57:57:35:37:0.393617:17:18:19:38:19:18:19:38 chr2 171260787 . G A 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00250152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8386;QD=17.6831;RBI=0.0353019;REFB=-0.000963621;REVB=0.0352132;RO=26;SAF=16;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173955;STB=0.599898;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00218918;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:5:16:16:10:5:16:16:10 chr2 171260797 . A G 205.66 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0276453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0998;QD=17.5028;RBI=0.0318718;REFB=-0.0240185;REVB=0.0158603;RO=26;SAF=15;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117312;STB=0.53953;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0414261;OID=.;OPOS=171260797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:5:15:17:9:6:15:17:9 chr2 171260820 . T C 320.39 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.000395458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.975;QD=27.2676;RBI=0.0317483;REFB=0.00736058;REVB=0.0317458;RO=19;SAF=22;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102583;STB=0.556919;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00430545;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:6:22:13:6:6:22:13:6 chr2 171355198 . A G 296.54 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.765;QD=47.4456;RBI=0.0402905;REFB=-0.161502;REVB=0.018097;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00263793;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:23:24:0.96:10:13:0:0:10:14:1:0 chr2 171356273 . AG AA,A 1490.68 PASS AF=0.989899,0.010101;AO=82,10;DP=100;FAO=98,1;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=55,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245979,0.0466958;FXX=0.009999;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=29.6843,18.5181;QD=60.2293;RBI=0.04217,0.067157;REFB=0,0;REVB=0.0342527,-0.0482656;RO=0;SAF=37,2;SAR=45,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.416667;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00785584,-0.180102;OID=.,.;OPOS=171356274,171356274;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.989899,0.010101:82,10:100:98,1:99:0:43,0:55,1:0:0:3:0:37,2:45,8:0:0 chr2 171570151 . C T 357.57 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00535882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5796;QD=19.5926;RBI=0.0359153;REFB=-0.019752;REVB=-0.0355132;RO=36;SAF=9;SAR=28;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284667;STB=0.659285;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0148426;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:28:9:19:17:28:9:19:17 chr2 171570749 . A C 97.19 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0130086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7909;QD=12.9593;RBI=0.0560268;REFB=0.00833077;REVB=0.0544956;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857139;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0133659;OID=.;OPOS=171570749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:9:9:5:7:9:9 chr2 171678625 . T C 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00544038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.48;QD=29.0279;RBI=0.0223594;REFB=-0.0418016;REVB=-0.0216874;RO=7;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268514;STB=0.63143;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0387913;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:7:8:18:18:0.692308:6:12:1:6:6:12:2:6 chr2 171786388 . CG C 70.72 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0609627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.0474;QD=7.25354;RBI=0.0610898;REFB=-0.0155227;REVB=-0.00393768;RO=25;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.490196;SSSB=-0.320652;STB=0.755393;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.0293031;OID=.;OPOS=171786389;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:39:13:39:26:1:12:7:19:70:25:1:8:7:18 chr2 171822466 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.91;QD=53.2771;RBI=0.0413736;REFB=0;REVB=0.0294897;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160114;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr2 171822576 . C T 189.87 PASS AF=0.47619;AO=17;DP=39;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0178939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.9226;QD=18.0828;RBI=0.113343;REFB=-0.0160194;REVB=0.111922;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089133;STB=0.545655;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0246283;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:22:22:17:20:0.47619:11:6:6:16:13:7:6:16 chr2 171850329 . T G 135.86 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00725772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.618;QD=9.70395;RBI=0.0132154;REFB=-0.0074154;REVB=-0.0110442;RO=38;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182893;STB=0.609247;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0138016;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:13:5:16:22:13:5:16:22 chr2 171916495 . C A 252.38 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0705014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1426;QD=21.0315;RBI=0.0707764;REFB=0.0107889;REVB=0.00623328;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237824;STB=0.634211;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00926899;OID=.;OPOS=171916495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:17:7:13:11:17:7:13:11 chr2 172174150 . AA GC 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492488;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.442;QD=47.8224;RBI=0.0222119;REFB=0;REVB=0.021659;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000228378;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 172180771 . A G 1492.25 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.848;QD=63.4999;RBI=0.0222278;REFB=0;REVB=0.0214101;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65474e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:51:42:0:0:51:43:0:0 chr2 172291616 . C T 709.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.293;QD=63.0301;RBI=0.00810914;REFB=0;REVB=0.00358198;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30437e-06;OID=.;OPOS=172291616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:22:23:0:0 chr2 172329458 . G T 683.44 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.27;QD=62.1309;RBI=0.0335813;REFB=0;REVB=0.00872124;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157669;OID=.;OPOS=172329458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:28:16:0:0 chr2 172330393 . A G 763.65 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00105767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6434;QD=63.6378;RBI=0.0226771;REFB=0;REVB=0.0226524;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232289;OID=.;OPOS=172330393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr2 172378818 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0402424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2543;QD=13.4557;RBI=0.0462664;REFB=-0.0219572;REVB=-0.0228282;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.013009;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:7:4:8:6:7:4:9:6 chr2 172379781 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00515827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.4;QD=17.5011;RBI=0.00954776;REFB=-0.0231268;REVB=0.00803443;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10436;STB=0.558694;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0189239;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:13:15:11:15:13:15 chr2 172671686 . G T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0264748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6174;QD=8.81098;RBI=0.0264751;REFB=-0.00337403;REVB=-0.000129235;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00857912;OID=.;OPOS=172671686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr2 172693780 . G A 143.23 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0450894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0867;QD=14.6906;RBI=0.0542612;REFB=-0.0106116;REVB=0.0301865;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11135;STB=0.56513;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0231657;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:13:3:6:17:13:3:6:17 chr2 172709215 . G C 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.073;QD=49.5899;RBI=0.0137699;REFB=0;REVB=-0.00312892;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81967e-05;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr2 172725301 . A G 596.8 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781901;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.442;QD=61.2107;RBI=0.00818112;REFB=0;REVB=-0.00240704;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901895;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 172841178 . GGA G,GG 45.22 PASS AF=0.238095,0.238095;AO=3,4;DP=24;FAO=5,5;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2,4;FSAR=3,1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.096453,0.0298603;FXX=0.0869187;HRUN=3,5;LEN=2,1;MLLD=17.8248,11.7916;QD=8.61381;RBI=0.104399,0.0305679;REFB=-0.0600536,-0.110771;REVB=-0.0399508,-0.00653894;RO=14;SAF=1,2;SAR=2,2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.165041,0.338044;STB=0.594243,0.835974;STBP=0.676,0.098;TYPE=del,del;VARB=0.160515,0.173105;OID=.,.;OPOS=172841179,172841180;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.238095,0.238095:3,4:24:5,5:21:11:2,4:3,1:3:8:23:14:1,2:2,2:3:11 chr2 172926226 . G T 321.03 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0104691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3201;QD=47.5595;RBI=0.0339698;REFB=-0.0361884;REVB=-0.0323164;RO=2;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712357;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0160842;OID=.;OPOS=172926226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:27:2:2:25:25:0.925926:13:12:2:0:13:12:2:0 chr2 172964638 . C A 254.67 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.028;QD=50.934;RBI=0.00649222;REFB=0;REVB=0.00638065;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16982e-06;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr2 172966250 . T C 428.56 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0134786;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.902;QD=21.9777;RBI=0.0182211;REFB=0.0041209;REVB=0.0122611;RO=36;SAF=24;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129441;STB=0.571395;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00253709;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:36:36:42:42:0.538462:18:24:15:21:18:24:15:21 chr2 173352103 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0230314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.596;QD=12.8685;RBI=0.0307914;REFB=-0.0222206;REVB=-0.0204368;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304135;STB=0.680509;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0342348;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:9:7:8:3:9:7 chr2 173352157 . A T 226.28 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0209221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4813;QD=20.5705;RBI=0.0266293;REFB=-0.0290689;REVB=0.0164738;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980337;STB=0.525677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0317944;OID=.;OPOS=173352157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:21:22:0.5:6:15:13:8:7:15:14:8 chr2 173686663 . G T 593.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.607;QD=60.839;RBI=0.0512648;REFB=0;REVB=0.0512044;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141286;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr2 173917425 . G A 714.95 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6204;QD=60.8469;RBI=0.0333145;REFB=-0.0115436;REVB=-0.0279874;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00194198;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:1:0:27:19:1:0 chr2 174068513 . G C 880.91 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122727;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8917;QD=57.7647;RBI=0.0276802;REFB=0;REVB=0.0248107;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409802;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:22:38:0:0:23:38:0:0 chr2 174091088 . T C 1133.37 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6966;QD=60.4464;RBI=0.0125547;REFB=0;REVB=0.00876258;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77561e-07;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:24:50:0:0:24:51:0:0 chr2 174097106 . A G 626.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000879754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.124;QD=61.104;RBI=0.0236571;REFB=0;REVB=0.0236407;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01853e-05;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:18:21:0:0:19:22:0:0 chr2 174103160 . T C 835.45 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=64;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00483628;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2984;QD=53.0446;RBI=0.00916268;REFB=-0.130311;REVB=-0.00778236;RO=2;SAF=19;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471013;STB=0.534872;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00139855;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:63:2:3:59:60:0.952381:40:19:2:0:40:20:3:0 chr2 174128513 . C T 186.95 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0687393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9606;QD=27.696;RBI=0.0883397;REFB=-0.128366;REVB=0.055487;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202066;STB=0.601706;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0612512;OID=.;OPOS=174128513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:26:27:9:9:17:18:0.666667:10:7:1:8:11:7:1:8 chr2 174232845 . T C 199.41 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0234585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8882;QD=15.6404;RBI=0.0237936;REFB=-0.0199433;REVB=-0.00397934;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534818;STB=0.538284;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0251842;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:29:22:22:0.431373:9:13:18:10:9:13:19:10 chr2 174939984 . G A 35.97 PASS AF=0.714286;AO=2;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00338993;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=226.573;QD=20.5522;RBI=0.0647399;REFB=-0.043769;REVB=-0.0646511;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00827011;OID=.;OPOS=174939984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:2:5:0.714286:0:2:0:0:2:3:1:0 chr2 175201299 . C G 363.86 PASS AF=0.421569;AO=35;DP=94;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.00307468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.404;QD=14.269;RBI=0.0253548;REFB=-0.0258307;REVB=0.0251677;RO=58;SAF=19;SAR=16;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918951;STB=0.505492;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0273572;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:102:58:59:35:43:0.421569:16:19:31:27:20:23:31:28 chr2 175287778 . G A 253.17 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0230796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.466;QD=21.0977;RBI=0.0297818;REFB=0.00625763;REVB=0.0188226;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794133;STB=0.542218;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00478447;OID=.;OPOS=175287778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:24:23:24:0.5:14:9:11:12:14:10:12:12 chr2 175300997 . G A 630.95 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00241441;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.87;QD=24.988;RBI=0.00640237;REFB=-0.0036953;REVB=-0.00592967;RO=41;SAF=27;SAR=33;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825046;STB=0.544889;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00178139;OID=.;OPOS=175300997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:41:41:60:60:0.594059:33:27:14:27:33:27:14:27 chr2 175424779 . T G 387.87 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137017;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.571;QD=53.4999;RBI=0.0207455;REFB=0.00866896;REVB=0.0155768;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000289455;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:19:9:1:0:19:9:1:0 chr2 175425476 . G A 429.18 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.84;QD=57.224;RBI=0.0116733;REFB=0;REVB=0.00417428;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42459e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr2 175426274 . C G 841.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115871;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.345;QD=58.0679;RBI=0.0463241;REFB=0;REVB=0.0448516;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179055;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr2 175436940 . G A 419.29 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.036;QD=54.1015;RBI=0.0676353;REFB=-0.0856605;REVB=0.0572524;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00129653;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:0:1:30:30:0.967742:12:18:0:0:12:18:0:1 chr2 176032376 . G A 623.02 PASS AF=0.512195;AO=60;DP=119;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0283426;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4511;QD=20.2609;RBI=0.0309978;REFB=-0.0244964;REVB=-0.0125524;RO=57;SAF=27;SAR=33;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830381;STB=0.543464;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0332069;OID=.;OPOS=176032376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:57:60:60:63:0.512195:33:27:31:26:35:28:32:28 chr2 176866967 . C T 149.55 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00206204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5719;QD=18.6931;RBI=0.0395426;REFB=-0.0396658;REVB=0.0394888;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176662;STB=0.568876;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0624886;OID=.;OPOS=176866967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:11:4:7:9:11:5:7:9 chr2 176957822 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.014701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.877;QD=14.0438;RBI=0.014701;REFB=-0.0153221;REVB=0;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00777148;OID=.;OPOS=176957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:0:5:4:0:0:5:4:0 chr2 176964904 . G A 1628.59 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120735;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.588;QD=60.3181;RBI=0.0506597;REFB=0;REVB=0.0491999;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102706;OID=.;OPOS=176964904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:61:46:0:0:61:47:0:0 chr2 176988290 . C CGCA 152.83 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=37;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0182247;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.785;QD=17.4658;RBI=0.0271554;REFB=-0.032968;REVB=0.0201315;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345039;STB=0.708583;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.0341007;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:15:37:17:35:18:3:14:9:9:99:20:3:12:10:10 chr2 177055478 . A C 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00654207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.839;QD=23.5967;RBI=0.0169237;REFB=-0.0237753;REVB=0.0156081;RO=19;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129597;STB=0.554657;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0190128;OID=.;OPOS=177055478;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:21:25:25:0.543478:17:8:9:10:17:8:9:12 chr2 178085137 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.584;QD=59.4313;RBI=0.0581879;REFB=0;REVB=0.0541681;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100751;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr2 178357852 . CTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTTTC 57.37 PASS AF=0.388889,0.333333,0;AO=7,4,4;DP=37;FAO=14,12,0;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=9,9,0;FSAR=5,3,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.417038,0.0100798,-0.432396;FXX=0.0270197;HRUN=10,5,10;LEN=1,1,1;MLLD=5.79214,11.5152,5.52093;QD=6.37452;RBI=0.418219,0.0505347,0.434892;REFB=-0.108035,-0.103925,0.114993;REVB=-0.0314144,-0.0495193,0.0465238;RO=8;SAF=4,2,4;SAR=3,2,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0639024,0,0.703678;STB=0.519203,0.583186,0.5;STBP=0.867,0.464,1;TYPE=del,ins,ins;VARB=-0.0337847,0.179166,0;OID=.,.,.;OPOS=178357853,178357864,178357853;OREF=T,-,-;OALT=-,T,T;OMAPALT=CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.388889,0.333333,0:7,4,4:37:14,12,0:36:10:9,9,0:5,3,0:6:4:39:8:4,2,4:3,2,0:4:4 chr2 178417142 . C G,T 1618.55 PASS AF=0.0265487,0.955752;AO=4,108;DP=113;FAO=3,108;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=3,38;FSAR=0,70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00904199,0.0530596;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.9353,69.0912;QD=57.2937;RBI=0.0110658,0.0590097;REFB=-0.0598904,-0.0784583;REVB=-0.00637928,0.0258229;RO=0;SAF=4,38;SAR=0,70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994603,0.502947;STBP=0.221,0.773;TYPE=snp,snp;VARB=0.137473,0.00151092;OID=.,.;OPOS=178417142,178417142;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:113:113:0:2:4,108:3,108:0.0265487,0.955752:0,70:4,38:0:0:0,70:3,38:1:1 chr2 178417225 . C T 1089.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.927;QD=59.6928;RBI=0.0588656;REFB=0;REVB=0.0382499;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332058;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:47:24:0:0:48:25:0:0 chr2 178481818 . G T 379.79 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00521256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.532;QD=19.2301;RBI=0.0140064;REFB=-0.0028982;REVB=-0.0130003;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807432;STB=0.545313;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00527791;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:40:39:39:0.493671:22:17:20:18:22:17:21:19 chr2 178491217 . G A 353.94 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0508068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2445;QD=19.6634;RBI=0.0508397;REFB=-0.0106894;REVB=-0.00182943;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389303;STB=0.528202;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00995292;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:17:19:20:15:18:19:20:15 chr2 178493301 . G T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0229038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.757;QD=14.6538;RBI=0.0299707;REFB=-0.0121382;REVB=-0.0193303;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117469;STB=0.568802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0113728;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:2:6:5:3:2:6 chr2 178494173 . G GGGA 615.1 PASS AF=0.496124;AO=59;DP=132;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.00542244;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=3;MLLD=261.595;QD=19.0727;RBI=0.00662681;REFB=-0.0115535;REVB=-0.00380944;RO=69;SAF=20;SAR=39;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952614;STB=0.502958;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=0.013862;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496124:59:132:64:129:65:22:42:22:43:99:69:20:39:24:45 chr2 178936373 . T G 549.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.534;QD=57.8003;RBI=0.0276719;REFB=-0.106179;REVB=-0.00930256;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578267;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr2 178936614 . C T 211.22 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357263;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.229;QD=49.6997;RBI=0.00440175;REFB=0;REVB=-0.00257133;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09957e-05;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr2 179203797 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5224;QD=51.9149;RBI=0.0259697;REFB=0;REVB=-0.0249143;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411121;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 179260382 . A G 334.13 PASS AF=0.45;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00463006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2085;QD=16.7064;RBI=0.0121961;REFB=-0.0131809;REVB=0.0112831;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200251;STB=0.502784;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0203047;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:44:35:36:0.45:19:16:21:23:19:17:21:23 chr2 179296511 . C T 203.29 PASS AF=0.329114;AO=25;DP=78;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.055023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2193;QD=10.293;RBI=0.0671066;REFB=0.00223171;REVB=-0.0384156;RO=53;SAF=19;SAR=6;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166863;STB=0.571041;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0081188;OID=.;OPOS=179296511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:53:53:25:26:0.329114:6:19:34:19:7:19:34:19 chr2 179296626 . G A 58.92 PASS AF=0.195652;AO=10;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0011545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.941;QD=5.12347;RBI=0.0322115;REFB=-0.00816912;REVB=-0.0321908;RO=36;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890791;STB=0.512168;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0421758;OID=.;OPOS=179296626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:10:9:0.195652:4:6:19:17:4:5:20:17 chr2 179296666 . T C 34.16 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00326006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.459;QD=4.01834;RBI=0.0183233;REFB=-0.00618882;REVB=0.0180309;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.032458;OID=.;OPOS=179296666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:27:28:6:6:0.176471:3:3:13:14:3:3:14:14 chr2 179296821 . G A 148.95 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0015417;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.556;QD=7.83923;RBI=0.0243638;REFB=-0.000250445;REVB=-0.024315;RO=54;SAF=14;SAR=7;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140727;STB=0.592502;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000492022;OID=.;OPOS=179296821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:54:55:21:21:0.276316:7:14:30:24:7:14:30:25 chr2 179300971 . G A 229.26 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00863389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.225;QD=9.75581;RBI=0.00881596;REFB=0.00215118;REVB=-0.00178245;RO=62;SAF=9;SAR=20;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364645;STB=0.698554;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00878504;OID=.;OPOS=179300971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:62:65:29:29:0.308511:20:9:39:23:20:9:39:26 chr2 179308114 . A G 53.31 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=6.07142e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.17;QD=2.60043;RBI=0.00674441;REFB=-0.000995698;REVB=0.00674413;RO=71;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576417;STB=0.540468;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.014415;OID=.;OPOS=179308114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:82:71:71:11:11:0.134146:6:5:29:42:6:5:29:42 chr2 179309165 . G A 50.09 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0239599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5091;QD=2.78271;RBI=0.0239599;REFB=-0.01219;REVB=1.87729e-05;RO=62;SAF=8;SAR=2;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396452;STB=0.781029;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0439756;OID=.;OPOS=179309165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:62:62:10:10:0.138889:2:8:30:32:2:8:30:32 chr2 179430305 . GG AA 170.75 PASS AF=0.45;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00635784;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.962;QD=17.0753;RBI=0.0146106;REFB=-0.00858734;REVB=0.0131547;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.596381;STBP=0.317;TYPE=mnp;VARB=0.0131705;OID=.;OPOS=179430305;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:21:22:16:18:0.45:10:6:10:11:12:6:11:11 chr2 179432185 . A G 251.63 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0179586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.471;QD=12.4263;RBI=0.0305867;REFB=-0.00604916;REVB=0.0247595;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448505;STB=0.532973;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00759259;OID=.;OPOS=179432185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:12:18:28:22:12:18:28:23 chr2 179434120 . G A 160.3 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0186378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.974;QD=10.3417;RBI=0.0196841;REFB=-0.0068324;REVB=0.00633214;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018162;STB=0.510628;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0176183;OID=.;OPOS=179434120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:8:13:26:15:8:13:26:15 chr2 179440029 . G A 411.68 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.00565998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.151;QD=14.97;RBI=0.0199784;REFB=-0.0206449;REVB=0.0191599;RO=62;SAF=24;SAR=23;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170507;STB=0.598871;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0251814;OID=.;OPOS=179440029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:23:24:42:20:23:24:43:20 chr2 179444768 . C G 1935.11 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020555;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.852;QD=61.432;RBI=0.0223337;REFB=0;REVB=0.00873427;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754866;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:122:126:1:62:60:0:0:64:62:0:0 chr2 179455778 . C T 104.88 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0230082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2633;QD=19.978;RBI=0.0540859;REFB=-0.0208042;REVB=0.048948;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0180347;OID=.;OPOS=179455778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:5:6:5:4:5:7:5:4 chr2 179462494 . A G 512.52 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00667962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3271;QD=17.2275;RBI=0.0125723;REFB=0.00257538;REVB=0.0106511;RO=63;SAF=26;SAR=29;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00333374;STB=0.502145;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00381261;OID=.;OPOS=179462494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:64:55:55:0.462185:29:26:30:33:29:26:30:34 chr2 179532212 . T C 571.7 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00243093;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0988;QD=19.2168;RBI=0.0286892;REFB=-0.0150103;REVB=0.028586;RO=60;SAF=34;SAR=25;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21899;STB=0.620746;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0149338;OID=.;OPOS=179532212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:25:34:20:40:25:34:20:40 chr2 179543217 . C T 405.32 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0489412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4438;QD=17.2476;RBI=0.0774752;REFB=-0.00710904;REVB=-0.0600597;RO=51;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136972;STB=0.581779;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00688559;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:24:18:29:22:24:18:30:22 chr2 179558366 . T C 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00786676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.57;QD=13.7835;RBI=0.0193878;REFB=-0.00885291;REVB=0.01772;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244828;STB=0.514006;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0110945;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:18:15:11:12:18:15 chr2 179571595 . C T 187.12 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0183573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.039;QD=10.6924;RBI=0.0287864;REFB=-0.0153515;REVB=-0.0221735;RO=44;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066055;STB=0.555508;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0445369;OID=.;OPOS=179571595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:44:46:24:24:0.342857:9:15:25:19:9:15:25:21 chr2 179578730 . G A 536.5 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=154;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0165542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.673;QD=13.9351;RBI=0.0201457;REFB=-0.0132137;REVB=-0.0114808;RO=92;SAF=31;SAR=31;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461458;STB=0.525966;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0209536;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:92:92:62:62:0.402597:31:31:42:50:31:31:42:50 chr2 179579093 . T C 281.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0233718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.188;QD=19.4059;RBI=0.0412708;REFB=0.0182048;REVB=0.0340152;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271788;STB=0.515141;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0266249;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:13:15:17:13:13:15 chr2 179579212 . T C 599.47 PASS AF=0.574257;AO=57;DP=100;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0145661;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.141;QD=23.7413;RBI=0.0154696;REFB=-0.0267604;REVB=0.00520945;RO=41;SAF=22;SAR=35;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363145;STB=0.52457;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0208152;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:41:43:57:58:0.574257:35:22:14:27:36:22:14:29 chr2 179579822 . T A 386.72 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0343699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5768;QD=15.7845;RBI=0.0353473;REFB=-0.00173342;REVB=-0.00825484;RO=55;SAF=16;SAR=25;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861707;STB=0.539549;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00328111;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:57:41:41:0.418367:25:16:26:29:25:16:26:31 chr2 179582327 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0217548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.053;QD=18.413;RBI=0.0220484;REFB=-0.00855028;REVB=0.00358625;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128393;STB=0.571787;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00854247;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:21:12:17:17:21:12:17:17 chr2 179582537 . G T 236.04 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0330513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.948;QD=20.525;RBI=0.0387485;REFB=0.0009877;REVB=0.0202253;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968126;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00112148;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:14:9:11:11:14:9:12:11 chr2 179583496 . T G 315.9 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000920734;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.568;QD=17.0758;RBI=0.0136693;REFB=-0.00743075;REVB=0.0136382;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158468;STB=0.515914;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00991437;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:39:40:34:34:0.459459:18:16:19:20:18:16:20:20 chr2 179585266 . C T 1141.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2281;QD=60.083;RBI=0.0214268;REFB=0;REVB=0.0206933;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250715;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr2 179585393 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0184571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.367;QD=14.6539;RBI=0.0213041;REFB=-0.013916;REVB=0.0106397;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327753;STB=0.699398;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0120605;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:3:5:7:1:3:5 chr2 179587130 . C G 455.22 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0524537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.621;QD=20.6916;RBI=0.054508;REFB=-0.00809503;REVB=-0.0148231;RO=43;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991507;STB=0.510634;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0103871;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:43:44:45:0.511364:21:23:22:21:21:24:22:21 chr2 179597259 . T C 513.89 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0199999;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3571;QD=24.1828;RBI=0.0288894;REFB=0.00468727;REVB=0.0208471;RO=36;SAF=30;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792101;STB=0.550437;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00562103;OID=.;OPOS=179597259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:37:48:48:0.564706:18:30:19:17:18:30:19:18 chr2 179600563 . G A 1558.88 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0248615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.097;QD=57.7363;RBI=0.0257503;REFB=0.027129;REVB=-0.00670685;RO=2;SAF=50;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000846349;STB=0.50035;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000405462;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:108:2:2:105:106:0.981481:55:50:1:1:55:51:1:1 chr2 179605180 . C T 320.42 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0005625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.801;QD=27.27;RBI=0.00134862;REFB=-0.0288807;REVB=0.00122571;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110364;STB=0.560932;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0137714;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:16:12:11:8:16:12:11:8 chr2 179614952 . A G 1556.49 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00604121;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.986;QD=62.8883;RBI=0.0268486;REFB=-0.000698283;REVB=0.0261601;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958177;STB=0.505049;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=5.61777e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:49:49:1:0:49:49:1:0 chr2 179615887 . T C 346.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.069;QD=53.334;RBI=0.0984285;REFB=0;REVB=0.0628837;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277382;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr2 179615931 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.461;QD=59.839;RBI=0.021691;REFB=0;REVB=0.0205392;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70092e-05;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr2 179615994 . T C 642.19 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.067;QD=61.1609;RBI=0.0261453;REFB=0;REVB=0.0209781;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115344;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:13:28:0:0:13:29:0:0 chr2 179620951 . C T 471.89 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.857;QD=55.5164;RBI=0.0256861;REFB=-0.0153875;REVB=0.0100031;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00108717;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:1:0:13:20:1:0 chr2 179621477 . C T 1158.13 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513863;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.314;QD=58.6394;RBI=0.0547523;REFB=-0.0514296;REVB=0.0189014;RO=1;SAF=31;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668398;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:79:1:0:76:79:1:45:31:1:0:46:33:0:0 chr2 179623758 . C T 1924.21 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.736;QD=60.605;RBI=0.0266789;REFB=0.0276853;REVB=0.0197119;RO=1;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655358;STB=0.503401;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=8.70709e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:127:1:1:124:126:0.992126:72:52:0:1:73:53:0:1 chr2 179629363 . T C 894.36 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000836027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0405;QD=55.0377;RBI=0.0148677;REFB=-0.0553163;REVB=0.0148441;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119514;STB=0.504465;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00219029;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:1:2:61:63:0.969231:22:39:1:0:23:40:1:1 chr2 179629461 . C T 415.29 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124609;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.054;QD=57.2813;RBI=0.0130301;REFB=0;REVB=0.00380907;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132333;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr2 179644035 . G A 329.97 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00839414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.925;QD=18.3316;RBI=0.0267956;REFB=-0.0274244;REVB=-0.0254468;RO=35;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113055;STB=0.552182;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0300535;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:37:35:35:0.486111:11:24:20:15:11:24:22:15 chr2 179659912 . G A 311.54 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.027659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.125;QD=19.1714;RBI=0.031404;REFB=-0.010617;REVB=0.0148724;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560024;STB=0.537792;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0118221;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:32:33:0.507692:17:15:17:15:18:15:17:15 chr2 179702268 . A G 593.03 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.501;QD=60.8231;RBI=0.035042;REFB=0;REVB=0.0300609;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41923e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:18:18:0:0:21:18:0:0 chr2 179839833 . A G 166.18 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00694679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3545;QD=14.1428;RBI=0.024657;REFB=-0.0204164;REVB=-0.0236581;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165517;STB=0.595642;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0315711;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:10:19:9:9:10:19 chr2 180047908 . T C 192.28 PASS AF=0.416667;AO=21;DP=46;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0183061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.373;QD=16.0232;RBI=0.0887305;REFB=-0.00659258;REVB=-0.0868216;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587823;STB=0.504344;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00637974;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:28:21:20:0.416667:13:8:11:14:12:8:11:17 chr2 180810180 . C T 426.87 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0215022;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.72;QD=24.3923;RBI=0.0240724;REFB=-0.0174723;REVB=-0.0108229;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148824;STB=0.588884;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0171413;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:30:29:41:41:0.585714:18:23:11:19:18:23:10:19 chr2 180810264 . A T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.167;QD=57.8832;RBI=0.0336103;REFB=0;REVB=-0.0331586;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48962e-05;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr2 180810358 . C T 61.07 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.128048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8139;QD=18.7916;RBI=0.128106;REFB=-0.00896864;REVB=-0.00385054;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220925;STB=0.646763;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.02663;OID=.;OPOS=180810358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:6:2:0:4:6:2:0:5 chr2 180819770 . GA G,GG 71.17 PASS AF=0.571429,0.0285714;AO=15,2;DP=37;FAO=20,1;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15,1;FSAR=5,0;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00119191,-0.0521638;FXX=0.0540395;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.88584,19.5676;QD=8.13364;RBI=0.176797,0.13829;REFB=-0.0697182,-0.0455693;REVB=0.176793,0.128075;RO=14;SAF=13,2;SAR=2,0;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.592905,0.685297;STB=0.677231,0.992093;STBP=0.017,0.254;TYPE=del,snp;VARB=0.155059,-0.117543;OID=.,.;OPOS=180819771,180819771;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0.0285714:15,2:37:20,1:35:14:15,1:5,0:5:9:46:14:13,2:2,0:3:11 chr2 180835792 . T A 769.98 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.719;QD=57.0357;RBI=0.059396;REFB=0;REVB=-0.00288065;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42851e-05;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr2 182347072 . T C 694.68 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0426936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6507;QD=52.4285;RBI=0.0429081;REFB=-0.198766;REVB=0.00428531;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361769;STB=0.519223;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00727565;OID=.;OPOS=182347072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:53:2:2:50:51:0.962264:25:25:0:2:25:26:0:2 chr2 182374567 . A G 572.5 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.157;QD=60.2636;RBI=0.0275971;REFB=0;REVB=0.0266763;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31269e-05;OID=.;OPOS=182374567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr2 182392143 . G C 1339.58 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6039;QD=62.3061;RBI=0.0489579;REFB=0;REVB=0.0462705;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271226;OID=.;OPOS=182392143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr2 182399638 . A G 1591.81 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033542;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5698;QD=60.0683;RBI=0.0339342;REFB=0;REVB=-0.00514399;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83316e-05;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr2 182400905 . T G 1330.44 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.053458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.096;QD=60.4744;RBI=0.0551236;REFB=-0.0826633;REVB=0.013448;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.505493;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00140331;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:41:45:1:0:42:45:1:0 chr2 182401109 . T A,TGATACA 533.12 PASS AF=0.0731707,0.853659;AO=3,33;DP=42;FAO=3,35;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=1,16;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0194035,-0.0230747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=76.6124,211.822;QD=52.012;RBI=0.0213304,0.0273737;REFB=0.00751143,-0.0279478;REVB=0.00885946,0.0147268;RO=4;SAF=1,16;SAR=2,17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.413613,0.0980312;STB=0.713247,0.536565;STBP=0.737,0.141;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0392211,0.00604947;OID=.,.;OPOS=182401109,182401110;OREF=T,-;OALT=A,GATACA;OMAPALT=A,TGATACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:42:41:4:3:3,33:3,35:0.0731707,0.853659:2,17:1,16:0:4:2,19:1,16:0:3 chr2 182403851 . G A 819.1 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587223;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.238;QD=57.4803;RBI=0.0183375;REFB=0;REVB=0.0173718;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14757e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr2 182543455 . T C 545.22 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.647;QD=58.9421;RBI=0.02344;REFB=0;REVB=0.0210293;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138759;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:17:18:0:0:19:18:0:0 chr2 182925120 . T C 131.35 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0111083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.084;QD=21.8918;RBI=0.0253023;REFB=-0.0141927;REVB=-0.0227335;RO=10;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17755;STB=0.601405;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0105339;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:24:24:10:10:14:14:0.583333:3:11:6:4:3:11:6:4 chr2 182926144 . T C 361.0 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00509372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1131;QD=15.2001;RBI=0.00861067;REFB=-0.00556144;REVB=-0.00694246;RO=55;SAF=10;SAR=29;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213656;STB=0.61773;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00891137;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:29:10:24:31:29:10:24:32 chr2 183007500 . T TG 161.86 PASS AF=1;AO=5;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0956858;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.40964;QD=23.9788;RBI=0.115876;REFB=0;REVB=0.0653559;RO=23;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00389114;OID=.;OPOS=183007501;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:28:27:27:0:10:17:0:0:4:23:2:3:8:15 chr2 183007502 . A G 274.47 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0697293;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3267;QD=39.2102;RBI=0.0757526;REFB=-0.150768;REVB=0.0296021;RO=4;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108645;STB=0.529591;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0176332;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:28:4:5:23:23:0.821429:15:8:0:4:15:8:1:4 chr2 183593697 . C T 2048.85 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.674;QD=61.6195;RBI=0.0278909;REFB=-0.102763;REVB=-0.0237196;RO=1;SAF=47;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562499;STB=0.502958;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=9.03546e-05;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:131:132:0.992481:84:47:0:1:84:48:0:1 chr2 183605077 . C A 924.21 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308271;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8537;QD=57.7631;RBI=0.0316836;REFB=0;REVB=-0.00731709;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945502;OID=.;OPOS=183605077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr2 183622547 . T G 1566.53 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471266;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.88;QD=58.0195;RBI=0.057792;REFB=-0.146114;REVB=0.0334516;RO=2;SAF=19;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473651;STB=0.512193;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00120699;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:108:2:1:106:107:0.990741:87:19:2:0:87:20:1:0 chr2 183627504 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.627;QD=50.4128;RBI=0.0289625;REFB=0;REVB=-0.0125605;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196204;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 183738620 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7057;QD=39.2068;RBI=0.0311366;REFB=0;REVB=-0.00681064;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152882;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 183789649 . C A 487.78 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359476;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.068;QD=59.125;RBI=0.0539297;REFB=0;REVB=0.0402017;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144201;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr2 183799558 . G C 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455962;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.57;QD=63.7498;RBI=0.0507715;REFB=0;REVB=0.0223322;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204229;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr2 183943691 . A G 364.95 PASS AF=0.590164;AO=35;DP=60;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0103837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.343;QD=23.931;RBI=0.011606;REFB=-0.0162114;REVB=0.0051843;RO=25;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137275;STB=0.579681;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00666579;OID=.;OPOS=183943691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:25:35:36:0.590164:16:19:18:7:17:19:18:7 chr2 183961650 . A C 1084.33 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.317;QD=58.6126;RBI=0.0289101;REFB=-0.0775845;REVB=0.0180164;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012613;STB=0.506665;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000198319;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:37:36:0:1:37:36:0:1 chr2 183961668 . A G,T 790.61 PASS AF=0.903226,0.0483871;AO=56,3;DP=62;FAO=56,3;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=25,1;FSAR=31,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00177943,-0.0526737;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.525,72.6322;QD=51.0072;RBI=0.0112361,0.066437;REFB=-0.144601,-0.211501;REVB=0.0110943,-0.040489;RO=2;SAF=25,1;SAR=31,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0362315,-0.39997;STB=0.511297,0.665552;STBP=0.479,0.592;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000330964,0.268064;OID=.,.;OPOS=183961668,183961668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:2:3:56,3:56,3:0.903226,0.0483871:31,2:25,1:2:0:31,2:25,1:2:1 chr2 184814072 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.234;QD=56.9346;RBI=0.0155924;REFB=0;REVB=-0.00104241;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38418e-05;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr2 185469503 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.47;QD=57.3857;RBI=0.0390297;REFB=0;REVB=0.0161187;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104358;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr2 185800905 . A T 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.046;QD=57.188;RBI=0.0640399;REFB=0;REVB=-0.0427751;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64218e-05;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr2 185801747 . G A 599.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0121;QD=59.9798;RBI=0.073683;REFB=0;REVB=0.0103783;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117873;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:20:18:0:0:21:19:0:0 chr2 185801755 . A G 620.3 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.07;QD=59.076;RBI=0.0408403;REFB=-0.031609;REVB=0.0148906;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000357072;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:21:19:0:1:21:20:0:1 chr2 185801917 . A G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00553428;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=283.862;QD=21.5464;RBI=0.00899625;REFB=0.000106124;REVB=-0.00709255;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182643;STB=0.603508;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-6.97137e-05;OID=.;OPOS=185801917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:4:6:5:9:4:6 chr2 185802211 . C CACA 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316406;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.476;QD=49.694;RBI=0.0324501;REFB=0;REVB=-0.00720313;RO=2;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.3095e-05;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:19:17:17:0:5:12:0:0:4:2:5:12:1:1 chr2 185802243 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.14;QD=42.1827;RBI=0.0387089;REFB=0;REVB=0.00544388;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300485;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr2 185802363 . A G 573.14 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0335161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.751;QD=55.9161;RBI=0.0390499;REFB=-0.00836486;REVB=-0.0200391;RO=2;SAF=26;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.000193472;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:13:26:2:0:13:26:2:0 chr2 186526579 . G A 1782.02 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9133;QD=60.9238;RBI=0.0207046;REFB=0;REVB=0.0180724;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137026;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:53:62:0:0:54:63:0:0 chr2 186655726 . G A 708.99 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167565;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3731;QD=63.0213;RBI=0.0168908;REFB=0;REVB=0.00212639;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140846;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:42:45:1:25:17:0:0:25:20:0:0 chr2 186666362 . C A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0678263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.854;QD=8.25467;RBI=0.068599;REFB=-0.00547296;REVB=0.0102672;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420034;STB=0.757857;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00833874;OID=.;OPOS=186666362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:9:3:4:2:9:3 chr2 186668935 . A G 998.6 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0715029;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3201;QD=57.89;RBI=0.0718941;REFB=-0.159066;REVB=0.00748957;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508472;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00136489;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:29:38:0:1:29:39:0:1 chr2 186670104 . A C 774.05 PASS AF=0.983051;AO=54;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.001;QD=52.4781;RBI=0.0874325;REFB=-0.0336848;REVB=0.0855663;RO=4;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426666;STB=0.50769;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00732923;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:4:1:54:58:0.983051:23:31:1:3:26:32:1:0 chr2 186670979 . T C 325.84 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115835;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.096;QD=54.3072;RBI=0.0285912;REFB=0;REVB=0.0261396;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044013;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 186672897 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00407611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.211;QD=30.7893;RBI=0.00407611;REFB=-0.0925659;REVB=0;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0066362;OID=.;OPOS=186672897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:0:8:1:0:0:8:1:0 chr2 186678462 . CTTTTG CTTTG,CTTTGA 40.94 PASS AF=0.185185,0.0185185;AO=11,2;DP=55;FAO=10,1;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=4,0;FSAR=6,1;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0936181,-0.083282;FXX=0.0181785;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.4029,35.0419;QD=3.03266;RBI=0.11443,0.0949898;REFB=-0.0430035,-0.00170909;REVB=-0.0658021,-0.0456856;RO=40;SAF=5,0;SAR=6,2;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.268475,-0.508971;STB=0.71185,0.993263;STBP=0.182,0.252;TYPE=del,mnp;VARB=0.0687724,0.0617517;OID=.,.;OPOS=186678463,186678466;OREF=T,TG;OALT=-,GA;OMAPALT=CTTTG,CTTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185,0.0185185:11,2:55:10,1:54:43:4,0:6,1:29:14:38:40:5,0:6,2:27:13 chr2 186697876 . A G 684.37 PASS AF=0.929825;AO=52;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0212477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.265;QD=48.0257;RBI=0.0212543;REFB=-0.181431;REVB=0.000528497;RO=4;SAF=27;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648251;STB=0.533321;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00890702;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:57:57:4:4:52:53:0.929825:25:27:4:0:25:28:4:0 chr2 187351158 . CA C 95.59 PASS AF=0.575;AO=38;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0960335;FXX=0.0123442;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.75169;QD=4.77963;RBI=0.124545;REFB=-0.108408;REVB=-0.0793035;RO=30;SAF=14;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548617;STB=0.505811;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.120508;OID=.;OPOS=187351159;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575:38:80:46:80:34:17:29:13:21:87:30:14:24:13:17 chr2 187487160 . G A 1476.62 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.889;QD=62.1735;RBI=0.0197283;REFB=-0.0229227;REVB=-0.000531856;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=8.70621e-06;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:94:94:0.989474:43:51:0:0:43:51:1:0 chr2 187532417 . G A 1604.18 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.907;QD=64.1673;RBI=0.0551524;REFB=0;REVB=0.0384867;RO=0;SAF=80;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383963;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:20:80:0:0:20:80:0:0 chr2 187558960 . G A 357.94 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.926;QD=55.0683;RBI=0.155966;REFB=0;REVB=0.145646;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174923;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr2 187559047 . G A,GCAA 524.37 PASS AF=0.269231,0.596154;AO=20,19;DP=57;FAO=14,31;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=10,21;FSAR=4,10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.024458,0.0181202;FXX=0.0545355;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=95.3013,107.96;QD=40.336;RBI=0.0278324,0.0231553;REFB=-0.0381834,-0.0642181;REVB=-0.0132833,-0.0144162;RO=18;SAF=12,14;SAR=8,5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0593334,0.0744928;STB=0.605901,0.550528;STBP=0.219,0.216;TYPE=snp,ins;VARB=0.0221532,0.0390653;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:57:52:18:7:20,19:14,31:0.269231,0.596154:8,5:12,14:12:6:4,10:10,21:3:4 chr2 187987389 . G A 1012.91 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022936;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8808;QD=59.5831;RBI=0.0334267;REFB=0;REVB=0.0243163;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859154;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr2 187987519 . C T 975.93 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0410345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6001;QD=57.4078;RBI=0.0484406;REFB=0.128122;REVB=0.0257422;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00900653;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:1:0:37:30:1:0 chr2 187987557 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.94;QD=61.6816;RBI=0.0297898;REFB=0;REVB=0.0113262;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254285;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 188208130 . A G 1496.0 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00366551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9329;QD=62.3332;RBI=0.00366787;REFB=-0.096836;REVB=-0.000131506;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=7.56201e-05;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:95:95:0.989583:44:51:0:0:44:51:1:0 chr2 188250301 . T A 1588.87 PASS AF=0.981818;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00803322;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.127;QD=57.7772;RBI=0.0191342;REFB=-0.046727;REVB=0.0173662;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500507;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000419645;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:0:2:106:108:0.981818:57:49:0:0:57:51:1:1 chr2 189449110 . C T 107.86 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0424253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8919;QD=13.0742;RBI=0.0503854;REFB=-0.015224;REVB=-0.0271807;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0205546;OID=.;OPOS=189449110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:9:11:6:7:9:11 chr2 189460553 . T C 1528.2 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00678568;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3905;QD=57.6681;RBI=0.00709318;REFB=-0.117933;REVB=-0.00206582;RO=1;SAF=64;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735759;STB=0.502297;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000930732;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:104:104:0.981132:40:64:1:0:40:64:1:1 chr2 189866199 . T A 2383.97 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.739;QD=60.3537;RBI=0.0303865;REFB=0.0688169;REVB=0.0274051;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.503105;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000436117;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:158:0:1:156:157:0.993671:76:80:0:0:77:80:1:0 chr2 189875421 . T G 971.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.375;QD=58.8884;RBI=0.0523016;REFB=0;REVB=0.051824;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134344;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr2 189907937 . A G 1095.48 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480887;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8534;QD=60.0264;RBI=0.0497093;REFB=0;REVB=0.0125896;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160282;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970703;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:1:0:72:73:1:43:29:1:0:43:30:0:0 chr2 189914122 . G A 442.78 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0237292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3632;QD=19.4627;RBI=0.02373;REFB=-0.00971811;REVB=0.000192297;RO=44;SAF=12;SAR=32;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16478;STB=0.583387;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0114188;OID=.;OPOS=189914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:44:46:44:45:0.494505:32:12:19:25:32:13:20:26 chr2 189932831 . T C 1471.95 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00731993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.56;QD=60.6991;RBI=0.00733421;REFB=-0.0339813;REVB=0.000457407;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-1.62226e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:97:0:2:94:95:0.979381:56:38:0:0:56:39:0:2 chr2 189974958 . G T 288.08 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2768;QD=52.3779;RBI=0.0725528;REFB=0;REVB=-0.0341266;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0027255;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr2 189997837 . CG C,CA 529.51 PASS AF=0.25,0.75;AO=14,27;DP=41;FAO=10,30;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013757,-0.0298654;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=22.2431,27.2803;QD=52.9513;RBI=0.0278581,0.115881;REFB=0,0;REVB=-0.0242244,0.111966;RO=0;SAF=0,25;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.18567e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00473653,0.0273408;OID=.,.;OPOS=189997838,189997838;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:14,27:41:10,30:40:0:0,25:10,5:0:0:35:0:0,25:14,2:0:0 chr2 190323530 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.61;QD=58.06;RBI=0.0284083;REFB=0;REVB=-0.0081997;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8103e-05;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr2 190430177 . A G 437.13 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0271098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7157;QD=16.6526;RBI=0.0902937;REFB=0.00705825;REVB=0.0861278;RO=57;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326235;STB=0.51253;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00727138;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:57:47:48:0.457143:24:23:26:31:25:23:26:31 chr2 190531426 . G A 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.299;QD=58.7775;RBI=0.0233008;REFB=0;REVB=0.00984738;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75795e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr2 190595258 . G T 930.96 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7221;QD=58.185;RBI=0.0963667;REFB=0;REVB=0.0536951;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023784;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:38:24:0:0:39:25:0:0 chr2 190602513 . T C 739.81 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00461158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.053;QD=59.1849;RBI=0.0249727;REFB=-0.152741;REVB=0.0245432;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502537;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00382349;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:21:27:0:0:21:27:1:1 chr2 190617643 . A G,T 1005.53 PASS AF=0.785714,0.214286;AO=55,15;DP=70;FAO=55,15;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23,7;FSAR=32,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194362,-0.00403717;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.835,45.3461;QD=57.4589;RBI=0.0145616,0.0352018;REFB=0,0;REVB=0.0144313,-0.0349696;RO=0;SAF=23,7;SAR=32,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.49259e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00130385,0.016546;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:87:70:70:0:0:55,15:55,15:0.785714,0.214286:32,8:23,7:0:0:32,8:23,7:0:0 chr2 190618249 . T A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.566;QD=60.6073;RBI=0.0271187;REFB=0;REVB=0.0270349;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124162;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr2 190636411 . C G 888.26 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00864186;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.947;QD=58.2465;RBI=0.0243074;REFB=0;REVB=0.0227194;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80757e-05;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr2 190788123 . G T 367.27 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0194206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.847;QD=16.5064;RBI=0.0218035;REFB=-0.0116066;REVB=-0.00991116;RO=50;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280219;STB=0.509097;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0144282;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:38:39:0.438202:21:17:21:29:22:17:21:29 chr2 190788844 . T TC,TCG 178.31 PASS AF=1,0;AO=6,4;DP=20;FAO=16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246986,-0.0271867;FXX=0.0587889;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=55.1414,51.8065;QD=44.5785;RBI=0.084605,0.328795;REFB=0,0;REVB=0.0809196,0.327669;RO=9;SAF=6,4;SAR=0,0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.798548,0.767041;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00224472,-0.0145039;OID=.,.;OPOS=190788845,190788845;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:6,4:20:16,0:16:0:12,0:4,0:0:0:3:9:6,4:0,0:2:7 chr2 190788845 . G C 79.23 PASS AF=0.5;AO=8;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0303286;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.4292;QD=15.8454;RBI=0.0683529;REFB=-0.0108968;REVB=0.061256;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621431;STB=0.85653;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00559367;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:10:10:8:10:0.5:6:2:10:0:8:2:10:0 chr2 190815211 . G A 715.4 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.655;QD=60.8849;RBI=0.0257193;REFB=-0.136318;REVB=0.00372335;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028473;STB=0.515145;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000487561;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:30:16:1:0:30:16:1:0 chr2 191064753 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.049;QD=57.6784;RBI=0.0662402;REFB=0;REVB=0.0571287;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880505;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr2 191065236 . TTTTG T 325.04 PASS AF=0.909091;AO=26;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.021396;FXX=0.0571265;HRUN=5;LEN=4;MLLD=242.297;QD=39.3982;RBI=0.027506;REFB=-0.0534705;REVB=-0.0172856;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0015065;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:26:33:30:33:3:20:10:2:1:7:0:17:9:0:0 chr2 191065595 . G T 649.3 PASS AF=0.961538;AO=46;DP=48;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0144871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.849;QD=49.9464;RBI=0.0152011;REFB=-0.17942;REVB=-0.00460425;RO=2;SAF=10;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.51219;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0075428;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:52:2:2:46:50:0.961538:36:10:0:2:40:10:0:2 chr2 191065782 . A AGAT 285.8 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115112;FXX=0.11534;HRUN=1;LEN=3;MLLD=247.034;QD=49.705;RBI=0.0164483;REFB=-0.0571926;REVB=0.011749;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.00135095;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:22:24:22:23:1:11:11:1:0:7:1:11:11:1:0 chr2 191066683 . C T 817.35 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.17;QD=57.3581;RBI=0.014173;REFB=0;REVB=0.0119348;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17274e-05;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr2 191066769 . C T 340.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4753;QD=54.5028;RBI=0.0314177;REFB=0;REVB=0.0294853;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109379;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr2 191066913 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.209;QD=61.3364;RBI=0.0243228;REFB=0;REVB=0.0204801;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30843e-05;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 191066970 . C T 573.34 PASS AF=0.975;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1599;QD=57.3335;RBI=0.0359754;REFB=0.0769333;REVB=0.0289775;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00106073;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:0:1:38:39:0.975:26:12:0:0:25:14:0:1 chr2 191067233 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.000271835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.499;QD=14.6503;RBI=0.0551218;REFB=-0.008812;REVB=0.0551211;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428164;STB=0.524454;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0135701;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:12:19:15:8:12:19 chr2 191067766 . T C,TTC 667.18 PASS AF=0,1;AO=2,38;DP=51;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872606,0.0158986;FXX=0.0434688;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=77.7812,118.727;QD=60.6524;RBI=0.0163296,0.0173791;REFB=0,0;REVB=0.0138026,-0.00701905;RO=5;SAF=1,27;SAR=1,11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0967026,0.0287341;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0006364;OID=.,.;OPOS=191067766,191067767;OREF=T,-;OALT=C,TC;OMAPALT=C,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:51:44:5:0:2,38:0,44:0,1:1,11:1,27:3:2:0,16:0,28:0:0 chr2 191068061 . A T 339.35 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8416;QD=54.296;RBI=0.0410008;REFB=0;REVB=0.0402265;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722803;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr2 191068141 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTC,TATTTTT 138.4 PASS AF=0.434783,0.130435,0;AO=17,5,2;DP=47;FAO=20,6,0;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11,5,0;FSAR=9,1,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0696421,0.0682119,0.00653324;FXX=0.0212721;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=10.5555,18.2908,16.2575;QD=12.0348;RBI=0.0801858,0.0715107,0.0807261;REFB=-0.108343,-0.0722612,-0.0417781;REVB=0.0397459,0.021469,-0.0804613;RO=16;SAF=10,4,0;SAR=7,1,2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0.475962,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.232656,0.522492,-0.468799;STB=0.574553,0.832223,0.5;STBP=0.378,0.096,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0892474,-0.0261713,0;OID=.,.,.;OPOS=191068142,191068147,191068141;OREF=T,T,AT;OALT=-,C,TA;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTC,TATTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:46:16:20:17,5,2:20,6,0:0.434783,0.130435,0:7,1,2:10,4,0:5:11:9,1,0:11,5,0:8:12 chr2 191224981 . G T 731.29 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181409;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1996;QD=63.5904;RBI=0.0233623;REFB=0;REVB=0.0147209;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015925;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr2 191231458 . G A 929.16 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0146262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3622;QD=55.4719;RBI=0.0639449;REFB=-0.0417147;REVB=0.0622497;RO=2;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005552;STB=0.502597;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0127094;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:64:65:0.970149:26:38:1:1:27:38:1:1 chr2 191231503 . G A 1102.4 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2088;QD=58.7947;RBI=0.021065;REFB=-0.0306717;REVB=-0.0177361;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155053;STB=0.508194;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000369813;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:30:43:0:1:30:44:0:1 chr2 191235901 . A C 683.33 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015252;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6404;QD=62.1212;RBI=0.0733433;REFB=0;REVB=0.0717399;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449458;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:17:27:0:0 chr2 191301368 . A G 68.13 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3243;QD=30.2813;RBI=0.0461106;REFB=-0.00187459;REVB=0.0161956;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00982875;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:0:1:7:1:0:1 chr2 191354491 . T C 430.11 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00687381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.696;QD=25.3007;RBI=0.00742338;REFB=-0.00450063;REVB=-0.00280308;RO=27;SAF=29;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284218;STB=0.65603;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00163596;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:12:29:9:18:12:29:9:18 chr2 191379268 . G A 227.22 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0729484;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.852;QD=18.1777;RBI=0.0730689;REFB=-0.00969194;REVB=0.00419506;RO=26;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249408;STB=0.647595;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00999045;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:23:24:0.48:17:6:13:13:18:6:13:13 chr2 191402654 . A G 202.96 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0754517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0959;QD=21.9415;RBI=0.160004;REFB=-0.0144848;REVB=-0.141097;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272455;STB=0.663002;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00549277;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:12:8:12:4:12:8:13:4 chr2 191402680 . A G 54.09 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=0.00382287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5065;QD=2.70463;RBI=0.0216643;REFB=0.000454518;REVB=-0.0213243;RO=68;SAF=8;SAR=3;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741697;STB=0.547855;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00398368;OID=.;OPOS=191402680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:80:68:69:11:11:0.1375:3:8:46:22:3:8:47:22 chr2 191402685 . A C 642.19 PASS AF=0.679012;AO=55;DP=80;FAO=55;FDP=81;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0144097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9231;QD=31.7128;RBI=0.0754404;REFB=-0.00937863;REVB=-0.0740515;RO=24;SAF=39;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285278;STB=0.535362;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00526391;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:24:26:55:55:0.679012:16:39:16:8:16:39:16:10 chr2 191402698 . A C 790.54 PASS AF=0.717391;AO=40;DP=92;FAO=66;FDP=92;FR=.;FRO=26;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0573543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9534;QD=34.3715;RBI=0.0578824;REFB=-0.0287534;REVB=-0.00780115;RO=25;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16778;STB=0.511405;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0122611;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:25:26:40:66:0.717391:19:21:19:6:20:46:19:7 chr2 191402702 . T C 817.82 PASS AF=0.67;AO=67;DP=100;FAO=67;FDP=100;FR=.;FRO=33;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0193341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3623;QD=32.7129;RBI=0.0273226;REFB=-0.0139148;REVB=-0.0193059;RO=33;SAF=47;SAR=20;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00329489;STB=0.501779;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0175338;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:33:33:67:67:0.67:20:47:23:10:20:47:23:10 chr2 191402710 . T C 799.04 PASS AF=0.648649;AO=72;DP=111;FAO=72;FDP=111;FR=.;FRO=39;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00209063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.054;QD=28.7943;RBI=0.029911;REFB=-0.0048081;REVB=0.0298378;RO=39;SAF=52;SAR=20;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345444;STB=0.501867;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00336959;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:39:39:72:72:0.648649:20:52:28:11:20:52:28:11 chr2 191402712 . TA CG 796.28 PASS AF=0.642857;AO=72;DP=112;FAO=72;FDP=112;FR=.;FRO=40;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00625903;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=121.269;QD=28.4384;RBI=0.0335986;REFB=0.00783014;REVB=0.0330105;RO=39;SAF=52;SAR=20;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345444;STB=0.509801;STBP=0.804;TYPE=mnp;VARB=-0.00489654;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:39:40:72:72:0.642857:20:52:28:11:20:52:28:12 chr2 191402748 . A T 753.79 PASS AF=0.633028;AO=69;DP=110;FAO=69;FDP=109;FR=.;FRO=40;FSAF=53;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0127667;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.155;QD=27.6622;RBI=0.0127668;REFB=-0.0135893;REVB=-5.81402e-05;RO=39;SAF=53;SAR=16;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896918;STB=0.557095;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.013831;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:39:40:69:69:0.633028:16:53:26:13:16:53:26:14 chr2 191402761 . G A 674.75 PASS AF=0.623762;AO=62;DP=101;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=52;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.049111;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.66;QD=26.7228;RBI=0.0528827;REFB=0.00260588;REVB=-0.0196134;RO=38;SAF=51;SAR=11;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172029;STB=0.595671;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.000820066;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:38:38:62:63:0.623762:11:51:25:13:11:52:25:13 chr2 191402775 . T C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0263297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.97;QD=19.0235;RBI=0.0341653;REFB=-0.0434753;REVB=-0.0217718;RO=35;SAF=31;SAR=4;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374266;STB=0.712977;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00692239;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:4:31:22:13:4:31:22:13 chr2 191402778 . T C 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0144648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.598;QD=19.0235;RBI=0.0177593;REFB=-0.0134087;REVB=-0.0103034;RO=34;SAF=31;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38158;STB=0.712977;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00600113;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:4:31:21:13:4:31:22:13 chr2 191524394 . C T 84.32 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0493481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.463;QD=10.5404;RBI=0.0528361;REFB=-0.0164912;REVB=-0.0188793;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126972;STB=0.576134;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0237345;OID=.;OPOS=191524394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:9:12:5:6:9:12 chr2 191818323 . A C 506.31 PASS AF=0.5;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.000915414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.953;QD=19.106;RBI=0.0220858;REFB=-0.019209;REVB=-0.0220668;RO=52;SAF=28;SAR=25;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111186;STB=0.565732;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0121596;OID=.;OPOS=191818323;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:52:53:53:53:0.5:25:28:21:31:25:28:21:32 chr2 191828203 . A T 423.08 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0786741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.353;QD=31.9306;RBI=0.0820378;REFB=-0.0588335;REVB=0.0232503;RO=11;SAF=25;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509829;STB=0.538193;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0177085;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:11:15:38:38:0.716981:13:25:6:5:13:25:8:7 chr2 191828205 . C A 394.87 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0411416;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.085;QD=30.3744;RBI=0.0412113;REFB=-0.0604451;REVB=-0.00239646;RO=15;SAF=23;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060718;STB=0.5251;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0224853;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:15:16:36:36:0.692308:13:23:8:7:13:23:9:7 chr2 191874667 . A G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0126818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.292;QD=10.4387;RBI=0.0283038;REFB=-0.0193812;REVB=-0.0253037;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.624291;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0493625;OID=.;OPOS=191874667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:4:9:14:13:4:9:14:13 chr2 192160839 . A T 407.49 PASS AF=0.433962;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0286984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.116;QD=15.3768;RBI=0.0398103;REFB=-0.000601282;REVB=-0.027591;RO=59;SAF=32;SAR=13;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346768;STB=0.687521;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00082962;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:60:45:46:0.433962:13:32:22:37:14:32:22:38 chr2 192160875 . C T 361.36 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0033932;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.362;QD=13.8985;RBI=0.0163863;REFB=-0.0042001;REVB=-0.0160312;RO=62;SAF=25;SAR=16;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266362;STB=0.654604;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00944665;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:62:62:41:42:0.403846:16:25:22:40:16:26:22:40 chr2 192214966 . T C 206.49 PASS AF=0.396825;AO=26;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0296366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1577;QD=13.1101;RBI=0.0334015;REFB=-0.0131425;REVB=-0.0154054;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2962;STB=0.648541;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0204544;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:26:25:0.396825:13:13:8:29:13:12:9:29 chr2 192250726 . G A 952.19 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.359;QD=58.5962;RBI=0.043686;REFB=0;REVB=0.02175;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58958e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:40:23:0:0:42:23:0:0 chr2 192279327 . T C 1230.15 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197255;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.468;QD=61.5077;RBI=0.035295;REFB=0;REVB=0.0292684;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70069e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr2 192699639 . A AG 285.66 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0542674;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.052;QD=9.5221;RBI=0.0693465;REFB=-0.00340824;REVB=0.0431739;RO=75;SAF=17;SAR=32;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119925;STB=0.565018;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.00902989;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408333:49:126:49:120:71:17:32:32:39:99:75:17:32:34:41 chr2 192701393 . A G 405.38 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00066235;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.116;QD=15.8972;RBI=0.0178269;REFB=-0.0195632;REVB=-0.0178146;RO=57;SAF=17;SAR=28;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184674;STB=0.603561;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0326809;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:57:57:45:45:0.441176:28:17:32:25:28:17:32:25 chr2 195523141 . G T 804.23 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.111814;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8059;QD=55.4644;RBI=0.126328;REFB=0.0272138;REVB=0.0587924;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00288411;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:26:30:0:1:27:30:0:1 chr2 196601854 . A AGATT,T 145.26 PASS AF=0.444444,0;AO=14,2;DP=36;FAO=16,0;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7,0;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0188991,-0.0289621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=161.455,118.341;QD=16.1399;RBI=0.0218954,0.0290085;REFB=-0.0261908,-0.0114623;REVB=0.0110559,-0.00164109;RO=20;SAF=6,1;SAR=8,1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.269144,-0.206011;STB=0.642687,0.5;STBP=0.147,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0240163,0;OID=.,.;OPOS=196601855,196601854;OREF=-,A;OALT=GATT,T;OMAPALT=AGATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:14,2:16,0:0.444444,0:8,1:6,1:14:6:9,0:7,0:14:6 chr2 196602089 . T TATCA 33.95 PASS AF=0.15;AO=5;DP=43;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.074461;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=4;MLLD=181.623;QD=3.39537;RBI=0.0744612;REFB=-0.0102307;REVB=0.000180743;RO=36;SAF=3;SAR=2;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239232;STB=0.599681;STBP=0.618;TYPE=ins;VARB=0.0664699;OID=.;OPOS=196602090;OREF=-;OALT=ATCA;OMAPALT=TATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15:5:43:6:40:34:3:3:13:21:33:36:3:2:14:22 chr2 196602132 . GTGAT G 170.93 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0091464;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=4;MLLD=210.41;QD=16.2793;RBI=0.0170215;REFB=-0.0085427;REVB=0.0143553;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416401;STB=0.527243;STBP=0.816;TYPE=del;VARB=0.00820147;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:16:44:18:42:24:6:12:7:17:99:18:6:10:6:12 chr2 196602206 . A AAGTC 212.65 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00385902;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=4;MLLD=233.623;QD=16.0494;RBI=0.0131099;REFB=-0.00117713;REVB=-0.012529;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287184;STB=0.663561;STBP=0.065;TYPE=ins;VARB=0.00174572;OID=.;OPOS=196602207;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=AAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45283:23:54:24:53:29:4:20:11:18:99:31:4:19:12:19 chr2 196673533 . A G 569.73 PASS AF=0.977273;AO=39;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00711587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3364;QD=51.794;RBI=0.173096;REFB=-0.193783;REVB=0.17295;RO=5;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850202;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0354901;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:5:1:39:43:0.977273:25:14:0:5:29:14:0:1 chr2 196728994 . A G 242.64 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0023089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.085;QD=14.9314;RBI=0.0188831;REFB=-0.000173114;REVB=-0.0187414;RO=36;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326996;STB=0.694069;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000134468;OID=.;OPOS=196728994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:7:21:16:20:7:21:16:21 chr2 196791276 . T G 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0330068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3242;QD=17.9519;RBI=0.0330255;REFB=0.0140654;REVB=0.00111158;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131904;STB=0.563712;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0134127;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:14:13:17:10:14:13:17:11 chr2 196825402 . T C 199.9 PASS AF=0.475;AO=15;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.051624;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=251.82;QD=19.9896;RBI=0.0517188;REFB=-0.0190708;REVB=0.00312987;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238067;STB=0.538881;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00769305;OID=.;OPOS=196825402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:18:15:19:0.475:10:5:4:9:12:7:8:10 chr2 196851911 . G A 165.63 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0692267;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2371;QD=20.7034;RBI=0.0694271;REFB=-0.0164101;REVB=-0.00527164;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24656;STB=0.646886;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00770964;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:16:17:0.53125:10:6:10:5:11:6:10:5 chr2 196866420 . C T 639.51 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.000168841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.925;QD=23.6856;RBI=0.00393921;REFB=-0.0167159;REVB=-0.00393559;RO=45;SAF=33;SAR=29;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353222;STB=0.514118;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0129734;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:46:62:62:0.574074:29:33:26:19:29:33:26:20 chr2 196877557 . T C 348.21 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0027915;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.383;QD=22.465;RBI=0.00767141;REFB=-0.00814906;REVB=-0.0071455;RO=26;SAF=22;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247245;STB=0.628498;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00444688;OID=.;OPOS=196877557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:27:35:35:0.564516:13:22:8:18:13:22:9:18 chr2 196912179 . G C 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00191822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.296;QD=11.5908;RBI=0.00532743;REFB=0.000182213;REVB=-0.00497011;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210896;STB=0.506019;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.000398515;OID=.;OPOS=196912179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:44:25:25:0.362319:15:10:18:25:15:10:18:26 chr2 196915991 . A G 1252.12 PASS AF=0.886792;AO=91;DP=102;FAO=94;FDP=106;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00317149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8327;QD=47.2498;RBI=0.0143039;REFB=-0.00068714;REVB=-0.0139478;RO=10;SAF=34;SAR=57;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446366;STB=0.53193;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000688675;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:102:106:10:12:91:94:0.886792:57:34:6:4:57:37:8:4 chr2 197004439 . A G 1539.96 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0205477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.544;QD=61.5985;RBI=0.0236681;REFB=-0.0505466;REVB=0.0117461;RO=2;SAF=58;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360206;STB=0.501899;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00073858;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:40:58:1:1:40:58:1:1 chr2 197021276 . T C 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0169156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.084;QD=19.9055;RBI=0.0193062;REFB=-0.00817282;REVB=-0.00930545;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426702;STB=0.523666;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00956575;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:22:9:7:21:22:9:7:21 chr2 197021372 . T A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00491541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.533;QD=55.5194;RBI=0.0139787;REFB=-0.116559;REVB=0.0130859;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523795;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000458177;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:23:10:0:0:23:10:1:0 chr2 197065221 . A G 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0033799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.359;QD=21.0939;RBI=0.0377777;REFB=-0.00724299;REVB=0.0376262;RO=36;SAF=12;SAR=29;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303541;STB=0.674331;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0181381;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:29:12:23:13:29:12:24:13 chr2 197118729 . C G,T 601.14 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,38;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019263,0.00887441;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.499,177.486;QD=60.1141;RBI=0.0256116,0.0117917;REFB=0,0;REVB=0.0255391,0.00776465;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.51048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0388708,9.26626e-05;OID=.,.;OPOS=197118729,197118729;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:40:40:0:0:2,38:2,38:0.05,0.95:0,18:2,20:0:0:0,18:2,20:0:0 chr2 197154234 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.942;QD=59.0186;RBI=0.0294966;REFB=0;REVB=0.0267266;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40111e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr2 197183367 . A G 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00312613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.537;QD=13.2645;RBI=0.0196048;REFB=-0.0229037;REVB=-0.0193539;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140396;STB=0.579778;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0361624;OID=.;OPOS=197183367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:16:12:13:30:16:12:13:30 chr2 197504545 . C G 217.96 PASS AF=0.478261;AO=19;DP=43;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.041089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.855;QD=18.9534;RBI=0.0412484;REFB=-0.04707;REVB=0.00362261;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408861;STB=0.672266;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0666501;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:24:24:19:22:0.478261:6:13:6:18:9:13:6:18 chr2 197541296 . G A 178.32 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00777277;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.279;QD=20.9791;RBI=0.0209928;REFB=-0.0148266;REVB=-0.0195008;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342305;STB=0.683988;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0148444;OID=.;OPOS=197541296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:16:18:18:0.529412:4:14:6:9:4:14:7:9 chr2 197890001 . C T 212.83 PASS AF=0.564103;AO=19;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00392078;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.336;QD=21.8285;RBI=0.0210489;REFB=-0.00472487;REVB=-0.0206805;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832325;STB=0.555508;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00532843;OID=.;OPOS=197890001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:19:22:0.564103:14:5:3:13:16:6:3:14 chr2 198257795 . T C 246.88 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.155;QD=47.0249;RBI=0.0264077;REFB=-0.0878466;REVB=0.0187038;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061324;STB=0.533299;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0012069;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:7:13:0:1:7:13:0:1 chr2 198265526 . A G 911.7 PASS AF=1;AO=47;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693797;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.469;QD=57.8855;RBI=0.0707493;REFB=0;REVB=0.0138537;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60747e-05;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:47:63:1:26:21:0:0:31:32:0:0 chr2 198265527 . C G 85.91 PASS AF=0.212121;AO=12;DP=64;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0226584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6499;QD=5.20666;RBI=0.0462544;REFB=-0.00932581;REVB=0.0403245;RO=52;SAF=11;SAR=1;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625137;STB=0.785306;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00422843;OID=.;OPOS=198265527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:64:66:52:52:12:14:0.212121:1:11:22:30:3:11:22:30 chr2 198274506 . T G 43.57 PASS AF=0.15625;AO=8;DP=59;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0406508;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.9221;QD=2.72318;RBI=0.0669933;REFB=-0.0300634;REVB=-0.0532505;RO=46;SAF=8;SAR=0;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.742665;STB=0.914932;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.123969;OID=.;OPOS=198274506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:64:46:54:8:10:0.15625:0:8:15:31:1:9:20:34 chr2 198283305 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.696;QD=47.8224;RBI=0.0225423;REFB=0;REVB=-0.00394599;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75413e-05;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 198362018 . T C 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101307;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.912;QD=52.9624;RBI=0.0109791;REFB=-0.066142;REVB=0.00423198;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.502616;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00308403;OID=.;OPOS=198362018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:18:15:0:1:18:15:1:1 chr2 198508951 . G A 1175.9 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00497004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8131;QD=59.5393;RBI=0.0786793;REFB=-0.120186;REVB=0.0785222;RO=1;SAF=53;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884847;STB=0.504672;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00174653;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:25:53:1:0:25:53:1:0 chr2 198572076 . A ATTC 35.18 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00914174;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=132.681;QD=5.02617;RBI=0.0253261;REFB=-0.000788821;REVB=-0.0236187;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407207;STB=0.781819;STBP=0.158;TYPE=ins;VARB=0.00123142;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:6:28:6:28:22:2:4:16:6:35:20:2:4:14:6 chr2 198572461 . C T 303.9 PASS AF=0.371429;AO=22;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0071433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.051;QD=17.3657;RBI=0.0207891;REFB=-0.0164207;REVB=0.0195233;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908149;STB=0.509992;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0167873;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:22:26:0.371429:8:14:20:16:12:14:20:16 chr2 198572626 . G GT 50.92 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00890546;FXX=0.0357079;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.9143;QD=3.7717;RBI=0.0437416;REFB=-0.0264446;REVB=-0.0428255;RO=35;SAF=14;SAR=1;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.693687;STB=0.857378;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.128511;OID=.;OPOS=198572627;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:15:55:15:54:39:13:2:15:24:50:35:14:1:13:22 chr2 198950029 . A G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00737661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3399;QD=16.7267;RBI=0.0099734;REFB=-0.0129468;REVB=-0.00671226;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965432;STB=0.555485;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0107759;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:9:10:10:6:9:10 chr2 198950240 . G A 315.82 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00123636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.655;QD=15.039;RBI=0.0017049;REFB=-0.00954951;REVB=0.00117393;RO=48;SAF=7;SAR=28;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232213;STB=0.628849;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0176917;OID=.;OPOS=198950240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:35:35:0.416667:28:7:18:30:28:7:18:31 chr2 200136583 . T A 852.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026152;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.305;QD=57.7728;RBI=0.0266368;REFB=0;REVB=-0.0050592;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223255;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:16:43:0:0:16:43:0:0 chr2 200792881 . C T 249.38 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0041836;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.8;QD=15.3463;RBI=0.0142056;REFB=-0.00172949;REVB=0.0135756;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120305;STB=0.567724;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00128777;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:13:23:15:14:13:23 chr2 201344434 . A G 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0305299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5488;QD=16.6244;RBI=0.0326645;REFB=0.0312219;REVB=0.0116145;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954316;STB=0.55483;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0174884;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:9:5:6:7:9:5 chr2 201344491 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0165519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7567;QD=22.3409;RBI=0.0321897;REFB=-0.0131397;REVB=-0.0276082;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00636537;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:7:7:10:8:7:7 chr2 201344732 . C T 281.12 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0506141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5373;QD=19.3877;RBI=0.0541834;REFB=-6.48398e-05;REVB=-0.0193405;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139099;STB=0.583469;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00020415;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:13:16:11:17:13:17:11:17 chr2 201437214 . A G 205.94 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0380479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7374;QD=17.1612;RBI=0.0413945;REFB=0.016402;REVB=0.0163053;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274036;STB=0.515643;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0157056;OID=.;OPOS=201437214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:16:11:8:13:16:11 chr2 201437334 . T C 555.91 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.206;QD=60.0989;RBI=0.0305153;REFB=0;REVB=0.0114893;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6273e-05;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:15:22:0:0 chr2 201468732 . C G 162.02 PASS AF=0.472222;AO=13;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0149444;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.847;QD=18.0023;RBI=0.0324493;REFB=-0.0183619;REVB=0.0288032;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490327;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.029286;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:19:13:17:0.472222:10:3:11:3:10:7:11:8 chr2 201526364 . C T 293.31 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0126127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2374;QD=14.851;RBI=0.0419012;REFB=0.00425644;REVB=-0.0399578;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311709;STB=0.506266;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00767346;OID=.;OPOS=201526364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:44:46:33:33:0.417722:19:14:20:24:19:14:20:26 chr2 202122995 . A G 923.0 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0004023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.038;QD=56.7998;RBI=0.00109085;REFB=0.0208008;REVB=0.00101395;RO=1;SAF=47;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994514;STB=0.505262;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-3.5531e-05;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:17:47:1:0:17:47:1:0 chr2 202215492 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.974;QD=60.9783;RBI=0.016679;REFB=0;REVB=-0.0146116;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117785;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr2 202245244 . A G 354.56 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00648905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.972;QD=24.4522;RBI=0.0087155;REFB=0.00395297;REVB=-0.00581827;RO=23;SAF=19;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274901;STB=0.508419;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00260165;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:34:35:0.603448:15:19:12:11:16:19:12:11 chr2 202260049 . G A 454.05 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0334755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.715;QD=55.0361;RBI=0.0341474;REFB=0.0088244;REVB=0.00674053;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000298615;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr2 202264156 . C T 446.77 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00631315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.423;QD=16.7016;RBI=0.0171204;REFB=-0.00420579;REVB=-0.0159139;RO=58;SAF=25;SAR=24;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10784;STB=0.560037;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00535802;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:24:25:36:22:24:25:36:22 chr2 202337730 . A G 934.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.673;QD=58.3775;RBI=0.0357719;REFB=0;REVB=0.0356344;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53256e-05;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:29:35:0:0 chr2 202342402 . G T 592.67 PASS AF=0.546296;AO=56;DP=105;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=8.67565e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.582;QD=21.9506;RBI=0.0190381;REFB=-0.0225683;REVB=0.0190379;RO=49;SAF=23;SAR=33;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683464;STB=0.546672;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0186794;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:49:49:56:59:0.546296:33:23:24:25:36:23:24:25 chr2 202352433 . G A 359.95 PASS AF=0.357724;AO=43;DP=122;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0526235;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5602;QD=11.7058;RBI=0.0606115;REFB=-0.0061994;REVB=-0.0300751;RO=77;SAF=25;SAR=18;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702414;STB=0.5319;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.010372;OID=.;OPOS=202352433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:77:79:43:44:0.357724:18:25:40:37:19:25:41:38 chr2 202357949 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7148;QD=50.4125;RBI=0.03839;REFB=0;REVB=0.00968043;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015815;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr2 202469361 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.287;QD=58.1414;RBI=0.0661285;REFB=0;REVB=0.0110932;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124726;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr2 202508115 . A C 44.58 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=0.00207553;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.363;QD=6.14917;RBI=0.0173797;REFB=-0.00137123;REVB=-0.0172554;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631106;STB=0.864319;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00639609;OID=.;OPOS=202508115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:1:21:3:4:1:21 chr2 202512449 . C T 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0205039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.054;QD=23.008;RBI=0.0207654;REFB=0.00267806;REVB=0.00328527;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116476;STB=0.564065;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00198502;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:17:16:8:16:17:16:8:16 chr2 202557702 . C T 687.72 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0126163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4818;QD=58.5289;RBI=0.015789;REFB=-0.148128;REVB=-0.00949331;RO=1;SAF=32;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144632;STB=0.510828;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00582552;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:47:47:1:2:45:45:0.957447:13:32:1:0:13:32:1:1 chr2 202575821 . G A 327.46 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460066;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.334;QD=54.5759;RBI=0.0481697;REFB=0;REVB=-0.0142731;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000732514;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr2 202593280 . G A 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.213;QD=59.432;RBI=0.025463;REFB=0;REVB=0.0196748;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49918e-05;OID=.;OPOS=202593280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr2 202625615 . C T 817.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.735;QD=57.3744;RBI=0.0211133;REFB=0;REVB=-0.018761;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2519e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr2 202741247 . G C 463.37 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00781098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.081;QD=21.8056;RBI=0.0210994;REFB=-0.0243987;REVB=-0.0196003;RO=40;SAF=24;SAR=21;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113319;STB=0.562472;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0245597;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:21:24:16:24:21:24:16:24 chr2 202741256 . A T 1264.64 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8033;QD=61.69;RBI=0.011119;REFB=0;REVB=-0.0109608;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52959e-05;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr2 202741269 . G A 1305.53 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113174;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.865;QD=62.168;RBI=0.0314054;REFB=0;REVB=0.0292953;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50275e-05;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr2 202901910 . G A 232.39 PASS AF=0.349398;AO=25;DP=79;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.014237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.267;QD=11.1994;RBI=0.0193254;REFB=-0.0092488;REVB=0.0130683;RO=54;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914011;STB=0.52324;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0250504;OID=.;OPOS=202901910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:54:54:25:29:0.349398:11:14:26:28:14:15:26:28 chr2 202939836 . G C 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00831125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.808;QD=20.8996;RBI=0.0171402;REFB=-0.0103368;REVB=0.0149903;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319717;STB=0.677296;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00872471;OID=.;OPOS=202939836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:6:18:10:18:6:18 chr2 202964380 . G A 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00566542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.78;QD=19.9055;RBI=0.0195247;REFB=-0.0156315;REVB=-0.0186847;RO=28;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130743;STB=0.572905;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.016127;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:10:21:15:13:10:21:15:13 chr2 203424848 . A AT 30.52 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.244776;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8264;QD=6.78282;RBI=0.245773;REFB=-0.0445961;REVB=0.0221144;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=ins;VARB=0.116391;OID=.;OPOS=203424849;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:6:20:7:18:11:3:4:8:3:30:13:3:3:7:6 chr2 203640713 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.016027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.689;QD=8.81164;RBI=0.0533031;REFB=-0.000821532;REVB=0.0508366;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225143;STB=0.636111;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00111194;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:16:7:5:5:16:7 chr2 203839116 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 30.76 PASS AF=0.133333,0.1;AO=8,3;DP=31;FAO=4,3;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1,0;FSAR=3,3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0566068,0.0893361;FXX=0.0322477;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.83802,35.0966;QD=4.10105;RBI=0.128109,0.0900067;REFB=-0.0453276,-0.0224464;REVB=-0.114924,-0.0109671;RO=18;SAF=2,0;SAR=6,3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.351281,-0.625404;STB=0.734653,0.996428;STBP=0.384,0.072;TYPE=del,snp;VARB=0.0216192,0.0877511;OID=.,.;OPOS=203839117,203839123;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333,0.1:8,3:31:4,3:30:23:1,0:3,3:12:11:15:18:2,0:6,3:10:8 chr2 203846865 . C T 89.62 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00176285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9417;QD=15.5857;RBI=0.0648687;REFB=-0.0117565;REVB=-0.0648447;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224136;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0104606;OID=.;OPOS=203846865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:6:6:3:8:6:6 chr2 204062061 . A G 292.0 PASS AF=0.327586;AO=37;DP=115;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0058964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.475;QD=10.0689;RBI=0.0152019;REFB=-0.00313109;REVB=-0.0140118;RO=75;SAF=19;SAR=18;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693737;STB=0.525534;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00716925;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:75:78:37:38:0.327586:18:19:43:32:18:20:44:34 chr2 204090887 . C G 91.45 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0066091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.732;QD=8.50723;RBI=0.0224455;REFB=-0.0158923;REVB=-0.0214505;RO=31;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147235;STB=0.591387;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0405662;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:3:9:20:11:3:9:20:11 chr2 204116690 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00728687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9585;QD=18.6369;RBI=0.0719939;REFB=-0.0174985;REVB=-0.0716242;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394858;STB=0.725516;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00535144;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:4:12:5:11:4:12:5:11 chr2 204206977 . C T 410.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.459;QD=56.6868;RBI=0.0369674;REFB=0;REVB=0.0334729;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420646;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr2 204259824 . A T 32.69 PASS AF=0.15;AO=5;DP=41;FAO=6;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0619571;FXX=0.0243843;HRUN=8;LEN=1;MLLD=26.521;QD=3.26889;RBI=0.164138;REFB=-0.0175844;REVB=0.151995;RO=25;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269228;STB=0.728299;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0851849;OID=.;OPOS=204259824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:41:40:25:34:5:6:0.15:4:1:10:15:5:1:13:21 chr2 204298783 . A C 548.73 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104063;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5975;QD=56.2796;RBI=0.118852;REFB=-0.0937078;REVB=0.0574176;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191166;STB=0.518509;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.012641;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:37:38:0.974359:24:13:0:1:25:13:1:0 chr2 204298787 . A C 214.65 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00660256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0067;QD=21.4649;RBI=0.0210698;REFB=-0.0597025;REVB=0.0200086;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187765;STB=0.606305;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0449876;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:8:11:16:5:8:11 chr2 204298791 . A C 133.55 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.082172;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4042;QD=14.8388;RBI=0.082711;REFB=-0.0112813;REVB=-0.00942715;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233587;STB=0.637478;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0141231;OID=.;OPOS=204298791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:12:3:8:13:12:3:8:13 chr2 204298795 . A C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00861986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3328;QD=8.51139;RBI=0.00894206;REFB=-0.013691;REVB=-0.00237879;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304026;STB=0.674342;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0318478;OID=.;OPOS=204298795;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:23:24:10:10:0.294118:7:3:13:10:7:3:13:11 chr2 204298799 . A C 51.9 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0287472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6438;QD=6.1058;RBI=0.046931;REFB=-0.00974123;REVB=0.0370961;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330551;STB=0.72669;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0159759;OID=.;OPOS=204298799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:6:2:13:12:6:2:14:12 chr2 204298802 . T G 131.59 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0274753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.538;QD=13.8515;RBI=0.0276486;REFB=-0.0377305;REVB=0.00309035;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244146;STB=0.642664;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0221435;OID=.;OPOS=204298802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:10:13:5:10:10:13 chr2 204299256 . C T 284.41 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00771549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.981;QD=16.9797;RBI=0.00875626;REFB=-0.00236424;REVB=-0.00414045;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865288;STB=0.568203;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00276475;OID=.;OPOS=204299256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:35:31:32:0.477612:15:16:13:18:15:17:14:21 chr2 204304214 . G A 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00501669;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.687;QD=21.3877;RBI=0.00610175;REFB=-0.0232163;REVB=-0.00347334;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07739;STB=0.542831;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0146171;OID=.;OPOS=204304214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:19:14:14:13:19:14:14:13 chr2 204322298 . T C 87.36 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00708225;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.8081;QD=10.5891;RBI=0.0553545;REFB=-0.0383244;REVB=-0.0548996;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172518;STB=0.605892;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0598448;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:31:33:20:21:11:12:0.363636:6:5:6:14:6:6:7:14 chr2 204732714 . A G 410.01 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0308017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.895;QD=52.905;RBI=0.0311102;REFB=-0.0424852;REVB=0.00437037;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546874;STB=0.529392;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000270055;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:21:8:1:0:22:8:1:0 chr2 204824283 . T G 301.44 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0538345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0205;QD=18.8399;RBI=0.058908;REFB=0.00831605;REVB=0.0239165;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225475;STB=0.624927;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00783539;OID=.;OPOS=204824283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:16:16:8:24:16:16:8:24 chr2 205829991 . C T 340.51 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-4.18523e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.174;QD=18.1605;RBI=0.0207192;REFB=0.00169946;REVB=0.0207192;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173589;STB=0.601174;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00137621;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:16:20:28:10:16:20:29:10 chr2 205912403 . T C 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0221309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.784;QD=15.7823;RBI=0.0222765;REFB=-0.00378114;REVB=-0.00254274;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135504;STB=0.516764;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00438093;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:12:11:13:15:12:11:13:16 chr2 205969220 . G A 811.92 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.812;QD=56.9769;RBI=0.00393141;REFB=0;REVB=-0.000446309;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42847e-05;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:32:23:0:0:33:24:0:0 chr2 205986321 . A G 257.64 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00201158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6027;QD=19.818;RBI=0.0278031;REFB=-0.000412574;REVB=-0.0277302;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230839;STB=0.535628;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-4.43861e-07;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:25:27:27:0.519231:8:19:16:6:8:19:16:9 chr2 205990353 . C T 411.76 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00819906;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.743;QD=18.3004;RBI=0.00824756;REFB=-0.0109669;REVB=0.000893067;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485996;STB=0.517907;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0133274;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:45:48:42:42:0.466667:24:18:17:28:24:18:19:29 chr2 206218963 . G A 495.32 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0479867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.28;QD=55.0355;RBI=0.0511687;REFB=0.0300016;REVB=0.0177627;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000100963;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:23:11:0:1:23:12:0:1 chr2 206219012 . TA CC 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187557;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.474;QD=60.6306;RBI=0.0243628;REFB=0;REVB=-0.0155489;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.06916e-05;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr2 206364737 . T C 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0186752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.183;QD=19.8557;RBI=0.0213528;REFB=-0.00967687;REVB=-0.0103529;RO=36;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290928;STB=0.518819;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00949188;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:38:39:39:0.506494:24:15:15:21:24:15:16:22 chr2 206581033 . G A 1511.76 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8873;QD=58.1446;RBI=0.024238;REFB=0.167636;REVB=-0.0195451;RO=1;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825107;STB=0.504347;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00166201;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:101:103:0.990385:57:44:0:1:57:46:0:1 chr2 206592695 . T C 473.6 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00505305;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.341;QD=16.1914;RBI=0.00559953;REFB=-0.0121946;REVB=-0.00241277;RO=64;SAF=27;SAR=25;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190085;STB=0.514956;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0169218;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:64:65:52:52:0.444444:25:27:32:32:25:27:32:33 chr2 206608039 . T C 698.73 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4481;QD=60.7595;RBI=0.0549345;REFB=-0.14686;REVB=-0.0509971;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230594;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr2 206610502 . T G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=17;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.01679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.641;QD=13.774;RBI=0.0175713;REFB=-0.00501865;REVB=-0.00518135;RO=25;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20972;STB=0.55167;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00623369;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:31:17:20:0.392157:3:14:17:8:4:16:23:8 chr2 206863874 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.133;QD=53.9108;RBI=0.0247665;REFB=0;REVB=-0.0188574;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000816837;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr2 206874339 . G A 1252.46 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00579293;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.126;QD=60.3596;RBI=0.0442005;REFB=-0.0706196;REVB=0.0438193;RO=0;SAF=63;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35046e-08;STB=0.503936;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00113558;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:19:63:0:0:19:63:1:0 chr2 206911228 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.588;QD=57.6783;RBI=0.0470855;REFB=0;REVB=-0.0414682;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527829;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr2 206921451 . G A 629.3 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00513289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.651;QD=57.2092;RBI=0.00737996;REFB=-0.0163573;REVB=0.00530258;RO=2;SAF=28;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158867;STB=0.508471;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000643024;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:14:28:1:1:14:28:1:1 chr2 207086148 . T C 822.81 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000990101;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.612;QD=55.7834;RBI=0.0166549;REFB=-0.128813;REVB=0.0166255;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0016425;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:0:1:58:58:0.983051:27:31:0:0:27:31:1:0 chr2 207169731 . G A 453.42 PASS AF=0.464646;AO=36;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00517776;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.228;QD=18.3199;RBI=0.00805172;REFB=-0.0155499;REVB=-0.00616612;RO=52;SAF=16;SAR=20;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196371;STB=0.553349;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0230389;OID=.;OPOS=207169731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:53:36:46:0.464646:20:16:33:19:21:25:34:19 chr2 207172627 . A G 399.93 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.011501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8794;QD=21.3294;RBI=0.0584477;REFB=-0.0414943;REVB=0.057305;RO=35;SAF=12;SAR=28;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121811;STB=0.567532;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0359811;OID=.;OPOS=207172627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:28:12:15:20:28:12:15:20 chr2 207174316 . T C 282.35 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0187012;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.436;QD=18.2164;RBI=0.0199688;REFB=-0.00860284;REVB=-0.00700135;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871658;STB=0.51622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0104278;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:31:31:28:31:0.5:17:11:15:16:17:14:15:16 chr2 207621759 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9586;QD=64.4152;RBI=0.0187017;REFB=0;REVB=0.0166935;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230035;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr2 207647981 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.559;QD=49.5985;RBI=0.0278585;REFB=0;REVB=0.0215124;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501999;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr2 207653653 . G A 231.65 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0250848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.438;QD=12.3546;RBI=0.032816;REFB=-0.0122;REVB=-0.0211576;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746828;STB=0.54231;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0225969;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:43:47:28:28:0.373333:15:13:23:20:15:13:25:22 chr2 207820276 . G A 740.98 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453086;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.397;QD=56.9987;RBI=0.0453685;REFB=0;REVB=0.00233093;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295087;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr2 207824384 . T G 770.35 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.023839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.91;QD=55.0252;RBI=0.0499777;REFB=-0.160012;REVB=0.0439257;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00163627;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:1:0:26:29:1:0 chr2 207825656 . A T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.077;QD=57.544;RBI=0.0173897;REFB=0;REVB=0.0102205;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132366;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr2 207833983 . A G 1796.03 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000960304;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.118;QD=60.8822;RBI=0.00668217;REFB=0;REVB=0.00661281;RO=0;SAF=45;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105711;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:116:118:1:71:45:0:0:71:47:0:0 chr2 207988613 . C T 1732.23 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0516626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.174;QD=57.2636;RBI=0.0516876;REFB=-0.12036;REVB=0.00160916;RO=3;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022423;STB=0.507307;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000418489;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:121:121:3:4:117:117:0.966942:62:55:0:3:62:55:1:3 chr2 207998800 . C T 740.23 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387581;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9164;QD=62.9981;RBI=0.0627161;REFB=0;REVB=0.0493064;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546665;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:29:16:0:0:31:16:0:0 chr2 208477852 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.871;QD=64.4129;RBI=0.00517639;REFB=0;REVB=0.003156;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93281e-06;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr2 208477956 . C T 709.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.594;QD=63.0326;RBI=0.0315898;REFB=0;REVB=0.0252424;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24143e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:21:22:0:0:23:22:0:0 chr2 208478055 . A G 405.32 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0374142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4116;QD=19.7718;RBI=0.04538;REFB=-0.00996683;REVB=0.0256811;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660147;STB=0.536568;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0129886;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:41:41:41:0.5:22:19:21:18:22:19:22:19 chr2 208489101 . C A 110.67 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0150223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.666;QD=15.2644;RBI=0.0159662;REFB=-0.00771588;REVB=0.00540827;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305054;STB=0.677143;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00690553;OID=.;OPOS=208489101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:6:10:4:9:6:10 chr2 208632093 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00483083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.627;QD=10.2406;RBI=0.00974728;REFB=-0.00136535;REVB=0.00846596;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201317;STB=0.51217;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00213623;OID=.;OPOS=208632093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:13:6:3:7:13:6 chr2 208633627 . C T 644.97 PASS AF=0.461538;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0163483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.309;QD=18.041;RBI=0.0195076;REFB=-0.0171071;REVB=0.0106434;RO=74;SAF=29;SAR=37;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729391;STB=0.541808;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0177803;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:77:66:66:0.461538:37:29:27:47:37:29:28:49 chr2 208841964 . A G 786.64 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196724;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.017;QD=57.2099;RBI=0.0495525;REFB=0;REVB=0.0454802;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57676e-05;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr2 208918917 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5837;QD=57.7098;RBI=0.100261;REFB=0;REVB=-0.0990553;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000932591;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr2 208938866 . G T 106.3 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000179816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.672;QD=11.4916;RBI=0.00606985;REFB=-0.027813;REVB=0.00606718;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146101;STB=0.549279;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0479978;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:12:13:0.351351:4:8:13:11:5:8:13:11 chr2 208986637 . T C 535.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.177;QD=59.5403;RBI=0.0582304;REFB=0;REVB=0.0370844;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281888;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr2 208989037 . A G 351.86 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0327467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.646;QD=15.6383;RBI=0.0358166;REFB=-0.0161817;REVB=-0.014508;RO=52;SAF=17;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932379;STB=0.552604;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0164675;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:21:17:28:24:21:17:28:24 chr2 209007559 . T G 193.23 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.000874676;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3497;QD=11.7109;RBI=0.0114821;REFB=-0.0108754;REVB=-0.0114487;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169303;STB=0.597909;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0233128;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:42:42:24:24:0.363636:14:10:24:18:14:10:24:18 chr2 209033173 . A G 91.74 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0357975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.682;QD=8.73697;RBI=0.0358372;REFB=-0.00851688;REVB=0.00168447;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291533;STB=0.69197;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.014674;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:9:3:14:15:9:3:15:15 chr2 209036712 . T C 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00486748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.882;QD=17.672;RBI=0.010749;REFB=0.00106975;REVB=-0.00958373;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088111;STB=0.549323;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00110271;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:14:18:14:16:14:18 chr2 209036778 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.758;QD=59.1425;RBI=0.089271;REFB=0;REVB=0.0796813;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027478;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr2 209184980 . G A 835.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374946;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.924;QD=57.6412;RBI=0.0615044;REFB=0;REVB=0.06139;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106002;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:27:28:0:0:31:27:0:0 chr2 209184999 . C T 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0139326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.113;QD=18.4373;RBI=0.016184;REFB=0.00445815;REVB=-0.00823447;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935263;STB=0.55231;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00367382;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:15:14:17:12:15:14 chr2 209190330 . T C 303.49 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0729508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.828;QD=14.8044;RBI=0.0738695;REFB=-0.0234854;REVB=0.0116139;RO=47;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462276;STB=0.533612;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0313321;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:21:13:20:27:21:13:21:27 chr2 209190519 . A T 197.48 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00513636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.666;QD=26.3301;RBI=0.0290604;REFB=-0.000422742;REVB=0.0286029;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472971;STB=0.526288;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000812024;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:6:5:10:9:6:5 chr2 209190528 . C G 196.21 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0293172;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2487;QD=23.7832;RBI=0.0382184;REFB=0.000172922;REVB=0.0245183;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828023;STB=0.564035;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00264149;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:11:14:19:19:0.575758:11:8:6:5:11:8:8:6 chr2 209191082 . C A 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.112752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7606;QD=17.3751;RBI=0.114355;REFB=0.0346639;REVB=-0.0190773;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116602;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0383166;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:5:5:7:4:5:5 chr2 209191099 . T C 149.38 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074812;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.699;QD=45.9617;RBI=0.081657;REFB=0;REVB=0.0327265;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000586611;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr2 209209827 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0167984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.399;QD=10.941;RBI=0.0170729;REFB=0.00378715;REVB=-0.00304953;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642199;STB=0.558174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00869171;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:7:4:8:11:7:4:9:11 chr2 209212707 . G A 556.63 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0138731;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3013;QD=22.4903;RBI=0.0219009;REFB=-0.035238;REVB=0.0169467;RO=47;SAF=24;SAR=28;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872934;STB=0.548013;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0197796;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:28:24:17:30:28:24:17:30 chr2 209214770 . A G 277.42 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0042206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.307;QD=16.0824;RBI=0.0239344;REFB=-0.0101271;REVB=0.0235594;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729019;STB=0.55552;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0137995;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:38:31:31:0.449275:17:14:19:17:17:14:21:17 chr2 209215586 . A G 455.34 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0222025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3497;QD=22.7668;RBI=0.0225569;REFB=-0.00438359;REVB=0.00398318;RO=35;SAF=27;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105659;STB=0.552607;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00493679;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:44:44:0.55:17:27:17:18:17:27:18:18 chr2 209220157 . G T 591.84 PASS AF=0.4;AO=68;DP=170;FAO=68;FDP=170;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=71;FWDB=-0.0214747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.006;QD=13.9258;RBI=0.0250011;REFB=-0.0176272;REVB=-0.0128021;RO=100;SAF=27;SAR=41;SRF=30;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110539;STB=0.559776;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0308615;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:100:102:68:68:0.4:41:27:30:70:41:27:31:71 chr2 209220238 . G C 526.31 PASS AF=0.392405;AO=61;DP=158;FAO=62;FDP=158;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=70;FWDB=0.0847729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.27;QD=13.3242;RBI=0.0935098;REFB=-0.00523675;REVB=0.0394669;RO=96;SAF=21;SAR=40;SRF=26;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912214;STB=0.557586;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00956726;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:96:96:61:62:0.392405:40:21:26:70:40:22:26:70 chr2 209224874 . CA C 146.32 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00620405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6364;QD=10.091;RBI=0.0272548;REFB=0.0440273;REVB=0.0265393;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082488;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=del;VARB=-0.0366866;OID=.;OPOS=209224875;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:24:58:26:58:32:12:14:15:17:99:30:10:14:15:15 chr2 209358027 . C T 1295.2 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.829;QD=61.676;RBI=0.0324512;REFB=0;REVB=-0.0104376;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36694e-05;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr2 209785278 . A G 1089.86 PASS AF=0.45;AO=116;DP=260;FAO=117;FDP=260;FR=.;FRO=143;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=84;FSRR=59;FWDB=0.0102547;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.771;QD=16.767;RBI=0.0118553;REFB=0.00245943;REVB=-0.00594899;RO=141;SAF=64;SAR=52;SRF=82;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299887;STB=0.522511;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0027485;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:141:143:116:117:0.45:52:64:82:59:53:64:84:59 chr2 210586685 . T C 1719.49 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227497;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.415;QD=59.8082;RBI=0.0235211;REFB=-0.0938731;REVB=0.00597454;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.504132;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00104857;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:115:0:1:112:114:0.991304:59:53:0:0:60:54:0:1 chr2 210685100 . G A 529.03 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.010896;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3663;QD=22.2747;RBI=0.0131308;REFB=-0.0255043;REVB=0.00732778;RO=45;SAF=16;SAR=34;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088084;STB=0.504852;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0183113;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:45:45:50:50:0.526316:34:16:14:31:34:16:14:31 chr2 210806056 . T C 418.17 PASS AF=0.344371;AO=51;DP=151;FAO=52;FDP=151;FR=.;FRO=99;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=67;FWDB=-0.00796156;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.617;QD=11.0774;RBI=0.00999151;REFB=-0.011176;REVB=0.00603686;RO=98;SAF=21;SAR=30;SRF=32;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10329;STB=0.556045;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0277382;OID=.;OPOS=210806056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:98:99:51:52:0.344371:30:21:32:66:31:21:32:67 chr2 211098113 . C T 1026.16 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.082;QD=59.4876;RBI=0.0112241;REFB=0;REVB=-0.00666584;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56425e-06;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr2 211098308 . G A 37.7 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00325573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5543;QD=8.8712;RBI=0.0752455;REFB=-0.0176269;REVB=0.0751751;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154572;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0351466;OID=.;OPOS=211098308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:11:11:5:6:0.352941:3:2:6:5:4:2:6:5 chr2 211296239 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0140491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.456;QD=13.336;RBI=0.0776701;REFB=0.00336553;REVB=-0.0763889;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628468;STB=0.536793;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00705743;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:13:11:6:9:13:11 chr2 211421452 . A ATCT,T 422.43 PASS AF=0.392157,0.0784314;AO=37,9;DP=102;FAO=40,8;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=22,2;FSAR=18,6;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00698285,-0.00100207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=200.355,97.6146;QD=16.5661;RBI=0.0123228,0.0691495;REFB=-0.00816839,-0.00711902;REVB=-0.0101534,0.0691422;RO=55;SAF=19,3;SAR=18,6;SRF=26;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0429487,-0.173907;STB=0.549975,0.697756;STBP=0.466,0.255;TYPE=ins,snp;VARB=0.0131741,0.0856462;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:54:37,9:40,8:0.392157,0.0784314:18,6:19,3:26:29:18,6:22,2:25:29 chr2 211456637 . A G 2602.71 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6251;QD=61.9692;RBI=0.0282272;REFB=0;REVB=0.0111432;RO=0;SAF=77;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.01397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58802e-05;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:91:77:0:0:91:77:0:0 chr2 211456639 . C T 2549.35 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.582;QD=61.0622;RBI=0.0155686;REFB=-0.0645662;REVB=-0.00526954;RO=1;SAF=77;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614039;STB=0.503225;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000517522;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:89:77:1:0:89:77:1:0 chr2 211481257 . C G 246.57 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.062659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9321;QD=15.9078;RBI=0.0744877;REFB=-0.0147292;REVB=-0.0402773;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100323;STB=0.55628;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.019013;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:19:9:8:26:19:9:8:26 chr2 212241725 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.018513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.577;QD=19.8256;RBI=0.0201974;REFB=-0.0217195;REVB=0.00807485;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331541;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0278022;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:12:13:13:14:12:13 chr2 212242745 . G C 242.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0187427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.164;QD=22.5972;RBI=0.0614106;REFB=-0.0112004;REVB=0.0584805;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107565;STB=0.56003;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0137629;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:13:7:11:12:13:7 chr2 212244403 . G A 420.45 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0111465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.498;QD=16.4883;RBI=0.0122125;REFB=-0.00909566;REVB=-0.00499001;RO=55;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198397;STB=0.505587;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0104447;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:55:56:46:46:0.45098:21:25:31:24:21:25:31:25 chr2 212251864 . T C 80.95 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0051684;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8784;QD=16.1897;RBI=0.0156028;REFB=-0.0293151;REVB=-0.0147219;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253163;STB=0.646773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0252812;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:10:10:10:10:0.5:4:6:3:7:4:6:3:7 chr2 213866714 . G A 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067907;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.63;QD=57.7371;RBI=0.0169023;REFB=0;REVB=0.0154782;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10059e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:18:40:0:0:18:40:0:0 chr2 213886454 . A T 349.25 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0100397;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.183;QD=20.2461;RBI=0.013323;REFB=-0.0249733;REVB=0.0087583;RO=33;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578454;STB=0.532116;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0220758;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:23:13:14:19:23:13:14:19 chr2 214012404 . AAA AAC,ACAA,ACA 892.53 PASS AF=0.0447761,0,0.925373;AO=7,8,36;DP=69;FAO=3,0,62;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0,24;FSAR=0,0,38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0571221,0.048237,0.0502508;FXX=0.0289813;HRUN=9,0,9;LEN=1,1,1;MLLD=133.468,147.73,153.599;QD=53.2853;RBI=0.0668255,0.0811447,0.072198;REFB=-0.156777,-0.100592,-0.123837;REVB=0.0346802,0.0652507,0.0518402;RO=0;SAF=7,0,9;SAR=0,8,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.994603,0.5,0.50371;STBP=0.221,1,0.807;TYPE=snp,ins,snp;VARB=-0.00819467,-0.0344465,0.00540903;OID=.,.,.;OPOS=214012406,214012405,214012405;OREF=A,-,A;OALT=C,C,C;OMAPALT=AAC,ACAA,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0447761,0,0.925373:7,8,36:69:3,0,62:67:2:3,0,24:0,0,38:1:1:9:0:7,0,9:0,8,27:0:0 chr2 214637043 . CA CG,TG 509.44 PASS AF=0.257143,0.742857;AO=8,26;DP=37;FAO=9,26;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=8,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235796,0.0265455;FXX=0.0540395;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=77.1684,108.509;QD=58.2215;RBI=0.0377677,0.0384835;REFB=0,0;REVB=-0.0295026,-0.0278624;RO=0;SAF=0,7;SAR=8,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.63811e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0105788,-0.000243919;OID=.,.;OPOS=214637044,214637043;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:37:35:0:0:8,26:9,26:0.257143,0.742857:8,19:0,7:0:0:8,18:1,8:0:0 chr2 214727221 . A C 361.14 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00176595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1219;QD=15.8741;RBI=0.0135154;REFB=-0.0194193;REVB=0.0133996;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168083;STB=0.51103;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0169228;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:52:38:39:0.428571:20:18:25:26:21:18:25:27 chr2 215102929 . T A 394.39 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.289;QD=52.5852;RBI=0.0403093;REFB=0.00816457;REVB=0.011691;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344547;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000220452;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:13:15:0:1:13:16:0:1 chr2 215632255 . CA CG,TG 1206.08 PASS AF=0.535714,0.452381;AO=42,38;DP=84;FAO=45,38;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=20,17;FSAR=25,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00998247,0.0134728;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=55.4219,162.545;QD=57.4325;RBI=0.0112827,0.0189659;REFB=-0.146951,-0.00277475;REVB=0.00525833,0.0133487;RO=0;SAF=20,17;SAR=22,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.53998e-08;STB=0.51219,0.514278;STBP=0.319,0.306;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00367056,0.0125391;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:84:84:0:1:42,38:45,38:0.535714,0.452381:22,21:20,17:0:0:25,21:20,17:1:0 chr2 215645464 . C G 228.21 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.000375541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.071;QD=13.8307;RBI=0.00196659;REFB=-0.00213005;REVB=0.0019304;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541131;STB=0.547909;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00381423;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:39:27:27:0.409091:16:11:17:20:16:11:19:20 chr2 215674224 . G A 556.7 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0064616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.866;QD=25.3044;RBI=0.0114233;REFB=-0.0294171;REVB=0.00942022;RO=37;SAF=26;SAR=25;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386726;STB=0.52115;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0234648;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:25:26:17:20:25:26:17:20 chr2 215796568 . T C 194.81 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.066503;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.815;QD=16.234;RBI=0.0671436;REFB=-0.0116271;REVB=-0.00925247;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174079;STB=0.5999;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.014831;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:16:12:12:8:16:12 chr2 215820013 . G A 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00509812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.235;QD=19.9899;RBI=0.0662883;REFB=-0.00797785;REVB=0.066092;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180797;STB=0.510195;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0108767;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:13:10:10:12:13:10 chr2 215876166 . A T 525.9 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0185535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.921;QD=56.854;RBI=0.0342347;REFB=-0.00839032;REVB=-0.0287712;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00145809;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr2 215940242 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.766;QD=58.5878;RBI=0.0165281;REFB=0;REVB=0.0102636;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74491e-05;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr2 216190020 . C G 199.83 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00350906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0106;QD=13.5477;RBI=0.0572178;REFB=-0.0265427;REVB=-0.0571101;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022406;STB=0.506324;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.046791;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:24:24:0.40678:16:8:12:22:16:8:12:23 chr2 216212339 . T C 343.61 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0237022;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4967;QD=19.635;RBI=0.0324644;REFB=-0.0188461;REVB=-0.0221842;RO=34;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248992;STB=0.637776;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0186972;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:21:15:24:10:21:15:24:10 chr2 216229692 . A G 343.9 PASS AF=0.596491;AO=32;DP=56;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0652291;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.419;QD=24.1331;RBI=0.0655833;REFB=-0.0290499;REVB=0.00680727;RO=23;SAF=5;SAR=27;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133894;STB=0.554421;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0141698;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:23:32:34:0.596491:27:5:6:17:28:6:6:17 chr2 216235089 . C T 859.41 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0471369;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.695;QD=56.3545;RBI=0.0564071;REFB=-0.139525;REVB=-0.030982;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00120797;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:33:27:0:0:33:27:0:1 chr2 216242917 . T A 641.19 PASS AF=0.954545;AO=40;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0789934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4881;QD=58.2901;RBI=0.109839;REFB=-0.045292;REVB=0.0763193;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00211744;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:40:42:0.954545:24:16:0:0:24:18:1:0 chr2 216249587 . C T 675.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.775;QD=61.3767;RBI=0.097634;REFB=0;REVB=0.0961145;RO=0;SAF=33;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564693;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:7:33:0:0:10:34:0:0 chr2 216272900 . T G 341.17 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.618;QD=54.5867;RBI=0.0460531;REFB=0;REVB=0.0446313;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192958;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:17:8:0:0 chr2 216272907 . A T 288.14 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311652;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.416;QD=52.3893;RBI=0.0362763;REFB=0;REVB=0.0185661;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104869;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr2 216299550 . GC AA 701.39 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153177;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.522;QD=62.3461;RBI=0.016351;REFB=0;REVB=0.00572046;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.69301e-05;OID=.;OPOS=216299550;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:40:45:1:24:16:0:0:27:18:0:0 chr2 216300482 . T A 757.5 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441239;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9051;QD=57.1697;RBI=0.0584438;REFB=0;REVB=0.0383244;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323149;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr2 216878008 . C G 257.71 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0583293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6588;QD=23.4286;RBI=0.0754726;REFB=-0.0157552;REVB=-0.0478937;RO=20;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144033;STB=0.580576;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.011098;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:8:16:10:10:8:16:10:10 chr2 216904019 . A T 297.46 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0518703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2621;QD=16.0787;RBI=0.0657005;REFB=0.00359509;REVB=-0.040324;RO=40;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617196;STB=0.502145;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00696692;OID=.;OPOS=216904019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:33:33:0.445946:20:13:16:24:20:13:16:25 chr2 216923679 . C T 54.86 PASS AF=0.347826;AO=3;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0222343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.211;QD=9.54061;RBI=0.0802093;REFB=0.00252057;REVB=0.077066;RO=15;SAF=1;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150204;STB=0.787884;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0333469;OID=.;OPOS=216923679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:23:23:15:15:3:8:0.347826:2:1:7:8:7:1:7:8 chr2 217012901 . A G 193.71 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00915546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.2375;QD=14.088;RBI=0.0385679;REFB=0.00259997;REVB=-0.0374654;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112948;STB=0.566312;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00908372;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:31:32:22:23:0.418182:15:7:13:18:16:7:13:19 chr2 217069876 . T G 754.74 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.0082379;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.978;QD=18.4083;RBI=0.0125518;REFB=-0.0210308;REVB=0.00947017;RO=70;SAF=35;SAR=42;SRF=52;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247195;STB=0.58518;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0133767;OID=.;OPOS=217069876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:164:70:84:77:77:0.469512:42:35:52:18:42:35:52:32 chr2 217148417 . C A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0248399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.324;QD=13.3361;RBI=0.0265089;REFB=-0.0249082;REVB=-0.00925743;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139165;STB=0.581706;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0376417;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:13:11:5:10:13:11 chr2 217288388 . G C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0101394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.804;QD=23.0883;RBI=0.0101669;REFB=-0.0218623;REVB=0.000746987;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169473;STB=0.59451;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0191969;OID=.;OPOS=217288388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:12:6:12:10:12:6 chr2 217363597 . C T 307.99 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0018538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.616;QD=13.3908;RBI=0.0467774;REFB=-0.0170626;REVB=-0.0467407;RO=54;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124131;STB=0.553596;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0308324;OID=.;OPOS=217363597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:57:35:35:0.380435:16:19:23:31:16:19:26:31 chr2 217363638 . G A 228.61 PASS AF=0.344828;AO=28;DP=85;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0279143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.861;QD=10.5106;RBI=0.0291032;REFB=0.000126787;REVB=-0.00823336;RO=55;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965505;STB=0.528717;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.000121426;OID=.;OPOS=217363638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:55:57:28:30:0.344828:15:13:26:29:15:15:26:31 chr2 217364539 . C T 1459.39 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0366931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.002;QD=57.2309;RBI=0.0367606;REFB=-0.0606012;REVB=-0.00222767;RO=1;SAF=51;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921056;STB=0.509432;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000710071;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:99:100:0.980392:48:51:1:0:48:52:2:0 chr2 217364764 . G T 388.45 PASS AF=0.465909;AO=39;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00959919;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.006;QD=17.6566;RBI=0.0100939;REFB=-0.0170202;REVB=0.0031214;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394476;STB=0.534867;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0267449;OID=.;OPOS=217364764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:47:39:41:0.465909:20:19:21:26:20:21:21:26 chr2 217526514 . C G 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00504909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.346;QD=16.2652;RBI=0.0273951;REFB=-0.0198426;REVB=0.0269258;RO=44;SAF=21;SAR=14;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934897;STB=0.50526;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0238335;OID=.;OPOS=217526514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:14:21:26:18:14:21:26:18 chr2 217541582 . T C 1775.52 PASS AF=0.983333;AO=116;DP=119;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00377784;FXX=0.0322555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.707;QD=59.1839;RBI=0.0153189;REFB=-0.134673;REVB=-0.0148457;RO=2;SAF=69;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316367;STB=0.501766;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000302068;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:120:2:2:116:118:0.983333:47:69:1:1:47:71:1:1 chr2 218604246 . G GC 281.58 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645268;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.8391;QD=45.0535;RBI=0.0842225;REFB=0;REVB=0.0541269;RO=22;SAF=1;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00144452;OID=.;OPOS=218604247;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:25:25:0:12:13:0:0:4:22:1:2:11:11 chr2 218604247 . A C,G 300.12 PASS AF=0.88,0.08;AO=22,2;DP=25;FAO=22,2;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=11,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283329,0.0169764;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=105.535,11.4147;QD=48.0196;RBI=0.036877,0.0747724;REFB=-0.0487428,0.0319472;REVB=0.0236043,-0.0728197;RO=1;SAF=11,0;SAR=11,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0401764,-0.697199;STB=0.521719,0.993266;STBP=0.515,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00164359,0.174754;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:25:25:1:1:22,2:22,2:0.88,0.08:11,2:11,0:1:0:11,2:11,0:1:0 chr2 218664633 . T G 423.06 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00410966;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.519;QD=18.196;RBI=0.00512831;REFB=0.00909952;REVB=0.00306762;RO=50;SAF=15;SAR=28;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309037;STB=0.517233;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00995221;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:50:50:43:43:0.462366:28:15:16:34:28:15:16:34 chr2 218695102 . G A 538.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.155;QD=59.8219;RBI=0.0124439;REFB=0;REVB=0.0120029;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89149e-05;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr2 218706857 . T C 376.77 PASS AF=0.40367;AO=43;DP=107;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0223269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.967;QD=13.8264;RBI=0.022751;REFB=-0.014723;REVB=-0.00437276;RO=64;SAF=23;SAR=20;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204159;STB=0.500209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0259539;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:64:65:43:44:0.40367:20:23:33:31:21:23:34:31 chr2 218712306 . C T 226.44 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.00574277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1933;QD=21.0641;RBI=0.0512397;REFB=0.0144261;REVB=-0.0509169;RO=21;SAF=20;SAR=1;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305337;STB=0.568113;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0153493;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:1:20:18:3:2:20:18:3 chr2 218712606 . G A 369.62 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0219318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.374;QD=22.4015;RBI=0.021937;REFB=-0.0296846;REVB=0.000477076;RO=29;SAF=23;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862427;STB=0.547593;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0255653;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:14:23:15:14:14:23:15:14 chr2 218712726 . A G 382.57 PASS AF=0.575758;AO=36;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0146315;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8971;QD=23.186;RBI=0.0342738;REFB=0.00423604;REVB=-0.0309938;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132001;STB=0.562584;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00224744;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:28:36:38:0.575758:13:23:22:6:13:25:22:6 chr2 218712918 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0598721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3098;QD=18.4438;RBI=0.0636675;REFB=-0.0240073;REVB=0.0216536;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.52936;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0228231;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:2:7:8:3:2:7 chr2 218712936 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0399014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.09;QD=13.9589;RBI=0.0402574;REFB=0.0056843;REVB=0.0053418;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00426312;OID=.;OPOS=218712936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:2:5:5:2:2:5 chr2 218713282 . G A 181.2 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0532397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3407;QD=16.4729;RBI=0.0534402;REFB=-0.030333;REVB=-0.00462435;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223845;STB=0.634907;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0436905;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:9:10:18:6:9:10:19:6 chr2 218713469 . G A 416.12 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=133;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.00903625;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.88;QD=12.6097;RBI=0.00928557;REFB=-0.00939397;REVB=0.0021373;RO=82;SAF=23;SAR=26;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140402;STB=0.575615;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0155092;OID=.;OPOS=218713469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:82:83:49:49:0.371212:26:23:49:33:26:23:49:34 chr2 218745685 . G A 376.13 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0193746;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.007;QD=12.6431;RBI=0.0216105;REFB=-0.0126562;REVB=0.0095728;RO=74;SAF=23;SAR=22;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767241;STB=0.543597;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0219872;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:74:45:45:0.378151:22:23:43:31:22:23:43:31 chr2 218940259 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0197149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.779;QD=12.1817;RBI=0.0245137;REFB=-0.0106898;REVB=0.0145687;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455361;STB=0.786298;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0193633;OID=.;OPOS=218940259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:8:2:9:5:8:2:10:5 chr2 219000310 . C T 311.2 PASS AF=0.432099;AO=31;DP=77;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00778857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.436;QD=15.3681;RBI=0.0213557;REFB=-0.0314662;REVB=-0.0198847;RO=45;SAF=23;SAR=8;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963558;STB=0.572306;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0399934;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:45:46:31:35:0.432099:8:23:30:15:8:27:31:15 chr2 219000734 . T C 234.89 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0771491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7977;QD=18.7914;RBI=0.0777088;REFB=-0.00297448;REVB=0.00930969;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451108;STB=0.509083;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00297693;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:14:8:11:16:14:9:11:16 chr2 219110555 . A G 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0462134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8963;QD=21.2636;RBI=0.047222;REFB=-0.00062385;REVB=-0.00970768;RO=16;SAF=17;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055496;STB=0.601656;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0003307;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:18:20:20:0.526316:3:17:13:3:3:17:13:5 chr2 219110625 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0218028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.685;QD=21.9704;RBI=0.0388945;REFB=-0.00380582;REVB=-0.032209;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278657;STB=0.661106;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00262887;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:7:13:15:1:7:13:16:1 chr2 219128506 . C T 2950.77 PASS AF=0.96;AO=191;DP=199;FAO=192;FDP=200;FR=.;FRO=8;FSAF=89;FSAR=103;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00400139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.85;QD=59.0153;RBI=0.0083562;REFB=-0.0360531;REVB=0.00733587;RO=8;SAF=88;SAR=103;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301998;STB=0.501466;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.000226581;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:199:200:8:8:191:192:0.96:103:88:4:4:103:89:4:4 chr2 219130802 . T C 204.56 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0158916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.081;QD=16.6989;RBI=0.0428788;REFB=-0.0138046;REVB=-0.0398252;RO=27;SAF=5;SAR=16;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755374;STB=0.549251;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0244881;OID=.;OPOS=219130802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:16:5:5:22:16:5:5:23 chr2 219140288 . G C 290.74 PASS AF=0.419753;AO=32;DP=76;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0478739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5437;QD=14.3578;RBI=0.0502385;REFB=-0.0245545;REVB=0.0152316;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535535;STB=0.530285;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0229338;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:44:47:32:34:0.419753:18:14:17:27:20:14:17:30 chr2 219143229 . G A 120.08 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0185817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.228;QD=9.41773;RBI=0.0527321;REFB=-0.00094952;REVB=-0.0493497;RO=34;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418664;STB=0.764291;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00172569;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:34:36:15:15:0.294118:13:2:14:20:13:2:15:21 chr2 219144089 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00262766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.253;QD=9.09998;RBI=0.0100994;REFB=-0.0278167;REVB=-0.00975159;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212292;STB=0.62784;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0601525;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:5:14:5:4:5:14 chr2 219144815 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.111;QD=58.4194;RBI=0.02047;REFB=0;REVB=0.0159173;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38095e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr2 219146803 . G A 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0628723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.98;QD=11.0176;RBI=0.0637072;REFB=-0.00902217;REVB=-0.0102803;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264432;STB=0.66603;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0248614;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:5:3:1:5:5:3 chr2 219221846 . G A 353.27 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.00449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.589;QD=23.9502;RBI=0.0147001;REFB=-0.0310883;REVB=-0.0139976;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240464;STB=0.630702;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0198618;OID=.;OPOS=219221846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:24:34:35:0.59322:19:15:3:20:20:15:3:21 chr2 219231807 . C T 227.01 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000839179;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.567;QD=50.4466;RBI=0.00680943;REFB=0;REVB=0.00675752;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06466e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr2 219249013 . C T 36.31 PASS AF=0.3;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.166267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1363;QD=7.26208;RBI=0.173741;REFB=0.019843;REVB=-0.0504107;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423947;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.035173;OID=.;OPOS=219249013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:14:14:5:6:0.3:4:1:8:6:4:2:8:6 chr2 219254622 . A G 910.95 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.18;QD=57.8378;RBI=0.0603483;REFB=0;REVB=0.0601579;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234476;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:18:42:0:0:20:43:0:0 chr2 219257728 . C T 201.41 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.040577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.409;QD=28.7732;RBI=0.0474335;REFB=-0.0617046;REVB=0.0245652;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23163;STB=0.63144;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0264542;OID=.;OPOS=219257728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:27:28:9:9:18:19:0.678571:11:7:7:2:12:7:7:2 chr2 219257795 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00336812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.71;QD=15.172;RBI=0.0137393;REFB=-0.0114589;REVB=0.0133201;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273807;STB=0.657935;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0163472;OID=.;OPOS=219257795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:15:9:11:6:15:9 chr2 219265094 . T C 572.95 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7399;QD=60.31;RBI=0.0443315;REFB=0;REVB=-0.0386201;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102021;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr2 219266423 . C A 521.22 PASS AF=0.785714;AO=44;DP=56;FAO=44;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0298978;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.129;QD=37.2298;RBI=0.0346478;REFB=-0.0282659;REVB=0.0175097;RO=12;SAF=25;SAR=19;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939702;STB=0.550548;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.017495;OID=.;OPOS=219266423;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:56:56:12:12:44:44:0.785714:19:25:4:8:19:25:4:8 chr2 219267781 . C T 67.74 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0337618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3345;QD=11.7809;RBI=0.102098;REFB=-0.0618627;REVB=-0.0963544;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0873198;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:8:6:4:5:8:6 chr2 219319657 . A G 711.52 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120035;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.676;QD=63.2466;RBI=0.0338162;REFB=0;REVB=-0.0316141;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7966e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr2 219492924 . T C 191.09 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0214621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5683;QD=12.3286;RBI=0.0224559;REFB=-0.0150536;REVB=0.00660641;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045822;STB=0.51281;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0276007;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:9:15:21:15:9:15:23:15 chr2 219508372 . A T 473.55 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00783054;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.951;QD=23.6774;RBI=0.0102927;REFB=-0.0243343;REVB=0.00668004;RO=35;SAF=13;SAR=32;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10222;STB=0.556317;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0198115;OID=.;OPOS=219508372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:35:35:45:45:0.5625:32:13:14:21:32:13:14:21 chr2 219508988 . T C 271.07 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0114097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.055;QD=17.211;RBI=0.0254904;REFB=-0.00816741;REVB=-0.0227943;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337205;STB=0.693161;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0115589;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:29:30:0.47619:20:9:22:11:21:9:22:11 chr2 219509618 . C A 348.88 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0154649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2297;QD=22.1511;RBI=0.041334;REFB=-0.0149371;REVB=0.0383319;RO=27;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192979;STB=0.598372;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00909398;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:27:35:36:0.571429:16:19:8:19:17:19:8:19 chr2 219555262 . G A 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00700109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.553;QD=14.9476;RBI=0.0134206;REFB=-0.00134651;REVB=0.0114498;RO=42;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916607;STB=0.552059;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00177528;OID=.;OPOS=219555262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:21:10:17:25:21:10:17:25 chr2 219562675 . G A 468.1 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0318708;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.143;QD=22.5591;RBI=0.0367216;REFB=0.00477405;REVB=0.0182408;RO=35;SAF=24;SAR=21;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150905;STB=0.598683;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00250833;OID=.;OPOS=219562675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:35:38:45:45:0.542169:21:24:12:23:21:24:12:26 chr2 219602499 . G C 71.96 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0231367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8672;QD=19.1893;RBI=0.0391056;REFB=0.0453368;REVB=-0.0315268;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20145;STB=0.615147;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0184771;OID=.;OPOS=219602499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:1:5:5:4:1:5 chr2 219602819 . G A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00486407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.772;QD=15.7009;RBI=0.0133038;REFB=-0.00309335;REVB=-0.0123827;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403924;STB=0.733022;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00428669;OID=.;OPOS=219602819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:13:6:11:4:13:6 chr2 219610433 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.035982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.453;QD=20.2095;RBI=0.0365636;REFB=-0.0133552;REVB=-0.00649537;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275703;STB=0.659716;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00310622;OID=.;OPOS=219610433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:4:6:11:2:4:6 chr2 219692696 . G C 397.96 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0417466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7755;QD=18.2973;RBI=0.0418707;REFB=-0.00821982;REVB=0.00322155;RO=44;SAF=11;SAR=30;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315729;STB=0.509549;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0195757;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:46:41:41:0.471264:30:11:13:31:30:11:13:33 chr2 219695487 . G C 263.25 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0220558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1995;QD=17.5502;RBI=0.0240389;REFB=-0.0239916;REVB=-0.0095609;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176076;STB=0.586147;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0168904;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:28:29:0.483333:17:11:18:13:17:12:18:13 chr2 219894330 . C T 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0121686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.926;QD=15.3795;RBI=0.0237421;REFB=-0.0341092;REVB=-0.0203866;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.031393;OID=.;OPOS=219894330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr2 219903258 . T G 218.32 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0176567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.752;QD=18.5803;RBI=0.0413288;REFB=-0.0171456;REVB=-0.0373673;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100444;STB=0.576854;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0175932;OID=.;OPOS=219903258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:25:21:22:0.468085:10:11:10:14:10:12:10:15 chr2 219903723 . C T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0112838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.558;QD=14.7346;RBI=0.0123394;REFB=-0.0144056;REVB=0.00499369;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15085;STB=0.585247;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0187244;OID=.;OPOS=219903723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:12:24:14:13:12:24 chr2 219920037 . A G 2208.54 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.12;QD=62.6537;RBI=0.0530478;REFB=0;REVB=0.0233881;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81859e-05;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:141:0:0:131:141:1:72:59:0:0:78:63:0:0 chr2 219920412 . A G 163.44 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00590424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.677;QD=14.8585;RBI=0.00711239;REFB=-0.0336652;REVB=0.0039656;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18551;STB=0.559521;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0463225;OID=.;OPOS=219920412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:26:17:18:0.409091:9:8:7:17:10:8:9:17 chr2 219923410 . G GAGA 288.14 PASS AF=0.476923;AO=27;DP=74;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0119963;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=3;MLLD=153.105;QD=17.7316;RBI=0.0125492;REFB=-0.0250698;REVB=-0.00368383;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163104;STB=0.519987;STBP=0.797;TYPE=ins;VARB=0.0296719;OID=.;OPOS=219923411;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476923:27:74:31:65:34:18:13:21:13:99:45:14:13:30:15 chr2 219940484 . C T 676.78 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00721393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.254;QD=60.1579;RBI=0.0188416;REFB=0.0147648;REVB=-0.0174059;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00128986;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:15:28:0:1:15:29:0:1 chr2 219941063 . G A 310.89 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0228659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.159;QD=14.1313;RBI=0.0311159;REFB=-0.00713446;REVB=-0.0211032;RO=52;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243597;STB=0.632213;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0164008;OID=.;OPOS=219941063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:14:21:19:33:14:21:20:33 chr2 219967380 . T C 606.89 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0121287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6576;QD=56.4549;RBI=0.0138441;REFB=-0.223033;REVB=-0.00667471;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046837;STB=0.523798;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00676634;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:43:2:2:40:41:0.953488:21:19:2:0:21:20:2:0 chr2 220037393 . A G 136.95 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.906;QD=39.1289;RBI=0.0235341;REFB=0.0480602;REVB=0.00550025;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00100143;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:5:7:1:0:6:7:1:0 chr2 220045454 . G A 1374.52 PASS AF=0.970297;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00679942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9879;QD=54.4364;RBI=0.00838835;REFB=-0.0909328;REVB=0.00491247;RO=3;SAF=42;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013345;STB=0.507203;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00791014;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:101:3:3:96:98:0.970297:54:42:2:1:56:42:2:1 chr2 220072766 . G T 530.5 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5716;QD=57.3516;RBI=0.0423049;REFB=-0.0792829;REVB=0.0318426;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00469741;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:23:14:0:0 chr2 220082396 . C T 144.79 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00148405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.232;QD=15.6525;RBI=0.0171645;REFB=-0.00962248;REVB=0.0171002;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781561;STB=0.559365;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0113719;OID=.;OPOS=220082396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:9:6:10:11:10:6:10:11 chr2 220083279 . C T 911.77 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0231489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.246;QD=55.2585;RBI=0.0270287;REFB=-0.135501;REVB=0.0139527;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520827;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00266899;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:0:2:63:64:0.969697:22:41:0:0:23:41:0:2 chr2 220084902 . G A 891.31 PASS AF=0.969697;AO=53;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.051783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.88;QD=54.0189;RBI=0.0662905;REFB=-0.157905;REVB=0.0413879;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.50294;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00068968;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:0:2:53:64:0.969697:16:37:0:0:26:38:1:1 chr2 220085845 . A G 358.05 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2852;QD=55.084;RBI=0.0314395;REFB=0;REVB=0.028028;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544301;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 220100787 . C T 80.23 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0373798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.269;QD=8.44548;RBI=0.0374004;REFB=-0.00673578;REVB=0.00124279;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139846;STB=0.586047;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0148379;OID=.;OPOS=220100787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:13:14:7:4:13:14 chr2 220104997 . G A 314.28 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00443677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.168;QD=15.3309;RBI=0.00735773;REFB=-0.00634132;REVB=0.00586953;RO=47;SAF=9;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31414;STB=0.682561;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0134803;OID=.;OPOS=220104997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:47:34:35:0.426829:25:9:26:21:26:9:26:21 chr2 220113242 . T G 3225.22 PASS AF=1;AO=208;DP=216;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010342;FXX=0.0370353;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.131;QD=62.0234;RBI=0.0256249;REFB=-0.035234;REVB=0.0234452;RO=0;SAF=109;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55546e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:208:0:0:208:208:1:99:109:0:0:99:109:0:0 chr2 220118530 . AG AC,CC 520.47 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=31,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494611,-0.0178946;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=104.379,156.242;QD=57.8294;RBI=0.0522224,0.0181654;REFB=0,0;REVB=0.0167563,0.00312483;RO=0;SAF=21,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=5.42862e-05,0.0169999;OID=.,.;OPOS=220118531,220118530;OREF=G,AG;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:31,2:34,2:0.944444,0.0555556:10,2:21,0:0:0:13,2:21,0:0:0 chr2 220136155 . T C 1376.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1709;QD=62.5684;RBI=0.0474456;REFB=0;REVB=-0.000629512;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171794;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chr2 220136351 . G A 307.42 PASS AF=0.393617;AO=31;DP=89;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0218169;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2769;QD=13.0816;RBI=0.0381641;REFB=-0.0153273;REVB=0.0313133;RO=57;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103261;STB=0.601339;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0442606;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:57:57:31:37:0.393617:14:17:26:31:14:23:26:31 chr2 220136371 . T C 1116.07 PASS AF=0.974359;AO=74;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0361988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.515;QD=57.2341;RBI=0.036334;REFB=0.0477876;REVB=0.00313187;RO=2;SAF=41;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00272103;STB=0.501018;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000684306;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:74:76:0.974359:33:41:1:1:35:41:1:1 chr2 220162015 . C G 234.49 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00639336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9623;QD=13.5938;RBI=0.0305039;REFB=-0.0338202;REVB=0.0298264;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296535;STB=0.548139;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0302739;OID=.;OPOS=220162015;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:41:27:28:0.405797:10:17:23:12:11:17:28:13 chr2 220172576 . A C 210.14 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0177535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.051;QD=17.1544;RBI=0.0180005;REFB=-0.00525134;REVB=-0.00297175;RO=27;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310657;STB=0.685524;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00601894;OID=.;OPOS=220172576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:17:4:12:15:18:4:12:15 chr2 220193917 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00557906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.928;QD=17.542;RBI=0.0107863;REFB=-0.0128963;REVB=0.00923137;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213067;STB=0.512179;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0140981;OID=.;OPOS=220193917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:5:11:10:5:5:11 chr2 220197321 . C T 637.09 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0322162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.568;QD=20.2249;RBI=0.0367904;REFB=-0.0300252;REVB=0.0177666;RO=61;SAF=36;SAR=28;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14914;STB=0.578039;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0247859;OID=.;OPOS=220197321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:61:62:64:64:0.507937:28:36:24:37:28:36:25:37 chr2 220197388 . C A 411.61 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.0655085;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.327;QD=20.5804;RBI=0.0661566;REFB=-0.0101731;REVB=-0.00923789;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258837;STB=0.64199;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0118207;OID=.;OPOS=220197388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:22:19:7:32:22:19:7:32 chr2 220250147 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.613;QD=59.8377;RBI=0.057425;REFB=0;REVB=-0.0516497;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115348;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr2 220250800 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0163876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.778;QD=14.0965;RBI=0.0179977;REFB=-0.0278767;REVB=0.0074407;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0247604;OID=.;OPOS=220250800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:9:5:4:7:9:5 chr2 220283259 . A G 123.11 PASS AF=0.923077;AO=13;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.043401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9797;QD=37.8795;RBI=0.20895;REFB=-0.214977;REVB=-0.204393;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0141082;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:13:12:0.923077:7:6:0:0:6:6:0:1 chr2 220283277 . T C 250.37 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298953;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.831;QD=47.6897;RBI=0.0711302;REFB=0.0539192;REVB=0.0645428;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0017194;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:19:20:0.952381:9:10:0:1:9:11:0:1 chr2 220315970 . G A 253.35 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0851983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.483;QD=24.7173;RBI=0.0853855;REFB=-0.00791784;REVB=-0.00565184;RO=17;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137802;STB=0.553799;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00364741;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:18:5:6:11:18:6:6:11 chr2 220330804 . T C 103.46 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0216039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.313;QD=18.8116;RBI=0.0284888;REFB=-0.05532;REVB=0.0185711;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125598;STB=0.571317;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0278379;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:2:8:8:4:2:8 chr2 220333950 . T C,G 728.62 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=49,2;DP=51;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025745,0.0125409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.09,154.093;QD=56.0476;RBI=0.0313841,0.021556;REFB=0,0;REVB=0.0179487,0.0175324;RO=0;SAF=18,1;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.58521e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0030568,-0.0531279;OID=.,.;OPOS=220333950,220333950;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:51:52:0:0:49,2:50,2:0.961538,0.0384615:31,1:18,1:0:0:32,1:18,1:0:0 chr2 220353013 . G A 270.99 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0157803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3246;QD=23.5641;RBI=0.0341748;REFB=-0.033958;REVB=-0.0303134;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422618;STB=0.523541;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0279812;OID=.;OPOS=220353013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:13:12:9:12:13:12:9:12 chr2 220354108 . A G 163.8 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.089384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7653;QD=16.3798;RBI=0.0963768;REFB=0.00554254;REVB=-0.0360416;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198929;STB=0.62487;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00502462;OID=.;OPOS=220354108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:17:18:0.45:9:8:6:16:9:9:6:16 chr2 220354365 . C T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=31;FWDB=0.112581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.036;QD=6.02713;RBI=0.113243;REFB=7.28644e-05;REVB=0.0122256;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595149;STB=0.829507;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00529985;OID=.;OPOS=220354365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:8:1:0:31:8:1:0:31 chr2 220355529 . A G 278.36 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0210692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.545;QD=21.0085;RBI=0.0210937;REFB=-0.00872261;REVB=-0.00101616;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320452;STB=0.517796;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00713245;OID=.;OPOS=220355529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:11:18:14:10:11:18:14:10 chr2 220357594 . C A 311.07 PASS AF=0.472973;AO=32;DP=72;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0366637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.615;QD=16.8147;RBI=0.0375134;REFB=-0.0138752;REVB=0.00793921;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762793;STB=0.569522;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0154979;OID=.;OPOS=220357594;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:38:39:32:35:0.472973:16:16:16:22:16:19:16:23 chr2 220362557 . C T 221.9 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00982363;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6234;QD=13.0532;RBI=0.0101186;REFB=-0.0196018;REVB=-0.00242552;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100212;STB=0.502922;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0187162;OID=.;OPOS=220362557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:36:41:27:27:0.397059:10:17:23:13:10:17:26:15 chr2 220362899 . C G 331.56 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0975475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5743;QD=51.0093;RBI=0.100366;REFB=-0.182584;REVB=-0.0236171;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53843;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00651459;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:26:0:1:25:25:0.961538:19:6:0:0:19:6:1:0 chr2 220379560 . C G 712.47 PASS AF=0.710843;AO=59;DP=82;FAO=59;FDP=83;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.000345176;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.73;QD=34.3359;RBI=0.010647;REFB=-0.0159992;REVB=-0.0106414;RO=22;SAF=18;SAR=41;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226712;STB=0.624141;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00481566;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:22:24:59:59:0.710843:41:18:16:6:41:18:17:7 chr2 220402671 . G T 426.06 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.985;QD=51.6439;RBI=0.0310087;REFB=-0.0837759;REVB=0.0254898;RO=2;SAF=21;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423593;STB=0.522713;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000812802;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:2:2:30:31:0.939394:9:21:2:0:10:21:2:0 chr2 220402680 . T C,G 505.97 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=30,5;DP=35;FAO=32,3;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24,3;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178269,-0.00149154;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.118,142.586;QD=57.8248;RBI=0.0193239,0.0106477;REFB=0,0;REVB=-0.00745746,-0.0105428;RO=0;SAF=22,5;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00679971,0.00285171;OID=.,.;OPOS=220402680,220402680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:35:35:0:0:30,5:32,3:0.914286,0.0857143:8,0:22,5:0:0:8,0:24,3:0:0 chr2 220404381 . A G 603.22 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.063;QD=58.8506;RBI=0.019421;REFB=-0.143702;REVB=0.00109611;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000885341;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:1:40:40:0.97561:30:10:0:0:30:10:0:1 chr2 220404579 . C T 449.93 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00522902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3543;QD=21.6836;RBI=0.0239429;REFB=-0.000216945;REVB=0.0233649;RO=39;SAF=16;SAR=28;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153069;STB=0.584611;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000487472;OID=.;OPOS=220404579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:28:16:21:18:28:16:21:18 chr2 220405321 . T C 1356.05 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.959;QD=62.3472;RBI=0.0496782;REFB=0;REVB=-0.0455127;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09127e-05;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:47:39:0:0:47:40:0:0 chr2 220406722 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.95;QD=39.2053;RBI=0.0943139;REFB=0;REVB=0.0125421;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145469;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 220412256 . T C 635.77 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0585178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1379;QD=59.1417;RBI=0.0659293;REFB=-0.0654929;REVB=-0.0303699;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00077921;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:0:1 chr2 220414016 . C T 306.39 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0454605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.404;QD=47.1367;RBI=0.0454746;REFB=-0.201284;REVB=0.00113149;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.510195;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00253922;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:15:9:1:0:15:9:1:1 chr2 220414019 . T C 44.34 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0482406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.916;QD=7.09429;RBI=0.115361;REFB=-0.0259724;REVB=0.10479;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485258;STB=0.69952;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0748866;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:16:16:8:9:0.36:7:1:8:8:7:2:8:8 chr2 220415595 . GGA G 32.84 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0138847;FXX=0.079968;HRUN=4;LEN=2;MLLD=235.34;QD=5.71077;RBI=0.0171344;REFB=0.000586195;REVB=0.01004;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127905;STB=0.516075;STBP=0.966;TYPE=del;VARB=-0.00223027;OID=.;OPOS=220415596;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:5:20:6:23:17:4:2:11:6:32:8:4:1:7:1 chr2 220417266 . C T 124.92 PASS AF=0.375;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0599521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0998;QD=12.4921;RBI=0.0605423;REFB=-0.0149123;REVB=-0.00843314;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137756;STB=0.550952;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0299907;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:14:15:0.375:5:9:13:12:6:9:13:12 chr2 220419236 . T C 2311.02 PASS AF=1;AO=141;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818685;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.806;QD=63.7522;RBI=0.0399259;REFB=0;REVB=0.0390775;RO=0;SAF=66;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172099;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:141:145:1:75:66:0:0:79:66:0:0 chr2 220419339 . T C 2067.98 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.578;QD=61.7309;RBI=0.0293915;REFB=-0.0856107;REVB=-0.0192558;RO=1;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583254;STB=0.503067;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=8.63106e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:81:52:0:1:81:52:0:1 chr2 220420785 . G A 677.63 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0190296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.2;QD=25.5709;RBI=0.0978127;REFB=-0.0259385;REVB=0.0959437;RO=42;SAF=22;SAR=42;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102962;STB=0.556098;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0185631;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:42:22:20:22:42:22:20:22 chr2 220420956 . A G 299.06 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.495;QD=52.0109;RBI=0.0286415;REFB=0;REVB=0.0242443;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509208;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:10:13:0:0 chr2 220421417 . C G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00640498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.836;QD=18.7117;RBI=0.0471432;REFB=-0.016123;REVB=-0.0467061;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119094;STB=0.567494;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.022086;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:12:7:9:9:12:7 chr2 220422774 . A G 413.75 PASS AF=0.382812;AO=45;DP=126;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00789145;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.337;QD=12.9295;RBI=0.00800365;REFB=-0.0165034;REVB=0.00133543;RO=77;SAF=26;SAR=19;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108064;STB=0.561265;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0219478;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:77:79:45:49:0.382812:19:26:37:40:20:29:39:40 chr2 220430203 . C T 345.06 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0102369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0685;QD=16.6296;RBI=0.102;REFB=-0.0231205;REVB=0.101485;RO=46;SAF=13;SAR=24;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293935;STB=0.66486;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0306042;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:24:13:30:16:24:13:30:16 chr2 220435034 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0198703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.715;QD=19.0178;RBI=0.0316323;REFB=-0.0172873;REVB=0.0246125;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874813;STB=0.549932;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.011911;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:6:8:10:5:6:8 chr2 220435386 . G C 37.63 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0409096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.789;QD=9.40733;RBI=0.0409611;REFB=-0.0258416;REVB=-0.00205444;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141542;STB=0.62453;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0427968;OID=.;OPOS=220435386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:4:1:3:7:5:1:3:7 chr2 220462640 . G T 1475.15 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0315302;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.981;QD=56.7364;RBI=0.0328244;REFB=-0.198153;REVB=0.00912627;RO=1;SAF=40;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117123;STB=0.508063;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000384721;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:104:1:2:101:102:0.980769:61:40:1:0:61:41:0:2 chr2 220466199 . G T 808.08 PASS AF=1;AO=40;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.802;QD=64.6466;RBI=0.0497947;REFB=0;REVB=0.00260929;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132887;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:40:50:1:14:26:0:0:17:33:0:0 chr2 220466200 . C T 39.89 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00669143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9569;QD=3.12828;RBI=0.00984499;REFB=-0.020505;REVB=-0.0072214;RO=44;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104992;STB=0.576694;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.014421;OID=.;OPOS=220466200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:2:5:28:16:2:5:28:16 chr2 220471116 . C G 833.64 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.852;QD=57.4924;RBI=0.0274554;REFB=0;REVB=0.0144638;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81622e-05;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr2 220473355 . G A 1105.6 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0305085;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.136;QD=56.6972;RBI=0.0457129;REFB=-0.119495;REVB=0.0340426;RO=4;SAF=47;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140617;STB=0.501645;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00219064;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:4:3:74:75:0.961538:27:47:2:2:28:47:2:1 chr2 220476443 . C T 1087.0 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.526;QD=59.5614;RBI=0.0517404;REFB=0;REVB=0.0207022;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147509;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:68:73:1:39:29:0:0:39:34:0:0 chr2 220479312 . T C 612.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.668;QD=61.2226;RBI=0.0407206;REFB=0;REVB=0.0126209;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140897;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr2 220494117 . CA C,CC 351.96 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=7,18;DP=25;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635529,0.0704094;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.862,213.776;QD=54.1476;RBI=0.0635552,0.0704118;REFB=0,0;REVB=-0.000539173,0.000579361;RO=0;SAF=4,10;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00511572,0.00490594;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:7,18:25:1,25:26:0:1,14:0,11:0:0:7:0:4,10:3,8:0:0 chr2 220500423 . A G 1730.48 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7983;QD=60.7187;RBI=0.0444499;REFB=0;REVB=-0.0158277;RO=0;SAF=79;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277108;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:35:79:0:0:35:79:0:0 chr2 220500426 . A G 1655.33 PASS AF=0.973913;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00372989;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.703;QD=57.5768;RBI=0.0341995;REFB=-0.0359712;REVB=-0.0339955;RO=3;SAF=77;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181363;STB=0.509552;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00143402;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:111:112:0.973913:34:77:3:0:35:77:3:0 chr2 220502367 . A C 617.23 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158091;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.988;QD=61.7231;RBI=0.0174127;REFB=0;REVB=-0.00729901;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61018e-06;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 220505265 . T C 1197.98 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0223524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.999;QD=56.3754;RBI=0.0309684;REFB=-0.01303;REVB=0.0214339;RO=4;SAF=32;SAR=49;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135459;STB=0.507161;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00028837;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:4:4:81:81:0.952941:49:32:1:3:49:32:1:3 chr2 220771223 . C T 581.06 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=-0.00824934;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.476;QD=15.7044;RBI=0.0164954;REFB=-0.0128062;REVB=0.0142845;RO=85;SAF=25;SAR=37;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807181;STB=0.540466;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0107223;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:85:86:62:62:0.418919:37:25:28:57:37:25:29:57 chr2 220771290 . G A 552.7 PASS AF=0.4;AO=64;DP=161;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=-0.00732041;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.559;QD=13.8176;RBI=0.00752198;REFB=-0.00251482;REVB=-0.00172969;RO=94;SAF=21;SAR=43;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395955;STB=0.5175;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00504299;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:94:96:64:64:0.4:43:21:34:60:43:21:34:62 chr2 222282765 . C T 998.81 PASS AF=0.427419;AO=105;DP=249;FAO=106;FDP=248;FR=.;FRO=142;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.00133654;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.617;QD=16.1098;RBI=0.00459173;REFB=-0.00968624;REVB=0.00439291;RO=140;SAF=59;SAR=46;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857813;STB=0.544621;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0145792;OID=.;OPOS=222282765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:140:142:105:106:0.427419:46:59:67:73:47:59:68:74 chr2 222283000 . A T 221.53 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00475549;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.662;QD=14.5264;RBI=0.015933;REFB=-0.0167251;REVB=0.0152068;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726495;STB=0.524571;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0245924;OID=.;OPOS=222283000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:35:24:26:0.42623:11:13:17:19:13:13:16:19 chr2 222290027 . T G 392.05 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0110701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.8;QD=16.8625;RBI=0.0214744;REFB=-0.00997354;REVB=-0.0184011;RO=52;SAF=14;SAR=27;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291072;STB=0.663277;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.017426;OID=.;OPOS=222290027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:27:14:33:19:27:14:33:19 chr2 223161889 . A C,G 537.63 PASS AF=0.0263158,0.947368;AO=2,36;DP=38;FAO=1,36;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=1,12;FSAR=0,24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00644336,-0.0182572;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.467,68.4964;QD=56.5926;RBI=0.00712242,0.0608398;REFB=-0.0686388,-0.0262281;REVB=0.00303513,-0.0580358;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.519989;STBP=1,0.25;TYPE=snp,snp;VARB=0.0385157,-0.000590202;OID=.,.;OPOS=223161889,223161889;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:38:38:0:1:2,36:1,36:0.0263158,0.947368:0,24:2,12:0:0:0,24:1,12:1:0 chr2 223423362 . A G,T 625.84 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=39,2;DP=42;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804942,0.0444021;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.565,76.8229;QD=61.0574;RBI=0.080508,0.0444432;REFB=0,0;REVB=-0.00149202,0.00190937;RO=0;SAF=27,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000348803,0.102998;OID=.,.;OPOS=223423362,223423362;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:42:41:0:0:39,2:40,1:0.97561,0.0243902:12,2:27,0:0:0:13,1:27,0:0:0 chr2 223436607 . C T 870.72 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922593;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3814;QD=58.0477;RBI=0.0346827;REFB=0;REVB=-0.0334331;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109069;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr2 223785740 . A G 222.1 PASS AF=0.488889;AO=20;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0297604;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.917;QD=19.7421;RBI=0.0329462;REFB=0.0017543;REVB=-0.014134;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254185;STB=0.622118;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00135734;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:20:22:0.488889:10:10:5:17:11:11:6:17 chr2 223807380 . C A 1483.46 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0112573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.225;QD=55.4563;RBI=0.0114258;REFB=-0.0249653;REVB=0.00195529;RO=2;SAF=47;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00159066;STB=0.51104;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000418182;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:2:4:103:103:0.962617:56:47:1:1:56:47:3:1 chr2 223917629 . C T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0783954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0542;QD=26.0485;RBI=0.0818584;REFB=-0.0212123;REVB=-0.0235575;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522328;STB=0.529363;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0117293;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:2:3:6:6:2:3 chr2 223917812 . T C 1174.87 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294162;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.955;QD=61.0323;RBI=0.0486358;REFB=0;REVB=0.0387315;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12361e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:40:35:0:0:40:37:0:0 chr2 223917983 . T G 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.944;QD=57.1918;RBI=0.0133598;REFB=0;REVB=-0.0128034;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96545e-05;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr2 223918080 . C G 399.74 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00565432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3717;QD=53.2981;RBI=0.0066622;REFB=0.0250527;REVB=0.00352329;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00322709;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr2 223918363 . T C 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000626643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9086;QD=62.3396;RBI=0.00962115;REFB=0;REVB=0.00960073;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33494e-05;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr2 224462382 . T C 314.07 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.044971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.569;QD=17.4485;RBI=0.0455331;REFB=-0.0200017;REVB=0.00713242;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071356;STB=0.539275;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0183027;OID=.;OPOS=224462382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:33:34:0.472222:19:14:13:24:19:15:14:24 chr2 225630233 . C T 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3458;QD=57.6735;RBI=0.0331768;REFB=0;REVB=-0.0326381;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748626;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr2 225750861 . C T 248.32 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0105202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.022;QD=13.9896;RBI=0.0121128;REFB=-0.00927363;REVB=-0.00600378;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121455;STB=0.57473;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0177406;OID=.;OPOS=225750861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:15:14:15:26:15:14:15:27 chr2 226273689 . T C 779.37 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0220656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.356;QD=20.6456;RBI=0.0246898;REFB=-0.000917606;REVB=0.0110766;RO=73;SAF=40;SAR=38;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895506;STB=0.54914;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000923328;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:73:78:78:0.516556:38:40:30:43:38:40:30:43 chr2 226447735 . C T 1030.7 PASS AF=0.947368;AO=68;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00367058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2794;QD=54.2476;RBI=0.019679;REFB=-0.027258;REVB=0.0193337;RO=4;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057171;STB=0.528563;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00422999;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:4:4:68:72:0.947368:31:37:0:4:33:39:0:4 chr2 226491770 . A C 957.02 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2876;QD=57.1358;RBI=0.142709;REFB=0;REVB=0.012837;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026501;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:67:0:0:58:67:1:37:21:0:0:38:29:0:0 chr2 227663462 . C A 199.26 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0187881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1071;QD=21.5413;RBI=0.086802;REFB=-0.00131546;REVB=0.0847443;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233393;STB=0.637463;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00657014;OID=.;OPOS=227663462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:12:7:11:6:13:7:11:6 chr2 227886785 . T A 269.01 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00438475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9075;QD=16.5544;RBI=0.0361024;REFB=0.0123996;REVB=0.0358352;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305691;STB=0.507687;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0170025;OID=.;OPOS=227886785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:29:30:0.461538:14:15:17:18:15:15:17:18 chr2 228102752 . C A 670.58 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0388425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1029;QD=49.6722;RBI=0.12302;REFB=-0.0378896;REVB=0.116727;RO=3;SAF=20;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293564;STB=0.536571;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00394117;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:54:3:3:50:51:0.944444:30:20:2:1:32:19:3:0 chr2 228111435 . T C,G 1007.8 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=66,3;DP=69;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29,3;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016348,-0.010449;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.116,84.8795;QD=58.4233;RBI=0.0173686,0.0136188;REFB=0,0;REVB=0.00586619,-0.0087344;RO=0;SAF=29,3;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00105823,0.018747;OID=.,.;OPOS=228111435,228111435;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:69:69:0:0:66,3:66,3:0.956522,0.0434783:37,0:29,3:0:0:37,0:29,3:0:0 chr2 228111600 . G T 615.97 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8725;QD=60.0948;RBI=0.0194257;REFB=0;REVB=0.0191057;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00739277;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:20:19:0:0:21:20:0:0 chr2 228113175 . A G 1011.35 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0439186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4836;QD=57.7912;RBI=0.0486111;REFB=0.192126;REVB=-0.0208374;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00401107;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:0:1:42:27:0:1 chr2 228128540 . C T 2936.74 PASS AF=0.974619;AO=189;DP=196;FAO=192;FDP=197;FR=.;FRO=5;FSAF=110;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0103761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8876;QD=59.6293;RBI=0.0314921;REFB=-0.0638329;REVB=-0.0297336;RO=5;SAF=108;SAR=81;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143078;STB=0.500702;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00449035;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:196:197:5:5:189:192:0.974619:81:108:3:2:82:110:3:2 chr2 228128568 . G A 857.76 PASS AF=0.422222;AO=94;DP=225;FAO=95;FDP=225;FR=.;FRO=130;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.00300921;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4035;QD=15.249;RBI=0.0476371;REFB=-0.00420142;REVB=0.047542;RO=126;SAF=49;SAR=45;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137185;STB=0.509125;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0060456;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:126:130:94:95:0.422222:45:49:64:62:46:49:65:65 chr2 228131169 . A G 335.45 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0187489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.822;QD=16.9848;RBI=0.0273918;REFB=-0.0155961;REVB=-0.0199696;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18359;STB=0.586545;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0172627;OID=.;OPOS=228131169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:35:36:0.455696:20:15:26:16:20:16:26:17 chr2 228131752 . G A 71.73 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0203319;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7802;QD=7.35649;RBI=0.0205295;REFB=0.0115995;REVB=-0.00284112;RO=28;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391398;STB=0.75075;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0561089;OID=.;OPOS=228131752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:39:39:28:29:10:10:0.25641:3:7:10:18:3:7:10:19 chr2 228135631 . C T 189.06 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00712463;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.765;QD=19.9009;RBI=0.00738993;REFB=-0.00327557;REVB=0.00196232;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386818;STB=0.554857;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00289411;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:19:19:19:0.5:11:8:6:10:11:8:6:13 chr2 228177479 . C T 186.98 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00593304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.526;QD=10.6845;RBI=0.0117203;REFB=-0.00556797;REVB=-0.0101076;RO=43;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110076;STB=0.555773;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0118642;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:43:46:24:24:0.342857:11:13:19:24:11:13:21:25 chr2 228177751 . G A 193.99 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0753831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4874;QD=16.8691;RBI=0.0756209;REFB=-0.00513408;REVB=0.00599314;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495945;STB=0.528356;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0327881;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:13:13:11:9:13:13 chr2 228177825 . C G 196.77 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000419686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.501;QD=18.3038;RBI=0.053467;REFB=-0.0271076;REVB=0.0534654;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853815;STB=0.504849;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0277247;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:9:14:12:8:9:14 chr2 228194480 . AG TT 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00707152;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.012;QD=14.1389;RBI=0.00728354;REFB=-0.0136436;REVB=0.0017446;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726024;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=mnp;VARB=0.0180689;OID=.;OPOS=228194480;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:10:10:8:6:10:10 chr2 228197238 . G A 530.06 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0551041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2382;QD=22.5558;RBI=0.0579174;REFB=-0.0248628;REVB=-0.0178317;RO=43;SAF=27;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101754;STB=0.561044;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0193781;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:44:50:50:0.531915:23:27:18:25:23:27:18:26 chr2 228416712 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.998;QD=52.6129;RBI=0.075592;REFB=0;REVB=0.0447479;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123484;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr2 228476140 . C T 754.59 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0261111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7711;QD=54.879;RBI=0.0451294;REFB=-0.0805981;REVB=0.0368086;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0102975;OID=.;OPOS=228476140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chr2 228476253 . C G 1094.34 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.787;QD=59.9638;RBI=0.0546784;REFB=0;REVB=0.00206837;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403516;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:35:36:0:0:35:38:0:0 chr2 228627806 . G A 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00995158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.157;QD=28.1928;RBI=0.0190773;REFB=0.0209193;REVB=0.0162761;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118003;STB=0.565161;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00840559;OID=.;OPOS=228627806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:10:13:5:8:10:13:5:8 chr2 228776996 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00832145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.24;QD=22.7197;RBI=0.0151689;REFB=-0.0160476;REVB=-0.0126827;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142469;STB=0.580527;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0129264;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:4:5:5:9:4:5 chr2 228882970 . T C 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00979144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4385;QD=7.27109;RBI=0.0510022;REFB=-0.00322303;REVB=0.0500535;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145797;STB=0.592997;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0167457;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:7:2:8:17:7:2:8:17 chr2 228883721 . T C 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0195026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.915;QD=18.4387;RBI=0.0227407;REFB=-0.0225318;REVB=0.0116957;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322693;STB=0.684279;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00902965;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:16:13:23:5:16:13:24:5 chr2 230045500 . C G 376.0 PASS AF=0.315436;AO=47;DP=149;FAO=47;FDP=149;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.105624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6521;QD=10.0939;RBI=0.109495;REFB=-0.00500508;REVB=0.0288569;RO=102;SAF=36;SAR=11;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389812;STB=0.72772;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0152227;OID=.;OPOS=230045500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:102:102:47:47:0.315436:11:36:46:56:11:36:46:56 chr2 230045542 . C G 1356.39 PASS AF=0.607843;AO=126;DP=204;FAO=124;FDP=204;FR=.;FRO=80;FSAF=84;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=29;FWDB=0.0375152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9996;QD=26.5959;RBI=0.0380555;REFB=-0.016858;REVB=-0.00639021;RO=78;SAF=85;SAR=41;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267822;STB=0.517682;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00631845;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:78:80:126:124:0.607843:41:85:50:28:40:84:51:29 chr2 230045545 . T C 1471.24 PASS AF=0.64532;AO=131;DP=202;FAO=131;FDP=203;FR=.;FRO=72;FSAF=90;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.00709028;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.386;QD=28.99;RBI=0.0105875;REFB=-0.0468696;REVB=0.00786278;RO=69;SAF=89;SAR=42;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303248;STB=0.525093;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0124591;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:69:72:131:131:0.64532:42:89:44:25:41:90:45:27 chr2 230045554 . G C 1648.53 PASS AF=0.679426;AO=141;DP=208;FAO=142;FDP=209;FR=.;FRO=67;FSAF=105;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0105841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.116;QD=31.5509;RBI=0.0129149;REFB=-0.0202438;REVB=-0.00740087;RO=67;SAF=105;SAR=36;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119865;STB=0.561581;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00869354;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:67:67:141:142:0.679426:36:105:39:28:37:105:39:28 chr2 230045564 . T C 1736.56 PASS AF=0.712821;AO=139;DP=196;FAO=139;FDP=195;FR=.;FRO=56;FSAF=108;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0280433;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.166;QD=35.6216;RBI=0.0343801;REFB=-0.0113059;REVB=0.0198888;RO=54;SAF=108;SAR=31;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139891;STB=0.58394;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00889086;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:54:56:139:139:0.712821:31:108:31:23:31:108:31:25 chr2 230045568 . T C 1699.33 PASS AF=0.709845;AO=134;DP=192;FAO=137;FDP=193;FR=.;FRO=56;FSAF=107;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0072309;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.344;QD=35.2193;RBI=0.00999709;REFB=-0.013803;REVB=0.00690332;RO=55;SAF=104;SAR=30;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173746;STB=0.593135;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00518717;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:55:56:134:137:0.709845:30:104:29:26:30:107:30:26 chr2 230045615 . G A 1703.2 PASS AF=0.832215;AO=123;DP=148;FAO=124;FDP=149;FR=.;FRO=25;FSAF=109;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00681444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.446;QD=45.7234;RBI=0.0268577;REFB=-0.0132024;REVB=0.0259788;RO=24;SAF=108;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259374;STB=0.646856;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00172248;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:24:25:123:124:0.832215:15:108:10:14:15:109:10:15 chr2 230135711 . G C,GC 1456.55 PASS AF=0,1;AO=10,83;DP=112;FAO=0,109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=0,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.1277,-0.212891;FXX=0.00909008;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.18067,20.6837;QD=53.4513;RBI=0.165624,0.287705;REFB=0,0;REVB=0.105471,0.193524;RO=13;SAF=5,25;SAR=5,58;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185395,-0.00196272;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000181533;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:9:112:109:13:0:10,83:0,109:0,1:5,58:5,25:4:9:0,71:0,38:0:0 chr2 230632268 . G A 263.32 PASS AF=0.3875;AO=30;DP=79;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0182117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.966;QD=13.1661;RBI=0.0183331;REFB=-0.00178458;REVB=-0.00210591;RO=49;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544471;STB=0.518507;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00318313;OID=.;OPOS=230632268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:49:30:31:0.3875:18:12:22:27:18:13:22:27 chr2 230668858 . T C 1764.65 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538372;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.89;QD=60.85;RBI=0.0116072;REFB=0;REVB=0.0102831;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09606e-06;OID=.;OPOS=230668858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chr2 230861519 . G T 228.74 PASS AF=0.52381;AO=19;DP=39;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0129917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.61;QD=21.7852;RBI=0.0181947;REFB=-0.0194185;REVB=0.0127381;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467664;STB=0.50448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0139585;OID=.;OPOS=230861519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:19:20:19:22:0.52381:10:9:8:11:13:9:8:12 chr2 231050715 . A G 1062.92 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0401033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.594;QD=55.9432;RBI=0.0414786;REFB=0.0363059;REVB=0.0105921;RO=3;SAF=33;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161294;STB=0.508534;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00298455;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:76:76:3:3:73:73:0.960526:40:33:2:1:40:33:2:1 chr2 231072709 . C T 179.08 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0036035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4315;QD=10.8536;RBI=0.0300651;REFB=-0.00424781;REVB=-0.0298484;RO=41;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106353;STB=0.564796;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0145354;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:43:23:23:0.348485:15:8:18:23:15:8:19:24 chr2 231077112 . G A 166.5 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0130221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2981;QD=9.94014;RBI=0.017309;REFB=0.00981681;REVB=-0.011403;RO=43;SAF=3;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418588;STB=0.742756;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0160299;OID=.;OPOS=231077112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:45:22:22:0.328358:19:3:18:25:19:3:18:27 chr2 231077725 . A G 637.39 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6427;QD=60.7037;RBI=0.0445006;REFB=0;REVB=0.0433918;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109523;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:34:7:0:0:34:8:0:0 chr2 231149108 . G A 1157.0 PASS AF=1;AO=60;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3444;QD=60.1041;RBI=0.116898;REFB=0;REVB=0.115389;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181332;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:60:77:1:34:26:0:0:49:28:0:0 chr2 231738168 . G A 765.94 PASS AF=0.904762;AO=59;DP=66;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0498095;FXX=0.0454477;HRUN=7;LEN=1;MLLD=205.535;QD=48.6313;RBI=0.050901;REFB=-0.0985911;REVB=0.0104848;RO=2;SAF=42;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158455;STB=0.508544;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00191563;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:66:63:2:6:59:57:0.904762:17:42:1:1:15:42:4:2 chr2 231738263 . C T 813.62 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00703748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3085;QD=55.1609;RBI=0.0382096;REFB=-0.0282199;REVB=0.037556;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.50769;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00169191;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:56:58:0.983051:25:31:1:0:26:32:1:0 chr2 231738269 . G A 801.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.464;QD=57.2199;RBI=0.0679157;REFB=0;REVB=0.0368433;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370637;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr2 231774844 . G A 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00179325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.298;QD=11.6769;RBI=0.00188565;REFB=-0.0165213;REVB=-0.000583013;RO=48;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077934;STB=0.504501;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0271827;OID=.;OPOS=231774844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:15:12:21:27:15:12:21:27 chr2 231775094 . C A 73.31 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0797891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5888;QD=9.45968;RBI=0.0877439;REFB=-0.00323761;REVB=-0.036506;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439519;STB=0.758613;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000530733;OID=.;OPOS=231775094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:4:17:4:6:4:17 chr2 231775297 . T G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0119128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.856;QD=17.7526;RBI=0.0174512;REFB=-0.00343707;REVB=-0.0127526;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978558;STB=0.555308;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00379681;OID=.;OPOS=231775297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:18:7:10:17:18:7:10:17 chr2 231861044 . C T 194.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0144469;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.065;QD=15.2526;RBI=0.0554713;REFB=-0.048479;REVB=-0.053557;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410622;STB=0.571361;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.063473;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:29:22:22:0.431373:6:16:18:8:6:16:18:11 chr2 231861071 . T C 104.65 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.054036;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.738;QD=8.9064;RBI=0.0918289;REFB=-0.0226619;REVB=-0.0742472;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136904;STB=0.594448;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0903567;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:48:47:28:33:12:13:0.276596:5:7:13:15:5:8:16:17 chr2 232035429 . G A 244.23 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00449126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7004;QD=23.2598;RBI=0.0216761;REFB=-0.00448478;REVB=-0.0212057;RO=19;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108349;STB=0.56085;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0086878;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:18:5:6:13:18:5:6:13 chr2 232087472 . T TG 371.46 PASS AF=1;AO=4;DP=37;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467888;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9129;QD=45.0256;RBI=0.0545933;REFB=0;REVB=-0.0281289;RO=32;SAF=1;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00105086;OID=.;OPOS=232087473;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:37:33:33:0:14:19:0:0:7:32:1:3:15:17 chr2 232087475 . T A 535.31 PASS AF=1;AO=5;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.741;QD=59.4784;RBI=0.15544;REFB=0;REVB=0.0873494;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760861;OID=.;OPOS=232087475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:5:36:1:3:2:0:0:20:16:0:0 chr2 232091479 . C T 72.2 PASS AF=0.322581;AO=8;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00574242;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2876;QD=9.31551;RBI=0.0681795;REFB=-0.0113221;REVB=0.0679372;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.656876;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0180604;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:31:16:21:8:10:0.322581:4:4:4:12:6:4:4:17 chr2 232225535 . C CG 905.79 PASS AF=1;AO=72;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184352;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.5721;QD=30.7049;RBI=0.18588;REFB=0;REVB=-0.0237901;RO=44;SAF=23;SAR=49;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0047818;OID=.;OPOS=232225536;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:120:118:118:0:50:68:0:0:18:44:23:49:30:14 chr2 232326417 . C T 368.33 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0215654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2973;QD=19.3857;RBI=0.0218127;REFB=-0.0541437;REVB=0.00327545;RO=38;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237658;STB=0.513206;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0572026;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:20:18:17:21:20:18:17:21 chr2 232378231 . T C 228.55 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0219374;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6813;QD=15.7621;RBI=0.0220215;REFB=-0.0301676;REVB=0.00192229;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902093;STB=0.542862;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0545263;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:11:15:15:16:11:15:16:16 chr2 232393489 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0198826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.715;QD=10.0751;RBI=0.0244655;REFB=-0.00879709;REVB=-0.0142563;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0274149;OID=.;OPOS=232393489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:9:5:4:4:9:5 chr2 232458443 . T C 980.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.325;QD=58.5378;RBI=0.0368644;REFB=0;REVB=-0.0167477;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71675e-05;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:38:26:0:0:39:28:0:0 chr2 232672932 . C T 669.19 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.371;QD=58.19;RBI=0.00541506;REFB=-0.0458368;REVB=0.00289616;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098432;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:46:1:0:40:46:1:16:24:1:0:19:27:0:0 chr2 233201328 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.692;QD=50.4109;RBI=0.00702106;REFB=0;REVB=-0.00548831;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07041e-05;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr2 233243586 . C T 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0292864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.222;QD=10.9426;RBI=0.0305846;REFB=-0.00965986;REVB=-0.00881635;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252542;STB=0.650891;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.021646;OID=.;OPOS=233243586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:12:8:7:4:12:8 chr2 233243981 . A T 235.45 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0141953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4134;QD=13.2645;RBI=0.0231007;REFB=0.00557289;REVB=0.0182246;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888119;STB=0.542188;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00376589;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:15:13:16:26:15:13:17:26 chr2 233244586 . C G 214.17 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4599;QD=45.0876;RBI=0.0483866;REFB=-0.00231107;REVB=0.0422938;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00184147;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr2 233245141 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.298;QD=46.8466;RBI=0.0208272;REFB=0;REVB=0.020465;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245113;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr2 233274475 . C A 115.57 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0258838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.882;QD=30.8183;RBI=0.0267637;REFB=-0.0242026;REVB=0.00680639;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17961;STB=0.59984;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.001131;OID=.;OPOS=233274475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:6:6:3:0:6:6:3:0 chr2 233346498 . C T 268.23 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0848552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3474;QD=22.3526;RBI=0.130442;REFB=-0.0247741;REVB=0.0990697;RO=23;SAF=2;SAR=23;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283546;STB=0.662391;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0361687;OID=.;OPOS=233346498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:23:2:5:18:23:2:5:18 chr2 233349588 . G A 650.88 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.444;QD=61.9883;RBI=0.0129491;REFB=0;REVB=-0.00618299;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129897;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 233385396 . G A 1765.57 PASS AF=0.983607;AO=116;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0321525;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7015;QD=57.8876;RBI=0.0830177;REFB=-0.0617401;REVB=0.0765385;RO=2;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133744;STB=0.506943;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00204899;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:2:2:116:120:0.983607:70:46:0:2:71:49:0:2 chr2 233386583 . T C 353.72 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.00383502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.941;QD=15.8974;RBI=0.00580969;REFB=-0.0151203;REVB=-0.00436408;RO=48;SAF=10;SAR=28;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357319;STB=0.508316;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0210605;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:48:51:38:38:0.426966:28:10:14:34:28:10:14:37 chr2 233390937 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.02662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.766;QD=21.7438;RBI=0.0336188;REFB=-0.0160934;REVB=0.0205328;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00888083;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr2 233391358 . C T 483.65 PASS AF=0.494949;AO=39;DP=100;FAO=49;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.199001;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7411;QD=19.5413;RBI=0.205166;REFB=-0.0561939;REVB=-0.049914;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827372;STB=0.505374;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0613117;OID=.;OPOS=233391358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:44:50:39:49:0.494949:22:17:23:21:23:26:26:24 chr2 233406178 . G A 372.9 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0138825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6457;QD=17.7572;RBI=0.053655;REFB=0.00392788;REVB=0.0518279;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086382;STB=0.554703;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00313705;OID=.;OPOS=233406178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:45:39:39:0.464286:23:16:22:22:23:16:23:22 chr2 233408325 . C A 258.58 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00149436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.472;QD=16.4176;RBI=0.0291276;REFB=-0.0112717;REVB=0.0290892;RO=34;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221051;STB=0.624911;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0149234;OID=.;OPOS=233408325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:9:20:16:18:9:20:16:18 chr2 233413771 . C T 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174893;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1431;QD=52.6745;RBI=0.034812;REFB=0;REVB=-0.0300998;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368819;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr2 233413825 . G A 65.06 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.010326;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.615;QD=8.97391;RBI=0.0299205;REFB=-0.0108713;REVB=-0.0280822;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507976;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0205351;OID=.;OPOS=233413825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:8:12:5:4:8:12 chr2 233413915 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0546029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.14;QD=13.2052;RBI=0.0569019;REFB=-0.0192679;REVB=0.0160111;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0131566;OID=.;OPOS=233413915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:4:2:4:2:4:2 chr2 233414341 . C T 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00657251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7985;QD=17.838;RBI=0.0128467;REFB=-0.00451496;REVB=-0.0110382;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221621;STB=0.624843;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00469566;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:12:2:5:9:12:2 chr2 233498669 . G T 1090.84 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.964;QD=57.4126;RBI=0.0353927;REFB=-0.0806176;REVB=0.00364581;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106316;STB=0.502579;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00086052;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:30:44:1:0:30:44:1:1 chr2 233527574 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC 191.43 PASS AF=1,0;AO=10,9;DP=36;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507535,0.47215;FXX=0.096743;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=12.2701,6.69792;QD=27.347;RBI=0.148392,0.512133;REFB=0,0;REVB=0.148305,-0.19838;RO=6;SAF=5,1;SAR=5,8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0.375,0.375;SSEP=0,0;SSSB=-0.332953,-0.643471;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0887504,0.0306222;OID=.,.;OPOS=233527579,233527575;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:10,9:36:28,0:28:0:8,0:20,0:0:0:4:6:5,1:5,8:6:0 chr2 233537125 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.825;QD=59.3216;RBI=0.045502;REFB=0;REVB=0.021989;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74151e-05;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr2 233660846 . G A 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.858;QD=63.278;RBI=0.032891;REFB=0;REVB=0.0327434;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134482;OID=.;OPOS=233660846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 233708806 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.365;QD=51.9134;RBI=0.0287006;REFB=0;REVB=0.0278227;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278417;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 370.92 PASS AF=0.851852,0.148148;AO=18,10;DP=28;FAO=23,4;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382442,0.0190073;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=206.247,67.8242;QD=54.9512;RBI=0.0500137,0.0199337;REFB=0,0;REVB=0.0322297,0.00600609;RO=0;SAF=12,6;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0197481,-0.0120141;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.851852,0.148148:18,10:28:23,4:27:0:16,1:7,3:0:0:24:0:12,6:6,4:0:0 chr2 233723182 . G A,T 635.1 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=36,2;DP=39;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170305,-0.00761313;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.0008,33.1178;QD=60.486;RBI=0.0774789,0.0709473;REFB=0,0;REVB=0.075584,0.0705376;RO=0;SAF=30,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.50008e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000255475,0.133743;OID=.,.;OPOS=233723182,233723182;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:42:0:0:36,2:40,2:0.952381,0.047619:6,0:30,2:0:0:9,0:31,2:0:0 chr2 233740227 . A G 366.16 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.544;QD=54.2453;RBI=0.0254353;REFB=0;REVB=0.0195851;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328789;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:15:10:0:0:17:10:0:0 chr2 233757697 . A G 1076.7 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.895;QD=58.2;RBI=0.0591218;REFB=-0.0984265;REVB=-0.0561716;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137051;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00205064;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:1:1:71:73:0.986486:37:34:1:0:38:35:1:0 chr2 233785015 . G A 594.3 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.153;QD=60.9539;RBI=0.0451305;REFB=0;REVB=-0.0438269;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105134;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr2 233834975 . A G 1468.81 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019728;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.29;QD=63.1747;RBI=0.0242594;REFB=0;REVB=0.0141182;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143322;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:44:48:0:0:44:49:0:0 chr2 234055004 . T C 797.35 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.227;QD=63.788;RBI=0.0128613;REFB=0;REVB=0.00670091;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40958e-05;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr2 234066969 . C G 1082.74 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119567;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2457;QD=60.1522;RBI=0.0127382;REFB=0;REVB=-0.0043931;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452074;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr2 234115337 . G A 323.55 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0203149;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.285;QD=27.5364;RBI=0.0203176;REFB=-0.0294576;REVB=0.000331003;RO=17;SAF=5;SAR=23;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314041;STB=0.68302;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0129395;OID=.;OPOS=234115337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:19:28:28:0.595745:23:5:9:8:23:5:10:9 chr2 234183368 . A G 434.97 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00819956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1545;QD=16.4139;RBI=0.00988165;REFB=-0.00561578;REVB=-0.00551491;RO=58;SAF=19;SAR=29;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870941;STB=0.548691;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00618738;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:29:19:28:30:29:19:28:30 chr2 234184417 . G A 214.85 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0242867;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.529;QD=10.6101;RBI=0.0318925;REFB=-0.00734456;REVB=-0.0206709;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425032;STB=0.524752;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0174582;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:54:54:27:27:0.333333:13:14:30:24:13:14:30:24 chr2 234203233 . C A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00143571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.541;QD=21.3768;RBI=0.00792735;REFB=-0.00173141;REVB=-0.00779626;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102403;STB=0.557682;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00205942;OID=.;OPOS=234203233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:7:16:13:9:7:16:13:9 chr2 234227523 . A G 232.57 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0275342;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.869;QD=12.5712;RBI=0.0276546;REFB=-0.0089743;REVB=0.00257786;RO=42;SAF=6;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219656;STB=0.65154;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00687545;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:46:28:28:0.378378:22:6:16:26:22:6:19:27 chr2 234255547 . G A 451.97 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.00548285;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4785;QD=24.105;RBI=0.0125325;REFB=-0.0289324;REVB=-0.0112695;RO=31;SAF=13;SAR=30;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716429;STB=0.543707;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0241873;OID=.;OPOS=234255547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:32:43:43:0.573333:30:13:7:24:30:13:7:25 chr2 234449316 . G A 671.86 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0127105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.985;QD=52.6945;RBI=0.0210351;REFB=-0.0280376;REVB=-0.0167606;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408723;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000421344;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:22:27:0:2:22:27:0:2 chr2 234469664 . T C 1100.87 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174752;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2257;QD=60.3216;RBI=0.0210576;REFB=0;REVB=0.011749;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146964;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:35:37:0:0:36:37:0:0 chr2 234527064 . A C 362.17 PASS AF=0.552239;AO=35;DP=65;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0260618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.563;QD=21.622;RBI=0.027294;REFB=-0.0157814;REVB=0.00810823;RO=28;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199222;STB=0.603779;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0112339;OID=.;OPOS=234527064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:28:30:35:37:0.552239:20:15:19:9:21:16:20:10 chr2 234590616 . C A 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.000411001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.402;QD=12.3184;RBI=0.000412279;REFB=-0.00422609;REVB=3.2439e-05;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184515;STB=0.609682;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00763245;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:16:11:11:33:16:11:11:34 chr2 234590970 . T G 957.58 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621582;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.51;QD=58.9282;RBI=0.0199269;REFB=0;REVB=0.0189326;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74936e-07;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr2 234590974 . CG AA,CA 909.81 PASS AF=0.924242,0.0757576;AO=60,5;DP=65;FAO=61,5;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299365,0.0353613;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=143.326,110.843;QD=55.1402;RBI=0.0403221,0.0521376;REFB=0,0;REVB=0.0270126,0.0383133;RO=0;SAF=25,3;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.89445e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0110207,-0.0583533;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:65:66:0:0:60,5:61,5:0.924242,0.0757576:35,2:25,3:0:0:35,2:26,3:0:0 chr2 234591205 . T C 558.1 PASS AF=0.527778;AO=56;DP=107;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.00784838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.953;QD=20.6702;RBI=0.023183;REFB=-0.0308106;REVB=0.0218141;RO=51;SAF=23;SAR=33;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884313;STB=0.552827;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0207324;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:51:51:56:57:0.527778:33:23:16:35:33:24:16:35 chr2 234591339 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0333057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.328;QD=12.4824;RBI=0.0333142;REFB=-0.00719678;REVB=-0.000756372;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.502758;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120574;OID=.;OPOS=234591339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:7:11:7:5:8:11 chr2 234601669 . T G 347.92 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00322928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.969;QD=14.8049;RBI=0.0280221;REFB=-0.00553032;REVB=-0.0278354;RO=55;SAF=26;SAR=12;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193634;STB=0.605677;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00597094;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:12:26:28:27:12:26:29:27 chr2 234601965 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0402876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.462;QD=15.6509;RBI=0.0484423;REFB=0.00554036;REVB=0.0268993;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125006;STB=0.572397;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00554568;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:9:12:11:5:9:12 chr2 234602191 . A G 408.26 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.016735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.446;QD=20.4129;RBI=0.0169856;REFB=-0.0324682;REVB=0.0029072;RO=39;SAF=14;SAR=27;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170132;STB=0.509429;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0204804;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:27:14:14:25:27:14:14:25 chr2 234602202 . A C 383.71 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0174004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.454;QD=20.1952;RBI=0.030017;REFB=-0.0168599;REVB=-0.0244591;RO=37;SAF=12;SAR=27;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169976;STB=0.509429;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0122015;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:27:12:12:25:27:12:12:25 chr2 234621780 . T C 172.37 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0755833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.697;QD=12.0963;RBI=0.0763555;REFB=0.000600027;REVB=-0.0108313;RO=34;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170423;STB=0.612782;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0243273;OID=.;OPOS=234621780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:20:20:0.350877:15:5:13:21:15:5:14:21 chr2 234621787 . C G 205.38 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0214681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.673;QD=12.836;RBI=0.0232949;REFB=-0.0128417;REVB=0.00904294;RO=39;SAF=6;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213586;STB=0.623774;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0181455;OID=.;OPOS=234621787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:19:6:16:23:19:6:16:23 chr2 234621825 . T C 170.62 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0226095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.112;QD=10.8331;RBI=0.0226372;REFB=-0.0126125;REVB=0.00111915;RO=39;SAF=5;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368952;STB=0.718099;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00839135;OID=.;OPOS=234621825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:17:5:21:18:17:5:22:19 chr2 234622061 . C A 452.36 PASS AF=0.446429;AO=47;DP=110;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.011963;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.457;QD=16.1555;RBI=0.020613;REFB=-0.024478;REVB=-0.0167863;RO=63;SAF=27;SAR=20;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116648;STB=0.562475;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0261758;OID=.;OPOS=234622061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:63:62:47:50:0.446429:20:27:29:34:21:29:29:33 chr2 234622110 . C G 600.36 PASS AF=0.431507;AO=62;DP=148;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00686859;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.444;QD=16.4483;RBI=0.00687009;REFB=-0.0115436;REVB=-0.000143334;RO=84;SAF=36;SAR=26;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155907;STB=0.584769;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0113035;OID=.;OPOS=234622110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:84:83:62:63:0.431507:26:36:36:48:27:36:35:48 chr2 234622282 . C T 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0055881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.811;QD=6.47712;RBI=0.0142963;REFB=-0.0109277;REVB=-0.013159;RO=52;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24967;STB=0.65347;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0389233;OID=.;OPOS=234622282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:6:11:23:29:6:11:23:29 chr2 234622294 . C T 98.4 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00717749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.849;QD=5.24791;RBI=0.00918801;REFB=-0.00212409;REVB=0.00573613;RO=59;SAF=12;SAR=4;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404161;STB=0.75465;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00770372;OID=.;OPOS=234622294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:4:12:25:34:4:12:25:34 chr2 234622310 . C T 94.4 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00860386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.761;QD=4.54941;RBI=0.0284424;REFB=-0.00430933;REVB=-0.0271099;RO=67;SAF=12;SAR=4;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425901;STB=0.771601;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0216024;OID=.;OPOS=234622310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:67:67:16:16:0.192771:4:12:27:40:4:12:27:40 chr2 234627608 . T G 220.62 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00528987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.509;QD=16.0448;RBI=0.0218453;REFB=-0.0127616;REVB=-0.0211952;RO=29;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733449;STB=0.534936;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0138935;OID=.;OPOS=234627608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:18:7:10:19:18:7:10:20 chr2 234627914 . T C 792.89 PASS AF=0.5;AO=81;DP=164;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.00316276;FXX=0.0121944;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.616;QD=19.5775;RBI=0.00334671;REFB=-0.00868522;REVB=-0.00109427;RO=79;SAF=45;SAR=36;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359762;STB=0.512532;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00807761;OID=.;OPOS=234627914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:79:81:81:81:0.5:36:45:47:32:36:45:47:34 chr2 234627937 . T C 2755.49 PASS AF=0.994382;AO=176;DP=180;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203686;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4103;QD=61.9211;RBI=0.0655744;REFB=-0.00147663;REVB=0.0623307;RO=0;SAF=101;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503268;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00225217;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:178:0:1:176:177:0.994382:75:101:0:0:76:101:0:1 chr2 234628270 . G A 602.03 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0024429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8725;QD=20.4078;RBI=0.00305407;REFB=-0.0102913;REVB=0.00183292;RO=56;SAF=29;SAR=31;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146179;STB=0.500278;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00943265;OID=.;OPOS=234628270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:56:57:60:61:0.516949:31:29:28:28:31:30:28:29 chr2 234637789 . A G 241.13 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00295301;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.222;QD=20.9681;RBI=0.0210965;REFB=-0.0136546;REVB=0.0208888;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929322;STB=0.575102;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0180132;OID=.;OPOS=234637789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:23:24:23:0.5:8:16:16:5:8:15:18:5 chr2 234637803 . T C 272.96 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0251392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7175;QD=18.506;RBI=0.0287811;REFB=-0.0221456;REVB=0.0140132;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628569;STB=0.527213;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0077872;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:29:30:0.508475:13:16:18:11:13:17:18:11 chr2 234637853 . G A 512.82 PASS AF=0.618421;AO=46;DP=75;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0174748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.763;QD=26.9905;RBI=0.0242587;REFB=-0.0371731;REVB=0.0168261;RO=29;SAF=15;SAR=31;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421557;STB=0.525905;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.014454;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:29:29:46:47:0.618421:31:15:11:18:32:15:11:18 chr2 234638249 . A G 926.74 PASS AF=0.653226;AO=78;DP=122;FAO=81;FDP=124;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0120282;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.688;QD=29.8947;RBI=0.0208808;REFB=-0.014396;REVB=-0.0170684;RO=44;SAF=32;SAR=46;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914585;STB=0.543986;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00615333;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:44:43:78:81:0.653226:46:32:24:20:46:35:24:19 chr2 234652482 . C T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0293195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.567;QD=15.2679;RBI=0.0302851;REFB=-0.0227288;REVB=0.00758635;RO=33;SAF=5;SAR=21;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372751;STB=0.713882;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0323014;OID=.;OPOS=234652482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:21:5:17:16:21:5:17:16 chr2 234669144 . G A 767.59 PASS AF=0.544776;AO=72;DP=133;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00216552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.383;QD=22.9132;RBI=0.0259008;REFB=-0.00116373;REVB=0.0258101;RO=60;SAF=31;SAR=41;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690262;STB=0.537865;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00109961;OID=.;OPOS=234669144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:60:61:72:73:0.544776:41:31:21:39:42:31:21:40 chr2 234688036 . C A 281.8 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0178277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4098;QD=19.4342;RBI=0.0326824;REFB=-0.00326639;REVB=-0.0273918;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196676;STB=0.618966;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000865362;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:10:20:12:15:10:20:12:16 chr2 234702459 . T C 603.48 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0035198;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.733;QD=21.747;RBI=0.00408218;REFB=-0.014891;REVB=-0.00206766;RO=52;SAF=8;SAR=52;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442625;STB=0.741515;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166668;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:52:51:60:60:0.540541:52:8:27:25:52:8:26:25 chr2 234703136 . T C 118.17 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00715356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0137;QD=12.775;RBI=0.0113267;REFB=-0.0208363;REVB=-0.00878182;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344765;STB=0.702832;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0634339;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:4:10:9:14:4:10:9:14 chr2 234704318 . A G 299.89 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0108507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.651;QD=14.2803;RBI=0.0168703;REFB=-0.000645915;REVB=0.0129177;RO=50;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176081;STB=0.606275;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0008048;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:50:33:34:0.404762:13:20:22:28:13:21:22:28 chr2 234704690 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.695;QD=51.1845;RBI=0.029808;REFB=0;REVB=0.0262587;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192194;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr2 234707460 . G C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00232386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.142;QD=8.25261;RBI=0.0392977;REFB=-0.014215;REVB=-0.0392289;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223205;STB=0.635977;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0337173;OID=.;OPOS=234707460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:2:10:4:2:2:10 chr2 234708428 . G A 411.98 PASS AF=0.5;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0143865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4713;QD=19.6179;RBI=0.0203079;REFB=0.0117142;REVB=0.0143331;RO=41;SAF=29;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100782;STB=0.568593;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00846784;OID=.;OPOS=234708428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:42:41:42:0.5:12:29:25:16:12:30:25:17 chr2 234716419 . TA T 31.44 PASS AF=0.204545;AO=21;DP=86;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=51;FWDB=-0.081278;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3769;QD=1.42921;RBI=0.145628;REFB=-0.0489086;REVB=-0.120837;RO=58;SAF=2;SAR=19;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352602;STB=0.714601;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=0.0618124;OID=.;OPOS=234716420;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545:21:86:18:88:70:2:16:19:51:31:58:2:19:15:43 chr2 234725502 . T C 219.22 PASS AF=0.36;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0144237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0962;QD=11.6915;RBI=0.0210877;REFB=-0.02304;REVB=0.0153834;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646886;STB=0.528225;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0369115;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:48:27:27:0.36:13:14:26:19:13:14:27:21 chr2 234727410 . C A 308.84 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0139529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.606;QD=16.0437;RBI=0.0147506;REFB=-0.00698651;REVB=-0.00478487;RO=42;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264176;STB=0.506079;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0079169;OID=.;OPOS=234727410;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:21:13:15:27:21:13:16:27 chr2 234727986 . C T 369.61 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00383511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4523;QD=18.0297;RBI=0.0505384;REFB=-0.0147352;REVB=-0.0503927;RO=42;SAF=26;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504585;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0160411;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:13:26:28:14:13:26:29:14 chr2 234728078 . T C 438.11 PASS AF=0.478261;AO=45;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0197744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5158;QD=19.0482;RBI=0.0319139;REFB=0.00738645;REVB=-0.0250494;RO=47;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786387;STB=0.532594;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0121137;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:45:44:0.478261:23:22:27:20:22:22:27:21 chr2 234732311 . G A 372.28 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0257709;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.87;QD=22.9094;RBI=0.0454423;REFB=-0.0454181;REVB=0.0374282;RO=28;SAF=7;SAR=29;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331022;STB=0.686671;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0256704;OID=.;OPOS=234732311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:28:28:36:37:0.569231:29:7:15:13:30:7:15:13 chr2 234732317 . A G 773.04 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00644486;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.599;QD=55.2173;RBI=0.0138245;REFB=-0.0897181;REVB=0.0122303;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.515146;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000345018;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:0:1:55:55:0.982143:39:16:0:0:39:16:1:0 chr2 234737372 . C A 701.97 PASS AF=0.625;AO=65;DP=105;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0168572;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.453;QD=26.999;RBI=0.0268596;REFB=-0.027633;REVB=0.020911;RO=38;SAF=38;SAR=27;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585974;STB=0.537131;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0161656;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:38:39:65:65:0.625:27:38:19:19:27:38:19:20 chr2 234749799 . GAA GA,GAG 127.02 PASS AF=0.5,0.0666667;AO=15,2;DP=31;FAO=15,2;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=14,2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.010672,0.0518944;FXX=0.0322477;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.5383,25.1042;QD=16.9362;RBI=0.0135433,0.0519837;REFB=-0.0991337,-0.0610077;REVB=-0.00833836,-0.00304626;RO=13;SAF=1,0;SAR=14,2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0.204082,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.661812,-0.637912;STB=0.885447,0.996015;STBP=0.001,0.093;TYPE=del,snp;VARB=0.0472011,0.125682;OID=.,.;OPOS=234749800,234749801;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0666667:15,2:31:15,2:30:13:1,0:14,2:9:4:99:13:1,0:14,2:9:4 chr2 234750542 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.005;QD=59.3228;RBI=0.057429;REFB=0;REVB=0.0573722;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86385e-05;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr2 234750831 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.38;QD=56.185;RBI=0.0361433;REFB=0;REVB=-0.00612994;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200304;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr2 234761225 . C T 1046.33 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0469;QD=58.9484;RBI=0.107265;REFB=0;REVB=-0.0114596;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088048;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:66:71:1:36:30:0:0:37:34:0:0 chr2 234761280 . AC A,GC 80.33 PASS AF=0.205882,0.117647;AO=6,4;DP=34;FAO=7,4;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=1,0;FSAR=6,4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0129681,-0.0217482;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=140.411,120.686;QD=9.45008;RBI=0.0337607,0.0332635;REFB=-0.00639337,-0.00624863;REVB=0.0311707,0.025169;RO=21;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.756858,-0.70447;STB=0.856123,0.997599;STBP=0.045,0.018;TYPE=del,snp;VARB=0.0180268,0.0624546;OID=.,.;OPOS=234761281,234761280;OREF=C,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:34:34:21:23:6,4:7,4:0.205882,0.117647:6,4:0,0:14:7:6,4:1,0:14:9 chr2 234762480 . A C,T 1352.8 PASS AF=0.0215054,0.956989;AO=6,84;DP=92;FAO=2,89;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=0,61;FSAR=2,28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0279827,0.00225534;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=63.5467,105.531;QD=58.1849;RBI=0.0646127,0.00743351;REFB=0.0339381,-0.054964;REVB=-0.0582389,0.00708311;RO=2;SAF=0,61;SAR=6,23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794076,-0.0152773;STB=0.994977,0.508063;STBP=0.131,0.427;TYPE=snp,snp;VARB=0.0668729,0.00205521;OID=.,.;OPOS=234762480,234762480;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:92:93:2:2:6,84:2,89:0.0215054,0.956989:6,23:0,61:2:0:2,28:0,61:2:0 chr2 235402279 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.858;QD=57.2022;RBI=0.037424;REFB=0;REVB=0.03649;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201853;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr2 235950187 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.016;QD=63.7517;RBI=0.0104095;REFB=0;REVB=0.00923021;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84653e-06;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr2 235951819 . A G 1276.69 PASS AF=0.967391;AO=81;DP=86;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0061498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6786;QD=55.5084;RBI=0.0128136;REFB=-0.0572636;REVB=0.0112413;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126256;STB=0.517643;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00124123;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:92:1:3:81:89:0.967391:44:37:1:0:48:41:3:0 chr2 236433161 . G A 210.97 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0325053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.291;QD=20.0921;RBI=0.0561543;REFB=-0.0434868;REVB=0.0457898;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513105;STB=0.528428;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0333726;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:20:21:0.5:14:6:7:13:15:6:7:14 chr2 236683055 . C T 163.0 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0122911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7924;QD=11.0506;RBI=0.0412839;REFB=-0.0143922;REVB=0.0394118;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160751;STB=0.560916;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0341523;OID=.;OPOS=236683055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:20:21:0.355932:14:6:16:21:14:7:16:22 chr2 236691982 . A G 559.06 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0448001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6867;QD=23.054;RBI=0.049335;REFB=-0.00683633;REVB=0.0206616;RO=45;SAF=26;SAR=26;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656124;STB=0.536069;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00648548;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:26:26:19:26:26:26:19:26 chr2 236761396 . C T 276.38 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0203469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.611;QD=20.4724;RBI=0.0214118;REFB=-0.0419839;REVB=-0.00666845;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697044;STB=0.503873;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0337089;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:11:14:16:13:11:14 chr2 236957822 . G A 1394.74 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1805;QD=62.685;RBI=0.0277658;REFB=0;REVB=0.00345829;RO=0;SAF=28;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32523e-05;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:60:28:0:0:60:29:0:0 chr2 237119051 . T C 238.64 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00983693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8222;QD=14.9153;RBI=0.0100968;REFB=-0.00447212;REVB=0.00227622;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267654;STB=0.664667;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.006834;OID=.;OPOS=237119051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:36:27:28:0.4375:19:8:18:14:19:9:22:14 chr2 237119074 . A G 243.29 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0327036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0107;QD=12.8048;RBI=0.0385578;REFB=-0.00358796;REVB=-0.020425;RO=47;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161988;STB=0.593122;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00735685;OID=.;OPOS=237119074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:19:10:23:24:19:10:23:24 chr2 237119104 . G A 233.48 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00243795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.755;QD=12.7932;RBI=0.0216764;REFB=-0.0248647;REVB=-0.0215388;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677358;STB=0.532838;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0366636;OID=.;OPOS=237119104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:45:28:28:0.383562:17:11:20:24:17:11:20:25 chr2 237119178 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0016405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.212;QD=13.5805;RBI=0.00170762;REFB=-0.0111172;REVB=-0.000474054;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218915;STB=0.624875;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0181209;OID=.;OPOS=237119178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:12:5:4:24:12:5:4:24 chr2 237149941 . C T 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00146907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.087;QD=11.6209;RBI=0.0226123;REFB=-0.00365009;REVB=-0.0225645;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156074;STB=0.509082;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00690178;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:17:18:10:10:17:18 chr2 237150166 . A C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0301;QD=64.152;RBI=0.0546576;REFB=0;REVB=0.0301831;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98851e-05;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr2 237300650 . C T 401.26 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0536729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.15;QD=21.9866;RBI=0.0562706;REFB=-0.044614;REVB=0.0168994;RO=33;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255036;STB=0.639745;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0194849;OID=.;OPOS=237300650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:21:19:26:7:21:19:26:7 chr2 237923852 . G A 282.46 PASS AF=0.541667;AO=23;DP=46;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0314764;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.324;QD=23.5383;RBI=0.0328259;REFB=-0.00828476;REVB=0.00931546;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410084;STB=0.510196;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00719123;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:23:22:23:26:0.541667:14:9:8:15:16:10:8:14 chr2 238166147 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.92;QD=45.8065;RBI=0.0381033;REFB=0;REVB=0.0282522;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31462e-05;OID=.;OPOS=238166147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr2 238233483 . G A 58.84 PASS AF=0.4;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00127023;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.678;QD=11.7681;RBI=0.00850939;REFB=-0.0217401;REVB=-0.00841405;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.549876;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0281185;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:20:11:12:8:8:0.4:4:4:5:6:4:4:5:7 chr2 238243464 . C G 744.27 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3229;QD=55.131;RBI=0.0461111;REFB=0;REVB=0.0446306;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767506;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:27:25:0:0:29:25:0:0 chr2 238244963 . A G 484.24 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0124305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.08;QD=23.6216;RBI=0.0313354;REFB=-0.0153175;REVB=-0.0287644;RO=36;SAF=26;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526067;STB=0.528895;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0111312;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:20:26:18:18:20:26:18:18 chr2 238253065 . C T 600.44 PASS AF=0.512605;AO=56;DP=114;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.01963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.36;QD=20.1827;RBI=0.029707;REFB=-0.0224901;REVB=0.0222974;RO=57;SAF=24;SAR=32;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234284;STB=0.514847;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0217711;OID=.;OPOS=238253065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:57:58:56:61:0.512605:32:24:23:34:35:26:23:35 chr2 238258814 . C G 259.77 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0231548;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.999;QD=12.2245;RBI=0.0248336;REFB=-0.0108332;REVB=-0.00897575;RO=54;SAF=5;SAR=26;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39091;STB=0.729038;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0194437;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:54:54:31:31:0.364706:26:5:24:30:26:5:24:30 chr2 238267717 . C T 367.34 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00784552;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.092;QD=18.1402;RBI=0.0132866;REFB=-0.0113721;REVB=-0.010723;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131618;STB=0.520145;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0121421;OID=.;OPOS=238267717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:43:38:38:0.469136:20:18:20:21:20:18:22:21 chr2 238277573 . C A 214.49 PASS AF=0.52381;AO=18;DP=38;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0739581;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.7751;QD=20.4276;RBI=0.0870003;REFB=-0.0494101;REVB=0.0458176;RO=9;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406252;STB=0.666508;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0153935;OID=.;OPOS=238277573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:9:20:18:22:0.52381:13:5:3:6:16:6:12:8 chr2 238277795 . A G 214.01 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.00812067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8675;QD=16.1513;RBI=0.045545;REFB=-0.0125927;REVB=0.0448152;RO=29;SAF=2;SAR=21;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267727;STB=0.588702;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0113817;OID=.;OPOS=238277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:21:2:6:23:21:3:6:23 chr2 238283605 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.746;QD=15.5714;RBI=0.00635402;REFB=0.0185126;REVB=-0.00635402;RO=12;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.021592;OID=.;OPOS=238283605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:11:0:0:12:11:0:0:12 chr2 238643907 . G A 217.95 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00720016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8661;QD=15.5676;RBI=0.0455594;REFB=-0.0306798;REVB=0.0449869;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175433;STB=0.584552;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0331418;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:15:10:7:23:15:10:8:23 chr2 238668783 . A G 383.5 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00433477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7438;QD=20.1844;RBI=0.0074449;REFB=-0.0163039;REVB=0.00605279;RO=37;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118739;STB=0.566003;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0108628;OID=.;OPOS=238668783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:26:13:17:20:26:13:17:20 chr2 238668802 . A G 1075.92 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00363258;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.422;QD=55.1752;RBI=0.00393724;REFB=-0.183556;REVB=0.00151864;RO=4;SAF=32;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666004;STB=0.503525;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00153171;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:78:78:4:4:74:74:0.948718:42:32:2:2:42:32:2:2 chr2 238671328 . A G 158.74 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0100007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.628;QD=17.1612;RBI=0.0185172;REFB=-0.0328778;REVB=0.0155844;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125776;STB=0.565841;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0350489;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:8:9:12:6:8:9:13:7 chr2 238672425 . G C 198.33 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0155252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2749;QD=22.6661;RBI=0.0282037;REFB=-0.043273;REVB=-0.023546;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199999;STB=0.564039;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0546927;OID=.;OPOS=238672425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:35:11:15:19:20:0.571429:11:8:8:3:11:9:9:6 chr2 238672703 . C G 101.96 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.641;QD=40.783;RBI=0.0289747;REFB=0;REVB=0.0273339;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269135;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr2 238672938 . T C 438.1 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.054849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8649;QD=19.0477;RBI=0.0590536;REFB=-0.00926714;REVB=-0.0218842;RO=48;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163291;STB=0.590868;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0115404;OID=.;OPOS=238672938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:26:18:28:20:26:18:28:20 chr2 238673302 . T A 133.12 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=32;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.032507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.7;QD=15.2131;RBI=0.0335801;REFB=-0.0102809;REVB=0.00842121;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140483;STB=0.586091;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.013085;OID=.;OPOS=238673302;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:20:20:12:15:0.428571:7:5:11:9:9:6:11:9 chr2 238729954 . A C 185.04 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.000947232;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.651;QD=25.522;RBI=0.00650227;REFB=-0.00176409;REVB=0.0064329;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2705;STB=0.650993;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000330922;OID=.;OPOS=238729954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:29:11:11:18:18:0.62069:6:12:3:8:6:12:3:8 chr2 238732999 . G A 138.77 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.01478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.741;QD=19.8243;RBI=0.0174741;REFB=-0.0313411;REVB=0.00932176;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121067;STB=0.56863;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0322075;OID=.;OPOS=238732999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:8:5:8:7:8:5 chr2 238733016 . G A 111.27 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0331991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4224;QD=15.8958;RBI=0.044105;REFB=-0.0227123;REVB=0.0290357;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509315;STB=0.529367;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0238619;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:5:10:8:5:5:10 chr2 238991733 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000533177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.608;QD=58.1421;RBI=0.0327916;REFB=0;REVB=0.0327873;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110382;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr2 239006929 . G T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000652125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.739;QD=18.2512;RBI=0.00733654;REFB=-0.0179762;REVB=0.0073075;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0181367;OID=.;OPOS=239006929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:8:7:9:6:8:7 chr2 239010719 . T C 295.74 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0379386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.61;QD=12.9996;RBI=0.0596584;REFB=-0.012295;REVB=-0.0460411;RO=56;SAF=22;SAR=12;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871816;STB=0.556737;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0207345;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:57:34:34:0.373626:12:22:32:24:12:22:32:25 chr2 239016539 . C G 511.17 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.033905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8251;QD=17.0388;RBI=0.0454833;REFB=-0.00656819;REVB=-0.0303181;RO=64;SAF=29;SAR=26;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112804;STB=0.510621;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0072836;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:65:55:55:0.458333:26:29:33:31:26:29:33:32 chr2 239025630 . T C 451.83 PASS AF=0.456897;AO=45;DP=108;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0437469;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8146;QD=15.5804;RBI=0.0503125;REFB=-0.0205226;REVB=-0.0248506;RO=59;SAF=12;SAR=33;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686891;STB=0.516393;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0620312;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:116:59:63:45:53:0.456897:33:12:19:40:33:20:22:41 chr2 239025645 . C T 454.65 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.031119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.316;QD=19.9848;RBI=0.0315415;REFB=-0.00846417;REVB=-0.00514505;RO=46;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791103;STB=0.54398;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00769764;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:30:15:19:27:30:15:19:27 chr2 239036270 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0207504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.424;QD=15.3792;RBI=0.0207857;REFB=-0.0323574;REVB=0.0012109;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346521;STB=0.719621;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0426429;OID=.;OPOS=239036270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:9:3:8:5:9:3:9:5 chr2 239037384 . G T 263.95 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=68;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0251842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9471;QD=15.0829;RBI=0.0562149;REFB=0.00798851;REVB=0.0502581;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24596;STB=0.608629;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00893496;OID=.;OPOS=239037384;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:39:40:28:30:0.428571:16:12:8:31:18:12:9:31 chr2 239039057 . A G 238.02 PASS AF=0.45;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0254786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4044;QD=15.8682;RBI=0.0732065;REFB=-0.0145851;REVB=-0.0686297;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164767;STB=0.608509;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0111592;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:33:27:27:0.45:11:16:12:17:11:16:13:20 chr2 239039075 . G T 309.35 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0156165;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.163;QD=15.4673;RBI=0.0240398;REFB=-0.0111341;REVB=0.0182766;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191555;STB=0.599944;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0114922;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:46:34:34:0.425:17:17:14:31:17:17:15:31 chr2 239039183 . G A 497.2 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00625901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.943;QD=23.676;RBI=0.0153433;REFB=-0.0220428;REVB=0.0140086;RO=37;SAF=15;SAR=32;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460081;STB=0.525212;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0171256;OID=.;OPOS=239039183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:32:15:10:27:32:15:10:27 chr2 239039841 . A G 63.78 PASS AF=0.37037;AO=7;DP=24;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0937544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2551;QD=9.44848;RBI=0.101649;REFB=-0.0199824;REVB=-0.0392754;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20937;STB=0.840319;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0991258;OID=.;OPOS=239039841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:27:11:17:7:10:0.37037:1:6:8:3:1:9:8:9 chr2 239039896 . G C 1073.06 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0144519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9275;QD=55.7436;RBI=0.0488487;REFB=0.0739655;REVB=-0.046662;RO=3;SAF=38;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112898;STB=0.505972;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0146861;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:36:38:2:1:36:38:2:1 chr2 239040187 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.987;QD=44.6877;RBI=0.0578897;REFB=0;REVB=0.0265954;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189905;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr2 239040343 . G A 584.92 PASS AF=0.472868;AO=60;DP=127;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0127338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9755;QD=18.1371;RBI=0.0155136;REFB=-0.0188142;REVB=-0.00886136;RO=67;SAF=35;SAR=25;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170867;STB=0.592591;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0229862;OID=.;OPOS=239040343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:67:68:60:61:0.472868:25:35:27:40:26:35:27:41 chr2 239049540 . G A 246.82 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0170782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.621;QD=31.8481;RBI=0.0178462;REFB=-0.0207587;REVB=0.00517878;RO=9;SAF=6;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342472;STB=0.51878;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0101991;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:16:6:2:7:16:6:2:7 chr2 239050033 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0227733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3074;QD=9.20034;RBI=0.0506185;REFB=0.00613884;REVB=0.0452063;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622945;STB=0.878996;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00158286;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:10:3:6:1:10:3 chr2 239051550 . T C 2588.44 PASS AF=0.97191;AO=172;DP=178;FAO=173;FDP=178;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0420392;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.402;QD=58.1673;RBI=0.0427788;REFB=-0.0697642;REVB=0.0079201;RO=3;SAF=58;SAR=114;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000141421;STB=0.504274;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00650175;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:178:178:3:5:172:173:0.97191:114:58:1:2:115:58:1:4 chr2 239054358 . C T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0146622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.782;QD=18.413;RBI=0.0146652;REFB=-0.0243296;REVB=0.000296682;RO=32;SAF=24;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107264;STB=0.548989;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0200295;OID=.;OPOS=239054358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:34:33:33:0.492537:9:24:20:12:9:24:22:12 chr2 239059484 . T C 1179.34 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253425;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.535;QD=60.4788;RBI=0.0530734;REFB=0;REVB=0.046632;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373197;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:29:47:0:0:30:48:0:0 chr2 239075812 . C T 189.97 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00116822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.555;QD=24.5119;RBI=0.0094473;REFB=-0.0554426;REVB=-0.0093748;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422746;STB=0.514691;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0323712;OID=.;OPOS=239075812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:31:12:12:18:19:0.612903:11:7:4:8:12:7:4:8 chr2 239075935 . A G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0139565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7857;QD=19.8489;RBI=0.110445;REFB=-0.0217266;REVB=-0.109559;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.564015;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0138103;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:6:7:10:5:6:7 chr2 239133980 . C T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.000447786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.248;QD=15.1566;RBI=0.00606945;REFB=-0.0285328;REVB=-0.00605291;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981343;STB=0.555512;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0309831;OID=.;OPOS=239133980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:11:21:14:11:11:21 chr2 239134056 . A G 228.0 PASS AF=0.35;AO=26;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00348922;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.006;QD=11.4;RBI=0.0238178;REFB=-0.0156034;REVB=0.0235608;RO=52;SAF=9;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201939;STB=0.619479;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0395808;OID=.;OPOS=239134056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:52:26:28:0.35:17:9:27:25:18:10:28:24 chr2 239134063 . G T 251.23 PASS AF=0.3625;AO=19;DP=81;FAO=29;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0420321;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.664;QD=12.5615;RBI=0.052509;REFB=-0.0383754;REVB=-0.0314721;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728911;STB=0.601738;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0362975;OID=.;OPOS=239134063;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:50:19:29:0.3625:10:9:16:23:19:10:25:25 chr2 239134138 . A C 147.19 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00261375;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.87;QD=10.5136;RBI=0.0109285;REFB=-0.00973553;REVB=-0.0106113;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272208;STB=0.652346;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0236552;OID=.;OPOS=239134138;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:37:19:19:0.339286:13:6:20:16:13:6:20:17 chr2 239139883 . G C 128.86 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000420771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6118;QD=12.8862;RBI=0.013711;REFB=-0.00995534;REVB=0.0137045;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438595;STB=0.525739;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0173135;OID=.;OPOS=239139883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:11:14:9:6:11:14 chr2 239140728 . A G 668.81 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=134;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.033046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9244;QD=19.6708;RBI=0.0465405;REFB=-0.00462305;REVB=-0.0327717;RO=67;SAF=36;SAR=31;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409775;STB=0.514262;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00811347;OID=.;OPOS=239140728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:67:69:67:67:0.492647:31:36:39:28:31:36:39:30 chr2 239165663 . T C 412.02 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.130805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.185;QD=24.9709;RBI=0.130899;REFB=-0.0169644;REVB=-0.00497365;RO=26;SAF=9;SAR=30;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385502;STB=0.509995;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0092993;OID=.;OPOS=239165663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:26:39:40:0.606061:30:9:7:19:30:10:7:19 chr2 239969974 . G C 243.01 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00730226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7533;QD=15.1884;RBI=0.0355286;REFB=-0.0455278;REVB=0.0347701;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239708;STB=0.623206;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0614997;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:28:28:0.4375:15:13:8:27:15:13:9:27 chr2 239972883 . C T 194.43 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00121993;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.67;QD=22.2201;RBI=0.00830882;REFB=-9.58338e-06;REVB=-0.00821877;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-5.34118e-06;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:7:9:9:10:7:9 chr2 240007544 . C T 43.26 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.034791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.711;QD=11.5354;RBI=0.0788514;REFB=-0.0818651;REVB=-0.0707611;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0682298;OID=.;OPOS=240007544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:14:15:8:8:6:7:0.466667:1:5:4:4:2:5:4:4 chr2 240083528 . G A 51.36 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.8958;QD=18.6773;RBI=0.0622259;REFB=-0.103998;REVB=0.0622259;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0665092;OID=.;OPOS=240083528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:10:11:4:4:6:7:0.636364:6:0:0:4:7:0:0:4 chr2 240323905 . T TG 431.19 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244394;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.3272;QD=44.2245;RBI=0.104206;REFB=0;REVB=-0.1013;RO=5;SAF=20;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00379427;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:43:39:39:0:22:17:0:0:8:5:20:16:2:3 chr2 240500413 . A G 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00509971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.248;QD=15.0176;RBI=0.00627856;REFB=-0.0164125;REVB=-0.00366241;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423824;STB=0.523976;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0252019;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:17:23:16:14:17:23 chr2 240684619 . G A 208.32 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.000957493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.844;QD=13.6603;RBI=0.00437734;REFB=-0.0147608;REVB=-0.00427134;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124447;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189779;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:16:9:13:23:16:9:13:23 chr2 240900607 . TGGGGG TGGGG,TGGGGA 164.32 PASS AF=0.459016,0.0163934;AO=21,3;DP=63;FAO=28,1;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16,0;FSAR=12,1;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.062159,0.0948005;FXX=0.031741;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.6683,17.4467;QD=10.7753;RBI=0.0689085,0.141782;REFB=-0.00670462,0.00628849;REVB=0.0297429,0.105428;RO=26;SAF=12,1;SAR=9,2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0439257,-0.291439;STB=0.512186,0.991641;STBP=0.88,0.253;TYPE=del,snp;VARB=-0.00413376,-0.0119206;OID=.,.;OPOS=240900608,240900612;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016,0.0163934:21,3:63:28,1:61:32:16,0:12,1:19:13:99:26:12,1:9,2:16:10 chr2 240912983 . G T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0208792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.473;QD=21.0639;RBI=0.023457;REFB=-0.00896647;REVB=0.0106906;RO=41;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170627;STB=0.50943;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00656611;OID=.;OPOS=240912983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:18:26:25:16:18:26:25:16 chr2 240923050 . C T 873.31 PASS AF=0.488889;AO=87;DP=181;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=0.0229654;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.981;QD=19.4069;RBI=0.0229659;REFB=-0.0169891;REVB=0.000150476;RO=92;SAF=46;SAR=41;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157717;STB=0.583357;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0200293;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:92:92:87:88:0.488889:41:46:33:59:42:46:33:59 chr2 240946766 . T C 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0176281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.463;QD=11.4253;RBI=0.0187247;REFB=-0.00484211;REVB=-0.00631384;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116239;STB=0.567835;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00779215;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:7:14:21:16:7:14:21:16 chr2 240961728 . T C 1095.08 PASS AF=1;AO=57;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350376;FXX=0.0379699;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.711;QD=57.6356;RBI=0.0715372;REFB=0;REVB=0.0623694;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757711;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:57:76:1:23:34:0:0:40:36:0:0 chr2 240981262 . A C 217.44 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00801122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.07;QD=22.8881;RBI=0.0146347;REFB=-0.0351161;REVB=0.0122472;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340697;STB=0.519066;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0268013;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:9:8:9:12:9:8 chr2 240981375 . T A 248.23 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00799171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.074;QD=22.0648;RBI=0.0102034;REFB=-0.0403229;REVB=0.00634365;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175355;STB=0.588166;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0474818;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:20:21:23:24:0.533333:14:9:4:16:14:10:5:16 chr2 240984789 . C T 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00269099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.708;QD=16.8932;RBI=0.0131521;REFB=-0.00900708;REVB=-0.0128739;RO=35;SAF=8;SAR=24;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167702;STB=0.615307;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00981696;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:37:32:32:0.463768:24:8:14:21:24:8:16:21 chr2 240985347 . G A 120.19 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0195175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5719;QD=6.77146;RBI=0.0197446;REFB=-0.0101278;REVB=-0.00298591;RO=52;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226483;STB=0.630864;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0228165;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:53:18:18:0.253521:7:11:22:30:7:11:23:30 chr2 241066280 . C T 207.13 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0568977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5625;QD=24.3676;RBI=0.0588381;REFB=-0.00620654;REVB=0.0149858;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622494;STB=0.534775;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0065093;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:6:8:13:7:6:8 chr2 241390560 . A C 365.31 PASS AF=0.536232;AO=39;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0947414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1169;QD=21.1773;RBI=0.103181;REFB=-0.0145051;REVB=-0.0408691;RO=30;SAF=20;SAR=19;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247008;STB=0.610354;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0395142;OID=.;OPOS=241390560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:32:39:37:0.536232:19:20:6:24:19:18:8:24 chr2 241402836 . G A 1287.78 PASS AF=0.50813;AO=124;DP=243;FAO=125;FDP=246;FR=.;FRO=121;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=0.016478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.026;QD=20.9395;RBI=0.0171672;REFB=-0.00798593;REVB=0.00481549;RO=119;SAF=56;SAR=68;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020842;STB=0.508927;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00802518;OID=.;OPOS=241402836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:246:119:121:124:125:0.50813:68:56:51:68:68:57:53:68 chr2 241404317 . C T 241.37 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0258205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8969;QD=15.0858;RBI=0.0296932;REFB=0.00962035;REVB=0.0146625;RO=35;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851678;STB=0.55878;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0136901;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:9:19:21:14:9:19:21:15 chr2 241405485 . C T 375.79 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00540238;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.933;QD=18.1105;RBI=0.0187814;REFB=-0.0157742;REVB=-0.0179877;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175319;STB=0.524038;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0191975;OID=.;OPOS=241405485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:44:39:39:0.46988:16:23:24:18:16:23:24:20 chr2 241405528 . A G 628.08 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0202599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.892;QD=22.2329;RBI=0.028952;REFB=-0.0324271;REVB=-0.0206823;RO=51;SAF=32;SAR=30;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374987;STB=0.520541;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0261384;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:51:62:62:0.548673:30:32:24:27:30:32:24:27 chr2 241463453 . C A 167.84 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0131239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.048;QD=15.613;RBI=0.0233268;REFB=-0.0198565;REVB=0.0192848;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182645;STB=0.60454;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0437306;OID=.;OPOS=241463453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:17:8:9:9:17:8 chr2 241463495 . G T 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0125354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.938;QD=21.7461;RBI=0.0126947;REFB=0.00929911;REVB=0.00200512;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809674;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00373579;OID=.;OPOS=241463495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:11:9:12:10:11:9 chr2 241492255 . G A,T 546.4 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=2,35;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057033,0.0175382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.5913,137.055;QD=59.0706;RBI=0.0507331,0.0461693;REFB=0,0;REVB=-0.0504115,-0.0427085;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.141821,-0.0021552;OID=.,.;OPOS=241492255,241492255;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:37:0:0:2,35:1,36:0.027027,0.972973:1,18:1,17:0:0:1,18:0,18:0:0 chr2 241537421 . G A 338.78 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0127666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.725;QD=22.9681;RBI=0.0129787;REFB=-0.0215659;REVB=-0.00233714;RO=23;SAF=10;SAR=24;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089996;STB=0.513056;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0138237;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:23:25:34:34:0.576271:24:10:7:16:24:10:8:17 chr2 241538074 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.08;QD=62.9811;RBI=0.0140812;REFB=0;REVB=-0.0135125;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.77758e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr2 241558397 . G A 287.52 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0471315;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9782;QD=20.5374;RBI=0.0496152;REFB=-0.00380847;REVB=-0.0155015;RO=25;SAF=7;SAR=23;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303714;STB=0.663344;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00231134;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:26:30:30:0.535714:23:7:14:11:23:7:14:12 chr2 241569692 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0579868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4177;QD=25.4653;RBI=0.0907131;REFB=-0.0180331;REVB=-0.0697595;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496942;STB=0.528239;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00593998;OID=.;OPOS=241569692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:1:2:5:4:1:2 chr2 241570249 . A C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0731803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.467;QD=27.5919;RBI=0.0735564;REFB=-0.0224042;REVB=-0.00742859;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522328;STB=0.517215;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00321408;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:12:13:0.722222:6:6:2:3:7:6:2:3 chr2 241570391 . A G 442.54 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.43;QD=57.1023;RBI=0.0285042;REFB=0;REVB=0.0267968;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97896e-05;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:10:18:0:0:11:20:0:0 chr2 241664801 . C T 205.02 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.012747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2286;QD=17.0847;RBI=0.0219251;REFB=-0.0323959;REVB=-0.0178388;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127841;STB=0.581088;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0262493;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:10:11:17:9:10:11:18:9 chr2 241667783 . C T 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0555939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.401;QD=19.466;RBI=0.0565355;REFB=-0.0168876;REVB=0.010275;RO=24;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424645;STB=0.742875;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.013306;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:18:4:14:10:18:4:14:10 chr2 241813453 . G A 516.86 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0402537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.04;QD=22.472;RBI=0.0420747;REFB=-0.000757251;REVB=-0.0122444;RO=43;SAF=21;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699187;STB=0.538446;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00125422;OID=.;OPOS=241813453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:28:21:15:28:28:21:15:28 chr2 241816545 . C T 479.96 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0202529;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7028;QD=25.261;RBI=0.0251345;REFB=-0.0262396;REVB=0.0148851;RO=31;SAF=22;SAR=23;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760925;STB=0.541599;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0231056;OID=.;OPOS=241816545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:31:31:45:45:0.592105:23:22:12:19:23:22:12:19 chr2 241828012 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.028949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.75;QD=17.1565;RBI=0.0296841;REFB=-0.037315;REVB=-0.0065649;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327165;STB=0.688807;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0582357;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:11:9:13:4:11:9 chr2 241828034 . A G 425.87 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.94;QD=56.7821;RBI=0.0306567;REFB=0;REVB=0.017712;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00459e-05;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr2 241830969 . G A 117.95 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0133116;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8358;QD=7.48861;RBI=0.0841453;REFB=-0.000939981;REVB=0.0830857;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288837;STB=0.655563;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00159179;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:44:46:17:17:0.269841:10:7:29:15:10:7:29:17 chr2 241831005 . C T 556.07 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0548463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9406;QD=15.5543;RBI=0.0548886;REFB=0.00390404;REVB=0.00215468;RO=83;SAF=30;SAR=30;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811017;STB=0.54544;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00505255;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:83:60:60:0.41958:30:30:48:35:30:30:48:35 chr2 241831296 . C G 318.04 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0495971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2874;QD=26.5035;RBI=0.051461;REFB=-0.0256754;REVB=0.0137244;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488892;STB=0.527008;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0184918;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:15:13:8:12:15:13:8:12 chr2 241834944 . T C 189.69 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00529808;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.113;QD=11.158;RBI=0.0132784;REFB=-0.00562011;REVB=-0.0121756;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939187;STB=0.512305;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00774602;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:45:44:24:24:0.352941:11:13:24:21:11:13:23:21 chr2 241835379 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0026288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.305;QD=13.631;RBI=0.0313022;REFB=-0.0325267;REVB=0.0311917;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250633;STB=0.646722;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0234606;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:7:2:4:4:7:2 chr2 241865156 . T C 2828.08 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000173736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.875;QD=62.1556;RBI=0.020722;REFB=0;REVB=0.0207213;RO=0;SAF=86;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103894;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:182:0:0:178:182:1:92:86:0:0:96:86:0:0 chr2 241872597 . A G 570.26 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00739602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.231;QD=20.5498;RBI=0.016992;REFB=-0.0256493;REVB=0.0152979;RO=52;SAF=25;SAR=33;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927491;STB=0.546717;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0166939;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:53:58:58:0.522523:33:25:28:24:33:25:28:25 chr2 241872722 . G A 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00398982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.973;QD=16.0334;RBI=0.0250973;REFB=-0.0245011;REVB=-0.0247781;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344844;STB=0.69582;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0327607;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:21:7:12:8:21:7 chr2 241898824 . A G 278.98 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=-0.0135855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.18;QD=13.949;RBI=0.0156166;REFB=-0.0201482;REVB=-0.00770142;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399795;STB=0.724726;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0241542;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:12:20:11:37:12:20:11:37 chr2 241904001 . G C 549.56 PASS AF=0.475806;AO=56;DP=113;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0277829;FXX=0.0387567;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.9322;QD=17.7277;RBI=0.0672757;REFB=-0.0627745;REVB=-0.0612709;RO=55;SAF=28;SAR=28;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407867;STB=0.540674;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0331931;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:124:55:65:56:59:0.475806:28:28:25:30:29:30:28:37 chr2 241922430 . T C 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0356627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.635;QD=12.12;RBI=0.0430479;REFB=-0.000258278;REVB=-0.0241102;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800708;STB=0.54619;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-4.96672e-05;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:11:12:17:21:11:12:17:21 chr2 241925343 . T C 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00920525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0641;QD=18.6207;RBI=0.0152031;REFB=-0.0134953;REVB=-0.0120995;RO=38;SAF=27;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299579;STB=0.662484;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0132863;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:10:27:16:22:10:27:17:22 chr2 241929228 . A G 923.4 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00823981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.052;QD=55.9636;RBI=0.0233496;REFB=-0.0764624;REVB=0.0218474;RO=2;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656076;STB=0.506327;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000591184;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:2:1:64:65:0.984848:39:25:1:1:39:26:0:1 chr2 242002263 . C T 142.57 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0279554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.017;QD=14.2573;RBI=0.0280817;REFB=-0.0283544;REVB=0.00266004;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111447;STB=0.564438;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0483314;OID=.;OPOS=242002263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:8:16:9:7:8:16 chr2 242011303 . A G 417.72 PASS AF=0.689655;AO=35;DP=54;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0136498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.248;QD=28.8083;RBI=0.0187407;REFB=-0.049873;REVB=0.0128413;RO=18;SAF=21;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166504;STB=0.574962;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0117341;OID=.;OPOS=242011303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:18:18:35:40:0.689655:14:21:6:12:17:23:6:12 chr2 242011330 . C A 297.83 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0601368;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6849;QD=29.0567;RBI=0.0631767;REFB=0.0315115;REVB=0.0193613;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185933;STB=0.601588;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0175422;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:15:26:26:0.634146:16:10:2:13:16:10:2:13 chr2 242021742 . G T 1498.34 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0780052;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8648;QD=59.9335;RBI=0.0780269;REFB=0;REVB=0.00183782;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18876e-06;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:46:52:0:0:46:54:0:0 chr2 242028762 . T C 499.85 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.074;QD=58.8054;RBI=0.0196554;REFB=0;REVB=0.00817573;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16109e-05;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr2 242046785 . A C 728.11 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.025;QD=63.314;RBI=0.0467386;REFB=0;REVB=0.0422072;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113441;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr2 242051777 . G A 435.86 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00182921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.041;QD=54.4823;RBI=0.0191335;REFB=-0.0616338;REVB=0.0190458;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-3.15407e-06;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:1:0:15:16:1:0 chr2 242054403 . G A 1426.08 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022922;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.528;QD=62.0035;RBI=0.0301023;REFB=-0.0375065;REVB=0.0195122;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977343;STB=0.505154;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000322598;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:1:1:91:91:0.98913:48:43:0:1:48:43:0:1 chr2 242062162 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3826;QD=50.4108;RBI=0.068175;REFB=0;REVB=0.0584767;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725914;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr2 242066156 . C T 347.43 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.4678;QD=51.4717;RBI=0.0201517;REFB=-0.118256;REVB=-0.0153015;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226687;STB=0.512186;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00267398;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:20:6:0:1:20:6:0:1 chr2 242066314 . T C 593.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.65;QD=60.8336;RBI=0.0339364;REFB=0;REVB=0.0141433;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63638e-05;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:16:23:0:0 chr2 242066789 . A G 856.8 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720436;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9677;QD=58.0882;RBI=0.0146565;REFB=0;REVB=0.0127636;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14271e-06;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr2 242075362 . G A 262.13 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0326595;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1253;QD=24.9649;RBI=0.0338262;REFB=0.0216872;REVB=0.00880713;RO=18;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280463;STB=0.515612;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00916025;OID=.;OPOS=242075362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:18:24:24:0.571429:18:6:5:13:18:6:5:13 chr2 242082262 . T C 516.0 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00372721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.291;QD=55.7839;RBI=0.062256;REFB=-0.0488003;REVB=0.0621444;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00254658;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:1:0:14:22:1:0 chr2 242122391 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.28;QD=54.5163;RBI=0.0549792;REFB=0;REVB=-0.0529528;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265279;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr2 242122820 . G A 273.37 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0737303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.149;QD=22.3161;RBI=0.0840776;REFB=-0.0140979;REVB=0.0404089;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192815;STB=0.606075;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0142382;OID=.;OPOS=242122820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:23:24:26:0.530612:8:16:11:13:9:17:10:13 chr2 242122844 . C T 257.83 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0164519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.355;QD=19.0984;RBI=0.0183282;REFB=-0.0156257;REVB=0.0080783;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948994;STB=0.553034;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0184265;OID=.;OPOS=242122844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:14:12:10:18:14:12 chr2 242157228 . G C 282.56 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.055902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1792;QD=28.98;RBI=0.0598413;REFB=-0.0206329;REVB=0.0213528;RO=14;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142542;STB=0.578659;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0130347;OID=.;OPOS=242157228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:16:9:8:6:16:9:8:6 chr2 242162732 . G C 241.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0807585;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1346;QD=14.8585;RBI=0.0819006;REFB=-0.00388383;REVB=-0.01363;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742837;STB=0.552689;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00497404;OID=.;OPOS=242162732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:19:9:14:22:19:9:15:22 chr2 242168976 . T C 918.52 PASS AF=1;AO=62;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325341;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.796;QD=57.4072;RBI=0.0348299;REFB=-0.0409213;REVB=0.0124361;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283306;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:64:1:0:62:64:1:33:29:0:1:35:29:0:0 chr2 242203916 . A C 1280.74 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091505;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.689;QD=60.9874;RBI=0.0122899;REFB=0;REVB=0.00820427;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551276;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:81:84:1:33:48:0:0:36:48:0:0 chr2 242380748 . T A 79.75 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00878297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.186;QD=6.93505;RBI=0.0408139;REFB=-0.00634977;REVB=-0.0398577;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23876;STB=0.652069;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0401245;OID=.;OPOS=242380748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:8:3:16:19:8:3:16:19 chr2 242434602 . A G 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0179709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.396;QD=18.2463;RBI=0.019713;REFB=-0.00986704;REVB=-0.00810242;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393889;STB=0.723124;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0132391;OID=.;OPOS=242434602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:12:3:10:5:12:3 chr2 242439595 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0112905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.854;QD=13.4057;RBI=0.0113667;REFB=-0.0036495;REVB=0.0013139;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536261;STB=0.530779;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00793836;OID=.;OPOS=242439595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:15:19:14:9:15:19 chr2 242541365 . G A 567.76 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.00637077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.345;QD=20.2773;RBI=0.00648504;REFB=-0.00383519;REVB=-0.00121203;RO=54;SAF=21;SAR=37;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100747;STB=0.55527;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00352428;OID=.;OPOS=242541365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:37:21:14:40:37:21:14:40 chr2 242572846 . A G 198.24 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00860517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.203;QD=19.3408;RBI=0.0325384;REFB=-0.0149845;REVB=-0.0313799;RO=21;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315537;STB=0.679809;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0323272;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:15:5:12:9:15:5:12:9 chr2 242573211 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0056367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.292;QD=7.7619;RBI=0.0554;REFB=-0.0133433;REVB=-0.0551125;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0171754;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:4:2:4:8:4:2:5:8 chr2 242607924 . A G 225.65 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0269999;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5968;QD=18.8038;RBI=0.0350068;REFB=-0.0366954;REVB=-0.0222819;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155471;STB=0.533304;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0555601;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:23:26:22:22:0.458333:14:8:8:15:14:8:8:18 chr2 242610738 . T C 215.68 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0200048;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.06;QD=12.6872;RBI=0.0239257;REFB=-0.00474267;REVB=-0.0131243;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06331;STB=0.526849;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0235846;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:41:42:26:26:0.382353:11:15:26:15:11:15:26:16 chr2 242610773 . T A 1556.27 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321658;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.079;QD=59.8566;RBI=0.0459085;REFB=0;REVB=0.0327559;RO=0;SAF=67;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209953;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:36:67:0:0:36:68:0:0 chr2 242611934 . T C 165.28 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0108397;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.511;QD=13.7732;RBI=0.0109182;REFB=-0.00517479;REVB=0.00130671;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129764;STB=0.588134;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00443812;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:30:18:18:0.375:12:6:13:16:12:6:14:16 chr2 242613089 . A G 412.59 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0526593;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.652;QD=15.7175;RBI=0.0526638;REFB=-0.0179001;REVB=-0.000686164;RO=59;SAF=10;SAR=36;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971638;STB=0.554769;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0209619;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:59:46:46:0.438095:36:10:17:42:36:10:17:42 chr2 242613133 . T G 318.42 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.00829494;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.53;QD=15.1627;RBI=0.0173824;REFB=-0.0293467;REVB=0.0152756;RO=48;SAF=8;SAR=27;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588364;STB=0.544927;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0396798;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:49:35:35:0.416667:27:8:13:35:27:8:14:35 chr2 242665243 . CTG C 462.8 PASS AF=0.47619;AO=48;DP=107;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0105307;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.615;QD=17.6305;RBI=0.0238276;REFB=-0.0164603;REVB=-0.0213742;RO=52;SAF=26;SAR=22;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110636;STB=0.572915;STBP=0.162;TYPE=del;VARB=0.0170188;OID=.;OPOS=242665244;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:48:107:50:105:55:27:23:22:33:99:52:26:22:22:30 chr2 242755374 . C G 601.12 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0260112;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.394;QD=53.433;RBI=0.0360504;REFB=-0.151704;REVB=0.024961;RO=3;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076479;STB=0.510199;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00178273;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:47:45:3:4:41:41:0.911111:25:16:1:2:25:16:2:2 chr2 242793273 . A G 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.528;QD=59.6759;RBI=0.0340033;REFB=0;REVB=-0.0188036;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08413e-05;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr2 242793433 . G A 582.16 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0439167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1651;QD=58.2159;RBI=0.0514311;REFB=-0.0393093;REVB=0.026767;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0032204;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:1:0:16:23:1:0 chr2 242813124 . T C 903.56 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136605;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6505;QD=58.2942;RBI=0.109838;REFB=0;REVB=0.108985;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491133;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:19:43:0:0:19:43:0:0 chr2 242814283 . C T 890.47 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7582;QD=56.5376;RBI=0.117755;REFB=-0.120255;REVB=0.0660398;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449167;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:0:62:63:1:38:24:1:0:38:25:0:0 chr2 242814360 . T C 1434.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.397;QD=63.0486;RBI=0.0275192;REFB=0;REVB=0.0201477;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07845e-05;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:42:49:0:0 chr2 242814463 . A T 1058.87 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00415852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5141;QD=56.473;RBI=0.00464766;REFB=-0.00900808;REVB=-0.00207544;RO=2;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277991;STB=0.514702;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000319663;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:72:73:0.973333:33:39:0:2:33:40:0:2 chr2 242814637 . CCT C,CC,CCC 331.13 PASS AF=0.04,0.24,0.72;AO=5,6,14;DP=26;FAO=1,6,18;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6,9;FSAR=0,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104904,0.114859,0.107299;FXX=0.0384468;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=206.608,223.142,228.216;QD=52.9812;RBI=0.104974,0.114859,0.10735;REFB=0,0,0;REVB=0.00381313,-0.000226146,-0.00331379;RO=0;SAF=5,6,5;SAR=0,0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0126068,0.00920944,0.0128969;OID=.,.,.;OPOS=242814638,242814639,242814639;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.04,0.24,0.72:5,6,14:26:1,6,18:25:0:1,6,9:0,0,9:0:0:17:0:5,6,5:0,0,9:0:0 chr2 242815059 . C T 1326.93 PASS AF=0.977778;AO=84;DP=88;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150191;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.675;QD=58.9745;RBI=0.0250752;REFB=0.0400175;REVB=0.0200797;RO=2;SAF=45;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205852;STB=0.510867;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=3.10934e-05;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:90:2:2:84:88:0.977778:39:45:2:0:43:45:2:0 chr2 242839363 . G C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7237;QD=59.5013;RBI=0.0287041;REFB=0;REVB=-0.0260919;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296046;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr3 391100 . A G 1542.88 PASS AF=0.955357;AO=107;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00538547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.458;QD=55.1029;RBI=0.020331;REFB=-0.086422;REVB=0.0196048;RO=4;SAF=48;SAR=59;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207662;STB=0.515801;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000405452;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:112:112:4:5:107:107:0.955357:59:48:3:1:59:48:4:1 chr3 439963 . A G 1177.15 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0088877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4698;QD=59.6027;RBI=0.0269039;REFB=-0.123321;REVB=-0.0253935;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00128954;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:0:1:78:78:0.987342:45:33:0:0:45:33:0:1 chr3 440028 . T C 719.59 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031514;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.249;QD=62.5732;RBI=0.0108719;REFB=0;REVB=0.0104051;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83625e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:29:15:0:0:29:17:0:0 chr3 450391 . T C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7742;QD=55.0906;RBI=0.0482268;REFB=0;REVB=0.0422986;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856025;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr3 450534 . T C 1548.7 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1344;QD=63.864;RBI=0.0282619;REFB=0;REVB=0.0282029;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174787;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr3 1107455 . T C 667.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.27;QD=60.7125;RBI=0.0504619;REFB=0;REVB=0.0503927;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280839;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:44:1:0:42:44:1:20:22:0:1:22:22:0:0 chr3 1269680 . G A 192.96 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0185955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.06;QD=13.7827;RBI=0.0188243;REFB=-0.00143053;REVB=0.00292602;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519687;STB=0.529755;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00240424;OID=.;OPOS=1269680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:16:17:13:10:16:17 chr3 1339680 . GGTTTTT G 63.82 PASS AF=0.254545;AO=11;DP=43;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0102396;FXX=0.179078;HRUN=2;LEN=6;MLLD=232.39;QD=4.64125;RBI=0.036739;REFB=0.00144856;REVB=0.0352831;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320985;STB=0.683178;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=-0.00258311;OID=.;OPOS=1339681;OREF=GTTTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254545:11:43:14:55:41:8:6:13:28:63:9:8:3:3:6 chr3 1424850 . T G 1513.55 PASS AF=0.990385;AO=96;DP=96;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.701;QD=58.2135;RBI=0.0336372;REFB=-0.0488349;REVB=0.0275974;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.506492;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00092545;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:104:0:1:96:103:0.990385:62:34:0:0:65:38:1:0 chr3 3081750 . A T 609.24 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00312762;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4071;QD=16.1389;RBI=0.0434651;REFB=-0.0136678;REVB=-0.0433524;RO=84;SAF=41;SAR=26;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160799;STB=0.589665;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.020842;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:84:84:67:67:0.443709:26:41:38:46:26:41:38:46 chr3 3081825 . T C 2201.72 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.006429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.553;QD=62.4602;RBI=0.0493616;REFB=-0.119522;REVB=0.0489412;RO=0;SAF=81;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000372994;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:141:0:1:140:140:0.992908:59:81:0:0:59:81:0:1 chr3 3098041 . G C 711.21 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8808;QD=52.682;RBI=0.0305539;REFB=-0.0226056;REVB=-0.0226813;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392057;STB=0.520825;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000450268;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:29:23:2:0:29:23:2:0 chr3 3115478 . T C 305.84 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00177092;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.565;QD=20.0548;RBI=0.0072495;REFB=-0.0162594;REVB=-0.00702987;RO=29;SAF=8;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168119;STB=0.593997;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0131438;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:29:29:32:32:0.52459:24:8:12:17:24:8:12:17 chr3 3170792 . C T 854.07 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00760191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.412;QD=56.0044;RBI=0.019758;REFB=-0.0361022;REVB=0.0182371;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0013775;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:1:0:34:26:1:0 chr3 3189279 . A G 1083.9 PASS AF=0.974026;AO=70;DP=74;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181539;FXX=0.0253133;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.332;QD=56.3063;RBI=0.0185803;REFB=-0.215946;REVB=0.00395778;RO=4;SAF=30;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589691;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00122977;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:77:4:2:70:75:0.974026:40:30:4:0:42:33:2:0 chr3 3886580 . A G 1320.99 PASS AF=0.988764;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02168;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.89;QD=59.3703;RBI=0.0266728;REFB=-0.0123805;REVB=0.0155375;RO=1;SAF=32;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145713;STB=0.507691;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00156476;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:89:1:1:84:88:0.988764:52:32:1:0:56:32:1:0 chr3 3887093 . A G 1146.77 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00495615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.785;QD=58.0641;RBI=0.0261466;REFB=-0.0304897;REVB=0.0256726;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.511108;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000116182;OID=.;OPOS=3887093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:0:2:77:77:0.974684:44:33:0:0:44:33:0:2 chr3 3889222 . G T 160.14 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.837;QD=45.7552;RBI=0.0488011;REFB=0;REVB=0.0437588;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750284;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr3 4403837 . A G 102.43 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00982939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.342;QD=9.755;RBI=0.0243466;REFB=-0.0159277;REVB=-0.0222742;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141903;STB=0.585325;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.035233;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:12:17:6:7:12:17 chr3 4817057 . T C 991.62 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239291;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.083;QD=59.2013;RBI=0.0298312;REFB=0;REVB=0.0178129;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28216e-05;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr3 4829732 . A G 103.62 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0266066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.81;QD=18.8402;RBI=0.0592292;REFB=0.00355539;REVB=0.0529168;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463875;STB=0.749583;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00275156;OID=.;OPOS=4829732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:22:9:10:11:12:0.545455:8:3:8:1:9:3:8:2 chr3 4856180 . T C 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6318;QD=55.2206;RBI=0.0306138;REFB=-0.0524944;REVB=0.0263422;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000961662;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:0:1:29:27:0:1 chr3 4856234 . G A 548.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.825;QD=59.3144;RBI=0.0151129;REFB=0;REVB=0.00758694;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7657e-06;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:21:16:0:0 chr3 5024771 . T C 177.23 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0241153;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.461;QD=20.2546;RBI=0.0331466;REFB=-0.0213412;REVB=-0.022741;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435261;STB=0.569543;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0173333;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:17:18:18:0.514286:8:10:7:7:8:10:7:10 chr3 5025645 . G C 234.4 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.00101169;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=235.72;QD=9.0152;RBI=0.0116487;REFB=-0.00136348;REVB=-0.0116047;RO=69;SAF=23;SAR=9;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197819;STB=0.605194;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00325449;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:69:72:32:32:0.307692:9:23:39:30:9:23:42:30 chr3 5025650 . G T 295.86 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0129121;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=151.191;QD=11.3791;RBI=0.0136921;REFB=-0.00217617;REVB=-0.0045554;RO=66;SAF=26;SAR=11;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138826;STB=0.586417;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0122065;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:67:37:37:0.355769:11:26:39:27:11:26:39:28 chr3 5025654 . G A 318.93 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0141123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.186;QD=12.3858;RBI=0.0141972;REFB=-0.00622499;REVB=-0.00155047;RO=61;SAF=27;SAR=12;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139436;STB=0.588188;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0166899;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:64:39:39:0.378641:12:27:35:26:12:27:36:28 chr3 5241309 . C A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.234;QD=64.1539;RBI=0.0229928;REFB=0;REVB=0.020083;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7027e-05;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr3 5244678 . G A 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00176691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.718;QD=14.8054;RBI=0.012679;REFB=-0.00486626;REVB=0.0125553;RO=56;SAF=21;SAR=17;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200297;STB=0.511345;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00658957;OID=.;OPOS=5244678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:17:21:32:24:17:21:32:24 chr3 5294713 . C T 273.22 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0200369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5605;QD=24.8379;RBI=0.0875671;REFB=-0.000129419;REVB=0.0852439;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280191;STB=0.659759;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00171128;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:16:8:13:6:17:8:13:6 chr3 5294774 . C T 122.12 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00224721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.453;QD=9.21676;RBI=0.00289771;REFB=-0.00222275;REVB=0.00182941;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947353;STB=0.597962;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00451386;OID=.;OPOS=5294774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:37:16:16:0.301887:6:10:17:7:6:10:18:19 chr3 6828364 . A G 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.034713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8035;QD=17.7302;RBI=0.0395454;REFB=0.0109211;REVB=-0.0189432;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671833;STB=0.538415;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0158029;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:11:8:6:11:11:8 chr3 7620789 . T C 450.22 PASS AF=0.581081;AO=41;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0118246;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.755;QD=24.3363;RBI=0.0121561;REFB=-0.0273727;REVB=0.00281944;RO=31;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537429;STB=0.538589;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0142816;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:31:31:41:43:0.581081:20:21:18:13:22:21:18:13 chr3 8676204 . A G 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.138;QD=57.5418;RBI=0.0397773;REFB=0;REVB=0.0383251;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015704;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr3 8705555 . T C 197.87 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00881495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.813;QD=14.3903;RBI=0.00968394;REFB=-0.0077555;REVB=-0.0040094;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180564;STB=0.618079;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00673508;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:31:23:24:0.436364:7:16:17:15:7:17:16:15 chr3 8775661 . C T 227.17 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0193173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.981;QD=21.1323;RBI=0.0206188;REFB=-0.0480944;REVB=0.00720939;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344654;STB=0.691204;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0297294;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:3:18:10:12:3:18 chr3 8809703 . G A 1234.68 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017435;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.42;QD=60.2281;RBI=0.0460467;REFB=-0.0551415;REVB=0.0426183;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.505262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000325407;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:47:34:0:0:47:34:0:1 chr3 8955389 . C T 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00180598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.948;QD=22.5318;RBI=0.00374861;REFB=-0.020355;REVB=-0.00328489;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128426;STB=0.57241;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0126708;OID=.;OPOS=8955389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:6:9:14:5:6:9 chr3 8973271 . G T 88.41 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0113831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.76;QD=16.0741;RBI=0.0237038;REFB=-0.0170166;REVB=0.0207917;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33333;STB=0.593048;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0201255;OID=.;OPOS=8973271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:20:22:11:11:9:11:0.5:7:2:6:5:7:4:6:5 chr3 8973283 . C G 266.44 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502222;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7617;QD=50.7497;RBI=0.0540627;REFB=0;REVB=0.0200127;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195389;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr3 9005078 . C T 450.07 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=54;FWDB=0.0103531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.479;QD=14.5183;RBI=0.0215761;REFB=-0.0147627;REVB=-0.0189299;RO=73;SAF=24;SAR=27;SRF=19;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225818;STB=0.626041;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.022186;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:27:24:19:54:27:24:19:54 chr3 9024017 . A G 198.36 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00631498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.611;QD=44.0807;RBI=0.0126691;REFB=0.0410817;REVB=-0.010983;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00409681;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr3 9024146 . C A 822.81 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035358;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7776;QD=57.7412;RBI=0.0359452;REFB=0;REVB=0.00647046;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779463;OID=.;OPOS=9024146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr3 9091151 . C G 179.2 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0154399;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.318;QD=13.7849;RBI=0.0188558;REFB=-0.0136381;REVB=-0.0108235;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130469;STB=0.575269;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0200422;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:17:14:7:14:17:14 chr3 9122948 . A G 1043.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.993;QD=59.6249;RBI=0.0401521;REFB=0;REVB=0.0179245;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111779;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:38:29:0:0:39:31:0:0 chr3 9406836 . T C 1529.7 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3792;QD=63.7373;RBI=0.0179355;REFB=0;REVB=0.00361148;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12234e-05;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr3 9422210 . T C 557.74 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223875;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.4858;QD=60.2963;RBI=0.002895;REFB=0;REVB=-0.00183549;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58807e-05;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr3 9425911 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.813;QD=61.3364;RBI=0.0260331;REFB=0;REVB=0.0188671;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57464e-05;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr3 9506285 . T C 371.66 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00278923;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.577;QD=14.1586;RBI=0.020076;REFB=-0.0209455;REVB=0.0198813;RO=61;SAF=29;SAR=14;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148092;STB=0.579962;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0277621;OID=.;OPOS=9506285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:14:29:33:28:14:29:34:28 chr3 9540366 . C G 728.7 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.323;QD=54.9963;RBI=0.0697236;REFB=-0.0748411;REVB=0.0522661;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140152;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr3 9768336 . C G 1014.33 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222582;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.001;QD=57.9616;RBI=0.031216;REFB=-0.071173;REVB=0.0218863;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108681;STB=0.505745;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000494491;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:26:43:1:0:26:43:1:0 chr3 9769008 . A T 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0299736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.858;QD=14.1398;RBI=0.0589917;REFB=-0.00447725;REVB=-0.0508095;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403838;STB=0.517217;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00319225;OID=.;OPOS=9769008;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:17:20:14:14:0.411765:8:6:8:9:8:6:8:12 chr3 9798773 . C G 516.23 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00477711;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.624;QD=58.9974;RBI=0.00640612;REFB=0;REVB=0.00426821;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240467;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:12:23:0:0 chr3 9870869 . C T 225.87 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0082912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.16;QD=27.3782;RBI=0.0194976;REFB=-0.00142563;REVB=0.0176469;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160918;STB=0.604551;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000342452;OID=.;OPOS=9870869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:33:33:11:12:21:21:0.636364:8:13:4:7:8:13:4:8 chr3 9908749 . G C 271.39 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00829958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9444;QD=20.8763;RBI=0.0121029;REFB=-0.035099;REVB=0.00880892;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191501;STB=0.606664;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0300858;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:10:14:10:18:10:14 chr3 9920138 . G C 250.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0050006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9591;QD=14.9326;RBI=0.0520671;REFB=-0.0188704;REVB=0.0518265;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914514;STB=0.544299;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0231422;OID=.;OPOS=9920138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:13:16:17:20:13:16:18:20 chr3 9970031 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4327;QD=39.2066;RBI=0.0953512;REFB=0;REVB=0.0811507;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00919068;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr3 9976159 . A C,G 697.25 PASS AF=0.0576923,0.923077;AO=2,48;DP=51;FAO=3,48;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19;FSAR=3,29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0180652,-0.0102928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.7168,101.716;QD=53.6346;RBI=0.0293619,0.0103023;REFB=0.106397,0.0522178;REVB=-0.0231467,0.000443279;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994936,0.512815;STBP=0.121,0.334;TYPE=snp,snp;VARB=0.104988,0.000438395;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:51:52:0:1:2,48:3,48:0.0576923,0.923077:2,29:0,19:0:0:3,29:0,19:1:0 chr3 9988212 . C CCGCGCA 138.18 PASS AF=0.34;AO=14;DP=54;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0673295;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=6;MLLD=275.641;QD=11.0545;RBI=0.0692922;REFB=-0.0190786;REVB=-0.0163753;RO=37;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913762;STB=0.538414;STBP=0.768;TYPE=ins;VARB=0.042554;OID=.;OPOS=9988213;OREF=-;OALT=CGCGCA;OMAPALT=CCGCGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:14:54:17:50:33:3:14:7:26:99:37:3:11:10:27 chr3 9991388 . G C 1268.0 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155914;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.026;QD=61.8538;RBI=0.0163732;REFB=0;REVB=-0.00499907;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56135e-05;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:54:28:0:0:54:28:0:0 chr3 10088266 . G T 94.86 PASS AF=0.195122;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0126813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.88;QD=4.62724;RBI=0.0136144;REFB=-0.0026464;REVB=-0.00495368;RO=63;SAF=8;SAR=8;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049686;STB=0.51218;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0068661;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:63:66:16:16:0.195122:8:8:29:34:8:8:32:34 chr3 10088299 . C T 126.54 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0072131;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.74;QD=6.48923;RBI=0.00767595;REFB=0.00159622;REVB=-0.00262515;RO=59;SAF=11;SAR=8;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128463;STB=0.578864;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00225809;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:8:11:28:31:8:11:28:31 chr3 10088308 . T C 127.16 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00199133;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.131;QD=6.6056;RBI=0.0024844;REFB=-0.00409815;REVB=-0.00148556;RO=58;SAF=11;SAR=8;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139073;STB=0.585177;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00901698;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:58:58:19:19:0.246753:8:11:27:31:8:11:27:31 chr3 10088343 . A G 107.38 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00749332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0752;QD=7.04114;RBI=0.0198726;REFB=-0.00166481;REVB=-0.0184057;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481586;STB=0.538096;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00523951;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:45:16:16:0.262295:9:7:21:23:9:7:22:23 chr3 10089723 . G A 157.84 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0625173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.689;QD=12.1418;RBI=0.0658078;REFB=0.00893776;REVB=-0.0205487;RO=31;SAF=3;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393275;STB=0.754038;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0117483;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:33:19:19:0.365385:16:3:14:17:16:3:16:17 chr3 10089738 . A G 126.83 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0101394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.569;QD=11.5296;RBI=0.016398;REFB=-0.0109656;REVB=0.0128875;RO=28;SAF=2;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390907;STB=0.751668;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0296654;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:13:2:11:17:13:2:12:17 chr3 10183274 . C T 88.37 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4207;QD=39.2773;RBI=0.157965;REFB=0;REVB=0.0292935;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103584;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr3 10188339 . TTAAAAAG TAAAAG,TTAAAAG,TTAAAAGA,TTTAAAAG 67.27 PASS AF=0.52381,0,0,0;AO=5,4,3,2;DP=23;FAO=11,0,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8,0,0,0;FSAR=3,0,0,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00381069,0.0638047,-0.192175,0.0675891;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=19.8882,8.93134,20.1195,14.1881;QD=12.8137;RBI=0.0540218,0.236142,0.208867,0.210456;REFB=-0.156002,-0.207587,-0.0901522,-0.0649243;REVB=-0.0538872,-0.227359,-0.0818187,-0.199307;RO=6;SAF=3,0,3,0;SAR=2,4,0,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.231195,-0.776095,0.606014,-0.719959;STB=0.621126,0.5,0.5,0.5;STBP=0.258,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.150364,0.0486425,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=10188340,10188341,10188345,10188341;OREF=TA,A,AG,A;OALT=-,-,GA,T;OMAPALT=TAAAAG,TTAAAAG,TTAAAAGA,TTTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381,0,0,0:5,4,3,2:23:11,0,0,0:21:10:8,0,0,0:3,0,0,0:5:5:58:6:3,0,3,0:2,4,0,2:5:1 chr3 10276163 . T A 976.25 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.826;QD=58.2837;RBI=0.0252592;REFB=0;REVB=0.00669527;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514032;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:39:26:0:0:40:27:0:0 chr3 10302045 . C T 91.44 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0112161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.536;QD=17.4166;RBI=0.0112362;REFB=-0.00935238;REVB=0.000672003;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335498;STB=0.705559;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000773284;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:21:9:10:11:11:0.52381:6:5:8:1:6:5:9:1 chr3 10302056 . A G 93.3 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0157236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5236;QD=19.6411;RBI=0.0157369;REFB=-0.00841826;REVB=0.000646654;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362939;STB=0.706071;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00773482;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:7:1:7:4:7:1 chr3 10302172 . G A 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0509194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.511;QD=11.4382;RBI=0.0510146;REFB=-0.0079433;REVB=0.00311575;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929071;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0142931;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:4:5:6:7:4:5:7:7 chr3 10345657 . G A 187.82 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00407987;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.753;QD=14.1754;RBI=0.00625877;REFB=-0.00986371;REVB=0.00474625;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580938;STB=0.533184;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0104091;OID=.;OPOS=10345657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:11:20:13:9:11:20 chr3 10368948 . G A 639.9 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.021581;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.947;QD=22.0655;RBI=0.0216256;REFB=-0.010057;REVB=-0.0013886;RO=50;SAF=33;SAR=30;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515764;STB=0.540971;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0101853;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:53:63:63:0.543103:30:33:23:27:30:33:23:30 chr3 10379923 . C T 2184.27 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036332;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.495;QD=63.3121;RBI=0.0479749;REFB=0;REVB=0.0313301;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12786e-05;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:68:70:0:0:68:70:0:0 chr3 10413601 . G A 1455.14 PASS AF=1;AO=88;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543665;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9524;QD=56.5102;RBI=0.0879099;REFB=0;REVB=0.0690828;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100606;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:103:0:0:88:103:1:39:49:0:0:52:51:0:0 chr3 10413602 . C A 52.58 PASS AF=0.113208;AO=11;DP=105;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0384066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0971;QD=1.98416;RBI=0.0437572;REFB=-0.0162995;REVB=0.0209672;RO=94;SAF=1;SAR=10;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532101;STB=0.910009;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0273213;OID=.;OPOS=10413602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:105:106:94:94:11:12:0.113208:10:1:50:44:11:1:50:44 chr3 10413715 . G A 420.59 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0124034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.846;QD=49.4807;RBI=0.0127961;REFB=-0.0392607;REVB=-0.00314589;RO=3;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650021;STB=0.534862;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0054457;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:20:11:0:3:20:11:0:3 chr3 10420087 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.48;QD=57.1765;RBI=0.0308007;REFB=0;REVB=0.030782;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77849e-05;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr3 10967712 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0113675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.232;QD=17.4276;RBI=0.0308081;REFB=-0.0106021;REVB=-0.0286342;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134659;STB=0.507684;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.021563;OID=.;OPOS=10967712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:13:10:8:11:13:10 chr3 11058903 . G A 338.62 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0157095;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.25;QD=19.6304;RBI=0.0254346;REFB=-0.0169458;REVB=-0.0200032;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127728;STB=0.550013;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0125343;OID=.;OPOS=11058903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:35:34:35:35:0.507246:16:19:14:21:16:19:15:19 chr3 11302933 . A G 330.9 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3455;QD=50.9075;RBI=0.0750198;REFB=-0.173364;REVB=0.0706051;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00428791;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:0:1:14:11:0:1 chr3 11303874 . T C 1226.85 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.761;QD=61.3423;RBI=0.00763962;REFB=0;REVB=0.000307444;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59751e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr3 11372894 . C T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0231809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.81;QD=15.4998;RBI=0.0301633;REFB=-0.0317763;REVB=-0.0192995;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117691;STB=0.573723;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0369776;OID=.;OPOS=11372894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:40:30:31:0.43662:17:13:22:18:18:13:22:18 chr3 11643465 . T C 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.846;QD=59.8288;RBI=0.0327078;REFB=0;REVB=0.0310863;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110402;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 11684957 . C T 554.35 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.215344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6737;QD=59.9295;RBI=0.225808;REFB=0;REVB=0.0679423;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255429;OID=.;OPOS=11684957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr3 11734610 . A C 67.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0138488;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9181;QD=12.9178;RBI=0.0619778;REFB=0.0173678;REVB=0.0604108;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198262;STB=0.583135;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0208592;OID=.;OPOS=11734610;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:21:13:12:9:9:0.428571:2:7:8:5:2:7:8:4 chr3 11848923 . CCACT C 107.19 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0337884;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=4;MLLD=298.577;QD=11.5877;RBI=0.0346895;REFB=-0.00345012;REVB=-0.00785517;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0.0765971;STB=0.543808;STBP=0.752;TYPE=del;VARB=0.00490778;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:16:38:16:37:21:3:13:3:18:99:21:3:13:3:18 chr3 11887991 . C G 314.57 PASS AF=0.378947;AO=34;DP=93;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0427861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.046;QD=13.2452;RBI=0.0431316;REFB=-0.0135473;REVB=-0.00544796;RO=58;SAF=22;SAR=12;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166578;STB=0.583638;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0222556;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:58:59:34:36:0.378947:12:22:29:29:13:23:30:29 chr3 11994493 . C T 296.05 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0291842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.224;QD=42.2927;RBI=0.0887808;REFB=-0.0431679;REVB=0.0838469;RO=4;SAF=19;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188806;STB=0.603081;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00115071;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:28:28:4:4:24:24:0.857143:5:19:1:3:5:19:1:3 chr3 12229015 . A G 164.72 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=28;FWDB=-0.0389814;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1581;QD=13.4465;RBI=0.039;REFB=-0.0159193;REVB=0.00120574;RO=29;SAF=3;SAR=15;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135416;STB=0.588955;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0259565;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:31:18:18:0.367347:15:3:3:26:15:3:3:28 chr3 12232074 . A G 770.12 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000464991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.334;QD=55.0082;RBI=0.0036176;REFB=-0.0826204;REVB=-0.00358759;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.513509;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00139698;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:55:55:0.982143:37:18:0:0:37:18:1:0 chr3 12544829 . G A 206.98 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0110566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.347;QD=17.2484;RBI=0.0115121;REFB=-0.0182028;REVB=-0.00320632;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878716;STB=0.571361;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.016448;OID=.;OPOS=12544829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:9:12:12:13:9:12:12:15 chr3 12570363 . C CT,T 31.03 PASS AF=0.272727,0.0909091;AO=3,2;DP=23;FAO=6,2;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0;FSAR=5,2;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0607402,0.00226638;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=7.3886,230.986;QD=5.64245;RBI=0.141748,0.0270291;REFB=-0.0622384,-0.00894291;REVB=0.128075,0.0269339;RO=16;SAF=1,0;SAR=2,2;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.210722,-0.433373;STB=0.555358,0.991944;STBP=0.882,0.37;TYPE=ins,snp;VARB=0.0669815,-0.0295537;OID=.,.;OPOS=12570364,12570363;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:23:22:16:14:3,2:6,2:0.272727,0.0909091:2,2:1,0:3:13:5,2:1,0:3:11 chr3 12613866 . T C 128.68 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0168548;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.154;QD=18.383;RBI=0.0176987;REFB=-0.0117494;REVB=-0.00539998;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069643;STB=0.539717;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00968311;OID=.;OPOS=12613866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:14:14:14:14:0.5:9:5:4:10:9:5:4:10 chr3 12810755 . G C 373.26 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.012872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9656;QD=16.5895;RBI=0.0193005;REFB=-0.00401815;REVB=-0.0143813;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417207;STB=0.528203;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00330375;OID=.;OPOS=12810755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:50:40:40:0.444444:22:18:20:29:22:18:20:30 chr3 12848822 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0133815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.234;QD=14.9785;RBI=0.054575;REFB=-0.00112194;REVB=-0.0529091;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294979;STB=0.517207;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.000464377;OID=.;OPOS=12848822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:3:8:7:3:3:8 chr3 12856856 . A G 110.11 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0207567;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.34;QD=20.0192;RBI=0.0236877;REFB=-0.00573904;REVB=0.0114133;RO=9;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439064;STB=0.775356;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00846232;OID=.;OPOS=12856856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:24:22:9:10:12:12:0.545455:10:2:6:3:10:2:7:3 chr3 12858028 . T C 421.29 PASS AF=0.5;AO=40;DP=84;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.015148;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.036;QD=19.5948;RBI=0.0151504;REFB=-0.0187641;REVB=-0.000265356;RO=44;SAF=14;SAR=26;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107415;STB=0.575229;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0201949;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:44:43:40:43:0.5:26:14:11:33:26:17:11:32 chr3 12858822 . C T 266.79 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00608272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9574;QD=17.2123;RBI=0.0195032;REFB=-0.00106127;REVB=-0.0185303;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182796;STB=0.595678;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00120721;OID=.;OPOS=12858822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:29:30:0.483871:21:8:14:17:21:9:15:17 chr3 12859004 . A C 234.04 PASS AF=0.394366;AO=22;DP=65;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00918672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.247;QD=13.1853;RBI=0.0368903;REFB=-0.0288047;REVB=0.0357281;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535056;STB=0.58674;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0409503;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:42:43:22:28:0.394366:11:11:23:19:17:11:23:20 chr3 13358204 . G A 612.95 PASS AF=0.953488;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0682477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.022;QD=57.0189;RBI=0.0909294;REFB=-0.0432362;REVB=0.0600867;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508152;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0024595;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:40:43:0:2:39:41:0.953488:14:25:0:0:14:27:1:1 chr3 13361287 . C T 1193.46 PASS AF=0.931818;AO=81;DP=89;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00177199;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.4;QD=54.2481;RBI=0.0570595;REFB=-0.0707359;REVB=0.057032;RO=5;SAF=45;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393668;STB=0.526163;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00283225;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:89:88:5:6:81:82:0.931818:36:45:1:4:37:45:1:5 chr3 13361391 . A G 2083.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.495;QD=62.671;RBI=0.0170577;REFB=0;REVB=0.0166001;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16948e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:73:60:0:0:73:60:0:0 chr3 13364876 . G T 742.56 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5774;QD=55.0044;RBI=0.150452;REFB=-0.110152;REVB=0.139907;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00874586;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:1:0:53:54:1:28:25:1:0:28:26:0:0 chr3 13367406 . C T 1626.42 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.585;QD=59.1424;RBI=0.0388413;REFB=-0.0582757;REVB=0.0371087;RO=0;SAF=41;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000160205;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:68:41:0:0:68:41:0:1 chr3 13611850 . T C 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0560062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.425;QD=11.8813;RBI=0.0564181;REFB=0.00828462;REVB=0.00680459;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190917;STB=0.64241;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00799389;OID=.;OPOS=13611850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:28:15:15:0.348837:11:4:11:15:11:4:13:15 chr3 13612936 . A G 574.79 PASS AF=0.546392;AO=50;DP=94;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00683519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.594;QD=23.7025;RBI=0.008158;REFB=-0.024423;REVB=-0.00445343;RO=44;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170093;STB=0.512856;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0197207;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:44:44:50:53:0.546392:26:24:22:22:28:25:22:22 chr3 13670481 . A G 171.46 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00873375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8926;QD=17.5851;RBI=0.0362906;REFB=-0.0186154;REVB=-0.035224;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218046;STB=0.623093;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0214271;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:21:18:18:0.461538:7:11:7:12:7:11:8:13 chr3 13670536 . A G 119.41 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00138461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9735;QD=15.4071;RBI=0.00146122;REFB=0.00212259;REVB=-0.000466913;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.523331;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00603375;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:7:6:8:9:8:6:8:9 chr3 13670776 . T C 174.43 PASS AF=0.514286;AO=11;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0107247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.562;QD=19.9344;RBI=0.0111684;REFB=-0.0430311;REVB=0.00311678;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168205;STB=0.526287;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.042219;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:12:17:11:18:0.514286:10:1:2:10:13:5:4:13 chr3 13679203 . G A 224.95 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0081432;FXX=0.0476115;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.225;QD=14.9968;RBI=0.00815031;REFB=-0.0097038;REVB=-0.000340286;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117647;STB=0.566616;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0143328;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:21:13:13:13:21:13 chr3 13679335 . C T 242.45 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00666341;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.34;QD=18.65;RBI=0.0126003;REFB=-0.0218636;REVB=0.0106942;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215942;STB=0.636122;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0204599;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:25:26:0.5:16:9:15:10:17:9:16:10 chr3 13679688 . T A 535.96 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00104796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.962;QD=20.2249;RBI=0.0146821;REFB=-0.0198263;REVB=-0.0146447;RO=51;SAF=31;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115453;STB=0.563613;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0200765;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:24:31:22:29:24:31:22:29 chr3 13679695 . C A 529.9 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00524009;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2873;QD=19.4457;RBI=0.0117409;REFB=0.00455758;REVB=0.0105066;RO=55;SAF=30;SAR=25;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147189;STB=0.577087;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0039975;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:55:54:55:55:0.504587:25:30:21:34:25:30:21:33 chr3 13679708 . C A 494.12 PASS AF=0.481818;AO=52;DP=109;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0272768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5093;QD=17.9679;RBI=0.0346154;REFB=-0.0132947;REVB=0.021312;RO=57;SAF=27;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125154;STB=0.573352;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0152637;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:57:57:52:53:0.481818:25:27:22:35:25:28:22:35 chr3 13695587 . C T 448.58 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0145633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.947;QD=15.7395;RBI=0.0160845;REFB=-0.0225146;REVB=-0.00682812;RO=64;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254406;STB=0.501424;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0236386;OID=.;OPOS=13695587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:28:22:28:36:28:22:28:36 chr3 13896140 . A G 1434.04 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.873;QD=63.0346;RBI=0.00690004;REFB=0;REVB=0.0029859;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92673e-06;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chr3 13896284 . C T 2001.41 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024187;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.463;QD=62.0592;RBI=0.0368113;REFB=0;REVB=0.0277499;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96681e-05;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:128:129:1:59:69:0:0:60:69:0:0 chr3 14106499 . G A 1023.16 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00581272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.83;QD=57.6427;RBI=0.00917373;REFB=-0.115856;REVB=0.00709716;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126057;STB=0.506665;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000110484;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:37:32:0:1:37:33:0:1 chr3 14174427 . A T 463.36 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.583;QD=52.9553;RBI=0.018729;REFB=0.00204296;REVB=0.0143203;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161671;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=2.27774e-05;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:17:16:1:1:17:16:1:1 chr3 14175262 . T C 909.32 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189006;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.621;QD=58.6657;RBI=0.0881897;REFB=0;REVB=0.0881695;RO=0;SAF=47;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130919;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:15:47:0:0:15:47:0:0 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAAC,AAAAACA,AAAAACAA 344.93 PASS AF=0.0322581,0.935484,0.0322581;AO=4,12,4;DP=31;FAO=1,29,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16,0;FSAR=0,13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454536,-0.00516103,-0.00522705;FXX=0.0605877;HRUN=4,4,4;LEN=6,5,4;MLLD=199.091,206.331,200.933;QD=44.507;RBI=0.00925656,0.00818266,0.00666767;REFB=0,0,0;REVB=-0.00806372,-0.00634977,-0.00413955;RO=0;SAF=3,7,1;SAR=1,5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0123021,-0.00488674,0.00826585;OID=.,.,.;OPOS=14184062,14184057,14184063;OREF=AAAACA,AAAAC,AAAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAAAAC,AAAAACA,AAAAACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.935484,0.0322581:4,12,4:31:1,29,1:31:0:1,16,0:0,13,1:0:0:5:0:3,7,1:1,5,3:0:0 chr3 14187449 . G T 1095.15 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.74;QD=60.008;RBI=0.0366102;REFB=0;REVB=0.0318901;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61049e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:28:44:0:0:28:45:0:0 chr3 14197987 . A T 160.69 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.095;QD=45.9126;RBI=0.0188587;REFB=0;REVB=0.0148601;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189766;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:9:3:0:0:9:5:0:0 chr3 14199887 . G A 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1346;QD=59.0042;RBI=0.0157055;REFB=0;REVB=0.00106953;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271298;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr3 14436184 . GT G 225.5 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00583036;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.306;QD=17.3463;RBI=0.019079;REFB=-0.0208775;REVB=0.0181663;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778135;STB=0.56245;STBP=0.407;TYPE=del;VARB=0.0276364;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:24:52:25:52:27:10:15:14:13:99:26:10:14:13:13 chr3 14485484 . C A 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411164;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=234.606;QD=50.839;RBI=0.041288;REFB=0.0302698;REVB=0.00376064;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487725;STB=0.526294;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-2.10162e-05;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:1:0:16:9:1:0 chr3 14526538 . G A 918.85 PASS AF=0.455814;AO=98;DP=215;FAO=98;FDP=215;FR=.;FRO=117;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.055992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.269;QD=17.0949;RBI=0.0574565;REFB=-0.00473453;REVB=0.0128899;RO=117;SAF=50;SAR=48;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193781;STB=0.510733;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00454332;OID=.;OPOS=14526538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:117:117:98:98:0.455814:48:50:62:55:48:50:62:55 chr3 14526656 . A G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00412575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.093;QD=18.0499;RBI=0.0241582;REFB=-0.000717836;REVB=-0.0238033;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468762;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.000665689;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:2:6:7:3:2:6 chr3 14551444 . A G 905.74 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161483;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0181;QD=58.435;RBI=0.0169287;REFB=0;REVB=0.00508089;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83012e-05;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr3 14552994 . A G 310.74 PASS AF=0.961538;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.6735;QD=47.806;RBI=0.168047;REFB=0.0870928;REVB=0.160938;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00270943;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:0:1:20:25:0.961538:7:13:0:0:11:14:0:1 chr3 14554309 . C T 334.53 PASS AF=0.440476;AO=35;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00111947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.44;QD=15.93;RBI=0.039216;REFB=-0.0328164;REVB=-0.0392;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280583;STB=0.504852;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0441196;OID=.;OPOS=14554309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:47:35:37:0.440476:18:17:22:26:20:17:22:25 chr3 14555216 . T C 498.4 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6862;QD=58.6356;RBI=0.089439;REFB=0;REVB=0.0415945;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044328;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr3 14555811 . A G 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3824;QD=50.4067;RBI=0.0274505;REFB=0;REVB=-0.000135358;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003911;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr3 14561627 . A AG,G 662.44 PASS AF=1,0;AO=38,2;DP=45;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218478,-0.0390009;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=25.0677,227.477;QD=58.8835;RBI=0.219044,0.0576142;REFB=0,0;REVB=-0.0157338,-0.0424067;RO=5;SAF=21,1;SAR=17,1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0546191,-0.306614;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00535922,0;OID=.,.;OPOS=14561628,14561627;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:5:0:38,2:45,0:1,0:17,1:21,1:4:1:19,0:26,0:0:0 chr3 14563258 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2205;QD=45.8067;RBI=0.0227493;REFB=0;REVB=-0.0168258;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102797;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr3 14768534 . A G 267.13 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0115966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.406;QD=28.8792;RBI=0.0269459;REFB=-0.0136579;REVB=-0.0243228;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886948;STB=0.548978;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00887231;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:16:8:6:7:16:8:6:7 chr3 14939088 . GA AT 216.34 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0124884;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.859;QD=13.1115;RBI=0.0146732;REFB=-0.0188834;REVB=0.00770339;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187022;STB=0.514377;STBP=0.877;TYPE=mnp;VARB=0.0316785;OID=.;OPOS=14939088;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:40:26:26:0.393939:15:11:15:22:15:11:16:24 chr3 14939479 . G T 186.43 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.060513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2936;QD=12.4284;RBI=0.065462;REFB=-0.0189469;REVB=0.0249689;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119944;STB=0.525284;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0313283;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:23:23:0.383333:8:15:27:9:7:16:27:10 chr3 15084867 . GTATATATATATAT GTATATATATAT,GTATATATATATA,GTATATATATATAA 821.5 PASS AF=0,1,0;AO=11,31,9;DP=61;FAO=0,58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24,0;FSAR=0,34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239503,-0.0279229,-0.0301606;FXX=0.0491723;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=181.299,186.917,180.555;QD=56.655;RBI=0.185794,0.208374,0.183789;REFB=0,0,0;REVB=0.184243,0.206495,0.181297;RO=0;SAF=0,11,8;SAR=11,20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.000865411,-0.0614853;OID=.,.,.;OPOS=15084868,15084880,15084880;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTATATATATAT,GTATATATATATA,GTATATATATATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:11,31,9:61:0,58,0:58:0:0,24,0:0,34,0:0:0:4:0:0,11,8:11,20,1:0:0 chr3 15113519 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.588;QD=61.6805;RBI=0.022006;REFB=0;REVB=-0.00104957;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119076;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr3 15115478 . C T 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.000838842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.975;QD=9.85698;RBI=0.00459083;REFB=-0.0150955;REVB=-0.00451354;RO=39;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243769;STB=0.505876;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0313304;OID=.;OPOS=15115478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:41:20:20:0.327869:6:14:28:11:6:14:29:12 chr3 15115723 . T C 256.72 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0116353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4008;QD=18.0153;RBI=0.0122036;REFB=-0.024714;REVB=0.00368071;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137696;STB=0.588091;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0274072;OID=.;OPOS=15115723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:9:19:15:13:9:19:15:14 chr3 15115872 . A G 338.12 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0217899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2946;QD=22.9233;RBI=0.0412875;REFB=-0.00720956;REVB=-0.0350694;RO=25;SAF=26;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855875;STB=0.547339;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00209531;OID=.;OPOS=15115872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:8:26:17:8:8:26:17:8 chr3 15117125 . G A 183.9 PASS AF=0.452381;AO=15;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00441334;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.435;QD=17.5145;RBI=0.00917147;REFB=-0.0598211;REVB=-0.0080398;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211742;STB=0.531773;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0697391;OID=.;OPOS=15117125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:23:15:19:0.452381:8:7:8:10:8:11:12:11 chr3 15476011 . C G 133.95 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0950984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.8793;QD=9.39985;RBI=0.0955688;REFB=-0.0139704;REVB=0.00946992;RO=38;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442773;STB=0.519459;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0378661;OID=.;OPOS=15476011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:12:6:14:24:12:6:14:25 chr3 15509327 . C G 294.01 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00884172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.454;QD=12.6457;RBI=0.0101379;REFB=-0.0231512;REVB=0.00496003;RO=58;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410552;STB=0.529698;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0306585;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:59:34:34:0.365591:20:14:26:32:20:14:27:32 chr3 15516418 . AGA AG,CAG 32.53 PASS AF=0.150943,0.0377358;AO=9,2;DP=53;FAO=8,2;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=1,0;FSAR=7,2;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.223958,0.0300501;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,3;MLLD=15.2825,213.626;QD=2.45493;RBI=0.25354,0.055392;REFB=-0.00860882,-0.000945792;REVB=-0.11885,-0.0465324;RO=34;SAF=1,0;SAR=8,2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.50347,-0.426225;STB=0.860597,0.995152;STBP=0.041,0.123;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00965684,0.0357564;OID=.,.;OPOS=15516420,15516418;OREF=A,AGA;OALT=-,CAG;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:34:43:9,2:8,2:0.150943,0.0377358:8,2:1,0:16:18:7,2:1,0:23:20 chr3 15643043 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.64;QD=59.0172;RBI=0.0840505;REFB=0;REVB=0.0501836;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375475;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr3 15643175 . G A 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0208753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.129;QD=17.4549;RBI=0.0241616;REFB=-0.0261262;REVB=0.0121656;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477169;STB=0.516117;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0245935;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:15:12:11:17:15:12:12:17 chr3 15686776 . T C 1490.33 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010041;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.799;QD=59.6134;RBI=0.0114783;REFB=0;REVB=-0.00556145;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14133e-05;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:48:52:0:0 chr3 15710011 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.156;QD=57.6797;RBI=0.0406285;REFB=0;REVB=0.0398652;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36971e-05;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr3 15721013 . C T 102.7 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0186605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3698;QD=9.33677;RBI=0.0401979;REFB=0.00593704;REVB=0.0356042;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316582;STB=0.692012;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0218664;OID=.;OPOS=15721013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:13:18:4:9:13:18 chr3 16305674 . C G 132.41 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0542404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.984;QD=9.99284;RBI=0.0610985;REFB=-0.00800026;REVB=-0.0281249;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161559;STB=0.613059;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0223514;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:36:36:16:17:0.320755:8:8:13:23:8:9:13:23 chr3 16312564 . C T 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0227979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.408;QD=13.2644;RBI=0.0245161;REFB=-0.00274009;REVB=-0.00901649;RO=43;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407735;STB=0.733643;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00592417;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:7:21:16:27:7:21:16:27 chr3 16327855 . T G 410.31 PASS AF=0.438095;AO=47;DP=107;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00152492;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.318;QD=15.6307;RBI=0.00774067;REFB=-0.0197237;REVB=-0.00758898;RO=55;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106828;STB=0.533319;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0213739;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:55:59:47:46:0.438095:23:24:22:33:23:23:26:33 chr3 16358584 . T C 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00349942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.056;QD=11.2837;RBI=0.00353791;REFB=-0.0123154;REVB=0.0005204;RO=50;SAF=11;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148819;STB=0.586243;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.019929;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:16:11:27:23:16:11:27:23 chr3 16364919 . A C 333.94 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0157258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0674;QD=19.3589;RBI=0.0788892;REFB=-0.0204215;REVB=0.0773059;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361042;STB=0.50847;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0330915;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:34:35:35:0.507246:20:15:12:19:20:15:14:20 chr3 16535229 . C T 205.11 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0144669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.181;QD=16.4085;RBI=0.0193722;REFB=-0.0136077;REVB=-0.0128838;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258984;STB=0.648505;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0222681;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:7:14:12:17:7:14:12:17 chr3 16646745 . C G 289.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0572;QD=52.5911;RBI=0.0200739;REFB=0;REVB=-0.00879963;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368281;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr3 17051328 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101733;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.214;QD=48.7373;RBI=0.0124021;REFB=0;REVB=-0.00709345;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10022e-05;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 17053499 . A G 703.94 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9864;QD=62.5721;RBI=0.0574802;REFB=0;REVB=-0.0498251;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289717;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr3 17741409 . C G 726.85 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149388;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2536;QD=57.0082;RBI=0.034079;REFB=0;REVB=0.0306303;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171099;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr3 18055231 . A C 1269.79 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286325;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.648;QD=60.466;RBI=0.032587;REFB=-0.187481;REVB=0.0155591;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00165807;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:0:1:82:83:0.988095:47:35:0:0:48:35:1:0 chr3 18427924 . G T 2587.31 PASS AF=0.921466;AO=176;DP=191;FAO=176;FDP=191;FR=.;FRO=15;FSAF=102;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00611511;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.895;QD=54.1844;RBI=0.0116554;REFB=-0.0046887;REVB=0.00992244;RO=12;SAF=102;SAR=74;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304559;STB=0.525006;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=3.06074e-05;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:191:191:12:15:176:176:0.921466:74:102:4:8:74:102:4:11 chr3 19574945 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.015859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.779;QD=11.9197;RBI=0.0331013;REFB=-0.0174382;REVB=-0.0290549;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267754;STB=0.66611;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0140885;OID=.;OPOS=19574945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:3:6:6:1:3:6 chr3 19974912 . T C 369.19 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0159405;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.181;QD=16.974;RBI=0.015941;REFB=0.0023398;REVB=-0.0001202;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445736;STB=0.53002;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00229958;OID=.;OPOS=19974912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:48:37:39:0.448276:19:18:26:23:20:19:26:22 chr3 19975215 . C A 233.1 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0153814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.144;QD=14.7999;RBI=0.0158281;REFB=-0.0143978;REVB=-0.0037339;RO=35;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085793;STB=0.560275;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.022369;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:8:19:22:13:8:19:22:14 chr3 19992432 . G T 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0157375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.029;QD=11.5909;RBI=0.020779;REFB=-0.00273605;REVB=-0.0135683;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433993;STB=0.502511;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0044599;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:16:9:16:28:16:9:16:28 chr3 20042834 . C T 191.35 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.052588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.638;QD=21.8685;RBI=0.0527695;REFB=0.0167144;REVB=-0.00437279;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313621;STB=0.677223;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0238304;OID=.;OPOS=20042834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:5:14:6:10:5:14:6:10 chr3 20053581 . C T 199.39 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00399933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8211;QD=20.4501;RBI=0.00909821;REFB=0.0121727;REVB=-0.00817208;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255221;STB=0.638104;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0123451;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:19:19:20:0.512821:12:7:12:6:13:7:12:7 chr3 20113830 . G A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0456;QD=57.7089;RBI=0.028407;REFB=0;REVB=0.0279645;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321431;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr3 20161096 . A G 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0106823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.686;QD=13.5794;RBI=0.012768;REFB=-0.0179538;REVB=0.00699367;RO=28;SAF=1;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.67763;STB=0.906093;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0324109;OID=.;OPOS=20161096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:16:1:16:12:16:1:16:12 chr3 20195180 . A G 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0145303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.455;QD=20.8915;RBI=0.0169801;REFB=-0.00571976;REVB=-0.00878605;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120777;STB=0.566699;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00376004;OID=.;OPOS=20195180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:18:14:8:19:18:14:8:19 chr3 20212621 . T G 372.94 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0424095;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.3499;QD=14.4831;RBI=0.0449415;REFB=-0.0230078;REVB=0.0148721;RO=56;SAF=21;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423195;STB=0.502936;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0181731;OID=.;OPOS=20212621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:60:43:43:0.417476:22:21:25:31:22:21:29:31 chr3 20310556 . C T 223.6 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0668027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5885;QD=19.4432;RBI=0.072404;REFB=-0.0406094;REVB=-0.0279237;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803666;STB=0.545413;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0419712;OID=.;OPOS=20310556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:13:11:12:10:13:11 chr3 21462754 . A G 1117.01 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.09057e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.522;QD=60.3788;RBI=0.0344926;REFB=0;REVB=0.0344926;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51093e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:31:42:0:0:32:42:0:0 chr3 21462787 . G A 1565.72 PASS AF=0.972973;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0384302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.843;QD=56.4225;RBI=0.060047;REFB=-0.170205;REVB=0.0461385;RO=2;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166464;STB=0.512818;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00169827;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:111:2:3:106:108:0.972973:56:50:0:2:57:51:0:3 chr3 23312442 . C G 145.48 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0334482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9829;QD=16.1639;RBI=0.037199;REFB=-0.004764;REVB=-0.0162781;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262309;STB=0.6505;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00336682;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:13:7:10:6:13:7 chr3 24006477 . T A 651.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2737;QD=62.0015;RBI=0.0607609;REFB=0;REVB=0.0323364;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129204;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr3 24164500 . GTTTTGG GTGTTTG,GTTT,GTTTG,GTTTGG 137.1 PASS AF=0.0508475,0,0,0.305085;AO=6,14,17,19;DP=124;FAO=6,0,0,36;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=0,0,0,16;FSAR=6,0,0,20;FSRF=64;FSRR=12;FWDB=-0.0705734,-0.0330925,-0.214258,-0.175702;FXX=0.0406471;HRUN=4,4,4,4;LEN=4,3,2,1;MLLD=137.588,176.871,22.7674,10.6218;QD=4.64729;RBI=0.161996,0.0465521,0.308481,0.205576;REFB=0.00117794,-0.00110088,-0.0230691,-0.106947;REVB=-0.145815,-0.0327411,-0.221932,-0.106724;RO=56;SAF=0,7,10,12;SAR=6,7,7,7;SRF=47;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.773978,-0.452049,-0.360996,-0.310772;STB=0.999268,0.5,0.5,0.757464;STBP=0,1,1,0.003;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=0.219049,0,0,0.14539;OID=.,.,.,.;OPOS=24164502,24164504,24164504,24164501;OREF=TTTG,TGG,TG,T;OALT=GTTT,-,-,-;OMAPALT=GTGTTTG,GTTT,GTTTG,GTTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0.0508475,0,0,0.305085:6,14,17,19:124:6,0,0,36:118:76:0,0,0,16:6,0,0,20:64:12:99:56:0,7,10,12:6,7,7,7:47:9 chr3 24562877 . G T 1908.22 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709285;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.399;QD=60.1015;RBI=0.0750623;REFB=0;REVB=0.0245661;RO=0;SAF=27;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759496;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:127:0:0:118:127:1:91:27:0:0:93:34:0:0 chr3 25061808 . C G 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0036303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.492;QD=18.3349;RBI=0.0113379;REFB=-0.0197247;REVB=0.0107409;RO=37;SAF=13;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182946;STB=0.602195;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0132085;OID=.;OPOS=25061808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:22:13:21:16:22:13:21:16 chr3 25393837 . T C 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.028843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.112;QD=4.28828;RBI=0.0830037;REFB=-0.0194324;REVB=-0.0778312;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456144;STB=0.799262;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0480469;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:2:5:10:22:2:5:10:22 chr3 25646268 . G A 180.27 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00369096;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.584;QD=12.4325;RBI=0.0106135;REFB=-0.00247925;REVB=-0.00995106;RO=34;SAF=4;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489041;STB=0.78496;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0052958;OID=.;OPOS=25646268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:36:22:22:0.37931:18:4:21:13:18:4:22:14 chr3 25679738 . T C 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00233088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.093;QD=20.7372;RBI=0.00730983;REFB=-0.00954232;REVB=0.00692825;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648528;STB=0.553631;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00681695;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:7:11:8:7:7:11:8:8 chr3 26752237 . A G 496.1 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0204329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8926;QD=15.2645;RBI=0.023381;REFB=-0.0220325;REVB=0.0113652;RO=75;SAF=27;SAR=28;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938099;STB=0.552546;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0325294;OID=.;OPOS=26752237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:75:55:55:0.423077:28:27:30:45:28:27:30:45 chr3 27204052 . G A 250.6 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0358323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7557;QD=15.6627;RBI=0.0457012;REFB=-0.0134513;REVB=0.0283662;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847418;STB=0.555517;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0126236;OID=.;OPOS=27204052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:28:29:0.453125:12:16:17:18:12:17:17:18 chr3 27243045 . G C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00456329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.677;QD=18.0081;RBI=0.00571509;REFB=-0.0176516;REVB=-0.00344073;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188103;STB=0.604882;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0189676;OID=.;OPOS=27243045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:21:16:26:15:21:16:26:15 chr3 27296796 . C G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0175489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3613;QD=13.0904;RBI=0.0561308;REFB=-0.0117471;REVB=0.0533171;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061658;STB=0.509789;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00794545;OID=.;OPOS=27296796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:20:13:13:0.393939:5:8:10:8:5:8:12:8 chr3 27296822 . A T 54.28 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00162194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.531;QD=8.68501;RBI=0.0130898;REFB=-0.00023487;REVB=0.0129889;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475485;STB=0.51995;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000756985;OID=.;OPOS=27296822;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:17:17:7:8:0.32:3:4:9:8:4:4:9:8 chr3 27297816 . G C 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00374992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.898;QD=22.3947;RBI=0.00384589;REFB=-0.0233529;REVB=-0.000853815;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0189429;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:13:10:14:11:13:10 chr3 27307155 . C T 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0273022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8199;QD=15.7719;RBI=0.0662197;REFB=-0.0122574;REVB=-0.0603295;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766816;STB=0.543364;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0124505;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:17:16:11:16:17:16 chr3 27326097 . G T 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0101598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.426;QD=15.3052;RBI=0.0107027;REFB=-0.015268;REVB=-0.00336541;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070673;STB=0.539851;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0212301;OID=.;OPOS=27326097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:18:12:13:26:18:12:13:26 chr3 27326451 . A G 384.12 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0446895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.993;QD=35.7322;RBI=0.0488758;REFB=-0.0345795;REVB=0.0197912;RO=12;SAF=10;SAR=21;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539564;STB=0.529392;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00774835;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:21:10:5:7:21:10:5:7 chr3 27332820 . A G 91.37 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00604395;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.915;QD=11.4212;RBI=0.0303362;REFB=-0.0119762;REVB=-0.0297281;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984546;STB=0.511608;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0211217;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:31:32:20:20:11:12:0.375:8:3:7:13:8:4:7:13 chr3 27424718 . A G 1223.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2209;QD=61.1952;RBI=0.0772663;REFB=0;REVB=0.0180039;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501315;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:51:28:0:0:51:29:0:0 chr3 28520417 . T A 354.37 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0372238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.97;QD=12.3258;RBI=0.0377078;REFB=-0.00496335;REVB=-0.00602177;RO=71;SAF=20;SAR=23;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918411;STB=0.556426;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0106634;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:72:43:43:0.373913:23:20:39:32:23:20:40:32 chr3 28533658 . G A 79.01 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00231356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.205;QD=16.6329;RBI=0.0134482;REFB=-0.00895501;REVB=0.0132477;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0175732;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:19:8:9:7:9:0.473684:5:2:3:5:6:3:4:5 chr3 30046191 . G T 642.6 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000967115;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.333;QD=59.7767;RBI=0.0167917;REFB=0.176518;REVB=-0.0167638;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000548492;OID=.;OPOS=30046191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:17:25:0:1:17:25:0:1 chr3 30046435 . AC CA 79.45 PASS AF=0.631579;AO=9;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0841714;FXX=0;HRUN=11;LEN=2;MLLD=33.1203;QD=16.7272;RBI=0.0842384;REFB=-0.0342765;REVB=0.0033585;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0213431;OID=.;OPOS=30046435;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:19:19:8:7:9:12:0.631579:3:6:5:3:5:7:4:3 chr3 30713842 . C T 810.71 PASS AF=0.527397;AO=77;DP=146;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0065524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6559;QD=22.2111;RBI=0.00768261;REFB=-0.0243808;REVB=-0.00401106;RO=68;SAF=38;SAR=39;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555646;STB=0.500356;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0232744;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:68:69:77:77:0.527397:39:38:34:34:39:38:34:35 chr3 30827904 . A G 322.97 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00326189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.087;QD=47.8479;RBI=0.0118911;REFB=0.0456881;REVB=0.011435;RO=2;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661725;STB=0.535686;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000379422;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:13:12:0:2:13:12:0:2 chr3 31270258 . T C 132.96 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0135076;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.496;QD=7.82126;RBI=0.0222657;REFB=-0.00550072;REVB=0.0177004;RO=49;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042176;STB=0.525456;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0146044;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:13:6:17:32:13:6:17:32 chr3 31712393 . C T 299.94 PASS AF=0.43956;AO=30;DP=82;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00441739;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.457;QD=13.184;RBI=0.0189129;REFB=-0.00860998;REVB=-0.0183898;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148872;STB=0.544532;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0550759;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:91:44:51:30:40:0.43956:12:18:27:17:22:18:27:24 chr3 31712394 . G T 36.25 PASS AF=0.0978261;AO=8;DP=82;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00192004;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.42;QD=1.57616;RBI=0.0543239;REFB=-0.00763895;REVB=-0.0542899;RO=74;SAF=1;SAR=7;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528453;STB=0.888026;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0772882;OID=.;OPOS=31712394;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:82:92:74:83:8:9:0.0978261:7:1:45:29:8:1:45:38 chr3 31725316 . G A 559.01 PASS AF=0.461538;AO=59;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.00928785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.132;QD=17.2004;RBI=0.0125058;REFB=-0.00860005;REVB=0.00837446;RO=70;SAF=32;SAR=27;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165557;STB=0.58653;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00769698;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:59:60:0.461538:27:32:26:44:28:32:26:44 chr3 31839242 . T C 141.03 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.000138386;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.944;QD=12.2631;RBI=0.00944215;REFB=-0.00269477;REVB=0.00944113;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280622;STB=0.664693;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00344576;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:19:11:10:6:19:11 chr3 32031135 . A G 189.73 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00543795;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.463;QD=13.0846;RBI=0.0207912;REFB=-0.0135674;REVB=0.0200675;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156588;STB=0.582019;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0155263;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:35:23:23:0.396552:10:13:15:21:10:13:15:20 chr3 32031622 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0511876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.071;QD=8.8111;RBI=0.0559362;REFB=-0.0131719;REVB=0.0225542;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0327211;OID=.;OPOS=32031622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:6:5:3:3:6:5 chr3 32031643 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.116975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.751;QD=12.7387;RBI=0.11861;REFB=-0.0545496;REVB=-0.0196254;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0249314;OID=.;OPOS=32031643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:6:4:4:4:6:4 chr3 32031895 . G A 108.98 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.011558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.364;QD=13.622;RBI=0.013498;REFB=-0.0107409;REVB=-0.00697192;RO=17;SAF=12;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.593217;STB=0.86206;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0183389;OID=.;OPOS=32031895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:19:13:13:0.40625:1:12:8:9:1:12:9:10 chr3 32031962 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108;QD=37.488;RBI=0.029343;REFB=0;REVB=-0.0265749;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402574;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr3 32032951 . CTT C 61.77 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0136316;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=297.719;QD=5.2573;RBI=0.0160447;REFB=-0.00738274;REVB=0.00846237;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148887;STB=0.590772;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.0191384;OID=.;OPOS=32032952;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596:13:47:13:47:34:6:7:20:14:61:34:6:7:20:14 chr3 32087437 . C T 162.16 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0185182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3209;QD=19.6556;RBI=0.0504801;REFB=0.00264546;REVB=0.0469608;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283807;STB=0.66059;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00156815;OID=.;OPOS=32087437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:5:11:6:11:5:11 chr3 32524706 . A AC,AT 151.54 PASS AF=0.387755,0;AO=8,9;DP=56;FAO=19,0;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13,0;FSAR=6,0;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0176991,0.225355;FXX=0.019996;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=89.0708,6.01377;QD=12.3708;RBI=0.0178316,0.304887;REFB=-0.0420374,-0.0868879;REVB=0.00216987,-0.205355;RO=37;SAF=6,0;SAR=2,9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.328265,-0.719231;STB=0.709869,0.5;STBP=0.031,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0543339,0.0124302;OID=.,.;OPOS=32524707,32524707;OREF=-,-;OALT=C,T;OMAPALT=AC,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755,0:8,9:56:19,0:49:30:13,0:6,0:10:20:99:37:6,0:2,9:18:19 chr3 32524707 . T C 80.11 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0128618;FXX=0.0357079;HRUN=7;LEN=1;MLLD=100.901;QD=5.93417;RBI=0.0164979;REFB=-0.0152998;REVB=0.0103322;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232539;STB=0.636143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0241938;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:54:54:41:42:12:12:0.222222:5:7:16:25:5:7:17:25 chr3 32815230 . CA C,CT 308.39 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=8,16;DP=24;FAO=4,20;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241181,0.0412002;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.512,194.904;QD=51.3981;RBI=0.0273007,0.043567;REFB=0,0;REVB=0.0127924,0.0141645;RO=0;SAF=7,4;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,3.07465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0228491,-0.000989742;OID=.,.;OPOS=32815231,32815231;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:8,16:24:4,20:24:0:3,8:1,12:0:0:12:0:7,4:1,12:0:0 chr3 32927509 . G T 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.425;QD=61.8135;RBI=0.0545685;REFB=-0.103325;REVB=0.0380486;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00318553;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:0:1:23:26:0:1 chr3 32933036 . G A 239.47 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0159107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.388;QD=18.0735;RBI=0.0187229;REFB=-0.0254854;REVB=-0.00986894;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504043;STB=0.52828;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0185537;OID=.;OPOS=32933036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:13:13:15:12:13:13:15:12 chr3 32996423 . C T 46.44 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0108051;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5731;QD=7.73957;RBI=0.020115;REFB=-0.0452461;REVB=-0.0169664;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177312;STB=0.611451;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0403768;OID=.;OPOS=32996423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:7:10:3:4:7:10 chr3 32996509 . C T 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00602318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1045;QD=20.4824;RBI=0.0104748;REFB=-0.0344793;REVB=-0.00856982;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0209172;OID=.;OPOS=32996509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:5:6:6:8:5:6 chr3 33038747 . C G 556.8 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.845;QD=60.1945;RBI=0.100999;REFB=0;REVB=-0.0106045;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146738;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr3 33055721 . A G 1441.75 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.689;QD=62.6848;RBI=0.0194676;REFB=0;REVB=-0.016749;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32382e-05;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:45:47:0:0 chr3 33138544 . A G 1731.16 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.879;QD=60.7424;RBI=0.0619162;REFB=0;REVB=0.0188797;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29736e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:54:60:0:0:54:60:0:0 chr3 33138549 . G A 1676.73 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477605;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.708;QD=60.4228;RBI=0.0239599;REFB=0;REVB=-0.0234791;RO=0;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106959;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:52:59:0:0:52:59:0:0 chr3 33161898 . C T 348.75 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00787271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.542;QD=17.4376;RBI=0.0136406;REFB=-0.00479698;REVB=-0.0111394;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086262;STB=0.548361;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00579716;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:23:14:20:23:23:14:20:23 chr3 33174156 . T G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.66;QD=63.5824;RBI=0.0266382;REFB=0;REVB=0.00407141;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56868e-05;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr3 33174168 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.029;QD=61.684;RBI=0.0123528;REFB=0;REVB=0.0114805;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8104e-05;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr3 33194990 . C A 165.44 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0278211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.6636;QD=14.3863;RBI=0.0320137;REFB=-0.0143868;REVB=-0.0158388;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0358522;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:9:9:13:14:9:9:14:14 chr3 33195284 . G A 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00595668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.042;QD=16.0624;RBI=0.0431755;REFB=-0.00971718;REVB=-0.0427626;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193225;STB=0.610988;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0121117;OID=.;OPOS=33195284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:14:10:11:7:14:10 chr3 33195309 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00937916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9663;QD=19.6925;RBI=0.00937918;REFB=-0.104833;REVB=-2.06281e-05;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509796;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0332236;OID=.;OPOS=33195309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:25:26:26:0.509804:13:13:12:12:13:13:13:12 chr3 33255592 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.44;QD=55.0982;RBI=0.0428284;REFB=0;REVB=0.00699344;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148912;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:15:11:0:0 chr3 33877626 . G A 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.297;QD=62.7608;RBI=0.0273988;REFB=0;REVB=0.0233635;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31666e-05;OID=.;OPOS=33877626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr3 33895391 . AA CG,GA 1370.5 PASS AF=0,0.927928;AO=5,91;DP=107;FAO=0,103;FDP=111;FR=.;FRO=8;FSAF=0,50;FSAR=0,53;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0025495,0.00566525;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=82.9161,91.4741;QD=49.3873;RBI=0.00843196,0.0368757;REFB=-0.0498889,-0.174125;REVB=0.00803729,0.0364379;RO=11;SAF=4,41;SAR=1,50;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.596269,0.0555782;STB=0.5,0.526034;STBP=1,0.055;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0483743,0.00173916;OID=.,.;OPOS=33895391,33895391;OREF=AA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:107:111:11:8:5,91:0,103:0,0.927928:1,50:4,41:2:9:0,53:0,50:1:7 chr3 33905566 . C T 839.44 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6777;QD=56.9109;RBI=0.0674498;REFB=0;REVB=-0.00772561;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425236;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:54:59:1:25:29:0:0:25:34:0:0 chr3 33907945 . A G 667.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163;QD=62.1178;RBI=0.0153992;REFB=0;REVB=0.00692589;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86536e-05;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr3 35725250 . C T 1350.39 PASS AF=0.505618;AO=135;DP=267;FAO=135;FDP=267;FR=.;FRO=132;FSAF=87;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=75;FWDB=-0.00245006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8933;QD=20.2305;RBI=0.0273613;REFB=0.00682235;REVB=-0.0272514;RO=132;SAF=87;SAR=48;SRF=57;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195995;STB=0.607546;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00785231;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:132:132:135:135:0.505618:48:87:57:75:48:87:57:75 chr3 36422135 . G A 363.01 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00900208;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.575;QD=17.9262;RBI=0.018538;REFB=-0.0172627;REVB=0.0162056;RO=43;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782794;STB=0.543836;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0365181;OID=.;OPOS=36422135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:25:13:18:25:25:13:18:25 chr3 36422216 . T C 199.0 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0110806;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.302;QD=13.2664;RBI=0.0133587;REFB=-0.0194971;REVB=-0.0074616;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872913;STB=0.549959;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0288782;OID=.;OPOS=36422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:36:24:24:0.4:12:12:15:21:12:12:15:21 chr3 36779707 . G A 192.6 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0507218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.829;QD=12.0378;RBI=0.0510765;REFB=0.00162861;REVB=0.00600927;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194727;STB=0.618157;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0013525;OID=.;OPOS=36779707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:13:11:25:14:13:11:26:14 chr3 36897812 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0780564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.134;QD=11.0924;RBI=0.0781694;REFB=-0.0354707;REVB=0.00420254;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477139;STB=0.529298;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0283328;OID=.;OPOS=36897812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:1:5:4:1:1:5 chr3 36940741 . G T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0126072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.445;QD=16.4803;RBI=0.0181654;REFB=-0.00487218;REVB=0.0130782;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105058;STB=0.559939;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00711034;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:8:17:11:8:8:17 chr3 37163039 . G A 750.32 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104976;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.614;QD=56.6279;RBI=0.0105048;REFB=0;REVB=-0.000387116;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51353e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:48:53:1:26:22:0:0:29:24:0:0 chr3 37458841 . C T 148.25 PASS AF=0.652174;AO=16;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0167591;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5795;QD=25.7825;RBI=0.0181845;REFB=0.00533087;REVB=0.00705756;RO=6;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524228;STB=0.535666;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0029655;OID=.;OPOS=37458841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:6:8:16:15:0.652174:7:9:4:2:6:9:4:4 chr3 37523079 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0149957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.277;QD=14.8337;RBI=0.0155213;REFB=-0.0238631;REVB=-0.0040052;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911765;STB=0.552277;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0298382;OID=.;OPOS=37523079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:12:18:15:7:12:18 chr3 37535984 . C G 421.0 PASS AF=0.947368;AO=27;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0425166;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.912;QD=44.3157;RBI=0.103195;REFB=-0.0155495;REVB=0.0940291;RO=0;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18567e-08;STB=0.514698;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00316341;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:38:0:2:27:36:0.947368:2:25:0:0:3:33:2:0 chr3 37536056 . C T 415.53 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0056859;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.549;QD=19.1048;RBI=0.0316317;REFB=-0.0222237;REVB=-0.0311165;RO=44;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871545;STB=0.543026;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0195413;OID=.;OPOS=37536056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:45:42:42:0.482759:24:18:23:21:24:18:23:22 chr3 37574951 . G A 733.96 PASS AF=0.979167;AO=48;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00354552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1931;QD=61.1632;RBI=0.0230273;REFB=0.0807072;REVB=0.0227527;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00139158;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:48:47:0.979167:24:24:0:0:24:23:1:0 chr3 38009723 . G A 383.4 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0106867;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.124;QD=25.1409;RBI=0.0121987;REFB=-0.0014005;REVB=0.00588253;RO=24;SAF=24;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184928;STB=0.510139;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000859319;OID=.;OPOS=38009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:24:24:37:37:0.606557:13:24:15:9:13:24:15:9 chr3 38009814 . G A 263.54 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00677752;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.416;QD=19.5213;RBI=0.00790184;REFB=-0.00551851;REVB=-0.00406255;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948994;STB=0.553034;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00618658;OID=.;OPOS=38009814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:14:12:10:18:14:12 chr3 38052725 . C T 384.96 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0200972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5959;QD=20.5312;RBI=0.0259893;REFB=-0.0226582;REVB=-0.0164787;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131253;STB=0.572561;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0198444;OID=.;OPOS=38052725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:23:13:20:19:23:13 chr3 38080952 . T G 240.89 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0177292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0733;QD=16.9044;RBI=0.0403458;REFB=-0.033947;REVB=0.0362417;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525152;STB=0.516562;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0412285;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:29:30:26:27:0.473684:10:16:18:11:10:17:18:12 chr3 38081031 . A T 188.31 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0158191;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6748;QD=14.2119;RBI=0.0304303;REFB=-0.0133392;REVB=0.0259954;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336342;STB=0.509425;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0177771;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:16:14:11:11:16:15 chr3 38125705 . G A 388.15 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0408882;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5055;QD=15.0739;RBI=0.0635099;REFB=-0.0272235;REVB=-0.0485969;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184106;STB=0.597859;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0327013;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:59:44:44:0.427184:20:24:21:37:20:24:22:37 chr3 38151731 . T C 389.55 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0690849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4888;QD=29.3998;RBI=0.0706593;REFB=0.00203389;REVB=-0.0148331;RO=16;SAF=12;SAR=24;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101928;STB=0.567529;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00387462;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:16:17:36:36:0.679245:24:12:8:8:24:12:9:8 chr3 38170810 . C G 740.69 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335548;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.439;QD=56.9763;RBI=0.0339658;REFB=0;REVB=0.00526772;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42537e-05;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr3 38350479 . T C 2277.82 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00498532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.565;QD=62.8365;RBI=0.0149264;REFB=-0.0859529;REVB=0.0140693;RO=0;SAF=79;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10363e-08;STB=0.503144;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000177926;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:65:79:0:0:65:79:1:0 chr3 38350519 . G A 2127.19 PASS AF=0.993007;AO=133;DP=139;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.147062;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.124;QD=59.5017;RBI=0.149147;REFB=-0.108121;REVB=0.0248527;RO=1;SAF=63;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748522;STB=0.503448;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00115351;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:139:143:1:1:133:142:0.993007:70:63:1:0:70:72:1:0 chr3 38350543 . A G 2105.5 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.609;QD=61.9265;RBI=0.0262114;REFB=-0.0473954;REVB=-0.0186573;RO=0;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000423788;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:0:1:135:135:0.992647:63:72:0:0:63:72:0:1 chr3 38401839 . T C 741.17 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00647003;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.692;QD=54.9011;RBI=0.0259718;REFB=-0.0634966;REVB=0.025153;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000236063;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:1:0:29:24:1:0 chr3 38404472 . C A 329.34 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0231938;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.09;QD=16.2638;RBI=0.0241774;REFB=-0.0251413;REVB=0.00682573;RO=44;SAF=22;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038607;STB=0.546367;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0262716;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:44:45:34:36:0.444444:12:22:30:14:14:22:31:14 chr3 38406773 . G T 324.5 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.262;QD=54.0837;RBI=0.0774654;REFB=0;REVB=0.0339185;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574947;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:14:7:0:0:15:9:0:0 chr3 38408361 . G A 742.75 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0189917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.306;QD=53.0532;RBI=0.0195514;REFB=-0.123289;REVB=0.00464468;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145012;STB=0.515146;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00143606;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:32:22:0:1:32:22:0:2 chr3 38442490 . G A 292.07 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0117816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.888;QD=21.6347;RBI=0.0118128;REFB=0.00153486;REVB=0.000857544;RO=23;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189678;STB=0.597336;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00132295;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:24:30:30:0.555556:10:20:10:13:10:20:11:13 chr3 38519424 . A G 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0325091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.661;QD=13.1035;RBI=0.0347228;REFB=-0.0159744;REVB=-0.0121996;RO=52;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158901;STB=0.509085;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0279142;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:18:14:22:30:18:14:22:30 chr3 38524742 . C T 848.78 PASS AF=0.49711;AO=86;DP=173;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00266192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.981;QD=19.6249;RBI=0.00693709;REFB=-0.0125878;REVB=-0.00640605;RO=87;SAF=37;SAR=49;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800352;STB=0.544066;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0141697;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:87:86:86:0.49711:49:37:45:42:49:37:45:42 chr3 38525567 . T C 473.05 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.012372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4702;QD=18.9219;RBI=0.0194935;REFB=0.00301698;REVB=-0.0150642;RO=51;SAF=29;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847196;STB=0.558644;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00575725;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:53:47:47:0.47:18:29:27:24:18:29:27:26 chr3 38529818 . C T 220.86 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0298582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.475;QD=18.0291;RBI=0.0433744;REFB=-0.0175777;REVB=-0.0314616;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056761;STB=0.532329;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0280261;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:10:17:15:7:10:17 chr3 38529825 . C T 221.89 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0405516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.736;QD=18.4904;RBI=0.0455101;REFB=-0.0140987;REVB=-0.0206577;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196504;STB=0.506573;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0186582;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:15:7:8:17:15:7:8:18 chr3 38532511 . G A 510.16 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0186115;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.365;QD=23.4558;RBI=0.0188039;REFB=-0.0216263;REVB=0.00268328;RO=38;SAF=19;SAR=29;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000922516;STB=0.505266;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0146345;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:39:48:48:0.551724:29:19:15:23:29:19:15:24 chr3 38534142 . T A 160.89 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=15;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0875063;FXX=0.117612;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.956;QD=21.4518;RBI=0.0880638;REFB=-0.0241868;REVB=0.00989329;RO=14;SAF=4;SAR=22;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206478;STB=0.754437;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0102371;OID=.;OPOS=38534142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:30:14:13:26:15:0.5:22:4:5:9:13:2:7:6 chr3 38534144 . T A 43.33 PASS AF=0.145833;AO=6;DP=46;FAO=7;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00514632;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.36;QD=3.61061;RBI=0.00526714;REFB=-0.00377853;REVB=-0.00112168;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231221;STB=0.539452;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0130732;OID=.;OPOS=38534144;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:46:48:35:40:6:7:0.145833:5:1:11:24:5:2:13:27 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 112.75 PASS AF=0.12,0.4;AO=4,8;DP=26;FAO=3,10;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=0,8;FSAR=3,2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00597707,-0.0022729;FXX=0.0384468;HRUN=3,3;LEN=24,25;MLLD=453.5,458.872;QD=18.0401;RBI=0.00611958,0.00307929;REFB=-0.0257901,-0.0237027;REVB=0.00131297,0.0020775;RO=12;SAF=1,6;SAR=3,2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.288654,0.272725;STB=0.996015,0.695219;STBP=0.108,0.122;TYPE=ins,ins;VARB=0.00698268,0.0233734;OID=.,.;OPOS=38589667,38589667;OREF=-,-;OALT=CCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.12,0.4:4,8:26:3,10:25:12:0,8:3,2:6:6:80:12:1,6:3,2:6:6 chr3 38590358 . C CT 88.54 PASS AF=0.452381;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0464304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8203;QD=8.43203;RBI=0.0560668;REFB=-0.0237091;REVB=0.0314277;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173098;STB=0.63144;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.00526659;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:17:43:19:42:23:12:7:9:14:88:24:10:7:10:14 chr3 38592406 . A G 476.49 PASS AF=0.438017;AO=52;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0127152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0976;QD=15.7517;RBI=0.0232713;REFB=-0.00319505;REVB=-0.0194904;RO=68;SAF=11;SAR=41;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337456;STB=0.669136;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00387491;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:52:53:0.438017:41:11:34:34:41:12:33:35 chr3 38620946 . G A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0222629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.324;QD=17.7298;RBI=0.0273438;REFB=-0.0241221;REVB=0.0158758;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23473;STB=0.646886;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0200851;OID=.;OPOS=38620946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:17:17:0.472222:6:11:7:11:6:11:7:12 chr3 38622467 . T C 1179.13 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03919;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.022;QD=59.7028;RBI=0.0430043;REFB=0.0675901;REVB=0.0177065;RO=1;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155154;STB=0.508195;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00455415;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:30:48:0:1:30:48:0:1 chr3 38674712 . T C 2873.67 PASS AF=1;AO=179;DP=184;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000320867;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.156;QD=63.1577;RBI=0.0220939;REFB=0;REVB=0.0220916;RO=1;SAF=92;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59402e-05;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:184:182:1:0:179:182:1:87:92:0:1:89:93:0:0 chr3 38739574 . T C 1322.18 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120664;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1714;QD=60.7899;RBI=0.0723821;REFB=-0.0369142;REVB=0.0713692;RO=1;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123005;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00108305;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:87:1:1:83:86:0.988506:38:45:0:1:41:45:0:1 chr3 38739845 . A G 898.4 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1525;QD=56.1501;RBI=0.0470747;REFB=-0.0839892;REVB=0.0236809;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00216365;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:0:1:62:63:0.984375:30:32:0:0:31:32:0:1 chr3 38766675 . A G 610.95 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.425;QD=61.0952;RBI=0.0713728;REFB=0;REVB=0.00706051;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114929;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr3 38802251 . A G 724.12 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0566761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2464;QD=59.1118;RBI=0.056991;REFB=-0.0808581;REVB=0.00598204;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.527766;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00405216;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:1:2:47:47:0.959184:30:17:1:0:30:17:2:0 chr3 38888227 . C T 582.63 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00797186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1385;QD=20.9958;RBI=0.0222526;REFB=0.00358129;REVB=0.0207756;RO=50;SAF=31;SAR=28;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122228;STB=0.502907;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00344346;OID=.;OPOS=38888227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:52:59:59:0.531532:28:31:27:23:28:31:27:25 chr3 38888735 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0198818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.087;QD=20.2741;RBI=0.0285022;REFB=-0.0108473;REVB=0.0204227;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559801;STB=0.531469;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0114161;OID=.;OPOS=38888735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:9:14:16:8:9:14:16:8 chr3 38945560 . A G 435.02 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0157803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.469;QD=16.416;RBI=0.0161715;REFB=-0.012337;REVB=-0.00353557;RO=57;SAF=25;SAR=23;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117439;STB=0.501968;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0131211;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:23:25:29:28:23:25:30:28 chr3 39111140 . C A 262.71 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0111689;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1112;QD=12.2191;RBI=0.0202382;REFB=-0.0110863;REVB=-0.0168772;RO=52;SAF=13;SAR=18;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191475;STB=0.614171;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0132663;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:55:31:31:0.360465:18:13:31:21:18:13:33:22 chr3 39118707 . A G 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0548024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3513;QD=21.9679;RBI=0.0548311;REFB=-0.0112235;REVB=0.00177402;RO=17;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171028;STB=0.596909;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0245654;OID=.;OPOS=39118707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:16:4:6:11:16:4:6:11 chr3 39138082 . C T 410.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0588;QD=56.665;RBI=0.0312265;REFB=0;REVB=0.0129969;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312721;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr3 39139776 . G A 470.86 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00831089;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.822;QD=20.4723;RBI=0.0173585;REFB=-0.025181;REVB=0.0152397;RO=46;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477774;STB=0.521979;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0223985;OID=.;OPOS=39139776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:46:46:47:46:0.5:27:20:22:24:26:20:22:24 chr3 39148598 . G A 287.23 PASS AF=0.407407;AO=31;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0309302;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.728;QD=14.1843;RBI=0.032727;REFB=-0.0539108;REVB=0.0106948;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835681;STB=0.528115;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0737657;OID=.;OPOS=39148598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:48:31:33:0.407407:16:15:27:21:16:17:27:21 chr3 39152345 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.016642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3103;QD=18.5414;RBI=0.0279205;REFB=-0.00754654;REVB=0.0224187;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038176;STB=0.521273;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00717124;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:21:14:15:19:21:14 chr3 39161456 . G A 137.78 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0369631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.766;QD=15.3083;RBI=0.037925;REFB=-0.00109306;REVB=0.00848728;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320951;STB=0.514907;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0054262;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:19:20:15:16:0.444444:9:6:7:12:10:6:7:13 chr3 39161464 . G A 148.33 PASS AF=0.472222;AO=14;DP=32;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00605666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.302;QD=16.4809;RBI=0.012711;REFB=-0.0169266;REVB=-0.0111753;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331196;STB=0.508886;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0244821;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:18:19:14:17:0.472222:9:5:7:11:11:6:7:12 chr3 39180099 . T C 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0345207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7695;QD=16.6608;RBI=0.0606772;REFB=0.0181287;REVB=-0.0499004;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269129;STB=0.649902;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0245398;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:25:7:14:14:25:7 chr3 39180219 . C T 226.19 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00149876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.899;QD=13.3055;RBI=0.0118024;REFB=-0.0192448;REVB=-0.0117069;RO=40;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231624;STB=0.639895;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0214818;OID=.;OPOS=39180219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:18:9:22:18:18:9:23:18 chr3 39180263 . G A 156.96 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0733031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2953;QD=11.2115;RBI=0.0734667;REFB=-0.0154589;REVB=0.00490112;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299651;STB=0.676283;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.025181;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:15:5:18:18:15:5:18:18 chr3 39183672 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0190029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.692;QD=13.342;RBI=0.0234563;REFB=-0.00662457;REVB=-0.0137509;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289481;STB=0.503813;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0108913;OID=.;OPOS=39183672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:8:13:20:11:8:13:20:12 chr3 39184959 . C T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.000818433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.035;QD=15.2189;RBI=0.0325786;REFB=-0.0116436;REVB=-0.0325684;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268939;STB=0.65162;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.010635;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:12:19:14:27:12:19:14:27 chr3 39185248 . A G 330.35 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00767386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8328;QD=50.8233;RBI=0.0389034;REFB=-0.0909792;REVB=-0.038139;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0021249;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:9:16:0:0:9:16:1:0 chr3 39188182 . C T 522.82 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0129987;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.698;QD=18.5069;RBI=0.0131131;REFB=-0.000824083;REVB=-0.00172835;RO=58;SAF=20;SAR=35;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193223;STB=0.607162;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000714011;OID=.;OPOS=39188182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:58:58:55:55:0.486726:35:20:33:25:35:20:33:25 chr3 39229900 . T C 1029.64 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213674;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.304;QD=59.6894;RBI=0.0295508;REFB=0;REVB=0.0204128;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109609;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr3 39448424 . T C 327.91 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024895;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.659;QD=54.6519;RBI=0.0528958;REFB=0;REVB=0.0466713;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007377;OID=.;OPOS=39448424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr3 39449137 . T C 182.88 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.323;QD=43.0304;RBI=0.048236;REFB=-0.0559639;REVB=-0.0118537;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000693299;OID=.;OPOS=39449137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:0:1:10:6:0:1 chr3 39453160 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.112;QD=42.1817;RBI=0.0223698;REFB=0;REVB=0.0195039;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50332e-05;OID=.;OPOS=39453160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr3 39541550 . A G 306.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00886941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5231;QD=20.4024;RBI=0.0139441;REFB=-0.0346166;REVB=-0.0107597;RO=27;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241199;STB=0.627111;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0203719;OID=.;OPOS=39541550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:22:10:16:11:22:10:16:12 chr3 40231882 . AC A,AT 1932.34 PASS AF=0.17037,0.822222;AO=29,104;DP=135;FAO=23,111;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=1,54;FSAR=22,57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00686753,0.0823953;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.5729,62.0131;QD=57.2544;RBI=0.0226524,0.0947955;REFB=-0.00612429,0.00822726;REVB=0.0215863,0.0468743;RO=1;SAF=5,50;SAR=24,54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0190217,0.00870688;STB=0.511101,0.504347;STBP=0.638,0.48;TYPE=del,snp;VARB=0.00487013,-0.00592647;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.17037,0.822222:29,104:135:23,111:135:1:1,54:22,57:0:1:99:1:5,50:24,54:0:1 chr3 40286017 . T C 1955.05 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283583;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.231;QD=60.6218;RBI=0.0439484;REFB=0;REVB=0.0335748;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429539;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:129:0:0:122:129:1:52:70:0:0:55:74:0:0 chr3 40301474 . AAGC AAGA,A 150.42 PASS AF=0,0.333333;AO=9,17;DP=64;FAO=0,21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=0,9;FSAR=0,12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0435878,0.0113353;FXX=0.0869439;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=87.1484,198.727;QD=9.55055;RBI=0.054502,0.0203225;REFB=-0.00142343,8.47047e-05;REVB=-0.0327195,-0.0168676;RO=26;SAF=2,8;SAR=7,9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.311238,0.0094611;STB=0.5,0.532079;STBP=1,0.749;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.00734909;OID=.,.;OPOS=40301477,40301475;OREF=C,AGC;OALT=A,-;OMAPALT=AAGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:9,17:64:0,21:63:42:0,9:0,12:20:22:99:26:2,8:7,9:12:14 chr3 40351484 . C T 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9338;QD=63.8668;RBI=0.0566074;REFB=0;REVB=0.00225926;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349077;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr3 40435890 . A G 60.22 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.113695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0871;QD=17.2063;RBI=0.120924;REFB=-0.0134916;REVB=0.0411828;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325838;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.02255;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:2:4:2:6:2:4 chr3 40468896 . C T 193.92 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00402354;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.768;QD=12.12;RBI=0.013245;REFB=-0.00934933;REVB=-0.012619;RO=38;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241531;STB=0.505343;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0125995;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:40:24:24:0.375:10:14:23:15:10:14:23:17 chr3 40499182 . C T 200.82 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.048603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5682;QD=15.1562;RBI=0.0768693;REFB=-0.0327576;REVB=0.0595536;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399411;STB=0.725248;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0252346;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:23:7:15:8:23:7 chr3 40519429 . T C 462.66 PASS AF=0.942857;AO=30;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0301887;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.4728;QD=52.8759;RBI=0.0303739;REFB=0.0349921;REVB=-0.00334913;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513177;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00325652;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:30:33:0.942857:21:9:0:0:23:10:1:1 chr3 40553075 . G A 273.38 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0468935;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.104;QD=12.5692;RBI=0.0486508;REFB=-0.0103847;REVB=-0.0129575;RO=55;SAF=11;SAR=21;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876633;STB=0.550469;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0185896;OID=.;OPOS=40553075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:55:55:32:32:0.367816:21:11:23:32:21:11:23:32 chr3 40558150 . G C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0312828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.765;QD=14.6656;RBI=0.0418942;REFB=-0.000799793;REVB=-0.0278659;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.599867;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00120449;OID=.;OPOS=40558150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:12:9:9:6:12:9 chr3 40573556 . A G 51.54 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0127735;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.123;QD=13.7429;RBI=0.0138368;REFB=-0.0172043;REVB=0.00531917;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0209038;OID=.;OPOS=40573556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:3:5:4:3:3:5 chr3 40573744 . A G 170.2 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0054878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3299;QD=17.0198;RBI=0.03609;REFB=0.00206628;REVB=-0.0356704;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00641432;OID=.;OPOS=40573744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:11:11:9:9:11:11 chr3 41280827 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0290438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.481;QD=10.3903;RBI=0.0333909;REFB=-0.0194522;REVB=-0.0164745;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383694;STB=0.723655;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0217755;OID=.;OPOS=41280827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:1:10:4:3:1:10 chr3 41841716 . A C 222.24 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0113906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9768;QD=18.1421;RBI=0.0622714;REFB=-0.0329597;REVB=0.0612208;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14408;STB=0.589276;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0357207;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:12:10:8:18:12:10:8:19 chr3 41910571 . T C 187.45 PASS AF=0.555556;AO=16;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0357015;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2484;QD=20.828;RBI=0.0408634;REFB=-0.0341754;REVB=0.0198802;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165217;STB=0.626249;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.045744;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:16:20:0.555556:8:8:5:11:8:12:5:11 chr3 41925398 . C T 1537.67 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.473;QD=63.4091;RBI=0.0364442;REFB=0;REVB=0.0360465;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77622e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:41:54:0:0:42:55:0:0 chr3 41925423 . T C 1593.76 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.389;QD=63.7504;RBI=0.0297718;REFB=0;REVB=0.00177078;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85929e-06;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:47:51:0:0:47:53:0:0 chr3 41937000 . C T 765.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.332;QD=63.8311;RBI=0.00966003;REFB=0;REVB=0.00916328;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41099e-06;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr3 41939993 . T A 476.17 PASS AF=1;AO=17;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.191;QD=54.4189;RBI=0.186853;REFB=0;REVB=0.130807;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00854646;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:0:0:17:35:1:10:7:0:0:22:13:0:0 chr3 41957466 . T G 374.98 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00140565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.562;QD=49.9972;RBI=0.047803;REFB=-0.121478;REVB=0.0477823;RO=2;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250896;STB=0.513504;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0031622;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:9:19:1:1:9:19:1:1 chr3 41960006 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.871;QD=47.8223;RBI=0.0391599;REFB=0;REVB=0.0151722;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316512;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr3 41996136 . T C 754.44 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.497;QD=54.868;RBI=0.0265642;REFB=-0.0852772;REVB=0.014006;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=4.72567e-05;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:26:28:0:0:26:28:1:0 chr3 42236415 . A G 323.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7119;QD=53.8957;RBI=0.0827153;REFB=0;REVB=-0.082373;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206004;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr3 42244321 . G A 1200.09 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.425;QD=60.764;RBI=0.0476468;REFB=0;REVB=0.0396827;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010301;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:41:35:0:0:41:38:0:0 chr3 42251263 . C T 88.41 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0184772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.697;QD=12.1942;RBI=0.0777721;REFB=-0.0116282;REVB=0.0755453;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697097;STB=0.541327;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00786267;OID=.;OPOS=42251263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:7:11:6:5:7:11 chr3 42251329 . C T 252.73 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0213405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.394;QD=21.0608;RBI=0.0276629;REFB=-0.00723061;REVB=0.0176016;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378335;STB=0.521259;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00657072;OID=.;OPOS=42251329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:11:13:14:10:11:13 chr3 42304784 . A G 181.68 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00607215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0005;QD=14.5343;RBI=0.0449198;REFB=0.0330035;REVB=-0.0445075;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743751;STB=0.51998;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0455559;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:10:9:14:16:10:10:14:16 chr3 42438754 . T C 719.02 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3785;QD=62.5237;RBI=0.016069;REFB=0;REVB=0.00251318;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215864;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:18:28:0:0 chr3 42568929 . T C 357.98 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.857;QD=55.074;RBI=0.0614476;REFB=0;REVB=0.0196433;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339206;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr3 42599091 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0137322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.707;QD=22.7198;RBI=0.0155006;REFB=-0.00759123;REVB=0.00718995;RO=9;SAF=1;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483655;STB=0.782597;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00329314;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:13:1:4:5:13:1:4:5 chr3 42610515 . G A 55.0 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0128547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3585;QD=9.56488;RBI=0.0266818;REFB=-0.0363584;REVB=0.0233811;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328342;STB=0.695237;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0597385;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:3:12:4:4:3:12 chr3 42636141 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0604882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5623;QD=22.9131;RBI=0.0612972;REFB=0.0838278;REVB=-0.00992576;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666324;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0121465;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:4:0:5:4:4:0 chr3 42700456 . C T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00952093;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.143;QD=15.8613;RBI=0.0106324;REFB=-0.00337231;REVB=-0.0047328;RO=51;SAF=23;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13836;STB=0.578056;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00440387;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:15:23:24:27:15:23:24:27 chr3 42700630 . A G 549.15 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=106;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00839661;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.987;QD=20.529;RBI=0.0264428;REFB=-0.00480804;REVB=-0.0250743;RO=51;SAF=35;SAR=20;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115012;STB=0.55688;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00582262;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:51:51:55:56:0.523364:20:35:26:25:21:35:26:25 chr3 42727912 . C G 255.25 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0149228;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.565;QD=17.6036;RBI=0.0468292;REFB=-0.037736;REVB=-0.0443879;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253731;STB=0.626774;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0298028;OID=.;OPOS=42727912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:32:30:28:28:0.482759:18:10:20:12:18:10:18:12 chr3 42728144 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.164;QD=59.4343;RBI=0.0240454;REFB=0;REVB=-0.0239619;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136765;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr3 42733468 . T C 888.04 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0518031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.778;QD=55.5028;RBI=0.0600214;REFB=-0.145292;REVB=0.0303151;RO=1;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200828;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0013085;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:23:39:0:1:24:39:0:1 chr3 42735150 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.124;QD=50.4133;RBI=0.0218169;REFB=0;REVB=0.000411135;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.87509e-05;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr3 42735274 . A G 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.263;QD=50.3948;RBI=0.0618469;REFB=0;REVB=0.0187331;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266638;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr3 42740284 . C T 206.04 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0620584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1763;QD=16.8196;RBI=0.0649606;REFB=-0.0257157;REVB=0.0192001;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150228;STB=0.585289;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0370908;OID=.;OPOS=42740284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:8:20:12:9:8:20 chr3 42826168 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00860459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.865;QD=26.0262;RBI=0.00962092;REFB=-0.0120465;REVB=-0.00430386;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000349444;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:4:2:0:0:4:2:1:0 chr3 42907112 . A C 611.75 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000783378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.837;QD=61.1751;RBI=0.0161742;REFB=0;REVB=0.0161552;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73972e-05;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:23:17:0:0 chr3 42908775 . A C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.762;QD=55.0915;RBI=0.129006;REFB=0;REVB=0.00707509;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358896;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr3 42917047 . A G 1597.22 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.324;QD=63.8889;RBI=0.0429174;REFB=0;REVB=0.04272;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61281e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:100:0:0:91:100:1:51:40:0:0:59:41:0:0 chr3 42956273 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.725;QD=57.6803;RBI=0.0524074;REFB=0;REVB=0.0383623;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964245;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr3 43073761 . G A 383.24 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0238696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9102;QD=52.8612;RBI=0.131168;REFB=-0.168335;REVB=0.128978;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00578922;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:1:0:11:17:1:0 chr3 43074430 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.696;QD=55.6561;RBI=0.0437074;REFB=0;REVB=0.0190289;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122508;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr3 43074434 . C T 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3562;QD=55.6471;RBI=0.0335103;REFB=0;REVB=0.0322951;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246658;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr3 43074871 . A G 2282.44 PASS AF=0.993197;AO=125;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116103;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.404;QD=62.1071;RBI=0.0016294;REFB=0;REVB=-0.00114322;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326161;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:146:147:0:0:125:146:0.993197:66:59:0:0:81:65:0:0 chr3 43074872 . C G 84.72 PASS AF=0.125828;AO=17;DP=149;FAO=19;FDP=151;FR=.;FRO=132;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=-0.00272455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1979;QD=2.24423;RBI=0.0118676;REFB=-0.0300172;REVB=0.0115506;RO=132;SAF=3;SAR=14;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382958;STB=0.800889;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0328175;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:149:151:132:132:17:19:0.125828:14:3:62:70:16:3:62:70 chr3 43095101 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.489;QD=59.8394;RBI=0.00955686;REFB=0;REVB=0.00561949;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59551e-06;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr3 43097710 . A G 1211.73 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227813;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.208;QD=61.3534;RBI=0.0253233;REFB=0;REVB=0.0110582;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28285e-05;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:25:54:0:0:25:54:0:0 chr3 43121559 . C T 672.91 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853631;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.268;QD=62.5965;RBI=0.00879455;REFB=0;REVB=0.00211551;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83447e-05;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr3 43121705 . G A 579.47 PASS AF=0.41358;AO=66;DP=163;FAO=67;FDP=162;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=67;FWDB=-0.00133466;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9675;QD=14.3079;RBI=0.0672882;REFB=-0.0178219;REVB=0.067275;RO=95;SAF=29;SAR=37;SRF=28;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158453;STB=0.592454;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0262277;OID=.;OPOS=43121705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:95:95:66:67:0.41358:37:29:28:67:37:30:28:67 chr3 43122966 . G A 817.6 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0947684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6568;QD=53.613;RBI=0.0950112;REFB=-0.170844;REVB=-0.00678796;RO=2;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108476;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00586366;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:2:1:58:60:0.983607:30:28:1:1:31:29:1:0 chr3 43390387 . C CT 502.45 PASS AF=1;AO=47;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754819;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.082;QD=32.9474;RBI=0.240119;REFB=0.00653119;REVB=-0.227946;RO=12;SAF=28;SAR=19;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00477164;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:64:61:61:0:35:26:0:0:9:12:28:19:4:8 chr3 43392356 . G GTA 69.88 PASS AF=0.232558;AO=7;DP=63;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0144663;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.163;QD=6.50042;RBI=0.0153312;REFB=-0.0347009;REVB=-0.00507664;RO=51;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347684;STB=0.669509;STBP=0.229;TYPE=ins;VARB=0.126354;OID=.;OPOS=43392357;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558:7:63:10:43:33:7:3:16:17:69:51:5:2:21:30 chr3 43414318 . A G 1588.27 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.085;QD=59.9346;RBI=0.048515;REFB=0;REVB=0.015022;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55111e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:52:51:0:0:52:54:0:0 chr3 43602803 . C T 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0337575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0496;QD=54.0133;RBI=0.0478489;REFB=-0.129319;REVB=0.0339109;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.514011;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00423953;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:25:10:1:0:25:10:1:1 chr3 43607136 . T C 337.86 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00605489;FXX=0.0714031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.106;QD=51.9781;RBI=0.0248734;REFB=0.0775216;REVB=0.0241251;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000353425;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr3 44283672 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3308;QD=40.7618;RBI=0.0440017;REFB=0;REVB=0.0438146;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227593;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr3 44283808 . C A 693.46 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0013339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.833;QD=57.7882;RBI=0.0375944;REFB=-0.0916767;REVB=0.0375707;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.519222;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000222725;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:48:0:2:45:45:0.9375:25:20:0:0:25:20:0:2 chr3 44284584 . G A 724.12 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.866;QD=54.6509;RBI=0.0258719;REFB=-0.0840729;REVB=-0.00282435;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=3.55034e-05;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:27:24:0:1:28:24:0:1 chr3 44540791 . TTC T 635.79 PASS AF=0.921875;AO=53;DP=58;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0132943;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=276.081;QD=39.7366;RBI=0.0139984;REFB=-0.00343454;REVB=-0.00438372;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509811;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.000285618;OID=.;OPOS=44540792;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921875:53:58:59:64:5:31:28:2:3:8:0:28:25:0:0 chr3 44612050 . C T 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.851;QD=55.6476;RBI=0.0749316;REFB=0;REVB=0.0210126;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749521;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr3 44637799 . T C 141.4 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.048134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.735;QD=21.7542;RBI=0.0483471;REFB=-0.00776684;REVB=0.00453396;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726419;STB=0.523778;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00547774;OID=.;OPOS=44637799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:10:11:15:15:0.576923:9:6:5:5:9:6:5:6 chr3 44692564 . C G 1302.15 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7146;QD=62.0071;RBI=0.0281883;REFB=0;REVB=0.0259045;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107344;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:32:51:0:0:32:52:0:0 chr3 44763037 . A C 412.44 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.549;QD=54.9916;RBI=0.0318016;REFB=0;REVB=0.0196681;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764365;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr3 44775962 . A G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.492;QD=56.7013;RBI=0.0658225;REFB=0;REVB=0.0162607;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270163;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr3 44777795 . CT TC 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614378;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.286;QD=56.1916;RBI=0.0191714;REFB=0;REVB=0.0181604;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.07975e-05;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr3 44869026 . A T 2104.01 PASS AF=0.965278;AO=138;DP=144;FAO=139;FDP=144;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00320952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0805;QD=58.4448;RBI=0.064063;REFB=-0.220464;REVB=0.0639826;RO=2;SAF=61;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121875;STB=0.508435;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00630737;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:144:144:2:5:138:139:0.965278:77:61:0:2:78:61:1:4 chr3 44884647 . C A 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.448;QD=59.6759;RBI=0.022406;REFB=0;REVB=0.022187;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24051e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr3 44929287 . G C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1949;QD=56.7041;RBI=0.014983;REFB=0;REVB=-0.0138842;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128682;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 44943069 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.161;QD=51.1842;RBI=0.0289266;REFB=0;REVB=0.0285458;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26272e-05;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr3 44943389 . G A 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1752;QD=62.9784;RBI=0.0482476;REFB=0;REVB=0.0416787;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288614;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr3 44948479 . C T 642.32 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02796;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.593;QD=59.7505;RBI=0.0384739;REFB=-0.00349043;REVB=0.0264288;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000133851;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr3 44948590 . G A 1053.22 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00777563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.921;QD=57.7106;RBI=0.00872532;REFB=-0.155898;REVB=-0.00395862;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.505746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000201159;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:0:1:71:72:0.986301:43:28:0:0:43:29:0:1 chr3 45052775 . G C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.882;QD=63.0523;RBI=0.0308356;REFB=0;REVB=0.0278977;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61996e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:48:43:0:0:48:43:0:0 chr3 45077122 . G GA 548.98 PASS AF=1;AO=7;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101436;FXX=0.0370302;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.267;QD=42.2295;RBI=0.125335;REFB=0;REVB=-0.0736184;RO=47;SAF=0;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00437343;OID=.;OPOS=45077123;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:54:52:52:0:24:28:0:0:4:47:0:7:24:23 chr3 45077123 . G A 592.65 PASS AF=0.87037;AO=47;DP=54;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0298051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.427;QD=43.9002;RBI=0.0319551;REFB=-0.0747939;REVB=0.0115231;RO=7;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123641;STB=0.56601;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00113499;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:54:54:7:7:47:47:0.87037:23:24:0:7:23:24:0:7 chr3 45127515 . T C 834.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5775;QD=57.539;RBI=0.0697356;REFB=0;REVB=0.0495881;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956865;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr3 45134822 . T C 982.49 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00438059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.691;QD=56.142;RBI=0.021844;REFB=-0.0676269;REVB=-0.0214003;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0001713;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:0:2:68:68:0.971429:26:42:0:0:26:42:2:0 chr3 45527218 . T C 906.0 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00544113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.198;QD=56.6251;RBI=0.00554498;REFB=-0.0734363;REVB=0.00106814;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-1.56142e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:40:23:0:0:40:23:1:0 chr3 45533224 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.498;QD=58.4196;RBI=0.00972497;REFB=0;REVB=0.0079749;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4863e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr3 45557707 . G A 316.18 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0120503;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.206;QD=19.1625;RBI=0.0374478;REFB=-0.0198325;REVB=0.035456;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162371;STB=0.590439;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0148928;OID=.;OPOS=45557707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:14:19:13:20:14:19:13:20 chr3 45559519 . T C 970.39 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0061281;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.312;QD=57.0817;RBI=0.031735;REFB=-0.0549648;REVB=0.0311377;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000612435;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:66:67:0.985294:38:28:0:1:38:29:0:1 chr3 45565554 . A G 1767.3 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899599;FXX=0.0336106;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.728;QD=61.4712;RBI=0.0921029;REFB=0;REVB=-0.0197523;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309223;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:64:51:0:0:64:51:0:0 chr3 45588857 . T C 146.13 PASS AF=0.338983;AO=18;DP=55;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0173173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8812;QD=9.90707;RBI=0.0741552;REFB=-0.0101961;REVB=-0.0721049;RO=37;SAF=5;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388319;STB=0.657516;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0303649;OID=.;OPOS=45588857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:37:39:18:20:0.338983:13:5:23:14:13:7:23:16 chr3 45637253 . C T 711.5 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00476188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.704;QD=52.7041;RBI=0.0221244;REFB=-0.0283315;REVB=0.0216059;RO=2;SAF=16;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552953;STB=0.5294;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000112505;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:36:16:2:0:36:16:2:0 chr3 45637439 . T C 2697.25 PASS AF=1;AO=145;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=93;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486216;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.568;QD=62.3642;RBI=0.0732535;REFB=0;REVB=0.0547906;RO=0;SAF=89;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22841e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107074;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:145:173:1:56:89:0:0:80:93:0:0 chr3 45817418 . A G 999.14 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316265;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.205;QD=59.6502;RBI=0.0416979;REFB=0;REVB=0.0271749;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422009;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr3 45957055 . G A 422.19 PASS AF=0.518519;AO=43;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0294494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1391;QD=20.849;RBI=0.0295855;REFB=-0.00301851;REVB=-0.00283408;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216509;STB=0.503595;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00347157;OID=.;OPOS=45957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:39:43:42:0.518519:24:19:16:20:24:18:17:22 chr3 45959515 . A T 600.46 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116295;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.894;QD=61.5854;RBI=0.0136769;REFB=0;REVB=0.00719808;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553229;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr3 45959759 . T C 959.84 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.637;QD=59.0671;RBI=0.149645;REFB=0;REVB=0.0249239;RO=0;SAF=2;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155042;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:52:65:1:50:2:0:0:54:11:0:0 chr3 45989044 . T G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.245;QD=56.1903;RBI=0.02914;REFB=0;REVB=0.0266635;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227052;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr3 45996761 . G A 2296.86 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0210078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.366;QD=60.0488;RBI=0.021091;REFB=0.00223563;REVB=0.00187135;RO=1;SAF=72;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590919;STB=0.503105;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-1.39262e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:80:72:0:1:80:72:0:1 chr3 46008790 . G A 1705.27 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.115208;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9559;QD=59.8341;RBI=0.122277;REFB=-0.108699;REVB=0.0409716;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.505262;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00206088;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:114:0:1:113:113:0.991228:66:47:0:0:66:47:1:0 chr3 46009864 . C G 726.8 PASS AF=0.963636;AO=54;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0644241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7841;QD=52.8585;RBI=0.0681216;REFB=-0.127985;REVB=0.0221379;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00710552;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:54:53:0.963636:28:26:0:1:28:25:1:1 chr3 46010077 . C T 1119.09 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.036025;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.461;QD=56.6628;RBI=0.0360361;REFB=-0.192394;REVB=-0.000893945;RO=2;SAF=30;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030501;STB=0.510754;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00357811;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:79:2:3:76:76:0.962025:46:30:2:0:46:30:2:1 chr3 46021218 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.401;QD=57.7124;RBI=0.0282492;REFB=0;REVB=0.0108973;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74186e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:27:32:0:0 chr3 46244920 . A G 370.08 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00577553;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0874;QD=19.4779;RBI=0.00896673;REFB=0.0040463;REVB=0.00685897;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238554;STB=0.513261;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0033179;OID=.;OPOS=46244920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:38:38:38:0.5:21:17:18:20:21:17:18:20 chr3 46480801 . A G 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00434983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.382;QD=15.6242;RBI=0.00922983;REFB=-0.0265591;REVB=0.00814056;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194915;STB=0.612114;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0297491;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:14:9:10:7:14:9 chr3 46480958 . C G 316.87 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0264058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.049;QD=15.2706;RBI=0.034359;REFB=-0.0106716;REVB=-0.0219835;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709092;STB=0.540033;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00909495;OID=.;OPOS=46480958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:18:17:20:28:18:17:20:28 chr3 46484964 . G A 872.79 PASS AF=1;AO=50;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6597;QD=57.2318;RBI=0.0360023;REFB=0;REVB=0.0253822;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065587;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:50:61:1:34:16:0:0:35:26:0:0 chr3 46488854 . T C 93.04 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0202884;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.251;QD=8.86057;RBI=0.0285167;REFB=-0.00407479;REVB=-0.0200395;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199858;STB=0.622741;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00980062;OID=.;OPOS=46488854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:43:42:30:30:12:12:0.285714:4:8:15:15:4:8:15:15 chr3 46490366 . G A 528.68 PASS AF=0.542553;AO=49;DP=92;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00962271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.431;QD=22.4971;RBI=0.0264418;REFB=-0.0213868;REVB=-0.0246287;RO=43;SAF=35;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107731;STB=0.541982;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0175122;OID=.;OPOS=46490366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:43:43:49:51:0.542553:14:35:26:17:16:35:26:17 chr3 46490474 . G A 697.82 PASS AF=0.622642;AO=61;DP=102;FAO=66;FDP=106;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0574335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4907;QD=26.333;RBI=0.0727694;REFB=-0.03928;REVB=0.0446853;RO=40;SAF=34;SAR=27;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315647;STB=0.520827;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0242015;OID=.;OPOS=46490474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:40:40:61:66:0.622642:27:34:24:16:30:36:24:16 chr3 46501213 . T C 1188.45 PASS AF=0.975309;AO=77;DP=83;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239098;FXX=0.0240935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.792;QD=58.6891;RBI=0.0281934;REFB=-0.0500576;REVB=0.0149394;RO=2;SAF=35;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00219482;STB=0.501424;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00105894;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:81:2:2:77:79:0.975309:42:35:1:1:44:35:1:1 chr3 46501268 . C T 321.33 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0058415;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.139;QD=18.103;RBI=0.00911105;REFB=-0.0200088;REVB=-0.00699201;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148487;STB=0.508301;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0152518;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:16:18:19:18:16:18:19:18 chr3 46501284 . C CCTT 743.3 PASS AF=1;AO=48;DP=68;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112078;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=3;MLLD=237.876;QD=56.0979;RBI=0.0352981;REFB=0;REVB=0.0334715;RO=18;SAF=20;SAR=28;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000846128;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:68:53:53:0:22:31:0:0:4:18:20:28:11:7 chr3 46580591 . G T 162.85 PASS AF=0.425;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00568445;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1978;QD=16.2854;RBI=0.00964907;REFB=-0.0466204;REVB=-0.0077969;RO=22;SAF=15;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490709;STB=0.782733;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0366348;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:22:23:17:17:0.425:2:15:11:11:2:15:12:11 chr3 46586622 . T C 239.06 PASS AF=0.457627;AO=28;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0477777;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3714;QD=16.2077;RBI=0.0508977;REFB=0.0137473;REVB=0.0175463;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171215;STB=0.61683;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00798836;OID=.;OPOS=46586622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:32:28:27:0.457627:16:12:19:12:16:11:20:12 chr3 46592987 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0110616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4738;QD=16.7284;RBI=0.0646288;REFB=0.00725832;REVB=0.0636752;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747001;STB=0.542804;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00704996;OID=.;OPOS=46592987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:8:11:8:8:8:11 chr3 46620614 . T C 617.31 PASS AF=0.488372;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0154198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1593;QD=19.1415;RBI=0.0462717;REFB=1.85106e-05;REVB=0.0436268;RO=66;SAF=32;SAR=30;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432367;STB=0.527667;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.000331838;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:66:66:62:63:0.488372:30:32:31:35:30:33:31:35 chr3 46620760 . T G 351.67 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0268897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.192;QD=23.4449;RBI=0.0285152;REFB=-0.0117421;REVB=0.00948994;RO=25;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698438;STB=0.538439;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0132319;OID=.;OPOS=46620760;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:15:20:12:13:15:20:12:13 chr3 46620801 . G A 325.49 PASS AF=0.559322;AO=31;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00544691;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.154;QD=22.0671;RBI=0.0057911;REFB=-0.0178431;REVB=0.00196672;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168421;STB=0.590948;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0217161;OID=.;OPOS=46620801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:26:31:33:0.559322:17:14:16:8:17:16:18:8 chr3 46654132 . G A 865.41 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.102;QD=55.8327;RBI=0.028718;REFB=-0.00778893;REVB=0.0229773;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000106999;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:0:1:60:61:0.983871:30:30:0:0:32:29:1:0 chr3 46658737 . A G,T 761.47 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=51,2;DP=53;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270129,-0.00956286;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.3527,175.353;QD=56.4053;RBI=0.0647961,0.0412144;REFB=0,0;REVB=0.0588968,0.0400897;RO=0;SAF=29,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00121951,0.0491667;OID=.,.;OPOS=46658737,46658737;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:54:0:0:51,2:53,1:0.981481,0.0185185:22,1:29,1:0:0:22,1:31,0:0:0 chr3 46713457 . C G 558.61 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.0653159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8195;QD=25.1061;RBI=0.0655419;REFB=0.0325273;REVB=0.00543817;RO=38;SAF=24;SAR=27;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185912;STB=0.611047;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0244637;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:37:51:52:0.58427:27:24:9:29:27:25:8:29 chr3 46714821 . C G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00054985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.634;QD=11.6673;RBI=0.0196413;REFB=-0.0149582;REVB=-0.0196336;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131804;STB=0.507801;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0322746;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:9:17:9:5:9:17 chr3 46722692 . G T 122.46 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0449227;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4121;QD=14.8434;RBI=0.0454427;REFB=-0.00649857;REVB=-0.00685503;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950368;STB=0.555473;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0173068;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:7:12:10:4:7:12 chr3 46723551 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0288382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.377;QD=10.8851;RBI=0.0310636;REFB=0.00403274;REVB=0.0115458;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222569;STB=0.636033;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0175872;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:6:9:7:2:6:9 chr3 47018214 . T C 728.73 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.208;QD=57.1556;RBI=0.0183804;REFB=0;REVB=0.00457211;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61549e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr3 47033991 . C G 89.46 PASS AF=0.15;AO=17;DP=130;FAO=18;FDP=120;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=87;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=70;FSRR=17;FWDB=0.0592112;FXX=0.0839631;HRUN=6;LEN=1;MLLD=16.8153;QD=2.98193;RBI=0.0592223;REFB=-0.0664089;REVB=-0.00114796;RO=58;SAF=14;SAR=3;SRF=45;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926782;STB=0.540493;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.145701;OID=.;OPOS=47033991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:130:120:58:87:17:18:0.15:3:14:45:13:3:15:70:17 chr3 47043538 . C T 1025.27 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0323528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3494;QD=55.42;RBI=0.0338241;REFB=-0.0140074;REVB=0.00986744;RO=3;SAF=33;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155188;STB=0.508213;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00482765;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:38:33:2:1:38:33:2:1 chr3 47045739 . C CG,G 463.24 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=4,29;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201847,0.0419158;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=97.8028,110.963;QD=56.1506;RBI=0.0228994,0.046349;REFB=0,0;REVB=0.0108147,0.0197812;RO=0;SAF=3,8;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-7.4007e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0585688,0.00478455;OID=.,.;OPOS=47045740,47045739;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:33:33:0:0:4,29:1,32:0.030303,0.969697:1,21:3,8:0:0:1,21:0,11:0:0 chr3 47050804 . G C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00467916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.619;QD=20.755;RBI=0.0159957;REFB=-0.00392667;REVB=0.015296;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138827;STB=0.578839;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00290159;OID=.;OPOS=47050804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:6:6:10:5:6:6 chr3 47125385 . G A 1043.57 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00549058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.685;QD=55.6568;RBI=0.0192925;REFB=0.0168693;REVB=0.0184947;RO=3;SAF=52;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00521855;STB=0.502762;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.000192244;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:20:52:2:1:20:52:2:1 chr3 47161214 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.844;QD=52.6126;RBI=0.0411695;REFB=0;REVB=-0.00172417;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160554;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr3 47162661 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.461;QD=51.9167;RBI=0.0313171;REFB=0;REVB=0.0300815;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24003e-05;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr3 47282303 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.694;QD=56.938;RBI=0.0205698;REFB=0;REVB=0.0161326;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06165e-05;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr3 47322496 . C T 666.1 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00945307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5449;QD=57.9219;RBI=0.0971241;REFB=0.0108665;REVB=0.096663;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529398;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00522699;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:46:0:2:43:44:0.956522:27:16:0:0:28:16:2:0 chr3 47385585 . C A,CA 580.91 PASS AF=0.95,0.05;AO=35,5;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399471,-0.0316122;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=38.9895,25.0121;QD=58.0914;RBI=0.092829,0.0419839;REFB=0,0;REVB=0.0837941,-0.0276282;RO=0;SAF=18,3;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00705289,0.0722401;OID=.,.;OPOS=47385585,47385586;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:40:0:0:35,5:38,2:0.95,0.05:17,2:18,3:0:0:18,1:20,1:0:0 chr3 47386059 . TG CC 479.26 PASS AF=1;AO=3;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159107;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=63.2199;QD=56.3833;RBI=0.220798;REFB=0;REVB=0.153091;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00300818;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:3:34:1:1:2:0:0:22:12:0:0 chr3 47449058 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.963;QD=50.4135;RBI=0.0549609;REFB=0;REVB=0.0220323;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248714;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr3 47452087 . G A 115.92 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.911;QD=42.1523;RBI=0.0591426;REFB=0;REVB=0.0147429;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999329;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr3 47452786 . G A,C 445.86 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=27,2;DP=30;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371362,0.0426488;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.176,115.516;QD=55.7329;RBI=0.0383012,0.0428048;REFB=0,0;REVB=0.00937466,0.00365107;RO=0;SAF=12,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00160394,0.109592;OID=.,.;OPOS=47452786,47452786;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:30:32:0:0:27,2:30,2:0.9375,0.0625:15,1:12,1:0:0:18,1:12,1:0:0 chr3 47459679 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.011;QD=57.1056;RBI=0.0771136;REFB=0;REVB=0.0622394;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406679;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr3 47462200 . T C 431.51 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.996;QD=57.5346;RBI=0.0442121;REFB=0;REVB=0.0430093;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357017;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:14:11:0:0:19:11:0:0 chr3 47539751 . T C 1052.05 PASS AF=1;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247911;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.479;QD=58.4471;RBI=0.0335414;REFB=0;REVB=0.0334496;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276108;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:72:0:0:69:72:1:30:39:0:0:33:39:0:0 chr3 47618953 . C A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0182257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.898;QD=10.1408;RBI=0.022078;REFB=-0.00942533;REVB=-0.0124604;RO=27;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467004;STB=0.77828;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0304327;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:2:11:13:14:2:11:14:14 chr3 47645933 . A T 358.93 PASS AF=0.544118;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0114376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5249;QD=21.1133;RBI=0.0815895;REFB=0.00038103;REVB=-0.0807838;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290205;STB=0.542834;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00250385;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:31:34:37:0.544118:18:16:14:18:18:19:13:18 chr3 47953240 . G C 68.06 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0047194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.87;QD=14.3281;RBI=0.00827382;REFB=-0.0174475;REVB=-0.00679583;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0157579;OID=.;OPOS=47953240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:4:6:3:6:4:6 chr3 47953405 . A C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00424195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.465;QD=11.1045;RBI=0.0368044;REFB=-0.00351656;REVB=-0.0365591;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470509;STB=0.780525;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00921563;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:8:2:5:2:8:2 chr3 47953733 . C A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0200719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.909;QD=16.4439;RBI=0.022262;REFB=-0.00213419;REVB=-0.00962894;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142165;STB=0.581315;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00261422;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:11:16:9:11:11:16 chr3 47956424 . C T 267.42 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0267213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.547;QD=21.8301;RBI=0.0283715;REFB=-0.00334312;REVB=0.00953483;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524281;STB=0.529388;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0112141;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:15:10:11:13:15:10:11:13 chr3 48419897 . C T 688.63 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.01501e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.276;QD=62.6028;RBI=0.000954878;REFB=0;REVB=0.000954824;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00164e-06;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:28:14:0:0:30:14:0:0 chr3 48465113 . G C 287.23 PASS AF=0.568182;AO=20;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0163361;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.568;QD=26.1117;RBI=0.0173294;REFB=-0.0529009;REVB=0.00578264;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762501;STB=0.526295;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0283681;OID=.;OPOS=48465113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:12:15:20:25:0.568182:13:7:3:9:15:10:5:10 chr3 48476431 . C G 1400.94 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.009;QD=60.9103;RBI=0.0301872;REFB=-0.127581;REVB=0.0229529;RO=2;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152847;STB=0.503936;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000681349;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:2:1:89:91:0.98913:61:28:0:2:63:28:0:1 chr3 48625266 . T C 130.15 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0621715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.554;QD=13.015;RBI=0.0623775;REFB=-0.013585;REVB=-0.00506528;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251641;STB=0.646868;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0249164;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:9:16:6:9:9:16 chr3 48727112 . G A 720.74 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.774;QD=61.3398;RBI=0.0389053;REFB=-0.0437029;REVB=0.0381558;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412753;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:22:24:1:0:22:25:0:0 chr3 48731961 . A G 218.04 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143864;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.053;QD=45.9022;RBI=0.0172775;REFB=-0.0573096;REVB=-0.00956785;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366754;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000567835;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:17:18:0.947368:12:5:0:1:13:5:0:1 chr3 48986546 . CATTTATTT C 33.07 PASS AF=0.5;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0222418;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=8;MLLD=190.272;QD=13.2298;RBI=0.0224807;REFB=-0.00600305;REVB=-0.00326849;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=del;VARB=0.00412947;OID=.;OPOS=48986547;OREF=ATTTATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:6:5:10:5:1:4:3:2:30:0:1:4:0:0 chr3 48995487 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000767076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.256;QD=52.6131;RBI=0.0333202;REFB=0;REVB=0.0333114;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144421;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr3 49053219 . A G,T 727.1 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=47,3;DP=50;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136308,0.012719;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.8,119.999;QD=51.9357;RBI=0.01489,0.0276617;REFB=0,0;REVB=-0.00599278,-0.0245641;RO=0;SAF=20,2;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00389132,0.0294483;OID=.,.;OPOS=49053219,49053219;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:56:0:0:47,3:54,2:0.964286,0.0357143:27,1:20,2:0:0:28,1:26,1:0:0 chr3 49054692 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.569;QD=63.5825;RBI=0.03877;REFB=0;REVB=0.0288338;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26858e-06;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr3 49160387 . G GC 36.06 PASS AF=0.318182;AO=8;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.114792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.9739;QD=6.5558;RBI=0.135539;REFB=-0.0636316;REVB=-0.0720658;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173784;STB=0.571205;STBP=0.767;TYPE=ins;VARB=0.142233;OID=.;OPOS=49160388;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:8:22:7:22:15:1:6:3:12:36:14:1:7:3:11 chr3 49200627 . A G 239.8 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.502;QD=50.4843;RBI=0.0566993;REFB=0;REVB=0.0422738;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929559;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:4:14:0:0:4:15:0:0 chr3 49200692 . T A 285.04 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.909;QD=51.8247;RBI=0.272545;REFB=0;REVB=0.269165;RO=0;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044109;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:1:20:0:0:2:20:0:0 chr3 49273996 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.068;QD=44.6876;RBI=0.0429401;REFB=0;REVB=-0.0394927;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166078;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr3 49298139 . G A 554.8 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250226;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9537;QD=59.9786;RBI=0.0337921;REFB=0;REVB=0.0336993;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909885;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr3 49298205 . T C 472.62 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.14;QD=55.6027;RBI=0.0308888;REFB=-0.0806769;REVB=0.0197859;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00132771;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:0:1 chr3 49298358 . TC T 65.21 PASS AF=0.448276;AO=10;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0197268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5701;QD=8.99432;RBI=0.0547229;REFB=-0.00481429;REVB=0.0510436;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389311;STB=0.66297;STBP=0.157;TYPE=del;VARB=0.0175954;OID=.;OPOS=49298359;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:10:27:13:29:16:8:5:5:11:65:16:7:3:5:11 chr3 49548008 . C G 561.22 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1319;QD=57.5612;RBI=0.0364204;REFB=-0.10414;REVB=0.036371;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182081;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:39:1:0:36:39:1:18:18:1:0:20:19:0:0 chr3 49570882 . T C 1175.08 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00810989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.927;QD=59.4977;RBI=0.00914549;REFB=0.0561096;REVB=-0.00422725;RO=1;SAF=49;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956315;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000637845;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:29:49:1:0:29:49:1:0 chr3 49690199 . G A,C 1512.68 PASS AF=0.949495,0.040404;AO=94,4;DP=99;FAO=94,4;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43,4;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0654956,0.0575132;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=164.114,8.86609;QD=61.1183;RBI=0.0736779,0.0575282;REFB=-0.0194702,-0.0478918;REVB=0.0337456,-0.00131604;RO=1;SAF=43,4;SAR=51,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0092068,0.749895;STB=0.504853,0.995941;STBP=0.519,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=0.000247252,0.173021;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:99:99:1:1:94,4:94,4:0.949495,0.040404:51,0:43,4:0:1:51,0:43,4:0:1 chr3 49693860 . C T 275.75 PASS AF=0.581395;AO=16;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00459293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.388;QD=25.6507;RBI=0.0287625;REFB=-0.0167009;REVB=-0.0283934;RO=9;SAF=16;SAR=0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.826608;STB=0.578879;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0119148;OID=.;OPOS=49693860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:9:18:16:25:0.581395:0:16:6:3:5:20:12:6 chr3 49701298 . G A 1666.6 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250518;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.907;QD=60.6035;RBI=0.0257795;REFB=0;REVB=-0.00608168;RO=0;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777038;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:67:43:0:0:67:43:0:0 chr3 49705718 . G T 490.8 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00553909;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.538;QD=22.0586;RBI=0.0105368;REFB=-0.0269681;REVB=-0.00896338;RO=42;SAF=31;SAR=16;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26129;STB=0.644211;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0200831;OID=.;OPOS=49705718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:42:42:47:47:0.52809:16:31:15:27:16:31:15:27 chr3 49708767 . CTT CT,CTC 1091.22 PASS AF=0.144737,0.855263;AO=10,60;DP=76;FAO=11,65;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=10,41;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241302,0.0509207;FXX=0.0129853;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.8539,41.739;QD=57.4329;RBI=0.0471568,0.0527731;REFB=0,0;REVB=-0.0405154,0.0138593;RO=0;SAF=10,40;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.015661,0.000617102;OID=.,.;OPOS=49708768,49708769;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.144737,0.855263:10,60:76:11,65:76:0:10,41:1,24:0:0:52:0:10,40:0,20:0:0 chr3 49723784 . C A 289.41 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.208;QD=46.305;RBI=0.0940619;REFB=-0.0387242;REVB=0.0927935;RO=2;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083825;STB=0.545415;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00565223;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:22:23:0.92:12:10:2:0:13:10:2:0 chr3 49724808 . T C 1324.63 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.8281;QD=60.9024;RBI=0.0193301;REFB=-0.0918751;REVB=-0.00845698;RO=1;SAF=30;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155291;STB=0.508195;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=1.56234e-05;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:56:30:1:0:56:30:1:0 chr3 49726028 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00158243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.552;QD=5.21472;RBI=0.0305988;REFB=0.000351222;REVB=-0.0305578;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442528;STB=0.798935;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000907949;OID=.;OPOS=49726028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:1:5:10:11:1:5:10:11 chr3 49726070 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0105188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.826;QD=5.9578;RBI=0.0144908;REFB=-0.0123711;REVB=-0.00996695;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370753;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.035745;OID=.;OPOS=49726070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:10:8:1:5:10:8 chr3 49739507 . G C 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.799;QD=53.2651;RBI=0.0448271;REFB=0;REVB=0.0238936;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146601;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr3 49760039 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.255;QD=59.8376;RBI=0.0354484;REFB=0;REVB=-0.00965853;RO=0;SAF=4;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145452;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:32:4:0:0:32:4:0:0 chr3 49900818 . C T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0156609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.967;QD=25.3616;RBI=0.0159697;REFB=-0.00691962;REVB=-0.00312519;RO=8;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113056;STB=0.506321;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329092;OID=.;OPOS=49900818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:2:13:7:1:2:13:7:1 chr3 49928691 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.781;QD=45.8058;RBI=0.00957326;REFB=0;REVB=-0.00783993;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287032;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr3 50114515 . C T 170.44 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.711;QD=45.4502;RBI=0.0504311;REFB=0;REVB=-0.0397132;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851015;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:6:9:0:0 chr3 50129399 . C T 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000248778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.834;QD=54.513;RBI=0.0436681;REFB=0;REVB=-0.0436674;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125015;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr3 50144951 . T C 629.88 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425609;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4631;QD=61.4514;RBI=0.0440734;REFB=0;REVB=-0.0114471;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708298;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:27:14:0:0 chr3 50153356 . T C 762.09 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0721;QD=63.5073;RBI=0.027155;REFB=0;REVB=0.0184998;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335242;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:21:25:0:0:22:26:0:0 chr3 50197092 . C T 266.64 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00917494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8877;QD=18.389;RBI=0.0623178;REFB=-0.0053269;REVB=0.0616387;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147643;STB=0.593481;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0087497;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:20:9:13:15:20:9:14:15 chr3 50197097 . C T 238.08 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00259919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9431;QD=16.1409;RBI=0.0121455;REFB=0.0013234;REVB=0.0118641;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105311;STB=0.518311;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00175387;OID=.;OPOS=50197097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:32:27:27:0.457627:16:11:8:19:16:11:12:20 chr3 50222926 . T A 758.58 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00693179;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.62;QD=55.1695;RBI=0.0327779;REFB=-0.0326647;REVB=0.0320365;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136578;STB=0.507244;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000274664;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:19:34:1:0:20:34:1:0 chr3 50251833 . A AG 347.11 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.3481;QD=37.5256;RBI=0.133402;REFB=0;REVB=0.109215;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355985;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00702671;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:39:37:37:0:16:21:0:0:7:3:15:20:2:1 chr3 50311900 . C T 224.04 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00269616;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.413;QD=21.337;RBI=0.0107896;REFB=-0.0136321;REVB=0.0104474;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19502;STB=0.616329;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00740519;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:7:14:9:11:7:15:9:11 chr3 50326020 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0412886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.872;QD=24.0299;RBI=0.0455187;REFB=-0.0135828;REVB=-0.0191625;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105445;STB=0.559242;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0127715;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:5:4:9:6:5:4 chr3 50327429 . A G 55.65 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.138078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.253;QD=12.3658;RBI=0.152069;REFB=-0.0504237;REVB=0.0637141;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.788796;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0385315;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:9:10:6:8:0.444444:4:2:7:2:6:2:8:2 chr3 50329826 . A G 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0140707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.708;QD=17.398;RBI=0.0165975;REFB=-0.07044;REVB=0.00880294;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0740583;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:6:7:7:6:6:7 chr3 50336661 . T C 190.9 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00235355;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.144;QD=12.5182;RBI=0.00276597;REFB=-0.0212559;REVB=0.00145306;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157247;STB=0.565932;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0358788;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:37:22:24:0.393443:9:13:16:20:11:13:16:21 chr3 50338047 . G A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00178937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.156;QD=28.1411;RBI=0.017547;REFB=-0.00310262;REVB=0.0174555;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736045;STB=0.540932;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00228146;OID=.;OPOS=50338047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:7:9:3:4:7:9:3:4 chr3 50355730 . T G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0212131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.76;QD=15.1604;RBI=0.0323296;REFB=0.00281617;REVB=0.0243968;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194053;STB=0.588126;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00426488;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:15:16:0.421053:9:6:13:9:9:7:13:9 chr3 50357869 . A C 302.48 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00196165;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8973;QD=24.6924;RBI=0.0574119;REFB=-0.0216687;REVB=-0.0573784;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958142;STB=0.553153;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0265746;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:14:8:13:14:14:8 chr3 50367867 . A C 244.36 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0187465;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.582;QD=18.7968;RBI=0.0284285;REFB=-0.0184397;REVB=-0.0213716;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102619;STB=0.557478;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0197408;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:15:11:14:12:15:11 chr3 50401841 . G A 113.16 PASS AF=0.341463;AO=11;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.155694;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.413;QD=11.0399;RBI=0.156049;REFB=-0.0608098;REVB=-0.0105148;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173143;STB=0.569742;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.113621;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:27:11:14:0.341463:10:1:3:16:11:3:4:23 chr3 50457227 . G A 449.73 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00725547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.904;QD=24.3099;RBI=0.0799914;REFB=-0.00543841;REVB=0.0796617;RO=31;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219794;STB=0.620292;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00663481;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:25:18:22:9:25:18:22:9 chr3 50597092 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.268;QD=62.3502;RBI=0.075067;REFB=0;REVB=0.0715142;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257706;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 50603087 . C T 423.72 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00422222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.716;QD=20.6694;RBI=0.0376582;REFB=-0.0427363;REVB=0.0374207;RO=39;SAF=12;SAR=30;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100022;STB=0.55909;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0317762;OID=.;OPOS=50603087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:39:42:43:0.52439:30:12:15:24:31:12:15:24 chr3 50609624 . T G 309.01 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.000351071;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8237;QD=20.9501;RBI=0.0198027;REFB=0.00172984;REVB=-0.0197996;RO=26;SAF=7;SAR=25;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983441;STB=0.549016;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00301622;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:25:7:8:18:25:7:8:19 chr3 50645158 . A G 264.26 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0115149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5326;QD=20.7259;RBI=0.0242001;REFB=0.00349159;REVB=-0.021285;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131256;STB=0.583029;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00321653;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:11:16:10:13:11:16:10:14 chr3 50645413 . G A 352.9 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00106019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.204;QD=18.5737;RBI=0.0613505;REFB=-0.0113568;REVB=0.0613413;RO=39;SAF=24;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151542;STB=0.573094;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00969259;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:12:24:20:19:13:24:20:19 chr3 50647888 . T G 701.94 PASS AF=0.539683;AO=67;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0235649;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.577;QD=22.2838;RBI=0.0273018;REFB=-0.0204324;REVB=0.0137871;RO=56;SAF=26;SAR=41;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110368;STB=0.563739;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0179838;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:58:67:68:0.539683:41:26:29:27:42:26:30:28 chr3 51273773 . T C 798.56 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0694364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.625;QD=52.3643;RBI=0.069876;REFB=-0.0973007;REVB=-0.00782598;RO=2;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336561;STB=0.509047;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000620274;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:2:3:57:58:0.95082:27:30:0:2:28:30:1:2 chr3 51430657 . A C 249.57 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0225707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.918;QD=18.4869;RBI=0.0226638;REFB=-0.00487287;REVB=-0.00205209;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518815;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00460552;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:26:27:0.5:15:11:11:15:15:12:11:16 chr3 51431981 . C CTTAT,T 138.07 PASS AF=0.361111,0.0833333;AO=13,3;DP=36;FAO=13,3;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10,3;FSAR=3,0;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.013194,-0.00853412;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=179.534,110.767;QD=15.3408;RBI=0.0199839,0.0444079;REFB=0.00318965,-0.001881;REVB=0.0150091,0.0435802;RO=19;SAF=10,3;SAR=3,0;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11174,0.539081;STB=0.555466,0.995102;STBP=0.669,0.186;TYPE=ins,snp;VARB=0.00834691,-0.042313;OID=.,.;OPOS=51431982,51431981;OREF=-,C;OALT=TTAT,T;OMAPALT=CTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:13,3:13,3:0.361111,0.0833333:3,0:10,3:13:6:3,0:10,3:14:6 chr3 51432847 . C T 251.9 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00567823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.629;QD=14.8179;RBI=0.0101417;REFB=-0.00514604;REVB=-0.00840312;RO=39;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112068;STB=0.56363;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00755514;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:18:11:19:20:18:11:19:20 chr3 51432895 . T C 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303199;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.361;QD=62.3663;RBI=0.0304834;REFB=0;REVB=-0.00315323;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106999;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr3 51433932 . AACTT A 69.15 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00933185;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=4;MLLD=244.741;QD=9.87906;RBI=0.0213737;REFB=0.00662686;REVB=-0.0192289;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107964;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=-0.00950097;OID=.;OPOS=51433933;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:30:11:28:17:6:5:8:9:69:16:6:5:7:9 chr3 51434215 . A C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0299983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.233;QD=22.831;RBI=0.0356571;REFB=0.000776382;REVB=-0.0192751;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142995;STB=0.580537;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.000923168;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:6:9:4:6:6:9:4:6 chr3 51728573 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0187637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.328;QD=13.2126;RBI=0.0245987;REFB=-0.00400715;REVB=-0.0159066;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302938;STB=0.690778;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0091183;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:4:10:9:12:4:10:9:13 chr3 51737965 . G A 424.19 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0082103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.805;QD=18.6457;RBI=0.00878813;REFB=-0.0213331;REVB=0.00313404;RO=45;SAF=27;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171527;STB=0.601818;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0332095;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:48:43:43:0.472527:16:27:20:25:16:27:21:27 chr3 51978220 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.218;QD=53.2723;RBI=0.101568;REFB=0;REVB=-0.101489;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599009;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 52188361 . C T 143.27 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0279425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.122;QD=14.6948;RBI=0.0427206;REFB=-0.0121588;REVB=0.0323151;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427223;STB=0.750561;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0285348;OID=.;OPOS=52188361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:13:3:13:10:13:3:13:10 chr3 52237970 . C T 223.63 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0231619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9533;QD=19.4457;RBI=0.0243066;REFB=-0.0157096;REVB=0.00737114;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305004;STB=0.509041;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0171754;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:15:7:8:15:15:7:8:16 chr3 52256697 . C T 43.42 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0251182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1925;QD=5.78914;RBI=0.0303905;REFB=-0.00403344;REVB=-0.0171072;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218582;STB=0.635141;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0256431;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:21:23:7:7:0.233333:3:4:8:13:3:4:9:14 chr3 52291078 . G A 701.54 PASS AF=0.45509;AO=75;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0201941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.693;QD=16.8033;RBI=0.0209468;REFB=-0.0100882;REVB=0.00556466;RO=90;SAF=43;SAR=32;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398647;STB=0.515089;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0100724;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:90:91:75:76:0.45509:32:43:48:42:33:43:49:42 chr3 52325759 . A G 317.92 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00741372;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.013;QD=17.6622;RBI=0.00747633;REFB=-0.00462577;REVB=0.000965534;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140986;STB=0.585989;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00664051;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:38:33:34:0.472222:18:15:24:16:19:15:23:15 chr3 52390772 . A G 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0376557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8766;QD=23.5974;RBI=0.0379328;REFB=0.0160026;REVB=-0.00457627;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216634;STB=0.620594;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0150841;OID=.;OPOS=52390772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:10:15:7:14:10:15:7:14 chr3 52430526 . G A 160.3 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0662393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.538;QD=10.3421;RBI=0.066299;REFB=0.00825782;REVB=-0.00281292;RO=40;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193474;STB=0.622103;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0397534;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:7:14:20:20:7:14:20:21 chr3 52430698 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.403;QD=59.0179;RBI=0.0198983;REFB=0;REVB=0.00575637;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67357e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chr3 52453892 . GC AT,GT 714.55 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=3,45;DP=51;FAO=3,48;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701115,0.0258462;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=138.952,184.642;QD=56.0434;RBI=0.0684158,0.0684146;REFB=0,0;REVB=0.0680556,0.0633445;RO=0;SAF=0,29;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.49331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0494341,0.00347282;OID=.,.;OPOS=52453892,52453893;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:51:0:0:3,45:3,48:0.0588235,0.941176:3,16:0,29:0:0:3,16:0,32:0:0 chr3 52477080 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.75;QD=63.5827;RBI=0.0242496;REFB=0;REVB=0.0181384;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37478e-06;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr3 52492707 . T C 819.42 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306691;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.753;QD=57.5034;RBI=0.0306768;REFB=0;REVB=-0.000685413;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150145;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr3 52510592 . G A 700.06 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0224036;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.645;QD=60.8748;RBI=0.0309949;REFB=-0.165164;REVB=0.0214187;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0023904;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:0:1:27:18:0:1 chr3 52514519 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.011439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8199;QD=19.1797;RBI=0.0141301;REFB=0.0226503;REVB=-0.00829503;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354326;STB=0.703889;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0306906;OID=.;OPOS=52514519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:7:4:10:3:7:4 chr3 52523404 . G GT 263.17 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13283;FXX=0.0416493;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.5899;QD=45.7686;RBI=0.13283;REFB=0;REVB=1.39713e-08;RO=27;SAF=3;SAR=0;SRF=26;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00699413;OID=.;OPOS=52523405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:23:23:0:23:0:0:0:4:27:3:0:26:1 chr3 52523405 . C T 250.26 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.15593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.2836;QD=41.7103;RBI=0.156903;REFB=-0.0524168;REVB=0.0174423;RO=3;SAF=20;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644272;STB=0.534852;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0118635;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:1:20:3:0:1:20:3:0 chr3 52540773 . T C 254.82 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=92;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.019824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.926;QD=10.9601;RBI=0.0270562;REFB=-0.000711648;REVB=-0.0184131;RO=62;SAF=17;SAR=13;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205295;STB=0.626969;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00192554;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:62:62:30:31:0.333333:13:17:24:38:13:18:24:38 chr3 52544470 . A G 786.91 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7767;QD=55.2219;RBI=0.0390018;REFB=-0.0809643;REVB=-0.0262702;RO=0;SAF=9;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10453e-08;STB=0.505261;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00145071;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:55:56:0.982456:46:9:0:0:47:9:0:1 chr3 52551973 . C T 231.31 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00875308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8979;QD=16.5219;RBI=0.0163591;REFB=-0.0192362;REVB=0.0138205;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163799;STB=0.627805;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0463253;OID=.;OPOS=52551973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:25:30:26:26:0.464286:18:8:12:13:18:8:16:14 chr3 52554304 . G C 484.54 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3526;QD=55.3761;RBI=0.0473331;REFB=-0.0516956;REVB=0.0237006;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122106;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:1:0:33:35:1:22:11:0:1:24:11:0:0 chr3 52555957 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0255018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4242;QD=19.1803;RBI=0.0537318;REFB=-0.0234939;REVB=-0.0472944;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3128;STB=0.675266;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0175535;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:10:1:6:7:10:1 chr3 52556890 . A G 269.44 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0198028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8821;QD=18.9077;RBI=0.03884;REFB=-0.0569686;REVB=-0.0334125;RO=28;SAF=6;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238049;STB=0.638783;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0720308;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:22:6:12:16:23:6:12:16 chr3 52557038 . C T 276.27 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0264369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6299;QD=15.7871;RBI=0.0287254;REFB=-0.0117409;REVB=-0.0112357;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233861;STB=0.513176;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0142144;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:20:11:13:26:20:11:13:26 chr3 52558008 . T C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00554263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.621;QD=23.6756;RBI=0.00557564;REFB=-0.0139147;REVB=0.000605858;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18415;STB=0.603345;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0063067;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:6:15:8:8:6:15:8:8 chr3 52558133 . T C 405.57 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0180555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.874;QD=15.1616;RBI=0.0185233;REFB=-0.00545974;REVB=-0.00413698;RO=61;SAF=23;SAR=23;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249598;STB=0.514013;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00694394;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:23:23:29:32:23:23:29:32 chr3 52558904 . A T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.000996315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.478;QD=23.3817;RBI=0.0050472;REFB=-0.00836699;REVB=-0.00494789;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266819;STB=0.51491;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00637653;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:4:10:13:6:4:10 chr3 52584787 . T C 144.53 PASS AF=0.344828;AO=17;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.112922;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8714;QD=9.9673;RBI=0.115166;REFB=-0.0545605;REVB=0.0226258;RO=36;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186479;STB=0.531883;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0665527;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:38:17:20:0.344828:12:5:16:20:12:8:17:21 chr3 52610651 . T A 156.57 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0218158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0431;QD=16.0588;RBI=0.0467317;REFB=-0.0231848;REVB=0.041327;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134362;STB=0.587057;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0406173;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:9:8:7:14:9:8:7:15 chr3 52643307 . A G 206.72 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0013363;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.722;QD=17.2267;RBI=0.0363249;REFB=-0.00151847;REVB=0.0363003;RO=27;SAF=17;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344903;STB=0.699545;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00215068;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:4:17:14:13:4:17:14:13 chr3 52643685 . T C 163.45 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00157002;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.262;QD=19.2291;RBI=0.0084119;REFB=-0.0240103;REVB=-0.00826408;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554799;STB=0.531561;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0132525;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:6:11:10:7:6:11:10:7 chr3 52676065 . C T 44.7 PASS AF=0.222222;AO=4;DP=18;FAO=4;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0015036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.119;QD=9.93389;RBI=0.0173107;REFB=-0.00253695;REVB=-0.0172453;RO=11;SAF=1;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241825;STB=0.665779;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00215816;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:18:18:11:11:4:4:0.222222:3:1:5:6:3:1:5:6 chr3 52720080 . A C 101.17 PASS AF=0.55;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00950582;FXX=0.19992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.322;QD=20.2337;RBI=0.0252438;REFB=-0.0247718;REVB=-0.0233857;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240747;STB=0.637996;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0104928;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:25:20:8:9:10:11:0.55:1:9:6:2:1:10:7:2 chr3 52721305 . G A 310.6 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0112911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.572;QD=16.3473;RBI=0.015021;REFB=0.006489;REVB=0.00990664;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233865;STB=0.51315;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.004766;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:20:22:17:17:20:22 chr3 52727257 . G A 289.09 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0147406;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.991;QD=13.4459;RBI=0.0429625;REFB=-0.00469191;REVB=-0.0403546;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590087;STB=0.522279;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00669206;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:49:53:33:33:0.383721:15:18:27:22:15:18:27:26 chr3 52728804 . C T 388.8 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00965497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.228;QD=17.876;RBI=0.0103745;REFB=-0.0118718;REVB=-0.00379628;RO=46;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141232;STB=0.507879;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0132056;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:22:19:22:24:22:19:22:24 chr3 52729960 . C T 364.41 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00919021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0617;QD=23.8956;RBI=0.0154473;REFB=0.0142319;REVB=-0.0124161;RO=24;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173209;STB=0.603233;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0105469;OID=.;OPOS=52729960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:24:25:36:36:0.590164:22:14:15:9:22:14:16:9 chr3 52740182 . C G 121.67 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0170682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.3568;QD=10.1388;RBI=0.0184804;REFB=-0.015653;REVB=0.00708543;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154302;STB=0.614588;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0398111;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:33:14:15:0.3125:8:6:10:23:8:7:10:23 chr3 52745087 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00377796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.947;QD=16.417;RBI=0.0290959;REFB=-0.00256819;REVB=-0.0288496;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180327;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00357259;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:10:6:8:6:10:6 chr3 52797634 . G C 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.029467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.39;QD=7.32302;RBI=0.0294796;REFB=-0.013136;REVB=0.000860915;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272723;STB=0.666221;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0144537;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:2:12:4:2:2:12 chr3 52800284 . T C 555.76 PASS AF=0.440299;AO=60;DP=135;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00516715;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4372;QD=16.59;RBI=0.0148736;REFB=-0.00507138;REVB=0.0139472;RO=72;SAF=17;SAR=43;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230863;STB=0.63231;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00597102;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:72:75:60:59:0.440299:43:17:36:36:42:17:38:37 chr3 52802402 . A C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0137215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.021;QD=18.7125;RBI=0.0234083;REFB=-0.0142141;REVB=-0.018965;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708919;STB=0.540149;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00229364;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:6:13:11:7:6:13 chr3 52820981 . A T 315.98 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0387879;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6986;QD=22.5698;RBI=0.0494894;REFB=-0.0497709;REVB=0.030736;RO=23;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15397;STB=0.576356;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0296238;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:24:32:32:0.571429:19:13:14:9:19:13:14:10 chr3 52821011 . A G 329.89 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0342614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.987;QD=21.6321;RBI=0.0342671;REFB=-0.0306369;REVB=0.000627977;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556422;STB=0.514843;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0193174;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:27:33:34:0.557377:20:13:12:14:20:14:12:15 chr3 52821177 . A C 426.96 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.000931372;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.761;QD=21.6183;RBI=0.00305228;REFB=-0.00784027;REVB=-0.00290671;RO=35;SAF=26;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136275;STB=0.576318;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00676883;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:37:42:42:0.531646:16:26:16:19:16:26:17:20 chr3 52821992 . CT C,CC 123.44 PASS AF=0.290909,0.0181818;AO=10,5;DP=53;FAO=16,1;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7,1;FSAR=9,0;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0337132,0.0293008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.423,244.297;QD=8.9774;RBI=0.0353607,0.0311387;REFB=-0.00388379,-0.00351651;REVB=-0.0106678,-0.0105395;RO=37;SAF=4,2;SAR=6,3;SRF=16;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0406263,-0.0380785;STB=0.507033,0.990923;STBP=0.961,0.274;TYPE=del,snp;VARB=0.00523521,0.0417658;OID=.,.;OPOS=52821993,52821993;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909,0.0181818:10,5:53:16,1:55:38:7,1:9,0:17:21:96:37:4,2:6,3:16:21 chr3 52825585 . T C 52.61 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0143938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.163;QD=6.78777;RBI=0.0187287;REFB=-0.00625708;REVB=-0.0119826;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821548;STB=0.516089;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0175951;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:21:23:8:8:0.258065:4:4:9:12:4:4:11:12 chr3 52833805 . C A 166.13 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0213428;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.189;QD=11.4569;RBI=0.0488795;REFB=-0.0146063;REVB=-0.0439738;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319876;STB=0.528026;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0291984;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:37:21:21:0.362069:10:11:21:17:10:11:21:16 chr3 52852538 . G T 192.29 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0445523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9885;QD=16.024;RBI=0.0506292;REFB=-0.0118906;REVB=0.0240501;RO=28;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246402;STB=0.642704;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.02218;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:15:5:13:15:15:5:13:15 chr3 52853747 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0164436;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.883;QD=17.3782;RBI=0.0167856;REFB=-0.016242;REVB=0.0033711;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0147384;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr3 52860936 . C T 223.0 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0379848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7379;QD=16.5188;RBI=0.0382234;REFB=-0.0169979;REVB=-0.00426462;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157335;STB=0.508878;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0183512;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:16:9:10:19:16:9:10:19 chr3 52861211 . A T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0284667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.428;QD=18.8866;RBI=0.0397668;REFB=-0.0178033;REVB=0.0277678;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47997;STB=0.777112;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0248092;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:0:5:2:6:0:5 chr3 52864584 . A G 206.88 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0340874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.797;QD=16.8883;RBI=0.0369558;REFB=-0.0137385;REVB=-0.0142753;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243301;STB=0.647372;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0196716;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:8:12:10:18:8:13:10:18 chr3 52867715 . G C 1548.24 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.07;QD=63.8449;RBI=0.0248031;REFB=0;REVB=0.0236519;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78255e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:95:97:1:50:45:0:0:51:46:0:0 chr3 52870618 . T A 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0120827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.165;QD=15.7534;RBI=0.012095;REFB=-0.00821269;REVB=-0.00054503;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151695;STB=0.585386;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00791377;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:19:16:28:18:19:16:28:18 chr3 52874296 . G A 35.68 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0527736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6222;QD=5.94679;RBI=0.0865683;REFB=0.0012981;REVB=0.0686223;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368509;STB=0.736115;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00919621;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:12:6:4:2:12:6 chr3 52874446 . C T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0100485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8043;QD=28.2833;RBI=0.0392778;REFB=-0.0142627;REVB=0.0379707;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187023;STB=0.603083;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00546824;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:3:9:10:12:3:9 chr3 53125922 . T C 204.48 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0171719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0261;QD=22.7201;RBI=0.0509567;REFB=0.00325825;REVB=-0.0479762;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231457;STB=0.638761;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0053469;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:10:10:12:3:10:10:13:3 chr3 53215875 . A C 727.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223142;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.04;QD=57.0881;RBI=0.0423165;REFB=0;REVB=0.035955;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209734;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr3 53222761 . C T 750.85 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.718;QD=56.6676;RBI=0.0183238;REFB=0;REVB=-0.0052164;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9598e-05;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr3 53223927 . C G 674.24 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00811118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8655;QD=51.8647;RBI=0.0262261;REFB=-0.0155262;REVB=-0.0249402;RO=2;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918946;STB=0.504884;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00483998;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:31:19:1:1:31:19:1:1 chr3 53224002 . T C 647.76 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0656701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1953;QD=58.8877;RBI=0.0769647;REFB=-0.14562;REVB=-0.0401373;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0031824;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:25:17:1:0:26:17:1:0 chr3 53324819 . ATGGCAC A 156.3 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128661;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=6;MLLD=298.613;QD=41.6806;RBI=0.0221491;REFB=0.0121882;REVB=0.018029;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=del;VARB=-0.00172026;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:13:15:14:15:1:6:8:0:1:6:0:6:7:0:0 chr3 53700550 . T C 1461.6 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263822;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.107;QD=63.5478;RBI=0.0265279;REFB=0;REVB=-0.00277651;RO=0;SAF=32;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116976;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:60:32:0:0:60:32:0:0 chr3 53766026 . T C 727.26 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720471;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7828;QD=57.0399;RBI=0.038217;REFB=0;REVB=0.0375317;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127713;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:23:28:0:0 chr3 53856653 . C T 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0128384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.203;QD=9.82986;RBI=0.015206;REFB=-0.010961;REVB=-0.00814848;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820682;STB=0.549913;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.028472;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:8:18:9:3:8:18 chr3 53857803 . A C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.983;QD=60.2266;RBI=0.103577;REFB=0;REVB=0.0135888;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515418;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr3 53882663 . G A 863.89 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013513;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4718;QD=57.5929;RBI=0.0170684;REFB=0;REVB=0.0104273;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143123;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:21:38:0:0:22:38:0:0 chr3 53882673 . G GT,GTT,T 344.98 PASS AF=1,0,0;AO=31,7,5;DP=65;FAO=58,0,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0,0;FSAR=21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102464,-0.0551132,-0.147599;FXX=0;HRUN=6,6,2;LEN=1,2,1;MLLD=8.05234,8.52786,8.9416;QD=23.7918;RBI=0.169605,0.0933009,0.167057;REFB=0,0,0;REVB=0.135156,0.0752834,0.0782464;RO=18;SAF=20,4,5;SAR=11,3,0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0640731,0.0182661,0.679095;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00140835,-0.0100219,0;OID=.,.,.;OPOS=53882674,53882674,53882673;OREF=-,-,G;OALT=T,TT,T;OMAPALT=GT,GTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:58:18:0:31,7,5:58,0,0:1,0,0:11,3,0:20,4,5:10:8:21,0,0:37,0,0:0:0 chr3 53883722 . C G 1731.34 PASS AF=0.952;AO=119;DP=125;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.049851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5015;QD=55.403;RBI=0.0576544;REFB=0.0168076;REVB=-0.028964;RO=1;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871488;STB=0.505837;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.000201424;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:125:1:6:119:119:0.952:54:65:0:1:54:65:4:2 chr3 53886912 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.11;QD=60.2298;RBI=0.036778;REFB=0;REVB=0.0154721;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271092;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr3 53905308 . T C 768.72 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3337;QD=55.9068;RBI=0.064143;REFB=0;REVB=0.0553947;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223672;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:31:23:0:1:32:23:0:0 chr3 53906513 . G A 1234.84 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229887;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.029;QD=60.9799;RBI=0.0155944;REFB=0;REVB=0.015424;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55329e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:50:28:0:0:50:31:0:0 chr3 53916130 . A G 617.55 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629797;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.463;QD=61.755;RBI=0.0667343;REFB=0;REVB=-0.0220688;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143036;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr3 54354510 . T C 410.45 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0245378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4182;QD=23.7944;RBI=0.0247996;REFB=0.00267855;REVB=-0.00359353;RO=29;SAF=27;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13029;STB=0.571728;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00283968;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:13:27:15:14:13:27:15:14 chr3 54420012 . G A 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00495538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.861;QD=19.4663;RBI=0.00696489;REFB=-0.0209801;REVB=0.00489427;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851252;STB=0.548149;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0296255;OID=.;OPOS=54420012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:12:12:13:9:12:12 chr3 54961949 . C T 720.07 PASS AF=0.963636;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.013486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7304;QD=52.369;RBI=0.0236418;REFB=-0.0005504;REVB=0.0194181;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209533;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000421461;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:55:2:2:51:53:0.963636:27:24:1:1:27:26:1:1 chr3 55501002 . G C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0400263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.038;QD=24.2929;RBI=0.0410303;REFB=0.0013364;REVB=-0.00902131;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300096;STB=0.516761;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00058404;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:7:6:8:11:7:6 chr3 56106226 . C T 271.19 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.043144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.406;QD=23.582;RBI=0.0535437;REFB=-0.0471983;REVB=-0.03171;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689383;STB=0.538431;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0408833;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:11:10:14:11:11:10 chr3 56114861 . T C 344.07 PASS AF=0.335878;AO=43;DP=131;FAO=44;FDP=131;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.0236592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.217;QD=10.506;RBI=0.0253645;REFB=-0.00780079;REVB=0.00914332;RO=87;SAF=29;SAR=14;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313523;STB=0.685037;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0136143;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:87:87:43:44:0.335878:14:29:35:52:14:30:35:52 chr3 56219210 . T C 406.06 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0132292;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8091;QD=15.1799;RBI=0.0228167;REFB=-0.0135626;REVB=0.01859;RO=58;SAF=15;SAR=31;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215485;STB=0.626998;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0132645;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:61:46:46:0.429907:31:15:31:27:31:15:33:28 chr3 56627048 . A G 2297.11 PASS AF=0.957317;AO=156;DP=164;FAO=157;FDP=164;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00752707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.981;QD=56.027;RBI=0.0172557;REFB=-0.00808354;REVB=0.0155274;RO=2;SAF=64;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102293;STB=0.518322;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=3.01304e-05;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:164:164:2:7:156:157:0.957317:92:64:0:2:92:65:0:7 chr3 56627598 . A G 1098.82 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.015;QD=60.2096;RBI=0.0868045;REFB=0;REVB=0.013438;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308226;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:31:40:0:0:31:42:0:0 chr3 56650051 . A ACTT 694.38 PASS AF=0.870968;AO=53;DP=62;FAO=54;FDP=62;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.015886;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.672;QD=44.7984;RBI=0.0247693;REFB=-0.0504455;REVB=0.0190041;RO=8;SAF=25;SAR=28;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697358;STB=0.5048;STBP=0.87;TYPE=ins;VARB=0.00643763;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870968:53:62:54:62:8:25:29:4:4:41:8:25:28:4:4 chr3 56653424 . A T 546.8 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00892451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.169;QD=53.3465;RBI=0.0226819;REFB=-0.0326757;REVB=-0.0208524;RO=3;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192739;STB=0.510304;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00221774;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:20:18:1:2:20:18:1:2 chr3 56653427 . T C 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00102237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.263;QD=58.6476;RBI=0.0014219;REFB=-0.0579612;REVB=0.000988212;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000971543;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr3 56667682 . G C 838.02 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184631;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5094;QD=57.7944;RBI=0.0347019;REFB=0;REVB=0.0293825;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092416;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr3 56716922 . T G 374.21 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00643323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0507;QD=49.8953;RBI=0.0620123;REFB=-0.00406683;REVB=-0.0616777;RO=2;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237803;STB=0.510302;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00197036;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:30:2:2:27:28:0.933333:9:18:1:1:10:18:1:1 chr3 57108551 . C A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00915437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.769;QD=14.1957;RBI=0.0184164;REFB=-0.0139434;REVB=-0.0159801;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.507237;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0206076;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:12:10:7:8:12:10 chr3 57109095 . T C 341.27 PASS AF=0.622642;AO=31;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0212186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5688;QD=25.7564;RBI=0.0294687;REFB=0.00554766;REVB=-0.0204494;RO=20;SAF=20;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108829;STB=0.567525;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00513936;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:31:33:0.622642:11:20:10:10:11:22:10:10 chr3 57132200 . A G 397.34 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0404581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0451;QD=20.6411;RBI=0.0649487;REFB=-0.0237079;REVB=-0.0508083;RO=36;SAF=16;SAR=24;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180743;STB=0.606165;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0143624;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:24:16:22:14:24:16:23:14 chr3 57136585 . C T 1140.85 PASS AF=0.418367;AO=123;DP=296;FAO=123;FDP=294;FR=.;FRO=171;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=103;FWDB=-0.00339481;FXX=0.0134224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1256;QD=15.5218;RBI=0.00960041;REFB=0.00306863;REVB=0.00898015;RO=167;SAF=66;SAR=57;SRF=65;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151558;STB=0.580271;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00377105;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:294:167:171:123:123:0.418367:57:66:65:102:57:66:68:103 chr3 57139972 . A G 211.96 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0130224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7614;QD=14.3701;RBI=0.0494521;REFB=-0.00595219;REVB=-0.0477067;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178525;STB=0.609665;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00790041;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:24:25:0.423729:16:8:17:17:17:8:17:17 chr3 57176505 . A G 78.04 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00455268;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.468;QD=10.7636;RBI=0.00673532;REFB=-0.0141485;REVB=0.00496363;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340715;STB=0.709216;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0333538;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:29:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:9:10:8:2:9:10 chr3 57323170 . A G 391.63 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0762906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.752;QD=50.5324;RBI=0.079208;REFB=-0.210605;REVB=0.021299;RO=2;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444442;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00266511;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:31:2:2:28:29:0.935484:15:13:1:1:15:14:1:1 chr3 57335876 . C T 2435.2 PASS AF=0.981928;AO=161;DP=167;FAO=163;FDP=166;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0224886;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.037;QD=58.6796;RBI=0.0263962;REFB=-0.0675844;REVB=0.0138211;RO=3;SAF=76;SAR=85;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164946;STB=0.508669;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00016213;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:167:166:3:3:161:163:0.981928:85:76:0:3:85:78:0:3 chr3 57563120 . GA G 276.28 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3892;QD=36.8373;RBI=0.180457;REFB=-0.0318841;REVB=0.132566;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544278;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0047268;OID=.;OPOS=57563121;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:29:30:30:0:9:21:0:0:4:2:7:16:0:2 chr3 57882601 . C T 249.65 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0100891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.179;QD=16.9255;RBI=0.013268;REFB=-0.0205666;REVB=0.00861684;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104332;STB=0.546308;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0157707;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:27:28:0.474576:11:16:15:16:12:16:15:16 chr3 58081888 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.686;QD=56.9371;RBI=0.122605;REFB=0;REVB=0.0445831;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033707;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr3 58084506 . G A 820.94 PASS AF=0.529032;AO=82;DP=155;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0117584;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.936;QD=21.1856;RBI=0.0178153;REFB=-0.00807448;REVB=0.0133838;RO=73;SAF=32;SAR=50;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055031;STB=0.530172;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00487974;OID=.;OPOS=58084506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:73:82:82:0.529032:50:32:33:40:50:32:33:40 chr3 58109162 . G A 725.25 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1432;QD=55.7882;RBI=0.0789867;REFB=0;REVB=0.0338305;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105644;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr3 58112440 . A G 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.043;QD=59.429;RBI=0.00922097;REFB=0;REVB=0.00737625;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05059e-05;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr3 58112488 . C T 145.18 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.493;QD=44.6715;RBI=0.0189507;REFB=0;REVB=0.00192705;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014068;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr3 58118555 . G A 929.63 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0313192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.646;QD=55.5;RBI=0.0498476;REFB=-0.196638;REVB=0.0387801;RO=1;SAF=21;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219567;STB=0.52272;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00242535;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:64:65:0.970149:43:21:1:0:44:21:2:0 chr3 58154327 . C T 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.319;QD=56.9523;RBI=0.0237498;REFB=0;REVB=0.0150131;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7811e-05;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr3 58179028 . T C 259.79 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=34;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0221668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7044;QD=28.8652;RBI=0.0406779;REFB=0.00827181;REVB=0.0341076;RO=12;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804989;STB=0.558205;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000425244;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:36:12:12:22:24:0.666667:14:8:3:9:14:10:3:9 chr3 58191266 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0158404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.126;QD=16.4797;RBI=0.0268167;REFB=0.00207622;REVB=-0.0216383;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266345;STB=0.652324;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0032142;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:9:16:7:12:9:16 chr3 58305033 . A C 669.56 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.298;QD=62.2843;RBI=0.0068777;REFB=0;REVB=0.00381694;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93896e-05;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr3 58305079 . T C 703.14 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00612877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.761;QD=54.0873;RBI=0.0509964;REFB=-0.13053;REVB=0.0506267;RO=1;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254311;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00147975;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:1:1:50:51:0.980769:18:32:0:1:19:32:0:1 chr3 58305235 . G T 496.2 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.883;QD=58.3759;RBI=0.022913;REFB=0;REVB=0.0129019;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52982e-06;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:19:15:0:0 chr3 58416538 . T C 867.3 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.538;QD=55.955;RBI=0.0417912;REFB=-0.0224454;REVB=0.0268666;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00038039;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:1:1:58:61:0.983871:29:29:0:1:31:30:0:1 chr3 58520306 . G C 1021.39 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323319;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0163;QD=57.5433;RBI=0.0472596;REFB=0;REVB=0.034469;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00965363;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:65:71:1:38:27:0:0:40:31:0:0 chr3 58572577 . C G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00147248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.726;QD=18.6371;RBI=0.0037598;REFB=-0.0272099;REVB=0.00345947;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277497;STB=0.656074;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0240029;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:3:13:8:8:3:13 chr3 58572625 . G A 91.25 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0610644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.174;QD=17.3808;RBI=0.0633507;REFB=-0.0101423;REVB=0.0168656;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258419;STB=0.75698;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0109253;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:8:10:11:11:0.52381:10:1:2:6:10:1:4:6 chr3 58834824 . A G 210.43 PASS AF=0.525;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.168048;FXX=0.0697512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7374;QD=21.0433;RBI=0.214119;REFB=-0.0567006;REVB=-0.13269;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126868;STB=0.57937;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0384075;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:12:19:19:21:0.525:6:13:10:2:6:15:16:3 chr3 58834890 . C T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00103503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.642;QD=19.2762;RBI=0.00647713;REFB=-0.0131697;REVB=0.0063939;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496936;STB=0.509086;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0127206;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:33:34:34:0.507463:14:20:19:13:14:20:20:13 chr3 60519224 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5045;QD=60.9775;RBI=0.0435602;REFB=0;REVB=0.0322729;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6875e-05;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr3 62189189 . G A 55.91 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00363616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.532;QD=10.6492;RBI=0.0213155;REFB=-0.0162479;REVB=0.0210031;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376558;STB=0.736129;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0211998;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:8:5:1:7:8:5 chr3 62229553 . C T 746.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0028;QD=63.5683;RBI=0.0113318;REFB=0;REVB=-0.00838952;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241225;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr3 62384313 . CA C,CG,GT 418.49 PASS AF=0,0.966667,0.0333333;AO=7,14,2;DP=32;FAO=0,29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738176,-0.00717324,-0.00869146;FXX=0.0624805;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=113.244,151.602,101.16;QD=55.799;RBI=0.0700118,0.0711385,0.040298;REFB=0,0,0;REVB=0.0696215,0.0707759,0.0393495;RO=0;SAF=3,6,0;SAR=4,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0,8.49721e-05,0.0319157;OID=.,.,.;OPOS=62384314,62384314,62384313;OREF=A,A,CA;OALT=-,G,GT;OMAPALT=C,CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:6:32:30:0:0:7,14,2:0,29,1:0,0.966667,0.0333333:4,8,2:3,6,0:0:0:0,16,1:0,13,0:0:0 chr3 62431415 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.339;QD=52.6128;RBI=0.0276055;REFB=0;REVB=0.00411339;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3573e-05;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 62556622 . A G 409.92 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0322845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.704;QD=51.2397;RBI=0.0330712;REFB=0.00732451;REVB=0.00717053;RO=2;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788608;STB=0.504234;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000254557;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:13:17:1:1:13:17:1:1 chr3 63817430 . G C 178.02 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0178549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7233;QD=10.628;RBI=0.0261553;REFB=-0.0107434;REVB=-0.0191128;RO=43;SAF=14;SAR=9;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05059;STB=0.519214;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0183628;OID=.;OPOS=63817430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:44:23:23:0.343284:9:14:28:15:9:14:28:16 chr3 63967900 . A G 372.81 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.000311543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.402;QD=14.3389;RBI=0.00557749;REFB=-0.00453024;REVB=0.00556878;RO=61;SAF=30;SAR=13;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159673;STB=0.590507;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00523746;OID=.;OPOS=63967900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:13:30:34:27:13:30:34:27 chr3 63982082 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00242688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.242;QD=24.127;RBI=0.0172878;REFB=-0.0464318;REVB=-0.0171166;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524966;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.022407;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:5:6:8:9:5:6 chr3 64009508 . T C 228.61 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0197845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0748;QD=16.043;RBI=0.0220042;REFB=-0.00867841;REVB=0.00963117;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07463;STB=0.529707;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0118582;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:25:26:0.45614:11:14:15:16:12:14:15:16 chr3 64133350 . A G 223.07 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.008;QD=49.5717;RBI=0.0652715;REFB=0;REVB=-0.000178522;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592867;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr3 64497464 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.561;QD=60.0302;RBI=0.0367689;REFB=0;REVB=0.00810725;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48671e-05;OID=.;OPOS=64497464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr3 64502188 . C T 783.03 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7883;QD=63.9208;RBI=0.0491672;REFB=0;REVB=0.015689;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216673;OID=.;OPOS=64502188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr3 64526823 . C T 411.62 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.0137711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.91;QD=13.4959;RBI=0.0188498;REFB=-0.00765224;REVB=-0.0128714;RO=72;SAF=27;SAR=21;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114554;STB=0.562343;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00911013;OID=.;OPOS=64526823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:72:74:48:48:0.393443:21:27:48:24:21:27:49:25 chr3 64532476 . G C 1329.02 PASS AF=0.907407;AO=96;DP=107;FAO=98;FDP=108;FR=.;FRO=10;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0406808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7749;QD=49.2231;RBI=0.0511355;REFB=-0.146136;REVB=0.0309825;RO=4;SAF=42;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430438;STB=0.552073;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0098262;OID=.;OPOS=64532476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:107:108:4:10:96:98:0.907407:54:42:4:0:55:43:10:0 chr3 66287056 . G A 347.85 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0258571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9455;QD=14.8023;RBI=0.0457518;REFB=-0.00427863;REVB=-0.0377444;RO=55;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11261;STB=0.568526;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00483973;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:55:56:38:38:0.404255:18:20:23:32:18:20:23:33 chr3 66354911 . G C 433.85 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=0.0412493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.584;QD=15.6342;RBI=0.0498459;REFB=-0.00720386;REVB=0.0279841;RO=61;SAF=18;SAR=30;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106171;STB=0.547427;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00984547;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:62:48:49:0.441441:30:18:17:44:31:18:18:44 chr3 66374361 . G C 166.02 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0679196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1007;QD=22.1363;RBI=0.0945203;REFB=-0.0165273;REVB=0.0657345;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737045;STB=0.551667;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.011689;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:13:4:2:10:13:4:2:11 chr3 66419956 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.000188515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.923;QD=17.9523;RBI=0.0278264;REFB=-0.0030361;REVB=-0.0278258;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131749;STB=0.582269;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00339411;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:27:27:0.490909:15:12:16:11:15:12:17:11 chr3 66433676 . A G 1259.58 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432305;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6079;QD=61.443;RBI=0.0539645;REFB=0;REVB=-0.0323;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51993e-05;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:45:36:0:0:46:36:0:0 chr3 66434643 . T C,G 1533.03 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=101,4;DP=106;FAO=106,2;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=55,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112833,0.00346261;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.795,111.634;QD=56.7787;RBI=0.0501782,0.0283878;REFB=-0.121726,-0.0494596;REVB=0.0488932,-0.0281758;RO=0;SAF=50,0;SAR=51,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.10484e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000617627,0.177253;OID=.,.;OPOS=66434643,66434643;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:106:108:0:0:101,4:106,2:0.981481,0.0185185:51,4:50,0:0:0:55,2:51,0:0:0 chr3 67048761 . GT G,GC,GG 768.78 PASS AF=0.293103,0.706897,0;AO=12,41,2;DP=57;FAO=17,41,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22,0;FSAR=15,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192608,0.0413674,-0.00281567;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=49.502,60.865,30.5913;QD=53.0193;RBI=0.0263353,0.0422122,0.0150416;REFB=0,0,0;REVB=0.0179603,0.00840324,-0.0147757;RO=0;SAF=1,22,0;SAR=11,19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.23983e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0217173,0.00737629,0;OID=.,.,.;OPOS=67048762,67048762,67048762;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.293103,0.706897,0:12,41,2:57:17,41,0:58:0:2,22,0:15,19,0:0:0:97:0:1,22,0:11,19,2:0:0 chr3 67048764 . G C 74.33 PASS AF=0.224138;AO=16;DP=57;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.010011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.0722;QD=5.12638;RBI=0.0670409;REFB=-0.043909;REVB=-0.0662892;RO=41;SAF=2;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544072;STB=0.893721;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.153871;OID=.;OPOS=67048764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:57:58:41:45:16:13:0.224138:14:2:22:19:12:1:23:22 chr3 67884900 . G A 127.43 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.013535;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.49;QD=9.99419;RBI=0.0543251;REFB=-0.01512;REVB=-0.0526119;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236127;STB=0.647307;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0240015;OID=.;OPOS=67884900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:35:16:16:0.313725:7:9:12:22:7:9:12:23 chr3 69036678 . G C 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250048;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4822;QD=59.4583;RBI=0.0307403;REFB=0;REVB=0.0178809;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174018;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr3 69054341 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.233;QD=49.5992;RBI=0.056757;REFB=0;REVB=0.0347933;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387426;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr3 69096614 . G A 990.63 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.665;QD=59.1418;RBI=0.0203238;REFB=0;REVB=-0.00825884;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07257e-05;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr3 69230801 . G A 284.75 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00904302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.764;QD=23.7287;RBI=0.0477705;REFB=-0.000717291;REVB=0.0469067;RO=22;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139946;STB=0.578448;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000946581;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:6:20:14:8:6:20:14:8 chr3 69245454 . T C 803.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.015;QD=64.2625;RBI=0.0091911;REFB=0;REVB=-0.00391955;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15363e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:15:33:0:0:17:33:0:0 chr3 69246152 . A G 238.28 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0262629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9096;QD=16.1546;RBI=0.0542562;REFB=0.00478662;REVB=-0.0474762;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12118;STB=0.575167;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00760381;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:13:14:20:11:13:14:21:11 chr3 70016904 . C T 326.8 PASS AF=0.418605;AO=30;DP=83;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0227238;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.012;QD=15.1998;RBI=0.0238078;REFB=-0.0147007;REVB=-0.00710195;RO=48;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770537;STB=0.514428;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0264898;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:48:50:30:36:0.418605:14:16:29:19:16:20:29:21 chr3 71823582 . C T 190.82 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0172502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2578;QD=11.5649;RBI=0.0180527;REFB=-0.0076024;REVB=-0.00532281;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01562;STB=0.507806;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0214594;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:23:24:0.363636:9:14:25:17:10:14:25:17 chr3 72424471 . A G 107.2 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0127483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6944;QD=12.9935;RBI=0.0894154;REFB=-0.0287632;REVB=0.088502;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193058;STB=0.612735;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0496997;OID=.;OPOS=72424471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:13:7:7:6:13:7 chr3 72426901 . A G 4261.07 PASS AF=1;AO=271;DP=273;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9655;QD=62.4333;RBI=0.116618;REFB=-0.0432343;REVB=0.0672919;RO=1;SAF=146;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414596;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:273:273:1:0:271:273:1:125:146:0:1:126:147:0:0 chr3 72495774 . TTCCGA GTCGGA,TTC,TTCGGA 353.03 PASS AF=0,0.5,0.5;AO=2,6,6;DP=27;FAO=0,14,14;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,8;FSAR=0,8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.378679,-0.0158769,-0.0748198;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=4,3,1;MLLD=46.4502,135.146,27.9805;QD=50.4333;RBI=0.378931,0.028609,0.140428;REFB=0,0,0;REVB=-0.0138224,0.0237992,-0.118836;RO=0;SAF=2,0,0;SAR=0,6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0285142,6.52747e-06;OID=.,.,.;OPOS=72495774,72495777,72495777;OREF=TTCC,CGA,C;OALT=GTCG,-,G;OMAPALT=GTCGGA,TTC,TTCGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:27:28:0:0:2,6,6:0,14,14:0,0.5,0.5:0,6,6:2,0,0:0:0:0,8,6:0,6,8:0:0 chr3 72495945 . A G 272.97 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.548;QD=51.9947;RBI=0.175684;REFB=0;REVB=0.0128168;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551151;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:20:0:0:0:20:1:0:0 chr3 73024350 . C A 618.4 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0139533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6577;QD=19.325;RBI=0.0893621;REFB=-0.0102775;REVB=-0.088266;RO=64;SAF=32;SAR=31;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214967;STB=0.507934;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00976824;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:64:65:63:63:0.492188:31:32:31:33:31:32:32:33 chr3 73111368 . T C 304.81 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.000359416;FXX=0.0273935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5016;QD=17.1724;RBI=0.112291;REFB=0.00918132;REVB=-0.11229;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987165;STB=0.56882;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0121794;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:40:38:33:33:0.464789:19:14:21:19:19:14:21:17 chr3 73111481 . C CA 175.32 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0220554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.6299;QD=9.74023;RBI=0.024757;REFB=0.0154706;REVB=-0.0112458;RO=43;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862468;STB=0.530591;STBP=0.683;TYPE=ins;VARB=-0.0290219;OID=.;OPOS=73111482;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:28:72:30:72:42:10:20:16:26:99:43:9:19:17:26 chr3 73111809 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0180904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.706;QD=18.767;RBI=0.0343531;REFB=-0.0207274;REVB=-0.029204;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140207;OID=.;OPOS=73111809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr3 73111973 . A G 164.34 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0834387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7778;QD=13.6951;RBI=0.0835151;REFB=-0.0131821;REVB=-0.00357058;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258328;STB=0.649837;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0146876;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:19:11:11:7:19:11 chr3 73111998 . C T 179.34 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00156388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.391;QD=15.2628;RBI=0.00157734;REFB=-0.0273134;REVB=-0.000205572;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191516;STB=0.589192;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0133253;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:11:7:16:12:11:8:16:12 chr3 73112378 . A G 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000904643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.395;QD=16.2367;RBI=0.019057;REFB=-0.0270875;REVB=-0.0190355;RO=35;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916232;STB=0.512187;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0271779;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:14:16:19:16:14:16:20:16 chr3 73114003 . T C 151.85 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0427669;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.844;QD=9.95731;RBI=0.0460056;REFB=-0.0278887;REVB=-0.016956;RO=41;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494417;STB=0.529174;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0526577;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:13:7:16:25:13:7:16:25 chr3 73433369 . G A 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5001;QD=63.2799;RBI=0.0918809;REFB=0;REVB=0.0367751;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147927;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr3 73433494 . T C 219.9 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.958;QD=48.8675;RBI=0.0410956;REFB=0;REVB=0.0336304;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781212;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr3 73453325 . C T 1287.41 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337323;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.394;QD=62.0437;RBI=0.0345071;REFB=0;REVB=0.00727144;RO=0;SAF=74;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99441e-05;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:8:74:0:0:8:75:0:0 chr3 74413676 . T C 124.74 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0142013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.915;QD=10.1828;RBI=0.0208527;REFB=-0.0190429;REVB=0.0152695;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014098;STB=0.508463;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0414217;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:20:14:6:9:20:14 chr3 75232044 . C T 604.93 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00702382;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.646;QD=59.0177;RBI=0.0127326;REFB=-0.0706756;REVB=-0.01062;RO=1;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374761;STB=0.51999;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000450391;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:12:28:0:1:12:28:0:1 chr3 75263691 . C A 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.00195419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.379;QD=16.988;RBI=0.0028652;REFB=-0.00281061;REVB=0.00209536;RO=48;SAF=6;SAR=33;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186145;STB=0.605736;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00330985;OID=.;OPOS=75263691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:33:6:13:35:33:6:13:35 chr3 75475670 . A C 70.56 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00377146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.262;QD=17.641;RBI=0.00468238;REFB=-0.0323673;REVB=-0.00277502;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153276;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr3 75475685 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00726271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.709;QD=15.2589;RBI=0.0212879;REFB=-0.0348931;REVB=0.0200107;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0175207;OID=.;OPOS=75475685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr3 75679937 . G A 164.85 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00577788;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.486;QD=11.1763;RBI=0.0184969;REFB=-0.00255726;REVB=-0.0175713;RO=37;SAF=4;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511807;STB=0.803949;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.019252;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:38:21:21:0.355932:17:4:24:13:17:4:25:13 chr3 75679945 . C G 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00956549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.222;QD=1.72731;RBI=0.0326996;REFB=-0.0029363;REVB=-0.0312693;RO=64;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483313;STB=0.872554;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0501838;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:1:6:27:37:1:6:27:37 chr3 75679958 . C T 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.015851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.271;QD=10.4707;RBI=0.0159099;REFB=-0.00514571;REVB=0.00136735;RO=52;SAF=4;SAR=22;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552816;STB=0.824737;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100803;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:22:4:32:20:22:4:32:20 chr3 75679963 . C T 44.06 PASS AF=0.134146;AO=12;DP=79;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.026955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.3836;QD=2.14919;RBI=0.0331129;REFB=-0.0228579;REVB=-0.0192327;RO=67;SAF=7;SAR=5;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239312;STB=0.605077;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.119347;OID=.;OPOS=75679963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:79:82:67:71:12:11:0.134146:5:7:26:41:5:6:30:41 chr3 75679973 . A G 235.09 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0296284;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.852;QD=10.8087;RBI=0.0311433;REFB=-0.0151906;REVB=0.00959514;RO=58;SAF=4;SAR=25;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533302;STB=0.814976;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0201084;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:58:58:29:29:0.333333:25:4:32:26:25:4:32:26 chr3 75679993 . C T 72.12 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.00211974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.85;QD=3.03645;RBI=0.00481485;REFB=-0.00449632;REVB=-0.00432313;RO=80;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696187;STB=0.55133;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0172125;OID=.;OPOS=75679993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:80:81:14:14:0.147368:8:6:30:50:8:6:30:51 chr3 75680006 . T C 39.02 PASS AF=0.104167;AO=8;DP=94;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=58;FWDB=0.00939286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.386;QD=1.62596;RBI=0.0190528;REFB=-0.00419178;REVB=-0.0165766;RO=85;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327619;STB=0.802126;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.025312;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:94:96:85:86:8:10:0.104167:3:5:28:57:3:7:28:58 chr3 75680010 . T C 266.23 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0485217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8727;QD=11.2098;RBI=0.0488935;REFB=-0.00555132;REVB=-0.00601827;RO=62;SAF=4;SAR=28;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5169;STB=0.803059;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0080051;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:63:32:32:0.336842:28:4:31:31:28:4:31:32 chr3 75714298 . A G 446.6 PASS AF=0.468468;AO=48;DP=107;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00804219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.714;QD=16.0937;RBI=0.0164288;REFB=-0.0152263;REVB=0.0143259;RO=57;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798565;STB=0.56075;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0165319;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:57:59:48:52:0.468468:23:25:25:32:24:28:25:34 chr3 75714311 . G A 300.13 PASS AF=0.298507;AO=40;DP=134;FAO=40;FDP=134;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.00022216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5416;QD=8.95896;RBI=0.0227323;REFB=-0.00788997;REVB=-0.0227312;RO=89;SAF=24;SAR=16;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164962;STB=0.59995;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00775417;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:89:94:40:40:0.298507:16:24:41:48:16:24:43:51 chr3 75714337 . T G 888.99 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=141;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00312355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.156;QD=25.2196;RBI=0.0134093;REFB=-0.00564135;REVB=0.0130404;RO=60;SAF=43;SAR=38;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011127;STB=0.506059;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00366589;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:60:81:81:0.574468:38:43:31:29:38:43:31:29 chr3 75714345 . G T 177.49 PASS AF=0.207143;AO=29;DP=141;FAO=29;FDP=140;FR=.;FRO=111;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.0023066;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.037;QD=5.07115;RBI=0.00748277;REFB=-0.00748803;REVB=-0.00711838;RO=110;SAF=14;SAR=15;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449737;STB=0.531474;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0239536;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:110:111:29:29:0.207143:15:14:57:53:15:14:58:53 chr3 75714702 . A G 495.36 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0110656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.888;QD=23.3112;RBI=0.0307915;REFB=0.0140122;REVB=0.0287345;RO=37;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947738;STB=0.556938;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0120565;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:38:47:47:0.552941:22:25:24:13:22:25:25:13 chr3 75714709 . G T 74.25 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0068237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.969;QD=3.29985;RBI=0.0151033;REFB=-0.0015388;REVB=-0.0134739;RO=75;SAF=11;SAR=3;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310542;STB=0.718744;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.048738;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:90:75:76:14:14:0.155556:3:11:42:33:3:11:42:34 chr3 75714809 . C T 54.08 PASS AF=0.10219;AO=14;DP=137;FAO=14;FDP=137;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=64;FWDB=-0.00380853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.895;QD=1.57912;RBI=0.0136899;REFB=-0.00768;REVB=-0.0131495;RO=68;SAF=9;SAR=5;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19845;STB=0.645994;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0520779;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:137:137:68:123:14:14:0.10219:5:9:33:35:5:9:59:64 chr3 75714819 . G A 118.99 PASS AF=0.146893;AO=24;DP=176;FAO=26;FDP=177;FR=.;FRO=151;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=-0.0222955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.49;QD=2.68905;RBI=0.0552517;REFB=-0.00359613;REVB=-0.0505536;RO=150;SAF=11;SAR=13;SRF=73;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359111;STB=0.557454;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0223825;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:150:151:24:26:0.146893:13:11:73:77:15:11:74:77 chr3 75714825 . G A 853.32 PASS AF=0.367232;AO=65;DP=177;FAO=65;FDP=177;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00695095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.8934;QD=19.2841;RBI=0.0115131;REFB=0.00220541;REVB=0.009178;RO=79;SAF=34;SAR=31;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911808;STB=0.553522;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0288788;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:79:82:65:65:0.367232:31:34:34:45:31:34:35:47 chr3 75714831 . G A 337.01 PASS AF=0.247525;AO=50;DP=199;FAO=50;FDP=202;FR=.;FRO=152;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=-0.0255293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.102;QD=6.67342;RBI=0.0285307;REFB=-0.0106594;REVB=0.012738;RO=149;SAF=18;SAR=32;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149692;STB=0.588199;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0320927;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:149:152:50:50:0.247525:32:18:71:78:32:18:72:80 chr3 75714835 . C T 357.89 PASS AF=0.257282;AO=53;DP=206;FAO=53;FDP=206;FR=.;FRO=153;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=0.000825684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.127;QD=6.94932;RBI=0.00720695;REFB=-0.0108218;REVB=-0.0071595;RO=153;SAF=19;SAR=34;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151954;STB=0.590823;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0342619;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:153:153:53:53:0.257282:34:19:73:80:34:19:73:80 chr3 75714840 . A G 1280.39 PASS AF=0.568075;AO=121;DP=212;FAO=121;FDP=213;FR=.;FRO=92;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0137352;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2223;QD=24.0449;RBI=0.0137884;REFB=-0.0181832;REVB=-0.00120977;RO=91;SAF=55;SAR=66;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207425;STB=0.508619;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0188174;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:91:92:121:121:0.568075:66:55:39:52:66:55:40:52 chr3 75714843 . T A 442.63 PASS AF=0.283105;AO=63;DP=218;FAO=62;FDP=219;FR=.;FRO=157;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=65;FSRR=92;FWDB=-0.00817697;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4327;QD=8.08454;RBI=0.0112652;REFB=0.00553138;REVB=0.0077487;RO=155;SAF=35;SAR=28;SRF=64;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172048;STB=0.606667;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00940482;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:155:157:63:62:0.283105:28:35:64:91:27:35:65:92 chr3 75714853 . G A 494.03 PASS AF=0.275591;AO=70;DP=253;FAO=70;FDP=254;FR=.;FRO=184;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=79;FSRR=105;FWDB=-0.00217703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3053;QD=7.77999;RBI=0.0297828;REFB=-0.0133566;REVB=-0.0297031;RO=180;SAF=38;SAR=32;SRF=78;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133732;STB=0.581653;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0240832;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:180:184:70:70:0.275591:32:38:78:102:32:38:79:105 chr3 75714898 . G A 1025.55 PASS AF=0.390879;AO=114;DP=301;FAO=120;FDP=307;FR=.;FRO=187;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=98;FSRR=89;FWDB=-0.0057955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8577;QD=13.3622;RBI=0.0873796;REFB=-0.0189669;REVB=0.0871872;RO=186;SAF=51;SAR=63;SRF=98;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875545;STB=0.545151;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0316492;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:307:186:187:114:120:0.390879:63:51:98:88:66:54:98:89 chr3 75714917 . G A 334.44 PASS AF=0.200704;AO=56;DP=285;FAO=57;FDP=284;FR=.,HEALED;FRO=227;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=106;FSRR=121;FWDB=-0.0119673;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.351;QD=4.71043;RBI=0.0134026;REFB=-0.00274694;REVB=-0.00603447;RO=168;SAF=30;SAR=26;SRF=96;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452286;STB=0.561255;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0130088;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:168:227:56:57:0.200704:26:30:96:72:26:31:106:121 chr3 75714929 . G A 291.64 PASS AF=0.193431;AO=53;DP=274;FAO=53;FDP=274;FR=.;FRO=221;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=105;FSRR=116;FWDB=-0.036279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8186;QD=4.25751;RBI=0.0394153;REFB=-0.0291285;REVB=-0.0154076;RO=220;SAF=30;SAR=23;SRF=104;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120124;STB=0.573168;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0478293;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:220:221:53:53:0.193431:23:30:104:116:23:30:105:116 chr3 75714935 . C A 57.76 PASS AF=0.0792453;AO=21;DP=266;FAO=21;FDP=265;FR=.;FRO=244;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=114;FSRR=130;FWDB=-0.0214021;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.333;QD=0.871838;RBI=0.0242319;REFB=-0.0056508;REVB=-0.0113637;RO=244;SAF=12;SAR=9;SRF=113;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123215;STB=0.595199;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0380238;OID=.;OPOS=75714935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:266:265:244:244:21:21:0.0792453:9:12:113:131:9:12:114:130 chr3 75714937 . G A 58.36 PASS AF=0.0798479;AO=21;DP=263;FAO=21;FDP=263;FR=.;FRO=242;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=111;FSRR=131;FWDB=-0.0201651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.389;QD=0.88766;RBI=0.0234118;REFB=-0.00459284;REVB=-0.0118946;RO=236;SAF=12;SAR=9;SRF=106;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140088;STB=0.602702;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0377635;OID=.;OPOS=75714937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:263:263:236:242:21:21:0.0798479:9:12:106:130:9:12:111:131 chr3 75714950 . C A 278.58 PASS AF=0.192913;AO=49;DP=254;FAO=49;FDP=254;FR=.;FRO=205;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=93;FSRR=112;FWDB=-0.00295363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.986;QD=4.387;RBI=0.00566671;REFB=-0.00782176;REVB=-0.00483608;RO=204;SAF=26;SAR=23;SRF=93;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960887;STB=0.561845;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0254623;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:204:205:49:49:0.192913:23:26:93:111:23:26:93:112 chr3 75714976 . C T 871.64 PASS AF=0.460396;AO=92;DP=202;FAO=93;FDP=202;FR=.;FRO=109;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.0361073;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6836;QD=17.2603;RBI=0.0389127;REFB=-0.018839;REVB=0.0145072;RO=110;SAF=41;SAR=51;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071462;STB=0.533625;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0173919;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:110:109:92:93:0.460396:51:41:57:53:51:42:56:53 chr3 75714980 . C A 101.2 PASS AF=0.123711;AO=24;DP=194;FAO=24;FDP=194;FR=.;FRO=170;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=81;FSRR=89;FWDB=0.0121709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.107;QD=2.08651;RBI=0.0487582;REFB=-0.00984392;REVB=0.0472147;RO=165;SAF=16;SAR=8;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235953;STB=0.666528;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0178538;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:165:170:24:24:0.123711:8:16:79:86:8:16:81:89 chr3 75715118 . G A 36.99 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00489134;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.845;QD=2.596;RBI=0.0117951;REFB=-0.00638087;REVB=0.0107331;RO=50;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357181;STB=0.789481;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0669311;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:57:50:50:7:7:0.122807:1:6:30:20:1:6:29:21 chr3 75715173 . CT TG 119.92 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0204259;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.481;QD=5.32958;RBI=0.0204711;REFB=-0.0126861;REVB=0.00135918;RO=70;SAF=12;SAR=7;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184092;STB=0.621048;STBP=0.253;TYPE=mnp;VARB=0.0495901;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:70:71:19:19:0.211111:7:12:34:36:7:12:34:37 chr3 75715181 . G A 117.75 PASS AF=0.2;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0234409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.999;QD=4.95805;RBI=0.0255281;REFB=-0.00935165;REVB=-0.0101096;RO=76;SAF=12;SAR=7;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183592;STB=0.616636;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0426083;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:76:19:19:0.2:7:12:37:39:7:12:37:39 chr3 75779719 . T C 54.68 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0202072;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.313;QD=4.05021;RBI=0.0225692;REFB=-0.00232569;REVB=-0.0100518;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1833;STB=0.609518;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0229999;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:54:42:45:9:9:0.166667:5:4:25:17:5:4:26:19 chr3 75779724 . T C 207.14 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0476824;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.769;QD=15.0644;RBI=0.0486306;REFB=-0.0212028;REVB=-0.00955651;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254166;STB=0.643801;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0232745;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:21:10:14:10:21:10 chr3 75779727 . A G 205.42 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.10706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9748;QD=14.6728;RBI=0.107966;REFB=-0.0183385;REVB=-0.0139576;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254166;STB=0.634394;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.020029;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:14:10:21:10:14:10:21:11 chr3 75779742 . G A 49.26 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00721371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.268;QD=3.23046;RBI=0.0103283;REFB=-0.00228139;REVB=-0.00739167;RO=51;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261375;STB=0.673529;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0375125;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:51:52:9:9:0.147541:6:3:28:23:6:3:28:24 chr3 75779756 . A G 52.35 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0217314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.952;QD=3.67396;RBI=0.0232887;REFB=-0.00310813;REVB=-0.00837314;RO=48;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933158;STB=0.56406;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0208987;OID=.;OPOS=75779756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:5:4:25:23:5:4:25:23 chr3 75779762 . G T 37.35 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0685396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4159;QD=2.66811;RBI=0.0686032;REFB=-0.00639331;REVB=-0.00295195;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292566;STB=0.728002;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.036855;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:47:49:7:7:0.125:5:2:25:22:5:2:27:22 chr3 75779769 . C G 203.91 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00469401;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.941;QD=15.1042;RBI=0.014148;REFB=-0.00373341;REVB=0.0133466;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251814;STB=0.624896;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00630663;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:23:24:0.444444:15:8:18:12:15:9:18:12 chr3 75779772 . G A 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0383949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.722;QD=4.07768;RBI=0.0385077;REFB=0.000357275;REVB=0.00294574;RO=45;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816053;STB=0.555432;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0110753;OID=.;OPOS=75779772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:5:4:23:22:5:4:23:22 chr3 75779777 . TAAAAG TAAAA,TAAAAA,TAAAG 139.95 PASS AF=0.176471,0,0.215686;AO=6,2,13;DP=51;FAO=9,0,11;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=4,0,4;FSAR=5,0,7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00708123,-0.00829958,0.0632081;FXX=0;HRUN=1,1,4;LEN=1,1,1;MLLD=256.458,257.879,18.356;QD=10.9763;RBI=0.0216528,0.0211392,0.0639769;REFB=0.0020456,0.00146445,0.022019;REVB=-0.0204622,-0.0194417,-0.00988844;RO=27;SAF=2,1,4;SAR=4,1,9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.338931;SSSB=-0.261551,-0.0507908,-0.283347;STB=0.579934,0.5,0.636116;STBP=0.607,1,0.306;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0110019,0.0101257,0.0210793;OID=.,.,.;OPOS=75779782,75779782,75779778;OREF=G,G,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAAA,TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.176471,0,0.215686:6,2,13:51:9,0,11:51:31:4,0,4:5,0,7:17:14:66:27:2,1,4:4,1,9:15:12 chr3 75781222 . C T 171.97 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0148418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4903;QD=9.29571;RBI=0.123858;REFB=-0.0136607;REVB=0.122966;RO=51;SAF=5;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222697;STB=0.633304;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0382897;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:18:5:19:32:18:5:19:32 chr3 75781257 . T G 101.69 PASS AF=0.25;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0292212;FXX=0.104462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8504;QD=6.77941;RBI=0.0330735;REFB=0.024375;REVB=0.0154912;RO=45;SAF=2;SAR=13;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368603;STB=0.735475;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0705845;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:60:45:45:15:15:0.25:13:2:16:29:13:2:16:29 chr3 75781263 . T C 166.48 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00346384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3065;QD=9.93915;RBI=0.00415908;REFB=0.0093056;REVB=-0.00230212;RO=45;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181943;STB=0.608071;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0188693;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:17:5:16:29:17:5:16:29 chr3 75781272 . C A 91.08 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.038732;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4444;QD=6.07177;RBI=0.103075;REFB=0.0166832;REVB=-0.0955207;RO=46;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257575;STB=0.666389;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0604095;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:61:60:46:46:14:14:0.233333:12:2:13:33:12:2:13:33 chr3 75786031 . A C 171.8 PASS AF=0.193333;AO=29;DP=150;FAO=29;FDP=150;FR=.;FRO=121;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.00629034;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0603;QD=4.58122;RBI=0.0126085;REFB=0.00184588;REVB=-0.0109273;RO=119;SAF=12;SAR=17;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136822;STB=0.579668;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0101111;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:119:121:29:29:0.193333:17:12:62:57:17:12:62:59 chr3 75786036 . A C 154.09 PASS AF=0.181818;AO=28;DP=152;FAO=28;FDP=154;FR=.;FRO=126;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=-0.0114849;FXX=0.0552113;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.694;QD=4.00245;RBI=0.0236134;REFB=-0.00631977;REVB=-0.0206323;RO=110;SAF=14;SAR=14;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115654;STB=0.506489;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0387678;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:110:126:28:28:0.181818:14:14:56:54:14:14:62:64 chr3 75786042 . G A 325.25 PASS AF=0.293103;AO=39;DP=164;FAO=51;FDP=174;FR=.;FRO=123;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.000804095;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.422;QD=7.4769;RBI=0.000916839;REFB=-0.00996003;REVB=-0.000440482;RO=121;SAF=21;SAR=18;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120011;STB=0.51463;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0213359;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:174:121:123:39:51:0.293103:18:21:64:57:23:28:65:58 chr3 75786059 . CA TA,TG 525.06 PASS AF=0.183962,0.15566;AO=39,32;DP=212;FAO=39,33;FDP=212;FR=.;FRO=140;FSAF=22,17;FSAR=17,16;FSRF=75;FSRR=65;FWDB=-0.00676278,0.000374271;FXX=0.00469462;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=114.954,199.68;QD=9.90683;RBI=0.00751698,0.0141962;REFB=-0.00741721,-0.00750555;REVB=0.00328172,-0.0141912;RO=137;SAF=22,17;SAR=17,15;SRF=74;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0307576,-0.0114539;STB=0.522433,0.516662;STBP=0.767,0.846;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00494983,0.0280346;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:137:140:39,32:39,33:0.183962,0.15566:17,15:22,17:74:63:17,16:22,17:75:65 chr3 75786071 . C A 212.33 PASS AF=0.176991;AO=40;DP=226;FAO=40;FDP=226;FR=.;FRO=186;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=96;FSRR=90;FWDB=-0.00155117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.839;QD=3.75802;RBI=0.00279473;REFB=-0.0015007;REVB=-0.00232474;RO=186;SAF=24;SAR=16;SRF=96;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109231;STB=0.569857;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00633547;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:186:186:40:40:0.176991:16:24:96:90:16:24:96:90 chr3 75786073 . C G 458.82 PASS AF=0.280702;AO=64;DP=228;FAO=64;FDP=228;FR=.;FRO=164;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=89;FSRR=75;FWDB=-0.00202613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1454;QD=8.0495;RBI=0.0131167;REFB=0.00601842;REVB=-0.0129593;RO=164;SAF=33;SAR=31;SRF=89;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332216;STB=0.519499;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0190237;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:164:164:64:64:0.280702:31:33:89:75:31:33:89:75 chr3 75786079 . CG CA,TA 573.7 PASS AF=0.167382,0.167382;AO=39,41;DP=236;FAO=39,39;FDP=233;FR=.;FRO=155;FSAF=20,26;FSAR=19,13;FSRF=82;FSRR=73;FWDB=-0.0054088,-0.0137321;FXX=0.0127113;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=150.232,138.058;QD=9.849;RBI=0.00971936,0.0342697;REFB=-0.00616911,-0.00331802;REVB=-0.00807532,-0.0313981;RO=154;SAF=20,26;SAR=19,15;SRF=82;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0252106,0.133331;STB=0.512963,0.614226;STBP=0.863,0.12;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0285103,-0.0045058;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:236:233:154:155:39,41:39,39:0.167382,0.167382:19,15:20,26:82:72:19,13:20,26:82:73 chr3 75786132 . T C 369.84 PASS AF=0.228916;AO=56;DP=250;FAO=57;FDP=249;FR=.;FRO=192;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=100;FSRR=92;FWDB=-0.0133803;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.884;QD=5.94124;RBI=0.0145176;REFB=-0.0028941;REVB=-0.00563285;RO=182;SAF=28;SAR=28;SRF=91;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509303;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0131509;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:182:192:56:57:0.228916:28:28:91:91:28:29:100:92 chr3 75786163 . C T 365.44 PASS AF=0.265306;AO=51;DP=194;FAO=52;FDP=196;FR=.;FRO=144;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.0164009;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.574;QD=7.45794;RBI=0.0305992;REFB=-0.00781178;REVB=-0.0258326;RO=143;SAF=23;SAR=28;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479506;STB=0.512997;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0351639;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:143:144:51:52:0.265306:28:23:70:73:28:24:69:75 chr3 75786175 . C A 333.92 PASS AF=0.262295;AO=48;DP=185;FAO=48;FDP=183;FR=.;FRO=135;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=-0.00882948;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1984;QD=7.29889;RBI=0.0088588;REFB=-0.00236183;REVB=0.000720202;RO=133;SAF=22;SAR=26;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283903;STB=0.51714;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00899573;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:133:135:48:48:0.262295:26:22:64:69:26:22:65:70 chr3 75786202 . TG CA 195.69 PASS AF=0.230769;AO=30;DP=133;FAO=30;FDP=130;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.00837028;FXX=0.0370343;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.641;QD=6.02131;RBI=0.0168704;REFB=-0.00448641;REVB=0.0146475;RO=100;SAF=12;SAR=18;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138967;STB=0.585082;STBP=0.309;TYPE=mnp;VARB=0.0135369;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:100:100:30:30:0.230769:18:12:51:49:18:12:51:49 chr3 75786211 . A G 261.79 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0307997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9639;QD=8.51354;RBI=0.0388895;REFB=-0.000167696;REVB=-0.0237438;RO=84;SAF=15;SAR=21;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128062;STB=0.563402;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000557993;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:84:87:36:36:0.292683:21:15:44:40:21:15:44:43 chr3 75786221 . G A 186.54 PASS AF=0.264151;AO=27;DP=108;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=6.73628e-05;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.841;QD=7.03917;RBI=0.0174886;REFB=-0.00171055;REVB=0.0174885;RO=79;SAF=13;SAR=14;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0051525;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:79:78:27:28:0.264151:14:13:39:40:14:14:39:39 chr3 75786225 . G A 140.03 PASS AF=0.22549;AO=18;DP=95;FAO=23;FDP=102;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00223944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7588;QD=5.49135;RBI=0.0152543;REFB=-0.0126571;REVB=0.0150891;RO=72;SAF=13;SAR=5;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364009;STB=0.687121;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0913023;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:102:72:79:18:23:0.22549:5:13:31:41:7:16:36:43 chr3 75786243 . C T 244.3 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0101275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.667;QD=13.0291;RBI=0.0222334;REFB=-0.00106865;REVB=-0.0197929;RO=43;SAF=10;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272077;STB=0.661061;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0049853;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:46:29:29:0.386667:19:10:26:17:19:10:28:18 chr3 75786244 . A T 42.86 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.000685256;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5218;QD=2.34824;RBI=0.0272696;REFB=0.00196284;REVB=-0.027261;RO=64;SAF=7;SAR=2;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388355;STB=0.772396;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00801609;OID=.;OPOS=75786244;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:73:64:64:9:9:0.123288:2:7:29:35:2:7:30:34 chr3 75786245 . T A 232.45 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00645388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.979;QD=12.5647;RBI=0.00883416;REFB=-0.0020087;REVB=0.0060324;RO=46;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248677;STB=0.642755;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0044241;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:18:10:27:19:18:10:27:19 chr3 75786251 . GG AT,GT 384.4 PASS AF=0.25,0.359375;AO=16,22;DP=64;FAO=16,23;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=6,8;FSAR=10,15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00214296,-0.00595803;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=166.43,192.961;QD=24.0252;RBI=0.00278958,0.00595911;REFB=0.0044643,0.00478595;REVB=0.00178591,0.000113881;RO=25;SAF=6,7;SAR=10,15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.311528,-0.337361;STB=0.680258,0.670694;STBP=0.092,0.037;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0041479,-0.00292055;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:64:25:25:16,22:16,23:0.25,0.359375:10,15:6,7:17:8:10,15:6,8:17:8 chr3 75786256 . T A 134.23 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00823048;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.085;QD=9.41951;RBI=0.0120584;REFB=-0.0014836;REVB=-0.00881269;RO=38;SAF=5;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349409;STB=0.714887;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00414281;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:13:5:22:16:13:5:23:16 chr3 75786261 . C T 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00249378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.873;QD=4.63865;RBI=0.0067606;REFB=-0.00698477;REVB=-0.00628385;RO=41;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437005;STB=0.790673;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0325916;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:2:7:17:24:2:7:17:24 chr3 75786278 . A C 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00382747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.586;QD=19.3665;RBI=0.00885356;REFB=-0.027722;REVB=0.00798348;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251235;STB=0.514268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0307683;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:8:7:7:9:8:7 chr3 75786302 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0235285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.952;QD=8.69136;RBI=0.0386213;REFB=-0.00653419;REVB=-0.030627;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203766;STB=0.627564;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.012765;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:2:6:10:7:2:6:10:7 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 50.61 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00285475;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=9;MLLD=309.602;QD=7.4979;RBI=0.0104324;REFB=0.00151869;REVB=0.0100342;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175982;STB=0.595515;STBP=0.544;TYPE=del;VARB=-0.00218391;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:28:9:27:18:7:2:12:6:50:17:7:2:11:6 chr3 75786355 . T A 49.3 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.012752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.35;QD=2.66476;RBI=0.0143331;REFB=-0.00658869;REVB=-0.006544;RO=63;SAF=5;SAR=5;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107395;STB=0.580923;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0389643;OID=.;OPOS=75786355;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:74:63:64:10:10:0.135135:5:5:37:26:5:5:38:26 chr3 75786379 . T C 159.23 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00413948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.145;QD=8.38071;RBI=0.0134316;REFB=-0.0040765;REVB=0.0127778;RO=51;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357789;STB=0.519164;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.018782;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:54:22:22:0.289474:8:14:31:20:8:14:33:21 chr3 75786381 . T C 566.81 PASS AF=0.666667;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0226821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7631;QD=30.2299;RBI=0.0349874;REFB=-0.00114136;REVB=0.0266391;RO=25;SAF=31;SAR=19;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130962;STB=0.507095;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00174538;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:25:25:50:50:0.666667:19:31:16:9:19:31:16:9 chr3 75786385 . C G 232.35 PASS AF=0.383562;AO=29;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.000194884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.445;QD=12.7314;RBI=0.0194955;REFB=-0.003391;REVB=0.0194945;RO=43;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106935;STB=0.582033;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0220681;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:45:29:28:0.383562:13:16:28:15:13:15:30:15 chr3 75786403 . A T 38.13 PASS AF=0.103448;AO=8;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.016231;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.99;QD=1.75305;RBI=0.0196665;REFB=-0.00583401;REVB=-0.0111052;RO=79;SAF=3;SAR=5;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246624;STB=0.638804;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0514107;OID=.;OPOS=75786403;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:87:87:79:78:8:9:0.103448:5:3:47:32:5:4:47:31 chr3 75786415 . C T 56.32 PASS AF=0.125;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.000890843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.864;QD=2.34655;RBI=0.0346109;REFB=-0.00529717;REVB=-0.0345994;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108202;STB=0.583198;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0389087;OID=.;OPOS=75786415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:96:80:84:12:12:0.125:6:6:47:33:6:6:50:34 chr3 75786417 . T C 88.51 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00296807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6988;QD=3.65007;RBI=0.0349932;REFB=-0.0070439;REVB=-0.0348671;RO=81;SAF=10;SAR=6;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901227;STB=0.559924;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0437652;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:97:81:81:16:16:0.164948:6:10:45:36:6:10:45:36 chr3 75786438 . G A 71.99 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.00440889;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.641;QD=2.96849;RBI=0.0252775;REFB=-0.0025874;REVB=-0.02489;RO=83;SAF=7;SAR=7;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526391;STB=0.536031;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0124585;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:98:97:83:83:14:14:0.14433:7:7:45:38:7:7:45:38 chr3 75786440 . C T 201.27 PASS AF=0.27;AO=26;DP=96;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.011433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7948;QD=8.05097;RBI=0.016188;REFB=-0.0215769;REVB=-0.0114603;RO=70;SAF=11;SAR=15;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229475;STB=0.60432;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0441198;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:70:73:26:27:0.27:15:11:43:27:15:12:43:30 chr3 75786449 . C T 57.23 PASS AF=0.118812;AO=13;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.0426688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.945;QD=2.26651;RBI=0.0441101;REFB=-0.0161455;REVB=-0.0111838;RO=86;SAF=5;SAR=8;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225552;STB=0.713037;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0613613;OID=.;OPOS=75786449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:101:101:86:89:13:12:0.118812:8:5:49:37:8:4:52:37 chr3 75786450 . G A 48.33 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0400949;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.347;QD=1.95291;RBI=0.0453418;REFB=-0.00501577;REVB=-0.0211727;RO=88;SAF=4;SAR=7;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228996;STB=0.66817;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0404071;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:100:99:88:88:11:11:0.111111:7:4:49:39:7:4:49:39 chr3 75786453 . C T 169.72 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=98;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0325685;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.033;QD=6.99869;RBI=0.0505987;REFB=-0.0032448;REVB=-0.0387237;RO=71;SAF=9;SAR=15;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26295;STB=0.658099;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0218589;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:71:73:24:24:0.247423:15:9:42:29:15:9:43:30 chr3 75786499 . CAT CGA,CGT,TGT 98.43 PASS AF=0.0493827,0.0617284,0.111111;AO=4,5,9;DP=83;FAO=4,5,9;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=1,2,2;FSAR=3,3,7;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00284843,-0.00696658,-0.0074731;FXX=0.0240935;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=198.56,181.425,213.629;QD=4.86079;RBI=0.00301578,0.0080338,0.0109295;REFB=-0.00477928,-0.00441653,-0.00297736;REVB=-0.000990642,-0.00400108,-0.00797533;RO=62;SAF=1,2,2;SAR=3,3,7;SRF=37;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.324945,-0.204354,-0.436523;STB=0.79584,0.667932,0.804666;STBP=0.317,0.5,0.077;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.00258352,0.00291833,0.0314189;OID=.,.,.;OPOS=75786500,75786500,75786499;OREF=AT,A,CA;OALT=GA,G,TG;OMAPALT=CGA,CGT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:43:83:81:62:63:4,5,9:4,5,9:0.0493827,0.0617284,0.111111:3,3,7:1,2,2:37:25:3,3,7:1,2,2:37:26 chr3 75786515 . GG AG,AT 149.06 PASS AF=0.135135,0.162162;AO=10,11;DP=73;FAO=10,12;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=3,2;FSAR=7,10;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.000286585,-0.0135238;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=144.323,153.427;QD=8.05727;RBI=0.00215855,0.0136269;REFB=-0.00447458,-0.00249172;REVB=-0.00213944,0.00167304;RO=52;SAF=3,2;SAR=7,9;SRF=34;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.416243,-0.549729;STB=0.774957,0.864831;STBP=0.08,0.005;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00217235,0.010622;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:73:74:52:52:10,11:10,12:0.135135,0.162162:7,9:3,2:34:18:7,10:3,2:34:18 chr3 75786555 . C CT,CTG 249.2 PASS AF=0,0.390244;AO=12,21;DP=84;FAO=0,32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=0,12;FSAR=0,20;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00938644,0.0100661;FXX=0.03529;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=152.194,190.471;QD=12.1559;RBI=0.0344479,0.0345654;REFB=-0.000585985,-0.00491285;REVB=0.0331444,0.0330672;RO=49;SAF=0,12;SAR=12,9;SRF=33;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.785226,-0.126025;STB=0.5,0.680366;STBP=1,0.011;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00810676;OID=.,.;OPOS=75786556,75786556;OREF=-,-;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.390244:12,21:84:0,32:82:50:0,12:0,20:34:16:99:49:0,12:12,9:33:16 chr3 75786572 . T C 121.79 PASS AF=0.22093;AO=19;DP=86;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0131556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.142;QD=5.66456;RBI=0.0153418;REFB=-0.00586897;REVB=0.00789304;RO=67;SAF=7;SAR=12;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314549;STB=0.694022;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0185198;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:67:67:19:19:0.22093:12:7:42:25:12:7:42:25 chr3 75786597 . C T 58.2 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.000349525;FXX=0.0112347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.01;QD=2.64555;RBI=0.00110007;REFB=0.00033331;REVB=0.00104307;RO=75;SAF=5;SAR=7;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288554;STB=0.689492;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00133017;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:88:75:76:12:12:0.136364:7:5:49:26:7:5:49:27 chr3 75786607 . C T 57.45 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.00937037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5923;QD=2.52531;RBI=0.0322957;REFB=-0.00292312;REVB=-0.0309064;RO=79;SAF=7;SAR=5;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640594;STB=0.54486;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0125745;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:5:7:50:29:5:7:50:29 chr3 75786610 . T G 57.67 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=0.0436672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2451;QD=2.5348;RBI=0.0705177;REFB=-0.00142137;REVB=0.0553708;RO=78;SAF=7;SAR=5;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749104;STB=0.54486;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0146431;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:78:79:12:12:0.131868:5:7:50:28:5:7:50:29 chr3 75786618 . CT AC,CC 65.09 PASS AF=0.0645161,0.0860215;AO=6,8;DP=94;FAO=6,8;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=3,4;FSAR=3,4;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0160762,-0.0093694;FXX=0.0106372;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=195.789,169.383;QD=2.79949;RBI=0.0178757,0.0130006;REFB=0.00146196,0.00556873;REVB=0.00781653,0.0090128;RO=78;SAF=3,4;SAR=3,4;SRF=48;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123452,-0.133828;STB=0.611412,0.608936;STBP=0.659,0.575;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0424891,-0.0117589;OID=.,.;OPOS=75786618,75786619;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:94:93:78:79:6,8:6,8:0.0645161,0.0860215:3,4:3,4:48:30:3,4:3,4:49:30 chr3 75786623 . G T 270.33 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00751699;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.23;QD=11.8825;RBI=0.0208138;REFB=-0.00251613;REVB=-0.019409;RO=59;SAF=17;SAR=15;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109285;STB=0.562853;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00412484;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:15:17:37:22:15:17:37:22 chr3 75786628 . G C 323.37 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00324035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.039;QD=13.4737;RBI=0.00453394;REFB=-0.013802;REVB=-0.00317125;RO=57;SAF=25;SAR=11;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193664;STB=0.617849;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0179353;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:59:36:37:0.385417:11:25:30:27:11:26:31:28 chr3 75786662 . A T 59.8 PASS AF=0.127451;AO=12;DP=101;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.010872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.68;QD=2.34512;RBI=0.0110526;REFB=-0.00267239;REVB=-0.00198983;RO=86;SAF=7;SAR=5;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419221;STB=0.507924;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0284246;OID=.;OPOS=75786662;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:101:102:86:89:12:13:0.127451:5:7:53:33:5:8:54:35 chr3 75786670 . G A 280.51 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.00720948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.394;QD=11.0005;RBI=0.00767658;REFB=-0.00390356;REVB=0.0026369;RO=66;SAF=19;SAR=16;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10816;STB=0.556094;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00581388;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:67:35:35:0.343137:16:19:42:24:16:19:42:25 chr3 75786672 . C T 65.37 PASS AF=0.131313;AO=12;DP=101;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.00134122;FXX=0.0480723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.091;QD=2.64129;RBI=0.00814532;REFB=-0.00237574;REVB=-0.00803413;RO=84;SAF=7;SAR=5;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530697;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0152677;OID=.;OPOS=75786672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:101:99:84:86:12:13:0.131313:5:7:49:35:5:8:50:36 chr3 75786681 . G A 679.41 PASS AF=0.603774;AO=63;DP=108;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.016247;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.625;QD=25.638;RBI=0.018886;REFB=-0.0161568;REVB=0.00962891;RO=42;SAF=34;SAR=29;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768899;STB=0.538634;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00892954;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:42:42:63:64:0.603774:29:34:27:15:29:35:27:15 chr3 75786684 . G T 88.82 PASS AF=0.157407;AO=16;DP=109;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0074365;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.443;QD=3.28945;RBI=0.00747456;REFB=-0.00479901;REVB=0.000753338;RO=91;SAF=11;SAR=5;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168027;STB=0.631417;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.024086;OID=.;OPOS=75786684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:109:108:91:91:16:17:0.157407:5:11:51:40:5:12:51:40 chr3 75786737 . A T 523.16 PASS AF=0.521277;AO=47;DP=98;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.024716;FXX=0.059994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.831;QD=22.2623;RBI=0.0261734;REFB=-0.00452845;REVB=0.00861183;RO=42;SAF=29;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163202;STB=0.57102;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00452733;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:94:42:45:47:49:0.521277:18:29:18:24:19:30:21:24 chr3 75786740 . CA CG,GG 265.08 PASS AF=0.244681,0.117021;AO=22,11;DP=95;FAO=23,11;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=13,3;FSAR=10,8;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00387845,0.00251091;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=120.063,125.724;QD=11.28;RBI=0.0105898,0.0102365;REFB=-0.0130586,-0.00284634;REVB=0.00985397,0.00992379;RO=56;SAF=13,3;SAR=9,8;SRF=33;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00201149,-0.382909;STB=0.511149,0.732404;STBP=0.91,0.108;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00520568,-0.00669938;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:60:22,11:23,11:0.244681,0.117021:9,8:13,3:33:23:10,8:13,3:33:27 chr3 75786748 . C T 119.54 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0534488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4332;QD=5.19731;RBI=0.0568722;REFB=0.00614444;REVB=-0.0194339;RO=73;SAF=12;SAR=7;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2084;STB=0.631441;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0258694;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:73:19:19:0.206522:7:12:34:39:7:12:34:39 chr3 75786753 . C T 297.74 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00772437;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.071;QD=12.945;RBI=0.0162754;REFB=0.000104601;REVB=-0.0143255;RO=57;SAF=14;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125934;STB=0.566971;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.000269527;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:57:58:34:34:0.369565:20:14:30:27:20:14:30:28 chr3 75786754 . G T 55.88 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0082635;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.044;QD=2.42947;RBI=0.0090233;REFB=-0.00542294;REVB=-0.00362414;RO=80;SAF=4;SAR=8;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20693;STB=0.646811;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0512236;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:93:92:80:80:12:12:0.130435:8:4:40:40:8:4:40:40 chr3 75786759 . T C 309.21 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0249731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.473;QD=13.5914;RBI=0.0290104;REFB=-0.00867396;REVB=-0.0147631;RO=53;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251195;STB=0.508789;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0112174;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:56:35:35:0.384615:18:17:27:26:18:17:28:28 chr3 75786760 . TC T,TT 96.54 PASS AF=0.255814,0.0116279;AO=18,3;DP=84;FAO=22,1;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=13,0;FSAR=9,1;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0511854,-0.0311635;FXX=0.0114929;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.4239,24.1113;QD=4.49005;RBI=0.121158,0.0957734;REFB=-0.0268339,-0.0162872;REVB=0.109815,0.0905615;RO=50;SAF=12,2;SAR=6,1;SRF=23;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.251915,0.187036;STB=0.607767,0.988984;STBP=0.248,0.497;TYPE=del,snp;VARB=0.0124525,0.022185;OID=.,.;OPOS=75786761,75786761;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255814,0.0116279:18,3:84:22,1:86:63:13,0:9,1:28:35:92:50:12,2:6,1:23:27 chr3 75786773 . T A 115.36 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0111317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6783;QD=5.84118;RBI=0.0178529;REFB=-0.00812716;REVB=0.0139574;RO=61;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438269;STB=0.527191;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0440577;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:10:8:25:36:10:8:25:36 chr3 75786802 . G A 50.92 PASS AF=0.155172;AO=8;DP=59;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00313496;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4464;QD=3.5114;RBI=0.0141869;REFB=0.00126069;REVB=0.0138361;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866312;STB=0.513589;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0163779;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:58:49:49:8:9:0.155172:4:4:21:28:5:4:21:28 chr3 75786817 . CACATTCATT AACATTCATT,C 175.32 PASS AF=0,0.485714;AO=5,13;DP=49;FAO=0,17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=0,6;FSAR=0,11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.029319,0.0198687;FXX=0.313664;HRUN=2,1;LEN=1,9;MLLD=31.9694,247.999;QD=20.0367;RBI=0.0734192,0.021996;REFB=0.0199102,-0.0170735;REVB=0.067311,-0.009437;RO=23;SAF=1,6;SAR=4,7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.387283,-0.0648377;STB=0.5,0.606768;STBP=1,0.243;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0153688;OID=.,.;OPOS=75786817,75786818;OREF=C,ACATTCATT;OALT=A,-;OMAPALT=AACATTCATT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:49:35:23:18:5,13:0,17:0,0.485714:4,7:1,6:12:11:0,11:0,6:10:8 chr3 75786827 . A T 116.53 PASS AF=0.278689;AO=16;DP=59;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0366667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.328;QD=7.64115;RBI=0.0367613;REFB=-0.00965486;REVB=0.00263493;RO=43;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280732;STB=0.624846;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0172919;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:43:44:16:17:0.278689:12:4:20:23:12:5:20:24 chr3 75786832 . C T 136.09 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0159553;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.397;QD=8.24798;RBI=0.0163641;REFB=-0.0101221;REVB=-0.00363483;RO=45;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144915;STB=0.573233;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0168557;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:47:19:19:0.287879:12:7:22:23:12:7:22:25 chr3 75786833 . G A 174.16 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00657985;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.158;QD=10.7178;RBI=0.0143567;REFB=-0.00536386;REVB=0.0127601;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247235;STB=0.617315;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00509545;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:22:23:0.353846:9:13:15:26:10:13:16:26 chr3 75786845 . T C 710.73 PASS AF=0.663043;AO=56;DP=87;FAO=61;FDP=92;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0214385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.953;QD=30.9011;RBI=0.038368;REFB=-0.0333875;REVB=0.0318196;RO=31;SAF=28;SAR=28;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105932;STB=0.508194;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0180777;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:31:31:56:61:0.663043:28:28:15:16:30:31:15:16 chr3 75786854 . A T 146.25 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0531088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.046;QD=5.85015;RBI=0.0542498;REFB=-0.0127155;REVB=-0.0110681;RO=78;SAF=13;SAR=9;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177399;STB=0.610009;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0452704;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:78:22:22:0.22:9:13:35:43:9:13:35:43 chr3 75786866 . G T 117.8 PASS AF=0.185841;AO=21;DP=113;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0413943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.588;QD=4.16979;RBI=0.0446597;REFB=-0.0143234;REVB=-0.016763;RO=92;SAF=7;SAR=14;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278553;STB=0.678194;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.04091;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:92:92:21:21:0.185841:14:7:51:41:14:7:51:41 chr3 75786888 . C T 260.15 PASS AF=0.283465;AO=36;DP=126;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00866626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.931;QD=8.19384;RBI=0.0223254;REFB=-0.00709224;REVB=-0.0205747;RO=88;SAF=21;SAR=15;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154671;STB=0.579456;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.018245;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:88:91:36:36:0.283465:15:21:40:48:15:21:43:48 chr3 75786892 . A C 133.63 PASS AF=0.186047;AO=24;DP=127;FAO=24;FDP=129;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.00203614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.931;QD=4.14344;RBI=0.0172793;REFB=-0.00140012;REVB=-0.0171589;RO=101;SAF=7;SAR=17;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344129;STB=0.717671;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0086982;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:101:105:24:24:0.186047:17:7:57:44:17:7:59:46 chr3 75786894 . GTTTTT GTTTT,GTTTTC 349.94 PASS AF=0.274194,0.201613;AO=36,25;DP=128;FAO=34,25;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=21,8;FSAR=13,17;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.121586,0.118985;FXX=0.0312476;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.8968,25.7717;QD=11.2882;RBI=0.161616,0.140924;REFB=0.00613037,0.00918394;REVB=-0.106474,-0.0755135;RO=52;SAF=21,8;SAR=15,17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0.315789,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0678012,-0.236429;STB=0.543412,0.670114;STBP=0.548,0.06;TYPE=del,snp;VARB=-0.00237489,0.0127581;OID=.,.;OPOS=75786895,75786899;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTT,GTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.274194,0.201613:36,25:128:34,25:124:65:21,8:13,17:36:29:99:52:21,8:15,17:27:25 chr3 75786910 . T C 42.43 PASS AF=0.083871;AO=13;DP=156;FAO=13;FDP=155;FR=.;FRO=142;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=65;FWDB=-0.0239905;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.637;QD=1.09487;RBI=0.0313779;REFB=0.000338645;REVB=0.0202245;RO=140;SAF=6;SAR=7;SRF=75;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848284;STB=0.573432;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00525824;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:156:155:140:142:13:13:0.083871:7:6:75:65:7:6:77:65 chr3 75786916 . C A 162.25 PASS AF=0.185897;AO=29;DP=156;FAO=29;FDP=156;FR=.;FRO=127;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=-0.00471553;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.6;QD=4.16013;RBI=0.00479503;REFB=-0.006343;REVB=-0.00086949;RO=126;SAF=11;SAR=18;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204388;STB=0.644443;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0240125;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:126:127:29:29:0.185897:18:11:68:58:18:11:71:56 chr3 75786919 . A T 137.05 PASS AF=0.166667;AO=26;DP=160;FAO=26;FDP=156;FR=.;FRO=130;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=-0.00205913;FXX=0.0249984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.061;QD=3.5141;RBI=0.0087112;REFB=-0.00510447;REVB=-0.00846433;RO=126;SAF=8;SAR=18;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278438;STB=0.686674;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0292921;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:156:126:130:26:26:0.166667:18:8:66:60:18:8:69:61 chr3 75786942 . C A 216.3 PASS AF=0.215569;AO=36;DP=167;FAO=36;FDP=167;FR=.;FRO=131;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.0176847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1724;QD=5.18091;RBI=0.0246417;REFB=-0.0158587;REVB=-0.0171599;RO=131;SAF=20;SAR=16;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133188;STB=0.581965;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0539019;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:131:131:36:36:0.215569:16:20:59:72:16:20:59:72 chr3 75786965 . C T 334.11 PASS AF=0.29375;AO=47;DP=158;FAO=47;FDP=160;FR=.;FRO=113;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0115249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2802;QD=8.35283;RBI=0.015615;REFB=-0.00281603;REVB=-0.0105359;RO=108;SAF=14;SAR=33;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242258;STB=0.641165;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00873286;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:108:113:47:47:0.29375:33:14:53:55:33:14:55:58 chr3 75786991 . C T 329.67 PASS AF=0.291925;AO=45;DP=160;FAO=47;FDP=161;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0440302;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3343;QD=8.19053;RBI=0.0459036;REFB=-0.0117732;REVB=-0.0129799;RO=113;SAF=15;SAR=30;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182528;STB=0.588037;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0260291;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:113:114:45:47:0.291925:30:15:54:59:30:17:55:59 chr3 75786993 . T A 65.24 PASS AF=0.107595;AO=15;DP=156;FAO=17;FDP=158;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=73;FWDB=-0.00250248;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3248;QD=1.65161;RBI=0.0382909;REFB=-0.0075712;REVB=0.038209;RO=140;SAF=4;SAR=11;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258414;STB=0.730967;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0745527;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:156:158:140:141:15:17:0.107595:11:4:67:73:13:4:68:73 chr3 75787015 . C T 169.64 PASS AF=0.189873;AO=30;DP=158;FAO=30;FDP=158;FR=.;FRO=128;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.0211083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.355;QD=4.29468;RBI=0.0222219;REFB=-0.00465334;REVB=0.00694645;RO=126;SAF=11;SAR=19;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220595;STB=0.6391;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0177287;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:126:128:30:30:0.189873:19:11:68:58:19:11:69:59 chr3 75787032 . T C 221.79 PASS AF=0.225166;AO=34;DP=151;FAO=34;FDP=151;FR=.;FRO=117;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.00230238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.017;QD=5.87516;RBI=0.0144178;REFB=-0.0027105;REVB=0.0142328;RO=117;SAF=13;SAR=21;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186774;STB=0.614447;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0149967;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:117:117:34:34:0.225166:21:13:62:55:21:13:62:55 chr3 75787043 . G A 158.02 PASS AF=0.194245;AO=48;DP=139;FAO=27;FDP=139;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=0.00649056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0305;QD=4.54735;RBI=0.00671225;REFB=0.00139188;REVB=-0.00171084;RO=87;SAF=18;SAR=30;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260801;STB=0.646144;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00721464;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:112:48:27:0.194245:30:18:53:34:17:10:62:50 chr3 75787049 . C A 301.99 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=131;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00238728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.056;QD=9.15108;RBI=0.00816838;REFB=-0.0115594;REVB=-0.00781174;RO=89;SAF=25;SAR=15;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13089;STB=0.573892;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0378334;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:89:92:40:40:0.30303:15:25:46:43:15:25:48:44 chr3 75787057 . G A 772.03 PASS AF=0.598361;AO=68;DP=118;FAO=73;FDP=122;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.000343732;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.834;QD=25.3125;RBI=0.0138227;REFB=-0.00964793;REVB=0.0138184;RO=47;SAF=35;SAR=33;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932387;STB=0.547766;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0117439;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:122:47:49:68:73:0.598361:33:35:30:17:37:36:30:19 chr3 75787081 . A T 46.27 PASS AF=0.1;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0134088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.436;QD=1.54235;RBI=0.0154465;REFB=-0.00681553;REVB=-0.00766802;RO=105;SAF=5;SAR=7;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936182;STB=0.583195;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0361122;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:120:120:105:108:12:12:0.1:7:5:52:53:7:5:55:53 chr3 75787116 . T G 39.51 PASS AF=0.0901639;AO=11;DP=122;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.014882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.856;QD=1.2954;RBI=0.0162354;REFB=-0.00407762;REVB=0.00648946;RO=111;SAF=8;SAR=3;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306028;STB=0.739659;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0343366;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:122:111:111:11:11:0.0901639:3:8:51:60:3:8:51:60 chr3 75787127 . G T 39.18 PASS AF=0.0894309;AO=11;DP=123;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=0.0283811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7315;QD=1.27427;RBI=0.0629187;REFB=-0.00229219;REVB=-0.0561541;RO=111;SAF=8;SAR=3;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278979;STB=0.723627;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0171739;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:123:123:111:112:11:11:0.0894309:3:8:54:57:3:8:54:58 chr3 75787145 . T C 56.9 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=126;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.00140894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.411;QD=1.80635;RBI=0.00163724;REFB=-0.000719914;REVB=-0.000833925;RO=112;SAF=10;SAR=4;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292085;STB=0.71398;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0049315;OID=.;OPOS=75787145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:126:126:112:112:14:14:0.111111:4:10:53:59:4:10:53:59 chr3 75787159 . C T 128.2 PASS AF=0.185484;AO=23;DP=124;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.0290674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.134;QD=4.13561;RBI=0.0327568;REFB=0.0007652;REVB=-0.0151026;RO=99;SAF=19;SAR=4;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527869;STB=0.83488;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00872529;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:99:101:23:23:0.185484:4:19:40:59:4:19:41:60 chr3 75787169 . G A 445.33 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.00807713;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.957;QD=14.9689;RBI=0.0328403;REFB=-0.00185572;REVB=0.0318316;RO=67;SAF=28;SAR=22;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203719;STB=0.605012;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00180063;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:67:69:50:50:0.420168:22:28:24:43:22:28:26:43 chr3 75787186 . C T 411.54 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.00375862;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5458;QD=13.3833;RBI=0.0077425;REFB=0.00340906;REVB=-0.00676898;RO=74;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230939;STB=0.626117;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00311099;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:74:75:48:48:0.390244:20:28:27:47:20:28:28:47 chr3 75787199 . A C 148.92 PASS AF=0.208333;AO=25;DP=120;FAO=25;FDP=120;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0338969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.247;QD=4.96413;RBI=0.0340589;REFB=0.00191292;REVB=0.00331825;RO=94;SAF=11;SAR=14;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049296;STB=0.52686;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0107358;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:94:95:25:25:0.208333:14:11:45:49:14:11:45:50 chr3 75787221 . C T 126.7 PASS AF=0.2;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.029679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=4.82672;RBI=0.0297268;REFB=-0.00161059;REVB=0.00168622;RO=83;SAF=8;SAR=13;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535273;STB=0.529829;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0212391;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:83:84:21:21:0.2:13:8:35:48:13:8:35:49 chr3 75787224 . C G 136.26 PASS AF=0.224719;AO=19;DP=100;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0179752;FXX=0.1188;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.378;QD=6.12383;RBI=0.0180105;REFB=0.00319906;REVB=0.00112711;RO=69;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280037;STB=0.542815;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0273746;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:89:69:69:19:20:0.224719:12:7:24:45:12:8:24:45 chr3 75787236 . C T 91.45 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0250358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.523;QD=4.06449;RBI=0.0250359;REFB=-0.000638999;REVB=7.16454e-05;RO=74;SAF=5;SAR=11;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109129;STB=0.571773;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0024695;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:74:74:16:16:0.177778:11:5:29:45:11:5:29:45 chr3 75787240 . A G 34.92 PASS AF=0.102273;AO=8;DP=87;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.0104137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.106;QD=1.58734;RBI=0.0185892;REFB=-0.00383053;REVB=0.0153985;RO=75;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479381;STB=0.777255;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0539595;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:87:88:75:79:8:9:0.102273:2:6:23:52:3:6:26:53 chr3 75787269 . G A 54.57 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0302001;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.964;QD=4.04201;RBI=0.0321149;REFB=-0.00136667;REVB=-0.0109233;RO=42;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142648;STB=0.542765;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0141732;OID=.;OPOS=75787269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:54:42:45:9:9:0.166667:6:3:10:32:6:3:13:32 chr3 75787279 . A T 67.29 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0792382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5144;QD=5.49297;RBI=0.0792383;REFB=-0.00340794;REVB=-9.33176e-05;RO=37;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869914;STB=0.542632;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00996526;OID=.;OPOS=75787279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:49:37:39:10:10:0.204082:7:3:9:28:7:3:10:29 chr3 75787288 . T C 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.00354558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.179;QD=3.93878;RBI=0.0120758;REFB=-0.00400193;REVB=-0.0115436;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270922;STB=0.678408;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0175656;OID=.;OPOS=75787288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:4:3:8:27:4:3:8:27 chr3 75787382 . T C 521.36 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0131306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.2083;QD=50.8639;RBI=0.0136963;REFB=-0.0492154;REVB=0.00389578;RO=3;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476896;STB=0.515751;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00975108;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:3:4:37:37:0.902439:13:24:1:2:13:24:2:2 chr3 75787424 . C G 73.83 PASS AF=0.183099;AO=12;DP=70;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0026864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.214;QD=4.15921;RBI=0.0308074;REFB=-0.00117164;REVB=-0.0306901;RO=57;SAF=8;SAR=4;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179578;STB=0.581371;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00949463;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:70:71:57:58:12:13:0.183099:4:8:30:27:5:8:30:28 chr3 75787427 . T C 42.3 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0123957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.609;QD=2.28672;RBI=0.0213914;REFB=0.00338741;REVB=-0.0174338;RO=64;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202407;STB=0.641881;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0269751;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:74:64:65:9:9:0.121622:3:6:32:32:3:6:33:32 chr3 75787458 . G A 31.77 PASS AF=0.0941176;AO=7;DP=84;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0172679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.343;QD=1.4949;RBI=0.0177086;REFB=-0.00389046;REVB=0.00392586;RO=76;SAF=5;SAR=2;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265503;STB=0.753755;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0355156;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:84:85:76:77:7:8:0.0941176:2:5:36:40:2:6:36:41 chr3 75787464 . C T 74.71 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0209984;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5725;QD=3.35776;RBI=0.047511;REFB=0.00498879;REVB=0.0426188;RO=75;SAF=10;SAR=4;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310991;STB=0.700036;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0359058;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:89:75:75:14:14:0.157303:4:10:35:40:4:10:36:39 chr3 75787474 . G A 35.43 PASS AF=0.09375;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00514771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.693;QD=1.47615;RBI=0.0214989;REFB=-0.00422092;REVB=-0.0208736;RO=87;SAF=4;SAR=5;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031046;STB=0.524421;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0502232;OID=.;OPOS=75787474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:87:87:9:9:0.09375:5:4:41:46:5:4:41:46 chr3 75787476 . C A 30.93 PASS AF=0.0851064;AO=8;DP=95;FAO=8;FDP=94;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0104121;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.467;QD=1.316;RBI=0.0169047;REFB=-0.00328234;REVB=-0.0133176;RO=84;SAF=4;SAR=4;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133884;STB=0.521224;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0386676;OID=.;OPOS=75787476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:95:94:84:86:8:8:0.0851064:4:4:41:43:4:4:41:45 chr3 75787486 . C T 189.83 PASS AF=0.262626;AO=25;DP=98;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0147429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.959;QD=7.66993;RBI=0.015374;REFB=-0.00611652;REVB=0.00435978;RO=73;SAF=15;SAR=10;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229799;STB=0.620599;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0187508;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:73:73:25:26:0.262626:10:15:30:43:11:15:30:43 chr3 75787490 . A T 47.53 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0268658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4135;QD=1.88225;RBI=0.0327786;REFB=-0.0148732;REVB=-0.0187794;RO=89;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198019;STB=0.509074;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0306182;OID=.;OPOS=75787490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:89:90:11:11:0.108911:6:5:39:50:6:5:40:50 chr3 75787511 . C A 77.99 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=103;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.00059706;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.247;QD=3.0584;RBI=0.0110119;REFB=-0.000245041;REVB=-0.0109957;RO=83;SAF=5;SAR=10;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146941;STB=0.612091;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00167844;OID=.;OPOS=75787511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:103:102:83:87:15:15:0.147059:10:5:37:46:10:5:40:47 chr3 75787516 . CC GC,GT 67.66 PASS AF=0.104762,0.0380952;AO=11,5;DP=104;FAO=11,4;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=8,2;FSAR=3,2;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.0140333,-0.0155971;FXX=0.00943307;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=276.37,269.33;QD=2.5775;RBI=0.0301639,0.0325975;REFB=-0.00296186,-0.00304038;REVB=-0.0267008,-0.0286239;RO=87;SAF=8,2;SAR=3,3;SRF=33;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.40113,0.0206653;STB=0.781992,0.605877;STBP=0.073,0.686;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0245446,0.00888528;OID=.,.;OPOS=75787516,75787516;OREF=C,CC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:104:105:87:90:11,5:11,4:0.104762,0.0380952:3,3:8,2:33:54:3,2:8,2:35:55 chr3 75787519 . CT AG,CG 248.28 PASS AF=0.149533,0.17757;AO=16,19;DP=107;FAO=16,19;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=10,7;FSAR=6,12;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00389492,-0.00755027;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=107.045,175.224;QD=9.28147;RBI=0.00706501,0.0105177;REFB=0.00434165,0.000512426;REVB=0.0058944,0.00732231;RO=69;SAF=10,7;SAR=6,12;SRF=30;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.236511,-0.0863719;STB=0.666465,0.540103;STBP=0.158,0.715;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00315927,-0.000690141;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:107:107:69:72:16,19:16,19:0.149533,0.17757:6,12:10,7:30:39:6,12:10,7:30:42 chr3 75787576 . A G 89.14 PASS AF=0.151261;AO=18;DP=120;FAO=18;FDP=119;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.00639116;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.081;QD=2.99638;RBI=0.00899704;REFB=-0.00828236;REVB=-0.00633244;RO=98;SAF=10;SAR=8;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057919;STB=0.509423;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0234568;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:120:119:98:101:18:18:0.151261:8:10:54:44:8:10:55:46 chr3 75787583 . AC GA 90.07 PASS AF=0.155963;AO=16;DP=108;FAO=17;FDP=109;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.0268519;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.12;QD=3.30546;RBI=0.0289968;REFB=-0.00889455;REVB=-0.010945;RO=90;SAF=10;SAR=6;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474537;STB=0.510531;STBP=0.952;TYPE=mnp;VARB=0.0372563;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:108:109:90:92:16:17:0.155963:6:10:53:37:7:10:53:39 chr3 75787620 . T C 142.85 PASS AF=0.208696;AO=24;DP=115;FAO=24;FDP=115;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0116876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8926;QD=4.96885;RBI=0.031294;REFB=-0.00388791;REVB=0.0290296;RO=90;SAF=9;SAR=15;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213333;STB=0.62896;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0182858;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:90:91:24:24:0.208696:15:9:49:41:15:9:49:42 chr3 75787637 . C T 151.03 PASS AF=0.224299;AO=25;DP=108;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0233855;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.108;QD=5.64609;RBI=0.0234186;REFB=-0.00704799;REVB=-0.00124478;RO=81;SAF=14;SAR=11;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158533;STB=0.614698;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0197903;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:81:83:25:24:0.224299:11:14:35:46:10:14:36:47 chr3 75787645 . GAA G 94.41 PASS AF=0.242105;AO=18;DP=97;FAO=23;FDP=95;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0665709;FXX=0.0306091;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.8982;QD=3.97499;RBI=0.0742438;REFB=0.00733141;REVB=0.0328704;RO=58;SAF=10;SAR=8;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23641;STB=0.601001;STBP=0.289;TYPE=del;VARB=-0.0228973;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242105:18:97:23:95:72:13:10:31:41:94:58:10:8:21:37 chr3 75787679 . T C 213.26 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=114;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.003198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.992;QD=7.41767;RBI=0.00732544;REFB=-0.00779372;REVB=-0.00659051;RO=81;SAF=18;SAR=13;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19377;STB=0.618208;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0174694;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:81:84:31:31:0.269565:13:18:34:47:13:18:35:49 chr3 75787688 . T A 266.63 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=115;FAO=34;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0469076;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5748;QD=9.43821;RBI=0.123285;REFB=-0.0108728;REVB=0.114013;RO=63;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215737;STB=0.590199;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0289185;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:63:75:34:34:0.300885:15:19:23:40:15:19:32:43 chr3 75787702 . C G 779.09 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00547151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.347;QD=22.7472;RBI=0.0645201;REFB=-0.0221734;REVB=-0.0642877;RO=59;SAF=36;SAR=38;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178564;STB=0.509863;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0169172;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:59:63:74:74:0.540146:38:36:30:29:38:36:32:31 chr3 75787725 . C T 35.1 PASS AF=0.080292;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.0103712;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.591;QD=1.02486;RBI=0.0229363;REFB=-0.00233727;REVB=-0.0204576;RO=121;SAF=7;SAR=4;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132513;STB=0.625938;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0125065;OID=.;OPOS=75787725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:137:137:121:126:11:11:0.080292:4:7:63:58:4:7:63:63 chr3 75787726 . G A 1224.32 PASS AF=0.733333;AO=98;DP=134;FAO=99;FDP=135;FR=.;FRO=36;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00399135;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.803;QD=36.2761;RBI=0.00408972;REFB=0.00236941;REVB=0.0008916;RO=36;SAF=51;SAR=47;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520432;STB=0.52624;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00159564;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:36:36:98:99:0.733333:47:51:15:21:48:51:15:21 chr3 75787728 . C T 122.92 PASS AF=0.169118;AO=23;DP=136;FAO=23;FDP=136;FR=.;FRO=113;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=0.000897113;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1896;QD=3.61518;RBI=0.0427202;REFB=0.00217784;REVB=-0.0427107;RO=111;SAF=8;SAR=15;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223378;STB=0.645345;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00367705;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:111:113:23:23:0.169118:15:8:58:53:15:8:59:54 chr3 75787732 . A C 203.71 PASS AF=0.216216;AO=32;DP=148;FAO=32;FDP=148;FR=.;FRO=116;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.0109619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.937;QD=5.50572;RBI=0.0151467;REFB=0.00294013;REVB=-0.0104527;RO=115;SAF=20;SAR=12;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197303;STB=0.624922;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00387085;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:115:116:32:32:0.216216:12:20:54:61:12:20:54:62 chr3 75787739 . A T 2294.11 PASS AF=0.987342;AO=133;DP=142;FAO=156;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.01511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.221;QD=58.0788;RBI=0.0386992;REFB=-0.0723301;REVB=0.0356274;RO=2;SAF=73;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013892;STB=0.500162;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000114224;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:142:158:2:2:133:156:0.987342:60:73:1:1:76:80:1:1 chr3 75787770 . C T 124.3 PASS AF=0.131222;AO=29;DP=221;FAO=29;FDP=221;FR=.;FRO=192;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=107;FSRR=85;FWDB=-0.0197221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.99;QD=2.2497;RBI=0.022424;REFB=-0.00482843;REVB=-0.0106712;RO=191;SAF=13;SAR=16;SRF=106;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134343;STB=0.593812;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0330574;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:191:192:29:29:0.131222:16:13:106:85:16:13:107:85 chr3 75787794 . A G 1466.37 PASS AF=0.564854;AO=135;DP=239;FAO=135;FDP=239;FR=.;FRO=104;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.000369732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.486;QD=24.5418;RBI=0.0200993;REFB=-0.0297316;REVB=0.0200959;RO=104;SAF=73;SAR=62;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095822;STB=0.505205;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0231312;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:104:104:135:135:0.564854:62:73:55:49:62:73:55:49 chr3 75787801 . TG CA 176.73 PASS AF=0.148;AO=37;DP=252;FAO=37;FDP=250;FR=.;FRO=213;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=116;FSRR=97;FWDB=0.00732334;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.306;QD=2.82766;RBI=0.01041;REFB=-0.0017637;REVB=-0.00739846;RO=213;SAF=21;SAR=16;SRF=116;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297992;STB=0.519814;STBP=0.797;TYPE=mnp;VARB=0.00859233;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:250:213:213:37:37:0.148:16:21:116:97:16:21:116:97 chr3 75787809 . T C 221.56 PASS AF=0.166038;AO=44;DP=265;FAO=44;FDP=265;FR=.;FRO=221;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=122;FSRR=99;FWDB=-0.0114933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.861;QD=3.34427;RBI=0.0248802;REFB=-0.00510162;REVB=-0.0220665;RO=218;SAF=22;SAR=22;SRF=121;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711819;STB=0.543377;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0395181;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:218:221:44:44:0.166038:22:22:121:97:22:22:122:99 chr3 75787812 . C CT 45.9 PASS AF=0.12406;AO=32;DP=268;FAO=33;FDP=266;FR=.;FRO=233;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=127;FSRR=106;FWDB=-0.0742249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.0735;QD=0.690267;RBI=0.132385;REFB=0.00056397;REVB=0.10962;RO=234;SAF=20;SAR=12;SRF=127;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105439;STB=0.58246;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=-0.00443528;OID=.;OPOS=75787813;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12406:32:268:33:266:233:21:12:127:106:45:234:20:12:127:107 chr3 75787829 . C G 125.32 PASS AF=0.119403;AO=32;DP=268;FAO=32;FDP=268;FR=.;FRO=236;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=129;FSRR=107;FWDB=-0.00813849;FXX=0.00371733;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.856;QD=1.87047;RBI=0.0151528;REFB=-0.00179616;REVB=-0.0127817;RO=236;SAF=18;SAR=14;SRF=129;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201276;STB=0.514155;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0234977;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:236:236:32:32:0.119403:14:18:129:107:14:18:129:107 chr3 75787840 . C A 119.14 PASS AF=0.116105;AO=31;DP=266;FAO=31;FDP=267;FR=.;FRO=236;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=130;FSRR=106;FWDB=-0.00534456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.697;QD=1.78494;RBI=0.0220665;REFB=-0.00113093;REVB=0.0214095;RO=232;SAF=21;SAR=10;SRF=128;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163348;STB=0.617256;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0143808;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:232:236:31:31:0.116105:10:21:128:104:10:21:130:106 chr3 75787863 . AT TA 80.06 PASS AF=0.0956175;AO=24;DP=252;FAO=24;FDP=251;FR=.;FRO=227;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=125;FSRR=102;FWDB=-0.0126133;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.663;QD=1.27586;RBI=0.0179406;REFB=-0.00455071;REVB=-0.0127581;RO=226;SAF=17;SAR=7;SRF=124;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199628;STB=0.65073;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.0383097;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:252:251:226:227:24:24:0.0956175:7:17:124:102:7:17:125:102 chr3 75787869 . CA TG 1217.8 PASS AF=0.517391;AO=119;DP=230;FAO=119;FDP=230;FR=.;FRO=111;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.0106224;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.701;QD=21.1792;RBI=0.013494;REFB=-0.0254482;REVB=-0.00832181;RO=110;SAF=60;SAR=59;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762261;STB=0.543652;STBP=0.16;TYPE=mnp;VARB=0.021091;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:110:111:119:119:0.517391:59:60:65:45:59:60:66:45 chr3 75787876 . G T 1296.06 PASS AF=0.518672;AO=125;DP=240;FAO=125;FDP=241;FR=.;FRO=116;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=-0.00316829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9714;QD=21.5113;RBI=0.00318749;REFB=-0.0311603;REVB=-0.000349264;RO=113;SAF=60;SAR=65;SRF=68;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105541;STB=0.555105;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0308269;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:113:116:125:125:0.518672:65:60:68:45:65:60:69:47 chr3 75787880 . A G 313.22 PASS AF=0.216102;AO=51;DP=237;FAO=51;FDP=236;FR=.;FRO=185;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=105;FSRR=80;FWDB=-0.00996605;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2843;QD=5.30885;RBI=0.0349467;REFB=-0.00294841;REVB=-0.0334956;RO=185;SAF=27;SAR=24;SRF=105;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491843;STB=0.530109;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0142965;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:185:185:51:51:0.216102:24:27:105:80:24:27:105:80 chr3 75787897 . T C 250.18 PASS AF=0.196429;AO=43;DP=223;FAO=44;FDP=224;FR=.;FRO=180;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=106;FSRR=74;FWDB=0.0088999;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.513;QD=4.46758;RBI=0.021859;REFB=-0.002716;REVB=0.0199652;RO=176;SAF=17;SAR=26;SRF=102;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233701;STB=0.65912;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0134314;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:176:180:43:44:0.196429:26:17:102:74:27:17:106:74 chr3 75787918 . C T 98.26 PASS AF=0.118227;AO=24;DP=203;FAO=24;FDP=203;FR=.;FRO=179;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=98;FSRR=81;FWDB=-0.0175175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.349;QD=1.93618;RBI=0.0249689;REFB=-2.39764e-05;REVB=-0.0177928;RO=179;SAF=12;SAR=12;SRF=98;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591551;STB=0.541837;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.000290302;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:203:203:179:179:24:24:0.118227:12:12:98:81:12:12:98:81 chr3 75787926 . T C 45.36 PASS AF=0.0819672;AO=16;DP=183;FAO=15;FDP=183;FR=.;FRO=168;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=88;FSRR=80;FWDB=-0.00389845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.751;QD=0.991475;RBI=0.0208014;REFB=-0.00100953;REVB=-0.0204328;RO=160;SAF=5;SAR=11;SRF=86;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261689;STB=0.673683;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0958524;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:183:183:160:168:16:15:0.0819672:11:5:86:74:10:5:88:80 chr3 75787927 . A G 796.06 PASS AF=0.47191;AO=78;DP=172;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.000115108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.335;QD=17.889;RBI=0.00653122;REFB=-0.00779293;REVB=0.0065302;RO=91;SAF=34;SAR=44;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152254;STB=0.593279;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0106851;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:178:91:94:78:84:0.47191:44:34:54:37:48:36:57:37 chr3 75787949 . C T 791.31 PASS AF=0.539568;AO=73;DP=138;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=-0.0162158;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.307;QD=22.7714;RBI=0.01704;REFB=-0.0245143;REVB=0.00523545;RO=65;SAF=28;SAR=45;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274225;STB=0.649894;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0152292;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:65:64:73:75:0.539568:45:28:46:19:47:28:45:19 chr3 75787961 . A G 171.95 PASS AF=0.234783;AO=27;DP=114;FAO=27;FDP=115;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0176922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.392;QD=5.98086;RBI=0.0197541;REFB=-0.00685788;REVB=-0.00878692;RO=82;SAF=10;SAR=17;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220757;STB=0.649572;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0180147;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:82:88:27:27:0.234783:17:10:45:37:17:10:50:38 chr3 75787962 . G C 156.32 PASS AF=0.225225;AO=24;DP=110;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.022043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.289;QD=5.63297;RBI=0.0234079;REFB=-0.00123427;REVB=0.0078763;RO=85;SAF=11;SAR=13;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745395;STB=0.564383;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0166809;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:85:86:24:25:0.225225:13:11:44:41:14:11:45:41 chr3 75787996 . C T 70.87 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00175014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7126;QD=3.68162;RBI=0.012113;REFB=-0.0140584;REVB=0.0119859;RO=63;SAF=4;SAR=9;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271959;STB=0.675183;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0419921;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:77:77:63:64:13:13:0.168831:9:4:33:30:9:4:33:31 chr3 75788010 . A C 808.82 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.018;QD=56.7593;RBI=0.0599896;REFB=0;REVB=0.0161245;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155991;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:31:26:0:0 chr3 75788023 . C T 254.36 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0099941;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7166;QD=20.3487;RBI=0.0354397;REFB=0.00343353;REVB=-0.0340013;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102386;STB=0.557332;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00348895;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:26:26:0.52:17:9:11:13:17:9:11:13 chr3 75788028 . G C 179.66 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0059368;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.012;QD=14.6664;RBI=0.0161925;REFB=-0.00167473;REVB=-0.0150649;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121957;STB=0.542578;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00795333;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:29:19:20:0.408163:10:9:10:18:11:9:11:18 chr3 75788033 . A T 41.14 PASS AF=0.152174;AO=6;DP=45;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.028763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.982;QD=3.57721;RBI=0.0304715;REFB=-0.00747779;REVB=-0.0100597;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776541;STB=0.594123;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0465114;OID=.;OPOS=75788033;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:45:46:38:39:6:7:0.152174:4:2:15:23:5:2:15:24 chr3 75788068 . A C 167.24 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00744781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.024;QD=11.7358;RBI=0.00802303;REFB=-0.0384592;REVB=-0.00298313;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248145;STB=0.646925;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.03351;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:36:21:21:0.368421:9:12:11:22:9:12:12:24 chr3 75788076 . A C 506.62 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=59;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00843273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5326;QD=34.347;RBI=0.0287881;REFB=-0.00409271;REVB=0.0275253;RO=15;SAF=21;SAR=23;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500894;STB=0.502702;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00255458;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:15:44:44:0.745763:23:21:7:8:23:21:7:8 chr3 75788088 . C T 84.37 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0283602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6177;QD=5.81861;RBI=0.0354287;REFB=-0.00738256;REVB=0.0212342;RO=45;SAF=1;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.657251;STB=0.917372;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0182339;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:12:1:27:18:12:1:27:18 chr3 75788115 . G A 439.31 PASS AF=0.650794;AO=40;DP=62;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0200763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2944;QD=27.8928;RBI=0.020882;REFB=-0.000680239;REVB=-0.00574434;RO=22;SAF=20;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295828;STB=0.520114;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.000404104;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:22:22:40:41:0.650794:20:20:10:12:20:21:10:12 chr3 75788130 . C A 212.09 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00130516;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.626;QD=11.9486;RBI=0.00592602;REFB=-0.00492129;REVB=-0.00578051;RO=45;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321521;STB=0.684909;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0123271;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:45:45:26:26:0.366197:9:17:16:29:9:17:16:29 chr3 75788152 . T C 377.58 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000746391;FXX=0.288857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.453;QD=23.599;RBI=0.0141237;REFB=-0.00511234;REVB=-0.0141039;RO=29;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732694;STB=0.540517;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00339514;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:64:29:29:35:35:0.546875:15:20:14:15:15:20:14:15 chr3 75788156 . C T 42.21 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.00471838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.7;QD=1.7771;RBI=0.0122298;REFB=-0.00840895;REVB=-0.011283;RO=85;SAF=3;SAR=7;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233064;STB=0.677058;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0300142;OID=.;OPOS=75788156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:85:85:10:10:0.105263:7:3:42:43:7:3:42:43 chr3 75788158 . G C 240.28 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0252966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1726;QD=10.0117;RBI=0.0305336;REFB=0.000654708;REVB=-0.0170991;RO=66;SAF=14;SAR=16;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356843;STB=0.502091;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00252968;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:16:14:31:35:16:14:31:35 chr3 75788165 . T C 54.38 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00860073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.812;QD=2.13256;RBI=0.0220989;REFB=-0.00292859;REVB=-0.0203565;RO=90;SAF=4;SAR=8;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216763;STB=0.65763;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0208331;OID=.;OPOS=75788165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:90:90:12:12:0.117647:8:4:46:44:8:4:46:44 chr3 75788199 . T C 325.84 PASS AF=0.37037;AO=38;DP=106;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0130563;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.738;QD=12.0682;RBI=0.0534468;REFB=-0.014133;REVB=0.0518275;RO=68;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753794;STB=0.540796;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0246834;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:68:68:38:40:0.37037:17:21:33:35:18:22:33:35 chr3 75788217 . G A 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.00401884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.009;QD=1.08959;RBI=0.00694182;REFB=-0.000837584;REVB=-0.0056602;RO=101;SAF=3;SAR=6;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243629;STB=0.693222;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.013331;OID=.;OPOS=75788217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:101:104:9:9:0.079646:6:3:56:45:6:3:57:47 chr3 75788226 . CA AG,GG 703.09 PASS AF=0.398058,0.252427;AO=41,26;DP=103;FAO=41,26;FDP=103;FR=.;FRO=36;FSAF=23,12;FSAR=18,14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0125401,-0.0138568;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=206.401,194.492;QD=27.3044;RBI=0.0130286,0.0141901;REFB=-0.0063115,-0.00458367;REVB=-0.00353397,-0.00305712;RO=36;SAF=23,12;SAR=18,14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0192594,-0.123673;STB=0.510633,0.570317;STBP=0.854,0.366;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0100249,-0.00252235;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:36:36:41,26:41,26:0.398058,0.252427:18,14:23,12:21:15:18,14:23,12:21:15 chr3 75788245 . C T 109.26 PASS AF=0.195652;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0286557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.55;QD=4.75047;RBI=0.0324074;REFB=-0.00762119;REVB=-0.0151358;RO=73;SAF=8;SAR=10;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956897;STB=0.555494;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0351657;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:74:18:18:0.195652:10:8:38:35:10:8:38:36 chr3 75788258 . C A 610.2 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000621691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.251;QD=28.0551;RBI=0.00880112;REFB=0.00932855;REVB=0.00877914;RO=33;SAF=26;SAR=28;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445799;STB=0.524246;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00606119;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:33:54:54:0.62069:28:26:18:15:28:26:18:15 chr3 75788281 . T C 540.07 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00651621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.597;QD=27.3453;RBI=0.0204148;REFB=0.00991254;REVB=0.0193469;RO=30;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111694;STB=0.560874;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00827892;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:29:20:17:13:29:20:17:13 chr3 75788291 . AT AA,GA 430.05 PASS AF=0.205882,0.411765;AO=14,28;DP=71;FAO=14,28;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=6,11;FSAR=8,17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0609056,0.00518433;FXX=0.0422476;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=87.8573,200.154;QD=25.2969;RBI=0.0612482,0.0246367;REFB=0.00625421,0.0161108;REVB=0.00646914,-0.024085;RO=26;SAF=6,11;SAR=8,17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.120419,-0.127499;STB=0.571327,0.571185;STBP=0.548,0.326;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0133147,-0.0150141;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:68:26:26:14,28:14,28:0.205882,0.411765:8,17:6,11:14:12:8,17:6,11:14:12 chr3 75788314 . T C 49.19 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00538173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.454;QD=4.01588;RBI=0.0146863;REFB=-0.00450592;REVB=-0.0136647;RO=41;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325986;STB=0.725735;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0313237;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:6:2:21:20:6:2:21:20 chr3 75788316 . C T 150.82 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0346514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6269;QD=12.568;RBI=0.0537043;REFB=-0.0313957;REVB=0.0410297;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520807;STB=0.547208;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.058315;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:31:16:17:0.354167:9:7:15:16:10:7:15:16 chr3 75790444 . G A 398.24 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=0.0069945;FXX=0.0186898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.205;QD=15.1711;RBI=0.0510335;REFB=-0.0116989;REVB=-0.0505519;RO=56;SAF=23;SAR=22;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259122;STB=0.648236;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00751807;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:60:45:45:0.428571:22:23:14:42:22:23:15:45 chr3 75790446 . GG TA 39.05 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.0247458;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=238.158;QD=1.47369;RBI=0.0296119;REFB=-0.00658717;REVB=-0.0162636;RO=94;SAF=2;SAR=8;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244604;STB=0.690487;STBP=0.254;TYPE=mnp;VARB=0.0481875;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:94:96:10:10:0.0943396:8:2:36:58:8:2:36:60 chr3 75790448 . T C 38.07 PASS AF=0.0917431;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=-0.0410178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.262;QD=1.39724;RBI=0.0417218;REFB=-0.000258386;REVB=-0.00763208;RO=95;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622187;STB=0.574793;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00274882;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:109:95:99:10:10:0.0917431:7:3:33:62:7:3:37:62 chr3 75790466 . G T 49.71 PASS AF=0.101562;AO=13;DP=128;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=72;FWDB=-0.0219636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.5;QD=1.55341;RBI=0.0226185;REFB=7.89625e-05;REVB=-0.00540352;RO=114;SAF=4;SAR=9;SRF=43;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909039;STB=0.56616;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00159169;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:128:128:114:115:13:13:0.101562:9:4:43:71:9:4:43:72 chr3 75790479 . C T 286.3 PASS AF=0.282609;AO=39;DP=138;FAO=39;FDP=138;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0104515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.345;QD=8.29847;RBI=0.0121335;REFB=-0.00587472;REVB=-0.00616344;RO=98;SAF=10;SAR=29;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197133;STB=0.622251;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0232596;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:98:99:39:39:0.282609:29:10:39:59:29:10:40:59 chr3 75790513 . T A,C 1839.5 PASS AF=0.0314961,0.944882;AO=5,120;DP=127;FAO=4,120;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=1,45;FSAR=3,75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0139674,0.0296303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.5256,203.661;QD=57.9369;RBI=0.0140159,0.0399234;REFB=0.016517,-0.0116337;REVB=0.00116476,0.0267567;RO=0;SAF=1,45;SAR=4,75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.11218e-08;STB=0.666019,0.509802;STBP=0.709,0.203;TYPE=snp,snp;VARB=0.00324272,0.000618421;OID=.,.;OPOS=75790513,75790513;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:127:127:0:3:5,120:4,120:0.0314961,0.944882:4,75:1,45:0:0:3,75:1,45:0:3 chr3 75790516 . T A 109.35 PASS AF=0.165354;AO=21;DP=127;FAO=21;FDP=127;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=65;FWDB=-0.00894146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.896;QD=3.44413;RBI=0.01509;REFB=-0.00491716;REVB=0.0121555;RO=105;SAF=5;SAR=16;SRF=41;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221324;STB=0.644899;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0180169;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:105:106:21:21:0.165354:16:5:41:64:16:5:41:65 chr3 75790791 . G C 36.88 PASS AF=0.102564;AO=4;DP=42;FAO=4;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00834733;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.268;QD=3.78223;RBI=0.0101265;REFB=-0.00636383;REVB=-0.0057331;RO=32;SAF=1;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311375;STB=0.758723;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.050384;OID=.;OPOS=75790791;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:42:39:32:33:4:4:0.102564:3:1:17:15:3:1:18:15 chr3 75790811 . G T 40.68 PASS AF=0.175;AO=6;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0285802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1307;QD=4.06819;RBI=0.0285904;REFB=-0.00796903;REVB=-0.000764767;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902822;STB=0.619385;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00948365;OID=.;OPOS=75790811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:40:40:33:33:6:7:0.175:3:3:19:14:4:3:19:14 chr3 75790814 . C T 32.97 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.076304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8697;QD=3.38171;RBI=0.0763104;REFB=0.0105724;REVB=0.000988834;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902822;STB=0.563893;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0436636;OID=.;OPOS=75790814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:39:33:33:6:6:0.153846:3:3:19:14:3:3:19:14 chr3 75790822 . A G 209.32 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0517736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8995;QD=22.6291;RBI=0.0580347;REFB=-0.022255;REVB=0.0262207;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891936;STB=0.558084;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0274815;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:11:9:9:7:12:9:9:7 chr3 75790837 . C A 30.99 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00562745;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4871;QD=2.95157;RBI=0.0261307;REFB=-0.00979756;REVB=-0.0255175;RO=35;SAF=3;SAR=2;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668212;STB=0.622532;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0957117;OID=.;OPOS=75790837;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:42:42:35:36:5:6:0.142857:2:3:19:16:2:4:19:17 chr3 75790838 . C T 80.24 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0310477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.209;QD=7.46383;RBI=0.0312358;REFB=-0.00527444;REVB=0.00342344;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128798;STB=0.580636;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00924504;OID=.;OPOS=75790838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:4:7:17:15:4:7:17:15 chr3 75790860 . C T 86.95 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0118945;FXX=0.099975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.125;QD=9.66099;RBI=0.0247236;REFB=-0.00432266;REVB=0.0216744;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167309;STB=0.510186;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0203964;OID=.;OPOS=75790860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:40:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:14:11:5:6:14:11 chr3 75790864 . T C 44.31 PASS AF=0.228571;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0147744;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6109;QD=5.06421;RBI=0.038777;REFB=-0.0350058;REVB=0.0358521;RO=27;SAF=7;SAR=0;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698931;STB=0.804428;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.178134;OID=.;OPOS=75790864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:36:35:27:27:7:8:0.228571:0:7:15:12:1:7:15:12 chr3 75790879 . CA TG 63.79 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0279888;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.623;QD=8.79895;RBI=0.0292043;REFB=0.00146326;REVB=0.00833776;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148306;STB=0.60296;STBP=0.515;TYPE=mnp;VARB=-0.00134491;OID=.;OPOS=75790879;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:4:5:13:6:4:5:14:6 chr3 75790899 . C G 54.64 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0187541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.093;QD=9.10722;RBI=0.0213926;REFB=-0.00331008;REVB=0.0102922;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677072;STB=0.541563;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00782628;OID=.;OPOS=75790899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:9:7:4:4:9:7 chr3 75986663 . C A 1804.06 PASS AF=0.511299;AO=157;DP=330;FAO=181;FDP=354;FR=.;FRO=173;FSAF=90;FSAR=91;FSRF=98;FSRR=75;FWDB=0.000515116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.526;QD=20.3849;RBI=0.0522689;REFB=-0.0287621;REVB=0.0522664;RO=169;SAF=81;SAR=76;SRF=95;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436934;STB=0.533821;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0217416;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:354:169:173:157:181:0.511299:76:81:95:74:91:90:98:75 chr3 75986686 . AT GC,GT 1687.29 PASS AF=0.0449735,0.433862;AO=17,159;DP=380;FAO=17,164;FDP=378;FR=.;FRO=197;FSAF=9,78;FSAR=8,86;FSRF=109;FSRR=88;FWDB=-0.00104545,0.0110341;FXX=0.0181813;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=108.91,64.9497;QD=17.8549;RBI=0.0121528,0.0184324;REFB=-0.015949,-0.023934;REVB=-0.0121078,-0.0147649;RO=191;SAF=9,76;SAR=8,83;SRF=105;SRR=86;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0234325,-0.0707662;STB=0.522098,0.542316;STBP=0.836,0.13;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0205942,0.0337457;OID=.,.;OPOS=75986686,75986686;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:380:378:191:197:17,159:17,164:0.0449735,0.433862:8,83:9,76:105:86:8,86:9,78:109:88 chr3 75986695 . G A 393.87 PASS AF=0.181592;AO=72;DP=390;FAO=73;FDP=402;FR=.;FRO=329;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=159;FSRR=170;FWDB=-0.00504105;FXX=0.00495037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.967;QD=3.91912;RBI=0.00698188;REFB=-0.00302698;REVB=-0.00483058;RO=316;SAF=36;SAR=36;SRF=153;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205167;STB=0.519275;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0137128;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:402:316:329:72:73:0.181592:36:36:153:163:36:37:159:170 chr3 75986717 . G A 266.59 PASS AF=0.143541;AO=60;DP=422;FAO=60;FDP=418;FR=.;FRO=358;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=172;FSRR=186;FWDB=0.00453643;FXX=0.00947845;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.008;QD=2.55107;RBI=0.00482572;REFB=-0.00875682;REVB=0.00164571;RO=355;SAF=22;SAR=38;SRF=171;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150464;STB=0.599316;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0575008;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:418:355:358:60:60:0.143541:38:22:171:184:38:22:172:186 chr3 75986719 . G C 1902.28 PASS AF=0.47343;AO=194;DP=414;FAO=196;FDP=414;FR=.;FRO=218;FSAF=77;FSAR=119;FSRF=118;FSRR=100;FWDB=0.00118635;FXX=0.0142854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.407;QD=18.3796;RBI=0.0258397;REFB=-0.00491116;REVB=0.0258125;RO=202;SAF=76;SAR=118;SRF=109;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139356;STB=0.579132;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00352167;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:414:202:218:194:196:0.47343:118:76:109:93:119:77:118:100 chr3 77588065 . A AT,T 63.96 PASS AF=0.488372,0;AO=12,8;DP=50;FAO=21,0;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=3,0;FSAR=18,0;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.191339,0.108064;FXX=0.0444346;HRUN=8,2;LEN=1,1;MLLD=6.65896,18.3457;QD=5.94986;RBI=0.219774,0.111767;REFB=-0.149606,-0.0388991;REVB=-0.10812,-0.028529;RO=27;SAF=1,1;SAR=11,7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.457349,-0.348968;STB=0.578231,0.5;STBP=0.414,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.1577,0;OID=.,.;OPOS=77588066,77588065;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:50:43:27:22:12,8:21,0:0.488372,0:11,7:1,1:9:18:18,0:3,0:5:17 chr3 78647116 . A G 35.45 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0822632;FXX=0;HRUN=17;LEN=1;MLLD=236.311;QD=5.45377;RBI=0.0823396;REFB=0.000492873;REVB=-0.00354731;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185824;STB=0.543325;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00115457;OID=.;OPOS=78647116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:19:20:6:6:0.230769:5:1:3:16:5:1:4:16 chr3 78700901 . G T 393.2 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0105012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.015;QD=17.0957;RBI=0.0287224;REFB=-0.0189277;REVB=-0.0267339;RO=48;SAF=24;SAR=17;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125637;STB=0.570437;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0257657;OID=.;OPOS=78700901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:48:51:41:41:0.445652:17:24:34:14:17:24:36:15 chr3 80677187 . T C 657.74 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000195591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.758;QD=59.7945;RBI=0.025719;REFB=-0.0292575;REVB=0.0257183;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000158;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:1:0:18:25:1:0 chr3 81643167 . T C 989.32 PASS AF=0.878049;AO=72;DP=83;FAO=72;FDP=82;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0286791;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4251;QD=48.2593;RBI=0.028697;REFB=0.00874972;REVB=0.00101419;RO=9;SAF=28;SAR=44;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130242;STB=0.575736;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000582475;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:83:82:9:10:72:72:0.878049:44:28:9:0:44:28:10:0 chr3 81698130 . T C 170.07 PASS AF=0.382979;AO=16;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0201191;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.425;QD=14.474;RBI=0.0213201;REFB=-0.00177452;REVB=-0.00705465;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499272;STB=0.510626;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00361035;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:16:18:0.382979:9:7:14:15:9:9:14:15 chr3 81810702 . A AG 450.47 PASS AF=1;AO=33;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3131;QD=42.9018;RBI=0.0707859;REFB=0;REVB=0.0544384;RO=10;SAF=20;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133283;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00330745;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:44:42:42:0:22:20:0:0:9:10:20:13:3:7 chr3 81810705 . T G 31.95 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.000857272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5936;QD=3.04258;RBI=0.0192586;REFB=-0.00538941;REVB=-0.0192396;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356195;STB=0.686887;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0758145;OID=.;OPOS=81810705;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:42:42:34:36:7:6:0.142857:5:2:20:14:4:2:20:16 chr3 81810725 . C T 138.24 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0653063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5116;QD=19.7492;RBI=0.0654662;REFB=-0.0268275;REVB=-0.00457262;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294963;STB=0.666455;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0248829;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:3:10:6:9:3:10 chr3 86411485 . A G 223.96 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00524449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.405;QD=19.9075;RBI=0.0142108;REFB=-0.00291227;REVB=0.0132076;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103146;STB=0.558229;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00403727;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:12:11:13:9:12:11 chr3 86411527 . G A 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00399425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.752;QD=34.1524;RBI=0.0335832;REFB=-0.00204845;REVB=-0.0333448;RO=5;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113289;STB=0.562429;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000184255;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:12:6:3:2:12:6:3:2 chr3 86995839 . T C,TC 269.7 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=5,16;DP=22;FAO=4,18;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152615,0.0733522;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=10.4199,22.7744;QD=49.0365;RBI=0.155058,0.122921;REFB=0,0;REVB=-0.0274139,0.0986355;RO=0;SAF=1,5;SAR=4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0427866,0.0132075;OID=.,.;OPOS=86995839,86995840;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:22:22:0:0:5,16:4,18:0.181818,0.818182:4,11:1,5:0:0:3,12:1,6:0:0 chr3 87295049 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.987;QD=57.7116;RBI=0.00860916;REFB=0;REVB=0.00476718;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40115e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr3 87304561 . G A 244.9 PASS AF=0.444444;AO=26;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000647099;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.96;QD=15.549;RBI=0.00329274;REFB=0.00418596;REVB=-0.00322853;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184332;STB=0.516117;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00591134;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:26:28:0.444444:15:11:15:19:16:12:16:19 chr3 87791778 . C T 234.81 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0123454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5661;QD=18.7849;RBI=0.0688598;REFB=-0.00126787;REVB=-0.0677441;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735483;STB=0.541631;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00124182;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:15:12:12:11:15:12 chr3 88041650 . G A 342.68 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0021228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.494;QD=12.0237;RBI=0.0268441;REFB=-0.0113731;REVB=-0.02676;RO=69;SAF=25;SAR=17;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220287;STB=0.636748;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0131879;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:72:42:42:0.368421:17:25:27:42:17:25:27:45 chr3 88101694 . G T 519.92 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=60;FWDB=0.0164667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7531;QD=15.1801;RBI=0.0199341;REFB=0.0119712;REVB=-0.0112347;RO=77;SAF=20;SAR=37;SRF=20;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106736;STB=0.567229;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0131836;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:80:57:57:0.416058:37:20:20:57:37:20:20:60 chr3 88105264 . A C 506.51 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0157432;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.608;QD=16.0798;RBI=0.0163734;REFB=-0.00686859;REVB=0.00449895;RO=68;SAF=22;SAR=33;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143799;STB=0.592323;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00853316;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:68:71:55:55:0.436508:33:22:37:31:33:22:40:31 chr3 88105360 . T C 309.39 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00738137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2904;QD=16.0722;RBI=0.00898368;REFB=-0.00901995;REVB=-0.00512074;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376275;STB=0.521204;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0113721;OID=.;OPOS=88105360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:21:13:18:25:21:13:18:25 chr3 88105818 . T C 333.51 PASS AF=0.6;AO=32;DP=54;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0110826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0301;QD=24.2554;RBI=0.0459865;REFB=-0.0312887;REVB=0.0446311;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901714;STB=0.554422;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0296776;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:22:32:33:0.6:15:17:9:13:15:18:9:13 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 184.39 PASS AF=0.482759,0.137931;AO=13,5;DP=32;FAO=14,4;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9,2;FSAR=5,2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0255877,0.0153383;FXX=0.121175;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=198.299,92.3653;QD=25.4334;RBI=0.0256051,0.0157647;REFB=-0.00659622,-0.0148059;REVB=0.000944253,-0.00364195;RO=11;SAF=8,3;SAR=5,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.201895,0.247279;STB=0.624098,0.59952;STBP=0.172,0.666;TYPE=del,snp;VARB=0.0109116,0.0120962;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759,0.137931:13,5:32:14,4:29:11:9,2:5,2:4:7:99:11:8,3:5,2:4:7 chr3 88189341 . T C 375.44 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.040655;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8307;QD=23.1041;RBI=0.0789732;REFB=-0.0160888;REVB=0.0677047;RO=28;SAF=13;SAR=24;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647434;STB=0.535695;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0162224;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:28:28:37:37:0.569231:24:13:12:16:24:13:12:16 chr3 88190768 . C A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00239833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.953;QD=14.6684;RBI=0.00254025;REFB=-0.00540511;REVB=-0.000837207;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258604;STB=0.646085;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00987159;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:9:23:11:13:9:23 chr3 88190809 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00728039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.058;QD=15.3562;RBI=0.0111506;REFB=-0.00276661;REVB=-0.00844584;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204905;STB=0.615317;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00534464;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:15:29:15:18:15:29 chr3 88191170 . TGGGGAG TGGGAG,TGGGGA 135.14 PASS AF=0.509434,0;AO=10,11;DP=53;FAO=27,0;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16,0;FSAR=11,0;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0544254,-0.316777;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=18.705,9.60474;QD=10.1994;RBI=0.181086,1.06202;REFB=-0.0324423,-0.0154018;REVB=-0.172714,-1.01368;RO=10;SAF=9,6;SAR=1,5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0.833333;SSEP=0,0.65;SSSB=-0.320847,-0.406277;STB=0.551585,0.5;STBP=0.474,1;TYPE=del,del;VARB=0.0387377,0.0125918;OID=.,.;OPOS=88191171,88191176;OREF=G,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGAG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509434,0:10,11:53:27,0:53:26:16,0:11,0:18:8:99:10:9,6:1,5:10:0 chr3 88192423 . A G 107.63 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0113619;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.684;QD=11.9592;RBI=0.0173033;REFB=-0.0177818;REVB=0.0130504;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254963;STB=0.65301;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0456394;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:23:13:13:0.361111:3:10:13:10:3:10:13:10 chr3 88192484 . T C 139.45 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00486697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0547;QD=12.3956;RBI=0.0720501;REFB=-0.0182492;REVB=0.0718855;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196835;STB=0.616368;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0440059;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:11:5:14:15:11:5:14:15 chr3 88199298 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0212339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.507;QD=15.9165;RBI=0.0216527;REFB=-0.0225841;REVB=0.00423842;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313219;STB=0.682926;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0191915;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:8:7:10:3:8:7 chr3 93780109 . G C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.033005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.053;QD=16.4083;RBI=0.0332514;REFB=-0.0147549;REVB=0.00404072;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121671;STB=0.560726;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0218694;OID=.;OPOS=93780109;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:8:13:14:14:8:13:15:14 chr3 96327750 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00425904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.364;QD=15.2931;RBI=0.00443549;REFB=-0.00739392;REVB=-0.00123861;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135133;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:6:3:3:6:6:3 chr3 96963004 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.032;QD=58.9625;RBI=0.0285391;REFB=0;REVB=-0.0201597;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80092e-07;OID=.;OPOS=96963004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr3 97194242 . C T 411.53 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0138468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.367;QD=18.4959;RBI=0.0141506;REFB=-0.0115812;REVB=0.00291646;RO=46;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735786;STB=0.536214;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0116362;OID=.;OPOS=97194242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:42:42:0.47191:26:16:21:25:26:16:21:26 chr3 97331269 . A C 261.6 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0454231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4287;QD=14.7379;RBI=0.118391;REFB=0.0130508;REVB=0.10933;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757236;STB=0.535188;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.014262;OID=.;OPOS=97331269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:30:30:0.422535:15:15:17:23:15:15:18:23 chr3 97365038 . G A 375.56 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00701221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.546;QD=12.6238;RBI=0.0157782;REFB=-0.0140631;REVB=-0.0141343;RO=74;SAF=23;SAR=22;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13019;STB=0.573897;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0147841;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:74:45:45:0.378151:22:23:29:45:22:23:29:45 chr3 97365074 . A G 353.21 PASS AF=0.367521;AO=42;DP=115;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0125566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.158;QD=12.0756;RBI=0.0170116;REFB=-0.0266992;REVB=-0.0114773;RO=73;SAF=22;SAR=20;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140026;STB=0.575471;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0451635;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:73:74:42:43:0.367521:20:22:29:44:21:22:29:45 chr3 97562115 . T C 586.96 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=0.03931;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.9883;QD=19.8971;RBI=0.040387;REFB=-0.030508;REVB=0.00926468;RO=49;SAF=22;SAR=38;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731833;STB=0.549297;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0205022;OID=.;OPOS=97562115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:49:58:60:60:0.508475:38:22:14:35:38:22:16:42 chr3 97591153 . C T 470.24 PASS AF=0.611111;AO=36;DP=74;FAO=44;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0140835;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.993;QD=26.1246;RBI=0.028071;REFB=-0.0270141;REVB=0.0242824;RO=29;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312151;STB=0.536066;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0165964;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:29:28:36:44:0.611111:20:16:14:15:26:18:14:14 chr3 97593485 . C T 110.28 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00425875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5254;QD=13.7848;RBI=0.0301773;REFB=-0.0104715;REVB=-0.0298753;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.606048;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00738516;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:17:19:13:13:0.40625:9:4:7:10:9:4:9:10 chr3 97607290 . G A 242.22 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0353404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.416;QD=16.9982;RBI=0.0485204;REFB=-0.000523883;REVB=-0.0332458;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355784;STB=0.511802;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-8.52014e-05;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:12:15:15:14:12:15:16:14 chr3 97660084 . C T 336.05 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0122981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.746;QD=19.7674;RBI=0.0175836;REFB=-0.0200051;REVB=-0.0125674;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036036;STB=0.519989;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0275114;OID=.;OPOS=97660084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:22:13:11:22:22:13:11:22 chr3 97660106 . A C 205.21 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0319986;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.338;QD=14.4008;RBI=0.0329042;REFB=-0.0151124;REVB=-0.0076664;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237482;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0239993;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:16:8:10:22:16:8:10:23 chr3 97664725 . C T 181.36 PASS AF=0.365079;AO=21;DP=61;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0666991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.742;QD=11.5146;RBI=0.0676786;REFB=-0.0138213;REVB=-0.0114725;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803815;STB=0.582104;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0217564;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:39:40:21:23:0.365079:12:9:14:25:12:11:14:26 chr3 97673268 . A C 1656.67 PASS AF=0.981982;AO=107;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.993;QD=59.6998;RBI=0.0168285;REFB=0;REVB=-0.0166575;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110333;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:0:0:107:109:0.981982:65:42:0:0:65:44:0:0 chr3 97726747 . T A 1047.8 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.569;QD=58.2111;RBI=0.0273626;REFB=-0.0129039;REVB=0.0252271;RO=1;SAF=40;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116761;STB=0.506171;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000483853;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:31:40:1:0:31:40:1:0 chr3 97806616 . G A 152.74 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.008828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3871;QD=13.5766;RBI=0.0149533;REFB=-0.0177544;REVB=-0.0120692;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101589;STB=0.572515;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.014089;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:12:15:11:6:13:15 chr3 97851998 . A C 435.65 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0260978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8966;QD=18.5382;RBI=0.0395983;REFB=-0.00165908;REVB=-0.0297814;RO=49;SAF=31;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342208;STB=0.69552;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00317228;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:13:31:17:32:13:31:17:33 chr3 97852058 . A G 47.31 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0659173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9041;QD=2.95661;RBI=0.066069;REFB=0.00622977;REVB=0.00447484;RO=55;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100566;STB=0.570777;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.025602;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:4:5:26:29:4:5:26:29 chr3 97852066 . T C 46.73 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0293573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.05;QD=2.87543;RBI=0.0515952;REFB=0.00229832;REVB=-0.0424289;RO=56;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110606;STB=0.578059;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0200252;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:4:5:26:30:4:5:26:30 chr3 97852083 . C T 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.022882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.21;QD=23.1635;RBI=0.0228844;REFB=-0.0216536;REVB=0.000330231;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195372;STB=0.608615;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0141929;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:7:16:12:14:7:16 chr3 97868419 . G A 493.99 PASS AF=0.373333;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=60;FSRR=34;FWDB=-0.00476253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.92;QD=13.173;RBI=0.0548666;REFB=-0.000532899;REVB=-0.0546595;RO=90;SAF=36;SAR=20;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188194;STB=0.503104;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.000645327;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:90:94:56:56:0.373333:20:36:58:32:20:36:60:34 chr3 97868616 . C T 273.17 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00230698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7435;QD=12.7054;RBI=0.0052743;REFB=-0.00767244;REVB=0.00474301;RO=51;SAF=22;SAR=10;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160494;STB=0.589847;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0069475;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:54:32:32:0.372093:10:22:28:23:10:22:30:24 chr3 97868795 . A G 310.57 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.043431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.444;QD=23.439;RBI=0.0434864;REFB=-0.0162702;REVB=0.00219362;RO=22;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043896;STB=0.524231;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00928922;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:11:20:13:9:11:20:13:9 chr3 97868970 . T A 534.09 PASS AF=0.450382;AO=57;DP=130;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0360592;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3074;QD=16.308;RBI=0.0364048;REFB=-0.0381149;REVB=-0.00500405;RO=71;SAF=28;SAR=29;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171927;STB=0.50635;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0522248;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:71:72:57:59:0.450382:29:28:35:36:31:28:35:37 chr3 97887865 . G A 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0474672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.537;QD=17.4539;RBI=0.0503002;REFB=-0.0148751;REVB=0.0166425;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012213;STB=0.513504;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0154663;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:18:9:9:19:18:9:9:20 chr3 97887985 . T A 374.27 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00337429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.541;QD=31.853;RBI=0.0137756;REFB=-0.00277702;REVB=0.0133559;RO=16;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483845;STB=0.526445;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000509219;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:14:17:10:6:14:17:10:6 chr3 97888042 . A T 277.03 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00564689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.802;QD=26.384;RBI=0.00997112;REFB=-0.0313653;REVB=0.00821801;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137232;STB=0.575757;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0126404;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:12:5:12:13:12:5 chr3 97888197 . C T 132.51 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0175863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.586;QD=10.0009;RBI=0.0797912;REFB=-0.00978419;REVB=-0.077829;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433157;STB=0.757541;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0442111;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:13:4:22:14:13:4:22:14 chr3 97888337 . C T 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00948875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.357;QD=13.9105;RBI=0.0268632;REFB=-0.01276;REVB=-0.0251316;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228612;STB=0.618767;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0279286;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:10:11:9:21:10:11:10:21 chr3 97957349 . G A 205.45 PASS AF=0.382353;AO=21;DP=63;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0377703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.182;QD=12.0851;RBI=0.0416668;REFB=-0.00972273;REVB=-0.0175933;RO=42;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137474;STB=0.625799;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0159827;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:42:42:21:26:0.382353:8:13:21:21:8:18:21:21 chr3 97983253 . C T 221.81 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00127557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.804;QD=10.1983;RBI=0.0165049;REFB=-0.00675384;REVB=0.0164555;RO=59;SAF=11;SAR=17;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192549;STB=0.612532;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0254732;OID=.;OPOS=97983253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:17:11:33:26:17:11:33:26 chr3 97983257 . C G 245.95 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0165116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.278;QD=11.1796;RBI=0.0171129;REFB=-0.00707406;REVB=-0.00449643;RO=58;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134157;STB=0.577743;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00563031;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:17:13:32:26:17:13:32:26 chr3 97983265 . C A 258.99 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00547535;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.788;QD=11.64;RBI=0.0271233;REFB=-0.0148323;REVB=0.0265649;RO=59;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047017;STB=0.532926;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0146097;OID=.;OPOS=97983265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:59:58:31:31:0.348315:16:15:31:28:16:15:31:27 chr3 97983374 . A G 312.44 PASS AF=0.336134;AO=39;DP=118;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-2.76173e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.124;QD=10.502;RBI=0.0103583;REFB=-0.00496162;REVB=-0.0103582;RO=79;SAF=25;SAR=14;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116497;STB=0.57366;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0106273;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:79:79:39:40:0.336134:14:25:43:36:14:26:43:36 chr3 97983391 . C G 401.15 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00138656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.144;QD=12.0647;RBI=0.00401761;REFB=0.00532877;REVB=0.00377076;RO=85;SAF=30;SAR=18;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123296;STB=0.57057;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00921802;OID=.;OPOS=97983391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:85:85:48:48:0.360902:18:30:44:41:18:30:44:41 chr3 97983561 . G C 396.49 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.014715;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.393;QD=19.8244;RBI=0.0165603;REFB=-0.00455739;REVB=0.00759691;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112888;STB=0.562704;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00355538;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:40:40:40:40:0.5:23:17:22:18:23:17:22:18 chr3 97983711 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0195271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.545;QD=19.667;RBI=0.0291404;REFB=0.00540357;REVB=0.02163;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491355;STB=0.52783;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00706204;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:8:11:12:7:8:11 chr3 97983942 . A G 465.89 PASS AF=0.5;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00245751;FXX=0.0679546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.699;QD=19.412;RBI=0.00255584;REFB=-0.0134366;REVB=0.000702111;RO=48;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168732;STB=0.593387;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0130468;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:96:48:48:48:48:0.5:28:20:29:19:28:20:29:19 chr3 98002587 . A G 103.01 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00295396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.724;QD=9.81006;RBI=0.0142478;REFB=-0.000535213;REVB=-0.0139383;RO=29;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100069;STB=0.580516;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00215153;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:12:13:0.309524:8:4:12:17:9:4:12:17 chr3 98216646 . G A 704.64 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.011194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.263;QD=18.666;RBI=0.0146582;REFB=-0.0108275;REVB=-0.00946356;RO=77;SAF=40;SAR=33;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233584;STB=0.50174;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0117913;OID=.;OPOS=98216646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:78:73:73:0.483444:33:40:42:35:33:40:43:35 chr3 98304467 . T C 689.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.504;QD=62.6572;RBI=0.0113946;REFB=0;REVB=0.00930539;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65486e-06;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr3 98307696 . T G 548.99 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.026733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2633;QD=23.8693;RBI=0.0285012;REFB=-0.0032824;REVB=-0.00988249;RO=41;SAF=25;SAR=26;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969779;STB=0.553171;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00340528;OID=.;OPOS=98307696;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:26:25:25:16:26:25:25:16 chr3 98501128 . A G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0146181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.167;QD=21.5459;RBI=0.0152529;REFB=-0.00357316;REVB=-0.0043545;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285666;OID=.;OPOS=98501128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:5:5:7:7:5:5 chr3 98518072 . A G 156.87 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0186512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.331;QD=18.4556;RBI=0.0200625;REFB=-0.0108913;REVB=0.00739164;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308837;STB=0.660227;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0112935;OID=.;OPOS=98518072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:11:5:1:16:12:5:1:16 chr3 98540931 . T C 190.66 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0316316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.981;QD=15.2529;RBI=0.0374554;REFB=-0.0178433;REVB=0.0200586;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104413;STB=0.569652;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0228155;OID=.;OPOS=98540931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:20:20:0.4:9:11:13:16:9:11:13:17 chr3 98540982 . A G 393.39 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0181787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7336;QD=22.4795;RBI=0.0267107;REFB=-0.0207082;REVB=-0.0195703;RO=30;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101286;STB=0.501466;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0158038;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:19:20:15:15:19:20:16:15 chr3 98541012 . G A 909.05 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.001;QD=57.7177;RBI=0.0121196;REFB=0;REVB=0.00446524;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21673e-05;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:32:29:0:0:32:31:0:0 chr3 98541116 . G A 222.81 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0167923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2033;QD=18.9623;RBI=0.0581792;REFB=0.0423985;REVB=0.0557031;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384446;STB=0.510629;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.045371;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:11:11:11:13:11:11:12:13 chr3 99643176 . C T 575.01 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00211156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.205;QD=29.1146;RBI=0.0160176;REFB=0.00133624;REVB=-0.0158778;RO=27;SAF=21;SAR=30;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454765;STB=0.531902;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.000883869;OID=.;OPOS=99643176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:27:28:51:51:0.64557:30:21:13:14:30:21:14:14 chr3 99860401 . G A 228.49 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0758017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6743;QD=13.8479;RBI=0.0768432;REFB=0.0243116;REVB=-0.0126084;RO=39;SAF=6;SAR=21;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179538;STB=0.603365;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0198135;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:21:6:14:25:21:6:14:25 chr3 100084203 . C G 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.017803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.416;QD=22.5341;RBI=0.0184105;REFB=-0.00396736;REVB=-0.00469034;RO=23;SAF=7;SAR=25;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242103;STB=0.628404;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00122229;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:25:7:11:12:25:7:11:13 chr3 100170628 . A G 263.7 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0442069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1631;QD=26.3704;RBI=0.0472708;REFB=-0.0116196;REVB=0.0167416;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107262;STB=0.559274;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0150321;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:13:11:5:11:13:11:5:11 chr3 100170634 . T C 175.97 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00994112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9634;QD=20.7022;RBI=0.0414088;REFB=0.0019855;REVB=-0.0401978;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156805;STB=0.58814;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00355967;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:5:11:9:9:5:11 chr3 100174722 . G A 633.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.397;QD=61.8088;RBI=0.0451949;REFB=0;REVB=0.0435533;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44625e-05;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:25:14:0:0:27:14:0:0 chr3 100489689 . G T 42.78 PASS AF=0.0680628;AO=14;DP=194;FAO=13;FDP=191;FR=.,HEALED;FRO=175;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=143;FSRR=32;FWDB=-0.0172394;FXX=0.0154631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.32;QD=0.895889;RBI=0.10048;REFB=-0.00767135;REVB=-0.0989905;RO=146;SAF=4;SAR=10;SRF=136;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.748661;STB=0.889375;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.112223;OID=.;OPOS=100489689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:194:191:146:175:14:13:0.0680628:10:4:136:10:9:4:143:32 chr3 100535588 . C T 748.78 PASS AF=0.415842;AO=84;DP=202;FAO=84;FDP=202;FR=.;FRO=118;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=-0.0153483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.609;QD=14.8273;RBI=0.0221933;REFB=-0.00948372;REVB=-0.0160304;RO=116;SAF=34;SAR=50;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170376;STB=0.595215;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0102049;OID=.;OPOS=100535588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:116:118:84:84:0.415842:50:34:66:50:50:34:67:51 chr3 100539887 . C T 1237.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.627;QD=61.1018;RBI=0.0428781;REFB=0;REVB=0.00260637;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02877e-05;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:39:39:0:0:42:39:0:0 chr3 100558416 . T C 639.08 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00620884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.843;QD=25.8215;RBI=0.00626918;REFB=-0.0214371;REVB=0.000867734;RO=41;SAF=28;SAR=29;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160602;STB=0.503721;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.016586;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:41:42:57:57:0.575758:29:28:21:20:29:28:21:21 chr3 100558913 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0172545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.693;QD=13.5766;RBI=0.0337025;REFB=-0.00674535;REVB=-0.0289507;RO=19;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178261;STB=0.606116;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00886791;OID=.;OPOS=100558913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:2:11:14:5:2:11:14:5 chr3 100617680 . C T 415.03 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0538508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.867;QD=16.7689;RBI=0.0540861;REFB=-0.0217349;REVB=0.00503929;RO=56;SAF=11;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175716;STB=0.603387;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.033798;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:56:56:42:43:0.434343:31:11:23:33:32:11:23:33 chr3 100712249 . T C 526.92 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00022435;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.655;QD=21.7286;RBI=0.00302891;REFB=0.00355817;REVB=-0.00302059;RO=44;SAF=33;SAR=17;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237012;STB=0.645922;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00236783;OID=.;OPOS=100712249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:47:50:50:0.515464:17:33:17:27:17:33:17:30 chr3 100949842 . G A 326.91 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0492254;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9419;QD=17.4353;RBI=0.0530159;REFB=0.0285866;REVB=0.0196861;RO=41;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861745;STB=0.54096;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0319247;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:40:35:35:0.466667:14:21:21:20:14:21:21:19 chr3 100963154 . G A 227.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.014033;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.308;QD=11.2257;RBI=0.0147054;REFB=-0.00621949;REVB=-0.00439608;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219016;STB=0.6212;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0167228;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:51:53:28:28:0.345679:15:13:14:37:15:13:15:38 chr3 101043906 . G A 1111.22 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4966;QD=59.2652;RBI=0.0228949;REFB=0;REVB=-0.0228098;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539864;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:70:75:1:35:35:0:0:38:37:0:0 chr3 101044304 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA 52.76 PASS AF=0.253968,0;AO=16,8;DP=68;FAO=16,0;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=11,0;FSAR=5,0;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.03188,-0.0164274;FXX=0.0307645;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=20.718,11.2342;QD=3.34973;RBI=0.258831,0.227079;REFB=-0.0566552,-0.0427403;REVB=-0.25686,-0.226484;RO=32;SAF=8,7;SAR=8,1;SRF=26;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.36112,0.14269;STB=0.551497,0.5;STBP=0.696,1;TYPE=del,del;VARB=0.116165,0.0492213;OID=.,.;OPOS=101044311,101044305;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253968,0:16,8:68:16,0:63:47:11,0:5,0:35:12:46:32:8,7:8,1:26:6 chr3 101080694 . T C 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.721;QD=58.5974;RBI=0.015042;REFB=0;REVB=0.00775026;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11079e-05;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr3 101085413 . G A 941.19 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00845983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.322;QD=54.5615;RBI=0.0104005;REFB=-0.121197;REVB=-0.00604991;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269815;STB=0.514281;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0031117;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:68:69:2:2:66:67:0.971014:32:34:2:0:33:34:2:0 chr3 101219889 . G C 496.83 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00555791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.02;QD=55.2029;RBI=0.0719522;REFB=-0.00792219;REVB=0.0717373;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000724102;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:12:22:1:0:13:22:1:0 chr3 101221069 . T C 375.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9778;QD=55.6337;RBI=0.06714;REFB=0;REVB=-0.0613556;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000856451;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr3 101231921 . T C 1131.09 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112228;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.107;QD=60.3246;RBI=0.0200927;REFB=0;REVB=0.0166663;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396506;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:39:36:0:0 chr3 101285224 . G A 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.062102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.86;QD=12.7347;RBI=0.067234;REFB=-0.00553037;REVB=-0.0257635;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.655832;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0241915;OID=.;OPOS=101285224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:5:5:6:2:5:5 chr3 101334753 . C A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0336875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.347;QD=10.6346;RBI=0.0376542;REFB=0.00962136;REVB=0.0168223;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.646696;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0273805;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:5:8:3:5:5:8 chr3 101484335 . G A 1426.63 PASS AF=0.970874;AO=98;DP=101;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0290341;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4877;QD=55.4031;RBI=0.0325339;REFB=0.0679731;REVB=0.0146791;RO=3;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220489;STB=0.511276;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00492457;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:103:3:3:98:100:0.970874:63:35:0:3:65:35:0:3 chr3 101571550 . A G 273.91 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0296772;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3661;QD=19.5647;RBI=0.0418077;REFB=-0.0424329;REVB=0.0294474;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192285;STB=0.607585;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0401297;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:29:29:0.517857:20:9:14:13:20:9:14:13 chr3 101576029 . T TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 191.97 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00239574;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=23;MLLD=489.553;QD=17.4519;RBI=0.00326858;REFB=-0.00162925;REVB=-0.00222352;RO=25;SAF=3;SAR=15;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.614511;STB=0.813854;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0014307;OID=.;OPOS=101576030;OREF=-;OALT=ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:18:45:20:44:24:4:16:19:5:99:25:3:15:20:5 chr3 101576175 . T C 479.75 PASS AF=0.490385;AO=49;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00109244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8738;QD=18.4521;RBI=0.00860159;REFB=-0.0138483;REVB=-0.00853193;RO=53;SAF=28;SAR=21;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180199;STB=0.59667;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0132902;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:49:51:0.490385:21:28:20:33:22:29:20:33 chr3 103879569 . G A 1359.74 PASS AF=0.475862;AO=133;DP=284;FAO=138;FDP=290;FR=.;FRO=152;FSAF=42;FSAR=96;FSRF=63;FSRR=89;FWDB=0.0286884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.265;QD=18.7551;RBI=0.0342031;REFB=-0.0254421;REVB=-0.0186233;RO=143;SAF=37;SAR=96;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159583;STB=0.564696;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.030115;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:290:143:152:133:138:0.475862:96:37:61:82:96:42:63:89 chr3 105260596 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.463;QD=59.8393;RBI=0.0215039;REFB=0;REVB=0.0201433;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44026e-05;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr3 105294502 . G A 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00799763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.582;QD=15.2438;RBI=0.00917322;REFB=-0.00727824;REVB=0.00449288;RO=49;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256822;STB=0.509133;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00890648;OID=.;OPOS=105294502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:20:16:23:26:20:16:23:27 chr3 105421034 . C T 492.66 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0488537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.488;QD=17.4394;RBI=0.0488681;REFB=-0.00847287;REVB=0.00118843;RO=58;SAF=26;SAR=27;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575189;STB=0.522688;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00962956;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:60:53:53:0.469027:27:26:32:26:27:26:32:28 chr3 105422844 . C T 1198.83 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330678;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.536;QD=61.4783;RBI=0.0400708;REFB=0;REVB=-0.0226316;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261738;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr3 106617500 . C T 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043813;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.366;QD=60.6297;RBI=0.0464266;REFB=0;REVB=-0.0153575;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31866e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr3 107096581 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000733638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.201;QD=10.1418;RBI=0.00652313;REFB=-0.0219363;REVB=-0.00648175;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37565;STB=0.723787;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0337047;OID=.;OPOS=107096581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:8:17:4:8:8:17 chr3 107097346 . C A 557.06 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.031656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8537;QD=14.6595;RBI=0.0369787;REFB=0.00362751;REVB=-0.0191133;RO=88;SAF=24;SAR=39;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217821;STB=0.61901;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00621917;OID=.;OPOS=107097346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:88:89:63:63:0.414474:39:24:52:36:39:24:52:37 chr3 107646728 . G A 519.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.838;QD=59.3807;RBI=0.0458959;REFB=0;REVB=0.0458688;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119696;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:23:12:0:0 chr3 107646807 . G T 804.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293888;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.692;QD=57.4646;RBI=0.0416755;REFB=0;REVB=0.0295489;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013334;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:32:22:0:0:32:24:0:0 chr3 107646895 . T C 638.57 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0220061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4416;QD=55.5276;RBI=0.0497173;REFB=0.0108259;REVB=-0.0445818;RO=3;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624621;STB=0.533318;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00519965;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:46:3:3:42:43:0.934783:21:21:0:3:21:22:0:3 chr3 107764851 . C T 116.13 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0314001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3335;QD=11.33;RBI=0.0458494;REFB=0.00916022;REVB=-0.0334096;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615589;STB=0.536533;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0128449;OID=.;OPOS=107764851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:15:12:7:7:15:12 chr3 107765249 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.267;QD=57.7103;RBI=0.0314268;REFB=0;REVB=-0.0313389;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153574;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:33:26:0:0 chr3 107765392 . G A 449.79 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0890286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7307;QD=54.5195;RBI=0.094062;REFB=-0.113488;REVB=0.0303573;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00503573;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:21:10:1:0:22:10:1:0 chr3 107880820 . GTT AGT,G,GT 148.29 PASS AF=0,0.0408163,0.714286;AO=5,7,19;DP=49;FAO=0,2,35;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=0,1,16;FSAR=0,1,19;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0571392,-0.0719258,-0.142347;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=2,2,1;MLLD=19.2271,11.2347,7.42222;QD=12.1054;RBI=0.0586617,0.074008,0.146442;REFB=0.0227033,-0.00449171,-0.00563265;REVB=0.013278,0.0174317,0.0343885;RO=14;SAF=0,6,7;SAR=5,1,12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.693086,0.502138,-0.0481957;STB=0.5,0.570733,0.510423;STBP=1,0.878,0.845;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,-0.0282156,-0.0157496;OID=.,.,.;OPOS=107880820,107880821,107880821;OREF=GT,TT,T;OALT=AG,-,-;OMAPALT=AGT,G,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:30:49:49:14:12:5,7,19:0,2,35:0,0.0408163,0.714286:5,1,12:0,6,7:6:8:0,1,19:0,1,16:5:7 chr3 107884269 . A G 424.17 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00692941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.815;QD=18.6447;RBI=0.0219542;REFB=-0.0119585;REVB=0.0208319;RO=48;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133432;STB=0.507436;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0116424;OID=.;OPOS=107884269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:23:20:23:25:23:20:23:25 chr3 107937408 . C T 242.55 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0164016;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.762;QD=19.0238;RBI=0.0164151;REFB=-0.00887814;REVB=-0.000663385;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144158;STB=0.570499;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00457725;OID=.;OPOS=107937408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:25:26:0.509804:13:12:8:17:14:12:8:17 chr3 108072298 . T C 324.27 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.000673029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.794;QD=16.8453;RBI=0.00520504;REFB=-0.00179485;REVB=-0.00516135;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179473;STB=0.590355;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00206306;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:42:34:35:0.454545:14:20:17:25:15:20:17:25 chr3 108081217 . C A 275.54 PASS AF=0.657895;AO=21;DP=34;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0158211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.973;QD=29.0038;RBI=0.0229852;REFB=-0.0075964;REVB=0.0166738;RO=13;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187303;STB=0.572067;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00470544;OID=.;OPOS=108081217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:13:13:21:25:0.657895:5:16:7:6:7:18:7:6 chr3 108096098 . C G 234.33 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00418431;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.037;QD=10.6513;RBI=0.00541558;REFB=0.000714859;REVB=-0.00343803;RO=58;SAF=14;SAR=15;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788819;STB=0.539879;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00146703;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:58:59:29:29:0.329545:15:14:32:26:15:14:32:27 chr3 108135680 . C T 346.18 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00427418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.394;QD=19.5032;RBI=0.0286117;REFB=-0.0430119;REVB=0.0282907;RO=33;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630911;STB=0.548763;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0300182;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:33:35:36:36:0.507042:19:17:18:15:19:17:20:15 chr3 108159977 . G A 281.42 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0236346;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.413;QD=16.8009;RBI=0.0250638;REFB=-0.0128055;REVB=0.00834258;RO=36;SAF=8;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231662;STB=0.615992;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0150969;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:36:31:31:0.462687:23:8:17:19:23:8:16:20 chr3 108298260 . C T 232.62 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.035225;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.51;QD=23.2622;RBI=0.0353452;REFB=-0.0146436;REVB=-0.00291222;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118849;STB=0.574933;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00978594;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:11:10:6:12:11:11:6:12 chr3 108403086 . T C 1350.75 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.417;QD=62.1036;RBI=0.0458381;REFB=0;REVB=-0.00689779;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48624e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:80:87:1:42:38:0:0:43:44:0:0 chr3 108557820 . T C 746.78 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.097;QD=63.5555;RBI=0.0257118;REFB=0;REVB=-0.000870588;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130491;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr3 108703587 . C T 975.66 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1314;QD=57.3915;RBI=0.0244121;REFB=0.00710089;REVB=0.0219273;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00017262;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:0:1:32:35:0:1 chr3 108754238 . A T 1100.98 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00232664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.137;QD=58.7189;RBI=0.0156377;REFB=-0.0142931;REVB=0.0154636;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133231;STB=0.506848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=3.5909e-05;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:38:35:1:0:38:36:1:0 chr3 108867128 . A G 911.53 PASS AF=0.969697;AO=65;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.028432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.671;QD=55.2441;RBI=0.0328225;REFB=0.00508425;REVB=-0.0163995;RO=1;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010861;STB=0.50588;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00169871;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:65:64:0.969697:43:22:0:1:43:21:1:1 chr3 109052732 . T C 904.73 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.035;QD=55.6755;RBI=0.00837057;REFB=-0.100976;REVB=-0.0056841;RO=2;SAF=33;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76171e-05;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:2:0:62:65:1:29:33:2:0:29:36:0:0 chr3 109178707 . C G,T 327.71 PASS AF=0.888889,0.0740741;AO=23,2;DP=27;FAO=24,2;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0;FSAR=12,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371357,0.0192895;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=214.713,13.0604;QD=48.5498;RBI=0.0382769,0.0450026;REFB=-0.191151,-0.15842;REVB=0.00927695,-0.040659;RO=1;SAF=11,0;SAR=12,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0402265,-0.697199;STB=0.519983,0.993266;STBP=0.509,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.000932613,0.00171834;OID=.,.;OPOS=109178707,109178707;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:27:27:1:1:23,2:24,2:0.888889,0.0740741:12,2:11,0:1:0:12,2:12,0:1:0 chr3 109178758 . C T 375.07 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9557;QD=55.5653;RBI=0.0664843;REFB=0;REVB=0.0446371;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6077e-05;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr3 109321666 . TG T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0047298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.287;QD=10.3903;RBI=0.0125114;REFB=-0.0146991;REVB=-0.011583;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528175;STB=0.826582;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.0611392;OID=.;OPOS=109321667;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:7:18:7:18:11:6:1:4:7:46:11:6:1:4:7 chr3 110611137 . G A 564.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5215;QD=59.4224;RBI=0.041856;REFB=0;REVB=0.0261145;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019026;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:23:13:0:0:25:13:0:0 chr3 110611200 . A AT 712.53 PASS AF=1;AO=10;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112537;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.243;QD=50.8951;RBI=0.116998;REFB=0;REVB=-0.0320005;RO=45;SAF=0;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.728861;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000584672;OID=.;OPOS=110611201;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:57:56:56:0:23:33:0:0:4:45:0:10:24:21 chr3 110611201 . C T 515.07 PASS AF=0.77193;AO=44;DP=57;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=1.87671e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4775;QD=36.1455;RBI=0.0161462;REFB=-0.198937;REVB=-0.0161462;RO=13;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220166;STB=0.618131;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.024821;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:57:57:13:13:44:44:0.77193:21:23:0:13:21:23:0:13 chr3 110790879 . G A 203.26 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.238;QD=47.8269;RBI=0.213941;REFB=0;REVB=0.213935;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165378;OID=.;OPOS=110790879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:2:14:0:0:3:14:0:0 chr3 110863855 . A C 203.36 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=66;FAO=25;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00382792;FXX=0.0151492;HRUN=8;LEN=1;MLLD=186.083;QD=12.5144;RBI=0.0494884;REFB=0.00544599;REVB=0.0493402;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141957;STB=0.542963;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00453827;OID=.;OPOS=110863855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:40:19:25:0.384615:9:10:10:16:12:13:18:22 chr3 111313457 . T C 239.94 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0677017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7079;QD=16.5472;RBI=0.0707837;REFB=-0.00992248;REVB=-0.0206593;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145028;STB=0.596806;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0200134;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:31:26:27:0.465517:16:10:17:15:17:10:17:14 chr3 111313854 . C T 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0792177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.553;QD=14.9776;RBI=0.0829846;REFB=-0.019577;REVB=0.0247184;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355177;STB=0.710646;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0198591;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:6:5:8:2:6:5 chr3 111356083 . G C 1822.0 PASS AF=1;AO=102;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7497;QD=59.7379;RBI=0.069414;REFB=0;REVB=0.00488916;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00641819;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:102:122:1:57:45:0:0:70:52:0:0 chr3 111604541 . G C 651.47 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127431;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.562;QD=57.9086;RBI=0.0191222;REFB=0.0327106;REVB=-0.0142574;RO=2;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000970065;STB=0.500517;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.001575;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:2:2:43:43:0.955556:22:21:1:1:22:21:1:1 chr3 111677526 . G A 560.62 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702418;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.624;QD=60.6072;RBI=0.0309532;REFB=0;REVB=-0.0301456;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113002;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr3 111694438 . T A,C 1348.93 PASS AF=0.0769231,0.912088;AO=7,78;DP=86;FAO=7,83;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=1,51;FSAR=6,32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0158426,0.0533976;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.845,85.0517;QD=59.2934;RBI=0.0270643,0.0566294;REFB=0.0370343,-0.0132915;REVB=-0.0219429,-0.018857;RO=1;SAF=1,46;SAR=6,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2842,-0.0101798;STB=0.666107,0.504853;STBP=0.134,0.522;TYPE=snp,snp;VARB=0.0406847,0.00561995;OID=.,.;OPOS=111694438,111694438;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:86:91:1:1:7,78:7,83:0.0769231,0.912088:6,32:1,46:1:0:6,32:1,51:1:0 chr3 111719786 . A T 169.91 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00410096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.633;QD=16.991;RBI=0.00767228;REFB=-0.000432533;REVB=0.00648429;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433584;STB=0.723463;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00069624;OID=.;OPOS=111719786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:11:6:18:4:11:7:18:4 chr3 111760771 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.942;QD=58.4197;RBI=0.0185015;REFB=0;REVB=-0.0143419;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55067e-06;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr3 111765834 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.339;QD=53.9107;RBI=0.0155896;REFB=0;REVB=0.0122356;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154962;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr3 111799845 . A T 3040.81 PASS AF=0.989744;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.074717;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2981;QD=62.3756;RBI=0.0791748;REFB=0.0230355;REVB=-0.0261919;RO=0;SAF=75;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501201;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.000557144;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:195:0:2:193:193:0.989744:118:75:0:0:118:75:1:1 chr3 111828384 . G GT,T 404.44 PASS AF=0.533333,0;AO=43,4;DP=109;FAO=56,0;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=22,0;FSAR=34,0;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.010422,-0.00948839;FXX=0.0186898;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=15.9176,231.849;QD=15.4073;RBI=0.0633534,0.0208324;REFB=-0.025294,0.00138797;REVB=-0.0624902,-0.0185462;RO=57;SAF=16,0;SAR=27,4;SRF=37;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.277155,-0.587084;STB=0.593396,0.5;STBP=0.044,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00317125,0;OID=.,.;OPOS=111828385,111828384;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:105:57:49:43,4:56,0:0.533333,0:27,4:16,0:37:20:34,0:22,0:29:20 chr3 111828423 . G A 1578.84 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.533;QD=59.022;RBI=0.0371702;REFB=-0.0611103;REVB=0.00761777;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162832;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:107:0:0:106:107:1:56:50:0:0:56:51:0:0 chr3 111898387 . A G 344.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0057393;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.06;QD=20.5733;RBI=0.0207346;REFB=-0.00221478;REVB=0.0199245;RO=32;SAF=25;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229334;STB=0.62783;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00167824;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:10:25:15:17:10:25:15:17 chr3 111918216 . A G 1295.08 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.238;QD=60.236;RBI=0.0262247;REFB=0;REVB=0.0252331;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0947e-05;OID=.;OPOS=111918216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:86:0:0:78:86:1:36:42:0:0:44:42:0:0 chr3 111921225 . G T 546.61 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.182;QD=59.0927;RBI=0.016861;REFB=0;REVB=0.0153421;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05866e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:16:19:0:0:16:21:0:0 chr3 111923123 . G A 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.513;QD=58.5976;RBI=0.00476467;REFB=0;REVB=-8.56402e-05;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13452e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr3 111981849 . C T 234.39 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0632443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1225;QD=21.8041;RBI=0.0734316;REFB=0.000897955;REVB=0.0373143;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280213;STB=0.516515;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.000161262;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:20:22:23:0.534884:10:12:11:8:10:13:12:8 chr3 111981878 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0153272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.279;QD=21.5106;RBI=0.0176359;REFB=-0.0196052;REVB=-0.00872369;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423572;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0290336;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:9:10:10:11:9:10 chr3 111981924 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0132368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8659;QD=13.4556;RBI=0.0193481;REFB=0.0052071;REVB=0.0141115;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.599815;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00670953;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:8:7:7:4:8:7 chr3 111993831 . G A 118.75 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00757381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.256;QD=12.8381;RBI=0.0126735;REFB=-0.0112313;REVB=-0.0101614;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10623;STB=0.550946;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0156134;OID=.;OPOS=111993831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:5:9:12:10:5:9:13:10 chr3 112059768 . C G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.486;QD=52.7698;RBI=0.039396;REFB=0.0139459;REVB=0.0238786;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000125274;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:16:12:0:0:16:12:0:1 chr3 112081560 . T TTA 420.85 PASS AF=0.73913;AO=27;DP=74;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0342018;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=2;MLLD=175.641;QD=36.5958;RBI=0.0576912;REFB=-0.0990502;REVB=0.0464598;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340197;STB=0.50649;STBP=0.883;TYPE=ins;VARB=0.0348854;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:27:74:34:46:12:15:19:5:7:85:44:14:13:9:35 chr3 112184772 . A G 268.72 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0238895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.837;QD=22.3931;RBI=0.0365037;REFB=-0.0169323;REVB=-0.0276009;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126164;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0266048;OID=.;OPOS=112184772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:11:14:9:13:11:14:10:13 chr3 112185025 . G A 178.76 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0100081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.023;QD=10.6723;RBI=0.0189107;REFB=-0.0144375;REVB=-0.0160453;RO=42;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228199;STB=0.629993;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0292647;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:44:23:23:0.343284:13:10:27:15:13:10:28:16 chr3 112190137 . G T 769.49 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.432;QD=56.9994;RBI=0.0383407;REFB=0;REVB=0.0324964;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106832;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr3 112256630 . A G 277.26 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0451431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.102;QD=26.4061;RBI=0.0463227;REFB=-0.00898451;REVB=0.0103871;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050068;STB=0.527703;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00723554;OID=.;OPOS=112256630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:7:10:13:12:7:10 chr3 112299732 . A G 227.07 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00343139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0905;QD=28.3836;RBI=0.00502565;REFB=-0.0616299;REVB=0.00367188;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214507;STB=0.631458;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0246191;OID=.;OPOS=112299732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:32:10:11:21:21:0.65625:12:9:8:2:12:9:9:2 chr3 112642568 . C G 1008.12 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0369205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3259;QD=56.0068;RBI=0.0537456;REFB=-0.0389689;REVB=0.0390573;RO=2;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115919;STB=0.500796;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000651433;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:69:70:0.972222:36:33:1:1:37:33:1:1 chr3 112642572 . T C 780.95 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.53;QD=55.7822;RBI=0.166094;REFB=0;REVB=0.0602579;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543454;OID=.;OPOS=112642572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:54:56:1:37:17:1:0:38:18:0:0 chr3 112643403 . G T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.901;QD=48.7345;RBI=0.00710003;REFB=0;REVB=-0.0065039;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85298e-05;OID=.;OPOS=112643403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr3 112643952 . C T 401.17 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131108;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.133;QD=53.4892;RBI=0.0159224;REFB=-0.00351535;REVB=0.00903485;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-1.26081e-05;OID=.;OPOS=112643952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr3 112647832 . A C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7774;QD=56.1843;RBI=0.0246619;REFB=0;REVB=-0.0181129;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518323;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr3 112647988 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.302;QD=57.1062;RBI=0.0122734;REFB=0;REVB=-0.00803044;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57301e-06;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr3 112648125 . G T 1408.8 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0162861;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.903;QD=60.5935;RBI=0.0174726;REFB=-0.0733345;REVB=0.00632879;RO=2;SAF=58;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604394;STB=0.503189;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000419178;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:93:2:2:91:91:0.978495:33:58:1:1:33:58:1:1 chr3 112648127 . T G 1305.78 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.27;QD=55.5653;RBI=0.220446;REFB=0;REVB=0.128777;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513982;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:91:94:1:33:58:0:0:34:60:0:0 chr3 112648222 . T C 1474.87 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0670802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0612;QD=57.2765;RBI=0.0679767;REFB=-0.0272639;REVB=0.0110033;RO=2;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02155;STB=0.511109;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00298831;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:2:2:100:101:0.980583:43:57:0:2:44:57:0:2 chr3 112935138 . C G 243.66 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00514747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.967;QD=15.2287;RBI=0.0456978;REFB=-0.00264455;REVB=-0.045407;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143705;STB=0.567708;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00495182;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:28:28:0.4375:18:10:17:17:18:10:17:19 chr3 113010466 . T C 2477.71 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106499;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.785;QD=61.5581;RBI=0.0124325;REFB=0;REVB=0.00641457;RO=0;SAF=77;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04855e-05;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:84:77:0:0:84:77:0:0 chr3 113022870 . T C 1134.56 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000932971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0714;QD=60.51;RBI=0.0228058;REFB=0;REVB=0.0227867;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56204e-05;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr3 113145006 . C T 175.76 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00168215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.786;QD=11.9159;RBI=0.0249697;REFB=-0.00445066;REVB=-0.024913;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121935;STB=0.570488;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00970487;OID=.;OPOS=113145006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:12:10:21:16:12:10:21:16 chr3 113146130 . T C 285.97 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0314398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7135;QD=13.3007;RBI=0.0370537;REFB=-0.00874134;REVB=0.0196092;RO=53;SAF=7;SAR=26;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378024;STB=0.718089;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0183929;OID=.;OPOS=113146130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:26:7:28:25:26:7:28:25 chr3 113164109 . A G 148.09 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0493545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2805;QD=26.9263;RBI=0.131827;REFB=-0.0215299;REVB=0.122239;RO=7;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529374;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00886356;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:7:7:14:15:0.681818:2:12:6:1:3:12:6:1 chr3 113233563 . C T 39.07 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0215209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0288;QD=12.0207;RBI=0.0656894;REFB=0.0169824;REVB=0.0620641;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0109555;OID=.;OPOS=113233563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:5:2:3:3:5:2 chr3 113286405 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00707671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.832;QD=15.1662;RBI=0.010471;REFB=0.0103754;REVB=0.00771762;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133919;STB=0.5637;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0130916;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:5:18:19:9:5:18:21:9 chr3 113367340 . T C 81.35 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00816298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9091;QD=19.1408;RBI=0.00914252;REFB=-0.0533715;REVB=-0.00411721;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153826;STB=0.588064;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0412828;OID=.;OPOS=113367340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:2:5:5:5:2:5 chr3 113368172 . T C 253.07 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0382075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.775;QD=16.0682;RBI=0.0382382;REFB=0.000884584;REVB=0.00153193;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247827;STB=0.639005;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00271895;OID=.;OPOS=113368172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:11:23:12:17:11:23 chr3 113368643 . A T 205.0 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0109405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.475;QD=18.2225;RBI=0.0113359;REFB=-0.00969088;REVB=-0.00296793;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160183;STB=0.600747;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0122018;OID=.;OPOS=113368643;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:20:21:0.466667:10:10:8:16:10:11:8:16 chr3 113371382 . AG A,AA 174.57 PASS AF=0.4,0.0222222;AO=16,3;DP=45;FAO=18,1;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6,0;FSAR=12,1;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0211187,-0.0233079;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=250.51,249.877;QD=15.5172;RBI=0.0230166,0.0245201;REFB=-0.00543619,-0.00390115;REVB=-0.00915234,-0.00761423;RO=26;SAF=5,1;SAR=11,2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127951,-0.0993083;STB=0.557312,0.988396;STBP=0.54,0.449;TYPE=del,snp;VARB=0.00481272,0.0542636;OID=.,.;OPOS=113371383,113371383;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.0222222:16,3:45:18,1:45:26:6,0:12,1:11:15:99:26:5,1:11,2:11:15 chr3 113373797 . A G 235.74 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0342284;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.738;QD=15.2089;RBI=0.0390652;REFB=-0.00882031;REVB=0.0188285;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109435;STB=0.507241;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.015645;OID=.;OPOS=113373797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:35:26:27:0.435484:12:14:19:17:12:15:19:16 chr3 113373930 . A G 813.73 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5838;QD=57.1035;RBI=0.00957808;REFB=0;REVB=0.00881472;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138011;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr3 113374097 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0154197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.644;QD=17.1564;RBI=0.0173934;REFB=-0.00239779;REVB=0.00804748;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116975;STB=0.582682;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00280615;OID=.;OPOS=113374097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:11:6:9:10:11:6:10:10 chr3 113374646 . G A 44.56 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.030437;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1705;QD=6.14612;RBI=0.0320269;REFB=-0.00316364;REVB=0.00996546;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789762;STB=0.550878;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00572344;OID=.;OPOS=113374646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:8:14:4:3:8:14 chr3 113377361 . A G 271.81 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00783495;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.731;QD=16.9882;RBI=0.00800366;REFB=-0.00336765;REVB=0.00163464;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177974;STB=0.599933;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00357567;OID=.;OPOS=113377361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:34:30:30:0.46875:18:12:20:14:18:12:20:14 chr3 113380232 . G A 140.45 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00499987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.434;QD=13.065;RBI=0.0517617;REFB=0.00103243;REVB=-0.0515196;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533805;STB=0.521445;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00562178;OID=.;OPOS=113380232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:10:6:11:15:10:6:11:16 chr3 113383221 . A G 87.04 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0614913;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.871;QD=15.1369;RBI=0.0660465;REFB=0.0285969;REVB=0.0241032;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340037;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00750606;OID=.;OPOS=113383221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:23:12:12:10:11:0.478261:7:3:8:4:7:4:8:4 chr3 113557787 . AGCC A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616657;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=322.712;QD=51.9167;RBI=0.0262028;REFB=0;REVB=-0.0254668;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.17941e-05;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:13:8:0:0:4:0:13:8:0:0 chr3 113655207 . C T 356.15 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0334455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.156;QD=16.565;RBI=0.0338802;REFB=0.0131283;REVB=-0.00541003;RO=47;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530582;STB=0.534119;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0143481;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:48:38:38:0.44186:24:14:15:32:24:14:15:33 chr3 113673125 . A G 181.22 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0620495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3071;QD=16.4744;RBI=0.0623571;REFB=0.00233326;REVB=0.00618668;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158444;STB=0.591447;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00345167;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:14:5:10:15:14:5:10:15 chr3 113801826 . C T 575.55 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2667;QD=60.5844;RBI=0.0378935;REFB=0;REVB=0.0121163;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284998;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr3 113858350 . C T 1540.34 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9957;QD=57.583;RBI=0.0163585;REFB=-0.0560246;REVB=0.00658574;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.504586;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00188436;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:107:1:1:103:106:0.990654:54:49:0:1:54:52:0:1 chr3 113890815 . C T 420.59 PASS AF=0.457447;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00164318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.052;QD=17.8974;RBI=0.0134201;REFB=0.00360125;REVB=-0.0133191;RO=51;SAF=28;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161837;STB=0.594904;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00375413;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:51:42:43:0.457447:14:28:26:25:14:29:26:25 chr3 113955164 . T G 93.56 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00809802;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.047;QD=11.0066;RBI=0.00820238;REFB=-0.0137647;REVB=-0.00130429;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178993;STB=0.608495;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0315955;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:11:12:4:7:11:12 chr3 113955265 . G A 385.17 PASS AF=0.52;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0108774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.144;QD=20.5425;RBI=0.0150245;REFB=-0.00292756;REVB=0.0103643;RO=36;SAF=14;SAR=24;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143563;STB=0.570194;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00240183;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:38:39:0.52:24:14:19:17:24:15:19:17 chr3 113955320 . C T 289.16 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0378681;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2848;QD=16.2907;RBI=0.0454834;REFB=-0.0258349;REVB=0.0251943;RO=39;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930729;STB=0.559285;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0135795;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:18:13:20:19:19:13:20:19 chr3 113955820 . G C 343.37 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0182268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.161;QD=13.8734;RBI=0.0186134;REFB=-0.00718948;REVB=-0.00377412;RO=61;SAF=21;SAR=17;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051919;STB=0.502957;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0131942;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:17:21:34:27:17:21:34:27 chr3 115440073 . TC CT,TCCT 317.14 PASS AF=0,0.923077;AO=2,14;DP=28;FAO=0,24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=0,15;FSAR=0,9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0106274,0.032069;FXX=0.103413;HRUN=3,2;LEN=2,2;MLLD=72.2946,103.524;QD=48.7907;RBI=0.192035,0.199442;REFB=-0.0711797,-0.0905173;REVB=0.191741,0.196847;RO=0;SAF=0,14;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.531224;STBP=1,0.31;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0106044;OID=.,.;OPOS=115440073,115440075;OREF=TC,-;OALT=CT,CT;OMAPALT=CT,TCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:28:26:0:2:2,14:0,24:0,0.923077:2,0:0,14:0:0:0,9:0,15:2:0 chr3 116301660 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.538;QD=45.8062;RBI=0.0812059;REFB=0;REVB=0.020705;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106319;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr3 116683964 . G C 5571.82 PASS AF=0.991713;AO=356;DP=361;FAO=359;FDP=362;FR=.;FRO=3;FSAF=169;FSAR=190;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0124885;FXX=0.00549435;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.13;QD=61.5671;RBI=0.0292234;REFB=0.0243377;REVB=0.0264205;RO=3;SAF=168;SAR=188;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00311467;STB=0.501629;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-6.13109e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:361:362:3:3:356:359:0.991713:188:168:2:1:190:169:2:1 chr3 118381320 . C A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.466;QD=57.6788;RBI=0.0419866;REFB=0;REVB=0.0327405;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134232;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr3 118649060 . G T 937.28 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.105;QD=58.58;RBI=0.0653829;REFB=0;REVB=0.0501573;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001474;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr3 118824042 . A ATTC 119.95 PASS AF=0.5;AO=10;DP=29;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0107161;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=198.173;QD=18.4544;RBI=0.0115037;REFB=-0.00756935;REVB=-0.00418347;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.578197;STBP=0.465;TYPE=ins;VARB=0.00741754;OID=.;OPOS=118824043;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:29:13:26:13:6:7:4:9:99:15:5:5:5:10 chr3 118865126 . GGAA G 203.28 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00530653;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=3;MLLD=231.603;QD=10.9883;RBI=0.0223831;REFB=-0.00567002;REVB=0.021745;RO=40;SAF=22;SAR=10;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395856;STB=0.732005;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0083408;OID=.;OPOS=118865127;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:32:74:32:74:42:22:10:11:31:99:40:22:10:11:29 chr3 118865970 . G A 114.03 PASS AF=0.52;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0214856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7842;QD=18.2449;RBI=0.0273877;REFB=-0.0114844;REVB=-0.0169839;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202754;STB=0.638489;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.018178;OID=.;OPOS=118865970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:13:13:0.52:9:4:6:5:9:4:7:5 chr3 118878789 . C T 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0239658;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.022;QD=13.7849;RBI=0.0331695;REFB=0.00182921;REVB=0.0229316;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248927;STB=0.642081;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00334895;OID=.;OPOS=118878789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:33:23:23:0.410714:9:14:12:21:9:14:12:21 chr3 118909159 . A G 103.64 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0217688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8661;QD=11.2043;RBI=0.0547621;REFB=-0.00888641;REVB=0.0502494;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974616;STB=0.535661;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0224135;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:5:7:16:8:5:8:16:8 chr3 118945796 . G C 395.69 PASS AF=0.428571;AO=43;DP=103;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00620249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.889;QD=15.0738;RBI=0.0147949;REFB=-0.0157951;REVB=0.013432;RO=59;SAF=23;SAR=20;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428743;STB=0.528796;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0274951;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:59:60:43:45:0.428571:20:23:34:25:21:24:35:25 chr3 119118104 . A G 575.57 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.079;QD=60.5858;RBI=0.0621661;REFB=0;REVB=0.0450094;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544949;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr3 119133183 . G A 753.48 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.777;QD=61.5086;RBI=0.0331977;REFB=0.00213767;REVB=0.0257477;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241145;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-6.95557e-05;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:1:0:29:19:1:0 chr3 119197285 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0779;QD=63.5826;RBI=0.0165944;REFB=0;REVB=-0.014481;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326832;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr3 119263680 . C T 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.944;QD=59.4245;RBI=0.0272834;REFB=-0.015213;REVB=-0.00127983;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000371992;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:0:1:20:22:0:1 chr3 119305169 . G A 180.06 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0134185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.887;QD=23.2336;RBI=0.0666241;REFB=-0.0166354;REVB=-0.0652588;RO=12;SAF=14;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354429;STB=0.716278;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0140841;OID=.;OPOS=119305169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:12:13:18:18:0.580645:4:14:4:8:4:14:4:9 chr3 119305379 . T A 365.83 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0217733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.493;QD=18.7603;RBI=0.0251798;REFB=-0.0141764;REVB=-0.0126469;RO=40;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438424;STB=0.524395;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0113964;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:22:16:15:25:22:16:15:25 chr3 119327653 . T C 572.1 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00683857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.669;QD=22.0038;RBI=0.0248741;REFB=0.00648751;REVB=0.0239155;RO=47;SAF=40;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224935;STB=0.623821;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00343481;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:17:40:21:26:17:40:21:26 chr3 119331874 . C T 389.73 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00422228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.922;QD=21.6515;RBI=0.00695358;REFB=0.0080653;REVB=-0.00552491;RO=33;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189798;STB=0.604598;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00447155;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:17:22:11:22:17:22:11:22 chr3 119331892 . C G 354.26 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0304442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.758;QD=21.4701;RBI=0.0462464;REFB=-0.0266206;REVB=-0.0348121;RO=30;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127521;STB=0.570431;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0130118;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:16:20:12:18:16:20:12:18 chr3 119338956 . A G 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.901;QD=63.3365;RBI=0.00854895;REFB=0;REVB=-0.00759078;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92495e-06;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr3 119361415 . A G 250.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0550397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1865;QD=15.9102;RBI=0.0558008;REFB=-0.0300241;REVB=-0.00918513;RO=34;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121856;STB=0.568138;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0349332;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:19:10:8:26:19:10:8:26 chr3 119367390 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.918;QD=58.0609;RBI=0.0228194;REFB=0;REVB=0.0227519;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59888e-05;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr3 119378872 . G A 532.84 PASS AF=0.446154;AO=57;DP=131;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00905401;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5869;QD=16.3951;RBI=0.0141438;REFB=-0.0144757;REVB=0.0108661;RO=71;SAF=35;SAR=22;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177455;STB=0.606056;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0155711;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:71:72:57:58:0.446154:22:35:31:40:22:36:31:41 chr3 119379186 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0365229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2829;QD=12.0154;RBI=0.036997;REFB=0.0036498;REVB=0.00590361;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.61502;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0194752;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:2:5:3:3:2:5 chr3 119395662 . C G 675.89 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0208002;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.77;QD=22.1602;RBI=0.0336197;REFB=0.000535483;REVB=0.0264128;RO=54;SAF=43;SAR=23;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196676;STB=0.504363;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00028951;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:54:56:66:66:0.540984:23:43:34:20:23:43:36:20 chr3 119395799 . A C 563.73 PASS AF=0.540816;AO=45;DP=91;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0293328;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.181;QD=23.0096;RBI=0.0330906;REFB=-0.0334258;REVB=-0.0153158;RO=45;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100098;STB=0.515933;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0338816;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:98:45:45:45:53:0.540816:23:22:27:18:23:30:27:18 chr3 119426307 . T C 483.15 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8738;QD=58.564;RBI=0.0572909;REFB=0;REVB=0.0395811;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915447;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:15:15:0:0:15:18:0:0 chr3 119434527 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.156;QD=60.5472;RBI=0.0305374;REFB=0;REVB=0.0206426;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3986e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr3 119533910 . T C 1450.41 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00231914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9179;QD=61.7194;RBI=0.0311614;REFB=0.0662343;REVB=0.031075;RO=1;SAF=44;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106524;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00106619;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:48:44:1:0:49:44:1:0 chr3 119886548 . G C 245.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0241069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.028;QD=15.5671;RBI=0.025914;REFB=-0.0205317;REVB=-0.00950733;RO=35;SAF=22;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431877;STB=0.745578;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0299096;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:6:22:13:22:6:22:13:22 chr3 119886776 . T A 551.68 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00629461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.501;QD=29.8207;RBI=0.0138926;REFB=-0.0295869;REVB=0.0123848;RO=25;SAF=32;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139331;STB=0.575708;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0167153;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:49:49:0.662162:17:32:11:14:17:32:11:14 chr3 120768492 . A G 172.88 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00398012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.986;QD=18.6896;RBI=0.0152842;REFB=0.000829985;REVB=-0.0147569;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28794;STB=0.648806;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000766069;OID=.;OPOS=120768492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:7:11:5:13:7:11:6:13 chr3 120973818 . A T 246.84 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0147306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.121;QD=16.4557;RBI=0.0245425;REFB=-0.0223042;REVB=-0.0196301;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136014;STB=0.56662;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0422957;OID=.;OPOS=120973818;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:14:14:11:20:14:14:12:20 chr3 121137976 . C T 695.46 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00869347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9809;QD=60.4745;RBI=0.0103021;REFB=0.0281509;REVB=0.00552775;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000284087;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:1:0:20:25:1:0 chr3 121138015 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.511;QD=59.8381;RBI=0.0325129;REFB=0;REVB=0.00984347;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164755;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr3 121140949 . GCA G 44.92 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0797701;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.705;QD=5.28429;RBI=0.0867709;REFB=-0.036921;REVB=-0.0341456;RO=24;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216323;STB=0.689102;STBP=0.331;TYPE=del;VARB=0.148409;OID=.;OPOS=121140950;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:7:37:7:34:27:2:5:14:13:44:24:2:5:11:13 chr3 121143384 . C CT 991.37 PASS AF=1;AO=80;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608627;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6653;QD=44.0608;RBI=0.0609233;REFB=-0.016208;REVB=0.00271711;RO=9;SAF=29;SAR=51;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00301659;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:92:90:90:0:35:55:0:0:15:9:29:51:7:2 chr3 121154974 . T C 1523.84 PASS AF=0.979798;AO=93;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00433524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.134;QD=61.5693;RBI=0.0274064;REFB=0.0579602;REVB=-0.0270614;RO=2;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210599;STB=0.511109;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.000375729;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:93:97:0.979798:44:49:0:2:44:53:0:2 chr3 121208176 . T C 658.05 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.054263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7263;QD=59.8224;RBI=0.136212;REFB=-0.0944487;REVB=0.124937;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00540201;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:1:0:23:20:1:0 chr3 121208833 . G C 751.4 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187817;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.993;QD=63.9485;RBI=0.0208712;REFB=0;REVB=0.00910252;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137337;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr3 121238749 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6128;QD=61.6797;RBI=0.0876183;REFB=0;REVB=-0.0852192;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00094142;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr3 121251868 . A C 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.000659074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.974;QD=19.4209;RBI=0.0150045;REFB=-0.0190552;REVB=-0.01499;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276325;STB=0.653649;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0137368;OID=.;OPOS=121251868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:19:8:18:11:19:8 chr3 121263720 . C A 819.71 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209773;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6694;QD=55.5734;RBI=0.0363089;REFB=0.0410034;REVB=0.0296359;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00839586;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:0:1:57:58:0.983051:22:35:0:0:23:35:1:0 chr3 121350966 . C G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.467;QD=56.187;RBI=0.108888;REFB=0;REVB=0.0879543;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886034;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr3 121353254 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.892;QD=49.5992;RBI=0.0300051;REFB=0;REVB=0.00764154;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175962;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr3 121361787 . G A 509.03 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287824;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7826;QD=59.8853;RBI=0.0296684;REFB=0;REVB=0.00719617;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610325;OID=.;OPOS=121361787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 121372875 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3422;QD=45.8067;RBI=0.0510776;REFB=0;REVB=-0.00841745;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122555;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr3 121373111 . T C 294.41 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872772;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.944;QD=53.5286;RBI=0.0485689;REFB=0;REVB=0.0477783;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142995;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr3 121412892 . A G 231.32 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00883913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4599;QD=14.6871;RBI=0.0164689;REFB=-0.00699944;REVB=-0.0138958;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373917;STB=0.521211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00880995;OID=.;OPOS=121412892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:20:16:13:14:20:16 chr3 121414217 . C A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0229834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.513;QD=12.8607;RBI=0.0268905;REFB=0.00700171;REVB=0.0139592;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523743;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00963841;OID=.;OPOS=121414217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:2:5:5:2:2:5:6:2 chr3 121435621 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7516;QD=39.2047;RBI=0.0751304;REFB=0;REVB=-0.0660145;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185563;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr3 121435624 . C T 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.878;QD=39.2016;RBI=0.0842044;REFB=0;REVB=0.00101466;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134503;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr3 121488995 . C G 117.67 PASS AF=0.375;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00481353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8045;QD=14.7089;RBI=0.0344425;REFB=-0.00773068;REVB=-0.0341044;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137036;STB=0.526273;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0328655;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:32:32:17:17:10:12:0.375:2:8:12:5:4:8:12:5 chr3 121526204 . G A 95.52 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00837532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2843;QD=11.5786;RBI=0.0320062;REFB=-0.0121066;REVB=-0.030891;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191843;STB=0.636153;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0239105;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:21:21:11:12:0.363636:5:6:15:6:6:6:15:6 chr3 121563355 . T C 427.91 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0229881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0517;QD=19.6739;RBI=0.0234227;REFB=-0.0165572;REVB=0.00449069;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114892;STB=0.563772;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0182463;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:19:24:19:25:19:24:19:25 chr3 121641693 . G A 805.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.866;QD=64.4009;RBI=0.0318315;REFB=0;REVB=0.0290791;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8401e-05;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr3 121642048 . A T 934.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6736;QD=58.3756;RBI=0.0965923;REFB=0;REVB=-0.072922;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148517;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr3 121643170 . A T 582.66 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00303872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.169;QD=58.2655;RBI=0.035271;REFB=-0.183323;REVB=-0.0351399;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00128644;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:14:25:0:0:14:25:1:0 chr3 121643804 . C T 1380.17 PASS AF=0.958333;AO=91;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0363797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5364;QD=57.5071;RBI=0.0388011;REFB=-0.118311;REVB=-0.0134921;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106514;STB=0.521272;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0124704;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:96:96:1:4:91:92:0.958333:47:44:1:0:47:45:4:0 chr3 121646641 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.921;QD=56.9557;RBI=0.0431126;REFB=0;REVB=0.0167994;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158846;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr3 121647286 . C T 1249.98 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.134;QD=60.2401;RBI=0.0360767;REFB=0.048651;REVB=0.014179;RO=1;SAF=23;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796029;STB=0.504201;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0011283;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:59:23:0:1:59:23:0:1 chr3 121648168 . G A 455.55 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.61;QD=55.2181;RBI=0.0531378;REFB=-0.10987;REVB=0.0244182;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138953;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:33:0:0:31:33:1:13:18:0:0:13:20:0:0 chr3 121712051 . A C 214.9 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458469;FXX=0.105208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1577;QD=50.5648;RBI=0.107877;REFB=0;REVB=0.0976504;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00979362;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr3 121825197 . G A 1434.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.111;QD=63.05;RBI=0.0287723;REFB=0;REVB=0.00179881;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80743e-05;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr3 121836966 . TGA T 625.44 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106949;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.701;QD=61.0189;RBI=0.0161623;REFB=0;REVB=-0.0121177;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000322772;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:43:41:41:0:16:25:0:0:4:0:16:19:0:0 chr3 121838792 . TTG T 1092.85 PASS AF=0.916667;AO=92;DP=108;FAO=99;FDP=108;FR=.;FRO=9;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0123163;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=179.513;QD=40.4761;RBI=0.0158426;REFB=-0.0253112;REVB=-0.00996476;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.363636;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.51657;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=0.00230016;OID=.;OPOS=121838793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:92:108:99:108:9:58:41:7:2:10:0:54:38:0:0 chr3 122003045 . G C 1440.37 PASS AF=1;AO=77;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.078;QD=62.6248;RBI=0.0384376;REFB=0;REVB=0.0260908;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136006;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:77:92:1:34:43:0:0:44:48:0:0 chr3 122003769 . A G 571.71 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2842;QD=58.6372;RBI=0.109262;REFB=0;REVB=0.0347612;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139567;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:18:21:0:0 chr3 122003832 . G C 800.77 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8867;QD=57.198;RBI=0.0326093;REFB=0;REVB=-0.0215127;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81765e-05;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr3 122145324 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.131;QD=23.2183;RBI=0.0256999;REFB=-0.00124141;REVB=-0.0158898;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000306992;OID=.;OPOS=122145324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr3 122186188 . C T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.645;QD=62.3483;RBI=0.043554;REFB=0;REVB=0.0355572;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76394e-05;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr3 122259606 . T C 1621.17 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.05919;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.472;QD=58.4206;RBI=0.0613201;REFB=-0.118304;REVB=0.0160221;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.504761;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000998946;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:108:110:0.990991:51:57:0:0:52:58:0:1 chr3 122288210 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9306;QD=58.5864;RBI=0.0922116;REFB=0;REVB=-0.0550986;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353655;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr3 122296647 . G A 1700.91 PASS AF=0.85034;AO=122;DP=146;FAO=125;FDP=147;FR=.;FRO=22;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0309762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0288;QD=46.2832;RBI=0.0506893;REFB=-0.0918677;REVB=0.0401233;RO=11;SAF=43;SAR=79;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479417;STB=0.571417;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0182931;OID=.;OPOS=122296647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:146:147:11:22:122:125:0.85034:79:43:7:4:80:45:18:4 chr3 122354037 . A G 89.25 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0209253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.816;QD=17.8493;RBI=0.0537189;REFB=-0.0318749;REVB=-0.0494757;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00978515;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:4:9:8:9:0.45:5:3:3:1:6:3:3:6 chr3 122354792 . G A 538.82 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0202044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.171;QD=20.5266;RBI=0.0206857;REFB=-0.000763428;REVB=-0.0044363;RO=50;SAF=23;SAR=32;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522338;STB=0.528725;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000709206;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:32:23:18:32:32:23:18:32 chr3 122437321 . T C 738.62 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.953;QD=56.8166;RBI=0.0274771;REFB=0;REVB=0.0232079;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209974;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr3 122630323 . T G 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00554914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.808;QD=23.6158;RBI=0.00613898;REFB=-0.0181475;REVB=0.00262568;RO=22;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507038;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0085727;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:23:33:33:0.589286:21:12:8:14:21:12:8:15 chr3 122630346 . T C 315.47 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0198082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9761;QD=25.2378;RBI=0.0217267;REFB=-0.000242574;REVB=-0.00892658;RO=21;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105078;STB=0.520953;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000327401;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:19:9:7:14:19:9:8:14 chr3 122642590 . G A 150.94 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0232086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.526;QD=12.5785;RBI=0.0232087;REFB=-0.0143525;REVB=6.88398e-05;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250274;STB=0.646886;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.036682;OID=.;OPOS=122642590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:18:13:11:6:18:13 chr3 122680141 . A G 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0103624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.212;QD=23.1237;RBI=0.0160312;REFB=-0.0382614;REVB=0.0122319;RO=20;SAF=8;SAR=22;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303999;STB=0.527138;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0276665;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:22:30:30:0.576923:22:8:6:14:22:8:7:15 chr3 122843110 . G T 348.9 PASS AF=0.398148;AO=37;DP=101;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00327126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6081;QD=12.9224;RBI=0.0135021;REFB=0.000106222;REVB=0.0130998;RO=62;SAF=17;SAR=20;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265102;STB=0.525441;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000422868;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:108:62:65:37:43:0.398148:20:17:27:35:22:21:29:36 chr3 122864436 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.43;QD=61.3751;RBI=0.0256577;REFB=0;REVB=-0.000851053;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19699e-05;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr3 122880191 . T C 378.6 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0457811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.574;QD=19.1696;RBI=0.0474813;REFB=-0.0297781;REVB=0.0125922;RO=40;SAF=13;SAR=26;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137225;STB=0.576536;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0236711;OID=.;OPOS=122880191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:26:13:19:21:26:13:19:21 chr3 122991021 . A T 1163.86 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193966;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.081;QD=60.4601;RBI=0.0207555;REFB=0;REVB=-0.0073867;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364602;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:37:40:0:0 chr3 122991038 . C T 1208.61 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.587;QD=61.1955;RBI=0.0441145;REFB=0;REVB=0.0439131;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118214;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:37:42:0:0 chr3 123286645 . A G 33.14 PASS AF=0.104478;AO=8;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0552009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.7877;QD=1.97832;RBI=0.0661663;REFB=-0.0115132;REVB=-0.0364805;RO=47;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447412;STB=0.873485;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0610423;OID=.;OPOS=123286645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:47:60:8:7:0.104478:2:6:17:30:1:6:25:35 chr3 123357037 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.565;QD=57.2375;RBI=0.0561509;REFB=0;REVB=0.00132565;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05457e-05;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr3 123368013 . A G 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0887314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.941;QD=50.1328;RBI=0.0912833;REFB=-0.0262252;REVB=0.021433;RO=1;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226226;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00288836;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:20:4:0:1:20:4:0:1 chr3 123401016 . C CA 511.51 PASS AF=0.974359;AO=5;DP=43;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116924;FXX=0.0714116;HRUN=0;LEN=1;MLLD=173.808;QD=52.4621;RBI=0.118264;REFB=-0.116315;REVB=0.0177487;RO=35;SAF=0;SAR=5;SRF=4;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515683;STB=0.507039;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.00282264;OID=.;OPOS=123401017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974359:5:43:38:39:1:3:35:0:1:7:35:0:5:4:31 chr3 123401017 . G A 453.93 PASS AF=0.857143;AO=33;DP=40;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0607361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.76;QD=43.231;RBI=0.0633693;REFB=-0.0902155;REVB=0.0180775;RO=6;SAF=3;SAR=30;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848286;STB=0.542835;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0011543;OID=.;OPOS=123401017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:40:42:6:6:33:36:0.857143:30:3:0:6:32:4:0:6 chr3 123418913 . G A 816.82 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214075;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.116;QD=56.3324;RBI=0.0214339;REFB=0;REVB=-0.00106356;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134881;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:22:34:0:0:24:34:0:0 chr3 123419573 . G T 1409.35 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00405873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2466;QD=61.2763;RBI=0.0282975;REFB=0.141726;REVB=-0.0280049;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00111207;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:89:91:0.98913:45:44:0:1:45:46:0:1 chr3 123419733 . A G 851.03 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.705;QD=57.6969;RBI=0.0565601;REFB=0;REVB=0.0325061;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020253;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:35:21:0:0:35:24:0:0 chr3 123419782 . G A 1029.08 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00975216;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.132;QD=57.9761;RBI=0.0236434;REFB=-0.0799644;REVB=0.0215384;RO=1;SAF=23;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201069;STB=0.510635;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000376159;OID=.;OPOS=123419782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:46:23:1:0:47:23:1:0 chr3 123451773 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.736;QD=62.3509;RBI=0.0370183;REFB=0;REVB=0.029486;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168799;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr3 123452838 . G A 634.71 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00100243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.761;QD=23.0804;RBI=0.00295949;REFB=-0.0222931;REVB=0.00278455;RO=45;SAF=26;SAR=36;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105702;STB=0.571741;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0181039;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:45:48:62:62:0.563636:36:26:25:20:36:26:28:20 chr3 123457893 . G A 93.29 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0453579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9357;QD=19.6407;RBI=0.0523321;REFB=-0.050827;REVB=0.026102;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.041578;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:3:5:6:5:3:5 chr3 123512627 . G T 521.36 PASS AF=0.563218;AO=46;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00931929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.471;QD=23.9704;RBI=0.0102702;REFB=-0.00811025;REVB=0.00431592;RO=38;SAF=18;SAR=28;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477829;STB=0.536848;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00610907;OID=.;OPOS=123512627;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:38:46:49:0.563218:28:18:17:21:31:18:17:21 chr3 123634046 . G A 1601.31 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9021;QD=64.0523;RBI=0.0127497;REFB=0;REVB=5.47635e-05;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89819e-05;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr3 123699299 . G A 546.16 PASS AF=0.54;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0225293;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0902;QD=21.8463;RBI=0.0248306;REFB=-0.0176934;REVB=0.0104399;RO=44;SAF=17;SAR=37;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632019;STB=0.541578;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0153336;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:44:46:54:54:0.54:37:17:11:33:37:17:11:35 chr3 124044949 . C T 533.91 PASS AF=0.553191;AO=47;DP=89;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0154847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.503;QD=22.7197;RBI=0.0216666;REFB=-0.0303004;REVB=0.0151547;RO=42;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144957;STB=0.55952;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0235475;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:42:42:47:52:0.553191:27:20:25:17:28:24:25:17 chr3 124196094 . A T 220.03 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00687964;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.867;QD=13.9701;RBI=0.00967395;REFB=-0.00923322;REVB=-0.00680117;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133551;STB=0.565708;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0146408;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:37:26:26:0.412698:12:14:24:12:12:14:24:13 chr3 124281844 . C A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0141129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4118;QD=19.3438;RBI=0.0332499;REFB=0.0148859;REVB=0.0301062;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235527;STB=0.649825;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0151577;OID=.;OPOS=124281844;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:13:5:9:8:13:5:10:8 chr3 124351316 . G A 884.61 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00701991;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6528;QD=56.1654;RBI=0.0128157;REFB=-0.00258655;REVB=0.0107221;RO=1;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116565;STB=0.506171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00097574;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:61:62:0.984127:40:21:0:1:40:22:0:1 chr3 124351424 . T C 1312.16 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00946236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.087;QD=59.6434;RBI=0.0210599;REFB=-0.0416908;REVB=0.0188144;RO=2;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166196;STB=0.50877;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000879193;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:56:30:0:2:56:30:0:2 chr3 124376653 . G A 343.2 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00374231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.244;QD=24.0841;RBI=0.0198768;REFB=0.037565;REVB=0.0195213;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594676;STB=0.532691;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0153991;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:19:15:12:11:19:15:12:11 chr3 124379748 . G C 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.087;QD=57.2326;RBI=0.0185068;REFB=0;REVB=-0.00186775;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90204e-05;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr3 124379817 . T C 1463.02 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0492558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2323;QD=60.9593;RBI=0.0726521;REFB=-0.048723;REVB=0.053406;RO=1;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998174;STB=0.510414;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00342304;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:47:47:0:1:47:47:0:2 chr3 124385301 . T C 196.51 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00272694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.576;QD=17.8648;RBI=0.0052544;REFB=-0.0373063;REVB=0.00449139;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193225;STB=0.5999;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0266311;OID=.;OPOS=124385301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:24:18:20:0.454545:11:7:14:10:12:8:14:10 chr3 124385361 . A G 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0399482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.053;QD=14.7942;RBI=0.0405112;REFB=-0.0101719;REVB=-0.00673;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122911;STB=0.571347;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0290121;OID=.;OPOS=124385361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:12:6:12:15:12:6:12:15 chr3 124385942 . T C 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0190672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1234;QD=9.60068;RBI=0.0234355;REFB=-0.00513944;REVB=-0.013626;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187356;STB=0.510904;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00449245;OID=.;OPOS=124385942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:9:8:17:19:9:8:18:19 chr3 124385960 . C T 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.017341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5702;QD=10.1677;RBI=0.0177928;REFB=0.00119535;REVB=0.00398395;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00266078;OID=.;OPOS=124385960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:10:9:18:20:10:9:18:20 chr3 124390722 . G A 68.84 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0320512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.753;QD=15.2976;RBI=0.0321835;REFB=0.00450445;REVB=-0.00291562;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355772;STB=0.736288;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00176187;OID=.;OPOS=124390722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:8:9:9:9:0.5:7:2:5:3:7:2:6:3 chr3 124412634 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.371;QD=50.4135;RBI=0.0152025;REFB=0;REVB=0.00595522;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09198e-05;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr3 124412691 . G T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0161152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.8;QD=9.75968;RBI=0.0807904;REFB=0.000215386;REVB=-0.0791669;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384023;STB=0.734638;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00420108;OID=.;OPOS=124412691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:8:4:5:2:8:4 chr3 124416519 . CA AC,CAC 34.6 PASS AF=0,0.170732;AO=2,10;DP=42;FAO=0,7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0525347,-0.0646045;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=144.162,136.874;QD=3.37518;RBI=0.0558349,0.0677888;REFB=-0.000440917,-0.00106898;REVB=-0.0189112,-0.0205324;RO=29;SAF=0,3;SAR=2,7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.40267,-0.0609142;STB=0.5,0.61734;STBP=1,0.585;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0834939;OID=.,.;OPOS=124416519,124416521;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:42:41:29:34:2,10:0,7:0,0.170732:2,7:0,3:10:19:0,4:0,3:10:24 chr3 124418879 . T C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.138715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.833;QD=9.56954;RBI=0.139884;REFB=0.0069108;REVB=0.0180494;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.514249;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0071168;OID=.;OPOS=124418879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:3:11:6:2:4:11 chr3 124439127 . T A 194.32 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0561546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1672;QD=24.2896;RBI=0.061548;REFB=-0.00178508;REVB=-0.0251955;RO=13;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309999;STB=0.675842;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00210489;OID=.;OPOS=124439127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:16:3:6:7:16:3:6:7 chr3 124451284 . T C 213.24 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0119329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.967;QD=20.3089;RBI=0.0260127;REFB=0.00297001;REVB=0.0231142;RO=18;SAF=16;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30766;STB=0.639856;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0050573;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:21:20:21:0.5:4:16:9:9:5:16:11:10 chr3 124451312 . T G 167.08 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00794736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.544;QD=15.1891;RBI=0.013033;REFB=-0.00877444;REVB=0.0103295;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145161;STB=0.583245;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0235339;OID=.;OPOS=124451312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:18:8:8:10:18:8 chr3 124456742 . G C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0131518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.245;QD=16.1191;RBI=0.0158772;REFB=0.00824209;REVB=-0.00889462;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506435;STB=0.529362;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00727985;OID=.;OPOS=124456742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:8:5:4:8:8:5 chr3 124462808 . C T 194.38 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00566328;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.768;QD=12.7461;RBI=0.0154059;REFB=-0.016999;REVB=-0.0143272;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817891;STB=0.52457;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0229886;OID=.;OPOS=124462808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:23:24:0.393443:11:12:16:20:12:12:17:20 chr3 124515308 . A G 181.34 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00133423;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.98;QD=13.9494;RBI=0.0272143;REFB=-0.0135419;REVB=0.0271816;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139706;STB=0.545413;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0212249;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:30:20:22:0.423077:8:12:14:16:10:12:14:16 chr3 124515314 . G A 230.93 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0294742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.925;QD=16.4949;RBI=0.0361181;REFB=-0.0069805;REVB=-0.0208755;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.559346;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00310973;OID=.;OPOS=124515314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:11:15:13:16:11:15:14:16 chr3 124515509 . G A 97.84 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=6.15162e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7738;QD=13.4952;RBI=0.0357011;REFB=-0.0139973;REVB=0.035701;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377878;STB=0.736441;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0199996;OID=.;OPOS=124515509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:9:3:10:6:9:3:11:6 chr3 124540193 . G A 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00983401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.397;QD=8.08983;RBI=0.0199359;REFB=-0.00224164;REVB=0.0173416;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386417;STB=0.74186;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00509235;OID=.;OPOS=124540193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:10:12:2:7:10:12 chr3 124646594 . A G 240.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0314968;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.959;QD=14.3847;RBI=0.0322838;REFB=-0.00623747;REVB=-0.00708487;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106901;STB=0.567117;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0108763;OID=.;OPOS=124646594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:39:28:28:0.41791:14:14:15:23:14:14:15:24 chr3 124646705 . A AAAG,AAG 1048.29 PASS AF=1,0;AO=46,15;DP=81;FAO=72,0;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=60,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700508,-0.0155019;FXX=0.0399947;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=228.75,210.542;QD=58.2384;RBI=0.0649898,0.0685442;REFB=0,0;REVB=0.0646112,0.0667683;RO=14;SAF=11,0;SAR=35,15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0272874,-0.805854;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000488174,0;OID=.,.;OPOS=124646706,124646706;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:46,15:81:72,0:72:0:12,0:60,0:0:0:6:14:11,0:35,15:4:10 chr3 124692689 . C T 412.57 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0123688;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3731;QD=17.9378;RBI=0.0292093;REFB=-0.010375;REVB=-0.0264612;RO=47;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203843;STB=0.618991;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.022111;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:47:50:42:42:0.456522:26:16:28:19:26:16:30:20 chr3 124728626 . A G 446.18 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.012857;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0606;QD=20.2808;RBI=0.0318527;REFB=0.0110145;REVB=-0.0291426;RO=43;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311175;STB=0.522717;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0145887;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:43:44:44:44:0.5:22:22:20:23:22:22:20:24 chr3 124731485 . C G 1112.31 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00811963;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.8;QD=58.5428;RBI=0.0179794;REFB=-0.0990501;REVB=0.0160415;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150156;STB=0.507934;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00275837;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:43:31:1:0:44:31:1:0 chr3 124731689 . T A 652.99 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00604057;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.19;QD=18.6568;RBI=0.0120691;REFB=-0.0119682;REVB=-0.0104487;RO=73;SAF=28;SAR=38;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399837;STB=0.526146;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0139163;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:140:73:74:66:66:0.471429:38:28:34:39:38:28:35:39 chr3 124732419 . A G 36.32 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.047653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9511;QD=6.91821;RBI=0.0490929;REFB=-0.0336201;REVB=-0.0118027;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34828;STB=0.71347;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0716803;OID=.;OPOS=124732419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:1:5:8:6:1:5:9:6 chr3 124732618 . A G 111.51 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0233384;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.485;QD=15.3809;RBI=0.0243325;REFB=-0.00189254;REVB=-0.00688405;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149726;STB=0.505609;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00106792;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:8:5:6:9:8:5:6:10 chr3 124733649 . T G 1766.17 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.36;QD=60.9025;RBI=0.0195684;REFB=0;REVB=0.018043;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48833e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:114:116:1:57:57:0:0:59:57:0:0 chr3 124738107 . C T 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0127524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8083;QD=13.9454;RBI=0.0334974;REFB=0.00678139;REVB=-0.030975;RO=48;SAF=22;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22939;STB=0.631063;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00682846;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:10:22:23:25:10:22:23:25 chr3 124739892 . G A 351.83 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00500033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.142;QD=15.637;RBI=0.0147764;REFB=-0.0163506;REVB=0.0139046;RO=52;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524158;STB=0.502957;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0264036;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:21:17:23:29:21:17:23:29 chr3 124746049 . A G 318.18 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00256455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.651;QD=18.7162;RBI=0.0144085;REFB=0.00183874;REVB=-0.0141784;RO=33;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108425;STB=0.544016;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000191395;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:33:34:0.5:15:18:14:19:16:18:15:19 chr3 124746182 . C A 459.39 PASS AF=0.471698;AO=49;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00220072;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.923;QD=17.3353;RBI=0.00398078;REFB=-0.0172876;REVB=-0.00331714;RO=55;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682366;STB=0.547151;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0194673;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:56:49:50:0.471698:25:24:23:32:25:25:23:33 chr3 124746347 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.846;QD=57.5434;RBI=0.0103447;REFB=0;REVB=0.00226327;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32163e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr3 124748226 . G A 400.65 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00497913;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.171;QD=21.9534;RBI=0.00499724;REFB=-0.0116821;REVB=0.000424994;RO=28;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143523;STB=0.502856;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0154376;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:28:33:39:40:0.547945:16:23:16:12:16:24:20:13 chr3 124802881 . A G 66.05 PASS AF=0.25641;AO=7;DP=36;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00355556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.7;QD=6.77403;RBI=0.0243336;REFB=-0.0171255;REVB=-0.0240724;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280519;STB=0.70551;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.034434;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:36:39:27:29:7:10:0.25641:3:4:9:18:4:6:9:20 chr3 124802888 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0124949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.885;QD=6.39515;RBI=0.0160459;REFB=0.0015695;REVB=0.0100671;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232007;STB=0.605841;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0041466;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:38:29:29:8:9:0.236842:4:4:9:20:5:4:9:20 chr3 124837684 . T C 1269.46 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279422;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9272;QD=61.9251;RBI=0.055479;REFB=0;REVB=0.0479286;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532078;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:49:32:0:0:50:32:0:0 chr3 124839470 . G A 1474.7 PASS AF=0.913793;AO=105;DP=114;FAO=106;FDP=116;FR=.;FRO=10;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0168848;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.333;QD=50.8519;RBI=0.0262107;REFB=-0.0278053;REVB=0.0200476;RO=7;SAF=61;SAR=44;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184578;STB=0.52412;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00014658;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:114:116:7:10:105:106:0.913793:44:61:3:4:45:61:3:7 chr3 124947331 . TA AT,TAT 33.81 PASS AF=0.0208333,0.229167;AO=3,13;DP=50;FAO=1,11;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=0,6;FSAR=1,5;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0277413,-0.0364365;FXX=0.020404;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=30.5268,22.7789;QD=2.81735;RBI=0.0326477,0.036501;REFB=-0.0245262,-0.0314995;REVB=-0.0172132,-0.00216992;RO=33;SAF=0,6;SAR=3,7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539787,-0.0629486;STB=0.988883,0.576785;STBP=0.486,0.57;TYPE=mnp,ins;VARB=0.137523,0.126155;OID=.,.;OPOS=124947331,124947333;OREF=TA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:50:48:33:36:3,13:1,11:0.0208333,0.229167:3,7:0,6:17:16:1,5:0,6:16:20 chr3 124951821 . C G,T 454.23 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921929,-0.0233075;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.981,191.173;QD=56.7789;RBI=0.0206079,0.0237098;REFB=0,0;REVB=-0.0184307,0.00434947;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00792499,0.00262224;OID=.,.;OPOS=124951821,124951821;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:1,16:1,14:0:0:1,16:1,14:0:0 chr3 125235852 . A ATTTAT 224.76 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00557198;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=5;MLLD=248.681;QD=18.7301;RBI=0.0246394;REFB=-0.00891507;REVB=0.0240011;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114389;STB=0.562444;STBP=0.446;TYPE=ins;VARB=0.0107431;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:21:52:22:48:26:11:11:16:10:99:27:10:11:16:11 chr3 125692141 . G A 436.89 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.025047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.036;QD=18.7907;RBI=0.0251091;REFB=-0.0285893;REVB=-0.00176498;RO=49;SAF=23;SAR=21;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146417;STB=0.581393;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0281569;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:21:23:18:31:21:23:18:31 chr3 125692148 . G A 467.7 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0303609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7854;QD=18.1631;RBI=0.0316569;REFB=-0.0131215;REVB=0.00896531;RO=52;SAF=26;SAR=23;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152503;STB=0.583076;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0142174;OID=.;OPOS=125692148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:49:50:0.485437:23:26:19:33:23:27:20:33 chr3 125726048 . G C 212.6 PASS AF=0.364865;AO=21;DP=68;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00237583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.132;QD=11.4918;RBI=0.00243336;REFB=-0.0244553;REVB=-0.000525981;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947865;STB=0.579418;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0398962;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:47:47:21:27:0.364865:11:10:22:25:11:16:22:25 chr3 125769757 . C T 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0133713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.573;QD=16.237;RBI=0.0137364;REFB=-0.0112558;REVB=-0.00314617;RO=36;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115396;STB=0.565173;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0231681;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:20:10:16:20:20:10:16:20 chr3 125775227 . CT C,CC 687.42 PASS AF=0.48,0.52;AO=28,25;DP=53;FAO=24,26;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=24,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001573,-0.0164769;FXX=0.0565931;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.837,147.231;QD=54.9938;RBI=0.0401193,0.0455271;REFB=0,0;REVB=0.0400885,0.0424408;RO=0;SAF=0,19;SAR=28,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.012841,0.0279629;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.48,0.52:28,25:53:24,26:50:0:0,19:24,7:0:0:99:0:0,19:28,6:0:0 chr3 125775321 . G C 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00477768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.664;QD=10.9435;RBI=0.00798485;REFB=-6.92213e-05;REVB=-0.00639778;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127196;STB=0.574393;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=8.57106e-05;OID=.;OPOS=125775321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:12:8:19:18:12:8:19:18 chr3 125786852 . C T 172.14 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0363218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.119;QD=18.1198;RBI=0.0370899;REFB=-0.0311793;REVB=0.00750916;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142977;STB=0.581306;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.022927;OID=.;OPOS=125786852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:12:8:10:8:12:8 chr3 125786879 . T C 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3365;QD=62.9725;RBI=0.0918603;REFB=0;REVB=0.0633943;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28074e-05;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr3 125854409 . T C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.026932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.186;QD=16.4805;RBI=0.043737;REFB=-0.0238648;REVB=-0.0344615;RO=25;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.599891;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0245614;OID=.;OPOS=125854409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:13:6:12:13:13:6:12:13 chr3 125856695 . C A 417.01 PASS AF=0.52381;AO=36;DP=77;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.067275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1064;QD=19.8575;RBI=0.0721488;REFB=-0.0459577;REVB=0.0260677;RO=40;SAF=22;SAR=14;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243288;STB=0.624809;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0599004;OID=.;OPOS=125856695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:84:40:40:36:44:0.52381:14:22:14:26:17:27:14:26 chr3 125865766 . C A 178.66 PASS AF=0.452381;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00409839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.862;QD=17.0157;RBI=0.00628102;REFB=-0.0261998;REVB=0.00475966;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194915;STB=0.601884;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0301176;OID=.;OPOS=125865766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:23:23:17:19:0.452381:10:7:14:9:11:8:14:9 chr3 126152474 . C T 255.9 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0222905;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.818;QD=10.0353;RBI=0.0277983;REFB=-0.00989921;REVB=0.0166097;RO=61;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103509;STB=0.563544;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0403632;OID=.;OPOS=126152474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:69:33:33:0.323529:17:16:24:37:17:16:27:42 chr3 126169230 . C T 771.28 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0292994;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.452;QD=52.2902;RBI=0.029311;REFB=-0.11979;REVB=0.000825594;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525415;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00226038;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:59:0:3:56:56:0.949153:28:28:0:0:28:28:0:3 chr3 126169472 . T C 222.81 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.828;QD=49.5131;RBI=0.048652;REFB=0;REVB=0.0242364;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520384;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr3 126329910 . A G 289.18 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.671;QD=52.5773;RBI=0.0439039;REFB=0;REVB=0.0244661;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546433;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr3 126737268 . C A 248.65 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0270862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6301;QD=16.3051;RBI=0.0273135;REFB=-0.0222348;REVB=0.00351691;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469799;STB=0.534437;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0266561;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:11:16:18:15:11:17:18:15 chr3 126916371 . T C 632.09 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2454;QD=61.6673;RBI=0.0415941;REFB=0;REVB=-0.0323832;RO=1;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135934;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.19354e-05;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:1:0:39:41:1:34:5:0:1:35:6:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 130.61 PASS AF=1;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104342;FXX=0.266489;HRUN=3;LEN=3;MLLD=282.431;QD=47.4954;RBI=0.0206104;REFB=0;REVB=0.017774;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.43314e-05;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:17:11:11:0:3:8:0:0:3:7:3:7:3:4 chr3 126921308 . G A 429.49 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0237065;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.054;QD=19.522;RBI=0.0239527;REFB=-0.0108792;REVB=0.00342516;RO=45;SAF=13;SAR=30;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245283;STB=0.636805;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0111121;OID=.;OPOS=126921308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:45:43:43:0.488636:30:13:25:20:30:13:25:20 chr3 127323830 . C T 152.37 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0630868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1532;QD=21.0165;RBI=0.0644489;REFB=-0.0456311;REVB=-0.01318;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154264;STB=0.608154;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0339958;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:11:5:6:6:11:5:7:6 chr3 127379270 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00779962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.135;QD=22.7947;RBI=0.0309955;REFB=-0.0329325;REVB=0.0299981;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149847;STB=0.508373;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0278124;OID=.;OPOS=127379270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:10:11:13:11:10:11 chr3 127379795 . A G 646.66 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0250348;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.271;QD=21.2018;RBI=0.025864;REFB=-0.0282105;REVB=-0.00649669;RO=56;SAF=27;SAR=37;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520186;STB=0.529387;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0248168;OID=.;OPOS=127379795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:56:58:64:64:0.52459:37:27:27:29:37:27:28:30 chr3 127409941 . T C 173.76 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0036682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.506;QD=12.8707;RBI=0.0119319;REFB=-0.00677558;REVB=-0.0113541;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229552;STB=0.632782;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0093693;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:7:14:15:18:7:14:15:18 chr3 127410915 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00571425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.145;QD=16.4437;RBI=0.00593325;REFB=-0.0154481;REVB=-0.00159712;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833138;STB=0.547778;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0163135;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:13:14:12:8:13:14 chr3 127641968 . C A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0345043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.153;QD=10.0749;RBI=0.0413715;REFB=-0.00566408;REVB=-0.0228266;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00382633;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:4:4:6:7:4:4:6:8 chr3 127642814 . G C 269.62 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00284376;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2386;QD=10.1744;RBI=0.0444404;REFB=-0.0116504;REVB=-0.0443493;RO=71;SAF=20;SAR=15;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12306;STB=0.571388;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0247841;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:71:71:35:35:0.330189:15:20:33:38:15:20:33:38 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 107.49 PASS AF=0.195652;AO=17;DP=103;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00765576;FXX=0.0416623;HRUN=0;LEN=7;MLLD=323.749;QD=4.67336;RBI=0.0110065;REFB=0.00147852;REVB=0.00790772;RO=83;SAF=10;SAR=7;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149007;STB=0.576838;STBP=0.509;TYPE=ins;VARB=-0.00693535;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195652:17:103:18:92:74:10:8:34:40:99:83:10:7:39:44 chr3 127682477 . AC GT 91.41 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0045968;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.011;QD=3.93171;RBI=0.0256458;REFB=-0.00886821;REVB=-0.0252305;RO=75;SAF=10;SAR=6;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198944;STB=0.639827;STBP=0.231;TYPE=mnp;VARB=0.0328247;OID=.;OPOS=127682477;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:96:93:75:77:16:16:0.172043:6:10:35:40:6:10:35:42 chr3 127983495 . T C 804.01 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.476;QD=57.4293;RBI=0.0777463;REFB=0;REVB=0.0126292;RO=0;SAF=8;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045499;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:47:56:1:39:8:0:0:39:17:0:0 chr3 128181537 . C T 850.7 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.803;QD=57.6747;RBI=0.0280554;REFB=0;REVB=0.0181267;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182392;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr3 128182074 . G A 189.08 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0085492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.685;QD=21.0084;RBI=0.0110767;REFB=-0.0266171;REVB=-0.00704307;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187803;STB=0.507878;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0234469;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:18:19:0.527778:12:6:6:11:12:7:6:11 chr3 128200019 . C G 339.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0192469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.331;QD=20.5622;RBI=0.073338;REFB=-0.00999376;REVB=-0.0707674;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185171;STB=0.602342;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00509383;OID=.;OPOS=128200019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:16:19:10:21:16:19:10:21 chr3 128292213 . A G 1731.28 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.742;QD=60.7466;RBI=0.0131256;REFB=0;REVB=0.0129789;RO=0;SAF=72;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02523e-05;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:41:72:0:0:42:72:0:0 chr3 128292844 . A G 88.19 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0606;QD=39.197;RBI=0.108259;REFB=0;REVB=0.0888659;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00392316;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr3 128292858 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.993;QD=43.4862;RBI=0.0350287;REFB=0;REVB=0.0337994;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234045;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr3 128344786 . G A 320.07 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0145281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.728;QD=16.0036;RBI=0.0159769;REFB=0.0110717;REVB=0.00664795;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15825;STB=0.588855;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00905402;OID=.;OPOS=128344786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:18:17:29:16:18:17:29:16 chr3 128356852 . C T 843.31 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7709;QD=56.2204;RBI=0.0482682;REFB=0;REVB=0.0267911;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206478;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:31:26:0:0:34:26:0:0 chr3 128392630 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.831;QD=49.5991;RBI=0.0280626;REFB=0;REVB=-0.0273556;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12542e-05;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr3 128755953 . G A 210.21 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00676184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.429;QD=19.1103;RBI=0.00695766;REFB=-0.00427873;REVB=-0.00163907;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127052;STB=0.571365;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00759196;OID=.;OPOS=128755953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:5:18:14:7:5:18 chr3 128890350 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.787;QD=52.6119;RBI=0.0399339;REFB=0;REVB=-0.0390909;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000545011;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr3 129130197 . T C 169.08 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00842777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.006;QD=20.4948;RBI=0.0160222;REFB=-0.00673113;REVB=0.0136265;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266006;STB=0.624858;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0105264;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:12:5:9:6:12:6:9:6 chr3 129134242 . G A 244.32 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.120263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.262;QD=17.4516;RBI=0.120313;REFB=-0.0171182;REVB=0.00348339;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042321;STB=0.523792;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0222881;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:12:17:17:10:12:17 chr3 129137127 . G A 240.1 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0147264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.24;QD=16.5583;RBI=0.016809;REFB=-0.0109318;REVB=0.00810411;RO=31;SAF=4;SAR=23;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324854;STB=0.686406;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0184162;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:23:4:12:19:23:4:12:19 chr3 129140499 . T C 268.48 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00463018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.233;QD=19.1768;RBI=0.0115518;REFB=-0.0163086;REVB=0.0105833;RO=27;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811688;STB=0.532796;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.01513;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:10:18:15:12:11:18:15:12 chr3 129150291 . CTTTTTTG CTTTTT,CTTTTTG 42.12 PASS AF=0,0.301887;AO=12,39;DP=108;FAO=0,32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=0,4;FSAR=0,28;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00484394,0.141804;FXX=0.00934492;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=51.6319,7.80967;QD=1.58939;RBI=0.0551926,0.212879;REFB=-0.0323488,-0.191042;REVB=-0.0549796,-0.158774;RO=51;SAF=0,4;SAR=12,35;SRF=30;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.757502,-0.595793;STB=0.5,0.789421;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.199163;OID=.,.;OPOS=129150297,129150292;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.301887:12,39:108:0,32:106:74:0,4:0,28:33:41:43:51:0,4:12,35:30:21 chr3 129155451 . C T 281.93 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00160809;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.431;QD=17.0864;RBI=0.0297594;REFB=-0.00686432;REVB=-0.029716;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068451;STB=0.53123;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00743426;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:35:31:31:0.469697:16:15:20:16:16:15:19:16 chr3 129210977 . G C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0106774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.18;QD=8.69141;RBI=0.0292843;REFB=-0.00940761;REVB=-0.0272684;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260944;STB=0.516089;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0176466;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:6:11:5:3:6:11 chr3 129279597 . C T 598.11 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401721;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.046;QD=61.345;RBI=0.0639123;REFB=0;REVB=0.049709;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46836e-05;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr3 129281980 . C T 651.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6282;QD=62.0026;RBI=0.047533;REFB=0;REVB=0.0338804;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070574;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr3 129286413 . G C 545.38 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0562497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.924;QD=57.4079;RBI=0.0566696;REFB=-0.0922331;REVB=0.00688591;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.523796;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000669685;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:27:10:0:0:27:10:1:0 chr3 129290087 . G A 437.91 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0224956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7016;QD=21.625;RBI=0.0327671;REFB=-0.0114317;REVB=0.023825;RO=38;SAF=9;SAR=34;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229258;STB=0.627704;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0104298;OID=.;OPOS=129290087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:34:9:16:22:34:9:16:22 chr3 129291751 . T C 208.11 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0788193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7594;QD=18.0965;RBI=0.0826025;REFB=-0.0156923;REVB=-0.0247121;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134881;STB=0.561234;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0155125;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:12:9:7:17:12:9:8:17 chr3 129293183 . T C 736.88 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00012746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6752;QD=60.1533;RBI=0.0201482;REFB=-0.0966357;REVB=0.0201478;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000833745;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:46:48:0.979592:23:23:0:0:24:24:1:0 chr3 129293256 . T C 522.99 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0302716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0911;QD=23.7723;RBI=0.0338158;REFB=-0.0389662;REVB=-0.0150709;RO=39;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741177;STB=0.540626;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0360197;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:22:27:25:14:22:27:25:14 chr3 129302455 . G A 287.29 PASS AF=0.444444;AO=33;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0486225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7249;QD=15.9605;RBI=0.0486225;REFB=-0.00153001;REVB=-4.81881e-05;RO=39;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807069;STB=0.533877;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000877944;OID=.;OPOS=129302455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:33:32:0.444444:22:11:16:23:21:11:16:24 chr3 129303072 . G A 252.33 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.015679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.356;QD=17.1073;RBI=0.0195332;REFB=-0.0138247;REVB=0.0116496;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123838;STB=0.575706;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0164333;OID=.;OPOS=129303072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:16:12:9:21:16:12:9:22 chr3 129304797 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0138154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.695;QD=20.2743;RBI=0.0155187;REFB=-0.0135554;REVB=0.00706852;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190686;STB=0.607902;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0194462;OID=.;OPOS=129304797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:12:12:7:16:12:12 chr3 129305460 . C T 289.29 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00483516;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.533;QD=13.6137;RBI=0.00485933;REFB=-0.00559643;REVB=0.000484022;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164601;STB=0.5974;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0112799;OID=.;OPOS=129305460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:52:33:33:0.388235:15:18:19:30:15:18:20:32 chr3 129308209 . G A 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00869456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.036;QD=18.163;RBI=0.0129779;REFB=-0.00803632;REVB=0.00963485;RO=39;SAF=13;SAR=25;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229643;STB=0.611353;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00749345;OID=.;OPOS=129308209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:42:38:38:0.475:25:13:23:16:25:13:23:19 chr3 129310367 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0185529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0767;QD=7.95475;RBI=0.0310553;REFB=0.0230694;REVB=0.0249042;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296329;STB=0.518472;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0533678;OID=.;OPOS=129310367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:10:9:4:4:10:9 chr3 129310405 . A G 60.68 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0131676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.849;QD=8.99008;RBI=0.013817;REFB=-0.020168;REVB=0.00418624;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120817;STB=0.573607;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0155591;OID=.;OPOS=129310405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:10:8:5:4:10:8 chr3 129366963 . G T 221.89 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0367827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.194;QD=12.5007;RBI=0.0629419;REFB=0.000894244;REVB=0.0510756;RO=43;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170247;STB=0.60364;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00025101;OID=.;OPOS=129366963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:44:27:27:0.380282:12:15:17:26:12:15:17:27 chr3 129367024 . T A 825.56 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0664431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.126;QD=54.1353;RBI=0.0690088;REFB=-0.0796402;REVB=-0.0186419;RO=2;SAF=22;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409724;STB=0.521732;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00147083;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:2:2:59:59:0.967213:37:22:2:0:37:22:2:0 chr3 129538635 . A G 523.6 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251362;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.015;QD=59.8395;RBI=0.0498156;REFB=0;REVB=0.0430089;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107341;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr3 129546729 . T C,G 752.53 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=44,3;DP=47;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102479,-0.0045462;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.922,127.013;QD=61.4307;RBI=0.0133509,0.0662746;REFB=0,0;REVB=0.00855729,0.0661185;RO=0;SAF=27,2;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.54734e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00120393,0.01316;OID=.,.;OPOS=129546729,129546729;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:49:0:0:44,3:48,1:0.979592,0.0204082:17,1:27,2:0:0:19,1:29,0:0:0 chr3 129695954 . T C 649.65 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0181268;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6309;QD=57.7466;RBI=0.0426154;REFB=0.0551418;REVB=0.038568;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.519222;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00896976;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:43:43:0.955556:18:25:1:0:18:25:2:0 chr3 129696041 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=58;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00863696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.567;QD=55.4105;RBI=0.0130868;REFB=0.0855309;REVB=0.00983189;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.510635;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0017;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:58:57:0.982759:34:24:0:0:34:23:1:0 chr3 129800823 . T G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00749769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.569;QD=6.85065;RBI=0.00784276;REFB=-0.00781371;REVB=-0.00230078;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119522;STB=0.5852;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0181793;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:5:5:12:18:5:5:12:19 chr3 129800888 . G A 177.67 PASS AF=0.4;AO=21;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00447424;FXX=0.019604;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.938;QD=14.2139;RBI=0.0241936;REFB=-0.00366093;REVB=-0.0237762;RO=30;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358762;STB=0.6998;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00275372;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:30:21:20:0.4:6:15:11:19:6:14:11:19 chr3 129800895 . G A 176.63 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00771055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.785;QD=14.1302;RBI=0.00795287;REFB=-0.00632809;REVB=-0.00194822;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286432;STB=0.666489;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0279427;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:6:13:13:18:6:13:13:18 chr3 129814934 . GC G 37.67 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0572329;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.2376;QD=6.0274;RBI=0.0691568;REFB=-0.00968011;REVB=-0.0388209;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0.251645;SSEP=0;SSSB=0.0812293;STB=0.551576;STBP=0.766;TYPE=del;VARB=0.0288698;OID=.;OPOS=129814935;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:26:7:25:18:4:3:9:9:37:18:4:3:9:9 chr3 130116696 . A C 379.56 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0271328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0462;QD=16.6839;RBI=0.03246;REFB=0.0172622;REVB=0.0178175;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18161;STB=0.601311;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0240784;OID=.;OPOS=130116696;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:18:22:37:14:18:22:37:14 chr3 130162395 . A G 454.25 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00635128;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2727;QD=55.0606;RBI=0.0915978;REFB=-0.159725;REVB=-0.0913773;RO=1;SAF=9;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.526299;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00474293;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:23:9:1:0:23:9:1:0 chr3 130174334 . G A 1376.98 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.055;QD=62.5899;RBI=0.022211;REFB=0;REVB=-0.00349583;RO=0;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80372e-05;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:32:56:0:0:32:56:0:0 chr3 130187817 . T C 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000644891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.897;QD=62.0071;RBI=0.0386821;REFB=0;REVB=0.0386767;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02414e-05;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr3 130190630 . G A 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6102;QD=60.3732;RBI=0.0492517;REFB=0;REVB=-0.0483917;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256902;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:24:50:0:0:24:50:0:0 chr3 130190720 . AT A 54.03 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0315332;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.7872;QD=4.69856;RBI=0.0839252;REFB=0.0223598;REVB=0.077776;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220238;STB=0.622464;STBP=0.258;TYPE=del;VARB=-0.0290215;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:14:48:14:46:32:5:9:17:15:54:31:5:9:17:14 chr3 130284284 . G A 693.06 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139215;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7759;QD=63.0058;RBI=0.00228285;REFB=0;REVB=0.00180924;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224924;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr3 130300650 . T C 697.77 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0711;QD=62.0238;RBI=0.0745063;REFB=0;REVB=0.0396458;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153506;OID=.;OPOS=130300650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:1:0:43:45:1:29:14:0:1:31:14:0:0 chr3 130361856 . G A 1269.11 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129089;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.303;QD=61.908;RBI=0.01794;REFB=0;REVB=0.012458;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029162;OID=.;OPOS=130361856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr3 130368069 . A G 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.389;QD=56.701;RBI=0.0525237;REFB=0;REVB=0.0450851;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369503;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 130368301 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.536;QD=51.9167;RBI=0.0471368;REFB=0;REVB=0.0392903;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399019;OID=.;OPOS=130368301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr3 130449248 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0153454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4168;QD=13.7523;RBI=0.0154172;REFB=0.0151788;REVB=-0.00148668;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15033;STB=0.588353;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0210897;OID=.;OPOS=130449248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:9:14:11:4:9:14 chr3 130732909 . T C 257.99 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0111484;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.66;QD=15.8764;RBI=0.0185827;REFB=0.00301393;REVB=-0.0148671;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247827;STB=0.651713;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0065302;OID=.;OPOS=130732909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:17:12:23:11:17:12:25:11 chr3 130734061 . C T 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0205598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.885;QD=14.8506;RBI=0.0205659;REFB=-0.0038781;REVB=0.000500619;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333628;STB=0.689481;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00995211;OID=.;OPOS=130734061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:23:6:10:9:23:6 chr3 130743812 . G A 226.77 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00822495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.696;QD=15.639;RBI=0.0263862;REFB=-0.00635272;REVB=-0.0250716;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162108;STB=0.60622;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00724155;OID=.;OPOS=130743812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:32:26:26:0.448276:12:14:11:19:12:14:11:21 chr3 130852185 . T C 124.81 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0480963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.785;QD=17.8303;RBI=0.0481158;REFB=-0.00682943;REVB=-0.00136873;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00757819;OID=.;OPOS=130852185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:5:9:9:5:5:9 chr3 130947435 . A T 279.03 PASS AF=0.4;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0109199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.424;QD=13.9516;RBI=0.0298531;REFB=-0.0245411;REVB=-0.0277842;RO=45;SAF=6;SAR=26;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233281;STB=0.621655;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0318983;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:45:48:32:32:0.4:26:6:16:29:26:6:16:32 chr3 130992385 . T C 406.4 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0493823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3192;QD=20.0692;RBI=0.0495753;REFB=-0.0103211;REVB=0.00437011;RO=39;SAF=15;SAR=26;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155756;STB=0.593049;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0122271;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:40:41:41:0.506173:26:15:21:18:26:15:22:18 chr3 131068497 . C T 508.86 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00103884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.505;QD=19.3852;RBI=0.00451055;REFB=0.00704196;REVB=-0.0043893;RO=52;SAF=25;SAR=28;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179482;STB=0.598894;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00968576;OID=.;OPOS=131068497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:28:25:35:17:28:25:35:17 chr3 131068509 . A G 588.92 PASS AF=0.541667;AO=48;DP=98;FAO=52;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0291007;FXX=0.0204061;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.331;QD=24.5385;RBI=0.0297761;REFB=-0.0476078;REVB=0.00630634;RO=27;SAF=20;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631131;STB=0.548598;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0152407;OID=.;OPOS=131068509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:27:35:48:52:0.541667:28:20:11:16:30:22:19:16 chr3 131136797 . T C 955.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.577;QD=58.7959;RBI=0.0252158;REFB=0;REVB=0.0212665;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64194e-05;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:35:30:0:0 chr3 131624120 . C G 844.67 PASS AF=1;AO=57;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195773;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8267;QD=53.6301;RBI=0.196055;REFB=0;REVB=-0.0105016;RO=4;SAF=22;SAR=35;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154049;OID=.;OPOS=131624120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:4:0:57:63:1:35:22:4:0:35:28:0:0 chr3 131947937 . A G 385.17 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0325211;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8047;QD=20.2721;RBI=0.0333427;REFB=-0.0189187;REVB=-0.00735612;RO=37;SAF=27;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216787;STB=0.620625;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0155741;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:37:39:39:0.513158:12:27:17:20:12:27:17:20 chr3 132218623 . G T 1748.69 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121732;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.267;QD=60.8239;RBI=0.0293156;REFB=0;REVB=0.0266687;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14346e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:59:56:0:0:59:56:0:0 chr3 132257747 . G A 549.54 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0207394;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.806;QD=20.5437;RBI=0.0215693;REFB=-0.0304807;REVB=-0.00592542;RO=49;SAF=16;SAR=40;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226301;STB=0.626775;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0146352;OID=.;OPOS=132257747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:51:56:56:0.523364:40:16:26:23:40:16:27:24 chr3 132360883 . C T 1347.17 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0208639;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.752;QD=61.2349;RBI=0.0208849;REFB=-0.0761148;REVB=-0.000937157;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106475;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-6.04323e-05;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:1:1:87:87:0.988636:44:43:0:1:44:43:0:1 chr3 132401600 . C T 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0271893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3385;QD=12.7356;RBI=0.0272272;REFB=-0.00631828;REVB=0.00143673;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127887;STB=0.576379;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0119193;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:28:16:16:0.363636:9:7:8:17:9:7:9:19 chr3 132436967 . A G 74.82 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00659873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8805;QD=17.6047;RBI=0.0207127;REFB=-0.0154242;REVB=-0.0196335;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0152416;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:17:17:7:7:8:8:0.470588:6:2:3:4:6:2:3:4 chr3 133114893 . C T 340.55 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.364;QD=54.4879;RBI=0.026351;REFB=0;REVB=0.0241698;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017045;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr3 133167363 . G A 43.53 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0458979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1258;QD=5.6168;RBI=0.0507354;REFB=-0.00572538;REVB=-0.0216209;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121797;STB=0.578109;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0254098;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:2:5:19:5:2:5:19:5 chr3 133327457 . T C 116.83 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00648315;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.153;QD=10.868;RBI=0.00873931;REFB=0.00105361;REVB=0.0058604;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098492;STB=0.558539;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00205232;OID=.;OPOS=133327457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:10:19:8:6:10:19 chr3 133329943 . G A 199.71 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0171426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.583;QD=15.3625;RBI=0.0309546;REFB=-0.0204724;REVB=0.0257744;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211506;STB=0.636045;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0354236;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:29:21:23:0.442308:16:5:12:17:18:5:12:17 chr3 133331230 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0241631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2395;QD=16.8983;RBI=0.0425641;REFB=0.012848;REVB=0.0350407;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456945;STB=0.761894;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00390849;OID=.;OPOS=133331230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:1:8:3:7:1:8 chr3 133368362 . T G 248.57 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0118211;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.982;QD=11.5611;RBI=0.0206658;REFB=-0.0156182;REVB=0.016951;RO=53;SAF=14;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15119;STB=0.59071;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0273091;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:53:56:30:30:0.348837:16:14:32:21:16:14:34:22 chr3 133383854 . A G 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00266232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.043;QD=10.6984;RBI=0.0191986;REFB=-0.00848951;REVB=0.0190131;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897138;STB=0.553773;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0185558;OID=.;OPOS=133383854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:13:19:10:5:13:19 chr3 133465283 . A G 894.2 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0468294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3431;QD=55.0277;RBI=0.0600445;REFB=-0.0128745;REVB=-0.0375812;RO=2;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032653;STB=0.50173;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00485259;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:35:28:1:1:35:28:1:1 chr3 133465353 . G T 104.79 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00771814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.775;QD=10.7475;RBI=0.00771814;REFB=-0.0150559;REVB=-8.83592e-07;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130578;STB=0.578191;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0295113;OID=.;OPOS=133465353;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:13:13:8:5:13:13 chr3 133474328 . G A 200.78 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.042298;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.545;QD=13.6121;RBI=0.0425195;REFB=-0.00904266;REVB=0.00433452;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973269;STB=0.550618;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0133428;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:35:24:24:0.40678:15:9:15:17:15:9:16:19 chr3 133475722 . C T 334.61 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0419069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6807;QD=16.9421;RBI=0.0424427;REFB=-0.0167285;REVB=0.00672284;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041372;STB=0.507265;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0355966;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:13:23:27:15:13:23:28:15 chr3 133483696 . T C 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00133284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.045;QD=18.7855;RBI=0.0115477;REFB=-0.0050758;REVB=-0.0114705;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470539;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:16:17:17:16:16:17 chr3 133485133 . A G,T 742.96 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=51,2;DP=53;FAO=51,3;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=35,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255182,-0.0473544;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.1409,111.052;QD=55.0339;RBI=0.0277406,0.059828;REFB=0,0;REVB=0.0108796,-0.0365644;RO=0;SAF=16,0;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.5765e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00356204,0.186312;OID=.,.;OPOS=133485133,133485133;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:54:0:0:51,2:51,3:0.944444,0.0555556:35,2:16,0:0:0:35,3:16,0:0:0 chr3 133547245 . G A 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0472399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4591;QD=9.09805;RBI=0.0496801;REFB=-0.0151604;REVB=0.0153789;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325653;STB=0.519955;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0304927;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:9:10:5:4:9:10 chr3 133547692 . G A 478.96 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0107937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.557;QD=15.5758;RBI=0.0157919;REFB=-0.0123014;REVB=0.0115273;RO=69;SAF=32;SAR=21;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213313;STB=0.623015;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0170327;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:70:53:53:0.430894:21:32:27:42:21:32:27:43 chr3 133652712 . A G 245.17 PASS AF=0.348837;AO=31;DP=84;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0287489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9011;QD=11.403;RBI=0.120427;REFB=-0.00245287;REVB=-0.116945;RO=53;SAF=24;SAR=7;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344346;STB=0.742094;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00418442;OID=.;OPOS=133652712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:53:56:31:30:0.348837:7:24:26:27:6:24:26:30 chr3 133669987 . T A 45.52 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00925575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5692;QD=8.67053;RBI=0.0192225;REFB=0.0148097;REVB=0.0168474;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0253784;OID=.;OPOS=133669987;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:5:9:3:4:5:9 chr3 133669993 . A T 55.22 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.049954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.339;QD=10.0405;RBI=0.0628269;REFB=-0.022161;REVB=-0.0381028;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490947;STB=0.666263;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0551017;OID=.;OPOS=133669993;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:14:7:8:0.363636:2:5:1:7:3:5:5:9 chr3 133698349 . C T 845.31 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0140809;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.756;QD=54.5362;RBI=0.0398152;REFB=-0.116271;REVB=0.0372421;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.502762;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000649319;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:62:1:2:60:60:0.967742:35:25:0:1:35:25:1:1 chr3 133941320 . C T 215.93 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00178089;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.01;QD=10.6631;RBI=0.0227892;REFB=0.000279286;REVB=0.0227195;RO=54;SAF=6;SAR=21;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272931;STB=0.661107;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000759524;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:54:54:27:27:0.333333:21:6:23:31:21:6:23:31 chr3 134075522 . AA GA,GG 1574.42 PASS AF=0.943925,0.0560748;AO=102,6;DP=108;FAO=101,6;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=56,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273534,-0.0146215;FXX=0.0092584;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=146.761,8.84135;QD=58.8567;RBI=0.0316323,0.0148909;REFB=0,0;REVB=-0.0158868,0.00281949;RO=0;SAF=45,0;SAR=57,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.08171e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000342406,-0.0235015;OID=.,.;OPOS=134075522,134075522;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:108:107:0:0:102,6:101,6:0.943925,0.0560748:57,6:45,0:0:0:56,6:45,0:0:0 chr3 134077470 . C G 1630.89 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00353141;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.728;QD=58.2462;RBI=0.00480688;REFB=-0.000165514;REVB=0.00326117;RO=1;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840163;STB=0.500162;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=1.64902e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:1:2:109:110:0.982143:56:53:0:1:56:54:1:1 chr3 134214167 . A T 231.47 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0350771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7128;QD=14.9335;RBI=0.078631;REFB=-0.0428045;REVB=-0.0703736;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925015;STB=0.542094;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0445766;OID=.;OPOS=134214167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:12:15:22:12:12:15:22:13 chr3 134278270 . C T 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.797;QD=59.4123;RBI=0.031768;REFB=0;REVB=0.0129843;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90977e-05;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr3 134280395 . T A 768.19 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.577;QD=56.9029;RBI=0.00457833;REFB=0;REVB=-0.00369019;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29953e-07;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr3 134322163 . C A 989.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.667;QD=59.0807;RBI=0.0220719;REFB=0;REVB=-0.00537482;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64128e-05;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:24:42:0:0:25:42:0:0 chr3 134322742 . A G 629.16 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0184276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.696;QD=57.1968;RBI=0.0194432;REFB=-0.0155695;REVB=-0.00620195;RO=2;SAF=10;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302158;STB=0.516121;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00249308;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:32:10:1:1:32:10:1:1 chr3 134323156 . A G 926.47 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021898;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.2567;QD=57.0136;RBI=0.0219517;REFB=0.032626;REVB=0.00153528;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00173696;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:0:1:28:36:0:1 chr3 134499419 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6997;QD=61.335;RBI=0.0224301;REFB=0;REVB=-0.0221966;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224213;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr3 134670524 . C T 222.0 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0105637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.663;QD=14.5574;RBI=0.0282869;REFB=-0.000476368;REVB=0.0262403;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499562;STB=0.546564;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000827644;OID=.;OPOS=134670524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:35:25:26:0.42623:13:12:18:16:14:12:19:16 chr3 134898742 . C T 1616.68 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142627;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.104;QD=58.2587;RBI=0.0326484;REFB=-0.183656;REVB=0.0293683;RO=1;SAF=58;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811455;STB=0.508473;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000754775;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:111:1:2:109:109:0.981982:51:58:1:0:51:58:2:0 chr3 136140009 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAG 40.75 PASS AF=0.183673,0.0816327;AO=10,4;DP=50;FAO=9,4;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=2,0;FSAR=7,4;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.104434,0.0713415;FXX=0.019996;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.78047,23.4583;QD=3.32652;RBI=0.133108,0.183896;REFB=-0.117152,-0.0651543;REVB=0.0825311,0.169494;RO=28;SAF=5,0;SAR=5,4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.613855;STB=0.753263,0.997385;STBP=0.101,0.026;TYPE=del,snp;VARB=0.0518767,0.138469;OID=.,.;OPOS=136140010,136140016;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183673,0.0816327:10,4:50:9,4:49:36:2,0:7,4:19:17:24:28:5,0:5,4:14:14 chr3 136573440 . AA GA,GG 770.39 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196774,-0.0100449;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=52.6004,13.0345;QD=62.8891;RBI=0.0375598,0.0193433;REFB=0,0;REVB=0.0319928,0.0165307;RO=0;SAF=26,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00542932,0.0683447;OID=.,.;OPOS=136573440,136573440;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:21,2:26,0:0:0:21,2:26,0:0:0 chr3 136574501 . A G 998.36 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0551494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.226;QD=56.2457;RBI=0.0555562;REFB=-0.101352;REVB=-0.00671072;RO=1;SAF=23;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201069;STB=0.520827;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00286758;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:46:23:1:0:46:23:2:0 chr3 136574578 . T A,TTAA 447.94 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=2,28;DP=39;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207533,-0.00756546;FXX=0.0605877;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=54.9669,209.834;QD=57.7981;RBI=0.020775,0.017266;REFB=0,0;REVB=-0.00095079,0.0155203;RO=8;SAF=2,8;SAR=0,20;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.55315,-0.156944;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00868015,0.00255035;OID=.,.;OPOS=136574578,136574579;OREF=T,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:39:31:8:0:2,28:1,30:0.0322581,0.967742:0,20:2,8:5:3:0,21:1,9:0:0 chr3 136649463 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.959;QD=58.5864;RBI=0.0512517;REFB=0;REVB=0.0203598;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267462;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr3 136730849 . ATT A,AT 73.8 PASS AF=0.136364,0.5;AO=4,8;DP=22;FAO=3,11;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=1,4;FSAR=2,7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.101693,0.184838;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=16.0604,9.82623;QD=13.4185;RBI=0.131132,0.240303;REFB=-0.0202999,-0.0386573;REVB=-0.0827904,-0.15356;RO=9;SAF=1,3;SAR=3,5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.380435,0.380435;SSEP=0,0;SSSB=-0.32832,-0.162764;STB=0.624149,0.559889;STBP=0.694,0.626;TYPE=del,del;VARB=0.0690644,0.0142262;OID=.,.;OPOS=136730850,136730850;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.136364,0.5:4,8:22:3,11:22:8:1,4:2,7:4:4:27:9:1,3:3,5:5:4 chr3 137786442 . TG CA,CG 527.61 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598087,0.00732019;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=151.046,144.813;QD=58.6232;RBI=0.00598095,0.0123653;REFB=0,0;REVB=-3.02244e-05,0.00996572;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0219477,0.00830265;OID=.,.;OPOS=137786442,137786442;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:0,19:2,15:0:0:0,19:2,15:0:0 chr3 137787047 . C G,T 543.1 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=3,34;DP=37;FAO=3,34;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186441,0.0312401;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.758,115.365;QD=58.714;RBI=0.0186548,0.0413664;REFB=0,0;REVB=-0.000630221,0.0271152;RO=0;SAF=2,17;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0199224,0.000976177;OID=.,.;OPOS=137787047,137787047;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:37:0:0:3,34:3,34:0.0810811,0.918919:1,17:2,17:0:0:1,17:2,17:0:0 chr3 137787192 . T C 903.37 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00389677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5093;QD=56.4606;RBI=0.0645497;REFB=-0.136885;REVB=0.064432;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00220723;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:30:33:0:0:30:33:0:1 chr3 137787963 . T G 1546.02 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.878;QD=59.4623;RBI=0.0142526;REFB=0;REVB=0.00986625;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253293;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:58:45:0:0:59:45:0:0 chr3 137807259 . G A 987.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.6;QD=58.9771;RBI=0.0461543;REFB=0;REVB=0.0428528;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28685e-05;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:22:44:0:0:22:45:0:0 chr3 137843106 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.036;QD=41.8678;RBI=0.0101288;REFB=-0.00431975;REVB=-0.000707024;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000182283;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:0:1:5:10:0:1 chr3 137843476 . G T 685.68 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9995;QD=62.3341;RBI=0.0594415;REFB=0;REVB=-0.00435099;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259277;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:41:44:1:13:28:0:0:14:30:0:0 chr3 137850003 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.039;QD=62.9823;RBI=0.0258508;REFB=0;REVB=0.0256153;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61882e-05;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr3 137880743 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4059;QD=47.8222;RBI=0.0195119;REFB=0;REVB=-0.0191456;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000612487;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr3 137880975 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0133703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.441;QD=18.251;RBI=0.0338333;REFB=-0.00835707;REVB=0.0310794;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0077755;OID=.;OPOS=137880975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:6:9:9:6:6:9 chr3 137881265 . T A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=5.85542e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.541;QD=44.6063;RBI=0.0117789;REFB=-0.0666605;REVB=0.0117788;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.571357;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00657351;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:15:6:2:0:15:6:2:0 chr3 138033181 . C T 305.77 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0588;QD=53.1771;RBI=0.0928763;REFB=0;REVB=0.0396594;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257611;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr3 138187568 . C T 2382.23 PASS AF=0.97546;AO=159;DP=166;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0349905;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7975;QD=58.4596;RBI=0.0352774;REFB=-0.00409198;REVB=0.00449048;RO=4;SAF=89;SAR=70;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209;STB=0.510988;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000346258;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:166:163:4:4:159:159:0.97546:70:89:4:0:70:89:4:0 chr3 138191448 . A T 1362.3 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510531;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.518;QD=62.6345;RBI=0.053052;REFB=0;REVB=0.0144253;RO=0;SAF=56;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181958;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:31:56:0:0:31:56:0:0 chr3 138218994 . T C 2238.45 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0437113;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3337;QD=60.9103;RBI=0.0512332;REFB=-0.0724739;REVB=0.0267237;RO=3;SAF=79;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046261;STB=0.502433;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00285284;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:3:3:144:144:0.979592:65:79:2:1:65:79:2:1 chr3 138289221 . C T 1411.72 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4784;QD=62.7432;RBI=0.0193488;REFB=0;REVB=-0.0122208;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010545;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:37:50:0:0:37:53:0:0 chr3 138329862 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.661;QD=57.0006;RBI=0.0194948;REFB=0;REVB=0.0147871;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6638e-06;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr3 138724757 . C G 158.88 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0241869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9383;QD=17.653;RBI=0.100828;REFB=-0.0027375;REVB=0.0978837;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513688;STB=0.501637;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0050784;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:16:17:0.472222:8:8:10:8:8:9:10:9 chr3 138738956 . C G 144.29 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0295115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.259;QD=24.0489;RBI=0.0345265;REFB=0.0112245;REVB=-0.0179208;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0170449;OID=.;OPOS=138738956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:24:9:9:15:15:0.625:10:5:3:6:10:5:3:6 chr3 138739617 . A G 50.18 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.079;QD=33.4532;RBI=0.101931;REFB=0;REVB=0.0950888;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049791;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:2:2:0:0:4:2:0:0 chr3 138762707 . C G 320.74 PASS AF=0.387097;AO=34;DP=91;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00945572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.238;QD=13.7951;RBI=0.0199635;REFB=-0.0141277;REVB=-0.0175822;RO=56;SAF=13;SAR=21;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168386;STB=0.5852;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.019111;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:56:57:34:36:0.387097:21:13:30:26:22:14:30:27 chr3 138763627 . GTGCTGCT GTGCT,GTGCTG 954.42 PASS AF=1,0;AO=48,10;DP=68;FAO=66,0;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270585,0.0188732;FXX=0.0294074;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=243.155,224.357;QD=57.8434;RBI=0.0685301,0.0583314;REFB=0,0;REVB=0.062962,0.0551938;RO=0;SAF=28,9;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56477e-08,3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000456657,-0.034828;OID=.,.;OPOS=138763628,138763633;OREF=TGC,CT;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCT,GTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:48,10:68:66,0:66:0:40,0:26,0:0:0:5:0:28,9:20,1:0:0 chr3 139102120 . C A 751.13 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.038;QD=56.6894;RBI=0.0033624;REFB=0;REVB=0.000429275;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104171;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:33:20:0:0 chr3 139303248 . G A 340.71 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.653;QD=54.5141;RBI=0.0301197;REFB=0;REVB=0.0274492;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72814e-05;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr3 139318241 . A T 660.77 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.498;QD=58.735;RBI=0.0341278;REFB=-0.110541;REVB=0.0129056;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000306172;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:41:44:0.977778:20:21:0:1:20:24:0:1 chr3 139328739 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7192;QD=43.4858;RBI=0.0283793;REFB=0;REVB=0.0272492;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179172;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr3 140401693 . A G 500.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6549;QD=58.88;RBI=0.0664038;REFB=0;REVB=0.0384523;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255084;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr3 140406947 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.01309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.207;QD=21.9711;RBI=0.0152262;REFB=-0.0100058;REVB=0.00777752;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103359;STB=0.558222;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00821839;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:7:10:14:6:7:10 chr3 140407260 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00421179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.858;QD=11.0197;RBI=0.00578584;REFB=-0.00394779;REVB=-0.00396696;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00680073;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:4:2:1:6:4:2:2:6 chr3 141011503 . GC G 51.22 PASS AF=0.264151;AO=13;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.204055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.7944;QD=3.86562;RBI=0.220049;REFB=-0.0250278;REVB=0.0823589;RO=36;SAF=13;SAR=0;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.77259;STB=0.886714;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0213329;OID=.;OPOS=141011504;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264151:13:53:14:53:39:13:1:20:19:51:36:13:0:18:18 chr3 141011630 . C T 210.01 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0246492;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.611;QD=17.1433;RBI=0.0369601;REFB=-0.0094667;REVB=0.0275403;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09417;STB=0.514509;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0249954;OID=.;OPOS=141011630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:18:21:0.428571:10:8:10:18:13:8:10:18 chr3 141162128 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=9.16265e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.846;QD=15.8818;RBI=0.00961789;REFB=-0.00397709;REVB=0.00961745;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.562382;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00299684;OID=.;OPOS=141162128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:2:8:7:3:2:8 chr3 141162185 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.765;QD=40.7622;RBI=0.0432293;REFB=0;REVB=0.0212824;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351518;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr3 141163655 . G A 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0620953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.006;QD=28.0787;RBI=0.0729956;REFB=-0.0268295;REVB=0.0383736;RO=15;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145385;STB=0.580577;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00454039;OID=.;OPOS=141163655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:18:7:7:8:18:7:7:8 chr3 141163705 . G A 309.97 PASS AF=0.6;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0110831;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.241;QD=24.7973;RBI=0.0121228;REFB=-0.0117532;REVB=-0.00491209;RO=19;SAF=8;SAR=22;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169261;STB=0.586146;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00758396;OID=.;OPOS=141163705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:20:30:30:0.6:22:8:9:10:22:8:9:11 chr3 141165678 . A T 327.98 PASS AF=0.37;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0199606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5575;QD=13.1193;RBI=0.0255498;REFB=-0.0030821;REVB=0.0159489;RO=60;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729238;STB=0.54342;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00791274;OID=.;OPOS=141165678;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:63:36:37:0.37:18:18:26:34:18:19:28:35 chr3 141326602 . T C 541.16 PASS AF=0.52381;AO=54;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0166864;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.556;QD=20.6156;RBI=0.0168959;REFB=0.00760082;REVB=0.00265247;RO=47;SAF=33;SAR=21;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17608;STB=0.613634;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00779108;OID=.;OPOS=141326602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:50:54:55:0.52381:21:33:19:28:21:34:19:31 chr3 141327474 . G A 534.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7416;QD=59.3403;RBI=0.035605;REFB=0;REVB=0.0246895;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328417;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chr3 141331222 . G A 2270.11 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=148;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0219814;FXX=0.0270252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3421;QD=63.0586;RBI=0.0360134;REFB=-0.028202;REVB=0.0285269;RO=0;SAF=58;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27381e-08;STB=0.502924;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=9.08514e-05;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:144:0:1:143:143:0.993056:85:58:0:0:85:58:0:1 chr3 141497168 . C T 528.66 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0206267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.17;QD=22.2592;RBI=0.0231667;REFB=-0.0266496;REVB=0.0105468;RO=45;SAF=19;SAR=31;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181398;STB=0.51;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0176896;OID=.;OPOS=141497168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:31:19:18:27:31:19:18:27 chr3 141497469 . A T 316.76 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.014966;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2087;QD=24.3659;RBI=0.0219377;REFB=-0.0511806;REVB=-0.01604;RO=20;SAF=18;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163909;STB=0.580593;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.028465;OID=.;OPOS=141497469;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:52:20:21:31:31:0.596154:13:18:7:13:13:18:8:13 chr3 141892054 . A C 31.16 PASS AF=0.416667;AO=2;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0391811;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=181.439;QD=10.3851;RBI=0.0454097;REFB=0.00908688;REVB=-0.022954;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.887733;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.101307;OID=.;OPOS=141892054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:12:12:0:7:2:5:0.416667:0:2:0:0:1:4:0:7 chr3 142168331 . C T 885.11 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0932;QD=58.0402;RBI=0.0858665;REFB=0;REVB=0.0837048;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640307;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr3 142670616 . A G 189.32 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00846627;FXX=0.0487686;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.7;QD=19.4175;RBI=0.017015;REFB=0.00249305;REVB=-0.0147591;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688944;STB=0.539042;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00932422;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:20:20:19:19:0.487179:10:9:11:9:10:9:11:9 chr3 142730774 . T G 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.027131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7023;QD=16.0416;RBI=0.0323407;REFB=-0.0133054;REVB=0.0176018;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413986;STB=0.523784;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00813802;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:8:11:14:12:8:11:14:12 chr3 142779294 . C T 209.61 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.036184;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.722;QD=24.6595;RBI=0.0398251;REFB=-0.00575601;REVB=0.0166358;RO=14;SAF=3;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40595;STB=0.730201;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00328548;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:14:20:20:0.588235:17:3:8:6:17:3:8:6 chr3 143293012 . A G 96.21 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0194222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8856;QD=12.0259;RBI=0.0195027;REFB=0.000363477;REVB=-0.00177026;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067063;STB=0.539931;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00176312;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:6:14:9:3:6:14 chr3 145782812 . T C 185.59 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0284005;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.052;QD=17.2637;RBI=0.0321515;REFB=-0.0427962;REVB=0.0150707;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267085;STB=0.653102;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0280593;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:14:10:13:6:14:10 chr3 145783440 . T C 618.38 PASS AF=0.35514;AO=76;DP=215;FAO=76;FDP=214;FR=.;FRO=138;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=-0.00402039;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.284;QD=11.5585;RBI=0.0043823;REFB=-0.0067416;REVB=0.00174386;RO=131;SAF=36;SAR=40;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506351;STB=0.512312;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0133592;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:131:138:76:76:0.35514:40:36:68:63:40:36:68:70 chr3 145803138 . T C 153.57 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0547659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8354;QD=21.9378;RBI=0.0721219;REFB=0.00166813;REVB=0.0469283;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234285;STB=0.63142;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00277735;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:3:9:7:9:3:9 chr3 145803142 . T A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00924206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.316;QD=16.9315;RBI=0.00969051;REFB=-0.0138614;REVB=0.00291381;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282867;STB=0.661906;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0129613;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:3:9:5:7:3:9 chr3 146177815 . C T 429.18 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0032695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4764;QD=19.7324;RBI=0.0850047;REFB=0.000170518;REVB=-0.0849418;RO=44;SAF=12;SAR=31;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17997;STB=0.600435;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00127398;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:31:12:20:24:31:12:20:24 chr3 146289323 . T C 85.01 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0193073;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.142;QD=10.3047;RBI=0.0246899;REFB=4.02625e-05;REVB=-0.015389;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79687e-05;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:23:22:11:11:0.333333:6:5:10:13:6:5:10:12 chr3 148459988 . A C 200.71 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0148704;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.024;QD=19.5813;RBI=0.0167328;REFB=-0.00771936;REVB=-0.00767183;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240949;STB=0.638681;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00710456;OID=.;OPOS=148459988;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:21:19:20:0.487805:6:13:8:11:7:13:8:13 chr3 148460467 . C A 1898.95 PASS AF=0.992;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000512318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.64;QD=60.7664;RBI=0.0230673;REFB=-0.0808765;REVB=0.0230616;RO=1;SAF=42;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582984;STB=0.50303;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000851486;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:125:1:1:123:124:0.992:81:42:0:1:82:42:0:1 chr3 148597612 . C T 799.45 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.726;QD=57.1036;RBI=0.011422;REFB=0;REVB=0.00612253;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94524e-06;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr3 148727133 . G A 180.08 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00659328;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.024;QD=21.8275;RBI=0.0243807;REFB=0.00950452;REVB=-0.0234723;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106973;STB=0.559936;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00709589;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:4:11:11:7:4:11 chr3 148759325 . T C 207.87 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0227111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2085;QD=17.6912;RBI=0.0228167;REFB=-0.0296954;REVB=0.00219267;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14365;STB=0.58174;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0359895;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:11:15:9:12:11:15 chr3 148786108 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.604;QD=56.9566;RBI=0.0231882;REFB=0;REVB=-0.0207304;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68705e-05;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr3 148916235 . T A 604.28 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162564;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0314;QD=58.9539;RBI=0.01678;REFB=0.000886542;REVB=-0.00415893;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000361047;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr3 149093238 . A G 265.57 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00736301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.968;QD=23.093;RBI=0.0105198;REFB=-0.0348767;REVB=0.00751341;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655076;STB=0.545419;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0235584;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:24:25:0.543478:11:13:13:8:12:13:13:8 chr3 149216629 . C T 662.46 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0417754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.101;QD=22.0819;RBI=0.0418764;REFB=-0.0331788;REVB=-0.00290666;RO=55;SAF=31;SAR=34;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875313;STB=0.547952;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0215135;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:55:65:65:0.541667:34:31:32:23:34:31:32:23 chr3 149220517 . C T 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00126162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9182;QD=13.0135;RBI=0.0143807;REFB=-0.00299001;REVB=0.0143253;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288674;STB=0.51672;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00638449;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:7:13:20:12:7:13:20:12 chr3 149459341 . A G 1415.83 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192996;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.604;QD=61.5577;RBI=0.0274926;REFB=-0.0975971;REVB=0.0195798;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.505746;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000893451;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:89:91:0.98913:42:47:0:1:43:48:0:1 chr3 149468530 . T G 268.55 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00200609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.274;QD=22.379;RBI=0.00200614;REFB=0.0149164;REVB=1.37034e-05;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219162;STB=0.622935;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00882446;OID=.;OPOS=149468530;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:13:10:17:8:13:10 chr3 149479301 . C T 371.96 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0162643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.858;QD=13.4041;RBI=0.0190989;REFB=-0.00770822;REVB=-0.0100119;RO=67;SAF=23;SAR=21;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639009;STB=0.53618;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0172021;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:21:23:31:36:21:23:31:36 chr3 149485293 . T C 300.38 PASS AF=0.553571;AO=32;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0396029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4614;QD=21.4555;RBI=0.0396593;REFB=-0.00755009;REVB=-0.00211381;RO=24;SAF=22;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902895;STB=0.575865;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0118194;OID=.;OPOS=149485293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:32:31:0.553571:10:22:14:10:9:22:14:11 chr3 149678534 . C T 748.58 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.337;QD=56.4966;RBI=0.0599399;REFB=0;REVB=0.058326;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250833;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:23:30:0:0 chr3 150280445 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0895;QD=62.0215;RBI=0.0314566;REFB=0;REVB=0.00396141;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402773;OID=.;OPOS=150280445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr3 150391810 . A C 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0129774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1802;QD=17.3238;RBI=0.0132203;REFB=-0.00757272;REVB=0.00252253;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293765;STB=0.516762;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0110525;OID=.;OPOS=150391810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:13:12:9:11:13:12 chr3 150403749 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0560493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6148;QD=11.1298;RBI=0.0746354;REFB=0.0034917;REVB=-0.049284;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522173;STB=0.531188;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00504531;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:6:11:6:4:6:11 chr3 150421419 . G A 241.09 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0207758;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.242;QD=21.4305;RBI=0.0210216;REFB=-0.0451598;REVB=0.0032055;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330015;STB=0.509083;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0466159;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:22:23:23:0.511111:9:14:12:9:9:14:13:9 chr3 151012497 . T C 299.35 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.013059;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.819;QD=15.9654;RBI=0.0156717;REFB=-0.002092;REVB=0.00866393;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216807;STB=0.501222;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00224567;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:15:18:23:19:15:18:23:19 chr3 151046308 . G A 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0441604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.52;QD=8.40205;RBI=0.0463869;REFB=-0.0265509;REVB=-0.0141986;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259257;STB=0.666222;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.04911;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:8:1:5:16:8:1:5:16 chr3 151090424 . G A 375.62 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0235814;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.488;QD=15.6508;RBI=0.0319682;REFB=-0.0172018;REVB=-0.0215843;RO=54;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293612;STB=0.656369;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0228113;OID=.;OPOS=151090424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:56:40:40:0.416667:13:27:21:33:13:27:23:33 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=31;DP=112;LEN=87;RO=81;SAF=3;SAR=43;SRF=13;SRR=53;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:112:81:31:43:3:13:53 chr3 151143447 . G T 182.3 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0110304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.751;QD=17.7851;RBI=0.0123815;REFB=0.00528112;REVB=-0.00562422;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398274;STB=0.727031;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00543248;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:7:15:5:14:7:15 chr3 151150968 . T G 394.39 PASS AF=0.9375;AO=16;DP=36;FAO=30;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00705488;FXX=0.0856898;HRUN=13;LEN=1;MLLD=150.516;QD=49.2985;RBI=0.0645756;REFB=-0.0309232;REVB=-0.0641891;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502091;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00052451;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:36:32:0:2:16:30:0.9375:8:8:0:0:16:14:1:1 chr3 151154666 . T C 1032.38 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024889;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.986;QD=57.3544;RBI=0.0282649;REFB=-0.0623793;REVB=-0.0133957;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000810345;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:70:71:0.986111:34:36:1:0:34:37:1:0 chr3 151155620 . G A 191.21 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0445617;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4417;QD=14.7084;RBI=0.0507301;REFB=0.0122806;REVB=0.0242445;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199077;STB=0.671081;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0204476;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:30:21:22:0.423077:7:14:10:12:8:14:10:20 chr3 151155758 . A C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0104132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.535;QD=19.8494;RBI=0.0136651;REFB=-0.00977736;REVB=0.00884863;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307894;STB=0.672689;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0128369;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:11:2:8:7:11:2 chr3 151161112 . A G 449.62 PASS AF=0.528736;AO=40;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.027667;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0519;QD=20.6724;RBI=0.0782956;REFB=-0.040896;REVB=-0.0732444;RO=36;SAF=28;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868506;STB=0.546018;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0353187;OID=.;OPOS=151161112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:36:41:40:46:0.528736:12:28:22:14:16:30:23:18 chr3 151165678 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.789;QD=51.9167;RBI=0.0301751;REFB=0;REVB=0.0191436;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293376;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr3 151166058 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00564048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.034;QD=18.1185;RBI=0.00639121;REFB=0.00437594;REVB=0.00300542;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974848;STB=0.555494;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0053712;OID=.;OPOS=151166058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:9:11:8:10:9:11 chr3 151166422 . C T 331.42 PASS AF=0.627451;AO=29;DP=49;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.028044;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.223;QD=25.9934;RBI=0.0285824;REFB=-0.0364858;REVB=0.00552166;RO=19;SAF=22;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11569;STB=0.560936;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0207261;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:19:19:29:32:0.627451:7:22:12:7:9:23:11:8 chr3 151171439 . A C 245.75 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=3.44904e-05;FXX=0.0249969;HRUN=6;LEN=1;MLLD=171.991;QD=12.6024;RBI=0.0317384;REFB=-0.00540888;REVB=-0.0317384;RO=43;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017737;STB=0.519056;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00700124;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:43:49:29:29:0.371795:11:18:26:17:11:18:29:20 chr3 151171542 . A G 1047.47 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202705;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.183;QD=59.8553;RBI=0.0230597;REFB=0;REVB=-0.0109936;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66457e-06;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:48:22:0:0:48:22:0:0 chr3 151283691 . C A 300.07 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0229055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.52;QD=22.2276;RBI=0.0256065;REFB=-0.0372556;REVB=-0.0114468;RO=22;SAF=10;SAR=20;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949151;STB=0.566355;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0248442;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:30:31:0.574074:20:10:5:17:20:11:5:18 chr3 151463421 . G T 1060.3 PASS AF=0.973333;AO=67;DP=69;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00174846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.831;QD=56.5494;RBI=0.0549368;REFB=-0.021206;REVB=0.0549089;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119641;STB=0.511361;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00097848;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:75:1:2:67:73:0.973333:28:39:1:0:30:43:2:0 chr3 151545601 . G A 240.52 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0539321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.723;QD=18.5014;RBI=0.0544218;REFB=-0.000344966;REVB=-0.00728379;RO=22;SAF=19;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420971;STB=0.755087;STBP=0;TYPE=snp;VARB=3.48391e-07;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:26:25:26:0.5:6:19:6:16:6:20:7:19 chr3 152554357 . A G 654.77 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0105358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.153;QD=26.1909;RBI=0.0116713;REFB=-0.0116604;REVB=-0.00502175;RO=41;SAF=17;SAR=41;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18321;STB=0.606562;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00903532;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:42:58:58:0.58:41:17:21:20:41:17:22:20 chr3 152637565 . C T 352.47 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00619044;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.575;QD=23.4976;RBI=0.0171193;REFB=-0.0131785;REVB=-0.0159608;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193401;STB=0.510632;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0112851;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:25:25:35:35:0.583333:23:12:8:17:23:12:8:17 chr3 153202348 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.349;QD=57.106;RBI=0.0314996;REFB=0;REVB=0.0261124;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81316e-05;OID=.;OPOS=153202348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr3 153725166 . G A 288.35 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.037746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.011;QD=11.1979;RBI=0.0383583;REFB=-0.0100902;REVB=-0.00682653;RO=67;SAF=12;SAR=24;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17051;STB=0.598583;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0163969;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:67:36:36:0.349515:24:12:32:35:24:12:32:35 chr3 153725172 . C T 302.81 PASS AF=0.354545;AO=38;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00541446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9036;QD=11.0111;RBI=0.0106897;REFB=0.00967682;REVB=-0.009217;RO=68;SAF=14;SAR=24;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118003;STB=0.571183;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0123004;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:71:38:39:0.354545:24:14:32:36:25:14:33:38 chr3 153725251 . T C 551.62 PASS AF=0.431655;AO=56;DP=136;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0312517;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.655;QD=15.8741;RBI=0.036384;REFB=-0.0070027;REVB=-0.0186313;RO=80;SAF=23;SAR=33;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945347;STB=0.544335;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.008521;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:80:79:56:60:0.431655:33:23:40:40:35:25:39:40 chr3 153839866 . G C 1904.2 PASS AF=0.934783;AO=129;DP=138;FAO=129;FDP=138;FR=.;FRO=9;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0144552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.596;QD=55.1942;RBI=0.0239747;REFB=-0.0644484;REVB=0.0191267;RO=8;SAF=68;SAR=61;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247917;STB=0.509135;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00272872;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:138:138:8:9:129:129:0.934783:61:68:6:2:61:68:6:3 chr3 153839959 . CT TC 413.46 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0162984;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=2;MLLD=62.0485;QD=51.682;RBI=0.0590907;REFB=-0.0886631;REVB=-0.0567985;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198449;STB=0.52082;STBP=0.541;TYPE=mnp;VARB=0.0224155;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:32:1:2:30:30:0.9375:23:7:0:1:23:7:0:2 chr3 154018887 . G C 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0209885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.153;QD=10.6675;RBI=0.0321604;REFB=0.0115053;REVB=0.0243675;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222825;STB=0.63354;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0281967;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:7:11:4:6:7:11 chr3 155241740 . A G 776.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150752;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.827;QD=57.5107;RBI=0.016091;REFB=0;REVB=0.0160203;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247472;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr3 155461457 . C T 217.77 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00571069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4416;QD=16.7514;RBI=0.0140363;REFB=-0.0093572;REVB=-0.0128221;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111842;STB=0.555508;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0290059;OID=.;OPOS=155461457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:16:8:12:15:16:8:12:16 chr3 156544584 . C T 1640.7 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4268;QD=59.1244;RBI=0.0443915;REFB=-0.0523321;REVB=0.0281692;RO=1;SAF=32;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061258;STB=0.503225;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000390294;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:111:1:1:109:110:0.990991:77:32:0:1:77:33:0:1 chr3 156877276 . CAA C,CGA 121.92 PASS AF=0.351351,0.0540541;AO=12,2;DP=37;FAO=13,2;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7,0;FSAR=6,2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0149596,-0.100018;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=170.909,68.4857;QD=13.18;RBI=0.0341163,0.109996;REFB=-0.0142965,-0.0156956;REVB=-0.0306615,-0.0457776;RO=21;SAF=7,0;SAR=5,2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164807,-0.475599;STB=0.580663,0.99381;STBP=0.509,0.201;TYPE=del,snp;VARB=0.029588,0.0595921;OID=.,.;OPOS=156877277,156877277;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351,0.0540541:12,2:37:13,2:37:22:7,0:6,2:9:13:99:21:7,0:5,2:9:12 chr3 156983414 . T C 359.31 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00764883;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.736;QD=14.6658;RBI=0.0175069;REFB=-0.00677481;REVB=-0.0157476;RO=58;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316037;STB=0.513249;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0113382;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:58:59:39:39:0.397959:22:17:27:31:22:17:27:32 chr3 157081324 . A G 1504.57 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159039;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4841;QD=58.4298;RBI=0.016238;REFB=0.029704;REVB=-0.00327702;RO=1;SAF=46;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102019;STB=0.505375;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000282495;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:101:102:0.990291:55:46:1:0:56:46:1:0 chr3 157155314 . C A 1018.54 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.236;QD=56.5853;RBI=0.0251014;REFB=-0.125506;REVB=-0.0195589;RO=2;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632021;STB=0.503344;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00149477;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:43:27:1:1:43:27:1:1 chr3 157161198 . A AT,T 648.68 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=24,16;DP=45;FAO=38,6;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20,4;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124376,0.00901894;FXX=0;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=135.593,132.048;QD=58.9707;RBI=0.015788,0.0140275;REFB=0,0;REVB=-0.00972455,-0.0107438;RO=2;SAF=12,10;SAR=12,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0711626,-0.0830155;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00421907,-0.0166954;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:45:44:2:0:24,16:38,6:0.863636,0.136364:12,6:12,10:2:0:18,2:20,4:0:0 chr3 157815088 . G A 1375.56 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144295;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8882;QD=62.5254;RBI=0.0338655;REFB=0;REVB=0.0306376;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71206e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chr3 157815217 . A T 119.68 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0710509;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.1583;QD=12.9382;RBI=0.0946856;REFB=-0.0613556;REVB=-0.062587;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163526;STB=0.576817;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0630917;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:21:22:14:15:0.405405:10:4:9:12:10:5:10:12 chr3 158537443 . A G 427.49 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.655;QD=56.9983;RBI=0.0277605;REFB=0;REVB=0.0252853;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191249;OID=.;OPOS=158537443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr3 158538056 . T C 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0181581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.421;QD=14.6858;RBI=0.0196218;REFB=-0.0234386;REVB=0.00743617;RO=43;SAF=21;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155894;STB=0.588726;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0310788;OID=.;OPOS=158538056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:10:21:23:20:10:21:23:20 chr3 159557953 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00515029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.184;QD=13.5766;RBI=0.00525217;REFB=-0.00275349;REVB=0.00102948;RO=18;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321688;STB=0.713903;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00347712;OID=.;OPOS=159557953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:2:11:11:7:2:11:11:8 chr3 159744438 . C T 182.42 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=37;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0546893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0065;QD=18.7097;RBI=0.0616627;REFB=-0.0346162;REVB=-0.0284845;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11188;STB=0.564906;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0227823;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:20:20:17:19:0.487179:7:10:14:6:8:11:14:6 chr3 159744440 . C T 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0440121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6427;QD=19.056;RBI=0.0442557;REFB=-0.00279538;REVB=0.00463727;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115002;STB=0.564906;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00190443;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:14:6:8:11:14:6 chr3 160131347 . A G 242.25 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.000129974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8768;QD=12.5843;RBI=0.0570197;REFB=-0.0214908;REVB=0.0570196;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267864;STB=0.652078;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0425478;OID=.;OPOS=160131347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:14:15:13:35:14:15:13:35 chr3 160132026 . GA TT 291.39 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0128859;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.1923;QD=10.0478;RBI=0.0160987;REFB=0.00577333;REVB=-0.00964986;RO=78;SAF=16;SAR=22;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625894;STB=0.536319;STBP=0.555;TYPE=mnp;VARB=-0.0119436;OID=.;OPOS=160132026;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:78:78:38:38:0.327586:22:16:37:41:22:16:37:41 chr3 160227606 . A G 238.46 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0199046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7993;QD=27.2532;RBI=0.0801159;REFB=-0.0189304;REVB=0.077604;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077413;STB=0.542818;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0153617;OID=.;OPOS=160227606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:11:11:8:5:11:11:8:5 chr3 160414759 . G A 307.54 PASS AF=0.366337;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00551531;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.619;QD=12.1799;RBI=0.027735;REFB=-0.0167462;REVB=-0.0271811;RO=59;SAF=15;SAR=21;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190553;STB=0.608776;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0319161;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:59:64:36:37:0.366337:21:15:35:24:22:15:37:27 chr3 160436316 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0362078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.792;QD=10.2398;RBI=0.0364263;REFB=-0.0136573;REVB=0.00398372;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520284;STB=0.824905;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0441646;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:9:10:9:1:9:10 chr3 160967354 . G A,T 1126.72 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=72,4;DP=77;FAO=72,4;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=44,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179328,-0.112128;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.528,21.4336;QD=59.301;RBI=0.0213228,0.11991;REFB=0,0;REVB=-0.0115359,-0.0424928;RO=0;SAF=28,0;SAR=44,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21139e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00101416,0.102795;OID=.,.;OPOS=160967354,160967354;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:77:76:0:0:72,4:72,4:0.947368,0.0526316:44,4:28,0:0:0:44,4:28,0:0:0 chr3 164714532 . C T 840.13 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012957;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7095;QD=57.9401;RBI=0.0233347;REFB=0;REVB=0.0194068;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00747e-06;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr3 164751247 . A G 509.92 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0462553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1196;QD=23.717;RBI=0.0578904;REFB=-0.0133628;REVB=0.03481;RO=38;SAF=19;SAR=29;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644592;STB=0.535414;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0110929;OID=.;OPOS=164751247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:29:19:18:20:29:19:18:20 chr3 164764719 . C A 1031.36 PASS AF=0.577381;AO=97;DP=168;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0197362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.497;QD=24.5562;RBI=0.0197365;REFB=-0.0204071;REVB=0.000108966;RO=71;SAF=55;SAR=42;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287259;STB=0.501561;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0178064;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:71:71:97:97:0.577381:42:55:40:31:42:55:40:31 chr3 164773057 . G A 424.95 PASS AF=0.647059;AO=30;DP=57;FAO=33;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.019442;FXX=0.105245;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.049;QD=33.3294;RBI=0.020445;REFB=-0.0191013;REVB=-0.00632528;RO=10;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185484;STB=0.582043;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0166653;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:51:10:11:30:33:0.647059:10:20:10:0:13:20:10:1 chr3 164783165 . T C 698.9 PASS AF=0.612245;AO=57;DP=97;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0203765;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.948;QD=28.5266;RBI=0.0261192;REFB=-0.0128672;REVB=0.0163405;RO=38;SAF=28;SAR=29;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129359;STB=0.559209;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0046094;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:38:38:57:60:0.612245:29:28:12:26:32:28:12:26 chr3 164793758 . C A 1148.91 PASS AF=0.538095;AO=110;DP=211;FAO=113;FDP=210;FR=.;FRO=97;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.000921852;FXX=0.0186907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.842;QD=21.8839;RBI=0.000976251;REFB=-0.0140547;REVB=0.000321331;RO=101;SAF=55;SAR=55;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012989;STB=0.500337;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.01236;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:101:97:110:113:0.538095:55:55:52:49:57:56:48:49 chr3 165547795 . T A 138.28 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00341289;FXX=0.0256345;HRUN=7;LEN=1;MLLD=150.618;QD=14.5554;RBI=0.0140948;REFB=-0.00852683;REVB=-0.0136754;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131556;STB=0.547884;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00914041;OID=.;OPOS=165547795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:10:5:10:12:10:6:10:12 chr3 166900401 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0087;QD=52.6125;RBI=0.0306245;REFB=0;REVB=0.0266125;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805036;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 166966436 . C T 2926.02 PASS AF=0.984375;AO=184;DP=189;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0246708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.195;QD=60.9588;RBI=0.024841;REFB=-0.0982991;REVB=0.00290242;RO=4;SAF=79;SAR=105;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741878;STB=0.501599;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000624411;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:189:192:4:3:184:189:0.984375:105:79:1:3:107:82:1:2 chr3 167000256 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.936;QD=49.5992;RBI=0.0141141;REFB=0;REVB=0.011565;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9477e-05;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:16:1:0:0:16:2:0:0 chr3 167051726 . A G 1119.83 PASS AF=0.975;AO=73;DP=76;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00503491;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1935;QD=55.9914;RBI=0.0351717;REFB=0.0363523;REVB=0.0348095;RO=2;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255518;STB=0.511902;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00302382;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:80:2:2:73:78:0.975:36:37:0:2:41:37:0:2 chr3 167077691 . T A 537.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.848;QD=59.7593;RBI=0.01761;REFB=0;REVB=0.00824176;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54677e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr3 167184878 . T C 451.36 PASS AF=0.52381;AO=25;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0980764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.227;QD=21.4934;RBI=0.0986998;REFB=-0.0414285;REVB=-0.0110759;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116208;STB=0.655663;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0589558;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:40:25:44:0.52381:12:13:16:23:12:32:17:23 chr3 167217960 . C T 218.27 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=0.0265437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4665;QD=9.38788;RBI=0.0267988;REFB=0.00245964;REVB=-0.00368844;RO=65;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327332;STB=0.69093;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00417683;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:65:28:28:0.301075:11:17:21:44:11:17:21:44 chr3 167217964 . A G 221.97 PASS AF=0.315217;AO=27;DP=90;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.00588616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.367;QD=9.65092;RBI=0.00838321;REFB=-0.00398256;REVB=-0.0059692;RO=62;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347042;STB=0.687742;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0100465;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:62:63:27:29:0.315217:11:16:18:44:12:17:19:44 chr3 167415751 . T G 154.89 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0135103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.355;QD=14.7518;RBI=0.0178596;REFB=-0.0108733;REVB=-0.0116806;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732477;STB=0.542324;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0171663;OID=.;OPOS=167415751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:15:10:8:9:15:10 chr3 167747678 . C G 175.62 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.126874;FXX=0.031741;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3653;QD=11.516;RBI=0.129166;REFB=-0.023923;REVB=0.024223;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109617;STB=0.50819;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0242955;OID=.;OPOS=167747678;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:34:37:22:24:0.393443:10:12:15:19:12:12:18:19 chr3 168538993 . A G 1628.78 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027315;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.459;QD=60.3251;RBI=0.0413977;REFB=0;REVB=0.0311072;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97102e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:56:51:0:0:56:52:0:0 chr3 168546914 . C T 1112.55 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00553743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.511;QD=54.2705;RBI=0.0275366;REFB=-0.0708629;REVB=0.0269741;RO=4;SAF=40;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215663;STB=0.504918;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00108443;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:82:4:5:77:77:0.939024:37:40:3:1:37:40:3:2 chr3 169540032 . C T 220.36 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0565527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8716;QD=24.4839;RBI=0.0609215;REFB=-0.0135002;REVB=0.0226543;RO=15;SAF=17;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285411;STB=0.666481;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0126401;OID=.;OPOS=169540032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:3:17:9:6:3:18:9:6 chr3 169713483 . C T 210.06 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0240668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1783;QD=14.0036;RBI=0.0402425;REFB=-0.00693172;REVB=-0.0322529;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351129;STB=0.70256;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00926868;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:11:14:7:27:11:14:7:28 chr3 169806170 . G A 464.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2504;QD=58.1165;RBI=0.0511949;REFB=0;REVB=-0.0444531;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353356;OID=.;OPOS=169806170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr3 169894680 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.162;QD=64.105;RBI=0.0168752;REFB=0;REVB=0.00153522;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73907e-05;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr3 169988286 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00319095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.028;QD=18.8287;RBI=0.0118873;REFB=0.0057335;REVB=-0.011451;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162722;STB=0.605285;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0066626;OID=.;OPOS=169988286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:7:13:10:11:7:13:10:12 chr3 170078232 . C T 318.96 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.722;QD=53.1593;RBI=0.0317764;REFB=0;REVB=-0.0248569;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102475;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr3 170819284 . C T 482.2 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0341593;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.223;QD=19.097;RBI=0.0344816;REFB=-0.0202809;REVB=-0.00470319;RO=50;SAF=28;SAR=22;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179202;STB=0.592728;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0298192;OID=.;OPOS=170819284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:50:50:51:0.50495:22:28:18:32:23:28:18:32 chr3 170825905 . C G 1543.84 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.376;QD=63.6637;RBI=0.0504104;REFB=0;REVB=0.0228135;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143175;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:93:97:1:53:40:0:0:56:41:0:0 chr3 170893070 . G A 456.15 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0232716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.091;QD=50.6836;RBI=0.0279067;REFB=-0.0976608;REVB=-0.0154019;RO=3;SAF=26;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02764;STB=0.514842;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00120677;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:7:26:2:1:7:26:2:1 chr3 170946002 . A G 189.67 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0170705;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.739;QD=15.1732;RBI=0.0179498;REFB=-0.00812983;REVB=-0.00554934;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125592;STB=0.501009;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00900863;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:29:21:21:0.42:13:8:11:17:13:8:11:18 chr3 171065030 . AG AC,CA 187.99 PASS AF=0.875,0.125;AO=11,3;DP=16;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121256,-0.00611704;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=159.811,137.661;QD=46.9967;RBI=0.1213,0.00707976;REFB=0,0;REVB=-0.00327109,-0.00356438;RO=0;SAF=2,0;SAR=9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00055167,0.0169673;OID=.,.;OPOS=171065031,171065030;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:16:16:0:0:11,3:14,2:0.875,0.125:9,3:2,0:0:0:12,2:2,0:0:0 chr3 171087469 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0443443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.343;QD=20.8931;RBI=0.0501608;REFB=-0.0354127;REVB=-0.0234454;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268;STB=0.649755;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0332468;OID=.;OPOS=171087469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:0:6:7:3:0:6 chr3 171338237 . T G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0288525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.564;QD=11.8142;RBI=0.0392907;REFB=0.01511;REVB=0.0266701;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768092;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0254556;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:9:14:7:6:9:14 chr3 171844787 . A T 306.87 PASS AF=0.485294;AO=30;DP=65;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0184787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.988;QD=18.0509;RBI=0.0366557;REFB=-0.0384042;REVB=0.0316572;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962479;STB=0.565419;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.029253;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:34:35:30:33:0.485294:18:12:17:17:21:12:17:18 chr3 172046861 . T C 377.9 PASS AF=0.596774;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0418579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8304;QD=24.3809;RBI=0.0559093;REFB=0.0144753;REVB=0.0370643;RO=24;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122058;STB=0.551636;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0053034;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:25:36:37:0.596774:21:15:14:10:21:16:14:11 chr3 172165727 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.01481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.776;QD=18.4438;RBI=0.0173961;REFB=-0.00627771;REVB=-0.00912628;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464074;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:4:5:6:5:4:5 chr3 172166033 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00432357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2984;QD=13.7529;RBI=0.0111371;REFB=-0.00427094;REVB=-0.0102636;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214495;STB=0.624835;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00502976;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:14:9:9:6:14:9 chr3 172224303 . A G 99.35 PASS AF=0.366667;AO=8;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0154458;FXX=0.0322477;HRUN=7;LEN=1;MLLD=86.676;QD=13.2461;RBI=0.0224159;REFB=-0.0071609;REVB=0.016245;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399995;STB=0.546014;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00362859;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:31:30:12:16:8:11:0.366667:7:1:5:7:7:4:7:9 chr3 172348906 . A ACCTC 104.29 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0130539;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=312.928;QD=10.1747;RBI=0.019122;REFB=-0.00761212;REVB=-0.0139731;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771953;STB=0.546489;STBP=0.744;TYPE=ins;VARB=0.0161741;OID=.;OPOS=172348907;OREF=-;OALT=CCTC;OMAPALT=ACCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:13:41:13:41:28:8:5:19:9:99:25:8:5:17:8 chr3 172428782 . T C 182.32 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0367915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.685;QD=11.5759;RBI=0.038205;REFB=-0.00341213;REVB=-0.0102962;RO=40;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171973;STB=0.599911;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00979041;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:8:15:20:20:8:15:20:20 chr3 172489076 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0105568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.358;QD=9.84339;RBI=0.0707832;REFB=-0.00150816;REVB=-0.0699916;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549448;STB=0.533267;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00342067;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:9:11:5:5:9:11 chr3 172514294 . G A,T 717.84 PASS AF=0.897959,0.0816327;AO=44,4;DP=49;FAO=44,4;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20,4;FSAR=24,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146835,-0.02926;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.4133,20.9042;QD=58.5991;RBI=0.0324312,0.061284;REFB=-0.160648,-0.0477217;REVB=0.0289167,0.0538478;RO=0;SAF=20,4;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30465e-08,0;STB=0.51219,0.5;STBP=0.326,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00239337,0.0919221;OID=.,.;OPOS=172514294,172514294;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:49:49:0:1:44,4:44,4:0.897959,0.0816327:24,0:20,4:0:0:24,0:20,4:1:0 chr3 172766822 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00281573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.172;QD=24.0668;RBI=0.00642325;REFB=0.00650478;REVB=-0.0057732;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334181;STB=0.687265;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00872801;OID=.;OPOS=172766822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:8:2:11:5:8:2 chr3 174581888 . T C 556.73 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.249;QD=60.187;RBI=0.0208953;REFB=0;REVB=0.00569776;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95362e-05;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr3 174951756 . T C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.898;QD=56.7011;RBI=0.0129027;REFB=0;REVB=-0.00948791;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23969e-06;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr3 175165079 . C T 471.88 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.419;QD=55.5151;RBI=0.0437862;REFB=0.024003;REVB=0.0317636;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283046;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=3.76174e-05;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:16:17:0:1:16:17:0:1 chr3 175189447 . G A 238.0 PASS AF=0.380952;AO=20;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.000489441;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.067;QD=15.1109;RBI=0.0271732;REFB=-0.0139078;REVB=-0.0271688;RO=33;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418042;STB=0.632801;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0326021;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:35:20:24:0.380952:15:5:21:12:15:9:21:14 chr3 175327309 . G A 2480.94 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00782561;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6699;QD=60.8818;RBI=0.0203795;REFB=-0.0222233;REVB=-0.0188171;RO=1;SAF=65;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488069;STB=0.502564;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=5.68015e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:97:65:0:1:97:65:0:1 chr3 175345143 . C G 1441.72 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00669205;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.631;QD=62.0094;RBI=0.0162003;REFB=0.00232357;REVB=0.0147535;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126395;STB=0.506665;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-6.83273e-06;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:55:37:1:0:55:37:1:0 chr3 175473047 . T C 1987.05 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000307208;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.583;QD=60.6732;RBI=0.0108295;REFB=-0.123652;REVB=0.0108252;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507142;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00111424;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:131:0:2:129:129:0.984733:60:69:0:0:60:69:2:0 chr3 175521509 . A G 1394.74 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0137456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.177;QD=59.3506;RBI=0.0272578;REFB=-0.00863508;REVB=0.0235382;RO=2;SAF=45;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020599;STB=0.505493;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=5.74639e-05;OID=.;OPOS=175521509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:91:91:0.968085:46:45:2:0:46:45:2:1 chr3 175521611 . A G 1042.92 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.007;QD=58.756;RBI=0.0186767;REFB=0;REVB=0.00490561;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36417e-05;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:40:29:0:0:41:30:0:0 chr3 176765269 . T C 79.38 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0369247;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6459;QD=15.1204;RBI=0.0372368;REFB=-0.0103828;REVB=-0.0048111;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305863;STB=0.679246;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00379215;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:4:7:3:7:4:7 chr3 176838513 . GC G,GG 278.4 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=6,8;DP=22;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183094,-0.037558;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.136,63.1861;QD=50.6178;RBI=0.0262579,0.0491414;REFB=0,0;REVB=0.0188214,0.0316904;RO=0;SAF=3,7;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.007468,0.0091729;OID=.,.;OPOS=176838514,176838514;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:6,8:22:1,21:22:0:0,12:1,9:0:0:6:0:3,7:3,1:0:0 chr3 178546026 . T C 444.94 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.00659086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.539;QD=17.9773;RBI=0.0106673;REFB=-0.00747199;REVB=0.00838763;RO=54;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134591;STB=0.575001;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.012192;OID=.;OPOS=178546026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:23:22:19:35:23:22:19:35 chr3 178560581 . A C 303.06 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.000437429;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9665;QD=11.8847;RBI=0.0198597;REFB=-0.00848751;REVB=-0.0198549;RO=64;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210565;STB=0.624348;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0172218;OID=.;OPOS=178560581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:64:65:37:37:0.362745:16:21:24:40:16:21:24:41 chr3 178742690 . T C 1044.87 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.643;QD=59.7068;RBI=0.0302063;REFB=0;REVB=0.0299149;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99142e-05;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:44:26:0:0 chr3 178815528 . G A 1512.27 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9495;QD=59.8917;RBI=0.0468261;REFB=0;REVB=0.0432359;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120106;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:43:56:0:0:45:56:0:0 chr3 178976777 . C T 462.8 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0419695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5762;QD=52.8918;RBI=0.0510424;REFB=-0.0541085;REVB=0.0290498;RO=2;SAF=7;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044566;STB=0.523915;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0231271;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:26:7:1:1:26:7:1:1 chr3 179096508 . C G 1016.55 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0230548;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1448;QD=54.2159;RBI=0.0517609;REFB=-0.0577136;REVB=0.0463429;RO=1;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111269;STB=0.522721;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0045728;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:75:1:4:71:71:0.946667:42:29:0:1:42:29:0:4 chr3 179114529 . GATTAATTAA GATTAA,GATTAATAAG 173.07 PASS AF=0.592593,0.0740741;AO=14,2;DP=28;FAO=16,2;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=5,0;FSAR=11,2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0125994,0.0560338;FXX=0.0689417;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=189.654,84.8029;QD=25.6406;RBI=0.0324041,0.0573042;REFB=-0.0147901,-0.0153978;REVB=0.0298543,-0.0119996;RO=8;SAF=4,0;SAR=10,2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.13675,-0.490468;STB=0.58996,0.990863;STBP=0.325,0.507;TYPE=del,mnp;VARB=0.00731854,0.113352;OID=.,.;OPOS=179114530,179114536;OREF=ATTA,TAA;OALT=-,AAG;OMAPALT=GATTAA,GATTAATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593,0.0740741:14,2:28:16,2:27:9:5,0:11,2:1:8:71:8:4,0:10,2:1:7 chr3 179137273 . A G 177.12 PASS AF=0.289157;AO=22;DP=80;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0160137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.046;QD=8.53602;RBI=0.019678;REFB=-0.0140429;REVB=-0.0114361;RO=58;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125264;STB=0.606666;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0369812;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:58:59:22:24:0.289157:11:11:23:35:11:13:23:36 chr3 179298999 . C T 1713.25 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.28;QD=60.6461;RBI=0.0566071;REFB=0;REVB=-0.0560653;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118929;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:63:48:0:0:65:48:0:0 chr3 179371154 . C T 882.16 PASS AF=0.551282;AO=85;DP=155;FAO=86;FDP=156;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0159134;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.709;QD=22.6194;RBI=0.019554;REFB=4.79478e-05;REVB=0.0113633;RO=67;SAF=36;SAR=49;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322165;STB=0.517657;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-2.60238e-05;OID=.;OPOS=179371154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:67:70:85:86:0.551282:49:36:31:36:50:36:32:38 chr3 179502006 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0218684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7752;QD=13.9589;RBI=0.0265111;REFB=0.0141792;REVB=0.0149869;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52454;STB=0.817189;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0105948;OID=.;OPOS=179502006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:5:2:6:1:5:2 chr3 181431281 . A G 99.95 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0107455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.991;QD=14.808;RBI=0.0541568;REFB=-0.0122696;REVB=0.05308;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259131;STB=0.670902;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0120199;OID=.;OPOS=181431281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:15:12:12:0.444444:5:7:11:2:5:7:13:2 chr3 182631792 . C A 397.9 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00433638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3569;QD=14.3387;RBI=0.00929944;REFB=-0.00202351;REVB=-0.0082265;RO=64;SAF=12;SAR=34;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286353;STB=0.667159;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00125321;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:34:12:33:31:34:12:34:31 chr3 182681740 . C T 390.3 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0122528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.784;QD=19.0391;RBI=0.0161872;REFB=-0.0059769;REVB=-0.010578;RO=42;SAF=29;SAR=11;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367695;STB=0.705008;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00888209;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:11:29:14:28:11:29:14:28 chr3 182755209 . T G 178.71 PASS AF=0.303797;AO=23;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0083155;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.039;QD=9.0488;RBI=0.0223314;REFB=-0.00651677;REVB=0.0207254;RO=56;SAF=7;SAR=16;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478491;STB=0.504758;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0154913;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:55:23:24:0.303797:16:7:19:37:16:8:18:37 chr3 182790249 . G A 804.25 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.564;QD=64.3397;RBI=0.00977562;REFB=0;REVB=-0.00707186;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20002e-07;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:28:20:0:0:30:20:0:0 chr3 182853670 . T C 592.17 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4169;QD=60.7357;RBI=0.0134143;REFB=0;REVB=-0.00141901;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41363e-05;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr3 182871962 . C T 1239.72 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578249;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.913;QD=61.221;RBI=0.0581538;REFB=0;REVB=0.00617576;RO=0;SAF=20;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37791e-05;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:60:20:0:0:61:20:0:0 chr3 182897920 . A G 191.28 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0137923;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5297;QD=21.2537;RBI=0.0266602;REFB=-0.0012229;REVB=-0.0228153;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102254;STB=0.557463;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000848178;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:11:6:9:10:11:6 chr3 182925403 . GT G,GC 626.51 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=7,33;DP=41;FAO=7,35;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6,19;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109196,-0.014378;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.9154,74.7876;QD=59.6678;RBI=0.0497326,0.0601761;REFB=0,0;REVB=0.0485191,0.0584332;RO=0;SAF=7,18;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0619947,-0.00391282;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:7,33:41:7,35:42:0:6,19:1,16:0:0:34:0:7,18:0,15:0:0 chr3 182925406 . T C 44.28 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0543419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5964;QD=4.21717;RBI=0.0561889;REFB=-0.0422982;REVB=0.0142879;RO=34;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473149;STB=0.825473;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.190063;OID=.;OPOS=182925406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:42:42:34:34:8:8:0.190476:1:7:18:16:1:7:18:16 chr3 182990929 . T A,TA 32.77 PASS AF=0.0714286,0.25;AO=2,4;DP=28;FAO=2,7;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1,5;FSAR=1,2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0789041,0.0984974;FXX=0;HRUN=5,6;LEN=1,1;MLLD=13.4629,9.26276;QD=4.68171;RBI=0.153461,0.273528;REFB=-0.0379887,-0.0418799;REVB=0.131623,0.255178;RO=18;SAF=1,2;SAR=1,2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.235288,-0.263015;STB=0.617932,0.569413;STBP=0.766,0.713;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00228901,0.0929512;OID=.,.;OPOS=182990929,182990930;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:28:28:18:19:2,4:2,7:0.0714286,0.25:1,2:1,2:13:5:1,2:1,5:12:7 chr3 183211906 . A G 219.13 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0014836;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.22;QD=10.9563;RBI=0.00555662;REFB=-0.000421038;REVB=-0.0053549;RO=53;SAF=12;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137731;STB=0.580052;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00118573;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:53:27:27:0.3375:15:12:30:23:15:12:30:23 chr3 183226072 . G A 315.36 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00987156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.117;QD=22.5256;RBI=0.0369982;REFB=-0.00915336;REVB=-0.0356569;RO=24;SAF=23;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189652;STB=0.605194;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00568005;OID=.;OPOS=183226072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:9:23:12:12:9:23:12:12 chr3 183368216 . A T 232.5 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0170348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.008;QD=12.5675;RBI=0.0230005;REFB=-0.00500085;REVB=0.0154543;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032779;STB=0.526981;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0120745;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:46:28:28:0.378378:17:11:19:26:17:11:20:26 chr3 183368891 . C T 370.08 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0187309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8707;QD=22.4288;RBI=0.0246273;REFB=-0.0135407;REVB=-0.0159892;RO=28;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307737;STB=0.508357;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.010976;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:16:21:16:12:16:21:17:12 chr3 183442219 . A G 144.9 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0194308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.183;QD=10.1686;RBI=0.0198751;REFB=-0.020071;REVB=-0.0041789;RO=38;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655256;STB=0.538422;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0241396;OID=.;OPOS=183442219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:12:7:12:26:12:7:12:26 chr3 183465483 . G A 352.61 PASS AF=0.431818;AO=39;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.000838001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.081;QD=16.0277;RBI=0.00097971;REFB=-0.0103238;REVB=-0.00050753;RO=48;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176191;STB=0.583289;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0175328;OID=.;OPOS=183465483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:50:39:38:0.431818:15:24:21:27:15:23:23:27 chr3 183476685 . G A 235.01 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0346021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.284;QD=15.4107;RBI=0.0359869;REFB=-0.0140666;REVB=-0.0098872;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689946;STB=0.538996;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0227516;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:20:14:13:14:20:14 chr3 183508590 . A G 126.94 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0215641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3413;QD=11.5399;RBI=0.068688;REFB=0.00483277;REVB=-0.0652152;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015897;STB=0.509421;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0152281;OID=.;OPOS=183508590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:6:9:17:12:6:9:17:12 chr3 183508714 . G A 261.62 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00949482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.109;QD=17.1555;RBI=0.0546322;REFB=-0.0260888;REVB=0.0538008;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867284;STB=0.542827;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0374866;OID=.;OPOS=183508714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:21:8:11:20:21:8:11:21 chr3 183521133 . A G 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.164;QD=63.2737;RBI=0.0292454;REFB=0;REVB=-0.0149576;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170545;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr3 183524193 . T C 82.98 PASS AF=0.25;AO=11;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00479282;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.2236;QD=6.91531;RBI=0.0134344;REFB=-0.00399343;REVB=-0.0125503;RO=37;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454859;STB=0.717016;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0197361;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:48:48:37:36:11:12:0.25:9:2:20:17:9:3:19:17 chr3 183530331 . G C 175.76 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.037495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.249;QD=11.9159;RBI=0.0376028;REFB=-0.00599874;REVB=0.00284488;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242157;STB=0.514006;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0107771;OID=.;OPOS=183530331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:12:10:16:21:12:10:16:21 chr3 183533964 . T C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.825;QD=48.7317;RBI=0.0769243;REFB=0;REVB=-0.0327238;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00283143;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 183558402 . C G 1433.24 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1784;QD=62.9994;RBI=0.0300418;REFB=0;REVB=-0.0134189;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08837e-05;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:35:56:0:0:35:56:0:0 chr3 183560195 . A G 674.98 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4329;QD=59.9981;RBI=0.0308616;REFB=-0.0454365;REVB=0.00710972;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268299;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00165119;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:1:0:27:17:1:0 chr3 183637722 . T G 92.57 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0843497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5667;QD=6.98624;RBI=0.0855147;REFB=0.0083551;REVB=-0.0140678;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185618;STB=0.624087;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0225502;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:39:40:13:13:0.245283:8:5:21:18:8:5:22:18 chr3 183682960 . G A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.040269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.21;QD=15.626;RBI=0.0452973;REFB=0.00478369;REVB=0.0207425;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155405;STB=0.590053;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00355432;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:10:13:12:5:10:13 chr3 183685534 . A G 524.54 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450624;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6727;QD=59.9472;RBI=0.0938618;REFB=0;REVB=0.0823373;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00688736;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr3 183696402 . A G 829.74 PASS AF=1;AO=49;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.587;QD=57.2236;RBI=0.0950937;REFB=0;REVB=0.00508457;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042785;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:49:58:1:34:15:0:0:34:24:0:0 chr3 183699516 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.158;QD=50.4135;RBI=0.0545819;REFB=0;REVB=0.0507185;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033402;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr3 183754294 . G C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.813;QD=56.1897;RBI=0.0261486;REFB=0;REVB=0.00879806;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482003;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr3 183754585 . C T 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0821178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3077;QD=20.7362;RBI=0.0938853;REFB=0.0187226;REVB=-0.0455095;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421209;STB=0.523783;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0212356;OID=.;OPOS=183754585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:7:9:11:7:7:9 chr3 183755822 . G A 358.92 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8458;QD=55.2191;RBI=0.136526;REFB=0;REVB=0.124507;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250518;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:13:13:0:0 chr3 183756637 . C T 247.02 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00244466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.572;QD=17.9654;RBI=0.00412603;REFB=-0.0303794;REVB=0.00332382;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164158;STB=0.582269;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0316211;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:12:15:10:17:12:15:11:17 chr3 183756702 . G A 282.82 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00266273;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.611;QD=17.1405;RBI=0.0290739;REFB=-0.013934;REVB=0.0289518;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00527004;STB=0.502957;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0127764;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:35:31:31:0.469697:17:14:16:19:17:14:16:19 chr3 183756742 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00350949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.368;QD=15.2558;RBI=0.00364944;REFB=-0.011931;REVB=0.00100094;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364741;STB=0.520988;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0263893;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:12:8:11:19:12:8:11:19 chr3 183774762 . C A 110.79 PASS AF=0.253731;AO=16;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0359667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3109;QD=6.6142;RBI=0.0382414;REFB=-0.00744424;REVB=0.0129925;RO=50;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489985;STB=0.551603;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0262185;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:16:17:0.253731:8:8:27:23:9:8:27:23 chr3 183778010 . G C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.78;QD=60.6072;RBI=0.0290464;REFB=0;REVB=0.025201;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157275;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr3 183818416 . G A 380.89 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494549;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.854;QD=56.4281;RBI=0.0537289;REFB=0;REVB=-0.0210001;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358987;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr3 183861243 . A G 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.911;QD=58.5735;RBI=0.0607242;REFB=0;REVB=0.0605435;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195804;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr3 183863084 . AAG A 229.49 PASS AF=0.95;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0856704;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=241.868;QD=45.8972;RBI=0.0874639;REFB=0.0209421;REVB=0.0176217;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=-0.00113066;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:17:17:19:20:1:5:14:0:1:5:0:5:12:0:0 chr3 183900680 . G C 594.3 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9742;QD=60.9539;RBI=0.0649212;REFB=0;REVB=0.0322339;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141374;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr3 183900729 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.773;QD=56.7066;RBI=0.0282604;REFB=0;REVB=-0.0149228;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56437e-05;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 183907032 . G C,T 1777.85 PASS AF=0.959016,0.0409836;AO=108,4;DP=112;FAO=117,5;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=44,2;FSAR=73,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162164,0.0128091;FXX=0.0239981;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.721,93.5495;QD=58.29;RBI=0.0353203,0.0220816;REFB=0,0;REVB=0.0313776,0.0179867;RO=0;SAF=44,2;SAR=64,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.72235e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00195556,0.0400755;OID=.,.;OPOS=183907032,183907032;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:112:122:0:0:108,4:117,5:0.959016,0.0409836:64,2:44,2:0:0:73,3:44,2:0:0 chr3 183907033 . T C 49.74 PASS AF=0.101562;AO=13;DP=128;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=0.00204558;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.6012;QD=1.55423;RBI=0.00474214;REFB=-0.0130224;REVB=0.00427826;RO=115;SAF=3;SAR=10;SRF=46;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224251;STB=0.673714;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0172724;OID=.;OPOS=183907033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:128:128:115:115:13:13:0.101562:10:3:46:69:10:3:46:69 chr3 183951135 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0306401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.388;QD=10.0339;RBI=0.0320423;REFB=-0.0107231;REVB=-0.009375;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.571121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00859457;OID=.;OPOS=183951135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:2:5:4:1:2:5 chr3 183951431 . C T 113.95 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0154705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.008;QD=18.232;RBI=0.0294759;REFB=-0.0320635;REVB=-0.0250896;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310086;STB=0.681092;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0292042;OID=.;OPOS=183951431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:2:11:7:5:2:11:7:5 chr3 183953972 . G A 212.67 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00370547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7845;QD=17.0133;RBI=0.0274902;REFB=-0.00310003;REVB=0.0272393;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682583;STB=0.524452;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0101128;OID=.;OPOS=183953972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:28:21:21:0.42:15:6:7:17:15:6:9:19 chr3 183955109 . C T 250.82 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0102264;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.15;QD=12.2352;RBI=0.0138767;REFB=-7.02113e-07;REVB=-0.00937987;RO=50;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131025;STB=0.560936;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-9.77163e-07;OID=.;OPOS=183955109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:52:30:30:0.365854:15:15:19:31:15:15:21:31 chr3 183975365 . C T 341.62 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.9;QD=48.8032;RBI=0.0634611;REFB=-0.155989;REVB=0.0621444;RO=2;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115493;STB=0.56245;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00396709;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:28:28:2:2:26:26:0.928571:7:19:0:2:7:19:0:2 chr3 183976108 . T C 241.42 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00128606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.148;QD=12.3804;RBI=0.0406338;REFB=-0.00804374;REVB=-0.0406135;RO=49;SAF=22;SAR=6;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25917;STB=0.657023;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0173204;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:28:29:0.371795:6:22:29:20:6:23:29:20 chr3 184037533 . A G 491.76 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636316;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.066;QD=59.6068;RBI=0.0386465;REFB=0;REVB=0.038119;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512722;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:28:33:1:14:14:0:0:17:16:0:0 chr3 184039666 . A G 262.24 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0702732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8639;QD=25.5842;RBI=0.0704505;REFB=0.00339897;REVB=0.00499522;RO=15;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184311;STB=0.541366;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00562242;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:17:24:24:0.585366:15:9:6:9:15:9:8:9 chr3 184062656 . A C 442.19 PASS AF=0.517647;AO=34;DP=77;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.134277;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.634;QD=20.8091;RBI=0.134761;REFB=-0.0277151;REVB=0.0114215;RO=43;SAF=3;SAR=31;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186019;STB=0.582575;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.023538;OID=.;OPOS=184062656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:85:43:41:34:44:0.517647:31:3:7:36:32:12:6:35 chr3 184063382 . C T 219.7 PASS AF=0.277778;AO=19;DP=73;FAO=20;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.019866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.302;QD=12.2057;RBI=0.021712;REFB=-0.0252729;REVB=-0.008761;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458872;STB=0.51998;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0152115;OID=.;OPOS=184063382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:43:19:20:0.277778:7:12:27:16:8:12:27:16 chr3 184082931 . T C 563.4 PASS AF=0.385965;AO=66;DP=171;FAO=66;FDP=171;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0567078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3306;QD=13.1789;RBI=0.0682198;REFB=0.0172259;REVB=0.0379231;RO=104;SAF=26;SAR=40;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147482;STB=0.586316;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0286077;OID=.;OPOS=184082931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:104:105:66:66:0.385965:40:26:55:49:40:26:56:49 chr3 184090809 . C CG 32.43 PASS AF=0.129412;AO=15;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=21;FWDB=-0.0634062;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.0117;QD=1.5263;RBI=0.086391;REFB=-0.0101415;REVB=-0.0586775;RO=70;SAF=4;SAR=11;SRF=50;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521034;STB=0.945095;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0620118;OID=.;OPOS=184090810;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129412:15:85:11:85:74:1:10:53:21:32:70:4:11:50:20 chr3 184099342 . G C 77.88 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0850332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.121;QD=14.8337;RBI=0.0853573;REFB=-0.00218253;REVB=0.00743173;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.576768;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00892021;OID=.;OPOS=184099342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:21:11:11:9:10:0.47619:6:3:6:5:6:4:6:5 chr3 184103903 . A C 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0172925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.36;QD=25.2437;RBI=0.0173332;REFB=0.000745672;REVB=0.00118691;RO=22;SAF=4;SAR=24;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354312;STB=0.699832;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000290702;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:24:4:10:12:24:4:10:12 chr3 184106493 . T G 117.83 PASS AF=0.421053;AO=13;DP=36;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0397793;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.765;QD=12.4036;RBI=0.0481971;REFB=-0.0114;REVB=-0.0272133;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208107;STB=0.56514;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0161994;OID=.;OPOS=184106493;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:22:22:13:16:0.421053:7:6:6:16:10:6:6:16 chr3 184144585 . A G 196.47 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0137865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8932;QD=19.1677;RBI=0.0151597;REFB=-0.0313869;REVB=-0.00630462;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718662;STB=0.561038;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0771624;OID=.;OPOS=184144585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:21:20:20:0.487805:9:11:12:7:9:11:14:7 chr3 184289152 . A G 1138.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.64;QD=59.9286;RBI=0.0255202;REFB=0;REVB=0.00514653;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81944e-05;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:43:30:0:0:43:33:0:0 chr3 184550501 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0826;QD=59.0094;RBI=0.0274419;REFB=0;REVB=0.027423;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026207;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr3 184573555 . C T 560.72 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110576;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.839;QD=60.618;RBI=0.0230925;REFB=0;REVB=-0.023066;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119127;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr3 184647413 . T A,C 804.9 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=4,53;DP=57;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=3,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771265,0.0152009;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.924,201.484;QD=56.4841;RBI=0.0155293,0.015201;REFB=0,0;REVB=-0.0134787,5.2051e-05;RO=0;SAF=1,17;SAR=3,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,4.19417e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0375237,-0.000739749;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:57:57:0:0:4,53:3,54:0.0526316,0.947368:3,36:1,17:0:0:3,36:0,18:0:0 chr3 184654077 . C T 315.6 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0524013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.13;QD=17.5336;RBI=0.0624148;REFB=-0.00822987;REVB=-0.0339075;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974343;STB=0.554424;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0106968;OID=.;OPOS=184654077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:18:16:14:24:18:16:14:24 chr3 184700356 . A C 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0041209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.081;QD=19.9285;RBI=0.0200492;REFB=-0.0102938;REVB=0.0196211;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173541;STB=0.599822;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00930746;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:3:9:5:4:3:9:5:4 chr3 184700426 . C T 164.66 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0509993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2354;QD=21.247;RBI=0.0517446;REFB=-0.0400265;REVB=-0.00875057;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121635;STB=0.568881;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0306869;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:5:12:8:6:5:12:8:6 chr3 184795895 . A G 518.19 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0115284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.101;QD=54.5467;RBI=0.0186125;REFB=-0.146241;REVB=0.0146123;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774484;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:2:2:36:36:0.947368:18:18:1:1:18:18:1:1 chr3 184797765 . C T 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0120564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.393;QD=13.8491;RBI=0.014636;REFB=-0.0145908;REVB=-0.00829802;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401239;STB=0.523336;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0273187;OID=.;OPOS=184797765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:10:15:9:7:10:15 chr3 184798067 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00645674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.371;QD=17.753;RBI=0.00880253;REFB=-0.00936496;REVB=-0.00598289;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306291;STB=0.517228;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0107025;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:11:16:14:11:11:16 chr3 184798097 . G A 122.29 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0533325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7049;QD=15.7794;RBI=0.053638;REFB=-0.0428052;REVB=-0.00571661;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748824;STB=0.543414;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0198291;OID=.;OPOS=184798097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:11:6:4:10:11:6 chr3 184922294 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0225153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.12;QD=7.328;RBI=0.0246458;REFB=-0.00991314;REVB=-0.0100239;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357716;STB=0.731193;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0134769;OID=.;OPOS=184922294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:5:3:14:6:5:3:15:6 chr3 185046975 . T C 1366.3 PASS AF=0.96;AO=95;DP=101;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00866118;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.355;QD=54.6521;RBI=0.0251593;REFB=-0.216104;REVB=0.0236215;RO=0;SAF=61;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04002e-08;STB=0.527772;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00117748;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:101:100:0:4:95:96:0.96:34:61:0:0:34:62:0:4 chr3 185146702 . C T 41.73 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0548863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8378;QD=7.94951;RBI=0.0779779;REFB=-0.0243577;REVB=0.0553899;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.605742;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0746183;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:20:21:14:14:6:7:0.333333:4:2:6:8:5:2:6:8 chr3 185300589 . T C 750.48 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598735;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.955;QD=63.8707;RBI=0.0602938;REFB=0;REVB=0.00710636;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023708;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:37:10:0:0:37:10:0:0 chr3 185331165 . C A 613.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.883;QD=61.3224;RBI=0.0252755;REFB=0;REVB=0.00846976;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136417;OID=.;OPOS=185331165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr3 185348402 . C T 705.31 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0656987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0589;QD=51.2951;RBI=0.0689591;REFB=-0.0625718;REVB=0.0209532;RO=2;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324593;STB=0.501729;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0332046;OID=.;OPOS=185348402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:52:53:0.963636:28:24:0:2:29:24:1:1 chr3 185866733 . T C 1612.38 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.149;QD=59.7179;RBI=0.0403508;REFB=0;REVB=0.00874509;RO=0;SAF=36;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97854e-05;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:69:36:0:0:71:37:0:0 chr3 185867550 . G C 263.01 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00828937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.967;QD=47.8191;RBI=0.010954;REFB=-0.0417107;REVB=0.00716072;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000196377;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr3 185990096 . C T 880.33 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.634;QD=57.7267;RBI=0.0468854;REFB=0;REVB=0.041907;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71204e-05;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:61:0:0:55:61:1:22:33:0:0:28:33:0:0 chr3 186006566 . T C 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00684955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.925;QD=14.1188;RBI=0.0117359;REFB=0.00759189;REVB=0.00952973;RO=38;SAF=21;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188897;STB=0.608608;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00882572;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:6:21:24:14:6:21:24:14 chr3 186006618 . G C 771.05 PASS AF=0.966102;AO=44;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00236305;FXX=0.0327815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=140.065;QD=52.2745;RBI=0.00817933;REFB=-0.117182;REVB=-0.00783055;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531239;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00129702;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:60:59:0:2:44:57:0.966102:11:33:0:0:15:42:0:2 chr3 186015283 . A G 602.51 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00358307;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=237.737;QD=54.7734;RBI=0.00936668;REFB=-0.151666;REVB=-0.00865427;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.531899;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000656833;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:1:3:41:41:0.931818:22:19:0:1:22:19:0:3 chr3 186338425 . A C 628.79 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.13;QD=61.3455;RBI=0.0282458;REFB=0;REVB=0.00413134;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88751e-05;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:27:14:0:0 chr3 186370333 . G T 740.25 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1643;QD=56.9423;RBI=0.0208913;REFB=0;REVB=0.0123953;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79794e-05;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr3 186390627 . C T 682.22 PASS AF=0.961538;AO=47;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0155818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.554;QD=52.4788;RBI=0.0465871;REFB=-0.0967953;REVB=0.043904;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.503153;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000610691;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:1:2:47:50:0.961538:27:20:0:1:29:21:1:1 chr3 186395113 . A G 505.57 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9154;QD=56.1748;RBI=0.129243;REFB=0;REVB=0.0288605;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114702;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:33:36:1:16:17:0:0:17:19:0:0 chr3 186395180 . T C 341.71 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854902;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3109;QD=54.6731;RBI=0.0904633;REFB=0;REVB=0.0295809;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858097;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:10:13:0:0:10:15:0:0 chr3 186395572 . A T 278.71 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.658;QD=50.6741;RBI=0.0779835;REFB=0;REVB=0.0634541;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440384;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:1:0:21:22:1:15:6:0:1:16:6:0:0 chr3 186435370 . G A 431.43 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0152299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.382;QD=25.7569;RBI=0.037055;REFB=-0.023603;REVB=0.0337806;RO=26;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199452;STB=0.608645;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.014625;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:21:20:20:6:21:20:20:6 chr3 186435525 . C T 261.67 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00110963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.512;QD=14.7417;RBI=0.0322536;REFB=-0.0135689;REVB=-0.0322345;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175946;STB=0.607769;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.01537;OID=.;OPOS=186435525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:30:30:0.422535:10:20:20:20:10:20:20:21 chr3 186437944 . T C 375.62 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0161779;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.024;QD=18.102;RBI=0.0176887;REFB=-0.0058234;REVB=0.00715298;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125338;STB=0.569983;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00366782;OID=.;OPOS=186437944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:22:17:25:19:22:17:25:19 chr3 186443018 . T C 212.67 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0126362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.696;QD=20.2539;RBI=0.0126405;REFB=-0.0198895;REVB=0.00033235;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849174;STB=0.547899;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0216503;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:10:11:9:12:10:11 chr3 186459927 . T C 136.53 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0395219;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6631;QD=26.0054;RBI=0.055642;REFB=0.00331938;REVB=-0.0391669;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853821;STB=0.547876;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00581658;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:4:3:8:6:4:3 chr3 186504148 . T C 412.84 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00345038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.082;QD=15.8786;RBI=0.0274322;REFB=-0.00871005;REVB=-0.0272144;RO=57;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171864;STB=0.600123;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00705689;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:57:58:46:46:0.442308:21:25:21:36:21:25:21:37 chr3 186509517 . G A 271.73 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0313296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.274;QD=12.3513;RBI=0.0317973;REFB=-0.00935261;REVB=0.00543405;RO=50;SAF=21;SAR=11;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172986;STB=0.569233;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0203084;OID=.;OPOS=186509517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:50:56:32:32:0.363636:11:21:25:25:11:21:31:25 chr3 186795924 . C T 448.94 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0106022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.143;QD=16.9412;RBI=0.0194876;REFB=-0.0106462;REVB=0.0163511;RO=55;SAF=22;SAR=27;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11881;STB=0.553873;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00910114;OID=.;OPOS=186795924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:57:49:49:0.462264:27:22:18:37:27:22:20:37 chr3 186917751 . C G 277.16 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0510471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7772;QD=18.4775;RBI=0.0511993;REFB=-0.0293482;REVB=-0.0039453;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152933;STB=0.585558;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.023567;OID=.;OPOS=186917751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:11:19:14:16:11:19:14:16 chr3 186937568 . A G 757.99 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00512825;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.343;QD=55.1265;RBI=0.00901472;REFB=-0.0317536;REVB=0.00741393;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136612;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0015431;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:34:20:0:1:34:20:0:1 chr3 186954285 . A G 735.03 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1984;QD=56.5411;RBI=0.0408989;REFB=0;REVB=0.0327245;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228262;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr3 187088656 . C T 376.24 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0253875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4454;QD=16.0102;RBI=0.0335907;REFB=0.00308271;REVB=0.0219957;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312916;STB=0.517619;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00455242;OID=.;OPOS=187088656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:19:21:30:24:19:21:30:24 chr3 187088926 . G A 587.04 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9398;QD=60.2092;RBI=0.018407;REFB=0;REVB=0.0135031;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143687;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr3 187416634 . C A 1024.27 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0800086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9318;QD=56.1242;RBI=0.0813881;REFB=-0.0214106;REVB=-0.014921;RO=3;SAF=37;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103258;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00289263;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:3:1:69:72:0.986301:32:37:2:1:32:40:0:1 chr3 187416666 . C T 185.55 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0175586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3204;QD=12.1671;RBI=0.0180422;REFB=-0.0318914;REVB=0.00414911;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707387;STB=0.540854;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0499288;OID=.;OPOS=187416666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:13:10:19:19:13:10:19:19 chr3 187416719 . T C 296.36 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00511895;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.756;QD=32.9286;RBI=0.0188432;REFB=-0.0404031;REVB=-0.0181346;RO=11;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129652;STB=0.574817;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0255138;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:11:11:24:25:0.694444:16:8:6:5:17:8:6:5 chr3 187419816 . T C 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00338517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.205;QD=11.26;RBI=0.036384;REFB=0.00633063;REVB=0.0362262;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156924;STB=0.593621;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0150035;OID=.;OPOS=187419816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:5:10:16:14:5:10:16:14 chr3 187443314 . G A 182.86 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0178645;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4408;QD=13.2989;RBI=0.0642656;REFB=-0.0630308;REVB=0.0617327;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10353;STB=0.569555;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0552955;OID=.;OPOS=187443314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:21:22:0.4:7:14:19:14:7:15:19:14 chr3 187447032 . G A 222.77 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0494394;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.417;QD=16.5012;RBI=0.0590389;REFB=-0.00105946;REVB=0.0322697;RO=29;SAF=22;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344435;STB=0.699074;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00198135;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:3:22:19:10:3:22:19:10 chr3 187450128 . C T 115.77 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.000254058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5908;QD=15.9686;RBI=0.0429247;REFB=0.00152365;REVB=-0.0429239;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510156;STB=0.529369;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00765326;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:5:10:10:4:5:10 chr3 187897059 . G A 227.86 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00963046;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0164;QD=13.6036;RBI=0.0155245;REFB=-0.00444811;REVB=-0.0121764;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131506;STB=0.515425;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0160897;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:40:27:27:0.402985:19:8:7:29:19:8:11:29 chr3 187897283 . G A 113.2 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00427875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2444;QD=17.4148;RBI=0.0851507;REFB=-0.0479037;REVB=0.0850431;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322932;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0373551;OID=.;OPOS=187897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:7:6:6:6:7:6:7:6 chr3 187897614 . C G 126.15 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0326663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.973;QD=21.0257;RBI=0.0376278;REFB=-0.014373;REVB=-0.0186751;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177944;STB=0.599866;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0137631;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:8:2:6:8:8:2 chr3 187897954 . T A 411.86 PASS AF=0.385827;AO=48;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0259753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4374;QD=12.972;RBI=0.0373076;REFB=-0.0240695;REVB=-0.0267794;RO=74;SAF=20;SAR=28;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133017;STB=0.56754;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0393641;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:78:48:49:0.385827:28:20:40:34:28:21:42:36 chr3 187898523 . T C 127.25 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00155484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.702;QD=20.3592;RBI=0.0717918;REFB=-0.0105157;REVB=0.0717749;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.52937;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0169089;OID=.;OPOS=187898523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:7:4:6:8:7:4 chr3 188327461 . C T 317.94 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00666837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.87;QD=15.509;RBI=0.0168434;REFB=-0.0122693;REVB=-0.0154672;RO=46;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036254;STB=0.526447;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0162877;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:35:35:0.426829:17:18:22:24:17:18:22:25 chr3 188464248 . G GT 351.89 PASS AF=0.475806;AO=55;DP=126;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0246709;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.2163;QD=11.3514;RBI=0.0603677;REFB=0.048618;REVB=-0.0550963;RO=69;SAF=37;SAR=18;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159683;STB=0.540209;STBP=0.401;TYPE=ins;VARB=-0.0518806;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475806:55:126:59:124:65:37:22:36:29:99:69:37:18:36:33 chr3 189615080 . A G 96.16 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00153505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.091;QD=22.6269;RBI=0.0378138;REFB=-0.0300573;REVB=-0.0377826;RO=5;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180142;STB=0.615214;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0187232;OID=.;OPOS=189615080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:17:5:6:11:11:0.647059:10:1:0:5:10:1:0:6 chr3 189713205 . T C 150.94 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0156222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5323;QD=12.5787;RBI=0.0176871;REFB=-0.00299533;REVB=-0.00829333;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183377;STB=0.607911;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00463514;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:6:11:15:16:6:11:15:16 chr3 190023552 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00317518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.03;QD=13.9591;RBI=0.0145026;REFB=-0.00954233;REVB=0.0141507;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00719018;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:3:4:2:5:3:4 chr3 190024457 . A G 450.69 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00625475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.625;QD=19.1781;RBI=0.0116679;REFB=-0.0060589;REVB=0.00984979;RO=47;SAF=23;SAR=22;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176468;STB=0.606358;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00915397;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:49:45:45:0.478723:22:23:15:32:22:23:15:34 chr3 190030680 . A G 166.49 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.001289;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.425;QD=9.51352;RBI=0.00799384;REFB=-0.0111086;REVB=0.00788923;RO=42;SAF=7;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262915;STB=0.656354;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0354497;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:48:22:22:0.314286:15:7:23:19:15:7:26:22 chr3 190333162 . TG T,TT 1245.09 PASS AF=0.987805,0.0121951;AO=69,13;DP=82;FAO=81,1;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=49,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251849,-0.0260003;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=314.486,298.926;QD=60.7362;RBI=0.0267344,0.0272021;REFB=0,0;REVB=0.00896946,0.00799618;RO=0;SAF=26,7;SAR=43,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000604989,0.0248825;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987805,0.0121951:69,13:82:81,1:82:0:32,0:49,1:0:0:3:0:26,7:43,6:0:0 chr3 190578566 . A G 576.09 PASS AF=0.542056;AO=55;DP=105;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00240991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.203;QD=21.5359;RBI=0.0202845;REFB=-0.0121723;REVB=0.0201408;RO=49;SAF=16;SAR=39;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114793;STB=0.570971;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0109426;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:49:49:55:58:0.542056:39:16:20:29:42:16:20:29 chr3 190999917 . C A 187.81 PASS AF=0.403509;AO=19;DP=54;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.044639;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9594;QD=13.1798;RBI=0.0449773;REFB=-0.0217776;REVB=0.00550582;RO=35;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370683;STB=0.532054;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0733082;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:35:34:19:23:0.403509:7:12:21:14:10:13:21:13 chr3 191047532 . A G 1840.91 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.759;QD=61.3638;RBI=0.071182;REFB=0;REVB=0.062527;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53346e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:68:51:0:0:68:52:0:0 chr3 191074873 . C G 552.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.488;QD=59.6855;RBI=0.028058;REFB=0;REVB=0.00121373;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53051e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr3 191093053 . T C 353.7 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0141042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.637;QD=35.3699;RBI=0.0248329;REFB=-0.00620916;REVB=0.0204388;RO=11;SAF=14;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142621;STB=0.507767;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00201404;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:15:14:5:6:15:14:5:6 chr3 191093080 . A G 246.83 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0101337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.945;QD=31.8487;RBI=0.0198075;REFB=0.00052114;REVB=0.017019;RO=8;SAF=12;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222222;STB=0.529385;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-7.93159e-05;OID=.;OPOS=191093080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:8:9:22:22:0.709677:10:12:4:4:10:12:4:5 chr3 191093175 . T A 266.61 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0652966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4231;QD=31.3655;RBI=0.0677233;REFB=-0.00111046;REVB=0.0179663;RO=10;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990793;STB=0.547225;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00346521;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:23:24:0.705882:11:12:7:3:11:13:7:3 chr3 191093310 . A G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0262639;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.7;QD=21.7465;RBI=0.0364748;REFB=-0.0114844;REVB=-0.0253105;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904321;STB=0.550616;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0105873;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:7:13:12:10:7:13 chr3 191097966 . T C 281.67 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00927109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.327;QD=17.0711;RBI=0.0100459;REFB=0.00109721;REVB=0.00386867;RO=34;SAF=23;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108215;STB=0.555518;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000906862;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:8:23:22:12:8:23:23:12 chr3 191098539 . C G 343.54 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00789142;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.833;QD=15.9785;RBI=0.0161802;REFB=-0.0151241;REVB=-0.0141253;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061597;STB=0.540519;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0188482;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:49:37:37:0.430233:17:20:23:25:17:20:23:26 chr3 191100561 . C A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.011281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7439;QD=18.0871;RBI=0.0417563;REFB=-0.0168119;REVB=-0.0402036;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515236;STB=0.527715;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00699299;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:25:26:0.490566:15:10:9:17:15:11:10:17 chr3 191810914 . TA CG 724.8 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113218;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.87;QD=56.8473;RBI=0.0035064;REFB=0;REVB=0.00331859;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.63452e-05;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr3 191860262 . AT A 69.02 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0501117;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=20.0821;QD=16.2396;RBI=0.112844;REFB=0.0301911;REVB=0.101106;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=del;VARB=0.00722404;OID=.;OPOS=191860263;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:9:17:10:17:7:4:6:3:4:45:7:4:5:3:4 chr3 192447403 . G A 323.28 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00872415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.977;QD=14.5295;RBI=0.0198844;REFB=-0.000784624;REVB=0.0178684;RO=53;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308361;STB=0.67431;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00109698;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:13:23:18:35:13:23:18:35 chr3 192447418 . A G 312.19 PASS AF=0.416667;AO=31;DP=80;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00108282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.91;QD=14.8664;RBI=0.00221889;REFB=-0.0145367;REVB=-0.00193674;RO=44;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287889;STB=0.678184;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0198899;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:44:49:31:35:0.416667:11:20:16:28:12:23:17:32 chr3 192515557 . G A 169.21 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00991326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.28;QD=13.0158;RBI=0.0412414;REFB=-0.00748637;REVB=-0.0400323;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134426;STB=0.507774;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00810038;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:14:18:11:9:14:18 chr3 192994543 . A G 294.45 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8875;QD=17.5791;RBI=0.0416909;REFB=-0.0314984;REVB=0.0411326;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148111;STB=0.582431;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0388812;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:35:31:32:0.477612:21:10:16:18:22:10:16:19 chr3 193036783 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.009917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7506;QD=17.3765;RBI=0.0171906;REFB=0.000642393;REVB=-0.0140417;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.666349;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000870604;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:6:4:8:3:6:4 chr3 193036794 . G C 113.17 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000172851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.044;QD=17.4105;RBI=0.0131039;REFB=-0.0334507;REVB=0.0131028;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240907;STB=0.658287;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0377421;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:9:4:7:5:9:4:8:5 chr3 193042776 . T C 92.4 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00503734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.338;QD=9.23955;RBI=0.0333938;REFB=-0.0160659;REVB=-0.0330117;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148748;STB=0.574878;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.025443;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:6:6:17:10:6:6:17:11 chr3 193080414 . C G 958.82 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.528;QD=57.2432;RBI=0.0292809;REFB=-0.0608911;REVB=0.00346066;RO=1;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106171;STB=0.505616;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-5.9588e-05;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:44:21:0:1:44:22:0:1 chr3 193096529 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.497;QD=57.1055;RBI=0.00997427;REFB=0;REVB=-0.000365939;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1765e-05;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr3 193180592 . G A 296.35 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0189164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.391;QD=28.9121;RBI=0.0223527;REFB=-0.00235706;REVB=-0.0119085;RO=15;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342387;STB=0.501885;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00233809;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:12:14:8:7:12:14:8:7 chr3 193183817 . A G 165.16 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0637952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.208;QD=12.4649;RBI=0.064202;REFB=-0.0184749;REVB=0.00721602;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507968;STB=0.529502;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0213457;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:7:13:20:13:7:13:20:13 chr3 193209178 . T C 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2605;QD=58.1286;RBI=0.0201217;REFB=0;REVB=0.0149998;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562081;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr3 193210768 . A G 728.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.155;QD=57.1074;RBI=0.0566055;REFB=0;REVB=0.0404258;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305647;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr3 193355074 . T C 1309.79 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338238;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.603;QD=62.3708;RBI=0.0518488;REFB=0;REVB=0.0517384;RO=0;SAF=22;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94507e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23844e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:82:84:1:60:22:0:0:61:23:0:0 chr3 193385059 . G A 1306.1 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.916;QD=60.7487;RBI=0.012721;REFB=-0.00962853;REVB=0.00686026;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108899;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000113733;OID=.;OPOS=193385059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:43:42:0:1:43:42:0:1 chr3 193863706 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00259759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.281;QD=12.7387;RBI=0.113275;REFB=-0.0300006;REVB=-0.113245;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20901;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0313329;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:4:6:3:5:4:6 chr3 194061826 . C T 187.18 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0650044;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3753;QD=17.8265;RBI=0.0652995;REFB=-0.0438818;REVB=-0.00620141;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203;STB=0.538218;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0514117;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:22:23:18:19:0.452381:7:11:13:9:7:12:13:10 chr3 194061906 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.010716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.166;QD=17.247;RBI=0.0107398;REFB=-0.00932603;REVB=0.000713674;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14365;STB=0.571361;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0104213;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:9:12:11:15:9:12:12:15 chr3 194063300 . T C 343.18 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0170501;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.648;QD=15.962;RBI=0.0179638;REFB=0.00741137;REVB=0.00565617;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680902;STB=0.536986;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00173148;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:42:46:33:34:0.395349:21:12:18:24:22:12:19:27 chr3 194080474 . C T 398.04 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00781006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0573;QD=35.3811;RBI=0.0105365;REFB=-0.0149208;REVB=-0.00707251;RO=13;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864125;STB=0.546956;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00457527;OID=.;OPOS=194080474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:15:17:9:4:15:17:9:4 chr3 194118874 . T C 392.57 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.322;QD=56.0819;RBI=0.0567836;REFB=0;REVB=0.0279913;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412859;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr3 194124427 . C T 1106.04 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.552;QD=59.7862;RBI=0.0223774;REFB=0;REVB=0.00185034;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74719e-05;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:42:32:0:0 chr3 194313832 . T C 492.62 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.65;QD=57.9552;RBI=0.104622;REFB=0;REVB=-0.000614817;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129604;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:22:11:1:0:22:12:0:0 chr3 194337901 . T C 657.71 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0275148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.15;QD=59.7922;RBI=0.0275982;REFB=0.0242744;REVB=0.00214381;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000470901;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:16:26:0:0:17:26:1:0 chr3 194338423 . C G,T 785.17 PASS AF=0.06,0.94;AO=3,47;DP=50;FAO=3,47;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113088,-0.00742464;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.773,124.774;QD=62.8136;RBI=0.0198331,0.00764481;REFB=0,0;REVB=-0.016293,0.00182149;RO=0;SAF=1,20;SAR=2,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.019313,0.00409877;OID=.,.;OPOS=194338423,194338423;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:0:0:3,47:3,47:0.06,0.94:2,27:1,20:0:0:2,27:1,20:0:0 chr3 194349178 . C T 1050.22 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.118;QD=59.1675;RBI=0.0810579;REFB=0;REVB=0.0388518;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579199;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:32:39:0:0 chr3 194373832 . TG CA 1686.48 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262374;FXX=0.0263135;HRUN=2;LEN=2;MLLD=324.437;QD=60.7739;RBI=0.0311786;REFB=0;REVB=0.0168434;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.49837e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:111:0:0:111:111:1:53:58:0:0:53:58:0:0 chr3 194842785 . C G 224.68 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00659245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.238;QD=19.9714;RBI=0.0531347;REFB=0.00461356;REVB=-0.0527241;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215978;STB=0.512184;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00700418;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:12:10:11:12:12:10:11:12 chr3 194842877 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.56;QD=57.0003;RBI=0.029145;REFB=0;REVB=0.00571405;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58248e-05;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr3 194842911 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00355147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.981;QD=17.1565;RBI=0.00587524;REFB=-0.00505644;REVB=0.00468032;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114925;STB=0.506571;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0067515;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:12:8:7:10:12:8 chr3 195076877 . C G 205.06 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0110488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.105;QD=15.7739;RBI=0.0448609;REFB=-0.0242013;REVB=0.043479;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218298;STB=0.620985;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0256262;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:29:23:23:0.442308:10:13:9:18:10:13:10:19 chr3 195242526 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.894;QD=43.4861;RBI=0.0426335;REFB=0;REVB=0.0150726;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459188;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr3 195345828 . AG GA 272.34 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520659;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.178;QD=51.8747;RBI=0.0560987;REFB=0;REVB=-0.0208857;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000220577;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr3 195345953 . C T 126.54 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0845631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.581;QD=29.775;RBI=0.0898295;REFB=-0.016225;REVB=0.0303056;RO=4;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609767;STB=0.533929;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00601633;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:5:8:3:1:5:8:3:1 chr3 195346477 . C T 327.16 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0321404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2693;QD=23.3685;RBI=0.0345985;REFB=-0.0311846;REVB=-0.0128081;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312499;STB=0.540457;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0213499;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:32:33:0.589286:18:14:11:12:19:14:12:11 chr3 195346906 . C T 85.39 PASS AF=0.229508;AO=13;DP=60;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0198391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0488;QD=5.5995;RBI=0.044563;REFB=-0.00956159;REVB=0.0399032;RO=47;SAF=2;SAR=11;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355223;STB=0.657872;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0331633;OID=.;OPOS=195346906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:60:61:47:47:13:14:0.229508:11:2:18:29:11:3:18:29 chr3 195391111 . T C 149.4 PASS AF=0.185714;AO=25;DP=142;FAO=26;FDP=140;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.0269932;FXX=0.0209776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.183;QD=4.26854;RBI=0.0356352;REFB=-0.00212851;REVB=-0.0232644;RO=113;SAF=14;SAR=11;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149111;STB=0.580725;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0101251;OID=.;OPOS=195391111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:113:114:25:26:0.185714:11:14:50:63:12:14:50:64 chr3 195399505 . C T 218.27 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0154407;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.686;QD=11.4878;RBI=0.015485;REFB=0.00038246;REVB=-0.00117046;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617577;STB=0.54249;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000812615;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:49:27:27:0.355263:12:15:24:24:12:15:24:25 chr3 195404649 . A G 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0384115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5077;QD=11.018;RBI=0.0632391;REFB=-0.0321016;REVB=-0.0502369;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0858689;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:4:4:2:4:4:4 chr3 195447886 . G C 374.54 PASS AF=0.375;AO=44;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0200308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2058;QD=12.4847;RBI=0.0208492;REFB=-0.0293119;REVB=0.00578413;RO=72;SAF=24;SAR=20;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418658;STB=0.542069;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0328061;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:75:44:45:0.375:20:24:42:30:21:24:45:30 chr3 195451880 . AG GA 148.1 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0110219;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.634;QD=22.7838;RBI=0.023048;REFB=-0.00219638;REVB=-0.0202417;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164712;STB=0.576829;STBP=0.325;TYPE=mnp;VARB=-0.000161063;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:10:10:15:16:0.615385:8:7:7:3:8:8:7:3 chr3 195452770 . G A 91.45 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0105467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.599;QD=8.50716;RBI=0.0574384;REFB=-0.0133578;REVB=-0.0564618;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275941;STB=0.662049;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0288018;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:30:31:12:12:0.27907:3:9:16:14:3:9:17:14 chr3 195452799 . C T 92.89 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0318752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6594;QD=7.01083;RBI=0.0556158;REFB=0.00505461;REVB=0.0455751;RO=40;SAF=10;SAR=3;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26656;STB=0.668615;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00974977;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:3:10:23:17:3:10:23:17 chr3 195452951 . G C 367.58 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0246072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.839;QD=35.0076;RBI=0.064876;REFB=-0.0413986;REVB=-0.0600282;RO=12;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053927;STB=0.529392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0266636;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:18:12:6:6:18:12:6:6 chr3 195452987 . G A 107.99 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.03645;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5239;QD=11.3669;RBI=0.0368649;REFB=-0.0203299;REVB=0.00551541;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168049;STB=0.645339;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0509352;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:25:13:13:0.342105:9:4:10:12:9:4:13:12 chr3 195452991 . C T 116.98 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0245783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4446;QD=11.998;RBI=0.0380283;REFB=-0.00657925;REVB=0.0290182;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266974;STB=0.658678;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.01921;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:13:12:10:4:13:12 chr3 195453014 . G A 122.98 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00692913;FXX=0.0487686;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.971;QD=12.6128;RBI=0.00784282;REFB=0.00494965;REVB=0.00367381;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164728;STB=0.583822;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0074817;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:8:6:14:10:8:6:14:11 chr3 195453064 . T G 228.92 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0116613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9884;QD=23.479;RBI=0.0308218;REFB=-0.00966221;REVB=-0.0285307;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109725;STB=0.571366;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00750885;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:10:12:11:5:10:12:12:5 chr3 195453243 . C T 284.01 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0226357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.859;QD=12.7645;RBI=0.0243279;REFB=-0.0115708;REVB=0.00891455;RO=55;SAF=7;SAR=26;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165457;STB=0.591925;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0227525;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:26:7:18:37:26:7:18:38 chr3 195453257 . G A 214.93 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.0402909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1559;QD=10.7464;RBI=0.0416674;REFB=-0.00797326;REVB=-0.0106211;RO=53;SAF=6;SAR=21;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932808;STB=0.554674;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0161861;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:21:6:15:38:21:6:15:38 chr3 195477791 . G A 387.59 PASS AF=0.534247;AO=37;DP=71;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0204309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.83;QD=21.2377;RBI=0.0271251;REFB=-0.0237657;REVB=0.0178423;RO=34;SAF=28;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575413;STB=0.522511;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0180266;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:34:34:37:39:0.534247:9:28:24:10:10:29:24:10 chr3 195479256 . T C 196.51 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0506408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4476;QD=12.8857;RBI=0.0538191;REFB=-0.00187074;REVB=0.0182212;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235466;STB=0.608213;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000792767;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:36:37:23:24:0.393443:14:9:7:29:15:9:8:29 chr3 195489009 . C A 716.17 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=166;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.0071153;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.729;QD=17.4676;RBI=0.0142206;REFB=-0.0283189;REVB=0.0123125;RO=86;SAF=36;SAR=40;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306527;STB=0.516437;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0367323;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:86:88:76:76:0.463415:40:36:38:48:40:36:39:49 chr3 195489067 . C G 859.69 PASS AF=0.463158;AO=88;DP=193;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.0594503;FXX=0.0155432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4952;QD=18.0988;RBI=0.0716581;REFB=0.0244123;REVB=-0.0400068;RO=103;SAF=32;SAR=56;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257697;STB=0.51639;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0278379;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:190:103:102:88:88:0.463158:56:32:40:63:56:32:40:62 chr3 195495916 . G C 245.99 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0253974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.268;QD=11.1814;RBI=0.0256137;REFB=0.000932129;REVB=-0.0033215;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681243;STB=0.512187;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00146338;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:58:30:30:0.340909:14:16:29:26:14:16:32:26 chr3 195497143 . C T 370.55 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0132435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.333;QD=17.2351;RBI=0.0176286;REFB=-0.00730831;REVB=0.0116352;RO=46;SAF=10;SAR=29;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108418;STB=0.570246;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00940414;OID=.;OPOS=195497143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:29:10:16:30:29:10:17:30 chr3 195497174 . C G 494.51 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0456328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9452;QD=23.2709;RBI=0.0479665;REFB=-0.0197251;REVB=0.0147793;RO=37;SAF=15;SAR=32;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722636;STB=0.5294;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0257275;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:38:47:47:0.552941:32:15:9:28:32:15:10:28 chr3 195497743 . T C 150.36 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0177371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.358;QD=12.2742;RBI=0.0199899;REFB=-0.00872177;REVB=-0.009219;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404487;STB=0.53723;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0177909;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:11:6:12:19:11:6:13:19 chr3 195501149 . C T 359.88 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0696518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8578;QD=20.2748;RBI=0.0729037;REFB=0.00191631;REVB=0.0215306;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290548;STB=0.523064;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000185523;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:34:36:37:0.521127:20:16:14:20:20:17:14:20 chr3 195505664 . G A 268.72 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00678575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.671;QD=22.3934;RBI=0.0100066;REFB=-0.0113428;REVB=0.00735434;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149175;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010549;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:12:11:12:13:12:11 chr3 195505788 . G C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00983057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.599;QD=9.44521;RBI=0.014089;REFB=-0.0237475;REVB=-0.0100925;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309981;STB=0.683735;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0525933;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:1:9:4:2:1:9 chr3 195512107 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0718443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.489;QD=40.7628;RBI=0.0749047;REFB=0;REVB=0.0211924;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157042;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 195515594 . C G 549.52 PASS AF=0.459259;AO=54;DP=127;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0131408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.894;QD=16.282;RBI=0.0166218;REFB=-0.0231181;REVB=-0.0101786;RO=73;SAF=34;SAR=20;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585323;STB=0.514751;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0225614;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:135:73:73:54:62:0.459259:20:34:42:31:28:34:42:31 chr3 195515617 . G C 543.19 PASS AF=0.440299;AO=57;DP=135;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0324771;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5579;QD=16.2146;RBI=0.0762238;REFB=-0.0202154;REVB=0.0689588;RO=76;SAF=31;SAR=26;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450651;STB=0.514697;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0323085;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:75:57:59:0.440299:26:31:41:35:26:33:40:35 chr3 195516630 . G T 504.35 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.00367668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.006;QD=25.2176;RBI=0.00368947;REFB=-0.00610531;REVB=0.000306845;RO=33;SAF=13;SAR=34;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125811;STB=0.568379;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00742562;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:34:13:5:28:34:13:5:28 chr3 195516878 . T C 141.83 PASS AF=0.6;AO=13;DP=23;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0184027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.277;QD=22.6924;RBI=0.0484566;REFB=-0.0480596;REVB=0.0448262;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345162;STB=0.646851;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0240718;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:25:9:10:13:15:0.6:10:3:6:3:11:4:6:4 chr3 195517258 . G A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0190355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.261;QD=6.3025;RBI=0.0223358;REFB=-0.00825919;REVB=-0.0116851;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131907;STB=0.592323;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0375382;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:12:12:0.226415:5:7:19:21:5:7:19:22 chr3 195517553 . A C 150.06 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0136788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.112;QD=19.3626;RBI=0.0137512;REFB=-0.0317775;REVB=-0.00140906;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142741;STB=0.581392;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0249647;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:7:8:11:5:7:8 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 150.14 PASS AF=0.0568182,0.204545;AO=5,18;DP=91;FAO=5,18;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=5,7;FSAR=0,11;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00608966,-0.00393576;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=189.135,417.814;QD=6.82441;RBI=0.00926584,0.00459388;REFB=-0.00655963,-0.00262173;REVB=0.00698367,-0.00236929;RO=66;SAF=5,7;SAR=0,11;SRF=34;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.530181,-0.158524;STB=0.997779,0.605252;STBP=0.026,0.334;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0162321,0.00716033;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:91:88:66:65:5,18:5,18:0.0568182,0.204545:0,11:5,7:34:32:0,11:5,7:34:31 chr3 195518330 . C G 74.44 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0637897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.197;QD=22.906;RBI=0.0640713;REFB=-0.0287368;REVB=0.00600106;RO=3;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387747;STB=0.779728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00635575;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:13:3:4:9:9:0.692308:8:1:2:1:8:1:3:1 chr3 195611844 . G A 243.89 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00316567;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.108;QD=22.6876;RBI=0.00465526;REFB=-0.0166603;REVB=-0.00341321;RO=19;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240908;STB=0.626611;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0122197;OID=.;OPOS=195611844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:20:23:23:0.534884:17:6:10:9:17:6:10:10 chr3 195668043 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.819;QD=23.218;RBI=0.049173;REFB=-0.0243064;REVB=0.049173;RO=1;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00798063;OID=.;OPOS=195668043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:4:5:0.833333:4:0:0:1:5:0:0:1 chr3 195668443 . GA G 99.74 PASS AF=0.238095;AO=14;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00148981;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.068;QD=6.33257;RBI=0.00846743;REFB=-0.0184954;REVB=0.00833534;RO=49;SAF=12;SAR=2;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477924;STB=0.819914;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0502139;OID=.;OPOS=195668444;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:14:63:15:63:48:13:2:24:24:99:49:12:2:25:24 chr3 195668478 . A G 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0378563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7234;QD=10.8091;RBI=0.0622711;REFB=-0.0231697;REVB=-0.0494428;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702086;STB=0.569984;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0336205;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:36:19:19:0.345455:11:8:16:17:11:8:19:17 chr3 195690251 . A G 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0121051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.161;QD=2.35833;RBI=0.0258766;REFB=-0.00293435;REVB=-0.0228706;RO=52;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256158;STB=0.68573;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0171124;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:52:53:7:7:0.116667:2:5:26:26:2:5:27:26 chr3 195692347 . G A 64.79 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00957369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.332;QD=2.72782;RBI=0.0136967;REFB=-0.00230368;REVB=0.0097951;RO=82;SAF=6;SAR=7;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281569;STB=0.519578;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0198971;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:82:82:13:13:0.136842:7:6:36:46:7:6:36:46 chr3 195701278 . C T 56.38 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=0.0381049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.522;QD=2.01353;RBI=0.0381475;REFB=-0.0013199;REVB=0.00180191;RO=98;SAF=8;SAR=5;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402959;STB=0.500725;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0264697;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:112:112:98:99:13:13:0.116071:5:8:60:38:5:8:61:38 chr3 195701285 . G T 71.57 PASS AF=0.129032;AO=16;DP=124;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=0.0082123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.536;QD=2.30876;RBI=0.0174587;REFB=-0.00227104;REVB=-0.0154067;RO=107;SAF=8;SAR=8;SRF=66;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14688;STB=0.604713;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0151351;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:124:124:107:108:16:16:0.129032:8:8:66:41:8:8:67:41 chr3 195701304 . C T 311.87 PASS AF=0.303704;AO=41;DP=135;FAO=41;FDP=135;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=0.0257265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.884;QD=9.24061;RBI=0.0281724;REFB=-0.00583669;REVB=0.0114818;RO=93;SAF=23;SAR=18;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766144;STB=0.547658;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0255281;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:93:94:41:41:0.303704:18:23:58:35:18:23:59:35 chr3 195701310 . C CAA 176.85 PASS AF=0.29771;AO=34;DP=136;FAO=39;FDP=131;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=0.00026851;FXX=0.036762;HRUN=1;LEN=2;MLLD=38.0836;QD=5.39996;RBI=0.0129483;REFB=0.0178629;REVB=-0.0129455;RO=98;SAF=19;SAR=15;SRF=60;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678262;STB=0.532086;STBP=0.666;TYPE=ins;VARB=-0.0424683;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.29771:34:136:39:131:92:22:17:56:36:99:98:19:15:60:38 chr3 195701331 . G A 526.64 PASS AF=0.401316;AO=58;DP=149;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0142982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.448;QD=13.859;RBI=0.0637264;REFB=-0.00755766;REVB=0.0621016;RO=89;SAF=29;SAR=29;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783816;STB=0.547593;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0146431;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:89:91:58:61:0.401316:29:29:51:38:31:30:52:39 chr3 195701388 . GC AA 287.2 PASS AF=0.284672;AO=39;DP=137;FAO=39;FDP=137;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0105966;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.588;QD=8.38528;RBI=0.0244882;REFB=-0.00557194;REVB=0.0220768;RO=95;SAF=20;SAR=19;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910679;STB=0.501872;STBP=0.969;TYPE=mnp;VARB=0.0203502;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:95:98:39:39:0.284672:19:20:48:47:19:20:50:48 chr3 195710989 . G A 222.65 PASS AF=0.409091;AO=19;DP=69;FAO=27;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0162024;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.191;QD=13.4941;RBI=0.0211162;REFB=-0.0116412;REVB=0.0135416;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296664;STB=0.599927;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.058869;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:30:39:19:27:0.409091:11:8:5:25:12:15:15:24 chr3 195710993 . A G 280.91 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0137399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.906;QD=14.4055;RBI=0.0244561;REFB=-0.0103388;REVB=-0.0202315;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210814;STB=0.62453;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0121861;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:46:32:32:0.410256:14:18:16:29:14:18:16:30 chr3 195711016 . G A 467.31 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00433187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.14;QD=16.8398;RBI=0.00441449;REFB=-0.00380551;REVB=0.000850085;RO=60;SAF=19;SAR=32;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205682;STB=0.614683;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00488935;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:32:19:35:25:32:19:35:25 chr3 195925458 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8833;QD=53.2765;RBI=0.0556195;REFB=0;REVB=0.0416978;RO=0;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66975e-05;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:22:1:0:0:22:1:0:0 chr3 195936382 . G A 118.45 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00119667;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.75;QD=12.1485;RBI=0.0192859;REFB=0.0094791;REVB=0.0192488;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261592;STB=0.654326;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0231738;OID=.;OPOS=195936382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:5:9:10:15:5:9:10:15 chr3 195938177 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9683;QD=56.9997;RBI=0.13792;REFB=0;REVB=-0.0645087;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00221936;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr3 195941216 . C G 1438.4 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.686;QD=61.8666;RBI=0.0365071;REFB=0.0691873;REVB=0.0326457;RO=1;SAF=39;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119989;STB=0.506171;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000129146;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:52:39:1:0:52:40:1:0 chr3 195955762 . G A 1194.27 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.783;QD=59.7133;RBI=0.0486368;REFB=-0.0862695;REVB=0.0464755;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000205912;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:39:40:0:0:39:40:1:0 chr3 195956827 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2609;QD=57.3845;RBI=0.0412059;REFB=0;REVB=-0.038614;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210202;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr3 196054439 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.653;QD=52.6132;RBI=0.0285529;REFB=0;REVB=0.0162374;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60911e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chr3 196294104 . C G 789.36 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.051;QD=56.3831;RBI=0.0221431;REFB=0;REVB=0.0133585;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4124e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:56:0:0:50:56:1:25:25:0:0:29:27:0:0 chr3 196386964 . C G 715.32 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0193457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.132;QD=57.2253;RBI=0.0316958;REFB=-0.0537002;REVB=0.025107;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016502;STB=0.525413;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000695507;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:1:3:47:47:0.94:19:28:1:0:19:28:3:0 chr3 196435534 . T C 529.55 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0610817;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.636;QD=57.2484;RBI=0.0626565;REFB=0.0415961;REVB=0.0139592;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00015987;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr3 196438826 . G T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4071;QD=58.1356;RBI=0.0315558;REFB=0;REVB=-0.0158807;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186415;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr3 196443803 . T C 4754.62 PASS AF=0.990446;AO=288;DP=294;FAO=311;FDP=314;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.111653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7406;QD=60.5684;RBI=0.12043;REFB=-0.0862304;REVB=0.0451342;RO=4;SAF=97;SAR=191;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988082;STB=0.503722;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00075693;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:294:314:4:3:288:311:0.990446:191:97:0:4:200:111:0:3 chr3 196448103 . C T 543.15 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164704;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.476;QD=60.3495;RBI=0.0234603;REFB=0;REVB=0.0167066;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172591;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr3 196511870 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0371064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6823;QD=10.0339;RBI=0.0391514;REFB=0.0528005;REVB=-0.0124878;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0307843;OID=.;OPOS=196511870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr3 196529926 . C A 49.01 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0212266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8063;QD=4.00084;RBI=0.0461068;REFB=0.00498943;REVB=-0.0409301;RO=39;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168052;STB=0.615095;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.026694;OID=.;OPOS=196529926;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:39:41:8:8:0.163265:5:3:20:19:5:3:21:20 chr3 196529978 . C T 68.29 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0531901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.935;QD=4.79214;RBI=0.0602785;REFB=-0.00264332;REVB=0.0283603;RO=46;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241397;STB=0.659489;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0176747;OID=.;OPOS=196529978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:8:3:21:25:8:3:21:25 chr3 196529982 . A G 51.28 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.054489;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.189;QD=3.53679;RBI=0.0609248;REFB=0.000631521;REVB=0.027254;RO=49;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300544;STB=0.71136;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00308622;OID=.;OPOS=196529982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:7:2:22:27:7:2:22:27 chr3 196557130 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00816031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.286;QD=14.0975;RBI=0.0081643;REFB=-0.0240116;REVB=0.000255198;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448006;STB=0.502614;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0301003;OID=.;OPOS=196557130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:7:11:8:5:7:11 chr3 196613075 . C T 97.85 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0339424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.067;QD=13.4966;RBI=0.0394577;REFB=-0.00328303;REVB=-0.0201202;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329969;STB=0.689384;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00388978;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:3:14:6:6:3:14 chr3 196660820 . C T 238.72 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0153655;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5557;QD=13.8389;RBI=0.0155355;REFB=-0.0107241;REVB=-0.00229223;RO=41;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301744;STB=0.672093;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0198037;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:41:41:28:28:0.405797:9:19:16:25:9:19:16:25 chr3 196674749 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8171;QD=56.7059;RBI=0.149377;REFB=0;REVB=0.109968;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00427592;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 196674879 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.023;QD=60.6072;RBI=0.0489309;REFB=0;REVB=-0.000988287;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747841;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr3 196674916 . A C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122;QD=60.2272;RBI=0.0337105;REFB=0;REVB=0.00841527;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141203;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr3 196674972 . CT TC,TT 275.8 PASS AF=0.5,0.409091;AO=9,9;DP=22;FAO=11,9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5,5;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186879,0.00107336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=183.97,104.057;QD=50.1451;RBI=0.0191526,0.00120696;REFB=0,0;REVB=-0.00419349,-0.000551942;RO=0;SAF=4,5;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00185779,0.000317466;OID=.,.;OPOS=196674972,196674972;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:22:22:0:0:9,9:11,9:0.5,0.409091:5,4:4,5:0:0:6,4:5,5:0:0 chr3 196770355 . TAAGGA TA,TAAGAT 1510.61 PASS AF=1,0;AO=100,5;DP=106;FAO=101,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032539,0.00955413;FXX=0.0194156;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=169.219,128.461;QD=59.8262;RBI=0.0362896,0.0149451;REFB=0,0;REVB=0.016067,-0.0114924;RO=0;SAF=34,0;SAR=66,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.66358e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=6.45092e-05,0;OID=.,.;OPOS=196770356,196770359;OREF=AAGG,GA;OALT=-,AT;OMAPALT=TA,TAAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:100,5:106:101,0:101:0:35,0:66,0:0:0:8:0:34,0:66,5:0:0 chr3 196771245 . G A 479.38 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.984;QD=58.1063;RBI=0.0406501;REFB=0;REVB=-0.0236012;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975146;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr3 197020780 . G A,GA 386.65 PASS AF=0.154762,0.845238;AO=11,32;DP=93;FAO=13,71;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=9,33;FSAR=4,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787868,0.0327574;FXX=0.0344788;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=223.546,6.53634;QD=18.4117;RBI=0.0367003,0.067682;REFB=0.0176776,0.067979;REVB=-0.0358447,-0.0592268;RO=39;SAF=6,14;SAR=5,18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00858946,-0.0986574;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0251399,-0.00598864;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:93:84:39:0:11,32:13,71:0.154762,0.845238:5,18:6,14:21:18:4,38:9,33:0:0 chr3 197495334 . G A 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5357;QD=63.5773;RBI=0.0619878;REFB=0;REVB=0.033325;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974419;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr3 197846850 . G A 42.9 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0753935;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2847;QD=2.35067;RBI=0.0810393;REFB=0.00456521;REVB=0.0297185;RO=64;SAF=3;SAR=6;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288838;STB=0.707521;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0226729;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:73:64:64:9:9:0.123288:6:3:37:27:6:3:37:27 chr3 197882505 . CT C 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0195758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.622;QD=1.76279;RBI=0.0471469;REFB=-0.00753169;REVB=-0.0428907;RO=69;SAF=7;SAR=1;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393006;STB=0.82106;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=0.0560205;OID=.;OPOS=197882506;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.102564:8:78:8:78:70:7:1:40:30:34:69:7:1:40:29 chr4 53428 . G A 1116.59 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.585;QD=60.3562;RBI=0.0664177;REFB=0;REVB=0.0580855;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136411;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:46:27:0:0:46:28:0:0 chr4 67718 . T G 140.73 PASS AF=0.134454;AO=32;DP=240;FAO=32;FDP=238;FR=.;FRO=206;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=110;FSRR=96;FWDB=-0.010233;FXX=0.00833299;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.417;QD=2.36522;RBI=0.0167252;REFB=-0.0059082;REVB=-0.0132295;RO=202;SAF=15;SAR=17;SRF=107;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773769;STB=0.556248;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0394149;OID=.;OPOS=67718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:238:202:206:32:32:0.134454:17:15:107:95:17:15:110:96 chr4 86738 . A G 523.54 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.462;QD=58.1714;RBI=0.0500174;REFB=0;REVB=0.0488758;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114837;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:13:22:1:0:13:23:0:0 chr4 87277 . G C 526.72 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.006142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2028;QD=56.9422;RBI=0.0287228;REFB=0.0714086;REVB=-0.0280584;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000157883;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:0:1:19:17:0:1 chr4 87313 . G GA 482.85 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.7266;QD=49.5229;RBI=0.037129;REFB=0;REVB=0.016852;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000492345;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:39:39:39:0:20:19:0:0:8:0:20:19:0:0 chr4 331740 . G T 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.00520324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.019;QD=18.4779;RBI=0.00789608;REFB=-0.00161765;REVB=0.00593922;RO=37;SAF=12;SAR=24;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958927;STB=0.557864;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00196028;OID=.;OPOS=331740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:24:12:9:28:24:12:9:29 chr4 376888 . C A 149.5 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0414839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.786;QD=17.0857;RBI=0.0415363;REFB=-0.0185484;REVB=0.00208724;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307288;STB=0.683978;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0151957;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:12:4:10:8:13:4:10:8 chr4 420664 . G T 367.46 PASS AF=0.319444;AO=46;DP=143;FAO=46;FDP=144;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0074734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.687;QD=10.2071;RBI=0.0198367;REFB=-0.0090936;REVB=-0.0183751;RO=97;SAF=28;SAR=18;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146722;STB=0.588627;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0176643;OID=.;OPOS=420664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:97:98:46:46:0.319444:18:28:47:50:18:28:47:51 chr4 420688 . C T 451.22 PASS AF=0.365517;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=145;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0321224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.048;QD=12.4473;RBI=0.0358407;REFB=-0.0150738;REVB=-0.0158967;RO=91;SAF=30;SAR=23;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797851;STB=0.549001;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0269862;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:91:92:53:53:0.365517:23:30:45:46:23:30:45:47 chr4 437831 . C T 175.96 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0118744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4211;QD=15.3009;RBI=0.0618521;REFB=-0.0231074;REVB=-0.0607016;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935823;STB=0.553644;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0247264;OID=.;OPOS=437831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:9:18:11:8:9:18 chr4 515489 . G A 246.15 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00836436;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.656;QD=15.6285;RBI=0.0117065;REFB=-0.00867972;REVB=0.00819024;RO=35;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250873;STB=0.637152;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0105352;OID=.;OPOS=515489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:35:29:28:0.444444:8:21:17:18:8:20:17:18 chr4 517376 . T C 329.65 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.000732419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.722;QD=20.9304;RBI=0.0209031;REFB=-0.0105761;REVB=0.0208902;RO=29;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228185;STB=0.626078;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00696343;OID=.;OPOS=517376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:20:14:20:9:20:14:20:9 chr4 517461 . T C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0111992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.956;QD=15.8126;RBI=0.0131161;REFB=-0.00372163;REVB=-0.00682709;RO=43;SAF=8;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26384;STB=0.645298;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00531237;OID=.;OPOS=517461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:26:8:20:23:26:8:20:24 chr4 517622 . C T 219.41 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00808864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6958;QD=17.5532;RBI=0.0116745;REFB=-0.0279636;REVB=-0.00841836;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132659;STB=0.567665;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0368127;OID=.;OPOS=517622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:15:7:12:15:15:7:12:16 chr4 520853 . G A 340.51 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.000790476;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8532;QD=18.1606;RBI=0.00796587;REFB=-0.0329883;REVB=0.00792656;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378217;STB=0.521115;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0206463;OID=.;OPOS=520853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:17:19:19:20:17:19:19:20 chr4 648643 . G A 365.9 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.589;QD=52.271;RBI=0.0263021;REFB=-0.149017;REVB=0.0118086;RO=1;SAF=6;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713041;STB=0.538432;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0028138;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:1:1:27:27:0.964286:21:6:1:0:21:6:1:0 chr4 663908 . A G 676.71 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000302158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.257;QD=61.519;RBI=0.0131353;REFB=0;REVB=-0.0131318;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243149;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr4 677103 . G A 1175.52 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0097167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.609;QD=59.5199;RBI=0.0425611;REFB=-0.091568;REVB=0.0414371;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.506492;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000192542;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:77:78:0.987342:39:38:0:0:40:38:1:0 chr4 727939 . C G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00415735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.355;QD=10.7534;RBI=0.0211167;REFB=-0.0041646;REVB=0.0207034;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341639;STB=0.699733;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0066516;OID=.;OPOS=727939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:20:6:7:6:20:6 chr4 728111 . C T 328.6 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0118795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.52;QD=18.0057;RBI=0.0129374;REFB=-0.00991353;REVB=-0.00512377;RO=38;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230761;STB=0.512899;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0123328;OID=.;OPOS=728111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:22:13:15:23:22:13:15:23 chr4 758825 . C T 422.96 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0165069;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7906;QD=23.4977;RBI=0.0183309;REFB=0.00335383;REVB=-0.00797138;RO=31;SAF=16;SAR=25;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150837;STB=0.58295;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0010355;OID=.;OPOS=758825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:31:31:41:41:0.569444:25:16:18:13:25:16:18:13 chr4 762963 . A G 87.02 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.889;QD=38.6751;RBI=0.128985;REFB=0;REVB=-0.00544689;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141965;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:8:1:0:0 chr4 780286 . C G 772.24 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.483;QD=56.1629;RBI=0.0666988;REFB=0;REVB=0.0552731;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150463;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:49:55:1:16:33:0:0:21:34:0:0 chr4 843695 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=25;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00161024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.203;QD=50.1349;RBI=0.0422796;REFB=0.0353673;REVB=0.0422489;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000505365;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:25:24:0.96:11:14:0:0:10:14:0:1 chr4 858940 . AT AC,GC 704.48 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=41,2;DP=44;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020237,-0.0068895;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=74.112,72.1983;QD=61.2596;RBI=0.0775675,0.013719;REFB=0,0;REVB=0.0748812,0.0118637;RO=0;SAF=29,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000726501,0.0835846;OID=.,.;OPOS=858941,858940;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:44:46:0:0:41,2:45,1:0.978261,0.0217391:12,2:29,0:0:0:15,1:30,0:0:0 chr4 860191 . C CG 279.08 PASS AF=1;AO=6;DP=54;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756643;FXX=0.313664;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.2953;QD=31.8951;RBI=0.102538;REFB=0;REVB=-0.069202;RO=48;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00263228;OID=.;OPOS=860192;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:54:35:35:0:7:28:0:0:3:48:1:5:24:24 chr4 860192 . A G 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.797;QD=57.1735;RBI=0.014694;REFB=0;REVB=-0.0104649;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53969e-07;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr4 954885 . G T 156.07 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0022363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.408;QD=15.6067;RBI=0.0341185;REFB=-0.0127305;REVB=0.0340451;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124324;STB=0.571347;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0203227;OID=.;OPOS=954885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:15:8:8:9:15:8 chr4 961373 . G A 823.02 PASS AF=0.515528;AO=83;DP=160;FAO=83;FDP=161;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=-0.0014109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.736;QD=20.4478;RBI=0.00182011;REFB=-0.0131398;REVB=-0.00114985;RO=77;SAF=55;SAR=28;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254188;STB=0.509174;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0123285;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:77:78:83:83:0.515528:28:55:53:24:28:55:53:25 chr4 982852 . G A 554.62 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=153;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=63;FWDB=0.00462915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.206;QD=14.4999;RBI=0.0203282;REFB=-0.0163569;REVB=0.0197941;RO=89;SAF=20;SAR=43;SRF=27;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170897;STB=0.51195;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0299647;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:89:90:63:63:0.411765:43:20:27:62:43:20:27:63 chr4 983060 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.099;QD=62.9829;RBI=0.0453061;REFB=0;REVB=0.0440146;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167174;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr4 983809 . C T 123.49 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0205641;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1483;QD=15.9338;RBI=0.0297201;REFB=-0.0289387;REVB=0.021457;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552695;STB=0.531973;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.066834;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:10:7:5:9:10:7 chr4 985275 . C T 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00288679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.859;QD=10.8838;RBI=0.0386315;REFB=-0.0111484;REVB=0.0385235;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807627;STB=0.548284;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0169753;OID=.;OPOS=985275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:4:11:6:3:4:11 chr4 985727 . A G 1530.66 PASS AF=0.989796;AO=93;DP=94;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000530161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.436;QD=62.4758;RBI=0.0594354;REFB=0.0486244;REVB=0.059433;RO=1;SAF=45;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104194;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000362433;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:98:1:1:93:97:0.989796:48:45:1:0:52:45:1:0 chr4 1017712 . G A 616.48 PASS AF=0.484615;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00253304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1042;QD=18.9686;RBI=0.0551781;REFB=-0.00491709;REVB=0.05512;RO=65;SAF=31;SAR=31;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498388;STB=0.530981;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00800707;OID=.;OPOS=1017712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:65:67:62:63:0.484615:31:31:36:29:32:31:37:30 chr4 1050653 . G A 385.69 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0129652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.459;QD=48.2116;RBI=0.02517;REFB=-0.180432;REVB=0.0215739;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517006;STB=0.540513;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00597845;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:2:3:29:29:0.90625:12:17:2:0:12:17:3:0 chr4 1052125 . T C 129.44 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0699465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3892;QD=12.9438;RBI=0.0778305;REFB=-0.0329965;REVB=0.0341331;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05679;STB=0.533289;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0476216;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:7:8:12:13:7:8:12:13 chr4 1052166 . A C 106.07 PASS AF=0.351351;AO=11;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00787183;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.57;QD=11.4674;RBI=0.0172661;REFB=-0.0103246;REVB=0.0153673;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430506;STB=0.549279;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0164042;OID=.;OPOS=1052166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:11:13:0.351351:5:6:13:11:5:8:13:11 chr4 1075271 . C T 267.68 PASS AF=0.5;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00360872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.829;QD=18.4607;RBI=0.0349804;REFB=-9.47324e-05;REVB=0.0347938;RO=27;SAF=23;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257;STB=0.668476;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000258933;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:29:29:29:0.5:6:23:15:12:6:23:15:14 chr4 1087324 . T A 35.02 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=-0.0080772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5376;QD=5.00333;RBI=0.0080772;REFB=-0.0194808;REVB=0;RO=22;SAF=6;SAR=0;SRF=22;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0573018;OID=.;OPOS=1087324;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:0:6:22:0:0:6:22:0 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 122.76 PASS AF=0.230769,0.307692;AO=6,8;DP=27;FAO=6,8;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6,8;FSAR=0,0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.00993236,-0.00444252;FXX=0.0370233;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=210.135,578.931;QD=18.8859;RBI=0.00993236,0.00444252;REFB=-0.0164296,-0.013868;REVB=0,0;RO=13;SAF=6,8;SAR=0,0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0151399,0.0241159;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:27:26:13:12:6,8:6,8:0.230769,0.307692:0,0:6,8:13:0:0,0:6,8:12:0 chr4 1087329 . C T 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.0027153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.295;QD=18.6424;RBI=0.0027153;REFB=-0.0103918;REVB=0;RO=12;SAF=14;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185383;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:0:14:12:0:0:14:13:0 chr4 1087338 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0132962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.888;QD=22.1441;RBI=0.0240383;REFB=-0.0039805;REVB=0.0200263;RO=13;SAF=16;SAR=1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588228;STB=0.533291;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000463;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:1:16:12:1:1:16:12:1 chr4 1090625 . G A 119.45 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0364013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.529;QD=13.651;RBI=0.0589369;REFB=-0.0174267;REVB=0.046352;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494203;STB=0.528884;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0240678;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:10:11:8:6:10:11 chr4 1102195 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00575812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.225;QD=21.7451;RBI=0.00901992;REFB=-0.00515972;REVB=-0.00694284;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00458755;OID=.;OPOS=1102195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:7:9:9:10:7:9 chr4 1164277 . C G 55.3 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0181271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2426;QD=10.0549;RBI=0.0183961;REFB=-0.0187269;REVB=-0.00313418;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283525;STB=0.674535;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0340983;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:7:7:2:6:7:7 chr4 1164552 . A G 428.44 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.028;QD=57.1256;RBI=0.0596445;REFB=0;REVB=-0.0159816;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34701e-05;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr4 1165130 . G T 76.21 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0124759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.707;QD=12.1937;RBI=0.0168727;REFB=-0.0218271;REVB=0.0113595;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0242969;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:8:7:4:6:8:7 chr4 1165741 . A G 1007.34 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4145;QD=59.2555;RBI=0.0347848;REFB=0;REVB=0.0333447;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116269;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:34:34:0:0 chr4 1194586 . T A 216.46 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0328036;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8895;QD=15.1899;RBI=0.0464642;REFB=-0.0118123;REVB=0.0329066;RO=32;SAF=5;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289667;STB=0.666518;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0109843;OID=.;OPOS=1194586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:32:25:25:0.438596:20:5:14:18:20:5:14:18 chr4 1194630 . T C 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00707807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.698;QD=20.7371;RBI=0.00827985;REFB=-0.0121558;REVB=0.00429615;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591057;STB=0.533297;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0112914;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:6:10:10:8:6:10 chr4 1219194 . G A 178.67 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0180769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.898;QD=22.3341;RBI=0.0284583;REFB=-0.0237977;REVB=0.0219796;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0204648;OID=.;OPOS=1219194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:6:8:10:8:6:8 chr4 1244416 . A G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.47;QD=59.5018;RBI=0.00537644;REFB=0;REVB=0.00339792;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41097e-06;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr4 1330759 . T C 286.66 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.523;QD=52.1204;RBI=0.0472665;REFB=0;REVB=0.0108134;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621945;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:13:9:0:0 chr4 1343405 . T C 983.55 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198567;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.479;QD=57.8558;RBI=0.0218201;REFB=0.00752206;REVB=0.00904606;RO=1;SAF=24;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019281;STB=0.510201;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-8.24401e-05;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:68:1:1:67:67:0.985294:43:24:1:0:43:24:1:0 chr4 1349028 . C CA 97.12 PASS AF=0.75;AO=2;DP=20;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.27994;FXX=0.237982;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.289;QD=24.2811;RBI=0.281914;REFB=-0.00322689;REVB=-0.0333067;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461523;STB=0.624804;STBP=0.106;TYPE=ins;VARB=0.0392395;OID=.;OPOS=1349029;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:2:20:12:16:4:6:6:0:4:20:18:0:2:6:12 chr4 1349029 . G A 166.52 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.027056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0651;QD=31.7173;RBI=0.112351;REFB=-0.126877;REVB=0.109045;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118981;STB=0.599885;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0467435;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:3:5:16:16:0.761905:10:6:0:3:10:6:0:5 chr4 1374695 . C A 798.03 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00272225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.241;QD=53.2019;RBI=0.040172;REFB=-0.101438;REVB=0.0400796;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514701;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00357179;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:60:0:2:57:58:0.966667:32:25:0:0:33:25:0:2 chr4 1374774 . C T 410.56 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7635;QD=56.6295;RBI=0.0195711;REFB=0;REVB=-0.00241333;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155428;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 1377615 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.002;QD=60.6099;RBI=0.0274047;REFB=0;REVB=0.0272854;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115676;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr4 1619865 . T C 162.21 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0205405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8425;QD=12.0152;RBI=0.0228708;REFB=-0.00914968;REVB=-0.0100578;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324776;STB=0.685025;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0182699;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:7:27:10:10:7:27 chr4 1659128 . T C 141.24 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0359428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6045;QD=21.7288;RBI=0.0374481;REFB=0.0179561;REVB=-0.0105107;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156775;STB=0.575663;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0186358;OID=.;OPOS=1659128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:11:11:14:15:0.576923:5:9:9:2:5:10:9:2 chr4 1685211 . T C 276.69 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015039;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.677;QD=52.7036;RBI=0.0325748;REFB=0;REVB=0.03254;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209317;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr4 1701317 . G A 190.72 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00674299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.268;QD=15.2573;RBI=0.0184114;REFB=-0.0163683;REVB=-0.0171322;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232759;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:18:12:8:12:18:12 chr4 1720346 . A G 143.86 PASS AF=0.276316;AO=19;DP=74;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.0448884;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.724;QD=7.5718;RBI=0.0449138;REFB=-0.0086357;REVB=-0.00151276;RO=55;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278857;STB=0.633352;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0285137;OID=.;OPOS=1720346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:55:55:19:21:0.276316:10:9:14:41:12:9:14:41 chr4 1729660 . C T 159.75 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00244619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.199;QD=17.7501;RBI=0.0205667;REFB=-0.0150096;REVB=-0.0204207;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765705;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0140615;OID=.;OPOS=1729660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:8:10:8:9:9:10 chr4 1729953 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0639904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.312;QD=16.627;RBI=0.0649737;REFB=-0.0247307;REVB=0.0112613;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225385;STB=0.629024;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0367251;OID=.;OPOS=1729953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:4:10:6:7:4:10 chr4 1729988 . G A 207.57 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0161932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.4;QD=24.42;RBI=0.017148;REFB=-0.0395182;REVB=0.00564207;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192542;STB=0.594415;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0295581;OID=.;OPOS=1729988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:14:20:20:0.588235:7:13:5:8:7:13:6:8 chr4 1730299 . A G 214.1 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00977304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.371;QD=14.7655;RBI=0.0244438;REFB=-0.00780399;REVB=-0.0224051;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107715;STB=0.509109;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0105612;OID=.;OPOS=1730299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:24:25:0.431034:10:14:19:13:11:14:19:14 chr4 1732978 . G A 589.68 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00815118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.575;QD=24.0685;RBI=0.00856812;REFB=-0.0229676;REVB=0.00264026;RO=42;SAF=25;SAR=29;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662604;STB=0.545125;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0179262;OID=.;OPOS=1732978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:44:54:54:0.55102:29:25:16:26:29:25:16:28 chr4 1737062 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.008707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.279;QD=15.6194;RBI=0.013005;REFB=-0.0151959;REVB=-0.00966019;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116321;STB=0.566936;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0163653;OID=.;OPOS=1737062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:14:11:10:8:14:11 chr4 1737502 . C T 263.39 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00700342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.258;QD=19.5104;RBI=0.0175516;REFB=-0.0103188;REVB=0.0160938;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156427;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:13:13:14:14:13:13 chr4 1739336 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCCAC 34.64 PASS AF=0,0.5;AO=3,3;DP=25;FAO=0,11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0420025,-0.251927;FXX=0.119952;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=16.9445,32.9288;QD=6.29766;RBI=0.124735,0.251942;REFB=0.0348557,-0.00503282;REVB=0.117451,-0.00276175;RO=18;SAF=2,1;SAR=1,2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.18379,-0.18379;STB=0.5,0.545372;STBP=1,0.742;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0307375;OID=.,.;OPOS=1739337,1739343;OREF=C,-;OALT=-,C;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:3,3:25:0,11:22:11:0,5:0,6:6:5:35:18:2,1:1,2:9:9 chr4 1739343 . G C 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0218252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.602;QD=16.6231;RBI=0.024426;REFB=0.00764222;REVB=0.0109678;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034656;STB=0.519969;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0223216;OID=.;OPOS=1739343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:7:7:6:7:7:7 chr4 1739518 . CGCCATCCCT CGCCACCCCT,C 111.14 PASS AF=0.047619,0.285714;AO=2,11;DP=41;FAO=2,12;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=0,2;FSAR=2,10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0371189,-0.0267246;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,9;MLLD=155.205,191.727;QD=10.5843;RBI=0.0568468,0.0283439;REFB=0.00129238,-0.0200295;REVB=-0.0430551,0.0094432;RO=20;SAF=0,1;SAR=2,10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.489708,-0.52433;STB=0.994059,0.728732;STBP=0.192,0.081;TYPE=snp,del;VARB=0.102266,0.0292901;OID=.,.;OPOS=1739523,1739519;OREF=T,GCCATCCCT;OALT=C,-;OMAPALT=CGCCACCCCT,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.047619,0.285714:2,11:41:2,12:42:28:0,2:2,10:12:16:96:20:0,1:2,10:9:11 chr4 1739592 . A G 524.44 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105625;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.309;QD=59.9356;RBI=0.0245517;REFB=0;REVB=-0.0221635;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250215;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr4 1741740 . G A 97.78 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0304715;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.787;QD=13.4867;RBI=0.0384974;REFB=-0.0171239;REVB=-0.0235273;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295893;STB=0.565919;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0547598;OID=.;OPOS=1741740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:17:11:12:0.413793:10:1:3:9:10:2:4:13 chr4 1801219 . C T 131.2 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.131559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.156;QD=14.1842;RBI=0.13158;REFB=-0.00053896;REVB=0.00233958;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029698;STB=0.517219;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00327643;OID=.;OPOS=1801219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:12:3:4:18:12:3:4:18 chr4 1801542 . A G 138.78 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0148962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.525;QD=13.2172;RBI=0.0427055;REFB=-0.0127591;REVB=-0.0400233;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05679;STB=0.52378;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.022367;OID=.;OPOS=1801542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:25:26:15:16:0.380952:7:8:12:13:8:8:12:14 chr4 1803236 . C T 115.96 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0351292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.537;QD=11.3133;RBI=0.0351329;REFB=-0.0125956;REVB=-0.000511888;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160666;STB=0.584714;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0176237;OID=.;OPOS=1803236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:9:5:13:13:9:5:13:14 chr4 1803251 . T C 131.9 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0246905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.453;QD=14.656;RBI=0.0257569;REFB=-0.00675402;REVB=0.00733485;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296633;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0151016;OID=.;OPOS=1803251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:9:12:9:6:9:12 chr4 1803704 . T C 72.71 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0129818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.988;QD=8.81305;RBI=0.0147234;REFB=-0.00182832;REVB=0.00694642;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163444;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00225699;OID=.;OPOS=1803704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:4:6:10:12:4:6:11:12 chr4 1805568 . C T 223.08 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00605005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.384;QD=16.5247;RBI=0.0336797;REFB=-0.0144095;REVB=-0.0331319;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157335;STB=0.508878;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0164071;OID=.;OPOS=1805568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:19:10:9:16:19:10 chr4 1806633 . C T 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00138779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.664;QD=15.603;RBI=0.00467144;REFB=-0.00932779;REVB=0.00446053;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251405;STB=0.641526;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00541832;OID=.;OPOS=1806633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:25:13:18:12:25:13 chr4 1807894 . G A 124.15 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.6364;QD=41.383;RBI=0.11734;REFB=0;REVB=-0.00483861;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166748;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr4 1809127 . CGTGT CGT,TGCGT,TGTGC 1280.91 PASS AF=0.820225,0.134831,0.0449438;AO=52,16,4;DP=90;FAO=73,12,4;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=15,6,2;FSAR=58,6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186811,0.00222674,-0.0399378;FXX=0.0430061;HRUN=1,1,1;LEN=2,3,5;MLLD=74.1463,47.4497,55.1862;QD=57.5691;RBI=0.0800186,0.00921442,0.0547251;REFB=0,0,0;REVB=0.0778074,-0.00894132,-0.0374141;RO=0;SAF=8,6,2;SAR=44,10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.64328e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0114183,0.108387,0.120744;OID=.,.,.;OPOS=1809128,1809127,1809127;OREF=GT,CGT,CGTGT;OALT=-,TGC,TGTGC;OMAPALT=CGT,TGCGT,TGTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:90:89:0:0:52,16,4:73,12,4:0.820225,0.134831,0.0449438:44,10,2:8,6,2:0:0:58,6,2:15,6,2:0:0 chr4 1815990 . G A 62.43 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00346133;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.283;QD=9.24899;RBI=0.0310079;REFB=-0.0322642;REVB=-0.0308141;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180179;STB=0.636033;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0553319;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:27:27:18:18:8:9:0.333333:6:2:7:11:7:2:7:11 chr4 1818594 . C T 1129.1 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.991;QD=60.2187;RBI=0.0448992;REFB=0;REVB=0.0239974;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108965;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:38:33:0:0:39:36:0:0 chr4 1818625 . T C 255.51 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0343264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4675;QD=15.724;RBI=0.075993;REFB=-0.00171323;REVB=-0.0677985;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037685;STB=0.521262;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00156017;OID=.;OPOS=1818625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:16:20:15:14:16:20 chr4 1954945 . A G 1549.06 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.622;QD=63.8786;RBI=0.0485106;REFB=0;REVB=0.00164398;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012699;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr4 1961356 . G A 350.44 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0790811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.271;QD=20.614;RBI=0.0802664;REFB=-0.038964;REVB=-0.0137431;RO=29;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010404;STB=0.521727;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0352767;OID=.;OPOS=1961356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:29:32:36:36:0.529412:24:12:10:19:24:12:12:20 chr4 1985668 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00956979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.775;QD=11.1311;RBI=0.0936674;REFB=-0.0150583;REVB=0.0931773;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2505;STB=0.65085;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0187521;OID=.;OPOS=1985668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:8:9:3:7:8:9 chr4 1986542 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0179874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.491;QD=20.4848;RBI=0.0457864;REFB=0.000845255;REVB=-0.0421052;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147755;STB=0.584289;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.000923299;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:5:6:10:4:5:6 chr4 1988188 . C CCT 47.09 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0953431;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=2;MLLD=174.227;QD=8.97;RBI=0.0959099;REFB=-0.00234952;REVB=0.0104109;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162774;STB=0.599733;STBP=0.598;TYPE=ins;VARB=0.00455219;OID=.;OPOS=1988189;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:22:7:21:14:3:4:4:10:47:14:3:4:4:10 chr4 2257020 . C CG,G 30.42 PASS AF=0.173077,0;AO=11,2;DP=57;FAO=9,0;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00628324,-0.0142029;FXX=0.0370302;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=82.6334,119.278;QD=2.33979;RBI=0.096356,0.0596407;REFB=-0.00556645,0.000706264;REVB=-0.0961509,-0.0579248;RO=44;SAF=6,0;SAR=5,2;SRF=25;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.02833,-0.431498;STB=0.593016,0.5;STBP=0.547,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.157411,0;OID=.,.;OPOS=2257021,2257020;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:57:52:44:43:11,2:9,0:0.173077,0:5,2:6,0:25:19:5,0:4,0:24:19 chr4 2306053 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.008;QD=45.8068;RBI=0.0254006;REFB=0;REVB=0.0150313;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110167;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr4 2341194 . T C 1650.18 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170906;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.822;QD=60.5571;RBI=0.0172379;REFB=0;REVB=-0.00224835;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106229;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr4 2451694 . T C 279.69 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0404648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.267;QD=48.6413;RBI=0.0405003;REFB=-0.136345;REVB=0.00169693;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00164391;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:12:10:0:0:12:10:0:1 chr4 2460571 . C T 374.26 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5844;QD=49.9006;RBI=0.030706;REFB=-0.100331;REVB=0.0101834;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.507457;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00865354;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:28:28:0.933333:17:11:0:0:17:11:1:1 chr4 2461888 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.489;QD=59.0187;RBI=0.0948795;REFB=0;REVB=0.094082;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665708;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr4 2743999 . A G 418.44 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00890597;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.63;QD=22.317;RBI=0.0092749;REFB=-0.0255145;REVB=-0.00258988;RO=32;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118561;STB=0.565783;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.020739;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:34:41:41:0.546667:24:17:18:14:24:17:19:15 chr4 2744087 . G A 251.94 PASS AF=0.533333;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.044373;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2041;QD=22.3948;RBI=0.0557252;REFB=-0.092577;REVB=0.0337096;RO=16;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591331;STB=0.57243;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0350378;OID=.;OPOS=2744087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:16:21:22:24:0.533333:14:8:7:9:14:10:12:9 chr4 2822467 . G T 267.0 PASS AF=0.491525;AO=24;DP=54;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0857294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.901;QD=18.1015;RBI=0.0860607;REFB=-0.0208342;REVB=0.00754492;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272024;STB=0.659687;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0444704;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:30:30:24:29:0.491525:10:14:9:21:11:18:9:21 chr4 2826400 . T C 251.61 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0939018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.404;QD=20.5397;RBI=0.0960446;REFB=0.000912461;REVB=-0.0201746;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204803;STB=0.615288;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00386777;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:25:24:24:0.489796:9:15:9:14:9:15:10:15 chr4 2828630 . G T 154.82 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00255798;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.123;QD=14.0745;RBI=0.0067304;REFB=-0.0151191;REVB=-0.00622535;RO=28;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00384081;STB=0.50908;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0231605;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:27:17:17:0.386364:14:3:5:23:14:3:5:22 chr4 2828771 . T G 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.036586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.11;QD=18.4426;RBI=0.041553;REFB=-0.0523839;REVB=0.0197007;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154763;STB=0.607293;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0265959;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:6:5:2:6:6:5:2:7 chr4 2831383 . T G 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0100703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.922;QD=14.4111;RBI=0.0186039;REFB=-0.0151336;REVB=-0.0156427;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576169;STB=0.54343;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0243056;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:9:9:15:12:9:9:16:12 chr4 2906707 . G T 403.96 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00438849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.231;QD=22.4421;RBI=0.0280973;REFB=-0.0311371;REVB=-0.0277525;RO=30;SAF=28;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144266;STB=0.59751;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0196793;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:30:32:40:40:0.555556:12:28:16:14:12:28:16:16 chr4 2916762 . C G 505.28 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0118345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.292;QD=20.2113;RBI=0.0845747;REFB=-0.0424871;REVB=-0.0837426;RO=50;SAF=18;SAR=31;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270449;STB=0.507933;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0381553;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:31:18:17:33:31:18:18:33 chr4 2928413 . T C 267.45 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0142516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.397;QD=13.7156;RBI=0.0151784;REFB=-0.0244692;REVB=0.00522252;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152075;STB=0.509994;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0331035;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:30:31:0.397436:16:14:22:25:17:14:22:25 chr4 3162056 . C T 739.6 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1544;QD=56.8926;RBI=0.0501098;REFB=0;REVB=-0.0229036;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000827782;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr4 3213832 . G A 693.19 PASS AF=0.958333;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0103208;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.92;QD=57.7658;RBI=0.0144298;REFB=-0.0236122;REVB=0.0100845;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511057;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00155195;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:48:0:2:44:46:0.958333:31:13:0:0:33:13:1:1 chr4 3215835 . T C 541.31 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.18;QD=60.1453;RBI=0.0840526;REFB=0;REVB=0.0194911;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354173;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:29:36:1:23:6:0:0:23:13:0:0 chr4 3219613 . A C 2252.12 PASS AF=0.980519;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00333112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.555;QD=58.4965;RBI=0.0438026;REFB=-0.0522024;REVB=0.0436757;RO=3;SAF=67;SAR=84;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166822;STB=0.508771;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000891327;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:154:3:3:151:151:0.980519:84:67:0:3:84:67:0:3 chr4 3227419 . A G 1168.54 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.816;QD=59.1666;RBI=0.0404223;REFB=-0.105448;REVB=-0.0291658;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160693;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:79:1:0:76:79:1:40:36:1:0:42:37:0:0 chr4 3234980 . G A 1258.06 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278893;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.483;QD=60.6293;RBI=0.0314443;REFB=0.010458;REVB=0.0145235;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011691;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000150008;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:81:82:0.987952:41:40:1:0:41:41:1:0 chr4 3318413 . A G 649.85 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00888018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.74;QD=59.077;RBI=0.0159314;REFB=-0.0148693;REVB=0.0132269;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506846;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=1.89167e-05;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:42:43:0.977273:35:7:0:0:36:7:0:1 chr4 3319271 . C T 623.68 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312319;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.76;QD=59.3979;RBI=0.0320172;REFB=-0.100412;REVB=0.00704794;RO=0;SAF=33;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8059e-08;STB=0.507459;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00031599;OID=.;OPOS=3319271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:41:41:0.97619:8:33:0:0:8:33:1:0 chr4 3319315 . C A 140.16 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0340363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.873;QD=10.382;RBI=0.0384925;REFB=-0.0213248;REVB=-0.0179778;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0434598;OID=.;OPOS=3319315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:36:17:18:0.333333:7:10:21:13:7:11:22:14 chr4 3417845 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00600814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.296;QD=19.0583;RBI=0.0107834;REFB=-0.0388607;REVB=-0.00895455;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772379;STB=0.543862;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0349903;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:11:9:7:12:11:9 chr4 3424231 . C T 374.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00167469;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.022;QD=23.0517;RBI=0.0047928;REFB=-0.00476804;REVB=-0.0044907;RO=28;SAF=11;SAR=26;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202084;STB=0.611702;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00414957;OID=.;OPOS=3424231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:28:28:37:37:0.569231:26:11:15:13:26:11:15:13 chr4 3444503 . G A 175.43 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.03367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.336;QD=20.6385;RBI=0.0563811;REFB=-0.017657;REVB=0.0452234;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266006;STB=0.672214;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.019035;OID=.;OPOS=3444503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:17:18:0.529412:12:5:9:6:13:5:10:6 chr4 3446132 . C G 510.26 PASS AF=1;AO=28;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.559;QD=58.3148;RBI=0.0338831;REFB=0;REVB=0.0295142;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284816;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:28:35:1:15:13:0:0:17:18:0:0 chr4 3449652 . G A 374.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00799568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8952;QD=23.4128;RBI=0.0559327;REFB=-0.0203429;REVB=-0.0553583;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380801;STB=0.520947;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0140745;OID=.;OPOS=3449652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:21:16:13:14:21:16:13:14 chr4 3475252 . T C 3508.21 PASS AF=0.982684;AO=224;DP=231;FAO=227;FDP=231;FR=.;FRO=4;FSAF=104;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0293258;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1629;QD=60.7482;RBI=0.0299048;REFB=-0.0836301;REVB=0.00585624;RO=3;SAF=104;SAR=120;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117615;STB=0.503632;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00119196;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:231:231:3:4:224:227:0.982684:120:104:0:3:123:104:1:3 chr4 3494600 . A G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.105879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.493;QD=12.4816;RBI=0.108988;REFB=-0.0171402;REVB=0.0258458;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851185;STB=0.54992;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0275965;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:5:14:8:4:5:14 chr4 3494826 . A C 58.01 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0232683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.273;QD=13.6484;RBI=0.0237102;REFB=-0.0204762;REVB=0.00455581;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.589955;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0166461;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:3:5:6:2:3:5:7:2 chr4 3494847 . GGGGGCCCCC AGGGGCCCCC,GGGGGCCCCT 150.84 PASS AF=0.466667,0.533333;AO=3,5;DP=16;FAO=7,8;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,6;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629603,-0.0341098;FXX=0.062461;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=103.778,93.911;QD=40.2251;RBI=0.0692399,0.0363282;REFB=0,0;REVB=-0.068953,-0.0125003;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0311612,0.0428967;OID=.,.;OPOS=3494847,3494856;OREF=G,C;OALT=A,T;OMAPALT=AGGGGCCCCC,GGGGGCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:16:15:0:0:3,5:7,8:0.466667,0.533333:2,1:1,4:0:0:3,2:4,6:0:0 chr4 3494898 . C T 74.23 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0062005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.617;QD=10.6037;RBI=0.0333725;REFB=-0.020126;REVB=-0.0327914;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757852;STB=0.545366;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0471915;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:12:6:4:6:12:6 chr4 3589689 . C A 166.17 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0364517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6421;QD=15.8253;RBI=0.0367946;REFB=-0.0243644;REVB=0.00501156;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.595136;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0431269;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:24:17:18:0.428571:8:9:8:14:9:9:8:16 chr4 3589719 . CA C 113.62 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.074796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0056;QD=10.8205;RBI=0.114317;REFB=-0.00551918;REVB=-0.0864519;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293802;STB=0.647513;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=-0.00798825;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:17:42:18:42:24:10:8:7:17:99:24:10:7:7:17 chr4 3590683 . T G 283.69 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00401886;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.359;QD=14.3638;RBI=0.00417063;REFB=-0.00571231;REVB=-0.00111485;RO=45;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147544;STB=0.586863;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00816247;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:47:32:32:0.405063:22:10:20:25:22:10:21:26 chr4 3590711 . G T 311.56 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.000131829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.955;QD=16.3977;RBI=0.0352402;REFB=-0.0278249;REVB=0.03524;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183286;STB=0.597386;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0356498;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:42:34:34:0.447368:22:12:22:19:22:12:22:20 chr4 3590730 . G A 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00471668;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.082;QD=15.7733;RBI=0.0272382;REFB=-0.016067;REVB=0.0268267;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982658;STB=0.555514;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0111847;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:27:27:0.45:15:12:18:15:15:12:18:15 chr4 3590817 . T C 134.26 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00162147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.674;QD=16.2739;RBI=0.0508008;REFB=-0.0341584;REVB=-0.0507749;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268023;STB=0.695363;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0377679;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:18:15:15:0.454545:3:12:9:7:3:12:9:9 chr4 3590823 . GACACACACACACACACAC GACACACACACACAC,GACACACACACACACACAG 187.81 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=10,2;DP=19;FAO=13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647076,0.0607375;FXX=0.249875;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=141.708,46.2722;QD=50.0816;RBI=0.143566,0.0830874;REFB=0,0;REVB=0.128156,-0.0566963;RO=0;SAF=9,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0138513,-0.0634104;OID=.,.;OPOS=3590824,3590841;OREF=ACAC,C;OALT=-,G;OMAPALT=GACACACACACACAC,GACACACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.866667,0.133333:10,2:19:13,2:15:0:10,2:3,0:0:0:12:0:9,2:1,0:0:0 chr4 3590878 . C T 416.69 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.014071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.755;QD=17.1831;RBI=0.0502471;REFB=-0.0378362;REVB=0.0482367;RO=54;SAF=25;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633404;STB=0.535524;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.053938;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:18:25:28:26:18:25:28:26 chr4 3590911 . A C 604.86 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00241344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0667;QD=17.4061;RBI=0.00736051;REFB=-0.00322864;REVB=0.00695359;RO=76;SAF=36;SAR=27;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134665;STB=0.574925;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00367117;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:27:36:33:43:27:36:33:43 chr4 3591015 . A C 811.95 PASS AF=0.385892;AO=93;DP=242;FAO=93;FDP=241;FR=.;FRO=148;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=70;FSRR=78;FWDB=-0.0447821;FXX=0.00413206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.4404;QD=13.4764;RBI=0.0490266;REFB=-0.0110736;REVB=-0.0199541;RO=141;SAF=44;SAR=49;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541795;STB=0.500089;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0164723;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:141:148:93:93:0.385892:49:44:66:75:49:44:70:78 chr4 3591049 . C T 626.44 PASS AF=0.37799;AO=78;DP=207;FAO=79;FDP=209;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=71;FWDB=0.0143724;FXX=0.00476168;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.7118;QD=11.9892;RBI=0.046611;REFB=-0.0109065;REVB=0.0443398;RO=129;SAF=37;SAR=41;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187993;STB=0.51694;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.020577;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:129:130:78:79:0.37799:41:37:59:70:41:38:59:71 chr4 3591069 . C T 625.61 PASS AF=0.390374;AO=68;DP=184;FAO=73;FDP=187;FR=.;FRO=114;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.0205673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.958;QD=13.382;RBI=0.0316998;REFB=-0.0165191;REVB=-0.0241219;RO=102;SAF=31;SAR=37;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158282;STB=0.507897;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0240778;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:102:114:68:73:0.390374:37:31:45:57:40:33:53:61 chr4 4199634 . A T 817.65 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.791;QD=57.3788;RBI=0.0515442;REFB=0;REVB=0.00293272;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57828e-05;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:26:31:0:0 chr4 4204299 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000558388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.593;QD=59.4356;RBI=0.017692;REFB=0;REVB=-0.0176832;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67321e-05;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr4 4237495 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00983141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.72;QD=4.62949;RBI=0.0155597;REFB=-0.00297257;REVB=0.0120601;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344535;STB=0.722705;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.03246;OID=.;OPOS=4237495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:22:24:6:6:0.2:4:2:14:8:4:2:15:9 chr4 4237511 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00479818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.195;QD=5.44264;RBI=0.0157846;REFB=-0.000677094;REVB=-0.0150377;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407207;STB=0.761138;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00258958;OID=.;OPOS=4237511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:14:6:4:2:14:6 chr4 4239587 . G T 103.55 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0365463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8989;QD=6.18221;RBI=0.0371882;REFB=0.00495861;REVB=-0.00687966;RO=51;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084392;STB=0.552174;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00949239;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:8:8:22:29:8:8:22:29 chr4 4249297 . C T 153.61 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00663723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.823;QD=14.2893;RBI=0.0486666;REFB=-0.0146755;REVB=-0.0482119;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110385;STB=0.563958;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0199906;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:11:15:8:9:11:15 chr4 4249300 . T C 155.4 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0435664;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4328;QD=14.4554;RBI=0.0635058;REFB=-0.00178729;REVB=-0.0462056;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12816;STB=0.563958;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00288651;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:26:17:17:0.395349:8:9:11:16:8:9:11:15 chr4 4249855 . G A 46.92 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.018261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.028;QD=18.7669;RBI=0.0850249;REFB=-0.0977416;REVB=0.0830407;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0123979;OID=.;OPOS=4249855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:10:3:3:6:7:0.7:2:4:2:1:2:5:2:1 chr4 4249909 . C T 108.83 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.126394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9973;QD=24.1853;RBI=0.131383;REFB=-0.0186009;REVB=0.035862;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274166;STB=0.655971;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0169255;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:4:2:9:3:4:2 chr4 4276132 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.863;QD=57.1764;RBI=0.0719502;REFB=0;REVB=0.0327002;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305489;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr4 4304337 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00172217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.985;QD=23.2183;RBI=0.0487215;REFB=-0.101496;REVB=0.0486911;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0105782;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr4 4304605 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0352865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.872;QD=7.95467;RBI=0.0375119;REFB=-0.00402682;REVB=-0.0127282;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323091;STB=0.709513;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00753453;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:7:1:6:13:7:1:6:13 chr4 4322570 . G A 286.14 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00754524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9705;QD=24.352;RBI=0.0622493;REFB=0.00661827;REVB=-0.0617903;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110699;STB=0.561691;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0136038;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:17:9:10:11:17:9:10:11 chr4 4322665 . T C 364.24 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-7.15629e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.705;QD=21.1154;RBI=0.00584324;REFB=-0.0163324;REVB=-0.0058428;RO=32;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031139;STB=0.517203;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0143729;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:23:14:11:21:23:14:11:21 chr4 4322770 . T C 126.02 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.000977882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.328;QD=13.2656;RBI=0.0131602;REFB=0.000920999;REVB=0.0131238;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188687;STB=0.585254;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00188817;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:14:15:0.394737:6:8:9:14:7:8:9:14 chr4 4417899 . G C 275.09 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0135092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8546;QD=16.4234;RBI=0.0299158;REFB=-0.00658473;REVB=0.0266919;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134812;STB=0.582882;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0108324;OID=.;OPOS=4417899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:30:31:0.462687:15:15:13:23:15:16:13:23 chr4 4420291 . T TAA 187.52 PASS AF=0.43662;AO=28;DP=75;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0539943;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=2;MLLD=34.8202;QD=10.5643;RBI=0.0614828;REFB=0.00786721;REVB=-0.0294067;RO=42;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130026;STB=0.58485;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=-0.0120844;OID=.;OPOS=4420292;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:28:75:31:71:40:20:11:20:20:99:42:18:10:22:20 chr4 5448429 . A G 885.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.11;QD=58.0468;RBI=0.0147888;REFB=0;REVB=-0.0123243;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38791e-06;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:33:28:0:0 chr4 5570221 . G A 655.57 PASS AF=0.52;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0155376;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.8;QD=20.9782;RBI=0.0158235;REFB=-0.012167;REVB=-0.00299419;RO=60;SAF=39;SAR=26;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930243;STB=0.551005;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0122813;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:60:65:65:0.52:26:39:42:18:26:39:42:18 chr4 5624670 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0238483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.936;QD=11.9536;RBI=0.0244259;REFB=0.00613576;REVB=0.00528005;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515529;STB=0.804188;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000758075;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:9:2:6:2:9:2 chr4 5690902 . T C 300.52 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00486307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.122;QD=23.1168;RBI=0.00880694;REFB=-0.00605559;REVB=0.00734253;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780665;STB=0.533311;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00240669;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:16:14:12:9:16:14:12:10 chr4 5743509 . C T 1300.61 PASS AF=0.956044;AO=88;DP=88;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0120015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.717;QD=57.1698;RBI=0.0229486;REFB=-0.109545;REVB=0.0195602;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.510248;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00272345;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:91:0:4:88:87:0.956044:48:40:0:0:45:42:1:3 chr4 5743512 . T C 365.14 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00831621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.003;QD=16.0501;RBI=0.0100984;REFB=-0.0167328;REVB=0.00572864;RO=51;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710978;STB=0.536871;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0195272;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:51:52:38:39:0.428571:22:16:25:26:22:17:26:26 chr4 5749904 . T C 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6748;QD=57.1948;RBI=0.0529779;REFB=0;REVB=0.0231615;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911086;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr4 5749961 . G C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9853;QD=58.1396;RBI=0.0617133;REFB=0;REVB=0.0568977;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001215;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr4 5755542 . C A 1240.16 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138271;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.999;QD=61.2424;RBI=0.0279844;REFB=0;REVB=0.0243297;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3465e-05;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:41:38:0:0:42:39:0:0 chr4 5795412 . C T 230.3 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0247611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8064;QD=14.6223;RBI=0.0269741;REFB=-0.0562159;REVB=0.0107001;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146408;STB=0.593677;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0795546;OID=.;OPOS=5795412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:19:8:15:20:19:8:16:20 chr4 5806537 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00126034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.273;QD=17.9407;RBI=0.00126265;REFB=-0.0231386;REVB=-7.64181e-05;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247003;STB=0.641675;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0247182;OID=.;OPOS=5806537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:11:11:14:5:11:11 chr4 5975538 . G A 828.74 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00110383;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.418;QD=54.3435;RBI=0.0183388;REFB=-0.0275485;REVB=0.0183056;RO=2;SAF=16;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177319;STB=0.509404;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000405275;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:61:2:2:59:59:0.967213:43:16:1:1:43:16:1:1 chr4 5990110 . C A 1310.22 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00596766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.018;QD=57.592;RBI=0.0113105;REFB=-0.101048;REVB=0.00960801;RO=2;SAF=40;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172349;STB=0.512811;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00012741;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:91:91:2:4:87:87:0.956044:47:40:1:1:47:40:3:1 chr4 5990339 . G A 776.98 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3632;QD=56.5074;RBI=0.0229777;REFB=0;REVB=0.0220964;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350565;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr4 5990551 . G A 303.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5754;QD=52.7548;RBI=0.0579403;REFB=0;REVB=-0.0282382;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636472;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr4 5990599 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.933;QD=44.6873;RBI=0.0760413;REFB=0;REVB=0.0704615;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265972;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr4 5990791 . A G 635.87 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340696;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.105;QD=62.0357;RBI=0.0563045;REFB=0;REVB=0.0562013;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391206;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr4 5991384 . T C 538.05 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7721;QD=59.7838;RBI=0.0442757;REFB=0;REVB=-0.0279887;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78836e-05;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr4 5991476 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.256;QD=39.2068;RBI=0.0153638;REFB=0;REVB=0.00303878;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209297;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 6279223 . A G 544.71 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=50;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00208364;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3372;QD=17.8593;RBI=0.0416122;REFB=-0.0117288;REVB=0.04156;RO=59;SAF=7;SAR=50;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326717;STB=0.717397;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00823623;OID=.;OPOS=6279223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:59:65:57:57:0.467213:50:7:20:39:50:7:25:40 chr4 6293696 . C G 2566.64 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.451;QD=61.8467;RBI=0.0626005;REFB=0;REVB=0.000696391;RO=0;SAF=79;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.21542e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12277e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:86:79:0:0:86:80:0:0 chr4 6302519 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000485049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.285;QD=60.2303;RBI=0.00269485;REFB=0;REVB=-0.00265084;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97245e-05;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr4 6302707 . C T 610.37 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016767;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.284;QD=61.0372;RBI=0.0318171;REFB=0;REVB=0.0270406;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20653e-05;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr4 6303022 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.072;QD=57.0002;RBI=0.0395902;REFB=0;REVB=-0.022122;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72102e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:14:40:0:0:14:40:0:0 chr4 6303955 . G A 314.6 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.939;QD=52.4325;RBI=0.00525621;REFB=0;REVB=-0.000243819;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294942;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:14:10:0:0 chr4 6304087 . A G 705.15 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000726249;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.688;QD=60.0123;RBI=0.0540802;REFB=-0.161125;REVB=-0.0540753;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00108775;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:16:29:1:0:16:30:1:0 chr4 6304242 . T C 514.15 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1637;QD=58.7601;RBI=0.0494718;REFB=0;REVB=-0.0433;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112893;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr4 6304286 . C T 446.73 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6055;QD=55.8416;RBI=0.0403884;REFB=0;REVB=0.0135259;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877787;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr4 6304344 . G A 926.96 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00774419;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.794;QD=57.0439;RBI=0.00984542;REFB=-0.0886798;REVB=0.00607944;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=7.5199e-05;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:0:1:63:64:0.984615:21:42:0:0:22:42:0:1 chr4 6325086 . G A 564.1 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00662892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.205;QD=19.7929;RBI=0.00707078;REFB=-0.0202916;REVB=0.00246036;RO=53;SAF=32;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118213;STB=0.577591;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0259395;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:56:58:58:0.508772:26:32:22:31:26:32:22:34 chr4 6415618 . G A 115.17 PASS AF=0.394737;AO=9;DP=34;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0081508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.448;QD=12.1233;RBI=0.0134448;REFB=-0.0245272;REVB=-0.0106924;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411763;STB=0.590796;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0526468;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:21:23:9:15:0.394737:6:3:15:6:6:9:17:6 chr4 6536979 . G A 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0317486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.832;QD=24.2013;RBI=0.0366691;REFB=-0.0397478;REVB=0.0183481;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596025;STB=0.533296;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0331171;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:5:7:9:9:5:7 chr4 6594947 . A C 1063.81 PASS AF=0.973333;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0155921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.065;QD=56.7367;RBI=0.0286836;REFB=0.0358524;REVB=-0.0240756;RO=2;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027272;STB=0.500917;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0150711;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:75:2:2:69:73:0.973333:38:31:1:1:39:34:1:1 chr4 6600012 . A G 2459.47 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487314;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.375;QD=61.4867;RBI=0.0535146;REFB=0;REVB=0.0221148;RO=0;SAF=58;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63812e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8827e-05;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:158:160:1:100:58:0:0:100:60:0:0 chr4 6606864 . A G 342.9 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0179293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1366;QD=50.8004;RBI=0.0338886;REFB=-0.0631617;REVB=0.0287571;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00337148;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:27:1:1:24:25:0.925926:9:15:1:0:9:16:1:0 chr4 6619165 . A G 454.63 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795125;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.116;QD=56.8284;RBI=0.0795136;REFB=0;REVB=-0.000424633;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101147;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:1:0:30:32:1:13:17:1:0:13:19:0:0 chr4 6619204 . G A 35.02 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0283515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8836;QD=5.18837;RBI=0.0892824;REFB=-0.0178349;REVB=0.0846613;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518252;STB=0.842259;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0756614;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:1:5:8:13:1:5:8:13 chr4 6698667 . T C 853.7 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00174371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.312;QD=55.9806;RBI=0.0297688;REFB=-0.110499;REVB=0.0297177;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00068696;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:26:34:0:0:26:34:0:1 chr4 6698706 . A C 1055.04 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337766;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7923;QD=59.4388;RBI=0.00340525;REFB=0;REVB=-0.000432593;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35449e-07;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:35:36:0:0 chr4 6718775 . G T 110.31 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0179176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.227;QD=16.3419;RBI=0.0421009;REFB=-0.00121759;REVB=-0.0380978;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.624791;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00343408;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:9:3:6:8:10:3:6:8 chr4 6719092 . TAGTC T 61.93 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00926292;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=4;MLLD=270.067;QD=6.51905;RBI=0.00927675;REFB=-0.00388472;REVB=-0.000506446;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191522;STB=0.523757;STBP=0.865;TYPE=del;VARB=0.0107895;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842:9:39:9:38:29:4:5:12:17:61:28:4:5:12:16 chr4 6884329 . T C 416.93 PASS AF=0.9375;AO=32;DP=34;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00500311;FXX=0.0588062;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.953;QD=52.1157;RBI=0.00829117;REFB=0.0359176;REVB=0.00661153;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000615486;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:32:2:2:32:30:0.9375:15:17:1:1:15:15:1:1 chr4 6956059 . T C 303.53 PASS AF=0.409639;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0581594;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.167;QD=14.6278;RBI=0.0582254;REFB=-0.00941175;REVB=-0.0027732;RO=49;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440134;STB=0.540901;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0204739;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:49:32:34:0.409639:17:15:25:24:19:15:25:24 chr4 7057037 . C G 568.73 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00502296;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.785;QD=58.3312;RBI=0.005194;REFB=-0.144505;REVB=-0.00132196;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000162188;OID=.;OPOS=7057037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:23:15:0:1 chr4 7114091 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.402;QD=56.1915;RBI=0.0222538;REFB=0;REVB=-0.00621302;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81614e-05;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr4 7325840 . G T 901.61 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0516994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.485;QD=53.8275;RBI=0.0531338;REFB=-0.156434;REVB=0.0122625;RO=2;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242098;STB=0.503387;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0018782;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:2:3:64:64:0.955224:38:26:0:2:38:26:1:2 chr4 7435379 . A G 1337.44 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0316236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5319;QD=58.7885;RBI=0.0706459;REFB=0.0642635;REVB=-0.0631727;RO=3;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111162;STB=0.505869;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00277786;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:3:3:88:88:0.967033:43:45:1:2:43:45:1:2 chr4 7436486 . C A 2514.45 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.442;QD=61.328;RBI=0.109646;REFB=0;REVB=-0.00971629;RO=1;SAF=63;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17187e-05;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:164:1:0:158:164:1:95:63:1:0:97:67:0:0 chr4 7461826 . C CCCA 139.41 PASS AF=0.551724;AO=13;DP=34;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00866288;FXX=0.0644953;HRUN=3;LEN=3;MLLD=211.422;QD=19.2286;RBI=0.0117903;REFB=-0.0191691;REVB=0.00799779;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32953;STB=0.679007;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.0172649;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724:13:34:16:29:13:4:12:8:5:99:19:3:10:10:9 chr4 7655855 . C T 408.29 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0138194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7694;QD=13.0654;RBI=0.0384452;REFB=0.00223779;REVB=0.0358756;RO=77;SAF=24;SAR=24;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634562;STB=0.535985;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00396646;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:24:24:34:43:24:24:34:43 chr4 7714490 . T C 972.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1854;QD=58.9379;RBI=0.0392544;REFB=0;REVB=-0.0322068;RO=0;SAF=16;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03203e-05;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:50:16:0:0:50:16:0:0 chr4 7716910 . C T 167.13 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.034653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.521;QD=15.1939;RBI=0.0408096;REFB=-0.0236464;REVB=0.0215545;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32374;STB=0.686363;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0134519;OID=.;OPOS=7716910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:9:17:6:12:9:17 chr4 7716932 . T C 759.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.069;QD=56.2701;RBI=0.074331;REFB=0;REVB=0.0308913;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275764;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:25:25:0:0:29:25:0:0 chr4 7761211 . C T 220.65 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00996527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.521;QD=12.0904;RBI=0.0100068;REFB=-7.51317e-05;REVB=0.000910511;RO=45;SAF=9;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152721;STB=0.596081;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000344065;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:18:9:21:24:18:9:22:24 chr4 7761286 . T C 91.38 PASS AF=0.25;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0759821;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.958;QD=7.6154;RBI=0.0765746;REFB=-0.0027287;REVB=0.0095079;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297233;STB=0.684628;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00481053;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:49:48:36:36:12:12:0.25:8:4:21:15:8:4:21:15 chr4 7774610 . C T 483.18 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0600092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.084;QD=16.2413;RBI=0.0764124;REFB=-0.0242516;REVB=0.0473049;RO=66;SAF=33;SAR=20;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174216;STB=0.509734;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.025865;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:20:33:40:26:20:33:40:26 chr4 7783163 . G A 261.17 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00625115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.064;QD=14.9242;RBI=0.0310903;REFB=-0.0484252;REVB=0.0304553;RO=40;SAF=9;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253514;STB=0.649597;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0520668;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:29:30:0.428571:20:9:22:18:21:9:22:18 chr4 7783172 . G A 332.31 PASS AF=0.48;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0550447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2135;QD=17.7233;RBI=0.057218;REFB=-0.0161382;REVB=-0.01562;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221465;STB=0.640447;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0262262;OID=.;OPOS=7783172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:35:36:0.48:15:20:13:26:15:21:12:27 chr4 7783286 . G A 474.74 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0168216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.817;QD=21.5789;RBI=0.023028;REFB=0.00345041;REVB=0.0157264;RO=42;SAF=16;SAR=30;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256581;STB=0.641729;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00460962;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:30:16:27:15:30:16:27:15 chr4 7941901 . A C 576.97 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00317351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.857;QD=52.4521;RBI=0.0205346;REFB=-0.152948;REVB=0.0202879;RO=3;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440361;STB=0.535696;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00474292;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:44:3:4:39:40:0.909091:25:14:2:1:25:15:3:1 chr4 8031471 . A G 1117.4 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483565;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.385;QD=59.5947;RBI=0.0133085;REFB=0;REVB=-0.0123989;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010238;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:74:75:1:48:26:0:0:49:26:0:0 chr4 8062689 . TG CA 468.69 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256954;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=2;MLLD=178.905;QD=58.5858;RBI=0.0328463;REFB=0;REVB=-0.0204604;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000143504;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr4 8228731 . T C 1541.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9809;QD=59.2743;RBI=0.0511821;REFB=0;REVB=0.0151855;RO=0;SAF=33;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136379;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:100:104:1:67:33:0:0:67:37:0:0 chr4 8228894 . T C 1413.25 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184118;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2034;QD=62.8111;RBI=0.0213039;REFB=0;REVB=0.0107174;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3659e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:45:45:0:0 chr4 8229218 . A G 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.017;QD=64.1527;RBI=0.0101271;REFB=0;REVB=-0.00464249;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44823e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:58:41:0:0:58:41:0:0 chr4 8229326 . T C,G 451.88 PASS AF=0.875,0.125;AO=27,4;DP=31;FAO=28,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7,4;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102691,-0.00617834;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.608,81.831;QD=56.485;RBI=0.0175349,0.025038;REFB=0,0;REVB=0.0175048,0.0242637;RO=0;SAF=6,4;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00184867,0.0373521;OID=.,.;OPOS=8229326,8229326;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:31:32:0:0:27,4:28,4:0.875,0.125:21,0:6,4:0:0:21,0:7,4:0:0 chr4 8229713 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.303;QD=12.3961;RBI=0.0177116;REFB=0.00162968;REVB=0.0177116;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119628;OID=.;OPOS=8229713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:5:0:0:5:5:0:0:5 chr4 8229774 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.107396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3941;QD=18.7441;RBI=0.109426;REFB=0.0206745;REVB=0.0209794;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346644;STB=0.699489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000113289;OID=.;OPOS=8229774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:0:4:3:4:0:4 chr4 8230070 . T C 97.18 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0122521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.333;QD=14.397;RBI=0.0307802;REFB=-0.0253893;REVB=-0.0282366;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.548308;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0447976;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:25:27:15:15:10:12:0.444444:6:4:5:10:7:5:5:10 chr4 8242466 . A G 2262.17 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03834;FXX=0.0340113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.769;QD=63.7232;RBI=0.0412372;REFB=0;REVB=0.0151841;RO=0;SAF=70;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190851;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:71:70:0:0:73:69:0:0 chr4 8396368 . C T 429.61 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0187019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.328;QD=16.6839;RBI=0.0188029;REFB=-0.0082763;REVB=-0.00194642;RO=52;SAF=17;SAR=30;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159774;STB=0.51815;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0112695;OID=.;OPOS=8396368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:56:47:47:0.456311:30:17:18:34:30:17:22:34 chr4 8407707 . GT G 31.75 PASS AF=0.419355;AO=9;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.166544;FXX=0.0312402;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.50592;QD=4.0968;RBI=0.166742;REFB=-0.0828526;REVB=0.00812444;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163296;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=del;VARB=0.0978839;OID=.;OPOS=8407708;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:9:32:13:31:18:6:7:8:10:31:14:4:5:6:8 chr4 8454639 . A G 61.63 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0153123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.084;QD=7.47022;RBI=0.0239456;REFB=-0.024372;REVB=-0.0184098;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147667;STB=0.628863;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0624241;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:33:24:24:8:9:0.272727:4:4:15:9:5:4:15:9 chr4 8594574 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9496;QD=39.202;RBI=0.0300557;REFB=0;REVB=-0.00361791;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144513;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr4 8594577 . C T 68.57 PASS AF=0.6;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00131729;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.625;QD=27.4273;RBI=0.075283;REFB=-0.00648799;REVB=0.0752714;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372539;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000275499;OID=.;OPOS=8594577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:14:10:6:2:6:6:0.6:2:4:6:0:2:4:2:0 chr4 8601298 . G A 179.24 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0504938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9103;QD=15.5861;RBI=0.0526879;REFB=-0.0041908;REVB=-0.0150461;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179564;STB=0.603799;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00532918;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:13:14:13:6:13:14 chr4 8602884 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0442;QD=57.1994;RBI=0.0315332;REFB=0;REVB=-0.0264339;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000933505;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:15:15:0:0 chr4 8602935 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.048;QD=62.0201;RBI=0.00564784;REFB=0;REVB=-0.00141052;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01573e-05;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr4 8605818 . C T 496.98 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0513738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4317;QD=23.6657;RBI=0.0594651;REFB=-0.0225673;REVB=0.0299471;RO=37;SAF=14;SAR=33;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291785;STB=0.660625;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0131617;OID=.;OPOS=8605818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:33:14:24:13:33:14:24:13 chr4 8612940 . G A 332.27 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0613697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7372;QD=18.9866;RBI=0.0651179;REFB=-0.0172848;REVB=0.0217738;RO=34;SAF=26;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19004;STB=0.616043;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0352851;OID=.;OPOS=8612940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:9:26:19:15:9:26:19:16 chr4 8613786 . C T 343.29 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0148851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.854;QD=24.0901;RBI=0.0268995;REFB=-0.00444689;REVB=-0.0224058;RO=22;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567127;STB=0.53852;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00358288;OID=.;OPOS=8613786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:23:34:34:0.596491:15:19:14:8:15:19:15:8 chr4 8613867 . G A 166.31 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0290356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.974;QD=22.1744;RBI=0.0291731;REFB=-0.0105905;REVB=0.00282863;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661604;STB=0.55549;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00621005;OID=.;OPOS=8613867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:12:13:17:17:0.566667:10:7:6:6:10:7:7:6 chr4 8616096 . T C 734.08 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.982;QD=56.4673;RBI=0.0992718;REFB=0;REVB=-0.0959006;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177861;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:24:28:0:0 chr4 8616179 . T C 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1208;QD=59.6767;RBI=0.051856;REFB=0;REVB=0.0459052;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106193;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr4 8621194 . A G 710.39 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168664;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.699;QD=63.1458;RBI=0.024541;REFB=0;REVB=0.0178265;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08657e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr4 8951816 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.545;QD=39.2066;RBI=0.044544;REFB=0;REVB=-0.0138596;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143172;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr4 9388888 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.853;QD=33.4285;RBI=0.0128876;REFB=0;REVB=-0.0121756;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205232;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr4 9390659 . TA T,TG 114.89 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,9;DP=11;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882883,0.0674158;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.779,235.66;QD=41.7778;RBI=0.0960914,0.0776179;REFB=0,0;REVB=0.0379306,0.0384663;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0174646,0.00377668;OID=.,.;OPOS=9390660,9390660;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:2,9:11:1,10:11:0:0,3:1,7:0:0:4:0:0,3:2,6:0:0 chr4 9446325 . AG A,AA 525.51 PASS AF=0.545455,0.0340909;AO=41,5;DP=84;FAO=48,3;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=25,3;FSAR=23,0;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00548827,0.00627264;FXX=0.0112347;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.122,260.26;QD=23.887;RBI=0.00797657,0.0141682;REFB=-0.0128586,-0.0137823;REVB=-0.00578832,-0.0127041;RO=35;SAF=21,3;SAR=20,2;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0256187,0.0668212;STB=0.50319,0.996355;STBP=0.963,0.066;TYPE=del,snp;VARB=0.00858185,0.0135033;OID=.,.;OPOS=9446326,9446326;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455,0.0340909:41,5:84:48,3:88:37:25,3:23,0:19:18:99:35:21,3:20,2:19:16 chr4 9784631 . C T 747.51 PASS AF=0.919355;AO=56;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0314291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.014;QD=48.2265;RBI=0.0314335;REFB=-0.164995;REVB=0.000531511;RO=5;SAF=31;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238714;STB=0.529368;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00117547;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:62:62:5:5:56:57:0.919355:25:31:2:3:25:32:1:4 chr4 9909923 . G A 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00291795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.841;QD=19.9741;RBI=0.0102026;REFB=-0.0110684;REVB=-0.00977648;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568813;STB=0.532225;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00713874;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:15:5:6:14:15:5:6:14 chr4 9922130 . C T 887.87 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087409;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6089;QD=58.2208;RBI=0.095889;REFB=0;REVB=0.0394253;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165424;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr4 9982330 . A G 453.34 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00210194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.624;QD=54.9498;RBI=0.00222169;REFB=-0.0269889;REVB=-0.000719571;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490246;STB=0.526299;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00489902;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:22:9:1:0:23:9:1:0 chr4 9987324 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9818;QD=62.0204;RBI=0.0379889;REFB=0;REVB=-0.00817583;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358472;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr4 9998493 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.919;QD=64.0214;RBI=0.0199921;REFB=0;REVB=0.0186584;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45537e-05;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr4 10090178 . T C 842.14 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.559;QD=57.0942;RBI=0.00783756;REFB=0;REVB=-0.00564472;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55576e-06;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:36:23:0:0 chr4 10099340 . T C 1106.03 PASS AF=0.974359;AO=73;DP=77;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0279362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.75;QD=56.7194;RBI=0.034445;REFB=-0.0338349;REVB=0.0201502;RO=2;SAF=36;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255518;STB=0.512817;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000337393;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:78:2:2:73:76:0.974359:37:36:2:0:38:38:2:0 chr4 10442700 . C T 284.21 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0450149;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3302;QD=12.6317;RBI=0.0481745;REFB=0.00521973;REVB=0.0171592;RO=56;SAF=17;SAR=16;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029712;STB=0.507076;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00991825;OID=.;OPOS=10442700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:56:57:33:33:0.366667:16:17:29:27:16:17:30:27 chr4 10446385 . C T 775.42 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.528;QD=54.4155;RBI=0.0365168;REFB=0.0097154;REVB=0.0319548;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000714197;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:54:56:0.982456:23:31:0:0:24:32:1:0 chr4 10446906 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.087;QD=59.0134;RBI=0.058533;REFB=0;REVB=0.03091;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295787;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr4 10447985 . AT AA,A 573.13 PASS AF=0,1;AO=4,34;DP=41;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.205821,-0.110214;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.9637,20.8778;QD=54.5837;RBI=0.205825,0.11409;REFB=0,0;REVB=-0.00122904,-0.0294859;RO=0;SAF=4,10;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0274333,-0.00262509;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,34:41:0,42:42:0:0,14:0,28:0:0:4:0:4,10:0,24:0:0 chr4 10502937 . T G 853.94 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5934;QD=55.996;RBI=0.0371953;REFB=-0.0738137;REVB=0.0156489;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.50704;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000718844;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:25:35:0:0:25:35:1:0 chr4 10669522 . A C 425.69 PASS AF=0.531646;AO=27;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.013135;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.894;QD=21.5538;RBI=0.0176576;REFB=-0.0218676;REVB=0.0118011;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760059;STB=0.519222;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0250614;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:33:37:27:42:0.531646:16:11:11:22:28:14:11:26 chr4 11401012 . A G 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0296221;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.351;QD=31.2774;RBI=0.0341799;REFB=-0.00148188;REVB=0.0170527;RO=15;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304649;STB=0.516682;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000847192;OID=.;OPOS=11401012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:13:16:9:6:13:16:9:6 chr4 11401087 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0108984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.392;QD=27.154;RBI=0.0256847;REFB=-0.0562976;REVB=0.0232579;RO=6;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305646;STB=0.671388;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0210937;OID=.;OPOS=11401087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:10:4:5:1:10:4:5:1 chr4 13545792 . G C,T 266.21 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,18;DP=21;FAO=3,18;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856819,0.0237974;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.833,115.246;QD=50.706;RBI=0.017458,0.0503669;REFB=0,0;REVB=-0.0152108,0.0443905;RO=0;SAF=0,7;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.154401,0.000389956;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:21:21:0:0:3,18:3,18:0.142857,0.857143:3,11:0,7:0:0:3,11:0,7:0:0 chr4 13548796 . T G 499.85 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.877;QD=58.8057;RBI=0.0206056;REFB=0;REVB=0.0189934;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165974;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr4 13601337 . G A 198.3 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0184042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.733;QD=14.6888;RBI=0.0194687;REFB=-0.00655914;REVB=0.00634955;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978835;STB=0.533951;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00778765;OID=.;OPOS=13601337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:31:23:23:0.425926:11:12:18:11:11:12:18:13 chr4 13606576 . A T 1252.64 PASS AF=0.894231;AO=92;DP=104;FAO=93;FDP=104;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00315025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3757;QD=48.1783;RBI=0.0281767;REFB=-0.00703935;REVB=-0.028;RO=11;SAF=28;SAR=64;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764002;STB=0.540756;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00456087;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:11:11:92:93:0.894231:64:28:7:4:65:28:7:4 chr4 15095618 . TG AC,TGAGGGAGGAC 297.05 PASS AF=0.0491803,0.47541;AO=3,29;DP=62;FAO=3,29;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=3,15;FSAR=0,14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00118167,-0.000545682;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=2,9;MLLD=159.845,211.75;QD=19.4787;RBI=0.0137952,0.000591682;REFB=-0.00270162,-0.0212462;REVB=0.0137445,0.000228734;RO=29;SAF=3,15;SAR=0,14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.588601,0.0923351;STB=0.996889,0.551566;STBP=0.045,0.466;TYPE=mnp,ins;VARB=0.017687,0.017344;OID=.,.;OPOS=15095618,15095620;OREF=TG,-;OALT=AC,AGGGAGGAC;OMAPALT=AC,TGAGGGAGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:62:61:29:29:3,29:3,29:0.0491803,0.47541:0,14:3,15:12:17:0,14:3,15:12:17 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 50.0 PASS AO=35;DP=79;LEN=9;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=27;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:79:44:35:18:15:19:27 chr4 15095629 . G A 121.4 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00192464;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.787;QD=6.93708;RBI=0.00192527;REFB=-0.00624989;REVB=4.90766e-05;RO=52;SAF=7;SAR=11;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190224;STB=0.511615;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0195158;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:52:52:18:18:0.257143:11:7:21:31:11:7:21:31 chr4 15542590 . ATTTTC ATTTC,ATTTCT 76.39 PASS AF=0.328125,0.015625;AO=23,3;DP=65;FAO=21,1;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=19,1;FSAR=2,0;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0526595,-0.110008;FXX=0.0153822;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.8213,150.246;QD=4.77442;RBI=0.0528106,0.110225;REFB=-0.118412,-0.0116754;REVB=-0.00399237,-0.0069119;RO=35;SAF=21,3;SAR=2,0;SRF=9;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.706283,0.653727;STB=0.895835,0.993108;STBP=0,0.243;TYPE=del,mnp;VARB=0.177075,0.132523;OID=.,.;OPOS=15542591,15542594;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328125,0.015625:23,3:65:21,1:64:42:19,1:2,0:14:28:76:35:21,3:2,0:9:26 chr4 15640168 . C T 278.12 PASS AF=0.54902;AO=29;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00416381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7009;QD=21.8135;RBI=0.0101871;REFB=-0.0466117;REVB=-0.00929732;RO=22;SAF=22;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03266;STB=0.556378;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0134866;OID=.;OPOS=15640168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:29:28:0.54902:7:22:16:6:6:22:16:7 chr4 15689632 . G A 152.76 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0218015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4995;QD=13.579;RBI=0.0510233;REFB=0.00719671;REVB=0.046131;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201723;STB=0.618896;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0388407;OID=.;OPOS=15689632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:13:4:11:17:13:4:11:17 chr4 15690233 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.38;QD=39.2068;RBI=0.0403565;REFB=0;REVB=-0.00221121;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189074;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr4 15724487 . T G 319.37 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0101142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.303;QD=13.4472;RBI=0.0101261;REFB=-0.00988563;REVB=0.000489984;RO=55;SAF=22;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129789;STB=0.575463;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0245776;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:59:36:36:0.378947:14:22:27:28:14:22:29:30 chr4 15733454 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.809;QD=61.695;RBI=0.0116726;REFB=0;REVB=0.00546598;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74579e-06;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr4 15739390 . T G 493.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.777;QD=57.9999;RBI=0.0397326;REFB=0;REVB=0.029772;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127001;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:18:16:0:0 chr4 15739428 . A T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0172561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.579;QD=12.9748;RBI=0.0406878;REFB=-0.000196294;REVB=-0.0368472;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196261;STB=0.615195;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-2.72396e-05;OID=.;OPOS=15739428;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:7:11:5:7:7:11 chr4 15835844 . A C 177.52 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.035643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.097;QD=14.491;RBI=0.0401788;REFB=-0.0229028;REVB=0.0185448;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210404;STB=0.621901;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0224598;OID=.;OPOS=15835844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:17:13:12:7:17:13 chr4 15937731 . T C 1045.0 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0058;QD=55.7332;RBI=0.0719898;REFB=0;REVB=0.0404804;RO=2;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213848;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:75:2:0:66:75:1:34:32:0:2:36:39:0:0 chr4 15964485 . G A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0139168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3785;QD=14.17;RBI=0.0712178;REFB=0.00292438;REVB=0.0698448;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19417;STB=0.650827;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0122568;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:8:2:4:7:8:2:5:7 chr4 15964501 . G A 94.42 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0273758;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3061;QD=18.8845;RBI=0.0348324;REFB=0.0386439;REVB=0.0215375;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.599839;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0156199;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:10:9:11:11:0.55:8:3:1:9:8:3:1:8 chr4 15964573 . A G 746.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0001;QD=63.5657;RBI=0.0290301;REFB=0;REVB=-0.000520874;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018827;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr4 15992831 . C T 118.86 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00749054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.683;QD=13.584;RBI=0.0264251;REFB=-0.017561;REVB=-0.0253412;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20907;STB=0.620533;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0321787;OID=.;OPOS=15992831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:16:5:6:8:16:5 chr4 16037352 . C T 225.54 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00269738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.703;QD=17.0217;RBI=0.0371491;REFB=-0.0262263;REVB=-0.037051;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153088;STB=0.523791;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0230758;OID=.;OPOS=16037352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:28:23:25:0.471698:8:15:18:9:10:15:18:10 chr4 16164453 . G C 191.97 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0092352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8793;QD=11.8139;RBI=0.0128816;REFB=-0.00949888;REVB=-0.00898042;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276149;STB=0.66863;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0214447;OID=.;OPOS=16164453;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:41:24:24:0.369231:13:11:28:11:13:11:30:11 chr4 16675898 . C A 278.36 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158885;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.282;QD=46.3932;RBI=0.0464916;REFB=-0.191996;REVB=0.0436924;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.517226;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00376844;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:24:1:1:22:23:0.958333:8:14:0:1:9:14:1:0 chr4 17488286 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.07;QD=47.8223;RBI=0.0306349;REFB=0;REVB=0.0231699;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212854;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr4 17488346 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00522098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.288;QD=13.2052;RBI=0.00897152;REFB=-0.0326325;REVB=0.00729586;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0487099;OID=.;OPOS=17488346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr4 17488351 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0410754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9909;QD=11.0901;RBI=0.0615949;REFB=-0.01554;REVB=0.0458993;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0212429;OID=.;OPOS=17488351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr4 17503433 . C T 285.02 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0504365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1771;QD=23.7516;RBI=0.0505401;REFB=-0.0226981;REVB=-0.00323394;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112334;STB=0.562453;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0245106;OID=.;OPOS=17503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:8:14:13:13:8:14 chr4 17511595 . A T 155.73 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00894722;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.596;QD=21.4794;RBI=0.0213959;REFB=-0.0365958;REVB=0.0194353;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444403;STB=0.502509;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0268788;OID=.;OPOS=17511595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:5:11:9:4:5:11:9:4 chr4 17511634 . G A 53.87 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0483758;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.6377;QD=9.36955;RBI=0.140571;REFB=0.00123229;REVB=-0.131985;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545346;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00097256;OID=.;OPOS=17511634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:23:23:12:15:8:8:0.347826:2:6:9:3:2:6:12:3 chr4 17517099 . A G 252.26 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00539231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0214;QD=45.8652;RBI=0.0196572;REFB=-0.0390442;REVB=-0.0189032;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00209936;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr4 17528480 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0128368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.766;QD=17.8004;RBI=0.0428762;REFB=-0.00233574;REVB=-0.0409094;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244369;STB=0.638261;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00634281;OID=.;OPOS=17528480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:17:7:11:9:17:7 chr4 17586703 . T C 629.74 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.265;QD=61.4377;RBI=0.0346789;REFB=0;REVB=-0.0202808;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86133e-05;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr4 17627294 . A G,T 552.0 PASS AF=0.923077,0.0512821;AO=36,2;DP=39;FAO=36,2;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13,0;FSAR=23,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0317401,-0.0316486;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.624,101.709;QD=56.6152;RBI=0.0339346,0.0326834;REFB=-0.135529,-0.108883;REVB=0.0120051,0.00815938;RO=1;SAF=13,0;SAR=23,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0346393,-0.697199;STB=0.518508,0.993266;STBP=0.261,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000895442,0.030435;OID=.,.;OPOS=17627294,17627294;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:1:1:36,2:36,2:0.923077,0.0512821:23,2:13,0:1:0:23,2:13,0:1:0 chr4 17627332 . T C 375.09 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00966395;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.309;QD=44.1284;RBI=0.0105126;REFB=-0.0030341;REVB=0.00413806;RO=4;SAF=9;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487277;STB=0.515212;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000239907;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:4:5:29:29:0.852941:20:9:2:2:20:9:2:3 chr4 17634213 . A G 932.74 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7637;QD=58.2965;RBI=0.113675;REFB=0;REVB=0.110606;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020779;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:27:33:0:0:30:34:0:0 chr4 17660082 . C T 850.63 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.21;QD=57.6695;RBI=0.0379177;REFB=0;REVB=0.0156788;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002634;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr4 17694943 . A G 769.13 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00441982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7473;QD=54.9377;RBI=0.0352952;REFB=-0.161476;REVB=-0.0350173;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00650302;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:53:55:0.982143:21:32:1:0:21:34:1:0 chr4 17711076 . T C 439.41 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0252142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.996;QD=13.1166;RBI=0.0257372;REFB=-0.00914383;REVB=-0.00516216;RO=83;SAF=26;SAR=25;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485519;STB=0.527539;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0146199;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:83:83:51:51:0.380597:25:26:46:37:25:26:46:37 chr4 17819695 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0491406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.865;QD=14.6578;RBI=0.0502465;REFB=-0.00644123;REVB=0.0104841;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107692;STB=0.562406;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0114273;OID=.;OPOS=17819695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:6:11:7:6:6:11 chr4 19183454 . A G 61.71 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0190384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.371;QD=12.9919;RBI=0.0219695;REFB=-0.00773628;REVB=-0.0109635;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187303;STB=0.631902;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0161325;OID=.;OPOS=19183454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:18:19:10:10:8:9:0.473684:4:4:3:7:4:5:3:7 chr4 20520993 . T C 665.16 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7281;QD=60.469;RBI=0.108241;REFB=0;REVB=0.108099;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449884;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:12:30:0:0:14:30:0:0 chr4 20526758 . CTTTTTTTATTTA CTTTTTTATTTA,CTTTTTTATTTAT,CTTTTTTTATTTTA 36.24 PASS AF=0.0392157,0.0392157,0.176471;AO=10,2,6;DP=51;FAO=2,2,9;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=1,2,2;FSAR=1,0,7;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.137483,-0.0700441,-0.0702084;FXX=0;HRUN=7,7,3;LEN=1,6,1;MLLD=6.88166,102.362,11.2103;QD=2.84235;RBI=0.548919,0.0818796,0.075577;REFB=-0.14866,-0.012715,-0.129575;REVB=0.531424,0.0424039,-0.0279762;RO=22;SAF=9,2,1;SAR=1,0,5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.436299,0.44653,-0.532018;STB=0.648645,0.993328,0.824675;STBP=0.713,0.311,0.043;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.133194,0.140284,0.161207;OID=.,.,.;OPOS=20526759,20526765,20526767;OREF=T,TATTTA,-;OALT=-,ATTTAT,T;OMAPALT=CTTTTTTATTTA,CTTTTTTATTTAT,CTTTTTTTATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0392157,0.0392157,0.176471:10,2,6:51:2,2,9:51:38:1,2,2:1,0,7:25:13:29:22:9,2,1:1,0,5:14:8 chr4 20544184 . C T 1048.97 PASS AF=0.507177;AO=105;DP=205;FAO=106;FDP=209;FR=.;FRO=103;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0226959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4083;QD=20.0759;RBI=0.0235942;REFB=-0.022247;REVB=0.00644844;RO=100;SAF=61;SAR=44;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190735;STB=0.511093;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0183083;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:209:100:103:105:106:0.507177:44:61:56:44:45:61:57:46 chr4 20709411 . C T 103.98 PASS AF=0.5;AO=9;DP=22;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.002668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.724;QD=15.9971;RBI=0.0310412;REFB=-0.00230905;REVB=0.0309264;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00303829;OID=.;OPOS=20709411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:22:26:12:13:9:13:0.5:3:6:6:6:6:7:6:7 chr4 20733708 . C CA 276.27 PASS AF=1;AO=28;DP=41;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405288;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3339;QD=30.697;RBI=0.115881;REFB=0.0320206;REVB=-0.108563;RO=9;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748376;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0024128;OID=.;OPOS=20733709;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:41:36:36:0:13:23:0:0:3:9:11:17:5:4 chr4 20751278 . A G 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00787502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.528;QD=10.9731;RBI=0.0149173;REFB=0.00258247;REVB=-0.0126692;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912747;STB=0.554181;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00713755;OID=.;OPOS=20751278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:12:19:8:7:12:19 chr4 20852166 . A G 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00522734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.878;QD=15.5752;RBI=0.0147825;REFB=-0.00551878;REVB=0.0138274;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409847;STB=0.54229;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0072975;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:11:14:15:14:11:14:15:16 chr4 20852244 . A G 201.28 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0305301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.432;QD=14.3769;RBI=0.0305319;REFB=0.000668075;REVB=-0.000329167;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102762;STB=0.553527;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000741832;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:23:24:0.428571:11:12:13:18:12:12:13:19 chr4 21950259 . A G 3701.48 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.443;QD=62.2097;RBI=0.0257379;REFB=0;REVB=0.0233624;RO=0;SAF=85;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170511;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:221:238:0:0:221:238:1:136:85:0:0:153:85:0:0 chr4 22416195 . C G 236.38 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0568763;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2483;QD=13.3174;RBI=0.0950058;REFB=-0.0169703;REVB=0.0760998;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175462;STB=0.600332;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0302996;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:43:28:28:0.394366:17:11:24:19:17:11:24:19 chr4 22439914 . A C 447.54 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00642921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.951;QD=20.1139;RBI=0.017929;REFB=-0.0266238;REVB=-0.0167366;RO=43;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174074;STB=0.604893;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0230872;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:44:44:45:0.505618:20:24:15:28:20:25:15:29 chr4 22444692 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.233;QD=48.7331;RBI=0.0456633;REFB=0;REVB=-0.00785112;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489746;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr4 22457478 . C T 496.28 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.024738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2165;QD=20.8962;RBI=0.0490072;REFB=-0.0138681;REVB=-0.0423053;RO=47;SAF=14;SAR=34;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231048;STB=0.62838;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0115357;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:34:14:25:22:34:14:25:22 chr4 22820504 . A T 754.81 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.068;QD=54.8953;RBI=0.0139315;REFB=-0.0505975;REVB=0.00750035;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.507244;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000229956;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:34:20:0:0:34:20:0:1 chr4 23815522 . C T 1212.61 PASS AF=0.964706;AO=80;DP=86;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0578603;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.163;QD=57.064;RBI=0.0611271;REFB=-0.151607;REVB=0.0197155;RO=4;SAF=35;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510877;STB=0.519476;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00287303;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:85:4:3:80:82:0.964706:45:35:4:0:45:37:3:0 chr4 23815662 . C T 927.92 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9575;QD=57.9952;RBI=0.00323151;REFB=0;REVB=-0.00262412;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783016;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:28:36:0:0 chr4 23815924 . T C 1731.38 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.388;QD=60.7501;RBI=0.0283356;REFB=0;REVB=0.0270976;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11102e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:60:53:0:0:60:54:0:0 chr4 23886323 . G T 169.03 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0148539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.98;QD=10.4019;RBI=0.0210614;REFB=-0.0109608;REVB=-0.0149313;RO=40;SAF=9;SAR=13;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366399;STB=0.724922;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0333802;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:40:43:22:22:0.338462:13:9:30:10:13:9:33:10 chr4 24534687 . T C 218.98 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0232538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9697;QD=13.9037;RBI=0.0237612;REFB=-0.0115226;REVB=0.00488404;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1536;STB=0.587236;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0223303;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:13:24:13:13:13:24 chr4 24578097 . C T 680.17 PASS AF=0.478873;AO=67;DP=143;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.00185515;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.212;QD=19.1596;RBI=0.0391884;REFB=-0.0199266;REVB=-0.0391445;RO=73;SAF=22;SAR=45;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293298;STB=0.507594;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0202856;OID=.;OPOS=24578097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:73:74:67:68:0.478873:45:22:26:47:45:23:26:48 chr4 24801315 . G A 108.39 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0588232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.206;QD=25.5042;RBI=0.102707;REFB=-0.011958;REVB=0.084194;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.521702;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00478932;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:2:3:8:4:2:3 chr4 24801949 . C T 164.85 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0897521;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2708;QD=20.6058;RBI=0.119035;REFB=-0.0699861;REVB=0.0781915;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519842;STB=0.560369;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.068723;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:8:7:9:8:9:6 chr4 24801976 . T C 267.39 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.013664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.06;QD=21.8275;RBI=0.0213349;REFB=-0.0191411;REVB=0.0163852;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337162;STB=0.688667;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0172146;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:17:8:17:7:17:8:17:7 chr4 24802323 . G C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00432465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.897;QD=55.0098;RBI=0.053223;REFB=-0.0250152;REVB=0.053047;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000271896;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:0:1:15:17:0:1 chr4 24802369 . C T 276.31 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0263062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.872;QD=15.789;RBI=0.028676;REFB=-0.00888936;REVB=-0.0114148;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118087;STB=0.566624;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0154987;OID=.;OPOS=24802369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:13:18:18:21:13:18:18:21 chr4 25001439 . T C 1478.07 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0226446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2287;QD=55.2551;RBI=0.0239892;REFB=0.0199492;REVB=0.0079186;RO=3;SAF=50;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973183;STB=0.500545;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00435833;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:107:3:4:103:103:0.962617:53:50:2:1:53:50:2:2 chr4 25005193 . G A 1207.92 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281155;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.256;QD=61.1604;RBI=0.00759257;REFB=0;REVB=-0.00705283;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04185e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:37:42:0:0 chr4 25235875 . A C 203.02 PASS AF=0.703704;AO=17;DP=25;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0675175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.561;QD=30.0776;RBI=0.070254;REFB=-0.0409432;REVB=-0.0194169;RO=8;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116692;STB=0.522912;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0122048;OID=.;OPOS=25235875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:27:8:8:17:19:0.703704:13:4:2:6:13:6:2:6 chr4 25253995 . C T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.839;QD=61.6819;RBI=0.0148708;REFB=0;REVB=-0.014774;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3379e-05;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr4 25278988 . T C 212.54 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00506042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5242;QD=14.4094;RBI=0.04266;REFB=-0.00866046;REVB=-0.0423588;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144828;STB=0.592946;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00940258;OID=.;OPOS=25278988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:17:8:15:18:17:8:16:18 chr4 25363901 . T A 1143.02 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0650118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8635;QD=57.151;RBI=0.0693239;REFB=-0.00939212;REVB=0.0240679;RO=1;SAF=23;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201293;STB=0.519995;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00168395;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:77:78:0.975:54:23:1:0:54:24:2:0 chr4 25371399 . C T 200.34 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0171196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.326;QD=11.6141;RBI=0.0473276;REFB=-0.0153788;REVB=-0.0441228;RO=43;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178711;STB=0.609307;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0232746;OID=.;OPOS=25371399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:44:25:25:0.362319:11:14:17:26:11:14:17:27 chr4 25371460 . C T 238.78 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00196594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.356;QD=11.7914;RBI=0.00244064;REFB=-0.0186942;REVB=0.00144631;RO=50;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122589;STB=0.554358;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0352247;OID=.;OPOS=25371460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:52:29:29:0.358025:16:13:17:33:16:13:19:33 chr4 25408516 . T A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0209158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.833;QD=18.2503;RBI=0.0212873;REFB=-0.0156454;REVB=-0.00395982;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638684;STB=0.536536;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0178796;OID=.;OPOS=25408516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:6:9:10:5:6:9 chr4 25417109 . T A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0386106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.84;QD=17.7317;RBI=0.0391772;REFB=-0.0155997;REVB=-0.00663907;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34437;STB=0.699733;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0122362;OID=.;OPOS=25417109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:14:3:9:10:14:3:9:10 chr4 25419283 . T C 370.88 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00183916;FXX=0.0173898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.531;QD=13.1284;RBI=0.0170487;REFB=-0.0159291;REVB=-0.0169492;RO=66;SAF=30;SAR=14;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187078;STB=0.612713;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.032707;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:66:69:44:44:0.389381:14:30:34:32:14:30:35:34 chr4 25678199 . A G 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.469;QD=61.3228;RBI=0.0299251;REFB=0;REVB=0.0201682;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255798;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr4 25749303 . C A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00710868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.799;QD=27.1542;RBI=0.01714;REFB=-0.00492032;REVB=-0.0155964;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131226;STB=0.57366;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00232974;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:4:10:3:3:4:10:3:3 chr4 25760693 . A G 589.11 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000770653;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.5952;QD=53.5558;RBI=0.0295712;REFB=-0.213259;REVB=0.0295611;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719403;STB=0.538443;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00580624;OID=.;OPOS=25760693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:44:3:3:39:41:0.931818:18:21:0:3:18:23:0:3 chr4 25823624 . G A 372.82 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0355251;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5585;QD=17.7532;RBI=0.0571993;REFB=-0.00815379;REVB=0.0448301;RO=42;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407239;STB=0.507459;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00607851;OID=.;OPOS=25823624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:42:45:38:39:0.464286:21:17:17:25:22:17:19:26 chr4 25915648 . G A 181.07 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00509959;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.582;QD=21.9477;RBI=0.00522608;REFB=-0.0248356;REVB=0.00114281;RO=15;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202086;STB=0.615241;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.022813;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:15:3:5:10:15:3:5:10 chr4 25915957 . G A 551.08 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0268244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6833;QD=24.4922;RBI=0.0461905;REFB=-0.026247;REVB=0.0376034;RO=39;SAF=15;SAR=36;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366701;STB=0.520116;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0252024;OID=.;OPOS=25915957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:39:51:51:0.566667:36:15:13:26:36:15:13:26 chr4 26585881 . C T 200.14 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00157917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.12;QD=14.5557;RBI=0.00341057;REFB=-0.000847411;REVB=0.00302295;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320578;STB=0.514448;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00515401;OID=.;OPOS=26585881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:23:24:0.436364:10:13:16:14:11:13:16:15 chr4 26673761 . T A 1195.21 PASS AF=0.666667;AO=111;DP=164;FAO=110;FDP=165;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=43;FSRR=12;FWDB=-0.00737616;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=41.5645;QD=28.9749;RBI=0.0142686;REFB=-0.0140613;REVB=0.0122142;RO=36;SAF=41;SAR=70;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177957;STB=0.639139;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00841999;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:36:55:111:110:0.666667:70:41:27:9:70:40:43:12 chr4 26673787 . A G 2787.47 PASS AF=0.963542;AO=182;DP=192;FAO=185;FDP=192;FR=.;FRO=7;FSAF=78;FSAR=107;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0694098;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.683;QD=58.0722;RBI=0.0694193;REFB=-0.0601886;REVB=0.00114504;RO=5;SAF=77;SAR=105;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195746;STB=0.5109;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000483154;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:192:192:5:7:182:185:0.963542:105:77:4:1:107:78:5:2 chr4 27004011 . G A 744.11 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0327;QD=63.3282;RBI=0.0170137;REFB=0;REVB=-0.0111198;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144133;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:31:16:0:0 chr4 28712912 . C G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0471199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2365;QD=14.6577;RBI=0.0485885;REFB=-0.00818271;REVB=0.0118556;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122807;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0143471;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:7:10:6:7:7:10 chr4 28712968 . A G 190.3 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0440377;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3409;QD=13.1244;RBI=0.0441234;REFB=-0.0179728;REVB=-0.00274917;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1275;STB=0.573072;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0240421;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:14:21:11:12:14:21 chr4 30725696 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0209829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.441;QD=14.3341;RBI=0.0251237;REFB=-0.0286491;REVB=-0.0138173;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934302;STB=0.555425;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0282846;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:3:7:7:2:3:7 chr4 30725987 . G A 89.48 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0194714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.564;QD=4.83691;RBI=0.0230507;REFB=-0.0028514;REVB=0.0123368;RO=59;SAF=10;SAR=5;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161413;STB=0.603631;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0143704;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:5:10:32:27:5:10:32:27 chr4 31146018 . A G 210.66 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0106846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7216;QD=19.1508;RBI=0.0730438;REFB=0.0227402;REVB=0.0722581;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127052;STB=0.571365;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0161653;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:5:18:14:7:5:18 chr4 31147272 . A C 401.61 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00173874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.831;QD=18.8995;RBI=0.00428252;REFB=-0.00730104;REVB=0.00391367;RO=44;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804074;STB=0.544798;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0077363;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:24:17:22:22:24:17:22:22 chr4 31147691 . A C 340.16 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00132551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.773;QD=15.6395;RBI=0.0154755;REFB=-0.00928402;REVB=-0.0154186;RO=50;SAF=26;SAR=11;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507084;STB=0.52867;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0157275;OID=.;OPOS=31147691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:11:26:33:17:11:26:33:17 chr4 36068567 . A AT 422.57 PASS AF=1;AO=6;DP=46;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124145;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6368;QD=41.2263;RBI=0.12416;REFB=0;REVB=0.0019337;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00331731;OID=.;OPOS=36068568;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:46:41:41:0:11:30:0:0:8:38:4:2:10:28 chr4 36081878 . C T 997.99 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000700368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.854;QD=56.2251;RBI=0.0050671;REFB=-0.0410601;REVB=0.00501847;RO=1;SAF=21;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219715;STB=0.522721;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000773547;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:1:2:68:69:0.971831:47:21:1:0:48:21:2:0 chr4 36258197 . T C 3307.66 PASS AF=0.977578;AO=217;DP=224;FAO=218;FDP=223;FR=.;FRO=5;FSAF=119;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00905069;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.566;QD=59.3302;RBI=0.0333892;REFB=-0.0674148;REVB=0.0321391;RO=4;SAF=119;SAR=98;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103721;STB=0.501224;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00153989;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:224:223:4:5:217:218:0.977578:98:119:1:3:99:119:3:2 chr4 36285929 . A C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0689899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.45;QD=21.1692;RBI=0.0692072;REFB=-0.0571536;REVB=0.00547948;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0287126;OID=.;OPOS=36285929;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr4 36292018 . T A 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.932;QD=62.9621;RBI=0.0908054;REFB=0;REVB=0.0624583;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139415;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr4 36310049 . C T 402.46 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0130612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.923;QD=19.1645;RBI=0.0169864;REFB=-0.000748912;REVB=0.0108602;RO=42;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140987;STB=0.571477;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000820202;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:20:21:15:27:20:21:16:27 chr4 36317970 . T C 537.55 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00168003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.818;QD=17.6245;RBI=0.00339107;REFB=-0.0172241;REVB=-0.00294564;RO=65;SAF=25;SAR=32;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734746;STB=0.504083;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0204652;OID=.;OPOS=36317970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:32:25:29:36:32:25:29:36 chr4 37445885 . T C 263.5 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0125935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6963;QD=15.2755;RBI=0.0128815;REFB=-0.00227191;REVB=-0.00270875;RO=37;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947997;STB=0.555966;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00345537;OID=.;OPOS=37445885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:39:30:30:0.434783:19:11:17:20:19:11:18:21 chr4 37612486 . T A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.271;QD=61.3344;RBI=0.0394679;REFB=0;REVB=0.0345798;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019817;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr4 37612569 . A G 244.39 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0535653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7045;QD=13.2103;RBI=0.0539766;REFB=-0.0232055;REVB=-0.00665077;RO=45;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805372;STB=0.546186;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.050667;OID=.;OPOS=37612569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:20:9:17:28:20:9:17:28 chr4 37612732 . A AAAG 104.96 PASS AF=0.371429;AO=8;DP=42;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00379109;FXX=0.0540395;HRUN=8;LEN=3;MLLD=279.415;QD=11.9958;RBI=0.0268324;REFB=0.00470461;REVB=0.0265633;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326547;STB=0.636165;STBP=0.26;TYPE=ins;VARB=-0.0083059;OID=.;OPOS=37612733;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:8:42:13:35:22:7:6:7:15:99:29:5:3:10:19 chr4 37903756 . T C 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1929;QD=60.5926;RBI=0.148001;REFB=0;REVB=-0.141259;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0031921;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr4 37904082 . T C 255.76 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0037;QD=51.1521;RBI=0.0539383;REFB=0;REVB=0.0453428;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144373;OID=.;OPOS=37904082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr4 37904089 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0306568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.482;QD=22.5807;RBI=0.0312299;REFB=-0.0285076;REVB=0.00595549;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101303;STB=0.557426;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0182064;OID=.;OPOS=37904089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:4:3:7:5:4:3 chr4 37962186 . G C 424.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5864;QD=56.6601;RBI=0.0421276;REFB=0;REVB=0.0246905;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59067e-05;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:7:22:0:0:7:23:0:0 chr4 38016395 . T G 501.15 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.088;QD=58.9592;RBI=0.0529153;REFB=0;REVB=0.0419742;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012653;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr4 38023302 . C G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0140867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.911;QD=15.9167;RBI=0.0141027;REFB=-0.0135501;REVB=-0.000670644;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188592;STB=0.608534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0152142;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:5:10:6:7:5:10 chr4 38062233 . T A 144.12 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00676593;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.108;QD=15.1702;RBI=0.0151663;REFB=-0.00697994;REVB=0.0135735;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106066;STB=0.571343;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0119321;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:9:7:7:14:9:7:7:15 chr4 38139024 . C T 831.89 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216268;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.163;QD=57.3715;RBI=0.0727539;REFB=0;REVB=0.0694652;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255791;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:16:41:0:0:16:42:0:0 chr4 38258908 . G T 340.6 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0956682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6907;QD=54.4965;RBI=0.103484;REFB=0;REVB=0.0394531;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015017;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr4 38259005 . T G 325.97 PASS AF=0.736842;AO=26;DP=36;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000661356;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=76.4376;QD=34.313;RBI=0.000707764;REFB=-0.103321;REVB=-0.000252068;RO=9;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810891;STB=0.507687;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00628713;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:38:9:10:26:28:0.736842:14:12:4:5:16:12:4:6 chr4 38259310 . T C 230.19 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.143824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.123;QD=46.0375;RBI=0.144017;REFB=-0.0301999;REVB=0.00745434;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00234463;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr4 38628725 . C T 113.02 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0740514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4878;QD=17.3882;RBI=0.0889871;REFB=-0.0220713;REVB=0.0493466;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331631;STB=0.687605;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0225983;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:2:11:6:7:2:11 chr4 38702437 . A G 135.98 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0122903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.5;QD=10.4597;RBI=0.0139841;REFB=-0.0131566;REVB=0.00667115;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146354;STB=0.586417;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0297473;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:14:21:8:9:14:21 chr4 38774785 . A G,T 670.54 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305479,-0.0344388;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=104.029,10.0291;QD=60.9585;RBI=0.0341042,0.0346288;REFB=0,0;REVB=-0.0151631,0.00362246;RO=0;SAF=28,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000140047,0.15922;OID=.,.;OPOS=38774785,38774785;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:14,1:28,1:0:0:14,1:28,1:0:0 chr4 38774889 . T C 634.0 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.017532;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.671;QD=21.311;RBI=0.0224679;REFB=-0.0157648;REVB=0.0140512;RO=55;SAF=30;SAR=33;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495109;STB=0.530964;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00934006;OID=.;OPOS=38774889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:55:56:63:63:0.529412:33:30:23:32:33:30:23:33 chr4 38775040 . A G 991.82 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144883;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0248;QD=59.2129;RBI=0.0144959;REFB=0;REVB=0.00046957;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54658e-05;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr4 38776107 . T G 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.927;QD=46.0594;RBI=0.0190856;REFB=-0.0331431;REVB=-0.0130887;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000332136;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:13:6:0:0:13:6:1:0 chr4 38776180 . C A 137.1 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1051;QD=42.1859;RBI=0.064006;REFB=0;REVB=0.0273338;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840822;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:11:13:1:3:8:0:0:4:9:0:0 chr4 38776235 . A G 91.38 PASS AF=0.578947;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0221115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4132;QD=19.2384;RBI=0.143047;REFB=0.0144899;REVB=0.141328;RO=7;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474609;STB=0.67464;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00444516;OID=.;OPOS=38776235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:9:11:0.578947:1:8:3:4:2:9:4:4 chr4 38776320 . C T 124.91 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0214216;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.153;QD=16.6542;RBI=0.0396261;REFB=-0.0102746;REVB=-0.0333368;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322033;STB=0.686002;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0195946;OID=.;OPOS=38776320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:6:10:4:10:6:10 chr4 38776491 . T G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.119;QD=58.6487;RBI=0.0415443;REFB=-0.0245228;REVB=0.0376929;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00018017;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:0:1:18:22:0:1 chr4 38776725 . C A 244.12 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00868307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.708;QD=25.0381;RBI=0.0216406;REFB=-0.00530733;REVB=-0.0198223;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175918;STB=0.591566;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0132005;OID=.;OPOS=38776725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:15:16:22:23:0.589744:14:8:9:6:15:8:9:7 chr4 38777059 . C T 206.56 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.00505547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.309;QD=11.4756;RBI=0.0408699;REFB=-0.0265014;REVB=-0.040556;RO=45;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171676;STB=0.602764;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.102282;OID=.;OPOS=38777059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:46:26:26:0.361111:16:10:11:34:16:10:11:35 chr4 38777173 . A T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00175612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.325;QD=11.1849;RBI=0.0181285;REFB=-0.0090847;REVB=-0.0180433;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107906;STB=0.563041;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0182449;OID=.;OPOS=38777173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:9:10:15:20:9:10:15:20 chr4 38777236 . T G 95.09 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000839536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.772;QD=11.1866;RBI=0.0229164;REFB=-0.0153664;REVB=0.022901;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00846107;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0232754;OID=.;OPOS=38777236;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:13:9:5:7:13:9 chr4 38798648 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.375;QD=57.6807;RBI=0.0234928;REFB=0;REVB=-0.00150965;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73808e-05;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr4 38798935 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0578266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.597;QD=18.8205;RBI=0.0580148;REFB=-0.00462743;REVB=-0.00466872;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159197;STB=0.590762;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0102822;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:3:7:6:6:3:7 chr4 38799710 . T C 125.79 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0769855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4118;QD=18.6348;RBI=0.0790195;REFB=-0.00571365;REVB=0.0178136;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156693;STB=0.589347;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00448659;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:8:5:8:6:8:5 chr4 38830350 . A G 627.58 PASS AF=0.954545;AO=43;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.097293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1107;QD=57.0527;RBI=0.0975679;REFB=-0.00120582;REVB=-0.00731905;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.520823;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00146549;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:43:42:0.954545:24:19:0:1:23:19:0:2 chr4 38937372 . T C 293.12 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0212594;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.147;QD=27.2673;RBI=0.0557957;REFB=-0.0189611;REVB=0.0515868;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638113;STB=0.535289;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0105523;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:10:16:9:8:10:16:9:8 chr4 38945169 . A G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0157691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.397;QD=17.9407;RBI=0.0160075;REFB=-0.0206915;REVB=0.00275243;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104821;STB=0.559524;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0187365;OID=.;OPOS=38945169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:8:14:10:9:8:14 chr4 38995374 . T C 1098.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.036;QD=60.1672;RBI=0.0340342;REFB=0;REVB=0.00949848;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92513e-05;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr4 39000305 . A G 609.58 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.28;QD=60.9577;RBI=0.0913793;REFB=0;REVB=0.0426072;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481892;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr4 39207318 . A G 915.23 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.564;QD=58.1097;RBI=0.045447;REFB=0;REVB=0.0448991;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251299;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:36:27:0:0 chr4 39216221 . CA AT,TA 1737.37 PASS AF=0.0854701,0.91453;AO=10,100;DP=117;FAO=10,107;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=10,46;FSAR=0,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017823,0.0133328;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=92.6684,126.899;QD=59.3973;RBI=0.0289939,0.0312948;REFB=0,0;REVB=-0.0228689,-0.0283125;RO=0;SAF=10,39;SAR=0,61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.39894e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00326927,-0.00250073;OID=.,.;OPOS=39216221,39216221;OREF=CA,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:117:117:0:0:10,100:10,107:0.0854701,0.91453:0,61:10,39:0:0:0,61:10,46:0:0 chr4 39299266 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3156;QD=53.9107;RBI=0.0423996;REFB=0;REVB=0.0240497;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138924;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr4 39448529 . G A 125.44 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0111579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4248;QD=18.5844;RBI=0.0203547;REFB=-0.00569429;REVB=-0.0170239;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584636;STB=0.553115;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.005087;OID=.;OPOS=39448529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:14:14:0.518519:6:8:6:6:6:8:6:7 chr4 39448542 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.339;QD=50.4127;RBI=0.0536525;REFB=0;REVB=0.0150419;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610647;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr4 39450229 . C A 152.32 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.050951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.442;QD=21.0095;RBI=0.050964;REFB=-0.00983761;REVB=-0.001152;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030493;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0136625;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:6:7:8:8:6:7 chr4 39458051 . A G 345.18 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466077;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7828;QD=55.2285;RBI=0.0878529;REFB=0;REVB=0.0744704;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00489357;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr4 39459724 . T C 888.3 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277225;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.5;QD=58.2491;RBI=0.0286119;REFB=0;REVB=0.00707862;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08253e-05;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr4 39460490 . C G 482.54 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0074328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.498;QD=23.2549;RBI=0.0106018;REFB=-0.0182259;REVB=-0.00755993;RO=37;SAF=18;SAR=28;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343095;STB=0.518839;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0144318;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:28:18:13:24:28:18:13:24 chr4 39460797 . G A 133.33 PASS AF=0.571429;AO=13;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.022982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1345;QD=19.0465;RBI=0.065025;REFB=-0.0550456;REVB=0.0608282;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308565;STB=0.621356;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.155977;OID=.;OPOS=39460797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:27:28:12:12:13:16:0.571429:7:6:10:2:7:9:10:2 chr4 39472842 . T A 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00204847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.149;QD=5.95644;RBI=0.0677746;REFB=-0.00358103;REVB=0.0677437;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550146;STB=0.85415;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0229873;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:12:6:5:1:12:6 chr4 39501086 . G A 82.46 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.044159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5986;QD=8.45704;RBI=0.121825;REFB=-0.0118583;REVB=0.11354;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494242;STB=0.809643;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0184221;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:39:39:26:28:11:11:0.282051:3:8:7:19:3:8:7:21 chr4 39510264 . A G 695.64 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0476521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.958;QD=60.4908;RBI=0.0506562;REFB=0.0248451;REVB=0.0171851;RO=1;SAF=13;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347745;STB=0.51851;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000138188;OID=.;OPOS=39510264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:32:13:1:0:32:13:1:0 chr4 39515736 . A G 340.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.365;QD=54.4923;RBI=0.0116579;REFB=0;REVB=0.0107193;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155226;OID=.;OPOS=39515736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr4 39515806 . TAAAAAGA T 204.17 PASS AF=0.95;AO=13;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128871;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=7;MLLD=192.527;QD=40.8331;RBI=0.0311224;REFB=-0.10916;REVB=0.0283289;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.00322379;OID=.;OPOS=39515807;OREF=AAAAAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:13:21:19:20:1:6:13:1:0:4:0:5:8:0:0 chr4 39921942 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0365756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.59;QD=13.6311;RBI=0.0366404;REFB=-0.0196728;REVB=-0.00217822;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.676948;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0249087;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:2:6:4:4:2:6:4:5 chr4 40045139 . T C 431.51 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0270908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5913;QD=20.3063;RBI=0.030766;REFB=-0.00939836;REVB=-0.0145821;RO=38;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520339;STB=0.540714;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0174844;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:42:43:43:0.505882:23:20:20:18:23:20:23:19 chr4 40079556 . C T 313.68 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00772918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.918;QD=50.1885;RBI=0.02526;REFB=0.0636738;REVB=0.0240485;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000448351;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:12:11:1:0:13:11:1:0 chr4 40121562 . G A 575.55 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.555;QD=60.5838;RBI=0.0589072;REFB=0;REVB=-0.0523059;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127562;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr4 40138676 . A G 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5636;QD=58.0571;RBI=0.0132266;REFB=0;REVB=-0.0129308;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30445e-05;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr4 40155927 . T C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.207;QD=56.9987;RBI=0.0182498;REFB=0;REVB=0.0168153;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05877e-05;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr4 40245990 . A C 75.74 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0330956;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6629;QD=10.8198;RBI=0.0892;REFB=-0.0152268;REVB=-0.082833;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084162;STB=0.524949;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0191605;OID=.;OPOS=40245990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:19:18:10:10:0.357143:3:7:12:7:3:7:12:6 chr4 40337566 . C T 75.69 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0190882;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.384;QD=10.0926;RBI=0.0255764;REFB=-0.000285351;REVB=0.0170233;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177664;STB=0.608469;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000982479;OID=.;OPOS=40337566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:11:9:3:7:11:9 chr4 40337908 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.341;QD=58.9626;RBI=0.0332585;REFB=0;REVB=0.00712572;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87977e-05;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr4 40356041 . C T 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00234816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.046;QD=27.4992;RBI=0.054303;REFB=-0.0193679;REVB=0.0542522;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140035;STB=0.577537;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.012677;OID=.;OPOS=40356041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:10:9:7:3:10:9:7:3 chr4 40356422 . A G 105.82 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0200935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1003;QD=21.1647;RBI=0.0485295;REFB=-0.00724597;REVB=-0.0441743;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00365069;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:5:3:7:5:5:3 chr4 40425880 . G C 172.96 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0411495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6861;QD=11.3413;RBI=0.0440202;REFB=-0.0182095;REVB=-0.0156361;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497535;STB=0.520939;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0287458;OID=.;OPOS=40425880;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:10:12:19:19:10:12:20:19 chr4 40428010 . T C 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00454004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.574;QD=17.3776;RBI=0.00605004;REFB=-0.0184511;REVB=-0.00399887;RO=34;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261965;STB=0.666566;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0238375;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:37:33:33:0.471429:11:22:13:21:11:22:13:24 chr4 40438576 . A G 1184.33 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7425;QD=60.7348;RBI=0.0278412;REFB=0;REVB=-0.000703891;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30255e-05;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:39:39:0:0 chr4 40440215 . T C 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.027;QD=57.0311;RBI=0.038516;REFB=-0.0499345;REVB=0.0361448;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00103259;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:1:0:28:37:1:0 chr4 40810747 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.48;QD=57.1998;RBI=0.0230171;REFB=0;REVB=-0.0124869;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.075e-05;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 41015823 . G A 1551.9 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152131;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1749;QD=63.3428;RBI=0.0177108;REFB=0;REVB=0.00906833;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635218;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:95:98:1:56:39:0:0:59:39:0:0 chr4 41015899 . C T 1044.1 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.267;QD=59.6631;RBI=0.0272069;REFB=0;REVB=0.0271189;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46279e-05;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr4 41259633 . C A 155.03 PASS AF=0.548387;AO=15;DP=29;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00470103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4237;QD=20.0036;RBI=0.056574;REFB=0.000647473;REVB=0.0563784;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208427;STB=0.634174;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00481864;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:14:14:15:17:0.548387:8:7:10:4:10:7:10:4 chr4 41634859 . C T 428.12 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0315479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9343;QD=21.4059;RBI=0.0385121;REFB=-0.032071;REVB=0.0220888;RO=38;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08543;STB=0.537713;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0301138;OID=.;OPOS=41634859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:37:42:43:0.5375:26:16:11:27:27:16:11:26 chr4 41672793 . GT G 38.43 PASS AF=0.5;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.102817;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7229;QD=5.91178;RBI=0.156304;REFB=-0.127123;REVB=0.117726;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468864;STB=0.723805;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.130042;OID=.;OPOS=41672794;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:26:13:26:13:9:4:3:10:38:14:8:3:3:11 chr4 41673554 . C CT,T 46.14 PASS AF=0.193277,0;AO=21,10;DP=121;FAO=23,0;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=13,0;FSAR=10,0;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0072018,0.000148781;FXX=0.0165276;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=8.53421,186.554;QD=1.55109;RBI=0.0146659,0.00605232;REFB=-0.068306,-0.000850928;REVB=-0.0127759,0.00605049;RO=79;SAF=9,4;SAR=12,6;SRF=44;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.160646,-0.185983;STB=0.55274,0.5;STBP=0.596,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0591261,0.0562709;OID=.,.;OPOS=41673555,41673554;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:121:119:79:96:21,10:23,0:0.193277,0:12,6:9,4:44:35:10,0:13,0:48:48 chr4 41749668 . C T 626.54 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=54;FWDB=0.0168972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.007;QD=17.1655;RBI=0.017189;REFB=-0.0228052;REVB=-0.00315389;RO=81;SAF=29;SAR=36;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115552;STB=0.564183;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0267367;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:81:65:65:0.445205:36:29:27:54:36:29:27:54 chr4 41941737 . G C 249.65 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0204461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4236;QD=18.4928;RBI=0.02912;REFB=-0.00851665;REVB=-0.0207347;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301529;STB=0.662523;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00773878;OID=.;OPOS=41941737;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:20:7:15:11:20:7:15:12 chr4 41956464 . G A 227.07 PASS AF=0.383562;AO=22;DP=76;FAO=28;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=37;FWDB=-0.00363501;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.619;QD=12.4421;RBI=0.00404383;REFB=-0.00970718;REVB=0.0017718;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25546;STB=0.676491;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0178951;OID=.;OPOS=41956464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:32:44:22:28:0.383562:12:10:7:25:16:12:7:37 chr4 41984118 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.492;QD=58.1411;RBI=0.0160643;REFB=0;REVB=-0.00505463;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31819e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr4 41985101 . A G 3068.89 PASS AF=0.989796;AO=192;DP=198;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0272045;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.248;QD=62.6304;RBI=0.0459394;REFB=0.0967212;REVB=0.0370182;RO=1;SAF=86;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550515;STB=0.500586;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00117535;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:196:1:2:192:194:0.989796:106:86:1:0:108:86:1:1 chr4 41985478 . A G 375.81 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.453;QD=55.6762;RBI=0.0508467;REFB=0;REVB=0.0240911;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273284;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr4 41985689 . C T 722.21 PASS AF=0.981132;AO=44;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.167844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3776;QD=54.5061;RBI=0.178019;REFB=0.0136688;REVB=-0.0593208;RO=1;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140269;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00108453;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:44:52:0.981132:33:11:0:1:33:19:0:1 chr4 41986088 . T C 111.36 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0209126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.529;QD=15.9089;RBI=0.0266016;REFB=-0.0164489;REVB=0.0164411;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188592;STB=0.608534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0335931;OID=.;OPOS=41986088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:5:10:6:7:5:10 chr4 41986119 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00392787;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=258.576;QD=12.4829;RBI=0.0228608;REFB=-0.000549308;REVB=-0.0225208;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.535459;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000642629;OID=.;OPOS=41986119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:17:19:12:12:0.387097:5:7:8:9:5:7:10:9 chr4 41986857 . A G 1116.59 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1762;QD=60.3561;RBI=0.0370524;REFB=0;REVB=0.00517693;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184731;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr4 41987892 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.662;QD=64.4154;RBI=0.0315405;REFB=0;REVB=0.0256568;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02161e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr4 41988385 . TAC T 184.53 PASS AF=0.5;AO=15;DP=40;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00677352;FXX=0.099975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.4;QD=20.5035;RBI=0.0276383;REFB=-0.0058455;REVB=-0.0267954;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265245;STB=0.675122;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0042714;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:40:18:36:18:13:5:7:11:99:16:10:5:6:10 chr4 41992677 . C G 2710.93 PASS AF=0.943005;AO=181;DP=193;FAO=182;FDP=193;FR=.;FRO=11;FSAF=89;FSAR=93;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0587606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7044;QD=56.185;RBI=0.0785274;REFB=-0.194854;REVB=0.0520935;RO=5;SAF=88;SAR=93;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582412;STB=0.503218;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00832755;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:193:193:5:11:181:182:0.943005:93:88:3:2:93:89:6:5 chr4 42003671 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00795922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.131;QD=18.3452;RBI=0.017528;REFB=-0.00145356;REVB=-0.0156167;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104463;STB=0.574236;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0015123;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:10:7:9:8:10:7:10:8 chr4 42020142 . A G 1461.46 PASS AF=0.971698;AO=101;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0221407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7828;QD=55.1496;RBI=0.0545342;REFB=-0.0594435;REVB=0.0498374;RO=4;SAF=39;SAR=62;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275153;STB=0.508258;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00121576;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:106:106:4:3:101:103:0.971698:62:39:3:1:63:40:2:1 chr4 42022464 . C A 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.646;QD=63.2766;RBI=0.0178784;REFB=0;REVB=0.0114609;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15944e-06;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr4 42113241 . C T 77.06 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0201325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.901;QD=13.4012;RBI=0.0237435;REFB=-0.0183488;REVB=-0.012587;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929071;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0102898;OID=.;OPOS=42113241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:13:13:9:10:0.434783:5:4:7:6:5:5:7:6 chr4 42113249 . A T 89.46 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0506771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6677;QD=15.5584;RBI=0.051812;REFB=-0.00202124;REVB=0.0107848;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783488;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00127409;OID=.;OPOS=42113249;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:6:5:6:5:6:5:6:6 chr4 42545923 . T A,TA 40.96 PASS AF=0.0138889,0.152778;AO=6,11;DP=72;FAO=1,11;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=0,5;FSAR=1,6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.000312897,-0.0631318;FXX=0.0136968;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=248.87,13.5674;QD=2.27582;RBI=0.0220023,0.243448;REFB=-0.00200341,-0.0167908;REVB=-0.0220001,-0.23512;RO=52;SAF=3,3;SAR=3,8;SRF=30;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.088301,-0.370807;STB=0.990345,0.552335;STBP=0.305,0.735;TYPE=snp,ins;VARB=0.00502555,0.000811143;OID=.,.;OPOS=42545923,42545924;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:72:72:52:60:6,11:1,11:0.0138889,0.152778:3,8:3,3:30:22:1,6:0,5:31:29 chr4 42895423 . C T 451.33 PASS AF=0.535714;AO=43;DP=80;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0406428;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0005;QD=21.492;RBI=0.067851;REFB=-0.0160726;REVB=-0.0543316;RO=36;SAF=25;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225284;STB=0.624946;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0171855;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:36:39:43:45:0.535714:18:25:11:25:20:25:11:28 chr4 43032437 . C T 465.64 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0103712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.791;QD=17.7388;RBI=0.0241222;REFB=-0.0310438;REVB=0.0217789;RO=55;SAF=25;SAR=25;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111541;STB=0.56188;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0312788;OID=.;OPOS=43032437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:25:25:21:34:25:25:21:34 chr4 44626641 . A G 675.07 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103205;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.083;QD=62.7971;RBI=0.0346098;REFB=0;REVB=0.0330352;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136432;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr4 44652030 . C T 1545.96 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.472;QD=59.4601;RBI=0.0708855;REFB=0;REVB=-0.0708095;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06833e-05;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:47:56:0:0:47:57:0:0 chr4 44704757 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.917;QD=60.9785;RBI=0.0414516;REFB=0;REVB=0.0115199;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114387;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr4 44704938 . T A 255.63 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00271385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.207;QD=17.9393;RBI=0.0217509;REFB=-0.0199433;REVB=0.0215809;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149116;STB=0.596946;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0203627;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:29:27:28:0.491228:15:12:16:10:16:12:18:11 chr4 46086060 . T C 315.53 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0208153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.751;QD=24.2714;RBI=0.0373666;REFB=0.000327637;REVB=0.031032;RO=21;SAF=11;SAR=20;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173174;STB=0.509531;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000131512;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:20:11:7:14:20:11:7:14 chr4 46314593 . T C 393.41 PASS AF=0.660714;AO=32;DP=53;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0186407;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.35;QD=28.101;RBI=0.0186941;REFB=-0.0194356;REVB=0.00141271;RO=8;SAF=10;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265877;STB=0.533786;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00765799;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:8:19:32:37:0.660714:22:10:3:5:23:14:9:10 chr4 46334702 . A G 197.95 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00253895;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8214;QD=12.9803;RBI=0.00622014;REFB=-0.0233185;REVB=0.00567838;RO=37;SAF=6;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3288;STB=0.690098;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0346303;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:18:6:20:17:18:6:20:17 chr4 46928746 . A T 150.66 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0276285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6434;QD=16.7396;RBI=0.0399591;REFB=-0.0134124;REVB=0.0288685;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317787;STB=0.698675;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0191772;OID=.;OPOS=46928746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:15:17:0.472222:11:4:11:8:13:4:11:8 chr4 46928834 . C T 231.75 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0115024;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.22;QD=12.3602;RBI=0.0287893;REFB=-0.00748192;REVB=-0.0263916;RO=46;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159101;STB=0.585736;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0124102;OID=.;OPOS=46928834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:18:10:23:23:18:10:23:24 chr4 46995366 . G T 280.48 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0120198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.232;QD=16.7449;RBI=0.0189224;REFB=-0.0178176;REVB=-0.0146144;RO=36;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343588;STB=0.696558;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.019131;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:20:10:25:11:21:10:25:11 chr4 47034626 . C G 984.66 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.907;QD=56.2662;RBI=0.0768065;REFB=-0.149931;REVB=0.0758285;RO=2;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209994;STB=0.511108;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00064879;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:70:2:2:68:68:0.971429:44:24:0:2:44:24:0:2 chr4 47322190 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.268;QD=52.1523;RBI=0.0399476;REFB=-0.0519572;REVB=0.0378078;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00224176;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:10:17:0:0:10:17:0:1 chr4 47322219 . C A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00722575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.459;QD=7.79871;RBI=0.0147734;REFB=0.0104831;REVB=-0.0128857;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366372;STB=0.7308;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.051512;OID=.;OPOS=47322219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:11:12:2:7:11:12 chr4 47408838 . C T 211.56 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0544279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3033;QD=16.5932;RBI=0.0754096;REFB=-0.0108728;REVB=-0.052194;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149702;STB=0.574765;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0136791;OID=.;OPOS=47408838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:13:10:16:11:13:10:16:12 chr4 47584046 . G A 2052.34 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033313;FXX=0.0510912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.545;QD=63.1489;RBI=0.0336695;REFB=0;REVB=0.00488658;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719617;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr4 47589203 . G A 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.359;QD=59.8328;RBI=0.0231554;REFB=0;REVB=0.0050457;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94053e-05;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr4 47667064 . T C 416.44 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219637;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6511;QD=57.4403;RBI=0.141911;REFB=0;REVB=0.141894;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253935;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr4 47936972 . C T 135.41 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196558;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1958;QD=45.138;RBI=0.0196573;REFB=0;REVB=0.00024728;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968552;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr4 47939240 . C T 188.98 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-4.11856e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6191;QD=20.9982;RBI=0.03501;REFB=0.0129316;REVB=-0.03501;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187803;STB=0.507878;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00379439;OID=.;OPOS=47939240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:12:6:6:11:12:7:6:11 chr4 47945455 . C G 121.84 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.143;QD=40.6121;RBI=0.0374935;REFB=0;REVB=0.0111786;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124954;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr4 48069696 . G C 278.69 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0210621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3304;QD=21.8581;RBI=0.0220149;REFB=-0.00837476;REVB=-0.00640659;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223774;STB=0.633707;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00757243;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:23:28:28:0.54902:18:10:14:8:18:10:15:8 chr4 48069725 . G A 250.29 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00246157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.802;QD=20.0236;RBI=0.0426172;REFB=-0.0115083;REVB=0.042546;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277213;STB=0.661633;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0151593;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:14:9:18:8:15:9:18:8 chr4 48170669 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.023;QD=50.4124;RBI=0.029178;REFB=0;REVB=0.0290741;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86554e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr4 48172266 . G A 595.36 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.397;QD=61.0626;RBI=0.069325;REFB=0;REVB=0.0686295;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231943;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:17:20:0:0:19:20:0:0 chr4 48492434 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.44;QD=39.2068;RBI=0.019921;REFB=0;REVB=0.019921;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305524;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr4 48503730 . T C 354.18 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00976464;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.737;QD=15.9181;RBI=0.0120235;REFB=-0.0194614;REVB=-0.00701547;RO=50;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467184;STB=0.520699;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0228834;OID=.;OPOS=48503730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:20:18:26:24:20:18:26:25 chr4 48582909 . G A 273.81 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.056685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.268;QD=19.9131;RBI=0.0567424;REFB=-0.00724202;REVB=-0.00255153;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045733;STB=0.530542;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0062807;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:25:28:30:0.545455:16:12:9:15:16:14:10:15 chr4 48588742 . C T 163.71 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0169959;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.84;QD=11.2902;RBI=0.017011;REFB=-0.00717601;REVB=-0.000717047;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347902;STB=0.520192;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0107612;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:13:8:13:24:13:8:13:24 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 512.54 PASS AF=0,0.972973,0;AO=5,22,11;DP=39;FAO=0,36,0;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=0,12,0;FSAR=0,24,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200091,0.0152565,0.00669472;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=237.729,240.066,236.01;QD=55.4099;RBI=0.0217346,0.0183175,0.0128758;REFB=0.0495781,0.0483847,0.0465988;REVB=-0.00848688,-0.0101376,-0.0109985;RO=1;SAF=4,5,3;SAR=1,17,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.277405,0.0264303,0.052924;STB=0.5,0.510198,0.5;STBP=1,0.598,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0244069,-0.0024037,-0.0348215;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.972973,0:5,22,11:39:0,36,0:37:1:0,12,0:0,24,0:0:1:6:1:4,5,3:1,17,8:0:1 chr4 48859372 . A C 42.9 PASS AF=0.3125;AO=4;DP=15;FAO=5;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.107272;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=24.6042;QD=10.7247;RBI=0.188223;REFB=-0.133329;REVB=0.154663;RO=6;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254893;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0491192;OID=.;OPOS=48859372;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:16:6:5:4:5:0.3125:3:1:3:3:4:1:2:3 chr4 52714354 . A ATTTC,ATTTCT 788.54 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=43,7;DP=65;FAO=56,2;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40,1;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102382,-0.011061;FXX=0.0793525;HRUN=5,5;LEN=4,5;MLLD=235.381,224.249;QD=54.3819;RBI=0.0214834,0.0143792;REFB=0,0;REVB=-0.018887,-0.00918779;RO=5;SAF=32,5;SAR=11,2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0361533,0.0935942;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00114569,0.00665213;OID=.,.;OPOS=52714355,52714355;OREF=-,-;OALT=TTTC,TTTCT;OMAPALT=ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965517,0.0344828:43,7:65:56,2:58:0:40,1:16,1:0:0:7:5:32,5:11,2:3:2 chr4 52752812 . A T 1534.99 PASS AF=0.972477;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0160708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.973;QD=56.3298;RBI=0.0217894;REFB=-0.0848439;REVB=0.0147141;RO=3;SAF=46;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560957;STB=0.50282;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000361061;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:109:3:3:105:106:0.972477:59:46:1:2:60:46:1:2 chr4 52780048 . G C 2115.21 PASS AF=0.954248;AO=144;DP=153;FAO=146;FDP=153;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00709145;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2679;QD=55.2997;RBI=0.0111187;REFB=0.00345154;REVB=0.00856374;RO=7;SAF=67;SAR=77;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324737;STB=0.501709;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-4.39181e-05;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:153:153:7:7:144:146:0.954248:77:67:3:4:78:68:3:4 chr4 54011526 . A G 565.32 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0205179;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.299;QD=18.236;RBI=0.0251839;REFB=-0.00868529;REVB=0.014603;RO=65;SAF=35;SAR=24;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233647;STB=0.512961;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0117731;OID=.;OPOS=54011526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:24:35:37:28:24:35:37:28 chr4 54011576 . T C 633.86 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00349592;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3516;QD=19.9642;RBI=0.0145442;REFB=-0.0385518;REVB=0.0141178;RO=63;SAF=35;SAR=29;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494777;STB=0.527282;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0429718;OID=.;OPOS=54011576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:63:63:64:64:0.503937:29:35:31:32:29:35:31:32 chr4 54352468 . GC G 425.41 PASS AF=0.97619;AO=38;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0127916;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.4038;QD=40.5152;RBI=0.159123;REFB=-0.0816035;REVB=-0.158608;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=del;VARB=0.00419728;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.97619:38:43:41:42:1:21:20:1:0:4:1:21:17:1:0 chr4 54966667 . C T 791.91 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0819347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.037;QD=53.6888;RBI=0.0820561;REFB=-0.083655;REVB=0.00446192;RO=1;SAF=15;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303982;STB=0.531239;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000491381;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:42:15:1:0:42:15:2:0 chr4 54966830 . G A 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.156;QD=59.4297;RBI=0.019657;REFB=0;REVB=-0.0129682;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41192e-06;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr4 54966919 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.46;QD=42.1826;RBI=0.0010253;REFB=0;REVB=-0.0010253;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.93674e-06;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr4 55141055 . A G 1513.25 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.109;QD=62.4021;RBI=0.0256621;REFB=0.000197512;REVB=0.0233743;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106543;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-5.13633e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:1:1:94:96:0.989691:50:44:1:0:51:45:1:0 chr4 55151646 . CAA CA,CAT 32.54 PASS AF=0.183673,0.0612245;AO=6,3;DP=51;FAO=9,3;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=1,0;FSAR=8,3;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.137716,-0.0257978;FXX=0.039208;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.16329,200.287;QD=2.65649;RBI=0.297254,0.0347101;REFB=-0.00823322,-0.00466661;REVB=-0.263428,-0.023222;RO=28;SAF=5,0;SAR=1,3;SRF=9;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.564391,-0.491149;STB=0.793914,0.995697;STBP=0.095,0.125;TYPE=del,snp;VARB=-0.585989,0.0178177;OID=.,.;OPOS=55151647,55151648;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CA,CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183673,0.0612245:6,3:51:9,3:49:37:1,0:8,3:14:23:17:28:5,0:1,3:9:19 chr4 55161391 . T C 1646.17 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=113;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107238;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.155;QD=59.3214;RBI=0.0219561;REFB=-0.09309;REVB=0.0191591;RO=0;SAF=62;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59784e-08;STB=0.505154;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000227891;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:111:0:1:109:110:0.990991:47:62:0:0:48:62:0:1 chr4 55161517 . A G 1898.75 PASS AF=0.992;AO=125;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.596;QD=60.76;RBI=0.0125661;REFB=0.0275894;REVB=-0.00317224;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000490396;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:125:124:0.992:65:60:0:0:65:59:1:0 chr4 55599410 . C CT,T 33.05 PASS AF=0.153846,0.0384615;AO=6,4;DP=54;FAO=8,2;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0426759,0.0214634;FXX=0.0188644;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=17.2596,84.4769;QD=2.54254;RBI=0.0561541,0.0224534;REFB=-0.0406817,-0.0073316;REVB=-0.0364972,-0.00659378;RO=43;SAF=4,3;SAR=2,1;SRF=16;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.333929,0.383759;STB=0.696654,0.995937;STBP=0.265,0.092;TYPE=ins,snp;VARB=0.089969,0.0356938;OID=.,.;OPOS=55599411,55599410;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:54:52:43:42:6,4:8,2:0.153846,0.0384615:2,1:4,3:16:27:3,0:5,2:16:26 chr4 55599436 . T C 525.42 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921658;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.6565;QD=60.0482;RBI=0.0929046;REFB=0;REVB=0.0116932;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200857;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:23:12:0:0 chr4 55946081 . A G 1321.1 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.949;QD=62.1694;RBI=0.0227035;REFB=0;REVB=0.022094;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85891e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:31:52:0:0:33:52:0:0 chr4 55972974 . T A 169.17 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00213722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.947;QD=16.5048;RBI=0.0263229;REFB=-0.0177642;REVB=0.026236;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180203;STB=0.585274;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0334517;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:9:8:15:8:9:9:15:8 chr4 56291620 . CAA C 184.67 PASS AF=0.422535;AO=27;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0194944;FXX=0.0657808;HRUN=2;LEN=2;MLLD=81.4937;QD=10.4038;RBI=0.0194959;REFB=-0.00518604;REVB=-0.000239246;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242926;STB=0.619643;STBP=0.103;TYPE=del;VARB=0.0160878;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422535:27:71:30:71:41:15:15:12:29:99:38:15:12:12:26 chr4 56300685 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00109588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.558;QD=19.3852;RBI=0.0113658;REFB=0.0118036;REVB=-0.0113128;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194188;STB=0.609532;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0222714;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:14:7:11:9:14:7 chr4 56301049 . G GA 311.98 PASS AF=0.555556;AO=41;DP=95;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0602552;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.041;QD=15.4066;RBI=0.0818632;REFB=-0.0230592;REVB=0.0554157;RO=53;SAF=25;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15879;STB=0.510085;STBP=0.847;TYPE=ins;VARB=0.021298;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:41:95:45:81:36:26:19:20:16:99:53:25:16:24:29 chr4 56306111 . G A 241.15 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0151934;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.845;QD=12.2102;RBI=0.0206754;REFB=-0.0118312;REVB=-0.0140226;RO=50;SAF=6;SAR=23;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215744;STB=0.625755;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.019249;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:23:6:18:32:23:6:18:32 chr4 56309992 . A G 199.44 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0251886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.696;QD=15.6426;RBI=0.0349609;REFB=-0.00190946;REVB=-0.0242446;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763129;STB=0.543439;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00303656;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:11:18:12:10:11:18 chr4 56318462 . G A 101.85 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0178974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6013;QD=17.7129;RBI=0.0357324;REFB=-0.0419689;REVB=-0.0309271;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0770069;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:6:6:4:6:6:6:4:7 chr4 56367796 . T G 119.99 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0134995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.661;QD=14.1164;RBI=0.0150137;REFB=-0.0145857;REVB=0.00657074;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209371;STB=0.636159;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.025432;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:4:9:10:10:4:10:10:10 chr4 56756531 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.541;QD=56.9558;RBI=0.0259573;REFB=0;REVB=0.0230042;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137144;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr4 56771089 . G A 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.939;QD=62.345;RBI=0.0361627;REFB=0;REVB=0.0244788;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120067;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr4 57154737 . T C 274.2 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0190587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.37;QD=24.9276;RBI=0.0308499;REFB=-0.0280585;REVB=0.0242586;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210863;STB=0.617494;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0387234;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:8:17:8:11:8:17:8:11 chr4 57180563 . G C 120.21 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0158443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.669;QD=14.1423;RBI=0.0173735;REFB=-0.014337;REVB=0.00712727;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42161;STB=0.708858;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0151179;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:8:6:1:18:8:6:2:18 chr4 57181629 . C T 418.05 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00653938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.369;QD=19.9074;RBI=0.0119493;REFB=-0.0114444;REVB=0.0100011;RO=42;SAF=19;SAR=23;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109751;STB=0.560736;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00712822;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:23:19:14:28:23:19:14:28 chr4 57181631 . CG C,CC 1244.2 PASS AF=0.0121951,0.987805;AO=11,69;DP=80;FAO=1,81;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262928,0.0259073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.06,217.573;QD=60.6926;RBI=0.0365632,0.0350638;REFB=0,0;REVB=0.0254077,0.023628;RO=0;SAF=5,29;SAR=6,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0273685,0.00221058;OID=.,.;OPOS=57181632,57181632;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0121951,0.987805:11,69:80:1,81:82:0:0,35:1,46:0:0:3:0:5,29:6,40:0:0 chr4 57181995 . C T 314.97 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00690248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7976;QD=19.9981;RBI=0.0245152;REFB=0.00608357;REVB=0.0235234;RO=30;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626445;STB=0.534862;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00502714;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:23:10:11:19:23:10:11:19 chr4 57182647 . G A 163.27 PASS AF=0.36;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0131865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.743;QD=13.0615;RBI=0.0334325;REFB=-0.0173334;REVB=-0.0307222;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182975;STB=0.539956;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0353841;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:29:32:18:18:0.36:9:9:14:15:9:9:14:18 chr4 57182758 . C T 425.28 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.060542;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.926;QD=18.6934;RBI=0.0605461;REFB=-0.0243656;REVB=0.000703204;RO=48;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16378;STB=0.595701;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0320735;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:42:43:0.472527:19:23:18:30:19:24:18:30 chr4 57194329 . G T 296.27 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0548022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6778;QD=15.593;RBI=0.0964426;REFB=0.0227546;REVB=-0.0793593;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339402;STB=0.51917;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0303825;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:21:12:17:26:21:12:17:26 chr4 57196155 . C T 221.83 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00947797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4483;QD=18.4858;RBI=0.0282274;REFB=-0.0119772;REVB=-0.0265886;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250049;STB=0.64694;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0221716;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:10:12:20:5:10:12:21:5 chr4 57197402 . T C 360.88 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=105;FAO=36;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0108606;FXX=0.283161;HRUN=13;LEN=1;MLLD=83.8797;QD=17.8214;RBI=0.0755381;REFB=-0.0336705;REVB=-0.0747532;RO=7;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140919;STB=0.527762;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0121811;OID=.;OPOS=57197402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:81:7:42:22:36:0.444444:10:12:6:1:19:17:22:20 chr4 57204777 . A C 124.68 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0414134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.281;QD=17.1972;RBI=0.0538281;REFB=-0.00705656;REVB=0.0343859;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212445;STB=0.512178;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0119525;OID=.;OPOS=57204777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:11:4:4:10:11:4 chr4 57211352 . T C 359.82 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00923663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.315;QD=22.8456;RBI=0.0247357;REFB=-0.000960963;REVB=-0.0229464;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014406;STB=0.507932;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00250991;OID=.;OPOS=57211352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:18:18:13:14:18:18:13:14 chr4 57219592 . G A 174.12 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0123908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.503;QD=11.805;RBI=0.0218186;REFB=-0.00420484;REVB=-0.0179589;RO=38;SAF=18;SAR=3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450332;STB=0.71299;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0122696;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:37:21:22:0.372881:3:18:20:18:4:18:20:17 chr4 57219613 . C T 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00625554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.378;QD=8.90097;RBI=0.0218443;REFB=-0.0070725;REVB=0.0209294;RO=40;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113514;STB=0.578224;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0231371;OID=.;OPOS=57219613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:18:18:0.305085:6:12:23:17:6:12:23:18 chr4 57248591 . A G 115.27 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00509004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.15;QD=19.2123;RBI=0.0169187;REFB=-0.0065102;REVB=0.0161349;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1014;STB=0.519055;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00504464;OID=.;OPOS=57248591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:23:24:10:11:13:13:0.541667:4:9:8:2:4:9:8:3 chr4 57259856 . C T 200.16 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0282547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.816;QD=20.016;RBI=0.0283346;REFB=-0.0233988;REVB=-0.00212657;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238133;STB=0.5251;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0324597;OID=.;OPOS=57259856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:9:10:10:10:9:11:10:10 chr4 57270197 . T C 325.29 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00121808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.692;QD=14.786;RBI=0.00179942;REFB=-0.0179965;REVB=-0.00132446;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465686;STB=0.506334;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0263122;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:52:35:36:0.409091:16:19:28:24:17:19:28:24 chr4 57333822 . G T 1239.16 PASS AF=0.60989;AO=73;DP=189;FAO=111;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.0180331;FXX=0.0370351;HRUN=7;LEN=1;MLLD=180.316;QD=27.2344;RBI=0.0501582;REFB=-0.0266276;REVB=0.0468044;RO=36;SAF=60;SAR=13;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120435;STB=0.548168;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00942626;OID=.;OPOS=57333822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:182:36:57:73:111:0.60989:13:60:30:6:44:67:42:15 chr4 57368807 . C T 146.36 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0146981;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.441;QD=15.823;RBI=0.0155881;REFB=-0.000227431;REVB=-0.00519197;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851303;STB=0.549091;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=7.73511e-05;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:10:11:7:9:10:11 chr4 57660802 . T G 61.3 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0723;QD=35.0289;RBI=0.109005;REFB=0;REVB=0.10645;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124226;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr4 57796900 . G A 66.38 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00340963;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.304;QD=9.83395;RBI=0.0127066;REFB=-0.000160388;REVB=0.0122406;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356588;STB=0.736288;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00100151;OID=.;OPOS=57796900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:27:27:17:18:9:9:0.333333:7:2:9:8:7:2:10:8 chr4 57798174 . C G 126.96 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00748673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.501;QD=19.5324;RBI=0.0126343;REFB=-0.00958729;REVB=-0.0101771;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211639;STB=0.512031;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0193251;OID=.;OPOS=57798174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:4:8:9:5:4:8 chr4 57830663 . T C 170.29 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0114169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.992;QD=17.4653;RBI=0.0259648;REFB=-0.0144086;REVB=0.0233201;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266672;STB=0.661965;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0194865;OID=.;OPOS=57830663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:13:4:10:11:14:4:10:11 chr4 57876955 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0222337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.677;QD=17.6719;RBI=0.0231962;REFB=-0.00823667;REVB=0.00661256;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452709;STB=0.533311;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00814322;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:14:15:15:17:14:16:15:17 chr4 57881715 . G A 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00426451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.214;QD=24.7806;RBI=0.00443355;REFB=-0.00731235;REVB=-0.00121256;RO=27;SAF=20;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136152;STB=0.507459;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00535075;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:20:20:13:14:20:20:13:14 chr4 57889677 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0167948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.16;QD=21.63;RBI=0.0178557;REFB=-0.0323531;REVB=-0.00606298;RO=24;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071774;STB=0.503976;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0223601;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:19:11:9:15:19:11:9:15 chr4 62598689 . C T 304.07 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00721922;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.532;QD=17.1304;RBI=0.0260211;REFB=-0.0159315;REVB=-0.0249996;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690828;STB=0.503874;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.018791;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:17:21:18:15:17:21 chr4 62800728 . T C 198.4 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0361906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2257;QD=13.2269;RBI=0.0424368;REFB=-0.00646898;REVB=0.0221613;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105;STB=0.560294;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00600018;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:15:9:17:19:15:9:17:19 chr4 62845388 . G C 1625.91 PASS AF=0.949153;AO=112;DP=120;FAO=112;FDP=118;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0105567;FXX=0.0166653;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.974;QD=55.1155;RBI=0.0114387;REFB=0.0124117;REVB=-0.00440436;RO=6;SAF=56;SAR=56;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55114e-06;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:120:118:6:6:112:112:0.949153:56:56:3:3:56:56:3:3 chr4 62845490 . A G 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00287322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.944;QD=18.4267;RBI=0.00625825;REFB=0.00156367;REVB=0.0055597;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945711;STB=0.536816;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00177216;OID=.;OPOS=62845490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:28:28:0.5:17:11:13:13:17:11:13:15 chr4 65473384 . C G 855.69 PASS AF=0.505882;AO=85;DP=169;FAO=86;FDP=170;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0107934;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.781;QD=20.1339;RBI=0.0115161;REFB=-0.00944935;REVB=0.00401543;RO=84;SAF=28;SAR=57;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632359;STB=0.530146;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00978935;OID=.;OPOS=65473384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:84:84:85:86:0.505882:57:28:33:51:57:29:33:51 chr4 68374597 . C T 1025.63 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589586;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4437;QD=59.4571;RBI=0.0159641;REFB=0;REVB=-0.0148354;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618822;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr4 68376708 . T C 630.62 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.123;QD=61.5242;RBI=0.0090822;REFB=0;REVB=0.00893962;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29392e-05;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr4 68380215 . G A 958.71 PASS AF=0.971014;AO=62;DP=67;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2462;QD=55.5773;RBI=0.0725179;REFB=-0.00697746;REVB=0.0715075;RO=4;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216099;STB=0.502918;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00142531;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:69:4:2:62:67:0.971014:35:27:1:3:40:27:1:1 chr4 68384008 . C T 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00302586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.797;QD=56.0071;RBI=0.0218067;REFB=-0.0893325;REVB=0.0215957;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00194132;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:33:27:0:0:33:27:0:1 chr4 68436883 . T C 372.83 PASS AF=0.42;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0172283;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7772;QD=14.913;RBI=0.0267897;REFB=-0.0155927;REVB=0.0205152;RO=57;SAF=16;SAR=25;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882687;STB=0.536045;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0311968;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:58:41:42:0.42:25:16:27:30:25:17:27:31 chr4 68780399 . A G 839.9 PASS AF=0.451282;AO=87;DP=194;FAO=88;FDP=195;FR=.;FRO=107;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=0.0187957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.215;QD=17.2286;RBI=0.0419208;REFB=-0.023095;REVB=0.037471;RO=106;SAF=40;SAR=47;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678289;STB=0.531531;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0279081;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:106:107:87:88:0.451282:47:40:56:50:47:41:56:51 chr4 68784774 . T C 318.28 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0111534;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.16;QD=15.3386;RBI=0.01761;REFB=0.00456672;REVB=-0.0136277;RO=48;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124966;STB=0.570691;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00676815;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:21:14:25:23:21:14:25:23 chr4 68812283 . C T 692.22 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349689;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.337;QD=62.9293;RBI=0.035008;REFB=0;REVB=0.00165413;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00943e-05;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr4 68930463 . T C 299.17 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.020421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6246;QD=15.7458;RBI=0.0474173;REFB=0.00824975;REVB=0.0427947;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22193;STB=0.613431;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00677602;OID=.;OPOS=68930463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:33:34:0.447368:13:20:16:26:14:20:16:26 chr4 68995529 . C T 430.11 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0222574;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3753;QD=17.378;RBI=0.0244973;REFB=0.011783;REVB=-0.0102337;RO=54;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470437;STB=0.520437;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0133749;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:55:44:44:0.444444:24:20:22:32:24:20:23:32 chr4 69078113 . T C 702.07 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539047;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.164;QD=57.3117;RBI=0.0424995;REFB=0;REVB=0.0421562;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177111;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr4 69094507 . T A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.817;QD=62.6699;RBI=0.00686964;REFB=0;REVB=-0.00427274;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32867e-06;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr4 69094575 . T G 601.77 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2468;QD=60.1767;RBI=0.0579543;REFB=0;REVB=0.0432393;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014832;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:27:12:0:0:28:12:0:0 chr4 69095197 . T C 650.66 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4162;QD=61.9678;RBI=0.0396965;REFB=0;REVB=0.0385447;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300493;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:29:11:0:0:30:12:0:0 chr4 69203551 . A T 770.19 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134563;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.324;QD=64.1827;RBI=0.0208766;REFB=0;REVB=-0.0159612;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23575e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr4 69340500 . A G 1084.97 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111063;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.574;QD=57.1039;RBI=0.0111126;REFB=-0.0724652;REVB=0.000374106;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437595;STB=0.50181;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000110426;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:76:2:2:72:74:0.973684:42:30:1:1:42:32:1:1 chr4 69535938 . CA C 101.02 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0531175;FXX=0.040808;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9278;QD=8.59719;RBI=0.227516;REFB=-0.0460374;REVB=0.221229;RO=24;SAF=16;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0.367021;SSEP=0;SSSB=0.476956;STB=0.827672;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0818186;OID=.;OPOS=69535939;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:18:49:19:47:28:17:2:13:15:99:24:16:2:13:11 chr4 69687987 . C A 795.43 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00414736;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.094;QD=55.8195;RBI=0.00469689;REFB=0.0481618;REVB=0.00220459;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000383786;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:1:0:26:30:1:0 chr4 69795626 . C T 593.93 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4498;QD=60.9158;RBI=0.0533019;REFB=0;REVB=-0.0500243;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011608;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr4 69817080 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0126177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.825;QD=25.4982;RBI=0.0248065;REFB=-0.00600397;REVB=-0.0213578;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598506;STB=0.533304;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00426825;OID=.;OPOS=69817080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:6:10:16:7:6:10 chr4 69870721 . A G 472.54 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0130111;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.29;QD=23.3355;RBI=0.0410403;REFB=-0.0190775;REVB=-0.0389232;RO=34;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374733;STB=0.532146;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0144193;OID=.;OPOS=69870721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:36:45:45:0.555556:22:23:19:15:22:23:21:15 chr4 69964337 . AT TC 547.56 PASS AF=0.95;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.013138;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.511;QD=54.7562;RBI=0.0201179;REFB=-0.00791337;REVB=0.0152356;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.524987;STBP=0.247;TYPE=mnp;VARB=0.000871067;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:40:1:2:37:38:0.95:19:18:0:1:19:19:0:2 chr4 69972949 . C G 2279.2 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418015;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.629;QD=63.7537;RBI=0.0129496;REFB=0;REVB=0.0122564;RO=0;SAF=80;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28487e-05;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:63:80:0:0:63:80:0:0 chr4 70296603 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2416;QD=42.1789;RBI=0.0941612;REFB=0;REVB=-0.0902955;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00388361;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr4 70296618 . G C 171.0 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0104955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.062;QD=20.7271;RBI=0.0295621;REFB=-0.0138958;REVB=-0.0276362;RO=15;SAF=16;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675996;STB=0.894182;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0135884;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:1:16:5:10:1:17:5:10 chr4 70296641 . A G 150.51 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0116615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.521;QD=16.271;RBI=0.022975;REFB=-0.0165164;REVB=0.0197954;RO=20;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666019;STB=0.895975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111929;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:1:15:8:12:1:16:8:12 chr4 70296644 . A G 158.54 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00650418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.908;QD=17.1394;RBI=0.0339765;REFB=-0.0165437;REVB=-0.0333482;RO=20;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666019;STB=0.895975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00510422;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:1:15:8:12:1:16:8:12 chr4 70296648 . T G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0218346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.34;QD=17.1561;RBI=0.0218373;REFB=-0.00697854;REVB=-0.00034355;RO=20;SAF=16;SAR=1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672393;STB=0.895975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00954248;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:1:16:8:12:1:16:8:12 chr4 70296653 . GCCT TGGG 147.8 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0168215;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=4;MLLD=243.659;QD=19.7072;RBI=0.0187604;REFB=-0.0078867;REVB=-0.00830585;RO=12;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749337;STB=0.9219;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-6.5974e-05;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:12:13:12:12:0.4:1:11:0:12:1:11:1:12 chr4 70296660 . A G 163.38 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00264766;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4001;QD=19.2214;RBI=0.0196751;REFB=-0.00856361;REVB=-0.0194962;RO=17;SAF=15;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589507;STB=0.839552;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00542501;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:2:15:5:12:2:15:5:12 chr4 70296734 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00363253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.591;QD=14.1684;RBI=0.00525566;REFB=0.00817055;REVB=0.00379824;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506153;STB=0.806938;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00106693;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:1:9:6:6:1:9:6:6 chr4 70355211 . T C 1264.49 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.759;QD=60.2136;RBI=0.0214061;REFB=-0.13396;REVB=-0.00526794;RO=1;SAF=33;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141351;STB=0.507461;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000571523;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:1:1:83:83:0.988095:50:33:1:0:50:33:1:0 chr4 70391429 . G A 220.93 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0603158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.482;QD=18.4105;RBI=0.0633716;REFB=-0.0015757;REVB=-0.019441;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17861;STB=0.610802;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00163716;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:9:13:10:15:9:13:10:16 chr4 70391454 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0225732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.783;QD=15.6181;RBI=0.0225886;REFB=0.000383991;REVB=-0.00083391;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212035;STB=0.621973;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000432225;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:10:15:7:11:10:15 chr4 70462042 . C T 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0197952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.52;QD=15.6938;RBI=0.0210918;REFB=-0.00418407;REVB=0.00728092;RO=41;SAF=9;SAR=23;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985887;STB=0.555855;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00567418;OID=.;OPOS=70462042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:23:9:15:26:23:9:15:26 chr4 70505162 . G A 550.43 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0189091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.889;QD=22.9346;RBI=0.0202786;REFB=-0.0215291;REVB=-0.00732588;RO=44;SAF=22;SAR=29;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774181;STB=0.537023;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0134238;OID=.;OPOS=70505162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:44:51:52:0.541667:29:22:23:21:29:23:23:21 chr4 70513139 . C T 666.16 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0424047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8858;QD=57.9269;RBI=0.109888;REFB=-0.078303;REVB=-0.101377;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291831;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:22:22:1:1:22:22:1:1 chr4 70898953 . C T 1068.97 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4253;QD=57.7821;RBI=0.0070308;REFB=0;REVB=-0.00433341;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240251;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:68:74:1:43:25:0:0:45:29:0:0 chr4 70944452 . G A 2362.42 PASS AF=1;AO=154;DP=158;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159581;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.241;QD=61.3615;RBI=0.022989;REFB=0;REVB=0.016548;RO=0;SAF=77;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38052e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:154:0:0:154:154:1:77:77:0:0:77:77:0:0 chr4 71024419 . AGGGGC AGGG,AGGGC,AGGGCC 153.19 PASS AF=0.772727,0,0;AO=7,3,2;DP=22;FAO=17,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=14,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.222958,0.280038,0.0814386;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=24.8459,13.4697,11.7984;QD=27.8522;RBI=0.275141,0.319134,0.0814806;REFB=-0.136479,-0.0730805,0.0556232;REVB=0.161221,0.153052,0.002615;RO=7;SAF=5,3,2;SAR=2,0,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0.625,0.625,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.252798,0.684179,0.621371;STB=0.685067,0.5,0.5;STBP=0.016,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0721186,0,0;OID=.,.,.;OPOS=71024423,71024420,71024423;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC,AGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727,0,0:7,3,2:22:17,0,0:22:5:14,0,0:3,0,0:1:4:22:7:5,3,2:2,0,0:3:4 chr4 71115053 . T A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0205863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.828;QD=21.7441;RBI=0.0369871;REFB=-0.0125253;REVB=0.0307286;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523778;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0100105;OID=.;OPOS=71115053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:6:9:6:4:6:9:6:5 chr4 71115152 . T C 111.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00853554;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.349;QD=14.8785;RBI=0.0290804;REFB=-0.00333245;REVB=0.0277995;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213164;STB=0.636165;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00543614;OID=.;OPOS=71115152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:17:13:13:0.433333:6:7:5:11:6:7:5:12 chr4 71201388 . C T 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.132;QD=61.6764;RBI=0.00957413;REFB=0;REVB=0.00577604;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00355e-05;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr4 71201648 . T G 308.01 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00868587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1636;QD=24.1574;RBI=0.0214065;REFB=-0.0313479;REVB=-0.0195651;RO=21;SAF=7;SAR=23;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140273;STB=0.577834;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0133833;OID=.;OPOS=71201648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:23:7:8:13:23:7:8:13 chr4 71232430 . T C 772.57 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0281937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.318;QD=61.8058;RBI=0.0283317;REFB=-0.0490045;REVB=-0.00279384;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00305897;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:0:1:27:22:0:1 chr4 71255767 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.26;QD=57.2376;RBI=0.0261731;REFB=0;REVB=0.0255619;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100538;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr4 71275387 . A G 518.61 PASS AF=0.524752;AO=50;DP=98;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0102146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.936;QD=20.539;RBI=0.0242065;REFB=-0.0328698;REVB=0.0219457;RO=47;SAF=33;SAR=17;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281257;STB=0.6661;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0180501;OID=.;OPOS=71275387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:47:48:50:53:0.524752:17:33:16:31:17:36:16:32 chr4 71346701 . C G 166.13 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0148823;FXX=0.0333222;HRUN=7;LEN=1;MLLD=171.837;QD=22.9138;RBI=0.0163993;REFB=-0.0545775;REVB=0.00688855;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245494;STB=0.637293;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0215253;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:3:9:7:10:3:9 chr4 71384488 . C T 218.02 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000762764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.271;QD=17.7975;RBI=0.00318839;REFB=-0.00862196;REVB=-0.00309581;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314148;STB=0.530585;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0113866;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:11:10:12:15:11:11:12:15 chr4 71388551 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00357063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.692;QD=21.2673;RBI=0.00863487;REFB=-0.0052536;REVB=-0.00786204;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522387;STB=0.545401;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0010573;OID=.;OPOS=71388551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:7:6:9:8:8:6 chr4 71468345 . CAGG C 110.6 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0136958;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.666;QD=8.34699;RBI=0.0139298;REFB=-0.00400797;REVB=0.00254258;RO=38;SAF=6;SAR=8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269211;STB=0.678608;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.0104926;OID=.;OPOS=71468346;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283019:14:53:15:53:38:6:9:25:13:99:38:6:8:25:13 chr4 71469604 . C T 198.9 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0251375;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.133;QD=11.2057;RBI=0.0276128;REFB=-0.0032732;REVB=-0.0114268;RO=46;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124586;STB=0.572021;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00758213;OID=.;OPOS=71469604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:46:46:25:25:0.352113:13:12:17:29:13:12:17:29 chr4 71657772 . G A 601.75 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000674791;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.007;QD=61.7178;RBI=0.0470255;REFB=0;REVB=0.0470206;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151471;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr4 71704965 . C T 594.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.788;QD=60.9845;RBI=0.114701;REFB=0;REVB=0.0890898;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108627;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:14:24:0:0:15:24:0:0 chr4 71849697 . C T 468.43 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000206512;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.82;QD=58.5542;RBI=0.00574223;REFB=0;REVB=0.00573851;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26298e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr4 71849888 . G T 884.78 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.542;QD=58.0181;RBI=0.0301322;REFB=0;REVB=0.0277336;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02416e-05;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:40:20:0:0:40:21:0:0 chr4 72425863 . C T 647.69 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0248356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.528;QD=55.1226;RBI=0.0279896;REFB=-0.0838306;REVB=-0.0129077;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268199;STB=0.516891;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00256031;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:47:1:3:43:44:0.93617:26:17:1:0:26:18:2:1 chr4 72433642 . TG T,TT 200.48 PASS AF=0.356164,0;AO=18,8;DP=75;FAO=26,0;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11,0;FSAR=15,0;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0216857,-0.0206658;FXX=0.0266631;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=233.735,236.442;QD=10.9854;RBI=0.0223197,0.0208041;REFB=-0.00320634,-0.0023839;REVB=0.0052819,-0.00239465;RO=47;SAF=9,2;SAR=9,6;SRF=23;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0127276,-0.299999;STB=0.55669,0.5;STBP=0.495,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00568071,0;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356164,0:18,8:75:26,0:73:47:11,0:15,0:24:23:99:47:9,2:9,6:23:24 chr4 72436804 . G A 1725.31 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.507;QD=58.985;RBI=0.0205829;REFB=-0.137323;REVB=0.0179289;RO=2;SAF=59;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158235;STB=0.504132;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000547037;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:117:2:1:115:116:0.991453:56:59:2:0:56:60:1:0 chr4 72618296 . T C 2121.61 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.581;QD=62.8626;RBI=0.0257369;REFB=0;REVB=0.025716;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73389e-05;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:75:60:0:0:75:60:0:0 chr4 72618323 . G T 619.13 PASS AF=0.436242;AO=63;DP=148;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.0181565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8945;QD=16.6209;RBI=0.0398648;REFB=-0.00332706;REVB=0.03549;RO=84;SAF=26;SAR=37;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209972;STB=0.513129;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00563527;OID=.;OPOS=72618323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:84:84:63:65:0.436242:37:26:33:51:38:27:33:51 chr4 73414286 . C T 741.88 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.769;QD=57.0677;RBI=0.0603909;REFB=0;REVB=0.0603731;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212384;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:48:52:1:26:22:0:0:30:22:0:0 chr4 73892496 . C T 163.44 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0364493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7365;QD=8.95576;RBI=0.0364604;REFB=0.00766183;REVB=0.000901277;RO=50;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192935;STB=0.623836;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0160321;OID=.;OPOS=73892496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:51:22:22:0.30137:16:6:21:29:16:6:22:29 chr4 73930552 . G A 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0259681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.519;QD=20.4361;RBI=0.0392914;REFB=-0.0276387;REVB=-0.0294868;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430478;STB=0.502391;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0215027;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:14:12:14:16:14:12 chr4 73956736 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0155016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.355;QD=21.0136;RBI=0.0168429;REFB=0.00692909;REVB=-0.00658665;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585073;STB=0.533274;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00300993;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:5:2:4:7:5:2 chr4 73991006 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.961;QD=62.3485;RBI=0.0767013;REFB=0;REVB=-0.000473;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406737;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr4 74285239 . C T 46.38 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0330611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7967;QD=9.76492;RBI=0.0428067;REFB=-0.0381847;REVB=0.0271914;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243254;STB=0.535609;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0893221;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:12:12:6:7:0.368421:1:5:8:4:2:5:8:4 chr4 74302071 . T A 137.97 PASS AF=0.311475;AO=17;DP=59;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00161149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.015;QD=9.04737;RBI=0.0120383;REFB=-0.0132342;REVB=-0.0119299;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107528;STB=0.528542;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0313304;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:42:42:17:19:0.311475:8:9:26:16:8:11:26:16 chr4 74302870 . T C 479.2 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0206483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0257;QD=19.9665;RBI=0.0255775;REFB=-0.00927813;REVB=-0.0150949;RO=47;SAF=35;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276833;STB=0.656395;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00747072;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:47:49:47:47:0.489583:12:35:22:25:12:35:23:26 chr4 74318330 . A G 660.31 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0485554;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5313;QD=57.4182;RBI=0.048658;REFB=-0.147188;REVB=0.00315872;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034762;STB=0.51851;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00308248;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:46:2:2:43:44:0.956522:26:17:0:2:26:18:0:2 chr4 74347503 . TAAAAC TAAAC,TAAACT 324.9 PASS AF=0.854167,0.0208333;AO=33,2;DP=48;FAO=41,1;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=24,1;FSAR=17,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.149138,0.146874;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.9868,9.98443;QD=27.0752;RBI=0.21658,0.183845;REFB=-0.0536811,-0.0419783;REVB=-0.157051,-0.110576;RO=10;SAF=20,2;SAR=13,0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.328125,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0906337,0.612877;STB=0.554013,0.994285;STBP=0.065,0.137;TYPE=del,mnp;VARB=0.030485,0.0324002;OID=.,.;OPOS=74347504,74347507;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=TAAAC,TAAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.854167,0.0208333:33,2:48:41,1:48:6:24,1:17,0:1:5:23:10:20,2:13,0:4:6 chr4 74364905 . T A 547.43 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0615809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9567;QD=19.0409;RBI=0.0719477;REFB=-0.0284425;REVB=-0.0372057;RO=58;SAF=43;SAR=14;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264277;STB=0.647127;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0286459;OID=.;OPOS=74364905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:14:43:29:29:14:43:29:29 chr4 74447510 . A C 1314.46 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=96;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00285221;FXX=0.0208312;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.037;QD=55.9344;RBI=0.0073447;REFB=-0.0822102;REVB=0.00676827;RO=6;SAF=50;SAR=38;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837394;STB=0.504428;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00114026;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:96:94:6:6:88:88:0.93617:38:50:3:3:38:50:3:3 chr4 74714098 . G A 649.24 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0521035;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.527;QD=27.6273;RBI=0.0547864;REFB=-0.032676;REVB=0.0169345;RO=37;SAF=30;SAR=27;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892232;STB=0.548516;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0140964;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:37:37:57:57:0.606383:27:30:24:13:27:30:24:13 chr4 74847598 . C T 537.12 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.015127;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9928;QD=20.0794;RBI=0.0461504;REFB=-0.0176586;REVB=0.0436008;RO=49;SAF=29;SAR=27;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108441;STB=0.503841;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0151824;OID=.;OPOS=74847598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:51:56:56:0.523364:27:29:26:23:27:29:26:25 chr4 74863997 . T C 795.4 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00802037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9029;QD=52.1572;RBI=0.0755417;REFB=-0.0633542;REVB=0.0751147;RO=3;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154418;STB=0.508194;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0067994;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:3:3:58:58:0.95082:29:29:1:2:29:29:1:2 chr4 74963049 . C T 283.67 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0208836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.173;QD=19.9063;RBI=0.030086;REFB=-0.0564829;REVB=-0.0216574;RO=27;SAF=21;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136846;STB=0.576418;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0527637;OID=.;OPOS=74963049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:9:21:15:12:9:21:15:12 chr4 75023609 . T C 866.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9093;QD=57.7432;RBI=0.158406;REFB=0;REVB=-0.0654159;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00216943;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr4 75023709 . C T 315.44 PASS AF=0.357798;AO=38;DP=107;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00356407;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.323;QD=11.5756;RBI=0.0110924;REFB=-0.025985;REVB=-0.0105042;RO=67;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845831;STB=0.549331;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0329306;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:67:70:38:39:0.357798:21:17:25:42:21:18:27:43 chr4 75046465 . C G 789.45 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185993;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1444;QD=64.445;RBI=0.0279747;REFB=0;REVB=0.0279128;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343993;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:22:27:0:0 chr4 75248434 . A G 412.78 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0161792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.964;QD=18.7629;RBI=0.0228348;REFB=0.00458757;REVB=-0.0161141;RO=46;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704052;STB=0.539251;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00502326;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:17:25:24:22:17:25:24:22 chr4 75254282 . G A 406.69 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0038037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.103;QD=15.9487;RBI=0.00475128;REFB=-0.00207978;REVB=0.0028472;RO=57;SAF=16;SAR=29;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512184;STB=0.528739;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00241306;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:29:16:23:34:29:16:23:34 chr4 75485872 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0260125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.659;QD=17.8275;RBI=0.0311987;REFB=0.000649393;REVB=-0.0172252;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10822;STB=0.562393;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.000544542;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:6:5:4:8:6:5 chr4 76407217 . A ACT,T 1427.16 PASS AF=0.806452,0.193548;AO=74,18;DP=102;FAO=75,18;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44,11;FSAR=31,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131235,0.0120411;FXX=0.0412329;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=212.733,82.169;QD=61.3834;RBI=0.0196341,0.0431222;REFB=0,0;REVB=-0.0146038,0.0414069;RO=10;SAF=43,11;SAR=31,7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0275061,-0.060989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00482894,-0.0259289;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:102:93:10:0:74,18:75,18:0.806452,0.193548:31,7:43,11:7:3:31,7:44,11:0:0 chr4 76407219 . T C 345.15 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0152745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.628;QD=14.2329;RBI=0.015446;REFB=-0.00663015;REVB=-0.00229532;RO=55;SAF=25;SAR=13;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143294;STB=0.584666;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00946115;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:59:38:38:0.391753:13:25:29:26:13:25:31:28 chr4 76455189 . G GA 163.87 PASS AF=1;AO=13;DP=21;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190443;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3511;QD=40.9685;RBI=0.232421;REFB=0;REVB=0.133234;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0258243;OID=.;OPOS=76455190;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:21:16:16:0:5:11:0:0:3:8:4:9:3:5 chr4 76522398 . ATTTTG ATTT,ATTTG 53.09 PASS AF=0.347826,0.0434783;AO=3,4;DP=24;FAO=8,1;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7,0;FSAR=1,1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.055552,-0.169982;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=28.6112,16.707;QD=9.23254;RBI=0.055588,0.171582;REFB=-0.0700972,-0.0408295;REVB=0.00199824,0.0233789;RO=13;SAF=2,3;SAR=1,1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.378161,0.464525;STB=0.874062,0.985671;STBP=0.017,0.531;TYPE=del,del;VARB=0.123497,0.063523;OID=.,.;OPOS=76522402,76522399;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTT,ATTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826,0.0434783:3,4:24:8,1:23:14:7,0:1,1:4:10:46:13:2,3:1,1:4:9 chr4 76720885 . T C 874.46 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.13;QD=56.4166;RBI=0.00802938;REFB=-0.128402;REVB=0.00733444;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124123;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:62:0:0:60:62:1:38:22:0:0:40:22:0:0 chr4 76722353 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8358;QD=44.6897;RBI=0.099439;REFB=0;REVB=-0.0578821;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116616;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr4 76787673 . T C 755.95 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00309455;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2982;QD=54.9785;RBI=0.0646265;REFB=0.0743672;REVB=0.0645524;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144898;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00146022;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:1:1:51:54:0.981818:19:32:1:0:21:33:1:0 chr4 76793228 . A G 797.8 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.163;QD=55.9863;RBI=0.12658;REFB=0;REVB=-0.126125;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122778;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr4 76794345 . T G 1067.08 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216445;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.709;QD=60.1171;RBI=0.0228079;REFB=0;REVB=0.00719117;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9962e-06;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr4 76805902 . C T 808.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.497;QD=56.7087;RBI=0.00416264;REFB=0;REVB=0.00255641;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529148;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:33:22:0:0:34:23:0:0 chr4 76807218 . C G 1293.86 PASS AF=0.913462;AO=95;DP=104;FAO=95;FDP=104;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00551217;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.091;QD=49.7639;RBI=0.0313597;REFB=-0.0238677;REVB=-0.0308715;RO=8;SAF=16;SAR=79;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520684;STB=0.540347;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00601861;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:8:9:95:95:0.913462:79:16:3:5:79:16:4:5 chr4 76807249 . C G 1219.09 PASS AF=0.86;AO=86;DP=100;FAO=86;FDP=100;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=75;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0134895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8288;QD=48.7635;RBI=0.0310256;REFB=-0.00898325;REVB=-0.0279396;RO=13;SAF=11;SAR=75;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160321;STB=0.582703;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0030756;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:13:14:86:86:0.86:75:11:6:7:75:11:6:8 chr4 76807252 . C A 1101.1 PASS AF=0.835052;AO=80;DP=96;FAO=81;FDP=97;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=71;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0601139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5773;QD=45.4062;RBI=0.0601157;REFB=-0.0513179;REVB=0.000461714;RO=16;SAF=9;SAR=71;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208627;STB=0.601367;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0113053;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:96:97:16:16:80:81:0.835052:71:9:7:9:71:10:7:9 chr4 76807270 . C T 1090.86 PASS AF=0.841584;AO=80;DP=98;FAO=85;FDP=101;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=72;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0299998;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.744;QD=43.2023;RBI=0.0376745;REFB=-0.040072;REVB=0.0227898;RO=16;SAF=9;SAR=71;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208627;STB=0.577597;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00977995;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:98:101:16:16:80:85:0.841584:71:9:7:9:72:13:7:9 chr4 76807288 . A G 1034.74 PASS AF=0.798077;AO=83;DP=103;FAO=83;FDP=104;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=70;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0361624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.119;QD=39.7976;RBI=0.0414671;REFB=-0.0374505;REVB=0.020293;RO=20;SAF=13;SAR=70;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148546;STB=0.576677;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00764183;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:20:21:83:83:0.798077:70:13:8:12:70:13:8:13 chr4 76807302 . A G 1026.55 PASS AF=0.803922;AO=82;DP=102;FAO=82;FDP=102;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=71;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0467795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9674;QD=40.2571;RBI=0.0607217;REFB=0.0188865;REVB=-0.0387143;RO=20;SAF=11;SAR=71;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179389;STB=0.596349;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0147407;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:20:20:82:82:0.803922:71:11:8:12:71:11:8:12 chr4 76807304 . A G 974.63 PASS AF=0.782178;AO=79;DP=101;FAO=79;FDP=101;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=71;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00762981;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.503;QD=38.599;RBI=0.00995914;REFB=0.00093363;REVB=0.00640082;RO=22;SAF=8;SAR=71;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292125;STB=0.658036;STBP=0;TYPE=snp;VARB=3.9637e-05;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:22:22:79:79:0.782178:71:8:10:12:71:8:10:12 chr4 76807313 . C A 967.74 PASS AF=0.77451;AO=79;DP=103;FAO=79;FDP=102;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=69;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0286244;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.155;QD=37.9505;RBI=0.0290574;REFB=-0.0495465;REVB=0.00499775;RO=23;SAF=10;SAR=69;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235769;STB=0.627235;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00458869;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:23:23:79:79:0.77451:69:10:10:13:69:10:10:13 chr4 76807325 . T A 554.22 PASS AF=0.671233;AO=49;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0236231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.374;QD=30.368;RBI=0.0279758;REFB=-0.0108349;REVB=0.0149864;RO=24;SAF=8;SAR=41;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231031;STB=0.626427;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00584899;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:49:49:0.671233:41:8:10:14:41:8:10:14 chr4 76807334 . T C 327.86 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0286528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3995;QD=23.0079;RBI=0.0347479;REFB=0.0045768;REVB=0.0196579;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.554183;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0115859;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:24:21:33:0.578947:11:10:10:11:23:10:10:14 chr4 76809386 . A G 1641.33 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0388;QD=60.2321;RBI=0.019845;REFB=0;REVB=-0.001815;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22741e-05;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr4 76836137 . A G 236.74 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0359378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2187;QD=19.7287;RBI=0.0508599;REFB=-0.0233694;REVB=-0.035989;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148715;STB=0.583712;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0378992;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:9:16:11:12:9:16 chr4 76857309 . C T 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0267881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5765;QD=18.3421;RBI=0.0967208;REFB=-0.0344678;REVB=0.0929371;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18715;STB=0.606768;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0411265;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:10:8:11:6:10:8 chr4 76857388 . C T 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0291965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8161;QD=22.3403;RBI=0.0455653;REFB=-0.00181492;REVB=-0.0349823;RO=13;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157042;STB=0.613897;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00153563;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:14:4:5:8:14:4:6:8 chr4 76878688 . G A 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00275426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.901;QD=20.5453;RBI=0.00904458;REFB=-0.0207515;REVB=0.00861502;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806656;STB=0.545413;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0115642;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:12:10:12:10:12:10 chr4 76942943 . C G 1330.83 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359769;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7508;QD=61.8991;RBI=0.0508597;REFB=0;REVB=-0.0359496;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368783;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:43:42:0:0:44:42:0:0 chr4 76943137 . G C 1246.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2211;QD=61.5765;RBI=0.118547;REFB=0;REVB=0.0512831;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134141;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:51:28:0:0:52:29:0:0 chr4 76955914 . T C 755.01 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.291;QD=62.9174;RBI=0.0272693;REFB=0;REVB=0.0173233;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133437;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:32:13:0:0:32:16:0:0 chr4 76956188 . T C 854.13 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.173;QD=56.0083;RBI=0.0203928;REFB=-0.0666088;REVB=0.0162857;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.509801;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000171873;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:25:35:0:0:25:35:0:1 chr4 77021433 . C T 275.81 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00304808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.112;QD=20.43;RBI=0.00871305;REFB=0.00132993;REVB=-0.0081625;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155877;STB=0.525879;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00112436;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:24:25:28:29:0.537037:11:17:15:9:12:17:16:9 chr4 77033590 . C T 313.99 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.021455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.047;QD=17.2051;RBI=0.0221481;REFB=-0.00564634;REVB=-0.00549753;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030932;STB=0.510996;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00620392;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:34:34:0.465753:19:15:18:20:19:15:18:21 chr4 77055474 . A G 548.99 PASS AF=0.548387;AO=49;DP=91;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0310896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.242;QD=23.6124;RBI=0.0358022;REFB=-0.00169967;REVB=0.0177547;RO=42;SAF=11;SAR=38;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703112;STB=0.5306;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00269196;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:42:42:49:51:0.548387:38:11:12:30:39:12:12:30 chr4 77057501 . A G 600.29 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0160332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.644;QD=26.0995;RBI=0.0274978;REFB=0.000477733;REVB=0.0223398;RO=38;SAF=27;SAR=27;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378422;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:27:27:19:19:27:27:19:19 chr4 77065318 . C CTGT,T 419.06 PASS AF=0.396226,0.0660377;AO=38,7;DP=111;FAO=42,7;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=19,3;FSAR=23,4;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0047174,-0.028254;FXX=0.00934492;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=142.455,189.167;QD=15.8136;RBI=0.0114675,0.0300428;REFB=-0.0233378,-0.0139182;REVB=-0.0104523,-0.0102119;RO=65;SAF=17,3;SAR=21,4;SRF=34;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0835601,-0.107574;STB=0.512343,0.540424;STBP=0.847,0.799;TYPE=ins,snp;VARB=0.0270373,0.0298435;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:106:65:57:38,7:42,7:0.396226,0.0660377:21,4:17,3:34:31:23,4:19,3:27:30 chr4 77065580 . T C 356.74 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0046519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.91;QD=19.8186;RBI=0.00717772;REFB=-0.0121092;REVB=0.00546621;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224492;STB=0.621238;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.014461;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:35:36:37:0.513889:15:21:11:23:16:21:11:24 chr4 77081814 . G C 306.44 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00316771;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.496;QD=26.0796;RBI=0.00339562;REFB=-0.0105367;REVB=0.00122303;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180082;STB=0.599294;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00907681;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:14:13:5:15:14:13:5:15 chr4 77105948 . AAAAA AAAAT,TAAAA 82.41 PASS AF=0.727273,0.181818;AO=2,2;DP=14;FAO=8,2;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2,2;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.116161,-0.00184135;FXX=0.266489;HRUN=14,14;LEN=1,1;MLLD=13.3074,160.826;QD=29.9665;RBI=0.194502,0.010715;REFB=-0.136356,-0.00485774;REVB=0.156006,0.0105556;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.599732,0.5;STBP=0.267,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0283479,0.0698527;OID=.,.;OPOS=77105952,77105948;OREF=A,A;OALT=T,T;OMAPALT=AAAAT,TAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:14:11:0:1:2,2:8,2:0.727273,0.181818:2,0:0,2:0:0:6,0:2,2:1:0 chr4 77192868 . G A 226.92 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0460303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4371;QD=15.6497;RBI=0.0505802;REFB=0.00139116;REVB=0.020966;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679401;STB=0.538432;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-1.80623e-06;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:15:17:12:14:15:17 chr4 77201487 . C T 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0289849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.318;QD=25.3156;RBI=0.0701218;REFB=-0.0168892;REVB=-0.0638509;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127709;STB=0.571354;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0111685;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:14:6:6:7:14:6:6:7 chr4 77631425 . T A 110.15 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0164977;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.244;QD=13.769;RBI=0.0168794;REFB=-0.0117835;REVB=-0.00356954;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126383;STB=0.574349;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0168246;OID=.;OPOS=77631425;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:11:8:4:9:11:8 chr4 77637502 . A C 263.95 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.016765;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.687;QD=15.0827;RBI=0.0169845;REFB=-0.022484;REVB=0.00272185;RO=41;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120147;STB=0.573645;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0237652;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:40:30:30:0.428571:22:8:15:26:22:8:15:25 chr4 77660162 . G C 237.38 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.035335;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9324;QD=17.9151;RBI=0.0519285;REFB=-0.0445836;REVB=-0.0380526;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740284;STB=0.548553;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0414276;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:27:26:26:0.490566:10:16:18:8:10:16:19:8 chr4 77675505 . C T 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0196891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.972;QD=14.259;RBI=0.0201177;REFB=-0.0141414;REVB=0.00413088;RO=41;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473963;STB=0.767399;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00917782;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:8:21:10:31:8:21:10:31 chr4 78638730 . T C 1048.2 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301587;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.655;QD=57.4354;RBI=0.0910303;REFB=-0.113557;REVB=0.0858893;RO=2;SAF=48;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182656;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:73:2:0:71:73:1:23:48:1:1:24:49:0:0 chr4 78669454 . A G 687.64 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.833;QD=62.5129;RBI=0.0125195;REFB=0;REVB=-0.00486519;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46145e-06;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr4 78740132 . G C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.324;QD=37.4792;RBI=0.0802464;REFB=0;REVB=0.0364429;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276657;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr4 78987157 . A G 556.09 PASS AF=0.522936;AO=52;DP=104;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00397275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.996;QD=20.4069;RBI=0.0126931;REFB=-0.0282731;REVB=0.0120554;RO=52;SAF=18;SAR=34;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179793;STB=0.602527;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0188055;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:52:52:52:57:0.522936:34:18:28:24:38:19:28:24 chr4 79186171 . G A 853.97 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.75;QD=55.9982;RBI=0.0533984;REFB=-0.0281033;REVB=0.0521496;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000991892;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:0:1:32:28:0:1 chr4 79387464 . A G 825.58 PASS AF=0.983333;AO=55;DP=56;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0338302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2831;QD=55.0384;RBI=0.047024;REFB=-0.0706323;REVB=-0.0326615;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000110677;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:60:1:1:55:59:0.983333:33:22:1:0:34:25:1:0 chr4 79387586 . A G 723.52 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0881;QD=62.9147;RBI=0.0656501;REFB=0;REVB=-0.0162298;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112514;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr4 79432455 . A C 1628.96 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112505;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.599;QD=60.3317;RBI=0.0113009;REFB=0;REVB=0.00106687;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211727;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr4 79443850 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.878;QD=62.9827;RBI=0.0164359;REFB=0;REVB=0.0163864;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05763e-05;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr4 79455714 . C G 823.52 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00495663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7917;QD=53.13;RBI=0.014111;REFB=0.0288581;REVB=0.0132118;RO=3;SAF=25;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845068;STB=0.502762;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000301619;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:3:2:59:60:0.967742:34:25:1:2:35:25:1:1 chr4 79455733 . C T 880.39 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8422;QD=57.7304;RBI=0.0179202;REFB=0;REVB=0.0158035;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026684;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:37:24:0:0 chr4 79531202 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00102194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.252;QD=12.6376;RBI=0.0105194;REFB=-0.0163226;REVB=0.0104697;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249445;STB=0.644919;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0331925;OID=.;OPOS=79531202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:21:14:13:0.382353:11:3:8:11:10:3:9:12 chr4 79832706 . C G 208.72 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.008175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.741;QD=17.3936;RBI=0.0110837;REFB=-0.0443049;REVB=-0.00748449;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352015;STB=0.515643;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0371125;OID=.;OPOS=79832706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:24:27:21:21:0.4375:8:13:14:10:8:13:16:11 chr4 79845007 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.891;QD=59.4355;RBI=0.020543;REFB=0;REVB=0.0204228;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31726e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr4 80329343 . T C 348.72 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0274601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.7;QD=22.8665;RBI=0.0274745;REFB=-0.0100006;REVB=0.000887772;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368632;STB=0.526745;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00463384;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:26:35:35:0.57377:18:17:10:13:18:17:11:15 chr4 80827062 . T C 1490.78 PASS AF=0.885246;AO=108;DP=122;FAO=108;FDP=122;FR=.;FRO=14;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0056467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.832;QD=48.8779;RBI=0.0104332;REFB=-0.0300437;REVB=-0.00877303;RO=14;SAF=54;SAR=54;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464515;STB=0.524586;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000917735;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:122:122:14:14:108:108:0.885246:54:54:4:10:54:54:4:10 chr4 80828555 . G A 186.79 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00709455;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.21;QD=12.4529;RBI=0.0147589;REFB=-0.0179701;REVB=-0.0129419;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339156;STB=0.526131;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0253455;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:37:23:23:0.383333:9:14:23:13:9:14:24:13 chr4 80977078 . T A,G 1085.26 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=5,69;DP=74;FAO=6,68;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=5,30;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102746,0.021403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.046,66.931;QD=58.6627;RBI=0.0219914,0.0324938;REFB=0,0;REVB=-0.0194436,0.0244492;RO=0;SAF=5,30;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.193854,-0.0042701;OID=.,.;OPOS=80977078,80977078;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:74:74:0:0:5,69:6,68:0.0810811,0.918919:0,39:5,30:0:0:1,38:5,30:0:0 chr4 81124596 . G C 860.24 PASS AF=0.572464;AO=79;DP=138;FAO=79;FDP=138;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0361231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0539;QD=24.9344;RBI=0.0652375;REFB=-0.0106301;REVB=0.0543236;RO=59;SAF=45;SAR=34;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351652;STB=0.519162;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0100849;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:59:79:79:0.572464:34:45:31:28:34:45:31:28 chr4 81207963 . A G 296.35 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0124419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.001;QD=28.9125;RBI=0.018024;REFB=-0.00535121;REVB=-0.0130409;RO=15;SAF=22;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348177;STB=0.694563;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00242258;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:4:22:7:8:4:22:7:8 chr4 81529518 . T C 741.83 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.793;QD=60.5578;RBI=0.0674356;REFB=-0.0318113;REVB=0.0641279;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0011915;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:1:1:46:48:0.979592:19:27:1:0:19:29:1:0 chr4 81884722 . G A 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00160095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.829;QD=18.5395;RBI=0.0260427;REFB=-0.0127653;REVB=-0.0259934;RO=49;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937906;STB=0.557685;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0139805;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:19:25:23:26:19:25:23:27 chr4 81967187 . ACTC ATC,ATCA,ATTC 660.37 PASS AF=0.0909091,0,0.909091;AO=7,2,34;DP=44;FAO=4,0,40;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,24;FSAR=0,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530429,0.0303284,0.0492464;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=167.41,166.724,181.373;QD=60.0334;RBI=0.053727,0.0303453,0.0508695;REFB=0,0,0;REVB=-0.00854689,0.00101381,-0.0127475;RO=0;SAF=7,2,18;SAR=0,0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0260607,0,0.0145348;OID=.,.,.;OPOS=81967188,81967188,81967188;OREF=C,CTC,C;OALT=-,TCA,T;OMAPALT=ATC,ATCA,ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0909091,0,0.909091:7,2,34:44:4,0,40:44:0:4,0,24:0,0,16:0:0:13:0:7,2,18:0,0,16:0:0 chr4 81974809 . T C 400.24 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.391;QD=53.3651;RBI=0.0466913;REFB=0.0412826;REVB=0.0283358;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000119443;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:1:0:18:11:1:0 chr4 81975088 . G A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.249;QD=56.1858;RBI=0.0405114;REFB=0;REVB=0.0205617;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69587e-05;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr4 81977690 . C T 230.26 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0142212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.396;QD=12.1188;RBI=0.0147751;REFB=-0.0144695;REVB=-0.00400759;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256663;STB=0.509427;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0198982;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:48:48:27:28:0.368421:14:13:23:25:15:13:23:25 chr4 81977730 . A T 1249.59 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00752077;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.718;QD=58.1207;RBI=0.0170909;REFB=-0.215074;REVB=0.0153472;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.504782;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00146897;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:86:0:3:82:83:0.965116:44:38:0:0:44:39:1:2 chr4 82025509 . G T 494.02 PASS AF=0.473684;AO=52;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0105046;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.783;QD=17.3341;RBI=0.0105145;REFB=-0.00754577;REVB=-0.000455214;RO=56;SAF=23;SAR=29;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542281;STB=0.521774;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00881325;OID=.;OPOS=82025509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:60:52:54:0.473684:29:23:28:28:31:23:28:32 chr4 83274634 . C T 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0263419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5902;QD=16.4425;RBI=0.0344873;REFB=0.00480045;REVB=-0.0222593;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165484;STB=0.50442;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00756054;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:27:20:20:0.425532:8:12:14:10:8:12:16:11 chr4 83551007 . G A 762.95 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.475;QD=63.5791;RBI=0.00966242;REFB=0;REVB=-0.00957438;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0119e-05;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:45:48:1:24:21:0:0:24:24:0:0 chr4 83551119 . T C 230.48 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.889;QD=46.0961;RBI=0.0569472;REFB=-0.0638718;REVB=0.0413714;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00202293;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:20:1:1:18:19:0.95:9:9:1:0:10:9:1:0 chr4 83582064 . G T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.109;QD=60.9776;RBI=0.067453;REFB=0;REVB=0.0548485;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409014;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr4 83582211 . C G 330.17 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.442;QD=52.827;RBI=0.0522422;REFB=0;REVB=-0.050837;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116114;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr4 83778839 . T C 730.44 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184438;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.6;QD=63.5161;RBI=0.0762492;REFB=0;REVB=0.0739849;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11618e-05;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr4 83788344 . A T 947.59 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332601;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.147;QD=57.4298;RBI=0.0509571;REFB=-0.0371095;REVB=0.0386055;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038522;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:66:0:0:63:66:1:38:25:0:0:39:27:0:0 chr4 83792555 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7599;QD=47.8219;RBI=0.102685;REFB=0;REVB=0.0204563;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00351527;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr4 83838217 . G A 1400.27 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122279;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7282;QD=62.9335;RBI=0.0177337;REFB=0;REVB=-0.0176915;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08804e-06;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr4 83839799 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.715;QD=56.7061;RBI=0.0159157;REFB=0;REVB=0.00425895;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16436e-05;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr4 83848965 . G A 1374.86 PASS AF=1;AO=47;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755096;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.551;QD=61.7916;RBI=0.0760368;REFB=0;REVB=0.00893816;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69856e-06;OID=.;OPOS=83848965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:47:89:1:15:32:0:0:51:38:0:0 chr4 83848976 . CAGAA C,CAGAG 1053.01 PASS AF=1,0;AO=69,3;DP=75;FAO=70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941287,0.00563937;FXX=0.0410903;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=213.863,49.3374;QD=60.1721;RBI=0.0246839,0.00900046;REFB=0,0;REVB=0.0228187,0.00701468;RO=0;SAF=29,0;SAR=40,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=6.13905e-05,0;OID=.,.;OPOS=83848977,83848980;OREF=AGAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:69,3:75:70,0:70:0:30,0:40,0:0:0:6:0:29,0:40,3:0:0 chr4 83900043 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.656;QD=57.1769;RBI=0.0272211;REFB=0;REVB=-0.0236815;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39686e-05;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr4 84188850 . G A 156.19 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0629427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7483;QD=15.6185;RBI=0.0670214;REFB=-0.00651041;REVB=0.0230235;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674181;STB=0.538876;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00384433;OID=.;OPOS=84188850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:11:12:10:7:11:12 chr4 84191031 . A G 186.56 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0294112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7093;QD=27.6386;RBI=0.0294118;REFB=-0.016152;REVB=-0.000179072;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00775528;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:8:10:5:4:8:10:5:4 chr4 84230619 . T C 144.96 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8323;QD=44.6039;RBI=0.167583;REFB=0;REVB=0.0939987;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010601;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:8:5:0:0 chr4 84364751 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.992;QD=56.9561;RBI=0.0205904;REFB=0;REVB=-0.000176312;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32066e-05;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr4 84370091 . A G 418.07 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.281;QD=53.9443;RBI=0.0320706;REFB=-0.143872;REVB=0.0273072;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00138989;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:0:1 chr4 84374357 . T A 32.87 PASS AF=0.185185;AO=5;DP=21;FAO=5;FDP=27;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.0171792;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=46.5229;QD=4.8695;RBI=0.10903;REFB=-0.0053133;REVB=0.107668;RO=16;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.669128;STB=0.932433;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0802941;OID=.;OPOS=84374357;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:21:27:16:22:5:5:0.185185:4:1:14:2:4:1:20:2 chr4 84374480 . C T 1492.03 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2734;QD=63.4908;RBI=0.0249873;REFB=0;REVB=0.0200003;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61798e-05;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:54:39:0:0:55:39:0:0 chr4 84376743 . A T 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4689;QD=58.5968;RBI=0.0847629;REFB=0;REVB=0.023619;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421411;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr4 84380955 . G T 650.56 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.195;QD=61.9583;RBI=0.0292622;REFB=0;REVB=0.027083;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88132e-05;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:28:14:0:0 chr4 84382552 . A T 976.15 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0373364;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.326;QD=54.9944;RBI=0.0409081;REFB=-0.103903;REVB=-0.0167172;RO=2;SAF=32;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286232;STB=0.508303;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000498683;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:71:2:3:68:68:0.957746:36:32:2:0:36:32:2:1 chr4 84383810 . C T 1105.33 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.799;QD=59.7477;RBI=0.0144011;REFB=0;REVB=0.00896456;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131555;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:69:74:1:30:39:0:0:33:41:0:0 chr4 84557407 . G C 135.87 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0121228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.315;QD=9.70518;RBI=0.0300107;REFB=-0.0044725;REVB=0.0274533;RO=37;SAF=12;SAR=5;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439292;STB=0.509793;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00973563;OID=.;OPOS=84557407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:37:38:17:18:0.321429:5:12:26:11:5:13:27:11 chr4 85762385 . T C 547.19 PASS AF=0.453846;AO=57;DP=129;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00420459;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.844;QD=16.8365;RBI=0.00891429;REFB=-0.0144356;REVB=0.00786041;RO=71;SAF=29;SAR=28;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262991;STB=0.523839;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.016954;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:71:71:57:59:0.453846:28:29:38:33:30:29:38:33 chr4 86021741 . C T 688.23 PASS AF=0.980392;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.837;QD=53.9791;RBI=0.0371996;REFB=0.00933554;REVB=0.0125632;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-2.37018e-05;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:51:1:1:46:50:0.980392:23:23:1:0:25:25:1:0 chr4 86021765 . C T 764.2 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0738411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1484;QD=50.1115;RBI=0.0757291;REFB=-0.117569;REVB=0.0168046;RO=4;SAF=26;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671936;STB=0.534471;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0080856;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:60:61:4:4:56:57:0.934426:30:26:4:0:30:27:4:0 chr4 86021967 . C T 674.75 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00529004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.857;QD=57.4259;RBI=0.0185197;REFB=-0.000360265;REVB=0.0177481;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408068;STB=0.520824;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000272489;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:22:22:0:2:23:22:0:2 chr4 87024409 . T C 145.46 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0445522;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.29;QD=14.1908;RBI=0.0482183;REFB=-0.025361;REVB=-0.0184418;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110099;STB=0.563682;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0230943;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:7:18:10:6:7:18 chr4 87684031 . A G 178.92 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00900721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2114;QD=12.5556;RBI=0.0268286;REFB=-0.00497016;REVB=-0.0252714;RO=34;SAF=20;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587773;STB=0.843505;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00647085;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:2:20:16:18:2:20:17:18 chr4 87809387 . G T 126.72 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.013356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.166;QD=19.4946;RBI=0.0251191;REFB=-0.0311835;REVB=0.021274;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799787;STB=0.545391;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0434285;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:8:4:6:8:8:4 chr4 88056925 . A G,T 218.05 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=14,3;DP=17;FAO=15,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637544,0.0050771;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.33,124.082;QD=48.4555;RBI=0.0106836,0.0329736;REFB=0,0;REVB=0.00857276,-0.0325804;RO=0;SAF=7,2;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00264515,0.0656846;OID=.,.;OPOS=88056925,88056925;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:17:18:0:0:14,3:15,3:0.833333,0.166667:7,1:7,2:0:0:8,1:7,2:0:0 chr4 88084360 . T G,TAG 449.94 PASS AF=0.305556,0.347222;AO=29,15;DP=80;FAO=22,25;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=1,16;FSAR=21,9;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.00150156,0.0370532;FXX=0.0526247;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=78.0431,80.2435;QD=24.9969;RBI=0.171279,0.0643116;REFB=-0.0402842,-0.0982537;REVB=0.171272,0.0525647;RO=36;SAF=2,12;SAR=27,3;SRF=30;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.758466,-0.0642412;STB=0.952243,0.640353;STBP=0,0.104;TYPE=snp,ins;VARB=0.0632719,0.116495;OID=.,.;OPOS=88084360,88084361;OREF=T,-;OALT=G,AG;OMAPALT=G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:72:36:25:29,15:22,25:0.305556,0.347222:27,3:2,12:30:6:21,9:1,16:22:3 chr4 88116518 . A G 333.12 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8456;QD=51.2491;RBI=0.0337114;REFB=-0.161845;REVB=-0.0140393;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0072381;OID=.;OPOS=88116518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:26:26:1:1:25:25:0.961538:9:16:1:0:9:16:1:0 chr4 88258483 . T C 578.87 PASS AF=1;AO=26;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130314;FXX=0.0487686;HRUN=6;LEN=1;MLLD=97.3167;QD=59.3711;RBI=0.0138509;REFB=0;REVB=-0.0046935;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000575032;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:39:0:0:26:39:1:14:12:0:0:19:20:0:0 chr4 88308235 . G A 157.72 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0235487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.134;QD=16.6022;RBI=0.0248984;REFB=-0.0182734;REVB=0.00808645;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05124;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0213164;OID=.;OPOS=88308235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:10:11:8:9:10:11 chr4 88333461 . C A 167.37 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=197.044;QD=31.88;RBI=0.0209114;REFB=-0.0982928;REVB=0.0209114;RO=5;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225664;OID=.;OPOS=88333461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:21:21:5:5:16:16:0.761905:16:0:0:5:16:0:0:5 chr4 88534065 . G A 236.77 PASS AF=0.6875;AO=21;DP=31;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0189507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8704;QD=29.5958;RBI=0.0201492;REFB=-0.0187789;REVB=-0.00684558;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163744;STB=0.581324;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0278268;OID=.;OPOS=88534065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:10:10:21:22:0.6875:11:10:2:8:12:10:2:8 chr4 88534235 . A G 55.05 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0165622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.678;QD=9.57442;RBI=0.0169963;REFB=-0.00813162;REVB=0.00381708;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0279589;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:7:8:5:3:7:8 chr4 88536362 . G A 86.23 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0842206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4212;QD=12.3193;RBI=0.08424;REFB=-0.0927726;REVB=0.00181068;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115667;STB=0.52936;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0886773;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:11:11:0.392857:8:3:3:13:8:3:4:13 chr4 88583135 . A T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0128897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.691;QD=12.7822;RBI=0.0172213;REFB=-0.0301511;REVB=0.0114205;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0424205;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:8:6:5:5:8:6 chr4 88584148 . C T 329.73 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0300878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1298;QD=20.9351;RBI=0.040709;REFB=-0.0168764;REVB=0.0274217;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140027;STB=0.568733;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0187862;OID=.;OPOS=88584148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:16:18:10:18:16:18:11:18 chr4 88584160 . G A 297.15 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.023773;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.433;QD=20.4928;RBI=0.0245059;REFB=-0.02378;REVB=0.00594848;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117814;STB=0.565368;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0240852;OID=.;OPOS=88584160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:11:16:14:17:11:16 chr4 88767008 . G A 682.61 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00598225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.081;QD=52.5084;RBI=0.0272308;REFB=-0.0172627;REVB=0.0265655;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00122325;OID=.;OPOS=88767008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:50:50:0.961538:22:28:0:0:22:28:0:2 chr4 88813503 . T C 2590.54 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000302301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.768;QD=61.6795;RBI=0.0168604;REFB=0;REVB=0.0168577;RO=0;SAF=77;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166239;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:168:0:0:165:168:1:88:77:0:0:90:78:0:0 chr4 88898941 . C T 318.35 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00327978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3396;QD=23.1524;RBI=0.0114679;REFB=0.00794404;REVB=-0.0109889;RO=23;SAF=21;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206349;STB=0.613962;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00558047;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:11:21:9:14:11:21:9:14 chr4 88902692 . T C 753.41 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206983;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.129;QD=64.1199;RBI=0.0655201;REFB=0;REVB=0.0654874;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857432;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr4 88903853 . C A,T 908.14 PASS AF=0.0597015,0.910448;AO=4,61;DP=66;FAO=4,61;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=4,21;FSAR=0,40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00462265,0.0118052;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.4197,138.949;QD=54.2172;RBI=0.0121727,0.033276;REFB=0.029115,0.0111473;REVB=0.0112608,0.0311116;RO=1;SAF=4,21;SAR=0,40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.0116565;STB=0.995773,0.505455;STBP=0.168,0.788;TYPE=snp,snp;VARB=0.0522734,-0.00330779;OID=.,.;OPOS=88903853,88903853;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:66:67:1:2:4,61:4,61:0.0597015,0.910448:0,40:4,21:0:1:0,40:4,21:1:1 chr4 89061114 . C T 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00661821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.566;QD=13.5806;RBI=0.00858328;REFB=-0.0024035;REVB=0.00546553;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118371;STB=0.572515;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00585404;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:11:6:12:14:11:6:13:15 chr4 89182518 . T C 234.05 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226225;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5242;QD=46.8091;RBI=0.0658576;REFB=0.0621327;REVB=0.0618502;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000864817;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:1:1:19:19:0.95:14:5:1:0:14:5:1:0 chr4 89397091 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.788;QD=59.3213;RBI=0.0337905;REFB=0;REVB=0.00100432;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171957;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:45:23:0:0 chr4 89415396 . T C 1131.31 PASS AF=0.888889;AO=80;DP=90;FAO=80;FDP=90;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00611834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9694;QD=50.2805;RBI=0.00718877;REFB=-0.000354664;REVB=0.00377416;RO=7;SAF=41;SAR=39;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895765;STB=0.501389;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.000274213;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:90:90:7:10:80:80:0.888889:39:41:4:3:39:41:5:5 chr4 90168415 . A T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.014335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.613;QD=22.3968;RBI=0.0279615;REFB=-0.00675112;REVB=0.0240074;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155059;STB=0.508664;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00573628;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:8:17:16:7:8:17:16:7 chr4 90169925 . A G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00221723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.469;QD=13.2114;RBI=0.119654;REFB=0.00940075;REVB=0.119633;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153269;STB=0.590033;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0411789;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:11:11:9:5:11:11 chr4 90874879 . T C 469.45 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080393;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.818;QD=58.6807;RBI=0.0815316;REFB=0;REVB=0.013578;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364654;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr4 91585003 . T C 565.66 PASS AF=0.479675;AO=57;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.032036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.439;QD=18.3955;RBI=0.0324669;REFB=-0.0297617;REVB=0.00527226;RO=62;SAF=21;SAR=36;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972343;STB=0.561718;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0327276;OID=.;OPOS=91585003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:64:57:59:0.479675:36:21:29:33:38:21:30:34 chr4 92111351 . G A 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0481199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.679;QD=20.7682;RBI=0.0543632;REFB=-0.00190239;REVB=-0.0252949;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795018;STB=0.544346;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000667899;OID=.;OPOS=92111351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:11:16:12:12:11:16:12:12 chr4 92240278 . A T 2053.4 PASS AF=1;AO=88;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5587;QD=57.8421;RBI=0.174063;REFB=0;REVB=0.146551;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026036;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:88:142:1:35:53:0:0:63:79:0:0 chr4 92240802 . C A,T 881.88 PASS AF=0.046875,0.9375;AO=4,58;DP=65;FAO=3,60;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=2,30;FSAR=1,30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0024865,0.0149721;FXX=0.0302984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.496,80.1126;QD=55.1174;RBI=0.019952,0.0363117;REFB=-0.104002,-0.0518242;REVB=0.0197964,-0.0330814;RO=1;SAF=3,28;SAR=1,30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272709,0.0154654;STB=0.665547,0.508194;STBP=0.558,0.511;TYPE=snp,snp;VARB=0.0217462,-0.00018202;OID=.,.;OPOS=92240802,92240802;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:64:1:1:4,58:3,60:0.046875,0.9375:1,30:3,28:0:1:1,30:2,30:0:1 chr4 92246344 . G A 1642.34 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0279868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.917;QD=58.136;RBI=0.0421224;REFB=-0.0359439;REVB=0.0314808;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.508195;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000388471;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:0:2:111:111:0.982301:60:51:0:0:60:51:0:2 chr4 94316763 . T G 1548.79 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3348;QD=63.8675;RBI=0.017479;REFB=0;REVB=0.00599317;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150143;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr4 95134165 . C G 673.33 PASS AF=1;AO=22;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849909;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1882;QD=61.2117;RBI=0.0971298;REFB=0;REVB=0.0470186;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227165;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:22:44:1:13:9:0:0:23:21:0:0 chr4 95169682 . G T 1168.83 PASS AF=0.920455;AO=81;DP=88;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0481497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2981;QD=53.1285;RBI=0.0485804;REFB=-0.0395922;REVB=0.0064545;RO=6;SAF=22;SAR=59;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04576;STB=0.527993;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0353247;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:88:88:6:7:81:81:0.920455:59:22:0:6:59:22:0:7 chr4 95170839 . G A 1498.43 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00782994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.627;QD=61.7909;RBI=0.0197594;REFB=-0.107945;REVB=0.0181418;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106543;STB=0.505375;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000215528;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:94:96:0.989691:50:44:1:0:50:46:1:0 chr4 95173779 . T C 727.61 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117135;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.951;QD=57.0675;RBI=0.013392;REFB=0;REVB=0.0064915;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717779;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr4 95186055 . A G 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.206;QD=56.0077;RBI=0.0260389;REFB=0.00496402;REVB=-0.0239319;RO=1;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116542;STB=0.506171;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000149412;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:40:20:0:1:40:20:0:1 chr4 95197520 . C T 1103.0 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0035616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.261;QD=58.8268;RBI=0.00533036;REFB=-0.112602;REVB=0.00396583;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000363647;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:41:33:0:0:41:33:0:1 chr4 95211610 . T C 785.06 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.559;QD=64.0866;RBI=0.0182179;REFB=0;REVB=0.0046364;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04904e-05;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr4 95496882 . C T 216.48 PASS AF=0.42;AO=15;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0208061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.558;QD=17.3182;RBI=0.056345;REFB=-0.029546;REVB=0.0523629;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153937;STB=0.520938;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0499607;OID=.;OPOS=95496882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:15:21:0.42:8:7:17:11:9:12:17:11 chr4 95503902 . T C 234.37 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.051337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0551;QD=13.0207;RBI=0.0570419;REFB=-0.0190035;REVB=-0.0248654;RO=44;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206406;STB=0.617566;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.03413;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:13:15:15:29:13:15:15:29 chr4 95531417 . A G 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.107;QD=54.6349;RBI=0.0396716;REFB=-0.0601553;REVB=0.0180949;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000623481;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:0:1:27:24:0:1 chr4 95539267 . G A 954.75 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.43;QD=58.7536;RBI=0.0259503;REFB=0;REVB=0.0114629;RO=0;SAF=15;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44273e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:50:15:0:0:50:15:0:0 chr4 95578588 . G A 1694.99 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174197;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.011;QD=59.9997;RBI=0.0240132;REFB=0;REVB=0.0165283;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053428;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:111:113:1:50:61:0:0:50:63:0:0 chr4 95588075 . G A 1320.86 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8599;QD=62.1583;RBI=0.010652;REFB=0;REVB=0.00388895;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46107e-05;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr4 95588158 . C G 266.96 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00788991;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.564;QD=21.357;RBI=0.043513;REFB=-0.0100397;REVB=0.0427917;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332555;STB=0.518505;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00881394;OID=.;OPOS=95588158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:23:27:27:0.54:14:13:12:11:14:13:12:11 chr4 96075965 . C T 519.16 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=89;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.000527768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.547;QD=23.074;RBI=0.0264743;REFB=-0.0096883;REVB=0.026469;RO=40;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743108;STB=0.538553;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00884529;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:40:41:48:49:0.544444:21:27:26:14:22:27:26:15 chr4 96089950 . C G 288.5 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00439463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4787;QD=18.9183;RBI=0.0370205;REFB=-0.0369541;REVB=-0.0367588;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109016;STB=0.523895;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0339835;OID=.;OPOS=96089950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:30:31:31:0.508197:14:17:15:13:14:17:15:15 chr4 96106322 . A G 752.69 PASS AF=0.608696;AO=68;DP=113;FAO=70;FDP=115;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00681579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.389;QD=26.1807;RBI=0.0117943;REFB=-0.0129667;REVB=0.00962556;RO=45;SAF=26;SAR=42;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355065;STB=0.503281;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0101379;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:45:45:68:70:0.608696:42:26:17:28:43:27:17:28 chr4 96123981 . C T 335.59 PASS AF=0.492958;AO=37;DP=73;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0132276;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.447;QD=18.9064;RBI=0.0225604;REFB=-0.00676537;REVB=-0.0182757;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373872;STB=0.53535;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00912152;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:36:36:37:35:0.492958:19:18:16:20:17:18:16:20 chr4 96127869 . T G 140.41 PASS AF=0.307692;AO=19;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00144291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.883;QD=8.64083;RBI=0.0123978;REFB=-0.0160913;REVB=-0.0123136;RO=42;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252976;STB=0.664513;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0253807;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:45:19:20:0.307692:8:11:15:27:8:12:16:29 chr4 96169733 . G T 221.28 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0147077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.176;QD=15.0018;RBI=0.0185311;REFB=0.00271974;REVB=0.0112732;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214652;STB=0.627027;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0024079;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:13:13:9:23:13:13:9:24 chr4 96256616 . A G 929.7 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345255;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5338;QD=57.2125;RBI=0.038533;REFB=-0.108427;REVB=0.0171108;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00273703;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:65:1:1:64:64:0.984615:33:31:1:0:33:31:1:0 chr4 96256673 . G A 1232.88 PASS AF=0.97619;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0132139;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.743;QD=58.7087;RBI=0.0310259;REFB=-0.0754615;REVB=-0.0280713;RO=2;SAF=32;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286691;STB=0.515148;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000534073;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:84:2:2:80:82:0.97619:48:32:2:0:50:32:2:0 chr4 97270063 . C A 161.14 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00878207;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.463;QD=17.9041;RBI=0.0124775;REFB=-0.010571;REVB=-0.00886356;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270647;STB=0.631417;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.020811;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:19:17:17:0.472222:12:5:10:7:12:5:10:9 chr4 98893437 . A G 400.14 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3379;QD=53.352;RBI=0.0317586;REFB=0.00128059;REVB=0.00543872;RO=1;SAF=22;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02071;STB=0.511104;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000297082;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:7:22:1:0:7:22:1:0 chr4 98893476 . C T 596.9 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.442;QD=56.8475;RBI=0.0813119;REFB=0;REVB=0.0772843;RO=3;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105415;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:3:0:39:42:1:14:25:0:3:17:25:0:0 chr4 99802070 . A C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00335821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.507;QD=19.646;RBI=0.00622058;REFB=0.00406418;REVB=0.00523622;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212942;STB=0.512173;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00257417;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:6:2:3:8:6:2 chr4 99850126 . A G 156.11 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.025846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4053;QD=16.0115;RBI=0.0455269;REFB=-0.00324425;REVB=-0.0374791;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966539;STB=0.590795;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00342882;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:22:17:17:0.435897:4:13:13:6:4:13:14:8 chr4 99952710 . A G 538.36 PASS AF=0.52381;AO=53;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00207557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.875;QD=20.5089;RBI=0.00832546;REFB=-0.0111686;REVB=-0.00806259;RO=47;SAF=22;SAR=31;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277231;STB=0.539048;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.011324;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:47:50:53:55:0.52381:31:22:21:26:33:22:24:26 chr4 99983963 . A G 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00862069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.992;QD=21.5949;RBI=0.0151017;REFB=-0.00399513;REVB=0.0123994;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146232;STB=0.580675;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00358691;OID=.;OPOS=99983963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:17:21:12:20:17:21:12:20 chr4 100045574 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.762;QD=53.9109;RBI=0.0230424;REFB=0;REVB=0.00185751;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178804;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr4 100045616 . C T 261.01 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360607;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.413;QD=52.2028;RBI=0.0399199;REFB=0;REVB=-0.017124;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535125;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr4 100045647 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.976;QD=45.8049;RBI=0.0124904;REFB=0;REVB=-0.00929497;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123309;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr4 100048363 . C CA,CAA,CCAA 62.47 PASS AF=0.257143,0.0857143,0;AO=6,5,4;DP=38;FAO=9,3,0;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3,0,0;FSAR=6,3,0;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00164646,0.000620395,-0.0218013;FXX=0.0789266;HRUN=3,3,2;LEN=1,2,3;MLLD=13.904,20.9477,33.1603;QD=7.13953;RBI=0.00193814,0.000868548,0.0228613;REFB=-0.0747312,-0.0383878,-0.0321305;REVB=0.00102252,0.000607854,0.00688056;RO=22;SAF=4,0,0;SAR=2,5,4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0201969,-0.737546,-0.707507;STB=0.719538,0.997189,0.5;STBP=0.155,0.017,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.0576102,0.0232588,0;OID=.,.,.;OPOS=100048364,100048364,100048364;OREF=-,-,-;OALT=A,AA,CAA;OMAPALT=CA,CAA,CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143,0.0857143,0:6,5,4:38:9,3,0:35:23:3,0,0:6,3,0:15:8:30:22:4,0,0:2,5,4:15:7 chr4 100048414 . T C 716.08 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247856;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.188;QD=57.2867;RBI=0.0350267;REFB=0;REVB=0.0247496;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636067;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:47:50:1:28:19:0:0:31:19:0:0 chr4 100052733 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.641;QD=57.6807;RBI=0.0290148;REFB=0;REVB=0.0288725;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3844e-05;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr4 100062819 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=51;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.835;QD=54.8231;RBI=0.0312537;REFB=0.00917429;REVB=0.0238955;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.507039;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000530417;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:51:50:0.980392:36:15:0:0:35:15:0:1 chr4 100064247 . G T 270.17 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0175238;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1053;QD=16.1293;RBI=0.0187177;REFB=0.00189114;REVB=0.00657785;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194566;STB=0.510971;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00176945;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:14:16:19:18:14:16:19:18 chr4 100064305 . C G 974.36 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171355;FXX=0.043472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.119;QD=59.0522;RBI=0.0116096;REFB=0;REVB=0.0114824;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294507;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:33:33:0:0 chr4 100140306 . A T 724.18 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8475;QD=56.7981;RBI=0.061428;REFB=0;REVB=0.061047;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391555;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr4 100203447 . A C 390.69 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.00112518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.044;QD=13.357;RBI=0.00399566;REFB=-0.00504682;REVB=-0.00383397;RO=71;SAF=24;SAR=22;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752767;STB=0.542583;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00922403;OID=.;OPOS=100203447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:71:46:46:0.393162:22:24:42:29:22:24:42:29 chr4 100235053 . A G 2407.32 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7041;QD=64.1952;RBI=0.0261851;REFB=0;REVB=-0.026158;RO=0;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129823;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:148:150:1:71:77:0:0:73:77:0:0 chr4 100239319 . T C 487.18 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0207532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3723;QD=18.0437;RBI=0.0207722;REFB=-0.0117902;REVB=0.00088867;RO=55;SAF=22;SAR=30;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570537;STB=0.535385;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0129504;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:56:52:52:0.481481:30:22:20:35:30:22:20:36 chr4 100257907 . T C 423.77 PASS AF=0.525;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0132379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.275;QD=21.1887;RBI=0.0293469;REFB=0.00372093;REVB=-0.0261915;RO=37;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937125;STB=0.546094;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00330248;OID=.;OPOS=100257907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:38:42:42:0.525:25:17:19:18:25:17:19:19 chr4 100260789 . T C 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0164054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.685;QD=12.3065;RBI=0.016473;REFB=0.00923442;REVB=0.00149166;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139604;STB=0.580154;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.014796;OID=.;OPOS=100260789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:12:13:16:25:12:13:16:25 chr4 100263965 . C T 483.97 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0342472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.439;QD=16.2679;RBI=0.0354251;REFB=-0.0100059;REVB=-0.00905903;RO=65;SAF=27;SAR=26;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123091;STB=0.57226;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0112457;OID=.;OPOS=100263965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:66:53:53:0.445378:26:27:25:40:26:27:25:41 chr4 100266112 . C T 737.97 PASS AF=0.503497;AO=71;DP=142;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.0227064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.289;QD=20.6424;RBI=0.031808;REFB=-0.010917;REVB=-0.0222748;RO=71;SAF=45;SAR=26;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266497;STB=0.641209;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00754224;OID=.;OPOS=100266112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:71:71:71:72:0.503497:26:45:24:47:27:45:24:47 chr4 100266133 . T C 655.11 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0118767;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.18;QD=19.1271;RBI=0.0303698;REFB=-0.0251554;REVB=0.0279512;RO=70;SAF=22;SAR=43;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261262;STB=0.64352;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0388815;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:70:71:65:66:0.481752:43:22:43:27:44:22:43:28 chr4 100266330 . A G 483.55 PASS AF=0.441667;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0223335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.719;QD=16.1182;RBI=0.0224746;REFB=-0.0151775;REVB=-0.0025145;RO=65;SAF=22;SAR=30;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554144;STB=0.524313;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0185722;OID=.;OPOS=100266330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:65:67:52:53:0.441667:30:22:24:41:31:22:25:42 chr4 100268190 . A C 2074.25 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.095627;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9608;QD=61.0072;RBI=0.0961731;REFB=0.02267;REVB=-0.0102341;RO=2;SAF=67;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139762;STB=0.507352;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000846115;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:67:67:0:2:67:67:0:2 chr4 100356179 . C T 179.01 PASS AF=0.385965;AO=23;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00796163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.016;QD=12.562;RBI=0.0103215;REFB=-0.00589609;REVB=0.00656855;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177471;STB=0.577486;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0127177;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:35:23:22:0.385965:15:8:17:16:14:8:17:18 chr4 100510859 . T C 327.1 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0459914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.246;QD=17.9233;RBI=0.0486783;REFB=-0.00585356;REVB=0.0159491;RO=38;SAF=7;SAR=27;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27994;STB=0.637308;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00461954;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:34:35:0.479452:27:7:17:21:27:8:17:21 chr4 100516022 . C G 280.65 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00108488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.043;QD=14.3921;RBI=0.0192616;REFB=0.0102569;REVB=-0.019231;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664852;STB=0.53123;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0200864;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:17:15:24:21:17:15:24:22 chr4 100570681 . T A 249.78 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00487122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1122;QD=14.2734;RBI=0.0410745;REFB=0.0135738;REVB=0.0407846;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029697;STB=0.523793;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0110437;OID=.;OPOS=100570681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:37:41:29:29:0.414286:18:11:13:24:18:11:14:27 chr4 100574195 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0386422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6219;QD=18.7766;RBI=0.0697711;REFB=0.0024716;REVB=-0.0580929;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729235;STB=0.539846;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00606187;OID=.;OPOS=100574195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:26:25:26:0.5:15:10:12:13:16:10:12:14 chr4 100574821 . C G 68.6 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00479942;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.4436;QD=13.0666;RBI=0.0132614;REFB=-0.0651775;REVB=0.0123624;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424699;STB=0.761191;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00734091;OID=.;OPOS=100574821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:5:7:8:1:5:7 chr4 100575398 . C T 508.7 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00253084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.767;QD=20.9773;RBI=0.0304874;REFB=-0.0287372;REVB=0.0303822;RO=48;SAF=21;SAR=28;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119947;STB=0.566345;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0194332;OID=.;OPOS=100575398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:28:21:27:21:28:21:27:21 chr4 100575483 . G T 297.85 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0237324;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8929;QD=15.6765;RBI=0.0343548;REFB=-0.0114994;REVB=-0.0248401;RO=43;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787911;STB=0.558919;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0139444;OID=.;OPOS=100575483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:43:33:33:0.434211:23:10:16:27:23:10:17:26 chr4 100575711 . C T 528.56 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00417379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.807;QD=22.2552;RBI=0.0269149;REFB=-0.0302912;REVB=-0.0265893;RO=45;SAF=30;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394079;STB=0.52173;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0200148;OID=.;OPOS=100575711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:20:30:25:20:20:30:25:20 chr4 101401161 . TAAC T 289.24 PASS AF=0.423423;AO=45;DP=110;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00476418;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=3;MLLD=226.385;QD=10.4229;RBI=0.00936956;REFB=-0.00356226;REVB=-0.00806792;RO=56;SAF=15;SAR=30;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173066;STB=0.627646;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.00417752;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423423:45:110:47:111:64:15:32:34:30:99:56:15:30:28:28 chr4 102269830 . T C 311.54 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0024782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.476;QD=19.1715;RBI=0.00306642;REFB=-0.0261543;REVB=-0.00180595;RO=31;SAF=23;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354101;STB=0.703306;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0177562;OID=.;OPOS=102269830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:10:23:9:22:10:23:9:23 chr4 102816467 . C G 518.17 PASS AF=0.44186;AO=56;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.000563595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.684;QD=16.0671;RBI=0.0472119;REFB=0.00195958;REVB=0.0472085;RO=70;SAF=36;SAR=20;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606095;STB=0.528487;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00219737;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:72:56:57:0.44186:20:36:41:29:21:36:42:30 chr4 102965043 . T C 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.778;QD=58.5968;RBI=0.0162744;REFB=0;REVB=0.0100308;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77334e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr4 103514658 . T C 865.99 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.75;QD=57.7329;RBI=0.0072627;REFB=0;REVB=0.006651;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04594e-06;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:20:39:0:0:20:40:0:0 chr4 103555992 . A G 395.37 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0722165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9234;QD=17.5719;RBI=0.109474;REFB=0.0115603;REVB=-0.0822758;RO=49;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0098144;STB=0.505492;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0163374;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:23:18:22:27:23:18:22:27 chr4 103557077 . G A 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0332515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.109;QD=13.5517;RBI=0.03327;REFB=0.0102865;REVB=0.00111009;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724974;STB=0.541512;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0189558;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:14:10:17:18:14:10:17:18 chr4 103611845 . C T 284.23 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0214471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1811;QD=21.8639;RBI=0.0360723;REFB=-0.0123777;REVB=0.0290041;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134403;STB=0.517229;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0127843;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:15:14:11:11:15:14:12:11 chr4 103808862 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00799217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.348;QD=12.1824;RBI=0.0369109;REFB=-0.00892208;REVB=-0.0360353;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452352;STB=0.760769;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00595411;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:2:13:4:6:2:13 chr4 103866480 . G A 170.68 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0257134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0508;QD=25.2862;RBI=0.0296889;REFB=-0.0120974;REVB=-0.0148409;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.585261;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00352906;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:27:9:10:17:17:0.62963:12:5:5:4:12:5:5:5 chr4 103911069 . C A,T 333.66 PASS AF=0.92,0.08;AO=23,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185793,0.0249427;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=145.85,25.3148;QD=53.3857;RBI=0.0214985,0.108921;REFB=0,0;REVB=0.0108164,-0.106026;RO=0;SAF=8,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00094046,0.0598844;OID=.,.;OPOS=103911069,103911069;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:23,2:23,2:0.92,0.08:15,0:8,2:0:0:15,0:8,2:0:0 chr4 103964529 . A C 267.95 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00982975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.278;QD=16.2394;RBI=0.0121015;REFB=-0.00169972;REVB=-0.00705853;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133124;STB=0.575106;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00207452;OID=.;OPOS=103964529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:11:19:18:18:11:19:18:18 chr4 106155185 . C G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0164022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9439;QD=17.9526;RBI=0.043215;REFB=-0.027573;REVB=0.0399813;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190227;STB=0.526729;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0321486;OID=.;OPOS=106155185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:28:27:27:0.490909:15:12:11:15:15:12:11:17 chr4 106155751 . G A 260.01 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0129938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.855;QD=24.7629;RBI=0.0137444;REFB=-0.0143608;REVB=0.00447983;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642457;STB=0.530096;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0127633;OID=.;OPOS=106155751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:18:23:24:0.571429:13:10:6:11:13:11:7:11 chr4 106158216 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0154087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.878;QD=15.5715;RBI=0.016063;REFB=0.0047054;REVB=0.00453754;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.566808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00338401;OID=.;OPOS=106158216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:5:7:5:6:5:7 chr4 106159644 . T A 226.64 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.064;QD=47.7141;RBI=0.0529011;REFB=0;REVB=-0.0135734;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133027;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:8:11:0:0 chr4 106160243 . TG GT 42.79 PASS AF=0.354839;AO=6;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0339635;FXX=0;HRUN=12;LEN=2;MLLD=18.647;QD=5.52192;RBI=0.0517838;REFB=-0.11031;REVB=0.0390902;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525807;STB=0.877606;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0183026;OID=.;OPOS=106160243;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:31:31:19:20:6:11:0.354839:5:1:12:7:10:1:12:8 chr4 106161484 . TTA T,TTT 89.92 PASS AF=0.326087,0;AO=10,3;DP=49;FAO=15,0;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.269166,-0.00268871;FXX=0.041658;HRUN=5,7;LEN=2,1;MLLD=18.7391,14.9907;QD=7.8192;RBI=0.271242,0.00784374;REFB=-0.0419714,0.048839;REVB=0.0334895,-0.00736852;RO=27;SAF=4,1;SAR=6,2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263994,-0.304344;STB=0.51019,0.5;STBP=0.933,1;TYPE=del,snp;VARB=0.148076,0;OID=.,.;OPOS=106161485,106161486;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087,0:10,3:49:15,0:46:31:8,0:7,0:17:14:90:27:4,1:6,2:17:10 chr4 106163422 . CTTTTTTTTG CTTTTTTTGT,CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTG,GCTTTTTTTG 36.07 PASS AF=0.125,0.03125,0.25,0;AO=2,2,9,2;DP=34;FAO=4,1,8,0;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=0,0,4,0;FSAR=4,1,4,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00124626,-0.00852241,-0.0705224,-0.00134778;FXX=0.0302939;HRUN=8,1,8,2;LEN=2,1,1,2;MLLD=21.7133,234.533,6.80822,118.804;QD=4.50852;RBI=0.00950877,0.00940947,0.0772114,0.00818111;REFB=-0.0168663,-0.00150844,-0.0512734,-0.00042097;REVB=0.00942674,0.00398833,-0.0314354,-0.00806933;RO=14;SAF=0,0,4,2;SAR=2,2,5,0;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.437459,-0.437459,0.333138,0.731324;STB=0.996099,0.985371,0.666296,0.5;STBP=0.156,0.513,0.301,1;TYPE=mnp,snp,ins,mnp;VARB=0.0922404,0.0676408,-0.0689181,0;OID=.,.,.,.;OPOS=106163430,106163431,106163423,106163422;OREF=TG,G,-,CT;OALT=GT,T,T,GC;OMAPALT=CTTTTTTTGT,CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTG,GCTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:22:34:32:14:19:2,2,9,2:4,1,8,0:0.125,0.03125,0.25,0:2,2,5,0:0,0,4,2:2:12:4,1,4,0:0,0,4,0:5:14 chr4 106190862 . T C 300.44 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-1.14854e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.204;QD=19.0754;RBI=0.0330103;REFB=-0.0199066;REVB=0.0330103;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191653;STB=0.607149;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0184179;OID=.;OPOS=106190862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:22:10:16:15:22:10:16:15 chr4 106317429 . C G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.166;QD=55.0094;RBI=0.0329317;REFB=-0.0764111;REVB=0.0100668;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000833759;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:21:11:0:1:21:11:0:1 chr4 106328200 . A G 86.74 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.569;QD=38.5502;RBI=0.00319832;REFB=0;REVB=-0.00296305;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060639;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr4 106474096 . T C 890.61 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173921;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.79;QD=58.4003;RBI=0.0227216;REFB=0;REVB=-0.0146215;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45117e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr4 106859549 . G C 152.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0456547;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.228;QD=19.6227;RBI=0.0571089;REFB=-0.0218791;REVB=0.0343084;RO=16;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561931;STB=0.838597;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0115278;OID=.;OPOS=106859549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:15:16:16:0.516129:15:1:7:9:15:1:7:8 chr4 106861730 . A G 1434.77 PASS AF=0.979167;AO=91;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0742178;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.887;QD=59.7821;RBI=0.0743405;REFB=-0.132264;REVB=0.00426922;RO=1;SAF=34;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137366;STB=0.513155;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00102309;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:1:2:91:94:0.979167:57:34:1:0:57:37:2:0 chr4 107168431 . G C 1281.62 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497623;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5701;QD=61.7646;RBI=0.0557501;REFB=0;REVB=0.0251353;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464329;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:53:28:0:0:54:29:0:0 chr4 107249244 . C G 344.73 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0137625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.527;QD=18.8892;RBI=0.0190616;REFB=-0.0095577;REVB=-0.0131886;RO=36;SAF=27;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368145;STB=0.712107;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00783584;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:37:36:36:0.493151:9:27:13:23:9:27:13:24 chr4 107288449 . G A 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0131435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.621;QD=18.6059;RBI=0.0131435;REFB=-0.00672285;REVB=2.49307e-05;RO=42;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144197;STB=0.580113;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00492959;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:19:20:28:14:19:20:28:14 chr4 108575989 . G A 544.77 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0462088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.453;QD=18.6246;RBI=0.0467953;REFB=-0.0321551;REVB=-0.00738519;RO=58;SAF=23;SAR=34;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120779;STB=0.56733;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0272231;OID=.;OPOS=108575989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:58:60:57:57:0.487179:34:23:31:27:34:23:32:28 chr4 108641300 . T C 1348.9 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241236;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.404;QD=61.3135;RBI=0.0534467;REFB=0.100617;REVB=-0.0476927;RO=1;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111481;STB=0.505881;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000563305;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:42:45:0:1:42:45:0:1 chr4 108641317 . G A 298.11 PASS AF=0.425;AO=31;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00789108;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6758;QD=14.9052;RBI=0.0211775;REFB=-0.0168863;REVB=0.0196524;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514606;STB=0.512493;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0442779;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:46:31:34:0.425:16:15:24:21:17:17:24:22 chr4 108931039 . T C 1329.04 PASS AF=0.977528;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.143866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1498;QD=59.7321;RBI=0.143924;REFB=-0.00772697;REVB=-0.00408666;RO=2;SAF=29;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00766985;STB=0.503511;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00280322;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:89:2:2:85:87:0.977528:56:29:1:1:56:31:1:1 chr4 109541499 . C T 382.25 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0866966;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0844;QD=17.7791;RBI=0.104566;REFB=-0.00664226;REVB=0.0584612;RO=47;SAF=14;SAR=25;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025206;STB=0.503104;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0102444;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:46:39:40:0.465116:25:14:18:29:25:15:17:29 chr4 109674116 . A G 166.06 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0236905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.173;QD=18.4505;RBI=0.0320784;REFB=-0.0240801;REVB=0.0216283;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221949;STB=0.649825;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.024564;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:17:18:0.5:12:5:9:8:13:5:10:8 chr4 109735133 . T C 826.17 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0272667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.987;QD=54.175;RBI=0.0448196;REFB=-0.0217053;REVB=0.0355714;RO=2;SAF=14;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627306;STB=0.533322;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00165158;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:2:2:58:59:0.967213:44:14:2:0:45:14:2:0 chr4 109769899 . C T 257.97 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0259443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4984;QD=13.9444;RBI=0.0262966;REFB=-0.0215847;REVB=-0.00428987;RO=43;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199705;STB=0.51954;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.030889;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:12:18:25:18:12:18:25:19 chr4 109895718 . GA G 47.39 PASS AF=0.451613;AO=9;DP=33;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0163518;FXX=0.0882094;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.96093;QD=6.1153;RBI=0.102834;REFB=0.00801148;REVB=-0.101525;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.580533;STBP=0.464;TYPE=del;VARB=-0.036827;OID=.;OPOS=109895719;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:9:33:14:31:17:7:7:11:6:47:13:4:5:8:5 chr4 109969337 . G T 192.18 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00864065;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.051;QD=13.486;RBI=0.0109465;REFB=-0.00970587;REVB=0.00672044;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128709;STB=0.573756;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0110204;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:15:19:10:13:15:19 chr4 110581363 . T A 65.95 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0424084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5241;QD=13.8832;RBI=0.0454643;REFB=0.0254965;REVB=0.0163869;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0221212;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:6:4:3:6:6:4 chr4 110603784 . T C 352.79 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0533413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0435;QD=22.0493;RBI=0.054569;REFB=0.000612397;REVB=0.0115102;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634442;STB=0.534946;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00192751;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:19:17:11:17:19:17:11:17 chr4 110661937 . G A 259.9 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022199;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.21;QD=51.9808;RBI=0.0150883;REFB=0;REVB=0.0149241;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118712;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr4 110678925 . T C 576.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0791;QD=60.6399;RBI=0.135829;REFB=0;REVB=0.0282592;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142988;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr4 110681505 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0135338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.698;QD=10.2403;RBI=0.0207714;REFB=-0.00760219;REVB=0.0157572;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0150168;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:8:11:5:5:8:11 chr4 110737389 . T C,G 750.76 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=46,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434259,0.0143064;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.456,63.5133;QD=62.5636;RBI=0.0504618,0.0173429;REFB=0,0;REVB=-0.0257019,-0.00980326;RO=0;SAF=10,0;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.54368e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00448028,-0.0562285;OID=.,.;OPOS=110737389,110737389;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:46,2:46,2:0.958333,0.0416667:36,2:10,0:0:0:36,2:10,0:0:0 chr4 110773067 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.885;QD=50.4134;RBI=0.0402158;REFB=0;REVB=0.0260663;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266139;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr4 110790911 . A T 1215.25 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.365;QD=60.7625;RBI=0.0327343;REFB=0;REVB=0.0327045;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188393;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:41:39:0:0 chr4 110901198 . G A 666.15 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00679899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.506;QD=22.5812;RBI=0.0141398;REFB=-0.0210718;REVB=-0.0123979;RO=51;SAF=30;SAR=35;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389049;STB=0.513085;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0201808;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:53:65:65:0.550847:35:30:26:25:35:30:26:27 chr4 110914427 . A T 1170.67 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205388;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7917;QD=60.8141;RBI=0.0205399;REFB=0;REVB=0.000216972;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327395;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:34:43:0:0 chr4 110971030 . G T 328.29 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0136983;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7398;QD=16.2117;RBI=0.0382678;REFB=-0.0591572;REVB=-0.035732;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110157;STB=0.533908;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0583398;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:45:36:36:0.444444:16:20:19:24:17:19:21:24 chr4 111397582 . G A 595.77 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00535845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5449;QD=23.3635;RBI=0.0214899;REFB=-0.0179064;REVB=0.0208111;RO=44;SAF=35;SAR=23;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850971;STB=0.546421;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0144204;OID=.;OPOS=111397582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:23:35:31:13:23:35:31:13 chr4 111398208 . A G 241.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0391689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7593;QD=14.6159;RBI=0.0440717;REFB=-0.00134142;REVB=0.0202017;RO=38;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208356;STB=0.618958;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00194799;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:20:8:18:20:20:8:18:20 chr4 111409705 . T C 479.47 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.032329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2604;QD=19.978;RBI=0.0323352;REFB=-0.00136116;REVB=0.000632228;RO=48;SAF=17;SAR=30;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168085;STB=0.588734;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00128098;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:30:17:26:22:30:17:26:23 chr4 111542124 . G A 611.88 PASS AF=0.504065;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0170002;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.112;QD=19.8986;RBI=0.0170576;REFB=-0.0163563;REVB=0.00139798;RO=61;SAF=31;SAR=31;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221077;STB=0.512191;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0191045;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:61:61:62:62:0.504065:31:31:32:29:31:31:32:29 chr4 112252643 . G T 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7151;QD=55.0909;RBI=0.0670779;REFB=0;REVB=-0.066387;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119997;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr4 113108802 . C CTAA 472.61 PASS AF=0.40458;AO=52;DP=133;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00426081;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.659;QD=14.4309;RBI=0.0046471;REFB=-0.0114145;REVB=-0.00185502;RO=76;SAF=19;SAR=33;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145776;STB=0.587046;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=0.0141095;OID=.;OPOS=113108803;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40458:52:133:53:131:78:19:34:39:39:99:76:19:33:38:38 chr4 113178894 . ATTTGT A,AT 716.79 PASS AF=1,0;AO=49,6;DP=55;FAO=60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162602,0.0192146;FXX=0.0163908;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=249.058,231.392;QD=47.7859;RBI=0.0485894,0.0404915;REFB=0,0;REVB=0.0457879,0.0356421;RO=0;SAF=28,3;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=6.57577e-05,0;OID=.,.;OPOS=113178895,113178895;OREF=TTTGT,TTTG;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:49,6:55:60,0:60:0:31,0:29,0:0:0:13:0:28,3:21,3:0:0 chr4 113198805 . G C,T 564.57 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=35,2;DP=37;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399109,0.0174037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.7595,20.386;QD=59.4285;RBI=0.0402628,0.0434591;REFB=0,0;REVB=0.00531217,-0.0398222;RO=0;SAF=13,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.39865e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00405319,0.0929027;OID=.,.;OPOS=113198805,113198805;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:38:0:0:35,2:36,2:0.947368,0.0526316:22,1:13,1:0:0:22,2:14,0:0:0 chr4 113198889 . AC TT 43.61 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00148041;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.945;QD=4.47283;RBI=0.0391504;REFB=-0.0309587;REVB=0.0391224;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102596;STB=0.799201;STBP=0.081;TYPE=mnp;VARB=0.157769;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:40:39:29:30:9:9:0.230769:6:3:12:17:8:1:12:18 chr4 113199075 . A G 1324.39 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0310428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9242;QD=60.8915;RBI=0.0330217;REFB=-0.0744127;REVB=-0.0112596;RO=1;SAF=37;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126324;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00218691;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:49:37:1:0:49:37:1:0 chr4 113199341 . A AT 35.49 PASS AF=0.388889;AO=9;DP=38;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.016235;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.1778;QD=3.94337;RBI=0.111587;REFB=-0.0530241;REVB=0.1104;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137959;STB=0.549925;STBP=0.713;TYPE=ins;VARB=0.0578449;OID=.;OPOS=113199342;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:9:38:14:36:22:11:3:16:6:35:28:7:2:22:6 chr4 113344925 . C T 74.83 PASS AF=0.25;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00352836;FXX=0.111086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.567;QD=7.48318;RBI=0.00948672;REFB=-0.0042951;REVB=-0.00880617;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190588;STB=0.623518;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0120359;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:45:40:34:30:10:10:0.25:6:4:19:15:6:4:17:13 chr4 113352397 . G A 292.81 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.00677531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.203;QD=17.2242;RBI=0.0129728;REFB=0.0122258;REVB=0.011063;RO=36;SAF=9;SAR=23;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107373;STB=0.559774;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0154032;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:23:9:7:29:23:9:7:29 chr4 113352628 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.169;QD=55.6556;RBI=0.0557084;REFB=0;REVB=-0.0348451;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66548e-05;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr4 113352899 . G A 510.05 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0197618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.399;QD=21.0332;RBI=0.0348001;REFB=-0.0179474;REVB=-0.0286447;RO=46;SAF=19;SAR=30;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175776;STB=0.607295;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.020457;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:46:48:49:49:0.505155:30:19:27:19:30:19:29:19 chr4 113353285 . T C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.309;QD=62.6673;RBI=0.0231881;REFB=0;REVB=0.0178751;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014217;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr4 113353311 . G A 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0135737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.662;QD=19.3398;RBI=0.0143944;REFB=-0.0329809;REVB=-0.00479088;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0635741;OID=.;OPOS=113353311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:9:9:10:8:9:9 chr4 113359703 . A G 1156.9 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.784;QD=59.3281;RBI=0.0384635;REFB=-0.0643774;REVB=0.032252;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000395632;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:0:1:40:37:0:1 chr4 113362316 . A G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0136336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.046;QD=13.9183;RBI=0.0139858;REFB=0.000624182;REVB=-0.00311901;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108829;STB=0.561996;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.000806396;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:12:14:16:21:12:14:16:21 chr4 113362609 . G A 198.15 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.012631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0916;QD=13.21;RBI=0.0145873;REFB=0.0103177;REVB=0.00729697;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116822;STB=0.566983;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0162452;OID=.;OPOS=113362609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:14:10:19:17:14:10:19:17 chr4 113362622 . C G 829.06 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113795;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3753;QD=56.2073;RBI=0.0129833;REFB=0;REVB=0.00625073;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303195;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:56:59:1:31:25:0:0:32:27:0:0 chr4 113436044 . T G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.252;QD=37.4871;RBI=0.0611148;REFB=0;REVB=-0.058028;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000741212;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr4 113436546 . G A 310.63 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0157493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.111;QD=23.4441;RBI=0.0163084;REFB=-0.0473577;REVB=0.00423348;RO=21;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16393;STB=0.582224;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0334444;OID=.;OPOS=113436546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:20:11:12:9:20:11:12:10 chr4 113462395 . T C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00902709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.107;QD=19.3432;RBI=0.0335722;REFB=-0.00434939;REVB=-0.0323358;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00481826;OID=.;OPOS=113462395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:9:9:10:8:9:9 chr4 113505203 . A G 284.18 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.03186;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.243;QD=14.9568;RBI=0.0320468;REFB=-0.0161245;REVB=-0.00345514;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17038;STB=0.596189;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0308662;OID=.;OPOS=113505203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:16:28:15:17:16:28 chr4 113549752 . G A 44.45 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.021846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5417;QD=7.11169;RBI=0.0357796;REFB=0.013775;REVB=-0.028336;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415612;STB=0.760171;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0311001;OID=.;OPOS=113549752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:6:12:2:5:6:12 chr4 113575873 . C G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00714929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.146;QD=15.1969;RBI=0.0118654;REFB=0.00784644;REVB=0.00946976;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279744;STB=0.660653;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00492111;OID=.;OPOS=113575873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:5:13:6:8:5:13 chr4 114081490 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0055191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.107;QD=16.1192;RBI=0.0135107;REFB=-0.00757873;REVB=-0.012332;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218292;STB=0.639785;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00603021;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:6:6:9:3:6:6:10:3 chr4 114309839 . C T 2277.48 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221621;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.208;QD=63.7058;RBI=0.00856484;REFB=0;REVB=0.00827315;RO=0;SAF=86;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01158e-06;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:57:86:0:0:57:86:0:0 chr4 114341210 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=21;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.819;QD=56.1874;RBI=0.0198245;REFB=0;REVB=-0.00455568;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116891;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:21:28:1:10:11:0:0:10:18:0:0 chr4 114341631 . T C 349.52 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0779702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.488;QD=49.9309;RBI=0.0785568;REFB=-0.101461;REVB=0.00958245;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000893225;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:16:10:1:0:16:11:1:0 chr4 114822485 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00485116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.841;QD=22.1889;RBI=0.0150997;REFB=0.00399801;REVB=0.0142992;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211701;STB=0.626685;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00280819;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:11:13:6:15:11:13:6:16 chr4 114823316 . A C 309.24 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0439489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7465;QD=18.7415;RBI=0.0498282;REFB=0.0517884;REVB=0.0234807;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953079;STB=0.560403;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0358523;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:18:15:18:14:18:15:19:14 chr4 115544713 . CA CG,TG 890.96 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=41,21;DP=64;FAO=42,21;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24,11;FSAR=18,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512149,0.0178664;FXX=0.0156226;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=78.2795,84.5751;QD=56.5687;RBI=0.0520592,0.0190748;REFB=0,0;REVB=-0.00933744,-0.0066813;RO=0;SAF=24,11;SAR=17,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.2194e-08,5.51176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00909897,-0.00694714;OID=.,.;OPOS=115544714,115544713;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:64:63:0:0:41,21:42,21:0.666667,0.333333:17,10:24,11:0:0:18,10:24,11:0:0 chr4 115577997 . C G 586.44 PASS AF=0.379888;AO=68;DP=179;FAO=68;FDP=179;FR=.;FRO=111;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=67;FWDB=0.0233215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.103;QD=13.1047;RBI=0.0247239;REFB=-0.00699602;REVB=-0.00820861;RO=108;SAF=42;SAR=26;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22734;STB=0.63591;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0128078;OID=.;OPOS=115577997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:108:111:68:68:0.379888:26:42:44:64:26:42:44:67 chr4 115589302 . A G 1324.96 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653683;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.181;QD=62.3512;RBI=0.0236276;REFB=0;REVB=0.0227053;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215327;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr4 119435061 . C T 128.88 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.047;QD=42.9604;RBI=0.101089;REFB=0;REVB=0.0905079;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103775;OID=.;OPOS=119435061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr4 119610606 . A G 192.78 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0301797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.546;QD=13.77;RBI=0.0303159;REFB=-0.0107627;REVB=-0.00286999;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205313;STB=0.62547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0166674;OID=.;OPOS=119610606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:14:9:19:13:14:9:20:13 chr4 119652606 . G T 445.33 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00549328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.892;QD=17.2943;RBI=0.00554428;REFB=-0.0142449;REVB=0.000750302;RO=55;SAF=20;SAR=28;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528536;STB=0.5294;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0141737;OID=.;OPOS=119652606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:28:20:20:35:28:20:20:35 chr4 119736796 . A C 368.86 PASS AF=0.40566;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00346857;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7485;QD=13.9191;RBI=0.0155145;REFB=-0.0178208;REVB=-0.0151218;RO=60;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485275;STB=0.536995;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0135642;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:60:63:42:43:0.40566:24:18:23:37:24:19:24:39 chr4 119944611 . G T 404.86 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=52;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.035548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2099;QD=30.5554;RBI=0.0484884;REFB=-0.0168359;REVB=-0.0329767;RO=16;SAF=14;SAR=22;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650228;STB=0.538277;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00654532;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:16:16:36:37:0.698113:22:14:8:8:23:14:8:8 chr4 119951646 . GA G,GG 594.49 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=6,35;DP=41;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596621,0.0632428;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.3395,42.2783;QD=57.9994;RBI=0.0596854,0.136208;REFB=-0.0731645,-0.0734182;REVB=-0.0016678,0.120636;RO=0;SAF=1,22;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,-4.39865e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.120533,0.00293654;OID=.,.;OPOS=119951647,119951647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:6,35:41:1,40:41:0:1,22:0,18:0:0:4:0:1,22:5,13:0:0 chr4 120158685 . T G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0105823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.87;QD=12.0518;RBI=0.0239569;REFB=0.00267848;REVB=0.021493;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00153016;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:4:5:6:6:4:5:7:6 chr4 120214030 . T G 336.44 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.042394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1031;QD=20.3901;RBI=0.0441987;REFB=0.0198433;REVB=0.0125007;RO=30;SAF=8;SAR=26;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388366;STB=0.725536;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0150656;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:30:31:34:35:0.530303:26:8:20:10:27:8:21:10 chr4 120215314 . A G 694.35 PASS AF=0.552846;AO=66;DP=121;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.000432577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.647;QD=22.5803;RBI=0.0235311;REFB=-0.00421113;REVB=0.0235271;RO=55;SAF=29;SAR=37;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333365;STB=0.512138;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0031966;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:55:55:66:68:0.552846:37:29:22:33:39:29:22:33 chr4 120239831 . A G 127.66 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0311012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.582;QD=11.8751;RBI=0.0353699;REFB=-0.00613917;REVB=-0.0168448;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759084;STB=0.544832;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00799511;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:15:13:8:7:15:13 chr4 120239878 . G A 168.44 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00850681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.665;QD=10.3654;RBI=0.00992595;REFB=-0.00099108;REVB=-0.00511457;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680723;STB=0.539737;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000809062;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:10:12:26:17:10:12:26:17 chr4 120240238 . T C 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0374301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3939;QD=17.7526;RBI=0.0444713;REFB=-0.0230131;REVB=0.0240142;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286599;STB=0.516116;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0245917;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:10:17:15:10:10:17 chr4 120241849 . A G 74.62 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0297925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.496;QD=10.6601;RBI=0.0308438;REFB=-0.0114609;REVB=0.00798409;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756198;STB=0.529352;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00876296;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:6:4:8:9:6:4:8:10 chr4 120241902 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00254587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.377;QD=10.4359;RBI=0.0032332;REFB=0.00138735;REVB=0.00199302;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696487;STB=0.550496;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00354701;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:15:15:0.3125:8:7:13:19:8:7:13:20 chr4 120325630 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0502326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.744;QD=19.9285;RBI=0.0505469;REFB=0.0139469;REVB=-0.00562822;RO=9;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250746;STB=0.646761;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00918161;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:11:1:2:7:11:1:2:7 chr4 120325653 . TGC CTG,TCG,TG 150.23 PASS AF=0,0,0.633333;AO=2,2,14;DP=30;FAO=0,0,19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=0,0,4;FSAR=0,0,15;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0572637,0.00924959,0.164779;FXX=0;HRUN=1,1,4;LEN=3,2,1;MLLD=18.9587,73.1192,18.8647;QD=20.0302;RBI=0.0849457,0.0495816,0.16538;REFB=-0.0654866,0.0254783,0.014791;REVB=-0.0627427,-0.0487112,0.0140818;RO=12;SAF=1,0,2;SAR=1,2,12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.391215,-0.460273,-0.0380121;STB=0.5,0.5,0.57136;STBP=1,1,0.501;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0,0.015932;OID=.,.,.;OPOS=120325653,120325654,120325655;OREF=TGC,GC,C;OALT=CTG,CG,-;OMAPALT=CTG,TCG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:76:30:30:12:11:2,2,14:0,0,19:0,0,0.633333:1,2,12:1,0,2:2:10:0,0,15:0,0,4:1:10 chr4 120325732 . C A 211.49 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0320959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.103;QD=13.8682;RBI=0.0329984;REFB=-0.0220326;REVB=-0.00766494;RO=35;SAF=2;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562236;STB=0.838431;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0230657;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:23:2:16:19:23:2:17:19 chr4 120330155 . C T 136.66 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0494606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2747;QD=10.9331;RBI=0.143467;REFB=0.00465804;REVB=-0.134671;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784672;STB=0.546816;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0111468;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:15:19:10:6:15:19 chr4 120330272 . C G 42.12 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.028304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0662;QD=4.55354;RBI=0.0290584;REFB=0.00750303;REVB=-0.00657806;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363538;STB=0.734733;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0301578;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:8:22:3:4:8:22 chr4 120330448 . GC AA 64.29 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.06303;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.305;QD=10.7156;RBI=0.0859644;REFB=-0.0306168;REVB=0.058456;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129171;STB=0.548284;STBP=0.791;TYPE=mnp;VARB=0.038569;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:24:15:15:8:9:0.375:5:3:4:11:6:3:4:11 chr4 120330539 . G A 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0414091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8375;QD=16.8815;RBI=0.0561214;REFB=-0.0383616;REVB=0.0378801;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106803;STB=0.561102;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0464818;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:6:11:8:7:6:11 chr4 120423729 . T C 205.77 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00520825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.287;QD=10.8302;RBI=0.0146925;REFB=-0.00711666;REVB=0.0137384;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344265;STB=0.513148;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0137675;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:50:26:26:0.342105:13:13:26:23:13:13:26:24 chr4 120474859 . A G 471.14 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0334264;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.901;QD=18.2965;RBI=0.0363363;REFB=-0.00703985;REVB=-0.014248;RO=53;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13149;STB=0.572787;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0103774;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:53:50:50:0.485437:25:25:19:34:25:25:19:34 chr4 120528327 . G A 694.16 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00243801;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.031;QD=60.3618;RBI=0.0130861;REFB=-0.121642;REVB=0.012857;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000178487;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:0:1:45:45:0.978261:26:19:0:0:26:19:0:1 chr4 121738049 . T C 195.71 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0108435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1808;QD=17.7917;RBI=0.0115651;REFB=0.0143865;REVB=-0.00402112;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561908;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.020795;OID=.;OPOS=121738049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:11:9:9:14:11:9:10:14 chr4 121957051 . C T 2316.7 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0147035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2867;QD=59.4026;RBI=0.0302255;REFB=-0.043397;REVB=-0.026408;RO=1;SAF=87;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543691;STB=0.505681;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000822098;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:1:2:154:154:0.987179:67:87:1:0:67:87:2:0 chr4 121957559 . G A 241.84 PASS AF=0.315789;AO=29;DP=94;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0459403;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4395;QD=10.1826;RBI=0.0459404;REFB=-0.00647076;REVB=-0.000106646;RO=65;SAF=14;SAR=15;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293397;STB=0.528071;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.014883;OID=.;OPOS=121957559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:65:65:29:30:0.315789:15:14:33:32:16:14:33:32 chr4 121957734 . T C 896.01 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.3;QD=57.8069;RBI=0.0340009;REFB=0;REVB=0.0339318;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038672;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:33:29:0:0 chr4 121958091 . T G 271.59 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00812871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.674;QD=19.3992;RBI=0.0399478;REFB=-0.0108568;REVB=0.039112;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101881;STB=0.556637;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0101399;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:18:9:13:16:18:9 chr4 121958187 . A G 301.79 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0173056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.296;QD=25.149;RBI=0.0176756;REFB=0.00350871;REVB=-0.00359749;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881223;STB=0.555514;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00185625;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:26:27:0.5625:12:14:9:12:12:15:9:12 chr4 121958691 . T C 160.42 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0026432;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.557;QD=17.3423;RBI=0.0358662;REFB=-0.0530968;REVB=0.0357687;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234864;STB=0.634456;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0222772;OID=.;OPOS=121958691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:12:8:11:6:12:8 chr4 121958697 . G A 197.51 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0270606;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.41;QD=21.3528;RBI=0.0315446;REFB=-0.0195888;REVB=-0.0162107;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187911;STB=0.612791;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.022307;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:19:20:0.540541:8:11:6:11:8:12:6:11 chr4 121966807 . C T 871.71 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.254;QD=57.1611;RBI=0.0424473;REFB=0;REVB=-0.012841;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111863;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:37:21:0:0:38:23:0:0 chr4 122137662 . T A,G 474.7 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=7,24;DP=32;FAO=4,29;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533993,0.0635846;FXX=0.0571265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.427,83.5513;QD=57.5395;RBI=0.0111033,0.0727416;REFB=0,0;REVB=0.0097349,0.0353318;RO=0;SAF=3,11;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0196479,0.00158105;OID=.,.;OPOS=122137662,122137662;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:32:33:0:0:7,24:4,29:0.121212,0.878788:4,13:3,11:0:0:1,18:3,11:0:0 chr4 122250733 . C CG 1476.73 PASS AF=1;AO=13;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329579;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.0789;QD=59.0693;RBI=0.0610503;REFB=0;REVB=0.0513899;RO=87;SAF=8;SAR=5;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000101702;OID=.;OPOS=122250734;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:101:100:100:0:51:49:0:0:8:87:8:5:45:42 chr4 122250734 . A G 1224.46 PASS AF=0.868687;AO=86;DP=100;FAO=86;FDP=99;FR=.;FRO=13;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0134295;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.1185;QD=49.4732;RBI=0.046181;REFB=-0.164165;REVB=0.0441852;RO=13;SAF=43;SAR=43;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285419;STB=0.515148;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00404051;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:100:99:13:13:86:86:0.868687:43:43:8:5:43:43:8:5 chr4 122254119 . G A 1018.99 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.068474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1299;QD=56.6106;RBI=0.0696354;REFB=-0.199963;REVB=-0.0126652;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.517236;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00491188;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:72:0:2:70:70:0.972222:42:28:0:0:42:28:2:0 chr4 122257950 . A G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00128146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.788;QD=22.9083;RBI=0.00895912;REFB=0.00920587;REVB=-0.008867;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167545;STB=0.593818;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0130191;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:13:8:10:7:13:8:10:7 chr4 122261596 . A T 289.56 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0152276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2627;QD=13.9548;RBI=0.0240043;REFB=-0.00610428;REVB=-0.018556;RO=48;SAF=10;SAR=23;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279308;STB=0.660021;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00639435;OID=.;OPOS=122261596;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:50:33:33:0.39759:23:10:27:21:23:10:28:22 chr4 122617718 . G C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358278;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.745;QD=54.8231;RBI=0.0618363;REFB=-0.00430506;REVB=0.0503994;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000108446;OID=.;OPOS=122617718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:20:30:0:1:20:30:0:1 chr4 122617745 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.435;QD=57.1053;RBI=0.0272183;REFB=0;REVB=-0.00559294;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33751e-05;OID=.;OPOS=122617745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr4 122683007 . G A 1495.62 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.103;QD=62.3174;RBI=0.0335428;REFB=-0.0897105;REVB=-0.0313331;RO=1;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920763;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000225489;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:51:44:0:1:51:44:0:1 chr4 122687238 . A G 519.49 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0128306;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.477;QD=18.0693;RBI=0.0156472;REFB=-0.0293583;REVB=0.00895608;RO=58;SAF=34;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640356;STB=0.545855;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.037492;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:58:60:55:55:0.478261:21:34:32:26:21:34:32:28 chr4 122687491 . G C 341.6 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.04445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8014;QD=18.465;RBI=0.0822608;REFB=8.78644e-05;REVB=-0.0692173;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911475;STB=0.544866;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00213418;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:22:14:18:19:22:14:18:20 chr4 122742217 . T C 1197.82 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.582;QD=59.8911;RBI=0.075036;REFB=0;REVB=0.0555435;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313359;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:78:80:1:50:28:0:0:51:29:0:0 chr4 122824052 . C T 310.07 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0234954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.288;QD=13.7808;RBI=0.0276132;REFB=-0.00733047;REVB=0.0145071;RO=55;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834462;STB=0.547502;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0125689;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:17:18:24:31:17:18:24:31 chr4 122872719 . G A 141.88 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.89;QD=43.6549;RBI=0.0733137;REFB=0;REVB=0.0722199;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653688;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:2:11:0:0 chr4 123008808 . C T 958.21 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000851597;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.17;QD=57.2067;RBI=0.0130427;REFB=0;REVB=-0.0130149;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219997;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:23:42:0:0:25:42:0:0 chr4 123145751 . T A 329.84 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0046179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.925;QD=20.9419;RBI=0.0145623;REFB=-0.0234972;REVB=-0.0138107;RO=27;SAF=11;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089363;STB=0.511105;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0135231;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:29:34:34:0.539683:23:11:9:18:23:11:10:19 chr4 123161396 . C T 42.27 PASS AF=0.175;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00379905;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.575;QD=4.22681;RBI=0.0365831;REFB=-0.00853689;REVB=-0.0363853;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534578;STB=0.856124;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0645435;OID=.;OPOS=123161396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:40:32:33:7:7:0.175:6:1:19:13:6:1:19:14 chr4 123192383 . T C 1150.05 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000609806;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.689;QD=60.5289;RBI=0.0017465;REFB=0;REVB=0.00163658;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13043e-05;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:43:33:0:0 chr4 123229132 . C T 340.21 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00413552;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.305;QD=15.4641;RBI=0.0103248;REFB=-0.00525067;REVB=-0.00946035;RO=51;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567104;STB=0.532003;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00862637;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:37:37:0.420455:19:18:22:29:19:18:22:29 chr4 123267860 . T C 602.69 PASS AF=0.561905;AO=58;DP=105;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0287078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2229;QD=22.9596;RBI=0.0323122;REFB=-0.0104983;REVB=-0.0148304;RO=46;SAF=35;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443156;STB=0.50704;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00795007;OID=.;OPOS=123267860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:46:58:59:0.561905:23:35:28:18:24:35:28:18 chr4 123280860 . T C 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0125934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.251;QD=8.37111;RBI=0.0196223;REFB=-0.010383;REVB=-0.015048;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530436;STB=0.532651;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0217587;OID=.;OPOS=123280860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:14:14:5:6:14:14 chr4 123536963 . G A 1302.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624688;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.847;QD=61.2765;RBI=0.0627246;REFB=0;REVB=0.00565923;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51572e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:50:30:0:0:52:33:0:0 chr4 123664254 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0217576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.684;QD=12.0157;RBI=0.0242286;REFB=-0.0156003;REVB=-0.0106596;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439131;STB=0.761136;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00918543;OID=.;OPOS=123664254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:1:6:2:4:1:6 chr4 123664445 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0171525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7429;QD=16.1053;RBI=0.0173634;REFB=-0.0328781;REVB=0.00269822;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492737;STB=0.528269;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0306119;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:8:14:10:7:8:14 chr4 123665428 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0339131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.517;QD=13.2052;RBI=0.0341032;REFB=-0.0189288;REVB=-0.00359573;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0227428;OID=.;OPOS=123665428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:4:2:4:2:4:2 chr4 123665991 . C G 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00968358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.852;QD=19.6654;RBI=0.0230457;REFB=0.000368989;REVB=-0.0209125;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120747;STB=0.566817;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000733835;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:20:14:9:23:20:14:9:23 chr4 123747947 . G A 83.56 PASS AF=0.625;AO=8;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00889223;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=147.261;QD=20.8908;RBI=0.154469;REFB=-0.0214165;REVB=0.154213;RO=5;SAF=8;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.636145;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0248805;OID=.;OPOS=123747947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:5:6:8:10:0.625:0:8:5:0:2:8:6:0 chr4 123814308 . C T 1135.06 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.419;QD=60.5366;RBI=0.00528177;REFB=0;REVB=0.0014965;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58422e-05;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:23:52:0:0:23:52:0:0 chr4 123838758 . A G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.324;QD=62.5967;RBI=0.0291802;REFB=0;REVB=0.0268314;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134984;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:99:0:0:97:99:1:55:42:0:0:57:42:0:0 chr4 123843716 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.056;QD=39.2064;RBI=0.058935;REFB=0;REVB=0.0528709;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165351;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 123949556 . G A 327.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559477;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.291;QD=54.5671;RBI=0.0559525;REFB=0;REVB=0.000735304;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023488;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr4 126238924 . A T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00441068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.972;QD=16.6184;RBI=0.00889488;REFB=-0.014931;REVB=-0.0077243;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165625;STB=0.593828;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0187079;OID=.;OPOS=126238924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:11:17:10:13:11:17 chr4 126239986 . C T 251.9 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0127468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.941;QD=27.2323;RBI=0.0158454;REFB=-0.0383918;REVB=0.00941257;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936859;STB=0.551841;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0216001;OID=.;OPOS=126239986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:10:13:6:8:10:13:6:8 chr4 126240510 . T C 849.08 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1302;QD=56.6056;RBI=0.0250982;REFB=0;REVB=0.00890883;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397427;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:59:60:1:32:27:1:0:32:28:0:0 chr4 126241335 . C G 334.33 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00300718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6141;QD=19.3814;RBI=0.0114397;REFB=-0.0227096;REVB=-0.0110374;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380959;STB=0.521185;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0202422;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:16:19:17:17:16:19:17:17 chr4 126241871 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.3;QD=50.4133;RBI=0.031966;REFB=0;REVB=-0.000579642;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166436;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr4 126329789 . T C 1554.13 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00572263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.527;QD=62.7932;RBI=0.0203151;REFB=-0.1603;REVB=0.0194925;RO=1;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854634;STB=0.504504;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000211058;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:1:1:98:98:0.989899:55:43:0:1:55:43:0:1 chr4 126336703 . T C 285.38 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=0.011457;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.412;QD=12.6834;RBI=0.0120743;REFB=-0.00805707;REVB=0.00381136;RO=57;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290672;STB=0.66431;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0117573;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:57:57:33:33:0.366667:17:16:13:44:17:16:13:44 chr4 126369872 . G C 1088.75 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109586;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.263;QD=58.8515;RBI=0.0153719;REFB=-0.0679549;REVB=0.0107799;RO=1;SAF=28;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165924;STB=0.50877;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000210779;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:45:28:1:0:45:28:1:0 chr4 126371252 . C T 192.05 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00236348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.631;QD=16.0042;RBI=0.01659;REFB=-0.0277175;REVB=-0.0164208;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194119;STB=0.611003;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.024562;OID=.;OPOS=126371252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:9:11:10:18:9:11:10:18 chr4 126372742 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.791;QD=60.1579;RBI=0.017717;REFB=-0.007357;REVB=-0.00289463;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-5.50821e-05;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr4 126372975 . A C 659.08 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00801056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.387;QD=21.6091;RBI=0.008021;REFB=-0.0211208;REVB=-0.000409126;RO=56;SAF=29;SAR=36;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906985;STB=0.55383;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0157325;OID=.;OPOS=126372975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:57:65:65:0.532787:36:29:31:25:36:29:32:25 chr4 126373789 . G A 1158.05 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6645;QD=58.6357;RBI=0.0263423;REFB=0.0953001;REVB=-0.00201238;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975781;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000503497;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:1:1:76:78:0.987342:48:28:0:1:48:30:0:1 chr4 126412575 . A G 525.11 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000920524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4226;QD=56.7683;RBI=0.0374324;REFB=-0.135228;REVB=-0.0374211;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00716177;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:37:1:1:35:36:0.972973:18:17:1:0:18:18:1:0 chr4 128565000 . A G 118.89 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0171916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.084;QD=13.21;RBI=0.0319184;REFB=-0.00354607;REVB=0.026893;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324718;STB=0.690778;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00353444;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:13:9:10:4:13:9 chr4 128584580 . G A 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0559079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.705;QD=12.4805;RBI=0.0748994;REFB=-0.0207157;REVB=-0.0498419;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.502758;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0302282;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:7:11:7:5:8:11 chr4 128584661 . C T 134.2 PASS AF=0.380952;AO=12;DP=39;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.056441;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5726;QD=12.7807;RBI=0.0586771;REFB=-0.0130719;REVB=-0.0160444;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395111;STB=0.585692;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.027942;OID=.;OPOS=128584661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:27:26:12:16:0.380952:9:3:16:11:9:7:15:11 chr4 128689936 . A G 214.31 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.012658;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.235;QD=12.7944;RBI=0.0140344;REFB=-0.00218983;REVB=-0.00606147;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528949;STB=0.537285;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00372803;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:41:26:26:0.38806:13:13:22:18:13:13:23:18 chr4 128723042 . T C 1534.22 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=109;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0367597;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7046;QD=57.8949;RBI=0.0501173;REFB=-0.0863712;REVB=0.0340657;RO=2;SAF=55;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103601;STB=0.500546;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0167542;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:106:2:2:104:104:0.981132:49:55:1:1:49:55:1:1 chr4 128807219 . T A 610.55 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000693543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.885;QD=56.7951;RBI=0.0162825;REFB=0.00474428;REVB=0.0162678;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.50171;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000139772;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:0:2:40:41:0.953488:21:19:0:0:22:19:1:1 chr4 128814492 . G A 308.65 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0166069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1885;QD=15.0561;RBI=0.0589944;REFB=-0.0103087;REVB=0.0566087;RO=45;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855544;STB=0.542833;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0141085;OID=.;OPOS=128814492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:47:34:35:0.426829:18:16:25:20:19:16:25:22 chr4 128814964 . G T 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9333;QD=63.8614;RBI=0.0206317;REFB=0;REVB=0.00587727;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331353;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr4 128842761 . G A 577.16 PASS AF=0.557895;AO=51;DP=93;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00790602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.67;QD=24.3016;RBI=0.00822534;REFB=-0.022252;REVB=0.0022696;RO=42;SAF=21;SAR=30;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005949;STB=0.51318;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0176061;OID=.;OPOS=128842761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:42:42:51:53:0.557895:30:21:17:25:30:23:17:25 chr4 128949799 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0490055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3562;QD=12.5693;RBI=0.0504003;REFB=-0.0119596;REVB=-0.0117751;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248379;STB=0.637486;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0157109;OID=.;OPOS=128949799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:11:4:12:13:11:4:12:14 chr4 128949850 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00464969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4569;QD=12.2127;RBI=0.0496291;REFB=0.017217;REVB=0.0494109;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235942;STB=0.627703;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00623075;OID=.;OPOS=128949850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:9:4:11:10:9:4:11:11 chr4 129012181 . G A 150.36 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00139906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.633;QD=12.5295;RBI=0.0074894;REFB=-0.00192892;REVB=-0.00735757;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113664;STB=0.56693;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00442893;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:6:11:17:14:6:11:17:14 chr4 129012638 . A G 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.030554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7301;QD=7.79553;RBI=0.0317809;REFB=0.00481573;REVB=-0.00874507;RO=52;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319357;STB=0.689664;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0139;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:8:12:17:35:8:12:17:35 chr4 129043204 . C G 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00271488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.643;QD=16.8731;RBI=0.00816671;REFB=-0.0162352;REVB=0.00770225;RO=25;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28791;STB=0.68065;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0184927;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:16:4:11:14:16:4:12:14 chr4 129043286 . C T 231.01 PASS AF=0.46;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0263121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.046;QD=18.4809;RBI=0.0275328;REFB=-0.012636;REVB=0.00810735;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891061;STB=0.56985;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0162874;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:27:21:23:0.46:12:9:14:13:14:9:14:13 chr4 129043614 . G T 36.78 PASS AF=0.461538;AO=7;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0163238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.081;QD=11.3164;RBI=0.0415816;REFB=-0.036122;REVB=0.0382434;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0921471;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:13:4:7:7:6:0.461538:2:5:3:1:2:4:5:2 chr4 129043617 . T G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00978295;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=222.382;QD=10.1741;RBI=0.0116821;REFB=-0.0098659;REVB=-0.00638469;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.578703;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0105726;OID=.;OPOS=129043617;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:7:2:2:4:7:2 chr4 129100643 . G A 341.95 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00871421;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8171;QD=15.7217;RBI=0.0172993;REFB=-0.0196426;REVB=-0.0149442;RO=50;SAF=15;SAR=21;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390994;STB=0.530934;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0208349;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:50:36:37:0.425287:21:15:19:31:21:16:19:31 chr4 129677184 . C A,T 733.73 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179612,-0.00935152;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.842,111.832;QD=54.3502;RBI=0.0311131,0.0161237;REFB=-0.0776546,-0.0756036;REVB=0.0254051,0.0131348;RO=1;SAF=25,1;SAR=26,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0184631,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000769517,0.0965068;OID=.,.;OPOS=129677184,129677184;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:1:0:51,2:52,2:0.962963,0.037037:26,1:25,1:1:0:26,1:26,1:0:0 chr4 129677238 . GT G,GC 734.42 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=16,34;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786605,0.112693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.931,138.223;QD=56.4937;RBI=0.082814,0.113829;REFB=0,0;REVB=0.0258976,0.0160357;RO=0;SAF=15,11;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0136049,0.00169447;OID=.,.;OPOS=129677239,129677239;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:16,34:52:2,50:52:0:1,27:1,23:0:0:7:0:15,11:1,23:0:0 chr4 129867280 . T A 680.08 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108863;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.295;QD=61.8254;RBI=0.0188608;REFB=0;REVB=0.0154019;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455858;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr4 129924977 . C A 187.07 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0203257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.202;QD=10.6896;RBI=0.0279677;REFB=-0.000983731;REVB=-0.0192109;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768068;STB=0.544649;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=2.84365e-05;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:11:13:28:18:11:13:28:18 chr4 130030652 . A G 733.95 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.431;QD=61.1621;RBI=0.0400607;REFB=-0.138573;REVB=0.0267131;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0048359;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:22:25:1:0:22:25:1:0 chr4 132641497 . G GT 30.52 PASS AF=0.244898;AO=13;DP=93;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0986767;FXX=0.46734;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.54867;QD=2.49116;RBI=0.143991;REFB=-0.120723;REVB=0.104863;RO=71;SAF=9;SAR=4;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267944;STB=0.619514;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=0.0765074;OID=.;OPOS=132641498;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898:13:93:12:49:37:8:4:19:18:30:71:9:4:34:37 chr4 132641498 . T A 334.3 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00475485;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=202.991;QD=14.2257;RBI=0.0324564;REFB=0.00123197;REVB=0.0321063;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176845;STB=0.594543;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00211463;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:52:57:37:37:0.393617:22:15:30:22:22:15:32:25 chr4 133367588 . T C 899.95 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00350629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6638;QD=54.5426;RBI=0.0317993;REFB=-0.0791105;REVB=0.0316054;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185128;STB=0.518513;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00167655;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:63:64:0.969697:25:38:0:1:26:38:0:2 chr4 134072264 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.012855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7764;QD=16.6267;RBI=0.0129268;REFB=-0.00570317;REVB=-0.00136036;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103812;STB=0.559354;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00470833;OID=.;OPOS=134072264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:3:11:9:4:3:11 chr4 134076153 . T C 328.67 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0454612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.932;QD=18.009;RBI=0.058713;REFB=0.00811788;REVB=-0.037155;RO=38;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262613;STB=0.634869;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0161214;OID=.;OPOS=134076153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:34:35:0.479452:22:12:24:14:22:13:24:14 chr4 134082967 . T C 2875.87 PASS AF=0.557613;AO=258;DP=484;FAO=271;FDP=486;FR=.;FRO=215;FSAF=130;FSAR=141;FSRF=96;FSRR=119;FWDB=-0.00826912;FXX=0.0221324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.489;QD=23.6697;RBI=0.0740656;REFB=0.00451076;REVB=0.0736025;RO=201;SAF=125;SAR=133;SRF=93;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176488;STB=0.514725;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00274088;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:486:201:215:258:271:0.557613:133:125:93:108:141:130:96:119 chr4 134710268 . G A 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0155186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.092;QD=13.7265;RBI=0.0163557;REFB=0.00340315;REVB=0.00516532;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622994;STB=0.535591;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00517513;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:18:18:14:11:18:18 chr4 135121066 . T G 983.07 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.11;QD=58.6909;RBI=0.0225056;REFB=0;REVB=0.0108803;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67907e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr4 135121368 . G T 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.217;QD=57.538;RBI=0.0238217;REFB=0;REVB=0.0220328;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105955;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr4 135121601 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.39;QD=51.1791;RBI=0.020117;REFB=0;REVB=0.0012393;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74993e-05;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr4 139086246 . A G 219.05 PASS AF=0.44898;AO=20;DP=47;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00305221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.057;QD=17.8815;RBI=0.031129;REFB=-0.00662483;REVB=0.030979;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687895;STB=0.56092;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0143907;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:27:27:20:22:0.44898:11:9:14:13:13:9:14:13 chr4 139100372 . C T 523.76 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214991;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.471;QD=59.8577;RBI=0.0220501;REFB=0;REVB=0.00489856;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75513e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr4 139140494 . G C 153.43 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00200875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.717;QD=8.89461;RBI=0.00602957;REFB=0.000504694;REVB=-0.00568512;RO=48;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535936;STB=0.531884;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00115959;OID=.;OPOS=139140494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:14:7:18:30:14:7:18:30 chr4 140005294 . A G 1054.92 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0278383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.462;QD=57.8037;RBI=0.0566278;REFB=-0.00332644;REVB=-0.0493127;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113949;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000492742;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:30:41:1:0:31:41:1:0 chr4 140021554 . G A 180.95 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0301114;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.252;QD=22.6184;RBI=0.030438;REFB=-0.0261593;REVB=-0.00444677;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0161963;OID=.;OPOS=140021554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:7:7:10:8:7:7 chr4 140310520 . T C 236.49 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.00305188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.774;QD=13.5134;RBI=0.0152863;REFB=-0.0264507;REVB=-0.0149786;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24649;STB=0.639031;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0413577;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:15:13:10:32:15:13:10:32 chr4 140417671 . G C 753.52 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.282;QD=61.5115;RBI=0.0142897;REFB=-0.0852863;REVB=-0.00496916;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.507933;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000561396;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:31:17:0:1:31:17:0:1 chr4 140651584 . TCTG T 99.95 PASS AF=1;AO=4;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497247;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.259;QD=39.9789;RBI=0.0987923;REFB=0;REVB=0.0853661;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00169177;OID=.;OPOS=140651585;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:11:10:10:0:5:5:0:0:4:0:4:0:0:0 chr4 140810334 . T C 723.73 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00924963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.426;QD=54.621;RBI=0.0102344;REFB=-0.149743;REVB=-0.00438033;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000447611;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:53:0:1:52:52:0.981132:23:29:0:0:23:29:1:0 chr4 140810637 . C T 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000493258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0212;QD=51.9069;RBI=0.0219852;REFB=0;REVB=-0.0219797;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0004111;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr4 140811084 . C T 137.82 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.124234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.552;QD=39.3764;RBI=0.124628;REFB=-0.0509706;REVB=-0.00990166;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00798689;OID=.;OPOS=140811084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:7:5:0:1:7:6:0:1 chr4 141294814 . G C 138.19 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00878964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.864;QD=7.36994;RBI=0.0167651;REFB=-0.0127285;REVB=0.0142762;RO=55;SAF=7;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196101;STB=0.618927;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0322011;OID=.;OPOS=141294814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:13:7:28:27:13:7:28:27 chr4 141383121 . A T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0052379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.353;QD=23.2358;RBI=0.0203921;REFB=-0.00459798;REVB=-0.0197079;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336458;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304641;OID=.;OPOS=141383121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:7:11:8:5:7:11:8:5 chr4 141499166 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00750692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.94;QD=19.9055;RBI=0.016497;REFB=-0.0030291;REVB=0.01469;RO=27;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689677;STB=0.538435;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00233971;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:20:10:11:16:20:10:11:16 chr4 141543997 . G A 724.23 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.193;QD=54.6586;RBI=0.0377763;REFB=-0.125246;REVB=0.0359041;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000952654;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:29:23:0:0:29:23:0:1 chr4 141598126 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00976108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.674;QD=21.6305;RBI=0.0420496;REFB=-0.0174173;REVB=0.040901;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153037;STB=0.58471;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0167743;OID=.;OPOS=141598126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:15:9:17:13:15:9 chr4 141600320 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0183611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6053;QD=12.1827;RBI=0.0225011;REFB=-0.00443056;REVB=0.0130065;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480118;STB=0.786298;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0024949;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:10:5:8:2:10:5 chr4 141974816 . A C 291.66 PASS AF=0.619048;AO=24;DP=40;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00901954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.476;QD=27.7769;RBI=0.0657254;REFB=-0.0350596;REVB=0.0651036;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22549;STB=0.599924;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0137119;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:16:16:24:26:0.619048:9:15:5:11:11:15:5:11 chr4 142654084 . C A 928.48 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.08;QD=58.03;RBI=0.0234253;REFB=0;REVB=0.0189302;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12372e-05;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:35:26:0:0:38:26:0:0 chr4 143067053 . C T 1208.82 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.993;QD=61.2062;RBI=0.0183803;REFB=0;REVB=-0.0113612;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31975e-06;OID=.;OPOS=143067053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr4 143235865 . C G 463.85 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00250983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.35;QD=14.9628;RBI=0.0139862;REFB=0.0030336;REVB=-0.0137591;RO=71;SAF=27;SAR=25;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045559;STB=0.529254;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00408381;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:72:52:52:0.419355:25:27:40:31:25:27:41:31 chr4 143268702 . A G 719.5 PASS AF=0.458333;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00512621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.063;QD=17.131;RBI=0.0155508;REFB=-0.0123626;REVB=-0.0146816;RO=89;SAF=25;SAR=52;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849068;STB=0.555145;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0132252;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:89:91:77:77:0.458333:52:25:36:53:52:25:38:53 chr4 143324094 . G A 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00497919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3027;QD=24.9762;RBI=0.0299586;REFB=-0.00307403;REVB=-0.0295419;RO=21;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633729;STB=0.534862;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00334942;OID=.;OPOS=143324094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:10:23:13:8:10:23:13:8 chr4 144135718 . G A 891.09 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00793246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8234;QD=54.8361;RBI=0.00793881;REFB=-0.0274646;REVB=0.000317384;RO=2;SAF=37;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522397;STB=0.502767;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00327571;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:26:37:1:1:26:37:1:1 chr4 144442611 . T C 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0302727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.408;QD=9.75846;RBI=0.0327131;REFB=0.00590423;REVB=-0.0123981;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384023;STB=0.734638;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0193568;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:8:4:5:2:8:4 chr4 144467104 . T C 863.39 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158375;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.706;QD=57.5593;RBI=0.0120929;REFB=0;REVB=-0.0119887;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177303;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr4 144617397 . A T 259.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0311199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.689;QD=14.6277;RBI=0.0311339;REFB=0.00736926;REVB=0.000932586;RO=40;SAF=21;SAR=9;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331226;STB=0.681825;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0194777;OID=.;OPOS=144617397;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:9:21:15:25:9:21:16:25 chr4 144617842 . G T 386.65 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0303194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.769;QD=20.8999;RBI=0.0312987;REFB=-0.0194551;REVB=-0.0077681;RO=35;SAF=15;SAR=24;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138332;STB=0.507655;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0152454;OID=.;OPOS=144617842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:24:15:14:21:24:15:14:21 chr4 144618610 . G C 1120.55 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262678;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.493;QD=58.9765;RBI=0.0275165;REFB=-0.112006;REVB=-0.00819521;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557224;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:76:1:0:73:76:1:35:38:1:0:36:40:0:0 chr4 144619921 . C T 367.12 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00765814;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2481;QD=18.5881;RBI=0.0116092;REFB=0.0122158;REVB=-0.00872503;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151967;STB=0.595189;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00397351;OID=.;OPOS=144619921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:41:37:38:0.481013:19:18:26:14:20:18:27:14 chr4 144620758 . C T 122.3 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00037444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.1649;QD=15.7812;RBI=0.044876;REFB=-0.00405627;REVB=-0.0448745;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278988;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00648632;OID=.;OPOS=144620758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:9:8:7:7:9:8 chr4 144794616 . C T 201.54 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0128507;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.516;QD=17.1519;RBI=0.024765;REFB=-0.0134806;REVB=-0.0211699;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316448;STB=0.687317;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0229271;OID=.;OPOS=144794616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:20:21:0.446809:14:6:16:10:15:6:16:10 chr4 144799840 . G A 183.07 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00587802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.273;QD=25.2512;RBI=0.0240701;REFB=-0.012248;REVB=-0.0233414;RO=10;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22024;STB=0.647968;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0137029;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:10:11:18:18:0.62069:14:4:5:5:14:4:6:5 chr4 144801662 . C T 354.48 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=111;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.000264261;FXX=0.216197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3362;QD=16.2981;RBI=0.0027773;REFB=-0.00133082;REVB=0.0027647;RO=48;SAF=24;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154863;STB=0.576537;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00233047;OID=.;OPOS=144801662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:87:48:48:38:39:0.448276:14:24:23:25:15:24:23:25 chr4 144920596 . G A 249.69 PASS AF=0.521739;AO=21;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0298869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.366;QD=21.712;RBI=0.0302362;REFB=0.000299444;REVB=-0.00458263;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201579;STB=0.590669;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000634534;OID=.;OPOS=144920596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:22:21:24:0.521739:10:11:5:13:13:11:6:16 chr4 144922436 . T G 64.55 PASS AF=0.138298;AO=12;DP=94;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00167851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.073;QD=2.74674;RBI=0.0212834;REFB=-0.00713815;REVB=-0.0212171;RO=80;SAF=4;SAR=8;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118487;STB=0.531467;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0401953;OID=.;OPOS=144922436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:94:80:81:12:13:0.138298:8:4:34:46:8:5:34:47 chr4 145041686 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1183;QD=47.8207;RBI=0.0121257;REFB=0;REVB=0.0109616;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159829;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:11:5:0:0 chr4 145041741 . T G 246.68 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.045299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.667;QD=46.9858;RBI=0.0493285;REFB=-0.134414;REVB=0.0195269;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545407;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00229835;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:15:5:0:0:15:5:1:0 chr4 146054799 . G C 441.06 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0105012;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6155;QD=24.5031;RBI=0.0314844;REFB=-0.0324613;REVB=0.0296815;RO=30;SAF=27;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785594;STB=0.504308;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.016476;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:30:30:42:42:0.583333:15:27:19:11:15:27:19:11 chr4 146055117 . T C 209.11 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00504236;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.677;QD=16.4008;RBI=0.0237954;REFB=-0.00806074;REVB=0.023255;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511935;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0111241;OID=.;OPOS=146055117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:11:11:14:14:12:11:14:14 chr4 146576418 . G C 508.77 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00833609;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0786;QD=16.5453;RBI=0.0236432;REFB=-0.0194473;REVB=0.0221249;RO=65;SAF=20;SAR=35;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173683;STB=0.601772;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0270899;OID=.;OPOS=146576418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:65:68:55:55:0.447154:35:20:35:30:35:20:37:31 chr4 147176501 . T C 140.54 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00871735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2565;QD=13.3843;RBI=0.101991;REFB=-0.0257038;REVB=0.101618;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356248;STB=0.707348;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0482251;OID=.;OPOS=147176501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:17:9:11:5:17:9 chr4 147176571 . C A 166.41 PASS AF=0.4;AO=12;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0257666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4125;QD=14.7918;RBI=0.0323309;REFB=-0.0247559;REVB=-0.0195287;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208428;STB=0.642181;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0373429;OID=.;OPOS=147176571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:27:12:18:0.4:7:5:14:9:11:7:17:10 chr4 147788709 . C T 717.82 PASS AF=0.427027;AO=76;DP=182;FAO=79;FDP=185;FR=.;FRO=106;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.0024297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.574;QD=15.5205;RBI=0.00826018;REFB=-0.00368843;REVB=0.00789475;RO=103;SAF=40;SAR=36;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420975;STB=0.536239;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00441142;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:103:106:76:79:0.427027:36:40:50:53:36:43:51:55 chr4 147824864 . G A 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0895;QD=57.7079;RBI=0.0322194;REFB=0;REVB=-0.00142611;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187779;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr4 148944467 . A G 445.83 PASS AF=0.565789;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.017225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.256;QD=23.4646;RBI=0.0172309;REFB=-0.0263164;REVB=-0.000450544;RO=32;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105746;STB=0.55553;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0202813;OID=.;OPOS=148944467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:32:33:42:43:0.565789:24:18:18:14:25:18:18:15 chr4 149000024 . C T 520.55 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.969;QD=59.4913;RBI=0.0577196;REFB=0;REVB=0.0209939;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600469;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:14:15:0:0:14:21:0:0 chr4 149002016 . AT A,TA 224.46 PASS AF=1,0;AO=26,2;DP=43;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040053,-0.038725;FXX=0.0454442;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.12603,15.4017;QD=21.3774;RBI=0.158469,0.051956;REFB=-0.0172675,-0.0308343;REVB=0.153324,0.0346381;RO=8;SAF=7,1;SAR=19,1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0106146,0.269415;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00536636,0.0102832;OID=.,.;OPOS=149002017,149002016;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:42:8:0:26,2:42,0:1,0:19,1:7,1:2:6:29,0:13,0:0:0 chr4 149356516 . A G 445.81 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0128789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.223;QD=13.9316;RBI=0.014134;REFB=-0.0128929;REVB=-0.00582273;RO=75;SAF=23;SAR=28;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589255;STB=0.533484;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0140295;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:77:51:51:0.398438:28:23:38:37:28:23:39:38 chr4 149357475 . C T 164.98 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00612927;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.513;QD=28.6918;RBI=0.0264474;REFB=-0.0240784;REVB=0.0257273;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736045;STB=0.540932;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00871525;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:7:7:16:16:0.695652:7:9:3:4:7:9:3:4 chr4 149358014 . G C 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00681608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.183;QD=27.4996;RBI=0.0112677;REFB=-0.0260312;REVB=0.00897226;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783325;STB=0.543351;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0117203;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:11:8:3:7:11:8:3:7 chr4 151177340 . CC TG 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=301.144;QD=23.2183;RBI=0.0333252;REFB=0.00544647;REVB=0.0333252;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000500617;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr4 151505322 . T A 188.1 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0543638;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.565;QD=14.196;RBI=0.056001;REFB=-0.00482755;REVB=-0.0134421;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129544;STB=0.573707;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00614125;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:9:22:13:9:9:22 chr4 152041502 . C G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.494;QD=51.1805;RBI=0.0278988;REFB=0;REVB=-0.0184825;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81201e-05;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr4 152065197 . C T 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0133492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.157;QD=27.2218;RBI=0.0312865;REFB=-0.0287662;REVB=0.0282957;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116251;STB=0.564304;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.019512;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:15:10:9:7:15:10:9:7 chr4 152069090 . A G 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.000888343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.502;QD=17.8518;RBI=0.00389942;REFB=-0.021232;REVB=-0.00379688;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149025;STB=0.583287;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0185742;OID=.;OPOS=152069090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:15:21:17:23:15:21:17:23 chr4 152070633 . T A 544.2 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0144008;FXX=0.0176975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.381;QD=19.6107;RBI=0.0248571;REFB=-0.00194771;REVB=0.0202606;RO=54;SAF=37;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133992;STB=0.570375;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0025043;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:54:55:56:56:0.504505:19:37:28:26:19:37:29:26 chr4 152212603 . T G 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0174813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4202;QD=15.65;RBI=0.0452766;REFB=-0.0209005;REVB=0.0417657;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122295;STB=0.505148;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0284204;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:9:7:9:11:9:7:9:12 chr4 152622628 . G A 265.57 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.048267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.18;QD=20.0434;RBI=0.0578523;REFB=-0.0382309;REVB=0.0318933;RO=25;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290747;STB=0.663033;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0218004;OID=.;OPOS=152622628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:21:7:14:11:21:7:14:11 chr4 153690842 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.606;QD=56.9364;RBI=0.0472402;REFB=0;REVB=0.0460153;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187701;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr4 153896765 . G C 402.07 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.053696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4354;QD=21.7338;RBI=0.101498;REFB=-0.0149154;REVB=-0.0861309;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712351;STB=0.546938;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00915213;OID=.;OPOS=153896765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:34:40:40:0.540541:24:16:16:17:24:16:17:17 chr4 153898178 . A G 347.95 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0136849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8683;QD=51.5486;RBI=0.0459049;REFB=-0.125598;REVB=0.0438177;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00488317;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:17:9:0:0:17:9:0:1 chr4 154217141 . G A,GA 31.02 PASS AF=0,0.380952;AO=3,3;DP=25;FAO=0,8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2;FSAR=0,6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.101129,0.157376;FXX=0.0454339;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=28.3961,11.6975;QD=5.90826;RBI=0.116006,0.167039;REFB=-0.0692428,-0.0823755;REVB=0.0568355,-0.0559883;RO=18;SAF=0,1;SAR=3,2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.585524,-0.125938;STB=0.5,0.6918;STBP=1,0.179;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.113338;OID=.,.;OPOS=154217141,154217142;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:25:21:18:13:3,3:0,8:0,0.380952:3,2:0,1:8:10:0,6:0,2:7:6 chr4 154478222 . C T 599.93 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0534476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2458;QD=58.5299;RBI=0.0565268;REFB=0.068083;REVB=0.018402;RO=1;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374761;STB=0.51999;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0175975;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:12:28:0:1:12:28:0:1 chr4 154479430 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.536;QD=55.6557;RBI=0.0187332;REFB=0;REVB=0.012685;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276108;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr4 154513627 . A G 493.29 PASS AF=0.573171;AO=42;DP=78;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0153202;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.359;QD=24.0628;RBI=0.0212679;REFB=-0.0334792;REVB=0.0147517;RO=35;SAF=23;SAR=19;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190707;STB=0.583514;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0218258;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:35:35:42:47:0.573171:19:23:11:24:23:24:11:24 chr4 154513722 . C T 330.4 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.031713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.687;QD=15.9227;RBI=0.0363201;REFB=-0.00669417;REVB=-0.017704;RO=46;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238249;STB=0.522838;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00889618;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:36:36:0.433735:25:11:15:31:25:11:16:31 chr4 154514965 . T C 295.54 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0175822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.559;QD=15.3525;RBI=0.0192411;REFB=-0.0284186;REVB=0.00781574;RO=44;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167638;STB=0.594622;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0379252;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:14:19:18:26:14:19:18:26 chr4 154631543 . A T 1029.78 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00110922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.19;QD=58.0159;RBI=0.0261509;REFB=-0.186321;REVB=-0.0261274;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00121116;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:0:1:69:70:0.985915:34:35:0:0:34:36:1:0 chr4 154631563 . T C 315.75 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00515324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.654;QD=15.0356;RBI=0.0132061;REFB=-0.0126223;REVB=-0.0121591;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252352;STB=0.514278;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0168732;OID=.;OPOS=154631563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:18:17:25:24:18:17:25:24 chr4 154636601 . TG T 37.23 PASS AF=0.296296;AO=5;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0445136;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3225;QD=5.51604;RBI=0.071856;REFB=-0.00780448;REVB=-0.0564077;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.565789;SSSB=-0.509233;STB=0.881953;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0302902;OID=.;OPOS=154636602;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:5:27:8:27:19:1:7:13:6:37:18:1:4:12:6 chr4 154709856 . A C 750.71 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267316;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.872;QD=63.8903;RBI=0.0313076;REFB=0;REVB=0.0162969;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234648;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr4 155156207 . G A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0132986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.274;QD=14.5321;RBI=0.0185802;REFB=-0.00332356;REVB=0.0129758;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19593;STB=0.610652;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00416021;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:15:14:27:13:15:14:27:13 chr4 155156412 . G A 293.61 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0295603;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.657;QD=16.7774;RBI=0.0312612;REFB=-0.013106;REVB=0.0101711;RO=38;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407594;STB=0.522921;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0149573;OID=.;OPOS=155156412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:38:38:32:32:0.457143:13:19:21:17:13:19:21:17 chr4 155241572 . G A 459.68 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=1.92447e-05;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.448;QD=16.7157;RBI=0.00176068;REFB=-0.0110097;REVB=0.00176057;RO=58;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831578;STB=0.536349;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00889275;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:58:60:50:50:0.454545:25:25:24:34:25:25:26:34 chr4 155243573 . C T 1418.76 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133042;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6594;QD=63.0562;RBI=0.0162569;REFB=0;REVB=-0.00934264;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476934;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr4 155243604 . T C 1139.14 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7283;QD=59.1761;RBI=0.0364311;REFB=-0.166254;REVB=0.0149284;RO=1;SAF=30;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155095;STB=0.507934;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00305982;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:45:30:1:0:45:31:1:0 chr4 155244401 . TTTTG T 64.85 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0057177;FXX=0.0951928;HRUN=4;LEN=4;MLLD=214.456;QD=13.6528;RBI=0.0240609;REFB=0.00326403;REVB=0.0233716;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.318807;SSSB=3.27427e-08;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=del;VARB=-0.00543189;OID=.;OPOS=155244402;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:7:18:9:19:10:5:4:4:6:64:0:5:2:0:0 chr4 155244475 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.857;QD=50.4135;RBI=0.0538697;REFB=0;REVB=-0.00691289;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702385;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr4 155256177 . A G 1084.13 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0333135;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.124;QD=57.0596;RBI=0.0335267;REFB=-0.0765249;REVB=0.00377477;RO=3;SAF=32;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169688;STB=0.514702;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00356414;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:3:2:72:74:0.973684:40:32:2:1:41:33:2:0 chr4 155256205 . G A 773.38 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.538;QD=56.2459;RBI=0.0652896;REFB=0;REVB=0.0650649;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273117;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:25:25:0:0:29:26:0:0 chr4 155407680 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.753;QD=55.0954;RBI=0.0701135;REFB=0;REVB=0.0584857;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470526;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr4 155410822 . G A 1368.47 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0226749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2292;QD=58.8589;RBI=0.0247123;REFB=-0.0544441;REVB=0.00982584;RO=1;SAF=52;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902749;STB=0.508485;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00105537;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:93:1:3:89:90:0.967742:37:52:1:0:37:53:1:2 chr4 155411065 . T C 1807.07 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139608;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.122;QD=61.2565;RBI=0.0145525;REFB=0;REVB=-0.00410739;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73081e-06;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:117:118:1:61:56:0:0:61:57:0:0 chr4 155411104 . A C 1896.13 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4155;QD=61.6629;RBI=0.00843169;REFB=0;REVB=0.00431545;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00779e-06;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:56:67:0:0:56:67:0:0 chr4 155507590 . T C 204.92 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0424509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0909;QD=16.3933;RBI=0.0430598;REFB=-0.014786;REVB=-0.00721602;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902056;STB=0.551675;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0220374;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:14:15:9:12:14:15 chr4 155719189 . T G 442.79 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0129725;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.938;QD=22.4195;RBI=0.0220732;REFB=-0.00464501;REVB=0.0178589;RO=34;SAF=17;SAR=26;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01094;STB=0.516421;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00399939;OID=.;OPOS=155719189;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:36:43:43:0.544304:26:17:13:21:26:17:13:23 chr4 155720274 . T C 481.27 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012332;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.705;QD=56.6198;RBI=0.0197875;REFB=-0.0566705;REVB=0.0154747;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00115415;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:16:17:1:0:16:17:1:0 chr4 155720346 . AGGC AGC,AGGA 549.66 PASS AF=0.311475,0.540984;AO=16,33;DP=61;FAO=19,33;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=19,13;FSAR=0,20;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.125543,0.0370761;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=18.676,170.979;QD=36.0435;RBI=0.126618,0.0375164;REFB=-0.0808077,-0.000391977;REVB=-0.0164597,0.00573121;RO=11;SAF=16,13;SAR=0,20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.398142,0;SSSB=0.84364,0.0146807;STB=0.999209,0.539147;STBP=0,0.344;TYPE=del,snp;VARB=0.113287,-0.000312019;OID=.,.;OPOS=155720347,155720349;OREF=G,C;OALT=-,A;OMAPALT=AGC,AGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.311475,0.540984:16,33:61:19,33:61:9:19,13:0,20:2:7:99:11:16,13:0,20:4:7 chr4 156135676 . C T 262.39 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0277075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6375;QD=14.9939;RBI=0.0382053;REFB=-0.00502895;REVB=0.0263048;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344396;STB=0.51948;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00617314;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:16:24:17:13:16:24 chr4 156136027 . C T 128.98 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000344999;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.411;QD=11.9984;RBI=0.0164052;REFB=0.00238163;REVB=0.0164015;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943073;STB=0.544832;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00426914;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:28:15:15:0.348837:8:7:16:13:8:7:15:13 chr4 156273768 . T C 237.37 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00452615;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.233;QD=15.8247;RBI=0.00486462;REFB=-0.0109937;REVB=0.00178283;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028402;STB=0.51484;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.015264;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:27:27:0.45:13:14:17:14:13:14:18:15 chr4 156274377 . T C 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0325429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9895;QD=14.3988;RBI=0.0327751;REFB=0.0117327;REVB=-0.00389479;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160477;STB=0.590901;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0152094;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:12:13:23:11:12:13:23:11 chr4 156276289 . C T 251.79 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0204566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7143;QD=20.5542;RBI=0.0301914;REFB=-0.00634766;REVB=0.0222046;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272803;STB=0.653141;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0126461;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:17:8:15:9:17:8 chr4 156276317 . A G 238.42 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00518194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4652;QD=27.2485;RBI=0.032245;REFB=-0.0156601;REVB=0.0318259;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251622;STB=0.643298;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0139078;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:21:22:0.628571:14:7:9:4:15:7:9:4 chr4 156379973 . G T 563.27 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0081437;FXX=0.0403193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9804;QD=18.9334;RBI=0.0353237;REFB=-0.0103645;REVB=-0.0343721;RO=61;SAF=27;SAR=31;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115024;STB=0.563615;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0146084;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:119:61:61:58:58:0.487395:31:27:36:25:31:27:36:25 chr4 156380807 . T G 438.21 PASS AF=0.375;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0065384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.69;QD=12.8885;RBI=0.0122012;REFB=-0.0122231;REVB=-0.0103014;RO=85;SAF=23;SAR=28;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476083;STB=0.527067;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0183117;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:85:85:51:51:0.375:28:23:42:43:28:23:42:43 chr4 156382707 . T A 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0158438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.881;QD=18.6453;RBI=0.015846;REFB=-0.0184165;REVB=-0.00026154;RO=48;SAF=13;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141503;STB=0.579178;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.018299;OID=.;OPOS=156382707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:30:13:21:27:30:13:21:27 chr4 156382738 . A C 318.72 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00278745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8474;QD=20.8993;RBI=0.00833044;REFB=0.00114697;REVB=0.00785024;RO=28;SAF=9;SAR=24;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134577;STB=0.507458;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00149189;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:24:9:8:20:24:9:8:20 chr4 156632391 . A G 683.22 PASS AF=0.961538;AO=51;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00780555;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=278.744;QD=52.5551;RBI=0.015189;REFB=-0.0280092;REVB=0.0130299;RO=2;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408952;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000534814;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:52:2:2:51:50:0.961538:22:29:0:2:22:28:0:2 chr4 156706412 . C T 312.79 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0887677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8665;QD=50.0459;RBI=0.0906808;REFB=-0.0604705;REVB=-0.0185283;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0119881;OID=.;OPOS=156706412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:0:1:10:14:0:1 chr4 156706482 . G A 294.19 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585489;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2951;QD=53.4881;RBI=0.0616736;REFB=0;REVB=-0.0193819;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138405;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr4 156787340 . G A 745.03 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333162;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.687;QD=56.2287;RBI=0.0407534;REFB=0;REVB=0.0234707;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341648;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:37:15:0:0:37:16:0:0 chr4 157557726 . A G 1319.37 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0307912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2323;QD=58.6385;RBI=0.0795543;REFB=-0.0222174;REVB=-0.0733539;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108921;STB=0.505746;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=9.50717e-06;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:1:3:87:87:0.966667:43:44:0:1:43:44:1:2 chr4 158043559 . C T 277.22 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00861607;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9945;QD=13.3599;RBI=0.0391024;REFB=-0.0129377;REVB=-0.0381413;RO=51;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606011;STB=0.534506;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0172038;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:51:32:32:0.385542:21:11:15:36:21:11:15:36 chr4 158065038 . T C 1223.52 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070845;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.009;QD=61.1758;RBI=0.0714697;REFB=0;REVB=0.00942898;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141342;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:34:45:0:0:34:46:0:0 chr4 158238830 . T C 1080.26 PASS AF=0.460581;AO=110;DP=239;FAO=111;FDP=241;FR=.;FRO=130;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=82;FWDB=0.00776779;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.494;QD=17.9295;RBI=0.0107007;REFB=-0.00515931;REVB=-0.00735981;RO=127;SAF=56;SAR=54;SRF=47;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134709;STB=0.577546;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00739186;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:241:127:130:110:111:0.460581:54:56:47:80:54:57:48:82 chr4 159076826 . C T 1324.84 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0025617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.573;QD=60.9123;RBI=0.012939;REFB=0.0437853;REVB=-0.0126829;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976886;STB=0.505153;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000140601;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:48:38:0:1:48:38:0:1 chr4 159092633 . A G 1046.62 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031594;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9797;QD=59.8066;RBI=0.0344175;REFB=0;REVB=-0.0136522;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54373e-05;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr4 159601676 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.543;QD=58.5866;RBI=0.0345593;REFB=0;REVB=0.0342719;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023568;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr4 159826773 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.355;QD=59.4356;RBI=0.0288451;REFB=0;REVB=0.0179773;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01959e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr4 159894250 . C T 764.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.598;QD=63.7403;RBI=0.0117369;REFB=0;REVB=-0.0104492;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32233e-05;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr4 159894305 . T C 977.06 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133186;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.857;QD=57.474;RBI=0.0489104;REFB=-0.0299697;REVB=0.0470621;RO=2;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560176;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:2:0:65:68:1:20:45:0:2:23:45:0:0 chr4 159894391 . G A 232.3 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000876064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6812;QD=14.7494;RBI=0.000897122;REFB=-0.00321745;REVB=-0.000193233;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204819;STB=0.516002;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00316241;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:36:26:27:0.428571:12:14:19:15:12:15:19:17 chr4 160271310 . T A,TA 40.55 PASS AF=0.0666667,0.366667;AO=2,11;DP=31;FAO=2,11;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2,9;FSAR=0,2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0182239,-0.0162616;FXX=0;HRUN=3,8;LEN=1,1;MLLD=23.7319,6.75088;QD=5.40615;RBI=0.17505,0.13601;REFB=-0.0828401,-0.141108;REVB=0.174098,0.135034;RO=16;SAF=2,9;SAR=0,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.450392,0.104637;STB=0.992705,0.5998;STBP=0.328,0.547;TYPE=snp,ins;VARB=0.119685,0.159494;OID=.,.;OPOS=160271310,160271311;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:31:30:16:17:2,11:2,11:0.0666667,0.366667:0,2:2,9:12:4:0,2:2,9:12:5 chr4 160428588 . G A 531.22 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0216458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.087;QD=54.4839;RBI=0.0497876;REFB=-0.12618;REVB=0.044836;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00218361;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:39:1:1:36:38:0.974359:15:21:1:0:16:22:1:0 chr4 162307060 . G T 587.88 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.00840719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.39;QD=15.171;RBI=0.0137538;REFB=-0.00712818;REVB=-0.0108852;RO=89;SAF=36;SAR=30;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869519;STB=0.548637;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00963366;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:89:89:66:66:0.425806:30:36:41:48:30:36:41:48 chr4 164048199 . G C 924.86 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375174;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7708;QD=57.8037;RBI=0.0409902;REFB=0;REVB=0.0165121;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00868367;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:1:0:62:64:1:31:31:1:0:32:32:0:0 chr4 164085425 . T C 1461.71 PASS AF=0.929825;AO=102;DP=114;FAO=106;FDP=114;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.060499;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.99;QD=51.2882;RBI=0.06576;REFB=-0.125654;REVB=0.025773;RO=8;SAF=40;SAR=62;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389216;STB=0.520577;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00199782;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:114:114:8:8:102:106:0.929825:62:40:1:7:63:43:1:7 chr4 164272857 . T C 377.99 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0112745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.014;QD=18.8997;RBI=0.0129415;REFB=-0.012243;REVB=0.0063536;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706291;STB=0.539335;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00770189;OID=.;OPOS=164272857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:17:22:20:21:17:22:20:21 chr4 164415930 . C T 357.0 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0194272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.02;QD=17.6296;RBI=0.0196385;REFB=-0.0293937;REVB=0.00287321;RO=42;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324744;STB=0.518509;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0294374;OID=.;OPOS=164415930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:37:38:0.469136:19:18:19:23:19:19:20:23 chr4 164433954 . T C 192.44 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00251318;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9282;QD=13.5046;RBI=0.024183;REFB=-0.0134603;REVB=-0.0240521;RO=34;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354199;STB=0.702855;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0207784;OID=.;OPOS=164433954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:34:23:23:0.403509:7:16:12:22:7:16:12:22 chr4 164435265 . A C 202.86 PASS AF=0.409836;AO=18;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.20415;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.9334;QD=13.3022;RBI=0.204762;REFB=-0.0296181;REVB=0.0158226;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283849;STB=0.592031;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0363094;OID=.;OPOS=164435265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:36:18:25:0.409836:8:10:6:17:10:15:16:20 chr4 164440581 . T C 422.32 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0179255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6419;QD=20.8553;RBI=0.0348749;REFB=-0.0114624;REVB=0.0299155;RO=39;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875706;STB=0.540521;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00765883;OID=.;OPOS=164440581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:39:41:42:0.518519:25:16:19:20:25:17:19:20 chr4 164466824 . C T 723.18 PASS AF=0.596491;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0059945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.803;QD=25.3747;RBI=0.0141802;REFB=-0.0156648;REVB=-0.0128508;RO=46;SAF=28;SAR=40;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175558;STB=0.509551;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00741369;OID=.;OPOS=164466824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:46:46:68:68:0.596491:40:28:20:26:40:28:20:26 chr4 165541901 . A G 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00842058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.73;QD=15.171;RBI=0.0253652;REFB=-0.00876497;REVB=0.0239267;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109992;STB=0.580546;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00858906;OID=.;OPOS=165541901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:5:12:14:9:5:12:14:10 chr4 165878335 . A G 216.5 PASS AF=0.456522;AO=13;DP=49;FAO=21;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0199194;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6919;QD=18.826;RBI=0.0434377;REFB=-0.0157787;REVB=-0.0386012;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100301;STB=0.506323;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0223812;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:23:25:13:21:0.456522:4:9:14:9:12:9:11:14 chr4 166000195 . A G 408.35 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.318;QD=56.3235;RBI=0.0443951;REFB=0;REVB=0.0393409;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232549;OID=.;OPOS=166000195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:6:20:0:0:8:21:0:0 chr4 166199390 . C T 663.03 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00737883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.361;QD=19.08;RBI=0.0141808;REFB=-0.00375935;REVB=0.0121098;RO=71;SAF=36;SAR=31;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510004;STB=0.531342;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00346371;OID=.;OPOS=166199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:72:67:67:0.482014:31:36:42:29:31:36:43:29 chr4 166231868 . A G 1647.18 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354209;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.91;QD=59.3578;RBI=0.0361798;REFB=-0.0797312;REVB=0.00737138;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.503999;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00032355;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:110:110:0.990991:62:48:0:0:62:48:0:1 chr4 166915616 . G A 757.98 PASS AF=0.577236;AO=70;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00742703;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.391;QD=24.6497;RBI=0.00923087;REFB=-0.00938199;REVB=-0.00548162;RO=51;SAF=38;SAR=32;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066365;STB=0.528364;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0110508;OID=.;OPOS=166915616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:51:52:70:71:0.577236:32:38:32:19:32:39:32:20 chr4 167012381 . G A 2774.05 PASS AF=0.994444;AO=178;DP=181;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0520527;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3784;QD=61.6456;RBI=0.0620409;REFB=0.0608955;REVB=-0.0337578;RO=1;SAF=92;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550342;STB=0.50289;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00031459;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:180:1:1:178:179:0.994444:86:92:0:1:86:93:0:1 chr4 167012480 . T C 1769.61 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322583;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.086;QD=59.9867;RBI=0.0551894;REFB=-0.0980708;REVB=0.0447802;RO=1;SAF=58;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811835;STB=0.504273;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000580605;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:117:117:0.991525:59:58:1:0:59:58:1:0 chr4 167020644 . A G 2004.77 PASS AF=0.984962;AO=128;DP=136;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00872928;FXX=0.0220572;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7353;QD=60.2938;RBI=0.0187139;REFB=0.0593685;REVB=-0.0165533;RO=1;SAF=60;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785446;STB=0.508195;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000744044;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:133:1:2:128:131:0.984962:68:60:1:0:71:60:2:0 chr4 167023255 . A G 782.63 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113981;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.575;QD=56.9184;RBI=0.0156164;REFB=0;REVB=-0.0106749;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288063;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr4 167063842 . C T 132.95 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00016648;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9274;QD=10.2269;RBI=0.0100917;REFB=-0.0128124;REVB=-0.0100903;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169559;STB=0.606778;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.010072;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:35:17:17:0.326923:9:8:11:23:9:8:11:24 chr4 167654960 . C G 98.44 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00361503;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.239;QD=13.578;RBI=0.0436954;REFB=-0.0194264;REVB=0.0435456;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31084;STB=0.689384;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0267002;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:29:16:17:12:12:0.413793:6:6:13:3:6:6:14:3 chr4 168584259 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.469;QD=50.4134;RBI=0.0181754;REFB=0;REVB=0.01465;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69888e-05;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr4 169141748 . T A 32.42 PASS AF=0.0652174;AO=18;DP=275;FAO=18;FDP=276;FR=.;FRO=258;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=136;FSRR=122;FWDB=-0.0195418;FXX=0.0107523;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.736;QD=0.469843;RBI=0.0223692;REFB=-0.000656143;REVB=-0.0108857;RO=243;SAF=4;SAR=14;SRF=128;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331418;STB=0.834966;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.103822;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:275:276:243:258:18:18:0.0652174:14:4:128:115:15:3:136:122 chr4 169282355 . T C 871.35 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096244;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.057;QD=58.09;RBI=0.0101568;REFB=0;REVB=0.00324517;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06341e-05;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr4 169299528 . T C 300.61 PASS AF=0.4;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0181421;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.962;QD=14.1465;RBI=0.0181702;REFB=-0.00992787;REVB=0.00101064;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248998;STB=0.641583;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0259132;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:51:34:34:0.4:12:22:21:30:12:22:21:30 chr4 169315760 . C A 406.78 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0252891;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.436;QD=22.5992;RBI=0.0260622;REFB=-0.0265206;REVB=0.00630071;RO=31;SAF=15;SAR=25;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449625;STB=0.514918;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0231429;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:31:32:40:40:0.555556:25:15:10:21:25:15:11:21 chr4 169317279 . C T 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0608295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3218;QD=16.4229;RBI=0.0608668;REFB=-0.00141096;REVB=-0.00213035;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00531108;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:4:7:6:5:4:7 chr4 169327191 . C T 115.59 PASS AF=0.285714;AO=15;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00322073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.329;QD=8.25626;RBI=0.00970398;REFB=-0.00952211;REVB=-0.00915391;RO=40;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232098;STB=0.607972;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0257375;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:40:40:15:16:0.285714:10:5:21:19:10:6:21:19 chr4 169336662 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8066;QD=43.485;RBI=0.0909284;REFB=0;REVB=-0.0868513;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00256485;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr4 169341435 . A G 1683.4 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00941467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.784;QD=58.5531;RBI=0.0119068;REFB=-0.130221;REVB=-0.00728943;RO=2;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158207;STB=0.508195;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000512142;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:115:2:2:112:113:0.982609:59:53:0:2:60:53:0:2 chr4 169362557 . C G 785.68 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.44;QD=62.8544;RBI=0.0640274;REFB=0;REVB=-0.0424425;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113591;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:29:18:0:0:29:21:0:0 chr4 169369820 . T A 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.196;QD=63.2825;RBI=0.0500794;REFB=0;REVB=0.047098;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229246;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr4 169369853 . A T 638.66 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.469;QD=59.4102;RBI=0.178127;REFB=0;REVB=0.0140192;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120294;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:1:0:41:43:1:23:18:1:0:23:20:0:0 chr4 169369920 . C T 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00669529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8817;QD=43.6818;RBI=0.0633959;REFB=8.97959e-05;REVB=-0.0630414;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708106;STB=0.538424;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000911239;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:12:8:0:2:12:8:0:2 chr4 169393595 . A G 1109.78 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045618;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2169;QD=58.4096;RBI=0.08333;REFB=0.0390399;REVB=0.0697345;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011681;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00135179;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:40:34:0:1:41:34:0:1 chr4 169621191 . G A 789.13 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140063;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4989;QD=57.3911;RBI=0.00875339;REFB=0;REVB=-0.00864061;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191104;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr4 169630204 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.3;QD=56.9378;RBI=0.0323249;REFB=0;REVB=0.0054911;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82254e-05;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr4 169806527 . A G 279.78 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0114017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1121;QD=14.1661;RBI=0.026618;REFB=-0.0175525;REVB=-0.0240525;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110259;STB=0.562609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.022144;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:15:17:20:27:15:17:20:27 chr4 169846359 . GCT G 639.71 PASS AF=1;AO=35;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419462;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.522;QD=59.5078;RBI=0.0419478;REFB=0;REVB=0.000357947;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000117801;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:44:43:43:0:23:20:0:0:4:0:20:15:0:0 chr4 169928842 . G T 3159.62 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429343;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.778;QD=64.1548;RBI=0.042971;REFB=0;REVB=-0.00177787;RO=0;SAF=85;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43178e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:197:0:0:197:197:1:112:85:0:0:112:85:0:0 chr4 170038894 . A G 336.47 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=0.01961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.578;QD=14.629;RBI=0.0346096;REFB=-0.0135133;REVB=-0.0285179;RO=55;SAF=12;SAR=24;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402793;STB=0.7149;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0156636;OID=.;OPOS=170038894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:55:36:37:0.402174:24:12:40:15:24:13:40:15 chr4 170581570 . G A 906.08 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241574;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9082;QD=58.4565;RBI=0.0455027;REFB=0;REVB=-0.0385605;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00078152;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr4 170663235 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.966;QD=53.9112;RBI=0.0393739;REFB=0;REVB=0.0084279;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121725;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:22:2:0:0:22:2:0:0 chr4 170678993 . T C 500.58 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.169;QD=58.8912;RBI=0.0802213;REFB=0;REVB=0.0132083;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246728;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:30:34:1:21:9:0:0:21:13:0:0 chr4 170987636 . A G 754.68 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00745645;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.307;QD=54.8856;RBI=0.0123758;REFB=-0.0779288;REVB=0.00987736;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00016541;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:33:21:1:0:33:21:1:0 chr4 170994373 . TGTTTTTC GTGTTTTC,TGTTTTC,TGTTTTCT 84.14 PASS AF=0,0.275362,0.0434783;AO=4,16,3;DP=70;FAO=0,19,3;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=0,10,0;FSAR=0,9,3;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0152516,0.0907961,0.0120263;FXX=0.0142837;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=18.94,12.9405,24.7499;QD=4.87781;RBI=0.0153743,0.126981,0.0618008;REFB=-0.0308939,-0.0473019,-0.0369675;REVB=0.00193878,0.0887707,0.0606193;RO=39;SAF=4,7,0;SAR=0,9,3;SRF=13;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.648041,0.127701,-0.445741;STB=0.5,0.645527,0.995369;STBP=1,0.165,0.162;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0692208,0.0881636,0.144972;OID=.,.,.;OPOS=170994373,170994375,170994379;OREF=TGT,T,TC;OALT=GTG,-,CT;OMAPALT=GTGTTTTC,TGTTTTC,TGTTTTCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:70:69:39:47:4,16,3:0,19,3:0,0.275362,0.0434783:0,9,3:4,7,0:13:26:0,9,3:0,10,0:15:32 chr4 172735897 . C G 949.67 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000149377;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1587;QD=55.8627;RBI=0.0849171;REFB=-0.101189;REVB=-0.084917;RO=2;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254515;STB=0.501347;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00675661;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:2:2:66:66:0.970588:30:36:1:1:30:36:1:1 chr4 174062875 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0736;QD=51.9166;RBI=0.045461;REFB=0;REVB=-0.0296127;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37407e-05;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr4 174062966 . G A 240.21 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.123821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0371;QD=28.2604;RBI=0.12383;REFB=0.0191264;REVB=0.00148921;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189913;STB=0.604306;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0191952;OID=.;OPOS=174062966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:12:12:22:22:0.647059:12:10:2:10:12:10:2:10 chr4 174090004 . G A 905.99 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.084;QD=56.624;RBI=0.0599296;REFB=-0.0897545;REVB=0.0582538;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000752096;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:24:39:0:0:24:39:0:1 chr4 174458022 . T A 566.34 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0164152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.991;QD=21.9938;RBI=0.0186899;REFB=0.000425434;REVB=0.00893606;RO=44;SAF=25;SAR=32;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548153;STB=0.508109;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00072488;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:44:46:57:57:0.553398:32:25:19:25:32:25:21:25 chr4 174459508 . G T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00788921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.448;QD=15.6036;RBI=0.0170864;REFB=-0.0195013;REVB=0.015156;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206958;STB=0.615928;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0228207;OID=.;OPOS=174459508;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:16:14:10:28:16:14:10:28 chr4 174537221 . T C 919.12 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0505825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2705;QD=54.0656;RBI=0.0506769;REFB=-0.0083651;REVB=-0.00309148;RO=3;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463917;STB=0.524583;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000649065;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:65:65:0.955882:29:36:0:3:29:36:0:3 chr4 174537356 . T A 1617.15 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.034642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.171;QD=57.2443;RBI=0.0369504;REFB=-0.110461;REVB=0.0128554;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.513272;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000435845;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:1:3:110:110:0.973451:55:55:0:1:55:55:0:3 chr4 174537471 . G A 1116.65 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.586;QD=60.3596;RBI=0.01605;REFB=0;REVB=-0.0157682;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61516e-05;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr4 174537658 . C T 214.52 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0192658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.565;QD=22.0018;RBI=0.0416882;REFB=-0.0173716;REVB=-0.0369694;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422861;STB=0.510992;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0126821;OID=.;OPOS=174537658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:11:9:9:9:11:10:9:9 chr4 175158212 . G T 452.8 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0412521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2206;QD=16.317;RBI=0.042186;REFB=-0.014069;REVB=-0.00882722;RO=61;SAF=23;SAR=27;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475126;STB=0.526533;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0190373;OID=.;OPOS=175158212;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:27:23:31:30:27:23:31:30 chr4 175225452 . G A 497.52 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00302533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.605;QD=26.5343;RBI=0.00378693;REFB=-0.00150288;REVB=0.00227777;RO=28;SAF=20;SAR=26;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552859;STB=0.521936;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00111243;OID=.;OPOS=175225452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:29:46:46:0.613333:26:20:10:18:26:20:11:18 chr4 175237408 . T C 946.66 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.469;QD=58.2561;RBI=0.054047;REFB=0;REVB=0.00444492;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184506;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:46:18:0:0:46:19:0:0 chr4 175443156 . C T 183.43 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0385628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4517;QD=13.3403;RBI=0.0419392;REFB=-0.0230068;REVB=-0.0164864;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923973;STB=0.574259;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0271857;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:21:22:0.4:12:9:11:21:12:10:11:22 chr4 175598334 . T C 1513.23 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.966;QD=59.93;RBI=0.0103764;REFB=0;REVB=-0.00821084;RO=0;SAF=33;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.32919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15743e-06;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:68:33:0:0:68:33:0:0 chr4 175688138 . A G 891.29 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00965802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.423;QD=52.4287;RBI=0.0421614;REFB=-0.0539008;REVB=0.0410403;RO=4;SAF=29;SAR=35;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033101;STB=0.517555;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000455347;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:68:68:4:4:64:64:0.941176:35:29:3:1:35:29:3:1 chr4 175688141 . G A 939.46 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.589;QD=55.2623;RBI=0.14924;REFB=0;REVB=0.0916299;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00733767;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:36:28:0:0:36:32:0:0 chr4 176892056 . CTT C,CT 177.0 PASS AF=0,0.71831;AO=8,25;DP=68;FAO=0,51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=0,21;FSAR=0,30;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0414214,0.0877772;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=10.6627,6.99012;QD=9.97189;RBI=0.078818,0.158437;REFB=-0.0288185,-0.0554266;REVB=0.0670563,0.1319;RO=30;SAF=2,12;SAR=6,13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.278652,0.0128786;STB=0.5,0.55367;STBP=1,0.16;TYPE=del,del;VARB=0.036553,0.0348324;OID=.,.;OPOS=176892057,176892057;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.71831:8,25:68:0,51:71:20:0,21:0,30:12:8:22:30:2,12:6,13:14:16 chr4 177063186 . G T 346.24 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0179367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.285;QD=13.317;RBI=0.0284795;REFB=-0.0123466;REVB=0.0221214;RO=63;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111186;STB=0.579205;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0218047;OID=.;OPOS=177063186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:63:40:41:0.394231:20:20:25:38:20:21:24:39 chr4 177073026 . G A 720.9 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.309;QD=56.5411;RBI=0.0416128;REFB=0;REVB=0.0359897;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89314e-05;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:43:51:1:24:19:0:0:25:26:0:0 chr4 177087322 . C T 239.97 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0459417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.88;QD=43.63;RBI=0.0478044;REFB=-0.0110191;REVB=0.0132144;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918973;STB=0.54995;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00301236;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:11:9:2:0:11:9:2:0 chr4 177098285 . G A 365.78 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.856;QD=54.1893;RBI=0.0455761;REFB=0;REVB=0.0215178;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00411535;OID=.;OPOS=177098285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:21:5:0:0:21:6:0:0 chr4 177113836 . C T 1575.08 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544571;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.456;QD=60.0029;RBI=0.0147227;REFB=0;REVB=0.0136786;RO=0;SAF=66;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35651e-05;OID=.;OPOS=177113836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:38:66:0:0:38:67:0:0 chr4 177137988 . C T 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00889154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2518;QD=11.2832;RBI=0.036104;REFB=0.0230098;REVB=-0.034992;RO=50;SAF=18;SAR=9;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331175;STB=0.519216;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0481695;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:9:18:32:18:9:18:32:18 chr4 177605081 . CTCA C 775.98 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136793;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.435;QD=57.4799;RBI=0.0188329;REFB=0;REVB=0.0129443;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.81347e-05;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:57:54:54:0:33:21:0:0:4:0:33:21:0:0 chr4 178102691 . C G 1567.58 PASS AF=0.99;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0293832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3505;QD=62.7034;RBI=0.0378704;REFB=-0.0981606;REVB=0.0238914;RO=1;SAF=41;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114259;STB=0.505881;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00138331;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:100:1:1:96:99:0.99:55:41:1:0:57:42:1:0 chr4 178256978 . T TA 134.62 PASS AF=1;AO=15;DP=38;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0831018;FXX=0.107105;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.49008;QD=21.5394;RBI=0.0983752;REFB=0.0666098;REVB=0.0526477;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0097783;OID=.;OPOS=178256979;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:15:38:25:25:0:8:17:0:0:4:22:4:11:11:11 chr4 178281754 . G A 798.83 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0238915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.609;QD=52.3825;RBI=0.0381004;REFB=-0.0924907;REVB=0.029679;RO=3;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553863;STB=0.529402;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00066005;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:3:3:58:58:0.95082:24:34:0:3:24:34:0:3 chr4 178359960 . G C 820.18 PASS AF=1;AO=50;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591788;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7911;QD=57.5563;RBI=0.0805759;REFB=0;REVB=0.054684;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000975733;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:50:57:1:28:22:0:0:35:22:0:0 chr4 178378317 . C A 46.36 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00814107;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.509;QD=6.86743;RBI=0.0335856;REFB=-0.000606941;REVB=0.0325839;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405765;STB=0.756882;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00364454;OID=.;OPOS=178378317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:28:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:13:7:5:2:13:7 chr4 178881982 . G T 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0094753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.699;QD=23.9636;RBI=0.0279489;REFB=-0.0055773;REVB=-0.0262937;RO=17;SAF=19;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30222;STB=0.66263;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00707039;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:4:19:9:8:4:19:10:8 chr4 179327856 . G A 1440.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1482;QD=62.6283;RBI=0.0462782;REFB=0;REVB=0.0235562;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981201;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:88:92:1:37:51:0:0:38:54:0:0 chr4 183601847 . T C 1446.35 PASS AF=0.945455;AO=100;DP=107;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0335132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9433;QD=52.5947;RBI=0.0392432;REFB=-0.027642;REVB=0.0204179;RO=6;SAF=36;SAR=64;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161987;STB=0.508537;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00408827;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:107:110:6:6:100:104:0.945455:64:36:3:3:67:37:3:3 chr4 183652175 . T C 2142.85 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540848;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.227;QD=63.025;RBI=0.0380295;REFB=0;REVB=0.037643;RO=0;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94542e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:62:74:0:0:62:74:0:0 chr4 183720850 . C T 350.99 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0852827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.647;QD=23.3996;RBI=0.0858519;REFB=-0.0134441;REVB=0.00986941;RO=25;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105853;STB=0.558107;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0437969;OID=.;OPOS=183720850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:19:16:8:17:19:16:8:17 chr4 183721852 . G A 183.33 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.513;QD=13.3331;RBI=0.0286372;REFB=-0.000486365;REVB=-0.00798996;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533048;STB=0.530698;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.000791248;OID=.;OPOS=183721852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:7:15:21:12:7:15:21:12 chr4 183815688 . A G 249.79 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0251523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4903;QD=12.0381;RBI=0.0268401;REFB=-0.00486973;REVB=0.00936753;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857863;STB=0.549264;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0119093;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:13:17:34:19:13:17:34:19 chr4 184182630 . A G 255.13 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00757851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.78;QD=22.1848;RBI=0.034221;REFB=-0.0206223;REVB=0.0333713;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721459;STB=0.540407;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.022912;OID=.;OPOS=184182630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:11:11:10:14:11:11 chr4 184203886 . G C 328.02 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0306051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3908;QD=20.5015;RBI=0.0765188;REFB=-0.00840427;REVB=0.0701317;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812778;STB=0.513804;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.010244;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:30:33:34:0.53125:15:18:15:13:16:18:15:15 chr4 184237192 . CA AC,CAC 1327.92 PASS AF=0,1;AO=4,93;DP=110;FAO=0,106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=0,63;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475347,-0.0487344;FXX=0.0185168;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=5.87462,18.5248;QD=50.1101;RBI=0.0833457,0.120271;REFB=0,0;REVB=0.0684614,0.109954;RO=7;SAF=3,56;SAR=1,37;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.326128,0.0238489;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0085314,0.00191963;OID=.,.;OPOS=184237192,184237194;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:110:106:7:0:4,93:0,106:0,1:1,37:3,56:3:4:0,43:0,63:0:0 chr4 184238670 . C G 253.46 PASS AF=0.5;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00172743;FXX=0.0847314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9577;QD=18.7746;RBI=0.0435497;REFB=0.0100403;REVB=-0.0435155;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991601;STB=0.555514;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0184658;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:54:27:27:27:27:0.5:12:15:12:15:12:15:12:15 chr4 184242959 . C G 156.21 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0119006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1839;QD=15.6208;RBI=0.0235887;REFB=-0.00981998;REVB=-0.0203667;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131602;STB=0.563723;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0119985;OID=.;OPOS=184242959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:10:7:12:10:10:7:12:11 chr4 184243528 . G A 150.28 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.811;QD=40.074;RBI=0.0213395;REFB=-0.103927;REVB=0.0072197;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0010733;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:0:1:13:14:0.933333:8:5:0:0:9:5:0:1 chr4 184250520 . C T 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00295696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.99;QD=18.6757;RBI=0.00725143;REFB=-0.00391902;REVB=0.00662115;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872801;STB=0.54875;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00346407;OID=.;OPOS=184250520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:20:12:15:17:20:12:15:17 chr4 184426387 . C T 2407.17 PASS AF=0.987578;AO=158;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0201489;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.085;QD=59.8054;RBI=0.0723136;REFB=-0.00148957;REVB=0.0694498;RO=2;SAF=88;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106894;STB=0.505555;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=8.4781e-05;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:161:2:2:158:159:0.987578:70:88:2:0:70:89:2:0 chr4 184596309 . CT C,CTT 106.17 PASS AF=0.30625,0.05625;AO=54,25;DP=164;FAO=49,9;FDP=160;FR=.;FRO=102;FSAF=29,4;FSAR=20,5;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0978008,0.0990798;FXX=0.0243888;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.8089,8.61558;QD=2.6542;RBI=0.0978104,0.0990911;REFB=0.0439179,-0.0445081;REVB=0.00137287,-0.00150198;RO=75;SAF=32,7;SAR=22,18;SRF=40;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.062615,-0.320104;STB=0.562696,0.550989;STBP=0.287,0.764;TYPE=del,ins;VARB=0.0686629,0.101071;OID=.,.;OPOS=184596310,184596310;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30625,0.05625:54,25:164:49,9:160:102:29,4:20,5:51:51:99:75:32,7:22,18:40:35 chr4 184596850 . A G 192.74 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0469602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7121;QD=23.362;RBI=0.0479932;REFB=0.0141623;REVB=0.00990413;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150779;STB=0.584683;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00647243;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:7:7:13:6:7:7 chr4 184600601 . A G 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00312562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.32;QD=8.89825;RBI=0.0111898;REFB=0.00278502;REVB=-0.0107444;RO=48;SAF=7;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269558;STB=0.660041;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00932104;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:14:7:27:21:14:7:27:21 chr4 184614874 . C T 298.76 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0275706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.905;QD=18.6727;RBI=0.0275993;REFB=-0.00644752;REVB=0.00125747;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564896;STB=0.531476;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00778144;OID=.;OPOS=184614874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:15:17:19:13:15:17:19:13 chr4 184618936 . G C 229.34 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0219815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.084;QD=14.113;RBI=0.0488066;REFB=-0.0102799;REVB=-0.0435763;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224411;STB=0.519985;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0172289;OID=.;OPOS=184618936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:14:13:17:20:14:13:17:21 chr4 185012398 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.825;QD=59.4346;RBI=0.0114776;REFB=0;REVB=0.0109254;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11579e-05;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:11:24:0:0 chr4 185549217 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0036382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.307;QD=21.3767;RBI=0.019585;REFB=-0.00942001;REVB=-0.0192441;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965742;STB=0.554216;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00636423;OID=.;OPOS=185549217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:10:12:10:13:10:12 chr4 185587165 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.96;QD=58.7817;RBI=0.0487286;REFB=0;REVB=-0.00359741;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4543e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr4 185622046 . C T 207.9 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.050861;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1112;QD=23.7597;RBI=0.0714993;REFB=-0.0254876;REVB=-0.0502524;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279025;STB=0.666508;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0267394;OID=.;OPOS=185622046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:15:20:20:0.571429:8:12:3:11:8:12:3:12 chr4 185652147 . G A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00630465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.302;QD=18.4268;RBI=0.00696559;REFB=-0.00258316;REVB=0.00296156;RO=27;SAF=3;SAR=25;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504444;STB=0.783884;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00208759;OID=.;OPOS=185652147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:25:3:14:13:25:3:14:14 chr4 185655171 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0389856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.146;QD=14.6505;RBI=0.0405412;REFB=-0.0160777;REVB=-0.0111225;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128134;STB=0.57341;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0245434;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:16:7:13:18:16:7:13:18 chr4 185655190 . C G 156.54 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00395558;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.605;QD=16.9237;RBI=0.0326119;REFB=-0.0333371;REVB=0.0323711;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294822;STB=0.664025;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0515893;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:20:16:17:0.459459:12:4:11:10:13:4:10:10 chr4 185678110 . A G 345.71 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0097958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.218;QD=16.8639;RBI=0.0133031;REFB=-0.0102883;REVB=-0.00900075;RO=45;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154032;STB=0.58653;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0178627;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:14:23:21:24:14:23:21:24 chr4 185678118 . C G 1193.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191818;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0972;QD=61.1974;RBI=0.0695802;REFB=0;REVB=0.0668839;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472821;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:36:41:0:0:37:41:0:0 chr4 185686032 . C T 653.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136588;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5112;QD=62.2708;RBI=0.101572;REFB=0;REVB=0.101563;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113055;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr4 185687863 . A G 253.53 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00513759;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.198;QD=17.4848;RBI=0.0935529;REFB=0.0008611;REVB=-0.0934117;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386922;STB=0.521723;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.000962508;OID=.;OPOS=185687863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:17:13:11:17:17:13 chr4 185735054 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.433;QD=64.4149;RBI=0.0286077;REFB=0;REVB=-0.0095625;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68409e-05;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr4 186091487 . G A 365.2 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0102674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.35;QD=26.5603;RBI=0.0131946;REFB=-0.00961119;REVB=-0.00828716;RO=20;SAF=11;SAR=24;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100105;STB=0.554881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00619817;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:24:11:9:11:24:11:9:11 chr4 186097045 . C T 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00849421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.035;QD=19.9666;RBI=0.010931;REFB=-0.0208534;REVB=0.00687999;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199591;STB=0.510043;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0127611;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:14:15:13:11:14:15:14:12 chr4 186111639 . T C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00578318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.882;QD=13.7842;RBI=0.00588495;REFB=0.00552877;REVB=0.00108974;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838897;STB=0.54813;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00626715;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:15:8:14:19:15:8:14:19 chr4 186112111 . G A 177.25 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00223602;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.024;QD=21.4853;RBI=0.0279763;REFB=-0.016155;REVB=0.0278868;RO=15;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265945;STB=0.651981;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0216753;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:15:3:6:9:15:3:6:9 chr4 186294198 . C T 322.11 PASS AF=0.448718;AO=33;DP=76;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0673176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3143;QD=16.5184;RBI=0.127636;REFB=0.00170409;REVB=0.10844;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180097;STB=0.508495;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.000950422;OID=.;OPOS=186294198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:43:43:33:35:0.448718:19:14:19:24:19:16:19:24 chr4 186299260 . A G 96.61 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0254722;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.649;QD=12.4664;RBI=0.0281038;REFB=-0.00981831;REVB=0.011874;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205175;STB=0.622422;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0142841;OID=.;OPOS=186299260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:11:8:3:9:11:8 chr4 186320880 . A G 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00170412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.538;QD=17.1665;RBI=0.00442733;REFB=-0.0051402;REVB=0.00408623;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674638;STB=0.537747;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00515758;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:19:10:9:23:19:10:9:23 chr4 186320906 . C G 244.55 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0172395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.12;QD=17.4675;RBI=0.0177577;REFB=-0.00984287;REVB=0.00425845;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767833;STB=0.555516;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0083541;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:29:27:27:0.482143:18:9:7:20:18:9:7:22 chr4 186339584 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.834;QD=56.6985;RBI=0.0283724;REFB=0;REVB=0.0230124;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146457;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 186347055 . G A 56.7 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0162955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6608;QD=15.1213;RBI=0.0448856;REFB=-0.0311303;REVB=0.0418231;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0418806;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:15:15:6:7:7:8:0.533333:5:2:2:4:6:2:2:5 chr4 186357523 . C A,G 699.22 PASS AF=0.0384615,0.942308;AO=2,49;DP=52;FAO=2,49;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21;FSAR=2,28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00846538,0.0207613;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.3645,87.9112;QD=53.786;RBI=0.0168818,0.0258672;REFB=-0.00228188,-0.0529218;REVB=-0.014606,-0.0154299;RO=0;SAF=0,21;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.511623;STBP=0.232,0.306;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00491076,0.00404875;OID=.,.;OPOS=186357523,186357523;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:1:2,49:2,49:0.0384615,0.942308:2,28:0,21:0:0:2,28:0,21:1:0 chr4 186361876 . A G 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.76;QD=54.48;RBI=0.02944;REFB=0.0161431;REVB=0.00482106;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000536577;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:0:1:18:13:0:1 chr4 186379371 . G A 960.06 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016331;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6642;QD=59.0807;RBI=0.0168485;REFB=0;REVB=0.00414375;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153609;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr4 186379725 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0175862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.29;QD=17.5419;RBI=0.0180657;REFB=-0.0196256;REVB=0.00413437;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322752;STB=0.687223;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0218837;OID=.;OPOS=186379725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:3:12:8:8:3:12:8:8 chr4 186379735 . T C 133.07 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0120931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.589;QD=15.6557;RBI=0.0311567;REFB=-0.0180195;REVB=0.028714;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14909;STB=0.585548;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0188231;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:13:6:7:8:13:6 chr4 186423637 . G A 209.42 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00776362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9851;QD=13.7325;RBI=0.0236444;REFB=-0.00830256;REVB=-0.0223334;RO=36;SAF=8;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167379;STB=0.595993;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0112738;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:17:8:17:19:17:8:17:19 chr4 186425673 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.024949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.115;QD=19.0581;RBI=0.0308737;REFB=0.000217116;REVB=-0.0181861;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954929;STB=0.554396;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.000424197;OID=.;OPOS=186425673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:13:7:5:14:13:7 chr4 186507298 . AAT A 214.53 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236215;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.287;QD=45.1653;RBI=0.0389368;REFB=-0.017437;REVB=0.0309531;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538418;STBP=0.279;TYPE=del;VARB=0.00209163;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:17:18:18:19:1:12:6:0:1:6:0:12:5:0:0 chr4 186528433 . T C 315.41 PASS AF=0.596154;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00395504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.202;QD=24.2621;RBI=0.00668632;REFB=-0.0151317;REVB=0.00539115;RO=21;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10694;STB=0.55304;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0075506;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:21:30:31:0.596154:11:19:16:5:11:20:16:5 chr4 186599992 . A T 684.8 PASS AF=0.607843;AO=41;DP=105;FAO=62;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0605149;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=30.4766;QD=26.8547;RBI=0.10732;REFB=-0.0385249;REVB=0.0886309;RO=23;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022365;STB=0.540803;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.046802;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:23:36:41:62:0.607843:21:20:12:11:31:31:14:22 chr4 186631028 . T A,TA,TTA 192.56 PASS AF=0,1,0;AO=8,3,7;DP=25;FAO=0,21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.316742,-0.0692242,-0.38591;FXX=0;HRUN=12,2,12;LEN=1,1,2;MLLD=12.8095,14.1982,13.2706;QD=36.6783;RBI=0.360996,0.113217,0.466882;REFB=0,0,0;REVB=-0.173183,0.0895885,0.262779;RO=4;SAF=4,2,5;SAR=4,1,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.144485,0.348651,0.298189;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.121527,0.00177533,-0.118094;OID=.,.,.;OPOS=186631028,186631029,186631029;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:25:21:4:0:8,3,7:0,21,0:0,1,0:4,1,2:4,2,5:1:3:0,8,0:0,13,0:0:0 chr4 187074833 . A G 1275.03 PASS AF=0.978022;AO=74;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00803693;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.643;QD=56.0454;RBI=0.0259702;REFB=-0.0380056;REVB=0.0246953;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.500123;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000567439;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:0:2:74:89:0.978022:30:44:0:0:44:45:1:1 chr4 187077206 . A G 1262.57 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148738;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.765;QD=59.415;RBI=0.0193621;REFB=-0.131115;REVB=-0.012396;RO=2;SAF=31;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060112;STB=0.504761;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000709516;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:85:2:1:83:84:0.988235:52:31:1:1:52:32:0:1 chr4 187078785 . A G 2478.24 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=164;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369374;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.657;QD=60.8157;RBI=0.0386151;REFB=0.0577868;REVB=0.0112586;RO=1;SAF=83;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569863;STB=0.502994;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-8.19773e-05;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:163:1:1:162:162:0.993865:79:83:1:0:79:83:1:0 chr4 187078866 . C T 380.2 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0464872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1764;QD=16.8978;RBI=0.0470944;REFB=-0.00573735;REVB=0.0075381;RO=49;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182488;STB=0.608392;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0144826;OID=.;OPOS=187078866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:50:40:40:0.444444:14:26:23:26:14:26:23:27 chr4 187079047 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3075;QD=61.6809;RBI=0.0488024;REFB=0;REVB=-0.0480531;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441925;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr4 187113041 . C G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9069;QD=39.2021;RBI=0.0685584;REFB=0;REVB=-0.0430384;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067504;OID=.;OPOS=187113041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr4 187122355 . T C 432.51 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0148119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.804;QD=16.1686;RBI=0.0277076;REFB=-0.0177009;REVB=-0.0234162;RO=58;SAF=30;SAR=17;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239272;STB=0.632846;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0309381;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:58:59:47:48:0.448598:17:30:23:35:17:31:24:35 chr4 187133576 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.232;QD=62.9829;RBI=0.0296006;REFB=0;REVB=0.0117014;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100528;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr4 187158034 . G A 227.66 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0096619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5527;QD=11.527;RBI=0.0392457;REFB=-0.00467249;REVB=-0.0380378;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943469;STB=0.554515;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00989584;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:15:13:28:23:15:13:28:23 chr4 187178473 . G A 1068.82 PASS AF=0.545946;AO=100;DP=184;FAO=101;FDP=185;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0512015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.335;QD=23.1095;RBI=0.0524256;REFB=-0.00928511;REVB=-0.0112628;RO=84;SAF=38;SAR=62;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113424;STB=0.558608;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00735629;OID=.;OPOS=187178473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:84:84:100:101:0.545946:62:38:43:41:62:39:43:41 chr4 187179210 . T C 261.57 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3674;QD=47.5576;RBI=0.038113;REFB=-0.1065;REVB=-0.0078189;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00974103;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:22:1:0:19:22:1:14:5:1:0:14:8:0:0 chr4 187509861 . G C 239.61 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0369596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5765;QD=18.0836;RBI=0.0374532;REFB=-0.010914;REVB=-0.00606083;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599803;STB=0.533726;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0123027;OID=.;OPOS=187509861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:16:11:9:17:16:11 chr4 187519206 . C G 1224.81 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.829;QD=61.2404;RBI=0.0880845;REFB=0;REVB=0.0876108;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141054;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:43:34:0:0:46:34:0:0 chr4 187627792 . T C 570.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.105;QD=57.0271;RBI=0.0375878;REFB=0;REVB=-0.00955591;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345691;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:36:40:1:24:12:0:0:25:15:0:0 chr4 187628398 . C G 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.022;QD=57.5382;RBI=0.0455316;REFB=0;REVB=0.0407581;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191593;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr4 187629140 . G C 753.2 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103894;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9218;QD=61.4853;RBI=0.0234811;REFB=-0.062782;REVB=0.0210576;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399301;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:49:0:0:47:49:1:30:17:0:0:31:18:0:0 chr4 187629497 . G A 105.97 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0208426;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.745;QD=18.4297;RBI=0.0208649;REFB=-0.0566553;REVB=-0.000965081;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10822;STB=0.562393;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0364619;OID=.;OPOS=187629497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:6:5:4:8:6:5 chr4 187629770 . A C 169.3 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0126945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.919;QD=11.2869;RBI=0.0336184;REFB=-0.0100264;REVB=-0.0311295;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277585;STB=0.512184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0264192;OID=.;OPOS=187629770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:11:10:18:20:12:10:18:20 chr4 187630590 . G A 356.68 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0040904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1831;QD=21.2941;RBI=0.00478376;REFB=-0.00155055;REVB=-0.00248051;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380532;STB=0.512899;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00345517;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:14:22:17:13:15:22:17:13 chr4 187630905 . C T 444.73 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0164332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.797;QD=16.4715;RBI=0.0166626;REFB=-0.0131553;REVB=-0.00275561;RO=57;SAF=27;SAR=22;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619321;STB=0.523398;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0119789;OID=.;OPOS=187630905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:59:49:49:0.453704:22:27:35:22:22:27:35:24 chr4 188924979 . C T 149.47 PASS AF=0.6;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00525578;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.294;QD=23.9158;RBI=0.00895714;REFB=-0.0105307;REVB=-0.00725308;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713586;STB=0.562421;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.008388;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:28:25:12:10:15:15:0.6:10:5:5:7:10:5:2:8 chr4 188925176 . T TGAC 215.6 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00765681;FXX=0.0638162;HRUN=0;LEN=3;MLLD=287.299;QD=19.5995;RBI=0.010917;REFB=-0.00553694;REVB=0.00778169;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205404;STB=0.615277;STBP=0.177;TYPE=ins;VARB=0.0063368;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:20:47:21:44:23:12:9:8:15:99:24:11:9:8:16 chr4 189012728 . G C 1128.29 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.441;QD=60.1755;RBI=0.00589443;REFB=0;REVB=-0.000687726;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72581e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr4 189012809 . C T 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00221084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3432;QD=17.9418;RBI=0.00700963;REFB=-0.00943775;REVB=0.00665185;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520077;STB=0.529162;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0133304;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:13:16:17:11:13:16 chr4 189018486 . A G 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0216313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1042;QD=17.3754;RBI=0.0326936;REFB=-0.0431958;REVB=-0.0245144;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0407398;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr4 189022324 . C T 203.58 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0352172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.14;QD=16.9651;RBI=0.0403841;REFB=-0.0169909;REVB=0.019764;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100122;STB=0.537154;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0225999;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:7:13:15:12:8:13:15:12 chr4 189026524 . C G 171.18 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0414773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7555;QD=17.557;RBI=0.0490909;REFB=0.00561578;REVB=-0.0262592;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924797;STB=0.538419;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.01479;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:9:9:8:12:9:9:9:12 chr4 190630778 . GC AT 1659.58 PASS AF=0.71134;AO=138;DP=202;FAO=138;FDP=194;FR=.;FRO=56;FSAF=89;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0169303;FXX=0.0582496;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.578;QD=34.2182;RBI=0.0170147;REFB=-0.0422822;REVB=0.00169242;RO=46;SAF=89;SAR=49;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293853;STB=0.544487;STBP=0.068;TYPE=mnp;VARB=0.0184324;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:194:46:56:138:138:0.71134:49:89:27:19:49:89:28:28 chr4 190630786 . A G 1786.24 PASS AF=0.700935;AO=149;DP=213;FAO=150;FDP=214;FR=.;FRO=64;FSAF=87;FSAR=63;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0355277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.998;QD=33.3876;RBI=0.037611;REFB=-0.0052915;REVB=-0.012344;RO=64;SAF=86;SAR=63;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528847;STB=0.529073;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00553301;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:64:64:149:150:0.700935:63:86:31:33:63:87:31:33 chr4 190814990 . T C 44.61 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0335849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.332;QD=2.58586;RBI=0.0396663;REFB=0.00217837;REVB=-0.0211061;RO=60;SAF=8;SAR=1;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511357;STB=0.872846;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0142688;OID=.;OPOS=190814990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:1:8:29:31:1:8:29:31 chr4 190815066 . CAG C,CG,CGG 140.36 PASS AF=0,1,0;AO=2,8,3;DP=14;FAO=0,13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182864,0.0469651,0.0309444;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=46.0627,60.5792,52.161;QD=43.1883;RBI=0.0303315,0.0575742,0.0462988;REFB=0,0,0;REVB=-0.0241993,-0.0333028,-0.0344386;RO=0;SAF=2,4,2;SAR=0,4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.000788991,0.0338626;OID=.,.,.;OPOS=190815067,190815067,190815067;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,8,3:14:0,13,0:13:0:0,8,0:0,5,0:0:0:4:0:2,4,2:0,4,1:0:0 chr4 190874206 . T A 150.91 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00659566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.619;QD=5.29511;RBI=0.0346554;REFB=0.00317359;REVB=-0.0340219;RO=89;SAF=8;SAR=17;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212412;STB=0.632276;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00680453;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:89:25:25:0.219298:17:8:43:46:17:8:43:46 chr4 190874234 . C T 224.75 PASS AF=0.226415;AO=36;DP=159;FAO=36;FDP=159;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=-0.00213172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.214;QD=5.65403;RBI=0.00459476;REFB=-0.00381013;REVB=0.00407034;RO=123;SAF=13;SAR=23;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16345;STB=0.600229;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.012971;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:123:123:36:36:0.226415:23:13:60:63:23:13:60:63 chr4 190874255 . A T 54.84 PASS AF=0.0969697;AO=15;DP=164;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=-0.0202558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.293;QD=1.3294;RBI=0.0206123;REFB=-0.00487633;REVB=-0.00381722;RO=149;SAF=4;SAR=11;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245958;STB=0.708993;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.035526;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:164:165:149:149:15:16:0.0969697:11:4:70:79:12:4:70:79 chr4 190874256 . C T 51.02 PASS AF=0.0909091;AO=15;DP=165;FAO=15;FDP=165;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=83;FWDB=-0.0149817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.165;QD=1.23693;RBI=0.0265979;REFB=-0.00203043;REVB=-0.0219772;RO=149;SAF=7;SAR=8;SRF=66;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280256;STB=0.518283;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0203054;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:165:165:149:150:15:15:0.0909091:8:7:66:83:8:7:67:83 chr4 190874290 . T A 92.97 PASS AF=0.130435;AO=21;DP=162;FAO=21;FDP=161;FR=.;FRO=140;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=78;FWDB=-0.0102072;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.676;QD=2.30972;RBI=0.0304397;REFB=-0.000480754;REVB=0.0286773;RO=141;SAF=6;SAR=15;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212841;STB=0.646242;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00500885;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:162:161:141:140:21:21:0.130435:15:6:63:78:15:6:62:78 chr4 190876192 . A C 55.9 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00206598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.878;QD=2.30515;RBI=0.00241598;REFB=-0.00181454;REVB=0.00125248;RO=85;SAF=5;SAR=7;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859814;STB=0.506163;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0189597;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:97:97:85:85:12:12:0.123711:7:5:36:49:7:5:36:49 chr4 190876195 . C T 345.03 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0187392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.897;QD=14.228;RBI=0.0261582;REFB=-0.00794726;REVB=-0.0182508;RO=58;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550778;STB=0.525083;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0119111;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:59:38:38:0.391753:21:17:23:35:21:17:24:35 chr4 190876196 . G A 55.86 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.000376335;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.698;QD=2.27986;RBI=0.0260861;REFB=0.000502263;REVB=-0.0260833;RO=83;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242438;STB=0.68301;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00768534;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:98:83:86:12:12:0.122449:9:3:36:47:9:3:38:48 chr4 190876204 . G A 606.96 PASS AF=0.637363;AO=50;DP=100;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00599104;FXX=0.141496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.524;QD=26.6795;RBI=0.0636777;REFB=-0.058232;REVB=0.0633953;RO=33;SAF=22;SAR=28;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329948;STB=0.532983;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0266653;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:91:33:33:50:58:0.637363:28:22:16:17:35:23:16:17 chr4 190876242 . G A 1366.77 PASS AF=0.758865;AO=107;DP=141;FAO=107;FDP=141;FR=.;FRO=34;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0300399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8114;QD=38.7736;RBI=0.0638671;REFB=0.0127509;REVB=-0.0563614;RO=34;SAF=45;SAR=62;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095383;STB=0.505091;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00402284;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:34:34:107:107:0.758865:62:45:15:19:62:45:15:19 chr4 190876256 . C T 126.46 PASS AF=0.161074;AO=24;DP=149;FAO=24;FDP=149;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=-0.0465237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.153;QD=3.39497;RBI=0.0471397;REFB=-0.0039931;REVB=-0.00759594;RO=125;SAF=8;SAR=16;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111914;STB=0.574099;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.02163;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:125:125:24:24:0.161074:16:8:52:73:16:8:52:73 chr4 190876269 . T C 45.38 PASS AF=0.0909091;AO=13;DP=143;FAO=13;FDP=143;FR=.;FRO=130;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=0.00885139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.954;QD=1.26926;RBI=0.00961553;REFB=0.000953674;REVB=-0.00375649;RO=130;SAF=4;SAR=9;SRF=53;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124394;STB=0.598442;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0146662;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:143:143:130:130:13:13:0.0909091:9:4:53:77:9:4:53:77 chr4 190876278 . G A 80.69 PASS AF=0.129496;AO=18;DP=139;FAO=18;FDP=139;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=73;FWDB=-0.0134959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.538;QD=2.32203;RBI=0.0170952;REFB=-0.00122819;REVB=-0.0104932;RO=120;SAF=7;SAR=11;SRF=47;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364081;STB=0.507117;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00962049;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:139:139:120:121:18:18:0.129496:11:7:47:73:11:7:48:73 chr4 190876293 . C A 75.29 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.00463431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0473;QD=2.26426;RBI=0.0307235;REFB=0.000761963;REVB=-0.030372;RO=115;SAF=6;SAR=11;SRF=45;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508967;STB=0.540594;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00683227;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:133:115:116:17:17:0.12782:11:6:45:70:11:6:46:70 chr4 190878563 . C A 98.57 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0172463;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6127;QD=4.15032;RBI=0.0209685;REFB=-0.00190536;REVB=0.0119266;RO=75;SAF=5;SAR=12;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212049;STB=0.635595;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0295161;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:75:78:17:17:0.178947:12:5:34:41:12:5:35:43 chr4 190878597 . C T 375.28 PASS AF=0.378151;AO=46;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0167328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.862;QD=12.6145;RBI=0.0428662;REFB=-0.0203235;REVB=-0.0394654;RO=72;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438004;STB=0.51219;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0268454;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:74:46:45:0.378151:28:18:31:41:27:18:31:43 chr4 190878654 . C G 102.39 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=114;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0310713;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7997;QD=3.65668;RBI=0.071928;REFB=-0.0113354;REVB=-0.0648708;RO=91;SAF=5;SAR=14;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241269;STB=0.669191;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0586438;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:91:93:19:19:0.169643:14:5:40:51:14:5:42:51 chr4 190881933 . A G 88.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.11971;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.2359;QD=10.0599;RBI=0.11973;REFB=-0.00259944;REVB=0.00215926;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340715;STB=0.705428;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.059896;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:36:35:19:22:10:10:0.285714:8:2:9:10:8:2:10:12 chr4 190881969 . G A 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0696247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.913;QD=6.73529;RBI=0.0713135;REFB=-0.00438067;REVB=-0.0154278;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430617;STB=0.768702;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0129261;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:9:2:18:17:9:2:18:18 chr4 190881992 . T C 72.6 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.015948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.749;QD=5.37789;RBI=0.0160258;REFB=0.00262579;REVB=-0.00157733;RO=42;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349799;STB=0.725348;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00577644;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:42:43:11:11:0.203704:9:2:18:24:9:2:18:25 chr4 190881997 . A G 63.38 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0299025;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.599;QD=4.69515;RBI=0.0382132;REFB=0.00198585;REVB=-0.0237927;RO=44;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296817;STB=0.701309;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00934109;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:55:54:44:44:10:10:0.185185:8:2:18:26:8:2:18:26 chr4 190906025 . G A 195.63 PASS AF=0.305882;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0169061;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.796;QD=9.20594;RBI=0.0175471;REFB=-0.0200626;REVB=0.00469949;RO=56;SAF=16;SAR=9;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126681;STB=0.604221;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0359126;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:59:25:26:0.305882:9:16:30:26:9:17:30:29 chr5 163234 . C T 51.53 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0454721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.978;QD=18.7395;RBI=0.0534043;REFB=0.00902833;REVB=0.0280055;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31972;STB=0.691659;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00386474;OID=.;OPOS=163234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:2:2:1:6:2:2 chr5 163260 . A C 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.038;QD=43.4815;RBI=0.0729175;REFB=0;REVB=-0.0240021;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622703;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr5 367969 . G A 496.74 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00366242;FXX=0.0333306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.749;QD=17.129;RBI=0.00508121;REFB=-0.0102119;REVB=0.00352213;RO=63;SAF=22;SAR=31;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183995;STB=0.510248;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0145995;OID=.;OPOS=367969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:31:22:25:38:31:22:25:38 chr5 438001 . G C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.000945266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.661;QD=11.7808;RBI=0.00679699;REFB=-0.0221092;REVB=0.00673094;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392979;STB=0.728388;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0055971;OID=.;OPOS=438001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:8:23:6:10:8:23 chr5 447737 . G A 198.05 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0584208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.502;QD=13.2034;RBI=0.0584274;REFB=-0.0228245;REVB=0.000880766;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045822;STB=0.526294;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0337751;OID=.;OPOS=447737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:15:9:15:21:15:9:15:21 chr5 472792 . AC A,AT 300.39 PASS AF=0.568966,0;AO=25,2;DP=56;FAO=33,0;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15,0;FSAR=18,0;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00915473,-0.0140527;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1098,79.824;QD=20.7162;RBI=0.0320056,0.015207;REFB=0.0150493,0.0281025;REVB=0.0306683,0.00581159;RO=25;SAF=10,2;SAR=15,0;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.529207;STB=0.523795,0.5;STBP=0.689,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00823818,0;OID=.,.;OPOS=472793,472793;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568966,0:25,2:56:33,0:58:25:15,0:18,0:10:15:99:25:10,2:15,0:10:15 chr5 476353 . C T 182.52 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00310374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.781;QD=14.0402;RBI=0.0179209;REFB=0.00486794;REVB=-0.0176501;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962466;STB=0.555501;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00483175;OID=.;OPOS=476353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:18:13:7:14:18:13 chr5 492059 . G A 511.26 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00402058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.775;QD=19.6636;RBI=0.00505887;REFB=-0.0215043;REVB=-0.00307036;RO=51;SAF=26;SAR=27;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526601;STB=0.529059;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0326317;OID=.;OPOS=492059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:27:26:22:29:27:26:22:29 chr5 640705 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.941;QD=61.6816;RBI=0.0388601;REFB=0;REVB=0.0377671;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257749;OID=.;OPOS=640705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr5 665280 . T C 1103.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519386;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.248;QD=60.4879;RBI=0.00999262;REFB=0;REVB=-0.00853677;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110483;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:74:73:1:38:36:0:0:37:36:0:0 chr5 678062 . A G 2161.86 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125407;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.198;QD=63.12;RBI=0.019121;REFB=0;REVB=0.0144341;RO=0;SAF=44;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00632e-05;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:92:44:0:0:92:45:0:0 chr5 716953 . C T 319.66 PASS AF=0.282209;AO=42;DP=158;FAO=46;FDP=163;FR=.;FRO=117;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.010782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7282;QD=7.84444;RBI=0.0136547;REFB=-0.0138883;REVB=0.00837846;RO=113;SAF=14;SAR=28;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215439;STB=0.610149;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0267312;OID=.;OPOS=716953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:163:113:117:42:46:0.282209:28:14:57:56:29:17:61:56 chr5 741736 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.833;QD=51.9165;RBI=0.0467613;REFB=0;REVB=0.0350621;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468967;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr5 748594 . T C 475.31 PASS AF=0.616438;AO=42;DP=70;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.01515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.179;QD=26.0443;RBI=0.0319233;REFB=-0.0213579;REVB=0.0280994;RO=27;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152421;STB=0.575724;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0183143;OID=.;OPOS=748594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:27:28:42:45:0.616438:23:19:18:9:25:20:18:10 chr5 748621 . C G 467.07 PASS AF=0.584416;AO=44;DP=76;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0351518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1918;QD=24.2632;RBI=0.0397992;REFB=-0.0315576;REVB=-0.0186636;RO=32;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14784;STB=0.584064;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0211366;OID=.;OPOS=748621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:32:32:44:45:0.584416:25:19:20:12:26:19:20:12 chr5 766910 . C T 2613.88 PASS AF=0.778626;AO=201;DP=263;FAO=204;FDP=262;FR=.;FRO=58;FSAF=107;FSAR=97;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00917665;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.508;QD=39.9065;RBI=0.0103283;REFB=-0.0122386;REVB=0.00473947;RO=53;SAF=107;SAR=94;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313194;STB=0.520699;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00309314;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:53:58:201:204:0.778626:94:107:24:29:97:107:25:33 chr5 766939 . G A 308.42 PASS AF=0.196364;AO=54;DP=277;FAO=54;FDP=275;FR=.;FRO=221;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=116;FSRR=105;FWDB=-0.0133197;FXX=0.0143364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.052;QD=4.48604;RBI=0.0134364;REFB=-0.00556037;REVB=-0.00176685;RO=217;SAF=22;SAR=32;SRF=113;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146057;STB=0.594312;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.028078;OID=.;OPOS=766939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:275:217:221:54:54:0.196364:32:22:113:104:32:22:116:105 chr5 767033 . A C 1592.38 PASS AF=0.836879;AO=106;DP=130;FAO=118;FDP=141;FR=.;FRO=23;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0284873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.665;QD=45.1739;RBI=0.0400206;REFB=-0.0426258;REVB=0.028109;RO=23;SAF=50;SAR=56;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271031;STB=0.508183;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00763276;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:141:23:23:106:118:0.836879:56:50:9:14:66:52:9:14 chr5 795933 . C G 345.74 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0349632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7349;QD=32.1618;RBI=0.0941079;REFB=0.00869893;REVB=0.087372;RO=14;SAF=6;SAR=23;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680603;STB=0.537356;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00196711;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:23:6:4:10:23:6:4:10 chr5 795947 . C T 255.66 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0175072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.463;QD=29.2182;RBI=0.0201161;REFB=-0.0182061;REVB=0.00990728;RO=12;SAF=3;SAR=20;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223447;STB=0.624875;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0119403;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:20:3:4:8:20:3:4:8 chr5 795961 . A G 210.39 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0235759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6347;QD=26.299;RBI=0.0236768;REFB=-0.015586;REVB=-0.00218412;RO=12;SAF=1;SAR=19;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104729;STB=0.558758;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00757657;OID=.;OPOS=795961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:12:12:20:20:0.625:19:1:1:11:19:1:1:11 chr5 795975 . G C 210.41 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0600377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8408;QD=26.301;RBI=0.060116;REFB=-0.0265646;REVB=-0.00306754;RO=12;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032216;STB=0.51784;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0128272;OID=.;OPOS=795975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:18:2:1:11:18:2:1:11 chr5 796161 . C CA 49.62 PASS AF=0.4;AO=3;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0468425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.991;QD=9.92407;RBI=0.0666291;REFB=-0.0325029;REVB=-0.0473838;RO=17;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514261;STB=0.55249;STBP=0.834;TYPE=ins;VARB=0.0536951;OID=.;OPOS=796162;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:3:20:8:20:12:1:7:2:10:49:17:0:3:3:14 chr5 819671 . C T 239.0 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00651679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.266;QD=9.75525;RBI=0.0137415;REFB=-0.00885811;REVB=-0.0120979;RO=65;SAF=18;SAR=12;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231;STB=0.619354;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0283202;OID=.;OPOS=819671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:68:30:30:0.306122:12:18:26:39:12:18:29:39 chr5 824172 . G A 143.57 PASS AF=0.19084;AO=25;DP=131;FAO=25;FDP=131;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.010457;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.1;QD=4.38373;RBI=0.0113994;REFB=-0.00466616;REVB=-0.00453839;RO=106;SAF=7;SAR=18;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299608;STB=0.691279;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0221546;OID=.;OPOS=824172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:106:106:25:25:0.19084:18:7:54:52:18:7:54:52 chr5 824190 . G A 143.01 PASS AF=0.192308;AO=25;DP=130;FAO=25;FDP=130;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.0119025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5084;QD=4.40028;RBI=0.0866898;REFB=-0.0019269;REVB=0.0858688;RO=101;SAF=8;SAR=17;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239551;STB=0.652487;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00943522;OID=.;OPOS=824190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:101:105:25:25:0.192308:17:8:51:50:17:8:53:52 chr5 825280 . C T 1644.81 PASS AF=0.678392;AO=135;DP=200;FAO=135;FDP=199;FR=.;FRO=64;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.042581;FXX=0.00499975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.682;QD=33.0614;RBI=0.0449304;REFB=-0.0138137;REVB=-0.0143387;RO=58;SAF=62;SAR=73;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650563;STB=0.547878;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00554025;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:58:64:135:135:0.678392:73:62:20:38:73:62:20:44 chr5 825286 . G T 243.85 PASS AF=0.202899;AO=37;DP=203;FAO=42;FDP=207;FR=.;FRO=165;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=94;FWDB=-0.0156143;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.517;QD=4.71199;RBI=0.0165922;REFB=-0.0114443;REVB=0.00561184;RO=165;SAF=11;SAR=26;SRF=70;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175837;STB=0.603666;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0296438;OID=.;OPOS=825286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:207:165:165:37:42:0.202899:26:11:70:95:29:13:71:94 chr5 825297 . A G 263.9 PASS AF=0.205479;AO=45;DP=218;FAO=45;FDP=219;FR=.;FRO=174;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=79;FSRR=95;FWDB=-0.00406257;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.101;QD=4.82008;RBI=0.00467077;REFB=-0.00411892;REVB=-0.00230469;RO=172;SAF=14;SAR=31;SRF=78;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192176;STB=0.620345;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0170947;OID=.;OPOS=825297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:172:174:45:45:0.205479:31:14:78:94:31:14:79:95 chr5 840342 . A G 271.54 PASS AF=0.330275;AO=36;DP=109;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00832926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.247;QD=9.96484;RBI=0.0472004;REFB=-0.0243884;REVB=-0.0464597;RO=72;SAF=18;SAR=18;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479568;STB=0.532092;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0605811;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:73:36:36:0.330275:18:18:33:39:18:18:33:40 chr5 840506 . C T 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0838632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.336;QD=13.2129;RBI=0.0839141;REFB=-0.00939195;REVB=0.0029213;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156862;STB=0.59079;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0117574;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:5:17:9:5:5:17 chr5 843723 . C A 37.97 PASS AF=0.0694444;AO=14;DP=216;FAO=15;FDP=216;FR=.;FRO=201;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=84;FSRR=117;FWDB=0.0147735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.926;QD=0.703134;RBI=0.0277542;REFB=-0.00190369;REVB=-0.0234955;RO=197;SAF=10;SAR=4;SRF=84;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301759;STB=0.721615;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0412892;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:216:216:197:201:14:15:0.0694444:4:10:84:113:5:10:84:117 chr5 843815 . C T 83.71 PASS AF=0.147826;AO=17;DP=115;FAO=17;FDP=115;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=64;FWDB=-0.0103475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.254;QD=2.9117;RBI=0.0262284;REFB=-0.00275607;REVB=-0.024101;RO=97;SAF=9;SAR=8;SRF=33;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239619;STB=0.65306;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0177509;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:115:115:97:98:17:17:0.147826:8:9:33:64:8:9:34:64 chr5 848742 . C T 36.35 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0180589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.917;QD=2.50676;RBI=0.0264299;REFB=-0.00493726;REVB=-0.0192981;RO=51;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248093;STB=0.694996;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0822501;OID=.;OPOS=848742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:6:1:15:36:6:1:15:36 chr5 878525 . T A 328.88 PASS AF=0.26087;AO=47;DP=184;FAO=48;FDP=184;FR=.;FRO=136;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=82;FWDB=-0.035803;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.383;QD=7.1496;RBI=0.037193;REFB=-0.00917426;REVB=-0.010073;RO=135;SAF=21;SAR=26;SRF=54;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594153;STB=0.545937;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0288926;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:135:136:47:48:0.26087:26:21:54:81:26:22:54:82 chr5 878551 . A G 107.57 PASS AF=0.142012;AO=24;DP=169;FAO=24;FDP=169;FR=.;FRO=145;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=89;FWDB=-0.00917672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.345;QD=2.54602;RBI=0.00925107;REFB=-0.000331331;REVB=-0.00117049;RO=145;SAF=14;SAR=10;SRF=56;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246491;STB=0.6643;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00516092;OID=.;OPOS=878551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:145:145:24:24:0.142012:10:14:56:89:10:14:56:89 chr5 878576 . C T 89.94 PASS AF=0.153846;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=117;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0282513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.285;QD=3.07471;RBI=0.0361354;REFB=-0.00157483;REVB=-0.0225306;RO=98;SAF=12;SAR=6;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225337;STB=0.654999;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0182131;OID=.;OPOS=878576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:116:117:98:99:18:18:0.153846:6:12:48:50:6:12:48:51 chr5 1009145 . C G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.739;QD=52.1523;RBI=0.0402146;REFB=-0.121361;REVB=0.0402146;RO=1;SAF=0;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00848401;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:27:0:0:1:27:0:0:1 chr5 1009167 . G T 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.64;QD=38.0149;RBI=0.0124504;REFB=0;REVB=0.0124504;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524763;OID=.;OPOS=1009167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr5 1036900 . C T 183.69 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0162539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.084;QD=11.851;RBI=0.0201679;REFB=-0.0210696;REVB=-0.0119397;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341238;STB=0.726296;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0361607;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:39:23:23:0.370968:17:6:20:15:17:6:24:15 chr5 1036962 . C A 93.53 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0683431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0003;QD=9.84514;RBI=0.0701488;REFB=-0.0395581;REVB=0.0158137;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304537;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0687782;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:24:26:12:12:0.315789:10:2:9:15:10:2:11:15 chr5 1052360 . C T 319.64 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0123754;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0142;QD=17.0476;RBI=0.0162306;REFB=-0.0191451;REVB=-0.0105014;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154222;STB=0.601753;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0140136;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:40:34:35:0.466667:16:18:13:23:16:19:14:26 chr5 1057615 . A G 242.67 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0536885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.295;QD=16.4522;RBI=0.0537103;REFB=-0.00593507;REVB=0.00153111;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602054;STB=0.512306;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00584517;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:31:27:28:0.474576:11:16:17:15:12:16:17:14 chr5 1063998 . G A 730.65 PASS AF=0.429348;AO=79;DP=184;FAO=79;FDP=184;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=73;FSRR=32;FWDB=-0.000235524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.527;QD=15.8836;RBI=0.0186602;REFB=-0.00889881;REVB=0.0186588;RO=103;SAF=34;SAR=45;SRF=73;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277346;STB=0.647751;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103277;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:103:105:79:79:0.429348:45:34:73:30:45:34:73:32 chr5 1065399 . C T 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.013851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.957;QD=17.6724;RBI=0.0184624;REFB=-0.00804162;REVB=0.0122069;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183233;STB=0.580734;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00726777;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:32:30:30:0.483871:16:14:8:22:16:14:10:22 chr5 1078089 . G A 253.72 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0043389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.554;QD=15.1476;RBI=0.00593441;REFB=-0.0160117;REVB=0.00404859;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110329;STB=0.549496;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0216015;OID=.;OPOS=1078089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:38:27:29:0.432836:16:11:20:19:17:12:19:19 chr5 1081702 . A G 369.42 PASS AF=0.506667;AO=36;DP=72;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0125309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8033;QD=19.7026;RBI=0.0256974;REFB=-0.00203196;REVB=-0.0224351;RO=32;SAF=24;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149961;STB=0.573873;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00284768;OID=.;OPOS=1081702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:32:37:36:38:0.506667:12:24:16:16:14:24:18:19 chr5 1081767 . C T 280.4 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0228707;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9499;QD=16.4941;RBI=0.0234562;REFB=-0.0378789;REVB=0.00520828;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913281;STB=0.54283;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0376054;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:36:37:31:31:0.455882:15:16:22:14:15:16:22:15 chr5 1084074 . G A 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0169133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.304;QD=8.08993;RBI=0.0211325;REFB=-0.00741649;REVB=0.0126697;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479782;STB=0.781856;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0243803;OID=.;OPOS=1084074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:3:19:4:5:3:19 chr5 1208964 . T C 158.79 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0667283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.161;QD=17.1666;RBI=0.066968;REFB=-0.00836882;REVB=0.00566036;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195133;STB=0.50174;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0121413;OID=.;OPOS=1208964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:11:6:6:12:11:6:7:13 chr5 1213668 . G A 734.58 PASS AF=0.49359;AO=75;DP=152;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00818016;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5201;QD=18.8353;RBI=0.0102327;REFB=-0.0339015;REVB=-0.00614761;RO=76;SAF=34;SAR=41;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549795;STB=0.50704;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0411176;OID=.;OPOS=1213668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:76:79:75:77:0.49359:41:34:34:42:42:35:37:42 chr5 1216775 . A G 391.09 PASS AF=0.466667;AO=39;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0144997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7387;QD=17.3817;RBI=0.0379044;REFB=-0.0468449;REVB=-0.0350215;RO=48;SAF=23;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689832;STB=0.527318;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0562632;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:39:42:0.466667:16:23:25:23:18:24:25:23 chr5 1225613 . G A 121.67 PASS AF=0.3;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0173535;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.348;QD=9.73368;RBI=0.0174046;REFB=-0.00248917;REVB=-0.00133273;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233421;STB=0.637616;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00438422;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:35:15:15:0.3:6:9:13:20:6:9:14:21 chr5 1225626 . T A 162.01 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.044734;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3614;QD=10.6236;RBI=0.0735013;REFB=-0.0190797;REVB=-0.0583207;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313035;STB=0.673748;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0316272;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:40:21:21:0.344262:7:14:14:23:7:14:16:24 chr5 1225687 . CT TC 172.52 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0160554;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.54;QD=8.84727;RBI=0.0171515;REFB=-0.012967;REVB=-0.00603314;RO=54;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27623;STB=0.667973;STBP=0.063;TYPE=mnp;VARB=0.0231901;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:54:55:23:23:0.294872:9:14:20:34:9:14:20:35 chr5 1225703 . A G 173.14 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.025727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.523;QD=8.76636;RBI=0.0287237;REFB=-0.0122876;REVB=-0.0127739;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202843;STB=0.59486;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0321344;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:52:55:24:24:0.303797:12:12:17:35:12:12:20:35 chr5 1240757 . C G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00539739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.119;QD=15.6192;RBI=0.00872516;REFB=-0.0198776;REVB=-0.00685541;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747578;STB=0.54289;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0194232;OID=.;OPOS=1240757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:17:8:7:11:17:8 chr5 1244425 . C T 775.59 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.00922644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.994;QD=19.1503;RBI=0.0163333;REFB=-0.0157632;REVB=-0.0134778;RO=80;SAF=49;SAR=31;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501462;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0163275;OID=.;OPOS=1244425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:80:82:80:80:0.493827:31:49:49:31:31:49:50:32 chr5 1294086 . C T 142.23 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0373632;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.588;QD=9.6428;RBI=0.037893;REFB=-0.00292621;REVB=-0.0063141;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287983;STB=0.667679;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0188319;OID=.;OPOS=1294086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:9:10:11:29:9:10:11:29 chr5 1364242 . C G 49.13 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.11491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2724;QD=8.18786;RBI=0.116032;REFB=-0.0890237;REVB=0.0160954;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0603903;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:23:24:16:16:6:8:0.333333:3:3:6:10:5:3:6:10 chr5 1364439 . T C 225.18 PASS AF=0.440678;AO=14;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00846882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.456;QD=15.2664;RBI=0.00860258;REFB=-0.00593691;REVB=-0.00151112;RO=27;SAF=0;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78276;STB=0.57289;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00886253;OID=.;OPOS=1364439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:33:14:26:0.440678:14:0:11:16:14:12:11:22 chr5 1394815 . A G 245.72 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0128487;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.735;QD=17.5515;RBI=0.0146498;REFB=-0.00693464;REVB=-0.00703753;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663602;STB=0.557598;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00660609;OID=.;OPOS=1394815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:29:27:27:0.482143:12:15:13:14:11:16:14:15 chr5 1401380 . C T 182.19 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0226508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.421;QD=16.9474;RBI=0.0273006;REFB=-0.000531705;REVB=-0.0152402;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196135;STB=0.511224;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.000288188;OID=.;OPOS=1401380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:8:16:13:6:8:16 chr5 1466919 . G A 1209.66 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0248657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.627;QD=57.6028;RBI=0.0386049;REFB=-0.0637329;REVB=0.0295302;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119868;STB=0.506618;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00118144;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:84:84:1:3:81:81:0.964286:42:39:1:0:42:39:2:1 chr5 1494909 . C T 1011.09 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232696;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.637;QD=59.4761;RBI=0.0367034;REFB=0;REVB=0.0283842;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75571e-05;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr5 1708983 . G A 460.67 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.652;QD=57.5835;RBI=0.0386001;REFB=0;REVB=-0.00492784;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96093e-05;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:9:21:0:0:9:23:0:0 chr5 1880865 . T C 1334.86 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119681;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.743;QD=61.3731;RBI=0.0252112;REFB=0;REVB=0.0221894;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307636;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:82:87:1:45:37:0:0:49:38:0:0 chr5 2184901 . C T 318.76 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00700591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.491;QD=12.1432;RBI=0.0258541;REFB=-0.0158749;REVB=-0.0248868;RO=64;SAF=23;SAR=16;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222103;STB=0.520579;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0219566;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:66:39:39:0.371429:16:23:39:25:16:23:41:25 chr5 2755191 . G C 284.07 PASS AF=0.357895;AO=32;DP=84;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=-0.0418032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.4052;QD=11.961;RBI=0.0422829;REFB=-0.0303638;REVB=-0.0063508;RO=52;SAF=22;SAR=10;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307101;STB=0.513266;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0486333;OID=.;OPOS=2755191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:95:52:61:32:34:0.357895:10:22:37:15:10:24:42:19 chr5 3600334 . T C 1351.85 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.166;QD=61.4476;RBI=0.0386868;REFB=0;REVB=-0.0385707;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2614e-05;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:30:56:0:0:30:58:0:0 chr5 3610658 . T C 1358.43 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0679;QD=62.4565;RBI=0.0422219;REFB=0;REVB=0.0407467;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125157;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:55:31:0:0:56:31:0:0 chr5 5146334 . GC CG,GG 195.82 PASS AF=0,0.369231;AO=3,24;DP=67;FAO=0,24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=0,10;FSAR=0,14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.133184,-0.078793;FXX=0.0298463;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=50.4409,41.3193;QD=12.0506;RBI=0.134215,0.0852327;REFB=-0.0140607,-0.0149503;REVB=-0.016599,-0.0325005;RO=33;SAF=3,10;SAR=0,14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.553187,-0.039205;STB=0.5,0.530001;STBP=1,0.771;TYPE=mnp,snp;VARB=0.049347,0.0119528;OID=.,.;OPOS=5146334,5146335;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:67:65:33:41:3,24:0,24:0,0.369231:0,14:3,10:15:18:0,14:0,10:19:22 chr5 5146395 . A G 727.12 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378088;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.444;QD=57.0288;RBI=0.00575439;REFB=0;REVB=-0.00433796;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98409e-05;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr5 5182385 . CAA C,CAC 111.66 PASS AF=0.363636,0.636364;AO=3,5;DP=11;FAO=4,7;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=30.8592,64.7449;QD=40.6045;RBI=0.00823988,0.00919069;REFB=0,0;REVB=-0.00823988,-0.00919069;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0444678,0.109677;OID=.,.;OPOS=5182386,5182387;OREF=AA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.636364:3,5:11:4,7:11:0:0,0:4,7:0:0:24:0:0,0:3,5:0:0 chr5 5200281 . C T 742.94 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395264;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.173;QD=63.2289;RBI=0.0306842;REFB=0;REVB=0.0304285;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268911;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr5 5239375 . C T 359.13 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.00623045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.572;QD=14.8096;RBI=0.034447;REFB=-0.0186015;REVB=0.0338788;RO=58;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322511;STB=0.681221;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0269442;OID=.;OPOS=5239375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:16:23:16:42:16:23:16:42 chr5 5242218 . G T 1563.74 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.11;QD=63.1813;RBI=0.0266472;REFB=0;REVB=0.0187192;RO=1;SAF=39;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14188e-05;OID=.;OPOS=5242218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:1:0:98:99:1:59:39:1:0:59:40:0:0 chr5 5242228 . C T 1484.61 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812199;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.138;QD=59.9841;RBI=0.0130499;REFB=0;REVB=0.0102144;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17958e-05;OID=.;OPOS=5242228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:98:99:1:63:35:0:0:63:36:0:0 chr5 5306809 . AG A 90.66 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0656473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.271;QD=6.47563;RBI=0.075595;REFB=-0.0326903;REVB=0.0374837;RO=27;SAF=2;SAR=19;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.358629;SSSB=-0.317888;STB=0.848579;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0872756;OID=.;OPOS=5306810;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:21:56:24:56:32:1:23:10:22:90:27:2:19:7:20 chr5 5457724 . ATTTTTT ATTTTTA,ATTTTT 128.86 PASS AF=0.0816327,0.44898;AO=3,14;DP=51;FAO=4,22;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=4,6;FSAR=0,16;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.108247,-0.287995;FXX=0.0576812;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=144.143,8.95122;QD=10.5194;RBI=0.11242,0.288178;REFB=0.00737247,-0.0270759;REVB=-0.0303477,0.0102923;RO=22;SAF=3,2;SAR=0,12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.710835,-0.153548;STB=0.998335,0.53681;STBP=0.001,0.707;TYPE=snp,del;VARB=0.258423,-0.111535;OID=.,.;OPOS=5457730,5457725;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0816327,0.44898:3,14:51:4,22:49:23:4,6:0,16:5:18:90:22:3,2:0,12:5:17 chr5 5460568 . A AT 470.77 PASS AF=1;AO=6;DP=59;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10829;FXX=0.0701631;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.6385;QD=35.5297;RBI=0.111517;REFB=0;REVB=0.0266342;RO=53;SAF=5;SAR=1;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000559388;OID=.;OPOS=5460569;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:59:53:53:0:24:29:0:0:4:53:5:1:24:29 chr5 5460569 . C A,T 786.1 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=5,52;DP=57;FAO=4,52;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=4,24;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186957,0.0166679;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.42,72.6528;QD=56.15;RBI=0.0206298,0.0166686;REFB=0,0;REVB=0.0087211,-0.000155152;RO=0;SAF=4,24;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143135,0.00075647;OID=.,.;OPOS=5460569,5460569;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:57:56:0:0:5,52:4,52:0.0714286,0.928571:1,28:4,24:0:0:0,28:4,24:0:0 chr5 5460619 . G C 731.48 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214989;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9853;QD=56.2676;RBI=0.0756664;REFB=0;REVB=0.072548;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467929;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:1:0:51:52:1:31:20:0:1:32:20:0:0 chr5 5462148 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.091;QD=62.3505;RBI=0.0268824;REFB=0;REVB=0.00760151;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115829;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 6600150 . G A 1414.48 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.079;QD=62.8658;RBI=0.0781968;REFB=0;REVB=0.0777491;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252891;OID=.;OPOS=6600150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr5 6645016 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5365;QD=50.4112;RBI=0.0253667;REFB=0;REVB=0.0169066;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816505;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr5 6748659 . T C 971.61 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4425;QD=58.0066;RBI=0.0613918;REFB=0;REVB=-0.0565264;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382116;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:64:67:1:32:32:0:0:32:35:0:0 chr5 8619227 . C T 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.785;QD=62.0154;RBI=0.0302658;REFB=0;REVB=-0.00310069;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109116;OID=.;OPOS=8619227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr5 8619258 . G A 627.3 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.868;QD=61.2002;RBI=0.0220954;REFB=0;REVB=0.00470396;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66683e-05;OID=.;OPOS=8619258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:19:19:0:0:20:21:0:0 chr5 9041924 . T C 364.93 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.318;QD=52.1335;RBI=0.069158;REFB=0.0445324;REVB=0.0672449;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000142268;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr5 9041935 . G A 538.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.625;QD=59.8107;RBI=0.0167312;REFB=0;REVB=-0.0111982;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45982e-06;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr5 9053945 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.973;QD=53.9109;RBI=0.0328046;REFB=0;REVB=-0.0265299;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79186e-05;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr5 9108333 . C T 235.43 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0150858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.49;QD=15.695;RBI=0.0328897;REFB=0.00368277;REVB=0.0292258;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469799;STB=0.526562;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00531806;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:18:15:11:16:18:15 chr5 9122926 . C T 609.2 PASS AF=0.688312;AO=52;DP=70;FAO=53;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0147177;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.768;QD=31.6466;RBI=0.0188499;REFB=-0.0542978;REVB=-0.0117774;RO=18;SAF=17;SAR=35;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269588;STB=0.54751;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0320244;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:77:18:24:52:53:0.688312:35:17:5:13:36:17:11:13 chr5 9154659 . G C 407.98 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00433536;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2072;QD=17.7384;RBI=0.0242252;REFB=-0.0163997;REVB=0.0238341;RO=50;SAF=26;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137742;STB=0.57713;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0112395;OID=.;OPOS=9154659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:50:42:42:0.456522:16:26:24:26:16:26:24:26 chr5 9190404 . G A 458.97 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0127518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.976;QD=20.8621;RBI=0.0169486;REFB=-0.0289917;REVB=-0.0111646;RO=43;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405926;STB=0.522453;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0209036;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:22:23:20:23:22:23:20:23 chr5 9280957 . C A 640.66 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.595;QD=61.0151;RBI=0.0404629;REFB=0;REVB=-0.0045267;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1954e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:21:19:0:0:23:19:0:0 chr5 9629529 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0022257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.699;QD=18.8205;RBI=0.0192957;REFB=-0.00469191;REVB=0.0191669;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00717688;OID=.;OPOS=9629529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:5:5:6:6:5:5 chr5 10237046 . G GA 35.62 PASS AF=0.255319;AO=14;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0629884;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3969;QD=3.03163;RBI=0.0704457;REFB=-0.0478377;REVB=0.0315445;RO=32;SAF=3;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524914;STB=0.772757;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.0922617;OID=.;OPOS=10237047;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319:14:47:12:47:35:3:9:22:13:35:32:3:11:22:10 chr5 10256161 . T C 549.2 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00981991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9101;QD=23.124;RBI=0.027746;REFB=-0.0328023;REVB=0.0259501;RO=43;SAF=23;SAR=28;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203228;STB=0.61402;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0208433;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:51:52:0.547368:28:23:30:13:29:23:30:13 chr5 10282396 . A G 227.14 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00155454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.706;QD=28.3928;RBI=0.0269449;REFB=0.00299386;REVB=-0.0269;RO=11;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226626;STB=0.626205;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00394193;OID=.;OPOS=10282396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:16:5:6:5:16:5:6:5 chr5 10564846 . C T 830.92 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9609;QD=56.3336;RBI=0.10488;REFB=0;REVB=0.0325852;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174646;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:36:23:0:0 chr5 10624844 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00861423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.537;QD=19.4402;RBI=0.0110666;REFB=-0.0102092;REVB=-0.00694733;RO=29;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872012;STB=0.548661;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00918641;OID=.;OPOS=10624844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:10:21:17:12:10:21:17:12 chr5 10624887 . T C 295.67 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0255239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.809;QD=17.9194;RBI=0.0313342;REFB=-0.00365347;REVB=-0.0181759;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116252;STB=0.512812;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00406802;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:34:32:32:0.484848:13:19:20:13:13:19:21:13 chr5 11117583 . C T 239.89 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.112142;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.602;QD=16.2638;RBI=0.139363;REFB=-0.00701442;REVB=0.0827427;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164456;STB=0.592339;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0124104;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:22:10:13:14:22:10 chr5 13717471 . T C 282.7 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.000976877;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.943;QD=12.2915;RBI=0.0132585;REFB=-0.00705483;REVB=0.0132224;RO=59;SAF=17;SAR=16;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874701;STB=0.550234;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00617792;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:16:17:35:24:16:17:35:24 chr5 13754394 . C T 919.35 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.586;QD=58.3713;RBI=0.0480326;REFB=0;REVB=-0.0246957;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88694e-05;OID=.;OPOS=13754394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr5 13762972 . T C 235.82 PASS AF=0.388889;AO=23;DP=76;FAO=28;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.1038;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.245;QD=13.1013;RBI=0.1038;REFB=-0.0102788;REVB=0.000152055;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987513;STB=0.598356;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0104718;OID=.;OPOS=13762972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:72:36:44:23:28:0.388889:13:10:19:17:16:12:26:18 chr5 13788886 . C A 752.44 PASS AF=0.979592;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00216824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4135;QD=61.4239;RBI=0.00552199;REFB=-0.0806898;REVB=0.0050785;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00321891;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:49:48:0.979592:25:24:0:0:24:24:0:1 chr5 13829799 . G A 1342.84 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0326369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.398;QD=61.0383;RBI=0.0334135;REFB=-0.126039;REVB=-0.00716232;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093831;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000270589;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:50:37:0:1:50:37:0:1 chr5 13845045 . G A 884.15 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0424814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.004;QD=53.5849;RBI=0.0428951;REFB=0.0147933;REVB=0.00594293;RO=3;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325423;STB=0.517236;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000510847;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:42:21:0:3:42:21:0:3 chr5 13900345 . A G 1676.01 PASS AF=1;AO=110;DP=115;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225318;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.271;QD=60.3968;RBI=0.0357147;REFB=-0.0487886;REVB=0.0356435;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250696;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:111:0:0:110:111:1:66:44:0:0:67:44:0:0 chr5 13902220 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.707;QD=48.736;RBI=0.0502831;REFB=0;REVB=-0.00757133;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041764;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr5 13913885 . A G 1661.14 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00239651;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.824;QD=59.3264;RBI=0.0117269;REFB=0.00665368;REVB=-0.0114794;RO=1;SAF=61;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077189;STB=0.503936;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000188903;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:112:1:1:109:111:0.991071:48:61:1:0:48:63:1:0 chr5 13931340 . C T 657.74 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00546081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8491;QD=59.7945;RBI=0.0156653;REFB=-0.0740359;REVB=0.0146826;RO=1;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159212;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00245421;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:29:14:0:1:29:14:0:1 chr5 13944512 . A C 714.92 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1898;QD=60.8445;RBI=0.0613883;REFB=-0.0704324;REVB=-0.0549798;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303064;STB=0.516122;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00178096;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:15:31:0:1:15:31:0:1 chr5 14184022 . G A,T 679.82 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=41,3;DP=44;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094976,0.00554551;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.595,50.3716;QD=61.8019;RBI=0.0127552,0.00762257;REFB=0,0;REVB=-0.00851412,-0.00522981;RO=0;SAF=20,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000654191,0.0615337;OID=.,.;OPOS=14184022,14184022;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:44:44:0:0:41,3:41,3:0.931818,0.0681818:21,3:20,0:0:0:21,3:20,0:0:0 chr5 14184079 . G A 753.21 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4948;QD=56.8459;RBI=0.00602013;REFB=0;REVB=-0.00527524;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6693e-05;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:20:32:0:0:20:33:0:0 chr5 14316642 . G A 140.38 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0600927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7098;QD=13.0583;RBI=0.0616037;REFB=-0.00913961;REVB=0.0135604;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345303;STB=0.703437;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0191743;OID=.;OPOS=14316642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:12:4:15:12:12:4:15:12 chr5 14330940 . T C 213.12 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0358318;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.147;QD=14.4491;RBI=0.0372596;REFB=-0.0223081;REVB=-0.0102159;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115074;STB=0.565167;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0240634;OID=.;OPOS=14330940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:10:24:15:10:10:24 chr5 14397238 . T C 434.87 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.0071396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.342;QD=20.9577;RBI=0.0116788;REFB=-0.0228515;REVB=0.00924236;RO=40;SAF=19;SAR=23;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231658;STB=0.621444;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0123428;OID=.;OPOS=14397238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:42:43:0.518072:23:19:8:32:24:19:8:32 chr5 14420027 . A C 418.9 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0405904;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9201;QD=18.4133;RBI=0.0414932;REFB=-0.00552155;REVB=0.00860846;RO=48;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119623;STB=0.559973;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00656268;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:48:42:43:0.472527:21:21:18:30:22:21:18:30 chr5 14709412 . A AT 111.61 PASS AF=0.625;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0821278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.1383;QD=18.6022;RBI=0.129562;REFB=0.00942623;REVB=0.100206;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526281;STBP=0.757;TYPE=ins;VARB=-0.00599514;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:15:26:15:24:9:6:9:3:6:46:10:6:9:4:6 chr5 14710363 . G GACTT 99.96 PASS AF=0.259259;AO=13;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00925796;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.688;QD=7.40479;RBI=0.0452836;REFB=-0.00593894;REVB=-0.0443272;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267865;STB=0.625487;STBP=0.288;TYPE=ins;VARB=0.0137419;OID=.;OPOS=14710364;OREF=-;OALT=ACTT;OMAPALT=GACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:13:54:14:54:40:9:5:19:21:99:38:9:4:18:20 chr5 16478200 . G A 226.47 PASS AF=0.488889;AO=23;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00801211;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9646;QD=20.1308;RBI=0.0355273;REFB=-0.0140421;REVB=0.034612;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259807;STB=0.652033;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0167982;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:23:23:22:0.488889:7:16:9:13:7:15:9:14 chr5 16508674 . A G 223.94 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00543629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1385;QD=19.4726;RBI=0.0219553;REFB=-0.0241058;REVB=0.0212716;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153155;STB=0.587072;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0346916;OID=.;OPOS=16508674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:14:10:6:16:14:10 chr5 16673975 . C G 200.88 PASS AF=0.44898;AO=18;DP=45;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0381682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.652;QD=16.3987;RBI=0.0398209;REFB=-0.00421686;REVB=0.0113534;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078716;STB=0.595503;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00582874;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:27:27:18:22:0.44898:10:8:10:17:10:12:10:17 chr5 16769273 . G A 208.24 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0714074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1074;QD=25.2411;RBI=0.0786363;REFB=-0.00867226;REVB=-0.0329341;RO=11;SAF=2;SAR=18;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127426;STB=0.553788;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00173509;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:11:13:20:20:0.606061:18:2:2:9:18:2:2:11 chr5 16794916 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00915939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.202;QD=11.0922;RBI=0.0218106;REFB=-0.0241661;REVB=-0.0197941;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0666736;OID=.;OPOS=16794916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chr5 19721490 . T C 1579.61 PASS AF=0.95614;AO=109;DP=116;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0516567;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5185;QD=55.4247;RBI=0.0666889;REFB=-0.02941;REVB=0.0421782;RO=5;SAF=46;SAR=63;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001877;STB=0.50099;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00381755;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:114:5:5:109:109:0.95614:63:46:2:3:63:46:2:3 chr5 21751362 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0246048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.136;QD=18.3451;RBI=0.0253636;REFB=0.0102848;REVB=0.00615776;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130349;STB=0.574236;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0102549;OID=.;OPOS=21751362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:8:10:7:10:8:10 chr5 21751367 . CTT C 89.6 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0438846;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=2;MLLD=38.8203;QD=11.2006;RBI=0.0699601;REFB=0.0231666;REVB=0.0544845;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135944;STB=0.613472;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=-0.0278486;OID=.;OPOS=21751368;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:13:34:14:32:18:9:5:8:10:89:13:8:5:6:7 chr5 21752050 . A G 689.46 PASS AF=0.475862;AO=67;DP=144;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00385264;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.803;QD=19.0196;RBI=0.00498502;REFB=-0.0169094;REVB=-0.00316347;RO=74;SAF=29;SAR=38;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126239;STB=0.507467;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0149566;OID=.;OPOS=21752050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:74:76:67:69:0.475862:38:29:33:41:40:29:33:43 chr5 21752056 . A G 659.07 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0107101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.173;QD=18.3074;RBI=0.0133347;REFB=-0.00663385;REVB=-0.00794405;RO=76;SAF=29;SAR=38;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115211;STB=0.502323;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00631078;OID=.;OPOS=21752056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:77:67:67:0.465278:38:29:32:44:38:29:33:44 chr5 23509184 . C T 223.46 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.022227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.257;QD=14.8971;RBI=0.0240027;REFB=-0.0406789;REVB=0.00906034;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265993;STB=0.648974;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0453507;OID=.;OPOS=23509184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:7:27:14:12:7:27 chr5 23527323 . C G 38.49 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00987533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4963;QD=12.8291;RBI=0.131859;REFB=-0.116059;REVB=0.131489;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.624529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.169342;OID=.;OPOS=23527323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:11:12:6:6:5:6:0.5:4:1:2:4:5:1:2:4 chr5 23976115 . G A 353.66 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0292081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8764;QD=13.6021;RBI=0.0322445;REFB=-0.0023064;REVB=0.0136599;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213276;STB=0.519222;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00255068;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:62:62:41:42:0.403846:21:20:29:33:21:21:29:33 chr5 24910721 . C G 163.79 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00414543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8213;QD=13.3709;RBI=0.072425;REFB=0.00339471;REVB=0.0723062;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129764;STB=0.558756;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00305938;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:31:18:18:0.367347:6:12:16:13:6:12:18:13 chr5 26198575 . G T 312.64 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.000971438;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.749;QD=16.241;RBI=0.00273119;REFB=-0.00152899;REVB=0.00255258;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054454;STB=0.503066;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00172107;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:43:43:34:34:0.441558:18:16:20:23:18:16:20:23 chr5 26198591 . C T 1231.25 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.222;QD=60.061;RBI=0.040931;REFB=-0.121999;REVB=0.0346772;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126256;STB=0.506665;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0015785;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:44:37:1:0:44:37:1:0 chr5 26903557 . G A,T 713.38 PASS AF=0.859649,0.0877193;AO=49,5;DP=57;FAO=49,5;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=28,2;FSAR=21,3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000479256,-8.26607e-05;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=165.676,16.0356;QD=50.0619;RBI=0.011491,0.0708672;REFB=-0.0252244,-0.117938;REVB=0.011481,-0.0708671;RO=2;SAF=28,2;SAR=21,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00537235,-0.0491618;STB=0.505616,0.599599;STBP=0.797,0.601;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000449613,0.0804361;OID=.,.;OPOS=26903557,26903557;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:57:57:2:3:49,5:49,5:0.859649,0.0877193:21,3:28,2:1:1:21,3:28,2:2:1 chr5 26988328 . G A 642.58 PASS AF=0.463576;AO=67;DP=150;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0180332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0568;QD=17.0219;RBI=0.0290831;REFB=-0.0130071;REVB=-0.0228173;RO=79;SAF=43;SAR=24;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136967;STB=0.569713;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0168503;OID=.;OPOS=26988328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:79:81:67:70:0.463576:24:43:40:39:25:45:42:39 chr5 26988424 . T C 532.4 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00597793;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2191;QD=16.6376;RBI=0.0389559;REFB=-0.0272061;REVB=0.0384945;RO=71;SAF=30;SAR=27;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229351;STB=0.512795;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.05909;OID=.;OPOS=26988424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:27:30:39:32:27:30:39:32 chr5 31401447 . A G 253.96 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0153325;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.233;QD=23.6244;RBI=0.015557;REFB=0.0218435;REVB=0.00263371;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267106;STB=0.511618;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0162857;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:19:23:24:0.55814:12:11:8:10:12:12:9:10 chr5 31423007 . T C 440.43 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0086118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.149;QD=16.9396;RBI=0.00984451;REFB=-0.000424592;REVB=-0.00476983;RO=55;SAF=23;SAR=25;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808185;STB=0.54954;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000435853;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:56:48:48:0.461538:25:23:31:24:25:23:32:24 chr5 31468075 . A G 387.75 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00157533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.039;QD=19.6327;RBI=0.0149433;REFB=-0.00228755;REVB=-0.01486;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129822;STB=0.582238;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00187748;OID=.;OPOS=31468075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:39:40:0.506329:20:19:13:25:20:20:13:26 chr5 31515657 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0422135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.55;QD=17.101;RBI=0.0472621;REFB=-0.00103308;REVB=-0.0212539;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239094;STB=0.638091;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000416137;OID=.;OPOS=31515657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:8:7:10:4:8:7 chr5 31538692 . A C 303.79 PASS AF=0.43038;AO=31;DP=77;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00420766;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.54;QD=15.3818;RBI=0.0312934;REFB=-0.0181389;REVB=0.0310093;RO=46;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397132;STB=0.514961;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0247105;OID=.;OPOS=31538692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:46:45:31:34:0.43038:13:18:25:21:16:18:25:20 chr5 31799656 . AG A,CA 74.39 PASS AF=0.5,0;AO=20,2;DP=45;FAO=22,0;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9,0;FSAR=13,0;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0247854,-0.0286057;FXX=0.0222173;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.82547,31.0521;QD=6.76306;RBI=0.0508051,0.0656596;REFB=-0.163272,-0.0377886;REVB=0.0443491,0.0591007;RO=18;SAF=9,2;SAR=11,0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.180859,0.461523;STB=0.634027,0.5;STBP=0.097,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.172231,0;OID=.,.;OPOS=31799657,31799656;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:45:44:18:22:20,2:22,0:0.5,0:11,0:9,2:12:6:13,0:9,0:15:7 chr5 32058115 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0142067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.763;QD=20.0172;RBI=0.0196438;REFB=-0.0112843;REVB=0.0135665;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205323;STB=0.511615;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0134291;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:7:10:11:7:7:10 chr5 32230026 . C T 313.23 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=7.98516e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4715;QD=30.5594;RBI=0.0179508;REFB=-0.0677825;REVB=-0.0179506;RO=13;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569306;STB=0.546279;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.044482;OID=.;OPOS=32230026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:14:27:27:0.658537:10:17:7:6:10:17:7:7 chr5 32403346 . C T 1512.17 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130293;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3118;QD=63.6703;RBI=0.0131466;REFB=0;REVB=-0.00175237;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219733;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:49:44:0:0:50:45:0:0 chr5 32789852 . T C 103.21 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00986097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.074;QD=10.0695;RBI=0.0102063;REFB=0.00010026;REVB=0.00263231;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634537;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025609;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:28:12:13:0.317073:6:6:12:15:7:6:13:15 chr5 32790616 . T C 327.26 PASS AF=0.385417;AO=35;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00830738;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.26;QD=13.6357;RBI=0.00847488;REFB=-0.0113607;REVB=0.00167661;RO=59;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269082;STB=0.522281;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0201817;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:59:59:35:37:0.385417:21:14:25:34:22:15:26:33 chr5 33278013 . A G 146.59 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00557633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.347;QD=10.4706;RBI=0.0162572;REFB=-0.00294473;REVB=-0.0152709;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254234;STB=0.664038;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00467168;OID=.;OPOS=33278013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:37:19:19:0.339286:12:7:21:14:12:7:23:14 chr5 33278049 . T C 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0116848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.533;QD=17.167;RBI=0.0130997;REFB=-0.013513;REVB=0.00592196;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698511;STB=0.539144;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00617401;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:20:12:13:16:20:12 chr5 33462034 . G A 304.78 PASS AF=0.4;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0072075;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.572;QD=14.3425;RBI=0.0213206;REFB=-0.00455764;REVB=-0.0200654;RO=52;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16743;STB=0.58942;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00550337;OID=.;OPOS=33462034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:52:51:34:34:0.4:13:21:24:28:13:21:24:27 chr5 33535060 . G A 340.61 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0058;QD=54.4976;RBI=0.0120465;REFB=0;REVB=0.00171633;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227952;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:20:3:0:0:22:3:0:0 chr5 33751454 . A T 484.91 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.589;QD=55.4187;RBI=0.218121;REFB=-0.0147959;REVB=0.217504;RO=1;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680622;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:1:0:32:35:1:9:23:0:1:11:24:0:0 chr5 33881252 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00347711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.755;QD=25.361;RBI=0.00349454;REFB=-0.0343462;REVB=-0.000348531;RO=8;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343571;STB=0.696117;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00674318;OID=.;OPOS=33881252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:2:13:4:4:2:13:4:4 chr5 33881388 . T C 572.73 PASS AF=0.540816;AO=52;DP=97;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00729269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.395;QD=23.3768;RBI=0.0268901;REFB=-0.016147;REVB=0.0258823;RO=45;SAF=23;SAR=29;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132546;STB=0.567293;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0141874;OID=.;OPOS=33881388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:45:52:53:0.540816:29:23:27:18:29:24:27:18 chr5 33938447 . G A 418.85 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.546;QD=54.0452;RBI=0.0469081;REFB=-0.151985;REVB=0.0417071;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00147439;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr5 33954511 . T C 780.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.924;QD=63.7451;RBI=0.0612009;REFB=0;REVB=0.0555987;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65794e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:30:19:0:0 chr5 33963870 . C T 1036.14 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.6;QD=59.208;RBI=0.0266077;REFB=0;REVB=-0.0054063;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30736e-05;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr5 33989518 . C T 861.04 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.378;QD=57.4027;RBI=0.0450935;REFB=0;REVB=0.0231805;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232225;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:39:19:0:0:40:20:0:0 chr5 33994116 . A T 232.8 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=58;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00640569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.581;QD=14.781;RBI=0.01137;REFB=-0.0136335;REVB=-0.00939388;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206241;STB=0.555516;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0203585;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:28:35:22:28:0.444444:14:8:16:12:14:14:21:14 chr5 33994182 . T C 304.57 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0176383;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.819;QD=19.6498;RBI=0.0179112;REFB=-0.0226882;REVB=0.00311445;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0018185;STB=0.501012;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216272;OID=.;OPOS=33994182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:14:16:17:15:14:16 chr5 33998883 . A G 700.9 PASS AF=0.678161;AO=58;DP=86;FAO=59;FDP=87;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0586764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6722;QD=32.2251;RBI=0.0588913;REFB=0.0210698;REVB=-0.00502577;RO=28;SAF=22;SAR=36;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864127;STB=0.501023;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00968128;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:28:28:58:59:0.678161:36:22:11:17:36:23:11:17 chr5 34004707 . C T 301.78 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0102229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7237;QD=25.1481;RBI=0.0107403;REFB=0.00696385;REVB=0.00329335;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21035;STB=0.616355;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00588179;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:15:12:15:6:15:12:15:6 chr5 34008100 . C T 485.35 PASS AF=0.616438;AO=44;DP=72;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.133542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4194;QD=26.5946;RBI=0.138323;REFB=-0.0166984;REVB=0.0360525;RO=28;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659978;STB=0.539308;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0112144;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:28:28:44:45:0.616438:26:18:14:14:27:18:14:14 chr5 34020277 . C T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00289196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.352;QD=16.0653;RBI=0.00487033;REFB=-0.00338024;REVB=0.00391876;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182845;STB=0.601983;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00473935;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:18:18:0.428571:10:8:14:8:10:8:15:9 chr5 34038537 . A G 725.89 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.565;QD=63.1207;RBI=0.0321957;REFB=0;REVB=-0.030841;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83195e-05;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr5 34757666 . G A 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0130315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.792;QD=19.0578;RBI=0.0816561;REFB=-0.0401213;REVB=0.0806095;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184613;STB=0.591302;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0241105;OID=.;OPOS=34757666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:8:11:7:12:8:11:8:12 chr5 34802384 . A G 356.52 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0258222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.518;QD=19.2712;RBI=0.0266091;REFB=-0.00253982;REVB=-0.00642322;RO=37;SAF=25;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249446;STB=0.639021;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00400601;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:12:25:15:22:12:25:15:22 chr5 34840841 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0374294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.789;QD=21.3532;RBI=0.0395245;REFB=-0.044187;REVB=-0.0126975;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125599;STB=0.571317;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0210366;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:4:5:5:8:4:5 chr5 34862125 . C T 318.44 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0491739;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.886;QD=12.6115;RBI=0.0492809;REFB=-0.00252695;REVB=0.00324463;RO=61;SAF=9;SAR=29;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339238;STB=0.704804;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00383049;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:61:63:38:38:0.376238:29:9:32:29:29:9:34:29 chr5 34925328 . T A 82.65 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0160715;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=40.0461;QD=11.0201;RBI=0.114739;REFB=-0.00359269;REVB=-0.113608;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128787;STB=0.577828;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00332601;OID=.;OPOS=34925328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:30:30:19:19:11:11:0.366667:2:9:14:5:2:9:14:5 chr5 34998877 . C A 328.86 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0129396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5165;QD=18.7919;RBI=0.0267001;REFB=-0.0136035;REVB=-0.0233551;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925815;STB=0.557344;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00645007;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:15:19:16:19:15:20:16:19 chr5 35010138 . A G 723.58 PASS AF=0.556452;AO=64;DP=122;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0357711;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.884;QD=23.3414;RBI=0.0362394;REFB=-0.0122347;REVB=-0.00580732;RO=55;SAF=25;SAR=39;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102134;STB=0.525152;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00909776;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:55:55:64:69:0.556452:39:25:28:27:39:30:27:28 chr5 35033605 . G A 266.13 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-1.42965e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.927;QD=21.29;RBI=0.00270318;REFB=-0.005342;REVB=0.00270314;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729235;STB=0.54095;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00438262;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:12:13:15:10:12:13 chr5 35037115 . C T 199.0 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000916973;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.959;QD=13.2668;RBI=0.00173316;REFB=-0.00962616;REVB=0.00147071;RO=36;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190298;STB=0.609152;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0141934;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:15:9:20:16:15:9:20:16 chr5 35039437 . A G 206.67 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0152755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6052;QD=16.8711;RBI=0.0498811;REFB=-0.00953664;REVB=0.0474846;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135275;STB=0.561342;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0231888;OID=.;OPOS=35039437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:28:20:21:0.428571:4:16:19:8:5:16:19:9 chr5 35039486 . C T 817.67 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.844;QD=57.38;RBI=0.0449;REFB=0;REVB=0.0411961;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104714;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:22:33:0:0:23:34:0:0 chr5 35641582 . A C 343.52 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0292792;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.424;QD=13.6049;RBI=0.0294326;REFB=-0.00861355;REVB=-0.00300093;RO=61;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211993;STB=0.620287;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0173501;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:61:61:40:40:0.39604:15:25:26:35:15:25:26:35 chr5 35643615 . G A 230.87 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0167258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.891;QD=16.4908;RBI=0.01797;REFB=0.00393285;REVB=-0.00657016;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235452;STB=0.619468;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00403074;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:30:26:26:0.464286:19:7:14:14:19:7:14:16 chr5 35644621 . T C 221.61 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0328181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5163;QD=25.3265;RBI=0.0428931;REFB=0.00192002;REVB=-0.0276186;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746985;STB=0.541626;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0028436;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:7:14:8:6:7:14:8:6 chr5 35654711 . C T 632.92 PASS AF=0.452229;AO=68;DP=154;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0298579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.23;QD=16.1254;RBI=0.0301727;REFB=-0.00766887;REVB=0.00434709;RO=86;SAF=30;SAR=38;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708759;STB=0.525684;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00816484;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:86:86:68:71:0.452229:38:30:44:42:38:33:44:42 chr5 35702306 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0204622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.184;QD=22.7239;RBI=0.0227221;REFB=-0.00535346;REVB=0.00987878;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330788;STB=0.5185;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00407774;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:5:11:13:7:5:11 chr5 35764696 . C T 785.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4241;QD=64.1366;RBI=0.0465854;REFB=0;REVB=0.0411603;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316675;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr5 35861068 . T C 405.67 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0159251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.533;QD=14.2339;RBI=0.0164646;REFB=-0.00838329;REVB=-0.00418046;RO=67;SAF=20;SAR=27;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14731;STB=0.582988;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0145756;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:47:47:0.412281:27:20:38:29:27:20:38:29 chr5 35871190 . G A 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0129596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.137;QD=14.9477;RBI=0.01856;REFB=-0.00787858;REVB=-0.0132862;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781075;STB=0.504422;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0081636;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:16:15:20:22:16:15:20:22 chr5 35871273 . C T 354.59 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0171448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8498;QD=16.3031;RBI=0.0176835;REFB=-0.00899557;REVB=-0.00433149;RO=47;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529327;STB=0.531526;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0109451;OID=.;OPOS=35871273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:49:38:38:0.436782:23:15:21:26:23:15:22:27 chr5 35910529 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0230328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.058;QD=20.4851;RBI=0.0258379;REFB=-0.00793454;REVB=0.0117085;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.57133;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.008339;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:8:6:2:8:8:6:3:8 chr5 35921133 . T C 369.25 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.000306109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.286;QD=16.9768;RBI=0.0246733;REFB=0.000614865;REVB=0.0246714;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033395;STB=0.507072;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.000586894;OID=.;OPOS=35921133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:48:39:39:0.448276:20:19:24:22:20:19:24:24 chr5 35962984 . A G 239.07 PASS AF=1;AO=11;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.182;QD=50.3309;RBI=0.067595;REFB=0;REVB=0.0667191;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438622;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:11:19:1:9:2:0:0:17:2:0:0 chr5 35965970 . A C 85.02 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0378037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.25;QD=10.9709;RBI=0.0378204;REFB=-0.00568601;REVB=-0.0011257;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36558;STB=0.739243;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.010484;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:31:19:20:11:11:0.354839:9:2:9:10:9:2:10:10 chr5 36155318 . C CTT 319.22 PASS AF=1;AO=20;DP=36;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504053;FXX=0.0937207;HRUN=4;LEN=2;MLLD=24.837;QD=44.0305;RBI=0.175665;REFB=0;REVB=-0.168279;RO=8;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00452501;OID=.;OPOS=36155319;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:36:29:29:0:8:21:0:0:6:8:5:15:5:3 chr5 36269551 . G C 360.26 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00398425;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.251;QD=20.0145;RBI=0.0118081;REFB=0.00122234;REVB=0.0111156;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158277;STB=0.594543;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00129331;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:35:37:37:0.513889:22:15:20:14:22:15:21:14 chr5 37036492 . C T 36.36 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0227076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.795;QD=6.92619;RBI=0.055201;REFB=-0.00252029;REVB=-0.0503142;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442109;STB=0.78843;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.001308;OID=.;OPOS=37036492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:7:8:1:5:7:8 chr5 37173930 . A C 400.62 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0203174;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.214;QD=18.4192;RBI=0.0203181;REFB=-0.00572896;REVB=0.000174798;RO=44;SAF=14;SAR=27;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294213;STB=0.673793;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00665442;OID=.;OPOS=37173930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:44:46:41:41:0.471264:27:14:29:15:27:14:31:15 chr5 37294473 . T C 296.57 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0104899;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.433;QD=15.2088;RBI=0.0104934;REFB=-0.0101518;REVB=-0.00027174;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380075;STB=0.52335;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0141187;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:44:45:32:33:0.423077:17:15:19:25:17:16:20:25 chr5 37309371 . TAGA T 45.26 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0521836;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.447;QD=6.70584;RBI=0.0524672;REFB=-0.0114283;REVB=0.00544741;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216099;STB=0.631148;STBP=0.584;TYPE=del;VARB=0.0249374;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:7:28:7:27:20:1:6:5:15:45:19:1:6:5:14 chr5 37364443 . C T 206.93 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4696;QD=48.6896;RBI=0.0759265;REFB=0;REVB=0.0675242;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885045;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr5 37688010 . A G 124.76 PASS AF=0.3;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0114983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.491;QD=9.98068;RBI=0.0115043;REFB=-0.00347011;REVB=-0.000371193;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133952;STB=0.553121;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00865834;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:35:35:14:15:0.3:6:8:16:19:7:8:16:19 chr5 37688094 . C T 164.16 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.004951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.099;QD=11.1295;RBI=0.0139481;REFB=-0.014362;REVB=-0.0130398;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409203;STB=0.515333;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0227033;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:21:21:0.355932:10:11:18:19:10:11:19:19 chr5 37700516 . C T 1542.19 PASS AF=1;AO=95;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170204;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8974;QD=62.9466;RBI=0.0290754;REFB=0;REVB=-0.0235729;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194194;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:95:98:1:51:44:0:0:51:47:0:0 chr5 38350643 . G A 329.7 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0453739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.83;QD=20.9335;RBI=0.0455063;REFB=-0.0019694;REVB=0.00346818;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429928;STB=0.523796;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.000315842;OID=.;OPOS=38350643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:17:17:16:13:17:17:16:13 chr5 38480251 . AG AGA,GA 30.72 PASS AF=0.190476,0.0952381;AO=3,2;DP=21;FAO=4,2;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3,2;FSAR=1,0;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00701397,0.0310386;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=20.1838,31.4716;QD=5.85117;RBI=0.038729,0.0358124;REFB=-0.0236365,-0.0243849;REVB=0.0380886,0.0178643;RO=15;SAF=3,2;SAR=0,0;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.741484,0.691135;STB=0.865328,0.997062;STBP=0.265,0.019;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0679464,0.0693423;OID=.,.;OPOS=38480253,38480251;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:15:15:3,2:4,2:0.190476,0.0952381:0,0:3,2:3:12:1,0:3,2:3:12 chr5 38821752 . T G 324.24 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0245821;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5678;QD=19.3573;RBI=0.0246222;REFB=-0.0123639;REVB=0.00140482;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168278;STB=0.583583;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0111148;OID=.;OPOS=38821752;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:33:34:34:0.507463:16:18:23:9:16:18:23:10 chr5 38822040 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9757;QD=39.2061;RBI=0.147816;REFB=0;REVB=-0.138591;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00305025;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr5 38823254 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.56;QD=59.8389;RBI=0.0412073;REFB=0;REVB=0.0304018;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053647;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr5 38921788 . G A 902.62 PASS AF=0.468293;AO=94;DP=203;FAO=96;FDP=205;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=0.0157912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.026;QD=17.6121;RBI=0.017662;REFB=-0.0100794;REVB=0.00791101;RO=108;SAF=30;SAR=64;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555856;STB=0.532865;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0124315;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:108:109:94:96:0.468293:64:30:40:68:66:30:40:69 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1040.89 PASS AF=0.0875912,0.912409;AO=14,30;DP=137;FAO=12,125;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=12,34;FSAR=0,91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0869226,-0.169931;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=182.616,8.9626;QD=30.3909;RBI=0.149074,0.917722;REFB=0,0;REVB=0.12111,0.901852;RO=77;SAF=14,20;SAR=0,10;SRF=1;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.89567,0.711722;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.129237,-0.0180745;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0875912,0.912409:14,30:137:12,125:137:0:12,34:0,91:0:0:36:77:14,20:0,10:1:76 chr5 38941426 . TG TGT,T,TT 176.02 PASS AF=0,0.475,0;AO=5,10,3;DP=35;FAO=0,19,0;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=0,11,0;FSAR=0,8,0;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0961577,0.00203037,0.00261832;FXX=0.0243843;HRUN=8,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=4.99785,190.632,191.186;QD=17.6022;RBI=0.139159,0.0422257,0.0367257;REFB=-0.0723359,-0.00917939,-0.00932387;REVB=-0.100593,-0.0421768,-0.0366322;RO=13;SAF=1,5,2;SAR=4,5,1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.393238,-0.036821,0.144625;STB=0.5,0.554319,0.5;STBP=1,0.51,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0,0.00646377,0.00451293;OID=.,.,.;OPOS=38941428,38941427,38941427;OREF=-,G,G;OALT=T,-,T;OMAPALT=TGT,T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.475,0:5,10,3:35:0,19,0:40:21:0,11,0:0,8,0:10:11:99:13:1,5,2:4,5,1:7:6 chr5 38942090 . T C 871.17 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114065;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.63;QD=58.078;RBI=0.0808271;REFB=0;REVB=0.0800182;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55838e-05;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr5 38942181 . G A 199.62 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0689484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.954;QD=13.5338;RBI=0.0692963;REFB=-0.00238041;REVB=0.00693488;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116779;STB=0.566752;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00389357;OID=.;OPOS=38942181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:15:20:11:13:15:20 chr5 38950776 . G A 717.66 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163519;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.85;QD=61.077;RBI=0.0163633;REFB=-0.11837;REVB=0.000611623;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00038714;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:0:1:46:46:0.978723:26:20:0:0:26:20:0:1 chr5 38955796 . G A 365.71 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00244601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7953;QD=16.4364;RBI=0.0329924;REFB=0.00175552;REVB=0.0329016;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566027;STB=0.518424;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00194244;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:50:38:39:0.438202:20:18:27:24:20:19:26:24 chr5 39107100 . A G 305.56 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0517463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4868;QD=22.6344;RBI=0.0669374;REFB=0.0256839;REVB=0.042461;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188806;STB=0.590732;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.017089;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:21:9:12:11:21:10:12:11 chr5 39108309 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.672;QD=61.684;RBI=0.0239308;REFB=0;REVB=0.0229145;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97465e-05;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr5 39108322 . A G 614.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.311;QD=61.4633;RBI=0.023343;REFB=0;REVB=0.0144689;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02423e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:18:20:0:0:20:20:0:0 chr5 40852451 . C G 1338.54 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9249;QD=62.2578;RBI=0.0263844;REFB=0;REVB=-0.0252581;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232391;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:85:86:1:37:48:0:1:38:48:0:0 chr5 40955561 . G C 1606.41 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5706;QD=64.2563;RBI=0.0112786;REFB=0;REVB=-0.00245236;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73023e-05;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:52:47:0:0:52:48:0:0 chr5 40972111 . C T 2412.82 PASS AF=0.99375;AO=155;DP=158;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150324;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.481;QD=60.3204;RBI=0.0201183;REFB=-0.151356;REVB=-0.0133705;RO=0;SAF=74;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503268;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000155668;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:160:0:1:155:159:0.99375:81:74:0:0:83:76:1:0 chr5 40998196 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.193;QD=56.9478;RBI=0.0387284;REFB=-0.158762;REVB=0.0328081;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00244376;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:1:0:20:16:1:0 chr5 40998235 . C T 203.21 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0311083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.313;QD=21.969;RBI=0.0325475;REFB=-0.0152763;REVB=0.00957137;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169061;STB=0.594503;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0176954;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:5:12:10:10:5:12 chr5 41000343 . G A 727.49 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.314;QD=57.058;RBI=0.0152837;REFB=0;REVB=0.00948901;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87501e-06;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr5 41008780 . A G 386.74 PASS AF=0.431373;AO=40;DP=100;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0137475;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.957;QD=15.1662;RBI=0.0142661;REFB=-0.0215482;REVB=0.00381169;RO=57;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059776;STB=0.549482;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0297308;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:57:58:40:44:0.431373:26:14:23:34:30:14:23:35 chr5 41042284 . G T 266.39 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0622906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.708;QD=15.904;RBI=0.0669678;REFB=0.0102567;REVB=-0.024588;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261699;STB=0.640145;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0190243;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:11:19:13:23:11:19:14:23 chr5 41049389 . T C 254.67 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0351921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.072;QD=16.1698;RBI=0.0360538;REFB=-0.00998413;REVB=0.00783532;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270757;STB=0.639005;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.019467;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:34:28:29:0.460317:17:11:23:11:17:12:23:11 chr5 41049397 . C T 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00522864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.592;QD=18.1751;RBI=0.00968189;REFB=-0.0392559;REVB=0.00814864;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216765;STB=0.633352;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0336587;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:32:31:31:0.492063:17:14:21:9:17:14:23:9 chr5 41054934 . A G 169.5 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00817078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.793;QD=10.5934;RBI=0.0167003;REFB=-0.00766918;REVB=-0.0145649;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511763;STB=0.529887;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0104146;OID=.;OPOS=41054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:10:12:21:21:10:12:21:21 chr5 41061716 . A G 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.00551364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.411;QD=18.3592;RBI=0.00562309;REFB=-0.00644829;REVB=-0.00110404;RO=54;SAF=14;SAR=32;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365851;STB=0.703967;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00406746;OID=.;OPOS=41061716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:32:14:37:17:32:14:37:17 chr5 41158863 . G A 1175.49 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795331;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.566;QD=61.0643;RBI=0.00887846;REFB=0;REVB=-0.00394613;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14011e-06;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr5 41312206 . TA AT 61.55 PASS AF=0.263158;AO=16;DP=58;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.062906;FXX=0.0499917;HRUN=12;LEN=2;MLLD=21.6522;QD=4.31933;RBI=0.063587;REFB=-0.0939248;REVB=0.00928161;RO=36;SAF=3;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453842;STB=0.729825;STBP=0.053;TYPE=mnp;VARB=0.0255658;OID=.;OPOS=41312206;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:58:57:36:42:16:15:0.263158:13:3:20:16:12:3:20:22 chr5 42700044 . A G 765.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9868;QD=63.8245;RBI=0.0552824;REFB=0;REVB=0.0456357;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404285;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:16:31:0:0:17:31:0:0 chr5 42719239 . A C 658.03 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000932558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.361;QD=61.2117;RBI=0.00254508;REFB=0;REVB=0.00236807;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40731e-06;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:1:0:41:43:1:20:21:0:1:21:22:0:0 chr5 42720068 . T TA 180.73 PASS AF=0.863636;AO=17;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000110584;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.511;QD=32.8599;RBI=0.00700577;REFB=-0.0643156;REVB=-0.0070049;RO=5;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787256;STB=0.542668;STBP=0.302;TYPE=ins;VARB=0.00439329;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.863636:17:22:19:22:3:12:7:1:2:13:5:10:7:2:3 chr5 43120098 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.992;QD=37.4867;RBI=0.11696;REFB=0;REVB=-0.11692;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00305334;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr5 43492978 . G A 261.17 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315831;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.799;QD=52.2331;RBI=0.0328146;REFB=0;REVB=0.0089056;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017853;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr5 43506449 . T C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0276061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.144;QD=21.3532;RBI=0.0771203;REFB=-0.0417207;REVB=0.0720101;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0319677;OID=.;OPOS=43506449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:4:5:6:7:4:5 chr5 43509348 . T A 1282.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4344;QD=61.8042;RBI=0.0628868;REFB=0;REVB=0.0592358;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451418;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr5 43527135 . A C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7718;QD=57.2364;RBI=0.0437865;REFB=0;REVB=0.041181;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175046;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr5 44066732 . A G 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0180356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7583;QD=17.951;RBI=0.0476684;REFB=-0.0050057;REVB=-0.0441247;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243207;STB=0.63542;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00637539;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:21:7:14:13:21:7 chr5 44388710 . CAAAAAGC CAAAAGC,CAAAAGCA,GCAAAAGC 78.09 PASS AF=0.540541,0,0;AO=12,2,2;DP=37;FAO=20,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=4,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.290792,0.134348,0.0162062;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,3,2;MLLD=8.02728,23.1571,89.9145;QD=8.44189;RBI=0.291543,0.144986,0.0203494;REFB=-0.0712741,-0.0436305,-0.00677941;REVB=0.0209244,-0.0545102,-0.0123068;RO=17;SAF=0,0,0;SAR=12,2,2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.838413,-0.661835,-0.661835;STB=0.752671,0.5,0.5;STBP=0.001,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.194801,0,0;OID=.,.,.;OPOS=44388711,44388715,44388710;OREF=A,AGC,CA;OALT=-,GCA,GC;OMAPALT=CAAAAGC,CAAAAGCA,GCAAAAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:37:37:17:17:12,2,2:20,0,0:0.540541,0,0:12,2,2:0,0,0:13:4:16,0,0:4,0,0:12:5 chr5 50045967 . G T 270.61 PASS AF=0.463768;AO=24;DP=79;FAO=32;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00193025;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.89;QD=15.6875;RBI=0.00635265;REFB=-0.01778;REVB=0.0060523;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157058;STB=0.52401;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0260258;OID=.;OPOS=50045967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:69:41:37:24:32:0.463768:10:14:18:23:15:17:18:19 chr5 50053015 . G A 500.58 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.617;QD=58.8916;RBI=0.00911823;REFB=0;REVB=0.00173447;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17336e-05;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:20:14:0:0 chr5 50057726 . AGGG AGGA,AGGT 457.34 PASS AF=0.342857,0.542857;AO=11,18;DP=35;FAO=12,19;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8,9;FSAR=4,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000106004,-0.0175812;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=106.178,75.1511;QD=52.2668;RBI=0.00643945,0.0218924;REFB=-0.089053,-0.107657;REVB=0.00643858,-0.0130453;RO=1;SAF=8,9;SAR=3,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.127515,0.0483018;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0437257,0.0198246;OID=.,.;OPOS=50057729,50057729;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=AGGA,AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.342857,0.542857:11,18:35:12,19:35:0:8,9:4,10:0:0:99:1:8,9:3,9:0:1 chr5 50685505 . A G 84.0 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0149563;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.213;QD=8.84192;RBI=0.0473016;REFB=-0.00821293;REVB=-0.0448748;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838598;STB=0.505145;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0194682;OID=.;OPOS=50685505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:17:10:4:7:17:10 chr5 52087584 . T TCA 310.85 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278444;FXX=0.079968;HRUN=0;LEN=2;MLLD=214.121;QD=54.0601;RBI=0.0287819;REFB=0;REVB=0.00728604;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000284247;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:25:23:23:0:1:22:0:0:4:0:1:19:0:0 chr5 52096889 . C A 1594.19 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0232206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.426;QD=57.9704;RBI=0.0362222;REFB=-0.0333386;REVB=0.0278003;RO=2;SAF=51;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00096144;STB=0.500507;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000759978;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:57:51:1:1:57:51:1:1 chr5 52157374 . T C 567.18 PASS AF=0.418301;AO=63;DP=152;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.0227892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8656;QD=14.8281;RBI=0.0465338;REFB=-0.00944717;REVB=0.0405715;RO=87;SAF=19;SAR=44;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104079;STB=0.570648;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0138109;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:87:89:63:64:0.418301:44:19:34:53:45:19:36:53 chr5 52193287 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4663;QD=53.2729;RBI=0.0295745;REFB=0;REVB=-0.0213733;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000704851;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr5 52201722 . C T 677.05 PASS AF=0.475524;AO=67;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0277843;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.784;QD=18.9386;RBI=0.0292382;REFB=-0.00654507;REVB=-0.00910529;RO=75;SAF=32;SAR=35;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087331;STB=0.551916;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00938221;OID=.;OPOS=52201722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:67:68:0.475524:35:32:29:46:35:33:29:46 chr5 52214581 . G A 540.25 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.028291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6376;QD=18.0085;RBI=0.0365495;REFB=0.0246804;REVB=-0.0231406;RO=62;SAF=31;SAR=26;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161379;STB=0.593011;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0229004;OID=.;OPOS=52214581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:63:57:57:0.475:26:31:23:39:26:31:23:40 chr5 52229745 . T G 1264.59 PASS AF=0.490494;AO=127;DP=263;FAO=129;FDP=263;FR=.;FRO=134;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=83;FSRR=51;FWDB=0.00239456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.671;QD=19.2333;RBI=0.0027573;REFB=0.00386578;REVB=-0.00136704;RO=132;SAF=71;SAR=56;SRF=81;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517223;STB=0.527946;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00390928;OID=.;OPOS=52229745;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:132:134:127:129:0.490494:56:71:81:51:56:73:83:51 chr5 52248291 . T C 308.24 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.000692519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.895;QD=24.1759;RBI=0.0115886;REFB=-0.0291877;REVB=0.0115679;RO=20;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634352;STB=0.536562;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0185962;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:21:29:30:0.588235:18:11:6:14:19:11:6:15 chr5 52347369 . C T 273.76 PASS AF=0.46875;AO=31;DP=66;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0401794;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1307;QD=17.1103;RBI=0.0414659;REFB=0.00476535;REVB=-0.0102488;RO=32;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252872;STB=0.672959;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00374034;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:32:34:31:30:0.46875:10:21:13:19:9:21:13:21 chr5 52351413 . G A 736.64 PASS AF=0.546154;AO=65;DP=121;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0096487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.8;QD=22.6657;RBI=0.0149809;REFB=-0.0281275;REVB=0.0114599;RO=45;SAF=25;SAR=40;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147403;STB=0.551506;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0140185;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:130:45:59:65:71:0.546154:40:25:26:19:45:26:28:31 chr5 52379277 . C T 487.88 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00201723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.878;QD=24.7027;RBI=0.0109437;REFB=-0.012314;REVB=-0.0107562;RO=32;SAF=20;SAR=26;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258;STB=0.508376;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00371697;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:32:33:46:46:0.582278:26:20:15:17:26:20:15:18 chr5 52389428 . A G 64.27 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0470522;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2655;QD=8.86532;RBI=0.0945837;REFB=-0.00996481;REVB=0.0820497;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262988;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0082967;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:29:19:20:9:9:0.310345:5:4:8:11:5:4:9:11 chr5 52389455 . A G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0276187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.732;QD=18.7119;RBI=0.0350755;REFB=-0.00767341;REVB=0.0216218;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287827;STB=0.664346;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00782569;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:8:11:5:13:8:11 chr5 52389811 . T TAAAG 113.54 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0529611;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=4;MLLD=192.717;QD=15.1392;RBI=0.0535326;REFB=0.00359263;REVB=-0.00780181;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169167;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=ins;VARB=-0.00499933;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:13:30:13:30:17:5:8:9:8:99:14:5:8:8:6 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT 34.19 PASS AF=0.25;AO=4;DP=29;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.018974;FXX=0.11107;HRUN=2;LEN=25;MLLD=684.106;QD=5.69819;RBI=0.0260105;REFB=-0.00490828;REVB=-0.0177914;RO=20;SAF=0;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.632507;STB=0.71347;STBP=0.301;TYPE=ins;VARB=0.0143587;OID=.;OPOS=52390027;OREF=-;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:4:29:6:24:18:1:5:7:11:34:20:0:4:9:11 chr5 52778870 . CG AC,C 136.31 PASS AF=0,0.565217;AO=2,21;DP=46;FAO=0,26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=0,11;FSAR=0,15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0487993,0.133081;FXX=0.061212;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=27.8658,10.6986;QD=11.8533;RBI=0.0573883,0.178158;REFB=-0.0294405,-0.121438;REVB=-0.0302002,-0.118446;RO=19;SAF=1,8;SAR=1,13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.189144,0.0594314;STB=0.5,0.578889;STBP=1,0.25;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.113079;OID=.,.;OPOS=52778870,52778871;OREF=CG,G;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:46:19:20:2,21:0,26:0,0.565217:1,13:1,8:6:13:0,15:0,11:5:15 chr5 52856504 . G C 1196.52 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022955;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0552;QD=61.3598;RBI=0.0606088;REFB=0;REVB=0.0560937;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044813;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr5 52942083 . A C 363.54 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.148;QD=51.9337;RBI=0.0306459;REFB=-0.0940418;REVB=0.0109232;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00139194;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:11:16:0:0:11:16:1:0 chr5 52942197 . A G 1262.86 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.779;QD=61.6029;RBI=0.0305201;REFB=0;REVB=0.0304511;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04855e-05;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:38:42:0:0:40:42:0:0 chr5 52979097 . G A 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0183036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.283;QD=16.9226;RBI=0.0507579;REFB=-0.0144469;REVB=-0.0473428;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806824;STB=0.545233;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0247918;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:16:14:13:21:16:14:13:21 chr5 53606295 . T C 599.18 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0366186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0928;QD=16.6438;RBI=0.0559028;REFB=0.019713;REVB=-0.0422398;RO=81;SAF=32;SAR=31;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887862;STB=0.549522;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0260024;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:63:63:0.4375:31:32:34:47:31:32:34:47 chr5 53814394 . T C 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.07677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.127;QD=28.5368;RBI=0.0999231;REFB=-0.0361402;REVB=0.0639609;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0084497;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:3:4:0:0:3:4:1:0 chr5 54252345 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.358;QD=59.4349;RBI=0.0569772;REFB=0;REVB=0.0203704;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310376;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr5 54253555 . A G 800.67 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1033;QD=57.1904;RBI=0.0572608;REFB=0;REVB=0.00105534;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653239;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr5 54253581 . A G 814.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.21;QD=57.1229;RBI=0.0261837;REFB=0;REVB=-0.00546089;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107475;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr5 54403957 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.786;QD=53.2768;RBI=0.0597315;REFB=0;REVB=0.0539196;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368637;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr5 54404015 . C T 735.85 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288796;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.036;QD=63.9873;RBI=0.0318858;REFB=0;REVB=0.0135156;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49614e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr5 54404056 . GC G,GG 620.82 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=5,36;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186055,-0.00175711;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.416,131.14;QD=60.5678;RBI=0.024431,0.014907;REFB=0,0;REVB=0.0158337,0.0148031;RO=0;SAF=1,21;SAR=4,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0434274,-0.00146745;OID=.,.;OPOS=54404057,54404057;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0487805,0.95122:5,36:41:2,39:41:0:0,22:2,17:0:0:7:0:1,21:4,15:0:0 chr5 54410120 . A C 691.31 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000962168;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6647;QD=62.8467;RBI=0.0261023;REFB=0;REVB=0.0260846;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318108;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr5 54420799 . A C 240.8 PASS AF=0.424242;AO=29;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0684212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6429;QD=14.5937;RBI=0.0694825;REFB=0.00487172;REVB=-0.012098;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083942;STB=0.530281;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00486572;OID=.;OPOS=54420799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:29:28:0.424242:15:14:21:16:14:14:21:17 chr5 54459961 . A G 638.78 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4881;QD=59.4215;RBI=0.0586233;REFB=-0.0138416;REVB=-0.0496776;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000873876;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:25:17:0:1:25:17:0:1 chr5 54466544 . A G 88.73 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0200758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.726;QD=14.7885;RBI=0.0224322;REFB=-0.00705531;REVB=0.0100082;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00752336;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:6:7:5:6:6:7 chr5 54468124 . A T 356.55 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0221039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4497;QD=16.5836;RBI=0.0341292;REFB=-0.0022386;REVB=0.0260043;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962615;STB=0.559893;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00310435;OID=.;OPOS=54468124;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:48:37:38:0.44186:15:22:24:24:15:23:24:24 chr5 54516521 . G A 470.35 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00587001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.605;QD=20.6748;RBI=0.0305604;REFB=-0.0252672;REVB=0.0299914;RO=44;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157931;STB=0.58136;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.017384;OID=.;OPOS=54516521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:21:25:16:28:21:25:17:28 chr5 54572163 . T C 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0103255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.031;QD=24.5159;RBI=0.0218155;REFB=-0.026717;REVB=-0.0192172;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451551;STB=0.525095;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0239896;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:12:15:11:11:12:15:11:11 chr5 54645411 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0179003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.006;QD=16.728;RBI=0.0198133;REFB=-0.0128757;REVB=0.00849389;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.013575;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:9:10:9:7:9:10 chr5 54674296 . A G 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.024372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.155;QD=23.9646;RBI=0.0247142;REFB=-0.0125369;REVB=-0.00409815;RO=18;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239415;STB=0.635126;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0100931;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:19:4:7:11:19:4:7:11 chr5 54830380 . A G 44.7 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.024691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9856;QD=7.45015;RBI=0.0261131;REFB=-0.0181861;REVB=0.00849988;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114368;STB=0.507226;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0583935;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:12:5:2:5:12:5 chr5 54960609 . A G 327.91 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0278706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.806;QD=11.3072;RBI=0.0285831;REFB=-0.0102452;REVB=-0.00634209;RO=74;SAF=21;SAR=20;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591127;STB=0.537991;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0195384;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:74:75:41:41:0.353448:20:21:34:40:20:21:34:41 chr5 54960673 . C G 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00128245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.487;QD=9.66861;RBI=0.00142216;REFB=0.00890814;REVB=0.000614704;RO=44;SAF=4;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35579;STB=0.713061;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0138042;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:17:4:20:24:17:4:20:24 chr5 54960687 . C T 140.12 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0106734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.883;QD=10.0088;RBI=0.0190866;REFB=-0.00234415;REVB=-0.0158234;RO=36;SAF=1;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642706;STB=0.813205;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00365353;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:36:37:18:19:0.339286:17:1:17:19:17:2:17:20 chr5 54990005 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0123508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.786;QD=24.0271;RBI=0.0163722;REFB=-0.0271194;REVB=0.0107474;RO=8;SAF=13;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297893;STB=0.672104;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0154647;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:1:13:6:2:1:13:6:2 chr5 55058992 . C A 972.94 PASS AF=0.911392;AO=67;DP=75;FAO=72;FDP=79;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0922838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2756;QD=49.2627;RBI=0.0925003;REFB=0.00492744;REVB=-0.00632545;RO=7;SAF=38;SAR=29;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267936;STB=0.502372;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00350298;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:75:79:7:7:67:72:0.911392:29:38:5:2:29:43:4:3 chr5 55062756 . G A 174.3 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0246025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9887;QD=19.3662;RBI=0.0415738;REFB=-0.0534595;REVB=0.0335127;RO=16;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393507;STB=0.721975;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0471325;OID=.;OPOS=55062756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:18:18:18:0.5:5:13:4:12:5:13:5:13 chr5 55062764 . T C 507.78 PASS AF=0.972222;AO=30;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.486;QD=56.4196;RBI=0.0404287;REFB=-0.0837026;REVB=0.00824323;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000283726;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:30:35:0.972222:15:15:0:0:18:17:1:0 chr5 55081694 . A G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.036369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.691;QD=16.9413;RBI=0.0371778;REFB=-0.0118484;REVB=0.00771255;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152597;STB=0.560912;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0130945;OID=.;OPOS=55081694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:24:19:19:0.44186:9:10:8:14:9:10:10:14 chr5 55082474 . C T 848.77 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.216;QD=57.5436;RBI=0.0463335;REFB=0;REVB=0.0204065;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191361;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr5 55246001 . A G 346.81 PASS AF=0.9;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0184484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.9419;QD=46.2418;RBI=0.0617555;REFB=-0.0541321;REVB=0.0589356;RO=3;SAF=12;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393744;STB=0.518505;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00904104;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:29:30:3:3:26:27:0.9:14:12:2:1:14:13:2:1 chr5 55406952 . T C 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0167982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.236;QD=10.9413;RBI=0.0205871;REFB=-0.0195904;REVB=0.0119017;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490421;STB=0.529358;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0212046;OID=.;OPOS=55406952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:10:10:6:5:10:10 chr5 55407542 . C T 126.52 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0316509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8505;QD=29.7695;RBI=0.0317344;REFB=-0.00165873;REVB=-0.00230034;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180627;STB=0.599858;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000943061;OID=.;OPOS=55407542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:8:5:0:4:8:5:0:4 chr5 55831021 . A G 484.16 PASS AF=0.392857;AO=53;DP=139;FAO=55;FDP=140;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.0136088;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.359;QD=13.8333;RBI=0.0230803;REFB=-0.00650419;REVB=-0.0186414;RO=84;SAF=27;SAR=26;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16493;STB=0.597904;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00874394;OID=.;OPOS=55831021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:84:85:53:55:0.392857:26:27:30:54:26:29:31:54 chr5 56161787 . G A 165.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0162638;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.556;QD=20.7057;RBI=0.0276454;REFB=-0.010201;REVB=0.0223553;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259921;STB=0.646886;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00572934;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:10:5:11:6:10:5 chr5 56177743 . G A 409.18 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00176431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2082;QD=17.9858;RBI=0.0161429;REFB=-0.0139591;REVB=-0.0160461;RO=49;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608913;STB=0.533965;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0206165;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:24:18:18:31:24:18:18:31 chr5 56177848 . TCAA T 41.8 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0704155;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=3;MLLD=132.746;QD=23.8865;RBI=0.0815576;REFB=-0.0529959;REVB=0.0411497;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=del;VARB=0.0229312;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:5:9:6:7:1:3:3:0:1:8:1:2:3:0:1 chr5 56178217 . A C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0176432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.629;QD=14.6656;RBI=0.0286481;REFB=0.0106466;REVB=-0.0225706;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385756;STB=0.522358;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0269747;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:12:9:7:8:12:9 chr5 56242774 . T C 170.61 PASS AF=0.418605;AO=19;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00552209;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.383;QD=15.871;RBI=0.00670639;REFB=-0.0170416;REVB=-0.00380554;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250898;STB=0.599888;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0259737;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:25:19:18:0.418605:7:12:8:14:7:11:11:14 chr5 56526565 . G T 760.5 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.844;QD=63.3751;RBI=0.0632794;REFB=0;REVB=0.0273912;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392824;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:22:22:0:0:22:26:0:0 chr5 56526783 . G A 817.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.592;QD=57.3815;RBI=0.0302867;REFB=0;REVB=0.00804625;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61128e-05;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr5 57750267 . A C 1343.23 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0440924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1553;QD=61.0559;RBI=0.0515676;REFB=0.0746527;REVB=0.026741;RO=1;SAF=52;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090249;STB=0.504761;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00560186;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:86:87:0.988636:34:52:1:0:35:52:1:0 chr5 57754004 . C T 231.49 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00614946;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.754;QD=20.1297;RBI=0.00862234;REFB=-0.00552167;REVB=0.00604391;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040868;STB=0.543689;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00693793;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:23:22:23:0.5:12:10:9:13:12:11:9:14 chr5 57754132 . G C 446.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.999;QD=57.6702;RBI=0.0291225;REFB=0;REVB=-0.0277304;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140442;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr5 57754808 . G A 790.83 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8739;QD=63.2662;RBI=0.0273491;REFB=0;REVB=-0.00437957;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000338852;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr5 57754851 . A G 1046.47 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9879;QD=58.9562;RBI=0.0974623;REFB=0;REVB=-0.0826491;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656457;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:1:0:70:71:1:32:38:1:0:32:39:0:0 chr5 57825920 . A G 56.83 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0484262;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.355;QD=10.3324;RBI=0.0484519;REFB=-0.00815447;REVB=-0.00157669;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653494;STB=0.892703;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0702476;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:11:3:7:1:11:3 chr5 58267557 . C T 1486.35 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00249247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2872;QD=61.9313;RBI=0.0430966;REFB=-0.0339905;REVB=0.0430245;RO=1;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920605;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0020704;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:93:95:0.989583:42:51:1:0:44:51:1:0 chr5 58489384 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9468;QD=62.982;RBI=0.127768;REFB=0;REVB=-0.0392375;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226006;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chr5 59984897 . A T 1124.13 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262509;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.558;QD=59.1648;RBI=0.0293579;REFB=-0.119202;REVB=0.0131445;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000219601;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:74:75:0.986842:40:34:0:0:40:35:1:0 chr5 60241142 . G A 1292.94 PASS AF=0.988235;AO=67;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0524989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1721;QD=60.8443;RBI=0.191908;REFB=-0.0151564;REVB=0.184588;RO=1;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178273;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.002312;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:67:84:0.988235:26:41:0:1:41:43:0:1 chr5 60369009 . A G 305.48 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=0.0368251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.858;QD=17.7091;RBI=0.0415205;REFB=-0.0307592;REVB=0.0191797;RO=36;SAF=10;SAR=23;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162833;STB=0.590151;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.035217;OID=.;OPOS=60369009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:23:10:6:30:23:10:6:30 chr5 60839907 . C A 118.72 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00272735;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.193;QD=22.6125;RBI=0.00437438;REFB=0.00899934;REVB=-0.00342005;RO=6;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284443;STB=0.687164;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0101496;OID=.;OPOS=60839907;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:6:8:13:13:0.619048:2:11:3:3:2:11:4:4 chr5 60960063 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.715;QD=53.2756;RBI=0.0159713;REFB=0;REVB=-0.0109034;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112979;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr5 60982841 . G A 1706.34 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1708;QD=60.4015;RBI=0.0424632;REFB=0;REVB=-0.0371271;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37047e-05;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:59:54:0:0:59:54:0:0 chr5 61772535 . G T 1447.12 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.715;QD=62.9182;RBI=0.0512563;REFB=0;REVB=0.0358856;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234225;OID=.;OPOS=61772535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:92:0:0:86:92:1:34:52:0:0:39:53:0:0 chr5 63907736 . C T 617.4 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0210125;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0671;QD=18.997;RBI=0.0605628;REFB=0.00431272;REVB=-0.0568008;RO=64;SAF=24;SAR=39;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039145;STB=0.519994;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00642636;OID=.;OPOS=63907736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:64:67:63:63:0.484615:39:24:27:37:39:24:28:39 chr5 63991473 . G C 150.01 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.026001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5372;QD=13.0443;RBI=0.039244;REFB=0.000912146;REVB=-0.0293946;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198097;STB=0.61506;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00341793;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:10:19:8:9:10:19 chr5 64015361 . G C 287.13 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00502596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5173;QD=14.0063;RBI=0.0197585;REFB=-0.017494;REVB=-0.0191086;RO=48;SAF=10;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22939;STB=0.63129;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0275954;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:49:32:33:0.402439:22:10:25:23:23:10:25:24 chr5 64023924 . C A 255.17 PASS AF=0.324324;AO=32;DP=109;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.000552629;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.061;QD=9.19514;RBI=0.00544826;REFB=-0.00239642;REVB=-0.00542016;RO=57;SAF=22;SAR=10;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151693;STB=0.555933;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00400359;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:57:75:32:36:0.324324:10:22:32:25:13:23:42:33 chr5 64023981 . C T 313.09 PASS AF=0.336066;AO=39;DP=119;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00235551;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.622;QD=10.2651;RBI=0.00465297;REFB=-0.00321935;REVB=-0.0040127;RO=78;SAF=16;SAR=23;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147912;STB=0.601876;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0067261;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:78:81:39:41:0.336066:23:16:42:36:25:16:44:37 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=61;DP=104;LEN=9;RO=43;SAF=31;SAR=44;SRF=21;SRR=8;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:104:43:61:44:31:21:8 chr5 64097145 . C G 439.33 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0280221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.77;QD=24.7508;RBI=0.0286349;REFB=-0.0352086;REVB=0.00589239;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144073;STB=0.57273;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0164773;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:29:41:42:0.591549:19:22:10:19:20:22:10:19 chr5 64267595 . T C 296.67 PASS AF=0.604651;AO=23;DP=45;FAO=26;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00326247;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.509;QD=27.5976;RBI=0.0237521;REFB=-0.0579149;REVB=0.023527;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221696;STB=0.591369;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0292003;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:12:14:23:26:0.604651:14:9:9:3:16:10:9:5 chr5 64273018 . G A 298.01 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000404231;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.858;QD=28.3822;RBI=0.00947282;REFB=-0.0154872;REVB=0.00946419;RO=15;SAF=3;SAR=22;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194256;STB=0.599914;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00808863;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:15:16:25:26:0.619048:22:3:4:11:22:4:5:11 chr5 64571242 . GAAAAG GAAAGA 65.81 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=2;MLLD=21.6804;QD=8.2267;RBI=0.0113034;REFB=-0.0844553;REVB=0.0113034;RO=14;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.147806;OID=.;OPOS=64571246;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:8:33:9:32:20:0:9:0:20:53:14:0:8:0:14 chr5 64881936 . A G 155.14 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0609801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.162;QD=9.26217;RBI=0.0656012;REFB=-0.000811102;REVB=-0.0241855;RO=46;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231062;STB=0.634803;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00220162;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:11:10:13:33:11:10:13:33 chr5 64926315 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00717266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.655;QD=11.1307;RBI=0.0306296;REFB=3.62539e-05;REVB=0.0297779;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638208;STB=0.538383;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000880721;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:6:11:7:3:6:11 chr5 64926553 . G C 151.15 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0870107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4713;QD=20.1526;RBI=0.0873286;REFB=0.00977563;REVB=0.00744542;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804595;STB=0.545399;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00892819;OID=.;OPOS=64926553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:4:10:10:6:4:10 chr5 65108215 . A G 351.85 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00780059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.969;QD=15.6377;RBI=0.0112803;REFB=-0.0123299;REVB=0.00814838;RO=52;SAF=14;SAR=24;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177053;STB=0.509995;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0192427;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:24:14:20:32:24:14:20:32 chr5 65317181 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.773;QD=53.2769;RBI=0.0245038;REFB=0;REVB=-0.0194695;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13722e-05;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr5 66283374 . C T 744.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0433;QD=56.2169;RBI=0.0704846;REFB=0;REVB=0.0572399;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891487;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:31:20:0:0:32:21:0:0 chr5 66459878 . G C 99.38 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0242705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5992;QD=14.1969;RBI=0.034133;REFB=0.00105681;REVB=0.024;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415342;STB=0.715593;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00190311;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:16:12:12:0.428571:7:5:13:2:7:5:13:3 chr5 66480004 . T C 527.19 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.506;QD=58.5763;RBI=0.0384257;REFB=0;REVB=0.0277764;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557261;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:18:16:0:0:19:17:0:0 chr5 67589182 . T C 254.02 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00739129;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.093;QD=17.5182;RBI=0.0247723;REFB=-0.00203666;REVB=0.0236439;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287159;STB=0.502511;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00185394;OID=.;OPOS=67589182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:27:28:0.482759:15:12:12:17:16:12:13:17 chr5 68417643 . C T 272.78 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00774926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.232;QD=24.2467;RBI=0.0196844;REFB=-0.0145023;REVB=0.0180949;RO=20;SAF=6;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318392;STB=0.678418;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00925834;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:19:6:12:8:19:6:12:8 chr5 68419054 . A T 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0059376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.905;QD=13.4838;RBI=0.0958684;REFB=-0.00521273;REVB=-0.0956844;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00512245;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr5 68524133 . A G 84.7 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0490239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.867;QD=11.2929;RBI=0.0490996;REFB=-0.0119584;REVB=-0.00272532;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0196834;OID=.;OPOS=68524133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:9:10:7:4:9:10 chr5 68525027 . C T 183.07 PASS AF=0.463415;AO=20;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00963905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8062;QD=17.8604;RBI=0.0388083;REFB=-0.00883997;REVB=-0.0375922;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199317;STB=0.651552;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0161386;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:22:20:19:0.463415:13:7:10:7:13:6:13:9 chr5 68531253 . C T 225.27 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00233133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.774;QD=13.0591;RBI=0.00996073;REFB=-0.00116526;REVB=0.00968406;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844311;STB=0.548351;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00168586;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:20:22:12:15:20:22 chr5 68546706 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00713566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.835;QD=10.2403;RBI=0.018309;REFB=-3.39013e-05;REVB=-0.0168612;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354334;STB=0.710148;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.000378248;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:14:5:6:4:14:5 chr5 68551507 . T G 49.16 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0139158;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5685;QD=12.2904;RBI=0.0190804;REFB=0.000179487;REVB=0.0130542;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.5997;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00673179;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:4:5:5:2:4:5 chr5 68609885 . G T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00865782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.592;QD=12.3287;RBI=0.0228153;REFB=-0.00534993;REVB=-0.0211087;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122544;STB=0.507029;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.013485;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:4:7:10:6:4:7:11:6 chr5 68688608 . T C 197.22 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0134927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2498;QD=26.296;RBI=0.0305515;REFB=-0.0111854;REVB=-0.0274106;RO=10;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247402;STB=0.623482;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0104957;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:19:19:0.633333:13:6:7:3:13:6:7:4 chr5 68695940 . T G 248.6 PASS AF=0.589744;AO=19;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0232853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4488;QD=25.4973;RBI=0.0306079;REFB=-0.0184819;REVB=0.0198655;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583233;STB=0.525092;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0148611;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:19:23:0.589744:10:9:6:9:13:10:6:10 chr5 68720419 . T G 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00809096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.848;QD=15.3801;RBI=0.0141363;REFB=-0.00871602;REVB=0.0115918;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109955;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0103728;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:7:5:7:6:7:5:7:7 chr5 68775065 . C T 82.51 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.908;QD=33.0022;RBI=0.0979079;REFB=-0.0968542;REVB=0.0968447;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00117171;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:1:0:3:6:1:0 chr5 70308251 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.608;QD=60.6102;RBI=0.0275126;REFB=0;REVB=-0.0231045;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04332e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr5 70751818 . T G 856.17 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2389;QD=57.0777;RBI=0.035115;REFB=0;REVB=0.0341637;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336171;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr5 70782444 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0286374;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.891;QD=9.56962;RBI=0.0289924;REFB=-0.00556146;REVB=-0.00452288;RO=15;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63044;STB=0.883282;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0150604;OID=.;OPOS=70782444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:7:1:11:4:7:1:11:4 chr5 70800475 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.596;QD=61.6835;RBI=0.0166535;REFB=0;REVB=-0.00532602;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07157e-05;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr5 70806711 . C G 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519427;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5187;QD=46.9849;RBI=0.0546956;REFB=0;REVB=-0.0171338;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00293402;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr5 70806958 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.947;QD=56.7055;RBI=0.0508964;REFB=0;REVB=0.0293205;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011977;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr5 70834926 . T C 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.721;QD=47.8063;RBI=0.0557808;REFB=0;REVB=0.0394465;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668954;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr5 70837295 . A C 602.77 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0964;QD=60.2768;RBI=0.0906757;REFB=0;REVB=0.0835811;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132437;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr5 70858194 . C T 952.04 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8531;QD=58.5873;RBI=0.0209485;REFB=0;REVB=-0.0209191;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110457;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:35:27:0:0:35:30:0:0 chr5 70932002 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.969;QD=56.7062;RBI=0.0249505;REFB=0;REVB=-0.0236;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188301;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr5 70945075 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.907;QD=53.2756;RBI=0.0363264;REFB=0;REVB=0.0284912;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368192;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr5 71146741 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.597;QD=43.4862;RBI=0.0214588;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211743;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr5 71146757 . T C 797.39 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.31;QD=56.9565;RBI=0.0737876;REFB=0;REVB=-0.0725559;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000907645;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr5 71146882 . T C 3281.53 PASS AF=0.919679;AO=225;DP=246;FAO=229;FDP=249;FR=.;FRO=20;FSAF=132;FSAR=97;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0125134;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.87;QD=52.7154;RBI=0.024175;REFB=-0.0364669;REVB=0.0206845;RO=20;SAF=131;SAR=94;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602463;STB=0.530665;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000851659;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:246:249:20:20:225:229:0.919679:94:131:4:16:97:132:4:16 chr5 71146889 . A G 3307.3 PASS AF=0.914634;AO=225;DP=245;FAO=225;FDP=246;FR=.;FRO=21;FSAF=127;FSAR=98;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00525048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.056;QD=53.7773;RBI=0.0122729;REFB=-0.0684712;REVB=0.0110931;RO=20;SAF=127;SAR=98;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569966;STB=0.532191;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00501113;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:245:246:20:21:225:225:0.914634:98:127:4:16:98:127:4:17 chr5 71489082 . G GT 219.87 PASS AF=1;AO=22;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201574;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.5153;QD=22.5504;RBI=0.242075;REFB=-0.0098398;REVB=-0.134046;RO=16;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00941571;OID=.;OPOS=71489083;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:43:39:39:0:30:9:0:0:3:16:18:4:13:3 chr5 71490962 . A G 392.3 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0174497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5381;QD=50.6197;RBI=0.0234805;REFB=-0.0336156;REVB=-0.0157111;RO=2;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106369;STB=0.505717;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0080317;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:17:12:1:1:17:12:1:1 chr5 71495041 . T C 362.07 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0522595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4285;QD=17.6621;RBI=0.0540233;REFB=0.0019263;REVB=0.0136918;RO=33;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149158;STB=0.50591;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00281333;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:44:37:38:0.463415:15:22:25:8:16:22:25:19 chr5 71756102 . G A 2155.94 PASS AF=0.992908;AO=136;DP=139;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4341;QD=61.1615;RBI=0.0796345;REFB=-0.0676842;REVB=0.0623344;RO=3;SAF=67;SAR=69;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208066;STB=0.503546;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00136891;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:141:3:1:136:140:0.992908:69:67:3:0:70:70:1:0 chr5 71756670 . C T 376.33 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.261;QD=55.7531;RBI=0.0578992;REFB=0;REVB=0.010677;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012973;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:23:27:1:11:12:0:0:11:16:0:0 chr5 72144209 . C T 471.44 PASS AF=0.511111;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0169941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.082;QD=20.9527;RBI=0.01745;REFB=-0.0230615;REVB=-0.00396272;RO=43;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177099;STB=0.50943;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0221676;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:43:44:45:46:0.511111:26:19:19:24:27:19:19:25 chr5 72174432 . C G 1153.79 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8767;QD=60.7258;RBI=0.0417473;REFB=0;REVB=-0.0346429;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.71089e-05;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:47:28:0:0:47:29:0:0 chr5 72184098 . C T 545.3 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4596;QD=58.9514;RBI=0.0552685;REFB=0;REVB=0.0226333;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152312;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr5 72347223 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00971396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.224;QD=24.1272;RBI=0.0132161;REFB=-0.00407283;REVB=-0.00896121;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352689;STB=0.678807;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0210303;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:10:11:17:17:0.607143:11:6:9:1:11:6:9:2 chr5 72351905 . A G 37.0 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00873922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.3956;QD=8.22293;RBI=0.138953;REFB=-0.010896;REVB=-0.138678;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0916791;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:4:2:5:6:4:2:6:6 chr5 72385914 . A G 230.13 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0255361;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.0158;QD=18.7864;RBI=0.0559512;REFB=-0.0189607;REVB=0.0497839;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167942;STB=0.611674;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0156537;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:23:25:24:24:0.489796:13:11:15:8:13:11:17:8 chr5 72395915 . G A 270.09 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0188184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.142;QD=12.0041;RBI=0.0190501;REFB=-0.0156251;REVB=0.0029621;RO=58;SAF=17;SAR=15;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156994;STB=0.509047;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0312144;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:15:17:30:28:15:17:30:28 chr5 72419410 . A G 810.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.599;QD=56.8946;RBI=0.0229843;REFB=0;REVB=0.0119182;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282125;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr5 72419456 . C G 105.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0612594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2953;QD=11.4374;RBI=0.101971;REFB=-0.00363958;REVB=-0.0815194;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215536;STB=0.627903;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000331871;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:14:10:8:5:14:10 chr5 72419617 . C A 381.71 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00767459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.669;QD=17.1554;RBI=0.00848541;REFB=-0.0121558;REVB=0.0036198;RO=49;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145522;STB=0.508156;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0127182;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:21:19:24:25:21:19:24:25 chr5 72795160 . AATCTC A 99.37 PASS AF=0.386364;AO=15;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0338222;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=5;MLLD=247.115;QD=9.03363;RBI=0.0398878;REFB=0.00500232;REVB=-0.0211446;RO=25;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416665;STB=0.711552;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=-0.00735576;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:15:45:17:44:27:4:13:15:12:99:25:3:12:14:11 chr5 72795176 . G A 152.79 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00309693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.378;QD=13.5817;RBI=0.00414337;REFB=-0.0116853;REVB=0.00275255;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342268;STB=0.683978;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00962966;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:13:4:14:12:13:4:14:14 chr5 72798845 . A G 97.36 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0374108;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.5401;QD=11.454;RBI=0.040527;REFB=-0.0125227;REVB=0.0155843;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.611467;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0472747;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:34:21:22:12:12:0.352941:5:7:9:12:5:7:9:13 chr5 72874907 . A C 441.82 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.0114515;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.162;QD=16.0661;RBI=0.0114518;REFB=-0.00143762;REVB=9.30442e-05;RO=61;SAF=26;SAR=23;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231966;STB=0.628982;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00163032;OID=.;OPOS=72874907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:61:61:49:49:0.445455:23:26:18:43:23:26:18:43 chr5 73069799 . G A 615.03 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00578917;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.462;QD=25.6264;RBI=0.0183678;REFB=-0.0149864;REVB=-0.0174316;RO=41;SAF=21;SAR=34;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466942;STB=0.525555;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0116493;OID=.;OPOS=73069799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:41:41:55:55:0.572917:34:21:18:23:34:21:18:23 chr5 73072354 . T C 706.59 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548975;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.119;QD=56.5274;RBI=0.0215073;REFB=0;REVB=0.0207949;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33091e-05;OID=.;OPOS=73072354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:34:16:0:0 chr5 73076511 . C A 1144.05 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00579257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7888;QD=57.9266;RBI=0.0328512;REFB=0.029104;REVB=-0.0323365;RO=2;SAF=54;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393824;STB=0.520828;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00550252;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:23:54:0:2:23:54:0:2 chr5 73090261 . T C 951.7 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.032;QD=58.5661;RBI=0.0229104;REFB=0;REVB=0.0129849;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33621e-05;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:39:26:0:0 chr5 73091228 . C T 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.342;QD=56.8266;RBI=0.0203115;REFB=0.082909;REVB=0.0161545;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000354959;OID=.;OPOS=73091228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:34:30:0:0:34:30:0:1 chr5 73136566 . A G 175.07 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0451632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5667;QD=20.0081;RBI=0.0556869;REFB=0.0179945;REVB=0.032578;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840405;STB=0.54777;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0177083;OID=.;OPOS=73136566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:5:12:14:4:5:12 chr5 73142296 . C T 453.67 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0290243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9524;QD=22.4034;RBI=0.0413309;REFB=-0.010941;REVB=-0.029425;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898817;STB=0.537617;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00853518;OID=.;OPOS=73142296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:37:44:44:0.54321:25:19:19:16:25:19:19:18 chr5 73144845 . A G 1051.57 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358235;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.148;QD=58.4203;RBI=0.0577436;REFB=-0.0433029;REVB=0.045288;RO=1;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171903;STB=0.509088;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000440846;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:27:44:0:1:27:44:0:1 chr5 73148481 . G A 270.29 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0167334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.548;QD=16.8932;RBI=0.0178319;REFB=-0.00853237;REVB=0.0061618;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571552;STB=0.531229;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00976209;OID=.;OPOS=73148481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:34:28:30:0.46875:14:14:15:19:15:15:15:19 chr5 73163831 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.61;QD=57.2373;RBI=0.0147158;REFB=0;REVB=0.0131815;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09725e-05;OID=.;OPOS=73163831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr5 73163965 . C A 886.94 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.147628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9981;QD=54.5809;RBI=0.170728;REFB=-0.0577098;REVB=-0.0857567;RO=3;SAF=35;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387479;STB=0.506327;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0240968;OID=.;OPOS=73163965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:3:1:60:64:0.984615:25:35:3:0:25:39:1:0 chr5 73207372 . T A 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0172262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.282;QD=10.591;RBI=0.0209074;REFB=-0.000276014;REVB=-0.0118482;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294782;STB=0.517225;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000521869;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:11:10:18:22:11:10:18:22 chr5 73218954 . C T 468.53 PASS AF=0.480769;AO=49;DP=105;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0144637;FXX=0.0095229;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.784;QD=18.0206;RBI=0.0176826;REFB=-0.00628061;REVB=0.0101723;RO=53;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363745;STB=0.508136;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00748634;OID=.;OPOS=73218954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:53:54:49:50:0.480769:27:22:24:29:27:23:24:30 chr5 73236680 . T C 207.69 PASS AF=1;AO=9;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.887;QD=48.8684;RBI=0.163278;REFB=0;REVB=0.0391819;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155971;OID=.;OPOS=73236680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:9:17:1:9:0:0:0:12:5:0:0 chr5 73613858 . A G 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0288548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.196;QD=48.6218;RBI=0.0397046;REFB=-0.000973107;REVB=0.0272737;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000119736;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:0:1:9:13:0:1 chr5 73613972 . G C 758.68 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0130885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.101;QD=53.2406;RBI=0.0276709;REFB=-0.0073028;REVB=0.0243797;RO=2;SAF=17;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146797;STB=0.507792;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000100458;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:38:17:1:1:38:17:1:1 chr5 73613991 . T C 226.8 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.00588844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1355;QD=15.6416;RBI=0.029621;REFB=-0.0304182;REVB=-0.0290298;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160723;STB=0.601102;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0340068;OID=.;OPOS=73613991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:25:26:0.448276:16:9:7:25:16:10:7:25 chr5 73614007 . G A 178.89 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.00884884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3198;QD=13.2512;RBI=0.0368297;REFB=0.00187059;REVB=-0.0357508;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303603;STB=0.664206;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0020908;OID=.;OPOS=73614007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:21:22:0.407407:11:10:6:25:12:10:6:26 chr5 73614019 . G A 185.07 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.056801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.184;QD=13.7091;RBI=0.0647292;REFB=-0.0043606;REVB=0.0310405;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212513;STB=0.620058;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00876701;OID=.;OPOS=73614019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:14:8:6:26:14:8:6:26 chr5 73930751 . C T 653.12 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1526;QD=59.3749;RBI=0.0204071;REFB=-0.0836252;REVB=-0.0135767;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00271079;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:44:43:0.977273:26:18:0:0:26:17:1:0 chr5 73931246 . T C 246.43 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.784;QD=46.9392;RBI=0.0175146;REFB=-0.00904328;REVB=-0.00317727;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000226559;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr5 73932314 . GTT GCT,TGC 773.94 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=45,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474099,-0.00265723;FXX=0.019996;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=168.653,123.109;QD=63.1787;RBI=0.0160556,0.020922;REFB=0,0;REVB=-0.0153396,-0.0207526;RO=0;SAF=18,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=1.93818e-05,0.0238159;OID=.,.;OPOS=73932315,73932314;OREF=T,GTT;OALT=C,TGC;OMAPALT=GCT,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:45,2:47,2:0.959184,0.0408163:27,2:18,0:0:0:29,2:18,0:0:0 chr5 73981270 . T C 191.17 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0635;QD=47.7923;RBI=0.0297076;REFB=0;REVB=0.0277339;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145493;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr5 74323529 . G C 161.42 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0210078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1643;QD=18.9904;RBI=0.0233655;REFB=-0.0345877;REVB=0.0102283;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0361913;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:9:8:8:9:9:8 chr5 74324548 . G A 198.33 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0100706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.003;QD=13.2218;RBI=0.0528118;REFB=-0.00763572;REVB=-0.0518428;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103749;STB=0.559274;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0124625;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:23:13:11:13:23:13 chr5 74324902 . C T 147.83 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00923047;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9966;QD=9.09737;RBI=0.0452828;REFB=0.00034392;REVB=-0.0443321;RO=44;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301164;STB=0.684031;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00389496;OID=.;OPOS=74324902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:20:20:0.307692:13:7:27:17:13:7:28:17 chr5 74400516 . G C 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00803491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.219;QD=16.5777;RBI=0.00850823;REFB=-0.0108392;REVB=-0.00279826;RO=36;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180343;STB=0.514697;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0111982;OID=.;OPOS=74400516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:38:32:32:0.457143:21:11:13:23:21:11:14:24 chr5 74442410 . G A 301.18 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0245277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2899;QD=25.0984;RBI=0.0390245;REFB=-0.00954293;REVB=0.0303531;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554483;STB=0.530783;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00833627;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:16:11:10:11:16:11:10:11 chr5 74442920 . A G 263.33 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00102715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.089;QD=16.4579;RBI=0.00944279;REFB=-0.00950116;REVB=0.00938676;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171691;STB=0.569573;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0195561;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:34:28:30:0.46875:18:10:18:16:18:12:18:16 chr5 74442964 . T C 429.6 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00169553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.16;QD=19.9815;RBI=0.0282529;REFB=-0.00331533;REVB=0.0282019;RO=42;SAF=18;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218115;STB=0.523693;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0032358;OID=.;OPOS=74442964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:43:42:43:0.5:24:18:19:23:25:18:20:23 chr5 74443132 . C T 521.67 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.0262182;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.265;QD=17.535;RBI=0.0310519;REFB=-0.0116031;REVB=-0.0166381;RO=61;SAF=28;SAR=27;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155428;STB=0.579302;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0140616;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:61:63:55:56:0.470588:27:28:41:20:27:29:42:21 chr5 74443303 . T C 178.54 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0333744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.323;QD=22.3176;RBI=0.0439744;REFB=-0.0104339;REVB=0.0286338;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206689;STB=0.511615;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00806008;OID=.;OPOS=74443303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:6:12:9:5:6:12:9:5 chr5 74491715 . TTCA T 120.62 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00307615;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=268.928;QD=7.6582;RBI=0.00553286;REFB=-0.0061683;REVB=-0.0045989;RO=37;SAF=16;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403661;STB=0.74336;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0115596;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349206:21:62:22:63:41:17:5:17:24:99:37:16:5:15:22 chr5 74632389 . T G 214.09 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00298984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.585;QD=12.7812;RBI=0.0288222;REFB=-0.0173125;REVB=-0.0286667;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121249;STB=0.569567;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0228453;OID=.;OPOS=74632389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:11:15:19:22:11:15:19:22 chr5 74681773 . T C 506.73 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0254402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0977;QD=16.4789;RBI=0.0534169;REFB=-0.0164413;REVB=0.0469698;RO=68;SAF=38;SAR=17;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817353;STB=0.545741;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0230799;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:68:55:55:0.447154:17:38:42:26:17:38:42:26 chr5 74877266 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00166448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.416;QD=8.25486;RBI=0.0267236;REFB=-0.00351856;REVB=0.0266717;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010941;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:5:1:2:9:5:1:2:10 chr5 74921686 . G A 220.95 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.025849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.335;QD=14.7297;RBI=0.0390092;REFB=-0.0164174;REVB=0.0292156;RO=33;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105275;STB=0.557053;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0329688;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:33:34:24:26:0.433333:18:6:11:22:19:7:12:22 chr5 75003678 . T C 513.31 PASS AF=0.430769;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.0062022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.946;QD=15.7942;RBI=0.0186105;REFB=-0.0131331;REVB=0.0175466;RO=70;SAF=25;SAR=30;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159401;STB=0.571364;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0159296;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:70:74:55:56:0.430769:30:25:21:49:31:25:24:50 chr5 75008193 . T C 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0173097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.254;QD=22.7225;RBI=0.038592;REFB=-0.0318499;REVB=-0.0344923;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684209;STB=0.538422;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.027842;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:10:6:6:14:10:6 chr5 75884734 . G A 185.66 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.012337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0591;QD=19.5427;RBI=0.0141229;REFB=-0.0308285;REVB=0.00687419;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736315;STB=0.553018;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0224693;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:9:10:11:7:9:10:12:7 chr5 75906851 . T C 376.88 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00824564;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.82;QD=18.1631;RBI=0.0677263;REFB=-0.0244056;REVB=0.0672224;RO=44;SAF=28;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160773;STB=0.590254;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0280972;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:11:28:25:19:11:28:25:19 chr5 75906923 . C G 385.34 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0166849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.819;QD=17.9229;RBI=0.0331714;REFB=-0.0221073;REVB=-0.0286698;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134447;STB=0.586284;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0279424;OID=.;OPOS=75906923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:46:40:40:0.465116:17:23:19:25:17:23:19:27 chr5 75923285 . C T 307.45 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00609006;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8083;QD=17.8234;RBI=0.0282813;REFB=-0.00816729;REVB=-0.0276178;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950429;STB=0.505316;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0105131;OID=.;OPOS=75923285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:33:33:0.478261:15:18:20:16:15:18:20:16 chr5 75923294 . T G 1001.7 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0480045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.312;QD=57.2399;RBI=0.0507467;REFB=-0.117709;REVB=-0.0164561;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000912702;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:70:0:1:66:69:0.985714:30:36:0:0:31:38:0:1 chr5 75923307 . A G 1000.2 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00711041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.325;QD=56.3492;RBI=0.00774841;REFB=-0.0502754;REVB=0.00307895;RO=2;SAF=35;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262456;STB=0.513885;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000231912;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:34:35:2:0:34:35:2:0 chr5 75932869 . C T 137.86 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0127354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.917;QD=11.4882;RBI=0.0300326;REFB=-0.0212342;REVB=-0.0271987;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194187;STB=0.624844;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.046838;OID=.;OPOS=75932869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:32:16:16:0.333333:6:10:14:17:6:10:14:18 chr5 75932965 . G C 184.55 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0128136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.212;QD=12.1018;RBI=0.0296494;REFB=-0.00590758;REVB=-0.0267376;RO=38;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250305;STB=0.644573;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00638295;OID=.;OPOS=75932965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:8:15:16:22:8:15:16:22 chr5 75948650 . A G 227.37 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0532292;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2167;QD=9.00492;RBI=0.0539233;REFB=0.0128856;REVB=0.00862446;RO=69;SAF=21;SAR=9;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173282;STB=0.614481;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0422792;OID=.;OPOS=75948650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:69:71:30:30:0.29703:9:21:39:30:9:21:39:32 chr5 75960865 . T C 238.07 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034802;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8735;QD=50.119;RBI=0.0586455;REFB=0;REVB=0.0472028;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012775;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:7:12:0:0 chr5 76003246 . A AT 292.08 PASS AF=1;AO=15;DP=70;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574702;FXX=0.0149231;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.1134;QD=17.7015;RBI=0.240669;REFB=0.0301517;REVB=-0.233707;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00102579;OID=.;OPOS=76003247;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:70:66:66:0:43:23:0:0:4:51:7:8:35:16 chr5 76003254 . A T 785.5 PASS AF=0.940299;AO=47;DP=68;FAO=63;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0827688;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.7897;QD=46.8954;RBI=0.194931;REFB=-0.16823;REVB=0.176486;RO=7;SAF=31;SAR=16;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235935;STB=0.505087;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0353009;OID=.;OPOS=76003254;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:7:2:47:63:0.940299:16:31:4:3:22:41:1:1 chr5 76128521 . G A 742.22 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.217;QD=63.1681;RBI=0.0391899;REFB=0;REVB=-0.014606;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120223;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:22:23:0:0:22:25:0:0 chr5 76129053 . T C 139.23 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.026382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7943;QD=12.3758;RBI=0.0348848;REFB=-0.0260434;REVB=-0.022824;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198548;STB=0.616297;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0534955;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:11:18:7:9:11:18 chr5 76359024 . C A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0803105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.343;QD=15.1956;RBI=0.0805169;REFB=-0.0176973;REVB=-0.00576125;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0331398;OID=.;OPOS=76359024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:9:9:6:8:9:9 chr5 76704849 . T C 767.22 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.825;QD=63.9346;RBI=0.0356232;REFB=0;REVB=0.0227251;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5428e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:34:13:0:0:35:13:0:0 chr5 76708987 . A G 1583.82 PASS AF=0.947826;AO=108;DP=119;FAO=109;FDP=115;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00350097;FXX=0.0416632;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.443;QD=55.0894;RBI=0.0102482;REFB=-0.00979002;REVB=0.00963165;RO=6;SAF=53;SAR=55;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341558;STB=0.517623;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00423993;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:119:115:6:6:108:109:0.947826:55:53:5:1:55:54:5:1 chr5 76747181 . CCA C,CC 60.29 PASS AF=0,0.666667;AO=2,4;DP=15;FAO=0,10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.124545,0.188814;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=24.7192,12.9805;QD=16.0764;RBI=0.16009,0.19992;REFB=-0.0387829,-0.0712026;REVB=-0.100586,-0.0657048;RO=7;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0.37931;SSEP=0,0;SSSB=-0.67228,-0.43924;STB=0.5,0.567431;STBP=1,0.546;TYPE=del,del;VARB=0,0.111587;OID=.,.;OPOS=76747182,76747183;OREF=CA,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.666667:2,4:15:0,10:15:5:0,4:0,6:3:2:20:7:0,1:2,3:5:2 chr5 76916335 . G GC 133.71 PASS AF=0.393939;AO=21;DP=68;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00154824;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.0043;QD=8.10387;RBI=0.0421176;REFB=0.0135818;REVB=0.0420891;RO=43;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983694;STB=0.578182;STBP=0.342;TYPE=ins;VARB=-0.0221482;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:21:68:26:66:40:15:11:28:12:99:43:13:8:30:13 chr5 76926578 . T C 639.52 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000602352;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.388;QD=55.6102;RBI=0.00261842;REFB=-0.099211;REVB=-0.00254819;RO=3;SAF=25;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530848;STB=0.528289;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000689555;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:18:25:3:0:18:25:3:0 chr5 76934402 . T TC 292.65 PASS AF=0.428212;AO=123;DP=427;FAO=170;FDP=397;FR=.;FRO=227;FSAF=63;FSAR=107;FSRF=102;FSRR=125;FWDB=0.0466077;FXX=0.0025125;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.55656;QD=2.94857;RBI=0.0472372;REFB=-0.0915462;REVB=-0.00768647;RO=266;SAF=39;SAR=84;SRF=135;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2346;STB=0.54708;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.0568606;OID=.;OPOS=76934403;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428212:123:427:170:397:227:63:107:102:125:99:266:39:84:135:131 chr5 77011066 . T C 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00029709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.985;QD=20.0308;RBI=0.012727;REFB=-0.020769;REVB=0.0127235;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109043;STB=0.561411;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0220515;OID=.;OPOS=77011066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:11:15:11:13:11:15 chr5 77425028 . A T 449.74 PASS AF=0.446429;AO=48;DP=110;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0235503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.066;QD=16.0621;RBI=0.0237597;REFB=-0.0084544;REVB=0.00314745;RO=62;SAF=15;SAR=33;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839428;STB=0.528504;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0116373;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:62:62:48:50:0.446429:33:15:24:38:33:17:24:38 chr5 77745853 . C A,CA 418.29 PASS AF=0,1;AO=2,20;DP=36;FAO=0,35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111363,0.098684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.047,20.3776;QD=47.8043;RBI=0.0111895,0.102571;REFB=0,0;REVB=0.00108952,0.0279703;RO=14;SAF=1,15;SAR=1,5;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.431702,0.447828;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00218735;OID=.,.;OPOS=77745853,77745854;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:36:35:14:0:2,20:0,35:0,1:1,5:1,15:2:12:0,17:0,18:0:0 chr5 77745854 . A AAT 45.32 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0065825;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.6122;QD=5.4938;RBI=0.0514443;REFB=-0.0618972;REVB=-0.0510214;RO=28;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575643;STB=0.807047;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=0.205082;OID=.;OPOS=77745855;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:8:36:9:33:24:2:7:16:8:45:28:1:7:17:11 chr5 77781785 . C CT 662.3 PASS AF=1;AO=60;DP=69;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024922;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5735;QD=41.3936;RBI=0.181017;REFB=0;REVB=0.179293;RO=8;SAF=29;SAR=31;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00472698;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:69:64:64:0:30:34:0:0:13:8:29:31:3:5 chr5 77784738 . A G 816.01 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.659;QD=56.2767;RBI=0.051723;REFB=0;REVB=0.0513641;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871455;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:54:58:1:19:35:0:0:22:36:0:0 chr5 78340257 . C G 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00902812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.26;QD=18.9419;RBI=0.0130457;REFB=-0.0061694;REVB=0.00941718;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060878;STB=0.533892;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00581911;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:20:17:20:18:20:17:20:18 chr5 78340286 . A G 419.37 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00609247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.125;QD=20.2104;RBI=0.0227814;REFB=-0.0147019;REVB=0.0219516;RO=41;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119837;STB=0.566517;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0103726;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:26:16:21:20:26:16:21:20 chr5 78351636 . A C 213.84 PASS AF=0.525;AO=16;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0183012;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4625;QD=21.3835;RBI=0.0383158;REFB=-0.0191091;REVB=-0.0336625;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527552;STB=0.664964;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0425714;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:19:16:21:0.525:13:3:14:5:13:8:14:5 chr5 78373431 . C T 307.84 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.000124075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.667;QD=15.7864;RBI=0.00016776;REFB=-0.00695445;REVB=0.000112911;RO=44;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070044;STB=0.525366;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00806853;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:44:33:34:0.435897:23:10:16:28:23:11:16:28 chr5 78573790 . A T 300.2 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0209409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9977;QD=16.4491;RBI=0.0231509;REFB=0.0034452;REVB=0.0098712;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224934;STB=0.5054;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00506557;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:17:16:19:20:17:16:19:21 chr5 78596044 . T C 359.4 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0114192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.016;QD=13.8231;RBI=0.0164032;REFB=-0.0142063;REVB=0.0117756;RO=62;SAF=21;SAR=20;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813642;STB=0.552487;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0187169;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:62:62:41:42:0.403846:20:21:27:35:20:22:27:35 chr5 78617534 . T G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0130658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.738;QD=15.1962;RBI=0.0175176;REFB=-0.0161873;REVB=-0.0116684;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989897;STB=0.557312;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0224012;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:11:15:12:6:11:15 chr5 78617750 . A AAGTT 165.78 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00984183;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=4;MLLD=246.684;QD=12.7527;RBI=0.0260721;REFB=-0.00408094;REVB=-0.0241431;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176893;STB=0.576848;STBP=0.397;TYPE=ins;VARB=0.00676683;OID=.;OPOS=78617751;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=AAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:18:54:20:52:32:10:10:12:20:99:33:10:8:13:20 chr5 79024779 . A G 479.95 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00670633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.119;QD=17.141;RBI=0.0173258;REFB=-0.00643378;REVB=0.0159753;RO=59;SAF=33;SAR=19;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108607;STB=0.55669;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00548966;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:52:52:0.464286:19:33:31:28:19:33:32:28 chr5 79025157 . A G 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00199937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.587;QD=11.8289;RBI=0.002005;REFB=-0.000654172;REVB=0.000150202;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105067;STB=0.562387;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00146097;OID=.;OPOS=79025157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:10:8:6:5:10:8 chr5 79025317 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00492433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.384;QD=7.62895;RBI=0.0358371;REFB=-0.00302568;REVB=-0.0354971;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234284;STB=0.642551;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0154496;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:16:4:3:5:16:4 chr5 79025634 . G A 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0377445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8434;QD=21.011;RBI=0.0442545;REFB=-0.0387275;REVB=-0.0231044;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00785864;OID=.;OPOS=79025634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:4:3:6:5:4:3 chr5 79026360 . G A 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00960224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.664;QD=12.4026;RBI=0.00973512;REFB=-0.00209783;REVB=0.00160301;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011194;STB=0.501616;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416104;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:11:5:9:19:11:5:9:20 chr5 79026539 . A C 77.88 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00303916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7591;QD=14.1603;RBI=0.0235022;REFB=-0.0452336;REVB=-0.0233049;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0679803;OID=.;OPOS=79026539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:4:8:4:6:4:8 chr5 79027605 . T C 113.35 PASS AF=0.517241;AO=10;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.010736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.552;QD=15.634;RBI=0.0271715;REFB=-0.0578204;REVB=0.0249606;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550455;STB=0.696466;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0382359;OID=.;OPOS=79027605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:10:14:10:15:0.517241:3:7:0:10:8:7:1:13 chr5 79027700 . T C 224.57 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0258913;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.4769;QD=19.9616;RBI=0.0366798;REFB=-0.00848874;REVB=-0.0259817;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189113;STB=0.512184;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0131534;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:23:22:22:0.488889:12:10:10:11:12:10:11:12 chr5 79028472 . C T 717.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.539;QD=62.4247;RBI=0.0713741;REFB=0;REVB=0.0693136;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140126;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:46:0:0:41:46:1:14:27:0:0:18:28:0:0 chr5 79028513 . A G 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0303016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.557;QD=14.7942;RBI=0.0303099;REFB=0.00775042;REVB=0.00070918;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139466;STB=0.522588;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0107939;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:27:18:18:0.4:8:10:13:11:8:10:16:11 chr5 79028586 . C T 106.23 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00981745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.622;QD=11.484;RBI=0.010651;REFB=-0.00202016;REVB=0.00413045;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204005;STB=0.604781;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00251953;OID=.;OPOS=79028586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:15:8:7:6:15:9 chr5 79029288 . C A 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00405382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.895;QD=18.073;RBI=0.012388;REFB=-0.0174914;REVB=0.011706;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463825;STB=0.525949;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0195424;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:15:16:17:13:15:16 chr5 79029383 . T G 152.19 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0243685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.666;QD=13.5276;RBI=0.0334598;REFB=-0.00540173;REVB=-0.0229289;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216111;STB=0.63668;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00728659;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:15:12:11:6:16:12 chr5 79030045 . A G 675.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124005;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.883;QD=62.8069;RBI=0.0200487;REFB=0;REVB=0.0157537;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0671e-05;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 79030338 . A G 92.57 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0212221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.477;QD=18.5134;RBI=0.0492916;REFB=-0.0256769;REVB=0.0444892;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228715;STB=0.642612;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0171066;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:5:5:7:2:6:5:7:2 chr5 79030346 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0109645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.072;QD=21.3532;RBI=0.0135565;REFB=0.00138816;REVB=-0.00797232;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225945;STB=0.627399;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00119267;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:7:2:7:6:7:2 chr5 79031372 . G C 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000385298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.14;QD=8.3707;RBI=0.00337494;REFB=-0.00552444;REVB=-0.00335287;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384554;STB=0.505041;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0166057;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:7:4:9:18:7:4:10:18 chr5 79031558 . G A 59.8 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0248659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.212;QD=19.9329;RBI=0.086126;REFB=-0.032717;REVB=0.0824584;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0124288;OID=.;OPOS=79031558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:3:4:1:3:4:4:1:3 chr5 79032666 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0379976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.628;QD=12.4824;RBI=0.0382055;REFB=-0.00377935;REVB=-0.0039806;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256991;STB=0.651918;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0125723;OID=.;OPOS=79032666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:11:8:8:4:11:8 chr5 79032711 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.018819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.77;QD=17.3781;RBI=0.0378596;REFB=-0.00186195;REVB=0.0328511;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00339935;OID=.;OPOS=79032711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:5:5:6:5:5:5 chr5 79033306 . A C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00294941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.012;QD=23.0884;RBI=0.00566519;REFB=-0.00435748;REVB=-0.00483687;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.555506;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00258149;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:6:12:12:10:6:12 chr5 79034662 . C G 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0204362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.767;QD=10.239;RBI=0.0234475;REFB=-0.0114593;REVB=-0.0114955;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556241;STB=0.845346;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.048002;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:10:9:9:1:10:9 chr5 79041057 . A G 144.06 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0225361;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.3206;QD=22.1626;RBI=0.0914996;REFB=-1.02619e-05;REVB=-0.0886809;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684983;STB=0.515131;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00218199;OID=.;OPOS=79041057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:8:10:13:15:0.576923:8:5:3:5:10:5:3:7 chr5 79048562 . C T 238.0 PASS AF=0.482143;AO=25;DP=53;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0103895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.594;QD=16.9997;RBI=0.0396623;REFB=-0.024662;REVB=-0.0382773;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168664;STB=0.557598;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0291821;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:28:29:25:27:0.482143:16:9:15:13:16:11:15:14 chr5 79086883 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0137503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.171;QD=12.1831;RBI=0.0151227;REFB=-0.0326205;REVB=-0.00629492;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396837;STB=0.71611;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0348673;OID=.;OPOS=79086883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:3:7:4:10:3:7:5:10 chr5 79277817 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.546;QD=45.8067;RBI=0.0642954;REFB=0;REVB=0.0255504;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858393;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 79351852 . A T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0223907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.887;QD=41.867;RBI=0.0742721;REFB=-0.122975;REVB=0.0708167;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00448224;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr5 79361265 . G C 398.98 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00816272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.895;QD=20.9991;RBI=0.016489;REFB=-0.0143123;REVB=0.0143268;RO=36;SAF=24;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24869;STB=0.637239;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00885759;OID=.;OPOS=79361265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:16:24:11:25:16:24:11:25 chr5 79616083 . G C 637.58 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.642;QD=60.722;RBI=0.0476361;REFB=0;REVB=0.000502623;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012283;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:28:12:0:0:28:14:0:0 chr5 79617357 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.952;QD=54.5171;RBI=0.0252788;REFB=0;REVB=0.0245011;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59796e-05;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr5 79733079 . T C 130.34 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.814;QD=43.4478;RBI=0.0359412;REFB=0;REVB=-0.0109129;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038088;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr5 79734297 . T C 199.27 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872076;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.358;QD=49.8176;RBI=0.0288204;REFB=0;REVB=0.0274694;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174602;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr5 79734409 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.9;QD=51.1784;RBI=0.0513708;REFB=0;REVB=0.0471525;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183968;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr5 79735858 . A G 971.43 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0418093;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.582;QD=56.315;RBI=0.0440696;REFB=-0.0976082;REVB=0.0139326;RO=2;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022494;STB=0.511901;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00178518;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:69:2:2:67:67:0.971014:41:26:0:2:41:26:0:2 chr5 79745469 . A G 782.52 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7722;QD=54.9134;RBI=0.0236957;REFB=-0.0217109;REVB=-0.0209343;RO=2;SAF=18;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128995;STB=0.513509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000195241;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:2:1:55:56:0.982456:37:18:1:1:38:18:1:0 chr5 79815658 . T C 754.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.77;QD=56.9231;RBI=0.0825878;REFB=0;REVB=0.0825566;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356495;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr5 79855372 . A G 500.84 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.676;QD=58.9222;RBI=0.0263243;REFB=0;REVB=-0.0262061;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7113e-05;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr5 79966029 . G A 261.77 PASS AF=0.47541;AO=18;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0082087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7432;QD=17.1651;RBI=0.0226841;REFB=-0.0152491;REVB=-0.0211467;RO=25;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11952;STB=0.521112;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0138673;OID=.;OPOS=79966029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:32:18:29:0.47541:15:3:6:19:17:12:12:20 chr5 80149981 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.499;QD=48.7366;RBI=0.0321237;REFB=0;REVB=-0.00544513;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132549;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr5 80756848 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAATAT 981.04 PASS AF=0.816667,0,0.183333;AO=54,17,11;DP=185;FAO=147,0,33;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=74,0,31;FSAR=73,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16394,-0.133425,-0.00748511;FXX=0.0270256;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=7.02473,10.8011,129.287;QD=21.801;RBI=0.611241,0.344162,0.037808;REFB=0.0257129,0.0498589,0.0120631;REVB=0.588845,0.317247,0.0370597;RO=48;SAF=30,16,10;SAR=24,1,1;SRF=9;SRR=39;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.30889,0.787808,0.748899;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0309161,-0.302042,0.0869068;OID=.,.,.;OPOS=80756849,80756856,80756855;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.816667,0,0.183333:54,17,11:185:147,0,33:180:0:74,0,31:73,0,2:0:0:99:48:30,16,10:24,1,1:9:39 chr5 81549216 . C T 823.42 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0299218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.034;QD=51.464;RBI=0.0299278;REFB=-0.0195383;REVB=0.00060088;RO=4;SAF=20;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854983;STB=0.545439;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00039822;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:4:4:60:60:0.9375:40:20:4:0:40:20:4:0 chr5 81549240 . C A 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.07;QD=61.6793;RBI=0.0148314;REFB=0;REVB=0.00469638;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51158e-05;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr5 81572184 . G C 853.92 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0967;QD=55.0918;RBI=0.0526975;REFB=-0.0904746;REVB=-0.0265582;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00277908;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:62:0:1:60:61:0.983871:22:38:0:0:23:38:1:0 chr5 82648943 . G A 604.37 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6115;QD=60.4366;RBI=0.0123465;REFB=0;REVB=-0.0121591;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67119e-05;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:9:30:0:0:9:31:0:0 chr5 82648977 . T A,G 712.47 PASS AF=0.0961538,0.903846;AO=6,44;DP=50;FAO=5,47;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=5,31;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115115,-0.00936399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.027,182.829;QD=54.8053;RBI=0.0150398,0.121139;REFB=0,0;REVB=0.00967893,0.120776;RO=0;SAF=5,29;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0150778,-0.00141061;OID=.,.;OPOS=82648977,82648977;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:50:52:0:0:6,44:5,47:0.0961538,0.903846:1,15:5,29:0:0:0,16:5,31:0:0 chr5 82808072 . C T 568.94 PASS AF=0.554455;AO=55;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00577472;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2387;QD=22.5323;RBI=0.089295;REFB=0.0113345;REVB=0.089108;RO=44;SAF=23;SAR=32;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487609;STB=0.525507;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00824788;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:45:55:56:0.554455:32:23:21:23:33:23:21:24 chr5 82833145 . G A 510.96 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.964;QD=58.3954;RBI=0.0475296;REFB=0;REVB=0.0107042;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106584;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:28:35:1:19:9:0:0:21:14:0:0 chr5 82833369 . A G 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00149954;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.864;QD=12.1432;RBI=0.0162589;REFB=-0.00788161;REVB=-0.0161896;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295291;STB=0.517223;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0134635;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:12:7:13:20:12:7:13:20 chr5 82834299 . G A 299.78 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0250169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.967;QD=16.4265;RBI=0.0308794;REFB=-0.00618178;REVB=0.0181022;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137336;STB=0.574247;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00599878;OID=.;OPOS=82834299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:40:33:33:0.452055:16:17:25:13:16:17:26:14 chr5 82834630 . T C 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0738273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.502;QD=27.4994;RBI=0.0741973;REFB=-0.033129;REVB=0.00740016;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049823;STB=0.527646;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0140577;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:11:8:5:5:11:8:5:5 chr5 82835545 . A G 318.8 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000878962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.672;QD=26.5667;RBI=0.00802332;REFB=0.00115916;REVB=0.00797503;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919726;STB=0.550862;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00093911;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:12:16:9:11:12:16:9:11 chr5 82835724 . T A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0250922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.877;QD=15.8391;RBI=0.0267236;REFB=-0.000711943;REVB=0.00919404;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000650926;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr5 82837631 . G T 125.8 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0278735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2567;QD=19.3543;RBI=0.0517239;REFB=-0.00844662;REVB=0.0435709;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582442;STB=0.533285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.020774;OID=.;OPOS=82837631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:13:14:0.538462:8:5:5:6:8:6:6:6 chr5 82875800 . C T 1546.94 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0792869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.885;QD=63.7913;RBI=0.0796225;REFB=0;REVB=-0.00730244;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175456;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr5 82940273 . C G 561.55 PASS AF=0.5;AO=53;DP=113;FAO=56;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0441466;FXX=0.00884877;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.8581;QD=20.0555;RBI=0.0489162;REFB=-0.064632;REVB=-0.0210682;RO=39;SAF=32;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151217;STB=0.551513;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.014517;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:39:48:53:56:0.5:21:32:16:23:23:33:23:25 chr5 82999358 . T G 104.84 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00817231;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.74;QD=19.9697;RBI=0.049818;REFB=-0.00818171;REVB=-0.0491431;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.606124;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00440811;OID=.;OPOS=82999358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:20:21:8:9:12:12:0.571429:5:7:3:5:5:7:3:6 chr5 83360520 . C T 278.49 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00465628;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.396;QD=18.5657;RBI=0.00703202;REFB=-0.0280565;REVB=0.00526957;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177618;STB=0.599054;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0210756;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:30:30:30:0.5:13:17:11:19:13:17:11:19 chr5 85582712 . T C 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0152565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.794;QD=5.06425;RBI=0.0410053;REFB=0.00192362;REVB=0.0380614;RO=47;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172211;STB=0.611574;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00925739;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:8:4:22:25:8:4:22:25 chr5 85583507 . T G 75.55 PASS AF=0.6;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0275203;FXX=0.166574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.368;QD=20.1468;RBI=0.0497429;REFB=0.0167918;REVB=0.0414365;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149044;STB=0.713876;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00912302;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:15:9:6:8:9:0.6:4:4:6:3:5:4:6:0 chr5 86513974 . A G 1043.26 PASS AF=0.935897;AO=72;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0132564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7309;QD=53.5006;RBI=0.0557805;REFB=-0.0388166;REVB=-0.0541824;RO=5;SAF=16;SAR=56;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127066;STB=0.564084;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000953284;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:5:5:72:73:0.935897:56:16:5:0:56:17:5:0 chr5 86695274 . A G 463.27 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00922799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1035;QD=21.8009;RBI=0.0100362;REFB=0.0116643;REVB=-0.0039458;RO=39;SAF=17;SAR=28;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016923;STB=0.501391;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0139488;OID=.;OPOS=86695274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:28:17:14:25:28:17:15:25 chr5 86708529 . C A 302.82 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0308929;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.019;QD=17.5549;RBI=0.0317919;REFB=-0.0061932;REVB=-0.00750693;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331283;STB=0.509278;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00728506;OID=.;OPOS=86708529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:32:33:0.478261:14:18:19:17:15:18:19:17 chr5 86708614 . T C 483.38 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0133576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.597;QD=20.7905;RBI=0.0153867;REFB=0.00956563;REVB=-0.00763699;RO=44;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666433;STB=0.537174;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0147811;OID=.;OPOS=86708614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:46:47:47:0.505376:21:26:21:23:21:26:22:24 chr5 87493525 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0174485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.565;QD=22.1884;RBI=0.0180287;REFB=-0.00987802;REVB=0.00453688;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114911;STB=0.583263;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00776823;OID=.;OPOS=87493525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:22:23:24:0.521739:14:9:11:10:15:9:12:10 chr5 87497977 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.989;QD=61.3358;RBI=0.0345;REFB=0;REVB=-0.0171754;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186376;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr5 87498849 . G A 508.78 PASS AF=0.44186;AO=55;DP=127;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0262129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.152;QD=15.7761;RBI=0.0280592;REFB=-0.0186715;REVB=-0.0100101;RO=70;SAF=24;SAR=31;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225605;STB=0.530163;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0230234;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:70:72:55:57:0.44186:31:24:29:41:31:26:29:43 chr5 87502325 . G A 129.65 PASS AF=0.415385;AO=19;DP=53;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.103081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.9505;QD=7.97837;RBI=0.104289;REFB=-0.0276381;REVB=0.0158308;RO=25;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212106;STB=0.578174;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0751787;OID=.;OPOS=87502325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:65:25:38:19:27:0.415385:13:6:13:12:15:12:22:16 chr5 87968804 . A AC 30.42 PASS AF=0.0765306;AO=27;DP=198;FAO=15;FDP=196;FR=.;FRO=181;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=131;FSRR=50;FWDB=-0.0187053;FXX=0.0101005;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.0012;QD=0.62084;RBI=0.0368371;REFB=-0.00150899;REVB=-0.0317346;RO=167;SAF=10;SAR=17;SRF=124;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456378;STB=0.895947;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.115924;OID=.;OPOS=87968805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0765306:27:198:15:196:181:3:12:131:50:30:167:10:17:124:43 chr5 89703641 . C G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0672503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8148;QD=7.32843;RBI=0.0732445;REFB=-0.0136273;REVB=0.02902;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280468;STB=0.67877;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0112157;OID=.;OPOS=89703641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:10:11:6:2:10:11 chr5 89769647 . G A 97.73 PASS AF=0.342105;AO=11;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0247428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.181;QD=10.2871;RBI=0.0419169;REFB=-0.00620758;REVB=-0.0338352;RO=16;SAF=0;SAR=11;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.740454;STB=0.729976;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00108629;OID=.;OPOS=89769647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:38:38:16:25:11:13:0.342105:11:0:1:15:12:1:6:19 chr5 89769728 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.312;QD=49.5985;RBI=0.0309331;REFB=0;REVB=0.0131628;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807974;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr5 89810077 . G A 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0159496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.318;QD=18.7105;RBI=0.0159496;REFB=0.00860053;REVB=2.95866e-05;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237684;STB=0.513498;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00854945;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:9:10:9:9:9:10 chr5 89812725 . CACTG C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00608723;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=264.906;QD=17.1002;RBI=0.0162339;REFB=-0.0307285;REVB=-0.0150494;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239094;STB=0.638091;STBP=0.206;TYPE=del;VARB=0.0250409;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:14:29:14:29:15:4:10:8:7:99:15:4:10:8:7 chr5 89816299 . C A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.831;QD=58.0601;RBI=0.0178423;REFB=0;REVB=-0.00267913;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70542e-05;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr5 89816309 . A AT 165.96 PASS AF=0.581818;AO=29;DP=58;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.127806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.7855;QD=12.0697;RBI=0.129647;REFB=0.00508704;REVB=-0.021768;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628746;STB=0.545426;STBP=0.442;TYPE=ins;VARB=0.00143646;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581818:29:58:32:55:23:16:16:9:14:93:27:15:14:12:15 chr5 89820984 . T C 929.34 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.57;QD=55.4831;RBI=0.039169;REFB=-0.06877;REVB=-0.0174281;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.507444;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00337428;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:65:65:0.970149:46:19:0:0:46:19:1:1 chr5 89943433 . A G 319.1 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.031706;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9067;QD=15.566;RBI=0.0407016;REFB=-0.0116409;REVB=-0.0255215;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259147;STB=0.649715;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0114578;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:35:35:0.426829:16:19:13:33:16:19:13:34 chr5 89943571 . G T 67.85 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0568865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.839;QD=12.9229;RBI=0.0596519;REFB=-0.0211401;REVB=-0.0179519;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227889;STB=0.63134;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0243499;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:1:11:7:2:1:11 chr5 89979589 . G A 427.61 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0200229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3415;QD=19.4368;RBI=0.0248757;REFB=0.00108994;REVB=-0.014761;RO=45;SAF=16;SAR=27;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486026;STB=0.527037;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00140227;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:27:16:19:26:27:16:19:26 chr5 89979691 . A G 204.88 PASS AF=0.356164;AO=24;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0432911;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.831;QD=11.2261;RBI=0.0440475;REFB=-0.0116014;REVB=-0.0081281;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110338;STB=0.523386;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0195391;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:47:24:26:0.356164:13:11:12:22:14:12:20:27 chr5 89979750 . G T 147.09 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0157408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.364;QD=9.19281;RBI=0.0168194;REFB=-0.00364789;REVB=0.00592625;RO=44;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00945611;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:10:10:22:22:10:10:22:22 chr5 90001368 . T G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00352117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.797;QD=13.4591;RBI=0.0148584;REFB=0.00685736;REVB=0.0144352;RO=26;SAF=13;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347459;STB=0.706233;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0123132;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:3:13:14:12:3:13:14:12 chr5 90016871 . G A 347.79 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0107361;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1068;QD=22.4384;RBI=0.023235;REFB=-0.00992797;REVB=0.0206058;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258926;STB=0.514278;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00686532;OID=.;OPOS=90016871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:17:18:13:14:17:18:13:14 chr5 90107108 . A G 1217.21 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.194;QD=60.8605;RBI=0.0622491;REFB=0;REVB=0.0512568;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117479;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:73:80:1:40:33:0:0:47:33:0:0 chr5 90119293 . C T 854.43 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.145;QD=56.9616;RBI=0.116744;REFB=0;REVB=0.108134;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000950148;OID=.;OPOS=90119293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:32:25:0:0:35:25:0:0 chr5 90119324 . G A 772.6 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00853652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.042;QD=61.8083;RBI=0.0115651;REFB=0.0954521;REVB=0.00780254;RO=1;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136428;STB=0.507243;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.000432961;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:34:15:0:1:34:15:0:1 chr5 90449154 . G A 336.28 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0159468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.01;QD=22.4189;RBI=0.0173892;REFB=-0.0242329;REVB=0.00693419;RO=23;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594676;STB=0.525677;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0189996;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:23:26:34:34:0.566667:19:15:12:11:19:15:13:13 chr5 93731985 . A G 2051.8 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348735;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.313;QD=62.6504;RBI=0.0351774;REFB=0;REVB=0.00461395;RO=0;SAF=61;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690677;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:69:61:0:0:69:62:0:0 chr5 93752874 . C T 594.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1808;QD=60.9643;RBI=0.0237139;REFB=0;REVB=0.0227137;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143896;OID=.;OPOS=93752874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr5 93753060 . G A 296.37 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000182001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.664;QD=49.3956;RBI=0.0405898;REFB=-0.127732;REVB=0.0405894;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00159827;OID=.;OPOS=93753060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:0:1:13:10:0:1 chr5 93987532 . C A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0026251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.759;QD=14.6501;RBI=0.063537;REFB=-0.00672799;REVB=-0.0634827;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152109;STB=0.586193;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00749746;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:9:22:13:10:9:22 chr5 94278129 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0112475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9568;QD=13.9588;RBI=0.0894495;REFB=-0.00691326;REVB=-0.0887396;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210115;STB=0.594352;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000605891;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:6:7:0.5:2:4:6:1:2:5:6:1 chr5 94749723 . G A 479.28 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00135867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.453;QD=22.5545;RBI=0.0229349;REFB=0.00644474;REVB=-0.0228946;RO=39;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842651;STB=0.546425;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00645065;OID=.;OPOS=94749723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:27:19:20:19:27:19:20:19 chr5 94772540 . C T 839.77 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.2616;QD=55.9845;RBI=0.0839381;REFB=0;REVB=-0.0374419;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114435;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:28:28:0:0:29:31:0:0 chr5 94957676 . A T 177.12 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0953037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.429;QD=18.644;RBI=0.0972327;REFB=-0.0119395;REVB=-0.0192718;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170494;STB=0.583007;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00961766;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:8:10:14:5:8:11:14:5 chr5 94994339 . A G 293.33 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0183082;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.973;QD=26.666;RBI=0.0254897;REFB=-0.00111083;REVB=-0.0177351;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164706;STB=0.590841;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000662147;OID=.;OPOS=94994339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:18:26:26:0.590909:13:13:5:13:13:13:5:13 chr5 95084131 . G A 1220.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.599;QD=60.2931;RBI=0.017408;REFB=0;REVB=0.0112605;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205214;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:47:30:0:0:50:31:0:0 chr5 95091194 . C T 1245.96 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877595;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.841;QD=61.5287;RBI=0.011984;REFB=0;REVB=0.00816086;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43711e-07;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:41:38:0:0:42:39:0:0 chr5 95091201 . A G 1143.76 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.013813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6618;QD=53.8238;RBI=0.0148846;REFB=-0.00295302;REVB=0.00554557;RO=6;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436262;STB=0.523094;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000978032;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:85:85:6:6:79:79:0.929412:40:39:1:5:40:39:1:5 chr5 95194571 . T C 1098.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3768;QD=60.1974;RBI=0.0792879;REFB=0;REVB=-0.0740588;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779829;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr5 95194593 . G T 384.95 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00424705;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.226;QD=22.9822;RBI=0.0174616;REFB=-0.000998283;REVB=-0.0169373;RO=28;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126187;STB=0.566739;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000223012;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:37:38:0.567164:23:14:15:13:24:14:15:14 chr5 95728440 . A G 349.2 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0524589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0585;QD=20.2436;RBI=0.0531194;REFB=0.0248898;REVB=0.00835095;RO=33;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164351;STB=0.591004;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0132673;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:16:20:12:21:16:20:12:21 chr5 96031569 . A G 86.7 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00962204;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.989;QD=11.5603;RBI=0.0113975;REFB=0.00239619;REVB=0.00610894;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933329;STB=0.555457;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00362868;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:7:12:6:5:7:12 chr5 96079387 . C T 146.12 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0380398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.062;QD=17.1905;RBI=0.0433069;REFB=-0.0474062;REVB=0.0206993;RO=16;SAF=1;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507771;STB=0.821378;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0285688;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:18:15:16:0.470588:14:1:6:10:15:1:7:11 chr5 96079402 . C G,T 508.55 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581506,0.0416994;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.4922,98.1948;QD=58.1201;RBI=0.0547818,0.0551192;REFB=0,0;REVB=-0.0544723,-0.0360456;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0346712,0.00241955;OID=.,.;OPOS=96079402,96079402;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:1,24:1,9:0:0:1,24:1,9:0:0 chr5 96093222 . G A 1825.12 PASS AF=0.98374;AO=117;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00643738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3893;QD=59.3536;RBI=0.0758602;REFB=-0.021264;REVB=0.0755866;RO=4;SAF=53;SAR=64;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187612;STB=0.500745;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00174875;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:4:2:117:121:0.98374:64:53:3:1:66:55:1:1 chr5 96118852 . G C 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.931;QD=57.1732;RBI=0.035452;REFB=0;REVB=0.0230596;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0849e-05;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr5 96121524 . C T 955.04 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.272;QD=58.7716;RBI=0.0614225;REFB=0;REVB=0.0176181;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371123;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr5 96122260 . T A,G 976.78 PASS AF=0.0857143,0.9;AO=5,62;DP=68;FAO=6,63;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=4,29;FSAR=2,34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00131032,0.00571536;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.339,86.9884;QD=55.8162;RBI=0.0111913,0.0125191;REFB=-0.112715,-0.00366744;REVB=-0.0111143,-0.0111383;RO=1;SAF=4,28;SAR=1,34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0951258,-0.0165629;STB=0.555378,0.508472;STBP=0.618,0.311;TYPE=snp,snp;VARB=0.052,0.00167808;OID=.,.;OPOS=96122260,96122260;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:68:70:1:1:5,62:6,63:0.0857143,0.9:1,34:4,28:1:0:2,34:4,29:1:0 chr5 96124330 . T C 1937.45 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8598;QD=61.5063;RBI=0.0154204;REFB=0;REVB=0.01537;RO=0;SAF=73;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131345;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:126:0:0:121:126:1:48:73:0:0:51:75:0:0 chr5 96126308 . A G 990.25 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.598;QD=59.1192;RBI=0.0676187;REFB=0;REVB=0.0609626;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395678;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr5 96129512 . A G 785.08 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000860032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.606;QD=57.0967;RBI=0.00856873;REFB=0;REVB=0.00852546;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98463e-06;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:27:28:0:0 chr5 96130836 . T C 291.42 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0536888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.241;QD=16.8937;RBI=0.0542121;REFB=-0.0231744;REVB=0.00751471;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523879;STB=0.517231;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.022392;OID=.;OPOS=96130836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:31:32:0.463768:20:11:15:22:20:12:15:22 chr5 96139250 . C G 1497.61 PASS AF=0.989796;AO=87;DP=88;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00567702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.216;QD=61.1269;RBI=0.0287895;REFB=-0.134463;REVB=0.0282242;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126337;STB=0.506023;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000247022;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:98:1:1:87:97:0.989796:50:37:1:0:56:41:1:0 chr5 96139464 . C T 632.95 PASS AF=0.602151;AO=55;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00244784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.252;QD=27.2235;RBI=0.00869978;REFB=-0.0226597;REVB=-0.00834832;RO=36;SAF=28;SAR=27;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267591;STB=0.512481;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0134236;OID=.;OPOS=96139464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:37:55:56:0.602151:27:28:17:19:27:29:18:19 chr5 96224904 . T G 93.52 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00751366;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.05;QD=12.8995;RBI=0.0256189;REFB=-0.00716131;REVB=0.0244923;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379619;STB=0.512799;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.011788;OID=.;OPOS=96224904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:28:29:15:17:11:12:0.413793:4:7:9:6:4:8:11:6 chr5 96498783 . G A 340.59 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00938743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.227;QD=23.4888;RBI=0.00997848;REFB=-0.00402584;REVB=0.00338324;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845918;STB=0.546531;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00367588;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:16:18:10:14:16:18:10:14 chr5 96512865 . T A 251.77 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00683251;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.37;QD=14.5955;RBI=0.0262164;REFB=-0.0161981;REVB=0.0253104;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113063;STB=0.558243;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0216696;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:41:40:29:29:0.42029:16:13:14:27:16:13:14:26 chr5 96512871 . T A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0277432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.452;QD=15.1529;RBI=0.0647816;REFB=0.0135941;REVB=0.0585403;RO=43;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611951;STB=0.534537;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0205406;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:19:13:15:28:19:13:15:28 chr5 96513471 . G C 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0264245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5856;QD=10.2708;RBI=0.0739763;REFB=0.00776539;REVB=-0.0690959;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164125;STB=0.509792;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0155549;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:8:8:18:17:8:8:18:17 chr5 96518792 . T G 85.99 PASS AF=0.315789;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0898136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4093;QD=9.05145;RBI=0.116452;REFB=-0.0583875;REVB=-0.0741252;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242502;STB=0.607312;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.120711;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:38:24:26:10:12:0.315789:5:5:7:17:7:5:7:19 chr5 97014421 . T C 333.46 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0778016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.6548;QD=19.3308;RBI=0.0782862;REFB=-0.00485172;REVB=-0.00869723;RO=33;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257097;STB=0.521511;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00401089;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:17:18:16:17:17:18:16:18 chr5 98115828 . A G 237.24 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0272027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.496;QD=11.4334;RBI=0.0272431;REFB=-0.00719846;REVB=0.00148351;RO=54;SAF=9;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203421;STB=0.61829;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.029213;OID=.;OPOS=98115828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:20:9:26:28:20:9:26:28 chr5 98131505 . A G 213.66 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0903162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.968;QD=20.8451;RBI=0.0907597;REFB=-0.0266899;REVB=0.00896106;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149696;STB=0.606796;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.028425;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:20:21:21:0.512195:12:9:11:7:12:9:13:7 chr5 100068875 . C T 330.83 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0214593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6455;QD=15.9436;RBI=0.0243361;REFB=-0.0111569;REVB=-0.0114779;RO=47;SAF=8;SAR=28;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402345;STB=0.728189;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0153415;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:28:8:28:19:28:8:28:19 chr5 100143084 . G C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00606133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.891;QD=15.1662;RBI=0.0314248;REFB=-0.0204815;REVB=-0.0308347;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820866;STB=0.547465;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.021164;OID=.;OPOS=100143084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:9:11:7:8:9:11 chr5 100145388 . A C 260.05 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00181177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0224;QD=16.7775;RBI=0.0112421;REFB=-0.0294985;REVB=-0.0110951;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766816;STB=0.519583;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0220017;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:27:29:0.467742:16:11:16:17:16:13:16:17 chr5 100146447 . G T 1389.18 PASS AF=1;AO=81;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100886;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.885;QD=61.0627;RBI=0.0167395;REFB=0;REVB=-0.0133577;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212514;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:91:0:0:81:91:1:43:38:0:0:44:47:0:0 chr5 101575091 . C T 220.41 PASS AF=0.470588;AO=25;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0186759;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3501;QD=17.2872;RBI=0.0195131;REFB=0.0124695;REVB=-0.00565419;RO=27;SAF=3;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430678;STB=0.744436;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0126897;OID=.;OPOS=101575091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:25:24:0.470588:22:3:12:15:21:3:12:15 chr5 101631761 . T C 278.96 PASS AF=0.4;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0166695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.435;QD=13.9481;RBI=0.0202032;REFB=-0.00419907;REVB=-0.0114148;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235711;STB=0.637421;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00660953;OID=.;OPOS=101631761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:48:32:32:0.4:16:16:34:13:16:16:35:13 chr5 101638381 . G A 909.24 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00932463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.862;QD=53.4848;RBI=0.0213446;REFB=-0.0273882;REVB=0.0192;RO=3;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422401;STB=0.522381;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000941275;OID=.;OPOS=101638381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:67:68:3:3:64:65:0.955882:32:32:0:3:32:33:0:3 chr5 101816104 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7718;QD=59.433;RBI=0.0516505;REFB=0;REVB=-0.0315323;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138266;OID=.;OPOS=101816104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr5 102345546 . A C 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.36;QD=63.6117;RBI=0.0120192;REFB=0;REVB=-0.0083771;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27518e-08;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr5 102433409 . G A 2365.87 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012186;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.087;QD=63.9423;RBI=0.025172;REFB=0;REVB=0.0220257;RO=0;SAF=73;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149878;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:145:148:1:72:73:0:0:72:76:0:0 chr5 102512570 . C A,CA 1393.52 PASS AF=0.17,0.83;AO=18,75;DP=101;FAO=17,83;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=16,32;FSAR=1,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694143,0.00531037;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=18.8357,21.733;QD=55.7408;RBI=0.128437,0.0831491;REFB=0,0;REVB=-0.108063,-0.0829794;RO=7;SAF=16,28;SAR=2,47;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185163,-0.0577068;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.05763,0.00198069;OID=.,.;OPOS=102512570,102512571;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:94:101:100:7:0:18,75:17,83:0.17,0.83:2,47:16,28:5:2:1,51:16,32:0:0 chr5 102520400 . A C 556.7 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.839;QD=57.0978;RBI=0.0514831;REFB=-0.069129;REVB=0.0446195;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00170561;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:21:17:0:0:21:17:1:0 chr5 102538752 . T C 1525.87 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807053;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2085;QD=62.9224;RBI=0.0830911;REFB=0;REVB=0.0826982;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708988;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:92:97:1:45:47:0:0:48:49:0:0 chr5 102614327 . C T 582.66 PASS AF=0.339367;AO=73;DP=221;FAO=75;FDP=221;FR=.;FRO=146;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=74;FSRR=72;FWDB=-0.0390814;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4395;QD=10.5458;RBI=0.0431393;REFB=0.00278524;REVB=0.0182658;RO=146;SAF=31;SAR=42;SRF=73;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881469;STB=0.553275;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0063755;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:146:146:73:75:0.339367:42:31:73:73:43:32:74:72 chr5 102891695 . A G 513.57 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0192373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.527;QD=17.558;RBI=0.0192783;REFB=-0.0105848;REVB=-0.00125675;RO=61;SAF=24;SAR=31;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114592;STB=0.567811;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00951369;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:62:55:55:0.470085:31:24:34:27:31:24:35:27 chr5 108672755 . T A 1432.19 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205795;FXX=0.0315756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.573;QD=62.2693;RBI=0.0206004;REFB=0;REVB=0.000927166;RO=1;SAF=33;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243429;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:92:1:0:91:92:1:58:33:0:1:59:33:0:0 chr5 108672946 . C T 674.32 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176487;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.369;QD=62.7273;RBI=0.0334314;REFB=0;REVB=-0.0283934;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272135;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr5 109035302 . T TAAAG 687.04 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190233;FXX=0.081616;HRUN=1;LEN=4;MLLD=233.041;QD=61.0699;RBI=0.0436116;REFB=-0.0430349;REVB=0.0392439;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.511623;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=0.00163637;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.977778:41:46:44:45:1:23:21:0:1:5:1:22:19:0:1 chr5 109035496 . A G 407.57 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4593;QD=56.2164;RBI=0.0407705;REFB=0;REVB=0.0129713;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414599;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr5 109117171 . A G 2206.57 PASS AF=0.986755;AO=146;DP=152;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000375566;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6661;QD=58.4522;RBI=0.0500412;REFB=-0.0914332;REVB=0.0500398;RO=1;SAF=105;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114568;STB=0.51111;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00374032;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:152:151:1:2:146:149:0.986755:41:105:0:1:44:105:0:2 chr5 109181682 . A T 1090.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.988;QD=59.7662;RBI=0.0538923;REFB=0;REVB=0.0489297;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94885e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:69:73:1:36:33:0:0:37:36:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 1727.32 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245608;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=3;MLLD=153.284;QD=60.6077;RBI=0.0308575;REFB=0;REVB=-0.0186802;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.42671e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:115:114:114:0:59:55:0:0:9:0:58:54:0:0 chr5 110096939 . G A 516.91 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0143964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.258;QD=17.8244;RBI=0.0143969;REFB=-0.0104035;REVB=0.000108113;RO=59;SAF=21;SAR=34;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734063;STB=0.542126;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0118822;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:61:55:55:0.474138:34:21:27:32:34:21:28:33 chr5 110456263 . C G 596.21 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0237646;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9108;QD=20.9197;RBI=0.0240428;REFB=0.0139181;REVB=-0.00364691;RO=52;SAF=22;SAR=38;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100619;STB=0.556757;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0134976;OID=.;OPOS=110456263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:52:54:60:60:0.526316:38:22:25:27:38:22:26:28 chr5 110784822 . A G 1520.83 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00464531;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9907;QD=62.7147;RBI=0.0152337;REFB=-0.017488;REVB=0.0145082;RO=1;SAF=50;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939059;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000306478;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:1:1:96:96:0.989691:46:50:1:0:46:50:1:0 chr5 110819753 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.381;QD=59.1432;RBI=0.0272242;REFB=0;REVB=0.025162;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92966e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr5 111065696 . C CAAAG 164.91 PASS AF=0.381818;AO=18;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0156526;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=4;MLLD=233.028;QD=11.9937;RBI=0.0166209;REFB=-0.00202457;REVB=-0.00559044;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341795;STB=0.532841;STBP=0.702;TYPE=ins;VARB=0.00212359;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381818:18:55:21:55:34:10:11:18:16:99:32:9:9:17:15 chr5 111065764 . C T 179.48 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0260396;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.307;QD=20.5122;RBI=0.0423648;REFB=-0.0152896;REVB=0.0334173;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196754;STB=0.624468;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0179518;OID=.;OPOS=111065764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:16:17:18:18:0.514286:11:7:10:6:11:7:11:6 chr5 111066462 . C T 324.2 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0083755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.397;QD=11.8971;RBI=0.0100067;REFB=-0.00920752;REVB=-0.00547594;RO=67;SAF=12;SAR=28;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192581;STB=0.603153;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0183889;OID=.;OPOS=111066462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:69:40:40:0.366972:28:12:31:36:28:12:31:38 chr5 111500816 . C CTAAAA 578.3 PASS AF=0.526316;AO=51;DP=118;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00407319;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=5;MLLD=236.666;QD=20.2913;RBI=0.00673802;REFB=-0.00960553;REVB=0.0053675;RO=54;SAF=12;SAR=39;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314041;STB=0.633461;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.00884691;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:51:118:60:114:54:16:44:28:26:99:54:12:39:29:25 chr5 111504479 . C T 1421.29 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266654;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.807;QD=61.1309;RBI=0.0266654;REFB=-0.0126757;REVB=5.3734e-06;RO=1;SAF=60;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160598;STB=0.508195;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000914593;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:89:92:0.989247:29:60:0:1:30:62:0:1 chr5 111506069 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.979;QD=64.1533;RBI=0.0110634;REFB=0;REVB=0.0107659;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50811e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr5 111519740 . T C 1880.39 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.563;QD=60.6578;RBI=0.0382844;REFB=-0.0616334;REVB=0.0365621;RO=0;SAF=72;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7235e-08;STB=0.504854;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000158813;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:51:72:0:0:51:72:0:1 chr5 111530284 . A G 636.83 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984238;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4959;QD=62.1295;RBI=0.00984663;REFB=0;REVB=0.000289259;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453492;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr5 111545670 . C G 1060.14 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.32799e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.768;QD=59.7263;RBI=0.0085889;REFB=0;REVB=0.00858887;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33976e-05;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:41:29:0:0:41:30:0:0 chr5 111611076 . A G 695.8 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.25;QD=60.5045;RBI=0.0591985;REFB=-0.00652282;REVB=-0.0541948;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-3.1963e-05;OID=.;OPOS=111611076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:1:0:24:21:1:0 chr5 112162854 . T C 422.51 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.00713416;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.522;QD=13.413;RBI=0.0326053;REFB=-0.00451541;REVB=0.0318153;RO=69;SAF=20;SAR=29;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206611;STB=0.614597;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0165718;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:69:77:49:49:0.388889:29:20:42:27:29:20:46:31 chr5 112164561 . G A 1044.21 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3556;QD=59.6689;RBI=0.0395841;REFB=0;REVB=0.034044;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62737e-05;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr5 112175770 . G A 573.31 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194358;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.989;QD=55.9328;RBI=0.0331176;REFB=-0.000466505;REVB=0.0268147;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520011;STB=0.527763;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000352456;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:2:2:39:39:0.95122:17:22:0:2:17:22:0:2 chr5 112176325 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.347;QD=57.1775;RBI=0.0319943;REFB=0;REVB=0.00734524;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1158e-05;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr5 112176559 . T G 471.53 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6911;QD=57.1553;RBI=0.0906372;REFB=0;REVB=-0.00316506;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047599;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr5 112176756 . T A 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1713;QD=61.6766;RBI=0.0649674;REFB=0;REVB=0.0645709;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857208;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr5 112177171 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.134;QD=42.1826;RBI=0.0456325;REFB=0;REVB=0.0451472;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154794;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr5 112179909 . C A 160.67 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0247466;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0214;QD=18.3624;RBI=0.0286445;REFB=-0.0446974;REVB=-0.0144261;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236638;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0199347;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:18:16:17:0.485714:9:7:7:10:9:8:8:10 chr5 112180257 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00475668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2765;QD=11.0918;RBI=0.00488301;REFB=0.0044362;REVB=0.00110356;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00550186;OID=.;OPOS=112180257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr5 112197082 . C T 452.67 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0655728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.877;QD=27.8569;RBI=0.066697;REFB=-0.05662;REVB=0.0121945;RO=23;SAF=19;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402233;STB=0.52189;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0306517;OID=.;OPOS=112197082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:23:19:9:14:23:19:9:14 chr5 112200098 . A G 170.28 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0177581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4748;QD=17.0282;RBI=0.018112;REFB=-0.0127402;REVB=0.00356299;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23275;STB=0.633989;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0220529;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:11:11:13:5:11:11 chr5 112203564 . T A 300.34 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00249131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.767;QD=24.5172;RBI=0.011706;REFB=-0.0106524;REVB=-0.0114378;RO=21;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158476;STB=0.579649;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0105905;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:9:18:10:11:9:18:11:11 chr5 112228670 . G A 320.29 PASS AF=0.55;AO=12;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00441438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2484;QD=21.3526;RBI=0.0344135;REFB=-0.0685118;REVB=0.0341292;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150663;STB=0.523546;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0587271;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:14:27:12:33:0.55:11:1:2:12:13:20:15:12 chr5 112228765 . C A 182.59 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0309202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5001;QD=18.2586;RBI=0.0398832;REFB=-0.0478243;REVB=-0.0251915;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501318;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0265998;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:19:19:0.475:9:10:10:9:9:10:11:10 chr5 112312676 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.507;QD=62.1623;RBI=0.0390171;REFB=0;REVB=0.0203224;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91065e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr5 112328377 . A G 990.55 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1996;QD=59.1374;RBI=0.0647717;REFB=0;REVB=0.0617256;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399604;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:29:38:0:0 chr5 112346430 . GTGTTT G,GT,GTGTGT,GTT 133.27 PASS AF=0.230769,0.769231,0,0;AO=3,2,6,2;DP=20;FAO=3,10,0,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0,0;FSAR=3,8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483599,-0.0514336,0.0141218,-0.0537396;FXX=0.0713776;HRUN=1,1,14,1;LEN=5,4,1,3;MLLD=103.16,105.991,18.5973,103.915;QD=41.0045;RBI=0.0702826,0.0973693,0.0267305,0.129196;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0509996,0.0826762,0.0226956,0.117489;RO=2;SAF=0,0,0,0;SAR=3,2,6,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.0135638,-0.00183644,0,0.0313346;OID=.,.,.,.;OPOS=112346431,112346431,112346434,112346431;OREF=TGTTT,TGTT,T,TGT;OALT=-,-,G,-;OMAPALT=G,GT,GTGTGT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.230769,0.769231,0,0:3,2,6,2:20:3,10,0,0:13:0:0,2,0,0:3,8,0,0:0:0:11:2:0,0,0,0:3,2,6,2:0:2 chr5 112349070 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.633;QD=51.9167;RBI=0.00510379;REFB=0;REVB=0.00158718;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48912e-05;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr5 112349379 . T C 742.03 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0253269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2891;QD=59.3628;RBI=0.0356269;REFB=-0.0968215;REVB=0.0250564;RO=2;SAF=14;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625489;STB=0.533319;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00100205;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:33:14:2:0:34:14:2:0 chr5 112350707 . G A 715.69 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531429;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.237;QD=57.2549;RBI=0.0566164;REFB=0;REVB=-0.0195255;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426456;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr5 112351909 . A T 42.92 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.0361058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.8142;QD=2.86141;RBI=0.0454992;REFB=-0.00187073;REVB=0.0276866;RO=45;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498618;STB=0.823022;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00881138;OID=.;OPOS=112351909;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:56:60:45:50:10:10:0.166667:3:7:12:33:3:7:13:37 chr5 112358131 . T C 199.51 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00372134;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.561;QD=19.0005;RBI=0.00652597;REFB=-0.00286186;REVB=-0.00536096;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18526;STB=0.605285;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00349666;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:12:10:13:7:12:10 chr5 112379289 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00897009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.265;QD=20.156;RBI=0.0782511;REFB=-0.010056;REVB=0.0777353;RO=25;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349005;STB=0.519466;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0125014;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:8:20:17:8:8:20:17:8 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 82.08 PASS AF=0.283333;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00348192;FXX=0.0624902;HRUN=2;LEN=11;MLLD=264.509;QD=5.47213;RBI=0.0360689;REFB=-0.0307434;REVB=-0.0359004;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861018;STB=0.512755;STBP=0.96;TYPE=del;VARB=0.0553764;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333:16:56:17:60:43:8:9:21:22:82:24:8:8:10:14 chr5 112384802 . G A 347.25 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.018874;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5664;QD=16.939;RBI=0.0514299;REFB=-0.0232844;REVB=0.0478414;RO=44;SAF=13;SAR=24;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149706;STB=0.578867;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0298739;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:45:37:37:0.45122:24:13:22:22:24:13:22:23 chr5 112399791 . G A 434.39 PASS AF=0.463918;AO=37;DP=89;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00567683;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.534;QD=17.9129;RBI=0.0138175;REFB=-0.0313038;REVB=0.0125975;RO=50;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210113;STB=0.540212;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0463241;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:97:50:52:37:45:0.463918:17:20:26:24:25:20:27:25 chr5 112439941 . T C 1181.67 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-1.1795e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4796;QD=58.3541;RBI=0.0385243;REFB=0.0474898;REVB=0.0385243;RO=2;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193133;STB=0.510202;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00089191;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:78:79:0.975309:48:30:0:2:48:31:0:2 chr5 112479004 . T C 1098.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.572;QD=60.1948;RBI=0.0272099;REFB=0;REVB=0.00927219;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137228;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr5 112823998 . C T 502.02 PASS AF=0.454545;AO=53;DP=120;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.000772403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.402;QD=16.5957;RBI=0.00783775;REFB=-0.0226783;REVB=0.00779959;RO=67;SAF=14;SAR=39;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960404;STB=0.54971;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0234225;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:67:66:53:55:0.454545:39:14:23:44:40:15:23:43 chr5 112824039 . T C 555.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.101;QD=60.0068;RBI=0.113269;REFB=0;REVB=0.0867537;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147421;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:25:10:0:0:27:10:0:0 chr5 112868693 . C A 307.89 PASS AF=0.357798;AO=37;DP=108;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.067969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.502;QD=11.2986;RBI=0.0702035;REFB=-0.0235261;REVB=-0.0175714;RO=68;SAF=21;SAR=16;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206195;STB=0.597154;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0594466;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:68:70:37:39:0.357798:16:21:26:42:18:21:27:43 chr5 112884728 . G A 367.34 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0281476;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2774;QD=16.697;RBI=0.0291088;REFB=0.00451112;REVB=-0.00741863;RO=49;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045439;STB=0.525534;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00202937;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:49:39:39:0.443182:24:15:21:28:24:15:21:28 chr5 112888875 . C T 84.57 PASS AF=0.44;AO=8;DP=22;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0312255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9841;QD=13.5319;RBI=0.0326264;REFB=-0.0148101;REVB=0.00945791;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0500726;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:22:25:13:14:8:11:0.44:4:4:6:7:4:7:6:8 chr5 112888882 . A T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0033291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.094;QD=19.0003;RBI=0.0381524;REFB=-0.00294287;REVB=0.0380068;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0041221;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:8:9:9:7:8:9:9:8 chr5 112889374 . G A 407.54 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.0156492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7595;QD=12.9379;RBI=0.0192308;REFB=-0.00806753;REVB=-0.0111771;RO=77;SAF=14;SAR=34;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336773;STB=0.694958;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0117146;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:78:48:48:0.380952:34:14:46:31:34:14:47:31 chr5 112899702 . A G 397.12 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00296205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.302;QD=14.1827;RBI=0.052427;REFB=-0.0106847;REVB=0.0523433;RO=66;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341051;STB=0.519222;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0149356;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:25:21:28:38:25:21:28:38 chr5 112917278 . T G 297.1 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0201465;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.553;QD=24.2533;RBI=0.0226855;REFB=-0.00868148;REVB=-0.0104282;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100635;STB=0.504584;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00809764;OID=.;OPOS=112917278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:22:26:27:0.55102:15:11:10:13:15:12:10:12 chr5 112929013 . T A 143.2 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00424194;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5594;QD=13.0178;RBI=0.00479863;REFB=-0.00494912;REVB=0.0022434;RO=28;SAF=3;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505784;STB=0.797863;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0130258;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:13:3:18:10:13:3:18:10 chr5 112930952 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0220651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.415;QD=20.5466;RBI=0.0225806;REFB=-0.0135383;REVB=-0.00479742;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404908;STB=0.522801;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0176211;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:10:12:11:11:10:12:11:11 chr5 113589389 . T A,C 789.97 PASS AF=0.9,0.0666667;AO=53,4;DP=59;FAO=54,4;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=25,3;FSAR=29,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0044826,0.00661572;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=168.294,31.4153;QD=52.6649;RBI=0.00507425,0.0143839;REFB=-0.0752907,0.00445655;REVB=-0.00237788,-0.0127722;RO=2;SAF=25,3;SAR=28,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0362056,-0.210252;STB=0.519224,0.624469;STBP=0.155,0.679;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00377029,0.066164;OID=.,.;OPOS=113589389,113589389;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:59:60:2:2:53,4:54,4:0.9,0.0666667:28,1:25,3:2:0:29,1:25,3:2:0 chr5 113698544 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.071;QD=55.6561;RBI=0.0314668;REFB=0;REVB=0.0224918;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012504;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr5 113698631 . T C,TGCC 184.17 PASS AF=0.0769231,0.615385;AO=4,13;DP=36;FAO=2,16;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=1,11;FSAR=1,5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0395504,0.00272498;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=142.346,95.1126;QD=28.3339;RBI=0.0447711,0.0535705;REFB=-0.0230791,-0.0134585;REVB=-0.0209812,0.0535011;RO=18;SAF=2,10;SAR=2,3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.193689,0.130454;STB=0.79807,0.576834;STBP=0.736,0.334;TYPE=snp,ins;VARB=0.0522783,0.0192556;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:36:26:18:8:4,13:2,16:0.0769231,0.615385:2,3:2,10:12:6:1,5:1,11:7:1 chr5 113829121 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.625;QD=61.8143;RBI=0.0241599;REFB=-0.0306784;REVB=0.0202985;RO=1;SAF=15;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303352;STB=0.516122;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00055355;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:34:15:1:0:34:15:1:0 chr5 113831696 . T C 446.13 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.018216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.271;QD=20.7503;RBI=0.0726248;REFB=-0.0333925;REVB=-0.0703032;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134751;STB=0.56839;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0236065;OID=.;OPOS=113831696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:42:44:44:0.511628:20:24:16:25:20:24:17:25 chr5 114460539 . T C 323.83 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00661647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.814;QD=14.3922;RBI=0.0226737;REFB=-0.00659735;REVB=0.0216868;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495218;STB=0.52221;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0108456;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:18:18:29:24:18:18:29:25 chr5 114460580 . C G 681.06 PASS AF=0.608247;AO=58;DP=97;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0280972;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4264;QD=28.0851;RBI=0.0281032;REFB=-0.0198041;REVB=0.000580019;RO=38;SAF=31;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442496;STB=0.526971;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0134317;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:38:58:59:0.608247:27:31:18:20:27:32:18:20 chr5 114462355 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.859;QD=57.3851;RBI=0.045646;REFB=0;REVB=0.0053348;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17018e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr5 114469724 . T C 427.32 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00572464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4133;QD=19.2052;RBI=0.016883;REFB=-0.0109749;REVB=-0.0158829;RO=45;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061014;STB=0.527736;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0198315;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:46:43:43:0.483146:21:22:26:19:21:22:26:20 chr5 114480364 . C T 430.8 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.0066408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.46;QD=14.728;RBI=0.0224533;REFB=0.00147313;REVB=-0.0214488;RO=68;SAF=27;SAR=22;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133517;STB=0.574774;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00278454;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:22:27:46:22:22:27:46:22 chr5 114858437 . G T 282.15 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=45;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0194421;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.826;QD=23.0327;RBI=0.0334279;REFB=-0.0191397;REVB=0.0271925;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144898;STB=0.632278;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0163924;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:17:21:23:28:0.571429:15:8:9:8:19:9:13:8 chr5 115110090 . A C 481.28 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=83;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0379978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6862;QD=22.9182;RBI=0.0381933;REFB=0.0189818;REVB=0.00385925;RO=37;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126534;STB=0.569043;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0120697;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:37:38:45:46:0.547619:24:21:23:14:24:22:24:14 chr5 115176589 . A G 559.81 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0081929;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.113;QD=23.0849;RBI=0.0269973;REFB=-0.0192837;REVB=-0.0257241;RO=45;SAF=26;SAR=26;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281086;STB=0.515458;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0117113;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:45:45:52:52:0.536082:26:26:24:21:26:26:24:21 chr5 115188660 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0608378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.237;QD=14.6578;RBI=0.0624273;REFB=-0.00420382;REVB=0.0139974;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.555473;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00565938;OID=.;OPOS=115188660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:5:12:8:5:5:12 chr5 115249078 . C T 40.63 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0043516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.644;QD=3.45811;RBI=0.00978759;REFB=-0.000352182;REVB=-0.00876701;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465705;STB=0.83975;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00490051;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:39:40:7:7:0.148936:6:1:20:19:6:1:21:19 chr5 115249271 . G A 590.87 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0103709;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8611;QD=17.0035;RBI=0.0119144;REFB=0.00946542;REVB=-0.0058649;RO=79;SAF=29;SAR=33;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260795;STB=0.52149;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.012219;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:79:77:62:62:0.446043:33:29:39:40:33:29:39:38 chr5 115298232 . G C 909.13 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635434;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.549;QD=58.6537;RBI=0.0636578;REFB=0;REVB=0.00381444;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12354e-05;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:29:30:0:0:29:33:0:0 chr5 115298378 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=27;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.423;QD=62.0216;RBI=0.0597764;REFB=0;REVB=0.00740321;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149445;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:27:42:1:5:22:0:0:20:22:0:0 chr5 115298475 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.673;QD=52.6121;RBI=0.0365413;REFB=0;REVB=0.0244893;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55215e-05;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr5 115298518 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.889;QD=49.5981;RBI=0.0491054;REFB=0;REVB=0.022541;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971812;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 115298977 . C T 1046.04 PASS AF=0.460251;AO=107;DP=237;FAO=110;FDP=239;FR=.;FRO=129;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.0659878;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7313;QD=17.507;RBI=0.083742;REFB=-0.0116973;REVB=0.0515591;RO=129;SAF=41;SAR=66;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602255;STB=0.528511;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0142493;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:129:129:107:110:0.460251:66:41:57:72:67:43:57:72 chr5 115336862 . T C 271.07 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00248723;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.498;QD=16.9417;RBI=0.00388745;REFB=-0.00701799;REVB=-0.00298764;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11865;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0046029;OID=.;OPOS=115336862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:17:13:19:15:17:13:19:15 chr5 115341611 . G T 640.0 PASS AF=0.453947;AO=67;DP=151;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00668324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.945;QD=16.8421;RBI=0.0114021;REFB=-0.0219775;REVB=-0.00923804;RO=82;SAF=30;SAR=37;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087431;STB=0.501927;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0272514;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:82:83:67:69:0.453947:37:30:36:46:38:31:37:46 chr5 115341638 . G C 747.01 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=150;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0151023;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9751;QD=20.054;RBI=0.0193794;REFB=0.00870415;REVB=0.0121442;RO=75;SAF=36;SAR=37;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488855;STB=0.530086;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00981682;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:75:76:73:73:0.489933:37:36:33:42:37:36:33:43 chr5 115346245 . T G 288.46 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00460375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.238;QD=13.7364;RBI=0.00800559;REFB=-0.0102472;REVB=-0.00654943;RO=49;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812682;STB=0.547713;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0142495;OID=.;OPOS=115346245;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:51:33:33:0.392857:13:20:26:23:13:20:27:24 chr5 115362148 . A G 1126.9 PASS AF=0.879121;AO=80;DP=91;FAO=80;FDP=91;FR=.;FRO=11;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0281997;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.3484;QD=49.534;RBI=0.0293223;REFB=-0.113926;REVB=0.00803593;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.560425;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0121583;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:91:91:1:11:80:80:0.879121:40:40:1:0:40:40:11:0 chr5 115394551 . C T 575.49 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.000118072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.976;QD=26.4591;RBI=0.00938229;REFB=-0.0208477;REVB=0.00938155;RO=33;SAF=33;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216558;STB=0.607502;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0175642;OID=.;OPOS=115394551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:35:52:52:0.597701:19:33:11:22:19:33:13:22 chr5 115394626 . G A,T 832.38 PASS AF=0.435484,0.548387;AO=26,30;DP=57;FAO=27,34;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=8,21;FSAR=19,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368337,0.0314336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.075,201.359;QD=53.7016;RBI=0.0392253,0.0318633;REFB=-0.169622,-0.0692657;REVB=0.013487,-0.00521512;RO=1;SAF=7,17;SAR=19,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0238291,0.0345091;STB=0.512811,0.518508;STBP=0.624,0.278;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000131564,0.00313935;OID=.,.;OPOS=115394626,115394626;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:57:62:1:1:26,30:27,34:0.435484,0.548387:19,13:7,17:0:1:19,13:8,21:0:1 chr5 115428334 . G T 543.03 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.00579151;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.911;QD=18.253;RBI=0.00693299;REFB=0.00292634;REVB=0.00381115;RO=62;SAF=29;SAR=28;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159762;STB=0.588326;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00575837;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:62:57:57:0.478992:28:29:21:41:28:29:21:41 chr5 115428381 . T G 602.83 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0115634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.838;QD=21.921;RBI=0.0128369;REFB=-0.031397;REVB=0.00557437;RO=50;SAF=18;SAR=42;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164141;STB=0.59033;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0222681;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:42:18:24:26:42:18:24:26 chr5 115469773 . C T 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0175182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.116;QD=17.7626;RBI=0.0178749;REFB=-0.000544418;REVB=-0.00355318;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153046;STB=0.585411;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000689321;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:21:18:28:17:21:18:28:17 chr5 115811220 . T C 257.06 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0100224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.74;QD=16.8565;RBI=0.0121114;REFB=-0.00797397;REVB=-0.00679984;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319793;STB=0.505717;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0108877;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:61:28:32:28:29:0.47541:13:15:14:14:13:16:18:14 chr5 115813726 . A G 1417.28 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0792769;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9023;QD=61.6209;RBI=0.0794135;REFB=-0.0899478;REVB=0.00465687;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111504;STB=0.505746;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00102519;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:92:1:1:89:91:0.98913:47:42:1:0:48:43:1:0 chr5 118484804 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0997309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.683;QD=53.9324;RBI=0.099954;REFB=0.0126373;REVB=-0.00667482;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000195133;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:0:1 chr5 118503399 . TAAAAAA TAAAAA,TAAAAAT 45.92 PASS AF=0.361702,0;AO=12,2;DP=47;FAO=17,0;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8,0;FSAR=9,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00971047,-0.0590211;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.57722,116.577;QD=3.90807;RBI=0.0195553,0.0760637;REFB=-0.114003,-0.0120822;REVB=-0.016974,-0.0479812;RO=27;SAF=9,0;SAR=3,2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.302326,0;SSSB=0.360431,-0.448702;STB=0.518775,0.5;STBP=0.824,1;TYPE=del,snp;VARB=0.143926,0.0590914;OID=.,.;OPOS=118503400,118503405;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702,0:12,2:47:17,0:47:30:8,0:9,0:15:15:45:27:9,0:3,2:12:15 chr5 118506603 . A C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.771;QD=57.6806;RBI=0.0290968;REFB=0;REVB=0.0285978;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297765;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr5 118506685 . G A 750.79 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243216;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.552;QD=63.8969;RBI=0.00332592;REFB=0;REVB=0.00226856;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43936e-05;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr5 118506805 . A T 147.21 PASS AF=0.727273;AO=13;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0480168;FXX=0.0832986;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.979;QD=26.7662;RBI=0.0497428;REFB=-0.144026;REVB=0.0129897;RO=6;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535368;STB=0.631402;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00585672;OID=.;OPOS=118506805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:6:6:13:16:0.727273:12:1:4:2:12:4:4:2 chr5 118827842 . T C 1373.57 PASS AF=0.988889;AO=85;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572928;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.631;QD=61.0474;RBI=0.0574338;REFB=0.0290017;REVB=-0.00402184;RO=1;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809884;STB=0.504131;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=2.85896e-05;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:85:89:0.988889:58:27:0:1:60:29:0:1 chr5 118845139 . G A 145.14 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8052;QD=44.659;RBI=0.101199;REFB=0;REVB=0.0728057;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00767429;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 118872184 . C T 366.97 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0127083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1269;QD=14.391;RBI=0.0819639;REFB=-0.0186696;REVB=-0.0809727;RO=58;SAF=17;SAR=25;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151711;STB=0.585713;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0295677;OID=.;OPOS=118872184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:60:42:42:0.411765:25:17:32:26:25:17:33:27 chr5 118945923 . A G 105.77 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0249733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.206;QD=11.4341;RBI=0.0393072;REFB=-0.00620623;REVB=-0.0303543;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141481;STB=0.584966;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0131964;OID=.;OPOS=118945923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:3:10:16:8:3:10:16:8 chr5 118969960 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512286;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.747;QD=62.022;RBI=0.0512313;REFB=0;REVB=0.000518584;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39772e-05;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr5 118970770 . C T 442.46 PASS AF=0.551282;AO=38;DP=74;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00906187;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.614;QD=22.6902;RBI=0.0239729;REFB=-0.0333215;REVB=0.0221942;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965757;STB=0.5655;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0257204;OID=.;OPOS=118970770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:35:35:38:43:0.551282:16:22:24:11:21:22:23:12 chr5 120021819 . G A,C 528.12 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479851,-0.0241352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.883,16.9821;QD=58.6801;RBI=0.0133353,0.0548161;REFB=0,0;REVB=0.012442,-0.0492168;RO=0;SAF=21,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00145973,0.0635568;OID=.,.;OPOS=120021819,120021819;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:13,2:21,0:0:0:13,2:21,0:0:0 chr5 121488506 . C G 180.03 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00915824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.525;QD=23.23;RBI=0.00969461;REFB=0.00129802;REVB=-0.00317997;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336458;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106112;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:11:7:5:8:11:7:5:8 chr5 121488635 . AT A 155.07 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.008;QD=41.3521;RBI=0.0439627;REFB=0;REVB=0.0158779;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000610608;OID=.;OPOS=121488636;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:9:6:0:0:3:1:8:6:1:0 chr5 121489083 . C T 113.35 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0050691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3429;QD=9.64724;RBI=0.0820917;REFB=-0.00719781;REVB=-0.081935;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528139;STB=0.531869;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0234431;OID=.;OPOS=121489083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:15:18:7:7:15:18 chr5 121489122 . T C 89.71 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0177441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.985;QD=7.32355;RBI=0.0206651;REFB=-0.00111856;REVB=0.0105922;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146039;STB=0.532817;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00167983;OID=.;OPOS=121489122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:35:37:12:12:0.244898:7:5:15:20:7:5:17:20 chr5 122165470 . TACACACACACACAC TACACACAC,TACACAC,T 69.01 PASS AF=0.1,0.1,0.25;AO=2,2,5;DP=11;FAO=2,2,5;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0,0,3;FSAR=2,2,2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0161589,-0.0298428,0.0182212;FXX=0.0908678;HRUN=1,1,1;LEN=6,8,14;MLLD=79.6842,91.7185,224.651;QD=13.8015;RBI=0.0269455,0.0361597,0.0205992;REFB=-0.0185752,-0.0116465,-0.00866806;REVB=-0.0215627,-0.0204188,-0.00960803;RO=0;SAF=0,0,3;SAR=2,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.997685,0.997685,0.742177;STBP=0.011,0.011,0.417;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0148306,0.0556722,0.0230739;OID=.,.,.;OPOS=122165471,122165471,122165471;OREF=ACACAC,ACACACAC,ACACACACACACAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=TACACACAC,TACACAC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.1,0.1,0.25:2,2,5:11:2,2,5:20:11:0,0,3:2,2,2:10:1:36:0:0,0,3:2,2,2:0:0 chr5 122681834 . C T 1206.29 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769591;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5593;QD=59.5699;RBI=0.0318151;REFB=0;REVB=-0.0308703;RO=1;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705885;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:1:0:78:81:1:32:46:0:1:34:47:0:0 chr5 122682348 . A G 640.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=60.98;RBI=0.0450452;REFB=0;REVB=0.00927094;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104857;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:21:19:0:0:22:20:0:0 chr5 122685727 . C G 2065.44 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032413;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.396;QD=62.5892;RBI=0.0699398;REFB=0;REVB=0.0619756;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194766;OID=.;OPOS=122685727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:58:74:0:0:58:74:0:0 chr5 122718736 . G C 2347.53 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287234;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1155;QD=60.1931;RBI=0.0338511;REFB=-0.0354022;REVB=0.0179125;RO=1;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606006;STB=0.503184;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000392618;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:154:155:0.99359:78:76:0:1:78:77:0:1 chr5 122727026 . G A 801.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.047;QD=57.2166;RBI=0.0600182;REFB=0;REVB=0.0138424;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200579;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr5 122739420 . T TC 152.26 PASS AF=1;AO=3;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129552;FXX=0.0908678;HRUN=0;LEN=1;MLLD=14.0966;QD=30.4525;RBI=0.0469939;REFB=0.0428198;REVB=0.0451729;RO=18;SAF=0;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0115;OID=.;OPOS=122739421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:22:20:20:0:7:13:0:0:4:18:0:3:7:11 chr5 122739421 . G C,T 270.16 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=18,2;DP=21;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130848,0.00666369;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.7522,120.05;QD=49.1195;RBI=0.146624,0.0206217;REFB=0,0;REVB=0.066162,-0.0195153;RO=1;SAF=6,0;SAR=12,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0704612,-0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00394634,0.247268;OID=.,.;OPOS=122739421,122739421;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:22:1:0:18,2:20,2:0.909091,0.0909091:12,2:6,0:1:0:12,2:8,0:0:0 chr5 122758268 . G C 1325.99 PASS AF=1;AO=73;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077045;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.602;QD=62.3995;RBI=0.0786462;REFB=0;REVB=0.0157888;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023255;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:73:85:1:43:30:0:0:43:42:0:0 chr5 122950330 . G C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1096;QD=62.3493;RBI=0.0322854;REFB=0;REVB=0.00190876;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398479;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr5 122950911 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.884;QD=63.5817;RBI=0.0302266;REFB=0;REVB=0.0107616;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35767e-05;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr5 122990902 . A T 587.21 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416235;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.242;QD=61.8111;RBI=0.00443282;REFB=0;REVB=-0.00152469;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905849;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr5 123984763 . C T 111.38 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0158895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.896;QD=15.9115;RBI=0.0159845;REFB=-0.0201749;REVB=0.0017406;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234649;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0173638;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:12:13:0.464286:9:3:7:8:9:4:7:8 chr5 124686757 . G A 114.65 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00806326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.341;QD=10.4227;RBI=0.0105799;REFB=0.00055289;REVB=0.00684967;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164161;STB=0.596888;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00147913;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:7:23:9:5:7:23 chr5 125696140 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.712;QD=62.6711;RBI=0.0262762;REFB=0;REVB=0.0104378;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98398e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr5 125802027 . G A 408.58 PASS AF=0.525641;AO=36;DP=74;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0160466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.993;QD=20.9527;RBI=0.0232804;REFB=-0.00861186;REVB=0.0168666;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861993;STB=0.552045;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00812705;OID=.;OPOS=125802027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:37:37:36:41:0.525641:19:17:14:23:21:20:14:23 chr5 125828672 . G A 472.53 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.000452804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.561;QD=16.1548;RBI=0.00278471;REFB=0.00088061;REVB=0.00274765;RO=65;SAF=18;SAR=34;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166726;STB=0.593392;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0010295;OID=.;OPOS=125828672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:34:18:33:32:34:18:33:32 chr5 125828803 . A G 687.07 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.257;QD=62.4607;RBI=0.0203515;REFB=0;REVB=0.0175453;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13219e-05;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr5 126171999 . T C 1097.55 PASS AF=0.962025;AO=74;DP=78;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.066448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.505;QD=55.5722;RBI=0.074682;REFB=-0.0384411;REVB=0.0340891;RO=4;SAF=27;SAR=47;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397666;STB=0.512088;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0016107;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:79:4:3:74:76:0.962025:47:27:3:1:48:28:2:1 chr5 126206303 . C T 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.225;QD=56.9516;RBI=0.0263138;REFB=0;REVB=0.0222659;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115799;OID=.;OPOS=126206303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr5 126732399 . G A 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00744249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.568;QD=21.2264;RBI=0.0079254;REFB=-0.00729853;REVB=-0.00272421;RO=23;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11669;STB=0.57518;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00785744;OID=.;OPOS=126732399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:18:11:12:11:18:11:13:11 chr5 126732427 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0123105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.907;QD=22.9081;RBI=0.0365289;REFB=0.0176685;REVB=-0.0343921;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151496;STB=0.596923;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0232847;OID=.;OPOS=126732427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:12:9:10:6:12:9:11:6 chr5 126734365 . C T 531.6 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00932256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.161;QD=22.8643;RBI=0.00975117;REFB=-0.0151108;REVB=-0.00285926;RO=43;SAF=30;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228365;STB=0.625482;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0148857;OID=.;OPOS=126734365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:20:30:14:29:20:30:14:29 chr5 126746277 . C T 746.82 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4297;QD=63.5592;RBI=0.0301369;REFB=0;REVB=-0.0278229;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398629;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr5 126769146 . T C 238.66 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=58;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0483206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.966;QD=15.1532;RBI=0.0483285;REFB=-0.025855;REVB=0.000871293;RO=35;SAF=4;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441684;STB=0.70678;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0200468;OID=.;OPOS=126769146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:35:35:23:28:0.444444:19:4:19:16:22:6:19:16 chr5 126791282 . G A 220.13 PASS AF=0.454545;AO=26;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0425306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5084;QD=16.0095;RBI=0.0595735;REFB=-0.000687295;REVB=-0.0417151;RO=29;SAF=5;SAR=21;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195911;STB=0.599913;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00116393;OID=.;OPOS=126791282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:26:25:0.454545:21:5:10:19:20:5:10:20 chr5 126993249 . G C 931.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.04;QD=58.2069;RBI=0.0118408;REFB=0;REVB=-0.0108468;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65118e-06;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:35:26:0:0:36:28:0:0 chr5 126993263 . A T 1068.65 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0156397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.169;QD=55.5145;RBI=0.0200015;REFB=-0.0528358;REVB=0.0124682;RO=3;SAF=33;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410748;STB=0.521121;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000889886;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:77:3:3:73:74:0.961039:40:33:3:0:40:34:3:0 chr5 126993838 . A G 223.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0238883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.889;QD=16.8616;RBI=0.032991;REFB=0.00469596;REVB=-0.0227542;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328889;STB=0.508314;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00649556;OID=.;OPOS=126993838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:13:12:12:15:13:12:13:15 chr5 126993922 . T C 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0286408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3153;QD=25.8143;RBI=0.0576021;REFB=-0.00211501;REVB=0.0499771;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812113;STB=0.54499;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00162361;OID=.;OPOS=126993922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:12:15:9:11:12:15:9:11 chr5 126993958 . C T 776.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.413;QD=62.0886;RBI=0.0209805;REFB=-0.146029;REVB=-0.00346601;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064652;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:21:29:0:0 chr5 127469859 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0678747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.345;QD=12.2127;RBI=0.0680949;REFB=-0.0150053;REVB=0.00547071;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764642;STB=0.544956;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0246243;OID=.;OPOS=127469859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:7:15:8:5:7:15 chr5 127522543 . C T 778.84 PASS AF=0.512987;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0148326;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.268;QD=20.2296;RBI=0.0154716;REFB=-0.0117363;REVB=-0.00440078;RO=74;SAF=47;SAR=32;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143942;STB=0.582335;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0123511;OID=.;OPOS=127522543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:74:75:79:79:0.512987:32:47:32:42:32:47:32:43 chr5 127614472 . A G 243.19 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0667685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3394;QD=13.3253;RBI=0.0705959;REFB=-0.0228047;REVB=-0.0229292;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141292;STB=0.592043;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0354822;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:42:44:29:29:0.39726:15:14:26:16:15:14:28:16 chr5 127622491 . T C 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0104863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.452;QD=13.313;RBI=0.0145179;REFB=-0.00299059;REVB=0.0100403;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188909;STB=0.60737;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00420518;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:25:8:9:13:25:8 chr5 127685135 . C T 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00889088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.646;QD=59.7968;RBI=0.0134972;REFB=-0.137173;REVB=0.0101551;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000659553;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:24:19:0:0:24:19:0:1 chr5 127685624 . C A 284.43 PASS AF=0.357895;AO=33;DP=94;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.000364081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.059;QD=11.9759;RBI=0.0158195;REFB=-0.00154092;REVB=0.0158153;RO=58;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846274;STB=0.553595;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0024832;OID=.;OPOS=127685624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:58:61:33:34:0.357895:14:19:29:29:15:19:29:32 chr5 127800515 . A G 510.78 PASS AF=0.545455;AO=49;DP=89;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0177072;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.512;QD=23.2174;RBI=0.0244624;REFB=-0.00701175;REVB=-0.0168779;RO=39;SAF=22;SAR=27;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138732;STB=0.585072;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00476226;OID=.;OPOS=127800515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:39:40:49:48:0.545455:27:22:11:28:26:22:11:29 chr5 128362830 . A G 317.92 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00311267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.316;QD=15.5085;RBI=0.0057246;REFB=-0.0124405;REVB=-0.00480441;RO=47;SAF=23;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673376;STB=0.538091;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0140621;OID=.;OPOS=128362830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:12:23:28:19:12:23:28:19 chr5 128430757 . T C 1030.63 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140527;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.188;QD=59.7469;RBI=0.0309663;REFB=0;REVB=0.0275941;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894924;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr5 128442644 . T C 360.36 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0111616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.17;QD=14.2715;RBI=0.0459143;REFB=-0.0108965;REVB=-0.044537;RO=59;SAF=21;SAR=20;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493049;STB=0.522485;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0165645;OID=.;OPOS=128442644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:60:41:41:0.405941:20:21:33:26:20:21:33:27 chr5 128863471 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.98;QD=57.5453;RBI=0.0102661;REFB=0;REVB=0.000250079;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91626e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr5 129072943 . G T 392.49 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9912;QD=56.0704;RBI=0.068461;REFB=0;REVB=-0.0659678;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112706;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:20:8:0:0 chr5 129310670 . C A,CA 292.02 PASS AF=0,1;AO=2,6;DP=45;FAO=0,38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342863,-0.0627708;FXX=0.0731529;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=207.024,11.5664;QD=30.7393;RBI=0.0630275,0.175164;REFB=-0.032539,0.0141323;REVB=-0.0528858,-0.16353;RO=35;SAF=1,2;SAR=1,4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0610848,-0.277567;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0028619;OID=.,.;OPOS=129310670,129310671;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:45:38:35:0:2,6:0,38:0,1:1,4:1,2:20:15:0,18:0,20:0:0 chr5 129520679 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0084518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.432;QD=14.0792;RBI=0.0206526;REFB=-0.0122347;REVB=-0.018844;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246987;STB=0.642638;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0151375;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:12:4:6:6:12:4 chr5 129521126 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0216561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.003;QD=17.6896;RBI=0.0231164;REFB=-0.000561752;REVB=-0.00808601;RO=26;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251219;STB=0.644401;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000515761;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:16:5:12:14:16:5:12:14 chr5 130766662 . T C 1011.86 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.53;QD=57.8203;RBI=0.0174381;REFB=0;REVB=0.00382123;RO=1;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73521e-05;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:1:0:68:70:1:42:26:0:1:43:27:0:0 chr5 130805475 . C T 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.998;QD=62.0119;RBI=0.0209511;REFB=0;REVB=0.0154644;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189254;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr5 131066725 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.801;QD=57.106;RBI=0.014665;REFB=0;REVB=0.00340789;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36936e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr5 131283376 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.305;QD=57.2362;RBI=0.0320538;REFB=0;REVB=-0.0294537;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275387;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr5 131396478 . C T 923.83 PASS AF=0.970149;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0116649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.979;QD=55.1542;RBI=0.0245084;REFB=0.00951021;REVB=0.0215544;RO=2;SAF=35;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262147;STB=0.513509;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-1.28859e-05;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:67:2:2:62:65:0.970149:27:35:2:0:29:36:2:0 chr5 131411460 . T C 1616.86 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0219809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.885;QD=57.234;RBI=0.063588;REFB=0.0300106;REVB=0.059668;RO=3;SAF=59;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660215;STB=0.503479;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000371817;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:3:3:110:110:0.973451:51:59:2:1:51:59:2:1 chr5 131553428 . T TA 327.83 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00353821;FXX=0.0183469;HRUN=0;LEN=1;MLLD=275.28;QD=12.2553;RBI=0.0116094;REFB=-0.00411166;REVB=-0.0110571;RO=70;SAF=22;SAR=18;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02413;STB=0.510874;STBP=0.869;TYPE=ins;VARB=0.00663149;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373832:40:111:40:107:67:22:18:38:29:99:70:22:18:40:30 chr5 131602166 . T C 258.83 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0121194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.416;QD=24.0773;RBI=0.0307739;REFB=-0.00429994;REVB=0.028287;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123796;STB=0.576045;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00284332;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:11:12:7:12:11:13:7:12 chr5 131607080 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8794;QD=59.8374;RBI=0.00631545;REFB=0;REVB=0.00184506;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96534e-05;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 131607282 . C G 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0219318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.804;QD=13.4574;RBI=0.0248177;REFB=-0.0186673;REVB=0.0116153;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263079;STB=0.651929;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0236243;OID=.;OPOS=131607282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:3:12:6:5:3:12 chr5 131607297 . A G 256.48 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0632024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8334;QD=44.6049;RBI=0.0709596;REFB=-0.0399705;REVB=-0.0322602;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708105;STB=0.571357;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00865284;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:15:6:1:0:15:6:2:0 chr5 131607320 . C T 44.3 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0126804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.597;QD=6.81495;RBI=0.0152973;REFB=0.000469555;REVB=0.00855647;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288006;STB=0.680377;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000777061;OID=.;OPOS=131607320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:6:13:3:4:6:13 chr5 131607494 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0160129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9728;QD=12.7822;RBI=0.020627;REFB=-0.00263173;REVB=-0.0130023;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065766;STB=0.549907;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00201907;OID=.;OPOS=131607494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:9:1:1:12:9:1:1:13 chr5 131607588 . G T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0253809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.739;QD=12.0157;RBI=0.0460983;REFB=0.00686206;REVB=0.038482;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00203901;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr5 131663062 . T C 124.04 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00985619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9949;QD=7.51748;RBI=0.0136186;REFB=-0.000802938;REVB=-0.00939802;RO=48;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00874775;STB=0.505294;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00220724;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:11:7:19:29:11:7:19:29 chr5 131670546 . C G 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0168866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.933;QD=16.4059;RBI=0.0171721;REFB=-0.0109015;REVB=-0.00311852;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13262;STB=0.574777;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0112375;OID=.;OPOS=131670546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:20:11:18:19:20:11:18:19 chr5 131701279 . T C 213.26 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00588547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.525;QD=12.5448;RBI=0.0267761;REFB=-0.0121212;REVB=-0.0261213;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255819;STB=0.514695;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0195363;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:13:13:22:20:13:13:22:20 chr5 131705949 . T C 178.38 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0108367;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1737;QD=20.3866;RBI=0.227182;REFB=-0.0207331;REVB=-0.226923;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591671;STB=0.533298;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00710817;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:4:14:14:3:4:14:14:3 chr5 131721174 . A G 333.99 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0431481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.604;QD=16.6994;RBI=0.0549619;REFB=-0.0116749;REVB=-0.0340449;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105501;STB=0.553984;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0223521;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:23:13:20:23:23:13:20:24 chr5 131731304 . A T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0600995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.282;QD=9.1995;RBI=0.0606723;REFB=-0.00908683;REVB=0.00831765;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33043;STB=0.693472;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0100693;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:1:12:5:2:1:12 chr5 131755651 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0238956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.546;QD=13.5053;RBI=0.0239958;REFB=-0.011317;REVB=0.00219024;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27509;STB=0.656929;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.020558;OID=.;OPOS=131755651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:2:15:8:4:2:15 chr5 131796498 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.496;QD=43.4862;RBI=0.00554859;REFB=0;REVB=0.00221422;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56192e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr5 131803868 . A G 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0123096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7658;QD=30.4279;RBI=0.0400812;REFB=0.00206371;REVB=0.0381442;RO=5;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263156;STB=0.646851;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.000499148;OID=.;OPOS=131803868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:11:4:4:1:11:4:4:1 chr5 131805735 . C T 439.44 PASS AF=0.478261;AO=42;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0152778;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.981;QD=19.1062;RBI=0.0197028;REFB=-0.00781699;REVB=0.0124415;RO=46;SAF=22;SAR=20;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205952;STB=0.619514;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.005586;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:46:48:42:44:0.478261:20:22:34:12:22:22:35:13 chr5 131819126 . C T 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0198124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.869;QD=9.82592;RBI=0.040244;REFB=0.00346043;REVB=0.0350292;RO=47;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237015;STB=0.642124;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0107045;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:12:11:13:34:12:11:13:35 chr5 131822055 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00721062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.451;QD=16.536;RBI=0.0212456;REFB=-0.0165673;REVB=-0.0199846;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971332;STB=0.555495;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0149461;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:15:8:8:10:15:8 chr5 131822072 . A G 119.94 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0872785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9329;QD=14.1106;RBI=0.101415;REFB=-0.0214281;REVB=-0.0516468;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136269;STB=0.57884;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0301697;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:14:6:6:8:14:6 chr5 131822133 . T C 64.7 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00746861;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.044;QD=10.7826;RBI=0.0363963;REFB=-0.0236858;REVB=-0.0356217;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.720988;STB=0.925023;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0423889;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:25:24:15:15:6:6:0.25:5:1:14:1:5:1:14:1 chr5 131822224 . T C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0160157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.892;QD=25.711;RBI=0.0160629;REFB=-0.0104836;REVB=0.00123092;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169984;STB=0.594902;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0030666;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:5:1:6:7:5:1 chr5 131892357 . C T 334.59 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6989;QD=53.534;RBI=0.0557267;REFB=0;REVB=0.0401548;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153326;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:7:17:1:0:7:18:0:0 chr5 131911588 . TA T,TT 31.41 PASS AF=0.147059,0.0147059;AO=12,3;DP=66;FAO=10,1;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=1,0;FSAR=9,1;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.09059,0.128192;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.7618,21.8073;QD=1.84744;RBI=0.0941611,0.145463;REFB=-0.0222003,-0.0124819;REVB=-0.025686,-0.0687476;RO=45;SAF=2,0;SAR=10,3;SRF=19;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.370995,-0.454643;STB=0.833183,0.988203;STBP=0.053,0.477;TYPE=del,snp;VARB=0.0656657,-0.130977;OID=.,.;OPOS=131911589,131911589;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147059,0.0147059:12,3:66:10,1:68:57:1,0:9,1:23:34:27:45:2,0:10,3:19:26 chr5 131995964 . A G 446.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.84;QD=57.658;RBI=0.0340424;REFB=0;REVB=0.0106154;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250049;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 131996500 . A C 746.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.967;QD=63.5063;RBI=0.068283;REFB=0;REVB=0.0680947;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56774e-05;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:12:33:0:0:14:33:0:0 chr5 132030414 . T A 351.12 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0806797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.112;QD=46.8154;RBI=0.0975456;REFB=0.0558575;REVB=0.0548264;RO=3;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.565168;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0253457;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:10:17:0:3:10:17:0:3 chr5 132031972 . T C 289.12 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0124857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7071;QD=46.2591;RBI=0.0381867;REFB=-0.216403;REVB=0.0360879;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544278;STB=0.529387;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00538927;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:2:2:23:23:0.92:16:7:0:2:16:7:0:2 chr5 132042146 . C T 1783.55 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.318;QD=60.9762;RBI=0.0240497;REFB=0;REVB=0.0239441;RO=0;SAF=39;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84444e-05;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:76:39:0:0:78:39:0:0 chr5 132098242 . A G 1401.35 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143748;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2847;QD=62.982;RBI=0.0162768;REFB=0;REVB=-0.00763556;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179702;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr5 132099999 . A G 1298.99 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.326;QD=61.8568;RBI=0.0563417;REFB=0;REVB=-0.00199488;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153997;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr5 132150948 . T G 1263.33 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0406617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.48;QD=58.0843;RBI=0.0423527;REFB=-0.0328327;REVB=0.011848;RO=2;SAF=42;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220196;STB=0.517237;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000211611;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:87:2:3:84:84:0.965517:42:42:2:0:42:42:3:0 chr5 132534059 . T G 445.08 PASS AF=0.431034;AO=47;DP=114;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00887684;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.642;QD=15.3474;RBI=0.0106558;REFB=-0.0190224;REVB=-0.0058947;RO=66;SAF=21;SAR=26;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239297;STB=0.505546;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0322934;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:66:66:47:50:0.431034:26:21:31:35:27:23:31:35 chr5 132535046 . G A 221.09 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00527512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.511;QD=16.686;RBI=0.00667621;REFB=-0.0164219;REVB=0.00409205;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397674;STB=0.510566;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0246668;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:13:11:14:14:13:12:14:14 chr5 132918994 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.664;QD=40.7629;RBI=0.0690456;REFB=0;REVB=0.0458014;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238617;OID=.;OPOS=132918994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr5 133186592 . G A 95.07 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3183;QD=34.5712;RBI=0.0360659;REFB=-0.00402188;REVB=0.00771409;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00269232;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr5 133186603 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.01;QD=44.6879;RBI=0.0815441;REFB=0;REVB=-0.0753235;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000522751;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 133316518 . G A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0409048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2826;QD=12.5459;RBI=0.0416384;REFB=-0.0141229;REVB=-0.00778167;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255819;STB=0.514695;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0213601;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:13:13:22:20:13:13:22:20 chr5 133477802 . C T 461.99 PASS AF=0.471698;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00405482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.213;QD=17.4337;RBI=0.046535;REFB=-0.0235218;REVB=-0.046358;RO=54;SAF=26;SAR=23;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112343;STB=0.574876;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0341527;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:56:49:50:0.471698:23:26:35:19:24:26:37:19 chr5 133481467 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0121872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.304;QD=19.1551;RBI=0.0204183;REFB=-0.0326467;REVB=-0.0163823;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611111;STB=0.54462;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0352164;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:23:21:21:0.477273:11:10:9:13:11:10:9:14 chr5 133861425 . TGG TG,T,TTG 438.14 PASS AF=0.578616,0.0251572,0.27673;AO=28,16,34;DP=127;FAO=92,4,44;FDP=159;FR=.;FRO=19;FSAF=28,1,20;FSAR=64,3,24;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.384554,0.196953,0.114462;FXX=0.0124216;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=5.1893,8.45049,7.96032;QD=11.0225;RBI=0.471814,0.236343,0.142389;REFB=0.215064,0.116105,0.0960925;REVB=-0.273362,-0.130641,0.0846937;RO=26;SAF=5,1,23;SAR=23,15,11;SRF=23;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.596467,-0.788801,-0.203593;STB=0.609112,0.91415,0.630625;STBP=0,0.403,0.003;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0477833,0.0581486,0.045075;OID=.,.,.;OPOS=133861426,133861426,133861426;OREF=G,GG,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,T,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.578616,0.0251572,0.27673:28,16,34:127:92,4,44:159:19:28,1,20:64,3,24:17:2:55:26:5,1,23:23,15,11:23:3 chr5 133887824 . AC A 31.84 PASS AF=0.166667;AO=23;DP=115;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=69;FWDB=-0.0546069;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.6921;QD=1.11733;RBI=0.0765993;REFB=-0.0155466;REVB=-0.0537172;RO=82;SAF=1;SAR=22;SRF=26;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575865;STB=0.847667;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=-0.0728966;OID=.;OPOS=133887825;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:23:115:19:114:95:1:18:26:69:31:82:1:22:26:56 chr5 133909475 . G A 829.44 PASS AF=0.968254;AO=57;DP=60;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0808899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8833;QD=52.6628;RBI=0.138733;REFB=-0.0622001;REVB=0.11271;RO=2;SAF=24;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376858;STB=0.519224;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00602245;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:63:2:2:57:61:0.968254:33:24:2:0:36:25:2:0 chr5 133915477 . A G 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0682163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.968;QD=14.4115;RBI=0.0683981;REFB=0.00219257;REVB=-0.00498407;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279123;STB=0.660212;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00805368;OID=.;OPOS=133915477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:8:20:8:10:8:20 chr5 133915761 . G A 152.69 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0439742;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.006;QD=11.5236;RBI=0.0913807;REFB=-0.0281171;REVB=0.0801043;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685479;STB=0.539958;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.065254;OID=.;OPOS=133915761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:10:9:14:20:10:9:14:20 chr5 133997171 . C T 53.98 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000991787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.82;QD=8.30531;RBI=0.00902824;REFB=0.00464901;REVB=-0.00897359;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509815;STB=0.813055;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0239867;OID=.;OPOS=133997171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:1:7:8:9:1:7:9:9 chr5 134076812 . G A 121.34 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00481152;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9052;QD=13.4826;RBI=0.031083;REFB=-0.00688123;REVB=-0.0307083;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14059;STB=0.557956;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0172616;OID=.;OPOS=134076812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:22:14:14:0.388889:5:9:16:5:5:9:16:6 chr5 134193043 . T G 312.72 PASS AF=0.596154;AO=29;DP=50;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000513747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.62;QD=24.0553;RBI=0.0119908;REFB=-0.00734135;REVB=0.0119798;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846746;STB=0.542686;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00581476;OID=.;OPOS=134193043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:21:29:31:0.596154:12:17:10:11:13:18:10:11 chr5 134194613 . A C 334.59 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0194414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2066;QD=14.3909;RBI=0.0653461;REFB=-0.00519796;REVB=0.0623871;RO=53;SAF=17;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129914;STB=0.567094;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0111296;OID=.;OPOS=134194613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:56:37:37:0.397849:20:17:31:22:20:17:32:24 chr5 134235613 . A C 128.41 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0028495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.016;QD=12.2292;RBI=0.00659636;REFB=-0.00873791;REVB=-0.00594915;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284533;STB=0.666455;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0178764;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:9:18:6:9:9:18 chr5 134262271 . C A 257.05 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0233552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.927;QD=13.7094;RBI=0.0254747;REFB=-0.0259237;REVB=-0.0101732;RO=45;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382578;STB=0.521767;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0291342;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:19:11:15:30:19:11:15:30 chr5 134343661 . C T 360.12 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0104499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.275;QD=22.8646;RBI=0.0129897;REFB=-0.00633804;REVB=0.00771572;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337077;STB=0.51612;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00430349;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:27:36:36:0.571429:16:20:15:10:16:20:16:11 chr5 134670741 . C T 366.32 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0106783;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.233;QD=16.2807;RBI=0.0469285;REFB=-0.00841428;REVB=-0.0456975;RO=51;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177085;STB=0.604757;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0148696;OID=.;OPOS=134670741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:38:39:0.433333:23:15:29:22:24:15:29:22 chr5 134670765 . A G 437.26 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0217525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.167;QD=19.0112;RBI=0.035394;REFB=0.0131872;REVB=0.0279206;RO=48;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136361;STB=0.58032;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00128792;OID=.;OPOS=134670765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:48:43:44:0.478261:25:18:27:21:26:18:27:21 chr5 134782414 . G T 230.07 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0249006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.365;QD=22.4456;RBI=0.0347189;REFB=-0.0214929;REVB=-0.0241944;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292275;STB=0.530584;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0194252;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:19:22:22:0.536585:9:13:10:8:9:13:10:9 chr5 134782450 . T A 282.21 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0432538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1762;QD=22.5771;RBI=0.0440743;REFB=-0.0300824;REVB=0.00846487;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178125;STB=0.59992;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0326725;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:12:12:8:18:12:12 chr5 134782510 . T C 265.27 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0115857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.784;QD=17.984;RBI=0.011854;REFB=0.0136501;REVB=-0.00250774;RO=28;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120417;STB=0.573717;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0079457;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:30:29:29:0.491525:8:21:17:11:8:21:18:12 chr5 134782537 . A AC 34.83 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0127679;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=173.99;QD=1.90856;RBI=0.0160241;REFB=0.000128184;REVB=-0.00968254;RO=64;SAF=1;SAR=7;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565602;STB=0.908492;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=-0.00728622;OID=.;OPOS=134782538;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.109589:8:73:8:73:65:1:7:42:23:34:64:1:7:41:23 chr5 134782576 . T G 392.63 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0806724;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.4718;QD=20.3963;RBI=0.0817052;REFB=-0.0208664;REVB=0.0129502;RO=37;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540552;STB=0.529939;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0183307;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:17:23:19:18:17:23:19:18 chr5 134871440 . A C 239.41 PASS AF=0.430769;AO=25;DP=62;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0325262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5951;QD=14.7331;RBI=0.0449365;REFB=-0.0377701;REVB=-0.0310054;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09529;STB=0.525011;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0492375;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:37:37:25:28:0.430769:14:11:13:24:17:11:13:24 chr5 134986196 . C T 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0326425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.657;QD=22.7238;RBI=0.0372958;REFB=0.00905841;REVB=0.01804;RO=16;SAF=2;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382352;STB=0.719726;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00407752;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:18:2:6:10:18:2:6:10 chr5 135178124 . T C 753.84 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8665;QD=56.8933;RBI=0.0323037;REFB=0;REVB=0.0246467;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80876e-05;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr5 135186140 . C T 242.32 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0142529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0761;QD=12.5879;RBI=0.0311692;REFB=-0.00900084;REVB=0.0277195;RO=47;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155353;STB=0.580649;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.011291;OID=.;OPOS=135186140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:15:14:16:31:15:14:17:31 chr5 135207187 . G A 92.52 PASS AF=0.55;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0455452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.291;QD=18.5042;RBI=0.0458668;REFB=-0.0297171;REVB=-0.00542198;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214898;STB=0.642612;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0320216;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:19:20:8:9:11:11:0.55:5:6:2:6:5:6:2:7 chr5 135207382 . C T 409.92 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0635806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.777;QD=51.2395;RBI=0.0695868;REFB=-0.0623181;REVB=0.0282813;RO=2;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465815;STB=0.524984;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000817531;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:19:11:0:2:19:11:0:2 chr5 135258105 . G A 429.19 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00828243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.603;QD=19.7331;RBI=0.0100663;REFB=0.00297997;REVB=0.00572123;RO=44;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519483;STB=0.528833;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00305424;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:22:21:24:20:22:21:24:20 chr5 135276201 . AGTTGT AG,AGT 517.23 PASS AF=0,1;AO=9,32;DP=46;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268448,-0.00271278;FXX=0.0434688;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=223.928,236.158;QD=47.0208;RBI=0.0061603,0.0281684;REFB=0,0;REVB=0.00554462,0.0280374;RO=0;SAF=1,18;SAR=8,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00387397,-1.88888e-07;OID=.,.;OPOS=135276203,135276202;OREF=TTGT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,32:46:0,44:44:0:0,21:0,23:0:0:9:0:1,18:8,14:0:0 chr5 135276314 . C A,T 820.42 PASS AF=0.0806452,0.887097;AO=5,56;DP=62;FAO=5,55;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=2,22;FSAR=3,33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0186965,0.0087346;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.4641,159.415;QD=52.9304;RBI=0.0200762,0.00922108;REFB=-0.0126774,-0.0429426;REVB=0.00731398,0.00295552;RO=1;SAF=2,23;SAR=3,33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169284,-0.0200576;STB=0.666029,0.521731;STBP=0.302,0.138;TYPE=snp,snp;VARB=0.0627715,0.000740836;OID=.,.;OPOS=135276314,135276314;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:62:62:1:2:5,56:5,55:0.0806452,0.887097:3,33:2,23:1:0:3,33:2,22:2:0 chr5 135276814 . G A 675.14 PASS AF=0.435294;AO=73;DP=169;FAO=74;FDP=170;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.00168173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.981;QD=15.8856;RBI=0.00981943;REFB=-0.00908582;REVB=-0.00967434;RO=94;SAF=31;SAR=42;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211578;STB=0.501306;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0113379;OID=.;OPOS=135276814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:94:96:73:74:0.435294:42:31:38:56:43:31:40:56 chr5 135276847 . T C 1853.07 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0100417;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.162;QD=59.7764;RBI=0.0213677;REFB=-0.143815;REVB=0.0188612;RO=1;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693544;STB=0.507245;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00121952;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:1:2:122:122:0.983871:68:54:0:1:68:54:0:2 chr5 135282630 . C T 1041.2 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699492;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.109;QD=58.6594;RBI=0.0116656;REFB=0;REVB=-0.00933583;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151145;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:40:29:0:0:41:30:0:0 chr5 135287029 . T C 715.78 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341182;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.582;QD=57.2625;RBI=0.0160165;REFB=0;REVB=-0.0156489;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19239e-05;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr5 135388663 . A G 497.41 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0146117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.429;QD=19.131;RBI=0.0180999;REFB=0.00344408;REVB=-0.0106819;RO=50;SAF=20;SAR=32;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122768;STB=0.578283;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00302906;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:52:52:52:0.5:32:20:26:24:32:20:28:24 chr5 135391366 . C T 245.38 PASS AF=0.365854;AO=28;DP=81;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.000556595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.317;QD=11.9696;RBI=0.0318647;REFB=-0.0184798;REVB=-0.0318599;RO=52;SAF=16;SAR=12;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630029;STB=0.52785;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0306775;OID=.;OPOS=135391366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:52:52:28:30:0.365854:12:16:30:22:14:16:30:22 chr5 135392426 . T C 348.98 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0835301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.226;QD=15.01;RBI=0.0842585;REFB=-0.0153062;REVB=0.0110551;RO=55;SAF=12;SAR=26;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23009;STB=0.630698;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0147514;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:26:12:29:26:26:12:29:26 chr5 135394903 . G A 538.25 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0158503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.662;QD=19.2233;RBI=0.02464;REFB=0.00810872;REVB=0.0188652;RO=56;SAF=18;SAR=38;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171985;STB=0.595333;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00637561;OID=.;OPOS=135394903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:38:18:28:28:38:18:28:28 chr5 135399373 . G A 553.28 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00249542;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.549;QD=16.7659;RBI=0.0185691;REFB=-0.00625061;REVB=0.0184007;RO=73;SAF=36;SAR=23;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772651;STB=0.504309;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0119553;OID=.;OPOS=135399373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:73:73:59:59:0.44697:23:36:44:29:23:36:44:29 chr5 135508381 . A G 307.24 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00765349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.647;QD=15.5562;RBI=0.0197118;REFB=-0.00617577;REVB=0.0181653;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132936;STB=0.582231;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0110343;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:33:34:0.43038:17:16:16:29:17:17:16:29 chr5 135513085 . T TC 1076.24 PASS AF=0.987013;AO=69;DP=79;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189222;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.4088;QD=55.9087;RBI=0.0212663;REFB=-0.0735035;REVB=-0.00970585;RO=3;SAF=44;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311445;STB=0.505262;STBP=0.502;TYPE=ins;VARB=0.00333728;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987013:69:79:76:77:1:47:29:1:0:4:3:44:25:3:0 chr5 135514055 . A G 274.66 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0123375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.789;QD=17.7199;RBI=0.0125315;REFB=-0.00898845;REVB=-0.00219649;RO=30;SAF=7;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268137;STB=0.659486;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0134518;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:30:32:29:30:0.483871:22:7:15:15:23:7:16:16 chr5 135517740 . T G 360.6 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00802565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.165;QD=19.7589;RBI=0.0089065;REFB=-0.00448899;REVB=-0.00386196;RO=36;SAF=13;SAR=24;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453232;STB=0.525131;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00423681;OID=.;OPOS=135517740;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:24:13:11:25:24:13:11:25 chr5 135522878 . GT TA 180.23 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0233994;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.096;QD=12.6475;RBI=0.0234267;REFB=-0.00472524;REVB=-0.0011294;RO=35;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633627;STB=0.536639;STBP=0.704;TYPE=mnp;VARB=0.00792794;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:35:35:22:22:0.385965:15:7:13:22:15:7:13:22 chr5 135692575 . G A 338.05 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00961085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.941;QD=22.9189;RBI=0.0774891;REFB=-0.0275858;REVB=0.0768908;RO=25;SAF=11;SAR=23;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653113;STB=0.536049;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0262011;OID=.;OPOS=135692575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:23:11:10:15:23:11:10:15 chr5 136953577 . T C 84.78 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00863553;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.331;QD=19.9485;RBI=0.0381027;REFB=-0.0253492;REVB=-0.0371112;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330584;STB=0.68713;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.025904;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:17:6:6:8:8:0.470588:3:5:6:0:3:5:6:0 chr5 136954719 . T C 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00158923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.486;QD=24.2745;RBI=0.00416784;REFB=0.00126485;REVB=-0.00385295;RO=19;SAF=18;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111028;STB=0.561758;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000868203;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:21:31:31:0.596154:13:18:8:11:13:18:9:12 chr5 136955383 . G T 272.15 PASS AF=0.359551;AO=28;DP=90;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0252235;FXX=0.101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.154;QD=12.2312;RBI=0.0285413;REFB=-0.0140097;REVB=0.0133559;RO=48;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138614;STB=0.609067;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0171749;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:48:57:28:32:0.359551:18:10:23:25:21:11:29:28 chr5 136969793 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00413979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.849;QD=22.9085;RBI=0.010213;REFB=-1.76828e-05;REVB=0.00933633;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11202;STB=0.562442;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=5.92298e-05;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:12:5:9:12:12:5 chr5 137028029 . T C 767.83 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130329;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5657;QD=56.8759;RBI=0.051829;REFB=0;REVB=0.0501636;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421247;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:17:36:0:0:18:36:0:0 chr5 137206560 . A C 501.4 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00499434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7831;QD=55.7114;RBI=0.0411557;REFB=0.00312981;REVB=-0.0408515;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00642127;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:13:21:1:0:13:22:1:0 chr5 137244517 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.029;QD=64.4142;RBI=0.0316711;REFB=0;REVB=-0.00853202;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96723e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr5 137259179 . T C 1642.6 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153178;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4714;QD=60.2788;RBI=0.0153253;REFB=0;REVB=-0.000479439;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37294e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:62:46:0:0:63:46:0:0 chr5 137347498 . G A 1152.64 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0269652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.739;QD=56.9204;RBI=0.0398479;REFB=0.0064799;REVB=0.0293384;RO=2;SAF=29;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315237;STB=0.524584;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000595446;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:2:3:78:78:0.962963:49:29:2:0:49:29:3:0 chr5 137372207 . A T 630.77 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.307;QD=61.5382;RBI=0.0648704;REFB=0;REVB=0.0596321;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502365;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr5 137426447 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.547;QD=49.5984;RBI=0.0099685;REFB=0;REVB=0.00991322;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6023e-05;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr5 137475787 . C T 423.28 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00287934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.664;QD=20.1561;RBI=0.00355342;REFB=-0.0269738;REVB=-0.00208236;RO=41;SAF=14;SAR=29;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631763;STB=0.535039;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0186496;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:29:14:16:25:29:14:16:25 chr5 137476416 . T C 707.6 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00963712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3155;QD=54.4308;RBI=0.0135969;REFB=-0.0908312;REVB=-0.00959172;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00171481;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:25:25:0:1:25:26:0:1 chr5 137493554 . C T 316.44 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0181722;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.605;QD=20.0914;RBI=0.0184112;REFB=-0.00664272;REVB=0.00295718;RO=30;SAF=4;SAR=29;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454921;STB=0.757721;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00833687;OID=.;OPOS=137493554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:33:33:0.52381:29:4:15:15:29:4:15:15 chr5 137622189 . C CG,CGG 55.87 PASS AF=0.2,0.24;AO=6,3;DP=26;FAO=5,6;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=0,1;FSAR=5,5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.07066,0.040577;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.91009,15.393;QD=8.9397;RBI=0.0763915,0.0433669;REFB=-0.059995,-0.0308494;REVB=0.0290313,0.0153034;RO=16;SAF=1,0;SAR=5,3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.299254,-0.575361;STB=0.997056,0.681124;STBP=0.06,0.421;TYPE=ins,ins;VARB=-0.129791,0.097052;OID=.,.;OPOS=137622190,137622190;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.2,0.24:6,3:26:5,6:25:14:0,1:5,5:5:9:20:16:1,0:5,3:6:10 chr5 137665323 . G A 204.22 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00247455;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9918;QD=22.6911;RBI=0.0150612;REFB=-0.0103068;REVB=0.0148565;RO=15;SAF=17;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526756;STB=0.738853;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00507835;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:16:19:20:0.555556:2:17:6:9:3:17:7:9 chr5 137682589 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0122111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.641;QD=12.8972;RBI=0.0478537;REFB=-0.0201973;REVB=-0.0462695;RO=29;SAF=12;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635571;STB=0.529376;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0398274;OID=.;OPOS=137682589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:5:12:19:10:5:12:20:10 chr5 137708434 . C T 1153.4 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.541;QD=60.7051;RBI=0.0111333;REFB=0;REVB=0.000360935;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64561e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr5 137717213 . G A 219.86 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0112428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.186;QD=17.5885;RBI=0.0142605;REFB=-0.0259899;REVB=0.00877271;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432514;STB=0.524669;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.036378;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:7:15:18:10:7:15:18:10 chr5 137717265 . G A,T 695.71 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=42,2;DP=44;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730379,0.0657372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.711,74.228;QD=61.8409;RBI=0.0730618,0.0657441;REFB=0,0;REVB=-0.0018681,0.000954169;RO=0;SAF=25,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-2.98888e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.003375,0.154253;OID=.,.;OPOS=137717265,137717265;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:44:45:0:0:42,2:43,2:0.955556,0.0444444:17,0:25,2:0:0:17,0:26,2:0:0 chr5 137754695 . T C 967.41 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182831;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3335;QD=58.6309;RBI=0.0183144;REFB=0;REVB=-0.00107007;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382037;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr5 137781792 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.122;QD=33.4285;RBI=0.0259467;REFB=0;REVB=0.0190434;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125224;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr5 137892170 . G A 642.36 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000280358;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.465;QD=59.7547;RBI=0.0152612;REFB=-0.0635465;REVB=0.0152586;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.51851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00162315;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:42:42:0.976744:29:13:0:0:29:13:1:0 chr5 137902339 . T C 816.52 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000224703;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.209;QD=57.2994;RBI=0.000952173;REFB=0;REVB=-0.000925279;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240849;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:18:38:0:0:19:38:0:0 chr5 137909824 . G A,GA 82.74 PASS AF=0,0.730769;AO=7,3;DP=27;FAO=0,19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=0,12;FSAR=0,7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0113079,0.254626;FXX=0.0370233;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=190.549,9.25578;QD=12.7295;RBI=0.0145562,0.292284;REFB=-0.00493655,-0.0589991;REVB=0.0091659,0.143512;RO=14;SAF=4,2;SAR=3,1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0795555,0.0287373;STB=0.5,0.524204;STBP=1,0.709;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0943791;OID=.,.;OPOS=137909824,137909825;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:27:26:14:7:7,3:0,19:0,0.730769:3,1:4,2:9:5:0,7:0,12:5:2 chr5 138456815 . T C 390.51 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0117702;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.751;QD=21.6948;RBI=0.0118996;REFB=-0.0573583;REVB=0.00175047;RO=34;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190045;STB=0.602098;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.040462;OID=.;OPOS=138456815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:33:38:39:0.541667:14:24:14:20:15:24:13:20 chr5 138631876 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTA 44.11 PASS AF=0.47619,0.047619;AO=5,3;DP=22;FAO=10,1;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5,1;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.103934,-0.0778743;FXX=0.0454339;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.635,13.7736;QD=8.4022;RBI=0.253695,0.20344;REFB=0.00403719,-0.0345035;REVB=0.231428,0.187945;RO=8;SAF=3,3;SAR=2,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.216847,0.694555;STB=0.599808,0.992788;STBP=0.424,0.247;TYPE=del,snp;VARB=0.0282755,0.0276859;OID=.,.;OPOS=138631877,138631884;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619,0.047619:5,3:22:10,1:21:10:5,1:5,0:3:7:36:8:3,3:2,0:3:5 chr5 138705188 . C CATT,T 557.69 PASS AF=0.840909,0.0681818;AO=35,3;DP=44;FAO=37,3;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=25,3;FSAR=12,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0157778,-0.00822352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=237.819,109.314;QD=50.6988;RBI=0.0158197,0.0432387;REFB=-0.0136544,-0.0434893;REVB=0.00115015,-0.0424495;RO=4;SAF=25,3;SAR=10,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103271,0.729277;STB=0.545826,0.996186;STBP=0.073,0.049;TYPE=ins,snp;VARB=0.00190445,0.0690205;OID=.,.;OPOS=138705189,138705188;OREF=-,C;OALT=ATT,T;OMAPALT=CATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:44:44:4:4:35,3:37,3:0.840909,0.0681818:10,0:25,3:1:3:12,0:25,3:1:3 chr5 138713959 . A C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.848;QD=59.431;RBI=0.0677453;REFB=0;REVB=0.0523213;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480592;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr5 138720108 . C T 228.79 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0225768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1283;QD=15.7783;RBI=0.0347692;REFB=-0.0131345;REVB=0.0264421;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215724;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0277104;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:12:14:16:15:12:14:17:15 chr5 138728483 . A G 53.26 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0102546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4536;QD=7.89063;RBI=0.0135325;REFB=-0.00965868;REVB=-0.00883012;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403858;STB=0.740278;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0272168;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:16:3:4:4:16:3 chr5 138728533 . C T 161.4 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0761601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1127;QD=18.988;RBI=0.0777984;REFB=-0.00630494;REVB=-0.015882;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29074;STB=0.644892;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0110645;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:9:8:13:3:9:8:13:4 chr5 138773090 . A G 289.09 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0243679;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8604;QD=22.6734;RBI=0.0284612;REFB=0.00418566;REVB=0.0147054;RO=22;SAF=8;SAR=21;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403593;STB=0.522372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00274685;OID=.;OPOS=138773090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:22:29:29:0.568627:21:8:7:15:21:8:7:15 chr5 138857919 . T C 1400.82 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292325;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.286;QD=62.9584;RBI=0.0237362;REFB=0;REVB=0.0235555;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25569e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr5 138861146 . C G 312.41 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0413429;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.866;QD=29.0613;RBI=0.0496813;REFB=-0.0121154;REVB=-0.02755;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133597;STB=0.573657;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00485182;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:27:27:0.627907:17:10:9:7:17:10:9:7 chr5 139722345 . G A 199.44 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00260115;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2185;QD=11.2362;RBI=0.00912709;REFB=-0.0286866;REVB=-0.00874858;RO=45;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343489;STB=0.501128;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0294008;OID=.;OPOS=139722345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:24:25:0.352113:11:13:23:22:12:13:24:22 chr5 139740454 . C T 123.33 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0031518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.22;QD=18.9745;RBI=0.00746631;REFB=-0.00228691;REVB=-0.00676846;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114818;STB=0.583139;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00717018;OID=.;OPOS=139740454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:26:12:12:11:8:0.307692:7:4:3:9:5:3:3:9 chr5 139745154 . T C 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0274827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.435;QD=4.04955;RBI=0.0298293;REFB=0.000458181;REVB=0.0115968;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207424;STB=0.514245;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00265061;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:3:4:20:14:3:4:20:14 chr5 139936760 . G T 68.07 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00197628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2342;QD=14.3305;RBI=0.0502221;REFB=-0.0195549;REVB=0.0501832;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286347;STB=0.670818;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0220122;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:5:5:2:7:5:5 chr5 139936980 . A G 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0271464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.167;QD=20.4544;RBI=0.0554096;REFB=-0.0278569;REVB=-0.0483042;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383504;STB=0.521713;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0218112;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:5:10:12:5:5:10 chr5 139940233 . G A 437.73 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000736077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.765;QD=21.616;RBI=0.005495;REFB=-0.0186608;REVB=0.00544547;RO=37;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00476751;STB=0.504035;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0106153;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:23:20:17:20:23:20:18:20 chr5 139941228 . A G 357.68 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000919831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.5348;QD=55.0272;RBI=0.0336461;REFB=0;REVB=0.0336335;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288926;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr5 139947899 . AG AA,A 50.36 PASS AF=0.166667,0.333333;AO=2,5;DP=17;FAO=3,6;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0,2;FSAR=3,4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.105038,0.138434;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=26.9773,15.8344;QD=11.1903;RBI=0.189944,0.141803;REFB=-0.0815719,-0.103962;REVB=0.158258,0.0307254;RO=9;SAF=0,1;SAR=2,4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.605263;SSSB=-0.602534,-0.386659;STB=0.996121,0.635901;STBP=0.075,0.398;TYPE=snp,del;VARB=0.0720686,0.122099;OID=.,.;OPOS=139947900,139947900;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.333333:2,5:17:3,6:18:9:0,2:3,4:5:4:31:9:0,1:2,4:5:4 chr5 140021482 . C T 148.98 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0176798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.387;QD=18.6223;RBI=0.0307773;REFB=-0.0114159;REVB=-0.0251926;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225385;STB=0.532745;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0305641;OID=.;OPOS=140021482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:10:6:6:9:10:6:7:9 chr5 140023238 . C G 492.57 PASS AF=0.489796;AO=39;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0137588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.589;QD=20.1048;RBI=0.0139582;REFB=-0.00963882;REVB=-0.00235117;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150186;STB=0.572489;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0127524;OID=.;OPOS=140023238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:50:39:48:0.489796:16:23:18:24:21:27:21:29 chr5 140048209 . T C 785.51 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4462;QD=64.1232;RBI=0.0665312;REFB=0;REVB=0.0635831;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805368;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr5 140048267 . T C,G 704.44 PASS AF=0.961538,0.0192308;AO=50,2;DP=52;FAO=50,1;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000371401,-0.00267128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.067,94.8702;QD=54.1874;RBI=0.0252902,0.043895;REFB=-0.168548,-0.263175;REVB=0.0252874,-0.0438136;RO=0;SAF=18,0;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507689,0.5;STBP=0.528,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000670068,0.14154;OID=.,.;OPOS=140048267,140048267;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:52:0:1:50,2:50,1:0.961538,0.0192308:32,2:18,0:0:0:32,1:18,0:0:1 chr5 140048544 . C T 270.82 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00521525;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.978;QD=22.5681;RBI=0.0173401;REFB=-0.0303107;REVB=0.0165372;RO=21;SAF=18;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578221;STB=0.511473;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0282709;OID=.;OPOS=140048544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:23:25:25:0.520833:7:18:15:6:7:18:17:6 chr5 140052271 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.517;QD=44.689;RBI=0.0333804;REFB=0;REVB=0.0295233;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107715;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 140098596 . T G 275.67 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0115974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.449;QD=32.4313;RBI=0.0162702;REFB=-0.0487797;REVB=0.0114114;RO=10;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12904;STB=0.570673;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0192975;OID=.;OPOS=140098596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:13:11:7:3:13:11:7:3 chr5 140111764 . AT A 109.06 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0260439;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8139;QD=9.28162;RBI=0.0530046;REFB=-0.0334492;REVB=0.0461649;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136615;STB=0.584688;STBP=0.397;TYPE=del;VARB=0.0506238;OID=.;OPOS=140111765;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:20:47:20:47:27:7:13:6:21:99:26:7:13:6:20 chr5 140222194 . G T 454.71 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0112929;FXX=0.0120467;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.4004;QD=22.181;RBI=0.0115885;REFB=-0.00923023;REVB=0.00260062;RO=35;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355096;STB=0.504082;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0104465;OID=.;OPOS=140222194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:35:38:44:44:0.536585:17:27:20:15:17:27:23:15 chr5 140228164 . C A 50.06 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0149285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.746;QD=9.10169;RBI=0.0166409;REFB=-0.0164458;REVB=-0.0073525;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0312289;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:21:22:14:14:7:8:0.363636:4:3:6:8:5:3:6:8 chr5 140229086 . C G 334.21 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.00385679;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0174;QD=14.0718;RBI=0.0468291;REFB=-0.0199946;REVB=-0.04667;RO=57;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172324;STB=0.505297;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0269622;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:57:58:37:37:0.389474:22:15:24:33:22:15:24:34 chr5 140229368 . G C 259.73 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0406208;FXX=0.0370302;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.9864;QD=19.9791;RBI=0.0691052;REFB=-0.0369256;REVB=0.055906;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0225623;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:24:25:26:27:0.519231:13:13:12:12:13:14:13:12 chr5 140229526 . T G 551.26 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0303562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.536;QD=24.2314;RBI=0.0323896;REFB=-0.012455;REVB=-0.0112952;RO=40;SAF=33;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192218;STB=0.510544;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0105782;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:18:33:25:15:18:33:25:15 chr5 140230370 . AA CC 315.44 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00993799;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=114.883;QD=15.3875;RBI=0.0186966;REFB=-0.0086184;REVB=-0.0158366;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112084;STB=0.514278;STBP=0.869;TYPE=mnp;VARB=0.0118776;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:47:34:35:0.426829:17:17:22:23:17:18:23:24 chr5 140231237 . T C 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.666;QD=58.2364;RBI=0.0754486;REFB=0;REVB=0.068839;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847425;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr5 140232950 . G C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.000770346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1421;QD=8.25402;RBI=0.00433447;REFB=-0.0105184;REVB=0.00426546;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165502;STB=0.587912;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0387761;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:1:5:8:3:1:5:9:3 chr5 140237109 . T G 478.56 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0577768;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4487;QD=22.2588;RBI=0.0679142;REFB=-0.0146596;REVB=-0.0356955;RO=40;SAF=26;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159638;STB=0.587902;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0114453;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:40:46:46:0.534884:20:26:15:25:20:26:15:25 chr5 140237387 . T G 122.73 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0321698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.9907;QD=18.1821;RBI=0.0413198;REFB=-0.0762639;REVB=-0.0259313;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101714;STB=0.555477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0639013;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:12:13:13:14:0.518519:6:7:5:7:7:7:5:8 chr5 140237548 . A G 168.74 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0116944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.701;QD=16.0703;RBI=0.0178906;REFB=-0.0183969;REVB=-0.0135393;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153997;STB=0.599886;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0263248;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:6:11:12:12:6:12:12:12 chr5 140242451 . GC G 74.06 PASS AF=0.4;AO=13;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0148494;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.9018;QD=9.8742;RBI=0.0573197;REFB=-0.0295852;REVB=-0.0553628;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740872;STB=0.536523;STBP=0.759;TYPE=del;VARB=0.0214433;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:31:12:30:18:8:4:11:7:74:16:8:5:11:5 chr5 140242479 . T A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00575451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.098;QD=15.1962;RBI=0.033228;REFB=-0.00730477;REVB=-0.0327259;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118338;STB=0.568107;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00967593;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:16:10:9:9:16:10 chr5 140250252 . T C 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00632553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.388;QD=20.7684;RBI=0.00723088;REFB=-0.0282557;REVB=0.00350334;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216722;STB=0.620601;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0315969;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:16:8:16:11:16:8 chr5 140263290 . T G 258.17 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00196183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.442;QD=16.1356;RBI=0.0569497;REFB=-0.0310949;REVB=-0.0569159;RO=35;SAF=21;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168403;STB=0.595492;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0381953;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:8:21:20:15:8:21:20:15 chr5 140307284 . G A 1044.17 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2646;QD=59.6667;RBI=0.029061;REFB=0;REVB=0.00442081;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46058e-05;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:26:43:0:0:27:43:0:0 chr5 140307746 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184299;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.335;QD=60.2307;RBI=0.0262765;REFB=0;REVB=-0.0187295;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27528e-07;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr5 140307969 . C G 912.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2123;QD=57.962;RBI=0.0789897;REFB=0;REVB=-0.0488615;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173757;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr5 140309016 . C T 1195.23 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.257;QD=59.7615;RBI=0.0237397;REFB=0;REVB=-0.00941978;RO=0;SAF=22;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443764;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:0:0:78:80:1:56:22:0:0:56:24:0:0 chr5 140309124 . G A 330.38 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.129471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1265;QD=50.8273;RBI=0.137371;REFB=-0.0854231;REVB=-0.0459136;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000212525;OID=.;OPOS=140309124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr5 140346468 . T A 741.77 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0517835;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.66;QD=54.9456;RBI=0.0752099;REFB=-0.0601372;REVB=0.0545435;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000710482;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:52:53:0.981481:29:23:0:0:30:23:0:1 chr5 140346712 . T C 1634.96 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0090634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1831;QD=57.8746;RBI=0.015999;REFB=-0.110277;REVB=-0.0131842;RO=1;SAF=64;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736083;STB=0.501387;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00194972;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:1:2:111:111:0.982301:47:64:1:0:47:64:1:1 chr5 140347053 . C T 409.64 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00520996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1357;QD=51.2046;RBI=0.0425214;REFB=-0.0905203;REVB=0.042201;RO=2;SAF=12;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715384;STB=0.538436;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00880833;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:18:12:2:0:18:12:2:0 chr5 140475980 . G A 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0742817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.441;QD=12.7784;RBI=0.0756642;REFB=-0.0275114;REVB=-0.0143978;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206149;STB=0.619359;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0348537;OID=.;OPOS=140475980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:2:12:7:3:2:12 chr5 140482483 . G A 309.01 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754031;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5013;QD=53.7408;RBI=0.0223882;REFB=0;REVB=0.0210802;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201595;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr5 140502177 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0113069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.636;QD=16.1722;RBI=0.0296982;REFB=-0.00721066;REVB=-0.0274615;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243716;STB=0.638729;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00705828;OID=.;OPOS=140502177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:15:5:8:8:15:5 chr5 140517044 . C A 54.42 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0288635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.297;QD=9.89514;RBI=0.0397688;REFB=-0.0226353;REVB=-0.027358;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554657;STB=0.829762;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0303217;OID=.;OPOS=140517044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:22:22:12:13:7:7:0.318182:1:6:4:8:1:6:5:8 chr5 140517174 . T C 153.47 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.258;QD=43.8492;RBI=0.0473133;REFB=0;REVB=0.0340877;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976481;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr5 140530529 . G A 260.29 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=6.25414e-05;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.33;QD=30.6225;RBI=0.00981185;REFB=0.0173428;REVB=0.00981165;RO=11;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139706;STB=0.507686;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00722971;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:11:11:23:23:0.676471:11:12:6:5:11:12:6:5 chr5 140531175 . T C 631.88 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3362;QD=61.6467;RBI=0.100765;REFB=0;REVB=-0.00334031;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159019;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:34:41:1:28:6:0:0:28:13:0:0 chr5 140532420 . C G 55.62 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00282759;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.393;QD=8.8994;RBI=0.00379529;REFB=-0.0012971;REVB=-0.00253159;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292508;STB=0.679182;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0059302;OID=.;OPOS=140532420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:11:6:5:3:11:6 chr5 140532871 . T A 219.16 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0721502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7343;QD=17.5326;RBI=0.0962671;REFB=-0.0634978;REVB=-0.0637315;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023807;STB=0.525524;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0804352;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:28:21:22:0.44:10:11:14:14:10:12:14:14 chr5 140553581 . G C 600.18 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00627871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.345;QD=26.0947;RBI=0.00818371;REFB=-0.0396693;REVB=-0.0052489;RO=38;SAF=20;SAR=34;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218556;STB=0.619389;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0278355;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:34:20:25:13:34:20:25:13 chr5 140554006 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00413423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.846;QD=10.0339;RBI=0.00608475;REFB=-0.0324961;REVB=0.00446457;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0457763;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:3:4:3:2:3:4 chr5 140554481 . G T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.112078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9588;QD=11.1976;RBI=0.118307;REFB=0.0167317;REVB=0.037882;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287461;STB=0.67534;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0151114;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:8:14:10:2:8:14 chr5 140554606 . T C 147.63 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0738215;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9531;QD=7.76974;RBI=0.0793128;REFB=-0.00908833;REVB=-0.0289982;RO=52;SAF=11;SAR=10;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405629;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0109555;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:52:55:21:21:0.276316:10:11:29:23:10:11:29:26 chr5 140554808 . T A 275.05 PASS AF=0.266234;AO=38;DP=150;FAO=41;FDP=154;FR=.;FRO=113;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.00428736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7219;QD=7.14418;RBI=0.010144;REFB=-0.00865468;REVB=-0.00919339;RO=107;SAF=22;SAR=16;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149055;STB=0.543017;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0316147;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:107:113:38:41:0.266234:16:22:49:58:19:22:54:59 chr5 140559596 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.031;QD=51.1846;RBI=0.0578628;REFB=0;REVB=0.04957;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330022;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr5 140563574 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.137;QD=18.8866;RBI=0.00749729;REFB=0.0159112;REVB=0.00749729;RO=5;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00472229;OID=.;OPOS=140563574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:8:0:0:5:8:0:0:5 chr5 140563579 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.331;QD=14.0438;RBI=0.0532818;REFB=0.0293609;REVB=0.0532818;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0036787;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr5 140564048 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0783826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5184;QD=16.1989;RBI=0.0935715;REFB=-0.00362895;REVB=0.0511057;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496916;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0150935;OID=.;OPOS=140564048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:0:3:1:4:0:3 chr5 140564263 . C T 115.06 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00262809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.892;QD=19.1768;RBI=0.0173186;REFB=-0.0163061;REVB=-0.0171181;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134014;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:5:6:7:6:5:6 chr5 140564941 . A G 115.72 PASS AF=0.5;AO=10;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0252553;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3188;QD=17.803;RBI=0.0294852;REFB=-0.00900157;REVB=-0.0152167;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319145;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00362202;OID=.;OPOS=140564941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:10:13:10:13:0.5:1:9:7:3:4:9:7:6 chr5 140567264 . G T 223.62 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0274865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.432;QD=19.4454;RBI=0.0281301;REFB=-0.0117285;REVB=-0.00598309;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251855;STB=0.642724;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0171457;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:15:7:14:10:15:7:14:10 chr5 140567445 . A G 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00279024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.166;QD=36.4672;RBI=0.0157352;REFB=0.0433829;REVB=0.0154859;RO=6;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309247;STB=0.516877;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0131894;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:13:9:2:4:13:9:2:4 chr5 140567608 . C T 149.32 PASS AF=0.346939;AO=13;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.242134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3009;QD=12.1892;RBI=0.242215;REFB=-0.0120746;REVB=-0.00624705;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149372;STB=0.599886;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.016593;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:32:13:17:0.346939:8:5:12:11:9:8:20:12 chr5 140568026 . T C 172.98 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00993605;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.234;QD=11.1597;RBI=0.0536178;REFB=-0.014933;REVB=0.0526891;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988942;STB=0.564458;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0277971;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:11:11:16:23:11:11:16:24 chr5 140568034 . C CA 636.34 PASS AF=1;AO=53;DP=63;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.8338;QD=42.4224;RBI=0.155094;REFB=0;REVB=-0.15394;RO=5;SAF=24;SAR=29;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000307001;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:63:60:60:0:26:34:0:0:12:5:24:29:3:2 chr5 140572668 . C T 296.89 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0506685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9399;QD=23.7514;RBI=0.0537402;REFB=-0.0174852;REVB=0.0179083;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817789;STB=0.545421;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0225892;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:8:15:15:12:8:15 chr5 140572899 . G T 120.47 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0201784;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6032;QD=13.3854;RBI=0.0310205;REFB=0.00237285;REVB=0.0235607;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948902;STB=0.555477;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00312757;OID=.;OPOS=140572899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:9:13:7:7:9:13 chr5 140573439 . G C 255.04 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0655532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9438;QD=22.1776;RBI=0.065569;REFB=0.0233375;REVB=-0.00144206;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743882;STB=0.541632;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0237195;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:12:10:13:11:12:10 chr5 140573442 . C G 213.16 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000760601;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.387;QD=19.8286;RBI=0.01746;REFB=-0.0232838;REVB=0.0174435;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146473;STB=0.582703;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0206663;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:13:9:12:9:13:9 chr5 140575211 . G T 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00558672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.191;QD=21.2677;RBI=0.0177478;REFB=-0.0051452;REVB=0.0168455;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006993;STB=0.513292;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00607391;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:8:9:7:6:8:9:7:7 chr5 140580493 . T A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0141652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.627;QD=15.3789;RBI=0.0334885;REFB=-0.00637975;REVB=-0.0303451;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225663;STB=0.631355;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00821697;OID=.;OPOS=140580493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:6:8:4:8:6:8 chr5 140580931 . C G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0476392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.594;QD=23.8206;RBI=0.0481702;REFB=-0.00909164;REVB=-0.00713267;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130074;STB=0.507036;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00285012;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:12:10:7:9:12:10:8:9 chr5 140581363 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8815;QD=39.2065;RBI=0.086164;REFB=0;REVB=0.0856241;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437122;OID=.;OPOS=140581363;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr5 140581510 . G T 183.7 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0117297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.651;QD=17.9214;RBI=0.0181561;REFB=-0.0237427;REVB=-0.0138585;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612775;STB=0.534847;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0393628;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:9:13:10:9:9:13 chr5 140594442 . A G 73.93 PASS AF=0.124088;AO=17;DP=137;FAO=17;FDP=137;FR=.;FRO=120;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.0012826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.625;QD=2.15853;RBI=0.00202456;REFB=-0.00406241;REVB=0.00156645;RO=118;SAF=6;SAR=11;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14368;STB=0.602351;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0224204;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:137:137:118:120:17:17:0.124088:11:6:55:63:11:6:56:64 chr5 140594466 . GG AA 53.87 PASS AF=0.103704;AO=14;DP=135;FAO=14;FDP=135;FR=.;FRO=121;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=0.0172153;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.728;QD=1.59618;RBI=0.0174354;REFB=0.000563873;REVB=0.00276168;RO=120;SAF=3;SAR=11;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285298;STB=0.721816;STBP=0.11;TYPE=mnp;VARB=-0.00311202;OID=.;OPOS=140594466;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:135:135:120:121:14:14:0.103704:11:3:52:68:11:3:53:68 chr5 140594470 . G A 54.95 PASS AF=0.10687;AO=14;DP=129;FAO=14;FDP=131;FR=.;FRO=117;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.00529277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7921;QD=1.67801;RBI=0.0193301;REFB=0.00949804;REVB=0.0185913;RO=115;SAF=3;SAR=11;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297976;STB=0.732107;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0190584;OID=.;OPOS=140594470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:129:131:115:117:14:14:0.10687:11:3:51:64:11:3:53:64 chr5 140626627 . GG AC,AG 122.12 PASS AF=0,0.608696;AO=2,11;DP=22;FAO=0,14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=0,6;FSAR=0,8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0593033,-0.0248135;FXX=0.0416493;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=143.253,118.594;QD=21.2385;RBI=0.0599574,0.0312121;REFB=-0.0466594,-0.041122;REVB=-0.00883196,0.0189338;RO=7;SAF=0,6;SAR=2,5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.577625,0.0795615;STB=0.5,0.538407;STBP=1,0.657;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0372285;OID=.,.;OPOS=140626627,140626627;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:22:23:7:9:2,11:0,14:0,0.608696:2,5:0,6:3:4:0,8:0,6:3:6 chr5 140683265 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0249238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.901;QD=16.0426;RBI=0.0280751;REFB=-0.0150857;REVB=-0.0129234;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157432;STB=0.59081;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0200747;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:12:14:13:6:12:14 chr5 140710705 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.005603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.932;QD=10.1696;RBI=0.0119247;REFB=-0.0117817;REVB=-0.0105263;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.563101;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0284856;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:12:10:4:7:12:10 chr5 140720516 . C G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0114127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.789;QD=22.6785;RBI=0.0159399;REFB=-0.0248247;REVB=0.011128;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11821;STB=0.567431;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0121372;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:3:2:6:4:3:2 chr5 140725828 . C T 227.54 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.067094;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0642;QD=27.5808;RBI=0.074002;REFB=-0.0234793;REVB=0.0312201;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156396;STB=0.508662;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0306498;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:6:6:11:10:6:6 chr5 140739779 . C G 438.38 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0140096;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.791;QD=14.2563;RBI=0.0191516;REFB=-0.0104229;REVB=-0.0130582;RO=72;SAF=31;SAR=19;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995421;STB=0.560779;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0139428;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:72:73:50:50:0.406504:19:31:38:34:19:31:38:35 chr5 140750044 . T C 3085.11 PASS AF=0.980769;AO=204;DP=208;FAO=204;FDP=208;FR=.;FRO=4;FSAF=108;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0466579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.669;QD=59.3291;RBI=0.0496469;REFB=-0.10454;REVB=0.0169661;RO=1;SAF=108;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439022;STB=0.504259;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.000661636;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:208:208:1:4:204:204:0.980769:96:108:1:0:96:108:3:1 chr5 140751128 . C G 86.63 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0272979;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2298;QD=11.5509;RBI=0.074469;REFB=-0.0220462;REVB=-0.0692853;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284072;STB=0.670643;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00864915;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:10:9:8:3:10:9 chr5 140763029 . A G 184.8 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0297839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7388;QD=18.4798;RBI=0.0327882;REFB=0.0112718;REVB=0.0137108;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223922;STB=0.626813;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0129252;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:7:14:8:11:7:14 chr5 140763100 . C T 161.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0673215;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3329;QD=17.9524;RBI=0.0776698;REFB=-0.0210874;REVB=0.0387352;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144153;STB=0.594481;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0348725;OID=.;OPOS=140763100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:19:17:17:0.472222:11:6:10:10:11:6:10:9 chr5 140773388 . G T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0183418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.337;QD=12.5794;RBI=0.0247235;REFB=0.0036205;REVB=-0.016578;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224222;STB=0.629494;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00750268;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:7:24:10:7:7:24 chr5 140774288 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.906;QD=49.5992;RBI=0.0260742;REFB=0;REVB=0.0240152;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219262;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr5 140778255 . T TA 88.5 PASS AF=0.7;AO=2;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0443648;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.2635;QD=17.6991;RBI=0.217136;REFB=-0.0534175;REVB=-0.212555;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0241002;OID=.;OPOS=140778256;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:2:20:14:20:6:7:7:3:3:38:18:1:1:10:8 chr5 140778256 . G A 149.15 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00934578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.785;QD=28.4095;RBI=0.12153;REFB=-0.0033942;REVB=-0.12117;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017146;STB=0.509541;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00078461;OID=.;OPOS=140778256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:3:3:7:8:3:3 chr5 140783596 . C T 310.61 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0220145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.898;QD=16.3477;RBI=0.0271921;REFB=-0.0213726;REVB=-0.0159615;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134842;STB=0.581491;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0292256;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:34:34:0.447368:16:18:16:25:16:18:16:26 chr5 140784055 . T C 227.23 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0115601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.066;QD=28.4037;RBI=0.0116489;REFB=-0.0258918;REVB=0.00143599;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139312;STB=0.507456;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.015201;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:10:11:21:21:0.65625:11:10:5:5:11:10:5:6 chr5 140784427 . T C 150.14 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00862322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2646;QD=20.0187;RBI=0.0283331;REFB=-0.0207374;REVB=0.026989;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235508;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0110874;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:14:15:16:0.533333:10:5:8:5:10:6:9:5 chr5 140788264 . C T 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.00434989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.26;QD=12.3929;RBI=0.0138078;REFB=-0.000265367;REVB=-0.0131048;RO=24;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495584;STB=0.529368;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000708409;OID=.;OPOS=140788264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:12:2:4:20:12:2:4:20 chr5 140789933 . G A 549.23 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00285346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.604;QD=29.2921;RBI=0.00898153;REFB=-0.00215185;REVB=0.0085162;RO=26;SAF=19;SAR=30;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489749;STB=0.526603;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00140887;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:30:19:12:14:30:19:12:14 chr5 140793007 . A G 626.99 PASS AF=0.581633;AO=55;DP=96;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0227421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.379;QD=25.5913;RBI=0.024299;REFB=-0.0242433;REVB=0.00855785;RO=41;SAF=22;SAR=33;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07025;STB=0.544026;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0216036;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:41:41:55:57:0.581633:33:22:20:21:35:22:20:21 chr5 140797630 . G T 292.37 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0453456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.655;QD=11.4656;RBI=0.0465223;REFB=-0.0192998;REVB=0.010397;RO=66;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852597;STB=0.548993;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0351361;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:18:18:28:38:18:18:28:38 chr5 140801104 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0161074;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.983;QD=15.1665;RBI=0.0373216;REFB=0.000121116;REVB=0.0336668;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317787;STB=0.673227;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00010138;OID=.;OPOS=140801104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:11:4:11:8:11:4:11:9 chr5 140801298 . C A 471.08 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-2.33382e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4606;QD=23.554;RBI=0.0344047;REFB=-0.027143;REVB=0.0344047;RO=35;SAF=25;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123571;STB=0.567837;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0265266;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:20:25:14:21:20:25:14:21 chr5 140803241 . C A 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.000119777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8306;QD=15.2912;RBI=0.0556712;REFB=-0.00461442;REVB=0.055671;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00581207;OID=.;OPOS=140803241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:2:7:7:2:2:7 chr5 140807256 . A C 257.86 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00202815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.494;QD=18.4187;RBI=0.0151062;REFB=-0.0290907;REVB=-0.0149694;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978324;STB=0.554791;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0297404;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:11:17:14:14:11:17:14:14 chr5 140857798 . T C 144.86 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0304834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.503;QD=8.77936;RBI=0.0323113;REFB=-0.0054084;REVB=0.0107138;RO=45;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216282;STB=0.62179;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0100019;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:13:7:24:21:13:7:24:22 chr5 140858245 . C T 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.011455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.251;QD=21.5795;RBI=0.0140911;REFB=-0.0172438;REVB=-0.0082063;RO=42;SAF=23;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823679;STB=0.545435;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0177295;OID=.;OPOS=140858245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:23:23:17:25:23:23:17:25 chr5 140859053 . A T 207.23 PASS AF=0.410714;AO=17;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0442008;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1634;QD=14.8018;RBI=0.0697206;REFB=-0.0155886;REVB=0.0539189;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394812;STB=0.583261;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0592993;OID=.;OPOS=140859053;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:31:17:23:0.410714:13:4:18:13:13:10:18:13 chr5 141014494 . T C 614.84 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00779854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.042;QD=18.7736;RBI=0.0205605;REFB=-0.0119446;REVB=-0.0190241;RO=67;SAF=29;SAR=34;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161848;STB=0.505359;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0136794;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:67:68:63:63:0.480916:34:29:32:35:34:29:32:36 chr5 141016288 . T G 741.59 PASS AF=0.652632;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=95;FR=.;FRO=33;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0172227;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.063;QD=31.225;RBI=0.0270457;REFB=-0.0320635;REVB=0.020853;RO=32;SAF=41;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148694;STB=0.576191;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0145429;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:32:33:62:62:0.652632:21:41:14:18:21:41:15:18 chr5 141019110 . C A 164.24 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00644308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6819;QD=13.6865;RBI=0.0266771;REFB=-0.0132563;REVB=0.0258874;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200646;STB=0.616313;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0197498;OID=.;OPOS=141019110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:11:19:8:10:11:19 chr5 141019569 . G C 47.13 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0318087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.267;QD=11.0904;RBI=0.0338259;REFB=-0.00671172;REVB=0.0115064;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.635955;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0263965;OID=.;OPOS=141019569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:5:5:5:2:5:5 chr5 141019830 . C G 201.79 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0469168;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.507;QD=27.8325;RBI=0.0469193;REFB=0.00485633;REVB=-0.00048442;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166367;STB=0.611398;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.004664;OID=.;OPOS=141019830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:11:10:19:19:0.655172:9:10:3:8:9:10:2:8 chr5 141029072 . G A 216.91 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0145371;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9746;QD=21.6912;RBI=0.0452272;REFB=-0.0428924;REVB=0.0428273;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.526291;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0403856;OID=.;OPOS=141029072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:19:21:21:0.525:11:10:9:11:11:10:8:11 chr5 141036318 . CTTTTTTC CTTTTTC,CTTTTTCA,CTTTTTCG,CTTTTTGC 102.68 PASS AF=0.326531,0.102041,0,0;AO=11,4,3,2;DP=50;FAO=16,5,0,0;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6,0,0,0;FSAR=10,5,0,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0181587,0.0486828,-0.0184638,-0.0805705;FXX=0.019996;HRUN=6,6,6,6;LEN=1,2,2,1;MLLD=11.1459,24.2755,43.1952,133.073;QD=8.38174;RBI=0.103425,0.104638,0.048857,0.0811751;REFB=-0.0864109,-0.0600893,-0.0215293,0.00142944;REVB=0.101819,0.0926234,-0.0452338,0.00988923;RO=22;SAF=5,0,0,2;SAR=6,4,3,0;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.311828,0,0,0;SSSB=-0.100164,-0.655238,-0.602032,0.47972;STB=0.645887,0.998065,0.5,0.5;STBP=0.176,0.008,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,snp;VARB=0.12259,0.0594503,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=141036319,141036324,141036324,141036324;OREF=T,TC,TC,T;OALT=-,CA,CG,G;OMAPALT=CTTTTTC,CTTTTTCA,CTTTTTCG,CTTTTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531,0.102041,0,0:11,4,3,2:50:16,5,0,0:49:28:6,0,0,0:10,5,0,0:17:11:71:22:5,0,0,2:6,4,3,0:12:10 chr5 141036337 . A G 250.6 PASS AF=0.52;AO=20;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.133421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.0154;QD=20.048;RBI=0.143548;REFB=-0.0855328;REVB=-0.052961;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159398;STB=0.678423;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0751072;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:17:23:20:26:0.52:15:5:7:10:20:6:13:10 chr5 141059158 . CG GC,GG 64.98 PASS AF=0,0.207547;AO=8,8;DP=50;FAO=0,11;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=0,7;FSAR=0,4;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.0351564,0.0268533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=85.4163,126.406;QD=4.9039;RBI=0.253689,0.0402071;REFB=-0.0207159,-3.83937e-05;REVB=-0.251241,-0.0299251;RO=22;SAF=0,4;SAR=8,4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.708853,0.213535;STB=0.5,0.80144;STBP=1,0.063;TYPE=mnp,snp;VARB=0.196229,0.0305455;OID=.,.;OPOS=141059158,141059158;OREF=CG,C;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:50:53:22:42:8,8:0,11:0,0.207547:8,4:0,4:7:15:0,4:0,7:9:33 chr5 141059868 . T C 180.12 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00848436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.451;QD=24.0155;RBI=0.00921214;REFB=-0.0350079;REVB=0.00358875;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115872;STB=0.555494;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0347221;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:11:12:17:18:0.6:9:8:7:4:10:8:7:5 chr5 141243646 . A G 656.78 PASS AF=0.441718;AO=72;DP=163;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.0158919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.937;QD=16.1172;RBI=0.0171688;REFB=-0.00927337;REVB=-0.0064973;RO=89;SAF=29;SAR=43;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18009;STB=0.600142;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0115354;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:89:91:72:72:0.441718:43:29:52:37:43:29:53:38 chr5 141309630 . T C 80.75 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0443166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6299;QD=3.40009;RBI=0.0447972;REFB=-0.00239621;REVB=0.00654485;RO=78;SAF=13;SAR=2;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483823;STB=0.836939;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0130131;OID=.;OPOS=141309630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:95:95:78:80:15:15:0.157895:2:13:40:38:2:13:40:40 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 282.25 PASS AF=0.735849,0.113208;AO=22,12;DP=105;FAO=78,12;FDP=106;FR=.;FRO=16;FSAF=70,12;FSAR=8,0;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0118039,-0.00679407;FXX=0.0275204;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=63.143,159.488;QD=10.6507;RBI=0.0118767,0.00742593;REFB=-0.105701,-0.0266862;REVB=-0.00131317,-0.00299752;RO=58;SAF=14,12;SAR=8,0;SRF=58;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.617021,0;STB=0.536949,0.998505;STBP=0.272,0.066;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0156452,0.0587126;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:58:16:22,12:78,12:0.735849,0.113208:8,0:14,12:58:0:8,0:70,12:13:3 chr5 141325249 . T C 2139.99 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.022;QD=62.4814;RBI=0.0377375;REFB=0;REVB=0.0283566;RO=0;SAF=46;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51743e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:133:137:1:87:46:0:0:90:47:0:0 chr5 141334921 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0203612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4874;QD=13.4555;RBI=0.0204359;REFB=0.00170055;REVB=0.00174666;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467471;STB=0.764736;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00308234;OID=.;OPOS=141334921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:14:1:6:5:14:1 chr5 141335241 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.816;QD=58.142;RBI=0.0219087;REFB=0;REVB=0.0138142;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.23277e-06;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr5 141335284 . G A 686.49 PASS AF=0.92;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0152295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8392;QD=54.9191;RBI=0.0564864;REFB=-0.0380578;REVB=0.0543947;RO=4;SAF=30;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283782;STB=0.513302;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0295578;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:50:4:4:45:46:0.92:15:30:2:2:16:30:2:2 chr5 141336264 . G T 776.52 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.338;QD=63.389;RBI=0.0406327;REFB=0;REVB=-0.01338;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107652;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:11:36:0:0:13:36:0:0 chr5 141337126 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1242;QD=62.0188;RBI=0.121354;REFB=0;REVB=0.0114385;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108488;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr5 141337225 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0186;QD=49.5991;RBI=0.0433558;REFB=0;REVB=0.0426259;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615546;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr5 141391532 . G A 475.52 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0324165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6686;QD=17.7766;RBI=0.0386381;REFB=0.00289697;REVB=0.0210255;RO=56;SAF=19;SAR=31;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306752;STB=0.521124;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00248069;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:56:56:50:51:0.476636:31:19:23:33:32:19:23:33 chr5 141531735 . C T 745.64 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.107;QD=63.4585;RBI=0.0322736;REFB=0;REVB=0.0100852;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39794e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:33:12:0:0:33:14:0:0 chr5 141692505 . TG T 31.85 PASS AF=0.290323;AO=7;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0222011;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.3688;QD=4.10973;RBI=0.116177;REFB=-0.0371831;REVB=-0.114037;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294231;STB=0.696615;STBP=0.261;TYPE=del;VARB=0.0445245;OID=.;OPOS=141692506;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:7:32:9:31:22:4:5:4:18:31:20:3:4:4:16 chr5 141973349 . C G 388.63 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00321072;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.096;QD=18.2884;RBI=0.0136424;REFB=-0.0302318;REVB=0.0132592;RO=42;SAF=10;SAR=30;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426733;STB=0.511622;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0676092;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:42:45:40:40:0.470588:30:10:12:30:30:10:12:33 chr5 141973501 . T C 361.99 PASS AF=0.513889;AO=34;DP=69;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00809217;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.408;QD=20.1106;RBI=0.021058;REFB=-0.00616741;REVB=0.0194411;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160903;STB=0.611619;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00744254;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:32:35:34:37:0.513889:22:12:17:15:25:12:19:16 chr5 141974653 . T G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00995546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.51;QD=17.064;RBI=0.0352152;REFB=0.00984827;REVB=-0.0337787;RO=31;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204994;STB=0.615117;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0104486;OID=.;OPOS=141974653;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:17:11:19:12:17:11:19:12 chr5 142254679 . A G 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.512;QD=58.9581;RBI=0.0177701;REFB=0;REVB=0.0037665;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62029e-05;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr5 142421415 . T G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.024122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.628;QD=15.0642;RBI=0.024318;REFB=-0.00573124;REVB=0.00308079;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140908;STB=0.587125;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00845083;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:12:15:14:20:12:15:14:21 chr5 142593652 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.569;QD=62.3499;RBI=0.0229837;REFB=0;REVB=0.0127122;RO=0;SAF=34;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40259e-05;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:9:34:0:0:9:34:0:0 chr5 142602991 . A G 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00959452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3642;QD=19.9048;RBI=0.0130016;REFB=-0.0387314;REVB=0.00877424;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642943;STB=0.526298;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0202007;OID=.;OPOS=142602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:15:15:11:15:15:15:12:15 chr5 142661538 . G A 480.21 PASS AF=0.424;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00166661;FXX=0.0234357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.983;QD=15.3667;RBI=0.0173125;REFB=-0.00333477;REVB=0.0172321;RO=69;SAF=16;SAR=36;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229222;STB=0.63747;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00693356;OID=.;OPOS=142661538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:69:72:52:53:0.424:36:16:36:33:37:16:38:34 chr5 142693676 . T C 923.62 PASS AF=0.727273;AO=72;DP=99;FAO=72;FDP=99;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00900575;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.351;QD=37.318;RBI=0.015971;REFB=-0.0274469;REVB=0.0131897;RO=26;SAF=31;SAR=41;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232486;STB=0.506447;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00583668;OID=.;OPOS=142693676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:26:27:72:72:0.727273:41:31:10:16:41:31:11:16 chr5 142779508 . T C 287.36 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00761461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.434;QD=13.5227;RBI=0.0234606;REFB=-0.00406139;REVB=0.0221905;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00383;STB=0.507555;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0059398;OID=.;OPOS=142779508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:15:18:28:23:15:18:29:23 chr5 143059433 . T C 96.27 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0122182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4106;QD=13.2784;RBI=0.0270324;REFB=-0.0256519;REVB=-0.0241136;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.538858;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0686173;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:29:16:17:12:12:0.413793:7:5:5:11:7:5:6:11 chr5 143200053 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.036;QD=58.142;RBI=0.0435696;REFB=0;REVB=-0.0361575;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046125;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr5 143853525 . AGC AGCA,CAA 76.32 PASS AF=0.291667,0;AO=9,2;DP=48;FAO=14,0;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0142829,-0.0103602;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=16.1859,168.973;QD=6.3597;RBI=0.0380834,0.052613;REFB=0.00446,0.0016293;REVB=-0.0353036,-0.0515829;RO=36;SAF=5,0;SAR=4,2;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.034012,-0.442867;STB=0.571327,0.5;STBP=0.579,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0517892,0;OID=.,.;OPOS=143853528,143853525;OREF=-,AGC;OALT=A,CAA;OMAPALT=AGCA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:48:48:36:34:9,2:14,0:0.291667,0:4,2:5,0:19:17:8,0:6,0:18:16 chr5 145246085 . T G 490.28 PASS AF=0.427481;AO=52;DP=129;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0594966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.435;QD=14.9703;RBI=0.0597315;REFB=-0.00720255;REVB=0.00529201;RO=75;SAF=29;SAR=23;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245265;STB=0.521708;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00983904;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:75:75:52:56:0.427481:23:29:42:33:26:30:43:32 chr5 145393364 . C T 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00249836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.177;QD=13.416;RBI=0.0216173;REFB=-0.00326607;REVB=0.0214725;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149005;STB=0.578249;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0143296;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:9:16:18:18:9:16:19:18 chr5 145439647 . T C 1112.1 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.821;QD=60.1135;RBI=0.0059678;REFB=0;REVB=-0.00378116;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22963e-06;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:47:26:0:0:47:27:0:0 chr5 145442203 . G C 211.14 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0563212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3923;QD=14.3146;RBI=0.0574661;REFB=-0.0135803;REVB=0.0114137;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207623;STB=0.625958;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.021004;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:24:25:0.423729:16:8:18:16:17:8:18:16 chr5 145477855 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00454323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.898;QD=10.4293;RBI=0.0057613;REFB=-0.0125033;REVB=0.00354283;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193054;STB=0.615223;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0210875;OID=.;OPOS=145477855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:8:6:18:12:8:6:18:12 chr5 145483844 . A T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.018302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.294;QD=14.8514;RBI=0.019368;REFB=-0.0158056;REVB=0.0063369;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949934;STB=0.505489;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0198436;OID=.;OPOS=145483844;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:14:15:10:9:14:15 chr5 145499996 . C T 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.023205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.89;QD=13.9987;RBI=0.055804;REFB=0.00576667;REVB=-0.0507505;RO=56;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130554;STB=0.507431;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00872627;OID=.;OPOS=145499996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:21:15:24:32:21:15:24:32 chr5 145508340 . A G 298.63 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00483496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.809;QD=13.73;RBI=0.00659073;REFB=-0.000439576;REVB=0.00447893;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209588;STB=0.505744;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.000645567;OID=.;OPOS=145508340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:53:34:34:0.390805:17:17:24:26:17:17:27:26 chr5 145508636 . TA CC 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0139226;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=103.264;QD=9.62233;RBI=0.0192181;REFB=-0.0103546;REVB=-0.0132476;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153947;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0285514;OID=.;OPOS=145508636;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:9:10:20:19:9:10:21:19 chr5 145519821 . G A 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0197969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.951;QD=21.5092;RBI=0.0198803;REFB=-0.0292041;REVB=0.00181879;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327974;STB=0.518377;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.023568;OID=.;OPOS=145519821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:4:15:16:5:4:15 chr5 145523105 . G A 118.57 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0168423;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4316;QD=19.7623;RBI=0.0930002;REFB=0.0141533;REVB=-0.0914624;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136262;STB=0.578384;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00669378;OID=.;OPOS=145523105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:7:4:3:10:7:4 chr5 145539996 . T G 160.82 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0538962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6494;QD=22.9745;RBI=0.0566795;REFB=-0.0308662;REVB=0.0175435;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06032;STB=0.54255;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0142409;OID=.;OPOS=145539996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:11:11:16:17:0.607143:10:6:5:6:11:6:5:6 chr5 145543972 . G A 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00654062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.29;QD=25.3677;RBI=0.0465538;REFB=0.000559457;REVB=-0.046092;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189396;STB=0.605378;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000381728;OID=.;OPOS=145543972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:8:13:5:9:8:13:5:9 chr5 145890028 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.097;QD=59.0184;RBI=0.0223319;REFB=0;REVB=0.0157149;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117416;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr5 145894896 . G C 370.3 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00115293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.657;QD=36.1269;RBI=0.00117412;REFB=-0.0668838;REVB=-0.000222037;RO=11;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060048;STB=0.503266;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0203301;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:16:14:5:6:16:14:5:6 chr5 145895246 . G A 220.54 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00069145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6322;QD=14.2281;RBI=0.0201316;REFB=0.00980163;REVB=0.0201197;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232886;STB=0.623379;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.012615;OID=.;OPOS=145895246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:11:15:12:23:11:15:13:23 chr5 145935658 . G A 1845.84 PASS AF=1;AO=120;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115081;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.387;QD=60.0275;RBI=0.0196917;REFB=-0.0209124;REVB=0.0159789;RO=1;SAF=44;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325786;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:124:123:1:0:120:123:1:76:44:0:1:79:44:0:0 chr5 146092291 . C G 141.44 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0242894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.773;QD=9.58904;RBI=0.0244246;REFB=0.00238533;REVB=-0.00256649;RO=40;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383523;STB=0.522703;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00584696;OID=.;OPOS=146092291;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:12:7:16:24:12:7:16:24 chr5 146435307 . C T 218.9 PASS AF=0.5;AO=18;DP=41;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0119518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.727;QD=19.0346;RBI=0.0182157;REFB=-0.0213201;REVB=0.0137466;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187675;STB=0.609852;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0209451;OID=.;OPOS=146435307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:46:23:23:18:23:0.5:10:8:6:17:12:11:6:17 chr5 147012303 . T C 352.33 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0412519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6548;QD=18.3029;RBI=0.0584742;REFB=0.0034205;REVB=0.0414429;RO=41;SAF=12;SAR=24;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108202;STB=0.540924;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00233457;OID=.;OPOS=147012303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:40:36:37:0.480519:24:12:18:23:24:13:17:23 chr5 147286054 . G A 873.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073559;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.513;QD=58.2267;RBI=0.0163153;REFB=0;REVB=0.0145629;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150961;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:61:60:1:44:17:0:0:44:16:0:0 chr5 147468614 . A G 1340.7 PASS AF=0.928571;AO=90;DP=98;FAO=91;FDP=98;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0185576;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8178;QD=54.7224;RBI=0.0199486;REFB=-0.0195797;REVB=-0.00731863;RO=7;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760383;STB=0.539317;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0137138;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:98:98:7:7:90:91:0.928571:40:50:0:7:41:50:0:7 chr5 147475386 . A G 956.73 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855052;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.895;QD=58.8755;RBI=0.0582431;REFB=0;REVB=0.0576121;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190972;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr5 147477551 . C T 1377.42 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.813;QD=62.61;RBI=0.00918062;REFB=0;REVB=0.00761475;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59979e-05;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr5 147480027 . G A 714.74 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228227;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6411;QD=57.179;RBI=0.0417128;REFB=0;REVB=0.0416504;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310031;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:36:13:0:0:36:14:0:0 chr5 147480112 . T C 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.792;QD=62.0067;RBI=0.00885255;REFB=0;REVB=0.000837141;RO=0;SAF=26;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04925e-05;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:58:26:0:0:58:26:0:0 chr5 147480955 . A G 419.58 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.8499;QD=54.1395;RBI=0.0616016;REFB=-0.118754;REVB=0.0518862;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.529392;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00279594;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:1:30:30:0.967742:22:8:1:0:22:8:1:0 chr5 147481430 . A G 944.81 PASS AF=0.92;AO=67;DP=73;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0168075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4246;QD=50.39;RBI=0.0885402;REFB=-0.0747424;REVB=0.0869303;RO=6;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422462;STB=0.522944;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00530735;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:73:75:6:6:67:69:0.92:38:29:1:5:38:31:1:5 chr5 147486677 . C A 1313.43 PASS AF=1;AO=77;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7103;QD=60.3876;RBI=0.0554671;REFB=0;REVB=0.0450332;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673667;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:77:87:1:34:43:0:0:44:43:0:0 chr5 147488367 . C T 636.3 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5379;QD=60.5999;RBI=0.068142;REFB=0;REVB=0.0338971;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126294;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr5 147498019 . G A 1944.32 PASS AF=0.984733;AO=127;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00559895;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.529;QD=59.3684;RBI=0.00560159;REFB=-0.202956;REVB=-0.00017209;RO=2;SAF=57;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152344;STB=0.500656;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000624005;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:131:2:2:127:129:0.984733:70:57:1:1:70:59:1:1 chr5 147499616 . C T 705.35 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.437;QD=62.698;RBI=0.0119319;REFB=0;REVB=0.0011027;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149092;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr5 147499670 . C T 714.95 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722343;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.126;QD=63.551;RBI=0.0147151;REFB=0;REVB=-0.0128202;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0008467;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr5 147505116 . G A 638.7 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0573142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9338;QD=59.414;RBI=0.0573724;REFB=-0.0618777;REVB=-0.00258311;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00665692;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr5 147510866 . T C 1481.01 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00775079;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.32;QD=61.0725;RBI=0.0694045;REFB=-0.0167665;REVB=0.0689704;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106543;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000331356;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:94:96:0.989691:50:44:1:0:51:45:1:0 chr5 147593497 . C A 1931.39 PASS AF=0.955556;AO=129;DP=135;FAO=129;FDP=135;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0125797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.02;QD=57.2262;RBI=0.0129806;REFB=-0.0237404;REVB=-0.00320116;RO=6;SAF=65;SAR=64;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013733;STB=0.507235;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000301388;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:135:135:6:6:129:129:0.955556:64:65:4:2:64:65:4:2 chr5 147692967 . G T 233.67 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0342217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.041;QD=24.5963;RBI=0.0532912;REFB=-0.00011905;REVB=-0.0408513;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283698;STB=0.50515;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00056382;OID=.;OPOS=147692967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:14:8:6:9:14:8:6:10 chr5 147778631 . A G 662.85 PASS AF=0.468966;AO=67;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0267593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6039;QD=18.2856;RBI=0.0295996;REFB=-0.0205274;REVB=-0.0126522;RO=72;SAF=26;SAR=41;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680245;STB=0.539811;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0244232;OID=.;OPOS=147778631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:77:67:68:0.468966:41:26:33:39:42:26:35:42 chr5 147822069 . A T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0230129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.842;QD=14.6506;RBI=0.026253;REFB=-0.00933331;REVB=-0.0126344;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565179;STB=0.503223;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0117;OID=.;OPOS=147822069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:15:16:12:11:15:16 chr5 147856333 . G A 248.4 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.011465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.242;QD=13.9943;RBI=0.0114709;REFB=-0.00369363;REVB=-0.000366424;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202127;STB=0.61988;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00423384;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:42:29:29:0.408451:17:12:24:15:17:12:26:16 chr5 148206440 . G A 280.83 PASS AF=0.625;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00533999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.503;QD=28.0827;RBI=0.00650775;REFB=-0.0303158;REVB=0.00371959;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.530097;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.017211;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:15:25:25:0.625:12:13:8:6:12:13:9:6 chr5 148206473 . G C 607.33 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00734747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.047;QD=51.6874;RBI=0.0682525;REFB=-0.0912963;REVB=0.0678558;RO=5;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113974;STB=0.560946;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00369096;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:5:5:42:42:0.893617:18:24:0:5:18:24:0:5 chr5 148206646 . G A 495.91 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0540673;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.283;QD=23.0654;RBI=0.05565;REFB=-0.00852223;REVB=0.0131777;RO=38;SAF=25;SAR=21;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206861;STB=0.612099;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0110913;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:39:46:47:0.546512:21:25:11:27:22:25:11:28 chr5 148206917 . C A 238.44 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00485192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.274;QD=14.6735;RBI=0.0239242;REFB=-0.00145252;REVB=0.023427;RO=31;SAF=20;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208791;STB=0.639706;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00131612;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:37:27:28:0.430769:7:20:17:14:8:20:18:19 chr5 148207447 . G C 369.97 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.00073119;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.926;QD=14.0941;RBI=0.00150661;REFB=-0.00715171;REVB=-0.00131729;RO=60;SAF=11;SAR=32;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365034;STB=0.537797;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0111907;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:60:62:43:43:0.409524:32:11:17:43:32:11:19:43 chr5 148207633 . G A 65.69 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0220171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.184;QD=11.4242;RBI=0.0237383;REFB=-0.0170588;REVB=-0.00887445;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547961;STB=0.83635;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0168821;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:6:8:1:8:6:8 chr5 148407708 . A C 536.97 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.07239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0308;QD=56.5233;RBI=0.0724622;REFB=-0.0529126;REVB=-0.00323478;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0039558;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:17:19:1:0:17:20:1:0 chr5 148610276 . C A 776.75 PASS AF=0.463277;AO=76;DP=171;FAO=82;FDP=177;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.000819476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.782;QD=17.5537;RBI=0.00372047;REFB=-0.0227426;REVB=-0.0036291;RO=92;SAF=32;SAR=44;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302485;STB=0.504503;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0224208;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:177:92:95:76:82:0.463277:44:32:36:56:49:33:39:56 chr5 148627252 . G A 299.79 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00765143;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.512;QD=18.737;RBI=0.0109506;REFB=0.00269885;REVB=-0.00783393;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922395;STB=0.551251;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00235468;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:32:32:32:0.5:20:12:9:23:20:12:9:23 chr5 148720087 . T G 232.03 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0602043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.113;QD=13.6489;RBI=0.0629381;REFB=-0.0196993;REVB=0.0183479;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799782;STB=0.553154;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0204256;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:40:27:28:0.411765:12:15:24:14:13:15:25:15 chr5 148989122 . C T 520.26 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.523;QD=59.4585;RBI=0.0723937;REFB=0;REVB=0.0333868;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179058;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:11:21:0:0:13:22:0:0 chr5 148996328 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.835;QD=49.5972;RBI=0.0337005;REFB=0;REVB=0.0023361;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283786;OID=.;OPOS=148996328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr5 148998582 . G A 342.13 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0224956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.539;QD=12.9106;RBI=0.022564;REFB=-0.00768289;REVB=-0.00175464;RO=64;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106012;STB=0.564588;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0144817;OID=.;OPOS=148998582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:65:41:41:0.386792:19:22:28:36:19:22:28:37 chr5 149001551 . A C 726.06 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247356;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.141;QD=56.9459;RBI=0.0263563;REFB=0;REVB=0.0090996;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123481;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr5 149008403 . A G 1059.04 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00288927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.549;QD=58.0298;RBI=0.0153115;REFB=-0.110861;REVB=0.0150365;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129566;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000219281;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:36:36:1:0:36:36:1:0 chr5 149008484 . G A 1342.65 PASS AF=0.91;AO=91;DP=100;FAO=91;FDP=100;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0223231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.791;QD=53.7058;RBI=0.022329;REFB=-0.0310166;REVB=0.000514366;RO=9;SAF=27;SAR=64;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114421;STB=0.560687;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000792152;OID=.;OPOS=149008484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:100:100:9:9:91:91:0.91:64:27:8:1:64:27:8:1 chr5 149008521 . A G 1085.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736282;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.553;QD=60.3029;RBI=0.0736449;REFB=0;REVB=-0.00157012;RO=0;SAF=18;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405466;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:54:18:0:0:54:18:0:0 chr5 149101810 . T C 377.35 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0217711;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.421;QD=12.7916;RBI=0.0217791;REFB=-0.00770472;REVB=-0.000590551;RO=72;SAF=17;SAR=28;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903068;STB=0.547709;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.012045;OID=.;OPOS=149101810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:72:73:45:45:0.381356:28:17:33:39:28:17:33:40 chr5 149151710 . T G 437.03 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00445213;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3763;QD=18.7971;RBI=0.0321913;REFB=-0.00360318;REVB=-0.0318819;RO=49;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181389;STB=0.516122;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0045874;OID=.;OPOS=149151710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:43:44:0.473118:22:21:23:26:22:22:23:26 chr5 149212430 . G A 422.33 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0123188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.982;QD=20.8559;RBI=0.0131463;REFB=-0.0198357;REVB=0.00459039;RO=37;SAF=12;SAR=30;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165494;STB=0.607789;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0181113;OID=.;OPOS=149212430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:37:39:42:42:0.518519:30:12:17:20:30:12:19:20 chr5 149216256 . C T 75.75 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0153899;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.212;QD=10.4477;RBI=0.047298;REFB=-0.0393975;REVB=0.0447242;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55415;STB=0.830552;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0691362;OID=.;OPOS=149216256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:14:5:8:2:14:5 chr5 149216304 . C T 74.56 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0311207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.451;QD=10.6509;RBI=0.0337947;REFB=-0.00941674;REVB=0.0131751;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663964;STB=0.8992;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0314228;OID=.;OPOS=149216304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:13:5:9:1:13:5 chr5 149360877 . T C 491.59 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.01344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4419;QD=51.7466;RBI=0.0135811;REFB=0.0148968;REVB=0.0019521;RO=3;SAF=12;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519485;STB=0.527853;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00242061;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:23:12:2:1:23:12:2:1 chr5 149374879 . CT C 374.27 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.9403;QD=46.7835;RBI=0.0671014;REFB=0;REVB=-0.0336784;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00370259;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:31:32:32:0:12:20:0:0:7:0:12:19:0:0 chr5 149374932 . T C 715.66 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033942;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.783;QD=57.2526;RBI=0.0372351;REFB=0;REVB=-0.01531;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28658e-05;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:33:16:0:0:33:17:0:0 chr5 149406271 . C T 658.3 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.483;QD=61.2374;RBI=0.0475334;REFB=0;REVB=0.04663;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333065;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr5 149433400 . G C,GC 147.53 PASS AF=0,0.457143;AO=2,12;DP=42;FAO=0,16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=0,5;FSAR=0,11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0188826,-0.0195202;FXX=0.124969;HRUN=8,0;LEN=1,1;MLLD=215.16,220.571;QD=16.8607;RBI=0.0333553,0.0373271;REFB=-0.0135666,-0.0146935;REVB=-0.0274959,-0.0318163;RO=27;SAF=2,5;SAR=0,7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.408918,-0.279931;STB=0.5,0.745477;STBP=1,0.031;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0309417;OID=.,.;OPOS=149433400,149433401;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:35:27:19:2,12:0,16:0,0.457143:0,7:2,5:18:9:0,11:0,5:15:4 chr5 149433401 . G C 33.02 PASS AF=0.136364;AO=5;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0130152;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=163.842;QD=3.00171;RBI=0.0171722;REFB=-0.00584093;REVB=0.0112021;RO=38;SAF=1;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490186;STB=0.877292;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0467286;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:44:38:38:5:6:0.136364:4:1:25:13:5:1:25:13 chr5 149450132 . T C 127.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0724363;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.179;QD=18.9409;RBI=0.0774921;REFB=-0.0160353;REVB=0.0275321;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121348;STB=0.568769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0131466;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:3:10:9:5:3:10 chr5 149493472 . C T 705.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.822;QD=62.7356;RBI=0.0099992;REFB=0;REVB=0.00281462;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38734e-05;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr5 149495050 . T C 2488.73 PASS AF=0.97093;AO=166;DP=172;FAO=167;FDP=172;FR=.;FRO=5;FSAF=81;FSAR=86;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00519442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.421;QD=57.8774;RBI=0.015547;REFB=-0.0254759;REVB=0.0146535;RO=5;SAF=81;SAR=85;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062327;STB=0.509158;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000470289;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:172:172:5:5:166:167:0.97093:85:81:3:2:86:81:4:1 chr5 149563715 . T C 676.75 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0873049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6953;QD=60.1553;RBI=0.087937;REFB=-0.00646236;REVB=-0.0105248;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00130369;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr5 149583300 . T C 296.25 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0208316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9247;QD=49.3751;RBI=0.0363686;REFB=-0.101378;REVB=-0.0298114;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00490104;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:15:8:0:0:15:8:0:1 chr5 149583336 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.875;QD=47.8223;RBI=0.0794521;REFB=0;REVB=0.00837782;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161544;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr5 149585025 . A C 909.15 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195198;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.937;QD=58.6547;RBI=0.0207954;REFB=0;REVB=0.00717101;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71537e-05;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr5 149597160 . A G 241.66 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0286528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9419;QD=21.9686;RBI=0.039159;REFB=0.0122429;REVB=0.0266916;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117904;STB=0.566312;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00980731;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:7:16:12:9:7:16:12:9 chr5 149602280 . T C 220.11 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0107947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.077;QD=15.1797;RBI=0.0179949;REFB=-0.0195889;REVB=-0.0143976;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187926;STB=0.588573;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0201407;OID=.;OPOS=149602280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:17:8:16:16:17:9:16:16 chr5 149602608 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0980192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.67;QD=56.7065;RBI=0.104065;REFB=0;REVB=0.0349534;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189169;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr5 149644597 . T G 1912.89 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.997;QD=61.7062;RBI=0.0216003;REFB=0;REVB=0.0197261;RO=0;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25795e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:70:53:0:0:71:53:0:0 chr5 149677851 . A G 1283.38 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.876;QD=61.8496;RBI=0.0268732;REFB=0;REVB=0.0258811;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65972e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:46:36:0:0:46:37:0:0 chr5 149754991 . C T 209.26 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0173977;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.43;QD=11.4662;RBI=0.0229499;REFB=-0.0171793;REVB=-0.0149672;RO=42;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195677;STB=0.6349;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0302781;OID=.;OPOS=149754991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:47:26:26:0.356164:9:17:20:22:9:17:21:26 chr5 149755421 . A G 202.96 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0421585;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.413;QD=20.8167;RBI=0.0424317;REFB=0.004405;REVB=-0.00480745;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660691;STB=0.537238;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00431164;OID=.;OPOS=149755421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:9:10:9:11:9:10 chr5 149755744 . G C 660.19 PASS AF=0.553719;AO=50;DP=106;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0191835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.823;QD=21.8245;RBI=0.0195756;REFB=-0.0243769;REVB=0.0038986;RO=43;SAF=19;SAR=31;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136289;STB=0.51159;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.018996;OID=.;OPOS=149755744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:121:43:54:50:67:0.553719:31:19:17:26:33:34:26:28 chr5 149759096 . T C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0387051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.022;QD=10.1419;RBI=0.0394064;REFB=-0.0236997;REVB=-0.00740106;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481035;STB=0.539841;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0251416;OID=.;OPOS=149759096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:5:7:15:9:5:7:16:9 chr5 149763305 . A G 527.29 PASS AF=0.519231;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0070905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.622;QD=20.2804;RBI=0.0073414;REFB=-0.02594;REVB=-0.00190285;RO=50;SAF=24;SAR=29;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119694;STB=0.561381;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0242213;OID=.;OPOS=149763305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:50:50:53:54:0.519231:29:24:16:34:30:24:16:34 chr5 149825158 . AG AC,GA 175.5 PASS AF=0.418605,0;AO=17,2;DP=43;FAO=18,0;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9,0;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0078634,-0.0730379;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=49.2067,24.5619;QD=16.3257;RBI=0.0851991,0.237541;REFB=-0.0757632,-0.0884746;REVB=-0.0848355,-0.226034;RO=14;SAF=9,1;SAR=8,1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210286,-0.322357;STB=0.560909,0.5;STBP=0.509,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0536952,0;OID=.,.;OPOS=149825159,149825158;OREF=G,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:23:17,2:18,0:0.418605,0:8,1:9,1:11:3:9,0:9,0:14:9 chr5 149932822 . C T 1463.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.248;QD=62.942;RBI=0.0590684;REFB=0;REVB=0.0482667;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9197e-05;OID=.;OPOS=149932822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:50:40:0:0:50:43:0:0 chr5 149998128 . G A 220.43 PASS AF=0.583333;AO=22;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0149367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.724;QD=24.4921;RBI=0.0360043;REFB=-0.014668;REVB=-0.0327597;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050059;STB=0.551402;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0187963;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:22:21:0.583333:11:11:6:8:10:11:6:9 chr5 150031709 . G C 201.75 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0186683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0473;QD=13.9136;RBI=0.0236966;REFB=-0.0220847;REVB=0.0145953;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235415;STB=0.632618;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0312378;OID=.;OPOS=150031709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:7:27:14:10:7:27 chr5 150051958 . T C 1950.06 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.267;QD=61.4194;RBI=0.0331055;REFB=0;REVB=0.0274648;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43213e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:127:0:0:122:127:1:68:54:0:0:71:56:0:0 chr5 150097883 . G C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0457983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.172;QD=22.5344;RBI=0.0466118;REFB=-0.0103775;REVB=0.00867055;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255609;STB=0.630926;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00551163;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:13:6:9:5:13:6:9:6 chr5 150158164 . C G 326.18 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00897686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.069;QD=20.0723;RBI=0.00941008;REFB=-0.00754393;REVB=-0.00282232;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525415;STB=0.510573;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00583965;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:31:34:34:0.523077:15:19:18:11:15:19:18:13 chr5 150158199 . C T 217.95 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0398795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3781;QD=15.5675;RBI=0.0471869;REFB=-0.0133697;REVB=0.0252235;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16114;STB=0.59992;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0125349;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:10:15:13:17:10:15:13:18 chr5 150158226 . A C 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0526377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.306;QD=12.9412;RBI=0.0533266;REFB=-0.0260368;REVB=0.00854416;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191897;STB=0.599867;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0420763;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:15:15:0.375:6:9:10:14:6:9:11:14 chr5 150227966 . C A 98.8 PASS AF=0.282609;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00619956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.931;QD=8.59144;RBI=0.0116584;REFB=-0.0126167;REVB=-0.00987337;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090061;STB=0.526986;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0364887;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:45:46:33:33:12:13:0.282609:6:6:14:19:7:6:14:19 chr5 150275787 . C T 161.8 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0247108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.219;QD=28.1384;RBI=0.0278445;REFB=-0.0514607;REVB=-0.0128333;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736045;STB=0.540932;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0266133;OID=.;OPOS=150275787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:4:3:9:7:4:3 chr5 150311773 . T C 391.18 PASS AF=0.476744;AO=38;DP=84;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.018926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.754;QD=18.1943;RBI=0.0228984;REFB=-0.0321099;REVB=0.0128896;RO=45;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969721;STB=0.506696;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0270481;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:45:38:41:0.476744:14:24:28:17:15:26:28:17 chr5 150407456 . T C 2702.89 PASS AF=0.983607;AO=173;DP=180;FAO=180;FDP=183;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00582912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.925;QD=59.0795;RBI=0.0580609;REFB=-0.0419115;REVB=0.0577676;RO=2;SAF=109;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146395;STB=0.51111;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000955769;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:180:183:2:3:173:180:0.983607:64:109:0:2:66:114:0:3 chr5 150409477 . T C 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00202589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.786;QD=19.3862;RBI=0.0113073;REFB=-0.00380866;REVB=0.0111244;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686426;STB=0.536524;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00507112;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:34:35:35:0.507246:18:17:13:19:18:17:14:20 chr5 150410219 . C A 193.71 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0180355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6191;QD=24.2136;RBI=0.0574777;REFB=0.034732;REVB=0.0545748;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102746;STB=0.557317;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0213039;OID=.;OPOS=150410219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:8:5:10:9:8:5 chr5 150562696 . CT C 57.3 PASS AF=0.36;AO=6;DP=22;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0350187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.561;QD=9.16767;RBI=0.0427309;REFB=-0.0307217;REVB=0.0244872;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123829;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=del;VARB=0.0511044;OID=.;OPOS=150562697;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:6:22:9:25:16:4:5:9:7:57:16:4:2:9:7 chr5 150578574 . A G 190.28 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0163731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.672;QD=21.7459;RBI=0.0167684;REFB=-0.0132956;REVB=-0.00361956;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808369;STB=0.562433;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00827746;OID=.;OPOS=150578574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:12:7:7:8:12:7:8:8 chr5 150639409 . A G 508.7 PASS AF=0.602564;AO=46;DP=77;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00312844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.096;QD=26.087;RBI=0.00449594;REFB=-0.013918;REVB=-0.00322898;RO=31;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356298;STB=0.523436;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00825898;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:31:31:46:47:0.602564:23:23:14:17:23:24:14:17 chr5 150639439 . A G 937.17 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1504;QD=58.5732;RBI=0.0141172;REFB=0;REVB=-0.0140382;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101791;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr5 150647012 . A G 521.57 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0307093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.199;QD=23.4415;RBI=0.030851;REFB=-0.0216568;REVB=-0.00295332;RO=40;SAF=25;SAR=24;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736447;STB=0.540425;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0173966;OID=.;OPOS=150647012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:24:25:24:16:24:25:24:16 chr5 150647156 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00873795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.601;QD=19.8497;RBI=0.01254;REFB=0.000165003;REVB=-0.00899441;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046223;STB=0.52628;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.000233078;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:5:8:10:5:5:8 chr5 150666933 . C A 663.46 PASS AF=0.6;AO=61;DP=103;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=37;FWDB=0.0115902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2406;QD=25.2745;RBI=0.0198773;REFB=-0.00524741;REVB=0.0161485;RO=42;SAF=19;SAR=42;SRF=5;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181834;STB=0.593037;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00247271;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:42:42:61:63:0.6:42:19:5:37:44:19:5:37 chr5 150667016 . T C 542.01 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=-0.00856988;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.917;QD=16.6771;RBI=0.0157404;REFB=-0.00616858;REVB=-0.013203;RO=72;SAF=14;SAR=44;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824597;STB=0.54619;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00732873;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:72:58:58:0.446154:44:14:22:50:44:14:22:50 chr5 150695254 . T C 98.67 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0340662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.059;QD=14.6181;RBI=0.0347013;REFB=0.00272021;REVB=0.00660879;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350607;STB=0.705523;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.000779091;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:6:9:3:9:6:9 chr5 150696447 . C T 1247.42 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6961;QD=60.1165;RBI=0.0758807;REFB=-0.0711061;REVB=-0.0719366;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0178054;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:1:0:49:33:1:0 chr5 150696498 . G A 369.59 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0323971;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.588;QD=15.7271;RBI=0.0333964;REFB=-0.010943;REVB=0.0081086;RO=55;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308442;STB=0.537099;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0183732;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:55:54:40:40:0.425532:23:17:25:30:24:16:25:29 chr5 150696540 . C T 994.05 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916589;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.036;QD=59.3464;RBI=0.01668;REFB=0;REVB=-0.0139358;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17482e-05;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr5 150723806 . G A 1246.99 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2842;QD=60.8288;RBI=0.0184975;REFB=0;REVB=-0.0149049;RO=0;SAF=23;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145222;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:58:23:0:0:58:24:0:0 chr5 150886725 . G A 867.98 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9472;QD=57.865;RBI=0.0977213;REFB=0;REVB=-0.0970386;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010654;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr5 150886882 . G A 1948.22 PASS AF=0.955882;AO=129;DP=135;FAO=130;FDP=136;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0135575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.764;QD=57.3005;RBI=0.0338796;REFB=-0.129726;REVB=0.0310487;RO=3;SAF=71;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00507455;STB=0.505367;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000865887;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:135:136:3:6:129:130:0.955882:58:71:2:1:59:71:4:2 chr5 150891733 . A G 635.84 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303411;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.405;QD=62.033;RBI=0.0540591;REFB=0;REVB=-0.0447415;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91753e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr5 150901111 . A G 967.38 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.546;QD=58.6291;RBI=0.0534923;REFB=0;REVB=0.00649949;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180169;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:35:31:0:0 chr5 150901261 . C T 347.94 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4185;QD=51.5467;RBI=0.030704;REFB=-0.176;REVB=0.0138887;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00439365;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:10:15:0:0:11:15:0:1 chr5 150901300 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.689;QD=56.7033;RBI=0.0133815;REFB=0;REVB=0.000498492;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81988e-05;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr5 150901613 . A G 443.33 PASS AF=0.969697;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.295;QD=53.7371;RBI=0.118959;REFB=-0.028897;REVB=0.118259;RO=1;SAF=23;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01983;STB=0.510632;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00250964;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:33:1:1:29:32:0.969697:6:23:1:0:9:23:1:0 chr5 150905485 . C T 1575.33 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000363127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.139;QD=63.6497;RBI=0.0191496;REFB=0;REVB=0.0191462;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46954e-05;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:48:49:0:0:49:50:0:0 chr5 150914184 . A T 190.8 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0252202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0488;QD=11.5633;RBI=0.029886;REFB=-0.0345404;REVB=-0.0160347;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276131;STB=0.666528;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0568284;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:8:16:17:24:8:16:17:25 chr5 150923405 . A G 698.86 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0488151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2891;QD=54.8125;RBI=0.0660176;REFB=-3.24542e-06;REVB=-0.0444456;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00120034;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:0:1:27:23:0:1 chr5 150925144 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00485043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.264;QD=13.5052;RBI=0.0301089;REFB=0.0104528;REVB=0.0297157;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226981;STB=0.632553;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0156782;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:11:6:7:5:11:6 chr5 150930186 . C T 163.49 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0201097;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.222;QD=10.8993;RBI=0.0243007;REFB=-0.00448968;REVB=-0.0136427;RO=39;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924949;STB=0.554164;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0149446;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:14:7:16:23:14:7:16:23 chr5 150930345 . C T 371.81 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0200697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.64;QD=15.1759;RBI=0.0243895;REFB=0.000533501;REVB=-0.0138584;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138273;STB=0.575597;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00136531;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:58:40:40:0.408163:19:21:21:33:19:21:23:35 chr5 150942919 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.657;QD=57.2002;RBI=0.00877609;REFB=0;REVB=0.00421274;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21642e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr5 150946966 . G A 324.24 PASS AF=0.373913;AO=36;DP=106;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00946576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7343;QD=11.2779;RBI=0.0398466;REFB=-0.0501117;REVB=0.038706;RO=70;SAF=24;SAR=12;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228123;STB=0.562395;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0283121;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:115:70:72:36:43:0.373913:12:24:33:37:19:24:33:39 chr5 151083909 . T C 111.43 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0034005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.94;QD=15.9186;RBI=0.0159351;REFB=-0.0237638;REVB=-0.015568;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954316;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0278795;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:15:13:13:0.464286:6:7:9:5:6:7:9:6 chr5 151084036 . T C 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00892967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.405;QD=27.3093;RBI=0.0130065;REFB=-0.00756382;REVB=0.00945668;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362421;STB=0.519986;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00527323;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:16:13:8:12:16:13:8:12 chr5 151167380 . A T 94.06 PASS AF=0.387097;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0112706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.399;QD=12.1366;RBI=0.0220862;REFB=-0.0131458;REVB=0.0189941;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305731;STB=0.651918;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0230814;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:29:31:19:19:10:12:0.387097:7:3:11:8:8:4:11:8 chr5 151248069 . G A 188.57 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0451012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.361;QD=14.2318;RBI=0.0464879;REFB=0.00208049;REVB=-0.0112698;RO=31;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297688;STB=0.67137;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00237732;OID=.;OPOS=151248069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:16:6:17:14:16:6:17:14 chr5 151255217 . C T 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0119338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.407;QD=14.0475;RBI=0.0381806;REFB=-0.00135529;REVB=-0.0362677;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150511;STB=0.574387;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00152509;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:9:9:18:10:9:9:18:11 chr5 151771817 . C T 2619.9 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.805;QD=61.6447;RBI=0.0426448;REFB=0;REVB=0.0400716;RO=0;SAF=74;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.771e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:170:0:0:167:170:1:93:74:0:0:95:75:0:0 chr5 153413390 . C T 232.08 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00175743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.686;QD=14.7349;RBI=0.0151093;REFB=-0.0074365;REVB=-0.0150067;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134031;STB=0.576214;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0107549;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:10:17:18:18:10:17:18:18 chr5 153429459 . T C 363.02 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0366748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7456;QD=15.4474;RBI=0.0366921;REFB=-0.0118172;REVB=-0.00112698;RO=54;SAF=6;SAR=33;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371575;STB=0.710342;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0122132;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:55:39:39:0.414894:33:6:23:31:33:6:23:32 chr5 153432733 . T C 78.94 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.018892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.585;QD=15.7881;RBI=0.0194013;REFB=0.00639217;REVB=0.00441635;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650008;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00530158;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:9:10:0.5:6:3:4:6:7:3:4:6 chr5 153432970 . C T 251.66 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0094418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1984;QD=14.8035;RBI=0.0164411;REFB=-0.0236251;REVB=-0.0134597;RO=39;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190779;STB=0.608618;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0339213;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:20:9:19:20:20:9:19:20 chr5 153729217 . A G 141.92 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0167915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.051;QD=14.9388;RBI=0.0273348;REFB=-0.00831415;REVB=-0.0215693;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126392;STB=0.552566;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00991347;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:7:8:9:13:8:8:9:13 chr5 153783753 . C T 332.5 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0225258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.118;QD=11.8749;RBI=0.0225582;REFB=-0.00773804;REVB=-0.0012097;RO=69;SAF=17;SAR=24;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118346;STB=0.576634;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0167065;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:71:41:41:0.366071:24:17:36:33:24:17:38:33 chr5 153798056 . C T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0112691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.852;QD=13.0369;RBI=0.0119112;REFB=-0.00268387;REVB=-0.00385796;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128634;STB=0.575138;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00618172;OID=.;OPOS=153798056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:18:14:10:8:18:14 chr5 154268902 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212674;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.592;QD=60.2041;RBI=0.0576301;REFB=0;REVB=0.0535624;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222982;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:41:32:0:0 chr5 154271948 . G A 632.87 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.328;QD=61.7437;RBI=0.0298517;REFB=0;REVB=-0.0259263;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101746;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr5 154291409 . C T 684.72 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0366519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.105;QD=57.0599;RBI=0.0681016;REFB=-0.188252;REVB=0.0573975;RO=3;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065425;STB=0.522717;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0081068;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:3:2:45:46:0.958333:20:25:0:3:21:25:0:2 chr5 154300940 . A C 767.61 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0593963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8044;QD=61.409;RBI=0.0596871;REFB=-0.0430931;REVB=0.00588468;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000449237;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:30:19:0:0:30:19:0:1 chr5 154306972 . T C 1428.46 PASS AF=0.969072;AO=91;DP=98;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0284649;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2885;QD=58.9056;RBI=0.0503708;REFB=-0.172633;REVB=0.0415568;RO=4;SAF=33;SAR=58;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540574;STB=0.520544;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00165411;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:98:97:4:3:91:94:0.969072:58:33:4:0:59:35:3:0 chr5 154397106 . C T 366.0 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00160498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.554;QD=21.5295;RBI=0.0101272;REFB=-0.0040385;REVB=-0.00999924;RO=31;SAF=13;SAR=24;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168076;STB=0.593029;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00273249;OID=.;OPOS=154397106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:24:13:17:14:24:13:17:14 chr5 155272527 . G T 223.12 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0489471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7662;QD=26.2498;RBI=0.0507958;REFB=0.0219948;REVB=0.0135793;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823354;STB=0.505613;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0107359;OID=.;OPOS=155272527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:11:9:6:7:11:10:6:7 chr5 155756609 . G A 668.14 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00237074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.523;QD=21.2109;RBI=0.00261856;REFB=-0.0126202;REVB=0.00111197;RO=59;SAF=20;SAR=46;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14672;STB=0.58596;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0176135;OID=.;OPOS=155756609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:59:60:66:66:0.52381:46:20:27:32:46:20:28:32 chr5 155771579 . T C 347.01 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0300277;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.114;QD=12.8523;RBI=0.0302337;REFB=-0.0118651;REVB=0.00352376;RO=58;SAF=12;SAR=30;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915853;STB=0.59519;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0199744;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:66:42:42:0.388889:30:12:21:37:30:12:28:38 chr5 156278066 . C A 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0389217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.822;QD=16.2652;RBI=0.0404098;REFB=-0.0230658;REVB=-0.0108651;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139234;STB=0.570977;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0246744;OID=.;OPOS=156278066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:17:18:16:27:17:18:17:27 chr5 156376703 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.622;QD=39.2068;RBI=0.0423208;REFB=0;REVB=0.0122233;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914765;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr5 156479424 . A C 1571.33 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012492;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.652;QD=64.1358;RBI=0.0251039;REFB=0;REVB=0.0217751;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399013;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:45:52:0:0:45:53:0:0 chr5 156479443 . CTTG C 244.11 PASS AF=0.390909;AO=41;DP=109;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0072205;FXX=0.0265463;HRUN=2;LEN=3;MLLD=249.592;QD=8.87674;RBI=0.012072;REFB=-0.0152668;REVB=-0.00967461;RO=53;SAF=24;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133406;STB=0.572485;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=0.0256966;OID=.;OPOS=156479444;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390909:41:109:43:110:67:25:18:31:36:99:53:24:17:24:29 chr5 156479509 . A G 2047.03 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079362;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.958;QD=61.5647;RBI=0.0093033;REFB=0;REVB=0.00485469;RO=0;SAF=50;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010605;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:133:0:0:127:133:1:77:50:0:0:82:51:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 1108.06 PASS AF=0.228916,0.0481928,0.638554,0.0843373;AO=19,4,40,6;DP=102;FAO=19,4,53,7;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,10,0;FSAR=7,4,43,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346429,0.0310154,0.0273242,0.00871495;FXX=0.186256;HRUN=2,1,1,1;LEN=15,2,3,5;MLLD=120.627,184.058,253.779,80.5492;QD=53.4005;RBI=0.0369094,0.0376584,0.0313929,0.01785;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0127347,-0.0213589,0.0154565,-0.0155779;RO=0;SAF=12,0,7,0;SAR=7,4,33,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,5.48559e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,ins,mnp;VARB=0.0113365,0.0594189,0.024988,-0.00756652;OID=.,.,.,.;OPOS=156479558,156479571,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CA,-,CGTCA;OALT=-,TG,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.228916,0.0481928,0.638554,0.0843373:19,4,40,6:102:19,4,53,7:83:0:12,0,10,0:7,4,43,7:0:0:99:0:12,0,7,0:7,4,33,6:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=34;DP=131;LEN=69;RO=97;SAF=14;SAR=56;SRF=21;SRR=40;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:131:97:34:56:14:21:40 chr5 156482459 . G T 940.77 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0819418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3885;QD=57.0165;RBI=0.0863753;REFB=-0.000273287;REVB=-0.0273174;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00107367;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:0:1:33:32:0:1 chr5 156531736 . C A 738.35 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0658759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.188;QD=54.6925;RBI=0.0662254;REFB=-0.0882007;REVB=0.00679473;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.510634;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000954674;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:23:30:0:1:23:30:0:1 chr5 156715652 . G C 1102.87 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288782;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.784;QD=60.431;RBI=0.0408056;REFB=0;REVB=0.0288296;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163571;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr5 156721863 . T TC 928.26 PASS AF=1;AO=87;DP=106;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.6973;QD=36.4025;RBI=0.0348208;REFB=-0.0247087;REVB=0.0328442;RO=13;SAF=44;SAR=43;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00176812;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:106:102:102:0:52:50:0:0:14:13:44:43:9:4 chr5 156747669 . A G 1359.99 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.525;QD=62.5282;RBI=0.0448456;REFB=0;REVB=0.0448284;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83438e-05;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:36:49:0:0:36:51:0:0 chr5 156770209 . G A 1080.38 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.106;QD=60.021;RBI=0.0100524;REFB=0;REVB=0.00899094;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26645e-06;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr5 156898690 . A G 245.53 PASS AF=0.459016;AO=26;DP=59;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0152465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.97;QD=16.1003;RBI=0.0205339;REFB=-0.00874466;REVB=0.0137545;RO=33;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175177;STB=0.560931;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00944629;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:33:26:28:0.459016:7:19:19:14:9:19:19:14 chr5 156899869 . T C 69.38 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.734;QD=34.6904;RBI=0.0322357;REFB=0;REVB=-0.00850988;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882518;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr5 156904633 . C T 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0472744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.38;QD=7.67821;RBI=0.0472745;REFB=-0.00265357;REVB=7.5091e-05;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208002;STB=0.621126;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00480116;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:8:3:13:17:8:3:13:18 chr5 156936364 . T C 190.46 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0157772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.362;QD=21.7663;RBI=0.0225256;REFB=-0.00702382;REVB=-0.0160773;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293214;STB=0.535678;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00539067;OID=.;OPOS=156936364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:13:5:4:12:13:6:4:12 chr5 157006568 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0158636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.308;QD=21.2676;RBI=0.0370923;REFB=0.0110805;REVB=-0.0335288;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156716;STB=0.572433;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0119047;OID=.;OPOS=157006568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:5:8:7:10:6:8 chr5 157106902 . G GA 30.58 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.204207;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.55426;QD=5.09686;RBI=0.206506;REFB=-0.0849622;REVB=-0.0307278;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.538383;STBP=0.802;TYPE=ins;VARB=0.0858422;OID=.;OPOS=157106903;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:9:25:10:24:14:3:7:5:9:30:14:3:6:5:9 chr5 157158553 . C T 553.36 PASS AF=0.454545;AO=58;DP=129;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0522478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0594;QD=16.7684;RBI=0.0554359;REFB=-0.0386272;REVB=0.0185285;RO=71;SAF=44;SAR=14;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294482;STB=0.641206;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0395856;OID=.;OPOS=157158553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:71:72:58:60:0.454545:14:44:35:36:16:44:36:36 chr5 157164962 . T C 748.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5465;QD=56.4822;RBI=0.0579229;REFB=0;REVB=0.0563924;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597195;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr5 157183739 . G A 196.53 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0338374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.1533;QD=18.2818;RBI=0.0338588;REFB=-0.0149106;REVB=0.00120182;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125132;STB=0.579876;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00865187;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:11:9:7:15:11:9:7:16 chr5 157183770 . C T 107.81 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0516188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9683;QD=13.0672;RBI=0.0550567;REFB=-0.0304697;REVB=-0.0191505;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696731;STB=0.529366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0351436;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:9:4:7:12:9:4:7:13 chr5 157213497 . A G 433.09 PASS AF=0.393701;AO=49;DP=126;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.052627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.935;QD=13.6406;RBI=0.0526564;REFB=-0.00707287;REVB=0.00175916;RO=77;SAF=26;SAR=23;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260541;STB=0.508193;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0129881;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:77:77:49:50:0.393701:23:26:39:38:24:26:39:38 chr5 157215027 . C T 152.84 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00914492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.815;QD=16.0888;RBI=0.025549;REFB=-0.00322261;REVB=0.0238563;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134671;STB=0.602537;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0046347;OID=.;OPOS=157215027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:16:17:0.447368:6:10:15:5:7:10:16:5 chr5 157236124 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00583583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4577;QD=17.1;RBI=0.0485888;REFB=0.0171988;REVB=0.048237;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143284;STB=0.552414;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0176381;OID=.;OPOS=157236124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:5:9:11:3:5:9:11:4 chr5 158204425 . A G 421.7 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.001064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.715;QD=18.1374;RBI=0.0262451;REFB=-0.0195845;REVB=-0.0262235;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236234;STB=0.518788;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0262086;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:23:20:24:25:23:20:25:25 chr5 158747334 . C T 181.24 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0193691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.986;QD=9.41487;RBI=0.0225078;REFB=-0.00810901;REVB=-0.0114646;RO=52;SAF=11;SAR=13;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247514;STB=0.63674;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0165792;OID=.;OPOS=158747334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:53:24:24:0.311688:13:11:35:17:13:11:35:18 chr5 159505208 . C A 261.81 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3382;QD=49.8688;RBI=0.0340617;REFB=0;REVB=0.0338042;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639785;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr5 159665599 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.484;QD=62.0194;RBI=0.0496117;REFB=0;REVB=0.0446211;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439798;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr5 159718987 . C T 260.06 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00324555;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.688;QD=14.0573;RBI=0.0040585;REFB=0.00158219;REVB=0.00243675;RO=41;SAF=5;SAR=25;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253764;STB=0.649237;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00192416;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:41:44:30:30:0.405405:25:5:14:27:25:5:15:29 chr5 159775741 . G A 1418.23 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274199;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5014;QD=63.0325;RBI=0.0542742;REFB=0;REVB=-0.0468385;RO=0;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128773;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:87:90:1:30:57:0:0:31:59:0:0 chr5 159776047 . A G 589.4 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.344;QD=57.5027;RBI=0.0333638;REFB=-0.0592225;REVB=0.00120491;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262704;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:41:0:0:38:41:1:28:10:0:0:31:10:0:0 chr5 159820756 . T G 306.69 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00130776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2886;QD=21.9062;RBI=0.058786;REFB=-0.0713;REVB=0.0587715;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193586;STB=0.597285;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0568795;OID=.;OPOS=159820756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:31:32:0.571429:13:18:8:16:14:18:8:16 chr5 159835658 . A G 394.0 PASS AF=0.4;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00596257;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.108;QD=13.7043;RBI=0.0139176;REFB=-0.0211262;REVB=-0.0125757;RO=68;SAF=24;SAR=22;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848832;STB=0.543377;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.033996;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:68:69:46:46:0.4:22:24:30:38:22:24:31:38 chr5 159901408 . C A 439.55 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0392063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.533;QD=17.4078;RBI=0.039986;REFB=-0.0266799;REVB=-0.007858;RO=50;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139665;STB=0.564916;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0288422;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:54:47:47:0.465347:23:24:18:32:23:24:21:33 chr5 159912418 . C G 186.18 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0145233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.718;QD=12.4121;RBI=0.0154549;REFB=-0.00680699;REVB=0.00528464;RO=37;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024903;STB=0.51437;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0137259;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:16:7:12:25:16:7:12:25 chr5 160097496 . A G 750.58 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951479;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9412;QD=63.879;RBI=0.0128735;REFB=0;REVB=-0.00867154;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362661;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr5 160097632 . G A 468.85 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313177;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.602;QD=58.6063;RBI=0.0482934;REFB=0;REVB=-0.0367621;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09249e-05;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr5 160112017 . CA C 38.12 PASS AF=0.322581;AO=16;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0116684;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.8051;QD=4.91832;RBI=0.173885;REFB=-0.123501;REVB=-0.173493;RO=15;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0.428571;SSEP=0;SSSB=-0.4105;STB=0.633486;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.150554;OID=.;OPOS=160112018;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:16:32:10:31:21:1:9:4:17:38:15:1:15:4:11 chr5 161119071 . G T 1548.63 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.948;QD=63.8612;RBI=0.0602393;REFB=0;REVB=0.0336401;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50324e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr5 161128761 . C G 1007.94 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9072;QD=59.2908;RBI=0.0643885;REFB=0;REVB=-0.0215438;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000765017;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:40:27:0:0:40:28:0:0 chr5 161325934 . A C 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.129;QD=64.1489;RBI=0.0424064;REFB=0;REVB=0.0320334;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154653;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr5 161522556 . C T 327.19 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00945884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.435;QD=17.6862;RBI=0.00985735;REFB=-0.00891394;REVB=0.00277444;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604288;STB=0.539869;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0101477;OID=.;OPOS=161522556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:18:17:16:22:18:17:16:23 chr5 161528280 . C T 386.36 PASS AF=0.603175;AO=36;DP=61;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00503542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.323;QD=24.5307;RBI=0.0115131;REFB=-0.0134527;REVB=0.0103535;RO=25;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337077;STB=0.519074;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00788082;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:25:25:36:38:0.603175:20:16:10:15:21:17:10:15 chr5 161582493 . CAT C 345.89 PASS AF=0.5;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00889256;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.052;QD=19.2159;RBI=0.00908507;REFB=-0.00994116;REVB=0.00186037;RO=36;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695718;STB=0.544021;STBP=0.48;TYPE=del;VARB=0.00903257;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:35:74:36:72:36:13:23:16:20:99:36:13:22:16:20 chr5 161904930 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.977;QD=39.2068;RBI=0.0344004;REFB=0;REVB=0.030418;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554465;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr5 162210532 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.623;QD=63.2835;RBI=0.0340508;REFB=0;REVB=0.0338314;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59589e-05;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr5 162884088 . TAAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACA,TAAAAAAAACAC 146.24 PASS AF=0.117647,0.823529,0.0588235;AO=3,5,2;DP=18;FAO=2,14,1;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0;FSAR=2,12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434195,0.264004,0.0339521;FXX=0.0555247;HRUN=10,10,10;LEN=1,2,1;MLLD=4.36859,19.8838,173.133;QD=34.4096;RBI=0.0468794,0.267166,0.0339531;REFB=-0.127542,-0.0936981,-0.0277591;REVB=-0.0176755,0.0409822,0.000258114;RO=1;SAF=1,0,1;SAR=2,5,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.163246,0,0.25849;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.168167,-0.0055705,0.0273946;OID=.,.,.;OPOS=162884089,162884098,162884097;OREF=A,AC,A;OALT=-,CA,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACA,TAAAAAAAACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.823529,0.0588235:3,5,2:18:2,14,1:17:0:0,2,0:2,12,1:0:0:7:1:1,0,1:2,5,1:0:1 chr5 162890953 . G A 800.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.312;QD=57.1541;RBI=0.0285956;REFB=0;REVB=-0.0282852;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126533;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:21:35:0:0 chr5 167645888 . T C 213.55 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00521297;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5622;QD=19.8648;RBI=0.0339783;REFB=0.00898917;REVB=-0.033576;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309717;STB=0.676436;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0261704;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:16:5:12:10:16:5:12:10 chr5 167850748 . A G 2090.09 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.968;QD=61.4731;RBI=0.0365466;REFB=-0.0225063;REVB=0.0151109;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263842;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:136:0:0:130:136:1:60:70:0:0:63:73:0:0 chr5 167858371 . GT TG 112.87 PASS AF=0.173333;AO=59;DP=125;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0428275;FXX=0.41403;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.765;QD=6.01977;RBI=0.0472642;REFB=-0.0221306;REVB=0.0199929;RO=62;SAF=19;SAR=40;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830398;STB=0.791648;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.0524184;OID=.;OPOS=167858371;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:75:62:62:59:13:0.173333:40:19:25:37:3:10:25:37 chr5 167868779 . A G 300.17 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.104955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.322;QD=16.4474;RBI=0.105878;REFB=-0.00778423;REVB=-0.013953;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164944;STB=0.586212;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0118908;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:13:20:17:22:13:20:18:22 chr5 167868809 . C T 168.47 PASS AF=0.375;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0594232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.708;QD=12.0337;RBI=0.0595497;REFB=-0.00651496;REVB=-0.00388035;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188011;STB=0.60196;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0263408;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:33:35:20:21:0.375:8:12:14:19:8:13:16:19 chr5 167913510 . G A 428.92 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.722;QD=57.1889;RBI=0.0546307;REFB=0;REVB=0.0484266;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105615;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr5 167937607 . G A 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00463453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.876;QD=11.0151;RBI=0.0195944;REFB=-0.0143417;REVB=-0.0190384;RO=28;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503844;STB=0.529873;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0277194;OID=.;OPOS=167937607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:10:4:7:21:10:4:7:21 chr5 167943827 . G A 888.43 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0265647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.931;QD=56.4083;RBI=0.0268284;REFB=-0.0903144;REVB=0.00375292;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000516175;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:27:35:0:1:27:35:0:1 chr5 167957055 . G A 177.27 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0046978;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.862;QD=20.26;RBI=0.00994461;REFB=-0.0247367;REVB=-0.00876505;RO=16;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211088;STB=0.614306;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0290155;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:17:18:18:0.514286:17:1:2:14:17:1:2:15 chr5 168093522 . G A 146.81 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0317296;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.587;QD=16.3124;RBI=0.0331333;REFB=-0.000837541;REVB=0.00954207;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194256;STB=0.610979;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000840992;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:14:6:8:8:14:6 chr5 168098235 . A G 287.32 PASS AF=0.463768;AO=30;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0131891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.159;QD=16.6564;RBI=0.0322356;REFB=-0.014318;REVB=-0.029414;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124752;STB=0.567136;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0163912;OID=.;OPOS=168098235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:30:32:0.463768:14:16:15:22:15:17:15:22 chr5 168098463 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.505;QD=55.6508;RBI=0.038794;REFB=0;REVB=-0.0022556;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149552;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr5 168123313 . A G 311.74 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0259618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.397;QD=17.8137;RBI=0.0498004;REFB=-0.0483393;REVB=-0.0424978;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425288;STB=0.530439;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0523363;OID=.;OPOS=168123313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:36:33:34:0.485714:18:15:18:18:19:15:18:18 chr5 168180081 . C T 173.75 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00689096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.836;QD=12.8703;RBI=0.0180002;REFB=-0.0225714;REVB=0.0166289;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265056;OID=.;OPOS=168180081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:14:7:11:22:14:7:11:22 chr5 168180900 . C T 292.75 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.02007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.9;QD=17.2208;RBI=0.0361773;REFB=-0.0239125;REVB=0.0300997;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115894;STB=0.565015;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0451612;OID=.;OPOS=168180900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:19:17:19:13:19:17 chr5 168212951 . A G 478.09 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.233158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5823;QD=57.9503;RBI=0.234208;REFB=0;REVB=0.0221508;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243967;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:9:17:0:0:10:23:0:0 chr5 168250350 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.371;QD=50.4125;RBI=0.0864797;REFB=0;REVB=0.0422566;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512595;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr5 168671698 . A T 371.72 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0144985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.609;QD=17.4929;RBI=0.0204671;REFB=0.0153902;REVB=-0.0144462;RO=46;SAF=15;SAR=24;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175863;STB=0.598489;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0245805;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:24:15:26:20:24:15:26:20 chr5 168690612 . A G 3167.28 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.375;QD=61.8005;RBI=0.0115419;REFB=0;REVB=0.000413583;RO=0;SAF=102;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18107e-06;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:204:205:1:102:102:0:0:102:103:0:0 chr5 168690635 . C T 1100.8 PASS AF=0.55615;AO=99;DP=183;FAO=104;FDP=187;FR=.;FRO=83;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0484277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.744;QD=23.5466;RBI=0.0484407;REFB=-0.022244;REVB=-0.00112066;RO=82;SAF=51;SAR=48;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227073;STB=0.525139;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0177757;OID=.;OPOS=168690635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:187:82:83:99:104:0.55615:48:51:40:42:48:56:40:43 chr5 169129422 . A G 994.18 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0314784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.681;QD=57.6334;RBI=0.0329786;REFB=-0.035359;REVB=0.00983342;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=9.09284e-05;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:0:1:30:38:0:1 chr5 169310630 . GC G 57.55 PASS AF=0.432432;AO=11;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0843096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0248;QD=6.22184;RBI=0.0845984;REFB=-0.0794098;REVB=0.00698473;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0.440476;SSEP=0;SSSB=-0.383176;STB=0.575663;STBP=0.411;TYPE=del;VARB=0.121168;OID=.;OPOS=169310631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:11:37:16:37:21:7:9:12:9:57:17:3:8:11:6 chr5 169435710 . G T 877.28 PASS AF=0.607692;AO=79;DP=131;FAO=79;FDP=130;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0136848;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.808;QD=26.9932;RBI=0.02818;REFB=-0.0175104;REVB=-0.0246341;RO=50;SAF=39;SAR=40;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902573;STB=0.544736;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00670268;OID=.;OPOS=169435710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:50:51:79:79:0.607692:40:39:31:19:40:39:31:20 chr5 169435713 . A C 438.99 PASS AF=0.377778;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0241933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.456;QD=13.007;RBI=0.0263872;REFB=-0.0149707;REVB=-0.0105342;RO=83;SAF=31;SAR=20;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139017;STB=0.575567;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0170232;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:83:84:51:51:0.377778:20:31:40:43:20:31:41:43 chr5 169454941 . C G 784.82 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7141;QD=55.0753;RBI=0.0673096;REFB=0;REVB=0.0621905;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858183;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:49:57:1:21:28:0:0:29:28:0:0 chr5 169461547 . C T 840.27 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201121;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5542;QD=56.0178;RBI=0.0207888;REFB=-0.0740798;REVB=0.00526079;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00227282;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:0:1:59:59:0.983333:29:30:0:0:29:30:0:1 chr5 169504743 . T C 663.74 PASS AF=0.478873;AO=64;DP=139;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00288968;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.457;QD=18.6969;RBI=0.015186;REFB=-0.0048647;REVB=0.0149085;RO=70;SAF=30;SAR=34;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698268;STB=0.528758;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00489887;OID=.;OPOS=169504743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:70:74:64:68:0.478873:34:30:38:32:35:33:40:34 chr5 169535522 . T C 1202.81 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.667;QD=60.9018;RBI=0.0152408;REFB=0;REVB=0.0037017;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103883;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:47:29:0:0:48:31:0:0 chr5 169661994 . G C 175.6 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.135;QD=46.8279;RBI=0.0802275;REFB=0;REVB=-0.0234518;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335341;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr5 169685163 . C T 1034.97 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.015;QD=59.1413;RBI=0.0110286;REFB=0;REVB=0.00636746;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33583e-07;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:28:39:0:0:30:40:0:0 chr5 169715038 . A G 250.31 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0399522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8533;QD=20.0249;RBI=0.0407005;REFB=0.0220658;REVB=0.00776877;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829761;STB=0.546835;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0222889;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:12:14:15:9:12:14 chr5 169910084 . G T 211.59 PASS AF=0.5;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0183761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9711;QD=20.151;RBI=0.0198218;REFB=0.0213883;REVB=-0.00743131;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183224;STB=0.596243;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0210619;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:21:21:21:0.5:11:10:5:14:11:10:6:15 chr5 170215638 . T C 359.89 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0462485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0797;QD=20.2756;RBI=0.0546101;REFB=0.00585441;REVB=-0.0290403;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031808;STB=0.517637;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00804755;OID=.;OPOS=170215638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:22:15:15:19:22:15:15:19 chr5 170215670 . G A 339.6 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00901901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.369;QD=20.5818;RBI=0.0100758;REFB=-0.0225705;REVB=-0.00449204;RO=31;SAF=11;SAR=23;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000931235;STB=0.510632;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0193764;OID=.;OPOS=170215670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:23:11:10:21:23:12:10:21 chr5 170221307 . G A 1212.9 PASS AF=0.508547;AO=101;DP=215;FAO=119;FDP=234;FR=.;FRO=115;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=0.0479776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.26;QD=20.7333;RBI=0.0485198;REFB=-0.00210043;REVB=-0.00723368;RO=111;SAF=37;SAR=64;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304216;STB=0.535505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00201426;OID=.;OPOS=170221307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:234:111:115:101:119:0.508547:64:37:44:67:65:54:44:71 chr5 170239112 . C A 533.44 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0292717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6116;QD=19.9418;RBI=0.0384317;REFB=-0.00190517;REVB=-0.0249031;RO=50;SAF=29;SAR=26;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058136;STB=0.531918;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000946693;OID=.;OPOS=170239112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:50:52:55:55:0.514019:26:29:23:27:26:29:24:28 chr5 170240981 . GTTTTTA GTTTATA,GTTTTA,GTTTTAT 727.77 PASS AF=0.0425532,0.925532,0;AO=4,41,4;DP=93;FAO=4,87,0;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=4,56,0;FSAR=0,31,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0232014,0.175627,-0.0213104;FXX=0.0105252;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=162.545,11.665,7.62048;QD=30.969;RBI=0.0868797,0.777218,0.338529;REFB=0.00736045,0.00472302,0.0896388;REVB=0.0837244,0.757115,0.337858;RO=34;SAF=4,41,4;SAR=0,0,0;SRF=8;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.715682,0.881551,0.715682;STB=0.5,0.513041,0.5;STBP=1,0.218,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0525189,0.0299688,0;OID=.,.,.;OPOS=170240985,170240982,170240986;OREF=T,T,TA;OALT=A,-,AT;OMAPALT=GTTTATA,GTTTTA,GTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0425532,0.925532,0:4,41,4:93:4,87,0:94:3:4,56,0:0,31,0:3:0:10:34:4,41,4:0,0,0:8:26 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 819.9 PASS AF=0,0,0,0.929204,0.0707965;AO=15,19,10,29,13;DP=112;FAO=0,0,0,105,8;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,57,0;FSAR=0,0,0,48,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.294748,-0.667237,-0.000272432,0.670004,0.0230757;FXX=0.00877116;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=7.59697,12.0681,5.99539,9.9422,147.174;QD=29.0231;RBI=0.34665,0.668114,0.00455739,0.671315,0.0381901;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.182456,0.0342311,-0.00454924,-0.0419345,-0.0304301;RO=15;SAF=0,19,10,4,0;SAR=15,0,0,25,13;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.867765,0.807695,0.731963,-0.564042,-0.863854;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0,-0.0990601,-0.0137028,0.0593341;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:29:112:113:15:0:15,19,10,29,13:0,0,0,105,8:0,0,0,0.929204,0.0707965:15,0,0,25,13:0,19,10,4,0:14:1:0,0,0,48,8:0,0,0,57,0:0:0 chr5 170294132 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.639;QD=55.5194;RBI=0.0183511;REFB=-0.00714359;REVB=0.0077522;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00040235;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr5 170395512 . A T 850.8 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.7;QD=57.681;RBI=0.0769269;REFB=0;REVB=0.0495377;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520806;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr5 171201499 . G C 959.27 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0171956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6777;QD=54.8155;RBI=0.021089;REFB=-0.0113056;REVB=0.0122089;RO=3;SAF=22;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304233;STB=0.504586;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00267195;OID=.;OPOS=171201499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:3:2:66:68:0.971429:44:22:2:1:44:24:1:1 chr5 171472417 . A G 118.33 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0127954;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.288;QD=20.5785;RBI=0.0229804;REFB=-0.00196169;REVB=-0.0190886;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147025;STB=0.559908;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00548639;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:7:6:6:3:7:6:6:4 chr5 171523436 . G A 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00861596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7711;QD=27.8575;RBI=0.0347534;REFB=-0.0212954;REVB=-0.0336685;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982288;STB=0.554393;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0105143;OID=.;OPOS=171523436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:10:7:2:6:10:7:2:6 chr5 171533629 . A G 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.628;QD=60.9729;RBI=0.0195576;REFB=0;REVB=0.0118728;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78842e-05;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr5 171533656 . C T 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.867;QD=57.1033;RBI=0.0446531;REFB=0;REVB=0.0330981;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173262;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr5 171636928 . G GA 43.66 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0509861;FXX=0.0270197;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.9533;QD=4.85117;RBI=0.0565166;REFB=-0.00492313;REVB=-0.0243834;RO=25;SAF=0;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.772969;STB=0.845444;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0827198;OID=.;OPOS=171636929;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:37:12:36:24:1:11:11:13:43:25:0:11:12:13 chr5 171760569 . A G 168.4 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00868308;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.39;QD=14.6432;RBI=0.00974437;REFB=-0.00100094;REVB=0.00442231;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509793;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00390549;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:18:18:0.391304:10:8:12:15:10:8:12:16 chr5 171849471 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.281;QD=56.7059;RBI=0.028309;REFB=0;REVB=-0.0280226;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358822;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:10:16:0:0:10:19:0:0 chr5 172196711 . G T 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.067;QD=54.5118;RBI=0.0359682;REFB=0;REVB=0.0276169;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52918e-05;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr5 172294194 . G T 746.11 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.151;QD=63.4983;RBI=0.0266623;REFB=0;REVB=0.0255863;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115159;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr5 172341917 . T C 281.73 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0174165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.148;QD=17.0743;RBI=0.0269421;REFB=-0.0307655;REVB=-0.0205558;RO=34;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120118;STB=0.577116;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0240104;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:10:21:19:15:10:21:19:16 chr5 172342029 . G GT 55.39 PASS AF=0.325;AO=25;DP=79;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0263202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=8.70725;QD=2.76938;RBI=0.0480486;REFB=-0.0273972;REVB=0.0401985;RO=49;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17403;STB=0.603402;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=-0.0709186;OID=.;OPOS=172342030;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:25:79:26:80:54:16:10:25:29:55:49:16:9:24:25 chr5 172347432 . GAC AAC,CGA 227.54 PASS AF=0.45614,0;AO=20,2;DP=52;FAO=26,0;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9,0;FSAR=17,0;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0179664,0.0216694;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=190.955,69.2193;QD=15.9675;RBI=0.0180138,0.0219162;REFB=-0.0560618,-0.014843;REVB=0.00130553,-0.00327965;RO=25;SAF=4,2;SAR=16,0;SRF=4;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0638243,0.69213;STB=0.554659,0.5;STBP=0.509,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0550004,0;OID=.,.;OPOS=172347432,172347432;OREF=G,GAC;OALT=A,CGA;OMAPALT=AAC,CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:25:31:20,2:26,0:0.45614,0:16,0:4,2:4:21:17,0:9,0:8:23 chr5 172381973 . A AGGT 491.57 PASS AF=0.777778;AO=42;DP=54;FAO=42;FDP=54;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00960844;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.038;QD=36.4124;RBI=0.01007;REFB=-0.0254777;REVB=-0.00301365;RO=12;SAF=22;SAR=20;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246432;STB=0.513268;STBP=0.722;TYPE=ins;VARB=0.00731536;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:42:54:42:54:12:22:20:7:5:81:12:22:20:7:5 chr5 172447762 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.089;QD=54.5175;RBI=0.0482325;REFB=0;REVB=-0.0252315;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000625507;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr5 172631051 . T G 271.31 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3871;QD=51.6777;RBI=0.125829;REFB=0;REVB=-0.0755422;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735461;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr5 172660526 . AT A,AA 186.27 PASS AF=0.25,0.75;AO=3,13;DP=17;FAO=4,12;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332104,0.0303836;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.028,228.615;QD=46.5679;RBI=0.0334903,0.0309138;REFB=0,0;REVB=-0.0043201,-0.00570081;RO=1;SAF=2,2;SAR=1,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0394551;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00469806,0.00418712;OID=.,.;OPOS=172660527,172660527;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:3,13:17:4,12:16:0:2,1:2,11:0:0:11:1:2,2:1,11:0:1 chr5 172662024 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.179;QD=51.1836;RBI=0.0226225;REFB=0;REVB=-0.0196841;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55934e-05;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr5 173376506 . A G 998.0 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0506895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0639;QD=57.0285;RBI=0.0510596;REFB=-0.0876286;REVB=0.00613625;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00106959;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:67:68:0.971429:30:37:0:0:30:38:1:0 chr5 174156168 . T C 754.67 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00252178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.417;QD=54.885;RBI=0.00494463;REFB=-0.065922;REVB=-0.00425323;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000438035;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr5 174422374 . C T 400.56 PASS AF=0.476744;AO=39;DP=84;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0164036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.223;QD=18.6305;RBI=0.0202629;REFB=-0.00563729;REVB=-0.0118957;RO=45;SAF=26;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922355;STB=0.545599;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00756557;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:45:39:41:0.476744:13:26:26:19:14:27:26:19 chr5 174868840 . T C 959.81 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106219;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.341;QD=59.0654;RBI=0.0206905;REFB=0;REVB=0.0177559;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724092;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr5 174870150 . C T 109.44 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0121427;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.738;QD=13.265;RBI=0.0121444;REFB=0.00209035;REVB=0.000200751;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257812;STB=0.651933;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00168205;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:11:9:9:4:11:9 chr5 174936038 . A G 186.74 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0335388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8677;QD=10.6711;RBI=0.0538606;REFB=0.00122872;REVB=-0.0421439;RO=44;SAF=14;SAR=10;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115942;STB=0.56245;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00434138;OID=.;OPOS=174936038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:46:24:24:0.342857:10:14:30:14:10:14:31:15 chr5 174937193 . C T 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0069641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.324;QD=24.2454;RBI=0.0226255;REFB=-0.0135973;REVB=-0.0215271;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737293;STB=0.540951;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0166221;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:7:13:14:11:7:13 chr5 175055271 . G A 164.45 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0267068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.238;QD=14.2998;RBI=0.0286148;REFB=-0.0118528;REVB=0.0102738;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169044;STB=0.509793;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0106955;OID=.;OPOS=175055271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:12:16:10:8:12:16 chr5 175307373 . G A 330.87 PASS AF=0.45;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0255589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3399;QD=16.5433;RBI=0.0504276;REFB=-0.00927812;REVB=0.0434705;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366153;STB=0.512493;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0137453;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:44:35:36:0.45:18:17:23:21:18:18:23:21 chr5 175511992 . C T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6547;QD=49.5903;RBI=0.061311;REFB=0;REVB=0.028176;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136606;OID=.;OPOS=175511992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr5 175811094 . C CAT,CGT,T 573.43 PASS AF=0.545455,0.363636,0.0454545;AO=20,15,2;DP=47;FAO=24,16,2;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=10,7,1;FSAR=14,9,1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0224058,0.0114718,-0.00704688;FXX=0.0434688;HRUN=0,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=148.036,138.877,110.004;QD=52.13;RBI=0.0242676,0.0119958,0.0098436;REFB=-0.156466,-0.0928035,-0.0598295;REVB=-0.00932186,-0.00350674,-0.00687298;RO=9;SAF=7,7,1;SAR=13,8,1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.121516,-0.0593147,-0.0568293;STB=0.533306,0.549939,0.748096;STBP=0.314,0.296,0.692;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.000608721,0.0315375,-0.0288586;OID=.,.,.;OPOS=175811095,175811095,175811094;OREF=-,-,C;OALT=AT,GT,T;OMAPALT=CAT,CGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:47:44:9:2:20,15,2:24,16,2:0.545455,0.363636,0.0454545:13,8,1:7,7,1:5:4:14,9,1:10,7,1:0:2 chr5 175956271 . A C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00194594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.176;QD=23.2632;RBI=0.00210032;REFB=-0.0161733;REVB=0.000790339;RO=19;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153366;STB=0.586128;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0151069;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:17:6:8:11:17:6:8:11 chr5 175998246 . T C 331.48 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0406264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.522;QD=21.3858;RBI=0.0480242;REFB=-4.08692e-06;REVB=-0.025609;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483681;STB=0.526753;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.000469813;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:19:15:14:14:19:15:14:14 chr5 176002144 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.684;QD=51.1839;RBI=0.0156196;REFB=0;REVB=0.0152928;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143571;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chr5 176004476 . T C 164.44 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496286;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1188;QD=46.9815;RBI=0.13779;REFB=0;REVB=0.128542;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033709;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:11:14:1:3:8:0:0:6:8:0:0 chr5 176005477 . C T 215.92 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00210714;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.63;QD=15.1524;RBI=0.00213912;REFB=-0.00104128;REVB=0.000368512;RO=30;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261592;STB=0.651457;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00224249;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:32:25:25:0.438596:18:7:16:14:18:7:17:15 chr5 176011264 . T C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00226958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.166;QD=24.2928;RBI=0.00297925;REFB=-0.0372766;REVB=0.00193;RO=13;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109107;STB=0.560479;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0145181;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:14:5:2:11:14:5:2:11 chr5 176017455 . C T 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00373795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.818;QD=14.1315;RBI=0.00749701;REFB=-0.00774323;REVB=-0.00649869;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258699;STB=0.649844;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0123081;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:12:19:7:12:12:19 chr5 176017639 . C A 444.74 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.0145891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.606;QD=16.4718;RBI=0.0162632;REFB=-0.017421;REVB=0.0071867;RO=58;SAF=13;SAR=36;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339626;STB=0.515753;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0216786;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:58:59:49:49:0.453704:36:13:17:41:36:13:17:42 chr5 176024880 . C T 555.82 PASS AF=0.862745;AO=44;DP=51;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00715652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.133;QD=43.5936;RBI=0.0165588;REFB=-0.0865746;REVB=0.0149324;RO=4;SAF=11;SAR=33;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983168;STB=0.555529;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00229767;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:51:51:4:7:44:44:0.862745:33:11:3:1:33:11:4:3 chr5 176025938 . T C 318.81 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0108695;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.412;QD=43.9737;RBI=0.0453283;REFB=-0.110119;REVB=0.0440058;RO=3;SAF=21;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162868;STB=0.625418;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00268485;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:30:29:3:4:25:25:0.862069:4:21:1:2:4:21:1:3 chr5 176026129 . C A 35.12 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0312838;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.881;QD=4.38998;RBI=0.031323;REFB=0.000475573;REVB=0.00156765;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288074;STB=0.693703;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00431971;OID=.;OPOS=176026129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:32:25:26:6:6:0.1875:5:1:9:16:5:1:9:17 chr5 176026143 . C T 34.39 PASS AF=0.1875;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0798735;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4476;QD=4.29918;RBI=0.0876903;REFB=-0.00748288;REVB=0.0361914;RO=26;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204219;STB=0.562295;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0222854;OID=.;OPOS=176026143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:32:26:26:5:6:0.1875:2:3:11:15:3:3:11:15 chr5 176026146 . C T 34.72 PASS AF=0.1875;AO=7;DP=33;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0114934;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.141;QD=4.34051;RBI=0.0347539;REFB=0.00195397;REVB=0.0327984;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667511;STB=0.562295;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00366202;OID=.;OPOS=176026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:32:26:26:7:6:0.1875:4:3:11:15:3:3:11:15 chr5 176047761 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00258099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.66;QD=23.2183;RBI=0.0266826;REFB=-0.00271781;REVB=-0.0265574;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=8.63512e-06;OID=.;OPOS=176047761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr5 176053622 . G A 85.45 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.011491;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5858;QD=10.6808;RBI=0.0421661;REFB=-0.0163763;REVB=0.0405702;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443035;STB=0.509417;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0544786;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:19:21:11:11:0.34375:9:2:3:16:9:2:4:17 chr5 176069831 . G A 1379.08 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274076;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1035;QD=62.6856;RBI=0.0277257;REFB=0;REVB=-0.00418806;RO=0;SAF=27;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6484e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:61:27:0:0:61:27:0:0 chr5 176081907 . C T 461.52 PASS AF=0.5625;AO=43;DP=78;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0102549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2617;QD=23.0762;RBI=0.0269162;REFB=-0.000937037;REVB=0.0248861;RO=35;SAF=15;SAR=28;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939142;STB=0.558532;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00119924;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:35:35:43:45:0.5625:28:15:16:19:30:15:16:19 chr5 176292570 . G A 736.33 PASS AF=0.4875;AO=74;DP=156;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00488093;FXX=0.0361424;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.912;QD=18.4082;RBI=0.00943871;REFB=-0.00964225;REVB=-0.00807873;RO=77;SAF=29;SAR=45;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719815;STB=0.539873;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0144945;OID=.;OPOS=176292570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:77:82:74:78:0.4875:45:29:36:41:45:33:41:41 chr5 176314459 . G A 94.96 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0164175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181;QD=11.1715;RBI=0.0642307;REFB=-0.00737932;REVB=0.0620971;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24837;STB=0.649732;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0252407;OID=.;OPOS=176314459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:22:22:12:12:0.352941:3:9:12:10:3:9:12:10 chr5 176314639 . G A 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.039847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.146;QD=28.0292;RBI=0.0400106;REFB=-0.0342624;REVB=0.00361374;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307799;STB=0.516982;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0181692;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:17:10:7:10:17:10:7:10 chr5 176516631 . G A 280.02 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00763968;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.391;QD=16.9707;RBI=0.0181098;REFB=-0.0296515;REVB=0.0164195;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189734;STB=0.605846;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0268635;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:25:10:15:16:25:10 chr5 176517170 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.342;QD=46.848;RBI=0.0670892;REFB=0;REVB=0.00294709;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792594;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr5 176517292 . A G 948.41 PASS AF=0.957143;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0359565;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.682;QD=54.195;RBI=0.102944;REFB=0.0877926;REVB=-0.0964609;RO=3;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377443;STB=0.518982;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00231298;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:70:3:3:64:67:0.957143:36:28:0:3:38:29:0:3 chr5 176517326 . T C 1043.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.517;QD=59.6182;RBI=0.0267377;REFB=0;REVB=0.0267018;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12425e-05;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr5 176517461 . T G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.826;QD=47.8182;RBI=0.0232655;REFB=0;REVB=0.017501;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285996;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr5 176517797 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00717443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.434;QD=58.2431;RBI=0.0230819;REFB=-0.0483396;REVB=0.0219386;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000274712;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:1:0:15:24:1:0 chr5 176518784 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000316936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.947;QD=58.9627;RBI=0.0208458;REFB=0;REVB=0.0208434;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39485e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr5 176520243 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0295402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.721;QD=11.13;RBI=0.042468;REFB=-0.0151739;REVB=0.0305108;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359789;STB=0.714905;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0376305;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:11:6:7:3:11:6 chr5 176636882 . C T 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.508;QD=53.3601;RBI=0.0501851;REFB=-0.108563;REVB=-0.00782685;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000921787;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:17:12:0:0:17:12:0:1 chr5 176637149 . G A 512.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.941;QD=58.5685;RBI=0.0243002;REFB=0;REVB=-0.00285139;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93558e-05;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr5 176637240 . G T 501.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4705;QD=58.9946;RBI=0.0244098;REFB=0;REVB=0.00316028;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400374;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr5 176637576 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0914007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.44;QD=51.9148;RBI=0.0935827;REFB=0;REVB=0.0200908;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00070935;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr5 176831826 . C G 1577.14 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.123;QD=59.5148;RBI=0.0285668;REFB=0;REVB=0.0247802;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38882e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:102:106:1:46:56:0:0:49:57:0:0 chr5 176885178 . A G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7971;QD=55.0899;RBI=0.0381404;REFB=0;REVB=-0.0328044;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000819039;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr5 176915143 . C T 218.56 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00964906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7817;QD=31.2223;RBI=0.0189023;REFB=-0.0198012;REVB=0.0162539;RO=8;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394609;STB=0.521717;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0111296;OID=.;OPOS=176915143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:11:9:3:5:11:9:3:5 chr5 176916516 . C T 157.23 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0636526;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8681;QD=23.2934;RBI=0.0639107;REFB=-0.0484458;REVB=0.00573772;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322451;STB=0.677241;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0278639;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:0:11:10:6:0:11 chr5 176917078 . T C 73.92 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.022666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.055;QD=9.85663;RBI=0.0332296;REFB=-0.0429377;REVB=-0.0242993;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45528;STB=0.7994;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0384586;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:18:20:10:10:0.333333:2:8:7:11:2:8:7:13 chr5 176930135 . G A 791.16 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0251402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.386;QD=52.7437;RBI=0.0691381;REFB=-0.161049;REVB=0.0644054;RO=3;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357817;STB=0.512191;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00169636;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:60:3:2:56:58:0.966667:38:18:0:3:40:18:0:2 chr5 176930171 . AGAG A 337.74 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.00956347;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.126;QD=19.579;RBI=0.0143689;REFB=-0.0326482;REVB=0.0107241;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269073;STB=0.662526;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0301373;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507246:34:70:35:69:34:19:16:7:27:99:32:18:16:7:25 chr5 176936650 . T C 548.53 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2076;QD=59.3005;RBI=0.0421091;REFB=0;REVB=0.0416773;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155148;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr5 176940384 . G A 236.25 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0179601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1602;QD=17.4997;RBI=0.0549174;REFB=-0.00148137;REVB=0.0518976;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173527;STB=0.597625;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00198316;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:10:16:12:16:10:16:12:16 chr5 176951276 . A G 845.32 PASS AF=1;AO=50;DP=62;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.032;QD=57.3098;RBI=0.0610113;REFB=0;REVB=0.0546005;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280874;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:59:0:0:50:59:1:33:17:0:0:37:22:0:0 chr5 176958397 . G A 605.66 PASS AF=0.526316;AO=54;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0064862;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.038;QD=21.2512;RBI=0.0153839;REFB=-0.0329858;REVB=-0.0139497;RO=42;SAF=24;SAR=30;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825607;STB=0.51734;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0312113;OID=.;OPOS=176958397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:42:53:54:60:0.526316:30:24:23:19:35:25:24:29 chr5 177022651 . AA AG,GG 406.64 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=26,2;DP=31;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505495,0.00119195;FXX=0.0624805;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=33.0457,93.3313;QD=54.2185;RBI=0.117352,0.0260257;REFB=-0.0752488,-0.0885889;REVB=0.117243,0.0259984;RO=0;SAF=23,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00940677,0.0555904;OID=.,.;OPOS=177022652,177022651;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:31:30:0:0:26,2:28,2:0.933333,0.0666667:3,0:23,2:0:0:4,0:24,2:0:0 chr5 177031348 . T C 56.29 PASS AF=0.4;AO=9;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.196278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.586;QD=11.2581;RBI=0.197723;REFB=-0.0441245;REVB=-0.0238585;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311955;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0584195;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:9:8:0.4:6:3:4:7:6:2:5:7 chr5 177032050 . C G 182.91 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1995;QD=43.0384;RBI=0.1179;REFB=-0.135462;REVB=0.0523722;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0113318;OID=.;OPOS=177032050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:14:2:0:0:14:2:0:1 chr5 177035964 . T C 293.44 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.102695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.573;QD=14.8577;RBI=0.103941;REFB=-0.0118436;REVB=-0.0160471;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179376;STB=0.601307;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0189168;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:15:18:17:29:15:18:17:29 chr5 177158620 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.57;QD=37.4885;RBI=0.0485145;REFB=0;REVB=0.00296165;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315493;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr5 177161891 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7837;QD=33.4285;RBI=0.0806552;REFB=0;REVB=-0.0805608;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00780869;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr5 177180236 . G A 779.07 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00191293;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.315;QD=54.6715;RBI=0.0266764;REFB=-0.116951;REVB=0.0266077;RO=1;SAF=48;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972235;STB=0.505153;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000667886;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:55:56:0.982456:7:48:1:0:8:48:1:0 chr5 177310717 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.769;QD=33.4285;RBI=0.114287;REFB=0;REVB=-0.0388175;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418569;OID=.;OPOS=177310717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 177422823 . C T 312.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000164178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.525;QD=17.3702;RBI=0.0197337;REFB=-0.00928341;REVB=0.019733;RO=38;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021997;STB=0.512308;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0070951;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:16:18:21:17:16:18:21:17 chr5 177422876 . T C 1108.45 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.543;QD=57.5816;RBI=0.0149859;REFB=0.0487898;REVB=0.00182031;RO=2;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230683;STB=0.512192;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=6.1723e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:40:35:0:2:40:35:0:2 chr5 177422908 . A G 399.06 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.000692927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.663;QD=21.0033;RBI=0.0192087;REFB=-0.0200207;REVB=-0.0191962;RO=34;SAF=20;SAR=20;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147217;STB=0.565757;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0155777;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:36:40:40:0.526316:20:20:11:23:20:20:13:23 chr5 177547247 . T C 884.69 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520726;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.934;QD=57.0765;RBI=0.0528232;REFB=0;REVB=0.00887356;RO=0;SAF=6;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252575;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:59:62:1:53:6:0:0:54:8:0:0 chr5 177550723 . T C 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=31;FSRR=0;FWDB=-0.0134589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.242;QD=8.50811;RBI=0.0134589;REFB=-0.0332297;REVB=0;RO=31;SAF=12;SAR=0;SRF=31;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195589;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:0:12:31:0:0:12:31:0 chr5 177551169 . T C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00316938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.772;QD=8.08938;RBI=0.029325;REFB=-0.0164998;REVB=0.0291532;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219511;STB=0.621944;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0133618;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:3:6:10:11:3:6:11:11 chr5 177551176 . T C 73.83 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0883214;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.838;QD=8.94929;RBI=0.0889436;REFB=-0.0169127;REVB=-0.0105028;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.585194;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0311069;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:11:12:4:6:11:12 chr5 177574561 . T C 228.82 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0202028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.392;QD=16.0574;RBI=0.0346677;REFB=-0.0194174;REVB=0.0281726;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059523;STB=0.543826;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0186674;OID=.;OPOS=177574561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:25:26:0.45614:13:12:13:18:13:13:13:18 chr5 177612734 . T C 1678.08 PASS AF=0.966102;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0204416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.172;QD=56.8842;RBI=0.0206493;REFB=-0.0309858;REVB=-0.00292092;RO=2;SAF=65;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143853;STB=0.502425;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00061046;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:118:118:2:4:114:114:0.966102:49:65:2:0:49:65:2:2 chr5 177612744 . A G 1694.17 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.423;QD=60.5061;RBI=0.0348045;REFB=0;REVB=0.0110531;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9199e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:50:60:0:0:50:62:0:0 chr5 177612983 . G A 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0164331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.547;QD=24.1568;RBI=0.0194042;REFB=-0.00421632;REVB=0.0103186;RO=21;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129312;STB=0.571381;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00505181;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:18:12:12:9:18:12:12:9 chr5 177613123 . T C 526.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.492;QD=56.9371;RBI=0.0338405;REFB=0.00273646;REVB=0.0291312;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406473;STB=0.521727;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0006252;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:25:11:1:0:25:11:1:0 chr5 177613168 . C T 239.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00446981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4082;QD=20.8086;RBI=0.0362172;REFB=0.00366274;REVB=0.0359403;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00728306;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:10:13:13:10:10:13 chr5 177613296 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0174674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.968;QD=15.1663;RBI=0.0174738;REFB=0.00619347;REVB=-0.000471989;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131025;STB=0.575658;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00919325;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:12:8:8:7:12:8 chr5 177614001 . T C 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0157321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.611;QD=13.2128;RBI=0.0225927;REFB=0.00136852;REVB=0.0162151;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12178;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00223481;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:10:12:6:8:10:12 chr5 177614090 . G C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0239654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.157;QD=15.1663;RBI=0.0354287;REFB=-0.0230652;REVB=-0.0260931;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375681;STB=0.54161;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.027627;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:5:10:12:7:5:10:12:8 chr5 177614094 . C G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.072546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4625;QD=10.9407;RBI=0.100008;REFB=-0.0134303;REVB=-0.0688382;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792561;STB=0.545375;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0305782;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:17:20:11:11:0.354839:4:7:12:5:4:7:14:6 chr5 177614137 . C T 102.45 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.023419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.602;QD=17.818;RBI=0.0392897;REFB=-0.0245962;REVB=-0.0315472;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116603;STB=0.567449;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0144459;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:7:4:3:9:7:4 chr5 177614183 . T C 116.2 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.3;QD=42.2544;RBI=0.095974;REFB=0;REVB=0.00998562;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010343;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:7:4:0:0 chr5 177669413 . T G 440.32 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00783932;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.141;QD=23.8009;RBI=0.00814983;REFB=0.00420329;REVB=0.0022282;RO=32;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100993;STB=0.555529;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00326156;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:74:32:32:42:42:0.567568:25:17:17:15:25:17:17:15 chr5 177675217 . C T 527.9 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=0.0329708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5994;QD=17.8949;RBI=0.0359499;REFB=-0.0142236;REVB=0.014329;RO=61;SAF=24;SAR=32;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131254;STB=0.575732;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0155912;OID=.;OPOS=177675217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:62:56:56:0.474576:32:24:18:43:32:24:18:44 chr5 177683377 . T C 217.33 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0436886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7159;QD=22.8763;RBI=0.0463397;REFB=-0.000751362;REVB=-0.0154491;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164856;STB=0.592502;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.000670949;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:14:7:9:8:14:7:9:8 chr5 177688772 . G A 156.39 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0107062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6404;QD=24.0594;RBI=0.0329413;REFB=-0.0185446;REVB=0.0311529;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676326;STB=0.537995;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0146188;OID=.;OPOS=177688772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:4:6:11:5:4:6 chr5 177715580 . CT C,CC 1206.28 PASS AF=0.075,0.925;AO=17,45;DP=80;FAO=6,74;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=3,48;FSAR=3,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702674,0.0704296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.409,187.941;QD=60.3141;RBI=0.0909824,0.109383;REFB=0,0;REVB=0.0577953,0.0836916;RO=0;SAF=10,34;SAR=7,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0086994,0.00607605;OID=.,.;OPOS=177715581,177715581;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.075,0.925:17,45:80:6,74:80:0:3,48:3,26:0:0:13:0:10,34:7,11:0:0 chr5 178359136 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.040759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.871;QD=14.9784;RBI=0.0429823;REFB=-0.0649682;REVB=-0.0136448;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151801;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.055617;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:5:6:7:3:5:6 chr5 178391860 . G A 191.25 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0390558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1543;QD=15.6124;RBI=0.0431244;REFB=-0.024634;REVB=-0.0182854;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243606;STB=0.639146;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0492063;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:9:20:9:11:9:20 chr5 178391902 . A C 391.14 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0107814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.508;QD=27.4482;RBI=0.0176495;REFB=-0.043883;REVB=0.0139738;RO=20;SAF=12;SAR=25;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122452;STB=0.566973;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0287219;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:25:12:10:10:25:12:10:10 chr5 178395850 . G C 506.88 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.000454357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.958;QD=20.4798;RBI=0.0111663;REFB=0.00525952;REVB=0.011157;RO=50;SAF=20;SAR=29;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103178;STB=0.557203;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0049922;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:29:20:26:24:29:20:26:24 chr5 178412273 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00624314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.922;QD=23.0939;RBI=0.0259142;REFB=-0.0207428;REVB=-0.0251509;RO=11;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641723;STB=0.548958;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0151294;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:3:14:9:2:3:14:9:3 chr5 178413816 . T C 361.98 PASS AF=0.46988;AO=36;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0329601;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.822;QD=17.4446;RBI=0.0330466;REFB=0.0282476;REVB=0.00238874;RO=42;SAF=28;SAR=8;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531385;STB=0.506132;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.015514;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:44:36:39:0.46988:8:28:31:11:11:28:32:12 chr5 178413947 . T C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00469987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.013;QD=16.4805;RBI=0.0128164;REFB=-0.00287951;REVB=0.0119235;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853572;STB=0.548875;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0037396;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:14:11:10:9:14:11 chr5 178415937 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00341159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.09;QD=27.1542;RBI=0.0440658;REFB=-0.0197611;REVB=-0.0439336;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168208;STB=0.607012;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00661632;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:5:6:14:14:0.7:3:11:5:0:3:11:6:0 chr5 178415982 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.866;QD=59.4355;RBI=0.027892;REFB=0;REVB=-0.0148642;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65324e-05;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr5 178416063 . G A 359.59 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-7.80993e-05;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.26;QD=22.4746;RBI=0.00139456;REFB=-0.00860317;REVB=0.00139237;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198345;STB=0.609479;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00963193;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:13:23:11:17:13:23:11:17 chr5 178416288 . G A 219.52 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00348783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.105;QD=11.8661;RBI=0.0127041;REFB=-0.0164697;REVB=-0.0122159;RO=46;SAF=19;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166283;STB=0.591041;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0361545;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:47:27:27:0.364865:8:19:26:20:8:19:27:20 chr5 178419288 . C T 62.19 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6495;QD=35.5346;RBI=0.117029;REFB=0;REVB=0.0358566;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125412;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 178459283 . A G 278.37 PASS AF=0.34375;AO=32;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0110955;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.938;QD=11.5986;RBI=0.0167349;REFB=-0.00693309;REVB=-0.0125278;RO=62;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447281;STB=0.531127;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.013176;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:63:32:33:0.34375:20:12:21:41:20:13:22:41 chr5 178459426 . A C 234.4 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00186706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.249;QD=13.022;RBI=0.0160217;REFB=-0.00968486;REVB=-0.0159126;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109224;STB=0.562331;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0233839;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:15:13:16:28:15:13:16:28 chr5 178507069 . T C 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00542351;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.149;QD=52.6962;RBI=0.0079736;REFB=-0.013648;REVB=0.00584499;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03761;STB=0.519992;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00035349;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:25:24:2:0:25:24:2:0 chr5 178507090 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.932;QD=61.3341;RBI=0.0186228;REFB=0;REVB=0.0181138;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54769e-05;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr5 178540975 . G A 893.75 PASS AF=0.554054;AO=82;DP=148;FAO=82;FDP=148;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0100292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.156;QD=24.1555;RBI=0.0100292;REFB=-0.0222996;REVB=1.05226e-05;RO=65;SAF=48;SAR=34;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765101;STB=0.545443;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.019206;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:65:66:82:82:0.554054:34:48:32:33:34:48:32:34 chr5 178564807 . G A 448.58 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0271722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.549;QD=18.6906;RBI=0.0376459;REFB=-0.0169843;REVB=0.0260555;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315605;STB=0.522938;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0175813;OID=.;OPOS=178564807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:21:24:25:25:21:24:25:26 chr5 178581859 . G A 192.77 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0159617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.835;QD=14.8282;RBI=0.0236011;REFB=-0.00641799;REVB=0.0173849;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347382;STB=0.698098;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0149066;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:10:20:7:15:10:20 chr5 178634547 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0358393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.003;QD=18.6448;RBI=0.0462413;REFB=-0.0064313;REVB=0.0292198;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228752;STB=0.629457;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00524307;OID=.;OPOS=178634547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:3:10:7:7:3:10 chr5 178634619 . C T 667.4 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.582;QD=60.6729;RBI=0.0722693;REFB=0;REVB=0.0678709;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605922;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:18:25:1:0:18:26:0:0 chr5 178634672 . C T 520.67 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.901;QD=59.5054;RBI=0.0243566;REFB=0;REVB=0.00726945;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119856;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr5 178770981 . A G 1710.59 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.577;QD=60.5519;RBI=0.0146598;REFB=0;REVB=0.0129532;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22751e-05;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:66:47:0:0:66:47:0:0 chr5 178949560 . AG GT 434.34 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224427;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.958;QD=57.9116;RBI=0.0336649;REFB=0;REVB=-0.0250929;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00136869;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr5 178949580 . C T 508.48 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00535234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.032;QD=56.4981;RBI=0.0227792;REFB=-0.123606;REVB=0.0221414;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000474434;OID=.;OPOS=178949580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:13:21:0:1:13:22:0:1 chr5 178949781 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0536695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.139;QD=28.5368;RBI=0.0601175;REFB=-0.0302441;REVB=0.027087;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0102294;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr5 178951598 . G A 482.68 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0506801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4714;QD=53.6308;RBI=0.0509201;REFB=-0.119336;REVB=0.00493739;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5263;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00872113;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:36:36:0:2:34:34:0.944444:16:18:0:0:16:18:2:0 chr5 179036433 . G A 620.21 PASS AF=0.496063;AO=62;DP=126;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0100217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.342;QD=19.5343;RBI=0.025609;REFB=-0.0116687;REVB=0.0235666;RO=63;SAF=33;SAR=29;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773605;STB=0.503758;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0125509;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:63:64:62:63:0.496063:29:33:33:30:30:33:34:30 chr5 179069468 . A G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.053501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6302;QD=5.78786;RBI=0.0675446;REFB=-0.00778618;REVB=-0.04123;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743092;STB=0.50484;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0147694;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:13:10:3:4:13:10 chr5 179071866 . A G 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00288669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6122;QD=16.7502;RBI=0.0446278;REFB=-0.018108;REVB=-0.0445344;RO=39;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206848;STB=0.615891;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0163105;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:14:19:14:25:14:19:14:25 chr5 179078940 . T C 666.94 PASS AF=0.956522;AO=46;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0131419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.272;QD=57.9949;RBI=0.0440499;REFB=-0.0138845;REVB=0.0420438;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.507655;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00224478;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:0:2:46:44:0.956522:30:16:0:0:29:15:1:1 chr5 179079104 . G A 34.34 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0322567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8942;QD=15.2628;RBI=0.058744;REFB=-0.00323417;REVB=0.0490955;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0114796;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:9:4:3:5:6:0.666667:1:4:3:1:1:5:2:1 chr5 179126090 . C T 80.88 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0228632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.017;QD=23.1081;RBI=0.0244016;REFB=-0.0300254;REVB=-0.00852691;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514675;STB=0.545366;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0111796;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:14:14:4:4:9:10:0.714286:6:3:1:3:6:4:1:3 chr5 179203933 . A G 236.21 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0171906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.444;QD=17.4969;RBI=0.0300393;REFB=-0.0201785;REVB=-0.0246342;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168821;STB=0.594828;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0197663;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:11:17:11:15:11:17 chr5 179260153 . C T 724.13 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.038;QD=54.651;RBI=0.0473813;REFB=0;REVB=-0.0123402;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186028;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:1:0:49:53:1:25:24:1:0:26:27:0:0 chr5 179260213 . G A 471.07 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0511019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6976;QD=55.4196;RBI=0.0665976;REFB=-0.0126065;REVB=0.0427064;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00343695;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr5 179264731 . T C 1543.88 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064331;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.092;QD=59.9565;RBI=0.0142521;REFB=0;REVB=0.0127177;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.353e-05;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:102:103:1:55:47:0:0:56:47:0:0 chr5 179267949 . T C 778.54 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.535;QD=56.6213;RBI=0.0387057;REFB=0;REVB=0.0140305;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191273;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:22:31:0:0:22:33:0:0 chr5 179280379 . T C 1078.13 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.121;QD=59.8962;RBI=0.0108625;REFB=0;REVB=0.0104027;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98329e-05;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:35:37:0:0 chr5 179285752 . G A 809.59 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.121;QD=55.8339;RBI=0.171242;REFB=-0.0769583;REVB=0.161914;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189603;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:1:0:56:58:1:25:31:0:1:27:31:0:0 chr5 179287576 . C G 605.71 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.985;QD=60.5708;RBI=0.0256591;REFB=0;REVB=0.0248877;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93459e-05;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:21:16:0:0:24:16:0:0 chr5 179287585 . GC CT 601.97 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328147;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.167;QD=61.7402;RBI=0.036214;REFB=0;REVB=0.0153184;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.2139e-05;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr5 179287597 . C G 130.09 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00118198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3854;QD=13.6938;RBI=0.0229906;REFB=0.0039872;REVB=-0.0229602;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448652;STB=0.763673;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00213256;OID=.;OPOS=179287597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:14:9:12:3:14:9 chr5 179287622 . G GTA 470.2 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359035;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.811;QD=58.7754;RBI=0.0476027;REFB=0;REVB=0.0312563;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000239592;OID=.;OPOS=179287623;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:33:32:32:0:19:13:0:0:4:0:19:13:0:0 chr5 179290845 . T G 990.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.609;QD=59.1382;RBI=0.0271197;REFB=0;REVB=0.0249462;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77851e-05;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr5 179529124 . G A 204.0 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0716602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.147;QD=22.6661;RBI=0.0725488;REFB=-0.0190062;REVB=0.0113201;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141557;STB=0.54995;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0340898;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:16:20:20:0.555556:9:11:5:9:9:11:7:9 chr5 179555407 . T C 272.25 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0128744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.716;QD=15.557;RBI=0.0251083;REFB=-0.00864475;REVB=-0.0215564;RO=38;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160133;STB=0.56866;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0108234;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:39:30:31:0.442857:9:21:21:17:10:21:22:17 chr5 179563435 . T C 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8431;QD=63.57;RBI=0.0670439;REFB=0;REVB=-0.00128625;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00093211;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr5 179729519 . A G 806.33 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00197214;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7849;QD=55.6088;RBI=0.0108034;REFB=-0.0128138;REVB=0.0106219;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229942;STB=0.512191;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000271888;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:37:20:1:0:37:20:1:0 chr5 179734200 . A G 181.14 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00184035;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.977;QD=12.9384;RBI=0.0160292;REFB=0.00442434;REVB=-0.0159232;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045729;STB=0.526292;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00739183;OID=.;OPOS=179734200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:14:20:12:10:14:20 chr5 179734230 . C G 258.18 PASS AF=0.460317;AO=27;DP=61;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0122694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.466;QD=16.3923;RBI=0.0209152;REFB=-0.0402361;REVB=0.0169384;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838719;STB=0.560932;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0535513;OID=.;OPOS=179734230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:34:34:27:29:0.460317:18:9:14:20:20:9:14:20 chr5 179740827 . T C 592.9 PASS AF=0.422819;AO=62;DP=148;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0132204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9304;QD=15.9167;RBI=0.0271086;REFB=-0.014483;REVB=0.0236664;RO=85;SAF=23;SAR=39;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819676;STB=0.553431;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.012255;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:85:86:62:63:0.422819:39:23:38:47:40:23:39:47 chr5 179740875 . T G 924.61 PASS AF=0.56;AO=84;DP=148;FAO=84;FDP=150;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.0224267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.548;QD=24.6562;RBI=0.0269199;REFB=-0.0352446;REVB=-0.0148905;RO=64;SAF=38;SAR=46;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139453;STB=0.567149;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0252715;OID=.;OPOS=179740875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:64:66:84:84:0.56:46:38:18:46:46:38:20:46 chr5 179996111 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.162;QD=62.9823;RBI=0.0107894;REFB=0;REVB=0.00262153;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9908e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr5 180046344 . G C 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0418068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6216;QD=15.6165;RBI=0.0433852;REFB=-0.0631636;REVB=-0.0115959;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560859;STB=0.537577;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0567401;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:17:16:18:24:17:16:18:25 chr5 180046492 . CAG C 97.03 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00309096;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.429;QD=11.7618;RBI=0.0311078;REFB=-0.0121094;REVB=-0.0309539;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878373;STB=0.571317;STBP=0.609;TYPE=del;VARB=0.0238264;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:11:33:12:33:21:8:4:16:5:97:19:8:3:15:4 chr5 180120149 . T C 178.66 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0283803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.474;QD=22.3319;RBI=0.0337806;REFB=-0.0170672;REVB=-0.0183218;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0127246;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:7:7:10:8:7:7 chr5 180166461 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0822238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.319;QD=58.1407;RBI=0.0864863;REFB=0;REVB=0.0268163;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276299;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr5 180276402 . C T 786.21 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0264021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4211;QD=55.1727;RBI=0.0353542;REFB=-0.104242;REVB=-0.0235128;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020948;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00201922;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:0:1:22:34:0:1 chr5 180277343 . T C 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00762585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.169;QD=16.444;RBI=0.0160558;REFB=-0.0125681;REVB=0.0141292;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158818;STB=0.591454;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0174817;OID=.;OPOS=180277343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:14:6:12:15:14:6:12:15 chr5 180278393 . C G 269.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.743;QD=51.3997;RBI=0.0602945;REFB=0;REVB=0.0318247;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839815;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr5 180377018 . C A 233.13 PASS AF=0.481481;AO=27;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-4.59862e-05;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.71;QD=17.2687;RBI=0.00540386;REFB=-0.0128124;REVB=-0.00540366;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159429;STB=0.625278;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0119742;OID=.;OPOS=180377018;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:28:28:27:26:0.481481:18:9:14:14:18:8:15:13 chr5 180420155 . T C 258.06 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0126274;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.957;QD=15.8807;RBI=0.0127111;REFB=-0.0116674;REVB=0.00145657;RO=34;SAF=18;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173828;STB=0.598644;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0195549;OID=.;OPOS=180420155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:11:18:15:19:11:18:16:20 chr5 180483533 . T C 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0226891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.592;QD=15.7835;RBI=0.0496155;REFB=-0.00557535;REVB=0.0441237;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112472;STB=0.565122;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00802085;OID=.;OPOS=180483533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:8:9:9:5:8:9 chr5 180486247 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.9;QD=59.8393;RBI=0.0401921;REFB=0;REVB=0.0242677;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201551;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 180486785 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.009;QD=42.1826;RBI=0.0311708;REFB=0;REVB=0.00992125;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020295;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr5 180486841 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.144;QD=35.5759;RBI=0.0543907;REFB=0;REVB=0.0257963;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691177;OID=.;OPOS=180486841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr5 180551594 . T C 158.12 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0502959;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.2806;QD=14.7088;RBI=0.0623476;REFB=0.0158685;REVB=-0.0368448;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187863;STB=0.656403;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0172316;OID=.;OPOS=180551594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:25:17:18:0.418605:8:9:7:14:8:10:7:18 chr5 180582604 . A G 255.41 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2728;QD=51.0816;RBI=0.0345953;REFB=0;REVB=-0.034425;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000726221;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr5 180596597 . A G 1564.82 PASS AF=0.64186;AO=136;DP=211;FAO=138;FDP=215;FR=.;FRO=77;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0747053;FXX=0.00921617;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2356;QD=29.1129;RBI=0.0801902;REFB=-0.00858496;REVB=0.0291476;RO=75;SAF=62;SAR=74;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284015;STB=0.516947;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00516259;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:215:75:77:136:138:0.64186:74:62:31:44:76:62:31:46 chr5 180600638 . T C 755.64 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088429;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.959;QD=57.0297;RBI=0.0128605;REFB=0;REVB=-0.00933786;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95886e-05;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr5 180615933 . T C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0174474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.865;QD=13.2241;RBI=0.0293243;REFB=-0.0138004;REVB=-0.0235691;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173543;STB=0.599365;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0253747;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:10:14:15:21:10:14:15:21 chr5 180618713 . A AC,C 502.31 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=38,2;DP=54;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133969,0.0427435;FXX=0.0377287;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=14.2963,41.4919;QD=39.3967;RBI=0.142079,0.0739936;REFB=-0.0225124,-0.0175535;REVB=-0.0473148,-0.0603991;RO=12;SAF=17,2;SAR=21,0;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.206235,0.440425;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0484576,-0.0790579;OID=.,.;OPOS=180618714,180618713;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:54:51:12:0:38,2:49,2:0.960784,0.0392157:21,0:17,2:11:1:23,0:26,2:0:0 chr5 180626927 . A G 519.36 PASS AF=0.46281;AO=55;DP=123;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0103518;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.47;QD=17.169;RBI=0.0142595;REFB=-0.00974196;REVB=0.00980672;RO=65;SAF=24;SAR=31;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114251;STB=0.557632;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.01268;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:65:65:55:56:0.46281:31:24:36:29:31:25:36:29 chr5 180645350 . G C 196.85 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0260811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.32;QD=12.9079;RBI=0.0283047;REFB=0.0102132;REVB=0.0109968;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273874;STB=0.519464;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00776646;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:37:24:24:0.393443:9:15:21:14:9:15:22:15 chr5 180645353 . A G 202.66 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000665358;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.126;QD=13.9764;RBI=0.0103066;REFB=-0.00781568;REVB=-0.0102851;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045822;STB=0.540506;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.01189;OID=.;OPOS=180645353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:36:34:24:24:0.413793:9:15:21:15:9:15:19:15 chr5 180664200 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00458731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.926;QD=10.1734;RBI=0.0201319;REFB=-0.0138398;REVB=0.0196023;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33738;STB=0.713469;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0248836;OID=.;OPOS=180664200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:5:4:1:5:5:4 chr5 180687212 . C T 722.8 PASS AF=0.655914;AO=61;DP=93;FAO=61;FDP=93;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00619823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.399;QD=31.0883;RBI=0.00646457;REFB=-0.0258864;REVB=-0.00183645;RO=31;SAF=30;SAR=31;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151533;STB=0.50282;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0122826;OID=.;OPOS=180687212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:31:32:61:61:0.655914:31:30:16:15:31:30:16:16 chr5 180687428 . CTCTTCTTCTTCT CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC 346.76 PASS AF=0.542373,0.0677966;AO=26,5;DP=62;FAO=32,4;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=22,3;FSAR=10,1;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0137915,-0.0607891;FXX=0.0483793;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=177.844,44.9344;QD=23.509;RBI=0.0151907,0.068259;REFB=-0.0647871,-0.0149329;REVB=0.0063681,-0.031048;RO=20;SAF=17,4;SAR=9,1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.16582,0.412748;STB=0.629988,0.788123;STBP=0.034,0.307;TYPE=del,snp;VARB=0.0403827,0.133624;OID=.,.;OPOS=180687429,180687440;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542373,0.0677966:26,5:62:32,4:59:23:22,3:10,1:9:14:99:20:17,4:9,1:9:11 chr6 335175 . A T 358.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.236;QD=55.1702;RBI=0.0128822;REFB=0;REVB=0.0124388;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91854e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr6 348906 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00286426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.226;QD=7.25972;RBI=0.0207339;REFB=-0.00643437;REVB=-0.0205351;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432806;STB=0.773622;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0187204;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:8:2:16:13:8:2:16:13 chr6 350829 . G A 153.07 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.000124834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.439;QD=7.11969;RBI=0.000586092;REFB=-0.0100925;REVB=-0.000572643;RO=64;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154133;STB=0.592942;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0223742;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:64:22:22:0.255814:11:11:24:40:11:11:24:40 chr6 350940 . T TA 68.71 PASS AF=0.275862;AO=14;DP=61;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0699364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.8762;QD=4.73829;RBI=0.077346;REFB=0.00278224;REVB=0.0330349;RO=46;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202999;STB=0.554277;STBP=0.668;TYPE=ins;VARB=-0.0088735;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:14:61:16:58:42:4:12:13:29:68:46:3:11:16:30 chr6 408012 . G A 888.75 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217803;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.881;QD=58.2784;RBI=0.0396554;REFB=0;REVB=0.0331386;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445263;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr6 408079 . C T 1437.69 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.814;QD=61.8363;RBI=0.0328528;REFB=0.0657228;REVB=0.0227424;RO=1;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839106;STB=0.504424;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00010383;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:56:36:0:1:56:36:0:1 chr6 656143 . C A 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2103;QD=57.1701;RBI=0.0198147;REFB=0;REVB=-0.0182201;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148823;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr6 1313470 . C T 240.37 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0301577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.522;QD=14.5681;RBI=0.033934;REFB=-0.0101624;REVB=-0.0155573;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713831;STB=0.540453;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.022253;OID=.;OPOS=1313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:15:13:15:23:15:13:15:23 chr6 1395805 . ATTTTTTTTC AATTTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA 287.1 PASS AF=0,0.934783,0.0652174;AO=7,22,5;DP=45;FAO=0,43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,2;FSAR=0,30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623557,0.009193,0.0371136;FXX=0.0212721;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=7.94107,8.61496,12.16;QD=24.9654;RBI=0.062432,0.0352127,0.0719442;REFB=-0.000444634,-0.0170871,-0.0104275;REVB=0.00308566,0.0339915,-0.0616324;RO=4;SAF=4,5,2;SAR=3,17,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.197383,-0.00908927,0.118169;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0130803,-0.0237738;OID=.,.,.;OPOS=1395806,1395806,1395813;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CA;OMAPALT=AATTTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.934783,0.0652174:7,22,5:45:0,43,3:46:0:0,13,2:0,30,1:0:0:12:4:4,5,2:3,17,3:1:3 chr6 1507626 . G A 234.74 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0024209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.41;QD=13.225;RBI=0.0258609;REFB=0.000384848;REVB=-0.0257473;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173897;STB=0.591935;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000945355;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:16:12:25:17:16:12:25:18 chr6 1507808 . G T 483.17 PASS AF=0.495146;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0075589;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.06;QD=18.7638;RBI=0.024262;REFB=-0.0016664;REVB=0.0230544;RO=49;SAF=15;SAR=35;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.619919;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00261193;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:49:52:50:51:0.495146:35:15:25:24:35:16:28:24 chr6 1523145 . C CG,G 824.82 PASS AF=0.147541,0.852459;AO=8,52;DP=64;FAO=9,52;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40;FSAR=9,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0864878,-0.0364938;FXX=0.0468677;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=26.2317,51.9526;QD=54.0865;RBI=0.0871341,0.0457085;REFB=0,0;REVB=-0.0105928,-0.0275222;RO=1;SAF=0,40;SAR=8,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.037631;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0110311,-0.00430663;OID=.,.;OPOS=1523146,1523145;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:64:61:1:0:8,52:9,52:0.147541,0.852459:8,12:0,40:0:1:9,12:0,40:0:0 chr6 1742794 . A G 187.15 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0506423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3514;QD=14.1242;RBI=0.0637107;REFB=0.0119883;REVB=0.0386577;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189371;STB=0.62747;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0101804;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:20:22:0.415094:8:12:13:18:8:14:13:18 chr6 2623820 . G A 212.66 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00624614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6597;QD=16.0496;RBI=0.0531278;REFB=-0.0325612;REVB=0.0527594;RO=28;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252775;STB=0.651039;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0487122;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:9:15:10:18:9:15:10:19 chr6 2623861 . C G 257.14 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0202306;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3645;QD=18.3673;RBI=0.0238736;REFB=-0.0139867;REVB=-0.0126757;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158808;STB=0.588769;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0182634;OID=.;OPOS=2623861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:17:11:16:12:17:11 chr6 2623930 . G A 379.04 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0542673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2027;QD=19.192;RBI=0.0560174;REFB=-0.0209346;REVB=0.0138924;RO=40;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105539;STB=0.558735;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0244814;OID=.;OPOS=2623930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:23:16:21:19:23:16:21:19 chr6 2664375 . C A 189.85 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0136663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1963;QD=21.6972;RBI=0.0206991;REFB=0.00239277;REVB=-0.0155462;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740321;STB=0.561395;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00415203;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:13:6:6:9:13:6:7:9 chr6 2668071 . G C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.014403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.487;QD=9.82137;RBI=0.0305741;REFB=0.00393745;REVB=0.0269691;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375094;STB=0.72686;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.010492;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:14:9:8:3:14:9 chr6 2675271 . C T 192.51 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0190837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8373;QD=12.0319;RBI=0.0203812;REFB=-0.0313851;REVB=0.007156;RO=40;SAF=19;SAR=5;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167648;STB=0.597813;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0458599;OID=.;OPOS=2675271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:5:19:27:13:5:19:27:13 chr6 2749381 . C T 318.54 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.0077768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.471;QD=10.1124;RBI=0.0157323;REFB=-0.00472383;REVB=-0.0136758;RO=84;SAF=24;SAR=17;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02618;STB=0.51845;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0103669;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:84:85:41:41:0.325397:17:24:51:33:17:24:52:33 chr6 2766465 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.327;QD=44.6893;RBI=0.0276086;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116317;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr6 2955802 . T C 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00599625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.964;QD=14.8327;RBI=0.0175936;REFB=-0.0115254;REVB=-0.0165403;RO=47;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136137;STB=0.582691;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0158097;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:15:19:20:27:15:19:20:28 chr6 3010390 . C T 723.92 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8954;QD=54.6354;RBI=0.0285496;REFB=-0.0140679;REVB=0.0196663;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254383;STB=0.512816;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00140908;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:33:18:1:0:33:19:1:0 chr6 3015790 . A G 1259.36 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113693;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.523;QD=60.6919;RBI=0.0115567;REFB=-0.0960683;REVB=-0.00207311;RO=1;SAF=46;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101845;STB=0.505375;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00123576;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:36:46:1:0:36:46:1:0 chr6 3019927 . G C 234.5 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0497838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3857;QD=19.5418;RBI=0.0697055;REFB=0.00334946;REVB=-0.0487898;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224445;STB=0.625587;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0190331;OID=.;OPOS=3019927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:19:6:11:12:19:6 chr6 3154871 . A C 210.79 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.000605717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.012;QD=14.0524;RBI=0.0272732;REFB=-0.00512393;REVB=-0.0272664;RO=35;SAF=21;SAR=4;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560011;STB=0.820961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0170076;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:4:21:11:24:4:21:11:24 chr6 3154882 . C T 153.95 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0336998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0227;QD=11.6186;RBI=0.0341017;REFB=-0.0148065;REVB=0.00521998;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240276;STB=0.640169;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00938051;OID=.;OPOS=3154882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:12:7:20:14:12:7:20:14 chr6 3225759 . C A 71.69 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0161017;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.214;QD=4.62516;RBI=0.0168262;REFB=-0.00166333;REVB=0.00488409;RO=50;SAF=10;SAR=2;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347573;STB=0.732892;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00559839;OID=.;OPOS=3225759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:62:50:50:12:12:0.193548:2:10:30:20:2:10:30:20 chr6 3255327 . G A 407.15 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00717262;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.34;QD=17.3255;RBI=0.0284728;REFB=0.00718618;REVB=-0.0275545;RO=51;SAF=29;SAR=13;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36499;STB=0.699403;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00993668;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:51:52:42:42:0.446809:13:29:16:35:13:29:17:35 chr6 3255340 . A C 489.76 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0373737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.884;QD=18.4815;RBI=0.0374127;REFB=-0.00847533;REVB=-0.00170919;RO=54;SAF=33;SAR=18;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288676;STB=0.651882;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00790577;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:54:51:52:0.490566:18:33:18:36:19:33:18:36 chr6 3264487 . T C 384.8 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00426922;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.832;QD=16.9143;RBI=0.00505908;REFB=-0.0323852;REVB=-0.00271441;RO=51;SAF=9;SAR=31;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322404;STB=0.68272;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0187369;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:51:51:40:40:0.43956:31:9:26:25:31:9:26:25 chr6 3264502 . G C 292.96 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00805384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.027;QD=15.0233;RBI=0.008898;REFB=-0.00558465;REVB=0.00378286;RO=43;SAF=9;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281412;STB=0.661551;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0058295;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:43:45:33:33:0.423077:24:9:23:20:24:9:24:21 chr6 3273457 . A G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0144624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.024;QD=14.7664;RBI=0.0146464;REFB=0.000255343;REVB=-0.00231443;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146417;STB=0.583266;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000294857;OID=.;OPOS=3273457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:18:15:15:10:18:15 chr6 3285286 . A G 334.17 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0190853;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6909;QD=16.5022;RBI=0.050761;REFB=-0.0100322;REVB=-0.0470365;RO=46;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814102;STB=0.540406;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00950291;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:45:36:36:0.444444:19:17:18:28:19:17:18:27 chr6 3287118 . T C 279.08 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9994;QD=50.7423;RBI=0.0499302;REFB=0;REVB=-0.0277648;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370122;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr6 3438737 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00731991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.139;QD=18.6363;RBI=0.0292946;REFB=-0.00208697;REVB=-0.0283653;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596367;STB=0.533857;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00157364;OID=.;OPOS=3438737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:5:11:10:6:5:11 chr6 3438738 . G A 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0106293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.768;QD=15.195;RBI=0.0448405;REFB=-0.00948434;REVB=0.0435625;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114896;STB=0.566911;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0144372;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:7:11:10:4:7:11 chr6 3439595 . G GA 214.71 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130121;FXX=0.0832986;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.4915;QD=39.0374;RBI=0.172552;REFB=0;REVB=-0.113326;RO=4;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000652639;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:26:22:22:0:10:12:0:0:4:4:10:10:2:2 chr6 3727811 . C G 1472.29 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.927;QD=63.3241;RBI=0.0305351;REFB=0;REVB=0.026032;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70383e-05;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr6 3851193 . C G 212.32 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0105912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.479;QD=14.3944;RBI=0.0183413;REFB=-0.00885419;REVB=0.0149743;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17827;STB=0.601263;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00799635;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:21:13:14:11:21:13 chr6 4069166 . C T 278.4 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00656463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.94;QD=26.514;RBI=0.018838;REFB=-0.0353232;REVB=0.0176571;RO=17;SAF=4;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268262;STB=0.650566;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00926148;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:21:4:7:10:21:4:7:10 chr6 4069685 . C T 92.55 PASS AF=0.3;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0213931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.765;QD=9.25501;RBI=0.0291659;REFB=-0.0233446;REVB=-0.0198239;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191962;STB=0.59984;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0355679;OID=.;OPOS=4069685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:27:28:12:12:0.3:6:6:9:18:6:6:10:18 chr6 4074612 . A C 814.15 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.014858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.645;QD=20.6114;RBI=0.0153368;REFB=-0.00770432;REVB=-0.00380206;RO=73;SAF=33;SAR=49;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04389;STB=0.522266;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0064786;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:73:76:82:82:0.518987:49:33:33:40:49:33:34:42 chr6 4074634 . C A 476.36 PASS AF=0.424;AO=51;DP=123;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00455858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9725;QD=15.2436;RBI=0.00913112;REFB=-0.0193043;REVB=-0.00791181;RO=68;SAF=19;SAR=32;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421584;STB=0.512236;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0225044;OID=.;OPOS=4074634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:68:72:51:53:0.424:32:19:28:40:32:21:30:42 chr6 4079858 . C G 640.85 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=40;FWDB=0.0348715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.815;QD=26.1572;RBI=0.0349745;REFB=-0.0311929;REVB=-0.00268177;RO=41;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334279;STB=0.679808;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0281559;OID=.;OPOS=4079858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:33:24:1:40:33:24:1:40 chr6 4079875 . T C 368.34 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=-0.0842443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1307;QD=16.7426;RBI=0.0914302;REFB=0.00930671;REVB=-0.0355299;RO=49;SAF=4;SAR=35;SRF=9;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179902;STB=0.602589;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0190741;OID=.;OPOS=4079875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:35:4:9:40:35:4:9:40 chr6 4087934 . G C 248.47 PASS AF=0.509804;AO=23;DP=48;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00180314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.627;QD=19.4878;RBI=0.0140702;REFB=-0.00154012;REVB=0.0139542;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174666;STB=0.608002;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0012518;OID=.;OPOS=4087934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:24:25:23:26:0.509804:14:9:14:10:17:9:14:11 chr6 4115758 . C T 306.94 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0105542;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.473;QD=17.7936;RBI=0.0261497;REFB=-0.00337633;REVB=-0.0239252;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122646;STB=0.56862;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00311172;OID=.;OPOS=4115758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:14:19:16:20:14:19:16:20 chr6 4116262 . G A 200.25 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00847411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.771;QD=20.538;RBI=0.0429054;REFB=-0.006192;REVB=-0.0420603;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173701;STB=0.509794;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00852416;OID=.;OPOS=4116262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:7:12:13:7:7:12 chr6 4122249 . C A 139.31 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0656378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4639;QD=12.3834;RBI=0.0667655;REFB=0.00996304;REVB=-0.0122195;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198492;STB=0.511097;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0565907;OID=.;OPOS=4122249;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:27:29:16:16:0.355556:8:8:13:14:8:8:14:15 chr6 5086558 . C A 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.8;QD=62.9686;RBI=0.0668643;REFB=0;REVB=0.0658682;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219124;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr6 5139012 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0930295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4973;QD=39.2067;RBI=0.0964896;REFB=0;REVB=-0.0256076;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00795798;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 5431340 . A G 451.17 PASS AF=0.614286;AO=42;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00684581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.038;QD=25.781;RBI=0.0212941;REFB=-0.0268293;REVB=0.0201637;RO=27;SAF=24;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649983;STB=0.529752;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0194076;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:42:43:0.614286:18:24:13:14:19:24:13:14 chr6 6003985 . C T 456.31 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0518291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5046;QD=24.0165;RBI=0.0522588;REFB=-0.0451547;REVB=0.00668787;RO=33;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772294;STB=0.552161;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0391255;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:32:43:44:0.578947:18:25:16:17:18:26:15:17 chr6 6145726 . A G 418.71 PASS AF=0.37037;AO=48;DP=133;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0241396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.409;QD=12.4061;RBI=0.0247424;REFB=-0.00727963;REVB=-0.00542809;RO=85;SAF=14;SAR=34;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241037;STB=0.645679;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0139046;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:85:85:48:50:0.37037:34:14:42:43:36:14:42:43 chr6 6152137 . C G 269.07 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0197617;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.659;QD=16.3071;RBI=0.0233309;REFB=-0.00215148;REVB=-0.0124018;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984948;STB=0.555518;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0061526;OID=.;OPOS=6152137;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:36:30:30:0.454545:18:12:18:18:18:12:18:18 chr6 6152140 . C T 281.54 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0038003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.677;QD=17.063;RBI=0.00439841;REFB=-0.0193074;REVB=0.00221444;RO=35;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122503;STB=0.568817;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0309231;OID=.;OPOS=6152140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:19:12:18:17:19:12:18:17 chr6 6174866 . G A 1525.67 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00772137;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.737;QD=58.6797;RBI=0.0334085;REFB=-0.147663;REVB=0.0325039;RO=1;SAF=51;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921324;STB=0.504853;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000136457;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:52:51:1:0:52:51:1:0 chr6 6320808 . T G 2080.41 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3496;QD=62.1017;RBI=0.0712281;REFB=0;REVB=-0.0528677;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296346;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:131:134:1:63:68:0:0:64:70:0:0 chr6 6938928 . C T 177.43 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0275232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2085;QD=14.4838;RBI=0.0317905;REFB=-0.0156697;REVB=0.0159096;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596891;STB=0.534485;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0225982;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:19:11:8:11:19:11 chr6 7211818 . G A 1251.72 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.2;QD=61.0597;RBI=0.0260692;REFB=0;REVB=0.0187132;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94187e-05;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:47:34:0:0:48:34:0:0 chr6 7230680 . G T 41.08 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.023299;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.338;QD=16.4318;RBI=0.025236;REFB=-0.009357;REVB=-0.00969587;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28888;STB=0.666218;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00483839;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:4:0:2:4:4:0 chr6 7246833 . C CA 52.93 PASS AF=0.25;AO=5;DP=41;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0035353;FXX=0.333254;HRUN=0;LEN=1;MLLD=160.269;QD=7.56156;RBI=0.0471248;REFB=-0.00597432;REVB=-0.046992;RO=36;SAF=0;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.636999;STB=0.666111;STBP=0.465;TYPE=ins;VARB=0.0156153;OID=.;OPOS=7246834;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:5:41:7:28:21:1:6:6:15:52:36:0:5:19:17 chr6 7246834 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00610638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.684;QD=11.8819;RBI=0.0206196;REFB=-0.00599045;REVB=-0.0196947;RO=28;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651107;STB=0.881524;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00405954;OID=.;OPOS=7246834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:2:13:7:21:2:13:7:21 chr6 7247248 . T C 375.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.396;QD=55.6068;RBI=0.0409517;REFB=0;REVB=0.0308706;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32679e-05;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:27:0:0:24:27:1:14:10:0:0:17:10:0:0 chr6 7288544 . A C 355.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1509;QD=54.6912;RBI=0.062465;REFB=0;REVB=0.0515721;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201972;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr6 7289957 . CCA C 336.45 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132591;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.54;QD=46.4063;RBI=0.0184308;REFB=0;REVB=0.0128019;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000403372;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:30:29:29:0:8:21:0:0:6:0:7:18:0:0 chr6 7295283 . T A 230.19 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0083849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6384;QD=46.0378;RBI=0.009655;REFB=0.0293611;REVB=-0.0047867;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00085413;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:1:0:12:7:1:0 chr6 7387236 . G A 201.16 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0134894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.285;QD=17.4924;RBI=0.0165232;REFB=-0.0118302;REVB=0.00954214;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247249;STB=0.659082;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0175695;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:25:20:21:0.456522:12:8:17:9:13:8:17:8 chr6 7393452 . C T 213.58 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0437278;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7223;QD=18.9851;RBI=0.0729134;REFB=-0.0480211;REVB=-0.0583459;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207598;STB=0.599911;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.039091;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:9:12:18:5:9:12:18:6 chr6 7563983 . T G 1387.11 PASS AF=0.970297;AO=95;DP=100;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0237795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6678;QD=54.9349;RBI=0.0272842;REFB=-0.174213;REVB=0.0133777;RO=4;SAF=39;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266977;STB=0.507557;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00713173;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:101:4:3:95:98:0.970297:56:39:3:1:57:41:2:1 chr6 7572262 . A G 299.08 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00442459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.774;QD=18.9892;RBI=0.00638217;REFB=-0.0126948;REVB=-0.00459946;RO=31;SAF=7;SAR=24;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782856;STB=0.548665;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00956557;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:31:31:32:0.507937:24:7:9:22:25:7:9:22 chr6 7576527 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0201814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.284;QD=18.0359;RBI=0.0492353;REFB=0.000735404;REVB=-0.0449091;RO=27;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284972;STB=0.663613;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000453844;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:5:17:14:13:5:17:14:13 chr6 7577260 . C T 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0520336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6683;QD=18.1522;RBI=0.0578622;REFB=0.00688575;REVB=-0.0253091;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105715;STB=0.559765;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00917227;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:7:18:13:8:7:18 chr6 7581636 . G A 217.66 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00205225;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1762;QD=16.1229;RBI=0.0262914;REFB=-0.0121383;REVB=0.0262112;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219668;STB=0.611801;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0309715;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:29:24:25:0.462963:17:7:15:15:17:8:15:14 chr6 7585967 . G C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0663726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.101;QD=16.8985;RBI=0.0671189;REFB=-0.042249;REVB=-0.00998077;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34303;STB=0.705371;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0319334;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:3:6:9:1:3:6 chr6 7601720 . C T 357.59 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.036432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2234;QD=19.5941;RBI=0.0561032;REFB=-0.0101173;REVB=-0.0426647;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184326;STB=0.60201;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00857794;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:18:19:11:25:18:19:11:25 chr6 7862631 . G C 396.63 PASS AF=0.58209;AO=28;DP=68;FAO=39;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0169028;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.074;QD=23.6794;RBI=0.0263844;REFB=-0.0185464;REVB=-0.0202591;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112426;STB=0.602923;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0432909;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:27:28:28:39:0.58209:11:17:13:14:12:27:13:15 chr6 7881864 . AG CC 174.65 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.010329;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.469;QD=8.02988;RBI=0.0115982;REFB=-0.00912232;REVB=-0.00527543;RO=62;SAF=10;SAR=14;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101104;STB=0.555079;STBP=0.53;TYPE=mnp;VARB=0.0158652;OID=.;OPOS=7881864;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:63:24:24:0.275862:14:10:31:31:14:10:31:32 chr6 7881931 . T C 348.14 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=78;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.0099178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.478;QD=17.4067;RBI=0.0380408;REFB=0.0028119;REVB=0.0367252;RO=43;SAF=10;SAR=25;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160765;STB=0.578474;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00482447;OID=.;OPOS=7881931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:43:43:35:37:0.4625:25:10:7:36:27:10:7:36 chr6 7883073 . C T 121.75 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0161805;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.672;QD=9.74023;RBI=0.0345287;REFB=-0.00874939;REVB=-0.0305029;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252011;STB=0.515132;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0227026;OID=.;OPOS=7883073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:5:10:24:11:5:10:24:11 chr6 7986847 . G A 250.3 PASS AF=0.48;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0356209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.329;QD=20.0236;RBI=0.0372215;REFB=-0.0297722;REVB=0.0107978;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305781;STB=0.533305;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0201604;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:26:24:24:0.48:17:7:8:17:17:7:9:17 chr6 7987560 . C T 396.83 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0101358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7118;QD=17.835;RBI=0.0199749;REFB=0.0122416;REVB=-0.0172123;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833816;STB=0.50466;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0160988;OID=.;OPOS=7987560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:21:20:23:25:21:20:23:25 chr6 7988189 . T C 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00275007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.132;QD=17.6938;RBI=0.00282846;REFB=-0.00885861;REVB=0.000661299;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256956;STB=0.539869;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0075233;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:39:35:35:0.472973:17:18:19:16:17:18:23:16 chr6 8015129 . T C 128.16 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0450496;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.437;QD=11.3923;RBI=0.0454121;REFB=-0.0109799;REVB=-0.00572608;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359833;STB=0.672196;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0213507;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:30:15:15:0.333333:9:6:20:7:9:6:20:10 chr6 8015821 . T C 487.75 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0140869;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1007;QD=21.4394;RBI=0.0156613;REFB=-0.00289402;REVB=0.00684375;RO=44;SAF=14;SAR=33;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131337;STB=0.572824;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00232232;OID=.;OPOS=8015821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:33:14:19:25:33:14:19:25 chr6 8413890 . A G 185.1 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0240289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7977;QD=18.5102;RBI=0.0248039;REFB=-0.0182028;REVB=0.00615157;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107884;STB=0.574392;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0251537;OID=.;OPOS=8413890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:10:8:7:14:10:9:7:14 chr6 8428137 . A AAGT 164.19 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167829;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.546;QD=46.9121;RBI=0.0519136;REFB=0;REVB=0.0491259;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000261884;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:15:14:14:0:8:6:0:0:4:3:7:5:1:2 chr6 8430049 . G A 1590.77 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442127;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0732;QD=64.2737;RBI=0.0273336;REFB=0;REVB=-0.0269737;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4967e-05;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:63:36:0:0:63:36:0:0 chr6 8435453 . ATC A,AC,ACC 1306.04 PASS AF=0,0.939759,0.060241;AO=17,9,53;DP=83;FAO=0,78,5;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40,5;FSAR=0,38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.287299,0.247024,0.205623;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=143.889,158.563,151.7;QD=62.9415;RBI=0.297914,0.24723,0.228605;REFB=0,0,0;REVB=0.078817,-0.0100791,-0.0998983;RO=0;SAF=17,9,17;SAR=0,0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.19417e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00983601,-0.132463;OID=.,.,.;OPOS=8435454,8435454,8435454;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.939759,0.060241:17,9,53:83:0,78,5:83:0:0,40,5:0,38,0:0:0:14:0:17,9,17:0,0,36:0:0 chr6 9705636 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.024561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.317;QD=12.8607;RBI=0.0262584;REFB=-0.0167786;REVB=-0.00928767;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300057;STB=0.68509;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0162997;OID=.;OPOS=9705636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:3:5:6:1:3:5 chr6 9776058 . G A 250.15 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0249431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9625;QD=16.6765;RBI=0.0411203;REFB=-0.034114;REVB=-0.0326913;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941356;STB=0.535689;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0359156;OID=.;OPOS=9776058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:15:13:17:13:15:13:17:15 chr6 10439968 . T C 192.38 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0224007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.551;QD=23.3182;RBI=0.0260303;REFB=-0.00294948;REVB=-0.0132584;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501505;STB=0.528024;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00272092;OID=.;OPOS=10439968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:8:11:9:5:8:11:9:5 chr6 10509380 . T A 172.37 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00199694;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.135;QD=11.1209;RBI=0.0262218;REFB=-0.00966682;REVB=0.0261457;RO=39;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306612;STB=0.68694;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0236534;OID=.;OPOS=10509380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:16:6:21:18:16:6:22:18 chr6 10587038 . C G,T 706.63 PASS AF=0.978723,0.0212766;AO=44,2;DP=46;FAO=46,1;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314837,0.00758121;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.8223,36.3541;QD=60.1383;RBI=0.0422949,0.0084611;REFB=-0.0405604,-0.0970022;REVB=0.0282425,-0.00375707;RO=0;SAF=20,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00202963,0.055946;OID=.,.;OPOS=10587038,10587038;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:47:0:0:44,2:46,1:0.978723,0.0212766:24,1:20,1:0:0:26,0:20,1:0:0 chr6 10634169 . G A 162.9 PASS AF=0.36;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0177704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8486;QD=13.0322;RBI=0.0217566;REFB=-0.000351644;REVB=0.0125523;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336108;STB=0.688724;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000473597;OID=.;OPOS=10634169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:32:18:18:0.36:5:13:13:18:5:13:14:18 chr6 10729020 . C T 335.81 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.039336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9713;QD=19.7536;RBI=0.0394223;REFB=-0.0085023;REVB=-0.00260605;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224066;STB=0.599943;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00590662;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:34:35:0.514706:21:13:21:12:21:14:20:13 chr6 10753107 . T A 850.75 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.957;QD=57.6778;RBI=0.0400026;REFB=0;REVB=0.0292998;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248503;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr6 10763312 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.228;QD=52.6132;RBI=0.0284957;REFB=0;REVB=0.0269474;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132295;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr6 10764727 . A G 754.1 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.924;QD=56.9131;RBI=0.0442184;REFB=0;REVB=-0.0117644;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49746e-05;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr6 10891781 . C T 651.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.35;QD=62.0143;RBI=0.0333974;REFB=0;REVB=0.0333439;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60937e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr6 10942964 . A G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0204046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.793;QD=17.7534;RBI=0.0306862;REFB=-0.0209193;REVB=0.0229193;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173505;STB=0.597484;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0208511;OID=.;OPOS=10942964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:10:17:11:14:10:17 chr6 10955408 . C T 375.92 PASS AF=0.653061;AO=29;DP=47;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0402375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2171;QD=30.6873;RBI=0.073239;REFB=-0.0408281;REVB=0.0611955;RO=17;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118091;STB=0.552397;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.025899;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:17:17:29:32:0.653061:17:12:10:7:18:14:10:7 chr6 10981053 . G A 278.02 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0079022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.486;QD=48.3517;RBI=0.0199341;REFB=0.00769753;REVB=0.0183009;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000930883;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:0:1:22:22:0.956522:9:13:0:0:10:12:1:0 chr6 11005686 . G A 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.015573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.682;QD=12.5474;RBI=0.022645;REFB=-0.0205131;REVB=-0.0164401;RO=43;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145858;STB=0.576268;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0285833;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:12:15:18:25:12:15:19:25 chr6 11079286 . G A 260.01 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00266454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9494;QD=16.7746;RBI=0.00300574;REFB=0.00165631;REVB=-0.00139095;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555995;STB=0.531229;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0011875;OID=.;OPOS=11079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:15:14:14:19:15:14:14:19 chr6 11185257 . A T 525.65 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0396492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8856;QD=53.9123;RBI=0.039682;REFB=-0.148419;REVB=0.00161284;RO=2;SAF=13;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666971;STB=0.535695;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00445869;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:2:2:36:37:0.948718:23:13:2:0:24:13:2:0 chr6 11185379 . C G 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00712692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.79;QD=16.979;RBI=0.0133921;REFB=0.000798588;REVB=0.0113382;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254653;STB=0.511227;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000948429;OID=.;OPOS=11185379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:14:12:13:15:14:12:14:15 chr6 11185533 . G A 316.49 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00595633;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.533;QD=14.7206;RBI=0.0209112;REFB=-0.0102323;REVB=0.0200449;RO=50;SAF=22;SAR=13;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949685;STB=0.500711;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0130807;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:13:22:31:19:13:22:32:19 chr6 11190626 . A G 989.26 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.834;QD=59.0602;RBI=0.0146537;REFB=0;REVB=-0.00988738;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9898e-05;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:37:30:0:0 chr6 11192575 . C T 674.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218653;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.704;QD=62.7768;RBI=0.0249269;REFB=0;REVB=-0.0119692;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48478e-05;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr6 11538534 . C T 759.71 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.381;QD=63.3094;RBI=0.0849058;REFB=0;REVB=0.084601;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215819;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:14:33:0:0:15:33:0:0 chr6 11576130 . T C 815.25 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0312881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4254;QD=50.1693;RBI=0.0335331;REFB=-0.213194;REVB=0.0120632;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513003;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0087838;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:65:65:0:5:60:60:0.923077:34:26:0:0:34:26:3:2 chr6 11644518 . C T 471.52 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0655362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2854;QD=55.4729;RBI=0.0676061;REFB=0.0079322;REVB=-0.0166007;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000545369;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:10:23:0:0:10:23:1:0 chr6 11717573 . G C 419.54 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00395755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.741;QD=22.9887;RBI=0.0314221;REFB=-0.000694191;REVB=-0.0311719;RO=31;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190957;STB=0.595324;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000340544;OID=.;OPOS=11717573;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:41:41:0.561644:19:22:24:7:19:22:24:8 chr6 12122645 . A G 1102.56 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00218803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.617;QD=58.8032;RBI=0.00709381;REFB=0.0406446;REVB=0.00674794;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141198;STB=0.507461;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000133947;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:41:33:1:0:41:33:1:0 chr6 12124587 . C G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.378;QD=56.9383;RBI=0.0753677;REFB=0;REVB=0.0501974;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243213;OID=.;OPOS=12124587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr6 12294258 . A G 1082.59 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00860342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.014;QD=55.5173;RBI=0.0124193;REFB=-0.049048;REVB=-0.00895654;RO=2;SAF=46;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201241;STB=0.502164;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000119313;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:2:3:74:75:0.961538:28:46:2:0:29:46:2:1 chr6 13185116 . CAAAAAA CAAAA,CCAAAAA,CCAAAAC 397.3 PASS AF=0.272727,0.590909,0;AO=7,23,2;DP=57;FAO=18,39,0;FDP=66;FR=.;FRO=9;FSAF=12,6,0;FSAR=6,33,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.115222,0.0768653,0.0148382;FXX=0.0294074;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,6;MLLD=11.8933,10.41,12.9699;QD=24.0787;RBI=0.115282,0.227696,0.0530427;REFB=-0.0429178,-0.0953555,-0.0485181;REVB=0.00371206,0.21433,0.050925;RO=8;SAF=5,1,1;SAR=2,22,1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0.309524,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.206125,-0.544159,0;STB=0.540495,0.620443,0.5;STBP=0.613,0.016,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00480103,0.0947931,0;OID=.,.,.;OPOS=13185117,13185117,13185117;OREF=AA,A,AAAAAA;OALT=-,C,CAAAAC;OMAPALT=CAAAA,CCAAAAA,CCAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.590909,0:7,23,2:57:18,39,0:66:9:12,6,0:6,33,0:5:4:83:8:5,1,1:2,22,1:4:4 chr6 13288648 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000248601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.405;QD=20.6011;RBI=0.00747512;REFB=-0.00917188;REVB=-0.00747098;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113857;STB=0.564039;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00744117;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:12:7:10:10:12:7 chr6 13295502 . T C 297.07 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0154904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.44;QD=18.2814;RBI=0.0156109;REFB=-0.0159759;REVB=-0.00193619;RO=33;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267042;STB=0.649182;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00710036;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:11:21:12:21:11:21:12:21 chr6 13295515 . A C 303.64 PASS AF=0.478261;AO=30;DP=66;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.079475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.207;QD=17.6023;RBI=0.0794752;REFB=0.00248612;REVB=0.00019173;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286452;STB=0.672973;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00364778;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:36:36:30:33:0.478261:11:19:12:24:11:22:12:24 chr6 13295536 . C T 286.84 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0229031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2173;QD=15.9355;RBI=0.032531;REFB=-0.00823663;REVB=0.0231023;RO=37;SAF=20;SAR=12;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329755;STB=0.67557;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0148936;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:40:32:32:0.444444:12:20:10:27:12:20:12:28 chr6 13361088 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.837;QD=57.5451;RBI=0.0374082;REFB=0;REVB=0.00481919;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53822e-05;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr6 13470113 . A T 271.79 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.339;QD=51.7697;RBI=0.015161;REFB=0;REVB=-0.0140674;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239881;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr6 13547958 . C T 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9495;QD=60.9699;RBI=0.0385496;REFB=0;REVB=-0.0356435;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332204;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr6 13548165 . A G 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234286;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.266;QD=57.2353;RBI=0.0236726;REFB=0;REVB=-0.00339058;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88906e-05;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr6 13591999 . C T 797.16 PASS AF=0.578125;AO=73;DP=128;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0160932;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.901;QD=24.9114;RBI=0.0395505;REFB=-0.0143637;REVB=0.0361283;RO=54;SAF=35;SAR=38;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102464;STB=0.552451;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.011517;OID=.;OPOS=13591999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:54:54:73:74:0.578125:38:35:33:21:38:36:33:21 chr6 13622132 . T TC 105.08 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0761897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6937;QD=23.3512;RBI=0.0810055;REFB=0.0417726;REVB=0.0275139;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174365;STB=0.559897;STBP=0.495;TYPE=ins;VARB=-0.0138901;OID=.;OPOS=13622133;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:12:21:12:18:6:8:4:3:3:35:9:8:4:4:5 chr6 13659077 . GTT GT,GTG 537.58 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=6,29;DP=37;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469528,-0.0444641;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.8736,29.2569;QD=56.5874;RBI=0.133401,0.0519179;REFB=0,0;REVB=-0.124865,0.0268033;RO=0;SAF=5,23;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0414682,0.020691;OID=.,.;OPOS=13659078,13659079;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:6,29:37:1,37:38:0:1,28:0,9:0:0:7:0:5,23:1,6:0:0 chr6 13711279 . A G 274.81 PASS AF=0.395062;AO=30;DP=79;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00271827;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4674;QD=13.5709;RBI=0.00734212;REFB=-0.0132633;REVB=-0.00682039;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552727;STB=0.511639;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0301099;OID=.;OPOS=13711279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:47:49:30:32:0.395062:17:13:18:29:19:13:19:30 chr6 13794110 . C A 145.58 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0164848;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.732;QD=15.3239;RBI=0.0164853;REFB=-0.00282772;REVB=0.000124352;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00514309;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:22:16:16:0.421053:8:8:11:12:8:8:11:11 chr6 13794147 . C T 257.05 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00101966;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0844;QD=27.7886;RBI=0.0216605;REFB=-0.0584807;REVB=0.0216365;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682096;STB=0.551841;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0102892;OID=.;OPOS=13794147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:14:23:23:0.621622:10:13:6:7:10:13:6:8 chr6 13978275 . A C 520.92 PASS AF=0.419118;AO=53;DP=132;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00258171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4707;QD=15.3213;RBI=0.00795079;REFB=-0.00929081;REVB=0.00751997;RO=79;SAF=21;SAR=32;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144869;STB=0.596651;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00842102;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:79:79:53:57:0.419118:32:21:42:37:36:21:42:37 chr6 13978618 . C G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0052996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.523;QD=21.5108;RBI=0.0098092;REFB=-0.00175574;REVB=0.00825437;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541852;STB=0.530577;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00154094;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:5:10:13:5:5:10 chr6 13978802 . TCTC T 156.51 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0012134;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.825;QD=10.9828;RBI=0.0268638;REFB=-0.0137637;REVB=-0.0268364;RO=34;SAF=15;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266183;STB=0.685518;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0315559;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877:20:59:20:57:37:15:5:18:19:99:34:15:5:18:16 chr6 13978837 . G T 146.87 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0172747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.003;QD=11.2973;RBI=0.0182273;REFB=-0.0223132;REVB=-0.00581548;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108016;STB=0.554763;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0323266;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:34:18:18:0.346154:7:11:17:16:7:11:18:16 chr6 13979929 . TTAA TAAA,T,TTA 57.26 PASS AF=0,0.444444,0.0555556;AO=3,3,3;DP=25;FAO=0,8,1;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0,1,0;FSAR=0,7,1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.453178,0.175467,0.517104;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=9.90199,24.2974,10.5974;QD=12.7234;RBI=0.45685,0.198612,0.528081;REFB=0.0376031,-0.0845414,-0.142651;REVB=0.0578029,0.0930491,0.10711;RO=11;SAF=3,0,1;SAR=0,3,2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.657411,-0.630413,-0.136146;STB=0.5,0.743945,0.988208;STBP=1,0.133,0.512;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.148084,-0.0475631;OID=.,.,.;OPOS=13979930,13979930,13979931;OREF=T,TAA,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=TAAA,T,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.444444,0.0555556:3,3,3:25:0,8,1:18:9:0,1,0:0,7,1:4:5:46:11:3,0,1:0,3,2:5:6 chr6 13980157 . A T 190.61 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.094946;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9366;QD=14.6623;RBI=0.0950883;REFB=0.00621178;REVB=-0.00520039;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336342;STB=0.519213;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0130178;OID=.;OPOS=13980157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:16:14:11:11:16:14 chr6 14646772 . A G 656.08 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.149;QD=61.0304;RBI=0.0669817;REFB=0;REVB=0.0262594;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134151;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:22:21:0:0 chr6 15513482 . G A 99.59 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0121162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1634;QD=15.3218;RBI=0.0198201;REFB=-0.0255303;REVB=0.0156855;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225663;STB=0.631355;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0306522;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:6:8:4:8:6:8 chr6 15586009 . G T 1116.25 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.675;QD=60.3379;RBI=0.0148577;REFB=0;REVB=0.00248507;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53691e-05;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr6 16145325 . A G 997.52 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183407;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.564;QD=59.5535;RBI=0.0213112;REFB=0;REVB=0.0108528;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04783e-05;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr6 16148176 . G A 419.57 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00555718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.571;QD=16.9524;RBI=0.0150765;REFB=-0.00413486;REVB=-0.0140149;RO=52;SAF=27;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219678;STB=0.618361;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00455149;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:52:55:43:44:0.444444:16:27:21:31:17:27:22:33 chr6 16290761 . T A 331.53 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0100057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.526;QD=15.7871;RBI=0.0104887;REFB=-0.0307756;REVB=-0.00314613;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224066;STB=0.630885;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0278783;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:44:48:36:36:0.428571:18:18:12:32:18:18:13:35 chr6 16295347 . A AACTC 287.86 PASS AF=0.463768;AO=30;DP=72;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0154167;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=295.963;QD=16.6875;RBI=0.0199876;REFB=-0.0166845;REVB=-0.0127212;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117691;STB=0.552813;STBP=0.45;TYPE=ins;VARB=0.0179372;OID=.;OPOS=16295348;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=AACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463768:30:72:32:69:37:15:17:21:16:99:40:13:17:22:18 chr6 16306866 . G A 227.15 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0109437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.682;QD=13.7669;RBI=0.0113652;REFB=-0.0070337;REVB=-0.00306617;RO=39;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167241;STB=0.595672;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0155985;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:18:9:19:20:18:9:19:20 chr6 16327329 . CT CC,C,GC 116.45 PASS AF=0.315789,0.368421,0;AO=6,5,2;DP=19;FAO=6,7,0;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4,7,0;FSAR=2,0,0;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0684562,-0.130576,-0.0460445;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=1,1,2;MLLD=33.791,28.0594,21.2847;QD=24.5157;RBI=0.0691908,0.147261,0.0804821;REFB=-0.0330028,-0.0241234,-0.0305632;REVB=-0.0100552,-0.0680849,-0.0660096;RO=6;SAF=4,5,2;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.513504,0.819749,0.794076;STB=0.799197,0.998459,0.5;STBP=0.063,0.001,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0351929,-0.0107633,0;OID=.,.,.;OPOS=16327330,16327330,16327329;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,GC;OMAPALT=CC,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:19:19:6:6:6,5,2:6,7,0:0.315789,0.368421,0:2,0,0:4,5,2:0:6:2,0,0:4,7,0:0:6 chr6 16327615 . A G 631.8 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.599;QD=61.6388;RBI=0.0394056;REFB=0;REVB=0.00803377;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158768;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr6 17543302 . A G 661.05 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0149174;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.133;QD=48.9667;RBI=0.0197298;REFB=-0.0317589;REVB=-0.0129127;RO=3;SAF=18;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397054;STB=0.509386;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.000143127;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:54:3:4:49:50:0.925926:31:18:1:2:31:19:2:2 chr6 17551781 . C T 291.9 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0123503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.796;QD=15.9943;RBI=0.0157223;REFB=-0.0125565;REVB=-0.00972948;RO=40;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184563;STB=0.609456;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0145843;OID=.;OPOS=17551781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:32:33:0.452055:21:11:21:19:22:11:21:19 chr6 17619764 . G C 65.52 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0441897;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2958;QD=9.70645;RBI=0.0852623;REFB=-0.0201598;REVB=-0.0729173;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.537732;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0373735;OID=.;OPOS=17619764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:27:17:18:9:9:0.333333:4:5:11:6:4:5:11:7 chr6 17629616 . G A 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0380267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.417;QD=57.3932;RBI=0.0398854;REFB=-0.0219305;REVB=0.0120339;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.001153;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr6 17764731 . G C 188.46 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0515345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7259;QD=14.2236;RBI=0.0537306;REFB=-0.0120648;REVB=-0.0152045;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996281;STB=0.557323;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0171625;OID=.;OPOS=17764731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:6:16:20:11:6:16:20:11 chr6 17764755 . T C 268.71 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00827122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4795;QD=22.3926;RBI=0.0228385;REFB=-0.0365906;REVB=0.0212881;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157054;STB=0.571374;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0349851;OID=.;OPOS=17764755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:10:15:17:5:10:15:17:6 chr6 17781450 . G A 387.06 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0100052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.43;QD=30.3579;RBI=0.0128636;REFB=-0.00274456;REVB=0.00808504;RO=15;SAF=15;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541309;STB=0.517232;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00124322;OID=.;OPOS=17781450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:16:35:35:0.686275:20:15:5:10:20:15:6:10 chr6 17794494 . G A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.000779528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.631;QD=14.4326;RBI=0.0078999;REFB=-0.021275;REVB=0.00786134;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405452;STB=0.522771;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0249319;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:44:31:31:0.413333:16:15:22:20:16:15:23:21 chr6 17834198 . T G 223.82 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0401946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.409;QD=19.4624;RBI=0.0545844;REFB=-0.0173803;REVB=0.0369303;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355018;STB=0.70021;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00969279;OID=.;OPOS=17834198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:7:17:7:15:7:17 chr6 17834213 . T C 205.85 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0898486;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.6853;QD=16.8041;RBI=0.101716;REFB=-0.000132224;REVB=-0.0476792;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370052;STB=0.710334;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0040131;OID=.;OPOS=17834213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:7:14:8:20:7:14:8:20 chr6 18134020 . AC AA,A 73.84 PASS AF=0.75,0.25;AO=5,3;DP=8;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.270387,-0.180528;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.679,25.1505;QD=36.9217;RBI=0.279667,0.204695;REFB=0,0;REVB=-0.0714453,-0.0964853;RO=0;SAF=0,1;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.105867,-0.063561;OID=.,.;OPOS=18134021,18134021;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:5,3:8:6,2:8:0:1,0:5,2:0:0:7:0:0,1:5,2:0:0 chr6 18139214 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.743;QD=53.277;RBI=0.0232106;REFB=0;REVB=-0.0180504;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204188;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr6 18161563 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.188;QD=51.1846;RBI=0.0376395;REFB=0;REVB=0.0353939;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134779;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr6 18215303 . T C 2345.28 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.289;QD=63.3861;RBI=0.0462582;REFB=0;REVB=0.0121464;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013318;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:145:148:1:81:64:0:0:82:66:0:0 chr6 18237661 . C T 237.0 PASS AF=0.371795;AO=26;DP=75;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00690412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.933;QD=12.154;RBI=0.00898544;REFB=-0.0116076;REVB=0.00575075;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574004;STB=0.542777;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0202405;OID=.;OPOS=18237661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:49:49:26:29:0.371795:13:13:22:27:14:15:22:27 chr6 18264210 . G A 178.66 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.136222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7352;QD=22.3323;RBI=0.146211;REFB=0.00420257;REVB=0.0531158;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207807;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00257833;OID=.;OPOS=18264210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:4:10:8:10:4:10 chr6 18466677 . A T 777.79 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9617;QD=55.5567;RBI=0.11166;REFB=0;REVB=-0.010266;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156315;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:22:33:0:0:23:33:0:0 chr6 18466750 . C T 188.75 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00499838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.941;QD=11.1027;RBI=0.00525535;REFB=-0.00909133;REVB=-0.00162323;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096807;STB=0.556188;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0167543;OID=.;OPOS=18466750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:11:13:20:24:11:13:20:24 chr6 18836419 . G C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0334651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.756;QD=18.154;RBI=0.0337855;REFB=0.0018537;REVB=-0.00464184;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283269;STB=0.516114;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00216025;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:9:16:14:7:9:16 chr6 20282269 . T C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0161115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.435;QD=44.0932;RBI=0.0245629;REFB=0.087864;REVB=0.0185406;RO=1;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129916;STB=0.571337;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000448154;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:3:14:0:1:3:14:0:1 chr6 20492407 . C G 256.92 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0680821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8006;QD=14.2736;RBI=0.0758999;REFB=-0.0012695;REVB=0.0335503;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200762;STB=0.599933;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00424263;OID=.;OPOS=20492407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:42:30:30:0.416667:12:18:16:24:12:18:18:24 chr6 20492995 . T C 156.3 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00945006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.604;QD=15.6295;RBI=0.0294129;REFB=-0.00216821;REVB=-0.0278534;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114288;STB=0.523781;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00341728;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:6:11:14:8:6:11:14:9 chr6 20599628 . C T 415.03 PASS AF=0.443396;AO=45;DP=104;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0372388;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.138;QD=15.6616;RBI=0.0374491;REFB=-0.0154562;REVB=-0.00396344;RO=56;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204018;STB=0.613742;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0266119;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:56:59:45:47:0.443396:18:27:22:34:19:28:23:36 chr6 21201493 . G A 453.56 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0149447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.557;QD=16.3446;RBI=0.036727;REFB=-0.011625;REVB=0.0335489;RO=61;SAF=16;SAR=34;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147264;STB=0.58252;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0171464;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:34:16:28:33:34:16:28:33 chr6 22287745 . C T 583.19 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0090614;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.949;QD=20.6437;RBI=0.0249171;REFB=-0.0222257;REVB=-0.0232111;RO=54;SAF=27;SAR=32;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115417;STB=0.502566;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.022466;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:54:59:59:0.522124:32:27:24:30:32:27:25:29 chr6 22570189 . T C 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.109661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.633;QD=11.5958;RBI=0.110697;REFB=-0.0225557;REVB=-0.0151083;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.679703;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0162075;OID=.;OPOS=22570189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:20:21:12:12:0.363636:8:4:12:8:8:4:13:8 chr6 24147409 . C A 216.01 PASS AF=0.48;AO=21;DP=47;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0214804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.7974;QD=17.2809;RBI=0.0448467;REFB=-0.0473047;REVB=0.0393677;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878716;STB=0.563705;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0484273;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:25:26:21:24:0.48:12:9:13:12:14:10:14:12 chr6 24147483 . A G 193.13 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0149179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.091;QD=12.0704;RBI=0.0247422;REFB=-0.0212313;REVB=-0.019739;RO=39;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140446;STB=0.572479;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0302251;OID=.;OPOS=24147483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:11:13:16:23:11:13:17:23 chr6 24174955 . G C 1277.14 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011093;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6982;QD=61.5491;RBI=0.0190919;REFB=0;REVB=0.0190597;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105824;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:81:83:1:40:41:0:0:41:42:0:0 chr6 24291203 . T C 725.74 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0500672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1378;QD=54.7729;RBI=0.0543009;REFB=-0.126529;REVB=0.0210205;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00363009;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr6 24353515 . C A 157.67 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0356131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0639;QD=11.2619;RBI=0.0414977;REFB=0.00485145;REVB=-0.0213018;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10041;STB=0.558337;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0103208;OID=.;OPOS=24353515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:9:11:23:13:9:11:23:13 chr6 24358202 . G A 121.62 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0416611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.194;QD=11.0561;RBI=0.0448336;REFB=-0.0169256;REVB=0.0165652;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313277;STB=0.683981;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0292074;OID=.;OPOS=24358202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:14:15:0.340909:8:6:20:8:9:6:20:9 chr6 24437445 . G A 731.28 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160506;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.514;QD=63.5897;RBI=0.0411759;REFB=0;REVB=0.0379188;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205577;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr6 24445829 . G A 839.36 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900968;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.016;QD=57.887;RBI=0.0090534;REFB=0;REVB=0.000888606;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641004;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:25:33:0:0 chr6 24489652 . C T 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000894893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.272;QD=13.015;RBI=0.000894969;REFB=0.00070543;REVB=1.1645e-05;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260301;STB=0.652011;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00199617;OID=.;OPOS=24489652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:15:5:15:17:15:5:15:17 chr6 24489741 . A C 138.05 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0413032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.857;QD=10.4186;RBI=0.0413466;REFB=-0.0150453;REVB=0.00189314;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892191;STB=0.518112;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0260029;OID=.;OPOS=24489741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:16:16:0.301887:10:6:13:21:10:6:14:21 chr6 24503590 . C T 433.71 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0131856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.753;QD=23.444;RBI=0.0255383;REFB=-0.0225115;REVB=0.0218711;RO=31;SAF=13;SAR=29;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680317;STB=0.53229;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.011022;OID=.;OPOS=24503590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:32:42:42:0.567568:29:13:12:19:29:13:12:20 chr6 24596478 . T G 713.97 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5558;QD=60.7635;RBI=0.0494219;REFB=-0.0745213;REVB=0.0297391;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164911;STB=0.508471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00100312;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:17:28:1:0:17:29:1:0 chr6 24653273 . G C 298.93 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0118444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.887;QD=17.3293;RBI=0.0139179;REFB=0.00234139;REVB=0.00730881;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245306;STB=0.640055;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00141437;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:36:32:33:0.478261:13:19:11:23:13:20:12:24 chr6 24653376 . G A 703.52 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218841;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.84;QD=62.5353;RBI=0.0290534;REFB=0;REVB=0.0191099;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03186e-07;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr6 24780892 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.569;QD=58.5874;RBI=0.0764196;REFB=0;REVB=0.0716203;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631007;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr6 24804808 . G C 459.56 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0155315;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3462;QD=51.062;RBI=0.0594835;REFB=-0.0586145;REVB=0.05742;RO=3;SAF=12;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10338;STB=0.555521;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00783907;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:36:36:3:3:33:33:0.916667:21:12:3:0:21:12:3:0 chr6 24804860 . G T 724.07 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0195314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.757;QD=59.1081;RBI=0.0209456;REFB=-0.0152607;REVB=-0.00756572;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375754;STB=0.519992;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000657573;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:46:47:0.959184:22:24:2:0:23:24:2:0 chr6 24818785 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.041;QD=64.1539;RBI=0.0184706;REFB=0;REVB=0.00505227;RO=0;SAF=10;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60676e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:39:10:0:0:39:10:0:0 chr6 24825511 . A G 742.3 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00469988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5194;QD=60.5962;RBI=0.0196114;REFB=-0.103187;REVB=-0.0190399;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144729;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00284067;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:47:48:0.979592:32:15:0:1:33:15:0:1 chr6 25084718 . A G 296.0 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00664008;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5137;QD=14.9873;RBI=0.0363121;REFB=-0.0112696;REVB=0.0356998;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00892682;STB=0.509994;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.021723;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:21:12:16:29:21:12:16:30 chr6 25106745 . A G 465.88 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00121804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.265;QD=22.4518;RBI=0.0043422;REFB=-0.0184305;REVB=0.00416786;RO=37;SAF=14;SAR=31;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13352;STB=0.568944;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0198282;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:38:45:45:0.542169:31:14:17:20:31:14:17:21 chr6 25106783 . G A 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0870857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8948;QD=17.5018;RBI=0.0884348;REFB=0.0019268;REVB=0.0153879;RO=26;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121805;STB=0.575696;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00662124;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:28:26:26:0.481481:19:7:10:16:19:7:11:17 chr6 25420344 . C G 1145.38 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000661979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.447;QD=57.9937;RBI=0.00160028;REFB=-0.0627319;REVB=-0.00145694;RO=2;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000311094;STB=0.500164;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000281677;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:2:2:77:77:0.974684:38:39:1:1:38:39:1:1 chr6 25426768 . G A 78.23 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0100922;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.188;QD=11.5895;RBI=0.0100933;REFB=0.00325897;REVB=0.00014664;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714454;STB=0.531188;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00495781;OID=.;OPOS=25426768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:27:15:17:10:10:0.37037:6:4:5:10:6:4:6:11 chr6 25435758 . A G 200.53 PASS AF=0.512821;AO=15;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0112564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1194;QD=20.5668;RBI=0.0214531;REFB=-0.0230459;REVB=-0.0182627;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313904;STB=0.587541;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0183966;OID=.;OPOS=25435758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:15:20:0.512821:4:11:7:10:8:12:8:11 chr6 25605091 . G A 750.84 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776374;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.247;QD=63.9014;RBI=0.0111028;REFB=0;REVB=0.00793698;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88222e-05;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr6 25726675 . G A 810.42 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.977;QD=54.0277;RBI=0.0229879;REFB=-0.145074;REVB=0.00211092;RO=2;SAF=19;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119264;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000356321;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:2:1:57:59:0.983333:38:19:1:1:39:20:0:1 chr6 25727265 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.247;QD=59.8559;RBI=0.043071;REFB=0;REVB=0.0333495;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48788e-05;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr6 25727334 . C T 1417.42 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320736;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9407;QD=62.9963;RBI=0.0330077;REFB=0;REVB=0.00779688;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122959;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:47:43:0:0 chr6 25727517 . G A 281.58 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.444;QD=51.1955;RBI=0.0740343;REFB=0;REVB=-0.0125803;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583192;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 25769349 . T C 696.15 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0545528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8947;QD=52.5398;RBI=0.0670383;REFB=0.0436328;REVB=0.0389632;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50037;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0142074;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:2:2:50:51:0.962264:25:25:1:1:26:25:1:1 chr6 25779392 . A G 704.32 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0242757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.647;QD=21.1826;RBI=0.0401385;REFB=-4.59874e-05;REVB=0.0319655;RO=64;SAF=30;SAR=39;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983898;STB=0.554083;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000565343;OID=.;OPOS=25779392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:64:69:69:0.518797:39:30:35:29:39:30:35:29 chr6 25813150 . G A 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.501;QD=58.9582;RBI=0.0296333;REFB=0;REVB=-0.00302922;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74932e-05;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr6 25849620 . A G 753.4 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1367;QD=61.5017;RBI=0.0552912;REFB=-0.124406;REVB=0.0534214;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00429998;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:0:1 chr6 25914801 . G A 731.45 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000991017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.372;QD=51.3295;RBI=0.0104627;REFB=0.0322216;REVB=-0.0104157;RO=3;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147023;STB=0.50781;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00161696;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:28:26:1:2:28:26:1:2 chr6 25914901 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.201;QD=63.2861;RBI=0.00682442;REFB=0;REVB=0.00306086;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45758e-05;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr6 25916979 . C A,T 712.92 PASS AF=0.0377358,0.943396;AO=2,50;DP=53;FAO=2,50;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=1,37;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103642,-0.00365181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.06,113.792;QD=53.8053;RBI=0.033211,0.00806777;REFB=-0.0489077,-0.0817743;REVB=-0.0315524,-0.00719397;RO=0;SAF=1,37;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.32377e-08;STB=0.665164,0.518511;STBP=0.662,0.158;TYPE=snp,snp;VARB=0.0771267,-0.000336191;OID=.,.;OPOS=25916979,25916979;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:1:2,50:2,50:0.0377358,0.943396:1,13:1,37:0:0:1,13:1,37:0:1 chr6 26027433 . G A 732.49 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0446424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.722;QD=51.4026;RBI=0.0448283;REFB=-0.126899;REVB=0.00407765;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362146;STB=0.510759;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00172245;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:2:3:54:54:0.947368:29:25:2:0:29:25:2:1 chr6 26033506 . G A 988.33 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000440956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.095;QD=59.005;RBI=0.0102019;REFB=0;REVB=-0.0101923;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66518e-07;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:34:33:0:0 chr6 26044369 . A G 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8187;QD=58.234;RBI=0.033341;REFB=0;REVB=0.0274526;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4224e-05;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr6 26045737 . C G 100.71 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0591354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1535;QD=16.1137;RBI=0.0591426;REFB=0.0324868;REVB=-0.000923071;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066069;STB=0.538395;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0388534;OID=.;OPOS=26045737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:4:9:9:3:4:9 chr6 26045929 . T C 926.3 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493618;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.56;QD=57.8935;RBI=0.0564046;REFB=0;REVB=-0.0272928;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000547238;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:30:32:0:0:31:33:0:0 chr6 26056549 . A G 629.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.521;QD=61.4002;RBI=0.0158754;REFB=0;REVB=-0.00699115;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21243e-05;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:17:24:0:0 chr6 26056604 . G A 279.98 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00224533;FXX=0.0270234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.61;QD=15.5542;RBI=0.0203821;REFB=-0.0175808;REVB=0.0202581;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254565;STB=0.62955;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0255971;OID=.;OPOS=26056604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:35:41:29:31:0.430556:16:13:25:10:17:14:28:13 chr6 26104280 . T C 466.32 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0137666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4944;QD=19.8433;RBI=0.0138421;REFB=0.0123278;REVB=0.00144452;RO=46;SAF=32;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130557;STB=0.575505;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0159393;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:48:46:46:0.489362:14:32:26:20:14:32:27:21 chr6 26108168 . G A 329.83 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0730353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4642;QD=26.925;RBI=0.0806517;REFB=-0.0329689;REVB=-0.0342133;RO=20;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174065;STB=0.596007;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0173867;OID=.;OPOS=26108168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:17:12:13:7:17:12:13:7 chr6 26108282 . C G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0232102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7687;QD=14.7009;RBI=0.0340713;REFB=-0.00324556;REVB=0.0249427;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13274;STB=0.555464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0143455;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:9:5:6:6:9:6 chr6 26184102 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.355;QD=60.0307;RBI=0.0746694;REFB=0;REVB=0.06045;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187967;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr6 26200083 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.115;QD=53.2765;RBI=0.030737;REFB=0;REVB=-0.0191939;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480482;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr6 26200677 . A G 285.99 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.886;QD=51.9977;RBI=0.0839219;REFB=0;REVB=0.00447327;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120051;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:13:7:0:0:14:8:0:0 chr6 26205291 . T C 67.45 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0514199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.145;QD=13.4891;RBI=0.0516189;REFB=-0.00810766;REVB=0.00452855;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645154;STB=0.538373;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0188681;OID=.;OPOS=26205291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:3:8:7:2:3:8 chr6 26205293 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.594;QD=49.599;RBI=0.021771;REFB=0;REVB=0.0122224;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197366;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr6 26285560 . A G 1020.1 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.284;QD=57.4704;RBI=0.0547075;REFB=-0.12828;REVB=0.0407152;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947901;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:0:69:71:1:31:38:0:1:33:38:0:0 chr6 26285683 . T C 727.47 PASS AF=1;AO=36;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.353;QD=63.2581;RBI=0.145715;REFB=0;REVB=0.0297732;RO=0;SAF=3;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146897;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:36:46:1:33:3:0:0:35:11:0:0 chr6 26286744 . C T 764.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5425;QD=63.6955;RBI=0.0663766;REFB=0;REVB=-0.0642817;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105531;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr6 26286838 . TTCT TT,TTC,TTCC,TTTC,TTTT 706.5 PASS AF=0.729167,0,0.0625,0.208333,0;AO=16,6,2,2,6;DP=46;FAO=35,0,3,10,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,1,4,0;FSAR=28,0,2,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798225,0.0777311,0.0746201,0.0679492,0.0557371;FXX=0;HRUN=1,1,1,1,1;LEN=2,1,1,2,1;MLLD=220.881,219.79,214.633,218.189,214.879;QD=58.8747;RBI=0.0804792,0.0784831,0.0754598,0.0689431,0.0569562;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0102597,-0.0108382,-0.0112259,-0.0116645,-0.011721;RO=0;SAF=0,0,2,0,3;SAR=16,6,0,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp,snp;VARB=0.0029294,0.00201254,0.00303165,-0.0129678,0.0185872;OID=.,.,.,.,.;OPOS=26286839,26286841,26286841,26286840,26286840;OREF=TC,T,T,CT,C;OALT=-,-,C,TC,T;OMAPALT=TT,TTC,TTCC,TTTC,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.729167,0,0.0625,0.208333,0:16,6,2,2,6:46:35,0,3,10,0:48:0:7,0,1,4,0:28,0,2,6,0:0:0:37:0:0,0,2,0,3:16,6,0,2,3:0:0 chr6 26299900 . C G,T 2877.06 PASS AF=0.0876289,0.912371;AO=16,168;DP=184;FAO=17,177;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=12,104;FSAR=5,73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199247,-0.00311018;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.507,48.7516;QD=59.3208;RBI=0.0217787,0.024019;REFB=0,0;REVB=-0.00879314,-0.0238168;RO=0;SAF=12,103;SAR=4,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.07465e-08,-6.30886e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0122109,0.00343208;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:184:194:0:0:16,168:17,177:0.0876289,0.912371:4,65:12,103:0:0:5,73:12,104:0:0 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 236.13 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00357952;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=332.132;QD=19.2761;RBI=0.0100699;REFB=-0.00160386;REVB=-0.00941222;RO=26;SAF=18;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114463;STB=0.590079;STBP=0.306;TYPE=ins;VARB=0.00193748;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388:23:50:23:49:26:18:5:17:9:99:26:18:5:18:8 chr6 26305796 . C T 360.42 PASS AF=0.74359;AO=31;DP=36;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0641943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4471;QD=36.9661;RBI=0.0700159;REFB=-0.00867279;REVB=-0.027952;RO=3;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103249;STB=0.632598;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00197956;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:36:39:3:10:31:29:0.74359:12:19:0:3:11:18:1:9 chr6 26305801 . C A,G 570.21 PASS AF=0.05,0.925;AO=2,37;DP=40;FAO=2,37;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00818408,0.069487;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=91.6472,139.085;QD=57.0207;RBI=0.0189317,0.0712187;REFB=-0.0672184,-0.0187526;REVB=0.0170714,0.0156098;RO=1;SAF=0,19;SAR=2,18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0253062;STB=0.5,0.513506;STBP=1,0.534;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00515896,0.00216407;OID=.,.;OPOS=26305801,26305801;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:1:1:2,37:2,37:0.05,0.925:2,18:0,19:0:1:2,18:0,19:0:1 chr6 26327814 . T C 1162.74 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.589;QD=60.4018;RBI=0.0151558;REFB=0;REVB=0.00241606;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8519e-05;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:35:40:0:0:35:42:0:0 chr6 26328365 . A G 1970.89 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.929;QD=62.0753;RBI=0.0409047;REFB=0;REVB=-0.0295467;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03841e-06;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:71:56:0:0:71:56:0:0 chr6 26448824 . C CT,T 49.6 PASS AF=0.46875,0.03125;AO=6,6;DP=38;FAO=15,1;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5,1;FSAR=10,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.105544,-0.00605352;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=8.68287,244.331;QD=6.20036;RBI=0.180199,0.0135244;REFB=-0.041784,0.00261032;REVB=0.146056,0.012094;RO=24;SAF=2,1;SAR=4,5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.104477,-0.346627;STB=0.523777,0.991868;STBP=0.81,0.249;TYPE=ins,snp;VARB=0.064324,0.0215209;OID=.,.;OPOS=26448825,26448824;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:38:32:24:16:6,6:15,1:0.46875,0.03125:4,5:2,1:10:14:10,0:5,1:6:10 chr6 26466225 . A C 1300.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2251;QD=61.9497;RBI=0.0190556;REFB=0;REVB=-0.0167763;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35607e-05;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr6 26501897 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.197;QD=57.2377;RBI=0.0149101;REFB=0;REVB=0.00759838;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74805e-06;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr6 26505362 . G A 340.61 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7082;QD=54.497;RBI=0.0366139;REFB=0;REVB=-0.00278451;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000864274;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr6 26505403 . C A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00815375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.567;QD=41.8669;RBI=0.0140039;REFB=-0.0028132;REVB=-0.0113853;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00116065;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr6 26509330 . C G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8375;QD=57.1747;RBI=0.0194812;REFB=0;REVB=0.000781762;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92752e-05;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr6 26521435 . C G 1153.41 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0038854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.592;QD=59.1492;RBI=0.0144874;REFB=-0.0696971;REVB=0.0139566;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00117484;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:78:0:1:76:77:0.987179:35:41:0:0:36:41:0:1 chr6 26521520 . T C 1392.5 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000718333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.034;QD=60.5433;RBI=0.00991991;REFB=-0.0646418;REVB=0.00989386;RO=2;SAF=31;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707715;STB=0.504201;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000562177;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:2:1:90:91:0.98913:59:31:1:1:59:32:0:1 chr6 26538268 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000718959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.937;QD=60.2282;RBI=0.0762982;REFB=0;REVB=0.0762948;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162852;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr6 26545632 . G A 464.66 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2533;QD=53.1035;RBI=0.0295623;REFB=-0.195699;REVB=-0.0194121;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0132625;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:35:35:1:2:33:33:0.942857:17:16:0:1:17:16:1:1 chr6 26546048 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.284;QD=57.5452;RBI=0.0284118;REFB=0;REVB=-0.0227674;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54747e-06;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr6 26546808 . T C 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.522;QD=57.196;RBI=0.00541807;REFB=0;REVB=0.00510152;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71229e-05;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 26553815 . C G 269.09 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0188802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1059;QD=29.0907;RBI=0.0238961;REFB=-0.00125822;REVB=0.014648;RO=12;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271338;STB=0.525526;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000293015;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:15:9:4:8:15:9:4:9 chr6 26555484 . A G 310.64 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.015233;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.692;QD=16.5673;RBI=0.0441266;REFB=-0.0193229;REVB=0.041414;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481638;STB=0.533314;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0552893;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:41:34:34:0.453333:17:17:18:22:17:17:18:23 chr6 26556769 . G T 491.54 PASS AF=0.432;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00215222;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.484;QD=15.7291;RBI=0.0170722;REFB=-0.0207999;REVB=-0.016936;RO=71;SAF=35;SAR=19;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148728;STB=0.583482;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.030117;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:71:71:54:54:0.432:19:35:36:35:19:35:36:35 chr6 26572165 . GT TC,TT 255.98 PASS AF=0,0.461538;AO=3,28;DP=66;FAO=0,30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=0,9;FSAR=0,21;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.0226859,0.0459013;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=107.621,211.285;QD=15.7527;RBI=0.0227926,0.0465701;REFB=0.0149537,0.00441722;REVB=-0.0022036,-0.00786406;RO=34;SAF=0,9;SAR=3,19;SRF=5;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.41255,0.213781;STB=0.5,0.609498;STBP=1,0.214;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00571473;OID=.,.;OPOS=26572165,26572165;OREF=GT,G;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:66:65:34:35:3,28:0,30:0,0.461538:3,19:0,9:5:29:0,21:0,9:5:30 chr6 26575798 . CT C 343.06 PASS AF=0.5;AO=49;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0793695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.8028;QD=10.8909;RBI=0.100585;REFB=0.0916696;REVB=-0.0617889;RO=59;SAF=13;SAR=36;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277042;STB=0.581792;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=-0.0953928;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:49:126:63:126:63:23:40:33:30:99:59:13:36:31:28 chr6 26577326 . C A 390.28 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0105559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.151;QD=14.4549;RBI=0.0181317;REFB=-0.0157971;REVB=0.0147422;RO=62;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114364;STB=0.511106;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0240684;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:63:45:45:0.416667:23:22:31:31:23:22:32:31 chr6 26577370 . C T 548.38 PASS AF=0.440299;AO=57;DP=132;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-3.36862e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.821;QD=16.3697;RBI=0.0234658;REFB=-0.0165367;REVB=0.0234658;RO=75;SAF=27;SAR=30;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714596;STB=0.50509;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0183673;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:75:75:57:59:0.440299:30:27:35:40:32:27:35:40 chr6 26595168 . T C 671.09 PASS AF=0.403226;AO=73;DP=183;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=0.034841;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1474;QD=14.432;RBI=0.0441369;REFB=-0.0268823;REVB=-0.0270956;RO=107;SAF=33;SAR=40;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026178;STB=0.517237;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0316241;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:107:111:73:75:0.403226:40:33:51:56:40:35:55:56 chr6 26597333 . A G 678.22 PASS AF=0.580357;AO=64;DP=111;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0167025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.627;QD=24.222;RBI=0.0176759;REFB=-0.00442375;REVB=0.00578471;RO=46;SAF=35;SAR=29;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262668;STB=0.502762;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00308561;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:46:47:64:65:0.580357:29:35:25:21:30:35:25:22 chr6 26598188 . A G 550.84 PASS AF=0.542857;AO=53;DP=108;FAO=57;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0035163;FXX=0.0277752;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.9444;QD=20.9844;RBI=0.11707;REFB=-0.0104621;REVB=-0.117017;RO=36;SAF=30;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700208;STB=0.548656;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00698529;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:36:46:53:57:0.542857:23:30:17:19:26:31:20:26 chr6 26701786 . C T 537.39 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0243846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.491;QD=21.4957;RBI=0.0252552;REFB=-0.00254462;REVB=0.0065739;RO=49;SAF=20;SAR=31;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817879;STB=0.545056;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00288224;OID=.;OPOS=26701786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:31:20:15:34:31:20:15:34 chr6 26745248 . T C 93.17 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.119551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1834;QD=8.87339;RBI=0.167821;REFB=-0.107196;REVB=0.117777;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359716;STB=0.509541;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.157849;OID=.;OPOS=26745248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:42:26:27:15:15:0.357143:8:7:13:13:8:7:13:14 chr6 26745250 . A G 127.17 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00347497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7741;QD=11.5606;RBI=0.00947581;REFB=0.00292649;REVB=0.00881565;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772636;STB=0.510624;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00536738;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:29:15:15:0.340909:8:7:14:12:8:7:14:15 chr6 26745257 . G A 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0087498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.985;QD=10.6983;RBI=0.0153044;REFB=-0.0202588;REVB=-0.0125565;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559098;STB=0.543851;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0161308;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:8:7:16:15:8:7:17:15 chr6 26745260 . A G 121.42 PASS AF=0.3;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00423407;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.341;QD=9.71385;RBI=0.00815724;REFB=-0.0103636;REVB=-0.00697232;RO=36;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.031785;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:35:14:15:0.3:7:7:18:18:8:7:18:17 chr6 26745262 . T C 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00681264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2243;QD=9.41875;RBI=0.0199353;REFB=-0.00951932;REVB=0.0187351;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553397;STB=0.523529;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0145557;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:8:7:18:17:8:7:18:18 chr6 26745286 . A G 204.13 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0049201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.137;QD=12.5618;RBI=0.00558331;REFB=-0.000581927;REVB=-0.00263932;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184604;STB=0.61634;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00145127;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:18:7:17:22:18:7:18:22 chr6 26745312 . A G 54.44 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0161384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.366;QD=2.75655;RBI=0.0502511;REFB=-0.00135589;REVB=0.0475892;RO=68;SAF=2;SAR=9;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338446;STB=0.74351;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0163822;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:68:68:11:11:0.139241:9:2:29:39:9:2:29:39 chr6 26745333 . T A 41.66 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00519459;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.511;QD=2.19274;RBI=0.0132911;REFB=-0.00119474;REVB=-0.012234;RO=66;SAF=2;SAR=7;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312219;STB=0.728168;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0122757;OID=.;OPOS=26745333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:66:67:9:9:0.118421:7:2:31:35:7:2:31:36 chr6 26752665 . CT C 42.7 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0217794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.574;QD=3.05025;RBI=0.0222225;REFB=-0.00711044;REVB=-0.00441569;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443115;STB=0.866032;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0288331;OID=.;OPOS=26752666;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:6:56:8:56:48:1:7:26:22:42:47:1:5:26:21 chr6 26752682 . A G 67.11 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0320283;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.913;QD=4.62814;RBI=0.0402958;REFB=-0.00811215;REVB=-0.0244529;RO=49;SAF=2;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389504;STB=0.772662;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0480946;OID=.;OPOS=26752682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:60:58:49:47:11:11:0.189655:9:2:23:26:9:2:23:24 chr6 26752711 . G A 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0186406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.508;QD=5.17494;RBI=0.0187277;REFB=-0.0096565;REVB=0.00180328;RO=44;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375939;STB=0.7495;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0268464;OID=.;OPOS=26752711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:9:2:20:24:9:2:20:24 chr6 27107610 . G A 276.08 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.000333373;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.567;QD=16.0049;RBI=0.0111541;REFB=-0.00716039;REVB=-0.0111491;RO=39;SAF=22;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267867;STB=0.625296;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0132435;OID=.;OPOS=27107610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:38:30:31:0.449275:8:22:19:20:9:22:19:19 chr6 27107865 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00782149;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=182.169;QD=18.0506;RBI=0.00906646;REFB=0.00864408;REVB=-0.0045853;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289354;STB=0.651879;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00439251;OID=.;OPOS=27107865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:5:8:9:10:0.555556:3:6:1:4:4:6:2:6 chr6 27114425 . G A 78.05 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.0187601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.493;QD=3.06089;RBI=0.0201166;REFB=0.00116673;REVB=-0.00726184;RO=86;SAF=10;SAR=5;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330713;STB=0.724719;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0046721;OID=.;OPOS=27114425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:101:102:86:87:15:15:0.147059:5:10:34:52:5:10:34:53 chr6 27177705 . C T 393.14 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0126973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.99;QD=17.093;RBI=0.0181974;REFB=-0.0127106;REVB=0.0130354;RO=51;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076859;STB=0.504308;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0150017;OID=.;OPOS=27177705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:18:23:29:22:18:23:29:22 chr6 27181610 . G A 253.81 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.955;QD=50.7618;RBI=0.0478283;REFB=0;REVB=0.037431;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262933;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:17:20:1:12:5:0:0:14:6:0:0 chr6 27181619 . C T 86.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00120856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7991;QD=12.3278;RBI=0.0359391;REFB=-0.0115544;REVB=-0.0359188;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486163;STB=0.799314;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0148018;OID=.;OPOS=27181619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:10:1:7:10:10:1:7:10 chr6 27181701 . T C 428.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2456;QD=57.1936;RBI=0.0429249;REFB=0;REVB=0.00753677;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302863;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:21:9:0:0 chr6 27203319 . C G 197.53 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00642104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.366;QD=26.3374;RBI=0.00665805;REFB=-0.03124;REVB=-0.00176066;RO=10;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293818;STB=0.650994;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0118868;OID=.;OPOS=27203319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:10:11:19:19:0.633333:14:5:7:3:14:5:7:4 chr6 27205435 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00599638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.133;QD=12.2163;RBI=0.0135978;REFB=0.000519762;REVB=0.0122043;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234359;STB=0.636198;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.000736617;OID=.;OPOS=27205435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:7:20:8:7:7:20 chr6 27261700 . C G 553.22 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00425991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.89;QD=19.7578;RBI=0.00486292;REFB=-0.0247389;REVB=0.00234546;RO=55;SAF=17;SAR=40;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170627;STB=0.594504;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0168067;OID=.;OPOS=27261700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:55:57:57:0.508929:40:17:26:29:40:17:26:29 chr6 27263252 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00296856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.494;QD=16.0642;RBI=0.00833933;REFB=-0.0122088;REVB=0.00779308;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267253;STB=0.64976;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0182002;OID=.;OPOS=27263252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:14:12:23:8:14:12:23:8 chr6 27271607 . G A 607.74 PASS AF=0.437908;AO=66;DP=150;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00167063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.035;QD=15.8885;RBI=0.0121272;REFB=-0.011299;REVB=-0.0120116;RO=84;SAF=39;SAR=27;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686335;STB=0.533601;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0143877;OID=.;OPOS=27271607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:84:86:66:67:0.437908:27:39:44:40:28:39:45:41 chr6 27277402 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.36;QD=59.0187;RBI=0.00702604;REFB=0;REVB=0.00687675;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56368e-05;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr6 27277665 . G A 199.9 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0035983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.207;QD=11.5886;RBI=0.0185879;REFB=-0.0225079;REVB=0.0182363;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414028;STB=0.523957;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0301866;OID=.;OPOS=27277665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:14:11:21:23:14:11:21:23 chr6 27279632 . C A 393.09 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0481201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.972;QD=14.8336;RBI=0.0890562;REFB=-0.0172098;REVB=-0.0749364;RO=60;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415267;STB=0.529218;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0289472;OID=.;OPOS=27279632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:61:45:45:0.424528:17:28:35:25:17:28:35:26 chr6 27279852 . T C 227.0 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0243559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.185;QD=13.5522;RBI=0.0248457;REFB=-0.018559;REVB=-0.00490918;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044551;STB=0.518381;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0287994;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:12:15:20:19:12:15:21:19 chr6 27300755 . T TA 55.45 PASS AF=0.375;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00526945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.4888;QD=3.96045;RBI=0.0688711;REFB=-0.0579354;REVB=0.0686692;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420758;STB=0.5479;STBP=0.597;TYPE=ins;VARB=-0.0108651;OID=.;OPOS=27300756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:20:56:21:56:35:10:11:14:21:55:34:9:11:14:20 chr6 27302765 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00336041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.406;QD=16.6189;RBI=0.0101356;REFB=0.000726447;REVB=-0.00956233;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735483;STB=0.550976;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00111089;OID=.;OPOS=27302765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:11:12:12:15:11:12:12:16 chr6 27327349 . C G 362.24 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00336749;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3694;QD=20.408;RBI=0.0178377;REFB=0.000966791;REVB=0.0175169;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139524;STB=0.50647;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00147862;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:18:19:17:16:18:19:17:17 chr6 27356867 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.62;QD=56.9376;RBI=0.0106014;REFB=0;REVB=0.00496641;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07308e-05;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr6 27356902 . A G 163.59 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0660487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5108;QD=12.8305;RBI=0.0849351;REFB=-0.00441273;REVB=-0.0533997;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858387;STB=0.549947;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00878801;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:16:16:11:8:16:16 chr6 27356925 . T G 92.09 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00937523;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.874;QD=8.37226;RBI=0.0168604;REFB=-0.017181;REVB=-0.0140135;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17171;STB=0.590763;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0482301;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:44:31:32:12:12:0.272727:6:6:11:20:6:6:12:20 chr6 27369873 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.25;QD=43.4852;RBI=0.0686048;REFB=0;REVB=0.0246612;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398552;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 27369892 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6954;QD=40.7612;RBI=0.100157;REFB=0;REVB=-0.00523465;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00619642;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 27370046 . T G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3113;QD=58.131;RBI=0.028958;REFB=0;REVB=0.0255759;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304769;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 27371011 . C T 391.86 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.092;QD=55.9804;RBI=0.0506688;REFB=0;REVB=0.0477687;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614458;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr6 27371193 . G A 1281.73 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682218;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3465;QD=61.7703;RBI=0.0248499;REFB=0;REVB=0.0238951;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126035;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr6 27420588 . G A 164.78 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0144813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.279;QD=21.2625;RBI=0.0147787;REFB=-0.013694;REVB=0.00294977;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184004;STB=0.603652;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0117318;OID=.;OPOS=27420588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:5:9:7:10:5:9 chr6 27425185 . C A 1230.85 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299497;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.178;QD=61.5424;RBI=0.0342439;REFB=0;REVB=0.0166031;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86491e-05;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr6 27435707 . G A 645.43 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0482136;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.8886;QD=50.6216;RBI=0.0534843;REFB=-0.10782;REVB=0.0231521;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315391;STB=0.51231;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00897415;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:2:3:48:48:0.941176:22:26:1:1:22:26:1:2 chr6 27471515 . A G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00064017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.031;QD=18.0732;RBI=0.0248906;REFB=0.00138447;REVB=-0.0248824;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137482;STB=0.507687;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00118138;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:14:17:16:14:14:17 chr6 27515519 . A C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.055803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.113;QD=16.6271;RBI=0.0595702;REFB=-0.0435484;REVB=0.0208479;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169167;STB=0.59755;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0277995;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:6:8:5:8:6:8 chr6 27551316 . C G 392.9 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=114;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.00293717;FXX=0.112059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.321;QD=15.2583;RBI=0.00516539;REFB=-0.00128993;REVB=-0.00424904;RO=45;SAF=19;SAR=24;SRF=8;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257167;STB=0.628362;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000696257;OID=.;OPOS=27551316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:103:45:59:43:44:0.427184:24:19:8:37:24:20:14:45 chr6 27559588 . A G 278.73 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0140079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.787;QD=18.2771;RBI=0.0140331;REFB=-0.0260041;REVB=0.000841065;RO=29;SAF=23;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25186;STB=0.674694;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.034237;OID=.;OPOS=27559588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:8:23:14:15:7:24:14:16 chr6 27560587 . A G 226.49 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0167353;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=242.78;QD=17.0934;RBI=0.0187508;REFB=-0.00900205;REVB=-0.00845702;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375194;STB=0.52111;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00946693;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:8:20:17:8:8:20 chr6 27573463 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00486798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.235;QD=17.6896;RBI=0.00489543;REFB=-0.0221105;REVB=0.000517697;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12494;STB=0.563317;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.03115;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:15:6:10:15:15:6:10:16 chr6 27618731 . G T 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00859671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.102;QD=14.7407;RBI=0.0116551;REFB=-0.00689629;REVB=-0.00787;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559515;STB=0.531732;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0092995;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:20:21:17:13:20:21 chr6 27636354 . A G 125.19 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0155367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7557;QD=10.4323;RBI=0.0288055;REFB=-0.00457299;REVB=-0.0242563;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491391;STB=0.529373;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00461725;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:8:7:14:19:8:7:14:19 chr6 27636378 . C T 131.37 PASS AF=0.32;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0305883;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.072;QD=10.5092;RBI=0.0306171;REFB=-0.0130743;REVB=-0.00132895;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446778;STB=0.559926;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0265576;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:35:34:15:16:0.32:8:7:15:20:8:8:14:20 chr6 27648894 . C T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0380733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.554;QD=24.1068;RBI=0.0385246;REFB=-0.00817098;REVB=0.00587902;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313224;STB=0.681508;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0108053;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:10:14:3:15:10:14:3:16 chr6 27648908 . C G 272.96 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00904174;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.986;QD=24.8147;RBI=0.0258565;REFB=0.0030148;REVB=0.0242241;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227824;STB=0.626021;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00209566;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:19:24:25:0.568182:10:14:6:14:11:14:5:14 chr6 27650516 . C T 255.21 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0951143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.688;QD=17.9095;RBI=0.0952358;REFB=-0.0182891;REVB=-0.00480975;RO=29;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218517;STB=0.6055;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0344307;OID=.;OPOS=27650516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:8:19:14:15:9:19:14:15 chr6 27650521 . C T 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00297265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.401;QD=18.4369;RBI=0.00336979;REFB=0.00506307;REVB=0.00158707;RO=29;SAF=21;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265832;STB=0.649376;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00293506;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:8:21:13:16:8:21:13:16 chr6 27655994 . T G 388.79 PASS AF=0.481928;AO=38;DP=81;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.000777393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.665;QD=18.7368;RBI=0.001453;REFB=-0.0119711;REVB=-0.00122754;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189687;STB=0.602461;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0143368;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:43:43:38:40:0.481928:20:18:29:14:21:19:29:14 chr6 27694460 . A G 175.38 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00945918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.674;QD=12.9914;RBI=0.0102762;REFB=-0.0129921;REVB=0.00401553;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12369;STB=0.571361;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0228683;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:9:12:15:18:9:12:15:18 chr6 27792221 . C T 401.87 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0412127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7197;QD=48.7111;RBI=0.0436146;REFB=0.0300495;REVB=0.014274;RO=2;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00676428;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:33:2:3:30:30:0.909091:20:10:1:1:20:10:1:2 chr6 27792228 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000478933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.887;QD=58.5863;RBI=0.023765;REFB=0;REVB=0.0237601;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87203e-05;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr6 28059020 . G A 397.18 PASS AF=0.488095;AO=36;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00803854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3606;QD=18.9132;RBI=0.00810051;REFB=0.00980879;REVB=0.00100008;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551744;STB=0.517764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00631171;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:42:36:41:0.488095:17:19:24:17:19:22:24:18 chr6 28059217 . G C 373.6 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0147218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.377;QD=23.3499;RBI=0.0258909;REFB=0.00539678;REVB=0.0212981;RO=27;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665458;STB=0.536607;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00549975;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:16:21:13:14:16:21:13:14 chr6 28104634 . G T 613.69 PASS AF=0.375661;AO=71;DP=189;FAO=71;FDP=189;FR=.;FRO=118;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=0.0105593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.735;QD=12.9882;RBI=0.01095;REFB=-0.0247402;REVB=-0.00289876;RO=116;SAF=30;SAR=41;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953273;STB=0.500763;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0367664;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:116:118:71:71:0.375661:41:30:50:66:41:30:50:68 chr6 28120898 . G A 241.13 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0027338;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.661;QD=19.29;RBI=0.00739579;REFB=-0.0134293;REVB=0.00687198;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581574;STB=0.520375;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0143076;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:11:14:15:9:11:14:15:10 chr6 28134582 . C T 407.65 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0576573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.747;QD=22.6471;RBI=0.0580808;REFB=0.0268268;REVB=-0.00700047;RO=31;SAF=14;SAR=26;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825806;STB=0.534251;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00977366;OID=.;OPOS=28134582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:26:14:8:23:26:14:9:23 chr6 28180818 . G C 565.75 PASS AF=0.416667;AO=64;DP=156;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.024723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0298;QD=14.5065;RBI=0.0739965;REFB=-0.00921738;REVB=0.0697442;RO=91;SAF=35;SAR=29;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134602;STB=0.563831;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0182551;OID=.;OPOS=28180818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:91:91:64:65:0.416667:29:35:38:53:30:35:39:52 chr6 28180870 . A C 593.3 PASS AF=0.488;AO=60;DP=124;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0463292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.609;QD=18.9855;RBI=0.0647611;REFB=-0.0274747;REVB=-0.0452504;RO=61;SAF=29;SAR=31;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522781;STB=0.536152;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0271688;OID=.;OPOS=28180870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:61:64:60:61:0.488:31:29:26:35:30:31:28:36 chr6 28180904 . A G 516.23 PASS AF=0.474138;AO=54;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.000603999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.055;QD=17.8009;RBI=0.0143413;REFB=-0.010151;REVB=-0.0143286;RO=61;SAF=25;SAR=29;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353604;STB=0.524581;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0104938;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:61:61:54:55:0.474138:29:25:26:35:29:26:26:35 chr6 28213239 . T C 267.17 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00766994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.056;QD=28.1228;RBI=0.0366267;REFB=-0.00422109;REVB=0.0358146;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565342;STB=0.531224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00226445;OID=.;OPOS=28213239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:14:10:7:7:14:10:7:7 chr6 28219270 . G A 666.68 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.059344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4759;QD=20.9976;RBI=0.0604697;REFB=-0.000666197;REVB=-0.0116136;RO=60;SAF=24;SAR=42;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788166;STB=0.548178;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000384827;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:61:66:66:0.519685:42:24:27:33:42:24:28:33 chr6 28219661 . G A 335.54 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0714031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3295;QD=20.0322;RBI=0.0745899;REFB=-0.0154329;REVB=0.0215697;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182159;STB=0.604881;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00885909;OID=.;OPOS=28219661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:31:35:36:0.537313:20:15:20:11:21:15:20:11 chr6 28227633 . C T 36.58 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0346703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.109;QD=7.31607;RBI=0.0351578;REFB=-0.000557206;REVB=0.00583414;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.571184;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.000597474;OID=.;OPOS=28227633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:6:8:4:2:6:8 chr6 28228342 . A G 175.73 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00979288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.371;QD=15.2812;RBI=0.0114615;REFB=-0.0170939;REVB=0.00595533;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769453;STB=0.526288;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0255445;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:27:18:19:0.413043:10:8:14:13:10:9:14:13 chr6 28239915 . G A 54.27 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0220113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5248;QD=8.68341;RBI=0.0275616;REFB=-0.0130155;REVB=0.0165875;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171013;STB=0.605793;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0207673;OID=.;OPOS=28239915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:9:8:5:3:9:8 chr6 28239932 . T TG 234.31 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.2044;QD=39.051;RBI=0.06789;REFB=0;REVB=0.0676153;RO=4;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00328648;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:25:24:24:0:10:14:0:0:5:4:9:11:1:3 chr6 28269663 . A G 408.73 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00206134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3671;QD=20.184;RBI=0.0127133;REFB=-0.0285887;REVB=0.0125451;RO=38;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101928;STB=0.555529;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0239403;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:39:41:42:0.518519:20:21:15:23:21:21:15:24 chr6 28270064 . T A 304.09 PASS AF=0.658537;AO=25;DP=39;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.119512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.416;QD=29.6674;RBI=0.119805;REFB=-0.0134161;REVB=-0.00837218;RO=14;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476847;STB=0.507457;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.010898;OID=.;OPOS=28270064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:14:14:25:27:0.658537:16:9:6:8:16:11:6:8 chr6 28294550 . T C 361.33 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0357578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.704;QD=15.5412;RBI=0.0358322;REFB=-0.00932447;REVB=-0.00230691;RO=53;SAF=11;SAR=28;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320384;STB=0.676935;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.012041;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:28:11:31:22:28:11:31:23 chr6 28297313 . T A 703.44 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0231793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1135;QD=22.6915;RBI=0.0343032;REFB=-0.0065431;REVB=-0.025287;RO=56;SAF=39;SAR=29;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119848;STB=0.565601;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00406507;OID=.;OPOS=28297313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:56:68:68:0.548387:29:39:24:32:29:39:24:32 chr6 28328791 . CA C,CC 179.19 PASS AF=0.296296,0.037037;AO=22,3;DP=81;FAO=24,3;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=9,3;FSAR=15,0;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0331225,0.0529588;FXX=0.0121936;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.6763,31.7356;QD=8.84889;RBI=0.0557347,0.0570374;REFB=0.0128736,-0.000645284;REVB=0.0448247,0.0211808;RO=53;SAF=9,3;SAR=13,0;SRF=14;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.187473,0.596247;STB=0.589217,0.998017;STBP=0.343,0.003;TYPE=del,snp;VARB=-0.0207392,0.00471365;OID=.,.;OPOS=28328792,28328792;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296,0.037037:22,3:81:24,3:81:54:9,3:15,0:14:40:99:53:9,3:13,0:14:39 chr6 28331094 . G A 270.67 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00666561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.539;QD=23.0361;RBI=0.00995953;REFB=-0.0154093;REVB=-0.00740013;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960261;STB=0.563587;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0100039;OID=.;OPOS=28331094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:15:9:6:16:15:10:6:16 chr6 28331127 . AA GC 202.92 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0229515;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=224.187;QD=21.9371;RBI=0.023115;REFB=-0.0151989;REVB=0.00274375;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809967;STB=0.536389;STBP=0.716;TYPE=mnp;VARB=0.0117511;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:19:20:0.540541:13:6:4:13:14:6:4:13 chr6 28358320 . A G 329.03 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-3.17645e-05;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.823;QD=11.346;RBI=0.00141009;REFB=-0.0189879;REVB=0.00140973;RO=71;SAF=22;SAR=19;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171974;STB=0.519383;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0269864;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:71:75:41:41:0.353448:19:22:37:34:19:22:38:37 chr6 28358335 . G C 334.3 PASS AF=0.369369;AO=40;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0147505;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.806;QD=12.047;RBI=0.0379277;REFB=-0.0172001;REVB=-0.0349418;RO=68;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324076;STB=0.516688;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00964698;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:70:40:41:0.369369:20:20:32:36:20:21:34:36 chr6 28359170 . A G 398.99 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0119492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.262;QD=23.8204;RBI=0.0119807;REFB=-0.0147049;REVB=0.000867847;RO=27;SAF=23;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109436;STB=0.553114;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.014858;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:16:23:12:15:16:23:13:15 chr6 28503479 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00604776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.428;QD=11.3693;RBI=0.0123158;REFB=-0.00688667;REVB=-0.0107286;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0133158;OID=.;OPOS=28503479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:10:9:7:4:10:9 chr6 28542424 . G A 232.74 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.022278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9317;QD=15.0158;RBI=0.0222817;REFB=-0.0421202;REVB=0.000405864;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153961;STB=0.587125;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0409015;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:15:12:21:14:15:12:21:14 chr6 28542520 . C T 318.11 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0148323;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.172;QD=15.3307;RBI=0.0152747;REFB=-0.0114829;REVB=-0.00364927;RO=47;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758806;STB=0.53685;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.014297;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:19:16:25:22:19:16:25:23 chr6 28543264 . C T 127.64 PASS AF=0.518519;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0105941;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.384;QD=18.9101;RBI=0.0169639;REFB=-0.035831;REVB=-0.0132492;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371805;STB=0.692044;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0101016;OID=.;OPOS=28543264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:10:13:12:14:0.518519:9:3:7:3:9:5:10:3 chr6 28601934 . A T 727.49 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3083;QD=63.2596;RBI=0.0567153;REFB=0;REVB=0.00307424;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305667;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 28616066 . T A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.04;QD=64.1528;RBI=0.0535513;REFB=0;REVB=0.0529402;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180828;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr6 28626098 . G A,T 498.44 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=32,2;DP=34;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466495,-0.0362315;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.6871,71.2759;QD=56.9644;RBI=0.0204079,0.0367294;REFB=0,0;REVB=-0.0198676,-0.0060272;RO=0;SAF=14,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00149419,0.0100919;OID=.,.;OPOS=28626098,28626098;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:35:0:0:32,2:33,2:0.942857,0.0571429:18,2:14,0:0:0:18,2:15,0:0:0 chr6 28663703 . G GA 102.51 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.115303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.2675;QD=6.03016;RBI=0.117357;REFB=0.00370469;REVB=0.0218613;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194052;STB=0.61216;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=0.00953747;OID=.;OPOS=28663704;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397059:26:68:27:68:41:18:9:20:21:99:40:17:9:19:21 chr6 28663716 . A G 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.67;QD=60.0287;RBI=0.0273975;REFB=0;REVB=-0.0269292;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04005e-05;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr6 28663754 . T C 1175.78 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.203;QD=59.533;RBI=0.018924;REFB=-0.0805851;REVB=0.0116057;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137178;STB=0.507245;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000837549;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:44:34:1:0:44:34:1:0 chr6 28678357 . T C 460.15 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.489;QD=54.1358;RBI=0.0308025;REFB=-0.10686;REVB=-0.00952691;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00196527;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:34:1:1:31:33:0.970588:20:11:1:0:20:13:1:0 chr6 28687489 . A G 84.31 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00248041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.583;QD=10.8782;RBI=0.00874731;REFB=-0.0214913;REVB=-0.00838826;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.529358;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0183055;OID=.;OPOS=28687489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:20:20:10:11:0.354839:4:6:10:10:5:6:10:10 chr6 28687542 . T C 462.87 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.367;QD=54.4551;RBI=0.0146757;REFB=-0.0519431;REVB=-0.00152335;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00158744;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:31:33:0.970588:18:13:1:0:20:13:1:0 chr6 28697086 . C T 727.08 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713226;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2713;QD=57.0257;RBI=0.0117624;REFB=0;REVB=0.00935336;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604991;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr6 28703244 . T C 388.6 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.000828042;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.361;QD=16.0248;RBI=0.0133454;REFB=-0.00596059;REVB=0.0133197;RO=55;SAF=20;SAR=21;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315987;STB=0.50327;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00787844;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:56:41:41:0.42268:21:20:27:28:21:20:27:29 chr6 28715516 . C G 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0191364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.907;QD=8.02194;RBI=0.0205641;REFB=-0.00564745;REVB=0.00752855;RO=37;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435589;STB=0.768817;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0175003;OID=.;OPOS=28715516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:3:10:15:22:3:10:15:22 chr6 28715537 . T C 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00121764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.389;QD=7.30281;RBI=0.00842295;REFB=-0.000683306;REVB=0.00833447;RO=40;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502244;STB=0.815919;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0037144;OID=.;OPOS=28715537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:42:15:15:0.263158:3:12:15:25:3:12:15:27 chr6 28715564 . C G 164.69 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.011599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.613;QD=10.4565;RBI=0.0234639;REFB=-0.00591246;REVB=-0.0203965;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205694;STB=0.613632;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00597543;OID=.;OPOS=28715564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:39:41:21:22:0.349206:9:12:15:24:9:13:17:24 chr6 28715583 . C T 176.15 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0282796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4254;QD=10.2116;RBI=0.0353708;REFB=0.00334309;REVB=0.0212452;RO=44;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149383;STB=0.586392;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0098436;OID=.;OPOS=28715583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:46:23:23:0.333333:10:13:19:25:10:13:20:26 chr6 28715604 . G C 238.58 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0172878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5185;QD=14.0344;RBI=0.0240326;REFB=-0.00926351;REVB=-0.0166943;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150688;STB=0.585713;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0172813;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:12:16:17:23:12:16:17:23 chr6 28726163 . CG CC,C 131.75 PASS AF=0,0.5;AO=2,13;DP=33;FAO=0,16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=0,7;FSAR=0,9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0736296,-0.0779185;FXX=0.0302939;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=21.2284,19.037;QD=16.4688;RBI=0.0736401,0.0838645;REFB=0.0534715,0.0714665;REVB=0.00124049,0.0310153;RO=14;SAF=2,4;SAR=0,9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.644719,0.0234553;STB=0.5,0.597446;STBP=1,0.316;TYPE=snp,del;VARB=0.0235601,-0.0604837;OID=.,.;OPOS=28726164,28726164;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:2,13:33:0,16:32:16:0,7:0,9:4:12:99:14:2,4:0,9:4:10 chr6 28732209 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0172834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.868;QD=13.774;RBI=0.0179587;REFB=-0.00521298;REVB=0.00487865;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346768;STB=0.691506;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0064071;OID=.;OPOS=28732209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:6:14:11:19:6:14:12:19 chr6 28758580 . TTTG T 60.43 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00767097;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=255.377;QD=4.24101;RBI=0.0103219;REFB=-0.0021049;REVB=0.00690639;RO=36;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847792;STB=0.527879;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=0.00658257;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245614:14:56:14:57:43:6:8:20:23:60:36:6:8:18:18 chr6 28770596 . A AC 160.53 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0547204;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.9072;QD=12.1153;RBI=0.106872;REFB=-0.0366453;REVB=-0.0918006;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903871;STB=0.55064;STBP=0.523;TYPE=ins;VARB=0.0354356;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471698:25:57:25:53:28:11:14:15:13:99:32:11:14:17:15 chr6 28779887 . C G 250.83 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00163217;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.514;QD=16.722;RBI=0.00882188;REFB=-0.0215641;REVB=-0.00866958;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220783;OID=.;OPOS=28779887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:32:28:28:0.466667:14:14:16:14:14:14:16:16 chr6 28785085 . C T 638.78 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0706685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.496;QD=59.4212;RBI=0.072089;REFB=0.00893427;REVB=0.0142403;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000200488;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr6 28791134 . G A 203.08 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0137595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.618;QD=12.308;RBI=0.0140501;REFB=-0.0123264;REVB=-0.00284253;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377794;STB=0.514694;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0233641;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:25:25:0.378788:14:11:19:21:14:11:19:22 chr6 28831535 . A G 213.19 PASS AF=0.44;AO=19;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.000772846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8573;QD=17.0549;RBI=0.0151607;REFB=-0.0200465;REVB=0.015141;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329223;STB=0.689976;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.026501;OID=.;OPOS=28831535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:28:19:22:0.44:12:7:16:6:14:8:20:8 chr6 28864100 . C T 165.6 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0572384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4986;QD=11.4207;RBI=0.0599823;REFB=0.0218578;REVB=-0.0179344;RO=37;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185741;STB=0.609107;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0425086;OID=.;OPOS=28864100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:16:5:14:23:16:5:14:23 chr6 28911802 . G A 251.78 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0694835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.844;QD=12.5892;RBI=0.0761936;REFB=-0.00976671;REVB=0.0312651;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297919;STB=0.669795;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0175598;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:12:18:16:34:12:18:16:34 chr6 28912345 . G C 239.73 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0161694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2254;QD=11.9863;RBI=0.0163332;REFB=0.00247028;REVB=-0.00230777;RO=50;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127885;STB=0.554563;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00365944;OID=.;OPOS=28912345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:51:28:29:0.3625:13:15:21:29:14:15:22:29 chr6 28912437 . T C 198.79 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.000958336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.5575;QD=11.3592;RBI=0.0149004;REFB=-0.0111027;REVB=-0.0148695;RO=44;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10409;STB=0.566116;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0317625;OID=.;OPOS=28912437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:45:25:25:0.357143:13:12:17:27:13:12:17:28 chr6 28949968 . C T 300.91 PASS AF=0.471429;AO=31;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0394289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4028;QD=17.1949;RBI=0.0394349;REFB=-0.0183596;REVB=-0.000687632;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568635;STB=0.518931;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0165121;OID=.;OPOS=28949968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:31:33:0.471429:19:12:16:20:19:14:17:20 chr6 28963248 . T G 879.97 PASS AF=0.508671;AO=88;DP=173;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0252517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0832;QD=20.3462;RBI=0.0286365;REFB=-0.0201547;REVB=-0.0135056;RO=84;SAF=47;SAR=41;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620887;STB=0.536958;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0217677;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:84:85:88:88:0.508671:41:47:39:45:41:47:39:46 chr6 28964086 . G A 303.44 PASS AF=0.4;AO=32;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0227381;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.415;QD=13.4863;RBI=0.0228588;REFB=-0.00737476;REVB=0.00234576;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120969;STB=0.563835;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0278921;OID=.;OPOS=28964086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:46:54:32:36:0.4:19:13:24:22:23:13:25:29 chr6 29068759 . C A 1934.49 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1186;QD=61.4123;RBI=0.0215762;REFB=0;REVB=0.00339145;RO=0;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69283e-05;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:0:0:125:126:1:59:66:0:0:59:67:0:0 chr6 29069016 . G A 888.79 PASS AF=0.390152;AO=102;DP=261;FAO=103;FDP=264;FR=.;FRO=161;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=66;FSRR=95;FWDB=0.0149759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.396;QD=13.4666;RBI=0.0301987;REFB=0.000594994;REVB=0.0262238;RO=159;SAF=47;SAR=55;SRF=66;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500792;STB=0.528635;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000826339;OID=.;OPOS=29069016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:264:159:161:102:103:0.390152:55:47:66:93:56:47:66:95 chr6 29069264 . T C 673.37 PASS AF=0.430233;AO=74;DP=171;FAO=74;FDP=172;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=-0.00139582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.915;QD=15.6597;RBI=0.0175837;REFB=-0.0188422;REVB=0.0175283;RO=96;SAF=30;SAR=44;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000886723;STB=0.507635;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0170656;OID=.;OPOS=29069264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:96:98:74:74:0.430233:44:30:39:57:44:30:41:57 chr6 29069299 . C T 493.0 PASS AF=0.365854;AO=60;DP=164;FAO=60;FDP=164;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=71;FWDB=-0.00496768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.387;QD=12.0243;RBI=0.0113378;REFB=-0.00590197;REVB=-0.0101916;RO=101;SAF=25;SAR=35;SRF=32;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116479;STB=0.566218;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.012184;OID=.;OPOS=29069299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:101:104:60:60:0.365854:35:25:32:69:35:25:33:71 chr6 29069337 . A T 3091.77 PASS AF=1;AO=177;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=91;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.296;QD=60.9215;RBI=0.0527625;REFB=0;REVB=0.0501556;RO=0;SAF=84;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668266;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:177:203:1:93:84:0:0:112:91:0:0 chr6 29080004 . A G 1216.87 PASS AF=0.463504;AO=127;DP=275;FAO=127;FDP=274;FR=.;FRO=147;FSAF=45;FSAR=82;FSRF=53;FSRR=94;FWDB=-0.030073;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0761;QD=17.7645;RBI=0.0319125;REFB=-0.0122793;REVB=0.0106781;RO=147;SAF=45;SAR=82;SRF=53;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658071;STB=0.503634;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0185637;OID=.;OPOS=29080004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:147:147:127:127:0.463504:82:45:53:94:82:45:53:94 chr6 29080344 . G A 675.84 PASS AF=0.435294;AO=73;DP=168;FAO=74;FDP=170;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.00218665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7912;QD=15.9022;RBI=0.0125599;REFB=-0.00146504;REVB=-0.012368;RO=95;SAF=41;SAR=32;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178581;STB=0.509088;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00127631;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:95:96:73:74:0.435294:32:41:55:40:32:42:56:40 chr6 29080349 . A G 2627.83 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.665;QD=61.8313;RBI=0.0144575;REFB=0;REVB=0.00915918;RO=0;SAF=102;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09052e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31863e-05;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:67:102:0:0:68:102:0:0 chr6 29080450 . G A 2219.48 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109535;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1397;QD=63.4136;RBI=0.013303;REFB=0;REVB=0.0075491;RO=0;SAF=64;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72653e-05;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:75:64:0:0:75:65:0:0 chr6 29141632 . T C 761.34 PASS AF=0.528986;AO=73;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00677929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.065;QD=22.0678;RBI=0.0141135;REFB=-0.0239807;REVB=-0.0123787;RO=64;SAF=33;SAR=40;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543478;STB=0.533536;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0188807;OID=.;OPOS=29141632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:64:65:73:73:0.528986:40:33:33:31:40:33:34:31 chr6 29141743 . A G 3159.93 PASS AF=1;AO=204;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641075;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5905;QD=61.6571;RBI=0.0642231;REFB=0;REVB=0.00385199;RO=0;SAF=80;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386351;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:206:205:0:0:204:205:1:124:80:0:0:124:81:0:0 chr6 29141772 . A G 3185.49 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183972;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.525;QD=64.03;RBI=0.00266025;REFB=0;REVB=0.00192155;RO=0;SAF=82;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23046e-05;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:199:0:0:198:199:1:116:82:0:0:116:83:0:0 chr6 29141849 . T C 639.2 PASS AF=0.430303;AO=69;DP=162;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0239621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.974;QD=15.4958;RBI=0.0251044;REFB=-0.0245791;REVB=0.0074864;RO=91;SAF=26;SAR=43;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551835;STB=0.541962;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0306175;OID=.;OPOS=29141849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:165:91:94:69:71:0.430303:43:26:39:52:45:26:41:53 chr6 29142054 . C G 524.72 PASS AF=0.397351;AO=60;DP=151;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.0456439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8875;QD=13.8999;RBI=0.0473327;REFB=0.00354174;REVB=0.0125306;RO=89;SAF=25;SAR=35;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188395;STB=0.605661;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0031772;OID=.;OPOS=29142054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:91:60:60:0.397351:35:25:53:36:35:25:54:37 chr6 29142064 . A G 566.4 PASS AF=0.411392;AO=65;DP=158;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.00269022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.166;QD=14.3393;RBI=0.00629337;REFB=-0.0276179;REVB=0.00568939;RO=92;SAF=26;SAR=39;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194566;STB=0.612056;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0315012;OID=.;OPOS=29142064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:93:65:65:0.411392:39:26:54:38:39:26:55:38 chr6 29274486 . T C 301.51 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0445199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4368;QD=14.3577;RBI=0.0895296;REFB=-0.00139461;REVB=0.0776758;RO=48;SAF=23;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148962;STB=0.598898;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0041837;OID=.;OPOS=29274486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:50:34:34:0.404762:11:23:26:22:11:23:26:24 chr6 29275507 . T C 96.27 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000205496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.645;QD=7.5506;RBI=0.00423393;REFB=-0.00338479;REVB=-0.00422894;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217481;STB=0.624434;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.01014;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:51:51:37:38:13:13:0.254902:5:8:16:21:5:8:17:21 chr6 29323259 . G A 594.49 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.244;QD=60.9738;RBI=0.0762013;REFB=0;REVB=0.0745327;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33888e-05;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:13:24:0:0:15:24:0:0 chr6 29342825 . G A 341.23 PASS AF=0.392157;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0182466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.914;QD=13.3814;RBI=0.0183416;REFB=-0.0189809;REVB=0.00186455;RO=62;SAF=15;SAR=24;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126837;STB=0.561722;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0245216;OID=.;OPOS=29342825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:62:62:39:40:0.392157:24:15:31:31:24:16:31:31 chr6 29364787 . C T 1362.26 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2151;QD=61.2253;RBI=0.112902;REFB=0.0125551;REVB=0.0389311;RO=1;SAF=36;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129808;STB=0.506848;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000659394;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:52:36:1:0:52:36:1:0 chr6 29385237 . T C 543.26 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.034143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9468;QD=22.6357;RBI=0.0341504;REFB=-0.00440829;REVB=-0.000713366;RO=45;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769891;STB=0.542349;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00587851;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:26:25:18:27:26:25:18:27 chr6 29523676 . C G 787.07 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0762768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3055;QD=55.2329;RBI=0.0805034;REFB=-0.133808;REVB=-0.0257419;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0028035;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:26:30:0:0:26:30:1:0 chr6 29555809 . C T 631.23 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0382412;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7023;QD=17.6568;RBI=0.0441302;REFB=-0.0162765;REVB=0.0220245;RO=79;SAF=31;SAR=34;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713077;STB=0.536553;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.01967;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:79:78:65:65:0.454545:34:31:32:47:34:31:32:46 chr6 29555864 . C T 667.9 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.000509929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.901;QD=19.5008;RBI=0.00874542;REFB=-0.0277314;REVB=0.00873054;RO=69;SAF=33;SAR=34;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264524;STB=0.510788;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0295913;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:70:67:67:0.489051:34:33:32:37:34:33:33:37 chr6 29625001 . A G 770.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907338;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6397;QD=64.2197;RBI=0.0152116;REFB=0;REVB=0.0122093;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41141e-05;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr6 29634003 . G C 1054.68 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.24422e-05;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.021;QD=59.4188;RBI=0.0152418;REFB=0;REVB=-0.0152417;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89465e-05;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:72:71:1:35:37:0:0:34:37:0:0 chr6 29634012 . A G 1036.62 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293179;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.557;QD=58.4013;RBI=0.0322101;REFB=-0.0725754;REVB=0.0133399;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000301709;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:35:35:0:0:35:35:1:0 chr6 29691857 . C G 247.85 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.202;QD=47.2086;RBI=0.0122678;REFB=-0.00452968;REVB=-0.00583339;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=9.35758e-05;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr6 29693011 . C T 390.78 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.41281e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3959;QD=55.8253;RBI=0.0188157;REFB=0;REVB=0.0188156;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456735;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr6 29695854 . G A 951.29 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0509676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9638;QD=53.5937;RBI=0.0569964;REFB=0.00539071;REVB=0.0255126;RO=2;SAF=26;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349656;STB=0.511835;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.000670673;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:71:71:2:3:67:68:0.957746:41:26:2:0:41:27:2:1 chr6 29718220 . G A 598.19 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140764;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8454;QD=61.3526;RBI=0.0143872;REFB=0;REVB=-0.00297453;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31504e-05;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 990.96 PASS AF=0.724638,0.173913,0.101449;AO=44,7,6;DP=70;FAO=50,12,7;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=10,4,3;FSAR=40,8,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301141,0.0647171,-0.105307;FXX=0.137483;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=219.664,80.8501,147.378;QD=57.4468;RBI=0.0302753,0.0647602,0.105313;REFB=0,0,0;REVB=0.00311922,0.00236374,-0.0010838;RO=0;SAF=7,3,3;SAR=37,4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.9155e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00651568,-0.0131291,0.000396139;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.724638,0.173913,0.101449:44,7,6:70:50,12,7:69:0:10,4,3:40,8,4:0:0:74:0:7,3,3:37,4,3:0:0 chr6 29855849 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2714;QD=48.7371;RBI=0.0770222;REFB=0;REVB=-0.0595524;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223862;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr6 29855858 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.656;QD=48.7373;RBI=0.0315515;REFB=0;REVB=0.0125853;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397693;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr6 29855862 . AGA GAT 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443993;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=3;MLLD=170.451;QD=49.6934;RBI=0.0677972;REFB=0;REVB=0.0512364;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000850715;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr6 29855901 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.518;QD=59.8386;RBI=0.0118127;REFB=0;REVB=0.0107981;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28668e-06;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr6 29856330 . G A 791.85 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0361747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.033;QD=53.6844;RBI=0.0362131;REFB=0.0403216;REVB=-0.00166798;RO=2;SAF=39;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135418;STB=0.507184;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00113385;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:18:39:1:1:18:39:1:1 chr6 29856347 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.73;QD=57.8849;RBI=0.0218691;REFB=0;REVB=0.00699502;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61735e-05;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr6 29856427 . G A 631.87 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0573197;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9327;QD=57.443;RBI=0.0618604;REFB=-0.129984;REVB=0.0232628;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446492;STB=0.523798;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00371391;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:2:2:42:42:0.954545:22:20:2:0:22:20:2:0 chr6 29856550 . C G 626.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517916;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.581;QD=61.0737;RBI=0.0520194;REFB=0;REVB=0.00486317;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402836;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr6 29856633 . T C 892.09 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0370126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9536;QD=54.8979;RBI=0.0411441;REFB=-0.0139002;REVB=0.0179695;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.512191;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00108896;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:65:1:2:62:63:0.969231:39:23:0:1:40:23:0:2 chr6 29856686 . C G 1066.01 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.083;QD=58.4116;RBI=0.0298093;REFB=0.0654535;REVB=0.0230054;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000310885;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:42:30:0:0:42:30:0:1 chr6 29856693 . C T 1154.02 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.884;QD=60.738;RBI=0.0256993;REFB=0;REVB=0.0229106;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89859e-05;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:45:31:0:0 chr6 29856718 . G C 1156.76 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017158;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.332;QD=60.882;RBI=0.0633349;REFB=0;REVB=0.0609665;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050701;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr6 29910358 . C G 612.3 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8959;QD=59.7369;RBI=0.0816799;REFB=0;REVB=0.0815001;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174446;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:24:16:0:1:25:16:0:0 chr6 29910378 . C T 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.304;QD=55.5196;RBI=0.0250283;REFB=-0.0511736;REVB=0.0101087;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0009087;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:23:10:0:1:23:10:0:1 chr6 29910604 . C A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.802;QD=36.3477;RBI=0.0434342;REFB=-0.10695;REVB=0.0346502;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0209672;OID=.;OPOS=29910604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr6 29910700 . G T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.585;QD=50.4111;RBI=0.0173279;REFB=0;REVB=0.00289501;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201747;OID=.;OPOS=29910700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr6 29910716 . CA GG 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191321;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=173.338;QD=49.5992;RBI=0.0233633;REFB=0;REVB=0.0134092;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.62984e-05;OID=.;OPOS=29910716;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr6 29910730 . T A 160.29 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.54;QD=45.797;RBI=0.0660254;REFB=0;REVB=0.0195382;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854142;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:7:7:0:0 chr6 29910742 . G C 109.0 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0166722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2767;QD=36.3328;RBI=0.0832827;REFB=-0.151716;REVB=0.0815968;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0255828;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:1:0:4:7:1:0 chr6 29910752 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000665411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4062;QD=42.1818;RBI=0.0652608;REFB=0;REVB=-0.0652574;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230728;OID=.;OPOS=29910752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 29911056 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.429;QD=37.4856;RBI=0.0199883;REFB=0;REVB=0.00901711;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673627;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 29911063 . TA GG 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002459;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.623;QD=39.6127;RBI=0.0417194;REFB=0;REVB=0.0416468;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0012083;OID=.;OPOS=29911063;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 29911092 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3582;QD=42.182;RBI=0.100332;REFB=0;REVB=0.075907;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418038;OID=.;OPOS=29911092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 29911114 . GG AC 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024057;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=93.5894;QD=42.1826;RBI=0.0249045;REFB=0;REVB=0.00644164;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000613581;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 29911119 . G T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000561148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.135;QD=39.318;RBI=0.0153006;REFB=0.0591755;REVB=0.0152903;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0030305;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr6 29911153 . AC A,AA 195.35 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=4,13;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15145,0.089447;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.1064,64.4488;QD=45.9642;RBI=0.181622,0.14264;REFB=0,0;REVB=0.100247,0.11111;RO=0;SAF=0,6;SAR=4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0647662,0.0119042;OID=.,.;OPOS=29911154,29911154;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:4,13:17:1,16:17:0:0,6:1,10:0:0:5:0:0,6:4,7:0:0 chr6 29911190 . G A 191.2 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0762621;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5861;QD=38.2411;RBI=0.0831163;REFB=-0.0115089;REVB=-0.0330517;RO=2;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306173;STB=0.503222;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00337303;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:20:20:2:3:17:17:0.85:11:6:1:1:11:6:1:2 chr6 29911198 . T C 357.41 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0271194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.216;QD=49.2974;RBI=0.0275315;REFB=0.080077;REVB=0.00474564;RO=2;SAF=7;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392413;STB=0.521157;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00204714;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:20:7:1:1:20:7:1:1 chr6 29911207 . G A 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0594442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5534;QD=49.9759;RBI=0.105987;REFB=-0.0441552;REVB=0.087748;RO=2;SAF=7;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403291;STB=0.521723;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00448301;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:21:7:1:1:21:7:1:1 chr6 29911218 . G A 172.93 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0158342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0599;QD=18.6953;RBI=0.0294588;REFB=-0.0204465;REVB=0.0248415;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146011;STB=0.56444;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0345297;OID=.;OPOS=29911218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:18:18:0.486486:14:4:6:11:14:4:6:13 chr6 29911228 . A T 50.1 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00324211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.352;QD=5.13869;RBI=0.0148141;REFB=0.00230089;REVB=-0.014455;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211298;STB=0.634743;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00507101;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:7:24:5:3:7:24 chr6 29911239 . TT CA,TG 418.55 PASS AF=0.25,0.522727;AO=11,23;DP=44;FAO=11,23;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=4,5;FSAR=7,18;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0283492,-0.0914264;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=98.1614,48.7685;QD=38.0499;RBI=0.0299486,0.102636;REFB=-0.00357201,0.0291863;REVB=-0.00965621,-0.0466405;RO=10;SAF=4,5;SAR=7,18;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0578471,-0.0640427;STB=0.533274,0.535284;STBP=0.807,0.623;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00378671,-0.0133082;OID=.,.;OPOS=29911239,29911240;OREF=TT,T;OALT=CA,G;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:91:44:44:10:10:11,23:11,23:0.25,0.522727:7,18:4,5:3:7:7,18:4,5:3:7 chr6 29911256 . T G 631.1 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.516;QD=61.5703;RBI=0.0840482;REFB=0;REVB=0.0396104;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225055;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:30:8:0:0:31:10:0:0 chr6 29911296 . G A 241.69 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00936289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.06;QD=21.4838;RBI=0.036773;REFB=-0.0307322;REVB=0.035561;RO=19;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055774;STB=0.535078;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0238587;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:22:23:23:0.511111:17:6:6:13:17:6:7:15 chr6 29911306 . C T 289.6 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0257456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.35;QD=25.7423;RBI=0.0362949;REFB=-0.0308087;REVB=-0.0255829;RO=19;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767979;STB=0.524397;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0394706;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:19:25:26:0.577778:19:6:6:13:19:7:6:13 chr6 29911319 . G T 260.75 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0102514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.377;QD=23.1778;RBI=0.0289099;REFB=-0.0271335;REVB=0.0270313;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437881;STB=0.551076;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0407791;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:22:23:0.511111:16:6:6:13:17:6:7:13 chr6 29912108 . G C 342.71 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0946271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9689;QD=47.2703;RBI=0.102218;REFB=-0.15921;REVB=0.0386565;RO=3;SAF=7;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919831;STB=0.516604;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0154517;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:3:2:26:27:0.931034:19:7:2:1:19:8:1:1 chr6 29912147 . C T 533.3 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.581;QD=56.1373;RBI=0.0407397;REFB=0.00953877;REVB=0.0363406;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406249;STB=0.521727;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=2.5455e-06;OID=.;OPOS=29912147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:35:37:0.973684:24:11:1:0:26:11:1:0 chr6 29912280 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.501;QD=61.6837;RBI=0.0399663;REFB=0;REVB=-0.0151295;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33871e-05;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr6 29912333 . C T 694.88 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5036;QD=60.4244;RBI=0.0211673;REFB=-0.146446;REVB=-0.0106474;RO=0;SAF=36;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526304;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00270355;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:9:36:0:0:9:36:0:1 chr6 29912368 . C T 686.27 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450797;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.328;QD=54.9019;RBI=0.0451007;REFB=-0.0455968;REVB=-0.00137673;RO=1;SAF=38;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122265;STB=0.506491;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00058092;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:11:38:1:0:11:38:1:0 chr6 29912398 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.01;QD=59.4316;RBI=0.00802922;REFB=0;REVB=0.00722958;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39853e-05;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:5:29:0:0:6:29:0:0 chr6 29912830 . T C 498.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.992;QD=58.7015;RBI=0.0365498;REFB=0;REVB=0.0108651;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92254e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:22:12:0:0 chr6 29912852 . T C 483.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.813;QD=58.5711;RBI=0.00943694;REFB=0;REVB=-0.00349873;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69842e-05;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr6 29912856 . A T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7545;QD=58.586;RBI=0.0364365;REFB=0;REVB=0.0309146;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791839;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr6 29913042 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.108;QD=57.1775;RBI=0.0231478;REFB=0;REVB=0.0213107;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90891e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr6 29913067 . T C 772.01 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875251;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2947;QD=64.3344;RBI=0.0291221;REFB=0;REVB=0.0277757;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169326;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr6 29913074 . A G 725.32 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9925;QD=63.071;RBI=0.042583;REFB=0;REVB=0.0335962;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866699;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:38:46:1:14:24:0:0:20:26:0:0 chr6 29913075 . C G 32.58 PASS AF=0.152174;AO=8;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.010199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.7149;QD=2.83327;RBI=0.0190994;REFB=-0.0373814;REVB=-0.0161483;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444022;STB=0.885372;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.214195;OID=.;OPOS=29913075;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:38:39:8:7:0.152174:6:2:24:14:6:1:25:14 chr6 29913078 . A G 721.79 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.498;QD=62.7643;RBI=0.0332604;REFB=0;REVB=-0.0313392;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57985e-05;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr6 29976838 . A G 1062.14 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.3436e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4424;QD=59.8391;RBI=0.0314557;REFB=0;REVB=-0.0314556;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205492;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr6 30075843 . T C 763.76 PASS AF=0.892308;AO=58;DP=65;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0349452;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=124.844;QD=47.0007;RBI=0.0349549;REFB=-0.0918585;REVB=0.000824145;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.527388;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000677374;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:1:7:58:58:0.892308:22:36:0:1:22:36:6:1 chr6 30075864 . A G,T 969.53 PASS AF=0.940299,0.0597015;AO=63,3;DP=66;FAO=63,4;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39,4;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036442,0.00166836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.6928,94.6208;QD=57.8823;RBI=0.0366868,0.0124436;REFB=0,0;REVB=0.00423106,0.0123313;RO=0;SAF=39,3;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51964e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00201507,0.0737676;OID=.,.;OPOS=30075864,30075864;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:66:67:0:0:63,3:63,4:0.940299,0.0597015:24,0:39,3:0:0:24,0:39,4:0:0 chr6 30075903 . C T 837.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407049;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.374;QD=57.7362;RBI=0.0434857;REFB=0;REVB=-0.0153009;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50522e-05;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr6 30114845 . T C 682.45 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000612158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.652;QD=62.0404;RBI=0.0179252;REFB=0;REVB=0.0179147;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5215e-05;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:27:15:0:0:29:15:0:0 chr6 30114955 . C T 709.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.953;QD=63.0297;RBI=0.019629;REFB=0;REVB=0.0114806;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23296e-05;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr6 30115542 . G A 742.6 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0463589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0705;QD=59.4076;RBI=0.0745424;REFB=-0.0369663;REVB=-0.0583732;RO=2;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156907;STB=0.500834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00859274;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:25:23:1:1:25:23:1:1 chr6 30121460 . C T 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0360393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.259;QD=59.5373;RBI=0.0505806;REFB=-0.00240734;REVB=0.0354903;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=6.51745e-05;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:43:35:1:0:43:35:1:0 chr6 30122154 . T C 910.98 PASS AF=0.917808;AO=66;DP=74;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.000215067;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.7;QD=49.9167;RBI=0.0152816;REFB=-0.0166923;REVB=0.0152801;RO=7;SAF=35;SAR=31;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594662;STB=0.539462;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00314886;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:74:73:7:6:66:67:0.917808:31:35:6:1:32:35:6:0 chr6 30139699 . G A 1200.52 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689984;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.675;QD=61.5653;RBI=0.0117963;REFB=0;REVB=0.00956794;RO=0;SAF=19;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220987;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:58:19:0:0:59:19:0:0 chr6 30140342 . T C 1026.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.252;QD=59.4937;RBI=0.0328394;REFB=0;REVB=0.0325008;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109137;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr6 30154199 . T C 294.15 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419418;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.813;QD=53.4815;RBI=0.0481288;REFB=0;REVB=0.0236064;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672436;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 30313268 . G A,C 690.34 PASS AF=0.884615,0.0961538;AO=45,4;DP=50;FAO=46,5;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22,5;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385984,0.0404332;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=195.857,92.2382;QD=53.1027;RBI=0.0395014,0.0418645;REFB=0.0241435,0.0446226;REVB=0.00839782,-0.0108532;RO=1;SAF=22,4;SAR=23,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0199954,0.749895;STB=0.5102,0.996613;STBP=0.513,0.062;TYPE=snp,snp;VARB=0.000165854,0.0730153;OID=.,.;OPOS=30313268,30313268;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:50:52:1:1:45,4:46,5:0.884615,0.0961538:23,0:22,4:0:1:24,0:22,5:0:1 chr6 30575603 . A G 890.64 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0385482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4211;QD=56.5487;RBI=0.0388827;REFB=-0.127054;REVB=0.00508881;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00342139;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:0:1:32:30:0:1 chr6 30652646 . C T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0268454;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.701;QD=9.85818;RBI=0.0274531;REFB=-0.0158804;REVB=-0.00574469;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114476;STB=0.56918;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.037456;OID=.;OPOS=30652646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:8:5:14:15:8:5:14:15 chr6 30711805 . C G 689.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.755;QD=62.6611;RBI=0.0324699;REFB=0;REVB=0.0319713;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11253e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:26:16:0:0:28:16:0:0 chr6 30782105 . T C 954.69 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.387;QD=58.7501;RBI=0.0273855;REFB=0;REVB=-0.00503006;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.8065e-05;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr6 30782218 . C CTGTT 253.03 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.026647;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=4;MLLD=252.38;QD=19.0962;RBI=0.0266645;REFB=-0.0161417;REVB=-0.000963931;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235452;STB=0.614796;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=0.0177418;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509434:26:56:27:53:26:7:20:12:14:99:28:7:19:14:14 chr6 30782235 . G A 758.82 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0500801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.405;QD=53.2505;RBI=0.0506121;REFB=-0.0513938;REVB=0.00731909;RO=2;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261768;STB=0.513884;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00115467;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:35:20:0:2:35:20:0:2 chr6 30782303 . C T 449.69 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0123081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.794;QD=51.3929;RBI=0.0308517;REFB=-0.0273953;REVB=0.0282903;RO=3;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681581;STB=0.522714;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00192365;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:3:2:31:33:0.942857:19:12:0:3:21:12:0:2 chr6 30782323 . T C 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00934391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.082;QD=14.0775;RBI=0.0405237;REFB=-0.0022145;REVB=-0.0394317;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109071;STB=0.563993;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00440567;OID=.;OPOS=30782323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:7:9:8:4:7:9 chr6 30782361 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0277363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.727;QD=18.8207;RBI=0.0363822;REFB=-0.00980817;REVB=-0.0235449;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00847653;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr6 30782407 . A G 342.37 PASS AF=0.896552;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0216249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.131;QD=47.2228;RBI=0.0224451;REFB=-0.0177233;REVB=-0.00601227;RO=2;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115377;STB=0.555511;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00287508;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:29:29:2:2:25:26:0.896552:7:18:0:2:8:18:0:2 chr6 30832063 . C T 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0168614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.035;QD=20.9982;RBI=0.0170278;REFB=-0.00865926;REVB=0.00237438;RO=36;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238451;STB=0.501319;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00829832;OID=.;OPOS=30832063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:21:19:17:19:21:19:17:19 chr6 30832119 . T C 273.42 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0430865;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5272;QD=14.7794;RBI=0.0523459;REFB=-0.00997783;REVB=-0.0297262;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522198;STB=0.529598;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0143874;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:23:20:16:15:23:20 chr6 30857072 . G C 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00267657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.62;QD=18.9474;RBI=0.0105249;REFB=-0.0039328;REVB=0.0101788;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111794;STB=0.562455;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00255549;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:15:12:16:12:15:12 chr6 30858857 . C T 271.5 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0286778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6176;QD=9.52641;RBI=0.0389006;REFB=-0.00932606;REVB=-0.0262838;RO=75;SAF=16;SAR=20;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164172;STB=0.606878;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0162071;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:78:36:36:0.315789:20:16:44:31:20:16:47:31 chr6 30861113 . C T 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0227324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.567;QD=8.84491;RBI=0.0352001;REFB=-0.00123646;REVB=-0.0268753;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418491;STB=0.514687;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00190381;OID=.;OPOS=30861113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:38:16:16:0.296296:6:10:23:14:6:10:23:15 chr6 30864829 . T C 569.96 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0141406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.837;QD=22.7983;RBI=0.0145155;REFB=-0.0109325;REVB=0.00327792;RO=47;SAF=35;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189189;STB=0.604355;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00950555;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:18:35:21:26:18:35:21:26 chr6 30865148 . T C 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00201078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.392;QD=19.9665;RBI=0.0124466;REFB=-0.0205355;REVB=-0.0122831;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13887;STB=0.577305;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.023082;OID=.;OPOS=30865148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:12:17:11:15:12:17:11:15 chr6 30865204 . A C 255.57 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0157757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7958;QD=13.451;RBI=0.0294655;REFB=-0.0165554;REVB=0.0248866;RO=45;SAF=12;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24167;STB=0.649388;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0285408;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:45:46:29:30:0.394737:17:12:29:16:18:12:30:16 chr6 30876238 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00614562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.622;QD=14.1956;RBI=0.0124706;REFB=-0.0392076;REVB=-0.0108511;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164527;STB=0.596874;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.050986;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:12:3:7:15:12:3:7:15 chr6 30877760 . A C 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0240646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.616;QD=22.072;RBI=0.0244885;REFB=-0.0167508;REVB=-0.00453677;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184782;STB=0.602342;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00831382;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:20:11:14:10:20:11:14:10 chr6 30882203 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6911;QD=37.4848;RBI=0.0503026;REFB=0;REVB=0.0131199;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446735;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr6 30882634 . C T 526.39 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0429199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1654;QD=24.4834;RBI=0.0703765;REFB=-0.0228152;REVB=0.055774;RO=34;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701546;STB=0.546094;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0218815;OID=.;OPOS=30882634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:37:49:49:0.569767:29:20:17:17:29:20:19:18 chr6 30882781 . G T 121.63 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0190436;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.95;QD=14.3092;RBI=0.0196645;REFB=-0.0428659;REVB=-0.00490235;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.57884;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0490856;OID=.;OPOS=30882781;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:20:14:14:0.411765:6:8:14:5:6:8:14:6 chr6 30887972 . C T 448.48 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00670621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.656;QD=18.6867;RBI=0.0115194;REFB=-0.0297428;REVB=-0.00936608;RO=51;SAF=23;SAR=22;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113246;STB=0.563021;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0338643;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:22:23:20:31:22:23:20:31 chr6 30887988 . C T 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00401527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.124;QD=19.8663;RBI=0.0123668;REFB=-0.0109005;REVB=0.0116968;RO=45;SAF=18;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941844;STB=0.552308;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0168799;OID=.;OPOS=30887988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:26:18:23:22:26:18:23:22 chr6 30888161 . T C 732.48 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.545;QD=56.345;RBI=0.0226197;REFB=0;REVB=0.0210581;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84483e-05;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:25:25:0:0:26:26:0:0 chr6 30888169 . G A 223.48 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00359805;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.239;QD=18.6236;RBI=0.00467002;REFB=0.00445373;REVB=-0.0029771;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124296;STB=0.570546;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0124154;OID=.;OPOS=30888169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:14:12:13:9:14:12 chr6 30889389 . T C 181.47 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00246084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9439;QD=16.4968;RBI=0.0133515;REFB=-0.0275185;REVB=-0.0131228;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439071;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0360974;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:10:14:11:8:11:14 chr6 30890206 . T C 132.39 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0126338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4628;QD=9.99197;RBI=0.0429192;REFB=-0.0250225;REVB=-0.0410176;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276055;STB=0.649727;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0264311;OID=.;OPOS=30890206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:35:36:17:17:0.320755:8:9:10:25:8:9:11:25 chr6 30892322 . C T 269.64 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00679371;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.5306;QD=22.9479;RBI=0.0142972;REFB=-0.0330879;REVB=0.0125799;RO=19;SAF=4;SAR=21;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190146;STB=0.586516;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00909828;OID=.;OPOS=30892322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:22:25:25:0.531915:21:4:6:13:21:4:6:16 chr6 30893127 . G A 255.84 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0195939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2999;QD=22.2466;RBI=0.0252731;REFB=-0.0223193;REVB=0.0159628;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138651;STB=0.561745;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0153467;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:8:15:11:11:9:15:11:11 chr6 30893428 . G A 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0226289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.668;QD=8.73481;RBI=0.0805276;REFB=-0.0351565;REVB=0.0772828;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325653;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0554201;OID=.;OPOS=30893428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:5:4:9:10:5:4:9:11 chr6 30893728 . C T 613.12 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5873;QD=61.3119;RBI=0.121444;REFB=0;REVB=0.0926033;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229677;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 30899571 . C T 93.46 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0623759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3107;QD=10.9956;RBI=0.0642128;REFB=-0.0310997;REVB=-0.0152491;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231886;STB=0.617462;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0873895;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:33:34:21:22:12:12:0.352941:6:6:6:15:6:6:7:15 chr6 30900399 . C G 65.67 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0503315;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9958;QD=10.1032;RBI=0.0583928;REFB=-0.0213783;REVB=-0.0296051;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407997;STB=0.749423;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0572968;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:10:7:7:2:10:7 chr6 30900427 . T G 650.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.245;QD=61.9957;RBI=0.0568505;REFB=0;REVB=0.0556988;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305764;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr6 30900435 . G T 194.77 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=40;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0271985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0761;QD=18.1179;RBI=0.0735851;REFB=-0.0344293;REVB=0.068374;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194092;STB=0.617458;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.040743;OID=.;OPOS=30900435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:22:23:18:20:0.465116:11:7:13:9:13:7:13:10 chr6 30920890 . G A 175.12 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00204262;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.72;QD=13.2168;RBI=0.01036;REFB=0.00185168;REVB=0.0101567;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208863;STB=0.619202;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0030409;OID=.;OPOS=30920890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:9:23:11:10:9:23 chr6 30954245 . T C 118.03 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0447305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7422;QD=36.316;RBI=0.0630208;REFB=-0.0632483;REVB=0.0443937;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.011495;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:11:12:0.923077:6:5:0:1:7:5:0:1 chr6 30993377 . T A 366.45 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0217928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5412;QD=29.3159;RBI=0.0322205;REFB=-0.0145379;REVB=0.0237327;RO=19;SAF=23;SAR=8;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955179;STB=0.552181;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0133255;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:8:23:16:3:8:23:16:3 chr6 30993499 . C T 503.29 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0548917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7464;QD=50.3291;RBI=0.0589548;REFB=-0.0637635;REVB=0.0215076;RO=4;SAF=21;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321678;STB=0.517232;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0215299;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:15:21:3:1:15:21:3:1 chr6 30993533 . A G 234.02 PASS AF=0.55;AO=18;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0199326;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.605;QD=23.402;RBI=0.027649;REFB=-0.0496727;REVB=0.0191614;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156805;STB=0.599913;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0497708;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:18:18:22:0.55:9:9:5:11:11:11:5:13 chr6 30993567 . G T 271.97 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00295299;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.628;QD=19.4264;RBI=0.00756873;REFB=-0.0454605;REVB=0.0069689;RO=27;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.569703;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0344323;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:29:29:0.517857:19:10:13:14:19:10:13:14 chr6 30993590 . A G 237.47 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0662946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6206;QD=20.6494;RBI=0.0699704;REFB=-0.0588705;REVB=0.0223803;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791788;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0456285;OID=.;OPOS=30993590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:23:23:23:0.5:12:11:12:9:12:11:12:11 chr6 30993958 . A G 753.17 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244265;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2079;QD=64.0999;RBI=0.0254916;REFB=0;REVB=-0.00729172;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190794;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr6 30994759 . A C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00207093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.658;QD=14.2704;RBI=0.0046128;REFB=-0.00239285;REVB=0.00412179;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130957;STB=0.574936;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0042797;OID=.;OPOS=30994759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:8:16:18:15:8:16:18:15 chr6 30997692 . G C 198.23 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00865224;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.083;QD=25.5783;RBI=0.0109003;REFB=-0.0246086;REVB=-0.00662994;RO=12;SAF=16;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327768;STB=0.685488;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0105471;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:12:12:19:19:0.612903:3:16:6:6:3:16:6:6 chr6 30999997 . T C 455.86 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00447752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.765;QD=20.7207;RBI=0.0214119;REFB=-0.0127582;REVB=-0.0209385;RO=43;SAF=21;SAR=23;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158195;STB=0.591539;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0119862;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:43:44:45:0.511364:23:21:13:30:23:22:13:30 chr6 31002452 . A G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00890785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.082;QD=15.2561;RBI=0.0103644;REFB=-0.00949372;REVB=0.00529815;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362745;STB=0.51998;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0128854;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:20:20:0.4:10:10:13:15:10:10:14:16 chr6 31002527 . A G 350.9 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.091821;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9507;QD=15.0926;RBI=0.0918227;REFB=0.0087766;REVB=-0.000547764;RO=54;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442175;STB=0.520174;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0139057;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:54:55:38:38:0.408602:22:16:25:29:22:16:25:30 chr6 31002616 . C T 354.81 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00242413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9923;QD=13.9143;RBI=0.00251636;REFB=0.000847227;REVB=-0.000675041;RO=60;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141773;STB=0.512518;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00143998;OID=.;OPOS=31002616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:60:61:41:41:0.401961:22:19:27:33:22:19:27:34 chr6 31084163 . A G 68.06 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.021851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.012;QD=14.3294;RBI=0.0350263;REFB=-0.0168447;REVB=-0.0273747;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47116;STB=0.786112;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0379742;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:1:8:5:5:1:8:5:5 chr6 31084787 . A G 93.82 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0095643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.168;QD=10.1423;RBI=0.0157173;REFB=-0.0102062;REVB=-0.0124723;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114783;STB=0.56861;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0160561;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:8:17:7:5:8:17 chr6 31084792 . C T 89.9 PASS AF=0.307692;AO=9;DP=36;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00515148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.167;QD=9.22031;RBI=0.00521733;REFB=-0.0204667;REVB=0.000826304;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303979;STB=0.588097;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0522246;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:36:39:27:27:9:12:0.307692:4:5:8:19:7:5:8:19 chr6 31088202 . A G 196.33 PASS AF=0.342105;AO=23;DP=71;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.000135821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8872;QD=10.3333;RBI=0.00472927;REFB=-0.00915961;REVB=-0.00472732;RO=45;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061674;STB=0.511355;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0246363;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:45:50:23:26:0.342105:10:13:23:22:11:15:28:22 chr6 31097453 . T G 402.46 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0208581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.546;QD=19.1648;RBI=0.0346411;REFB=-0.0326177;REVB=-0.0276577;RO=42;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477725;STB=0.526365;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0338108;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:43:40:41:0.488095:23:17:20:22:24:17:20:23 chr6 31105891 . A G 160.46 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.383;QD=45.8448;RBI=0.0272639;REFB=0;REVB=0.0103461;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143814;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr6 31106177 . T C 83.45 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0344058;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8933;QD=16.6903;RBI=0.0440484;REFB=-0.0695359;REVB=-0.0275046;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.631356;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0355954;OID=.;OPOS=31106177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:10:10:10:10:0.5:7:3:1:9:7:3:1:9 chr6 31170228 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0215368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7457;QD=19.1092;RBI=0.0277937;REFB=-0.0167197;REVB=-0.0175686;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150773;STB=0.584084;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0107581;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:9:17:13:14:9:17 chr6 31238851 . T C 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.056025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.536;QD=4.15525;RBI=0.0582853;REFB=-0.0135208;REVB=-0.0160742;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284016;STB=0.696415;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.067526;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:3:3:19:7:3:3:20:7 chr6 31238925 . C T 72.43 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.010343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.024;QD=8.52066;RBI=0.0531789;REFB=-0.0171995;REVB=0.0521634;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374769;STB=0.789821;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0768933;OID=.;OPOS=31238925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:19:24:9:10:0.294118:6:3:13:6:7:3:18:6 chr6 31238942 . G A 113.14 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0234186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.386;QD=9.62912;RBI=0.0526305;REFB=-0.00276546;REVB=0.0471332;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362763;STB=0.680626;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.014647;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:33:13:14:0.297872:7:6:24:7:7:7:25:8 chr6 31238957 . A C 74.27 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.0130182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3576;QD=5.60497;RBI=0.0744771;REFB=0.015435;REVB=-0.0733305;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507949;STB=0.80144;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0658801;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:52:53:40:42:11:11:0.207547:7:4:32:8:7:4:33:9 chr6 31238992 . G C 42.52 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.0218873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.189;QD=2.83442;RBI=0.0744263;REFB=-0.0059697;REVB=0.0711352;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265342;STB=0.682937;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0397993;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:4:4:37:15:4:4:37:15 chr6 31239006 . G T 32.92 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.00306146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5557;QD=2.02586;RBI=0.0184262;REFB=-0.00539983;REVB=-0.0181701;RO=57;SAF=4;SAR=3;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955582;STB=0.577769;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.05119;OID=.;OPOS=31239006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:57:58:7:7:0.107692:3:4:37:20:3:4:38:20 chr6 31322470 . C G 117.19 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0261273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.939;QD=13.7867;RBI=0.0263169;REFB=-0.0223306;REVB=0.0031538;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927383;STB=0.557438;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0260943;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:13:14:0.411765:8:5:9:10:9:5:9:11 chr6 31322996 . C T 354.87 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0338703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.061;QD=21.5073;RBI=0.0338733;REFB=0.00503088;REVB=-0.00044774;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167181;STB=0.596556;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00382369;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:30:35:36:0.545455:14:21:12:18:14:22:12:18 chr6 31323203 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0518918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.126;QD=23.5277;RBI=0.0525428;REFB=-0.0285885;REVB=0.00824514;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299445;STB=0.666508;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00880394;OID=.;OPOS=31323203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:3:12:8:12:3:12 chr6 31323233 . A G 239.11 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0188142;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.04;QD=26.5676;RBI=0.0260071;REFB=-0.00864488;REVB=-0.0179554;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291819;STB=0.661547;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00213903;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:3:11:8:14:3:11 chr6 31323296 . A G 118.09 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0136769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.847;QD=12.4306;RBI=0.0302207;REFB=-0.0163656;REVB=-0.0269487;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143953;STB=0.571326;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0216063;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:14:14:0.368421:6:8:10:13:6:8:11:13 chr6 31323353 . G A 106.45 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0148894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6479;QD=11.8274;RBI=0.044064;REFB=-0.00552448;REVB=0.0414722;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218069;STB=0.641136;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0159606;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:5:8:9:13:5:8:9:14 chr6 31323524 . TCTC T 89.21 PASS AF=0.225806;AO=13;DP=64;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0093917;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.928;QD=5.75569;RBI=0.0137037;REFB=-0.00605062;REVB=-0.00997933;RO=49;SAF=7;SAR=6;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412261;STB=0.507032;STBP=0.977;TYPE=del;VARB=0.0229656;OID=.;OPOS=31323525;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:13:64:14:62:48:8:6:27:21:89:49:7:6:28:21 chr6 31323567 . G A 141.06 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00877612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.065;QD=7.9468;RBI=0.0136472;REFB=-0.00978015;REVB=0.0104511;RO=51;SAF=8;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177747;STB=0.606635;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.032771;OID=.;OPOS=31323567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:12:8:28:23:12:8:28:23 chr6 31324024 . C A 347.59 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0659572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.448;QD=51.4953;RBI=0.0844878;REFB=0.177671;REVB=0.0527999;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00151876;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:1:0:10:16:1:0 chr6 31324036 . T A 338.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6504;QD=54.1911;RBI=0.146628;REFB=0;REVB=0.0612258;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334099;OID=.;OPOS=31324036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr6 31324051 . C A 164.15 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00660161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2431;QD=27.3583;RBI=0.0068481;REFB=-0.0294054;REVB=-0.00182077;RO=7;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110844;STB=0.547208;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0144473;OID=.;OPOS=31324051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:24:7:7:16:17:0.708333:6:10:3:4:7:10:3:4 chr6 31324064 . T A 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0143596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7224;QD=24.0283;RBI=0.0321564;REFB=-0.0170415;REVB=0.0287721;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593147;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00323129;OID=.;OPOS=31324064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:4:5:7:8:4:5 chr6 31324077 . C G 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0125211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6214;QD=9.91181;RBI=0.0281625;REFB=-0.00486644;REVB=-0.0252259;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273865;STB=0.666296;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0088752;OID=.;OPOS=31324077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:10:7:6:3:10:7 chr6 31324086 . G C 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.046996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4997;QD=10.8839;RBI=0.125384;REFB=0.017494;REVB=0.116244;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212338;STB=0.62828;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0269492;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:8:7:6:3:8:7 chr6 31324100 . G T 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0042023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.956;QD=12.1812;RBI=0.0174595;REFB=-0.0255363;REVB=-0.0169463;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13532;STB=0.580483;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0167258;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:8:7:6:4:8:7 chr6 31324144 . T A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00319987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.445;QD=12.7823;RBI=0.0268696;REFB=-0.00779101;REVB=0.0266783;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235856;STB=0.639072;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0118569;OID=.;OPOS=31324144;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:9:5:6:4:9:5 chr6 31324151 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.425;QD=53.9107;RBI=0.0287166;REFB=0;REVB=0.0203535;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264975;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 31324200 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000116219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.665;QD=50.4134;RBI=0.0246849;REFB=0;REVB=0.0246846;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253094;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 31324516 . C A 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00470004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9411;QD=14.1653;RBI=0.00980872;REFB=-0.0344054;REVB=0.00860933;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916023;STB=0.58807;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0391558;OID=.;OPOS=31324516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:12:10:10:0.454545:4:6:7:3:4:6:9:3 chr6 31324525 . CC TG 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127094;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=235.98;QD=47.8146;RBI=0.0199308;REFB=-0.0151441;REVB=0.0153527;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.597;TYPE=mnp;VARB=0.019181;OID=.;OPOS=31324525;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:1:0:7:14:1:0 chr6 31324531 . C T 272.32 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.784;QD=51.8702;RBI=0.0637664;REFB=0;REVB=-0.0154627;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125019;OID=.;OPOS=31324531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr6 31324536 . T C,G 264.72 PASS AF=0.52381,0.47619;AO=11,10;DP=21;FAO=11,10;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,7;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727495,-0.00101113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.5666,45.9236;QD=50.423;RBI=0.0179285,0.0022381;REFB=0,0;REVB=0.0163861,0.00199668;RO=0;SAF=8,7;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0259582,-0.0384684;OID=.,.;OPOS=31324536,31324536;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:78:21:21:0:0:11,10:11,10:0.52381,0.47619:3,3:8,7:0:0:3,3:8,7:0:0 chr6 31324547 . G C 66.78 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0280471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8064;QD=12.7202;RBI=0.0399745;REFB=-0.0338114;REVB=-0.0284837;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0301851;OID=.;OPOS=31324547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:8:4:3:6:8:4 chr6 31324549 . T C 56.24 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.103056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2739;QD=11.2487;RBI=0.133637;REFB=-0.0308113;REVB=-0.0850786;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102563;STB=0.562336;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0310577;OID=.;OPOS=31324549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:8:4:2:6:8:4 chr6 31324562 . C T 99.63 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0122317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1657;QD=26.5684;RBI=0.0854739;REFB=-0.0128335;REVB=0.0845941;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591994;STB=0.533274;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0275043;OID=.;OPOS=31324562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:3:1:4:7:3:1 chr6 31324643 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.255;QD=40.763;RBI=0.030916;REFB=0;REVB=-0.0279995;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518255;OID=.;OPOS=31324643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr6 31324828 . CGG CCA 32.68 PASS AF=0.4;AO=4;DP=10;FAO=4;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0638362;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.453;QD=13.0734;RBI=0.0644766;REFB=-0.0310616;REVB=0.00906439;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0106101;OID=.;OPOS=31324829;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:4:10:4:10:4:1:3:1:3:22:3:1:3:1:2 chr6 31371430 . T C 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0285589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7654;QD=16.2674;RBI=0.0317953;REFB=0.0157697;REVB=-0.0139759;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.542801;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0273759;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:11:7:7:8:11:7 chr6 31473546 . A G 713.18 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0181912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.939;QD=52.8281;RBI=0.0219475;REFB=-0.0849647;REVB=0.0122789;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.519223;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000436196;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:1:2:52:52:0.962963:25:27:0:1:25:27:0:2 chr6 31473561 . A G 770.62 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00233667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.921;QD=55.0443;RBI=0.0236614;REFB=0.0687478;REVB=0.0235457;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000289877;OID=.;OPOS=31473561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:53:55:0.982143:26:27:0:1:28:27:0:1 chr6 31474000 . G A 817.54 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.732;QD=57.371;RBI=0.0262523;REFB=0;REVB=0.00113656;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024734;OID=.;OPOS=31474000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:27:28:0:0:28:29:0:0 chr6 31477681 . A G 927.12 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820776;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7916;QD=58.865;RBI=0.0836379;REFB=0;REVB=-0.01608;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108987;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:35:28:0:0 chr6 31496791 . C G 601.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0588968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.965;QD=58.644;RBI=0.108931;REFB=-0.0233918;REVB=0.0916357;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000907193;OID=.;OPOS=31496791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:0:1 chr6 31496915 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.202;QD=57.1775;RBI=0.0456044;REFB=0;REVB=-0.0024089;RO=0;SAF=11;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18918e-05;OID=.;OPOS=31496915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:40:11:0:0:40:11:0:0 chr6 31496925 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.278;QD=64.1534;RBI=0.0376208;REFB=0;REVB=0.00261388;RO=0;SAF=10;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16571e-05;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:38:10:0:0:39:10:0:0 chr6 31497706 . C T 1950.25 PASS AF=0.985075;AO=127;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.143161;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.412;QD=58.2164;RBI=0.143923;REFB=-0.138312;REVB=0.014785;RO=6;SAF=50;SAR=77;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536781;STB=0.508927;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00126799;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:134:134:6:2:127:132:0.985075:77:50:6:0:77:55:2:0 chr6 31506624 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.191;QD=63.8712;RBI=0.0109294;REFB=0;REVB=0.0101266;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24294e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr6 31506648 . G T 590.07 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617533;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8662;QD=60.5195;RBI=0.0618554;REFB=-0.0548312;REVB=0.00355406;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127813;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr6 31506801 . G A 591.72 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0191753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.059;QD=56.3541;RBI=0.0192237;REFB=-0.0566742;REVB=0.0013637;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.507809;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00411711;OID=.;OPOS=31506801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:26:14:0:1:26:14:1:1 chr6 31509432 . G A 802.08 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.51;QD=56.2862;RBI=0.0279615;REFB=0;REVB=0.0145946;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225103;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:32:24:0:1:33:24:0:0 chr6 31510105 . A G 936.65 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6602;QD=58.5408;RBI=0.0451258;REFB=0;REVB=-0.042476;RO=0;SAF=47;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112214;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:16:47:0:0:17:47:0:0 chr6 31525448 . C T 634.84 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0463228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.963;QD=56.4303;RBI=0.0560411;REFB=-0.106547;REVB=0.0315405;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019159;STB=0.519222;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00452635;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:1:2:42:43:0.955556:18:24:1:0:18:25:2:0 chr6 31525911 . C CG,CT 329.04 PASS AF=0,1;AO=5,5;DP=49;FAO=0,25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297886,0.003361;FXX=0.479067;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=129.21,148.988;QD=52.6465;RBI=0.0597729,0.0552183;REFB=0,0;REVB=-0.0518212,-0.0551159;RO=39;SAF=1,5;SAR=4,0;SRF=15;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.24179,0.663155;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,-0.000609402;OID=.,.;OPOS=31525912,31525912;OREF=-,-;OALT=G,T;OMAPALT=CG,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:5,5:49:0,25:25:0:0,18:0,7:0:0:4:39:1,5:4,0:15:24 chr6 31525912 . C T 644.59 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=48;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0224771;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.419;QD=54.8588;RBI=0.0248456;REFB=0.0495558;REVB=0.010587;RO=4;SAF=15;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109979;STB=0.542837;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000255585;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:47:4:3:43:44:0.93617:28:15:4:0:28:16:3:0 chr6 31528326 . G C 669.79 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0405;QD=62.3056;RBI=0.0191798;REFB=0;REVB=0.013025;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186665;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr6 31540411 . CG C 44.15 PASS AF=0.4;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.112409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7934;QD=7.06381;RBI=0.112486;REFB=-0.0863975;REVB=-0.00417516;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0.30303;SSEP=0;SSSB=-0.558502;STB=0.639742;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.137251;OID=.;OPOS=31540412;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:25:10:25:15:5:5:11:4:44:16:2:6:13:3 chr6 31540556 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.458;QD=42.1822;RBI=0.0554403;REFB=0;REVB=0.0298121;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908659;OID=.;OPOS=31540556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:4:7:0:0 chr6 31555130 . A G 834.85 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.188;QD=57.5759;RBI=0.0488699;REFB=0;REVB=0.0482385;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01611e-05;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr6 31556580 . AT AA,A 655.22 PASS AF=0.933333,0.0444444;AO=35,6;DP=46;FAO=42,2;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=32,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0717278,-0.00304462;FXX=0.0217344;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=33.9209,21.9753;QD=58.2414;RBI=0.077931,0.018699;REFB=-0.0172879,-0.125036;REVB=0.0304692,-0.0184494;RO=0;SAF=9,0;SAR=26,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.523798,0.993266;STBP=0.138,0.232;TYPE=snp,del;VARB=0.00821114,0.000420367;OID=.,.;OPOS=31556581,31556581;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933333,0.0444444:35,6:46:42,2:45:1:10,0:32,2:1:0:7:0:9,0:26,6:0:0 chr6 31556656 . A T 188.19 PASS AF=0.526316;AO=13;DP=40;FAO=20;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.04777;FXX=0.0499875;HRUN=8;LEN=1;MLLD=24.8205;QD=19.8097;RBI=0.13273;REFB=0.00413602;REVB=-0.123836;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459857;STB=0.549948;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0065157;OID=.;OPOS=31556656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:12:18:13:20:0.526316:8:5:4:8:15:5:6:12 chr6 31583312 . G A 70.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00629802;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.057;QD=15.7379;RBI=0.00797405;REFB=-0.0231684;REVB=-0.00489086;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319819;STB=0.689682;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0324423;OID=.;OPOS=31583312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:9:9:9:9:0.5:2:7:4:5:2:7:4:5 chr6 31590898 . C T 454.5 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.015428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5839;QD=22.7249;RBI=0.02088;REFB=-0.0343991;REVB=-0.0140694;RO=36;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220675;STB=0.620558;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0142045;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:20:24:29:7:20:24:29:7 chr6 31594628 . T A 867.16 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7075;QD=56.8626;RBI=0.020236;REFB=0;REVB=0.000350373;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810403;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:29:32:0:0 chr6 31595882 . C A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.882;QD=58.0611;RBI=0.0660638;REFB=0;REVB=0.0156197;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147963;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr6 31600304 . G C 66.6 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0269857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.28;QD=14.8006;RBI=0.0447661;REFB=-0.00867205;REVB=0.035718;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401081;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0111387;OID=.;OPOS=31600304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:17:18:9:9:8:9:0.5:3:5:6:3:4:5:6:3 chr6 31601344 . T C 610.06 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0452949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3604;QD=56.7499;RBI=0.0482814;REFB=0.011817;REVB=-0.0167173;RO=2;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125541;STB=0.506696;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.012246;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:26:15:1:1:26:15:1:1 chr6 31602967 . G A 293.83 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0280879;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.973;QD=14.5103;RBI=0.0303003;REFB=-0.0184406;REVB=0.0113657;RO=47;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173874;STB=0.503369;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0260702;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:17:16:22:25:17:16:23:25 chr6 31604010 . C G 108.56 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.043058;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.6489;QD=14.9743;RBI=0.0891773;REFB=0.0255725;REVB=0.0780935;RO=14;SAF=1;SAR=12;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169789;STB=0.657235;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.031761;OID=.;OPOS=31604010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:16:13:13:0.448276:12:1:2:12:12:1:3:13 chr6 31604044 . T G 460.04 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.108513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6497;QD=54.1222;RBI=0.110921;REFB=-0.0361237;REVB=0.0229851;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555519;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00618924;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:34:0:1:31:33:0.970588:27:4:0:0:29:4:1:0 chr6 31604286 . G T 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00350752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.894;QD=17.9397;RBI=0.0300026;REFB=0.00139646;REVB=-0.0297969;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827631;STB=0.547393;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00245286;OID=.;OPOS=31604286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:4:15:16:6:4:15:16:6 chr6 31605278 . C T 442.4 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00702416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.812;QD=19.8829;RBI=0.0167593;REFB=-0.0242649;REVB=0.0152163;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203403;STB=0.617743;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0225091;OID=.;OPOS=31605278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:45:44:44:0.494382:18:26:16:28:18:26:16:29 chr6 31610686 . A G 454.85 PASS AF=0.416;AO=50;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.000188483;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.527;QD=14.5551;RBI=0.0157908;REFB=-0.00665673;REVB=0.0157897;RO=71;SAF=28;SAR=22;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847613;STB=0.549329;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00636193;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:73:50:52:0.416:22:28:34:37:22:30:36:37 chr6 31610750 . A G 346.5 PASS AF=0.352;AO=42;DP=123;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0194088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.331;QD=11.0879;RBI=0.0205595;REFB=-0.0179831;REVB=-0.00678191;RO=81;SAF=22;SAR=20;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764773;STB=0.527987;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0287878;OID=.;OPOS=31610750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:81:81:42:44:0.352:20:22:37:44:22:22:37:44 chr6 31617054 . AGG ACG,A,AG 155.83 PASS AF=0,0,1;AO=2,4,12;DP=32;FAO=0,0,31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400472,-0.0209379,-0.0407768;FXX=0.0605877;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=77.8734,9.56731,7.03351;QD=20.1073;RBI=0.127367,0.0347546,0.0656305;REFB=0.0423376,0.0161694,0.0129427;REVB=-0.120907,0.0277397,0.0514258;RO=6;SAF=0,2,4;SAR=2,2,8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.562437,0.156622,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0307322,-0.00583172;OID=.,.,.;OPOS=31617055,31617055,31617055;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACG,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,1:2,4,12:32:0,0,31:31:0:0,0,12:0,0,19:0:0:5:6:0,2,4:2,2,8:2:4 chr6 31625507 . G T 346.54 PASS AF=0.378378;AO=41;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.00184141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.746;QD=12.488;RBI=0.00558324;REFB=-0.00594136;REVB=-0.00527084;RO=68;SAF=15;SAR=26;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363289;STB=0.506796;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00918989;OID=.;OPOS=31625507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:69:41:42:0.378378:26:15:27:41:26:16:27:42 chr6 31625541 . C A 324.64 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0443135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7486;QD=12.6075;RBI=0.0708276;REFB=0.00203102;REVB=-0.0552528;RO=63;SAF=12;SAR=27;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514894;STB=0.52576;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00415762;OID=.;OPOS=31625541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:27:12:22:41:27:12:22:42 chr6 31627523 . C T 2276.73 PASS AF=0.968553;AO=154;DP=159;FAO=154;FDP=159;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00162106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.0919;QD=57.2763;RBI=0.00165747;REFB=-0.213837;REVB=0.000345492;RO=0;SAF=87;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517983;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00286606;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:159:159:0:5:154:154:0.968553:67:87:0:0:67:87:0:5 chr6 31628113 . A C 359.92 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0189757;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.868;QD=17.3455;RBI=0.0191666;REFB=0.0123752;REVB=0.00269865;RO=43;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272304;STB=0.505432;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0153049;OID=.;OPOS=31628113;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:45:38:38:0.457831:24:14:17:26:24:14:17:28 chr6 31630140 . C T 251.68 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0089569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.817;QD=20.5452;RBI=0.00951398;REFB=-0.0243872;REVB=-0.00320777;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459365;STB=0.50724;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.014074;OID=.;OPOS=31630140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:17:7:6:18:17:7:7:18 chr6 31630241 . C T 178.61 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0240207;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.869;QD=14.5807;RBI=0.0261948;REFB=-0.0177629;REVB=-0.0104487;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206111;STB=0.617537;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0304619;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:6:24:12:7:6:24 chr6 31634758 . G A 1677.32 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.647;QD=60.4438;RBI=0.0236091;REFB=0;REVB=0.023259;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23898e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr6 31635710 . T C 237.94 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0317814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.306;QD=16.4096;RBI=0.0325555;REFB=-0.0269047;REVB=-0.00705694;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213322;STB=0.508934;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0357961;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:31:26:27:0.465517:17:9:11:19:17:10:11:20 chr6 31639757 . G A 395.95 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0158422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7403;QD=20.305;RBI=0.0361917;REFB=-0.00515328;REVB=-0.0325401;RO=38;SAF=24;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896234;STB=0.549713;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00384743;OID=.;OPOS=31639757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:16:24:19:19:16:24:19:19 chr6 31647001 . A G 311.27 PASS AF=0.393258;AO=34;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=45;FWDB=-0.00370997;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.176;QD=13.9896;RBI=0.0110021;REFB=-0.0169327;REVB=-0.0103577;RO=51;SAF=12;SAR=22;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249462;STB=0.628112;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0297424;OID=.;OPOS=31647001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:54:34:35:0.393258:22:12:8:43:23:12:9:45 chr6 31655681 . C T 297.96 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0194611;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.028;QD=20.5492;RBI=0.0196205;REFB=-0.00520985;REVB=0.00249599;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173084;STB=0.596267;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00487947;OID=.;OPOS=31655681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:20:11:15:12:20:11:15:12 chr6 31657413 . T C 1133.2 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.312;QD=60.4376;RBI=0.0764834;REFB=0;REVB=0.0758539;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149905;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:33:38:0:0:36:39:0:0 chr6 31657924 . G A 654.95 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00814203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9707;QD=25.4348;RBI=0.0165674;REFB=-0.0167114;REVB=-0.0144287;RO=41;SAF=46;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157628;STB=0.586177;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0108379;OID=.;OPOS=31657924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:62:62:0.601942:16:46:23:18:16:46:23:18 chr6 31675297 . C T 193.77 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0144152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.486;QD=10.1986;RBI=0.0165418;REFB=-0.00517508;REVB=0.00811379;RO=51;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102523;STB=0.559952;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0123042;OID=.;OPOS=31675297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:11:14:24:27:11:14:24:27 chr6 31679874 . G T 204.22 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00993113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.77;QD=12.5671;RBI=0.0208669;REFB=0.00297578;REVB=-0.0183521;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276905;STB=0.659445;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00357156;OID=.;OPOS=31679874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:8:17:17:23:8:17:17:23 chr6 31683157 . T G 192.64 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00864577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.946;QD=14.8187;RBI=0.0191652;REFB=-0.0249608;REVB=0.0171043;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280921;STB=0.6615;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0318461;OID=.;OPOS=31683157;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:6:16:14:16:6:16:14:16 chr6 31692395 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0190616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.362;QD=18.301;RBI=0.0196488;REFB=-0.0175103;REVB=-0.00476762;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141289;STB=0.579876;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0169273;OID=.;OPOS=31692395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:7:16:11:9:7:16 chr6 31729359 . A G 418.91 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0321432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.19;QD=23.2725;RBI=0.0624181;REFB=-0.0251519;REVB=-0.0535054;RO=31;SAF=28;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889492;STB=0.548995;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0167785;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:13:28:18:13:13:28:18:13 chr6 31745284 . C T 601.04 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.436;QD=58.6379;RBI=0.0706189;REFB=-0.130483;REVB=0.0668302;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00319475;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:1:0 chr6 31750509 . G A 73.2 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0330218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2034;QD=10.0971;RBI=0.0814221;REFB=0.00431879;REVB=0.0744252;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475763;STB=0.788143;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00186515;OID=.;OPOS=31750509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:7:12:2:8:7:12 chr6 31753423 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0412068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9381;QD=13.7268;RBI=0.0741757;REFB=0.00568419;REVB=-0.0616768;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258281;STB=0.647402;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0134528;OID=.;OPOS=31753423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:9:16:14:22:9:16:14:22 chr6 31777946 . C T 199.0 PASS AF=0.4;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00668258;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9112;QD=13.2667;RBI=0.00844559;REFB=0.010583;REVB=0.00516442;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0164906;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:36:23:24:0.4:15:8:13:25:16:8:12:24 chr6 31778272 . G A 488.55 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620712;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.868;QD=59.2179;RBI=0.0655851;REFB=0;REVB=0.0211793;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769921;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:14:19:0:0 chr6 31778529 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0314852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.547;QD=12.0157;RBI=0.0525716;REFB=-0.0501115;REVB=0.0421006;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0326507;OID=.;OPOS=31778529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:4:2:4:2:4:2:5:2 chr6 31778831 . A G 117.04 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00987778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.583;QD=12.0035;RBI=0.0111526;REFB=-0.0102261;REVB=-0.00517787;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945459;STB=0.55548;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0239399;OID=.;OPOS=31778831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:7:18:9:5:7:18 chr6 31795561 . G C 223.53 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0253829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2417;QD=19.4372;RBI=0.0398207;REFB=-0.0135123;REVB=0.0306823;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016718;STB=0.518502;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.021888;OID=.;OPOS=31795561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:9:13:14:9:9:13:15:9 chr6 31797587 . C G 99.64 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0262226;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.302;QD=12.8563;RBI=0.0357643;REFB=-0.0173606;REVB=0.02432;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402508;STB=0.512175;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0185086;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:20:19:12:12:0.387097:8:4:6:14:8:4:6:13 chr6 31807329 . GAC G 74.98 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.020845;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.321;QD=9.67535;RBI=0.0319857;REFB=-0.00345113;REVB=0.0242605;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.627321;STBP=0.393;TYPE=del;VARB=0.00734015;OID=.;OPOS=31807330;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:10:32:10:31:21:7:3:11:10:74:21:7:3:11:10 chr6 31838441 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.066;QD=57.1766;RBI=0.045101;REFB=0;REVB=0.0359724;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22667e-05;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr6 31838713 . G A 242.1 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.073764;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.173;QD=19.7631;RBI=0.073764;REFB=-0.0335274;REVB=-0.000108564;RO=25;SAF=3;SAR=20;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238125;STB=0.591314;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0252776;OID=.;OPOS=31838713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:23:24:0.489796:20:3:7:18:20:4:7:18 chr6 31839309 . C T 1163.62 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106223;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7762;QD=61.2432;RBI=0.0113858;REFB=0;REVB=0.00409922;RO=0;SAF=19;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48979e-05;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:57:19:0:0:57:19:0:0 chr6 31839331 . C T 798.93 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0229951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.7844;QD=52.3889;RBI=0.0291097;REFB=-0.152146;REVB=0.0178494;RO=2;SAF=12;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275553;STB=0.509366;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00276135;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:2:3:58:58:0.95082:46:12:1:1:46:12:1:2 chr6 31850499 . G A 269.47 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0121192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8937;QD=22.9339;RBI=0.0434766;REFB=-0.0610464;REVB=0.0417533;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758798;STB=0.504234;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0554468;OID=.;OPOS=31850499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:18:7:6:16:18:7:6:16 chr6 31860337 . T C 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00943602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.661;QD=57.4354;RBI=0.0286574;REFB=0.0800451;REVB=0.0270594;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.505881;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00295867;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:25:42:0:0:25:42:1:0 chr6 31864547 . G T 470.59 PASS AF=0.857143;AO=35;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0682354;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.8847;QD=44.8184;RBI=0.0689091;REFB=-0.0584255;REVB=0.00961217;RO=2;SAF=22;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138465;STB=0.540961;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0384342;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:42:42:2:6:35:36:0.857143:13:22:1:1:14:22:2:4 chr6 31914935 . A G 1231.17 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.647;QD=60.0569;RBI=0.0332777;REFB=0.0153529;REVB=-0.000783992;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.505375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000156649;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:46:35:0:0:46:35:0:1 chr6 31928799 . T C 886.48 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.826;QD=54.5526;RBI=0.0715535;REFB=-0.0302339;REVB=-0.0693613;RO=2;SAF=27;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423162;STB=0.502241;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000586203;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:2:2:63:63:0.969231:36:27:1:1:36:27:1:1 chr6 31929014 . A C 1528.8 PASS AF=1;AO=94;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0022;QD=62.3998;RBI=0.0453427;REFB=0;REVB=0.0300712;RO=0;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156722;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:94:98:1:32:62:0:0:33:65:0:0 chr6 31930351 . A G 245.97 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0164763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.251;QD=11.1803;RBI=0.0198613;REFB=-0.00141813;REVB=-0.0110907;RO=58;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761559;STB=0.544178;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00250055;OID=.;OPOS=31930351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:17:13:29:29:17:13:29:29 chr6 31935567 . G A 454.87 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.009126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1255;QD=16.5408;RBI=0.014613;REFB=0.00196023;REVB=0.011413;RO=58;SAF=21;SAR=29;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614669;STB=0.511231;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.007779;OID=.;OPOS=31935567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:60:50:50:0.454545:29:21:24:34:29:21:24:36 chr6 31936668 . T C 567.96 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.206;QD=56.7961;RBI=0.0343529;REFB=-0.103895;REVB=0.0130313;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.529396;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000273284;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:37:38:0.95:7:30:0:0:8:30:0:1 chr6 31939345 . G A 822.69 PASS AF=0.553957;AO=76;DP=138;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0200467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5251;QD=23.6746;RBI=0.0667569;REFB=-0.0355044;REVB=0.0636759;RO=62;SAF=33;SAR=43;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124492;STB=0.504201;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0152671;OID=.;OPOS=31939345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:62:62:76:77:0.553957:43:33:26:36:44:33:26:36 chr6 31964330 . TC GG 44.17 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.000828317;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.208;QD=8.03044;RBI=0.00231015;REFB=-0.0137799;REVB=-0.00215654;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.567382;STBP=0.717;TYPE=mnp;VARB=0.0337609;OID=.;OPOS=31964330;OREF=TC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:21:22:15:15:6:7:0.318182:4:2:5:10:4:3:5:10 chr6 31977391 . C T 813.24 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0486182;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.664;QD=54.2157;RBI=0.0792838;REFB=-0.0329208;REVB=0.0626274;RO=2;SAF=35;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261941;STB=0.513884;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000860748;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:23:35:2:0:23:35:2:0 chr6 31978746 . G A 132.55 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0401477;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.359;QD=13.9531;RBI=0.0404674;REFB=-0.0299691;REVB=0.00507697;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281022;STB=0.661871;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0211944;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:17:6:8:7:17:6 chr6 31978824 . G A 306.58 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.000740941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.841;QD=27.2512;RBI=0.0313212;REFB=0.00392657;REVB=0.0313124;RO=17;SAF=24;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114608;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00193279;OID=.;OPOS=31978824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:3:24:15:2:3:24:16:2 chr6 32006214 . CCTG C 57.22 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00438485;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=131.308;QD=9.536;RBI=0.0318453;REFB=-0.0351031;REVB=0.031542;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274707;STB=0.659885;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=0.0506054;OID=.;OPOS=32006215;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:23:9:24:15:5:4:12:3:57:8:5:4:7:1 chr6 32006317 . C T 519.86 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9855;QD=59.4121;RBI=0.0249763;REFB=0;REVB=0.0089333;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530592;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr6 32006337 . C A 357.98 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9211;QD=55.073;RBI=0.0934404;REFB=0;REVB=0.0293404;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279248;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:14:11:1:0:14:12:0:0 chr6 32006886 . G A 96.47 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0546413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8533;QD=12.4483;RBI=0.0554749;REFB=0.0223202;REVB=-0.00958062;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600117;STB=0.535459;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0299823;OID=.;OPOS=32006886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:9:10:7:5:9:10 chr6 32010272 . T A 738.96 PASS AF=0.525547;AO=71;DP=133;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00178755;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.342;QD=21.5755;RBI=0.00603322;REFB=-0.00620154;REVB=-0.00576232;RO=61;SAF=38;SAR=33;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917326;STB=0.55316;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00595047;OID=.;OPOS=32010272;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:61:65:71:72:0.525547:33:38:26:35:34:38:27:38 chr6 32017105 . A G 401.67 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00901209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.176;QD=27.2316;RBI=0.0157723;REFB=-0.0135662;REVB=-0.012944;RO=21;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593333;STB=0.532331;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00868831;OID=.;OPOS=32017105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:16:22:14:7:16:22:14:7 chr6 32029226 . A G 225.19 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.006105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.344;QD=15.2674;RBI=0.0103678;REFB=-0.0180724;REVB=-0.00837972;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10519;STB=0.568575;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0164863;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:33:26:26:0.440678:15:11:16:14:15:11:18:15 chr6 32032743 . G A 245.43 PASS AF=0.537037;AO=18;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00195186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.941;QD=18.1799;RBI=0.00373023;REFB=-0.0360566;REVB=-0.00317881;RO=22;SAF=3;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311864;STB=0.519833;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0213287;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:25:18:29:0.537037:15:3:9:13:15:14:11:14 chr6 32050067 . T C 224.78 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=-0.0157948;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.722;QD=12.15;RBI=0.0162051;REFB=-0.0139528;REVB=-0.00362342;RO=46;SAF=13;SAR=14;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330713;STB=0.678419;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0174491;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:46:47:27:27:0.364865:14:13:36:10:14:13:36:11 chr6 32088854 . G C 167.17 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00476889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.396;QD=15.1972;RBI=0.00480305;REFB=-0.00694712;REVB=0.000571848;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.599891;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.013537;OID=.;OPOS=32088854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:16:10:10:8:16:10 chr6 32119898 . T C 2996.42 PASS AF=0.953052;AO=201;DP=214;FAO=203;FDP=213;FR=.;FRO=10;FSAF=105;FSAR=98;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00380159;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.077;QD=56.2708;RBI=0.0156848;REFB=-0.0156361;REVB=0.0152171;RO=10;SAF=103;SAR=98;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349843;STB=0.518012;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00169318;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:214:213:10:10:201:203:0.953052:98:103:9:1:98:105:9:1 chr6 32122386 . C G 713.42 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214778;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.752;QD=63.415;RBI=0.0635654;REFB=0;REVB=0.059827;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025594;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:40:45:1:19:21:0:0:23:22:0:0 chr6 32151294 . T C 618.76 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.00485212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.254;QD=16.3909;RBI=0.0366124;REFB=-0.00371697;REVB=0.0362894;RO=84;SAF=30;SAR=37;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735885;STB=0.5041;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00625498;OID=.;OPOS=32151294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:67:67:0.443709:37:30:37:47:37:30:37:47 chr6 32151690 . TGGGGGC TGGGC,TGGGG,TGGGGC 556.68 PASS AF=0,0.985915,0;AO=9,22,12;DP=69;FAO=0,70,0;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=0,46,0;FSAR=0,24,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.177457,0.0768699,0.357357;FXX=0.0273935;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=8.32942,15.6201,8.83876;QD=31.3623;RBI=0.388221,0.0823335,0.771903;REFB=-0.129264,-0.0856343,-0.161604;REVB=-0.345289,-0.0294928,-0.6842;RO=13;SAF=0,20,6;SAR=9,2,6;SRF=13;SRR=0;SSEN=0.305263,0.305263,0.305263;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.861837,-0.226158,-0.465976;STB=0.5,0.505375,0.5;STBP=1,0.528,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0098521,0.217118;OID=.,.,.;OPOS=32151691,32151695,32151691;OREF=GG,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGGC,TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.985915,0:9,22,12:69:0,70,0:71:1:0,46,0:0,24,0:1:0:6:13:0,20,6:9,2,6:13:0 chr6 32151994 . A T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.886;QD=59.8392;RBI=0.0276098;REFB=0;REVB=-0.0197208;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49712e-06;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr6 32159956 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0071397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.802;QD=14.1699;RBI=0.0396028;REFB=-0.0317359;REVB=0.0389539;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289235;STB=0.681502;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0294595;OID=.;OPOS=32159956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:5:5:9:2:5:5:10:2 chr6 32172065 . T G 1278.85 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.054;QD=60.8974;RBI=0.0208817;REFB=0;REVB=-0.0166375;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32034e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:42:39:0:0:45:39:0:0 chr6 32184705 . G A 678.74 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4265;QD=61.7035;RBI=0.0868146;REFB=0;REVB=0.0488605;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012698;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr6 32188297 . G C 197.38 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0102839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.365;QD=16.4482;RBI=0.0177833;REFB=-0.0175945;REVB=0.0145082;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361256;STB=0.697162;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0366944;OID=.;OPOS=32188297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:14:16:0.333333:10:4:16:10:11:5:17:10 chr6 32188383 . T C 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0672505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4074;QD=13.4406;RBI=0.0673953;REFB=0.0152065;REVB=-0.00441576;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18415;STB=0.606553;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0216749;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:11:2:3:7:11:2 chr6 32188603 . C T 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0112879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.883;QD=16.0285;RBI=0.0337051;REFB=-0.00150831;REVB=-0.0317587;RO=29;SAF=19;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264282;STB=0.661552;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0021502;OID=.;OPOS=32188603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:6:19:15:14:6:19:15:15 chr6 32188640 . T C 192.8 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00679155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.37;QD=14.8307;RBI=0.039166;REFB=-0.020478;REVB=-0.0385727;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953447;STB=0.592019;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0386111;OID=.;OPOS=32188640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:30:22:22:0.423077:7:15:16:11:7:15:16:14 chr6 32188642 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00790255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.846;QD=15.166;RBI=0.0116744;REFB=-0.012345;REVB=-0.00859316;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16809;STB=0.599909;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0136787;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:7:16:15:13:7:16:16:14 chr6 32189032 . T C 563.6 PASS AF=0.504348;AO=57;DP=114;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0224467;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.387;QD=19.6036;RBI=0.0228334;REFB=0.00526972;REVB=0.00418476;RO=56;SAF=35;SAR=22;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214137;STB=0.616546;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00428122;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:56:57:57:58:0.504348:22:35:21:35:22:36:22:35 chr6 32190390 . T G 162.95 PASS AF=0.35;AO=22;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0612345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1024;QD=10.863;RBI=0.0906248;REFB=0.00888633;REVB=-0.066807;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717508;STB=0.559944;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0213558;OID=.;OPOS=32190390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:39:22:21:0.35:12:10:14:22:11:10:15:24 chr6 32190406 . A G 178.91 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0269749;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.969;QD=10.5241;RBI=0.0410365;REFB=-0.0272996;REVB=-0.0309249;RO=45;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162558;STB=0.594583;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0657197;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:11:12:17:28:11:12:17:28 chr6 32191658 . TAGCAGCAGCAGC T 546.28 PASS AF=0.741935;AO=44;DP=51;FAO=46;FDP=62;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0302609;FXX=0.0882223;HRUN=1;LEN=12;MLLD=267.437;QD=35.2441;RBI=0.0677188;REFB=-0.0406098;REVB=0.0605814;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533676;STBP=0.411;TYPE=del;VARB=0.00819609;OID=.;OPOS=32191659;OREF=AGCAGCAGCAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741935:44:51:46:62:16:29:17:12:4:99:0:28:16:0:0 chr6 32223632 . G A 306.51 PASS AF=0.571429;AO=26;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00271299;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.646;QD=25.0214;RBI=0.0487456;REFB=-0.0200746;REVB=0.04867;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373912;STB=0.510197;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0151141;OID=.;OPOS=32223632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:21:26:28:0.571429:13:13:10:12:14:14:10:11 chr6 32256418 . T C 221.79 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0208291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7356;QD=12.4955;RBI=0.0671544;REFB=-0.00339808;REVB=0.0638425;RO=43;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651603;STB=0.532253;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00791269;OID=.;OPOS=32256418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:44:27:27:0.380282:19:8:15:28:19:8:15:29 chr6 32261507 . T C 364.63 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.0213766;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.602;QD=12.4659;RBI=0.0231712;REFB=-0.0102586;REVB=-0.00894116;RO=72;SAF=30;SAR=14;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854261;STB=0.545433;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0126558;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:73:44:44:0.376068:14:30:44:28:14:30:45:28 chr6 32261771 . A G 172.02 PASS AF=0.413043;AO=15;DP=48;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0125569;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.034;QD=14.9578;RBI=0.0201125;REFB=-0.0113568;REVB=0.0157111;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296633;STB=0.535925;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0216961;OID=.;OPOS=32261771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:21:27:15:19:0.413043:9:6:9:12:11:8:13:14 chr6 32261952 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0391107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.25;QD=7.83684;RBI=0.0411645;REFB=-0.0293235;REVB=0.0128402;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587714;STB=0.866454;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0386336;OID=.;OPOS=32261952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:5:11:1:6:5:11 chr6 32268501 . A T 266.0 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0479243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.659;QD=21.28;RBI=0.0479551;REFB=-0.0171564;REVB=-0.00171636;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152979;STB=0.586136;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0109861;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:17:8:12:13:17:8:12:13 chr6 32270363 . A T 102.89 PASS AF=0.302326;AO=14;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00658346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5059;QD=9.57114;RBI=0.0286029;REFB=0.00474122;REVB=-0.0278349;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402347;STB=0.705544;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0281653;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:30:14:13:0.302326:11:3:15:12:10:3:15:15 chr6 32290927 . G T 1587.66 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7805;QD=64.1477;RBI=0.0477242;REFB=0;REVB=-0.0110597;RO=0;SAF=25;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326224;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:73:25:0:0:73:26:0:0 chr6 32291270 . CAG CAC,C 203.15 PASS AF=0.0416667,0.416667;AO=2,18;DP=49;FAO=2,20;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=1,9;FSAR=1,11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=7.78932e-06,-0.0208647;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=60.0008,169.559;QD=16.9292;RBI=0.0749395,0.0213188;REFB=-0.0111919,-0.0115333;REVB=0.0749395,-0.00437668;RO=25;SAF=1,8;SAR=1,10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.09417,0.0457137;STB=0.606128,0.537574;STBP=0.792,0.692;TYPE=snp,del;VARB=-0.0183894,0.0135988;OID=.,.;OPOS=32291272,32291271;OREF=G,AG;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.416667:2,18:49:2,20:48:26:1,9:1,11:10:16:99:25:1,8:1,10:10:15 chr6 32291359 . T G 940.68 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00599604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9617;QD=57.0107;RBI=0.0127954;REFB=-0.159796;REVB=0.0113035;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00360108;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:37:28:0:0:37:28:0:1 chr6 32298372 . A G 267.71 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0971663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.194;QD=22.7838;RBI=0.0971788;REFB=-0.00363961;REVB=-0.0015552;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776856;STB=0.551741;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00443005;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:24:25:0.531915:12:12:9:13:12:13:9:13 chr6 32301804 . G C 431.95 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0246993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.882;QD=20.3269;RBI=0.0267328;REFB=-0.0116068;REVB=-0.0102268;RO=42;SAF=20;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114187;STB=0.506326;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00858669;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:23:20:19:23:23:20:19:23 chr6 32307260 . T G 198.34 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00721779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.079;QD=13.2225;RBI=0.0308629;REFB=-0.00789097;REVB=0.030007;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441176;STB=0.52526;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00948061;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:13:11:15:21:13:11:15:21 chr6 32307382 . G A 320.13 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0749787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8884;QD=21.7035;RBI=0.0768775;REFB=-0.0170548;REVB=0.016981;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140741;STB=0.500525;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00861741;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:26:32:33:0.559322:13:19:15:11:14:19:15:11 chr6 32310986 . C G 53.03 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0328142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5817;QD=6.4281;RBI=0.0407059;REFB=-0.0107506;REVB=0.0240873;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44479;STB=0.781939;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00909076;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:9:16:2:6:9:16 chr6 32317859 . T C 403.06 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0129813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.777;QD=16.9709;RBI=0.0340073;REFB=-0.0163821;REVB=0.0314322;RO=53;SAF=19;SAR=22;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102694;STB=0.563188;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0351152;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:53:53:41:42:0.442105:22:19:30:23:23:19:30:23 chr6 32317922 . TTTTC T 137.73 PASS AF=0.384615;AO=21;DP=55;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00674747;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=4;MLLD=267.284;QD=8.47568;RBI=0.0107504;REFB=-0.0102993;REVB=0.00836917;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.316456;SSSB=-0.208523;STB=0.597484;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=0.0177808;OID=.;OPOS=32317923;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:21:55:25:65:40:11:14:24:16:99:27:8:13:16:11 chr6 32333093 . A G 323.18 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0108769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.607;QD=14.0514;RBI=0.0111197;REFB=-0.00901497;REVB=0.00231138;RO=55;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108526;STB=0.501222;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00906575;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:56:36:36:0.391304:20:16:25:30:20:16:25:31 chr6 32333098 . C T 308.18 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0114892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.181;QD=13.3992;RBI=0.0126337;REFB=-0.0139413;REVB=-0.00525437;RO=57;SAF=15;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833646;STB=0.504759;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0214357;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:20:15:24:33:20:15:24:33 chr6 32333955 . T C 378.52 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.037545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7811;QD=22.2657;RBI=0.0615459;REFB=-0.0192956;REVB=0.0487675;RO=29;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764647;STB=0.549973;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0142238;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:16:22:14:15:16:22:14:16 chr6 32334224 . C G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.000370019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.018;QD=20.1594;RBI=0.00330408;REFB=-0.0231992;REVB=0.00328329;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381294;STB=0.715185;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00808195;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:3:11:5:11:3:11 chr6 32336586 . A G 638.96 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00131114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.171;QD=16.2792;RBI=0.0111298;REFB=-0.00871114;REVB=-0.0110523;RO=86;SAF=34;SAR=36;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371789;STB=0.517462;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0143523;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:86:87:70:70:0.44586:36:34:45:41:36:34:45:42 chr6 32337686 . A G 1098.65 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.35;QD=60.2002;RBI=0.0180055;REFB=0;REVB=0.0136676;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51496e-05;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr6 32361821 . C T 315.16 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0177087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.967;QD=15.9573;RBI=0.0255298;REFB=-0.00608565;REVB=-0.0183895;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276186;STB=0.511105;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00411708;OID=.;OPOS=32361821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:34:35:0.443038:20:14:18:26:20:15:18:26 chr6 32370794 . C T 345.0 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0233746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4618;QD=16.6265;RBI=0.0255258;REFB=0.0390566;REVB=-0.0102564;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249426;STB=0.638999;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0512128;OID=.;OPOS=32370794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:19:18:34:12:19:18:34:12 chr6 32370816 . G A 298.33 PASS AF=0.386364;AO=33;DP=87;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=0.0166579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7549;QD=13.5604;RBI=0.0296608;REFB=-0.000341721;REVB=0.0245414;RO=54;SAF=12;SAR=21;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374983;STB=0.699891;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00142796;OID=.;OPOS=32370816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:54:54:33:34:0.386364:21:12:39:15:21:13:39:15 chr6 32370835 . T C 307.45 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0259379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6135;QD=13.2235;RBI=0.0263511;REFB=0.00204187;REVB=-0.00464783;RO=58;SAF=15;SAR=20;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261467;STB=0.648568;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00213596;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:20:15:39:19:20:15:39:19 chr6 32370879 . C T 198.6 PASS AF=0.337662;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0333721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.6;QD=10.3168;RBI=0.0333759;REFB=-0.0094599;REVB=0.000507271;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458411;STB=0.532443;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0188489;OID=.;OPOS=32370879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:51:25:26:0.337662:12:13:28:22:13:13:28:23 chr6 32370908 . T A 245.52 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000117842;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.713;QD=12.9221;RBI=0.0162904;REFB=-0.00554745;REVB=-0.01629;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665137;STB=0.538645;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0110622;OID=.;OPOS=32370908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:47:29:29:0.381579:16:13:22:21:16:13:24:23 chr6 32370969 . TGGA TCGG,TGA 213.98 PASS AF=0,0.468085;AO=2,22;DP=51;FAO=0,22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=0,10;FSAR=0,12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.134621,-0.0434786;FXX=0.059988;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=74.1686,24.5882;QD=18.2107;RBI=0.13523,0.0449713;REFB=-0.0366028,0.00912413;REVB=-0.0128166,0.0114904;RO=24;SAF=2,10;SAR=0,12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.453997,-0.118415;STB=0.5,0.576854;STBP=1,0.34;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.0137073;OID=.,.;OPOS=32370970,32370970;OREF=GGA,G;OALT=CGG,-;OMAPALT=TCGG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.468085:2,22:51:0,22:47:25:0,10:0,12:15:10:99:24:2,10:0,12:14:10 chr6 32370975 . C T 237.81 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.000373498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.965;QD=19.4129;RBI=0.00517873;REFB=-0.0167483;REVB=-0.00516524;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174666;STB=0.593143;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0201096;OID=.;OPOS=32370975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:25:23:24:0.489796:14:9:14:10:14:10:15:10 chr6 32370986 . C A 221.52 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00727127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8663;QD=18.4598;RBI=0.011715;REFB=0.00658188;REVB=0.00918531;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116405;STB=0.565978;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00689328;OID=.;OPOS=32370986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:15:11:12:10:15:11 chr6 32372863 . A T 729.25 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0024168;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.032;QD=18.6988;RBI=0.0230592;REFB=-0.0410576;REVB=-0.0229322;RO=76;SAF=40;SAR=36;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0349492;OID=.;OPOS=32372863;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:76:80:76:76:0.487179:36:40:40:36:36:40:44:36 chr6 32372963 . G A 679.88 PASS AF=0.544715;AO=65;DP=122;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00345695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.336;QD=22.1098;RBI=0.0237248;REFB=-0.0128211;REVB=0.0234716;RO=56;SAF=28;SAR=37;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740355;STB=0.538995;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0117433;OID=.;OPOS=32372963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:56:56:65:67:0.544715:37:28:29:27:38:29:29:27 chr6 32410987 . A G 1244.98 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0221067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2281;QD=57.9063;RBI=0.0248545;REFB=-0.073689;REVB=0.0113596;RO=3;SAF=40;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122056;STB=0.506448;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00135166;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:43:40:2:1:43:40:2:1 chr6 32411035 . A C 1606.17 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00501223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.089;QD=58.4063;RBI=0.00708649;REFB=-0.0366835;REVB=0.00500957;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000785461;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:107:109:0.990909:56:51:0:0:58:51:0:1 chr6 32411646 . T G 1595.83 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.485;QD=59.6572;RBI=0.006701;REFB=0;REVB=0.000673373;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09921e-05;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:63:42:0:0:65:42:0:0 chr6 32412480 . G A 1087.88 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227309;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.365;QD=58.8045;RBI=0.0284475;REFB=0.0346025;REVB=-0.0171045;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013709;STB=0.507244;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000128135;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:34:39:0:1:34:39:0:1 chr6 32487170 . G A 80.3 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0119382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7597;QD=7.46996;RBI=0.013022;REFB=0.00674613;REVB=0.0052012;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496508;STB=0.810585;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0249348;OID=.;OPOS=32487170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:2:9:13:19:2:9:13:19 chr6 32487175 . G A 59.36 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00978042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.905;QD=5.39675;RBI=0.050507;REFB=-0.00182148;REVB=0.049551;RO=35;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423956;STB=0.777161;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00382389;OID=.;OPOS=32487175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:2:7:15:20:2:7:15:20 chr6 32487205 . C T 59.8 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0269843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2334;QD=5.6948;RBI=0.0325875;REFB=-0.0058981;REVB=-0.01827;RO=33;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399005;STB=0.760276;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0310304;OID=.;OPOS=32487205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:2:7:15:18:2:7:15:18 chr6 32487214 . TC CC,CT 59.0 PASS AF=0.204545,0;AO=9,2;DP=44;FAO=9,0;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0160285,-0.0547292;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=60.1439,185.899;QD=5.36349;RBI=0.0176839,0.0632376;REFB=-0.00672226,0.00123902;REVB=-0.00747044,-0.0316813;RO=33;SAF=7,2;SAR=2,0;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.399005,0.464178;STB=0.744113,0.5;STBP=0.142,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0300355,0;OID=.,.;OPOS=32487214,32487214;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:33:35:9,2:9,0:0.204545,0:2,0:7,2:15:18:2,0:7,0:17:18 chr6 32487268 . A G 75.53 PASS AF=0.191176;AO=12;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0386793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7581;QD=4.44315;RBI=0.0561926;REFB=0.012507;REVB=0.0407618;RO=55;SAF=9;SAR=3;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312641;STB=0.724274;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0553623;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:12:13:0.191176:3:9:28:27:3:10:28:27 chr6 32489853 . A C 77.9 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0228812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.949;QD=4.79361;RBI=0.0433394;REFB=-0.00360261;REVB=-0.036807;RO=51;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626296;STB=0.546692;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0137012;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:51:52:13:13:0.2:7:6:21:30:7:6:21:31 chr6 32489856 . C T 71.1 PASS AF=0.190476;AO=13;DP=64;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0572946;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.846;QD=4.51445;RBI=0.057593;REFB=0.013264;REVB=-0.00585488;RO=51;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626296;STB=0.50408;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.055966;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:64:63:51:51:13:12:0.190476:7:6:21:30:7:5:21:30 chr6 32489876 . T C 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0269832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.01;QD=6.64699;RBI=0.0411695;REFB=-0.00432579;REVB=0.0310939;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121202;STB=0.562414;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0150048;OID=.;OPOS=32489876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:42:43:14:14:0.245614:8:6:14:28:8:6:15:28 chr6 32489887 . GA AT 102.24 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0111941;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.334;QD=7.86473;RBI=0.0320096;REFB=-0.0164927;REVB=-0.0299885;RO=38;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142034;STB=0.58609;STBP=0.505;TYPE=mnp;VARB=0.0426077;OID=.;OPOS=32489887;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:38:38:14:14:0.269231:8:6:12:26:8:6:12:26 chr6 32489927 . T A 130.78 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00539498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.825;QD=9.86988;RBI=0.0093408;REFB=-0.00389869;REVB=-0.00762527;RO=36;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195592;STB=0.633341;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00721686;OID=.;OPOS=32489927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:36:36:16:17:0.320755:9:7:10:26:9:8:10:26 chr6 32489940 . G T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00860199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.366;QD=13.0884;RBI=0.0182826;REFB=0.000109946;REVB=-0.0161326;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740772;STB=0.54323;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.000384189;OID=.;OPOS=32489940;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:10:17:9:7:10:17 chr6 32548544 . TG GA 32.39 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00345624;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.895;QD=2.64372;RBI=0.0186906;REFB=-0.00838212;REVB=-0.0183683;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429342;STB=0.530511;STBP=0.913;TYPE=mnp;VARB=0.0306234;OID=.;OPOS=32548544;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:41:43:6:6:0.122449:3:3:19:22:3:3:20:23 chr6 32548581 . A G 69.43 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0142437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.008;QD=6.31208;RBI=0.0205385;REFB=-0.0085065;REVB=0.0147969;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355449;STB=0.522682;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0336907;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:5:5:16:18:5:5:16:18 chr6 32548628 . G A 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0179803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.198;QD=10.4713;RBI=0.0188847;REFB=-0.00944248;REVB=-0.00577405;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046246;STB=0.527732;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0316856;OID=.;OPOS=32548628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:13:11:6:6:13:11 chr6 32549475 . T C 591.0 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00127735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.582;QD=20.7369;RBI=0.00246507;REFB=-0.0139036;REVB=-0.0021083;RO=52;SAF=42;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167816;STB=0.585573;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0115088;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:52:54:60:60:0.526316:18:42:27:25:18:42:29:25 chr6 32549497 . G A 142.91 PASS AF=0.193798;AO=25;DP=128;FAO=25;FDP=129;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=71;FSRR=33;FWDB=-0.00391163;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.732;QD=4.43137;RBI=0.00626627;REFB=-0.00415137;REVB=-0.00489544;RO=101;SAF=17;SAR=8;SRF=71;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341731;STB=0.502496;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0250613;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:101:104:25:25:0.193798:8:17:71:30:8:17:71:33 chr6 32549501 . A C 593.99 PASS AF=0.53271;AO=56;DP=132;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00278771;FXX=0.195474;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.617;QD=22.2053;RBI=0.00386462;REFB=-0.0292594;REVB=0.00267655;RO=49;SAF=40;SAR=16;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119647;STB=0.56506;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0239759;OID=.;OPOS=32549501;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:107:49:50:56:57:0.53271:16:40:29:20:16:41:30:20 chr6 32549520 . T C 175.41 PASS AF=0.192547;AO=31;DP=161;FAO=31;FDP=161;FR=.;FRO=130;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=49;FWDB=-0.00423295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4335;QD=4.358;RBI=0.0281774;REFB=-0.00832161;REVB=-0.0278577;RO=130;SAF=20;SAR=11;SRF=81;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304437;STB=0.519243;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0211563;OID=.;OPOS=32549520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:130:130:31:31:0.192547:11:20:81:49:11:20:81:49 chr6 32549525 . C G 86.38 PASS AF=0.12069;AO=21;DP=168;FAO=21;FDP=174;FR=.;FRO=153;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=95;FSRR=58;FWDB=-0.00206595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1351;QD=1.98585;RBI=0.0844571;REFB=-0.00295961;REVB=-0.0844318;RO=147;SAF=16;SAR=5;SRF=95;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169696;STB=0.644765;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0181751;OID=.;OPOS=32549525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:168:174:147:153:21:21:0.12069:5:16:95:52:5:16:95:58 chr6 32549531 . T C 89.65 PASS AF=0.117647;AO=23;DP=187;FAO=22;FDP=187;FR=.;FRO=165;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=100;FSRR=65;FWDB=-0.0255904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.238;QD=1.91772;RBI=0.0333456;REFB=-0.00142302;REVB=-0.021379;RO=164;SAF=16;SAR=7;SRF=100;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117017;STB=0.619972;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0104529;OID=.;OPOS=32549531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:187:187:164:165:23:22:0.117647:7:16:100:64:6:16:100:65 chr6 32549540 . C T 267.19 PASS AF=0.219388;AO=41;DP=192;FAO=43;FDP=196;FR=.;FRO=153;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=64;FWDB=-0.00530099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.855;QD=5.45289;RBI=0.00999297;REFB=-0.00651829;REVB=0.00847107;RO=151;SAF=28;SAR=13;SRF=89;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128851;STB=0.557573;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0159837;OID=.;OPOS=32549540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:196:151:153:41:43:0.219388:13:28:89:62:15:28:89:64 chr6 32549581 . G A 56.2 PASS AF=0.0861244;AO=18;DP=209;FAO=18;FDP=209;FR=.;FRO=191;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=106;FSRR=85;FWDB=-0.00920713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.648;QD=1.07557;RBI=0.0216303;REFB=-0.00317754;REVB=-0.0195729;RO=188;SAF=7;SAR=11;SRF=105;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195849;STB=0.648925;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0374429;OID=.;OPOS=32549581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:209:209:188:191:18:18:0.0861244:11:7:105:83:11:7:106:85 chr6 32549582 . GTC TCT 174.32 PASS AF=0.165854;AO=34;DP=206;FAO=34;FDP=205;FR=.;FRO=171;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=89;FSRR=82;FWDB=0.0175219;FXX=0.00485413;HRUN=3;LEN=3;MLLD=54.1335;QD=3.40132;RBI=0.02252;REFB=-0.00275257;REVB=-0.0141468;RO=161;SAF=22;SAR=12;SRF=84;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164632;STB=0.608171;STBP=0.163;TYPE=mnp;VARB=0.0261925;OID=.;OPOS=32549582;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:161:171:34:34:0.165854:12:22:84:77:12:22:89:82 chr6 32549587 . T G 62.56 PASS AF=0.0917874;AO=20;DP=206;FAO=19;FDP=207;FR=.;FRO=188;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=105;FSRR=83;FWDB=-0.052015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4357;QD=1.20881;RBI=0.0572571;REFB=-0.00249616;REVB=-0.0239335;RO=184;SAF=7;SAR=13;SRF=103;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248149;STB=0.714492;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0408235;OID=.;OPOS=32549587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:206:207:184:188:20:19:0.0917874:13:7:103:81:13:6:105:83 chr6 32549588 . G A 103.17 PASS AF=0.120773;AO=24;DP=205;FAO=25;FDP=207;FR=.;FRO=182;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=97;FSRR=85;FWDB=0.000564455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.821;QD=1.99362;RBI=0.0016677;REFB=-0.00297091;REVB=-0.00156927;RO=177;SAF=13;SAR=11;SRF=96;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000885434;STB=0.523957;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0220864;OID=.;OPOS=32549588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:177:182:24:25:0.120773:11:13:96:81:11:14:97:85 chr6 32549589 . A C 68.78 PASS AF=0.0966184;AO=19;DP=207;FAO=20;FDP=207;FR=.;FRO=187;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=105;FSRR=82;FWDB=-0.0215969;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.921;QD=1.32911;RBI=0.0276867;REFB=-0.003158;REVB=-0.0173242;RO=186;SAF=6;SAR=13;SRF=105;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289246;STB=0.729356;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0537825;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:207:207:186:187:19:20:0.0966184:13:6:105:81:14:6:105:82 chr6 32549596 . T C 1518.33 PASS AF=0.633803;AO=134;DP=214;FAO=135;FDP=213;FR=.;FRO=78;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0067612;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8329;QD=28.5132;RBI=0.0128641;REFB=-0.00668369;REVB=0.010944;RO=78;SAF=69;SAR=65;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160891;STB=0.507316;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0034698;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:78:78:134:135:0.633803:65:69:42:36:65:70:42:36 chr6 32549607 . T C 72.54 PASS AF=0.0981308;AO=21;DP=214;FAO=21;FDP=214;FR=.;FRO=193;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=106;FSRR=87;FWDB=0.00122574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.325;QD=1.35582;RBI=0.00159414;REFB=0.000588461;REVB=-0.00101924;RO=192;SAF=6;SAR=15;SRF=106;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315752;STB=0.732767;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00389415;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:214:214:192:193:21:21:0.0981308:15:6:106:86:15:6:106:87 chr6 32549611 . T A 272.92 PASS AF=0.216346;AO=45;DP=207;FAO=45;FDP=208;FR=.;FRO=163;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=91;FSRR=72;FWDB=-0.00337214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.756;QD=5.24853;RBI=0.0120571;REFB=0.00253939;REVB=-0.011576;RO=162;SAF=16;SAR=29;SRF=91;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260918;STB=0.657485;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00668993;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:162:163:45:45:0.216346:29:16:91:71:29:16:91:72 chr6 32551911 . CA AC 610.41 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0248493;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=2;MLLD=70.3468;QD=51.9498;RBI=0.0360395;REFB=0.0312092;REVB=0.0261029;RO=5;SAF=23;SAR=19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509432;STB=0.527223;STBP=0.293;TYPE=mnp;VARB=-0.0052487;OID=.;OPOS=32551911;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:47:5:5:42:42:0.893617:19:23:4:1:19:23:4:1 chr6 32557483 . T C 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.115675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7187;QD=8.80833;RBI=0.124356;REFB=-0.0110321;REVB=-0.0456479;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00940042;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:6:4:4:2:6:5 chr6 32605257 . C A 253.0 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=35;FWDB=0.0417224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1668;QD=14.8823;RBI=0.0448913;REFB=0.00947113;REVB=0.0165672;RO=39;SAF=6;SAR=23;SRF=4;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183099;STB=0.602016;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.012713;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:23:6:4:35:23:6:4:35 chr6 32605274 . T C 260.25 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=39;FWDB=-0.00907528;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.85;QD=14.0678;RBI=0.00924266;REFB=-0.00442107;REVB=0.00175101;RO=44;SAF=5;SAR=25;SRF=5;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109011;STB=0.561366;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00727331;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:25:5:5:39:25:5:5:39 chr6 32605288 . T C 307.02 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=42;FWDB=0.0143761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.809;QD=14.6202;RBI=0.0150684;REFB=-0.00717217;REVB=-0.00451515;RO=49;SAF=7;SAR=28;SRF=7;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989932;STB=0.555526;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0106788;OID=.;OPOS=32605288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:28:7:7:42:28:7:7:42 chr6 32605295 . C T 323.61 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=46;FWDB=0.0349739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7373;QD=14.5442;RBI=0.0350543;REFB=0.0172857;REVB=0.00237347;RO=53;SAF=8;SAR=28;SRF=7;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151794;STB=0.584938;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0308007;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:28:8:7:46:28:8:7:46 chr6 32606732 . G A 734.45 PASS AF=0.376623;AO=85;DP=230;FAO=87;FDP=231;FR=.;FRO=144;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=85;FSRR=59;FWDB=-0.00150157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.248;QD=12.7177;RBI=0.0201367;REFB=-0.00953244;REVB=-0.0200806;RO=142;SAF=35;SAR=50;SRF=84;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197431;STB=0.60197;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0201462;OID=.;OPOS=32606732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:142:144:85:87:0.376623:50:35:84:58:50:37:85:59 chr6 32609094 . C T 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0152292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.097;QD=4.72362;RBI=0.0251142;REFB=-0.00431557;REVB=-0.0199699;RO=44;SAF=8;SAR=2;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367545;STB=0.747436;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0314953;OID=.;OPOS=32609094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:2:8:23:21:2:8:23:21 chr6 32609105 . GT AC 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0129738;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.745;QD=4.90476;RBI=0.0484147;REFB=-0.0149078;REVB=0.046644;RO=43;SAF=8;SAR=2;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355622;STB=0.738978;STBP=0.119;TYPE=mnp;VARB=0.0189139;OID=.;OPOS=32609105;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:2:8:23:20:2:8:23:20 chr6 32609126 . T C 60.52 PASS AF=0.169811;AO=8;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.102951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.094;QD=4.56778;RBI=0.102955;REFB=-0.0164195;REVB=0.000840562;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526355;STB=0.734609;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0558996;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:53:53:29:43:8:9:0.169811:2:6:8:21:2:7:22:21 chr6 32609130 . C T 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0432938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.859;QD=4.07774;RBI=0.0812927;REFB=-0.026449;REVB=-0.0688052;RO=44;SAF=7;SAR=2;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331655;STB=0.721448;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0523712;OID=.;OPOS=32609130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:44:45:9:9:0.166667:2:7:23:21:2:7:24:21 chr6 32609746 . C T 164.27 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0107971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9259;QD=12.8842;RBI=0.0117404;REFB=-0.00446115;REVB=-0.00461068;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212886;STB=0.622522;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.007685;OID=.;OPOS=32609746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:23:9:9:10:23:9 chr6 32609813 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.000329295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.075;QD=14.3349;RBI=0.0218755;REFB=-0.00990694;REVB=-0.021873;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350685;STB=0.69953;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0154443;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:21:5:9:8:21:5 chr6 32609855 . A C 33.97 PASS AF=0.157895;AO=5;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0399553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.734;QD=3.57563;RBI=0.0484442;REFB=-0.014592;REVB=0.0273938;RO=32;SAF=1;SAR=4;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578766;STB=0.904792;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0348188;OID=.;OPOS=32609855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:38:32:32:5:6:0.157895:4:1:24:8:5:1:24:8 chr6 32609965 . C A 169.08 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=-0.0115638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.105;QD=8.67098;RBI=0.0189534;REFB=-0.00944118;REVB=-0.015017;RO=54;SAF=15;SAR=8;SRF=41;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148675;STB=0.591367;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0220592;OID=.;OPOS=32609965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:55:23:23:0.294872:8:15:41:13:8:15:42:13 chr6 32610008 . CC TG 161.65 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=-0.00966433;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.13;QD=6.95249;RBI=0.0472025;REFB=-0.0078381;REVB=-0.0462026;RO=70;SAF=16;SAR=7;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544704;STB=0.533304;STBP=0.748;TYPE=mnp;VARB=0.0241295;OID=.;OPOS=32610008;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:70:70:23:23:0.247312:7:16:46:24:7:16:46:24 chr6 32610047 . T C 195.59 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0103901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9541;QD=8.69276;RBI=0.0185939;REFB=-0.00164542;REVB=0.01542;RO=63;SAF=15;SAR=11;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127157;STB=0.512293;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00483331;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:64:26:26:0.288889:11:15:37:26:11:15:38:26 chr6 32610059 . T G 175.45 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00845579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.005;QD=8.25647;RBI=0.00899957;REFB=-0.00457181;REVB=0.0030809;RO=57;SAF=13;SAR=11;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447566;STB=0.535224;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0114877;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:57:61:24:24:0.282353:11:13:33:24:11:13:36:25 chr6 32610099 . TCCT TCT,TCTA 50.97 PASS AF=0.232558,0;AO=7,2;DP=44;FAO=10,0;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=6,0;FSAR=4,0;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0710439,-0.120068;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.4821,35.2806;QD=4.74146;RBI=0.0718996,0.120884;REFB=0.00919996,0.00633723;REVB=-0.0110594,0.0140166;RO=32;SAF=2,2;SAR=5,0;SRF=21;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.424863,0.388171;STB=0.55435,0.5;STBP=0.732,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0449197,0;OID=.,.;OPOS=32610100,32610101;OREF=C,CT;OALT=-,TA;OMAPALT=TCT,TCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558,0:7,2:44:10,0:43:33:6,0:4,0:22:11:51:32:2,2:5,0:21:11 chr6 32610109 . A C 45.94 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0310594;FXX=0.0749813;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.1863;QD=4.96693;RBI=0.0459065;REFB=-0.00458108;REVB=-0.0338042;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051521;STB=0.523742;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0166945;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:38:37:31:30:7:7:0.189189:3:4:19:12:3:4:18:12 chr6 32610401 . G A 177.78 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0165312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.522;QD=8.67195;RBI=0.0173078;REFB=-0.0024359;REVB=0.00512626;RO=55;SAF=18;SAR=6;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22573;STB=0.633683;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0161952;OID=.;OPOS=32610401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:58:24:24:0.292683:6:18:32:23:6:18:34:24 chr6 32610403 . C A 166.45 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0033357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.92;QD=8.11964;RBI=0.00334866;REFB=-0.00293916;REVB=0.000294345;RO=59;SAF=17;SAR=6;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199079;STB=0.620326;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00522134;OID=.;OPOS=32610403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:6:17:35:24:6:17:35:24 chr6 32610436 . T C 126.67 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.00577455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.053;QD=5.22358;RBI=0.0278371;REFB=-0.0147378;REVB=-0.0272316;RO=75;SAF=15;SAR=5;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246116;STB=0.648963;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0748544;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:75:77:20:20:0.206186:5:15:43:32:5:15:45:32 chr6 32610461 . A G 100.05 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0358485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.434;QD=4.35019;RBI=0.0644124;REFB=-0.0213393;REVB=-0.0535149;RO=73;SAF=12;SAR=5;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28936;STB=0.677841;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0504103;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:75:17:17:0.184783:5:12:35:38:5:12:37:38 chr6 32610478 . C G 63.1 PASS AF=0.151163;AO=12;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00813423;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.136;QD=2.93504;RBI=0.00936985;REFB=-0.0059227;REVB=-0.00465063;RO=74;SAF=8;SAR=4;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208317;STB=0.671862;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0358032;OID=.;OPOS=32610478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:86:86:74:73:12:13:0.151163:4:8:37:37:4:9:36:37 chr6 32610481 . T C 65.94 PASS AF=0.149425;AO=12;DP=86;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0197509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7789;QD=3.03152;RBI=0.0216275;REFB=-0.00159955;REVB=0.00881177;RO=73;SAF=8;SAR=4;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232108;STB=0.677143;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00310395;OID=.;OPOS=32610481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:86:87:73:74:12:13:0.149425:4:8:35:38:4:9:36:38 chr6 32610487 . C G 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0573165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1928;QD=2.55262;RBI=0.0588758;REFB=0.00803121;REVB=0.0134602;RO=72;SAF=8;SAR=3;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298959;STB=0.712303;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0599432;OID=.;OPOS=32610487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:72:72:11:11:0.13253:3:8:35:37:3:8:35:37 chr6 32610495 . A G 53.69 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0788193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4753;QD=2.65146;RBI=0.0851167;REFB=0.0105129;REVB=-0.0321305;RO=67;SAF=8;SAR=3;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325667;STB=0.711937;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0738392;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:78:81:67:70:11:11:0.135802:3:8:31:36:3:8:34:36 chr6 32610695 . C T 88.21 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0323196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.975;QD=5.60085;RBI=0.0325849;REFB=-0.00195992;REVB=0.00414977;RO=49;SAF=1;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506305;STB=0.838086;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00371125;OID=.;OPOS=32610695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:13:1:17:32:13:1:17:32 chr6 32610704 . T C 88.21 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0138038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.608;QD=5.60084;RBI=0.0143531;REFB=-0.00808248;REVB=-0.00393271;RO=49;SAF=1;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506305;STB=0.838086;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0337449;OID=.;OPOS=32610704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:13:1:17:32:13:1:17:32 chr6 32610718 . C T 92.32 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0277479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.243;QD=6.25926;RBI=0.0287531;REFB=-0.00820153;REVB=-0.00753612;RO=42;SAF=1;SAR=13;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475762;STB=0.828075;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.044425;OID=.;OPOS=32610718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:56:59:42:45:14:14:0.237288:13:1:13:29:13:1:15:30 chr6 32610736 . G A 93.36 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0130517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.352;QD=6.43841;RBI=0.0215813;REFB=-0.0151123;REVB=-0.0171874;RO=43;SAF=1;SAR=13;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49042;STB=0.818731;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0421975;OID=.;OPOS=32610736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:43:44:14:14:0.241379:13:1:14:29:13:1:14:30 chr6 32610747 . G C 107.4 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.108818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.256;QD=7.81096;RBI=0.109935;REFB=-0.013756;REVB=-0.0156266;RO=40;SAF=1;SAR=14;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506733;STB=0.826428;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0450323;OID=.;OPOS=32610747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:14:1:13:27:14:1:13:27 chr6 32610751 . A G 112.17 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00412194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.137;QD=8.46548;RBI=0.0196113;REFB=0.000222901;REVB=-0.0191732;RO=37;SAF=1;SAR=14;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480518;STB=0.819254;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0020624;OID=.;OPOS=32610751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:14:1:11:26:14:1:12:26 chr6 32610757 . A G 113.39 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0533727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.933;QD=9.65004;RBI=0.0557634;REFB=-0.000797746;REVB=0.0161526;RO=32;SAF=1;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505815;STB=0.831896;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00322686;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:13:1:11:21:13:1:12:21 chr6 32610769 . A C 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0170734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.431;QD=7.89731;RBI=0.0174718;REFB=-0.0124749;REVB=-0.00371007;RO=30;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437781;STB=0.785057;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0281653;OID=.;OPOS=32610769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:10:1:10:20:10:1:10:20 chr6 32627988 . A G 69.9 PASS AF=0.8;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013093;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9903;QD=27.9616;RBI=0.0169627;REFB=0.0621337;REVB=0.0107845;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14689;STB=0.583138;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0175323;OID=.;OPOS=32627988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:11:10:2:2:8:8:0.8:3:5:2:0:3:5:2:0 chr6 32627989 . TCCT TCCC,TCT,TCTT 112.16 PASS AF=0.181818,0.0909091,0.727273;AO=2,2,7;DP=11;FAO=2,1,8;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,6;FSAR=0,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01924,0.00482223,0.0138507;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=181.924,22.7654,35.4374;QD=40.7848;RBI=0.069179,0.0531148,0.0739925;REFB=0,0,0;REVB=-0.0664497,-0.0528954,0.0726846;RO=0;SAF=2,1,5;SAR=0,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0466689,-0.0018191,-0.0197133;OID=.,.,.;OPOS=32627992,32627990,32627991;OREF=T,C,C;OALT=C,-,T;OMAPALT=TCCC,TCT,TCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.181818,0.0909091,0.727273:2,2,7:11:2,1,8:11:0:2,0,6:0,1,2:0:0:11:0:2,1,5:0,1,2:0:0 chr6 32628001 . T C 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0433789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.359;QD=33.9766;RBI=0.0842885;REFB=0.0528674;REVB=0.072269;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11262;STB=0.562399;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00238741;OID=.;OPOS=32628001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:5:7:2:0:5:7:2:0 chr6 32628057 . CA TT 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312976;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.984;QD=50.4135;RBI=0.0389707;REFB=0;REVB=-0.0232202;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000586504;OID=.;OPOS=32628057;OREF=CA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr6 32629129 . T C 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00486413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.46;QD=34.6079;RBI=0.0175473;REFB=-0.00397578;REVB=0.0168596;RO=9;SAF=16;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.507686;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00132719;OID=.;OPOS=32629129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:9:16:6:3:9:16:6:3 chr6 32629137 . T G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0174202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.588;QD=5.90516;RBI=0.0356245;REFB=-0.014533;REVB=-0.0310748;RO=27;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21139;STB=0.638971;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0289776;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:2:6:16:11:2:6:16:11 chr6 32629141 . C T 46.73 PASS AF=0.235294;AO=7;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00176452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6701;QD=5.49749;RBI=0.00847242;REFB=-0.0106132;REVB=0.00828664;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100548;STB=0.620367;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00796296;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:34:34:25:26:7:8:0.235294:2:5:16:9:2:6:16:10 chr6 32629146 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00215823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6163;QD=6.1048;RBI=0.0242184;REFB=0.000606939;REVB=-0.024122;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183988;STB=0.620367;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00686638;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:2:6:16:10:2:6:16:10 chr6 32629155 . C A 300.18 PASS AF=0.78125;AO=24;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0143919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4997;QD=37.5226;RBI=0.0273574;REFB=-0.00439636;REVB=0.0232658;RO=8;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796914;STB=0.526295;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00479638;OID=.;OPOS=32629155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:8:7:24:25:0.78125:10:14:6:2:10:15:5:2 chr6 32629161 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0272812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.38;QD=5.5756;RBI=0.0430907;REFB=-0.00212657;REVB=-0.0333548;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118971;STB=0.578712;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00284217;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:2:5:15:9:2:5:15:9 chr6 32629193 . C T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0134839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.625;QD=5.19116;RBI=0.015819;REFB=-0.00745018;REVB=0.00827196;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34273;STB=0.725858;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0303261;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:11:15:2:5:11:15 chr6 32629755 . G A 45.61 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00290364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.066;QD=8.68773;RBI=0.0215341;REFB=0.0180349;REVB=0.0213375;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885977;STB=0.555391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0174934;OID=.;OPOS=32629755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:9:5:2:5:9:5 chr6 32629764 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0114567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.143;QD=8.69808;RBI=0.0126514;REFB=-0.00726268;REVB=-0.00536689;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319625;STB=0.70519;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00762819;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:9:5:1:6:9:5 chr6 32629802 . A G 254.0 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0325906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.037;QD=23.0908;RBI=0.0372467;REFB=-0.0165212;REVB=-0.0180324;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27436;STB=0.624893;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0218019;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:23:24:0.545455:16:7:12:7:16:8:12:8 chr6 32629847 . A G 800.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6686;QD=64.0774;RBI=0.0667339;REFB=0;REVB=-0.0666806;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000806396;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr6 32629859 . A G 789.22 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042805;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.368;QD=64.4264;RBI=0.0458295;REFB=0;REVB=0.0163729;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238817;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr6 32629868 . A G 167.08 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00426352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.687;QD=11.7248;RBI=0.021014;REFB=0.00142169;REVB=-0.020577;RO=36;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452102;STB=0.767959;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00614038;OID=.;OPOS=32629868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:20:21:0.368421:5:15:12:24:5:16:12:24 chr6 32629889 . G A 283.56 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00394282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.285;QD=19.8988;RBI=0.0239697;REFB=-0.00416838;REVB=0.0236432;RO=27;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231218;STB=0.629124;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.004746;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:21:9:15:12:21:9:15:12 chr6 32629891 . C T 279.32 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.000958777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4458;QD=18.9369;RBI=0.0258433;REFB=-0.00629645;REVB=0.0258255;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223314;STB=0.631678;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.011968;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:27:29:29:30:0.508475:20:9:15:12:21:9:16:13 chr6 32629904 . A G 181.02 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00469191;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.503;QD=12.93;RBI=0.00859087;REFB=-0.0154968;REVB=-0.00719647;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112908;STB=0.55587;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0169883;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:34:22:22:0.392857:13:9:18:17:13:9:17:17 chr6 32629931 . C G 295.42 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0167243;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8926;QD=26.8566;RBI=0.0423122;REFB=-0.0205238;REVB=-0.0388667;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191127;STB=0.605457;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00800953;OID=.;OPOS=32629931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:18:18:26:26:0.590909:12:14:5:13:12:14:5:13 chr6 32629935 . C G 139.43 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0188102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.242;QD=12.3937;RBI=0.03291;REFB=-1.77175e-05;REVB=-0.0270046;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280271;STB=0.666444;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00161905;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:12:4:14:15:12:4:14:15 chr6 32629936 . C T 343.85 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00570195;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0272;QD=30.5642;RBI=0.0127635;REFB=-0.00216153;REVB=-0.011419;RO=17;SAF=14;SAR=15;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16822;STB=0.583278;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00987648;OID=.;OPOS=32629936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:17:16:29:29:0.644444:15:14:4:13:15:14:4:12 chr6 32629955 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.010617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.301;QD=13.774;RBI=0.0327516;REFB=-0.00462287;REVB=0.030983;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206901;STB=0.620128;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00575431;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:14:6:15:16:14:6:15:16 chr6 32629963 . C T 354.24 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0285382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.948;QD=27.7835;RBI=0.0536321;REFB=-0.0151383;REVB=-0.0454089;RO=18;SAF=13;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041365;STB=0.5226;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0104708;OID=.;OPOS=32629963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:20:13:6:12:20:13:6:12 chr6 32630028 . G A 372.09 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0400967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.116;QD=31.0076;RBI=0.0468187;REFB=-0.056343;REVB=-0.0241713;RO=17;SAF=12;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234068;STB=0.512812;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0227299;OID=.;OPOS=32630028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:19:12:6:11:19:12:6:11 chr6 32632587 . A G 109.02 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0502878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1142;QD=36.3392;RBI=0.0570091;REFB=-0.0845528;REVB=-0.0268546;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0226157;OID=.;OPOS=32632587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:0:1:4:7:0:1 chr6 32632598 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.973;QD=44.6896;RBI=0.0440502;REFB=0;REVB=0.0337843;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064618;OID=.;OPOS=32632598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 32632627 . CG TC 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0289431;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.529;QD=25.3616;RBI=0.0306457;REFB=-0.0141805;REVB=0.0100727;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278961;STB=0.653671;STBP=0.11;TYPE=mnp;VARB=0.00566883;OID=.;OPOS=32632627;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:0:8:9:6:0:8 chr6 32632637 . TC GA 112.03 PASS AF=0.5;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00431349;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.288;QD=17.2347;RBI=0.0226282;REFB=-0.0167795;REVB=0.0222133;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259131;STB=0.628964;STBP=0.26;TYPE=mnp;VARB=0.0239841;OID=.;OPOS=32632637;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:13:12:13:0.5:7:5:2:11:8:5:2:11 chr6 32632647 . T C 148.68 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0328073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.031;QD=19.1849;RBI=0.0330534;REFB=-0.0387385;REVB=-0.00402583;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164318;STB=0.609017;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0166607;OID=.;OPOS=32632647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:11:4:2:13:11:5:2:13 chr6 32632650 . C T 120.9 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0139685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.513;QD=14.654;RBI=0.0144003;REFB=-0.0194954;REVB=0.00350002;RO=18;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280965;STB=0.657272;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0321993;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:12:2:6:12:12:2:6:13 chr6 32632687 . ATC GCT,GTC 397.28 PASS AF=0.310345,0.689655;AO=9,20;DP=29;FAO=9,20;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=5,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341911,0.0387802;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=99.6864,153.846;QD=54.7972;RBI=0.0358635,0.0389041;REFB=0,0;REVB=-0.010824,0.00310297;RO=0;SAF=4,7;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00792737,-0.0044148;OID=.,.;OPOS=32632687,32632687;OREF=ATC,A;OALT=GCT,G;OMAPALT=GCT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:29:29:0:0:9,20:9,20:0.310345,0.689655:5,13:4,7:0:0:5,13:4,7:0:0 chr6 32632694 . C G 214.18 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0121513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1444;QD=28.5572;RBI=0.024629;REFB=-0.0222277;REVB=0.0214227;RO=10;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0110645;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:12:8:4:6:12:8:4:6 chr6 32632700 . T A 231.31 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0190656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.291;QD=30.841;RBI=0.0217558;REFB=-0.0100347;REVB=0.0104794;RO=9;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362694;STB=0.519981;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0039298;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:13:8:4:5:13:8:4:5 chr6 32632714 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.002;QD=55.0987;RBI=0.00797571;REFB=0;REVB=-0.00469305;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76356e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr6 32632717 . G A 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0161576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.225;QD=34.4523;RBI=0.0397803;REFB=0.000766005;REVB=0.0363511;RO=6;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433519;STB=0.523786;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-4.18403e-05;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:12:8:3:3:12:8:3:3 chr6 32632744 . C T 252.16 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0613972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.434;QD=34.7812;RBI=0.062142;REFB=0.011348;REVB=0.00959236;RO=7;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158793;STB=0.587016;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00171789;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:14:8:5:2:14:8:5:2 chr6 32632745 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00902526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.268;QD=6.01593;RBI=0.0299782;REFB=-0.00130022;REVB=-0.0285873;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396867;STB=0.754028;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00388184;OID=.;OPOS=32632745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:8:14:2:5:8:14 chr6 32632770 . A G 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0821002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8369;QD=5.00557;RBI=0.0882696;REFB=0.0001661;REVB=-0.0324203;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496966;STB=0.832224;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0123425;OID=.;OPOS=32632770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:9:13:1:5:9:13 chr6 32632832 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.651;QD=43.4854;RBI=0.0569748;REFB=0;REVB=0.00141154;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887631;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 32634300 . GTAG CCGG,GTGA 253.17 PASS AF=0.4,0.5;AO=8,10;DP=22;FAO=8,10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6,6;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01647,0.0136493;FXX=0.0908678;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=190.133,86.7703;QD=50.6342;RBI=0.0316496,0.0389439;REFB=0,0;REVB=-0.0270265,-0.0364736;RO=0;SAF=6,6;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00610192,-0.00128257;OID=.,.;OPOS=32634300,32634302;OREF=GTA,AG;OALT=CCG,GA;OMAPALT=CCGG,GTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:22:20:0:0:8,10:8,10:0.4,0.5:2,4:6,6:0:0:2,4:6,6:0:0 chr6 32634306 . A T 102.49 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0344142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9599;QD=17.8244;RBI=0.0377556;REFB=-0.0254281;REVB=0.015529;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300456;STB=0.685918;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0561323;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:2:9:6:5:2:10:6:5 chr6 32634313 . C G 113.93 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0266353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.774;QD=18.2291;RBI=0.0373672;REFB=-0.00894435;REVB=-0.0262081;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182354;STB=0.603623;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0131484;OID=.;OPOS=32634313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:9:3:6:7:9:3 chr6 32634331 . G C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0017245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.788;QD=13.456;RBI=0.022087;REFB=-0.0193274;REVB=-0.0220196;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210453;STB=0.624759;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0156155;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:8:7:3:8:8:7 chr6 32634350 . T C 89.04 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00144065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5631;QD=14.8398;RBI=0.00604142;REFB=-0.0122771;REVB=0.00586714;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224136;STB=0.65544;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0131889;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:12:13:11:11:0.458333:3:8:6:6:3:8:6:7 chr6 32634355 . G A 65.82 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00125868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.209;QD=11.4474;RBI=0.0293749;REFB=-0.0181856;REVB=0.0293479;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.605818;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0157189;OID=.;OPOS=32634355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:13:14:9:9:0.391304:3:6:6:7:3:6:7:7 chr6 32634369 . C A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0441302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.038;QD=15.8823;RBI=0.044146;REFB=0.0258786;REVB=0.00117924;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.012657;OID=.;OPOS=32634369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:6:4:5:5:6:4 chr6 32634387 . C T 203.44 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.641;QD=47.8671;RBI=0.0274607;REFB=0;REVB=0.0271381;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011676;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr6 32636040 . T C 288.05 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5733;QD=52.3728;RBI=0.0490644;REFB=0;REVB=0.0067867;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626614;OID=.;OPOS=32636040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr6 32636073 . A G 357.44 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0161564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0662;QD=49.302;RBI=0.0285041;REFB=-0.204817;REVB=0.0234831;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842653;STB=0.54542;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0133412;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:10:17:0:2:10:17:0:2 chr6 32636093 . G A 712.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00189641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.807;QD=60.5971;RBI=0.00924401;REFB=-0.0687267;REVB=-0.0090474;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253996;STB=0.513508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000324186;OID=.;OPOS=32636093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:0:1:18:28:0:1 chr6 32636184 . C T 68.59 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.010012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.893;QD=5.96445;RBI=0.0122335;REFB=-0.00184565;REVB=0.00702987;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050025;STB=0.532047;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00971575;OID=.;OPOS=32636184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:13:23:6:4:13:23 chr6 32636217 . G A 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.000758179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.471;QD=5.12626;RBI=0.0104063;REFB=-0.00505568;REVB=-0.0103787;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694068;STB=0.531949;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0186108;OID=.;OPOS=32636217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:9:9:0.195652:5:4:14:22:5:4:15:22 chr6 32636221 . T G 58.52 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0430808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3458;QD=5.08884;RBI=0.0484455;REFB=0.00596827;REVB=-0.0221589;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694068;STB=0.531949;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0335197;OID=.;OPOS=32636221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:9:9:0.195652:5:4:14:22:5:4:15:22 chr6 32636364 . G A 88.14 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7373;QD=39.1719;RBI=0.0785118;REFB=0;REVB=-0.0761409;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00385141;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 32636385 . A T 52.27 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422355;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.0443;QD=34.8486;RBI=0.0489452;REFB=0;REVB=0.0247346;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173003;OID=.;OPOS=32636385;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32636434 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0375328;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.761;QD=16.2004;RBI=0.0519059;REFB=-0.00107467;REVB=-0.0358541;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=7.34025e-05;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr6 32709309 . A G 1175.45 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277561;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.506;QD=61.0624;RBI=0.0328844;REFB=0;REVB=0.0176347;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99658e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:50:27:0:0:50:27:0:0 chr6 32713030 . T C 2962.31 PASS AF=0.975369;AO=198;DP=203;FAO=198;FDP=203;FR=.;FRO=5;FSAF=92;FSAR=106;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0309473;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.795;QD=58.3706;RBI=0.0312633;REFB=-0.0343706;REVB=-0.00443358;RO=5;SAF=92;SAR=106;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157819;STB=0.508291;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=7.45087e-05;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:203:203:5:5:198:198:0.975369:106:92:4:1:106:92:4:1 chr6 32713784 . C A 71.58 PASS AF=0.129032;AO=16;DP=124;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=66;FSRR=42;FWDB=-0.00898995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.998;QD=2.30898;RBI=0.0251114;REFB=-0.00879924;REVB=-0.023447;RO=105;SAF=8;SAR=8;SRF=66;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162285;STB=0.596658;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.047441;OID=.;OPOS=32713784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:124:124:105:108:16:16:0.129032:8:8:66:39:8:8:66:42 chr6 32713827 . C T 46.66 PASS AF=0.10084;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=0.00204987;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.96;QD=1.56851;RBI=0.00450992;REFB=-0.00135116;REVB=-0.00401714;RO=105;SAF=4;SAR=8;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267509;STB=0.706191;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00791387;OID=.;OPOS=32713827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:120:119:105:107:12:12:0.10084:8:4:59:46:8:4:61:46 chr6 32714143 . G A 594.82 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00527385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4331;QD=25.045;RBI=0.014225;REFB=-0.0154189;REVB=0.0132112;RO=41;SAF=30;SAR=24;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435167;STB=0.523801;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0168261;OID=.;OPOS=32714143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:24:30:25:16:24:30:25:16 chr6 32724258 . C G,T 585.66 PASS AF=0.0731707,0.902439;AO=3,37;DP=41;FAO=3,37;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=1,26;FSAR=2,11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0304278,0.0317253;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.0605,188.533;QD=57.1378;RBI=0.0409149,0.0357222;REFB=-0.120877,-0.080474;REVB=-0.0273528,-0.0164189;RO=1;SAF=1,26;SAR=2,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266641,-0.0176755;STB=0.665547,0.509429;STBP=0.558,0.586;TYPE=snp,snp;VARB=0.0423538,-0.00138606;OID=.,.;OPOS=32724258,32724258;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:41:1:1:3,37:3,37:0.0731707,0.902439:2,11:1,26:1:0:2,11:1,26:1:0 chr6 32725062 . T A 455.47 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499254;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.766;QD=58.7705;RBI=0.116051;REFB=0;REVB=0.104763;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806572;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr6 32725572 . G A 38.3 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0306626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.668;QD=1.43188;RBI=0.0307516;REFB=-0.00126179;REVB=-0.00233769;RO=97;SAF=5;SAR=5;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537934;STB=0.541973;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0583451;OID=.;OPOS=32725572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:107:97:97:10:10:0.0934579:5:5:44:53:5:5:44:53 chr6 32725619 . TG CA 1325.32 PASS AF=0.898148;AO=97;DP=109;FAO=97;FDP=108;FR=.;FRO=11;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0334239;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.562;QD=49.086;RBI=0.0358129;REFB=-0.0393251;REVB=-0.0128609;RO=10;SAF=46;SAR=51;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131521;STB=0.50201;STBP=0.931;TYPE=mnp;VARB=0.00580283;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:108:10:11:97:97:0.898148:51:46:4:6:51:46:5:6 chr6 32725625 . T C 1370.74 PASS AF=0.909091;AO=99;DP=109;FAO=100;FDP=110;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0249467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.377;QD=49.845;RBI=0.0361953;REFB=-0.0155647;REVB=0.0262253;RO=10;SAF=46;SAR=53;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112752;STB=0.505493;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00135588;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:109:110:10:10:99:100:0.909091:53:46:4:6:54:46:4:6 chr6 32726803 . C T 2003.09 PASS AF=0.922078;AO=142;DP=155;FAO=142;FDP=154;FR=.;FRO=12;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00393683;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.28;QD=52.0283;RBI=0.0171128;REFB=-0.0555047;REVB=0.0166538;RO=10;SAF=79;SAR=63;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447922;STB=0.530538;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00284322;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:155:154:10:12:142:142:0.922078:63:79:2:8:63:79:2:10 chr6 32726838 . C T 2108.58 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0427633;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.812;QD=62.0171;RBI=0.0524521;REFB=0.00114092;REVB=0.0303731;RO=1;SAF=67;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070424;STB=0.503703;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-4.31811e-05;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:136:1:1:135:135:0.992647:68:67:1:0:68:67:1:0 chr6 32729459 . C T 1396.41 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9369;QD=62.7598;RBI=0.031899;REFB=0;REVB=-0.00356323;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118917;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:44:45:0:0 chr6 32729642 . G C 1653.14 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580946;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.751;QD=60.1142;RBI=0.0392199;REFB=0;REVB=0.0387872;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09047e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:107:110:1:52:55:0:0:54:56:0:0 chr6 32800412 . C T 1226.79 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.216;QD=61.3395;RBI=0.0938922;REFB=0;REVB=0.0724089;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507829;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr6 32825090 . G A 713.98 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149273;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0245;QD=63.4645;RBI=0.0871337;REFB=0;REVB=0.0858456;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123163;OID=.;OPOS=32825090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:43:45:1:25:18:0:0:27:18:0:0 chr6 32844922 . G A 709.01 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273465;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1898;QD=61.6529;RBI=0.0274166;REFB=0;REVB=0.00195825;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00435849;OID=.;OPOS=32844922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:24:19:0:0:27:19:0:0 chr6 32904981 . G A 541.77 PASS AF=0.4;AO=59;DP=149;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0113408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.913;QD=14.4471;RBI=0.0114914;REFB=-0.0102102;REVB=-0.00185413;RO=90;SAF=28;SAR=31;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849282;STB=0.510014;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0135386;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:90:90:59:60:0.4:31:28:42:48:31:29:42:48 chr6 32939894 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.293;QD=43.486;RBI=0.00785016;REFB=0;REVB=-0.00785016;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62413e-05;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr6 32942302 . G A 374.07 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=0.0268484;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.013;QD=19.4324;RBI=0.0270467;REFB=-0.0148806;REVB=-0.00326965;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251164;STB=0.634858;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0143563;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:39:37:38:0.493506:23:14:6:35:23:15:6:33 chr6 32944094 . G C 391.77 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0580712;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0251;QD=19.1106;RBI=0.0814071;REFB=-0.0315596;REVB=-0.0570512;RO=42;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915344;STB=0.550957;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0276194;OID=.;OPOS=32944094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:42:40:40:0.487805:17:23:20:22:17:23:20:22 chr6 32946133 . T C 702.36 PASS AF=0.511111;AO=68;DP=134;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00369514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.093;QD=20.8105;RBI=0.0314764;REFB=0.00329565;REVB=0.0312587;RO=66;SAF=29;SAR=39;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203731;STB=0.501981;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00296805;OID=.;OPOS=32946133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:66:66:68:69:0.511111:39:29:28:38:40:29:28:38 chr6 32948426 . C T 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0111067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.308;QD=15.782;RBI=0.0463239;REFB=-0.0312642;REVB=0.0449728;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191115;STB=0.608601;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0363316;OID=.;OPOS=32948426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:12:17:9:14:12:17 chr6 32948607 . C T 115.94 PASS AF=0.8;AO=7;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0171443;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=234.943;QD=30.9161;RBI=0.0218569;REFB=-0.1063;REVB=0.0135573;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599822;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000520886;OID=.;OPOS=32948607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:15:0:3:7:12:0.8:7:0:0:0:9:3:2:1 chr6 32948804 . C T 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0923;QD=58.0588;RBI=0.022138;REFB=0;REVB=-0.00257601;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126654;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr6 32974934 . G A 227.69 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00633457;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.508;QD=15.7026;RBI=0.00713739;REFB=-0.00339431;REVB=-0.0032887;RO=32;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199818;STB=0.613546;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00782426;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:8:18:16:16:8:18:16:16 chr6 32975014 . T C 894.21 PASS AF=0.928571;AO=64;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00287423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9546;QD=51.098;RBI=0.0225253;REFB=-0.016879;REVB=0.0223412;RO=3;SAF=39;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508906;STB=0.514014;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00874054;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:70:3:5:64:65:0.928571:25:39:2:1:25:40:4:1 chr6 32975257 . C T 1552.63 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.279;QD=62.7326;RBI=0.0460708;REFB=-0.0149966;REVB=0.0220572;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958177;STB=0.505049;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000408045;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:49:49:0:1:49:49:0:1 chr6 32975869 . G A 111.38 PASS AF=0.296296;AO=11;DP=51;FAO=16;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0171221;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4475;QD=8.24998;RBI=0.0669462;REFB=-0.0458031;REVB=0.0647196;RO=28;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424875;STB=0.637504;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.101693;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:28:38:11:16:0.296296:10:1:9:19:11:5:19:19 chr6 33036505 . G C 153.68 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.000852631;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.914;QD=11.8217;RBI=0.037021;REFB=-0.0195658;REVB=0.0370112;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180322;STB=0.631992;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.027611;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:34:33:19:19:0.365385:6:13:18:16:6:13:16:17 chr6 33036853 . A C 376.33 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0102631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6297;QD=16.0142;RBI=0.0337299;REFB=-0.0193042;REVB=-0.0321306;RO=54;SAF=19;SAR=20;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440543;STB=0.517619;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0336208;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:54:39:40:0.425532:20:19:24:30:21:19:24:30 chr6 33036951 . A G 265.23 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0183803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.274;QD=11.0512;RBI=0.039745;REFB=-0.00487655;REVB=-0.0352396;RO=60;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.603163;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0430633;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:64:31:32:0.333333:15:16:24:36:15:17:24:40 chr6 33036959 . G A 276.25 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00986877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.749;QD=11.1615;RBI=0.00991146;REFB=-0.00143242;REVB=0.000918883;RO=66;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172804;STB=0.599941;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00167511;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:15:18:26:40:15:18:26:40 chr6 33036971 . C T 227.37 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0263827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.168;QD=9.37605;RBI=0.0397259;REFB=-0.0138882;REVB=-0.0297002;RO=68;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262053;STB=0.653984;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0410573;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:68:29:29:0.298969:11:18:27:41:11:18:27:41 chr6 33036977 . G A 213.46 PASS AF=0.28;AO=27;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.00832054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.004;QD=8.53832;RBI=0.0280476;REFB=-0.0157431;REVB=0.026785;RO=69;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222697;STB=0.610092;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0473694;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:72:27:28:0.28:11:16:28:41:12:16:30:42 chr6 33036999 . T C 127.34 PASS AF=0.198198;AO=22;DP=109;FAO=22;FDP=111;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0136647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9613;QD=4.58864;RBI=0.0139281;REFB=-0.0100104;REVB=0.00269618;RO=87;SAF=9;SAR=13;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796955;STB=0.54208;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0460836;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:87:89:22:22:0.198198:13:9:41:46:13:9:41:48 chr6 33037061 . G C 142.65 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=93;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0342317;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.617;QD=6.13528;RBI=0.0408847;REFB=-4.47676e-05;REVB=-0.0223551;RO=72;SAF=7;SAR=14;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244996;STB=0.642198;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0003061;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:72:72:21:21:0.225806:14:7:38:34:14:7:37:35 chr6 33037080 . G A 123.78 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0181268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.038;QD=6.03822;RBI=0.0181732;REFB=-0.00198786;REVB=0.00129713;RO=62;SAF=8;SAR=11;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156969;STB=0.590698;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00579018;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:62:63:19:19:0.231707:11:8:34:28:11:8:34:29 chr6 33037419 . G A 612.84 PASS AF=0.441379;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00859924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.928;QD=16.906;RBI=0.0098153;REFB=-0.00692611;REVB=-0.00473215;RO=80;SAF=32;SAR=32;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249142;STB=0.510342;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.013932;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:81:64:64:0.441379:32:32:42:38:32:32:42:39 chr6 33037424 . T C 595.32 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=154;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00192875;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2078;QD=15.6664;RBI=0.016895;REFB=-0.019981;REVB=0.0167845;RO=85;SAF=31;SAR=35;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036533;STB=0.523736;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.030238;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:85:86:66:66:0.434211:35:31:43:42:35:31:44:42 chr6 33037522 . T C 624.19 PASS AF=0.421687;AO=70;DP=166;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0323221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.902;QD=15.0407;RBI=0.0330887;REFB=-0.00218032;REVB=0.00708144;RO=95;SAF=27;SAR=43;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136158;STB=0.573513;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00370705;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:95:96:70:70:0.421687:43:27:49:46:43:27:49:47 chr6 33037579 . AT TG 192.14 PASS AF=0.284091;AO=26;DP=91;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0113429;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.633;QD=8.73366;RBI=0.0135575;REFB=-0.0144286;REVB=0.00742598;RO=59;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140169;STB=0.58897;STBP=0.303;TYPE=mnp;VARB=0.0330114;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:59:63:26:25:0.284091:11:15:27:32:10:15:30:33 chr6 33037611 . C T 132.79 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0483636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.474;QD=7.81089;RBI=0.048453;REFB=-0.0060511;REVB=0.00294122;RO=49;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920334;STB=0.505541;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0156654;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:11:8:21:28:11:8:21:28 chr6 33037626 . C G 106.88 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.010215;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.002;QD=7.77339;RBI=0.0105693;REFB=-0.00670643;REVB=0.00271356;RO=40;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21777;STB=0.631413;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0233624;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:40:40:15:15:0.272727:7:8:14:26:7:8:14:26 chr6 33037639 . GC AT 81.01 PASS AF=0.275;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0014844;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.089;QD=8.10114;RBI=0.026212;REFB=-0.0125988;REVB=-0.0261699;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257173;STB=0.555457;STBP=0.67;TYPE=mnp;VARB=0.0370153;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:41:40:29:29:10:11:0.275:6:4:11:18:6:5:11:18 chr6 33048457 . C G 285.92 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00459423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.313;QD=20.4232;RBI=0.0116614;REFB=-0.00194834;REVB=0.0107183;RO=20;SAF=7;SAR=23;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152794;STB=0.627781;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00259531;OID=.;OPOS=33048457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:26:30:30:0.535714:23:7:8:12:23:7:12:14 chr6 33048459 . T G 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0128266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.626;QD=20.9185;RBI=0.0131151;REFB=-0.00103539;REVB=0.00273598;RO=26;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194297;STB=0.608391;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00149933;OID=.;OPOS=33048459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:23:8:12:14:23:8:12:14 chr6 33048461 . T A 295.68 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0135745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.5662;QD=20.3917;RBI=0.0150065;REFB=-0.00210636;REVB=0.00639751;RO=27;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214669;STB=0.619943;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00491449;OID=.;OPOS=33048461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:23:8:13:14:23:8:13:14 chr6 33048464 . AGGG AGTT 315.99 PASS AF=0.446809;AO=17;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.039991;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=2;MLLD=123.508;QD=26.8931;RBI=0.0438077;REFB=-0.0391783;REVB=-0.0178838;RO=12;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556467;STB=0.692121;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.0181973;OID=.;OPOS=33048466;OREF=GG;OALT=TT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:17:48:21:47:17:6:15:12:5:99:12:3:14:11:1 chr6 33048538 . T C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0119945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.366;QD=16.5617;RBI=0.0166168;REFB=-0.00806162;REVB=-0.0115001;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985619;STB=0.555514;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0108832;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:14:17:12:15:14:17 chr6 33048542 . C T 834.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.694;QD=57.5353;RBI=0.0142785;REFB=0;REVB=0.0111891;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1409e-06;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr6 33048599 . CT AG,AT 746.51 PASS AF=0.425926,0.574074;AO=23,31;DP=56;FAO=23,31;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=10,11;FSAR=13,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326631,0.0568816;FXX=0.0357079;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.118,97.5545;QD=55.2968;RBI=0.0259842,0.0568949;REFB=0,0;REVB=-0.0257781,0.00122908;RO=0;SAF=10,11;SAR=13,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0178332,0.00848883;OID=.,.;OPOS=33048599,33048599;OREF=CT,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:56:54:0:0:23,31:23,31:0.425926,0.574074:13,20:10,11:0:0:13,20:10,11:0:0 chr6 33048602 . C A 312.79 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0161688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.862;QD=21.9504;RBI=0.0188112;REFB=-0.0125267;REVB=-0.00961411;RO=24;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341376;STB=0.529935;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0079194;OID=.;OPOS=33048602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:25:32:32:0.561404:20:12:10:14:20:12:11:14 chr6 33048606 . G C 291.98 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0245244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5155;QD=21.6285;RBI=0.0364611;REFB=-0.0595786;REVB=0.0269808;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481689;STB=0.5267;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0245124;OID=.;OPOS=33048606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:11:13:18:12:11:13 chr6 33048628 . A C 244.66 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00704481;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.712;QD=22.7589;RBI=0.0154917;REFB=-0.0263456;REVB=-0.0137973;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389085;STB=0.510113;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0399095;OID=.;OPOS=33048628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:20:23:23:0.534884:12:11:10:9:12:11:10:10 chr6 33048640 . A G 181.64 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0310733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7162;QD=17.2991;RBI=0.0841039;REFB=-0.0106242;REVB=-0.0781532;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.521388;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00899546;OID=.;OPOS=33048640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:10:9:10:12:10:9:10:13 chr6 33048661 . A G 165.92 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0319492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.41;QD=17.9368;RBI=0.0320428;REFB=-0.0594037;REVB=-0.00244806;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286962;STB=0.513498;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.024246;OID=.;OPOS=33048661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:9:8:9:10:9:9:9:10 chr6 33048663 . G A 173.04 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0151535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.136;QD=18.7074;RBI=0.0307715;REFB=-0.0101491;REVB=0.0267816;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286962;STB=0.513498;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0117317;OID=.;OPOS=33048663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:9:8:9:10:9:9:9:10 chr6 33048686 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00371771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.239;QD=16.9312;RBI=0.0364435;REFB=-0.00327644;REVB=0.0362534;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105938;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr6 33048689 . G A 78.66 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00171737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.893;QD=14.9827;RBI=0.0192292;REFB=-0.0141425;REVB=0.0191524;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0143179;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:6:5:4:6:6:5 chr6 33048694 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.032898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.334;QD=18.051;RBI=0.0482337;REFB=-0.00515969;REVB=-0.0352733;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00381774;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:3:5:4:6:3:5 chr6 33052736 . G A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0341917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1971;QD=3.6376;RBI=0.0415222;REFB=0.00390257;REVB=-0.0235589;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117188;STB=0.582045;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0239248;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:18:20:3:4:18:20 chr6 33052743 . T C 57.96 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00525257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.347;QD=4.63713;RBI=0.0889486;REFB=0.00181522;REVB=-0.0887934;RO=41;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828486;STB=0.555432;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.018713;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:4:5:20:21:4:5:20:21 chr6 33052768 . T C 89.6 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0233174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2097;QD=5.87518;RBI=0.0360694;REFB=0.00702046;REVB=-0.0275192;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878256;STB=0.547102;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0277073;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:60:61:46:47:14:14:0.229508:8:6:23:23:8:6:23:24 chr6 33052803 . G A 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0490019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.466;QD=8.09013;RBI=0.0506332;REFB=-0.0026964;REVB=0.0127488;RO=53;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746067;STB=0.544704;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00618576;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:9:12:27:26:9:12:27:26 chr6 33052950 . T C 291.37 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0355982;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.987;QD=16.6499;RBI=0.0442251;REFB=-0.0100616;REVB=-0.0262416;RO=37;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387181;STB=0.514277;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0187162;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:38:32:32:0.457143:16:16:17:20:16:16:18:20 chr6 33052958 . C T 267.69 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00499541;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.929;QD=15.9816;RBI=0.0193646;REFB=0.00186139;REVB=0.0187092;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132281;STB=0.507458;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00172218;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:15:15:18:19:15:15:18:19 chr6 33052986 . T C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0204949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.283;QD=13.8303;RBI=0.0216974;REFB=0.00255465;REVB=-0.00712308;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503368;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00424027;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:39:26:27:0.409091:13:13:19:19:14:13:19:20 chr6 33053682 . G A 376.14 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0305447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.253;QD=12.8594;RBI=0.0522852;REFB=-0.0189639;REVB=0.0424354;RO=69;SAF=19;SAR=26;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013713;STB=0.503506;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.033727;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:69:72:45:45:0.384615:26:19:30:39:26:19:30:42 chr6 33053968 . T A 82.14 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=9;FWDB=0.0182811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1299;QD=5.47583;RBI=0.0198755;REFB=0.00551874;REVB=-0.00779981;RO=47;SAF=7;SAR=6;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363106;STB=0.719736;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0197328;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:6:7:38:9:6:7:38:9 chr6 33053971 . T C 75.9 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=7;FWDB=0.021613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.014;QD=5.2342;RBI=0.0274075;REFB=-0.0153325;REVB=0.0168537;RO=45;SAF=6;SAR=6;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453576;STB=0.775542;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0397688;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:45:46:12:12:0.206897:6:6:38:7:6:6:39:7 chr6 33053982 . G C 101.39 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.0293787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6911;QD=6.87387;RBI=0.0365277;REFB=-0.0125584;REVB=-0.0217064;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=35;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41755;STB=0.737467;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0388628;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:44:15:15:0.254237:7:8:35:6:7:8:37:7 chr6 33054057 . G A 48.03 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0227853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.431;QD=1.94077;RBI=0.0331432;REFB=0.000772419;REVB=-0.0240686;RO=88;SAF=9;SAR=2;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36309;STB=0.775014;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00581235;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:99:88:88:11:11:0.111111:2:9:47:41:2:9:47:41 chr6 33086249 . C T 772.09 PASS AF=0.496855;AO=56;DP=150;FAO=79;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0020459;FXX=0.0479013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.058;QD=19.4236;RBI=0.00878068;REFB=-0.0109949;REVB=-0.008539;RO=59;SAF=36;SAR=20;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979996;STB=0.534597;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.011888;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:159:59:80:56:79:0.496855:20:36:32:27:39:40:35:45 chr6 33131593 . T G 225.8 PASS AF=0.511628;AO=19;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00151883;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.688;QD=21.0042;RBI=0.0312822;REFB=-0.0223481;REVB=0.0312453;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152597;STB=0.602013;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0289356;OID=.;OPOS=33131593;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:21:19:22:0.511628:10:9:14:8:13:9:13:8 chr6 33138955 . G A 651.17 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.159;QD=62.0164;RBI=0.0849393;REFB=0;REVB=0.0817952;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178865;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:6:32:0:0:9:33:0:0 chr6 33139328 . C T 236.78 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0841067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3435;QD=16.6164;RBI=0.0855358;REFB=0.00737973;REVB=-0.0155699;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807452;STB=0.562131;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0145475;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:30:26:27:0.473684:13:13:12:17:13:14:12:18 chr6 33141161 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.785;QD=60.2038;RBI=0.0283154;REFB=0;REVB=0.00179946;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07394e-05;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr6 33141280 . G A 543.53 PASS AF=0.86;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0268511;FXX=0.0740604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.275;QD=43.4824;RBI=0.0269351;REFB=-0.0176991;REVB=-0.00212509;RO=7;SAF=13;SAR=30;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803655;STB=0.54311;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00293902;OID=.;OPOS=33141280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:51:50:7:7:43:43:0.86:30:13:4:3:30:13:4:3 chr6 33141475 . C T 94.26 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0133563;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.379;QD=18.8517;RBI=0.0604124;REFB=-0.025265;REVB=0.0589175;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0223923;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr6 33141919 . CG C,CC 320.07 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=4,20;DP=24;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205179,0.0159791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=264.746,278.704;QD=53.3457;RBI=0.0392643,0.0400876;REFB=0,0;REVB=0.0334769,0.0367653;RO=0;SAF=0,5;SAR=4,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.106186,-0.00255521;OID=.,.;OPOS=33141920,33141920;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:4,20:24:1,23:24:0:0,5:1,18:0:0:4:0:0,5:4,15:0:0 chr6 33144243 . T A 982.22 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000759447;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.485;QD=59.5282;RBI=0.0234062;REFB=0;REVB=0.0233938;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191495;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr6 33148754 . G A 223.43 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.043829;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.272;QD=12.5875;RBI=0.0544888;REFB=-0.0211543;REVB=-0.0323737;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138927;STB=0.559243;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0264226;OID=.;OPOS=33148754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:40:44:27:27:0.380282:13:14:26:14:13:14:27:17 chr6 33148878 . C T 484.85 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0533605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2779;QD=19.2018;RBI=0.0537174;REFB=0.0122422;REVB=-0.00618146;RO=50;SAF=26;SAR=24;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726744;STB=0.544568;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.012642;OID=.;OPOS=33148878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:51:50:50:0.49505:24:26:30:20:24:26:31:20 chr6 33163451 . G A 1136.05 PASS AF=1;AO=65;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.452;QD=60.5894;RBI=0.0875151;REFB=0;REVB=0.0764532;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372773;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:65:75:1:35:30:0:0:43:32:0:0 chr6 33164163 . TCCCCC TCCCC,TCCCCA 62.43 PASS AF=0.130435,0.0869565;AO=16,6;DP=74;FAO=9,6;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=2,0;FSAR=7,6;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0252752,0.0830063;FXX=0.0675584;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.8148,23.5587;QD=3.61898;RBI=0.122135,0.0910806;REFB=-0.0942037,-0.0554573;REVB=-0.119491,-0.0374917;RO=45;SAF=3,0;SAR=13,6;SRF=23;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.423889,-0.636826;STB=0.736289,0.998116;STBP=0.165,0.015;TYPE=del,snp;VARB=0.0997661,0.0216554;OID=.,.;OPOS=33164164,33164168;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=TCCCC,TCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130435,0.0869565:16,6:74:9,6:69:54:2,0:7,6:26:28:29:45:3,0:13,6:23:22 chr6 33176958 . C T 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.174;QD=63.0522;RBI=0.0262419;REFB=0;REVB=-0.0261613;RO=0;SAF=59;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101971;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:32:59:0:0:32:59:0:0 chr6 33235755 . G A 1080.87 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.017;QD=60.0482;RBI=0.0520028;REFB=0;REVB=0.00884819;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46178e-05;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr6 33256471 . T C 325.94 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0598175;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.617;QD=48.2878;RBI=0.0609885;REFB=-0.132017;REVB=0.0118941;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.515139;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00252015;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:27:1:2:25:25:0.925926:17:8:1:0:17:8:1:1 chr6 33272855 . G C 250.35 PASS AF=0.434783;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0170942;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0324;QD=14.5128;RBI=0.0462764;REFB=-0.0257748;REVB=0.0430034;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151885;STB=0.606865;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0369792;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:39:28:30:0.434783:16:12:22:16:18:12:23:16 chr6 33333446 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.462;QD=45.8068;RBI=0.0416807;REFB=0;REVB=0.0194691;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594966;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr6 33333916 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.568;QD=47.8224;RBI=0.0291488;REFB=0;REVB=0.0250852;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153088;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr6 33382288 . G A 1167.16 PASS AF=1;AO=67;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601532;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.12;QD=56.9347;RBI=0.0851851;REFB=-0.0338644;REVB=0.0603166;RO=1;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00575682;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:82:1:0:67:82:1:41:26:0:1:49:33:0:0 chr6 33408542 . G A 673.24 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0152631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.638;QD=54.9586;RBI=0.0372209;REFB=-0.174773;REVB=0.0339475;RO=3;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433407;STB=0.53029;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0118537;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:49:3:4:45:45:0.918367:31:14:0:3:31:14:0:4 chr6 33421429 . GA G 64.19 PASS AF=0.655172;AO=13;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.286034;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.42569;QD=8.85391;RBI=0.292554;REFB=-0.0619891;REVB=0.0614197;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234553;STB=0.506323;STBP=0.968;TYPE=del;VARB=0.103779;OID=.;OPOS=33421430;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655172:13:29:19:29:10:13:6:7:3:28:14:9:4:10:4 chr6 33422976 . T G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.191;QD=61.6763;RBI=0.124015;REFB=0;REVB=0.122268;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012376;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 33541507 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.677;QD=51.1846;RBI=0.0552929;REFB=0;REVB=0.0213662;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221281;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr6 33560896 . A G 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00100747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.059;QD=16.2698;RBI=0.0282189;REFB=-0.0220003;REVB=-0.0282009;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512395;STB=0.542801;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0245603;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:10:7:7:8:11:7 chr6 33631640 . C T 329.57 PASS AF=0.373737;AO=35;DP=97;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=-0.00688275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.702;QD=13.3161;RBI=0.0131603;REFB=0.000420113;REVB=0.0112171;RO=62;SAF=8;SAR=27;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517891;STB=0.800267;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000685306;OID=.;OPOS=33631640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:62:62:35:37:0.373737:27:8:44:18:29:8:44:18 chr6 33648228 . C T 945.03 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00769565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.424;QD=53.2412;RBI=0.0300782;REFB=-0.0287851;REVB=0.029077;RO=4;SAF=35;SAR=32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238382;STB=0.501263;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00170051;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:32:35:2:2:32:35:2:2 chr6 33653448 . C T 593.7 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.71;QD=59.3701;RBI=0.0644531;REFB=0;REVB=0.0561736;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407272;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:18:22:0:0 chr6 33655102 . C G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0071085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.405;QD=24.0302;RBI=0.0225766;REFB=-0.00678577;REVB=-0.0214283;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105445;STB=0.559242;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00495798;OID=.;OPOS=33655102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:5:4:9:6:5:4 chr6 33659472 . C G 1346.27 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7918;QD=60.5064;RBI=0.0413702;REFB=-0.096293;REVB=0.0364829;RO=1;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938119;STB=0.504761;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000906569;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:89:1:1:85:88:0.988764:50:35:0:1:52:36:0:1 chr6 33663938 . C T 825.13 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=155;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00991618;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.565;QD=21.432;RBI=0.0199689;REFB=0.00103004;REVB=-0.0173328;RO=72;SAF=38;SAR=44;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282741;STB=0.515477;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.000928996;OID=.;OPOS=33663938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:72:72:82:82:0.532468:44:38:31:41:44:38:31:41 chr6 33690796 . CA TG 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729782;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.276;QD=58.0611;RBI=0.0153097;REFB=0;REVB=0.0134584;RO=0;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.49017e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:45:16:0:0:45:16:0:0 chr6 33739960 . A G 935.84 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.532;QD=58.49;RBI=0.0615885;REFB=0;REVB=0.0128935;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719366;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 33740025 . C T 490.02 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8949;QD=56.0025;RBI=0.0834522;REFB=-0.129257;REVB=0.0834522;RO=0;SAF=0;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00743588;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:34:0:0:0:34:0:0:1 chr6 33768897 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.573;QD=50.4132;RBI=0.0262653;REFB=0;REVB=0.0209762;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256855;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 34212743 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3344;QD=49.5986;RBI=0.0189466;REFB=0;REVB=-0.0189466;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005851;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr6 34213296 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.853;QD=59.4352;RBI=0.0275809;REFB=0;REVB=0.0211273;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151757;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 34213868 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.442;QD=35.5757;RBI=0.0236649;REFB=0;REVB=0.00430188;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213937;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 34214322 . C G 438.5 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0031774;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.851;QD=50.1139;RBI=0.00979996;REFB=-0.0190881;REVB=0.00927057;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000460697;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:2:3:32:32:0.914286:16:16:1:1:16:16:2:1 chr6 34502687 . T C 1148.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.444;QD=60.4565;RBI=0.0266298;REFB=0;REVB=0.024795;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00508e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:43:31:0:0:44:32:0:0 chr6 34512064 . C T 158.66 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0239519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0971;QD=17.1525;RBI=0.0275926;REFB=-0.0187234;REVB=0.013699;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.506571;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0191156;OID=.;OPOS=34512064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:7:10:10:8:7:10:12:8 chr6 34512195 . G C 164.15 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00502656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.482;QD=12.8746;RBI=0.0292439;REFB=-0.00873325;REVB=-0.0288087;RO=32;SAF=17;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561456;STB=0.834213;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0096265;OID=.;OPOS=34512195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:2:17:15:17:2:17:15:17 chr6 34557374 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.677;QD=52.6131;RBI=0.0440401;REFB=0;REVB=-0.0179986;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144124;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 34725655 . G A,GTCA 129.12 PASS AF=0.05,0.65;AO=2,9;DP=20;FAO=1,13;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=0,4;FSAR=1,9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0823054,0.00246232;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=43.3568,165.099;QD=25.8244;RBI=0.0860979,0.00802762;REFB=-0.0230424,-0.0469654;REVB=0.0252718,0.00764066;RO=6;SAF=1,3;SAR=1,6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359974,-0.339215;STB=0.994285,0.669156;STBP=0.148,0.046;TYPE=snp,ins;VARB=-0.113296,0.0267777;OID=.,.;OPOS=34725655,34725656;OREF=G,-;OALT=A,TCA;OMAPALT=A,GTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:20:20:6:6:2,9:1,13:0.05,0.65:1,6:1,3:5:1:1,9:0,4:5:1 chr6 34725658 . G A,T 249.25 PASS AF=0.25,0.75;AO=5,15;DP=20;FAO=5,15;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369178,-0.0566426;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.8108,119.604;QD=49.8499;RBI=0.0543346,0.0572409;REFB=0,0;REVB=-0.0398664,-0.00825438;RO=0;SAF=4,5;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000139895,0.00520748;OID=.,.;OPOS=34725658,34725658;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:20:20:0:0:5,15:5,15:0.25,0.75:1,10:4,5:0:0:1,10:4,5:0:0 chr6 34803947 . C T 375.12 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0237705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.155;QD=44.1313;RBI=0.0286007;REFB=-0.136271;REVB=0.0159049;RO=4;SAF=24;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117579;STB=0.5962;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00255707;OID=.;OPOS=34803947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:4:5:29:29:0.852941:5:24:2:2:5:24:2:3 chr6 34824107 . A C 857.45 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.681;QD=55.319;RBI=0.0498887;REFB=0.0174456;REVB=0.0408332;RO=2;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521014;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-3.88663e-05;OID=.;OPOS=34824107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:2:1:60:61:0.983871:35:25:1:1:36:25:1:0 chr6 34824636 . A G 403.85 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.731;QD=55.7031;RBI=0.0630577;REFB=0;REVB=0.029091;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423528;OID=.;OPOS=34824636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:17:10:0:0:18:11:0:0 chr6 34825117 . T C 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.00648504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.983;QD=22.3958;RBI=0.0170259;REFB=-0.00535012;REVB=-0.0157424;RO=23;SAF=23;SAR=2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21321;STB=0.621506;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00669078;OID=.;OPOS=34825117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:2:23:19:4:2:23:19:4 chr6 34831866 . G A 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.307;QD=61.2102;RBI=0.0182612;REFB=0;REVB=0.0167671;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40368e-05;OID=.;OPOS=34831866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr6 34977663 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.049;QD=35.5749;RBI=0.113327;REFB=0;REVB=0.0256381;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00619017;OID=.;OPOS=34977663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 35027927 . T C 1577.0 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761859;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.052;QD=60.0764;RBI=0.00850205;REFB=0;REVB=-0.00377385;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170701;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:104:105:1:55:49:0:0:56:49:0:0 chr6 35050506 . G A 537.32 PASS AF=0.973684;AO=28;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.019725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7347;QD=56.5596;RBI=0.0304282;REFB=-0.127643;REVB=-0.0231689;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00497333;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:38:0:1:28:37:0.973684:16:12:0:0:17:20:1:0 chr6 35203203 . T G 728.13 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120428;FXX=0.041658;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.451;QD=63.3152;RBI=0.0314263;REFB=0;REVB=0.0290273;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178945;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:41:46:1:22:19:0:0:26:20:0:0 chr6 35216740 . G A 571.79 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1716;QD=60.1881;RBI=0.0666945;REFB=0;REVB=0.01603;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18268e-05;OID=.;OPOS=35216740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:27:10:0:0:27:11:0:0 chr6 35260503 . C T 741.78 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484112;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.377;QD=54.9469;RBI=0.0729706;REFB=-0.0396516;REVB=0.0545992;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.5102;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00067069;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:54:1:1:50:53:0.981481:27:23:1:0:29:24:1:0 chr6 35260530 . C T 755.74 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428627;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2868;QD=57.0371;RBI=0.0714092;REFB=0;REVB=0.0571146;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117815;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr6 35263555 . A G 657.64 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4868;QD=59.7858;RBI=0.0387959;REFB=-0.14145;REVB=0.0212518;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164792;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00407028;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:28:15:0:1:28:15:0:1 chr6 35285720 . A C 453.34 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0444119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7196;QD=54.9504;RBI=0.049971;REFB=-0.0710756;REVB=-0.0229059;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0131148;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:0:1:16:16:0:1 chr6 35391787 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.837;QD=56.1916;RBI=0.030621;REFB=0;REVB=0.0130099;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42363e-05;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr6 35395010 . C T 1097.62 PASS AF=0.938272;AO=76;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0451213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.576;QD=54.2037;RBI=0.0486166;REFB=0.0147942;REVB=0.018101;RO=3;SAF=45;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554743;STB=0.500504;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-9.10166e-05;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:81:3:5:76:76:0.938272:31:45:2:1:31:45:3:2 chr6 35395794 . CGA CA,CAC,CCA 750.64 PASS AF=0.0178571,0,0.982143;AO=7,2,44;DP=56;FAO=1,0,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,37;FSAR=0,0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379607,-0.00121347,0.00228939;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=77.1885,66.0369,87.4758;QD=53.6172;RBI=0.0236437,0.0978334,0.0369254;REFB=-0.0237652,0.000787392,-0.0237652;REVB=-0.023337,-0.0978258,-0.0368544;RO=1;SAF=7,1,29;SAR=0,1,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.794046,0.25849,0.0302851;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0755594,0,0.00355018;OID=.,.,.;OPOS=35395795,35395795,35395795;OREF=G,GA,G;OALT=-,AC,C;OMAPALT=CA,CAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0178571,0,0.982143:7,2,44:56:1,0,55:56:0:1,0,37:0,0,18:0:0:4:1:7,1,29:0,1,15:0:1 chr6 35423662 . A C 159.66 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=27;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00898206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.62;QD=22.0214;RBI=0.0143949;REFB=0.000854545;REVB=0.0112489;RO=12;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145668;STB=0.597434;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000386374;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:29:12:12:15:17:0.586207:12:3:4:8:14:3:4:8 chr6 35441516 . CAAAAAA ACAAAAA,CAAAAA,CAAAAAT 331.95 PASS AF=0,0.957746,0.0422535;AO=3,38,4;DP=73;FAO=0,68,3;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,3;FSAR=0,46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518819,0.0675745,-0.0606197;FXX=0.0533262;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=13.1423,7.0952,166.475;QD=18.7014;RBI=0.0402223,0.141502,0.0617374;REFB=0.012549,-0.000534753,0.0189912;REVB=-0.0398863,0.124325,-0.0116944;RO=17;SAF=0,15,4;SAR=3,23,0;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.529392,0.0972541,0.753744;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0394259,0.122094;OID=.,.,.;OPOS=35441516,35441517,35441522;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,T;OMAPALT=ACAAAAA,CAAAAA,CAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:11:73:71:17:0:3,38,4:0,68,3:0,0.957746,0.0422535:3,23,0:0,15,4:4:13:0,46,0:0,22,3:0:0 chr6 35465786 . A C 938.92 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0183;QD=56.0549;RBI=0.118531;REFB=-0.121001;REVB=-0.0341975;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00526545;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:65:67:1:39:26:1:0:39:28:0:0 chr6 35474073 . C G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5642;QD=46.8437;RBI=0.0406756;REFB=0;REVB=0.00699361;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000738819;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 35477025 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2959;QD=49.5986;RBI=0.0866667;REFB=0;REVB=0.0797712;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117173;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr6 35477032 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.148;QD=50.4134;RBI=0.0270884;REFB=0;REVB=0.0241656;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237585;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr6 35479574 . G C 115.9 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.291;QD=42.1439;RBI=0.0877318;REFB=0;REVB=0.0530763;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140206;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr6 35716618 . A G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.127808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.314;QD=17.6434;RBI=0.127842;REFB=-0.0146091;REVB=-0.00297713;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569092;STB=0.533255;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00853088;OID=.;OPOS=35716618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:1:6:8:1:1:6 chr6 35745655 . C T 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0512799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.014;QD=16.4111;RBI=0.0515519;REFB=-0.01025;REVB=0.00528892;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270067;STB=0.656332;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00555541;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:9:7:10:4:9:7 chr6 36198421 . T C 85.99 PASS AF=0.37931;AO=8;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0425341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.263;QD=11.8606;RBI=0.0788766;REFB=-0.0149403;REVB=-0.0664256;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420621;STB=0.858608;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.026657;OID=.;OPOS=36198421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:29:29:14:18:8:11:0.37931:1:7:8:6:1:10:8:10 chr6 36198577 . G C 300.82 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00970807;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.063;QD=17.9596;RBI=0.0140698;REFB=-0.00653112;REVB=-0.0101839;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124158;STB=0.567123;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00790302;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:33:35:32:32:0.477612:16:16:21:12:16:16:22:13 chr6 36260914 . C T 37.19 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0326637;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.969;QD=4.25035;RBI=0.0375323;REFB=-0.00133922;REVB=-0.0184867;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422677;STB=0.768239;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0343357;OID=.;OPOS=36260914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:37:35:22:29:6:6:0.171429:1:5:11:11:1:5:16:13 chr6 36269725 . A G 80.42 PASS AF=0.255814;AO=10;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.013146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.142;QD=7.48125;RBI=0.0243358;REFB=-0.00112982;REVB=0.0204796;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25595;STB=0.69105;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00284317;OID=.;OPOS=36269725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:43:31:32:10:11:0.255814:5:5:22:9:6:5:23:9 chr6 36275458 . T C 180.46 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0644355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2676;QD=16.0411;RBI=0.0771423;REFB=-0.0138629;REVB=-0.0424146;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147965;STB=0.563573;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0130624;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:26:18:19:0.422222:11:7:7:20:12:7:7:19 chr6 36341294 . C T 280.56 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0154567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.9752;QD=21.1741;RBI=0.0208947;REFB=-0.0088032;REVB=0.0140599;RO=24;SAF=9;SAR=20;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192951;STB=0.605847;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00533045;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:20:9:3:21:20:9:3:21 chr6 36393816 . A G 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0241787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.569;QD=14.734;RBI=0.0242433;REFB=-0.0194302;REVB=-0.00176802;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122098;STB=0.569343;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0236993;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:19:17:16:11:19:17 chr6 36418781 . T TG 71.95 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0828717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8999;QD=9.5935;RBI=0.0828718;REFB=-0.029654;REVB=0.000167491;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378639;STB=0.723753;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0291618;OID=.;OPOS=36418782;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:12:30:12:30:18:3:9:11:7:71:18:3:9:11:7 chr6 36446975 . G C 130.94 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.000276025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2888;QD=10.2698;RBI=0.0492711;REFB=-0.00592884;REVB=-0.0492703;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236127;STB=0.647307;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0125813;OID=.;OPOS=36446975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:35:16:16:0.313725:7:9:12:22:7:9:12:23 chr6 36463627 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0198316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.285;QD=20.2743;RBI=0.0223183;REFB=-0.014163;REVB=-0.010238;RO=24;SAF=20;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414526;STB=0.738538;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0127172;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:3:20:13:11:3:20:13:11 chr6 36490133 . G A 104.41 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00462011;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=277.991;QD=10.4411;RBI=0.0197214;REFB=-0.0056049;REVB=-0.0191726;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195541;STB=0.612001;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0123102;OID=.;OPOS=36490133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:27:13:13:0.325:6:7:9:16:6:7:10:17 chr6 36645696 . A G 630.93 PASS AF=0.471429;AO=61;DP=138;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00835592;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.744;QD=18.0266;RBI=0.0145892;REFB=-0.00294067;REVB=0.0119593;RO=72;SAF=22;SAR=39;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180022;STB=0.602617;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00619007;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:72:74:61:66:0.471429:39:22:39:33:42:24:41:33 chr6 36651971 . C A 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0128343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.758;QD=18.6359;RBI=0.0297596;REFB=-0.0181318;REVB=0.0268498;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300156;STB=0.672184;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0180174;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:4:12:7:9:4:12:7:9 chr6 36653597 . C T 416.69 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00631077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.855;QD=22.2232;RBI=0.0189889;REFB=-0.00774954;REVB=0.0179096;RO=32;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15861;STB=0.574752;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00492504;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:34:40:41:0.546667:21:19:9:23:21:20:11:23 chr6 36695393 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000248468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.325;QD=14.1319;RBI=0.0147757;REFB=-0.0101926;REVB=0.0147736;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154777;STB=0.598224;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0136094;OID=.;OPOS=36695393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:31:19:19:0.38:8:11:12:16:8:11:13:18 chr6 36698561 . C A 524.52 PASS AF=0.826923;AO=4;DP=46;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0169604;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=212.026;QD=40.3475;RBI=0.0169843;REFB=-0.0412555;REVB=0.000901812;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548366;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00263848;OID=.;OPOS=36698561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:46:52:0:9:4:43:0.826923:4:0:0:0:42:1:0:9 chr6 36708556 . C G 352.44 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0022477;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1435;QD=20.7315;RBI=0.0143512;REFB=-0.0265072;REVB=0.014174;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181324;STB=0.510045;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0285329;OID=.;OPOS=36708556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:15:21:18:14:15:21:18:14 chr6 36711562 . G C 843.24 PASS AF=0.508982;AO=85;DP=167;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0206934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.747;QD=20.1973;RBI=0.0229299;REFB=-0.0161344;REVB=-0.00987742;RO=80;SAF=37;SAR=48;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354772;STB=0.520024;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.015154;OID=.;OPOS=36711562;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:80:82:85:85:0.508982:48:37:38:42:48:37:39:43 chr6 36713263 . A G 2453.33 PASS AF=1;AO=159;DP=162;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106836;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.656;QD=61.3332;RBI=0.0175634;REFB=0;REVB=0.0139403;RO=0;SAF=63;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98037e-06;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:162:160:0:0:159:160:1:96:63:0:0:97:63:0:0 chr6 36733132 . G A 886.45 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.669;QD=56.2827;RBI=0.0286638;REFB=-0.151302;REVB=0.0152292;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00127257;OID=.;OPOS=36733132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:45:17:0:0:45:17:0:1 chr6 36766292 . C T 324.35 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0081406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6085;QD=19.6576;RBI=0.0178867;REFB=-0.0306085;REVB=-0.0159269;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281762;STB=0.515143;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0242285;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:32:34:34:0.515152:17:17:14:16:17:17:15:17 chr6 36882353 . A G 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051965;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6951;QD=57.7371;RBI=0.0454467;REFB=0;REVB=-0.0451487;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372764;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:1:0:58:58:1:28:30:0:1:28:30:0:0 chr6 36895835 . C T 1212.89 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00878079;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.924;QD=57.7567;RBI=0.0193814;REFB=-0.163566;REVB=0.0172782;RO=3;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326238;STB=0.517237;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0014296;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:84:3:3:81:81:0.964286:42:39:0:3:42:39:0:3 chr6 36922684 . A C 1578.62 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350011;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8232;QD=58.4675;RBI=0.048808;REFB=-0.0609795;REVB=-0.0340168;RO=0;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0040134;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:106:107:0.990741:63:43:0:0:63:44:1:0 chr6 36931162 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.819;QD=51.1844;RBI=0.0272956;REFB=0;REVB=0.0232337;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108043;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr6 36976637 . G C 976.06 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.879;QD=57.4151;RBI=0.0470305;REFB=-0.0443353;REVB=0.0320886;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0034047;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:30:37:0:1:30:37:0:1 chr6 36978834 . A G 209.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.97;QD=46.4656;RBI=0.0277174;REFB=0;REVB=0.0271836;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462513;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr6 36988364 . C T 734.21 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.305;QD=61.1842;RBI=0.0280681;REFB=-0.0870899;REVB=0.0190437;RO=1;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00039717;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:21:26:0:1:21:26:0:1 chr6 36995222 . G A 845.63 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475992;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.239;QD=57.3308;RBI=0.0476478;REFB=0;REVB=0.00215236;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375616;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:22:37:0:0 chr6 37013127 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.53;QD=40.7629;RBI=0.0129676;REFB=0;REVB=-0.0059959;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64664e-05;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 37180237 . G A 688.75 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0585;QD=62.614;RBI=0.0412544;REFB=0;REVB=0.0225364;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11482e-05;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr6 37180355 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.826;QD=62.3509;RBI=0.0255816;REFB=0;REVB=-0.0189689;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7663e-06;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr6 37180523 . A G 1085.23 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00514685;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9187;QD=54.9484;RBI=0.0960014;REFB=-0.065261;REVB=-0.0958633;RO=2;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231214;STB=0.515106;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00203579;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:79:2:4:75:75:0.949367:34:41:1:1:34:41:1:3 chr6 37250112 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.849;QD=47.8168;RBI=0.0516049;REFB=0;REVB=0.0360562;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539188;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr6 37252210 . C T 708.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.705;QD=62.9734;RBI=0.0388905;REFB=0;REVB=0.0385972;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173579;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 37288036 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.945;QD=57.1772;RBI=0.0256551;REFB=0;REVB=0.019292;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21155e-06;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr6 37349033 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.434;QD=60.0299;RBI=0.00433133;REFB=0;REVB=-0.00376985;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39814e-06;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:42:29:0:0:43:29:0:0 chr6 37450914 . T C 780.72 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.287;QD=56.7798;RBI=0.0101253;REFB=0;REVB=0.00431852;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01649e-06;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:21:34:0:0 chr6 37475508 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.318;QD=35.5759;RBI=0.0151953;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249338;OID=.;OPOS=37475508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr6 37603102 . TG CA 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00980906;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.43;QD=17.9407;RBI=0.0193905;REFB=-0.0127751;REVB=0.0167264;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18428;STB=0.605364;STBP=0.269;TYPE=mnp;VARB=0.0177293;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:11:11:6:13:11:11 chr6 37604885 . A G 191.75 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0130316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.459;QD=14.4718;RBI=0.0443981;REFB=0.00272682;REVB=-0.0424425;RO=30;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234023;STB=0.580689;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.000877458;OID=.;OPOS=37604885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:30:30:21:23:0.433962:16:5:13:17:16:7:13:17 chr6 37623566 . C T 221.1 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.013071;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.049;QD=23.9023;RBI=0.0302042;REFB=-0.0178803;REVB=-0.0272294;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128079;STB=0.558084;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0176517;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:16:21:21:0.567568:9:12:6:9:9:12:7:9 chr6 37623626 . C T 123.04 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0131742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9097;QD=16.405;RBI=0.014759;REFB=0.019046;REVB=0.00665339;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0202104;OID=.;OPOS=37623626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:6:10:9:5:6:10 chr6 37626142 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0023324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.727;QD=18.6418;RBI=0.0167163;REFB=-0.0139375;REVB=0.0165528;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894563;STB=0.550274;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.014641;OID=.;OPOS=37626142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:14:12:14:11:14:12 chr6 37800789 . A C 280.53 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0154737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.295;QD=22.4423;RBI=0.0174199;REFB=-0.00699239;REVB=0.00800109;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208373;STB=0.616628;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00871084;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:17:9:14:10:17:9:14:10 chr6 38110010 . G A 785.46 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=165;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0106895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.597;QD=19.0415;RBI=0.0112065;REFB=-0.0216814;REVB=0.00336446;RO=83;SAF=45;SAR=36;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122651;STB=0.5645;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0191935;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:83:84:81:81:0.490909:36:45:35:48:36:45:36:48 chr6 38121211 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0283559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.77;QD=15.1562;RBI=0.0298072;REFB=-0.0253581;REVB=0.00918757;RO=32;SAF=5;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473458;STB=0.770144;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0296421;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:20:5:21:11:20:5:21:11 chr6 38650588 . T A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00116718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.98;QD=13.7737;RBI=0.00734806;REFB=-0.00469283;REVB=0.00725476;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509175;STB=0.529382;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00952033;OID=.;OPOS=38650588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:14:17:10:10:14:17 chr6 38650628 . T G 368.05 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00174191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.517;QD=29.4439;RBI=0.00381248;REFB=0.000998117;REVB=0.00339128;RO=19;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435672;STB=0.523917;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000487423;OID=.;OPOS=38650628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:16:15:8:11:16:15:8:11 chr6 38670837 . G A 1244.58 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0695737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0577;QD=59.98;RBI=0.0956747;REFB=-0.0152848;REVB=0.0656746;RO=0;SAF=19;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35046e-08;STB=0.503936;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00130822;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:63:19:0:0:63:19:0:1 chr6 38705682 . C T 313.21 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.013693;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.992;QD=19.2742;RBI=0.0137182;REFB=-0.0255872;REVB=0.000831066;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142511;STB=0.507932;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0245237;OID=.;OPOS=38705682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:15:17:17:16:15:17 chr6 38747770 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0194993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.364;QD=14.6506;RBI=0.0216772;REFB=-0.0114682;REVB=-0.00946973;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127438;STB=0.572767;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0194635;OID=.;OPOS=38747770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:15:16:9:14:15:16 chr6 38750812 . T C 131.19 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00862472;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.858;QD=9.90117;RBI=0.0290188;REFB=-0.0041757;REVB=0.0277075;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336457;STB=0.519976;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00931041;OID=.;OPOS=38750812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:36:36:17:17:0.320755:8:9:18:18:8:9:18:18 chr6 38759379 . G A 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0146087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.921;QD=14.2302;RBI=0.0152875;REFB=-0.00211297;REVB=-0.00450469;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142025;STB=0.580585;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00186507;OID=.;OPOS=38759379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:13:23:13:13:13:23 chr6 38773293 . G A 251.74 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0255661;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1897;QD=16.7828;RBI=0.0546596;REFB=0.00798212;REVB=-0.048312;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241666;STB=0.635421;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00929764;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:10:22:12:16:10:22 chr6 38781866 . C G 697.18 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00644153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2283;QD=60.6244;RBI=0.0214897;REFB=0.0403237;REVB=0.0205015;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=7.94717e-05;OID=.;OPOS=38781866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:42:45:0.978261:26:16:0:0:28:17:0:1 chr6 38800209 . T C 275.5 PASS AF=0.430556;AO=21;DP=76;FAO=31;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0541317;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4997;QD=15.3055;RBI=0.0916821;REFB=-0.0390397;REVB=-0.0739957;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343021;STB=0.525098;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0853449;OID=.;OPOS=38800209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:72:17:41:21:31:0.430556:13:8:14:3:23:8:12:29 chr6 38825329 . C T 322.48 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0318353;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9395;QD=18.9694;RBI=0.052128;REFB=-0.0104025;REVB=-0.0412776;RO=33;SAF=23;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205505;STB=0.622669;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0100247;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:11:23:15:18:11:23:15:19 chr6 38840492 . G T 220.37 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0165756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.57;QD=14.9404;RBI=0.0168521;REFB=-0.0149733;REVB=-0.00303975;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487715;STB=0.523143;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0186283;OID=.;OPOS=38840492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:25:26:0.440678:16:9:13:19:16:10:14:19 chr6 38841083 . T C 95.11 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00740433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2757;QD=11.1892;RBI=0.010191;REFB=0.0020206;REVB=-0.0070023;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348022;STB=0.691994;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00622228;OID=.;OPOS=38841083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:8:4:14:7:8:4:14:8 chr6 38841101 . G A 372.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.377;QD=55.1159;RBI=0.0662622;REFB=0;REVB=0.0226898;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412271;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr6 38843426 . C T 2265.96 PASS AF=0.993377;AO=148;DP=149;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00896191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3787;QD=60.0255;RBI=0.0122604;REFB=-0.0618052;REVB=0.00836671;RO=1;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605886;STB=0.503105;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000520536;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:151:1:1:148:150:0.993377:78:70:0:1:80:70:0:1 chr6 38951998 . C T 421.76 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0112733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.999;QD=26.3597;RBI=0.0131859;REFB=-0.00790743;REVB=-0.00683953;RO=24;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981307;STB=0.553517;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00472077;OID=.;OPOS=38951998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:19:21:16:8:19:21:16:8 chr6 39033593 . G A 716.75 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.373;QD=60.9999;RBI=0.0664847;REFB=-0.0634089;REVB=0.0447848;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000554562;OID=.;OPOS=39033593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:47:1:1:45:46:0.978723:28:17:1:0:29:17:1:0 chr6 39033602 . A G 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.685;QD=59.0424;RBI=0.0135937;REFB=-0.0363598;REVB=0.0090086;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170644;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00116924;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:0:1:27:14:0:1 chr6 39040654 . A C 879.7 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.521;QD=55.8541;RBI=0.0908739;REFB=-0.0583802;REVB=0.00770719;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015331;OID=.;OPOS=39040654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:63:1:0:57:63:1:32:25:1:0:32:31:0:0 chr6 39041502 . A C 1466.6 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00378195;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.857;QD=58.664;RBI=0.0284472;REFB=-0.130308;REVB=0.0281947;RO=1;SAF=62;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126468;STB=0.506665;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000546711;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:100:1:1:99:99:0.99:37:62:0:1:37:62:0:1 chr6 39048491 . A C 776.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5724;QD=63.4278;RBI=0.0265963;REFB=0;REVB=-0.0169965;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04631e-05;OID=.;OPOS=39048491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr6 39158822 . GCT CTG,GCTG 39.29 PASS AF=0,0.238095;AO=2,9;DP=43;FAO=0,10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=0,8;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00232915,0.00728558;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=3,1;MLLD=127.584,124.151;QD=3.74195;RBI=0.0234819,0.0229564;REFB=-0.00034862,-0.00186775;REVB=-0.0233661,-0.0217696;RO=31;SAF=2,6;SAR=0,3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.474592,0.258426;STB=0.5,0.7994;STBP=1,0.039;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0160675,0.144266;OID=.,.;OPOS=39158822,39158825;OREF=GCT,-;OALT=CTG,G;OMAPALT=CTG,GCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:43:42:31:32:2,9:0,10:0,0.238095:0,3:2,6:14:17:0,2:0,8:13:19 chr6 39325078 . A G 1851.02 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00439122;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.954;QD=59.7104;RBI=0.014659;REFB=-0.073682;REVB=0.0139858;RO=2;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163748;STB=0.508619;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000275153;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:57:65:0:2:57:65:0:2 chr6 39507889 . C T 1004.41 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0387343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5864;QD=57.3949;RBI=0.0407207;REFB=0.0384916;REVB=0.0125632;RO=1;SAF=47;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995334;STB=0.505262;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00104096;OID=.;OPOS=39507889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:22:47:1:0:22:47:1:0 chr6 39828862 . A C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.698;QD=58.0575;RBI=0.00732448;REFB=0;REVB=0.00589645;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07582e-05;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr6 39851818 . G A 863.05 PASS AF=1;AO=45;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.95;QD=57.5368;RBI=0.0403441;REFB=0;REVB=0.000704351;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625007;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:45:60:1:35:10:0:0:38:22:0:0 chr6 39864730 . C T 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.666;QD=56.1867;RBI=0.0300074;REFB=0;REVB=0.00538887;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202856;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr6 39865047 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.765;QD=47.8182;RBI=0.0283723;REFB=0;REVB=0.0121816;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294553;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr6 39869952 . T A 545.17 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.438;QD=57.3864;RBI=0.064811;REFB=-0.0273335;REVB=0.0604806;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00100461;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr6 40360465 . A G 526.27 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5898;QD=56.8937;RBI=0.0294706;REFB=0.0181615;REVB=0.00330872;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00467545;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:0:1:14:22:0:1 chr6 40998141 . G A 254.56 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00239695;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.321;QD=26.7956;RBI=0.0916433;REFB=-0.0244359;REVB=0.091612;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050059;STB=0.547904;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00867648;OID=.;OPOS=40998141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:14:15:22:23:0.605263:11:11:6:8:11:12:6:9 chr6 41029109 . T C 341.47 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0147842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.863;QD=11.8773;RBI=0.0154639;REFB=-0.0120733;REVB=0.00453428;RO=72;SAF=20;SAR=22;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263386;STB=0.51946;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0168768;OID=.;OPOS=41029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:73:42:42:0.365217:22:20:36:36:22:20:37:36 chr6 41029342 . T C 510.41 PASS AF=0.474138;AO=54;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0237991;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.656;QD=17.6003;RBI=0.025538;REFB=-0.00392697;REVB=0.00926249;RO=59;SAF=26;SAR=28;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151631;STB=0.577331;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0041039;OID=.;OPOS=41029342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:61:54:55:0.474138:28:26:19:40:28:27:21:40 chr6 41037778 . C T 83.79 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00681564;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1536;QD=9.30957;RBI=0.0148776;REFB=-0.000109422;REVB=-0.0132246;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252878;STB=0.65544;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00112206;OID=.;OPOS=41037778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:12:13:8:3:12:13 chr6 41038845 . C T 266.2 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00532059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.593;QD=21.2956;RBI=0.00710878;REFB=-0.0215485;REVB=-0.00471445;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924322;STB=0.540161;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0210722;OID=.;OPOS=41038845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:12:13:15:9:12:13:15:10 chr6 41162518 . T C 553.67 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0148244;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.587;QD=21.9274;RBI=0.017962;REFB=-0.00478612;REVB=0.0101425;RO=46;SAF=15;SAR=40;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541542;STB=0.52979;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00426651;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:46:46:55:55:0.544554:40:15:15:31:40:15:15:31 chr6 41196156 . C T 834.87 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.556;QD=56.6014;RBI=0.0560485;REFB=0;REVB=0.0508057;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140094;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:29:28:0:0:30:29:0:0 chr6 41196605 . T C 226.26 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0171363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.286;QD=17.0761;RBI=0.0304082;REFB=-0.0115131;REVB=-0.0251198;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239835;STB=0.64115;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.021776;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:12:13:7:20:12:13:7:21 chr6 41196727 . C T 133.6 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0172664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.188;QD=16.1937;RBI=0.0212866;REFB=-0.00932016;REVB=-0.0124495;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112057;STB=0.548323;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00563631;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:8:7:10:7:8:7:10:8 chr6 41197785 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.011365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.442;QD=18.1541;RBI=0.0114717;REFB=-0.0317651;REVB=-0.00156143;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144226;STB=0.508189;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.039091;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:7:14:17:8:7:14:17:8 chr6 41197857 . C T 205.4 PASS AF=0.42;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00669909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.025;QD=16.432;RBI=0.0179729;REFB=-0.0546502;REVB=-0.0166778;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733611;STB=0.503813;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0582877;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:25:29:21:21:0.42:10:11:15:10:10:11:15:14 chr6 41250466 . T A 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0323696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.908;QD=16.9398;RBI=0.037308;REFB=-0.0200634;REVB=-0.0185499;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118016;STB=0.567496;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0136029;OID=.;OPOS=41250466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:13:11:11:8:13:11 chr6 41270223 . C T 606.9 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00051165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0438;QD=60.6901;RBI=0.0030148;REFB=0;REVB=0.00297106;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926468;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr6 41303592 . T C 124.98 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0274546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2234;QD=17.854;RBI=0.0284225;REFB=-0.0231329;REVB=0.0073542;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662356;STB=0.537988;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.017021;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:6:8:9:5:6:8 chr6 41303995 . A G 279.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00786041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.068;QD=22.3432;RBI=0.0194258;REFB=-0.0232926;REVB=-0.0177645;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171175;STB=0.576743;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0152872;OID=.;OPOS=41303995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:24:26:26:0.52:10:16:9:13:10:16:11:13 chr6 41318424 . T A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0112321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.883;QD=29.5625;RBI=0.0144664;REFB=-0.000467152;REVB=0.00911686;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708204;STB=0.538895;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000245235;OID=.;OPOS=41318424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:14:15:7:10:14:15:7:10 chr6 41318438 . A G 465.59 PASS AF=0.688525;AO=41;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0316164;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.993;QD=30.5305;RBI=0.0320066;REFB=-0.0173665;REVB=-0.00498244;RO=19;SAF=15;SAR=26;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658914;STB=0.539611;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0119948;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:41:42:0.688525:26:15:5:14:26:16:5:14 chr6 41621618 . A G 238.57 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5131;QD=50.2251;RBI=0.0111278;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145851;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:0:16:0:0:0:19:0:0 chr6 41621625 . G A 152.16 PASS AF=0.75;AO=13;DP=18;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0160397;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.954;QD=30.4318;RBI=0.0160397;REFB=-0.00844001;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103558;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:20:0:5:13:15:0.75:0:13:0:0:0:15:5:0 chr6 41652514 . C T 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0212647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.699;QD=17.4033;RBI=0.0214148;REFB=-0.0202685;REVB=-0.00253137;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817639;STB=0.546694;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0162269;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:10:3:4:9:10:3 chr6 41708750 . C G 43.18 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0161994;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.942;QD=5.39712;RBI=0.0186301;REFB=-0.00433323;REVB=-0.00920113;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337018;STB=0.730931;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.181743;OID=.;OPOS=41708750;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:9:16:6:1:9:16 chr6 41721634 . A T 521.45 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0183199;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6542;QD=23.1755;RBI=0.0323084;REFB=-0.00989125;REVB=0.0266123;RO=41;SAF=30;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125641;STB=0.569152;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0091807;OID=.;OPOS=41721634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:41:41:49:49:0.544444:19:30:19:22:19:30:19:22 chr6 41721682 . G GT 301.73 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0371628;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5742;QD=14.7185;RBI=0.0403365;REFB=0.0215291;REVB=-0.0156829;RO=42;SAF=27;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133874;STB=0.581113;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=-0.0227709;OID=.;OPOS=41721683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52439:42:85:43:82:39:27:16:18:21:99:42:27:15:21:21 chr6 41753084 . C T 454.97 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.011838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.789;QD=19.7814;RBI=0.0153619;REFB=-0.0186453;REVB=0.00979018;RO=45;SAF=17;SAR=27;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054947;STB=0.536815;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0180334;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:45:47:44:45:0.48913:27:17:20:25:28:17:21:26 chr6 41753117 . G A 503.29 PASS AF=0.521739;AO=47;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00240154;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.684;QD=21.8821;RBI=0.00873761;REFB=-0.0148264;REVB=0.00840109;RO=43;SAF=22;SAR=25;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635367;STB=0.5238;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00782981;OID=.;OPOS=41753117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:44:47:48:0.521739:25:22:17:26:26:22:18:26 chr6 41754573 . C CCTT 183.06 PASS AF=1;AO=12;DP=21;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463727;FXX=0.333175;HRUN=2;LEN=3;MLLD=131.293;QD=52.3015;RBI=0.0595648;REFB=0;REVB=0.0373837;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000924503;OID=.;OPOS=41754574;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:21:14:14:0:8:6:0:0:3:8:8:4:5:3 chr6 41754576 . C T 44.81 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0553035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.789;QD=7.46786;RBI=0.0566333;REFB=0.0299445;REVB=0.0122009;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281128;STB=0.678486;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.023611;OID=.;OPOS=41754576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:8:9:2:5:8:9 chr6 41800629 . T C 147.33 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0102854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.306;QD=26.7875;RBI=0.0215072;REFB=-0.00920951;REVB=0.0188884;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985854;STB=0.533288;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00395638;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:7:7:14:15:0.681818:4:10:4:3:5:10:4:3 chr6 41889409 . C A 352.99 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0355688;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5495;QD=26.1476;RBI=0.0504936;REFB=-0.0710751;REVB=0.0358393;RO=20;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397308;STB=0.521726;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0282274;OID=.;OPOS=41889409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:20:34:34:0.62963:12:22:14:6:12:22:14:6 chr6 41903782 . A C 357.71 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9397;QD=55.0324;RBI=0.0366031;REFB=0;REVB=0.0328559;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260668;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 42044945 . G A 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.402;QD=60.1563;RBI=0.0208359;REFB=-0.00345784;REVB=-0.0104087;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017728;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=8.85004e-05;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:26:18:0:1:26:18:0:1 chr6 42110171 . C G 107.96 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.000585922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.877;QD=13.0859;RBI=0.00796606;REFB=-0.00491528;REVB=0.00794448;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340736;STB=0.704761;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0181324;OID=.;OPOS=42110171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:11:2:8:12:11:2:8:12 chr6 42123317 . A C 538.37 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0119804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.466;QD=18.2498;RBI=0.0184246;REFB=-0.0238506;REVB=-0.0139978;RO=58;SAF=30;SAR=26;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308048;STB=0.51562;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0277615;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:58:61:56:57:0.483051:26:30:33:25:26:31:35:26 chr6 42162388 . A G 1061.94 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.354;QD=59.8276;RBI=0.0395459;REFB=0;REVB=0.0144942;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06334e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr6 42532102 . C T 53.27 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=22;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00158859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.94;QD=8.87798;RBI=0.0405678;REFB=-0.0144358;REVB=0.0405367;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.543368;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0368606;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:24:16:16:6:8:0.333333:4:2:7:9:5:3:7:9 chr6 42600319 . A G 940.11 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3964;QD=56.9764;RBI=0.021538;REFB=-0.101018;REVB=-0.00855031;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171708;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000918028;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:37:27:1:0:38:27:1:0 chr6 42627434 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0359492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6471;QD=18.673;RBI=0.0361701;REFB=0.0161865;REVB=0.00399162;RO=36;SAF=10;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188005;STB=0.605318;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0182434;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:25:10:17:19:25:10:17:19 chr6 42650772 . C T 196.66 PASS AF=0.611111;AO=17;DP=31;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.01889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.5849;QD=21.8514;RBI=0.079938;REFB=-0.0384372;REVB=0.077674;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128419;STB=0.60474;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.004588;OID=.;OPOS=42650772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:36:14:14:17:22:0.611111:10:7:8:6:15:7:8:6 chr6 42666061 . T C 139.98 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0145269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.134;QD=20.738;RBI=0.045173;REFB=-0.013329;REVB=0.0427735;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10615;STB=0.559922;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0130721;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:8:4:7:8:8:4 chr6 42666145 . C T 825.42 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.089831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1581;QD=54.1256;RBI=0.118937;REFB=-0.0923265;REVB=0.0779509;RO=1;SAF=19;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241821;STB=0.506648;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.010673;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:59:59:0.967213:40:19:1:0:40:19:1:1 chr6 42666164 . G C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0107855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.43;QD=15.5773;RBI=0.0108662;REFB=-0.0297972;REVB=-0.00132185;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480917;STB=0.527349;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0334561;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:17:7:10:20:17:7:10:20 chr6 42689755 . A G 139.45 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.004459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8365;QD=9.14409;RBI=0.0301262;REFB=-0.00455069;REVB=-0.0297944;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326352;STB=0.67895;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00897698;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:41:42:19:19:0.311475:9:10:10:31:9:10:11:31 chr6 42713618 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.247;QD=60.0309;RBI=0.0306686;REFB=0;REVB=0.0243705;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77619e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:38:34:0:0 chr6 42989057 . T C 576.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.197;QD=60.659;RBI=0.0458048;REFB=0;REVB=0.0341651;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168375;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:23:13:0:0:25:13:0:0 chr6 43014298 . TT CC 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153869;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.592;QD=47.8224;RBI=0.0328412;REFB=0;REVB=0.0290136;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.8988e-05;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr6 43109751 . G A 193.97 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00199648;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.76;QD=22.8204;RBI=0.0129655;REFB=-0.000695481;REVB=-0.0128108;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885021;STB=0.549438;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000532907;OID=.;OPOS=43109751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:4:11:12:7:4:11 chr6 43154091 . C G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00577776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.805;QD=55.0097;RBI=0.0308407;REFB=-0.010309;REVB=0.0302947;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000366193;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:0:1:20:12:0:1 chr6 43191017 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0165327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.82;QD=22.6782;RBI=0.0326346;REFB=-0.0194186;REVB=0.028137;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151706;OID=.;OPOS=43191017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:3:2:4:6:3:2 chr6 43222356 . G A 573.1 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-9.85823e-05;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9837;QD=16.4922;RBI=0.00231423;REFB=-0.0122658;REVB=0.00231213;RO=78;SAF=12;SAR=49;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245592;STB=0.638683;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0213875;OID=.;OPOS=43222356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:49:12:30:48:49:12:30:48 chr6 43230970 . G C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.115405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3389;QD=11.0202;RBI=0.119237;REFB=0.0534529;REVB=0.0299873;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0326557;OID=.;OPOS=43230970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr6 43270097 . T C,G 638.26 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402128,-0.0230333;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.8553,42.6642;QD=60.7863;RBI=0.0428841,0.0315634;REFB=0,0;REVB=0.0148988,0.0215804;RO=0;SAF=17,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.4817e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00306875,0.0636494;OID=.,.;OPOS=43270097,43270097;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:23,2:17,0:0:0:23,2:17,0:0:0 chr6 43270151 . C T 277.3 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0080045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.596;QD=26.4091;RBI=0.02815;REFB=-0.0389339;REVB=0.0269879;RO=16;SAF=7;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175121;STB=0.612671;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0289457;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:18:7:8:8:18:7:9:8 chr6 43306346 . A G 914.77 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.378;QD=58.0808;RBI=0.0351821;REFB=0;REVB=0.00650994;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42681e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:27:34:0:0:27:36:0:0 chr6 43307861 . G A 473.0 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0178783;FXX=0.0298463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.622;QD=29.1075;RBI=0.0196908;REFB=-0.00414888;REVB=0.00825192;RO=21;SAF=20;SAR=23;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513184;STB=0.534666;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00148444;OID=.;OPOS=43307861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:21:22:43:43:0.661538:23:20:8:13:23:20:8:14 chr6 43471417 . C T 95.99 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00427102;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.143;QD=10.9705;RBI=0.0052619;REFB=-0.0175876;REVB=0.00307342;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130528;STB=0.578808;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.029769;OID=.;OPOS=43471417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:15:8:3:9:15:8 chr6 43492578 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.015923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.803;QD=12.0243;RBI=0.0170103;REFB=-0.0176169;REVB=-0.00598414;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382942;STB=0.718116;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0352683;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:2:18:7:5:2:18 chr6 43638636 . G A 610.63 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00412131;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.186;QD=25.4429;RBI=0.00723734;REFB=-0.0167678;REVB=0.00594927;RO=41;SAF=23;SAR=32;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123301;STB=0.5672;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0144175;OID=.;OPOS=43638636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:41:41:55:55:0.572917:32:23:11:30:32:23:11:30 chr6 43640099 . A G 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.028549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.197;QD=14.6646;RBI=0.0364879;REFB=0.00108441;REVB=-0.0227227;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.571338;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00152929;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:6:15:9:6:6:15 chr6 43752536 . C T 879.85 PASS AF=0.55102;AO=81;DP=147;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00636969;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.25;QD=23.9415;RBI=0.00653355;REFB=-0.00809032;REVB=-0.00145411;RO=65;SAF=26;SAR=55;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111658;STB=0.565536;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00847089;OID=.;OPOS=43752536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:65:66:81:81:0.55102:55:26:29:36:55:26:30:36 chr6 43968814 . A G 198.68 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0236715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.801;QD=19.3835;RBI=0.0262443;REFB=-0.0104804;REVB=0.0113324;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238541;STB=0.5135;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.012454;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:10:11:11:9:10:11 chr6 43970827 . G A 374.17 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0203439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4868;QD=18.0323;RBI=0.0287916;REFB=-0.00900275;REVB=0.0203736;RO=44;SAF=29;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33749;STB=0.689462;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00961718;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:10:29:18:26:10:29:18:26 chr6 44081718 . G A 1060.5 PASS AF=1;AO=55;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196088;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.799;QD=58.9165;RBI=0.26477;REFB=0;REVB=0.264043;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751628;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:55:72:1:30:25:0:0:45:27:0:0 chr6 44108155 . T TC 101.46 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.104387;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.1744;QD=13.5282;RBI=0.110044;REFB=-0.00888017;REVB=-0.0348278;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2505;STB=0.518098;STBP=0.798;TYPE=ins;VARB=0.0542488;OID=.;OPOS=44108156;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:10:30:20:30:10:7:13:4:6:46:17:3:7:9:8 chr6 44108848 . C T 195.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0112329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1867;QD=17.8003;RBI=0.0260152;REFB=0.000607101;REVB=-0.0234651;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323679;STB=0.518415;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000564229;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:14:10:9:11:14:10 chr6 44147821 . A G 390.99 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.000133616;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.416;QD=22.0276;RBI=0.00801671;REFB=0.0068204;REVB=-0.0080156;RO=32;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125922;STB=0.501519;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00479844;OID=.;OPOS=44147821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:33:38:38:0.535211:22:16:13:19:22:16:14:19 chr6 44247951 . T G 1065.37 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.86;QD=58.3767;RBI=0.046078;REFB=-0.108533;REVB=-0.0371615;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000249666;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:35:37:0:0:35:37:0:1 chr6 44253749 . A G 556.74 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8324;QD=60.1883;RBI=0.0505794;REFB=0;REVB=0.0175569;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104498;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:11:26:0:0 chr6 44253765 . A G 501.16 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5715;QD=58.9604;RBI=0.0584911;REFB=0;REVB=-0.0421507;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55373e-05;OID=.;OPOS=44253765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr6 44268135 . C T 1066.47 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.008;QD=58.4367;RBI=0.0318623;REFB=-0.1587;REVB=0.000594593;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141159;STB=0.507461;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00116031;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:33:39:0:1:33:39:0:1 chr6 44268371 . T C 783.81 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.302;QD=57.0045;RBI=0.0549399;REFB=0;REVB=0.038707;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97081e-07;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr6 44275011 . T C 1093.86 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143796;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.817;QD=59.9376;RBI=0.016892;REFB=0;REVB=0.0168307;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0137e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:38:35:0:0 chr6 44310854 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00975316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.361;QD=22.9244;RBI=0.042442;REFB=-0.0133722;REVB=0.0413061;RO=25;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241668;STB=0.632638;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0135309;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:19:15:19:6:19:15:19:6 chr6 44320548 . T A 824.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1671;QD=56.8418;RBI=0.012243;REFB=0;REVB=0.00975008;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117052;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:22:36:0:0 chr6 44371714 . C T 194.13 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0443608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.386;QD=16.881;RBI=0.0528442;REFB=-0.0140789;REVB=-0.0287164;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495945;STB=0.528356;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0183519;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:13:13:9:11:13:13 chr6 44403438 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.502;QD=56.191;RBI=0.0446267;REFB=0;REVB=-0.0417;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284092;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr6 44413463 . T A 506.79 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00733292;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.453;QD=20.8984;RBI=0.0073476;REFB=0.00032141;REVB=0.000464333;RO=43;SAF=28;SAR=21;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864437;STB=0.504503;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.000183615;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:43:48:49:49:0.505155:21:28:25:18:21:28:27:21 chr6 45866375 . C T 229.58 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.000585685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.999;QD=11.926;RBI=0.0166275;REFB=-0.0143253;REVB=-0.0166172;RO=47;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219419;STB=0.637598;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0177936;OID=.;OPOS=45866375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:47:49:28:28:0.363636:17:11:28:19:17:11:30:19 chr6 46107752 . C G 249.65 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0168959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1153;QD=18.4929;RBI=0.0520757;REFB=-0.00485342;REVB=0.0492586;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989762;STB=0.555363;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00390474;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:13:14:11:16:13:14:11:16 chr6 46108916 . C G 331.69 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00172074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9949;QD=21.3993;RBI=0.00771446;REFB=0.00772882;REVB=-0.00752011;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821821;STB=0.545428;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00665314;OID=.;OPOS=46108916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:16:18:12:16:16:18:12:16 chr6 46128688 . G C 207.65 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00483408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.709;QD=17.6719;RBI=0.0339264;REFB=-0.0120963;REVB=-0.0335802;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897061;STB=0.550973;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0146619;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:10:11:16:10:10:11:16:10 chr6 46128745 . C T 598.21 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431731;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0457;QD=61.355;RBI=0.0875762;REFB=0;REVB=-0.0761949;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000670603;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr6 46129345 . G A 206.62 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00929299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.501;QD=13.1189;RBI=0.0132679;REFB=-0.0153429;REVB=-0.00946987;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210532;STB=0.512061;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0221281;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:12:13:19:19:12:13:19:19 chr6 46135489 . T C 58.6 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0146504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.574;QD=14.6512;RBI=0.014651;REFB=-0.0106862;REVB=0.00012881;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00744832;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:5:3:5:3:5:3 chr6 46135984 . G T 222.31 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0412168;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3615;QD=19.3309;RBI=0.0442645;REFB=0.0087497;REVB=-0.0161407;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19093;STB=0.615893;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00908256;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:24:21:22:0.478261:8:13:9:13:8:14:10:14 chr6 46563817 . A T 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0112474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.49;QD=15.2677;RBI=0.0167288;REFB=0.000640922;REVB=-0.0123835;RO=32;SAF=5;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328528;STB=0.682769;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00083689;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:21:5:15:17:21:5:15:18 chr6 46623697 . CT C,CC,CG 924.6 PASS AF=0,0.953125,0.046875;AO=8,53,3;DP=64;FAO=0,61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,3;FSAR=0,40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283053,0.00185545,-0.0175195;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=223.967,244.733,83.8899;QD=57.7877;RBI=0.0635528,0.0674741,0.0951712;REFB=0,0,0;REVB=0.0634897,0.0674486,0.0935448;RO=0;SAF=0,21,3;SAR=8,32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.81969e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.00115013,0.00432188;OID=.,.,.;OPOS=46623698,46623698,46623698;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.953125,0.046875:8,53,3:64:0,61,3:64:0:0,21,3:0,40,0:0:0:10:0:0,21,3:8,32,0:0:0 chr6 46657057 . A G 967.31 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704159;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.58;QD=58.6248;RBI=0.032163;REFB=0;REVB=0.0313827;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102948;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:33:31:0:0:34:32:0:0 chr6 46658905 . C G 108.2 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00257763;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8076;QD=12.3652;RBI=0.0422818;REFB=-0.00344064;REVB=-0.0422032;RO=22;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399105;STB=0.741145;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00601768;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:11:2:10:12:11:2:10:12 chr6 46672943 . A G 1701.28 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0040391;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.954;QD=59.6942;RBI=0.0378975;REFB=-0.0805369;REVB=0.0376817;RO=1;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825764;STB=0.504347;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0002188;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:114:1:1:113:113:0.991228:57:56:0:1:57:56:0:1 chr6 46677098 . C A 403.39 PASS AF=0.5125;AO=39;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00409433;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9361;QD=20.1696;RBI=0.125616;REFB=-0.00675609;REVB=-0.12555;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033392;STB=0.502199;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00360273;OID=.;OPOS=46677098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:39:39:41:0.5125:22:17:16:24:24:17:16:23 chr6 46679303 . A G 687.85 PASS AF=0.514925;AO=66;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0357341;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2118;QD=20.5328;RBI=0.0396909;REFB=0.00542903;REVB=-0.0172755;RO=63;SAF=35;SAR=31;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104031;STB=0.544499;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00553959;OID=.;OPOS=46679303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:65:66:69:0.514925:31:35:26:37:34:35:27:38 chr6 46766315 . CTTTTTTTA CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTAA 140.6 PASS AF=0.563636,0.0909091,0;AO=18,11,5;DP=66;FAO=31,5,0;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=26,2,0;FSAR=5,3,0;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.149154,-0.127041,0.00868761;FXX=0.0677851;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=11.1008,6.25432,5.62393;QD=10.2251;RBI=0.152081,0.325758,0.337689;REFB=-0.0504581,-0.181331,-0.149915;REVB=-0.0296924,0.299965,0.337577;RO=10;SAF=16,11,4;SAR=2,0,1;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.218315,0,-0.484274;STB=0.541536,0.849916,0.5;STBP=0.581,0.346,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00791222,0.156786,0.0154854;OID=.,.,.;OPOS=46766322,46766316,46766322;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA,CTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.563636,0.0909091,0:18,11,5:66:31,5,0:55:19:26,2,0:5,3,0:17:2:64:10:16,11,4:2,0,1:10:0 chr6 46802370 . G A 499.06 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.013246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.694;QD=15.3557;RBI=0.0164585;REFB=-0.00206673;REVB=0.00976853;RO=74;SAF=24;SAR=31;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466005;STB=0.521433;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00225839;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:74:75:55:55:0.423077:31:24:29:45:31:24:30:45 chr6 46803018 . A T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0123155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.966;QD=24.1065;RBI=0.018708;REFB=-0.0248281;REVB=0.0140825;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428114;STB=0.534855;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0157985;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:12:12:8:10:12:12:8:11 chr6 46803102 . A G 244.31 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00580352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9212;QD=23.268;RBI=0.0143389;REFB=-0.0217894;REVB=-0.013112;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107913;STB=0.560386;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0488735;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:15:8:9:10:15:8:9:10 chr6 46824448 . A G 299.03 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00269835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.3017;QD=44.3007;RBI=0.0330101;REFB=-0.108973;REVB=-0.0328996;RO=2;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264025;STB=0.540506;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0109859;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:27:27:2:3:24:24:0.888889:8:16:1:1:8:16:1:2 chr6 46826508 . G A 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.532;QD=58.5835;RBI=0.0213208;REFB=0;REVB=-0.0212393;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81196e-05;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr6 46826715 . T A 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.585;QD=59.9371;RBI=0.0108804;REFB=0;REVB=-0.00789734;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56819e-07;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr6 46826844 . T C 1004.33 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460579;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.386;QD=59.0785;RBI=0.0557188;REFB=0;REVB=0.0313569;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73473e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr6 46826910 . G A 1362.65 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00575016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.135;QD=61.2428;RBI=0.0207818;REFB=-0.0892071;REVB=0.0199704;RO=0;SAF=57;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.90485e-08;STB=0.504347;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000240531;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:31:57:0:0:31:57:1:0 chr6 46826979 . A G 732.67 PASS AF=0.483221;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.00140976;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.967;QD=19.6689;RBI=0.00600576;REFB=-0.0173113;REVB=0.00583796;RO=75;SAF=33;SAR=39;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166769;STB=0.584652;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0141491;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:75:77:72:72:0.483221:39:33:48:27:39:33:48:29 chr6 46827073 . A G 815.57 PASS AF=0.531034;AO=77;DP=145;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0103344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.313;QD=22.4984;RBI=0.0109106;REFB=-0.0136252;REVB=-0.00349858;RO=68;SAF=45;SAR=32;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606688;STB=0.533264;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0136041;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:68:68:77:77:0.531034:32:45:35:33:32:45:35:33 chr6 46827126 . C T 1414.02 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829448;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.671;QD=62.1547;RBI=0.0106172;REFB=0;REVB=0.00662763;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59805e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:1:0:90:91:1:44:46:1:0:44:47:0:0 chr6 46827239 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0541326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.564;QD=23.2184;RBI=0.0588577;REFB=-0.0528478;REVB=0.0231062;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0061071;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr6 46832813 . G A 323.57 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0102032;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.137;QD=16.3831;RBI=0.0173863;REFB=-0.0269836;REVB=0.0140776;RO=44;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126404;STB=0.570977;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0333761;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:44:35:35:0.443038:17:18:17:27:17:18:17:27 chr6 46834685 . G A 1208.56 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.608;QD=61.1932;RBI=0.0148401;REFB=0;REVB=0.0145341;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90635e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:30:48:0:0:31:48:0:0 chr6 46856100 . G A 1530.45 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0132391;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.439;QD=56.6832;RBI=0.0141078;REFB=-0.00171817;REVB=-0.00487399;RO=2;SAF=44;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00294674;STB=0.507046;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=8.55775e-06;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:108:2:3:105:105:0.972222:61:44:1:1:61:44:2:1 chr6 46976812 . T C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0331464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.542;QD=15.6443;RBI=0.0377612;REFB=-0.00894088;REVB=0.0180892;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859778;STB=0.548975;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0135871;OID=.;OPOS=46976812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:17:12:11:11:17:12 chr6 46977458 . T C 198.89 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0148601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3643;QD=27.4334;RBI=0.0421077;REFB=-0.00851586;REVB=0.0393984;RO=10;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365188;STB=0.705631;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00410388;OID=.;OPOS=46977458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:16:3:6:4:16:3:6:4 chr6 47563692 . C T 1329.59 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1322;QD=61.8412;RBI=0.0356668;REFB=0;REVB=0.0148716;RO=0;SAF=25;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300269;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:59:25:0:0:60:26:0:0 chr6 47594302 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.241;QD=60.2045;RBI=0.0217597;REFB=0;REVB=0.0182927;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94687e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr6 47594722 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.783;QD=57.1058;RBI=0.0130703;REFB=0;REVB=0.0110026;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01428e-05;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr6 47646842 . A G 226.77 PASS AF=0.394366;AO=26;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0056866;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.558;QD=12.7759;RBI=0.00576939;REFB=-0.00260314;REVB=-0.000973844;RO=43;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443132;STB=0.540511;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0036774;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:43:43:26:28:0.394366:19:7:13:30:21:7:13:30 chr6 47649222 . T G 280.83 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00167224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.355;QD=21.1944;RBI=0.00167307;REFB=-0.0314089;REVB=-5.26811e-05;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127518;STB=0.579506;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0284919;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:13:16:9:14:13:16:9:15 chr6 47649265 . T A 257.11 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00320978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.373;QD=16.0692;RBI=0.0349334;REFB=-0.0264497;REVB=-0.0347856;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102916;STB=0.559958;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0301164;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:33:35:29:29:0.453125:18:11:16:17:18:11:17:18 chr6 47649573 . CA TG 163.9 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0196207;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.533;QD=19.2822;RBI=0.022287;REFB=-0.00107151;REVB=-0.0105707;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154517;STB=0.587528;STBP=0.326;TYPE=mnp;VARB=0.000134243;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:17:17:17:17:0.5:9:8:11:6:9:8:11:6 chr6 47649694 . A G 483.78 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00847817;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1737;QD=17.5918;RBI=0.015537;REFB=0.00696199;REVB=-0.01302;RO=58;SAF=27;SAR=25;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116094;STB=0.564435;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00539697;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:58:52:52:0.472727:25:27:23:35:25:27:23:35 chr6 47653629 . C T 441.12 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0108307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.189;QD=16.0406;RBI=0.0157389;REFB=-0.016878;REVB=-0.0114197;RO=59;SAF=23;SAR=26;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618003;STB=0.524084;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0189889;OID=.;OPOS=47653629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:61:49:49:0.445455:26:23:24:35:26:23:26:35 chr6 47654742 . A T 317.28 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00658966;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.059;QD=12.8195;RBI=0.00685205;REFB=-0.00113594;REVB=-0.00187801;RO=63;SAF=22;SAR=14;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268431;STB=0.653382;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000666855;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:36:36:0.363636:14:22:23:40:14:22:23:40 chr6 47682604 . A C 1675.09 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0284644;FXX=0.0256388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.05;QD=58.7752;RBI=0.0290239;REFB=-0.126662;REVB=-0.00567147;RO=1;SAF=40;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654936;STB=0.506848;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000371245;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:114:1:2:112:112:0.982456:72:40:0:1:72:40:0:2 chr6 47684591 . G A 513.26 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00629888;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8426;QD=23.5982;RBI=0.0317809;REFB=-0.0024603;REVB=0.0311505;RO=36;SAF=22;SAR=27;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472381;STB=0.515145;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.000677636;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:36:38:49:49:0.563218:27:22:14:22:28:21:15:23 chr6 47791205 . G A 255.66 PASS AF=0.323232;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0268794;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.976;QD=10.3298;RBI=0.0300052;REFB=0.000708316;REVB=-0.0133345;RO=66;SAF=13;SAR=19;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211604;STB=0.627336;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00155707;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:66:67:32:32:0.323232:19:13:39:27:19:13:40:27 chr6 47847179 . A G 774.19 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00127866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8205;QD=53.3921;RBI=0.0525773;REFB=-0.000974513;REVB=0.0525617;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0055874;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:54:57:0.982759:27:27:0:1:28:29:0:1 chr6 47847401 . A G 194.09 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.0167404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.233;QD=16.8769;RBI=0.0169273;REFB=-0.00115273;REVB=-0.00250853;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201065;STB=0.612807;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00175952;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:15:5:3:23:15:5:3:23 chr6 49403282 . T C 657.39 PASS AF=0.591837;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0249116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1112;QD=26.8323;RBI=0.0253096;REFB=-0.0211041;REVB=0.00447044;RO=39;SAF=23;SAR=35;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02917;STB=0.509222;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0129577;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:40:58:58:0.591837:35:23:14:25:35:23:15:25 chr6 49411477 . G C 312.32 PASS AF=0.363636;AO=35;DP=98;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0222466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.944;QD=12.6191;RBI=0.0238614;REFB=-0.0136309;REVB=-0.00862873;RO=62;SAF=21;SAR=14;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770065;STB=0.546794;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0161089;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:62:63:35:36:0.363636:14:21:33:29:14:22:34:29 chr6 49412433 . C T 138.91 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0472052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.587;QD=19.8441;RBI=0.0485306;REFB=-0.0126481;REVB=0.0112648;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058655;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00923354;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:6:7:7:8:6:7 chr6 49425521 . C T 314.54 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0264393;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.937;QD=19.6589;RBI=0.0278853;REFB=0.000319589;REVB=0.00886325;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333149;STB=0.518507;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.000316585;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:12:19:19:14:12:19 chr6 49439805 . G A 227.09 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00208595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.661;QD=21.1245;RBI=0.0205624;REFB=-0.0136143;REVB=-0.0204563;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228018;STB=0.512809;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0234783;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:12:9:10:12:12:9 chr6 49459978 . A G 294.48 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.021014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4668;QD=28.0455;RBI=0.0218768;REFB=0.000319391;REVB=0.00608337;RO=15;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109146;STB=0.555511;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.000428334;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:25:26:0.619048:17:8:7:8:18:8:7:9 chr6 49460152 . A G 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0353326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9805;QD=9.47405;RBI=0.0353572;REFB=-0.0277333;REVB=0.00131954;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.627321;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0236579;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:11:10:3:7:11:10 chr6 49479775 . A T 1022.95 PASS AF=0.585366;AO=96;DP=164;FAO=96;FDP=164;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0335098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7293;QD=24.95;RBI=0.0336782;REFB=-0.0242117;REVB=0.00336395;RO=68;SAF=45;SAR=51;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463472;STB=0.525166;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0213926;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:68:68:96:96:0.585366:51:45:36:32:51:45:36:32 chr6 49485266 . C A 320.78 PASS AF=0.514706;AO=32;DP=66;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0179574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.984;QD=18.8696;RBI=0.0180896;REFB=-0.0103752;REVB=-0.00218358;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139797;STB=0.552651;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00986534;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:34:33:32:35:0.514706:19:13:9:25:22:13:9:24 chr6 49494241 . A G 555.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.658;QD=60.0085;RBI=0.0161996;REFB=0;REVB=-0.0160198;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112286;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr6 49518914 . C G 1469.23 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021284;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6926;QD=58.7693;RBI=0.0289416;REFB=0;REVB=0.0196114;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183251;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:96:100:1:53:43:0:0:56:44:0:0 chr6 49696473 . G T 801.05 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0369;QD=57.2178;RBI=0.0843201;REFB=0;REVB=-0.0836038;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399779;OID=.;OPOS=49696473;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr6 49701523 . A G 785.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.351;QD=57.1574;RBI=0.0559268;REFB=0;REVB=0.0541286;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88166e-05;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:23:27:0:0:26:29:0:0 chr6 49989657 . G A 501.23 PASS AF=0.526882;AO=46;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0105737;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6386;QD=21.5585;RBI=0.0122718;REFB=-0.0107221;REVB=-0.00622833;RO=38;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358846;STB=0.513484;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0214366;OID=.;OPOS=49989657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:44:46:49:0.526882:25:21:19:19:27:22:21:23 chr6 50815229 . T C 985.21 PASS AF=0.536723;AO=95;DP=177;FAO=95;FDP=177;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=68;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0031203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.528;QD=22.2646;RBI=0.008412;REFB=-0.00428019;REVB=0.00781188;RO=82;SAF=27;SAR=68;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160078;STB=0.58785;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00335364;OID=.;OPOS=50815229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:82:82:95:95:0.536723:68:27:37:45:68:27:37:45 chr6 51480486 . G T 586.79 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281206;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.112;QD=58.6794;RBI=0.0296279;REFB=0.0592857;REVB=-0.00932976;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00120155;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:22:17:0:1:22:17:0:1 chr6 51483961 . T C 267.06 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00140192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.941;QD=20.1551;RBI=0.0154089;REFB=-0.00342743;REVB=-0.015345;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157298;STB=0.593158;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00369365;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:23:25:27:28:0.528302:12:15:17:6:12:16:19:6 chr6 51491884 . T C 246.47 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-9.93677e-05;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.762;QD=13.3226;RBI=0.0173586;REFB=-0.0115366;REVB=0.0173583;RO=44;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11394;STB=0.570982;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0139407;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:45:29:29:0.391892:14:15:18:26:14:15:18:27 chr6 51586771 . GC AC,AT 623.87 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=28,14;DP=42;FAO=28,14;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20,5;FSAR=8,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282494,-0.000419479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=139.949,132.686;QD=59.4164;RBI=0.0488965,0.0266299;REFB=0,0;REVB=0.0399103,0.0266266;RO=0;SAF=20,5;SAR=8,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.75204e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00110401,0.00967577;OID=.,.;OPOS=51586771,51586771;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:42:0:0:28,14:28,14:0.666667,0.333333:8,9:20,5:0:0:8,9:20,5:0:0 chr6 51613177 . C T 109.02 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0223158;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0267;QD=12.8262;RBI=0.0223325;REFB=-0.00118877;REVB=0.000864375;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154361;STB=0.614335;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0114861;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:21:13:13:0.382353:3:10:13:7:3:10:13:8 chr6 51720838 . T C 258.3 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0119739;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.176;QD=16.1439;RBI=0.0236583;REFB=-0.00932916;REVB=0.0204045;RO=34;SAF=6;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355323;STB=0.69682;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.012895;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:35:29:29:0.453125:23:6:18:16:23:6:18:17 chr6 51732807 . C T 248.84 PASS AF=0.408451;AO=27;DP=68;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00701428;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.903;QD=14.0189;RBI=0.0223566;REFB=-0.00820667;REVB=-0.0212277;RO=41;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614843;STB=0.564952;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0228021;OID=.;OPOS=51732807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:41:42:27:29:0.408451:17:10:13:28:17:12:13:29 chr6 51875250 . A C 670.79 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0292629;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.919;QD=52.6109;RBI=0.0292865;REFB=-0.159703;REVB=-0.00117594;RO=1;SAF=5;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852016;STB=0.53986;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00213401;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:1:2:49:49:0.960784:44:5:1:0:44:5:1:1 chr6 51890823 . G A 950.97 PASS AF=0.487562;AO=95;DP=199;FAO=98;FDP=201;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=40;FWDB=0.0122832;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.838;QD=18.9247;RBI=0.0270597;REFB=-0.0223307;REVB=0.0241112;RO=102;SAF=43;SAR=52;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144971;STB=0.582796;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0222377;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:102:103:95:98:0.487562:52:43:62:40:54:44:63:40 chr6 51914956 . G A 306.53 PASS AF=0.6;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00230775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.678;QD=27.2472;RBI=0.00343608;REFB=-0.0116989;REVB=-0.00254577;RO=17;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232443;STB=0.522596;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00586854;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:27:27:0.6:12:15:10:7:12:15:11:7 chr6 51915054 . T C 59.55 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0275124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.592;QD=5.53945;RBI=0.0589657;REFB=-0.00855755;REVB=-0.0521538;RO=34;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411935;STB=0.769027;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0530947;OID=.;OPOS=51915054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:7:2:19:15:7:2:19:15 chr6 51924774 . A G 743.23 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00594906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9822;QD=60.6714;RBI=0.0148541;REFB=-0.131715;REVB=-0.0136107;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00505328;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:47:48:0.979592:27:20:1:0:27:21:1:0 chr6 51947237 . G A 170.51 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00965255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.177;QD=8.97394;RBI=0.0111645;REFB=-0.0158724;REVB=0.00561014;RO=52;SAF=10;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143436;STB=0.590831;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0354007;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:53:23:23:0.302632:13:10:29:23:13:10:30:23 chr6 52051274 . G A 309.04 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0209332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.323;QD=18.7298;RBI=0.0210171;REFB=-0.018258;REVB=-0.0018756;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217124;STB=0.620369;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0141684;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:24:9:17:16:24:9 chr6 52269151 . T C 244.76 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0114505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.625;QD=23.8793;RBI=0.011508;REFB=-0.0190977;REVB=-0.00114962;RO=18;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350684;STB=0.69715;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0200968;OID=.;OPOS=52269151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:18:5:11:7:18:5:11:7 chr6 52269547 . A G 416.27 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0123337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.083;QD=16.9905;RBI=0.0215243;REFB=0.00807577;REVB=0.0176401;RO=53;SAF=16;SAR=27;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639556;STB=0.537831;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00998278;OID=.;OPOS=52269547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:55:43:43:0.438776:27:16:23:30:27:16:24:31 chr6 52269685 . C A 236.0 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00512526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.63;QD=19.2655;RBI=0.0198001;REFB=-0.0227193;REVB=0.0191253;RO=26;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273844;STB=0.656503;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0208356;OID=.;OPOS=52269685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:18:5:12:14:18:5:12:14 chr6 52270544 . TTTG T 156.42 PASS AF=0.409091;AO=21;DP=68;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00588221;FXX=0.043472;HRUN=4;LEN=3;MLLD=245.699;QD=9.48024;RBI=0.00869178;REFB=-0.00124089;REVB=-0.00639895;RO=38;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166635;STB=0.591461;STBP=0.244;TYPE=del;VARB=0.00173402;OID=.;OPOS=52270545;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:21:68:27:66:39:8:19:17:22:99:38:6:15:16:22 chr6 52270992 . G A 133.08 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0117178;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.151;QD=14.3872;RBI=0.0189047;REFB=0.00795786;REVB=0.0148351;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308023;STB=0.66295;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0120533;OID=.;OPOS=52270992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:6:15:6:9:7:15 chr6 52271204 . C T 300.68 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0132375;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.038;QD=24.5452;RBI=0.0143331;REFB=-0.00689901;REVB=-0.00549613;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179339;STB=0.599924;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00604895;OID=.;OPOS=52271204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:27:27:0.55102:18:9:12:10:18:9:12:10 chr6 52271707 . G A 185.94 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0563169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.465;QD=10.4754;RBI=0.0641044;REFB=0.00739078;REVB=0.0306232;RO=47;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179528;STB=0.604894;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0161482;OID=.;OPOS=52271707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:9:15:22:25:9:15:22:25 chr6 52272033 . C T 805.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3447;QD=64.4014;RBI=0.039619;REFB=0;REVB=-0.0231841;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00075311;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr6 52272467 . C A,CTTGA 325.66 PASS AF=0,1;AO=3,16;DP=29;FAO=0,25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288596,-0.0253438;FXX=0.0740466;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=113.842,140.808;QD=52.105;RBI=0.0518991,0.033914;REFB=0,0;REVB=0.0518188,0.0225355;RO=8;SAF=2,12;SAR=1,4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.294841,-0.106158;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,8.93884e-05;OID=.,.;OPOS=52272467,52272468;OREF=C,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,CTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:29:25:8:0:3,16:0,25:0,1:1,4:2,12:7:1:0,7:0,18:0:0 chr6 52272574 . C T 175.75 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0314457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8668;QD=11.915;RBI=0.0380958;REFB=-0.0224824;REVB=-0.0215048;RO=37;SAF=4;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362044;STB=0.71299;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0463401;OID=.;OPOS=52272574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:18:4:17:20:18:4:17:20 chr6 52360283 . T A 360.11 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0122698;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.05;QD=25.2709;RBI=0.018005;REFB=-0.00649052;REVB=0.0131769;RO=23;SAF=26;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153295;STB=0.590854;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00385189;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:22:35:35:0.614035:9:26:13:10:9:26:12:10 chr6 52362405 . G A 46.68 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0235186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.967;QD=10.3735;RBI=0.0306409;REFB=-0.00705821;REVB=-0.0196403;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472354;STB=0.775523;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00365719;OID=.;OPOS=52362405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:1:10:3:4:1:10 chr6 52362865 . A T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0317058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.038;QD=22.3406;RBI=0.0388175;REFB=-0.0454512;REVB=-0.0223952;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806589;STB=0.545403;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0244767;OID=.;OPOS=52362865;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:6:12:8:6:6:12:8:6 chr6 52548912 . G A 446.32 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00589599;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.607;QD=20.5204;RBI=0.00649761;REFB=-0.0240807;REVB=0.0027306;RO=43;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301145;STB=0.505048;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0257364;OID=.;OPOS=52548912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:43:44:44:0.505747:25:19:20:23:25:19:19:24 chr6 52617731 . C G 1309.16 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243164;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9726;QD=62.3412;RBI=0.00793396;REFB=0;REVB=-0.00755214;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43939e-05;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr6 52701143 . C T 564.2 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266987;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.182;QD=57.8669;RBI=0.0269912;REFB=-0.0711313;REVB=-0.0039629;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.521727;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000408262;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:36:38:0.974359:26:10:1:0:27:11:1:0 chr6 52843131 . G T 910.9 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.441;QD=57.8349;RBI=0.110799;REFB=0;REVB=0.11072;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717702;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:31:29:0:0:34:29:0:0 chr6 52844045 . G A 614.05 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00741384;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.729;QD=57.1209;RBI=0.0535941;REFB=-0.0564045;REVB=0.0530789;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.50171;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00299208;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:43:1:2:41:41:0.953488:19:22:0:1:19:22:1:1 chr6 52963071 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.678;QD=53.9108;RBI=0.0106606;REFB=0;REVB=0.00962899;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66447e-05;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr6 53514946 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00214699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.603;QD=18.248;RBI=0.0308994;REFB=-0.0389789;REVB=0.0308248;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.031067;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:5:7:7:6:5:7 chr6 53516876 . T G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.727;QD=59.1425;RBI=0.0304864;REFB=0;REVB=-0.0243303;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49957e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr6 53517035 . G A 930.52 PASS AF=0.505435;AO=89;DP=183;FAO=93;FDP=184;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0577755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5891;QD=20.2286;RBI=0.0663673;REFB=-0.0414862;REVB=0.032659;RO=86;SAF=50;SAR=39;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970911;STB=0.548437;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.035802;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:86:91:89:93:0.505435:39:50:39:47:40:53:43:48 chr6 53519062 . A G 260.41 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0126721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4794;QD=14.4672;RBI=0.0232417;REFB=-0.00130287;REVB=-0.0194831;RO=41;SAF=22;SAR=8;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316745;STB=0.675125;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00110599;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:8:22:18:23:8:22:19:23 chr6 53519605 . C T 1514.71 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228815;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.303;QD=62.4623;RBI=0.0230593;REFB=-0.0425493;REVB=0.00285805;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-6.7215e-06;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:0:1:94:96:0.989691:44:50:0:0:45:51:1:0 chr6 53519857 . G A 427.98 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0160643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2599;QD=19.906;RBI=0.0302839;REFB=0.00177854;REVB=0.025672;RO=43;SAF=24;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213088;STB=0.511814;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00172733;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:19:24:25:18:19:24:25:18 chr6 53989526 . G A 1217.31 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473293;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1059;QD=59.3808;RBI=0.0782065;REFB=-0.0375983;REVB=0.062259;RO=1;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009475;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:1:0:80:82:1:34:46:0:1:36:46:0:0 chr6 54054686 . T A 767.73 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.539;QD=56.8687;RBI=0.0474381;REFB=0;REVB=0.0226109;RO=0;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188134;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:15:39:0:0:15:39:0:0 chr6 54079968 . G A 1539.7 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0117745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.436;QD=61.588;RBI=0.0163116;REFB=-0.0266063;REVB=0.0112885;RO=2;SAF=53;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175604;STB=0.509257;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-6.4449e-05;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:45:53:2:0:45:53:2:0 chr6 54186147 . T C 560.0 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2449;QD=57.4356;RBI=0.0391917;REFB=-0.152102;REVB=0.0312496;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00587774;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:20:18:0:0:20:18:0:1 chr6 54191970 . T A 768.93 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067818;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2383;QD=64.0778;RBI=0.0678473;REFB=0;REVB=0.00199324;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458961;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr6 54254589 . A C 1455.14 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.313;QD=61.2691;RBI=0.0249005;REFB=-0.0421104;REVB=0.00942484;RO=1;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138769;OID=.;OPOS=54254589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:95:1:0:92:95:1:48:44:0:1:51:44:0:0 chr6 55142337 . A G 2065.01 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=137;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023977;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.701;QD=61.1854;RBI=0.0255633;REFB=-0.143226;REVB=-0.00886489;RO=2;SAF=63;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148484;STB=0.507811;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000286721;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:135:2:2:133:133:0.985185:70:63:2:0:70:63:2:0 chr6 55266625 . T C 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00699471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3456;QD=21.0065;RBI=0.00797236;REFB=-0.0178617;REVB=0.00382525;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573328;STB=0.521716;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0247711;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:12:7:6:10:12:7:7:10 chr6 55428658 . A C 548.96 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.06;QD=59.3474;RBI=0.0159503;REFB=0;REVB=0.012577;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00937174;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:33:37:1:19:14:0:0:22:15:0:0 chr6 55428724 . A C 62.86 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0150353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4625;QD=8.3818;RBI=0.0155658;REFB=-0.0138503;REVB=-0.00402929;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219511;STB=0.636055;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0317196;OID=.;OPOS=55428724;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:11:10:6:3:11:10 chr6 55639028 . G A 157.25 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0281362;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.931;QD=23.2966;RBI=0.0295354;REFB=0.0219166;REVB=-0.00898279;RO=11;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306175;STB=0.673238;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0087566;OID=.;OPOS=55639028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:11:11:16:16:0.592593:12:4:7:4:12:4:7:4 chr6 55739553 . A G 397.41 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0251278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.577;QD=18.0642;RBI=0.0269289;REFB=-0.00548423;REVB=0.00968274;RO=41;SAF=16;SAR=25;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455923;STB=0.542836;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00665129;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:47:41:41:0.465909:25:16:18:23:25:16:22:25 chr6 56044578 . T C 1253.25 PASS AF=0.965517;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00576401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.611;QD=57.6208;RBI=0.0169984;REFB=-0.0725157;REVB=0.0159913;RO=3;SAF=49;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521279;STB=0.502958;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000440771;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:87:3:3:83:84:0.965517:34:49:2:1:35:49:2:1 chr6 56351972 . G C 830.35 PASS AF=0.598425;AO=75;DP=126;FAO=76;FDP=127;FR=.;FRO=51;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0206172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.355;QD=26.1527;RBI=0.0485601;REFB=-0.00971671;REVB=0.043966;RO=50;SAF=44;SAR=31;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505504;STB=0.509722;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00571723;OID=.;OPOS=56351972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:50:51:75:76:0.598425:31:44:29:21:31:45:29:22 chr6 56417282 . C T 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.597;QD=62.7616;RBI=0.0493595;REFB=0;REVB=0.000859177;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65122e-05;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr6 56417545 . T C 435.81 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.020399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.526;QD=54.4767;RBI=0.0374687;REFB=-0.0443007;REVB=0.031429;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00981023;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:1:0:18:13:1:0 chr6 56426931 . C T 296.22 PASS AF=0.574468;AO=25;DP=45;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00375113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.768;QD=25.2101;RBI=0.0177891;REFB=-0.0807213;REVB=0.0173891;RO=20;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154284;STB=0.595745;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0291038;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:20:20:25:27:0.574468:8:17:10:10:8:19:10:10 chr6 56458551 . G A 404.8 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00643896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.534;QD=17.0443;RBI=0.0172237;REFB=-0.0349617;REVB=0.0159748;RO=51;SAF=14;SAR=28;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253766;STB=0.652409;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0494444;OID=.;OPOS=56458551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:53:42:42:0.442105:28:14:30:21:28:14:32:21 chr6 56463410 . T C 265.5 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0407133;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4773;QD=13.1109;RBI=0.0407664;REFB=0.00343865;REVB=0.00208013;RO=51;SAF=10;SAR=21;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32837;STB=0.682674;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00494524;OID=.;OPOS=56463410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:51:50:31:31:0.382716:21:10:32:19:21:10:31:19 chr6 56470551 . T A 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.026838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.031;QD=7.75944;RBI=0.0268426;REFB=-0.00270859;REVB=-0.000498415;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383322;STB=0.726748;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00975941;OID=.;OPOS=56470551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:1:12:4:2:1:12 chr6 56470690 . G A 478.06 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.000411155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.321;QD=19.7137;RBI=0.0169751;REFB=-0.0109302;REVB=-0.0169701;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180472;STB=0.597862;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0107658;OID=.;OPOS=56470690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:50:47:47:0.484536:23:24:15:33:23:24:16:34 chr6 56471402 . G A 340.68 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0048718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.507;QD=16.0321;RBI=0.0106594;REFB=-0.013633;REVB=0.009481;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353654;STB=0.512501;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0112322;OID=.;OPOS=56471402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:36:37:0.435294:19:17:21:27:20:17:21:27 chr6 56471995 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00986024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2913;QD=18.4833;RBI=0.0346924;REFB=0.00142543;REVB=-0.0332617;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516853;STB=0.529381;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00284279;OID=.;OPOS=56471995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:10:11:11:8:10:11 chr6 56482801 . C G 573.56 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00600046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.87;QD=26.0707;RBI=0.00643348;REFB=2.91538e-05;REVB=0.00232038;RO=36;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1713;STB=0.593603;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-1.93587e-05;OID=.;OPOS=56482801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:32:20:22:14:32:20:22:14 chr6 56484758 . C T 529.36 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0296316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.717;QD=19.4259;RBI=0.0701136;REFB=-0.0178418;REVB=0.0635444;RO=51;SAF=21;SAR=34;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859085;STB=0.503702;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.014729;OID=.;OPOS=56484758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:54:55:55:0.504587:34:21:19:32:34:21:21:33 chr6 56510699 . T C 260.57 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0188301;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.515;QD=14.278;RBI=0.0225134;REFB=-0.0231252;REVB=-0.0123402;RO=43;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258656;STB=0.514696;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0325261;OID=.;OPOS=56510699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:16:14:19:24:16:14:19:24 chr6 56810539 . G A 122.44 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0193334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.407;QD=37.6725;RBI=0.0201815;REFB=0.0877969;REVB=0.00578894;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.529364;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00216416;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:11:12:0.923077:8:3:0:1:8:4:0:1 chr6 57013173 . A T 196.84 PASS AF=0.617647;AO=19;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0314599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.165;QD=23.1581;RBI=0.0409177;REFB=-0.0130665;REVB=0.0261636;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147905;STB=0.544511;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0152324;OID=.;OPOS=57013173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:13:19:21:0.617647:14:5:6:8:15:6:5:8 chr6 57244780 . G A 166.76 PASS AF=0.315068;AO=22;DP=72;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0206778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.618;QD=9.13777;RBI=0.0206891;REFB=-0.00946968;REVB=-0.000684572;RO=50;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533775;STB=0.544871;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0198286;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:50:22:23:0.315068:12:10:25:25:13:10:25:25 chr6 57246884 . A G 630.91 PASS AF=0.353211;AO=76;DP=217;FAO=77;FDP=218;FR=.;FRO=141;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=74;FWDB=-0.00115882;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.394;QD=11.5764;RBI=0.015631;REFB=-0.00527379;REVB=-0.015588;RO=139;SAF=41;SAR=35;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652292;STB=0.545443;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00796415;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:139:141:76:77:0.353211:35:41:67:72:35:42:67:74 chr6 57246969 . G A 389.01 PASS AF=0.309524;AO=52;DP=168;FAO=52;FDP=168;FR=.;FRO=116;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=52;FWDB=-0.0234033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.593;QD=9.26223;RBI=0.0235037;REFB=-0.010406;REVB=-0.00216931;RO=115;SAF=23;SAR=29;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124741;STB=0.575211;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0232192;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:115:116:52:52:0.309524:29:23:63:52:29:23:64:52 chr6 57246982 . G T 397.7 PASS AF=0.333333;AO=48;DP=152;FAO=51;FDP=153;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.0214616;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.895;QD=10.3975;RBI=0.0228501;REFB=-0.00429759;REVB=0.00784381;RO=99;SAF=21;SAR=27;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125493;STB=0.57819;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00830767;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:99:102:48:51:0.333333:27:21:54:45:29:22:56:46 chr6 57254927 . A G 141.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00103687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.05;QD=7.9465;RBI=0.0150786;REFB=0.00584022;REVB=0.0150429;RO=51;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149295;STB=0.589952;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0105751;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:13:7:24:27:13:7:24:27 chr6 57254950 . A AT 49.11 PASS AF=0.271186;AO=14;DP=65;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.13232;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.7068;QD=3.32953;RBI=0.163408;REFB=-0.0395533;REVB=-0.0958836;RO=48;SAF=4;SAR=10;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273139;STB=0.702437;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.0481837;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271186:14:65:16:59:43:4:12:22:21:49:48:4:10:24:24 chr6 57254955 . G A 104.14 PASS AF=0.211538;AO=7;DP=56;FAO=11;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00587518;FXX=0.0877039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.343;QD=8.01089;RBI=0.055103;REFB=-0.0130321;REVB=-0.0547889;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520582;STB=0.571296;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0229759;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:56:52:19:26:7:11:0.211538:4:3:9:10:7:4:12:14 chr6 57254986 . G A 68.9 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.039205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3814;QD=5.99138;RBI=0.0480921;REFB=-0.0136822;REVB=-0.0278535;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355449;STB=0.521696;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0471125;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:34:36:10:10:0.217391:5:5:18:16:5:5:19:17 chr6 57372361 . C A 1055.19 PASS AF=0.623288;AO=91;DP=147;FAO=91;FDP=146;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0132579;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6144;QD=28.9094;RBI=0.0146588;REFB=0.00146872;REVB=-0.00625358;RO=54;SAF=35;SAR=56;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430303;STB=0.527466;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000851032;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:54:55:91:91:0.623288:56:35:24:30:56:35:25:30 chr6 57372365 . A G 140.98 PASS AF=0.181818;AO=27;DP=143;FAO=26;FDP=143;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=0.0457757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5279;QD=3.94347;RBI=0.0516822;REFB=-0.00544881;REVB=0.0239924;RO=115;SAF=12;SAR=15;SRF=45;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695868;STB=0.556726;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0222562;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:115:117:27:26:0.181818:15:12:45:70:14:12:46:71 chr6 57393125 . A G 453.87 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0178777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.075;QD=17.7988;RBI=0.0233939;REFB=-0.0216039;REVB=0.0150885;RO=52;SAF=26;SAR=22;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699886;STB=0.548263;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0189951;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:53:48:49:0.480392:22:26:32:20:23:26:33:20 chr6 57393144 . A T 129.81 PASS AF=0.198198;AO=22;DP=113;FAO=22;FDP=111;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.00501905;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.274;QD=4.67774;RBI=0.016559;REFB=-0.00701307;REVB=-0.0157801;RO=85;SAF=13;SAR=9;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638967;STB=0.54208;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0338785;OID=.;OPOS=57393144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:85:89:22:22:0.198198:9:13:46:39:9:13:48:41 chr6 57393160 . G A 121.71 PASS AF=0.184874;AO=20;DP=118;FAO=22;FDP=119;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.0374988;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.435;QD=4.09111;RBI=0.0397687;REFB=-0.0029665;REVB=-0.0132435;RO=98;SAF=14;SAR=6;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2942;STB=0.710086;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0182303;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:98:97:20:22:0.184874:6:14:46:52:6:16:46:51 chr6 57398154 . T C 515.6 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=139;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=0.00319389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3421;QD=14.627;RBI=0.0296945;REFB=-0.0172437;REVB=-0.0295223;RO=82;SAF=21;SAR=36;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167241;STB=0.507244;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0285189;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:82:84:57:57:0.404255:36:21:29:53:36:21:30:54 chr6 57398157 . A G 544.0 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=0.00843661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.684;QD=15.4326;RBI=0.0153341;REFB=-0.023238;REVB=0.0128047;RO=81;SAF=23;SAR=36;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485221;STB=0.529944;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0230269;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:82:59:59:0.41844:36:23:28:53:36:23:28:54 chr6 57398163 . A G 593.72 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=-0.0153071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.873;QD=15.522;RBI=0.0167554;REFB=-0.00985204;REVB=-0.00681429;RO=86;SAF=23;SAR=43;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260785;STB=0.512012;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0190255;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:87:66:66:0.431373:43:23:32:54:43:23:32:55 chr6 57398186 . G GA 56.18 PASS AF=0.177914;AO=27;DP=165;FAO=29;FDP=163;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=81;FWDB=0.161358;FXX=0.00609719;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1144;QD=1.37875;RBI=0.161557;REFB=0.00714714;REVB=-0.00801414;RO=132;SAF=7;SAR=20;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203284;STB=0.610792;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=-0.0921017;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177914:27:165:29:163:134:8:21:53:81:56:132:7:20:53:79 chr6 57398201 . T C 844.87 PASS AF=0.465241;AO=87;DP=187;FAO=87;FDP=187;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.0286212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0122;QD=18.0721;RBI=0.0288011;REFB=-0.00533251;REVB=-0.00321366;RO=99;SAF=33;SAR=54;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025078;STB=0.51168;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00619469;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:99:100:87:87:0.465241:54:33:40:59:54:33:40:60 chr6 57398226 . T A 355.76 PASS AF=0.314685;AO=45;DP=184;FAO=45;FDP=143;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.0574819;FXX=0.243373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6286;QD=9.95145;RBI=0.058997;REFB=-0.00932412;REVB=0.0132842;RO=95;SAF=17;SAR=28;SRF=36;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00145521;STB=0.507243;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0164321;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:143:95:98:45:45:0.314685:28:17:36:59:28:17:38:60 chr6 57398264 . A G 735.78 PASS AF=0.464286;AO=78;DP=168;FAO=78;FDP=168;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.00692883;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.697;QD=17.5187;RBI=0.0134407;REFB=-0.016915;REVB=-0.0115171;RO=89;SAF=33;SAR=45;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183763;STB=0.512709;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0191182;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:89:90:78:78:0.464286:45:33:36:53:45:33:36:54 chr6 57398270 . C T 208.33 PASS AF=0.209581;AO=36;DP=167;FAO=35;FDP=167;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=78;FWDB=-0.0155874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.966;QD=4.98991;RBI=0.0311352;REFB=-0.00537458;REVB=-0.0269524;RO=131;SAF=14;SAR=22;SRF=54;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308996;STB=0.507458;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.018716;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:131:132:36:35:0.209581:22:14:54:77:21:14:54:78 chr6 57467084 . A G 148.26 PASS AF=0.206612;AO=25;DP=121;FAO=25;FDP=121;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.00792101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.128;QD=4.90124;RBI=0.00796277;REFB=-0.00512766;REVB=0.000814423;RO=95;SAF=10;SAR=15;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680827;STB=0.538952;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0177935;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:95:96:25:25:0.206612:15:10:43:52:15:10:43:53 chr6 57467093 . A G 142.57 PASS AF=0.18797;AO=25;DP=135;FAO=25;FDP=133;FR=.;FRO=108;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.0123725;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=4.28785;RBI=0.0127625;REFB=0.000532762;REVB=0.00313108;RO=107;SAF=12;SAR=13;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00429419;STB=0.506324;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00106822;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:107:108:25:25:0.18797:13:12:51:56:13:12:51:57 chr6 57467100 . G C 782.31 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0177255;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.5;QD=22.6757;RBI=0.0192103;REFB=-0.0158854;REVB=-0.0074057;RO=63;SAF=40;SAR=34;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107083;STB=0.55489;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0201159;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:63:64:74:74:0.536232:34:40:26:37:34:40:27:37 chr6 57467107 . C T 186.4 PASS AF=0.211268;AO=30;DP=143;FAO=30;FDP=142;FR=.;FRO=112;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.0107948;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.4;QD=5.2506;RBI=0.0258858;REFB=-0.00174826;REVB=-0.0235275;RO=111;SAF=14;SAR=16;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480304;STB=0.533311;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0115146;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:111:112:30:30:0.211268:16:14:56:55:16:14:57:55 chr6 57467175 . A G 254.98 PASS AF=0.270677;AO=36;DP=133;FAO=36;FDP=133;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.0177221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.538;QD=7.66867;RBI=0.0216514;REFB=-0.00900275;REVB=-0.0124382;RO=94;SAF=19;SAR=17;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794185;STB=0.506076;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0238573;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:94:97:36:36:0.270677:17:19:49:45:17:19:52:45 chr6 57499042 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTTT 46.33 PASS AF=0.0526316,0.0592105,0.144737;AO=25,9,25;DP=159;FAO=8,9,22;FDP=152;FR=.;FRO=113;FSAF=5,1,6;FSAR=3,8,16;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=-0.0467007,-0.0149798,0.0420049;FXX=0.0440224;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=6.91066,24.0817,7.17191;QD=1.21923;RBI=0.0608002,0.0316563,0.0582023;REFB=-0.0355167,-0.0132464,0.0355029;REVB=0.038932,-0.0278877,-0.0402878;RO=82;SAF=17,1,8;SAR=8,8,17;SRF=34;SRR=48;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.327116,-0.407951,-0.127326;STB=0.658841,0.855094,0.660716;STBP=0.377,0.025,0.121;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.131486,0.0676824,-0.0166397;OID=.,.,.;OPOS=57499043,57499049,57499043;OREF=T,T,-;OALT=-,A,T;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0526316,0.0592105,0.144737:25,9,25:159:8,9,22:152:113:5,1,6:3,8,16:51:62:19:82:17,1,8:8,8,17:34:48 chr6 57512476 . G A 1260.2 PASS AF=0.496124;AO=128;DP=260;FAO=128;FDP=258;FR=.;FRO=130;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=-0.00816903;FXX=0.00769201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.932;QD=19.538;RBI=0.00947106;REFB=-0.00303304;REVB=-0.00479248;RO=130;SAF=59;SAR=69;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147414;STB=0.508093;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00309614;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:258:130:130:128:128:0.496124:69:59:62:68:69:59:62:68 chr6 57512510 . T G 2536.78 PASS AF=0.704698;AO=209;DP=297;FAO=210;FDP=298;FR=.;FRO=88;FSAF=94;FSAR=116;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.00665097;FXX=0.00996645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.752;QD=34.0507;RBI=0.0208866;REFB=-0.040709;REVB=0.0197993;RO=88;SAF=92;SAR=117;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00806737;STB=0.502067;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0133972;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:88:88:209:210:0.704698:117:92:40:48:116:94:40:48 chr6 57512529 . C A 424.64 PASS AF=0.225589;AO=67;DP=297;FAO=67;FDP=297;FR=.;FRO=230;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=104;FSRR=126;FWDB=-0.00455582;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.362;QD=5.71901;RBI=0.0246867;REFB=-0.00644852;REVB=-0.0242627;RO=229;SAF=25;SAR=42;SRF=105;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112046;STB=0.5633;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0218354;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:229:230:67:67:0.225589:42:25:105:124:42:25:104:126 chr6 57512565 . T C 1271.09 PASS AF=0.506073;AO=114;DP=236;FAO=125;FDP=247;FR=.;FRO=122;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=0.0310835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.305;QD=20.5845;RBI=0.0326467;REFB=-0.00062294;REVB=-0.00998109;RO=122;SAF=37;SAR=77;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104183;STB=0.521818;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000679819;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:247:122:122:114:125:0.506073:77:37:52:70:77:48:52:70 chr6 57512678 . G A 408.51 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0385378;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4811;QD=28.6675;RBI=0.040569;REFB=-0.0442865;REVB=0.0126758;RO=19;SAF=12;SAR=26;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366821;STB=0.519989;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0177806;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:19:19:38:38:0.666667:26:12:7:12:26:12:7:12 chr6 58141869 . C T 219.62 PASS AF=0.284404;AO=31;DP=110;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.00884295;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.292;QD=8.05939;RBI=0.00890303;REFB=-0.000728923;REVB=-0.00103256;RO=74;SAF=21;SAR=10;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322151;STB=0.689211;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00127534;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:74:78:31:31:0.284404:10:21:30:44:10:21:32:46 chr6 58141876 . C T 959.16 PASS AF=0.723214;AO=80;DP=111;FAO=81;FDP=112;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00610036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.567;QD=34.2557;RBI=0.00620163;REFB=0.00676447;REVB=-0.00111617;RO=30;SAF=33;SAR=47;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130028;STB=0.571506;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00454285;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:30:31:80:81:0.723214:47:33:20:10:47:34:21:10 chr6 58141878 . A G 216.0 PASS AF=0.276786;AO=31;DP=112;FAO=31;FDP=112;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0121034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.62;QD=7.7141;RBI=0.012945;REFB=-0.00668994;REVB=-0.00459114;RO=81;SAF=21;SAR=10;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311428;STB=0.685056;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.015701;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:81:81:31:31:0.276786:10:21:34:47:10:21:34:47 chr6 58141886 . G C 1491.45 PASS AF=0.90678;AO=107;DP=118;FAO=107;FDP=118;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0105253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.791;QD=50.5575;RBI=0.0147203;REFB=-0.0143486;REVB=0.0102911;RO=10;SAF=53;SAR=54;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169217;STB=0.513143;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.000289833;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:118:118:10:11:107:107:0.90678:54:53:6:4:54:53:7:4 chr6 58141920 . G C 146.59 PASS AF=0.216216;AO=24;DP=111;FAO=24;FDP=111;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.0120464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.937;QD=5.28253;RBI=0.0156806;REFB=-0.00561926;REVB=-0.0100383;RO=87;SAF=18;SAR=6;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407666;STB=0.753153;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.023002;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:87:87:24:24:0.216216:6:18:37:50:6:18:37:50 chr6 58141935 . T C 90.26 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0231741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2912;QD=3.88214;RBI=0.0462144;REFB=-0.0119927;REVB=-0.0399841;RO=77;SAF=14;SAR=2;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584327;STB=0.881424;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0414669;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:93:77:77:16:16:0.172043:2:14:31:46:2:14:31:46 chr6 58142634 . G A 109.68 PASS AF=0.130208;AO=25;DP=191;FAO=25;FDP=192;FR=.;FRO=167;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=81;FSRR=86;FWDB=0.00970739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5901;QD=2.28507;RBI=0.0165985;REFB=-0.00638952;REVB=-0.013464;RO=166;SAF=23;SAR=2;SRF=81;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576693;STB=0.906463;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0384106;OID=.;OPOS=58142634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:166:167:25:25:0.130208:2:23:81:85:2:23:81:86 chr6 58164635 . T C 261.61 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0145189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8701;QD=14.7386;RBI=0.0158793;REFB=-0.0194722;REVB=0.00643078;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124157;STB=0.507038;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0246503;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:15:15:20:21:15:15:20:21 chr6 58182701 . C T 594.17 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0191019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7919;QD=20.6667;RBI=0.0241743;REFB=-0.00663907;REVB=0.0148161;RO=54;SAF=23;SAR=37;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00505339;STB=0.508394;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00562759;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:55:60:60:0.521739:37:23:21:33:37:23:22:33 chr6 58196684 . G A 745.1 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.034968;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.536;QD=53.2211;RBI=0.0349733;REFB=0.0390283;REVB=-0.000607633;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219106;STB=0.504165;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.000537238;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:1:2:54:54:0.964286:21:33:0:1:21:33:1:1 chr6 61944740 . C A 84.68 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0465258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1018;QD=10.9268;RBI=0.0594947;REFB=-0.000681445;REVB=-0.0370805;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00128629;OID=.;OPOS=61944740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:9:11:7:4:9:11 chr6 62282965 . C T 414.09 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.046611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.263;QD=17.4355;RBI=0.0466119;REFB=-0.0131587;REVB=0.000286347;RO=52;SAF=17;SAR=26;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918924;STB=0.551232;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0178419;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:26:17:16:36:26:17:16:36 chr6 62283016 . T G 213.55 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0480305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.058;QD=16.1173;RBI=0.0495792;REFB=-0.00108534;REVB=-0.0122948;RO=28;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103244;STB=0.576938;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00150647;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:19:5:8:20:19:5:9:20 chr6 62284247 . T G 406.78 PASS AF=0.34507;AO=46;DP=137;FAO=49;FDP=142;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=28;FWDB=0.0126172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3232;QD=11.4587;RBI=0.0132327;REFB=-0.0232633;REVB=-0.00398886;RO=91;SAF=22;SAR=24;SRF=63;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246259;STB=0.648102;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0423708;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:142:91:93:46:49:0.34507:24:22:63:28:26:23:65:28 chr6 62284356 . CA C 288.59 PASS AF=0.481132;AO=46;DP=107;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00283992;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7836;QD=10.8903;RBI=0.00337533;REFB=-0.0128942;REVB=0.00182421;RO=52;SAF=35;SAR=11;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299773;STB=0.611605;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0185979;OID=.;OPOS=62284357;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481132:46:107:51:106:55:36:15:28:27:99:52:35:11:25:27 chr6 62284487 . C T 562.94 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0288732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.929;QD=19.5805;RBI=0.0306161;REFB=-0.0210598;REVB=-0.0101824;RO=56;SAF=24;SAR=34;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778837;STB=0.547704;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0156115;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:56:57:58:58:0.504348:34:24:28:28:34:24:29:28 chr6 62284512 . T A,C 1532.55 PASS AF=0.0288462,0.971154;AO=4,100;DP=104;FAO=3,101;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=2,48;FSAR=1,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161648,-0.00518348;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.9007,145.433;QD=58.9444;RBI=0.016981,0.019738;REFB=0,0;REVB=-0.0052012,0.0190452;RO=0;SAF=2,48;SAR=2,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.19274e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0478976,0.00172318;OID=.,.;OPOS=62284512,62284512;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:104:104:0:0:4,100:3,101:0.0288462,0.971154:2,52:2,48:0:0:1,53:2,48:0:0 chr6 62390916 . T C 479.98 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00218278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.677;QD=14.2215;RBI=0.0194641;REFB=-0.00648335;REVB=-0.0193413;RO=81;SAF=25;SAR=29;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328979;STB=0.518563;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0096006;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:81:54:54:0.4:29:25:40:41:29:25:40:41 chr6 62442604 . A G 508.76 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.012635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8324;QD=29.0717;RBI=0.0126541;REFB=0.00564576;REVB=-0.000694892;RO=24;SAF=28;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108286;STB=0.50588;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00397355;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:24:46:46:0.657143:18:28:15:9:18:28:15:9 chr6 62887099 . C T 432.73 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0356076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2943;QD=16.1769;RBI=0.0484328;REFB=-0.00762114;REVB=-0.0328304;RO=57;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137138;STB=0.567067;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00944159;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:57:59:48:48:0.448598:21:27:24:33:21:27:26:33 chr6 63921853 . A G 610.73 PASS AF=0.6;AO=53;DP=89;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0223316;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.545;QD=27.1436;RBI=0.0278841;REFB=-0.0077076;REVB=-0.016698;RO=35;SAF=25;SAR=28;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933629;STB=0.540659;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00420054;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:35:36:53:54:0.6:28:25:21:14:28:26:21:15 chr6 63921873 . A T 598.43 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00967203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.412;QD=25.7389;RBI=0.0103898;REFB=-0.00491856;REVB=-0.00379481;RO=39;SAF=30;SAR=24;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266501;STB=0.514558;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00400479;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:24:30:23:16:24:30:23:16 chr6 63921924 . A G 455.36 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.000157685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.263;QD=23.056;RBI=0.00920197;REFB=-0.00862482;REVB=0.00920061;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254836;STB=0.518979;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00791361;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:35:43:44:0.556962:21:22:19:16:22:22:19:16 chr6 63922023 . C T 457.73 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0111887;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.25;QD=25.7876;RBI=0.0133479;REFB=0.0093533;REVB=0.00727872;RO=27;SAF=14;SAR=29;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247727;STB=0.629518;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0043661;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:27:28:43:43:0.605634:29:14:18:9:29:14:18:10 chr6 63922916 . T C 82.27 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1468;QD=19.3585;RBI=0.0408258;REFB=-0.0555828;REVB=0.0408258;RO=7;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.036005;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:9:0:0:7:10:0:0:7 chr6 64694354 . C T 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00831035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.48;QD=16.7536;RBI=0.0188233;REFB=-0.0127104;REVB=0.0168895;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263574;STB=0.649225;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0110527;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:17:11:16:8:17:11 chr6 65149185 . T A 1280.97 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118732;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8568;QD=60.281;RBI=0.0153852;REFB=0.10201;REVB=-0.00978424;RO=1;SAF=23;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201434;STB=0.510636;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00129876;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:60:23:1:0:61:23:1:0 chr6 65300143 . G C 442.1 PASS AF=0.617647;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00977537;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3035;QD=26.006;RBI=0.0713897;REFB=-0.00886092;REVB=0.0707173;RO=26;SAF=20;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460227;STB=0.529398;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0133067;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:26:26:41:42:0.617647:21:20:11:15:21:21:11:15 chr6 65301167 . C T 256.99 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.00554169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2288;QD=11.8156;RBI=0.0561957;REFB=-0.0127646;REVB=0.0559218;RO=55;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196806;STB=0.6034;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0250206;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:56:31:31:0.356322:18:13:14:41:18:13:15:41 chr6 65301211 . T C 253.0 PASS AF=0.340659;AO=30;DP=90;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=-0.00585211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.037;QD=11.121;RBI=0.0138811;REFB=0.00183748;REVB=0.0125872;RO=60;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48025e-08;STB=0.507348;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00304902;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:60:30:31:0.340659:22:8:16:44:23:8:16:44 chr6 65301217 . G A 252.96 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=-0.0168296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.213;QD=10.9981;RBI=0.0172114;REFB=-0.00263632;REVB=-0.00360524;RO=60;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247968;STB=0.503647;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00668215;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:61:30:31:0.336957:22:8:15:45:23:8:16:45 chr6 65301408 . A G 569.19 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0181625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.816;QD=22.7677;RBI=0.0286555;REFB=-0.0374537;REVB=-0.0221644;RO=46;SAF=29;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766325;STB=0.537226;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0233724;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:47:53:53:0.53:24:29:21:25:24:29:22:25 chr6 65301504 . A G 1843.97 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.52;QD=60.4581;RBI=0.0346463;REFB=-0.140348;REVB=0.0291053;RO=1;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736466;STB=0.503816;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000154331;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:120:121:0.991803:64:56:0:1:65:56:0:1 chr6 65301679 . T C 167.97 PASS AF=0.38;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0283566;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6498;QD=13.4374;RBI=0.0303683;REFB=-0.0245111;REVB=-0.0108691;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261106;STB=0.649844;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0345231;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:29:31:19:19:0.38:7:12:11:18:7:12:12:19 chr6 65301734 . G A 293.66 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00844721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0645;QD=15.0595;RBI=0.0101446;REFB=-0.00904428;REVB=0.00561758;RO=45;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139824;STB=0.5789;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0116386;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:16:17:17:28:16:17:17:28 chr6 65301787 . G C 249.95 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0125061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8917;QD=12.0456;RBI=0.0328767;REFB=0.0159079;REVB=0.0304052;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436;STB=0.502511;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0247842;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:18:12:21:32:18:12:21:32 chr6 65301824 . T C 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0144629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.553;QD=8.89827;RBI=0.0171535;REFB=0.00216132;REVB=-0.00922315;RO=48;SAF=4;SAR=17;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273475;STB=0.665304;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00595821;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:17:4:18:30:17:4:18:30 chr6 65301854 . G A 150.36 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0110282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.902;QD=12.2743;RBI=0.0189881;REFB=0.000335383;REVB=0.0154572;RO=32;SAF=2;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378731;STB=0.730007;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000683352;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:15:2:11:21:15:2:11:21 chr6 65303100 . T C 328.58 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=43;FWDB=-0.00409578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4835;QD=15.4624;RBI=0.0347765;REFB=-0.031328;REVB=0.0345344;RO=49;SAF=9;SAR=27;SRF=6;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195576;STB=0.608644;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0410073;OID=.;OPOS=65303100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:27:9:6:43:27:9:6:43 chr6 65622463 . A G 257.61 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0211321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0265;QD=18.4008;RBI=0.0225773;REFB=-0.0439998;REVB=0.00794785;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146505;STB=0.581341;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0430552;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:6:22:18:10:6:22 chr6 66005794 . C A 384.99 PASS AF=0.418367;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00446883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.0714;QD=15.7139;RBI=0.00956347;REFB=0.00344252;REVB=0.00845515;RO=57;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612727;STB=0.54075;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00354877;OID=.;OPOS=66005794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:40:41:0.418367:18:22:28:29:18:23:28:29 chr6 66005888 . C T 1770.67 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742678;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.8;QD=61.0576;RBI=0.0147073;REFB=0;REVB=-0.0126944;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73322e-05;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:55:61:0:0:55:61:0:0 chr6 66005970 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.288;QD=57.2372;RBI=0.0233232;REFB=0;REVB=-0.00810391;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11892e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr6 66063513 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.672;QD=54.5177;RBI=0.00744128;REFB=0;REVB=-0.0054352;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42796e-06;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr6 66112409 . A G 365.47 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0445858;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.391;QD=17.8276;RBI=0.0446504;REFB=-0.037037;REVB=-0.00239967;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447761;STB=0.524377;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0367071;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:44:38:38:0.463415:19:19:23:19:19:19:24:20 chr6 66204945 . G A 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00538819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.915;QD=12.3252;RBI=0.00541019;REFB=0.00347929;REVB=0.000487455;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300567;STB=0.684514;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00625335;OID=.;OPOS=66204945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:10:1:4:13:10:1:4:13 chr6 69666684 . A G 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.885;QD=56.9355;RBI=0.0514307;REFB=0;REVB=-0.013519;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485154;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:39:14:0:0:39:14:0:0 chr6 70071173 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.817;QD=63.5817;RBI=0.0287408;REFB=0;REVB=0.0281489;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160958;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr6 70407465 . A T 568.44 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0297933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.876;QD=24.9865;RBI=0.0310953;REFB=-0.0166128;REVB=0.00890365;RO=37;SAF=34;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133948;STB=0.5641;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0147793;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:39:52:52:0.571429:18:34:18:19:18:34:20:19 chr6 70733547 . C G 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00810529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.035;QD=19.4068;RBI=0.00810858;REFB=-0.0175561;REVB=-0.000230823;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566803;STB=0.531609;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0183158;OID=.;OPOS=70733547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:12:16:19:11:12:16 chr6 70778378 . GC CT 155.55 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.000587151;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=86.2471;QD=15.5554;RBI=0.0270739;REFB=-0.0228608;REVB=0.0270676;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145928;STB=0.519976;STBP=0.868;TYPE=mnp;VARB=0.0245677;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:12:4:6:17:13:4:6:17 chr6 70812123 . A G 143.88 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0217315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.782;QD=9.92282;RBI=0.0264037;REFB=-0.00302118;REVB=0.0149966;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439647;STB=0.529719;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00427717;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:39:19:19:0.327586:12:7:15:22:12:7:16:23 chr6 70890224 . G A 403.2 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00728321;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.386;QD=14.7964;RBI=0.0137136;REFB=-0.00233287;REVB=-0.0116198;RO=61;SAF=17;SAR=29;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605257;STB=0.526371;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00384958;OID=.;OPOS=70890224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:61:63:46:46:0.422018:29:17:26:35:29:17:26:37 chr6 70916888 . A C 334.53 PASS AF=0.586207;AO=32;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00901861;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.908;QD=23.0708;RBI=0.0126914;REFB=-0.0160095;REVB=-0.00892953;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116689;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:24:32:34:0.586207:16:16:12:12:17:17:12:12 chr6 70917559 . A AT,T 448.76 PASS AF=1,0;AO=26,3;DP=34;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622409,0.00636066;FXX=0.0605877;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=56.0562,212.757;QD=57.9038;RBI=0.0630036,0.00946574;REFB=0,0;REVB=-0.00977363,0.00701014;RO=4;SAF=8,1;SAR=18,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121098,-0.348651;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000372891,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:31:4:0:26,3:31,0:1,0:18,2:8,1:3:1:20,0:11,0:0:0 chr6 70944257 . T C 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00592532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.425;QD=26.6163;RBI=0.0198597;REFB=-0.0130895;REVB=0.0189552;RO=21;SAF=9;SAR=20;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202076;STB=0.511174;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00772591;OID=.;OPOS=70944257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:20:9:7:14:20:9:7:14 chr6 70961833 . T C 320.53 PASS AF=0.636364;AO=26;DP=42;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00347342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.946;QD=29.1389;RBI=0.0161605;REFB=-0.00763322;REVB=0.0157828;RO=16;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125414;STB=0.579153;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0044521;OID=.;OPOS=70961833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:16:16:26:28:0.636364:11:15:12:4:13:15:12:4 chr6 70963072 . T C 250.22 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00454722;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8694;QD=13.7105;RBI=0.0131667;REFB=-0.0192001;REVB=0.0123566;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890256;STB=0.538878;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0208034;OID=.;OPOS=70963072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:40:44:29:29:0.39726:12:17:20:20:12:17:23:21 chr6 70963156 . T G 386.98 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00373629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2433;QD=18.8772;RBI=0.057415;REFB=-0.0211815;REVB=0.0572933;RO=42;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131724;STB=0.573135;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0277619;OID=.;OPOS=70963156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:20:20:15:27:20:20:15:27 chr6 70964675 . A G 231.07 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0297286;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.109;QD=22.0066;RBI=0.0326927;REFB=-0.0104771;REVB=0.0136023;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133915;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.011523;OID=.;OPOS=70964675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:20:20:20:22:0.52381:8:12:9:11:10:12:9:11 chr6 70972931 . TTA T 33.89 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=18;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.112841;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=16.1173;QD=9.03815;RBI=0.217012;REFB=-0.0386265;REVB=0.185368;RO=11;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145094;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.11305;OID=.;OPOS=70972932;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:4:18:7:15:8:4:3:5:3:33:11:3:1:7:4 chr6 70981794 . A G 202.98 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00612561;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.147;QD=14.4984;RBI=0.0150992;REFB=-0.0111539;REVB=-0.0138008;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193902;STB=0.611014;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0231577;OID=.;OPOS=70981794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:15:17:17:7:15:17 chr6 71012575 . T C 244.5 PASS AF=0.384615;AO=26;DP=74;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0200378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.913;QD=12.5386;RBI=0.0244603;REFB=-0.0200213;REVB=-0.0140282;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078145;STB=0.58757;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0322367;OID=.;OPOS=71012575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:47:48:26:30:0.384615:12:14:22:25:12:18:22:26 chr6 71238105 . A G 616.39 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447297;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.86;QD=61.6388;RBI=0.0462777;REFB=0;REVB=-0.011869;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125903;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr6 71569090 . T C 1016.88 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132029;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.001;QD=59.8164;RBI=0.00889715;REFB=0;REVB=0.00879865;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208136;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr6 71570464 . AT TA 303.41 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00307373;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=2;MLLD=35.8999;QD=22.0659;RBI=0.104505;REFB=-0.0479986;REVB=0.10446;RO=22;SAF=1;SAR=30;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.775409;STB=0.935509;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0356344;OID=.;OPOS=71570464;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:24:31:31:0.563636:30:1:17:5:30:1:17:7 chr6 72889472 . A G 1099.06 PASS AF=0.916667;AO=74;DP=81;FAO=77;FDP=84;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.053;QD=52.3361;RBI=0.0260598;REFB=-0.0297038;REVB=0.00624709;RO=7;SAF=50;SAR=24;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095382;STB=0.550922;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00707154;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:81:84:7:7:74:77:0.916667:24:50:1:6:24:53:1:6 chr6 72892257 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0895807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.322;QD=44.6888;RBI=0.0902504;REFB=0;REVB=0.0109739;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000807023;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr6 73752821 . T C 566.22 PASS AF=0.465409;AO=57;DP=160;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00975914;FXX=0.0124216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.248;QD=14.2446;RBI=0.0143761;REFB=-0.0265372;REVB=0.0105561;RO=79;SAF=33;SAR=24;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140631;STB=0.505767;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0317062;OID=.;OPOS=73752821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:79:85:57:74:0.465409:24:33:35:44:41:33:37:48 chr6 74073531 . C G 244.4 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0388862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.542;QD=23.8443;RBI=0.0468639;REFB=-0.0543039;REVB=0.0261551;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209337;STB=0.571369;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0261986;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:18:22:23:0.560976:12:10:3:13:13:10:5:13 chr6 74079024 . A G 289.06 PASS AF=0.35;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00449541;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.384;QD=11.5624;RBI=0.0161916;REFB=-0.00593072;REVB=0.015555;RO=65;SAF=13;SAR=22;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105149;STB=0.560723;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0147281;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:65:65:35:35:0.35:22:13:30:35:22:13:30:35 chr6 74079041 . A C 1503.77 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0139582;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6234;QD=60.7582;RBI=0.0848954;REFB=0.0279418;REVB=0.08374;RO=1;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870172;STB=0.501378;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00235037;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:96:97:0.979798:54:42:0:1:55:42:1:1 chr6 74125875 . A G 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00210534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.246;QD=22.9061;RBI=0.0129494;REFB=-0.0449215;REVB=0.0127771;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425242;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0305124;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:9:8:11:10:9:8 chr6 74125888 . A G 100.33 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0255579;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.593;QD=13.3766;RBI=0.0262481;REFB=-0.0013115;REVB=-0.0059797;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581603;STB=0.845443;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00448794;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:18:12:12:0.4:11:1:9:8:11:1:9:9 chr6 74135016 . C T 37.29 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0717105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9805;QD=8.77497;RBI=0.0731759;REFB=-0.0234699;REVB=0.014571;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0477336;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:5:6:4:2:5:6 chr6 74161503 . A G 191.46 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.056;QD=47.8651;RBI=0.0661581;REFB=0;REVB=0.0411258;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272774;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr6 74161801 . G T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3858;QD=45.8038;RBI=0.0443322;REFB=0;REVB=0.0255343;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014324;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 74331619 . C T 236.29 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00527596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.008;QD=20.5473;RBI=0.00558602;REFB=-0.0287027;REVB=0.00183516;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238718;STB=0.629102;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0133054;OID=.;OPOS=74331619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:22:23:0.5:13:9:15:7:14:9:15:8 chr6 74354175 . C T 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00081454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2489;QD=21.8375;RBI=0.0100316;REFB=-0.00242326;REVB=-0.00999852;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126394;STB=0.570676;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00476682;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:9:15:12:13:9:15 chr6 74466377 . C T 714.8 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185821;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.094;QD=63.5377;RBI=0.0338763;REFB=0;REVB=0.0283251;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424162;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:22:23:0:0 chr6 74493432 . A C 626.99 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00336333;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.281;QD=21.8084;RBI=0.00647854;REFB=-0.00792167;REVB=-0.00553711;RO=52;SAF=42;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173927;STB=0.600682;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0047908;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:52:53:62:62:0.53913:20:42:25:27:20:42:25:28 chr6 74497009 . A G 268.68 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0217087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7776;QD=22.3898;RBI=0.0567383;REFB=0.0048274;REVB=0.052421;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196709;STB=0.600601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0105223;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:16:9:13:9:16:9:13:10 chr6 74497152 . G A 152.72 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.000707867;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.872;QD=23.495;RBI=0.00349319;REFB=-0.00147962;REVB=0.00342072;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465572;STB=0.526279;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00866246;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:27:26:10:10:14:14:0.538462:9:5:3:7:9:5:3:7 chr6 74533192 . T G 556.73 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0044;QD=60.187;RBI=0.0203582;REFB=0;REVB=0.00719985;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106198;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:13:22:0:0:15:22:0:0 chr6 75797302 . C T 1254.58 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=91;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0109031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8168;QD=55.1462;RBI=0.0590457;REFB=-0.0715016;REVB=0.0580303;RO=5;SAF=51;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0108665;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:91:91:5:6:85:85:0.934066:34:51:3:2:34:51:4:2 chr6 75841722 . A T 1602.16 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.237;QD=59.894;RBI=0.030485;REFB=0;REVB=0.0250091;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9982e-06;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:47:59:0:0:47:60:0:0 chr6 75848261 . G A 321.36 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00700414;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2689;QD=12.9842;RBI=0.00706567;REFB=0.00894073;REVB=-0.000930423;RO=60;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0087453;OID=.;OPOS=75848261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:60:63:36:36:0.363636:20:16:26:34:20:16:28:35 chr6 75904564 . G A 374.4 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0246349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.098;QD=15.6001;RBI=0.0246712;REFB=-0.00438336;REVB=-0.00133756;RO=55;SAF=11;SAR=29;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147855;STB=0.591079;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00597697;OID=.;OPOS=75904564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:56:40:40:0.416667:29:11:22:33:29:11:23:33 chr6 76138146 . C CAG 282.63 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0194355;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.899;QD=12.2883;RBI=0.019492;REFB=-0.0189527;REVB=0.00148304;RO=59;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567817;STB=0.53269;STBP=0.634;TYPE=ins;VARB=0.0331491;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358696:33:93:33:92:59:14:19:28:31:99:59:14:19:28:31 chr6 76312315 . C T 222.32 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0251175;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.256;QD=17.4369;RBI=0.0252493;REFB=-0.0233125;REVB=0.00257675;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384939;STB=0.529387;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0343738;OID=.;OPOS=76312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:27:23:24:0.470588:11:12:12:13:12:12:12:15 chr6 76369054 . A G 406.44 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.0173969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.362;QD=17.4813;RBI=0.0217797;REFB=-0.0108366;REVB=0.0131035;RO=51;SAF=15;SAR=27;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384384;STB=0.713562;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0156518;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:27:15:39:12:27:15:39:12 chr6 76425594 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.056;QD=56.7066;RBI=0.0503878;REFB=0;REVB=0.0326106;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154587;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr6 76625079 . T C 482.04 PASS AF=0.5;AO=46;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0104187;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.114;QD=20.5124;RBI=0.0121357;REFB=0.00247021;REVB=-0.00622302;RO=47;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720585;STB=0.544071;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00231128;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:47:46:47:0.5:28:18:22:25:29:18:22:25 chr6 76631823 . C T 162.5 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=6.11462e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.64;QD=14.7724;RBI=0.0117964;REFB=-0.0160387;REVB=0.0117962;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296317;STB=0.636223;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0232244;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:17:18:0.409091:8:9:6:19:9:9:7:19 chr6 79595167 . A ACTTAT 183.7 PASS AF=0.692308;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0129096;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=211.82;QD=28.261;RBI=0.0129169;REFB=-0.0430037;REVB=0.000435118;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045353;STB=0.521715;STBP=0.77;TYPE=ins;VARB=0.0150855;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:16:27:18:26:8:10:8:5:3:54:9:9:7:5:4 chr6 79612800 . G A 689.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.006;QD=62.661;RBI=0.0425173;REFB=0;REVB=-0.00397294;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105666;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr6 79657391 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.679;QD=64.4131;RBI=0.00799093;REFB=0;REVB=-0.00789587;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36142e-05;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:15:34:0:0:16:34:0:0 chr6 79664552 . C T 297.19 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00212563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.312;QD=18.2885;RBI=0.0258415;REFB=0.00586621;REVB=-0.025754;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201482;STB=0.605902;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.003935;OID=.;OPOS=79664552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:11:21:14:18:11:21:15:18 chr6 79679577 . A G,T 786.13 PASS AF=0.94,0.06;AO=46,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28,3;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440192,0.0338838;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.073,144.13;QD=62.8905;RBI=0.0452173,0.0345134;REFB=0,0;REVB=0.0103399,0.00656245;RO=0;SAF=27,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00358612,0.0655806;OID=.,.;OPOS=79679577,79679577;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:50:50:0:0:46,3:47,3:0.94,0.06:19,0:27,3:0:0:19,0:28,3:0:0 chr6 79708000 . A C 1047.0 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00232122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1985;QD=58.1668;RBI=0.00392687;REFB=-0.0306145;REVB=0.00316737;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129547;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00253594;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:35:36:1:0:35:36:1:0 chr6 79918306 . TGGG TGG,TGGA 637.8 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=7,34;DP=43;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578636,0.169423;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.0521,31.933;QD=59.3303;RBI=0.0670261,0.170292;REFB=0,0;REVB=-0.0338276,-0.0171749;RO=0;SAF=6,19;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.124354,0.00476819;OID=.,.;OPOS=79918307,79918309;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGG,TGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:7,34:43:1,42:43:0:0,26:1,16:0:0:4:0:6,19:1,15:0:0 chr6 80196498 . T C 212.13 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0107163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1241;QD=16.3175;RBI=0.0121486;REFB=-0.0275954;REVB=0.00572266;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234609;STB=0.510196;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0337363;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:23:24:0.461538:8:15:17:10:9:15:17:11 chr6 80228541 . A G 2543.73 PASS AF=0.976744;AO=168;DP=172;FAO=168;FDP=172;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0232684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.294;QD=59.1566;RBI=0.0335076;REFB=-0.103588;REVB=0.024111;RO=2;SAF=71;SAR=97;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971097;STB=0.501842;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00116058;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:172:172:2:4:168:168:0.976744:97:71:0:2:97:71:2:2 chr6 80341234 . TG GT,T 120.12 PASS AF=0.0454545,0.727273;AO=2,13;DP=22;FAO=1,16;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=1,6;FSAR=0,10;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.203088,-0.275923;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=12.15,13.2045;QD=21.8394;RBI=0.205945,0.280831;REFB=-0.0786528,-0.0460875;REVB=-0.034184,-0.0522721;RO=5;SAF=1,4;SAR=1,9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.306614,0.0646167;STB=0.993343,0.545399;STBP=0.256,0.545;TYPE=mnp,del;VARB=0.114558,0.0215958;OID=.,.;OPOS=80341234,80341235;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:22:22:5:5:2,13:1,16:0.0454545,0.727273:1,9:1,4:1:4:0,10:1,6:1:4 chr6 80580038 . T G 1060.83 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.243;QD=59.7651;RBI=0.0576015;REFB=0;REVB=0.0178113;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302782;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr6 80715838 . T G 1385.49 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.167;QD=62.2691;RBI=0.0460515;REFB=0;REVB=0.0380919;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95588e-05;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:1:0:88:89:1:40:48:0:1:41:48:0:0 chr6 80837253 . G T 402.75 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.1553;QD=55.5516;RBI=0.197778;REFB=0;REVB=0.13541;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0059401;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:29:0:0:23:29:1:10:13:0:0:14:15:0:0 chr6 82900811 . G A 191.43 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0119698;FXX=0.0289813;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.885;QD=11.4283;RBI=0.01623;REFB=0.00396923;REVB=-0.0109607;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104923;STB=0.561352;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00997797;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:43:24:24:0.358209:10:14:20:21:10:14:21:22 chr6 82933309 . C T 233.78 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00371001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.405;QD=25.2733;RBI=0.0332667;REFB=-0.0125103;REVB=0.0330592;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103053;STB=0.577707;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00472262;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:14:15:21:22:0.594595:12:9:8:6:13:9:9:6 chr6 83075914 . G A 163.35 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.011198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.646;QD=13.3347;RBI=0.0194523;REFB=-0.00417962;REVB=-0.0159059;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418019;STB=0.727037;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0333822;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:31:18:18:0.367347:12:6:21:7:12:6:22:9 chr6 83078381 . C T 203.56 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0969879;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.2556;QD=14.2848;RBI=0.0987358;REFB=-0.0288143;REVB=0.0184966;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972469;STB=0.599916;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0545077;OID=.;OPOS=83078381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:29:32:24:25:0.438596:17:7:11:18:18:7:14:18 chr6 83080386 . C CTTTG 108.57 PASS AF=0.226667;AO=15;DP=76;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00251325;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=4;MLLD=222.181;QD=5.79058;RBI=0.00270997;REFB=-0.000150074;REVB=-0.00101365;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14935;STB=0.620016;STBP=0.276;TYPE=ins;VARB=0.000473942;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226667:15:76:17:75:58:7:10:33:25:99:51:7:8:30:21 chr6 83667045 . C T 179.64 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0137665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4832;QD=15.6205;RBI=0.0227395;REFB=0.00219718;REVB=-0.0180989;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176901;STB=0.510193;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00408779;OID=.;OPOS=83667045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:4:15:21:6:4:15:21:6 chr6 83838673 . G A 313.69 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00326929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.791;QD=17.4273;RBI=0.017441;REFB=0.00204045;REVB=0.0171318;RO=37;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135236;STB=0.570879;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00252094;OID=.;OPOS=83838673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:33:34:0.472222:23:10:16:21:23:11:17:21 chr6 83880167 . C T 332.98 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.012727;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7441;QD=16.0472;RBI=0.0138801;REFB=-0.0157015;REVB=-0.00553893;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322392;STB=0.513312;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0116601;OID=.;OPOS=83880167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:47:36:36:0.433735:23:13:18:28:23:13:18:29 chr6 83881740 . T C 207.28 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0182001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6286;QD=17.6405;RBI=0.089805;REFB=-0.04544;REVB=-0.0879414;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180095;STB=0.586121;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0531076;OID=.;OPOS=83881740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:26:21:21:0.446809:15:6:11:13:15:6:11:15 chr6 83949261 . T C 1485.13 PASS AF=0.99;AO=84;DP=107;FAO=99;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103563;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.038;QD=59.4051;RBI=0.105119;REFB=0;REVB=0.0180191;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45966e-05;OID=.;OPOS=83949261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:107:100:0:0:84:99:0.99:54:30:0:0:51:48:0:0 chr6 84303342 . T C 243.91 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0095587;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.744;QD=14.7821;RBI=0.0160478;REFB=-0.0160541;REVB=-0.0128905;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238414;STB=0.519986;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0198124;OID=.;OPOS=84303342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:37:38:28:28:0.424242:16:12:15:22:16:12:15:23 chr6 84563410 . G A 602.65 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=49;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0293506;FXX=0.0719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6757;QD=18.687;RBI=0.0314661;REFB=-0.0357511;REVB=0.0113427;RO=61;SAF=12;SAR=49;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879467;STB=0.593694;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0666549;OID=.;OPOS=84563410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:129:61:68:61:61:0.472868:49:12:16:45:49:12:22:46 chr6 85473758 . C T 161.52 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00407717;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.001;QD=19.0019;RBI=0.0140877;REFB=-0.0257385;REVB=0.0134848;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.587528;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0250976;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:9:8:10:5:9:8:11:6 chr6 86199233 . A G 1332.34 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.319;QD=59.8803;RBI=0.0431757;REFB=-0.0537352;REVB=0.0411978;RO=2;SAF=41;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134211;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:2:0:86:89:1:45:41:2:0:45:44:0:0 chr6 86205321 . A AG,G 226.22 PASS AF=1,0;AO=9,3;DP=61;FAO=33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257579,0.00266548;FXX=0.449925;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=13.1954,7.74495;QD=27.421;RBI=0.101391,0.0043372;REFB=0,0;REVB=0.0980644,0.00342148;RO=49;SAF=0,0;SAR=9,3;SRF=29;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.723605,-0.51748;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00704409,0;OID=.,.;OPOS=86205322,86205321;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:33:49:0:9,3:33,0:1,0:9,3:0,0:29:20:31,0:2,0:0:0 chr6 86205323 . T G 534.19 PASS AF=0.786885;AO=47;DP=60;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0124431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.605;QD=35.0289;RBI=0.0171542;REFB=-0.118087;REVB=0.0118084;RO=13;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198769;STB=0.607002;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00657773;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:60:61:13:13:47:48:0.786885:20:27:1:12:20:28:1:12 chr6 86445651 . A G 274.09 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0788029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0865;QD=17.6831;RBI=0.078935;REFB=0.00628207;REVB=-0.00456504;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566773;STB=0.530885;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0123603;OID=.;OPOS=86445651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:29:30:0.483871:12:17:20:11:13:17:20:12 chr6 87796233 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.644;QD=48.7356;RBI=0.0598875;REFB=0;REVB=0.0564216;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010075;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr6 87928345 . G C 283.41 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0310581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.365;QD=15.7448;RBI=0.0370298;REFB=-0.010007;REVB=-0.0201642;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185536;STB=0.598529;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00682171;OID=.;OPOS=87928345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:31:32:0.444444:20:11:21:18:20:12:22:18 chr6 87965528 . T C 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0112798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.196;QD=18.7953;RBI=0.0125041;REFB=-0.00144208;REVB=-0.0053961;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13982;STB=0.578881;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0015998;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:18:9:11:12:18:9 chr6 87967636 . A G 271.67 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00906919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.653;QD=20.8975;RBI=0.0727196;REFB=-0.0256671;REVB=0.0721518;RO=24;SAF=21;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166082;STB=0.592952;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0142269;OID=.;OPOS=87967636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:7:21:14:10:7:21:14:10 chr6 87968565 . A G 491.75 PASS AF=0.945946;AO=31;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0637275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.843;QD=53.1625;RBI=0.0643828;REFB=0.00356524;REVB=0.00916306;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522714;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000471029;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:0:2:31:35:0.945946:21:10:0:0:21:14:0:2 chr6 87969737 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.795;QD=48.7373;RBI=0.0136094;REFB=0;REVB=-0.0105832;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55698e-06;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr6 87970301 . C G 156.44 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.079;QD=44.6965;RBI=0.0683291;REFB=0;REVB=0.0338428;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253115;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:11:2:0:0:11:3:0:0 chr6 87970659 . A G 208.38 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0319377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.244;QD=18.1203;RBI=0.0356013;REFB=0.00111848;REVB=0.0157301;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280921;STB=0.659082;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0024708;OID=.;OPOS=87970659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:8:17:8:13:8:17 chr6 87994015 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8097;QD=52.6115;RBI=0.115155;REFB=0;REVB=0.113567;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269331;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr6 87994572 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4352;QD=52.6098;RBI=0.0334099;REFB=0;REVB=0.0039349;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960775;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 88046800 . G A 355.99 PASS AF=0.39;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00476629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.784;QD=14.2397;RBI=0.00866389;REFB=-0.00903202;REVB=0.00723501;RO=56;SAF=27;SAR=12;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247716;STB=0.638636;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0129566;OID=.;OPOS=88046800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:56:61:39:39:0.39:12:27:26:30:12:27:29:32 chr6 88108048 . AGAT A 56.82 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0270644;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.211;QD=11.9616;RBI=0.0311174;REFB=-0.0190303;REVB=-0.0153562;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=del;VARB=0.0255424;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:19:8:19:11:3:5:5:6:56:10:3:5:4:6 chr6 88125542 . G A 176.95 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0644554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.176;QD=21.4486;RBI=0.0653202;REFB=-0.0489358;REVB=0.0105939;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106973;STB=0.559936;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0437432;OID=.;OPOS=88125542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:4:11:11:7:4:11 chr6 88126423 . G C 59.84 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0154693;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.696;QD=14.0809;RBI=0.0203643;REFB=0.0143969;REVB=0.0132442;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200579;STB=0.620366;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0194603;OID=.;OPOS=88126423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:4:5:6:2:4:5 chr6 88182704 . G C 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00982777;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.265;QD=40.6387;RBI=0.00982846;REFB=0.0180695;REVB=-0.000116171;RO=1;SAF=12;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364168;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.000833963;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:2:12:1:0:2:12:1:0 chr6 88221892 . T G 741.26 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0186559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.318;QD=50.2546;RBI=0.0243383;REFB=-0.228388;REVB=0.0156305;RO=2;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687472;STB=0.510634;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00220194;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:59:59:2:4:55:55:0.932203:33:22:1:1:33:22:1:3 chr6 88239266 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00273997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.344;QD=14.2621;RBI=0.0180247;REFB=-0.000719576;REVB=-0.0178152;RO=24;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322766;STB=0.688939;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00116528;OID=.;OPOS=88239266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:4:12:11:13:4:12:11:13 chr6 88304048 . G A 126.61 PASS AF=0.32;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0181175;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.986;QD=10.1286;RBI=0.0181385;REFB=-0.00839239;REVB=0.000874508;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139936;STB=0.581988;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0197438;OID=.;OPOS=88304048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:50:32:34:16:16:0.32:9:7:18:14:9:7:19:15 chr6 88315741 . TA T 945.73 PASS AF=1;AO=88;DP=113;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751665;FXX=0.0530926;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7627;QD=35.3543;RBI=0.0885317;REFB=0;REVB=0.0467747;RO=10;SAF=26;SAR=62;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00310572;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:113:107:107:0:40:67:0:0:17:10:26:62:8:2 chr6 88366708 . C T 769.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5302;QD=56.9911;RBI=0.0384823;REFB=0;REVB=0.0367997;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321376;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr6 88385019 . T C 227.16 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0021824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.968;QD=21.1308;RBI=0.00779715;REFB=-0.0096118;REVB=-0.00748549;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620553;STB=0.534852;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00957742;OID=.;OPOS=88385019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:9:12:11:11:9:12 chr6 89675481 . CT C 37.62 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.123576;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.25218;QD=3.34386;RBI=0.141743;REFB=-0.0382217;REVB=0.0694265;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=0.493685;STB=0.744746;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.0501224;OID=.;OPOS=89675482;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:45:15:45:30:12:3:14:16:37:26:10:2:11:15 chr6 89890062 . G A 309.88 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00598672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.211;QD=21.371;RBI=0.0101764;REFB=-0.0136735;REVB=0.00822916;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140741;STB=0.50779;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00842902;OID=.;OPOS=89890062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:13:19:15:11:13:19:15:11 chr6 89907873 . G A 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.243;QD=62.1604;RBI=0.0126759;REFB=0;REVB=-0.00204502;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48081e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr6 89913209 . C T 958.43 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436595;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.216;QD=58.9804;RBI=0.0175768;REFB=0;REVB=0.0170259;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3148e-05;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr6 89913218 . T A 748.67 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0234105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0379;QD=48.3013;RBI=0.029022;REFB=-0.0206839;REVB=0.017153;RO=4;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319261;STB=0.524878;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00611436;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:4:5:57:57:0.919355:28:29:1:3:28:29:1:4 chr6 89926962 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0437;QD=57.176;RBI=0.0500273;REFB=0;REVB=-0.0241476;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000884939;OID=.;OPOS=89926962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr6 89967498 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00747334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.588;QD=21.5109;RBI=0.0242674;REFB=-0.00668575;REVB=0.023088;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196107;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00752144;OID=.;OPOS=89967498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:11:10:9:9:11:10:10:9 chr6 89981413 . T C 885.38 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000418704;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.117;QD=58.0578;RBI=0.00561489;REFB=0;REVB=-0.00559926;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7036e-05;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr6 90039670 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.25;QD=59.435;RBI=0.0355468;REFB=0;REVB=0.0269103;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190164;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr6 90315789 . A G 585.99 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379902;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.955;QD=58.599;RBI=0.0548146;REFB=0.0315165;REVB=-0.0395143;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000633433;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr6 90326360 . C T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0199381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.483;QD=16.5618;RBI=0.0201969;REFB=-0.0141171;REVB=-0.00322309;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16427;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0114841;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:13:18:11:16:13:18 chr6 90327873 . G A 919.3 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0241;QD=58.3682;RBI=0.057357;REFB=0;REVB=0.056302;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481195;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr6 90333599 . A G 690.6 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536891;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.819;QD=56.3752;RBI=0.0199603;REFB=0;REVB=0.0192247;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171392;OID=.;OPOS=90333599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:35:13:0:0:36:13:0:0 chr6 90340276 . G A 769.54 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112347;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.679;QD=64.128;RBI=0.0194241;REFB=0;REVB=0.0193916;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37412e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr6 90362783 . A C,T 1236.51 PASS AF=0.940476,0.0595238;AO=74,5;DP=79;FAO=79,5;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43,4;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188334,-0.001134;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.444,175.237;QD=58.8816;RBI=0.0333,0.0277497;REFB=0,0;REVB=0.0332467,0.0277266;RO=0;SAF=40,4;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0017833,0.0287431;OID=.,.;OPOS=90362783,90362783;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:79:84:0:0:74,5:79,5:0.940476,0.0595238:34,1:40,4:0:0:36,1:43,4:0:0 chr6 90371202 . G A 1228.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03779;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1264;QD=61.4067;RBI=0.0408014;REFB=0;REVB=-0.015384;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267325;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr6 90383870 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00975556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.863;QD=13.6609;RBI=0.0567631;REFB=0.0135022;REVB=-0.0559185;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786832;STB=0.515396;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0141016;OID=.;OPOS=90383870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:5:9:13:7:5:9:13:8 chr6 90388368 . A AT 39.91 PASS AF=0.219512;AO=17;DP=84;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=53;FWDB=-0.140158;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.2519;QD=1.94677;RBI=0.140193;REFB=-0.00613327;REVB=-0.00310828;RO=64;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297799;STB=0.783833;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=-0.0513325;OID=.;OPOS=90388369;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512:17:84:18:82:64:10:8:11:53:39:64:7:10:13:51 chr6 90390443 . C A 259.74 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.151206;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.043;QD=43.2894;RBI=0.152649;REFB=-0.186016;REVB=0.020939;RO=3;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131238;STB=0.545413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00881797;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:3:2:21:22:0.916667:12:9:3:0:12:10:2:0 chr6 90402482 . G A 854.29 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.847;QD=56.0189;RBI=0.0613422;REFB=-0.0831306;REVB=0.0578211;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000440823;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:0:1:31:29:0:1 chr6 90402840 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.121;QD=48.737;RBI=0.0157837;REFB=0;REVB=-0.0106146;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05429e-05;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr6 90418262 . C T 1633.73 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00990153;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.746;QD=58.3477;RBI=0.031028;REFB=0.00546099;REVB=0.0294057;RO=1;SAF=65;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724815;STB=0.501678;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000112936;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:1:2:110:110:0.982143:45:65:1:0:45:65:1:1 chr6 90448092 . C T 895.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.739;QD=57.7665;RBI=0.0378334;REFB=0;REVB=0.0297481;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541142;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr6 90455084 . A G 677.85 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0730749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.537;QD=60.2536;RBI=0.0732327;REFB=-0.0379233;REVB=-0.00480441;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00133095;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:22:22:0:0:22:22:0:1 chr6 90459454 . G A 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.395;QD=60.604;RBI=0.0332678;REFB=0;REVB=0.0160856;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130856;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr6 90572298 . A G 191.61 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0093839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.087;QD=15.6413;RBI=0.0447138;REFB=-0.00887709;REVB=-0.043718;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371842;STB=0.712129;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0164915;OID=.;OPOS=90572298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:8:21:7:13:8:21 chr6 90577984 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0137469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.688;QD=20.8931;RBI=0.0137795;REFB=-0.0143554;REVB=-0.000947323;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066985;STB=0.538384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00853861;OID=.;OPOS=90577984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:3:3:4:6:3:3 chr6 90637504 . A C 141.38 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00386468;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.87;QD=12.8531;RBI=0.0192381;REFB=-0.00265033;REVB=0.018846;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175516;STB=0.603524;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00473434;OID=.;OPOS=90637504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:15:13:5:11:15:13 chr6 90638390 . G A 118.25 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.032983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4508;QD=12.7837;RBI=0.0587865;REFB=-0.00502359;REVB=-0.0486618;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468977;STB=0.77607;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00738652;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:3:11:8:15:3:11:8:15 chr6 90638553 . T G 492.55 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8115;QD=57.9472;RBI=0.0357229;REFB=0;REVB=0.0262414;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00616669;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:24:10:0:0 chr6 90639427 . C T 170.86 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00256284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5765;QD=10.5145;RBI=0.00525949;REFB=-0.0181116;REVB=-0.00459283;RO=42;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156763;STB=0.601569;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0448254;OID=.;OPOS=90639427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:22:23:0.353846:14:8:21:21:15:8:21:21 chr6 90660754 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.455;QD=12.0155;RBI=0.0568312;REFB=-0.0136037;REVB=-0.0202529;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00808431;OID=.;OPOS=90660754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr6 90711141 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0110922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.002;QD=9.8303;RBI=0.0268936;REFB=0.000927039;REVB=0.0244996;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264332;STB=0.661477;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.000698788;OID=.;OPOS=90711141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:12:14:9:3:12:14 chr6 93500273 . A G 357.29 PASS AF=0.5;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0181416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.702;QD=19.3131;RBI=0.149039;REFB=0.0319233;REVB=0.147931;RO=36;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899551;STB=0.544769;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0486238;OID=.;OPOS=93500273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:37:37:37:0.5:25:12:15:21:25:12:15:22 chr6 93956647 . A T 631.74 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.000734457;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.365;QD=19.1435;RBI=0.0145037;REFB=-0.0188331;REVB=-0.0144851;RO=68;SAF=36;SAR=28;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179996;STB=0.599407;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0243262;OID=.;OPOS=93956647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:68:68:64:64:0.484848:28:36:25:43:28:36:25:43 chr6 93967851 . C T 2200.73 PASS AF=1;AO=137;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598635;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5868;QD=62.4321;RBI=0.00850776;REFB=-0.0621486;REVB=0.0060453;RO=1;SAF=76;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456858;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:140:141:1:0:137:141:1:61:76:1:0:63:78:0:0 chr6 93973569 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0136718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.537;QD=13.85;RBI=0.0136888;REFB=-0.00223503;REVB=0.00068265;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200386;STB=0.633991;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00373774;OID=.;OPOS=93973569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:25:16:16:0.390244:8:8:7:16:8:8:7:18 chr6 93982124 . A G 1160.07 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048041;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.013;QD=61.0562;RBI=0.0497256;REFB=0;REVB=0.0128333;RO=0;SAF=24;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132153;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:52:24:0:0:52:24:0:0 chr6 94067981 . C T 1567.32 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00783866;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.291;QD=58.5913;RBI=0.0405028;REFB=-0.0398594;REVB=0.039737;RO=1;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747338;STB=0.503875;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000676397;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:107:1:1:104:106:0.990654:63:41:0:1:64:42:0:1 chr6 94120219 . G A 292.46 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.000577491;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.182;QD=16.0254;RBI=0.0226286;REFB=-0.0106297;REVB=-0.0226212;RO=41;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758947;STB=0.542909;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0144968;OID=.;OPOS=94120219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:41:41:32:32:0.438356:11:21:24:17:11:21:24:17 chr6 94120639 . T C 365.72 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0223288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0044;QD=21.513;RBI=0.0519743;REFB=-0.0189084;REVB=0.0469335;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510298;STB=0.528182;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0212445;OID=.;OPOS=94120639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:19:18:17:14:19:18:17:14 chr6 96034869 . G A 30.05 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0731078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2457;QD=2.14647;RBI=0.0999568;REFB=-0.0241851;REVB=-0.068166;RO=46;SAF=5;SAR=1;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092806;STB=0.601476;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0893642;OID=.;OPOS=96034869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:46:50:6:6:0.107143:1:5:36:10:1:5:38:12 chr6 96034881 . A G 619.14 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=120;FAO=33;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0105693;FXX=0.129299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.474;QD=24.5203;RBI=0.0321239;REFB=-0.0381814;REVB=0.0303353;RO=59;SAF=20;SAR=13;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653115;STB=0.531713;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0242045;OID=.;OPOS=96034881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:101:59:40:33:33:0.326733:13:20:39:20:13:20:22:18 chr6 96034883 . G A 49.09 PASS AF=0.1;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=130;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=-0.0102887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8348;QD=1.51052;RBI=0.0441065;REFB=-0.00226301;REVB=-0.0428897;RO=114;SAF=12;SAR=1;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480002;STB=0.881662;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0170438;OID=.;OPOS=96034883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:130:130:114:117:13:13:0.1:1:12:66:48:1:12:68:49 chr6 96035175 . T C 1654.87 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0445;QD=59.635;RBI=0.0705019;REFB=0;REVB=0.0688649;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398726;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:65:45:0:0:66:45:0:0 chr6 96055915 . G C 4137.86 PASS AF=1;AO=261;DP=266;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410687;FXX=0.0222214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.414;QD=62.6948;RBI=0.095998;REFB=0;REVB=0.0867697;RO=1;SAF=112;SAR=149;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003189;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229584;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:264:1:0:261:264:1:149:112:0:1:151:113:0:0 chr6 96386151 . G A 452.63 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00951783;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.677;QD=16.1653;RBI=0.010018;REFB=-0.00752802;REVB=-0.00312599;RO=62;SAF=28;SAR=22;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201085;STB=0.612086;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00999911;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:62:50:50:0.446429:22:28:22:40:22:28:22:40 chr6 96651740 . A G 726.44 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.01;QD=63.1689;RBI=0.0128778;REFB=0;REVB=0.00839348;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192548;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr6 96652371 . T C 260.81 PASS AF=0.956522;AO=16;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00343698;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.78;QD=45.3582;RBI=0.027469;REFB=-0.156084;REVB=0.0272531;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000851078;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:0:1:16:22:0.956522:5:11:0:0:10:12:1:0 chr6 96652582 . G T 731.24 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522333;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.029;QD=63.5861;RBI=0.0102639;REFB=0;REVB=0.00883542;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55005e-06;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr6 96652706 . G A 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00162066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.853;QD=59.043;RBI=0.0390027;REFB=-0.057742;REVB=0.0389691;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000335696;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:1:0:26:15:1:0 chr6 96653038 . T C 3080.24 PASS AF=0.976526;AO=174;DP=212;FAO=208;FDP=213;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=89;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00891756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0627;QD=57.8449;RBI=0.0446317;REFB=-0.0369411;REVB=0.0437317;RO=2;SAF=81;SAR=93;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116066;STB=0.505555;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0182562;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:212:213:2:2:174:208:0.976526:93:81:2:0:119:89:2:0 chr6 96653208 . C G 989.45 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0653;QD=59.0715;RBI=0.0101359;REFB=0;REVB=-0.00936974;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17683e-05;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:36:31:0:0 chr6 96661315 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.112;QD=40.7627;RBI=0.0252069;REFB=0;REVB=-0.00121907;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384415;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr6 96661410 . A G 446.75 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.864;QD=57.6449;RBI=0.0273117;REFB=0;REVB=0.0265157;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158871;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr6 96730731 . G C 103.94 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0286723;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.671;QD=17.3235;RBI=0.0303182;REFB=-0.0119573;REVB=0.00985343;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540264;STB=0.807232;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0101759;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:12:12:12:12:0.5:9:3:11:1:9:3:11:1 chr6 96999725 . C T 767.9 PASS AF=0.544776;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00111699;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0632;QD=22.9224;RBI=0.0114498;REFB=-0.0196458;REVB=-0.0113952;RO=53;SAF=31;SAR=42;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109647;STB=0.530976;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00818379;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:53:61:73:73:0.544776:42:31:30:23:42:31:30:31 chr6 97003050 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0033147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.35;QD=14.2619;RBI=0.00650214;REFB=-0.00782823;REVB=0.0055938;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131994;STB=0.576825;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0121776;OID=.;OPOS=97003050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:12:12:10:6:12:12 chr6 97058553 . A G 586.03 PASS AF=0.708333;AO=50;DP=71;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0111038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4997;QD=32.5572;RBI=0.0119901;REFB=-0.00418605;REVB=0.00452404;RO=21;SAF=34;SAR=16;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116963;STB=0.565193;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00164433;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:21:21:50:51:0.708333:16:34:18:3:17:34:18:3 chr6 97058574 . G A 101.47 PASS AF=0.228571;AO=15;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.000359785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.767;QD=5.79824;RBI=0.0592086;REFB=-0.00847152;REVB=-0.0592075;RO=53;SAF=12;SAR=3;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194332;STB=0.633959;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0304721;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:54:15:16:0.228571:3:12:36:17:3:13:37:17 chr6 97063522 . C G 276.88 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0231175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2649;QD=11.5368;RBI=0.0253151;REFB=0.0113893;REVB=0.0103167;RO=63;SAF=11;SAR=22;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304349;STB=0.675756;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0215475;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:22:11:38:25:22:11:38:25 chr6 97063555 . A G 339.66 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0281976;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.818;QD=14.768;RBI=0.0355403;REFB=-0.00938625;REVB=-0.0216335;RO=54;SAF=11;SAR=26;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33248;STB=0.693433;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00895722;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:54:55:37:37:0.402174:26:11:33:21:26:11:34:21 chr6 97339078 . A G 1157.98 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036375;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.131;QD=60.9463;RBI=0.0363791;REFB=0;REVB=0.000546123;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105865;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr6 97339088 . C T 1126.53 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0694989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4427;QD=57.7707;RBI=0.0700455;REFB=-0.0119063;REVB=-0.00873396;RO=2;SAF=46;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533581;STB=0.50282;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000994472;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:30:46:1:1:30:46:1:1 chr6 99284532 . T C 836.92 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00230851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6326;QD=55.7947;RBI=0.0126618;REFB=-0.0472458;REVB=0.0124496;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000453802;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:37:22:0:0:37:22:1:0 chr6 99374397 . A G 451.29 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.061122;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2241;QD=23.752;RBI=0.0672394;REFB=0.000118153;REVB=0.0280222;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922212;STB=0.534693;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000743682;OID=.;OPOS=99374397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:36:33:43:43:0.565789:24:19:12:24:24:19:12:21 chr6 99724713 . G A 699.22 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0280226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.169;QD=51.7944;RBI=0.0283171;REFB=-0.0500741;REVB=-0.00407299;RO=2;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348399;STB=0.518511;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00144383;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:50:50:0.925926:26:24:0:2:26:24:0:2 chr6 99728442 . A G 917.24 PASS AF=0.575163;AO=87;DP=153;FAO=88;FDP=153;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00479826;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.589;QD=23.98;RBI=0.00790801;REFB=0.000744711;REVB=-0.00628595;RO=63;SAF=38;SAR=49;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553972;STB=0.521038;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-6.65858e-05;OID=.;OPOS=99728442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:63:65:87:88:0.575163:49:38:32:31:49:39:32:33 chr6 99771540 . T C 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.167;QD=62.0155;RBI=0.0236672;REFB=0;REVB=-0.0162455;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139737;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr6 99817419 . T C,TC 709.64 PASS AF=0,1;AO=3,45;DP=54;FAO=0,50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136818,0.0162465;FXX=0.019604;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=211.441,232.152;QD=56.7714;RBI=0.0142241,0.017281;REFB=0,0;REVB=-0.00388984,-0.00588915;RO=5;SAF=1,17;SAR=2,28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0671606,-0.00441959;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,2.6328e-05;OID=.,.;OPOS=99817419,99817420;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:54:50:5:0:3,45:0,50:0,1:2,28:1,17:2:3:0,32:0,18:0:0 chr6 99817601 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.248;QD=55.6557;RBI=0.0399289;REFB=0;REVB=-0.0136171;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235673;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr6 99819379 . T C 191.04 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3327;QD=47.7601;RBI=0.0894524;REFB=0;REVB=0.08261;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188099;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr6 99825348 . T C 165.43 PASS AF=0.368421;AO=17;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0620953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5981;QD=11.6089;RBI=0.0626031;REFB=-0.00627252;REVB=-0.00795816;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269392;STB=0.593818;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0131639;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:36:17:21:0.368421:4:13:14:12:8:13:17:19 chr6 99842056 . C A 454.06 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0462469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.371;QD=55.0372;RBI=0.0593196;REFB=-0.0929049;REVB=0.0371489;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000940393;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:1:0:20:12:1:0 chr6 99883694 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.6;QD=62.3507;RBI=0.0638646;REFB=0;REVB=0.0497984;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362438;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr6 99883704 . T C 619.78 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5124;QD=59.027;RBI=0.0270822;REFB=-0.0755878;REVB=0.0239422;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=8.48008e-05;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:20:21:1:0:20:21:1:0 chr6 99893938 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.689;QD=57.1534;RBI=0.00648926;REFB=0;REVB=-0.00423821;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37476e-05;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:29:24:0:0:29:26:0:0 chr6 99956560 . T C 608.31 PASS AF=0.875;AO=48;DP=57;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00425089;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.978;QD=43.4506;RBI=0.0105611;REFB=-0.0240785;REVB=-0.00966782;RO=4;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892911;STB=0.542151;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00134644;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:56:4:7:48:49:0.875:19:29:0:4:19:30:2:5 chr6 100868721 . G A 380.48 PASS AF=0.373984;AO=45;DP=122;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00944805;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8301;QD=12.3735;RBI=0.0100661;REFB=-0.0017456;REVB=-0.00347297;RO=67;SAF=26;SAR=19;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593673;STB=0.545112;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00671052;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:67:77:45:46:0.373984:19:26:35:32:20:26:38:39 chr6 100868779 . G T 344.07 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=121;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00731137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1084;QD=11.3743;RBI=0.0237686;REFB=-0.0177079;REVB=0.0226162;RO=72;SAF=20;SAR=23;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231178;STB=0.522515;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0491135;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:78:43:43:0.355372:23:20:35:37:23:20:39:39 chr6 100964147 . G C 549.75 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00756678;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.346;QD=23.6452;RBI=0.00942952;REFB=-0.006104;REVB=0.00562669;RO=42;SAF=34;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125694;STB=0.569203;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00549578;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:17:34:22:20:17:34:22:20 chr6 101094554 . A G 1172.18 PASS AF=1;AO=68;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.519;QD=60.1119;RBI=0.0583097;REFB=0;REVB=0.0579148;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039473;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:68:78:1:34:34:0:0:43:35:0:0 chr6 101163343 . G A 185.4 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00397004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.826;QD=13.7332;RBI=0.0100312;REFB=0.00326385;REVB=0.0092121;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628013;STB=0.536049;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00385641;OID=.;OPOS=101163343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:17:15:9:13:17:15 chr6 101296389 . G A 381.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00409366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.091;QD=17.1614;RBI=0.00418282;REFB=0.00210295;REVB=-0.000859014;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106839;STB=0.559744;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00276123;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:19:21:31:18:19:21:31:18 chr6 101405050 . T G 180.49 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0276663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.856;QD=16.0431;RBI=0.0285971;REFB=-0.00245594;REVB=0.00723663;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578976;STB=0.533298;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00385129;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:11:15:12:7:11:15 chr6 105300250 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.275;QD=53.2772;RBI=0.038135;REFB=0;REVB=0.0376763;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171001;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr6 106352349 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.679;QD=62.9818;RBI=0.0723264;REFB=0;REVB=0.0722655;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330877;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 106959424 . A G 309.76 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.138984;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8524;QD=47.6554;RBI=0.163148;REFB=-0.0821951;REVB=-0.0854459;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.541632;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.009499;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:26:1:2:22:24:0.923077:11:11:0:1:11:13:0:2 chr6 106959999 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000923326;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.66;QD=16.455;RBI=0.0118472;REFB=-0.135199;REVB=0.0118111;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344363;STB=0.699437;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00540747;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:0:4:3:3:0:4 chr6 106960039 . G A 129.88 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6405;QD=43.2939;RBI=0.0247423;REFB=0;REVB=0.0236467;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169543;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr6 106960447 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0387;QD=33.4285;RBI=0.00394447;REFB=0;REVB=0.00321862;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481613;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 106987370 . A C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.484;QD=63.476;RBI=0.00360687;REFB=0;REVB=0.00326991;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20149e-06;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:58:36:0:0:58:36:0:0 chr6 106992464 . A G 1048.23 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00396874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.887;QD=58.2352;RBI=0.0142816;REFB=-0.124075;REVB=0.0137191;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.508769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-3.56527e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:43:28:0:0:43:28:1:0 chr6 107001416 . C T 306.58 PASS AF=0.6;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00318726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.813;QD=27.2511;RBI=0.0129436;REFB=-0.000622086;REVB=-0.012545;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688202;STB=0.531012;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000206516;OID=.;OPOS=107001416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:26:27:0.6:15:11:6:12:16:11:6:12 chr6 107076696 . G A 394.22 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0380329;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.387;QD=17.9191;RBI=0.0425482;REFB=-0.0411576;REVB=-0.0190746;RO=48;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608938;STB=0.533317;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0411493;OID=.;OPOS=107076696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:47:40:41:0.465909:20:20:27:21:20:21:27:20 chr6 107076783 . A T 157.92 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0266674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8375;QD=9.87006;RBI=0.0330964;REFB=0.00246997;REVB=-0.0196016;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406156;STB=0.523787;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00615338;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:43:21:21:0.328125:10:11:20:21:10:11:21:22 chr6 107077550 . G A 486.12 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0071294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.446;QD=21.368;RBI=0.0241892;REFB=-0.011509;REVB=0.0231147;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268687;STB=0.514845;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0101897;OID=.;OPOS=107077550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:26:21:21:23:26:21:21:23 chr6 107351293 . G T 116.86 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0136743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1765;QD=11.9855;RBI=0.143391;REFB=0.00473544;REVB=-0.142737;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400469;STB=0.738768;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00792563;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:3:11:11:14:3:11:11:14 chr6 107388504 . C T 1680.26 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165168;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.053;QD=60.5498;RBI=0.0230841;REFB=0;REVB=-0.0161268;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53019e-07;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:56:55:0:0:56:55:0:0 chr6 107391396 . G A 621.39 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2851;QD=59.1804;RBI=0.0298953;REFB=-0.139909;REVB=0.00758313;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521728;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00249486;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:0:1:41:41:0.97619:11:30:0:0:11:30:0:1 chr6 107420516 . A C 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.499;QD=59.0187;RBI=0.0175617;REFB=0;REVB=-0.00609446;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01363e-05;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:26:8:0:0 chr6 107565060 . T C 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.384;QD=59.009;RBI=0.0356368;REFB=0;REVB=-0.00314451;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157051;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr6 107980406 . A T 754.56 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00869335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.789;QD=54.8773;RBI=0.0769115;REFB=-0.00649039;REVB=0.0764186;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000713933;OID=.;OPOS=107980406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:54:54:0.981818:28:26:0:0:28:26:1:0 chr6 108026317 . G T 2095.0 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.273;QD=61.168;RBI=0.0437768;REFB=-0.112892;REVB=0.0435269;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317969;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:130:137:0:0:129:137:1:70:59:0:0:74:63:0:0 chr6 108026455 . A G 1747.02 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239296;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.426;QD=60.766;RBI=0.0315178;REFB=0;REVB=0.0205122;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60111e-06;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:60:54:0:0:61:54:0:0 chr6 108029091 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00130729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.036;QD=60.158;RBI=0.00850674;REFB=-0.066834;REVB=0.00840569;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000460316;OID=.;OPOS=108029091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:23:20:0:1:24:20:0:1 chr6 108029109 . T C 744.02 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.956;QD=63.3211;RBI=0.0265048;REFB=0;REVB=0.0145557;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21219e-05;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:41:47:1:23:18:0:0:28:19:0:0 chr6 108061325 . G A 460.16 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.000335294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.38;QD=18.5924;RBI=0.00509445;REFB=-0.00586968;REVB=0.00508341;RO=53;SAF=19;SAR=27;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111541;STB=0.562224;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00641606;OID=.;OPOS=108061325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:27:19:28:25:27:19:28:25 chr6 108067915 . G A 480.86 PASS AF=0.4;AO=55;DP=136;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=25;FWDB=0.0083803;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1954;QD=14.2477;RBI=0.0214152;REFB=-0.00774764;REVB=-0.0197074;RO=76;SAF=31;SAR=24;SRF=52;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129504;STB=0.584011;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00730989;OID=.;OPOS=108067915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:76:81:55:54:0.4:24:31:52:24:24:30:56:25 chr6 108076801 . T C 482.29 PASS AF=0.522222;AO=44;DP=88;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00815613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.78;QD=21.4352;RBI=0.00828879;REFB=-0.00233722;REVB=-0.00147701;RO=43;SAF=17;SAR=27;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514686;STB=0.518511;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00142565;OID=.;OPOS=108076801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:43:43:44:47:0.522222:27:17:19:24:28:19:19:24 chr6 108233929 . G A,T 583.05 PASS AF=0.878049,0.121951;AO=32,6;DP=38;FAO=36,5;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115991,0.00607154;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.766,101.631;QD=56.8832;RBI=0.0177864,0.0120675;REFB=0,0;REVB=0.0134839,-0.0104289;RO=0;SAF=21,3;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0026887,0.0209165;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:38:41:0:0:32,6:36,5:0.878049,0.121951:11,3:21,3:0:0:12,3:24,2:0:0 chr6 108277287 . C A 1991.52 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.01;QD=61.2774;RBI=0.0146762;REFB=-0.0694124;REVB=-0.000834246;RO=1;SAF=48;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583152;STB=0.503067;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-2.91048e-05;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:81:48:0:1:81:48:0:1 chr6 108364582 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0151874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.45;QD=18.1539;RBI=0.0198365;REFB=-0.0172342;REVB=-0.0127605;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878716;STB=0.549952;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0218263;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:12:13:9:12:12:13 chr6 108723185 . A AT 36.42 PASS AF=0.5;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.143692;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.93727;QD=8.09272;RBI=0.144309;REFB=-0.0264089;REVB=0.0133238;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=ins;VARB=0.0417644;OID=.;OPOS=108723186;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:18:9:18:9:3:6:5:4:33:10:3:4:5:5 chr6 109583186 . A G 1246.17 PASS AF=0.976471;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00210034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.401;QD=58.6431;RBI=0.00651201;REFB=-0.175837;REVB=0.00616399;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111412;STB=0.511625;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00179677;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:85:1:2:81:83:0.976471:39:42:1:0:41:42:2:0 chr6 109689431 . A G 155.01 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00773423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.695;QD=10.8782;RBI=0.0279782;REFB=-0.00120209;REVB=0.026888;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226684;STB=0.657383;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00229118;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:37:19:20:0.350877:8:11:13:22:8:12:13:24 chr6 109689681 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0100217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.086;QD=15.1969;RBI=0.0108898;REFB=-0.00969961;REVB=0.00426066;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319221;STB=0.687207;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00969264;OID=.;OPOS=109689681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:3:11:9:9:3:11:9:9 chr6 109713896 . G T 140.99 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0229109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8881;QD=14.0993;RBI=0.0908853;REFB=-0.0138825;REVB=0.0879502;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155401;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0295195;OID=.;OPOS=109713896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:8:8:15:8:8:8:16:8 chr6 109752451 . T C 287.3 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00425907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.372;QD=15.961;RBI=0.0131851;REFB=0.00256012;REVB=-0.0124783;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062575;STB=0.541641;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00375816;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:16:16:22:17:16:16:23:17 chr6 109761437 . A G 181.65 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0111638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3521;QD=17.2997;RBI=0.050095;REFB=-0.026361;REVB=0.0488352;RO=23;SAF=1;SAR=18;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419128;STB=0.749642;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.042338;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:18:1:5:18:18:1:5:18 chr6 109762600 . A C 114.64 PASS AF=0.372093;AO=13;DP=39;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0145079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2468;QD=10.6639;RBI=0.0237659;REFB=-0.0308719;REVB=-0.0188239;RO=25;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451147;STB=0.656951;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0371187;OID=.;OPOS=109762600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:25:27:13:16:0.372093:3:10:9:16:6:10:10:17 chr6 109763947 . TC T,TT 190.3 PASS AF=0.5,0.0434783;AO=20,2;DP=45;FAO=23,2;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9,2;FSAR=14,0;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.043562,0.00442145;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.5084,21.1137;QD=16.5478;RBI=0.0579343,0.10113;REFB=0.01194,-0.00230539;REVB=0.0381934,0.101033;RO=21;SAF=9,2;SAR=11,0;SRF=4;SRR=17;SSEN=0.423729,0;SSEP=0,0;SSSB=0.246527,0.679093;STB=0.605122,0.997395;STBP=0.202,0.013;TYPE=del,snp;VARB=-0.0149703,0.0953527;OID=.,.;OPOS=109763948,109763948;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0434783:20,2:45:23,2:46:21:9,2:14,0:4:17:99:21:9,2:11,0:4:17 chr6 109764535 . G T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00327426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.61;QD=19.156;RBI=0.00461384;REFB=0.000270526;REVB=-0.00325066;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195671;STB=0.611399;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000312368;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:15:6:11:12:15:6:11:12 chr6 109767930 . G T 413.57 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0132618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.671;QD=19.0146;RBI=0.013292;REFB=-0.0269029;REVB=0.000896314;RO=45;SAF=14;SAR=28;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230102;STB=0.512814;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0229622;OID=.;OPOS=109767930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:28:14:16:29:28:14:16:29 chr6 109768295 . G A 126.8 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0123216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.202;QD=19.507;RBI=0.0134455;REFB=-0.0348919;REVB=0.00538139;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152284;STB=0.58609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0491552;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:9:3:6:8:9:3 chr6 109775366 . C T 72.34 PASS AF=0.294118;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.028368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.712;QD=8.51054;RBI=0.0291637;REFB=-0.000957095;REVB=-0.00676621;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305426;STB=0.711862;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00333751;OID=.;OPOS=109775366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:9:10:0.294118:2:7:13:11:2:8:13:11 chr6 109775436 . T C 75.3 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00462877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.259;QD=11.584;RBI=0.0246402;REFB=-0.0328975;REVB=0.0242015;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03914;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0512947;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:7:3:5:10:7:3:5:11 chr6 109827716 . C T 331.73 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00899371;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5434;QD=23.2793;RBI=0.0479626;REFB=-0.0023072;REVB=-0.0471119;RO=24;SAF=10;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270408;STB=0.514916;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0012432;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:24:24:33:33:0.578947:23:10:8:16:23:10:8:16 chr6 109906329 . GCTT G 254.17 PASS AF=0.55102;AO=9;DP=52;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0149032;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=3;MLLD=166.075;QD=20.7488;RBI=0.0982434;REFB=-0.029922;REVB=0.0971064;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521723;STBP=0.745;TYPE=del;VARB=0.027802;OID=.;OPOS=109906330;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55102:9:52:27:49:22:11:16:10:12:99:15:3:6:5:10 chr6 109954252 . C T 214.92 PASS AF=0.380282;AO=25;DP=73;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00502127;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.196;QD=12.1082;RBI=0.0066362;REFB=-0.00921539;REVB=-0.0043389;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890972;STB=0.54504;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0134416;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:39:44:25:27:0.380282:12:13:17:22:14:13:18:26 chr6 110064928 . A T 381.43 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0276138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.272;QD=22.437;RBI=0.036853;REFB=-0.00447298;REVB=-0.0244054;RO=30;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689973;STB=0.538023;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00285292;OID=.;OPOS=110064928;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:17:21:14:16:17:21:14:16 chr6 110106234 . A G 517.47 PASS AF=0.563218;AO=46;DP=84;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00565824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.143;QD=23.7917;RBI=0.0102179;REFB=-0.0126082;REVB=0.00850825;RO=38;SAF=20;SAR=26;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033671;STB=0.524049;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0119385;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:38:38:46:49:0.563218:26:20:15:23:27:22:15:23 chr6 110107517 . T C 457.64 PASS AF=0.597222;AO=42;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0238749;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0552;QD=25.4244;RBI=0.0395898;REFB=-0.0259121;REVB=0.0315807;RO=28;SAF=15;SAR=27;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028693;STB=0.517233;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.022371;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:42:43:0.597222:27:15:9:19:28:15:9:20 chr6 110146303 . G A 1268.25 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216686;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.831;QD=61.8659;RBI=0.0433448;REFB=0;REVB=0.0375399;RO=0;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55771e-05;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:53:29:0:0:53:29:0:0 chr6 110301661 . A G 203.19 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0423668;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.41;QD=18.9015;RBI=0.0441646;REFB=-0.0188597;REVB=0.0124729;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143588;STB=0.581316;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.01895;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:8:15:10:10:8:15 chr6 110421361 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5233;QD=56.1891;RBI=0.0785351;REFB=0;REVB=-0.0745048;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000839324;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr6 110746526 . T C 888.27 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.029837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4215;QD=56.3979;RBI=0.0307942;REFB=-0.117083;REVB=0.00761802;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165629;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000490222;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:28:34:0:1:28:34:0:1 chr6 110746545 . T G 214.04 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0208442;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2811;QD=12.5903;RBI=0.0308694;REFB=-0.0101018;REVB=-0.0227692;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225571;STB=0.61933;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0230364;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:42:26:26:0.382353:15:11:25:14:15:11:26:16 chr6 110761329 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00269298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.751;QD=9.44486;RBI=0.00829491;REFB=-0.0137321;REVB=-0.00784559;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.021544;OID=.;OPOS=110761329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:6:4:4:2:6:4 chr6 110777962 . A G 1486.28 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498957;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1996;QD=63.9261;RBI=0.0505123;REFB=0;REVB=-0.0078686;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237593;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:0:0:93:93:1:53:40:0:0:53:40:0:0 chr6 110778128 . T C 761.14 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.901;QD=56.3804;RBI=0.0385855;REFB=0;REVB=0.0314782;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135568;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:34:18:0:0:36:18:0:0 chr6 110797704 . CG CC,GC 115.77 PASS AF=0.571429,0.285714;AO=8,4;DP=14;FAO=8,4;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0;FSAR=8,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=174.21,90.2616;QD=33.0774;RBI=0.00304332,0.0121092;REFB=-0.011961,-0.0652973;REVB=0.00304332,0.0121092;RO=1;SAF=0,0;SAR=8,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0224501,-0.0403593;OID=.,.;OPOS=110797705,110797704;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:14:14:1:2:8,4:8,4:0.571429,0.285714:8,4:0,0:0:1:8,4:0,0:0:2 chr6 110797707 . GGGG CACC 132.68 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142755;HRUN=4;LEN=4;MLLD=122.9;QD=44.2279;RBI=0.00608736;REFB=0;REVB=0.00608736;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.55809e-05;OID=.;OPOS=110797707;OREF=GGGG;OALT=CACC;OMAPALT=CACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:12:0:0:10:12:1:10:0:0:0:12:0:0:0 chr6 110797713 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.644;QD=18.0506;RBI=0.00689127;REFB=-0.0224673;REVB=-0.00689127;RO=8;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0239108;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:10:0:0:8:10:0:0:8 chr6 110964409 . G A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.547;QD=58.1404;RBI=0.0211591;REFB=0;REVB=-0.0109982;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14057e-05;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr6 111280038 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.825;QD=56.1857;RBI=0.169288;REFB=0;REVB=0.0367367;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114278;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr6 111283592 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.512;QD=51.1813;RBI=0.0338521;REFB=0;REVB=-0.012306;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719486;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr6 111620758 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.634;QD=55.6554;RBI=0.00992876;REFB=0;REVB=0.000514146;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21768e-05;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr6 111694684 . GA G 33.83 PASS AF=0.368421;AO=8;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0315109;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=13.8855;QD=7.12212;RBI=0.0693088;REFB=-0.0531838;REVB=0.0617315;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043798;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=0.0841918;OID=.;OPOS=111694685;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:8:19:7:19:12:3:4:7:5:33:11:4:4:6:5 chr6 111806040 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0105126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.842;QD=15.9154;RBI=0.010843;REFB=-0.00706284;REVB=0.00265635;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199214;STB=0.612594;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00867386;OID=.;OPOS=111806040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:10:18:15:19:10:18:15:19 chr6 111901453 . G T 792.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.04;QD=63.3723;RBI=0.0260859;REFB=0;REVB=0.00674532;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79216e-05;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:23:26:1:0:23:27:0:0 chr6 112382313 . G T 954.97 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.592;QD=58.7676;RBI=0.0457085;REFB=0;REVB=0.0129047;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127193;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr6 112408610 . T C 1438.29 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6121;QD=61.8619;RBI=0.0276725;REFB=-0.0268114;REVB=0.0199025;RO=1;SAF=25;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185815;STB=0.509802;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=4.95714e-05;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:67:25:1:0:67:25:1:0 chr6 112430669 . C T 277.18 PASS AF=0.310924;AO=38;DP=119;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0145646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0444;QD=9.31679;RBI=0.0413919;REFB=-0.0196706;REVB=-0.0387449;RO=77;SAF=23;SAR=15;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115868;STB=0.557572;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.038714;OID=.;OPOS=112430669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:82:38:37:0.310924:15:23:39:38:15:22:42:40 chr6 112435912 . A T 1510.48 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4985;QD=63.5991;RBI=0.0789289;REFB=0;REVB=0.0671677;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073752;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:60:34:0:0:60:35:0:0 chr6 112457383 . G C 1064.58 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00874423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0921;QD=58.3333;RBI=0.033471;REFB=0.0213283;REVB=-0.0323086;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129566;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000147215;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:36:36:0:1:36:36:0:1 chr6 112457390 . C T 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.48;QD=60.7159;RBI=0.0148688;REFB=0;REVB=0.0122112;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67911e-06;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr6 112471688 . G C 1245.76 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8197;QD=61.519;RBI=0.0418725;REFB=0;REVB=0.0418292;RO=0;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330838;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:25:56:0:0:25:56:0:0 chr6 112493872 . A G 1756.89 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.897;QD=60.5823;RBI=0.0115465;REFB=0;REVB=0.00898966;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55655e-05;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:64:51:0:0:65:51:0:0 chr6 112508769 . TG GT 790.64 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571924;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.789;QD=39.5318;RBI=0.125743;REFB=0;REVB=0.111984;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000367735;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:80:0:0:74:80:1:46:28:0:0:51:29:0:0 chr6 112672198 . CAG C 251.82 PASS AF=0.545455;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0239812;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.187;QD=22.8922;RBI=0.0319769;REFB=-0.0441523;REVB=0.0211525;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217652;STB=0.518996;STBP=0.823;TYPE=del;VARB=0.0382148;OID=.;OPOS=112672199;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:22:46:24:44:20:13:11:10:10:99:19:11:11:9:10 chr6 114102623 . T C 358.41 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00916036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.57;QD=17.067;RBI=0.0103707;REFB=-0.000829262;REVB=-0.0048621;RO=46;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139922;STB=0.578661;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0010184;OID=.;OPOS=114102623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:25:13:22:24:25:13:22:24 chr6 114262015 . A C 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0386847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.055;QD=16.1164;RBI=0.0404604;REFB=-0.0191498;REVB=0.011855;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285023;STB=0.66637;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0195889;OID=.;OPOS=114262015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:7:6:9:3:7:6 chr6 114378970 . C T 253.92 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00726001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0208;QD=21.6102;RBI=0.024261;REFB=0.0390024;REVB=-0.0231493;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227429;STB=0.614619;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0232843;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:11:13:6:16:11:13:7:16 chr6 116262976 . G A,T 451.68 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=28,3;DP=31;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115255,0.0215438;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.08,40.9641;QD=56.4605;RBI=0.0399481,0.0219874;REFB=0,0;REVB=0.0382494,-0.00439424;RO=0;SAF=11,2;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.31638e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00106003,0.0268992;OID=.,.;OPOS=116262976,116262976;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:32:0:0:28,3:30,2:0.9375,0.0625:17,1:11,2:0:0:19,0:11,2:0:0 chr6 116263181 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.564;QD=52.6131;RBI=0.0306265;REFB=0;REVB=0.0209137;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177542;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 116441646 . C A,G 809.33 PASS AF=0.0491803,0.918033;AO=3,56;DP=61;FAO=3,56;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=3,30;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0445921,-0.0229255;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=144.772,202.532;QD=53.0709;RBI=0.0453675,0.02465;REFB=-0.0397059,-0.0949329;REVB=0.00835203,0.00905779;RO=1;SAF=3,30;SAR=0,26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0177894;STB=0.995982,0.518512;STBP=0.058,0.171;TYPE=snp,snp;VARB=0.0475544,0.000378591;OID=.,.;OPOS=116441646,116441646;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:61:61:1:2:3,56:3,56:0.0491803,0.918033:0,26:3,30:0:1:0,26:3,30:0:2 chr6 116446576 . A G 3114.4 PASS AF=1;AO=198;DP=205;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000125778;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.132;QD=60.1816;RBI=0.00904363;REFB=0;REVB=-0.00904276;RO=0;SAF=66;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061281;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:207:0:0:198:207:1:132:66:0:0:136:71:0:0 chr6 116574455 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0112859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7689;QD=19.1795;RBI=0.0220278;REFB=-0.00852033;REVB=0.018917;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131312;STB=0.575046;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00345445;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:5:6:5:8:5:6 chr6 116575083 . C A 821.45 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.372;QD=54.7631;RBI=0.130469;REFB=-0.0980878;REVB=0.0188058;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382369;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:60:1:0:57:60:1:37:20:1:0:37:23:0:0 chr6 116600453 . C T 158.01 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0293827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8402;QD=25.2816;RBI=0.0810377;REFB=-0.0208414;REVB=0.0755233;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443367;STB=0.538875;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0405777;OID=.;OPOS=116600453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:8:9:16:16:0.64:5:11:6:2:5:11:7:2 chr6 116600465 . T TCAC 159.12 PASS AF=0.789474;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00322889;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.061;QD=33.4992;RBI=0.0125397;REFB=-0.0315038;REVB=-0.0121168;RO=4;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474116;STB=0.53329;STBP=0.644;TYPE=ins;VARB=0.00450025;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474:14:20:15:19:4:9:6:3:1:22:4:9:5:3:1 chr6 116757557 . T C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2624;QD=45.7986;RBI=0.0400756;REFB=0;REVB=0.0312792;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001226;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr6 116783330 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0086003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.051;QD=22.6322;RBI=0.0432494;REFB=-0.0296251;REVB=0.0423857;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301495;STB=0.671982;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0176648;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:5:3:10:3:5:3 chr6 116783390 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.951;QD=33.4283;RBI=0.0162267;REFB=0;REVB=-0.0162267;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190293;OID=.;OPOS=116783390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 116784850 . C G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0537679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.477;QD=19.3695;RBI=0.0537755;REFB=-0.00650877;REVB=-0.000906701;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202873;STB=0.615175;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00902954;OID=.;OPOS=116784850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:1:6:6:4:1:6 chr6 116875427 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.057;QD=59.9373;RBI=0.0487215;REFB=0;REVB=0.0188096;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60266e-05;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr6 116875493 . T C 318.81 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0369018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.04;QD=26.5673;RBI=0.0390166;REFB=0.0142539;REVB=-0.012671;RO=20;SAF=10;SAR=18;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135163;STB=0.574274;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0126183;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:18:10:4:16:18:10:4:16 chr6 116875504 . A G 118.86 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4988;QD=13.2064;RBI=0.0556135;REFB=-0.017373;REVB=0.0105689;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942026;STB=0.555473;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0335162;OID=.;OPOS=116875504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:8:14:10:4:8:14 chr6 116950734 . G A 173.85 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0186283;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5689;QD=18.3;RBI=0.0245306;REFB=-0.0321261;REVB=0.0159605;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131045;STB=0.585703;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0230169;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:7:10:9:11:7:11:9:11 chr6 116950833 . T C 479.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2009;QD=58.0706;RBI=0.01598;REFB=0;REVB=0.00626566;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001635;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr6 116951678 . A C 80.9 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0357267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4359;QD=7.89228;RBI=0.0414544;REFB=-0.00270195;REVB=0.0210254;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253056;STB=0.515667;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0111004;OID=.;OPOS=116951678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:17:13:5:6:17:13 chr6 116973182 . T C 784.88 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1046;QD=57.0821;RBI=0.0129251;REFB=0;REVB=-0.00812661;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50459e-05;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr6 117113531 . A AT 53.89 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0284652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5695;QD=7.18471;RBI=0.0287028;REFB=0.0383234;REVB=-0.00368516;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0704369;OID=.;OPOS=117113532;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:32:10:30:20:4:6:8:12:53:22:4:5:10:12 chr6 117113653 . T C 160.44 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000598351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.815;QD=18.3361;RBI=0.00709178;REFB=-0.00361869;REVB=0.00706649;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.543573;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0050517;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:16:17:0.485714:9:7:10:8:9:8:10:8 chr6 117113761 . A AGG 174.55 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.010699;FXX=0.0487686;HRUN=0;LEN=2;MLLD=138.005;QD=17.9023;RBI=0.0155459;REFB=-0.00277454;REVB=-0.0112786;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444372;STB=0.757255;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.00325864;OID=.;OPOS=117113762;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:18:40:18:39:21:15:3:9:12:99:21:15:3:9:12 chr6 117114025 . G A 267.08 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0339438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3465;QD=28.1138;RBI=0.0816439;REFB=0.0563663;REVB=-0.0742532;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122609;STB=0.56763;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0338584;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:11:13:5:9:11:13:5:9 chr6 117114223 . T A 206.12 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00438976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1034;QD=16.8261;RBI=0.0329166;REFB=-0.0107571;REVB=0.0326226;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719406;STB=0.541137;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0127853;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:14:14:9:12:14:14 chr6 117114403 . G A 885.14 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4603;QD=58.0418;RBI=0.0173871;REFB=0;REVB=-0.000438496;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0549e-05;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr6 117121894 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.979;QD=58.0604;RBI=0.00414014;REFB=0;REVB=0.00370359;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21059e-05;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr6 117130704 . G A 946.83 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110534;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6461;QD=57.3837;RBI=0.0204426;REFB=-0.00190401;REVB=0.0171966;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185194;STB=0.509801;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=4.23683e-05;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:1:1:65:65:0.984848:40:25:1:0:40:25:1:0 chr6 117150008 . G A 217.99 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0172852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.051;QD=13.6242;RBI=0.0200495;REFB=-0.0133799;REVB=-0.010159;RO=37;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215471;STB=0.629972;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0247767;OID=.;OPOS=117150008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:10:16:15:22:10:16:15:23 chr6 117650532 . C G 517.77 PASS AF=0.592593;AO=47;DP=83;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0143855;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.157;QD=25.5691;RBI=0.0262701;REFB=-0.0138418;REVB=0.0219812;RO=31;SAF=28;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197847;STB=0.612988;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00530392;OID=.;OPOS=117650532;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:31:33:47:48:0.592593:19:28:10:21:20:28:10:23 chr6 117724379 . C T 333.68 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0278566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.055;QD=24.2678;RBI=0.0334045;REFB=0.00140661;REVB=-0.0184355;RO=21;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736644;STB=0.533313;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00109989;OID=.;OPOS=117724379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:22:33:33:0.6:22:11:9:12:22:11:9:13 chr6 117725578 . T A 344.67 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00629824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.644;QD=21.884;RBI=0.0105462;REFB=-0.0100741;REVB=0.00845897;RO=28;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150862;STB=0.582893;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00862656;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:15:20:21:7:15:20:21:7 chr6 117869491 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.018026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.005;QD=20.2682;RBI=0.0287548;REFB=-0.0319027;REVB=-0.0224032;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0295507;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:9:12:12:9:9:12 chr6 118786486 . T C 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0218346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.769;QD=11.9167;RBI=0.0351083;REFB=-0.00178237;REVB=-0.0274926;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299445;STB=0.662528;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00387631;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:9:13:11:25:9:13:12:25 chr6 118880640 . T G 261.85 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0102593;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.779;QD=13.7817;RBI=0.0267357;REFB=-0.00558863;REVB=0.0246889;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219749;STB=0.515907;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00851708;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:46:30:30:0.394737:19:11:17:27:19:11:18:28 chr6 118881822 . C T 384.85 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0187485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.537;QD=15.3939;RBI=0.0229412;REFB=-0.0145103;REVB=-0.0132208;RO=57;SAF=16;SAR=25;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177154;STB=0.590507;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0151435;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:59:41:41:0.41:25:16:32:25:25:16:32:27 chr6 118886961 . G T 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0619829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.357;QD=16.1715;RBI=0.0656095;REFB=-0.0132644;REVB=-0.0215109;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024879;STB=0.527743;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0148803;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:8:8:10:9:8:8:11:9 chr6 118973953 . A G 314.14 PASS AF=0.658537;AO=25;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0136653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.54;QD=30.648;RBI=0.0171035;REFB=0.000148318;REVB=0.0102854;RO=14;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203729;STB=0.60424;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-5.07606e-06;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:25:27:0.658537:10:15:4:10:11:16:4:10 chr6 119149149 . C G 799.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.18;QD=56.1197;RBI=0.0463342;REFB=0;REVB=0.0142959;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193876;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:30:25:0:0:31:26:0:0 chr6 119245024 . C T 154.6 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0237585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.921;QD=14.7233;RBI=0.0968136;REFB=-0.0332162;REVB=-0.0938531;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309204;STB=0.677312;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0356312;OID=.;OPOS=119245024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:7:18:7:10:7:18 chr6 119510941 . C A 485.88 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0189088;FXX=0.00990001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=112.786;QD=19.4351;RBI=0.0195898;REFB=-0.00296467;REVB=0.00512012;RO=46;SAF=30;SAR=20;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027719;STB=0.521;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00403028;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:50:50:50:0.5:20:30:29:17:20:30:32:18 chr6 120583498 . G A 193.18 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0315002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6433;QD=16.441;RBI=0.0315133;REFB=-0.00895696;REVB=-0.000905593;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153771;STB=0.578984;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00406506;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:13:7:13:13:13:7:13:14 chr6 120583501 . T G 210.4 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0158663;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.101;QD=18.2957;RBI=0.0192415;REFB=0.0073618;REVB=0.0108856;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169657;STB=0.584532;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00754318;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:25:21:21:0.456522:14:7:13:13:14:7:12:13 chr6 120583509 . A G 209.3 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0170269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.323;QD=19.0273;RBI=0.0185198;REFB=-0.0126712;REVB=0.00728479;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848779;STB=0.557321;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0107267;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:13:7:10:13:14:7:10:13 chr6 120583521 . A T 182.9 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0318013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.244;QD=17.4193;RBI=0.0435957;REFB=-0.00793735;REVB=-0.0298205;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.571351;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0181937;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:10:13:13:6:10:13 chr6 120583526 . C G 106.9 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0054021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.744;QD=12.2168;RBI=0.0176224;REFB=-0.0159806;REVB=-0.016774;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.533283;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0102638;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:12:13:0.371429:6:6:9:12:7:6:9:13 chr6 120583533 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0319816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.019;QD=8.7374;RBI=0.0374325;REFB=-0.00277987;REVB=-0.0194516;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172769;STB=0.60583;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00698789;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:8:12:4:5:8:12 chr6 120847506 . C T 133.43 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00761318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.966;QD=15.6974;RBI=0.0181247;REFB=-0.0128312;REVB=-0.0164482;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221869;STB=0.627739;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0178039;OID=.;OPOS=120847506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:12:7:9:6:12:7 chr6 120847544 . C A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.038041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.88;QD=12.9748;RBI=0.038915;REFB=-0.0121947;REVB=-0.00820156;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424241;STB=0.749583;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0105813;OID=.;OPOS=120847544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:12:6:9:3:12:6 chr6 121007775 . C G 45.52 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0121431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1444;QD=8.66973;RBI=0.0137125;REFB=0.0150408;REVB=0.00636991;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343745;STB=0.70519;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0273531;OID=.;OPOS=121007775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:13:14:7:7:0.333333:1:6:8:5:1:6:9:5 chr6 121451095 . C T 269.08 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0272392;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2239;QD=21.9657;RBI=0.0404753;REFB=-0.0185276;REVB=-0.0299378;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207536;STB=0.511619;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.013594;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:14:10:11:14:14:10 chr6 121602785 . T A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0514416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.208;QD=14.0542;RBI=0.0527049;REFB=-0.00580252;REVB=-0.0114703;RO=35;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850065;STB=0.548254;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0119595;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:16:9:10:25:16:9:10:25 chr6 121602795 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00939511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.887;QD=15.6454;RBI=0.0222945;REFB=-0.000593838;REVB=-0.0202183;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459778;STB=0.526291;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000432792;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:16:6:9:20:16:6:9:20 chr6 121620608 . G T 733.33 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2457;QD=61.1105;RBI=0.00797147;REFB=0;REVB=-0.00554458;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970849;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:40:48:1:11:29:0:0:11:37:0:0 chr6 121625945 . A G 45.98 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0240483;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.531;QD=9.19642;RBI=0.0353789;REFB=-0.0153237;REVB=-0.0259489;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.57355;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.029388;OID=.;OPOS=121625945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:12:13:7:7:0.35:5:2:5:7:5:2:5:8 chr6 121629167 . G A 388.28 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0485786;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6496;QD=12.9428;RBI=0.0631986;REFB=-0.00960968;REVB=-0.040425;RO=74;SAF=30;SAR=16;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294592;STB=0.667073;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0151349;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:74:74:46:46:0.383333:16:30:28:46:16:30:28:46 chr6 121632008 . T A 866.42 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2146;QD=57.7615;RBI=0.0610824;REFB=0;REVB=0.0600095;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537378;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:35:23:0:0:36:24:0:0 chr6 121638666 . G A 189.69 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00542227;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.516;QD=14.8779;RBI=0.0122379;REFB=-0.0221836;REVB=-0.0109711;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389229;STB=0.719223;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0289957;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:29:20:22:0.431373:6:14:10:21:6:16:10:19 chr6 121638682 . G A 219.76 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0106619;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.107;QD=14.4104;RBI=0.018097;REFB=-0.0177085;REVB=0.0146228;RO=35;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366379;STB=0.689895;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0286705;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:25:26:0.42623:8:17:11:24:9:17:11:24 chr6 121642790 . T C 470.29 PASS AF=0.436975;AO=51;DP=118;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0788789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4854;QD=15.8081;RBI=0.0809501;REFB=0.0117191;REVB=-0.0181946;RO=67;SAF=29;SAR=22;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925855;STB=0.556257;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0166088;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:67:67:51:52:0.436975:22:29:32:35:22:30:32:35 chr6 121642916 . C T 203.78 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0495963;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.672;QD=14.3006;RBI=0.0495991;REFB=-0.0242456;REVB=-0.000529933;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130998;STB=0.574718;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0274105;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:18:15:14:10:18:15 chr6 121768964 . G C 352.53 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00206011;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.97;QD=23.5018;RBI=0.0176876;REFB=-0.00694943;REVB=-0.0175672;RO=25;SAF=22;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857445;STB=0.547236;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00459105;OID=.;OPOS=121768964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:25:25:35:35:0.583333:13:22:13:12:13:22:13:12 chr6 121770875 . C T 87.91 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00173239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.246;QD=13.524;RBI=0.0177448;REFB=-0.0147788;REVB=0.01766;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134192;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0140836;OID=.;OPOS=121770875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:4:7:7:7:4:7:7:8 chr6 123066514 . T C 831.99 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.583;QD=57.3789;RBI=0.0333059;REFB=0;REVB=0.0173185;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106259;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:38:19:0:0:38:20:0:0 chr6 123066585 . G A 490.01 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0314421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9269;QD=56.001;RBI=0.0561545;REFB=-0.0144003;REVB=-0.0465266;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017006;STB=0.509086;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00320411;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:27:7:0:1:27:7:0:1 chr6 123101647 . A G 52.28 PASS AF=0.216216;AO=4;DP=33;FAO=8;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0073683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.359;QD=5.65137;RBI=0.0250648;REFB=-0.0164342;REVB=0.0239573;RO=23;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.793982;STB=0.832777;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0351857;OID=.;OPOS=123101647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:33:37:23:28:4:8:0.216216:0:4:3:20:3:5:4:24 chr6 123122464 . C T 237.56 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0106126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6237;QD=18.6323;RBI=0.0290525;REFB=0.00756957;REVB=-0.0270448;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515236;STB=0.528903;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00988305;OID=.;OPOS=123122464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:9:17:15:10:9:17 chr6 123594510 . T TA 400.07 PASS AF=0.482412;AO=87;DP=237;FAO=96;FDP=199;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=33;FSRR=70;FWDB=0.0879938;FXX=0.0432672;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6865;QD=8.04155;RBI=0.106724;REFB=-0.0505784;REVB=-0.0603904;RO=145;SAF=27;SAR=60;SRF=46;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886832;STB=0.501498;STBP=0.981;TYPE=ins;VARB=0.0445785;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482412:87:237:96:199:103:31:65:33:70:99:145:27:60:46:99 chr6 123658825 . G T 1631.3 PASS AF=0.476744;AO=163;DP=347;FAO=164;FDP=344;FR=.;FRO=180;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=78;FSRR=102;FWDB=-0.0255929;FXX=0.00864528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9883;QD=18.9687;RBI=0.0411252;REFB=-0.0371519;REVB=-0.0321913;RO=178;SAF=91;SAR=72;SRF=76;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124348;STB=0.56347;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0376367;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:344:178:180:163:164:0.476744:72:91:76:102:73:91:78:102 chr6 123687288 . A C,T 1378.77 PASS AF=0.866071,0.0446429;AO=94,7;DP=111;FAO=97,5;FDP=112;FR=.;FRO=10;FSAF=49,1;FSAR=48,4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0238315,0.0202657;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=113.511,24.7224;QD=49.2419;RBI=0.0239506,0.0311406;REFB=-0.0195254,0.00618925;REVB=-0.00238584,-0.023644;RO=1;SAF=48,1;SAR=46,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.009776,-0.2842;STB=0.5285,0.5;STBP=0.074,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00505136,0.0589918;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:112:1:10:94,7:97,5:0.866071,0.0446429:46,6:48,1:1:0:48,4:49,1:2:8 chr6 123702499 . G A 1607.48 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.783;QD=60.0927;RBI=0.0182914;REFB=0;REVB=-0.0181671;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38332e-05;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:45:61:0:0:46:61:0:0 chr6 123758492 . C T 816.46 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.042;QD=57.2951;RBI=0.0265455;REFB=0;REVB=-0.00802879;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78068e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:54:57:1:28:26:0:0:28:29:0:0 chr6 123833457 . G C 1594.96 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964646;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.919;QD=60.1871;RBI=0.0182251;REFB=0;REVB=0.0154629;RO=0;SAF=68;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82332e-05;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:103:106:1:35:68:0:0:38:68:0:0 chr6 125144352 . T G 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.238;QD=58.647;RBI=0.0141252;REFB=0.04407;REVB=0.00888667;RO=1;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407263;STB=0.521728;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000207898;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:11:29:0:1:11:29:0:1 chr6 125284457 . T C 1160.8 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183401;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.234;QD=59.5281;RBI=0.0399282;REFB=-0.00652941;REVB=0.035467;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133301;STB=0.50704;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000433584;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:35:42:0:1:35:42:0:1 chr6 125573194 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.552;QD=63.5797;RBI=0.0320221;REFB=0;REVB=-0.00528311;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46574e-05;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr6 125614100 . C A 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00167085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.974;QD=17.2231;RBI=0.00440576;REFB=-0.0164985;REVB=-0.00407663;RO=36;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370496;STB=0.520781;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0226275;OID=.;OPOS=125614100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:13:19:20:16:13:19:20:16 chr6 125614121 . C A 261.15 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00152374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.726;QD=17.1247;RBI=0.0222215;REFB=-0.0299305;REVB=0.0221692;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676195;STB=0.505717;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0356146;OID=.;OPOS=125614121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:32:27:29:0.47541:12:15:18:14:13:16:18:14 chr6 126080840 . CA AC,CAC 84.78 PASS AF=0,0.464286;AO=3,10;DP=30;FAO=0,13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1;FSAR=0,12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00743762,-0.0412006;FXX=0.0666445;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=26.9117,22.1093;QD=12.111;RBI=0.0749525,0.0416326;REFB=0.00372056,-0.0256416;REVB=-0.0745826,-0.00598204;RO=17;SAF=0,1;SAR=3,9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.529392,-0.276077;STB=0.5,0.722449;STBP=1,0.156;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0298749,0.0340828;OID=.,.;OPOS=126080840,126080842;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:30:28:17:15:3,10:0,13:0,0.464286:3,9:0,1:4:13:0,12:0,1:4:11 chr6 126080844 . AGCCC AGCC,AGCCT,CAGCC,TCGCC 67.84 PASS AF=0.423077,0,0,0;AO=6,2,2,2;DP=26;FAO=11,0,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0,0,0;FSAR=7,0,0,0;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.215139,-0.0495698,-0.087134,-0.0936197;FXX=0;HRUN=3,3,1,1;LEN=1,1,3,3;MLLD=17.1859,33.4828,23.4536,125.935;QD=10.437;RBI=0.256926,0.172577,0.0961798,0.139095;REFB=-0.0812351,-0.00767261,-0.0473163,0.0107871;REVB=-0.14045,-0.165305,-0.0407212,-0.102873;RO=11;SAF=2,0,1,0;SAR=4,2,1,2;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.64,0,0,0;SSSB=0.507343,0,0.712884,0;STB=0.758317,0.5,0.5,0.5;STBP=0.124,1,1,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp;VARB=0.0704181,0.0266071,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=126080846,126080848,126080844,126080844;OREF=C,C,AGC,AGC;OALT=-,T,CAG,TCG;OMAPALT=AGCC,AGCCT,CAGCC,TCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:26:11:15:6,2,2,2:11,0,0,0:0.423077,0,0,0:4,2,1,2:2,0,1,0:0:11:7,0,0,0:4,0,0,0:0:15 chr6 126210395 . T G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5356;QD=28.5391;RBI=0.0564797;REFB=-0.0690368;REVB=0.0144637;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0161719;OID=.;OPOS=126210395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr6 126278230 . G C 1286.9 PASS AF=0.988235;AO=85;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0600666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.162;QD=60.5599;RBI=0.0625668;REFB=-0.0260093;REVB=-0.0175101;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.505617;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=3.98888e-05;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:85:84:0.988235:45:40:0:0:44:40:0:1 chr6 127476516 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0479;QD=55.6541;RBI=0.0663612;REFB=0;REVB=0.0470741;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12124e-06;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr6 127609691 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.309;QD=33.4285;RBI=0.0593819;REFB=0;REVB=0.0155302;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101236;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 127768472 . G A 624.42 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9361;QD=59.4682;RBI=0.0350593;REFB=-0.091482;REVB=-0.0336034;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108003;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr6 127797179 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.905;QD=60.23;RBI=0.0501523;REFB=0;REVB=0.0192823;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415468;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 127797374 . G A 1350.74 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620936;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0371;QD=62.8252;RBI=0.0620957;REFB=0;REVB=-0.00051322;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93884e-05;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr6 128312033 . A G 510.07 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00916462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.507;QD=23.7243;RBI=0.0181025;REFB=-0.00199282;REVB=0.0156112;RO=38;SAF=15;SAR=33;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744658;STB=0.540966;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00150421;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:33:15:15:23:33:15:15:23 chr6 128403745 . A G 466.23 PASS AF=0.477064;AO=50;DP=105;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0177439;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3549;QD=17.1093;RBI=0.034044;REFB=-0.0281861;REVB=-0.0290542;RO=55;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599949;STB=0.540573;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0339503;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:55:57:50:52:0.477064:25:25:24:31:27:25:23:34 chr6 128411109 . C T 559.9 PASS AF=0.543689;AO=54;DP=101;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00193983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.004;QD=21.7436;RBI=0.00199421;REFB=-0.00831389;REVB=0.000462538;RO=43;SAF=22;SAR=32;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495816;STB=0.533515;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00647496;OID=.;OPOS=128411109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:43:47:54:56:0.543689:32:22:15:28:33:23:16:31 chr6 128643390 . T C 303.89 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0144981;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9368;QD=19.6059;RBI=0.0495715;REFB=-0.00549137;REVB=0.047404;RO=29;SAF=6;SAR=26;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345971;STB=0.704291;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0111463;OID=.;OPOS=128643390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:30:32:32:0.516129:26:6:15:14:26:6:16:14 chr6 128934390 . G C 757.59 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9712;QD=56.1178;RBI=0.0122319;REFB=0;REVB=-0.0120873;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102375;OID=.;OPOS=128934390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:18:35:0:0:19:35:0:0 chr6 129371106 . C T 410.07 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0081043;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.342;QD=17.0862;RBI=0.00858082;REFB=-0.0014644;REVB=-0.0028197;RO=54;SAF=23;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106825;STB=0.505997;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00192458;OID=.;OPOS=129371106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:54:42:42:0.4375:19:23:29:25:19:23:29:25 chr6 129381026 . C A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00670777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.569;QD=55.0448;RBI=0.00670825;REFB=-0.0736844;REVB=-8.06727e-05;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000818587;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:36:19:0:0:36:19:0:1 chr6 129588259 . G T 524.66 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0467275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8374;QD=17.4886;RBI=0.0625736;REFB=-0.030194;REVB=-0.0416172;RO=60;SAF=26;SAR=30;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095328;STB=0.552238;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0398181;OID=.;OPOS=129588259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:64:56:56:0.466667:30:26:34:26:30:26:36:28 chr6 129612808 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.49;QD=58.9627;RBI=0.0356791;REFB=0;REVB=0.0332267;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06027e-05;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr6 129722389 . A G 374.88 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000348662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.951;QD=49.9837;RBI=0.0361161;REFB=-0.0155797;REVB=0.0361144;RO=2;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901772;STB=0.504851;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000733349;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:12:16:1:1:12:16:1:1 chr6 129722425 . G A 434.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7957;QD=56.1088;RBI=0.0929778;REFB=0;REVB=0.0850458;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321479;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:12:19:0:0 chr6 129762112 . G A 422.84 PASS AF=0.518519;AO=40;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00613076;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.792;QD=20.8811;RBI=0.00617699;REFB=0.000795793;REVB=-0.000754349;RO=40;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114105;STB=0.565109;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00079051;OID=.;OPOS=129762112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:39:40:42:0.518519:24:16:21:19:25:17:21:18 chr6 129763886 . T C 136.85 PASS AF=0.0872818;AO=32;DP=398;FAO=35;FDP=401;FR=.,HEALED;FRO=336;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=139;FSRR=197;FWDB=0.117082;FXX=0.012315;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.1032;QD=1.36505;RBI=0.118121;REFB=-0.0418367;REVB=0.0156374;RO=291;SAF=2;SAR=30;SRF=125;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518541;STB=0.909753;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.151198;OID=.;OPOS=129763886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:398:401:291:336:32:35:0.0872818:30:2:125:166:33:2:139:197 chr6 129807629 . C T 222.78 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0102568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178;QD=18.9603;RBI=0.0163317;REFB=-0.00271619;REVB=-0.0127092;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113601;STB=0.564456;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00277096;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:13:12:8:14:13:12 chr6 129807699 . G C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00418173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.736;QD=14.4113;RBI=0.0318092;REFB=0.00640053;REVB=-0.0315332;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765217;STB=0.547211;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0253253;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:7:11:14:12:7:11:15:13 chr6 129807714 . G A 341.91 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0491553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1513;QD=30.3922;RBI=0.0526193;REFB=-0.0682235;REVB=-0.0187762;RO=16;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482714;STB=0.526462;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0268673;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:13:16:10:6:13:16:10:6 chr6 129813053 . A G 162.88 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.000484363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5312;QD=16.7059;RBI=0.00858328;REFB=-0.0206137;REVB=-0.00856961;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610493;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00739028;OID=.;OPOS=129813053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:17:18:0.461538:7:10:13:7:8:10:13:8 chr6 129814566 . G A 313.56 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=119;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0171811;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.973;QD=10.452;RBI=0.0339097;REFB=-0.0174991;REVB=-0.0292349;RO=78;SAF=22;SAR=18;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280774;STB=0.508399;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0375356;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:78:80:40:40:0.333333:18:22:41:37:18:22:43:37 chr6 129837610 . T C 367.55 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=97;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0116885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7219;QD=14.8504;RBI=0.0663068;REFB=0.00795496;REVB=0.0652684;RO=58;SAF=23;SAR=16;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131681;STB=0.560092;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0111378;OID=.;OPOS=129837610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:58:59:39:40:0.40404:16:23:27:31:17:23:28:31 chr6 129927014 . A G 1748.63 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.231;QD=60.822;RBI=0.0118092;REFB=0;REVB=-0.00685987;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85326e-06;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:56:59:0:0:56:59:0:0 chr6 130031215 . T C 1270.37 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6046;QD=60.4937;RBI=0.0791992;REFB=-0.0623003;REVB=0.0779108;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00142602;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:84:0:1:81:83:0.988095:43:38:0:0:45:38:0:1 chr6 130152452 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.015;QD=56.7051;RBI=0.0209923;REFB=0;REVB=0.0185804;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016952;OID=.;OPOS=130152452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr6 130154667 . T C 426.53 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055815;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5824;QD=56.8713;RBI=0.0969079;REFB=0;REVB=-0.0792201;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000934278;OID=.;OPOS=130154667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 130154686 . A G 357.32 PASS AF=0.931034;AO=21;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194586;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.587;QD=49.2854;RBI=0.0248906;REFB=-0.0653043;REVB=0.0155211;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.538433;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000602235;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:29:0:2:21:27:0.931034:11:10:0:0:15:12:2:0 chr6 130374102 . C A 619.67 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0472226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5076;QD=59.016;RBI=0.122778;REFB=-0.0163986;REVB=-0.113334;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00206514;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:0:1:24:17:0:1 chr6 130381246 . T C 1358.31 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.902;QD=62.4511;RBI=0.00754021;REFB=0;REVB=0.0054334;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10039e-05;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:45:41:0:0:46:41:0:0 chr6 130537005 . G A 254.74 PASS AF=0.4;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.000589633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.02;QD=13.5859;RBI=0.00659601;REFB=-0.0101627;REVB=0.00656961;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019716;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176045;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:29:30:0.4:13:16:24:21:14:16:24:21 chr6 131148737 . G A 1843.79 PASS AF=1;AO=114;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270753;FXX=0.0399968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.236;QD=61.4597;RBI=0.0271889;REFB=0;REVB=0.00248356;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54305e-05;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:114:120:1:50:64:0:0:56:64:0:0 chr6 131156102 . G T 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00653318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.927;QD=22.9026;RBI=0.00792337;REFB=-0.00908516;REVB=-0.00448299;RO=38;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082633;STB=0.545435;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00822083;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:22:24:16:22:22:24:16:22 chr6 131160876 . G T 785.85 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.616;QD=64.1512;RBI=0.0418476;REFB=0;REVB=0.0403545;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48682e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr6 131184770 . T G 216.11 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0315566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.127;QD=13.0973;RBI=0.0326884;REFB=-0.0221408;REVB=0.00852734;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328171;STB=0.684551;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0256675;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:40:25:26:0.393939:10:15:11:28:10:16:12:28 chr6 131191251 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0555927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.834;QD=9.7602;RBI=0.0557362;REFB=-0.00817993;REVB=-0.00399704;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324104;STB=0.69515;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0167649;OID=.;OPOS=131191251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:3:9:3:4:3:9 chr6 131603366 . AGT A 289.07 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0105009;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.309;QD=21.0236;RBI=0.0244445;REFB=-0.0342307;REVB=0.0220741;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162127;STB=0.551831;STBP=0.44;TYPE=del;VARB=0.0288595;OID=.;OPOS=131603367;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:30:57:30:55:25:9:21:10:15:99:25:9:21:12:13 chr6 131904233 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0162536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.512;QD=13.9482;RBI=0.021349;REFB=-0.0090099;REVB=-0.0138419;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151563;STB=0.588131;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0147025;OID=.;OPOS=131904233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:12:15:7:10:12:15 chr6 131943057 . G A 805.46 PASS AF=0.432039;AO=88;DP=206;FAO=89;FDP=206;FR=.;FRO=117;FSAF=23;FSAR=66;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=-0.0312393;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.713;QD=15.6399;RBI=0.0334807;REFB=-0.0103488;REVB=-0.0120442;RO=118;SAF=22;SAR=66;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199451;STB=0.601439;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00951099;OID=.;OPOS=131943057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:118:117:88:89:0.432039:66:22:49:69:66:23:48:69 chr6 132030966 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.078;QD=28.5376;RBI=0.0322341;REFB=-0.0187989;REVB=0.0298509;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00397664;OID=.;OPOS=132030966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr6 132212742 . A C 280.79 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0026013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.199;QD=12.0771;RBI=0.00347382;REFB=-0.00537729;REVB=0.00230233;RO=57;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317355;STB=0.533313;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0112341;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:60:33:33:0.354839:17:16:26:31:17:16:26:34 chr6 132212808 . C T 141.01 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0195672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1165;QD=7.94444;RBI=0.0202011;REFB=-0.00610625;REVB=0.00502079;RO=50;SAF=10;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238253;STB=0.507035;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0209666;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:51:20:20:0.28169:10:10:26:24:10:10:26:25 chr6 132271952 . G C 358.5 PASS AF=0.965517;AO=25;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.074211;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3419;QD=49.4476;RBI=0.114503;REFB=-0.0926459;REVB=0.0871986;RO=3;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214997;STB=0.519986;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00796406;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:3:1:25:28:0.965517:14:11:1:2:16:12:1:0 chr6 132271959 . T G 357.3 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0493525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0823;QD=49.2825;RBI=0.0649357;REFB=0.0285487;REVB=0.0422017;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.501278;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0104349;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:14:13:1:0:14:13:1:1 chr6 132271980 . T G 304.13 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6136;QD=52.8927;RBI=0.0447159;REFB=0;REVB=0.0428594;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132206;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:11:8:0:0:15:8:0:0 chr6 132859609 . T A 510.11 PASS AF=0.486486;AO=52;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0245755;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.376;QD=18.3825;RBI=0.0303681;REFB=-0.0307157;REVB=-0.0178402;RO=56;SAF=29;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02075;STB=0.506637;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0277775;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:57:52:54:0.486486:23:29:30:26:23:31:32:25 chr6 132910612 . G A 153.64 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0340615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1766;QD=11.5955;RBI=0.0651825;REFB=-0.0141644;REVB=0.0555749;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128188;STB=0.574206;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0297882;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:12:7:9:25:12:7:9:25 chr6 132910634 . C T 163.72 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0338265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.072;QD=13.3651;RBI=0.0345932;REFB=-0.00380708;REVB=-0.0072425;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186225;STB=0.590477;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00885815;OID=.;OPOS=132910634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:11:7:7:23:11:7:8:23 chr6 132938842 . C T 102.38 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00562356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.369;QD=17.805;RBI=0.00592349;REFB=-0.0282466;REVB=-0.00186099;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22735;STB=0.658254;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0464119;OID=.;OPOS=132938842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:9:3:5:5:9:3:6:5 chr6 132966207 . T C 190.49 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.021735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9871;QD=13.3675;RBI=0.0351448;REFB=0.00607937;REVB=-0.0276179;RO=34;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215719;STB=0.624278;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0117302;OID=.;OPOS=132966207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:7:16:17:17:7:16:17:17 chr6 133035098 . G A 467.68 PASS AF=0.611111;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0106864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.722;QD=25.9821;RBI=0.0110668;REFB=-0.0142177;REVB=-0.00287666;RO=28;SAF=22;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598473;STB=0.527765;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00800758;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:43:44:0.611111:21:22:12:16:22:22:12:16 chr6 133070995 . G T 1513.37 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.377;QD=59.9353;RBI=0.0130903;REFB=0;REVB=0.0130485;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28651e-05;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:59:41:0:0:59:42:0:0 chr6 133594074 . C G 38.32 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.00558757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.961;QD=1.41924;RBI=0.0188442;REFB=0.00094059;REVB=-0.0179968;RO=97;SAF=5;SAR=5;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537934;STB=0.546205;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0106452;OID=.;OPOS=133594074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:108:97:98:10:10:0.0925926:5:5:44:53:5:5:44:54 chr6 133594108 . A G 94.38 PASS AF=0.165138;AO=18;DP=109;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0339351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9092;QD=3.4634;RBI=0.0502189;REFB=-0.0111418;REVB=-0.0370182;RO=91;SAF=10;SAR=8;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910283;STB=0.560015;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0570015;OID=.;OPOS=133594108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:109:109:91:91:18:18:0.165138:8:10:44:47:8:10:44:47 chr6 133594112 . T C 48.07 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00108225;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8465;QD=1.94209;RBI=0.0280981;REFB=0.000215292;REVB=-0.0280773;RO=74;SAF=9;SAR=2;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379645;STB=0.814581;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00360355;OID=.;OPOS=133594112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:101:99:74:88:11:11:0.111111:2:9:39:35:2:9:41:47 chr6 133849966 . C T 1138.51 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675074;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.584;QD=60.7208;RBI=0.0122092;REFB=0;REVB=0.0101731;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03256e-05;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr6 133850246 . AC A 610.41 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.1064;QD=46.0687;RBI=0.0277367;REFB=0;REVB=-0.0247176;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000571832;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:52:53:53:0:17:36:0:0:11:0:15:32:0:0 chr6 134493397 . G A 111.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0106683;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.875;QD=14.879;RBI=0.010669;REFB=0.00251427;REVB=0.000119068;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230345;STB=0.505147;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00235732;OID=.;OPOS=134493397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:17:13:13:0.433333:7:6:7:9:7:6:8:9 chr6 136359279 . AC ACG,CG 774.12 PASS AF=1,0;AO=72,4;DP=103;FAO=104,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0975839,0.0114328;FXX=0.0095229;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.7464,77.2009;QD=29.7738;RBI=0.111649,0.0114538;REFB=0.0797149,0.010554;REVB=0.0542473,-0.000692437;RO=11;SAF=40,2;SAR=32,2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0707543,0.253419;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00408285,-0.00922112;OID=.,.;OPOS=136359281,136359279;OREF=-,AC;OALT=G,CG;OMAPALT=ACG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:104:11:0:72,4:104,0:1,0:32,2:40,2:3:8:53,0:51,0:0:0 chr6 136359446 . A C 414.98 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465086;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.572;QD=57.2385;RBI=0.0508465;REFB=0;REVB=0.0205503;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681166;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr6 136516257 . T C 264.32 PASS AF=0.434783;AO=28;DP=67;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0139974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.011;QD=15.3227;RBI=0.0161974;REFB=0.00483458;REVB=-0.00815041;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558896;STB=0.532142;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00639026;OID=.;OPOS=136516257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:39:28:30:0.434783:15:13:16:23:16:14:16:23 chr6 136579810 . T G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0689235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6552;QD=16.2784;RBI=0.0747634;REFB=-0.00226328;REVB=0.0289673;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189961;STB=0.606485;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00606362;OID=.;OPOS=136579810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:10:23:14:14:10:23 chr6 136582401 . A T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.013795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.583;QD=5.68914;RBI=0.0245302;REFB=0.00132218;REVB=0.0202836;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961294;STB=0.562303;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0111015;OID=.;OPOS=136582401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:14:5:2:4:14:5 chr6 136582417 . G A 69.7 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00457107;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.636;QD=6.0612;RBI=0.021155;REFB=-0.014886;REVB=-0.0206553;RO=36;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304854;STB=0.700587;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0365417;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:47:46:36:36:10:10:0.217391:2:8:21:15:2:8:21:15 chr6 136582497 . G T 327.86 PASS AF=0.296053;AO=41;DP=146;FAO=45;FDP=152;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.00836114;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.509;QD=8.62795;RBI=0.0114643;REFB=-0.0049741;REVB=-0.00784358;RO=103;SAF=28;SAR=13;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212954;STB=0.581726;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0119495;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:152:103:107:41:45:0.296053:13:28:53:50:16:29:57:50 chr6 136597004 . A G 54.04 PASS AF=0.114035;AO=12;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=66;FWDB=-0.00498858;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.006;QD=1.89626;RBI=0.0426164;REFB=-0.00603862;REVB=0.0423234;RO=100;SAF=5;SAR=7;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847778;STB=0.536177;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0373251;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:114:114:100:101:12:13:0.114035:7:5:35:65:8:5:35:66 chr6 136597262 . T C 128.61 PASS AF=0.215054;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.000872156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.486;QD=5.53145;RBI=0.00320174;REFB=-0.0115947;REVB=0.00308067;RO=73;SAF=9;SAR=11;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322669;STB=0.520154;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0219935;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:73:20:20:0.215054:11:9:31:42:11:9:31:42 chr6 136597281 . A T 139.78 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.000552408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.634;QD=6.14436;RBI=0.0187207;REFB=0.00231189;REVB=-0.0187126;RO=66;SAF=7;SAR=14;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15692;STB=0.578048;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0148303;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:70:21:21:0.230769:14:7:30:36:14:7:30:40 chr6 136597288 . A C 134.2 PASS AF=0.25;AO=19;DP=79;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00611793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.177;QD=6.7102;RBI=0.0134829;REFB=-0.00211199;REVB=0.012015;RO=59;SAF=7;SAR=12;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923864;STB=0.578454;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0173017;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:59:60:19:20:0.25:12:7:26:33:13:7:27:33 chr6 136599393 . G C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0307816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.154;QD=7.0322;RBI=0.0330403;REFB=-0.00850489;REVB=-0.0120064;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242969;STB=0.653501;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0254122;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:12:14:3:6:12:14 chr6 136599404 . T C 61.48 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0466664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.637;QD=7.02576;RBI=0.0488006;REFB=-0.0156461;REVB=-0.0142741;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242969;STB=0.653501;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0352316;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:12:14:3:6:12:14 chr6 136599822 . C G 138.41 PASS AF=0.223404;AO=21;DP=94;FAO=21;FDP=94;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00292793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.463;QD=5.88973;RBI=0.00656136;REFB=-0.00631304;REVB=0.00587186;RO=73;SAF=14;SAR=7;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1213;STB=0.575683;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0324292;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:73:73:21:21:0.223404:7:14:42:31:7:14:42:31 chr6 136599836 . G A 88.47 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0293164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.684;QD=3.64822;RBI=0.0426667;REFB=-0.0104593;REVB=-0.0309999;RO=81;SAF=9;SAR=7;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886757;STB=0.505875;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0482796;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:97:81:81:16:16:0.164948:7:9:45:36:7:9:45:36 chr6 136599842 . G A 80.09 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=97;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0392787;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1114;QD=3.33724;RBI=0.0396122;REFB=-0.0128072;REVB=0.00512915;RO=79;SAF=8;SAR=7;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046037;STB=0.518856;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.05405;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:97:96:79:81:15:15:0.15625:7:8:45:34:7:8:45:36 chr6 136934321 . T C 314.22 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0322128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7858;QD=17.2174;RBI=0.0340005;REFB=-0.00601021;REVB=-0.0108797;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425666;STB=0.515041;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0138594;OID=.;OPOS=136934321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:20:14:14:24:20:14:15:24 chr6 136944063 . A G 284.2 PASS AF=0.361702;AO=32;DP=92;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0560104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.071;QD=12.0935;RBI=0.0565835;REFB=-0.0116252;REVB=-0.00803282;RO=60;SAF=18;SAR=14;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142948;STB=0.5057;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0239545;OID=.;OPOS=136944063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:60:60:32:34:0.361702:14:18:33:27:15:19:33:27 chr6 136977568 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00181793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.928;QD=8.69778;RBI=0.0115441;REFB=0.00807118;REVB=0.0114;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.547808;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0191486;OID=.;OPOS=136977568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:12:14:7:7:0.333333:3:4:7:5:3:4:7:7 chr6 137026266 . T A,G 2128.55 PASS AF=0.0633803,0.922535;AO=10,130;DP=142;FAO=9,131;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=0,56;FSAR=9,75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0458154,0.0437351;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.0305,110.156;QD=59.9592;RBI=0.0589619,0.0438755;REFB=-0.0670061,-0.0638527;REVB=-0.0371141,0.00350701;RO=1;SAF=0,56;SAR=10,74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00637955;STB=0.99794,0.501113;STBP=0.077,0.858;TYPE=snp,snp;VARB=0.029014,0.00180704;OID=.,.;OPOS=137026266,137026266;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:142:142:1:2:10,130:9,131:0.0633803,0.922535:10,74:0,56:0:1:9,75:0,56:1:1 chr6 137151179 . G T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00339316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.717;QD=12.4824;RBI=0.0149033;REFB=-0.0135267;REVB=-0.0145119;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248755;STB=0.64494;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0303128;OID=.;OPOS=137151179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:5:14:6:6:5:14 chr6 137176884 . C T 211.15 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0084398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.596;QD=12.0659;RBI=0.00994112;REFB=-0.0159688;REVB=0.00525317;RO=44;SAF=7;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316084;STB=0.683148;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0218454;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:19:7:24:20:19:7:24:20 chr6 137325847 . C T 736.9 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5885;QD=62.7151;RBI=0.0452385;REFB=0;REVB=0.0411654;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827178;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:40:47:1:18:22:0:0:18:29:0:0 chr6 137519588 . A C 380.7 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0531824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9253;QD=19.5232;RBI=0.0548227;REFB=0.00279652;REVB=0.0133101;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825018;STB=0.551425;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00133673;OID=.;OPOS=137519588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:20:19:15:23:20:19:15:24 chr6 137536455 . G A 254.99 PASS AF=0.405405;AO=28;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.015873;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.978;QD=13.7834;RBI=0.0159077;REFB=-0.0198877;REVB=0.00104945;RO=44;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218986;STB=0.625586;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0211141;OID=.;OPOS=137536455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:44:28:30:0.405405:16:12:28:16:18:12:27:17 chr6 138413269 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7321;QD=57.2344;RBI=0.0286613;REFB=0;REVB=0.0285279;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015563;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr6 138413333 . G C 660.77 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00335663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.441;QD=51.8251;RBI=0.0586398;REFB=-0.188948;REVB=0.0585436;RO=2;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477083;STB=0.50202;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00170152;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:51:2:2:48:49:0.960784:27:21:1:1:27:22:1:1 chr6 138615148 . G A 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00302088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.517;QD=13.3403;RBI=0.00999664;REFB=-0.0054661;REVB=-0.00952928;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169869;STB=0.509794;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0107794;OID=.;OPOS=138615148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:5:16:24:8:5:16:24:8 chr6 138645228 . G A 107.73 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00336968;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.146;QD=11.6466;RBI=0.034618;REFB=-0.0161373;REVB=0.0344536;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103291;STB=0.549279;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0349603;OID=.;OPOS=138645228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:24:13:13:0.351351:8:5:11:12:8:5:11:13 chr6 138754058 . T C 335.95 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00349416;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.712;QD=16.7974;RBI=0.0101823;REFB=-0.01212;REVB=-0.00956399;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445177;STB=0.524986;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0120322;OID=.;OPOS=138754058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:44:36:36:0.45:18:18:20:24:18:18:20:24 chr6 139013015 . G A 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0050299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.037;QD=8.50795;RBI=0.0350942;REFB=-0.00646763;REVB=-0.0347319;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796727;STB=0.548937;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0191809;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:15:16:7:5:15:16 chr6 139013227 . TC T 284.96 PASS AF=0.636364;AO=37;DP=67;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.025606;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.762;QD=17.2701;RBI=0.0282419;REFB=-0.0356317;REVB=0.0119137;RO=26;SAF=10;SAR=27;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=-0.134903;STB=0.507039;STBP=0.905;TYPE=del;VARB=0.0328958;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:37:67:42:66:24:15:27:9:15:99:26:10:27:11:15 chr6 139013263 . A C 360.05 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00443691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.982;QD=26.6707;RBI=0.00936668;REFB=0.0013383;REVB=-0.00824915;RO=19;SAF=10;SAR=24;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132692;STB=0.562024;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00137046;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:19:34:35:0.648148:24:10:9:10:24:11:9:10 chr6 139013283 . T TC 200.22 PASS AF=0.6;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0018667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.8747;QD=20.0215;RBI=0.0793442;REFB=-0.0180741;REVB=0.0793223;RO=17;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194465;STB=0.592942;STBP=0.145;TYPE=ins;VARB=0.0135947;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:24:41:24:40:16:7:17:8:8:99:17:7:17:9:8 chr6 139017815 . A G 1116.49 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.883;QD=60.3506;RBI=0.0707141;REFB=0;REVB=-0.0548095;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50856e-05;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:39:35:0:0 chr6 139017832 . C T 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0313412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9849;QD=17.0587;RBI=0.0313477;REFB=0.00861599;REVB=0.000639592;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792629;STB=0.561459;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0110743;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:38:33:33:0.464789:21:12:16:20:21:12:18:20 chr6 139094638 . A G 291.22 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.6107;QD=50.6462;RBI=0.0838243;REFB=0;REVB=-0.00245546;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105194;OID=.;OPOS=139094638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:17:23:1:5:12:0:0:8:15:0:0 chr6 139180170 . A G 195.1 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0305622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.064;QD=14.1891;RBI=0.0307154;REFB=-0.0108476;REVB=-0.00306406;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855785;STB=0.548854;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00916686;OID=.;OPOS=139180170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:18:14:12:11:18:14 chr6 139355580 . A T 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00965587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.993;QD=9.85685;RBI=0.0167605;REFB=0.000932532;REVB=-0.0136996;RO=41;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107075;STB=0.562557;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000905579;OID=.;OPOS=139355580;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:13:7:11:30:13:7:11:30 chr6 139562864 . T C 371.96 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0174964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.284;QD=25.6526;RBI=0.020943;REFB=-0.0102988;REVB=0.0115102;RO=22;SAF=12;SAR=24;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576863;STB=0.531628;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00618015;OID=.;OPOS=139562864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:24:12:9:13:24:12:9:13 chr6 139563914 . C G 431.78 PASS AF=0.479167;AO=30;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0664604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.0295;QD=17.991;RBI=0.0756832;REFB=-0.0469494;REVB=0.0362071;RO=45;SAF=8;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320244;STB=0.541649;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.06021;OID=.;OPOS=139563914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:50:30:46:0.479167:22:8:25:20:23:23:29:21 chr6 139563968 . A G 227.22 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00327235;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.603;QD=18.1777;RBI=0.00327705;REFB=-0.0148262;REVB=0.000175459;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114584;STB=0.566954;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0143267;OID=.;OPOS=139563968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:26:24:24:0.48:15:9:12:12:15:9:13:13 chr6 139563972 . G C 270.97 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.027576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0112;QD=21.2524;RBI=0.0319649;REFB=-0.00346807;REVB=-0.0161653;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071339;STB=0.539654;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00231821;OID=.;OPOS=139563972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:11:12:17:11:11:12 chr6 139564117 . G C 158.41 PASS AF=0.833333;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0146505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2613;QD=35.2011;RBI=0.0593074;REFB=-0.028474;REVB=-0.0574694;RO=2;SAF=13;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065028;STB=0.548327;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00382458;OID=.;OPOS=139564117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:18:2:3:14:15:0.833333:1:13:2:0:1:14:3:0 chr6 139576544 . G A 165.66 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=35;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00186834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.301;QD=17.4383;RBI=0.0143663;REFB=-0.0215418;REVB=0.0142443;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304499;STB=0.677709;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0312774;OID=.;OPOS=139576544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:19:20:16:18:0.473684:5:11:7:12:5:13:8:12 chr6 139576736 . C T 239.62 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=26;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0493469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0284;QD=35.4996;RBI=0.0975894;REFB=0.0246754;REVB=0.0841936;RO=6;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252653;STB=0.641359;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00122161;OID=.;OPOS=139576736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:26:27:6:6:20:21:0.777778:16:4:4:2:17:4:4:2 chr6 139609755 . T C 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0448655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4276;QD=16.6147;RBI=0.0453413;REFB=-0.0115886;REVB=0.00655148;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121753;STB=0.581444;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0307483;OID=.;OPOS=139609755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:8:9:8:12:8:9:8:13 chr6 141004964 . G GT,T 2093.97 PASS AF=0.880282,0.119718;AO=106,27;DP=152;FAO=125,17;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=34,15;FSAR=91,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402925,-0.0796184;FXX=0.0206882;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=42.2187,26.7419;QD=58.985;RBI=0.0434509,0.0821403;REFB=0,0;REVB=0.0162633,0.0201974;RO=11;SAF=18,25;SAR=88,2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.132777,0.359193;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00107215,0.0315539;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:152:142:11:0:106,27:125,17:0.880282,0.119718:88,2:18,25:7:4:91,2:34,15:0:0 chr6 142399974 . C T 173.26 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0278524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3043;QD=12.8338;RBI=0.0475837;REFB=0.0166192;REVB=0.0385804;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267491;STB=0.626007;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0190089;OID=.;OPOS=142399974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:33:21:21:0.388889:11:10:7:24:11:10:9:24 chr6 142718801 . G A 695.73 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00702214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.357;QD=60.4987;RBI=0.0351893;REFB=0.0156223;REVB=0.0344815;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000872225;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:1:0:23:22:1:0 chr6 142758631 . A G 723.79 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0222071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6094;QD=54.6253;RBI=0.0344302;REFB=0.00166707;REVB=-0.0263113;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000351665;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:52:52:0.981132:24:28:0:0:24:28:0:1 chr6 143074700 . T C 1029.73 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010974;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3059;QD=58.8415;RBI=0.0410167;REFB=0;REVB=0.0395214;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509108;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:41:27:0:0:42:28:0:0 chr6 143091263 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.536;QD=56.9569;RBI=0.0171965;REFB=0;REVB=0.0158039;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91204e-05;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr6 143381763 . C T 452.9 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0152471;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.2472;QD=21.8264;RBI=0.0152488;REFB=-0.0558136;REVB=-0.000230738;RO=37;SAF=23;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097045;STB=0.540714;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.043021;OID=.;OPOS=143381763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:37:39:44:44:0.53012:21:23:15:22:21:23:17:22 chr6 143382110 . T C 932.09 PASS AF=0.482759;AO=96;DP=194;FAO=98;FDP=203;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.0308072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2228;QD=18.3662;RBI=0.0685625;REFB=-0.0240097;REVB=-0.0612514;RO=97;SAF=44;SAR=52;SRF=60;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145646;STB=0.572844;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0271316;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:203:97:105:96:98:0.482759:52:44:60:37:54:44:62:43 chr6 143745915 . A G 1016.48 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0489776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0605;QD=56.4712;RBI=0.0495883;REFB=-0.0614568;REVB=0.00775841;RO=1;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955282;STB=0.509997;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0128194;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:49:21:0:1:49:21:0:2 chr6 144081768 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.079;QD=33.4285;RBI=0.0194704;REFB=0;REVB=-0.0194704;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720568;OID=.;OPOS=144081768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 144262783 . G T 246.76 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0269693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.537;QD=31.8401;RBI=0.0281379;REFB=-0.00672226;REVB=-0.00802479;RO=9;SAF=18;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198477;STB=0.610058;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00249103;OID=.;OPOS=144262783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:4:18:5:4:4:18:5:4 chr6 144537771 . T C 325.4 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00293993;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.072;QD=14.6249;RBI=0.0150947;REFB=-0.00613979;REVB=-0.0148056;RO=52;SAF=8;SAR=28;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118352;STB=0.563721;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0116804;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:53:36:36:0.404494:28:8:16:36:28:8:16:37 chr6 144869785 . A G 232.03 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0203381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.292;QD=17.512;RBI=0.0204407;REFB=-0.0108593;REVB=-0.00204534;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1317;STB=0.572684;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00814799;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:25:26:0.490566:9:16:13:13:9:17:14:13 chr6 144878337 . G T 699.96 PASS AF=0.482759;AO=66;DP=141;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.00940471;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.79;QD=19.3092;RBI=0.0378431;REFB=-0.0290994;REVB=0.0366559;RO=70;SAF=25;SAR=41;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215402;STB=0.507203;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0312095;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:145:70:75:66:70:0.482759:41:25:25:45:42:28:29:46 chr6 145051594 . G A 757.06 PASS AF=0.979592;AO=49;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.031769;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.922;QD=61.8006;RBI=0.0344806;REFB=0.0150556;REVB=-0.0134031;RO=0;SAF=4;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000803743;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:0:1:49:48:0.979592:45:4:0:0:44:4:0:1 chr6 145093052 . A G 262.02 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0314307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3222;QD=12.4771;RBI=0.0869684;REFB=-0.0303732;REVB=0.0810902;RO=52;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017614;STB=0.504225;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0431632;OID=.;OPOS=145093052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:53:31:31:0.369048:16:15:26:26:16:15:26:27 chr6 145103215 . C T 410.54 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0016931;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.393;QD=18.0458;RBI=0.00653696;REFB=-0.0157996;REVB=0.00631389;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972704;STB=0.549427;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0181102;OID=.;OPOS=145103215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:50:49:42:42:0.461538:21:21:30:20:21:21:29:20 chr6 145167978 . C G 498.15 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.00624855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.661;QD=13.196;RBI=0.00925108;REFB=-0.00996868;REVB=0.00682188;RO=91;SAF=35;SAR=23;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142676;STB=0.587461;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0157919;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:93:58:58:0.384106:23:35:43:48:23:35:43:50 chr6 145822992 . A G 320.82 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0473671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6225;QD=18.8718;RBI=0.047635;REFB=-0.0153704;REVB=0.00504481;RO=32;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785054;STB=0.562006;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0264496;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:34:34:34:0.5:22:12:14:18:22:12:16:18 chr6 145823642 . G A 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0306714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.641;QD=13.7736;RBI=0.035747;REFB=0.00227683;REVB=0.0183607;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203373;STB=0.616908;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0038903;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:20:11:11:9:20:11 chr6 146112348 . T C 300.14 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251264;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1878;QD=52.1986;RBI=0.0300795;REFB=0;REVB=0.016536;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021251;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:16:7:0:0 chr6 146234644 . G A 710.15 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0373037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9686;QD=54.6269;RBI=0.0374041;REFB=0.0194749;REVB=-0.00273906;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149495;STB=0.507933;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00301123;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:31:20:0:1:31:20:0:1 chr6 146243916 . T C 386.22 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=39;FWDB=0.0168465;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5273;QD=17.9637;RBI=0.0249257;REFB=-0.0127462;REVB=0.0183708;RO=46;SAF=8;SAR=32;SRF=7;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755453;STB=0.541965;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0102619;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:32:8:7:39:32:8:7:39 chr6 146755140 . G A,C 739.95 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=49,3;DP=52;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332841,-0.0130438;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.879,80.6224;QD=55.8455;RBI=0.0102997,0.0136302;REFB=0,0;REVB=0.00974708,-0.00395491;RO=0;SAF=20,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000452978,0.0622391;OID=.,.;OPOS=146755140,146755140;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:52:53:0:0:49,3:50,3:0.943396,0.0566038:29,2:20,1:0:0:30,2:20,1:0:0 chr6 146755324 . T C 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.957;QD=61.68;RBI=0.0299915;REFB=0;REVB=-0.0273028;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82985e-05;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr6 146755515 . T G 250.19 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.213;QD=50.037;RBI=0.0162319;REFB=0;REVB=0.0114166;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101337;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr6 146755560 . T G 46.31 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0294673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9606;QD=9.74986;RBI=0.0345806;REFB=-0.0378281;REVB=-0.0180968;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293282;STB=0.69515;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0560713;OID=.;OPOS=146755560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:3:8:3:4:3:9 chr6 146755841 . C CA 1358.03 PASS AF=1;AO=12;DP=100;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14924;FXX=0.0103082;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.438;QD=56.5846;RBI=0.17177;REFB=0;REVB=-0.0850437;RO=87;SAF=0;SAR=12;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.647055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00164518;OID=.;OPOS=146755842;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:100:96:96:0:37:59:0:0:8:87:0:12:38:49 chr6 146755842 . C A 1103.1 PASS AF=0.835052;AO=79;DP=97;FAO=81;FDP=97;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.056315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.286;QD=45.4887;RBI=0.0603244;REFB=-0.11334;REVB=0.0216254;RO=13;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121284;STB=0.541558;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00173774;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:97:97:13:16:79:81:0.835052:44:35:0:13:46:35:3:13 chr6 147049868 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00519703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.456;QD=13.8499;RBI=0.00572395;REFB=-0.00334942;REVB=-0.00239886;RO=25;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464764;STB=0.783835;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00607636;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:15:1:7:18:15:1:7:18 chr6 147106841 . A G 426.93 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0530015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9379;QD=24.7497;RBI=0.0598667;REFB=0.0262568;REVB=0.0278362;RO=25;SAF=17;SAR=24;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010472;STB=0.520597;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0176618;OID=.;OPOS=147106841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:28:41:41:0.594203:24:17:10:15:24:17:13:15 chr6 147136212 . A T 1377.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.406;QD=62.6122;RBI=0.0407521;REFB=0;REVB=0.0117609;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40756e-05;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:50:38:0:0:50:38:0:0 chr6 147136244 . A G 1146.27 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6982;QD=59.5462;RBI=0.143582;REFB=0;REVB=-0.0446254;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121336;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:2:0:73:77:1:45:28:2:0:45:32:0:0 chr6 149700491 . G A 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0199252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2132;QD=14.6956;RBI=0.0199252;REFB=-0.00345401;REVB=-3.9452e-06;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287219;STB=0.664082;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00448395;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:20:10:13:8:20:10 chr6 149721690 . G A 137.5 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0139029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.927;QD=20.3702;RBI=0.0172326;REFB=-0.020492;REVB=-0.0101821;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460702;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0392647;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:4:10:8:4:5:10:8:4 chr6 149721965 . T C 123.09 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0365915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1008;QD=16.412;RBI=0.0714022;REFB=0.0307176;REVB=0.0613134;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057851;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0552882;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:9:7:7:7:9:7 chr6 149722040 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0335;QD=47.8205;RBI=0.0407965;REFB=0;REVB=0.00811088;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760642;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr6 149730846 . G A 272.45 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0185763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2578;QD=14.9288;RBI=0.029461;REFB=-0.0148598;REVB=-0.0228665;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045124;STB=0.533192;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0346031;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:13:18:22:19:13:18:22:20 chr6 149899981 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00525309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.76;QD=14.0966;RBI=0.0185527;REFB=-0.0134899;REVB=-0.0177935;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.617431;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0164284;OID=.;OPOS=149899981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:6:8:4:7:6:8 chr6 149953981 . C T 1072.09 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710623;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.63;QD=59.5606;RBI=0.0179623;REFB=0;REVB=0.0164968;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149605;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr6 149983216 . G A 236.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7992;QD=49.7458;RBI=0.0633072;REFB=0;REVB=-0.0572337;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442992;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr6 150004779 . A G 631.74 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195238;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.535;QD=61.6329;RBI=0.020259;REFB=0;REVB=0.00540838;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193525;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:17:24:0:0 chr6 150067675 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.367;QD=63.2847;RBI=0.0163111;REFB=0;REVB=0.00469247;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115187;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr6 150093678 . C T 304.59 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.335;QD=52.9714;RBI=0.00445056;REFB=0;REVB=0.00344993;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36598e-05;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr6 150093682 . C T 301.94 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0920955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0367;QD=52.5119;RBI=0.0955775;REFB=0;REVB=-0.0255631;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149238;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr6 150114745 . G A 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.684;QD=61.6757;RBI=0.0234362;REFB=0;REVB=0.01727;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149614;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 150209717 . C G 704.77 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377881;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.183;QD=61.2845;RBI=0.0399098;REFB=0;REVB=0.0128395;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044196;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:27:17:0:0:28:18:0:0 chr6 150210681 . G A 854.79 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288687;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.79;QD=57.9518;RBI=0.0330194;REFB=0;REVB=0.0160275;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24787e-05;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr6 150210685 . C T 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.559;QD=57.8814;RBI=0.0382527;REFB=0;REVB=0.0333412;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178682;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr6 150210723 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00270806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.685;QD=18.4271;RBI=0.00772267;REFB=0.00307709;REVB=-0.00723229;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327601;STB=0.518312;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00307672;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:11:17:16:12:11:17 chr6 150211100 . T C 309.17 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0226764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.691;QD=18.7373;RBI=0.0252225;REFB=-0.0117258;REVB=0.0110433;RO=33;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171183;STB=0.595685;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0144226;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:22:11:17:16:22:11:17:16 chr6 150211123 . A T 1042.66 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.256;QD=59.5805;RBI=0.0461234;REFB=0;REVB=0.0364026;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94174e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:40:29:0:0:40:30:0:0 chr6 150212003 . C T 331.46 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.024485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6009;QD=21.3846;RBI=0.0369363;REFB=-0.0264375;REVB=0.0276546;RO=26;SAF=9;SAR=25;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210026;STB=0.636857;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0254962;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:28:34:34:0.548387:25:9:13:13:25:9:15:13 chr6 150239330 . C T 234.53 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0345411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6749;QD=25.3546;RBI=0.0443371;REFB=0.0246041;REVB=0.0277974;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048372;STB=0.544001;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0150456;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:15:22:22:0.594595:14:8:6:8:14:8:7:8 chr6 150240829 . G C 526.09 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0245716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6006;QD=17.8336;RBI=0.0328085;REFB=-0.0154086;REVB=-0.0217401;RO=62;SAF=24;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052953;STB=0.529401;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0215654;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:32:24:30:32:32:24:30:32 chr6 150267527 . A C 211.5 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.177;QD=16.5883;RBI=0.0230468;REFB=0.000973466;REVB=0.0209887;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726467;STB=0.541264;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.000713367;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:13:15:14:9:13:15 chr6 150385730 . T G 1498.29 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873196;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.004;QD=61.1548;RBI=0.0694692;REFB=-0.0449075;REVB=0.0689183;RO=1;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100513;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:98:1:0:92:98:1:34:58:0:1:39:59:0:0 chr6 150716533 . T A 412.22 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0106564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.644;QD=51.527;RBI=0.0107787;REFB=-0.147229;REVB=-0.00161937;RO=2;SAF=14;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620412;STB=0.533311;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000717234;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:32:32:2:2:30:30:0.9375:16:14:2:0:16:14:2:0 chr6 150716696 . TG CA 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171526;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.578;QD=59.0187;RBI=0.060927;REFB=0;REVB=0.0584627;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000160645;OID=.;OPOS=150716696;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr6 150717640 . T C 1365.28 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.403;QD=62.0582;RBI=0.0120273;REFB=0;REVB=-0.011346;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04678e-05;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:55:32:0:0:56:32:0:0 chr6 150722187 . TG CA 1684.08 PASS AF=1;AO=109;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364025;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=2;MLLD=233.045;QD=60.1459;RBI=0.0524524;REFB=0;REVB=0.0377639;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.24216e-05;OID=.;OPOS=150722187;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:109:112:1:61:48:0:0:62:50:0:0 chr6 151004906 . C T 249.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00475578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.152;QD=16.6602;RBI=0.0222578;REFB=-0.00497128;REVB=-0.0217438;RO=32;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280991;STB=0.657907;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00930833;OID=.;OPOS=151004906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:18:10:21:11:18:10:21:11 chr6 151055031 . C T 230.8 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0123686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.691;QD=14.4251;RBI=0.0187822;REFB=-0.0159814;REVB=0.0141347;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535631;STB=0.54004;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0225475;OID=.;OPOS=151055031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:26:27:0.421875:14:12:19:18:15:12:19:18 chr6 151121915 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.819;QD=58.0611;RBI=0.0205983;REFB=0;REVB=0.0196265;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59666e-05;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr6 151164764 . C T 975.97 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299518;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.392;QD=59.1498;RBI=0.031485;REFB=0;REVB=0.00970567;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126266;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:42:23:0:0:43:23:0:0 chr6 151336739 . C G 1845.69 PASS AF=0.97619;AO=122;DP=127;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0137264;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3714;QD=58.5932;RBI=0.0421727;REFB=-0.0510022;REVB=-0.0398764;RO=5;SAF=49;SAR=73;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000127377;STB=0.506644;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00441754;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:126:5:3:122:123:0.97619:73:49:2:3:74:49:2:1 chr6 151358194 . C A 533.53 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0417642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0352;QD=17.0728;RBI=0.0549648;REFB=0.0326683;REVB=-0.0357335;RO=68;SAF=22;SAR=35;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996073;STB=0.555536;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0392101;OID=.;OPOS=151358194;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:35:22:33:35:35:22:33:35 chr6 151673179 . A T 173.54 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00440989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.725;QD=21.0355;RBI=0.0127696;REFB=-0.0201193;REVB=-0.011984;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541852;STB=0.530577;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0199552;OID=.;OPOS=151673179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:10:5:5:13:10:5 chr6 151687943 . C T 169.5 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00277877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8399;QD=10.5938;RBI=0.0116577;REFB=-0.00522031;REVB=-0.0113217;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054632;STB=0.514273;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00885411;OID=.;OPOS=151687943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:21:22:0.34375:12:9:20:22:12:10:20:22 chr6 151766552 . G A 2153.0 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006225;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.478;QD=62.8614;RBI=0.0278178;REFB=0;REVB=0.0271123;RO=0;SAF=73;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71853e-05;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:136:137:1:63:73:0:0:64:73:0:0 chr6 151859314 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.901;QD=50.4134;RBI=0.0599514;REFB=0;REVB=0.0562106;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293239;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr6 151894505 . T C 784.83 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5375;QD=57.0785;RBI=0.0625677;REFB=0;REVB=-0.0490939;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106304;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr6 152201875 . T C 1181.01 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267961;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.859;QD=59.7981;RBI=0.0276298;REFB=0;REVB=-0.00673634;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835588;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:73:79:1:51:22:0:0:51:28:0:0 chr6 152265522 . G C 804.08 PASS AF=0.621849;AO=66;DP=111;FAO=74;FDP=119;FR=.;FRO=45;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0194718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.043;QD=27.0278;RBI=0.0199204;REFB=-0.0224746;REVB=0.00420363;RO=44;SAF=37;SAR=29;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112881;STB=0.518428;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0133529;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:119:44:45:66:74:0.621849:29:37:24:20:31:43:24:21 chr6 152422335 . C T 1339.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.478;QD=62.3204;RBI=0.0301526;REFB=0;REVB=0.0256736;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3868e-05;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:47:37:0:0:49:37:0:0 chr6 152442988 . T C 958.73 PASS AF=0.476415;AO=95;DP=208;FAO=101;FDP=212;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=0.00996965;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.167;QD=18.0893;RBI=0.015384;REFB=-0.00501321;REVB=0.0117164;RO=111;SAF=48;SAR=47;SRF=70;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122446;STB=0.555869;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00901587;OID=.;OPOS=152442988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:212:111:111:95:101:0.476415:47:48:70:41:48:53:70:41 chr6 152443761 . C T 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0320124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.613;QD=13.3138;RBI=0.0491329;REFB=-0.0209342;REVB=-0.0372726;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496479;STB=0.528472;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0378424;OID=.;OPOS=152443761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:12:21:13:9:12:21 chr6 152464839 . A G 545.64 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.019549;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.02;QD=25.6772;RBI=0.0195621;REFB=0.000909642;REVB=-0.000715022;RO=35;SAF=27;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019456;STB=0.510634;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00104024;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:23:27:18:17:23:27:18:17 chr6 152466674 . T C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0144711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.843;QD=6.54487;RBI=0.0311226;REFB=-0.00644791;REVB=-0.0275536;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422805;STB=0.760324;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0217506;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:6:18:3:5:6:18 chr6 152469188 . C G 295.57 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00151814;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0085;QD=17.6458;RBI=0.00312859;REFB=0.0194887;REVB=-0.00273557;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495611;STB=0.521114;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0234306;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:35:32:32:0.477612:17:15:15:21:17:15:15:20 chr6 152469331 . C T 265.48 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00766523;FXX=0.109071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.03;QD=21.672;RBI=0.0182133;REFB=-0.00395074;REVB=0.0165218;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169694;STB=0.606487;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00347591;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:49:20:22:27:27:0.55102:18:9:3:17:18:9:3:19 chr6 152489294 . T C 343.38 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4757;QD=50.8715;RBI=0.061211;REFB=-0.00737749;REVB=0.0573367;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00186349;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:25:26:0.962963:16:9:0:0:17:9:0:1 chr6 152540278 . A C 1211.6 PASS AF=0.922222;AO=83;DP=90;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00152307;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.483;QD=53.8487;RBI=0.00416135;REFB=-0.114091;REVB=-0.00387261;RO=6;SAF=38;SAR=45;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267257;STB=0.520017;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000810474;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:90:90:6:7:83:83:0.922222:45:38:4:2:45:38:5:2 chr6 152615200 . G A 175.76 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0180344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.492;QD=11.9161;RBI=0.0223497;REFB=0.00601233;REVB=0.0132012;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225534;STB=0.50239;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0103172;OID=.;OPOS=152615200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:13:9:14:22:13:9:15:22 chr6 152647681 . A T 330.09 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0153319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2738;QD=18.3381;RBI=0.0384814;REFB=-0.064505;REVB=-0.0352952;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164183;STB=0.583877;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0265639;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:19:16:23:13:19:16:23:14 chr6 152651759 . C G 115.16 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0211143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.347;QD=21.9357;RBI=0.0375726;REFB=-0.0133679;REVB=0.0310787;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00912413;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:6:2:5:8:6:2 chr6 152652034 . A T 265.25 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0114691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.187;QD=15.6028;RBI=0.0116961;REFB=-0.0121306;REVB=0.00229349;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118009;STB=0.566622;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0157129;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:17:13:21:17:17:13:21:17 chr6 152658142 . T C 110.44 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0240465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6587;QD=15.7768;RBI=0.0439058;REFB=-0.018036;REVB=-0.0367354;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034656;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0211476;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:15:13:13:0.464286:7:6:7:7:7:6:8:7 chr6 152665261 . C A 906.93 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127172;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.85;QD=58.5113;RBI=0.0232594;REFB=0;REVB=0.019475;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50823e-06;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr6 152675854 . A G 627.02 PASS AF=0.44;AO=62;DP=147;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0415667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.632;QD=16.7204;RBI=0.0415966;REFB=-0.00751458;REVB=-0.00157583;RO=83;SAF=28;SAR=34;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104746;STB=0.567144;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00965062;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:83:84:62:66:0.44:34:28:46:37:37:29:47:37 chr6 152683413 . G T 266.58 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00295682;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.386;QD=26.0079;RBI=0.0217436;REFB=-0.00492568;REVB=0.0215416;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151615;STB=0.505108;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00369465;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:16:17:24:24:0.585366:11:13:9:7:11:13:9:8 chr6 152694184 . T C 460.85 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.00579337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.455;QD=17.2281;RBI=0.0415823;REFB=-0.00401823;REVB=0.0411767;RO=57;SAF=22;SAR=28;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21439;STB=0.618966;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00755221;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:28:22:38:19:28:22:38:19 chr6 153296541 . G C 785.56 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.478;QD=64.1271;RBI=0.0503055;REFB=0;REVB=-0.00640386;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446057;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr6 153315921 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4426;QD=59.8364;RBI=0.0193795;REFB=0;REVB=0.0183359;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88641e-05;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr6 153323594 . C T 1887.25 PASS AF=0.962121;AO=124;DP=133;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0239557;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.012;QD=57.1894;RBI=0.0380409;REFB=-0.0999187;REVB=0.0295505;RO=3;SAF=62;SAR=62;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022431;STB=0.503342;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00212768;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:133:132:3:5:124:127:0.962121:62:62:3:0:62:65:3:2 chr6 153323709 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.295;QD=43.485;RBI=0.089171;REFB=0;REVB=-0.0114482;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104371;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 153365100 . A C 233.0 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00350848;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.067;QD=14.7937;RBI=0.0126451;REFB=-0.00153544;REVB=-0.0121486;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697573;STB=0.547668;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00319891;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:36:27:27:0.428571:12:15:17:18:12:15:17:19 chr6 153741613 . G C 1589.9 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7531;QD=59.9963;RBI=0.0372307;REFB=0;REVB=0.00183069;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199111;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:63:42:0:0:64:42:0:0 chr6 153987576 . G A 179.56 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0644914;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6225;QD=21.7649;RBI=0.0685552;REFB=-0.0482415;REVB=-0.0232525;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16938;STB=0.595635;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0194306;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:7:8:6:12:7:8 chr6 154002660 . T C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00147307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.968;QD=20.7553;RBI=0.0092037;REFB=-0.00566581;REVB=-0.00908505;RO=11;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526731;STB=0.81667;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0162224;OID=.;OPOS=154002660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:13:2:8:3:13:2:9:3 chr6 154414446 . A T 1872.52 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.396;QD=60.4038;RBI=0.0817386;REFB=-0.0863841;REVB=-0.0748989;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000288719;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:58:65:0:0:58:65:0:1 chr6 154414563 . A G 722.84 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.172;QD=62.8556;RBI=0.0295752;REFB=0;REVB=0.0100589;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4364e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:25:19:0:0:26:20:0:0 chr6 154414573 . C T 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1006;QD=62.0124;RBI=0.046267;REFB=0;REVB=0.0262258;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677906;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr6 154763401 . G A 380.01 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.109982;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1855;QD=21.7147;RBI=0.109991;REFB=0.02099;REVB=-0.00146373;RO=32;SAF=10;SAR=28;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195593;STB=0.608635;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0198408;OID=.;OPOS=154763401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:28:10:15:17:28:10:15:17 chr6 154771277 . A G 262.78 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0134801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4305;QD=12.6639;RBI=0.0194655;REFB=0.0135998;REVB=0.0140425;RO=52;SAF=20;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142577;STB=0.581999;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0140975;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:11:20:27:25:11:20:27:25 chr6 155448765 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0629563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.139;QD=15.6536;RBI=0.0630571;REFB=-0.00220141;REVB=0.00356527;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13458;STB=0.582113;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00318871;OID=.;OPOS=155448765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:15:11:9:22:15:11:9:23 chr6 155458373 . T C 467.18 PASS AF=0.586667;AO=43;DP=74;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0261383;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5815;QD=24.9161;RBI=0.0472481;REFB=-0.00664122;REVB=0.0393595;RO=31;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754279;STB=0.508314;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00547611;OID=.;OPOS=155458373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:31:31:43:44:0.586667:24:19:14:17:25:19:14:17 chr6 155485554 . G A 275.39 PASS AF=0.306452;AO=37;DP=124;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0175468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8832;QD=8.88341;RBI=0.0640025;REFB=-0.00138432;REVB=-0.0615503;RO=85;SAF=24;SAR=13;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160759;STB=0.58532;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00184935;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:85:86:37:38:0.306452:13:24:44:41:14:24:44:42 chr6 155561760 . T C 1113.7 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.597;QD=58.6157;RBI=0.0385496;REFB=-0.078663;REVB=0.0365879;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000679017;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:76:0:1:72:75:0.986842:34:38:0:0:37:38:0:1 chr6 155577823 . C T 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00817607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.401;QD=60.1579;RBI=0.0245103;REFB=-0.127124;REVB=0.0231064;RO=1;SAF=9;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493531;STB=0.526303;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00742602;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:35:9:1:0:35:9:1:0 chr6 155578592 . A AT 327.96 PASS AF=1;AO=11;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.267513;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.46289;QD=25.7226;RBI=0.280685;REFB=0.0125104;REVB=-0.0849746;RO=39;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00488088;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:52:51:51:0:24:27:0:0:5:39:8:3:16:23 chr6 155578599 . A T 594.86 PASS AF=0.888889;AO=46;DP=51;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0690071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.2972;QD=44.0634;RBI=0.0882981;REFB=-0.0671928;REVB=-0.0550869;RO=5;SAF=22;SAR=24;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144094;STB=0.514013;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00844084;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:51:54:5:6:46:48:0.888889:24:22:2:3:26:22:2:4 chr6 155578756 . A T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.524;QD=61.6818;RBI=0.0244822;REFB=0;REVB=-0.0137052;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52006e-05;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr6 155579035 . G A 223.79 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0390691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.934;QD=22.3788;RBI=0.0438141;REFB=-0.0429007;REVB=0.0198313;RO=18;SAF=18;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250452;STB=0.5999;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0429114;OID=.;OPOS=155579035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:3:18:12:6:4:18:12:6 chr6 155596901 . T C 1105.47 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699748;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.541;QD=59.7552;RBI=0.0354416;REFB=0;REVB=0.0347439;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2932e-05;OID=.;OPOS=155596901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:27:44:0:0:29:45:0:0 chr6 155597147 . C T 497.34 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.014974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.095;QD=19.1283;RBI=0.0185576;REFB=0.00305114;REVB=-0.0109619;RO=51;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607754;STB=0.529028;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00325216;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:52:52:0.5:23:29:25:26:23:29:26:26 chr6 155606325 . C T 273.24 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00717615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.435;QD=22.3053;RBI=0.0170715;REFB=-0.00999367;REVB=-0.01549;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330235;STB=0.503309;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00937892;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:23:25:26:0.530612:16:9:8:14:16:10:9:14 chr6 155750035 . C T 443.27 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9432;QD=53.7302;RBI=0.0888907;REFB=-0.0414793;REVB=0.0869012;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0501958;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:1:0:14:18:1:0 chr6 155761246 . G T 83.73 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00424144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.507;QD=20.9314;RBI=0.0476167;REFB=-0.0054485;REVB=0.0474274;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.562382;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00324836;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:6:6:9:10:0.625:2:7:5:1:3:7:5:1 chr6 155774608 . C T 199.35 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00662965;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.801;QD=18.9862;RBI=0.0260406;REFB=-0.0146821;REVB=0.0251825;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128702;STB=0.573452;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0178122;OID=.;OPOS=155774608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:8:14:15:5:8:14 chr6 155775980 . G T 220.8 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0176864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.902;QD=15.2274;RBI=0.0185561;REFB=-0.0245018;REVB=0.0056143;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431906;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0177546;OID=.;OPOS=155775980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:25:26:0.448276:14:11:15:16:14:12:15:17 chr6 157405930 . G A 2282.29 PASS AF=0.986395;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0156429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.799;QD=62.1032;RBI=0.0292342;REFB=-0.128898;REVB=0.0246969;RO=2;SAF=91;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176033;STB=0.509258;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000743867;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:147:2:2:144:145:0.986395:53:91:0:2:53:92:0:2 chr6 157801040 . T A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.00256624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.581;QD=13.7475;RBI=0.0083438;REFB=-0.00350193;REVB=-0.00793936;RO=32;SAF=1;SAR=21;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427986;STB=0.757408;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00311544;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:21:1:6:26:21:1:6:26 chr6 157801186 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00345627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.373;QD=15.3789;RBI=0.0149382;REFB=-0.00952957;REVB=-0.0145328;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145413;STB=0.583208;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0135196;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:2:12:9:3:2:12 chr6 157801516 . A G 329.83 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=97;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00318814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.314;QD=13.4624;RBI=0.00489069;REFB=-0.00163034;REVB=-0.00370872;RO=58;SAF=22;SAR=14;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212501;STB=0.604339;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00283175;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:58:61:36:37:0.377551:14:22:24:34:15:22:26:35 chr6 157963743 . G A 252.54 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0462498;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.532;QD=20.2032;RBI=0.0463413;REFB=-0.00807378;REVB=-0.00291119;RO=24;SAF=3;SAR=23;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400792;STB=0.729053;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00186414;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:23:3:10:14:23:3:10:14 chr6 158132992 . G A 380.77 PASS AF=0.465116;AO=38;DP=84;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0359261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5047;QD=17.7102;RBI=0.0726653;REFB=-0.00354512;REVB=0.0631629;RO=46;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212263;STB=0.524987;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00508404;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:46:46:38:40:0.465116:19:19:24:22:21:19:24:22 chr6 158133074 . A AT 253.44 PASS AF=0.527778;AO=35;DP=76;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0305084;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1937;QD=14.0802;RBI=0.0370661;REFB=-0.00142772;REVB=0.0210507;RO=36;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695718;STB=0.53619;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.00363542;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:35:76:38:72:34:14:24:15:19:99:36:13:22:16:20 chr6 158497717 . T C 225.85 PASS AF=0.5;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0202347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4548;QD=20.5316;RBI=0.0376979;REFB=-0.018096;REVB=-0.031807;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798932;STB=0.523686;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0164059;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:22:22:22:0.5:9:13:12:8:9:13:14:8 chr6 158499302 . G T 272.95 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00635125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.263;QD=13.9973;RBI=0.00753853;REFB=-0.00457704;REVB=0.00406092;RO=45;SAF=8;SAR=23;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443597;STB=0.759334;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0123013;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:46:31:32:0.410256:23:8:31:14:24:8:32:14 chr6 158505088 . A G 366.62 PASS AF=0.62;AO=29;DP=48;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0154124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.37;QD=29.3298;RBI=0.0155959;REFB=-0.0197645;REVB=0.00238552;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938141;STB=0.548356;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0118401;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:19:19:29:31:0.62:13:16:8:11:14:17:8:11 chr6 158507981 . G A 304.8 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0480979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8158;QD=26.5046;RBI=0.0500306;REFB=-0.0386173;REVB=0.0137715;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133708;STB=0.583273;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0216125;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:13:14:6:12:13:14:6:13 chr6 158509750 . A G 217.2 PASS AF=0.385714;AO=25;DP=68;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0824355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1148;QD=12.4114;RBI=0.0842233;REFB=-0.0246527;REVB=-0.0172615;RO=42;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135598;STB=0.541371;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0467456;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:42:43:25:27:0.385714:15:10:22:20:15:12:22:21 chr6 158517308 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.000180017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1239;QD=10.1726;RBI=0.0284807;REFB=-0.0363579;REVB=-0.0284801;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0486636;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr6 158571501 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5315;QD=57.6774;RBI=0.0318592;REFB=0;REVB=-0.0297315;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583195;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr6 158735087 . C T 867.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9525;QD=57.8183;RBI=0.0394919;REFB=0;REVB=-0.0394449;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394442;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr6 158735090 . T C 886.0 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519774;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.971;QD=58.0986;RBI=0.0102513;REFB=0;REVB=0.0088359;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46266e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr6 158923434 . G C 232.32 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0469192;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.508;QD=12.5578;RBI=0.0486652;REFB=-0.00907016;REVB=-0.0129186;RO=41;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00091214;STB=0.508715;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0230891;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:46:28:28:0.378378:15:13:19:22:15:13:22:24 chr6 158924088 . T C 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0045566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.75;QD=60.1568;RBI=0.0649773;REFB=-0.00221319;REVB=0.0648173;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000130777;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:1:0:20:24:1:0 chr6 159065758 . C G 727.26 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0287612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.629;QD=52.8914;RBI=0.0287647;REFB=-0.0922498;REVB=-0.000448923;RO=1;SAF=15;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303689;STB=0.531238;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0032765;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:38:15:1:0:38:15:2:0 chr6 159178345 . C T 1249.65 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0962136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8843;QD=58.8069;RBI=0.0964676;REFB=-0.0589587;REVB=-0.00699564;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.504853;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0034929;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:85:0:1:80:84:0.988235:51:29:0:0:51:33:0:1 chr6 159398633 . T C 174.26 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0139358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.386;QD=9.81745;RBI=0.026111;REFB=-0.0229491;REVB=0.0220812;RO=48;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00317833;STB=0.501866;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.044343;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:13:10:21:27:13:10:21:27 chr6 159398700 . C T 164.25 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0108574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.003;QD=11.1355;RBI=0.038308;REFB=0.00653498;REVB=-0.0367372;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879913;STB=0.539963;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.013398;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:21:21:0.355932:9:12:24:13:9:12:24:14 chr6 159398764 . G A 277.55 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0153373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0142;QD=16.0898;RBI=0.0316364;REFB=0.0246448;REVB=-0.02767;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032813;STB=0.510884;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0297794;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:30:31:0.449275:12:18:24:14:12:19:24:14 chr6 159399348 . A G 136.72 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0130204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4442;QD=16.0844;RBI=0.0131285;REFB=-0.0595802;REVB=-0.00168087;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448535;STB=0.728911;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0355015;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:15:16:0.470588:10:5:15:3:10:6:15:3 chr6 159407446 . C T 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00330647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.116;QD=19.6088;RBI=0.00372768;REFB=-0.0036519;REVB=-0.00172129;RO=43;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562939;STB=0.531289;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00407503;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:25:17:20:23:25:17:20:23 chr6 159414899 . T C 264.94 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00967754;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.477;QD=15.8173;RBI=0.0194877;REFB=-0.0369308;REVB=-0.0169149;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140364;STB=0.509144;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0213051;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:34:37:30:30:0.447761:11:19:22:12:11:19:24:13 chr6 159420574 . T C 91.42 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00186578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4003;QD=14.6276;RBI=0.0379787;REFB=-0.0370273;REVB=-0.0379329;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160306;STB=0.648398;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0425941;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:25:11:13:11:12:0.48:4:7:5:6:4:8:5:8 chr6 159650978 . A G 243.92 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0246684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2925;QD=12.3505;RBI=0.0338342;REFB=-0.0213671;REVB=-0.0231565;RO=49;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144013;STB=0.582225;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0279017;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:15:15:18:31:15:15:18:31 chr6 159652931 . G C 354.04 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0194802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9959;QD=29.5035;RBI=0.0415096;REFB=0.00672502;REVB=0.0366547;RO=18;SAF=8;SAR=22;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183301;STB=0.601215;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00180247;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:22:8:9:9:22:8:9:9 chr6 159653635 . C G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0117712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.413;QD=9.10006;RBI=0.0652387;REFB=-0.0303455;REVB=-0.0641679;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220547;STB=0.513484;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0750445;OID=.;OPOS=159653635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:6:13:6:3:6:13 chr6 159654487 . G T 158.79 PASS AF=0.4;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0623997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2239;QD=14.1146;RBI=0.0624055;REFB=-0.00976392;REVB=-0.000850697;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712159;STB=0.522363;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0149014;OID=.;OPOS=159654487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:27:17:18:0.4:10:7:12:13:10:8:13:14 chr6 159654994 . A C 108.18 PASS AF=0.277778;AO=13;DP=52;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=-0.0128159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.51;QD=8.01301;RBI=0.0145662;REFB=-0.0211552;REVB=0.00692286;RO=36;SAF=10;SAR=3;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641169;STB=0.523779;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.052374;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:36:39:13:15:0.277778:3:10:29:7:3:12:32:7 chr6 159655084 . C G 1062.12 PASS AF=0.400662;AO=120;DP=300;FAO=121;FDP=302;FR=.;FRO=181;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=93;FSRR=88;FWDB=-0.0291094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3904;QD=14.0678;RBI=0.0513917;REFB=-0.0222391;REVB=-0.0423527;RO=178;SAF=57;SAR=63;SRF=93;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506327;STB=0.52562;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.038015;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:178:181:120:121:0.400662:63:57:93:85:64:57:93:88 chr6 159655102 . A G 1091.55 PASS AF=0.397059;AO=106;DP=314;FAO=135;FDP=340;FR=.;FRO=205;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=107;FSRR=98;FWDB=0.00166738;FXX=0.00293247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.072;QD=12.8418;RBI=0.0135756;REFB=-0.00938611;REVB=0.0134728;RO=165;SAF=52;SAR=54;SRF=80;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00619772;STB=0.502402;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.018052;OID=.;OPOS=159655102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:340:165:205:106:135:0.397059:54:52:80:85:64:71:107:98 chr6 159655402 . A G 90.46 PASS AF=0.5;AO=8;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.000411563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.139;QD=16.4477;RBI=0.0747752;REFB=-0.0167718;REVB=-0.0747741;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26538;STB=0.648363;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0253693;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:22:22:7:11:8:11:0.5:3:5:2:5:3:8:5:6 chr6 159667961 . T G 348.68 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00511396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.648;QD=17.4339;RBI=0.00640935;REFB=-0.0188685;REVB=0.00386356;RO=43;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317848;STB=0.517799;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0199994;OID=.;OPOS=159667961;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:21:16:20:23:21:16:20:23 chr6 159670100 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0469641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.364;QD=9.13251;RBI=0.0471439;REFB=-0.018978;REVB=-0.00411329;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454543;STB=0.7994;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0257401;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:20:22:10:10:0.3125:8:2:12:8:8:2:14:8 chr6 159672455 . C T 353.76 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0532304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7202;QD=14.895;RBI=0.0532456;REFB=-0.0216428;REVB=0.00127138;RO=56;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837508;STB=0.538024;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0324893;OID=.;OPOS=159672455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:56:38:39:0.410526:16:22:28:28:17:22:28:28 chr6 159692405 . C T 468.72 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00441334;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.251;QD=16.8907;RBI=0.00858872;REFB=-0.029329;REVB=-0.00736808;RO=59;SAF=33;SAR=18;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556346;STB=0.536875;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0388089;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:18:33:35:24:18:33:35:25 chr6 160114168 . T C 323.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2526;QD=53.8927;RBI=0.105899;REFB=0;REVB=-0.0312968;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00366442;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr6 160169258 . G T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.747;QD=58.0586;RBI=0.0305654;REFB=0;REVB=-0.00145497;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22458e-05;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr6 160170458 . GTTTT GTTTG,GT,GTT,GTTT 138.05 PASS AF=0.291667,0.208333,0.416667,0.0833333;AO=2,4,5,4;DP=24;FAO=7,5,10,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,7,2;FSAR=7,3,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000561343,0.0284337,0.0418843,0.0763604;FXX=0.142806;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,3,2,1;MLLD=181.149,7.94479,5.87936,3.19164;QD=23.0084;RBI=0.0471112,0.122154,0.180998,0.339679;REFB=0.00366704,-0.0597604,-0.0702739,-0.0648683;REVB=-0.0471078,-0.118798,-0.176085,-0.330985;RO=1;SAF=0,2,4,3;SAR=2,2,1,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.166656,-0.0951258,-0.119989;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.108719,0.0606032,-0.00563403,-0.228107;OID=.,.,.,.;OPOS=160170462,160170459,160170459,160170459;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=G,-,-,-;OMAPALT=GTTTG,GT,GTT,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.291667,0.208333,0.416667,0.0833333:2,4,5,4:24:7,5,10,2:24:0:0,2,7,2:7,3,3,0:0:0:33:1:0,2,4,3:2,2,1,1:1:0 chr6 160182617 . C T 928.67 PASS AF=0.833333;AO=69;DP=84;FAO=70;FDP=84;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.00871324;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.554;QD=44.2225;RBI=0.0700935;REFB=-0.15382;REVB=0.0695498;RO=15;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1295;STB=0.563619;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.012684;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:84:84:15:14:69:70:0.833333:47:22:0:15:48:22:0:14 chr6 160198359 . C T 790.96 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0809631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4735;QD=56.4968;RBI=0.0849328;REFB=0;REVB=0.0256623;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260465;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr6 160201295 . C A 702.29 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.478;QD=62.4255;RBI=0.0611061;REFB=0;REVB=-0.0556358;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108419;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:17:28:0:0 chr6 160206716 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7871;QD=52.6113;RBI=0.0455714;REFB=0;REVB=0.043945;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149001;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 160211636 . G A 1539.94 PASS AF=0.98;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0130471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.131;QD=61.5978;RBI=0.0395098;REFB=0.00206796;REVB=0.0372933;RO=1;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104228;STB=0.500614;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-7.19911e-06;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:97:98:0.98:45:52:0:1:46:52:1:1 chr6 160211645 . GGTT GG,G 947.96 PASS AF=0,1;AO=10,59;DP=73;FAO=0,79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243064,0.0285457;FXX=0.0365809;HRUN=2,5;LEN=2,3;MLLD=256.223,266.234;QD=47.9979;RBI=0.0243628,0.0290254;REFB=0,0;REVB=0.00165636,0.00525559;RO=0;SAF=2,39;SAR=8,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0122867,0.000173174;OID=.,.;OPOS=160211647,160211646;OREF=TT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,59:73:0,79:79:0:0,44:0,35:0:0:17:0:2,39:8,20:0:0 chr6 160224346 . T C 700.12 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.485;QD=62.2327;RBI=0.0502438;REFB=0;REVB=0.0480268;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454749;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr6 160328620 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0194642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.548;QD=9.11029;RBI=0.0254263;REFB=-0.012002;REVB=-0.0163598;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137746;STB=0.584891;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0212084;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:8:8:3:5:8:8 chr6 160453978 . A G 272.73 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00257884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.059;QD=24.2425;RBI=0.026542;REFB=-0.0202622;REVB=0.0264164;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325547;STB=0.518102;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0175254;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:12:8:11:14:12:8 chr6 160464289 . G A 592.71 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0149799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.358;QD=18.9666;RBI=0.0207975;REFB=-0.0298554;REVB=-0.014427;RO=64;SAF=29;SAR=32;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498255;STB=0.527542;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0268693;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:64:61:61:0.488:32:29:27:37:32:29:27:37 chr6 160468278 . A G 866.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125347;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3216;QD=56.8068;RBI=0.0713761;REFB=0;REVB=0.0702668;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212041;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:29:29:0:0:32:29:0:0 chr6 160494409 . A G 1325.12 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.883;QD=60.925;RBI=0.0359236;REFB=0.0798452;REVB=0.0316876;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.506023;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000197425;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:85:86:0.988506:40:45:0:0:41:45:0:1 chr6 160501286 . G A 438.91 PASS AF=0.457944;AO=48;DP=105;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00381089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7445;QD=16.4079;RBI=0.0206924;REFB=-0.0051486;REVB=0.0203384;RO=56;SAF=13;SAR=35;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209673;STB=0.623053;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00815845;OID=.;OPOS=160501286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:56:58:48:49:0.457944:35:13:26:30:36:13:27:31 chr6 160505199 . C G 747.06 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.139;QD=56.3817;RBI=0.02568;REFB=0;REVB=0.000930344;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254545;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:32:19:0:0:33:20:0:0 chr6 160551204 . G C 1476.87 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379458;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1689;QD=63.5214;RBI=0.0411516;REFB=0;REVB=0.0159239;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114651;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:92:93:1:50:42:0:0:50:43:0:0 chr6 160560845 . A G 313.04 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0227941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.462;QD=14.3927;RBI=0.023016;REFB=-0.0160438;REVB=0.00318843;RO=51;SAF=13;SAR=21;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.675527;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0157112;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:51:52:34:35:0.402299:21:13:35:16:22:13:35:17 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 228.21 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0122424;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=8;MLLD=268.95;QD=17.2231;RBI=0.0250141;REFB=-0.00256529;REVB=0.0218135;RO=20;SAF=3;SAR=22;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399534;STB=0.775669;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.00223647;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471698:25:49:25:53:28:3:22:14:14:99:20:3:22:9:11 chr6 160645832 . C T 750.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565824;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.887;QD=63.8681;RBI=0.0590515;REFB=0;REVB=-0.0168971;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167614;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr6 160670282 . A C 3379.94 PASS AF=0.986547;AO=217;DP=224;FAO=220;FDP=223;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.022219;FXX=0.00446409;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.147;QD=60.6268;RBI=0.0529396;REFB=-0.0827825;REVB=0.0480511;RO=5;SAF=105;SAR=112;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498492;STB=0.50212;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000132891;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:224:223:5:3:217:220:0.986547:112:105:3:2:112:108:1:2 chr6 160769811 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.869;QD=42.1826;RBI=0.0401808;REFB=0;REVB=0.039998;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139442;OID=.;OPOS=160769811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 161085267 . C T 715.55 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.336;QD=54.0036;RBI=0.0174162;REFB=-0.0190133;REVB=0.0107163;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000204369;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:24:27:0:1:24:28:0:1 chr6 161173946 . T G 2274.07 PASS AF=0.993421;AO=146;DP=148;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140927;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.28;QD=59.8441;RBI=0.03025;REFB=-0.0605747;REVB=0.0267667;RO=2;SAF=91;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103369;STB=0.50259;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000145189;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:148:152:2:1:146:151:0.993421:55:91:2:0:55:96:1:0 chr6 161469774 . G A 926.71 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6957;QD=57.9191;RBI=0.0305975;REFB=0;REVB=0.017127;RO=1;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12064e-05;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:1:0:62:64:1:22:40:0:1:23:41:0:0 chr6 161519349 . CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGC,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 128.68 PASS AF=0.833333,0.166667,0;AO=5,2,2;DP=12;FAO=10,2,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598226,0.0883115,0.0591209;FXX=0.076864;HRUN=1,1,3;LEN=3,4,4;MLLD=177.545,153.138,159.657;QD=42.8927;RBI=0.122216,0.102399,0.110495;REFB=0,0,0;REVB=0.106574,-0.0518331,0.0933483;RO=0;SAF=1,2,0;SAR=4,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0.319328;SSEP=0,0,0.453333;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.00119666,0.0124006,0;OID=.,.,.;OPOS=161519351,161519381,161519350;OREF=CTG,CTGT,CCTG;OALT=-,TTGC,-;OMAPALT=CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGC,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667,0:5,2,2:12:10,2,0:12:0:1,2,0:9,0,0:0:0:11:0:1,2,0:4,0,2:0:0 chr6 161538250 . G A 564.66 PASS AF=0.40625;AO=65;DP=161;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0104078;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.313;QD=14.1166;RBI=0.0202948;REFB=-0.0198527;REVB=0.0174229;RO=95;SAF=29;SAR=36;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084759;STB=0.547646;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0317344;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:95:95:65:65:0.40625:36:29:50:45:36:29:50:45 chr6 161557662 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0250162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.289;QD=14.097;RBI=0.0253172;REFB=-0.0102464;REVB=0.00389249;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0152166;OID=.;OPOS=161557662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:8:10:6:7:8:10 chr6 162622197 . C T 226.96 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00548526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.142;QD=13.5498;RBI=0.0220256;REFB=-0.0241715;REVB=0.0213317;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010774;STB=0.502956;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.033087;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:40:26:27:0.402985:16:10:15:25:17:10:15:25 chr6 163587146 . C G 1534.57 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=96;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011382;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.98;QD=62.6356;RBI=0.0480567;REFB=0.0685504;REVB=0.0466893;RO=0;SAF=60;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.12276e-08;STB=0.506848;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000161399;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:98:0:1:94:97:0.989796:34:60:0:0:36:61:0:1 chr6 163600225 . C A 306.17 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.172;QD=53.2473;RBI=0.0535494;REFB=0;REVB=0.0526469;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572386;OID=.;OPOS=163600225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr6 163736204 . T C 181.23 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.013594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.776;QD=16.4756;RBI=0.0154791;REFB=0.00486356;REVB=0.00740325;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114061;STB=0.56515;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00281315;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:9:16:10:9:9:16 chr6 166308198 . A G 1249.52 PASS AF=0.512605;AO=119;DP=238;FAO=122;FDP=238;FR=.;FRO=116;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=-0.000564114;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.993;QD=21.0003;RBI=0.00507225;REFB=-0.0109324;REVB=0.00504078;RO=115;SAF=47;SAR=72;SRF=69;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184141;STB=0.598345;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00838551;OID=.;OPOS=166308198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:115:116:119:122:0.512605:72:47:69:46:73:49:70:46 chr6 166308368 . C T 385.31 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00173119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.94;QD=17.9212;RBI=0.0128552;REFB=-0.00335886;REVB=-0.0127381;RO=45;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290968;STB=0.509913;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0039812;OID=.;OPOS=166308368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:40:40:0.465116:21:19:20:25:21:19:21:25 chr6 166309245 . A T 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.528;QD=40.5909;RBI=0.0245768;REFB=0.0496509;REVB=0.0206795;RO=2;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306173;STB=0.516759;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00370197;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:11:6:1:1:11:6:1:1 chr6 166309249 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.5224;QD=50.4127;RBI=0.0538943;REFB=0;REVB=0.0316536;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078501;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr6 166309288 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.946;QD=62.0219;RBI=0.0285594;REFB=0;REVB=-0.0185914;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90995e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr6 166571157 . G A 568.28 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.377;QD=59.8192;RBI=0.0147521;REFB=0;REVB=0.0141353;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266324;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:26:12:0:0 chr6 166571164 . T G 536.23 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00733385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.426;QD=54.9983;RBI=0.0187189;REFB=-0.0598216;REVB=0.0172225;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406685;STB=0.512309;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00170759;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:26:11:1:0:26:11:1:1 chr6 166571935 . C T 311.24 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0398673;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.615;QD=21.4646;RBI=0.0436801;REFB=-0.0429501;REVB=-0.0178479;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182292;STB=0.510083;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0440893;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:26:32:32:0.551724:19:13:10:16:19:13:10:16 chr6 166572005 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0625043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.157;QD=9.10968;RBI=0.0625727;REFB=-0.00982608;REVB=0.00292617;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741896;STB=0.545344;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0250036;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:3:5:11:5:3:5:11:5 chr6 166579270 . C T 286.63 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00415231;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.274;QD=15.4934;RBI=0.0288912;REFB=0.00412507;REVB=-0.0285913;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336162;STB=0.668237;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00504736;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:37:42:32:32:0.432432:21:11:26:11:21:11:27:15 chr6 166721224 . C G 50.15 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.993;QD=33.4319;RBI=0.0441749;REFB=0;REVB=0.0313579;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144512;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 166736362 . C T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0132542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.458;QD=13.0315;RBI=0.0322176;REFB=0.00434245;REVB=0.0293649;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183915;STB=0.605019;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00654307;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:16:26:12:15:16:26 chr6 166739684 . G A,T 399.76 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=27,2;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201784,-0.0379282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.574,127.113;QD=55.1391;RBI=0.0230076,0.0399979;REFB=0,0;REVB=0.0110535,0.0126996;RO=0;SAF=10,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00471277,-0.0191925;OID=.,.;OPOS=166739684,166739684;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:29:29:0:0:27,2:28,1:0.965517,0.0344828:17,1:10,1:0:0:17,1:11,0:0:0 chr6 166755975 . T C 455.66 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.502;QD=56.9571;RBI=0.0514699;REFB=0;REVB=0.00325313;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219999;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:16:13:0:0:17:15:0:0 chr6 166755979 . A C 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.451;QD=58.1344;RBI=0.0143442;REFB=0;REVB=0.0141922;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09561e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr6 166778679 . T G 153.15 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00216988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3847;QD=14.2465;RBI=0.0110562;REFB=-0.0036661;REVB=-0.0108412;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196745;STB=0.614388;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00852775;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:11:6:14:12:11:6:14:12 chr6 166826255 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.953;QD=35.5759;RBI=0.0514135;REFB=0;REVB=0.0476425;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972316;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 166826304 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8278;QD=44.6867;RBI=0.0639146;REFB=0;REVB=-0.0598372;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000742947;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 166952264 . G A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0106201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.228;QD=13.4589;RBI=0.0192229;REFB=-0.0122912;REVB=-0.0160229;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163488;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:13:13:8:8:13:13 chr6 167040463 . A G 218.95 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00127146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.606;QD=23.67;RBI=0.00418418;REFB=0.0156607;REVB=0.00398632;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184479;STB=0.510299;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0166651;OID=.;OPOS=167040463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:8:8:11:10:8:8 chr6 167271711 . T C 1080.73 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213718;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8081;QD=60.8864;RBI=0.0356492;REFB=0;REVB=0.0285327;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117174;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr6 167271716 . T C 334.23 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0150636;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.893;QD=18.8301;RBI=0.0150701;REFB=-0.0228609;REVB=-0.000441161;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255746;STB=0.506845;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.021313;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:17:17:17:19:18:17:17:19 chr6 167343141 . G A 489.11 PASS AF=0.439024;AO=53;DP=125;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0145537;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.758;QD=15.906;RBI=0.0190673;REFB=-0.036485;REVB=-0.0123188;RO=67;SAF=27;SAR=26;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877539;STB=0.552826;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0324236;OID=.;OPOS=167343141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:67:69:53:54:0.439024:26:27:40:27:27:27:41:28 chr6 167352104 . C A 710.64 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=57;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00485185;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.361;QD=51.6826;RBI=0.0463932;REFB=-0.142454;REVB=0.0461388;RO=3;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448028;STB=0.515619;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00206284;OID=.;OPOS=167352104;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:55:3:2:52:53:0.963636:30:22:0:3:31:22:0:2 chr6 167571048 . T C 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3606;QD=61.2109;RBI=0.0219991;REFB=0;REVB=0.0133754;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014423;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr6 167571430 . A T 491.07 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00839703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.393;QD=17.2304;RBI=0.0115884;REFB=-0.010973;REVB=0.00798623;RO=60;SAF=29;SAR=24;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349838;STB=0.514395;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0102503;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:61:53:53:0.464912:24:29:35:25:24:29:35:26 chr6 167590541 . G A 350.62 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00410704;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.819;QD=14.9201;RBI=0.0125063;REFB=0.00486359;REVB=0.0118127;RO=48;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109942;STB=0.500566;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00831925;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:48:56:38:38:0.404255:21:17:22:26:21:17:25:31 chr6 167590574 . G C 1244.33 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.12;QD=61.4486;RBI=0.0293677;REFB=0;REVB=-0.00169834;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20688e-05;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:77:81:1:46:31:0:0:48:33:0:0 chr6 167591904 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00311554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.947;QD=9.11039;RBI=0.0242992;REFB=-0.00744267;REVB=-0.0240987;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677072;STB=0.541563;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0301914;OID=.;OPOS=167591904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:9:7:4:4:9:7 chr6 167592524 . T C 651.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.226;QD=62.0568;RBI=0.0194642;REFB=0;REVB=0.015758;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36904e-05;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr6 167592576 . G A 711.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8193;QD=55.7649;RBI=0.0631544;REFB=0;REVB=0.0614561;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130337;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:24:26:0:1:25:26:0:0 chr6 167711559 . G C 52.85 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.037492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.669;QD=7.04683;RBI=0.0415894;REFB=-0.00337378;REVB=-0.0180008;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259258;STB=0.666222;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00935789;OID=.;OPOS=167711559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:10:12:6:2:10:12 chr6 167728774 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.622;QD=51.184;RBI=0.0425397;REFB=0;REVB=-0.0416216;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114121;OID=.;OPOS=167728774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr6 167753691 . C T 663.13 PASS AF=0.45283;AO=72;DP=159;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.0290487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2323;QD=16.6825;RBI=0.0309003;REFB=-0.0024731;REVB=0.0105357;RO=85;SAF=39;SAR=33;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137482;STB=0.581966;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00408325;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:87:72:72:0.45283:33:39:34:51:33:39:34:53 chr6 167754661 . A G 829.76 PASS AF=0.967742;AO=56;DP=58;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00960706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.891;QD=53.5326;RBI=0.0118561;REFB=0.00128209;REVB=0.00694773;RO=2;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473428;STB=0.502187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-2.35636e-05;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:62:2:2:56:60:0.967742:24:32:1:1:26:34:1:1 chr6 167754702 . C T 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0376348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.655;QD=13.551;RBI=0.0687868;REFB=0.00221668;REVB=-0.0575782;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483585;STB=0.517817;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00719374;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:11:13:20:14:11:13:20:15 chr6 168069834 . A G 310.17 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0017117;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.239;QD=23.4089;RBI=0.00599027;REFB=-0.0173277;REVB=-0.00574051;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106245;STB=0.563339;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00686624;OID=.;OPOS=168069834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:30:31:0.584906:11:19:11:11:11:20:11:11 chr6 168070084 . G A 97.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.045998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6669;QD=13.5024;RBI=0.054679;REFB=-0.0030974;REVB=0.0295631;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174839;STB=0.575637;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00630185;OID=.;OPOS=168070084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:7:5:4:12:7:5:5:12 chr6 168070293 . G A 150.41 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0247187;FXX=0.0930016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.239;QD=15.4263;RBI=0.0289922;REFB=-0.0203676;REVB=-0.0151503;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.564024;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.034029;OID=.;OPOS=168070293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:23:16:16:0.410256:8:8:12:9:8:8:14:9 chr6 168323664 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9754;QD=62.0211;RBI=0.0389347;REFB=0;REVB=-0.0383396;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000690115;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr6 168343838 . T C 1340.36 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04606;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4351;QD=62.3422;RBI=0.0489015;REFB=0;REVB=0.0164265;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92058e-05;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr6 168349011 . C T 553.78 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0627364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6832;QD=56.7983;RBI=0.0730641;REFB=-0.1865;REVB=0.0374502;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00806658;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:39:1:1:37:38:0.974359:23:14:0:1:23:15:0:1 chr6 168363631 . CAGT C 444.31 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00555853;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.019;QD=22.2157;RBI=0.00938348;REFB=-0.0357391;REVB=-0.00755992;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093388;STB=0.550997;STBP=0.338;TYPE=del;VARB=0.0300469;OID=.;OPOS=168363632;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5375:42:83:43:80:37:21:22:14:23:99:38:20:22:14:24 chr6 168442687 . A C 159.51 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=4;FWDB=-0.00356239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.451;QD=11.601;RBI=0.0439329;REFB=-0.0120774;REVB=-0.0437882;RO=35;SAF=18;SAR=2;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414455;STB=0.524247;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0190773;OID=.;OPOS=168442687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:2:18:31:4:2:18:31:4 chr6 168457801 . A G 236.82 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0258831;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.032;QD=14.3527;RBI=0.0279652;REFB=-0.0177013;REVB=-0.0105885;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520592;STB=0.519986;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0227711;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:27:28:0.424242:15:12:15:23:16:12:15:23 chr6 168459845 . G C 354.3 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.00814741;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.709;QD=12.1127;RBI=0.0175555;REFB=-0.0214987;REVB=0.0155505;RO=74;SAF=15;SAR=28;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285123;STB=0.662647;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0287511;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:74:43:43:0.367521:28:15:45:29:28:15:45:29 chr6 168479604 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.03;QD=60.7162;RBI=0.0381822;REFB=0;REVB=0.0366296;RO=0;SAF=52;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01817e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:24:52:0:0:24:52:0:0 chr6 168482110 . C T 1357.35 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706035;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3327;QD=58.3808;RBI=0.118836;REFB=0;REVB=0.095588;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287473;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:93:0:0:83:93:1:52:31:0:0:59:34:0:0 chr6 168482111 . G T 56.04 PASS AF=0.123711;AO=8;DP=93;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.00579538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8071;QD=2.31112;RBI=0.0217576;REFB=-0.0566201;REVB=0.0209715;RO=85;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175772;STB=0.628513;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0552033;OID=.;OPOS=168482111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:93:97:85:85:8:12:0.123711:5:3:32:53:9:3:32:53 chr6 168694594 . C T 618.87 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0221327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8668;QD=19.3398;RBI=0.0222436;REFB=0.00441794;REVB=0.0022191;RO=65;SAF=40;SAR=23;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637743;STB=0.535281;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00288665;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:23:40:37:28:23:40:37:28 chr6 168695309 . C T 778.71 PASS AF=0.510204;AO=74;DP=147;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.00337117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9572;QD=21.1894;RBI=0.0258779;REFB=-0.0121455;REVB=-0.0256574;RO=71;SAF=48;SAR=26;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00074321;STB=0.506815;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0106095;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:72:74:75:0.510204:26:48:46:25:27:48:47:25 chr6 168695345 . G A 975.87 PASS AF=0.536723;AO=94;DP=175;FAO=95;FDP=177;FR=.;FRO=82;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0144434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.785;QD=22.0535;RBI=0.0171711;REFB=-0.0280882;REVB=-0.00928613;RO=81;SAF=51;SAR=43;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021667;STB=0.511258;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0347639;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:81:82:94:95:0.536723:43:51:46:35:44:51:46:36 chr6 169621536 . A G 168.09 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0235715;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.551;QD=10.1874;RBI=0.0243137;REFB=-0.0135845;REVB=0.0059618;RO=45;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171712;STB=0.593134;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0373687;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:45:44:22:22:0.333333:8:14:22:23:8:14:22:22 chr6 169622490 . G A 116.86 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00752095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5556;QD=10.162;RBI=0.0206862;REFB=-0.0068678;REVB=0.0192705;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20529;STB=0.598695;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00985135;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:7:7:10:21:8:7:10:21 chr6 169626371 . A G 340.55 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0224533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.668;QD=18.1626;RBI=0.0229113;REFB=-0.00548997;REVB=-0.00455796;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063443;STB=0.541153;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0142773;OID=.;OPOS=169626371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:39:36:36:0.48:23:13:15:20:23:13:17:22 chr6 169632219 . G A 235.29 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00842777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2752;QD=13.256;RBI=0.0187003;REFB=-0.0180853;REVB=-0.0166936;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115354;STB=0.513668;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0361214;OID=.;OPOS=169632219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:43:28:28:0.394366:13:15:24:13:13:15:24:19 chr6 169637763 . G C 429.55 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0254801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4726;QD=18.4753;RBI=0.0255879;REFB=-0.0184188;REVB=-0.00234642;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101211;STB=0.549466;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0136876;OID=.;OPOS=169637763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:43:44:0.473118:23:20:28:21:23:21:28:21 chr6 170033086 . G A 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0244185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.866;QD=15.7372;RBI=0.0255981;REFB=-0.00213973;REVB=-0.00768111;RO=36;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125617;STB=0.570776;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00279519;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:15:14:22:14:15:14:22:14 chr6 170059627 . G A 235.18 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0124981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.353;QD=25.4246;RBI=0.0171377;REFB=-0.0126454;REVB=0.011726;RO=13;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714567;STB=0.560985;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0111821;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:22:22:0.594595:13:9:4:9:13:9:4:11 chr6 170068086 . C T 206.08 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00840316;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9961;QD=13.0842;RBI=0.0125506;REFB=-0.0220439;REVB=-0.0093223;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147752;STB=0.576861;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.046283;OID=.;OPOS=170068086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:38:25:25:0.396825:10:15:18:21:10:15:18:20 chr6 170068180 . A G 617.25 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0403673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5224;QD=17.2657;RBI=0.0788964;REFB=0.0224758;REVB=-0.0677874;RO=78;SAF=31;SAR=33;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154208;STB=0.505137;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0292369;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:78:79:64:64:0.447552:33:31:39:39:33:31:39:40 chr6 170070723 . A G 359.54 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.005;QD=55.3143;RBI=0.13541;REFB=0;REVB=0.113383;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015313;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:15:7:0:0:17:9:0:0 chr6 170102267 . A G 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0845825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1028;QD=49.3931;RBI=0.0860005;REFB=-0.0904497;REVB=-0.0155525;RO=1;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250351;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0085084;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:18:5:0:1:18:5:0:1 chr6 170103508 . G GT 222.29 PASS AF=0.659091;AO=26;DP=45;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00143205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6436;QD=20.2085;RBI=0.0511374;REFB=-0.0101741;REVB=-0.0511174;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793635;STB=0.541372;STBP=0.489;TYPE=ins;VARB=0.00178064;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.659091:26:45:29:44:15:12:17:8:7:75:19:11:15:10:9 chr6 170105904 . AT A 31.54 PASS AF=0.27027;AO=11;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0235317;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7738;QD=3.40966;RBI=0.0367711;REFB=-0.0111468;REVB=-0.0282554;RO=25;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604485;STB=0.859055;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=-0.0212507;OID=.;OPOS=170105905;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:11:38:10:37:27:1:9:14:13:31:25:1:10:14:11 chr6 170144194 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0017557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.709;QD=11.0198;RBI=0.0157404;REFB=-0.0305153;REVB=0.0156422;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.044091;OID=.;OPOS=170144194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:5:3:4:2:5:3 chr6 170151766 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.007917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.186;QD=13.6311;RBI=0.0117997;REFB=-0.032503;REVB=-0.00874959;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0315466;OID=.;OPOS=170151766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:3:5:5:3:3:5:5:4 chr6 170162537 . C T 291.39 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0251377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4612;QD=14.3894;RBI=0.0266647;REFB=-0.00563299;REVB=-0.00889381;RO=48;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167621;STB=0.595344;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0108805;OID=.;OPOS=170162537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:12:21:23:25:12:21:23:25 chr6 170176467 . A G 245.39 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00169404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.604;QD=13.2642;RBI=0.0016976;REFB=-0.0190364;REVB=-0.000109814;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173212;STB=0.591435;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0277592;OID=.;OPOS=170176467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:16:13:27:17:16:13:27:18 chr6 170176647 . CA TG 252.74 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0221137;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.858;QD=13.849;RBI=0.022462;REFB=-0.00708213;REVB=0.00394026;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059209;STB=0.528526;STBP=0.703;TYPE=mnp;VARB=0.00899947;OID=.;OPOS=170176647;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:43:29:30:0.410959:15:14:17:23:16:14:18:25 chr6 170190200 . G A 2210.35 PASS AF=0.986111;AO=135;DP=138;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0462843;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9195;QD=61.3986;RBI=0.0956575;REFB=-0.0389053;REVB=0.0837145;RO=2;SAF=50;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011053;STB=0.505434;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00157098;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:144:2:2:135:142:0.986111:85:50:0:2:91:51:0:2 chr6 170190418 . T G 83.98 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00252677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.483;QD=11.9966;RBI=0.0212182;REFB=0.00207822;REVB=-0.0210672;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195548;STB=0.615182;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00497163;OID=.;OPOS=170190418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:6:11:5:6:6:11 chr6 170190659 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.713;QD=42.1824;RBI=0.0529754;REFB=0;REVB=-0.0315168;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371154;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 170592453 . C T 556.92 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0399127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3496;QD=21.4201;RBI=0.0437672;REFB=-0.0234953;REVB=-0.0179595;RO=47;SAF=37;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184867;STB=0.597595;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.026528;OID=.;OPOS=170592453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:48:56:56:0.538462:19:37:21:26:19:37:22:26 chr6 170597276 . C T 389.12 PASS AF=1;AO=22;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.677;QD=53.672;RBI=0.0729965;REFB=0;REVB=0.0188423;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700847;OID=.;OPOS=170597276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:22:29:1:8:14:0:0:16:13:0:0 chr6 170598352 . C T 1143.89 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0181306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.267;QD=53.83;RBI=0.0206349;REFB=0.0249093;REVB=0.00985283;RO=6;SAF=19;SAR=60;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046078;STB=0.524427;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000773023;OID=.;OPOS=170598352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:85:85:6:6:79:79:0.929412:60:19:3:3:60:19:3:3 chr6 170598368 . TCTC T 380.75 PASS AF=0.649123;AO=33;DP=38;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00285598;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.56;QD=26.719;RBI=0.00625924;REFB=-0.0454116;REVB=0.00556969;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.54131;STBP=0.485;TYPE=del;VARB=0.0245043;OID=.;OPOS=170598369;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.649123:33:38:37:57:20:8:29:6:14:99:0:6:27:0:0 chr6 170713682 . A T 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00877821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.292;QD=22.375;RBI=0.0119459;REFB=-0.0125955;REVB=-0.00810228;RO=26;SAF=14;SAR=21;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108779;STB=0.552601;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0109254;OID=.;OPOS=170713682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:21:14:14:12:21:14:14:13 chr6 170845354 . A G 428.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.829;QD=57.1849;RBI=0.0595352;REFB=0;REVB=0.0543972;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804148;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 170862300 . G C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.02;QD=62.908;RBI=0.0211674;REFB=0;REVB=0.00844376;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63277e-05;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr6 170878793 . T C 1731.19 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2002;QD=60.7434;RBI=0.0468573;REFB=0;REVB=0.046748;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146174;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:62:52:0:0:62:52:0:0 chr6 170887693 . G C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.029;QD=56.1879;RBI=0.0600521;REFB=0;REVB=-0.0533463;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263641;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr7 228527 . TG AT,GT,T 367.4 PASS AF=0,0.736842,0.210526;AO=2,21,8;DP=37;FAO=0,28,8;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=0,1,2;FSAR=0,27,6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.213865,-0.0165148,-0.157694;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=2,2,1;MLLD=27.5779,47.0932,10.9888;QD=38.6735;RBI=0.221988,0.122176,0.18361;REFB=-0.115225,-0.090429,-0.185036;REVB=0.0595024,0.121054,0.0940489;RO=3;SAF=1,0,0;SAR=1,21,8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.516484;SSSB=0.473628,0,0;STB=0.5,0.517844,0.571264;STBP=1,0.609,0.613;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.0494209,0.0419908;OID=.,.,.;OPOS=228527,228527,228528;OREF=TG,TG,G;OALT=AT,GT,-;OMAPALT=AT,GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:28:37:38:3:2:2,21,8:0,28,8:0,0.736842,0.210526:1,21,8:1,0,0:0:3:0,27,6:0,1,2:0:2 chr7 470239 . A G 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.086;QD=61.0467;RBI=0.0345308;REFB=0;REVB=-0.0208122;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22024e-05;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:55:23:0:0:55:23:0:0 chr7 470281 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.428;QD=61.3364;RBI=0.0378157;REFB=0;REVB=0.0234557;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130743;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:33:7:0:0:33:7:0:0 chr7 470316 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1562;QD=47.8183;RBI=0.0648957;REFB=0;REVB=0.0101159;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196836;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr7 624221 . T G 2283.66 PASS AF=1;AO=119;DP=169;FAO=153;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385973;FXX=0.0999941;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.218;QD=59.7035;RBI=0.0224984;REFB=0;REVB=0.0221649;RO=0;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288622;OID=.;OPOS=624221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:169:153:0:0:119:153:1:70:49:0:0:87:66:0:0 chr7 772174 . G A 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0559272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.553;QD=56.0101;RBI=0.0564564;REFB=0.068457;REVB=0.00771176;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.000224766;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:1:0:18:16:1:0 chr7 808810 . C G 175.91 PASS AF=0.558824;AO=15;DP=31;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0360875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.632;QD=20.6951;RBI=0.0466509;REFB=-0.0560312;REVB=0.0295634;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.603663;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.031761;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:15:15:15:19:0.558824:9:6:9:6:12:7:9:6 chr7 810219 . T C 486.14 PASS AF=0.398551;AO=54;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0785315;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2069;QD=14.091;RBI=0.080779;REFB=-0.0117357;REVB=-0.0189223;RO=82;SAF=21;SAR=33;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171703;STB=0.604366;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0129497;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:83:54:55:0.398551:33:21:45:37:34:21:46:37 chr7 814788 . G A 435.39 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00837852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3368;QD=54.4236;RBI=0.0392422;REFB=0.0544713;REVB=0.0383373;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0116492;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:18:12:0:1:18:13:0:1 chr7 881668 . C T 308.28 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0279268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.891;QD=28.0255;RBI=0.0445736;REFB=-0.0323346;REVB=-0.0347405;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131387;STB=0.507241;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0221152;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:10:17:11:6:10:17:11:6 chr7 882895 . C G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00919657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9954;QD=13.5054;RBI=0.0335488;REFB=-0.0246341;REVB=0.0322637;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319065;STB=0.651955;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.020601;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:5:7:14:2:5:7:14:3 chr7 889169 . A G 518.79 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0135945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.095;QD=18.5282;RBI=0.0145837;REFB=-0.00638227;REVB=-0.00527959;RO=57;SAF=20;SAR=34;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115844;STB=0.557356;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00517635;OID=.;OPOS=889169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:54:55:0.491071:34:20:28:29:34:21:28:29 chr7 897492 . A G 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0326959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.215;QD=20.7689;RBI=0.0327076;REFB=-0.0152729;REVB=-0.000876806;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176442;STB=0.605985;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0214256;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:13:14:7:16:13:14:7:17 chr7 897496 . G A 264.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0131148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.069;QD=20.7664;RBI=0.0131153;REFB=-0.00640082;REVB=-0.000110663;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190912;STB=0.605985;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00783308;OID=.;OPOS=897496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:7:17:13:14:7:17 chr7 899820 . G T 385.33 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00536707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.316;QD=28.5427;RBI=0.00882568;REFB=-0.00749693;REVB=0.00700623;RO=18;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847665;STB=0.546176;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00619598;OID=.;OPOS=899820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:19:17:11:7:19:17:11:7 chr7 912992 . C T 234.23 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00950207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.485;QD=13.0127;RBI=0.050503;REFB=-0.00262318;REVB=-0.049601;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739264;STB=0.534044;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00461232;OID=.;OPOS=912992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:13:15:26:17:13:15:26:18 chr7 926827 . T C 652.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.424;QD=60.6769;RBI=0.0327068;REFB=0;REVB=0.0277135;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325163;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:21:19:0:0:22:21:0:0 chr7 930689 . C T 260.26 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.029084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.23;QD=24.787;RBI=0.0324681;REFB=-0.012138;REVB=-0.0144325;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017664;STB=0.506324;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00695525;OID=.;OPOS=930689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:15:9:6:11:15:9:7:11 chr7 935262 . G A 72.52 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0377356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.182;QD=13.1861;RBI=0.042151;REFB=-0.0326872;REVB=0.0187811;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198782;STB=0.639755;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.031639;OID=.;OPOS=935262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:21:22:9:12:9:10:0.454545:5:4:2:7:6:4:2:10 chr7 940181 . C T 775.21 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00693271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.329;QD=53.4627;RBI=0.0258134;REFB=-0.164508;REVB=0.024865;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125094;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:28:28:0:1:28:28:1:1 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 255.83 PASS AF=0.54;AO=20;DP=57;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.014108;FXX=0.0740604;HRUN=4;LEN=10;MLLD=276.408;QD=20.4664;RBI=0.0148072;REFB=-0.0341765;REVB=0.00449657;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433655;STB=0.510261;STBP=0.882;TYPE=ins;VARB=0.0277779;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54:20:57:27:50:23:10:17:9:14:99:27:9:11:11:16 chr7 1023013 . C T 129.63 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0114893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4696;QD=17.2842;RBI=0.157248;REFB=-0.0497216;REVB=-0.156828;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263102;STB=0.551651;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0408631;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:9:15:13:14:0.466667:6:7:8:1:7:7:9:6 chr7 1098233 . CAGA C 55.73 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.016872;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.863;QD=7.96167;RBI=0.0177766;REFB=-0.00773341;REVB=0.00559853;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805494;STB=0.549882;STBP=0.813;TYPE=del;VARB=0.014918;OID=.;OPOS=1098234;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:8:29:8:28:20:6:2:16:4:55:20:6:2:16:4 chr7 1131378 . C T 230.98 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0355136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2314;QD=12.3189;RBI=0.0682263;REFB=-0.0245014;REVB=0.0582547;RO=47;SAF=20;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281293;STB=0.66253;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0402485;OID=.;OPOS=1131378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:8:20:22:25:8:20:22:25 chr7 1133305 . C G 187.03 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0648091;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3778;QD=9.12337;RBI=0.0702804;REFB=-0.0185252;REVB=-0.0271865;RO=57;SAF=13;SAR=12;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489546;STB=0.52887;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0337268;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:57:57:25:25:0.304878:12:13:32:25:12:13:32:25 chr7 1481919 . C A 878.47 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418704;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.164;QD=55.7756;RBI=0.0484463;REFB=-0.134142;REVB=0.0243703;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000638668;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:61:62:0.984127:33:28:0:0:34:28:0:1 chr7 1482009 . G C 321.32 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0179602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.408;QD=18.9012;RBI=0.018477;REFB=-0.00626215;REVB=-0.0043397;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270788;STB=0.515089;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00802636;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:20:14:15:19:20:14:15:19 chr7 1484571 . CA CG,GC 97.98 PASS AF=0.8,0.2;AO=5,2;DP=9;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.173925,-0.0798726;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=31.9408,33.2343;QD=39.1915;RBI=0.178409,0.103575;REFB=0,0;REVB=0.0397491,-0.0659408;RO=0;SAF=5,1;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0239608,0.0994254;OID=.,.;OPOS=1484572,1484571;OREF=A,CA;OALT=G,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:9:10:0:0:5,2:8,2:0.8,0.2:0,1:5,1:0:0:1,1:7,1:0:0 chr7 1523262 . G A 995.88 PASS AF=0.535135;AO=92;DP=178;FAO=99;FDP=185;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.0213693;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2596;QD=21.5325;RBI=0.0831398;REFB=-0.0416548;REVB=0.0803466;RO=85;SAF=44;SAR=48;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858831;STB=0.548124;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0350651;OID=.;OPOS=1523262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:185:85:86:92:99:0.535135:48:44:49:36:54:45:48:38 chr7 1533513 . A G 822.93 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00329446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.692;QD=51.4332;RBI=0.00645528;REFB=-0.00204763;REVB=-0.00555132;RO=4;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724;STB=0.538449;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=7.95713e-05;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:4:4:60:60:0.9375:24:36:0:4:24:36:0:4 chr7 1538614 . G A 699.33 PASS AF=0.981481;AO=49;DP=50;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275972;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.619;QD=51.802;RBI=0.0367713;REFB=-0.0785957;REVB=0.0243007;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.511624;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00172269;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:54:0:1:49:53:0.981481:17:32:0:0:21:32:0:1 chr7 1542697 . G A 772.07 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387936;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.461;QD=64.3395;RBI=0.0551511;REFB=0;REVB=0.0392007;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371538;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr7 1542814 . T C,G 417.27 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=25,2;DP=27;FAO=29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255329,-0.02506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.453,102.131;QD=55.6366;RBI=0.0337138,0.0346354;REFB=0,0;REVB=0.033617,0.0239083;RO=0;SAF=13,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-4.70538e-05,0.0802393;OID=.,.;OPOS=1542814,1542814;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:27:30:0:0:25,2:29,1:0.966667,0.0333333:12,1:13,1:0:0:14,1:15,0:0:0 chr7 1543981 . C A 483.32 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.047;QD=58.5838;RBI=0.0699107;REFB=0;REVB=0.032874;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641407;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:10:22:0:0:11:22:0:0 chr7 1588391 . A G 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480813;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1368;QD=51.9841;RBI=0.0492226;REFB=0;REVB=0.0105385;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105569;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr7 1588549 . G A 262.84 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.756;QD=47.7884;RBI=0.0388918;REFB=-0.0863035;REVB=-0.0374448;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00176649;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr7 1588768 . G A 229.65 PASS AF=0.952381;AO=18;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.153;QD=43.7427;RBI=0.0877759;REFB=-0.170606;REVB=0.0867864;RO=3;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109943;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0127285;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:3:1:18:20:0.952381:11:7:0:3:13:7:0:1 chr7 1878377 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.318;QD=56.9991;RBI=0.00556419;REFB=0;REVB=0.00101349;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01658e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr7 1878453 . T A 179.54 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0452337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8335;QD=10.8812;RBI=0.0456338;REFB=-0.0140001;REVB=-0.00602934;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244396;STB=0.508579;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00934998;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:43:22:23:0.348485:12:10:20:22:12:11:20:23 chr7 1886937 . C T 606.99 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00968745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.025;QD=20.9307;RBI=0.0191818;REFB=-0.00704123;REVB=-0.0165558;RO=55;SAF=32;SAR=29;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290644;STB=0.515978;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00713515;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:29:32:27:28:29:32:27:28 chr7 1887362 . G A 376.85 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00139674;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.567;QD=18.3828;RBI=0.027373;REFB=-0.0193682;REVB=0.0273373;RO=43;SAF=13;SAR=26;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153979;STB=0.586161;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0318683;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:39:39:0.47561:26:13:21:22:26:13:21:22 chr7 1976457 . C T 534.6 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0227826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.205;QD=24.0268;RBI=0.0296716;REFB=-0.0636663;REVB=0.0190094;RO=39;SAF=18;SAR=32;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127054;STB=0.569793;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0317449;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:32:18:20:19:32:18:20:19 chr7 2274783 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0834531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.449;QD=13.9591;RBI=0.0858709;REFB=-0.0272397;REVB=-0.0202333;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252798;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0260447;OID=.;OPOS=2274783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:4:3:5:2:4:3 chr7 2297006 . A G 167.95 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0121354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.339;QD=15.6234;RBI=0.0269041;REFB=-0.0113015;REVB=-0.0240117;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18551;STB=0.60454;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0128167;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:24:25:17:18:0.418605:9:8:7:17:9:9:8:17 chr7 2303986 . T C 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0357184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8142;QD=13.6594;RBI=0.0792678;REFB=-0.0114377;REVB=0.0707642;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302938;STB=0.677704;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0257531;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:9:12:4:10:9:12 chr7 2552881 . AGATG A 276.49 PASS AF=0.577778;AO=23;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00619108;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=215.501;QD=24.5764;RBI=0.00641382;REFB=-0.0502721;REVB=-0.00167558;RO=16;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219302;STB=0.510311;STBP=0.885;TYPE=del;VARB=0.0367814;OID=.;OPOS=2552882;OREF=GATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577778:23:45:26:45:19:9:17:7:12:99:16:8:15:6:10 chr7 2578246 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0215866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.306;QD=21.0139;RBI=0.0525231;REFB=-0.0290233;REVB=0.0478821;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0167948;OID=.;OPOS=2578246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:4:3:6:5:4:3 chr7 2644519 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.675;QD=52.6125;RBI=0.0121378;REFB=0;REVB=-0.00739872;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05053e-05;OID=.;OPOS=2644519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr7 2645526 . G A 1276.24 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796713;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7389;QD=62.2557;RBI=0.0963866;REFB=0;REVB=0.0542481;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761004;OID=.;OPOS=2645526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr7 2645552 . A G 1120.03 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239283;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6191;QD=60.542;RBI=0.0341941;REFB=0;REVB=-0.0244269;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46027e-06;OID=.;OPOS=2645552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr7 2646827 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0104299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.924;QD=16.4266;RBI=0.0205419;REFB=-9.69248e-05;REVB=0.0176971;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243156;STB=0.627647;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00165539;OID=.;OPOS=2646827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:9:2:4:6:9:2:4:7 chr7 2646950 . T G 239.53 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.97;QD=50.4273;RBI=0.131056;REFB=0;REVB=0.0349686;RO=1;SAF=1;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398282;OID=.;OPOS=2646950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:1:0:16:19:1:15:1:1:0:17:2:0:0 chr7 2649704 . T G 940.94 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0443568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.424;QD=57.0268;RBI=0.0443948;REFB=-0.0151421;REVB=-0.00183746;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-2.40688e-05;OID=.;OPOS=2649704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chr7 2653792 . C A 227.07 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7735;QD=45.4142;RBI=0.050232;REFB=0.0495037;REVB=-0.0491535;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00172523;OID=.;OPOS=2653792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:12:6:0:1:13:6:0:1 chr7 2689217 . G GT 63.72 PASS AF=0.625;AO=2;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0596489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.1528;QD=15.9307;RBI=0.158993;REFB=0.0419319;REVB=0.14738;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521257;STB=0.526264;STBP=0.821;TYPE=ins;VARB=0.0283981;OID=.;OPOS=2689218;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:2:16:10:16:6:4:6:2:4:22:14:0:2:6:8 chr7 2689219 . C T 58.6 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.116796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8534;QD=14.65;RBI=0.128226;REFB=0.0209705;REVB=0.0529189;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213273;STB=0.624707;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00810316;OID=.;OPOS=2689219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:2:6:4:4:2:6 chr7 2702316 . C T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00804303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.427;QD=28.763;RBI=0.0141777;REFB=-0.0319369;REVB=0.0116755;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475086;STB=0.526288;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0191471;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:4:5:9:10:4:5 chr7 2946461 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.848;QD=47.8205;RBI=0.0242119;REFB=0;REVB=0.00480922;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223999;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr7 2957005 . T C 483.67 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.406;QD=58.6264;RBI=0.0104892;REFB=0;REVB=-0.00522227;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35179e-05;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr7 3038847 . C T 106.8 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0698782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1569;QD=12.2057;RBI=0.0714357;REFB=0.00249423;REVB=0.0148355;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479278;STB=0.545384;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.000128797;OID=.;OPOS=3038847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:8:5:9:12:8:5:10:12 chr7 3197867 . T C 290.53 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0210377;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.66;QD=13.8349;RBI=0.021208;REFB=-0.00594155;REVB=-0.00268161;RO=51;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823624;STB=0.546735;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00743067;OID=.;OPOS=3197867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:21:12:15:36:21:12:15:36 chr7 4189075 . G C 696.02 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000180462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1916;QD=60.5232;RBI=0.0771095;REFB=-0.115811;REVB=0.0771093;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.508193;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0036588;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:29:15:0:1:30:15:0:1 chr7 4213877 . T C 899.87 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.27;QD=58.056;RBI=0.0133373;REFB=0;REVB=0.0100361;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92846e-05;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr7 4213940 . T C 937.37 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.276;QD=58.5855;RBI=0.00936503;REFB=0;REVB=0.00576332;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55553e-05;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr7 4213975 . A G 710.14 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00804824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.307;QD=54.6262;RBI=0.0381806;REFB=-0.0745814;REVB=0.0373227;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154392;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000794408;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:30:21:0:1:30:21:0:1 chr7 4780514 . G T 1471.8 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0556402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.201;QD=61.9704;RBI=0.0556638;REFB=-0.0513801;REVB=0.00162117;RO=1;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977519;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000343167;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:45:48:1:0:45:49:1:0 chr7 4802029 . T G 289.22 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.348;QD=52.5848;RBI=0.0523071;REFB=0;REVB=0.0422119;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021493;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr7 4841470 . T C,G 721.46 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455427,0.00587396;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.924,154.996;QD=56.5849;RBI=0.0162575,0.0117717;REFB=0,0;REVB=0.0156066,0.0102014;RO=0;SAF=19,1;SAR=30,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.48867e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00250568,0.0305236;OID=.,.;OPOS=4841470,4841470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:30,1:19,1:0:0:31,0:19,1:0:0 chr7 4854990 . G A 310.08 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0888254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6398;QD=29.5311;RBI=0.124103;REFB=-0.0351674;REVB=0.08667;RO=12;SAF=17;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441329;STB=0.560394;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0168757;OID=.;OPOS=4854990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:12:15:26:27:0.642857:9:17:7:5:10:17:7:8 chr7 4874250 . G A 349.98 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.015085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.154;QD=18.6658;RBI=0.0265914;REFB=0.00069716;REVB=-0.0218985;RO=38;SAF=24;SAR=13;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359574;STB=0.519989;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00128598;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:13:24:26:12:13:24:26:12 chr7 4874420 . G C 374.18 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.00714542;FXX=0.0282992;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.719;QD=14.5313;RBI=0.010188;REFB=-0.0127633;REVB=0.00726216;RO=60;SAF=13;SAR=30;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028516;STB=0.501607;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0230099;OID=.;OPOS=4874420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:30:13:18:42:30:13:18:42 chr7 4876057 . C T 39.66 PASS AF=0.304348;AO=5;DP=21;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0555704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5922;QD=6.89692;RBI=0.0556259;REFB=-0.0202794;REVB=-0.00248473;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222219;STB=0.59233;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0120754;OID=.;OPOS=4876057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:21:23:15:16:5:7:0.304348:2:3:6:9:3:4:7:9 chr7 4900095 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0198982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.516;QD=18.2502;RBI=0.0233522;REFB=0.00347348;REVB=-0.0122225;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058655;STB=0.566284;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00426654;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:15:15:0.5:7:8:6:7:7:8:6:9 chr7 4900341 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0227999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.003;QD=11.3693;RBI=0.0233884;REFB=-0.001403;REVB=-0.00521348;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254975;STB=0.670643;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00174293;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:8:3:9:9:8:3:10:9 chr7 4901385 . A C 31.49 PASS AF=0.24;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0787257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6163;QD=5.03809;RBI=0.0942458;REFB=-0.0218449;REVB=-0.0518125;RO=17;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013936;STB=0.519934;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.11405;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:23:25:17:19:5:6:0.24:3:2:7:10:3:3:9:10 chr7 5096958 . T C 134.77 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0213105;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.054;QD=15.8549;RBI=0.0282928;REFB=-0.00331539;REVB=-0.0186103;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317787;STB=0.68439;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00606218;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:8:11:4:11:8:11 chr7 5104275 . G A 202.59 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0298416;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.411;QD=20.7781;RBI=0.0395226;REFB=-0.0243892;REVB=0.0259136;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240949;STB=0.643095;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0237927;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:13:6:11:8:14:6:11:8 chr7 5104359 . G A 134.72 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0337699;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.694;QD=15.396;RBI=0.0362463;REFB=-0.017748;REVB=0.0131676;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.58916;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0281078;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:11:4:8:11:11:4:8:12 chr7 5112035 . C T 115.23 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3214;QD=41.903;RBI=0.0789331;REFB=0;REVB=0.0609669;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002699;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:4:7:0:0 chr7 5161512 . G T 58.47 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0397387;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.896;QD=12.3099;RBI=0.0487699;REFB=-0.0106585;REVB=0.0282726;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286032;STB=0.517197;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0131746;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:8:3:2:6:8:3 chr7 5254227 . C G 1579.17 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0313;QD=59.5913;RBI=0.082921;REFB=0;REVB=0.0488222;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97268e-05;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:62:41:0:0:63:43:0:0 chr7 5327564 . G A 181.42 PASS AF=0.6;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0640229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0165;QD=24.1895;RBI=0.0663311;REFB=-0.0293977;REVB=0.0173461;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318921;STB=0.665162;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0277832;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:30:11:12:18:18:0.6:5:13:3:8:5:13:4:8 chr7 5346735 . T C 55.41 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326389;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.831;QD=36.9422;RBI=0.0588826;REFB=0;REVB=-0.0490088;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86688e-06;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr7 5347749 . G A 356.59 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00225623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.869;QD=36.5734;RBI=0.00683588;REFB=-0.057057;REVB=0.0064528;RO=10;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102161;STB=0.555518;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0234272;OID=.;OPOS=5347749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:14:15:3:7:14:15:3:7 chr7 5427517 . G A 245.01 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1396;QD=49.0014;RBI=0.194876;REFB=0;REVB=0.192511;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300894;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:7:13:0:0 chr7 5427720 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3987;QD=37.4869;RBI=0.122842;REFB=0;REVB=-0.107855;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00177192;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr7 5434135 . A G 152.27 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0313388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.344;QD=40.6057;RBI=0.0337281;REFB=-0.104859;REVB=0.0124685;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00748185;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:1:0:4:10:1:0 chr7 5460550 . C T 1542.43 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00122124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.736;QD=57.6611;RBI=0.0197405;REFB=0.0356691;REVB=0.0197027;RO=2;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172477;STB=0.50877;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-4.70601e-05;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:107:2:2:103:105:0.981308:54:49:0:2:56:49:0:2 chr7 5487423 . C G 422.23 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5445;QD=56.2977;RBI=0.0538093;REFB=0;REVB=-0.0331576;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726851;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:6:20:0:0:7:23:0:0 chr7 5487457 . CT AC 388.88 PASS AF=0.966667;AO=25;DP=28;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228174;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.587;QD=51.8512;RBI=0.0631124;REFB=-0.0197326;REVB=0.0588433;RO=1;SAF=23;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183452;STB=0.599919;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.000113056;OID=.;OPOS=5487457;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:30:1:1:25:29:0.966667:2:23:0:1:2:27:0:1 chr7 5515624 . T G 839.76 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.162;QD=56.9326;RBI=0.00845753;REFB=0;REVB=-0.00492952;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140119;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:26:31:0:0:26:33:0:0 chr7 5518331 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7825;QD=42.1823;RBI=0.0819702;REFB=0;REVB=0.0453373;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595314;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr7 5518332 . CA C,CT 113.81 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,9;DP=11;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134044,0.0924133;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.01,131.724;QD=41.3839;RBI=0.0609773,0.119962;REFB=0,0;REVB=0.0594857,0.0764891;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0299352,0.00126107;OID=.,.;OPOS=5518333,5518333;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:2,9:11:2,9:11:0:2,3:0,6:0:0:10:0:2,3:0,6:0:0 chr7 5528883 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.878;QD=59.4356;RBI=0.0223703;REFB=0;REVB=0.0195848;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0871e-05;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr7 5529758 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.03;QD=33.4285;RBI=0.0199356;REFB=0;REVB=0.0153724;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463389;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 5540769 . A C 575.3 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6944;QD=60.5579;RBI=0.0441447;REFB=0;REVB=-0.0147153;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000880163;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr7 5541657 . G A 223.08 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1754;QD=49.5742;RBI=0.0790742;REFB=0;REVB=0.0421717;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00395524;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr7 5660669 . TG T 33.26 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.125698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2397;QD=7.82649;RBI=0.140459;REFB=-0.0408083;REVB=-0.0626809;RO=10;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653638;STB=0.555409;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=0.065879;OID=.;OPOS=5660670;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:5:16:7:17:10:1:6:1:9:33:10:0:5:1:9 chr7 5911403 . G A 34.16 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0292257;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7045;QD=13.6632;RBI=0.0302346;REFB=-0.0548209;REVB=0.0077454;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.061991;OID=.;OPOS=5911403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr7 5959485 . G A 113.51 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00910038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4523;QD=9.45889;RBI=0.0828188;REFB=0.0030524;REVB=-0.0823173;RO=33;SAF=12;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381718;STB=0.749583;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0170515;OID=.;OPOS=5959485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:2:12:20:13:2:12:20:14 chr7 5983012 . A G 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0092149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.89;QD=28.226;RBI=0.0436095;REFB=-0.00173715;REVB=0.0426248;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136204;STB=0.576787;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00134317;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:2:2:9:3:2:2 chr7 6026775 . T C 434.59 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.918;QD=52.6771;RBI=0.0383202;REFB=-0.0661534;REVB=0.0191453;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.521725;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000437274;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:33:1:1:31:32:0.969697:21:10:1:0:21:11:1:0 chr7 6026942 . G T 144.04 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00741954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.545;QD=15.1616;RBI=0.020751;REFB=-0.0352405;REVB=0.0193792;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760933;STB=0.543865;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0448396;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:8:14:9:7:8:14 chr7 6036980 . G C 159.44 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5462;QD=45.5529;RBI=0.0737162;REFB=0;REVB=-0.0039481;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321865;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr7 6043386 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0236876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.981;QD=12.9748;RBI=0.0236908;REFB=-0.00324203;REVB=0.000386353;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282827;STB=0.666389;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0075033;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:11:7:8:4:11:7 chr7 6056530 . G A 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00838945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.094;QD=23.8189;RBI=0.0370342;REFB=0.0224354;REVB=-0.0360715;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229677;STB=0.512809;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.013258;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:9:8:11:11:9:8 chr7 6056619 . G A 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.023779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.906;QD=20.5457;RBI=0.0237809;REFB=-0.0274812;REVB=-0.000298614;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121253;STB=0.568121;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0253165;OID=.;OPOS=6056619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:14:8:11:11:14:8 chr7 6066450 . T C 223.82 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0299001;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5671;QD=19.0483;RBI=0.0322518;REFB=-0.0180665;REVB=0.0120899;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187754;STB=0.510629;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0223659;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:13:12:11:11:13:12 chr7 6066461 . T C 718.02 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211942;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.733;QD=63.8243;RBI=0.0306479;REFB=0;REVB=0.0221382;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113431;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr7 6071115 . A G 258.08 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00611779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.322;QD=16.3863;RBI=0.0352671;REFB=-0.0229871;REVB=0.0347324;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172253;STB=0.602582;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0247667;OID=.;OPOS=6071115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:15:14:10:23:15:14:10:24 chr7 6087389 . C A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0147433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.725;QD=17.2298;RBI=0.0380315;REFB=-0.0307624;REVB=0.0350575;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.02979;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr7 6087400 . C A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00365444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.894;QD=19.3687;RBI=0.00538541;REFB=-0.0083476;REVB=-0.00395572;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871479;STB=0.549903;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00609002;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:5:2:4:6:5:2 chr7 6088420 . A G 83.69 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0104057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2037;QD=10.4613;RBI=0.0321995;REFB=-0.0434443;REVB=-0.0304718;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177334;STB=0.606739;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0811336;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:11:10:7:4:11:10 chr7 6193521 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.173;QD=46.848;RBI=0.0177813;REFB=0;REVB=0.00274519;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19702e-05;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr7 6194274 . T C 746.12 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.32;QD=56.3111;RBI=0.0177287;REFB=0;REVB=0.0166365;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73929e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:15:37:0:0:16:37:0:0 chr7 6204999 . A C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.754;QD=58.1388;RBI=0.0354081;REFB=0;REVB=0.0303538;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92902e-05;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr7 6252291 . G A 502.02 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.094;QD=59.0614;RBI=0.0643804;REFB=0;REVB=0.0626886;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042757;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:21:13:0:0 chr7 6370144 . G A 152.24 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00110821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.815;QD=20.9988;RBI=0.00113792;REFB=-0.0126858;REVB=0.000258315;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132271;STB=0.559927;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.012314;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:13:15:16:0.551724:7:8:9:4:7:9:9:4 chr7 6370194 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.836;QD=55.6549;RBI=0.02897;REFB=0;REVB=0.0125741;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478285;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr7 6370305 . C G 145.1 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8912;QD=44.6449;RBI=0.065707;REFB=0;REVB=-0.0133623;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012479;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:3:7:0:0:4:9:0:0 chr7 6442371 . G A 101.13 PASS AF=0.270833;AO=14;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.14379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.55;QD=8.42741;RBI=0.143927;REFB=-0.000998695;REVB=-0.00628737;RO=34;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170435;STB=0.655384;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00225145;OID=.;OPOS=6442371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:14:13:0.270833:9:5:17:17:9:4:18:17 chr7 6442433 . C T 378.86 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.017711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.932;QD=29.1434;RBI=0.0184277;REFB=-0.0171882;REVB=-0.00508925;RO=16;SAF=13;SAR=22;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220192;STB=0.514011;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00873723;OID=.;OPOS=6442433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:17:35:35:0.673077:22:13:6:10:22:13:7:10 chr7 6449496 . T C 205.81 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0191347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7421;QD=16.8011;RBI=0.035459;REFB=-0.000739519;REVB=-0.029853;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180528;STB=0.589309;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00167137;OID=.;OPOS=6449496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:19:8:10:11:19:9 chr7 6452461 . G A 173.87 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00585531;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.831;QD=18.3026;RBI=0.0143153;REFB=-0.0206764;REVB=-0.0130631;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418177;STB=0.523783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0309829;OID=.;OPOS=6452461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:12:8:8:10:12:8 chr7 6461534 . C T 259.31 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0119634;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9989;QD=17.287;RBI=0.0149961;REFB=-0.0164203;REVB=0.00904213;RO=30;SAF=8;SAR=20;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217492;STB=0.512187;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0200281;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:31:28:29:0.483333:20:8:8:22:20:9:9:22 chr7 6502367 . T C 159.91 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0883;QD=45.6895;RBI=0.088011;REFB=0;REVB=0.0750267;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414779;OID=.;OPOS=6502367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr7 6505901 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.917;QD=57.7119;RBI=0.0200364;REFB=0;REVB=0.0199791;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75579e-05;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr7 6537821 . G C 742.64 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.465;QD=56.0486;RBI=0.0158412;REFB=0;REVB=0.0126479;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144551;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:38:14:0:0:39:14:0:0 chr7 6621277 . G A 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0395745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9993;QD=17.4893;RBI=0.0536215;REFB=0.0301437;REVB=0.0361819;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066429;STB=0.537287;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0308613;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:15:15:16:12:15:15 chr7 6656830 . G A 545.3 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00945219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.3;QD=57.4002;RBI=0.00947332;REFB=-0.0938352;REVB=-0.000632265;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000340602;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:17:20:0:0:17:20:1:0 chr7 6656897 . A G 546.68 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0166319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0615;QD=53.335;RBI=0.0815313;REFB=0.0148646;REVB=-0.0798169;RO=3;SAF=22;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597159;STB=0.531898;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00317172;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:16:22:3:0:16:22:3:0 chr7 6660790 . G A 255.19 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.000141071;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.033;QD=21.2655;RBI=0.0159887;REFB=-0.0235612;REVB=0.0159881;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314035;STB=0.666528;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0191961;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:16:8:16:7:16:8:16:8 chr7 6713936 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0155558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.475;QD=7.76214;RBI=0.0630763;REFB=0.00458201;REVB=0.061128;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00964096;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:3:3:6:6:3:3:6:7 chr7 6713940 . CAG C 30.24 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=18;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00330521;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.926;QD=7.55982;RBI=0.0168175;REFB=-0.000644054;REVB=-0.0164895;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154572;STB=0.5996;STBP=0.678;TYPE=del;VARB=0.000226249;OID=.;OPOS=6713941;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:5:18:5:16:11:3:2:5:6:30:11:3:2:5:6 chr7 6713985 . A G 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0013;QD=45.7924;RBI=0.0524011;REFB=0;REVB=-0.031854;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210638;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr7 6776956 . A G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0010213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.505;QD=12.724;RBI=0.0198459;REFB=0.00501301;REVB=-0.0198196;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779992;STB=0.544984;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00786976;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:15:21:15:8:15:21 chr7 7283569 . G A 400.23 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0626376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3696;QD=53.3634;RBI=0.0628161;REFB=-0.163114;REVB=0.00473167;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0055345;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:0:1:12:17:0:1 chr7 7571094 . G C 1062.8 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253668;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.05;QD=59.8759;RBI=0.0220372;REFB=0;REVB=0.0218907;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10991e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:68:71:1:48:20:0:0:51:20:0:0 chr7 7646651 . G T 1293.12 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00134234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.74;QD=59.4538;RBI=0.017579;REFB=-0.064516;REVB=0.0175276;RO=2;SAF=41;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000769245;STB=0.500406;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00170644;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:44:41:1:1:44:41:1:1 chr7 7646687 . A G 1571.95 PASS AF=0.972973;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00791686;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.453;QD=56.6469;RBI=0.0139211;REFB=-0.147187;REVB=0.0114508;RO=1;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811295;STB=0.512193;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00191304;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:111:1:3:106:108:0.972973:58:48:0:1:60:48:0:3 chr7 7916945 . T C 207.28 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0160533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.677;QD=24.3854;RBI=0.0191956;REFB=-0.0377381;REVB=0.0105245;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105524;STB=0.558765;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0218103;OID=.;OPOS=7916945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:5:9:10:10:5:9 chr7 8125964 . C T 1244.16 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000546785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.441;QD=55.9174;RBI=0.0204853;REFB=-0.0444008;REVB=0.020478;RO=5;SAF=46;SAR=38;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157973;STB=0.508354;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000871249;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:5:5:84:84:0.94382:38:46:2:3:38:46:2:3 chr7 8132252 . T C 1245.1 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.902;QD=60.0049;RBI=0.0231932;REFB=0.0231265;REVB=-0.0162625;RO=1;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111399;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000111117;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:83:1:1:80:82:0.987952:42:38:0:1:42:40:0:1 chr7 8153053 . T C 298.96 PASS AF=0.54;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0186484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1782;QD=23.9171;RBI=0.0189456;REFB=0.00548891;REVB=-0.00334254;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390745;STB=0.533308;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00374706;OID=.;OPOS=8153053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:27:27:0.54:16:11:10:12:16:11:11:12 chr7 8196529 . A T 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.274;QD=63.2685;RBI=0.0178788;REFB=0;REVB=0.00461067;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29104e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr7 8196594 . AAAG A 45.17 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0162835;FXX=0.13885;HRUN=3;LEN=3;MLLD=200.078;QD=5.82828;RBI=0.020131;REFB=-0.0029098;REVB=0.0118366;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351349;STB=0.651833;STBP=0.285;TYPE=del;VARB=0.0106692;OID=.;OPOS=8196595;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:8:34:9:31:22:6:3:10:12:45:22:6:2:10:12 chr7 8196598 . AAAG A 43.06 PASS AF=0.32;AO=4;DP=36;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00685575;FXX=0.342015;HRUN=3;LEN=3;MLLD=206.054;QD=6.89027;RBI=0.017198;REFB=-0.00356174;REVB=0.0157724;RO=26;SAF=1;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433624;STB=0.865038;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.00579234;OID=.;OPOS=8196599;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:4:36:8:25:17:1:7:11:6:43:26:1:3:17:9 chr7 8792148 . T C 888.55 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.069974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.294;QD=56.4162;RBI=0.0708485;REFB=-0.018295;REVB=0.0110975;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000673421;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:39:23:0:0:39:23:1:0 chr7 10979697 . G A 233.27 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.120262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0665;QD=15.2965;RBI=0.122291;REFB=-0.0210733;REVB=0.0221876;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345955;STB=0.631484;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.021367;OID=.;OPOS=10979697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:34:26:27:0.442623:11:15:5:22:11:16:12:22 chr7 11022230 . A G 49.75 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.2199;QD=15.3087;RBI=0.0251416;REFB=-0.0387331;REVB=-0.0251416;RO=6;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235152;OID=.;OPOS=11022230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:13:13:6:6:7:7:0.538462:7:0:0:6:7:0:0:6 chr7 11022564 . G A 169.0 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.038981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4037;QD=17.3331;RBI=0.0389818;REFB=-0.031045;REVB=0.000246463;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186942;STB=0.60702;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.022708;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:11:10:12:6:11:10 chr7 11076658 . A G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0126131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.607;QD=17.1568;RBI=0.0126734;REFB=-0.00317;REVB=-0.00123569;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237977;STB=0.640889;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00242022;OID=.;OPOS=11076658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:12:5:2:17:12:5:2:18 chr7 11581121 . T C 919.07 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00620056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.936;QD=54.0628;RBI=0.0168128;REFB=-0.0668933;REVB=0.0156276;RO=3;SAF=29;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463917;STB=0.524583;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00451357;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:36:29:3:0:36:29:3:0 chr7 11581134 . T C 371.81 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0146784;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.491;QD=22.5336;RBI=0.0186911;REFB=-0.0246229;REVB=0.0115715;RO=28;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153677;STB=0.592634;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0219133;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:29:37:37:0.560606:23:14:16:12:23:14:17:12 chr7 11675855 . C T 293.86 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0391655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.056;QD=15.0699;RBI=0.0402261;REFB=0.00164369;REVB=0.00917633;RO=45;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13201;STB=0.574833;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00814244;OID=.;OPOS=11675855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:12:21:23:22:12:21:23:22 chr7 11676065 . G C 209.25 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0124635;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.545;QD=19.9281;RBI=0.0149636;REFB=-0.032903;REVB=-0.00828078;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202873;OID=.;OPOS=11676065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:20:21:0.5:7:13:13:8:8:13:13:8 chr7 12269417 . C G 274.45 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0166441;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.101;QD=17.4256;RBI=0.0202929;REFB=0.00033969;REVB=0.0116091;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191823;STB=0.607523;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.000342315;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:33:30:30:0.47619:12:18:13:20:12:18:13:20 chr7 12271997 . G A 110.54 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0227872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.562;QD=9.40757;RBI=0.0432142;REFB=-0.0235243;REVB=0.036718;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424331;STB=0.755468;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0648615;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:32:33:13:14:0.297872:4:9:10:22:4:10:11:22 chr7 12370794 . T C 1355.06 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472047;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.364;QD=61.5935;RBI=0.121094;REFB=-0.0540723;REVB=0.121002;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034816;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:88:0:0:87:88:1:42:45:0:0:43:45:0:0 chr7 12376811 . A C 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.067;QD=58.8006;RBI=0.0216051;REFB=0.097213;REVB=0.00473343;RO=1;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103967;STB=0.505493;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-5.96451e-05;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:45:28:0:1:45:29:0:1 chr7 12391319 . G T 594.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.725;QD=60.9768;RBI=0.0277717;REFB=0;REVB=0.0150511;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72032e-05;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr7 12393966 . A G 728.32 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3098;QD=57.1232;RBI=0.0791625;REFB=0;REVB=0.0710199;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145489;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr7 12393974 . A C 740.25 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.102;QD=56.942;RBI=0.0180739;REFB=0;REVB=0.000978681;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10167e-05;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr7 12394053 . G C,T 784.55 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,47;DP=49;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000341531,0.00086131;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.3435,139.809;QD=62.7637;RBI=0.000679377,0.00464268;REFB=0,0;REVB=0.00058729,-0.00456208;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0680962,-0.000790224;OID=.,.;OPOS=12394053,12394053;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:49:50:0:0:2,47:2,48:0.04,0.96:0,28:2,19:0:0:0,29:2,19:0:0 chr7 12395813 . T C 877.79 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2259;QD=55.7325;RBI=0.0447119;REFB=-0.0795815;REVB=-0.0430764;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00737346;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:60:62:0.984127:30:30:1:0:30:32:1:0 chr7 12410112 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.006746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.713;QD=12.0207;RBI=0.00897708;REFB=0.00126731;REVB=0.0059228;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266974;STB=0.658678;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00296937;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:13:12:10:4:13:12 chr7 12417407 . C T 119.04 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0110033;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.938;QD=11.614;RBI=0.0438573;REFB=-0.0124008;REVB=-0.0424545;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180161;STB=0.606746;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.031852;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:11:16:6:8:11:16 chr7 12428608 . C A 126.1 PASS AF=0.384615;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00131593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.269;QD=12.9335;RBI=0.00854963;REFB=-0.00321657;REVB=0.00844775;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130276;STB=0.510624;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00519529;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:24:13:15:0.384615:4:9:14:10:6:9:14:10 chr7 12428803 . G A 1538.95 PASS AF=1;AO=80;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319618;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.357;QD=63.4621;RBI=0.0392621;REFB=0;REVB=0.0228026;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618613;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:80:97:1:41:39:0:0:43:54:0:0 chr7 12433347 . C T 260.51 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00671169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.314;QD=18.9463;RBI=0.0105086;REFB=0.00328931;REVB=-0.00808598;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052687;STB=0.529391;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00420579;OID=.;OPOS=12433347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:17:10:12:16:17:10 chr7 12610594 . A G 418.82 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3021;QD=55.8426;RBI=0.0289039;REFB=0;REVB=-0.0188584;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00503385;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr7 12611252 . T C 1459.54 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553482;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.217;QD=61.4543;RBI=0.0713887;REFB=-0.0347576;REVB=0.0450879;RO=1;SAF=29;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419587;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:95:1:0:93:95:1:64:29:0:1:66:29:0:0 chr7 12620804 . C T 1342.98 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171125;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.557;QD=62.4641;RBI=0.0191345;REFB=0;REVB=0.00856112;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15391e-05;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr7 12636026 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5542;QD=52.6099;RBI=0.0870671;REFB=0;REVB=0.0869829;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171349;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr7 12728977 . G A 180.46 PASS AF=0.422222;AO=20;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00521141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1476;QD=16.041;RBI=0.00616009;REFB=0.0412814;REVB=-0.00328449;RO=25;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111357;STB=0.548119;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0576998;OID=.;OPOS=12728977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:20:19:0.422222:16:4:7:18:15:4:7:19 chr7 12729269 . C G 97.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00591653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.203;QD=12.9699;RBI=0.00595799;REFB=-0.0230258;REVB=0.000701673;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330707;STB=0.696084;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0216234;OID=.;OPOS=12729269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:10:8:9:3:10:8 chr7 12730503 . T G 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0114525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.658;QD=20.4368;RBI=0.0114561;REFB=-0.00689839;REVB=0.000286185;RO=26;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449025;STB=0.524983;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00728509;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:21:9:9:17:21:9:9:17 chr7 13934358 . A T 228.19 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0292189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.85;QD=13.8299;RBI=0.0299678;REFB=-0.00814671;REVB=0.00665761;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711052;STB=0.540605;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0087652;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:17:10:17:22:17:10:17:22 chr7 13935307 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=-0.00561727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.169;QD=20.3167;RBI=0.00771213;REFB=-0.00629613;REVB=0.00528424;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358053;STB=0.695504;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0044205;OID=.;OPOS=13935307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:14:5:0:18:14:5:0:18 chr7 13978809 . T C 169.5 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-6.72184e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.407;QD=10.5939;RBI=0.00592008;REFB=-0.00632348;REVB=0.0059197;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244396;STB=0.514273;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0132144;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:10:12:22:20:10:12:22:20 chr7 14025727 . C T 884.7 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.427;QD=58.0128;RBI=0.0202834;REFB=0;REVB=-0.00985465;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7472e-05;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr7 14025766 . T A 1169.67 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2939;QD=59.224;RBI=0.0401293;REFB=0.0564041;REVB=-0.027097;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000847085;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:0:1:76:78:0.987342:47:29:0:0:49:29:0:1 chr7 14050371 . A G 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00080104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.611;QD=4.70055;RBI=0.0158713;REFB=-0.00346173;REVB=-0.015851;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105426;STB=0.570055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.018144;OID=.;OPOS=14050371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:4:3:10:19:4:3:10:19 chr7 14217673 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0256063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.292;QD=12.7371;RBI=0.0327466;REFB=-0.0203691;REVB=-0.0204121;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394736;STB=0.732261;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0292083;OID=.;OPOS=14217673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:12:4:17:11:12:4:17:11 chr7 14758273 . C T 1322.63 PASS AF=0.909091;AO=90;DP=99;FAO=90;FDP=99;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0324477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4131;QD=53.4396;RBI=0.033978;REFB=0.00043815;REVB=-0.0100824;RO=9;SAF=36;SAR=54;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857946;STB=0.545444;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000361916;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:99:9:9:90:90:0.909091:54:36:8:1:54:36:8:1 chr7 14758274 . C G 33.73 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.025709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9168;QD=1.36293;RBI=0.0276576;REFB=-0.0107651;REVB=-0.0101976;RO=90;SAF=8;SAR=1;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53249;STB=0.908265;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.178354;OID=.;OPOS=14758274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:99:99:90:90:9:9:0.0909091:1:8:36:54:1:8:36:54 chr7 15651599 . C G 602.72 PASS AF=0.526316;AO=57;DP=116;FAO=60;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0457644;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.812;QD=21.148;RBI=0.0573741;REFB=-0.0515535;REVB=0.0346036;RO=28;SAF=24;SAR=33;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204058;STB=0.557503;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0325993;OID=.;OPOS=15651599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:28:54:57:60:0.526316:33:24:3:25:35:25:29:25 chr7 15651770 . C T 48.2 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0908945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5467;QD=12.8525;RBI=0.110938;REFB=0.00995974;REVB=0.0636038;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0258727;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:3:5:4:3:3:5 chr7 16503932 . C G 424.68 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0354818;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.042;QD=23.9256;RBI=0.0363456;REFB=-0.0328097;REVB=-0.00787683;RO=30;SAF=19;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753766;STB=0.541328;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0239743;OID=.;OPOS=16503932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:30:30:41:41:0.577465:22:19:11:19:22:19:11:19 chr7 16572317 . T A 229.7 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0513666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5418;QD=19.9736;RBI=0.10246;REFB=0.00160465;REVB=-0.0886536;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180079;STB=0.586392;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0018596;OID=.;OPOS=16572317;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:13:9:14:9:13:10:14:9 chr7 16639615 . A C 471.15 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0290945;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.771;QD=18.2973;RBI=0.0709957;REFB=-0.0227969;REVB=0.0647603;RO=53;SAF=28;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472558;STB=0.526223;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0250305;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:22:28:27:26:22:28:27:26 chr7 16666725 . C T 492.87 PASS AF=0.580247;AO=46;DP=80;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0181133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.2;QD=24.3391;RBI=0.0196987;REFB=-0.00399904;REVB=0.00774268;RO=34;SAF=22;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168679;STB=0.513422;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00272685;OID=.;OPOS=16666725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:34:34:46:47:0.580247:24:22:17:17:25:22:17:17 chr7 16832382 . T A 371.47 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00711585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6894;QD=17.4808;RBI=0.0436715;REFB=-0.00453405;REVB=0.0430879;RO=46;SAF=24;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287867;STB=0.516121;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0120818;OID=.;OPOS=16832382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:15:24:27:19:15:24:27:19 chr7 16834551 . C A 1549.23 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.334;QD=63.8856;RBI=0.0179571;REFB=0;REVB=-0.0068151;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33056e-06;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:49:47:0:0:50:47:0:0 chr7 16872913 . G A 190.67 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0154055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5263;QD=15.2535;RBI=0.0594308;REFB=-0.00460673;REVB=-0.0573994;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101077;STB=0.580564;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00441958;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:19:20:0.4:8:11:14:15:8:12:14:16 chr7 16899197 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00895469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.877;QD=12.4823;RBI=0.00970185;REFB=-6.7826e-05;REVB=0.00373354;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114204;STB=0.567454;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000103931;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:9:10:5:7:9:10 chr7 16913394 . A G 417.62 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1308;QD=53.8868;RBI=0.0222446;REFB=0.00160252;REVB=0.0138198;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00023894;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr7 17379110 . G A 160.59 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0186496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.26;QD=13.6672;RBI=0.0216413;REFB=-0.0192402;REVB=0.0109791;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319143;STB=0.660336;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0335296;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:11:6:19:10:11:7:19:10 chr7 17379123 . TGAAAAAT ATTGAAAA,TGAAAA,TGAAAAT 49.74 PASS AF=0,0.275,0;AO=2,7,7;DP=41;FAO=0,11,0;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=0,4,0;FSAR=0,7,0;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0309155,-0.066177,-0.255881;FXX=0.0243843;HRUN=1,5,5;LEN=8,2,1;MLLD=45.1951,18.4768,10.2462;QD=4.97358;RBI=0.0862552,0.140461,0.260652;REFB=-0.0244414,-0.0488942,-0.054323;REVB=-0.0805245,-0.123895,-0.0496461;RO=12;SAF=0,3,6;SAR=2,4,1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.593836,-0.157904,0.369272;STB=0.5,0.658908,0.5;STBP=1,0.255,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.144216,0.0279535;OID=.,.,.;OPOS=17379123,17379129,17379125;OREF=TGAAAAAT,AT,A;OALT=ATTGAAAA,-,-;OMAPALT=ATTGAAAA,TGAAAA,TGAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:41:40:12:29:2,7,7:0,11,0:0,0.275,0:2,4,1:0,3,6:7:5:0,7,0:0,4,0:17:12 chr7 17831806 . C T 605.98 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00626759;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.313;QD=59.1197;RBI=0.0100195;REFB=0.0332235;REVB=0.00781711;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191432;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.003937;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:24:16:0:1:24:16:0:1 chr7 17854531 . C CT 962.21 PASS AF=1;AO=9;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532663;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.05;QD=56.6007;RBI=0.0536122;REFB=0;REVB=0.00607973;RO=57;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.51834e-05;OID=.;OPOS=17854532;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:68:68:68:0:20:48:0:0:5:57:3:6:16:41 chr7 17854532 . G T 752.94 PASS AF=0.865672;AO=57;DP=66;FAO=58;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0209449;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.792;QD=44.9514;RBI=0.0250543;REFB=-0.176802;REVB=0.0137488;RO=9;SAF=16;SAR=41;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165244;STB=0.506483;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00290578;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:66:67:9:9:57:58:0.865672:41:16:3:6:41:17:3:6 chr7 18066569 . C A 328.38 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0360263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5739;QD=17.9935;RBI=0.0365795;REFB=-0.0292471;REVB=-0.00633719;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511247;STB=0.502856;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.03537;OID=.;OPOS=18066569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:21:14:15:23:21:14:15:23 chr7 18067479 . ACT A 374.96 PASS AF=0.965517;AO=24;DP=32;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00727571;FXX=0.121175;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.189;QD=51.7183;RBI=0.0229808;REFB=-0.0542869;REVB=-0.0217987;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.00360001;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.965517:24:32:28:29:1:13:15:1:0:7:0:10:14:0:0 chr7 18707367 . G A 48.58 PASS AF=0.145161;AO=8;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=41;FWDB=0.0887166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.333;QD=3.13418;RBI=0.0896593;REFB=-0.00135796;REVB=-0.0129674;RO=47;SAF=8;SAR=0;SRF=6;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.826444;STB=0.943145;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.045768;OID=.;OPOS=18707367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:47:53:8:9:0.145161:0:8:6:41:1:8:12:41 chr7 18767343 . A G 462.55 PASS AF=0.469388;AO=44;DP=95;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0295846;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.386;QD=18.8796;RBI=0.0297725;REFB=-0.00904621;REVB=0.00333966;RO=51;SAF=15;SAR=29;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731224;STB=0.569793;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0103552;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:51:52:44:46:0.469388:29:15:14:37:27:19:15:37 chr7 18977653 . G A 407.18 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0378408;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0455;QD=17.3269;RBI=0.0382291;REFB=-0.0137424;REVB=0.00543514;RO=52;SAF=24;SAR=18;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644225;STB=0.536033;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.017064;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:52:42:42:0.446809:18:24:33:19:18:24:33:19 chr7 18993870 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00333857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.383;QD=17.7306;RBI=0.0056366;REFB=-0.00769427;REVB=0.0045415;RO=18;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404406;STB=0.747767;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0169532;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:14:3:10:8:14:3:11:8 chr7 19155074 . T C 728.55 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.916;QD=57.1412;RBI=0.0307591;REFB=0;REVB=0.0194875;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144699;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr7 19760985 . A G 564.71 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0616462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2707;QD=56.4709;RBI=0.0660233;REFB=-0.0805955;REVB=0.0236394;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00577567;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:17:21:0:1:18:21:0:1 chr7 20178174 . GC GT,TG 135.77 PASS AF=0.351852,0;AO=10,2;DP=54;FAO=19,0;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=4,0;FSAR=15,0;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0108603,-0.0117285;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=191.92,196.298;QD=10.0569;RBI=0.0139256,0.0119198;REFB=-0.0050301,-0.00466599;REVB=0.00871636,0.00212735;RO=31;SAF=2,0;SAR=8,2;SRF=22;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.56663,-0.567822;STB=0.801216,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0148291,0;OID=.,.;OPOS=20178175,20178174;OREF=C,GC;OALT=T,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:35:10,2:19,0:0.351852,0:8,2:2,0:22:9:15,0:4,0:24:11 chr7 20180717 . C G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00239916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.011;QD=20.5424;RBI=0.0259974;REFB=-0.0235685;REVB=-0.0258865;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104174;STB=0.558773;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0246523;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:16:8:11:14:16:8:11:14 chr7 20198440 . G A 337.07 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=119;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0190553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5864;QD=11.3302;RBI=0.0204463;REFB=-0.0139523;REVB=0.00741261;RO=77;SAF=16;SAR=26;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172315;STB=0.598982;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0309232;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:77:42:42:0.352941:26:16:41:36:26:16:41:36 chr7 20201395 . G C 359.51 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00513942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.846;QD=19.9727;RBI=0.0208363;REFB=0.0100209;REVB=-0.0201925;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602428;STB=0.554278;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0110618;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:35:37:37:0.513889:20:17:17:15:20:17:20:15 chr7 20418678 . C T 546.83 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0147275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.945;QD=15.85;RBI=0.0149142;REFB=-0.0134761;REVB=-0.0023523;RO=76;SAF=30;SAR=29;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471909;STB=0.51327;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0188864;OID=.;OPOS=20418678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:79:59:59:0.427536:29:30:39:37:29:30:42:37 chr7 20421490 . T C 664.16 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0186368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.159;QD=27.9647;RBI=0.0245616;REFB=-0.0124747;REVB=0.0159982;RO=36;SAF=31;SAR=27;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160283;STB=0.581292;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00558022;OID=.;OPOS=20421490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:36:37:58:58:0.610526:27:31:11:25:27:31:12:25 chr7 20666235 . G C 152.88 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.037454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7871;QD=21.8402;RBI=0.0443859;REFB=-0.0111307;REVB=0.0238182;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179039;STB=0.599886;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.011166;OID=.;OPOS=20666235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:2:10:10:6:2:10 chr7 20685484 . C A 467.79 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0447574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.975;QD=17.0104;RBI=0.0699304;REFB=0.0131004;REVB=-0.0537311;RO=59;SAF=28;SAR=23;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120282;STB=0.566937;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0159888;OID=.;OPOS=20685484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:23:28:25:34:23:28:25:34 chr7 20778646 . G A 375.75 PASS AF=0.47561;AO=37;DP=79;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0132242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.551;QD=18.3291;RBI=0.0203692;REFB=-0.0129465;REVB=-0.0154928;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17211;STB=0.601443;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0153289;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:37:43:37:39:0.47561:23:14:21:16:23:16:26:17 chr7 20822196 . A AC 581.5 PASS AF=1;AO=51;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.8504;QD=41.5357;RBI=0.176178;REFB=0;REVB=0.0966978;RO=4;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00651547;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:56:56:56:0:26:30:0:0:11:4:25:26:1:3 chr7 20822304 . C CA 181.34 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4266;QD=42.6691;RBI=0.0520328;REFB=0;REVB=0.0129192;RO=3;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00522673;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:19:17:17:0:9:8:0:0:4:3:9:7:2:1 chr7 21469695 . C T 148.03 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0433984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.896;QD=17.9429;RBI=0.0440472;REFB=-0.0212887;REVB=0.00753227;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25653;STB=0.64687;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0355533;OID=.;OPOS=21469695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:7:10:5:11:7:10 chr7 21599233 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.742;QD=57.8848;RBI=0.00671501;REFB=0;REVB=-0.000423781;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27967e-05;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr7 21603886 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.968;QD=60.2241;RBI=0.0608865;REFB=0;REVB=0.03112;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324581;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr7 21628237 . C T 1725.31 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000605645;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.717;QD=60.5373;RBI=0.0174628;REFB=0;REVB=0.0174523;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28416e-06;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:111:114:1:56:55:0:0:58:56:0:0 chr7 21630982 . A G 1512.58 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0224;QD=58.7409;RBI=0.037279;REFB=0;REVB=-0.00450395;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323615;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:103:0:0:100:103:1:42:58:0:0:44:59:0:0 chr7 21640405 . A G 1247.07 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00332851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9706;QD=60.0997;RBI=0.0366192;REFB=-0.107525;REVB=0.0364676;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.505375;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00124433;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:83:1:1:80:82:0.987952:36:44:1:0:36:46:1:0 chr7 21641218 . G A 393.04 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8324;QD=56.1488;RBI=0.0375179;REFB=0;REVB=-0.0330021;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326471;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr7 21659645 . T C 452.43 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0211133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7915;QD=19.6707;RBI=0.0233737;REFB=0.0104616;REVB=0.0100279;RO=46;SAF=21;SAR=24;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105989;STB=0.511623;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0116296;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:24:21:22:24:24:21:23:24 chr7 21737768 . G A 1677.26 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5816;QD=60.4418;RBI=0.0697676;REFB=0;REVB=0.0679575;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427643;OID=.;OPOS=21737768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:64:47:0:0:64:47:0:0 chr7 21856151 . G A 1672.51 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414522;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.471;QD=60.2705;RBI=0.020189;REFB=0;REVB=-0.0197589;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053564;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:109:111:1:52:57:0:0:54:57:0:0 chr7 21893993 . G T 1141.08 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.563;QD=60.0571;RBI=0.00925112;REFB=0;REVB=-0.00385106;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185365;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:35:41:0:0 chr7 21901566 . T C 1587.46 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.994;QD=64.1396;RBI=0.0477577;REFB=0;REVB=0.0214101;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013932;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr7 21924014 . A G 316.97 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0076448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.424;QD=17.8577;RBI=0.00857582;REFB=-0.000440075;REVB=0.00388609;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172313;STB=0.509634;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.000283092;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:19:15:17:20:19:15:17:20 chr7 21939032 . C A 220.36 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0295066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0146;QD=16.0258;RBI=0.0325824;REFB=-0.0189525;REVB=0.0138194;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833889;STB=0.547132;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0441279;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:13:17:12:13:13:17 chr7 21940960 . A G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0147917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.658;QD=22.723;RBI=0.0370308;REFB=0.0141968;REVB=0.0339483;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307373;STB=0.517224;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00705902;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:7:9:12:8:7:9 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 208.89 PASS AF=0.431034;AO=22;DP=52;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00674678;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=249.935;QD=14.4058;RBI=0.0167355;REFB=-0.017903;REVB=0.0153152;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351417;STB=0.590835;STBP=0.254;TYPE=del;VARB=0.0228963;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431034:22:52:25:58:33:9:16:17:16:99:27:9:13:12:15 chr7 21941669 . A C 165.66 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0053966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.031;QD=15.4106;RBI=0.0202243;REFB=-0.0110152;REVB=-0.019491;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706433;STB=0.526287;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0181071;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:18:18:0.418605:10:8:9:15:10:8:10:15 chr7 22158386 . G A 123.99 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.010704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.631;QD=17.1013;RBI=0.0121716;REFB=0.00246404;REVB=0.00579417;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890391;STB=0.550949;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00380748;OID=.;OPOS=22158386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:10:5:6:8:10:5 chr7 22197507 . A G 1115.96 PASS AF=0.974684;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00379939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9396;QD=56.5044;RBI=0.0458777;REFB=-0.0506931;REVB=0.0457201;RO=3;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358907;STB=0.511902;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00281232;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:79:3:2:74:77:0.974684:38:36:0:3:41:36:0:2 chr7 22202117 . G A 274.66 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00904847;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.103;QD=23.3749;RBI=0.00909654;REFB=-0.0091247;REVB=-0.000933894;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081648;STB=0.545419;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0088545;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:6:16:16:9:6:16 chr7 22787205 . G T 1300.86 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.34341e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6303;QD=61.2169;RBI=0.0451201;REFB=0;REVB=-0.04512;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116948;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75909e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:40:44:0:1:41:44:0:0 chr7 22857682 . A G 270.47 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0505301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.183;QD=23.0188;RBI=0.0528158;REFB=-0.0137491;REVB=0.0153693;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30231;STB=0.63175;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00679851;OID=.;OPOS=22857682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:22:24:25:0.531915:17:7:13:7:17:8:13:9 chr7 23164526 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8261;QD=60.23;RBI=0.0423147;REFB=0;REVB=-0.00941158;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000710011;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr7 23286355 . G GT 135.59 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.114488;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1395;QD=9.35096;RBI=0.142232;REFB=-0.0207283;REVB=-0.0843947;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174642;STB=0.583264;STBP=0.295;TYPE=ins;VARB=0.0228913;OID=.;OPOS=23286356;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:23:60:24:58:34:14:10:15:19:99:36:14:9:16:20 chr7 23286525 . T C 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.028386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.851;QD=21.8821;RBI=0.0398832;REFB=-0.00198353;REVB=-0.0280162;RO=27;SAF=17;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103966;STB=0.557344;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00159213;OID=.;OPOS=23286525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:17:17:10:17:17:17:10:17 chr7 23300255 . C T 318.62 PASS AF=0.376238;AO=37;DP=100;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00506086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7669;QD=12.6185;RBI=0.0336638;REFB=-0.00701131;REVB=0.0332812;RO=63;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765893;STB=0.55245;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.012724;OID=.;OPOS=23300255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:63:63:37:38:0.376238:21:16:23:40:21:17:23:40 chr7 23351346 . CATT C 110.46 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00693011;FXX=0.187441;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.52;QD=16.9931;RBI=0.0447757;REFB=0.00534579;REVB=0.0442361;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152196;STB=0.631355;STBP=0.232;TYPE=del;VARB=-0.00411595;OID=.;OPOS=23351347;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:12:32:12:26:14:8:4:6:8:99:12:8:4:6:6 chr7 23357321 . C T 258.22 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0159253;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.955;QD=16.1389;RBI=0.016088;REFB=-0.0167058;REVB=0.00228242;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14634;STB=0.582385;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0200301;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:14:21:13:16:14:21 chr7 23530800 . A G 448.39 PASS AF=0.565789;AO=42;DP=77;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0374161;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3675;QD=23.5996;RBI=0.0374775;REFB=-0.0084524;REVB=-0.00214451;RO=32;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376504;STB=0.508596;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00587003;OID=.;OPOS=23530800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:32:33:42:43:0.565789:23:19:16:16:23:20:16:17 chr7 23624887 . G A 738.88 PASS AF=0.610619;AO=64;DP=108;FAO=69;FDP=113;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0142702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.014;QD=26.155;RBI=0.0162603;REFB=-0.0349985;REVB=-0.0077948;RO=40;SAF=35;SAR=29;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925142;STB=0.53203;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.027855;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:40:44:64:69:0.610619:29:35:27:13:29:40:29:15 chr7 23751736 . A G 311.03 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0114549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.085;QD=14.6366;RBI=0.0120333;REFB=-0.00760993;REVB=0.00368563;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18966;STB=0.598052;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00988959;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:34:35:0.411765:17:17:34:16:17:18:34:16 chr7 23757162 . G C 390.16 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0295261;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1321;QD=16.0889;RBI=0.0342757;REFB=-0.0310372;REVB=0.0174078;RO=52;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155137;STB=0.56534;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0164116;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:52:56:40:41:0.42268:20:20:18:34:21:20:21:35 chr7 23794029 . G A 461.62 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0137152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2708;QD=19.036;RBI=0.0227138;REFB=-0.00120383;REVB=-0.0181054;RO=50;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345892;STB=0.513349;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000147454;OID=.;OPOS=23794029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:51:46:46:0.474227:25:21:21:29:25:21:22:29 chr7 23854838 . G GA 35.33 PASS AF=0.222222;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.06598;FXX=0.099975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1822;QD=3.92572;RBI=0.0697384;REFB=-0.007742;REVB=-0.0225851;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.527709;STBP=0.913;TYPE=ins;VARB=0.0187453;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:7:41:8:36:28:4:4:15:13:35:33:3:4:19:14 chr7 23934657 . A C 124.06 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0231945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.164;QD=17.1122;RBI=0.0235239;REFB=-0.000617369;REVB=0.00392331;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153524;STB=0.58751;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000816947;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:11:4:6:8:11:4 chr7 24325009 . G A 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0187829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.409;QD=14.6504;RBI=0.0342746;REFB=0.00351293;REVB=0.0286697;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961734;STB=0.535664;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00421492;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:8:6:6:12:8:6:7:12 chr7 24329133 . C T 227.72 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0034552;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.988;QD=27.6026;RBI=0.00855609;REFB=-0.0129951;REVB=-0.0078274;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246589;STB=0.513665;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0160328;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:12:12:21:21:0.636364:13:8:5:7:13:8:5:7 chr7 24703298 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.038;QD=60.7162;RBI=0.035802;REFB=0;REVB=0.0279383;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72282e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr7 24756643 . A G 319.97 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0300899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.926;QD=15.9983;RBI=0.0342725;REFB=-0.00578468;REVB=0.0164074;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176307;STB=0.598796;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0150481;OID=.;OPOS=24756643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:18:17:14:31:18:17:14:31 chr7 24756951 . C T 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0154017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.723;QD=26.3705;RBI=0.016734;REFB=-0.00594114;REVB=-0.00654314;RO=16;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611092;STB=0.53387;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0056604;OID=.;OPOS=24756951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:10:14:8:8:10:14:8:8 chr7 24758753 . C T 885.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.252;QD=58.0524;RBI=0.0300359;REFB=0;REVB=0.0134082;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61663e-05;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr7 24758795 . T C 708.06 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0929803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1145;QD=60.2608;RBI=0.094853;REFB=0.0442561;REVB=-0.0187553;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0120982;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:29:16:0:1:29:17:0:1 chr7 24758818 . G T 586.14 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.514;QD=55.8231;RBI=0.0328661;REFB=-0.0753678;REVB=-0.0276481;RO=2;SAF=13;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170167;STB=0.509429;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00746162;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:39:40:0.952381:26:13:1:1:27:13:1:1 chr7 24854765 . G A 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0039967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9353;QD=17.4898;RBI=0.00823018;REFB=-0.0106631;REVB=-0.0071946;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27783;STB=0.655314;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00531532;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:9:21:11:17:9:21 chr7 24888730 . G A 304.7 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00492663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8213;QD=15.4276;RBI=0.0478232;REFB=0.00806612;REVB=0.0475687;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133993;STB=0.581586;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00944444;OID=.;OPOS=24888730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:44:34:35:0.443038:20:14:23:19:21:14:24:20 chr7 25181912 . T C 1098.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.906;QD=60.201;RBI=0.0318771;REFB=0;REVB=0.0188791;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19737e-05;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr7 25194665 . G C 577.6 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00890585;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.898;QD=21.3925;RBI=0.0106277;REFB=-0.00635339;REVB=0.00579945;RO=49;SAF=28;SAR=30;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141719;STB=0.581663;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00778858;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:49:50:58:58:0.537037:30:28:32:17:30:28:33:17 chr7 25194753 . C T 557.73 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0186527;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.133;QD=17.161;RBI=0.0200298;REFB=-0.0306449;REVB=0.00729848;RO=70;SAF=28;SAR=31;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310674;STB=0.513085;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0356955;OID=.;OPOS=25194753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:71:59:59:0.453846:31:28:31:39:31:28:32:39 chr7 25267934 . T C 410.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8935;QD=56.6862;RBI=0.0797339;REFB=0;REVB=0.0791791;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903657;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr7 25267963 . G C 557.07 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.571;QD=60.2239;RBI=0.0273561;REFB=0;REVB=0.0271765;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214085;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:11:26:0:0 chr7 25304395 . A G 1091.39 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941387;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.632;QD=60.633;RBI=0.0107912;REFB=0;REVB=-0.00527538;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451174;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:72:0:0:73:72:1:43:30:0:0:43:29:0:0 chr7 26251843 . C T 92.49 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0164193;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.728;QD=10.8809;RBI=0.0249832;REFB=-0.0091356;REVB=0.01883;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249274;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0153493;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:33:34:22:22:11:12:0.352941:7:4:13:9:7:5:12:10 chr7 26252932 . CTGG C 127.56 PASS AF=0.309091;AO=15;DP=54;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0433052;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.389;QD=9.27707;RBI=0.0448787;REFB=-0.0131659;REVB=-0.0117796;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107078;STB=0.608575;STBP=0.323;TYPE=del;VARB=0.0321939;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091:15:54:17:55:38:8:9:12:26:99:38:6:9:12:26 chr7 26576535 . T C 858.03 PASS AF=0.968254;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0230012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.4907;QD=54.4778;RBI=0.0269916;REFB=0.0208513;REVB=-0.014124;RO=2;SAF=24;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377019;STB=0.519993;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.000390256;OID=.;OPOS=26576535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:63:2:2:59:61:0.968254:35:24:2:0:37:24:2:0 chr7 26678856 . A G 182.62 PASS AF=0.403509;AO=17;DP=52;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0154324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7431;QD=12.8158;RBI=0.0987152;REFB=-0.063308;REVB=0.0975014;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.576855;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.067616;OID=.;OPOS=26678856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:34:34:17:23:0.403509:9:8:16:18:15:8:16:18 chr7 26685934 . T C 421.83 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00462109;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3137;QD=16.7063;RBI=0.0343486;REFB=-0.0260921;REVB=0.0340364;RO=52;SAF=30;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114414;STB=0.571656;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0290882;OID=.;OPOS=26685934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:55:46:46:0.455446:16:30:28:24:16:30:29:26 chr7 26778406 . A G 256.5 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.047;QD=44.6087;RBI=0.0484294;REFB=0.0150975;REVB=0.0442181;RO=2;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411632;STB=0.522366;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00013146;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:6:15:1:1:6:15:1:1 chr7 27135314 . C T 347.77 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000652906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2643;QD=51.5219;RBI=0.00229878;REFB=-0.0542575;REVB=-0.00220412;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00129783;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:9:17:1:0:9:17:1:0 chr7 27169093 . T G 1371.46 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.513;QD=61.6385;RBI=0.0273702;REFB=0;REVB=0.0212805;RO=1;SAF=41;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114177;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186088;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:1:0:88:89:1:47:41:1:0:47:42:0:0 chr7 27196069 . A C 656.87 PASS AF=0.488889;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.00579649;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0268;QD=19.4627;RBI=0.0170877;REFB=-0.0299428;REVB=0.0160745;RO=65;SAF=16;SAR=49;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105529;STB=0.573934;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0406695;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:65:69:65:66:0.488889:49:16:22:43:49:17:26:43 chr7 27196113 . C T 697.2 PASS AF=0.454545;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.01496;FXX=0.00602373;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.7821;QD=16.9018;RBI=0.0299853;REFB=-0.0129989;REVB=0.0259869;RO=89;SAF=21;SAR=54;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174445;STB=0.601286;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0153807;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:89:90:75:75:0.454545:54:21:39:50:54:21:40:50 chr7 27204732 . C A 293.49 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.064155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6358;QD=19.8974;RBI=0.0649397;REFB=-0.00560293;REVB=0.0100648;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517179;STB=0.502875;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00564403;OID=.;OPOS=27204732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:11:17:19:12:11:17 chr7 27210428 . A AG 215.37 PASS AF=0.448276;AO=22;DP=90;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.158014;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.6621;QD=9.90212;RBI=0.169886;REFB=-0.0210459;REVB=0.0623911;RO=63;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211166;STB=0.542836;STBP=0.504;TYPE=ins;VARB=0.0321346;OID=.;OPOS=27210429;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:22:90:39:87:48:15:24:15:33:99:63:7:15:21:42 chr7 27279191 . T G 275.17 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0195943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.188;QD=11.1179;RBI=0.02258;REFB=-0.00926903;REVB=0.0112214;RO=66;SAF=12;SAR=21;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125996;STB=0.573288;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0163857;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:21:12:31:35:21:12:31:35 chr7 27702390 . C A 1492.42 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.146;QD=58.5262;RBI=0.0399201;REFB=-0.0155252;REVB=0.0251795;RO=1;SAF=42;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111615;STB=0.505881;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000168289;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:59:42:1:0:59:42:1:0 chr7 27886171 . A G 1199.63 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.837;QD=59.2409;RBI=0.0721721;REFB=-0.0631744;REVB=0.0515548;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120858;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:81:0:0:75:81:1:49:26:0:0:53:28:0:0 chr7 28995800 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.66;QD=16.4544;RBI=0.0342539;REFB=0.00109492;REVB=-0.0342539;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00696958;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr7 28996557 . C T 143.34 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0163068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.324;QD=14.7016;RBI=0.0166092;REFB=-0.0327856;REVB=-0.00315491;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474047;STB=0.505611;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0459092;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:23:16:16:0.410256:5:11:16:6:5:11:16:7 chr7 28996944 . T C 125.56 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00848133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.487;QD=18.6018;RBI=0.0174971;REFB=-0.0304835;REVB=-0.0153041;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361458;STB=0.512802;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0284583;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:4:10:9:3:4:10:9:4 chr7 28997141 . G C 186.67 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0624973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2909;QD=19.6489;RBI=0.0640294;REFB=-0.0200781;REVB=-0.0139231;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139431;STB=0.578864;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0245087;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:11:8:11:8:11:8 chr7 28997497 . GC G,GG 492.67 PASS AF=1,0;AO=31,3;DP=35;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770831,-0.0344843;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.0355,5.08263;QD=56.3046;RBI=0.0972175,0.180059;REFB=0,0;REVB=-0.0969114,-0.176726;RO=0;SAF=11,0;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00308089,0;OID=.,.;OPOS=28997498,28997498;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,3:35:35,0:35:0:12,0:23,0:0:0:4:0:11,0:20,3:0:0 chr7 29070320 . C T 121.8 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0715401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0881;QD=15.7158;RBI=0.077981;REFB=-0.042751;REVB=-0.0310332;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135697;STB=0.578829;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0342338;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:7:10:10:4:7:10 chr7 29186256 . A G 1218.0 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684898;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.857;QD=60.148;RBI=0.0105765;REFB=0;REVB=-0.00805944;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61567e-05;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:77:81:1:47:30:0:0:49:32:0:0 chr7 29186576 . A G 1116.88 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.983;QD=60.3718;RBI=0.00971995;REFB=0;REVB=0.000536644;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85708e-05;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:40:34:0:0 chr7 29523563 . G A 266.54 PASS AF=0.376471;AO=30;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0139118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.122;QD=12.543;RBI=0.0139209;REFB=-0.00692345;REVB=-0.00050359;RO=54;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155961;STB=0.610596;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.011288;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:53:30:32:0.376471:17:13:31:23:19:13:31:22 chr7 29552213 . T C 433.27 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.012509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.096;QD=18.053;RBI=0.0135512;REFB=-0.00622813;REVB=0.00521155;RO=52;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778356;STB=0.543459;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00610879;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:23:21:29:23:23:21:29:23 chr7 29605975 . C G 135.26 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.113816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3614;QD=18.6559;RBI=0.114095;REFB=-0.0122845;REVB=0.0079778;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253613;STB=0.675456;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00394611;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:11:13:12:13:0.448276:8:4:1:10:8:5:1:12 chr7 29771597 . A C 453.1 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0515443;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2065;QD=16.4762;RBI=0.0565096;REFB=-0.00908686;REVB=0.023163;RO=56;SAF=32;SAR=18;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513539;STB=0.513698;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0105688;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:56:60:50:50:0.454545:18:32:33:23:18:32:37:23 chr7 29924072 . A G 297.46 PASS AF=0.54386;AO=32;DP=55;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0478117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5148;QD=20.8741;RBI=0.0563813;REFB=-0.0347222;REVB=-0.0298812;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581603;STB=0.53881;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0287304;OID=.;OPOS=29924072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:23:26:32:31:0.54386:20:12:7:16:19:12:8:18 chr7 29952207 . C G 1098.51 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6268;QD=60.1925;RBI=0.0673225;REFB=0;REVB=0.0295874;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549177;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr7 30538651 . T C 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0112139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.02;QD=9.49182;RBI=0.0120487;REFB=-0.0225359;REVB=0.00440688;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909731;STB=0.554817;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0368519;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:7:17:7:4:7:17 chr7 30791847 . C T 1001.64 PASS AF=0.513089;AO=89;DP=182;FAO=98;FDP=191;FR=.;FRO=93;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0312457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.58;QD=20.9767;RBI=0.0317552;REFB=-0.0248627;REVB=0.00566549;RO=92;SAF=44;SAR=45;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051845;STB=0.522555;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0217917;OID=.;OPOS=30791847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:191:92:93:89:98:0.513089:45:44:46:46:45:53:46:47 chr7 30795331 . A G 338.98 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00132253;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.786;QD=15.0656;RBI=0.0134977;REFB=-0.0179205;REVB=0.0134327;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110517;STB=0.573437;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0273529;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:53:53:37:37:0.411111:17:20:23:30:17:20:22:31 chr7 30795436 . T G 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00712495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.376;QD=27.3146;RBI=0.0071342;REFB=-0.00254489;REVB=-0.00036317;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033438;STB=0.518501;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00157687;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:13:8:4:8:13:8:4:8 chr7 30825575 . C A 544.24 PASS AF=0.685714;AO=47;DP=69;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00586005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.732;QD=31.0995;RBI=0.0156305;REFB=-0.0382786;REVB=0.0144904;RO=22;SAF=27;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712942;STB=0.534158;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0172393;OID=.;OPOS=30825575;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:22:22:47:48:0.685714:20:27:10:12:21:27:10:12 chr7 30831181 . C T 223.63 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0862485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.308;QD=14.9085;RBI=0.0909433;REFB=-0.0257784;REVB=-0.0288422;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408141;STB=0.715571;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0416089;OID=.;OPOS=30831181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:26:26:0.433333:12:14:4:29:12:14:5:29 chr7 30915263 . A G 310.6 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0108102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4103;QD=16.3472;RBI=0.0154796;REFB=-0.00342412;REVB=-0.0110796;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711008;STB=0.503998;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00307859;OID=.;OPOS=30915263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:17:25:20:14:17:25 chr7 31377369 . T G 164.34 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0668405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6713;QD=13.6947;RBI=0.0727141;REFB=0.000552535;REVB=0.02863;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149526;STB=0.587663;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0010567;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:12:18:13:5:12:18 chr7 31592733 . C A 1006.12 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.041;QD=59.1837;RBI=0.0413092;REFB=0;REVB=0.0202376;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187534;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr7 31617733 . T C 410.07 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0361732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1129;QD=51.2591;RBI=0.0361837;REFB=-0.182419;REVB=-0.000869426;RO=1;SAF=22;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207257;STB=0.521725;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00470646;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:31:32:1:2:30:30:0.9375:8:22:1:0:8:22:2:0 chr7 31618008 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.009;QD=43.4862;RBI=0.0547193;REFB=0;REVB=0.0128602;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971739;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 31682453 . C T 269.21 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.037231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6321;QD=15.6063;RBI=0.0372326;REFB=-0.0156036;REVB=0.000343505;RO=38;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595044;STB=0.533605;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0126411;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:22:9:13:25:22:9:13:25 chr7 31682601 . T C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0276023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.054;QD=17.4898;RBI=0.0294643;REFB=-0.016541;REVB=-0.0103081;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154061;STB=0.586147;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0124134;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:10:20:14:14:10:20 chr7 31682853 . T C 395.56 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0376078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.903;QD=30.4278;RBI=0.0376473;REFB=-0.00392417;REVB=0.00172571;RO=15;SAF=15;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641744;STB=0.545429;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00141832;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:16:36:36:0.692308:21:15:8:7:21:15:9:7 chr7 31683054 . G T 164.63 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0287245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.889;QD=9.54358;RBI=0.0287808;REFB=-0.0064397;REVB=0.00179967;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18632;STB=0.609278;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0207938;OID=.;OPOS=31683054;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:10:12:18:29:10:12:18:29 chr7 31683410 . G A 457.03 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0268215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.251;QD=23.1409;RBI=0.038084;REFB=-0.00733092;REVB=0.027037;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981189;STB=0.553813;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00553758;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:25:19:11:24:25:19:11:24 chr7 31690882 . AGG AGA,AG,GGA 38.26 PASS AF=0.0232558,0.232558,0.0465116;AO=4,6,2;DP=42;FAO=1,10,2;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=0,1,0;FSAR=1,9,2;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0934577,-0.080697,-0.119018;FXX=0.0444346;HRUN=2,2,3;LEN=1,1,3;MLLD=58.5568,15.1098,55.8742;QD=3.55887;RBI=0.108667,0.0883636,0.141116;REFB=-0.0139392,-0.0643599,1.76877e-05;REVB=-0.0554452,0.0360017,-0.0758186;RO=26;SAF=0,0,0;SAR=4,6,2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.699994,-0.754049,-0.577457;STB=0.99236,0.8992,0.995962;STBP=0.248,0.011,0.082;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.232424,0.16255,0.126314;OID=.,.,.;OPOS=31690884,31690883,31690882;OREF=G,G,AGG;OALT=A,-,GGA;OMAPALT=AGA,AG,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:42:43:26:30:4,6,2:1,10,2:0.0232558,0.232558,0.0465116:4,6,2:0,0,0:18:8:1,9,2:0,1,0:19:11 chr7 31732089 . C G 319.82 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0382783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6516;QD=18.5404;RBI=0.0513905;REFB=-0.00915907;REVB=-0.0342893;RO=33;SAF=5;SAR=29;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31899;STB=0.70289;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0158434;OID=.;OPOS=31732089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:35:34:34:0.492754:29:5:13:20:29:5:15:20 chr7 31746837 . C T 310.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00299595;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.555;QD=18.5321;RBI=0.00516292;REFB=-0.0313736;REVB=-0.00420475;RO=31;SAF=22;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428808;STB=0.522714;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0273499;OID=.;OPOS=31746837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:34:33:33:0.492537:11:22:22:9:11:22:24:10 chr7 31855578 . G A 1030.62 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0549476;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9724;QD=57.2564;RBI=0.0707869;REFB=-0.0611979;REVB=0.0446268;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165827;STB=0.508194;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00518433;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:69:71:0.986111:28:41:0:1:30:41:0:1 chr7 32091215 . A T 210.14 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0210339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.329;QD=19.104;RBI=0.0259527;REFB=-0.00895541;REVB=0.0152025;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.521719;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00957033;OID=.;OPOS=32091215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:23:19:21:0.477273:10:9:10:13:11:10:10:13 chr7 32209425 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.07;QD=59.8292;RBI=0.0228891;REFB=0;REVB=0.01959;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93446e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:39:64:0:0:39:64:0:0 chr7 32209459 . C T 1767.44 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.84;QD=60.9462;RBI=0.0326757;REFB=0;REVB=0.0324795;RO=0;SAF=74;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09406e-05;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:116:0:0:111:116:1:37:74:0:0:42:74:0:0 chr7 32338337 . G A 1281.0 PASS AF=0.93617;AO=86;DP=94;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0400803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.385;QD=54.5108;RBI=0.0665835;REFB=-0.187949;REVB=0.0531689;RO=7;SAF=32;SAR=54;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857301;STB=0.509353;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.011426;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:94:94:7:6:86:88:0.93617:54:32:3:4:56:32:3:3 chr7 32529936 . G C 99.91 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000660193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.187;QD=15.3701;RBI=0.0194594;REFB=-0.0139401;REVB=-0.0194482;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0235467;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:6:8:5:7:6:8 chr7 32530105 . G C 331.81 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0444158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.843;QD=21.4071;RBI=0.0694778;REFB=-0.0566129;REVB=-0.0534266;RO=24;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987682;STB=0.588183;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0501215;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:24:28:34:34:0.548387:14:20:11:13:14:20:11:17 chr7 32530198 . AA TC 304.14 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0354639;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=2;MLLD=114.596;QD=22.1193;RBI=0.0407101;REFB=0.00507926;REVB=-0.0199906;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909561;STB=0.565996;STBP=0.281;TYPE=mnp;VARB=-0.00502476;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:24:31:31:0.563636:16:15:8:14:16:15:8:16 chr7 32598630 . T A 375.15 PASS AF=0.673913;AO=29;DP=44;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00904791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.732;QD=32.6216;RBI=0.00939233;REFB=-0.00965391;REVB=-0.00252017;RO=15;SAF=9;SAR=20;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321938;STB=0.521159;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00759397;OID=.;OPOS=32598630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:15:15:29:31:0.673913:20:9:4:11:21:10:4:11 chr7 32598656 . C T 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0115262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.389;QD=33.2489;RBI=0.0216915;REFB=0.0207461;REVB=0.0183758;RO=8;SAF=8;SAR=14;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608694;STB=0.533304;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00290446;OID=.;OPOS=32598656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:14:8:2:6:14:8:2:6 chr7 32613020 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0377983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3351;QD=12.6196;RBI=0.0392076;REFB=-0.0015931;REVB=0.0104176;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333975;STB=0.519215;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0016136;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:14:10:17:21:14:10:17:21 chr7 32623477 . C G 317.85 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0537393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1203;QD=15.5046;RBI=0.060348;REFB=-0.0266595;REVB=-0.0274585;RO=47;SAF=24;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209878;STB=0.618942;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0393913;OID=.;OPOS=32623477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:11:24:23:24:11:24:23:24 chr7 32623796 . C T 785.23 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.002;QD=57.1078;RBI=0.0267152;REFB=0;REVB=0.0136073;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01296e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr7 32908287 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.157;QD=59.4342;RBI=0.0211247;REFB=0;REVB=0.0208383;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91601e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr7 32956941 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00826654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9261;QD=16.3862;RBI=0.0399932;REFB=0.00308723;REVB=-0.0391296;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263859;STB=0.65587;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00267079;OID=.;OPOS=32956941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:4:4:2:7:4:4 chr7 33054112 . A G 118.84 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0138049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.231;QD=22.637;RBI=0.0138227;REFB=-0.0250818;REVB=0.000701169;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292681;STB=0.671373;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00374644;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:8:8:12:13:0.619048:8:4:6:2:9:4:6:2 chr7 33054117 . T TAAGA 97.86 PASS AF=0.571429;AO=5;DP=19;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0290882;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=4;MLLD=230.133;QD=18.6404;RBI=0.137676;REFB=-0.0330139;REVB=-0.134568;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11246;STB=0.731312;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0351566;OID=.;OPOS=33054118;OREF=-;OALT=AAGA;OMAPALT=TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:5:19:12:21:9:3:9:7:2:56:10:3:2:7:3 chr7 33060946 . A G 153.32 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0324303;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1861;QD=20.4425;RBI=0.0516322;REFB=-0.00389028;REVB=0.0401766;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224986;STB=0.626896;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00515735;OID=.;OPOS=33060946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:4:10:7:9:4:10 chr7 33075573 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0523277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.211;QD=16.4169;RBI=0.0529047;REFB=-0.0134865;REVB=0.00779222;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00964447;OID=.;OPOS=33075573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:9:7:9:5:9:7 chr7 33085696 . G A 65.35 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0117001;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6595;QD=9.68149;RBI=0.0430589;REFB=-0.00279853;REVB=-0.0414388;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153571;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00452139;OID=.;OPOS=33085696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:17:18:9:9:0.333333:4:5:7:10:4:5:8:10 chr7 33385852 . C T 199.93 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00723554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.514;QD=13.3287;RBI=0.0541089;REFB=-0.0103009;REVB=-0.053623;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16353;STB=0.583266;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0210313;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:12:12:23:12:12:12:23:13 chr7 33388883 . A T 459.85 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00645579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.733;QD=15.8569;RBI=0.0154308;REFB=-0.00948666;REVB=-0.0140154;RO=64;SAF=18;SAR=33;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238244;STB=0.519202;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.012043;OID=.;OPOS=33388883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:65:51:51:0.439655:33:18:24:40:33:18:25:40 chr7 34009946 . C T 348.55 PASS AF=0.321168;AO=44;DP=138;FAO=44;FDP=137;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.018347;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.943;QD=10.1768;RBI=0.036662;REFB=-0.00752494;REVB=-0.031741;RO=93;SAF=21;SAR=23;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175018;STB=0.510145;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0173801;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:93:93:44:44:0.321168:23:21:43:50:23:21:43:50 chr7 34192762 . G C 903.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551842;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.804;QD=58.2812;RBI=0.0751105;REFB=0;REVB=0.0509538;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475367;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:25:35:0:0:25:37:0:0 chr7 34818113 . A T 818.84 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.051993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4872;QD=55.5143;RBI=0.0602264;REFB=0.0391753;REVB=-0.0303965;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140815;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00939921;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:25:33:1:0:25:33:1:0 chr7 34851393 . C G 237.54 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00901323;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.489;QD=19.3909;RBI=0.0246234;REFB=-0.0192991;REVB=0.0229145;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254242;STB=0.514376;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0252219;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:14:12:10:13:14:12 chr7 34867182 . C T 195.73 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0275529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4956;QD=17.7933;RBI=0.0453486;REFB=0.0356759;REVB=0.0360185;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048064;STB=0.52737;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0388303;OID=.;OPOS=34867182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:12:12:9:11:12:12 chr7 34874038 . C G 1107.02 PASS AF=1;AO=64;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125345;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.137;QD=59.8392;RBI=0.0177507;REFB=0;REVB=0.0125688;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135567;OID=.;OPOS=34874038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:64:74:1:26:38:0:0:33:41:0:0 chr7 34874039 . A G 31.76 PASS AF=0.128205;AO=9;DP=76;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.015399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.013;QD=1.62864;RBI=0.026606;REFB=-0.0263275;REVB=-0.0216969;RO=67;SAF=2;SAR=7;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405066;STB=0.720674;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.234904;OID=.;OPOS=34874039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:76:78:67:68:9:10:0.128205:7:2:38:29:7:3:38:30 chr7 34968498 . A T 248.17 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0124468;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.162;QD=15.7569;RBI=0.0169923;REFB=-0.0103483;REVB=0.0115679;RO=33;SAF=19;SAR=8;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755555;STB=0.555514;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00970113;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:35:27:28:0.444444:8:19:21:12:8:20:22:13 chr7 35121274 . C T 825.5 PASS AF=0.532468;AO=81;DP=153;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0028355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.413;QD=21.4415;RBI=0.00349481;REFB=-0.0122567;REVB=-0.00204293;RO=71;SAF=36;SAR=45;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125134;STB=0.567346;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00693599;OID=.;OPOS=35121274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:71:72:81:82:0.532468:45:36:42:29:46:36:42:30 chr7 35293193 . A G 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00562707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.51;QD=24.5599;RBI=0.0446971;REFB=-0.03593;REVB=0.0443414;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120004;STB=0.565778;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0252476;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:18:17:15:8:18:17:15:8 chr7 35709842 . C T 308.15 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=0.00322606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8957;QD=15.8025;RBI=0.0375989;REFB=0.00121698;REVB=-0.0374603;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174114;STB=0.59737;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00302734;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:14:20:33:11:14:20:33:11 chr7 35840898 . G C,GC 1016.35 PASS AF=0.0945946,0.891892;AO=13,57;DP=81;FAO=7,66;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=1,23;FSAR=6,43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382378,0.0407095;FXX=0.0133316;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=81.6241,96.2144;QD=54.9381;RBI=0.0431299,0.0410365;REFB=-0.0897232,0.0554626;REVB=-0.0199514,0.00517072;RO=8;SAF=1,21;SAR=12,36;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.658788,-0.121272;STB=0.666107,0.510635;STBP=0.134,0.272;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0738745,0.00184629;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:81:74:8:1:13,57:7,66:0.0945946,0.891892:12,36:1,21:7:1:6,43:1,23:1:0 chr7 36320821 . G A 1140.4 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117785;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.772;QD=60.8213;RBI=0.0123594;REFB=0;REVB=0.00374448;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214288;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr7 36338749 . T C 1305.36 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279382;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.218;QD=62.16;RBI=0.0359547;REFB=0;REVB=0.0226317;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28385e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr7 36339269 . C G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9999;QD=57.6769;RBI=0.0239131;REFB=0;REVB=-0.0105449;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183509;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr7 36396480 . A G 220.81 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00498401;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.6907;QD=14.7205;RBI=0.0662859;REFB=-0.0569165;REVB=0.0660983;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215724;STB=0.511619;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0895513;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:34:26:26:0.433333:14:12:15:16:14:12:15:19 chr7 36445856 . G A 632.06 PASS AF=0.595745;AO=55;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0196141;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.346;QD=26.8961;RBI=0.0211978;REFB=-0.00972202;REVB=-0.00803961;RO=39;SAF=31;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972729;STB=0.560954;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00767491;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:38:55:56:0.595745:24:31:17:22:24:32:16:22 chr7 36552785 . A C 262.04 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00124525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.435;QD=17.1829;RBI=0.0180503;REFB=-0.00838064;REVB=0.0180073;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386922;STB=0.514888;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00661048;OID=.;OPOS=36552785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:30:32:28:29:0.47541:17:11:13:17:18:11:13:19 chr7 36552790 . G GT,T 684.72 PASS AF=0.916667,0.0333333;AO=50,4;DP=61;FAO=55,2;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=22,2;FSAR=33,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0955173,0.0512586;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=20.1251,8.44282;QD=45.6477;RBI=0.0969821,0.0845849;REFB=-0.0886664,0.046832;REVB=0.016792,-0.0672842;RO=5;SAF=22,2;SAR=28,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00692867,0.0874326;STB=0.503596,0.993997;STBP=0.911,0.153;TYPE=ins,snp;VARB=0.0126766,-0.0419873;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:5:3:50,4:55,2:0.916667,0.0333333:28,2:22,2:2:3:33,0:22,2:1:2 chr7 36729757 . T C 740.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.513;QD=56.9459;RBI=0.0279858;REFB=0;REVB=-0.0094268;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111628;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr7 36763688 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.01;QD=55.6557;RBI=0.0653682;REFB=0;REVB=0.0405379;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532096;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr7 37209284 . G A 276.53 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273664;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.837;QD=52.6731;RBI=0.018854;REFB=0;REVB=-0.0186543;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84032e-05;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr7 37355590 . C CT,T 527.41 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=34,2;DP=39;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408034,0.000993263;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=22.8942,22.198;QD=55.5164;RBI=0.0495945,0.0108728;REFB=0,0;REVB=-0.0281904,-0.0108273;RO=3;SAF=13,0;SAR=21,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00786187,-0.599865;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00420247,0.0167851;OID=.,.;OPOS=37355591,37355590;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:38:3:0:34,2:36,2:0.947368,0.0526316:21,2:13,0:1:2:23,2:13,0:0:0 chr7 37907304 . T C 1272.08 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0378943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.633;QD=58.4864;RBI=0.0462088;REFB=-0.118858;REVB=0.0264438;RO=2;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236689;STB=0.512192;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000407997;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:84:85:0.977011:39:45:0:2:40:45:0:2 chr7 37947103 . C T 418.55 PASS AF=0.413793;AO=46;DP=114;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00113208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.064;QD=14.4328;RBI=0.00263754;REFB=-0.0205521;REVB=0.00238223;RO=67;SAF=23;SAR=23;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862899;STB=0.555135;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0267346;OID=.;OPOS=37947103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:67:68:46:48:0.413793:23:23:28:39:23:25:29:39 chr7 37947164 . G T 1528.35 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.034049;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7822;QD=58.7828;RBI=0.0440023;REFB=0.0542381;REVB=-0.0278724;RO=1;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839826;STB=0.504424;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00206621;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:104:1:1:103:103:0.990385:56:47:0:1:56:47:0:1 chr7 37951735 . G A 383.29 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00280294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.14;QD=12.3643;RBI=0.0127977;REFB=-0.00795048;REVB=-0.012487;RO=77;SAF=23;SAR=23;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214107;STB=0.516122;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0133344;OID=.;OPOS=37951735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:77:78:46:46:0.370968:23:23:40:37:23:23:41:37 chr7 37953840 . C T 1606.16 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6073;QD=60.0434;RBI=0.0262799;REFB=0;REVB=-0.0236727;RO=0;SAF=38;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10858e-05;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:68:38:0:0:68:39:0:0 chr7 37961001 . C A 594.93 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00606844;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.591;QD=17.4979;RBI=0.0100477;REFB=-0.0443368;REVB=-0.00800819;RO=73;SAF=32;SAR=30;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356589;STB=0.523463;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0543232;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:73:74:62:62:0.455882:30:32:35:38:30:32:35:39 chr7 37988589 . C T 286.71 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0219788;FXX=0.0744602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.203;QD=13.1822;RBI=0.0245505;REFB=-0.00726908;REVB=-0.010939;RO=50;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347051;STB=0.723235;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0168477;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:50:55:32:32:0.367816:9:23:20:30:9:23:20:35 chr7 37991129 . C A 308.41 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00338994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.175;QD=18.9789;RBI=0.0116937;REFB=-0.0112408;REVB=-0.0111916;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721736;STB=0.522458;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0123845;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:32:31:33:0.507692:14:17:14:16:15:18:16:16 chr7 37991186 . C T 334.54 PASS AF=0.402174;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0356094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6219;QD=14.5451;RBI=0.0357461;REFB=-0.0238376;REVB=0.00312376;RO=54;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100578;STB=0.558178;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0415627;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:55:36:37:0.402174:20:16:19:35:20:17:20:35 chr7 38284794 . C T 62.39 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0134408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4112;QD=2.44684;RBI=0.0179714;REFB=0.0104836;REVB=-0.0119296;RO=82;SAF=5;SAR=8;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128963;STB=0.615207;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0396307;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:102:82:89:13:13:0.127451:8:5:40:42:8:5:46:43 chr7 38284804 . T C 38.98 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0268371;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.281;QD=1.47107;RBI=0.0286357;REFB=-0.00297627;REVB=0.00998872;RO=93;SAF=4;SAR=6;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135184;STB=0.590727;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0172428;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:106:106:93:96:10:10:0.0943396:6:4:48:45:6:4:48:48 chr7 38284808 . A C 56.34 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0559737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7407;QD=2.01222;RBI=0.064616;REFB=-0.00788204;REVB=-0.0322827;RO=93;SAF=5;SAR=8;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173681;STB=0.623614;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0404876;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:112:112:93:99:13:13:0.116071:8:5:49:44:8:5:52:47 chr7 38284834 . A G 47.23 PASS AF=0.097561;AO=13;DP=123;FAO=12;FDP=123;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.0157591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.933;QD=1.53604;RBI=0.0180323;REFB=-0.00594521;REVB=-0.00876427;RO=109;SAF=5;SAR=8;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15496;STB=0.579243;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0524789;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:123:123:109:111:13:12:0.097561:8:5:56:53:7:5:56:55 chr7 38284854 . C T 40.15 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.00681573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.87;QD=1.33833;RBI=0.00712883;REFB=-0.00692077;REVB=-0.00208952;RO=109;SAF=5;SAR=6;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473423;STB=0.53711;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0657971;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:120:120:109:109:11:11:0.0916667:6:5:54:55:6:5:54:55 chr7 38289121 . C T 346.44 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0261875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3177;QD=15.228;RBI=0.0345967;REFB=-0.0135164;REVB=-0.0226087;RO=52;SAF=12;SAR=25;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247284;STB=0.632654;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0187422;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:53:37:38:0.417582:25:12:29:23:25:13:30:23 chr7 38295958 . C T 186.42 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.102423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7176;QD=19.6229;RBI=0.145515;REFB=-0.0611716;REVB=-0.103365;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068284;STB=0.563688;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0558033;OID=.;OPOS=38295958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:19:19:19:0.5:5:14:10:5:5:14:12:7 chr7 38299727 . T C 152.19 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00483477;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.604;QD=12.6828;RBI=0.0210594;REFB=-0.00372275;REVB=0.0204969;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457745;STB=0.545637;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00619456;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:31:17:17:0.354167:11:6:11:17:11:6:13:18 chr7 38309102 . A C 195.54 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0078402;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8957;QD=12.4154;RBI=0.0146223;REFB=-0.0258884;REVB=0.0123428;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506324;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0419864;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:40:39:24:24:0.380952:9:15:25:15:9:15:24:15 chr7 38331416 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0214759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.763;QD=14.6505;RBI=0.0235503;REFB=-0.0154183;REVB=-0.00966451;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174859;STB=0.608601;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0186768;OID=.;OPOS=38331416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:9:14:13:17:9:14:13:18 chr7 38356849 . C T 237.58 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00506567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.941;QD=13.7727;RBI=0.00510638;REFB=-0.0164189;REVB=-0.000643456;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165883;STB=0.594138;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0344366;OID=.;OPOS=38356849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:14:14:14:27:14:14:14:27 chr7 38388895 . A T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0116581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.334;QD=17.5881;RBI=0.0116618;REFB=-0.0108802;REVB=0.000294909;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0124833;OID=.;OPOS=38388895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:11:17:13:9:11:17 chr7 38389410 . G C 428.64 PASS AF=0.429825;AO=47;DP=111;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=0.00426002;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2433;QD=15.04;RBI=0.0135408;REFB=-0.0128026;REVB=0.0128532;RO=63;SAF=11;SAR=36;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492412;STB=0.519379;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0137869;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:63:65:47:49:0.429825:36:11:17:46:36:13:19:46 chr7 38393319 . A G 114.62 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00687185;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.526;QD=17.6332;RBI=0.0352183;REFB=-0.000901558;REVB=-0.0345413;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148023;STB=0.584294;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00349573;OID=.;OPOS=38393319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:3:10:8:5:3:10 chr7 38393343 . T C 137.79 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0066392;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.535;QD=17.7798;RBI=0.00692883;REFB=0.00248489;REVB=-0.00198236;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16617;STB=0.583229;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00238267;OID=.;OPOS=38393343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:16:15:15:0.483871:9:6:4:13:9:6:4:12 chr7 38393390 . T G 193.18 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0132737;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.972;QD=13.7982;RBI=0.0211335;REFB=-0.00691515;REVB=-0.0164449;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430735;STB=0.524621;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00804622;OID=.;OPOS=38393390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:20:13:10:13:20:13 chr7 38393424 . G A 319.51 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0191721;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.313;QD=15.5859;RBI=0.0249003;REFB=-0.0216015;REVB=-0.0158888;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113162;STB=0.571389;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0117016;OID=.;OPOS=38393424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:47:47:34:35:0.426829:16:18:30:17:17:18:30:17 chr7 38393448 . G C 378.3 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00122449;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.416;QD=15.285;RBI=0.0045725;REFB=-0.00634821;REVB=-0.0044055;RO=58;SAF=23;SAR=19;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222222;STB=0.528537;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00896698;OID=.;OPOS=38393448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:58:57:42:42:0.424242:19:23:33:25:19:23:34:23 chr7 38393524 . C T 312.36 PASS AF=0.371429;AO=37;DP=102;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0172803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.461;QD=11.8993;RBI=0.0173121;REFB=-0.00832744;REVB=-0.00104919;RO=64;SAF=18;SAR=19;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135771;STB=0.5839;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0135447;OID=.;OPOS=38393524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:64:66:37:39:0.371429:19:18:39:25:20:19:41:25 chr7 38393534 . C T 290.0 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00216529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3913;QD=11.8366;RBI=0.0114401;REFB=0.00699711;REVB=0.0112334;RO=61;SAF=19;SAR=15;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111769;STB=0.544255;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0170365;OID=.;OPOS=38393534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:64:34:34:0.346939:15:19:40:21:15:19:40:24 chr7 38393592 . C A 205.34 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00975909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.554;QD=12.8336;RBI=0.0174718;REFB=0.000807742;REVB=-0.0144922;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504196;STB=0.528944;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00127636;OID=.;OPOS=38393592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:11:14:20:19:11:14:20:19 chr7 38393713 . A G 101.42 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0677342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1037;QD=8.63181;RBI=0.0680207;REFB=0.0155451;REVB=-0.00623704;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219983;STB=0.542307;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0170781;OID=.;OPOS=38393713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:34:13:13:0.276596:5:8:19:11:5:8:19:15 chr7 38398565 . G C 199.75 PASS AF=0.28125;AO=26;DP=97;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0360665;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0317;QD=8.32293;RBI=0.0390446;REFB=-0.0136218;REVB=-0.0149563;RO=68;SAF=15;SAR=11;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128686;STB=0.582433;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.02833;OID=.;OPOS=38398565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:68:69:26:27:0.28125:11:15:32:36:11:16:33:36 chr7 38402496 . A G 321.29 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0175165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.414;QD=18.8992;RBI=0.0210096;REFB=-0.00660394;REVB=-0.0116007;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134555;STB=0.575044;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00739485;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:21:13:18:16:21:13:18:16 chr7 38431430 . A G 434.47 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00474499;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.54;QD=19.3099;RBI=0.00645109;REFB=-0.0183733;REVB=-0.00437054;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824671;STB=0.533789;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0194481;OID=.;OPOS=38431430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:46:43:44:0.488889:20:23:21:26:21:23:21:25 chr7 38433726 . T G 150.58 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0468694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.95;QD=20.0778;RBI=0.0495429;REFB=-0.0389325;REVB=-0.016055;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109589;STB=0.562418;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0452043;OID=.;OPOS=38433726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:12:4:5:9:12:4:5:9 chr7 38467842 . A G 179.42 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0440176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.958;QD=15.602;RBI=0.0473161;REFB=0.00508275;REVB=-0.017357;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785432;STB=0.530774;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00829719;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:8:11:17:9:8:11:17:10 chr7 38467923 . A G 513.91 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0217;QD=58.7326;RBI=0.0574193;REFB=0;REVB=0.03425;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126326;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:25:9:0:0:25:10:0:0 chr7 38468463 . C T 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00876439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.095;QD=19.0788;RBI=0.0126149;REFB=-0.00376621;REVB=-0.00907309;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668166;STB=0.55485;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00357817;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:31:32:32:0.507937:19:13:14:15:19:13:16:15 chr7 38725804 . C T 940.97 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.751;QD=57.0285;RBI=0.0298585;REFB=-0.00754772;REVB=0.0100227;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506171;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=5.04567e-05;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:40:25:0:1:40:25:0:1 chr7 38780883 . C T 1594.67 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00261252;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.354;QD=59.0618;RBI=0.0156185;REFB=0.0216252;REVB=-0.0153984;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=1.25236e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:52:55:0:0:52:55:0:1 chr7 38780924 . T C 1927.17 PASS AF=0.969466;AO=126;DP=133;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0208;FXX=0.0223864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.18;QD=58.8448;RBI=0.0236137;REFB=-0.0129093;REVB=0.0111789;RO=4;SAF=65;SAR=61;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000928224;STB=0.500602;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000393533;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:133:131:4:4:126:127:0.969466:61:65:2:2:61:66:2:2 chr7 38796570 . G A 259.27 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0556717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.816;QD=14.2066;RBI=0.0558426;REFB=-0.00867847;REVB=-0.00436542;RO=43;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155721;STB=0.508848;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00981137;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:13:17:25:18:13:17:25:18 chr7 39472681 . C T 171.19 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0159425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9987;QD=13.9744;RBI=0.085699;REFB=-0.0112764;REVB=0.084203;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335582;STB=0.677644;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0130218;OID=.;OPOS=39472681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:18:19:0.387755:6:12:10:19:7:12:10:20 chr7 39472708 . A G 200.43 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=56;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00968931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.565;QD=13.8228;RBI=0.0235968;REFB=-0.0127572;REVB=0.0215158;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293951;STB=0.632661;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0168206;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:34:22:24:0.413793:8:14:12:22:10:14:12:22 chr7 39472846 . G A 156.45 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.07841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7706;QD=16.0462;RBI=0.0840506;REFB=-0.00129889;REVB=-0.0302717;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164313;STB=0.587057;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00332148;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:17:17:0.435897:9:8:6:14:9:8:7:15 chr7 40174059 . T C,TC 48.26 PASS AF=0,0.384615;AO=2,9;DP=30;FAO=0,10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=0,1;FSAR=0,9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0183777,0.00715793;FXX=0.0370233;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=54.2163,21.9935;QD=7.42448;RBI=0.0991483,0.0631332;REFB=-0.0585743,-0.115908;REVB=-0.0974302,-0.0627262;RO=15;SAF=0,2;SAR=2,7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583083,-0.407492;STB=0.5,0.799261;STBP=1,0.051;TYPE=snp,ins;VARB=0.112984,0.164988;OID=.,.;OPOS=40174059,40174060;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:30:26:15:16:2,9:0,10:0,0.384615:2,7:0,2:9:6:0,9:0,1:7:9 chr7 40314165 . G A 598.67 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0341391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.233;QD=57.0159;RBI=0.0599318;REFB=-0.181914;REVB=0.0492579;RO=2;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046837;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00707799;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:2:1:40:41:0.97619:19:21:0:2:20:21:0:1 chr7 40899967 . G C 846.17 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.84;QD=57.3671;RBI=0.0437522;REFB=0;REVB=0.0049961;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52878e-05;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:59:0:0:53:59:1:20:33:0:0:21:38:0:0 chr7 42088222 . T C 234.08 PASS AF=0.386667;AO=26;DP=77;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0406376;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5682;QD=12.4843;RBI=0.0453342;REFB=-0.00166468;REVB=0.0200942;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923067;STB=0.542907;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00436822;OID=.;OPOS=42088222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:42:46:26:29:0.386667:14:12:23:19:14:15:27:19 chr7 42950640 . C T 998.18 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8998;QD=58.7163;RBI=0.072359;REFB=0;REVB=0.017439;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255882;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:66:68:1:31:35:0:0:33:35:0:0 chr7 42970733 . C T 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1037;QD=56.9452;RBI=0.033705;REFB=0;REVB=0.00298005;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379165;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr7 42976789 . A G 1463.62 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00681447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.807;QD=60.9841;RBI=0.050985;REFB=-0.020969;REVB=0.0505276;RO=1;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810501;STB=0.508473;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000983197;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:96:1:2:93:94:0.979167:58:35:0:1:58:36:0:2 chr7 42977091 . G A 1029.92 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0582751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9905;QD=58.0238;RBI=0.0586009;REFB=-0.0638405;REVB=0.00617096;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000333119;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:43:27:0:0:43:27:0:1 chr7 43664280 . A G 1099.25 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.995;QD=60.233;RBI=0.0158754;REFB=0;REVB=0.00751158;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34095e-05;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:42:31:0:0 chr7 43664625 . G T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.573;QD=53.9106;RBI=0.065229;REFB=0;REVB=0.0249559;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036587;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr7 43664785 . C T 482.9 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.793;QD=58.5327;RBI=0.0524331;REFB=0;REVB=-0.0462344;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30396e-05;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr7 43688245 . A ACTT 245.24 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0100467;FXX=0.0937354;HRUN=0;LEN=3;MLLD=213.923;QD=16.9131;RBI=0.0119087;REFB=-0.000104653;REVB=0.00639385;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138412;STB=0.535688;STBP=0.64;TYPE=ins;VARB=0.000151235;OID=.;OPOS=43688246;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465517:27:66:27:58:31:13:14:17:14:99:39:13:14:24:15 chr7 43810764 . G A 1153.58 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.364;QD=60.7147;RBI=0.0278522;REFB=0;REVB=0.0152708;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5256e-05;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:43:32:0:0:43:33:0:0 chr7 43846603 . A G 420.13 PASS AF=0.518519;AO=39;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00559857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.199;QD=20.7471;RBI=0.0119203;REFB=-0.00782504;REVB=-0.0105238;RO=38;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034284;STB=0.517639;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00613062;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:39:39:42:0.518519:18:21:19:19:20:22:19:20 chr7 43916128 . C CCT,T 1058.98 PASS AF=0.986301,0;AO=63,4;DP=87;FAO=72,0;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36,0;FSAR=36,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200421,0.0142429;FXX=0.120467;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=233.131,196.564;QD=58.0263;RBI=0.0203421,0.0180798;REFB=-0.0815455,-0.0998596;REVB=-0.00348072,-0.0111364;RO=14;SAF=33,3;SAR=30,1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0162593,0.220153;STB=0.506847,0.5;STBP=0.512,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0005812,0;OID=.,.;OPOS=43916129,43916128;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:73:14:1:63,4:72,0:0.986301,0:30,1:33,3:8:6:36,0:36,0:1:0 chr7 43916138 . C G 1285.81 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0476405;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.765;QD=58.446;RBI=0.0488141;REFB=-0.0311705;REVB=0.0106395;RO=3;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119032;STB=0.506287;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000505308;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:88:3:3:85:85:0.965909:41:44:1:2:41:44:1:2 chr7 43916727 . T G 392.8 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.686;QD=56.1143;RBI=0.0155106;REFB=0;REVB=-0.000891698;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37484e-05;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:22:5:0:0:22:6:0:0 chr7 43917013 . G A 1589.49 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.928;QD=59.9808;RBI=0.0451375;REFB=0;REVB=0.0118498;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164097;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:65:41:0:0:65:41:0:0 chr7 43917274 . A G 397.69 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162068;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1891;QD=56.813;RBI=0.018591;REFB=0;REVB=-0.00910852;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135116;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chr7 43982482 . A C 1441.82 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202639;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.095;QD=62.688;RBI=0.0311458;REFB=0;REVB=0.0236523;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39114e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:55:35:0:0:55:37:0:0 chr7 44027348 . A G 1434.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5053;QD=63.0488;RBI=0.026469;REFB=0;REVB=-0.0153938;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227229;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr7 44047066 . T C 562.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.291;QD=57.7204;RBI=0.0255616;REFB=0.0694384;REVB=0.0207779;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000818921;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:0:1:24:14:0:1 chr7 44148553 . A G 1215.51 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.478;QD=60.7756;RBI=0.0508923;REFB=0;REVB=0.00621438;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591881;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:49:28:0:0:50:30:0:0 chr7 44180079 . A AG 444.66 PASS AF=1;AO=37;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7326;QD=41.3639;RBI=0.0791996;REFB=0;REVB=-0.076622;RO=6;SAF=19;SAR=18;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00146035;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:46:43:43:0:19:24:0:0:9:6:19:18:2:4 chr7 44180652 . G T 239.25 PASS AF=0.547619;AO=18;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00637514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.346;QD=22.7859;RBI=0.0369635;REFB=-0.0352693;REVB=0.0364096;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217374;STB=0.595661;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.03703;OID=.;OPOS=44180652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:13:14:18:23:0.547619:12:6:8:5:14:9:9:5 chr7 44258963 . TG GT,TT 217.7 PASS AF=0.0930233,0.337209;AO=8,15;DP=74;FAO=8,29;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=7,25;FSAR=1,4;FSRF=43;FSRR=6;FWDB=-0.0136151,0.0097214;FXX=0;HRUN=20,1;LEN=2,1;MLLD=37.7508,157.514;QD=10.1255;RBI=0.0922707,0.00980505;REFB=-0.0753729,0.00152357;REVB=0.0912606,-0.00127802;RO=47;SAF=7,11;SAR=1,4;SRF=41;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00728218,-0.258752;STB=0.505038,0.521059;STBP=1,0.841;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0185808,0.0492055;OID=.,.;OPOS=44258963,44258964;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:74:86:47:49:8,15:8,29:0.0930233,0.337209:1,4:7,11:41:6:1,4:7,25:43:6 chr7 44442296 . A C 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.421;QD=58.9994;RBI=0.0350147;REFB=0;REVB=-0.0100891;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115632;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr7 44606098 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.112;QD=35.5759;RBI=0.023319;REFB=0;REVB=-0.0138662;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103199;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr7 44608718 . C T 199.9 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0594642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2339;QD=36.3457;RBI=0.0835039;REFB=-0.0700235;REVB=0.0586251;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833329;STB=0.510193;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.016505;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:22:22:2:4:18:18:0.818182:10:8:0:2:10:8:2:2 chr7 44620836 . C A 214.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.382;QD=45.1071;RBI=0.0159299;REFB=-0.110435;REVB=0.0091198;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00221584;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:0:1:12:6:0:1 chr7 44747499 . G A 47.79 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0260751;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.274;QD=10.0616;RBI=0.043308;REFB=-0.0231863;REVB=-0.0345785;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138499;STB=0.599747;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0335346;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:2:9:5:2:2:10 chr7 44748451 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0535857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.527;QD=19.3688;RBI=0.0695096;REFB=0.00650991;REVB=0.0442737;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459658;STB=0.549903;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00545565;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:6:4:2:4:6:4:2:5 chr7 44836314 . A G 1287.45 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00908287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1317;QD=60.586;RBI=0.0253035;REFB=-0.0882769;REVB=0.0236171;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.506492;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=4.77672e-05;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:38:46:0:0:38:46:0:1 chr7 44919514 . A AT 33.01 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0564201;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.9156;QD=4.71516;RBI=0.0787669;REFB=-0.0470741;REVB=0.0549636;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0847036;OID=.;OPOS=44919515;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:30:10:28:18:5:5:9:9:33:17:5:5:9:8 chr7 44921237 . CT C 91.2 PASS AF=0.571429;AO=30;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0532673;FXX=0.0156226;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.04206;QD=5.79079;RBI=0.0558431;REFB=-0.113068;REVB=-0.0167645;RO=24;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11112;STB=0.544211;STBP=0.421;TYPE=del;VARB=0.129107;OID=.;OPOS=44921238;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:30:64:36:63:27:21:15:13:14:63:24:19:11:12:12 chr7 45004063 . T C 676.33 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000363748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.095;QD=60.1178;RBI=0.007205;REFB=-0.0898566;REVB=0.00719581;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000351993;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:0:1:22:22:0:1 chr7 45009325 . G A 574.86 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0419993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.104;QD=56.0838;RBI=0.0612173;REFB=-0.0982338;REVB=0.0445378;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390161;STB=0.520823;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00159177;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:41:41:2:2:38:39:0.95122:23:15:0:2:23:16:0:2 chr7 45009341 . A G 689.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3456;QD=62.6604;RBI=0.0884583;REFB=0;REVB=-0.0882579;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000988629;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:25:19:0:0 chr7 45009723 . G A 160.53 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.162;QD=45.866;RBI=0.0717907;REFB=0;REVB=0.0487313;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828894;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr7 45217015 . T C 596.8 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00309017;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.817;QD=25.1285;RBI=0.0120058;REFB=-0.0235514;REVB=0.0116013;RO=40;SAF=15;SAR=39;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898331;STB=0.545437;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0257158;OID=.;OPOS=45217015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:41:54:54:0.568421:39:15:15:25:39:15:15:26 chr7 45225838 . AA TC 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00240776;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.532;QD=14.262;RBI=0.00243193;REFB=-6.26323e-05;REVB=-0.000342008;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000123918;OID=.;OPOS=45225838;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:9:15:10:6:9:15 chr7 45703971 . G A 294.03 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00560926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.09;QD=19.9343;RBI=0.00710432;REFB=-0.0296839;REVB=-0.00435978;RO=26;SAF=9;SAR=22;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171794;STB=0.502658;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0333984;OID=.;OPOS=45703971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:26:28:31:31:0.525424:22:9:8:18:22:9:8:20 chr7 45756997 . C G 374.41 PASS AF=0.371901;AO=44;DP=122;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-8.44267e-06;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.185;QD=12.377;RBI=0.00344866;REFB=-0.00289035;REVB=-0.00344865;RO=76;SAF=19;SAR=25;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469246;STB=0.51851;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00552126;OID=.;OPOS=45756997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:76:76:44:45:0.371901:25:19:36:40:25:20:36:40 chr7 45762687 . A AAAT 114.71 PASS AF=0.325581;AO=12;DP=54;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000840291;FXX=0.0652032;HRUN=5;LEN=3;MLLD=319.542;QD=10.6708;RBI=0.00643048;REFB=0.00521809;REVB=-0.00637534;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209877;STB=0.534198;STBP=0.743;TYPE=ins;VARB=-0.012367;OID=.;OPOS=45762688;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581:12:54:14:43:29:8:6:18:11:99:40:7:5:24:16 chr7 45764095 . TAAAA TAAAAA,TAAA,TAAAG 116.28 PASS AF=0.263158,0.105263,0.526316;AO=3,2,10;DP=19;FAO=5,2,10;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=4,0,3;FSAR=1,2,7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.100434,0.0982983,0.0249029;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=4.45147,8.15002,277.474;QD=24.4789;RBI=0.163541,0.16078,0.0281586;REFB=-0.125534,0.125022,0.021737;REVB=0.129069,-0.12723,-0.0131436;RO=3;SAF=2,0,3;SAR=1,2,7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.255936,-0.599865,-0.0160541;STB=0.748924,0.5,0.562382;STBP=0.113,1,0.517;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0934359,0.00733289,0.00399746;OID=.,.,.;OPOS=45764096,45764096,45764099;OREF=-,A,A;OALT=A,-,G;OMAPALT=TAAAAA,TAAA,TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.263158,0.105263,0.526316:3,2,10:19:5,2,10:19:2:4,0,3:1,2,7:0:2:20:3:2,0,3:1,2,7:1:2 chr7 45765234 . G T 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0736001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.447;QD=25.3674;RBI=0.0736797;REFB=-0.000775526;REVB=0.00342402;RO=14;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223524;STB=0.625278;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00064223;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:5:16:7:7:5:16:7:7 chr7 45932669 . A G 202.36 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0502978;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2564;QD=17.5961;RBI=0.0503371;REFB=-0.0094103;REVB=0.00198913;RO=25;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173693;STB=0.571358;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0114433;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:20:21:0.456522:15:5:10:15:15:6:10:15 chr7 46732428 . A G 1154.23 PASS AF=0.91954;AO=79;DP=86;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00669336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.028;QD=53.0679;RBI=0.0118956;REFB=-0.0691718;REVB=0.00983378;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514332;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00433382;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:86:87:0:7:79:80:0.91954:37:42:0:0:37:43:5:2 chr7 47323456 . A G 266.55 PASS AF=0.625;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0290058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.206;QD=26.655;RBI=0.0483824;REFB=-0.00580963;REVB=-0.0387236;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176784;STB=0.619954;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00325466;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:15:24:25:0.625:14:10:3:13:14:11:2:13 chr7 47408029 . A G 828.74 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021262;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6443;QD=57.1545;RBI=0.0356843;REFB=0;REVB=-0.0286583;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880991;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:36:22:0:0 chr7 47408443 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6656;QD=49.5985;RBI=0.063809;REFB=0;REVB=-0.0534014;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401957;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr7 47408974 . T A,C 605.53 PASS AF=0.975,0.025;AO=37,2;DP=40;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707013,-0.0367436;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.884,175.529;QD=60.553;RBI=0.0720397,0.0375804;REFB=0,0;REVB=0.013822,0.00788639;RO=0;SAF=17,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000404213,0.125671;OID=.,.;OPOS=47408974,47408974;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:40:40:0:0:37,2:39,1:0.975,0.025:20,1:17,1:0:0:20,1:19,0:0:0 chr7 47481602 . G A 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00782928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.835;QD=14.3344;RBI=0.0447414;REFB=-0.0100772;REVB=-0.0440511;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150139;STB=0.586856;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0137094;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:10:16:8:9:10:16 chr7 47568718 . C T 484.76 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0935263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.225;QD=21.0766;RBI=0.0946109;REFB=-0.0124142;REVB=0.0142848;RO=45;SAF=14;SAR=33;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138993;STB=0.507689;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00988628;OID=.;OPOS=47568718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:33:14:14:31:33:14:14:31 chr7 47851623 . C T 301.86 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0332964;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4676;QD=28.7488;RBI=0.0333701;REFB=-0.0125056;REVB=0.00221747;RO=13;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240137;STB=0.529717;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00768015;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:13:16:26:26:0.619048:15:11:5:8:15:11:8:8 chr7 47852837 . C T 417.62 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00135133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.752;QD=19.8864;RBI=0.0103927;REFB=0.000620508;REVB=-0.0103045;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1005;STB=0.571395;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000822527;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:42:42:42:0.5:21:21:15:24:21:21:15:27 chr7 47854956 . C T 474.2 PASS AF=0.420635;AO=52;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0226374;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.048;QD=15.0539;RBI=0.02757;REFB=-0.0188275;REVB=0.0157371;RO=65;SAF=38;SAR=14;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301648;STB=0.669537;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0317895;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:73:52:53:0.420635:14:38:29:36:15:38:32:41 chr7 47872845 . A G 1063.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9013;QD=59.0733;RBI=0.0983757;REFB=0;REVB=0.0960747;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483323;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:36:33:0:0:39:33:0:0 chr7 47879049 . G A 397.35 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.018329;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.962;QD=14.8542;RBI=0.0196415;REFB=-0.00622802;REVB=-0.00705942;RO=59;SAF=30;SAR=15;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184682;STB=0.594894;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00627469;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:61:45:46:0.429907:15:30:29:30:16:30:30:31 chr7 47906069 . C T 286.16 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0686979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.943;QD=18.1691;RBI=0.0686992;REFB=-0.00553803;REVB=-0.000436864;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142774;STB=0.580057;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00443315;OID=.;OPOS=47906069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:21:10:15:17:21:10:15:17 chr7 47913579 . T C 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.009;QD=57.2323;RBI=0.0124351;REFB=0;REVB=0.0121131;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55573e-06;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr7 47921682 . A T 440.87 PASS AF=0.549296;AO=29;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0477745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.589;QD=24.8377;RBI=0.0717185;REFB=-0.0395165;REVB=0.0534897;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207927;STB=0.550873;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0325434;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:29:39:0.549296:15:14:7:21:25:14:7:21 chr7 47925331 . C G 988.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.326;QD=58.9914;RBI=0.0551582;REFB=0;REVB=0.0103357;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55881e-05;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:31:32:0:0:31:36:0:0 chr7 47968927 . C A 211.11 PASS AF=0.458333;AO=19;DP=45;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0146425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.763;QD=17.5928;RBI=0.0217448;REFB=-0.00661459;REVB=0.0160759;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156229;STB=0.590826;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.010267;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:26:26:19:22:0.458333:8:11:11:15:9:13:11:15 chr7 47971575 . A G 361.84 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00818156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.842;QD=17.8686;RBI=0.0362697;REFB=-0.0230654;REVB=-0.0353349;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331279;STB=0.518509;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0331957;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:19:19:20:23:19:19:20:23 chr7 48004962 . C T 315.73 PASS AF=0.75;AO=26;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.028613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.42;QD=35.0808;RBI=0.0392102;REFB=-0.0298962;REVB=0.0268093;RO=8;SAF=6;SAR=20;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116107;STB=0.523542;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.010064;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:8:9:26:27:0.75:20:6:2:6:20:7:3:6 chr7 48016353 . G T 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0157009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.967;QD=20.4368;RBI=0.0350244;REFB=-0.000777325;REVB=-0.0313079;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115657;STB=0.564471;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000562768;OID=.;OPOS=48016353;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:9:21:15:11:9:21:15:11 chr7 48086077 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00763892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.962;QD=16.7551;RBI=0.00968834;REFB=-0.00698627;REVB=0.0059591;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339897;STB=0.519215;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00709345;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:13:15:12:12:13:15 chr7 48086161 . T C 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0140164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.991;QD=25.3673;RBI=0.022051;REFB=-0.0200636;REVB=0.0170231;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132128;STB=0.573068;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0142045;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:13:8:3:11:13:8:3:11 chr7 48089542 . T C 220.85 PASS AF=0.419355;AO=23;DP=58;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0195124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7153;QD=14.2485;RBI=0.027052;REFB=-0.0392204;REVB=-0.0187371;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712617;STB=0.553031;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0362835;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:34:36:23:26:0.419355:8:15:20:14:8:18:22:14 chr7 48089566 . CCCCCC CCCCCA,TCCCCA 201.63 PASS AF=0.421053,0;AO=11,2;DP=57;FAO=24,0;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15,0;FSAR=9,0;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.102389,-0.0722908;FXX=0.0338926;HRUN=7,7;LEN=1,6;MLLD=144.449,143.752;QD=14.1492;RBI=0.103095,0.0728434;REFB=-0.00672823,-0.00494527;REVB=0.0120451,0.00895479;RO=26;SAF=5,2;SAR=6,0;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0366072,0.512492;STB=0.565555,0.5;STBP=0.4,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0109801,0;OID=.,.;OPOS=48089571,48089566;OREF=C,CCCCCC;OALT=A,TCCCCA;OMAPALT=CCCCCA,TCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:33:11,2:24,0:0.421053,0:6,0:5,2:11:15:9,0:15,0:17:16 chr7 48092486 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0183391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.764;QD=12.0157;RBI=0.0184319;REFB=-0.00396133;REVB=0.00184799;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00441219;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:3:4:5:1:3:4 chr7 48285485 . C T 559.98 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00831789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.371;QD=23.3323;RBI=0.0137692;REFB=-0.0240849;REVB=-0.0109729;RO=43;SAF=27;SAR=25;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445737;STB=0.529612;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0211282;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:44:52:52:0.541667:25:27:20:23:25:27:20:24 chr7 48312674 . G A 829.36 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260741;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4474;QD=56.2276;RBI=0.0421518;REFB=-0.0983021;REVB=-0.0331198;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00130296;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:36:22:0:1:36:22:0:1 chr7 48313757 . G A 194.88 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00657113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.861;QD=17.3224;RBI=0.00774678;REFB=-0.0256826;REVB=-0.0041028;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375884;STB=0.711674;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0161957;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:20:5:12:8:20:5 chr7 48313881 . T C 80.97 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0126729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.329;QD=7.89969;RBI=0.0333007;REFB=-0.0047684;REVB=-0.030795;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336006;STB=0.524545;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0129552;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:41:27:30:11:11:0.268293:8:3:8:19:8:3:9:21 chr7 48315796 . C A 611.81 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.037;QD=61.1811;RBI=0.0683075;REFB=0;REVB=0.0517991;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438023;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:26:14:0:0 chr7 48317708 . A C 467.99 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00167333;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.121;QD=19.9143;RBI=0.00944569;REFB=-0.00933362;REVB=0.00929629;RO=46;SAF=30;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12395;STB=0.559895;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00934677;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:48:46:46:0.489362:16:30:24:22:16:30:26:22 chr7 48318811 . C G,T 417.06 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,27;DP=29;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277312,0.00975887;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.836,94.7931;QD=55.6076;RBI=0.0328685,0.0105703;REFB=0,0;REVB=-0.0176442,0.00406152;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137321,0.00272543;OID=.,.;OPOS=48318811,48318811;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:29:30:0:0:2,27:3,27:0.1,0.9:0,14:2,13:0:0:0,14:3,13:0:0 chr7 48336844 . C T 1043.71 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0844257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.891;QD=59.6404;RBI=0.0847598;REFB=0;REVB=0.00751855;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234744;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr7 48428715 . A T 462.48 PASS AF=0.677419;AO=41;DP=61;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0117799;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.964;QD=29.8371;RBI=0.0118037;REFB=-0.0234447;REVB=-0.000749606;RO=19;SAF=21;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824115;STB=0.508471;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00790801;OID=.;OPOS=48428715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:19:20:41:42:0.677419:20:21:10:9:20:22:11:9 chr7 48443570 . G A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9276;QD=57.1949;RBI=0.0433884;REFB=0;REVB=-0.0395894;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782063;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr7 48450157 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.831;QD=63.476;RBI=0.0201576;REFB=0;REVB=0.000275276;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81691e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr7 48545976 . A G 1200.7 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.477;QD=60.0349;RBI=0.0164808;REFB=0;REVB=0.0159736;RO=1;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144591;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:45:34:0:1:46:34:0:0 chr7 48964321 . TG T,TT 1107.29 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=10,65;DP=75;FAO=5,70;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=4,35;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388254,0.0368326;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.355,240.566;QD=59.0553;RBI=0.0398667,0.0391627;REFB=0,0;REVB=0.00905246,0.0133069;RO=0;SAF=8,31;SAR=2,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.90682e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0171352,-0.00125099;OID=.,.;OPOS=48964322,48964322;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:10,65:75:5,70:75:0:4,35:1,35:0:0:17:0:8,31:2,34:0:0 chr7 48964751 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.679;QD=59.8384;RBI=0.0113009;REFB=0;REVB=0.0111106;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143966;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr7 48965000 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.663;QD=62.3471;RBI=0.0276671;REFB=0;REVB=0.0219735;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16464e-06;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr7 49815390 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.926;QD=44.6898;RBI=0.0377772;REFB=0;REVB=0.0357413;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164722;OID=.;OPOS=49815390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr7 49815474 . C T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0121377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.207;QD=13.3358;RBI=0.0122167;REFB=-0.00177792;REVB=-0.00138675;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117626;STB=0.549931;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0026127;OID=.;OPOS=49815474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:4:11:14:8:4:11:16:8 chr7 49815493 . C G 129.4 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00704838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6867;QD=12.9402;RBI=0.0298934;REFB=-0.00360923;REVB=-0.0290505;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117931;STB=0.569624;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0109068;OID=.;OPOS=49815493;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:16:9:4:11:16:9 chr7 50173777 . A G 477.61 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00998207;FXX=0.0263089;HRUN=6;LEN=1;MLLD=147.826;QD=51.634;RBI=0.0139811;REFB=-0.0436372;REVB=-0.0097892;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.534864;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000572344;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:37:0:3:34:34:0.918919:20:14:0:0:20:14:0:3 chr7 50175681 . C T 2303.02 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287843;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.403;QD=63.0965;RBI=0.036069;REFB=0;REVB=0.0359539;RO=0;SAF=90;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17294e-05;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:144:146:1:54:90:0:0:55:91:0:0 chr7 50436033 . A G 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0138596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.134;QD=16.7849;RBI=0.0161095;REFB=-0.00594552;REVB=-0.00821126;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205594;STB=0.616031;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00587028;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:17:16:20:9:17:16 chr7 50470604 . T G 113.1 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0031548;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.393;QD=25.1335;RBI=0.0130272;REFB=-0.0362924;REVB=0.0126394;RO=6;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175522;STB=0.599822;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0232074;OID=.;OPOS=50470604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:19:18:6:6:12:12:0.666667:3:9:3:3:3:9:3:3 chr7 50471613 . G A 638.54 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.048674;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3275;QD=20.2711;RBI=0.0557993;REFB=-0.0393637;REVB=-0.0272837;RO=61;SAF=31;SAR=33;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791068;STB=0.547263;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0321009;OID=.;OPOS=50471613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:61:62:64:64:0.507937:33:31:35:26:33:31:36:26 chr7 50514337 . C A 375.21 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00241285;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.112;QD=21.4403;RBI=0.0329028;REFB=-0.0169806;REVB=0.0328142;RO=33;SAF=24;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119461;STB=0.562467;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0110749;OID=.;OPOS=50514337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:32:37:38:0.542857:13:24:17:16:14:24:16:16 chr7 50544314 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0273171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.139;QD=12.2122;RBI=0.0273957;REFB=0.000787231;REVB=-0.00207361;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767043;STB=0.545384;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00118345;OID=.;OPOS=50544314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:12:10:5:8:12:10 chr7 50611735 . T C 1295.39 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278715;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8929;QD=61.6853;RBI=0.0133536;REFB=0;REVB=-0.0130595;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585389;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:45:39:0:0 chr7 50660404 . G A 380.85 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0656114;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.802;QD=19.2837;RBI=0.0658417;REFB=-0.017679;REVB=-0.00550104;RO=40;SAF=19;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110949;STB=0.50617;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0139597;OID=.;OPOS=50660404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:40:39:39:0.493671:20:19:19:21:20:19:19:21 chr7 50660438 . T C 1230.57 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020506;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.159;QD=61.5284;RBI=0.0374892;REFB=0;REVB=0.0313838;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127938;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr7 50660787 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0222096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.48;QD=12.0241;RBI=0.0258169;REFB=-0.00184578;REVB=0.0131622;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140483;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00435483;OID=.;OPOS=50660787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:9:11:5:7:9:11 chr7 50673029 . T C 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0269396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.144;QD=13.313;RBI=0.0357277;REFB=-0.00950572;REVB=-0.0234676;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177837;STB=0.518378;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0167793;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:12:10:14:18:12:10:14:19 chr7 51093013 . A T 130.45 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.163;QD=43.4843;RBI=0.043245;REFB=0;REVB=0.0026387;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103798;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr7 51096036 . G C 194.28 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0268566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5512;QD=24.2845;RBI=0.0283451;REFB=-0.0245275;REVB=0.00906469;RO=13;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168217;STB=0.594489;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0135134;OID=.;OPOS=51096036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:5:14:7:6:5:14:7:6 chr7 51096974 . C T 466.08 PASS AF=0.455357;AO=50;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0093593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.113;QD=16.6458;RBI=0.00938618;REFB=-0.0169014;REVB=0.000709876;RO=60;SAF=21;SAR=29;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790507;STB=0.533226;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0194102;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:61:50:51:0.455357:29:21:30:30:29:22:30:31 chr7 51097063 . T G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.541;QD=61.6949;RBI=0.0384707;REFB=0;REVB=0.0279428;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91879e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 1526.51 PASS AF=0.951923,0.0480769;AO=90,7;DP=107;FAO=99,5;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48,1;FSAR=51,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000712232,-0.00937146;FXX=0.0458673;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=181.455,93.2625;QD=58.7118;RBI=0.000849276,0.0347114;REFB=0,0;REVB=0.000462596,-0.0334224;RO=0;SAF=41,3;SAR=49,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00071456,0.0433063;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.951923,0.0480769:90,7:107:99,5:104:0:48,1:51,4:0:0:13:0:41,3:49,4:0:0 chr7 51287470 . A G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0122251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3872;QD=14.6975;RBI=0.0429604;REFB=-0.00610848;REVB=-0.0411842;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584954;STB=0.53355;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0125032;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:14:16:10:11:14:16 chr7 53103371 . G T 1270.44 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7721;QD=59.7855;RBI=0.0793438;REFB=-0.168371;REVB=0.0561605;RO=2;SAF=53;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175366;STB=0.504586;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00779749;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:2:1:83:84:0.988235:30:53:2:0:30:54:1:0 chr7 53103382 . G T 1418.69 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.042787;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.769;QD=59.7345;RBI=0.0553569;REFB=-0.128406;REVB=0.0351235;RO=2;SAF=59;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157967;STB=0.512394;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00207672;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:2:3:91:92:0.968421:32:59:2:0:33:59:3:0 chr7 53103673 . C A 560.48 PASS AF=0.849057;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=53;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00102422;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.547;QD=42.3004;RBI=0.0490354;REFB=-0.0820616;REVB=0.0490247;RO=5;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918465;STB=0.536119;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00157439;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:54:53:5:8:45:45:0.849057:23:22:0:5:23:22:2:6 chr7 53104078 . G A 1190.4 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.889;QD=61.0464;RBI=0.0150597;REFB=0;REVB=0.00914615;RO=0;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57273e-05;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:53:25:0:0:53:25:0:0 chr7 53433863 . G A 279.23 PASS AF=0.462687;AO=29;DP=65;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0261111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.357;QD=16.6707;RBI=0.0287556;REFB=-0.0127275;REVB=0.0120456;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119083;STB=0.55328;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0173335;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:35:36:29:31:0.462687:16:13:20:15:16:15:21:15 chr7 53557963 . A G 1320.73 PASS AF=0.988764;AO=82;DP=84;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.162;QD=59.3588;RBI=0.0433517;REFB=-0.0474106;REVB=0.0072576;RO=2;SAF=46;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278897;STB=0.506328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000706199;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:89:2:1:82:88:0.988764:36:46:1:1:39:49:0:1 chr7 53558015 . G T 1229.03 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169013;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.163;QD=61.4516;RBI=0.0389628;REFB=0;REVB=0.0351062;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2645e-05;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:42:38:0:0 chr7 54614698 . C CG 102.33 PASS AF=0.577778;AO=19;DP=53;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.240103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.70065;QD=9.09576;RBI=0.246947;REFB=-0.0089036;REVB=0.057732;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132681;STB=0.523791;STBP=0.728;TYPE=ins;VARB=0.0596056;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577778:19:53:26:45:19:11:15:7:12:64:30:8:11:13:17 chr7 55229255 . G A 1288.39 PASS AF=0.988636;AO=80;DP=81;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4234;QD=58.5634;RBI=0.0576082;REFB=-0.168663;REVB=0.0224347;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.505617;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00491107;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:88:1:1:80:87:0.988636:43:37:1:0:43:44:1:0 chr7 55238874 . T A 751.07 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159092;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4953;QD=56.6844;RBI=0.0357393;REFB=0;REVB=0.0320031;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159605;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:18:33:0:0:20:33:0:0 chr7 55249063 . G A 267.77 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.019708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6891;QD=21.8584;RBI=0.0382951;REFB=-0.00193351;REVB=-0.0328345;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137319;STB=0.577294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00227385;OID=.;OPOS=55249063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:14:10:7:18:14:10 chr7 55266417 . T C 1284.23 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.386;QD=61.8906;RBI=0.0185902;REFB=0;REVB=0.0185444;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18034e-05;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr7 55268916 . C T 277.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00340016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.979;QD=20.5617;RBI=0.00479669;REFB=-0.020503;REVB=-0.00338336;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139039;STB=0.50773;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0218255;OID=.;OPOS=55268916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:19:10:9:16:19:10:9:16 chr7 55459563 . A G 309.4 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.061;QD=47.5994;RBI=0.0168424;REFB=-0.0490409;REVB=0.00144636;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00348073;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:26:0:1:24:25:0.961538:14:10:0:0:14:11:1:0 chr7 55499058 . A G 350.4 PASS AF=0.9;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00844809;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.107;QD=46.7194;RBI=0.0178792;REFB=-0.226473;REVB=0.0157574;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281787;STB=0.526562;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00652875;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:30:1:3:27:27:0.9:16:11:0:1:16:11:2:1 chr7 55540707 . G A 112.99 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0649987;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.141;QD=15.065;RBI=0.0649989;REFB=-0.0246489;REVB=0.00016659;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252748;STB=0.503592;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0221732;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:3:10:12:4:3:10:13:4 chr7 55759146 . C T 1749.23 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8286;QD=60.8427;RBI=0.0610091;REFB=0;REVB=-0.0233736;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428259;OID=.;OPOS=55759146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:67:48:0:0:67:48:0:0 chr7 56047572 . C T 193.49 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0651057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8291;QD=19.3491;RBI=0.0652036;REFB=-0.0335055;REVB=-0.00357123;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0389755;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:19:20:18:20:0.5:9:9:10:9:10:10:10:10 chr7 56087374 . C T 55.05 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0360297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0562;QD=4.07766;RBI=0.0363352;REFB=0.010891;REVB=0.00470157;RO=45;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216315;STB=0.644856;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00838681;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:45:45:9:9:0.166667:5:4:28:17:5:4:28:17 chr7 56087379 . T C 55.19 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0371637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.382;QD=4.08801;RBI=0.0414137;REFB=-0.00793507;REVB=-0.0182744;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1833;STB=0.644856;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0239896;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:52:54:42:45:9:9:0.166667:5:4:25:17:5:4:28:17 chr7 56087399 . G A 48.29 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00131729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.036;QD=3.78756;RBI=0.015242;REFB=0.00160841;REVB=0.015185;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128119;STB=0.588022;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0078208;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:4:4:26:17:4:4:26:17 chr7 56088786 . A T 65.35 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0056245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.595;QD=3.63038;RBI=0.0186705;REFB=0.00608945;REVB=-0.0178032;RO=59;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27865;STB=0.687214;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0268765;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:72:59:60:12:12:0.166667:7:5:38:21:7:5:39:21 chr7 56088789 . G A 64.84 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0178573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.731;QD=3.5531;RBI=0.0197809;REFB=0.0029041;REVB=-0.00850881;RO=55;SAF=5;SAR=7;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291003;STB=0.679634;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0256306;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:55:61:12:12:0.164384:7:5:36:19:7:5:39:22 chr7 56088811 . T C 63.21 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0113951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.567;QD=3.32705;RBI=0.0113952;REFB=0.00379049;REVB=5.34361e-05;RO=64;SAF=5;SAR=7;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274424;STB=0.681923;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.027025;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:64:64:12:12:0.157895:7:5:41:23:7:5:41:23 chr7 56088825 . T A 62.75 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.011457;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.513;QD=3.21775;RBI=0.0122906;REFB=-0.00192931;REVB=0.0044493;RO=66;SAF=6;SAR=6;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152229;STB=0.6024;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0150506;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:78:66:66:12:12:0.153846:6:6:41:25:6:6:41:25 chr7 56126360 . T C 354.87 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.28;QD=52.5736;RBI=0.137477;REFB=-0.0640978;REVB=0.0445939;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216344;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:1:0:26:27:1:10:16:0:1:11:16:0:0 chr7 56136260 . C A 768.99 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.721;QD=56.9623;RBI=0.0272286;REFB=0;REVB=0.0255033;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81106e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:20:32:0:0:21:33:0:0 chr7 56149939 . G A 323.72 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.042419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0802;QD=30.8303;RBI=0.043577;REFB=0.0256291;REVB=0.00997924;RO=14;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256789;STB=0.642755;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00487519;OID=.;OPOS=56149939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:27:28:0.666667:17:10:11:3:18:10:11:3 chr7 56174115 . A C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.928;QD=57.6733;RBI=0.0912281;REFB=0;REVB=-0.0509041;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250178;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr7 56871760 . C T 68.91 PASS AF=0.217391;AO=9;DP=45;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00752505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.268;QD=5.99178;RBI=0.0127442;REFB=-0.0138027;REVB=-0.0102853;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187511;STB=0.586788;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0429134;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:46:35:36:9:10:0.217391:5:4:21:14:5:5:22:14 chr7 56871801 . G A 78.07 PASS AF=0.175;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.074551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.497;QD=3.90368;RBI=0.0752456;REFB=-0.0105162;REVB=-0.0102001;RO=61;SAF=6;SAR=8;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178618;STB=0.534247;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.040565;OID=.;OPOS=56871801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:76:80:61:66:14:14:0.175:8:6:27:34:8:6:31:35 chr7 56879659 . A G 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.0301837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.773;QD=9.58995;RBI=0.0319544;REFB=-0.00764692;REVB=-0.0104893;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337931;STB=0.702241;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0225683;OID=.;OPOS=56879659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:8:5:4:25:8:5:4:26 chr7 57188718 . T C 279.09 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00358617;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9572;QD=13.7823;RBI=0.0340197;REFB=-0.0228333;REVB=-0.0338302;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108267;STB=0.506169;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.012442;OID=.;OPOS=57188718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:49:32:32:0.395062:16:16:25:24:16:16:25:24 chr7 57234743 . T A 134.18 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.032867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5227;QD=16.2644;RBI=0.0399396;REFB=-0.00599187;REVB=-0.022692;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148075;STB=0.585251;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00520445;OID=.;OPOS=57234743;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:10:8:9:6:10:8 chr7 57238635 . G A 156.17 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00074504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1457;QD=9.46495;RBI=0.012313;REFB=-0.000898879;REVB=0.0122904;RO=43;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227475;STB=0.618934;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00381187;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:43:45:21:21:0.318182:8:13:18:25:8:13:20:25 chr7 57257162 . A C 541.54 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0191277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.985;QD=30.5094;RBI=0.0220116;REFB=-0.00797536;REVB=-0.0108921;RO=22;SAF=34;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108464;STB=0.568913;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00483661;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:23:48:48:0.676056:14:34:12:10:14:34:12:11 chr7 57265510 . ACA AA,AAC 361.19 PASS AF=0.528571,0;AO=33,3;DP=70;FAO=37,0;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=27,0;FSAR=10,0;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.0284255,0.0164377;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=239.981,236.322;QD=20.6393;RBI=0.0360361,0.0219277;REFB=-0.000627086,0.00627408;REVB=-0.0221492,-0.014513;RO=33;SAF=23,3;SAR=10,0;SRF=27;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.137468,0.426221;STB=0.555527,0.5;STBP=0.401,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00083794,0.0499621;OID=.,.;OPOS=57265511,57265511;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528571,0:33,3:70:37,0:70:33:27,0:10,0:27:6:99:33:23,3:10,0:27:6 chr7 57509966 . C A 109.49 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0161535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.404;QD=15.1022;RBI=0.0232018;REFB=-0.010421;REVB=0.0166549;RO=16;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559342;STB=0.742812;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.019325;OID=.;OPOS=57509966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:1:11:8:8:2:11:8:8 chr7 57510054 . CGT C 56.64 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0155225;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.658;QD=20.5961;RBI=0.0315988;REFB=-0.0657096;REVB=0.0275234;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.675156;STBP=0.186;TYPE=del;VARB=0.0358544;OID=.;OPOS=57510055;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:7:13:7:11:4:5:2:1:3:25:4:5:2:1:3 chr7 57529392 . A C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.067526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5949;QD=23.2167;RBI=0.0749839;REFB=0.0359218;REVB=0.032601;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00151878;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr7 63225682 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0205483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.269;QD=17.6438;RBI=0.0365125;REFB=-0.0296449;REVB=0.0301816;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0239631;OID=.;OPOS=63225682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr7 63225725 . C T 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0136813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.418;QD=10.3783;RBI=0.0301282;REFB=-0.0425734;REVB=0.0268427;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145075;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0820266;OID=.;OPOS=63225725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:11:5:4:5:11:5 chr7 63225803 . T A 137.64 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0115074;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.315;QD=8.73921;RBI=0.0364258;REFB=-0.0375319;REVB=-0.0345604;RO=44;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00323565;STB=0.501928;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0699005;OID=.;OPOS=63225803;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:44:44:19:19:0.301587:13:6:14:30:13:6:14:30 chr7 63225821 . A T 158.27 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.00665089;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.713;QD=9.89161;RBI=0.0267355;REFB=-0.00821276;REVB=-0.0258951;RO=42;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50515;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0495745;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:42:43:21:21:0.328125:16:5:10:32:16:5:10:33 chr7 63225842 . A T 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0321467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5501;QD=15.0643;RBI=0.0350441;REFB=-0.00478793;REVB=-0.0139527;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021601;STB=0.523036;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00487887;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:20:7:8:25:20:7:8:27 chr7 63225873 . C T 214.1 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0463838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.12;QD=15.5711;RBI=0.0464843;REFB=-0.00877209;REVB=0.00305432;RO=30;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021448;STB=0.509084;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00921252;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:18:6:8:22:18:7:8:22 chr7 63529956 . G A 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0253473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.931;QD=11.5636;RBI=0.0376907;REFB=-0.00345898;REVB=-0.0278944;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208424;STB=0.622598;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00693486;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:7:8:10:19:7:8:10:19 chr7 63537849 . G A 310.67 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00275725;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.117;QD=28.8998;RBI=0.0128508;REFB=-0.0139793;REVB=0.0125515;RO=16;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378081;STB=0.520818;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00734491;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:27:27:0.627907:15:12:8:8:15:12:8:8 chr7 63565953 . A C 287.38 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0204646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0103;QD=24.9894;RBI=0.0487643;REFB=-0.0478028;REVB=0.0442623;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108067;STB=0.559954;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0294037;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:12:8:14:12:12:8 chr7 63566387 . A ATGT,T 100.13 PASS AF=0.297297,0.0540541;AO=11,2;DP=38;FAO=11,2;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7,1;FSAR=4,1;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000329384,-0.00920033;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=167.014,135.377;QD=10.8253;RBI=0.00867084,0.00948888;REFB=-0.000217549,0.00318968;REVB=-0.00866458,-0.00232226;RO=25;SAF=7,1;SAR=4,1;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.136125,-0.0185236;STB=0.595568,0.5;STBP=0.481,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00193618,0.00329489;OID=.,.;OPOS=63566388,63566387;OREF=-,A;OALT=TGT,T;OMAPALT=ATGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:38:37:25:24:11,2:11,2:0.297297,0.0540541:4,1:7,1:13:12:4,1:7,1:12:12 chr7 63568887 . A ATAACT 106.78 PASS AF=0.325;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.011503;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=5;MLLD=245.136;QD=10.6781;RBI=0.0271289;REFB=-0.0251252;REVB=-0.0245695;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104545;STB=0.536909;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=0.0362493;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325:13:42:13:40:27:7:6:16:11:99:27:7:6:17:10 chr7 63570733 . T C 152.56 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00737562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.69;QD=10.3429;RBI=0.0151096;REFB=-0.00150699;REVB=0.0131871;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142101;STB=0.591745;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00284637;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:12:8:20:18:12:8:21:18 chr7 63679733 . A G 1108.07 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.472;QD=59.8957;RBI=0.0675552;REFB=0;REVB=0.0675199;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45982e-05;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:0:0:68:74:1:38:30:0:0:44:30:0:0 chr7 63680098 . CC TA 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0249024;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=126.005;QD=24.8032;RBI=0.0447641;REFB=0.00367305;REVB=-0.037198;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.757;TYPE=mnp;VARB=-0.00261344;OID=.;OPOS=63680098;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:2:2:6:4:2:2 chr7 63796744 . T C 274.87 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0235494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2253;QD=15.4858;RBI=0.0236163;REFB=-0.00495511;REVB=0.0017764;RO=40;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483189;STB=0.527326;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00591759;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:20:11:16:24:20:11:16:24 chr7 63808867 . C A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00940432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.042;QD=12.8609;RBI=0.00989851;REFB=-0.0118521;REVB=-0.00308857;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162992;STB=0.599679;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00771936;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:2:6:6:1:2:6 chr7 63808940 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0126905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.636;QD=12.86;RBI=0.0175026;REFB=-0.00432227;REVB=-0.0120537;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404365;STB=0.749165;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00528626;OID=.;OPOS=63808940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:4:4:6:1:4:4 chr7 63981563 . A G 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0385636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5825;QD=5.01714;RBI=0.0440921;REFB=-0.00133621;REVB=-0.0213766;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193675;STB=0.627745;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00950614;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:16:11:4:3:16:11 chr7 64152353 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.008;QD=44.6898;RBI=0.040314;REFB=0;REVB=0.0334367;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573629;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr7 64167308 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00258981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.165;QD=12.0843;RBI=0.0330893;REFB=0.00204013;REVB=-0.0329878;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181208;STB=0.607419;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00322809;OID=.;OPOS=64167308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:5:11:16:14:5:11:16:14 chr7 64168806 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00224806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.21;QD=11.0924;RBI=0.00315648;REFB=-0.0247092;REVB=0.00221575;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0330743;OID=.;OPOS=64168806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:4:1:1:4:4:1:2:4 chr7 64169019 . G A 340.13 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.214;QD=54.4204;RBI=0.0709423;REFB=0;REVB=-0.00275858;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350179;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr7 64254901 . T C 70.94 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0125285;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5352;QD=15.7649;RBI=0.0125285;REFB=0.0464434;REVB=0;RO=9;SAF=9;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0476923;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:9:9:9:9:0.5:0:9:9:0:0:9:9:0 chr7 64291333 . T A 792.92 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.121;QD=55.6436;RBI=0.0287968;REFB=-0.0766183;REVB=-0.0136612;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130865;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:29:27:1:0:29:28:0:0 chr7 64291976 . G A 288.97 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1399;QD=52.5407;RBI=0.0944644;REFB=0;REVB=-0.0313728;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182217;OID=.;OPOS=64291976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 64291991 . T A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.961;QD=53.9112;RBI=0.0212236;REFB=0;REVB=0.0182481;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65381e-05;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr7 64388472 . C A 101.56 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0595182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.84;QD=16.9268;RBI=0.0606564;REFB=-0.0408843;REVB=0.0116956;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144848;STB=0.583198;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0219877;OID=.;OPOS=64388472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:8:4:6:6:8:4 chr7 64389089 . A C 47.43 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0287785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1207;QD=11.1595;RBI=0.0323322;REFB=-0.0113777;REVB=0.0147367;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0194951;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr7 64438667 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0206744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.479;QD=16.417;RBI=0.0329197;REFB=-0.0037249;REVB=0.0256179;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0054639;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:11:5:7:7:11:5 chr7 64451699 . T C 534.73 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0400107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.855;QD=18.7624;RBI=0.0420322;REFB=0.00654172;REVB=0.0128782;RO=58;SAF=23;SAR=33;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514662;STB=0.528497;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0117543;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:33:23:27:31:33:23:27:31 chr7 64451963 . T C 340.43 PASS AF=0.48;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00555034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.055;QD=18.1561;RBI=0.026742;REFB=-0.022719;REVB=0.0261597;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148221;STB=0.57402;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0201455;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:35:36:0.48:19:16:24:15:19:17:24:15 chr7 64452738 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0130827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.642;QD=17.6721;RBI=0.021571;REFB=-0.0120475;REVB=0.0171508;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561805;STB=0.531433;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00914836;OID=.;OPOS=64452738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:19:13:14:16:19:13 chr7 64452830 . C T 649.35 PASS AF=0.496183;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.000812519;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.405;QD=19.8275;RBI=0.0368744;REFB=-0.014786;REVB=-0.0368655;RO=65;SAF=39;SAR=26;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0191897;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:65:66:65:65:0.496183:26:39:39:26:26:39:40:26 chr7 64453136 . G A 114.38 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00995558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.707;QD=18.2999;RBI=0.0231438;REFB=0.00154928;REVB=0.0208931;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239512;STB=0.636165;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00208997;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:3:9:6:7:3:9 chr7 64453615 . T C 259.1 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0023536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.229;QD=24.1019;RBI=0.00875038;REFB=-0.0552261;REVB=-0.00842792;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159983;STB=0.588049;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0281783;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:23:24:0.55814:11:12:13:5:11:13:14:5 chr7 64453634 . G A 270.14 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00143794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.668;QD=22.9907;RBI=0.0381252;REFB=0.0240461;REVB=0.0380981;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176163;STB=0.597863;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0033137;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:16:6:12:13:16:6 chr7 64453635 . G C 193.25 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0310023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.705;QD=16.447;RBI=0.0447398;REFB=-0.0426868;REVB=-0.0322568;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195852;STB=0.612785;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0173224;OID=.;OPOS=64453635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:6:14:14:13:6:14:14:13 chr7 64483656 . C T 336.46 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00506286;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.038;QD=27.4658;RBI=0.0258479;REFB=-0.00646954;REVB=-0.0253472;RO=20;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834064;STB=0.54611;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00399884;OID=.;OPOS=64483656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:20:29:29:0.591837:10:19:11:9:10:19:11:9 chr7 64864894 . C T 91.34 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0371224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9771;QD=17.3978;RBI=0.0403239;REFB=-0.059309;REVB=-0.0157463;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200531;STB=0.615182;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0239416;OID=.;OPOS=64864894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:3:7:5:6:3:7 chr7 64865254 . A G 361.72 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0314789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1035;QD=17.8629;RBI=0.032598;REFB=-0.0196823;REVB=0.0084683;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10867;STB=0.560752;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0462809;OID=.;OPOS=64865254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:22:16:23:20:22:16:23:20 chr7 65279676 . A T 226.02 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00371127;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.087;QD=8.00087;RBI=0.0485436;REFB=-0.0146159;REVB=-0.0484016;RO=81;SAF=18;SAR=14;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142094;STB=0.584106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0320069;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:81:81:32:32:0.283186:14:18:36:45:14:18:36:45 chr7 65425894 . A G 657.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00620731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8763;QD=59.7931;RBI=0.0151136;REFB=0.0194824;REVB=-0.01378;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0025582;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:43:43:0.977273:18:25:0:0:18:25:0:1 chr7 65429359 . G A 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0267225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.865;QD=14.4201;RBI=0.0269314;REFB=0.00188949;REVB=0.00334843;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190204;STB=0.607401;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00301662;OID=.;OPOS=65429359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:13:14:26:11:13:14:26:11 chr7 65579838 . A G 103.81 PASS AF=0.545455;AO=9;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00960745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.066;QD=18.8742;RBI=0.0407148;REFB=-0.064123;REVB=0.039565;RO=10;SAF=9;SAR=0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.778897;STB=0.583186;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0622161;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:9:12:0.545455:0:9:6:4:3:9:6:4 chr7 65579987 . C G 45.05 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0117804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0733;QD=7.83564;RBI=0.047094;REFB=0.0117054;REVB=-0.0455967;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.584187;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0351082;OID=.;OPOS=65579987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:11:5:3:4:11:5 chr7 65842543 . C CAT,T 587.81 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=36,3;DP=42;FAO=36,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155826,-0.00548015;FXX=0.0714116;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=175.516,52.4382;QD=60.2886;RBI=0.0442166,0.0209445;REFB=0,0;REVB=0.0413798,0.0202149;RO=3;SAF=26,2;SAR=10,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00989323,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00136427,-0.033399;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:42:39:3:0:36,3:36,3:0.923077,0.0769231:10,1:26,2:2:1:10,1:26,2:0:0 chr7 65842545 . T C 564.96 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0260794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9826;QD=53.8058;RBI=0.055111;REFB=-0.043047;REVB=0.0485499;RO=3;SAF=28;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842337;STB=0.504502;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0172569;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:11:28:2:1:11:28:2:1 chr7 65860213 . T TAGAG 174.76 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694596;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=285.5;QD=46.6036;RBI=0.00807854;REFB=0;REVB=-0.00412511;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000180318;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:5:10:0:0:4:0:5:9:0:0 chr7 65860264 . CCATATG C,CG 218.63 PASS AF=0,1;AO=4,13;DP=18;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315641,0.0341143;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=208.909,246.074;QD=48.5854;RBI=0.0328512,0.0344122;REFB=0,0;REVB=-0.00910517,0.00451764;RO=0;SAF=2,3;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000278483;OID=.,.;OPOS=65860265,65860265;OREF=CATATG,CATAT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,13:18:0,18:18:0:0,5:0,13:0:0:4:0:2,3:2,10:0:0 chr7 66015630 . C G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0288029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.969;QD=18.0506;RBI=0.0314856;REFB=-0.0505938;REVB=-0.0127174;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167675;STB=0.597357;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0329265;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:4:4:7:3:4:4 chr7 66147057 . T C 334.27 PASS AF=0.6;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0223855;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.737;QD=24.3104;RBI=0.0251723;REFB=-0.0173916;REVB=0.0115122;RO=22;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190658;STB=0.605197;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0120364;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:22:33:33:0.6:23:10:12:10:23:10:12:10 chr7 66463938 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.022422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3206;QD=15.2928;RBI=0.0314974;REFB=0.0051667;REVB=0.0221211;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322799;STB=0.695121;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00467113;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:3:6:8:1:3:6 chr7 66774604 . G C 734.0 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116512;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.449;QD=56.4614;RBI=0.0228953;REFB=0;REVB=0.019709;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208697;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:19:30:0:0:21:31:0:0 chr7 66785634 . T A 120.8 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.04672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7006;QD=14.6425;RBI=0.105771;REFB=-0.0105004;REVB=-0.0948933;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761006;STB=0.504418;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0126512;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:8:11:8:6:8:11 chr7 69599579 . CAT CAC,C 403.2 PASS AF=0.0480769,0.403846;AO=5,39;DP=103;FAO=5,42;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=5,15;FSAR=0,27;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0110084,-0.0156335;FXX=0.0370336;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=69.0474,211.504;QD=15.5079;RBI=0.0630178,0.0215695;REFB=-0.0121603,-0.00919741;REVB=0.0620489,0.0148606;RO=50;SAF=5,14;SAR=0,25;SRF=20;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.624998,-0.0438588;STB=0.99807,0.549594;STBP=0.007,0.425;TYPE=snp,del;VARB=0.0467265,0.0121484;OID=.,.;OPOS=69599581,69599580;OREF=T,AT;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0480769,0.403846:5,39:103:5,42:104:57:5,15:0,27:25:32:99:50:5,14:0,25:20:30 chr7 70254788 . G A 1276.15 PASS AF=0.544643;AO=120;DP=221;FAO=122;FDP=224;FR=.;FRO=102;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.0186177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.173;QD=22.7885;RBI=0.025527;REFB=0.00696667;REVB=0.0174646;RO=101;SAF=58;SAR=62;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818699;STB=0.545447;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00563573;OID=.;OPOS=70254788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:224:101:102:120:122:0.544643:62:58:39:62:62:60:40:62 chr7 70257628 . TA T 36.47 PASS AF=0.403846;AO=22;DP=54;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.135736;FXX=0.0370302;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.33195;QD=2.80539;RBI=0.14742;REFB=-0.0654974;REVB=-0.0575186;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638561;STB=0.523787;STBP=0.81;TYPE=del;VARB=0.0540707;OID=.;OPOS=70257629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403846:22:54:21:52:31:11:10:15:16:36:23:9:13:11:12 chr7 70597522 . C A 2153.97 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0689682;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.447;QD=62.434;RBI=0.0939488;REFB=-0.0744869;REVB=0.0637947;RO=1;SAF=81;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841357;STB=0.504424;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00135425;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:138:1:1:137:137:0.992754:56:81:0:1:56:81:0:1 chr7 70597675 . T C 464.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.073798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.469;QD=58.121;RBI=0.0755219;REFB=0;REVB=0.016044;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011714;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr7 71150706 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5004;QD=47.8222;RBI=0.0968433;REFB=0;REVB=-0.0102272;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205538;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr7 72093957 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000446065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4034;QD=49.599;RBI=0.0131494;REFB=0;REVB=0.0131418;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350925;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr7 72178756 . C A 673.41 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0185773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.502;QD=52.8166;RBI=0.0235282;REFB=-0.0863449;REVB=0.0144382;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241219;STB=0.52499;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00295434;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:1:2:49:49:0.960784:19:30:0:1:19:30:0:2 chr7 72193864 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.055;QD=56.9377;RBI=0.0323268;REFB=0;REVB=0.0315083;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120812;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr7 72193868 . G A 755.97 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368076;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.105;QD=57.0539;RBI=0.0368214;REFB=0;REVB=0.00101021;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91624e-05;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr7 72286028 . C T 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00934674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.609;QD=51.5092;RBI=0.0124887;REFB=-0.064693;REVB=0.00828289;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00064417;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:14:12:0:0:14:12:0:1 chr7 72312214 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0749;QD=50.4125;RBI=0.118315;REFB=0;REVB=0.117797;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323499;OID=.;OPOS=72312214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr7 72418992 . C T 599.17 PASS AF=0.931818;AO=38;DP=41;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0652883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9419;QD=54.4701;RBI=0.109497;REFB=-0.0737724;REVB=0.0879034;RO=3;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227983;STB=0.512189;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00816769;OID=.;OPOS=72418992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:41:44:3:3:38:41:0.931818:19:19:2:1:21:20:2:1 chr7 72596150 . TAAGA T 50.0 PASS AO=33;DP=131;LEN=4;RO=98;SAF=20;SAR=21;SRF=52;SRR=38;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=72596151;OREF=AAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:131:98:33:21:20:52:38 chr7 72658255 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.075;QD=33.4284;RBI=0.0145369;REFB=0;REVB=-0.00853979;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9521e-05;OID=.;OPOS=72658255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr7 72738749 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.047;QD=58.5865;RBI=0.0766939;REFB=0;REVB=-0.00371272;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465506;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr7 72738762 . CA TG 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749298;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=122.136;QD=58.1421;RBI=0.0775587;REFB=0;REVB=0.0200222;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000634015;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr7 72891754 . C T 263.12 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0185382;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.161;QD=24.4761;RBI=0.0230906;REFB=-0.0123195;REVB=-0.0137663;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298626;STB=0.51662;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0115189;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:19:19:24:24:0.55814:13:11:8:11:13:11:8:11 chr7 73020301 . T C 1135.11 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235414;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.211;QD=60.5394;RBI=0.0255275;REFB=0;REVB=0.00987196;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72033e-05;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:40:33:0:0:42:33:0:0 chr7 73097654 . C T 687.19 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00557764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.93;QD=20.513;RBI=0.018566;REFB=-0.00774415;REVB=0.0177084;RO=65;SAF=47;SAR=21;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267853;STB=0.644675;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00857459;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:66:68:68:0.507463:21:47:26:39:21:47:27:39 chr7 73117765 . G A 74.66 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.010678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.909;QD=10.6659;RBI=0.049603;REFB=-0.00712127;REVB=0.0484401;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118978;STB=0.571289;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0100151;OID=.;OPOS=73117765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:7:11:5:5:7:11 chr7 73122923 . AT GC,GT 785.0 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,52;DP=54;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,32;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719589,0.0132514;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=162.525,181.98;QD=56.0712;RBI=0.0433408,0.0481174;REFB=0,0;REVB=-0.0427393,-0.0462567;RO=0;SAF=2,30;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0342258,0.00161784;OID=.,.;OPOS=73122923,73122923;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:56:0:0:2,52:2,54:0.0357143,0.964286:0,22:2,30:0:0:0,22:2,32:0:0 chr7 73147068 . G A 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.176;QD=56.7027;RBI=0.0164207;REFB=0;REVB=-0.000613102;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49574e-05;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr7 73151644 . A G 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.03;QD=50.4026;RBI=0.0190448;REFB=0;REVB=-0.0159677;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308887;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr7 73246461 . A G 163.74 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00870062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.457;QD=11.1007;RBI=0.0187328;REFB=-0.0179332;REVB=-0.0165897;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229882;STB=0.612335;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0390134;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:38:20:21:0.355932:12:8:22:14:12:9:23:15 chr7 73246496 . C T 239.7 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0186328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.056;QD=11.985;RBI=0.0226418;REFB=-0.00593707;REVB=0.0128636;RO=51;SAF=11;SAR=18;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229797;STB=0.6323;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00483215;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:18:11:30:21:18:11:30:21 chr7 73246555 . C G 323.36 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0243124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.625;QD=14.2136;RBI=0.0244513;REFB=-0.0177391;REVB=0.00260234;RO=54;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146696;STB=0.588616;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0293338;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:21:15:30:24:21:15:31:24 chr7 73249165 . T A 200.8 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0805164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8179;QD=20.5951;RBI=0.0811602;REFB=0.0147268;REVB=0.010203;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353192;STB=0.682997;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0107157;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:8:12:3:15:8:12:4:15 chr7 73249173 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0117717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.765;QD=19.6679;RBI=0.013045;REFB=-0.0211511;REVB=0.00562141;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366709;STB=0.709539;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0315888;OID=.;OPOS=73249173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:11:8:15:4:11:8 chr7 73249299 . G C 77.88 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00993137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.01;QD=14.1606;RBI=0.0294492;REFB=-0.0154809;REVB=0.027724;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684722;STB=0.540456;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0308677;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:3:9:8:2:3:9 chr7 73254812 . T C 132.18 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0214884;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.395;QD=13.9139;RBI=0.0215891;REFB=0.00599665;REVB=0.00208287;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202117;STB=0.619542;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00807367;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:8:15:12:3:8:15 chr7 73275565 . T A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0152202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.391;QD=13.4416;RBI=0.0178693;REFB=-0.0154281;REVB=-0.0093626;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185395;STB=0.608488;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0234472;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:4:9:5:5:4:9 chr7 73753250 . T C 113.67 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00429243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3928;QD=18.1872;RBI=0.020688;REFB=-0.0225443;REVB=0.0202378;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.558193;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0162918;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:6:6:7:5:7:6:7:5 chr7 73814749 . G C 1521.05 PASS AF=0.989796;AO=89;DP=92;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.108519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2749;QD=62.0837;RBI=0.108743;REFB=-0.182116;REVB=0.00696912;RO=2;SAF=59;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756941;STB=0.503759;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0103323;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:98:2:1:89:97:0.989796:30:59:1:1:31:66:1:0 chr7 74193668 . G A 89.55 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0319875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.618;QD=15.5731;RBI=0.0616871;REFB=-0.0123779;REVB=-0.0527456;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309957;STB=0.691998;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0133922;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:12:11:11:0.478261:5:6:2:9:5:6:2:10 chr7 75051368 . T C 39.83 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0068093;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.35;QD=10.6221;RBI=0.00842451;REFB=-0.000865208;REVB=0.00496042;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.644611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00464802;OID=.;OPOS=75051368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:3:6:5:1:3:6 chr7 75051375 . T C 48.59 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00784951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2726;QD=14.952;RBI=0.0910571;REFB=-0.00810922;REVB=0.0907181;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345446;STB=0.726508;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0166643;OID=.;OPOS=75051375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:6:7:0.538462:5:1:3:3:6:1:3:3 chr7 75145495 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4624;QD=39.204;RBI=0.0397476;REFB=0;REVB=0.0259384;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403514;OID=.;OPOS=75145495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 75401418 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0043278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.19;QD=14.2415;RBI=0.00469742;REFB=-0.0124367;REVB=-0.00182644;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212034;STB=0.628267;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0252931;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:10:12:10:20:10:12:10:21 chr7 75441111 . G T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0096448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.601;QD=17.6438;RBI=0.0163937;REFB=-0.0103419;REVB=0.0132563;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00924854;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:5:2:5:4:5:2 chr7 75442723 . GA AA,AG 170.07 PASS AF=0.392157,0;AO=19,2;DP=52;FAO=20,0;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6,0;FSAR=14,0;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00772852,-0.0111419;FXX=0.0377287;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=182.534,174.198;QD=13.3387;RBI=0.00896869,0.0128048;REFB=-0.0189447,-0.0154163;REVB=-0.00455054,-0.00631032;RO=30;SAF=5,0;SAR=14,2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.335063,-0.488183;STB=0.656981,0.5;STBP=0.084,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0309915,0;OID=.,.;OPOS=75442723,75442723;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:31:19,2:20,0:0.392157,0:14,2:5,0:17:13:14,0:6,0:17:14 chr7 75513062 . A G 591.55 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.607;QD=56.3384;RBI=0.0606341;REFB=-0.128458;REVB=-0.0415769;RO=2;SAF=20;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445938;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00274259;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:42:2:1:39:41:0.97619:19:20:2:0:20:21:1:0 chr7 75597545 . C G,T 429.02 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315693,0.0600964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.537,46.3297;QD=55.3577;RBI=0.0157705,0.0610329;REFB=0,0;REVB=-0.0154513,0.0106506;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.211454,-0.000959541;OID=.,.;OPOS=75597545,75597545;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:0,14:2,15:0:0:0,14:2,15:0:0 chr7 75609677 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00622344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.729;QD=16.8834;RBI=0.0521318;REFB=-0.0158808;REVB=-0.051759;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0176411;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:9:8:6:9:9:8 chr7 75614953 . T C 727.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7061;QD=57.093;RBI=0.0607187;REFB=0;REVB=0.0477799;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011373;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:36:15:0:0 chr7 75615287 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0125299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.907;QD=12.7822;RBI=0.0169861;REFB=-0.0169288;REVB=0.0114686;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998889;STB=0.559202;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0375206;OID=.;OPOS=75615287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:7:7:6:4:7:7 chr7 75621827 . A G 305.02 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00641845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.442;QD=48.8027;RBI=0.02062;REFB=-0.0199069;REVB=0.0195956;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000350366;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:23:24:0.96:10:13:0:0:11:13:1:0 chr7 75629778 . T C 727.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.097;QD=55.9785;RBI=0.0489382;REFB=0;REVB=0.0454236;RO=0;SAF=40;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215702;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:9:40:0:0:9:43:0:0 chr7 75630274 . T C 527.5 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.105257;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5862;QD=57.0266;RBI=0.106347;REFB=-0.0988287;REVB=0.0151861;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.518508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00762275;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:34:36:0.972973:12:22:0:0:13:23:0:1 chr7 75659815 . T C 1539.38 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204465;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.685;QD=63.4798;RBI=0.0216757;REFB=0;REVB=0.00719561;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45987e-05;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:95:97:1:54:41:0:0:55:42:0:0 chr7 75692856 . C T 163.43 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0205445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7597;QD=13.3409;RBI=0.0505442;REFB=-0.0116315;REVB=-0.0461805;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252627;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107813;OID=.;OPOS=75692856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:31:18:18:0.367347:7:11:19:11:7:11:19:12 chr7 75716765 . C T 52.2 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00051865;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.848;QD=3.66289;RBI=0.0333189;REFB=-0.00413683;REVB=-0.0333148;RO=48;SAF=7;SAR=2;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288759;STB=0.702571;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.012768;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:58:57:48:48:9:9:0.157895:2:7:27:21:2:7:27:21 chr7 75716781 . G A 43.82 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.000811821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.742;QD=3.02222;RBI=0.0314283;REFB=-0.0012591;REVB=-0.0314178;RO=48;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244317;STB=0.693933;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0271694;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:58:48:50:8:8:0.137931:2:6:27:21:2:6:27:23 chr7 75716804 . G A 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00634784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.276;QD=2.14549;RBI=0.0174944;REFB=0.00110882;REVB=-0.0163021;RO=50;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104544;STB=0.581997;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0100847;OID=.;OPOS=75716804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:2:4:29:21:2:4:29:21 chr7 75914934 . G GC 955.7 PASS AF=1;AO=78;DP=99;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11055;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7235;QD=42.4754;RBI=0.233649;REFB=0;REVB=0.205841;RO=17;SAF=34;SAR=44;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00231108;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:99:90:90:0:39:51:0:0:18:17:34:44:12:5 chr7 75932766 . CAG C 30.93 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=18;FAO=5;FDP=17;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.499;QD=7.27807;RBI=0.0185922;REFB=-0.0171381;REVB=-0.0185922;RO=11;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0466876;OID=.;OPOS=75932767;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:5:18:5:17:12:0:5:0:12:30:11:0:5:0:11 chr7 76019590 . C T 74.11 PASS AF=0.6;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0373375;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.492;QD=19.7625;RBI=0.0379852;REFB=-0.027478;REVB=0.00698519;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195671;OID=.;OPOS=76019590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:6:6:9:9:0.6:6:3:2:4:6:3:2:4 chr7 76029673 . G A 158.83 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0300527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5298;QD=21.1774;RBI=0.064031;REFB=0.0368414;REVB=0.0565403;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140571;STB=0.583573;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0235532;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:11:13:17:17:0.566667:6:11:5:6:6:11:6:7 chr7 76029760 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.006188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.995;QD=10.2403;RBI=0.0101166;REFB=-0.0209501;REVB=0.00800342;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13765;STB=0.583166;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0457155;OID=.;OPOS=76029760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:9:10:4:6:9:10 chr7 76069811 . T C 557.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.392;QD=60.2717;RBI=0.0328799;REFB=0;REVB=0.0272892;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12402e-05;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr7 76112060 . C T 537.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.875;QD=59.7269;RBI=0.0321357;REFB=0;REVB=0.0249607;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108197;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:22:12:0:0:23:13:0:0 chr7 76131645 . A G 697.68 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148209;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.556;QD=54.7198;RBI=0.0225839;REFB=0.0610535;REVB=-0.0170403;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=7.48882e-05;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:0:1:23:27:0:1 chr7 76131695 . A G 144.84 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0202367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.599;QD=10.1645;RBI=0.0202853;REFB=-0.00851109;REVB=-0.00140401;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887456;STB=0.570296;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0236831;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:38:19:19:0.333333:11:8:18:18:11:8:20:18 chr7 76140023 . G A 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0343825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.246;QD=13.956;RBI=0.0343825;REFB=-0.0212848;REVB=0;RO=7;SAF=7;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316503;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:0:7:7:0:0:7:7:0 chr7 76144455 . A C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.142;QD=52.6095;RBI=0.0256988;REFB=0;REVB=0.0203869;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48776e-05;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 76144560 . T C 101.82 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.985;QD=40.7279;RBI=0.120723;REFB=0;REVB=0.0104773;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125717;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 76239503 . G GC 46.56 PASS AF=0.375;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0214422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2895;QD=5.81938;RBI=0.0429229;REFB=0.0216899;REVB=0.0371834;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177664;STB=0.577644;STBP=0.53;TYPE=ins;VARB=-0.0660982;OID=.;OPOS=76239504;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:10:32:12:32:20:4:8:9:11:46:20:3:7:9:11 chr7 76240785 . CA C 117.71 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00935151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.823;QD=10.701;RBI=0.0375201;REFB=-0.0110737;REVB=-0.036336;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140189;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=del;VARB=0.0274651;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:14:44:15:44:29:7:8:15:14:99:27:6:8:15:12 chr7 76240888 . A G 191.23 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0447871;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7593;QD=11.417;RBI=0.0505462;REFB=-0.0128405;REVB=-0.0234316;RO=43;SAF=17;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226822;STB=0.606217;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0393744;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:43:23:24:0.358209:6:17:24:19:7:17:24:19 chr7 76241068 . C T 245.62 PASS AF=0.269231;AO=35;DP=130;FAO=35;FDP=130;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0133545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4125;QD=7.55738;RBI=0.0220599;REFB=0.00140559;REVB=0.0175584;RO=93;SAF=25;SAR=10;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231204;STB=0.639727;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0029042;OID=.;OPOS=76241068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:93:95:35:35:0.269231:10:25:50:43:10:25:51:44 chr7 76885769 . A G 159.68 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0256477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1007;QD=26.6139;RBI=0.0263836;REFB=-0.0597585;REVB=0.00618786;RO=8;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52274e-08;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0164802;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:14:2:1:7:14:2:1:7 chr7 76916819 . G A 207.58 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00587465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5249;QD=13.3923;RBI=0.0194491;REFB=-0.0174939;REVB=-0.0185407;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349392;STB=0.519984;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0243152;OID=.;OPOS=76916819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:12:13:18:19:12:13:18:19 chr7 76922490 . C T 250.13 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0417293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7459;QD=26.3292;RBI=0.043229;REFB=-0.0497026;REVB=0.0112878;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827004;STB=0.504583;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0256854;OID=.;OPOS=76922490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:7:8:12:11:7:8 chr7 76984572 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.413;QD=62.3471;RBI=0.0368709;REFB=0;REVB=0.0235078;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217937;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:10:33:0:0:10:33:0:0 chr7 76990178 . C G 567.37 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0122485;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.301;QD=20.084;RBI=0.0149865;REFB=-0.0139191;REVB=0.00863538;RO=55;SAF=21;SAR=37;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859169;STB=0.547426;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0139387;OID=.;OPOS=76990178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:55:55:58:58:0.513274:37:21:25:30:37:21:25:30 chr7 76991935 . C T 160.5 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0310965;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5119;QD=15.6586;RBI=0.0320312;REFB=0.000579569;REVB=-0.00768155;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339264;STB=0.67029;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00423162;OID=.;OPOS=76991935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:20:23:17:18:0.439024:12:5:13:7:13:5:13:10 chr7 77010682 . AAAAC A,AAAAG 158.96 PASS AF=0.551724,0;AO=12,2;DP=32;FAO=16,0;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=15,0;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0120417,-0.00683525;FXX=0.0937207;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=210.979,101.364;QD=21.9255;RBI=0.0332405,0.0155272;REFB=-0.0053608,-0.000286769;REVB=0.0309827,-0.0139418;RO=12;SAF=0,2;SAR=12,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.786689,0.671794;STB=0.757144,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00407543,0;OID=.,.;OPOS=77010683,77010686;OREF=AAAC,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551724,0:12,2:32:16,0:29:13:1,0:15,0:4:9:99:12:0,2:12,0:3:9 chr7 77033937 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0244468;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=291.575;QD=15.9155;RBI=0.0251113;REFB=-0.00349956;REVB=0.00573866;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347599;STB=0.519616;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00450119;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:15:13:17:17:15:13:17:17 chr7 77035392 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.422;QD=54.5173;RBI=0.0269658;REFB=0;REVB=0.0107473;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419272;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr7 77053084 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0379065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7021;QD=10.6344;RBI=0.0388229;REFB=0.00248775;REVB=0.00838535;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194284;STB=0.571254;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0119393;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:13:13:7:8:0.380952:3:4:5:8:4:4:5:8 chr7 77247821 . G A 773.81 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267473;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8058;QD=64.4844;RBI=0.0276743;REFB=0;REVB=0.0071028;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97203e-05;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr7 77256713 . A G 219.26 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168312;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.438;QD=48.7248;RBI=0.0178476;REFB=-0.088517;REVB=0.00593683;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183959;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 77365770 . A G 53.54 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0149992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.741;QD=7.93153;RBI=0.0238488;REFB=-0.0121758;REVB=-0.0185415;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111678;STB=0.518472;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0320434;OID=.;OPOS=77365770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:7:8:0.296296:4:3:10:9:4:4:10:9 chr7 77423574 . G A 256.65 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.022235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.485;QD=16.0409;RBI=0.0230888;REFB=-0.0159309;REVB=0.00622043;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126614;STB=0.579345;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0225938;OID=.;OPOS=77423574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:35:28:29:0.453125:14:14:13:22:14:15:13:22 chr7 77525199 . T C 471.45 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00693024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.425;QD=23.5723;RBI=0.0468718;REFB=-0.00686639;REVB=0.0463566;RO=35;SAF=27;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235684;STB=0.512948;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.015081;OID=.;OPOS=77525199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:18:27:20:15:18:27:20:15 chr7 77531113 . T C 689.67 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00599814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0202;QD=17.2416;RBI=0.0571807;REFB=0.00423618;REVB=-0.0568652;RO=82;SAF=32;SAR=42;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181223;STB=0.511489;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00662414;OID=.;OPOS=77531113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:82:86:74:74:0.4625:42:32:37:45:42:32:39:47 chr7 77552127 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.098;QD=61.6833;RBI=0.00955557;REFB=0;REVB=-0.00768463;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05357e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:17:24:0:0 chr7 77756580 . T C 261.55 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0132844;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.818;QD=19.0221;RBI=0.0191982;REFB=0.000512091;REVB=0.0138599;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115962;STB=0.562698;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00103513;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:27:28:0.509091:15:12:15:11:15:13:16:11 chr7 77756724 . C T 282.86 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00730438;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.351;QD=17.1432;RBI=0.00776725;REFB=-0.0211831;REVB=0.00264125;RO=34;SAF=9;SAR=22;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362382;STB=0.709542;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0191921;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:35:31:31:0.469697:22:9:23:11:22:9:24:11 chr7 80088041 . G A 432.21 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00121104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.181;QD=20.5813;RBI=0.00620906;REFB=-0.0108438;REVB=0.00608982;RO=41;SAF=24;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104982;STB=0.558113;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0137502;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:19:24:18:23:19:24:18:23 chr7 80290425 . AAC A 173.29 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00289461;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=2;MLLD=277.376;QD=9.76262;RBI=0.00709975;REFB=-0.00268835;REVB=-0.00648287;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368125;STB=0.508976;STBP=0.915;TYPE=del;VARB=0.00329102;OID=.;OPOS=80290426;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408451:28:72:29:71:42:17:12:24:18:99:41:16:12:22:19 chr7 80374342 . A G 2286.92 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189038;FXX=0.0205465;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6763;QD=63.9697;RBI=0.0191121;REFB=0;REVB=0.00281406;RO=0;SAF=66;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128709;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:143:0:0:143:143:1:77:66:0:0:77:66:0:0 chr7 80374438 . T C 1559.52 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133949;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.86;QD=58.8499;RBI=0.0272724;REFB=0;REVB=0.0237563;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297471;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:102:106:1:51:51:0:0:54:52:0:0 chr7 80378319 . G C 1774.18 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0243588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.832;QD=59.1395;RBI=0.026804;REFB=-0.0422361;REVB=-0.0111851;RO=1;SAF=46;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102129;STB=0.501928;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000867436;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:1:2:118:118:0.983333:72:46:1:0:72:46:1:1 chr7 80962963 . A T 693.08 PASS AF=0.389423;AO=80;DP=209;FAO=81;FDP=208;FR=.;FRO=127;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=79;FSRR=48;FWDB=0.00408813;FXX=0.00952336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.958;QD=13.3285;RBI=0.00426233;REFB=0.000961939;REVB=0.00120608;RO=125;SAF=45;SAR=35;SRF=77;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594017;STB=0.541475;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00162616;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:125:127:80:81:0.389423:35:45:77:48:36:45:79:48 chr7 81380476 . T A 89.75 PASS AF=0.175926;AO=19;DP=98;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=-0.0378517;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.1256;QD=3.32394;RBI=0.0381511;REFB=-0.014517;REVB=-0.00477103;RO=71;SAF=18;SAR=1;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.736554;STB=0.877523;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.113266;OID=.;OPOS=81380476;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:98:108:71:89:19:19:0.175926:1:18:23:48:3:16:30:59 chr7 82581488 . T TTCA 331.3 PASS AF=0.84375;AO=22;DP=35;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00316366;FXX=0.0856898;HRUN=5;LEN=3;MLLD=283.59;QD=41.4118;RBI=0.00354669;REFB=-0.00319872;REVB=0.0016032;RO=7;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756942;STB=0.512752;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=0.000485648;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84375:22:35:27:32:5:14:13:3:2:28:7:12:10:5:2 chr7 82764425 . C G 617.85 PASS AF=0.97619;AO=37;DP=39;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00774931;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.623;QD=58.8432;RBI=0.0110163;REFB=-0.107544;REVB=0.00782993;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00210792;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:42:0:1:37:41:0.97619:21:16:0:0:25:16:0:1 chr7 82784832 . C G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00581927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7929;QD=12.0508;RBI=0.00626985;REFB=-0.0243216;REVB=-0.00233392;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198262;STB=0.619962;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0379771;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:8:5:2:7:8:5 chr7 83023587 . TACACACACACACACAC TACACACACACACAC,TACACACACACACACAG 620.33 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=31,3;DP=46;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571039,0.107591;FXX=0.153817;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=148.718,60.4008;QD=56.3935;RBI=0.120719,0.134332;REFB=0,0;REVB=0.106359,0.0804323;RO=0;SAF=13,1;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.33668e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000325054,0.0310196;OID=.,.;OPOS=83023588,83023603;OREF=AC,C;OALT=-,G;OMAPALT=TACACACACACACAC,TACACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.931818,0.0681818:31,3:46:41,3:44:0:14,1:27,2:0:0:14:0:13,1:18,2:0:0 chr7 83029438 . C T 482.0 PASS AF=0.5;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0208128;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.039;QD=19.2799;RBI=0.0546107;REFB=-0.0285774;REVB=-0.0504891;RO=48;SAF=18;SAR=32;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183375;STB=0.592555;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0301378;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:48:50:50:50:0.5:32:18:27:21:32:18:27:23 chr7 83034754 . T A 1217.24 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.785;QD=60.8618;RBI=0.00817729;REFB=0;REVB=-0.00281046;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0204e-06;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:80:0:0:74:80:1:32:42:0:0:34:46:0:0 chr7 83037751 . C A 418.37 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0244423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2199;QD=53.9828;RBI=0.0318284;REFB=-0.17707;REVB=0.0203868;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00462274;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:1:0 chr7 83587885 . G A 297.78 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.034774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7337;QD=14.7052;RBI=0.0477146;REFB=-0.0220809;REVB=-0.0326718;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017668;STB=0.510911;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0234534;OID=.;OPOS=83587885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:47:34:34:0.419753:16:18:22:21:16:18:24:23 chr7 83587915 . C T 528.52 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00172639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.965;QD=22.2534;RBI=0.00598503;REFB=-0.00619551;REVB=0.00573063;RO=45;SAF=21;SAR=29;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408343;STB=0.522513;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00495976;OID=.;OPOS=83587915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:29:21:21:24:29:21:21:24 chr7 83590231 . G A 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0459543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9643;QD=18.3461;RBI=0.0571023;REFB=-0.00984385;REVB=-0.033895;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265834;STB=0.515134;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00827799;OID=.;OPOS=83590231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:9:9:9:8:9:9 chr7 83590852 . T C 263.49 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0233144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9022;QD=19.5178;RBI=0.0311188;REFB=-0.00976476;REVB=0.0206112;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103607;STB=0.505776;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0103124;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:18:10:9:17:18:10:9:17 chr7 83606518 . G A 737.7 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.532;QD=54.6443;RBI=0.0285958;REFB=0.00619778;REVB=0.000242428;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000103671;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:54:1:1:51:53:0.981481:23:28:0:1:24:29:0:1 chr7 83610726 . C G 396.04 PASS AF=0.455556;AO=39;DP=89;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.000800499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4467;QD=17.6015;RBI=0.0500219;REFB=-0.0113014;REVB=0.0500155;RO=49;SAF=13;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241041;STB=0.627843;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0160746;OID=.;OPOS=83610726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:49:49:39:41:0.455556:26:13:28:21:27:14:28:21 chr7 83634713 . A G 254.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.019761;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4574;QD=11.9679;RBI=0.0217476;REFB=0.0058391;REVB=-0.00908069;RO=53;SAF=21;SAR=9;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408598;STB=0.723992;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00186089;OID=.;OPOS=83634713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:53:55:30:30:0.352941:9:21:17:36:9:21:19:36 chr7 86577206 . T C 268.78 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0928498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2036;QD=23.8912;RBI=0.09623;REFB=-0.0452117;REVB=-0.025281;RO=19;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249403;STB=0.631468;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0427021;OID=.;OPOS=86577206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:20:24:25:0.555556:18:6:10:9:18:7:11:9 chr7 87082292 . G A 606.42 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0124223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6875;QD=24.7516;RBI=0.0170857;REFB=-0.00440789;REVB=-0.0117306;RO=41;SAF=16;SAR=39;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131224;STB=0.575193;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00398539;OID=.;OPOS=87082292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:43:55:55:0.561224:39:16:18:23:39:16:19:24 chr7 87138645 . A G 1522.47 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3245;QD=59.7047;RBI=0.0227577;REFB=0;REVB=-0.0212412;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150505;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:52:49:0:0:53:49:0:0 chr7 87160618 . A C 781.53 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000391088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7524;QD=52.1017;RBI=0.00492438;REFB=-0.0330946;REVB=0.00490883;RO=3;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00848441;STB=0.504503;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00623489;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:33:24:1:2:33:24:1:2 chr7 87179601 . A G 771.6 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315826;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.403;QD=57.1559;RBI=0.0373809;REFB=0;REVB=0.0199969;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52477e-05;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:38:14:0:0:39:15:0:0 chr7 87229501 . T C 972.48 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0449;QD=55.5704;RBI=0.0311924;REFB=-0.0809647;REVB=-0.00215746;RO=1;SAF=15;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883631;STB=0.504586;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00950334;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:70:1:1:68:69:0.985714:53:15:0:1:54:15:0:1 chr7 87564179 . G C 131.81 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0299822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1463;QD=14.645;RBI=0.121328;REFB=-0.0290738;REVB=-0.117565;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887571;STB=0.521711;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0337779;OID=.;OPOS=87564179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:4:11:16:4:4:11:16:5 chr7 87564277 . A C 188.54 PASS AF=0.338028;AO=25;DP=74;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00957468;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.16;QD=10.6218;RBI=0.0129711;REFB=-0.021466;REVB=-0.00875077;RO=45;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133241;STB=0.55594;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0371189;OID=.;OPOS=87564277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:45:47:25:24:0.338028:15:10:13:32:15:9:14:33 chr7 87564497 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9147;QD=33.4277;RBI=0.0733104;REFB=0;REVB=-0.0431728;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963548;OID=.;OPOS=87564497;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 87813635 . C T 326.02 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00434266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.259;QD=17.3878;RBI=0.00445813;REFB=-0.0168674;REVB=0.00100806;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034074;STB=0.519073;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0152281;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:18:17:18:22:18:17:18:22 chr7 87840189 . A C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.043653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.532;QD=10.8848;RBI=0.0446955;REFB=-0.00235113;REVB=-0.0095969;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00466846;OID=.;OPOS=87840189;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:5:10:5:4:5:10 chr7 87913361 . C T 676.87 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3861;QD=60.1662;RBI=0.101253;REFB=-0.138729;REVB=0.0142293;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00663509;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:45:1:0:42:45:1:24:18:0:1:25:20:0:0 chr7 88956699 . A G 4707.23 PASS AF=1;AO=300;DP=303;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234729;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.087;QD=62.1417;RBI=0.0327673;REFB=-0.0461538;REVB=0.022863;RO=1;SAF=137;SAR=163;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178375;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:303:303:1:0:300:303:1:163:137:1:0:166:137:0:0 chr7 88963039 . G A 104.67 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.106333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0657;QD=19.9373;RBI=0.111903;REFB=-0.0111427;REVB=0.0348648;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383012;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:6:3:4:8:6:3 chr7 88964000 . C T 101.69 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00953297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.072;QD=13.5591;RBI=0.0111204;REFB=-0.0044964;REVB=-0.00572583;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.53211;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00894715;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:17:12:12:0.4:5:7:7:7:5:7:9:8 chr7 88964196 . T A 252.29 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00923755;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.137;QD=10.2976;RBI=0.0186159;REFB=-0.00518911;REVB=-0.0161623;RO=66;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143932;STB=0.512983;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00983886;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:66:67:31:31:0.316327:17:14:29:37:17:14:29:38 chr7 89797144 . G T 1501.55 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.465;QD=59.4674;RBI=0.0536867;REFB=0;REVB=0.0482077;RO=0;SAF=77;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92104e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:97:101:1:20:77:0:0:22:79:0:0 chr7 89861890 . G A,T 508.57 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357523,0.0779305;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=76.8413,54.4033;QD=58.122;RBI=0.0366104,0.0791329;REFB=0,0;REVB=-0.00787999,0.0137423;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0925009,-0.000350748;OID=.,.;OPOS=89861890,89861890;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:0,22:2,11:0:0:0,22:2,11:0:0 chr7 89867422 . G A 615.59 PASS AF=0.591398;AO=54;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00459041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.469;QD=26.4771;RBI=0.0501499;REFB=-0.0116533;REVB=0.0499394;RO=38;SAF=28;SAR=26;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659032;STB=0.532062;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00671539;OID=.;OPOS=89867422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:54:55:0.591398:26:28:23:15:26:29:23:15 chr7 89881239 . G C 711.37 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00828654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.952;QD=52.6943;RBI=0.0110779;REFB=-0.00539293;REVB=0.00735215;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.502164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000361155;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:0:2:52:52:0.962963:29:23:0:0:29:23:1:1 chr7 89906609 . C T 1606.79 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.616;QD=64.2717;RBI=0.0165041;REFB=0;REVB=-0.000972197;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89165e-05;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:51:47:0:0:52:48:0:0 chr7 89912301 . GT AC,AT,CT,TT 728.68 PASS AF=0.0416667,0.875,0.0416667,0.0416667;AO=2,42,2,2;DP=50;FAO=2,42,2,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0,0;FSAR=2,15,2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199305,0.00880336,0.0470002,-0.0240605;FXX=0.039992;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=122.832,78.2919,31.9277,32.7772;QD=60.7233;RBI=0.0246906,0.0291822,0.0490141,0.0339905;REFB=0,0,0,0;REVB=0.014574,0.0278227,-0.0139054,-0.0240093;RO=0;SAF=0,27,0,0;SAR=2,15,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-3.13648e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp,snp;VARB=-0.0141737,0.00323653,-0.0244238,0.158882;OID=.,.,.,.;OPOS=89912301,89912301,89912301,89912301;OREF=GT,G,G,G;OALT=AC,A,C,T;OMAPALT=AC,AT,CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:48:0:0:2,42,2,2:2,42,2,2:0.0416667,0.875,0.0416667,0.0416667:2,15,2,2:0,27,0,0:0:0:2,15,2,2:0,27,0,0:0:0 chr7 89938588 . C G 1021.57 PASS AF=0.972603;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0301863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5573;QD=55.9762;RBI=0.0630978;REFB=-0.0119405;REVB=0.0554086;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.513154;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00516005;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:73:1:2:69:71:0.972603:34:35:1:0:34:37:2:0 chr7 89983808 . T G 333.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.586;QD=53.3489;RBI=0.0351122;REFB=0;REVB=0.0350907;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316946;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:17:8:0:0 chr7 89984409 . A G 758.72 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017293;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.569;QD=55.1795;RBI=0.0225098;REFB=-0.0141087;REVB=0.0144099;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000206993;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:1:0:28:26:1:0 chr7 90042857 . G T 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.684;QD=59.0104;RBI=0.0226008;REFB=0;REVB=0.0155719;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317895;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr7 90043182 . A G 746.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.336;QD=63.573;RBI=0.0224479;REFB=0;REVB=0.0154398;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207872;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr7 90043304 . C T 766.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.277;QD=63.8621;RBI=0.0664523;REFB=0;REVB=-0.0455645;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07876e-05;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr7 90043314 . C T 756.76 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194578;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.755;QD=61.7766;RBI=0.0216115;REFB=-0.0338839;REVB=-0.0094047;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000111721;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:30:18:0:1:30:18:0:1 chr7 90236415 . A G 576.77 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0124277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.436;QD=52.4337;RBI=0.0231673;REFB=-0.149063;REVB=0.0195519;RO=4;SAF=13;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797289;STB=0.542692;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00315892;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:44:44:4:4:40:40:0.909091:27:13:3:1:27:13:3:1 chr7 90338850 . C T 332.58 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0067001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.329;QD=26.6064;RBI=0.0543286;REFB=-0.0434547;REVB=-0.0539138;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211526;STB=0.616362;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0205609;OID=.;OPOS=90338850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:14:15:5:16:14:15:5:16 chr7 90836916 . C A 130.04 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0234257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.985;QD=13.3375;RBI=0.0241239;REFB=-0.0212282;REVB=0.00576192;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171272;STB=0.612096;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0268887;OID=.;OPOS=90836916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:9:6:13:10:9:6:14:10 chr7 90837216 . G A 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00259544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.825;QD=12.0585;RBI=0.00300443;REFB=-0.0197358;REVB=-0.00151337;RO=42;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26806;STB=0.653327;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0358497;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:11:14:13:29:11:14:13:29 chr7 90838866 . G A 183.73 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0402012;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.154;QD=14.4101;RBI=0.0405268;REFB=-7.77852e-05;REVB=-0.00512701;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160463;STB=0.591751;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00016232;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:11:19:10:11:11:19 chr7 90838869 . G C 765.9 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7263;QD=56.7333;RBI=0.0400976;REFB=0;REVB=0.0205736;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506382;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr7 90895431 . C T 398.21 PASS AF=0.42;AO=40;DP=98;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0266456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.603;QD=15.9285;RBI=0.0278047;REFB=-0.00502683;REVB=0.00794441;RO=57;SAF=17;SAR=23;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141611;STB=0.571395;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00708453;OID=.;OPOS=90895431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:57:58:40:42:0.42:23:17:32:25:24:18:32:26 chr7 91503228 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0456441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.909;QD=13.2033;RBI=0.064068;REFB=-0.0275302;REVB=-0.0449593;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.666171;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0607724;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:1:5:3:3:1:5 chr7 91632306 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.909;QD=55.6557;RBI=0.0152991;REFB=0;REVB=0.00540373;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115659;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr7 91712690 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0204938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9887;QD=14.7013;RBI=0.0208439;REFB=0.00763732;REVB=-0.00380418;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484044;STB=0.793185;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00691041;OID=.;OPOS=91712690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:11:1:6:9:11:1:6:9 chr7 91714911 . C T 1324.23 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00788483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.961;QD=60.8842;RBI=0.00812962;REFB=-0.0169626;REVB=-0.00197994;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129782;STB=0.506848;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000332051;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:36:50:0:1:36:50:0:1 chr7 91842554 . T C 347.65 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.000741633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.573;QD=19.8655;RBI=0.0143041;REFB=-0.0349747;REVB=-0.0142848;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597528;STB=0.526684;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0363708;OID=.;OPOS=91842554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:15:21:17:16:15:21:18:16 chr7 92027537 . C G 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0152401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7558;QD=15.8866;RBI=0.032376;REFB=0.0197744;REVB=0.0285647;RO=41;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458908;STB=0.520122;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0252406;OID=.;OPOS=92027537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:20:13:18:23:20:13:18:24 chr7 92029302 . G A 1264.97 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5802;QD=61.706;RBI=0.0359183;REFB=0;REVB=0.0174308;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166189;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:42:38:0:0:42:40:0:0 chr7 92098776 . C T 801.48 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.198;QD=64.1184;RBI=0.00729612;REFB=0;REVB=0.00461558;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78812e-05;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:24:24:0:0:24:26:0:0 chr7 92099283 . C T 166.38 PASS AF=0.291139;AO=22;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0135162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.4;QD=8.42424;RBI=0.0135308;REFB=-0.00710893;REVB=-0.000630154;RO=53;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288839;STB=0.542675;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0162943;OID=.;OPOS=92099283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:56:22:23:0.291139:15:7:18:35:16:7:20:36 chr7 92131289 . G T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.529;QD=61.3337;RBI=0.0030629;REFB=0;REVB=0.00218132;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99079e-06;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr7 92132493 . T C 191.46 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0333204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3129;QD=22.5241;RBI=0.0389155;REFB=0.00496794;REVB=-0.0201039;RO=15;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194429;STB=0.607234;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00301386;OID=.;OPOS=92132493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:15:4:1:14:15:4:1:14 chr7 92163855 . G A 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0234108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.509;QD=9.62221;RBI=0.0265051;REFB=-0.0121818;REVB=-0.012428;RO=40;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235829;STB=0.639286;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0225799;OID=.;OPOS=92163855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:12:7:23:17:12:7:23:17 chr7 92236829 . A G 375.44 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00960587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4556;QD=18.54;RBI=0.0126095;REFB=-0.0140465;REVB=-0.00816866;RO=42;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725524;STB=0.540519;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0140934;OID=.;OPOS=92236829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:26:13:17:25:26:13:17:25 chr7 92237396 . A T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00861415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.88;QD=15.5687;RBI=0.00861642;REFB=-0.00447422;REVB=0.00019751;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154932;STB=0.587241;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00506611;OID=.;OPOS=92237396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:14:14:23:12:14:14:23:12 chr7 92241633 . G C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0229909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.93;QD=8.51173;RBI=0.0239801;REFB=-0.00518522;REVB=-0.00681618;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300877;STB=0.518482;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00991389;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:15:9:4:6:15:9 chr7 92600509 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.075;QD=55.0979;RBI=0.0479029;REFB=0;REVB=0.00740936;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291326;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr7 92733766 . C A 153.49 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.010101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.252;QD=17.054;RBI=0.0107445;REFB=-0.0216155;REVB=-0.00366277;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230244;STB=0.611524;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.024481;OID=.;OPOS=92733766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:7:9:6:13:8:9:6:13 chr7 92733975 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0161129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.415;QD=11.4396;RBI=0.0161139;REFB=-0.000140101;REVB=-0.000179588;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.646728;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000233402;OID=.;OPOS=92733975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:6:8:3:6:6:8 chr7 92734051 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0121539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.726;QD=16.0425;RBI=0.0547485;REFB=-0.000796566;REVB=0.0533824;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252402;STB=0.632049;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00166385;OID=.;OPOS=92734051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:11:8:17:8:11:8:17:9 chr7 92734451 . A G 744.87 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.025191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4575;QD=53.205;RBI=0.0676786;REFB=-0.164349;REVB=-0.0628157;RO=2;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229835;STB=0.512191;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00602908;OID=.;OPOS=92734451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:2:2:54:54:0.964286:40:14:0:2:40:14:0:2 chr7 92734983 . A G 311.74 PASS AF=0.6;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0100644;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3121;QD=24.939;RBI=0.0302623;REFB=0.0195079;REVB=0.0285397;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242714;STB=0.519987;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0125269;OID=.;OPOS=92734983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:29:30:0.6:15:14:9:11:15:15:9:11 chr7 92760738 . T G 234.37 PASS AF=0.348837;AO=22;DP=89;FAO=30;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0133593;FXX=0.0337041;HRUN=8;LEN=1;MLLD=66.9526;QD=10.9008;RBI=0.125941;REFB=-0.000475042;REVB=-0.125231;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174917;STB=0.543653;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-4.49071e-05;OID=.;OPOS=92760738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:34:56:22:30:0.348837:10:12:24:10:13:17:28:28 chr7 92764489 . C T 343.07 PASS AF=0.430233;AO=38;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0071134;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.521;QD=15.9568;RBI=0.0224638;REFB=-0.000163378;REVB=-0.0213078;RO=49;SAF=19;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920334;STB=0.544743;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000162069;OID=.;OPOS=92764489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:49:38:37:0.430233:19:19:29:20:18:19:29:20 chr7 92764982 . C T 315.09 PASS AF=0.373832;AO=34;DP=100;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.00864886;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.874;QD=11.7789;RBI=0.0086557;REFB=-0.002514;REVB=-0.00034414;RO=64;SAF=8;SAR=26;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461496;STB=0.529363;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0040491;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:107:64:67:34:40:0.373832:26:8:17:47:29:11:21:46 chr7 92970847 . C T 1415.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.123;QD=62.9051;RBI=0.0092368;REFB=0;REVB=0.0044826;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7803e-06;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:46:44:0:0 chr7 92985252 . T C 271.71 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0028533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.826;QD=20.9004;RBI=0.0800454;REFB=0.000875096;REVB=0.0799946;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604092;STB=0.533513;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.000596747;OID=.;OPOS=92985252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:17:7:10:18:17:7 chr7 93070811 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0258813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.991;QD=22.9082;RBI=0.0416703;REFB=-0.0136616;REVB=-0.0326584;RO=16;SAF=3;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27893;STB=0.681615;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0165535;OID=.;OPOS=93070811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:18:3:6:10:18:3:7:10 chr7 93116299 . A G 186.12 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0108296;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.319;QD=16.1841;RBI=0.0113933;REFB=-0.00263368;REVB=-0.00353957;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458849;STB=0.504582;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00392958;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:25:27:19:19:0.413043:9:10:12:13:9:10:14:13 chr7 93515993 . T G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0131813;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.812;QD=4.01744;RBI=0.0132008;REFB=0.000865607;REVB=-0.000718126;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244586;STB=0.658106;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00462496;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:23:28:6:6:0.176471:2:4:19:4:2:4:23:5 chr7 93518486 . C T 145.64 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0361611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7385;QD=9.10231;RBI=0.0412314;REFB=-0.00297994;REVB=0.0198093;RO=43;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335543;STB=0.685244;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0147947;OID=.;OPOS=93518486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:9:11:11:32:9:11:12:32 chr7 94028427 . G A 328.74 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00122713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.692;QD=13.1497;RBI=0.0026758;REFB=-0.0124539;REVB=0.00237783;RO=62;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101177;STB=0.512272;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0163496;OID=.;OPOS=94028427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:63:37:37:0.37:23:14:24:38:23:14:25:38 chr7 94038934 . C T 2921.81 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3654;QD=63.1744;RBI=0.0237352;REFB=0;REVB=0.0104112;RO=0;SAF=78;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6168e-05;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:183:185:1:105:78:0:0:106:79:0:0 chr7 94039032 . C T 1947.92 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.539;QD=61.3517;RBI=0.0139558;REFB=0;REVB=0.00323803;RO=1;SAF=76;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621099;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68849e-05;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:127:1:0:124:127:1:48:76:1:0:48:79:0:0 chr7 94041937 . A C 172.55 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0344434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.009;QD=15.004;RBI=0.0345258;REFB=-0.012552;REVB=0.00238352;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623899;STB=0.535925;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0183103;OID=.;OPOS=94041937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:13:14:11:8:13:14 chr7 94043239 . C G 1171.57 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0177607;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.53;QD=57.1495;RBI=0.0204949;REFB=-0.166842;REVB=0.0102274;RO=2;SAF=31;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295601;STB=0.510471;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000351153;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:2:3:79:79:0.963415:48:31:2:0:48:31:2:1 chr7 94043274 . A G 321.13 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0115185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.198;QD=18.8898;RBI=0.0130879;REFB=-0.0144186;REVB=0.00621425;RO=34;SAF=8;SAR=26;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369691;STB=0.707188;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00768924;OID=.;OPOS=94043274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:26:8:21:13:26:8:21:13 chr7 94056349 . C T 480.69 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0110423;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.237;QD=19.8221;RBI=0.0313994;REFB=-0.0233535;REVB=-0.0293937;RO=50;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341584;STB=0.518979;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0316238;OID=.;OPOS=94056349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:50:47:47:0.484536:28:19:22:28:28:19:22:28 chr7 94173803 . T C 751.43 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.00392779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.907;QD=22.4308;RBI=0.00471803;REFB=-0.00544568;REVB=0.00261385;RO=62;SAF=36;SAR=36;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150164;STB=0.582067;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00472944;OID=.;OPOS=94173803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:62:62:72:72:0.537313:36:36:20:42:36:36:20:42 chr7 94174854 . T C 601.53 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.00985416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.626;QD=15.5235;RBI=0.0863189;REFB=-0.00391098;REVB=0.0857546;RO=87;SAF=36;SAR=31;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264245;STB=0.517665;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00984446;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:87:88:67:67:0.432258:31:36:49:38:31:36:50:38 chr7 94185888 . G A 383.64 PASS AF=0.454545;AO=38;DP=86;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0212355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.464;QD=17.438;RBI=0.0233695;REFB=-0.0165584;REVB=0.00975639;RO=48;SAF=14;SAR=24;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161548;OID=.;OPOS=94185888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:48:48:38:40:0.454545:24:14:18:30:25:15:18:30 chr7 94273994 . A G 372.39 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0251238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.363;QD=19.0967;RBI=0.0326944;REFB=-0.0316958;REVB=-0.0209217;RO=37;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225592;STB=0.629072;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0325062;OID=.;OPOS=94273994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:39:38:39:0.5:24:14:23:14:25:14:24:15 chr7 94294682 . C A 542.92 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0284683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5737;QD=22.6216;RBI=0.0329635;REFB=-0.0163077;REVB=0.0166179;RO=45;SAF=25;SAR=26;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111304;STB=0.500613;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0158015;OID=.;OPOS=94294682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:26:25:22:23:26:25:22:23 chr7 94295146 . T C 329.04 PASS AF=0.382353;AO=38;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.0103585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.64;QD=12.9037;RBI=0.0142232;REFB=-0.0185072;REVB=0.00974681;RO=63;SAF=28;SAR=10;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731208;STB=0.547145;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.030782;OID=.;OPOS=94295146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:38:39:0.382353:10:28:43:20:10:29:43:20 chr7 94296769 . T C 721.03 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.517;QD=56.551;RBI=0.0687252;REFB=0;REVB=0.0662602;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335896;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr7 94296793 . C T 137.88 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00716432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.093;QD=10.0274;RBI=0.0210232;REFB=0.0011144;REVB=-0.0197648;RO=36;SAF=14;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34559;STB=0.69976;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00313517;OID=.;OPOS=94296793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:18:18:0.327273:4:14:18:18:4:14:19:18 chr7 94297293 . GT G 341.27 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425159;FXX=0.017854;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.83376;QD=24.8193;RBI=0.0592388;REFB=-0.014113;REVB=-0.0412509;RO=4;SAF=28;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000780615;OID=.;OPOS=94297294;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:55:55:55:0:36:19:0:0:6:4:28:16:3:1 chr7 94298237 . TACAG T 402.09 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0153074;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.66;QD=20.8879;RBI=0.015648;REFB=-0.0189496;REVB=-0.00324734;RO=32;SAF=20;SAR=19;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188966;STB=0.621164;STBP=0.044;TYPE=del;VARB=0.0147353;OID=.;OPOS=94298238;OREF=ACAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.519481:39:75:40:77:37:21:19:10:27:99:32:20:19:9:23 chr7 94540416 . A G 253.07 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0059714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.433;QD=13.867;RBI=0.0185771;REFB=-0.00377678;REVB=0.0175912;RO=43;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285407;STB=0.660584;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00454198;OID=.;OPOS=94540416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:14:16:11:32:14:16:11:32 chr7 94898811 . G A 237.57 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.005;QD=50.0155;RBI=0.119296;REFB=0;REVB=0.119281;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360772;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 94903420 . G A 176.18 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00394671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.901;QD=20.7276;RBI=0.0059625;REFB=-0.0189133;REVB=0.00446933;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988308;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0129297;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:16:18:18:0.529412:8:10:6:8:8:10:7:9 chr7 94924538 . G T 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0104332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.36;QD=21.4068;RBI=0.0106732;REFB=-0.00660548;REVB=0.00225033;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124781;STB=0.568923;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00615249;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:16:16:9:17:16:16:9:17 chr7 94937446 . T C 371.65 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0244309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.698;QD=22.8705;RBI=0.0286654;REFB=-0.00108833;REVB=0.0149946;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379816;STB=0.502091;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.000637348;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:20:17:13:15:20:17:13:15 chr7 95001555 . C T 388.89 PASS AF=0.42268;AO=42;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0522891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.348;QD=16.0368;RBI=0.0527192;REFB=-0.0198736;REVB=-0.00672011;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724957;STB=0.527222;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0244028;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:42:41:0.42268:23:19:21:34:23:18:22:34 chr7 95024046 . A G 250.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0227307;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.371;QD=16.7274;RBI=0.0306672;REFB=-0.0248642;REVB=-0.0205862;RO=31;SAF=20;SAR=8;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393694;STB=0.727539;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0249989;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:32:28:28:0.466667:8:20:9:22:8:20:9:23 chr7 95213059 . G A 171.51 PASS AF=0.32;AO=10;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0223802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.011;QD=13.7207;RBI=0.0226851;REFB=-0.0170037;REVB=-0.00370684;RO=28;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44891;STB=0.574377;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0471719;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:31:10:16:0.32:2:8:12:16:8:8:12:19 chr7 95213953 . A C 327.2 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00493975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.588;QD=17.6866;RBI=0.0231863;REFB=-0.0168528;REVB=0.022654;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927382;STB=0.551695;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0265866;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:21:14:12:27:21:14:12:27 chr7 95216394 . T G 433.29 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00765341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6246;QD=36.8755;RBI=0.0423888;REFB=0.0248468;REVB=0.0416921;RO=13;SAF=9;SAR=25;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752154;STB=0.540933;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00900564;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:47:13:13:34:34:0.723404:25:9:5:8:25:9:5:8 chr7 95216421 . G A 109.45 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.11937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0648;QD=9.31483;RBI=0.119523;REFB=-0.0313255;REVB=-0.00603244;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188954;STB=0.638534;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0316337;OID=.;OPOS=95216421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:13:14:0.297872:8:5:8:25:8:6:8:25 chr7 95800820 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.899;QD=57.6798;RBI=0.0276423;REFB=0;REVB=-0.00682214;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65756e-05;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr7 97488569 . A T 1045.29 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.295;QD=58.8894;RBI=0.0145294;REFB=0;REVB=0.0143107;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98292e-05;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:68:71:1:41:27:0:0:42:29:0:0 chr7 97775778 . A T 445.82 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0247195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9038;QD=20.7357;RBI=0.0268618;REFB=-0.00550914;REVB=0.0105121;RO=42;SAF=25;SAR=19;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164257;STB=0.59082;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00580389;OID=.;OPOS=97775778;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:19:25:16:26:19:25:16:26 chr7 97821855 . T C 113.33 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0258343;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.9847;QD=9.6454;RBI=0.030867;REFB=-0.0051128;REVB=-0.0168927;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272023;STB=0.662504;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0149062;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:6:8:11:22:6:8:11:22 chr7 97823125 . G A 257.71 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.000929827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.245;QD=23.4277;RBI=0.00152869;REFB=-0.0227618;REVB=-0.00121339;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688524;STB=0.538429;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0358359;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:10:10:14:10:10:10 chr7 97823629 . A G 295.77 PASS AF=0.566038;AO=28;DP=51;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00182814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.032;QD=22.3222;RBI=0.0116324;REFB=-0.0247502;REVB=-0.0114878;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221253;STB=0.616841;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0174766;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:23:23:28:30:0.566038:13:15:6:17:14:16:6:17 chr7 97835276 . T C 607.91 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0240972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4765;QD=25.0683;RBI=0.0332978;REFB=0.00485959;REVB=0.0229798;RO=41;SAF=24;SAR=31;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172894;STB=0.503431;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00332971;OID=.;OPOS=97835276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:42:55:55:0.56701:31:24:17:24:31:24:18:24 chr7 97847040 . G A 162.34 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0861841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.701;QD=19.6774;RBI=0.086504;REFB=-0.00928208;REVB=0.00743167;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894416;STB=0.550504;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00788639;OID=.;OPOS=97847040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:5:11:10:7:5:11 chr7 97852399 . G A 771.42 PASS AF=0.490798;AO=78;DP=165;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00399862;FXX=0.0239507;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.554;QD=18.9305;RBI=0.0215214;REFB=-0.0272757;REVB=0.0211467;RO=77;SAF=30;SAR=48;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158873;STB=0.59111;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0228971;OID=.;OPOS=97852399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:77:83:78:80:0.490798:48:30:43:34:48:32:48:35 chr7 97854393 . G A 83.45 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0311488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.765;QD=9.81754;RBI=0.035126;REFB=-0.000499225;REVB=0.0162355;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192138;STB=0.511607;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00225761;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:15:8:4:7:15:8 chr7 97863145 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00989589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8722;QD=19.8481;RBI=0.066013;REFB=0.0181065;REVB=0.065267;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417939;STB=0.523777;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00676194;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:11:4:4:9:11:4:4:9 chr7 97873994 . G A 61.8 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.087875;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0935;QD=6.68057;RBI=0.0880119;REFB=-0.0166254;REVB=0.00490615;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446862;STB=0.512168;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0439988;OID=.;OPOS=97873994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:27:28:9:9:0.243243:4:5:16:11:4:5:16:12 chr7 97933601 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0364543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.946;QD=18.6367;RBI=0.044423;REFB=-0.00954337;REVB=-0.0253867;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587417;STB=0.539948;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.016949;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:16:16:16:0.5:4:12:9:4:4:12:11:5 chr7 98258736 . G A 314.76 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00379252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9188;QD=12.5906;RBI=0.0184726;REFB=-0.0144096;REVB=0.0180791;RO=64;SAF=22;SAR=14;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560841;STB=0.53224;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0385873;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:14:22:36:28:14:22:36:28 chr7 98460824 . C A 703.18 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.036065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2832;QD=58.598;RBI=0.0701422;REFB=-0.0828613;REVB=0.0601601;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447127;STB=0.523799;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0351425;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:26:20:2:0:26:20:2:0 chr7 98647218 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.013154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.504;QD=17.5418;RBI=0.0338484;REFB=0.000321864;REVB=-0.0311879;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.000450355;OID=.;OPOS=98647218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:8:8:7:8:8:8 chr7 98650051 . G C 115.52 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00272275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2116;QD=20.0912;RBI=0.0328338;REFB=-0.010779;REVB=-0.0327207;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.516753;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0111896;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:5:5:7:6:5:5 chr7 98800834 . A G 344.65 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0180382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.278;QD=21.8823;RBI=0.0618697;REFB=0.00117003;REVB=0.0591818;RO=28;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13345;STB=0.573853;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000518474;OID=.;OPOS=98800834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:23:12:14:14:23:12:14:14 chr7 98870997 . A G 164.09 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117884;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6308;QD=46.8841;RBI=0.0118833;REFB=0;REVB=-0.00149881;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480648;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr7 98877267 . C A 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.385;QD=59.1422;RBI=0.0309647;REFB=0;REVB=0.0307574;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.638e-05;OID=.;OPOS=98877267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr7 98946508 . C T 181.16 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00997755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.376;QD=16.4687;RBI=0.0445257;REFB=0.00362788;REVB=0.0433934;RO=25;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400273;STB=0.733662;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00714403;OID=.;OPOS=98946508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:16:3:12:13:16:3:12:13 chr7 99032458 . C G,T 1697.12 PASS AF=0.0608696,0.93913;AO=6,107;DP=113;FAO=7,108;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=3,49;FSAR=4,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954791,0.00659444;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.7859,162.113;QD=59.0303;RBI=0.0113446,0.00773925;REFB=0,0;REVB=-0.00612681,0.00405084;RO=0;SAF=2,48;SAR=4,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.05404,0.000391515;OID=.,.;OPOS=99032458,99032458;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:113:115:0:0:6,107:7,108:0.0608696,0.93913:4,59:2,48:0:0:4,59:3,49:0:0 chr7 99047978 . T C 375.26 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.173;QD=55.5944;RBI=0.0184957;REFB=0;REVB=0.00525677;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542188;OID=.;OPOS=99047978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr7 99081730 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.554;QD=59.1423;RBI=0.0152844;REFB=0;REVB=0.0119339;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68772e-05;OID=.;OPOS=99081730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr7 99101232 . TCTC T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0049663;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.035;QD=22.5856;RBI=0.00763413;REFB=-0.0257143;REVB=-0.0057979;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.819;TYPE=del;VARB=0.0131868;OID=.;OPOS=99101233;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:11:17:11:17:6:8:3:4:2:37:6:8:3:4:2 chr7 99130875 . G A 231.0 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00344791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.341;QD=46.1999;RBI=0.0610796;REFB=-0.123602;REVB=0.0609822;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00732007;OID=.;OPOS=99130875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr7 99145845 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3227;QD=57.3845;RBI=0.0388732;REFB=0;REVB=0.0182721;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95362e-05;OID=.;OPOS=99145845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr7 99217424 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0214322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.784;QD=18.7767;RBI=0.0257435;REFB=-0.0270965;REVB=0.0142614;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0263597;OID=.;OPOS=99217424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:13:13:14:12:13:13 chr7 99227172 . A G 431.74 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0673559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9152;QD=23.0263;RBI=0.0682037;REFB=-0.0300633;REVB=-0.0107204;RO=33;SAF=19;SAR=23;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122414;STB=0.567133;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0320743;OID=.;OPOS=99227172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:23:19:10:23:23:19:10:23 chr7 99306685 . C G 613.74 PASS AF=0.585106;AO=54;DP=93;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0468812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8262;QD=26.1167;RBI=0.051718;REFB=0.00584982;REVB=0.0218383;RO=39;SAF=30;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723679;STB=0.534871;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00370613;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:39:39:54:55:0.585106:24:30:18:21:25:30:18:21 chr7 99474427 . A G 231.52 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0120578;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.881;QD=14.2475;RBI=0.0122225;REFB=-0.0139415;REVB=0.00199983;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209509;STB=0.622808;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0216103;OID=.;OPOS=99474427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:38:27:27:0.415385:12:15:12:23:12:15:13:25 chr7 99500899 . T C 267.34 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0326461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8842;QD=18.4369;RBI=0.0334709;REFB=0.0068563;REVB=0.00738451;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031563;STB=0.517649;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0153026;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:16:13:12:17:16:13 chr7 99500911 . A G 237.95 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0195718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.036;QD=16.132;RBI=0.0253187;REFB=-0.0107918;REVB=0.0160619;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143575;STB=0.516783;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0115123;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:11:15:18:14:11:16:18:14 chr7 99662511 . GTAGT G 175.7 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00150509;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.963;QD=22.6707;RBI=0.0108475;REFB=-0.00155084;REVB=0.0107425;RO=11;SAF=2;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489836;STB=0.814401;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00062611;OID=.;OPOS=99662512;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:17:30:18:31:13:2:16:9:4:99:11:2:15:7:4 chr7 99696797 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0299937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.988;QD=20.5425;RBI=0.0307787;REFB=-0.00748466;REVB=-0.00690695;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559706;STB=0.53149;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00922112;OID=.;OPOS=99696797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:12:13:11:13:12:13 chr7 99711040 . G A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0208586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9116;QD=25.2873;RBI=0.0658492;REFB=-0.0209896;REVB=0.0624583;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168365;STB=0.594472;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0226804;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:5:4:11:5:5:4 chr7 99747130 . G A 247.66 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0149883;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.234;QD=15.9783;RBI=0.0180611;REFB=-0.00963468;REVB=0.0100775;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436236;STB=0.516118;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0160835;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:34:28:28:0.451613:14:14:18:15:14:14:18:16 chr7 99757612 . G A 259.13 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0278502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.701;QD=24.1053;RBI=0.0380965;REFB=-0.0326773;REVB=0.0259944;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113741;STB=0.521454;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0157296;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:9:15:11:7:9:15:11:8 chr7 99757698 . T C 426.97 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00374338;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3362;QD=21.6185;RBI=0.00950308;REFB=-0.0149318;REVB=-0.00873474;RO=37;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773631;STB=0.542699;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00981452;OID=.;OPOS=99757698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:22:20:21:16:22:20:21:16 chr7 99757840 . G A 297.02 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0244164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5936;QD=18.2783;RBI=0.0715226;REFB=-0.00134378;REVB=0.0672259;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405169;STB=0.522599;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0030311;OID=.;OPOS=99757840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:12:21:19:13:12:21 chr7 99758136 . T G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00754717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.491;QD=23.2358;RBI=0.0191269;REFB=0.00111271;REVB=0.0175749;RO=13;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41001;STB=0.73531;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000502563;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:16:2:6:7:16:2:6:7 chr7 99772297 . CA C,CC 721.39 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=9,42;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410636,0.0347799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.679,256.803;QD=56.5795;RBI=0.0499678,0.0455574;REFB=0,0;REVB=0.0284705,0.029425;RO=0;SAF=2,14;SAR=7,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00780064,0.00137082;OID=.,.;OPOS=99772298,99772298;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0196078,0.980392:9,42:51:1,50:51:0:0,16:1,34:0:0:4:0:2,14:7,28:0:0 chr7 99796146 . A C 253.01 PASS AF=0.373494;AO=27;DP=79;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0279585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.284;QD=12.193;RBI=0.0309223;REFB=-0.0069275;REVB=-0.0132101;RO=47;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680514;STB=0.557796;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0102401;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:47:52:27:31:0.373494:11:16:25:22:11:20:29:23 chr7 99799845 . T A 543.19 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00879857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.831;QD=22.6329;RBI=0.0111682;REFB=0.00207276;REVB=-0.00687858;RO=45;SAF=20;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588449;STB=0.536046;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00166803;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:50:51:0.53125:30:20:21:24:31:20:21:24 chr7 99816256 . C A 73.67 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0171315;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.055;QD=8.41929;RBI=0.0195316;REFB=0.00675062;REVB=-0.00938053;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937713;STB=0.558022;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0114701;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:13:12:4:6:13:12 chr7 99816272 . A G 72.93 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0281302;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.784;QD=8.3354;RBI=0.0341569;REFB=-0.00537253;REVB=-0.0193749;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162206;STB=0.613411;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0570819;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:35:24:25:10:10:0.285714:4:6:11:13:4:6:11:14 chr7 99816275 . G C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=11;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0255938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.806;QD=7.71671;RBI=0.0256481;REFB=-0.0143441;REVB=0.00166947;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202101;STB=0.586782;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0341174;OID=.;OPOS=99816275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:24:27:11:10:0.27027:4:7:11:13:4:6:13:14 chr7 99817859 . A G 87.81 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0376139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7559;QD=19.5139;RBI=0.0881642;REFB=-0.0256797;REVB=0.0797379;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418587;STB=0.768743;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0277205;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:18:4:7:4:10:0.555556:2:2:4:0:7:3:7:0 chr7 99818815 . A ACT 235.81 PASS AF=0.3125;AO=29;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00382435;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.603;QD=9.82526;RBI=0.00463967;REFB=-0.0127905;REVB=-0.00262695;RO=66;SAF=13;SAR=16;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433985;STB=0.53569;STBP=0.653;TYPE=ins;VARB=0.0265535;OID=.;OPOS=99818816;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:29:96:30:96:66:13:17:32:34:99:66:13:16:32:34 chr7 99821685 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0358699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.264;QD=13.2125;RBI=0.0358714;REFB=-0.0288446;REVB=-0.000325389;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192977;STB=0.613864;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0565593;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:12:10:4:10:12:10 chr7 99971313 . T C 268.1 PASS AF=0.407407;AO=29;DP=71;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0104302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.955;QD=13.2393;RBI=0.0240666;REFB=-0.0379963;REVB=0.0216889;RO=42;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142891;STB=0.574953;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0759421;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:81:42:48:29:33:0.407407:10:19:22:20:10:23:28:20 chr7 99971834 . A G 400.54 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.00195099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.974;QD=13.3514;RBI=0.00202151;REFB=-0.0170146;REVB=-0.000529282;RO=70;SAF=16;SAR=31;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522708;STB=0.51968;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0226919;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:73:47:47:0.391667:31:16:27:43:31:16:27:46 chr7 100065639 . A AC,C 77.36 PASS AF=0.228916,0;AO=16,6;DP=87;FAO=19,0;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=5,0;FSAR=14,0;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.00898312,-0.0198519;FXX=0.0235266;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=43.7267,169.902;QD=3.72821;RBI=0.0629314,0.0309815;REFB=-0.00252589,0.00186108;REVB=-0.062287,-0.0237856;RO=62;SAF=2,3;SAR=14,3;SRF=19;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.332344,0.225029;STB=0.546824,0.5;STBP=0.673,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.025078,0.0558752;OID=.,.;OPOS=100065640,100065639;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:87:83:62:64:16,6:19,0:0.228916,0:14,3:2,3:19:43:14,0:5,0:20:44 chr7 100278657 . A G 601.18 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6012;QD=60.1178;RBI=0.0169007;REFB=0;REVB=0.0138564;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435926;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr7 100281768 . T C 121.79 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.8516;QD=40.5959;RBI=0.0789513;REFB=0;REVB=0.0777336;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00535426;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr7 100285476 . C T 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.231;QD=57.1673;RBI=0.0515855;REFB=0;REVB=0.0214917;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434815;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr7 100348384 . T C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00504899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.458;QD=16.5619;RBI=0.00879169;REFB=-0.00392754;REVB=-0.00719733;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633789;STB=0.535688;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00341963;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:14:17:13:14:14:17 chr7 100361675 . G A 136.54 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0487817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1214;QD=18.2052;RBI=0.0598054;REFB=-0.00110223;REVB=0.0345981;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583331;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000483959;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:7:8:7:8:7:8 chr7 100371100 . C A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0230585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.811;QD=8.25372;RBI=0.048445;REFB=-0.00846533;REVB=-0.0426054;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104655;STB=0.565012;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0312209;OID=.;OPOS=100371100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:3:9:4:2:3:9 chr7 100371114 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.112446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.942;QD=8.25461;RBI=0.112824;REFB=0.00162153;REVB=0.00923028;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223205;STB=0.635977;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0019773;OID=.;OPOS=100371114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:2:10:4:2:2:10 chr7 100371358 . G A 234.41 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00321879;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.634;QD=24.0415;RBI=0.0258146;REFB=-0.0303204;REVB=0.0256132;RO=16;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327887;STB=0.695469;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.034396;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:17:22:22:0.564103:6:16:5:11:6:16:5:12 chr7 100371417 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00702915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.984;QD=17.247;RBI=0.00736223;REFB=-0.00257086;REVB=-0.00218941;RO=27;SAF=5;SAR=16;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458751;STB=0.761655;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00250158;OID=.;OPOS=100371417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:16:5:19:8:16:5:19:8 chr7 100371474 . G A 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0425129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1494;QD=23.3804;RBI=0.0430698;REFB=-0.00791422;REVB=-0.00690323;RO=14;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308105;STB=0.673347;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00815098;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:5:14:5:9:5:14:5:9 chr7 100371476 . T TG 135.87 PASS AF=0.5625;AO=14;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0105668;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=232.928;QD=16.9839;RBI=0.0119719;REFB=-0.0394863;REVB=-0.00562751;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322033;STB=0.70518;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.0333143;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:14:33:18:32:14:14:4:5:9:90:16:10:4:6:10 chr7 100373077 . C G 69.6 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.093117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7243;QD=16.3764;RBI=0.0955237;REFB=-0.0375628;REVB=0.0213071;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123876;STB=0.571284;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0155219;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:1:7:7:2:1:7 chr7 100373367 . G C 161.69 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0115355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.897;QD=20.2117;RBI=0.0134248;REFB=-0.0392864;REVB=-0.00686698;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152971;STB=0.564981;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0251847;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:15:16:17:0.53125:8:8:9:4:8:9:10:5 chr7 100377138 . A AGGGC 113.89 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0218386;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=4;MLLD=151.001;QD=11.1112;RBI=0.0288125;REFB=-0.0117778;REVB=-0.0187947;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695362;STB=0.510623;STBP=0.945;TYPE=ins;VARB=0.0230966;OID=.;OPOS=100377139;OREF=-;OALT=GGGC;OMAPALT=AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463:13:42:14:41:27:8:6:15:12:99:27:8:5:15:12 chr7 100383750 . T C 125.7 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0188197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.728;QD=18.623;RBI=0.0188646;REFB=-0.0249702;REVB=0.00130199;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281696;STB=0.659579;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0179024;OID=.;OPOS=100383750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:3:10:6:8:3:10 chr7 100385714 . G A 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0515796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.836;QD=10.6322;RBI=0.0524788;REFB=-0.0277705;REVB=-0.00967314;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132829;STB=0.599733;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0391643;OID=.;OPOS=100385714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:11:13:8:8:0.380952:2:6:7:4:2:6:8:5 chr7 100386900 . T C 560.7 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304548;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9916;QD=59.0214;RBI=0.0354348;REFB=0;REVB=0.0181143;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174984;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr7 100391644 . T C 1293.9 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.335;QD=61.6144;RBI=0.0189519;REFB=0;REVB=0.0187006;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083974;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:36:46:0:0:37:47:0:0 chr7 100410393 . G A 71.54 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.025448;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9293;QD=9.2315;RBI=0.05792;REFB=-0.0160378;REVB=-0.05203;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864553;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0153558;OID=.;OPOS=100410393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:30:31:19:21:9:10:0.322581:4:5:12:7:4:6:12:9 chr7 100411278 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3701;QD=56.7049;RBI=0.0615609;REFB=0;REVB=0.022608;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117751;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr7 100416139 . T C 542.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193841;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.484;QD=60.2509;RBI=0.0103514;REFB=0;REVB=0.0101683;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14047e-05;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr7 100416250 . A G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.29;QD=60.2032;RBI=0.0234599;REFB=0;REVB=-0.00421784;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41706e-05;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr7 100417364 . G A 105.6 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0591624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5316;QD=21.1199;RBI=0.0630787;REFB=-0.0255772;REVB=0.0218801;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0274499;OID=.;OPOS=100417364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:3:5:5:7:3:5 chr7 100424586 . CGC CC,CCA,CCC 715.88 PASS AF=0.0384615,0,0.961538;AO=7,2,37;DP=47;FAO=2,0,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15;FSAR=2,0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059698,0.0535874,0.0699128;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=184.407,168.675,188.198;QD=55.0677;RBI=0.0599,0.0538604,0.07007;REFB=0,0,0;REVB=0.00491532,0.00541603,0.00468984;RO=0;SAF=3,0,8;SAR=4,2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0104799,0,0.00323122;OID=.,.,.;OPOS=100424587,100424587,100424587;OREF=G,GC,G;OALT=-,CA,C;OMAPALT=CC,CCA,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0384615,0,0.961538:7,2,37:47:2,0,50:52:0:0,0,15:2,0,35:0:0:10:0:3,0,8:4,2,29:0:0 chr7 100458795 . T C 1358.29 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.165;QD=62.4501;RBI=0.01658;REFB=0;REVB=0.0150656;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78711e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr7 100466441 . G A 1989.54 PASS AF=0.963768;AO=131;DP=138;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0303198;FXX=0.00719373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.755;QD=57.6679;RBI=0.0446034;REFB=-0.109355;REVB=0.0327136;RO=4;SAF=45;SAR=86;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584545;STB=0.50249;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00100395;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:138:138:4:5:131:133:0.963768:86:45:1:3:88:45:2:3 chr7 100468284 . A G 1490.13 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569546;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8162;QD=59.6052;RBI=0.0730297;REFB=0;REVB=-0.0457112;RO=0;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00078769;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:99:100:1:64:35:0:0:64:36:0:0 chr7 100482026 . T C 489.66 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0470448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.101;QD=55.9606;RBI=0.0542277;REFB=0.0072221;REVB=-0.0269709;RO=1;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444566;STB=0.523795;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00382156;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:10:24:0:1:10:24:0:1 chr7 100486656 . T G 785.5 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6216;QD=64.1221;RBI=0.0337286;REFB=0;REVB=0.0190324;RO=0;SAF=4;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58014e-05;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:45:4:0:0:45:4:0:0 chr7 100494222 . G C,GC 1620.45 PASS AF=0,1;AO=6,105;DP=118;FAO=0,114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=0,70;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121584,-0.0204966;FXX=0.0256388;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.24784,23.8348;QD=56.858;RBI=0.126576,0.0630772;REFB=0,0;REVB=0.0351972,0.0596541;RO=5;SAF=6,64;SAR=0,41;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.795839,0.0367261;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000572175;OID=.,.;OPOS=100494222,100494223;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:9:118:114:5:0:6,105:0,114:0,1:0,41:6,64:1:4:0,44:0,70:0:0 chr7 100549583 . G A 62.96 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.03091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.821;QD=4.66356;RBI=0.0330651;REFB=-0.00530658;REVB=0.0117419;RO=44;SAF=7;SAR=3;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261602;STB=0.517356;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0234802;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:54:54:44:44:10:10:0.185185:3:7:30:14:3:7:30:14 chr7 100549592 . TT AA 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.000948591;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.449;QD=5.06469;RBI=0.0199036;REFB=-3.86326e-05;REVB=-0.019881;RO=46;SAF=8;SAR=4;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410941;STB=0.532415;STBP=0.856;TYPE=mnp;VARB=5.29004e-05;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:58:59:46:47:12:12:0.20339:4:8:32:14:4:8:33:14 chr7 100549650 . A G 408.9 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0178798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.32;QD=17.9737;RBI=0.0392493;REFB=-0.00264144;REVB=0.0349402;RO=49;SAF=27;SAR=15;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107457;STB=0.506001;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0022495;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:15:27:32:17:15:27:32:17 chr7 100549697 . A G 446.17 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0380439;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.516;QD=20.5134;RBI=0.0415252;REFB=-0.0273132;REVB=0.0166433;RO=43;SAF=28;SAR=16;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302547;STB=0.516771;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0315279;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:43:43:44:44:0.505747:16:28:26:17:16:28:26:17 chr7 100549703 . C T 375.09 PASS AF=0.5;AO=37;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0227337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.041;QD=19.2356;RBI=0.0233544;REFB=-0.0350025;REVB=0.00534862;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059929;STB=0.513304;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0444729;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:37:39:0.5:16:21:24:14:16:23:24:15 chr7 100549787 . CA TG 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00637402;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.232;QD=16.0653;RBI=0.0166638;REFB=-0.0164758;REVB=0.0153966;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193225;STB=0.610988;STBP=0.236;TYPE=mnp;VARB=0.0166191;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:14:10:11:7:14:10 chr7 100549873 . G A 52.56 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0189902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.169;QD=6.78216;RBI=0.0235305;REFB=-0.011066;REVB=-0.0138946;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171993;STB=0.639653;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0202546;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:31:21:23:8:8:0.258065:5:3:11:10:5:3:13:10 chr7 100549884 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=10;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0148627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.229;QD=8.08936;RBI=0.0294186;REFB=-0.00506605;REVB=0.0253881;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.53948;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00918023;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:10:9:0.290323:5:5:11:10:4:5:11:11 chr7 100549894 . T C 92.67 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00673448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.802;QD=11.5837;RBI=0.0108822;REFB=-0.0290432;REVB=0.00854801;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0329753;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:31:32:20:20:11:12:0.375:5:6:11:9:5:7:11:9 chr7 100549896 . G C 96.17 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0322629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.616;QD=12.0216;RBI=0.0324675;REFB=-0.0372664;REVB=-0.00363923;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035838;STB=0.521241;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0225208;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:11:9:5:7:11:9 chr7 100549902 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00270579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.844;QD=11.8143;RBI=0.0268623;REFB=-0.0168932;REVB=0.0267257;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138903;STB=0.588643;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0222867;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:12:13:0.361111:4:8:12:10:4:9:13:10 chr7 100549914 . G A 115.96 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0113501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.818;QD=11.8933;RBI=0.0154981;REFB=-0.0112604;REVB=-0.010553;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157691;STB=0.609591;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0251637;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:4:9:14:11:4:10:14:11 chr7 100549935 . T G 168.05 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000580724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.397;QD=16.0047;RBI=0.0285499;REFB=-0.0294605;REVB=0.028544;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24468;STB=0.66083;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0256898;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:24:24:16:18:0.428571:5:11:11:13:5:13:11:13 chr7 100549942 . T C 180.87 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0064092;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.688;QD=16.0769;RBI=0.00787737;REFB=-0.019215;REVB=-0.00457985;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351631;STB=0.691148;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0223319;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:18:19:0.422222:5:13:10:16:5:14:11:15 chr7 100549979 . C T 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0287146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.849;QD=15.6187;RBI=0.0612414;REFB=-0.00615912;REVB=0.0540923;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270856;STB=0.656075;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00940732;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:10:15:6:12:10:15 chr7 100550032 . C CCCT 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0123001;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=229.397;QD=9.83046;RBI=0.0158561;REFB=-0.0142654;REVB=0.0100062;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353014;STB=0.711527;STBP=0.081;TYPE=ins;VARB=0.0329843;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:12:38:12:38:26:8:4:9:17:93:26:8:4:9:17 chr7 100550079 . A G 156.47 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0314243;FXX=0.274931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9257;QD=21.582;RBI=0.0524413;REFB=-0.00299519;REVB=0.0419833;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224755;STB=0.512803;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00475967;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:5:9:10:5:5:9 chr7 100550122 . A G 41.82 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0390068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5763;QD=4.40215;RBI=0.04393;REFB=-0.00747536;REVB=0.0202069;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164411;STB=0.621882;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0427341;OID=.;OPOS=100550122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:3:4:13:17:3:4:13:18 chr7 100550133 . A G 212.78 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.000226763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.244;QD=20.2649;RBI=0.0361913;REFB=-0.0340159;REVB=0.0361906;RO=21;SAF=17;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548493;STB=0.809229;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.026541;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:4:17:4:17:4:17:4:17 chr7 100550138 . C T 172.81 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0369354;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.389;QD=16.8593;RBI=0.0395585;REFB=0.000328495;REVB=-0.0141652;RO=23;SAF=14;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529515;STB=0.801762;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000170144;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:4:14:5:18:4:14:5:18 chr7 100550184 . C A 56.45 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0278037;FXX=0.131544;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.567;QD=6.84212;RBI=0.0306297;REFB=0.00922152;REVB=0.0128504;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621614;STB=0.872758;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0298739;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:38:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:4:21:2:6:4:21 chr7 100550203 . T A 43.41 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00944166;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.173;QD=5.10651;RBI=0.0229971;REFB=-4.16732e-05;REVB=-0.0209695;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578388;STB=0.856422;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000178805;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:34:27:27:7:7:0.205882:2:5:5:22:2:5:5:22 chr7 100550205 . A C 43.05 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.00126063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3813;QD=5.38112;RBI=0.0604721;REFB=0.000126465;REVB=0.060459;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589845;STB=0.863952;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00505039;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:32:24:25:7:7:0.21875:2:5:4:20:2:5:4:21 chr7 100551565 . AT GC 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0230274;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.125;QD=2.77407;RBI=0.0273246;REFB=-0.00802373;REVB=0.0147097;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717278;STB=0.553017;STBP=0.803;TYPE=mnp;VARB=0.0369284;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:3:3:18:23:3:3:18:23 chr7 100551578 . T G 40.5 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0185882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8219;QD=3.37484;RBI=0.0270839;REFB=-0.0093446;REVB=0.0196982;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353392;STB=0.51216;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0238822;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:48:40:41:7:7:0.145833:4:3:16:24:4:3:17:24 chr7 100551692 . C T 31.23 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0306088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.856;QD=2.35709;RBI=0.0346828;REFB=-0.00627354;REVB=-0.0163096;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15949;STB=0.622957;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0243574;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:25:22:2:4:25:22 chr7 100551711 . T C 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00651176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.599;QD=15.1566;RBI=0.0450365;REFB=9.64001e-05;REVB=-0.0445633;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304754;STB=0.679313;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0006781;OID=.;OPOS=100551711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:16:9:21:10:16:9:22:10 chr7 100551719 . C T 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00865383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.22;QD=3.80252;RBI=0.0201199;REFB=0.000554018;REVB=0.0181638;RO=47;SAF=6;SAR=3;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169839;STB=0.617017;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00264734;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:3:6:25:22:3:6:25:22 chr7 100551729 . C T 66.42 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00662436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.894;QD=4.50289;RBI=0.0117282;REFB=-6.23855e-05;REVB=0.00967827;RO=46;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246786;STB=0.5031;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437617;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:46:48:11:11:0.186441:5:6:26:20:5:6:26:22 chr7 100551773 . C A 58.54 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00976431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.517;QD=4.87807;RBI=0.0456022;REFB=-0.00587452;REVB=-0.0445445;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142131;STB=0.593105;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0278481;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:4:5:26:13:4:5:26:13 chr7 100551778 . G A 69.14 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.102675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1082;QD=6.14613;RBI=0.105656;REFB=-0.0118176;REVB=-0.0249208;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17523;STB=0.64418;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0391543;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:45:31:35:10:10:0.222222:5:5:20:11:5:5:24:11 chr7 100551793 . G T 91.28 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0326551;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8118;QD=7.76849;RBI=0.0337346;REFB=-0.00292237;REVB=0.00846539;RO=37;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306374;STB=0.711553;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00699238;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:49:47:37:35:12:12:0.255319:7:5:25:12:7:5:25:10 chr7 100551842 . CT TC 120.59 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0375498;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=74.707;QD=7.90781;RBI=0.0384131;REFB=-0.00315795;REVB=-0.00809805;RO=43;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241445;STB=0.634137;STBP=0.199;TYPE=mnp;VARB=0.0013251;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:43:44:17:17:0.278689:9:8:29:14:9:8:29:15 chr7 100551849 . A T 130.07 PASS AF=0.287879;AO=18;DP=65;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00340137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.001;QD=7.88293;RBI=0.020842;REFB=-0.0153517;REVB=-0.0205626;RO=46;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168628;STB=0.586282;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0253715;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:46:47:18:19:0.287879:10:8:27:19:10:9:28:19 chr7 100552017 . C T 224.63 PASS AF=0.397059;AO=25;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.019698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.037;QD=13.2138;RBI=0.0233121;REFB=-0.0290984;REVB=-0.0124677;RO=41;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116144;STB=0.55828;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0287158;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:41:41:25:27:0.397059:9:16:22:19:10:17:22:19 chr7 100552018 . T G 178.02 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.000144631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.409;QD=10.6278;RBI=0.00336315;REFB=-0.00463043;REVB=0.00336003;RO=44;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104436;STB=0.560732;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0390531;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:11:12:27:17:11:12:27:17 chr7 100552020 . C T 177.45 PASS AF=0.343284;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00387817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.473;QD=10.5943;RBI=0.0382234;REFB=-0.0154536;REVB=-0.0380261;RO=43;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11859;STB=0.560732;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0248909;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:44:22:23:0.343284:11:11:26:17:11:12:27:17 chr7 100552044 . T G 143.35 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0326607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6419;QD=9.88603;RBI=0.0566937;REFB=-0.0211103;REVB=0.0463406;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163039;STB=0.595492;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0468106;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:9:10:26:13:9:10:26:13 chr7 100552094 . G C 109.18 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.044587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2659;QD=8.56321;RBI=0.0449117;REFB=0.00462928;REVB=0.00539077;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28844;STB=0.673683;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0171926;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:8:6:25:12:8:6:25:12 chr7 100552117 . G T 169.07 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0179571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.639;QD=13.0056;RBI=0.0185055;REFB=-0.0216858;REVB=0.00447184;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995673;STB=0.557322;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0300862;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:8:12:22:10:8:12:22:10 chr7 100552135 . T C 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0779635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1544;QD=16.7532;RBI=0.0844674;REFB=-0.0169551;REVB=-0.032503;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205148;STB=0.615042;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.015689;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:21:7:11:13:21:7 chr7 100552251 . T C 517.9 PASS AF=0.762712;AO=39;DP=62;FAO=45;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0350369;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.571;QD=35.1115;RBI=0.0379768;REFB=-0.0364754;REVB=0.0146511;RO=14;SAF=22;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363786;STB=0.501543;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0104471;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:62:59:14:14:39:45:0.762712:17:22:8:6:19:26:8:6 chr7 100552311 . C T 569.8 PASS AF=0.810345;AO=47;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0530785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.772;QD=39.2966;RBI=0.0530857;REFB=-0.0211679;REVB=0.000877191;RO=9;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172136;STB=0.577606;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00248411;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:58:58:9:11:47:47:0.810345:16:31:1:8:16:31:3:8 chr7 100552338 . C T 180.4 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0176169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.24;QD=16.0353;RBI=0.0180132;REFB=-0.0100723;REVB=0.00375772;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137654;STB=0.568003;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0183987;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:8:11:11:14:8:11:12:14 chr7 100552358 . C G 224.0 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0607223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8678;QD=19.4779;RBI=0.062274;REFB=-0.0140447;REVB=0.0138149;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175487;STB=0.615893;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0288541;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:24:24:20:22:0.478261:8:12:10:14:8:14:10:14 chr7 100552371 . C G 171.09 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00629266;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.431;QD=16.6921;RBI=0.0088104;REFB=-0.0191571;REVB=-0.00616649;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291139;STB=0.655563;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0185418;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:6:12:8:14:6:12:9:14 chr7 100552384 . A G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0347277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.441;QD=13.7535;RBI=0.0352487;REFB=-0.00930398;REVB=-0.00603788;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283311;STB=0.666433;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00791959;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:11:12:4:11:11:12 chr7 100552390 . T C 130.54 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00724524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0755;QD=13.7407;RBI=0.0214558;REFB=-0.0141336;REVB=-0.0201955;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283311;STB=0.666433;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0324414;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:11:12:4:11:11:12 chr7 100552412 . T C 134.16 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0186336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.646;QD=16.2619;RBI=0.033613;REFB=-0.0158577;REVB=0.0279754;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230948;STB=0.634721;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0314209;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:3:12:11:7:3:12:11:7 chr7 100552435 . TC AT 86.81 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00941582;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.576;QD=12.4014;RBI=0.0197733;REFB=-0.00152605;REVB=0.0173875;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270173;STB=0.562803;STBP=0.658;TYPE=mnp;VARB=0.0014279;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:10:11:0.392857:4:6:10:6:5:6:11:6 chr7 100552440 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00842859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.809;QD=13.5766;RBI=0.017065;REFB=-0.0146728;REVB=0.0148382;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151548;STB=0.588105;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0185402;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:13:6:6:7:13:6 chr7 100552452 . T C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00159777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.13;QD=7.71667;RBI=0.0404713;REFB=0.000836723;REVB=-0.0404397;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928416;STB=0.558162;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00172285;OID=.;OPOS=100552452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:3:7:17:10:3:7:17:10 chr7 100552535 . GT AC 223.84 PASS AF=0.390625;AO=23;DP=62;FAO=25;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00132299;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=92.6628;QD=13.9902;RBI=0.00611776;REFB=0.0114707;REVB=0.005973;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270229;STB=0.528902;STBP=0.742;TYPE=mnp;VARB=-0.00310395;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:35:37:23:25:0.390625:8:15:22:13:9:16:22:15 chr7 100552549 . CT AC,CC 233.33 PASS AF=0.413793,0.0517241;AO=24,3;DP=59;FAO=24,3;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14,2;FSAR=10,1;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0129583,-0.0479998;FXX=0.0169463;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=120.745,129.227;QD=16.0914;RBI=0.0131288,0.0480133;REFB=-0.0063605,-0.0121359;REVB=-0.00210888,-0.00114149;RO=30;SAF=14,2;SAR=10,1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0508818,0.0375597;STB=0.536248,0.521593;STBP=0.681,0.948;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0170522,0.0216386;OID=.,.;OPOS=100552549,100552550;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:31:24,3:24,3:0.413793,0.0517241:10,1:14,2:19:11:10,1:14,2:20:11 chr7 100552644 . C A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.89;QD=14.6569;RBI=0.0181168;REFB=-0.00361717;REVB=-0.0181168;RO=17;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00614162;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:13:0:0:17:13:0:0:17 chr7 100552657 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.0124907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5821;QD=14.7014;RBI=0.0148166;REFB=-0.000200466;REVB=0.00796954;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367145;STB=0.702487;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000410572;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:11:1:0:15:11:1:0:15 chr7 100552659 . T C 67.74 PASS AF=0.375;AO=10;DP=26;FAO=9;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.0870749;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.719;QD=11.2905;RBI=0.116268;REFB=-0.0064101;REVB=-0.0770465;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340897;STB=0.741629;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0189484;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:24:11:15:10:9:0.375:9:1:0:11:8:1:0:15 chr7 100552675 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0306607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.698;QD=13.5046;RBI=0.0364324;REFB=-0.00536964;REVB=0.0196783;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235861;STB=0.633969;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0067108;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:10:2:1:16:10:2:1:16 chr7 100552711 . T A 52.33 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0718327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.364;QD=6.54072;RBI=0.0742772;REFB=-0.0250321;REVB=-0.0188985;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620461;STB=0.539896;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0341134;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:7:17:6:2:7:17 chr7 100552713 . A G 52.49 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00687257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8321;QD=6.77313;RBI=0.00687512;REFB=8.26263e-05;REVB=-0.000187515;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079382;STB=0.550887;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.000293709;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:7:16:6:2:7:16 chr7 100552727 . G C 34.65 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0154012;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.972;QD=3.96023;RBI=0.0310376;REFB=-0.000293831;REVB=-0.0269469;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293231;STB=0.722046;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00101095;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:36:35:30:29:6:6:0.171429:5:1:11:19:5:1:11:18 chr7 100552738 . CA TG 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000246731;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.886;QD=3.54006;RBI=0.00517996;REFB=-0.00208599;REVB=-0.00517408;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218433;STB=0.642375;STBP=0.48;TYPE=mnp;VARB=0.0100755;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:4:2:16:15:4:2:16:16 chr7 100552915 . A C 1492.42 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000368383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.86;QD=58.5262;RBI=0.00560025;REFB=0.0134548;REVB=-0.00558812;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-4.81293e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:0:1:101:101:0.990196:51:50:0:0:51:50:1:0 chr7 100552978 . T C 297.49 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.000623388;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.695;QD=14.8747;RBI=0.0124116;REFB=-0.00952863;REVB=0.0123959;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235838;STB=0.594002;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0193828;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:39:47:33:33:0.4125:20:13:25:14:20:13:26:21 chr7 100552984 . T C 294.36 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.016849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4299;QD=15.0955;RBI=0.0175448;REFB=0.00751833;REVB=0.00489198;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176376;STB=0.599938;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0099054;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:21:12:24:21:21:12:24:21 chr7 100553002 . A G 246.37 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.010637;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.188;QD=15.8949;RBI=0.0326265;REFB=-0.0343994;REVB=-0.0308439;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155013;STB=0.587806;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0435779;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:19:9:16:18:19:9:16:18 chr7 100607851 . C G 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00522172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.281;QD=19.9063;RBI=0.0186965;REFB=-0.00900572;REVB=0.0179525;RO=27;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115253;STB=0.563939;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0107764;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:16:14:9:18:16:14:9:18 chr7 100607871 . C T 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00817241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.316;QD=4.65894;RBI=0.0185252;REFB=-0.00760563;REVB=0.0166251;RO=35;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365231;STB=0.737183;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0212891;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:3:5:11:24:3:5:11:24 chr7 100608370 . A C 206.89 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.041302;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.282;QD=16.8893;RBI=0.0424371;REFB=-0.0109542;REVB=-0.00974941;RO=28;SAF=1;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587862;STB=0.852246;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00893482;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:20:1:10:18:20:1:10:18 chr7 100608375 . G A 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00266867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.849;QD=17.5866;RBI=0.00267106;REFB=0.00188011;REVB=-0.000113101;RO=26;SAF=2;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383718;STB=0.73798;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00407424;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:28:22:22:0.44:20:2:8:18:20:2:9:19 chr7 100608778 . TC CT 80.48 PASS AF=0.25;AO=25;DP=55;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0565703;FXX=0.345392;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.904;QD=8.94223;RBI=0.0572541;REFB=-0.0193025;REVB=-0.00882235;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133335;STB=0.713877;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.0673984;OID=.;OPOS=100608778;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:55:36:26:27:25:9:0.25:16:9:6:20:4:5:7:20 chr7 100608823 . G T 78.1 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0182522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.608;QD=6.2482;RBI=0.0187199;REFB=0.00203848;REVB=0.00415831;RO=38;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133712;STB=0.578573;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00672633;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:38:39:11:11:0.22:8:3:14:24:8:3:14:25 chr7 100608826 . C G 237.83 PASS AF=0.510204;AO=22;DP=46;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0415287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.106;QD=19.4147;RBI=0.0506513;REFB=-0.0489599;REVB=0.0289986;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143734;STB=0.596537;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0619587;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:24:22:25:0.510204:13:9:6:17:14:11:6:18 chr7 100608868 . A G 225.16 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0111871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.259;QD=20.0143;RBI=0.0123122;REFB=-0.0292758;REVB=0.00514193;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767254;STB=0.556453;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0308153;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:13:8:7:16:13:9:7:16 chr7 100608884 . G A 198.78 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0857477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6206;QD=19.8777;RBI=0.0882981;REFB=-0.0419795;REVB=0.0210686;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944556;STB=0.55314;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0465786;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:6:14:12:8:6:14 chr7 100610069 . C T 61.83 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.000560475;FXX=0.115362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.55;QD=5.37616;RBI=0.0314306;REFB=-0.002548;REVB=-0.0314257;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167843;STB=0.618791;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00778632;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:52:46:36:37:9:9:0.195652:4:5:15:21:4:5:15:22 chr7 100612898 . T C 112.43 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0203265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.049;QD=9.17768;RBI=0.0204569;REFB=-0.00525738;REVB=-0.00230591;RO=31;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340548;STB=0.722228;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0273632;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:35:14:14:0.285714:4:10:13:18:4:10:14:21 chr7 100612945 . C T 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0289993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.807;QD=4.99966;RBI=0.0289993;REFB=-0.00418065;REVB=2.0242e-05;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841328;STB=0.544924;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0258614;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:37:38:9:9:0.191489:4:5:18:19:4:5:19:19 chr7 100612952 . G A 49.7 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0292441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.552;QD=4.4176;RBI=0.0293437;REFB=0.000222446;REVB=0.00241635;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337077;STB=0.511083;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.000154439;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:36:37:8:8:0.177778:4:4:17:19:4:4:18:19 chr7 100615377 . AC A 42.17 PASS AF=0.258065;AO=15;DP=61;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.191799;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1237;QD=2.72035;RBI=0.274946;REFB=0.00846164;REVB=0.196997;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251609;STB=0.639827;STBP=0.217;TYPE=del;VARB=0.000519563;OID=.;OPOS=100615378;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:15:61:16:62:46:10:6:20:26:42:39:9:6:15:24 chr7 100615387 . C T 103.81 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00827584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5864;QD=6.29149;RBI=0.0243398;REFB=-0.00829829;REVB=-0.0228897;RO=50;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270878;STB=0.666465;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0384021;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:6:10:20:30:6:10:20:30 chr7 100615445 . A G 45.1 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0103975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3718;QD=2.65296;RBI=0.0113976;REFB=0.00281772;REVB=0.00466871;RO=59;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134292;STB=0.594396;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0198301;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:59:59:9:9:0.132353:5:4:20:39:5:4:20:39 chr7 100615449 . C G 32.34 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0509455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8357;QD=1.96023;RBI=0.0510349;REFB=-0.00645495;REVB=-0.00302029;RO=57;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041365;STB=0.555391;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0445799;OID=.;OPOS=100615449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:57:59:7:7:0.106061:5:2:18:39:5:2:20:39 chr7 100624718 . G C 889.8 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3788;QD=54.757;RBI=0.148832;REFB=-0.0904266;REVB=0.148097;RO=3;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605831;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:65:3:0:61:65:1:24:37:0:3:28:37:0:0 chr7 100634476 . C G 357.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0759;QD=54.9977;RBI=0.185728;REFB=0;REVB=0.0303672;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527457;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr7 100634640 . T G 672.98 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0462341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.71;QD=52.7824;RBI=0.0540577;REFB=-0.0442076;REVB=0.0280115;RO=2;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348301;STB=0.518511;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000307683;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:2:2:49:49:0.960784:23:26:2:0:23:26:2:0 chr7 100634964 . C A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00292811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.272;QD=14.1699;RBI=0.0289727;REFB=-0.00696172;REVB=0.0288243;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.57128;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00862969;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:5:7:7:3:5:7 chr7 100635205 . C T 132.84 PASS AF=0.224719;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0115423;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0331;QD=5.97037;RBI=0.0125273;REFB=-0.0121807;REVB=-0.00486894;RO=68;SAF=12;SAR=8;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23149;STB=0.637034;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0596075;OID=.;OPOS=100635205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:68:69:20:20:0.224719:8:12:28:40:8:12:29:40 chr7 100635375 . A C 323.83 PASS AF=0.75;AO=25;DP=34;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0817354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.783;QD=35.9806;RBI=0.0818655;REFB=-0.0271054;REVB=-0.00461325;RO=9;SAF=3;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200815;STB=0.556917;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00881127;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:36:9:9:25:27:0.75:22:3:3:6:22:5:3:6 chr7 100635591 . C A 567.39 PASS AF=0.710145;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0218951;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.777;QD=32.8921;RBI=0.0231271;REFB=-0.0407431;REVB=0.00744746;RO=18;SAF=4;SAR=45;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382843;STB=0.70302;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0149106;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:18:20:49:49:0.710145:45:4:8:10:45:4:8:12 chr7 100635661 . T C 1153.43 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.354;QD=60.7066;RBI=0.0232259;REFB=0;REVB=0.0223214;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56763e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr7 100635679 . C G 831.26 PASS AF=0.783133;AO=65;DP=83;FAO=65;FDP=83;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0221751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.313;QD=40.0606;RBI=0.0603591;REFB=-0.0517321;REVB=0.0561381;RO=18;SAF=26;SAR=39;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283207;STB=0.515147;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0123258;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:18:18:65:65:0.783133:39:26:6:12:39:26:6:12 chr7 100637338 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.257;QD=43.4851;RBI=0.077772;REFB=0;REVB=-0.072055;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541001;OID=.;OPOS=100637338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 100637465 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1012;QD=33.4273;RBI=0.178824;REFB=0;REVB=-0.0656466;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00963496;OID=.;OPOS=100637465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 100638828 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00228719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0222;QD=15.6998;RBI=0.0263584;REFB=0.00126062;REVB=-0.026259;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14909;STB=0.585548;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00123054;OID=.;OPOS=100638828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:6:13:8:7:6:13 chr7 100638856 . A G 561.07 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081469;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3534;QD=60.656;RBI=0.00818308;REFB=0;REVB=-0.000768657;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000635589;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr7 100639012 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4606;QD=51.9139;RBI=0.183732;REFB=0;REVB=0.0531846;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527415;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr7 100639040 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.114927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.84;QD=30.5927;RBI=0.118474;REFB=0.0129777;REVB=0.0287741;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.517207;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000656922;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:6:4:1:0:6:4:1:1 chr7 100639049 . G C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000979602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.453;QD=39.1979;RBI=0.00322225;REFB=0;REVB=-0.00306974;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01161e-05;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr7 100639066 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.179233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.851;QD=35.5747;RBI=0.181048;REFB=0;REVB=-0.0255696;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00398873;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr7 100643477 . A C 58.07 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=-0.0173598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.215;QD=2.13109;RBI=0.0234075;REFB=-0.00466612;REVB=-0.0157018;RO=94;SAF=5;SAR=8;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011571;STB=0.500744;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0332102;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:109:109:94:96:13:13:0.119266:8:5:37:57:8:5:37:59 chr7 100643832 . C G 49.24 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0816113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1843;QD=2.66173;RBI=0.0979631;REFB=-0.0121303;REVB=0.0541882;RO=64;SAF=1;SAR=9;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399785;STB=0.801583;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.071564;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:64:64:10:10:0.135135:9:1:22:42:9:1:22:42 chr7 100647819 . C T 68.86 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.000362586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.075;QD=15.3024;RBI=0.0146927;REFB=-0.0442707;REVB=0.0146882;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0408013;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:6:3:4:4:6:3:5:4 chr7 100647875 . C A 103.53 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00777445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.651;QD=18.8236;RBI=0.00933213;REFB=-0.0322168;REVB=0.00516203;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.590762;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0216949;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:6:6:3:6:6:6:3:7 chr7 100647920 . A C 229.0 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00480525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6798;QD=29.5489;RBI=0.0801295;REFB=-0.0191499;REVB=0.0799853;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221051;STB=0.512184;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0121215;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:14:7:3:7:14:7:3:7 chr7 100648029 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.33;QD=53.2762;RBI=0.0447665;REFB=0;REVB=-0.0172083;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777529;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr7 100648117 . C G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0219785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4916;QD=11.9195;RBI=0.0224383;REFB=0.0416172;REVB=0.00451931;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0596902;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:6:3:3:4:6:3 chr7 100675976 . G A 100.4 PASS AF=0.413793;AO=13;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0355845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.109;QD=13.8485;RBI=0.0402127;REFB=-0.0259978;REVB=-0.0187299;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835315;STB=0.586067;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0346092;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:17:13:12:0.413793:6:7:10:6:6:6:11:6 chr7 100678086 . T C 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6888;QD=63.8619;RBI=0.0609798;REFB=0;REVB=-0.0582896;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000955758;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr7 100678416 . C T 72.63 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0153243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.296;QD=12.632;RBI=0.015605;REFB=-0.00861667;REVB=0.00294676;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.509073;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00890957;OID=.;OPOS=100678416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:22:23:13:13:9:10:0.434783:5:4:5:8:6:4:5:8 chr7 100679902 . A G 85.82 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0544151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7486;QD=12.2604;RBI=0.0613247;REFB=-0.0189244;REVB=-0.0282793;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766352;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0538755;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:9:8:6:5:9:8 chr7 100681359 . C G 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0485747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8738;QD=12.8579;RBI=0.0600937;REFB=0.0196103;REVB=0.0353801;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0170319;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr7 100681762 . A G 208.82 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0281656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.315;QD=25.3119;RBI=0.0284348;REFB=-0.00408944;REVB=0.00390344;RO=13;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177849;STB=0.599891;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0031234;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:16:4:5:8:16:4:5:8 chr7 100692680 . T G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0164169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.621;QD=17.7106;RBI=0.0173771;REFB=-0.00406252;REVB=0.00569639;RO=36;SAF=10;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197442;STB=0.610936;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00394303;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:23:10:18:18:23:10:18:18 chr7 100701610 . T A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0188529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.3;QD=14.6539;RBI=0.019554;REFB=-0.0169893;REVB=0.00518927;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00925979;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:4:4:6:2:4:4 chr7 100731505 . C G 50.02 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9232;QD=33.3455;RBI=0.0436233;REFB=0;REVB=0.0379786;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251613;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 100731829 . T C 2119.46 PASS AF=1;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177994;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.779;QD=63.2675;RBI=0.058547;REFB=0;REVB=0.0557757;RO=0;SAF=57;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152713;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:134:0:0:133:134:1:76:57:0:0:77:57:0:0 chr7 100732321 . C T 223.5 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00803928;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.557;QD=18.6246;RBI=0.00879785;REFB=0.00316209;REVB=0.00357383;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030387;STB=0.517226;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00474321;OID=.;OPOS=100732321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:11:15:12:10:11:15 chr7 100733100 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7554;QD=37.4827;RBI=0.0811093;REFB=0;REVB=0.0591069;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310743;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr7 100797864 . CG C 66.68 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.164255;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.966;QD=12.7008;RBI=0.1673;REFB=-0.0505866;REVB=0.0317743;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188266;STB=0.533274;STBP=0.811;TYPE=del;VARB=0.0769966;OID=.;OPOS=100797865;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:11:21:11:21:10:7:4:7:3:61:9:6:5:7:2 chr7 100804240 . T TACCTCC 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0048518;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=310.667;QD=14.1699;RBI=0.00494671;REFB=-0.0140436;REVB=0.000964362;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.639755;STBP=0.292;TYPE=ins;VARB=0.0204289;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:10:24:10:22:12:4:6:2:10:77:14:4:6:4:10 chr7 100817901 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00587075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.44;QD=14.8342;RBI=0.0206081;REFB=-0.00424663;REVB=-0.0197542;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00580215;OID=.;OPOS=100817901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:16:14:10:12:16:14 chr7 100845051 . C T 357.11 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0719879;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4923;QD=16.805;RBI=0.0720991;REFB=-0.0431371;REVB=0.00400346;RO=43;SAF=22;SAR=16;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251555;STB=0.534;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0600907;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:47:38:38:0.447059:16:22:26:17:16:22:30:17 chr7 100849672 . GGGA G 66.09 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.021448;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=220.141;QD=12.0167;RBI=0.0221601;REFB=-0.011782;REVB=-0.00557258;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157762;STB=0.695219;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.0146353;OID=.;OPOS=100849673;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:9:21:10:22:12:2:8:6:6:66:8:2:7:3:5 chr7 101006376 . C T 159.81 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0983383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.648;QD=26.6353;RBI=0.113302;REFB=-0.0373326;REVB=0.0562764;RO=7;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302291;STB=0.687265;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00530416;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:7:8:16:16:0.666667:11:5:6:1:11:5:7:1 chr7 101006382 . C T 140.64 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.133761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0792;QD=24.4583;RBI=0.191065;REFB=-0.0427235;REVB=0.136433;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44784;STB=0.715683;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0402845;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:8:8:14:15:0.652174:11:3:7:1:11:4:7:1 chr7 101200669 . A AG 734.15 PASS AF=1;AO=72;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580383;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.3168;QD=36.7074;RBI=0.103485;REFB=-0.00266224;REVB=-0.0856784;RO=8;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00302903;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:82:80:80:0:35:45:0:0:13:8:35:37:1:7 chr7 101200727 . G A 377.14 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00967611;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.227;QD=18.3969;RBI=0.0128864;REFB=-0.0127261;REVB=0.00851073;RO=40;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571261;STB=0.524987;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0132348;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:43:39:39:0.47561:20:19:22:18:20:19:23:20 chr7 101259504 . C T 157.16 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.019701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.453;QD=16.543;RBI=0.0239897;REFB=0.00145498;REVB=-0.0136885;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149081;STB=0.562426;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00224123;OID=.;OPOS=101259504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:6:10:10:11:7:10:10:11 chr7 101892833 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1606;QD=59.4349;RBI=0.0413882;REFB=0;REVB=0.00160307;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582639;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr7 101916647 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.897;QD=56.7066;RBI=0.0152016;REFB=0;REVB=-0.00346261;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92261e-05;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr7 101917521 . G A 344.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606776;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.228;QD=55.1405;RBI=0.0910549;REFB=0;REVB=0.0678913;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137835;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr7 101928495 . G C 652.08 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.945;QD=62.1031;RBI=0.0975107;REFB=0;REVB=0.00846916;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234196;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:20:22:0:0 chr7 101943825 . G A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8228;QD=28.5342;RBI=0.0362299;REFB=0.0863146;REVB=-0.00245023;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0185689;OID=.;OPOS=101943825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:0:1:7:7:0.875:4:3:0:0:4:3:1:0 chr7 102063527 . G C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3024;QD=51.1796;RBI=0.0328317;REFB=0;REVB=0.0252843;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90495e-05;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr7 102066539 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.205;QD=40.7586;RBI=0.0526255;REFB=0;REVB=0.0399958;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881106;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr7 102087202 . T C 151.26 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0784902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.7;QD=13.1531;RBI=0.0811974;REFB=-0.00415684;REVB=-0.020792;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206386;STB=0.60901;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.011935;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:7:10:11:17:7:10:12:17 chr7 102108152 . C T 395.6 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.115761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0122;QD=20.2871;RBI=0.115764;REFB=-0.0173081;REVB=0.000863125;RO=36;SAF=17;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031815;STB=0.501967;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0352007;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:38:40:40:0.512821:23:17:14:22:23:17:16:22 chr7 102111980 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0158776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.521;QD=11.882;RBI=0.0195102;REFB=-0.0133132;REVB=-0.0113379;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255794;STB=0.622499;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0322281;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:10:5:4:23:10:5:5:23 chr7 102114087 . C T 120.56 PASS AF=0.388889;AO=11;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0324506;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.197;QD=13.3953;RBI=0.194693;REFB=0.0102101;REVB=-0.19197;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256069;STB=0.640815;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0237557;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:22:11:14:0.388889:7:4:11:7:10:4:11:11 chr7 102119322 . T C 95.59 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.044455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9029;QD=11.587;RBI=0.0492497;REFB=-0.0235352;REVB=-0.0211962;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356085;STB=0.688192;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0420895;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:19:21:12:12:0.363636:3:9:8:11:3:9:10:11 chr7 102210320 . G C 42.97 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0061097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.693;QD=5.37134;RBI=0.00904374;REFB=-0.00913086;REVB=-0.00666789;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108265;STB=0.571225;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0469848;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:25:25:7:7:0.21875:4:3:13:12:4:3:13:12 chr7 102235768 . A AC 91.54 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220584;FXX=0.368227;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.1244;QD=30.5141;RBI=0.00444132;REFB=0;REVB=-0.00385482;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000621056;OID=.;OPOS=102235769;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:19:12:12:0:12:0:0:0:3:17:2:0:10:7 chr7 102235769 . T A,C 234.67 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022758,-0.000927986;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.809,51.3965;QD=49.4035;RBI=0.0269433,0.047751;REFB=0,0;REVB=-0.0144227,0.047742;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0753372,0.014996;OID=.,.;OPOS=102235769,102235769;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:19:0:0:2,17:2,17:0.105263,0.894737:0,7:2,10:0:0:0,7:2,10:0:0 chr7 102389833 . G C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=3;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.667;QD=26.0272;RBI=0.0266242;REFB=0.0912739;REVB=0;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00294625;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:3:6:0.857143:0:3:0:0:0:6:1:0 chr7 102462549 . G A 445.79 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00792664;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.349;QD=16.5109;RBI=0.0119258;REFB=-0.00164731;REVB=0.00891029;RO=59;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450025;STB=0.525104;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00178711;OID=.;OPOS=102462549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:59:59:49:49:0.453704:26:23:25:34:26:23:25:34 chr7 102462636 . T C 327.69 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00689276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.635;QD=15.2412;RBI=0.018674;REFB=-0.0177322;REVB=-0.0173553;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104133;STB=0.511621;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0260372;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:18:18:25:24:18:18:26:24 chr7 102497902 . T C 144.15 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00461562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3025;QD=24.0241;RBI=0.0451215;REFB=-0.0122261;REVB=0.0448848;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144113;STB=0.580055;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0207924;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:4:11:8:1:4:11:8:1 chr7 102574715 . A G 227.22 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.042602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.7313;QD=24.5643;RBI=0.0558453;REFB=-0.0036651;REVB=-0.0361078;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221963;STB=0.650039;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00204515;OID=.;OPOS=102574715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:9:13:16:19:0.513514:7:9:8:1:8:11:12:1 chr7 102574970 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0418231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.229;QD=21.9437;RBI=0.0424661;REFB=0.00346139;REVB=0.00736178;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815107;STB=0.545815;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0106792;OID=.;OPOS=102574970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:4:8:9:7:4:8 chr7 102574999 . TGAA T 212.0 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00464075;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.229;QD=18.4349;RBI=0.0165657;REFB=0.00356275;REVB=0.0159024;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593965;STB=0.51213;STBP=0.905;TYPE=del;VARB=-0.00380911;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:21:47:21:46:25:8:13:9:16:99:24:8:13:9:15 chr7 102665620 . C G 198.34 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00528618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.775;QD=13.2227;RBI=0.0342881;REFB=-0.000332113;REVB=-0.0338781;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472222;STB=0.527005;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000351589;OID=.;OPOS=102665620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:9:15:24:12:9:15:24:12 chr7 102668001 . A C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.538;QD=55.4104;RBI=0.0172402;REFB=0.126653;REVB=-0.00573971;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000550536;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:35:22:1:0:35:22:1:0 chr7 102696108 . A G 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00304602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.091;QD=6.20608;RBI=0.0400966;REFB=0.0032151;REVB=0.0399807;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666862;STB=0.542762;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0142544;OID=.;OPOS=102696108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:5:4:15:15:5:4:15:15 chr7 102740683 . G A 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00598957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.909;QD=51.2386;RBI=0.0171278;REFB=-0.0254045;REVB=-0.0160464;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389373;STB=0.502091;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00232191;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:14:16:1:1:14:16:1:1 chr7 102742144 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.702;QD=59.4329;RBI=0.0248456;REFB=0;REVB=-0.0142963;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203429;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr7 102743893 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1761;QD=54.5171;RBI=0.0609241;REFB=0;REVB=-0.0194656;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466262;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr7 102948040 . T C 302.97 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0123466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.778;QD=25.7843;RBI=0.0127784;REFB=-0.0231377;REVB=0.00329387;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429416;STB=0.523792;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0148392;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:15:12:10:10:15:12:10:10 chr7 103007949 . A C 1009.01 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.077;QD=59.3535;RBI=0.0268393;REFB=0;REVB=0.000206764;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84859e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:34:31:0:0:37:31:0:0 chr7 103124207 . T C 549.58 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=111;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00973757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1837;QD=19.6277;RBI=0.0158941;REFB=-0.0228788;REVB=0.0125619;RO=54;SAF=28;SAR=28;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494297;STB=0.518024;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0223115;OID=.;OPOS=103124207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:54:55:56:57:0.508929:28:28:24:30:29:28:25:30 chr7 103124785 . T C 117.4 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0065621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5559;QD=11.4538;RBI=0.0205004;REFB=-0.0159175;REVB=-0.0194218;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770945;STB=0.539513;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0547296;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:27:14:14:0.341463:6:8:16:9:6:8:17:10 chr7 103155705 . A G 43.79 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0321803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.539;QD=6.25599;RBI=0.0444144;REFB=-0.00845395;REVB=-0.0306116;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139361;STB=0.571225;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0135038;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:3:4:9:11:3:4:10:11 chr7 103251161 . G C 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0124915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.894;QD=12.8681;RBI=0.0128431;REFB=-0.00496955;REVB=-0.00298438;RO=51;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172633;STB=0.599125;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0106667;OID=.;OPOS=103251161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:11:20:25:26:11:20:25:26 chr7 103808975 . TGA ATG,TAG,TG 45.42 PASS AF=0.03125,0,0.46875;AO=2,2,9;DP=32;FAO=1,0,15;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,6;FSAR=1,0,9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0216833,0.0103915,0.0993198;FXX=0.0302939;HRUN=1,1,8;LEN=3,2,1;MLLD=83.2187,154.524,7.22603;QD=5.67783;RBI=0.0369506,0.10461,0.11817;REFB=-0.0201997,-0.0147795,-0.157593;REVB=-0.0299197,-0.104092,0.0640285;RO=17;SAF=0,0,3;SAR=2,2,6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.540081,-0.540081,-0.215431;STB=0.989595,0.5,0.552561;STBP=0.467,1,0.539;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.125749,0,0.173161;OID=.,.,.;OPOS=103808975,103808976,103808977;OREF=TGA,GA,A;OALT=ATG,AG,-;OMAPALT=ATG,TAG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:40:32:32:17:16:2,2,9:1,0,15:0.03125,0,0.46875:2,2,6:0,0,3:9:8:1,0,9:0,0,6:8:8 chr7 104263425 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.638;QD=47.8214;RBI=0.113258;REFB=0;REVB=0.0264474;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699192;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr7 104536783 . C T 166.39 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0158676;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.814;QD=12.7988;RBI=0.0170536;REFB=-0.0177251;REVB=0.00624859;RO=32;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297574;STB=0.675931;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0289182;OID=.;OPOS=104536783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:17:3:11:21:17:3:11:21 chr7 104717517 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00480557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6425;QD=6.5263;RBI=0.04511;REFB=-0.0121186;REVB=-0.0448533;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826548;STB=0.553039;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0253926;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:10:10:4:3:10:10 chr7 104785779 . T G 168.79 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00568257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.76;QD=24.1122;RBI=0.00812674;REFB=-0.0191355;REVB=0.00580967;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524966;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0118658;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:5:6:8:9:5:6 chr7 105245754 . A G 257.21 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0207555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.915;QD=16.0759;RBI=0.0216729;REFB=-0.00646508;REVB=-0.00623875;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197298;STB=0.611464;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00577414;OID=.;OPOS=105245754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:19:10:19:16:19:10:19:16 chr7 105245877 . G A 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0351997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.913;QD=19.0006;RBI=0.0399072;REFB=-0.00291385;REVB=0.0188034;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352007;STB=0.698773;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00186047;OID=.;OPOS=105245877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:13:4:11:6:13:4 chr7 105615406 . G A 226.98 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0319819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.358;QD=21.1145;RBI=0.0364951;REFB=-0.0349735;REVB=-0.0175798;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370517;STB=0.709773;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0395269;OID=.;OPOS=105615406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:17:5:13:8:17:5:13:8 chr7 105615426 . G C 225.36 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000379349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1317;QD=20.4874;RBI=0.00346197;REFB=-0.00867306;REVB=0.00344112;RO=22;SAF=3;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523485;STB=0.799196;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00880921;OID=.;OPOS=105615426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:19:3:14:8:19:3:14:8 chr7 105621512 . G T 769.39 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.559;QD=55.9557;RBI=0.0330389;REFB=0;REVB=0.0234673;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152359;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:1:0:53:55:1:33:20:1:0:33:22:0:0 chr7 105662699 . C T 493.88 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0290324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3221;QD=19.5595;RBI=0.0790142;REFB=-0.0221339;REVB=-0.0734872;RO=49;SAF=37;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267977;STB=0.647665;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0261769;OID=.;OPOS=105662699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:49:50:50:51:0.50495:13:37:23:26:13:38:24:26 chr7 105671267 . T C 491.12 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00750163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.74;QD=19.8433;RBI=0.0092452;REFB=0.00818169;REVB=0.00540365;RO=49;SAF=16;SAR=31;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272736;STB=0.511273;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00933105;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:51:47:48:0.484848:31:16:18:31:32:16:18:33 chr7 105848638 . T C 239.4 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0233464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.874;QD=20.8175;RBI=0.0237689;REFB=-0.0237097;REVB=0.00446156;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13598;STB=0.566415;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0177821;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:14:9:12:10:14:9:12:11 chr7 105903904 . T C 1086.77 PASS AF=0.949367;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00741091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2664;QD=55.0264;RBI=0.0647159;REFB=-0.0206543;REVB=0.0642902;RO=4;SAF=35;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271696;STB=0.514379;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00506225;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:79:79:4:4:75:75:0.949367:40:35:3:1:40:35:3:1 chr7 106508978 . A G 2399.92 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187348;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0104;QD=59.6254;RBI=0.0337355;REFB=-0.131046;REVB=-0.0280551;RO=1;SAF=68;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694549;STB=0.502732;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000418956;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:161:161:1:1:159:160:0.993789:91:68:1:0:91:69:0:1 chr7 106508987 . T C 2573.17 PASS AF=1;AO=164;DP=170;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103287;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4395;QD=62.0041;RBI=0.0187844;REFB=0;REVB=0.0156899;RO=0;SAF=70;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49623e-05;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:166:0:0:164:166:1:94:70:0:0:96:70:0:0 chr7 106685448 . G T 306.7 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0587455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.719;QD=22.7186;RBI=0.0748991;REFB=-0.0542027;REVB=0.0464633;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379454;STB=0.520945;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0338539;OID=.;OPOS=106685448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:10:13:16:15:10:13 chr7 106799997 . G A 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0277798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0325;QD=9.47321;RBI=0.0300356;REFB=-0.00441447;REVB=-0.01142;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269229;STB=0.687084;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0337875;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:8:2:8:12:8:2:9:12 chr7 107002806 . A G 1161.51 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304894;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5922;QD=59.5648;RBI=0.0492505;REFB=-0.0765394;REVB=-0.0386782;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00109118;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:76:77:0.987179:31:45:0:0:31:46:0:1 chr7 107188719 . G T 142.95 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0065883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.972;QD=8.66345;RBI=0.0702059;REFB=-0.00592283;REVB=-0.0698961;RO=45;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175733;STB=0.599893;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0139957;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:46:20:20:0.30303:15:5:17:28:15:5:17:29 chr7 107208250 . T C 79.72 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0222149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.769;QD=7.08581;RBI=0.0335505;REFB=-0.0107503;REVB=-0.0251422;RO=34;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67465;STB=0.91882;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.044455;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:1:10:11:23:1:10:11:23 chr7 107414419 . A G 926.6 PASS AF=0.985507;AO=64;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.006043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.946;QD=53.7157;RBI=0.0168629;REFB=-0.0480346;REVB=0.0157429;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122684;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000321512;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:1:1:64:68:0.985507:26:38:1:0:30:38:1:0 chr7 107559911 . G A 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3499;QD=57.3833;RBI=0.0277446;REFB=0;REVB=0.00863512;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154476;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr7 107569517 . A G 1510.84 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00618802;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.654;QD=57.556;RBI=0.0140433;REFB=-0.0292615;REVB=0.0126064;RO=1;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099887;STB=0.510415;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=2.08864e-05;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:1:2:103:103:0.980952:47:56:0:1:47:56:0:2 chr7 107593989 . T C 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.875;QD=53.27;RBI=0.0237019;REFB=0;REVB=0.0090516;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015529;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr7 107599806 . C T 298.76 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0101107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.586;QD=23.9008;RBI=0.0102691;REFB=-0.0283347;REVB=-0.00179667;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390745;STB=0.512967;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.020121;OID=.;OPOS=107599806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:11:16:12:10:11:16:13:10 chr7 107738882 . G A 821.68 PASS AF=0.512346;AO=82;DP=161;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00534751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.855;QD=20.2884;RBI=0.0158231;REFB=-0.0220843;REVB=0.0148921;RO=77;SAF=33;SAR=49;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588878;STB=0.52302;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.018367;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:77:79:82:83:0.512346:49:33:36:41:49:34:36:43 chr7 107738948 . G A 864.17 PASS AF=0.580882;AO=79;DP=136;FAO=79;FDP=136;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.000699717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.483;QD=25.4167;RBI=0.0107745;REFB=-0.0141541;REVB=-0.0107518;RO=57;SAF=32;SAR=47;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043716;STB=0.523766;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0120708;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:57:57:79:79:0.580882:47:32:20:37:47:32:20:37 chr7 107743664 . A G 132.25 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00944607;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0298;QD=10.5802;RBI=0.0388889;REFB=-0.0172283;REVB=-0.0377243;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26877;STB=0.658351;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0230672;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:34:16:16:0.32:7:9:11:23:7:9:11:23 chr7 107818851 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.728;QD=61.684;RBI=0.0325118;REFB=0;REVB=0.0324482;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111102;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr7 107824677 . TA T,TG 891.39 PASS AF=0.03125,0.953125;AO=10,53;DP=64;FAO=2,61;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=2,43;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0796675,0.0803985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.064,115.582;QD=55.7118;RBI=0.0807253,0.0905573;REFB=-0.259041,-0.180453;REVB=-0.013026,0.0416737;RO=0;SAF=9,36;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,-4.19417e-08;STB=0.993266,0.513509;STBP=0.227,0.175;TYPE=del,snp;VARB=0.107178,0.00220064;OID=.,.;OPOS=107824678,107824678;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.953125:10,53:64:2,61:64:1:2,43:0,18:0:1:7:0:9,36:1,17:0:0 chr7 107824889 . C G 349.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.822;QD=53.7568;RBI=0.0622368;REFB=0;REVB=0.0577144;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164687;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:13:13:0:0 chr7 107834613 . G C 708.08 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0887204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.147;QD=62.9401;RBI=0.0904879;REFB=0;REVB=0.0177975;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386922;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr7 107834734 . C T 732.58 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.489;QD=56.3519;RBI=0.0242852;REFB=0;REVB=0.00969259;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225492;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:15:36:0:0:16:36:0:0 chr7 107838464 . G T 1025.05 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6188;QD=59.4233;RBI=0.0472796;REFB=0;REVB=-0.0447305;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300907;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr7 107849907 . CG C,CA 1049.84 PASS AF=0.0972222,0.902778;AO=14,52;DP=73;FAO=7,65;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=7,28;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784165,-0.0104106;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.033,93.7404;QD=58.3243;RBI=0.0240694,0.0125521;REFB=0,0;REVB=-0.0227562,0.00701244;RO=0;SAF=2,28;SAR=12,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0191462,-0.0145696;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0972222,0.902778:14,52:73:7,65:72:0:7,28:0,37:0:0:25:0:2,28:12,24:0:0 chr7 107849909 . T A 80.43 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0151508;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=110.584;QD=4.28972;RBI=0.0360548;REFB=-0.000672641;REVB=0.032717;RO=61;SAF=2;SAR=12;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542715;STB=0.853336;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0017606;OID=.;OPOS=107849909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:12:2:35:26:12:2:35:26 chr7 107872816 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0115286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.923;QD=15.2187;RBI=0.0115287;REFB=-0.0159221;REVB=-2.35623e-05;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036613;STB=0.520707;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0223563;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:20:21:17:14:20:21 chr7 107875170 . T C 918.42 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=68;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128907;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.438;QD=55.662;RBI=0.0133808;REFB=0.0477033;REVB=-0.00358815;RO=1;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101571;STB=0.510413;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00110483;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:66:1:2:63:64:0.969697:46:17:0:1:47:17:0:2 chr7 111382130 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00386781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.702;QD=16.0718;RBI=0.00812004;REFB=-0.0112049;REVB=-0.00713968;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641952;STB=0.536191;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0216664;OID=.;OPOS=111382130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:17:18:13:16:17:18 chr7 112096073 . T C 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0304729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.822;QD=12.6382;RBI=0.0311309;REFB=-0.00149893;REVB=-0.00636647;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269149;STB=0.669353;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00158349;OID=.;OPOS=112096073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:5:8:7:13:5:8:7:14 chr7 112097121 . C T 232.19 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0105264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.634;QD=23.8143;RBI=0.0134495;REFB=-0.0168865;REVB=0.00837156;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319887;STB=0.671081;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0205617;OID=.;OPOS=112097121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:21:22:0.564103:14:7:12:4:14:8:13:4 chr7 112101909 . TTT ATT,TTA 297.68 PASS AF=0.515152,0.212121;AO=10,2;DP=32;FAO=17,7;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=13,2;FSAR=4,5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00644468,-0.0178188;FXX=0.0833102;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=91.6507,130.084;QD=36.0824;RBI=0.110215,0.0414836;REFB=0.031019,-0.0117965;REVB=0.110026,0.0374617;RO=0;SAF=8,0;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.525518,0.744007;STBP=0.818,0.111;TYPE=snp,snp;VARB=0.00387023,-0.0323256;OID=.,.;OPOS=112101909,112101911;OREF=T,T;OALT=A,A;OMAPALT=ATT,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:32:33:0:6:10,2:17,7:0.515152,0.212121:2,2:8,0:0:0:4,5:13,2:5:1 chr7 112102355 . T G 586.29 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.029988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.491;QD=26.0573;RBI=0.0301368;REFB=-0.00218331;REVB=-0.00299197;RO=37;SAF=24;SAR=29;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987568;STB=0.553826;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00129872;OID=.;OPOS=112102355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:29:24:12:25:29:24:12:25 chr7 112107999 . T C 121.35 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0142725;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.638;QD=11.8387;RBI=0.0184777;REFB=-0.0106824;REVB=-0.0117354;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718389;STB=0.552563;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.012529;OID=.;OPOS=112107999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:26:15:15:0.365854:8:7:10:15:8:7:10:16 chr7 112112279 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0133141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.271;QD=16.6187;RBI=0.0173112;REFB=-0.00276757;REVB=-0.011064;RO=27;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139312;STB=0.561353;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00330472;OID=.;OPOS=112112279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:8:15:21:6:8:15:21:7 chr7 112405982 . TA TAA,T 59.14 PASS AF=0,0.384615;AO=8,23;DP=78;FAO=0,30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=0,11;FSAR=0,19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0840966,0.0766915;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.78908,7.69091;QD=3.03279;RBI=0.0878016,0.0805031;REFB=0.0162296,-0.0192886;REVB=-0.0252365,0.024478;RO=39;SAF=3,6;SAR=5,17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.256583,-0.36747;STB=0.5,0.609112;STBP=1,0.148;TYPE=ins,del;VARB=-0.000399762,0.0106305;OID=.,.;OPOS=112405983,112405983;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.384615:8,23:78:0,30:78:48:0,11:0,19:26:22:60:39:3,6:5,17:23:16 chr7 112406507 . C T 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0217753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.976;QD=21.007;RBI=0.0337522;REFB=-0.0198139;REVB=-0.0257885;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237147;STB=0.634001;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0248335;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:6:13:7:10:6:13:7:10 chr7 112459652 . T A 177.31 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0113236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.111;QD=12.2285;RBI=0.0176507;REFB=-0.0123099;REVB=-0.0135397;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207771;STB=0.620143;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0225109;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:8:14:16:20:8:14:16:20 chr7 112722278 . A AC,C 412.66 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=6,23;DP=32;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317936,0.0365835;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=120.99,125.974;QD=55.021;RBI=0.0376071,0.041998;REFB=0,0;REVB=-0.0200864,-0.0206272;RO=2;SAF=5,18;SAR=1,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.144764,-0.0487199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00528086,0.00149892;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:32:30:2:0:6,23:1,29:0.0333333,0.966667:1,5:5,18:2:0:0,6:1,23:0:0 chr7 112724417 . A G 665.52 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0576451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3793;QD=59.157;RBI=0.0738334;REFB=-0.135905;REVB=0.0461348;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0069181;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:41:44:0.977778:29:12:0:0:32:12:0:1 chr7 112724525 . A G 528.4 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230127;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.166;QD=60.3884;RBI=0.00921138;REFB=0;REVB=0.00891929;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165626;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr7 113518434 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.786;QD=53.9093;RBI=0.0131417;REFB=0;REVB=-0.0100883;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177231;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr7 113518498 . C A 184.53 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0249096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4607;QD=18.4529;RBI=0.0640144;REFB=0.0125554;REVB=-0.0589691;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058524;STB=0.533298;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0163026;OID=.;OPOS=113518498;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:12:9:7:12:12:9 chr7 113518502 . A T 651.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.923;QD=62.0023;RBI=0.0214491;REFB=0;REVB=0.0177034;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05895e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr7 113519719 . A T 1021.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.063;QD=59.1946;RBI=0.0277444;REFB=0;REVB=0.0276532;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49841e-05;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:69:0:0:63:69:1:40:23:0:0:43:26:0:0 chr7 113519796 . C T 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9207;QD=64.1484;RBI=0.0549337;REFB=0;REVB=-0.0497707;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199191;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr7 114296590 . A C 139.48 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0034842;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.723;QD=10.3314;RBI=0.00901739;REFB=-0.0142151;REVB=-0.00831707;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229749;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:36:36:18:18:0.333333:11:7:14:22:11:7:14:22 chr7 114619598 . C A 365.26 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0055283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.168;QD=52.1805;RBI=0.0192969;REFB=-0.14799;REVB=0.018488;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000912696;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:1:0:12:15:1:0 chr7 115578124 . G T 580.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01306;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9707;QD=61.1305;RBI=0.0620787;REFB=0;REVB=-0.0606894;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183932;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr7 115892650 . T G 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00255234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.395;QD=18.6056;RBI=0.00440997;REFB=-0.0132222;REVB=-0.00359631;RO=42;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271965;STB=0.515144;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0122113;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:24:15:15:27:24:15:15:27 chr7 115897392 . G C 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.000787951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.12;QD=17.6943;RBI=0.00451031;REFB=-0.0225633;REVB=-0.00444095;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737499;STB=0.541226;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0249281;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:17:22:17:18:17:22 chr7 116146127 . C T 310.11 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00799621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.849;QD=13.7824;RBI=0.040226;REFB=-0.0139533;REVB=-0.0394233;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868294;STB=0.549492;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0214645;OID=.;OPOS=116146127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:15:20:27:28:15:20:27:28 chr7 116165360 . A C,G 697.32 PASS AF=0.893617,0.0851064;AO=42,4;DP=47;FAO=42,4;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=32,4;FSAR=10,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00725602,-0.0022527;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.814,153.108;QD=59.3466;RBI=0.0339011,0.00676942;REFB=-0.0834891,-0.00265655;REVB=0.0331155,0.0063836;RO=0;SAF=32,4;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.96961e-08,0;STB=0.507689,0.5;STBP=0.619,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00812846,0.0717261;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:47:47:0:1:42,4:42,4:0.893617,0.0851064:10,0:32,4:0:0:10,0:32,4:1:0 chr7 116165459 . T TC 233.87 PASS AF=0.977778;AO=5;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=7.54897;QD=20.7882;RBI=0.110934;REFB=-0.0565641;REVB=0.109693;RO=40;SAF=3;SAR=2;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277439;STB=0.507243;STBP=0.63;TYPE=ins;VARB=0.0345437;OID=.;OPOS=116165460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.977778:5:46:44:45:1:34:10:1:0:3:40:3:2:32:8 chr7 116165463 . T C 492.96 PASS AF=0.826087;AO=37;DP=45;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0368491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4146;QD=42.8663;RBI=0.0391936;REFB=-0.0164826;REVB=-0.0133521;RO=8;SAF=29;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016282;STB=0.503153;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0191088;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:45:46:8:8:37:38:0.826087:8:29:6:2:9:29:6:2 chr7 116364823 . CA C 177.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0168416;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.406;QD=16.1169;RBI=0.0168979;REFB=-0.00628324;REVB=-0.0013779;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592025;STB=0.533945;STBP=0.724;TYPE=del;VARB=0.0128661;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:19:45:19:44:25:11:8:13:12:99:25:11:8:13:12 chr7 116435768 . C T 512.67 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00112438;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.053;QD=21.3613;RBI=0.015117;REFB=-0.00666647;REVB=-0.0150752;RO=46;SAF=24;SAR=25;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125119;STB=0.562875;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00994303;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:25:24:16:30:25:24:17:30 chr7 116436022 . G A 367.07 PASS AF=0.421569;AO=39;DP=99;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0133238;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.314;QD=14.3948;RBI=0.0497069;REFB=-0.0221831;REVB=0.0478879;RO=58;SAF=24;SAR=15;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142054;STB=0.53869;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0256832;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:58:59:39:43:0.421569:15:24:28:30:19:24:29:30 chr7 116436097 . G A 618.14 PASS AF=0.453901;AO=63;DP=140;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.018777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3084;QD=17.5359;RBI=0.0198168;REFB=-0.00357313;REVB=0.00633487;RO=77;SAF=38;SAR=25;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147969;STB=0.576504;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00329457;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:77:77:63:64:0.453901:25:38:35:42:26:38:35:42 chr7 116437606 . G A 1362.67 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145493;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205;QD=62.6514;RBI=0.0225955;REFB=0;REVB=0.017288;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58619e-05;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr7 116528240 . C T 608.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000710558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.88;QD=60.8556;RBI=0.00174413;REFB=0;REVB=-0.00159283;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46466e-07;OID=.;OPOS=116528240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:22:16:0:0:24:16:0:0 chr7 116596697 . A G 1115.48 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794779;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.282;QD=59.4924;RBI=0.0172082;REFB=-0.0523298;REVB=-0.0152628;RO=1;SAF=30;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159081;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:75:1:0:74:75:1:44:30:1:0:44:31:0:0 chr7 116598735 . A G 976.27 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4418;QD=57.4277;RBI=0.0371746;REFB=-0.0456282;REVB=0.035533;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000624251;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:0:1:29:38:0:1 chr7 116608501 . A G 1485.58 PASS AF=0.493289;AO=146;DP=299;FAO=147;FDP=298;FR=.;FRO=151;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=62;FSRR=89;FWDB=-0.00240486;FXX=0.00334437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.997;QD=19.9407;RBI=0.00241282;REFB=-0.00841518;REVB=0.000195807;RO=151;SAF=69;SAR=77;SRF=62;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578302;STB=0.530008;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00966638;OID=.;OPOS=116608501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:298:151:151:146:147:0.493289:77:69:62:89:78:69:62:89 chr7 116960744 . G A 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0244889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0123;QD=14.6475;RBI=0.0277917;REFB=-0.0120204;REVB=0.0131404;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078252;STB=0.54539;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0216443;OID=.;OPOS=116960744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:8:11:7:7:8:11 chr7 117024820 . T G 238.1 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.033769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0128;QD=20.2638;RBI=0.0337712;REFB=-0.0288518;REVB=0.000384687;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134234;STB=0.57558;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0373222;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:14:10:13:10:14:10 chr7 117160988 . A G 141.6 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0210619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.27;QD=13.4859;RBI=0.0331988;REFB=-0.00116861;REVB=0.0256624;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548266;STB=0.531876;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00155236;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:7:19:11:5:7:19 chr7 117170774 . G A 98.84 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.037747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.855;QD=19.7686;RBI=0.040778;REFB=-0.0183502;REVB=0.0154276;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12387;STB=0.570063;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0116277;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:2:6:7:5:2:6 chr7 117188736 . C A 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.012066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.936;QD=3.83361;RBI=0.025338;REFB=0.00162306;REVB=0.0222807;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136853;STB=0.604967;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0135464;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:4:3:19:16:4:3:20:16 chr7 117199533 . G A 254.28 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0041852;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.87;QD=10.4859;RBI=0.00707673;REFB=-0.00142152;REVB=-0.00570651;RO=63;SAF=12;SAR=19;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123035;STB=0.56789;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00366526;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:63:66:31:31:0.319588:19:12:31:32:19:12:32:34 chr7 117235055 . T G 507.68 PASS AF=0.4375;AO=55;DP=127;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00112353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.323;QD=15.8651;RBI=0.0258102;REFB=-0.000664794;REVB=0.0257858;RO=72;SAF=30;SAR=25;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129869;STB=0.566643;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000813062;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:72:72:55:56:0.4375:25:30:30:42:26:30:30:42 chr7 117825681 . A G 538.09 PASS AF=0.5;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00843693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4883;QD=19.2176;RBI=0.0145624;REFB=0.0192761;REVB=-0.0118693;RO=55;SAF=29;SAR=27;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412038;STB=0.526862;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0207863;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:55:56:56:56:0.5:27:29:31:24:27:29:32:24 chr7 120428799 . C A 1683.01 PASS AF=0.958333;AO=115;DP=120;FAO=115;FDP=120;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00267283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.457;QD=56.1005;RBI=0.0316379;REFB=-0.0830556;REVB=0.0315248;RO=4;SAF=70;SAR=45;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00948048;STB=0.508395;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.000599504;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:120:120:4:5:115:115:0.958333:45:70:3:1:45:70:4:1 chr7 120704289 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.2;QD=59.8359;RBI=0.0370125;REFB=0;REVB=-0.00953801;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48369e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr7 120740103 . G A,T 2168.16 PASS AF=0.0559441,0.937063;AO=7,132;DP=140;FAO=8,134;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=1,60;FSAR=7,74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00806381,0.0145195;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=49.4264,85.5488;QD=60.6479;RBI=0.0557793,0.0148014;REFB=-0.0838128,-0.0866676;REVB=-0.0551934,-0.00287528;RO=0;SAF=1,59;SAR=6,73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.88567e-08;STB=0.533253,0.503355;STBP=0.649,0.514;TYPE=snp,snp;VARB=0.0254023,5.97739e-05;OID=.,.;OPOS=120740103,120740103;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:140:143:0:1:7,132:8,134:0.0559441,0.937063:6,73:1,59:0:0:7,74:1,60:0:1 chr7 120764477 . G C 130.15 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0607345;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4714;QD=12.6976;RBI=0.0979402;REFB=-0.000482839;REVB=0.076835;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838765;STB=0.515131;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00664685;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:26:15:15:0.365854:6:9:16:11:6:9:15:11 chr7 120765954 . T C 214.47 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0317306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.635;QD=20.9242;RBI=0.0326871;REFB=-0.0121189;REVB=-0.00784959;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261066;STB=0.630017;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0113768;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:12:8:14:6:12:9:14:6 chr7 120773954 . A G 53.84 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0140844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.5028;QD=8.28252;RBI=0.0154468;REFB=-0.00895029;REVB=0.00634289;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677072;STB=0.538366;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00873266;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:16:18:8:8:0.307692:4:4:9:7:4:4:10:8 chr7 120776097 . C G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0116786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.516;QD=15.1663;RBI=0.0160656;REFB=-0.00788449;REVB=0.0110324;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148733;STB=0.586091;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00830927;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:11:9:9:6:11:9 chr7 120901695 . G A 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.745;QD=62.1618;RBI=0.0237343;REFB=0;REVB=-0.015093;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11145e-06;OID=.;OPOS=120901695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:33:52:0:0:33:52:0:0 chr7 120936006 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.146;QD=59.0166;RBI=0.058074;REFB=0;REVB=0.0123201;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209386;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr7 121513561 . T G 1428.46 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124694;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6888;QD=62.1068;RBI=0.0193885;REFB=0;REVB=0.0148468;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032341;OID=.;OPOS=121513561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:40:49:0:0:41:51:0:0 chr7 121653374 . GTGATGATGATGATGATGA GTGATGATGATGATGA,GTGATGATGATGATG 233.74 PASS AF=1,0;AO=16,2;DP=20;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875118,-0.0306325;FXX=0.09995;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=213.842,187.819;QD=51.9414;RBI=0.0144821,0.0307014;REFB=0,0;REVB=0.011539,-0.0020565;RO=0;SAF=8,1;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=3.23188e-05,0;OID=.,.;OPOS=121653375,121653389;OREF=TGA,ATGA;OALT=-,-;OMAPALT=GTGATGATGATGATGA,GTGATGATGATGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,2:20:18,0:18:0:9,0:9,0:0:0:4:0:8,1:8,1:0:0 chr7 121653398 . G A 365.13 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.744;QD=52.1614;RBI=0.0297361;REFB=-0.0746229;REVB=-0.0178252;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000956209;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr7 122078414 . T G 614.77 PASS AF=0.480916;AO=62;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0010685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.829;QD=18.7716;RBI=0.0161602;REFB=-0.00468164;REVB=0.0161248;RO=68;SAF=29;SAR=33;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443651;STB=0.519994;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00536767;OID=.;OPOS=122078414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:62:63:0.480916:33:29:35:33:33:30:35:33 chr7 122303321 . C T 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107503;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.543;QD=62.6852;RBI=0.0520738;REFB=0;REVB=-0.050952;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79322e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr7 122809234 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.046;QD=64.1538;RBI=0.0520639;REFB=0;REVB=0.0451539;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250307;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:34:14:0:0:34:15:0:0 chr7 123197005 . TAAAAAAAT ATAAAAAAT,ATTAAAAAA,TAAAAAAT,TTAAAAAAT 37.09 PASS AF=0.121951,0,0.170732,0;AO=3,2,5,2;DP=40;FAO=5,0,7,0;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=0,0,3,0;FSAR=5,0,4,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00894703,0.0140643,0.0184415,0.0219395;FXX=0.0465008;HRUN=1,1,7,7;LEN=2,9,1,1;MLLD=32.3357,49.5505,7.37425,15.3214;QD=3.6189;RBI=0.167549,0.187608,0.0888779,0.118651;REFB=-0.028365,-0.0130581,-0.187818,-0.0819634;REVB=-0.16731,-0.18708,-0.0869436,-0.116605;RO=19;SAF=0,0,3,1;SAR=3,2,2,1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.572041,-0.485011,0.204436,0.0776352;STB=0.997654,0.5,0.543874,0.5;STBP=0.023,1,0.772,1;TYPE=mnp,mnp,del,snp;VARB=-0.0872468,0,0.171534,0;OID=.,.,.,.;OPOS=123197005,123197005,123197006,123197006;OREF=TA,TAAAAAAAT,A,A;OALT=AT,ATTAAAAAA,-,T;OMAPALT=ATAAAAAAT,ATTAAAAAA,TAAAAAAT,TTAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:21:40:41:19:29:3,2,5,2:5,0,7,0:0.121951,0,0.170732,0:3,2,2,1:0,0,3,1:8:11:5,0,4,0:0,0,3,0:14:15 chr7 123256427 . C T 293.58 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0787462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5407;QD=19.9035;RBI=0.0818881;REFB=-0.00812569;REVB=-0.0224655;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214536;STB=0.501193;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517867;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:20:11:10:18:20:11:10:18 chr7 123269118 . G C 311.52 PASS AF=0.507692;AO=30;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0150291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7091;QD=19.1704;RBI=0.0403566;REFB=0.0724816;REVB=0.0374537;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234378;STB=0.524065;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0449894;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:32:30:33:0.507692:18:12:14:19:18:15:13:19 chr7 123321978 . C A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00174217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.282;QD=12.7823;RBI=0.00659466;REFB=-0.0136977;REVB=0.00636038;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235856;STB=0.639072;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.021192;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:5:9:4:6:5:9 chr7 123336804 . G A 309.96 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.000919545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.063;QD=18.7856;RBI=0.011483;REFB=-0.0149851;REVB=-0.0114461;RO=33;SAF=7;SAR=25;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230886;STB=0.609685;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.011356;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:25:7:14:19:25:8:14:19 chr7 123508499 . C G 632.13 PASS AF=0.592233;AO=60;DP=102;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00290652;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9155;QD=24.5486;RBI=0.0150415;REFB=-0.0433619;REVB=-0.014758;RO=41;SAF=23;SAR=37;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988364;STB=0.554379;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0299254;OID=.;OPOS=123508499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:41:42:60:61:0.592233:37:23:21:20:37:24:22:20 chr7 123594206 . G A 454.53 PASS AF=0.523256;AO=43;DP=85;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0130597;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9345;QD=21.1409;RBI=0.0366646;REFB=-0.032994;REVB=0.0342598;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864504;STB=0.512152;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0304779;OID=.;OPOS=123594206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:40:41:43:45:0.523256:20:23:21:19:22:23:22:19 chr7 124387092 . C G 341.16 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0397232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2431;QD=16.6418;RBI=0.0594853;REFB=-0.0132734;REVB=0.0442783;RO=45;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139931;STB=0.583817;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0103872;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:45:36:37:0.45122:24:12:21:24:25:12:21:24 chr7 124486979 . AT AC,CG 978.94 PASS AF=0.971014,0.0144928;AO=46,3;DP=74;FAO=67,1;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37,0;FSAR=30,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197925,0.0212088;FXX=0.0675584;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=90.4233,67.8787;QD=56.75;RBI=0.190897,0.0462276;REFB=-0.078741,-0.0353082;REVB=0.189868,0.0410753;RO=0;SAF=23,0;SAR=23,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.506665,0.989913;STBP=0.504,0.496;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00406315,-0.0147118;OID=.,.;OPOS=124486980,124486979;OREF=T,AT;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:74:69:0:1:46,3:67,1:0.971014,0.0144928:23,3:23,0:0:0:30,1:37,0:1:0 chr7 126078883 . ATT A,AT 203.8 PASS AF=0,1;AO=7,27;DP=41;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081656,0.162114;FXX=0.0232504;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=7.8082,7.18597;QD=19.4095;RBI=0.103388,0.200421;REFB=0.036031,0.0317671;REVB=-0.0634148,-0.117846;RO=6;SAF=0,13;SAR=7,14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.775639,-0.00621584;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00218816;OID=.,.;OPOS=126078884,126078884;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,27:41:0,42:42:0:0,16:0,26:0:0:3:6:0,13:7,14:3:3 chr7 126542667 . A T 304.09 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0125879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.194;QD=14.8336;RBI=0.0142222;REFB=-0.00625309;REVB=0.00661931;RO=47;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114683;STB=0.558789;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00619756;OID=.;OPOS=126542667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:15:19:21:26:15:19:22:26 chr7 127222157 . G A 314.75 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0391142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3053;QD=19.9841;RBI=0.0440303;REFB=-0.00466909;REVB=0.0202175;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791261;STB=0.552294;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00495498;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:19:14:15:14:19:14:16:14 chr7 127222521 . G A 98.77 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0201067;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.523;QD=13.1695;RBI=0.0229169;REFB=-0.0116303;REVB=-0.0109957;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503811;STB=0.517017;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0161348;OID=.;OPOS=127222521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:17:18:12:12:0.4:7:5:7:10:7:5:8:10 chr7 127224286 . A G 327.42 PASS AF=0.615385;AO=30;DP=49;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0126824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.384;QD=25.1858;RBI=0.0166104;REFB=-0.0284464;REVB=0.0107267;RO=18;SAF=21;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189463;STB=0.617271;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00957384;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:18:20:30:32:0.615385:9:21:8:10:10:22:8:12 chr7 127250907 . T C 148.3 PASS AF=0.352941;AO=13;DP=46;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0300832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6874;QD=11.6312;RBI=0.0546425;REFB=-0.0298606;REVB=0.0456158;RO=33;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629365;STB=0.639842;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0731;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:33:33:13:18:0.352941:1:12:15:18:6:12:15:18 chr7 127251188 . T G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00824224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.783;QD=13.8496;RBI=0.0226305;REFB=-0.0111984;REVB=-0.0210762;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173892;STB=0.613354;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0197489;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:6:10:11:13:6:10:11:14 chr7 127288886 . TAAAAAAAA TAAAAAAA,TAAAAAAAT 50.85 PASS AF=0.625,0;AO=4,3;DP=24;FAO=15,0;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.141981,0.0686389;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.60723,11.8336;QD=8.47568;RBI=0.275793,0.226679;REFB=-0.000266199,-0.0548256;REVB=0.236438,0.216037;RO=11;SAF=4,2;SAR=0,1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67888,0.136146;STB=0.508369,0.5;STBP=0.95,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0713818,-0.0698195;OID=.,.;OPOS=127288887,127288894;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625,0:4,3:24:15,0:24:9:8,0:7,0:5:4:31:11:4,2:0,1:6:5 chr7 127721507 . T C 266.41 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00976791;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.456;QD=15.6709;RBI=0.0101396;REFB=0.000543619;REVB=-0.00272024;RO=38;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114664;STB=0.56437;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.000741432;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:38:30:30:0.441176:19:11:10:28:19:11:10:28 chr7 127732268 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0115293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3956;QD=13.9592;RBI=0.0169719;REFB=-0.00364999;REVB=0.0124548;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.620296;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0137794;OID=.;OPOS=127732268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:5:2:1:6:5:2 chr7 128034629 . C T 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0435124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.367;QD=19.7599;RBI=0.0440286;REFB=-0.00479662;REVB=-0.00672238;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227845;STB=0.62951;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00609012;OID=.;OPOS=128034629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:12:13:17:6:12:13 chr7 128098268 . GT G 426.02 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.5117;QD=48.6879;RBI=0.0348783;REFB=0;REVB=0.0268621;RO=0;SAF=31;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00171205;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:35:35:35:0:32:3:0:0:7:0:31:3:0:0 chr7 128117227 . G A 475.26 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0380487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3173;QD=30.1749;RBI=0.046066;REFB=-0.0037123;REVB=-0.0259688;RO=20;SAF=21;SAR=22;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140316;STB=0.575948;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00196985;OID=.;OPOS=128117227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:43:43:0.68254:22:21:5:15:22:21:5:15 chr7 128133984 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.421;QD=56.1905;RBI=0.0261186;REFB=0;REVB=-0.0259738;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175897;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr7 128140982 . T C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0166861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.331;QD=18.4268;RBI=0.0171132;REFB=-0.0143539;REVB=0.00379948;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271966;STB=0.642755;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0126716;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:28:28:28:0.5:18:10:17:8:18:10:18:10 chr7 128141865 . T C 904.14 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.679;QD=56.5084;RBI=0.0232554;REFB=0.0512831;REVB=-0.0198046;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.510201;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000391031;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:39:23:1:0:39:24:1:0 chr7 128292036 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9211;QD=40.7625;RBI=0.0911741;REFB=0;REVB=0.0259739;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00681242;OID=.;OPOS=128292036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr7 128312463 . C G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0120049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7714;QD=23.5274;RBI=0.0313511;REFB=-0.00226618;REVB=-0.0289616;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146377;STB=0.582006;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00194131;OID=.;OPOS=128312463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:7:8:7:13:7:8 chr7 128315791 . C G 702.43 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=9.87938e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.055;QD=58.5355;RBI=0.000270129;REFB=-0.175327;REVB=-0.000251415;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50955;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00162321;OID=.;OPOS=128315791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:0:2:46:46:0.958333:32:14:0:0:32:14:1:1 chr7 128315882 . C A 335.92 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4998;QD=51.6803;RBI=0.189872;REFB=-0.0500173;REVB=0.182405;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122109;OID=.;OPOS=128315882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:1:0:25:26:1:13:12:0:1:14:12:0:0 chr7 128317658 . C T 712.27 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118533;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.743;QD=63.3125;RBI=0.0126516;REFB=0;REVB=-0.00442279;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79327e-05;OID=.;OPOS=128317658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr7 128317720 . CGA ACG,CG 46.31 PASS AF=0,0.234375;AO=3,15;DP=65;FAO=0,15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0339581,0.192841;FXX=0.0153822;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=28.8289,11.0912;QD=2.89441;RBI=0.0478898,0.192886;REFB=-0.00976177,-0.0321141;REVB=-0.033768,-0.00420144;RO=42;SAF=0,6;SAR=3,9;SRF=25;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.543055,-0.231672;STB=0.5,0.706805;STBP=1,0.096;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0310513;OID=.,.;OPOS=128317720,128317722;OREF=CGA,A;OALT=ACG,-;OMAPALT=ACG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:65:64:42:49:3,15:0,15:0,0.234375:3,9:0,6:25:17:0,10:0,5:30:19 chr7 128323034 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.213;QD=48.7346;RBI=0.0167911;REFB=0;REVB=0.0062567;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280855;OID=.;OPOS=128323034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr7 128359133 . C T 53.37 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0550184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0993;QD=7.62473;RBI=0.0607759;REFB=-0.00897966;REVB=0.0258202;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160363;STB=0.603155;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0478229;OID=.;OPOS=128359133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:4:16:7:1:4:16 chr7 128364895 . A G 402.21 PASS AF=0.533333;AO=33;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0608851;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.757;QD=21.4512;RBI=0.0614286;REFB=-0.00887967;REVB=-0.00815394;RO=30;SAF=9;SAR=24;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028992;STB=0.538864;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00773348;OID=.;OPOS=128364895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:30:35:33:40:0.533333:24:9:9:21:31:9:10:25 chr7 128371206 . G A 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.00614269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.147;QD=16.0051;RBI=0.00665067;REFB=-0.0145396;REVB=-0.00254926;RO=44;SAF=10;SAR=25;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736855;STB=0.54543;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0173854;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:25:10:10:34:25:10:10:35 chr7 128388648 . G A 182.78 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00306387;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.905;QD=16.6165;RBI=0.00674421;REFB=-0.00218996;REVB=-0.00600808;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335463;STB=0.542125;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00262116;OID=.;OPOS=128388648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:14:11:9:10:15:10 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 239.49 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045897;FXX=0;HRUN=2;LEN=13;MLLD=413.505;QD=50.4187;RBI=0.0148069;REFB=0;REVB=0.0140776;RO=2;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.18479e-05;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:21:19:19:0:12:7:0:0:4:2:12:6:2:0 chr7 128455767 . C G 243.64 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128275;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.32;QD=51.2927;RBI=0.0128501;REFB=0;REVB=0.000761022;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17757e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr7 128455916 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0112431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1608;QD=17.8266;RBI=0.026524;REFB=-0.0128376;REVB=0.0240232;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113581;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0321236;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:4:7:6:6:4:7 chr7 128478103 . C T 153.33 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0205143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.717;QD=13.9387;RBI=0.0325569;REFB=-0.0118118;REVB=-0.0252808;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285067;STB=0.666465;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0307863;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:15:12:12:5:15:12 chr7 128480123 . C A 207.06 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0250597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7935;QD=15.0587;RBI=0.0422497;REFB=-0.0143591;REVB=-0.0340153;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146767;STB=0.592068;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0259881;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:24:24:0.436364:10:14:13:17:10:14:13:18 chr7 128484816 . A G 553.66 PASS AF=0.479339;AO=57;DP=120;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00913784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.239;QD=18.3026;RBI=0.0142528;REFB=-0.0221073;REVB=-0.010938;RO=63;SAF=24;SAR=33;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236125;STB=0.509131;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0240066;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:63:63:57:58:0.479339:33:24:25:38:34:24:25:38 chr7 128486363 . C T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0104006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.804;QD=19.6663;RBI=0.0112677;REFB=-0.0145264;REVB=-0.00433463;RO=31;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119597;STB=0.573669;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0122464;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:15:19:13:18:15:19:13:19 chr7 128486446 . C T 514.05 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0213543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.911;QD=21.8743;RBI=0.0218154;REFB=-0.0298871;REVB=0.00446158;RO=45;SAF=14;SAR=35;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114411;STB=0.563353;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.023592;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:35:14:18:27:35:14:18:27 chr7 128487866 . T C 179.77 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000279459;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.544;QD=47.9398;RBI=0.00479013;REFB=0;REVB=0.00478197;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81345e-06;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr7 128487893 . G A 76.39 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0256456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3821;QD=25.4642;RBI=0.0256456;REFB=0.00704538;REVB=0;RO=3;SAF=9;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00370757;OID=.;OPOS=128487893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:0:9:3:0:0:9:3:0 chr7 128491603 . T C 218.93 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.000162367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.404;QD=11.6762;RBI=0.0260773;REFB=-0.00909068;REVB=-0.0260768;RO=46;SAF=10;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213683;STB=0.623298;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0193322;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:48:27:27:0.36:17:10:26:20:17:10:27:21 chr7 128495338 . C T 365.69 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0187809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3336;QD=21.5111;RBI=0.020303;REFB=0.00632817;REVB=-0.00771282;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096005;STB=0.553044;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.0076046;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:21:16:17:14:21:16:17:14 chr7 128499079 . G A 199.36 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00311903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.815;QD=22.1509;RBI=0.0177734;REFB=-0.0688982;REVB=0.0174976;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299237;STB=0.512109;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0315298;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:16:19:20:0.555556:12:7:5:10:13:7:6:10 chr7 128544133 . G T 269.25 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0377523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0105;QD=18.895;RBI=0.0743155;REFB=-0.0184654;REVB=0.0640122;RO=28;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147643;STB=0.582722;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0206847;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:20:9:13:15:20:9:13:15 chr7 128550680 . GCCCCCG GCCCCG,GCCCCGA,GCCCG 198.4 PASS AF=1,0,0;AO=14,2,2;DP=20;FAO=20,0,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527348,0.0485858,-0.0293693;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,2;MLLD=15.2754,5.14019,8.6682;QD=39.6799;RBI=0.0835166,0.0766822,0.0469067;REFB=0,0,0;REVB=-0.0647616,0.0593261,-0.0365744;RO=0;SAF=8,0,1;SAR=6,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.323529,0,0.323529;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.00209009,0,0;OID=.,.,.;OPOS=128550681,128550685,128550681;OREF=C,CG,CC;OALT=-,GA,-;OMAPALT=GCCCCG,GCCCCGA,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:14,2,2:20:20,0,0:20:0:11,0,0:9,0,0:0:0:3:0:8,0,1:6,2,1:0:0 chr7 128607384 . G A 1396.1 PASS AF=0.958763;AO=90;DP=95;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0114623;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3693;QD=57.5711;RBI=0.0305079;REFB=0.00270534;REVB=-0.0282728;RO=4;SAF=42;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175549;STB=0.508817;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000246636;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:95:97:4:4:90:93:0.958763:48:42:1:3:50:43:1:3 chr7 128630227 . C T 983.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.014;QD=58.7393;RBI=0.0202821;REFB=0;REVB=0.00968111;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113119;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:41:25:0:0:41:26:0:0 chr7 128641226 . G C 901.98 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1031;QD=58.1924;RBI=0.0341386;REFB=0;REVB=0.02794;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12275e-05;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr7 128767204 . C T 427.58 PASS AF=0.5;AO=37;DP=81;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0951914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.284;QD=19.4352;RBI=0.103377;REFB=-0.0243148;REVB=-0.040316;RO=42;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420691;STB=0.53404;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.02729;OID=.;OPOS=128767204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:88:42:44:37:44:0.5:21:16:20:22:21:23:20:24 chr7 128767250 . G A 368.87 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0153847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3814;QD=19.9387;RBI=0.036001;REFB=-0.0115427;REVB=0.0325481;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471692;STB=0.512189;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0157524;OID=.;OPOS=128767250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:35:36:37:38:0.513514:21:16:17:18:21:17:17:19 chr7 128767410 . A G 250.02 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000167091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7074;QD=18.5199;RBI=0.0186898;REFB=-0.0273124;REVB=0.0186891;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00993766;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:10:17:17:9:10:17:17:10 chr7 128767490 . T C 333.41 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0193079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.662;QD=27.7838;RBI=0.0216945;REFB=-0.0231116;REVB=-0.00989216;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120816;STB=0.566429;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.011459;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:15:14:6:13:15:14:6:13 chr7 128767506 . T G 356.0 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0100317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8889;QD=30.298;RBI=0.0349415;REFB=-0.063548;REVB=-0.0334704;RO=17;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171883;STB=0.585859;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0174983;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:13:16:5:12:14:16:5:12 chr7 128804780 . C G 104.77 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.015272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3846;QD=10.7455;RBI=0.0155774;REFB=-0.0186923;REVB=-0.00306945;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289633;STB=0.675384;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0370412;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:10:3:12:14:10:3:12:14 chr7 128846207 . G A 404.53 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00737785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7097;QD=33.0225;RBI=0.101025;REFB=-0.0137942;REVB=0.100755;RO=16;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857558;STB=0.546846;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00931843;OID=.;OPOS=128846207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:21:12:8:8:21:12:8:8 chr7 128846328 . G C 220.42 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00107345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.382;QD=9.90663;RBI=0.00118122;REFB=-0.00693291;REVB=0.000492946;RO=60;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121915;STB=0.576868;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0136537;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:61:28:28:0.314607:12:16:28:32:12:16:28:33 chr7 128853308 . C A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0170783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.858;QD=12.8974;RBI=0.0181435;REFB=-0.0151147;REVB=0.00612507;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500139;STB=0.529376;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0347069;OID=.;OPOS=128853308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:12:5:10:20:12:5:10:20 chr7 129142694 . C G 394.88 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089606;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7475;QD=56.4109;RBI=0.112815;REFB=0;REVB=0.0685412;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397271;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:23:28:1:17:6:0:0:20:8:0:0 chr7 129297332 . T G 295.98 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0311399;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4432;QD=23.6785;RBI=0.0321964;REFB=-0.000390092;REVB=0.00817987;RO=19;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129055;STB=0.579044;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-2.63331e-05;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:21:28:29:0.58:10:18:9:10:10:19:10:11 chr7 129664312 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215052;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.836;QD=57.2349;RBI=0.0268581;REFB=0;REVB=0.0160899;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44238e-05;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:31:25:0:0 chr7 129813738 . T C 287.4 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0168418;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8528;QD=18.2478;RBI=0.0548703;REFB=-0.0385769;REVB=0.0522217;RO=29;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229952;STB=0.524418;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0541886;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:29:32:30:31:0.492063:20:10:9:20:21:10:9:23 chr7 129913534 . TG GT,TGT 153.62 PASS AF=0.416667,0.583333;AO=7,3;DP=24;FAO=10,14;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.292885,0.495235;FXX=0;HRUN=18,6;LEN=2,1;MLLD=17.4622,8.15459;QD=25.603;RBI=0.297578,0.508337;REFB=0,0;REVB=0.0526439,0.114668;RO=11;SAF=4,1;SAR=3,2;SRF=11;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.508907,-0.716834;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0225988,0.101506;OID=.,.;OPOS=129913534,129913536;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:24:24:11:0:7,3:10,14:0.416667,0.583333:3,2:4,1:11:0:5,2:5,12:0:0 chr7 129916515 . T C 332.98 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0124304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.648;QD=19.0276;RBI=0.0476298;REFB=-0.0159042;REVB=0.0459792;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394649;STB=0.528532;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0155411;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:35:34:35:0.5:16:18:16:17:17:18:16:19 chr7 129962360 . A G 703.41 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120796;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1871;QD=62.525;RBI=0.1208;REFB=0;REVB=-0.000959808;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463135;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr7 129962682 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.289;QD=58.4196;RBI=0.0456844;REFB=0;REVB=0.044591;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91145e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr7 129984274 . A G 206.71 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2173;QD=48.6371;RBI=0.0700123;REFB=0;REVB=-0.0523598;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134074;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr7 129986338 . C T 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00635533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.106;QD=53.3615;RBI=0.069108;REFB=-0.0422068;REVB=0.0688151;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00181317;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:1:0:12:17:1:0 chr7 129989878 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.967;QD=62.9801;RBI=0.044111;REFB=0;REVB=0.0221194;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232829;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr7 130002317 . T C 363.95 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0830303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.555;QD=51.9928;RBI=0.0834551;REFB=0.063446;REVB=0.00841012;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.000423921;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr7 130021488 . G C 1449.14 PASS AF=0.938053;AO=103;DP=113;FAO=106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0218766;FXX=0.00877116;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.4617;QD=51.2968;RBI=0.0239219;REFB=-0.143375;REVB=-0.00967856;RO=9;SAF=44;SAR=59;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198715;STB=0.50034;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00789131;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:113:113:9:7:103:106:0.938053:59:44:5:4:60:46:3:4 chr7 130023657 . TG T 142.2 PASS AF=0.43662;AO=27;DP=68;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.023099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4299;QD=8.01133;RBI=0.0910663;REFB=-0.00105854;REVB=0.088088;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171973;STB=0.63268;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0326658;OID=.;OPOS=130023658;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43662:27:68:31:71:40:10:21:22:18:99:34:9:18:17:17 chr7 130080812 . T G 597.86 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0210131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.537;QD=21.3521;RBI=0.0245303;REFB=-0.0134865;REVB=-0.0126566;RO=50;SAF=28;SAR=32;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555242;STB=0.502392;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00929319;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:52:60:60:0.535714:32:28:23:27:32:28:24:28 chr7 131185995 . C A 177.52 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0222217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.166;QD=14.4912;RBI=0.0257841;REFB=-0.012565;REVB=-0.0130774;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134712;STB=0.578369;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0210451;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:13:6:13:17:13:6:13:17 chr7 131195712 . G A 294.23 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0382922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9123;QD=17.3076;RBI=0.070234;REFB=0.00313482;REVB=-0.0588772;RO=30;SAF=28;SAR=4;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769647;STB=0.69542;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00482334;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:30:36:32:32:0.470588:4:28:25:5:3:29:26:10 chr7 131195959 . C T 167.25 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0186085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4258;QD=11.7367;RBI=0.0222165;REFB=-0.0108707;REVB=-0.0121367;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260961;STB=0.645017;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0266131;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:15:6:18:17:15:6:18:18 chr7 131812922 . T C 765.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2427;QD=56.6927;RBI=0.0585309;REFB=0;REVB=-0.0509631;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227022;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:24:29:0:0:24:30:0:0 chr7 131814185 . A G 1049.15 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00799884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.491;QD=58.2861;RBI=0.0713171;REFB=-0.120178;REVB=0.0708671;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000646488;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:1:1:68:71:0.986111:35:33:0:1:38:33:0:1 chr7 131814528 . CG CA,GC 82.05 PASS AF=0.275,0;AO=10,2;DP=42;FAO=11,0;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00301356,-0.00821138;FXX=0.0476077;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=173.56,32.5933;QD=8.20497;RBI=0.0264919,0.0851413;REFB=-0.00209974,-0.00104016;REVB=-0.0263199,-0.0847444;RO=26;SAF=5,0;SAR=5,2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.134889,-0.431571;STB=0.618626,0.5;STBP=0.399,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00616253,0;OID=.,.;OPOS=131814529,131814528;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:42:40:26:29:10,2:11,0:0.275,0:5,2:5,0:10:16:5,0:6,0:11:18 chr7 131815310 . A G 213.18 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0200495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2207;QD=8.36002;RBI=0.0225352;REFB=0.00275976;REVB=-0.0102885;RO=72;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204488;STB=0.614431;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00785445;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:73:29:29:0.284314:14:15:25:47:14:15:26:47 chr7 131864591 . T C 176.78 PASS AF=0.396226;AO=22;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0538316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.833;QD=13.3416;RBI=0.0550113;REFB=-0.0157686;REVB=-0.0113315;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235075;STB=0.621905;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0237723;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:22:21:0.396226:17:5:13:18:16:5:13:19 chr7 132192295 . G A 253.69 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0207092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.702;QD=28.1881;RBI=0.0208995;REFB=-0.017437;REVB=0.00281391;RO=13;SAF=18;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3953;STB=0.719794;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0119419;OID=.;OPOS=132192295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:5:18:3:10:5:18:3:10 chr7 132192949 . T C 295.83 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00882541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.53;QD=15.5697;RBI=0.00897172;REFB=-0.0189976;REVB=-0.00161368;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119807;STB=0.580572;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0232709;OID=.;OPOS=132192949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:32:33:0.434211:16:16:26:16:17:16:27:16 chr7 132767617 . C A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5154;QD=44.6862;RBI=0.0394754;REFB=0;REVB=-0.00711605;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014945;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr7 133168787 . G A 335.83 PASS AF=0.393617;AO=35;DP=93;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0169117;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.612;QD=14.2908;RBI=0.024477;REFB=-0.00440652;REVB=0.0176951;RO=56;SAF=23;SAR=12;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156763;STB=0.588116;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00653213;OID=.;OPOS=133168787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:57:35:37:0.393617:12:23:29:27:13:24:29:28 chr7 133580447 . G A 919.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.44;QD=58.393;RBI=0.035609;REFB=0;REVB=0.023014;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173359;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:33:30:0:0 chr7 133749164 . G A 217.26 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0077608;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.382;QD=17.04;RBI=0.0138425;REFB=-0.008455;REVB=0.0114623;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.573709;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00913724;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:27:23:24:0.470588:13:10:16:13:14:10:15:12 chr7 133848257 . G T 626.99 PASS AF=0.454545;AO=64;DP=143;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00213803;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7249;QD=17.5381;RBI=0.0158314;REFB=-0.0105673;REVB=0.0156864;RO=77;SAF=32;SAR=32;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573787;STB=0.532134;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0139087;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:78:64:65:0.454545:32:32:34:43:32:33:35:43 chr7 133868507 . C T 1737.15 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00349948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.777;QD=58.8865;RBI=0.0218248;REFB=0.00645164;REVB=0.0215424;RO=0;SAF=68;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21597e-08;STB=0.501505;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=7.90183e-06;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:0:2:116:116:0.983051:48:68:0:0:48:68:1:1 chr7 133906669 . C T 251.98 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3597;QD=50.3954;RBI=0.0652479;REFB=0;REVB=-0.0491379;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010796;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr7 133948623 . GAAAAAG GAAAAAA,GAAAAG 33.62 PASS AF=0,0.261905;AO=2,15;DP=42;FAO=0,11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=0,9;FSAR=0,2;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0091707,-0.104457;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=170.439,10.2864;QD=3.20211;RBI=0.0160387,0.270732;REFB=0.0117248,-0.14229;REVB=0.0131582,0.249769;RO=21;SAF=0,13;SAR=2,2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.327586;SSSB=-0.535809,0.404312;STB=0.5,0.668226;STBP=1,0.258;TYPE=snp,del;VARB=0,0.185533;OID=.,.;OPOS=133948629,133948624;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.261905:2,15:42:0,11:42:31:0,9:0,2:20:11:35:21:0,13:2,2:12:9 chr7 134223718 . T C 415.34 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0114816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.943;QD=15.242;RBI=0.0281051;REFB=-0.0118436;REVB=0.0256528;RO=62;SAF=19;SAR=28;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821784;STB=0.546158;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0169382;OID=.;OPOS=134223718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:28:19:30:32:28:19:30:32 chr7 134225787 . TC T,TT 173.34 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=3,12;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228016,-0.0251896;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=233.664,243.89;QD=46.224;RBI=0.0283927,0.0305119;REFB=0,0;REVB=0.0169184,0.0172179;RO=0;SAF=0,3;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0062941,0.0024399;OID=.,.;OPOS=134225788,134225788;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.133333,0.866667:3,12:15:2,13:15:0:0,3:2,10:0:0:6:0:0,3:3,9:0:0 chr7 134225827 . A G 223.0 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9936;QD=49.5563;RBI=0.0821516;REFB=0;REVB=-0.0821247;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218302;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr7 134576441 . T C 643.92 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00928987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9055;QD=48.5975;RBI=0.00935369;REFB=-0.111531;REVB=0.00109076;RO=4;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221197;STB=0.532245;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00355114;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:52:53:4:4:48:49:0.924528:29:19:1:3:29:20:0:4 chr7 134576444 . C CT,T 36.45 PASS AF=0.24,0;AO=9,2;DP=52;FAO=12,0;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.087132,-0.0108723;FXX=0.0384541;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=11.4683,231.177;QD=2.91609;RBI=0.0871556,0.0141733;REFB=-0.131356,-0.0071062;REVB=0.0020245,-0.00909261;RO=40;SAF=0,0;SAR=9,2;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.708489,-0.403343;STB=0.879271,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.12053,0;OID=.,.;OPOS=134576445,134576444;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:52:50:40:38:9,2:12,0:0.24,0:9,2:0,0:19:21:11,0:1,0:19:19 chr7 134618710 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.103;QD=42.1817;RBI=0.0486954;REFB=0;REVB=-0.00826318;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119539;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr7 134678253 . T A 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00179236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.867;QD=15.6167;RBI=0.00670941;REFB=-0.00998156;REVB=0.00646557;RO=54;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360418;STB=0.520351;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0111963;OID=.;OPOS=134678253;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:23:16:24:30:23:16:24:30 chr7 134701856 . G C 2331.11 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00633741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.772;QD=63.0031;RBI=0.0146935;REFB=0.00447417;REVB=-0.0132565;RO=1;SAF=87;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543562;STB=0.502857;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-9.38796e-06;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:60:87:1:0:60:87:1:0 chr7 134719551 . C G 1954.92 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273583;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9858;QD=61.5722;RBI=0.0537113;REFB=0;REVB=0.0462215;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495237;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:125:127:1:64:61:0:0:65:62:0:0 chr7 134849280 . T A 1163.54 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00536902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.785;QD=58.177;RBI=0.0344562;REFB=-0.0173351;REVB=0.0340353;RO=1;SAF=38;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122936;STB=0.512817;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000120374;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:40:38:1:0:40:38:2:0 chr7 134850465 . C T 545.02 PASS AF=0.973684;AO=38;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00346397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.9;QD=57.3701;RBI=0.0307678;REFB=0.0132975;REVB=0.0305722;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000595048;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:38:37:0.973684:15:23:0:0:15:22:1:0 chr7 134850469 . A G 628.56 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00222213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3551;QD=57.1416;RBI=0.0231159;REFB=0.0906904;REVB=-0.0230089;RO=2;SAF=24;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375223;STB=0.519991;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00186899;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:18:24:2:0:18:24:2:0 chr7 134871775 . C T 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0108905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.821;QD=22.8809;RBI=0.0162622;REFB=-0.0169459;REVB=0.0120771;RO=26;SAF=11;SAR=24;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593151;STB=0.503266;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0108375;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:24:11:8:18:24:11:8:18 chr7 134879830 . G A 283.23 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0047861;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4574;QD=16.6607;RBI=0.0115089;REFB=-0.00801079;REVB=0.0104665;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253091;STB=0.516119;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0237647;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:15:16:19:18:15:16:18:19 chr7 134882884 . G A 152.79 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0171559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.205;QD=13.5812;RBI=0.0267202;REFB=-0.010192;REVB=0.0204853;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12402;STB=0.572515;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0137454;OID=.;OPOS=134882884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:13:15:11:6:13:15 chr7 134889141 . G A 161.56 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0253033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6445;QD=11.3376;RBI=0.0287876;REFB=-0.00658969;REVB=0.0137284;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20074;STB=0.596923;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0170247;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:20:21:0.368421:8:12:15:21:9:12:15:21 chr7 134891961 . G A 323.99 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0245594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.336;QD=28.7992;RBI=0.0289403;REFB=0.00361338;REVB=-0.0153094;RO=16;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141035;STB=0.568057;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00424295;OID=.;OPOS=134891961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:28:28:0.622222:18:10:9:7:18:10:9:8 chr7 134925411 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.031763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7518;QD=15.9163;RBI=0.0342693;REFB=-0.0204249;REVB=-0.0128646;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199351;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0111613;OID=.;OPOS=134925411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:6:9:5:8:6:9 chr7 134943159 . G A 300.17 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0706865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1638;QD=19.0585;RBI=0.0791468;REFB=-0.0271644;REVB=0.0356039;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719797;STB=0.540167;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0281972;OID=.;OPOS=134943159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:21:11:13:18:21:11:13:18 chr7 135047679 . GGT G 55.46 PASS AF=0.45;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.109412;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=2;MLLD=26.8153;QD=11.0929;RBI=0.134836;REFB=-0.0384554;REVB=-0.078802;RO=11;SAF=0;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.769917;STB=0.866593;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.034303;OID=.;OPOS=135047680;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:7:22:9:20:11:1:8:8:3:55:11:0:7:6:5 chr7 135047703 . T C 134.62 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121687;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.329;QD=44.8742;RBI=0.140694;REFB=0;REVB=0.0706189;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305834;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr7 135048804 . C T 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.018278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.919;QD=19.0781;RBI=0.0305313;REFB=0.000795959;REVB=-0.0244555;RO=31;SAF=4;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388798;STB=0.721046;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0014163;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:28:4:13:18:28:4:13:18 chr7 135095270 . A G 1421.62 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.986;QD=62.4887;RBI=0.0427286;REFB=0;REVB=0.012297;RO=1;SAF=55;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133954;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:1:0:90:91:1:35:55:1:0:35:56:0:0 chr7 135279315 . A C 190.3 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0299424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.988;QD=17.7023;RBI=0.0302602;REFB=-0.0174563;REVB=-0.00437401;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134659;STB=0.519211;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0212515;OID=.;OPOS=135279315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:11:8:10:13:12:8:10:13 chr7 135304273 . G A,C 1009.8 PASS AF=0.0422535,0.943662;AO=3,67;DP=71;FAO=3,67;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=2,34;FSAR=1,33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0632332,0.00371868;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.5884,201.407;QD=56.8902;RBI=0.0634095,0.013764;REFB=-0.0487565,-0.0674246;REVB=0.00472451,0.0132521;RO=1;SAF=2,34;SAR=1,33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.0136967;STB=0.59939,0.507244;STBP=0.681,0.5;TYPE=snp,snp;VARB=0.0590736,0.000702568;OID=.,.;OPOS=135304273,135304273;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:71:1:1:3,67:3,67:0.0422535,0.943662:1,33:2,34:1:0:1,33:2,34:1:0 chr7 135387656 . G A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3881;QD=59.835;RBI=0.0596589;REFB=0;REVB=-0.0335398;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135828;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr7 135392876 . T C 2205.64 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.02;QD=63.0183;RBI=0.0311278;REFB=0;REVB=0.0245562;RO=0;SAF=58;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44946e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:140:0:0:136:140:1:78:58:0:0:79:61:0:0 chr7 135406176 . A G 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0187795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.089;QD=16.9229;RBI=0.0187842;REFB=0.000989475;REVB=-0.000421824;RO=40;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552633;STB=0.531065;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00109727;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:11:23:25:15:11:23:25:15 chr7 135413626 . C T 171.28 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00868072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.284;QD=12.4566;RBI=0.030388;REFB=-0.0104117;REVB=-0.0291218;RO=34;SAF=17;SAR=3;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155493;STB=0.542511;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0146455;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:20:21:0.381818:3:17:26:8:4:17:26:8 chr7 135613262 . G A 172.59 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0.0818971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.027;QD=18.1674;RBI=0.0819385;REFB=-0.00346291;REVB=-0.00260526;RO=19;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328683;STB=0.685048;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00409462;OID=.;OPOS=135613262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:17:1:0:19:17:1:0:20 chr7 136703707 . C T 1025.99 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1699;QD=59.4779;RBI=0.0183256;REFB=0;REVB=-0.0158591;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97593e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr7 137074760 . AT GC 270.13 PASS AF=0.508772;AO=27;DP=55;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.000180658;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.922;QD=18.9562;RBI=0.0301;REFB=-0.0197828;REVB=0.0300995;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252599;STB=0.650707;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.0166505;OID=.;OPOS=137074760;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:28:27:29:0.508772:18:9:17:11:20:9:17:11 chr7 137128830 . T C 2249.36 PASS AF=0.979592;AO=142;DP=146;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0214691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0159;QD=61.207;RBI=0.0669955;REFB=0.0117925;REVB=0.0634624;RO=4;SAF=60;SAR=82;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412926;STB=0.501887;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.000114857;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:147:4:3:142:144:0.979592:82:60:2:2:83:61:1:2 chr7 137564501 . C G 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8134;QD=60.545;RBI=0.0336128;REFB=0;REVB=0.00937071;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190632;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr7 137600690 . C T 2400.12 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1847;QD=64.0033;RBI=0.0262595;REFB=0;REVB=0.0253742;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29434e-05;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:78:71:0:0:79:71:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 753.5 PASS AF=0.933333;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00845226;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.387;QD=50.2332;RBI=0.0260772;REFB=-0.048362;REVB=0.0246694;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520376;STBP=0.281;TYPE=del;VARB=0.00124022;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:54:57:56:60:4:25:31:3:1:16:0:24:30:0:0 chr7 137801413 . A C,G 708.43 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=44,3;DP=47;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391867,0.0154814;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.526,110.815;QD=55.5634;RBI=0.0868207,0.0629308;REFB=0,0;REVB=0.0774741,0.0609968;RO=0;SAF=17,2;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.54734e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0030939,0.041132;OID=.,.;OPOS=137801413,137801413;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:47:51:0:0:44,3:49,2:0.960784,0.0392157:27,1:17,2:0:0:29,1:20,1:0:0 chr7 138270657 . G A 206.33 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0111802;FXX=0.0810701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.197;QD=12.1371;RBI=0.0215479;REFB=-0.0151678;REVB=-0.0184205;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552404;STB=0.50404;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0379635;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:34:43:24:25:0.367647:16:8:13:21:17:8:14:29 chr7 138281906 . T C 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00441674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.051;QD=21.2681;RBI=0.0481721;REFB=-0.0179493;REVB=0.0479692;RO=14;SAF=15;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385426;STB=0.722572;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0194017;OID=.;OPOS=138281906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:2:15:8:6:2:15:8:6 chr7 138305806 . T C 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00937016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.93;QD=18.4422;RBI=0.0128242;REFB=-0.0207739;REVB=0.00875556;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188266;STB=0.607293;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0134459;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:2:7:6:5:2:7 chr7 138347869 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0290123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.731;QD=17.6894;RBI=0.0290677;REFB=-0.00992086;REVB=-0.00179485;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439257;STB=0.524976;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0112007;OID=.;OPOS=138347869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:10:16:12:9:10:16 chr7 138363767 . A G 269.6 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.027214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.828;QD=19.2574;RBI=0.0306311;REFB=-0.0370894;REVB=0.0140593;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144454;STB=0.586406;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.047499;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:17:11:15:12:18:11:15:12 chr7 138417718 . A G 363.84 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0319546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0436;QD=21.4026;RBI=0.0344242;REFB=-0.0313464;REVB=0.0128033;RO=31;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141829;STB=0.57851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.036113;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:24:13:16:15:24:13:16:15 chr7 138417791 . A G 183.06 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0126986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.586;QD=17.8591;RBI=0.0137154;REFB=-0.0321999;REVB=0.00518239;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148808;STB=0.58433;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0242405;OID=.;OPOS=138417791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:7:15:10:9:7:15 chr7 138418910 . G A 127.94 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0227232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.653;QD=14.6218;RBI=0.0227436;REFB=-0.01565;REVB=0.0009622;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32343;STB=0.613486;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0224582;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:20:14:15:0.428571:9:5:12:5:9:6:12:8 chr7 138486096 . G C 511.79 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.917;QD=58.49;RBI=0.0578987;REFB=0;REVB=-0.015126;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986814;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:22:11:0:0:22:13:0:0 chr7 138583840 . C A 940.97 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00355401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.831;QD=57.0286;RBI=0.0169032;REFB=-0.0765502;REVB=0.0165253;RO=1;SAF=20;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230304;STB=0.512191;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000909972;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:45:20:1:0:45:20:1:0 chr7 138710903 . C G 109.75 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0279014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7385;QD=14.6336;RBI=0.0399874;REFB=0.0156456;REVB=0.0286445;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230989;STB=0.632005;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0392677;OID=.;OPOS=138710903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:3:14:8:5:3:14 chr7 138731687 . A G 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0370663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.441;QD=29.0497;RBI=0.0631411;REFB=0.000335332;REVB=0.0511163;RO=5;SAF=13;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364065;STB=0.708704;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000339916;OID=.;OPOS=138731687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:1:13:3:2:1:13:3:2 chr7 138732457 . G A 201.46 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0170086;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.257;QD=10.0731;RBI=0.020755;REFB=0.000520649;REVB=0.0118944;RO=52;SAF=8;SAR=18;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329456;STB=0.676003;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00154009;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:54:26:26:0.325:18:8:31:21:17:9:33:21 chr7 138732497 . G A 152.84 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000232722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9669;QD=10.3617;RBI=0.0194723;REFB=0.0111267;REVB=-0.0194709;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242602;STB=0.642106;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0765746;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:39:20:20:0.338983:13:7:21:16:13:7:22:17 chr7 138740037 . G C 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00642065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8936;QD=20.6393;RBI=0.0380182;REFB=-0.0307131;REVB=-0.0374721;RO=32;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295856;STB=0.501638;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0272087;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:19:17:15:17:19:17:15:17 chr7 138831707 . C T 267.91 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0030386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.083;QD=23.2969;RBI=0.00471939;REFB=0.00441814;REVB=0.00361104;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244655;STB=0.640916;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00464113;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:14:10:15:6:15:10:15:6 chr7 139106990 . C A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000647194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.208;QD=10.8849;RBI=0.0143502;REFB=-0.0273094;REVB=0.0143356;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247851;STB=0.636033;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0449187;OID=.;OPOS=139106990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:7:2:6:8:7:2:6:9 chr7 139138871 . T G 56.5 PASS AF=0.181818;AO=7;DP=52;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00307034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.015;QD=4.10925;RBI=0.00323422;REFB=-0.0133551;REVB=-0.00101646;RO=40;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550742;STB=0.750396;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0505844;OID=.;OPOS=139138871;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:55:40:45:7:10:0.181818:1:6:15:25:3:7:17:28 chr7 139138950 . C G 59.88 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0446387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8417;QD=7.25794;RBI=0.125746;REFB=0.00143067;REVB=-0.117556;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626293;STB=0.555443;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00551011;OID=.;OPOS=139138950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:32:33:22:24:9:9:0.272727:8:1:2:20:8:1:2:22 chr7 139167673 . AAC AA,A 92.04 PASS AF=0.592593,0;AO=10,3;DP=27;FAO=16,0;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10,0;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.218482,-0.208324;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=17.198,19.4026;QD=13.6349;RBI=0.221618,0.308785;REFB=-0.119517,-0.0390214;REVB=0.0371495,-0.227924;RO=10;SAF=10,0;SAR=0,3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.779203,-0.71177;STB=0.545399,0.5;STBP=0.628,1;TYPE=del,del;VARB=0.0860909,0;OID=.,.;OPOS=139167675,139167674;OREF=C,AC;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593,0:10,3:27:16,0:27:11:10,0:6,0:8:3:55:10:10,0:0,3:7:3 chr7 139252780 . T C 206.13 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0672558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.555;QD=16.8266;RBI=0.0672912;REFB=-0.0136706;REVB=-0.00218301;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515137;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0318545;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:14:7:9:18:14:7:10:18 chr7 139415775 . G C 493.72 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0131108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2284;QD=20.3594;RBI=0.0329829;REFB=-0.0405947;REVB=0.0302651;RO=46;SAF=23;SAR=25;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114345;STB=0.546487;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.037635;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:49:48:48:0.494845:25:23:28:18:25:23:28:21 chr7 139653196 . A C 607.15 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=50;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000647167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1424;QD=46.7038;RBI=0.0176076;REFB=-0.0984073;REVB=-0.0175957;RO=4;SAF=19;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892367;STB=0.538895;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0106014;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:50:52:4:5:46:47:0.903846:27:19:4:0:28:19:4:1 chr7 139715523 . A AC 39.69 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=12;FWDB=-0.021639;FXX=0.013887;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.9282;QD=2.23582;RBI=0.0717333;REFB=-0.0190468;REVB=-0.0683917;RO=48;SAF=6;SAR=8;SRF=39;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467934;STB=0.810479;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=0.123945;OID=.;OPOS=139715524;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197183:14:72:14:71:57:5:9:45:12:39:48:6:8:39:9 chr7 139724358 . G A 1326.15 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5836;QD=61.6815;RBI=0.0179571;REFB=0;REVB=0.0132646;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349271;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:50:35:0:0:51:35:0:0 chr7 139724555 . C T 1097.77 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8323;QD=60.1518;RBI=0.0617712;REFB=0;REVB=0.0425923;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595557;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr7 139727135 . G A 1007.05 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.437;QD=59.2384;RBI=0.0318027;REFB=0;REVB=0.0303905;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85469e-05;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:23:43:0:0:24:44:0:0 chr7 139784641 . A G 729.87 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.687;QD=62.1162;RBI=0.0252078;REFB=0;REVB=0.0218656;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54476e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr7 139785189 . C CCA 30.2 PASS AF=0.25;AO=4;DP=34;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=9.69486e-29;FXX=0.11107;HRUN=4;LEN=2;MLLD=20.5251;QD=5.03256;RBI=0.0833844;REFB=-0.0683521;REVB=0.0833844;RO=28;SAF=0;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.207792;OID=.;OPOS=139785190;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:4:34:6:24:18:0:6:0:18:30:28:0:4:10:18 chr7 139788678 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.010902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.155;QD=11.9195;RBI=0.0334046;REFB=-0.0384017;REVB=0.0315755;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0339146;OID=.;OPOS=139788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:5:2:5:3:5:2:5:4 chr7 140037159 . A AG 89.5 PASS AF=0.410256;AO=6;DP=42;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0912393;FXX=0.0714116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1685;QD=9.17933;RBI=0.161714;REFB=0.00139489;REVB=0.133518;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264016;STB=0.664231;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=0.0216753;OID=.;OPOS=140037160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:6:42:16:39:23:7:9:4:19:89:35:1:5:12:23 chr7 140037162 . A G 112.42 PASS AF=0.282051;AO=7;DP=41;FAO=11;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0282394;FXX=0.0487686;HRUN=9;LEN=1;MLLD=24.9972;QD=11.5298;RBI=0.193834;REFB=-0.104305;REVB=0.191766;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675471;STB=0.783842;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0565995;OID=.;OPOS=140037162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:41:39:17:15:7:11:0.282051:1:6:3:14:3:8:3:12 chr7 140051722 . C T 207.25 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0525663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0552;QD=24.3822;RBI=0.0541226;REFB=-0.00630903;REVB=-0.0128855;RO=14;SAF=16;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277525;STB=0.656542;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00719832;OID=.;OPOS=140051722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:4:16:7:7:4:16:7:7 chr7 140051764 . GTTTTC GTTT,GTTTC 30.96 PASS AF=0.190476,0.0238095;AO=7,6;DP=42;FAO=8,1;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=7,1;FSAR=1,0;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0909468,-0.114935;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=26.7548,13.1171;QD=2.94825;RBI=0.195901,0.288613;REFB=-0.0409425,-0.0427449;REVB=-0.17351,-0.264741;RO=25;SAF=6,4;SAR=1,2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0.515625,0.515625;SSEP=0,0;SSSB=0.377228,0.0845942;STB=0.783163,0.987921;STBP=0.141,0.472;TYPE=del,del;VARB=0.15263,0.0397261;OID=.,.;OPOS=140051768,140051765;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476,0.0238095:7,6:42:8,1:42:33:7,1:1,0:20:13:26:25:6,4:1,2:15:10 chr7 140051790 . T C 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00183975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.868;QD=11.5704;RBI=0.010046;REFB=-0.00962585;REVB=-0.00987608;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216566;STB=0.615867;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0155336;OID=.;OPOS=140051790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:13:11:27:14:13:11:27:15 chr7 140258000 . T C 435.69 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.151;QD=54.4612;RBI=0.0203605;REFB=-0.0201553;REVB=-0.0157165;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00136065;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:22:9:0:0:22:9:0:1 chr7 140301731 . G T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00591505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.111;QD=47.8153;RBI=0.0306258;REFB=-0.050561;REVB=0.0300492;RO=1;SAF=20;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225392;STB=0.512183;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000571088;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:1:20:1:0:1:20:1:0 chr7 140426257 . A G 257.68 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0303201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3644;QD=19.8214;RBI=0.0459511;REFB=-0.00347322;REVB=0.0345281;RO=25;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23507;STB=0.63148;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00471088;OID=.;OPOS=140426257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:9:18:10:15:9:18:10:15 chr7 140774467 . C G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0651975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0335;QD=18.8198;RBI=0.0654491;REFB=0.038274;REVB=0.00573276;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547311;STB=0.5312;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0286069;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:2:8:9:3:2:8 chr7 141176928 . G A 380.54 PASS AF=0.416667;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00794769;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6165;QD=15.8559;RBI=0.0167024;REFB=-0.00538908;REVB=0.0146903;RO=53;SAF=14;SAR=25;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000536966;STB=0.506893;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00779734;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:56:39:40:0.416667:25:14:19:34:26:14:19:37 chr7 141176941 . C T 360.92 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0222283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8994;QD=15.1966;RBI=0.0318319;REFB=-0.0113148;REVB=-0.0227853;RO=56;SAF=13;SAR=26;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695671;STB=0.503935;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0166034;OID=.;OPOS=141176941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:26:13:19:37:26:13:19:37 chr7 141439003 . C T 162.02 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00138528;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.813;QD=18.5162;RBI=0.00741519;REFB=-0.0110426;REVB=-0.00728465;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159503;STB=0.601887;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0101284;OID=.;OPOS=141439003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:16:17:0.485714:9:7:11:7:10:7:11:7 chr7 141464765 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.557;QD=56.9567;RBI=0.0161778;REFB=0;REVB=0.00653165;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93202e-05;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr7 141478308 . T C 740.12 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.143;QD=56.9324;RBI=0.0490055;REFB=0;REVB=0.00218748;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635185;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr7 141478574 . G C 750.51 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466771;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.059;QD=63.873;RBI=0.0466966;REFB=0;REVB=0.00135017;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518429;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr7 141478800 . G A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.52;QD=57.2359;RBI=0.0182876;REFB=0;REVB=-0.0180913;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9151e-05;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr7 141490238 . G T 740.61 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417814;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.294;QD=56.9696;RBI=0.0743548;REFB=0;REVB=0.0742373;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192522;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr7 141501943 . G C 627.59 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968179;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1783;QD=61.2278;RBI=0.126424;REFB=0;REVB=0.0812977;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278769;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:28:11:0:0:28:13:0:0 chr7 141537735 . T G 1983.81 PASS AF=0.984962;AO=126;DP=129;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00105261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.627;QD=59.6633;RBI=0.00244273;REFB=-0.0145552;REVB=-0.0022043;RO=2;SAF=53;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241604;STB=0.501236;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00321674;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:133:2:2:126:131:0.984962:73:53:1:1:76:55:1:1 chr7 141537942 . T A,TCAA 422.42 PASS AF=0,1;AO=3,22;DP=44;FAO=0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566106,0.0533398;FXX=0.0937207;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=80.1468,255.555;QD=58.2648;RBI=0.0668338,0.0731205;REFB=0,0;REVB=0.0355245,0.0500147;RO=19;SAF=1,3;SAR=2,19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100489,-0.348218;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0585909,0.00136506;OID=.,.;OPOS=141537942,141537943;OREF=T,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:44:29:19:0:3,22:0,29:0,1:2,19:1,3:8:11:0,21:0,8:0:0 chr7 141537945 . T A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=16;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0257742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.601;QD=12.5696;RBI=0.0409085;REFB=-0.0247391;REVB=-0.0317678;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315574;STB=0.644994;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0366373;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:16:15:0.365854:9:7:4:21:9:6:5:21 chr7 141672604 . T C 341.72 PASS AF=1;AO=15;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9412;QD=52.572;RBI=0.165814;REFB=0;REVB=0.0562732;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038799;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:15:26:1:12:3:0:0:12:14:0:0 chr7 141673345 . C G 522.72 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9593;QD=58.08;RBI=0.0735317;REFB=0;REVB=0.0466487;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473469;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chr7 141724852 . C T 203.36 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00121664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7448;QD=10.2965;RBI=0.0497848;REFB=0.00238866;REVB=-0.04977;RO=50;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134802;STB=0.575325;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00901321;OID=.;OPOS=141724852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:50:53:26:26:0.329114:17:9:23:27:17:9:24:29 chr7 141727526 . G T 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00522269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3096;QD=17.3786;RBI=0.0160272;REFB=-0.0231552;REVB=-0.0151523;RO=36;SAF=8;SAR=25;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137673;STB=0.588808;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.02885;OID=.;OPOS=141727526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:25:8:13:23:25:8:14:23 chr7 141747658 . A G 804.47 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.033452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4963;QD=53.6312;RBI=0.0358077;REFB=0.0454511;REVB=-0.012773;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324906;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00116146;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:2:2:56:58:0.966667:28:28:0:2:28:30:0:2 chr7 141755358 . T C 369.97 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.000593997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4675;QD=14.0943;RBI=0.00995238;REFB=-0.00332864;REVB=0.00993464;RO=62;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458467;STB=0.525884;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00705858;OID=.;OPOS=141755358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:21:22:29:33:21:22:29:33 chr7 141767153 . C T 267.57 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00625415;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.71;QD=15.974;RBI=0.00900358;REFB=-0.0245887;REVB=0.00647688;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105128;STB=0.559282;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0358725;OID=.;OPOS=141767153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:17:13:20:17:17:13:20:17 chr7 141784326 . G C 662.21 PASS AF=0.404372;AO=74;DP=184;FAO=74;FDP=183;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=39;FWDB=-0.022372;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2712;QD=14.4744;RBI=0.0495508;REFB=-0.00282568;REVB=0.0442129;RO=107;SAF=46;SAR=28;SRF=69;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262309;STB=0.513109;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00435462;OID=.;OPOS=141784326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:107:109:74:74:0.404372:28:46:69:38:28:46:70:39 chr7 141796131 . G A 632.88 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00256369;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.404;QD=57.5348;RBI=0.0201119;REFB=0.00362137;REVB=0.0199478;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228919;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=6.46929e-05;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:1:2:42:42:0.954545:20:22:0:1:20:22:1:1 chr7 141857846 . A G 2353.56 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032625;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.857;QD=61.1314;RBI=0.0374209;REFB=0;REVB=0.0183285;RO=0;SAF=92;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95965e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:62:92:0:0:62:92:0:0 chr7 141872523 . T A 1263.58 PASS AF=0.965517;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00208408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.203;QD=58.0956;RBI=0.0257778;REFB=-0.00739303;REVB=0.0256934;RO=2;SAF=51;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053738;STB=0.509852;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=5.46526e-05;OID=.;OPOS=141872523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:2:3:83:84:0.965517:32:51:1:1:33:51:1:2 chr7 141889244 . C G 262.91 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.000793977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.188;QD=12.6706;RBI=0.00378639;REFB=0.000661564;REVB=-0.00370221;RO=51;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189218;STB=0.613129;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0011431;OID=.;OPOS=141889244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:14:17:19:32:14:17:19:33 chr7 141898522 . T A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.037;QD=57.1947;RBI=0.0109014;REFB=0;REVB=0.00904625;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106312;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr7 141920378 . A T 183.46 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0132871;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.965;QD=13.8461;RBI=0.059886;REFB=0.00956902;REVB=0.0583934;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212034;STB=0.628267;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00602506;OID=.;OPOS=141920378;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:31:22:22:0.415094:10:12:10:20:10:12:10:21 chr7 141957503 . GA G,GG 358.17 PASS AF=0.259259,0.740741;AO=6,21;DP=27;FAO=7,20;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=5,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244451,0.00312219;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.09,246.971;QD=53.0626;RBI=0.0472001,0.0479692;REFB=0,0;REVB=0.0471368,0.0478674;RO=0;SAF=2,12;SAR=4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0112211,0.00110771;OID=.,.;OPOS=141957504,141957504;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.259259,0.740741:6,21:27:7,20:27:0:2,12:5,8:0:0:29:0:2,12:4,9:0:0 chr7 142001030 . A G 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.644;QD=59.8533;RBI=0.0675581;REFB=0;REVB=0.0519107;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182023;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr7 142013384 . G C 919.52 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.299;QD=58.3821;RBI=0.0411404;REFB=0;REVB=0.0332511;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165465;OID=.;OPOS=142013384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr7 142045613 . G T 94.68 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00568141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.833;QD=6.64419;RBI=0.0270987;REFB=-0.00562216;REVB=-0.0264964;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868546;STB=0.545389;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0237329;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:42:43:14:14:0.245614:8:6:21:21:8:6:21:22 chr7 142045678 . ACT GTC 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00132963;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=232.768;QD=6.43996;RBI=0.00142307;REFB=-0.00645227;REVB=-0.000507161;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123002;STB=0.576811;STBP=0.503;TYPE=mnp;VARB=0.0243664;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:9:5:20:24:9:5:20:24 chr7 142045683 . A G 100.66 PASS AF=0.25;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0423084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.593;QD=6.71083;RBI=0.0455426;REFB=-0.00253472;REVB=0.0168561;RO=43;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800569;STB=0.534201;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0103032;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:43:45:15:15:0.25:9:6:20:23:9:6:20:25 chr7 142045690 . A G 101.33 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00615059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.711;QD=6.86997;RBI=0.0204842;REFB=0.00438113;REVB=-0.019539;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675017;STB=0.541611;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0122348;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:9:6:20:24:9:6:20:24 chr7 142045692 . AC GT 96.88 PASS AF=0.254237;AO=14;DP=60;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00347205;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.198;QD=6.56782;RBI=0.018406;REFB=-0.00419696;REVB=-0.0180756;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150215;STB=0.558542;STBP=0.635;TYPE=mnp;VARB=0.0117673;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:60:59:44:44:14:15:0.254237:9:5:21:23:9:6:21:23 chr7 142045802 . T C 173.45 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.126803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5728;QD=9.772;RBI=0.127751;REFB=-0.0106542;REVB=-0.0155299;RO=47;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011676;STB=0.513502;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0175791;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:48:23:23:0.323944:11:12:25:22:11:12:26:22 chr7 142045848 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.658;QD=64.4133;RBI=0.0751244;REFB=0;REVB=0.0102487;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200241;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:33:17:0:0 chr7 142045897 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00299678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.307;QD=9.83022;RBI=0.00520867;REFB=-0.00234997;REVB=-0.00426022;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227887;STB=0.640759;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0027048;OID=.;OPOS=142045897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:10:2:8:18:10:2:8:18 chr7 142045899 . A G 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0143292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7938;QD=6.39525;RBI=0.0167348;REFB=0.0146075;REVB=0.00864449;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460663;STB=0.777323;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0349944;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:5:24:4:5:5:24 chr7 142045912 . A G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.00862676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.638;QD=6.5954;RBI=0.0289168;REFB=-0.00106055;REVB=-0.0276;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450145;STB=0.770975;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00273844;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:5:23:4:5:5:23 chr7 142045924 . A G 333.09 PASS AF=0.794118;AO=26;DP=33;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0169033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8933;QD=39.1868;RBI=0.0291914;REFB=-0.058595;REVB=0.0237995;RO=7;SAF=3;SAR=23;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380219;STB=0.674117;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.015617;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:34:7:7:26:27:0.794118:23:3:5:2:23:4:5:2 chr7 142119831 . G A 658.29 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0162099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.2;QD=56.0243;RBI=0.0212435;REFB=-0.122408;REVB=0.0137304;RO=3;SAF=24;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146504;STB=0.507809;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0164817;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:20:24:2:1:20:24:2:1 chr7 142124170 . C G,T 1099.96 PASS AF=0.0394737,0.947368;AO=3,72;DP=76;FAO=3,72;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=1,43;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238529,0.00929463;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.9847,201.624;QD=57.8925;RBI=0.0414623,0.0127963;REFB=-0.0573216,-0.0909784;REVB=-0.0339141,-0.00879518;RO=1;SAF=1,43;SAR=2,29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0160282;STB=0.59939,0.508472;STBP=0.681,0.297;TYPE=snp,snp;VARB=0.0592028,0.00142734;OID=.,.;OPOS=142124170,142124170;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:1:1:3,72:3,72:0.0394737,0.947368:2,29:1,43:0:1:2,29:1,43:0:1 chr7 142124424 . T G 1461.84 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=99;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00327464;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.997;QD=57.8946;RBI=0.00659718;REFB=-0.101718;REVB=0.00572708;RO=1;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886502;STB=0.504504;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00234667;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:101:1:1:97:100:0.990099:53:44:0:1:55:45:0:1 chr7 142131832 . C T 151.78 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00911317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.823;QD=8.67308;RBI=0.0196807;REFB=-0.00212539;REVB=0.0174436;RO=49;SAF=4;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503805;STB=0.800263;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00445985;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:17:4:30:19:17:4:30:19 chr7 142131836 . C G 88.22 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0519173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.642;QD=5.60154;RBI=0.0532278;REFB=-0.00867788;REVB=-0.0117383;RO=46;SAF=3;SAR=11;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456375;STB=0.779917;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0136449;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:46:49:14:14:0.222222:11:3:27:19:11:3:28:21 chr7 142131858 . C A 78.14 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0671465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.535;QD=6.25099;RBI=0.0677364;REFB=-0.0112735;REVB=-0.00892023;RO=38;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287599;STB=0.676588;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0318566;OID=.;OPOS=142131858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:38:39:11:11:0.22:8:3:19:19:8:3:19:20 chr7 142139348 . C T 1443.83 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203441;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.961;QD=62.7754;RBI=0.024251;REFB=0;REVB=0.0131995;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149452;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:48:42:0:0:50:42:0:0 chr7 142139773 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0118964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.935;QD=17.3212;RBI=0.0167789;REFB=-0.0324131;REVB=-0.0118324;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259537;STB=0.649799;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0328485;OID=.;OPOS=142139773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:9:9:12:4:9:9 chr7 142139783 . C A 487.09 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102239;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.998;QD=59.0412;RBI=0.0130011;REFB=0;REVB=0.00803115;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48029e-05;OID=.;OPOS=142139783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr7 142143804 . A C 1587.97 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0106707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.342;QD=57.7444;RBI=0.014325;REFB=-0.0447549;REVB=0.00955723;RO=2;SAF=72;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682014;STB=0.503401;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00101212;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:110:2:2:107:108:0.981818:35:72:1:1:36:72:1:1 chr7 142143879 . A T 87.71 PASS AF=0.134752;AO=19;DP=141;FAO=19;FDP=141;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=-0.0231247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7164;QD=2.48822;RBI=0.023171;REFB=-0.00290687;REVB=-0.00146449;RO=122;SAF=7;SAR=12;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224652;STB=0.654225;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0100719;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:141:141:122:122:19:19:0.134752:12:7:67:55:12:7:67:55 chr7 142143906 . GT CC 148.79 PASS AF=0.20155;AO=26;DP=129;FAO=26;FDP=129;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.0134561;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=2;MLLD=292.365;QD=4.61359;RBI=0.0283268;REFB=-0.00344543;REVB=0.0249268;RO=101;SAF=12;SAR=14;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129985;STB=0.580508;STBP=0.371;TYPE=mnp;VARB=0.0141857;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:101:103:26:26:0.20155:14:12:57:44:14:12:58:45 chr7 142143941 . T C 204.37 PASS AF=0.242188;AO=31;DP=125;FAO=31;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.0072229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.387;QD=6.3866;RBI=0.0107905;REFB=-0.00149804;REVB=-0.00801655;RO=94;SAF=13;SAR=18;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152714;STB=0.588179;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00874031;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:94:97:31:31:0.242188:18:13:51:43:18:13:52:45 chr7 142144022 . T C 148.73 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0212774;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.044;QD=7.43652;RBI=0.0308545;REFB=-0.0126703;REVB=-0.0223445;RO=58;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764293;STB=0.55151;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0373926;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:59:21:21:0.2625:11:10:24:34:11:10:24:35 chr7 142144059 . A C 56.79 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0173434;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242;QD=3.54966;RBI=0.0245703;REFB=-0.00283341;REVB=-0.0174042;RO=54;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161617;STB=0.609167;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0243581;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:67:64:54:54:10:10:0.15625:5:5:20:34:5:5:20:34 chr7 142144091 . GG AA 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0129281;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=216.461;QD=3.37585;RBI=0.0172537;REFB=5.08435e-05;REVB=-0.011426;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417388;STB=0.791617;STBP=0.138;TYPE=mnp;VARB=-0.000310007;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:40:41:7:7:0.145833:2:5:14:26:2:5:14:27 chr7 142144101 . C T 41.31 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0265083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7703;QD=3.84325;RBI=0.0266196;REFB=-0.00715639;REVB=-0.00243165;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575563;STB=0.851547;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0148205;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:43:31:36:7:7:0.162791:2:5:6:25:2:5:8:28 chr7 142149160 . T G 1867.11 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0206553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.37;QD=59.2734;RBI=0.0247146;REFB=0.101844;REVB=0.013571;RO=3;SAF=52;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414528;STB=0.501314;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00219896;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:3:2:123:124:0.984127:71:52:1:2:72:52:1:1 chr7 142149349 . A C 727.47 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.842;QD=63.2582;RBI=0.0429383;REFB=0;REVB=0.0329925;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140991;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr7 142162001 . A C 2124.83 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000152102;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.17;QD=62.0389;RBI=0.0176068;REFB=-0.0969185;REVB=0.0176062;RO=1;SAF=65;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725767;STB=0.503816;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=2.63253e-05;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:71:65:1:0:71:65:1:0 chr7 142162148 . C T 1913.09 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.2;QD=61.7126;RBI=0.0349736;REFB=0;REVB=-0.0340298;RO=0;SAF=74;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12665e-05;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:50:74:0:0:50:74:0:0 chr7 142162306 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.918;QD=64.1537;RBI=0.0208104;REFB=0;REVB=0.00608804;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66089e-05;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr7 142168429 . A G 739.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.245;QD=54.7416;RBI=0.0838337;REFB=0;REVB=0.00318073;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300632;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:33:17:0:0:33:21:0:0 chr7 142168452 . C A 900.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6095;QD=57.1596;RBI=0.0165848;REFB=0;REVB=0.00323107;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265752;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:35:26:0:0:37:26:0:0 chr7 142168662 . CG TC 931.88 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373147;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.866;QD=58.2426;RBI=0.0418275;REFB=0;REVB=0.0416608;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.29778e-05;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:38:25:0:0:39:25:0:0 chr7 142168803 . C G 30.76 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.123329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5046;QD=2.27822;RBI=0.124365;REFB=0.00379136;REVB=-0.0160235;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3147;STB=0.759902;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0563082;OID=.;OPOS=142168803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:53:54:47:48:6:6:0.111111:5:1:19:28:5:1:20:28 chr7 142168818 . C T 41.17 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0283097;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.681;QD=3.50402;RBI=0.028518;REFB=-0.00683823;REVB=0.00344089;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401525;STB=0.787388;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0297569;OID=.;OPOS=142168818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:48:47:39:40:7:7:0.148936:6:1:17:22:6:1:17:23 chr7 142168819 . G A 512.89 PASS AF=0.808511;AO=37;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0358497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.247;QD=43.6504;RBI=0.0415673;REFB=-0.0513202;REVB=0.0210389;RO=9;SAF=16;SAR=21;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368563;STB=0.517312;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0105483;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:47:47:9:9:37:38:0.808511:21:16:3:6:22:16:3:6 chr7 142168825 . C A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0347859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.788;QD=3.63735;RBI=0.0788465;REFB=-0.000648905;REVB=0.0707581;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446522;STB=0.813302;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0127644;OID=.;OPOS=142168825;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:37:38:7:7:0.155556:6:1:18:19:6:1:18:20 chr7 142168852 . T TG 169.25 PASS AF=0.840909;AO=6;DP=45;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00461806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.77859;QD=15.3863;RBI=0.0646445;REFB=0.03525;REVB=-0.0644794;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10641;STB=0.551095;STBP=0.141;TYPE=ins;VARB=0.0327674;OID=.;OPOS=142168853;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.840909:6:45:37:44:7:17:20:1:6:19:39:3:3:16:23 chr7 142168856 . C G 468.87 PASS AF=0.8;AO=34;DP=43;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0518468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8515;QD=41.6773;RBI=0.056572;REFB=0.00765259;REVB=0.0226342;RO=9;SAF=14;SAR=20;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770042;STB=0.54543;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00498823;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:45:9:9:34:36:0.8:20:14:2:7:20:16:2:7 chr7 142168862 . A G 40.68 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00559447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7886;QD=3.46209;RBI=0.0170261;REFB=-0.00557433;REVB=0.0160808;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378513;STB=0.771832;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0336267;OID=.;OPOS=142168862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:39:40:7:7:0.148936:6:1:16:23:6:1:16:24 chr7 142176378 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.772;QD=58.7807;RBI=0.0431085;REFB=0;REVB=0.0393775;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101348;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr7 142180704 . G T 407.82 PASS AF=0.277512;AO=58;DP=209;FAO=58;FDP=209;FR=.;FRO=151;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=85;FSRR=66;FWDB=-0.0129584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.071;QD=7.80507;RBI=0.0189759;REFB=-0.00533447;REVB=-0.0138623;RO=148;SAF=23;SAR=35;SRF=84;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20766;STB=0.619327;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0110479;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:148:151:58:58:0.277512:35:23:84:64:35:23:85:66 chr7 142180737 . T A 434.06 PASS AF=0.303191;AO=57;DP=188;FAO=57;FDP=188;FR=.;FRO=131;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=61;FWDB=0.0184259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.49;QD=9.23534;RBI=0.0313251;REFB=-0.00794692;REVB=-0.0253327;RO=131;SAF=23;SAR=34;SRF=70;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156895;STB=0.591328;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0546579;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:131:131:57:57:0.303191:34:23:70:61:34:23:70:61 chr7 142180770 . T C 334.36 PASS AF=0.283133;AO=47;DP=167;FAO=47;FDP=166;FR=.;FRO=119;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=0.00301027;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.844;QD=8.05675;RBI=0.0112226;REFB=-0.00461077;REVB=-0.0108113;RO=116;SAF=17;SAR=30;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160763;STB=0.598383;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0149011;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:116:119:47:47:0.283133:30:17:57:59:30:17:59:60 chr7 142231625 . C A 156.99 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00395233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9527;QD=16.1018;RBI=0.0310885;REFB=-0.016502;REVB=-0.0308363;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204779;STB=0.618896;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0284645;OID=.;OPOS=142231625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:4:13:13:9:4:13:13:9 chr7 142231701 . G T 258.81 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0121636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1064;QD=20.2988;RBI=0.0329145;REFB=-0.023423;REVB=-0.0305845;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081737;STB=0.545422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.018623;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:23:24:26:27:0.529412:9:17:17:6:9:18:18:6 chr7 142242478 . C G 33.45 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=-0.0433885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.186;QD=1.08786;RBI=0.0444332;REFB=-0.00268059;REVB=0.00957883;RO=113;SAF=3;SAR=7;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19415;STB=0.660715;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0488766;OID=.;OPOS=142242478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:123:123:113:113:10:10:0.0813008:7:3:53:60:7:3:53:60 chr7 142242511 . A G 49.21 PASS AF=0.106195;AO=12;DP=113;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=-0.0538895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1602;QD=1.74196;RBI=0.0569109;REFB=0.00291471;REVB=-0.0182966;RO=100;SAF=5;SAR=7;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587022;STB=0.537573;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0302797;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:113:113:100:101:12:12:0.106195:7:5:37:63:7:5:38:63 chr7 142242552 . G T 50.94 PASS AF=0.123596;AO=11;DP=89;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=-0.0339692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.015;QD=2.28946;RBI=0.0346468;REFB=-0.00266319;REVB=-0.00681879;RO=78;SAF=3;SAR=8;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01412;STB=0.510185;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.01727;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:89:89:78:78:11:11:0.123596:8:3:22:56:8:3:22:56 chr7 142247134 . T C 717.22 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800613;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.603;QD=57.3773;RBI=0.0638769;REFB=0;REVB=0.0633731;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349283;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr7 142247263 . G A 42.47 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00901417;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.517;QD=4.35613;RBI=0.00911023;REFB=-0.000568755;REVB=-0.00131943;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434702;STB=0.788538;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00462606;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:39:28:32:7:7:0.179487:6:1:13:15:6:1:14:18 chr7 142247270 . TG CA 35.47 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0209914;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.489;QD=4.29975;RBI=0.0217545;REFB=0.0142423;REVB=-0.00571105;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421986;STB=0.805375;STBP=0.134;TYPE=mnp;VARB=-0.0133339;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:34:33:26:27:6:6:0.181818:5:1:13:13:5:1:14:13 chr7 142247288 . T C 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0209277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.509;QD=6.90651;RBI=0.0293299;REFB=-0.0105647;REVB=-0.0205493;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430617;STB=0.775325;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.02745;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:9:2:18:17:9:2:18:17 chr7 142247347 . AT CC 80.7 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0524171;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=2;MLLD=98.9181;QD=7.17299;RBI=0.0744791;REFB=-0.000784659;REVB=-0.0529111;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223921;STB=0.680509;STBP=0.203;TYPE=mnp;VARB=0.000457555;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:46:45:29:34:11:11:0.244444:8:3:13:16:8:3:17:17 chr7 142247380 . T A 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0130464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.629;QD=5.06433;RBI=0.0272786;REFB=0.00598426;REVB=0.0239565;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755954;STB=0.549876;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0204412;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:14:18:4:4:14:18 chr7 142247396 . A T 42.54 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0090904;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.816;QD=4.47782;RBI=0.0370497;REFB=-0.00428725;REVB=-0.0359172;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146643;STB=0.596741;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0160969;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:38:29:31:7:7:0.184211:3:4:13:16:3:4:14:17 chr7 142250938 . T G 873.93 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412152;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.646;QD=58.2621;RBI=0.0543727;REFB=0;REVB=0.0354641;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300797;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:37:22:0:0:38:22:0:0 chr7 142250988 . G A 727.26 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6363;QD=57.0402;RBI=0.0349229;REFB=0;REVB=0.00245248;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348488;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:24:27:0:0 chr7 142251132 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.371;QD=58.142;RBI=0.0335266;REFB=0;REVB=0.0167018;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142842;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr7 142326607 . C T 1160.29 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.312;QD=60.2746;RBI=0.0211327;REFB=0;REVB=0.0191643;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81372e-05;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:43:30:0:0:44:33:0:0 chr7 142326909 . C A,G 782.54 PASS AF=0.08,0.92;AO=4,46;DP=50;FAO=4,46;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=4,20;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662202,0.00735146;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.557,72.5456;QD=62.6033;RBI=0.0241994,0.0341792;REFB=0,0;REVB=-0.0232758,0.0333792;RO=0;SAF=4,20;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0555001,-0.0121822;OID=.,.;OPOS=142326909,142326909;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:50:50:0:0:4,46:4,46:0.08,0.92:0,26:4,20:0:0:0,26:4,20:0:0 chr7 142334648 . A T 1560.31 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865589;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.927;QD=59.4403;RBI=0.0211511;REFB=0;REVB=-0.0192988;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675603;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:103:105:1:53:50:0:0:55:50:0:0 chr7 142378633 . G A 455.72 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000749755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4532;QD=55.2389;RBI=0.0720752;REFB=-0.139108;REVB=0.0720713;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207543;STB=0.511104;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00280138;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:1:1:32:32:0.969697:22:10:0:1:22:10:0:1 chr7 142378831 . C G 613.75 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.061;QD=61.3751;RBI=0.0910602;REFB=0;REVB=0.0908634;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337348;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:18:22:0:0 chr7 142423562 . C T 1156.79 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157216;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0214;QD=60.8837;RBI=0.0378299;REFB=0;REVB=0.0344083;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421155;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr7 142458451 . A T 48.37 PASS AF=0.0787037;AO=17;DP=216;FAO=17;FDP=216;FR=.;FRO=199;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=102;FSRR=97;FWDB=0.00147478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.574;QD=0.895733;RBI=0.00760978;REFB=0.000165131;REVB=-0.00746551;RO=198;SAF=10;SAR=7;SRF=102;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833709;STB=0.570093;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00416349;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:216:216:198:199:17:17:0.0787037:7:10:102:96:7:10:102:97 chr7 142458829 . A G 60.9 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00764863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.805;QD=2.97063;RBI=0.0129347;REFB=-0.00463325;REVB=-0.010431;RO=70;SAF=5;SAR=7;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861139;STB=0.559327;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0267681;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:70:70:12:12:0.146341:7:5:34:36:7:5:34:36 chr7 142458837 . A T 51.79 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0133791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.246;QD=2.38099;RBI=0.0155708;REFB=-0.00646182;REVB=0.00796545;RO=74;SAF=4;SAR=7;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199231;STB=0.630789;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0406246;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:87:74:76:11:11:0.126437:7:4:39:35:7:4:39:37 chr7 142458841 . AT A 46.26 PASS AF=0.117647;AO=11;DP=86;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0184829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.44;QD=2.17706;RBI=0.021804;REFB=0.0012377;REVB=-0.0115671;RO=75;SAF=4;SAR=7;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190859;STB=0.605423;STBP=0.488;TYPE=del;VARB=-0.0135154;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117647:11:86:10:85:75:4:6:39:36:46:75:4:7:39:36 chr7 142458967 . A T 30.1 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0549254;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6165;QD=2.14974;RBI=0.0808008;REFB=-0.0137234;REVB=-0.0592619;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968006;STB=0.588998;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0625993;OID=.;OPOS=142458967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:56:48:50:6:6:0.107143:3:3:20:28:3:3:20:30 chr7 142458972 . T C 32.31 PASS AF=0.113208;AO=4;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0510157;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.44;QD=2.43838;RBI=0.064705;REFB=-0.00245087;REVB=-0.0398012;RO=37;SAF=3;SAR=1;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438993;STB=0.603443;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0192736;OID=.;OPOS=142458972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:53:53:37:47:4:6:0.113208:1:3:12:25:3:3:18:29 chr7 142458987 . C G 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0239414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.505;QD=3.02616;RBI=0.0469893;REFB=-0.00241537;REVB=-0.0404327;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812017;STB=0.565533;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0289061;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:44:45:7:7:0.134615:4:3:16:28:4:3:16:29 chr7 142460335 . A G 197.78 PASS AF=0.204819;AO=34;DP=166;FAO=34;FDP=166;FR=.;FRO=132;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=-0.0107046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.118;QD=4.76585;RBI=0.0189867;REFB=-9.32988e-05;REVB=-0.0156813;RO=132;SAF=12;SAR=22;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153308;STB=0.595843;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000608133;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:132:132:34:34:0.204819:22:12:62:70:22:12:62:70 chr7 142460369 . G A 115.01 PASS AF=0.15942;AO=21;DP=138;FAO=22;FDP=138;FR=.;FRO=116;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=0.0435617;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.847;QD=3.33357;RBI=0.0436204;REFB=-0.00169158;REVB=-0.0022623;RO=113;SAF=6;SAR=15;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179284;STB=0.631453;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00819416;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:113:116:21:22:0.15942:15:6:47:66:16:6:48:68 chr7 142460394 . T C 105.37 PASS AF=0.155556;AO=21;DP=135;FAO=21;FDP=135;FR=.;FRO=114;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=0.0520547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6784;QD=3.12196;RBI=0.0640764;REFB=-0.00722695;REVB=-0.0373642;RO=113;SAF=6;SAR=15;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179284;STB=0.617598;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0522182;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:113:114:21:21:0.155556:15:6:47:66:15:6:47:67 chr7 142460412 . A C 74.55 PASS AF=0.135593;AO=16;DP=119;FAO=16;FDP=118;FR=.;FRO=102;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.039788;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.723;QD=2.52727;RBI=0.0407695;REFB=-0.00662718;REVB=-0.0088922;RO=103;SAF=3;SAR=13;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303814;STB=0.712713;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0199411;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:119:118:103:102:16:16:0.135593:13:3:41:62:13:3:40:62 chr7 142460415 . T C 42.77 PASS AF=0.0973451;AO=11;DP=113;FAO=11;FDP=113;FR=.;FRO=102;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.0321822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.735;QD=1.51386;RBI=0.0336776;REFB=0.000416475;REVB=0.00992403;RO=98;SAF=2;SAR=9;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31123;STB=0.733872;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0149588;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:113:98:102:11:11:0.0973451:9:2:41:57:9:2:41:61 chr7 142479915 . T C 491.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.818;QD=57.7811;RBI=0.046823;REFB=0;REVB=-0.0186098;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346915;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:16:18:0:0 chr7 142479954 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.643;QD=56.9988;RBI=0.00688818;REFB=0;REVB=0.0064046;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39925e-06;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr7 142480002 . C A 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.979;QD=59.1409;RBI=0.0377606;REFB=0;REVB=0.0370144;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88905e-05;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr7 142480067 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.949;QD=64.1535;RBI=0.026263;REFB=0;REVB=-0.00140806;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88441e-05;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr7 142495156 . T G 88.77 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0244162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4231;QD=14.7958;RBI=0.0716535;REFB=0.0279399;REVB=-0.0673652;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165392;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.0397284;OID=.;OPOS=142495156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:6:7:4:7:6:7 chr7 142498735 . A C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0178624;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.977;QD=8.81184;RBI=0.0180493;REFB=-0.00684698;REVB=-0.00259067;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304026;STB=0.686738;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0205268;OID=.;OPOS=142498735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:3:7:10:13:3:7:10:13 chr7 142498738 . C G 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0059975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.544;QD=9.82029;RBI=0.0119554;REFB=0.00329042;REVB=0.0103423;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334127;STB=0.702918;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00717715;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:10:13:3:8:10:13 chr7 142498833 . A T 449.73 PASS AF=0.505618;AO=43;DP=87;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0481088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.145;QD=20.2124;RBI=0.059965;REFB=-0.00502279;REVB=0.0357959;RO=43;SAF=19;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506326;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00902287;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:43:44:43:45:0.505618:24:19:19:24:25:20:19:25 chr7 142498837 . C T 383.11 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0251036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.693;QD=17.2182;RBI=0.0292913;REFB=-0.00756647;REVB=-0.0150929;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266913;STB=0.53484;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0155088;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:49:40:40:0.449438:22:18:19:26:22:18:19:30 chr7 142498897 . A G 394.7 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.00501209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.149;QD=17.3496;RBI=0.00525675;REFB=-0.0210949;REVB=0.00158502;RO=50;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565402;STB=0.513215;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0230275;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:50:50:40:41:0.450549:27:13:16:34:27:14:16:34 chr7 142499071 . T C 254.91 PASS AF=0.373494;AO=29;DP=79;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0998828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.975;QD=12.285;RBI=0.100134;REFB=-0.018527;REVB=-0.00708959;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176776;STB=0.550319;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0320235;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:48:52:29:31:0.373494:14:15:17:31:16:15:21:31 chr7 142561447 . AGGGGGGGT ACGGGGGGT,AGGGGGGT,AGGGGGGTG 67.2 PASS AF=0,0.44186,0;AO=2,19,2;DP=46;FAO=0,19,0;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=0,10,0;FSAR=0,9,0;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0225951,-0.0467755,-0.147294;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=39.1097,8.40529,22.1493;QD=6.25155;RBI=0.0719507,0.09894,0.147731;REFB=-0.0193455,-0.173742,-0.0894954;REVB=-0.0683108,-0.0871847,-0.0113584;RO=21;SAF=1,10,2;SAR=1,9,0;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0228352,0.0462776,0.514114;STB=0.5,0.560912,0.5;STBP=1,0.513,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.158638,0.0781084;OID=.,.,.;OPOS=142561448,142561448,142561454;OREF=G,G,GT;OALT=C,-,TG;OMAPALT=ACGGGGGGT,AGGGGGGT,AGGGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.44186,0:2,19,2:46:0,19,0:43:24:0,10,0:0,9,0:10:14:69:21:1,10,2:1,9,0:10:11 chr7 142562396 . AGCCCCCCCA AGCCCCCCA,AGCCCCCCAG,CAGCCCCCCA 91.3 PASS AF=0.296296,0.0740741,0;AO=13,4,3;DP=54;FAO=16,4,0;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6,4,0;FSAR=10,0,0;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.102071,0.120384,0.0977891;FXX=0;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,3;MLLD=10.6092,24.3777,25.8225;QD=6.76296;RBI=0.103609,0.12039,0.103617;REFB=-0.035131,-0.030715,-0.0229304;REVB=0.0177856,-0.00120764,-0.0342609;RO=31;SAF=6,4,0;SAR=7,0,3;SRF=18;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.137554,0.572433,-0.577707;STB=0.605927,0.997117,0.5;STBP=0.309,0.046,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.00972306,0.137431,0;OID=.,.,.;OPOS=142562398,142562404,142562396;OREF=C,CA,AGC;OALT=-,AG,CAG;OMAPALT=AGCCCCCCA,AGCCCCCCAG,CAGCCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:54:54:31:34:13,4,3:16,4,0:0.296296,0.0740741,0:7,0,3:6,4,0:18:13:10,0,0:6,4,0:18:16 chr7 142749866 . TG T 52.87 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.026175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.8555;QD=11.1305;RBI=0.0291026;REFB=-0.0770703;REVB=0.0127211;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305926;STB=0.717431;STBP=0.097;TYPE=del;VARB=0.0891184;OID=.;OPOS=142749867;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:8:19:9:19:10:2:7:6:4:52:11:2:6:6:5 chr7 142919731 . C A 117.4 PASS AF=0.65;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0236149;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8541;QD=23.4791;RBI=0.0281347;REFB=-0.00901099;REVB=-0.0152936;RO=7;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506659;STB=0.799398;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0113573;OID=.;OPOS=142919731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:20:7:7:12:13:0.65:11:1:4:3:12:1:4:3 chr7 143016928 . C T 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00132805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0077;QD=17.7991;RBI=0.0344554;REFB=-0.0025384;REVB=-0.0344298;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804904;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0031608;OID=.;OPOS=143016928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:13:11:9:11:13:11 chr7 143017807 . G T 1306.11 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00143251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.522;QD=60.7492;RBI=0.00925237;REFB=0.0492403;REVB=-0.0091408;RO=0;SAF=70;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516125;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-7.20601e-06;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:15:70:0:0:15:70:0:1 chr7 143036337 . C T 193.43 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0228551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.81;QD=14.0678;RBI=0.0236546;REFB=-0.000359673;REVB=-0.00609786;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185369;STB=0.593004;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000505415;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:12:10:9:23:13:10:9:23 chr7 143042837 . C T 446.89 PASS AF=0.626866;AO=41;DP=65;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00680933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.844;QD=26.6799;RBI=0.00886643;REFB=-0.0402334;REVB=-0.0056786;RO=24;SAF=20;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199602;STB=0.513546;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0249404;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:24:25:41:42:0.626866:21:20:11:13:22:20:11:14 chr7 143043240 . C T 154.83 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0289706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.29;QD=12.3867;RBI=0.066531;REFB=-0.0158202;REVB=0.0598922;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793519;STB=0.502759;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0312189;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:32:17:18:0.36:13:4:9:22:13:5:9:23 chr7 143053260 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.439;QD=58.1417;RBI=0.0325782;REFB=0;REVB=0.0306012;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018078;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 143088823 . T C 318.72 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.267;QD=50.9952;RBI=0.0383585;REFB=0;REVB=0.0365497;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00713858;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:22:25:1:11:11:0:0:14:11:0:0 chr7 143088867 . T C 222.53 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.828;QD=49.4513;RBI=0.060092;REFB=0;REVB=0.058527;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352269;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr7 143093538 . G A 1147.83 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8969;QD=60.4119;RBI=0.0281592;REFB=0;REVB=-0.0169976;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56142e-05;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:43:33:0:0 chr7 143097100 . A G 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0014;QD=59.0088;RBI=0.0422851;REFB=0;REVB=0.0342803;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645899;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr7 143141475 . T C 538.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7567;QD=59.875;RBI=0.0771415;REFB=0;REVB=0.0540167;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170609;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr7 143175154 . G A 291.33 PASS AF=0.355769;AO=36;DP=102;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0222602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.483;QD=11.2049;RBI=0.0270147;REFB=-0.0130585;REVB=-0.0153062;RO=65;SAF=21;SAR=15;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372016;STB=0.511634;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0204972;OID=.;OPOS=143175154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:65:67:36:37:0.355769:15:21:40:25:15:22:41:26 chr7 143175345 . C T 756.75 PASS AF=0.586777;AO=68;DP=120;FAO=71;FDP=121;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0268077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.79;QD=25.0165;RBI=0.0268135;REFB=-0.032417;REVB=0.000555022;RO=48;SAF=41;SAR=27;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959794;STB=0.540733;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0275035;OID=.;OPOS=143175345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:48:50:68:71:0.586777:27:41:23:25:30:41:24:26 chr7 143208968 . A G 542.4 PASS AF=0.653333;AO=45;DP=74;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0155699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6095;QD=28.9278;RBI=0.0345515;REFB=-0.00864167;REVB=-0.0308446;RO=20;SAF=21;SAR=24;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103846;STB=0.544396;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00565035;OID=.;OPOS=143208968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:20:26:45:49:0.653333:24:21:13:7:27:22:15:11 chr7 143556202 . C T 40.31 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00333656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.006;QD=14.6579;RBI=0.06944;REFB=-0.000717215;REVB=0.0693598;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00217466;OID=.;OPOS=143556202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:5:5:6:0.545455:3:2:1:4:4:2:1:4 chr7 143632618 . C T 390.53 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0248772;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.06;QD=18.8207;RBI=0.0319169;REFB=-0.0150689;REVB=0.0199953;RO=43;SAF=20;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108102;STB=0.506021;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0147267;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:43:40:40:0.481928:20:20:22:21:20:20:22:21 chr7 143633297 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0169135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.832;QD=9.91628;RBI=0.0171334;REFB=0.00543928;REVB=0.00273653;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571184;STB=0.853496;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00582525;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:8:1:10:7:8:1:10:7 chr7 143657801 . A G 670.37 PASS AF=0.617647;AO=61;DP=101;FAO=63;FDP=102;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0114739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.032;QD=26.2891;RBI=0.0155179;REFB=-0.0171744;REVB=-0.0104477;RO=39;SAF=27;SAR=34;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506691;STB=0.532568;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.012327;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:39:39:61:63:0.617647:34:27:20:19:36:27:20:19 chr7 143701884 . C T 105.29 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0494495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.506;QD=11.0826;RBI=0.0505075;REFB=-0.0019171;REVB=-0.0102838;RO=25;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460474;STB=0.787743;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00624329;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:12:1:8:17:12:1:8:17 chr7 143748364 . T C 298.09 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0304553;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.459;QD=13.5495;RBI=0.0356772;REFB=-0.0167572;REVB=0.0185831;RO=53;SAF=11;SAR=23;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226378;STB=0.624576;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0322389;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:23:11:28:25:23:11:28:26 chr7 143771408 . G C 832.61 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269463;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.483;QD=57.4214;RBI=0.0351646;REFB=0;REVB=0.0350612;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51977e-05;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:26:32:0:0 chr7 143771536 . G A 1205.66 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.086;QD=61.0461;RBI=0.0385084;REFB=0;REVB=0.0373172;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700063;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:34:41:0:0:38:41:0:0 chr7 143771557 . T C 376.89 PASS AF=0.47561;AO=40;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.021254;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.476;QD=18.3848;RBI=0.0234933;REFB=-0.00611347;REVB=-0.0100102;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100426;STB=0.550536;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00905932;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:40:39:0.47561:18:22:19:24:18:21:19:24 chr7 143771937 . G C 746.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.966;QD=63.5505;RBI=0.0244993;REFB=0;REVB=-0.000393039;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87941e-05;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr7 143807515 . T G 527.37 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.729;QD=57.0133;RBI=0.096771;REFB=-0.136014;REVB=0.0958156;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00124707;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:0:1:36:36:0.972973:17:19:0:0:17:19:1:0 chr7 143807518 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.394;QD=60.2305;RBI=0.0205021;REFB=0;REVB=0.0095529;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08777e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr7 143826603 . G T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.959;QD=62.0202;RBI=0.01897;REFB=0;REVB=0.017834;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29131e-05;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr7 143826697 . C G 239.42 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0160538;FXX=0.153807;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.753;QD=29.0211;RBI=0.0674949;REFB=-0.0204657;REVB=0.0655579;RO=11;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579622;STB=0.789196;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0686986;OID=.;OPOS=143826697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:33:11:11:20:22:0.666667:17:3:11:0:18:4:11:0 chr7 143826729 . ACTT A 382.98 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307435;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.479;QD=54.7119;RBI=0.0358844;REFB=0;REVB=0.0185074;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000122766;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:28:28:28:0:5:23:0:0:4:0:5:20:0:0 chr7 143882673 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0267637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6609;QD=6.92905;RBI=0.0376138;REFB=0.009421;REVB=-0.0264292;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542371;STB=0.845038;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0251157;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:5:10:1:5:5:10 chr7 143884103 . G A 271.9 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00485174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.015;QD=19.4212;RBI=0.0133052;REFB=-0.0146132;REVB=-0.012389;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628746;STB=0.535031;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0154107;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:14:15:12:15:14:15:12:15 chr7 144015434 . A G 297.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7601;QD=51.7158;RBI=0.0681626;REFB=0;REVB=0.0544106;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028553;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr7 144015437 . C T 272.88 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7227;QD=45.4794;RBI=0.014236;REFB=-0.199045;REVB=-0.00665321;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.538427;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00917244;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:22:22:0.916667:12:10:0:1:12:10:0:2 chr7 144095600 . A G 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.166;QD=39.1906;RBI=0.109716;REFB=0;REVB=-0.107686;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0055873;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr7 144098992 . G A 596.27 PASS AF=0.931818;AO=42;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0602008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8794;QD=54.2067;RBI=0.0607632;REFB=-0.0148595;REVB=0.00824789;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468749;STB=0.538443;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000512249;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:42:41:0.931818:19:23:0:2:18:23:0:3 chr7 144547012 . T C 296.31 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00979688;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.815;QD=16.236;RBI=0.0136921;REFB=-0.00654051;REVB=0.00956528;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789799;STB=0.546639;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00850312;OID=.;OPOS=144547012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:40:32:33:0.452055:17:15:16:25:17:16:16:24 chr7 148106477 . C G 289.73 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00810643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.06;QD=18.9989;RBI=0.0280365;REFB=-0.0174014;REVB=0.0268389;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271629;STB=0.650995;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00319901;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:12:19:9:21:12:19:9:21 chr7 148106490 . G A 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.014186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.89;QD=18.5769;RBI=0.0318794;REFB=-0.0118031;REVB=-0.0285492;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25672;STB=0.642986;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0135881;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:10:21:12:19:10:21 chr7 148113623 . ATAGTT A 340.44 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495523;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=286.135;QD=54.471;RBI=0.052742;REFB=0;REVB=-0.0180634;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.33211e-05;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:23:25:25:0:11:14:0:0:4:0:11:12:0:0 chr7 148143136 . A G 2030.12 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173705;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1233;QD=62.4654;RBI=0.0179322;REFB=0;REVB=-0.00445315;RO=0;SAF=61;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86062e-05;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:69:61:0:0:69:61:0:0 chr7 148481488 . G A 577.41 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0279627;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.343;QD=56.3329;RBI=0.0372607;REFB=0.150604;REVB=-0.0246262;RO=2;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445938;STB=0.523797;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00125724;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:20:19:0:2:20:19:0:2 chr7 148512040 . A AAT 33.29 PASS AF=0.190476;AO=7;DP=41;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0213933;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=19.3289;QD=3.17088;RBI=0.19191;REFB=-0.0705091;REVB=0.190714;RO=28;SAF=7;SAR=0;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.70086;STB=0.776956;STBP=0.14;TYPE=ins;VARB=0.172759;OID=.;OPOS=148512041;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476:7:41:8:42:34:7:1:21:13:33:28:7:0:15:13 chr7 148525904 . C G 561.54 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681116;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4533;QD=59.109;RBI=0.0706516;REFB=0;REVB=0.0187738;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854883;OID=.;OPOS=148525904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr7 148638572 . G A 1381.11 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.072262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9666;QD=61.3825;RBI=0.0783871;REFB=-0.00495604;REVB=-0.0303767;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000388295;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:51:38:0:0:51:38:0:1 chr7 148801091 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.88;QD=46.848;RBI=0.0266631;REFB=0;REVB=-0.0159989;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37612e-05;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr7 148801658 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.072;QD=54.5174;RBI=0.0208224;REFB=0;REVB=0.00165895;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08892e-05;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr7 148822810 . C T 1200.82 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.288;QD=60.8011;RBI=0.0858931;REFB=0;REVB=0.0386653;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209521;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:47:30:0:0:47:32:0:0 chr7 148848358 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.489;QD=55.0978;RBI=0.0430856;REFB=0;REVB=0.0395037;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167865;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr7 148851213 . G A 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.43;QD=50.835;RBI=0.0270375;REFB=-0.0704028;REVB=0.0148429;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000974768;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr7 148937136 . C A 222.13 PASS AF=0.5;AO=19;DP=41;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0859522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.412;QD=20.1939;RBI=0.0868044;REFB=-0.00799801;REVB=0.0121337;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365627;STB=0.637364;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.006515;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:22:22:19:22:0.5:16:3:10:12:17:5:10:12 chr7 148979060 . C T 52.91 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0581507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3909;QD=21.1642;RBI=0.0585076;REFB=0.0180481;REVB=-0.00645273;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.624624;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00462952;OID=.;OPOS=148979060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:2:5:1:1:2:5:1:2 chr7 148979649 . G T 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0129916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.993;QD=13.5605;RBI=0.0155343;REFB=-0.0138582;REVB=-0.00851657;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724617;STB=0.522714;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.021229;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:54:34:34:0.386364:17:17:22:29:17:17:25:29 chr7 148991712 . A G 64.54 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0124365;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.048;QD=8.90213;RBI=0.026066;REFB=-0.032762;REVB=-0.0229079;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223949;STB=0.60583;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0586051;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:29:21:20:8:9:0.310345:5:3:12:9:5:4:12:8 chr7 149112306 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000377018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.51;QD=52.613;RBI=0.00560132;REFB=0;REVB=0.00558861;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35582e-05;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr7 149152906 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0112357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.5;QD=16.0642;RBI=0.0270977;REFB=0.00465201;REVB=0.0246585;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218881;STB=0.623561;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0045307;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:10:16:12:19:10:16:12:19 chr7 149191460 . G A 424.17 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00531775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.541;QD=18.6449;RBI=0.00766246;REFB=-0.00637282;REVB=-0.00551677;RO=48;SAF=28;SAR=15;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243775;STB=0.635971;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0080137;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:15:28:19:29:15:28:19:29 chr7 149243619 . C T 152.21 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0141414;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2958;QD=12.6838;RBI=0.0643246;REFB=-0.024653;REVB=-0.0627509;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874984;STB=0.550063;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0373683;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:31:16:17:0.354167:7:9:14:15:8:9:14:17 chr7 149317053 . T C 448.25 PASS AF=0.404762;AO=50;DP=125;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0130025;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2817;QD=14.2302;RBI=0.048998;REFB=-0.000531273;REVB=0.0472413;RO=73;SAF=23;SAR=27;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135158;STB=0.587983;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00149472;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:73:75:50:51:0.404762:27:23:43:30:28:23:45:30 chr7 149317062 . C T 800.33 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=134;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0151576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9472;QD=23.8904;RBI=0.0386443;REFB=-0.0208809;REVB=0.0355476;RO=58;SAF=44;SAR=31;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841851;STB=0.54254;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0236649;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:58:59:75:75:0.559701:31:44:28:30:31:44:29:30 chr7 149318375 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00202334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.181;QD=26.6017;RBI=0.0144012;REFB=-0.0675215;REVB=0.0142584;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624686;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00118293;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:10:0:2:7:8:0.8:4:3:0:0:5:3:2:0 chr7 149318471 . C T 231.24 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0262035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4836;QD=23.1244;RBI=0.113513;REFB=-0.000218848;REVB=0.110447;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744335;STB=0.541628;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00359144;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:13:9:9:9:13:9:9:9 chr7 149332825 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00208332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.426;QD=27.3906;RBI=0.00748607;REFB=-0.0425519;REVB=-0.00719034;RO=11;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955169;STB=0.505295;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0255556;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:7:13:7:4:7:13:7:4 chr7 149332845 . C T 226.9 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.024568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.379;QD=27.5027;RBI=0.0276116;REFB=-0.0490727;REVB=-0.0126022;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211544;STB=0.60132;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0183601;OID=.;OPOS=149332845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:33:8:9:20:20:0.606061:7:13:2:6:7:13:3:6 chr7 149335542 . C T 286.08 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0085864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9384;QD=18.1638;RBI=0.0285956;REFB=-0.00261767;REVB=-0.027276;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996544;STB=0.555633;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00199693;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:16:15:19:13:16:15:19:13 chr7 149344105 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.683;QD=45.8067;RBI=0.077583;REFB=0;REVB=-0.0237787;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167406;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr7 149426305 . G GC 653.18 PASS AF=0.966102;AO=55;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.059859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5906;QD=44.2836;RBI=0.0946768;REFB=-0.00992205;REVB=0.0733525;RO=3;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463011;STB=0.51562;STBP=0.226;TYPE=ins;VARB=0.0025501;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.966102:55:59:57:59:2:26:31:0:2:4:3:26:29:0:3 chr7 149427409 . T G 1355.17 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166492;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.068;QD=61.5986;RBI=0.0170223;REFB=0;REVB=-0.00354434;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181529;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:53:32:0:0:55:33:0:0 chr7 149430438 . C G 103.27 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0130289;FXX=0.0499917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.698;QD=7.24692;RBI=0.018045;REFB=-0.00520948;REVB=-0.0124848;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397835;STB=0.524557;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00843579;OID=.;OPOS=149430438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:40:42:15:15:0.263158:8:7:20:20:8:7:21:21 chr7 149462523 . C G 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=-0.00011135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.558;QD=19.9055;RBI=0.0148014;REFB=-0.0241106;REVB=-0.0148009;RO=28;SAF=28;SAR=3;SRF=28;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309006;STB=0.666591;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0230877;OID=.;OPOS=149462523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:3:28:28:0:3:28:28:0 chr7 149462621 . T C 359.7 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.010336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2986;QD=17.5463;RBI=0.0159642;REFB=-0.0318488;REVB=-0.0121664;RO=43;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481394;STB=0.519195;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0267763;OID=.;OPOS=149462621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:16:22:27:16:16:22:27:17 chr7 149468137 . C T 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0141255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.721;QD=24.7086;RBI=0.0169574;REFB=-0.010987;REVB=0.00938204;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527522;STB=0.529386;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0103214;OID=.;OPOS=149468137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:15:8:7:10:15:8:7:10 chr7 149506211 . G GC 2380.02 PASS AF=1;AO=198;DP=214;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6176;QD=45.7697;RBI=0.134051;REFB=0;REVB=-0.00795294;RO=14;SAF=104;SAR=94;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000689992;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:198:214:208:208:0:108:100:0:0:43:14:104:94:9:5 chr7 149509419 . C T 140.37 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0409409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7383;QD=18.7161;RBI=0.0815878;REFB=0.00952043;REVB=0.070572;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148555;STB=0.533292;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00038235;OID=.;OPOS=149509419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:15:16:0.533333:7:8:5:9:8:8:6:8 chr7 149511902 . C T 88.94 PASS AF=0.545455;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.106147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9075;QD=16.1702;RBI=0.10621;REFB=-0.0173839;REVB=-0.0036473;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575228;STB=0.590762;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0364879;OID=.;OPOS=149511902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:9:10:10:12:0.545455:6:4:3:6:6:6:3:7 chr7 149511985 . A G 181.54 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00598469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.546;QD=24.205;RBI=0.028353;REFB=-0.0401519;REVB=0.0277142;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119374;STB=0.566594;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0213619;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:8:4:9:9:8:4 chr7 149513077 . G C 56.92 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00866796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.1989;QD=12.6491;RBI=0.0878079;REFB=0.00521567;REVB=0.0873791;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465745;STB=0.721775;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0016328;OID=.;OPOS=149513077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:18:9:10:8:8:0.444444:4:4:0:9:4:4:1:9 chr7 149513560 . T C 337.77 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0266342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.809;QD=15.0118;RBI=0.026777;REFB=-0.0223403;REVB=-0.00276201;RO=53;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304768;STB=0.517232;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0398235;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:22:15:20:33:22:15:20:33 chr7 149515188 . TA T 92.35 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0169202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7921;QD=13.193;RBI=0.0231476;REFB=-0.0235613;REVB=-0.0157961;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0200247;OID=.;OPOS=149515189;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:28:14:28:14:9:5:9:5:89:14:9:5:9:5 chr7 149515754 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0027441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.079;QD=15.2624;RBI=0.0324582;REFB=0.000811876;REVB=-0.032342;RO=16;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262992;STB=0.657235;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000925724;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:12:1:3:13:12:1:3:13 chr7 149516486 . A G 180.94 PASS AF=0.383333;AO=21;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00285751;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.162;QD=12.0626;RBI=0.0139638;REFB=-0.0400307;REVB=0.0136683;RO=38;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558973;STB=0.535044;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0634432;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:37:21:23:0.383333:14:7:11:27:15:8:11:26 chr7 149517978 . G T 393.37 PASS AF=0.5;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0071099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.86;QD=19.6684;RBI=0.0141389;REFB=-0.0190974;REVB=-0.0122212;RO=39;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579628;STB=0.525113;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0236027;OID=.;OPOS=149517978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:40:40:40:0.5:19:21:23:16:19:21:23:17 chr7 149518596 . G A 96.83 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0206328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9114;QD=12.1035;RBI=0.026698;REFB=-0.00401186;REVB=0.0169432;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128512;STB=0.576787;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0111767;OID=.;OPOS=149518596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:7:13:9:3:7:13 chr7 149518961 . T C 590.07 PASS AF=0.355769;AO=76;DP=204;FAO=74;FDP=208;FR=.;FRO=134;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=85;FWDB=-0.0156771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.425;QD=11.3475;RBI=0.0161973;REFB=-0.0142014;REVB=-0.00407187;RO=126;SAF=31;SAR=45;SRF=49;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218005;STB=0.535628;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0269533;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:208:126:134:76:74:0.355769:45:31:49:77:43:31:49:85 chr7 149522366 . T G 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0123144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.055;QD=16.0411;RBI=0.0241745;REFB=-0.0140278;REVB=-0.0208029;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986702;STB=0.54605;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0230516;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:11:8:13:12:11:8:13:13 chr7 149523277 . A G 363.68 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.010035;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.808;QD=14.1234;RBI=0.0135375;REFB=-0.0174203;REVB=-0.00908647;RO=61;SAF=21;SAR=20;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388225;STB=0.528637;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.031958;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:41:42:0.407767:20:21:29:32:20:22:29:32 chr7 149523584 . C T 278.2 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0172855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8064;QD=33.7212;RBI=0.020781;REFB=-0.00462002;REVB=-0.0115353;RO=9;SAF=5;SAR=19;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104099;STB=0.505699;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00199941;OID=.;OPOS=149523584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:19:5:2:7:19:5:2:7 chr7 149543269 . C T 493.39 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0104976;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.099;QD=25.3021;RBI=0.0170447;REFB=-0.011439;REVB=-0.0134284;RO=32;SAF=38;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389243;STB=0.715375;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00527599;OID=.;OPOS=149543269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:32:32:46:46:0.589744:8:38:13:19:8:38:13:19 chr7 149558443 . G C 132.58 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0806749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.557;QD=18.2864;RBI=0.0866233;REFB=-0.0540204;REVB=0.0315462;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980136;STB=0.526281;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0704965;OID=.;OPOS=149558443;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:14:14:15:0.517241:5:9:9:3:5:10:10:4 chr7 149575848 . C T 454.94 PASS AF=0.46729;AO=49;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0822333;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3576;QD=17.0069;RBI=0.0830093;REFB=0.0297718;REVB=0.0113233;RO=58;SAF=22;SAR=27;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165675;STB=0.581475;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0318895;OID=.;OPOS=149575848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:57:49:50:0.46729:27:22:36:22:27:23:35:22 chr7 149983565 . T C 203.21 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00351432;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.369;QD=11.9535;RBI=0.0172942;REFB=-0.00643035;REVB=-0.0169333;RO=38;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151639;STB=0.569269;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.011411;OID=.;OPOS=149983565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:43:25:25:0.367647:9:16:19:19:9:16:23:20 chr7 150035183 . C T 223.1 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0349104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.859;QD=18.9875;RBI=0.0376776;REFB=-0.0174408;REVB=0.0141727;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251855;STB=0.653323;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0156558;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:15:7:14:10:15:7:15:10 chr7 150035526 . T G 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.018909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.68;QD=20.7687;RBI=0.0437637;REFB=-0.0198008;REVB=-0.0394679;RO=23;SAF=8;SAR=19;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813857;STB=0.551688;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0184902;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:19:8:5:18:19:8:5:19 chr7 150037660 . A G 100.17 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0132522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.815;QD=8.01373;RBI=0.0184452;REFB=-0.027632;REVB=-0.0128299;RO=37;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155532;STB=0.596124;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0822897;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:8:5:19:18:8:5:19:18 chr7 150066900 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0152783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.843;QD=16.993;RBI=0.0161811;REFB=-0.0148326;REVB=0.00532939;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240726;STB=0.519985;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0211706;OID=.;OPOS=150066900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:9:18:20:9:9:18:21:9 chr7 150068371 . T C,G 770.31 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=52,2;DP=54;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593383,0.0446577;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.707,114.792;QD=56.0228;RBI=0.0634586,0.0543249;REFB=0,0;REVB=0.0224935,0.0309336;RO=0;SAF=28,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00263442,0.0719271;OID=.,.;OPOS=150068371,150068371;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:55:0:0:52,2:54,1:0.981818,0.0181818:24,1:28,1:0:0:24,1:30,0:0:0 chr7 150068605 . G A 386.58 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0518094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.183;QD=20.6176;RBI=0.054981;REFB=-0.0277726;REVB=0.0184039;RO=35;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113498;STB=0.540963;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0283792;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:39:40:0.533333:24:15:18:17:24:16:17:18 chr7 150068620 . C T 232.48 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0898787;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.1276;QD=14.9986;RBI=0.0900086;REFB=-0.0693313;REVB=-0.00483394;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214997;STB=0.598954;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0803745;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:32:35:26:27:0.435484:17:9:18:14:17:10:19:16 chr7 150068933 . T C 207.11 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.312;QD=48.7305;RBI=0.0675431;REFB=0;REVB=-0.00307505;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283211;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr7 150070630 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0685711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.455;QD=49.3975;RBI=0.0727345;REFB=-0.0794573;REVB=0.0242549;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00307865;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:14:9:0:0:14:9:0:1 chr7 150070663 . T C 364.77 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0409;QD=52.1106;RBI=0.0455037;REFB=-0.0811252;REVB=-0.0433909;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000571876;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:0:1 chr7 150070814 . G A 1212.8 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0359747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8464;QD=59.8916;RBI=0.0373111;REFB=-0.149677;REVB=-0.00989639;RO=1;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956538;STB=0.505049;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00190229;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:49:31:0:1:49:31:0:1 chr7 150093701 . A C 1490.4 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118996;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.728;QD=63.4212;RBI=0.0155502;REFB=0;REVB=0.0100103;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111866;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:92:94:1:49:43:0:0:49:45:0:0 chr7 150171165 . G A 284.62 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0206553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.202;QD=17.789;RBI=0.0269333;REFB=-0.0105467;REVB=0.0172848;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144039;STB=0.580593;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00650887;OID=.;OPOS=150171165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:14:19:13:18:14:19 chr7 150217089 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=2.47968e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.048;QD=11.0866;RBI=0.0174184;REFB=-0.0184127;REVB=0.0174184;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114311;STB=0.5678;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0445165;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:9:16:7:6:9:16 chr7 150217248 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.535;QD=62.9079;RBI=0.0205781;REFB=0;REVB=0.0166155;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7836e-05;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:57:33:0:0:57:33:0:0 chr7 150217335 . G T 361.57 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00446103;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.638;QD=22.957;RBI=0.0253889;REFB=-0.000489891;REVB=-0.0249939;RO=25;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653964;STB=0.551423;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000240169;OID=.;OPOS=150217335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:25:27:36:36:0.571429:17:19:11:14:17:19:11:16 chr7 150218002 . C T 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0174749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.511;QD=21.8976;RBI=0.0219312;REFB=-0.0264501;REVB=-0.0132516;RO=25;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194415;STB=0.51796;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0218084;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:19:14:10:15:19:14:10:16 chr7 150269542 . G T 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.040357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.078;QD=19.6922;RBI=0.0414962;REFB=-0.0268051;REVB=0.00965634;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198564;STB=0.611561;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.022247;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:18:8:13:12:18:8:13:12 chr7 150324825 . C T 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0350102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.449;QD=16.9405;RBI=0.0350102;REFB=-0.0119956;REVB=-1.2924e-05;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267177;STB=0.650731;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0247329;OID=.;OPOS=150324825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:5:19:10:9:5:19 chr7 150326191 . A G 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00647156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.41;QD=17.7536;RBI=0.00661949;REFB=-0.0193552;REVB=-0.00139161;RO=24;SAF=6;SAR=19;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296062;STB=0.664194;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0144749;OID=.;OPOS=150326191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:27:25:25:0.480769:19:6:13:11:19:6:14:13 chr7 150327024 . C T 1131.69 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128521;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4331;QD=58.7893;RBI=0.0183573;REFB=-0.0494034;REVB=0.0131078;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00557602;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:74:76:0.987013:36:38:0:0:38:38:0:1 chr7 150389593 . T C 171.14 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0103004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.158;QD=17.5525;RBI=0.0112559;REFB=-0.0131585;REVB=0.00453834;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104911;STB=0.57383;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.017627;OID=.;OPOS=150389593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:7:11:10:10:7:11:10:11 chr7 150389677 . G C 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000333403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5283;QD=17.7309;RBI=0.0125245;REFB=-0.0168881;REVB=-0.01252;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743401;STB=0.523782;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0250664;OID=.;OPOS=150389677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:10:7:6:12:10:7:7:12 chr7 150389856 . A G 254.55 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0182208;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.277;QD=21.2128;RBI=0.0527391;REFB=-0.0198269;REVB=0.0494915;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148268;STB=0.583264;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0106983;OID=.;OPOS=150389856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:10:14:10:14:10:14:10:14 chr7 150439500 . C T 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0126162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.19;QD=22.7044;RBI=0.0131564;REFB=-0.0159529;REVB=0.00373135;RO=34;SAF=12;SAR=31;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123855;STB=0.563605;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0147614;OID=.;OPOS=150439500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:35:43:43:0.551282:31:12:14:20:31:12:14:21 chr7 150440043 . C T 39.53 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00283085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6576;QD=13.1763;RBI=0.00837673;REFB=-0.00966026;REVB=0.0078839;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107765;OID=.;OPOS=150440043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr7 150446936 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00814929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.2326;QD=18.2483;RBI=0.014708;REFB=-0.0234;REVB=0.012244;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228413;STB=0.63982;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0157797;OID=.;OPOS=150446936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:4:9:10:1:4:9:11:1 chr7 150488616 . A G 182.37 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00945808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.182;QD=16.9647;RBI=0.0380944;REFB=-0.0293729;REVB=-0.0369016;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914146;STB=0.552373;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0267284;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:11:13:12:7:11:13 chr7 150491084 . T G 136.86 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0593674;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4902;QD=17.1072;RBI=0.0634959;REFB=-0.0363304;REVB=-0.0225221;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0434635;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:17:15:15:0.46875:4:11:11:6:4:11:11:6 chr7 150498809 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.666;QD=12.396;RBI=0.0345748;REFB=0.044521;REVB=0.0345748;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101985;OID=.;OPOS=150498809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:5:0:0:5:5:0:0:5 chr7 150500520 . C T 326.29 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0104311;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.263;QD=29.0038;RBI=0.0104726;REFB=-0.0162532;REVB=-0.000930488;RO=16;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128023;STB=0.522168;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00670017;OID=.;OPOS=150500520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:16:17:28:28:0.622222:18:10:6:10:18:10:7:10 chr7 150500729 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.395;QD=47.8211;RBI=0.0300346;REFB=0;REVB=0.0282202;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193361;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr7 150501516 . A G 405.72 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0600615;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0579;QD=19.5528;RBI=0.061137;REFB=-0.04956;REVB=0.0114171;RO=37;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00658901;STB=0.505374;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0340907;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:37:42:40:41:0.493976:17:23:21:16:18:23:24:18 chr7 150553605 . C T 1025.33 PASS AF=0.550562;AO=96;DP=176;FAO=98;FDP=178;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.00322483;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2312;QD=23.0411;RBI=0.012129;REFB=-0.0300599;REVB=0.0116924;RO=75;SAF=49;SAR=47;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292226;STB=0.524621;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0396792;OID=.;OPOS=150553605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:75:80:96:98:0.550562:47:49:41:34:47:51:46:34 chr7 150554120 . GC G,GG 58.67 PASS AF=0.26087,0.0869565;AO=12,4;DP=45;FAO=12,4;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8,4;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.113443,0.0871118;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.64501,21.134;QD=5.10141;RBI=0.179175,0.14196;REFB=-0.0785338,-0.0522873;REVB=0.138688,0.11209;RO=22;SAF=8,4;SAR=4,0;SRF=8;SRR=14;SSEN=0.54717,0;SSEP=0,0;SSSB=0.323268,0.689182;STB=0.70736,0.9978;STBP=0.11,0.01;TYPE=del,snp;VARB=0.0534846,0.0212019;OID=.,.;OPOS=150554121,150554121;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087,0.0869565:12,4:45:12,4:46:30:8,4:4,0:11:19:36:22:8,4:4,0:8:14 chr7 150555915 . A G 551.35 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0252817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3791;QD=16.5821;RBI=0.0532414;REFB=-0.0287441;REVB=-0.046856;RO=72;SAF=37;SAR=22;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128891;STB=0.580213;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0305716;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:72:74:59:59:0.443609:22:37:36:36:22:37:36:38 chr7 150556055 . CG GC 897.81 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503396;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.142;QD=58.8729;RBI=0.0515738;REFB=0;REVB=0.0112151;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000178152;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:61:0:0:61:61:1:43:18:0:0:43:18:0:0 chr7 150557622 . G A 380.22 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0148079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.424;QD=16.5313;RBI=0.0181763;REFB=-0.0138006;REVB=0.0105406;RO=51;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486708;STB=0.514139;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0232682;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:52:39:40:0.434783:21:18:26:25:21:19:26:26 chr7 150557665 . C G 202.74 PASS AF=0.3375;AO=22;DP=78;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0132486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.676;QD=10.1372;RBI=0.0134168;REFB=-0.0138134;REVB=0.00211774;RO=51;SAF=1;SAR=21;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663371;STB=0.75565;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0281312;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:51:53:22:27:0.3375:21:1:23:28:23:4:24:29 chr7 150648198 . A G 125.79 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0119563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.969;QD=18.6348;RBI=0.0197119;REFB=-0.0370611;REVB=-0.0156719;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0523319;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:5:8:10:4:5:8 chr7 150648789 . T C 90.78 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0213905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.472;QD=8.06958;RBI=0.0222628;REFB=-0.00492669;REVB=0.0061708;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989688;STB=0.550477;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0092541;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:5:7:16:16:5:7:17:16 chr7 150649531 . G A 334.06 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00699812;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7533;QD=18.5589;RBI=0.0768286;REFB=-0.0468924;REVB=0.0765092;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102715;STB=0.57512;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0375055;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:39:37:34:35:0.486111:21:13:19:20:22:13:19:18 chr7 150695726 . T C 733.02 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134222;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.411;QD=56.3865;RBI=0.0249737;REFB=0;REVB=-0.0210601;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490979;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:23:27:0:0:24:28:0:0 chr7 150696111 . T C,G 2191.2 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=15,124;DP=142;FAO=14,133;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=1,71;FSAR=13,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123624,0.0161965;FXX=0.0067563;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.5103,105.995;QD=59.6244;RBI=0.00294535,0.0533611;REFB=0,0;REVB=-0.00267335,0.0508437;RO=1;SAF=2,65;SAR=13,59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0338159,0.0079849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.135884,0.000513717;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:142:147:1:0:15,124:14,133:0.0952381,0.904762:13,59:2,65:0:1:13,62:1,71:0:0 chr7 150704077 . GC G,GG 43.0 PASS AF=0.264706,0.0588235;AO=9,2;DP=33;FAO=9,2;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8,0;FSAR=1,2;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0975119,-0.0359723;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.6038,22.0651;QD=5.05846;RBI=0.105351,0.046252;REFB=-0.0752635,-0.0426952;REVB=0.0398783,0.029073;RO=21;SAF=9,0;SAR=0,2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.715899,-0.644617;STB=0.648256,0.997206;STBP=0.45,0.021;TYPE=del,snp;VARB=0.09327,0.0239311;OID=.,.;OPOS=150704078,150704078;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706,0.0588235:9,2:33:9,2:34:23:8,0:1,2:18:5:34:21:9,0:0,2:16:5 chr7 150704250 . C G 599.2 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000887997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7677;QD=58.4581;RBI=0.116385;REFB=-0.018911;REVB=-0.116382;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000845862;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr7 150714167 . C T 86.27 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0296381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.376;QD=12.3238;RBI=0.0477094;REFB=-0.0057777;REVB=-0.0373867;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119984;STB=0.596829;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0266647;OID=.;OPOS=150714167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:8:3:6:10:8:3:7:10 chr7 150715817 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.6;QD=33.4284;RBI=0.105099;REFB=0;REVB=0.0187671;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301226;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr7 150752608 . T G 781.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9995;QD=63.7854;RBI=0.0827984;REFB=0;REVB=0.044838;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913162;OID=.;OPOS=150752608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:28:21:0:0 chr7 150761314 . G A 219.64 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041686;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.487;QD=48.8098;RBI=0.0645193;REFB=0;REVB=0.0492444;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070005;OID=.;OPOS=150761314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:1:0:17:18:1:4:13:1:0:4:14:0:0 chr7 150763655 . T A 276.19 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727529;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8971;QD=52.6085;RBI=0.077616;REFB=0;REVB=0.0270417;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000887589;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr7 150765065 . T C 2721.4 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188474;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.437;QD=62.5609;RBI=0.0302773;REFB=0;REVB=0.0236959;RO=0;SAF=75;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33409e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:98:75:0:0:99:75:0:0 chr7 150768786 . G A 842.43 PASS AF=0.967742;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00966114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.332;QD=54.35;RBI=0.0195239;REFB=-0.0242838;REVB=0.016966;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.503971;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.000297001;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:1:2:58:60:0.967742:22:36:0:1:23:37:1:1 chr7 150773807 . A T 971.8 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202421;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.838;QD=56.3363;RBI=0.0243443;REFB=0.0219388;REVB=0.0135241;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.517236;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000346223;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:69:1:2:67:67:0.971014:39:28:1:0:39:28:2:0 chr7 150884560 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0109526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.383;QD=21.1692;RBI=0.0228122;REFB=0.0473812;REVB=0.0200109;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00537154;OID=.;OPOS=150884560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr7 150916228 . G A 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.079;QD=56.1841;RBI=0.041768;REFB=0;REVB=0.0370941;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108057;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr7 150921202 . TGA T 309.27 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0177423;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.556;QD=20.6181;RBI=0.0179056;REFB=-0.0170668;REVB=0.00241294;RO=24;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251939;STB=0.627111;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=0.0134049;OID=.;OPOS=150921203;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:32:62:32:60:28:10:22:16:12:99:24:10:22:15:9 chr7 150921950 . A G 1586.79 PASS AF=0.964602;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0466898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.521;QD=56.1694;RBI=0.0491824;REFB=0.0244046;REVB=0.0154587;RO=3;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293318;STB=0.519996;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00150861;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:113:3:4:108:109:0.964602:47:61:0:3:48:61:0:4 chr7 150931268 . C G 905.71 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0714363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.896;QD=56.607;RBI=0.0717646;REFB=0.0364223;REVB=-0.00685603;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0014665;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:42:21:0:0:42:21:1:0 chr7 150934975 . C G 1185.23 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0137283;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.075;QD=58.5299;RBI=0.0163719;REFB=0.0208011;REVB=0.00892032;RO=2;SAF=46;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394874;STB=0.502086;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0003819;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:81:2:2:79:79:0.975309:33:46:1:1:33:46:1:1 chr7 151049231 . C T 285.17 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0217548;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.137;QD=20.3691;RBI=0.0217613;REFB=-0.00436327;REVB=-0.000532333;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210735;STB=0.616944;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00357556;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:12:18:9:17:12:18:9:17 chr7 151097314 . A G 853.04 PASS AF=0.455;AO=91;DP=202;FAO=91;FDP=200;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.00803659;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.703;QD=17.0608;RBI=0.0204227;REFB=-0.00562974;REVB=-0.018775;RO=108;SAF=34;SAR=57;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145179;STB=0.583249;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0084047;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:108:109:91:91:0.455:57:34:56:52:57:34:57:52 chr7 151097323 . A G 867.14 PASS AF=0.454082;AO=89;DP=196;FAO=89;FDP=196;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.0194369;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.792;QD=17.6968;RBI=0.0313734;REFB=-0.00965823;REVB=-0.0246272;RO=106;SAF=31;SAR=58;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163996;STB=0.588918;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0127657;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:106:107:89:89:0.454082:58:31:54:52:58:31:54:53 chr7 151106066 . C T 1075.02 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.122;QD=59.7232;RBI=0.0191945;REFB=0;REVB=0.0184912;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70454e-05;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:28:41:0:0:31:41:0:0 chr7 151133271 . G A 710.56 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00796142;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.979;QD=54.6583;RBI=0.0241464;REFB=0.0563387;REVB=0.0227961;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015962;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000404852;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:22:29:1:0:22:29:1:0 chr7 151168534 . G A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00142186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.944;QD=20.0305;RBI=0.0116774;REFB=-0.00345275;REVB=0.0115905;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105797;STB=0.559393;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00432061;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:10:14:18:8:10:14:18:8 chr7 151597368 . G A 126.29 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0113281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8258;QD=11.7479;RBI=0.0147512;REFB=-0.054236;REVB=-0.00944826;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192957;STB=0.613351;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.100575;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:10:18:7:8:10:18 chr7 151613438 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0146525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.085;QD=14.6975;RBI=0.0233376;REFB=-0.0125463;REVB=-0.0181644;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144581;STB=0.583252;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0213559;OID=.;OPOS=151613438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:14:16:14:7:14:16 chr7 151680072 . T C 352.98 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0173852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5765;QD=16.4178;RBI=0.0275342;REFB=-0.0408486;REVB=0.0213515;RO=48;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473505;STB=0.526568;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0707554;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:22:16:18:30:22:16:18:30 chr7 151680175 . C T 340.33 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00961319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.642;QD=20.9436;RBI=0.0206793;REFB=0.0045835;REVB=0.018309;RO=30;SAF=9;SAR=25;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374974;STB=0.508017;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0029155;OID=.;OPOS=151680175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:25:9:9:21:25:10:9:21 chr7 151684256 . A G 83.29 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0142255;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.3683;QD=8.5421;RBI=0.0218344;REFB=-0.00672743;REVB=-0.0165642;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331209;STB=0.693359;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0236587;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:39:26:28:10:11:0.282051:6:4:18:8:7:4:18:10 chr7 151722338 . G A 677.05 PASS AF=0.389744;AO=76;DP=195;FAO=76;FDP=195;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.0178516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.984;QD=13.8882;RBI=0.0196564;REFB=-0.00767141;REVB=-0.00822749;RO=118;SAF=47;SAR=29;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227513;STB=0.625623;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0166236;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:118:119:76:76:0.389744:29:47:48:70:29:47:49:70 chr7 151722388 . A G 777.69 PASS AF=0.450549;AO=79;DP=181;FAO=82;FDP=182;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=0.0104942;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.634;QD=17.092;RBI=0.0126899;REFB=-0.0132604;REVB=0.00713479;RO=99;SAF=40;SAR=39;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142711;STB=0.576905;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0162238;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:99:100:79:82:0.450549:39:40:36:63:41:41:36:64 chr7 151833692 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00277903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.477;QD=10.8846;RBI=0.0696497;REFB=0.0319476;REVB=-0.0695942;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.636074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0393143;OID=.;OPOS=151833692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:5:10:4:5:5:10 chr7 151873853 . C T 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0899357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.555;QD=17.1545;RBI=0.0899361;REFB=-0.0183511;REVB=0.000261554;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399928;STB=0.734957;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0106559;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:15:2:8:12:15:2:8:12 chr7 151874498 . C T 250.99 PASS AF=0.489796;AO=21;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0151746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.039;QD=20.4891;RBI=0.0467743;REFB=-0.00472677;REVB=0.0442444;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32719;STB=0.699661;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00594194;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:21:24:0.489796:14:7:17:8:17:7:17:8 chr7 151882672 . C A 83.06 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00339276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1162;QD=4.74624;RBI=0.00634191;REFB=-0.000781289;REVB=0.00535808;RO=55;SAF=4;SAR=10;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157218;STB=0.610693;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00231555;OID=.;OPOS=151882672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:55:56:14:14:0.2:10:4:22:33:10:4:23:33 chr7 151945007 . C T 1443.12 PASS AF=0.544747;AO=138;DP=256;FAO=140;FDP=257;FR=.;FRO=117;FSAF=134;FSAR=6;FSRF=110;FSRR=7;FWDB=-0.0082855;FXX=0.00772171;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.377;QD=22.461;RBI=0.0122172;REFB=-0.00837744;REVB=0.00897827;RO=114;SAF=132;SAR=6;SRF=108;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043576;STB=0.54335;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00673684;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:114:117:138:140:0.544747:6:132:108:6:6:134:110:7 chr7 151945012 . GAAAAT GAAA,GAAAT 48.31 PASS AF=0.132576,0;AO=37,33;DP=270;FAO=35,0;FDP=264;FR=.;FRO=229;FSAF=31,0;FSAR=4,0;FSRF=223;FSRR=6;FWDB=-0.0539187,-0.0972749;FXX=0.0222214;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.1142,11.7745;QD=0.73204;RBI=0.276871,0.195038;REFB=-0.0541785,-0.0627203;REVB=-0.27157,-0.169048;RO=176;SAF=31,33;SAR=6,0;SRF=174;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.598886,0.617497;STB=0.766137,0.5;STBP=0.236,1;TYPE=del,del;VARB=0.199369,0.0636168;OID=.,.;OPOS=151945016,151945013;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132576,0:37,33:270:35,0:264:229:31,0:4,0:223:6:39:176:31,33:6,0:174:2 chr7 151945051 . A G 46.7 PASS AF=0.0535117;AO=32;DP=597;FAO=32;FDP=598;FR=.;FRO=566;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=289;FSRR=277;FWDB=0.00302591;FXX=0.00333328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.601;QD=0.312374;RBI=0.0508335;REFB=-1.35714e-05;REVB=-0.0507433;RO=525;SAF=7;SAR=25;SRF=265;SRR=260;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298975;STB=0.777627;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000409823;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:597:598:525:566:32:32:0.0535117:25:7:265:260:25:7:289:277 chr7 151945071 . G GT 350.43 PASS AF=0.210793;AO=117;DP=600;FAO=125;FDP=593;FR=.;FRO=468;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=221;FSRR=247;FWDB=0.0780849;FXX=0.00503347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0912;QD=2.36377;RBI=0.0893854;REFB=0.00909906;REVB=-0.0435029;RO=482;SAF=53;SAR=64;SRF=224;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153426;STB=0.538495;STBP=0.321;TYPE=ins;VARB=-0.0355606;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210793:117:600:125:593:468:53:72:221:247:99:482:53:64:224:258 chr7 151945101 . G C 54.55 PASS AF=0.0603113;AO=30;DP=512;FAO=31;FDP=514;FR=.;FRO=483;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=230;FSRR=253;FWDB=-0.0101249;FXX=0.00194171;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8682;QD=0.424543;RBI=0.0314732;REFB=-0.00276979;REVB=0.0298001;RO=481;SAF=8;SAR=22;SRF=229;SRR=252;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223541;STB=0.712434;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0507824;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:512:514:481:483:30:31:0.0603113:22:8:229:252:23:8:230:253 chr7 151945140 . C T 940.52 PASS AF=0.383803;AO=108;DP=284;FAO=109;FDP=284;FR=.;FRO=175;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=74;FSRR=101;FWDB=-0.028462;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8992;QD=13.2468;RBI=0.0460309;REFB=-0.0218367;REVB=-0.0361767;RO=174;SAF=52;SAR=56;SRF=74;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618652;STB=0.539162;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0327533;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:174:175:108:109:0.383803:56:52:74:100:56:53:74:101 chr7 151945167 . G T 767.01 PASS AF=0.510345;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.017658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.171;QD=21.1587;RBI=0.0217205;REFB=-0.00985769;REVB=-0.0126481;RO=71;SAF=40;SAR=34;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923735;STB=0.550786;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0100116;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:71:71:74:74:0.510345:34:40:31:40:34:40:31:40 chr7 151945204 . G A 138.41 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0246973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9565;QD=11.7799;RBI=0.0748377;REFB=-0.00646345;REVB=0.0706451;RO=31;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268581;STB=0.659197;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00991495;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:5:11:14:17:5:11:14:17 chr7 151962176 . T A 181.09 PASS AF=0.172589;AO=31;DP=195;FAO=34;FDP=197;FR=.;FRO=163;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=87;FSRR=76;FWDB=-0.00573319;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.38;QD=3.677;RBI=0.017678;REFB=-0.00650338;REVB=-0.0167225;RO=161;SAF=16;SAR=15;SRF=86;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023179;STB=0.552084;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0297933;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:161:163:31:34:0.172589:15:16:86:75:18:16:87:76 chr7 151970797 . A T 42.04 PASS AF=0.0606061;AO=22;DP=362;FAO=22;FDP=363;FR=.;FRO=341;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=197;FSRR=144;FWDB=0.00533316;FXX=0.00274718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.484;QD=0.463303;RBI=0.0185502;REFB=-0.00111971;REVB=-0.017767;RO=336;SAF=13;SAR=9;SRF=193;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178876;STB=0.512749;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0182041;OID=.;OPOS=151970797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:362:363:336:341:22:22:0.0606061:9:13:193:143:9:13:197:144 chr7 151970856 . T A 2443.72 PASS AF=0.66881;AO=207;DP=311;FAO=208;FDP=311;FR=.;FRO=103;FSAF=96;FSAR=112;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0193563;FXX=0.00955384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7444;QD=31.4305;RBI=0.0289904;REFB=-0.0205868;REVB=0.0215819;RO=100;SAF=95;SAR=112;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049405;STB=0.527252;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00516855;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:100:103:207:208:0.66881:112:95:54:46:112:96:56:47 chr7 151970859 . C T 92.25 PASS AF=0.0941558;AO=29;DP=309;FAO=29;FDP=308;FR=.;FRO=279;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=141;FSRR=138;FWDB=-0.00199167;FXX=0.0064514;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.796;QD=1.19804;RBI=0.0175915;REFB=-0.00224912;REVB=-0.0174784;RO=271;SAF=12;SAR=17;SRF=137;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110692;STB=0.582996;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0205293;OID=.;OPOS=151970859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:309:308:271:279:29:29:0.0941558:17:12:137:134:17:12:141:138 chr7 151970931 . G A 40.47 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0420204;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.231;QD=2.04919;RBI=0.0531517;REFB=-0.000789149;REVB=-0.0325483;RO=71;SAF=2;SAR=7;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3719;STB=0.77276;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000362767;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:79:71:70:9:9:0.113924:7:2:38:33:7:2:37:33 chr7 152099906 . T A 727.59 PASS AF=0.632653;AO=61;DP=97;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0115331;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.116;QD=29.6974;RBI=0.0296423;REFB=-0.0228656;REVB=0.0273067;RO=36;SAF=32;SAR=29;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403629;STB=0.518881;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0118653;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:36:36:61:62:0.632653:29:32:21:15:29:33:21:15 chr7 152099917 . G A 695.59 PASS AF=0.618557;AO=60;DP=97;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00264659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.449;QD=28.6842;RBI=0.004101;REFB=-0.0116284;REVB=-0.00313269;RO=37;SAF=33;SAR=27;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124723;STB=0.506776;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00790516;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:37:60:60:0.618557:27:33:21:16:27:33:21:16 chr7 152099924 . T C 684.08 PASS AF=0.62766;AO=59;DP=94;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0196233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.211;QD=29.1097;RBI=0.0258499;REFB=-0.0246968;REVB=0.016827;RO=35;SAF=31;SAR=28;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119922;STB=0.50651;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0118228;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:35:59:59:0.62766:28:31:19:16:28:31:19:16 chr7 154429560 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.514;QD=58.2396;RBI=0.036092;REFB=0;REVB=-0.00363488;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04689e-05;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr7 154667628 . A G 139.89 PASS AF=0.316667;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0135679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9928;QD=9.32596;RBI=0.0170035;REFB=-0.00545174;REVB=-0.0102485;RO=39;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144183;STB=0.578864;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0297813;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:39:41:18:19:0.316667:11:7:20:19:11:8:22:19 chr7 154667643 . G A 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.020243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.062;QD=11.11;RBI=0.0212194;REFB=-0.0218511;REVB=-0.00636265;RO=43;SAF=9;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153719;STB=0.596933;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0393691;OID=.;OPOS=154667643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:24:24:0.352941:15:9:22:21:15:9:23:21 chr7 154679447 . G A 1084.24 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0446648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3749;QD=58.6076;RBI=0.0446795;REFB=-0.038306;REVB=0.00114638;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000171245;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:34:39:0:0:34:39:0:1 chr7 154685612 . G T 123.92 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0370285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1003;QD=17.0918;RBI=0.10758;REFB=-0.0424065;REVB=0.101006;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413564;STB=0.523775;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0507403;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:9:6:5:9:9:6 chr7 154785421 . CA C 67.91 PASS AF=0.806452;AO=13;DP=32;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.260649;FXX=0.0312402;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.57691;QD=8.76198;RBI=0.26402;REFB=-0.102952;REVB=0.042055;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120083;STB=0.560991;STBP=0.205;TYPE=del;VARB=0.140146;OID=.;OPOS=154785422;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.806452:13:32:25:31:6:12:13:1:5:20:14:4:9:6:8 chr7 154862621 . T A 656.38 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124918;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1522;QD=62.5121;RBI=0.0247844;REFB=0;REVB=-0.0214061;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248489;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr7 154989054 . C T 1272.34 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2524;QD=61.3178;RBI=0.0669203;REFB=0;REVB=-0.0628012;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042893;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:80:83:1:52:28:0:0:52:31:0:0 chr7 154990003 . C T 757.13 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913222;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2071;QD=57.1417;RBI=0.0105095;REFB=0;REVB=-0.00520125;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265444;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:36:16:0:0:37:16:0:0 chr7 155150472 . G A 639.66 PASS AF=0.954545;AO=43;DP=46;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257592;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.032;QD=58.151;RBI=0.0412564;REFB=0.0027613;REVB=0.0322266;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052086;STB=0.527764;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000285602;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:44:2:2:43:42:0.954545:26:17:2:0:25:17:2:0 chr7 155150560 . A G 755.67 PASS AF=0.964912;AO=56;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0198133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3551;QD=53.0295;RBI=0.0300937;REFB=-0.00906442;REVB=-0.0226509;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219211;STB=0.504381;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00264715;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:56:55:0.964912:35:21:1:0:34:21:1:1 chr7 155150602 . T C 748.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.166;QD=62.3709;RBI=0.052827;REFB=0;REVB=0.0511368;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102768;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:25:20:0:0:26:22:0:0 chr7 155150765 . C T 711.41 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197546;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.641;QD=54.724;RBI=0.0403587;REFB=-0.166549;REVB=0.0351935;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149495;STB=0.507933;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000713678;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:20:31:1:0:20:31:1:0 chr7 155151018 . G A 717.33 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.133581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8686;QD=58.5576;RBI=0.137351;REFB=-0.0614832;REVB=0.0319591;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.502194;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0126039;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:49:2:2:45:47:0.959184:20:25:1:1:21:26:1:1 chr7 155151095 . T C 207.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.607;QD=48.7538;RBI=0.0783193;REFB=0;REVB=0.0692804;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338686;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr7 155151194 . G A 999.58 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0547324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0756;QD=56.3142;RBI=0.0880568;REFB=-0.0614321;REVB=0.0689809;RO=1;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106223;STB=0.511108;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00195376;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:68:69:0.971831:44:24:0:1:44:25:0:2 chr7 155151307 . A G 638.88 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00584509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.051;QD=59.431;RBI=0.0109954;REFB=-0.0524682;REVB=-0.00931311;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00057506;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:20:21:1:0:21:21:1:0 chr7 155151367 . G T 669.74 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.843;QD=62.3015;RBI=0.0572154;REFB=0;REVB=0.0396982;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043153;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr7 155151369 . C T 657.8 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.963;QD=59.8;RBI=0.0475226;REFB=-0.0434681;REVB=0.0386898;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000271126;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:15:28:0:1:15:28:0:1 chr7 155151432 . AT A,AC 350.18 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=4,22;DP=26;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101024,0.0236772;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.113,146.112;QD=53.8736;RBI=0.0341354,0.0390999;REFB=0,0;REVB=0.0326062,0.0311158;RO=0;SAF=4,10;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0488182,0.00179951;OID=.,.;OPOS=155151433,155151433;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.115385,0.884615:4,22:26:3,23:26:0:3,11:0,12:0:0:12:0:4,10:0,12:0:0 chr7 155151437 . G A 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7264;QD=51.909;RBI=0.0875809;REFB=0;REVB=0.042006;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269554;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr7 155255332 . T C 180.04 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00278199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3588;QD=23.2311;RBI=0.0354111;REFB=-0.0402324;REVB=-0.0353017;RO=13;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157042;STB=0.588679;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0286339;OID=.;OPOS=155255332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:4:14:8:5:4:14:8:5 chr7 155503920 . A T 981.49 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.693;QD=58.5963;RBI=0.0713179;REFB=0;REVB=0.00148564;RO=0;SAF=15;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424152;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:50:15:0:0:52:15:0:0 chr7 155755826 . A G 255.14 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0189117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.53;QD=22.1862;RBI=0.0509368;REFB=-0.0215842;REVB=-0.047296;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172907;STB=0.596079;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0270361;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:5:17:14:10:5:17 chr7 155757502 . T C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.907;QD=64.4109;RBI=0.0714376;REFB=0;REVB=0.00590242;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351898;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr7 156432955 . G A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0226223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.153;QD=25.2766;RBI=0.0239024;REFB=0.00853916;REVB=0.00771727;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305985;STB=0.668736;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00712002;OID=.;OPOS=156432955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:1:11:9:10:1:11 chr7 156469133 . C G 550.69 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0119147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.128;QD=16.3168;RBI=0.0119965;REFB=-0.0137082;REVB=-0.00139925;RO=75;SAF=26;SAR=33;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553641;STB=0.526388;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0148204;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:76:59:59:0.437037:33:26:29:46:33:26:30:46 chr7 156469179 . C T 488.86 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00514628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7521;QD=19.5544;RBI=0.0108557;REFB=-0.0241253;REVB=-0.00955831;RO=51;SAF=27;SAR=21;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10357;STB=0.55261;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0289357;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:48:48:0.48:21:27:23:28:21:27:24:28 chr7 156469190 . A G 386.5 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.010895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.718;QD=15.9382;RBI=0.011185;REFB=-0.0193543;REVB=0.0025307;RO=52;SAF=25;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128909;STB=0.56465;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0310008;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:52:56:40:41:0.42268:15:25:26:26:16:25:28:28 chr7 156664783 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000421418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.521;QD=11.0865;RBI=0.0478198;REFB=-0.00767976;REVB=-0.047818;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193348;STB=0.615207;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0207267;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:14:11:8:5:14:11 chr7 156664907 . T A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0129859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.655;QD=24.0303;RBI=0.0248477;REFB=0.00737936;REVB=0.0211843;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111206;STB=0.545393;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00402458;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:8:9:15:15:0.625:10:5:4:4:10:5:4:5 chr7 156761818 . G A 227.37 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00960157;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.331;QD=11.9668;RBI=0.0268463;REFB=-0.00156805;REVB=-0.0250706;RO=39;SAF=19;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212386;STB=0.643029;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00797318;OID=.;OPOS=156761818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:48:27:28:0.368421:8:19:20:19:9:19:22:26 chr7 156762224 . G C 369.49 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00581493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6935;QD=19.7063;RBI=0.0220517;REFB=-0.031161;REVB=0.0212712;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226162;STB=0.624937;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0341221;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:20:18:27:10:20:18:27:10 chr7 156762248 . G A 453.55 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00281147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.868;QD=19.7195;RBI=0.00402202;REFB=0.00547634;REVB=0.00287616;RO=46;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895739;STB=0.543173;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00407324;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:21:24:29:17:21:24:29:18 chr7 156801700 . G T 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0120546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.749;QD=15.3245;RBI=0.0183685;REFB=0.0011;REVB=0.0138596;RO=58;SAF=18;SAR=25;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118754;STB=0.566836;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00120991;OID=.;OPOS=156801700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:25:18:31:27:25:18:31:27 chr7 157061474 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0149852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.478;QD=13.3142;RBI=0.0176954;REFB=0.00228281;REVB=0.00941123;RO=33;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271471;STB=0.656993;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.001724;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:16:6:17:16:16:6:17:16 chr7 157162035 . T G 300.24 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0119992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.171;QD=16.4517;RBI=0.0119999;REFB=-0.0055593;REVB=0.000134111;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960619;STB=0.5054;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00835943;OID=.;OPOS=157162035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:16:17:21:19:16:17:21:19 chr7 157162068 . T C 1167.07 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0160331;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.807;QD=58.3537;RBI=0.0203318;REFB=-0.123921;REVB=0.0125029;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122936;STB=0.500321;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000355366;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:80:1:2:78:78:0.975:38:40:0:1:38:40:1:1 chr7 157162103 . A G 440.76 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00954898;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8746;QD=22.0378;RBI=0.0160135;REFB=-0.00465895;REVB=-0.0128549;RO=37;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857593;STB=0.547279;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0056913;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:37:37:43:43:0.5375:23:20:21:16:23:20:21:16 chr7 157318712 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.69;QD=62.3509;RBI=0.0338085;REFB=0;REVB=0.0302176;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129997;OID=.;OPOS=157318712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr7 157414064 . G A 309.21 PASS AF=0.384615;AO=36;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.003253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.128;QD=13.5917;RBI=0.0286497;REFB=-0.0116587;REVB=-0.0284645;RO=55;SAF=13;SAR=23;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833097;STB=0.52727;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0269624;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:36:35:0.384615:23:13:16:39:23:12:17:39 chr7 157931119 . A G 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.339;QD=59.8658;RBI=0.0217159;REFB=0;REVB=0.0056659;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88749e-05;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:65:39:0:0:65:39:0:0 chr7 157931144 . C T 1552.0 PASS AF=1;AO=88;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355582;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.056;QD=62.707;RBI=0.143322;REFB=0;REVB=0.138841;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054144;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:88:99:1:53:35:0:0:64:35:0:0 chr7 157959636 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.507;QD=63.5811;RBI=0.0737969;REFB=0;REVB=0.073572;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133619;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr7 157959911 . A G 770.9 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6304;QD=62.9305;RBI=0.0777118;REFB=0;REVB=0.0771274;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648986;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:26:19:0:0:29:20:0:0 chr7 157985149 . C G 954.53 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0197;QD=58.7406;RBI=0.0818392;REFB=0;REVB=0.0672295;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109276;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr7 158263331 . T C 95.22 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00477984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3109;QD=7.32437;RBI=0.00950692;REFB=-0.0128774;REVB=-0.00821795;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309364;STB=0.692012;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0396742;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:9:4:22:17:9:4:22:17 chr7 158263336 . G C 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0266177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.145;QD=7.01188;RBI=0.0291431;REFB=-0.00743144;REVB=-0.0118668;RO=38;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324116;STB=0.683925;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0195694;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:38:40:13:13:0.245283:9:4:22:16:9:4:22:18 chr7 158263344 . T A 85.63 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.038822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.49;QD=6.58709;RBI=0.0389115;REFB=-8.83601e-05;REVB=-0.00263887;RO=40;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263814;STB=0.666389;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000533753;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:8:4:22:18:8:4:22:18 chr7 158384305 . CTGTGT CT,CTAAGA 173.07 PASS AF=0.365385,0.0384615;AO=19,2;DP=53;FAO=19,2;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14,0;FSAR=5,2;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00746725,0.0080998;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=4,4;MLLD=186.944,225.873;QD=13.3128;RBI=0.0128377,0.0257883;REFB=-0.0126323,-0.00366361;REVB=-0.0104425,-0.0244832;RO=28;SAF=14,0;SAR=5,2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.395402,-0.411757;STB=0.720793,0.993703;STBP=0.015,0.193;TYPE=del,mnp;VARB=0.0141626,-0.00934937;OID=.,.;OPOS=158384306,158384307;OREF=TGTG,GTGT;OALT=-,AAGA;OMAPALT=CT,CTAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385,0.0384615:19,2:53:19,2:52:31:14,0:5,2:12:19:99:28:14,0:5,2:10:18 chr7 158524504 . G A 515.92 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.849;QD=58.9621;RBI=0.0291786;REFB=0;REVB=0.0276742;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184153;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:14:16:0:0:17:18:0:0 chr7 158526495 . G A 892.05 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0369;QD=57.5515;RBI=0.0553251;REFB=0;REVB=-0.0522514;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311295;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:40:19:0:0:40:22:0:0 chr7 158526880 . G A 738.42 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0672548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5315;QD=54.6977;RBI=0.0833134;REFB=-0.149206;REVB=0.0491723;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.51428;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00405259;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:36:17:0:0:36:17:1:0 chr7 158528233 . A G 1039.47 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410786;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6557;QD=59.3983;RBI=0.0414695;REFB=0;REVB=-0.00568062;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150004;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr7 158534372 . G A 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6226;QD=46.0556;RBI=0.0367613;REFB=0.107084;REVB=0.0319988;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00398089;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:1:0:12:7:1:0 chr7 158534381 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872826;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.863;QD=50.4135;RBI=0.0130439;REFB=0;REVB=-0.00969332;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26193e-05;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr7 158536267 . T C 475.53 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0244142;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.478;QD=55.9444;RBI=0.0258991;REFB=-0.00974841;REVB=-0.00864334;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-9.19237e-05;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:0:1:33:33:0.970588:19:14:0:0:19:14:0:1 chr7 158536334 . G A 272.96 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0660887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.086;QD=43.6729;RBI=0.066458;REFB=-0.0123381;REVB=-0.00699628;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709088;STB=0.529387;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.000456419;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:25:1:2:22:23:0.92:16:6:1:0:16:7:0:2 chr7 158536345 . A G 249.79 PASS AF=0.913043;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0756065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5628;QD=43.4416;RBI=0.0775013;REFB=0.00261715;REVB=0.0170323;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.530357;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000105374;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:0:2:19:21:0.913043:15:4:0:0:16:5:1:1 chr7 158536376 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.307;QD=39.2068;RBI=0.0467893;REFB=0;REVB=0.00452631;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365303;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr7 158536388 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.408;QD=35.5757;RBI=0.0572049;REFB=0;REVB=-0.0352518;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279042;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr7 158536408 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.074115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.887;QD=23.2185;RBI=0.0763453;REFB=-0.0535783;REVB=0.0183183;RO=1;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119989;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00513683;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:4:5:0.833333:3:1:0:1:4:1:0:1 chr7 158672476 . C G 357.96 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6404;QD=55.0707;RBI=0.0729788;REFB=0;REVB=0.0522583;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144529;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr7 158672619 . A G 358.9 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.875;QD=53.1696;RBI=0.0116875;REFB=0;REVB=-0.00522468;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456354;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:16:11:0:0 chr7 158715219 . A G 1091.08 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0470869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.4009;QD=57.4252;RBI=0.0545241;REFB=-0.0059022;REVB=0.02749;RO=2;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018545;STB=0.509613;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00028866;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:2:2:73:74:0.973684:50:23:0:2:51:23:0:2 chr7 158719084 . C T 610.84 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.342;QD=61.0843;RBI=0.0281797;REFB=0;REVB=0.0019569;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79834e-05;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:18:22:0:0 chr7 158827326 . G A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00268744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5501;QD=11.7807;RBI=0.0159152;REFB=-0.0204875;REVB=0.0156866;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284533;STB=0.696326;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0159346;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:31:16:16:0.340426:11:5:15:11:11:5:19:12 chr7 158851234 . T G 269.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.752;QD=51.386;RBI=0.03353;REFB=0;REVB=0.033459;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011497;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:16:5:0:0 chr7 158896517 . G A 267.53 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00345397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.437;QD=13.7193;RBI=0.0483479;REFB=-0.0131464;REVB=-0.0482243;RO=47;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392794;STB=0.522374;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0209374;OID=.;OPOS=158896517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:16:15:21:26:16:15:21:26 chr7 158902567 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0139585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.516;QD=12.8732;RBI=0.0253081;REFB=-0.0195246;REVB=0.0211106;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779238;STB=0.545406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0325738;OID=.;OPOS=158902567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:7:12:18:14:7:12:18:14 chr8 566619 . A G 117.12 PASS AF=1;AO=6;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.703;QD=42.588;RBI=0.254321;REFB=0;REVB=0.254048;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122843;OID=.;OPOS=566619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:6:11:1:1:5:0:0:6:5:0:0 chr8 577101 . A G 661.03 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1302;QD=61.4912;RBI=0.026231;REFB=0;REVB=-0.0201386;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028827;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:21:20:0:0:22:21:0:0 chr8 607766 . C G 556.97 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0562;QD=60.2131;RBI=0.0124571;REFB=0;REVB=0.00548005;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287232;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chr8 608018 . C T 329.21 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0579656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.161;QD=43.8946;RBI=0.0610482;REFB=-0.108336;REVB=0.0191538;RO=3;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131958;STB=0.557332;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0021685;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:30:30:3:4:26:26:0.866667:17:9:3:0:17:9:3:1 chr8 608034 . T C 411.01 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.188;QD=56.6908;RBI=0.0233622;REFB=0;REVB=0.0212155;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4901e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:17:12:0:0 chr8 609879 . AT CC 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779645;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=147.055;QD=57.7124;RBI=0.0101568;REFB=0;REVB=0.00650963;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.78152e-06;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr8 618728 . A G 961.8 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00434515;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.088;QD=57.4212;RBI=0.0165704;REFB=-0.0865852;REVB=0.0159906;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00726627;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:33:33:1:0:33:33:1:0 chr8 939076 . G C 127.86 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0964434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3727;QD=20.4575;RBI=0.105266;REFB=-0.0446623;REVB=0.0421849;RO=11;SAF=12;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411286;STB=0.738062;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0347748;OID=.;OPOS=939076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:2:12:5:6:2:12:5:6 chr8 977316 . A G 145.11 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.872;QD=44.6483;RBI=0.0377155;REFB=0;REVB=-0.0353655;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296534;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr8 977986 . C T 63.65 PASS AF=0.6;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.166994;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7256;QD=16.9726;RBI=0.167554;REFB=-0.0693538;REVB=0.0136895;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0768736;OID=.;OPOS=977986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:16:15:8:6:7:9:0.6:3:4:4:4:3:6:2:4 chr8 978170 . C T 61.67 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.142562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1908;QD=18.9767;RBI=0.150848;REFB=-0.090375;REVB=0.0493067;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233315;STB=0.631318;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0507566;OID=.;OPOS=978170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:0:5:7:1:0:5 chr8 978573 . A G 214.05 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0302411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6976;QD=14.762;RBI=0.0844957;REFB=-0.0249962;REVB=-0.0788986;RO=33;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131268;STB=0.575017;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0374758;OID=.;OPOS=978573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:18:7:13:20:18:7:13:20 chr8 1514009 . C A 600.56 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0283412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9663;QD=58.5911;RBI=0.0284078;REFB=-0.0921393;REVB=-0.00194465;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00264031;OID=.;OPOS=1514009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:0:1:26:14:0:1 chr8 1616718 . A G 723.8 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0367467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.267;QD=59.0853;RBI=0.038128;REFB=-0.082358;REVB=0.0101696;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335685;STB=0.51785;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00394186;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:27:20:0:2:27:20:0:2 chr8 1808256 . A G 390.65 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0149469;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.646;QD=16.1092;RBI=0.0173156;REFB=-0.0240956;REVB=-0.00874177;RO=55;SAF=9;SAR=31;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239209;STB=0.636347;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.03499;OID=.;OPOS=1808256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:40:41:0.42268:31:9:23:32:32:9:23:33 chr8 1817367 . G A 427.83 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0561963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2685;QD=19.899;RBI=0.0597942;REFB=-0.000289385;REVB=0.0204283;RO=43;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075193;STB=0.546616;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.000118878;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:43:42:43:0.5:23:19:23:20:24:19:23:20 chr8 1873540 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0263496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.971;QD=6.25133;RBI=0.0294829;REFB=-0.00870718;REVB=-0.0132264;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515186;STB=0.533225;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0218352;OID=.;OPOS=1873540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:12:5:2:4:12:5 chr8 1876631 . C T 474.76 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00147504;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5978;QD=21.3377;RBI=0.0139665;REFB=-0.011279;REVB=0.0138884;RO=41;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938341;STB=0.539309;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0108801;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:43:46:46:0.516854:23:23:16:25:23:23:18:25 chr8 1900911 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000900165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1898;QD=18.4268;RBI=0.00904619;REFB=0.00257871;REVB=0.00900129;RO=27;SAF=22;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282091;STB=0.653005;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00316486;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:6:22:14:13:6:22:15:13 chr8 1905132 . G A 296.71 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00432744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.481;QD=15.6161;RBI=0.0672673;REFB=-0.0118446;REVB=0.0671279;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628207;STB=0.535333;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0167086;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:11:22:31:12:11:22:31:12 chr8 1906630 . G T 1026.12 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00629605;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.519;QD=58.6355;RBI=0.0463744;REFB=-0.127302;REVB=0.045945;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000691383;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:70:0:1:68:69:0.985714:36:32:0:0:36:33:1:0 chr8 1953194 . T G 313.46 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.667;QD=50.1543;RBI=0.0225072;REFB=-0.108189;REVB=0.00571491;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00073859;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:10:14:0:0:10:14:0:1 chr8 1953223 . C T 531.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.804;QD=59.0955;RBI=0.0702205;REFB=0;REVB=0.0682446;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633998;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:36:0:0:32:36:1:10:22:0:0:13:23:0:0 chr8 1953567 . C A 1291.77 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.255;QD=60.7889;RBI=0.0586114;REFB=0;REVB=0.00535053;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705799;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:46:34:0:0:46:39:0:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGAA 790.97 PASS AF=0.916667,0.0666667;AO=48,4;DP=57;FAO=55,4;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33,0;FSAR=22,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102216,0.00392833;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=232.7,211.756;QD=52.731;RBI=0.033154,0.0286029;REFB=0.151074,0.175298;REVB=0.0315389,0.0283319;RO=0;SAF=28,0;SAR=20,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56477e-08,0;STB=0.511107,0.5;STBP=0.31,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000259375,-0.0429925;OID=.,.;OPOS=1953643,1953646;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=CAG,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0666667:48,4:57:55,4:60:1:33,0:22,4:0:1:16:0:28,0:20,4:0:0 chr8 1953759 . A T 612.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4717;QD=61.2202;RBI=0.0653298;REFB=0;REVB=0.0458812;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995847;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr8 1954237 . G C 1006.98 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.828;QD=59.2344;RBI=0.0183228;REFB=0;REVB=0.0177991;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00979e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:30:38:0:0 chr8 1954587 . G A 302.4 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.99839e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.16;QD=52.592;RBI=0.0611011;REFB=0;REVB=0.0611011;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159185;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:20:23:1:11:9:0:0:11:12:0:0 chr8 2021421 . G T 310.73 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0161071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.717;QD=12.306;RBI=0.0242143;REFB=-0.0180307;REVB=-0.0180802;RO=64;SAF=19;SAR=18;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177247;STB=0.600917;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0271887;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:64:37:37:0.366337:18:19:43:21:18:19:43:21 chr8 2040337 . T C 1507.17 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0585083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1109;QD=58.5308;RBI=0.0704617;REFB=0.122234;REVB=-0.0392636;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00548889;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:61:41:0:0:61:41:1:0 chr8 2048811 . A C 1209.33 PASS AF=0.922222;AO=81;DP=88;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.012284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.787;QD=53.7481;RBI=0.0906831;REFB=-0.0787999;REVB=0.0898473;RO=5;SAF=38;SAR=43;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01442;STB=0.520017;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0017809;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:88:90:5:7:81:83:0.922222:43:38:3:2:45:38:5:2 chr8 2054171 . C T 215.09 PASS AF=0.412698;AO=23;DP=65;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0387068;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4901;QD=13.6563;RBI=0.0428027;REFB=-0.00936196;REVB=-0.0182718;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125616;STB=0.608615;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0135997;OID=.;OPOS=2054171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:36:37:23:26:0.412698:12:11:13:23:12:14:13:24 chr8 2056569 . C T 144.17 PASS AF=0.314815;AO=14;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0437093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6406;QD=10.6796;RBI=0.0446129;REFB=-0.00664866;REVB=-0.00893353;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196911;STB=0.573562;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0077765;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:35:14:17:0.314815:8:6:8:22:11:6:9:26 chr8 2148550 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.313;QD=56.1915;RBI=0.0489187;REFB=0;REVB=0.00756421;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446974;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr8 2148771 . C T 788.73 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354117;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.247;QD=64.3863;RBI=0.0430694;REFB=0;REVB=-0.0245149;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107412;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:29:19:0:0:29:20:0:0 chr8 2792964 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 326.11 PASS AF=0.794521,0;AO=36,4;DP=72;FAO=58,0;FDP=73;FR=.;FRO=15;FSAF=28,0;FSAR=30,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.196558,-0.0112327;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.81819,132.772;QD=17.8692;RBI=0.226384,0.0118466;REFB=-0.0665662,-0.00261222;REVB=0.112316,0.00376423;RO=27;SAF=11,4;SAR=25,0;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.262701,0.574148;STB=0.510393,0.5;STBP=0.728,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0779616,0;OID=.,.;OPOS=2792965,2792971;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794521,0:36,4:72:58,0:73:15:28,0:30,0:8:7:42:27:11,4:25,0:17:10 chr8 2795430 . T G 274.14 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0642225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7325;QD=24.9221;RBI=0.0659987;REFB=-0.0256004;REVB=0.0152086;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116908;STB=0.570765;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0219349;OID=.;OPOS=2795430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:17:7:8:11:18:7:8:11 chr8 2795835 . T C 909.53 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862851;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8777;QD=57.7479;RBI=0.0159527;REFB=0;REVB=0.0134178;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264294;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:21:40:0:0:21:42:0:0 chr8 2820745 . G C 2064.89 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.308;QD=62.5725;RBI=0.0412477;REFB=0;REVB=0.0396352;RO=0;SAF=83;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17991e-05;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:49:83:0:0:49:83:0:0 chr8 2832139 . C G 1642.74 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518725;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.153;QD=60.2841;RBI=0.0519924;REFB=0;REVB=-0.00352927;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117384;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:65:41:0:0:67:42:0:0 chr8 2909992 . G A 1437.88 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.652;QD=62.5163;RBI=0.0194595;REFB=0;REVB=-0.0179275;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63659e-06;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr8 2910020 . A G 1477.72 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286686;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.103;QD=58.5237;RBI=0.0321693;REFB=0.0526424;REVB=0.0145937;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839581;STB=0.504424;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.000121232;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:43:56:1:0:44:56:1:0 chr8 2965244 . T C 526.88 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.484;QD=56.96;RBI=0.014406;REFB=-0.0672052;REVB=-0.00901597;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000399517;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr8 3224561 . T C 96.75 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0020907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.383;QD=12.4841;RBI=0.010444;REFB=-0.017324;REVB=-0.0102326;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105263;STB=0.588079;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0196423;OID=.;OPOS=3224561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:3:9:12:6:3:9:12:7 chr8 3351147 . G A 625.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.082;QD=61.0707;RBI=0.0270655;REFB=0;REVB=0.0266196;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146097;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr8 3351195 . C A 619.82 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.499;QD=59.0308;RBI=0.0235699;REFB=0.0289432;REVB=-0.0145173;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00194014;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:20:21:0:0:20:21:1:0 chr8 3470808 . G A 198.22 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0119451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.074;QD=15.5467;RBI=0.0120537;REFB=-0.00280888;REVB=0.00161458;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19322;STB=0.589661;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00326294;OID=.;OPOS=3470808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:7:14:14:15:8:14:14:15 chr8 3558050 . G A 1517.7 PASS AF=0.98;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0314737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.903;QD=60.7079;RBI=0.0380768;REFB=0.00810857;REVB=0.02143;RO=2;SAF=32;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00723569;STB=0.503933;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-3.07359e-06;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:96:98:0.98:64:32:1:1:66:32:1:1 chr8 5768667 . A T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0301384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.695;QD=20.8112;RBI=0.0345537;REFB=-0.00971764;REVB=0.0169007;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160489;STB=0.590471;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0142597;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:12:11:15:8:12:11 chr8 6272399 . G T 288.44 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0324298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5115;QD=16.2499;RBI=0.0328076;REFB=-0.00807165;REVB=-0.00496465;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508299;STB=0.535189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0105362;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:16:16:17:21:16:16:17:22 chr8 6296550 . G T 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0537;QD=58.4148;RBI=0.0595007;REFB=0;REVB=0.0202851;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269013;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr8 6302183 . G C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00284812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.473;QD=19.3691;RBI=0.0189091;REFB=0.0098793;REVB=0.0186933;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213749;STB=0.620116;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00705814;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:3:12:9:7:3:12 chr8 6302418 . A G 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.789;QD=59.0085;RBI=0.0855751;REFB=0;REVB=-0.0731627;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172899;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr8 6302671 . C T 252.06 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0125684;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.519;QD=32.5242;RBI=0.0134684;REFB=-0.0211029;REVB=0.00484073;RO=8;SAF=5;SAR=16;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893954;STB=0.58167;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00998252;OID=.;OPOS=6302671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:31:8:9:21:22:0.709677:16:5:3:5:17:5:4:5 chr8 6302971 . C T 104.21 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0136135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3803;QD=19.8496;RBI=0.0173778;REFB=-0.0180537;REVB=0.0108009;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.52377;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.010486;OID=.;OPOS=6302971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:5:3:6:6:5:4 chr8 6319260 . T C 235.36 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.000685676;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.301;QD=13.2596;RBI=0.00802684;REFB=-0.00776457;REVB=-0.0079975;RO=43;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615945;STB=0.535186;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0122101;OID=.;OPOS=6319260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:14:14:24:19:14:14:24:19 chr8 6319284 . T C 146.07 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0249191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.563;QD=8.98906;RBI=0.0264036;REFB=-0.0335802;REVB=0.00872862;RO=45;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113236;STB=0.566864;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0277093;OID=.;OPOS=6319284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:9:11:29:16:9:11:29:16 chr8 6338306 . C A 733.5 PASS AF=0.594828;AO=68;DP=115;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0283274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4938;QD=25.2929;RBI=0.0286431;REFB=-0.00780461;REVB=-0.00424135;RO=47;SAF=38;SAR=30;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042848;STB=0.504949;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00512399;OID=.;OPOS=6338306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:47:47:68:69:0.594828:30:38:26:21:30:39:26:21 chr8 6389889 . C G 1034.91 PASS AF=0.924051;AO=73;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0319935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.941;QD=52.4004;RBI=0.0363595;REFB=-0.0161935;REVB=0.0172751;RO=5;SAF=32;SAR=41;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683716;STB=0.530226;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00336728;OID=.;OPOS=6389889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:79:5:6:73:73:0.924051:41:32:5:0:41:32:5:1 chr8 6474473 . C G 383.23 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0180502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.43;QD=14.5992;RBI=0.0181275;REFB=-0.0148898;REVB=-0.00167237;RO=61;SAF=21;SAR=23;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699997;STB=0.539382;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0248176;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:23:21:25:36:23:21:25:36 chr8 6478986 . C T 254.1 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0275724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3279;QD=17.5244;RBI=0.0551901;REFB=-0.00887648;REVB=0.0478091;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462645;STB=0.516118;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0116283;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:15:13:12:17:15:13:13:17 chr8 6479042 . C T 310.87 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0626648;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.515;QD=18.8408;RBI=0.0640697;REFB=-0.0109445;REVB=0.0133432;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12367;STB=0.575435;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0151748;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:33:33:33:0.5:16:17:12:20:16:17:12:21 chr8 6500544 . C T 464.92 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.000314242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.843;QD=22.1391;RBI=0.00995252;REFB=-0.0124086;REVB=0.00994756;RO=39;SAF=25;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122055;STB=0.567253;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00855967;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:20:25:16:23:20:25:16:23 chr8 6615663 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2667;QD=55.6539;RBI=0.0225816;REFB=0;REVB=-0.0173016;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98216e-05;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr8 6615754 . G A 295.45 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0175011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.823;QD=42.2066;RBI=0.0228445;REFB=-0.00917052;REVB=0.0146827;RO=4;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455365;STB=0.524671;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00448613;OID=.;OPOS=6615754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:14:10:1:3:14:10:1:3 chr8 6669245 . G C 101.02 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0221582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.982;QD=8.7846;RBI=0.0234206;REFB=-0.00128765;REVB=0.00758536;RO=32;SAF=1;SAR=13;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.764326;STB=0.948108;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0454691;OID=.;OPOS=6669245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:13:1:26:6:13:1:26:6 chr8 6673377 . CA C 629.75 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187313;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.777;QD=59.9762;RBI=0.0226016;REFB=0;REVB=0.0126479;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000151528;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:42:42:0:10:32:0:0:4:0:9:33:0:0 chr8 6690276 . T C 159.49 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0290344;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4054;QD=11.5989;RBI=0.029036;REFB=0.0188557;REVB=-0.000302226;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109787;STB=0.555499;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0288477;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:35:20:20:0.363636:12:8:17:17:12:8:17:18 chr8 6735300 . T A 648.52 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0848225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.177;QD=57.6459;RBI=0.0883534;REFB=0.0391278;REVB=0.0247278;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.500517;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000490511;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:1:2:43:43:0.955556:22:21:0:1:22:21:1:1 chr8 6793540 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.95;QD=57.2375;RBI=0.017662;REFB=0;REVB=-0.0128045;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41353e-05;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr8 6793581 . A G 69.72 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0108416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8607;QD=6.80151;RBI=0.0234384;REFB=-0.00742626;REVB=0.0207802;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192755;STB=0.512171;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.036876;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:15:16:5:5:15:16 chr8 7154617 . T A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0448602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2729;QD=14.6521;RBI=0.0476669;REFB=0.0166731;REVB=-0.0161152;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0146644;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr8 7154917 . A C 388.43 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0254428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.32;QD=14.2543;RBI=0.025444;REFB=-0.0158382;REVB=0.000245104;RO=63;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154458;STB=0.502651;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0105131;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:63:64:44:45:0.412844:23:21:31:32:23:22:31:33 chr8 7215694 . A G 193.92 PASS AF=0.256637;AO=29;DP=113;FAO=29;FDP=113;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0399432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4277;QD=6.8643;RBI=0.0410454;REFB=-0.000317288;REVB=0.00944795;RO=81;SAF=16;SAR=13;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257756;STB=0.529716;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0027737;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:81:84:29:29:0.256637:13:16:43:38:13:16:43:41 chr8 7217172 . G A 72.64 PASS AF=0.0952381;AO=22;DP=232;FAO=22;FDP=231;FR=.;FRO=209;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=97;FSRR=112;FWDB=-0.0237731;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.8;QD=1.25775;RBI=0.0238612;REFB=-0.001492;REVB=0.00204812;RO=209;SAF=10;SAR=12;SRF=97;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115051;STB=0.508708;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0154982;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:232:231:209:209:22:22:0.0952381:12:10:97:112:12:10:97:112 chr8 7217795 . T G 75.18 PASS AF=0.116129;AO=18;DP=155;FAO=18;FDP=155;FR=.;FRO=137;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=0.00655082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.148;QD=1.94022;RBI=0.0065522;REFB=-0.00160293;REVB=0.000134437;RO=135;SAF=9;SAR=9;SRF=70;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228325;STB=0.516111;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0169789;OID=.;OPOS=7217795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:155:155:135:137:18:18:0.116129:9:9:70:65:9:9:71:66 chr8 7217837 . A C 81.07 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0360019;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.98;QD=3.00246;RBI=0.0399796;REFB=0.00286249;REVB=0.0173849;RO=87;SAF=8;SAR=8;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079731;STB=0.546239;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0164416;OID=.;OPOS=7217837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:87:92:16:16:0.148148:8:8:38:49:8:8:41:51 chr8 7218632 . C T 52.97 PASS AF=0.09375;AO=15;DP=160;FAO=15;FDP=160;FR=.;FRO=145;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=67;FWDB=0.010334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5998;QD=1.32424;RBI=0.0248657;REFB=-0.00182561;REVB=-0.0226166;RO=141;SAF=10;SAR=5;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155144;STB=0.620525;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0119435;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:160:160:141:145:15:15:0.09375:5:10:76:65:5:10:78:67 chr8 7308386 . T C 69.97 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0241066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8623;QD=6.66377;RBI=0.0271318;REFB=-0.00563655;REVB=-0.01245;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339904;STB=0.69015;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0130553;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:5:5:24:7:5:5:24:8 chr8 7308729 . G C 430.83 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.000914858;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.047;QD=18.9377;RBI=0.0103772;REFB=-0.0127923;REVB=0.0103368;RO=47;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106954;STB=0.565232;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.02228;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:47:48:43:43:0.472527:18:25:22:25:18:25:22:26 chr8 7718187 . T G 264.76 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.019894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.469;QD=20.7656;RBI=0.0341222;REFB=-0.0230593;REVB=-0.0277228;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471705;STB=0.526296;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0223885;OID=.;OPOS=7718187;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:12:12:15:12:12:12 chr8 7718266 . A T 393.45 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.217;QD=56.2077;RBI=0.0251591;REFB=0;REVB=0.0176552;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239765;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:16:12:0:0 chr8 7720995 . T C 32.39 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00332552;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3277;QD=11.7791;RBI=0.0179736;REFB=-0.0040024;REVB=-0.0176633;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.723349;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00180334;OID=.;OPOS=7720995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:11:7:6:5:5:0.454545:2:3:1:6:2:3:1:5 chr8 8098577 . G A 427.13 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.572;QD=56.9502;RBI=0.0258366;REFB=0;REVB=0.0255439;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172069;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:12:18:0:0 chr8 8176221 . C T 137.86 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.019927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.092;QD=19.0145;RBI=0.0199625;REFB=-0.000257384;REVB=-0.00118901;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242932;STB=0.636204;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.000387291;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:2:12:9:6:2:12 chr8 8176554 . C T 636.11 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0152066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.286;QD=25.1926;RBI=0.0324105;REFB=-0.0128271;REVB=0.0286217;RO=41;SAF=20;SAR=40;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468173;STB=0.525539;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00779883;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:40:20:16:25:40:20:16:25 chr8 8234077 . G C 179.7 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.149434;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1476;QD=47.9209;RBI=0.151597;REFB=0;REVB=0.0255196;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00404991;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr8 8234192 . G C 479.74 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9443;QD=56.4397;RBI=0.0493174;REFB=0;REVB=0.0155684;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399151;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:18:16:0:0 chr8 8234218 . CG TA 756.28 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030976;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.667;QD=57.0776;RBI=0.0383099;REFB=0;REVB=0.0225419;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000124415;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr8 8234714 . C T 472.6 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0106352;FXX=0.0499875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.209;QD=49.747;RBI=0.0157675;REFB=-0.0727662;REVB=0.0116407;RO=4;SAF=30;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592397;STB=0.531895;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000751872;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:40:38:4:4:34:34:0.894737:4:30:3:1:4:30:3:1 chr8 8234868 . C CGCCGCT 46.97 PASS AF=0.75;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00305908;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=6;MLLD=168.905;QD=23.4853;RBI=0.0486241;REFB=-0.087271;REVB=-0.0485278;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=ins;VARB=0.0234621;OID=.;OPOS=8234869;OREF=-;OALT=GCCGCT;OMAPALT=CGCCGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:5:9:6:8:2:4:2:1:1:11:2:4:1:1:1 chr8 8238940 . G A 425.73 PASS AF=0.436364;AO=47;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.00319212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4305;QD=15.4811;RBI=0.0336767;REFB=-0.00158877;REVB=-0.0335251;RO=62;SAF=25;SAR=22;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167256;STB=0.598278;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00287606;OID=.;OPOS=8238940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:47:48:0.436364:22:25:43:19:23:25:43:19 chr8 8439879 . A G 77.86 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0382324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4711;QD=14.1569;RBI=0.120834;REFB=0.0077888;REVB=-0.114626;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0134079;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:6:6:5:5:6:6 chr8 8440074 . G A 141.29 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00661978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.357;QD=13.1435;RBI=0.00753758;REFB=0.0132581;REVB=0.00360466;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343108;STB=0.604526;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.018725;OID=.;OPOS=8440074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:27:15:16:0.372093:8:7:17:4:8:8:18:9 chr8 8560601 . G GT 151.64 PASS AF=0.9375;AO=2;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0999108;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.4674;QD=37.9098;RBI=0.219245;REFB=-0.0100242;REVB=0.195157;RO=13;SAF=0;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601607;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=ins;VARB=0.0229025;OID=.;OPOS=8560602;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:2:16:15:16:1:7:8:1:0:4:13:0:2:8:5 chr8 8560602 . C T 129.24 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0796585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0631;QD=32.3087;RBI=0.148994;REFB=-0.128149;REVB=0.125911;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903656;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.03697;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:16:3:3:12:13:0.8125:5:7:1:2:6:7:1:2 chr8 8560909 . G C 1022.11 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000743246;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0073;QD=58.4063;RBI=0.0465415;REFB=0;REVB=0.0465356;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142155;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:1:0:65:70:1:41:24:0:1:43:27:0:0 chr8 8561391 . A AT 138.4 PASS AF=0.95;AO=15;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00762162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.802;QD=27.6807;RBI=0.0509396;REFB=0.0134394;REVB=-0.0503662;RO=3;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405554;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=ins;VARB=0.00838382;OID=.;OPOS=8561392;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:15:20:19:20:1:10:9:1:0:6:3:8:7:2:1 chr8 8561399 . G T 279.29 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.846;QD=48.572;RBI=0.0225879;REFB=-0.0716229;REVB=-0.00260704;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000682278;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:0:1:8:14:0:1 chr8 8561442 . A G 270.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6745;QD=51.5352;RBI=0.0368532;REFB=0;REVB=0.0203293;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308437;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr8 8561452 . A G 238.44 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.889;QD=50.1983;RBI=0.140471;REFB=0;REVB=-0.140246;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162401;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:14:19:1:4:10:0:0:7:12:0:0 chr8 8561536 . TG CA 88.22 PASS AF=1;AO=5;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356552;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.259;QD=39.2068;RBI=0.0392321;REFB=0;REVB=0.0163665;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000724195;OID=.;OPOS=8561536;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:5:9:1:2:3:0:0:2:7:0:0 chr8 8561552 . T C 66.7 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287766;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.886;QD=38.1162;RBI=0.0814058;REFB=0;REVB=-0.0761499;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00252108;OID=.;OPOS=8561552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr8 8643582 . C G 714.84 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00446938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8248;QD=60.8375;RBI=0.0186882;REFB=-0.123823;REVB=0.0181459;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0037974;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:45:46:0.978723:24:21:0:0:24:22:0:1 chr8 8747894 . A G 772.39 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=7.73619e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7383;QD=61.7913;RBI=0.0158416;REFB=-0.0529606;REVB=-0.0158414;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000683371;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:22:27:0:0:22:27:1:0 chr8 8819186 . T A 364.55 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0136368;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.097;QD=17.7831;RBI=0.0161287;REFB=-0.00461535;REVB=0.00861238;RO=45;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276321;STB=0.520628;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00535911;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:44:38:38:0.463415:23:15:19:26:23:15:19:25 chr8 9145082 . T C 304.13 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00853865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.606;QD=26.446;RBI=0.0166392;REFB=-0.00706463;REVB=0.0142813;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257822;STB=0.524458;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00423878;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:19:26:27:0.586957:17:9:6:13:17:10:6:13 chr8 9414049 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0114614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.844;QD=17.1563;RBI=0.0260526;REFB=-0.0125202;REVB=0.0233961;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168808;STB=0.595486;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00867866;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:16:4:6:11:16:4 chr8 9414159 . G C 176.04 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0261683;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.6;QD=20.7105;RBI=0.0331695;REFB=-0.0191189;REVB=0.0203823;RO=16;SAF=16;SAR=2;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305424;STB=0.666534;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0167788;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:18:18:0.529412:2:16:16:0:2:16:16:0 chr8 9414237 . C T 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0347576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.812;QD=11.7807;RBI=0.0369451;REFB=-0.00573868;REVB=-0.0125238;RO=31;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543504;STB=0.815187;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0211322;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:4:12:7:24:4:12:7:24 chr8 9414502 . C G 241.47 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0165306;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.874;QD=16.6531;RBI=0.0197002;REFB=-0.00744011;REVB=-0.0107163;RO=31;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349915;STB=0.696487;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00899861;OID=.;OPOS=9414502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:31:27:27:0.465517:9:18:9:22:9:18:9:22 chr8 9414503 . T C 283.28 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0493385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.9827;QD=19.879;RBI=0.052585;REFB=-0.00518447;REVB=0.0181905;RO=27;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345798;STB=0.69245;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00544529;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:21:9:19:8:21:9:19:8 chr8 9414642 . G A 224.34 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00750736;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.443;QD=14.956;RBI=0.0149027;REFB=-0.00927539;REVB=0.0128736;RO=35;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532731;STB=0.538432;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0150566;OID=.;OPOS=9414642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:34:26:26:0.433333:14:12:18:17:14:12:18:16 chr8 9414908 . CTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTC 89.62 PASS AF=0.470588,0.176471,0.352941;AO=2,2,2;DP=17;FAO=8,3,6;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7,3,5;FSAR=1,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.327657,0.618116,0.0239018;FXX=0;HRUN=15,15,1;LEN=2,1,1;MLLD=5.79741,3.40743,193.846;QD=21.0861;RBI=0.795077,1.17391,0.0254874;REFB=-0.0931945,-0.094635,-0.0059247;REVB=-0.724422,-0.997995,0.00884931;RO=5;SAF=2,2,1;SAR=0,0,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-0.576642;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.142532,-0.0823501,-0.000156999;OID=.,.,.;OPOS=9414909,9414909,9414924;OREF=TT,T,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.470588,0.176471,0.352941:2,2,2:17:8,3,6:17:0:7,3,5:1,0,1:0:0:28:5:2,2,1:0,0,1:5:0 chr8 9415168 . G A 784.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.15;QD=64.0309;RBI=0.0243362;REFB=0;REVB=0.0125727;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56162e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:21:28:0:0 chr8 9415390 . G A 341.39 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.015836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.938;QD=18.4534;RBI=0.0167431;REFB=-0.017515;REVB=-0.00543614;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218656;STB=0.512188;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0173812;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:16:20:22:16:16:20:22:16 chr8 9415815 . C G 213.06 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.000147189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3398;QD=12.5328;RBI=0.00628749;REFB=-0.0452402;REVB=-0.00628576;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243939;STB=0.639097;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0701271;OID=.;OPOS=9415815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:12:14:13:29:12:14:13:29 chr8 9416258 . G C 258.35 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00479804;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.626;QD=22.9643;RBI=0.0227457;REFB=-0.00396559;REVB=0.0222339;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776856;STB=0.533306;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00248703;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:21:24:24:0.533333:12:12:9:13:12:12:9:12 chr8 9577940 . T C 1529.98 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.204;QD=63.7491;RBI=0.0158624;REFB=0;REVB=0.0149833;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36605e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr8 9609331 . G A 114.07 PASS AF=0.52;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00357786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.844;QD=18.2516;RBI=0.0325706;REFB=-0.0458321;REVB=-0.0323735;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159391;STB=0.558527;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0349124;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:25:10:12:13:13:0.52:9:4:5:5:9:4:5:7 chr8 9634475 . T C 436.94 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0040593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.767;QD=17.8343;RBI=0.00791682;REFB=0.0111061;REVB=-0.00679692;RO=53;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158796;STB=0.59296;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0110328;OID=.;OPOS=9634475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:53:44:45:0.459184:17:27:24:29:17:28:24:29 chr8 9734267 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.528;QD=48.7373;RBI=0.0103607;REFB=0;REVB=-0.00786497;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20909e-06;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:9:17:1:2:7:0:0:6:11:0:0 chr8 10211175 . C T 382.68 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00781843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2265;QD=17.1989;RBI=0.0266919;REFB=-0.00180411;REVB=0.0255212;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109571;STB=0.524802;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.000732437;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:46:49:39:40:0.449438:22:17:20:26:23:17:23:26 chr8 10285810 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00149904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.284;QD=18.0502;RBI=0.00271738;REFB=-0.0110397;REVB=-0.0022665;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.666296;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0106384;OID=.;OPOS=10285810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:4:4:8:2:4:4 chr8 10285825 . T G 150.06 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221018;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.863;QD=46.173;RBI=0.0410743;REFB=0;REVB=0.0346209;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014278;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr8 10333811 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0169821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6562;QD=10.0336;RBI=0.0321286;REFB=-0.0509905;REVB=0.0272736;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.749164;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0245514;OID=.;OPOS=10333811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:1:6:2:3:1:6 chr8 10383138 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00169209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.739;QD=11.1855;RBI=0.0287727;REFB=-0.0153358;REVB=-0.0287229;RO=34;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356629;STB=0.720273;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0348703;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:15:4:17:17:15:4:18:17 chr8 10383226 . C G 77.3 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0230286;FXX=0.0713776;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.0835;QD=23.7841;RBI=0.0272754;REFB=-0.00160412;REVB=0.0146163;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158958;STB=0.592358;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00086434;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:1:3:8:1:1:3 chr8 10390452 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0348092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.311;QD=15.1532;RBI=0.0401742;REFB=-0.013067;REVB=-0.0200571;RO=43;SAF=6;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248754;STB=0.642597;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00832654;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:26:6:16:27:26:6:16:27 chr8 10396054 . A C 891.42 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3065;QD=57.5109;RBI=0.0310175;REFB=0;REVB=-0.023505;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153732;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:34:26:0:0:36:26:0:0 chr8 10464755 . C T 89.86 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00544855;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.182;QD=25.673;RBI=0.0111209;REFB=0.00959688;REVB=0.00969467;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125976;STB=0.571288;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00375148;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:15:14:4:4:10:10:0.714286:5:5:3:1:5:5:3:1 chr8 10464885 . T C 650.49 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.407;QD=61.9516;RBI=0.0296261;REFB=0;REVB=-0.00156128;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67331e-05;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr8 10465748 . T C 66.81 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0806352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.683;QD=29.6924;RBI=0.227819;REFB=-0.0294986;REVB=0.213071;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00783728;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:0:1:2:6:1:0 chr8 10465771 . G T 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587932;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.485;QD=42.4473;RBI=0.0645877;REFB=0;REVB=0.0267383;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122117;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr8 10467124 . G C 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00561417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.611;QD=19.587;RBI=0.00879155;REFB=-0.0156936;REVB=-0.00676554;RO=46;SAF=27;SAR=17;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377749;STB=0.520958;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0176113;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:17:27:30:16:17:27:30:16 chr8 10467207 . C A 1456.16 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2743;QD=61.9642;RBI=0.10899;REFB=-0.205498;REVB=0.0966397;RO=1;SAF=52;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902834;STB=0.504672;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00352791;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:94:1:1:90:93:0.989362:38:52:1:0:40:53:1:0 chr8 10467637 . T C 59.33 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0730873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0355;QD=15.8201;RBI=0.077278;REFB=-0.0410974;REVB=0.0251028;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0329461;OID=.;OPOS=10467637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:3:4:5:3:3:4 chr8 10468172 . G A 127.49 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00478514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.727;QD=14.9985;RBI=0.0305258;REFB=-0.00541489;REVB=-0.0301484;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00752232;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:14:15:0.441176:7:7:10:9:8:7:10:9 chr8 10468353 . G C 147.31 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.019509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5993;QD=17.8557;RBI=0.0545941;REFB=-0.00773784;REVB=0.0509893;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189379;STB=0.618883;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00749833;OID=.;OPOS=10468353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:3:12:11:6:3:13:11:6 chr8 10469817 . G A 661.32 PASS AF=0.455128;AO=70;DP=156;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=0.0226443;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.805;QD=16.957;RBI=0.0308039;REFB=-0.0238786;REVB=0.0208833;RO=81;SAF=43;SAR=27;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284721;STB=0.530721;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0322561;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:85:70:71:0.455128:27:43:52:29:28:43:56:29 chr8 10474042 . T G 217.69 PASS AF=0.446429;AO=22;DP=53;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0264111;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.301;QD=15.5492;RBI=0.0264442;REFB=-0.0274521;REVB=-0.00132316;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190022;STB=0.587829;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0206575;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:29:31:22:25:0.446429:11:11:9:20:13:12:10:21 chr8 10530218 . C T 393.79 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8797;QD=56.2557;RBI=0.0881599;REFB=0;REVB=0.0162941;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141188;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:14:14:0:0 chr8 10691277 . A C 38.1 PASS AF=0.375;AO=3;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.019531;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.777;QD=9.52484;RBI=0.0402127;REFB=0.00719478;REVB=-0.0351511;RO=6;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.000112281;OID=.;OPOS=10691277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:10:3:6:0.375:1:2:4:2:4:2:6:4 chr8 10754511 . C T 379.44 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.135972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0192;QD=16.6787;RBI=0.137276;REFB=-0.0349138;REVB=-0.0188754;RO=50;SAF=14;SAR=26;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740876;STB=0.537171;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0372512;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:40:40:0.43956:26:14:21:29:26:14:21:30 chr8 10920326 . C T 665.39 PASS AF=0.559322;AO=61;DP=115;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0808227;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2472;QD=22.5557;RBI=0.0808351;REFB=-0.0131553;REVB=0.00141448;RO=52;SAF=29;SAR=32;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367614;STB=0.506678;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.014167;OID=.;OPOS=10920326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:52:52:61:66:0.559322:32:29:27:25:32:34:26:26 chr8 10995997 . G A 133.4 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5277;QD=15.6946;RBI=0.0485251;REFB=-0.0118303;REVB=-0.0479713;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241819;STB=0.63981;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.014766;OID=.;OPOS=10995997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:5:10:8:11:5:10:8:11 chr8 11162496 . A C 1170.5 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00335405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.299;QD=57.0976;RBI=0.00753573;REFB=-0.0572211;REVB=0.00674816;RO=3;SAF=28;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195236;STB=0.501329;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00207925;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:78:79:0.963415:50:28:1:2:50:29:1:2 chr8 11184937 . G A 1556.89 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9441;QD=63.5465;RBI=0.0135043;REFB=0;REVB=0.00812118;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54814e-05;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:94:98:1:60:34:0:0:62:36:0:0 chr8 11188743 . C T 902.91 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.018;QD=58.2519;RBI=0.0505642;REFB=0;REVB=0.028325;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191276;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:27:35:0:0 chr8 11188752 . G A 635.19 PASS AF=0.890909;AO=48;DP=58;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0443551;FXX=0.0517152;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.445;QD=46.1954;RBI=0.0769085;REFB=-0.0363398;REVB=0.0628294;RO=2;SAF=30;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303353;STB=0.523838;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00106429;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:58:55:2:6:48:49:0.890909:18:30:2:0:18:31:5:1 chr8 11189316 . G C 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.118;QD=45.1041;RBI=0.0517592;REFB=0.1216;REVB=0.0421853;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00233588;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:1:0:8:10:1:0 chr8 11189488 . T C 1507.28 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0513287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.433;QD=58.5353;RBI=0.0525052;REFB=-0.0885877;REVB=0.0110528;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958459;STB=0.50505;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000185737;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:49:53:0:1:49:53:0:1 chr8 11189535 . T C 530.12 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0284701;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7462;QD=57.3102;RBI=0.0929078;REFB=-0.0938642;REVB=0.0884382;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00432706;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:2:1:35:36:0.972973:15:20:2:0:15:21:1:0 chr8 11204165 . C T 575.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000303594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7092;QD=60.5949;RBI=0.0256938;REFB=0;REVB=-0.025692;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251965;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr8 11204184 . G A 501.02 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.172;QD=58.9437;RBI=0.0375252;REFB=0;REVB=0.0348052;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72575e-05;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr8 11301753 . A C 3083.55 PASS AF=0.994872;AO=190;DP=196;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00607592;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1644;QD=63.2524;RBI=0.00688802;REFB=0.0186216;REVB=-0.00324468;RO=1;SAF=93;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488403;STB=0.502564;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000535573;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:195:1:1:190:194:0.994872:97:93:0:1:97:97:0:1 chr8 11414237 . T C 1025.5 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2045;QD=56.9722;RBI=0.0338677;REFB=-0.0929426;REVB=-0.0312365;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129508;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00206479;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:69:71:0.986111:33:36:1:0:33:38:1:0 chr8 11417275 . G T 53.56 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0326978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.436;QD=7.65098;RBI=0.0353642;REFB=-0.00564265;REVB=0.0134714;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251967;STB=0.678182;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00852623;OID=.;OPOS=11417275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:18:20:8:8:0.285714:4:4:13:5:4:4:15:5 chr8 11418385 . G A 759.24 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0046213;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.867;QD=50.6157;RBI=0.0292963;REFB=-0.0782731;REVB=0.0289295;RO=3;SAF=28;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478769;STB=0.516661;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000960276;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:60:3:4:56:56:0.933333:28:28:3:0:28:28:3:1 chr8 11418773 . C T 838.63 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0272181;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.8512;QD=54.1054;RBI=0.027388;REFB=-0.054559;REVB=0.00304585;RO=2;SAF=20;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448642;STB=0.52272;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0010575;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:2:2:59:60:0.967742:39:20:2:0:39:21:2:0 chr8 11421793 . C T 860.69 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000312852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.638;QD=56.4387;RBI=0.111967;REFB=-0.0653559;REVB=0.111967;RO=1;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346622;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:60:61:1:19:41:0:1:20:41:0:0 chr8 11619261 . T A 913.33 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816606;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3394;QD=57.0834;RBI=0.128968;REFB=-0.111172;REVB=0.0998208;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00632076;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:64:1:0:61:64:1:35:26:0:1:37:27:0:0 chr8 11619334 . C T 1121.69 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.833;QD=59.0364;RBI=0.0466855;REFB=-0.144347;REVB=0.0255514;RO=1;SAF=21;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219938;STB=0.511625;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00228725;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:54:21:1:0:54:21:1:0 chr8 11619635 . T A 289.3 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00957027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.675;QD=52.6006;RBI=0.0666215;REFB=0;REVB=0.0659305;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290247;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:6:16:0:0 chr8 11619986 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3935;QD=47.8192;RBI=0.018231;REFB=0;REVB=-0.015997;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510274;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr8 11620077 . GAC G 71.7 PASS AF=1;AO=3;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148559;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.311;QD=35.8478;RBI=0.073884;REFB=0;REVB=0.072375;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.001592;OID=.;OPOS=11620078;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:8:8:8:0:5:3:0:0:4:0:3:0:0:0 chr8 11620315 . T C 732.01 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105084;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.944;QD=54.2232;RBI=0.0132354;REFB=-0.0356097;REVB=0.00804667;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000969167;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:0:1:29:24:0:1 chr8 11621351 . C G 340.19 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1622;QD=54.4295;RBI=0.0400569;REFB=0;REVB=0.0372276;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338926;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr8 11621450 . G A 630.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7413;QD=61.4719;RBI=0.0125455;REFB=0;REVB=0.0109131;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72923e-05;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr8 11637163 . T A 315.56 PASS AF=0.596154;AO=12;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.055101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5408;QD=24.2735;RBI=0.0585866;REFB=-0.0349983;REVB=-0.0199066;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342369;STB=0.556385;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0210335;OID=.;OPOS=11637163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:10:21:12:31:0.596154:10:2:5:5:18:13:6:15 chr8 11666218 . GTCCCAC G 99.52 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.127013;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=6;MLLD=149.28;QD=12.8413;RBI=0.127479;REFB=-0.0235541;REVB=0.0108937;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.887471;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0352048;OID=.;OPOS=11666219;OREF=TCCCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:11:22:12:31:19:1:11:12:7:99:0:0:11:0:0 chr8 11683653 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183938;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=346.419;QD=58.9627;RBI=0.0185746;REFB=0;REVB=-0.00258501;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14659e-05;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr8 11689119 . G C 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0675139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.802;QD=17.5535;RBI=0.0693473;REFB=0.00519516;REVB=-0.0158408;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213037;STB=0.623312;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00580198;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:18:18:11:29:18:18:11:30 chr8 11701842 . A C 671.55 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0496327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6607;QD=52.6702;RBI=0.057686;REFB=-0.075664;REVB=-0.0293986;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519992;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00310402;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:49:49:0.960784:25:24:0:0:25:24:2:0 chr8 11701887 . CTG C 190.22 PASS AF=0.347826;AO=19;DP=67;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.000544135;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.241;QD=11.0271;RBI=0.00649895;REFB=0.0061803;REVB=0.00647613;RO=44;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198485;STB=0.576144;STBP=0.357;TYPE=del;VARB=-0.0105217;OID=.;OPOS=11701888;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:19:67:24:69:45:15:9:23:22:99:44:13:6:23:21 chr8 11702542 . T C 210.54 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0672252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.247;QD=14.0359;RBI=0.0672326;REFB=-0.0169997;REVB=0.000993064;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954085;STB=0.503335;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0177001;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:12:13:18:16:12:13:18:17 chr8 11705677 . C G 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0109966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.356;QD=11.3319;RBI=0.0319688;REFB=0.00019033;REVB=-0.030018;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290364;STB=0.517217;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000640738;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:18:9:5:9:18:9 chr8 11706581 . T G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00712803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.407;QD=16.1155;RBI=0.0184331;REFB=-0.0200807;REVB=-0.0169991;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264414;STB=0.650452;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0251492;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:7:17:13:16:7:17:13:16 chr8 11710888 . G C 188.61 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.00909515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.567;QD=14.235;RBI=0.0211523;REFB=-0.00822811;REVB=0.0190971;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458789;STB=0.757761;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0146578;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:14:8:26:5:14:8:26:5 chr8 11793447 . T C 1348.36 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6227;QD=61.9936;RBI=0.0920032;REFB=0;REVB=0.000951986;RO=0;SAF=18;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643562;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:68:18:0:0:69:18:0:0 chr8 11832079 . A G 544.93 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00881812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.343;QD=57.3608;RBI=0.0214643;REFB=-0.00846885;REVB=0.0195693;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=9.22992e-05;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:0:1:21:16:0:1 chr8 11872239 . C A 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.989;QD=55.0938;RBI=0.120277;REFB=0;REVB=0.0376958;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870237;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr8 11994957 . T C 35.15 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.471;QD=23.4305;RBI=0.0314154;REFB=-0.143004;REVB=0.00570188;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00205122;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:3:2:0:0:3:2:0:1 chr8 11995274 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.846;QD=42.177;RBI=0.0274601;REFB=0;REVB=0.00340823;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922757;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr8 12516729 . T G 218.07 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00780265;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0684;QD=45.9091;RBI=0.0189427;REFB=-0.12823;REVB=0.0172611;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0108994;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:0:1:13:5:0:1 chr8 12516857 . T C 260.41 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0533481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9692;QD=24.8007;RBI=0.0533545;REFB=0.00698019;REVB=0.000828647;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333929;STB=0.52725;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00688663;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:8:16:12:5:8:16:13:5 chr8 12580049 . G A 232.38 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1721;QD=48.922;RBI=0.0340452;REFB=0;REVB=-0.0240138;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785321;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:17:19:1:5:12:0:0:5:14:0:0 chr8 12809667 . A T 1075.71 PASS AF=0.433333;AO=117;DP=270;FAO=117;FDP=270;FR=.;FRO=153;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=87;FWDB=2.20129e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.597;QD=15.9364;RBI=0.00217291;REFB=-0.00855007;REVB=-0.0021728;RO=151;SAF=66;SAR=51;SRF=65;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135189;STB=0.574987;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00743582;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:151:153:117:117:0.433333:51:66:65:86:51:66:66:87 chr8 12809700 . G A 943.07 PASS AF=0.419753;AO=102;DP=243;FAO=102;FDP=243;FR=.;FRO=141;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=87;FWDB=-0.0118279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.92;QD=15.5238;RBI=0.0156872;REFB=-0.011561;REVB=0.0103048;RO=141;SAF=54;SAR=48;SRF=54;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151534;STB=0.584399;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0124953;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:141:141:102:102:0.419753:48:54:54:87:48:54:54:87 chr8 12878637 . A G 737.36 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3877;QD=62.754;RBI=0.0431435;REFB=0;REVB=-0.0431051;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434251;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr8 12878677 . T C 236.09 PASS AF=0.45;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0137271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.161;QD=15.7393;RBI=0.0156775;REFB=-0.0240318;REVB=0.00757313;RO=32;SAF=6;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3351;STB=0.655615;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0445005;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:33:27:27:0.45:21:6:17:15:20:7:17:16 chr8 12878807 . T G 306.17 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00721201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.277;QD=15.3083;RBI=0.00728515;REFB=-0.00101523;REVB=-0.00102971;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900321;STB=0.551748;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00110897;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:46:34:34:0.425:20:14:14:29:20:14:15:31 chr8 12879062 . T C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00675594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.267;QD=20.7548;RBI=0.0115247;REFB=-0.0147982;REVB=-0.00933677;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913102;STB=0.551655;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0105288;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:5:7:7:8:5:7 chr8 12879099 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0141597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.948;QD=19.8495;RBI=0.0268571;REFB=-0.0144942;REVB=-0.0228212;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244954;STB=0.640013;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0108776;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:6:7:4:11:6:7 chr8 12879198 . A T 213.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.063822;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.604;QD=24.4126;RBI=0.0638252;REFB=-0.0543954;REVB=-0.000645302;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465544;STB=0.655023;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0407235;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:14:16:20:0.571429:12:4:11:2:12:8:11:3 chr8 12879334 . T C 229.54 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0236685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8166;QD=16.3954;RBI=0.062984;REFB=-0.0181488;REVB=0.0583677;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566037;STB=0.541634;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0496806;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:15:11:14:15:15:11:15:15 chr8 12888743 . A G 142.53 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0219821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.477;QD=14.253;RBI=0.0343422;REFB=-0.0140306;REVB=0.0263852;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317934;STB=0.670525;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0212251;OID=.;OPOS=12888743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:16:16:0.4:6:10:7:16:6:10:8:16 chr8 12888908 . T G 753.46 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0687655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.794;QD=61.5069;RBI=0.0688954;REFB=-0.0381737;REVB=-0.00422842;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000734905;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:0:1:27:21:0:1 chr8 12943064 . T TC 80.83 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11114;FXX=0.0908265;HRUN=0;LEN=1;MLLD=126.065;QD=32.3338;RBI=0.159109;REFB=0;REVB=-0.113858;RO=9;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.694553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000566333;OID=.;OPOS=12943065;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:11:10:10:0:7:3:0:0:3:9:0:2:7:2 chr8 12943065 . T C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0370582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.717;QD=28.6827;RBI=0.0372806;REFB=0.0689444;REVB=-0.00406617;RO=2;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290717;STB=0.666261;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00536868;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:2:7:0:2:2:7:0:2 chr8 12957475 . C T 280.26 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.0097289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.747;QD=16.7319;RBI=0.0135476;REFB=-0.0109683;REVB=0.00942797;RO=36;SAF=7;SAR=24;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441765;STB=0.524737;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0103118;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:24:7:7:29:24:7:7:29 chr8 12958025 . C A 43.64 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00255894;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.892;QD=12.4684;RBI=0.00420845;REFB=-0.0078815;REVB=-0.00334109;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477139;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0676643;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:15:14:6:7:5:5:0.357143:1:4:5:1:1:4:6:1 chr8 12960281 . T C 290.13 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00725959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.634;QD=16.5791;RBI=0.00748612;REFB=-0.0181022;REVB=0.00182764;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780232;STB=0.551692;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.018384;OID=.;OPOS=12960281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:13:19:19:18:13:19:19:19 chr8 13072177 . C T 421.71 PASS AF=0.538462;AO=39;DP=76;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0100096;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.917;QD=21.6259;RBI=0.0121515;REFB=-0.0116205;REVB=0.0068897;RO=37;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209598;STB=0.503697;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0097692;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:37:36:39:42:0.538462:17:22:20:17:19:23:20:16 chr8 13356818 . TT CG,CT 233.84 PASS AF=0.210526,0.789474;AO=4,14;DP=19;FAO=4,15;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137466,0.0189995;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=158.83,214.504;QD=49.2304;RBI=0.048077,0.0299977;REFB=0,0;REVB=-0.0460699,-0.0232139;RO=0;SAF=4,11;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00780312,0.00190897;OID=.,.;OPOS=13356818,13356818;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:19:19:0:0:4,14:4,15:0.210526,0.789474:0,3:4,11:0:0:0,3:4,12:0:0 chr8 13357340 . G C 417.81 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00622031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.44;QD=22.584;RBI=0.00699987;REFB=-0.0108433;REVB=-0.00321028;RO=33;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239495;STB=0.501319;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00856852;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:20:21:17:16:20:21:17:16 chr8 13424583 . C T 788.62 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.649;QD=63.0897;RBI=0.0194452;REFB=0;REVB=0.0170339;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001555;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr8 13425353 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.019;QD=57.2023;RBI=0.0433149;REFB=0;REVB=-0.0126249;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156763;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr8 15590866 . T G 144.53 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=30;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0108906;FXX=0.0999667;HRUN=13;LEN=1;MLLD=230.662;QD=21.4114;RBI=0.0796383;REFB=-0.0261721;REVB=-0.0788902;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221916;STB=0.559925;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0214365;OID=.;OPOS=15590866;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:30:27:4:12:9:15:0.555556:3:6:4:0:4:11:10:2 chr8 15967464 . T C 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0119128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.853;QD=15.6514;RBI=0.0125072;REFB=-0.00736221;REVB=-0.00380995;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217118;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0141754;OID=.;OPOS=15967464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:6:10:8:12:6:10:9:12 chr8 15978063 . C T 772.7 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000153054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.377;QD=61.8162;RBI=0.0319312;REFB=-0.0908859;REVB=0.0319309;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000325358;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:26:23:0:0:26:23:0:1 chr8 15978623 . G A 82.65 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=8.01175e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.526;QD=10.6649;RBI=0.0713047;REFB=-0.0157739;REVB=-0.0713047;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177664;STB=0.558174;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0237977;OID=.;OPOS=15978623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:30:31:20:20:10:11:0.354839:3:7:11:9:4:7:11:9 chr8 15978641 . C A 60.54 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.038517;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.111;QD=7.81113;RBI=0.0438514;REFB=-0.0067297;REVB=-0.0209614;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168603;OID=.;OPOS=15978641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:31:11:22:8:8:0.258065:4:4:1:10:4:4:11:11 chr8 16043667 . C T 233.89 PASS AF=0.5;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00562013;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.383;QD=18.7108;RBI=0.0678768;REFB=-0.0120338;REVB=-0.0676437;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22596;STB=0.662206;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0108899;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:22:25:24:25:0.5:8:16:9:13:8:17:9:16 chr8 16927250 . A C 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0910614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.437;QD=24.7803;RBI=0.09121;REFB=-0.0199339;REVB=-0.00520374;RO=26;SAF=18;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019612;STB=0.517389;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0116678;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:40:40:0.597015:22:18:11:15:22:18:11:16 chr8 16939284 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0166129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7932;QD=11.1979;RBI=0.0272817;REFB=-0.0241661;REVB=0.0216403;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.021174;OID=.;OPOS=16939284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:21:22:12:12:0.352941:5:7:9:12:5:7:10:12 chr8 16939299 . C CA 64.65 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0162636;FXX=0.0312402;HRUN=0;LEN=1;MLLD=225.832;QD=8.34198;RBI=0.0168818;REFB=0.00297512;REVB=-0.00452668;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155624;STB=0.592857;STBP=0.455;TYPE=ins;VARB=-0.00717632;OID=.;OPOS=16939300;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:11:32:11:31:20:6:5:8:12:64:20:6:5:8:12 chr8 17079358 . A G 617.82 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010646;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.996;QD=60.2752;RBI=0.0109174;REFB=0;REVB=-0.00241933;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408818;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:23:16:0:0:23:18:0:0 chr8 17092164 . G T 990.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7306;QD=59.1315;RBI=0.0543722;REFB=0;REVB=0.0363568;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698998;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr8 17125768 . T C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4588;QD=60.6049;RBI=0.0470177;REFB=0;REVB=-0.0243235;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153783;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr8 17142065 . C T 572.26 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.092;QD=60.2375;RBI=0.0391878;REFB=0;REVB=0.0380281;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117345;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:20:15:0:0:22:16:0:0 chr8 17157259 . G A 987.55 PASS AF=0.971831;AO=65;DP=68;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00343487;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.164;QD=55.6367;RBI=0.00600312;REFB=-0.0625527;REVB=-0.00492333;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119601;STB=0.503208;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00270601;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:71:1:2:65:69:0.971831:39:26:0:1:42:27:1:1 chr8 17230644 . G C 868.32 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00322671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.628;QD=53.4351;RBI=0.00662647;REFB=-0.04707;REVB=0.00578778;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190992;STB=0.509206;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00133564;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:2:3:62:62:0.953846:33:29:1:1:33:29:2:1 chr8 17270763 . G C 231.68 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=-0.00408766;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.502;QD=14.4797;RBI=0.0201463;REFB=-0.0279626;REVB=-0.0197273;RO=38;SAF=6;SAR=21;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102556;STB=0.579182;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0432147;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:37:27:27:0.421875:21:6:6:32:21:6:5:32 chr8 17270787 . A G 920.52 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.379;QD=58.4457;RBI=0.00508632;REFB=0;REVB=-0.00487952;RO=0;SAF=8;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48476e-06;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:54:8:0:0:55:8:0:0 chr8 17270837 . G C 79.01 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0683081;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0758;QD=13.74;RBI=0.0771215;REFB=0.00674087;REVB=-0.0358012;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215705;STB=0.542776;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00643669;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:14:13:10:10:0.434783:8:2:3:11:8:2:2:11 chr8 17412140 . G C 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0104007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.146;QD=16.7023;RBI=0.015927;REFB=-0.018691;REVB=-0.0120621;RO=58;SAF=20;SAR=29;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468509;STB=0.526096;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.020964;OID=.;OPOS=17412140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:29:20:21:37:29:20:21:37 chr8 17415862 . A C 303.34 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00131533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.416;QD=22.0613;RBI=0.0232911;REFB=-0.0436544;REVB=0.0232539;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480084;STB=0.533947;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0331155;OID=.;OPOS=17415862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:24:30:31:0.563636:17:13:9:15:17:14:9:15 chr8 17424920 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.065;QD=54.5176;RBI=0.0159512;REFB=0;REVB=0.00100028;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30629e-05;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr8 17486282 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.228;QD=59.4347;RBI=0.0381902;REFB=0;REVB=0.0179142;RO=0;SAF=4;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241191;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:31:4:0:0:31:4:0:0 chr8 17500223 . T C 532.32 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00156518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4261;QD=23.1443;RBI=0.0111652;REFB=-0.00519429;REVB=0.0110549;RO=42;SAF=27;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111934;STB=0.561501;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00264257;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:23:27:17:25:23:27:17:25 chr8 17502900 . CTGAT C 207.64 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.026959;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=4;MLLD=197.204;QD=16.2858;RBI=0.0281949;REFB=-0.0167932;REVB=-0.00825629;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17861;STB=0.636247;STBP=0.102;TYPE=del;VARB=0.015984;OID=.;OPOS=17502901;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:22:51:23:51:28:14:9:10:18:99:25:13:9:10:15 chr8 17503125 . C T 1416.03 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00389549;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4874;QD=54.9916;RBI=0.0171017;REFB=-0.0981638;REVB=0.0166521;RO=2;SAF=52;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000744985;STB=0.504279;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00240368;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:103:103:2:3:100:100:0.970874:48:52:1:1:48:52:2:1 chr8 17503205 . G A 495.46 PASS AF=0.573171;AO=45;DP=80;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0103898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.363;QD=24.1686;RBI=0.0110914;REFB=0.00527858;REVB=0.0038821;RO=28;SAF=20;SAR=25;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393294;STB=0.553169;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00359946;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:28:35:45:47:0.573171:25:20:14:14:26:21:20:15 chr8 17503270 . GT CA,CT 439.87 PASS AF=0.0606061,0.909091;AO=2,28;DP=31;FAO=2,30;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=0,12;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131511,-0.017987;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=54.0304,61.4925;QD=53.3171;RBI=0.0357326,0.0899278;REFB=-0.116256,-0.0592433;REVB=0.0332245,0.0881106;RO=1;SAF=0,12;SAR=2,16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0282029;STB=0.5,0.513505;STBP=1,0.54;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0302047,0.00961877;OID=.,.;OPOS=17503270,17503270;OREF=GT,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:31:33:1:1:2,28:2,30:0.0606061,0.909091:2,16:0,12:0:1:2,18:0,12:0:1 chr8 17503501 . G A 449.39 PASS AF=0.359477;AO=55;DP=153;FAO=55;FDP=153;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.000712289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.671;QD=11.7487;RBI=0.0277365;REFB=-0.00413013;REVB=0.0277274;RO=98;SAF=22;SAR=33;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113751;STB=0.564963;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00832797;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:98:98:55:55:0.359477:33:22:49:49:33:22:49:49 chr8 17541999 . T C 285.99 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00554986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.916;QD=21.9988;RBI=0.00595468;REFB=-0.0225511;REVB=0.00215809;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677289;STB=0.530366;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0144202;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:16:12:8:15:17:12:8:15 chr8 17581155 . C T 256.52 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00695017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.472;QD=11.2757;RBI=0.00702746;REFB=-0.00235627;REVB=-0.00103941;RO=58;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043272;STB=0.53456;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0045467;OID=.;OPOS=17581155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:58:60:31:31:0.340659:17:14:24:34:17:14:24:36 chr8 17611959 . T G 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.451;QD=60.374;RBI=0.0407764;REFB=0;REVB=0.0354542;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40444e-05;OID=.;OPOS=17611959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr8 17739538 . T C 133.43 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00841334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.071;QD=15.6973;RBI=0.0246063;REFB=-0.0241625;REVB=0.0231233;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52171;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0291588;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:19:15:15:0.441176:5:10:12:6:5:10:12:7 chr8 17743020 . G A 138.15 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0061293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.199;QD=12.0127;RBI=0.00683701;REFB=-0.0045117;REVB=-0.00302925;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069404;STB=0.540932;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00676907;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:15:15:9:7:15:15 chr8 17796381 . AAC AGT 741.49 PASS AF=1;AO=32;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000946416;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=2;MLLD=185.112;QD=54.9255;RBI=0.0605902;REFB=0;REVB=0.0605828;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00132553;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:55:54:54:0:21:33:0:0:4:0:19:13:0:0 chr8 17814915 . A G 693.09 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174812;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.424;QD=63.0083;RBI=0.0216934;REFB=0;REVB=0.0128458;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35735e-05;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr8 17817553 . G T 592.84 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.018;QD=60.8043;RBI=0.0300479;REFB=0;REVB=0.0193905;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161888;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:22:14:0:0:22:17:0:0 chr8 17820714 . A T 601.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7449;QD=58.6981;RBI=0.0923271;REFB=0;REVB=0.0699682;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359129;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:23:15:0:0:24:17:0:0 chr8 17872191 . G T 473.86 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00348519;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.652;QD=18.0519;RBI=0.0035424;REFB=-0.000424145;REVB=-0.000634052;RO=54;SAF=24;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532881;STB=0.524067;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000637075;OID=.;OPOS=17872191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:50:51:0.485714:26:24:29:25:26:25:29:25 chr8 17885406 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5924;QD=45.8059;RBI=0.032508;REFB=0;REVB=0.0199796;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225818;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr8 17918934 . A G 5013.96 PASS AF=1;AO=313;DP=316;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643615;FXX=0.00925897;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.47;QD=62.4792;RBI=0.0662279;REFB=-0.0809529;REVB=0.0156119;RO=2;SAF=160;SAR=153;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000135493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365837;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:316:321:2:0:313:321:1:153:160:1:1:156:165:0:0 chr8 17927327 . T C 43.03 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0124213;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.866;QD=8.6055;RBI=0.0323197;REFB=-0.0135737;REVB=-0.0298375;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.631171;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0129661;OID=.;OPOS=17927327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:20:11:13:6:6:0.3:3:3:8:3:3:3:9:4 chr8 17928811 . C T 484.28 PASS AF=0.457627;AO=52;DP=116;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0139131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2343;QD=16.4164;RBI=0.0403035;REFB=-0.0111425;REVB=0.0378259;RO=62;SAF=26;SAR=26;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314645;STB=0.518512;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0124362;OID=.;OPOS=17928811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:62:64:52:54:0.457627:26:26:29:33:26:28:31:33 chr8 17930727 . G A 85.09 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.00735364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.102;QD=5.07997;RBI=0.0180132;REFB=-0.00288683;REVB=-0.0164439;RO=52;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601273;STB=0.532947;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0144286;OID=.;OPOS=17930727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:52:53:14:14:0.208955:10:4:17:35:10:4:17:36 chr8 17930734 . C A 61.47 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0358416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1839;QD=3.78276;RBI=0.0611403;REFB=0.00469024;REVB=-0.0495329;RO=54;SAF=1;SAR=10;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409435;STB=0.79228;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0393892;OID=.;OPOS=17930734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:10:1:17:37:10:1:17:37 chr8 17930772 . C T 60.11 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0275258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5428;QD=4.21841;RBI=0.0312344;REFB=-0.00802004;REVB=-0.014762;RO=47;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686324;STB=0.545368;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0508683;OID=.;OPOS=17930772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:7:3:12:35:7:3:12:35 chr8 18077007 . G C 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.715;QD=57.2343;RBI=0.0317245;REFB=-0.038799;REVB=0.013387;RO=0;SAF=13;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518513;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000704154;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:53:13:0:0:53:13:1:0 chr8 18080644 . A T 224.3 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0361134;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.22;QD=42.7241;RBI=0.0367425;REFB=-0.137468;REVB=0.00677034;RO=2;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.538422;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00134774;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:12:7:0:2:12:7:0:2 chr8 18080651 . A C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.672;QD=52.6111;RBI=0.0335623;REFB=0;REVB=0.0304951;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121758;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr8 18080923 . G A 792.9 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.994;QD=56.6357;RBI=0.0416479;REFB=0;REVB=0.0235082;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455892;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr8 18257795 . C T 67.32 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0123792;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.173;QD=11.7085;RBI=0.0413226;REFB=0.00416926;REVB=0.0394247;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020009;STB=0.554337;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00850359;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:23:14:14:8:9:0.391304:3:5:9:5:4:5:9:5 chr8 18258103 . G A 171.16 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0435034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9496;QD=17.555;RBI=0.0466442;REFB=-0.00805672;REVB=0.0168268;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107884;STB=0.561337;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0111549;OID=.;OPOS=18258103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:14:7:8:10:14:7 chr8 18258316 . G A 769.06 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.742;QD=56.9676;RBI=0.0499098;REFB=0;REVB=0.0145811;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366001;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:47:54:1:29:18:0:0:30:24:0:0 chr8 18388177 . T G 861.5 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2929;QD=55.5808;RBI=0.0318674;REFB=0;REVB=0.0306621;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00617372;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:56:62:1:16:40:0:0:21:41:0:0 chr8 18457957 . A G 705.12 PASS AF=1;AO=43;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252947;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.8603;QD=47.0082;RBI=0.118945;REFB=-0.0367542;REVB=0.116224;RO=4;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00582241;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:60:4:0:43:60:1:31:12:0:4:42:18:0:0 chr8 18620570 . T C 263.09 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.014728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7651;QD=17.5392;RBI=0.0493604;REFB=-0.0670419;REVB=-0.0471119;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130224;STB=0.551147;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0542212;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:28:29:0.483333:18:10:7:23:19:10:8:23 chr8 18729459 . T C 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00141107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.684;QD=18.6453;RBI=0.0154284;REFB=-0.0182756;REVB=-0.0153637;RO=47;SAF=19;SAR=24;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359303;STB=0.513507;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0194377;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:24:19:19:28:24:19:20:28 chr8 18729496 . G A 152.73 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00329322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.706;QD=13.2812;RBI=0.0398548;REFB=-0.018141;REVB=-0.0397185;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140705;STB=0.585004;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0268695;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:27:29:17:17:0.369565:11:6:13:14:11:6:14:15 chr8 18729817 . GT AG 799.04 PASS AF=0.909091;AO=59;DP=66;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00694227;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.006;QD=48.4266;RBI=0.0237601;REFB=-0.135509;REVB=0.0227233;RO=6;SAF=29;SAR=30;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147121;STB=0.501516;STBP=0.923;TYPE=mnp;VARB=0.00314103;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:66:66:6:6:59:60:0.909091:30:29:3:3:31:29:3:3 chr8 19190491 . A G 289.94 PASS AF=0.516667;AO=18;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0211471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.778;QD=19.3291;RBI=0.0222693;REFB=-0.0406997;REVB=-0.00698028;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420074;STB=0.533959;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0283501;OID=.;OPOS=19190491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:29:18:31:0.516667:14:4:15:9:15:16:17:12 chr8 19192332 . G T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0146954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.123;QD=11.3323;RBI=0.0147162;REFB=-0.0107167;REVB=0.000781686;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591477;STB=0.535161;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.023498;OID=.;OPOS=19192332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:13:14:8:6:13:14 chr8 19218766 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0262903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7273;QD=10.3901;RBI=0.0417763;REFB=0.00986333;REVB=0.0324665;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583505;STB=0.856122;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00773577;OID=.;OPOS=19218766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:3:8:1:6:3:8 chr8 19221664 . G C 820.29 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02098;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.983;QD=57.5644;RBI=0.0263046;REFB=0;REVB=0.0158672;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.297e-05;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr8 19316086 . G A,T 1831.11 PASS AF=0.95935,0.0325203;AO=112,7;DP=120;FAO=118,4;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=74,2;FSAR=44,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00452489,-0.0263588;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.1126,88.5038;QD=59.5484;RBI=0.0425972,0.0269717;REFB=0.00254181,0.00983266;REVB=0.0423561,-0.00571708;RO=0;SAF=69,5;SAR=43,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.505617,0.599516;STBP=0.265,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=0.00092845,0.0821669;OID=.,.;OPOS=19316086,19316086;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:120:123:0:1:112,7:118,4:0.95935,0.0325203:43,2:69,5:0:0:44,2:74,2:0:1 chr8 19362768 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.294;QD=64.1534;RBI=0.0219577;REFB=0;REVB=0.013154;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15554e-05;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr8 19677915 . G A 402.99 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.00908565;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.963;QD=18.9644;RBI=0.0213037;REFB=-0.00846767;REVB=-0.0192691;RO=43;SAF=23;SAR=18;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255403;STB=0.646;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00793255;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:44:41:41:0.482353:18:23:12:31:18:23:12:32 chr8 19824071 . A G 717.88 PASS AF=0.552;AO=66;DP=124;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0107008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.962;QD=22.9721;RBI=0.0131614;REFB=-0.00491532;REVB=-0.00766266;RO=54;SAF=31;SAR=35;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208647;STB=0.528775;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00389282;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:54:56:66:69:0.552:35:31:24:30:35:34:24:32 chr8 20008206 . G A 128.22 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=45;FAO=14;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0603863;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.985;QD=12.2112;RBI=0.0607706;REFB=-0.0137057;REVB=0.00682342;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360975;STB=0.719729;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0385149;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:29:27:10:14:0.333333:5:5:6:23:6:8:6:21 chr8 20036713 . A G 842.51 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0348313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.602;QD=54.3554;RBI=0.0375049;REFB=-0.055492;REVB=0.0139066;RO=1;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103743;STB=0.510866;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00116868;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:45:15:0:1:45:15:0:2 chr8 20038466 . T G 74.71 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0291697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2934;QD=11.9532;RBI=0.0304299;REFB=-0.00841619;REVB=-0.0086664;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160115;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0512375;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:25:15:15:9:10:0.4:4:5:6:9:5:5:6:9 chr8 20068163 . T G 1769.65 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662799;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.84;QD=59.988;RBI=0.073278;REFB=0;REVB=0.0312512;RO=1;SAF=45;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71672e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:118:1:0:112:118:1:67:45:1:0:69:49:0:0 chr8 21456274 . GC G,GT 563.88 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=4,33;DP=38;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333996,0.0282455;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.537,212.935;QD=59.3557;RBI=0.045186,0.0409717;REFB=0,0;REVB=0.0304343,0.0296795;RO=0;SAF=1,17;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.045395,-0.00084664;OID=.,.;OPOS=21456275,21456275;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:4,33:38:2,36:38:0:0,18:2,18:0:0:6:0:1,17:3,16:0:0 chr8 21550800 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.318;QD=56.1915;RBI=0.0249982;REFB=0;REVB=0.0118252;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206861;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr8 21766900 . G A 375.38 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00560967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.721;QD=23.4611;RBI=0.0106616;REFB=-0.00338639;REVB=0.0090665;RO=26;SAF=10;SAR=27;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000990053;STB=0.513735;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00212848;OID=.;OPOS=21766900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:27:10:7:19:27:10:8:19 chr8 21767275 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.469;QD=37.4884;RBI=0.0530023;REFB=0;REVB=-0.0429424;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018449;OID=.;OPOS=21767275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr8 21833965 . C T 252.57 PASS AF=0.533333;AO=22;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0763615;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.626;QD=22.4503;RBI=0.0764216;REFB=-0.0198452;REVB=-0.00303248;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194578;STB=0.549091;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0162682;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:21:22:24:0.533333:15:7:12:11:15:9:10:11 chr8 21846586 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.379;QD=59.8384;RBI=0.0502424;REFB=0;REVB=0.0405762;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10755e-05;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr8 21862551 . A G 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00560223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.353;QD=43.0138;RBI=0.015693;REFB=0.00712592;REVB=-0.0146589;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036598;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00137872;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:0:1:12:4:0:1 chr8 21927460 . C G 392.45 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00221419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.032;QD=50.6381;RBI=0.0134043;REFB=-0.0480698;REVB=0.0132201;RO=2;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.529392;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00209486;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:13:16:2:0:13:16:2:0 chr8 21939435 . C T 1035.08 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0805536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.599;QD=56.7167;RBI=0.0953725;REFB=-0.174646;REVB=0.0510592;RO=2;SAF=30;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00410732;STB=0.502172;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0133094;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:41:30:1:1:41:30:1:1 chr8 21955116 . C T 464.32 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2004;QD=58.0405;RBI=0.155615;REFB=0;REVB=0.151875;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229878;OID=.;OPOS=21955116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:20:10:0:0:21:11:0:0 chr8 21956108 . A G 718.02 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.001;QD=56.3151;RBI=0.0162547;REFB=0;REVB=0.00818759;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328089;OID=.;OPOS=21956108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:26:25:0:0 chr8 21960429 . AAG AA,A 89.57 PASS AF=0.615385,0;AO=8,5;DP=27;FAO=16,0;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=2,0;FSAR=14,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00816747,-0.100235;FXX=0.0370233;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=15.4872,15.0494;QD=13.7803;RBI=0.170301,0.265818;REFB=-0.0905409,-0.0397606;REVB=-0.170105,-0.246195;RO=9;SAF=1,0;SAR=7,5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0.5,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.545356,-0.761805;STB=0.756372,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,del;VARB=0.0448781,0;OID=.,.;OPOS=21960431,21960430;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385,0:8,5:27:16,0:26:10:2,0:14,0:6:4:51:9:1,0:7,5:6:3 chr8 21967304 . C T 655.38 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.113722;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7599;QD=54.6153;RBI=0.140185;REFB=-0.133279;REVB=-0.0819692;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566436;STB=0.507039;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0143548;OID=.;OPOS=21967304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:2:3:44:45:0.9375:25:19:1:1:25:20:1:2 chr8 21967309 . A C 745.37 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8874;QD=63.4357;RBI=0.0351837;REFB=0;REVB=-0.0266945;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66732e-05;OID=.;OPOS=21967309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:26:19:0:0:27:20:0:0 chr8 21984650 . A G 716.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0675;QD=61.0072;RBI=0.0141242;REFB=0;REVB=0.0105623;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827241;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:42:47:1:26:16:0:0:28:19:0:0 chr8 21984945 . C T 539.75 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174181;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.425;QD=55.3587;RBI=0.0175615;REFB=-0.0978887;REVB=-0.00223937;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.500693;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000749692;OID=.;OPOS=21984945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:37:37:0.948718:19:18:0:1:19:18:1:1 chr8 21995811 . ACATTGTGGGTGCATCCCTG A 78.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0140624;FXX=0.117612;HRUN=1;LEN=19;MLLD=427.408;QD=10.5103;RBI=0.0166492;REFB=-0.0159532;REVB=-0.00891326;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0269392;OID=.;OPOS=21995812;OREF=CATTGTGGGTGCATCCCTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:34:10:30:20:4:6:8:12:78:16:4:6:7:9 chr8 22021289 . C T 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0140802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.447;QD=19.0234;RBI=0.0147972;REFB=-0.0304002;REVB=-0.00455015;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153654;STB=0.585318;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0368708;OID=.;OPOS=22021289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:18:17:23:12:18:17:23:12 chr8 22021883 . G A 205.22 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0209717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.528;QD=15.2011;RBI=0.0245753;REFB=-0.00726152;REVB=-0.0128115;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231686;STB=0.55995;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00806258;OID=.;OPOS=22021883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:30:22:24:0.444444:12:10:17:7:13:11:17:13 chr8 22021934 . G A 130.77 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0516824;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9166;QD=13.0772;RBI=0.0752553;REFB=0.0053465;REVB=0.0547019;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28395;STB=0.666444;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0173864;OID=.;OPOS=22021934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:10:5:15:10:10:5:15:10 chr8 22034506 . G C 35.56 PASS AF=0.116279;AO=11;DP=80;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0209063;FXX=0.0337041;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.4036;QD=1.65417;RBI=0.0292974;REFB=-0.0111955;REVB=-0.0205247;RO=64;SAF=10;SAR=1;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635652;STB=0.885885;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.104505;OID=.;OPOS=22034506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:80:86:64:76:11:10:0.116279:1:10:23:41:1:9:37:39 chr8 22054197 . T C 144.01 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0611351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6066;QD=16.4588;RBI=0.0696529;REFB=-0.00437393;REVB=-0.0333771;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113076;STB=0.565133;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00169913;OID=.;OPOS=22054197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:11:8:5:11:11:8 chr8 22056541 . AG A,GA 32.94 PASS AF=0.321429,0;AO=4,2;DP=33;FAO=9,0;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.247738,-0.150475;FXX=0.176419;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=13.0112,17.6061;QD=4.70626;RBI=0.264008,0.158348;REFB=-0.015416,0.00754453;REVB=0.0912487,0.0493076;RO=17;SAF=2,2;SAR=2,0;SRF=4;SRR=13;SSEN=0.315068,0;SSEP=0,0;SSSB=0.317449,0.661835;STB=0.75505,0.5;STBP=0.101,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0572592,0;OID=.,.;OPOS=22056542,22056541;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:33:28:17:19:4,2:9,0:0.321429,0:2,0:2,2:4:13:3,0:6,0:5:14 chr8 22079355 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.101;QD=47.8202;RBI=0.0257827;REFB=0;REVB=0.0124577;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96765e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr8 22105502 . T C 134.18 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0302835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.733;QD=13.4181;RBI=0.0303982;REFB=-0.0173436;REVB=-0.00263849;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.601138;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0304811;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:9:6:13:11:10:6:13:11 chr8 22108611 . A C 294.23 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0763295;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0926;QD=21.795;RBI=0.0825669;REFB=-0.0467863;REVB=0.0314817;RO=22;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863499;STB=0.559959;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0256462;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:24:29:30:0.555556:20:9:9:13:20:10:11:13 chr8 22140656 . C T 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000981252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.264;QD=14.6677;RBI=0.0191899;REFB=0.00170972;REVB=0.0191648;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157594;STB=0.590832;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0024119;OID=.;OPOS=22140656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:32:24:24:0.428571:15:9:16:14:15:9:17:15 chr8 22147412 . A G 71.98 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00188336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.364;QD=8.2261;RBI=0.0157112;REFB=-0.0128244;REVB=-0.0155979;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069353;STB=0.542772;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0297888;OID=.;OPOS=22147412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:11:14:5:5:11:14 chr8 22262321 . T C 1339.18 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.09;QD=61.5714;RBI=0.0281308;REFB=0;REVB=-0.0238048;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55791e-05;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:49:38:0:0 chr8 22262418 . A G 1245.78 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.1;QD=61.5202;RBI=0.0205641;REFB=0;REVB=0.00384941;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32801e-05;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr8 22279010 . G GGGA 716.08 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294964;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=140.076;QD=62.268;RBI=0.0325671;REFB=0;REVB=0.0138052;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000108479;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:47:46:46:0:23:23:0:0:4:0:22:19:0:0 chr8 22298880 . A G 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0421992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.435;QD=20.485;RBI=0.0466074;REFB=-0.0020559;REVB=0.0197858;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248773;STB=0.639815;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00293747;OID=.;OPOS=22298880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:9:2:7:7:9:2 chr8 22421982 . C T 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0243275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.982;QD=18.6423;RBI=0.0253316;REFB=-0.0136991;REVB=0.00706112;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300792;STB=0.666539;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0117078;OID=.;OPOS=22421982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:2:22:14:7:2:22 chr8 22428658 . T C 358.46 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8653;QD=55.1475;RBI=0.0731583;REFB=0;REVB=-0.0710622;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510845;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr8 22442661 . A G 313.2 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.862;QD=52.1997;RBI=0.00619477;REFB=0;REVB=-0.00244684;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00612911;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:16:8:0:0 chr8 22482851 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.651;QD=52.6132;RBI=0.0416528;REFB=0;REVB=-0.0139734;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154112;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr8 22491980 . G T 1964.15 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00618307;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.397;QD=59.9742;RBI=0.0245289;REFB=-0.019619;REVB=0.0237368;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.500178;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00230313;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:0:2:129:129:0.984733:65:64:0:0:66:63:1:1 chr8 22492052 . G A 1525.31 PASS AF=0.938596;AO=107;DP=114;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00372909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.865;QD=53.5198;RBI=0.0094609;REFB=0.0346805;REVB=-0.00869497;RO=5;SAF=49;SAR=58;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494023;STB=0.507008;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00133971;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:114:114:5:7:107:107:0.938596:58:49:2:3:58:49:4:3 chr8 22548790 . G T 166.87 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00290651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.53;QD=15.1698;RBI=0.0169768;REFB=-0.016447;REVB=0.0167262;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575692;STB=0.533296;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0442295;OID=.;OPOS=22548790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:16:10:6:12:16:10 chr8 22570901 . C T 497.65 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0222707;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5904;QD=15.0802;RBI=0.0256283;REFB=-0.0189911;REVB=0.0126816;RO=75;SAF=31;SAR=24;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315152;STB=0.525999;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0429834;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:75:77:55:55:0.416667:24:31:40:35:24:31:40:37 chr8 22570907 . GT G 178.77 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0839102;FXX=0.0150365;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2347;QD=5.45854;RBI=0.0902944;REFB=-0.0201145;REVB=0.033349;RO=58;SAF=32;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.0536491;STB=0.525898;STBP=0.626;TYPE=del;VARB=0.0217775;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.450382:59:133:59:131:72:30:29:40:32:99:58:32:27:28:30 chr8 22570935 . T C 716.22 PASS AF=0.450292;AO=77;DP=171;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.017566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7117;QD=16.7538;RBI=0.041284;REFB=0.00278468;REVB=0.0373604;RO=93;SAF=39;SAR=38;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306921;STB=0.519831;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00277376;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:93:94:77:77:0.450292:38:39:50:43:38:39:51:43 chr8 22571018 . A G 627.83 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0189991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.653;QD=20.5846;RBI=0.0201745;REFB=0.007824;REVB=0.00678561;RO=59;SAF=26;SAR=37;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704125;STB=0.538775;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00723124;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:63:63:0.516393:37:26:29:30:37:26:29:30 chr8 22785159 . G A 1083.94 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254215;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.364;QD=60.2188;RBI=0.0350789;REFB=0;REVB=0.0241718;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82823e-06;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr8 22864622 . T C 1250.0 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0366109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0978;QD=60.2411;RBI=0.0366362;REFB=0.0137911;REVB=0.00136076;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997022;STB=0.505262;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00282151;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:35:47:1:0:35:47:1:0 chr8 22875909 . A G 73.84 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00456547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.718;QD=9.84487;RBI=0.0312127;REFB=-0.0230069;REVB=-0.030877;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563151;STB=0.534177;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0339308;OID=.;OPOS=22875909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:11:9:4:6:11:9 chr8 22886020 . A G 715.32 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301415;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.951;QD=56.1038;RBI=0.0304838;REFB=0;REVB=0.00455561;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1462e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:47:51:1:27:20:0:0:28:23:0:0 chr8 22900701 . G A 192.38 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0035866;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0214;QD=10.5411;RBI=0.0300462;REFB=-0.0156448;REVB=-0.0298313;RO=48;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205551;STB=0.619471;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0484873;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:10:15:20:28:10:15:20:28 chr8 22926313 . G A 307.35 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.02961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.872;QD=43.9065;RBI=0.0431296;REFB=-0.154032;REVB=0.0313593;RO=1;SAF=19;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237806;STB=0.513502;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00147664;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:28:28:1:3:24:25:0.892857:5:19:1:0:6:19:2:1 chr8 22960704 . G C 1247.69 PASS AF=0.965909;AO=79;DP=82;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0827664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.075;QD=56.7133;RBI=0.0964186;REFB=0.0150765;REVB=0.0494599;RO=3;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260428;STB=0.512818;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00710908;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:88:3:3:79:85:0.965909:53:26:0:3:57:28:0:3 chr8 22960873 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.458;QD=58.5878;RBI=0.0238677;REFB=0;REVB=-0.0142461;RO=0;SAF=28;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02675e-05;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:5:28:0:0:5:28:0:0 chr8 22974325 . G A 63.72 PASS AF=0.615385;AO=6;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0378623;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.764;QD=19.6055;RBI=0.07484;REFB=-0.119818;REVB=0.0645559;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443891;STB=0.755986;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.046266;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:4:5:6:8:0.615385:5:1:3:1:7:1:3:2 chr8 22974450 . T C 62.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1129;QD=35.5554;RBI=0.0528207;REFB=0;REVB=0.0189666;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137159;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr8 23001988 . A G 675.18 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.302;QD=52.955;RBI=0.0953468;REFB=-0.0700794;REVB=-0.0930461;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00369588;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:51:1:1:47:50:0.980392:22:25:1:0:24:26:1:0 chr8 23021346 . G A 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0130331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.019;QD=21.43;RBI=0.0149703;REFB=0.00254322;REVB=-0.00736529;RO=29;SAF=26;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241012;STB=0.634064;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00288294;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:9:26:14:15:9:26:14:15 chr8 23049292 . C T 771.59 PASS AF=0.98;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.398;QD=61.7271;RBI=0.0612997;REFB=-0.115589;REVB=0.0500563;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00331076;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:50:0:1:46:49:0.98:27:19:0:0:30:19:0:1 chr8 23059324 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.773;QD=63.2864;RBI=0.0558175;REFB=0;REVB=0.0426617;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612977;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr8 23060256 . T C 693.61 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00364505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1774;QD=54.4006;RBI=0.0192572;REFB=-0.0460735;REVB=0.0189091;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241219;STB=0.51219;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00399976;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:19:30:0:1:20:30:0:1 chr8 23146095 . A G 327.99 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0210335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.917;QD=20.4992;RBI=0.0286621;REFB=-0.0134173;REVB=-0.0194707;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429928;STB=0.515616;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0160685;OID=.;OPOS=23146095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:17:17:13:16:17:17:14:16 chr8 23147564 . G A 645.3 PASS AF=1;AO=39;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0709;QD=56.1128;RBI=0.217606;REFB=-0.0911365;REVB=0.162397;RO=4;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140434;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:46:4:0:39:46:1:17:22:1:3:20:26:0:0 chr8 23148930 . A G 1534.88 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053362;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.732;QD=62.6482;RBI=0.054986;REFB=0;REVB=0.0132651;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974578;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:98:0:0:93:98:1:50:43:0:0:50:48:0:0 chr8 23148940 . G A 1606.82 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.092;QD=58.9659;RBI=0.0435658;REFB=-0.0360507;REVB=0.040348;RO=1;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797772;STB=0.504201;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000217355;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:59:49:0:1:59:49:0:1 chr8 23148978 . G T 419.33 PASS AF=0.388889;AO=48;DP=120;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0112066;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.801;QD=13.312;RBI=0.0640662;REFB=0.0115715;REVB=-0.0630785;RO=72;SAF=21;SAR=27;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520052;STB=0.50808;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0218623;OID=.;OPOS=23148978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:126:72:77:48:49:0.388889:27:21:35:37:28:21:34:43 chr8 23150878 . T G 1548.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.753;QD=63.8758;RBI=0.0399077;REFB=0;REVB=0.0311446;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08759e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:49:48:0:0 chr8 23152334 . A G 1138.46 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.113;QD=59.1409;RBI=0.0151599;REFB=-0.0332611;REVB=0.00441791;RO=1;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104009;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00099013;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:45:31:0:1:45:31:0:1 chr8 23153022 . T C 1659.15 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.493;QD=60.3328;RBI=0.0154018;REFB=0;REVB=0.00907163;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83878e-05;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:63:47:0:0:63:47:0:0 chr8 23154982 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.974;QD=50.4134;RBI=0.0329407;REFB=0;REVB=0.0315055;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154654;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr8 23154989 . T G 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.392;QD=48.6245;RBI=0.0199645;REFB=0.0631118;REVB=0.0137235;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00137847;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:7:15:0:1:7:15:0:1 chr8 23155130 . A C 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0178632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0392;QD=21.1709;RBI=0.0180475;REFB=-0.0804971;REVB=-0.00257298;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0219404;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:5:3:5:7:5:3 chr8 23167353 . T G 810.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.529;QD=56.847;RBI=0.0150358;REFB=0;REVB=-0.0121694;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163027;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr8 23186007 . T C 748.22 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0340735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.05;QD=61.0788;RBI=0.0359401;REFB=0.0161187;REVB=0.0114317;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000817328;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:46:48:0.979592:23:23:1:0:24:24:1:0 chr8 23190941 . T C 724.41 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.758;QD=54.6723;RBI=0.0852289;REFB=-0.0550308;REVB=-0.0835527;RO=0;SAF=39;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232118;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:0:0:51:53:1:12:39:0:0:12:41:0:0 chr8 23225745 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0224205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.292;QD=24.0732;RBI=0.0435981;REFB=-0.0332945;REVB=0.0373914;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249663;STB=0.641964;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.014469;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:3:10:3:4:3:10:3:4 chr8 23392733 . C T 237.44 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0762828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1912;QD=18.6224;RBI=0.107086;REFB=-0.0127429;REVB=0.0751551;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894563;STB=0.550274;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0159485;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:11:14:12:14:11:14:12:14 chr8 23423697 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0455506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.565;QD=19.274;RBI=0.0459036;REFB=-0.0113684;REVB=-0.00568141;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974846;STB=0.554223;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00888769;OID=.;OPOS=23423697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:16:21:17:20:16:21:17:20 chr8 23429329 . T C 427.25 PASS AF=0.436364;AO=47;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0166651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7384;QD=15.5365;RBI=0.0409366;REFB=0.0494403;REVB=0.0373909;RO=62;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711514;STB=0.545436;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0631723;OID=.;OPOS=23429329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:47:48:0.436364:24:23:26:36:24:24:26:36 chr8 23431407 . A G 116.87 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0025629;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.594;QD=11.1307;RBI=0.0329394;REFB=-0.0152217;REVB=-0.0328396;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120148;STB=0.571329;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0333994;OID=.;OPOS=23431407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:11:17:7:7:11:17 chr8 23432314 . T C 222.0 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00139938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.88;QD=25.3716;RBI=0.0015174;REFB=-0.00140843;REVB=-0.000586719;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147662;STB=0.555505;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000759533;OID=.;OPOS=23432314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:21:21:0.6:14:7:2:11:14:7:3:11 chr8 23432326 . T A 526.82 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00367027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.395;QD=56.953;RBI=0.00900747;REFB=0.0262424;REVB=-0.00822579;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00019476;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:26:10:1:0:26:10:1:0 chr8 23432776 . A C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.923;QD=62.7621;RBI=0.0217526;REFB=0;REVB=0.0188242;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90625e-06;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr8 24170985 . C T 362.88 PASS AF=0.428571;AO=37;DP=89;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.000324784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.535;QD=15.9506;RBI=0.0106367;REFB=-0.010515;REVB=-0.0106318;RO=51;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316388;STB=0.51103;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.016562;OID=.;OPOS=24170985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:51:52:37:39:0.428571:17:20:26:25:18:21:27:25 chr8 24171051 . C T 378.43 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0214218;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.103;QD=18.9214;RBI=0.0538209;REFB=-0.0329588;REVB=-0.049374;RO=34;SAF=10;SAR=29;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281366;STB=0.622435;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0494311;OID=.;OPOS=24171051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:34:41:39:39:0.4875:29:10:19:15:29:10:19:22 chr8 24208847 . G A 1970.21 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.662;QD=62.0538;RBI=0.0334794;REFB=0;REVB=0.000148051;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56414e-05;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:52:73:0:0:52:75:0:0 chr8 24211278 . C T 201.1 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.03;QD=47.3176;RBI=0.0337009;REFB=0;REVB=0.00805753;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036385;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:5:12:0:0 chr8 24211331 . G A 373.02 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.41;QD=55.2622;RBI=0.034327;REFB=0;REVB=0.0110517;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 586.32 PASS AF=0.626506;AO=51;DP=88;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00056715;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=4;MLLD=226.298;QD=28.2562;RBI=0.0133767;REFB=-0.0176988;REVB=0.0133647;RO=31;SAF=19;SAR=32;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125837;STB=0.546499;STBP=0.272;TYPE=ins;VARB=0.00877681;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.626506:51:88:52:83:31:19:33:15:16:99:31:19:32:17:14 chr8 24211888 . C CTGTCT 89.93 PASS AF=0.216216;AO=9;DP=86;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00404127;FXX=0.0749906;HRUN=6;LEN=5;MLLD=240.213;QD=4.86125;RBI=0.00833237;REFB=-0.0162031;REVB=-0.00728673;RO=73;SAF=0;SAR=9;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619345;STB=0.510856;STBP=0.942;TYPE=ins;VARB=0.111329;OID=.;OPOS=24211889;OREF=-;OALT=TGTCT;OMAPALT=CTGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216:9:86:16:74:58:6:10:21:37:89:73:0:9:32:41 chr8 24211889 . T TGTC 46.69 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.0151855;FXX=0.0124984;HRUN=0;LEN=3;MLLD=260.553;QD=2.3641;RBI=0.0184655;REFB=-0.0016035;REVB=-0.0105059;RO=83;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293813;STB=0.720764;STBP=0.17;TYPE=ins;VARB=0.00791948;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.126582:10:93:10:79:69:6:4:23:46:46:83:6:4:29:54 chr8 24774683 . C A 728.24 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8948;QD=56.0187;RBI=0.0499161;REFB=0;REVB=-0.00317969;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400333;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:46:52:1:29:17:0:0:32:20:0:0 chr8 24776422 . AC A,AT 422.67 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=3,27;DP=30;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306517,-0.0539978;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.0215,54.7829;QD=56.3564;RBI=0.0447446,0.0560997;REFB=0,0;REVB=-0.0325968,0.0152122;RO=0;SAF=2,13;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.39874e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0289934,-0.0129458;OID=.,.;OPOS=24776423,24776423;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:3,27:30:1,29:30:0:0,15:1,14:0:0:5:0:2,13:1,14:0:0 chr8 24813409 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0587197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.681;QD=20.8995;RBI=0.0587198;REFB=-0.0434309;REVB=-0.000117712;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234955;STB=0.629993;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0320062;OID=.;OPOS=24813409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:6:18:13:15:6:18 chr8 25159885 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0073612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4931;QD=22.5343;RBI=0.0449725;REFB=-0.026351;REVB=0.0443659;RO=15;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131659;STB=0.574384;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.012929;OID=.;OPOS=25159885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:15:4:5:10:15:4:5:10 chr8 25182969 . C A,T 937.07 PASS AF=0.142857,0.766234;AO=11,59;DP=77;FAO=11,59;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=5,25;FSAR=6,34;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00354351,0.00459953;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=42.5484,160.54;QD=48.6789;RBI=0.00647741,0.0112454;REFB=-0.0146717,0.0169946;REVB=0.00542222,-0.0102617;RO=7;SAF=5,25;SAR=6,34;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.175522,-0.058694;STB=0.599822,0.531239;STBP=0.322,0.149;TYPE=snp,snp;VARB=0.0613274,-0.00495419;OID=.,.;OPOS=25182969,25182969;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:58:77:77:7:7:11,59:11,59:0.142857,0.766234:6,34:5,25:5:2:6,34:5,25:5:2 chr8 25203022 . A G 613.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.554;QD=61.3482;RBI=0.0223954;REFB=0;REVB=0.00720291;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140843;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr8 25222165 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0344562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.962;QD=19.0178;RBI=0.0368705;REFB=-0.00924515;REVB=-0.0131225;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146131;STB=0.583221;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00511462;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:6:8:6:9:6:8 chr8 25230168 . C T 372.75 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0424682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1621;QD=20.4245;RBI=0.0424682;REFB=-0.0254021;REVB=1.24467e-05;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199758;STB=0.518509;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0167705;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:21:17:16:18:21:17:17:18 chr8 25234858 . A G 953.59 PASS AF=0.957143;AO=68;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.110646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8387;QD=54.4907;RBI=0.110654;REFB=-0.0356346;REVB=-0.00127368;RO=2;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205435;STB=0.516479;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.010935;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:70:70:2:3:68:67:0.957143:45:23:0:2:44:23:0:3 chr8 25267622 . A G 239.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.641;QD=50.3496;RBI=0.018269;REFB=0;REVB=0.00351688;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167215;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr8 25280800 . C G 742.73 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0257052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.618;QD=53.052;RBI=0.0257251;REFB=-0.0132647;REVB=0.00101289;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.500662;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000343014;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:26:28:0:1:26:28:1:1 chr8 25323777 . T C 472.7 PASS AF=0.970588;AO=26;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.444;QD=55.6112;RBI=0.0222006;REFB=-0.147031;REVB=0.0129729;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000742624;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:0:1:26:33:0.970588:16:10:0:0:18:15:1:0 chr8 26240646 . A G 787.34 PASS AF=0.479532;AO=80;DP=166;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=-0.00522216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.456;QD=18.4173;RBI=0.023924;REFB=-0.00363864;REVB=-0.0233471;RO=84;SAF=42;SAR=38;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880741;STB=0.548804;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00557059;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:171:84:89:80:82:0.479532:38:42:52:32:38:44:56:33 chr8 26362201 . A T 714.29 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3933;QD=60.7905;RBI=0.0729813;REFB=-0.0731028;REVB=0.0709732;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253996;STB=0.513508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000585233;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:0:1:18:28:0:1 chr8 26481771 . T C 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.025771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8825;QD=17.5528;RBI=0.0411666;REFB=-0.000363914;REVB=-0.0321021;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119543;STB=0.566973;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000571761;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:22:14:21:20:22:14:21:20 chr8 26628028 . A G 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.909;QD=58.597;RBI=0.0272797;REFB=0;REVB=0.0128953;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1575e-05;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr8 26636906 . T A 198.29 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0180059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0013;QD=13.2191;RBI=0.0181564;REFB=-0.00264161;REVB=-0.00233298;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101927;STB=0.566983;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00562097;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:14:10:18:17:14:10:19:17 chr8 26636925 . T C 717.27 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9859;QD=55.1744;RBI=0.0486199;REFB=0.0360059;REVB=-0.0179387;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00907646;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:1:0:51:52:1:28:23:1:0:28:24:0:0 chr8 26716715 . G A 396.74 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.00925507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.149;QD=18.0337;RBI=0.0373068;REFB=-0.0180261;REVB=-0.0361406;RO=47;SAF=14;SAR=26;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564866;STB=0.539944;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0209335;OID=.;OPOS=26716715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:47:40:41:0.465909:26:14:14:33:26:15:14:33 chr8 26944733 . G A 738.48 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949488;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.411;QD=62.8493;RBI=0.0241639;REFB=0;REVB=-0.0222203;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303624;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:46:47:1:31:15:0:0:32:15:0:0 chr8 27101204 . T A 1447.41 PASS AF=0.970874;AO=99;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00270245;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.832;QD=56.2101;RBI=0.0146595;REFB=-0.0617077;REVB=0.0144082;RO=3;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260909;STB=0.513511;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00132246;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:99:100:0.970874:53:46:0:3:54:46:0:3 chr8 27101206 . A C 1465.7 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0113168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.485;QD=55.3095;RBI=0.0469889;REFB=0.041005;REVB=-0.0456058;RO=3;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251741;STB=0.508012;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00362578;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:3:4:102:102:0.962264:55:47:0:3:55:47:1:3 chr8 27147716 . A C 158.3 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0186339;FXX=0.0238039;HRUN=7;LEN=1;MLLD=186.459;QD=15.4437;RBI=0.0213658;REFB=-0.0186852;REVB=-0.0104536;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898175;STB=0.573438;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0180445;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:24:17:17:0.414634:13:4:7:16:13:4:8:16 chr8 27255128 . T C 318.59 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0103524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.802;QD=10.1139;RBI=0.0157275;REFB=-0.0118884;REVB=0.01184;RO=85;SAF=16;SAR=25;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228385;STB=0.63212;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00820574;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:85:41:41:0.325397:25:16:50:35:25:16:50:35 chr8 27255146 . G A 352.46 PASS AF=0.338462;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.0103857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.665;QD=10.8449;RBI=0.0116604;REFB=-0.0204444;REVB=-0.00530128;RO=85;SAF=16;SAR=28;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243072;STB=0.643389;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0338855;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:85:86:44:44:0.338462:28:16:49:36:28:16:50:36 chr8 27255263 . A G 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.000279902;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.692;QD=13.7412;RBI=0.00253254;REFB=0.00587107;REVB=-0.00251702;RO=43;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124693;STB=0.571378;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00682478;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:20:9:18:25:20:9:18:25 chr8 27308585 . A C 255.33 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00530226;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.833;QD=17.9181;RBI=0.0269486;REFB=-0.00324984;REVB=-0.0264219;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133796;STB=0.58169;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00325296;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:27:28:0.491228:16:11:16:13:17:11:16:13 chr8 27311703 . T C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0196283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.128;QD=14.7408;RBI=0.0205064;REFB=-0.0197448;REVB=-0.00593649;RO=41;SAF=7;SAR=23;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360872;STB=0.706097;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0216885;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:23:7:23:18:23:7:23:18 chr8 27315876 . A G 249.49 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00219599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.525;QD=14.2567;RBI=0.0158888;REFB=-0.0180352;REVB=-0.0157363;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959267;STB=0.554418;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0241613;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:15:14:16:25:15:14:16:25 chr8 27315900 . A G 212.43 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0124444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.28;QD=12.3149;RBI=0.0138651;REFB=-0.00603836;REVB=-0.0061137;RO=43;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243165;STB=0.639241;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0169548;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:11:15:15:28:11:15:15:28 chr8 27324822 . T C 270.11 PASS AF=0.34;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=0.00754898;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.866;QD=10.8045;RBI=0.00854126;REFB=-0.00833072;REVB=0.00399576;RO=65;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777173;STB=0.536821;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0147226;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:65:66:34:34:0.34:22:12:19:46:22:12:20:46 chr8 27324844 . G A 302.93 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-0.0166728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3957;QD=12.3644;RBI=0.0433423;REFB=-0.00866093;REVB=0.0400072;RO=63;SAF=10;SAR=25;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017417;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:25:10:18:45:25:10:18:45 chr8 27328511 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0180405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.423;QD=7.12519;RBI=0.018097;REFB=0.00273645;REVB=0.00142958;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177312;STB=0.590651;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00750782;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:3:4:7:10:3:4:8:10 chr8 27462481 . A G 1098.42 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6142;QD=60.1872;RBI=0.0389207;REFB=0;REVB=-0.0373812;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207663;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr8 27516746 . C T 174.43 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0525912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9468;QD=19.3807;RBI=0.0525983;REFB=-0.0208729;REVB=0.000861161;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295475;STB=0.64135;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0221565;OID=.;OPOS=27516746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:5:12:7:11:6:12:7:11 chr8 27528765 . C A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0422124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0975;QD=18.6442;RBI=0.050501;REFB=-0.0102934;REVB=0.0277212;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312417;STB=0.65946;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0128894;OID=.;OPOS=27528765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:5:9:3:9:5:9:4:9 chr8 27591164 . C T 656.63 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119684;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1973;QD=62.5364;RBI=0.119771;REFB=0;REVB=0.00458341;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742445;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:36:42:1:24:12:0:0:26:16:0:0 chr8 27592828 . G A 1637.09 PASS AF=0.982456;AO=107;DP=108;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0286594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6199;QD=57.4419;RBI=0.0818218;REFB=-0.0916945;REVB=0.0766385;RO=1;SAF=47;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999141;STB=0.501113;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00814411;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:114:1:2:107:112:0.982456:60:47:1:0:63:49:1:1 chr8 27631179 . A C 374.63 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01634;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3764;QD=53.518;RBI=0.0799625;REFB=0;REVB=0.0782752;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.004809;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:28:0:0:26:28:1:9:17:0:0:11:17:0:0 chr8 27737198 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.722;QD=59.8548;RBI=0.00323567;REFB=0;REVB=0.00158311;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10181e-05;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr8 27767231 . C G 775.64 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00225108;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.979;QD=50.8618;RBI=0.0250487;REFB=-0.0984635;REVB=-0.0249474;RO=3;SAF=37;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322899;STB=0.510661;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000435007;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:3:4:57:57:0.934426:20:37:1:2:20:37:2:2 chr8 27886903 . C T 411.4 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0198874;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.587;QD=24.2002;RBI=0.044322;REFB=-0.0341009;REVB=-0.0396097;RO=22;SAF=25;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143709;STB=0.543456;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0316113;OID=.;OPOS=27886903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:22:26:38:39:0.573529:13:25:10:12:14:25:14:12 chr8 27915830 . T C 1368.26 PASS AF=0.925926;AO=97;DP=105;FAO=100;FDP=108;FR=.;FRO=8;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00189721;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.845;QD=50.6762;RBI=0.0103334;REFB=-0.0975776;REVB=0.0101578;RO=8;SAF=59;SAR=38;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162996;STB=0.509388;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00854191;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:105:108:8:8:97:100:0.925926:38:59:4:4:38:62:4:4 chr8 27918057 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.093;QD=61.3361;RBI=0.036742;REFB=0;REVB=0.0358653;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33672e-05;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr8 27925203 . CT C,CC 394.02 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=3,23;DP=27;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466204,0.0589316;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.161,190.038;QD=56.2879;RBI=0.056456,0.0637505;REFB=0,0;REVB=0.0318405,0.0243144;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.84921e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0642253,-0.00092443;OID=.,.;OPOS=27925204,27925204;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:3,23:27:1,27:28:0:0,13:1,14:0:0:4:0:2,9:1,14:0:0 chr8 27925796 . A T 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.000581624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.671;QD=19.6555;RBI=0.00509999;REFB=-0.00423594;REVB=-0.00506672;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134429;STB=0.57459;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00482307;OID=.;OPOS=27925796;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:22:18:24:16:22:18:24:16 chr8 27927849 . C G 885.24 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.262;QD=58.0486;RBI=0.0497248;REFB=0;REVB=0.0129667;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158958;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr8 27967964 . TTAAAAAAC TAAAAAC,TTAAAAAC,TTAAAAACT,TTTAAAAAC 71.41 PASS AF=0.205128,0.102564,0.0769231,0;AO=7,5,4,4;DP=43;FAO=8,4,3,0;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7,3,0,0;FSAR=1,1,3,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0737868,-0.143267,-0.034733,-0.0655731;FXX=0.0249938;HRUN=5,6,6,6;LEN=2,1,2,1;MLLD=18.6234,10.0624,65.5508,14.0817;QD=7.32361;RBI=0.0820422,0.143415,0.0349004,0.0717611;REFB=-0.0454338,-0.0921118,-0.00702806,-0.0490416;REVB=0.0358668,0.006512,0.00341411,-0.0291516;RO=18;SAF=7,4,0,0;SAR=0,1,4,4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0.392857,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.741465,0.367462,-0.657455,-0.657455;STB=0.826355,0.721079,0.996315,0.5;STBP=0.063,0.396,0.062,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.0901135,0.0878076,-0.00107318,0;OID=.,.,.,.;OPOS=27967965,27967966,27967971,27967966;OREF=TA,A,AC,A;OALT=-,-,CT,T;OMAPALT=TAAAAAC,TTAAAAAC,TTAAAAACT,TTTAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205128,0.102564,0.0769231,0:7,5,4,4:43:8,4,3,0:39:24:7,3,0,0:1,1,3,0:12:12:36:18:7,4,0,0:0,1,4,4:9:9 chr8 28040712 . G A 169.4 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0137168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.386;QD=14.4173;RBI=0.0189093;REFB=0.00512762;REVB=-0.0130159;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391007;STB=0.526999;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00549669;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:18:19:0.404255:8:10:16:11:9:10:16:12 chr8 28286174 . T G 576.31 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.697;QD=60.664;RBI=0.0643886;REFB=0;REVB=0.0319617;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108105;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr8 28304769 . C T 166.97 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.070606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.394;QD=15.1789;RBI=0.0710149;REFB=-0.017126;REVB=-0.00760947;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575692;STB=0.533296;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0285057;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:10:16:12:6:10:16 chr8 28574803 . G A 305.53 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0220537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.066;QD=27.1583;RBI=0.0221086;REFB=-0.0110625;REVB=-0.00155717;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538528;STB=0.515243;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00659737;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:18:26:27:0.6:15:11:8:8:16:11:8:10 chr8 28651298 . A C 44.16 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0373753;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=182.17;QD=16.0595;RBI=0.0374061;REFB=-0.00873866;REVB=-0.00151667;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.000711755;OID=.;OPOS=28651298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:4:4:6:7:0.636364:5:1:1:3:5:2:1:3 chr8 28651300 . A C 64.37 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00163729;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=218.462;QD=23.4059;RBI=0.0129183;REFB=-0.0314552;REVB=0.0128142;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509198;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0053673;OID=.;OPOS=28651300;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:1:2:6:2:1:2 chr8 28984042 . T C 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00504271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.647;QD=16.4787;RBI=0.0164135;REFB=-0.016291;REVB=0.0156197;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124752;STB=0.571354;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0335698;OID=.;OPOS=28984042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:10:15:9:10:10:15 chr8 29005093 . A G 341.83 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0280047;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.794;QD=21.0354;RBI=0.0311156;REFB=-0.0338452;REVB=-0.0135618;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077311;STB=0.550454;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0333989;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:30:35:35:0.538462:19:16:17:14:19:16:17:13 chr8 29048391 . T C 162.99 PASS AF=0.36;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.000798758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.371;QD=13.0394;RBI=0.0407822;REFB=-0.0093959;REVB=0.0407744;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251571;STB=0.629499;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0165186;OID=.;OPOS=29048391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:32:18:18:0.36:8:10:24:7:8:10:24:8 chr8 29197672 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00513971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.045;QD=15.1603;RBI=0.0507886;REFB=-0.00972845;REVB=-0.0505279;RO=21;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478393;STB=0.536035;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00943703;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:3:13:17:4:3:13:17:5 chr8 29927300 . C G 1208.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.617;QD=61.2047;RBI=0.0473473;REFB=0;REVB=-0.00255511;RO=0;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105296;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:79:0:0:72:79:1:52:20:0:0:52:27:0:0 chr8 29927321 . A G 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.789;QD=59.1356;RBI=0.0466014;REFB=0;REVB=0.00131252;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103586;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:46:21:0:0:46:21:0:0 chr8 29965519 . T C 255.4 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6628;QD=51.0795;RBI=0.0280822;REFB=0;REVB=-0.00553733;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106912;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr8 29989564 . A G 704.99 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415869;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9049;QD=62.6654;RBI=0.0676902;REFB=0;REVB=0.0534088;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110238;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr8 29996158 . A G 594.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.773;QD=61.0244;RBI=0.0593601;REFB=0;REVB=0.0565002;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118177;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:21:18:0:0 chr8 29996256 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0814;QD=62.0205;RBI=0.0404495;REFB=0;REVB=0.0311522;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42883e-05;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr8 30423886 . C CAG 600.63 PASS AF=0.54955;AO=59;DP=112;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00718924;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.351;QD=21.6443;RBI=0.00729969;REFB=-0.0066534;REVB=0.00126506;RO=52;SAF=13;SAR=46;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26724;STB=0.614803;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.00913634;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54955:59:112:61:111:50:15:46:23:27:99:52:13:46:25:27 chr8 30503371 . C T 255.34 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0334972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.626;QD=29.1815;RBI=0.0431804;REFB=-0.0218028;REVB=0.0272486;RO=12;SAF=17;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227133;STB=0.625945;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0118761;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:6:17:5:7:6:17:5:7 chr8 30608976 . C T 670.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3642;QD=62.3387;RBI=0.0402599;REFB=0;REVB=0.0395048;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322904;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:15:28:0:0 chr8 30620840 . G GT,T 303.26 PASS AF=1,0;AO=21,2;DP=29;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678285,0.0205321;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=20.2867,5.44619;QD=48.5223;RBI=0.0477759,0.0670038;REFB=0,0;REVB=-0.0472919,-0.0637804;RO=6;SAF=12,0;SAR=9,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.110662,-0.719959;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000991337,0;OID=.,.;OPOS=30620841,30620840;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:25:6:0:21,2:25,0:1,0:9,2:12,0:5:1:11,0:14,0:0:0 chr8 30695226 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3193;QD=37.4885;RBI=0.0134007;REFB=0;REVB=-0.0122801;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124739;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr8 30924557 . C T 581.49 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100811;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.186;QD=61.2089;RBI=0.0575629;REFB=0;REVB=0.0566732;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557709;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr8 30973957 . G T 1177.34 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003308;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.865;QD=61.1607;RBI=0.010136;REFB=0;REVB=0.00958103;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115198;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr8 30999280 . G T 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.271;QD=57.0007;RBI=0.0149165;REFB=0;REVB=0.00605484;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38414e-05;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:34:20:0:0 chr8 32453358 . G A 165.51 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00592247;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5111;QD=20.6882;RBI=0.0099227;REFB=-0.0327995;REVB=0.00796142;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243487;STB=0.621364;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.01898;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:15:17:17:0.53125:5:12:7:9:5:12:7:8 chr8 32621844 . G T 123.76 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0447633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.851;QD=17.0696;RBI=0.0562474;REFB=0.00357558;REVB=0.034059;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220165;STB=0.624838;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0208794;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:3:12:8:6:3:12 chr8 32663420 . A G 1029.06 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372154;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.624;QD=59.6558;RBI=0.0372408;REFB=0;REVB=0.00137558;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36518e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:41:26:0:0:41:28:0:0 chr8 33246538 . A G 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0455544;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.004;QD=17.3777;RBI=0.0549135;REFB=-0.0196724;REVB=-0.0306642;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171713;STB=0.605197;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0205033;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:10:23:19:17:10:23:19:18 chr8 33246591 . G C 127.96 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0453723;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.552;QD=11.1267;RBI=0.0454156;REFB=-0.0179015;REVB=-0.00198261;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554657;STB=0.55484;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0378521;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:7:7:14:17:7:8:14:17 chr8 33246685 . G A 91.07 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00974648;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6943;QD=15.8388;RBI=0.0579;REFB=0.000600815;REVB=-0.0570738;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170018;STB=0.615787;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00197383;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:22:23:12:12:10:11:0.478261:6:4:7:5:7:4:7:5 chr8 33313329 . G A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00245086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.109;QD=10.429;RBI=0.0287843;REFB=-0.00406126;REVB=-0.0286797;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298295;STB=0.517832;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0141802;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:10:20:9:5:10:20 chr8 33356074 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0237534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.061;QD=27.8589;RBI=0.0306302;REFB=0.00214783;REVB=-0.0193388;RO=8;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256977;STB=0.644544;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00284349;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:14:3:4:4:14:3:4:4 chr8 33369944 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0112597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3956;QD=7.52632;RBI=0.0123863;REFB=-0.00299914;REVB=-0.00516147;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101335;STB=0.562372;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00844865;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:7:2:4:20:7:2:4:20 chr8 33369994 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0160413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3323;QD=7.62901;RBI=0.0376944;REFB=0.0325622;REVB=-0.0341108;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172358;STB=0.605035;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0315633;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:3:17:6:2:3:17 chr8 33416189 . G A 567.21 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.6839;QD=59.7067;RBI=0.0180553;REFB=0;REVB=0.017965;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027254;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:26:11:0:0:26:12:0:0 chr8 33416222 . C T 594.24 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0109;QD=60.9475;RBI=0.0599895;REFB=0;REVB=0.0391391;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100656;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr8 33437926 . C T 395.97 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.965;QD=54.6167;RBI=0.036842;REFB=0;REVB=0.0279885;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100551;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:8:19:0:0:9:20:0:0 chr8 33573577 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.136;QD=37.4879;RBI=0.0965601;REFB=0;REVB=0.0270183;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146695;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr8 36767024 . T C 402.61 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0105096;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.559;QD=16.1045;RBI=0.0108665;REFB=0.00058324;REVB=-0.00276181;RO=57;SAF=25;SAR=19;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215876;STB=0.626062;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.000618487;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:56:44:44:0.44:19:25:20:37:19:25:19:37 chr8 36788479 . A G 562.92 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0364291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6942;QD=19.5798;RBI=0.0511208;REFB=0.000930465;REVB=0.0358644;RO=52;SAF=27;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343641;STB=0.512778;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00133356;OID=.;OPOS=36788479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:57:58:58:0.504348:31:27:24:28:31:27:28:29 chr8 37456438 . A G 86.95 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0144505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.239;QD=12.8808;RBI=0.026746;REFB=-0.00924987;REVB=-0.0225063;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129195;STB=0.599822;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0105347;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:10:11:0.407407:5:5:10:6:6:5:10:6 chr8 37635649 . A G 726.88 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.116;QD=52.8643;RBI=0.0241085;REFB=0.0263175;REVB=0.0199315;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459838;STB=0.502442;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000951598;OID=.;OPOS=37635649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:23:30:1:1:23:30:1:1 chr8 37672471 . A G 44.06 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0253244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.293;QD=6.52667;RBI=0.0349731;REFB=-0.024838;REVB=0.0241205;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546891;STB=0.822936;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.030871;OID=.;OPOS=37672471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:18:2:4:3:18:2 chr8 37728017 . A G 670.04 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.881;QD=62.3293;RBI=0.0231161;REFB=0;REVB=-0.00107753;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33347e-05;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:32:11:0:0:32:11:0:0 chr8 37728019 . T G 632.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6399;QD=61.6641;RBI=0.0463364;REFB=0;REVB=-0.00137164;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000765103;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr8 37730366 . G A 205.38 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0134262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9673;QD=12.8365;RBI=0.034252;REFB=0.0127596;REVB=-0.0315109;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890972;STB=0.551082;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0212404;OID=.;OPOS=37730366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:22:17:13:12:22:17 chr8 37730368 . G A 853.95 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00204467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7974;QD=55.9969;RBI=0.00352957;REFB=0.0684921;REVB=-0.00287701;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-4.63367e-05;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:30:30:1:0:30:30:1:0 chr8 37963239 . C T 132.81 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0253087;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.759;QD=9.15915;RBI=0.0254371;REFB=-0.00329015;REVB=-0.00255288;RO=38;SAF=3;SAR=15;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206762;STB=0.65554;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00999292;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:40:18:18:0.310345:15:3:11:27:15:3:13:27 chr8 37979919 . G C 319.1 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131933;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.284;QD=53.1826;RBI=0.0270268;REFB=0;REVB=0.0235878;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544078;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr8 37985897 . A G 206.81 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0691065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1055;QD=18.8006;RBI=0.0704655;REFB=-0.0340795;REVB=0.0137723;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102867;STB=0.54462;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0199725;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:10:11:14:8:10:11:14:9 chr8 37996327 . G A 286.06 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0149004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4088;QD=22.0046;RBI=0.0441847;REFB=-0.0107885;REVB=-0.0415965;RO=22;SAF=24;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366925;STB=0.717438;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00680097;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:29:29:0.557692:5:24:10:12:5:24:10:13 chr8 38005835 . T C 714.09 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216231;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.789;QD=57.1269;RBI=0.0266837;REFB=0;REVB=0.0156352;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224935;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:25:22:0:0:25:25:0:0 chr8 38369493 . A G 198.44 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00466098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.525;QD=19.36;RBI=0.0122207;REFB=-0.012378;REVB=-0.011297;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109584;STB=0.561982;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0136226;OID=.;OPOS=38369493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:12:9:11:9:12:9 chr8 38458371 . G T 563.0 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.01881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.786;QD=16.4381;RBI=0.0192666;REFB=-0.00622748;REVB=-0.00416989;RO=77;SAF=23;SAR=37;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715365;STB=0.503995;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0085569;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:77:60:60:0.437956:37:23:29:48:37:23:29:48 chr8 38458552 . G GTCT 1498.13 PASS AF=1;AO=99;DP=107;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211352;FXX=0.0196059;HRUN=0;LEN=3;MLLD=188.663;QD=59.9254;RBI=0.0518212;REFB=0;REVB=0.0473153;RO=5;SAF=44;SAR=55;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.00562e-06;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:107:100:100:0:45:55:0:0:8:5:44:55:3:2 chr8 38458659 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.942;QD=58.4197;RBI=0.040711;REFB=0;REVB=0.00712302;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08651e-05;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1142.92 PASS AF=1,0;AO=72,5;DP=81;FAO=80,0;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718917,-0.0178992;FXX=0.0123442;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.6767,180.251;QD=57.146;RBI=0.192842,0.0401936;REFB=0,0;REVB=0.17894,-0.0359881;RO=2;SAF=46,0;SAR=26,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=0.034992,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00409588,0;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:72,5:81:80,0:80:0:46,0:34,0:0:0:6:2:46,0:26,5:0:2 chr8 38835666 . T C 301.22 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341458;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.217;QD=50.204;RBI=0.0342013;REFB=0.0282497;REVB=0.0019481;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280632;STB=0.515138;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000333751;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:0:1:16:7:0:1 chr8 38848850 . C T 595.38 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.11;QD=61.0643;RBI=0.0236843;REFB=0;REVB=0.0155209;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72813e-05;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:26:11:0:0:27:12:0:0 chr8 38912091 . G A 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.054444;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.664;QD=12.0824;RBI=0.0656627;REFB=-0.0249173;REVB=-0.0367074;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711437;STB=0.518307;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0437639;OID=.;OPOS=38912091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:33:35:21:21:0.375:12:9:12:21:12:9:14:21 chr8 38934777 . G A 541.89 PASS AF=0.450382;AO=52;DP=124;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.00873887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.742;QD=16.5462;RBI=0.0168297;REFB=-0.0207754;REVB=0.0143831;RO=71;SAF=29;SAR=23;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503206;STB=0.52906;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.024383;OID=.;OPOS=38934777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:131:71:72:52:59:0.450382:23:29:43:28:26:33:44:28 chr8 38964647 . G A 1162.75 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.13;QD=59.6283;RBI=0.0676755;REFB=0;REVB=0.020769;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252258;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:73:78:1:35:38:0:0:35:43:0:0 chr8 38965271 . C T 1761.64 PASS AF=0.952756;AO=120;DP=127;FAO=121;FDP=127;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0257253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.261;QD=55.4847;RBI=0.0453531;REFB=-0.179044;REVB=0.0373512;RO=1;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736466;STB=0.517554;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000871051;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:127:127:1:6:120:121:0.952756:64:56:0:1:65:56:5:1 chr8 39080632 . C G 1391.09 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.333;QD=60.4822;RBI=0.0252427;REFB=-0.0301176;REVB=-0.020976;RO=1;SAF=28;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166244;STB=0.508473;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00127459;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:1:1:90:91:0.98913:62:28:1:0:62:29:1:0 chr8 39311600 . C T 1698.06 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00384249;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.493;QD=58.0532;RBI=0.0279581;REFB=-0.0164986;REVB=-0.0276928;RO=2;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169518;STB=0.50877;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000364611;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:117:117:2:2:114:115:0.982906:55:59:0:2:56:59:0:2 chr8 39312886 . G A 578.75 PASS AF=0.540541;AO=49;DP=100;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00346529;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.641;QD=20.8558;RBI=0.0175554;REFB=-0.0297608;REVB=0.01721;RO=47;SAF=33;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227246;STB=0.613069;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0311409;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:111:47:51:49:60:0.540541:16:33:20:27:19:41:23:28 chr8 39312965 . CA C 233.95 PASS AF=0.429752;AO=48;DP=124;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.0549555;FXX=0.0241916;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9205;QD=7.73387;RBI=0.0573328;REFB=0.0131095;REVB=0.0163385;RO=66;SAF=18;SAR=30;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=-0.337228;STB=0.672372;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=-0.00696563;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.429752:48:124:52:121:69:20:32:48:21:99:66:18:30:47:19 chr8 39331031 . T C 264.04 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0118089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.889;QD=17.9009;RBI=0.0286893;REFB=-0.00636751;REVB=-0.0261462;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13916;STB=0.577906;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00566577;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:12:17:13:17:12:17:13:17 chr8 39331093 . T C 304.07 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0063936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.886;QD=19.9388;RBI=0.00679568;REFB=-0.0182264;REVB=0.00230286;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316142;STB=0.664575;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0224212;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:14:18:5:23:14:18:6:23 chr8 39872866 . A C 468.98 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645992;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4834;QD=58.6229;RBI=0.0287688;REFB=0;REVB=0.0280341;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82947e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr8 39873478 . T C 198.33 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0202746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.627;QD=44.0729;RBI=0.0269969;REFB=0.0157043;REVB=0.0178262;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000564908;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr8 39873483 . TT AA 207.15 PASS AF=1;AO=7;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377648;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.1;QD=48.7406;RBI=0.0490378;REFB=0;REVB=0.0312815;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000230836;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:7:17:1:3:4:0:0:9:8:0:0 chr8 40011079 . G A 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000319228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8282;QD=55.0861;RBI=0.00270338;REFB=0;REVB=-0.00268446;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.07934e-05;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr8 40012684 . C G 780.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.177;QD=55.7461;RBI=0.0264498;REFB=0;REVB=-0.00356423;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56581e-05;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:33:21:0:0:34:22:0:0 chr8 41132742 . A T 205.05 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00455267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.007;QD=22.7827;RBI=0.060892;REFB=-0.0477663;REVB=-0.0607216;RO=16;SAF=17;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373859;STB=0.719726;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0272942;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:2:17:10:6:2:18:10:6 chr8 41391704 . A G 1624.1 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5124;QD=60.152;RBI=0.0352722;REFB=0;REVB=0.00525854;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183542;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:56:51:0:0:57:51:0:0 chr8 41512839 . C T 44.36 PASS AF=0.2;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0188205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.515;QD=5.91458;RBI=0.0198074;REFB=-0.00275549;REVB=0.00617432;RO=19;SAF=4;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173399;STB=0.691574;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0320227;OID=.;OPOS=41512839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:29:30:19:23:5:6:0.2:1:4:13:6:1:5:15:8 chr8 41517958 . A AG 1380.31 PASS AF=1;AO=126;DP=153;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138914;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.5663;QD=37.8167;RBI=0.138915;REFB=0;REVB=-0.000436872;RO=21;SAF=57;SAR=69;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00171442;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:126:153:146:146:0:69:77:0:0:28:21:57:69:18:3 chr8 41519462 . A G 496.44 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492057;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.592;QD=55.1598;RBI=0.0581742;REFB=-0.134579;REVB=0.0310328;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00398392;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:36:0:1:33:35:0.972222:17:16:0:0:17:18:0:1 chr8 41521663 . T C 712.14 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.017389;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7021;QD=52.7508;RBI=0.0202307;REFB=-0.17617;REVB=0.0103393;RO=1;SAF=14;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324507;STB=0.510749;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00515226;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:38:14:1:0:38:14:1:1 chr8 41553928 . C G 374.78 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0175948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6406;QD=26.3005;RBI=0.028603;REFB=-0.0198169;REVB=0.0225511;RO=21;SAF=19;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667475;STB=0.536494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0100479;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:17:19:9:12:17:19:9:12 chr8 41787705 . CTCATT C 238.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234279;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=297.049;QD=50.128;RBI=0.00238906;REFB=0;REVB=-0.00046791;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.66525e-06;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:18:19:19:0:3:16:0:0:4:0:3:15:0:0 chr8 42013563 . T TATG 833.82 PASS AF=0.938462;AO=59;DP=66;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00594663;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.011;QD=51.3121;RBI=0.0108089;REFB=-0.00180425;REVB=-0.00902607;RO=5;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624063;STB=0.537025;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=6.2712e-05;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938462:59:66:61:65:4:36:25:0:4:15:5:36:23:1:4 chr8 42044954 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0166621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.84;QD=14.3998;RBI=0.0192886;REFB=-0.0263854;REVB=0.00971724;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116676;STB=0.575282;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0353921;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:17:16:15:10:18:16 chr8 42296993 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00302156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.345;QD=18.7956;RBI=0.00731031;REFB=-0.0125695;REVB=0.00665664;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374865;STB=0.513296;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0159786;OID=.;OPOS=42296993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:8:15:16:10:8:15:17:10 chr8 42882555 . A ATTTGT,ATTTGTT 1138.27 PASS AF=0.918605,0;AO=63,9;DP=90;FAO=79,0;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=43,0;FSAR=36,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0113901,-0.0107076;FXX=0.0444395;HRUN=3,3;LEN=5,6;MLLD=233.995,221.243;QD=52.9427;RBI=0.0387428,0.0491649;REFB=-0.0338508,-0.0265203;REVB=-0.0370307,-0.0479847;RO=11;SAF=43,0;SAR=20,9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0433182,-0.794108;STB=0.525776,0.5;STBP=0.121,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0011963,-0.0241008;OID=.,.;OPOS=42882556,42882556;OREF=-,-;OALT=TTTGT,TTTGTT;OMAPALT=ATTTGT,ATTTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918605,0:63,9:90:79,0:86:7:43,0:36,0:6:1:26:11:43,0:20,9:6:5 chr8 43054553 . T C 811.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.464;QD=56.9352;RBI=0.0176414;REFB=0;REVB=0.00259323;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101134;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:24:33:0:0 chr8 47979781 . G C 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3578;QD=60.6037;RBI=0.00618807;REFB=0;REVB=-0.00186407;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57985e-05;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr8 48102786 . C T 173.6 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0310851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8728;QD=9.64424;RBI=0.0349765;REFB=3.99617e-05;REVB=-0.0160335;RO=48;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132935;STB=0.586304;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.000847062;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:48:49:23:23:0.319444:15:8:22:26:15:8:23:26 chr8 48102987 . A G 119.94 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.014436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.609;QD=17.1336;RBI=0.0409298;REFB=-0.0296047;REVB=-0.0382995;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319656;STB=0.689293;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0307771;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:12:12:0.428571:2:10:8:6:2:10:8:6 chr8 48104722 . G T 259.79 PASS AF=0.442857;AO=26;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0338625;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7236;QD=14.8451;RBI=0.036282;REFB=-0.00830691;REVB=0.0130273;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218687;STB=0.598825;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00902212;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:39:26:31:0.442857:12:14:12:25:16:15:12:27 chr8 48585975 . T C 269.15 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0061264;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9656;QD=21.9716;RBI=0.0358878;REFB=-0.00388101;REVB=0.035361;RO=24;SAF=19;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595274;STB=0.53345;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0058002;OID=.;OPOS=48585975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:6:19:17:7:6:19:17:7 chr8 48710955 . A G 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0169037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3922;QD=19.1067;RBI=0.0242716;REFB=0.0167205;REVB=0.0174176;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102872;STB=0.559859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.011737;OID=.;OPOS=48710955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:2:4:7:2:2:4 chr8 48885436 . T A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.796;QD=58.2394;RBI=0.0373339;REFB=0;REVB=0.0303959;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70257e-05;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr8 50242991 . G T 213.05 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0118538;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.68;QD=18.9375;RBI=0.0121513;REFB=-0.00746787;REVB=0.00267232;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864829;STB=0.560452;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00929263;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:12:11:12:9:13:11 chr8 51571172 . G A 235.5 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5832;QD=49.5797;RBI=0.121246;REFB=0;REVB=0.0872334;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513038;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr8 52321243 . T C 1866.69 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.823;QD=61.2029;RBI=0.0416913;REFB=0;REVB=0.00316248;RO=0;SAF=41;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98805e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:122:0:0:113:122:1:72:41:0:0:72:50:0:0 chr8 52321686 . C T 556.73 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.746;QD=60.1872;RBI=0.00852038;REFB=0;REVB=0.00841269;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77444e-05;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr8 52325767 . T G 1166.23 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.921;QD=60.5835;RBI=0.0333485;REFB=0;REVB=0.0195394;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37357e-05;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:42:35:0:0 chr8 52325796 . G A 979.45 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0199003;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5774;QD=57.6145;RBI=0.0567464;REFB=0.0624859;REVB=-0.0531426;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00214317;OID=.;OPOS=52325796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:0:1:35:32:0:1 chr8 52730521 . C T 928.28 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4487;QD=58.0177;RBI=0.0424027;REFB=0;REVB=0.0420181;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458729;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:38:26:0:0 chr8 52730864 . T C 426.09 PASS AF=0.74;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0137966;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.529;QD=34.0873;RBI=0.0162363;REFB=-0.0172969;REVB=0.00855995;RO=13;SAF=17;SAR=20;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363031;STB=0.51964;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00493922;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:13:13:37:37:0.74:20:17:5:8:20:17:5:8 chr8 52731494 . G A 50.71 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0234068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8544;QD=3.43781;RBI=0.0295943;REFB=-0.00551906;REVB=-0.0181093;RO=48;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426865;STB=0.513278;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0282264;OID=.;OPOS=52731494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:58:59:48:50:9:9:0.152542:5:4:23:25:5:4:23:27 chr8 52731975 . C A 70.19 PASS AF=0.243902;AO=9;DP=40;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00105969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.449;QD=6.84826;RBI=0.0121916;REFB=-0.00322249;REVB=-0.0121455;RO=30;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416728;STB=0.806145;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0270948;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:41:30:31:9:10:0.243902:1:8:19:11:1:9:19:12 chr8 52731980 . C G 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00949714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.303;QD=4.04957;RBI=0.0122322;REFB=-0.000993031;REVB=-0.00770918;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326492;STB=0.73506;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00426803;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:1:6:22:12:1:6:22:12 chr8 52732914 . T C 74.02 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0192157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1704;QD=9.55046;RBI=0.0193902;REFB=-0.0105094;REVB=0.00259516;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284721;STB=0.583176;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0577874;OID=.;OPOS=52732914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:31:18:21:10:10:0.322581:4:6:15:3:4:6:15:6 chr8 52733050 . T A 273.3 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0462932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.304;QD=24.2935;RBI=0.047578;REFB=-0.0152091;REVB=-0.010982;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243928;STB=0.650057;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0072549;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:24:25:0.555556:9:15:6:13:9:16:6:14 chr8 52733128 . T G 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0304076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2689;QD=10.3889;RBI=0.0633562;REFB=0.0360794;REVB=0.0555823;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0479955;OID=.;OPOS=52733128;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:4:7:6:1:4:7 chr8 52746153 . C T 302.86 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0156337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.754;QD=14.5954;RBI=0.0290039;REFB=-0.00197769;REVB=0.0244298;RO=48;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146764;STB=0.515999;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00340048;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:13:21:29:19:13:21:29:20 chr8 53537316 . A G 954.98 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8681;QD=58.7678;RBI=0.0211042;REFB=0;REVB=-0.00219134;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85036e-05;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr8 53555069 . A G 1102.57 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00971549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4472;QD=58.804;RBI=0.0272434;REFB=-0.00517251;REVB=0.0254522;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=7.88274e-05;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:34:40:0:0:34:40:0:1 chr8 53568655 . G T 50.07 PASS AF=0.157143;AO=10;DP=68;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0280061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8728;QD=2.86134;RBI=0.0471198;REFB=-0.00927494;REVB=-0.0378937;RO=56;SAF=9;SAR=1;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531186;STB=0.881582;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.120441;OID=.;OPOS=53568655;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:68:70:56:59:10:11:0.157143:1:9:28:28:1:10:30:29 chr8 53586706 . A G 931.24 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238561;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.768;QD=57.3069;RBI=0.0335011;REFB=-0.0934804;REVB=0.0235205;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00203193;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:39:25:0:1:39:25:0:1 chr8 54745538 . C G 163.09 PASS AF=0.35;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00806298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5971;QD=10.8725;RBI=0.0201855;REFB=-0.0121075;REVB=-0.0185052;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320588;STB=0.666519;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0347723;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:39:20:21:0.35:8:12:12:27:9:12:12:27 chr8 55049131 . A G 248.87 PASS AF=0.589744;AO=21;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0316245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4956;QD=25.5252;RBI=0.0388339;REFB=0.00349431;REVB=0.0225379;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448759;STB=0.527003;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.000906428;OID=.;OPOS=55049131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:16:21:23:0.589744:11:10:8:9:13:10:8:8 chr8 55538460 . AG AGA,GA 33.06 PASS AF=0.179487,0.0512821;AO=10,2;DP=41;FAO=7,2;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3,2;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00274047,-0.0072823;FXX=0.0487686;HRUN=6,2;LEN=1,2;MLLD=9.88756,46.0832;QD=3.39035;RBI=0.0568815,0.0332837;REFB=-0.0381313,-0.0357797;REVB=0.0568154,0.0324773;RO=25;SAF=5,2;SAR=5,0;SRF=7;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.258845,0.599802;STB=0.551855,0.995962;STBP=0.752,0.107;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0648699,0.00401042;OID=.,.;OPOS=55538462,55538460;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:41:39:25:30:10,2:7,2:0.179487,0.0512821:5,0:5,2:7:18:4,0:3,2:11:19 chr8 55539057 . G A 258.63 PASS AF=0.71875;AO=21;DP=31;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0118449;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.28;QD=32.3286;RBI=0.0317338;REFB=-0.0118762;REVB=0.0294403;RO=9;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017341;STB=0.509529;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00325866;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:32:9:9:21:23:0.71875:10:11:5:4:11:12:5:4 chr8 55541450 . G A 327.59 PASS AF=0.5;AO=32;DP=68;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.025746;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.242;QD=18.7196;RBI=0.0291902;REFB=-0.00438466;REVB=0.0137554;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557167;STB=0.528625;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00442422;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:36:35:32:35:0.5:17:15:19:17:19:16:18:17 chr8 55541513 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00484588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.743;QD=16.8247;RBI=0.0105118;REFB=-0.00371697;REVB=-0.00932825;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174197;STB=0.599902;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00444675;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:7:14:14:14:7:14:14:14 chr8 55541617 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00196726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.865;QD=17.1002;RBI=0.0108969;REFB=-0.00742109;REVB=-0.0107178;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0088918;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:7:8:6:8:7:8 chr8 55632762 . C T 392.07 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.00167484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.877;QD=14.6568;RBI=0.00730315;REFB=-0.00861325;REVB=0.00710851;RO=62;SAF=17;SAR=28;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276195;STB=0.515556;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0162286;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:28:17:25:37:28:17:25:37 chr8 56076708 . TTGC T 174.96 PASS AF=0.520833;AO=22;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00415469;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=264.509;QD=14.5802;RBI=0.0189216;REFB=-0.0231763;REVB=0.0184598;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100027;STB=0.538022;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.0189156;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:22:48:25:48:23:16:9:13:10:99:24:15:7:14:10 chr8 56076791 . G A 138.19 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0268348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.677;QD=8.91532;RBI=0.0272584;REFB=-0.0139039;REVB=-0.00478667;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337776;STB=0.531002;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0393376;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:40:43:19:19:0.306452:11:8:18:22:11:8:20:23 chr8 56686224 . T C 695.44 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.721;QD=60.4735;RBI=0.0487799;REFB=0.00530444;REVB=-0.0270095;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.508193;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000779057;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:29:15:0:1:30:15:0:1 chr8 56821700 . T G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.79;QD=63.8714;RBI=0.0115574;REFB=0;REVB=0.0101909;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78822e-05;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr8 56821795 . T G 879.11 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.98;QD=57.6464;RBI=0.034398;REFB=0;REVB=0.0158463;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5558e-05;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:55:61:1:31:24:0:0:35:26:0:0 chr8 56821809 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.82;QD=57.5451;RBI=0.00608513;REFB=0;REVB=-0.00526904;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09538e-05;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr8 56821945 . G A 263.01 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00264539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9791;QD=47.8196;RBI=0.0180596;REFB=-0.117529;REVB=0.0178648;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00511955;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:8:13:0:0:8:13:0:1 chr8 57074194 . T C 436.66 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0058716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.73;QD=21.3005;RBI=0.043277;REFB=-0.0246051;REVB=0.0428769;RO=38;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376569;STB=0.519991;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0289018;OID=.;OPOS=57074194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:38:39:42:43:0.52439:17:25:21:17:17:26:22:17 chr8 57075357 . TTA T,TTT 130.17 PASS AF=0.395833,0;AO=13,7;DP=57;FAO=19,0;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.0822173,0.113282;FXX=0.142832;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.8198,12.8855;QD=10.8473;RBI=0.153339,0.228092;REFB=-0.0230652,-0.0133484;REVB=-0.129434,-0.197972;RO=30;SAF=10,0;SAR=3,7;SRF=8;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0.344262,0;SSSB=0.542176,-0.643897;STB=0.835939,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00883211,0;OID=.,.;OPOS=57075358,57075359;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833,0:13,7:57:19,0:48:29:14,0:5,0:3:26:99:30:10,0:3,7:8:22 chr8 57129291 . A T 368.15 PASS AF=0.544118;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0304632;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.639;QD=21.656;RBI=0.0342835;REFB=-0.0284935;REVB=0.0157273;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501927;STB=0.506079;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0225885;OID=.;OPOS=57129291;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:31:34:37:0.544118:21:13:14:18:21:16:13:18 chr8 57285647 . T G 185.23 PASS AF=0.387097;AO=22;DP=60;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0171731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4832;QD=11.9506;RBI=0.0455696;REFB=-0.0279168;REVB=0.0422099;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156682;STB=0.557593;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0485782;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:38:38:22:24:0.387097:13:9:21:17:13:11:21:17 chr8 57294571 . C G 157.87 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00249921;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.263;QD=11.2767;RBI=0.0283271;REFB=-0.00298906;REVB=0.0282166;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998132;STB=0.553518;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00516397;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:36:20:20:0.357143:10:10:19:13:10:10:21:15 chr8 57353979 . C T 251.87 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00346491;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.788;QD=19.0092;RBI=0.0124772;REFB=-0.0281469;REVB=-0.0119865;RO=25;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991956;STB=0.567516;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0454366;OID=.;OPOS=57353979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:26:27:27:0.509434:18:9:11:14:18:9:12:14 chr8 57829649 . G T 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.277;QD=46.8399;RBI=0.0410007;REFB=0;REVB=-0.0365565;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139196;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr8 58039269 . A G 525.17 PASS AF=0.482759;AO=53;DP=113;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0207099;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.343;QD=18.1092;RBI=0.0276305;REFB=-0.019418;REVB=-0.0182906;RO=60;SAF=28;SAR=25;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746644;STB=0.525853;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.01979;OID=.;OPOS=58039269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:60:60:53:56:0.482759:25:28:27:33:28:28:27:33 chr8 59060275 . A G 374.62 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0037371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.75;QD=18.0542;RBI=0.00375907;REFB=-0.0107425;REVB=0.000405786;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671861;STB=0.554843;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0135829;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:44:38:39:0.46988:19:19:18:24:19:20:18:26 chr8 59360029 . G A 506.54 PASS AF=0.5;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0258417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6594;QD=19.1145;RBI=0.036086;REFB=0.00516815;REVB=0.0251874;RO=53;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258024;STB=0.509437;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00311048;OID=.;OPOS=59360029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:53:53:52:53:0.5:26:26:25:28:27:26:25:28 chr8 59496490 . A G 286.45 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00827339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.672;QD=24.3789;RBI=0.0257364;REFB=-0.0033145;REVB=0.0243703;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152097;STB=0.584652;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00394016;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:10:16:9:12:10:16:9:12 chr8 59508134 . T C 291.97 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0213763;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2309;QD=12.04;RBI=0.0290534;REFB=-0.00878768;REVB=0.0196761;RO=63;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295945;STB=0.669721;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0195262;OID=.;OPOS=59508134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:63:63:34:34:0.350515:13:21:22:41:13:21:22:41 chr8 59512334 . G A 1513.44 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144496;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.586;QD=63.724;RBI=0.0296135;REFB=0;REVB=0.0258489;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71574e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:37:58:0:0:37:58:0:0 chr8 59547804 . C A 316.01 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0266545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8353;QD=15.6055;RBI=0.0372547;REFB=-0.0123116;REVB=-0.0260278;RO=46;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174465;STB=0.604086;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0182807;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:46:34:35:0.432099:25:9:19:27:26:9:19:27 chr8 61178574 . T C 727.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.051;QD=63.2605;RBI=0.00721654;REFB=0;REVB=0.00666342;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37366e-05;OID=.;OPOS=61178574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr8 61735201 . A C 802.93 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0130204;FXX=0.0198662;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.198;QD=21.7009;RBI=0.019582;REFB=-0.0143211;REVB=-0.014626;RO=65;SAF=33;SAR=46;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879606;STB=0.555733;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00990655;OID=.;OPOS=61735201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:65:69:79:79:0.533784:46:33:34:31:46:33:37:32 chr8 62412295 . TTTTTTTTT GCTTTTTTT,TTTTTTTTC 192.1 PASS AF=0,0.46875;AO=3,10;DP=64;FAO=0,30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=0,11;FSAR=0,19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0119936,-0.0441513;FXX=0.0153822;HRUN=9,9;LEN=2,1;MLLD=203.972,15.9088;QD=12.0062;RBI=0.0433631,0.181416;REFB=0.00188471,-0.0560269;REVB=-0.0416715,-0.175961;RO=18;SAF=3,4;SAR=0,6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.625404,-0.0487512;STB=0.5,0.618618;STBP=1,0.081;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.013124;OID=.,.;OPOS=62412295,62412303;OREF=TT,T;OALT=GC,C;OMAPALT=GCTTTTTTT,TTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:64:18:34:3,10:0,30:0,0.46875:0,6:3,4:8:10:0,19:0,11:20:14 chr8 62489334 . C T 237.53 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0214327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.377;QD=16.6686;RBI=0.0261078;REFB=-0.00828027;REVB=-0.0149082;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194429;STB=0.609673;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00793265;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:18:9:16:14:18:9:16:14 chr8 62490978 . T C 183.01 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.02682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.348;QD=11.807;RBI=0.0307864;REFB=-0.0134771;REVB=-0.0151158;RO=38;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138502;STB=0.590687;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0169161;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:39:23:23:0.370968:16:7:16:22:16:7:17:22 chr8 62491037 . G C 330.2 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00425594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9256;QD=31.4474;RBI=0.00640447;REFB=-0.0609501;REVB=0.00478583;RO=13;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152285;STB=0.594528;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0307105;OID=.;OPOS=62491037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:14:28:28:0.666667:12:16:4:9:12:16:4:10 chr8 62491095 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0155372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.901;QD=9.19974;RBI=0.0322767;REFB=-0.00376675;REVB=-0.028291;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527602;STB=0.829762;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0111319;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:8:5:6:1:8:5 chr8 62491943 . G A 70.56 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00248364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0011;QD=17.64;RBI=0.0401371;REFB=-0.0362876;REVB=0.0400602;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0301348;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr8 62491985 . A G 38.63 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0323847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1184;QD=10.3005;RBI=0.117285;REFB=-0.0522397;REVB=-0.112725;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0550943;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr8 62544428 . G T 367.79 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0244068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.114;QD=21.9578;RBI=0.028513;REFB=-0.00744929;REVB=-0.0147412;RO=30;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158248;STB=0.587331;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0075983;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:22:15:18:12:22:15:18:12 chr8 62595068 . C T 229.46 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0335055;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.721;QD=16.1022;RBI=0.0339914;REFB=-0.0126894;REVB=-0.00572653;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197779;STB=0.619085;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0114541;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:31:26:26:0.45614:15:11:19:11:15:11:20:11 chr8 63659635 . G A 518.76 PASS AF=0.404255;AO=56;DP=142;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0181767;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1733;QD=14.7167;RBI=0.0229221;REFB=-0.0167802;REVB=0.0139653;RO=82;SAF=32;SAR=24;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187667;STB=0.502681;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0234771;OID=.;OPOS=63659635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:82:84:56:57:0.404255:24:32:47:35:24:33:49:35 chr8 63775855 . CT C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00787793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.274;QD=11.4398;RBI=0.0173066;REFB=-0.012731;REVB=-0.0154096;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=del;VARB=0.0166078;OID=.;OPOS=63775856;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:9:23:9:23:14:5:4:8:6:65:14:5:4:8:6 chr8 63902715 . T G 40.23 PASS AF=0.294118;AO=4;DP=17;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0423435;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.805;QD=9.46565;RBI=0.0506197;REFB=-0.0164303;REVB=-0.0277377;RO=8;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479483;STB=0.855917;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0239461;OID=.;OPOS=63902715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:17:17:8:10:4:5:0.294118:3:1:6:2:4:1:8:2 chr8 63942717 . C T 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.014751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.663;QD=15.3767;RBI=0.0155921;REFB=-0.0238684;REVB=-0.00505187;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218591;STB=0.651902;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0435404;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:3:9:7:6:3:9:7:7 chr8 63951237 . C T 310.3 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0168885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8281;QD=21.3999;RBI=0.0185475;REFB=-0.0112493;REVB=0.00766719;RO=25;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210427;STB=0.501193;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0121941;OID=.;OPOS=63951237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:21:11:8:17:21:11:9:17 chr8 63951312 . A G 192.86 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00684336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.104;QD=23.3764;RBI=0.0306727;REFB=-0.0083648;REVB=-0.0298995;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807502;STB=0.545404;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00498557;OID=.;OPOS=63951312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:15:4:4:10:15:4:4:10 chr8 63978658 . TA T 213.03 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074045;FXX=0.0285633;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.27235;QD=25.0624;RBI=0.0967917;REFB=0;REVB=0.0623375;RO=3;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00271398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00700202;OID=.;OPOS=63978659;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:34:34:34:0:11:23:0:0:5:3:9:17:1:2 chr8 64098729 . A AG 1044.32 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165427;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=227.561;QD=58.0178;RBI=0.0243564;REFB=-0.0229344;REVB=0.0178766;RO=2;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579477;STB=0.505881;STBP=0.504;TYPE=ins;VARB=-0.000167369;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.986111:68:73:71:72:1:42:29:1:0:3:2:41:27:1:1 chr8 64147448 . C T 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.019961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.242;QD=5.37251;RBI=0.0220563;REFB=-0.001078;REVB=0.00938288;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316313;STB=0.520781;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0038131;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:3:5:18:12:3:5:18:12 chr8 65290650 . C T 239.7 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0167022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.589;QD=21.7912;RBI=0.0192488;REFB=-0.0200954;REVB=0.00956827;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299565;STB=0.651035;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0207463;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:8:14:6:15:9:14:6:15 chr8 65488962 . G A 462.59 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0218605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.512;QD=21.7688;RBI=0.022899;REFB=-0.0149372;REVB=-0.00681802;RO=39;SAF=33;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941786;STB=0.547871;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0340124;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:12:33:25:14:12:33:26:14 chr8 67341378 . G A 720.13 PASS AF=0.463855;AO=70;DP=159;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.00738535;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.093;QD=17.3525;RBI=0.0224888;REFB=-0.035921;REVB=0.0212416;RO=89;SAF=38;SAR=32;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149377;STB=0.553818;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0406308;OID=.;OPOS=67341378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:166:89:89:70:77:0.463855:32:38:35:54:39:38:35:54 chr8 67342077 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00427395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.491;QD=9.4443;RBI=0.0314135;REFB=-0.0027272;REVB=-0.0311214;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00436827;OID=.;OPOS=67342077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:4:6:2:4:4:6 chr8 67380528 . T C 271.92 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0202294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.852;QD=16.9952;RBI=0.0263263;REFB=-0.000415972;REVB=0.0168477;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274193;STB=0.661779;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000896839;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:32:34:28:30:0.46875:17:11:22:10:19:11:23:11 chr8 68421768 . G C 38.87 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.037162;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.875;QD=9.14561;RBI=0.0379908;REFB=-0.0265546;REVB=0.00789214;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308307;STB=0.691681;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0147869;OID=.;OPOS=68421768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:7:4:4:2:7:4 chr8 68494981 . C CATT 1510.91 PASS AF=0.938053;AO=101;DP=117;FAO=106;FDP=113;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00852779;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.223;QD=53.4837;RBI=0.00880379;REFB=-0.00819936;REVB=-0.00218713;RO=7;SAF=37;SAR=64;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268814;STB=0.513453;STBP=0.299;TYPE=ins;VARB=0.000242401;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938053:101:117:106:113:7:39:67:4:3:20:7:37:64:4:3 chr8 68864728 . G A 220.0 PASS AF=0.378378;AO=23;DP=69;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0270186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.661;QD=11.8918;RBI=0.0283867;REFB=-0.0130591;REVB=0.00870636;RO=45;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181589;STB=0.522805;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0204419;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:45:46:23:28:0.378378:17:6:18:27:18:10:18:28 chr8 69009268 . C T 469.67 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0082635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.906;QD=18.9765;RBI=0.0165992;REFB=-0.00724594;REVB=-0.0143961;RO=49;SAF=26;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325075;STB=0.539514;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00671171;OID=.;OPOS=69009268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:52:46:47:0.474747:20:26:26:23:20:27:26:26 chr8 69012364 . G A 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0148568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.16;QD=17.7623;RBI=0.0351885;REFB=-0.0038816;REVB=-0.0318984;RO=45;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548157;STB=0.530597;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00334975;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:16:23:29:16:16:23:29:16 chr8 69020496 . T C 159.21 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0323986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1106;QD=10.1085;RBI=0.0431524;REFB=-0.00176693;REVB=0.0285038;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137149;STB=0.580079;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00578044;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:11:10:15:27:11:10:15:27 chr8 69434195 . T C 221.11 PASS AF=0.480769;AO=20;DP=47;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0328167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.253;QD=17.0088;RBI=0.0455219;REFB=-0.0378601;REVB=0.0315486;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33279;STB=0.597484;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0511778;OID=.;OPOS=69434195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:27:27:20:25:0.480769:6:14:10:17:11:14:10:17 chr8 69730431 . T TA 196.2 PASS AF=1;AO=8;DP=48;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120965;FXX=0.374922;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.3365;QD=26.1605;RBI=0.028991;REFB=0;REVB=0.0263468;RO=40;SAF=7;SAR=1;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0109677;OID=.;OPOS=69730432;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:48:30:30:0:25:5:0:0:4:40:7:1:26:14 chr8 69730432 . G A,T 768.06 PASS AF=0.82,0.18;AO=42,8;DP=50;FAO=41,9;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27,8;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166432,0.0397213;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.9512,147.147;QD=61.445;RBI=0.0187275,0.041142;REFB=0,0;REVB=-0.00858617,-0.0107183;RO=0;SAF=28,7;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0150019,0.0467411;OID=.,.;OPOS=69730432,69730432;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:57:50:50:0:0:42,8:41,9:0.82,0.18:14,1:28,7:0:0:14,1:27,8:0:0 chr8 69730488 . G C 785.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.317;QD=57.0931;RBI=0.0465361;REFB=0;REVB=0.0229783;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215355;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr8 70072423 . G A 343.23 PASS AF=0.41573;AO=35;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0151154;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.629;QD=15.4262;RBI=0.0322394;REFB=-0.00845809;REVB=-0.0284764;RO=50;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215065;STB=0.517082;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00716201;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:52:35:37:0.41573:21:14:21:29:21:16:21:31 chr8 70571313 . G A 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0165406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0035;QD=10.4734;RBI=0.0185003;REFB=-0.0242923;REVB=-0.00828678;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050224;STB=0.510627;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0354903;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:11:8:15:21:11:8:15:22 chr8 70571531 . G A 201.47 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0299649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.996;QD=13.8947;RBI=0.0426118;REFB=-0.0142622;REVB=-0.0302964;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292548;STB=0.651036;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0255671;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:24:24:0.413793:16:8:20:12:16:8:20:14 chr8 70573004 . G A 147.66 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0223032;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.657;QD=9.08644;RBI=0.0288778;REFB=-0.00161359;REVB=-0.0183437;RO=44;SAF=10;SAR=10;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212941;STB=0.615275;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00434655;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:44:45:20:20:0.307692:10:10:30:14:10:10:30:15 chr8 70584628 . T C 464.65 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.32;QD=58.0809;RBI=0.0158458;REFB=0;REVB=0.0146978;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416355;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr8 70602299 . A G 1083.51 PASS AF=0.826531;AO=70;DP=89;FAO=81;FDP=98;FR=.;FRO=17;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0206677;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7761;QD=44.2247;RBI=0.022051;REFB=-0.0140728;REVB=0.0076871;RO=16;SAF=38;SAR=32;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586257;STB=0.512118;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00506194;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:89:98:16:17:70:81:0.826531:32:38:6:10:42:39:7:10 chr8 70602341 . A G 4543.91 PASS AF=0.955975;AO=302;DP=319;FAO=304;FDP=318;FR=.;FRO=14;FSAF=143;FSAR=161;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00365071;FXX=0.0062498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.617;QD=57.1561;RBI=0.034252;REFB=-0.0359826;REVB=0.0340569;RO=12;SAF=141;SAR=161;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977183;STB=0.505006;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0010081;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:319:318:12:14:302:304:0.955975:161:141:4:8:161:143:5:9 chr8 70602526 . A G 196.97 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00317674;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0858;QD=23.8746;RBI=0.00810413;REFB=0.00401276;REVB=-0.00745555;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271049;STB=0.643409;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.000297296;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:14:18:19:0.575758:12:6:9:4:13:6:9:5 chr8 70602529 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0265969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.135;QD=10.635;RBI=0.0467057;REFB=-0.010015;REVB=-0.0383931;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319996;STB=0.736129;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00914781;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:1:7:8:4:1:7:8:5 chr8 70835081 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0556963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2713;QD=14.0962;RBI=0.0876567;REFB=-0.00844044;REVB=-0.0676877;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484979;STB=0.794777;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0111625;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:10:1:6:8:10:1:6:8 chr8 70964399 . A G 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.053;QD=46.9583;RBI=0.0531563;REFB=-0.01669;REVB=-0.052011;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000149556;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr8 70967607 . T C 167.44 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4507;QD=41.8605;RBI=0.0662036;REFB=0.0576014;REVB=-0.0591015;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0210836;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr8 70978690 . C T 239.61 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0214384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.8795;QD=18.0839;RBI=0.0233838;REFB=-0.00995051;REVB=0.00933803;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736712;STB=0.533726;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.016061;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:17:9:11:15:17:9:11:16 chr8 71039118 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0376291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.206;QD=18.4438;RBI=0.0382771;REFB=0.00265058;REVB=0.0070129;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153845;STB=0.588621;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00209514;OID=.;OPOS=71039118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:4:5:4:7:4:5 chr8 71486568 . G C 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0291085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1931;QD=10.6318;RBI=0.0517123;REFB=-0.00925996;REVB=0.0427417;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168369;STB=0.602151;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0155852;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:6:7:3:5:6:7 chr8 71575184 . A G 30.83 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00236352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9382;QD=12.333;RBI=0.240541;REFB=0.0138761;REVB=0.240529;RO=5;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672226;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197022;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:5:5:4:5:0.5:0:4:4:1:1:4:4:1 chr8 71619267 . TATAG T 438.17 PASS AF=0.461538;AO=43;DP=100;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-4.07205e-05;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=4;MLLD=262.338;QD=16.8526;RBI=0.0018177;REFB=0.000230449;REVB=-0.00181724;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700744;STB=0.539983;STBP=0.46;TYPE=del;VARB=-0.000214738;OID=.;OPOS=71619268;OREF=ATAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:43:100:48:104:56:23:25:31:25:99:48:21:22:27:21 chr8 72111599 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.361;QD=56.9976;RBI=0.0245835;REFB=0;REVB=0.0169271;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67081e-06;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr8 72129009 . G A 190.19 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00450888;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1934;QD=10.4212;RBI=0.00477413;REFB=-0.00231276;REVB=0.00156919;RO=47;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352851;STB=0.500548;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00654074;OID=.;OPOS=72129009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:47:48:24:25:0.342466:13:11:23:24:13:12:23:25 chr8 72211295 . T C 1217.17 PASS AF=0.538813;AO=112;DP=214;FAO=118;FDP=219;FR=.;FRO=101;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.0264736;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.189;QD=22.2315;RBI=0.0295277;REFB=-0.0185418;REVB=0.0130781;RO=101;SAF=52;SAR=60;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610319;STB=0.527696;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0147527;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:219:101:101:112:118:0.538813:60:52:54:47:62:56:54:47 chr8 72246578 . A G 87.23 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.014429;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.379;QD=12.0311;RBI=0.0144968;REFB=-0.000894493;REVB=0.0013998;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.6519;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000633751;OID=.;OPOS=72246578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:10:7:7:4:11:7 chr8 72754502 . G A 227.6 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0252663;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.92;QD=20.2307;RBI=0.0286808;REFB=-0.0325055;REVB=0.013572;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145144;STB=0.555506;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.025495;OID=.;OPOS=72754502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:23:22:22:0.488889:11:11:14:7:11:11:14:9 chr8 72755646 . ACTG ACTTG,AGCT,CTTG 216.8 PASS AF=0.469388,0,0.0408163;AO=19,2,2;DP=49;FAO=23,0,2;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=16,0,2;FSAR=7,0,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0236728,-0.0161917,-0.0202195;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=22.3741,72.5443,175.56;QD=17.6982;RBI=0.081066,0.232583,0.0369923;REFB=-0.0354768,-0.0225361,-0.00294419;REVB=-0.0775325,-0.232018,-0.0309775;RO=17;SAF=13,0,2;SAR=6,2,0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0809967,-0.661835,0.439097;STB=0.564257,0.5,0.993906;STBP=0.418,1,0.195;TYPE=ins,mnp,mnp;VARB=0.0371711,0,-0.00267631;OID=.,.,.;OPOS=72755648,72755647,72755646;OREF=-,CTG,AC;OALT=T,GCT,CT;OMAPALT=ACTTG,AGCT,CTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:24:19,2,2:23,0,2:0.469388,0,0.0408163:6,2,0:13,0,2:13:4:7,0,0:16,0,2:14:10 chr8 72935008 . C A,T 679.66 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,42;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497286,0.0386053;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.3518,119.489;QD=61.7868;RBI=0.0107684,0.0521155;REFB=0,0;REVB=0.00955141,0.0350095;RO=0;SAF=2,28;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.117692,-0.00117522;OID=.,.;OPOS=72935008,72935008;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:44:44:0:0:2,42:1,43:0.0227273,0.977273:0,14:2,28:0:0:0,14:1,29:0:0 chr8 72935039 . C T 825.7 PASS AF=0.983871;AO=55;DP=58;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0022915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.31;QD=53.2709;RBI=0.0348027;REFB=-0.0959657;REVB=0.0347272;RO=1;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324755;STB=0.513509;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000408139;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:62:1:1:55:61:0.983871:14:41:0:1:18:43:0:1 chr8 72935045 . G C 952.56 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00404294;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4799;QD=56.0332;RBI=0.0548302;REFB=-0.130573;REVB=0.054681;RO=2;SAF=44;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209893;STB=0.511108;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.003998;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:2:2:65:66:0.970588:21:44:2:0:22:44:2:0 chr8 72936145 . T C 228.2 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00210984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.367;QD=16.014;RBI=0.0434669;REFB=-0.0142831;REVB=0.0434156;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12946;STB=0.581707;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0100978;OID=.;OPOS=72936145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:31:25:26:0.45614:12:13:12:19:12:14:12:19 chr8 72942210 . G T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=13;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0435362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.698;QD=15.1952;RBI=0.0571113;REFB=-0.0133963;REVB=-0.0369636;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381748;STB=0.613517;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0245224;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:13:18:0.409091:4:9:8:16:9:9:8:18 chr8 72966002 . G A 370.94 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0557198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6152;QD=19.5229;RBI=0.0598027;REFB=-0.0280431;REVB=-0.0217179;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0254688;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:38:36:38:0.5:19:17:19:19:19:19:19:19 chr8 72975801 . T G 837.08 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154564;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.611;QD=55.8052;RBI=0.0156479;REFB=0.0399867;REVB=0.00244108;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-5.85746e-05;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:58:59:0.983333:22:36:0:0:22:37:1:0 chr8 72977703 . C T 322.87 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0288431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.833;QD=14.1921;RBI=0.0440537;REFB=-0.0273464;REVB=-0.0332987;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169044;STB=0.60434;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0498798;OID=.;OPOS=72977703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:55:36:36:0.395604:18:18:18:35:18:18:18:37 chr8 72981318 . G A 642.54 PASS AF=0.567568;AO=61;DP=111;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00244977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.55;QD=23.1545;RBI=0.00855158;REFB=-0.013285;REVB=0.00819317;RO=48;SAF=30;SAR=31;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233562;STB=0.519307;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.011381;OID=.;OPOS=72981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:48:61:63:0.567568:31:30:25:23:33:30:25:23 chr8 72981327 . A G 1569.71 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.79;QD=57.6042;RBI=0.0169141;REFB=-0.0489408;REVB=0.00859943;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522415;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:109:0:0:104:109:1:53:51:0:0:56:53:0:0 chr8 73982161 . A G 381.07 PASS AF=0.653061;AO=31;DP=48;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0761291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5527;QD=31.108;RBI=0.0791899;REFB=-0.00648177;REVB=-0.0218035;RO=15;SAF=8;SAR=23;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567418;STB=0.529935;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0028918;OID=.;OPOS=73982161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:15:17:31:32:0.653061:23:8:5:10:23:9:6:11 chr8 74005131 . A G 636.39 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0642498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4966;QD=18.5806;RBI=0.0736146;REFB=-0.00223254;REVB=-0.0359315;RO=70;SAF=28;SAR=37;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572461;STB=0.530122;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00142132;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:72:65:65:0.474453:37:28:26:44:37:28:27:45 chr8 74169337 . T C 187.71 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0338881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4404;QD=12.726;RBI=0.0847386;REFB=0.0405401;REVB=0.0776674;RO=36;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379333;STB=0.718839;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0477404;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:6:17:14:22:6:17:14:22 chr8 74234185 . G A 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0534357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.734;QD=12.07;RBI=0.0557448;REFB=-0.0318541;REVB=0.015878;RO=43;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104274;STB=0.552591;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0415981;OID=.;OPOS=74234185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:43:44:26:26:0.371429:14:12:24:19:14:12:24:20 chr8 74527996 . C T 749.05 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129931;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.323;QD=63.7491;RBI=0.0221102;REFB=0;REVB=-0.0178897;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39938e-05;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:25:22:0:0 chr8 74581290 . A AG 788.62 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028171;FXX=0.0175408;HRUN=0;LEN=1;MLLD=220.514;QD=56.3298;RBI=0.0424296;REFB=0;REVB=0.031728;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000112852;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:55:56:56:0:35:21:0:0:4:1:32:20:1:0 chr8 74888616 . G C 303.0 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0157155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9382;QD=22.0363;RBI=0.043415;REFB=-0.0190128;REVB=0.0404708;RO=24;SAF=12;SAR=19;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155279;STB=0.585314;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0148616;OID=.;OPOS=74888616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:19:12:5:19:19:12:5:19 chr8 74893821 . A G 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00805807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.53;QD=20.0186;RBI=0.0134775;REFB=-0.0257231;REVB=-0.0108033;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104329;STB=0.54281;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.018884;OID=.;OPOS=74893821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:9:9:10:6:9:9:10:7 chr8 74893850 . C G 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0277122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.295;QD=21.5083;RBI=0.0289032;REFB=-0.00903413;REVB=-0.00821151;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.510193;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0179703;OID=.;OPOS=74893850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:8:10:8:6:8:10:8:7 chr8 74893880 . C T 330.41 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.537;QD=50.8319;RBI=0.0136217;REFB=-0.139757;REVB=-0.000494508;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544279;STB=0.529388;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000891657;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:8:16:0:1:8:17:0:1 chr8 74894627 . G A 78.68 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0269596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6729;QD=15.7355;RBI=0.0371182;REFB=-0.0156173;REVB=-0.0255136;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415892;STB=0.765397;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0338008;OID=.;OPOS=74894627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:2:8:3:6:2:8:3:7 chr8 74917084 . A G 1292.68 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0116664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9775;QD=59.4338;RBI=0.0533709;REFB=-0.0438326;REVB=-0.0520802;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114144;STB=0.511902;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00045575;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:44:41:1:0:44:41:2:0 chr8 74922341 . CTTTTTG CTTTTG,CTTTTGT 47.89 PASS AF=0.296296,0.0185185;AO=15,5;DP=55;FAO=16,1;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=11,1;FSAR=5,0;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0333522,-0.121496;FXX=0.0181785;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.21431,84.6445;QD=3.54709;RBI=0.15155,0.122412;REFB=-0.108639,-0.0129853;REVB=0.147835,0.0149415;RO=27;SAF=10,4;SAR=5,1;SRF=5;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.491065,0.638774;STB=0.797132,0.995296;STBP=0.015,0.108;TYPE=del,mnp;VARB=0.181638,0.049775;OID=.,.;OPOS=74922342,74922346;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=CTTTTG,CTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296,0.0185185:15,5:55:16,1:54:37:11,1:5,0:8:29:46:27:10,4:5,1:5:22 chr8 74960935 . G A 158.45 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0123345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.267;QD=17.1299;RBI=0.0123785;REFB=-0.0142519;REVB=0.00104284;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257251;STB=0.596104;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0129158;OID=.;OPOS=74960935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:20:17:17:0.459459:8:9:4:13:8:9:7:13 chr8 75262798 . G C 1391.88 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3327;QD=61.8612;RBI=0.0441482;REFB=0;REVB=0.0397593;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221958;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:50:36:0:0:52:38:0:0 chr8 75274141 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.161;QD=58.5878;RBI=0.0394338;REFB=0;REVB=0.0383613;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188499;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr8 75460784 . T TG 1390.2 PASS AF=1;AO=99;DP=178;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177525;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4464;QD=45.5802;RBI=0.0213389;REFB=0;REVB=-0.0118405;RO=65;SAF=44;SAR=55;SRF=54;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.99892e-05;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:178:122:122:0:52:70:0:0:26:65:44:55:54:11 chr8 75460789 . A AG 1309.84 PASS AF=1;AO=107;DP=118;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746592;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.0197;QD=46.7801;RBI=0.0750921;REFB=0;REVB=0.00805154;RO=10;SAF=47;SAR=60;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00100742;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:118:112:112:0:52:60:0:0:24:10:47:60:7:3 chr8 75614617 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5643;QD=57.1966;RBI=0.0358648;REFB=0;REVB=0.0142507;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038128;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr8 75664694 . CA C 720.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.199;QD=62.686;RBI=0.06552;REFB=0;REVB=0.0514633;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000196542;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:42:46:46:0:28:18:0:0:4:0:26:16:0:0 chr8 75737636 . C T 442.68 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00168573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1181;QD=22.7014;RBI=0.0119459;REFB=-0.0151258;REVB=-0.0118264;RO=34;SAF=23;SAR=20;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215129;STB=0.61057;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00740981;OID=.;OPOS=75737636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:35:43:43:0.551282:20:23:9:25:20:23:10:25 chr8 76452313 . G A 253.09 PASS AF=0.395062;AO=26;DP=75;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0533563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6566;QD=12.4983;RBI=0.0709163;REFB=-0.04061;REVB=0.0467143;RO=49;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296109;STB=0.604516;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0886103;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:49:49:26:32:0.395062:9:17:19:30:14:18:19:30 chr8 76468282 . G A 1153.26 PASS AF=0.557292;AO=107;DP=192;FAO=107;FDP=192;FR=.;FRO=85;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0376572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7682;QD=24.0263;RBI=0.0501481;REFB=-0.0169756;REVB=-0.0331174;RO=80;SAF=54;SAR=53;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725312;STB=0.546295;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0134415;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:80:85:107:107:0.557292:53:54:33:47:53:54:34:51 chr8 76476396 . G A 201.36 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=115;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=0.00752732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5741;QD=6.94328;RBI=0.0882428;REFB=0.00338132;REVB=-0.0879212;RO=85;SAF=6;SAR=24;SRF=26;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174753;STB=0.603698;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0126652;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:85:86:30:30:0.258621:24:6:26:59:24:6:26:60 chr8 76476457 . G A 205.8 PASS AF=0.290323;AO=27;DP=93;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=-0.0284485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.645;QD=8.8518;RBI=0.0355567;REFB=-0.00108368;REVB=0.0213299;RO=66;SAF=6;SAR=21;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104728;STB=0.562652;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00216137;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:66:27:27:0.290323:21:6:19:47:21:6:19:47 chr8 76478768 . C T 1250.36 PASS AF=0.364964;AO=148;DP=410;FAO=150;FDP=411;FR=.;FRO=261;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=112;FSRR=149;FWDB=-0.0129985;FXX=0.0072462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.475;QD=12.1689;RBI=0.0152901;REFB=-0.00748445;REVB=-0.00805147;RO=257;SAF=66;SAR=82;SRF=107;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338039;STB=0.507022;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00946284;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:411:257:261:148:150:0.364964:82:66:107:150:84:66:112:149 chr8 77048522 . A G 135.84 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00215479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0184;QD=17.5282;RBI=0.00215868;REFB=-0.0174034;REVB=0.000129516;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101128;STB=0.55806;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0360207;OID=.;OPOS=77048522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:9:7:5:10:9:7 chr8 77048621 . C A 324.98 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000561671;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.713;QD=16.882;RBI=0.00752036;REFB=-0.00343988;REVB=-0.00749935;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034074;STB=0.518205;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00404731;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:42:35:35:0.454545:17:18:22:18:17:18:23:19 chr8 77690563 . T C 2052.39 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.578;QD=62.1937;RBI=0.008982;REFB=0;REVB=0.00487282;RO=0;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223974;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:70:61:0:0:71:61:0:0 chr8 77745635 . G A 1267.42 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.403;QD=61.0805;RBI=0.0366645;REFB=0;REVB=-0.0160147;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158942;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:39:42:0:0:39:44:0:0 chr8 77764207 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.544;QD=53.911;RBI=0.0421044;REFB=0;REVB=0.0232043;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94509e-05;OID=.;OPOS=77764207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr8 77777564 . A G 241.92 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0324739;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7037;QD=14.2305;RBI=0.0324828;REFB=-0.0026796;REVB=-0.000758569;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187972;STB=0.585713;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00194921;OID=.;OPOS=77777564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:39:40:27:28:0.411765:11:16:16:23:12:16:17:23 chr8 77778999 . CAT C,CA,CAA 781.83 PASS AF=0.94,0.06,0;AO=42,5,3;DP=50;FAO=47,3,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18,3,0;FSAR=29,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156672,-0.0142262,-0.0126564;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=260.729,246.638,234.064;QD=62.5465;RBI=0.039522,0.0246021,0.0139005;REFB=0,0,0;REVB=0.036284,0.0200718,0.00574799;RO=0;SAF=17,3,1;SAR=25,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=2.98888e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00295088,-0.0103829,0;OID=.,.,.;OPOS=77779000,77779001,77779001;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=C,CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.94,0.06,0:42,5,3:50:47,3,0:50:0:18,3,0:29,0,0:0:0:16:0:17,3,1:25,2,2:0:0 chr8 77779044 . AG AA,AGAA,GA 124.81 PASS AF=0.0555556,0.222222,0.666667;AO=4,4,5;DP=19;FAO=1,4,12;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=1,2,3;FSAR=0,2,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00493264,0.0225604,-0.0144445;FXX=0.181736;HRUN=1,8,10;LEN=1,2,2;MLLD=228.728,7.73072,46.3827;QD=27.7353;RBI=0.0083043,0.04115,0.0195108;REFB=-0.0156883,-0.214351,-0.112498;REVB=-0.00668061,-0.0344143,0.0131159;RO=1;SAF=1,1,3;SAR=3,3,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.272709,-0.272709,-0.121807;STB=0.5,0.599516,0.571302;STBP=1,0.533,0.165;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=-0.0140385,0.0710007,0.00833292;OID=.,.,.;OPOS=77779045,77779046,77779044;OREF=G,-,AG;OALT=A,AA,GA;OMAPALT=AA,AGAA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:19:19:18:1:1:4,4,5:1,4,12:0.0555556,0.222222,0.666667:3,3,2:1,1,3:1:0:0,2,9:1,2,3:1:0 chr8 77895865 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.9;QD=57.2004;RBI=0.0371417;REFB=0;REVB=0.0363166;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72302e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr8 77912148 . G A 358.89 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0708661;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8783;QD=17.507;RBI=0.0737814;REFB=0.00779223;REVB=-0.0205352;RO=44;SAF=13;SAR=25;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00127447;STB=0.514381;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0166293;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:44:38:38:0.463415:25:13:15:29:25:13:14:30 chr8 77912230 . G T 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0137016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.635;QD=26.6374;RBI=0.0229975;REFB=0.00693396;REVB=-0.0184703;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074712;STB=0.541615;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00516513;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:3:5:8:8:3:5 chr8 79610710 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.42;QD=60.2233;RBI=0.021329;REFB=0;REVB=0.0211501;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41983e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr8 81905397 . A G 445.11 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.235;QD=57.4338;RBI=0.0697299;REFB=0;REVB=0.00573413;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665737;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:10:21:0:0 chr8 82355621 . A G 465.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4996;QD=58.1279;RBI=0.010173;REFB=0;REVB=0.0078984;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19822e-05;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr8 82357112 . T C 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.301;QD=62.2776;RBI=0.011709;REFB=0;REVB=0.0106016;RO=0;SAF=73;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87508e-06;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:56:73:0:0:56:73:0:0 chr8 82633452 . C G 594.49 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00620136;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.431;QD=56.6178;RBI=0.0307198;REFB=-0.000263222;REVB=0.0300874;RO=2;SAF=25;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360535;STB=0.519221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=3.38824e-05;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:15:25:2:0:15:25:2:0 chr8 85833168 . A G 191.77 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00136283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9656;QD=15.6549;RBI=0.0286281;REFB=-0.00835835;REVB=0.0285957;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362237;STB=0.709459;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0214094;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:15:5:17:12:15:5:17:12 chr8 85833439 . A G 566.35 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00708068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.607;QD=27.2942;RBI=0.0138826;REFB=-0.0395538;REVB=-0.0119411;RO=32;SAF=23;SAR=28;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122737;STB=0.566829;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0186192;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:28:23:20:12:28:23:20:12 chr8 86041488 . T A,TA 30.25 PASS AF=0,0.296296;AO=2,5;DP=27;FAO=0,8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=0,5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0186627,-0.0375731;FXX=0;HRUN=2,6;LEN=1,1;MLLD=21.6747,9.23029;QD=4.48174;RBI=0.0751087,0.100079;REFB=-0.0710352,-0.0757436;REVB=0.0727531,0.0927579;RO=18;SAF=0,3;SAR=2,2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521726,0.115693;STB=0.5,0.607206;STBP=1,0.491;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.10447;OID=.,.;OPOS=86041488,86041489;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:27:27:18:19:2,5:0,8:0,0.296296:2,2:0,3:9:9:0,5:0,3:10:9 chr8 86057894 . GTATT G 119.6 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0106142;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=219.772;QD=13.6688;RBI=0.0117728;REFB=-0.0170061;REVB=0.00509296;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383131;STB=0.542796;STBP=0.681;TYPE=del;VARB=0.0256948;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:35:14:35:21:7:7:9:12:99:18:6:7:9:9 chr8 86126827 . C CAACATT,T 684.72 PASS AF=0.857143,0.0892857;AO=40,8;DP=59;FAO=48,5;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=26,1;FSAR=22,4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.012724,-0.0536386;FXX=0.0508388;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=217.728,57.1304;QD=48.9084;RBI=0.0131634,0.0569587;REFB=-0.0145626,-0.0320134;REVB=0.00337256,0.0191623;RO=3;SAF=22,1;SAR=18,7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0597672,-0.510243;STB=0.527261,0.798796;STBP=0.155,0.078;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00106841,0.0546373;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:59:56:3:3:40,8:48,5:0.857143,0.0892857:18,7:22,1:3:0:22,4:26,1:3:0 chr8 87076520 . C A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00136241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.5;QD=7.52633;RBI=0.0244057;REFB=-0.0120369;REVB=0.0243676;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151847;STB=0.595526;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0334223;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:13:11:3:6:13:11 chr8 87235273 . C T 224.68 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00964217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.908;QD=17.6219;RBI=0.0116262;REFB=-0.00500397;REVB=0.00649592;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421909;STB=0.534854;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00255587;OID=.;OPOS=87235273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:24:24:0.470588:10:14:14:12:10:14:14:13 chr8 87549857 . A G 314.29 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0216312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.219;QD=17.2215;RBI=0.0252394;REFB=-0.0121642;REVB=-0.0130046;RO=38;SAF=7;SAR=27;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372221;STB=0.717551;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0114841;OID=.;OPOS=87549857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:27:7:21:17:27:7:22:17 chr8 87587121 . CAT C 310.94 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.010705;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.568;QD=14.4621;RBI=0.0228701;REFB=-0.00656209;REVB=-0.02021;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835472;STB=0.53747;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.00955272;OID=.;OPOS=87587122;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406977:34:87:35:86:51:17:18:28:23:99:49:16:18:27:22 chr8 87588198 . T C 568.81 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0293683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8865;QD=17.2365;RBI=0.0347423;REFB=0.0300798;REVB=-0.0185616;RO=71;SAF=36;SAR=24;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057244;STB=0.501577;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0393143;OID=.;OPOS=87588198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:72:60:60:0.454545:24:36:43:28:24:36:43:29 chr8 87588248 . T C 263.87 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0053178;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2765;QD=12.7167;RBI=0.0341509;REFB=-0.00462472;REVB=-0.0337343;RO=52;SAF=25;SAR=6;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266526;STB=0.65513;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00962971;OID=.;OPOS=87588248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:52:52:31:31:0.373494:6:25:32:20:6:25:32:20 chr8 87666251 . T G 1008.44 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.767;QD=59.3201;RBI=0.0134349;REFB=0;REVB=0.00990583;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89671e-05;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:45:22:1:0:45:23:0:0 chr8 87679303 . A C 1372.64 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0118205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9435;QD=60.3358;RBI=0.0273258;REFB=-0.0385678;REVB=0.0246369;RO=0;SAF=25;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509802;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00142464;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:0:1:89:90:0.989011:64:25:0:0:65:25:1:0 chr8 88622043 . T G 764.92 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059191;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.768;QD=56.6607;RBI=0.0621967;REFB=0;REVB=0.0619144;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443044;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr8 89081730 . T C 1201.75 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.131262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1863;QD=58.6221;RBI=0.134134;REFB=-0.144233;REVB=-0.027609;RO=0;SAF=18;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00367215;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:82:0:2:80:80:0.97561:62:18:0:0:62:18:0:2 chr8 90965521 . G C 278.36 PASS AF=0.56;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00886364;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.902;QD=22.2689;RBI=0.0597321;REFB=-0.00648863;REVB=-0.0590708;RO=20;SAF=22;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223947;STB=0.611025;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00159097;OID=.;OPOS=90965521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:20:22:28:28:0.56:6:22:11:9:6:22:13:9 chr8 91940446 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0146448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.857;QD=12.9748;RBI=0.0163745;REFB=-0.00628915;REVB=0.0073249;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430768;STB=0.749625;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00885356;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:4:14:4:8:4:14 chr8 92021036 . C T 287.03 PASS AF=0.6;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0253796;FXX=0.13459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.955;QD=25.5136;RBI=0.0258538;REFB=-0.0326011;REVB=-0.0049289;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137803;STB=0.576214;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0280135;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:45:18:18:27:27:0.6:17:10:10:8:17:10:10:8 chr8 92083424 . A G 293.21 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00476318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0344;QD=19.8788;RBI=0.0358424;REFB=-0.00876277;REVB=0.0355245;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188412;STB=0.604762;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00985506;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:17:11:19:12:17:11 chr8 92136728 . C T 258.29 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.003888;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.36;QD=13.5941;RBI=0.017554;REFB=-0.00995651;REVB=-0.0171181;RO=46;SAF=11;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233497;STB=0.633244;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.015001;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:46:30:30:0.394737:19:11:27:19:19:11:27:19 chr8 92407524 . G A 273.63 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0218336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0682;QD=17.6538;RBI=0.0239951;REFB=-0.0218268;REVB=-0.00995284;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144323;STB=0.580593;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.021592;OID=.;OPOS=92407524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:11:21:15:15:11:21 chr8 92409697 . G A 66.76 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0589464;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.99;QD=11.1266;RBI=0.0604093;REFB=-0.0151478;REVB=-0.0132138;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212338;STB=0.62828;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0297541;OID=.;OPOS=92409697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:15:15:9:9:0.375:3:6:7:8:3:6:7:8 chr8 92971404 . GTTTTT GTTT,GTTTT,GTTTTA 470.19 PASS AF=0.097561,0.853659,0.0487805;AO=9,27,2;DP=41;FAO=4,35,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20,2;FSAR=3,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136002,-0.251695,-0.138154;FXX=0.0238039;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=12.7605,15.1584,7.44701;QD=45.872;RBI=0.142852,0.266003,0.159628;REFB=0,0,0;REVB=0.0437033,0.0860641,0.0799664;RO=0;SAF=7,12,2;SAR=2,15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000223113,-0.0397823,0.190436;OID=.,.,.;OPOS=92971405,92971405,92971409;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTT,GTTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.097561,0.853659,0.0487805:9,27,2:41:4,35,2:41:0:1,20,2:3,15,0:0:0:18:0:7,12,2:2,15,0:0:0 chr8 94739345 . A G,T 774.81 PASS AF=0.947368,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=54,2;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29,1;FSAR=25,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00359384,0.000632562;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.294,197.985;QD=54.3723;RBI=0.0428937,0.0288386;REFB=-0.0667855,0.053058;REVB=0.0427428,0.0288317;RO=0;SAF=30,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508471,0.665164;STBP=0.516,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00124864,0.0243122;OID=.,.;OPOS=94739345,94739345;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:1:55,2:54,2:0.947368,0.0350877:25,1:30,1:0:0:25,1:29,1:1:0 chr8 94744813 . C T 499.81 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9658;QD=58.8013;RBI=0.0564594;REFB=0;REVB=-0.0202647;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137518;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr8 94745050 . T C 427.51 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.106;QD=57.0006;RBI=0.0485353;REFB=0;REVB=0.0482548;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197141;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:16:14:0:0 chr8 94745386 . G T 288.94 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.157;QD=52.5337;RBI=0.0391576;REFB=0;REVB=-0.0106639;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000704323;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr8 94752754 . G A 1101.5 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360536;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.318;QD=60.3562;RBI=0.0373981;REFB=0;REVB=0.00993785;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43023e-05;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:71:73:1:40:31:0:0:41:32:0:0 chr8 94794620 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.121;QD=55.6559;RBI=0.0178109;REFB=0;REVB=-0.00206355;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18796e-05;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr8 94808165 . A G 381.36 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0089332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3403;QD=22.433;RBI=0.0168983;REFB=-0.00362001;REVB=-0.014344;RO=27;SAF=22;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464512;STB=0.535303;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00240052;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:30:38:38:0.558824:16:22:14:13:16:22:15:15 chr8 94935937 . T C 347.96 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000257287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3282;QD=51.5497;RBI=0.0589961;REFB=-0.0741475;REVB=0.0589955;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00131316;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr8 94936532 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.757;QD=61.684;RBI=0.00559706;REFB=0;REVB=0.00510984;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24527e-05;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr8 95143172 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00085259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.138;QD=53.2766;RBI=0.0412791;REFB=0;REVB=0.0412703;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269879;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr8 95143186 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.734;QD=53.2756;RBI=0.0295447;REFB=0;REVB=0.00886439;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101378;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr8 95158382 . C T 710.61 PASS AF=0.962963;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0094788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.749;QD=52.6377;RBI=0.0217319;REFB=-0.1178;REVB=0.0195558;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361769;STB=0.519223;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000426159;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:54:2:2:50:52:0.962963:25:25:0:2:25:27:0:2 chr8 95523385 . T C 114.8 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00178575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9618;QD=10.6786;RBI=0.0640293;REFB=-0.00304685;REVB=0.0640044;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204435;STB=0.627274;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00677491;OID=.;OPOS=95523385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:13:14:0.325581:6:7:10:18:6:8:11:18 chr8 95680229 . C T 100.47 PASS AF=0.26;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0533106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3255;QD=8.03743;RBI=0.0537581;REFB=-0.000382162;REVB=-0.00692209;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371521;STB=0.725039;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00354501;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:35:37:13:13:0.26:4:9:13:22:4:9:14:23 chr8 95690579 . T C 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0224925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.946;QD=21.4298;RBI=0.052427;REFB=-0.0107605;REVB=-0.0473569;RO=29;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101322;STB=0.556022;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.007606;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:15:20:13:16:15:20:13:16 chr8 95719387 . A T 147.18 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0273188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9178;QD=17.3157;RBI=0.0347619;REFB=-0.0119996;REVB=-0.0214959;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118788;STB=0.568095;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0219533;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:9:9:10:6:9:9 chr8 95877787 . T C 1050.93 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111396;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.198;QD=60.053;RBI=0.0127647;REFB=0;REVB=0.00623275;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90913e-05;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr8 95888307 . C T 669.73 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4167;QD=62.3001;RBI=0.188155;REFB=0;REVB=-0.187201;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141717;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr8 95918288 . C T 268.0 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309324;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0815;QD=51.0484;RBI=0.0655738;REFB=0;REVB=0.0578197;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000377331;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:5:16:0:0 chr8 95938422 . C A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-3.91986e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.741;QD=56.4875;RBI=0.0101916;REFB=-0.0956836;REVB=0.0101915;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00305985;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr8 95942244 . G A 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2476;QD=58.1284;RBI=0.0525442;REFB=0;REVB=0.0458734;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219268;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084293;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.552;QD=63.583;RBI=0.00987073;REFB=0;REVB=-0.00513597;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.98631e-06;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:47:47:47:0:19:28:0:0:4:0:19:27:0:0 chr8 96053782 . GCT G 633.37 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000485761;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.41;QD=60.3205;RBI=0.0247028;REFB=0;REVB=0.024698;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000476534;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:44:42:42:0:19:23:0:0:4:0:18:21:0:0 chr8 97605800 . C T 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0118231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.416;QD=9.6685;RBI=0.0165485;REFB=-0.0166445;REVB=-0.0115787;RO=44;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872007;STB=0.551465;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0367046;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:13:8:20:24:13:8:20:24 chr8 97614625 . G A 136.94 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0619883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.474;QD=20.2877;RBI=0.0658024;REFB=-0.0518821;REVB=0.0220771;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101714;STB=0.522358;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0450678;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:12:12:13:15:0.555556:6:7:5:7:8:7:5:7 chr8 97614661 . T A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0111253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.173;QD=12.4821;RBI=0.011189;REFB=-0.0110797;REVB=-0.00119252;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386567;STB=0.732892;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00925634;OID=.;OPOS=97614661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:10:2:9:10:10:2:9:10 chr8 97847358 . G T 1379.73 PASS AF=0.952381;AO=98;DP=103;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0293294;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.8071;QD=52.5611;RBI=0.0580416;REFB=-0.0433738;REVB=-0.0500861;RO=5;SAF=53;SAR=45;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240407;STB=0.502406;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00327613;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:105:5:5:98:100:0.952381:45:53:4:1:45:55:3:2 chr8 98289986 . C T 1533.94 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.369;QD=62.6097;RBI=0.0459199;REFB=-0.0460795;REVB=0.0355641;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000789771;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:52:45:0:0:52:45:1:0 chr8 98787994 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2592;QD=55.0983;RBI=0.0528592;REFB=0;REVB=-0.0525489;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000690862;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr8 98827531 . G A 57.09 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00543897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.634;QD=14.2724;RBI=0.00549197;REFB=-0.00314244;REVB=0.000761162;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0103819;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:16:16:8:8:6:6:0.375:4:2:4:4:4:2:4:4 chr8 98827551 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0357235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5266;QD=11.9192;RBI=0.0369668;REFB=0.0117219;REVB=-0.00950654;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419664;STB=0.745189;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0125821;OID=.;OPOS=98827551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:1:8:3:4:1:8 chr8 98943446 . T C,G 673.32 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=40,3;DP=43;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196021,0.00922246;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.521,66.4306;QD=59.8504;RBI=0.0196869,0.0118218;REFB=0,0;REVB=0.00182535,-0.007396;RO=0;SAF=18,3;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.19993e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00450743,0.0617965;OID=.,.;OPOS=98943446,98943446;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:43:45:0:0:40,3:43,2:0.955556,0.0444444:22,0:18,3:0:0:22,0:21,2:0:0 chr8 98954012 . T C 563.61 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6929;QD=57.8061;RBI=0.0284223;REFB=-0.024289;REVB=0.000808137;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000603013;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:20:18:0:0:20:18:1:0 chr8 98991220 . T TA,TG 344.56 PASS AF=0.452381,0.547619;AO=5,7;DP=46;FAO=19,23;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7,7;FSAR=12,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.359162,0.0148252;FXX=0.0232504;HRUN=7,0;LEN=1,1;MLLD=6.62054,88.2507;QD=32.8154;RBI=0.556245,0.0165691;REFB=-0.144099,-0.0217413;REVB=0.424749,-0.00739934;RO=30;SAF=0,1;SAR=5,6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.625961,-0.406709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0383339,0.044248;OID=.,.;OPOS=98991221,98991221;OREF=-,-;OALT=A,G;OMAPALT=TA,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.452381,0.547619:5,7:46:19,23:42:0:7,7:12,16:0:0:99:30:0,1:5,6:13:17 chr8 98991221 . A G 127.98 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.000929538;FXX=0.0217344;HRUN=7;LEN=1;MLLD=91.2696;QD=11.376;RBI=0.00660207;REFB=-6.76253e-05;REVB=0.00653631;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291261;STB=0.52539;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000197879;OID=.;OPOS=98991221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:15:15:0.333333:10:5:9:20:10:5:9:21 chr8 99006736 . C T 169.91 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00106112;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5529;QD=16.5764;RBI=0.022718;REFB=0.00634047;REVB=0.0226932;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198035;STB=0.642708;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00318195;OID=.;OPOS=99006736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:17:19:0.463415:7:10:8:13:7:12:8:14 chr8 99006748 . C T 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0316764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.064;QD=19.9917;RBI=0.0336585;REFB=-0.0172045;REVB=-0.0113796;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259849;STB=0.646454;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0189103;OID=.;OPOS=99006748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:8:14:8:15:8:14:8:15 chr8 99030280 . T C 611.48 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00268051;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.522;QD=28.114;RBI=0.0448787;REFB=-0.0107123;REVB=0.0447986;RO=31;SAF=18;SAR=36;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153035;STB=0.585333;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00637477;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:31:33:54:54:0.62069:36:18:17:14:36:18:18:15 chr8 99039774 . C T 332.98 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00137708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.444;QD=14.02;RBI=0.00979512;REFB=-0.0137581;REVB=-0.00969784;RO=58;SAF=19;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022523;STB=0.512814;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0260961;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:18:19:31:27:18:19:31:27 chr8 99045978 . A C 139.62 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0185602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9725;QD=16.9235;RBI=0.0237002;REFB=0.000511629;REVB=0.0147383;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512395;STB=0.513497;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00723626;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:8:7:7:10:9:7:7:10 chr8 99205612 . C T 704.95 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=132;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0315733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.743;QD=21.2014;RBI=0.0403319;REFB=-0.0161586;REVB=-0.0250956;RO=63;SAF=47;SAR=22;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147619;STB=0.585954;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0066028;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:63:64:69:69:0.518797:22:47:33:30:22:47:33:31 chr8 99207034 . G A 170.06 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0433197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0344;QD=17.0064;RBI=0.0446769;REFB=0.021742;REVB=-0.0109284;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3319;STB=0.701476;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0283327;OID=.;OPOS=99207034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:5:13:8:13:5:13:8:14 chr8 99208190 . A C 171.21 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00865933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.682;QD=15.5643;RBI=0.0236465;REFB=-0.00421126;REVB=0.0220039;RO=23;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316306;STB=0.721673;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00459439;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:25:17:19:0.431818:4:13:11:12:4:15:11:14 chr8 99234772 . T G 414.68 PASS AF=0.625;AO=39;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0324608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.02;QD=25.9172;RBI=0.0471848;REFB=-0.0454111;REVB=0.0342447;RO=24;SAF=15;SAR=24;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708687;STB=0.5;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0394487;OID=.;OPOS=99234772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:24:24:39:40:0.625:24:15:9:15:25:15:9:15 chr8 99441903 . TG T,TT 973.06 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=7,60;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027413,0.0040716;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188,202.003;QD=58.0932;RBI=0.00349558,0.00438393;REFB=0,0;REVB=-0.00216896,0.00162509;RO=0;SAF=1,31;SAR=6,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.73709e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0625776,0.000843443;OID=.,.;OPOS=99441904,99441904;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:7,60:67:1,66:67:0:0,32:1,34:0:0:4:0:1,31:6,29:0:0 chr8 100133706 . T G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.548;QD=60.608;RBI=0.0297348;REFB=0;REVB=0.0142408;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156226;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr8 100865836 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0101644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.985;QD=12.6376;RBI=0.0161625;REFB=-0.00790029;REVB=-0.0125663;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235942;STB=0.639588;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0118459;OID=.;OPOS=100865836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:10:11:4:9:10:11 chr8 100899793 . G A 93.77 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0470707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.869;QD=10.1376;RBI=0.0511113;REFB=-0.0133639;REVB=0.0199178;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199825;STB=0.645893;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.024159;OID=.;OPOS=100899793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:22:25:12:12:0.324324:9:3:9:13:9:3:11:14 chr8 100975002 . A G 211.62 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00574851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.1218;QD=42.3235;RBI=0.0661463;REFB=-0.190389;REVB=0.0658961;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655734;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00530385;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:20:20:2:1:18:19:0.95:13:5:0:2:14:5:0:1 chr8 101153024 . G A 1026.69 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.567;QD=59.5185;RBI=0.0201168;REFB=0;REVB=-0.00960996;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61903e-06;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr8 101252680 . T C,G 763.93 PASS AF=0.877193,0.105263;AO=45,5;DP=51;FAO=50,6;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=20,1;FSAR=30,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104125,-0.0191847;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.676,175.092;QD=53.6089;RBI=0.0350857,0.0292791;REFB=-0.146536,-0.0971991;REVB=0.033505,0.0221181;RO=0;SAF=20,1;SAR=25,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.09779e-08,0;STB=0.508193,0.54531;STBP=0.529,0.659;TYPE=snp,snp;VARB=0.00245821,0.0294727;OID=.,.;OPOS=101252680,101252680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:51:57:0:1:45,5:50,6:0.877193,0.105263:25,4:20,1:0:0:30,5:20,1:0:1 chr8 101253184 . G A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.003254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.46;QD=55.0448;RBI=0.00519645;REFB=-0.0407292;REVB=0.00405148;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000158981;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:1:0:30:25:1:0 chr8 101608919 . T C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0530361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5731;QD=17.3197;RBI=0.0543481;REFB=0.0172451;REVB=0.0118696;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186679;STB=0.617508;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0246271;OID=.;OPOS=101608919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:8:8:5:12:8:8:5:13 chr8 101648164 . C G 306.9 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0468438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3111;QD=18.0532;RBI=0.0508087;REFB=-0.0101226;REVB=0.019677;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331034;STB=0.518507;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0114246;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:13:20:20:15:13:20:20:15 chr8 101721692 . G A 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0332942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.481;QD=1.45436;RBI=0.0333059;REFB=-0.00244268;REVB=-0.000883332;RO=78;SAF=2;SAR=6;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225894;STB=0.67877;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.042169;OID=.;OPOS=101721692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:78:79:8:8:0.091954:6:2:34:44:6:2:34:45 chr8 101721705 . G T 41.41 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.015871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.763;QD=1.69004;RBI=0.0298971;REFB=0.000279114;REVB=0.0253367;RO=87;SAF=3;SAR=7;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19497;STB=0.645621;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.000849895;OID=.;OPOS=101721705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:87:88:10:10:0.102041:7:3:40:47:7:3:40:48 chr8 101721709 . T A 39.64 PASS AF=0.103093;AO=9;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0126618;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.714;QD=1.63466;RBI=0.0229986;REFB=-0.00180369;REVB=-0.0191993;RO=85;SAF=3;SAR=6;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10935;STB=0.630497;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0500661;OID=.;OPOS=101721709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:97:97:85:87:9:10:0.103093:6:3:36:49:7:3:38:49 chr8 101721727 . G A 72.02 PASS AF=0.130081;AO=16;DP=122;FAO=16;FDP=123;FR=.;FRO=107;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.00255308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.793;QD=2.34196;RBI=0.0112083;REFB=-0.00769168;REVB=-0.0109137;RO=106;SAF=4;SAR=12;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236246;STB=0.664938;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0355178;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:122:123:106:107:16:16:0.130081:12:4:45:61:12:4:45:62 chr8 101721756 . A C 86.13 PASS AF=0.130137;AO=19;DP=145;FAO=19;FDP=146;FR=.;FRO=127;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=-0.0217727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.354;QD=2.35966;RBI=0.0283841;REFB=-0.00488128;REVB=-0.0182101;RO=126;SAF=4;SAR=15;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350677;STB=0.745068;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0301016;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:145:146:126:127:19:19:0.130137:15:4:60:66:15:4:60:67 chr8 101721812 . G A 116.71 PASS AF=0.135417;AO=26;DP=192;FAO=26;FDP=192;FR=.;FRO=166;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=86;FSRR=80;FWDB=-0.00968269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.141;QD=2.43138;RBI=0.0610121;REFB=-0.00615402;REVB=0.0602389;RO=165;SAF=10;SAR=16;SRF=85;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165325;STB=0.615296;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0409509;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:165:166:26:26:0.135417:16:10:85:80:16:10:86:80 chr8 101721817 . T C 99.68 PASS AF=0.12;AO=25;DP=201;FAO=24;FDP=200;FR=.;FRO=176;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=89;FSRR=87;FWDB=0.0199174;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.565;QD=1.99353;RBI=0.0306729;REFB=0.00657444;REVB=-0.0233265;RO=174;SAF=10;SAR=15;SRF=87;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125872;STB=0.578399;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0572132;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:174:176:25:24:0.12:15:10:87:87:14:10:89:87 chr8 101721839 . C A 104.97 PASS AF=0.12973;AO=24;DP=187;FAO=24;FDP=185;FR=.;FRO=161;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=86;FSRR=75;FWDB=-0.0123469;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.263;QD=2.26957;RBI=0.0151562;REFB=-0.00180043;REVB=-0.00879001;RO=161;SAF=10;SAR=14;SRF=85;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139478;STB=0.601528;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.010579;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:161:161:24:24:0.12973:14:10:85:76:14:10:86:75 chr8 101721870 . G A 83.7 PASS AF=0.121212;AO=20;DP=165;FAO=20;FDP=165;FR=.;FRO=145;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=64;FWDB=-0.010481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.793;QD=2.02911;RBI=0.0147985;REFB=-0.00191086;REVB=-0.0104472;RO=140;SAF=6;SAR=14;SRF=76;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300514;STB=0.722203;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0139769;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:165:165:140:145:20:20:0.121212:14:6:76:64:14:6:81:64 chr8 101970394 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.786;QD=57.6769;RBI=0.0294367;REFB=0;REVB=0.0288385;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017133;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr8 102150411 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0226757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.016;QD=14.3999;RBI=0.0242022;REFB=-0.00506161;REVB=-0.0084593;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243239;STB=0.513857;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00674455;OID=.;OPOS=102150411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:16:9:13:21:16:9:13:21 chr8 102209357 . A T 711.01 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.062;QD=52.6677;RBI=0.0360745;REFB=-0.0498087;REVB=-0.0337612;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335597;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:26:26:0:1:26:26:1:1 chr8 102504974 . C G 239.5 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.282;QD=50.4203;RBI=0.0557385;REFB=0;REVB=0.0150854;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182158;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr8 102656413 . A G 482.78 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.014686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.945;QD=18.5685;RBI=0.0244612;REFB=-0.00337519;REVB=0.019562;RO=52;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437651;STB=0.528262;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00503328;OID=.;OPOS=102656413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:53:51:51:0.490385:29:22:20:32:29:22:20:33 chr8 103218144 . ATTGCTATTATAAATAAGCTT A 49.1 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00280215;FXX=0.11534;HRUN=2;LEN=20;MLLD=539.081;QD=8.53915;RBI=0.0167562;REFB=0.000955895;REVB=0.0165203;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.529339;STBP=0.852;TYPE=del;VARB=-0.00182855;OID=.;OPOS=103218145;OREF=TTGCTATTATAAATAAGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:25:8:23:15:5:3:10:5:49:13:5:3:9:4 chr8 103250839 . C CG 384.18 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00651056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6252;QD=17.2663;RBI=0.0637712;REFB=-0.049611;REVB=0.063438;RO=40;SAF=12;SAR=39;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689361;STB=0.539553;STBP=0.454;TYPE=ins;VARB=0.036298;OID=.;OPOS=103250840;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.58427:51:92:52:89:37:13:39:12:25:99:40:12:39:12:28 chr8 103250930 . C T 385.92 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0213173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1375;QD=20.8604;RBI=0.0481303;REFB=-0.0251991;REVB=0.043152;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747723;STB=0.541327;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0432683;OID=.;OPOS=103250930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:19:20:21:14:19:20:21:14 chr8 103306033 . T C 506.06 PASS AF=0.666667;AO=45;DP=68;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00583112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.873;QD=29.3369;RBI=0.00629984;REFB=0.0188804;REVB=-0.00238454;RO=23;SAF=25;SAR=20;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614125;STB=0.529703;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00698173;OID=.;OPOS=103306033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:23:23:45:46:0.666667:20:25:15:8:20:26:15:8 chr8 103572992 . C G 116.16 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=6.60298e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.573;QD=20.2015;RBI=0.0253484;REFB=-0.0105131;REVB=0.0253483;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288978;STB=0.661851;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00941287;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:1:9:7:6:1:9 chr8 103663814 . G A 52.11 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0229295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9039;QD=8.33724;RBI=0.0553059;REFB=-0.0177359;REVB=0.0503287;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275096;STB=0.585139;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0517414;OID=.;OPOS=103663814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:24:25:16:17:7:8:0.32:1:6:11:5:2:6:11:6 chr8 104081226 . A G 680.51 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015561;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.879;QD=60.4899;RBI=0.0248049;REFB=-0.0872629;REVB=0.0193168;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000156402;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr8 104082307 . C T 189.44 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0354885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.99;QD=10.1033;RBI=0.0356511;REFB=-0.0281054;REVB=0.00340093;RO=50;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241751;STB=0.621261;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0584958;OID=.;OPOS=104082307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:50:50:24:25:0.333333:8:16:23:27:9:16:23:27 chr8 104312341 . A G 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0300794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.814;QD=54.6515;RBI=0.0306021;REFB=-0.0672446;REVB=0.00563205;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000267218;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr8 104337096 . A G 1147.69 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.808;QD=60.4047;RBI=0.0329717;REFB=0;REVB=-0.00245861;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8548e-05;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:27:48:0:0:27:49:0:0 chr8 104337367 . A C 375.65 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5162;QD=55.6523;RBI=0.0222726;REFB=0;REVB=0.0164409;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341171;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:20:7:0:0 chr8 104343686 . G A 1139.32 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0466853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6914;QD=59.1853;RBI=0.0467761;REFB=-0.101225;REVB=-0.00291235;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000406631;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:37:39:0:0:37:39:0:1 chr8 104343822 . A G 537.79 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.844;QD=59.7543;RBI=0.0608971;REFB=0;REVB=-0.0219446;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462379;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:28:6:0:0:30:6:0:0 chr8 104394744 . T C 2637.83 PASS AF=0.983051;AO=171;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0257322;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2557;QD=59.6121;RBI=0.0715133;REFB=-0.167695;REVB=0.0667234;RO=1;SAF=72;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478369;STB=0.501595;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00222928;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:177:177:1:3:171:174:0.983051:99:72:0:1:100:74:1:2 chr8 104934028 . G A 393.61 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00591794;FXX=0.046292;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.604;QD=15.2856;RBI=0.00761978;REFB=-0.0101433;REVB=0.00479991;RO=53;SAF=16;SAR=28;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109989;STB=0.551207;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0174938;OID=.;OPOS=104934028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:53:58:44:45:0.436893:28:16:25:28:28:17:27:31 chr8 105105846 . C T 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0213956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.953;QD=15.4095;RBI=0.0220871;REFB=-0.01056;REVB=-0.00548319;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785801;STB=0.544272;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0133166;OID=.;OPOS=105105846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:18:9:9:25:18:9:9:25 chr8 105106882 . T G 143.56 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0021656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.528;QD=18.5238;RBI=0.00728872;REFB=-0.0638298;REVB=-0.00695957;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139442;STB=0.594486;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00838808;OID=.;OPOS=105106882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:15:16:0.516129:10:5:3:12:10:6:3:12 chr8 105261725 . G A 329.71 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0384723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0006;QD=20.9337;RBI=0.0601666;REFB=0.0303753;REVB=-0.0462591;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231531;STB=0.512813;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0243947;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:15:19:17:12:15:19:17:12 chr8 105263979 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.863;QD=59.8394;RBI=0.0347076;REFB=0;REVB=0.0172547;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20182e-05;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr8 105392021 . A G 770.24 PASS AF=0.460227;AO=81;DP=174;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.00702361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.719;QD=17.5054;RBI=0.0300772;REFB=0.00640269;REVB=-0.0292457;RO=93;SAF=24;SAR=57;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165511;STB=0.587606;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0079023;OID=.;OPOS=105392021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:93:95:81:81:0.460227:57:24:42:51:57:24:42:53 chr8 105459614 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00333271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.001;QD=15.6455;RBI=0.00339875;REFB=-0.010613;REVB=0.000666727;RO=29;SAF=17;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108986;STB=0.562588;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.011585;OID=.;OPOS=105459614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:5:17:20:9:5:17:20:9 chr8 106815994 . GGTTAT G 97.83 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00905095;FXX=0.132333;HRUN=2;LEN=5;MLLD=262.308;QD=6.63272;RBI=0.024731;REFB=-0.00916488;REVB=0.0230152;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684067;STB=0.585019;STBP=0.395;TYPE=del;VARB=0.0228572;OID=.;OPOS=106815995;OREF=GTTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322034:18:64:19:59:40:9:10:24:16:97:32:9:9:18:14 chr8 107710044 . T A 450.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0703739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5258;QD=18.039;RBI=0.071292;REFB=-0.0151708;REVB=-0.0114049;RO=53;SAF=17;SAR=29;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272225;STB=0.521669;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0178191;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:53:54:46:46:0.46:29:17:21:32:29:17:22:32 chr8 107754473 . G A 346.05 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0092636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1262;QD=19.4957;RBI=0.0247161;REFB=-0.00303693;REVB=-0.0229144;RO=32;SAF=24;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391836;STB=0.550991;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00215792;OID=.;OPOS=107754473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:35:36:36:0.507042:12:24:20:12:12:24:20:15 chr8 107764454 . GT G 602.01 PASS AF=1;AO=6;DP=11;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422874;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.63;QD=54.7285;RBI=0.128454;REFB=0;REVB=0.121294;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00100003;OID=.;OPOS=107764455;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:11:44:44:0:18:26:0:0:4:4:3:3:3:1 chr8 107782335 . G A 207.95 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.010653;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3558;QD=16.9752;RBI=0.0304888;REFB=-0.0228658;REVB=0.0285672;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110302;STB=0.527318;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0115099;OID=.;OPOS=107782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:28:22:21:0.428571:11:11:10:16:11:10:12:16 chr8 107782395 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0670172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1301;QD=10.1414;RBI=0.100826;REFB=-0.0249844;REVB=0.0753303;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193011;STB=0.511609;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0568372;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:10:15:7:5:10:15 chr8 108970367 . A G 455.13 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00773187;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.109;QD=16.4012;RBI=0.00839202;REFB=-0.00330815;REVB=-0.00326255;RO=62;SAF=25;SAR=25;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479281;STB=0.513508;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00373556;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:62:61:50:50:0.45045:25:25:28:34:25:25:29:32 chr8 109455863 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00991448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.029;QD=10.0753;RBI=0.0161045;REFB=-0.0298086;REVB=0.0126909;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0441587;OID=.;OPOS=109455863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:8:6:3:5:8:6 chr8 110255492 . CAAAAAAT CAAAA,CAAAAA,CAAAAAT 132.53 PASS AF=0.208333,0.458333,0.125;AO=5,8,4;DP=30;FAO=5,11,3;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=1,3,2;FSAR=4,8,1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00756113,-0.00164493,0.0339405;FXX=0.142806;HRUN=6,6,6;LEN=3,2,1;MLLD=24.9219,20.5048,12.3444;QD=22.0882;RBI=0.0437695,0.0533033,0.108015;REFB=-0.0108073,-0.00978427,-0.0261998;REVB=0.0431115,0.0532779,0.102544;RO=6;SAF=1,2,3;SAR=4,6,1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.158244,-0.0771948,0.388047;STB=0.5,0.52936,0.767674;STBP=1,0.796,0.376;TYPE=del,del,del;VARB=0.0682234,0.0402241,0.0995948;OID=.,.,.;OPOS=110255497,110255498,110255493;OREF=AAT,AT,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=CAAAA,CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.208333,0.458333,0.125:5,8,4:30:5,11,3:24:5:1,3,2:4,8,1:1:4:26:6:1,2,3:4,6,1:2:4 chr8 110657514 . G A 635.89 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305787;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.442;QD=62.0377;RBI=0.0393906;REFB=0;REVB=0.0248306;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140913;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:30:10:0:0:30:11:0:0 chr8 111946844 . G C 508.26 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0318018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2074;QD=56.4734;RBI=0.0712065;REFB=-0.0442876;REVB=-0.0637103;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-6.12966e-05;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:14:21:0:0:14:21:0:1 chr8 113241088 . T G 753.85 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.946;QD=61.5389;RBI=0.0218554;REFB=-0.146325;REVB=0.00471264;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-6.2829e-05;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:21:27:1:0:21:27:1:0 chr8 113364696 . A G 117.34 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0645045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6754;QD=21.3348;RBI=0.084972;REFB=-0.0640211;REVB=0.0553119;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972524;STB=0.555466;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0522975;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:6:3:3:10:6:3 chr8 113516208 . TG T,TA 560.32 PASS AF=0.710526,0.289474;AO=12,22;DP=38;FAO=27,11;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12,4;FSAR=15,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208382,-0.0201721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.34,164.999;QD=58.9808;RBI=0.026134,0.02027;REFB=0,0;REVB=0.0157719,0.00198978;RO=0;SAF=6,10;SAR=6,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0005288,0.00865053;OID=.,.;OPOS=113516209,113516209;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.710526,0.289474:12,22:38:27,11:38:0:12,4:15,7:0:0:22:0:6,10:6,12:0:0 chr8 114186003 . T C 1463.27 PASS AF=0.99;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00288081;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.361;QD=58.5306;RBI=0.00996961;REFB=-0.215594;REVB=0.00954433;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000905668;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:100:0:1:96:99:0.99:46:50:0:0:49:50:0:1 chr8 116423424 . T C 737.61 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263243;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.92;QD=61.4673;RBI=0.0264627;REFB=-0.017753;REVB=0.00270308;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000744368;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:23:24:1:0:23:24:1:0 chr8 116423490 . A T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.157;QD=64.1539;RBI=0.0312413;REFB=0;REVB=0.0212664;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130962;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr8 116424270 . A AAC,AC,C 356.0 PASS AF=0,1,0;AO=4,15,10;DP=30;FAO=0,26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0;FSAR=0,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410981,-0.0398828,-0.0610593;FXX=0.0370233;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=227.758,232.127,227.729;QD=54.7691;RBI=0.0149438,0.0424163,0.0627101;REFB=0,0,0;REVB=-0.0143676,-0.0144397,-0.0142937;RO=1;SAF=2,7,8;SAR=2,8,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.166656,0.0536101,0.176689;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.000265033,7.62748e-05,-0.0194788;OID=.,.,.;OPOS=116424271,116424271,116424270;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:30:26:1:0:4,15,10:0,26,0:0,1,0:2,8,2:2,7,8:0:1:0,10,0:0,16,0:0:0 chr8 116635872 . T TA 926.83 PASS AF=1;AO=78;DP=89;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801315;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.333;QD=43.6156;RBI=0.0180498;REFB=0;REVB=-0.0161736;RO=7;SAF=25;SAR=53;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000231584;OID=.;OPOS=116635873;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:89:85:85:0:28:57:0:0:18:7:25:53:2:5 chr8 117035009 . C T 322.23 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0290772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.382;QD=16.5245;RBI=0.0293533;REFB=-0.0357081;REVB=-0.00401652;RO=43;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300196;STB=0.668509;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.031055;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:12:23:15:28:12:23:15:28 chr8 117791733 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.5;QD=55.6551;RBI=0.0416977;REFB=0;REVB=0.0361074;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399066;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr8 117858389 . G A 655.81 PASS AF=0.583333;AO=62;DP=108;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00393317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.381;QD=24.2893;RBI=0.0100374;REFB=-0.0217863;REVB=0.00923465;RO=44;SAF=30;SAR=32;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919999;STB=0.541247;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0138847;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:45:62:63:0.583333:32:30:16:28:33:30:17:28 chr8 118184783 . C T 383.65 PASS AF=0.558824;AO=36;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0255318;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.176;QD=22.5674;RBI=0.0403036;REFB=-0.0112272;REVB=0.0311851;RO=29;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261322;STB=0.520494;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00999904;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:36:38:0.558824:15:21:16:13:16:22:16:14 chr8 118184784 . G A 264.81 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0782928;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.093;QD=15.3514;RBI=0.0783081;REFB=-0.011994;REVB=-0.00154485;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135327;STB=0.51615;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00999545;OID=.;OPOS=118184784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:29:30:0.434783:13:16:21:18:13:17:21:18 chr8 118819578 . C T 316.75 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0225662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.701;QD=20.4354;RBI=0.0241123;REFB=-0.0170841;REVB=0.00849507;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509675;STB=0.535693;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0149879;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:32:33:0.532258:18:14:11:18:18:15:11:18 chr8 119206468 . G A 173.05 PASS AF=0.62963;AO=8;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0622093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.967;QD=25.6377;RBI=0.0646047;REFB=-0.0473778;REVB=-0.0174292;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260045;STB=0.510904;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0293664;OID=.;OPOS=119206468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:27:5:10:8:17:0.62963:6:2:0:5:8:9:5:5 chr8 119207140 . A G 611.91 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.026992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.351;QD=21.2837;RBI=0.0335279;REFB=0.001043;REVB=0.0198886;RO=53;SAF=35;SAR=26;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229298;STB=0.508718;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000724867;OID=.;OPOS=119207140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:54:61:61:0.530435:26:35:29:24:26:35:30:24 chr8 119209213 . G A 493.62 PASS AF=0.514563;AO=50;DP=102;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0186124;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.978;QD=19.1696;RBI=0.0196396;REFB=-0.0154523;REVB=0.00626841;RO=50;SAF=26;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036129;STB=0.51428;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0198238;OID=.;OPOS=119209213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:50:50:50:53:0.514563:24:26:24:26:26:27:24:26 chr8 119391791 . T C 335.44 PASS AF=0.386139;AO=38;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.0149267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1451;QD=13.2846;RBI=0.0560593;REFB=-0.00526744;REVB=0.0540355;RO=62;SAF=24;SAR=14;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351097;STB=0.530164;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00942091;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:38:39:0.386139:14:24:41:21:15:24:41:21 chr8 119964052 . G C 3266.23 PASS AF=0.990654;AO=211;DP=215;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=110;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0160652;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.152;QD=61.051;RBI=0.0222608;REFB=0.00751064;REVB=0.0154095;RO=1;SAF=109;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464768;STB=0.500177;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000836216;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:215:214:1:2:211:212:0.990654:102:109:0:1:102:110:1:1 chr8 120594802 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.754;QD=59.1431;RBI=0.0109956;REFB=0;REVB=0.00313566;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91218e-06;OID=.;OPOS=120594802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:36:31:0:0 chr8 120596023 . A G 709.05 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.898;QD=63.0269;RBI=0.0224674;REFB=0;REVB=0.018022;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20519e-05;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:20:25:0:0 chr8 120903471 . C A,CA 836.46 PASS AF=0,1;AO=3,54;DP=61;FAO=0,59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341293,0.0285008;FXX=0.0166639;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=82.9241,188.426;QD=56.7092;RBI=0.0163017,0.0473513;REFB=0,0;REVB=0.0159404,0.0378134;RO=1;SAF=0,29;SAR=3,25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0159744;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00262414;OID=.,.;OPOS=120903471,120903472;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:61:59:1:0:3,54:0,59:0,1:3,25:0,29:1:0:0,29:0,30:0:0 chr8 121013770 . A G 218.96 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.018318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.316;QD=23.6715;RBI=0.020474;REFB=-0.0122059;REVB=-0.00914534;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713466;STB=0.510299;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0129092;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:10:11:8:7:10:11:8:8 chr8 121061879 . G A 643.73 PASS AF=0.496183;AO=63;DP=130;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0578845;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.208;QD=19.6559;RBI=0.0595118;REFB=-0.0158036;REVB=0.0138216;RO=64;SAF=29;SAR=34;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644208;STB=0.542048;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0177698;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:64:66:63:65:0.496183:34:29:25:39:34:31:26:40 chr8 121210069 . T C 171.24 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0216156;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2671;QD=16.7058;RBI=0.0310955;REFB=-0.00435383;REVB=-0.0223539;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231808;STB=0.633182;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00949933;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:6:12:10:13:6:12:10:13 chr8 121215991 . T C 580.93 PASS AF=0.536364;AO=58;DP=109;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0219121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.831;QD=21.1249;RBI=0.0226359;REFB=-0.0125048;REVB=-0.00567864;RO=51;SAF=22;SAR=36;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029088;STB=0.510635;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0131739;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:51:51:58:59:0.536364:36:22:21:30:36:23:21:30 chr8 121228679 . A C 712.86 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0285742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9129;QD=19.0095;RBI=0.0667863;REFB=-0.00347872;REVB=0.0603649;RO=79;SAF=36;SAR=35;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608477;STB=0.533674;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00446797;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:79:71:71:0.473333:35:36:35:44:35:36:35:44 chr8 121256150 . T C 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0515769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0325;QD=15.6214;RBI=0.141024;REFB=0.0150751;REVB=-0.131254;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30565;STB=0.67274;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0271634;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:22:5:9:10:22:5 chr8 121259861 . CG CA,C 855.85 PASS AF=0.48,0.52;AO=44,19;DP=103;FAO=48,52;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=24,33;FSAR=24,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335296,-0.266767;FXX=0.0291234;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=148.05,10.1404;QD=34.2338;RBI=0.0335439,0.273044;REFB=-0.0644725,-0.179201;REVB=-0.000977768,-0.0582101;RO=6;SAF=21,9;SAR=23,10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0.450091;SSEP=0,0;SSSB=0.0324159,0.0616588;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0572022,-0.21206;OID=.,.;OPOS=121259862,121259862;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.48,0.52:44,19:103:48,52:100:0:24,33:24,19:0:0:99:6:21,9:23,10:2:4 chr8 121383048 . T C 654.45 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7157;QD=60.8794;RBI=0.118444;REFB=0;REVB=-0.0432317;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164355;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:35:43:1:26:9:0:0:29:14:0:0 chr8 121530190 . A G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.467;QD=63.867;RBI=0.0375604;REFB=0;REVB=0.00592793;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31514e-05;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr8 124027562 . C T 248.89 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0346574;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.992;QD=13.6377;RBI=0.0348294;REFB=-0.017031;REVB=-0.00345707;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991298;STB=0.53771;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0275571;OID=.;OPOS=124027562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:43:44:28:29:0.39726:13:15:19:24:14:15:20:24 chr8 124027628 . T C 733.79 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2849;QD=61.149;RBI=0.0371095;REFB=0.0943194;REVB=0.0301928;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0012362;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:0:1 chr8 124138855 . G A 142.39 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00359859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.444;QD=16.7522;RBI=0.0191957;REFB=-0.000809124;REVB=0.0188554;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292343;STB=0.634442;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00295575;OID=.;OPOS=124138855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:11:4:10:8:11:5:10:8 chr8 124138891 . G A 133.29 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00510382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.284;QD=15.6808;RBI=0.0071981;REFB=0.00492941;REVB=-0.00507579;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271683;STB=0.657897;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0143481;OID=.;OPOS=124138891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:10:9:11:4:10:9 chr8 124140634 . T C 327.25 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00983042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.609;QD=20.4532;RBI=0.0131094;REFB=-0.0104303;REVB=-0.00867288;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143281;STB=0.515616;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00999928;OID=.;OPOS=124140634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:17:17:14:15:17:17:14:16 chr8 124142489 . T C 114.29 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00577727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.082;QD=8.46555;RBI=0.0154465;REFB=-0.0102752;REVB=0.0143254;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184453;STB=0.563824;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0247955;OID=.;OPOS=124142489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:39:15:15:0.277778:9:6:18:14:9:6:19:20 chr8 124169554 . G A 330.66 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.00614412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.406;QD=16.957;RBI=0.0202843;REFB=-0.00936021;REVB=-0.0193314;RO=41;SAF=22;SAR=13;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110122;STB=0.559968;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00930364;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:35:36:0.461538:13:22:30:11:14:22:30:12 chr8 124440174 . A G 86.27 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0140763;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.983;QD=20.2976;RBI=0.0558142;REFB=-0.00808459;REVB=-0.05401;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066985;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00593146;OID=.;OPOS=124440174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:17:6:7:10:10:0.588235:6:4:3:3:6:4:3:4 chr8 124448736 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0343697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.752;QD=26.3988;RBI=0.0351916;REFB=0.00695582;REVB=-0.00756104;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289752;STB=0.516111;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00380398;OID=.;OPOS=124448736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:10:8:4:6:10:8:4:6 chr8 124448804 . T A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0376912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.092;QD=11.2556;RBI=0.0378336;REFB=-0.00531963;REVB=-0.0032799;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126983;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0114145;OID=.;OPOS=124448804;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:6:6:3:5:6:6 chr8 124449466 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0233075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.687;QD=10.034;RBI=0.0631514;REFB=-0.0259325;REVB=0.058693;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404236;STB=0.732751;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0458506;OID=.;OPOS=124449466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:7:0:1:4:7:0 chr8 124453543 . T A 187.57 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00417228;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=37.4831;QD=18.299;RBI=0.0390297;REFB=-0.0339369;REVB=0.0388061;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544063;STB=0.517224;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0364677;OID=.;OPOS=124453543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:21:20:20:0.487805:13:7:7:10:13:7:8:13 chr8 124525483 . C T 479.46 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0220616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4344;QD=18.2651;RBI=0.0495881;REFB=-0.00718724;REVB=0.0444102;RO=54;SAF=25;SAR=25;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208862;STB=0.609715;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00845948;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:54:54:50:51:0.485714:25:25:15:39:26:25:15:39 chr8 124594546 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0651411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.409;QD=22.5854;RBI=0.070215;REFB=0.00729016;REVB=0.0262065;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159979;STB=0.509075;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00403361;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:9:2:1:5:9:2:1:5 chr8 124658203 . T C 289.69 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0544546;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5981;QD=25.1907;RBI=0.0930836;REFB=0.0144163;REVB=-0.0754934;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749087;STB=0.532847;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0145324;OID=.;OPOS=124658203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:20:26:26:0.565217:15:11:7:14:15:11:7:13 chr8 124663895 . G A 294.47 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0112267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.196;QD=17.5802;RBI=0.0112578;REFB=-0.0074246;REVB=0.000835743;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020802;STB=0.517231;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00784841;OID=.;OPOS=124663895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:21:11:11:23:21:11:11:24 chr8 124663987 . C G 112.25 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0348289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.595;QD=16.6295;RBI=0.0352029;REFB=-0.013379;REVB=-0.00511795;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115263;STB=0.555464;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00800961;OID=.;OPOS=124663987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:11:2:3:10:11:2:3:11 chr8 124749610 . C T 800.34 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6424;QD=64.0274;RBI=0.0442746;REFB=0;REVB=0.0218118;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60294e-05;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:31:19:0:0 chr8 124824826 . G A 1194.01 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.782;QD=59.7003;RBI=0.0253167;REFB=-0.03989;REVB=0.0117736;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133333;STB=0.50704;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000120297;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:0:1:35:44:0:1 chr8 124987478 . T C 284.9 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.00682287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.93;QD=13.0986;RBI=0.00885414;REFB=-0.0137178;REVB=-0.00564307;RO=54;SAF=11;SAR=22;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046108;STB=0.5263;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0322177;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:22:11:16:38:22:11:16:38 chr8 125035788 . G C 379.8 PASS AF=0.966667;AO=14;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.177;QD=50.6404;RBI=0.0986486;REFB=-0.0458925;REVB=0.0971211;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.003495;OID=.;OPOS=125035788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:14:29:0.966667:4:10:0:0:18:11:0:1 chr8 125061895 . G A 2686.01 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.952;QD=62.1043;RBI=0.0401661;REFB=0;REVB=-0.00663734;RO=0;SAF=90;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84682e-05;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:162:173:0:0:160:173:1:70:90:0:0:74:99:0:0 chr8 125072426 . T C 569.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.983;QD=59.987;RBI=0.0750619;REFB=0;REVB=0.0692819;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239283;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:18:17:0:0:19:19:0:0 chr8 125076589 . T G 1446.81 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0820129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5301;QD=59.6624;RBI=0.0878532;REFB=-0.0539362;REVB=0.0314972;RO=3;SAF=49;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011028;STB=0.505819;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00159932;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:97:97:3:3:94:94:0.969072:45:49:1:2:45:49:1:2 chr8 125107201 . G A 275.15 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00717038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.465;QD=10.8971;RBI=0.011137;REFB=0.00174697;REVB=0.0085217;RO=67;SAF=10;SAR=24;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207884;STB=0.621138;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00309799;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:67:34:34:0.336634:24:10:31:36:24:10:31:36 chr8 125107207 . C T 272.71 PASS AF=0.343434;AO=31;DP=97;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00389548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.462;QD=11.0187;RBI=0.0115544;REFB=-0.00463187;REVB=-0.010878;RO=61;SAF=10;SAR=21;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201799;STB=0.629077;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0180104;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:61:65:31:34:0.343434:21:10:30:31:24:10:31:34 chr8 125272972 . T A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0298216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.614;QD=14.1702;RBI=0.0302268;REFB=0.00851486;REVB=0.0049328;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467985;STB=0.770697;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00289201;OID=.;OPOS=125272972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:10:2:7:3:10:2 chr8 125323850 . C A 141.87 PASS AF=0.327586;AO=20;DP=57;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00817922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.522;QD=9.78442;RBI=0.00826882;REFB=0.000991885;REVB=-0.001214;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232343;STB=0.564902;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00202618;OID=.;OPOS=125323850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:39:20:19:0.327586:6:14:18:18:7:12:21:18 chr8 125463250 . T C 371.78 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0166221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.981;QD=17.4958;RBI=0.0190282;REFB=-0.0103697;REVB=-0.00926156;RO=45;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124149;STB=0.56134;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00952276;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:22:17:14:31:22:17:15:31 chr8 125498547 . C T 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0107008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.703;QD=19.3843;RBI=0.0144919;REFB=-0.00912201;REVB=-0.00977288;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194887;STB=0.609652;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00801813;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:6:15:10:10:6:15 chr8 125499363 . G A 214.16 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00756755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.228;QD=14.7695;RBI=0.00914376;REFB=-0.00367324;REVB=0.00513231;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632571;STB=0.503594;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00413332;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:13:20:15:10:13:20 chr8 125528135 . G A 281.28 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.058695;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9005;QD=16.793;RBI=0.0586951;REFB=-0.0158836;REVB=0.000138783;RO=36;SAF=22;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217044;STB=0.622559;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0165724;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:36:31:31:0.462687:9:22:18:18:9:22:18:18 chr8 125568181 . TAG TA,T,TG 135.79 PASS AF=0,0.037037,0.481481;AO=3,4,7;DP=27;FAO=0,1,13;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,8;FSAR=0,1,5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.117814,0.0069387,0.00386921;FXX=0.0689417;HRUN=9,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=4.72943,100.847,102.438;QD=20.1167;RBI=0.870213,0.0625858,0.0205853;REFB=-0.161351,-0.0063638,-0.00221451;REVB=-0.8622,-0.0622,-0.0202184;RO=8;SAF=1,0,7;SAR=2,4,0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.413961,-0.75998,0.739967;STB=0.5,0.991536,0.5;STBP=1,0.277,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.04546,0.0405897,0.00675403;OID=.,.,.;OPOS=125568183,125568182,125568182;OREF=G,AG,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=TA,T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.037037,0.481481:3,4,7:27:0,1,13:27:13:0,0,8:0,1,5:8:5:69:8:1,0,7:2,4,0:6:2 chr8 125579973 . C T 201.0 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0404172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.917;QD=15.1701;RBI=0.0412721;REFB=-0.0245968;REVB=0.0083566;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158496;STB=0.581324;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0184374;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:14:9:16:13:14:9:16:14 chr8 125579990 . C T 212.3 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0364077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7673;QD=14.3932;RBI=0.0402465;REFB=-0.00830391;REVB=-0.017154;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129593;STB=0.583382;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0176211;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:16:9:16:17:16:9:17:17 chr8 125990008 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0131106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.538;QD=13.0145;RBI=0.0187792;REFB=-0.00894258;REVB=0.013445;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557524;STB=0.543263;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00787393;OID=.;OPOS=125990008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:12:8:14:17:12:8:15:17 chr8 126010805 . G C 204.28 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0190205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7794;QD=15.7139;RBI=0.0506441;REFB=-0.0116145;REVB=0.0469366;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474967;STB=0.527003;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0146046;OID=.;OPOS=126010805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:15:14:10:13:15:14 chr8 126012245 . A C 374.5 PASS AF=0.513158;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00750132;FXX=0.0256377;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.237;QD=19.7106;RBI=0.00915962;REFB=-0.00650663;REVB=0.00525631;RO=34;SAF=10;SAR=28;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935008;STB=0.555086;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00725262;OID=.;OPOS=126012245;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:34:37:38:39:0.513158:28:10:12:22:28:11:14:23 chr8 126283111 . G T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.016208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.423;QD=18.7441;RBI=0.0587667;REFB=0.0248281;REVB=0.0564875;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.012126;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:2:2:3:4:2:2 chr8 126449406 . C T 410.55 PASS AF=0.488372;AO=40;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00305998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.512;QD=19.0955;RBI=0.0169314;REFB=-0.0296368;REVB=0.0166526;RO=44;SAF=19;SAR=21;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172123;STB=0.592916;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0185955;OID=.;OPOS=126449406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:44:40:42:0.488372:21:19:29:15:22:20:29:15 chr8 127683774 . G T 198.57 PASS AF=0.689655;AO=18;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0241548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.692;QD=27.3887;RBI=0.0241709;REFB=-0.0186665;REVB=-0.000882348;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347362;STB=0.514271;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0102025;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:29:9:9:18:20:0.689655:7:11:5:4:8:12:5:4 chr8 127683850 . T C 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0505751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.867;QD=17.0881;RBI=0.0505934;REFB=-0.0231293;REVB=-0.00136228;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106526;STB=0.569222;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0343796;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:11:14:12:15:11:14:12:16 chr8 128428581 . G T 495.46 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0569861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5726;QD=16.379;RBI=0.0573185;REFB=-0.00994645;REVB=0.00616414;RO=67;SAF=24;SAR=30;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331501;STB=0.518512;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0137232;OID=.;OPOS=128428581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:67:54:54:0.446281:30:24:32:35:30:24:32:35 chr8 128428638 . G A 762.35 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=161;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00627977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.58;QD=18.9404;RBI=0.00781221;REFB=-0.0180411;REVB=0.00464706;RO=80;SAF=32;SAR=47;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305209;STB=0.524157;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.019923;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:80:82:79:79:0.490683:47:32:35:45:47:32:37:45 chr8 128428656 . A C 596.83 PASS AF=0.426752;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.00279085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.5724;QD=15.2059;RBI=0.0199342;REFB=-0.018718;REVB=-0.0197379;RO=86;SAF=29;SAR=38;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629938;STB=0.525826;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0333425;OID=.;OPOS=128428656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:86:90:67:67:0.426752:38:29:32:54:38:29:35:55 chr8 128428751 . A G 305.07 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.00907857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.906;QD=15.0652;RBI=0.0187796;REFB=-0.0163366;REVB=0.0164393;RO=47;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172587;STB=0.596846;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0259489;OID=.;OPOS=128428751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:20:14:12:35:20:14:12:35 chr8 128428795 . G A 450.9 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0135666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.035;QD=19.1872;RBI=0.0218415;REFB=0.00625805;REVB=-0.0171172;RO=49;SAF=22;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000850041;STB=0.500473;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00915208;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:23:22:24:25:23:22:24:25 chr8 128428823 . G C 466.87 PASS AF=0.489362;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00780514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.743;QD=19.8668;RBI=0.0155123;REFB=-0.0150083;REVB=0.0134056;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968813;STB=0.510634;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0166613;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:46:48:45:46:0.489362:23:22:22:24:23:23:23:25 chr8 128429262 . G C 370.84 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0176874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9229;QD=44.9507;RBI=0.0921669;REFB=-0.0828947;REVB=0.0904539;RO=3;SAF=14;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898838;STB=0.562457;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0648021;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:33:33:3:4:29:29:0.878788:15:14:3:0:15:14:4:0 chr8 128429510 . G A 36.55 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0678969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2556;QD=7.30994;RBI=0.0687824;REFB=-0.013362;REVB=0.0110017;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275858;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0554392;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:9:5:1:5:9:5 chr8 128429519 . G A 63.92 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0245213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.513;QD=11.6221;RBI=0.0345655;REFB=-0.00110303;REVB=-0.0243615;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196246;STB=0.583156;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00178561;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:22:22:12:13:9:9:0.409091:4:5:9:3:4:5:9:4 chr8 128429660 . T C 982.25 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00117923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7698;QD=56.1287;RBI=0.0097154;REFB=-0.0426332;REVB=-0.00964357;RO=2;SAF=33;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277826;STB=0.514702;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000106889;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:35:33:2:0:35:33:2:0 chr8 128429721 . T C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0468989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0982;QD=15.6451;RBI=0.049481;REFB=-0.00707331;REVB=-0.0157753;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192667;STB=0.593556;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00820248;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:21:22:0.431373:12:9:18:11:12:10:18:11 chr8 128429732 . C T 118.86 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.020603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.43;QD=13.2066;RBI=0.0208199;REFB=0.00365726;REVB=-0.00299738;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184678;STB=0.624826;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00161359;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:13:14:0.388889:7:6:14:8:8:6:14:8 chr8 128429779 . T G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0568052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.578;QD=24.3281;RBI=0.0568301;REFB=-0.0278918;REVB=0.00168423;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00620946;OID=.;OPOS=128429779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr8 128430501 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0207844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.78;QD=16.3859;RBI=0.0222916;REFB=-0.0375915;REVB=-0.0080575;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354424;STB=0.681524;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0262568;OID=.;OPOS=128430501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:2:6:8:0:2:7:8:0 chr8 128430872 . A AATG 167.5 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00873487;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=286.926;QD=24.8147;RBI=0.0112022;REFB=0.0187129;REVB=-0.00701368;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06032;STB=0.557534;STBP=0.461;TYPE=ins;VARB=-0.00792206;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62963:16:28:17:27:10:6:11:5:5:72:11:6:10:5:6 chr8 128431768 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00181047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.451;QD=15.6431;RBI=0.011075;REFB=-0.0138906;REVB=-0.010926;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965873;STB=0.563612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0178952;OID=.;OPOS=128431768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:11:9:10:18:11:9:10:19 chr8 128432206 . C A 67.74 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=28;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0045542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.416;QD=9.03148;RBI=0.00533634;REFB=-0.0219379;REVB=0.00278134;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240044;STB=0.691834;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0592878;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:30:20:20:8:10:0.333333:7:1:5:15:9:1:5:15 chr8 128747953 . G T 234.89 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1679;QD=46.979;RBI=0.0815875;REFB=-0.072753;REVB=0.0133732;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00568513;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:20:1:0:19:20:1:10:9:1:0:10:10:0:0 chr8 129011513 . T C 353.14 PASS AF=0.407767;AO=40;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0181487;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.816;QD=13.7142;RBI=0.0223412;REFB=0.00698692;REVB=0.013029;RO=58;SAF=14;SAR=26;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126705;STB=0.563288;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0062096;OID=.;OPOS=129011513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:61:40:42:0.407767:26:14:27:31:27:15:28:33 chr8 129021179 . G A 172.83 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0155975;FXX=0.083316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.874;QD=15.712;RBI=0.0241574;REFB=-0.005753;REVB=-0.0184473;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.603057;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00995929;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:44:24:26:18:18:0.409091:12:6:12:12:12:6:13:13 chr8 129022785 . T C 746.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.662;QD=63.5712;RBI=0.0505826;REFB=0;REVB=0.0131621;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216517;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr8 129022816 . G A 206.32 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0381326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.487;QD=16.8425;RBI=0.0384307;REFB=-0.0273674;REVB=0.00477796;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691984;STB=0.5704;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0141841;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:28:21:21:0.428571:15:6:9:17:15:6:11:17 chr8 129022818 . T A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0129231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.214;QD=16.8247;RBI=0.0365757;REFB=0.00558703;REVB=0.0342166;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122532;STB=0.5704;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00476711;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:15:6:11:17:15:6:11:17 chr8 130760850 . A G 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0106824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.744;QD=16.4438;RBI=0.0161216;REFB=-0.00685197;REVB=0.0120744;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32844;STB=0.689455;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00960825;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:5:15:12:15:5:15:12:15 chr8 130762291 . G A 414.0 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00434154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.614;QD=19.0344;RBI=0.0123436;REFB=-0.0116937;REVB=0.0115549;RO=43;SAF=14;SAR=28;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271104;STB=0.640557;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.013483;OID=.;OPOS=130762291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:45:42:42:0.482759:28:14:27:16:28:14:27:18 chr8 131124559 . T C 769.55 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153716;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.039;QD=64.1291;RBI=0.0181128;REFB=0;REVB=0.00958057;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89113e-05;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr8 131140180 . G A 253.8 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0123271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.746;QD=17.5036;RBI=0.0126935;REFB=-0.0146189;REVB=-0.00302778;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269297;STB=0.642755;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.017242;OID=.;OPOS=131140180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:10:18:10:19:10:18:11:19 chr8 131921956 . A G 496.74 PASS AF=0.490741;AO=51;DP=107;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00578517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.364;QD=18.3978;RBI=0.00581746;REFB=-0.00283481;REVB=0.000612068;RO=54;SAF=22;SAR=29;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641784;STB=0.538528;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00403113;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:54:55:51:53:0.490741:29:22:27:27:30:23:28:27 chr8 132936405 . C T 342.19 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0120159;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.165;QD=15.7328;RBI=0.0206489;REFB=-0.0137925;REVB=-0.0167927;RO=50;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137649;STB=0.507765;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.018289;OID=.;OPOS=132936405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:50:37:37:0.425287:19:18:25:25:19:18:25:25 chr8 132947786 . C T 227.96 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00524786;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.073;QD=20.7237;RBI=0.0425298;REFB=0.00736471;REVB=-0.0422048;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174142;STB=0.597263;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00763169;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:13:9:5:17:13:9:5:17 chr8 133047071 . G A 447.75 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00594327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.426;QD=18.4637;RBI=0.00733252;REFB=-0.0114923;REVB=0.00429457;RO=52;SAF=27;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940559;STB=0.557056;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0139834;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:44:45:0.463918:17:27:27:25:17:28:27:25 chr8 133048593 . C T 163.1 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0114137;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.515;QD=13.3146;RBI=0.011866;REFB=-0.0177261;REVB=-0.00324492;RO=27;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363101;STB=0.726209;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0134876;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:31:18:18:0.367347:3:15:15:12:3:15:17:14 chr8 133048619 . T C 691.78 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00374661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.131;QD=49.4129;RBI=0.0153409;REFB=-0.144986;REVB=0.0148764;RO=1;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268968;STB=0.552611;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00102559;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:1:4:52:52:0.928571:17:35:0:1:17:35:0:4 chr8 133053309 . T C 734.61 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.3;QD=61.2171;RBI=0.0572778;REFB=0;REVB=0.0287811;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404522;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:48:1:0:46:48:1:30:16:1:0:30:18:0:0 chr8 133053318 . T C 738.0 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00704005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.056;QD=54.6667;RBI=0.0179496;REFB=0.0170661;REVB=-0.0165114;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000410396;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:1:0:31:22:1:0 chr8 133062064 . GC G,TG 1448.75 PASS AF=0.947826,0.0521739;AO=32,6;DP=104;FAO=109,6;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55,0;FSAR=54,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.892453,0.177961;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=18.624,121.64;QD=50.3913;RBI=0.937153,0.183652;REFB=0,0;REVB=0.285977,-0.0453642;RO=61;SAF=1,0;SAR=31,6;SRF=52;SRR=9;SSEN=0.255411,0;SSEP=0.200581,0;SSSB=-0.838089,-0.776807;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0249283,0.0759434;OID=.,.;OPOS=133062065,133062064;OREF=C,GC;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:104:115:61:0:32,6:109,6:0.947826,0.0521739:31,6:1,0:52:9:54,6:55,0:0:0 chr8 133067315 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.019;QD=56.7043;RBI=0.0364592;REFB=0;REVB=0.0357018;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151942;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr8 133089975 . A G 1363.56 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0249301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.667;QD=58.6477;RBI=0.11999;REFB=-0.0325282;REVB=-0.117371;RO=3;SAF=49;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281311;STB=0.51456;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00221622;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:89:90:0.967742:40:49:3:0:40:50:3:0 chr8 133101818 . G A 888.42 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.347;QD=56.4078;RBI=0.0234846;REFB=0.0444687;REVB=-0.0139932;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000272289;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:34:28:0:0:34:28:1:0 chr8 133107830 . T C 1290.53 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345511;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.139;QD=60.7309;RBI=0.0385048;REFB=-0.0179602;REVB=0.0169952;RO=1;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126284;STB=0.506492;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=8.92067e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:37:46:0:1:38:46:0:1 chr8 133111166 . T C 220.28 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0196279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.67;QD=16.0201;RBI=0.020988;REFB=-0.0269282;REVB=-0.00743234;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166439;STB=0.507283;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0184585;OID=.;OPOS=133111166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:24:25:0.454545:12:12:14:15:13:12:14:16 chr8 133111181 . G A 216.01 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00254072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.984;QD=15.1585;RBI=0.00294086;REFB=-0.0251279;REVB=0.00148101;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451612;STB=0.541575;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0287283;OID=.;OPOS=133111181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:32:25:25:0.438596:13:12:13:17:13:12:13:19 chr8 133112392 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.739;QD=59.8394;RBI=0.0423672;REFB=0;REVB=-0.000764428;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22122e-05;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:30:6:0:0:30:6:0:0 chr8 133113531 . A T 521.32 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0343101;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.464;QD=54.8757;RBI=0.0431196;REFB=-0.131672;REVB=0.0261174;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.527762;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0030084;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:0:2:35:36:0.947368:16:19:0:0:17:19:0:2 chr8 133723166 . A G 432.11 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00704771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.733;QD=17.8188;RBI=0.00803194;REFB=-0.00393425;REVB=-0.00385252;RO=53;SAF=23;SAR=21;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314313;STB=0.517573;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00513328;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:21:23:26:27:21:23:26:27 chr8 133769554 . TGA T 595.93 PASS AF=0.581633;AO=50;DP=97;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0269834;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.684;QD=24.3238;RBI=0.0274633;REFB=-0.0178612;REVB=-0.00511196;RO=37;SAF=20;SAR=30;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260747;STB=0.50769;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.0115502;OID=.;OPOS=133769555;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581633:50:97:57:98:41:24:33:18:23:99:37:20:30:16:21 chr8 133844508 . C T 728.82 PASS AF=0.514493;AO=71;DP=138;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00490591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.162;QD=21.1253;RBI=0.0337795;REFB=0.00730519;REVB=-0.0334213;RO=66;SAF=44;SAR=27;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121243;STB=0.570691;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00274493;OID=.;OPOS=133844508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:67:71:71:0.514493:27:44:32:34:27:44:32:35 chr8 133844598 . C T 672.17 PASS AF=0.430233;AO=74;DP=172;FAO=74;FDP=172;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=0.0316131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3521;QD=15.6318;RBI=0.038022;REFB=-0.00970068;REVB=0.0211255;RO=97;SAF=29;SAR=45;SRF=55;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178621;STB=0.596941;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00849674;OID=.;OPOS=133844598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:97:98:74:74:0.430233:45:29:55:42:45:29:55:43 chr8 133858712 . G A 576.64 PASS AF=0.537037;AO=57;DP=107;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0046593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.489;QD=21.3571;RBI=0.011975;REFB=-0.00325873;REVB=-0.0110314;RO=49;SAF=22;SAR=35;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195981;STB=0.519805;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00315725;OID=.;OPOS=133858712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:49:50:57:58:0.537037:35:22:20:29:36:22:21:29 chr8 133859877 . G T 167.39 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0397889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4919;QD=23.0886;RBI=0.0470586;REFB=-0.0287083;REVB=0.0251268;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285644;STB=0.660821;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0199842;OID=.;OPOS=133859877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:5:12:4:8:5:12:4:8 chr8 133900252 . T G 918.05 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.075;QD=58.2889;RBI=0.0305903;REFB=0;REVB=0.0170936;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11555e-05;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:31:30:0:0:32:31:0:0 chr8 133900386 . T C 727.84 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00579364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.955;QD=53.914;RBI=0.0156267;REFB=-0.0483341;REVB=0.014513;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129067;STB=0.506664;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000718706;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:54:1:1:52:53:0.981481:36:16:0:1:37:16:0:1 chr8 133920518 . A G 284.01 PASS AF=0.35;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.031522;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.886;QD=11.3605;RBI=0.03731;REFB=-0.0105221;REVB=-0.0199599;RO=64;SAF=14;SAR=21;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148135;STB=0.580599;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0219893;OID=.;OPOS=133920518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:64:65:35:35:0.35:21:14:34:30:21:14:34:31 chr8 133931748 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.013678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.292;QD=14.2415;RBI=0.0136797;REFB=-0.00634841;REVB=0.000213919;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280904;STB=0.658237;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00742213;OID=.;OPOS=133931748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:6:25:12:10:6:25 chr8 133975283 . G A 166.31 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.012813;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.132;QD=20.7885;RBI=0.0139114;REFB=-0.00855758;REVB=0.0054178;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407851;STB=0.617837;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00883264;OID=.;OPOS=133975283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:32:16:15:14:17:0.53125:11:3:10:6:11:6:9:6 chr8 134108453 . C T 351.15 PASS AF=0.468354;AO=38;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0160717;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6176;QD=17.7797;RBI=0.0240301;REFB=0.0124764;REVB=0.0178646;RO=42;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201091;STB=0.518153;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0149272;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:42:38:37:0.468354:20:18:19:23:19:18:19:23 chr8 134108546 . T C 549.1 PASS AF=0.491379;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00212866;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.542;QD=18.9346;RBI=0.0117487;REFB=-0.000655882;REVB=0.0115543;RO=56;SAF=28;SAR=28;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161545;STB=0.508472;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000712939;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:56:59:56:57:0.491379:28:28:27:29:29:28:28:31 chr8 134114771 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00917361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.518;QD=14.9785;RBI=0.0112824;REFB=-0.0134433;REVB=-0.00656795;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654152;STB=0.538383;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0283643;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:4:7:7:3:4:7 chr8 134125682 . G A 199.77 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00429795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.146;QD=19.9771;RBI=0.046779;REFB=-0.0146089;REVB=0.0465811;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460771;STB=0.730533;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0107176;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:4:15:6:14:5:15:6:14 chr8 134474148 . C T 206.98 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.000908954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.492;QD=11.1881;RBI=0.04126;REFB=0.00104357;REVB=-0.04125;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268703;STB=0.523238;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00192509;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:11:15:26:21:11:15:26:22 chr8 135522364 . A G 601.7 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0203479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9095;QD=26.4483;RBI=0.0289934;REFB=-0.0332652;REVB=-0.0206539;RO=37;SAF=19;SAR=34;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121833;STB=0.560417;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.035547;OID=.;OPOS=135522364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:37:53:54:0.593407:34:19:19:18:34:20:19:18 chr8 135524797 . G T 460.89 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00455903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.383;QD=21.4368;RBI=0.00594275;REFB=-0.0240513;REVB=-0.00381203;RO=40;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975138;STB=0.54713;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0197595;OID=.;OPOS=135524797;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:23:22:15:25:23:22:16:25 chr8 135649848 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00606778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.363;QD=11.3328;RBI=0.0112966;REFB=-0.0123702;REVB=0.00952863;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299018;STB=0.675444;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0359532;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:8:19:6:8:8:19 chr8 136659426 . G A 553.73 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.67;QD=59.8628;RBI=0.0163056;REFB=0;REVB=0.0160807;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60028e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:28:8:0:0:29:8:0:0 chr8 139143942 . A G 772.24 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579163;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2823;QD=64.3535;RBI=0.0126626;REFB=0;REVB=0.0112605;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795399;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr8 139144914 . G A 375.37 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0299024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2793;QD=18.3107;RBI=0.0329116;REFB=-0.0240657;REVB=-0.0137486;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066246;STB=0.546952;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0360181;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:41:43:39:39:0.47561:17:22:26:15:17:22:28:15 chr8 139165272 . T C 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00134677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.188;QD=9.99297;RBI=0.00219446;REFB=-0.00865641;REVB=-0.00173259;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291113;STB=0.67229;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0159662;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:11:6:22:14:11:6:22:14 chr8 139165289 . T C 129.57 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0139838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9478;QD=9.59802;RBI=0.0461593;REFB=-0.0065949;REVB=0.0439901;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31909;STB=0.690039;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0169402;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:37:17:17:0.314815:12:5:20:15:12:5:21:16 chr8 139626176 . C G 1328.56 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00323395;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.063;QD=61.0833;RBI=0.00841393;REFB=0.038174;REVB=0.00776761;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000202501;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:44:42:0:0:44:42:1:0 chr8 139647262 . A G 678.86 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.584;QD=61.7144;RBI=0.0460256;REFB=0;REVB=0.0453;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120938;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:37:44:1:23:14:0:0:30:14:0:0 chr8 139668203 . G A,GA 33.93 PASS AF=0,0.307692;AO=4,4;DP=28;FAO=0,8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0388906,0.0688719;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=196.508,12.8118;QD=5.22006;RBI=0.040451,0.0921434;REFB=-0.00777862,-0.061813;REVB=-0.0111266,-0.0612134;RO=18;SAF=3,2;SAR=1,2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.500331,0.263015;STB=0.5,0.758384;STBP=1,0.13;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0329287;OID=.,.;OPOS=139668203,139668204;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:28:26:18:18:4,4:0,8:0,0.307692:1,2:3,2:5:13:0,3:0,5:4:14 chr8 139672671 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.546;QD=56.7058;RBI=0.011454;REFB=0;REVB=0.00697462;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47929e-05;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr8 139697478 . T C 4010.21 PASS AF=0.98524;AO=256;DP=267;FAO=267;FDP=271;FR=.;FRO=4;FSAF=120;FSAR=147;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0701952;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9116;QD=59.1913;RBI=0.0725048;REFB=-0.190962;REVB=0.0181544;RO=2;SAF=113;SAR=143;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836171;STB=0.502976;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00148258;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:267:271:2:4:256:267:0.98524:143:113:2:0:147:120:1:3 chr8 139712323 . A G 452.97 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154583;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.758;QD=58.4475;RBI=0.0305489;REFB=0;REVB=-0.0263491;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001556;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr8 139749758 . G T 272.51 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0203298;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.811;QD=19.4647;RBI=0.0302353;REFB=0.00313809;REVB=-0.0223802;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151063;STB=0.58362;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00202818;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:6:21:18:11:6:21 chr8 139767379 . C T 408.47 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00595186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.534;QD=17.7595;RBI=0.00615336;REFB=-0.0378295;REVB=0.00156177;RO=48;SAF=24;SAR=18;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945176;STB=0.538444;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0280232;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:50:42:42:0.456522:18:24:32:16:18:24:32:18 chr8 139768085 . G A 446.6 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0388;QD=57.6254;RBI=0.0242266;REFB=0;REVB=-0.0239047;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166523;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr8 139838912 . T C 729.38 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469703;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.376;QD=57.2065;RBI=0.0823824;REFB=0;REVB=0.0676805;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604771;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr8 140630990 . A G 208.0 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00400789;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.001;QD=23.7714;RBI=0.0175534;REFB=-0.00713142;REVB=-0.0170898;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0080527;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:9:6:8:12:9:6 chr8 140945896 . G A 315.96 PASS AF=0.596154;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00408867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.292;QD=24.3046;RBI=0.0290659;REFB=-0.0259832;REVB=0.0287769;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713279;STB=0.503104;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0130554;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:21:30:31:0.596154:16:14:10:11:16:15:10:11 chr8 141310644 . G A 767.33 PASS AF=0.532847;AO=72;DP=138;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.00640601;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.331;QD=22.4037;RBI=0.00840533;REFB=0.00469504;REVB=-0.00544175;RO=63;SAF=27;SAR=45;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259602;STB=0.633515;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00305257;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:63:64:72:73:0.532847:45:27:43:20:45:28:43:21 chr8 141461062 . G A 240.69 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0175138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6774;QD=21.395;RBI=0.072798;REFB=0.00278812;REVB=0.0706599;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02356;STB=0.533951;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00109079;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:22:23:23:0.511111:11:12:11:9:11:12:13:9 chr8 141461266 . A G 170.1 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00524679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1211;QD=14.1748;RBI=0.107638;REFB=-0.0106426;REVB=-0.10751;RO=29;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366899;STB=0.720122;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0213264;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:29:18:19:0.395833:5:13:11:18:5:14:11:18 chr8 141525327 . A G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0288731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.553;QD=18.0493;RBI=0.0471689;REFB=-0.020519;REVB=-0.0372995;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0108;OID=.;OPOS=141525327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:3:5:5:5:3:5 chr8 141551407 . G A 1008.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8784;QD=59.3161;RBI=0.0916696;REFB=0;REVB=0.0603201;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093501;OID=.;OPOS=141551407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr8 141679817 . T C 446.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.101;QD=57.6546;RBI=0.0715131;REFB=0;REVB=0.0196727;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405934;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr8 142138860 . C G 72.15 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0602509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4653;QD=19.2402;RBI=0.0639893;REFB=-0.158649;REVB=-0.0215513;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088444;STB=0.551599;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0424111;OID=.;OPOS=142138860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:15:15:6:6:9:9:0.6:1:8:5:1:1:8:5:1 chr8 142146708 . T C 361.97 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125179;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.001;QD=55.687;RBI=0.0280231;REFB=0;REVB=0.0250719;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56444e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr8 142152442 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3232;QD=58.0574;RBI=0.0150218;REFB=0;REVB=0.00640763;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126079;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr8 142154291 . G A 879.94 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794281;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4403;QD=57.7011;RBI=0.0086353;REFB=0;REVB=-0.00338826;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72659e-05;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:26:35:0:0 chr8 142161032 . A C 757.74 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.897;QD=63.145;RBI=0.00836346;REFB=0;REVB=0.00308446;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26803e-05;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:28:20:0:0 chr8 142161873 . C T 587.53 PASS AF=0.954545;AO=39;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.040644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4394;QD=53.4118;RBI=0.0449512;REFB=-0.124711;REVB=0.0192011;RO=4;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567596;STB=0.514279;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00227554;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:44:4:2:39:42:0.954545:31:8:0:4:34:8:0:2 chr8 142161888 . G A 538.72 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.613;QD=59.8583;RBI=0.00755561;REFB=0;REVB=0.00729362;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88821e-05;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:27:8:0:0:28:8:0:0 chr8 142200467 . G A,C 758.47 PASS AF=0.946429,0.0357143;AO=53,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28,1;FSAR=25,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03877,0.0397284;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.951,114.868;QD=54.1766;RBI=0.0392586,0.0423169;REFB=-0.0985264,-0.0986233;REVB=0.00617431,-0.014573;RO=0;SAF=28,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508769,0.665164;STBP=0.518,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00213843,0.087003;OID=.,.;OPOS=142200467,142200467;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:0:1:53,2:53,2:0.946429,0.0357143:25,1:28,1:0:0:25,1:28,1:1:0 chr8 142202856 . C T 306.56 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.255;QD=53.3154;RBI=0.0518684;REFB=0;REVB=0.0231602;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328917;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr8 142202884 . T C 410.15 PASS AF=1;AO=18;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.629;QD=56.573;RBI=0.0167434;REFB=0;REVB=0.0132732;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43151e-05;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:18:29:1:10:8:0:0:12:17:0:0 chr8 142204326 . C G 500.84 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.152;QD=58.9229;RBI=0.0239929;REFB=0;REVB=0.0232798;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58497e-05;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:8:25:0:0:8:26:0:0 chr8 142218119 . G A 246.59 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.954;QD=46.9694;RBI=0.0817853;REFB=-0.141741;REVB=0.080955;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279508;STB=0.515137;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00582243;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:16:4:0:1:16:4:0:1 chr8 142221361 . C G 549.03 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.35;QD=59.3543;RBI=0.0250774;REFB=0;REVB=0.0107269;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45009e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr8 142222374 . A G 1850.07 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8124;QD=61.1593;RBI=0.0415034;REFB=0;REVB=-0.0411432;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188792;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:60:60:0:0:61:60:0:0 chr8 142222445 . T C 2016.07 PASS AF=0.970149;AO=126;DP=134;FAO=130;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0547975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1879;QD=60.1811;RBI=0.0550198;REFB=-0.180767;REVB=0.00494137;RO=3;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186246;STB=0.506493;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0017599;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:3:2:126:130:0.970149:75:51:0:3:76:54:0:2 chr8 142228809 . T C 557.08 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.361;QD=60.2246;RBI=0.0515885;REFB=0;REVB=-0.050179;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000991283;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr8 142228909 . G A 289.49 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0608456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.528;QD=46.3191;RBI=0.0764656;REFB=-0.0137811;REVB=0.0463119;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076973;STB=0.541631;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00190027;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:11:12:0:2:11:12:0:2 chr8 142229891 . A G 2337.35 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.131;QD=63.6014;RBI=0.0412073;REFB=0;REVB=-0.000723777;RO=0;SAF=65;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43142e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:0:0:145:147:1:80:65:0:0:80:67:0:0 chr8 142266691 . A C 1165.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.115;QD=60.5513;RBI=0.0596589;REFB=0;REVB=0.0544844;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78584e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:36:37:0:0:40:37:0:0 chr8 142367335 . T C 94.92 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0761025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0757;QD=11.1666;RBI=0.115442;REFB=0.00240079;REVB=-0.0868061;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139567;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0131266;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:10:12:5:7:10:12 chr8 142367400 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000830033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.381;QD=11.3328;RBI=0.0361974;REFB=-0.0124741;REVB=0.0361879;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591477;STB=0.535161;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0261092;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:13:14:8:6:13:14 chr8 142367559 . G A 126.87 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0195945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.399;QD=19.5179;RBI=0.0279;REFB=-0.0263936;REVB=-0.0198612;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0270857;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:6:6:8:6:6:6 chr8 142437934 . C T 235.06 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0183853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1346;QD=25.4118;RBI=0.028595;REFB=-0.0218715;REVB=-0.021901;RO=13;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195419;STB=0.619942;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00739292;OID=.;OPOS=142437934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:22:22:0.594595:5:17:7:6:5:17:8:7 chr8 142441642 . A G 131.33 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0354051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.078;QD=14.1975;RBI=0.0405972;REFB=-0.0184394;REVB=-0.0198648;RO=22;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665071;STB=0.503871;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.02946;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:13:2:3:19:13:2:3:19 chr8 142458039 . C T 386.66 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0371227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8465;QD=23.7945;RBI=0.0375512;REFB=-0.0165165;REVB=-0.00565682;RO=27;SAF=12;SAR=26;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347476;STB=0.690721;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00849154;OID=.;OPOS=142458039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:26:12:21:6:26:12:21:6 chr8 142459814 . C T 1433.61 PASS AF=0.96875;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0417737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.047;QD=59.7337;RBI=0.0459552;REFB=-0.0730339;REVB=0.019153;RO=2;SAF=25;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114533;STB=0.501628;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000474113;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:96:2:3:91:93:0.96875:66:25:1:1:66:27:1:2 chr8 142476529 . G A 258.45 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00933178;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.965;QD=22.9737;RBI=0.0229733;REFB=-0.010795;REVB=0.0209927;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655076;STB=0.536555;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0065848;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:13:8:11:13:13:8 chr8 142476555 . A G 253.66 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.014662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.959;QD=17.494;RBI=0.015502;REFB=-0.0191508;REVB=0.00503386;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707764;STB=0.537287;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0360072;OID=.;OPOS=142476555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:27:28:0.482759:11:16:15:14:12:16:15:15 chr8 142476611 . G A 304.33 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00450695;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.758;QD=17.1456;RBI=0.0142425;REFB=-0.00456309;REVB=-0.0135106;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183702;STB=0.510303;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0042085;OID=.;OPOS=142476611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:18:20:18:15:18:20 chr8 142477517 . G A 432.94 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0152934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.445;QD=20.3735;RBI=0.019024;REFB=-0.0153766;REVB=0.0113148;RO=42;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521992;STB=0.52894;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0137494;OID=.;OPOS=142477517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:25:18:20:22:25:18:20:22 chr8 142477553 . T C 379.47 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00628911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6801;QD=19.2136;RBI=0.00729659;REFB=-0.0269092;REVB=-0.00369965;RO=39;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114954;STB=0.557252;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.041251;OID=.;OPOS=142477553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:40:39:39:0.493671:21:18:23:16:21:18:23:17 chr8 142477563 . C T 304.81 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0354728;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7971;QD=17.1723;RBI=0.0834605;REFB=-0.0305261;REVB=0.0755469;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524917;STB=0.53621;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0360225;OID=.;OPOS=142477563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:17:16:20:17:17:16:21:17 chr8 142477588 . C T 306.88 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0176617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.337;QD=18.0517;RBI=0.0307122;REFB=-0.0105053;REVB=-0.0251257;RO=33;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501347;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0199265;OID=.;OPOS=142477588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:35:33:33:0.485294:15:18:18:15:15:18:19:16 chr8 142477592 . G A 294.17 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0347275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2779;QD=17.5623;RBI=0.0361139;REFB=-0.0150661;REVB=0.00991055;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529147;STB=0.521114;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0294341;OID=.;OPOS=142477592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:15:17:20:14:15:17:20:15 chr8 142477614 . C T 272.77 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00457203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.458;QD=17.8863;RBI=0.0319604;REFB=-0.0279515;REVB=0.0316317;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574147;STB=0.52406;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0253944;OID=.;OPOS=142477614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:13:16:19:12:13:17:19:12 chr8 142488837 . G A 923.42 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.783;QD=56.826;RBI=0.0451172;REFB=0.0644298;REVB=0.0292537;RO=1;SAF=22;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020982;STB=0.511108;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000282012;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:42:22:1:0:42:22:1:0 chr8 142490079 . G A 1237.72 PASS AF=1;AO=65;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705824;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1475;QD=61.1222;RBI=0.0752516;REFB=0;REVB=0.0260946;RO=0;SAF=51;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087163;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:65:81:1:14:51:0:0:25:56:0:0 chr8 142490080 . T A 68.07 PASS AF=0.154762;AO=12;DP=82;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=15;FWDB=0.00121551;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=74.3442;QD=3.24129;RBI=0.0300805;REFB=0.00846289;REVB=0.0300559;RO=70;SAF=2;SAR=10;SRF=55;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668684;STB=0.924196;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0134148;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:84:70:71:12:13:0.154762:10:2:55:15:11:2:56:15 chr8 142490120 . G T 1071.58 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013146;FXX=0.0533262;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8206;QD=60.3708;RBI=0.019935;REFB=0;REVB=0.0149862;RO=0;SAF=53;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119864;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:18:53:0:0:18:53:0:0 chr8 143413136 . C T 1381.99 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275451;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.078;QD=62.8178;RBI=0.0329171;REFB=0;REVB=0.0328017;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52957e-05;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:36:49:0:0:38:50:0:0 chr8 143425720 . T C 758.19 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.928;QD=63.1821;RBI=0.0198585;REFB=0;REVB=0.0198328;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139644;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:17:31:0:0 chr8 143427177 . GC G,GG 983.72 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=15,50;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415707,0.037621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.884,218.975;QD=58.7294;RBI=0.080477,0.0825928;REFB=0,0;REVB=0.0689088,0.073527;RO=0;SAF=3,29;SAR=12,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.20481e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00261212,0.00162685;OID=.,.;OPOS=143427178,143427178;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:15,50:67:1,66:67:0:1,31:0,35:0:0:3:0:3,29:12,21:0:0 chr8 143436034 . A C,G 666.88 PASS AF=0.0638298,0.893617;AO=2,41;DP=46;FAO=3,42;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=0,12;FSAR=3,30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0196691,0.0259184;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=159.218,202.035;QD=56.7561;RBI=0.021822,0.0287236;REFB=-0.0167195,-0.00110459;REVB=0.00945118,0.0123805;RO=2;SAF=0,12;SAR=2,29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0312688;STB=0.5,0.516121;STBP=1,0.411;TYPE=snp,snp;VARB=0.0935077,-6.72004e-05;OID=.,.;OPOS=143436034,143436034;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:47:2:2:2,41:3,42:0.0638298,0.893617:2,29:0,12:0:2:3,30:0,12:0:2 chr8 143603418 . G C 1044.01 PASS AF=0.948052;AO=72;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0613951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5347;QD=54.2343;RBI=0.0662256;REFB=-0.00990285;REVB=0.0248289;RO=4;SAF=31;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702951;STB=0.503999;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00378737;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:77:4:4:72:73:0.948052:41:31:2:2:42:31:2:2 chr8 143695144 . G A 1528.31 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.49;QD=57.6722;RBI=0.0820971;REFB=-0.192736;REVB=0.0602751;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.504504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000777223;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:106:0:1:103:105:0.990566:49:54:0:0:50:55:1:0 chr8 143746087 . CCA C 584.48 PASS AF=0.927273;AO=50;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0103059;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=2;MLLD=277.446;QD=42.5076;RBI=0.0112641;REFB=0.0630588;REVB=0.0045464;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.517481;STBP=0.393;TYPE=del;VARB=-0.00122281;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927273:50:55:51:55:4:26:25:3:1:7:0:26:24:0:0 chr8 143808951 . C T 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6414;QD=51.1765;RBI=0.0586358;REFB=0;REVB=0.00600547;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940097;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr8 143867905 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00533585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.135;QD=18.6443;RBI=0.0143058;REFB=0.00575254;REVB=-0.0132734;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461491;STB=0.526279;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0089191;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:4:9:9:5:4:9 chr8 143922620 . C T 478.94 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00193752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4651;QD=21.7701;RBI=0.0288364;REFB=-0.0156645;REVB=-0.0287712;RO=41;SAF=28;SAR=19;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779261;STB=0.542839;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.013005;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:19:28:28:13:19:28:28:13 chr8 143956693 . G A 41.69 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0409044;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.962;QD=3.62545;RBI=0.0479149;REFB=-0.0196378;REVB=-0.0249534;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134052;STB=0.61318;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0583946;OID=.;OPOS=143956693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:46:37:39:7:7:0.152174:3:4:17:20:3:4:17:22 chr8 143957163 . C G 141.71 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0680037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.91;QD=14.1714;RBI=0.0697332;REFB=-0.0124805;REVB=-0.0154344;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255289;STB=0.647966;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0384404;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:15:9:10:6:15:9 chr8 143959188 . G T 181.91 PASS AF=0.434783;AO=15;DP=42;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00186631;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.175;QD=15.818;RBI=0.00916054;REFB=-0.0272812;REVB=0.00896841;RO=26;SAF=14;SAR=1;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.679707;STB=0.697466;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0874394;OID=.;OPOS=143959188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:26:26:15:20:0.434783:1:14:10:16:5:15:11:15 chr8 143959250 . T C 771.42 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00330031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6488;QD=61.7132;RBI=0.0043054;REFB=-0.172569;REVB=0.00276487;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00426139;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr8 143960597 . G A 51.6 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0114073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1593;QD=6.25475;RBI=0.0284037;REFB=-0.00639431;REVB=0.0260124;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348611;STB=0.718927;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0312976;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:17:8:5:3:17:8 chr8 143961005 . T C 440.48 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.411;QD=56.8361;RBI=0.0280131;REFB=0;REVB=0.0278698;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71099e-05;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:7:23:0:0:7:24:0:0 chr8 143961102 . C T 202.7 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0228677;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.863;QD=20.7896;RBI=0.033283;REFB=-0.0285549;REVB=-0.0241831;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593334;STB=0.543436;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0219471;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:19:20:20:0.512821:12:8:6:12:12:8:6:13 chr8 143994041 . C T 508.81 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00372173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.619;QD=18.1719;RBI=0.0170202;REFB=-0.0157624;REVB=-0.0166083;RO=57;SAF=34;SAR=20;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210851;STB=0.612775;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.010744;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:58:54:54:0.482143:20:34:23:34:20:34:24:34 chr8 143994702 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.435;QD=51.1841;RBI=0.0619965;REFB=0;REVB=0.0536592;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535167;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr8 143995761 . C T 612.55 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0141423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.759;QD=24.0215;RBI=0.0180403;REFB=-0.0128637;REVB=0.0112003;RO=43;SAF=25;SAR=34;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142918;STB=0.507805;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00864894;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:59:59:0.578431:34:25:19:24:34:25:19:24 chr8 143996539 . T C 428.98 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0291279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9932;QD=19.7232;RBI=0.0471782;REFB=-0.000613699;REVB=-0.0371126;RO=44;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750525;STB=0.541692;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000113247;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:18:25:22:22:18:25:22:22 chr8 143996553 . G A 412.55 PASS AF=0.532468;AO=38;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0221022;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.291;QD=21.4312;RBI=0.0228099;REFB=-0.0208879;REVB=0.00563783;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236933;STB=0.508924;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0175472;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:36:38:41:0.532468:18:20:19:19:19:22:20:16 chr8 143997877 . C G 174.0 PASS AF=0.292683;AO=23;DP=81;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0164034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.3;QD=8.48754;RBI=0.0222747;REFB=-0.00983864;REVB=-0.0150696;RO=57;SAF=10;SAR=13;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211712;STB=0.613362;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0268882;OID=.;OPOS=143997877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:57:58:23:24:0.292683:13:10:35:22:13:11:36:22 chr8 144124609 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00972153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.849;QD=15.293;RBI=0.0186967;REFB=0.000634373;REVB=0.0159705;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315978;STB=0.573595;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.000456827;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:2:7:6:2:2:7:6:3 chr8 144239859 . A G 345.94 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0223888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9073;QD=14.1201;RBI=0.0428745;REFB=-0.0172755;REVB=0.0365645;RO=59;SAF=27;SAR=11;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331304;STB=0.693339;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0286186;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:60:38:38:0.387755:11:27:24:35:11:27:24:36 chr8 144240257 . C G 386.02 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0302746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2657;QD=15.7559;RBI=0.0354087;REFB=-0.000189928;REVB=0.0183636;RO=54;SAF=28;SAR=13;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398408;STB=0.533616;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000538782;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:57:41:41:0.418367:13:28:35:19:13:28:36:21 chr8 144295154 . C T 115.64 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0131698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.961;QD=23.1285;RBI=0.041046;REFB=-0.0647722;REVB=0.0388758;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519967;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0259102;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:20:6:7:12:12:0.6:8:4:2:4:8:4:2:5 chr8 144295782 . G T 278.69 PASS AF=0.321739;AO=37;DP=115;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.0820402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5378;QD=9.69368;RBI=0.113641;REFB=0.003144;REVB=0.0786366;RO=78;SAF=18;SAR=19;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13495;STB=0.578136;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00323511;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:78:78:37:37:0.321739:19:18:29:49:19:18:29:49 chr8 144332012 . T C 213.84 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0284503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.123;QD=15.8396;RBI=0.0446413;REFB=-0.0125676;REVB=-0.0344009;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339897;STB=0.538431;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0141883;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:24:25:0.462963:12:12:13:15:12:13:13:16 chr8 144332082 . T C 205.66 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0239805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.556;QD=23.5045;RBI=0.0284621;REFB=-0.0604261;REVB=-0.0153306;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159973;STB=0.507197;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0408525;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:9:11:8:6:9:11:8:7 chr8 144333315 . G A 426.62 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0266105;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.975;QD=18.5485;RBI=0.0320817;REFB=-0.0271711;REVB=0.0179198;RO=49;SAF=16;SAR=26;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107807;STB=0.564823;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0371631;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:49:49:42:43:0.467391:26:16:24:25:27:16:24:25 chr8 144333434 . G A 181.58 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0402032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.86;QD=11.3484;RBI=0.0406771;REFB=-0.0231278;REVB=0.00619095;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105424;STB=0.506117;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0391651;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:12:11:20:21:12:11:20:21 chr8 144351632 . A G 1854.15 PASS AF=1;AO=100;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119588;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.598;QD=60.7918;RBI=0.0376194;REFB=0;REVB=0.035668;RO=0;SAF=33;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153072;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:0:0:100:122:1:67:33:0:0:84:38:0:0 chr8 144357213 . G C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0395074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.336;QD=13.9591;RBI=0.039761;REFB=-0.0048775;REVB=0.00448332;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00649284;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr8 144378184 . C G 73.07 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0273469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.167;QD=13.2855;RBI=0.0286568;REFB=-0.0253281;REVB=0.00856519;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192383;STB=0.57128;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.02979;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:20:22:12:12:8:10:0.454545:2:6:7:5:3:7:7:5 chr8 144391924 . CT TC 38.58 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0547321;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=97.3036;QD=11.0237;RBI=0.0604276;REFB=0.00742741;REVB=-0.0256102;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360263;STB=0.545312;STBP=0.855;TYPE=mnp;VARB=-0.0400344;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:5:1:0:7:5:1:1:7 chr8 144391930 . G A 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.013566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.987;QD=15.2903;RBI=0.01524;REFB=0.000920109;REVB=-0.0069442;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198782;STB=0.615147;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00146761;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:2:7:5:4:2:7 chr8 144409934 . C A 654.19 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00263706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.909;QD=17.2155;RBI=0.00836621;REFB=-0.00444746;REVB=-0.00793974;RO=82;SAF=36;SAR=34;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138864;STB=0.507707;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00534565;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:82:70:70:0.460526:34:36:41:41:34:36:41:41 chr8 144409938 . A AG 438.61 PASS AF=0.472603;AO=63;DP=152;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0302699;FXX=0.0266649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8939;QD=12.0166;RBI=0.0305379;REFB=0.0113954;REVB=0.00403706;RO=80;SAF=31;SAR=32;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795693;STB=0.508048;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=-0.01329;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472603:63:152:69:146:77:36:33:39:38:99:80:31:32:40:40 chr8 144460883 . C G 272.05 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.027872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.934;QD=18.444;RBI=0.0345895;REFB=-0.0102432;REVB=-0.0204838;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496;STB=0.526179;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0105713;OID=.;OPOS=144460883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:28:29:29:30:0.508475:16:13:11:17:16:14:12:17 chr8 144620183 . T C 306.77 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000439466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.407;QD=53.3507;RBI=0.103886;REFB=0;REVB=0.103885;RO=0;SAF=19;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651793;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:3:19:0:0:4:19:0:0 chr8 144623574 . T C 1565.4 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.259;QD=63.8939;RBI=0.0413134;REFB=0;REVB=-0.0396557;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22137e-05;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr8 144642178 . T C 772.22 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.153609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.003;QD=61.778;RBI=0.153993;REFB=0.021269;REVB=0.0108597;RO=1;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113399;STB=0.506022;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000759327;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:41:7:0:1:41:8:0:1 chr8 144642596 . T C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4885;QD=46.8403;RBI=0.0822677;REFB=0;REVB=-0.0221317;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233001;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr8 144642626 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.357;QD=54.5164;RBI=0.0249296;REFB=0;REVB=0.0151546;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246002;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr8 144649968 . C T 1156.55 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0758;QD=60.0804;RBI=0.0753967;REFB=0;REVB=0.0667873;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567367;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:32:44:0:1:33:44:0:0 chr8 144650342 . G A 350.76 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112879;FXX=0.137883;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.19;QD=56.1211;RBI=0.0495354;REFB=0;REVB=0.0482321;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137439;OID=.;OPOS=144650342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr8 144654249 . G A 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0517944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.276;QD=52.8644;RBI=0.0523516;REFB=-0.112743;REVB=0.00761716;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.517235;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00110193;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:25:28:1:0:25:28:2:0 chr8 144654255 . A G 853.99 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0152872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4907;QD=55.9995;RBI=0.0717338;REFB=0.0734755;REVB=-0.0700859;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00169634;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:29:30:0:1:29:31:0:1 chr8 144654594 . G T 528.18 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0198916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5429;QD=52.818;RBI=0.0276632;REFB=-0.0556956;REVB=-0.0192244;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445524;STB=0.534865;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00899147;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:2:3:37:37:0.925:20:17:0:2:20:17:0:3 chr8 144654693 . G C 1187.73 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00946619;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.188;QD=59.3864;RBI=0.0387127;REFB=-0.0775085;REVB=0.0375375;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116883;STB=0.506171;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000612133;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:40:39:0:1:40:39:0:1 chr8 144658711 . G A 816.19 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8044;QD=57.2763;RBI=0.0727468;REFB=0;REVB=0.0532695;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119485;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:1:0:55:57:1:28:27:1:0:28:29:0:0 chr8 144662353 . G A 365.08 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.65;QD=52.154;RBI=0.0487986;REFB=0.0311266;REVB=0.0449406;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-4.67948e-05;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr8 144671244 . C A 463.58 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.939;QD=52.981;RBI=0.0674415;REFB=-0.148803;REVB=0.0628209;RO=2;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198383;STB=0.510632;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00152412;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:22:11:1:1:22:11:1:1 chr8 144671685 . G C 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.906;QD=43.0144;RBI=0.0570117;REFB=-0.00742589;REVB=-0.0438193;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666403;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000343239;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:1:15:0:0:1:15:0:1 chr8 144671922 . G A 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0793;QD=40.7347;RBI=0.0382249;REFB=0;REVB=0.0347186;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286692;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr8 144681777 . G T 1123.14 PASS AF=0.97561;AO=58;DP=77;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0645297;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=63.0182;QD=54.7874;RBI=0.129307;REFB=-0.0483664;REVB=0.112054;RO=3;SAF=27;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186988;STB=0.502199;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00503427;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:82:3:2:58:80:0.97561:31:27:2:1:47:33:1:1 chr8 144682311 . G C 2435.42 PASS AF=0.948276;AO=165;DP=174;FAO=165;FDP=174;FR=.;FRO=9;FSAF=89;FSAR=76;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0186444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.912;QD=55.9866;RBI=0.0210631;REFB=-0.00971297;REVB=0.00980006;RO=8;SAF=89;SAR=76;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145161;STB=0.504937;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=5.194e-05;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:174:174:8:9:165:165:0.948276:76:89:3:5:76:89:4:5 chr8 144688736 . C G 687.91 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.496;QD=62.5369;RBI=0.00961651;REFB=0;REVB=0.00185831;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49732e-05;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr8 144694890 . G C 458.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4315;QD=57.3732;RBI=0.0290353;REFB=0;REVB=0.027785;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511029;OID=.;OPOS=144694890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr8 144697041 . A G 153.8 PASS AF=1;AO=7;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705393;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.611;QD=41.0141;RBI=0.071485;REFB=0;REVB=0.0711361;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112469;OID=.;OPOS=144697041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:0:0:7:15:1:0:7:0:0:8:7:0:0 chr8 144732363 . T C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9638;QD=58.583;RBI=0.0479053;REFB=0;REVB=0.0323818;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646197;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr8 144732418 . A G 272.89 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.014171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.984;QD=45.4816;RBI=0.0167762;REFB=-0.0388356;REVB=-0.00897906;RO=2;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659543;STB=0.535682;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00159616;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:9:13:2:0:9:13:2:0 chr8 144735977 . T C 949.04 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.621;QD=58.4022;RBI=0.0714161;REFB=0;REVB=0.0308059;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205941;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:32:33:0:0 chr8 144774233 . T C 158.58 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00250866;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.367;QD=15.8578;RBI=0.00891033;REFB=-0.0139034;REVB=0.00854989;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236387;STB=0.635683;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0112686;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:17:17:0.425:7:10:8:15:7:10:8:15 chr8 144775871 . C A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0170118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.388;QD=12.3286;RBI=0.0185682;REFB=-0.00556941;REVB=-0.00744171;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165255;STB=0.509786;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00906974;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:8:9:6:5:8:9 chr8 144776109 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.579;QD=53.9085;RBI=0.0405919;REFB=0;REVB=0.0326362;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102995;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr8 144801243 . C T 1124.24 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248138;FXX=0.0129853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.243;QD=59.1706;RBI=0.0253399;REFB=-0.102833;REVB=0.00513661;RO=1;SAF=43;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108773;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000165167;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:75:75:0.986842:32:43:1:0:32:43:1:0 chr8 144803185 . C T 140.07 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0796812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9399;QD=20.7508;RBI=0.0826729;REFB=0.00296718;REVB=0.022039;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144746;STB=0.581979;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.000347854;OID=.;OPOS=144803185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:5:7:6:9:5:7 chr8 144808747 . G A 296.37 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.178461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2727;QD=49.3957;RBI=0.178762;REFB=-0.0449098;REVB=-0.0103592;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00770602;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:0:1:12:11:0:1 chr8 144811338 . C G 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.289;QD=62.0084;RBI=0.0208341;REFB=0;REVB=0.0106229;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80942e-05;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr8 144874957 . G A 275.51 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0132341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5391;QD=25.629;RBI=0.0157298;REFB=-0.0481336;REVB=-0.00850198;RO=18;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689163;STB=0.538115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0243417;OID=.;OPOS=144874957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:16:9:5:13:16:9:5:13 chr8 144885580 . A G 1782.4 PASS AF=0.983871;AO=115;DP=119;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.135301;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1315;QD=57.4968;RBI=0.135352;REFB=0.0585532;REVB=-0.00369867;RO=3;SAF=62;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619556;STB=0.507935;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000493588;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:124:3:2:115:122:0.983871:53:62:2:1:60:62:2:0 chr8 144886809 . C T 195.41 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0074155;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.531;QD=14.475;RBI=0.0077474;REFB=-0.024421;REVB=-0.00224331;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235793;STB=0.617688;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0370803;OID=.;OPOS=144886809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:31:23:23:0.425926:15:8:16:11:15:8:17:14 chr8 144889172 . A G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.535;QD=62.0176;RBI=0.0425416;REFB=0;REVB=0.0150563;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143471;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr8 144890873 . A T 987.16 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.107;QD=58.9351;RBI=0.0701219;REFB=0;REVB=0.0212912;RO=0;SAF=1;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.97532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189982;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:65:1:0:0:66:1:0:0 chr8 144894496 . G A 778.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.363;QD=63.5323;RBI=0.0290509;REFB=0;REVB=0.00409116;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115052;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr8 144895553 . G A 618.95 PASS AF=0.921569;AO=48;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0666985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4077;QD=48.5449;RBI=0.0695934;REFB=-0.0498357;REVB=-0.0198634;RO=3;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574962;STB=0.520425;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0206365;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:3:4:48:47:0.921569:23:25:0:3:23:24:1:3 chr8 144904690 . A G 456.61 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4263;QD=57.0762;RBI=0.0240436;REFB=0;REVB=-0.022582;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59351e-05;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr8 144940222 . A C 574.73 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.000606536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.064;QD=23.7;RBI=0.0360572;REFB=-0.0198998;REVB=-0.0360521;RO=44;SAF=9;SAR=44;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209826;STB=0.616413;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0153805;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:44:9:15:29:44:9:15:29 chr8 144940230 . G C 698.65 PASS AF=0.59292;AO=66;DP=112;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00356774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.872;QD=24.7311;RBI=0.0405461;REFB=-0.0266744;REVB=0.0403888;RO=46;SAF=14;SAR=52;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11834;STB=0.56651;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.020032;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:46:46:66:67:0.59292:52:14:15:31:53:14:15:31 chr8 144940290 . C G 94.82 PASS AF=0.113636;AO=23;DP=218;FAO=25;FDP=220;FR=.;FRO=195;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=129;FWDB=-0.00748032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.926;QD=1.72404;RBI=0.0216891;REFB=-0.00198347;REVB=-0.0203584;RO=194;SAF=13;SAR=10;SRF=66;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274509;STB=0.659;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0249588;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:218:220:194:195:23:25:0.113636:10:13:66:128:12:13:66:129 chr8 144940300 . G A 2155.12 PASS AF=0.775229;AO=169;DP=219;FAO=169;FDP=218;FR=.;FRO=49;FSAF=61;FSAR=108;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0053576;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.762;QD=39.5434;RBI=0.015377;REFB=-0.0318896;REVB=0.0144134;RO=48;SAF=61;SAR=108;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015656;STB=0.506506;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0111802;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:48:49:169:169:0.775229:108:61:19:29:108:61:19:30 chr8 144940331 . C T 256.19 PASS AF=0.204651;AO=44;DP=215;FAO=44;FDP=215;FR=.;FRO=171;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=102;FWDB=-0.0210849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.436;QD=4.76638;RBI=0.0212629;REFB=-0.00806058;REVB=0.00274554;RO=168;SAF=15;SAR=29;SRF=69;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952632;STB=0.553486;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0364536;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:168:171:44:44:0.204651:29:15:69:99:29:15:69:102 chr8 144941419 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0183852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.26;QD=19.3699;RBI=0.0222674;REFB=-0.0141242;REVB=0.0125627;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199849;STB=0.612769;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00864483;OID=.;OPOS=144941419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:4:11:8:8:4:11 chr8 144992862 . A G 203.88 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00169595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.19;QD=20.388;RBI=0.00172722;REFB=-0.0228937;REVB=0.000327208;RO=18;SAF=13;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449002;STB=0.761984;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0264536;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:15:16:0.4:2:13:9:9:2:14:10:9 chr8 144993377 . A G 234.82 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0350245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0419;QD=15.3981;RBI=0.0379327;REFB=0.00427407;REVB=0.0145663;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689946;STB=0.538996;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00756895;OID=.;OPOS=144993377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:20:14:13:14:20:14 chr8 144999837 . C T 91.16 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0435904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4009;QD=17.3632;RBI=0.0468363;REFB=-0.0141658;REVB=-0.0171324;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0148247;OID=.;OPOS=144999837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:5:5:5:6:5:5 chr8 145005789 . C T 217.22 PASS AF=0.583333;AO=18;DP=33;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00860892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.384;QD=24.1351;RBI=0.0132429;REFB=-0.0275906;REVB=0.0100628;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221291;STB=0.57136;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0229042;OID=.;OPOS=145005789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:15:15:18:21:0.583333:6:12:6:9:9:12:6:9 chr8 145057852 . C T 435.31 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00406941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4854;QD=18.5238;RBI=0.10216;REFB=-0.00956255;REVB=0.102078;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11512;STB=0.580546;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0187325;OID=.;OPOS=145057852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:50:44:44:0.468085:18:26:22:25:18:26:22:28 chr8 145057868 . A G 553.74 PASS AF=0.464;AO=57;DP=124;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00223504;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9245;QD=17.7195;RBI=0.0594725;REFB=-0.0306264;REVB=-0.0594305;RO=65;SAF=34;SAR=23;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173612;STB=0.590052;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0390261;OID=.;OPOS=145057868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:65:67:57:58:0.464:23:34:27:38:24:34:28:39 chr8 145058539 . T C 106.98 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00512789;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3982;QD=20.3768;RBI=0.0177372;REFB=-0.0212385;REVB=0.0169798;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010481;OID=.;OPOS=145058539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:10:9:11:12:0.571429:7:4:4:6:8:4:3:6 chr8 145059425 . T C 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0239936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.859;QD=19.8474;RBI=0.0242587;REFB=-0.0193666;REVB=0.00357671;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264106;STB=0.646895;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0137173;OID=.;OPOS=145059425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:1:12:10:5:1:12 chr8 145060112 . G A 187.57 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0270544;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8456;QD=19.2383;RBI=0.0348429;REFB=0.00374077;REVB=0.0219565;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304605;STB=0.672841;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00333785;OID=.;OPOS=145060112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:7:13:6:13:7:13 chr8 145066886 . A G 464.94 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7866;QD=58.1177;RBI=0.051717;REFB=0;REVB=0.0271389;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220402;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr8 145086876 . T C 36.35 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0994689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4423;QD=6.92314;RBI=0.112974;REFB=-0.00457765;REVB=-0.0535633;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111604;STB=0.571195;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00497929;OID=.;OPOS=145086876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:6:9:3:3:6:9 chr8 145107795 . G A 825.63 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.579;QD=54.1393;RBI=0.0280154;REFB=0.0452026;REVB=0.0231675;RO=2;SAF=22;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838248;STB=0.504444;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00158058;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:37:22:1:1:37:22:1:1 chr8 145150832 . A G 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.295;QD=53.2684;RBI=0.0635423;REFB=0;REVB=-0.0468209;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90377e-05;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr8 145160646 . T C 542.29 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129769;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.277;QD=60.2542;RBI=0.0150437;REFB=0;REVB=0.00761015;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07278e-05;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr8 145161823 . G A 224.14 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.222;QD=49.8082;RBI=0.0626364;REFB=0;REVB=0.0583789;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231168;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:12:18:1:1:11:0:0:6:12:0:0 chr8 145161896 . T C 495.8 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1293;QD=55.0894;RBI=0.051729;REFB=-0.0675023;REVB=-0.0286721;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00325827;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:33:35:0.972222:18:15:1:0:19:16:1:0 chr8 145163414 . C G 1006.5 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1428;QD=59.2058;RBI=0.056596;REFB=0;REVB=0.0563338;RO=0;SAF=51;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412639;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:17:51:0:0:17:51:0:0 chr8 145163477 . GGC G,GGA,GG 287.62 PASS AF=0.222222,0,0.694444;AO=10,2,19;DP=42;FAO=8,0,25;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,23;FSAR=8,0,2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.158493,-0.0396726,-0.181708;FXX=0.142823;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=15.5556,19.2281,13.8461;QD=31.9572;RBI=0.198745,0.0560561,0.182807;REFB=0.026053,-0.0181517,-0.0205975;REVB=-0.119915,-0.0396028,-0.020009;RO=5;SAF=3,2,18;SAR=7,0,1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.418605,0,0;SSEP=0,0,0.533333;SSSB=-0.0671499,0.64233,0.498107;STB=0.997939,0.5,0.57976;STBP=0.019,1,0.179;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0215148,-6.78905e-05,0.0378389;OID=.,.,.;OPOS=145163478,145163479,145163479;OREF=GC,C,C;OALT=-,A,-;OMAPALT=G,GGA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.222222,0,0.694444:10,2,19:42:8,0,25:36:3:0,0,23:8,0,2:2:1:29:5:3,2,18:7,0,1:2:3 chr8 145163647 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8099;QD=33.4285;RBI=0.0306063;REFB=0;REVB=-0.00228763;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00330277;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr8 145164847 . A G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1904;QD=35.5685;RBI=0.0973324;REFB=0;REVB=-0.0849093;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0112467;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr8 145166134 . C G 778.86 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796916;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.773;QD=55.6327;RBI=0.0801458;REFB=-0.0833862;REVB=0.00851983;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463011;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:56:1:0:55:56:1:34:21:0:1:35:21:0:0 chr8 145168611 . A G 532.03 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.039248;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.5;QD=41.7278;RBI=0.0400647;REFB=-0.0468485;REVB=0.00804787;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583295;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00341833;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:52:51:0:8:43:43:0.843137:20:23:0:0:20:23:0:8 chr8 145170440 . A C,G 607.44 PASS AF=0.928571,0.047619;AO=39,2;DP=42;FAO=39,2;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=12,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00906985,-0.00730567;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=145.818,14.2629;QD=57.8512;RBI=0.00933874,0.0426419;REFB=-0.208426,-0.0991897;REVB=0.00222486,-0.0420114;RO=0;SAF=12,1;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.509086,0.665164;STBP=0.606,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.000370142,0.132133;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:1:39,2:39,2:0.928571,0.047619:27,1:12,1:0:0:27,1:12,1:0:1 chr8 145170703 . G GT 156.07 PASS AF=1;AO=3;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195562;FXX=0.09995;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.087;QD=34.6814;RBI=0.211096;REFB=0;REVB=0.0794809;RO=17;SAF=3;SAR=0;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0212494;OID=.;OPOS=145170704;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:20:18:18:0:9:9:0:0:3:17:3:0:6:11 chr8 145170704 . A T 223.5 PASS AF=0.95;AO=16;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.248551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8333;QD=44.7009;RBI=0.249247;REFB=-0.157555;REVB=0.0186129;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0222171;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:16:19:0.95:11:5:1:0:11:8:1:0 chr8 145223288 . C T 256.9 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109207;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7127;QD=48.9339;RBI=0.115949;REFB=-0.0722715;REVB=0.038961;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407333;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr8 145578296 . A G 723.27 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00705562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.941;QD=59.0428;RBI=0.0110155;REFB=-0.0287613;REVB=0.00845926;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00101411;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:49:1:1:45:48:0.979592:22:23:0:1:25:23:0:1 chr8 145603114 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.974;QD=60.2305;RBI=0.0140251;REFB=0;REVB=0.00174696;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14859e-05;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr8 145618597 . G A 331.95 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.263;QD=51.0701;RBI=0.0375844;REFB=-0.127299;REVB=-0.00390507;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000730975;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:1:0:18:7:1:0 chr8 145623963 . G A 473.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.816;QD=55.7553;RBI=0.123462;REFB=-0.122438;REVB=0.0672667;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00306725;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:0:1 chr8 145640411 . A G 390.49 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.86;QD=55.7847;RBI=0.0257008;REFB=0;REVB=0.00937024;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79194e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:17:11:0:0 chr8 145649327 . T G,TG 78.91 PASS AF=0,0.451613;AO=2,10;DP=38;FAO=0,14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=0,12;FSAR=0,2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.005873,0.0897318;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.315,18.2025;QD=10.1819;RBI=0.00970524,0.0898095;REFB=0.00644667,-0.0364345;REVB=0.00772655,-0.00373458;RO=26;SAF=2,8;SAR=0,2;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.394221,0.113413;STB=0.5,0.636139;STBP=1,0.264;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0697504;OID=.,.;OPOS=145649327,145649328;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:79:38:31:26:17:2,10:0,14:0,0.451613:0,2:2,8:19:7:0,2:0,12:12:5 chr8 145661320 . G A 68.84 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0264912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.624;QD=15.2969;RBI=0.0433987;REFB=-0.0369605;REVB=-0.0343753;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152945;STB=0.588061;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0278114;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:8:1:2:7:8:1 chr8 145661675 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00652256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.635;QD=10.172;RBI=0.144907;REFB=0.029373;REVB=0.144761;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0290222;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr8 145665516 . T C 145.57 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00952403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.768;QD=16.1746;RBI=0.013157;REFB=-0.0107179;REVB=-0.00907748;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123809;STB=0.571338;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0097905;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:10:10:10:6:10:10 chr8 145666111 . T G 112.41 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.108467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7622;QD=16.6537;RBI=0.121698;REFB=-0.0529207;REVB=-0.0551849;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263617;STB=0.66642;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0559044;OID=.;OPOS=145666111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:8:5:9:4:8:5:10:4 chr8 145689915 . G A 263.79 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0181327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.015;QD=12.8678;RBI=0.0305759;REFB=-0.0227106;REVB=0.0246189;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144181;STB=0.582039;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0375549;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:18:13:15:36:18:13:15:36 chr8 145690308 . C T 302.26 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0144843;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.767;QD=16.3381;RBI=0.0175621;REFB=-0.0274883;REVB=-0.00993148;RO=41;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234007;STB=0.6315;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.03072;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:41:41:33:33:0.445946:13:20:15:26:13:20:15:26 chr8 145690348 . G A 352.15 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00907307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5067;QD=15.8267;RBI=0.0415955;REFB=-0.0143191;REVB=0.0405939;RO=48;SAF=28;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278788;STB=0.665718;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0397843;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:51:38:38:0.426966:10:28:23:25:10:28:24:27 chr8 145690396 . A C 453.29 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0427742;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.382;QD=22.1117;RBI=0.0432169;REFB=-0.0395694;REVB=0.00616992;RO=37;SAF=29;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818301;STB=0.553015;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0306929;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:37:38:44:44:0.536585:15:29:21:16:15:29:21:17 chr8 145692385 . C T 65.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0518782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3409;QD=14.5184;RBI=0.0518855;REFB=-0.00369823;REVB=-0.00087228;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.620366;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0119948;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:8:9:8:8:0.444444:6:2:3:5:6:2:4:5 chr8 145693720 . A G 683.4 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=33;FWDB=-0.0184969;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.369;QD=16.5673;RBI=0.0285895;REFB=-0.01671;REVB=0.0217997;RO=91;SAF=32;SAR=42;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190603;STB=0.611621;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0189804;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:91:91:74:74:0.448485:42:32:57:34:42:32:58:33 chr8 145723419 . T G 339.77 PASS AF=0.468354;AO=38;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0187826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1086;QD=17.2034;RBI=0.0369557;REFB=-0.00454675;REVB=-0.0318267;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243561;STB=0.534228;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00661942;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:42:38:37:0.468354:19:19:19:17:17:20:20:22 chr8 145724275 . T C 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.002941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7195;QD=18.1537;RBI=0.0350611;REFB=-0.00847775;REVB=-0.0349375;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864829;STB=0.549952;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0180737;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:25:21:21:0.456522:9:12:11:12:9:12:12:13 chr8 145729727 . C A 330.31 PASS AF=0.355932;AO=35;DP=111;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.00114656;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.579;QD=11.197;RBI=0.0105102;REFB=-0.0374833;REVB=-0.0104475;RO=69;SAF=10;SAR=25;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137164;STB=0.593734;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0664177;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:118:69:76:35:42:0.355932:25:10:27:42:32:10:27:49 chr8 145737636 . A G 276.64 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0117047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5599;QD=16.2729;RBI=0.0258794;REFB=-0.0130516;REVB=-0.0230812;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143284;STB=0.580593;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0153124;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:21:16:18:13:21:16 chr8 145738767 . CG C 292.35 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123035;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7882;QD=38.9806;RBI=0.0610259;REFB=-0.0331504;REVB=-0.0597728;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=del;VARB=-0.000410855;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667:26:31:29:30:1:14:15:1:0:3:1:14:12:1:0 chr8 145741702 . C G 114.93 PASS AF=0.705882;AO=10;DP=18;FAO=12;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0399323;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.632;QD=27.0414;RBI=0.0496187;REFB=-0.0244321;REVB=0.0294522;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.545377;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00810606;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:17:3:4:10:12:0.705882:6:4:1:2:8:4:2:2 chr8 145741765 . G A 224.37 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00686409;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.453;QD=25.642;RBI=0.0120226;REFB=-0.0105484;REVB=0.00987047;RO=14;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118149;STB=0.565972;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00484763;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:14:21:21:0.6:6:15:8:6:6:15:8:6 chr8 145742514 . A G 743.09 PASS AF=0.409091;AO=80;DP=199;FAO=81;FDP=198;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.0176784;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.443;QD=15.0119;RBI=0.0328473;REFB=-0.00330961;REVB=-0.0276843;RO=116;SAF=38;SAR=42;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264089;STB=0.510686;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00594988;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:116:117:80:81:0.409091:42:38:58:58:43:38:57:60 chr8 145742879 . T C 86.19 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0935619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6533;QD=13.2598;RBI=0.13927;REFB=0.01746;REVB=-0.103162;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957667;STB=0.542293;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0330115;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:5:9:8:3:5:10 chr8 145745182 . T C 489.8 PASS AF=0.52;AO=49;DP=95;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0777755;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.85;QD=19.592;RBI=0.0848746;REFB=-0.0316729;REVB=-0.0339805;RO=45;SAF=31;SAR=18;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276145;STB=0.624761;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0257299;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:45:48:49:52:0.52:18:31:14:31:20:32:17:31 chr8 145747920 . T G 143.38 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0128434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.345;QD=24.9351;RBI=0.0143071;REFB=-0.0198557;REVB=-0.00630385;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230493;STB=0.594461;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0111416;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:14:15:0.652174:3:11:4:4:4:11:4:4 chr8 145947776 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0382692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.591;QD=21.1692;RBI=0.0399989;REFB=-0.00093436;REVB=-0.0116355;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.000624214;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr8 145999616 . CTTT C 172.83 PASS AF=0.391892;AO=27;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00734954;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=3;MLLD=179.544;QD=9.34214;RBI=0.00933425;REFB=0.00573827;REVB=-0.00575434;RO=38;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204813;STB=0.628592;STBP=0.103;TYPE=del;VARB=-0.0111807;OID=.;OPOS=145999617;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391892:27:75:29:74:45:9:20:23:22:99:38:9:18:20:18 chr8 146010776 . T C 180.05 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0187021;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.99;QD=11.0799;RBI=0.0221024;REFB=-0.0159417;REVB=-0.0117792;RO=40;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390303;STB=0.720734;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0297283;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:40:42:22:23:0.353846:6:16:15:25:6:17:17:25 chr8 146010817 . C A,G 680.69 PASS AF=0.827586,0.0862069;AO=48,5;DP=57;FAO=48,5;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=17,3;FSAR=31,2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00697303,0.0336935;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=134.654,23.1298;QD=46.9441;RBI=0.0242926,0.0391772;REFB=0.00131838,0.0366761;REVB=-0.0232703,0.0199901;RO=4;SAF=17,3;SAR=31,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0228338,0.0744193;STB=0.524968,0.5;STBP=0.274,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00123067,0.00541716;OID=.,.;OPOS=146010817,146010817;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:57:58:4:5:48,5:48,5:0.827586,0.0862069:31,2:17,3:2:2:31,2:17,3:3:2 chr8 146045868 . T C,G 648.96 PASS AF=0.863636,0.113636;AO=41,2;DP=44;FAO=38,5;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28,3;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.014416,-0.00401392;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.426,117.391;QD=58.9963;RBI=0.0790315,0.0292615;REFB=0.0811591,0.127159;REVB=-0.0777056,0.0289849;RO=1;SAF=29,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0374922,0.697199;STB=0.523797,0.599598;STBP=0.155,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000408885,-0.00724646;OID=.,.;OPOS=146045868,146045868;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:44:44:1:1:41,2:38,5:0.863636,0.113636:12,0:29,2:0:1:10,2:28,3:0:1 chr8 146056367 . G A 387.76 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00186354;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.681;QD=18.2473;RBI=0.00294699;REFB=-0.0115595;REVB=-0.00228297;RO=45;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047561;STB=0.519119;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0139218;OID=.;OPOS=146056367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:45:39:40:0.470588:18:21:22:23:19:21:22:23 chr8 146067054 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.72;QD=57.3858;RBI=0.059903;REFB=0;REVB=0.0216345;RO=0;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109826;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:42:15:0:0:42:15:0:0 chr8 146068322 . C T 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00601119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.235;QD=12.014;RBI=0.00891494;REFB=-0.00262641;REVB=-0.00658345;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212961;STB=0.632825;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00614558;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:13:7:18:15:13:7:19:15 chr8 146068594 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.905;QD=45.8045;RBI=0.0583512;REFB=0;REVB=0.0424305;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133955;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr8 146076708 . C T 317.18 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00433426;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.1163;QD=15.4723;RBI=0.0180244;REFB=-0.011151;REVB=0.0174955;RO=47;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01883;STB=0.510632;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0164724;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:20:15:21:26:20:15:21:26 chr8 146115367 . A G 750.25 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180063;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2058;QD=55.5744;RBI=0.0790028;REFB=0;REVB=0.0769234;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00476254;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:1:0:50:54:1:29:21:0:1:31:23:0:0 chr8 146115684 . A AC 96.47 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.117861;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.2286;QD=18.3748;RBI=0.134838;REFB=-0.0010795;REVB=0.0654979;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159197;STB=0.533282;STBP=0.722;TYPE=ins;VARB=0.0186292;OID=.;OPOS=146115685;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:12:23:13:21:8:6:7:3:5:51:10:6:6:3:7 chr8 146156167 . C T 123.63 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0298644;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.514;QD=15.4535;RBI=0.0299027;REFB=-0.0205789;REVB=0.00151306;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0239379;OID=.;OPOS=146156167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:9:9:6:8:9:9 chr8 146156247 . C A 317.57 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0127135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.258;QD=25.9243;RBI=0.0146191;REFB=-0.0182297;REVB=0.00721706;RO=20;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488892;STB=0.515408;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0107856;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:28:28:0.571429:13:15:12:8:13:15:12:9 chr8 146171437 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0029795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.54;QD=12.2123;RBI=0.0406766;REFB=-0.0137116;REVB=-0.0405673;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0253035;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:12:10:6:7:12:10 chr8 146229161 . T A,G 1055.97 PASS AF=0.921053,0.0526316;AO=69,5;DP=77;FAO=70,4;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=36,0;FSAR=34,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.022051,0.0129324;FXX=0.0256377;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.228,140.332;QD=55.5776;RBI=0.0225274,0.0129807;REFB=-0.0816452,-0.173654;REVB=0.00460844,-0.00111914;RO=2;SAF=36,0;SAR=33,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0277869,0;STB=0.514282,0.5;STBP=0.248,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000307411,0.0677371;OID=.,.;OPOS=146229161,146229161;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:77:76:2:2:69,5:70,4:0.921053,0.0526316:33,5:36,0:0:2:34,4:36,0:0:2 chr9 154795 . T C 1061.97 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9898;QD=59.8292;RBI=0.0288886;REFB=0;REVB=-0.00386563;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013957;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr9 162405 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7247;QD=45.8061;RBI=0.0404059;REFB=0;REVB=0.038768;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851179;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:11:3:0:0 chr9 286593 . C A 519.51 PASS AF=0.509434;AO=52;DP=104;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.030125;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7055;QD=19.6042;RBI=0.0303573;REFB=0.00425232;REVB=-0.00374866;RO=52;SAF=16;SAR=36;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00355314;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:52:52:52:54:0.509434:36:16:16:36:38:16:16:36 chr9 312104 . G A 196.05 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0380873;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2233;QD=13.2917;RBI=0.0698801;REFB=-0.0147061;REVB=0.0585883;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802261;STB=0.515682;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0128574;OID=.;OPOS=312104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:24:24:0.40678:15:9:13:21:15:9:14:21 chr9 334337 . A G 543.7 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0170633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.612;QD=19.4179;RBI=0.0631324;REFB=-0.00511388;REVB=0.0607828;RO=54;SAF=27;SAR=29;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170952;STB=0.509431;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00652803;OID=.;OPOS=334337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:55:56:57:0.508929:29:27:25:29:30:27:25:30 chr9 407019 . C T 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.022888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.832;QD=11.6767;RBI=0.0233547;REFB=-0.0250294;REVB=-0.0046453;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207376;STB=0.611683;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0233027;OID=.;OPOS=407019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:48:27:27:0.36:11:16:18:27:11:16:20:28 chr9 429719 . T C 895.86 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.637;QD=55.1296;RBI=0.0256022;REFB=-0.208936;REVB=0.0199656;RO=2;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392995;STB=0.520827;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00568315;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:2:2:63:63:0.969231:23:40:0:2:23:40:0:2 chr9 433978 . A G 927.92 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0280093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.366;QD=55.3979;RBI=0.0334703;REFB=0.0740427;REVB=-0.0183231;RO=2;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214621;STB=0.51136;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00142749;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:64:65:0.970149:43:21:0:2:43:22:0:2 chr9 441952 . G A 837.06 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437288;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.946;QD=57.7282;RBI=0.0536096;REFB=0;REVB=0.0310126;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79175e-05;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:33:23:0:0:35:23:0:0 chr9 676954 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0055935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.586;QD=14.8515;RBI=0.0163859;REFB=-0.0106033;REVB=0.0154017;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652617;STB=0.537738;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0172016;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:15:14:8:11:15:14 chr9 742342 . A G 320.77 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9578;QD=53.4617;RBI=0.0883132;REFB=0;REVB=0.087711;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156507;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:9:13:0:0:11:13:0:0 chr9 841971 . T A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.077;QD=46.8476;RBI=0.0644206;REFB=0;REVB=0.0642679;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580842;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr9 991114 . A G 221.64 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00235039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2672;QD=12.3132;RBI=0.0156131;REFB=0.0189452;REVB=0.0154352;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230399;STB=0.632123;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0263222;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:11:16:17:28:11:16:17:28 chr9 1056728 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.774;QD=59.4356;RBI=0.00277971;REFB=0;REVB=-0.00189921;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76014e-07;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:25:9:0:0:25:10:0:0 chr9 2029199 . G A 1373.01 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.891;QD=62.4095;RBI=0.0082033;REFB=0;REVB=-0.0076216;RO=0;SAF=15;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7994e-05;OID=.;OPOS=2029199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:71:15:0:0:71:17:0:0 chr9 2101545 . T A 217.67 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0293648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6566;QD=16.744;RBI=0.0295016;REFB=-0.0354165;REVB=-0.00283775;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277673;STB=0.656126;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0416996;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:20:8:14:10:20:8 chr9 2717922 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.925;QD=61.3363;RBI=0.0367012;REFB=0;REVB=0.0227563;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69854e-05;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr9 2718534 . C G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0667;QD=64.1502;RBI=0.0414007;REFB=0;REVB=-0.0401156;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050866;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr9 3824936 . T A 358.91 PASS AF=0.964286;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0637913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.86;QD=51.2728;RBI=0.072856;REFB=-0.0229302;REVB=0.0351947;RO=1;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197387;STB=0.509427;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00121395;OID=.;OPOS=3824936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:28:1:1:24:27:0.964286:23:1:0:1:26:1:0:1 chr9 4118208 . A G 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000431256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6662;QD=37.477;RBI=0.0324524;REFB=0;REVB=0.0324495;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758491;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr9 4564432 . G A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0293069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.919;QD=25.1492;RBI=0.051981;REFB=0.00876852;REVB=0.0429317;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126875;STB=0.507037;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00589681;OID=.;OPOS=4564432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:12:15:12:9:12:15:12:9 chr9 4576680 . T C 158.24 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.021868;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.322;QD=9.59033;RBI=0.0496027;REFB=-0.000793766;REVB=0.044522;RO=45;SAF=6;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384324;STB=0.726283;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00230968;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:45:45:21:21:0.318182:15:6:28:17:15:6:28:17 chr9 4622453 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.294;QD=52.6079;RBI=0.0245054;REFB=0;REVB=0.0190494;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61766e-05;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr9 4625429 . T C 689.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3923;QD=62.7264;RBI=0.0474063;REFB=0;REVB=0.0182996;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563641;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr9 4629169 . CT AA,CTAAAA,CTAAAAA 240.41 PASS AF=0.105263,0.842105,0.0526316;AO=2,9,5;DP=21;FAO=2,16,1;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,1;FSAR=2,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354651,-0.0277543,-0.022591;FXX=0.0951928;HRUN=3,1,1;LEN=2,4,5;MLLD=69.1864,63.6226,54.912;QD=50.6117;RBI=0.0354815,0.0585832,0.0471542;REFB=0,0,0;REVB=-0.00107725,0.0515915,0.0413904;RO=3;SAF=0,5,5;SAR=2,4,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.599865,0.0974346,0.762666;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=-0.0777478,-0.0066058,0.00551167;OID=.,.,.;OPOS=4629169,4629171,4629171;OREF=CT,-,-;OALT=AA,AAAA,AAAAA;OMAPALT=AA,CTAAAA,CTAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:21:19:3:0:2,9,5:2,16,1:0.105263,0.842105,0.0526316:2,4,0:0,5,5:1:2:2,7,0:0,9,1:0:0 chr9 4664829 . T C 72.05 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0162779;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.804;QD=7.58459;RBI=0.016282;REFB=0.00199168;REVB=0.000363501;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090069;STB=0.521695;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00642797;OID=.;OPOS=4664829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:39:38:27:28:10:10:0.263158:6:4:11:16:6:4:12:16 chr9 4711440 . T A 109.91 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0196545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3823;QD=7.5803;RBI=0.0203657;REFB=-0.00621556;REVB=-0.00533493;RO=41;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258897;STB=0.661576;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0223936;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:7:9:14:27:7:9:14:28 chr9 4860300 . A G 391.42 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.0292807;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9393;QD=18.8634;RBI=0.111914;REFB=-0.0227268;REVB=0.108016;RO=42;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265188;STB=0.63849;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0298285;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:43:40:40:0.481928:20:20:33:9:20:20:33:10 chr9 5050706 . C T 493.38 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00924732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3533;QD=22.9477;RBI=0.10506;REFB=-0.00262705;REVB=-0.104652;RO=38;SAF=28;SAR=19;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992057;STB=0.546243;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00191504;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:47:47:0.546512:19:28:27:11:19:28:27:12 chr9 5081780 . G A 293.38 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0162307;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.1247;QD=12.3527;RBI=0.0164872;REFB=-0.0215274;REVB=-0.00289725;RO=60;SAF=18;SAR=16;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604053;STB=0.528662;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0143754;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:61:34:34:0.357895:16:18:35:25:16:18:35:26 chr9 5092466 . G A 437.15 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00671869;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.177;QD=23.9536;RBI=0.00930301;REFB=-0.00741471;REVB=-0.00643469;RO=30;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326912;STB=0.510466;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00627354;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:31:42:42:0.575342:22:20:13:17:22:20:14:17 chr9 5094034 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00830397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.984;QD=15.172;RBI=0.0128718;REFB=-0.0181522;REVB=-0.00983497;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550525;STB=0.531755;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0235514;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:10:14:9:8:10:14 chr9 5095049 . ATAGAG A 61.78 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0147639;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=5;MLLD=262.5;QD=7.97114;RBI=0.0176231;REFB=-0.0159947;REVB=-0.00962285;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548905;STBP=0.805;TYPE=del;VARB=0.031267;OID=.;OPOS=5095050;OREF=TAGAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:8:32:9:31:22:7:2:16:6:61:20:6:2:15:5 chr9 5095095 . A C 324.06 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00763172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.764;QD=28.8052;RBI=0.0362576;REFB=0.0150842;REVB=-0.0354453;RO=17;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689584;STB=0.538025;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00395134;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:9:19:10:7:9:19:10:7 chr9 5095167 . A C 141.3 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0180429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.19;QD=21.7377;RBI=0.0220012;REFB=-0.0251365;REVB=-0.01259;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0268457;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr9 5095191 . T A 167.42 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00198178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.112;QD=23.0926;RBI=0.00400043;REFB=-0.0217226;REVB=0.00347505;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334215;STB=0.52835;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0181445;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:10:6:5:7:11:6:5:7 chr9 5096433 . A G 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00530134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.008;QD=15.1007;RBI=0.0294616;REFB=-0.00157012;REVB=0.0289807;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716874;STB=0.540673;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.003006;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:19:12:11:13:19:12 chr9 5098223 . T C 195.76 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.000995983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.696;QD=17.7966;RBI=0.0141965;REFB=-0.00128462;REVB=-0.0141615;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954254;STB=0.505429;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00139721;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:17:7:6:14:17:7 chr9 5109431 . G A 195.48 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0276031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1282;QD=17.771;RBI=0.0283115;REFB=-0.00652511;REVB=0.00629359;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323679;STB=0.518415;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00446793;OID=.;OPOS=5109431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:14:10:9:11:14:10 chr9 5109485 . G T 112.64 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0215474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.532;QD=18.7728;RBI=0.0231591;REFB=-0.00173379;REVB=0.00848848;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174365;STB=0.574349;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00126136;OID=.;OPOS=5109485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:24:24:9:11:12:13:0.541667:8:4:5:4:9:4:5:6 chr9 5231712 . T A 54.57 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0493365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7894;QD=9.09561;RBI=0.0626901;REFB=-0.0311411;REVB=-0.0386776;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0542698;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:4:11:6:2:4:12 chr9 5335470 . C T 493.65 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0273064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.943;QD=20.5688;RBI=0.0406397;REFB=-0.00349527;REVB=-0.0300989;RO=48;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388535;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:48:48:47:48:0.5:25:22:23:25:25:23:23:25 chr9 5557672 . T C 1624.68 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0257069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3262;QD=58.0243;RBI=0.0349012;REFB=0.0268882;REVB=-0.0236061;RO=1;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759488;STB=0.507935;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00957232;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:112:1:2:108:110:0.982143:62:46:0:1:62:48:0:2 chr9 5557708 . T C 477.22 PASS AF=0.452174;AO=51;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.005228;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.142;QD=16.599;RBI=0.0263969;REFB=-0.0122924;REVB=0.025874;RO=60;SAF=26;SAR=25;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741009;STB=0.558164;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0155429;OID=.;OPOS=5557708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:63:51:52:0.452174:25:26:26:34:25:27:26:37 chr9 5732483 . T C 1107.46 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161612;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.856;QD=60.6828;RBI=0.0914984;REFB=0;REVB=0.0900598;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338639;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr9 5762600 . G A 316.26 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00570945;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.209;QD=20.0801;RBI=0.029121;REFB=-0.0293199;REVB=0.0285558;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264195;STB=0.645809;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0304297;OID=.;OPOS=5762600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:30:30:33:33:0.52381:18:15:23:7:18:15:23:7 chr9 5774225 . T G 1849.89 PASS AF=0.96124;AO=123;DP=129;FAO=124;FDP=129;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.011351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.891;QD=57.361;RBI=0.0389786;REFB=-0.0688366;REVB=0.0372892;RO=5;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412478;STB=0.521736;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0017598;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:129:129:5:5:123:124:0.96124:55:68:0:5:55:69:0:5 chr9 5909152 . T G 90.09 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0028716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4154;QD=7.66765;RBI=0.0160942;REFB=-0.00601969;REVB=-0.0158359;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130745;STB=0.580397;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0160664;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:7:5:11:24:7:5:11:24 chr9 5969249 . A G 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0506474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.275;QD=17.7296;RBI=0.0521066;REFB=-0.00878135;REVB=-0.0122451;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345359;STB=0.698675;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0155519;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:8:11:4:13:8:11 chr9 6007500 . G A 589.38 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=0.00516473;FXX=0.0268438;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.785;QD=16.2588;RBI=0.0268519;REFB=-0.0107224;REVB=0.0263505;RO=81;SAF=46;SAR=16;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940769;STB=0.547906;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0146475;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:145:81:83:62:62:0.427586:16:46:54:27:16:46:56:27 chr9 6007767 . C A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0101714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.971;QD=21.842;RBI=0.021311;REFB=0.0656164;REVB=0.018727;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00507198;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:0:2:2:4:0:2 chr9 6012734 . A C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0235295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.139;QD=17.6438;RBI=0.0247026;REFB=-0.0228826;REVB=-0.00752209;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092312;STB=0.553081;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0189408;OID=.;OPOS=6012734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:1:6:7:2:1:6 chr9 6015011 . T C 262.55 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-5.75027e-05;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.322;QD=14.7916;RBI=0.0414705;REFB=-0.00436043;REVB=0.0414705;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463904;STB=0.526298;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00840179;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:14:16:20:21:14:16:20:21 chr9 6253571 . C T 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0478226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7885;QD=11.0816;RBI=0.0533407;REFB=-0.0230453;REVB=-0.0236269;RO=40;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1603;STB=0.592398;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0462911;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:13:9:11:29:13:9:11:29 chr9 6254555 . TAAAAAAAAAAAAT TAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAT 63.96 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=3,3;DP=14;FAO=6,7;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.208855,0.204869;FXX=0.0713776;HRUN=3,12;LEN=1,1;MLLD=15.9079,4.67856;QD=19.6809;RBI=0.237273,0.338697;REFB=0.0292845,-0.0223934;REVB=-0.112597,0.269712;RO=5;SAF=1,3;SAR=2,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0671606,0.698233;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.193948,0.234176;OID=.,.;OPOS=6254568,6254556;OREF=T,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.461538,0.538462:3,3:14:6,7:13:0:1,4:5,3:0:0:34:5:1,3:2,0:2:3 chr9 6328947 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.375;QD=46.8479;RBI=0.0400219;REFB=0;REVB=0.0269776;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378449;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr9 6329888 . A G 721.5 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995398;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.265;QD=56.5886;RBI=0.105836;REFB=0;REVB=0.0359591;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262814;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:1:0:50:51:1:35:15:1:0:35:16:0:0 chr9 6330321 . T A 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00803017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.217;QD=13.912;RBI=0.0202233;REFB=0.00258474;REVB=0.0185607;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156676;STB=0.58201;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0044756;OID=.;OPOS=6330321;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:31:21:21:0.403846:13:8:15:13:13:8:16:15 chr9 6330915 . G A 871.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446774;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.772;QD=58.0675;RBI=0.0238008;REFB=0;REVB=0.0233777;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8008e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr9 6468447 . A G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0203988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.395;QD=17.6176;RBI=0.0207598;REFB=-0.00863136;REVB=-0.00385467;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159343;STB=0.590415;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00900424;OID=.;OPOS=6468447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:17:7:12:15:17:7:12:15 chr9 6469651 . A G 320.16 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0217831;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.116;QD=12.6797;RBI=0.0286031;REFB=-0.0154727;REVB=0.0185374;RO=62;SAF=15;SAR=23;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988152;STB=0.551972;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0242308;OID=.;OPOS=6469651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:62:63:38:38:0.376238:23:15:30:32:23:15:30:33 chr9 6469657 . G GGT 209.67 PASS AF=0.301075;AO=15;DP=105;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.150158;FXX=0.0792001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=111.532;QD=9.01794;RBI=0.1546;REFB=-0.0722822;REVB=0.0367935;RO=73;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201218;STB=0.560192;STBP=0.468;TYPE=ins;VARB=0.109716;OID=.;OPOS=6469658;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301075:15:105:28:93:65:9:19:26:39:99:73:9:6:32:41 chr9 6469705 . C T 168.39 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=45;FWDB=-0.0210362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5786;QD=8.52585;RBI=0.0656258;REFB=-0.0356301;REVB=-0.0621628;RO=56;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352206;STB=0.703558;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0479123;OID=.;OPOS=6469705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:12:11:11:45:12:11:11:45 chr9 6469714 . AC GT 39.68 PASS AF=0.137255;AO=6;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=-0.0193154;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.115;QD=3.11186;RBI=0.0295449;REFB=-0.0162572;REVB=-0.0223566;RO=42;SAF=0;SAR=6;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54114;STB=0.562307;STBP=0.843;TYPE=mnp;VARB=0.0613241;OID=.;OPOS=6469714;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:42:44:6:7:0.137255:6:0:7:35:6:1:8:36 chr9 6506038 . C T 136.74 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0143075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.608;QD=10.9395;RBI=0.0147285;REFB=-0.0177745;REVB=0.00349608;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00425847;STB=0.502535;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0382268;OID=.;OPOS=6506038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:19:15:7:9:19:15 chr9 6984172 . G A 160.19 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.016588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.328;QD=18.3072;RBI=0.0166069;REFB=-0.024946;REVB=-0.00079216;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0238103;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:9:9:7:10:9:9 chr9 7046917 . A G 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00985597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2497;QD=16.42;RBI=0.0471714;REFB=-0.0165689;REVB=0.0461303;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348332;STB=0.528033;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0195951;OID=.;OPOS=7046917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:13:16:17:16:13:16:17:17 chr9 7103816 . C T 1523.7 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.609;QD=59.753;RBI=0.00614598;REFB=0;REVB=0.00416557;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92882e-05;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:55:46:0:0:56:46:0:0 chr9 7798435 . C T 348.13 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00979401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.67;QD=25.7876;RBI=0.0103958;REFB=-0.00228903;REVB=-0.00348556;RO=20;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749839;STB=0.533314;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00133565;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:20:33:34:0.62963:13:20:10:10:14:20:10:10 chr9 7798518 . G C 607.76 PASS AF=0.58;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00224337;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9229;QD=24.3105;RBI=0.0517072;REFB=-0.0414739;REVB=0.0516585;RO=42;SAF=33;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206652;STB=0.51128;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0421819;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:42:42:58:58:0.58:25:33:25:17:25:33:25:17 chr9 7799494 . G T 45.68 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00322002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.159;QD=8.7005;RBI=0.0232349;REFB=-0.00942958;REVB=0.0230107;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00458993;OID=.;OPOS=7799494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:3:4:4:9:3:4:5:9 chr9 7799606 . C A 155.17 PASS AF=0.64;AO=14;DP=23;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0143528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.026;QD=24.8263;RBI=0.0262953;REFB=-0.0176919;REVB=0.0220327;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193534;STB=0.59988;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00862195;OID=.;OPOS=7799606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:25:9:9:14:16:0.64:7:7:2:7:8:8:2:7 chr9 7799653 . G T 149.32 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0116396;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.8502;QD=19.9094;RBI=0.0124578;REFB=-0.0406498;REVB=0.0044405;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162078;STB=0.538414;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0565019;OID=.;OPOS=7799653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:8:14:14:16:0.533333:7:7:2:6:9:7:5:9 chr9 8389364 . C G 2201.63 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372491;FXX=0.0211253;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.511;QD=63.3562;RBI=0.039027;REFB=0;REVB=0.0116451;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23342e-05;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:138:139:1:70:68:0:0:70:69:0:0 chr9 8454566 . T C 176.75 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0162378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9789;QD=13.3393;RBI=0.0172665;REFB=-0.013349;REVB=0.00587079;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715477;STB=0.541361;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0201804;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:15:6:11:21:15:6:11:21 chr9 8485834 . G A 309.2 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00729097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.455;QD=13.5911;RBI=0.0167137;REFB=-0.0084296;REVB=-0.0150396;RO=56;SAF=18;SAR=17;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100749;STB=0.557345;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0186638;OID=.;OPOS=8485834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:17:18:34:22:17:18:34:22 chr9 8485928 . G A 506.13 PASS AF=0.387097;AO=60;DP=155;FAO=60;FDP=155;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.00280164;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.4127;QD=13.0614;RBI=0.0455239;REFB=4.06122e-06;REVB=0.0454376;RO=90;SAF=26;SAR=34;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118282;STB=0.557118;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=2.34136e-05;OID=.;OPOS=8485928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:90:95:60:60:0.387097:34:26:49:41:34:26:50:45 chr9 8486482 . T C 313.89 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0163931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.672;QD=14.5996;RBI=0.0238641;REFB=-0.00920398;REVB=0.0173424;RO=50;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847269;STB=0.542832;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0124969;OID=.;OPOS=8486482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:51:35:35:0.406977:21:14:24:26:21:14:24:27 chr9 8518143 . T C 552.74 PASS AF=0.47541;AO=57;DP=121;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0357319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.745;QD=18.1226;RBI=0.0370274;REFB=-0.0207528;REVB=-0.00970886;RO=62;SAF=33;SAR=24;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120063;STB=0.562122;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0272926;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:62:64:57:58:0.47541:24:33:28:34:24:34:30:34 chr9 9442211 . G A 154.68 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0249635;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.924;QD=14.731;RBI=0.0357214;REFB=-0.015332;REVB=-0.0255508;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481477;STB=0.517221;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0181489;OID=.;OPOS=9442211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:10:7:11:13:10:7:11:14 chr9 9442274 . A G 326.06 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00846822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.652;QD=17.3897;RBI=0.0130096;REFB=0.000889161;REVB=0.00987624;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139841;STB=0.567529;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00114342;OID=.;OPOS=9442274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:34:35:0.466667:21:13:21:19:21:14:21:19 chr9 12764879 . C T 565.93 PASS AF=0.537736;AO=56;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.000286559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.573;QD=21.3559;RBI=0.0253267;REFB=-0.024474;REVB=-0.0253251;RO=46;SAF=19;SAR=37;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192586;STB=0.614338;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0334424;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:49:56:57:0.537736:37:19:26:20:38:19:28:21 chr9 12775889 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.808;QD=56.1907;RBI=0.0459566;REFB=0;REVB=0.0089217;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591466;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr9 13105959 . T G 810.92 PASS AF=0.967213;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0454114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1707;QD=53.1749;RBI=0.0923457;REFB=-0.0334744;REVB=0.0804085;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.517236;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00731451;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:61:1:2:57:59:0.967213:27:30:0:1:28:31:0:2 chr9 13112116 . A G 1829.19 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0326692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.609;QD=59.4857;RBI=0.0735207;REFB=-0.0389828;REVB=-0.0658637;RO=2;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012665;STB=0.506666;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000312838;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:74:47:0:2:74:47:0:2 chr9 13150531 . T C 1592.05 PASS AF=0.981982;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0108446;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.721;QD=57.3712;RBI=0.0216754;REFB=-0.120927;REVB=0.0187674;RO=2;SAF=58;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160837;STB=0.508195;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000357362;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:111:2:2:107:109:0.981982:49:58:2:0:49:60:2:0 chr9 13176312 . C T 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00470472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.512;QD=60.2413;RBI=0.00587766;REFB=-0.0163275;REVB=0.00352314;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126271;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=6.51692e-05;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:1:0:45:37:1:0 chr9 13408341 . C G 324.99 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00335171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.046;QD=19.6964;RBI=0.0139083;REFB=-0.0142959;REVB=-0.0134984;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723797;STB=0.5314;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0129807;OID=.;OPOS=13408341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:16:18:19:12:16:18:19:13 chr9 14737506 . T G 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.088;QD=57.5369;RBI=0.0592874;REFB=0;REVB=0.00210872;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000487673;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr9 14747723 . G A 719.78 PASS AF=0.487342;AO=72;DP=153;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.0065422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.596;QD=18.2222;RBI=0.0171385;REFB=-0.00971639;REVB=-0.0158407;RO=80;SAF=27;SAR=45;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384755;STB=0.52392;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00933732;OID=.;OPOS=14747723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:158:80:81:72:77:0.487342:45:27:27:53:47:30:28:53 chr9 14770658 . G T 956.04 PASS AF=0.459091;AO=100;DP=219;FAO=101;FDP=220;FR=.;FRO=119;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=0.0132799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.118;QD=17.3826;RBI=0.0156712;REFB=-0.0121083;REVB=0.00832035;RO=118;SAF=46;SAR=54;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887047;STB=0.553548;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00894587;OID=.;OPOS=14770658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:118:119:100:101:0.459091:54:46:65:53:55:46:66:53 chr9 14775853 . A G 923.35 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6595;QD=56.8217;RBI=0.0441055;REFB=0.0196336;REVB=0.0236586;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125954;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=5.92872e-05;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:27:37:1:0:27:37:1:0 chr9 14775859 . G A 228.15 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00618532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.598;QD=13.827;RBI=0.0248545;REFB=-0.0142603;REVB=-0.0240726;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360483;STB=0.520533;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0329508;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:12:15:23:16:12:15:23:16 chr9 14776140 . C T 294.26 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00510182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0822;QD=15.0901;RBI=0.0253975;REFB=-0.006151;REVB=0.0248798;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103112;STB=0.55816;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0128166;OID=.;OPOS=14776140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:15:18:29:16:15:18:29:16 chr9 14801710 . C A 674.99 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00697127;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.01;QD=21.774;RBI=0.0129314;REFB=-0.0173545;REVB=0.0108913;RO=57;SAF=33;SAR=33;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074109;STB=0.508062;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0154261;OID=.;OPOS=14801710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:57:58:66:66:0.532258:33:33:29:28:33:33:30:28 chr9 14816829 . G C 152.34 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00831521;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.003;QD=18.4656;RBI=0.0144694;REFB=0.0045432;REVB=0.0118415;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279432;STB=0.660802;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00683745;OID=.;OPOS=14816829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:9:8:12:4:9:8 chr9 14824799 . G A 337.91 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00987645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.343;QD=17.5537;RBI=0.0208773;REFB=-0.0199479;REVB=-0.0183934;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380447;STB=0.521288;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0236582;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:17:19:20:21:17:19:20:21 chr9 14846036 . C G 328.65 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00495802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.871;QD=18.0083;RBI=0.0207195;REFB=-0.00823101;REVB=0.0201175;RO=38;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115747;STB=0.564669;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0110325;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:15:20:17:21:15:20:17:21 chr9 14859356 . T C 292.03 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0623375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2726;QD=19.4687;RBI=0.0625366;REFB=0.00687353;REVB=0.00498552;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681327;STB=0.530706;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00879237;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:31:31:0.516667:19:12:13:15:19:12:13:16 chr9 15188106 . T C 311.9 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0178349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.929;QD=14.1774;RBI=0.0217933;REFB=-0.00376335;REVB=0.0125246;RO=53;SAF=13;SAR=22;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168828;STB=0.596111;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00412697;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:22:13:28:25:22:13:28:25 chr9 15307090 . C T 580.31 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0044854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.81;QD=20.0107;RBI=0.00632514;REFB=-0.00518508;REVB=0.00445966;RO=55;SAF=24;SAR=36;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112263;STB=0.566411;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00195155;OID=.;OPOS=15307090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:56:60:60:0.517241:36:24:29:26:36:24:30:26 chr9 15431952 . A C 205.31 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00838708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.765;QD=12.8317;RBI=0.00938489;REFB=-0.00707318;REVB=0.00421107;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830119;STB=0.553032;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00822738;OID=.;OPOS=15431952;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:25:25:0.390625:16:9:11:27:16:9:11:28 chr9 15464898 . C A 141.81 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0897259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6559;QD=16.683;RBI=0.103855;REFB=0.00862645;REVB=-0.0522986;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234065;STB=0.634442;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0125291;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:8:10:5:11:8:10 chr9 15591372 . T A 100.73 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0146565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.722;QD=16.1175;RBI=0.0178033;REFB=-0.00260781;REVB=-0.0101066;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947925;STB=0.571306;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00440693;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:4:7:7:6:4:8:7:6 chr9 15784631 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.00135335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.621;QD=19.5232;RBI=0.00551142;REFB=-0.00187424;REVB=0.00534268;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305272;STB=0.670382;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00133406;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:1:11:8:6:1:11 chr9 15922137 . A G 276.69 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0193277;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.359;QD=18.1437;RBI=0.0229859;REFB=-0.0176244;REVB=0.0124415;RO=32;SAF=21;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140608;STB=0.585395;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.013162;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:31:30:30:0.491803:9:21:18:14:9:21:17:14 chr9 16410956 . G C 300.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.852;QD=52.2631;RBI=0.0924945;REFB=0;REVB=0.030946;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221326;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:14:9:0:0 chr9 16411463 . G T 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0792951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5455;QD=60.8516;RBI=0.0806828;REFB=-0.0927143;REVB=0.0148997;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00203119;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:1:0:25:21:1:0 chr9 16417431 . G A 1803.63 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.72523e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.942;QD=61.1399;RBI=0.000299426;REFB=0;REVB=0.000286432;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07274e-07;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:63:54:0:0:64:54:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 459.91 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614345;FXX=0.0749813;HRUN=2;LEN=10;MLLD=255.609;QD=49.7204;RBI=0.0079385;REFB=0;REVB=0.00502771;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.08724e-05;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:38:37:37:0:22:15:0:0:8:0:21:14:0:0 chr9 16418658 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0530021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.83;QD=14.3343;RBI=0.0544782;REFB=-0.00458106;REVB=-0.0125958;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119124;STB=0.529346;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00307572;OID=.;OPOS=16418658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:8:9:0.473684:3:5:5:5:4:5:5:5 chr9 16436800 . G A 648.34 PASS AF=0.567568;AO=63;DP=111;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00780419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.033;QD=23.3636;RBI=0.00780465;REFB=-0.00942584;REVB=8.47712e-05;RO=47;SAF=26;SAR=37;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010334;STB=0.511016;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0078394;OID=.;OPOS=16436800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:47:48:63:63:0.567568:37:26:20:27:37:26:21:27 chr9 16685539 . T C 99.83 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.617;QD=39.9333;RBI=0.0683904;REFB=0;REVB=0.0137682;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00516389;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:8:10:1:5:3:0:0:6:4:0:0 chr9 17001122 . C A 1254.66 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240224;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7807;QD=61.9585;RBI=0.0362552;REFB=0;REVB=0.0271544;RO=0;SAF=57;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231838;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:24:57:0:0:24:57:0:0 chr9 17001200 . C A 1880.19 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.911;QD=60.6514;RBI=0.0306733;REFB=-0.100625;REVB=0.0288595;RO=1;SAF=66;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714392;STB=0.503703;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000366234;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:1:1:122:123:0.991935:56:66:1:0:56:67:1:0 chr9 17001216 . A C 1531.64 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170889;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.531;QD=60.0645;RBI=0.0179106;REFB=0;REVB=0.00536278;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014273;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr9 17053994 . G A 92.95 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0250817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3066;QD=9.53378;RBI=0.033991;REFB=-0.0252328;REVB=-0.0229412;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634537;STB=0.538398;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.031625;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:15:12:6:6:15:12 chr9 17054142 . A G 440.74 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0127959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7578;QD=25.5503;RBI=0.058511;REFB=0.0148743;REVB=-0.0570946;RO=27;SAF=21;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759162;STB=0.545433;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0103421;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:27:27:41:42:0.608696:20:21:11:16:20:22:11:16 chr9 17273731 . A G 171.69 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.013809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.538;QD=17.6087;RBI=0.025917;REFB=-0.00606451;REVB=0.0219317;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262442;STB=0.666496;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00535048;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:17:18:0.461538:9:8:15:5:10:8:16:5 chr9 17273754 . A C 165.42 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0208404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.168;QD=14.3844;RBI=0.0368631;REFB=-0.00502144;REVB=0.0304067;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246517;STB=0.631434;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0089408;OID=.;OPOS=17273754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:11:7:17:10:11:7:17:11 chr9 17342383 . C T 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.733;QD=63.5763;RBI=0.0313626;REFB=0;REVB=0.0230748;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165613;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr9 17394536 . C T 138.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.431;QD=42.5203;RBI=0.0451881;REFB=0;REVB=0.0161532;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00535922;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:11:13:1:8:3:0:0:8:5:0:0 chr9 17394996 . T C 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.617;QD=60.5422;RBI=0.0485507;REFB=0;REVB=0.0483302;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94983e-05;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr9 17409366 . G A 1017.82 PASS AF=0.972222;AO=68;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.913;QD=56.5456;RBI=0.0113194;REFB=0.0283054;REVB=-0.0028734;RO=2;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201069;STB=0.510635;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.000912969;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:68:70:0.972222:46:22:0:2:46:24:0:2 chr9 18504916 . T A 289.04 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00946741;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.395;QD=18.3516;RBI=0.0201226;REFB=-0.0115842;REVB=0.0177563;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093823;STB=0.541467;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0168428;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:32:32:30:31:0.492063:18:12:16:16:18:13:16:16 chr9 18651156 . C T 196.55 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0346459;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3728;QD=24.569;RBI=0.0362739;REFB=-0.00170498;REVB=0.0107451;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860085;STB=0.547896;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00206427;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:9:4:8:11:9:4 chr9 18651282 . A G 496.08 PASS AF=0.559524;AO=46;DP=83;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0133843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.565;QD=23.6231;RBI=0.0138917;REFB=-0.017757;REVB=-0.00372012;RO=37;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899527;STB=0.553169;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0108309;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:37:37:46:47:0.559524:25:21:21:16:26:21:21:16 chr9 18776840 . A C 545.6 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00737257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.288;QD=57.4317;RBI=0.0113027;REFB=-0.104572;REVB=-0.00856719;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-3.95662e-05;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:35:37:0.973684:14:21:0:1:15:22:0:1 chr9 18777368 . T C 316.75 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0283056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.716;QD=20.4353;RBI=0.0371761;REFB=-0.0469397;REVB=-0.024101;RO=28;SAF=23;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177372;STB=0.592216;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0288978;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:29:33:33:0.532258:10:23:14:14:10:23:15:14 chr9 18887908 . G C 290.61 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00570702;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6227;QD=14.0053;RBI=0.0337293;REFB=-0.015952;REVB=-0.033243;RO=50;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143396;STB=0.581583;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0150623;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:19:14:28:22:19:14:28:22 chr9 18928312 . C G 464.91 PASS AF=0.534091;AO=43;DP=86;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00282336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.838;QD=21.1325;RBI=0.0228041;REFB=-0.00380459;REVB=-0.0226287;RO=37;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783783;STB=0.52829;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00465215;OID=.;OPOS=18928312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:37:41:43:47:0.534091:26:17:18:19:28:19:19:22 chr9 18950787 . G A 449.02 PASS AF=0.36;AO=54;DP=149;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.00816547;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0954;QD=11.9738;RBI=0.00864471;REFB=0.00274422;REVB=0.00283832;RO=86;SAF=18;SAR=36;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138419;STB=0.591514;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00484409;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:86:96:54:54:0.36:36:18:39:47:36:18:45:51 chr9 19058743 . G C 191.94 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0314432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.096;QD=11.8114;RBI=0.0394785;REFB=-0.0225455;REVB=0.0238721;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106787;STB=0.506168;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0407856;OID=.;OPOS=19058743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:9:15:26:15:9:15:26:15 chr9 19058821 . A G 226.19 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0113703;FXX=0.036357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.0461;QD=17.0709;RBI=0.0119068;REFB=-0.00650543;REVB=0.00353372;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570018;STB=0.512967;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0125777;OID=.;OPOS=19058821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:11:13:15:13:11:14:15:13 chr9 19060046 . C T 192.89 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00830121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3195;QD=16.0743;RBI=0.00892824;REFB=-0.0116641;REVB=-0.00328684;RO=26;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261326;STB=0.666481;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0239402;OID=.;OPOS=19060046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:28:19:20:0.416667:15:4:11:15:16:4:12:16 chr9 19063765 . A G 223.89 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0217538;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.378;QD=12.6133;RBI=0.0224816;REFB=0.00259458;REVB=0.00567393;RO=43;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879711;STB=0.558096;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00388142;OID=.;OPOS=19063765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:44:27:27:0.380282:16:11:21:22:16:11:22:22 chr9 19089643 . T G 343.44 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0129981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0276;QD=24.1013;RBI=0.0131847;REFB=0.0482813;REVB=-0.00221024;RO=23;SAF=11;SAR=23;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201928;STB=0.511105;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0322854;OID=.;OPOS=19089643;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:23:11:8:15:23:11:8:15 chr9 19461193 . G T 527.45 PASS AF=0.377246;AO=62;DP=165;FAO=63;FDP=167;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=75;FSRR=29;FWDB=-0.0205644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8617;QD=12.6336;RBI=0.0598439;REFB=-0.0114606;REVB=-0.0561996;RO=103;SAF=34;SAR=28;SRF=74;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194532;STB=0.606865;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0190377;OID=.;OPOS=19461193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:103:104:62:63:0.377246:28:34:74:29:28:35:75:29 chr9 19492973 . A G 255.43 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00270926;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.579;QD=21.2857;RBI=0.00379427;REFB=-0.0223967;REVB=-0.00265639;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275809;STB=0.642742;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0170841;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:14:10:17:6:14:10:17:7 chr9 19576949 . T G 1574.89 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015854;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.822;QD=64.2813;RBI=0.0413067;REFB=0;REVB=0.0381431;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26151e-05;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:99:98:1:61:38:0:0:61:37:0:0 chr9 19622268 . T C 405.67 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0510064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2143;QD=50.7086;RBI=0.0550599;REFB=-0.0362184;REVB=0.020735;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00980768;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:32:0:1:29:31:0.96875:18:11:0:0:18:13:1:0 chr9 20418323 . T C 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0316913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.239;QD=17.9916;RBI=0.0328552;REFB=-0.038077;REVB=-0.0086675;RO=30;SAF=8;SAR=21;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630399;STB=0.535386;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.041872;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:21:8:10:20:21:8:10:20 chr9 20786994 . G C 420.49 PASS AF=0.577465;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00988386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.623;QD=23.6897;RBI=0.0106751;REFB=-0.00777972;REVB=0.00403321;RO=29;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713204;STB=0.525975;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0053905;OID=.;OPOS=20786994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:30:40:41:0.577465:23:17:15:14:23:18:15:15 chr9 20866974 . C G 1134.98 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1594;QD=60.5324;RBI=0.0347445;REFB=0;REVB=0.0347002;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275512;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr9 20885204 . A G 895.73 PASS AF=0.550633;AO=87;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0525081;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.008;QD=22.6766;RBI=0.0525116;REFB=-0.00988566;REVB=0.00060308;RO=68;SAF=41;SAR=46;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243334;STB=0.52202;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00770745;OID=.;OPOS=20885204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:68:71:87:87:0.550633:46:41:30:38:46:41:30:41 chr9 20953049 . A G 301.47 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0521381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.434;QD=19.4499;RBI=0.0524946;REFB=-0.0284143;REVB=-0.00610752;RO=30;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391086;STB=0.521726;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0283429;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:20:12:10:20:20:12:10:20 chr9 20988426 . A G 851.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00128069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.797;QD=57.7065;RBI=0.0092407;REFB=0;REVB=-0.00915152;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34051e-06;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr9 21029330 . T C 494.14 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035423;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.57;QD=56.4725;RBI=0.0516953;REFB=-0.0876561;REVB=0.0376512;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000689393;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:21:13:0:0:21:13:1:0 chr9 21166407 . T G 179.5 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0344639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4563;QD=13.0548;RBI=0.0352553;REFB=-0.00198811;REVB=0.00742807;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136176;STB=0.557041;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00308018;OID=.;OPOS=21166407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:21:22:0.4:14:7:15:18:14:8:15:18 chr9 21351168 . T C 529.96 PASS AF=0.413043;AO=56;DP=137;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00650594;FXX=0.0416638;HRUN=7;LEN=1;MLLD=147.779;QD=15.3611;RBI=0.00786669;REFB=-0.00328713;REVB=-0.00442239;RO=77;SAF=22;SAR=34;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519433;STB=0.528187;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00633501;OID=.;OPOS=21351168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:77:81:56:57:0.413043:34:22:34:43:35:22:35:46 chr9 21481483 . G A 564.66 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3713;QD=59.4383;RBI=0.0665495;REFB=0;REVB=0.061958;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112385;OID=.;OPOS=21481483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr9 21482181 . C A,G 1724.94 PASS AF=0.0347826,0.965217;AO=5,110;DP=115;FAO=4,111;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=3,57;FSAR=1,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000236465,0.0314597;FXX=0.00861995;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.121,113.636;QD=59.998;RBI=0.0160149,0.0320304;REFB=0,0;REVB=-0.0160131,-0.00601938;RO=0;SAF=4,56;SAR=1,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.46761e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0606202,0.000597144;OID=.,.;OPOS=21482181,21482181;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:115:115:0:0:5,110:4,111:0.0347826,0.965217:1,54:4,56:0:0:1,54:3,57:0:0 chr9 21482238 . AAAT A 1374.37 PASS AF=1;AO=100;DP=118;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160368;FXX=0.0737644;HRUN=3;LEN=3;MLLD=224.036;QD=48.6504;RBI=0.040338;REFB=0;REVB=0.0370132;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.09333e-06;OID=.;OPOS=21482239;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:118:113:113:0:59:54:0:0:24:0:54:46:0:0 chr9 21699406 . G A 612.41 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7394;QD=61.2405;RBI=0.0724511;REFB=0;REVB=0.0661283;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059085;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr9 21699444 . C T 840.09 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211557;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0596;QD=57.9371;RBI=0.0233946;REFB=0;REVB=-0.0099872;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025545;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr9 21816758 . G A 126.01 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00625331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.579;QD=10.5007;RBI=0.023313;REFB=-0.00731894;REVB=0.0224587;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513645;STB=0.517218;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0164998;OID=.;OPOS=21816758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:33:14:15:0.3125:8:6:14:19:9:6:14:19 chr9 21968199 . C G 1036.43 PASS AF=0.936709;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0769072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1384;QD=52.4776;RBI=0.0781804;REFB=-0.131179;REVB=-0.0140518;RO=3;SAF=40;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894647;STB=0.51657;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0122973;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:77:79:3:5:73:74:0.936709:33:40:2:1:34:40:4:1 chr9 22029445 . G A 296.61 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00470707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.404;QD=15.6109;RBI=0.024282;REFB=-0.0121167;REVB=0.0238214;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166901;STB=0.590637;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.010214;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:43:33:33:0.434211:17:16:13:28:17:16:14:29 chr9 24543732 . C T 113.73 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0385437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.399;QD=7.98094;RBI=0.0390281;REFB=-0.00473321;REVB=-0.00612968;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121072;STB=0.565528;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0262856;OID=.;OPOS=24543732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:16:16:0.280702:10:6:19:21:10:6:19:22 chr9 24545513 . G A 1313.9 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000620166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.705;QD=59.7228;RBI=0.0242499;REFB=-0.0476367;REVB=0.024242;RO=2;SAF=48;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253624;STB=0.501339;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000281194;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:2:2:86:86:0.977273:38:48:1:1:38:48:1:1 chr9 24545957 . G C 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0171785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.464;QD=8.68731;RBI=0.0202781;REFB=-0.00337833;REVB=0.0107751;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104094;STB=0.562426;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00646485;OID=.;OPOS=24545957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:7:10:20:20:7:10:20:20 chr9 24905556 . A G 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.796;QD=63.1954;RBI=0.00498215;REFB=0;REVB=0.00259087;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28194e-06;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr9 25678640 . T A 938.49 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.734;QD=57.7535;RBI=0.064826;REFB=0;REVB=0.0334496;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135332;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:62:65:1:36:26:1:0:36:29:0:0 chr9 26116150 . G T 145.03 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.895;QD=44.6259;RBI=0.0593939;REFB=0;REVB=0.0269403;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441888;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr9 26892654 . G A 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0222575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.893;QD=16.1052;RBI=0.0620525;REFB=-0.00586005;REVB=0.0579234;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295045;STB=0.667477;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0240664;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:17:5:9:8:17:5 chr9 26895808 . A G 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0063137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.272;QD=21.6305;RBI=0.0312571;REFB=0.000724805;REVB=-0.0306128;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170458;STB=0.518506;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00059478;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:15:15:12:11:15:15:13:11 chr9 26978170 . A G 564.03 PASS AF=0.568421;AO=45;DP=90;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00314463;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.786;QD=23.7487;RBI=0.00622227;REFB=-0.0223924;REVB=0.00536917;RO=38;SAF=17;SAR=28;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829033;STB=0.515619;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0174303;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:38:41:45:54:0.568421:28:17:14:24:36:18:15:26 chr9 26978259 . A G 711.64 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00600892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.303;QD=31.6282;RBI=0.00624655;REFB=-0.0289558;REVB=0.00170656;RO=29;SAF=18;SAR=42;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167046;STB=0.597527;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0141169;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:29:30:60:60:0.666667:42:18:16:13:42:18:17:13 chr9 27183463 . A C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.862;QD=57.1999;RBI=0.0219486;REFB=0;REVB=0.0191097;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13623e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr9 27202870 . A G 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0162859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.862;QD=22.6322;RBI=0.0176482;REFB=-0.00940498;REVB=0.00679915;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375934;STB=0.713935;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0063448;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:6:2:10:3:6:2 chr9 27213580 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0201938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.158;QD=17.3252;RBI=0.0216686;REFB=-0.0174859;REVB=0.00785745;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106824;STB=0.560915;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0225784;OID=.;OPOS=27213580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:11:14:9:11:11:14 chr9 27220066 . G A 187.56 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0308575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8181;QD=12.7161;RBI=0.0563501;REFB=-0.00100657;REVB=0.0471503;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914448;STB=0.576036;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00390003;OID=.;OPOS=27220066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:36:23:23:0.389831:16:7:13:21:16:7:15:21 chr9 27230152 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00231221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.151;QD=17.0892;RBI=0.0493091;REFB=-0.0166678;REVB=-0.0492549;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197545;STB=0.50613;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0142768;OID=.;OPOS=27230152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:28:25:25:0.471698:14:11:12:14:14:11:12:16 chr9 27328886 . C A 458.58 PASS AF=0.428571;AO=34;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0121646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.048;QD=18.7174;RBI=0.0122861;REFB=-0.00964328;REVB=0.00172353;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764049;STB=0.509429;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0175446;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:51:34:42:0.428571:17:17:27:20:18:24:30:21 chr9 27328964 . C T 691.22 PASS AF=0.540323;AO=66;DP=125;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.01973;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.478;QD=22.2973;RBI=0.0214011;REFB=-0.0116503;REVB=-0.00829067;RO=56;SAF=38;SAR=28;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138198;STB=0.567144;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0104918;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:56:57:66:67:0.540323:28:38:23:33:29:38:24:33 chr9 27524731 . A G 885.95 PASS AF=1;AO=55;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8112;QD=56.2509;RBI=0.0600214;REFB=-0.10341;REVB=0.0597561;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623057;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:1:0:55:63:1:34:21:0:1:42:21:0:0 chr9 32069857 . T G 538.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5416;QD=59.811;RBI=0.0489844;REFB=0;REVB=-0.0296288;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174877;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr9 32425910 . A G 603.3 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00734057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4315;QD=18.8533;RBI=0.0305892;REFB=-0.0244386;REVB=-0.0296953;RO=66;SAF=37;SAR=25;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105775;STB=0.558579;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0296741;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:66:62:62:0.484375:25:37:32:34:25:37:32:34 chr9 32436014 . A G 236.28 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0213681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.077;QD=13.6974;RBI=0.0622134;REFB=-0.0113609;REVB=-0.0584287;RO=40;SAF=23;SAR=5;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149309;STB=0.581295;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0217592;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:5:23:29:11:5:23:30:11 chr9 32450187 . T C 216.96 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00184013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.278;QD=15.7787;RBI=0.027139;REFB=-0.0122478;REVB=0.0270765;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737458;STB=0.537283;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0096974;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:24:25:0.454545:15:9:13:16:15:10:14:16 chr9 32459450 . T G 340.53 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00193832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.51;QD=15.8384;RBI=0.0252304;REFB=-0.0130188;REVB=0.0251559;RO=48;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407621;STB=0.528952;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0169636;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:17:20:24:24:17:20:24:25 chr9 32485280 . A G 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0152269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.912;QD=14.6552;RBI=0.0174721;REFB=-0.00163937;REVB=-0.00856846;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601011;STB=0.856027;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000280064;OID=.;OPOS=32485280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:5:0:5:1:5:0 chr9 32487521 . T C 531.0 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0131953;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.401;QD=19.4863;RBI=0.0261611;REFB=-0.011623;REVB=0.0225895;RO=53;SAF=30;SAR=25;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153786;STB=0.5042;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00693263;OID=.;OPOS=32487521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:53:54:55:55:0.504587:25:30:29:24:25:30:29:25 chr9 32498291 . A G 389.66 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.364;QD=51.9549;RBI=0.0223323;REFB=-0.083504;REVB=0.0196127;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00252099;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:9:19:0:1:9:20:0:1 chr9 32568168 . A T 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0269343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.981;QD=22.5991;RBI=0.0270067;REFB=-0.0104707;REVB=-0.00197522;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16078;STB=0.5894;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00523479;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:15:5:10:13:15:5 chr9 32568457 . G T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0587973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.563;QD=16.728;RBI=0.0589853;REFB=0.00369903;REVB=0.00470644;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117301;STB=0.56685;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0100198;OID=.;OPOS=32568457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:5:14:10:6:5:14 chr9 32785399 . C T 2274.29 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444449;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.772;QD=60.6477;RBI=0.0584453;REFB=0;REVB=-0.058276;RO=0;SAF=85;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216601;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:148:150:1:63:85:0:0:64:86:0:0 chr9 32785888 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.745;QD=50.4134;RBI=0.0467154;REFB=0;REVB=0.0339045;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177131;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr9 32786553 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.465;QD=54.5132;RBI=0.0585474;REFB=0;REVB=-0.0451489;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94736e-05;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr9 32786586 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.552;QD=53.2772;RBI=0.0106464;REFB=0;REVB=0.00460634;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63459e-05;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr9 32786653 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.135;QD=59.4356;RBI=0.0155712;REFB=0;REVB=0.0128154;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31328e-06;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr9 32820257 . C T 792.72 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000130861;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.045;QD=55.6293;RBI=0.00762933;REFB=-0.00746433;REVB=-0.00762821;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200576;STB=0.510634;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000338453;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:57:1:1:56:56:0.982456:23:33:0:1:23:33:0:1 chr9 33026572 . T C 214.06 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0021632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3463;QD=14.7625;RBI=0.0283243;REFB=-0.0128104;REVB=-0.0282416;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235617;STB=0.622342;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0158175;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:25:25:0.431034:12:13:9:23:12:13:10:23 chr9 33240225 . G A 123.2 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.012285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.227;QD=7.35494;RBI=0.0122973;REFB=-0.00861229;REVB=0.0005494;RO=48;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845433;STB=0.511772;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0313959;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:49:18:18:0.268657:10:8:21:27:10:8:21:28 chr9 33352826 . C CAAA 153.83 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=41;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.023306;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=183.875;QD=16.1921;RBI=0.0233702;REFB=0.00802201;REVB=-0.00173125;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134352;STB=0.613365;STBP=0.225;TYPE=ins;VARB=-0.0109504;OID=.;OPOS=33352827;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:14:41:17:38:21:10:7:8:13:99:24:7:7:9:15 chr9 33395196 . A G 445.47 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0168802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.349;QD=52.4078;RBI=0.0176747;REFB=0.115461;REVB=0.00523975;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582199;STB=0.529393;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00554045;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:2:2:31:32:0.941176:16:15:2:0:16:16:2:0 chr9 33442952 . G A 807.51 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.787;QD=56.667;RBI=0.0315085;REFB=0;REVB=0.0291865;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718125;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:36:21:0:0 chr9 33447424 . C G 3643.15 PASS AF=0.991632;AO=234;DP=239;FAO=237;FDP=239;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=144;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0225693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.328;QD=60.9732;RBI=0.0282494;REFB=-0.000185102;REVB=0.0169898;RO=3;SAF=93;SAR=141;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100305;STB=0.505319;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000116185;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:239:239:3:2:234:237:0.991632:141:93:0:3:144:93:2:0 chr9 33461567 . A G 99.79 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0164373;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.038;QD=19.0069;RBI=0.0168547;REFB=-0.0638297;REVB=0.0037279;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211319;STB=0.599828;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0452185;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:21:8:9:12:12:0.571429:4:8:3:5:4:8:4:5 chr9 33461574 . C T 114.29 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0412832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.919;QD=20.7791;RBI=0.0595228;REFB=-0.0167681;REVB=-0.0428796;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.608848;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00944811;OID=.;OPOS=33461574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:11:13:0.590909:3:8:4:5:4:9:4:5 chr9 33466219 . A C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0240353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.564;QD=17.4276;RBI=0.0240364;REFB=-0.0191686;REVB=-0.000236886;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129043;STB=0.57349;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0228802;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:14:9:10:9:14:9 chr9 33524683 . AG A,AA 701.84 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=5,41;DP=46;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212821,0.0184008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.682,191.989;QD=62.3861;RBI=0.0389331,0.0322872;REFB=0,0;REVB=0.0326016,0.0265306;RO=0;SAF=2,19;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0423022,0.000755877;OID=.,.;OPOS=33524684,33524684;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:5,41:46:1,44:45:0:0,21:1,23:0:0:4:0:2,19:3,22:0:0 chr9 33566234 . C T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0197615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.318;QD=19.0015;RBI=0.0310405;REFB=-0.00237882;REVB=-0.0239373;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103195;STB=0.558552;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0017775;OID=.;OPOS=33566234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:10:7:9:8:10:7 chr9 33568789 . T G 227.03 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.045371;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1138;QD=13.3548;RBI=0.047862;REFB=-0.00679806;REVB=-0.0152396;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127768;STB=0.518259;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0182262;OID=.;OPOS=33568789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:41:27:27:0.397059:12:15:19:16:12:15:24:17 chr9 33572347 . T C 205.45 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0297133;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6164;QD=14.6746;RBI=0.0298854;REFB=0.00492838;REVB=0.00320291;RO=32;SAF=6;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414031;STB=0.736163;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00812044;OID=.;OPOS=33572347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:24:24:0.428571:18:6:21:11:18:6:21:11 chr9 33618358 . A G 439.43 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0272349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.114;QD=15.8354;RBI=0.0285336;REFB=-0.00458827;REVB=-0.00851035;RO=62;SAF=18;SAR=31;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714652;STB=0.540053;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00534551;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:31:18:27:35:31:18:27:35 chr9 33618460 . A T 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.657;QD=57.8819;RBI=0.0530948;REFB=0;REVB=0.0232231;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170323;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr9 33618497 . G A 708.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0566;QD=62.9669;RBI=0.0152326;REFB=0;REVB=0.00983005;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161688;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr9 33625185 . C T 1554.41 PASS AF=0.990566;AO=99;DP=101;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.635;QD=58.6569;RBI=0.0469264;REFB=-0.0514285;REVB=0.0145388;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000277379;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:106:0:1:99:105:0.990566:58:41:0:0:58:47:1:0 chr9 33794797 . TGA T 34.26 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0270999;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.571;QD=3.04532;RBI=0.0545279;REFB=-0.0225689;REVB=-0.0473169;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330739;STB=0.731677;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.091377;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333:6:48:6:45:39:4:2:15:24:34:37:4:2:14:23 chr9 33794809 . G A 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0484396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4307;QD=3.78983;RBI=0.049947;REFB=0.00446743;REVB=0.0121783;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246785;STB=0.669446;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00624805;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:3:5:18:25:3:5:18:25 chr9 33794812 . G T 49.32 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0103739;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.404;QD=3.94575;RBI=0.0122253;REFB=-0.00128388;REVB=0.00646848;RO=42;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262737;STB=0.679182;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00872348;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:50:50:42:42:8:8:0.16:3:5:17:25:3:5:17:25 chr9 33796660 . T C 78.47 PASS AF=0.136;AO=17;DP=125;FAO=17;FDP=125;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=0.00453716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.672;QD=2.51112;RBI=0.0164147;REFB=0.000987435;REVB=-0.0157751;RO=106;SAF=10;SAR=7;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00429664;STB=0.512558;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00670551;OID=.;OPOS=33796660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:125:125:106:108:17:17:0.136:7:10:62:44:7:10:62:46 chr9 33796672 . TG CA 96.26 PASS AF=0.143885;AO=20;DP=140;FAO=20;FDP=139;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=51;FWDB=0.0068173;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.803;QD=2.77016;RBI=0.00719183;REFB=0.00069181;REVB=0.00229059;RO=116;SAF=12;SAR=8;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292239;STB=0.525197;STBP=0.836;TYPE=mnp;VARB=-0.0091305;OID=.;OPOS=33796672;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:140:139:116:119:20:20:0.143885:8:12:67:49:8:12:68:51 chr9 33796690 . TGAG T,TGCT 542.73 PASS AF=0.394161,0.0437956;AO=53,6;DP=145;FAO=54,6;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=27,0;FSAR=27,6;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=-0.0305511,-0.0396365;FXX=0.0551686;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=192.05,155.904;QD=15.8461;RBI=0.0312989,0.0552186;REFB=-0.0125405,-0.00736097;REVB=-0.00680056,-0.0384453;RO=71;SAF=26,0;SAR=27,6;SRF=45;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.146208,-0.626293;STB=0.595386,0.998717;STBP=0.089,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.0139504,0.0652624;OID=.,.;OPOS=33796691,33796692;OREF=GAG,AG;OALT=-,CT;OMAPALT=T,TGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394161,0.0437956:53,6:145:54,6:137:77:27,0:27,6:51:26:99:71:26,0:27,6:45:26 chr9 33796785 . C G 32.94 PASS AF=0.0833333;AO=8;DP=140;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=-0.011125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9724;QD=0.915092;RBI=0.0191432;REFB=-0.00937185;REVB=-0.0155787;RO=132;SAF=4;SAR=4;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150637;STB=0.666389;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0832718;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:140:144:132:132:8:12:0.0833333:4:4:68:64:8:4:68:64 chr9 33796799 . A T 84.57 PASS AF=0.153846;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=104;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.0209891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.272;QD=3.25259;RBI=0.0214831;REFB=-0.0042447;REVB=-0.00458063;RO=87;SAF=6;SAR=10;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657135;STB=0.549937;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0209941;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:104:104:87:88:16:16:0.153846:10:6:37:50:10:6:38:50 chr9 33797951 . A C 31.56 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0832148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.284;QD=1.46787;RBI=0.0880589;REFB=-0.00520693;REVB=-0.0288039;RO=77;SAF=3;SAR=5;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221869;STB=0.667208;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.126239;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:77:78:8:8:0.0930233:5:3:44:33:5:3:44:34 chr9 33797987 . G T 42.52 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0327105;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.734;QD=2.2983;RBI=0.0339078;REFB=-0.00504369;REVB=-0.00893078;RO=65;SAF=4;SAR=5;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167524;STB=0.608074;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0462427;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:76:74:65:65:9:9:0.121622:5:4:38:27:5:4:37:28 chr9 33797999 . A G 34.24 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0318101;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1757;QD=2.17372;RBI=0.0319301;REFB=-0.00485931;REVB=0.00276554;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145065;STB=0.609558;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0446443;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:65:63:56:56:7:7:0.111111:4:3:31:25:4:3:31:25 chr9 33798016 . CA CG,TG 702.77 PASS AF=0.826087,0.173913;AO=38,8;DP=47;FAO=38,8;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17,4;FSAR=21,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256874,0.00999734;FXX=0.0212721;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=90.0855,115.697;QD=61.1105;RBI=0.025849,0.0136828;REFB=0,0;REVB=0.00288547,-0.00934201;RO=0;SAF=17,4;SAR=21,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00141069,0.0155058;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:47:46:0:0:38,8:38,8:0.826087,0.173913:21,4:17,4:0:0:21,4:17,4:0:0 chr9 33798037 . T C 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0281495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.231;QD=5.25868;RBI=0.0369545;REFB=0.000654487;REVB=-0.0239424;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791169;STB=0.593536;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00481838;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:33:36:9:9:0.2:6:3:13:20:6:3:16:20 chr9 33798042 . G C 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0320485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.029;QD=5.12605;RBI=0.0332181;REFB=-0.0107341;REVB=0.0087371;RO=36;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141537;STB=0.605819;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0416403;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:36:37:9:9:0.195652:6:3:16:20:6:3:17:20 chr9 33798075 . T C 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0156197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.678;QD=5.39763;RBI=0.0177375;REFB=-0.0060627;REVB=0.00840485;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122235;STB=0.580461;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0161905;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:15:20:6:3:15:20 chr9 33917484 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTA 47.0 PASS AF=0.258065,0.129032;AO=4,3;DP=31;FAO=8,4;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4,2;FSAR=4,2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0776823,0.0763985;FXX=0.0312402;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.0446,10.8965;QD=6.0643;RBI=0.24359,0.193795;REFB=0.0291589,-0.000356338;REVB=0.230871,0.178101;RO=12;SAF=2,1;SAR=2,2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0918015,-0.0961013;STB=0.592369,0.608179;STBP=0.515,0.679;TYPE=del,snp;VARB=-0.0186995,-0.147854;OID=.,.;OPOS=33917485,33917491;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065,0.129032:4,3:31:8,4:31:19:4,2:4,2:7:12:23:12:2,1:2,2:5:7 chr9 33917498 . T C 195.83 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0466521;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.273;QD=26.1104;RBI=0.0466585;REFB=-0.0169019;REVB=-0.000773904;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149988;STB=0.596307;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00525294;OID=.;OPOS=33917498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:30:10:11:17:17:0.566667:10:7:2:8:10:7:2:9 chr9 33927899 . G A 1366.21 PASS AF=0.957447;AO=88;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.01689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7216;QD=58.1364;RBI=0.0281276;REFB=-0.175164;REVB=0.022492;RO=4;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511296;STB=0.525635;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00325121;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:94:94:4:4:88:90:0.957447:35:53:0:4:37:53:0:4 chr9 33935736 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.9;QD=51.9164;RBI=0.0154459;REFB=0;REVB=0.0136269;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00867e-05;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr9 33941759 . T C 433.35 PASS AF=0.56;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0182656;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.499;QD=23.1121;RBI=0.0187909;REFB=-0.0270185;REVB=0.00441206;RO=33;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693703;STB=0.503815;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0214664;OID=.;OPOS=33941759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:33:33:42:42:0.56:20:22:17:16:20:22:17:16 chr9 33971740 . A G 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0183482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.303;QD=12.8974;RBI=0.0207279;REFB=-0.0113862;REVB=0.00964308;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132633;STB=0.507763;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0188345;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:10:7:12:18:10:7:12:18 chr9 34017106 . C T 214.63 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.014052;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.187;QD=20.4406;RBI=0.0141767;REFB=0.00222746;REVB=-0.0018756;RO=21;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560203;STB=0.531691;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00229109;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:16:5:6:15:16:5:6:15 chr9 34088022 . G GAAAGA 74.9 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183407;FXX=0;HRUN=0;LEN=5;MLLD=269.878;QD=37.4517;RBI=0.0194371;REFB=0;REVB=-0.00643595;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000295139;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:8:8:8:0:3:5:0:0:4:0:2:4:0:0 chr9 34107505 . C T 91.96 PASS AF=0.3;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0128116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.7059;QD=9.19554;RBI=0.0148932;REFB=0.00933142;REVB=0.00759404;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362456;STB=0.545377;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.018119;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:40:28:28:11:12:0.3:4:7:17:11:4:8:17:11 chr9 34206206 . G A 290.92 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00142101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.488;QD=18.1825;RBI=0.0194078;REFB=0.00481355;REVB=-0.0193557;RO=32;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264727;STB=0.656152;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00394648;OID=.;OPOS=34206206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:32:30:32:0.5:11:19:11:21:11:21:11:21 chr9 34251943 . G C 345.67 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0584751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9353;QD=26.5901;RBI=0.0584753;REFB=0.00484249;REVB=0.000136084;RO=19;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132313;STB=0.507242;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.002751;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:11:22:13:6:11:22:13:6 chr9 34251952 . G T 77.71 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0215629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1278;QD=6.21686;RBI=0.0854505;REFB=-0.00706311;REVB=-0.0826851;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32892;STB=0.706965;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0211881;OID=.;OPOS=34251952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:39:39:11:11:0.22:7:4:25:14:7:4:25:14 chr9 34252466 . GCTAACTAAC GCTAAC,GCTAACTA,GCTAACTATT 410.4 PASS AF=1,0,0;AO=23,3,2;DP=30;FAO=29,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000600767,-0.00730311,-0.0377351;FXX=0.0333222;HRUN=1,2,2;LEN=4,2,2;MLLD=233.5,64.1614,97.2586;QD=56.6068;RBI=0.00554491,0.0474258,0.0394225;REFB=0,0,0;REVB=0.00551226,0.0468601,0.0114102;RO=0;SAF=13,2,0;SAR=10,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-2.37714e-05,0,0;OID=.,.,.;OPOS=34252467,34252474,34252474;OREF=CTAA,AC,AC;OALT=-,-,TT;OMAPALT=GCTAAC,GCTAACTA,GCTAACTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:23,3,2:30:29,0,0:29:0:17,0,0:12,0,0:0:0:4:0:13,2,0:10,1,2:0:0 chr9 34257095 . G A 221.0 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00601814;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.135;QD=18.8084;RBI=0.031614;REFB=-0.0147313;REVB=0.0310359;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142698;STB=0.513606;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0132131;OID=.;OPOS=34257095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:25:21:22:0.468085:11:10:12:14:12:10:12:13 chr9 34310927 . T C 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0110898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.743;QD=23.8322;RBI=0.0196472;REFB=-0.0190909;REVB=0.0162182;RO=26;SAF=7;SAR=31;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208706;STB=0.610596;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0151424;OID=.;OPOS=34310927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:27:38:38:0.584615:31:7:10:16:31:7:10:17 chr9 34311020 . T C 367.53 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0024479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.275;QD=35.0032;RBI=0.0121426;REFB=-0.0222601;REVB=0.0118933;RO=12;SAF=9;SAR=21;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206011;STB=0.511228;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00622438;OID=.;OPOS=34311020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:21:9:4:8:21:9:4:8 chr9 34370020 . T A 263.99 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.129979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4762;QD=45.9119;RBI=0.189032;REFB=-0.132919;REVB=0.137254;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038199;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0139033;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:2:1:21:22:0.956522:10:11:1:1:10:12:0:1 chr9 34371788 . A T 533.81 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00801945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.377;QD=23.209;RBI=0.0140887;REFB=-0.033692;REVB=-0.0115837;RO=40;SAF=26;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862206;STB=0.561501;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0338907;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:40:42:49:50:0.543478:23:26:17:23:23:27:17:25 chr9 34372783 . G C 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.776;QD=60.5995;RBI=0.0679895;REFB=0;REVB=0.0586708;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197558;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr9 34372873 . C G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.795;QD=63.5819;RBI=0.0261758;REFB=0;REVB=0.0213684;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19517e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:12:35:0:0:12:35:0:0 chr9 34372931 . T A 322.72 PASS AF=0.418605;AO=34;DP=84;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0052695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.666;QD=15.0104;RBI=0.011834;REFB=-0.0148084;REVB=0.0105961;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146493;STB=0.560513;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0166297;OID=.;OPOS=34372931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:50:50:34:36:0.418605:13:21:24:26:15:21:24:26 chr9 34379692 . C T 210.47 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0150854;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7251;QD=11.8575;RBI=0.0207332;REFB=-0.00964641;REVB=-0.0142231;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138406;STB=0.580142;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0161634;OID=.;OPOS=34379692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:21:24:17:9:21:24 chr9 34382726 . A G 515.78 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00722252;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1514;QD=17.4841;RBI=0.0457328;REFB=-0.0332438;REVB=-0.0451588;RO=59;SAF=23;SAR=32;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147552;STB=0.572751;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0364194;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:59:62:55:56:0.474576:32:23:34:25:33:23:34:28 chr9 34397545 . A G 205.98 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=-0.0246218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.445;QD=10.8412;RBI=0.0368557;REFB=-0.00971801;REVB=-0.0274246;RO=50;SAF=18;SAR=7;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894615;STB=0.542749;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.017693;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:50:50:25:26:0.342105:7:18:39:11:7:19:39:11 chr9 34478671 . G A 186.4 PASS AF=0.431034;AO=13;DP=60;FAO=25;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0291498;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.046;QD=12.8551;RBI=0.0292052;REFB=-0.0238284;REVB=-0.00179715;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188954;STB=0.527124;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0395044;OID=.;OPOS=34478671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:33:33:13:25:0.431034:8:5:8:25:18:7:8:25 chr9 34514426 . C A 280.37 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00254765;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6576;QD=16.4926;RBI=0.0136142;REFB=0.0096463;REVB=-0.0133737;RO=37;SAF=8;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152651;STB=0.508594;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0148264;OID=.;OPOS=34514426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:23:8:10:27:23:8:10:27 chr9 34521148 . G A 820.05 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.677;QD=55.5962;RBI=0.0164192;REFB=0.00244094;REVB=0.00751551;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=4.78983e-05;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:57:58:0.983051:38:19:0:0:38:20:0:1 chr9 34622389 . A C 631.21 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0352281;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6786;QD=57.3829;RBI=0.0357089;REFB=0.0273849;REVB=-0.00584029;RO=2;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426252;STB=0.522716;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00844803;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:2:2:42:42:0.954545:21:21:0:2:21:21:0:2 chr9 34726671 . G A 840.59 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0077486;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.028;QD=56.0392;RBI=0.054494;REFB=-0.132444;REVB=0.0539403;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000723817;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:58:59:0.983333:26:32:1:0:27:32:1:0 chr9 34835861 . C G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00668445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8572;QD=19.018;RBI=0.0180745;REFB=-0.0149025;REVB=-0.016793;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208427;STB=0.618031;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0104081;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:4:10:7:8:4:10 chr9 34978431 . G A 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0152589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.465;QD=16.0894;RBI=0.024389;REFB=-0.00415448;REVB=-0.019026;RO=49;SAF=14;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145613;STB=0.588188;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00450789;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:24:14:25:24:24:14:26:24 chr9 35043291 . G T 619.32 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00454618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1119;QD=58.9826;RBI=0.00613721;REFB=-0.000711113;REVB=0.00412282;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000141112;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:40:41:0.97619:19:21:1:0:19:22:1:0 chr9 35044493 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.321;QD=33.4285;RBI=0.0240282;REFB=0;REVB=0.0238177;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623244;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 35049508 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.5;QD=43.4861;RBI=0.0551036;REFB=0;REVB=0.0187013;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430635;OID=.;OPOS=35049508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr9 35062972 . C T 556.62 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2906;QD=60.1747;RBI=0.0519;REFB=0;REVB=0.0319127;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657183;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr9 35089431 . AAG AA,A 289.59 PASS AF=1,0;AO=19,4;DP=30;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672065,0.00308454;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=14.9013,6.15483;QD=38.6121;RBI=0.252939,0.338469;REFB=0,0;REVB=-0.243848,-0.338455;RO=0;SAF=17,0;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=-4.41729e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00674689,0;OID=.,.;OPOS=35089433,35089432;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:19,4:30:30,0:30:0:19,0:11,0:0:0:6:0:17,0:2,4:0:0 chr9 35105257 . G A 1935.85 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00303478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4232;QD=60.9716;RBI=0.0319432;REFB=-0.0153021;REVB=0.0317987;RO=1;SAF=48;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979599;STB=0.505154;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000250415;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:78:48:1:0:78:48:1:0 chr9 35107858 . C T 582.23 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.298;QD=58.2229;RBI=0.0402156;REFB=0.015243;REVB=0.00145061;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=3.73782e-06;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:0:1:24:15:0:1 chr9 35480564 . T C 617.63 PASS AF=0.463768;AO=61;DP=135;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0246423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.653;QD=17.9023;RBI=0.0267123;REFB=-0.0172445;REVB=-0.0103102;RO=74;SAF=36;SAR=25;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168328;STB=0.593721;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.024315;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:74:74:61:64:0.463768:25:36:31:43:26:38:31:43 chr9 35482075 . T C 208.54 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00630185;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.361;QD=13.0335;RBI=0.00918304;REFB=-0.0132011;REVB=0.00667943;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344528;STB=0.511269;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0205856;OID=.;OPOS=35482075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:38:39:25:25:0.390625:13:12:17:21:13:12:18:21 chr9 35482149 . C T 259.34 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00994576;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2067;QD=14.0186;RBI=0.026632;REFB=-0.0182081;REVB=0.0247052;RO=43;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572383;STB=0.526751;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0419803;OID=.;OPOS=35482149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:29:30:0.405405:19:10:17:26:19:11:18:26 chr9 35546735 . A G 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.422;QD=50.3902;RBI=0.0877274;REFB=0;REVB=-0.0593333;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43099e-05;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr9 35559213 . C T 257.33 PASS AF=0.509091;AO=26;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0318186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.759;QD=18.715;RBI=0.0320079;REFB=-0.0315916;REVB=-0.00347604;RO=27;SAF=18;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297861;STB=0.654193;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0310245;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:26:28:0.509091:8:18:10:17:9:19:10:17 chr9 35606884 . G A 374.59 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0063188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.405;QD=20.8104;RBI=0.00635052;REFB=0.0075341;REVB=0.000633926;RO=33;SAF=23;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777234;STB=0.536878;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00836451;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:15:23:17:16:15:23:18:16 chr9 35657853 . G A 357.96 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00863518;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.486;QD=14.4632;RBI=0.032859;REFB=-0.0359591;REVB=-0.031704;RO=59;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687763;STB=0.543109;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0470009;OID=.;OPOS=35657853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:60:39:39:0.393939:22:17:22:37:22:17:22:38 chr9 35660990 . A G 573.03 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.541;QD=60.3188;RBI=0.048757;REFB=0;REVB=0.0485995;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135224;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:9:28:0:0:10:28:0:0 chr9 35663228 . G C 335.69 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.372;QD=51.644;RBI=0.0593349;REFB=-0.0954409;REVB=0.0574781;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140035;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:1:0:25:26:1:8:17:0:1:9:17:0:0 chr9 35674053 . G A 562.52 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0565707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.677;QD=57.6941;RBI=0.0576076;REFB=-0.0580307;REVB=0.0108811;RO=1;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164445;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00133617;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:10:28:1:0:10:28:1:0 chr9 35704150 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.059;QD=37.4885;RBI=0.122426;REFB=0;REVB=0.0187214;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156503;OID=.;OPOS=35704150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr9 35737041 . G A 183.73 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.040809;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.084;QD=17.0916;RBI=0.0419208;REFB=-0.0367452;REVB=-0.00959044;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133281;STB=0.575759;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0335147;OID=.;OPOS=35737041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:7:17:11:8:7:17 chr9 35753170 . C A 688.62 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0265649;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.55;QD=54.0094;RBI=0.0339785;REFB=0.118195;REVB=0.021186;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000253254;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:28:21:1:0:29:21:1:0 chr9 35841783 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.725;QD=57.202;RBI=0.11833;REFB=0;REVB=0.0490516;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125593;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:23:6:0:0:24:6:0:0 chr9 35910690 . G A 162.3 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0235365;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9768;QD=18.0335;RBI=0.0422518;REFB=-0.0159582;REVB=0.0350892;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324999;STB=0.518497;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0152892;OID=.;OPOS=35910690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:13:4:4:15:13:4:4:15 chr9 35957355 . G A 257.22 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0231121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.218;QD=16.0762;RBI=0.0388165;REFB=-0.020397;REVB=-0.0311857;RO=34;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324384;STB=0.675995;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0304991;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:9:20:12:22:9:20:13:22 chr9 35957669 . T C 154.77 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.06096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.543;QD=14.7397;RBI=0.0646038;REFB=-0.00870401;REVB=0.0213901;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791353;STB=0.504582;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00825873;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:9:16:11:6:9:16 chr9 35958047 . T C 208.69 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00449758;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.23;QD=17.7604;RBI=0.0230805;REFB=-0.0173304;REVB=-0.022638;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456914;STB=0.513172;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0171873;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:26:19:21:0.446809:10:9:14:13:10:11:13:13 chr9 36066899 . T C 451.06 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936961;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.493;QD=58.201;RBI=0.0568546;REFB=0;REVB=0.0560773;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454849;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr9 36085307 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.567;QD=60.976;RBI=0.0533021;REFB=0;REVB=0.0046945;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215538;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr9 36087876 . G A 1480.46 PASS AF=0.990196;AO=97;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0958747;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.781;QD=58.0572;RBI=0.0970345;REFB=-0.0839293;REVB=0.0149578;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117088;STB=0.506023;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000623656;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:97:101:0.990196:57:40:1:0:60:41:1:0 chr9 36169894 . A G 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0036642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.294;QD=19.1553;RBI=0.01791;REFB=0.00587779;REVB=-0.0175312;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126575;STB=0.59346;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00833517;OID=.;OPOS=36169894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:9:12:9:12:9:12:9:14 chr9 36674842 . C T 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.247;QD=60.2217;RBI=0.0343172;REFB=0;REVB=-0.0314084;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266111;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr9 36840623 . G A 573.22 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.305;QD=58.7913;RBI=0.10022;REFB=0;REVB=0.0613631;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110589;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:38:39:1:24:14:1:0:24:15:0:0 chr9 37428583 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0350749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.081;QD=21.9445;RBI=0.0356621;REFB=-0.0148399;REVB=0.00644468;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172863;STB=0.597225;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0138641;OID=.;OPOS=37428583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:4:8:7:9:4:8 chr9 37429814 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.552;QD=43.4848;RBI=0.0262147;REFB=0;REVB=0.00483075;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623308;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr9 37439785 . G GAAAC,GAAACA 276.34 PASS AF=0.814815,0.037037;AO=18,3;DP=29;FAO=22,1;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=12,1;FSAR=10,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0190766,0.020274;FXX=0.0357015;HRUN=3,3;LEN=4,5;MLLD=245.754,235.356;QD=40.9392;RBI=0.0362054,0.0453134;REFB=0.00680946,-0.0103199;REVB=-0.030772,-0.040525;RO=5;SAF=12,0;SAR=6,3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0607159,-0.743083;STB=0.571366,0.5;STBP=0.131,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000710952,0.0118015;OID=.,.;OPOS=37439786,37439786;OREF=-,-;OALT=AAAC,AAACA;OMAPALT=GAAAC,GAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815,0.037037:18,3:29:22,1:27:4:12,1:10,0:4:0:21:5:12,0:6,3:4:1 chr9 37441808 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.16;QD=55.0987;RBI=0.0329453;REFB=0;REVB=-0.00515271;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260484;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr9 37486603 . A G 127.25 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0462606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5723;QD=13.7564;RBI=0.0470193;REFB=-0.00984898;REVB=0.00841262;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352939;STB=0.524556;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00755281;OID=.;OPOS=37486603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:21:22:14:15:0.405405:11:3:5:16:12:3:5:17 chr9 37503124 . G A 1325.26 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3697;QD=61.6398;RBI=0.0652165;REFB=0;REVB=0.025161;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550803;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:45:38:0:0:45:41:0:0 chr9 37692654 . A C 504.35 PASS AF=0.5875;AO=48;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000309231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.381;QD=25.2174;RBI=0.0143421;REFB=-0.0106603;REVB=0.0143387;RO=32;SAF=35;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167237;STB=0.584729;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00640118;OID=.;OPOS=37692654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:33:48:47:0.5875:13:35:17:15:13:34:18:15 chr9 37729786 . C T 421.5 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.006535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7429;QD=20.5608;RBI=0.0121648;REFB=-0.00388676;REVB=0.0102604;RO=39;SAF=26;SAR=16;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161537;STB=0.583884;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00596993;OID=.;OPOS=37729786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:40:42:42:0.512195:16:26:17:22:16:26:18:22 chr9 37731007 . C T 344.09 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00738547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0844;QD=19.1163;RBI=0.0225085;REFB=-0.0027674;REVB=0.0212624;RO=36;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155252;STB=0.591163;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00328913;OID=.;OPOS=37731007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:36:35:36:0.5:24:11:17:19:25:11:17:19 chr9 37740669 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00512347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.252;QD=11.5634;RBI=0.00691239;REFB=-0.00466637;REVB=-0.00464017;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168599;STB=0.599867;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0080472;OID=.;OPOS=37740669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:16:13:9:6:16:13 chr9 37974743 . T C 1504.99 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.378;QD=62.0615;RBI=0.0249529;REFB=-0.038371;REVB=0.0106669;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109;STB=0.505617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000285525;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:52:43:1:0:52:44:1:0 chr9 38395940 . T C 788.38 PASS AF=0.967742;AO=45;DP=65;FAO=60;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0434157;FXX=0.0605969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0369;QD=50.863;RBI=0.112655;REFB=-0.00889472;REVB=0.103953;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00838368;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:62:0:2:45:60:0.967742:13:32:0:0:26:34:1:1 chr9 38396065 . G T 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0675;QD=58.5679;RBI=0.0774255;REFB=0;REVB=0.0755851;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711355;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr9 38396502 . G A 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3831;QD=60.5971;RBI=0.0155569;REFB=0;REVB=-0.00871;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45984e-05;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr9 38397355 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.626;QD=46.848;RBI=0.0488407;REFB=0;REVB=-0.000550364;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336752;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr9 38397915 . G A 178.85 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197938;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.026;QD=47.6942;RBI=0.0280289;REFB=0;REVB=0.019845;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126005;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr9 38398304 . T C 143.15 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614292;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.9708;QD=35.7885;RBI=0.0844433;REFB=-0.0769855;REVB=0.0842196;RO=3;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00989321;OID=.;OPOS=38398304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:15:16:3:0:12:16:1:8:4:3:0:9:7:0:0 chr9 38528531 . T C 758.83 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00741789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.506;QD=53.2513;RBI=0.0197179;REFB=-0.0131109;REVB=0.0182694;RO=2;SAF=27;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033641;STB=0.517851;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0010658;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:28:27:2:0:28:27:2:0 chr9 38615698 . C T 467.27 PASS AF=0.392593;AO=54;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0266084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6857;QD=13.8452;RBI=0.0602266;REFB=-0.00488942;REVB=-0.0540299;RO=80;SAF=32;SAR=22;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164187;STB=0.588465;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00883845;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:82:54:53:0.392593:22:32:35:45:22:31:36:46 chr9 38621344 . G A 160.81 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0173955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.056;QD=18.3787;RBI=0.0364881;REFB=-0.0300814;REVB=0.0320746;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126365;STB=0.571823;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.022096;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:11:7:9:8:11:7 chr9 39118108 . C T 49.14 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0360431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3093;QD=14.041;RBI=0.121091;REFB=-0.000902958;REVB=-0.115602;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.01634;OID=.;OPOS=39118108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:14:14:6:7:7:7:0.5:1:6:5:1:1:6:6:1 chr9 39118205 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.57;QD=51.1846;RBI=0.142204;REFB=0;REVB=-0.141378;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646079;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chr9 39118207 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7632;QD=51.1844;RBI=0.0431282;REFB=0;REVB=0.0284362;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181873;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chr9 39287976 . C T 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=34;FWDB=-0.11569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.025;QD=2.84366;RBI=0.115942;REFB=-0.00728051;REVB=-0.00764073;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369496;STB=0.52694;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0452332;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:6:34:5:1:6:34 chr9 40503085 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.335;QD=59.4354;RBI=0.012317;REFB=0;REVB=0.0111198;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68494e-05;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr9 40784183 . A G 654.4 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.303;QD=62.3237;RBI=0.0587351;REFB=0;REVB=-0.00171585;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330631;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:24:13:0:0:24:18:0:0 chr9 43685298 . G T 203.5 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0640435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6905;QD=30.1483;RBI=0.0674874;REFB=0.0258551;REVB=0.0212833;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141351;STB=0.507804;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.010298;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:10:9:4:4:10:9:4:4 chr9 43818062 . T A 316.37 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.533;QD=50.6195;RBI=0.0508859;REFB=-0.132671;REVB=0.0432215;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599781;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:25:1:0:24:25:1:9:15:0:1:10:15:0:0 chr9 43861081 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5475;QD=33.4283;RBI=0.0821743;REFB=0;REVB=0.0639188;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101132;OID=.;OPOS=43861081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr9 66457016 . C T 56.79 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0341694;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5319;QD=10.8173;RBI=0.0616568;REFB=-0.0169391;REVB=-0.0513226;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0820807;OID=.;OPOS=66457016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:4:9:5:3:4:9 chr9 66457019 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0246556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.06;QD=12.0517;RBI=0.0334064;REFB=-0.0124551;REVB=0.0225408;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223548;STB=0.631314;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0168982;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:3:10:5:4:3:10 chr9 66457027 . T A 51.6 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0126582;FXX=0.181736;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.727;QD=11.4669;RBI=0.0128172;REFB=-0.0195252;REVB=-0.00201222;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167433;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0224744;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:22:18:10:11:7:7:0.388889:5:2:3:7:5:2:4:7 chr9 66457040 . C A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00226588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.796;QD=6.25015;RBI=0.00400981;REFB=-0.0012491;REVB=-0.00330822;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338286;STB=0.726411;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0296551;OID=.;OPOS=66457040;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:7:10:5:1:7:10 chr9 66457051 . G A,C 111.13 PASS AF=0.26087,0.304348;AO=6,6;DP=23;FAO=6,7;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=1,2;FSAR=5,5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0122166,-0.067168;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=202.079,46.2285;QD=19.3271;RBI=0.0151235,0.0684185;REFB=0.00820989,-0.00314978;REVB=-0.00891482,0.0130215;RO=10;SAF=1,1;SAR=5,5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.391993,-0.391993;STB=0.749062,0.635955;STBP=0.189,0.405;TYPE=snp,snp;VARB=0.0409939,0.0179044;OID=.,.;OPOS=66457051,66457051;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:23:23:10:10:6,6:6,7:0.26087,0.304348:5,5:1,1:5:5:5,5:1,2:5:5 chr9 66457076 . T C 148.94 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0205471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2359;QD=19.218;RBI=0.0306352;REFB=-0.00717164;REVB=-0.0227229;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0128861;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr9 66457092 . G T 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0343112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.515;QD=6.54469;RBI=0.0374535;REFB=-0.010095;REVB=-0.0150169;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122879;STB=0.594997;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0236628;OID=.;OPOS=66457092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:5:3:11:12:5:3:12:12 chr9 66457127 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0456701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.941;QD=14.0973;RBI=0.0457756;REFB=-0.0293432;REVB=0.00310582;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.599845;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0477259;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:12:13:0.419355:8:4:9:8:8:5:10:8 chr9 66457151 . G C 77.13 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00501184;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.888;QD=11.8666;RBI=0.0429315;REFB=-0.0229627;REVB=-0.0426379;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644098;STB=0.538385;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.037917;OID=.;OPOS=66457151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:9:7:5:5:9:7 chr9 66457169 . AGAG A 37.53 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0345985;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=3;MLLD=177.298;QD=7.14923;RBI=0.0472661;REFB=-0.0266391;REVB=-0.0322028;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187917;STB=0.599657;STBP=0.574;TYPE=del;VARB=0.0816179;OID=.;OPOS=66457170;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:22:6:21:15:4:2:8:7:37:14:4:2:7:7 chr9 66457233 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0134183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.071;QD=10.034;RBI=0.0275331;REFB=-0.00353719;REVB=0.024042;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413035;STB=0.749164;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00370708;OID=.;OPOS=66457233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:1:6:2:3:1:6 chr9 66457253 . A C,G 49.81 PASS AF=0.307692,0.230769;AO=3,3;DP=13;FAO=4,3;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3,1;FSAR=1,2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00906988,-0.0713423;FXX=0.0713776;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.075,88.497;QD=15.3255;RBI=0.013346,0.0725608;REFB=-0.0217703,-0.0132136;REVB=0.00979042,-0.0132418;RO=5;SAF=2,1;SAR=1,2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152533,-0.414454;STB=0.5711,0.798396;STBP=0.831,0.394;TYPE=snp,snp;VARB=0.0605731,-0.0217978;OID=.,.;OPOS=66457253,66457253;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:13:13:5:6:3,3:4,3:0.307692,0.230769:1,2:2,1:4:1:1,2:3,1:5:1 chr9 66457440 . A G 37.57 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00362465;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.819;QD=2.11677;RBI=0.00640969;REFB=-0.00343336;REVB=-0.00528641;RO=60;SAF=2;SAR=6;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43362;STB=0.820962;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0402254;OID=.;OPOS=66457440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:71:71:60:63:8:8:0.112676:6:2:38:22:6:2:41:22 chr9 66457451 . T C 90.33 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00776116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3253;QD=4.9495;RBI=0.014363;REFB=-0.00243279;REVB=0.0120856;RO=55;SAF=5;SAR=10;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423081;STB=0.762404;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00585076;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:55:58:15:15:0.205479:10:5:38:17:10:5:40:18 chr9 66457465 . T G 90.65 PASS AF=0.205479;AO=16;DP=74;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0111275;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.86;QD=4.96715;RBI=0.0646312;REFB=-0.00338607;REVB=-0.0636661;RO=57;SAF=4;SAR=12;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473799;STB=0.778583;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0682211;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:74:73:57:58:16:15:0.205479:12:4:37:20:11:4:37:21 chr9 66457475 . C T 169.04 PASS AF=0.278689;AO=9;DP=70;FAO=17;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.00513535;FXX=0.128553;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0317;QD=11.0843;RBI=0.129879;REFB=0.100071;REVB=0.129777;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603757;STB=0.821678;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0820011;OID=.;OPOS=66457475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:61:17:29:9:17:0.278689:5:4:17:0:13:4:23:6 chr9 66457480 . G A 53.5 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0225381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.005;QD=2.6419;RBI=0.0708257;REFB=-0.000649573;REVB=0.067144;RO=67;SAF=3;SAR=8;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387368;STB=0.75065;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0102414;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:67:70:11:11:0.135802:8:3:40:27:8:3:40:30 chr9 66457498 . G T 71.74 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0117246;FXX=0.0624935;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.374;QD=3.18865;RBI=0.046636;REFB=-0.00525093;REVB=-0.0451381;RO=61;SAF=4;SAR=9;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291201;STB=0.657506;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.034646;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:95:90:61:76:13:13:0.144444:9:4:33:28:9:4:37:39 chr9 66457549 . A T 106.91 PASS AF=0.168067;AO=20;DP=129;FAO=20;FDP=119;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0193341;FXX=0.0775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.695;QD=3.59361;RBI=0.044732;REFB=-0.0103323;REVB=-0.0403379;RO=99;SAF=12;SAR=8;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108738;STB=0.571357;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0420558;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:119:99:99:20:20:0.168067:8:12:51:48:8:12:51:48 chr9 66457562 . C T 38.98 PASS AF=0.0854701;AO=9;DP=119;FAO=10;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=107;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.010792;FXX=0.0168053;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.259;QD=1.3326;RBI=0.0436817;REFB=-0.00680627;REVB=-0.0423276;RO=88;SAF=4;SAR=5;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897323;STB=0.579151;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0707351;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:119:117:88:107:9:10:0.0854701:5:4:46:42:6:4:52:55 chr9 66457585 . G T 85.38 PASS AF=0.161616;AO=14;DP=97;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0278717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.883;QD=3.44975;RBI=0.0305289;REFB=-0.0135474;REVB=0.0124574;RO=82;SAF=8;SAR=6;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892975;STB=0.505044;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0537742;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:97:99:82:83:14:16:0.161616:6:8:41:41:8:8:41:42 chr9 66457588 . T C 61.97 PASS AF=0.134021;AO=12;DP=96;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.00109937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5207;QD=2.55526;RBI=0.015891;REFB=-0.000120581;REVB=-0.0158529;RO=84;SAF=9;SAR=3;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34935;STB=0.696381;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00525143;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:96:97:84:84:12:13:0.134021:3:9:39:45:4:9:39:45 chr9 66457593 . CAG AGG,CGA,CGG 634.21 PASS AF=0.0898876,0,0.561798;AO=8,4,43;DP=91;FAO=8,0,50;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=4,0,26;FSAR=4,0,24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.000853254,-0.0293634,-0.00585064;FXX=0.0326052;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=134.21,56.5801,159.366;QD=28.504;RBI=0.00824317,0.0671232,0.0187788;REFB=-0.030618,0.0227488,-0.049174;REVB=0.00819889,-0.0603599,0.0178442;RO=31;SAF=4,1,25;SAR=4,3,18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0583456,-0.236425,0.0999509;STB=0.538366,0.5,0.526149;STBP=0.809,1,0.557;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0238776,0,0.025557;OID=.,.,.;OPOS=66457593,66457594,66457594;OREF=CA,AG,A;OALT=AG,GA,G;OMAPALT=AGG,CGA,CGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:91:89:31:31:8,4,43:8,0,50:0.0898876,0,0.561798:4,3,18:4,1,25:14:17:4,0,24:4,0,26:14:17 chr9 66457636 . T A 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0203268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.944;QD=2.59136;RBI=0.0287789;REFB=-0.0152511;REVB=0.0203726;RO=55;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351847;STB=0.755272;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0743543;OID=.;OPOS=66457636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:2:6:25:30:2:6:25:30 chr9 66457652 . C T 41.16 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0551129;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.147;QD=3.50301;RBI=0.0598315;REFB=-0.00344592;REVB=-0.023289;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315065;STB=0.722262;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0555587;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:47:40:40:7:7:0.148936:2:5:18:22:2:5:18:22 chr9 66458146 . C T 78.35 PASS AF=0.125;AO=17;DP=142;FAO=18;FDP=144;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=-0.00824832;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.787;QD=2.17642;RBI=0.0152759;REFB=-0.002704;REVB=-0.0128576;RO=123;SAF=6;SAR=11;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244312;STB=0.643461;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0229473;OID=.;OPOS=66458146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:142:144:123:126:17:18:0.125:11:6:68:55:11:7:70:56 chr9 66458150 . C T 145.41 PASS AF=0.176871;AO=26;DP=147;FAO=26;FDP=147;FR=.;FRO=121;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=53;FWDB=-0.0201106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.558;QD=3.95669;RBI=0.0209063;REFB=-0.00570745;REVB=-0.0057128;RO=116;SAF=9;SAR=17;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250622;STB=0.674958;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0320619;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:116:121:26:26:0.176871:17:9:63:53:17:9:68:53 chr9 66458183 . A G 43.49 PASS AF=0.0860927;AO=8;DP=146;FAO=13;FDP=151;FR=.;FRO=138;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=0.0134934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9407;QD=1.15211;RBI=0.0137707;REFB=0.000501624;REVB=0.00274959;RO=130;SAF=2;SAR=6;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251769;STB=0.593059;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00276513;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:146:151:130:138:8:13:0.0860927:6:2:65:65:8:5:67:71 chr9 66458195 . TC GA,GC 239.1 PASS AF=0.126761,0.133803;AO=18,19;DP=144;FAO=18,19;FDP=142;FR=.;FRO=105;FSAF=9,6;FSAR=9,13;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.0237464,0.000741198;FXX=0.0206882;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=157.975,76.9512;QD=6.73529;RBI=0.0254489,0.00946298;REFB=-0.00265534,-0.00507543;REVB=0.009152,0.00943391;RO=102;SAF=9,6;SAR=9,13;SRF=52;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0123625,-0.248454;STB=0.504061,0.662747;STBP=0.957,0.14;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0231677,0.0198965;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:144:142:102:105:18,19:18,19:0.126761,0.133803:9,13:9,6:52:50:9,13:9,6:53:52 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 660.82 PASS AF=0.730769,0.0128205;AO=48,7;DP=84;FAO=57,1;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=25,0;FSAR=32,1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0235175,-0.0165704;FXX=0.103436;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.648,18.6348;QD=33.888;RBI=0.0353805,0.0419402;REFB=-0.0504085,-0.0376896;REVB=-0.0264331,-0.0385279;RO=19;SAF=25,0;SAR=23,7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00288398,-0.74426;STB=0.529158,0.990628;STBP=0.392,0.26;TYPE=del,snp;VARB=0.0151075,0.0571883;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730769,0.0128205:48,7:84:57,1:78:20:25,0:32,1:11:9:99:19:25,0:23,7:10:9 chr9 66458240 . G A 38.47 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0349144;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.377;QD=1.76865;RBI=0.0351434;REFB=-0.00256353;REVB=-0.00400605;RO=75;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302983;STB=0.730227;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0501944;OID=.;OPOS=66458240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:88:87:75:78:9:9:0.103448:7:2:35:40:7:2:36:42 chr9 66458245 . G A 49.98 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.0492867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5134;QD=2.17305;RBI=0.0500309;REFB=-0.0056205;REVB=0.00859699;RO=79;SAF=9;SAR=2;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505557;STB=0.858878;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0502013;OID=.;OPOS=66458245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:90:92:79:81:11:11:0.119565:2:9:30:49:2:9:30:51 chr9 66499220 . C T 112.11 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0374106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9992;QD=8.46138;RBI=0.0375633;REFB=-0.0111348;REVB=0.00338412;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851556;STB=0.505044;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0179904;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:7:8:20:17:7:8:20:18 chr9 66499292 . T C 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0264941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.309;QD=1.74078;RBI=0.028906;REFB=-0.00169561;REVB=-0.0115595;RO=78;SAF=1;SAR=8;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448405;STB=0.854619;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.010835;OID=.;OPOS=66499292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:78:78:9:9:0.103448:8:1:36:42:8:1:36:42 chr9 66499336 . A C 147.58 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0399691;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.203;QD=9.2238;RBI=0.040058;REFB=0.000911519;REVB=0.00266729;RO=44;SAF=6;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217905;STB=0.629865;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00135711;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:14:6:21:23:14:6:21:23 chr9 66499356 . G A 155.29 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.010108;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.239;QD=12.4229;RBI=0.0193858;REFB=-0.00472597;REVB=0.0165419;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259745;STB=0.652932;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0056283;OID=.;OPOS=66499356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:16:16:13:5:16:16 chr9 66499694 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0233392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.084;QD=7.32186;RBI=0.0464659;REFB=0.00263791;REVB=-0.0401791;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521733;STB=0.832223;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0695383;OID=.;OPOS=66499694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:5:9:1:5:5:9 chr9 68415322 . A G 38.53 PASS AF=0.088;AO=11;DP=125;FAO=11;FDP=125;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=69;FWDB=-0.049522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.171;QD=1.23307;RBI=0.0505169;REFB=-0.00252899;REVB=0.00997647;RO=114;SAF=4;SAR=7;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377145;STB=0.530084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.035061;OID=.;OPOS=68415322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:125:125:114:114:11:11:0.088:7:4:45:69:7:4:45:69 chr9 68415331 . G A 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=-0.0359826;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.908;QD=1.10964;RBI=0.03618;REFB=-0.00514392;REVB=-0.00377342;RO=99;SAF=2;SAR=7;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204484;STB=0.693228;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0499909;OID=.;OPOS=68415331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:113:112:99:103:9:9:0.0803571:7:2:38:61:7:2:42:61 chr9 68415338 . A C 58.07 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.0451047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7917;QD=2.13095;RBI=0.0469262;REFB=-0.000306994;REVB=0.0129476;RO=94;SAF=7;SAR=6;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217063;STB=0.641462;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00199772;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:109:109:94:96:13:13:0.119266:6:7:34:60:6:7:36:60 chr9 68415353 . T G 84.23 PASS AF=0.161616;AO=15;DP=98;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.000318672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.954;QD=3.40304;RBI=0.00919928;REFB=-0.00370048;REVB=-0.00919376;RO=82;SAF=7;SAR=8;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129849;STB=0.616024;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0235255;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:98:99:82:83:15:16:0.161616:8:7:30:52:8:8:30:53 chr9 68415354 . GC GT,TA 37.71 PASS AF=0.0652174,0.0434783;AO=6,4;DP=95;FAO=6,4;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=4,3;FSAR=2,1;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0116034,-0.011325;FXX=0.0315756;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=64.9039,150.198;QD=1.63967;RBI=0.0477303,0.0170133;REFB=0.00332637,0.000147602;REVB=-0.0462984,-0.0126964;RO=77;SAF=4,3;SAR=2,1;SRF=27;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.325922,0.34881;STB=0.776994,0.840458;STBP=0.195,0.319;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0471991,0.0127869;OID=.,.;OPOS=68415355,68415354;OREF=C,GC;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:95:92:77:82:6,4:6,4:0.0652174,0.0434783:2,1:4,3:27:50:2,1:4,3:28:54 chr9 68415386 . G A 124.33 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0327499;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0128;QD=8.57459;RBI=0.0340587;REFB=-0.0178214;REVB=-0.00935093;RO=43;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438389;STB=0.519208;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0478804;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:43:41:17:17:0.293103:12:5:14:29:12:5:13:28 chr9 68415387 . GA AT,GT 268.19 PASS AF=0.0555556,0.481481;AO=3,26;DP=54;FAO=3,26;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=2,9;FSAR=1,17;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.100687,-0.056357;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=62.4614,127.474;QD=19.866;RBI=0.108168,0.0563839;REFB=-0.00888196,-0.0422311;REVB=-0.0395267,0.00173923;RO=25;SAF=2,9;SAR=1,17;SRF=6;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.448082,0.106978;STB=0.831749,0.559542;STBP=0.497,0.439;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0435875,0.0313208;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:54:25:25:3,26:3,26:0.0555556,0.481481:1,17:2,9:6:19:1,17:2,9:6:19 chr9 69002294 . C T 83.42 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0171317;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.466;QD=9.01885;RBI=0.021386;REFB=-0.00701623;REVB=-0.0128011;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425138;STB=0.757844;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0176811;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:26:26:11:11:0.297297:3:8:9:17:3:8:9:17 chr9 69002304 . C G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0176296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2437;QD=13.5806;RBI=0.043992;REFB=-0.0322162;REVB=0.040305;RO=28;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439048;STB=0.756308;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0141838;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:4:13:10:18:4:13:10:18 chr9 69002317 . T C 113.03 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00893409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.595;QD=9.6192;RBI=0.0300785;REFB=-0.00560777;REVB=-0.0287211;RO=33;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369195;STB=0.722576;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0135287;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:4:10:13:20:4:10:13:20 chr9 70999315 . T C 196.36 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.027477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.917;QD=10.7595;RBI=0.0277464;REFB=-0.00170897;REVB=-0.00385682;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430333;STB=0.539616;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00337346;OID=.;OPOS=70999315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:46:48:25:25:0.342466:14:11:22:24:14:11:24:24 chr9 71396225 . ATTTTTTT ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA 77.02 PASS AF=0.0754717,0.339623,0.0377358;AO=6,13,2;DP=56;FAO=4,18,2;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=4,15,1;FSAR=0,3,1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0480157,-0.0935914,0.0389072;FXX=0.0701631;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=14.5386,7.54434,17.7521;QD=5.81249;RBI=0.112997,0.212931,0.152443;REFB=-0.0655294,-0.126772,-0.106675;REVB=0.102287,0.19126,0.147394;RO=25;SAF=5,12,1;SAR=1,1,1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.504241,0.652309,0.09417;STB=0.997433,0.772023,0.547912;STBP=0.034,0.011,0.863;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0479384,-0.00236582,0.00430228;OID=.,.,.;OPOS=71396226,71396226,71396232;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0754717,0.339623,0.0377358:6,13,2:56:4,18,2:53:29:4,15,1:0,3,1:13:16:39:25:5,12,1:1,1,1:10:15 chr9 71396746 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.573;QD=54.5165;RBI=0.0777906;REFB=0;REVB=0.0436922;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813154;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr9 71396859 . C G 300.49 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0313254;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.425;QD=30.0486;RBI=0.0582725;REFB=-0.0398373;REVB=0.0491366;RO=14;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672566;STB=0.536937;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0182973;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:14:26:26:0.65:12:14:9:5:12:14:9:5 chr9 71397734 . A G 323.21 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.166;QD=53.869;RBI=0.0663959;REFB=0;REVB=0.0229744;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378066;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr9 71397747 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8576;QD=49.5968;RBI=0.00933119;REFB=0;REVB=0.00751089;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83733e-05;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr9 71628207 . G C 214.21 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0129225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.766;QD=28.5614;RBI=0.0149694;REFB=-0.0531639;REVB=-0.00755593;RO=10;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030303;STB=0.516762;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0188589;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:11:9:5:5:11:9:5:5 chr9 71841018 . A G 329.1 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0144901;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.619;QD=18.033;RBI=0.0146362;REFB=-0.0210119;REVB=0.00206259;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520045;STB=0.53603;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0183373;OID=.;OPOS=71841018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:19:16:19:18:19:16:20:18 chr9 71843023 . C A 209.35 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0170115;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.3275;QD=15.5075;RBI=0.0263558;REFB=-0.066403;REVB=0.0201305;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200799;STB=0.625309;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0802227;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:30:24:24:0.444444:17:7:14:15:17:7:15:15 chr9 71862975 . C T 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00135579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.292;QD=20.7523;RBI=0.0018481;REFB=-0.00601046;REVB=-0.0012559;RO=42;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106961;STB=0.559079;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00601876;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:23:21:15:27:23:21:15:27 chr9 71862987 . G A 363.12 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00110559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.745;QD=18.156;RBI=0.00807481;REFB=-0.0049162;REVB=0.00799876;RO=42;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180563;STB=0.600471;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00542401;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:18:20:14:28:18:20:14:28 chr9 71986308 . AAAAAAATG AAAAAAACA 282.58 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00885739;FXX=0.0847314;HRUN=1;LEN=2;MLLD=92.5321;QD=20.932;RBI=0.0138128;REFB=-0.00816499;REVB=0.0105991;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262014;STB=0.555511;STBP=0.44;TYPE=mnp;VARB=0.000101462;OID=.;OPOS=71986315;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=AAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:54:24:54:20:10:14:6:14:99:12:6:5:3:9 chr9 72003036 . T C 371.21 PASS AF=0.42268;AO=39;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0206615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5799;QD=15.3077;RBI=0.0402346;REFB=-0.0131971;REVB=0.0345243;RO=56;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045947;STB=0.541181;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0291956;OID=.;OPOS=72003036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:39:41:0.42268:22:17:22:34:22:19:22:34 chr9 72131577 . A C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0398752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.408;QD=12.0207;RBI=0.0401183;REFB=0.0173834;REVB=-0.00440947;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268001;STB=0.656931;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0435563;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:8:17:6:8:8:17 chr9 72373624 . A G 2160.65 PASS AF=0.992806;AO=135;DP=136;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.124;QD=62.1768;RBI=0.0120506;REFB=-0.0782389;REVB=-0.00318936;RO=1;SAF=65;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725733;STB=0.503649;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000146155;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:139:1:1:135:138:0.992806:70:65:1:0:70:68:1:0 chr9 72472831 . C T 475.01 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0075825;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.723;QD=16.3795;RBI=0.00761573;REFB=0.00099945;REVB=0.000710747;RO=61;SAF=33;SAR=19;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142511;STB=0.568155;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0012026;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:61:64:52:52:0.448276:19:33:30:31:19:33:33:31 chr9 72741247 . C T 283.33 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00956999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3565;QD=12.8784;RBI=0.0209251;REFB=-0.0164352;REVB=-0.0186085;RO=55;SAF=22;SAR=11;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14025;STB=0.580595;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0278516;OID=.;OPOS=72741247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:11:22:30:25:11:22:30:25 chr9 72741298 . G A 135.36 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00887907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.745;QD=8.32961;RBI=0.0115466;REFB=-0.00444356;REVB=-0.00738151;RO=45;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930023;STB=0.564637;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.013044;OID=.;OPOS=72741298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:7:12:25:20:7:12:25:21 chr9 72741312 . G A 903.67 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6732;QD=56.479;RBI=0.02922;REFB=-0.0276901;REVB=0.0134617;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000556662;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:27:35:0:1:27:36:0:1 chr9 72755128 . TAAAG T,TG 177.1 PASS AF=0,0.47619;AO=11,20;DP=66;FAO=0,30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=0,9;FSAR=0,21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000535067,0.024442;FXX=0.0454477;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=200.839,106.557;QD=11.2444;RBI=0.0112574,0.0331587;REFB=-0.00204517,-0.00548675;REVB=-0.0112447,-0.0224074;RO=30;SAF=0,9;SAR=11,11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.745464,0.0529296;STB=0.5,0.589411;STBP=1,0.21;TYPE=del,del;VARB=0,0.00543786;OID=.,.;OPOS=72755129,72755129;OREF=AAAG,AAA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.47619:11,20:66:0,30:63:33:0,9:0,21:15:18:99:30:0,9:11,11:12:18 chr9 72803559 . C A 338.99 PASS AF=0.45;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0712233;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.384;QD=16.9494;RBI=0.0740409;REFB=-0.0217674;REVB=-0.020231;RO=43;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984816;STB=0.538441;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0325247;OID=.;OPOS=72803559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:35:36:0.45:23:12:11:32:24:12:12:32 chr9 72841354 . A AT 45.94 PASS AF=0.355556;AO=7;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0674303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.69883;QD=4.08373;RBI=0.133107;REFB=-0.027653;REVB=-0.114763;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12097;STB=0.635191;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=-0.0279628;OID=.;OPOS=72841355;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:7:45:16:45:29:6:10:17:12:45:34:3:4:18:16 chr9 72841360 . A T 187.72 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0068944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.9791;QD=15.3237;RBI=0.0142419;REFB=-0.0237566;REVB=0.0124619;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395402;STB=0.705685;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0369933;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:28:28:19:21:0.428571:14:5:18:10:15:6:18:10 chr9 72897434 . G A 511.83 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0262563;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.286;QD=19.6857;RBI=0.0280906;REFB=-0.0280276;REVB=-0.00998465;RO=51;SAF=36;SAR=17;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178395;STB=0.598801;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0155925;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:17:36:25:26:17:36:25:26 chr9 72897440 . T C 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00457487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.588;QD=19.8263;RBI=0.00683221;REFB=0.00571955;REVB=0.00507441;RO=50;SAF=35;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197954;STB=0.609616;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00513365;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:17:35:23:27:17:35:23:27 chr9 72914990 . C CA 317.59 PASS AF=0.626374;AO=49;DP=94;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.198048;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8455;QD=13.9601;RBI=0.203058;REFB=0.0323456;REVB=0.0448281;RO=40;SAF=26;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365415;STB=0.551759;STBP=0.209;TYPE=ins;VARB=0.0100767;OID=.;OPOS=72914991;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.626374:49:94:57:91:34:29:28:22:12:99:40:26:23:23:17 chr9 73150984 . C T 1282.47 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245632;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0751;QD=61.8058;RBI=0.0277188;REFB=0;REVB=0.0128445;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150333;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:43:39:0:0:43:40:0:0 chr9 73151715 . C T 1203.55 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0149168;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.232;QD=58.71;RBI=0.0156944;REFB=-0.0745252;REVB=0.00487886;RO=2;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230823;STB=0.512192;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0004412;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:2:2:80:80:0.97561:40:40:0:2:40:40:0:2 chr9 73151970 . C A,T 1063.91 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=3,69;DP=72;FAO=2,70;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=1,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248349,-0.0042746;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=87.288,202.516;QD=59.106;RBI=0.0434022,0.0446185;REFB=0,0;REVB=0.0355946,0.0444132;RO=0;SAF=1,31;SAR=2,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.141397,0.000320643;OID=.,.;OPOS=73151970,73151970;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:72:72:0:0:3,69:2,70:0.0277778,0.972222:2,38:1,31:0:0:1,39:1,31:0:0 chr9 73240430 . C CG 54.16 PASS AF=0.352941;AO=4;DP=37;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0750881;FXX=0.0285633;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.9719;QD=6.37156;RBI=0.0847014;REFB=-0.011322;REVB=0.0391933;RO=33;SAF=1;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294974;STB=0.529363;STBP=0.82;TYPE=ins;VARB=0.0114894;OID=.;OPOS=73240431;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:4:37:12:34:22:6:6:10:12:54:33:1:3:17:16 chr9 73240431 . T G 74.5 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00434711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6859;QD=8.27751;RBI=0.0747122;REFB=-0.00517126;REVB=0.0745856;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208064;STB=0.572733;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0140773;OID=.;OPOS=73240431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:36:36:24:25:10:11:0.305556:4:6:10:14:5:6:11:14 chr9 73376414 . G T 301.79 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=3.64414e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1961;QD=16.7659;RBI=0.0118921;REFB=0.00154717;REVB=-0.011892;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158878;STB=0.510198;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00153407;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:32:33:0.458333:18:14:17:22:18:15:17:22 chr9 73391369 . T C 297.24 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00225837;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.338;QD=18.2918;RBI=0.00225936;REFB=-0.0208177;REVB=6.70087e-05;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506845;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0194445;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:18:14:14:18:18:14:14:19 chr9 73408518 . T G 3306.81 PASS AF=0.986301;AO=212;DP=217;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0390675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.951;QD=60.3983;RBI=0.0398887;REFB=-0.0275457;REVB=0.00805268;RO=3;SAF=105;SAR=107;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455541;STB=0.50222;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.000276822;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:217:219:3:3:212:216:0.986301:107:105:2:1:107:109:2:1 chr9 74834384 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00648293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.298;QD=14.7663;RBI=0.0199449;REFB=-0.012995;REVB=0.0188619;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776015;STB=0.53585;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0178466;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:33:25:25:0.431034:9:16:20:8:9:16:23:10 chr9 74846104 . A G 387.8 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0237377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.971;QD=18.4667;RBI=0.0237537;REFB=-0.0105759;REVB=-0.000869849;RO=43;SAF=12;SAR=28;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231988;STB=0.636293;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00903664;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:28:12:23:20:28:12:24:20 chr9 74975136 . T C 996.51 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0549139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8231;QD=53.8653;RBI=0.0569438;REFB=-0.119459;REVB=0.0150687;RO=3;SAF=36;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118418;STB=0.500773;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00795928;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:3:4:70:70:0.945946:34:36:2:1:34:36:2:2 chr9 74979391 . G C 167.82 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0119211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.64;QD=15.6113;RBI=0.013666;REFB=-0.0210071;REVB=-0.00668186;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23477;STB=0.634375;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0475282;OID=.;OPOS=74979391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:17:8:10:8:17:8 chr9 75540504 . T A 220.23 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.032207;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.995;QD=11.591;RBI=0.0333112;REFB=-0.0143142;REVB=0.00850549;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103464;STB=0.56074;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.02145;OID=.;OPOS=75540504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:49:26:27:0.355263:13:13:20:29:14:13:19:30 chr9 75545882 . G A 1534.11 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.297;QD=62.6166;RBI=0.0206583;REFB=-0.112182;REVB=0.0130543;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000146006;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:48:49:0:0:48:49:1:0 chr9 75775235 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0380745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.213;QD=16.731;RBI=0.0383975;REFB=0.000938771;REVB=-0.00496979;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170958;STB=0.585032;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00204951;OID=.;OPOS=75775235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:13:17:14:22:14:17:14:22 chr9 77376647 . T C 476.91 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00137484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.712;QD=16.7335;RBI=0.00423024;REFB=-0.0111345;REVB=-0.00400059;RO=61;SAF=36;SAR=16;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281581;STB=0.653571;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0168955;OID=.;OPOS=77376647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:62:52:52:0.45614:16:36:25:36:16:36:26:36 chr9 77377410 . C T 165.27 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0138418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1145;QD=22.0365;RBI=0.026135;REFB=0.00665397;REVB=-0.0221685;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169801;STB=0.595221;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0230644;OID=.;OPOS=77377410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:9:4:9:8:9:4 chr9 77391060 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00304426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.041;QD=8.62777;RBI=0.0292298;REFB=-0.0130837;REVB=-0.0290708;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835981;STB=0.551627;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0329742;OID=.;OPOS=77391060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:9:18:8:3:9:18 chr9 77397519 . T C 396.15 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0129403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.83;QD=17.8043;RBI=0.0169527;REFB=-0.00625569;REVB=-0.0109518;RO=48;SAF=28;SAR=13;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00510384;STB=0.502852;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00493703;OID=.;OPOS=77397519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:13:28:33:15:13:28:33:15 chr9 77407636 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.007;QD=58.2396;RBI=0.0158883;REFB=0;REVB=-0.014822;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00018e-06;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr9 77436641 . G A 522.45 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00771708;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.177;QD=25.4851;RBI=0.012376;REFB=-0.0146184;REVB=-0.0096753;RO=27;SAF=15;SAR=33;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290212;STB=0.632531;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00988597;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:34:48:48:0.585366:33:15:20:7:33:15:21:13 chr9 77472604 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0135103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.807;QD=11.9197;RBI=0.0313196;REFB=-0.00966629;REVB=0.0282558;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318742;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0113536;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:2:7:3:4:2:7 chr9 77502160 . G A 170.21 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0730421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.428;QD=22.6943;RBI=0.0756107;REFB=-0.0186463;REVB=0.0195402;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195298;STB=0.615266;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0146998;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:12:17:18:0.6:10:7:2:10:10:8:2:10 chr9 77518062 . C G 67.24 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0183625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.16;QD=13.4485;RBI=0.020443;REFB=-0.0188074;REVB=0.00898518;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0105781;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:6:5:5:4:6:5 chr9 77563087 . C T 263.48 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0104927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.139;QD=19.5171;RBI=0.030742;REFB=-0.0248497;REVB=-0.0288959;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108648;STB=0.560398;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0180751;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:18:8:12:16:18:8 chr9 77684690 . A C 740.31 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2592;QD=56.9467;RBI=0.099519;REFB=0;REVB=0.0946828;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110225;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr9 77761642 . T C 476.04 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0219328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2786;QD=21.8867;RBI=0.0259108;REFB=-0.0114006;REVB=0.0137958;RO=41;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127125;STB=0.507011;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00744092;OID=.;OPOS=77761642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:22:24:22:19:22:24:22:19 chr9 78773953 . G A 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.000329384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.794;QD=16.7136;RBI=0.0037921;REFB=-0.00164338;REVB=0.00377777;RO=44;SAF=12;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807175;STB=0.545429;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00195498;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:24:12:18:26:24:12:18:26 chr9 78790153 . A G 207.07 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2767;QD=48.7224;RBI=0.0258002;REFB=0;REVB=0.0204473;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147859;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr9 78790162 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00746649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9142;QD=17.2299;RBI=0.0236886;REFB=-0.042392;REVB=-0.0224811;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0465049;OID=.;OPOS=78790162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:4:2:5:3:4:2 chr9 78790167 . G C 60.28 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00111121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.351;QD=17.2228;RBI=0.00985386;REFB=-0.0195009;REVB=0.00979101;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0137653;OID=.;OPOS=78790167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:7:8:0.571429:5:2:4:2:5:3:4:2 chr9 78790172 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.015803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.279;QD=17.2292;RBI=0.0663001;REFB=-0.0186183;REVB=-0.0643892;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0156296;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:4:2:5:3:4:2 chr9 78790177 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0301751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.811;QD=17.2294;RBI=0.0427682;REFB=0.000805705;REVB=0.0303081;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00240417;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:4:2:5:3:4:2 chr9 78790182 . G C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0352585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9848;QD=15.2575;RBI=0.0504643;REFB=-0.0639634;REVB=-0.0361038;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0243221;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:4:2:4:3:4:2 chr9 78790187 . G C 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0411263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.855;QD=27.3817;RBI=0.0434464;REFB=-0.0606094;REVB=0.0140079;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110339;STB=0.562373;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0257659;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:1:2:4:6:1:2 chr9 78969059 . C A 295.37 PASS AF=0.533333;AO=28;DP=56;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00390136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.372;QD=19.6916;RBI=0.047222;REFB=-0.0219243;REVB=0.0470606;RO=28;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118439;STB=0.506892;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.022091;OID=.;OPOS=78969059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:28:28:28:32:0.533333:7:21:18:10:11:21:18:10 chr9 79009106 . A C 283.98 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0453693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.632;QD=43.6899;RBI=0.045409;REFB=-0.0657152;REVB=-0.00189814;RO=3;SAF=3;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206952;STB=0.613384;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00501773;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:20:3:2:1:20:3:2:1 chr9 79118661 . A G 824.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000428429;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.752;QD=57.8518;RBI=0.0244704;REFB=0;REVB=0.0244667;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26148e-05;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr9 79119752 . C T 124.64 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0697824;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.51;QD=16.6188;RBI=0.0703634;REFB=-0.0300898;REVB=-0.00902371;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.603627;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0229861;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:6:10:6:8:6:10 chr9 79120501 . A AT 30.61 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0571752;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.5498;QD=7.20124;RBI=0.294597;REFB=-0.0539714;REVB=0.288995;RO=11;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463715;STB=0.691681;STBP=0.256;TYPE=ins;VARB=0.103999;OID=.;OPOS=79120502;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:5:17:6:17:11:4:2:4:7:30:11:4:1:4:7 chr9 79121085 . G T 1653.13 PASS AF=0.991071;AO=108;DP=110;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0435104;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8162;QD=59.0404;RBI=0.043596;REFB=0.00470567;REVB=-0.002731;RO=2;SAF=50;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128492;STB=0.504201;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00210814;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:112:2:1:108:111:0.991071:58:50:1:1:59:52:0:1 chr9 79121783 . G A 221.86 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00294273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.321;QD=18.488;RBI=0.0208543;REFB=0.00269046;REVB=0.0206456;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147283;STB=0.58326;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00145502;OID=.;OPOS=79121783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:9:17:11:11:9:17 chr9 79121906 . C T 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.305;QD=56.6997;RBI=0.0313939;REFB=0;REVB=-0.00644609;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000629941;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr9 79186658 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.407;QD=33.4285;RBI=0.0200429;REFB=0;REVB=0.0200429;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901079;OID=.;OPOS=79186658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr9 79186729 . T C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.209;QD=37.8912;RBI=0.0214345;REFB=-0.00373949;REVB=-0.00544354;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599814;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00749394;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:0:1:11:12:0.923077:1:10:0:0:2:10:0:1 chr9 79186750 . G T 347.77 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.438;QD=51.5214;RBI=0.0565059;REFB=-0.0771638;REVB=0.0536548;RO=0;SAF=23;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34264e-08;STB=0.510196;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000953822;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:0:1:25:26:0.962963:2:23:0:0:2:24:1:0 chr9 79186765 . C G 409.88 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0325759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.827;QD=51.2349;RBI=0.0332158;REFB=0.0251694;REVB=0.00648835;RO=2;SAF=28;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321574;STB=0.51723;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.000275751;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:2:28:2:0:2:28:2:0 chr9 79186781 . T C 620.97 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-1.83879e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4407;QD=55.1969;RBI=0.00820777;REFB=0.0328077;REVB=0.00820775;RO=3;SAF=39;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347619;STB=0.51851;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00229142;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:3:39:3:0:3:39:3:0 chr9 79186787 . C T 56.02 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=-0.0115484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.721;QD=3.6144;RBI=0.0149303;REFB=-0.00151594;REVB=-0.00946296;RO=52;SAF=9;SAR=1;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187431;STB=0.633487;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0145779;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:1:9:43:9:1:9:43:9 chr9 79186820 . A C 1296.72 PASS AF=0.888889;AO=96;DP=109;FAO=96;FDP=108;FR=.;FRO=12;FSAF=83;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00342499;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8933;QD=48.0266;RBI=0.0076949;REFB=0.0110322;REVB=-0.00689064;RO=11;SAF=83;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878494;STB=0.543938;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00363523;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:109:108:11:12:96:96:0.888889:13:83:7:4:13:83:8:4 chr9 79186886 . C G 39.95 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0462562;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6425;QD=8.41078;RBI=0.0489119;REFB=0.0130054;REVB=-0.0158975;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946031;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0206364;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:19:12:13:6:6:0.315789:4:2:5:7:4:2:5:8 chr9 79186890 . T G 43.45 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0101904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.152;QD=9.1471;RBI=0.0224405;REFB=-0.0172841;REVB=-0.0199933;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0335701;OID=.;OPOS=79186890;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:19:12:12:6:7:0.368421:5:1:5:7:5:2:5:7 chr9 79186905 . GT CC 42.82 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00381095;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.167;QD=10.0756;RBI=0.0038247;REFB=-0.0345234;REVB=0.000323996;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=mnp;VARB=0.0482942;OID=.;OPOS=79186905;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:17:10:10:5:7:0.411765:3:2:4:6:5:2:4:6 chr9 79186910 . A C 48.9 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0213624;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.857;QD=11.505;RBI=0.0213754;REFB=-0.0110851;REVB=0.000745674;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0132278;OID=.;OPOS=79186910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=55;DP=90;LEN=15;RO=35;SAF=43;SAR=26;SRF=11;SRR=10;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:90:35:55:26:43:11:10 chr9 79318471 . C T 1007.66 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0111732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.571;QD=55.214;RBI=0.0279226;REFB=-0.0480696;REVB=-0.0255897;RO=2;SAF=43;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214826;STB=0.502273;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00172597;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:27:43:2:0:27:43:2:1 chr9 79318677 . T C 1038.04 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0492022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3918;QD=53.2328;RBI=0.0531136;REFB=-0.176441;REVB=0.0200051;RO=5;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423006;STB=0.522408;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0119614;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:78:78:5:5:73:73:0.935897:33:40:1:4:33:40:1:4 chr9 79318998 . A G 450.44 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189523;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1206;QD=58.1207;RBI=0.0235173;REFB=0;REVB=0.0139238;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000738261;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:23:7:0:0:24:7:0:0 chr9 79320095 . T G 1274.75 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319516;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.017;QD=59.9884;RBI=0.034534;REFB=0;REVB=-0.0131033;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306039;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:79:85:1:54:25:0:0:55:30:0:0 chr9 79320640 . C T 758.92 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636559;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.926;QD=56.2164;RBI=0.0792998;REFB=0;REVB=0.0472905;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627456;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:22:30:0:0:24:30:0:0 chr9 79320847 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.807;QD=57.6807;RBI=0.0211995;REFB=0;REVB=-0.0102238;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10013e-05;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr9 79321276 . T C 508.11 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016212;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0848;QD=59.7781;RBI=0.0593958;REFB=0;REVB=0.0571404;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077814;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr9 79322674 . A G 846.08 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057665;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5777;QD=56.4051;RBI=0.0578124;REFB=-0.0439907;REVB=-0.00412567;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011721;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:60:1:0:57:60:1:33:24:0:1:35:25:0:0 chr9 79322720 . A G 475.0 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0709678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.569;QD=54.2862;RBI=0.0710437;REFB=-0.148497;REVB=0.003282;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00160563;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:35:0:1:33:34:0.971429:23:10:0:0:23:11:1:0 chr9 79324439 . A G 1212.8 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.077;QD=59.8916;RBI=0.0391333;REFB=-0.0146391;REVB=0.0102628;RO=1;SAF=34;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137211;STB=0.507245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000150467;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:46:34:1:0:46:34:1:0 chr9 79324955 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.287;QD=53.9311;RBI=0.0216511;REFB=-0.0759814;REVB=0.0127689;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00436758;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:0:1:19:11:0:1 chr9 79325297 . T G 2388.13 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.715;QD=64.1109;RBI=0.0392243;REFB=0;REVB=0.0275323;RO=1;SAF=85;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59128e-05;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:1:0:147:149:1:62:85:1:0:62:87:0:0 chr9 79325615 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6497;QD=59.0129;RBI=0.0128205;REFB=0;REVB=-0.00128881;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174919;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr9 79325759 . C T 620.64 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.119;QD=59.1082;RBI=0.0297185;REFB=-0.108846;REVB=-0.0220101;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00140447;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:15:26:0:1:15:26:0:1 chr9 79465435 . C T 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0143076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.368;QD=15.617;RBI=0.0184213;REFB=-0.00379015;REVB=0.0116033;RO=43;SAF=23;SAR=10;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15273;STB=0.586577;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00458477;OID=.;OPOS=79465435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:10:23:24:19:10:23:24:19 chr9 79471995 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.446;QD=55.0987;RBI=0.0576681;REFB=0;REVB=-0.0174087;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111965;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:4:22:0:0:4:22:0:0 chr9 79986057 . A G 435.28 PASS AF=0.96875;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00499927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2145;QD=54.4104;RBI=0.0279491;REFB=0.0201419;REVB=0.0274983;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0202163;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:32:31:0.96875:20:12:0:0:19:12:0:1 chr9 80250143 . C T 139.62 PASS AF=0.6;AO=13;DP=23;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00320032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.071;QD=22.3385;RBI=0.0195535;REFB=-0.0256325;REVB=0.0192899;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090647;STB=0.513351;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0216223;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:25:10:10:13:15:0.6:5:8:5:5:7:8:5:5 chr9 80335288 . C T 365.57 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00456838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.405;QD=52.2244;RBI=0.00565122;REFB=-0.142732;REVB=0.00332658;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000500353;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:14:12:0:1:15:12:0:1 chr9 80912115 . G C 340.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5833;QD=54.4513;RBI=0.0507183;REFB=0;REVB=-0.00759912;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461918;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:7:17:0:0:7:18:0:0 chr9 82187750 . A G 1515.77 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013629;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.623;QD=63.822;RBI=0.015958;REFB=0;REVB=-0.00830122;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.396e-05;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr9 83179630 . G A 157.85 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0199377;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1374;QD=15.7849;RBI=0.0199855;REFB=-0.0066836;REVB=0.00138114;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310055;STB=0.676115;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00783783;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:17:17:0.425:9:8:18:5:9:8:18:5 chr9 83179857 . C T 502.32 PASS AF=0.473684;AO=55;DP=115;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0311271;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.548;QD=17.6253;RBI=0.0443369;REFB=-0.00991653;REVB=-0.0315732;RO=60;SAF=30;SAR=25;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011477;STB=0.511807;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0119151;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:60:60:55:54:0.473684:25:30:32:28:24:30:32:28 chr9 84267147 . T C 245.17 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00243769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4861;QD=15.5662;RBI=0.0299871;REFB=-0.00413287;REVB=0.0298878;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159077;STB=0.590098;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00372298;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:17:18:10:18:17:18 chr9 84340199 . G A 47.65 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00320137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.906;QD=11.9131;RBI=0.00798172;REFB=-0.0180668;REVB=-0.00731157;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0024273;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:4:4:3:4:5:4 chr9 84547433 . C T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0108939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.149;QD=8.99501;RBI=0.0209145;REFB=0.00748932;REVB=0.0178533;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100127;STB=0.560876;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0171692;OID=.;OPOS=84547433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:12:17:6:6:12:17 chr9 84607758 . T A 781.13 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.879;QD=63.7658;RBI=0.0554607;REFB=0;REVB=0.037038;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0094e-05;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr9 85627408 . G A 182.36 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0165655;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.559;QD=9.00537;RBI=0.0184672;REFB=-0.000444149;REVB=-0.00816225;RO=49;SAF=9;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202244;STB=0.642085;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00111823;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:49:57:24:24:0.296296:15:9:27:22:15:9:33:24 chr9 86258685 . A C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00648332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.789;QD=26.3156;RBI=0.0141748;REFB=-0.0120201;REVB=0.0126052;RO=14;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716214;STB=0.53984;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00703858;OID=.;OPOS=86258685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:16:6:5:9:16:6:5:9 chr9 86278913 . C T 629.51 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00572323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.923;QD=20.8104;RBI=0.00845952;REFB=-0.00783942;REVB=-0.00622962;RO=58;SAF=25;SAR=38;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000249113;STB=0.500137;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0070712;OID=.;OPOS=86278913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:38:25:23:35:38:25:23:35 chr9 86284178 . C A 227.31 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.000550451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.606;QD=13.5706;RBI=0.00105463;REFB=-0.00594742;REVB=-0.000899584;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918286;STB=0.529461;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00763467;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:27:27:0.402985:10:17:27:11:10:17:27:13 chr9 86327898 . C T 293.72 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0230562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.936;QD=18.9495;RBI=0.0243553;REFB=-0.00830324;REVB=0.00784808;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130226;STB=0.562461;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00712443;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:31:32:0.516129:18:13:17:13:18:14:17:13 chr9 86465131 . T C 479.6 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0179932;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.081;QD=22.3069;RBI=0.0325722;REFB=0.0056271;REVB=0.0271513;RO=40;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156833;STB=0.508643;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00483104;OID=.;OPOS=86465131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:40:46:46:0.534884:25:21:19:21:25:21:19:21 chr9 86468715 . A T 266.0 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00728618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.875;QD=21.2796;RBI=0.0156031;REFB=-0.0133064;REVB=0.0137974;RO=24;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271992;STB=0.644034;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0171518;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:17:8:15:9:17:8:15:10 chr9 86607917 . C G 188.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.019316;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.885;QD=19.8791;RBI=0.0228983;REFB=-0.0177656;REVB=0.0122974;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179199;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:11:8:8:11:11:8:8:11 chr9 86617265 . A G 640.44 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.372;QD=56.928;RBI=0.02891;REFB=-0.0544256;REVB=0.022781;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50331;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00099024;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:0:2:42:42:0.933333:18:24:0:0:18:24:1:1 chr9 86618232 . AC A,AA 630.03 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=5,36;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536653,0.00597398;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.2992,72.5341;QD=60.0026;RBI=0.0162888,0.00804015;REFB=0,0;REVB=-0.0153794,0.00538105;RO=0;SAF=5,21;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0285011,6.48875e-05;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:5,36:42:1,41:42:0:1,26:0,15:0:0:3:0:5,21:0,15:0:0 chr9 86917165 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0221873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.456;QD=20.3164;RBI=0.0381378;REFB=-0.0119657;REVB=0.0310197;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117976;STB=0.566503;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0180315;OID=.;OPOS=86917165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:7:11:9:10:7:11 chr9 86920236 . T C 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0192321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.014;QD=16.5265;RBI=0.0270007;REFB=-0.0124702;REVB=-0.0189517;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672963;STB=0.554354;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0171109;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:13:12:11:16:13:12:11:18 chr9 87488521 . G A 571.62 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.647;QD=60.1708;RBI=0.0141249;REFB=0;REVB=0.012228;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80295e-06;OID=.;OPOS=87488521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:11:26:0:0:12:26:0:0 chr9 88257903 . T A 36.06 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=-0.103638;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.7309;QD=2.7741;RBI=0.104632;REFB=-0.00245526;REVB=-0.0143907;RO=38;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.715436;STB=0.935922;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.018411;OID=.;OPOS=88257903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:49:52:38:45:7:7:0.134615:1:6:6:32:1:6:9:36 chr9 88275838 . T A 355.2 PASS AF=0.321429;AO=45;DP=138;FAO=45;FDP=140;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.01212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8468;QD=10.1485;RBI=0.0143676;REFB=-0.0168238;REVB=-0.00771582;RO=93;SAF=20;SAR=25;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711557;STB=0.548468;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0337479;OID=.;OPOS=88275838;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:93:95:45:45:0.321429:25:20:47:46:25:20:49:46 chr9 88275848 . T A,TA 37.26 PASS AF=0,0.131783;AO=8,14;DP=132;FAO=0,17;FDP=129;FR=.;FRO=112;FSAF=0,14;FSAR=0,3;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=-0.00449544,-0.0903956;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=37.0698,20.5125;QD=1.15519;RBI=0.0511784,0.0935692;REFB=-0.0296248,-0.0567444;REVB=-0.0509806,-0.0241626;RO=108;SAF=7,11;SAR=1,3;SRF=43;SRR=65;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.48002,0.453267;STB=0.5,0.838383;STBP=1,0.002;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.150679;OID=.,.;OPOS=88275848,88275849;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:132:129:108:112:8,14:0,17:0,0.131783:1,3:7,11:43:65:0,3:0,14:47:65 chr9 88692336 . C T 720.3 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1137;QD=61.3022;RBI=0.0663416;REFB=-0.00659658;REVB=0.0650153;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804029;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:15:31:0:1:16:31:0:0 chr9 88694179 . G T 416.52 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.122427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0706;QD=50.4877;RBI=0.125374;REFB=-0.0751506;REVB=0.0270243;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500978;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00306283;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:30:31:0.939394:15:15:1:1:15:16:1:1 chr9 88903656 . C T 198.3 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00731145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.724;QD=14.9663;RBI=0.00936553;REFB=-0.0158376;REVB=-0.00585285;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244127;STB=0.512305;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0217388;OID=.;OPOS=88903656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:21:23:0.433962:10:11:15:15:12:11:15:15 chr9 89772284 . A G,T 266.14 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=18,3;DP=21;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=6,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854867,-0.0207285;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.957,110.19;QD=50.6924;RBI=0.0165187,0.0238012;REFB=0,0;REVB=-0.0141346,-0.0116973;RO=0;SAF=12,0;SAR=6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-2.42048e-05,0.0975601;OID=.,.;OPOS=89772284,89772284;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:21:21:0:0:18,3:18,3:0.857143,0.142857:6,3:12,0:0:0:6,3:12,0:0:0 chr9 90265015 . C T 374.83 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00731895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.429;QD=49.9767;RBI=0.017682;REFB=0.0342188;REVB=-0.0160962;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901772;STB=0.504851;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.000520866;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:16:12:1:1:16:12:1:1 chr9 90322023 . G A 1054.31 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.818;QD=59.3977;RBI=0.019232;REFB=0;REVB=0.0169043;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41675e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:33:36:0:0:34:37:0:0 chr9 90343780 . A C 632.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.147;QD=61.6674;RBI=0.0157314;REFB=0;REVB=0.0106088;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73757e-06;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr9 90388370 . G A 107.71 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.045302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5828;QD=13.8976;RBI=0.068;REFB=-0.0187329;REVB=0.0507121;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.603632;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0385842;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:3:9:15:3:4:9:15:3 chr9 90388539 . T A 1044.27 PASS AF=0.972973;AO=69;DP=71;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.05868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.657;QD=56.4468;RBI=0.0609503;REFB=-0.105829;REVB=0.0164803;RO=2;SAF=31;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295207;STB=0.514282;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00070975;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:74:2:2:69:72:0.972973:38:31:2:0:38:34:2:0 chr9 90396135 . G A 350.83 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0221482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.659;QD=20.637;RBI=0.0239493;REFB=-0.00721809;REVB=-0.00911188;RO=32;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124413;STB=0.568927;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00749938;OID=.;OPOS=90396135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:15:21:14:18:15:21:14:18 chr9 90500405 . A C 361.05 PASS AF=0.452381;AO=36;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0277174;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.602;QD=17.193;RBI=0.0278455;REFB=-0.0138591;REVB=-0.00266822;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433337;STB=0.549974;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.015175;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:46:36:38:0.452381:18:18:21:25:18:20:20:26 chr9 90501280 . G A 623.74 PASS AF=0.5;AO=60;DP=124;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.0110615;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.415;QD=19.8012;RBI=0.0120679;REFB=-0.0146823;REVB=0.00482449;RO=63;SAF=19;SAR=41;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016242;STB=0.509216;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0132086;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:63:63:60:63:0.5:41:19:19:44:43:20:19:44 chr9 90501448 . C A 572.77 PASS AF=0.426573;AO=58;DP=142;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00923172;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7747;QD=16.0216;RBI=0.0202128;REFB=-0.0222862;REVB=0.0179814;RO=76;SAF=24;SAR=34;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617736;STB=0.552412;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0331756;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:76:82:58:61:0.426573:34:24:36:40:36:25:41:41 chr9 90502458 . T A 177.43 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.020482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0555;QD=14.4844;RBI=0.027411;REFB=-0.000724183;REVB=-0.0182167;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121702;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224297;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:7:12:18:11:7:12:19:11 chr9 90503734 . C T 51.34 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0141179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1761;QD=18.6681;RBI=0.0467111;REFB=0.018883;REVB=-0.0445265;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0262511;OID=.;OPOS=90503734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr9 90534206 . T C 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.052714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7667;QD=13.7724;RBI=0.0564765;REFB=-0.00827885;REVB=-0.0202688;RO=31;SAF=19;SAR=1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675811;STB=0.904248;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00792936;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:1:19:15:16:1:19:15:16 chr9 90537856 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0143001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.96;QD=10.0339;RBI=0.0323571;REFB=-0.011111;REVB=0.0290256;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0375515;OID=.;OPOS=90537856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr9 90582224 . G A 158.67 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00568198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.09;QD=17.6299;RBI=0.0134818;REFB=-0.0322953;REVB=-0.012226;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106788;STB=0.560984;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0369539;OID=.;OPOS=90582224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:10:9:10:7:10:9 chr9 90588903 . C T 147.15 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.104686;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7556;QD=17.8362;RBI=0.110579;REFB=-0.0209821;REVB=-0.0356155;RO=16;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34254;STB=0.752309;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0478366;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:17:16:16:0.484848:14:2:6:10:14:2:8:9 chr9 90744786 . T A 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1283;QD=58.136;RBI=0.0489152;REFB=0;REVB=-0.0421151;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225458;OID=.;OPOS=90744786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr9 90744936 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.126553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.509;QD=13.9589;RBI=0.126564;REFB=-0.0167128;REVB=-0.00170298;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439386;STB=0.768342;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0258903;OID=.;OPOS=90744936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:3:4:1:6:3:4 chr9 90746125 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.693;QD=48.7353;RBI=0.036007;REFB=0;REVB=0.0359051;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237882;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr9 90746922 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.479;QD=43.486;RBI=0.00542162;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14875e-05;OID=.;OPOS=90746922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr9 90747509 . G C 641.51 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2237;QD=59.6757;RBI=0.167673;REFB=0;REVB=0.164057;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216009;OID=.;OPOS=90747509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:1:0:38:43:1:22:16:1:0:25:18:0:0 chr9 90989209 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000293075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.832;QD=9.76019;RBI=0.00533303;REFB=-0.0135081;REVB=-0.00532497;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0201687;OID=.;OPOS=90989209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:6:6:5:2:6:6 chr9 91652414 . A T 152.86 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00295245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.566;QD=11.9891;RBI=0.012819;REFB=0.00216078;REVB=0.0124743;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044844;STB=0.526286;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00388418;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:10:8:16:17:10:8:16:17 chr9 91656963 . T C 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.000771746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.86;QD=20.5628;RBI=0.00698857;REFB=-0.0117023;REVB=-0.00694583;RO=30;SAF=22;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253027;STB=0.507844;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00948559;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:13:22:18:12:13:22:19:12 chr9 91978397 . C T 247.64 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=2.60392e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8278;QD=16.2387;RBI=0.00382285;REFB=-0.0158393;REVB=0.00382276;RO=29;SAF=8;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635302;STB=0.567517;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0167031;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:33:28:28:0.459016:20:8:10:19:20:8:13:20 chr9 91978783 . G A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0297296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.325;QD=20.5631;RBI=0.032829;REFB=-0.00562897;REVB=0.0139246;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153915;STB=0.585317;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00427435;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:18:13:21:14:18:13 chr9 93641151 . T C 391.7 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=0.0600421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.598;QD=16.6681;RBI=0.0600834;REFB=0.0191786;REVB=0.00222949;RO=53;SAF=15;SAR=25;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124597;STB=0.577191;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0221735;OID=.;OPOS=93641151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:53:53:40:41:0.43617:25:15:14:39:25:16:14:39 chr9 94118258 . C T 100.55 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0401028;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.435;QD=25.1373;RBI=0.0421412;REFB=-0.0148064;REVB=-0.0129476;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341223;STB=0.691974;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00299769;OID=.;OPOS=94118258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:0:5:4:7:0:5 chr9 94456643 . G C 696.63 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.014638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4778;QD=60.5762;RBI=0.0244711;REFB=0.00813349;REVB=0.0196102;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000284007;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:0:1:27:18:0:1 chr9 94456705 . T A 279.74 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00906048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6923;QD=43.0376;RBI=0.0440437;REFB=-0.10106;REVB=0.0431017;RO=3;SAF=4;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160347;STB=0.587545;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00254584;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:26:26:3:3:23:23:0.884615:19:4:2:1:19:4:2:1 chr9 94456714 . C T 289.35 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.439;QD=52.6086;RBI=0.0137548;REFB=0;REVB=0.0109937;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72353e-06;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:14:6:0:0:16:6:0:0 chr9 94486321 . C T 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.218;QD=59.4277;RBI=0.0286691;REFB=0;REVB=0.0179551;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106473;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr9 94495608 . T C 39.27 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0162505;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5442;QD=9.81722;RBI=0.0169403;REFB=-0.014449;REVB=-0.00478474;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309795;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0218457;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:2:8:3:3:3:7 chr9 94518328 . C T 300.53 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0174793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.151;QD=16.6962;RBI=0.0215612;REFB=-0.00439755;REVB=-0.0126238;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863997;STB=0.55449;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00286969;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:16:17:23:15:16:17:24:15 chr9 95219248 . A G 738.49 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.114739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3975;QD=54.7033;RBI=0.115095;REFB=0.023165;REVB=0.00904821;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000324108;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr9 95219597 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.796;QD=55.654;RBI=0.0229042;REFB=0;REVB=-0.0212942;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011268;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr9 95237024 . CTCATCA C,CTCA 196.16 PASS AF=0.625,0.375;AO=6,4;DP=21;FAO=10,6;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427063,0.0200247;FXX=0.272603;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=130.45,104.527;QD=49.0389;RBI=0.0429411,0.0233415;REFB=0,0;REVB=0.00448445,0.0119933;RO=0;SAF=3,0;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0266946,-0.0339026;OID=.,.;OPOS=95237025,95237025;OREF=TCATCA,TCA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.625,0.375:6,4:21:10,6:16:0:4,2:6,4:0:0:38:0:3,0:3,4:0:0 chr9 95284982 . T G 1292.04 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397861;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.207;QD=60.8017;RBI=0.040141;REFB=-0.0282172;REVB=0.00532637;RO=1;SAF=33;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141366;STB=0.507461;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000225801;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:51:33:1:0:51:33:1:0 chr9 95380726 . G A 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616146;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2002;QD=55.1427;RBI=0.03444;REFB=0;REVB=-0.0338843;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0006618;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr9 95400370 . G A 223.95 PASS AF=0.385714;AO=21;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0124135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9501;QD=12.7972;RBI=0.023896;REFB=-0.0156741;REVB=0.0204187;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303606;STB=0.597413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0321092;OID=.;OPOS=95400370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:43:21:27:0.385714:15:6:20:16:15:12:26:17 chr9 95780465 . A G 1583.3 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273729;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.513;QD=59.7473;RBI=0.0315892;REFB=0;REVB=0.0314704;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84517e-05;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:41:63:0:0:42:64:0:0 chr9 95838070 . G C 379.98 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0335744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.692;QD=15.6691;RBI=0.173267;REFB=-0.0494296;REVB=-0.169983;RO=55;SAF=27;SAR=13;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268032;STB=0.660095;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0533869;OID=.;OPOS=95838070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:55:56:40:41:0.42268:13:27:23:32:13:28:23:33 chr9 95840256 . A G 406.46 PASS AF=0.506024;AO=40;DP=80;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0441483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3814;QD=19.5886;RBI=0.0494555;REFB=-0.0417803;REVB=-0.0222883;RO=40;SAF=16;SAR=24;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13626;STB=0.553608;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0523577;OID=.;OPOS=95840256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:40:41:40:42:0.506024:24:16:22:18:24:18:22:19 chr9 95887320 . G T 585.97 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385098;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2175;QD=58.5968;RBI=0.0569343;REFB=-0.0351322;REVB=0.0419347;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00690424;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr9 96015256 . C T 722.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.433;QD=62.8054;RBI=0.0961285;REFB=0;REVB=0.00928561;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255243;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr9 96021312 . G A 854.16 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849631;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.762;QD=57.9092;RBI=0.0880205;REFB=0;REVB=0.0229974;RO=0;SAF=8;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294069;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:51:8:0:0:51:8:0:0 chr9 96031195 . G C 270.71 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0230235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4359;QD=18.9974;RBI=0.0538281;REFB=-0.00126426;REVB=-0.0486557;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131611;STB=0.563939;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0119771;OID=.;OPOS=96031195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:25:27:28:30:0.526316:16:12:7:18:16:14:9:18 chr9 96051521 . A G 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.138;QD=53.2662;RBI=0.0394264;REFB=0;REVB=0.0142265;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182812;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr9 96079839 . TGC TCG 51.73 PASS AF=0.2;AO=5;DP=42;FAO=8;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0345297;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=91.0984;QD=5.17257;RBI=0.0399911;REFB=-0.00471809;REVB=-0.0201739;RO=25;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419997;STB=0.879571;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.0710704;OID=.;OPOS=96079840;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:5:42:8:40:31:1:7:19:12:40:25:1:4:14:11 chr9 96097747 . C T 687.97 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.019273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.128;QD=58.5506;RBI=0.0405239;REFB=-0.139784;REVB=0.0356474;RO=2;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426715;STB=0.522717;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00101692;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:47:2:2:45:45:0.957447:21:24:0:2:21:24:0:2 chr9 96209943 . T C 753.62 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.263;QD=61.5196;RBI=0.0529782;REFB=-0.124415;REVB=0.0337934;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000395789;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:15:33:0:0:15:33:1:0 chr9 96214928 . G A 255.14 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.43;QD=51.0282;RBI=0.0570144;REFB=0;REVB=0.0563804;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185958;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:15:5:0:0 chr9 96238578 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00026536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.554;QD=58.1396;RBI=0.0020181;REFB=0;REVB=-0.00200058;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13356e-06;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr9 96328303 . T C 411.09 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0138566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5625;QD=21.0815;RBI=0.0273202;REFB=-0.0142649;REVB=0.0235454;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786474;STB=0.536568;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0140615;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:40:41:0.525641:22:18:20:17:22:19:20:17 chr9 96439004 . C A,CCCTGCCTCCACCACA 46.32 PASS AF=0.0769231,0.384615;AO=2,4;DP=19;FAO=1,5;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1,0;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0165032,0.0124902;FXX=0.277624;HRUN=4,4;LEN=1,15;MLLD=199.972,300.316;QD=14.2522;RBI=0.0205069,0.0129881;REFB=-0.037922,-0.0466472;REVB=0.0121728,0.00356146;RO=13;SAF=1,0;SAR=1,4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.552216,-0.583027;STB=0.997454,0.5;STBP=0.045,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00497777,0.0547262;OID=.,.;OPOS=96439004,96439005;OREF=C,-;OALT=A,CCTGCCTCCACCACA;OMAPALT=A,CCCTGCCTCCACCACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:19:13:13:7:2,4:1,5:0.0769231,0.384615:1,4:1,0:1:12:0,5:1,0:0:7 chr9 97055376 . G A 1439.69 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.283;QD=62.5953;RBI=0.119998;REFB=0;REVB=0.115785;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281366;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:50:39:0:0:53:39:0:0 chr9 97062852 . A T 136.84 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0435978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.384;QD=18.2453;RBI=0.044048;REFB=-0.0146037;REVB=0.00628093;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157424;OID=.;OPOS=97062852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:6:9:9:6:6:9 chr9 97062981 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4896;QD=39.2068;RBI=0.0284969;REFB=0;REVB=-0.0268571;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130537;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr9 97080944 . GAGA G 379.17 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359781;FXX=0.212057;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.262;QD=58.3336;RBI=0.00844248;REFB=0;REVB=0.00763749;RO=6;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.34576e-05;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:32:26:26:0:7:19:0:0:3:6:7:18:5:1 chr9 97080948 . A G 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00574211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.423;QD=5.01761;RBI=0.0362645;REFB=-0.00203675;REVB=-0.035807;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640527;STB=0.905536;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0294739;OID=.;OPOS=97080948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:1:6:7:20:1:6:7:20 chr9 97080953 . A C 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00215823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.702;QD=6.59524;RBI=0.0492634;REFB=-0.00147295;REVB=-0.0492161;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430523;STB=0.766151;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00289976;OID=.;OPOS=97080953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:8:20:3:6:8:20 chr9 97081010 . T G 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0349539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.746;QD=8.24053;RBI=0.0353319;REFB=-0.00350228;REVB=-0.00515443;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45216;STB=0.762457;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00873409;OID=.;OPOS=97081010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:7:9:7:33:7:9:7:33 chr9 97081252 . G C 79.82 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00316475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.531;QD=7.78766;RBI=0.0277538;REFB=-0.00955566;REVB=0.0275728;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19033;STB=0.616242;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0281268;OID=.;OPOS=97081252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:41:41:30:30:11:11:0.268293:6:5:9:21:6:5:9:21 chr9 97081263 . G C 58.89 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0164293;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.475;QD=5.23459;RBI=0.0166197;REFB=-0.00420888;REVB=0.00250834;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141418;STB=0.591644;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0242427;OID=.;OPOS=97081263;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:45:36:36:9:9:0.2:5:4:12:24:5:4:12:24 chr9 97082699 . G A,C 610.03 PASS AF=0.886364,0.0681818;AO=38,3;DP=44;FAO=39,3;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=13,2;FSAR=26,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0416821,0.0279358;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=179.453,127.578;QD=55.4576;RBI=0.0435641,0.0286494;REFB=-0.063166,-0.0553105;REVB=0.0126662,-0.00635464;RO=1;SAF=13,2;SAR=25,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0346745,-0.163246;STB=0.509086,0.570936;STBP=0.768,0.906;TYPE=snp,snp;VARB=0.000310762,0.133333;OID=.,.;OPOS=97082699,97082699;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:44:44:1:2:38,3:39,3:0.886364,0.0681818:25,1:13,2:1:0:26,1:13,2:1:1 chr9 97083422 . C T 210.71 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.052944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9393;QD=21.6109;RBI=0.0705013;REFB=-0.0587191;REVB=0.046555;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651145;STB=0.536551;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0698254;OID=.;OPOS=97083422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:20:21:0.538462:9:11:8:9:10:11:8:10 chr9 97087857 . G A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.473;QD=35.5717;RBI=0.0696077;REFB=0;REVB=0.0651058;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162563;OID=.;OPOS=97087857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr9 97325726 . A G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00602579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.726;QD=9.33499;RBI=0.0115382;REFB=-0.00405481;REVB=-0.00983976;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381002;STB=0.729391;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00787448;OID=.;OPOS=97325726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:20:11:9:4:20:11 chr9 97349666 . C G 189.08 PASS AF=0.404255;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0671068;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.834;QD=16.0918;RBI=0.0673582;REFB=-0.0218216;REVB=-0.00581435;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106919;STB=0.581311;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0319484;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:15:26:17:19:0.404255:8:9:6:9:10:9:16:10 chr9 97365720 . T C 700.53 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.996;QD=62.2689;RBI=0.0140565;REFB=0;REVB=-0.011886;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41587e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:12:30:0:0:13:32:0:0 chr9 97369149 . C T 971.72 PASS AF=0.957746;AO=69;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0350602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4854;QD=54.7447;RBI=0.0350611;REFB=0.0291768;REVB=0.000237934;RO=1;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101673;STB=0.516124;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0133094;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:1:3:69:68:0.957746:46:23:0:1:45:23:0:3 chr9 97369151 . G A 334.53 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0515026;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.635;QD=19.1162;RBI=0.0517788;REFB=0.0020244;REVB=0.00534132;RO=35;SAF=9;SAR=26;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152952;STB=0.585648;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00363333;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:35:35:35:0.5:26:9:14:21:26:9:14:21 chr9 97768286 . T C 494.21 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00162393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.496;QD=54.9122;RBI=0.0342806;REFB=-0.0166047;REVB=0.0342422;RO=1;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548779;STB=0.529394;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000417271;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:8:26:0:1:8:27:0:1 chr9 97849090 . A G 238.86 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0207982;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.499;QD=19.9046;RBI=0.0430019;REFB=-0.0110702;REVB=-0.0376377;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703989;STB=0.539618;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00775721;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:17:8:9:14:17:8 chr9 98209594 . G A 351.74 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0018184;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.89;QD=46.898;RBI=0.0505263;REFB=-0.202975;REVB=0.0504935;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.503976;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00134544;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:30:1:3:27:27:0.9:10:17:0:1:10:17:2:1 chr9 98221994 . A G 506.76 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0459479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4406;QD=20.475;RBI=0.0506475;REFB=-0.00749772;REVB=-0.0213064;RO=50;SAF=15;SAR=34;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764312;STB=0.542451;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00142935;OID=.;OPOS=98221994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:34:15:19:31:34:15:19:31 chr9 98231061 . G A 170.45 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=42;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0281257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.582;QD=15.4951;RBI=0.0313816;REFB=-0.0122974;REVB=0.0139195;RO=24;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488497;STB=0.718591;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0305247;OID=.;OPOS=98231061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:25:17:19:0.431818:3:14:9:15:5:14:9:16 chr9 98638288 . A G 1070.85 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220259;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.425;QD=60.3298;RBI=0.0316912;REFB=0;REVB=0.0227858;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242831;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr9 98729382 . A C 1568.13 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.406;QD=64.0052;RBI=0.0547647;REFB=0;REVB=-0.0134152;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127256;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr9 98997810 . C T 383.61 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00711977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.488;QD=20.1899;RBI=0.0106534;REFB=-0.0115377;REVB=0.00792494;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104933;STB=0.557978;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0167363;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:23:16:11:26:23:16:11:26 chr9 99525909 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00443758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.767;QD=14.0966;RBI=0.00461015;REFB=-0.00490185;REVB=0.00124953;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312947;STB=0.680555;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00646185;OID=.;OPOS=99525909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:3:11:5:6:3:11 chr9 99537071 . T C 545.11 PASS AF=0.588235;AO=49;DP=83;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0564184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5022;QD=25.6522;RBI=0.0643091;REFB=-0.0383999;REVB=0.0308647;RO=34;SAF=27;SAR=22;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733971;STB=0.536908;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0187728;OID=.;OPOS=99537071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:34:35:49:50:0.588235:22:27:22:12:23:27:22:13 chr9 99538365 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00644725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.978;QD=16.9415;RBI=0.0120297;REFB=-0.0108677;REVB=0.0101561;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351933;STB=0.698635;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0126649;OID=.;OPOS=99538365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:5:19:8:11:5:19 chr9 99581811 . C T 259.3 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0199373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.045;QD=14.6085;RBI=0.0315057;REFB=-0.0121038;REVB=-0.0243949;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180724;STB=0.59149;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0136333;OID=.;OPOS=99581811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:41:29:30:0.422535:14:15:14:27:15:15:14:27 chr9 99581916 . C G 168.76 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00851582;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.582;QD=14.0635;RBI=0.0175155;REFB=-0.00795736;REVB=-0.015306;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38439;STB=0.672623;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0467417;OID=.;OPOS=99581916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:18:19:0.395833:15:3:13:15:15:4:13:16 chr9 99691351 . T G 105.43 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0125168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.641;QD=8.11022;RBI=0.0390188;REFB=-0.0109194;REVB=0.0369567;RO=38;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196834;STB=0.512031;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0274125;OID=.;OPOS=99691351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:9:5:13:25:9:5:13:25 chr9 99694397 . C G 142.01 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00657452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4609;QD=22.7215;RBI=0.0859145;REFB=-0.00440259;REVB=0.0856626;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189223;STB=0.60721;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00944552;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:5:5:11:4:5:5 chr9 99698725 . TGAG TAAG,T 80.1 PASS AF=0.0625,0.28125;AO=2,8;DP=32;FAO=2,9;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=0,6;FSAR=2,3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0133927,-0.0490949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=123.898,168.613;QD=10.0127;RBI=0.0167598,0.0513657;REFB=-0.0128009,-0.0160142;REVB=-0.010076,-0.0151038;RO=20;SAF=0,6;SAR=2,2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.531429,0.251243;STB=0.994823,0.604412;STBP=0.175,0.497;TYPE=snp,del;VARB=0.0290192,0.0282239;OID=.,.;OPOS=99698726,99698726;OREF=G,GAG;OALT=A,-;OMAPALT=TAAG,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.28125:2,8:32:2,9:32:21:0,6:2,3:11:10:65:20:0,6:2,2:11:9 chr9 100053194 . G A 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0521955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.089;QD=20.6398;RBI=0.0538105;REFB=-0.00738853;REVB=0.013084;RO=32;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717796;STB=0.539779;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00482385;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:21:15:16:16:21:15:16:16 chr9 100071728 . G A 530.68 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0911841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6836;QD=19.6549;RBI=0.0912839;REFB=-0.00867725;REVB=-0.00426746;RO=51;SAF=31;SAR=24;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474287;STB=0.51754;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0121465;OID=.;OPOS=100071728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:53:55:55:0.509259:24:31:26:25:24:31:28:25 chr9 100074446 . C T 232.08 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000377569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.047;QD=14.7353;RBI=0.00580666;REFB=-0.0142878;REVB=-0.00579437;RO=34;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127622;STB=0.577219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.020129;OID=.;OPOS=100074446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:36:27:27:0.428571:19:8:14:20:19:8:15:21 chr9 100087345 . A G 272.24 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4924;QD=51.8546;RBI=0.063606;REFB=0;REVB=0.00121629;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108347;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr9 100087436 . A G 212.31 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0195831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.499;QD=27.3942;RBI=0.0252522;REFB=-0.0557187;REVB=0.015943;RO=9;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533772;STB=0.526289;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0249182;OID=.;OPOS=100087436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:9:11:20:20:0.645161:14:6:2:7:14:6:4:7 chr9 100105735 . T C 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.865;QD=57.5423;RBI=0.0132856;REFB=0;REVB=0.00556597;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89276e-05;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr9 100105782 . C G 267.92 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0263897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.81;QD=16.2378;RBI=0.0281365;REFB=-0.0239802;REVB=-0.00975937;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198176;STB=0.619065;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0256691;OID=.;OPOS=100105782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:11:19:15:20:11:19:15:21 chr9 100122291 . T C 235.09 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0510977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7608;QD=13.2444;RBI=0.0511265;REFB=-0.0134754;REVB=-0.00171388;RO=42;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305221;STB=0.6659;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0207798;OID=.;OPOS=100122291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:43:28:28:0.394366:11:17:13:29:11:17:14:29 chr9 100139161 . A G 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1795;QD=52.6024;RBI=0.0562983;REFB=0;REVB=-0.0148697;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853073;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chr9 100388119 . G T 648.57 PASS AF=0.511811;AO=64;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00014632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.526;QD=20.4273;RBI=0.00368241;REFB=-0.00112493;REVB=0.0036795;RO=62;SAF=27;SAR=37;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183761;STB=0.603578;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000785571;OID=.;OPOS=100388119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:62:64:65:0.511811:37:27:39:23:38:27:39:23 chr9 100616583 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0877392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.445;QD=48.7366;RBI=0.0885644;REFB=0;REVB=0.0120616;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001474;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr9 100617375 . T C 2180.26 PASS AF=0.992958;AO=136;DP=140;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00759641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.75;QD=61.4159;RBI=0.0276965;REFB=-0.0369041;REVB=0.0266344;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000366291;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:142:0:1:136:141:0.992958:70:66:0:0:75:66:1:0 chr9 100617433 . A C 480.93 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00815913;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1435;QD=19.6299;RBI=0.00859126;REFB=-0.00499699;REVB=0.00269041;RO=49;SAF=24;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112898;STB=0.561499;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0072313;OID=.;OPOS=100617433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:49:51:47:47:0.479592:23:24:19:30:23:24:20:31 chr9 100617479 . G T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0199399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7356;QD=14.6161;RBI=0.0221227;REFB=0.00478768;REVB=0.00958184;RO=38;SAF=6;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24596;STB=0.615983;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0075178;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:21:6:16:22:21:7:16:22 chr9 100617583 . T C 203.37 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.020884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.524;QD=14.2716;RBI=0.0370383;REFB=-0.0156269;REVB=-0.0305891;RO=33;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190743;STB=0.608606;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.020117;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:10:14:13:20:10:14:13:20 chr9 100617949 . T C 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0382231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5229;QD=17.0303;RBI=0.038595;REFB=-0.00514256;REVB=-0.00534532;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109005;STB=0.56243;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0138724;OID=.;OPOS=100617949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:11:11:7:11:11:11 chr9 100618578 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0157536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3037;QD=7.62906;RBI=0.0307571;REFB=-0.00171032;REVB=-0.0264163;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442792;STB=0.7752;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00107191;OID=.;OPOS=100618578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:13:7:6:2:13:7 chr9 100672338 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00826879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.417;QD=7.03204;RBI=0.0280156;REFB=0.00344755;REVB=-0.0267675;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311238;STB=0.69952;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0168891;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:7:2:12:14:7:2:12:14 chr9 100675816 . A G 152.94 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00273808;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.336;QD=11.5423;RBI=0.00672972;REFB=0.0177478;REVB=-0.00614752;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00835411;STB=0.505715;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0216244;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:34:19:19:0.358491:13:6:10:21:13:6:11:23 chr9 100684719 . A C 183.22 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00748981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119;QD=17.449;RBI=0.0515328;REFB=-0.0135107;REVB=-0.0509856;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382695;STB=0.516778;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0162552;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:21:23:19:19:0.452381:8:11:13:8:8:11:14:9 chr9 100684757 . A G 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00501639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.257;QD=16.4439;RBI=0.0269066;REFB=-0.0273858;REVB=-0.0264349;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269621;STB=0.524813;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0267047;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:9:11:15:11:9:11:16:11 chr9 100819192 . C T 144.17 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0561264;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4513;QD=22.1792;RBI=0.0630711;REFB=-0.0232445;REVB=0.0287714;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110469;STB=0.562416;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.015191;OID=.;OPOS=100819192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:5:6:6:9:5:6 chr9 100823084 . T C 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00698868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.426;QD=13.2238;RBI=0.0269369;REFB=-0.00299934;REVB=-0.0260145;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101478;STB=0.558123;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00450638;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:16:20:11:13:16:20 chr9 100843417 . A G 139.68 PASS AF=0.316667;AO=16;DP=57;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0187698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.484;QD=9.31193;RBI=0.03066;REFB=-0.018149;REVB=0.0242432;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197839;STB=0.574511;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0364977;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:39:41:16:19:0.316667:8:8:13:26:11:8:13:28 chr9 100854765 . C G 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0201594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.598;QD=14.1926;RBI=0.0352273;REFB=0.0085585;REVB=0.0288887;RO=22;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665071;STB=0.503871;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00855111;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:13:2:3:19:13:2:3:19 chr9 101068580 . G A 451.17 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00653036;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.055;QD=21.7433;RBI=0.0210403;REFB=-0.0222806;REVB=0.0200012;RO=39;SAF=18;SAR=26;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895922;STB=0.549477;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.027589;OID=.;OPOS=101068580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:26:18:20:19:26:18:20:19 chr9 101340301 . A C 815.83 PASS AF=0.50303;AO=83;DP=165;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0366949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.664;QD=19.7777;RBI=0.0386815;REFB=-0.012141;REVB=-0.0122369;RO=81;SAF=54;SAR=29;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794103;STB=0.541258;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0128534;OID=.;OPOS=101340301;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:81:82:83:83:0.50303:29:54:46:35:29:54:47:35 chr9 101533220 . C T 193.33 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.015249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.365;QD=16.1107;RBI=0.0164721;REFB=-0.0170329;REVB=-0.00622899;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189338;STB=0.62487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0185887;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:25:28:20:20:0.416667:14:6:12:13:14:6:14:14 chr9 101552584 . G A 88.75 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00338847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.38;QD=14.7915;RBI=0.0705942;REFB=-0.0214958;REVB=-0.0705129;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299066;STB=0.673766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0282057;OID=.;OPOS=101552584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:4:9:4:7:4:9 chr9 101611335 . G C 291.06 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0120004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9455;QD=26.46;RBI=0.0527765;REFB=0.0234283;REVB=-0.0513941;RO=18;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779282;STB=0.543199;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0176771;OID=.;OPOS=101611335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:17:9:8:10:17:9:8:10 chr9 101611545 . A G 468.05 PASS AF=0.505495;AO=45;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00608068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.312;QD=20.5736;RBI=0.0089649;REFB=-0.0333701;REVB=0.00658747;RO=44;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112347;STB=0.56109;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0373204;OID=.;OPOS=101611545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:45:46:0.505495:22:23:28:16:22:24:29:16 chr9 101748234 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0318266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.134;QD=19.523;RBI=0.0446818;REFB=-0.0113843;REVB=0.0313613;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256161;STB=0.644963;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00992347;OID=.;OPOS=101748234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:9:3:8:6:9:3 chr9 101767245 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=2.23283e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.901;QD=21.3769;RBI=0.0427971;REFB=-0.0278504;REVB=0.0427971;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287468;STB=0.516115;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0180274;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:7:15:15:8:7:15 chr9 101767315 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0173527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.064;QD=20.4858;RBI=0.0313901;REFB=0.0134436;REVB=0.0261576;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383862;STB=0.521709;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0106629;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:2:9:11:3:2:9 chr9 101784438 . A G 392.17 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0121595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.414;QD=14.6606;RBI=0.0170039;REFB=-0.0130589;REVB=-0.0118861;RO=60;SAF=17;SAR=28;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763348;STB=0.534939;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0195555;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:62:45:45:0.420561:28:17:27:33:28:17:27:35 chr9 101890227 . C T 783.91 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.99;QD=57.0118;RBI=0.0251625;REFB=0;REVB=0.00233679;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2249e-05;OID=.;OPOS=101890227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:34:19:0:0:34:21:0:0 chr9 101890980 . A G 820.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.725;QD=55.6064;RBI=0.0170212;REFB=-0.0671856;REVB=0.00221661;RO=1;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219308;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000218334;OID=.;OPOS=101890980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:21:37:0:1:21:37:0:1 chr9 101947879 . ATGT A 698.0 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086711;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.774;QD=56.9797;RBI=0.0101861;REFB=0;REVB=-0.00534504;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00188181;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:53:49:49:0:29:20:0:0:4:0:28:18:0:0 chr9 102067887 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000640461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.819;QD=33.4284;RBI=0.0429253;REFB=0;REVB=0.0429206;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019275;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 102068344 . C G 87.8 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.287;QD=39.0234;RBI=0.0578896;REFB=0;REVB=0.0276077;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015694;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr9 102068770 . T C 1321.22 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0071728;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.025;QD=60.7459;RBI=0.0439068;REFB=-0.114236;REVB=0.043317;RO=1;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178672;STB=0.50877;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000413832;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:87:1:1:84:86:0.988506:26:58:0:1:28:58:0:1 chr9 102068832 . G A 2309.64 PASS AF=0.993506;AO=145;DP=147;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0757865;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6132;QD=59.9908;RBI=0.0895563;REFB=0.0564389;REVB=0.0477151;RO=1;SAF=79;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715104;STB=0.503649;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00077889;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:154:1:1:145:153:0.993506:66:79:0:1:68:85:0:1 chr9 102732237 . T C 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.014741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.56;QD=15.643;RBI=0.0168447;REFB=-0.00881987;REVB=-0.00815162;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585766;STB=0.503367;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0112548;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:10:19:13:7:10:19 chr9 103060386 . T G 1081.87 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.658;QD=59.2808;RBI=0.0240002;REFB=0;REVB=0.0184222;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438248;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:71:73:1:39:32:1:0:39:34:0:0 chr9 103064530 . G A 590.32 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.765;QD=60.5452;RBI=0.0263989;REFB=0;REVB=-0.0022047;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4748e-05;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr9 103348208 . A T 347.9 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4868;QD=53.5234;RBI=0.0519328;REFB=0;REVB=0.0363708;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104082;OID=.;OPOS=103348208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr9 104133628 . C T 263.15 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.901;QD=50.1236;RBI=0.0808661;REFB=0;REVB=0.0808293;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226139;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr9 104309445 . T C 187.08 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0128967;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.083;QD=18.2518;RBI=0.0269933;REFB=0.00502291;REVB=0.0237131;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612775;STB=0.534847;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0040249;OID=.;OPOS=104309445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:13:9:9:10:13:9 chr9 104324545 . G A 582.31 PASS AF=0.671053;AO=51;DP=75;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0126772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.922;QD=30.6479;RBI=0.0127762;REFB=-0.0291242;REVB=-0.0015871;RO=23;SAF=23;SAR=28;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906285;STB=0.561993;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0147736;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:23:25:51:51:0.671053:28:23:14:9:28:23:16:9 chr9 104335682 . C T 1348.16 PASS AF=0.586854;AO=125;DP=214;FAO=125;FDP=213;FR=.;FRO=88;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0103343;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.854;QD=25.3175;RBI=0.0123193;REFB=0.000544059;REVB=-0.00670573;RO=85;SAF=61;SAR=64;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659685;STB=0.527955;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000375642;OID=.;OPOS=104335682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:85:88:125:125:0.586854:64:61:34:51:64:61:37:51 chr9 104385712 . A G 72.33 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0330509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.006;QD=8.50896;RBI=0.0337276;REFB=-0.0216521;REVB=-0.00672206;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186273;STB=0.620003;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0578222;OID=.;OPOS=104385712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:22:24:10:10:0.294118:3:7:12:10:3:7:13:11 chr9 104449063 . C T 1068.79 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.456;QD=58.564;RBI=0.0272825;REFB=0;REVB=-0.0114414;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207832;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:26:44:0:0:29:44:0:0 chr9 104499575 . T C 625.13 PASS AF=0.436242;AO=64;DP=147;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0467828;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9093;QD=16.7819;RBI=0.0501093;REFB=-0.00998481;REVB=-0.0179531;RO=81;SAF=35;SAR=29;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102395;STB=0.550511;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00898943;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:81:84:64:65:0.436242:29:35:36:45:29:36:39:45 chr9 105018910 . A C 161.68 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0105567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.615;QD=19.0214;RBI=0.0381768;REFB=-0.0135944;REVB=0.0366882;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242698;STB=0.639167;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00702497;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:9:8:4:13:9:8 chr9 105763912 . T C 335.19 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0349376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8336;QD=16.9718;RBI=0.045057;REFB=-0.00442221;REVB=-0.0284517;RO=42;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117932;STB=0.501084;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0048022;OID=.;OPOS=105763912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:43:36:36:0.455696:21:15:17:25:21:15:18:25 chr9 105767330 . AG GA 30.63 PASS AF=0.173913;AO=3;DP=23;FAO=4;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0119038;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=41.4023;QD=5.32732;RBI=0.0212508;REFB=-0.0322254;REVB=0.0176039;RO=15;SAF=3;SAR=0;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.774868;STB=0.881067;STBP=0.312;TYPE=mnp;VARB=0.105392;OID=.;OPOS=105767330;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:23:23:15:17:3:4:0.173913:0:3:2:13:1:3:3:14 chr9 105780618 . G A 2314.97 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6618;QD=60.9203;RBI=0.0986757;REFB=0;REVB=0.0476047;RO=0;SAF=71;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543485;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:150:152:1:79:71:0:0:81:71:0:0 chr9 106896809 . G A 1308.69 PASS AF=0.456081;AO=135;DP=295;FAO=135;FDP=296;FR=.;FRO=161;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=74;FSRR=87;FWDB=-0.0018356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.756;QD=17.685;RBI=0.0123993;REFB=-0.00303127;REVB=-0.0122627;RO=160;SAF=57;SAR=78;SRF=73;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034005;STB=0.520712;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00385101;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:296:160:161:135:135:0.456081:78:57:73:87:78:57:74:87 chr9 107266596 . T C 651.24 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000920644;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.776;QD=54.2703;RBI=0.0150422;REFB=0.00411823;REVB=0.015014;RO=2;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493711;STB=0.507809;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.000105326;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:2:4:44:44:0.916667:18:26:0:2:18:26:2:2 chr9 107266774 . C G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.57;QD=56.6223;RBI=0.0213079;REFB=-0.042748;REVB=0.0131892;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000653824;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:36:27:0:1:36:27:0:1 chr9 107266844 . A G 929.96 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.952;QD=56.3614;RBI=0.106122;REFB=0;REVB=0.00373998;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669393;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:1:0:62:66:1:41:21:1:0:42:24:0:0 chr9 107266943 . G A 805.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9015;QD=64.4004;RBI=0.0190333;REFB=0;REVB=-0.0151621;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89048e-05;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr9 107267304 . C T 1485.42 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606367;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5921;QD=60.0168;RBI=0.00606954;REFB=0;REVB=0.000266871;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582383;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr9 107331504 . C A 1011.46 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121538;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.322;QD=59.4978;RBI=0.0321135;REFB=0;REVB=-0.0297248;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26267e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr9 107360768 . GTG GG,GGT 1250.87 PASS AF=0.975904,0.0240964;AO=67,4;DP=82;FAO=81,2;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=43,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499669,0.041554;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=188.874,174.63;QD=60.2828;RBI=0.0614576,0.0518047;REFB=0,0;REVB=0.0357818,0.0309353;RO=0;SAF=32,1;SAR=35,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.62221e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000559902,-0.0185448;OID=.,.;OPOS=107360769,107360769;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GG,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.975904,0.0240964:67,4:82:81,2:83:0:38,1:43,1:0:0:4:0:32,1:35,3:0:0 chr9 107360826 . A G 1399.14 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747144;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7826;QD=62.8825;RBI=0.0129797;REFB=0;REVB=0.0106137;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79369e-05;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr9 107360851 . T C 1194.3 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869327;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.891;QD=61.2464;RBI=0.026595;REFB=0;REVB=0.025134;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30768e-05;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr9 107360922 . A G 1304.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066141;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0891;QD=62.1305;RBI=0.00697623;REFB=0;REVB=0.00221844;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61816e-05;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:85:84:1:48:37:0:0:47:37:0:0 chr9 107361129 . C T 673.8 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246249;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7184;QD=62.6786;RBI=0.0347414;REFB=0;REVB=-0.0245067;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69455e-05;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr9 107361439 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.648;QD=35.5759;RBI=0.0248603;REFB=0;REVB=0.0212106;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006895;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr9 107361451 . GC AG 49.75 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924336;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.378;QD=33.1637;RBI=0.170514;REFB=0;REVB=0.143287;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00377049;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr9 107361460 . G A 46.01 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.3899;QD=30.6762;RBI=0.185276;REFB=0;REVB=0.179341;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016165;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:1:0:5:6:1:3:2:0:1:4:2:0:0 chr9 107361490 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.739;QD=33.4284;RBI=0.106001;REFB=0;REVB=0.0255998;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278996;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr9 107361599 . G C 721.59 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053575;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3749;QD=56.5954;RBI=0.0558647;REFB=0;REVB=0.0158297;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1772e-05;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:29:22:0:0 chr9 107361710 . G A 1225.75 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000335837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.872;QD=57.6823;RBI=0.0121773;REFB=0.00962461;REVB=-0.0121727;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956759;STB=0.514848;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00020398;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:85:1:3:82:82:0.964706:49:33:0:1:49:33:0:3 chr9 107367008 . T C 1412.69 PASS AF=0.94898;AO=93;DP=98;FAO=93;FDP=98;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00829393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.471;QD=57.661;RBI=0.0157993;REFB=-0.0916637;REVB=0.0134473;RO=2;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194873;STB=0.502659;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00195942;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:98:98:2:5:93:93:0.94898:42:51:1:1:42:51:3:2 chr9 107367390 . GATGTTA GA,GAT 290.46 PASS AF=0,1;AO=3,19;DP=22;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150603,0.0344771;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=257.004,283.794;QD=52.81;RBI=0.0179627,0.0382593;REFB=0,0;REVB=0.00979007,0.0165862;RO=0;SAF=3,7;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000291705;OID=.,.;OPOS=107367391,107367393;OREF=ATGTT,GTTA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,19:22:0,22:22:0:0,10:0,12:0:0:4:0:3,7:0,12:0:0 chr9 107367431 . A T 122.99 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.654;QD=37.842;RBI=0.103075;REFB=-0.0511286;REVB=-0.00764057;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00547844;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr9 107367612 . C T 528.59 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00309886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.071;QD=48.0538;RBI=0.0145607;REFB=-0.0407757;REVB=0.0142271;RO=6;SAF=12;SAR=26;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446678;STB=0.523931;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00672157;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:6:6:38:38:0.863636:26:12:1:5:26:12:1:5 chr9 107367664 . AGC A,AAG,AGT 119.12 PASS AF=1,0,0;AO=10,2,2;DP=14;FAO=11,0,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318856,0.0201766,-0.0728872;FXX=0.0832639;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=188.973,146.528,34.1113;QD=43.3151;RBI=0.0429677,0.0202062,0.0731951;REFB=0,0,0;REVB=0.0288016,0.00109441,-0.00670625;RO=0;SAF=3,0,0;SAR=7,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00151915,0,0;OID=.,.,.;OPOS=107367665,107367665,107367666;OREF=GC,GC,C;OALT=-,AG,T;OMAPALT=A,AAG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:10,2,2:14:11,0,0:11:0:3,0,0:8,0,0:0:0:4:0:3,0,0:7,2,2:0:0 chr9 107367841 . A T 890.79 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00706946;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.299;QD=53.9871;RBI=0.00907716;REFB=-0.17984;REVB=0.00569365;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160049;STB=0.509422;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-3.88863e-05;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:66:1:3:63:63:0.954545:29:34:0:1:29:34:1:2 chr9 107380177 . A G 391.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.93;QD=55.8913;RBI=0.0482525;REFB=0;REVB=0.0441918;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329497;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr9 107380215 . T A 313.29 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0275256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.772;QD=50.1256;RBI=0.0633532;REFB=-0.0524831;REVB=0.0570611;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533305;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0101991;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:17:7:0:0:17:7:1:0 chr9 107380414 . C A 739.75 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5498;QD=56.904;RBI=0.0701784;REFB=0;REVB=0.0650245;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614798;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr9 107456933 . C T 490.43 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.785;QD=57.6977;RBI=0.0305899;REFB=0;REVB=0.0303226;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150762;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:22:12:0:0 chr9 107457326 . T C 95.59 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00792947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.617;QD=12.7458;RBI=0.0458381;REFB=0.0062931;REVB=0.045147;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.59984;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00681081;OID=.;OPOS=107457326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:6:12:6:6:6:12 chr9 107457532 . C T 190.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4727;QD=47.6687;RBI=0.0496937;REFB=0;REVB=-0.0496759;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150637;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr9 107457725 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.856;QD=61.684;RBI=0.0160826;REFB=0;REVB=0.0157132;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72871e-05;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr9 107510145 . G C 406.66 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0800766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.1362;QD=52.4717;RBI=0.0806871;REFB=-0.0456003;REVB=0.0099069;RO=1;SAF=7;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619467;STB=0.53331;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000753897;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:22:7:1:0:23:7:1:0 chr9 107515214 . G A 1508.11 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00065782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.984;QD=60.3246;RBI=0.00844441;REFB=-0.00706203;REVB=0.00841875;RO=3;SAF=43;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128454;STB=0.506777;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000528508;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:97:97:0.97:54:43:2:1:54:43:2:1 chr9 107533159 . A G 997.92 PASS AF=0.985915;AO=66;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0500897;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1035;QD=56.2206;RBI=0.057968;REFB=-0.0013519;REVB=0.0291774;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160134;STB=0.507934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00396721;OID=.;OPOS=107533159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:71:1:1:66:70:0.985915:29:37:0:1:31:39:0:1 chr9 107562804 . T C 133.93 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00728869;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=308.263;QD=10.3022;RBI=0.00728995;REFB=-0.000113197;REVB=-0.000135898;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304004;STB=0.678142;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000120454;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:35:17:17:0.326923:7:10:11:24:7:10:11:24 chr9 107568705 . C T 465.43 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0380418;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.297;QD=19.1931;RBI=0.0380421;REFB=-0.0177353;REVB=-0.000150423;RO=50;SAF=31;SAR=15;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329251;STB=0.678351;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0336377;OID=.;OPOS=107568705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:50:51:46:46:0.474227:15:31:16:34:15:31:17:34 chr9 107586753 . T C 397.73 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0035005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.482;QD=18.0785;RBI=0.0399218;REFB=-0.0175754;REVB=0.039768;RO=47;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123396;STB=0.568789;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0247568;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:21:20:29:18:21:20:29:18 chr9 107588033 . C T 229.91 PASS AF=0.4;AO=26;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00894803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.387;QD=13.1378;RBI=0.0296971;REFB=0.00450469;REVB=-0.028317;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114361;STB=0.565172;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00989877;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:42:26:28:0.4:14:12:15:27:15:13:15:27 chr9 107591272 . G T 637.23 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.000918077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.522;QD=25.4891;RBI=0.0248164;REFB=-0.0280449;REVB=-0.0247994;RO=42;SAF=27;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389244;STB=0.526307;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0176137;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:43:57:57:0.57:30:27:22:20:30:27:23:20 chr9 107620867 . C T 362.38 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0605706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5479;QD=18.1189;RBI=0.0617458;REFB=-0.00466652;REVB=-0.011989;RO=41;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203676;STB=0.607943;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00480422;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:24:14:24:17:24:14:24:18 chr9 107624029 . C T 306.97 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0206279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9843;QD=11.8066;RBI=0.0243989;REFB=-0.014989;REVB=0.0130307;RO=66;SAF=20;SAR=18;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14086;STB=0.580307;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0249894;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:18:20:43:23:18:20:43:23 chr9 108152199 . G A 726.67 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0047125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.722;QD=52.8488;RBI=0.00474185;REFB=-0.00887787;REVB=0.00052673;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136578;STB=0.51428;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000186796;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:34:19:0:1:34:19:0:2 chr9 108296786 . A G 189.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0014841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.78;QD=21.0085;RBI=0.00155594;REFB=-0.0251786;REVB=-0.000467309;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214124;STB=0.605687;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0173905;OID=.;OPOS=108296786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:8:11:5:11:8:11:6:11 chr9 108366734 . G A 240.11 PASS AF=0.41791;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.014738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6755;QD=14.3348;RBI=0.0153791;REFB=0.0229895;REVB=0.00439399;RO=37;SAF=8;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34913;STB=0.720183;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0171644;OID=.;OPOS=108366734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:39:26:28:0.41791:18:8:24:13:20:8:26:13 chr9 108380355 . C A 316.21 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0268395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2282;QD=23.4227;RBI=0.0409482;REFB=-0.0258324;REVB=0.0309257;RO=22;SAF=10;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143645;STB=0.583279;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0108651;OID=.;OPOS=108380355;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:21:10:11:11:22:10:11:11 chr9 108425267 . C T 594.83 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.304;QD=61.0078;RBI=0.0459666;REFB=0;REVB=0.045817;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227897;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr9 108536426 . AT A 241.09 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.2215;QD=38.5737;RBI=0.0519786;REFB=0;REVB=-0.0432788;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00390992;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:25:25:25:0:7:18:0:0:5:0:6:18:0:0 chr9 109689859 . T C 417.22 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.019887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.896;QD=25.2861;RBI=0.0261804;REFB=-0.0390623;REVB=0.0170271;RO=26;SAF=20;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110827;STB=0.560576;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0394448;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:20:20:9:17:20:20:9:17 chr9 109691676 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00422999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.4;QD=14.6568;RBI=0.0713682;REFB=-0.0183937;REVB=-0.0712427;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530845;STB=0.83655;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0256377;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:1:12:9:7:1:12:9:8 chr9 110249505 . C T 340.63 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.014111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.5055;QD=26.2023;RBI=0.127117;REFB=-0.0429558;REVB=0.126331;RO=13;SAF=17;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17429;STB=0.595924;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0322552;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:13:15:28:28:0.538462:11:17:4:9:11:17:5:10 chr9 111617341 . A G 1158.84 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.992;QD=59.4277;RBI=0.0182019;REFB=-0.154108;REVB=-0.0147247;RO=1;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155135;STB=0.508195;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000354146;OID=.;OPOS=111617341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:1:1:77:77:0.987179:30:47:0:1:30:47:0:1 chr9 111618602 . A G 629.97 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5324;QD=58.6016;RBI=0.0209963;REFB=-0.060964;REVB=-0.0156505;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=3.83856e-05;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:41:41:0.953488:26:15:0:0:26:15:1:0 chr9 111618926 . A G 1096.3 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185989;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.664;QD=59.2597;RBI=0.0238448;REFB=-0.0590516;REVB=0.0149217;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465247;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:74:0:0:73:74:1:49:24:0:0:50:24:0:0 chr9 111625913 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.456;QD=62.3492;RBI=0.0319989;REFB=0;REVB=0.0189792;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193519;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr9 111641825 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00312794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.532;QD=20.5429;RBI=0.00320456;REFB=-0.00136116;REVB=-0.000696564;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752953;STB=0.530096;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00136266;OID=.;OPOS=111641825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:11:13:15:9:11:13:15:10 chr9 111644396 . G A 133.11 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0214324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.147;QD=15.2128;RBI=0.0227674;REFB=-0.0119749;REVB=-0.0076816;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244948;STB=0.613486;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0151868;OID=.;OPOS=111644396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:9:5:12:8:9:6:12:8 chr9 111651620 . A T 290.56 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0184526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1159;QD=14.3485;RBI=0.0236442;REFB=-0.00538757;REVB=-0.0147835;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400401;STB=0.522714;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00694242;OID=.;OPOS=111651620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:18:15:20:28:18:15:20:28 chr9 111659439 . T C 181.43 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0198561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4561;QD=12.3006;RBI=0.0219054;REFB=0.00361341;REVB=0.0092511;RO=37;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193994;STB=0.627399;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00465438;OID=.;OPOS=111659439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:36:22:23:0.389831:16:6:16:21:17:6:16:20 chr9 111659483 . T G 288.88 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0528167;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.479;QD=14.0915;RBI=0.0528198;REFB=-0.00783369;REVB=-0.000577002;RO=49;SAF=11;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172228;STB=0.598229;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00837111;OID=.;OPOS=111659483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:22:11:24:25:22:11:24:25 chr9 111660851 . C T 99.92 PASS AF=0.5;AO=9;DP=22;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0453235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5061;QD=16.6537;RBI=0.181452;REFB=-0.0203086;REVB=0.1757;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11806;STB=0.558732;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0335406;OID=.;OPOS=111660851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:22:24:12:12:9:12:0.5:1:8:10:2:3:9:10:2 chr9 111679872 . G A 396.45 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00781464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6243;QD=20.3307;RBI=0.0226536;REFB=-0.018664;REVB=-0.021263;RO=38;SAF=11;SAR=29;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219409;STB=0.622253;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0197575;OID=.;OPOS=111679872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:29:11:19:19:29:11:19:19 chr9 111688828 . C T 213.06 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0293974;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.682;QD=14.4446;RBI=0.0294997;REFB=-0.00398512;REVB=0.00245387;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762227;STB=0.534761;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00555362;OID=.;OPOS=111688828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:34:25:25:0.423729:11:14:17:18:11:14:17:17 chr9 111718129 . TAAAAAAT TAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAT,TAAAAATT 55.83 PASS AF=0.238095,0,0,0;AO=7,5,8,2;DP=47;FAO=10,0,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4,0,0,0;FSAR=6,0,0,0;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.15194,-0.140342,-0.156452,0.00338694;FXX=0.0232504;HRUN=6,6,6,6;LEN=2,1,1,1;MLLD=20.1747,11.5765,10.2805,18.8484;QD=5.31731;RBI=0.195946,0.249012,0.16181,0.0777657;REFB=-0.0749551,-0.0586775,-0.0889245,-0.014123;REVB=-0.12373,-0.205696,-0.0412948,0.0776919;RO=20;SAF=2,3,7,2;SAR=5,2,1,0;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.357767,0,0.411118,0.471211;STB=0.687724,0.5,0.5,0.5;STBP=0.223,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.147829,0.068616,0.0343623,0;OID=.,.,.,.;OPOS=111718135,111718136,111718130,111718135;OREF=AT,T,A,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAT,TAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095,0,0,0:7,5,8,2:47:10,0,0,0:42:32:4,0,0,0:6,0,0,0:21:11:50:20:2,3,7,2:5,2,1,0:12:8 chr9 111754288 . T C 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.882;QD=54.6502;RBI=0.0301959;REFB=0.00474659;REVB=0.0208168;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.5098;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=3.47202e-05;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:1:0:27:25:1:0 chr9 111781789 . A G 305.73 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0202754;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6223;QD=14.9135;RBI=0.056432;REFB=-0.00430716;REVB=0.0526638;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423943;STB=0.539625;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00745595;OID=.;OPOS=111781789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:48:34:34:0.414634:19:15:18:27:19:15:18:30 chr9 111782670 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.075258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.725;QD=17.5417;RBI=0.0752581;REFB=-0.0150688;REVB=0.000125148;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264526;STB=0.515131;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0118353;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:7:9:8:7:7:9 chr9 111868885 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00656524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.436;QD=21.7444;RBI=0.0137455;REFB=-0.0110551;REVB=-0.0120762;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305574;STB=0.671425;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00755633;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:9:2:9:6:9:2 chr9 111881927 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0469003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.272;QD=9.10025;RBI=0.0895214;REFB=-0.043028;REVB=-0.0762525;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148306;STB=0.589974;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0609945;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:13:6:4:5:13:6 chr9 111938926 . C T 344.22 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0103729;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.41;QD=19.6696;RBI=0.0188458;REFB=-0.0166158;REVB=-0.0157343;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686426;STB=0.529536;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0230526;OID=.;OPOS=111938926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:34:35:36:0.514286:17:18:19:13:17:19:20:14 chr9 111945049 . T G 1783.57 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9351;QD=59.952;RBI=0.0306268;REFB=0.0243078;REVB=-0.0188645;RO=1;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747937;STB=0.503936;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000235227;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:117:118:0.991597:63:54:0:1:63:55:0:1 chr9 111956599 . G A 310.43 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0171711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9466;QD=11.2884;RBI=0.0205741;REFB=-0.00864626;REVB=0.0113334;RO=71;SAF=18;SAR=21;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367196;STB=0.502109;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0244038;OID=.;OPOS=111956599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:21:18:33:38:21:18:33:38 chr9 112069477 . T A 118.28 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0369309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.835;QD=12.7866;RBI=0.0385723;REFB=-0.00714125;REVB=-0.0111326;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213991;STB=0.610532;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0281315;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:8:14:6:8:9:14 chr9 112219474 . C G 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00366361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.355;QD=19.9726;RBI=0.0099976;REFB=-0.00951372;REVB=0.00930215;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660691;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.01493;OID=.;OPOS=112219474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:11:9:10:9:11:9:10:10 chr9 112629397 . G A,T 347.08 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=19,7;DP=26;FAO=20,6;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=9,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020422,-0.083288;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.1264,43.5185;QD=53.3969;RBI=0.0370251,0.08402;REFB=0,0;REVB=0.0308837,0.0110664;RO=0;SAF=10,1;SAR=9,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.33753e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00492098,0.0408281;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:26:26:0:0:19,7:20,6:0.769231,0.230769:9,6:10,1:0:0:9,6:11,0:0:0 chr9 112629858 . A G 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.846;QD=62.6653;RBI=0.0406426;REFB=0;REVB=0.0378114;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146008;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr9 112706064 . TA AT 35.27 PASS AF=0.162791;AO=3;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00918053;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.142;QD=3.28112;RBI=0.00933882;REFB=-0.0441954;REVB=-0.00171215;RO=32;SAF=3;SAR=0;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667577;STB=0.90078;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.155402;OID=.;OPOS=112706064;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:43:43:32:36:3:7:0.162791:0:3:8:24:1:6:11:25 chr9 112713075 . C CA 328.97 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.5705;QD=41.1217;RBI=0.0366907;REFB=-0.0257788;REVB=-0.0277935;RO=3;SAF=12;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.74507e-05;OID=.;OPOS=112713076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:32:32:0:15:17:0:0:5:3:12:17:3:0 chr9 112899361 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.192;QD=58.1421;RBI=0.0425974;REFB=0;REVB=0.0419092;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312966;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr9 112900199 . T C 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0110511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8729;QD=13.0154;RBI=0.0303665;REFB=0.00320741;REVB=-0.0282842;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227817;STB=0.64985;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00930615;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:32:20:20:0.384615:13:7:17:13:13:7:19:13 chr9 112900341 . G GGAAGCT 45.31 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00407991;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=268.679;QD=8.23798;RBI=0.0144247;REFB=-0.0205435;REVB=0.0138357;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265793;STB=0.699491;STBP=0.214;TYPE=ins;VARB=0.0318782;OID=.;OPOS=112900342;OREF=-;OALT=GAAGCT;OMAPALT=GGAAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:6:22:7:22:15:4:3:4:11:45:15:3:3:4:11 chr9 112900785 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00911268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0014;QD=17.6438;RBI=0.0332014;REFB=-0.0287893;REVB=0.0319264;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381184;STB=0.719537;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0248702;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:6:1:6:3:6:1 chr9 112931645 . C CA 340.86 PASS AF=1;AO=5;DP=50;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737935;FXX=0.040808;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.7241;QD=29.0097;RBI=0.0617289;REFB=0;REVB=-0.0612862;RO=45;SAF=1;SAR=4;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00283213;OID=.;OPOS=112931646;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:50:47:47:0:30:17:0:0:3:45:1:4:32:13 chr9 112931646 . G A 695.36 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0404417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9587;QD=56.7643;RBI=0.0547958;REFB=-0.160496;REVB=0.0369736;RO=3;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906388;STB=0.548365;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0108254;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:3:3:46:46:0.938776:14:32:0:3:14:32:0:3 chr9 112932329 . G A 885.73 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.718;QD=58.0804;RBI=0.0453964;REFB=0;REVB=0.0421713;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03718e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:35:24:0:0:36:25:0:0 chr9 112960852 . C T 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00492166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.546;QD=14.7405;RBI=0.0130079;REFB=-0.00195684;REVB=-0.0120408;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178239;STB=0.600864;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00333888;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:25:16:17:13:25:16 chr9 112960858 . T C 963.34 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00105894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8596;QD=55.8456;RBI=0.0333951;REFB=-0.0437266;REVB=0.0333783;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501087;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00121849;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:67:67:0.971014:31:36:0:0:31:36:1:1 chr9 112960869 . A G 990.34 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.28;QD=59.1247;RBI=0.0140878;REFB=0;REVB=0.0135735;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94018e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr9 112963504 . A G 1016.49 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.438;QD=58.0851;RBI=0.0216098;REFB=-0.0320462;REVB=0.000935768;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166575;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:69:70:1:37:32:0:1:38:32:0:0 chr9 112963702 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0178117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.717;QD=23.0938;RBI=0.0191853;REFB=-0.0131581;REVB=-0.00712874;RO=12;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24588;STB=0.639814;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0100579;OID=.;OPOS=112963702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:14:3:5:7:14:3:5:7 chr9 113006420 . A G 990.36 PASS AF=1;AO=48;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9465;QD=57.412;RBI=0.0634446;REFB=0;REVB=0.0612079;RO=1;SAF=46;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386782;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:1:0:48:69:1:2:46:1:0:3:66:0:0 chr9 113006421 . T G 142.56 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=2;FWDB=-0.0261015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.722;QD=8.26452;RBI=0.0480165;REFB=-0.0473698;REVB=0.0403025;RO=49;SAF=19;SAR=1;SRF=47;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618037;STB=0.536551;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0074186;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:1:19:47:2:1:19:47:2 chr9 113128561 . TGAGGGTAG T 97.8 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0029608;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=8;MLLD=315.88;QD=6.20925;RBI=0.0171541;REFB=-0.00337343;REVB=-0.0168967;RO=45;SAF=5;SAR=10;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294241;STB=0.673454;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.0097033;OID=.;OPOS=113128562;OREF=GAGGGTAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:15:64:15:63:48:5:10:27:21:97:45:5:10:26:19 chr9 113132221 . G A 393.47 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0134629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7361;QD=15.43;RBI=0.0192668;REFB=0.00315784;REVB=-0.0137826;RO=58;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161785;STB=0.590868;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00353047;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:18:26:25:33:18:26:25:33 chr9 113166697 . T A 1491.66 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.176;QD=63.4748;RBI=0.0279004;REFB=0;REVB=0.0250537;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09596e-05;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr9 113169401 . TG T 116.37 PASS AF=0.842105;AO=11;DP=20;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.118842;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.9696;QD=24.498;RBI=0.299704;REFB=-0.0382158;REVB=0.275135;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.615385;SSEP=0;SSSB=-0.383323;STB=0.799493;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0621647;OID=.;OPOS=113169402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:11:20:16:19:3:1:15:3:0:16:8:1:10:3:5 chr9 113169630 . TG CA 522.9 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287096;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.606;QD=59.7604;RBI=0.0484496;REFB=0;REVB=0.0390272;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000409216;OID=.;OPOS=113169630;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr9 113208250 . T G 843.13 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376216;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.493;QD=57.1612;RBI=0.0409929;REFB=0;REVB=0.0162799;RO=0;SAF=14;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52504e-05;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:43:14:0:0:45:14:0:0 chr9 113538122 . G A 447.63 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00223829;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.525;QD=21.3156;RBI=0.0057571;REFB=-0.0277639;REVB=-0.00530417;RO=40;SAF=24;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393333;STB=0.521729;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.023243;OID=.;OPOS=113538122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:40:44:44:0.52381:20:24:20:20:20:24:20:20 chr9 113636353 . T G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0209433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.829;QD=15.9168;RBI=0.0276324;REFB=0.00156386;REVB=-0.0180258;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249087;STB=0.646799;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00442109;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:2:11:10:5:2:11:10:5 chr9 113636393 . TTA AAA,T,TAA,TT 98.88 PASS AF=0,0.64,0.04,0.04;AO=4,6,6,7;DP=41;FAO=0,16,1,1;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=0,9,1,0;FSAR=0,7,0,1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0470252,-0.0764845,0.0905551,-0.170326;FXX=0.193486;HRUN=7,7,7,7;LEN=2,2,1,1;MLLD=22.4472,14.058,8.15388,8.40626;QD=15.8202;RBI=0.072415,0.141037,0.143034,0.266059;REFB=-0.00689283,0.0536992,-0.00916325,0.0576883;REVB=0.0550688,-0.118497,0.110718,-0.204393;RO=15;SAF=4,4,6,0;SAR=0,2,0,7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.643696,0.0800118,0.71003,-0.77058;STB=0.5,0.58368,0.992551,0.985273;STBP=1,0.254,0.251,0.528;TYPE=mnp,del,snp,del;VARB=0,0.0597904,0.0526054,0.0660756;OID=.,.,.,.;OPOS=113636393,113636394,113636394,113636395;OREF=TT,TA,T,A;OALT=AA,-,A,-;OMAPALT=AAA,T,TAA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:41:25:15:7:4,6,6,7:0,16,1,1:0,0.64,0.04,0.04:0,2,0,7:4,4,6,0:9:6:0,7,0,1:0,9,1,0:2:5 chr9 113636486 . G C 76.35 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0270728;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4018;QD=10.9073;RBI=0.0319342;REFB=-0.0108018;REVB=0.0169368;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.642595;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0200728;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:15:18:10:10:0.357143:5:5:5:10:5:5:5:13 chr9 113637854 . G A 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0231547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5325;QD=15.783;RBI=0.0292975;REFB=-0.0155607;REVB=0.01795;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841846;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0190039;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:8:6:7:9:8:6:7:10 chr9 114089882 . C T 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0102861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.253;QD=15.7723;RBI=0.0136868;REFB=-0.00729418;REVB=0.00902908;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223103;STB=0.644797;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0100234;OID=.;OPOS=114089882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:27:27:0.45:19:8:16:15:19:8:18:15 chr9 114090279 . A G 117.84 PASS AF=0.424242;AO=11;DP=31;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.027717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7345;QD=14.2841;RBI=0.0278047;REFB=-0.0305058;REVB=0.00220646;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177287;STB=0.588103;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0794905;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:19:19:11:14:0.424242:3:8:11:8:4:10:11:8 chr9 114365338 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0283368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.302;QD=19.1804;RBI=0.098996;REFB=-0.0133294;REVB=-0.0948537;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.010331;OID=.;OPOS=114365338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr9 114411945 . G T 676.03 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0196066;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.089;QD=49.1655;RBI=0.0196641;REFB=-0.0686532;REVB=0.00150257;RO=3;SAF=23;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226901;STB=0.503596;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000453876;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:3:4:51:51:0.927273:28:23:2:1:28:23:2:2 chr9 114454544 . T C 817.63 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=67;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0535034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8589;QD=48.096;RBI=0.0605539;REFB=-0.034344;REVB=-0.0283576;RO=4;SAF=26;SAR=35;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873015;STB=0.515206;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0117396;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:67:68:4:7:61:61:0.897059:35:26:2:2:35:26:4:3 chr9 114454580 . A G 960.09 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.3276;QD=55.6572;RBI=0.0225689;REFB=0.0281041;REVB=0.013;RO=1;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119621;STB=0.512496;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00323063;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:66:67:0.971014:39:27:0:1:39:28:0:2 chr9 114462322 . A G 1472.95 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.943;QD=63.3526;RBI=0.0602298;REFB=0;REVB=0.0372958;RO=1;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127656;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:1:0:89:93:1:61:28:0:1:63:30:0:0 chr9 114464487 . T C 773.59 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.303;QD=53.351;RBI=0.0469356;REFB=-0.112788;REVB=0.0453654;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00254681;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:2:54:56:0.965517:25:29:1:0:27:29:1:1 chr9 114470127 . A G 184.75 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00671887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8299;QD=13.4364;RBI=0.0355261;REFB=-0.0152711;REVB=0.034885;RO=30;SAF=1;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573668;STB=0.866204;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0670882;OID=.;OPOS=114470127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:33:21:22:0.4:20:1:10:20:21:1:12:21 chr9 114490308 . T C 727.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.312;QD=63.2657;RBI=0.00720072;REFB=0;REVB=0.0065761;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8128e-06;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr9 114803286 . C T 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00843104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1742;QD=11.2656;RBI=0.0494075;REFB=-0.0261122;REVB=-0.0486829;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213783;STB=0.633439;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0214004;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:13:7:19:16:13:7:20:16 chr9 114980967 . T C 516.99 PASS AF=0.906977;AO=22;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0925998;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.203;QD=48.0916;RBI=0.0950833;REFB=-0.0877985;REVB=0.0215895;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511076;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0188495;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:43:43:0:4:22:39:0.906977:4:18:0:0:14:25:3:1 chr9 114982463 . T C 661.96 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1159;QD=61.5779;RBI=0.0500989;REFB=0;REVB=-0.00398039;RO=2;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719083;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253369;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:2:0:39:43:1:12:27:0:2:15:28:0:0 chr9 114982549 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.434;QD=64.1534;RBI=0.0256722;REFB=0;REVB=0.0197628;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40397e-05;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr9 115024796 . T C 656.74 PASS AF=0.960784;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.44;QD=51.5086;RBI=0.018714;REFB=-0.0199598;REVB=0.00947343;RO=2;SAF=29;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031325;STB=0.515619;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00112641;OID=.;OPOS=115024796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:51:2:2:46:49:0.960784:17:29:2:0:18:31:2:0 chr9 115034899 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.689;QD=55.0987;RBI=0.00870654;REFB=0;REVB=0.00860601;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47728e-05;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr9 115095743 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.545;QD=52.6132;RBI=0.0306648;REFB=0;REVB=0.0198501;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6484e-05;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr9 115216321 . A G 309.87 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0197736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.559;QD=18.7798;RBI=0.0351181;REFB=-0.0107342;REVB=-0.0290221;RO=33;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267314;STB=0.648561;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0228756;OID=.;OPOS=115216321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:13:20:10:23:13:20:10:23 chr9 115567184 . T C 735.92 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.984;QD=54.5129;RBI=0.0570899;REFB=0.0164252;REVB=0.039076;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000226638;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:54:0:1:52:53:0.981481:33:19:0:0:33:20:1:0 chr9 115580008 . G C 783.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.427;QD=63.9618;RBI=0.0145783;REFB=0;REVB=-0.00598843;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22758e-05;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:20:26:0:0:21:28:0:0 chr9 115600848 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.455;QD=63.8716;RBI=0.00295068;REFB=0;REVB=0.00204622;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36703e-07;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr9 115617061 . T C 972.42 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.64;QD=58.9343;RBI=0.0289939;REFB=0;REVB=0.0121329;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86865e-05;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:31:35:0:0 chr9 115632969 . A G 1490.05 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.572;QD=63.4066;RBI=0.0322747;REFB=0;REVB=0.0208753;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125834;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr9 115635641 . C G 889.48 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018483;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.117;QD=58.3267;RBI=0.0186543;REFB=0;REVB=-0.00252207;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70755e-05;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr9 115652881 . G T 375.55 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.525;QD=55.6364;RBI=0.0670591;REFB=0;REVB=-0.0013544;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415763;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:1:0:22:27:1:13:9:1:0:14:13:0:0 chr9 115818949 . A T 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.205;QD=15.7825;RBI=0.0249982;REFB=-0.0448515;REVB=-0.0118705;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434626;STB=0.502509;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0435209;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:6:11:9:5:6:11 chr9 115925104 . C T 720.81 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.00210624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.685;QD=20.0226;RBI=0.0249002;REFB=-0.0118572;REVB=-0.024811;RO=72;SAF=41;SAR=30;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549496;STB=0.506022;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0107545;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:73:71:71:0.493056:30:41:42:30:30:41:43:30 chr9 115926197 . TG T 755.96 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395845;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.2386;QD=46.5206;RBI=0.130434;REFB=0;REVB=-0.124283;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00553694;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:66:65:65:0:35:30:0:0:12:0:30:27:0:0 chr9 115926263 . C G 265.21 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00230194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.392;QD=15.6006;RBI=0.0282432;REFB=-0.0212963;REVB=-0.0281492;RO=37;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337606;STB=0.525675;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.034062;OID=.;OPOS=115926263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:14:16:21:16:14:16:22:16 chr9 115928275 . T C 750.66 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176667;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.297;QD=63.886;RBI=0.0449014;REFB=0;REVB=0.0412798;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129178;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr9 115931692 . A G 343.64 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0077603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4912;QD=16.3638;RBI=0.0359126;REFB=0.00602746;REVB=-0.0350641;RO=45;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154253;STB=0.596362;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0129936;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:47:37:37:0.440476:18:19:16:29:18:19:16:31 chr9 115931703 . G A 495.13 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00755892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.39;QD=23.3;RBI=0.0181599;REFB=-0.00547932;REVB=0.016512;RO=38;SAF=15;SAR=32;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158051;STB=0.587118;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00403102;OID=.;OPOS=115931703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:32:15:19:19:32:15:19:19 chr9 115950706 . A C 311.29 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.000616528;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.728;QD=19.1563;RBI=0.00297319;REFB=-0.0142266;REVB=-0.00290856;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119678;STB=0.506663;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0116882;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:19:14:14:18:19:14:14:18 chr9 116085423 . G A 169.4 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.11567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9781;QD=16.5268;RBI=0.11568;REFB=-0.00480334;REVB=-0.00153808;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117815;STB=0.567493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0103797;OID=.;OPOS=116085423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:10:13:8:10:10:13 chr9 116132334 . C T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0227046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4139;QD=11.0158;RBI=0.0565681;REFB=0.0165058;REVB=0.0518117;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390599;STB=0.726997;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0188303;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:6:22:6:8:6:22 chr9 116136198 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.005251;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.631;QD=24.493;RBI=0.0198485;REFB=-0.00308153;REVB=0.0191414;RO=15;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666001;STB=0.537154;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00228051;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:8:13:8:7:8:13:8:7 chr9 116152891 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0304259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.515;QD=19.1805;RBI=0.03073;REFB=-0.0154893;REVB=-0.00431216;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332207;STB=0.693347;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00615952;OID=.;OPOS=116152891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:5:6:11:2:5:6 chr9 116152940 . G A 89.81 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00213159;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.889;QD=14.3699;RBI=0.0186978;REFB=-0.00597903;REVB=0.0185759;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17847;STB=0.604131;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0114148;OID=.;OPOS=116152940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:14:14:11:11:0.44:6:5:9:5:6:5:9:5 chr9 116153900 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.729;QD=55.6509;RBI=0.0316685;REFB=0;REVB=0.012361;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022231;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr9 116191244 . G A 251.9 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0276537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2269;QD=18.6594;RBI=0.0310017;REFB=-0.0369721;REVB=-0.0140135;RO=26;SAF=3;SAR=22;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246754;STB=0.60542;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.017317;OID=.;OPOS=116191244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:26:26:25:28:0.518519:22:3:7:19:24:4:7:19 chr9 116346287 . C T 110.21 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0291704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6683;QD=15.7442;RBI=0.0818137;REFB=-0.00756231;REVB=0.0764367;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955707;STB=0.555467;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00822047;OID=.;OPOS=116346287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:6:9:9:4:6:9 chr9 116356373 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.823;QD=64.4146;RBI=0.0595607;REFB=0;REVB=0.0154271;RO=0;SAF=10;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033231;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:40:10:0:0:40:10:0:0 chr9 116356516 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.952;QD=37.4885;RBI=0.0167716;REFB=0;REVB=-0.0145234;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78591e-05;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr9 116356529 . C G 74.8 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.626;QD=37.3989;RBI=0.249959;REFB=0;REVB=0.24933;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798529;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:2:6:0:0 chr9 116764283 . C T 391.45 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=0.00487277;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.016;QD=15.351;RBI=0.00910985;REFB=-0.0111293;REVB=-0.00769711;RO=57;SAF=26;SAR=17;SRF=13;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368626;STB=0.70256;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0153838;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:57:58:43:44:0.431373:17:26:13:44:17:27:14:44 chr9 116770776 . C T 179.82 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=42;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.000809043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.941;QD=15.9837;RBI=0.00374971;REFB=-0.0267423;REVB=0.00366139;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318338;STB=0.700925;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0492523;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:23:26:17:19:0.422222:10:7:17:6:12:7:19:7 chr9 116770785 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00393528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.981;QD=16.0653;RBI=0.00737081;REFB=-0.0210456;REVB=-0.00623237;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39861;STB=0.727036;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0190347;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:18:6:12:6:18:6 chr9 116791161 . T C 540.48 PASS AF=0.542553;AO=52;DP=95;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.07087;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7865;QD=22.999;RBI=0.0711675;REFB=-0.0265187;REVB=-0.00650031;RO=38;SAF=25;SAR=27;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872427;STB=0.513202;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0200855;OID=.;OPOS=116791161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:38:43:52:51:0.542553:27:25:14:24:27:24:19:24 chr9 116813001 . T C 1110.82 PASS AF=0.9625;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0330034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9762;QD=55.5408;RBI=0.036167;REFB=-0.0526569;REVB=-0.0147927;RO=3;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260335;STB=0.513758;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00138371;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:79:80:3:3:76:77:0.9625:53:23:0:3:53:24:0:3 chr9 116822510 . G A 1287.57 PASS AF=0.47482;AO=132;DP=278;FAO=132;FDP=278;FR=.;FRO=146;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=87;FSRR=59;FWDB=0.0260767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.015;QD=18.5262;RBI=0.0278838;REFB=-0.00709441;REVB=0.00987466;RO=146;SAF=63;SAR=69;SRF=87;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112762;STB=0.562063;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00608249;OID=.;OPOS=116822510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:146:146:132:132:0.47482:69:63:87:59:69:63:87:59 chr9 116854176 . C T 985.63 PASS AF=0.556213;AO=94;DP=169;FAO=94;FDP=169;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0207978;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.478;QD=23.3284;RBI=0.0252638;REFB=-0.0258214;REVB=-0.0143426;RO=74;SAF=42;SAR=52;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213334;STB=0.508895;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.015735;OID=.;OPOS=116854176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:74:75:94:94:0.556213:52:42:35:39:52:42:35:40 chr9 116854854 . G A 179.38 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0293284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.445;QD=11.2115;RBI=0.0322466;REFB=-0.0161649;REVB=0.0134047;RO=40;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28351;STB=0.673849;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0309461;OID=.;OPOS=116854854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:17:6:20:20:17:6:21:20 chr9 117044538 . G T 1392.0 PASS AF=0.98913;AO=81;DP=82;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0543006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.911;QD=60.5215;RBI=0.0821839;REFB=-0.0864314;REVB=0.0616899;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.506848;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000359757;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:92:0:1:81:91:0.98913:50:31:0:0:55:36:1:0 chr9 117044751 . T C 767.9 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169865;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.242;QD=62.6854;RBI=0.0239111;REFB=0;REVB=0.0238507;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76616e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:27:20:0:0:29:20:0:0 chr9 117051020 . A G 1226.85 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.189;QD=61.3423;RBI=0.0310784;REFB=0;REVB=0.0227829;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46058e-05;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:52:26:0:0:54:26:0:0 chr9 117063378 . C T 373.23 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.000698802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.274;QD=16.4056;RBI=0.00907542;REFB=-0.011424;REVB=-0.00904848;RO=49;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123931;STB=0.580322;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0208759;OID=.;OPOS=117063378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:51:40:40:0.43956:17:23:22:27:17:23:22:29 chr9 117064345 . G A 495.48 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.158;QD=58.2916;RBI=0.0313048;REFB=0;REVB=0.0277107;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027992;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr9 117071744 . A G 189.05 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0401808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9324;QD=21.0057;RBI=0.0568875;REFB=-0.0146265;REVB=-0.0402703;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328729;STB=0.683438;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0105855;OID=.;OPOS=117071744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:3:14:8:11:3:14 chr9 117085526 . G A 116.59 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0349359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.094;QD=11.6591;RBI=0.0469727;REFB=-0.00570992;REVB=-0.0313993;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770945;STB=0.555478;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0154099;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:8:6:9:16:8:6:9:17 chr9 117085635 . T C 490.41 PASS AF=0.948718;AO=32;DP=35;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.28004;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.0003;QD=50.2985;RBI=0.287299;REFB=-0.0840441;REVB=0.0641748;RO=3;SAF=1;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278943;STB=0.514698;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00535276;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:39:3:2:32:37:0.948718:31:1:1:2:33:4:0:2 chr9 117093939 . G C 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00369194;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.741;QD=13.8883;RBI=0.0052366;REFB=-0.00939786;REVB=0.0037137;RO=64;SAF=15;SAR=30;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258368;STB=0.646276;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.014654;OID=.;OPOS=117093939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:66:45:45:0.405405:30:15:37:27:30:15:38:28 chr9 117103973 . A G 376.34 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00120906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.509;QD=21.2022;RBI=0.0172555;REFB=-0.0226089;REVB=-0.0172131;RO=32;SAF=11;SAR=27;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531271;STB=0.524259;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0175567;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:33:38:38:0.535211:27:11:11:21:27:11:11:22 chr9 117122202 . C T 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00630941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.862;QD=18.5768;RBI=0.0187017;REFB=-0.00947964;REVB=0.0176053;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153227;STB=0.585019;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00912324;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:13:18:23:8:13:18:23:8 chr9 117124731 . G A 218.94 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0546594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5887;QD=23.6686;RBI=0.0750085;REFB=-0.0183972;REVB=0.0513676;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667197;STB=0.53724;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00644524;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:7:9:10:11:7:9 chr9 117166338 . G C 240.64 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0335168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.711;QD=43.7532;RBI=0.0574156;REFB=-0.145834;REVB=0.0466173;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843034;STB=0.504583;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00229909;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:11:9:1:1:11:9:1:1 chr9 117185612 . G C 406.76 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0169819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6358;QD=17.4952;RBI=0.0172934;REFB=-0.00343453;REVB=0.00326749;RO=51;SAF=22;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550057;STB=0.503079;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00435317;OID=.;OPOS=117185612;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:20:22:27:24:20:22:27:24 chr9 117186677 . A G 941.99 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210291;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.36;QD=58.8745;RBI=0.0227589;REFB=0;REVB=0.00870325;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140918;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr9 117188566 . C T 1475.65 PASS AF=0.990385;AO=98;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00333275;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.144;QD=56.7556;RBI=0.0425863;REFB=0.0526275;REVB=0.0424557;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.505617;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000292618;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:104:0:1:98:103:0.990385:54:44:0:0:59:44:1:0 chr9 117266965 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0294765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.406;QD=23.2204;RBI=0.0319712;REFB=0.0282011;REVB=0.0123813;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00352538;OID=.;OPOS=117266965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr9 117377843 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.143;QD=62.0216;RBI=0.041212;REFB=0;REVB=0.0335706;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173674;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr9 117428960 . T C 674.48 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329213;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.367;QD=62.742;RBI=0.04976;REFB=0;REVB=0.0373128;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637974;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:19:24:0:0 chr9 117430524 . G A 368.8 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0231039;FXX=0.0932124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.284;QD=13.7871;RBI=0.025608;REFB=-0.00409628;REVB=0.0110444;RO=60;SAF=17;SAR=26;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143881;STB=0.600128;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00740785;OID=.;OPOS=117430524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:107:60:64:43:43:0.401869:26:17:32:28:26:17:36:28 chr9 117430611 . A T 966.81 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.62;QD=57.7197;RBI=0.0529809;REFB=0;REVB=-0.0525828;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60003e-05;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:37:30:0:0 chr9 117433685 . C T 1801.87 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105824;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1749;QD=60.0623;RBI=0.0953911;REFB=0.00607942;REVB=-0.0948023;RO=1;SAF=70;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673779;STB=0.503546;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000914733;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:119:119:0.991667:49:70:1:0:49:70:1:0 chr9 117791664 . C T 375.37 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00176656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.206;QD=15.805;RBI=0.0169047;REFB=-0.00219365;REVB=0.0168121;RO=55;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793797;STB=0.544762;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00281153;OID=.;OPOS=117791664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:22:18:29:26:22:18:29:26 chr9 117792583 . C G 1481.45 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4382;QD=63.0403;RBI=0.030999;REFB=0;REVB=-0.00880705;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001743;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:40:53:0:0:41:53:0:0 chr9 117797597 . T C 278.55 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00236662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.113;QD=19.8964;RBI=0.00970176;REFB=-0.00939764;REVB=0.00940868;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109023;STB=0.551035;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0080029;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:13:16:11:15:14:16:11:15 chr9 117808785 . T A 525.22 PASS AF=0.466667;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=15;FWDB=0.00306716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.73;QD=17.5072;RBI=0.0270665;REFB=-0.0120447;REVB=0.0268921;RO=61;SAF=37;SAR=18;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909265;STB=0.5553;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0143951;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:64:55:56:0.466667:18:37:46:15:18:38:49:15 chr9 117835931 . G A 725.27 PASS AF=0.62;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00637694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.089;QD=29.0109;RBI=0.015799;REFB=-0.024707;REVB=0.0144549;RO=37;SAF=24;SAR=38;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261134;STB=0.507501;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.013731;OID=.;OPOS=117835931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:37:38:62:62:0.62:38:24:13:24:38:24:14:24 chr9 117846570 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.301;QD=59.5012;RBI=0.0269719;REFB=0;REVB=0.00677597;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9177e-05;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr9 117848197 . C T 199.34 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0160912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.907;QD=27.4957;RBI=0.0231077;REFB=0.01559;REVB=-0.0165843;RO=9;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046701;STB=0.511616;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00548215;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:19:19:0.655172:7:12:5:4:7:12:6:4 chr9 117848394 . TG CA,CG 755.07 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,47;DP=50;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000707726,0.0362169;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=42.1156,159.029;QD=55.931;RBI=0.00483159,0.0406798;REFB=0,0;REVB=0.00477947,0.018525;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0833025,-9.03726e-05;OID=.,.;OPOS=117848394,117848394;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:54:0:0:2,47:2,52:0.037037,0.962963:0,27:2,20:0:0:0,28:2,24:0:0 chr9 118163563 . C T 1415.27 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7919;QD=62.9008;RBI=0.0187757;REFB=0;REVB=0.010235;RO=0;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88972e-05;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:61:29:0:0:61:29:0:0 chr9 119158814 . T C 168.37 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00865673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.664;QD=8.52526;RBI=0.0164419;REFB=-0.00916076;REVB=0.0139785;RO=56;SAF=15;SAR=8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123056;STB=0.573515;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0175065;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:8:15:31:25:8:15:31:25 chr9 119161253 . A G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0201106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.021;QD=5.95669;RBI=0.0379867;REFB=-0.00380388;REVB=-0.0322265;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46586;STB=0.807742;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0200923;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:8:10:1:5:8:10 chr9 119162545 . C A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0215778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.653;QD=13.7523;RBI=0.0449251;REFB=-0.0120177;REVB=-0.0394038;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41364;STB=0.743835;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0225879;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:3:12:10:13:3:12:10:13 chr9 119163989 . A G 801.76 PASS AF=0.427136;AO=85;DP=199;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=68;FSRR=46;FWDB=0.0360046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6431;QD=16.1158;RBI=0.0556854;REFB=-0.0166691;REVB=0.0424798;RO=111;SAF=49;SAR=36;SRF=66;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189293;STB=0.511783;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0212038;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:111:114:85:85:0.427136:36:49:66:45:36:49:68:46 chr9 119199820 . C G 465.94 PASS AF=0.594595;AO=42;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00821044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2388;QD=25.1859;RBI=0.0763013;REFB=-0.0223222;REVB=-0.0758582;RO=32;SAF=18;SAR=24;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177922;STB=0.616736;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0147412;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:30:42:44:0.594595:24:18:21:11:26:18:21:9 chr9 119462112 . C T 748.17 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.768;QD=56.4654;RBI=0.0879844;REFB=0;REVB=0.0104295;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297214;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr9 119463189 . T C 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.396;QD=62.0101;RBI=0.0200676;REFB=0;REVB=-0.0162946;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04793e-05;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr9 119495697 . T C 1438.11 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847956;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.831;QD=63.2137;RBI=0.00859923;REFB=0;REVB=0.00142966;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39704e-05;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr9 119770480 . C T 1724.51 PASS AF=0.95122;AO=117;DP=127;FAO=117;FDP=123;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00248972;FXX=0.0314936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.088;QD=56.0815;RBI=0.00562599;REFB=-0.0204558;REVB=0.0050451;RO=6;SAF=64;SAR=53;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353659;STB=0.51865;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00013412;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:127:123:6:6:117:117:0.95122:53:64:1:5:53:64:1:5 chr9 120039299 . T C 1074.01 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.211;QD=59.667;RBI=0.0195687;REFB=0;REVB=0.0145264;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13979e-05;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:28:44:0:0 chr9 120053695 . G A 459.67 PASS AF=0.368421;AO=55;DP=152;FAO=56;FDP=152;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=0.0126602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.33;QD=12.0965;RBI=0.0176945;REFB=-0.0222052;REVB=0.0123618;RO=96;SAF=30;SAR=25;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042839;STB=0.512388;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.034926;OID=.;OPOS=120053695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:96:96:55:56:0.368421:25:30:56:40:25:31:55:41 chr9 120053776 . T C 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.455;QD=62.0066;RBI=0.0169813;REFB=0;REVB=0.00909539;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4849e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr9 120470358 . G A 755.3 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.572;QD=54.9305;RBI=0.0401268;REFB=-0.0706731;REVB=0.0178374;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000670645;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:0:1:54:54:0.981818:29:25:0:0:29:25:0:1 chr9 122001000 . G A 481.8 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=92;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0262019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.553;QD=20.7226;RBI=0.0283003;REFB=-0.00650211;REVB=0.0106943;RO=46;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396568;STB=0.515676;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0062613;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:46:46:46:47:0.505376:26:20:22:24:26:21:22:24 chr9 123170733 . C G 338.31 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0236283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8139;QD=41.0078;RBI=0.0486794;REFB=-0.149462;REVB=0.0425604;RO=3;SAF=13;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958902;STB=0.503368;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0131145;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:3:6:27:27:0.818182:14:13:3:0:14:13:3:3 chr9 123220829 . A G 511.63 PASS AF=0.5;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0228935;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.891;QD=20.8828;RBI=0.0236155;REFB=-0.0145939;REVB=-0.00579504;RO=48;SAF=21;SAR=28;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119947;STB=0.561378;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0136564;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:48:49:49:49:0.5:28:21:27:21:28:21:27:22 chr9 123291036 . C G 352.95 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00612552;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.851;QD=17.4295;RBI=0.00901981;REFB=-0.0209798;REVB=0.0066208;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426337;STB=0.540208;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0273301;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:41:44:37:37:0.45679:17:20:24:17:17:20:27:17 chr9 123301346 . T G 243.36 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00652252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.664;QD=15.2102;RBI=0.00693979;REFB=-0.0138274;REVB=-0.00237009;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502649;STB=0.532156;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0258036;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:27:28:0.4375:10:17:23:11:10:18:25:11 chr9 123342259 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.616;QD=54.5176;RBI=0.0468136;REFB=0;REVB=0.0120118;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293298;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr9 123342275 . A G 271.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7399;QD=51.7911;RBI=0.0579177;REFB=0;REVB=0.0159283;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114841;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr9 123671520 . G A 239.13 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7875;QD=50.3438;RBI=0.0604372;REFB=0;REVB=0.0135138;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149042;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 123673771 . G T 435.53 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.015645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.675;QD=23.8644;RBI=0.0170014;REFB=-0.0291896;REVB=-0.00665456;RO=31;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312073;STB=0.517139;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0203737;OID=.;OPOS=123673771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:26:16:13:18:26:16:13:18 chr9 123675801 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0124634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.332;QD=11.2569;RBI=0.0173824;REFB=-0.0145497;REVB=0.0121165;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32983;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0186214;OID=.;OPOS=123675801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:11:12:8:8:0.4:3:5:3:8:3:5:3:9 chr9 123725971 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0212141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.605;QD=17.953;RBI=0.0224875;REFB=-0.00917546;REVB=0.00746011;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215735;STB=0.621019;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0100411;OID=.;OPOS=123725971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:17:10:17:11:17:10:17:11 chr9 123734287 . GAAAC G 189.75 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00769401;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=4;MLLD=261.361;QD=15.8121;RBI=0.00774549;REFB=-0.00424393;REVB=-0.000891467;RO=21;SAF=5;SAR=21;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566682;STB=0.555243;STBP=0.505;TYPE=del;VARB=0.00374628;OID=.;OPOS=123734288;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:26:49:26:48:22:5:21:6:16:99:21:5:21:5:16 chr9 123769200 . C T 182.11 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0227641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.679;QD=16.9409;RBI=0.0232981;REFB=-0.0100205;REVB=-0.00495962;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638092;STB=0.531986;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0112705;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:18:19:0.44186:9:9:10:13:10:9:10:14 chr9 123780005 . G A 566.43 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0361059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0856;QD=20.0505;RBI=0.0386222;REFB=-0.0223918;REVB=-0.0137126;RO=55;SAF=36;SAR=22;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036065;STB=0.51989;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0175899;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:22:36:32:23:22:36:32:23 chr9 123783934 . T C 243.03 PASS AF=0.430769;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0134046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.284;QD=14.9555;RBI=0.0139269;REFB=-0.0167609;REVB=-0.00377849;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768408;STB=0.545423;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0242723;OID=.;OPOS=123783934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:37:37:26:28:0.430769:15:11:13:24:16:12:13:24 chr9 123800218 . C T 268.58 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0189733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.487;QD=16.528;RBI=0.0491637;REFB=-0.0321671;REVB=-0.0453551;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167457;STB=0.60208;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0391019;OID=.;OPOS=123800218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:35:29:30:0.461538:19:10:17:16:20:10:18:17 chr9 123850770 . G A 477.26 PASS AF=0.494845;AO=46;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00904876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.238;QD=19.6807;RBI=0.0445218;REFB=-0.00418336;REVB=-0.0435926;RO=49;SAF=20;SAR=26;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145237;STB=0.567124;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00594858;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:46:48:0.494845:26:20:29:20:26:22:29:20 chr9 123860689 . C T 152.23 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0223142;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.913;QD=12.6855;RBI=0.0438568;REFB=-0.00886491;REVB=-0.0377558;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218566;STB=0.627872;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0147594;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:12:19:7:10:12:19 chr9 123917020 . T A 448.5 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.000788895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.78;QD=18.6874;RBI=0.0169268;REFB=-0.0196019;REVB=-0.0169084;RO=50;SAF=27;SAR=18;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582381;STB=0.527884;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0217564;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:18:27:27:23:18:27:28:23 chr9 124043867 . C T 117.4 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00608239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.203;QD=12.0409;RBI=0.0551361;REFB=0.00168793;REVB=0.0547996;RO=25;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509853;STB=0.806236;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0016989;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:2:12:11:14:2:12:11:14 chr9 124044995 . C T 201.07 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00718819;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.232;QD=19.6168;RBI=0.0160327;REFB=-0.00567383;REVB=-0.014331;RO=20;SAF=16;SAR=4;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530768;STB=0.807389;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0145782;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:21:20:20:0.487805:4:16:4:16:4:16:4:17 chr9 124045459 . A T 74.39 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0135246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.627;QD=6.61244;RBI=0.0154725;REFB=-0.0049023;REVB=-0.00751558;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301369;STB=0.732614;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.103394;OID=.;OPOS=124045459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:45:45:27:32:6:6:0.133333:2:4:11:16:2:4:12:20 chr9 124045949 . GTTCA G 230.72 PASS AF=0.583333;AO=17;DP=50;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0354413;FXX=0.154908;HRUN=2;LEN=4;MLLD=124.855;QD=15.381;RBI=0.0354416;REFB=-0.0594384;REVB=0.000137318;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.56094;STBP=0.304;TYPE=del;VARB=0.0563591;OID=.;OPOS=124045950;OREF=TTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:17:50:35:60:25:12:23:12:13:99:0:5:12:0:0 chr9 124046722 . C T 196.21 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0331078;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.332;QD=17.0614;RBI=0.0365875;REFB=0.00531719;REVB=-0.015573;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973723;STB=0.557464;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00324798;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:26:20:20:0.434783:8:12:12:12:8:12:13:13 chr9 124046830 . CT CC,C 420.02 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=4,26;DP=33;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=3,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532837,0.0453027;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.88657,22.6311;QD=50.9114;RBI=0.0542189,0.124425;REFB=-0.0180372,-0.0254221;REVB=-0.0100268,-0.115884;RO=1;SAF=0,9;SAR=4,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749895,-0.0488217;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0341727,0.00529752;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:4,26:33:3,30:33:0:0,10:3,20:0:0:12:1:0,9:4,17:1:0 chr9 124047246 . A C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00337408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.149;QD=13.9598;RBI=0.0406732;REFB=-0.0372221;REVB=0.040533;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252798;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0147327;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:4:3:5:2:4:3 chr9 124083614 . C T 220.92 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0263228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.309;QD=18.034;RBI=0.0264205;REFB=0.00619754;REVB=-0.00226988;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159191;STB=0.505613;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0113688;OID=.;OPOS=124083614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:12:9:12:15:12:10:12:15 chr9 124218133 . C T 789.98 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120111;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.902;QD=57.4528;RBI=0.0121132;REFB=0;REVB=-0.00156966;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18619e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr9 124257091 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.306;QD=53.9103;RBI=0.0740987;REFB=0;REVB=-0.0324856;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903197;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr9 124521260 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0329494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.263;QD=10.3793;RBI=0.0335521;REFB=-0.00750468;REVB=0.00633089;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304795;STB=0.683807;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00536814;OID=.;OPOS=124521260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:10:6:6:3:10:6 chr9 124547616 . C T 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00344827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.879;QD=16.2653;RBI=0.00573559;REFB=-0.00261888;REVB=0.00458327;RO=41;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575906;STB=0.527457;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00294187;OID=.;OPOS=124547616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:44:35:35:0.443038:15:20:21:20:15:20:23:21 chr9 124914613 . C T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0222899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.785;QD=14.3341;RBI=0.0355155;REFB=-0.0018251;REVB=-0.0276498;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356048;STB=0.520685;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.003204;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:16:10:6:11:16:10 chr9 125133479 . T C 1171.35 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.636;QD=60.8495;RBI=0.0603913;REFB=0;REVB=0.0137628;RO=0;SAF=24;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143967;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:52:24:0:0:52:25:0:0 chr9 125239253 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.91;QD=47.8147;RBI=0.0724754;REFB=0;REVB=-0.071916;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112309;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr9 125273574 . G A 1542.39 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4251;QD=58.2032;RBI=0.0329442;REFB=-0.127509;REVB=0.0259494;RO=1;SAF=50;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939493;STB=0.50495;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000737579;OID=.;OPOS=125273574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:106:1:1:102:105:0.990566:52:50:1:0:55:50:1:0 chr9 125289083 . A G 556.06 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.617;QD=60.1145;RBI=0.0337275;REFB=0;REVB=-0.0135713;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103402;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr9 125289521 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.499;QD=51.1831;RBI=0.0286623;REFB=0;REVB=-0.0134874;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125983;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr9 125315542 . C T 609.12 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.359;QD=60.9116;RBI=0.0224457;REFB=0;REVB=0.0215637;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64739e-05;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:17:23:0:0 chr9 125315557 . T C 630.53 PASS AF=0.960784;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5477;QD=49.4531;RBI=0.0473388;REFB=-0.17363;REVB=0.0444803;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.5004;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0107797;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:51:1:2:46:49:0.960784:25:21:1:0:25:24:1:1 chr9 125315778 . G C 649.38 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8397;QD=61.8456;RBI=0.0585371;REFB=0;REVB=0.0226025;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412841;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr9 125316033 . T C 453.94 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.257;QD=55.0225;RBI=0.0288028;REFB=-0.023303;REVB=0.0149256;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000265184;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:1:0:20:12:1:0 chr9 125316042 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.367;QD=58.1421;RBI=0.0362502;REFB=0;REVB=-0.0198389;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76435e-05;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr9 125316179 . T G 848.32 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0631;QD=57.5134;RBI=0.0354824;REFB=0;REVB=0.0264264;RO=1;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282258;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:58:59:1:35:23:0:1:36:23:0:0 chr9 125316350 . C T 1686.88 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000774875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6093;QD=59.1889;RBI=0.000777116;REFB=0.0315806;REVB=5.89676e-05;RO=1;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784829;STB=0.504131;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-9.30235e-08;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:60:53:0:1:60:53:0:1 chr9 125316455 . C T 523.95 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152107;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.799;QD=59.8804;RBI=0.152279;REFB=0;REVB=-0.00723132;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165247;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr9 125330125 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2726;QD=59.8392;RBI=0.047837;REFB=0;REVB=-0.0382639;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736171;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr9 125330184 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1469;QD=43.486;RBI=0.00972455;REFB=0;REVB=0.00519105;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91245e-05;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr9 125330325 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.434;QD=53.9109;RBI=0.0926463;REFB=0;REVB=-0.0920935;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517906;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr9 125330678 . T G 2388.61 PASS AF=0.9875;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00558141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.502;QD=59.7154;RBI=0.021528;REFB=0.0114016;REVB=0.0207919;RO=1;SAF=87;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543749;STB=0.505617;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=1.59192e-05;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:159:160:1:2:157:158:0.9875:70:87:1:0:70:88:2:0 chr9 125330739 . G A 2407.68 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211756;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2175;QD=61.342;RBI=0.0233103;REFB=0;REVB=0.00974507;RO=0;SAF=75;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.86153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81561e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:82:75:0:0:82:75:0:0 chr9 125377087 . A G 888.45 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9192;QD=56.4096;RBI=0.0133113;REFB=-0.00434239;REVB=0.00695552;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000159473;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:1:0:32:30:1:0 chr9 125377505 . A G 613.71 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.462;QD=61.3706;RBI=0.0336739;REFB=0;REVB=0.0296621;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62368e-05;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:28:11:0:0:29:11:0:0 chr9 125377734 . A G 423.8 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0440607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.66;QD=33.904;RBI=0.0459158;REFB=-0.00793607;REVB=-0.0129196;RO=16;SAF=17;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110193;STB=0.559965;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00602635;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:17:17:5:11:17:17:5:11 chr9 125378014 . T G 130.9 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0246774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.957;QD=24.9339;RBI=0.0363013;REFB=-0.0280099;REVB=0.0266235;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285713;STB=0.52551;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.012212;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:7:7:13:14:0.666667:8:5:3:4:9:5:3:4 chr9 125390874 . A C 838.22 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.688;QD=56.8287;RBI=0.0278082;REFB=0;REVB=-0.00819877;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47557e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:26:28:0:0:29:30:0:0 chr9 125391026 . A C 996.39 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.126;QD=58.6109;RBI=0.0482309;REFB=0;REVB=0.0445758;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125247;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:1:0:63:68:1:37:26:0:1:38:30:0:0 chr9 125391127 . C T 509.08 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.756;QD=58.1803;RBI=0.0468875;REFB=0;REVB=0.0375304;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130385;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:23:12:0:0 chr9 125391241 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.945;QD=60.2289;RBI=0.0374361;REFB=0;REVB=0.0364398;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148252;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr9 125391369 . A G 164.84 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00614911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.303;QD=21.2699;RBI=0.0625655;REFB=-0.0368405;REVB=-0.0622626;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179543;STB=0.601441;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0185905;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:6:8:6:11:6:8 chr9 125391677 . T C 312.81 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0135567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.546;QD=21.9514;RBI=0.0174161;REFB=-0.0244844;REVB=0.0109333;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340708;STB=0.518835;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0153148;OID=.;OPOS=125391677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:12:13:18:14:12:13 chr9 125437611 . T C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00369387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.983;QD=19.7627;RBI=0.00981008;REFB=-0.00182629;REVB=-0.00908806;RO=25;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110803;STB=0.562857;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00202757;OID=.;OPOS=125437611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:6:17:16:9:6:17:16:9 chr9 125486968 . G A 2028.33 PASS AF=0.970803;AO=132;DP=136;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.059712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.258;QD=59.2214;RBI=0.0612313;REFB=0.0151319;REVB=0.0135558;RO=4;SAF=30;SAR=102;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021408;STB=0.510772;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-5.06421e-06;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:136:137:4:4:132:133:0.970803:102:30:2:2:102:31:2:2 chr9 125512193 . C A 967.82 PASS AF=1;AO=60;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3918;QD=57.7805;RBI=0.140324;REFB=0;REVB=0.0210652;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260164;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:60:67:1:43:17:0:0:43:24:0:0 chr9 125512575 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.586;QD=50.4134;RBI=0.054128;REFB=0;REVB=0.0124154;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437852;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr9 125512770 . T C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4727;QD=57.6741;RBI=0.0272334;REFB=0;REVB=0.0244082;RO=0;SAF=3;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148723;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:28:3:0:0:28:3:0:0 chr9 125512788 . G A 782.4 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6261;QD=63.8696;RBI=0.0654665;REFB=0;REVB=0.0596683;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011046;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr9 125512795 . G C 736.67 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.535;QD=56.6666;RBI=0.103584;REFB=0;REVB=-0.00523662;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234942;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:38:12:0:0:40:12:0:0 chr9 125512826 . G A 1208.8 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8425;QD=61.2052;RBI=0.0298411;REFB=0;REVB=-0.0210688;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54778e-07;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:55:23:0:0:55:24:0:0 chr9 125524836 . A G 820.2 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179188;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.867;QD=57.5577;RBI=0.0182943;REFB=0;REVB=0.00368773;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88603e-05;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr9 125563110 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00794326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.061;QD=20.0176;RBI=0.0162118;REFB=-0.00919786;REVB=0.0141325;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122168;STB=0.511615;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00951521;OID=.;OPOS=125563110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:11:7:6:10:11:7:7:10 chr9 125637471 . A T 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.01;QD=56.6958;RBI=0.01888;REFB=0;REVB=-0.00855078;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195088;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr9 125637483 . GA G 32.17 PASS AF=0.342105;AO=10;DP=35;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00424542;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.19979;QD=3.38645;RBI=0.0756549;REFB=-0.0618313;REVB=0.0755357;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162481;STB=0.636181;STBP=0.3;TYPE=del;VARB=0.0653598;OID=.;OPOS=125637484;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:10:35:13:38:25:5:8:5:20:32:19:4:6:5:14 chr9 125637648 . T C 428.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8369;QD=57.1853;RBI=0.026444;REFB=0;REVB=-0.0201041;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396878;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr9 125642151 . G A 153.78 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0702402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.83;QD=21.9682;RBI=0.0703102;REFB=-0.00218119;REVB=0.00313531;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341381;STB=0.519207;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000962456;OID=.;OPOS=125642151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:4:8:10:6:4:8 chr9 125652757 . G A 300.61 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00661645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.844;QD=21.4723;RBI=0.0242975;REFB=-0.0162431;REVB=-0.0233793;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161781;STB=0.597875;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0212724;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:18:13:15:9:18:13:16:9 chr9 125672326 . G A 188.15 PASS AF=0.542857;AO=15;DP=33;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0108773;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.041;QD=21.5029;RBI=0.119694;REFB=-0.0198957;REVB=0.119199;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277356;STB=0.67155;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0268258;OID=.;OPOS=125672326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:16:15:19:0.542857:9:6:12:5:13:6:11:5 chr9 125782663 . A G 349.61 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00330292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.263;QD=25.8968;RBI=0.00651695;REFB=0.00120163;REVB=-0.00561795;RO=20;SAF=14;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527816;STB=0.534501;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000455201;OID=.;OPOS=125782663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:33:34:0.62963:19:14:7:13:19:15:7:13 chr9 125866070 . G C 379.61 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00720867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.082;QD=22.0065;RBI=0.0107191;REFB=-0.000107815;REVB=0.00793313;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168761;STB=0.592547;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=7.71411e-05;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:16:22:24:7:16:22:24:7 chr9 125878316 . G A 247.57 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00448383;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.139;QD=20.6308;RBI=0.0106837;REFB=-0.0121049;REVB=0.0096973;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506428;STB=0.539332;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0121372;OID=.;OPOS=125878316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:22:23:25:25:0.520833:11:14:11:11:11:14:11:12 chr9 126028395 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.33;QD=56.9566;RBI=0.0509283;REFB=0;REVB=0.028986;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178526;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr9 126125318 . C A 1042.33 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=81;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.000320244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0601;QD=51.4733;RBI=0.0555434;REFB=-0.183857;REVB=0.0555425;RO=6;SAF=38;SAR=36;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254958;STB=0.507341;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.014862;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:81:81:6:7:74:74:0.91358:36:38:2:4:36:38:3:4 chr9 126128211 . T C 493.74 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00895011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.648;QD=21.944;RBI=0.00896921;REFB=-0.0335604;REVB=0.000585053;RO=42;SAF=20;SAR=27;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605051;STB=0.528834;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0252039;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:42:47:48:0.533333:27:20:15:27:28:20:15:27 chr9 126128253 . G C 181.75 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0923371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9;QD=12.1167;RBI=0.113339;REFB=-0.0185175;REVB=0.065724;RO=35;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170141;STB=0.606641;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0358724;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:18:5:12:23:18:5:13:24 chr9 126129904 . C T 1145.01 PASS AF=0.455224;AO=121;DP=266;FAO=122;FDP=268;FR=.;FRO=146;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=0.0270138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4536;QD=17.0897;RBI=0.0285277;REFB=-0.00527675;REVB=-0.00916975;RO=143;SAF=68;SAR=53;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985599;STB=0.546294;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00731588;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:268:143:146:121:122:0.455224:53:68:66:77:54:68:69:77 chr9 126131161 . G A 253.79 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00584759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.36;QD=21.5992;RBI=0.00847669;REFB=-0.0166795;REVB=0.00613676;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168371;STB=0.594515;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.014711;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:13:10:15:9:13:10 chr9 126133547 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6025;QD=44.6869;RBI=0.0458445;REFB=0;REVB=0.0212349;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226615;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr9 126134542 . G A 449.05 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0195105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.379;QD=22.7368;RBI=0.0234958;REFB=-0.0205455;REVB=0.0130917;RO=34;SAF=16;SAR=27;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153245;STB=0.583149;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0201699;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:35:43:44:0.556962:27:16:19:15:27:17:20:15 chr9 126136247 . A G 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0420148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6722;QD=16.5338;RBI=0.0780622;REFB=-0.0067182;REVB=-0.065791;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874523;STB=0.536545;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00314212;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:9:9:13:9:9:9:13:10 chr9 126142990 . AT A 165.83 PASS AF=0.733333;AO=20;DP=32;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0829762;FXX=0.0624805;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.6071;QD=22.1106;RBI=0.107728;REFB=-0.0353207;REVB=-0.0687046;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0.449456;SSEP=0;SSSB=-0.0581765;STB=0.544546;STBP=0.463;TYPE=del;VARB=0.00760653;OID=.;OPOS=126142991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:20:32:22:30:8:13:9:6:2:42:8:13:7:6:2 chr9 126143429 . C CTCTT 264.95 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00616476;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.719;QD=15.3593;RBI=0.0121019;REFB=-0.0183419;REVB=0.010414;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530162;STB=0.545159;STBP=0.549;TYPE=ins;VARB=0.0244335;OID=.;OPOS=126143430;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:29:72:30:69:39:13:17:20:19:99:40:13:16:20:20 chr9 126144746 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.476;QD=35.5717;RBI=0.0659164;REFB=0;REVB=-0.0617892;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00713208;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr9 126144758 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.008;QD=33.428;RBI=0.0682024;REFB=0;REVB=-0.00859507;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00221638;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr9 126770250 . C G 931.65 PASS AF=0.468182;AO=88;DP=206;FAO=103;FDP=220;FR=.;FRO=117;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=0.0159977;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.731;QD=16.9392;RBI=0.0181845;REFB=-0.0146303;REVB=0.0086458;RO=116;SAF=36;SAR=52;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409753;STB=0.51467;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0164252;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:220:116:117:88:103:0.468182:52:36:52:64:60:43:52:65 chr9 126783433 . G C 331.89 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0190037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.383;QD=18.965;RBI=0.0229569;REFB=-0.00427115;REVB=-0.0128793;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832532;STB=0.544279;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00459611;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:34:35:0.5:20:14:11:23:20:15:12:23 chr9 127101924 . C T 1172.34 PASS AF=0.881188;AO=88;DP=99;FAO=89;FDP=101;FR=.;FRO=12;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0095558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.901;QD=46.4294;RBI=0.0655433;REFB=-0.0462572;REVB=-0.0648429;RO=11;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10701;STB=0.559987;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.021995;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:99:101:11:12:88:89:0.881188:43:45:0:11:44:45:0:12 chr9 127113660 . A G 403.49 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.000585409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.575;QD=16.8122;RBI=0.00135196;REFB=-0.00774881;REVB=0.00121864;RO=53;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375894;STB=0.525642;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00888496;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:23:19:22:31:23:19:22:32 chr9 127113732 . C T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00355218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.477;QD=19.1821;RBI=0.0284205;REFB=-0.034408;REVB=-0.0281977;RO=43;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870434;STB=0.548264;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0168925;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:25:16:13:30:25:16:13:30 chr9 127220392 . G C 85.43 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0499453;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.957;QD=10.6792;RBI=0.050102;REFB=-0.0483274;REVB=0.00395961;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249274;STB=0.636116;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0859609;OID=.;OPOS=127220392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:22:21:11:11:0.34375:4:7:9:13:4:7:9:12 chr9 127220938 . G C 264.02 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.030401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1844;QD=18.5276;RBI=0.0509814;REFB=-0.0450289;REVB=0.0409254;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331186;STB=0.676701;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0328978;OID=.;OPOS=127220938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:28:29:0.508772:12:16:5:22:12:17:6:22 chr9 127220952 . T C 236.28 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0200087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.094;QD=17.5022;RBI=0.0211372;REFB=-0.00379665;REVB=0.00681409;RO=27;SAF=5;SAR=21;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464738;STB=0.75684;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00314893;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:21:5:18:9:21:5:18:10 chr9 127228596 . A G 483.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.384;QD=58.5557;RBI=0.0112951;REFB=0;REVB=-0.00850176;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15719e-06;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr9 127230891 . G A 1183.86 PASS AF=0.931034;AO=81;DP=88;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0361685;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.149;QD=54.4301;RBI=0.0378399;REFB=-0.17924;REVB=-0.011122;RO=6;SAF=32;SAR=49;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.531196;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00588134;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:88:87:6:6:81:81:0.931034:49:32:5:1:49:32:5:1 chr9 127231774 . C G 538.19 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2714;QD=59.7985;RBI=0.040284;REFB=0;REVB=0.0305382;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832789;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr9 127262802 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.905;QD=35.5759;RBI=0.0122468;REFB=0;REVB=-0.00641903;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229803;OID=.;OPOS=127262802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr9 127369679 . C T 262.04 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00112525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.371;QD=25.5648;RBI=0.0156392;REFB=-0.037849;REVB=0.0155987;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609523;STB=0.544293;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0312251;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:17:24:24:0.585366:11:13:10:6:11:13:11:6 chr9 127563364 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.001;QD=52.6129;RBI=0.0775709;REFB=0;REVB=0.0715047;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719453;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr9 127566378 . A G 353.09 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.561;QD=54.3222;RBI=0.0348853;REFB=0;REVB=-0.0348074;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015862;OID=.;OPOS=127566378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:4:21:0:0:4:22:0:0 chr9 127616537 . A G 66.79 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0708218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3454;QD=12.7216;RBI=0.0833327;REFB=-0.00818279;REVB=-0.0439161;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231477;STB=0.723608;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0274553;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:10:9:0.428571:3:7:5:6:2:7:5:7 chr9 127618776 . A G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0179841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.607;QD=9.44172;RBI=0.0218856;REFB=-0.026274;REVB=-0.0124721;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0461585;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr9 127618839 . C G 429.18 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1312;QD=57.2237;RBI=0.0450674;REFB=0;REVB=-0.0238929;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303086;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr9 127642136 . A T 122.27 PASS AF=0.301887;AO=11;DP=48;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0158604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.486;QD=9.2277;RBI=0.0200821;REFB=-0.0175461;REVB=0.0123183;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116305;STB=0.517744;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0394898;OID=.;OPOS=127642136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:36:37:11:16:0.301887:6:5:13:23:10:6:13:24 chr9 127661645 . G A 283.42 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0274436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.798;QD=14.3502;RBI=0.0358354;REFB=-0.00359771;REVB=0.023044;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903964;STB=0.559261;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0045277;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:46:32:33:0.417722:16:16:19:27:16:17:19:27 chr9 127674200 . A C 727.57 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.443;QD=63.2671;RBI=0.0194527;REFB=0;REVB=-0.00598431;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34607e-05;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr9 127764305 . G A 34.26 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0930011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6003;QD=4.15287;RBI=0.0930951;REFB=-0.00656286;REVB=-0.00418124;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257563;STB=0.684226;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00873433;OID=.;OPOS=127764305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:5:1:9:18:5:1:9:18 chr9 127951863 . G A 188.15 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00437891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7362;QD=19.2976;RBI=0.0477427;REFB=0.00890579;REVB=-0.0475415;RO=20;SAF=17;SAR=2;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969548;STB=0.555492;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0100452;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:2:17:17:3:2:17:17:3 chr9 127962916 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0711109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.849;QD=16.8834;RBI=0.0711122;REFB=-0.0115773;REVB=0.000438137;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0151172;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:6:11:11:4:6:11 chr9 128072273 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2956;QD=58.1408;RBI=0.0169904;REFB=0;REVB=-0.0105393;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59295e-05;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr9 128074807 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3144;QD=62.3471;RBI=0.0491376;REFB=0;REVB=-0.0296392;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000965134;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr9 128109230 . A G 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0410469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4194;QD=2.21222;RBI=0.0496212;REFB=-0.000920705;REVB=0.0278822;RO=49;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26923;STB=0.705223;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0187472;OID=.;OPOS=128109230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:2:4:21:28:2:4:21:28 chr9 128199873 . C T 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0151742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0756;QD=15.1111;RBI=0.0187325;REFB=0.0220683;REVB=-0.010984;RO=38;SAF=5;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419051;STB=0.740554;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0290876;OID=.;OPOS=128199873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:24:5:20:18:24:5:20:18 chr9 128728459 . A G 191.24 PASS AF=1;AO=11;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814098;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.72;QD=47.8107;RBI=0.0867466;REFB=0;REVB=0.0299569;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321127;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:11:16:1:8:3:0:0:11:5:0:0 chr9 129102840 . G A 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.021891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.53;QD=12.9217;RBI=0.0329115;REFB=0.000811107;REVB=0.0245754;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628013;STB=0.55587;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000880758;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:13:9:15:17:13:9:17:17 chr9 129143435 . A G 236.61 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00465279;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.884;QD=17.5265;RBI=0.0077428;REFB=-0.00474661;REVB=0.0061889;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137517;STB=0.555513;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00387268;OID=.;OPOS=129143435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:28:26:26:0.481481:13:13:9:17:13:13:11:17 chr9 129265715 . C G 996.92 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000188079;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2858;QD=59.5174;RBI=0.058111;REFB=0;REVB=0.0581106;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792399;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr9 129453229 . A G 228.14 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00617358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.988;QD=13.8266;RBI=0.0239604;REFB=-0.0306917;REVB=-0.0231514;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256857;STB=0.666543;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0526636;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:39:26:27:0.409091:9:17:15:22:9:18:15:24 chr9 129455587 . G C 101.1 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0397259;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.757;QD=25.2749;RBI=0.039743;REFB=-0.0237055;REVB=0.00116651;RO=4;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24643;STB=0.615162;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.021495;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:16:4:5:11:11:0.6875:8:3:3:1:8:3:3:2 chr9 129460914 . A G 164.44 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0138044;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8758;QD=19.9315;RBI=0.0209374;REFB=0.00122378;REVB=-0.0157421;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465313;STB=0.526286;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00279361;OID=.;OPOS=129460914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:4:12:12:5:4:12 chr9 129595667 . C T 198.43 PASS AF=0.44;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0220525;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7371;QD=15.8746;RBI=0.0225904;REFB=-0.00717413;REVB=0.00490035;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152576;STB=0.584761;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0105864;OID=.;OPOS=129595667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:26:28:22:22:0.44:10:12:10:16:10:12:11:17 chr9 129595895 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.734;QD=51.1846;RBI=0.0113332;REFB=0;REVB=0.00786686;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4643e-05;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr9 129597065 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0177155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0807;QD=20.2106;RBI=0.0231146;REFB=0.0319343;REVB=-0.0148474;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165885;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0186611;OID=.;OPOS=129597065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:6:4:8:5:6:4 chr9 129598644 . TAAA T 119.03 PASS AF=0.44186;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00375109;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=3;MLLD=257.609;QD=11.0726;RBI=0.0150424;REFB=0.00277672;REVB=0.0145672;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324293;STB=0.674534;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=-0.0025736;OID=.;OPOS=129598645;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:17:43:19:43:24:10:9:5:19:99:24:9:8:5:19 chr9 129599706 . A G 238.49 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=39;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.000345175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.623;QD=23.2671;RBI=0.0325363;REFB=-0.0121182;REVB=0.0325344;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196126;STB=0.606227;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.010252;OID=.;OPOS=129599706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:17:18:21:23:0.560976:10:11:13:4:12:11:13:5 chr9 129600133 . T A 290.65 PASS AF=1;AO=14;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.269173;FXX=0.0384468;HRUN=16;LEN=1;MLLD=19.5075;QD=46.5035;RBI=0.283794;REFB=0;REVB=0.0899151;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0682549;OID=.;OPOS=129600133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:25:8:0:14:25:1:6:8:5:3:9:16:0:0 chr9 129643296 . G T 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0274531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4695;QD=14.1654;RBI=0.0374315;REFB=0.0056428;REVB=-0.025445;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450318;STB=0.526265;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0101312;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:1:11:9:1:1:11 chr9 129645251 . C T 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00282115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.169;QD=21.8935;RBI=0.0229843;REFB=-0.0245067;REVB=0.0228105;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177667;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:21:21:18:17:21:21:18:18 chr9 129646716 . GCCT GC,GCT,GTCT 1196.6 PASS AF=0,1,0;AO=14,58,5;DP=99;FAO=0,112,0;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38,0;FSAR=0,74,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.2961,-0.0540966,-0.0674815;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=6.81456,16.1371,90.5259;QD=42.7358;RBI=0.345361,0.299011,0.0681456;REFB=0,0,0;REVB=0.17776,0.294077,0.00949029;RO=16;SAF=12,3,5;SAR=2,55,0;SRF=2;SRR=14;SSEN=0.310377,0.310377,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.650791,-0.130547,0.81387;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0127798,0;OID=.,.,.;OPOS=129646718,129646717,129646717;OREF=CT,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GCT,GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:14,58,5:99:0,112,0:112:0:0,38,0:0,74,0:0:0:7:16:12,3,5:2,55,0:2:14 chr9 129646734 . TTTG T,TTTT 119.16 PASS AF=0.194444,0;AO=14,5;DP=98;FAO=21,0;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=7,0;FSAR=14,0;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.0228319,0.0260385;FXX=0.0999917;HRUN=6,1;LEN=3,1;MLLD=192.53,195.343;QD=4.41333;RBI=0.0240519,0.0269085;REFB=-0.00532891,-0.00461442;REVB=0.00756291,0.00678722;RO=22;SAF=3,0;SAR=11,5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0.566667,0;SSSB=-0.0197868,-0.60518;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0255428,0;OID=.,.;OPOS=129646735,129646737;OREF=TTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444,0:14,5:98:21,0:108:87:7,0:14,0:29:58:99:22:3,0:11,5:5:17 chr9 129646775 . A G 618.77 PASS AF=0.59596;AO=20;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.00208965;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.651;QD=25.0008;RBI=0.00538002;REFB=-0.000636719;REVB=0.00495761;RO=11;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955169;STB=0.534125;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000469599;OID=.;OPOS=129646775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:11:40:20:59:0.59596:13:7:4:7:40:19:10:30 chr9 129752239 . C T 287.55 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0036334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.673;QD=15.9747;RBI=0.0067535;REFB=-0.0153739;REVB=-0.00569282;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135101;STB=0.576077;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0231184;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:14:18:17:23:14:18:17:23 chr9 129831658 . T TA 761.3 PASS AF=0.985075;AO=8;DP=74;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0529661;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.945;QD=45.4508;RBI=0.0991651;REFB=-0.131093;REVB=-0.0838349;RO=66;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777173;STB=0.509801;STBP=0.279;TYPE=ins;VARB=0.00545982;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985075:8:74:66:67:1:25:41:1:0:9:66:3:5:29:37 chr9 129831659 . T A 807.73 PASS AF=0.859155;AO=63;DP=73;FAO=61;FDP=71;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.003781;FXX=0.0273935;HRUN=9;LEN=1;MLLD=235.034;QD=45.506;RBI=0.0136019;REFB=-0.0583259;REVB=0.0130659;RO=10;SAF=26;SAR=37;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230499;STB=0.515612;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00187386;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:73:71:10:10:63:61:0.859155:37:26:5:5:37:24:5:5 chr9 129854199 . G A 207.63 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0624452;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.148;QD=16.2846;RBI=0.0633558;REFB=-0.00648007;REVB=-0.0107027;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36824;STB=0.706676;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00694179;OID=.;OPOS=129854199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:6:22:9:14:6:22 chr9 130242166 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0927935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7541;QD=16.9928;RBI=0.0929464;REFB=-0.0269217;REVB=-0.00532969;RO=30;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398243;STB=0.522372;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.024985;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:16:11:11:19:16:11:11:19 chr9 130259618 . A C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.079182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0035;QD=19.4671;RBI=0.0802392;REFB=-0.00548506;REVB=0.0129823;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735483;STB=0.541457;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00387348;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:8:16:13:9:8:16 chr9 130341253 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.157;QD=45.8068;RBI=0.0302446;REFB=0;REVB=-0.0281102;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303607;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr9 130475011 . T C 772.67 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0717245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8933;QD=61.8139;RBI=0.133027;REFB=-0.0979227;REVB=0.112035;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00340094;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:25:24:0:0:25:24:0:1 chr9 130475442 . A C 1370.87 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.766;QD=62.3123;RBI=0.0500448;REFB=0;REVB=0.00115471;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280933;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:49:38:0:0:50:38:0:0 chr9 130477768 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.971;QD=62.9804;RBI=0.0351848;REFB=0;REVB=0.0155577;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13351e-05;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:31:13:0:0:32:13:0:0 chr9 130489558 . A G 1115.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.84;QD=60.3172;RBI=0.0317474;REFB=0;REVB=-0.0287856;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132144;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr9 130489743 . A G 425.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.358;QD=56.7967;RBI=0.0764763;REFB=0;REVB=0.0113757;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54565e-05;OID=.;OPOS=130489743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr9 130493513 . A G 582.44 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0238846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.791;QD=58.2437;RBI=0.0241431;REFB=0.0987503;REVB=0.00352343;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000509239;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr9 130494811 . T C 777.84 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976189;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.628;QD=56.5705;RBI=0.00977768;REFB=0;REVB=-0.000555421;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98866e-05;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr9 130494957 . T C 1567.1 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0535061;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.087;QD=56.9853;RBI=0.061446;REFB=-0.16837;REVB=0.030211;RO=3;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207759;STB=0.510947;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000854974;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:110:3:3:107:107:0.972727:67:40:0:3:67:40:0:3 chr9 130495633 . C G 686.86 PASS AF=0.944444;AO=44;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0253071;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=227.159;QD=50.8783;RBI=0.030466;REFB=-0.0474164;REVB=0.0169624;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5238;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0010566;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:54:0:3:44:51:0.944444:25:19:0:0:30:21:0:3 chr9 130500927 . C T 317.89 PASS AF=0.478873;AO=32;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.020678;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.184;QD=17.9095;RBI=0.0295764;REFB=-0.0160198;REVB=0.0211468;RO=36;SAF=9;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145931;STB=0.601477;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.024712;OID=.;OPOS=130500927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:37:32:34:0.478873:23:9:15:21:25:9:16:21 chr9 130504070 . G A 1553.19 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.038;QD=62.755;RBI=0.0460758;REFB=-0.0527306;REVB=0.03074;RO=1;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011158;STB=0.505881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000641487;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:42:55:0:1:42:56:0:1 chr9 130536717 . G A 746.82 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.318;QD=63.5592;RBI=0.0259889;REFB=0;REVB=0.0244928;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02899e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:31:15:0:0:32:15:0:0 chr9 130588915 . C G 30.39 PASS AF=0.0958904;AO=6;DP=72;FAO=7;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00989327;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.3446;QD=1.6653;RBI=0.0781369;REFB=-0.00482901;REVB=-0.077508;RO=58;SAF=0;SAR=6;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625214;STB=0.849184;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0716695;OID=.;OPOS=130588915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:72:73:58:65:6:7:0.0958904:6:0:33:25:6:1:34:31 chr9 130630639 . A G 1184.75 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.023;QD=60.7567;RBI=0.086825;REFB=0;REVB=0.0866768;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870875;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:78:0:0:72:78:1:33:39:0:0:39:39:0:0 chr9 130647583 . T C 1320.87 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7623;QD=62.1586;RBI=0.0502037;REFB=0;REVB=-0.0454623;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192908;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:48:37:0:0 chr9 130648680 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.123;QD=49.5988;RBI=0.089389;REFB=0;REVB=0.0884058;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119073;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr9 130690412 . G C 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.00373006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.462;QD=19.0583;RBI=0.0085488;REFB=-0.04053;REVB=-0.00769212;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294525;STB=0.662518;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0399453;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:1:19:14:5:1:19 chr9 130698029 . G C 176.99 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=-0.0227018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.243;QD=10.411;RBI=0.0257906;REFB=-0.0135824;REVB=-0.0122385;RO=43;SAF=10;SAR=13;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364335;STB=0.717629;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0390475;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:45:23:23:0.338235:13:10:33:10:13:10:35:10 chr9 130698043 . A G 186.07 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=0.0369489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.367;QD=10.4825;RBI=0.0490628;REFB=-0.0281896;REVB=0.0322791;RO=47;SAF=11;SAR=13;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370103;STB=0.711366;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0342679;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:13:11:37:10:13:11:37:10 chr9 130703789 . G A 220.02 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.014395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0513;QD=18.7253;RBI=0.0750904;REFB=-0.027727;REVB=0.0736977;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111266;STB=0.516883;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0105793;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:21:22:0.468085:12:9:11:14:13:9:11:14 chr9 130707081 . A G 222.78 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0746798;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.923;QD=14.6082;RBI=0.0811275;REFB=-0.00796547;REVB=-0.0316956;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115173;STB=0.565169;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0109466;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:11:24:15:11:11:24 chr9 130829039 . A G 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9204;QD=47.8132;RBI=0.04165;REFB=-0.111982;REVB=-0.0122691;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00596898;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:10:11:0:0:10:11:0:1 chr9 130860866 . T C 837.73 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478464;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.694;QD=57.7746;RBI=0.0382095;REFB=0;REVB=0.0379087;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77142e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr9 130864676 . T C 464.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5406;QD=58.1104;RBI=0.0662686;REFB=0;REVB=0.0629599;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059447;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr9 130869499 . A T 696.42 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000595138;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3619;QD=63.3106;RBI=0.00945492;REFB=0;REVB=0.00943617;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82771e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr9 130883511 . C T 1349.77 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0248697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.544;QD=59.9896;RBI=0.0352565;REFB=-0.17057;REVB=0.0249903;RO=2;SAF=34;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503822;STB=0.502659;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00113051;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:54:34:1:1:54:34:1:1 chr9 130912857 . C T 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0652132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.161;QD=13.9586;RBI=0.0689547;REFB=-0.0204145;REVB=-0.0224052;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.651795;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0418576;OID=.;OPOS=130912857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:1:6:4:3:1:6 chr9 130984755 . C T 739.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.909;QD=56.8713;RBI=0.0545652;REFB=0;REVB=0.0542457;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166273;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr9 131019738 . T C 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00733434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.088;QD=20.8123;RBI=0.00907806;REFB=-0.0155556;REVB=-0.00534963;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038631;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0157664;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:11:12:11:12:11:12 chr9 131019933 . G T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0433564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5561;QD=25.2551;RBI=0.0674608;REFB=-0.0524231;REVB=-0.0516835;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168886;STB=0.594481;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0146091;OID=.;OPOS=131019933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:6:4:11:6:6:4 chr9 131027963 . A G 77.12 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0348151;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.01;QD=11.8643;RBI=0.0476076;REFB=0.0151541;REVB=-0.0324714;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2505;STB=0.666325;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0255105;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:17:16:10:10:0.384615:7:3:9:8:7:3:9:7 chr9 131028226 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00562767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.014;QD=8.69802;RBI=0.0158857;REFB=0.00168346;REVB=-0.0148555;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448782;STB=0.785954;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0087108;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:7:7:1:6:7:7 chr9 131079513 . GAAAC G 132.82 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0003606;FXX=0.0754575;HRUN=3;LEN=4;MLLD=270.239;QD=10.8423;RBI=0.0220743;REFB=-0.00569475;REVB=0.0220713;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258549;STB=0.601061;STBP=0.224;TYPE=del;VARB=0.00657503;OID=.;OPOS=131079514;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:21:48:21:49:28:12:9:11:17:99:24:12:9:7:17 chr9 131085373 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.969;QD=57.2026;RBI=0.0327773;REFB=0;REVB=-0.00290524;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25741e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:25:4:0:0:26:4:0:0 chr9 131088214 . G A 318.07 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=40;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0258818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.377;QD=30.2921;RBI=0.0297803;REFB=-0.0223136;REVB=0.0147308;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.511978;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00883384;OID=.;OPOS=131088214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:14:14:25:28:0.666667:12:13:8:6:13:15:8:6 chr9 131112576 . G A 225.29 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0324784;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.047;QD=16.6879;RBI=0.0325619;REFB=-0.0178791;REVB=0.00233024;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102303;STB=0.568723;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0247969;OID=.;OPOS=131112576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:28:29:25:25:0.462963:16:9:13:15:16:9:14:15 chr9 131196695 . C T 133.91 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0363774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4339;QD=16.2312;RBI=0.058403;REFB=0.00341108;REVB=0.0456902;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193401;STB=0.609626;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00039117;OID=.;OPOS=131196695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:15:3:5:10:15:3 chr9 131196704 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0142351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.458;QD=20.3165;RBI=0.0279052;REFB=-0.0263451;REVB=0.0240014;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183976;STB=0.611545;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0151964;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:7:12:14:3:7:12:15:3 chr9 131199576 . A C 161.88 PASS AF=0.5;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.039532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.846;QD=19.0449;RBI=0.0468456;REFB=-0.013708;REVB=-0.0251342;RO=16;SAF=2;SAR=15;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140171;OID=.;OPOS=131199576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:17:17:0.5:15:2:2:14:15:2:2:15 chr9 131235321 . A G 375.94 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.475;QD=55.6948;RBI=0.0223973;REFB=0;REVB=0.0217469;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42315e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:20:5:0:0:22:5:0:0 chr9 131262911 . G GT,GTT 96.93 PASS AF=0.55814,0;AO=15,5;DP=43;FAO=24,0;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17,0;FSAR=7,0;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0602051,0.0291253;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.35266,11.566;QD=9.01632;RBI=0.148034,0.0817554;REFB=-0.0240714,-0.0141504;REVB=-0.135238,-0.0763915;RO=22;SAF=12,1;SAR=3,4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.217585,-0.486379;STB=0.565354,0.5;STBP=0.348,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0123993,0.0265444;OID=.,.;OPOS=131262912,131262912;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55814,0:15,5:43:24,0:43:19:17,0:7,0:11:8:38:22:12,1:3,4:14:8 chr9 131285955 . A G 294.51 PASS AF=0.44;AO=31;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0025218;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.74;QD=15.7072;RBI=0.0347675;REFB=0.00363571;REVB=-0.0346759;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165364;STB=0.591292;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00324402;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:42:31:33:0.44:15:16:14:26:15:18:16:26 chr9 131303522 . G A 129.02 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.00242193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.947;QD=7.06957;RBI=0.00523612;REFB=0.00548541;REVB=0.00464232;RO=54;SAF=9;SAR=10;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234491;STB=0.640887;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0155765;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:10:9:36:18:10:9:36:18 chr9 131346218 . A C 818.0 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.813;QD=57.4034;RBI=0.0426032;REFB=0;REVB=0.0099283;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10155e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:35:20:0:0:37:20:0:0 chr9 131360750 . C T 374.57 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0291302;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.857;QD=28.2694;RBI=0.0422386;REFB=-0.0461337;REVB=0.0305864;RO=18;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077929;STB=0.542495;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0209742;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:18:18:35:35:0.660377:17:18:7:11:17:18:7:11 chr9 131375701 . A G 647.93 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000875241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.003;QD=61.7078;RBI=0.00833129;REFB=0;REVB=0.00828519;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36607e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:21:21:0:0 chr9 131379967 . C T 274.93 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0359867;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.59;QD=19.995;RBI=0.0383758;REFB=-0.00813904;REVB=0.013329;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047259;STB=0.526298;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00746903;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:12:14:14:15:12:14 chr9 131388761 . G A 481.1 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=0.0215524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7406;QD=15.904;RBI=0.0216224;REFB=-0.00118086;REVB=0.00173857;RO=68;SAF=9;SAR=44;SRF=19;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168748;STB=0.595417;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00206373;OID=.;OPOS=131388761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:44:9:19:49:44:9:19:49 chr9 131390472 . C A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00668148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.026;QD=12.8607;RBI=0.0145764;REFB=-0.0110548;REVB=-0.0129549;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404365;STB=0.749165;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00940239;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:4:4:1:6:4:4 chr9 131397066 . C T 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0454108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.043;QD=13.5797;RBI=0.0479721;REFB=-0.00858225;REVB=-0.0154654;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171346;STB=0.620016;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0208366;OID=.;OPOS=131397066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:7:10:11:15:7:10:11:17 chr9 131397479 . G A 474.32 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00144792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.391;QD=18.9727;RBI=0.00308201;REFB=-0.000183414;REVB=-0.00272072;RO=53;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.563031;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000160058;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:21:26:23:30:21:26:23:30 chr9 131398636 . C T 170.43 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0452149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.435;QD=17.4797;RBI=0.0525589;REFB=-0.0203008;REVB=0.0267965;RO=21;SAF=2;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535548;STB=0.817102;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.016688;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:15:2:12:9:16:2:12:9 chr9 131403096 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0185969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.184;QD=15.172;RBI=0.0187561;REFB=-0.0043777;REVB=-0.00243918;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222905;STB=0.62947;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00889248;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:12:12:5:12:12:12 chr9 131465167 . A G 175.52 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6929;QD=46.8049;RBI=0.164809;REFB=0;REVB=-0.0626524;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00895073;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr9 131479023 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.423;QD=63.2868;RBI=0.044342;REFB=0;REVB=0.0392987;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156923;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr9 131483749 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.342;QD=57.2021;RBI=0.0277525;REFB=0;REVB=-0.0272261;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.80918e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr9 131492850 . T C 301.31 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.332;QD=52.4025;RBI=0.0818193;REFB=0;REVB=0.0224605;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132837;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:11:8:0:0:13:10:0:0 chr9 131565554 . T C 180.35 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.054921;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7788;QD=15.3486;RBI=0.0559697;REFB=-0.0172151;REVB=-0.0107842;RO=28;SAF=17;SAR=2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372882;STB=0.721719;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0376676;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:2:17:19:9:2:17:19:9 chr9 131585069 . A G 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0563896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.207;QD=15.2898;RBI=0.0564105;REFB=-0.00839078;REVB=0.00153594;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00947498;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr9 131586374 . G A 136.33 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00450689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5392;QD=13.3008;RBI=0.00879563;REFB=-0.0214211;REVB=0.00755321;RO=23;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281539;STB=0.613577;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0301524;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:25:15:16:0.390244:13:2:7:16:13:3:8:17 chr9 131588652 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5358;QD=49.5989;RBI=0.111172;REFB=0;REVB=-0.111053;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00274452;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr9 131588888 . G C 212.81 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.048177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9857;QD=20.2677;RBI=0.0587622;REFB=-0.00939216;REVB=-0.0336448;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646361;STB=0.547466;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0047974;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:20:21:0.5:10:10:9:12:10:11:9:12 chr9 131670457 . T C 248.58 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0277989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.148;QD=25.4948;RBI=0.0442095;REFB=-0.0221452;REVB=-0.0343758;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199857;STB=0.610527;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0268728;OID=.;OPOS=131670457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:12:4:12:11:12:4 chr9 131670919 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0816668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8444;QD=12.0154;RBI=0.102042;REFB=-0.0310441;REVB=0.0611807;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0349984;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:5:2:3:3:5:2 chr9 131689361 . G A 281.3 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0219078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.397;QD=21.2299;RBI=0.0242162;REFB=-0.0317101;REVB=0.0103185;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138663;STB=0.57697;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0202967;OID=.;OPOS=131689361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:10:14:12:17:10:14 chr9 131702891 . A G 241.62 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.095547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.294;QD=21.9655;RBI=0.106952;REFB=-0.0304941;REVB=-0.0480576;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551678;STB=0.549856;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0256015;OID=.;OPOS=131702891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:19:21:23:23:0.522727:13:10:7:12:13:10:7:14 chr9 131721164 . C T 306.04 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00522412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.114;QD=14.9288;RBI=0.0373854;REFB=-0.00792145;REVB=-0.0370186;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930862;STB=0.534612;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.012825;OID=.;OPOS=131721164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:48:34:34:0.414634:19:15:24:21:19:15:24:24 chr9 131767668 . A C 269.8 PASS AF=0.625;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.104046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4597;QD=26.9795;RBI=0.145401;REFB=-0.0355533;REVB=-0.101567;RO=14;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020029;STB=0.505006;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0162273;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:14:15:24:25:0.625:13:11:6:8:13:12:7:8 chr9 131771505 . C T 278.81 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00528421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.186;QD=21.8673;RBI=0.0235337;REFB=-0.0245101;REVB=0.0229328;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931879;STB=0.561753;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0191551;OID=.;OPOS=131771505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:16:12:12:10:16:12:13:10 chr9 131772051 . TGC CTG,TG 97.98 PASS AF=0,0.487805;AO=2,16;DP=42;FAO=0,20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=0,18;FSAR=0,2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0215687,-0.0221013;FXX=0.0238039;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=33.1079,12.5179;QD=9.55899;RBI=0.028507,0.0779704;REFB=-0.0274883,-0.136076;REVB=0.0186397,0.0747724;RO=20;SAF=2,15;SAR=0,1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.677966;SSSB=0.531429,0.642583;STB=0.5,0.806521;STBP=1,0.005;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.169803;OID=.,.;OPOS=131772051,131772053;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:42:41:20:21:2,16:0,20:0,0.487805:0,1:2,15:9:11:0,2:0,18:10:11 chr9 131823611 . T C 99.91 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0137644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1473;QD=15.3707;RBI=0.0139334;REFB=0.0017215;REVB=0.00216397;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00473726;OID=.;OPOS=131823611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:8:6:7:5:8:6 chr9 131852500 . T G 502.68 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0108378;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.711;QD=18.6178;RBI=0.0117647;REFB=-0.00430466;REVB=-0.00457695;RO=54;SAF=22;SAR=31;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128622;STB=0.566782;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00524309;OID=.;OPOS=131852500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:54:55:53:53:0.490741:31:22:30:24:31:22:30:25 chr9 131857687 . C G 175.02 PASS AF=0.413043;AO=17;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.003789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9001;QD=15.2187;RBI=0.0063446;REFB=-0.00882272;REVB=-0.00508895;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244691;STB=0.633352;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0235645;OID=.;OPOS=131857687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:27:17:19:0.413043:9:8:19:8:10:9:19:8 chr9 131860901 . G T 1021.78 PASS AF=0.891566;AO=73;DP=82;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.00822917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.961;QD=49.2425;RBI=0.0196516;REFB=-0.232881;REVB=0.0178457;RO=9;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808583;STB=0.542846;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00329248;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:82:83:9:9:73:74:0.891566:48:25:0:9:48:26:0:9 chr9 132375432 . C T 198.5 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0371223;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.784;QD=18.0457;RBI=0.0395611;REFB=-0.0232621;REVB=0.0136751;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114687;STB=0.565053;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0231981;OID=.;OPOS=132375432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:16:8:9:11:16:8 chr9 132377900 . C T 36.57 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.126535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.54;QD=7.31435;RBI=0.127416;REFB=-0.0386245;REVB=-0.0149579;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.59968;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0992048;OID=.;OPOS=132377900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:5:9:3:3:5:9 chr9 132400480 . G A 154.94 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0138985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.797;QD=22.9542;RBI=0.0230606;REFB=-0.0290333;REVB=0.0184017;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973223;STB=0.530768;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0293825;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:7:9:7:3:7:9:7:4 chr9 132402908 . C G 1137.76 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6203;QD=59.8819;RBI=0.0245566;REFB=0;REVB=0.0181221;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394887;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:39:37:0:0 chr9 132573536 . G T 764.7 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0381772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1912;QD=51.8438;RBI=0.0543153;REFB=-0.012147;REVB=-0.0386349;RO=3;SAF=24;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231841;STB=0.512311;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00142122;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:32:24:2:1:32:24:2:1 chr9 132585058 . G A 2003.45 PASS AF=0.95;AO=133;DP=142;FAO=133;FDP=140;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0443221;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.426;QD=57.2415;RBI=0.0486899;REFB=-0.0108098;REVB=0.0201558;RO=4;SAF=52;SAR=81;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633828;STB=0.516845;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000173684;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:142:140:4:7:133:133:0.95:81:52:2:2:81:52:5:2 chr9 132591372 . T G 175.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6292;QD=46.8242;RBI=0.0803921;REFB=0;REVB=-0.0803628;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135092;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr9 132591425 . C T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1025;QD=53.9077;RBI=0.107362;REFB=0;REVB=0.107232;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291636;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr9 132591509 . A G 422.09 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.1266;QD=56.2792;RBI=0.0387715;REFB=0;REVB=0.0343207;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204059;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:8:21:0:0:8:22:0:0 chr9 132597021 . C T 5445.97 PASS AF=0.988539;AO=345;DP=348;FAO=345;FDP=349;FR=.;FRO=4;FSAF=126;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00175234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4046;QD=62.418;RBI=0.00200071;REFB=-0.122228;REVB=0.000965475;RO=2;SAF=126;SAR=219;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043371;STB=0.504525;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00282849;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:348:349:2:4:345:345:0.988539:219:126:0:2:219:126:0:4 chr9 132618578 . T C 428.25 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.547;QD=57.1;RBI=0.0550446;REFB=0;REVB=0.0227729;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189124;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr9 132620364 . T C 610.64 PASS AF=1;AO=31;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.856;QD=59.5744;RBI=0.0157303;REFB=0;REVB=0.00521562;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2302e-05;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:31:41:1:20:11:0:0:22:19:0:0 chr9 132623293 . C T 251.19 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6545;QD=47.8455;RBI=0.137824;REFB=-0.0807022;REVB=0.134345;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00521818;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:21:1:0:20:21:1:10:10:0:1:11:10:0:0 chr9 132623868 . T C 1264.46 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.795;QD=61.6809;RBI=0.0516833;REFB=0;REVB=0.0512536;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105636;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr9 132631680 . T C 693.0 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727435;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.192;QD=62.9998;RBI=0.0348304;REFB=0;REVB=0.0340623;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.078e-05;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr9 132636030 . CA C,CG 100.37 PASS AF=0.4,0.6;AO=2,8;DP=11;FAO=4,6;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000976328,-0.0095789;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.641,116.074;QD=40.1493;RBI=0.00216231,0.0549723;REFB=0,0;REVB=0.00192934,-0.0541313;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00788064,0.00464325;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.6:2,8:11:4,6:10:0:3,3:1,3:0:0:21:0:2,3:0,5:0:0 chr9 132637712 . G A 112.26 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00898294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.511;QD=16.6318;RBI=0.055136;REFB=-0.00291542;REVB=0.0543993;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336782;STB=0.695879;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00476496;OID=.;OPOS=132637712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:3:10:6:8:3:10:6:8 chr9 132649662 . A G,T 685.62 PASS AF=0.893617,0.106383;AO=40,5;DP=46;FAO=42,5;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15,5;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142989,-0.0134718;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.417,142.565;QD=58.3509;RBI=0.0577171,0.0569448;REFB=-0.0971961,-0.101634;REVB=0.0559179,0.0553283;RO=1;SAF=15,5;SAR=25,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0183934,0.767767;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00174571,0.014574;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:46:47:1:0:40,5:42,5:0.893617,0.106383:25,0:15,5:0:1:27,0:15,5:0:0 chr9 132651363 . G C 39.39 PASS AF=0.714286;AO=7;DP=9;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0141966;FXX=0.221976;HRUN=12;LEN=1;MLLD=219.14;QD=22.5095;RBI=0.0261015;REFB=-0.0577308;REVB=-0.021903;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000730767;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:9:7:2:2:7:5:0.714286:4:3:2:0:4:1:2:0 chr9 132662786 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0856855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3585;QD=14.9789;RBI=0.093981;REFB=-0.0129079;REVB=0.038606;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22118;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0265864;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:9:11:10:10:0.47619:7:3:5:4:7:3:6:5 chr9 132671359 . T TG,TGG 107.76 PASS AF=1,0;AO=10,2;DP=18;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.247448,0.135601;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.68107,9.04753;QD=25.3547;RBI=0.248243,0.135684;REFB=-0.0198691,-0.0284076;REVB=0.0198503,0.00474058;RO=6;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.348751,-0.359974;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0176709,-0.0199482;OID=.,.;OPOS=132671360,132671360;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:10,2:18:17,0:17:0:8,0:9,0:0:0:3:6:3,1:7,1:5:1 chr9 132686186 . A G 994.16 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00551818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.539;QD=57.6327;RBI=0.00612333;REFB=-0.0254041;REVB=-0.00265422;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=9.80605e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:67:68:0.985507:43:24:0:0:43:25:0:1 chr9 132872686 . A G 602.25 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00017323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0561;QD=58.7563;RBI=0.00928902;REFB=-0.194058;REVB=-0.00928741;RO=1;SAF=28;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164593;STB=0.508768;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00509012;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:12:28:1:0:12:28:1:0 chr9 132883161 . C CCTT 791.95 PASS AF=0.907692;AO=55;DP=67;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00940983;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=196.891;QD=48.7354;RBI=0.0601369;REFB=-0.0940817;REVB=0.0593961;RO=10;SAF=22;SAR=33;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882477;STB=0.542212;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.00658402;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.907692:55:67:59:65:6:23:36:5:1:26:10:22:33:7:3 chr9 132904268 . G A 202.03 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0207473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.368;QD=21.2662;RBI=0.021708;REFB=-0.0199974;REVB=-0.00638638;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226531;STB=0.626821;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0181311;OID=.;OPOS=132904268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:9:11:5:13:9:11:5:13 chr9 132904345 . G A 334.42 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0217211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5054;QD=19.6715;RBI=0.037805;REFB=0.00664695;REVB=0.030942;RO=32;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100521;STB=0.501269;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0058708;OID=.;OPOS=132904345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:19:16:15:17:19:16:15:18 chr9 132904442 . G A 467.45 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0224796;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.507;QD=19.4771;RBI=0.0246377;REFB=-0.0281182;REVB=0.0100838;RO=50;SAF=17;SAR=28;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137372;STB=0.568236;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.027221;OID=.;OPOS=132904442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:45:46:0.479167:28:17:26:24:28:18:26:24 chr9 133048501 . G A 597.96 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608382;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.483;QD=61.3289;RBI=0.0613748;REFB=0;REVB=0.00809875;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53776e-05;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr9 133284305 . C G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00273038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.461;QD=9.11043;RBI=0.0200254;REFB=-0.0241365;REVB=0.0198383;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.543368;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.060995;OID=.;OPOS=133284305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:5:3:6:9:5:3:7:9 chr9 133284310 . G A 102.22 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0243882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7404;QD=17.7772;RBI=0.0252122;REFB=-0.0531867;REVB=0.00639288;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0594338;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:9:11:12:12:0.521739:6:6:3:6:6:6:4:7 chr9 133294244 . G A 74.5 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0309563;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.525;QD=8.76521;RBI=0.0322973;REFB=-0.0195509;REVB=0.0092101;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212501;STB=0.654873;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0375958;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:34:22:24:10:10:0.294118:6:4:13:9:6:4:15:9 chr9 133305012 . G A 475.04 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0112354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.79;QD=17.7587;RBI=0.011273;REFB=-0.00687209;REVB=-0.000919622;RO=56;SAF=26;SAR=25;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260498;STB=0.514468;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00759482;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:25:26:27:29:25:26:27:29 chr9 133346920 . A G 1340.12 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.218;QD=62.3312;RBI=0.0411427;REFB=0;REVB=0.00165141;RO=0;SAF=22;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11871e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:62:22:0:0:62:24:0:0 chr9 133553993 . C T 620.74 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00208207;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.587;QD=56.431;RBI=0.0305502;REFB=-0.0800274;REVB=-0.0304791;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00156787;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:41:42:0.954545:24:17:0:1:24:18:1:1 chr9 133558282 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.232;QD=57.105;RBI=0.0137136;REFB=0;REVB=0.00417594;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2737e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr9 133710804 . T C 669.6 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0129499;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.336;QD=52.5174;RBI=0.0234283;REFB=0.0166939;REVB=-0.0195239;RO=2;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055249;STB=0.5294;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.000407818;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:49:49:0.960784:16:33:0:2:16:33:0:2 chr9 133710819 . T C,TC 960.45 PASS AF=0.0140845,0.985915;AO=5,66;DP=72;FAO=1,70;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467886,0.0687621;FXX=0.013887;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=22.4997,29.3621;QD=54.1099;RBI=0.0468467,0.0831847;REFB=0,0;REVB=-0.00233191,0.0468131;RO=0;SAF=4,41;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.04816e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00326288,0.0055674;OID=.,.;OPOS=133710819,133710820;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:72:71:0:0:5,66:1,70:0.0140845,0.985915:1,25:4,41:0:0:0,26:1,44:0:0 chr9 133760509 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0217033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8923;QD=19.523;RBI=0.0219116;REFB=-0.0158057;REVB=-0.00301379;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0136371;OID=.;OPOS=133760509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:5:7:8:6:5:7 chr9 133761001 . A G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0237354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.986;QD=22.9154;RBI=0.023747;REFB=0.0139538;REVB=0.000744672;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187655;STB=0.608433;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00955791;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:2:2:7:2:2:2 chr9 133787225 . A G 1226.09 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392671;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.25;QD=59.809;RBI=0.0450299;REFB=-0.0723274;REVB=0.0220406;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.505262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000458329;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:80:81:0.987805:47:33:0:0:47:34:0:1 chr9 133884820 . T G 306.33 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2175;QD=53.2744;RBI=0.0293105;REFB=0;REVB=-0.0254851;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166833;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr9 133911598 . A G 792.99 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.661;QD=56.6422;RBI=0.0347204;REFB=0;REVB=0.013744;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127467;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:27:27:0:0:29:27:0:0 chr9 133911706 . C T 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00792749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.394;QD=18.8218;RBI=0.00800445;REFB=-0.0652905;REVB=0.00110732;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0347854;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:5:5:5:7:5:5 chr9 133924451 . C T 125.88 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0288123;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.124;QD=18.6486;RBI=0.0288736;REFB=-0.021938;REVB=-0.00188022;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0176717;OID=.;OPOS=133924451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:6:7:8:6:6:7 chr9 133927878 . A G 561.71 PASS AF=0.554455;AO=52;DP=97;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0045269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.963;QD=22.246;RBI=0.0249018;REFB=-0.0138684;REVB=0.0244869;RO=44;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568634;STB=0.542519;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0116772;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:44:45:52:56:0.554455:26:26:25:19:29:27:26:19 chr9 133936571 . C G 638.49 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.047139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0789;QD=59.3945;RBI=0.0535568;REFB=-0.0157172;REVB=-0.0254214;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00291468;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:0:1:18:24:0:1 chr9 133946909 . G A 249.85 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0108467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.356;QD=16.6564;RBI=0.0138257;REFB=-0.00591133;REVB=-0.00857327;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423766;STB=0.531228;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0161518;OID=.;OPOS=133946909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:13:15:18:13:13:15:19:13 chr9 133946915 . C G 234.97 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0103104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.47;QD=15.4077;RBI=0.017659;REFB=-0.011984;REVB=-0.0143366;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398143;STB=0.522517;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0239027;OID=.;OPOS=133946915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:19:15:13:14:19:15 chr9 133948049 . A G 1338.88 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.162;QD=61.5578;RBI=0.0572617;REFB=0;REVB=0.0373201;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116389;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:87:0:0:78:87:1:42:36:0:0:49:38:0:0 chr9 133962930 . C T 209.29 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0749752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.662;QD=13.724;RBI=0.0762443;REFB=-0.00808174;REVB=0.0138535;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441176;STB=0.53752;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00771394;OID=.;OPOS=133962930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:24:25:0.409836:11:13:21:15:12:13:21:15 chr9 133963008 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00291744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.986;QD=11.5963;RBI=0.0312321;REFB=-0.0188805;REVB=-0.0310955;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267631;STB=0.66073;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0349481;OID=.;OPOS=133963008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:3:9:11:10:3:9:11:10 chr9 133986980 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.066;QD=60.2307;RBI=0.0312178;REFB=0;REVB=-0.0214141;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97121e-06;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:8:29:0:0:8:29:0:0 chr9 133987060 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.295;QD=52.6132;RBI=0.0344913;REFB=0;REVB=-0.00655631;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108875;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr9 133996503 . T A 743.39 PASS AF=0.964286;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0459331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.422;QD=53.0996;RBI=0.0481252;REFB=0.00458906;REVB=0.0143594;RO=2;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361869;STB=0.517235;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-1.93685e-05;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:56:2:2:51:54:0.964286:25:26:0:2:28:26:0:2 chr9 134020092 . C T 322.84 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1671;QD=53.8061;RBI=0.0357443;REFB=0;REVB=0.0235758;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06096e-05;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr9 134108925 . T G 306.91 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00352223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5154;QD=18.0537;RBI=0.011459;REFB=0.0167633;REVB=0.0109042;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105856;STB=0.559076;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.017636;OID=.;OPOS=134108925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:14:21:16:17:14:21 chr9 134133539 . G T 623.97 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.69;QD=60.8751;RBI=0.0481591;REFB=0;REVB=-0.0132432;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208004;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:33:41:1:18:15:0:0:18:23:0:0 chr9 134136416 . G A 204.99 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0430304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9071;QD=15.7687;RBI=0.052825;REFB=-0.0244147;REVB=-0.0306409;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163471;STB=0.592259;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0563173;OID=.;OPOS=134136416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:21:8:10:13:21:8 chr9 134136515 . A G 1143.97 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0190861;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.092;QD=57.9223;RBI=0.032223;REFB=0.17351;REVB=-0.0259624;RO=2;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230713;STB=0.511902;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000904564;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:2:2:76:77:0.974684:40:36:0:2:41:36:0:2 chr9 134136677 . A G 566.63 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303198;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.444;QD=61.2569;RBI=0.0308091;REFB=0;REVB=0.00546888;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125757;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr9 134183379 . C T 963.2 PASS AF=0.944444;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0317168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.279;QD=53.511;RBI=0.0543367;REFB=-0.147351;REVB=0.0441194;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286187;STB=0.514702;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00271406;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:71:72:2:4:67:68:0.944444:32:35:0:2:33:35:1:3 chr9 134183503 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.885;QD=62.6656;RBI=0.0471475;REFB=0;REVB=0.0427834;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018044;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr9 134346315 . T C 483.0 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.835;QD=58.5458;RBI=0.0379584;REFB=0;REVB=-0.0351528;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000970638;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr9 134350323 . C G 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.167;QD=52.7676;RBI=0.0567195;REFB=-0.0052121;REVB=0.032038;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000313188;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:0:1:18:10:0:1 chr9 134350458 . C T 756.08 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.013757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.216;QD=50.405;RBI=0.0373315;REFB=0.0218727;REVB=0.0347043;RO=4;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147027;STB=0.50781;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.000575146;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:36:20:1:3:36:20:1:3 chr9 134350647 . T C 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.834;QD=59.4309;RBI=0.00682493;REFB=0;REVB=0.0057757;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25292e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr9 134351065 . G GT,T 249.02 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,17;DP=21;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178362,0.0693459;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=26.9415,41.3247;QD=49.8035;RBI=0.221957,0.106121;REFB=0,0;REVB=0.221239,0.0803291;RO=1;SAF=2,10;SAR=1,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.0436347;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0519274,0.0264995;OID=.,.;OPOS=134351066,134351065;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:21:20:1:0:3,17:1,19:0.05,0.95:1,7:2,10:1:0:0,8:1,11:0:0 chr9 134373523 . T A,TA 37.28 PASS AF=0,0.232558;AO=2,9;DP=46;FAO=0,10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00639435,0.0532548;FXX=0.0227221;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=238.827,11.5662;QD=3.46802;RBI=0.0147745,0.128545;REFB=0.000503391,-0.0159256;REVB=-0.0133191,-0.116995;RO=34;SAF=1,3;SAR=1,6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.205825;STB=0.5,0.565904;STBP=1,0.648;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00388181;OID=.,.;OPOS=134373523,134373524;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:46:43:34:33:2,9:0,10:0,0.232558:1,6:1,3:17:17:0,6:0,4:16:17 chr9 134373770 . G C 123.03 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0798188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.6715;QD=37.8539;RBI=0.0799211;REFB=-0.0312568;REVB=0.00404322;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00126083;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr9 134385436 . A G 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.636;QD=61.6768;RBI=0.0251107;REFB=0;REVB=-0.0155671;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205406;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr9 134386744 . T C 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.21;QD=60.5971;RBI=0.020841;REFB=0;REVB=0.0194567;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20245e-05;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr9 134387488 . T C 227.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026925;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.5;QD=50.4783;RBI=0.0349397;REFB=0;REVB=0.0222672;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42184e-05;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr9 134401335 . C T 460.46 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0798142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8277;QD=54.1721;RBI=0.0990557;REFB=-0.115726;REVB=0.0586662;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000712687;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:34:1:1:31:33:0.970588:20:11:0:1:20:13:0:1 chr9 134406071 . C G 191.33 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.199;QD=47.8336;RBI=0.0414767;REFB=0;REVB=0.0112311;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385916;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr9 134497321 . C T 287.53 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0311458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.222;QD=13.531;RBI=0.0321636;REFB=-0.0342114;REVB=-0.00802728;RO=52;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380251;STB=0.521726;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0628579;OID=.;OPOS=134497321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:22:11:19:33:22:11:19:33 chr9 134658234 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0279446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.958;QD=13.3417;RBI=0.0299433;REFB=-0.00728247;REVB=0.0107563;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188015;STB=0.607744;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0123932;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:11:21:10:11:11:21 chr9 135102254 . C T 897.64 PASS AF=0.625;AO=80;DP=128;FAO=80;FDP=128;FR=.;FRO=48;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00707387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.764;QD=28.0514;RBI=0.0137199;REFB=-0.0314558;REVB=-0.0117557;RO=48;SAF=43;SAR=37;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290279;STB=0.501571;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0176964;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:48:48:80:80:0.625:37:43:26:22:37:43:26:22 chr9 135105944 . G A 168.59 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0266349;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.176;QD=15.3261;RBI=0.0337684;REFB=-0.0298339;REVB=0.0207578;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115825;STB=0.566935;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0425488;OID=.;OPOS=135105944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:13:13:11:7:13:13 chr9 135105964 . A G 728.41 PASS AF=1;AO=46;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9723;QD=57.1301;RBI=0.0161951;REFB=0;REVB=0.0122272;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53409e-07;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:46:51:1:30:16:0:0:30:21:0:0 chr9 135114365 . G A 987.07 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0274645;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.186;QD=56.4039;RBI=0.0288339;REFB=-0.179739;REVB=0.00878045;RO=2;SAF=37;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248623;STB=0.513154;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000701248;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:70:2:2:68:68:0.971429:31:37:2:0:31:37:2:0 chr9 135139826 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000205186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.954;QD=44.6898;RBI=0.0307268;REFB=0;REVB=0.0307261;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222658;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr9 135139901 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1781;QD=43.4859;RBI=0.0464057;REFB=0;REVB=-0.0427833;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030671;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr9 135172412 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.216;QD=56.9382;RBI=0.0163106;REFB=0;REVB=0.00652113;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.029e-05;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr9 135173685 . T C 598.26 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00626799;FXX=0.0652032;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.064;QD=55.652;RBI=0.0161298;REFB=0.00128798;REVB=-0.0148622;RO=3;SAF=14;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447477;STB=0.506696;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00218646;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:44:43:3:2:40:41:0.953488:26:14:2:1:26:15:1:1 chr9 135203838 . G A 197.06 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0176262;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.877;QD=12.7134;RBI=0.0185722;REFB=-0.0116838;REVB=0.00585192;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108383;STB=0.562447;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.01574;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:9:15:20:18:9:15:20:18 chr9 135205006 . G C 110.54 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00429944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.378;QD=14.739;RBI=0.025572;REFB=-0.0213396;REVB=-0.025208;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149999;STB=0.58809;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0268459;OID=.;OPOS=135205006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:6:11:10:3:6:11 chr9 135263573 . G T 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4509;QD=61.674;RBI=0.0230925;REFB=0;REVB=-0.0120722;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96797e-05;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr9 135273607 . C G 341.84 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0151017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.086;QD=18.4778;RBI=0.0244546;REFB=0.00659001;REVB=-0.0192344;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134965;STB=0.500753;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00550857;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:19:17:18:20:19:17:18:20 chr9 135276861 . G A 229.66 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.024059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1802;QD=19.9707;RBI=0.0460834;REFB=-0.0191566;REVB=0.0393045;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613533;STB=0.543285;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0240598;OID=.;OPOS=135276861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:21:21:0.456522:13:8:7:15:13:8:7:16 chr9 135277301 . A G 30.92 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0176942;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.765;QD=8.83455;RBI=0.0183978;REFB=-0.0264121;REVB=0.00503947;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20092;STB=0.624553;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0346459;OID=.;OPOS=135277301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:9:9:5:5:0.357143:2:3:7:2:2:3:7:2 chr9 135285840 . C T 168.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0291664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1136;QD=18.1701;RBI=0.0634359;REFB=-0.0313536;REVB=-0.0563333;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512182;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0377403;OID=.;OPOS=135285840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:8:10:10:8:8:10:11:8 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=57;DP=52;LEN=76;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:52:0:57:25:29:1:0 chr9 135297013 . T TTCTC 82.75 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.307456;HRUN=1;LEN=4;MLLD=271.257;QD=36.7762;RBI=0.00686322;REFB=-0.0660522;REVB=-0.00686322;RO=36;SAF=0;SAR=8;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.818179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00856684;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:8:44:8:9:1:0:8:0:1:8:36:0:8:30:6 chr9 135297016 . T G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.983;QD=20.8979;RBI=0.0182841;REFB=-0.0540693;REVB=0.0182841;RO=4;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359686;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:8:0:0:4:8:0:0:4 chr9 135297019 . TC T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.162;QD=35.5759;RBI=0.00488572;REFB=0;REVB=0.00488572;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.25247e-05;OID=.;OPOS=135297020;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:7:7:0:0:7:0:0:4:0:0:7:0:0 chr9 135297022 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.599;QD=35.5759;RBI=0.000659538;REFB=0;REVB=-0.000659538;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74345e-06;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr9 135297024 . T TGACA 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=0;LEN=4;MLLD=313.907;QD=36.2816;RBI=0.0115187;REFB=0;REVB=-0.0115187;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000174794;OID=.;OPOS=135297025;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=TGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:0:6:0:0:3:1:0:6:0:1 chr9 135357713 . C T 75.02 PASS AF=0.22449;AO=10;DP=48;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0184666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.066;QD=6.1242;RBI=0.0303521;REFB=0.00351454;REVB=0.0240881;RO=38;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250843;STB=0.607349;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0175403;OID=.;OPOS=135357713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:48:49:38:38:10:11:0.22449:7:3:19:19:7:4:19:19 chr9 135374764 . G A,C 905.57 PASS AF=0.898551,0.057971;AO=62,4;DP=69;FAO=62,4;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=27,4;FSAR=35,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0213562,-0.080052;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=184.014,13.4731;QD=52.4967;RBI=0.0259245,0.106878;REFB=-0.122284,0.0508571;REVB=0.0146968,-0.0708138;RO=2;SAF=27,4;SAR=35,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.03369,0;STB=0.526307,0.5;STBP=0.077,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00167378,0.176477;OID=.,.;OPOS=135374764,135374764;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:69:69:2:3:62,4:62,4:0.898551,0.057971:35,0:27,4:2:0:35,0:27,4:3:0 chr9 135374898 . T C 1459.82 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2121;QD=62.7882;RBI=0.0235574;REFB=0;REVB=-0.0104242;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27102e-05;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:39:53:0:0:40:53:0:0 chr9 135448320 . C A 1249.18 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123001;FXX=0.0235266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.636;QD=60.2014;RBI=0.0251824;REFB=-0.10134;REVB=-0.0219741;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.505262;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000113935;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:81:82:0.987952:35:46:1:0:35:47:1:0 chr9 135470414 . T C 1814.45 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252595;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.313;QD=60.99;RBI=0.00343013;REFB=0;REVB=-0.00232064;RO=0;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12951e-05;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:52:66:0:0:52:67:0:0 chr9 135521303 . C T 170.38 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0601672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.978;QD=17.0377;RBI=0.0786496;REFB=-0.018254;REVB=-0.0506525;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970462;STB=0.555494;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0117835;OID=.;OPOS=135521303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:10:12:8:10:10:12 chr9 135554566 . G A 281.4 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0279021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.384;QD=17.0546;RBI=0.0343648;REFB=-0.0287706;REVB=0.0200603;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796361;STB=0.544623;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0197175;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:14:21:16:15:14:21 chr9 135763816 . C T 248.65 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0221154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.404;QD=20.298;RBI=0.0421629;REFB=-0.0483102;REVB=0.0358974;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750266;STB=0.55303;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0523769;OID=.;OPOS=135763816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:22:24:0.489796:15:7:6:18:15:9:7:18 chr9 135767185 . C T 299.53 PASS AF=0.485294;AO=30;DP=65;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0107741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.722;QD=17.6195;RBI=0.0234295;REFB=-0.00383471;REVB=0.0208053;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127581;STB=0.603114;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0048775;OID=.;OPOS=135767185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:33:35:30:33:0.485294:15:15:21:12:18:15:23:12 chr9 135782221 . T C 83.36 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0377181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9352;QD=9.80699;RBI=0.0500226;REFB=-0.0026846;REVB=0.0328573;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750187;STB=0.545372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0101003;OID=.;OPOS=135782221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:11:12:5:6:11:12 chr9 135786904 . A G 308.96 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00809861;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.988;QD=17.9108;RBI=0.0176269;REFB=-0.00346759;REVB=-0.0156563;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272616;STB=0.651713;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0037089;OID=.;OPOS=135786904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:33:33:0.478261:14:19:10:26:14:19:10:26 chr9 135821099 . C T 326.77 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0620595;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.193;QD=16.9751;RBI=0.0629983;REFB=-0.0109328;REVB=0.0108354;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849166;STB=0.552457;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0140967;OID=.;OPOS=135821099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:21:14:13:28:21:14:13:29 chr9 135961809 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.274;QD=59.0186;RBI=0.0174418;REFB=0;REVB=0.00339437;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09003e-05;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr9 135968511 . C CTG 208.82 PASS AF=0.40625;AO=24;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0139097;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=244.763;QD=13.051;RBI=0.0177337;REFB=-0.0179835;REVB=-0.0110003;RO=37;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256929;STB=0.656116;STBP=0.074;TYPE=ins;VARB=0.0157667;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:24:64:26:64:38:5:21:15:23:99:37:5:19:15:22 chr9 135974079 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00774789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0492;QD=10.2394;RBI=0.0569347;REFB=-0.00965696;REVB=0.056405;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143277;STB=0.58604;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0146944;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:7:12:5:5:7:12 chr9 135974100 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00604774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.14;QD=12.0242;RBI=0.0413382;REFB=-0.0180905;REVB=0.0408934;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140483;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0415391;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:9:11:5:7:9:11 chr9 135985796 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0576558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.751;QD=14.0792;RBI=0.0598314;REFB=-0.00098269;REVB=0.0159876;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350607;STB=0.691969;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00189044;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:9:3:9:6:9:3:9:7 chr9 136004699 . G A 471.46 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0101868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.96;QD=23.5731;RBI=0.0103856;REFB=-0.00847706;REVB=-0.00202236;RO=34;SAF=11;SAR=34;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18575;STB=0.598059;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00621017;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:34:11:15:19:34:11:15:20 chr9 136031346 . A G 222.17 PASS AF=0.6;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00483341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.297;QD=25.3907;RBI=0.0349064;REFB=-0.0153313;REVB=0.0345702;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223232;STB=0.62253;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0101053;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:20:21:0.6:9:11:3:10:10:11:3:11 chr9 136037742 . G A 337.32 PASS AF=0.555556;AO=33;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0123384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8707;QD=21.4169;RBI=0.0778231;REFB=-0.0391989;REVB=0.0768387;RO=29;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347784;STB=0.512813;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0513903;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:28:33:35:0.555556:15:18:17:12:16:19:16:12 chr9 136081283 . C T 152.75 PASS AF=0.19697;AO=26;DP=122;FAO=26;FDP=132;FR=.;FRO=106;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.0135674;FXX=0.0222206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0527;QD=4.62883;RBI=0.0664133;REFB=-0.0205897;REVB=-0.0650127;RO=94;SAF=17;SAR=9;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643143;STB=0.589346;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.054909;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:132:94:106:26:26:0.19697:9:17:57:37:9:17:58:48 chr9 136081289 . T C 164.34 PASS AF=0.201439;AO=27;DP=138;FAO=28;FDP=139;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.0185343;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.099;QD=4.72918;RBI=0.0320807;REFB=-0.0107577;REVB=-0.0261849;RO=104;SAF=18;SAR=9;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145298;STB=0.608828;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0400225;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:104:111:27:28:0.201439:9:18:58:46:9:19:61:50 chr9 136081356 . T G 138.33 PASS AF=0.196721;AO=24;DP=122;FAO=24;FDP=122;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0518221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.345;QD=4.53542;RBI=0.0579586;REFB=-0.00321394;REVB=-0.0259553;RO=97;SAF=17;SAR=7;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278136;STB=0.680324;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0395145;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:97:98:24:24:0.196721:7:17:48:49:7:17:48:50 chr9 136081362 . G A 122.53 PASS AF=0.19469;AO=21;DP=112;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0603504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.829;QD=4.33732;RBI=0.0613841;REFB=-0.00204062;REVB=-0.0112179;RO=90;SAF=15;SAR=6;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304601;STB=0.709166;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0362003;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:90:91:21:22:0.19469:6:15:43:47:6:16:43:48 chr9 136081364 . GC G 50.56 PASS AF=0.186275;AO=20;DP=102;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0821158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.7689;QD=1.98286;RBI=0.0904062;REFB=-0.0128766;REVB=-0.037819;RO=77;SAF=15;SAR=5;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34966;STB=0.768938;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0488846;OID=.;OPOS=136081365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186275:20:102:19:102:83:15:4:39:44:50:77:15:5:37:40 chr9 136083580 . T G 300.12 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0216409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.475;QD=13.959;RBI=0.0264073;REFB=0.00242898;REVB=-0.0151334;RO=52;SAF=24;SAR=10;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344079;STB=0.696016;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00570411;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:10:24:20:32:10:24:20:32 chr9 136131188 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00998704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.238;QD=12.8605;RBI=0.0520644;REFB=-0.0158682;REVB=-0.0510976;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0189942;OID=.;OPOS=136131188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr9 136131289 . C T 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0052647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.604;QD=15.1707;RBI=0.0103616;REFB=-0.00213271;REVB=-0.00892439;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752274;STB=0.543673;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0030658;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:17:7:4:13:17:7 chr9 136131315 . C G 195.92 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0192172;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=239.293;QD=17.8112;RBI=0.0216063;REFB=-0.0121287;REVB=-0.00987567;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956071;STB=0.562117;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0100072;OID=.;OPOS=136131315;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:20:20:0.454545:7:13:17:6:7:13:18:6 chr9 136131322 . G T 305.54 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00942851;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.741;QD=26.0035;RBI=0.00945858;REFB=-0.0296577;REVB=-0.000753574;RO=18;SAF=20;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114176;STB=0.572462;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0321642;OID=.;OPOS=136131322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:20:27:27:0.574468:7:20:11:7:7:20:12:8 chr9 136131347 . G A 156.94 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00613746;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.418;QD=12.072;RBI=0.0131515;REFB=-0.00137762;REVB=-0.0116316;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123459;STB=0.578645;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00759407;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:19:19:0.365385:8:11:22:10:8:11:23:10 chr9 136131415 . C T 282.02 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0207216;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8784;QD=23.0218;RBI=0.029512;REFB=-0.0195088;REVB=0.0210137;RO=19;SAF=20;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226499;STB=0.632812;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0044468;OID=.;OPOS=136131415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:19:21:27:28:0.571429:7:20:9:10:8:20:9:12 chr9 136131437 . C T 168.64 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0322965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5111;QD=16.0611;RBI=0.0520911;REFB=-0.0037256;REVB=0.0408708;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293802;STB=0.676736;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00662163;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:10:7:17:7:11:7:17:7 chr9 136131461 . G A 218.63 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0320815;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8459;QD=22.4233;RBI=0.0326843;REFB=0.00099222;REVB=0.00624836;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321132;STB=0.658757;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000172721;OID=.;OPOS=136131461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:18:21:21:0.538462:6:15:5:11:6:15:7:11 chr9 136131472 . A T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0334183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.46;QD=10.4722;RBI=0.0363334;REFB=0.000156701;REVB=-0.0142597;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520975;STB=0.807232;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000916726;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:18:6:9:3:18:6 chr9 136131592 . G C 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0149781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.695;QD=17.9428;RBI=0.0154909;REFB=-0.0205351;REVB=0.00395279;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109717;STB=0.56136;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0294659;OID=.;OPOS=136131592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:18:11:14:14:18:11 chr9 136132873 . T C 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.205;QD=64.2832;RBI=0.0403866;REFB=0;REVB=-0.00567387;RO=0;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60234e-05;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:63:37:0:0:63:37:0:0 chr9 136132907 . GT GTC,TC 281.21 PASS AF=0.452055,0;AO=25,3;DP=75;FAO=33,0;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=5,0;FSAR=28,0;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0158619,-0.0311823;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=252.786,247.108;QD=15.4089;RBI=0.0256393,0.0370031;REFB=-0.00664221,-0.00535674;REVB=0.0201438,0.0199221;RO=37;SAF=1,1;SAR=24,2;SRF=14;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639622,-0.0481168;STB=0.707087,0.5;STBP=0.007,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00583582,0;OID=.,.;OPOS=136132909,136132907;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:37:40:25,3:33,0:0.452055,0:24,2:1,1:14:23:28,0:5,0:17:23 chr9 136133506 . A G 229.59 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.000475486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.006;QD=22.3989;RBI=0.0109358;REFB=0.000268505;REVB=0.0109255;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263574;STB=0.647444;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000454192;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:13:6:14:8:13:6 chr9 136135237 . AT GC 104.99 PASS AF=0.269231;AO=13;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00216499;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.177;QD=8.07591;RBI=0.0500147;REFB=-0.000895237;REVB=-0.0499679;RO=38;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146632;STB=0.519203;STBP=0.868;TYPE=mnp;VARB=0.00196832;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:13:14:0.269231:7:6:18:20:7:7:18:20 chr9 136177993 . G A 362.82 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=91;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00490133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.761;QD=15.605;RBI=0.0108392;REFB=-0.00652195;REVB=0.00966778;RO=52;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181278;STB=0.516883;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0079668;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:52:54:38:39:0.419355:22:16:21:31:22:17:22:32 chr9 136199466 . G A 643.94 PASS AF=0.404494;AO=71;DP=180;FAO=72;FDP=178;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.00842533;FXX=0.0219768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.697;QD=14.4706;RBI=0.0088194;REFB=-0.0187548;REVB=0.00260686;RO=104;SAF=41;SAR=30;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102876;STB=0.558374;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0261588;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:104:106:71:72:0.404494:30:41:50:54:31:41:50:56 chr9 136199503 . G A 812.7 PASS AF=0.441624;AO=86;DP=197;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0108089;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7339;QD=16.5016;RBI=0.0166448;REFB=-0.034822;REVB=0.0126577;RO=108;SAF=50;SAR=36;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164439;STB=0.593554;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0498276;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:108:110:86:87:0.441624:36:50:45:63:36:51:46:64 chr9 136219594 . G A 349.98 PASS AF=0.463415;AO=36;DP=79;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00435913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5183;QD=17.0722;RBI=0.00698253;REFB=-0.00174473;REVB=-0.0054547;RO=42;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19302;STB=0.590745;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00060718;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:42:44:36:38:0.463415:21:15:26:16:22:16:26:18 chr9 136227260 . A G 359.18 PASS AF=0.493506;AO=32;DP=71;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00858142;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.834;QD=18.6587;RBI=0.0239112;REFB=-0.0345462;REVB=0.0223183;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073846;STB=0.506846;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0357407;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:39:39:32:38:0.493506:18:14:20:19:20:18:19:20 chr9 136229833 . C G 479.0 PASS AF=0.505376;AO=48;DP=94;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0588427;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6128;QD=20.6022;RBI=0.0722581;REFB=-0.0469061;REVB=0.0419376;RO=45;SAF=29;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638382;STB=0.526552;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0465454;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:46:48:47:0.505376:19:29:24:21:19:28:25:21 chr9 136268038 . C T 519.16 PASS AF=0.471074;AO=55;DP=118;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0160386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7533;QD=17.1622;RBI=0.0317013;REFB=-0.0326764;REVB=0.0273448;RO=61;SAF=19;SAR=36;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205766;STB=0.604203;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0354633;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:61:64:55:57:0.471074:36:19:34:27:36:21:36:28 chr9 136277480 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.8;QD=62.0202;RBI=0.0690772;REFB=0;REVB=0.0307837;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46125e-05;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr9 136291063 . C T 724.41 PASS AF=0.931034;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000610267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.745;QD=49.959;RBI=0.0344014;REFB=-0.0162738;REVB=0.034396;RO=3;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553369;STB=0.538447;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000297941;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:58:58:3:4:54:54:0.931034:24:30:0:3:24:30:0:4 chr9 136295284 . T TC 228.3 PASS AF=1;AO=6;DP=40;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.276769;FXX=0.0526177;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.20366;QD=25.3669;RBI=0.27707;REFB=0;REVB=-0.0129104;RO=33;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00791955;OID=.;OPOS=136295285;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:40:36:36:0:15:21:0:0:6:33:3:3:13:20 chr9 136295290 . A C 523.03 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585548;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.2361;QD=55.0555;RBI=0.128217;REFB=-0.0212626;REVB=0.128084;RO=3;SAF=12;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152564;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:38:3:0:32:38:1:20:12:2:1:23:15:0:0 chr9 136304497 . A G 434.12 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023857;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.432;QD=57.8833;RBI=0.029346;REFB=0;REVB=0.017089;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506403;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr9 136308542 . C T 733.39 PASS AF=1;AO=36;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849151;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0007;QD=63.7728;RBI=0.0853766;REFB=0;REVB=0.00886483;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154943;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:36:46:1:28:8:0:0:32:14:0:0 chr9 136328657 . T C 542.08 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130842;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.093;QD=60.2312;RBI=0.13756;REFB=0;REVB=0.0424619;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178496;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr9 136340199 . GT G,GG 718.36 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=8,42;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025931,0.0219565;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.938,240.19;QD=56.3421;RBI=0.0899255,0.0939901;REFB=0,0;REVB=0.0861056,0.0913896;RO=1;SAF=1,27;SAR=7,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0589957,0.0302621;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0171782,0.00170137;OID=.,.;OPOS=136340200,136340200;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0196078,0.980392:8,42:51:1,50:51:0:1,27:0,23:0:0:4:1:1,27:7,15:0:1 chr9 136379890 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0255303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.871;QD=21.5109;RBI=0.0351542;REFB=0.0140539;REVB=-0.0241665;RO=19;SAF=3;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424077;STB=0.742586;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.015515;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:18:3:10:9:18:3:10:9 chr9 136412170 . C T 346.62 PASS AF=0.440476;AO=38;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.131;QD=16.5058;RBI=0.0174643;REFB=-0.0295683;REVB=0.0145561;RO=46;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152427;STB=0.599055;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0273897;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:47:38:37:0.440476:18:20:17:29:17:20:17:30 chr9 136412236 . A T 356.1 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0148651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.117;QD=16.5629;RBI=0.0152323;REFB=-0.0075713;REVB=-0.0033243;RO=47;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170222;STB=0.502511;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0110739;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:22:16:19:28:22:16:20:28 chr9 136412255 . A C 369.5 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00406809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.384;QD=16.9885;RBI=0.00996681;REFB=0.00052025;REVB=-0.00909878;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654391;STB=0.536654;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.000700488;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:21:18:19:29:21:18:19:29 chr9 136518097 . A G 1637.28 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.564;QD=59.5374;RBI=0.0198689;REFB=0;REVB=-0.00949091;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477499;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:59:49:0:0:61:49:0:0 chr9 136521635 . C CG 53.45 PASS AF=0.186441;AO=12;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.0412168;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.9607;QD=3.62388;RBI=0.0501142;REFB=-0.0224541;REVB=-0.0285064;RO=46;SAF=2;SAR=10;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.666546;STB=0.947027;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0684174;OID=.;OPOS=136521636;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186441:12:59:11:59:48:1:10:37:11:53:46:2:10:36:10 chr9 136536679 . G A 817.86 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.766;QD=57.3939;RBI=0.0793281;REFB=0;REVB=0.0776925;RO=0;SAF=15;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395808;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:39:15:0:0:42:15:0:0 chr9 136536793 . C G 1383.18 PASS AF=0.957895;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00285765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.152;QD=58.2392;RBI=0.00329149;REFB=0.0042358;REVB=0.00163332;RO=1;SAF=33;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141463;STB=0.506233;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.000117543;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:95:95:1:4:91:91:0.957895:58:33:1:0:58:33:2:2 chr9 136555629 . T C 211.39 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0570142;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.804;QD=18.79;RBI=0.0572528;REFB=-0.00920389;REVB=-0.00522186;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139377;STB=0.578873;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0144702;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:9:15:10:11:9:15 chr9 136559460 . C T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0811607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.135;QD=15.7829;RBI=0.0817752;REFB=-0.00810919;REVB=-0.0100067;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0123062;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:7:10:8:6:7:10 chr9 136627123 . GC G,GG 72.44 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,4;DP=8;FAO=1,9;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.53311,0.251704;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.88797,16.8816;QD=28.9754;RBI=0.584804,0.277888;REFB=0,0;REVB=0.240395,0.117757;RO=0;SAF=1,0;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.305263,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0138947,0.0489102;OID=.,.;OPOS=136627124,136627124;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,4:8:1,9:10:0:0,5:1,4:0:0:6:0:1,0:1,4:0:0 chr9 136628770 . T C 349.36 PASS AF=0.404255;AO=31;DP=88;FAO=38;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0100476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.345;QD=14.8665;RBI=0.015583;REFB=-0.00933994;REVB=0.0119111;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151585;STB=0.536893;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0299079;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:94:36:56:31:38:0.404255:17:14:22:14:20:18:30:26 chr9 137005023 . C T 403.57 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0444946;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.745;QD=21.5236;RBI=0.0451339;REFB=-0.037406;REVB=0.00756948;RO=35;SAF=23;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10007;STB=0.555304;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0291503;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:17:23:16:19:17:23:16:19 chr9 137271318 . C A 1322.5 PASS AF=0.956989;AO=87;DP=91;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00873088;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.1385;QD=56.8819;RBI=0.0417377;REFB=-0.0155522;REVB=0.0408143;RO=4;SAF=30;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142133;STB=0.507798;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0010478;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:91:93:4:4:87:89:0.956989:57:30:2:2:59:30:2:2 chr9 137330560 . C T 799.99 PASS AF=1;AO=50;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.891;QD=57.1419;RBI=0.0602825;REFB=0;REVB=0.0126524;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31351e-05;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:50:56:1:32:18:0:0:32:24:0:0 chr9 137332311 . T G 1990.36 PASS AF=0.992593;AO=130;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854214;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.165;QD=58.9737;RBI=0.0515049;REFB=-0.181486;REVB=0.0507916;RO=4;SAF=66;SAR=64;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028775;STB=0.503649;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00159792;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:4:1:130:134:0.992593:64:66:0:4:68:66:0:1 chr9 137619195 . C T 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0148204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.539;QD=17.9399;RBI=0.0480476;REFB=-0.013089;REVB=0.0457048;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.510298;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0139387;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:10:12:10:9:10:12 chr9 137630587 . T C 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0816533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2725;QD=5.99322;RBI=0.0905673;REFB=0.0172921;REVB=0.0391814;RO=36;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241318;STB=0.658987;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.054295;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:8:2:13:23:8:2:13:23 chr9 137676843 . C T 527.47 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-6.59923e-05;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.905;QD=26.0477;RBI=0.00398467;REFB=-0.00666531;REVB=-0.00398412;RO=32;SAF=21;SAR=27;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023166;STB=0.519493;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00510782;OID=.;OPOS=137676843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:32:33:48:48:0.592593:27:21:15:17:27:21:16:17 chr9 137686906 . C T 190.14 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00538148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.74;QD=13.343;RBI=0.0237998;REFB=-0.0133892;REVB=-0.0231834;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083621;STB=0.547904;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0239311;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:19:15:12:11:19:15 chr9 137690318 . A T 232.22 PASS AF=0.6;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0433911;FXX=0.102538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8628;QD=26.5394;RBI=0.0487827;REFB=-0.00802991;REVB=-0.0222926;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100685;STB=0.529384;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00397433;OID=.;OPOS=137690318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:35:11:14:21:21:0.6:12:9:3:8:12:9:5:9 chr9 137707834 . G A 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00123786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.788;QD=22.1268;RBI=0.00913275;REFB=-0.0218796;REVB=0.00904847;RO=33;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117405;STB=0.564585;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0197817;OID=.;OPOS=137707834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:21:19:11:22:21:19:11:22 chr9 137708934 . T G 214.04 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00899307;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.382;QD=19.9106;RBI=0.0125363;REFB=-0.0151618;REVB=-0.00873405;RO=22;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344984;STB=0.698806;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0132784;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:18:3:9:13:18:3:9:13 chr9 137711997 . G C 378.01 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0501857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6789;QD=21.9138;RBI=0.0502022;REFB=-0.00976484;REVB=-0.00128739;RO=31;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322845;STB=0.677473;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00660542;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:24:14:24:7:24:14:24:7 chr9 137735592 . G A 501.52 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0503645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.143;QD=22.0449;RBI=0.0504167;REFB=-0.016029;REVB=0.0022953;RO=43;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498258;STB=0.527461;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0251057;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:24:24:19:24:24:24:19:24 chr9 137742597 . A G 84.43 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0348904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4318;QD=22.5156;RBI=0.0726769;REFB=-0.074503;REVB=0.0637541;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584143;STB=0.533267;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0366133;OID=.;OPOS=137742597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:2:3:5:5:2:3 chr9 137775139 . A G 223.53 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0399789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8421;QD=8.76582;RBI=0.0787107;REFB=-0.0124129;REVB=-0.0678016;RO=68;SAF=11;SAR=19;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226848;STB=0.633244;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0280531;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:68:72:30:30:0.294118:19:11:38:30:19:11:40:32 chr9 137775155 . T C 231.32 PASS AF=0.318681;AO=28;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0129821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.221;QD=10.1681;RBI=0.0301444;REFB=3.49126e-05;REVB=-0.0272057;RO=62;SAF=9;SAR=19;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28699;STB=0.675242;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000126926;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:28:29:0.318681:19:9:35:27:20:9:35:27 chr9 137775212 . G A 385.07 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0066014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1831;QD=26.1063;RBI=0.0738769;REFB=-0.0195988;REVB=0.0735813;RO=22;SAF=18;SAR=19;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178394;STB=0.597185;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0131368;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:19:18:5:17:19:18:5:17 chr9 137779026 . C T 386.85 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00342614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.212;QD=17.7863;RBI=0.0108848;REFB=-0.00851016;REVB=0.0103316;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860045;STB=0.549271;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00782835;OID=.;OPOS=137779026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:47:40:40:0.45977:16:24:23:22:16:24:24:23 chr9 137801314 . A G 802.31 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00269288;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.874;QD=52.6103;RBI=0.0120241;REFB=-0.0731706;REVB=0.0117187;RO=3;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434783;STB=0.523069;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00311641;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:61:3:3:57:58:0.95082:31:26:0:3:31:27:0:3 chr9 137801416 . T C 294.18 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.81;QD=51.1623;RBI=0.0190904;REFB=0;REVB=0.00436598;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212541;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr9 137801800 . T C 1064.82 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00739089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.858;QD=58.3463;RBI=0.0114673;REFB=-0.0164971;REVB=-0.00876775;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00332678;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:38:34:0:1:38:34:0:1 chr9 137804360 . A G 315.72 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8298;QD=52.6205;RBI=0.0914653;REFB=0;REVB=-0.0873223;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117636;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:9:15:0:0 chr9 137809685 . C A 335.82 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00455203;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.614;QD=22.3878;RBI=0.0107148;REFB=-0.0095614;REVB=0.00969981;RO=24;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758153;STB=0.525677;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0115318;OID=.;OPOS=137809685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:24:26:34:34:0.566667:19:15:13:11:19:15:13:13 chr9 137968919 . G A,GAA 1471.58 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=8,78;DP=98;FAO=5,90;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=3,41;FSAR=2,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401722,0.0150194;FXX=0.0306091;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=31.2634,237.582;QD=61.9612;RBI=0.0743389,0.0326193;REFB=0,0;REVB=0.0742302,0.0289558;RO=5;SAF=3,35;SAR=5,43;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.151251,-0.0173643;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00713894,0.000588593;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:98:95:5:0:8,78:5,90:0.0526316,0.947368:5,43:3,35:3:2:2,49:3,41:0:0 chr9 137978552 . A G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.602;QD=64.4125;RBI=0.018177;REFB=0;REVB=0.0131129;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70501e-06;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr9 137982127 . T C 1166.94 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000285603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.099;QD=60.6203;RBI=0.034984;REFB=0;REVB=0.0349828;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37179e-05;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:41:34:0:0:42:35:0:0 chr9 138236212 . T G 1309.95 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.93;QD=60.9279;RBI=0.0304466;REFB=0;REVB=0.027042;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08529e-05;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:86:0:0:76:86:1:38:38:0:0:45:41:0:0 chr9 138376649 . T C 754.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.054852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.264;QD=56.923;RBI=0.0609119;REFB=0;REVB=0.0264861;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313732;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr9 138376972 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.381;QD=49.5986;RBI=0.0747146;REFB=0;REVB=-0.0733574;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203259;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr9 138377657 . T C 1360.72 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000261116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.492;QD=61.1558;RBI=0.0598522;REFB=-0.093095;REVB=0.0598516;RO=1;SAF=51;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920098;STB=0.504853;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000279543;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:36:51:1:0:37:51:1:0 chr9 138377853 . A G 891.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.411;QD=57.5279;RBI=0.0281748;REFB=0;REVB=0.0274546;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284266;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:27:31:0:0:31:31:0:0 chr9 138377915 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00519541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3535;QD=15.6998;RBI=0.0507129;REFB=-0.00172563;REVB=0.050446;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109898;STB=0.518494;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00278977;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:9:6:7:11:9:6:7:12 chr9 138378856 . A G 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0189;QD=60.7135;RBI=0.0302822;REFB=0;REVB=-0.0205665;RO=0;SAF=24;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11954e-06;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:52:24:0:0:52:24:0:0 chr9 138379002 . T G 185.11 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.17;QD=46.2776;RBI=0.0791779;REFB=0;REVB=-0.0679484;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272419;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:7:9:0:0 chr9 138379059 . G T 224.98 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00319233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7674;QD=20.4525;RBI=0.0902592;REFB=-0.0180015;REVB=0.0902027;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210959;STB=0.614957;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0201701;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:21:22:0.5:8:13:8:13:8:14:9:13 chr9 138379419 . C T 216.19 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0782821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.388;QD=29.8195;RBI=0.0789715;REFB=-0.0392714;REVB=0.0104119;RO=9;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13409;STB=0.574389;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0143937;OID=.;OPOS=138379419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:15:5:4:5:15:5:4:5 chr9 138380043 . GC G 69.02 PASS AF=0.425;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.102773;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2134;QD=6.90224;RBI=0.103077;REFB=-0.0820145;REVB=-0.00790597;RO=23;SAF=1;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0.246649;SSEP=0;SSSB=-0.636738;STB=0.884531;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.114491;OID=.;OPOS=138380044;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:16:41:17:40:23:1:16:12:11:69:23:1:15:12:11 chr9 138380264 . T C 137.53 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0182271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.634;QD=11.2266;RBI=0.0220859;REFB=-0.0202756;REVB=0.0124723;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127383;STB=0.57582;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0244738;OID=.;OPOS=138380264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:10:6:16:17:10:6:16:17 chr9 138380334 . T C 243.77 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00526535;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.626;QD=22.6763;RBI=0.0149982;REFB=-0.0222817;REVB=0.0140436;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156049;STB=0.576546;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.018269;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:20:23:23:0.534884:10:13:8:13:10:13:8:12 chr9 138380593 . G T 100.54 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0127957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.512;QD=16.0869;RBI=0.0173289;REFB=-0.0297182;REVB=0.0116859;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.602479;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0563313;OID=.;OPOS=138380593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:5:8:5:7:5:8 chr9 138391299 . T A 166.41 PASS AF=0.365385;AO=17;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00222009;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2031;QD=12.8006;RBI=0.0133485;REFB=-0.00303423;REVB=0.0131626;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693722;STB=0.506322;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0263361;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:31:17:19:0.365385:8:9:13:15:9:10:16:15 chr9 138440525 . C G 326.98 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0187522;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.583;QD=20.122;RBI=0.0187608;REFB=-0.0129251;REVB=-0.000569878;RO=30;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078158;STB=0.551194;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.026038;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:31:34:34:0.523077:15:19:14:16:15:19:14:17 chr9 138440527 . T C 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0543781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.552;QD=19.6653;RBI=0.0545049;REFB=-0.00424558;REVB=-0.00371633;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530325;STB=0.514277;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0104705;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:32:34:34:0.515152:16:18:14:16:16:18:16:16 chr9 138440641 . T C 754.63 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.884;QD=54.8824;RBI=0.0271373;REFB=-0.0209745;REVB=0.0147559;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00133659;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:31:22:1:0:31:23:1:0 chr9 138441760 . C A 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0131734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8952;QD=12.8594;RBI=0.0176044;REFB=-0.0199954;REVB=0.011678;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334227;STB=0.519944;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0567988;OID=.;OPOS=138441760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:1:7:6:1:1:7 chr9 138456155 . C A 152.05 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0192087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.044;QD=17.3767;RBI=0.0192317;REFB=-0.020193;REVB=0.000940575;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416401;STB=0.511098;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.023729;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:10:6:6:12:11:6:6:12 chr9 138457475 . CT C,CC 146.32 PASS AF=0.457143,0;AO=14,2;DP=36;FAO=16,0;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=1,0;FSAR=15,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.107939,0.156338;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=295.594,293.556;QD=16.7227;RBI=0.107997,0.156393;REFB=-0.00293887,-0.00252103;REVB=-0.00351561,-0.00413795;RO=19;SAF=1,0;SAR=13,2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.400255,-0.43349;STB=0.755873,0.5;STBP=0.074,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00271999,0;OID=.,.;OPOS=138457476,138457476;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143,0:14,2:36:16,0:35:19:1,0:15,0:5:14:99:19:1,0:13,2:5:14 chr9 138458462 . C T 607.52 PASS AF=0.447552;AO=61;DP=139;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0585119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3218;QD=16.9936;RBI=0.058537;REFB=0.0142454;REVB=-0.00171509;RO=78;SAF=32;SAR=29;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889441;STB=0.555538;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0176137;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:143:78:79:61:64:0.447552:29:32:34:44:30:34:34:45 chr9 138458570 . C T 814.61 PASS AF=0.529412;AO=78;DP=150;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=59;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00362194;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.412;QD=21.297;RBI=0.00592908;REFB=-0.0170624;REVB=-0.0046942;RO=72;SAF=59;SAR=19;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221335;STB=0.600788;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0141195;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:72:72:78:81:0.529412:19:59:39:33:22:59:39:33 chr9 138516346 . CA C 232.68 PASS AF=0.367089;AO=20;DP=75;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0466143;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.786;QD=11.7815;RBI=0.0467362;REFB=-0.0168939;REVB=0.00337333;RO=49;SAF=2;SAR=18;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395306;STB=0.507687;STBP=0.939;TYPE=del;VARB=0.0333988;OID=.;OPOS=138516347;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367089:20:75:29:79:50:9:20:15:35:99:49:2:18:15:34 chr9 138518010 . A G 1339.85 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.138;QD=62.3184;RBI=0.0276328;REFB=0;REVB=0.0092433;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56648e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:40:44:0:0:41:45:0:0 chr9 138523332 . C A 816.85 PASS AF=1;AO=51;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000130497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.873;QD=57.323;RBI=0.0369886;REFB=0;REVB=0.0369883;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121099;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:51:57:1:26:25:0:0:32:25:0:0 chr9 138586198 . G A 561.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150666;FXX=0.0263089;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.02;QD=60.7545;RBI=0.0151602;REFB=0;REVB=-0.00168206;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25784e-05;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr9 138586966 . GC AA 1137.31 PASS AF=1;AO=73;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372058;FXX=0.0384566;HRUN=4;LEN=2;MLLD=127.188;QD=60.6564;RBI=0.0374676;REFB=0;REVB=0.00442213;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.33471e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:73:75:1:37:36:0:0:37:38:0:0 chr9 138590928 . C T 249.06 PASS AF=0.575;AO=18;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0139946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.051;QD=24.906;RBI=0.0140006;REFB=-0.0418564;REVB=-0.000409985;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201631;STB=0.515405;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0287168;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:12:17:18:23:0.575:10:8:5:7:10:13:9:8 chr9 138591266 . A G 145.26 PASS AF=0.226087;AO=21;DP=110;FAO=26;FDP=115;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00368822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.161;QD=5.05251;RBI=0.0161105;REFB=-0.00858095;REVB=-0.0156827;RO=84;SAF=4;SAR=17;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417839;STB=0.649881;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0157785;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:84:89:21:26:0.226087:17:4:42:42:18:8:44:45 chr9 138644203 . T C 526.18 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.944;QD=55.3878;RBI=0.0657528;REFB=-0.109651;REVB=0.0642469;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183486;STB=0.509429;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00907502;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:38:1:1:35:37:0.973684:25:10:0:1:26:11:0:1 chr9 138662273 . G A 909.55 PASS AF=0.539394;AO=89;DP=165;FAO=89;FDP=165;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00456752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.641;QD=22.0497;RBI=0.00524977;REFB=-0.0250582;REVB=0.00258801;RO=76;SAF=35;SAR=54;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128776;STB=0.507041;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0235272;OID=.;OPOS=138662273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:76:76:89:89:0.539394:54:35:31:45:54:35:31:45 chr9 138817000 . T C 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7285;QD=32.8195;RBI=0.0119531;REFB=-0.0984191;REVB=-0.00457234;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0134422;OID=.;OPOS=138817000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:0:1:4:5:0:1 chr9 138817003 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.727;QD=40.7624;RBI=0.0338351;REFB=0;REVB=0.00986914;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471794;OID=.;OPOS=138817003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr9 138838140 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.639;QD=62.3499;RBI=0.00866684;REFB=0;REVB=0.00842107;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98978e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr9 138898893 . C G 1136.86 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109103;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.378;QD=58.3005;RBI=0.0149634;REFB=-0.132696;REVB=-0.0102405;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.500338;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00102451;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:78:1:2:76:76:0.974359:39:37:1:0:39:37:1:1 chr9 138899253 . G GCA 56.86 PASS AF=0.7;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0401041;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.786;QD=22.7436;RBI=0.0573502;REFB=-0.0219177;REVB=0.0409964;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202067;STB=0.615098;STBP=0.428;TYPE=ins;VARB=0.0109762;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:7:11:7:10:3:2:5:0:3:16:3:2:5:0:3 chr9 139100805 . T C 411.4 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0270628;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.477;QD=20.8303;RBI=0.0290412;REFB=0.00564786;REVB=0.0105356;RO=36;SAF=28;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142346;STB=0.594511;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00571319;OID=.;OPOS=139100805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:36:38:41:41:0.518987:13:28:19:17:13:28:19:19 chr9 139118673 . T C 407.4 PASS AF=0.619048;AO=40;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0172423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9299;QD=25.8667;RBI=0.0202501;REFB=-0.00157025;REVB=-0.0106192;RO=23;SAF=23;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151616;STB=0.571856;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000787191;OID=.;OPOS=139118673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:24:40:39:0.619048:17:23:8:15:17:22:9:15 chr9 139142710 . G A 76.39 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0374522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.499;QD=12.222;RBI=0.0667879;REFB=0.000772766;REVB=0.0552988;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.540901;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000594826;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:9:10:0.4:5:4:7:8:6:4:7:8 chr9 139142808 . T C 714.92 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00976777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0845;QD=57.1933;RBI=0.0641418;REFB=0.110014;REVB=0.0633937;RO=2;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000816314;STB=0.510634;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0105799;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:2:3:47:47:0.94:24:23:1:1:24:23:2:1 chr9 139235481 . TC GT,T 211.49 PASS AF=0.0172414,0.431034;AO=5,20;DP=60;FAO=1,25;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=1,5;FSAR=0,20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0361424,0.000391381;FXX=0.0333278;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=75.185,24.374;QD=14.5856;RBI=0.0434508,0.0314258;REFB=-0.00437508,0.0158801;REVB=-0.0241183,0.0314233;RO=30;SAF=3,3;SAR=2,17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0.306569;SSEP=0,0;SSSB=0.22946,-0.353378;STB=0.991055,0.666518;STBP=0.256,0.059;TYPE=mnp,del;VARB=0.130545,-0.0335333;OID=.,.;OPOS=139235481,139235482;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:60:58:30:32:5,20:1,25:0.0172414,0.431034:2,17:3,3:12:18:0,20:1,5:14:18 chr9 139235526 . C A 151.01 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0198849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.111;QD=11.1857;RBI=0.0382442;REFB=-0.014583;REVB=0.0326682;RO=35;SAF=3;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457068;STB=0.772092;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.031107;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:16:3:18:17:16:3:18:17 chr9 139235606 . G C 85.41 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.019314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.184;QD=14.2352;RBI=0.0194939;REFB=-0.0292482;REVB=0.00264215;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431165;STB=0.709789;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0542821;OID=.;OPOS=139235606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:23:24:13:13:10:11:0.458333:7:3:10:3:7:4:10:3 chr9 139252495 . G A,C 2720.26 PASS AF=0.960452,0.039548;AO=168,7;DP=176;FAO=170,7;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=75,7;FSAR=95,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322718,0.0229215;FXX=0.00561766;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.495,115.806;QD=61.4747;RBI=0.0927392,0.0313666;REFB=0,0;REVB=0.086943,-0.0214119;RO=1;SAF=75,6;SAR=93,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00509026,0.2842;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.07856e-05,0.058818;OID=.,.;OPOS=139252495,139252495;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:176:177:1:0:168,7:170,7:0.960452,0.039548:93,1:75,6:0:1:95,0:75,7:0:0 chr9 139256468 . C G 751.58 PASS AF=0.464706;AO=78;DP=168;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.0102384;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.437;QD=17.6843;RBI=0.0104495;REFB=-0.0151749;REVB=-0.00208966;RO=89;SAF=49;SAR=29;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174738;STB=0.605117;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.017751;OID=.;OPOS=139256468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:89:91:78:79:0.464706:29:49:40:49:29:50:40:51 chr9 139256541 . C T 856.53 PASS AF=0.535433;AO=54;DP=139;FAO=68;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0108233;FXX=0.0451094;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.719;QD=26.9773;RBI=0.0117714;REFB=-0.0428078;REVB=-0.00462852;RO=24;SAF=38;SAR=16;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924358;STB=0.506594;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0279904;OID=.;OPOS=139256541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:127:24:30:54:68:0.535433:16:38:20:4:24:44:20:10 chr9 139261991 . A G 68.06 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0935386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6835;QD=14.3293;RBI=0.128391;REFB=0.0264672;REVB=-0.0879479;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0873231;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:4:6:6:3:4:6 chr9 139266405 . G A 343.97 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0147385;FXX=0.019998;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.099;QD=14.0395;RBI=0.0433689;REFB=-0.0103009;REVB=-0.0407877;RO=55;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13976;STB=0.592604;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0105255;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:98:55:60:38:38:0.387755:17:21:23:32:17:21:24:36 chr9 139266496 . C T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00674687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.741;QD=15.6035;RBI=0.0180695;REFB=-0.0270307;REVB=0.0167627;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162261;STB=0.59138;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.035385;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:14:24:14:16:14:24 chr9 139272058 . A G 74.84 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0292377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6404;QD=6.96159;RBI=0.0293067;REFB=-0.0188351;REVB=-0.00200931;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113625;STB=0.562695;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.048505;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:42:43:31:32:11:11:0.255814:8:3:11:20:8:3:11:21 chr9 139273402 . C T 374.85 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.328;QD=49.9803;RBI=0.04105;REFB=0.03449;REVB=0.0384852;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.535689;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.000194581;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:15:13:1:0:15:13:2:0 chr9 139275294 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0534496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.307;QD=14.6539;RBI=0.055578;REFB=-0.0133056;REVB=-0.0152336;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.016948;OID=.;OPOS=139275294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:4:4:6:2:4:4 chr9 139279173 . G A 104.37 PASS AF=0.325;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0201279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.736;QD=10.4373;RBI=0.0229601;REFB=-0.015171;REVB=0.0110469;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513493;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0201116;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:26:27:13:13:0.325:7:6:12:14:7:6:13:14 chr9 139289825 . A G 261.68 PASS AF=0.766667;AO=22;DP=31;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0143393;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.567;QD=34.8907;RBI=0.0145399;REFB=-0.0625582;REVB=-0.00240718;RO=7;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219428;STB=0.608601;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0221974;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:30:7:7:22:23:0.766667:14:8:6:1:14:9:6:1 chr9 139301960 . G A 156.18 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0208938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.433;QD=11.1557;RBI=0.0246099;REFB=-0.0240697;REVB=-0.0130037;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167008;STB=0.582006;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0340637;OID=.;OPOS=139301960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:19:20:0.357143:13:6:16:19:13:7:17:19 chr9 139324740 . C T 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00403282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.981;QD=14.8503;RBI=0.0091477;REFB=-0.0111173;REVB=-0.00821078;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813853;STB=0.546997;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0188736;OID=.;OPOS=139324740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:13:16:9:10:13:16 chr9 139326304 . G A 114.78 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00587704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.627;QD=10.203;RBI=0.0416587;REFB=-0.0188094;REVB=-0.0412421;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120378;STB=0.579591;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0440454;OID=.;OPOS=139326304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:31:14:14:0.311111:4:10:18:11:4:10:19:12 chr9 139327034 . A G 281.22 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.000201554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6803;QD=21.2241;RBI=0.0242555;REFB=-0.0522864;REVB=-0.0242546;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161572;STB=0.597872;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0323977;OID=.;OPOS=139327034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:13:16:8:15:13:16:8:16 chr9 139327439 . A G 146.31 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0957621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9974;QD=16.7209;RBI=0.0962654;REFB=-0.000700206;REVB=0.00983104;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597576;STB=0.534369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0026403;OID=.;OPOS=139327439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:12:7:5:11:12:7 chr9 139328551 . T C 52.08 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0192244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.9;QD=9.05669;RBI=0.0722689;REFB=-0.0115798;REVB=0.0696651;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376308;STB=0.757032;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0357285;OID=.;OPOS=139328551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:22:23:14:15:7:8:0.347826:4:3:11:3:5:3:12:3 chr9 139343718 . TCTG TTG,TTGT,TTTG 493.92 PASS AF=0.142857,0.114286,0.742857;AO=5,4,25;DP=36;FAO=5,4,26;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=4,4,5;FSAR=1,0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745149,0.0725311,0.0553039;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=159.56,101.775,165.994;QD=56.4483;RBI=0.0748784,0.0725316,0.0555961;REFB=0,0,0;REVB=0.00736896,-0.000275342,0.00569258;RO=0;SAF=5,4,4;SAR=0,0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.661e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00478925,-0.00284604,0.00285842;OID=.,.,.;OPOS=139343719,139343719,139343719;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGT,T;OMAPALT=TTG,TTGT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.142857,0.114286,0.742857:5,4,25:36:5,4,26:35:0:4,4,5:1,0,21:0:0:17:0:5,4,4:0,0,21:0:0 chr9 139371234 . G A 152.17 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0081548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.162;QD=20.9886;RBI=0.00853641;REFB=-0.0393578;REVB=0.00252378;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106458;STB=0.559927;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0322881;OID=.;OPOS=139371234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:4:9:9:7:4:9 chr9 139371786 . A C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0159929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.786;QD=13.2053;RBI=0.0280085;REFB=-0.0366205;REVB=0.0229936;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0332171;OID=.;OPOS=139371786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:3:3:3:3:3:3 chr9 139389432 . C T 169.58 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00875062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.364;QD=16.1505;RBI=0.00908134;REFB=-0.0238913;REVB=-0.00242842;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117815;STB=0.57886;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0291451;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:18:18:0.428571:10:8:13:10:10:8:14:10 chr9 139391636 . G A 2485.08 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=167;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0018667;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.038;QD=60.6116;RBI=0.0203829;REFB=-0.099767;REVB=0.0202973;RO=0;SAF=73;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24896e-08;STB=0.502793;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-2.40247e-05;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:164:0:1:162:163:0.993902:89:73:0:0:89:74:0:1 chr9 139397707 . G A 612.83 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.999;QD=61.2825;RBI=0.134744;REFB=0;REVB=0.114576;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920941;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr9 139407932 . A G 769.76 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103913;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9402;QD=64.147;RBI=0.0483885;REFB=0;REVB=-0.0472596;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415748;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:24:24:0:0 chr9 139418260 . A G 310.35 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023758;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.906;QD=53.973;RBI=0.0237673;REFB=0;REVB=-0.000665249;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66065e-05;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr9 139616742 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.522;QD=55.0986;RBI=0.0601271;REFB=0;REVB=0.00461455;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215915;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr9 139621326 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0117005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.021;QD=13.631;RBI=0.0154698;REFB=-0.0137339;REVB=-0.01012;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250633;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0191099;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:2:7:4:4:2:7 chr9 139634495 . G A 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00688338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.753;QD=12.7365;RBI=0.0247155;REFB=-0.0141853;REVB=-0.0237376;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401239;STB=0.51722;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0274456;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:28:16:16:0.363636:9:7:10:15:9:7:13:15 chr9 139635430 . C T 376.63 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00661603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.42;QD=32.7505;RBI=0.0127023;REFB=-0.00976775;REVB=0.0108432;RO=15;SAF=8;SAR=23;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667561;STB=0.503647;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00407843;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:23:8:4:11:23:8:4:11 chr9 139639650 . G A 548.69 PASS AF=0.653333;AO=48;DP=74;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00744568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.003;QD=29.2636;RBI=0.0284475;REFB=-0.0202665;REVB=0.0274558;RO=26;SAF=19;SAR=29;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143467;STB=0.580077;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0137456;OID=.;OPOS=139639650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:26:26:48:49:0.653333:29:19:16:10:30:19:16:10 chr9 139648918 . T G 87.2 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.012765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.606;QD=13.4152;RBI=0.0662323;REFB=-0.0107108;REVB=-0.0649906;RO=15;SAF=10;SAR=1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110456;STB=0.565905;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0112384;OID=.;OPOS=139648918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:1:10:13:2:1:10:13:2 chr9 139649580 . G A 166.64 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.050616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1459;QD=15.5009;RBI=0.0653577;REFB=-0.00931978;REVB=0.0413478;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036135;STB=0.52081;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0225915;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:13:12:8:10:13:12 chr9 139649612 . C A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00393293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.703;QD=16.9796;RBI=0.00784597;REFB=-0.0256589;REVB=0.00678905;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220101;STB=0.62386;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0261623;OID=.;OPOS=139649612;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:10:16:11:18:10:16:11:18 chr9 139650060 . C A 172.71 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0151049;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.0657;QD=11.5142;RBI=0.0340814;REFB=-0.00284155;REVB=0.0305513;RO=37;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249094;STB=0.63624;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00512768;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:14:8:22:15:14:8:22:16 chr9 139652329 . G C 299.22 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0112564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.396;QD=17.346;RBI=0.0116563;REFB=-0.0214296;REVB=0.00302718;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000797851;STB=0.506592;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0215189;OID=.;OPOS=139652329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:16:17:18:17:16:17:19:17 chr9 139652338 . C G 246.19 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0209832;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5519;QD=15.6308;RBI=0.0245526;REFB=-0.0170279;REVB=-0.0127489;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777995;STB=0.54357;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0158697;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:35:28:28:0.444444:15:13:18:15:15:13:19:16 chr9 139656670 . T C 1391.7 PASS AF=0.960396;AO=96;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0153421;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.78;QD=55.117;RBI=0.0390337;REFB=0.0135256;REVB=0.0358922;RO=2;SAF=61;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564497;STB=0.505954;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00300565;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:101:101:2:4:96:97:0.960396:35:61:1:1:35:62:2:2 chr9 139656706 . A C 1967.27 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107867;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.682;QD=61.4771;RBI=0.0110959;REFB=0;REVB=0.00260098;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101728;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:128:0:0:124:128:1:57:67:0:0:57:71:0:0 chr9 139657834 . G C 927.42 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00936665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.316;QD=52.9956;RBI=0.0300083;REFB=-0.0465034;REVB=0.028509;RO=4;SAF=41;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148062;STB=0.507846;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00508793;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:66:66:0.942857:25:41:3:1:25:41:3:1 chr9 139690840 . G A 557.15 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.052;QD=60.2328;RBI=0.0481271;REFB=0;REVB=0.0473327;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22027e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:25:12:0:0 chr9 139700605 . T C,G 621.16 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=39,2;DP=41;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000696294,-0.0365273;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.6849,179.027;QD=60.6011;RBI=0.084171,0.0409262;REFB=0,0;REVB=0.0841681,-0.0184584;RO=0;SAF=22,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00484946,0.0776835;OID=.,.;OPOS=139700605,139700605;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:41:0:0:39,2:39,2:0.95122,0.0487805:17,0:22,2:0:0:17,0:22,2:0:0 chr9 139701108 . A C 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1124;QD=49.5829;RBI=0.11626;REFB=0;REVB=0.0157174;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00299562;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr9 139726239 . A G 851.79 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5367;QD=56.7856;RBI=0.0112848;REFB=0;REVB=-0.00330577;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08967e-05;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:29:28:0:0:31:29:0:0 chr9 139732331 . G C 1597.45 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0302;QD=63.8981;RBI=0.047777;REFB=0;REVB=0.0193521;RO=0;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213928;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:38:61:0:0:39:61:0:0 chr9 139739643 . T C 273.09 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.572;QD=52.0177;RBI=0.0749759;REFB=0;REVB=0.0415051;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211477;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:9:10:0:0:10:11:0:0 chr9 139747739 . T A 152.02 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0310592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4513;QD=13.2193;RBI=0.073187;REFB=-0.0157636;REVB=-0.0662696;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124217;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0259507;OID=.;OPOS=139747739;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:12:17:8:9:12:17 chr9 139749067 . C T 778.01 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0555262;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.575;QD=53.656;RBI=0.0562774;REFB=-0.0238027;REVB=0.00916464;RO=1;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116443;STB=0.512191;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=5.10988e-05;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:1:2:56:56:0.965517:40:16:0:1:40:16:0:2 chr9 139752898 . CT C,CG 466.12 PASS AF=0.147059,0.852941;AO=6,22;DP=29;FAO=5,29;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=4,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390633,0.0385873;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.076,122.75;QD=54.837;RBI=0.0401105,0.0410403;REFB=0,0;REVB=0.00910575,0.0139761;RO=0;SAF=2,12;SAR=4,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00113795,0.00820568;OID=.,.;OPOS=139752899,139752899;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.147059,0.852941:6,22:29:5,29:34:0:1,19:4,10:0:0:26:0:2,12:4,10:0:0 chr9 139839904 . T G 112.09 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.120098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.405;QD=16.6065;RBI=0.120569;REFB=-0.00228668;REVB=-0.0106408;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262873;STB=0.515128;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000438224;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:5:9:8:5:5:9 chr9 139840543 . A G 356.74 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0449;QD=54.8836;RBI=0.100629;REFB=0;REVB=0.0499512;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220558;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr9 139848688 . C T 334.88 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0148074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.165;QD=14.4033;RBI=0.0166151;REFB=-0.00866941;REVB=-0.00753672;RO=55;SAF=22;SAR=15;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914871;STB=0.547044;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0145498;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:56:37:37:0.397849:15:22:28:27:15:22:29:27 chr9 139864341 . A G 42.58 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0263825;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.28;QD=15.4821;RBI=0.0264834;REFB=-0.0247455;REVB=0.00230961;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0228801;OID=.;OPOS=139864341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:11:6:5:6:6:0.545455:2:4:2:4:2:4:2:3 chr9 139872048 . A G 1803.86 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.39;QD=61.1477;RBI=0.0215911;REFB=0;REVB=-0.0199993;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39065e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:65:53:0:0:65:53:0:0 chr9 139878317 . C T 196.51 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0329389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7933;QD=18.2802;RBI=0.0422606;REFB=-0.0265856;REVB=-0.0264761;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511616;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0179813;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:10:10:11:11:10:10:11:12 chr9 139878622 . T C 38.79 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0831099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.951;QD=11.9362;RBI=0.102219;REFB=-0.0749867;REVB=-0.0595108;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32987;STB=0.699353;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.102768;OID=.;OPOS=139878622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:2:5:2:4:2:5 chr9 139878828 . T C 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0088136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.521;QD=16.4103;RBI=0.00881376;REFB=-0.0106862;REVB=-5.32196e-05;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.504847;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0169085;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:8:6:7:8:8:6:7:9 chr9 139879170 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.100326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9095;QD=9.19942;RBI=0.117095;REFB=0.0114121;REVB=0.0603803;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.521677;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0203457;OID=.;OPOS=139879170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:10:13:7:7:0.35:3:4:4:6:3:4:7:6 chr9 139902166 . G A 276.13 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0331244;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.39;QD=15.7791;RBI=0.0331872;REFB=-0.0233218;REVB=-0.00204185;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353008;STB=0.519913;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0310418;OID=.;OPOS=139902166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:19:20:17:14:19:20 chr9 139902214 . A G 1026.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2127;QD=59.4904;RBI=0.0402666;REFB=0;REVB=-0.0393827;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328939;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr9 139904037 . A G 93.82 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0137977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.489;QD=10.1427;RBI=0.0353298;REFB=-0.00211012;REVB=-0.0325241;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116255;STB=0.570018;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0061658;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:12:13:5:7:12:13 chr9 139905532 . C A 181.3 PASS AF=0.772727;AO=15;DP=20;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0632517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0871;QD=32.9634;RBI=0.1713;REFB=-0.0207519;REVB=0.159195;RO=5;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149253;STB=0.562091;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0112662;OID=.;OPOS=139905532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:20:22:5:5:15:17:0.772727:7:8:1:4:9:8:1:4 chr9 139906359 . G A 188.74 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0382648;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.955;QD=19.8676;RBI=0.047939;REFB=0.000954771;REVB=0.0288782;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252917;STB=0.526435;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00032075;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:19:19:19:0.5:10:9:8:10:10:9:8:11 chr9 139912483 . CAT CCG,CGT,CT 441.74 PASS AF=0.0322581,0.967742,0;AO=2,24,4;DP=31;FAO=1,30,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=1,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010445,0.0347305,0.0220666;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=75.8276,109.47,92.6716;QD=56.9985;RBI=0.0431297,0.0365022,0.0221391;REFB=0,0,0;REVB=-0.0418458,0.0112339,0.00178964;RO=0;SAF=1,13,4;SAR=1,11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0382047,0.0153181,0;OID=.,.,.;OPOS=139912484,139912484,139912484;OREF=AT,A,A;OALT=CG,G,-;OMAPALT=CCG,CGT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0322581,0.967742,0:2,24,4:31:1,30,0:31:0:0,18,0:1,12,0:0:0:4:0:1,13,4:1,11,0:0:0 chr9 139913239 . T G 1929.39 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.19;QD=61.2506;RBI=0.0499502;REFB=0;REVB=0.0458234;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29732e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:117:126:0:0:117:126:1:54:63:0:0:63:63:0:0 chr9 139923265 . A G 763.86 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.775;QD=63.6552;RBI=0.0700212;REFB=0;REVB=0.0394735;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227823;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:26:18:0:0:28:20:0:0 chr9 139926402 . T C 464.68 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0561624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9515;QD=50.2356;RBI=0.0663018;REFB=0.00566492;REVB=-0.0352379;RO=3;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144833;STB=0.506575;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00335693;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:36:37:3:3:33:34:0.918919:19:14:1:2:20:14:1:2 chr9 139929384 . C T 235.33 PASS AF=0.45;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00063327;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=365.833;QD=15.6889;RBI=0.00773517;REFB=-0.0123392;REVB=0.0077092;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136305;STB=0.571903;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0116501;OID=.;OPOS=139929384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:33:26:27:0.45:11:15:13:17:12:15:14:19 chr9 139935632 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCCGG,GCCCCG,GGCCCCG 109.38 PASS AF=0,0.05,0.75,0;AO=2,2,7,3;DP=19;FAO=0,1,15,0;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=0,1,8,0;FSAR=0,0,7,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0107527,-0.116388,0.15919,0.111389;FXX=0;HRUN=5,1,5,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=145.001,16.7091,14.0883,11.7727;QD=21.8761;RBI=0.0108465,0.264918,0.204566,0.119183;REFB=-0.0298179,-0.108018,-0.121796,-0.108946;REVB=-0.0014237,-0.237982,-0.128474,0.0423935;RO=3;SAF=0,1,4,3;SAR=2,1,3,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.599865,0.142842,0.122639,0.712642;STB=0.5,0.995941,0.610968,0.5;STBP=1,0.071,0.107,1;TYPE=del,ins,del,snp;VARB=0,0.0300289,0.0544448,0;OID=.,.,.,.;OPOS=139935637,139935638,139935633,139935633;OREF=CG,-,C,C;OALT=-,G,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCCGG,GCCCCG,GGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.05,0.75,0:2,2,7,3:19:0,1,15,0:20:4:0,1,8,0:0,0,7,0:0:4:19:3:0,1,4,3:2,1,3,0:1:2 chr9 139937795 . T C 928.23 PASS AF=0.970149;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00183847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.739;QD=55.4169;RBI=0.0387377;REFB=-0.0167886;REVB=0.038694;RO=2;SAF=15;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196686;STB=0.509801;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00184804;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:67:2:2:62:65:0.970149:47:15:0:2:50:15:0:2 chr9 139937799 . G A 953.63 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399502;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4913;QD=58.6851;RBI=0.0452727;REFB=0;REVB=0.0212979;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342084;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:64:65:1:49:15:0:0:50:15:0:0 chr9 139943429 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.406;QD=43.4859;RBI=0.0826946;REFB=0;REVB=0.0825159;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160495;OID=.;OPOS=139943429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr9 139943549 . G A 338.85 PASS AF=0.870968;AO=25;DP=30;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0338513;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.011;QD=43.7221;RBI=0.0454322;REFB=-0.142123;REVB=0.0303014;RO=3;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574147;STB=0.517753;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0033287;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:31:3:4:25:27:0.870968:16:9:1:2:17:10:2:2 chr9 139973820 . C T 1546.69 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9238;QD=63.7812;RBI=0.0357782;REFB=0;REVB=-0.0357782;RO=0;SAF=0;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216991;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:95:0:0:0:97:0:0:0 chr9 139981627 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.927;QD=53.9111;RBI=0.0181385;REFB=0;REVB=-0.0106567;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178749;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr9 140002220 . A G 62.5 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.213;QD=35.7119;RBI=0.210607;REFB=0;REVB=0.209299;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031616;OID=.;OPOS=140002220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:2:5:0:0 chr9 140002989 . T C 1141.8 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240321;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6976;QD=60.8961;RBI=0.0240326;REFB=0;REVB=0.000156062;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172725;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:76:75:1:30:46:0:0:30:45:0:0 chr9 140003427 . A G 482.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.934;QD=58.5045;RBI=0.024581;REFB=0;REVB=0.0157673;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128067;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr9 140006202 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.554;QD=47.8223;RBI=0.0638012;REFB=0;REVB=0.0451576;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143955;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr9 140006425 . C G 340.32 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0581208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8268;QD=48.6166;RBI=0.058204;REFB=-0.113081;REVB=-0.00311176;RO=2;SAF=8;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102757;STB=0.555511;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0038046;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:18:8:2:0:18:8:2:0 chr9 140008750 . G C 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1101;QD=33.4151;RBI=0.0709048;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0068345;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr9 140120291 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGCG 39.48 PASS AF=0.216216,0.0810811;AO=9,2;DP=36;FAO=8,3;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3,3;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=-0.173574,-0.0500437;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.8155,199.568;QD=4.26857;RBI=0.177513,0.0511042;REFB=-0.0693867,-0.00210582;REVB=0.0371855,-0.0103569;RO=22;SAF=4,2;SAR=5,0;SRF=1;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0.384615,0;SSSB=0.536078,0.811415;STB=0.736431,0.998619;STBP=0.248,0.003;TYPE=del,mnp;VARB=0.134728,0.0983588;OID=.,.;OPOS=140120292,140120296;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216,0.0810811:9,2:36:8,3:37:26:3,3:5,0:3:23:30:22:4,2:5,0:1:21 chr9 140120396 . C T 252.76 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0591235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1088;QD=45.9558;RBI=0.0739199;REFB=-0.109416;REVB=0.0443686;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00497869;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:20:21:0.954545:12:8:0:0:12:9:1:0 chr9 140123132 . C G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0239188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2329;QD=15.8388;RBI=0.0320035;REFB=0.0166729;REVB=0.0212631;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.599733;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0233844;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:4:3:2:6:4:3 chr9 140128085 . T C 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4918;QD=59.0125;RBI=0.0706262;REFB=0;REVB=-0.0503319;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001077;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr9 140130606 . A T 793.87 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0493;QD=56.7053;RBI=0.0219384;REFB=0;REVB=0.0214597;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156281;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:31:23:0:0:32:24:0:0 chr9 140139757 . G A 191.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.31;QD=47.8964;RBI=0.121747;REFB=0;REVB=0.118954;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011022;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr9 140147152 . C G 645.8 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.636;QD=54.962;RBI=0.227749;REFB=-0.187643;REVB=0.226374;RO=5;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093058;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.020822;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:5:1:42:46:0.978723:15:27:1:4:19:27:1:0 chr9 140167022 . G A 892.29 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0918191;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.194;QD=58.511;RBI=0.0918193;REFB=0;REVB=0.000204414;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215578;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr9 140176294 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.858;QD=45.8064;RBI=0.028542;REFB=0;REVB=-0.0153877;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34553e-05;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 140177040 . A T 976.1 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421898;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1239;QD=59.1575;RBI=0.0491917;REFB=0;REVB=-0.0252951;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797912;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr9 140242634 . G C 473.67 PASS AF=0.47;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0667199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9457;QD=18.9469;RBI=0.0702167;REFB=-0.0235202;REVB=-0.0218823;RO=52;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142698;STB=0.584181;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0160154;OID=.;OPOS=140242634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:53:47:47:0.47:27:20:30:22:27:20:31:22 chr9 140243844 . C T 265.93 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0478669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.769;QD=22.1606;RBI=0.0567942;REFB=-0.0339568;REVB=-0.0305669;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107581;STB=0.539332;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0280459;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:23:25:25:0.520833:11:14:9:12:11:14:11:12 chr9 140245792 . C T 261.8 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00249505;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.77;QD=14.5447;RBI=0.00648045;REFB=-0.0208508;REVB=-0.00598089;RO=42;SAF=22;SAR=7;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175724;STB=0.606575;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0345174;OID=.;OPOS=140245792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:42:29:30:0.416667:7:22:26:16:7:23:26:16 chr9 140247143 . T G 708.16 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0542;QD=62.9473;RBI=0.0624399;REFB=0;REVB=-0.0571771;RO=0;SAF=36;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042389;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:9:36:0:0:9:36:0:0 chr9 140250818 . C G,T 894.39 PASS AF=0.0793651,0.920635;AO=5,57;DP=62;FAO=5,58;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=5,28;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411305,-0.0081563;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.7899,137.612;QD=56.7864;RBI=0.0459118,0.0227779;REFB=0,0;REVB=-0.0204005,0.0212676;RO=0;SAF=5,27;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0717544,-0.00177522;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:62:63:0:0:5,57:5,58:0.0793651,0.920635:0,30:5,27:0:0:0,30:5,28:0:0 chr9 140262426 . C T 117.41 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.118106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.163;QD=21.3464;RBI=0.118117;REFB=-0.00532494;REVB=0.00163016;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00978825;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:4:5:6:7:4:5 chr9 140277794 . T C 361.2 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0475235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.642;QD=15.8771;RBI=0.0513083;REFB=-0.0232509;REVB=-0.0193407;RO=49;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123795;STB=0.590888;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0516888;OID=.;OPOS=140277794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:49:52:38:39:0.428571:17:21:21:28:17:22:21:31 chr9 140277826 . C T 314.85 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0242955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8111;QD=14.8163;RBI=0.025578;REFB=-0.00462758;REVB=-0.0079976;RO=50;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235927;STB=0.622448;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00338748;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:50:50:34:35:0.411765:14:20:18:32:15:20:18:32 chr9 140330976 . T C 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.225;QD=57.5371;RBI=0.0554526;REFB=0;REVB=-0.0492572;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79496e-05;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr9 140332478 . A G 665.7 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.715;QD=60.5183;RBI=0.0204009;REFB=0;REVB=0.0118741;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843414;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:19:23:0:0:21:23:0:0 chr9 140356422 . G C 622.95 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.014307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.505;QD=47.0149;RBI=0.0236499;REFB=-0.103025;REVB=0.0188315;RO=5;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769289;STB=0.540967;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0158298;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:5:5:48:48:0.90566:28:20:0:5:28:20:0:5 chr9 140357972 . A G 538.28 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.588;QD=59.809;RBI=0.00825655;REFB=0;REVB=0.00772372;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76128e-05;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr9 140374861 . A G 650.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.933;QD=61.9907;RBI=0.026653;REFB=0;REVB=-0.00861821;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107103;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:23:19:0:0 chr9 140392616 . G A 511.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0477;QD=58.453;RBI=0.0763859;REFB=0;REVB=-0.0343693;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131309;OID=.;OPOS=140392616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr9 140414410 . C T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.000413395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.001;QD=14.4325;RBI=0.000737792;REFB=-0.0132166;REVB=0.000611099;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153431;STB=0.587068;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0223059;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:19:25:13:18:19:25 chr9 140777306 . C G 152.46 PASS AF=0.252874;AO=21;DP=86;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.00476221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.157;QD=7.00973;RBI=0.00642801;REFB=-0.00868557;REVB=0.00431748;RO=64;SAF=7;SAR=14;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562219;STB=0.542551;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0156024;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:64:65:21:22:0.252874:14:7:24:40:15:7:24:41 chr9 140786918 . T C 1134.84 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.811;QD=60.5247;RBI=0.046598;REFB=0;REVB=0.0389913;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181356;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr9 140881314 . A C 725.23 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.736;QD=56.8806;RBI=0.0722242;REFB=0;REVB=0.0667199;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146705;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:25:26:0:0 chr9 140911670 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.105;QD=59.8381;RBI=0.0029477;REFB=0;REVB=0.000296386;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70656e-05;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr9 141016262 . T G 1777.25 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101905;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5823;QD=61.2845;RBI=0.0126462;REFB=0;REVB=0.0126051;RO=0;SAF=80;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425009;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:116:0:0:116:116:1:36:80:0:0:36:80:0:0 chr9 141069563 . A G 207.36 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8036;QD=48.7896;RBI=0.0691081;REFB=0;REVB=0.0170448;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669141;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:3:12:0:0:5:12:0:0 chr9 141069905 . C T 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0305654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.158;QD=30.4288;RBI=0.0317545;REFB=-0.0520386;REVB=-0.0086084;RO=5;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168538;STB=0.592482;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.014267;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:11:4:0:5:11:4:0:5 chr9 141070283 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.579;QD=62.3507;RBI=0.037427;REFB=0;REVB=0.0214545;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20718e-05;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chr9 141070335 . T G 323.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6751;QD=53.8925;RBI=0.0273361;REFB=0;REVB=0.00567564;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322294;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:22:2:0:0:22:2:0:0 chr9 141070916 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.797;QD=40.7626;RBI=0.0523933;REFB=0;REVB=0.0346173;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154962;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr9 141071438 . A G 1044.52 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.065;QD=59.6868;RBI=0.0682053;REFB=0;REVB=0.00833556;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27143e-05;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr9 141071475 . C G 1311.84 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.021329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9983;QD=59.629;RBI=0.0300874;REFB=0.0421229;REVB=-0.0212208;RO=2;SAF=45;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205893;STB=0.510867;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00329488;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:41:45:2:0:41:45:2:0 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 192.39 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0259812;FXX=0.059988;HRUN=2;LEN=12;MLLD=316.624;QD=16.374;RBI=0.0348731;REFB=-0.00968547;REVB=0.0232617;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.553151;STBP=0.43;TYPE=del;VARB=0.00608444;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553191:26:32:26:47:21:13:13:13:8:99:0:13:13:0:0 chr10 93945 . G A 82.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0119646;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.48;QD=8.47434;RBI=0.0586789;REFB=0.00716938;REVB=0.0574461;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20058;STB=0.62476;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0234398;OID=.;OPOS=93945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:39:39:28:28:11:11:0.282051:8:3:12:16:8:3:12:16 chr10 94026 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.000792658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.921;QD=14.6657;RBI=0.014773;REFB=-0.000359719;REVB=0.0147517;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136602;STB=0.578846;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0011563;OID=.;OPOS=94026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:7:14:8:7:7:14 chr10 94545 . C T 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0179253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.384;QD=8.86102;RBI=0.0215532;REFB=-0.0127382;REVB=0.0119676;RO=32;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241256;STB=0.655505;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0197284;OID=.;OPOS=94545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:33:13:13:0.282609:8:5:19:13:8:5:20:13 chr10 294953 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5349;QD=55.0955;RBI=0.0634338;REFB=0;REVB=0.0179699;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108004;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr10 299082 . A T 58.59 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0134925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3794;QD=14.6479;RBI=0.020832;REFB=0.00400316;REVB=-0.0158721;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170899;STB=0.624707;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0171705;OID=.;OPOS=299082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:4:4:2:5:4:4:2:6 chr10 328042 . G A 64.35 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0215448;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8706;QD=7.79984;RBI=0.0406989;REFB=-0.00981715;REVB=0.0345286;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123874;STB=0.565068;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0391389;OID=.;OPOS=328042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:33:33:23:24:9:9:0.272727:3:6:13:10:3:6:14:10 chr10 429977 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0200619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.708;QD=14.1386;RBI=0.0245574;REFB=-0.0203088;REVB=0.0141628;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983446;STB=0.557438;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0317822;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:11:9:5:9:11:9 chr10 436226 . T C 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00177189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.054;QD=20.1557;RBI=0.00753637;REFB=-0.00699461;REVB=0.00732512;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041376;STB=0.52306;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0055764;OID=.;OPOS=436226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:11:17:14:11:11:17:14:11 chr10 445061 . C T 344.86 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.196;QD=53.0547;RBI=0.0537734;REFB=0;REVB=0.0508094;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196005;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr10 459940 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0330134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.503;QD=12.8689;RBI=0.0330621;REFB=-0.0211069;REVB=0.00179262;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0373819;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:11:5:4:7:11:5 chr10 696237 . G A 1039.58 PASS AF=0.96;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0343043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.08;QD=55.4443;RBI=0.037342;REFB=0.0219011;REVB=0.0147528;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.505038;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-9.19049e-05;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:1:3:71:72:0.96:39:32:0:1:39:33:1:2 chr10 1018585 . T G 994.18 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.805;QD=57.6338;RBI=0.0317065;REFB=-0.0220003;REVB=-0.0173738;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=9.25551e-05;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:27:41:1:0:27:41:1:0 chr10 1046712 . G A 1634.87 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257967;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.613;QD=60.5509;RBI=0.0866922;REFB=0;REVB=0.0827651;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166414;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:109:108:1:64:45:0:0:63:45:0:0 chr10 1081882 . T C 422.32 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00829632;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.589;QD=15.9367;RBI=0.012926;REFB=0.00377218;REVB=-0.0099122;RO=60;SAF=14;SAR=33;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279656;STB=0.652436;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00325787;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:60:59:47:47:0.443396:33:14:34:26:33:14:33:26 chr10 1089616 . T C 752.73 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139722;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.494;QD=64.0617;RBI=0.0141018;REFB=0;REVB=-0.00190738;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527487;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr10 1142208 . T C 1142.85 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0692326;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.115;QD=59.3691;RBI=0.0692774;REFB=0.0370048;REVB=0.00249231;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000565988;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:38:38:0:1:38:38:0:1 chr10 1149586 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0188228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.019;QD=14.65;RBI=0.023414;REFB=-0.00572154;REVB=-0.0139254;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220843;STB=0.63506;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0111962;OID=.;OPOS=1149586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:8:15:13:17:8:15:13:18 chr10 1175894 . A G 428.83 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0788121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6687;QD=21.1766;RBI=0.0789663;REFB=-0.0133629;REVB=0.0049339;RO=37;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829517;STB=0.539774;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0144831;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:38:43:43:0.530864:19:24:17:20:19:24:18:20 chr10 1175939 . C T 262.17 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00413609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.954;QD=14.7702;RBI=0.00626525;REFB=-0.00498632;REVB=0.00470597;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117691;STB=0.559697;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00574032;OID=.;OPOS=1175939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:17:13:22:18:17:13:22:19 chr10 1230874 . C T 1263.05 PASS AF=0.440895;AO=136;DP=313;FAO=138;FDP=313;FR=.;FRO=175;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=72;FSRR=103;FWDB=0.00488462;FXX=0.006349;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6509;QD=16.1413;RBI=0.0120581;REFB=-0.0339319;REVB=0.0110244;RO=168;SAF=65;SAR=71;SRF=68;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734995;STB=0.541546;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0392874;OID=.;OPOS=1230874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:168:175:136:138:0.440895:71:65:68:100:71:67:72:103 chr10 1230968 . C T 952.06 PASS AF=0.502674;AO=94;DP=187;FAO=94;FDP=187;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=65;FWDB=0.0688517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.311;QD=20.3649;RBI=0.0700596;REFB=-0.0117953;REVB=0.0129534;RO=92;SAF=46;SAR=48;SRF=28;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167884;STB=0.594038;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0141346;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:92:93:94:94:0.502674:48:46:28:64:48:46:28:65 chr10 3143643 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.418;QD=59.4356;RBI=0.0424099;REFB=0;REVB=0.0305559;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288158;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr10 3154461 . G A 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00217795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.048;QD=19.2732;RBI=0.0405739;REFB=-0.00836517;REVB=-0.0405154;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678974;STB=0.538428;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00768377;OID=.;OPOS=3154461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:14:12:9:14:14:12 chr10 3155620 . A G 471.08 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0161238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2943;QD=20.9369;RBI=0.021567;REFB=-0.0223673;REVB=-0.0143234;RO=44;SAF=14;SAR=32;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206583;STB=0.614694;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0155135;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:32:14:23:21:32:14:23:21 chr10 3155698 . C T 174.21 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0174979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.261;QD=15.8375;RBI=0.0175312;REFB=-0.0230061;REVB=-0.0010808;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317854;STB=0.512182;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0231192;OID=.;OPOS=3155698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:25:18:19:0.431818:13:5:7:16:14:5:7:18 chr10 3172121 . C T 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0189234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.043;QD=29.0929;RBI=0.0294902;REFB=-0.0113322;REVB=0.022618;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101036;STB=0.567512;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00715221;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:12:12:4:8:12:12:4:9 chr10 3178804 . G A 366.92 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00716815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0566;QD=19.0607;RBI=0.0106532;REFB=-0.0103574;REVB=-0.00788091;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00462519;STB=0.505615;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0134727;OID=.;OPOS=3178804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:37:38:0.493506:15:22:23:16:16:22:23:16 chr10 3178815 . GT CT,TC 319.5 PASS AF=0.44,0.0266667;AO=26,3;DP=70;FAO=33,2;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=19,1;FSAR=14,1;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00813039,0.0050013;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=135.55,134.151;QD=17.0402;RBI=0.00839117,0.01569;REFB=-0.0362816,-0.0402991;REVB=-0.00207567,0.0148715;RO=27;SAF=14,1;SAR=12,2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0517474,-0.157893;STB=0.501747,0.574273;STBP=0.987,0.841;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0334933,-0.0411321;OID=.,.;OPOS=3178815,3178815;OREF=G,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:27:38:26,3:33,2:0.44,0.0266667:12,2:14,1:13:14:14,1:19,1:22:16 chr10 3179703 . C T 381.02 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0020206;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.013;QD=16.7479;RBI=0.0251592;REFB=-0.033544;REVB=0.0250779;RO=51;SAF=19;SAR=21;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132075;STB=0.574048;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0167958;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:21:19:31:20:21:19:31:20 chr10 3179708 . A G 410.78 PASS AF=0.456522;AO=39;DP=93;FAO=42;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00825719;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.749;QD=17.8599;RBI=0.0194371;REFB=-0.0480593;REVB=-0.017596;RO=38;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268988;STB=0.585067;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0261475;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:38:47:39:42:0.456522:20:19:30:8:22:20:30:17 chr10 3179738 . G A 478.46 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0178796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.953;QD=19.5289;RBI=0.0181982;REFB=-0.0399378;REVB=0.00339046;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761782;STB=0.531901;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0359122;OID=.;OPOS=3179738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:51:47:47:0.479592:22:25:22:27:22:25:24:27 chr10 3180227 . T C 323.5 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0189626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7717;QD=16.8051;RBI=0.0191197;REFB=-0.0118929;REVB=0.00244534;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201228;STB=0.507791;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0206898;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:17:18:21:20:17:18:21:21 chr10 3180298 . C T 206.47 PASS AF=0.436364;AO=21;DP=52;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000202002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.109;QD=15.0162;RBI=0.0425613;REFB=-0.0241562;REVB=0.0425609;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584954;STB=0.514448;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.028514;OID=.;OPOS=3180298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:30:31:21:24:0.436364:10:11:14:16:13:11:15:16 chr10 3180316 . T C 737.24 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.194;QD=61.437;RBI=0.0638759;REFB=0;REVB=0.0599723;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260796;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:28:17:0:0:31:17:0:0 chr10 3181003 . A G 320.5 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.000557169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.989;QD=27.2768;RBI=0.0392508;REFB=-0.0243589;REVB=0.0392468;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298108;STB=0.650124;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0126869;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:15:13:16:2:15:13:16:3 chr10 3189380 . C T 199.72 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00837029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.255;QD=19.9717;RBI=0.0723497;REFB=-0.00142395;REVB=-0.0718638;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227307;STB=0.524975;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.000405675;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:10:10:10:9:10:10:11:9 chr10 3190265 . A G 170.83 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0140838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8878;QD=17.5214;RBI=0.0182425;REFB=-0.0545771;REVB=0.0115945;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215434;STB=0.615263;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0570853;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:21:18:18:0.461538:9:9:5:14:9:9:6:15 chr10 3193557 . TAAAAAAGAAACAA T 92.52 PASS AF=0.466667;AO=15;DP=35;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000762509;FXX=0.0624805;HRUN=6;LEN=13;MLLD=295.498;QD=12.3354;RBI=0.000977489;REFB=-0.00888103;REVB=0.000611609;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=-0.182392;STB=0.749583;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.0101104;OID=.;OPOS=3193558;OREF=AAAAAAGAAACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:15:35:14:30:16:2:12:8:8:92:13:4:11:6:7 chr10 3197856 . C G 302.53 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0211733;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.714;QD=16.5768;RBI=0.0217057;REFB=-0.0115473;REVB=0.00477762;RO=40;SAF=22;SAR=11;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307236;STB=0.672623;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0228533;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:40:33:33:0.452055:11:22:14:26:11:22:14:26 chr10 3200292 . G A 212.76 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00474201;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.359;QD=16.0574;RBI=0.0227884;REFB=-0.025896;REVB=-0.0222895;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339897;STB=0.509426;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0319511;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:29:24:24:0.45283:12:12:15:13:12:12:15:14 chr10 3202065 . T C 350.15 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00407985;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.744;QD=15.9158;RBI=0.0346838;REFB=-0.00591962;REVB=0.034443;RO=50;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413909;STB=0.529215;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0208288;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:50:51:37:37:0.420455:17:20:25:25:17:20:25:26 chr10 3206027 . A G 533.17 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.00413988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.893;QD=23.1815;RBI=0.0320355;REFB=0.00206138;REVB=0.0317668;RO=42;SAF=22;SAR=28;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224847;STB=0.62324;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0016295;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:28:22:30:12:28:22:30:12 chr10 3208557 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.000116444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.327;QD=19.3432;RBI=0.0321229;REFB=-0.0312805;REVB=0.0321227;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147069;STB=0.588134;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0168926;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:18:18:18:0.5:12:6:8:8:12:6:9:9 chr10 3214369 . A G 96.36 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.01826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.615;QD=12.0449;RBI=0.0182796;REFB=-0.00654903;REVB=0.000845307;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114204;STB=0.552543;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00766818;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:7:5:10:9:7:5:10:10 chr10 4872887 . C A 641.26 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0121569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.453;QD=28.8205;RBI=0.0175287;REFB=-0.00908369;REVB=-0.0126279;RO=33;SAF=30;SAR=26;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157865;STB=0.585627;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00666846;OID=.;OPOS=4872887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:33:56:56:0.629213:26:30:10:23:26:30:10:23 chr10 4872911 . C T 624.98 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=89;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0247707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.241;QD=28.089;RBI=0.032543;REFB=-0.0233736;REVB=-0.021106;RO=33;SAF=25;SAR=30;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106681;STB=0.562478;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0145596;OID=.;OPOS=4872911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:34:55:55:0.617978:30:25:10:23:30:25:10:24 chr10 4875591 . A G 315.2 PASS AF=0.344828;AO=39;DP=115;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0267425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8435;QD=10.869;RBI=0.0322334;REFB=0.00814209;REVB=-0.0179953;RO=75;SAF=21;SAR=18;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666736;STB=0.524987;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0178048;OID=.;OPOS=4875591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:75:76:39:40:0.344828:18:21:36:39:19:21:37:39 chr10 4875664 . G A 218.45 PASS AF=0.350649;AO=28;DP=78;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0136863;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1014;QD=11.3478;RBI=0.0194598;REFB=0.00695689;REVB=0.0138336;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505355;STB=0.549096;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0158409;OID=.;OPOS=4875664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:50:28:27:0.350649:13:15:23:24:12:15:24:26 chr10 4881935 . A G 599.7 PASS AF=0.453901;AO=62;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.000602185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1484;QD=17.0127;RBI=0.0195489;REFB=0.00276887;REVB=0.0195396;RO=78;SAF=30;SAR=32;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223467;STB=0.500667;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00392653;OID=.;OPOS=4881935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:77:62:64:0.453901:32:30:36:42:34:30:36:41 chr10 4884642 . T C 636.02 PASS AF=0.503937;AO=63;DP=126;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00217419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.164;QD=20.032;RBI=0.00842556;REFB=-0.0121101;REVB=0.00814021;RO=63;SAF=28;SAR=35;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864189;STB=0.550823;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0162777;OID=.;OPOS=4884642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:63:63:63:64:0.503937:35:28:34:29:36:28:34:29 chr10 4889662 . T G 70.46 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0848801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3169;QD=7.04619;RBI=0.0946135;REFB=0.0082201;REVB=0.041798;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041856;STB=0.526264;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0162354;OID=.;OPOS=4889662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:11:19:6:4:11:19 chr10 4889726 . C CA,CT 122.32 PASS AF=0.244898,0.122449;AO=12,7;DP=51;FAO=12,6;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=3,0;FSAR=9,6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0281629,0.001184;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,1;MLLD=38.1134,54.1614;QD=9.98545;RBI=0.0350399,0.00156917;REFB=-0.0119303,-0.0130741;REVB=0.0208483,-0.00102977;RO=32;SAF=3,0;SAR=9,7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210608,-0.672008;STB=0.591387,0.997664;STBP=0.51,0.037;TYPE=ins,ins;VARB=0.0184503,0.159086;OID=.,.;OPOS=4889727,4889727;OREF=-,-;OALT=A,T;OMAPALT=CA,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244898,0.122449:12,7:51:12,6:49:31:3,0:9,6:11:20:87:32:3,0:9,7:13:19 chr10 5019959 . G A 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00168984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.64;QD=16.6281;RBI=0.0222604;REFB=-0.0288686;REVB=0.0221962;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146024;STB=0.569509;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0232287;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:9:4:6:7:9:4:6:8 chr10 5032239 . A AG 159.76 PASS AF=0.9375;AO=8;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0629519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6736;QD=39.9396;RBI=0.14159;REFB=-0.0447997;REVB=0.126826;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=0.0132742;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:8:16:15:16:1:9:6:0:1:4:8:5:3:4:4 chr10 5046957 . A T 325.71 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0353746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.182;QD=48.2539;RBI=0.0361235;REFB=-0.203105;REVB=0.00731746;RO=2;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578777;STB=0.529389;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00241788;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:27:27:2:2:24:25:0.925926:9:15:2:0:9:16:2:0 chr10 5120157 . G T 153.91 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.686;QD=43.9752;RBI=0.0702198;REFB=0;REVB=0.0681912;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277853;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chr10 5136651 . C G 1641.31 PASS AF=0.982609;AO=110;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00934857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.068;QD=57.0891;RBI=0.0175858;REFB=-0.0566344;REVB=0.0148951;RO=2;SAF=50;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186077;STB=0.509614;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000194254;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:110:113:0.982609:60:50:2:0:62:51:2:0 chr10 5139684 . AG A,AA 1103.02 PASS AF=0.0135135,0.986486;AO=12,62;DP=74;FAO=1,73;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019308,0.020914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=289.833,301.967;QD=59.6227;RBI=0.0220561,0.024678;REFB=0,0;REVB=0.0106617,0.0131;RO=0;SAF=6,24;SAR=6,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0308015,-8.03989e-05;OID=.,.;OPOS=5139685,5139685;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0135135,0.986486:12,62:74:1,73:74:0:0,30:1,43:0:0:4:0:6,24:6,38:0:0 chr10 5149703 . G A 221.64 PASS AF=0.365854;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0064205;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.421;QD=21.6229;RBI=0.0133296;REFB=0.00157237;REVB=0.0116814;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322079;STB=0.640867;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000783213;OID=.;OPOS=5149703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:17:13:15:0.365854:9:4:1:15:10:5:2:15 chr10 5197881 . A G 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0373685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6741;QD=21.0123;RBI=0.0473322;REFB=0.00501172;REVB=0.0290504;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1969;STB=0.612095;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00291532;OID=.;OPOS=5197881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:7:6:4:12:7:6 chr10 5199934 . G C 442.7 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3269;QD=57.1225;RBI=0.100965;REFB=0;REVB=0.0702422;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307405;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr10 5202060 . C T 316.55 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353599;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1333;QD=52.7581;RBI=0.0521585;REFB=0;REVB=0.038343;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284477;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:13:11:0:0 chr10 5202104 . C T 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5671;QD=51.91;RBI=0.0982623;REFB=0;REVB=0.053318;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000867227;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 5246584 . C A 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0321028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.964;QD=57.031;RBI=0.032752;REFB=0.0155684;REVB=-0.00648855;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000206019;OID=.;OPOS=5246584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:31:34:0:1:31:34:0:1 chr10 5255025 . A G 1128.69 PASS AF=0.987179;AO=57;DP=82;FAO=77;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0647573;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.707;QD=57.8816;RBI=0.0891487;REFB=-0.130792;REVB=-0.0612698;RO=10;SAF=22;SAR=35;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118499;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0042653;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:78:10:1:57:77:0.987179:35:22:8:2:36:41:1:0 chr10 5435918 . G A 235.65 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.010981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8098;QD=20.055;RBI=0.0334937;REFB=-0.0175713;REVB=0.0316425;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181034;STB=0.510195;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0210969;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:11:13:12:11:11:13 chr10 5436260 . A G 1459.78 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645782;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.913;QD=62.1181;RBI=0.0646679;REFB=0;REVB=-0.00340625;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366026;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:94:0:0:88:94:1:53:35:0:0:53:41:0:0 chr10 5437365 . A G 994.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164821;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.928;QD=59.3768;RBI=0.0314898;REFB=0;REVB=-0.0268318;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113283;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr10 5446794 . C T 726.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1698;QD=63.1976;RBI=0.0368516;REFB=0;REVB=-0.0148423;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440564;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr10 5471200 . C T 1641.27 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3228;QD=60.2302;RBI=0.0251727;REFB=0;REVB=0.023666;RO=1;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152673;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:1:0:108:109:1:64:44:0:1:65:44:0:0 chr10 5495218 . T C 785.0 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.798;QD=57.0906;RBI=0.0866721;REFB=0;REVB=0.0864107;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85738e-05;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr10 5499704 . TA T,TT 1100.77 PASS AF=1,0;AO=47,44;DP=117;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00977718,-0.0141634;FXX=0.114929;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.463,119.624;QD=57.1829;RBI=0.112638,0.0510082;REFB=0,0;REVB=0.112213,0.0490024;RO=19;SAF=8,27;SAR=39,17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.200676,0.109891;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00128818,-0.0246293;OID=.,.;OPOS=5499705,5499705;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:47,44:117:77,0:77:0:25,0:52,0:0:0:6:19:8,27:39,17:8:11 chr10 5567366 . G A 632.36 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0159491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6787;QD=22.7876;RBI=0.0170734;REFB=-0.0171504;REVB=0.00609334;RO=49;SAF=30;SAR=32;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119768;STB=0.565448;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0129937;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:32:30:31:18:32:30:31:18 chr10 5567695 . G A 1344.84 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436737;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.768;QD=62.5509;RBI=0.0604034;REFB=0;REVB=0.0417274;RO=0;SAF=63;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204607;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:21:63:0:0:23:63:0:0 chr10 5567967 . G T 435.52 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00563884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.007;QD=23.8643;RBI=0.0153919;REFB=-0.025082;REVB=0.0143218;RO=31;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13702;STB=0.575243;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0175567;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:25:17:18:13:25:17:18:13 chr10 5673528 . G A 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.076961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.667;QD=14.6979;RBI=0.0781017;REFB=-0.00263993;REVB=0.0133;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179752;STB=0.604675;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00315613;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:11:12:11:5:11:12 chr10 5682070 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00741179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.31;QD=17.0703;RBI=0.0128946;REFB=-0.0144651;REVB=-0.0105516;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262652;STB=0.638456;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00735974;OID=.;OPOS=5682070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:18:13:24:10:18:13:24:11 chr10 5781628 . T G 780.08 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.415;QD=63.68;RBI=0.10868;REFB=0;REVB=-0.106938;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174521;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr10 5781969 . A T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9581;QD=59.8374;RBI=0.0355532;REFB=0;REVB=0.0326449;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415844;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr10 5784151 . A G 588.38 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0106869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.4975;QD=51.1632;RBI=0.0322977;REFB=-0.158471;REVB=0.0304783;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177076;STB=0.519621;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0104968;OID=.;OPOS=5784151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:46:46:1:5:41:41:0.891304:15:26:1:0:15:26:4:1 chr10 5788608 . G C 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.158;QD=51.9013;RBI=0.0218541;REFB=0;REVB=-0.016833;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301663;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr10 5790420 . T C 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.468;QD=46.8346;RBI=0.035453;REFB=0;REVB=0.00536168;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314072;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr10 5799613 . A G 1722.95 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9523;QD=58.9044;RBI=0.0243987;REFB=-0.0307177;REVB=0.0219469;RO=1;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074785;STB=0.504761;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00155311;OID=.;OPOS=5799613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:117:1:1:115:116:0.991453:63:52:0:1:64:52:1:0 chr10 5804531 . G A 834.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.326;QD=57.533;RBI=0.0217035;REFB=0;REVB=0.0147603;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42022e-05;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr10 5808086 . G A 941.4 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.866;QD=57.0548;RBI=0.0200226;REFB=-0.170677;REVB=0.0135241;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.510201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000514176;OID=.;OPOS=5808086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:40:24:0:0:41:24:1:0 chr10 5853817 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.439;QD=35.5759;RBI=0.0524589;REFB=0;REVB=0.0467073;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619483;OID=.;OPOS=5853817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr10 5920121 . T C 393.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.574;QD=56.1457;RBI=0.0679563;REFB=0;REVB=0.0663505;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438989;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:6:20:0:0:8:20:0:0 chr10 5925971 . C A 255.91 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.003;QD=51.1827;RBI=0.0355481;REFB=0;REVB=0.0289479;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337648;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:9:11:0:0 chr10 6001696 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00969518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.759;QD=24.1268;RBI=0.0228091;REFB=-0.00443511;REVB=0.0206461;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189933;STB=0.588131;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0035351;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:7:10:3:7:7:10:4:7 chr10 6002368 . T G 415.91 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.003505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2947;QD=16.9759;RBI=0.0349995;REFB=-0.021211;REVB=0.0348236;RO=54;SAF=23;SAR=20;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076619;STB=0.536896;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0278394;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:55:43:43:0.438776:20:23:33:21:20:23:33:22 chr10 6008172 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.91;QD=64.4154;RBI=0.0455991;REFB=0;REVB=0.0396119;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117653;OID=.;OPOS=6008172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr10 6191735 . T C 465.7 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3687;QD=58.2119;RBI=0.00924966;REFB=0;REVB=0.00828975;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124389;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr10 6287695 . G A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0125222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4778;QD=18.7632;RBI=0.0262763;REFB=0.00703727;REVB=0.0231006;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421941;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:2:3:2:1:2:4:2:1 chr10 6392848 . G A 406.8 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.342;QD=56.1107;RBI=0.0272906;REFB=0;REVB=0.0156998;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22904e-06;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr10 6393009 . A G 435.83 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4276;QD=56.2365;RBI=0.0318974;REFB=0;REVB=0.0302868;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296542;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:20:11:0:0 chr10 6393260 . C G 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.893;QD=53.9001;RBI=0.0295653;REFB=0;REVB=-0.000453423;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239811;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr10 6393706 . ACAGGCAGGCAGGCAGG ACAGGCAGGCAGG,ACAGGCAGGCAGGTGGT 179.71 PASS AF=0.875,0.125;AO=10,2;DP=16;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949436,-0.0176402;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,4;MLLD=126.159,145.223;QD=44.928;RBI=0.0796732,0.0184824;REFB=0,0;REVB=0.0791055,-0.00551576;RO=0;SAF=4,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000290602,0.0304037;OID=.,.;OPOS=6393707,6393719;OREF=CAGG,CAGG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=ACAGGCAGGCAGG,ACAGGCAGGCAGGTGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:10,2:16:14,2:16:0:5,0:9,2:0:0:10:0:4,0:6,2:0:0 chr10 6527143 . G A 163.45 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0131392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.163;QD=13.076;RBI=0.0142619;REFB=0.00528378;REVB=-0.00554646;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41994;STB=0.74975;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00453924;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:32:17:18:0.36:11:6:24:8:12:6:24:8 chr10 7285632 . A G 834.21 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6514;QD=57.5316;RBI=0.047478;REFB=0;REVB=0.0107128;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268036;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:31:25:0:0:31:27:0:0 chr10 7605067 . C T 683.04 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0152312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.443;QD=52.5412;RBI=0.0345905;REFB=-0.173732;REVB=0.0310566;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51785;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00127394;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:50:50:0.961538:23:27:0:0:23:27:2:0 chr10 7605077 . TCCAT GTCAT,TCAT,TCATC 783.52 PASS AF=0,1,0;AO=2,50,3;DP=56;FAO=0,56,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,0;FSAR=0,26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613888,0.0106488,-0.00814745;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=2,1,3;MLLD=3.76613,29.3979,8.6361;QD=55.9655;RBI=0.0311639,0.0713833,0.0723467;REFB=0,0,0;REVB=-0.0305533,-0.0705845,-0.0718865;RO=0;SAF=2,27,1;SAR=0,23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.213368,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,-0.00133313,0;OID=.,.,.;OPOS=7605077,7605078,7605079;OREF=TC,C,CAT;OALT=GT,-,ATC;OMAPALT=GTCAT,TCAT,TCATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:56:56:0:0:2,50,3:0,56,0:0,1,0:0,23,2:2,27,1:0:0:0,26,0:0,30,0:0:0 chr10 7605101 . A G 988.32 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0589494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1821;QD=54.9066;RBI=0.0756183;REFB=0.00620783;REVB=-0.0473613;RO=3;SAF=31;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172492;STB=0.509133;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00144265;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:38:31:2:1:38:31:2:1 chr10 7618501 . A G 357.17 PASS AF=0.447059;AO=36;DP=83;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00370172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.149;QD=16.8078;RBI=0.0320671;REFB=-0.00888811;REVB=-0.0318528;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108486;STB=0.578777;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.01128;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:46:47:36:38:0.447059:18:18:28:18:20:18:29:18 chr10 7618686 . T G 201.07 PASS AF=0.655172;AO=16;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0220055;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.382;QD=27.7333;RBI=0.0220081;REFB=-0.0201912;REVB=0.00033683;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558137;STB=0.516112;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0155448;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:10:10:16:19:0.655172:6:10:7:3:5:14:7:3 chr10 7679393 . C T 638.67 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8225;QD=59.4108;RBI=0.0546011;REFB=-0.120309;REVB=-0.043198;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00349413;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:18:24:0:0:18:24:1:0 chr10 7763661 . A G 1083.86 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244375;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.181;QD=60.2147;RBI=0.0286142;REFB=0;REVB=0.0148856;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35562e-05;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr10 7780646 . C G 637.85 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0198186;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.458;QD=21.807;RBI=0.0263459;REFB=-0.00539221;REVB=0.0173588;RO=53;SAF=32;SAR=31;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124474;STB=0.57187;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00481666;OID=.;OPOS=7780646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:53:54:63:63:0.538462:31:32:19:34:31:32:19:35 chr10 7797903 . C CAACT 180.94 PASS AF=0.888889;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00195709;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=4;MLLD=263.594;QD=40.2099;RBI=0.0189728;REFB=-0.0257518;REVB=-0.0188716;RO=2;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394328;STB=0.523779;STBP=0.576;TYPE=ins;VARB=0.00329624;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:15:19:16:18:2:11:5:1:1:10:2:10:5:1:1 chr10 7798033 . A T 153.35 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0849234;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1499;QD=21.9065;RBI=0.150547;REFB=-0.0269284;REVB=0.124308;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755114;STB=0.510296;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0221154;OID=.;OPOS=7798033;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:28:12:12:12:16:0.571429:7:5:4:8:11:5:4:8 chr10 8116079 . C T 462.37 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0227088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.819;QD=27.198;RBI=0.0252142;REFB=-0.0136874;REVB=-0.0109575;RO=25;SAF=25;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129172;STB=0.507039;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00635356;OID=.;OPOS=8116079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:18:25:15:10:18:25:15:10 chr10 11299735 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.901;QD=57.1775;RBI=0.0286484;REFB=0;REVB=0.0224751;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71217e-05;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr10 11330436 . G A 129.44 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0105447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.488;QD=12.9435;RBI=0.0209356;REFB=-0.0276874;REVB=-0.0180861;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438595;STB=0.525739;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0307225;OID=.;OPOS=11330436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:11:14:9:6:11:14 chr10 11356160 . C T 1034.53 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189973;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.006;QD=59.1161;RBI=0.0257141;REFB=0;REVB=0.0173296;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243246;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:34:34:0:0:35:35:0:0 chr10 11373418 . A ATC 677.79 PASS AF=0.662921;AO=53;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00559008;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.412;QD=30.4626;RBI=0.00936867;REFB=0.0115689;REVB=-0.00751817;RO=31;SAF=27;SAR=26;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264693;STB=0.531013;STBP=0.423;TYPE=ins;VARB=-0.00303188;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.662921:53:89:59:89:30:28:31:17:13:99:31:27:26:17:14 chr10 11373420 . G C 145.83 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0122701;FXX=0.0652103;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.521;QD=6.78261;RBI=0.0439565;REFB=0.00246242;REVB=-0.0422093;RO=64;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185565;STB=0.618934;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00236941;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:86:64:65:21:21:0.244186:8:13:30:34:8:13:30:35 chr10 11502653 . TAA TA,TAT 34.9 PASS AF=0.178571,0.0535714;AO=11,4;DP=59;FAO=10,3;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=3,3;FSAR=7,0;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.155598,-0.0478621;FXX=0.0508388;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=7.16845,149.026;QD=2.49319;RBI=0.163159,0.0621441;REFB=-0.0804711,-0.0116862;REVB=-0.0490933,-0.0396372;RO=36;SAF=4,3;SAR=7,1;SRF=26;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.415652,0.0386065;STB=0.806273,0.995111;STBP=0.064,0.203;TYPE=del,snp;VARB=-0.243557,0.107765;OID=.,.;OPOS=11502654,11502655;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178571,0.0535714:11,4:59:10,3:56:43:3,3:7,0:31:12:18:36:4,3:7,1:26:10 chr10 11504313 . C T 427.47 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0347283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0428;QD=51.8147;RBI=0.044459;REFB=0.00166124;REVB=0.0277587;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529393;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.000278148;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:0:2:31:31:0.939394:16:15:0:0:16:15:0:2 chr10 11789382 . G A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5854;QD=64.4132;RBI=0.0288733;REFB=0;REVB=-0.0223588;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536124;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr10 11789405 . G A 724.08 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.422;QD=54.6478;RBI=0.0163433;REFB=-0.0721916;REVB=0.00173213;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000652936;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:22:30:1:0:22:30:1:0 chr10 11797436 . T C 698.3 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000213974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1483;QD=54.7688;RBI=0.0554565;REFB=-0.0847755;REVB=-0.0554561;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000920059;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:27:22:1:0:27:23:1:0 chr10 11797467 . G A 755.88 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00247644;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.741;QD=54.9731;RBI=0.0752217;REFB=0.0802996;REVB=0.0751809;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000439444;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:0:1:28:26:0:1 chr10 11805249 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0101981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4432;QD=14.1954;RBI=0.0122461;REFB=0.0125989;REVB=-0.0067798;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235461;STB=0.63426;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.026999;OID=.;OPOS=11805249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:9:14:12:20:9:14:12:20 chr10 11805339 . C T 244.14 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0418233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.23;QD=18.7797;RBI=0.0442774;REFB=-0.0300228;REVB=-0.0145363;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343872;STB=0.519273;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0267795;OID=.;OPOS=11805339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:13:13:14:12:13:13 chr10 11805354 . A G 721.72 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.48;QD=56.6057;RBI=0.0269058;REFB=0;REVB=-0.0107042;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809924;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chr10 11805357 . G A 728.59 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9555;QD=57.1443;RBI=0.116744;REFB=0;REVB=0.0800527;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216934;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr10 11911625 . C T 100.95 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.111321;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.189;QD=14.9549;RBI=0.111398;REFB=-0.0272884;REVB=0.0041235;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738293;STB=0.542788;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0348543;OID=.;OPOS=11911625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:4:11:8:4:4:11 chr10 12071110 . G A 295.75 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.026051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.908;QD=17.924;RBI=0.0270274;REFB=-0.0106663;REVB=-0.00719911;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154427;STB=0.593691;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0100252;OID=.;OPOS=12071110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:19:13:19:14:19:13:20:14 chr10 12111090 . T C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0718224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5248;QD=57.7079;RBI=0.0748185;REFB=0;REVB=0.0209608;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000543563;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr10 12131081 . T G 407.02 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0060275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.992;QD=33.226;RBI=0.00931172;REFB=-0.0193073;REVB=0.0070977;RO=16;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229224;STB=0.624774;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0103223;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:19:14:13:3:19:14:13:3 chr10 12143105 . C G 368.59 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00487891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.442;QD=19.3997;RBI=0.0540607;REFB=-5.40906e-05;REVB=-0.0538401;RO=37;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228679;STB=0.621384;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000530353;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:25:13:22:15:25:13:22:16 chr10 12148259 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.614;QD=61.3364;RBI=0.0203568;REFB=0;REVB=-0.00817594;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22965e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr10 12148286 . T C 785.31 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7073;QD=64.107;RBI=0.0530297;REFB=0;REVB=0.0472127;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532319;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr10 12149939 . C T 200.2 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.726;QD=47.1067;RBI=0.0222313;REFB=0;REVB=0.0207096;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323193;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr10 12191933 . C T 184.89 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00058115;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.837;QD=11.9285;RBI=0.00833075;REFB=-0.00362583;REVB=-0.00831045;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189805;STB=0.557047;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00529597;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:36:39:23:23:0.370968:16:7:6:30:16:7:9:30 chr10 12209752 . T C 455.92 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0665718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.122;QD=23.3806;RBI=0.0677119;REFB=-0.0192868;REVB=0.0123732;RO=33;SAF=23;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100315;STB=0.560948;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0340656;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:44:44:0.564103:21:23:13:20:21:23:13:21 chr10 12212186 . T A 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.029215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.368;QD=23.8999;RBI=0.0315765;REFB=-0.0137443;REVB=0.0119816;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163914;STB=0.591479;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0136925;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:9:18:11:12:9:18:11:12 chr10 12292344 . A G 107.9 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0184082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.874;QD=13.0785;RBI=0.0236704;REFB=-0.00579618;REVB=0.0148804;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0133143;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:11:9:7:6:11:9 chr10 12292454 . A G 254.07 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0176375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4423;QD=17.5221;RBI=0.0205009;REFB=-0.0165798;REVB=0.0104501;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133708;STB=0.516118;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0158111;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:30:27:28:0.482759:13:14:6:12:13:15:17:13 chr10 12695177 . A G 894.91 PASS AF=0.819277;AO=65;DP=82;FAO=68;FDP=83;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0148783;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.443;QD=43.1282;RBI=0.0170281;REFB=-0.0149452;REVB=-0.00828215;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522199;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00190064;OID=.;OPOS=12695177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:83:0:15:65:68:0.819277:43:22:0:0:44:24:7:8 chr10 12867598 . C G 310.58 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00403771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5706;QD=23.4402;RBI=0.00404143;REFB=0.0145632;REVB=0.00017329;RO=22;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104627;STB=0.557679;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0124032;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:17:14:13:9:17:14:13:9 chr10 12940455 . A G 268.85 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102533;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.85;QD=51.2094;RBI=0.105777;REFB=0;REVB=-0.0259948;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194602;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:13:6:0:0:13:8:0:0 chr10 13152400 . T A 102.61 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00261925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.239;QD=11.0931;RBI=0.00352511;REFB=-0.0046342;REVB=0.00235923;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381748;STB=0.725472;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00589239;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:4:9:8:16:4:9:8:16 chr10 13158262 . C T 207.7 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000215611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.484;QD=48.8696;RBI=0.0497096;REFB=0;REVB=0.0497091;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109737;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:4:10:0:0:6:11:0:0 chr10 13166076 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.662;QD=60.6089;RBI=0.0468746;REFB=0;REVB=-0.0346234;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05719e-05;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr10 13206233 . A T 953.05 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032831;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.188;QD=58.6491;RBI=0.0400352;REFB=0;REVB=0.0229116;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93829e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr10 13214427 . A G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0042444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.871;QD=12.7243;RBI=0.00429929;REFB=0.0028614;REVB=0.000684809;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2778;STB=0.659686;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00422987;OID=.;OPOS=13214427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:22:14:15:8:22:14 chr10 13224970 . G A 331.56 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0101519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3857;QD=21.3908;RBI=0.0106114;REFB=-0.0112782;REVB=-0.00308865;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175552;STB=0.596719;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00710012;OID=.;OPOS=13224970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:17:17:8:20:17:17:8:20 chr10 13230950 . C T 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0293351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.124;QD=20.1561;RBI=0.0455582;REFB=-0.0204337;REVB=0.034857;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111517;STB=0.562118;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0185966;OID=.;OPOS=13230950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:11:14:12:16:11:14 chr10 13275553 . T G 248.81 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.705;QD=49.7614;RBI=0.0640265;REFB=0;REVB=0.0616068;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456389;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:12:8:0:0 chr10 13337588 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.379;QD=53.277;RBI=0.0425837;REFB=0;REVB=-0.0119544;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146087;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr10 13350198 . G C 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0252149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3231;QD=19.3675;RBI=0.0260017;REFB=0.0683774;REVB=0.00634787;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103689;STB=0.559875;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.045258;OID=.;OPOS=13350198;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:3:4:7:3:3:4 chr10 13364914 . C G 207.11 PASS AF=0.470588;AO=21;DP=48;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0527871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.695;QD=16.244;RBI=0.0534339;REFB=-0.0262513;REVB=0.00828911;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.509796;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0373809;OID=.;OPOS=13364914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:27:27:21:24:0.470588:9:12:14:13:12:12:14:13 chr10 13375906 . T C 594.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.944;QD=60.9933;RBI=0.0346759;REFB=0;REVB=0.0337762;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153027;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:21:18:0:0 chr10 13481427 . T A 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.888;QD=62.6637;RBI=0.0845852;REFB=0;REVB=0.0448173;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711028;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr10 13494594 . T C 1367.9 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.54;QD=60.7954;RBI=0.0588958;REFB=-0.0692451;REVB=0.0570528;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111493;STB=0.505746;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000310093;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:88:89:0.988889:46:42:1:0:46:43:1:0 chr10 13542069 . T A 222.6 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00715271;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.388;QD=15.3519;RBI=0.0156747;REFB=0.0053233;REVB=0.0139476;RO=32;SAF=5;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473458;STB=0.730151;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00628132;OID=.;OPOS=13542069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:20:5:21:11:20:6:20:12 chr10 13633835 . A G 1435.57 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.872;QD=63.1021;RBI=0.0949284;REFB=0;REVB=-0.0687279;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90426e-05;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:44:45:0:0:44:47:0:0 chr10 13685766 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.989;QD=55.097;RBI=0.0330207;REFB=0;REVB=-0.0270059;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63049e-05;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr10 13687890 . G A 158.4 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0573544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.991;QD=20.4381;RBI=0.0580527;REFB=-0.0190567;REVB=0.00897679;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00918948;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:6:8:9:8:6:8 chr10 13735947 . A G 262.78 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00989409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.661;QD=15.016;RBI=0.0298902;REFB=-0.0155343;REVB=-0.0282051;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14971;STB=0.582152;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0161636;OID=.;OPOS=13735947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:40:28:30:0.428571:14:14:13:24:16:14:13:27 chr10 14705417 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00187218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.594;QD=21.5102;RBI=0.0206495;REFB=0.00514359;REVB=-0.0205645;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189201;STB=0.605948;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00484555;OID=.;OPOS=14705417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:4:11:9:9:4:11 chr10 14705494 . G C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0224775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8426;QD=16.417;RBI=0.026953;REFB=0.0158332;REVB=-0.0148737;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12462;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0197474;OID=.;OPOS=14705494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:16:14:14:0.466667:8:6:8:6:8:6:10:6 chr10 14976414 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0102173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.054;QD=9.47557;RBI=0.0102174;REFB=-0.000726321;REVB=3.97295e-05;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473356;STB=0.788884;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0010712;OID=.;OPOS=14976414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:13:8:8:2:13:8 chr10 15008493 . A C 208.59 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0135182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.306;QD=17.7527;RBI=0.0194264;REFB=-0.0186669;REVB=0.0139514;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12494;STB=0.586121;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0172642;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:15:6:10:15:15:6:11:15 chr10 15573050 . A G 1353.29 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0349034;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.217;QD=60.1461;RBI=0.0572834;REFB=-0.151941;REVB=0.0454217;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083879;STB=0.503267;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00154684;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:90:1:2:88:88:0.977778:32:56:1:0:32:56:1:1 chr10 15713667 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.689;QD=46.8477;RBI=0.0537654;REFB=0;REVB=0.0117287;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280173;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr10 16547058 . A G 1434.29 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.344;QD=63.0457;RBI=0.019475;REFB=0;REVB=0.00770896;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59278e-05;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr10 16562600 . G A 377.74 PASS AF=0.359375;AO=45;DP=127;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0342899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.818;QD=11.8043;RBI=0.0412322;REFB=-0.00304627;REVB=0.0228975;RO=81;SAF=23;SAR=22;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609378;STB=0.523427;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00390604;OID=.;OPOS=16562600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:81:82:45:46:0.359375:22:23:37:44:23:23:38:44 chr10 16794623 . C T 478.66 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0346958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.858;QD=17.095;RBI=0.0346967;REFB=-0.0225637;REVB=-0.000260037;RO=60;SAF=27;SAR=25;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665391;STB=0.537023;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0245469;OID=.;OPOS=16794623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:25:27:27:33:25:27:27:33 chr10 16796919 . C A 559.9 PASS AF=0.58427;AO=50;DP=87;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0235955;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.085;QD=25.164;RBI=0.0275841;REFB=-0.00821526;REVB=0.0142876;RO=35;SAF=16;SAR=34;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178702;STB=0.605329;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00840114;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:35:37:50:52:0.58427:34:16:19:16:35:17:21:16 chr10 16882518 . T C 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00142401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.189;QD=15.5752;RBI=0.0020153;REFB=-0.0185935;REVB=0.00142605;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059523;STB=0.533689;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0211805;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:13:12:13:18:13:12:13:18 chr10 16918972 . A G 315.87 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00727034;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.585;QD=19.7416;RBI=0.00917899;REFB=-0.00890669;REVB=0.00560321;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139343;STB=0.577312;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00769411;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:31:31:33:33:0.515625:17:16:20:11:17:16:20:11 chr10 16943370 . CG CC,TC 882.46 PASS AF=0.951613,0.0483871;AO=58,3;DP=62;FAO=59,3;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21,3;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119314,-0.00203116;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=232.782,184.392;QD=56.9331;RBI=0.0306675,0.0207369;REFB=0,0;REVB=0.0282513,0.0206372;RO=0;SAF=20,3;SAR=38,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.38905e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000479836,0.000204175;OID=.,.;OPOS=16943371,16943370;OREF=G,CG;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:62:62:0:0:58,3:59,3:0.951613,0.0483871:38,0:20,3:0:0:38,0:21,3:0:0 chr10 16967401 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.504;QD=56.7058;RBI=0.011915;REFB=0;REVB=-0.00798426;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12061e-06;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr10 16979606 . G T 184.27 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0256479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9619;QD=26.3241;RBI=0.0585673;REFB=-0.0198922;REVB=0.0526528;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114781;STB=0.564029;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0144143;OID=.;OPOS=16979606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:6:12:5:5:6:12:5:5 chr10 16979661 . T C 253.84 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00956383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.054;QD=22.0734;RBI=0.0204817;REFB=-0.00519668;REVB=0.0181117;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356997;STB=0.519983;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00530848;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:11:11:11:13:11:11 chr10 16982061 . C T 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0135924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.147;QD=18.6409;RBI=0.0256239;REFB=-0.0170731;REVB=-0.0217216;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216766;STB=0.512185;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0151382;OID=.;OPOS=16982061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:15:11:10:15:15:11 chr10 16990552 . G A 348.27 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0209926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5643;QD=17.6336;RBI=0.0553531;REFB=-0.0142654;REVB=0.051218;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176284;STB=0.588429;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0191318;OID=.;OPOS=16990552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:42:36:37:0.468354:22:14:24:18:22:15:24:18 chr10 17024503 . G A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00644183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.591;QD=10.474;RBI=0.0198569;REFB=-0.00858209;REVB=-0.018783;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252154;STB=0.647891;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0156037;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:12:7:22:15:12:7:22:15 chr10 17024615 . A T 129.65 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0197301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.414;QD=14.8176;RBI=0.0228933;REFB=-0.0150269;REVB=0.0116115;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246357;STB=0.613486;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0155527;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:18:20:14:15:0.428571:9:5:11:7:9:6:12:8 chr10 17113563 . C T 594.46 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0365353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7848;QD=22.2227;RBI=0.0366563;REFB=-0.00919765;REVB=-0.00297503;RO=48;SAF=23;SAR=36;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176431;STB=0.596716;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0172773;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:36:23:29:19:36:23:29:19 chr10 17147521 . G T 1304.0 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0254774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7031;QD=57.3187;RBI=0.0492302;REFB=0.022988;REVB=-0.042125;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129782;STB=0.503899;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00501351;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:1:4:86:87:0.956044:50:36:1:0:51:36:2:2 chr10 17156151 . A G 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0284375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.663;QD=55.6056;RBI=0.0287442;REFB=0.0285342;REVB=0.00418758;RO=1;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125806;STB=0.506664;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-9.90595e-05;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:37:21:0:1:37:21:0:1 chr10 17187634 . G C 385.33 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=58;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00528589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.267;QD=26.1243;RBI=0.00884068;REFB=0.00507062;REVB=-0.00708639;RO=21;SAF=21;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167905;STB=0.602684;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00300121;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:22:36:37:0.627119:15:21:7:14:15:22:7:15 chr10 17204187 . G A 93.59 PASS AF=0.3;AO=13;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0947322;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1952;QD=9.35867;RBI=0.0959834;REFB=-0.0219665;REVB=-0.0154475;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188841;STB=0.66637;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0504515;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:40:28:28:13:12:0.3:9:4:13:15:9:3:13:15 chr10 17204247 . A T 102.64 PASS AF=0.52;AO=11;DP=18;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0269304;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=45.8234;QD=16.4218;RBI=0.0325428;REFB=-0.0518932;REVB=-0.0182697;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26877;STB=0.63982;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0364779;OID=.;OPOS=17204247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:18:25:6:12:11:13:0.52:7:4:0:6:9:4:1:11 chr10 17210822 . A C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00589101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.734;QD=19.3689;RBI=0.014472;REFB=-0.0192065;REVB=0.0132188;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299001;STB=0.669087;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0140165;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:4:11:6:10:4:11 chr10 17216556 . C T 314.8 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0346398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.753;QD=22.4858;RBI=0.100051;REFB=0.0407242;REVB=0.0938629;RO=23;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165498;STB=0.583284;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0310279;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:23:24:31:32:0.571429:13:18:18:5:14:18:18:6 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 599.27 PASS AF=0.193182,0.806818;AO=16,32;DP=90;FAO=17,71;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=17,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062471,0.924611;FXX=0.0222198;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=213,9.08258;QD=27.2395;RBI=0.0624725,0.929123;REFB=-0.0377707,-0.0752765;REVB=-0.000434891,0.0914501;RO=32;SAF=0,5;SAR=16,27;SRF=25;SRR=7;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.848624,-0.582696;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0472647,0.0305631;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.193182,0.806818:16,32:90:17,71:88:0:0,35:17,36:0:0:95:32:0,5:16,27:25:7 chr10 17636309 . G A 281.55 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0121552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0831;QD=17.0636;RBI=0.0284081;REFB=-0.00463646;REVB=0.0256763;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020818;STB=0.505007;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00494885;OID=.;OPOS=17636309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:18:13:15:19:18:13:15:20 chr10 17891705 . A G 1805.74 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.547;QD=61.2117;RBI=0.0526131;REFB=0;REVB=0.00547379;RO=0;SAF=47;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111728;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:115:118:1:68:47:0:0:68:50:0:0 chr10 17891731 . T C 57.37 PASS AF=0.112903;AO=14;DP=124;FAO=14;FDP=124;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=-0.0771532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.923;QD=1.8506;RBI=0.0775484;REFB=-0.00399635;REVB=0.00781819;RO=107;SAF=9;SAR=5;SRF=38;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340984;STB=0.746457;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0602598;OID=.;OPOS=17891731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:124:124:107:110:14:14:0.112903:5:9:38:69:5:9:38:72 chr10 18122716 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4062;QD=59.8378;RBI=0.0718444;REFB=0;REVB=0.0718082;RO=0;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012827;OID=.;OPOS=18122716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:6:30:0:0:6:30:0:0 chr10 18138639 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2106;QD=39.2068;RBI=0.110354;REFB=0;REVB=0.0449171;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00936695;OID=.;OPOS=18138639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr10 18242304 . T C 538.17 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.956;QD=59.7966;RBI=0.028269;REFB=0;REVB=0.0261161;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67517e-05;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr10 18242311 . A G 94.62 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0745237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5907;QD=10.8142;RBI=0.0745946;REFB=-0.00970642;REVB=0.0032507;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187185;STB=0.627234;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0181522;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:22:23:12:12:0.342857:4:8:11:11:4:8:11:12 chr10 18266989 . G A 373.84 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.738;QD=55.3835;RBI=0.0344512;REFB=0;REVB=-0.00509234;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434878;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:12:12:0:0:13:14:0:0 chr10 18829981 . A ATGTT 645.15 PASS AF=0.753425;AO=49;DP=75;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00562456;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=4;MLLD=182.297;QD=35.3509;RBI=0.012503;REFB=-0.0379205;REVB=-0.0111664;RO=19;SAF=24;SAR=25;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733333;STB=0.520774;STBP=0.544;TYPE=ins;VARB=0.0113985;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.753425:49:75:55:73:18:29:26:11:7:99:19:24:25:12:7 chr10 18965160 . G A 210.19 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00804197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.077;QD=12.5488;RBI=0.0313777;REFB=-0.0124506;REVB=-0.0303297;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591566;STB=0.552199;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00292302;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:41:25:26:0.38806:13:12:17:23:13:13:17:24 chr10 19492832 . A C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.481;QD=60.2307;RBI=0.0592216;REFB=0;REVB=0.0180683;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194826;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr10 19498278 . G A 1080.89 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.662;QD=58.4264;RBI=0.0235118;REFB=-0.0670931;REVB=0.0173974;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165901;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000127215;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:44:28:1:0:44:29:1:0 chr10 19640982 . C T 271.54 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0182345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9339;QD=14.6776;RBI=0.0220868;REFB=0.0170917;REVB=-0.0124631;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19939;STB=0.619939;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0291444;OID=.;OPOS=19640982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:11:20:19:23:11:20:19:24 chr10 19676553 . A G 578.1 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00273364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.604;QD=20.6463;RBI=0.0224185;REFB=-0.0148665;REVB=-0.0222512;RO=53;SAF=38;SAR=21;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239832;STB=0.501319;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.016266;OID=.;OPOS=19676553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:21:38:34:19:21:38:34:19 chr10 19676561 . G A 597.36 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.024251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.998;QD=19.5856;RBI=0.0242985;REFB=-0.030612;REVB=0.00151879;RO=61;SAF=38;SAR=23;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480925;STB=0.526506;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.022667;OID=.;OPOS=19676561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:23:38:41:20:23:38:41:20 chr10 19678286 . C T 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0164732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.19;QD=15.0109;RBI=0.0198655;REFB=-0.0293081;REVB=-0.0111028;RO=53;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271556;STB=0.652708;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.025808;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:16:21:16:37:16:21:16:37 chr10 19678497 . G A 252.5 PASS AF=0.375;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.018708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.09;QD=12.6247;RBI=0.0283423;REFB=-0.0237529;REVB=-0.0212909;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223938;STB=0.512492;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0256784;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:48:50:30:30:0.375:15:15:25:23:15:15:26:24 chr10 19778056 . G A 709.39 PASS AF=0.521739;AO=67;DP=131;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.0292392;FXX=0.00719373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0687;QD=20.5619;RBI=0.0434444;REFB=-0.0281506;REVB=0.0321324;RO=63;SAF=19;SAR=48;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686241;STB=0.532387;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0130992;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:138:63:66:67:72:0.521739:48:19:22:41:53:19:21:45 chr10 19778072 . A G 1403.44 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0124444;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.186;QD=55.0367;RBI=0.0128086;REFB=-0.0377418;REVB=-0.00303245;RO=2;SAF=29;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315849;STB=0.509526;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-2.28803e-05;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:102:2:4:98:98:0.960784:69:29:2:0:69:29:2:2 chr10 19780543 . C T 263.26 PASS AF=0.461538;AO=27;DP=62;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0485239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4375;QD=16.2008;RBI=0.0577663;REFB=-0.013614;REVB=0.031343;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217349;STB=0.599081;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0180076;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:34:35:27:30:0.461538:14:13:9:25:17:13:9:26 chr10 19896830 . C A 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00309569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.118;QD=56.013;RBI=0.00830377;REFB=-0.0592638;REVB=0.00770514;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000437337;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:0:1 chr10 20500592 . T C 424.35 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00502614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.334;QD=18.6529;RBI=0.0186616;REFB=-0.00845532;REVB=0.017972;RO=48;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105806;STB=0.558797;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00891526;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:19:24:32:16:19:24:32:16 chr10 20506418 . G A 482.2 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00668461;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.818;QD=20.3033;RBI=0.00755291;REFB=0.00382991;REVB=0.00351604;RO=43;SAF=22;SAR=25;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840115;STB=0.526162;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00400877;OID=.;OPOS=20506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:43:48:47:47:0.494737:25:22:16:27:25:22:20:28 chr10 20534333 . A G 787.38 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022301;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4178;QD=57.2641;RBI=0.0237766;REFB=0;REVB=0.00824574;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122216;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr10 21071191 . G C 106.57 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00507839;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.367;QD=11.2174;RBI=0.00583767;REFB=-0.00373565;REVB=0.00287894;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26085;STB=0.594902;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00777222;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:25:13:13:0.342105:6:7:17:5:6:7:17:8 chr10 21074344 . A G 310.43 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0171522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9089;QD=16.3382;RBI=0.0483213;REFB=-0.0066592;REVB=0.0451746;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205587;STB=0.616001;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00778164;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:11:23:20:22:11:23:20:22 chr10 21074455 . T C 538.41 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0164375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.399;QD=17.7985;RBI=0.0228179;REFB=-0.0109214;REVB=0.0158261;RO=64;SAF=16;SAR=41;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168752;STB=0.594168;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0198901;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:41:16:28:36:41:16:28:36 chr10 21108377 . C T 441.67 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000272601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.012;QD=18.2132;RBI=0.0642965;REFB=-0.0131774;REVB=-0.0642959;RO=52;SAF=27;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149394;STB=0.587647;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0109757;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:52:52:44:45:0.463918:17:27:24:28:17:28:24:28 chr10 21157621 . G T 665.62 PASS AF=0.467105;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0352447;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7334;QD=17.5162;RBI=0.0542356;REFB=-0.00141028;REVB=-0.0412226;RO=79;SAF=39;SAR=32;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169175;STB=0.503272;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00218458;OID=.;OPOS=21157621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:79:81:71:71:0.467105:32:39:42:37:32:39:44:37 chr10 21414892 . C G 199.71 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00317305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.642;QD=13.5398;RBI=0.00452122;REFB=-0.0133391;REVB=0.00322074;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529259;STB=0.517817;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0167063;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:35:24:24:0.40678:13:11:13:19:13:11:15:20 chr10 21415006 . T C 515.26 PASS AF=0.44;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00891775;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.866;QD=16.4884;RBI=0.00895325;REFB=-0.0101558;REVB=-0.000796517;RO=69;SAF=18;SAR=37;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145221;STB=0.586175;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0130093;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:69:70:55:55:0.44:37:18:32:37:37:18:33:37 chr10 21435340 . ACACT A 169.41 PASS AF=0.5;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00154939;FXX=0.105235;HRUN=1;LEN=4;MLLD=221.92;QD=19.9312;RBI=0.0217901;REFB=-0.0126081;REVB=-0.0217349;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519842;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=del;VARB=0.0150325;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:17:38:17:34:17:9:8:8:9:99:15:9:8:7:8 chr10 21845795 . A T 334.35 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0337061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7689;QD=19.3823;RBI=0.0337173;REFB=-0.00581217;REVB=-0.000867392;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727594;STB=0.520946;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00401978;OID=.;OPOS=21845795;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:34:35:35:0.507246:21:14:15:16:21:14:15:19 chr10 22498749 . A T 1808.68 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226247;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6434;QD=61.3113;RBI=0.0226409;REFB=0;REVB=0.000856742;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514547;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:58:60:0:0:58:60:0:0 chr10 22825596 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.829;QD=47.8223;RBI=0.0155967;REFB=0;REVB=-0.00195147;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387085;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr10 23003226 . A G 469.06 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0114053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.768;QD=20.3937;RBI=0.0471431;REFB=-0.0183595;REVB=-0.0457426;RO=46;SAF=27;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156887;STB=0.586919;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0065252;OID=.;OPOS=23003226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:19:27:19:27:19:27:19:27 chr10 23297301 . C T 974.61 PASS AF=0.492823;AO=99;DP=210;FAO=103;FDP=209;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=71;FSRF=24;FSRR=82;FWDB=-0.00231364;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.857;QD=18.6529;RBI=0.0509646;REFB=-0.014356;REVB=-0.0509121;RO=104;SAF=30;SAR=69;SRF=23;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942543;STB=0.551839;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0114407;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:104:106:99:103:0.492823:69:30:23:81:71:32:24:82 chr10 23393091 . A G 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.00670044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.64;QD=12.8072;RBI=0.00944655;REFB=-0.00471748;REVB=0.00665894;RO=47;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573495;STB=0.532765;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00815811;OID=.;OPOS=23393091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:19:10:14:33:19:10:14:33 chr10 23556109 . AAC AAGC,AGC,GCT 680.66 PASS AF=0.0217391,0.934783,0.0434783;AO=7,36,2;DP=46;FAO=1,43,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15,2;FSAR=0,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349131,0.0337635,0.0273121;FXX=0;HRUN=0,6,6;LEN=1,1,3;MLLD=89.0267,100.867,70.82;QD=59.1875;RBI=0.0713903,0.112309,0.0696489;REFB=-0.0799136,-0.0439373,0.00319762;REVB=0.0622707,0.107114,0.0640704;RO=1;SAF=0,15,2;SAR=7,21,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.794046,-0.0301788,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,snp,mnp;VARB=0.147396,-0.00204515,0.0641334;OID=.,.,.;OPOS=23556111,23556110,23556109;OREF=-,A,AAC;OALT=G,G,GCT;OMAPALT=AAGC,AGC,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:46:46:1:0:7,36,2:1,43,2:0.0217391,0.934783,0.0434783:7,21,0:0,15,2:1:0:0,28,0:1,15,2:0:0 chr10 23633566 . C A 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0054741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.28;QD=60.2416;RBI=0.0538896;REFB=-0.0228992;REVB=0.0536108;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101845;STB=0.505375;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000269817;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:46:36:0:1:46:36:0:1 chr10 24813282 . G C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0433024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3652;QD=15.2934;RBI=0.0433844;REFB=0.00926763;REVB=0.00266622;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00692746;OID=.;OPOS=24813282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:6:3:4:5:6:3 chr10 24813327 . A G 172.91 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0189504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0571;QD=20.9581;RBI=0.0772644;REFB=-0.0507114;REVB=0.0749044;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036754;STB=0.533296;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.015701;OID=.;OPOS=24813327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:17:18:0.545455:6:11:9:5:6:12:9:6 chr10 24833137 . C T 154.29 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0319928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.974;QD=14.3523;RBI=0.035643;REFB=0.00377211;REVB=-0.0157127;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160688;STB=0.6133;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00594747;OID=.;OPOS=24833137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:26:16:17:0.395349:11:5:5:21:11:6:5:21 chr10 24879281 . A G 1509.0 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944078;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.855;QD=62.8751;RBI=0.0118778;REFB=0;REVB=0.00720797;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39078e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:91:96:1:50:41:0:0:53:43:0:0 chr10 24929141 . G A 618.24 PASS AF=0.38172;AO=71;DP=187;FAO=71;FDP=186;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.00430708;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.029;QD=13.2954;RBI=0.0282107;REFB=-0.00878602;REVB=0.02788;RO=113;SAF=32;SAR=39;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904511;STB=0.504514;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.014317;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:113:115:71:71:0.38172:39:32:50:63:39:32:51:64 chr10 25312689 . A G 631.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5496;QD=61.6455;RBI=0.0457916;REFB=0;REVB=-0.042556;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040158;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr10 25313818 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2779;QD=51.9156;RBI=0.0207789;REFB=0;REVB=-0.0106959;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429337;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr10 25314538 . A C 506.45 PASS AF=1;AO=23;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.226035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6778;QD=59.5819;RBI=0.25713;REFB=0;REVB=0.122572;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00647571;OID=.;OPOS=25314538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:23:34:1:18:5:0:0:20:14:0:0 chr10 25314637 . G C 1418.78 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881531;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.479;QD=63.0567;RBI=0.0219122;REFB=0;REVB=0.0200608;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99564e-05;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr10 25888180 . A G 96.71 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00885674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.564;QD=12.4793;RBI=0.0095071;REFB=-0.0192053;REVB=0.00345587;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227615;STB=0.631391;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0182759;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:3:16:8:4:3:16 chr10 26355906 . G A 187.38 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.021464;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1323;QD=19.2183;RBI=0.0362417;REFB=-0.03598;REVB=-0.0292019;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291133;STB=0.663879;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0280993;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:15:5:11:8:15:5 chr10 26355992 . A G 250.81 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0433366;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6317;QD=47.7735;RBI=0.0442468;REFB=0.0535487;REVB=-0.0089287;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.000396003;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:19:20:0.952381:13:6:0:1:13:7:0:1 chr10 26357747 . CG CA,TA 878.72 PASS AF=0.548387,0.451613;AO=33,30;DP=65;FAO=34,28;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17,11;FSAR=17,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134985,-0.0103772;FXX=0.0461467;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=108.639,113.757;QD=56.6914;RBI=0.00161472,0.0441116;REFB=0,0;REVB=-0.000886116,-0.0428737;RO=0;SAF=17,11;SAR=16,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00261394,-0.00101368;OID=.,.;OPOS=26357748,26357747;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:62:0:0:33,30:34,28:0.548387,0.451613:16,19:17,11:0:0:17,17:17,11:0:0 chr10 26446312 . G A 410.32 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00410283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.96;QD=18.2366;RBI=0.0184417;REFB=-0.00557588;REVB=-0.0179795;RO=48;SAF=18;SAR=24;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166815;STB=0.593016;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00470797;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:24:18:29:19:24:18:29:19 chr10 26463043 . A T 72.81 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.013052;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=251.508;QD=17.1316;RBI=0.0317611;REFB=-0.0106241;REVB=0.0289553;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.526257;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00467708;OID=.;OPOS=26463043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:17:6:8:7:9:0.529412:2:5:3:3:4:5:4:4 chr10 26463130 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.016;QD=50.4132;RBI=0.022171;REFB=0;REVB=-0.0154801;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44719e-06;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr10 26505822 . G A 291.13 PASS AF=0.4125;AO=30;DP=77;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0281513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5783;QD=14.5565;RBI=0.0806301;REFB=-0.0217606;REVB=0.075556;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789833;STB=0.519988;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0414007;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:47:47:30:33:0.4125:17:13:17:30:20:13:17:30 chr10 26991067 . CG C 160.01 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.8258;QD=45.7156;RBI=0.0294453;REFB=0;REVB=0.0267273;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00113941;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:9:5:0:0:4:0:9:5:0:0 chr10 26993597 . AT A 81.75 PASS AF=0.485714;AO=12;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0470847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8662;QD=9.34319;RBI=0.0495927;REFB=0.0359764;REVB=-0.0155713;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424901;STB=0.651962;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=-0.0219154;OID=.;OPOS=26993598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:12:34:17:35:18:15:2:13:5:81:19:11:1:13:6 chr10 27060030 . CAAAAAAAG CAAAAAA,CAAAAAAG 70.27 PASS AF=0.428571,0.0952381;AO=7,3;DP=24;FAO=9,2;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2,1;FSAR=7,1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00887686,-0.0362472;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=23.1707,12.9772;QD=13.384;RBI=0.0235327,0.044929;REFB=-0.0554593,-0.0831367;REVB=0.0217943,-0.0265472;RO=11;SAF=2,1;SAR=5,2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.270468,-0.228941;STB=0.617362,0.582527;STBP=0.447,0.877;TYPE=del,del;VARB=0.103673,-0.0379843;OID=.,.;OPOS=27060037,27060031;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAAAA,CAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.0952381:7,3:24:9,2:21:10:2,1:7,1:4:6:52:11:2,1:5,2:6:5 chr10 27377283 . A T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.486;QD=61.684;RBI=0.00696418;REFB=0;REVB=0.00686458;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56856e-05;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr10 27389197 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.12;QD=49.599;RBI=0.0327905;REFB=0;REVB=-0.00198295;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255712;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 27400861 . G A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.369;QD=57.1973;RBI=0.0478528;REFB=0;REVB=-0.00536749;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00071045;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr10 27459670 . C T 255.26 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.376;QD=51.0523;RBI=0.00683721;REFB=0;REVB=0.00576399;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92486e-05;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 27475444 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.449;QD=64.1539;RBI=0.0397599;REFB=0;REVB=0.00523315;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117229;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr10 27475693 . T C 435.46 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0217559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.071;QD=48.3843;RBI=0.0276698;REFB=-0.136513;REVB=0.0170968;RO=3;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316373;STB=0.517756;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000952753;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:36:36:3:3:32:33:0.916667:17:15:2:1:18:15:2:1 chr10 27508758 . T C 670.93 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0210124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4501;QD=54.7695;RBI=0.0382829;REFB=-0.176534;REVB=0.0320009;RO=2;SAF=12;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235387;STB=0.548151;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0173162;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:49:2:4:45:45:0.918367:33:12:1:1:33:12:3:1 chr10 27687225 . A G 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0115514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.968;QD=20.9588;RBI=0.0125133;REFB=-0.00374549;REVB=-0.00481118;RO=40;SAF=27;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485811;STB=0.526895;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00295921;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:16:27:23:17:16:27:23:17 chr10 27687775 . T C 784.6 PASS AF=0.95;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0102266;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.11;QD=52.3064;RBI=0.0213602;REFB=0.00966308;REVB=-0.018753;RO=3;SAF=22;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276872;STB=0.514701;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000993288;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:60:3:3:57:57:0.95:35:22:2:1:35:22:2:1 chr10 27687965 . A G 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.158199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.669;QD=7.7161;RBI=0.158547;REFB=-0.00275769;REVB=-0.0104915;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346014;STB=0.710961;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00772413;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:8:19:4:6:8:19 chr10 27692205 . G A 478.8 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0115652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.431;QD=25.2;RBI=0.0355515;REFB=-0.015296;REVB=-0.0336178;RO=31;SAF=16;SAR=29;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125146;STB=0.568596;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0136134;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:29:16:16:15:29:16:16:15 chr10 27692279 . A C,G 1037.6 PASS AF=0.527778,0.472222;AO=38,34;DP=72;FAO=38,34;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23,13;FSAR=15,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204769,0.0143613;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.898,165.528;QD=57.6443;RBI=0.0309559,0.0293037;REFB=0,0;REVB=0.0232156,0.0255433;RO=0;SAF=23,13;SAR=15,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0018547,4.59733e-05;OID=.,.;OPOS=27692279,27692279;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:72:72:0:0:38,34:38,34:0.527778,0.472222:15,21:23,13:0:0:15,21:23,13:0:0 chr10 28228865 . A G 303.41 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0144626;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.942;QD=19.5748;RBI=0.0201304;REFB=-0.0106593;REVB=-0.0140023;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774607;STB=0.504308;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0124349;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:12:20:19:11:12:20:19:11 chr10 28260151 . A G 1449.36 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135635;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.267;QD=57.4006;RBI=0.0135723;REFB=-0.045507;REVB=-0.000486748;RO=1;SAF=50;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939286;STB=0.50495;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-5.20164e-05;OID=.;OPOS=28260151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:101:1:1:99:100:0.990099:49:50:1:0:50:50:1:0 chr10 28345418 . T C 396.23 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.015015;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.495;QD=22.6418;RBI=0.0165784;REFB=-0.00990659;REVB=0.00702809;RO=31;SAF=13;SAR=26;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23079;STB=0.627384;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00723099;OID=.;OPOS=28345418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:31:31:39:39:0.557143:26:13:19:12:26:13:19:12 chr10 28378613 . G A 241.72 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0213282;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.101;QD=12.0861;RBI=0.0387362;REFB=-0.00229741;REVB=-0.0323358;RO=53;SAF=17;SAR=12;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872506;STB=0.567228;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00345128;OID=.;OPOS=28378613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:53:51:29:29:0.3625:12:17:35:18:12:17:35:16 chr10 28378758 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789664;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.442;QD=57.3856;RBI=0.00790437;REFB=0;REVB=-0.000349467;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51068e-06;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr10 28697166 . T C 624.32 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.049;QD=60.9089;RBI=0.0123492;REFB=0;REVB=-0.00666504;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031036;OID=.;OPOS=28697166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:14:27:0:0 chr10 28909299 . GT G 545.09 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.0445;QD=44.497;RBI=0.0312986;REFB=-0.0174153;REVB=-0.020121;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000663041;OID=.;OPOS=28909300;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:49:49:49:0:18:31:0:0:9:1:17:29:0:1 chr10 28971525 . CTTTT CTTT,CTTTA 57.22 PASS AF=0.421053,0.105263;AO=8,2;DP=19;FAO=8,2;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2,0;FSAR=6,2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0867016,-0.150294;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.3304,16.4413;QD=12.0453;RBI=0.161883,0.179373;REFB=0.127973,0.0440639;REVB=0.136708,0.0979096;RO=7;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.379034,-0.67228;STB=0.676948,0.994575;STBP=0.219,0.187;TYPE=del,snp;VARB=-0.0926609,0.000229585;OID=.,.;OPOS=28971526,28971529;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0.105263:8,2:19:8,2:19:9:2,0:6,2:5:4:45:7:2,0:6,2:5:2 chr10 29162241 . A G 509.06 PASS AF=0.374233;AO=62;DP=163;FAO=61;FDP=163;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=69;FWDB=0.0108894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.72;QD=12.4923;RBI=0.0132976;REFB=-0.0158603;REVB=-0.00763196;RO=101;SAF=23;SAR=39;SRF=33;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527638;STB=0.536271;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0264486;OID=.;OPOS=29162241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:101:102:62:61:0.374233:39:23:33:68:38:23:33:69 chr10 29163413 . G A 251.65 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00801466;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.532;QD=47.9338;RBI=0.0210813;REFB=-0.0941475;REVB=0.0194984;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00111159;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr10 29578084 . A G 650.84 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1695;QD=61.9845;RBI=0.050128;REFB=0;REVB=-0.0453417;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249616;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr10 29746346 . C CTGTT 128.27 PASS AF=0.375;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00374694;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.174;QD=12.8272;RBI=0.004051;REFB=-0.00979963;REVB=-0.00153981;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121095;STB=0.533289;STBP=0.786;TYPE=ins;VARB=0.0166372;OID=.;OPOS=29746347;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:14:40:15:40:25:8:7:12:13:99:24:8:6:11:13 chr10 29747417 . C T 219.57 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0143843;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.707;QD=15.4083;RBI=0.0169668;REFB=-0.0109736;REVB=0.00899792;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202393;STB=0.585706;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0103813;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:32:25:25:0.438596:14:11:19:10:14:11:19:13 chr10 29754609 . T C 365.22 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00971085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.862;QD=26.5615;RBI=0.0115273;REFB=-0.0006355;REVB=-0.00621116;RO=20;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704225;STB=0.53844;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000313252;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:14:21:14:6:14:21:14:6 chr10 29759225 . A G 841.52 PASS AF=0.646552;AO=74;DP=116;FAO=75;FDP=116;FR=.;FRO=41;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0180661;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8273;QD=29.0179;RBI=0.0519437;REFB=-0.0166403;REVB=-0.0487008;RO=42;SAF=40;SAR=34;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027237;STB=0.51226;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00812506;OID=.;OPOS=29759225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:42:41:74:75:0.646552:34:40:21:21:34:41:21:20 chr10 29784072 . G C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00190612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.781;QD=39.3182;RBI=0.0319089;REFB=0.0654573;REVB=0.0318519;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00106922;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:0:1:10:3:0:1 chr10 29784114 . T C 167.46 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.983;QD=41.8646;RBI=0.0420224;REFB=0.02457;REVB=-0.00823243;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000275716;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:11:4:0:1:11:4:0:1 chr10 29822032 . C A,T 400.94 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143552,0.04207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.311,71.3142;QD=55.3016;RBI=0.0144237,0.042626;REFB=0,0;REVB=0.00140359,-0.00686243;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.231376,-0.00419172;OID=.,.;OPOS=29822032,29822032;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:0,4:2,23:0:0:0,4:2,23:0:0 chr10 29839864 . A C 1737.56 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.016377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0273;QD=58.9002;RBI=0.0467081;REFB=-0.122191;REVB=-0.0437429;RO=1;SAF=72;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655085;STB=0.506848;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00123937;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:1:2:116:116:0.983051:44:72:1:0:44:72:2:0 chr10 30000844 . T G 393.44 PASS AF=0.441176;AO=43;DP=98;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0242064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.791;QD=15.4288;RBI=0.0483578;REFB=0.00150288;REVB=0.0418633;RO=55;SAF=19;SAR=24;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174967;STB=0.596752;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00127251;OID=.;OPOS=30000844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:55:57:43:45:0.441176:24:19:34:21:26:19:34:23 chr10 30629226 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.926;QD=63.5827;RBI=0.0295792;REFB=0;REVB=0.0227577;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024908;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr10 30728101 . T C 380.05 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00587469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.453;QD=17.0807;RBI=0.0356318;REFB=-0.00542081;REVB=0.0351442;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317523;STB=0.510753;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00765749;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:49:39:40:0.449438:22:17:22:25:22:18:23:26 chr10 30728250 . A G 382.54 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0440605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.209;QD=13.5413;RBI=0.0444617;REFB=-0.017788;REVB=-0.00595923;RO=66;SAF=20;SAR=25;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746026;STB=0.542387;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0244169;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:68:45:45:0.39823:25:20:34:32:25:20:35:33 chr10 30918549 . G C 396.63 PASS AF=0.352941;AO=44;DP=135;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=0.0109282;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.731;QD=11.6655;RBI=0.0245219;REFB=-0.00823281;REVB=-0.0219522;RO=90;SAF=33;SAR=11;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215868;STB=0.612993;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0182445;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:90:88:44:48:0.352941:11:33:53:37:12:36:53:35 chr10 30918597 . T C 158.29 PASS AF=0.214876;AO=26;DP=121;FAO=26;FDP=121;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0291469;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6511;QD=5.23283;RBI=0.0302511;REFB=0.00808162;REVB=-0.00809869;RO=95;SAF=18;SAR=8;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218767;STB=0.63674;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0346605;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:95:95:26:26:0.214876:8:18:50:45:8:18:50:45 chr10 30989188 . G C 863.6 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.731;QD=57.5731;RBI=0.0775615;REFB=0;REVB=0.00248057;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111171;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:28:29:0:0:28:32:0:0 chr10 30993448 . G A 283.57 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00422017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.13;QD=19.8998;RBI=0.046762;REFB=-0.0158809;REVB=0.0465711;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655688;STB=0.503647;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0282728;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:12:18:16:11:12:18:16:11 chr10 31138817 . G A 182.8 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.283;QD=43.0124;RBI=0.0303559;REFB=-0.0400224;REVB=0.000290977;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036598;STB=0.519975;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000546036;OID=.;OPOS=31138817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:4:12:1:0:4:12:1:0 chr10 31146643 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.223;QD=56.1914;RBI=0.0280279;REFB=0;REVB=0.021794;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192433;OID=.;OPOS=31146643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr10 31651824 . T C 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0063888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.076;QD=9.89862;RBI=0.00639043;REFB=-0.00857308;REVB=-0.000144388;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168476;STB=0.601763;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0174535;OID=.;OPOS=31651824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:16:16:5:9:16:16 chr10 31816596 . C T 503.73 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0244672;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.346;QD=22.1422;RBI=0.0250828;REFB=-0.000187765;REVB=0.0055228;RO=44;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251012;STB=0.520328;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.000177497;OID=.;OPOS=31816596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:43:48:48:0.527473:21:27:26:18:21:27:26:17 chr10 32045045 . A C 323.73 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.636;QD=53.955;RBI=0.0516434;REFB=0;REVB=0.0114493;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316347;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:14:8:0:0:14:10:0:0 chr10 32095666 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00537315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.903;QD=20.3167;RBI=0.0063355;REFB=-0.00305693;REVB=0.00335677;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226898;STB=0.512807;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00263031;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:9:9:9:10:9:9 chr10 32120678 . C T 39.95 PASS AF=0.28;AO=5;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0265049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.8589;QD=6.39227;RBI=0.0710773;REFB=-0.0157856;REVB=0.0659505;RO=19;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292006;STB=0.529329;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0533733;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:24:25:19:18:5:7:0.28:1:4:11:8:3:4:11:7 chr10 32128611 . A G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00523238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.604;QD=7.9547;RBI=0.0295902;REFB=-0.00849225;REVB=-0.0291239;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187422;STB=0.592369;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0161971;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:4:4:12:6:4:4:12:7 chr10 32141460 . T C 131.36 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0173537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.862;QD=14.2012;RBI=0.0194687;REFB=-0.0125541;REVB=0.00882478;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102929;STB=0.576817;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0227355;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:5:10:12:9:5:10:12:10 chr10 32345710 . G A 1471.74 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9234;QD=63.3006;RBI=0.0277646;REFB=0;REVB=-0.027323;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21868e-05;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr10 32974969 . A G 177.25 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0289011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5782;QD=39.3895;RBI=0.0475074;REFB=-0.0618964;REVB=0.0377051;RO=2;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0481802;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:8:8:1:1:8:8:1:1 chr10 33018351 . G C 1456.24 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809702;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.182;QD=63.3148;RBI=0.0099207;REFB=0;REVB=-0.00573224;RO=0;SAF=30;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572249;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:92:0:0:92:92:1:62:30:0:0:61:31:0:0 chr10 33123774 . T C 239.55 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0145726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.227;QD=18.079;RBI=0.0186469;REFB=-0.00932894;REVB=-0.0116339;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646802;STB=0.536395;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00977771;OID=.;OPOS=33123774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:18:8:10:17:18:8:10:17 chr10 33123824 . G C 677.43 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0594777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.975;QD=60.2158;RBI=0.0606042;REFB=-0.180156;REVB=0.0116305;RO=1;SAF=9;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132374;STB=0.507039;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0016313;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:35:9:0:1:35:9:0:1 chr10 33137551 . T C 204.17 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00721975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.902;QD=12.5644;RBI=0.00802219;REFB=-0.00727668;REVB=-0.00349724;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591566;STB=0.533966;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00817104;OID=.;OPOS=33137551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:13:12:17:23:13:12:17:23 chr10 33143396 . G A,T 577.75 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=36,2;DP=38;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182513,-0.0235602;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.0271,31.4515;QD=59.2564;RBI=0.0193427,0.0293686;REFB=0,0;REVB=-0.00640529,-0.0175338;RO=0;SAF=12,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000434762,0.15139;OID=.,.;OPOS=33143396,33143396;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:39:0:0:36,2:37,2:0.948718,0.0512821:24,1:12,1:0:0:25,1:12,1:0:0 chr10 33190285 . G A 82.68 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0397188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.685;QD=9.18643;RBI=0.0573419;REFB=-0.000500732;REVB=-0.0413583;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744983;STB=0.545372;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00013522;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:13:12:6:5:13:12 chr10 33190567 . C A 86.71 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00387603;FXX=0.117612;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.492;QD=11.5614;RBI=0.00939517;REFB=0.000103102;REVB=-0.00855836;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178993;STB=0.538391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.000212922;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:30:23:19:11:11:0.366667:7:4:12:11:7:4:8:11 chr10 33209266 . G T 294.15 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00267122;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.33;QD=14.7074;RBI=0.0102836;REFB=-0.00910791;REVB=-0.00993059;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434464;STB=0.519264;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0146463;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:46:47:33:33:0.4125:13:20:26:20:13:20:27:20 chr10 33211227 . T G 496.56 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0191275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4875;QD=23.6458;RBI=0.0471527;REFB=-0.00878347;REVB=0.0430989;RO=37;SAF=25;SAR=22;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186952;STB=0.602367;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00792956;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:22:25:11:26:22:25:11:26 chr10 33217110 . G A 296.16 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0118713;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.85;QD=17.6814;RBI=0.0133186;REFB=-0.0158681;REVB=0.006038;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405169;STB=0.503386;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0193221;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:35:32:32:0.477612:19:13:12:21:19:13:14:21 chr10 33466566 . C T 155.98 PASS AF=0.375;AO=16;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0293073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.671;QD=12.9984;RBI=0.0299529;REFB=-0.0157678;REVB=-0.00618523;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232782;STB=0.591019;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.024767;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:30:16:18:0.375:11:5:15:14:11:7:16:14 chr10 33466843 . T C 126.48 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.070738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.468;QD=29.759;RBI=0.0778715;REFB=-0.0117089;REVB=0.0325594;RO=4;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580232;STB=0.832678;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00989906;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:1:12:0:4:1:12:0:4 chr10 33466845 . AT A 82.44 PASS AF=0.8;AO=9;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0819647;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.1126;QD=21.9845;RBI=0.0828683;REFB=0.00582446;REVB=0.0122044;RO=3;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.810396;STB=0.732833;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=-0.000960745;OID=.;OPOS=33466846;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:9:15:12:15:3:11:1:1:2:15:3:9:0:1:2 chr10 33468014 . T C 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0382721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.537;QD=7.32689;RBI=0.0410753;REFB=-0.00425098;REVB=-0.0149138;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473626;STB=0.758146;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0181653;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:19:21:8:8:0.275862:4:4:2:17:4:4:3:18 chr10 33468896 . G T 105.29 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.113215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9271;QD=11.0826;RBI=0.118189;REFB=-0.0289656;REVB=0.0339243;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420088;STB=0.512176;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0504524;OID=.;OPOS=33468896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:25:13:13:0.342105:6:7:12:12:6:7:13:12 chr10 33469181 . A G 158.67 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.000891212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.673;QD=17.1534;RBI=0.0105791;REFB=-0.0339172;REVB=0.0105415;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369472;STB=0.521148;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0387902;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:11:9:7:10:11:9 chr10 33495267 . C T 363.25 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0208505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.689;QD=18.1623;RBI=0.0209184;REFB=-0.0208693;REVB=0.00168459;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03003;STB=0.51677;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0224636;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:22:16:19:23:22:16:19:23 chr10 33502240 . C T 406.54 PASS AF=0.435185;AO=45;DP=107;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0447434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.082;QD=15.057;RBI=0.0496198;REFB=-0.0157016;REVB=0.0214512;RO=59;SAF=26;SAR=19;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155221;STB=0.595704;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0213691;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:59:61:45:47:0.435185:19:26:25:34:19:28:26:35 chr10 33510663 . G A 303.06 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0469225;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.488;QD=19.5525;RBI=0.0470156;REFB=-0.00559244;REVB=0.00295615;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272198;STB=0.515142;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00560827;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:15:15:15:17:15:15 chr10 33510768 . G A 181.78 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=50;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0200035;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.511;QD=13.9834;RBI=0.0243082;REFB=-0.00937947;REVB=0.0138112;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.506573;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0230168;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:24:28:18:24:0.461538:8:10:11:13:14:10:12:16 chr10 33552695 . CA CG,TG 797.69 PASS AF=0.684211,0.315789;AO=39,20;DP=60;FAO=39,18;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19,10;FSAR=20,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156989,-0.00481503;FXX=0.0499917;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.2885,229.221;QD=55.978;RBI=0.0284035,0.0050357;REFB=0,0;REVB=0.0236707,-0.00147437;RO=0;SAF=19,11;SAR=20,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.3303e-08,-3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00388442,0.0138291;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:60:57:0:0:39,20:39,18:0.684211,0.315789:20,9:19,11:0:0:20,8:19,10:0:0 chr10 33577361 . G A 389.88 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0772723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4802;QD=21.6601;RBI=0.078039;REFB=0.00662389;REVB=-0.0109122;RO=32;SAF=16;SAR=23;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111678;STB=0.566659;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00445158;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:33:39:39:0.541667:23:16:9:23:23:16:9:24 chr10 34591402 . C T 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0390474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1925;QD=15.6992;RBI=0.0715651;REFB=0.000194786;REVB=-0.0599738;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221869;STB=0.627739;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00123274;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:7:12:6:9:7:12 chr10 34688287 . G A 801.0 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2563;QD=57.2142;RBI=0.0413294;REFB=0;REVB=-0.0375202;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174459;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:29:27:0:0 chr10 36723415 . C A 349.96 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00355416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.301;QD=17.7195;RBI=0.00565996;REFB=-0.00998694;REVB=-0.00440489;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976586;STB=0.556289;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00642777;OID=.;OPOS=36723415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:42:37:37:0.468354:18:19:23:14:18:19:26:16 chr10 36812362 . C T 402.39 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0271391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0223;QD=15.6266;RBI=0.0276775;REFB=-0.0128282;REVB=-0.00543278;RO=58;SAF=23;SAR=22;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408378;STB=0.522894;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0226893;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:45:45:0.436893:22:23:32:26:22:23:32:26 chr10 36812855 . C T 402.85 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0171837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.029;QD=13.6558;RBI=0.0177908;REFB=-0.00625717;REVB=-0.00460803;RO=70;SAF=29;SAR=18;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185348;STB=0.608932;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0101939;OID=.;OPOS=36812855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:70:71:47:47:0.398305:18:29:31:39:18:29:31:40 chr10 36812879 . A G 672.23 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0237783;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.452;QD=21.1725;RBI=0.0257543;REFB=-0.000728603;REVB=-0.00989315;RO=60;SAF=32;SAR=34;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708164;STB=0.542627;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-3.70288e-05;OID=.;OPOS=36812879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:60:61:66:66:0.519685:34:32:34:26:34:32:35:26 chr10 37508450 . A C 400.13 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0491334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.101;QD=53.3511;RBI=0.0499483;REFB=-0.180597;REVB=0.00898538;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.529391;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00372252;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:21:8:0:0:21:8:1:0 chr10 37890955 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.206;QD=55.6536;RBI=0.016415;REFB=0;REVB=0.0112879;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7172e-05;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr10 37891465 . G T 396.97 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0191106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9168;QD=46.7021;RBI=0.0641007;REFB=-0.0196097;REVB=0.0611857;RO=2;SAF=21;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273502;STB=0.527379;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00232247;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:34:2:4:30:30:0.882353:9:21:1:1:9:21:2:2 chr10 37891576 . G A 837.02 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7464;QD=55.8014;RBI=0.0589192;REFB=-0.0134604;REVB=-0.0509495;RO=1;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209618;STB=0.511107;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000440805;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:22:37:0:1:22:37:0:1 chr10 38239494 . ATTTTT ATTTTC,ATTTT 164.77 PASS AF=0.533333,0.466667;AO=2,4;DP=33;FAO=16,14;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012357,-0.0553862;FXX=0.0908816;HRUN=14,14;LEN=1,1;MLLD=98.7273,2.62302;QD=21.97;RBI=0.0664778,1.06147;REFB=-0.00768425,-0.0276875;REVB=-0.0653192,-1.06002;RO=3;SAF=0,4;SAR=2,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74993,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.079876,-0.116249;OID=.,.;OPOS=38239499,38239495;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=ATTTTC,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.533333,0.466667:2,4:33:16,14:30:0:0,13:16,1:0:0:63:3:0,4:2,0:3:0 chr10 38358872 . TTG T 30.65 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=41;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0601312;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=2;MLLD=29.1396;QD=3.14317;RBI=0.199046;REFB=-0.0253296;REVB=-0.189746;RO=28;SAF=0;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.777567;STB=0.882852;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.0793709;OID=.;OPOS=38358873;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:8:41:9:39:30:1:8:18:12:30:28:0:8:19:9 chr10 42907201 . G A 987.91 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00752868;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.784;QD=57.2704;RBI=0.0124608;REFB=-0.0140163;REVB=0.00992926;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145365;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000312282;OID=.;OPOS=42907201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:66:68:0.985507:34:32:1:0:34:34:1:0 chr10 42907260 . T C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.901;QD=59.43;RBI=0.0174128;REFB=0;REVB=0.00958066;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104333;OID=.;OPOS=42907260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr10 42920832 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.073;QD=60.6103;RBI=0.0376928;REFB=0;REVB=0.00995588;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26469e-05;OID=.;OPOS=42920832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr10 42920884 . C T 413.06 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.895;QD=55.0742;RBI=0.0303616;REFB=0;REVB=0.0206242;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442954;OID=.;OPOS=42920884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:25:30:1:12:13:0:1:16:14:0:0 chr10 42949664 . A T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.289;QD=56.7019;RBI=0.0824237;REFB=0;REVB=0.0659315;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190302;OID=.;OPOS=42949664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr10 43078525 . A G 138.8 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0260261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1856;QD=11.567;RBI=0.0509033;REFB=0.00947089;REVB=0.0437468;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900649;STB=0.541615;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0180422;OID=.;OPOS=43078525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:8:8:13:18:8:8:14:18 chr10 43089156 . C T 296.32 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00469994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.647;QD=17.9586;RBI=0.0315828;REFB=-0.00488813;REVB=-0.0312312;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854272;STB=0.549102;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00301109;OID=.;OPOS=43089156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:34:32:32:0.484848:13:19:16:16:13:19:17:17 chr10 43089965 . G A 727.98 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.241;QD=63.3029;RBI=0.0128969;REFB=0;REVB=0.00995258;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27819e-05;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:17:28:0:0:17:29:0:0 chr10 43281089 . T C 302.93 PASS AF=0.404762;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0323817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1043;QD=14.4253;RBI=0.0397889;REFB=-0.029678;REVB=0.0231209;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671354;STB=0.517521;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0396052;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:50:50:32:34:0.404762:14:18:25:25:16:18:25:25 chr10 43287148 . G A 358.39 PASS AF=0.625;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0153809;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.221;QD=29.8658;RBI=0.0156002;REFB=-0.0330871;REVB=-0.00260681;RO=15;SAF=21;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23729;STB=0.624913;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00859942;OID=.;OPOS=43287148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:15:18:30:30:0.625:9:21:5:10:9:21:7:11 chr10 43289407 . G A 185.0 PASS AF=0.387097;AO=21;DP=60;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0138165;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.702;QD=11.9352;RBI=0.0140698;REFB=-0.0106421;REVB=-0.00265747;RO=39;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259343;STB=0.609664;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0124329;OID=.;OPOS=43289407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:39:38:21:24:0.387097:14:7:22:17:15:9:21:17 chr10 43595968 . A G 1301.72 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.324;QD=61.9865;RBI=0.0708754;REFB=0;REVB=0.0365085;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395902;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:50:33:0:0:50:34:0:0 chr10 43606687 . A G 769.67 PASS AF=0.413146;AO=86;DP=210;FAO=88;FDP=213;FR=.;FRO=125;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=62;FSRR=63;FWDB=-0.0102179;FXX=0.0229347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.513;QD=14.4539;RBI=0.0119853;REFB=-0.00965652;REVB=-0.00626441;RO=117;SAF=29;SAR=57;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144879;STB=0.587609;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0140846;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:213:117:125:86:88:0.413146:57:29:55:62:57:31:62:63 chr10 43606856 . G A 234.56 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0119336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.472;QD=17.0589;RBI=0.0208833;REFB=-0.0247518;REVB=-0.0171377;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22767;STB=0.559952;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0234326;OID=.;OPOS=43606856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:27:25:25:0.454545:14:11:14:5:14:11:15:12 chr10 43613843 . G T 787.08 PASS AF=0.543478;AO=70;DP=133;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0541916;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.559;QD=22.8138;RBI=0.0554226;REFB=-0.0331881;REVB=0.0116157;RO=62;SAF=16;SAR=54;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155725;STB=0.554498;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0335755;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:138:62:63:70:75:0.543478:54:16:23:39:55:20:23:40 chr10 43623812 . C T 561.47 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0180033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7315;QD=17.8246;RBI=0.039658;REFB=-0.0134011;REVB=-0.0353361;RO=66;SAF=35;SAR=23;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261619;STB=0.50099;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0254361;OID=.;OPOS=43623812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:66:67:58:59:0.468254:23:35:40:26:23:36:41:26 chr10 43624833 . T C 498.82 PASS AF=0.509804;AO=49;DP=99;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0269321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.681;QD=19.5614;RBI=0.0289433;REFB=-0.0306773;REVB=0.010601;RO=50;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101361;STB=0.518426;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0295672;OID=.;OPOS=43624833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:50:50:49:52:0.509804:22:27:27:23:22:30:27:23 chr10 43678796 . C T 366.72 PASS AF=0.481481;AO=36;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00011305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6302;QD=18.1095;RBI=0.0507569;REFB=0.0033576;REVB=0.0507568;RO=43;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193294;STB=0.509773;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00189146;OID=.;OPOS=43678796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:42:36:39:0.481481:21:15:18:25:23:16:18:24 chr10 43690189 . G A 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.874;QD=62.3116;RBI=0.0271996;REFB=0;REVB=0.0164354;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55697e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr10 43691691 . C T 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0924184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8389;QD=19.3843;RBI=0.0937373;REFB=0.0119925;REVB=-0.0156691;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109584;STB=0.561982;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0111442;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:12:9:11:9:12:9 chr10 43837352 . AT CG,GT 588.63 PASS AF=0.0731707,0.902439;AO=3,36;DP=42;FAO=3,37;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=0,14;FSAR=3,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00446483,-0.0034352;FXX=0.0465008;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=201.767,232.689;QD=57.4271;RBI=0.0131888,0.0166396;REFB=-0.0742081,-0.0745594;REVB=0.0124101,0.0162811;RO=1;SAF=0,14;SAR=3,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0208029;STB=0.5,0.510633;STBP=1,0.508;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0383779,3.94758e-05;OID=.,.;OPOS=43837352,43837352;OREF=AT,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:42:41:1:1:3,36:3,37:0.0731707,0.902439:3,22:0,14:0:1:3,23:0,14:0:1 chr10 43978087 . A G 613.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9268;QD=61.3199;RBI=0.0360318;REFB=0;REVB=-0.0301426;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000718997;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr10 44052903 . A C 222.99 PASS AF=0.402985;AO=18;DP=69;FAO=27;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0232816;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.62;QD=13.3131;RBI=0.0261382;REFB=-0.0216889;REVB=0.0118815;RO=36;SAF=4;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317945;STB=0.533309;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0425761;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:36:40:18:27:0.402985:14:4:17:19:15:12:20:20 chr10 44053013 . G C 224.53 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0288552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.922;QD=17.6098;RBI=0.0357601;REFB=-0.00903275;REVB=0.0211226;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310598;STB=0.67518;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0135128;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:8:16:9:18:8:16:9:18 chr10 44053193 . C A 37.69 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00122621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.707;QD=9.42172;RBI=0.0115384;REFB=-0.00542197;REVB=-0.011473;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253419;STB=0.693701;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00508134;OID=.;OPOS=44053193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:1:4:6:4:1:5:6:4 chr10 44053585 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0101335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.985;QD=9.11036;RBI=0.0210209;REFB=0.00243522;REVB=0.0184171;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505784;STB=0.791184;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00378007;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:1:15:4:4:1:15 chr10 44111806 . G A 159.5 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0119756;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.063;QD=16.7899;RBI=0.0120029;REFB=-0.00855863;REVB=0.000809877;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443999;STB=0.525517;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0110853;OID=.;OPOS=44111806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:7:14:12:5:7:14 chr10 44285777 . T C 326.15 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00829941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.053;QD=20.0707;RBI=0.0115416;REFB=0.00710306;REVB=-0.00802042;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332685;STB=0.506348;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00635058;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:16:18:16:14:16:18:16:15 chr10 44788758 . G A 1645.85 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=113;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269593;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.377;QD=59.31;RBI=0.0290221;REFB=0.0037895;REVB=-0.0107462;RO=1;SAF=45;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104317;STB=0.505494;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000612224;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:111:1:1:109:110:0.990991:64:45:1:0:65:45:1:0 chr10 44871476 . GC G,TG 48.75 PASS AF=0.25,0.025;AO=13,2;DP=41;FAO=10,1;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4,1;FSAR=6,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.136206,-0.0400028;FXX=0.0243843;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=13.7032,90.2138;QD=4.87491;RBI=0.136571,0.0547779;REFB=-0.130291,-0.0128023;REVB=0.00997847,-0.0374218;RO=22;SAF=7,2;SAR=6,0;SRF=8;SRR=14;SSEN=0.423729,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184678,0.563482;STB=0.562374,0.990177;STBP=0.675,0.452;TYPE=del,mnp;VARB=0.138091,0.0742165;OID=.,.;OPOS=44871477,44871476;OREF=C,GC;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:41:40:22:29:13,2:10,1:0.25,0.025:6,0:7,2:8:14:6,0:4,1:14:15 chr10 45430462 . C T 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0249987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.779;QD=16.7549;RBI=0.03276;REFB=-0.0128502;REVB=-0.0211727;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147016;STB=0.575278;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0285145;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:16:8:13:14:16:8:13:15 chr10 45473317 . C T 512.52 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0283685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.188;QD=20.298;RBI=0.0340254;REFB=-0.0285998;REVB=0.0187871;RO=48;SAF=29;SAR=23;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598892;STB=0.52698;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0271619;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:49:52:52:0.514851:23:29:30:18:23:29:30:19 chr10 45478092 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0231814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5952;QD=19.0178;RBI=0.0232165;REFB=0.0170421;REVB=0.00127753;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148555;STB=0.584364;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0232085;OID=.;OPOS=45478092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:5:9:7:8:5:9 chr10 45920526 . G A 48.18 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0158023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.717;QD=3.93267;RBI=0.0161008;REFB=-0.00516736;REVB=0.00308582;RO=40;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325476;STB=0.706839;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0503985;OID=.;OPOS=45920526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:49:40:41:8:8:0.163265:3:5:14:26:3:5:15:26 chr10 46965018 . C G 421.63 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00763694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.009;QD=18.1345;RBI=0.0144776;REFB=-0.00745836;REVB=0.0122995;RO=50;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107523;STB=0.560138;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00885391;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:27:16:24:26:27:16:24:26 chr10 46965727 . G A 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00658548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.296;QD=11.9914;RBI=0.0374901;REFB=-0.0259898;REVB=-0.0369071;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259745;STB=0.663383;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0278901;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:33:18:18:0.352941:5:13:16:16:5:13:16:17 chr10 46967672 . C T 45.33 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0330904;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.927;QD=6.97408;RBI=0.033095;REFB=-0.0048341;REVB=0.000548669;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216099;STB=0.642386;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0182481;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:19:19:7:7:0.269231:6:1:5:14:6:1:5:14 chr10 46970792 . G C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00552589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.87;QD=12.7389;RBI=0.0326164;REFB=-0.0145683;REVB=-0.0321449;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295637;STB=0.675253;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0147169;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:7:3:5:3:7:3 chr10 46998894 . G A 445.61 PASS AF=0.735849;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0344846;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8465;QD=33.6306;RBI=0.127041;REFB=-0.019505;REVB=0.122271;RO=14;SAF=22;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316668;STB=0.517131;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00702129;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:14:14:39:39:0.735849:17:22:7:7:17:22:7:7 chr10 46998995 . C G 354.42 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00953755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.003;QD=18.6535;RBI=0.0279238;REFB=-0.0413906;REVB=0.0262445;RO=38;SAF=12;SAR=24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254472;STB=0.619184;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0381818;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:38:36:38:0.5:24:12:23:15:24:14:23:15 chr10 46998999 . G A 359.41 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.037553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.514;QD=19.9671;RBI=0.056382;REFB=-0.0232332;REVB=0.042056;RO=35;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170404;STB=0.594543;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0297975;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:15:22:14:21:15:22:14:21 chr10 46999019 . G A 321.94 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0357169;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3728;QD=21.1106;RBI=0.0665548;REFB=-0.0446299;REVB=0.056159;RO=27;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152043;STB=0.582279;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0224832;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:28:32:33:0.540984:12:20:12:15:13:20:12:16 chr10 46999030 . C T 200.43 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0207103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.63;QD=13.5884;RBI=0.0448164;REFB=-0.0282282;REVB=0.0397441;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29215;STB=0.648414;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0390568;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:23:24:0.40678:15:8:22:13:15:9:22:13 chr10 46999151 . T C 104.26 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00750138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.459;QD=10.426;RBI=0.00881026;REFB=0.000482218;REVB=-0.00462059;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416333;STB=0.750592;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00236996;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:10:3:16:11:10:3:16:11 chr10 46999178 . A C 328.92 PASS AF=0.771429;AO=24;DP=32;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00546505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.554;QD=37.5912;RBI=0.0168491;REFB=-0.020116;REVB=0.0159382;RO=8;SAF=18;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202082;STB=0.571374;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00703063;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:32:35:8:8:24:27:0.771429:6:18:3:5:9:18:3:5 chr10 46999189 . CA CG,TG 552.86 PASS AF=0.684211,0.315789;AO=26,12;DP=38;FAO=26,12;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17,6;FSAR=9,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783912,0.00741875;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=74.593,146.939;QD=58.1961;RBI=0.0236123,0.0287267;REFB=0,0;REVB=-0.022273,-0.0277522;RO=0;SAF=17,6;SAR=9,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00542069,0.00907311;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:93:38:38:0:0:26,12:26,12:0.684211,0.315789:9,6:17,6:0:0:9,6:17,6:0:0 chr10 46999198 . G T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0135285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.124;QD=9.53627;RBI=0.0156387;REFB=-0.0232288;REVB=-0.00784531;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191962;STB=0.615203;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0449705;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:18:9:6:6:18:9 chr10 46999465 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00738247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.766;QD=19.3686;RBI=0.0105861;REFB=-0.0126402;REVB=-0.00758719;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00466033;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:4:3:4:6:4:3 chr10 46999577 . G T 149.29 PASS AF=0.714286;AO=13;DP=19;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0345644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.37;QD=28.4365;RBI=0.121459;REFB=-0.029234;REVB=0.116437;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134616;STB=0.555485;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0202532;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:21:6:6:13:15:0.714286:5:8:5:1:5:10:5:1 chr10 46999596 . G A 187.38 PASS AF=0.692308;AO=16;DP=24;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0373654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2744;QD=28.8272;RBI=0.118127;REFB=-0.00991413;REVB=0.112062;RO=8;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168034;STB=0.588693;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.010703;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:26:8:8:16:18:0.692308:6:10:7:1:7:11:7:1 chr10 46999603 . GA G,GG 360.52 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,23;DP=28;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662841,0.00395312;FXX=0.0714031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.74,224.916;QD=55.464;RBI=0.0640646,0.0574491;REFB=0,0;REVB=0.0637208,0.057313;RO=0;SAF=1,17;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.9951e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0484793,0.00312009;OID=.,.;OPOS=46999604,46999604;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:3,23:28:1,25:26:0:0,18:1,7:0:0:4:0:1,17:2,6:0:0 chr10 46999732 . G A 664.96 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0110247;FXX=0.00769172;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.832;QD=20.6188;RBI=0.0139967;REFB=-0.0108724;REVB=-0.00862353;RO=63;SAF=37;SAR=29;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187849;STB=0.510342;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00846606;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:63:63:66:66:0.511628:29:37:34:29:29:37:34:29 chr10 46999747 . T C 515.5 PASS AF=0.434109;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00449685;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6015;QD=15.9844;RBI=0.0291232;REFB=-0.0159464;REVB=-0.0287739;RO=73;SAF=25;SAR=31;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088867;STB=0.549719;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0248553;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:73:56:56:0.434109:31:25:39:34:31:25:39:34 chr10 46999922 . G T 95.36 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00358869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.731;QD=11.2192;RBI=0.0354317;REFB=-0.0210738;REVB=0.0352495;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627527;STB=0.58319;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0437731;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:34:22:22:10:12:0.352941:6:4:10:12:8:4:10:12 chr10 47000004 . T C 611.6 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5839;QD=61.1598;RBI=0.0427034;REFB=0;REVB=0.00241602;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641079;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr10 47000071 . G A 230.39 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0383293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.507;QD=17.7224;RBI=0.0496199;REFB=-0.0151388;REVB=-0.0315119;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069568;STB=0.539139;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.056265;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:15:12:13:12:15:12 chr10 47000079 . T C 247.71 PASS AF=0.519231;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00396441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.018;QD=19.0545;RBI=0.0163452;REFB=-0.0147608;REVB=-0.0158572;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167715;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0134871;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:25:25:27:0.519231:13:12:11:11:13:14:12:13 chr10 47000146 . C T 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0471588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.675;QD=32.8035;RBI=0.0473144;REFB=-0.0601526;REVB=0.0038339;RO=9;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821259;STB=0.504501;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0202182;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:15:8:3:6:15:8:3:6 chr10 47000188 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.548;QD=47.8222;RBI=0.0576281;REFB=0;REVB=-0.0451959;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160749;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:12:3:0:0:13:3:0:0 chr10 47000239 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0025553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.649;QD=17.378;RBI=0.0100915;REFB=-0.0144298;REVB=-0.00976267;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.568841;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.031825;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:6:5:5:4:6:5:6:4 chr10 47000321 . G A 223.77 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00310355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.762;QD=12.6068;RBI=0.0628814;REFB=-0.00331521;REVB=0.0628048;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339856;STB=0.52049;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00506737;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:44:27:27:0.380282:12:15:22:20:12:15:23:21 chr10 47000366 . C G 331.85 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0295283;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3149;QD=14.587;RBI=0.0374107;REFB=-0.0107796;REVB=0.0229703;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267691;STB=0.520085;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0118843;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:53:54:37:37:0.406593:17:20:30:23:17:20:31:23 chr10 47000374 . T C 336.27 PASS AF=0.393617;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0539502;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9453;QD=14.3091;RBI=0.0566834;REFB=-0.0142503;REVB=-0.0173892;RO=55;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496655;STB=0.51932;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0156143;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:55:57:36:37:0.393617:16:20:28:27:17:20:29:28 chr10 47000381 . T C 1476.62 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0322792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.184;QD=62.1736;RBI=0.0368159;REFB=-0.0866139;REVB=0.0177048;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000233972;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:43:51:0:0:43:51:1:0 chr10 47000426 . T C 1724.54 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.674;QD=59.467;RBI=0.0525252;REFB=0;REVB=0.0328406;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346851;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:116:0:0:110:116:1:59:51:0:0:62:54:0:0 chr10 47000487 . G A 571.62 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00401945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.68;QD=19.2142;RBI=0.0069134;REFB=-0.00787555;REVB=-0.00562487;RO=60;SAF=25;SAR=34;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538389;STB=0.529713;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00604182;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:34:25:22:38:34:25:22:38 chr10 47000547 . G T 449.83 PASS AF=0.494737;AO=41;DP=89;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.00530277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.508;QD=18.9401;RBI=0.0085418;REFB=0.00240855;REVB=-0.0066965;RO=48;SAF=10;SAR=31;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849283;STB=0.515862;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00162245;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:48:48:41:47:0.494737:31:10:15:33:31:16:15:33 chr10 47000728 . T C 355.94 PASS AF=0.423913;AO=34;DP=87;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0154832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.432;QD=15.4758;RBI=0.0184795;REFB=-0.0253747;REVB=0.0100877;RO=53;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126049;STB=0.509888;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0342532;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:53:53:34:39:0.423913:15:19:29:24:17:22:29:24 chr10 47000765 . C T 163.48 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0142972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3812;QD=5.78698;RBI=0.0344032;REFB=-0.00722319;REVB=-0.0312917;RO=86;SAF=11;SAR=15;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678369;STB=0.546356;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0273151;OID=.;OPOS=47000765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:86:87:26:26:0.230088:15:11:41:45:15:11:42:45 chr10 47000863 . A G 1301.58 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.577;QD=61.9799;RBI=0.0151689;REFB=0;REVB=0.00644856;RO=0;SAF=26;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38697e-05;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:56:26:0:0:56:28:0:0 chr10 47000873 . T A,G 1106.75 PASS AF=0.381579,0.618421;AO=29,47;DP=76;FAO=29,47;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=8,17;FSAR=21,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414863,0.00549116;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.2403,141.707;QD=58.2498;RBI=0.0417557,0.00551621;REFB=0,0;REVB=-0.00473515,-0.000525163;RO=0;SAF=8,17;SAR=21,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.4007e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00214335,0.0107274;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:76:0:0:29,47:29,47:0.381579,0.618421:21,30:8,17:0:0:21,30:8,17:0:0 chr10 47000898 . C T 653.6 PASS AF=0.633333;AO=56;DP=89;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0121987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.229;QD=29.0487;RBI=0.0154275;REFB=-0.0317859;REVB=-0.00944452;RO=33;SAF=22;SAR=34;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653282;STB=0.538828;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0150846;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:33:33:56:57:0.633333:34:22:10:23:34:23:10:23 chr10 47001032 . G A 243.98 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0166801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.977;QD=17.4268;RBI=0.0189209;REFB=-0.0522013;REVB=-0.0089315;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535329;STB=0.534388;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0374502;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:29:27:27:0.482143:15:12:10:16:15:12:11:18 chr10 47001098 . C T 220.23 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0340909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.603;QD=16.0167;RBI=0.0510818;REFB=-0.0231658;REVB=-0.0380416;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263653;STB=0.664627;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.033027;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:30:25:25:0.454545:9:16:10:18:9:16:10:20 chr10 47001371 . C G 1364.98 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.627;QD=62.0444;RBI=0.016894;REFB=0;REVB=0.0150046;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89407e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:84:88:1:49:35:0:0:50:38:0:0 chr10 47001409 . G A 380.95 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0109733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.923;QD=14.3755;RBI=0.01607;REFB=-0.0100782;REVB=0.0117402;RO=62;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943386;STB=0.553085;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0181729;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:23:21:24:38:23:21:24:38 chr10 47001485 . A T 74.11 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00558389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.214;QD=2.77053;RBI=0.0210567;REFB=-0.0028466;REVB=-0.0203028;RO=91;SAF=8;SAR=7;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757989;STB=0.556447;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0229215;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:107:91:92:15:15:0.140187:7:8:43:48:7:8:43:49 chr10 47001504 . G T 346.17 PASS AF=0.378378;AO=41;DP=110;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0536075;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.58;QD=12.4744;RBI=0.0537925;REFB=0.000287426;REVB=0.00445794;RO=69;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158754;STB=0.587443;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000607781;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:69:69:41:42:0.378378:19:22:27:42:19:23:28:41 chr10 47001543 . C T 511.9 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00827611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.027;QD=19.6883;RBI=0.00827613;REFB=-0.0190188;REVB=1.68317e-05;RO=48;SAF=24;SAR=29;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682968;STB=0.53018;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0289067;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:51:53:53:0.509615:29:24:18:30:29:24:20:31 chr10 47001786 . A C 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00626403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.46;QD=16.923;RBI=0.00654185;REFB=-0.00459602;REVB=-0.0018862;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195691;STB=0.609306;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00328608;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:15:15:24:10:15:15:24:10 chr10 47001946 . T C 341.91 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0215493;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.201;QD=20.7216;RBI=0.0217346;REFB=-0.00852202;REVB=-0.0028319;RO=31;SAF=7;SAR=28;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397201;STB=0.722083;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0055421;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:28:7:19:12:28:7:19:12 chr10 47001954 . C T 270.46 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0525493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2449;QD=16.9039;RBI=0.0536028;REFB=-0.0256562;REVB=-0.0105752;RO=32;SAF=1;SAR=28;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.772514;STB=0.893303;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0362695;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:34:29:30:0.46875:28:1:22:10:28:2:22:12 chr10 47001984 . G A 663.1 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0577933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.75;QD=53.0479;RBI=0.0690575;REFB=-0.179445;REVB=0.0378004;RO=3;SAF=15;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085146;STB=0.550701;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00514654;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:50:50:3:5:45:45:0.9:30:15:3:0:30:15:4:1 chr10 47002079 . T C 244.31 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0168434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.721;QD=10.8582;RBI=0.0417634;REFB=-0.0192796;REVB=0.0382163;RO=57;SAF=7;SAR=24;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277309;STB=0.644379;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0238466;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:60:31:30:0.333333:24:7:25:32:23:7:25:35 chr10 47002118 . T A 583.28 PASS AF=0.5;AO=58;DP=123;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00100231;FXX=0.0483832;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.656;QD=19.772;RBI=0.00444906;REFB=-0.026351;REVB=0.00433468;RO=59;SAF=29;SAR=29;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054127;STB=0.533858;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0332656;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:118:59:59:58:59:0.5:29:29:26:33:29:30:26:33 chr10 47002127 . T C 2004.29 PASS AF=0.992424;AO=127;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103085;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.564;QD=60.736;RBI=0.0316323;REFB=-0.0252125;REVB=0.0299055;RO=1;SAF=54;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871838;STB=0.504504;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000385342;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:127:131:0.992424:73:54:1:0:76:55:1:0 chr10 47002135 . A G 549.56 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0306439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.529;QD=16.1634;RBI=0.0539965;REFB=-0.00491375;REVB=-0.0444587;RO=74;SAF=26;SAR=33;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532228;STB=0.506961;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00771397;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:74:77:59:59:0.433824:33:26:33:41:33:26:33:44 chr10 47002501 . T A 170.85 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00409456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.93;QD=17.5233;RBI=0.0277156;REFB=-0.0143369;REVB=0.0274115;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969551;STB=0.555492;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0263995;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:9:12:12:6:9:12 chr10 47002529 . C G 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.000864805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.129;QD=6.57203;RBI=0.0241981;REFB=-0.0129331;REVB=0.0241826;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234162;STB=0.64659;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0341502;OID=.;OPOS=47002529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:5:6:13:24:5:6:13:24 chr10 47002542 . C A 719.66 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.748;QD=56.4442;RBI=0.0337922;REFB=0;REVB=-0.00220286;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034718;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr10 47002606 . G A 367.12 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0188183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1779;QD=16.4999;RBI=0.0203258;REFB=-0.0237918;REVB=-0.00768186;RO=50;SAF=13;SAR=26;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114398;STB=0.564482;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0222947;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:26:13:22:28:26:13:22:28 chr10 47002617 . T C 328.81 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00159736;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7064;QD=15.2936;RBI=0.0320646;REFB=0.00405417;REVB=-0.0320248;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544535;STB=0.530814;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00736026;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:36:36:0.418605:22:14:22:28:22:14:22:28 chr10 47002724 . G A 340.85 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0450668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.582;QD=20.9752;RBI=0.0595954;REFB=-0.0596853;REVB=0.0389949;RO=30;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543357;STB=0.530103;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0260658;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:22:13:13:17:22:13:13:17 chr10 47002757 . AA GA,GG 757.86 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=50,2;DP=52;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158344,-0.0804763;FXX=0.017854;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=42.2597,12.5451;QD=55.1168;RBI=0.162311,0.0825127;REFB=0,0;REVB=-0.0356652,-0.0182184;RO=0;SAF=23,0;SAR=27,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00318881,-0.0561856;OID=.,.;OPOS=47002757,47002757;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:55:0:0:50,2:54,1:0.981818,0.0181818:27,2:23,0:0:0:30,1:24,0:0:0 chr10 47002792 . T C 163.88 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0415249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0039;QD=13.3777;RBI=0.041657;REFB=-0.00461689;REVB=-0.00331387;RO=30;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266732;STB=0.670007;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00561193;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:31:18:18:0.367347:14:4:13:17:14:4:14:17 chr10 47002917 . T C 516.63 PASS AF=0.829787;AO=38;DP=44;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0831135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6363;QD=43.9688;RBI=0.0850649;REFB=-0.0349873;REVB=-0.0181159;RO=6;SAF=8;SAR=30;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169491;STB=0.533964;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0104324;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:44:47:6:8:38:39:0.829787:30:8:1:5:28:11:1:7 chr10 47002937 . A G 133.42 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0551322;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5361;QD=11.1183;RBI=0.0552083;REFB=0.0112034;REVB=0.00289728;RO=33;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715492;STB=0.528537;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00671337;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:32:15:16:0.333333:12:3:8:25:12:4:7:25 chr10 47002942 . C G 150.09 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00990784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2525;QD=12.007;RBI=0.0155286;REFB=0.01783;REVB=-0.0119571;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292757;STB=0.517221;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0367339;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:12:5:9:24:12:5:9:24 chr10 47003115 . C T 538.26 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=89;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0186235;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3759;QD=23.9226;RBI=0.0333952;REFB=-0.00789628;REVB=-0.0277201;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239207;STB=0.607804;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00777786;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:32:39:33:51:0.566667:17:16:7:25:30:21:7:32 chr10 47003177 . A G 336.0 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00255865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.232;QD=19.7645;RBI=0.00575888;REFB=-0.025986;REVB=-0.00515927;RO=33;SAF=10;SAR=24;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409295;STB=0.510632;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.013323;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:34:35:0.514706:24:10:11:22:24:11:11:22 chr10 47003215 . T C 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00341082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.794;QD=17.2246;RBI=0.00410108;REFB=-0.0136208;REVB=-0.0022771;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205002;STB=0.615063;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0146367;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:22:12:22:17:22:12:22:17 chr10 47003229 . C G 301.14 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0283894;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.379;QD=16.5006;RBI=0.0284677;REFB=-0.000623415;REVB=0.0021102;RO=39;SAF=10;SAR=23;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284982;STB=0.667132;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000859995;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:23:10:23:16:23:10:24:16 chr10 47003250 . C T 262.75 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0348984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.926;QD=15.2319;RBI=0.0376414;REFB=-0.0215684;REVB=0.0141058;RO=39;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306134;STB=0.672962;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0151274;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:20:10:25:14:20:10:25:14 chr10 47003615 . C T 227.63 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0201075;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.408;QD=15.6989;RBI=0.0221748;REFB=-0.00389679;REVB=-0.00934936;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317425;STB=0.678533;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00579781;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:23:9:16:10:23:9 chr10 47003896 . C T 281.2 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0194518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.77;QD=17.0425;RBI=0.019494;REFB=-0.00427948;REVB=0.00128305;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206781;STB=0.506962;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00295424;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:30:31:0.469697:20:10:12:22:20:11:12:23 chr10 47004068 . T C 224.01 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00327011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.881;QD=19.4789;RBI=0.0358719;REFB=-0.012797;REVB=-0.0357226;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100952;STB=0.506377;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0179926;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:23:24:21:22:0.478261:8:13:14:9:8:14:15:9 chr10 47004182 . G A 490.83 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.5031;QD=56.0948;RBI=0.0597758;REFB=-0.120161;REVB=0.0073605;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00312999;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr10 47004217 . T C 368.04 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0101827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.473;QD=29.4429;RBI=0.0344482;REFB=-0.00925309;REVB=0.0329088;RO=19;SAF=10;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275047;STB=0.505614;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00701225;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:19:19:30:31:0.62:20:10:7:12:20:11:7:12 chr10 47004289 . C T 325.64 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00217982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0145;QD=24.5766;RBI=0.0219677;REFB=-0.0102918;REVB=0.0218593;RO=21;SAF=9;SAR=23;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159521;STB=0.588098;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00980411;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:23:9:10:11:23:9:10:11 chr10 47004355 . C CA 317.57 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0307533;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=243.111;QD=21.1716;RBI=0.0308101;REFB=-0.0163805;REVB=0.0018694;RO=28;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178845;STB=0.503595;STBP=0.971;TYPE=ins;VARB=0.0159993;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:33:61:33:60:27:10:23:8:19:99:28:10:23:9:19 chr10 47004362 . C T 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.000527156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.028;QD=21.8818;RBI=0.0500355;REFB=-0.00833663;REVB=0.0500327;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738783;STB=0.527881;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00354857;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:22:12:7:19:22:12:8:19 chr10 47004633 . CA TG 65.65 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00671018;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.317;QD=10.5034;RBI=0.0505895;REFB=-0.0148736;REVB=-0.0501425;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=mnp;VARB=0.0168759;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:25:15:16:9:9:0.36:3:6:6:9:3:6:6:10 chr10 47004702 . A G 63.72 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0046816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0078;QD=9.10233;RBI=0.0769525;REFB=-0.00612009;REVB=-0.0768099;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217768;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.018518;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:9:10:3:6:9:10 chr10 47004971 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.050094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.153;QD=17.0333;RBI=0.0533239;REFB=-0.00325015;REVB=-0.0182763;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097203;STB=0.555856;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00354404;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:8:14:13:5:8:14 chr10 47004994 . A G 130.63 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0357354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0023;QD=22.7187;RBI=0.04274;REFB=0.00758975;REVB=-0.0234453;RO=9;SAF=1;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265052;STB=0.55805;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00605922;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:9:9:13:14:0.608696:12:1:2:7:12:2:2:7 chr10 47005224 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0165318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.839;QD=10.3903;RBI=0.0198268;REFB=-0.0291157;REVB=-0.0109454;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0399439;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr10 47005267 . C T 154.06 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.000242721;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.29;QD=22.0089;RBI=0.0136502;REFB=-0.0137276;REVB=0.013648;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334215;STB=0.518844;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00408785;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:7:5:6:10:7:5 chr10 47005466 . C T 628.7 PASS AF=0.408046;AO=71;DP=174;FAO=71;FDP=174;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0332827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.722;QD=14.4529;RBI=0.039522;REFB=-0.00970928;REVB=-0.0213131;RO=100;SAF=40;SAR=31;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107934;STB=0.557701;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0177008;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:100:103:71:71:0.408046:31:40:46:54:31:40:48:55 chr10 47005504 . T C 1214.51 PASS AF=0.546729;AO=117;DP=213;FAO=117;FDP=214;FR=.;FRO=97;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.000815685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.364;QD=22.7012;RBI=0.0172039;REFB=-0.0194027;REVB=0.0171846;RO=95;SAF=63;SAR=54;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336119;STB=0.517763;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0120421;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:95:97:117:117:0.546729:54:63:55:40:54:63:56:41 chr10 47005575 . C T 632.32 PASS AF=0.366834;AO=73;DP=199;FAO=73;FDP=199;FR=.;FRO=126;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=0.00153585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.912;QD=12.71;RBI=0.00788319;REFB=0.00140788;REVB=0.00773214;RO=126;SAF=31;SAR=42;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847032;STB=0.548092;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00406118;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:126:126:73:73:0.366834:42:31:63:63:42:31:63:63 chr10 47005611 . CAGA C 856.14 PASS AF=0.611111;AO=67;DP=124;FAO=77;FDP=126;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00704385;FXX=0.118873;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.09;QD=27.1792;RBI=0.0105933;REFB=-0.0174911;REVB=0.0079122;RO=42;SAF=24;SAR=43;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709822;STB=0.526711;STBP=0.479;TYPE=del;VARB=0.00973707;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:67:124:77:126:49:31:46:23:26:99:42:24:43:19:23 chr10 47087474 . C T 1806.27 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3496;QD=60.209;RBI=0.0318711;REFB=-0.052741;REVB=0.0237669;RO=1;SAF=59;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798283;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00172209;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:60:59:1:0:60:59:1:0 chr10 47087501 . C T 161.0 PASS AF=0.233645;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=107;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0424603;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0571;QD=6.01853;RBI=0.0428806;REFB=-0.00291946;REVB=-0.00598917;RO=82;SAF=14;SAR=11;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902629;STB=0.555345;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0148649;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:82:82:25:25:0.233645:11:14:40:42:11:14:40:42 chr10 47087608 . T C 1532.09 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299675;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.377;QD=57.8146;RBI=0.0568868;REFB=-0.0558606;REVB=0.0483534;RO=1;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586641;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:106:1:0:103:106:1:56:47:0:1:58:48:0:0 chr10 47087680 . C T 1132.57 PASS AF=0.95122;AO=77;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0725182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8716;QD=55.2474;RBI=0.0753112;REFB=-0.0324372;REVB=0.0203195;RO=4;SAF=33;SAR=44;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170587;STB=0.509239;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0054408;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:4:4:77:78:0.95122:44:33:1:3:44:34:1:3 chr10 47087731 . C T 1026.72 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.124999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6875;QD=54.0381;RBI=0.125043;REFB=-0.180122;REVB=0.0032994;RO=3;SAF=31;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435904;STB=0.522382;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0159945;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:72:73:0.960526:41:31:3:0:41:32:3:0 chr10 47087830 . G A 696.81 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0421383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.653;QD=52.5894;RBI=0.0483338;REFB=-0.158823;REVB=0.0236753;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.518511;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00171216;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:25:26:1:0:25:26:2:0 chr10 47151385 . GC AT 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0250298;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.908;QD=7.46507;RBI=0.030536;REFB=-0.00378607;REVB=0.0174916;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177312;STB=0.611451;STBP=0.547;TYPE=mnp;VARB=0.0150495;OID=.;OPOS=47151385;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:10:7:4:3:10:7 chr10 47158904 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6933;QD=33.4285;RBI=0.0600931;REFB=0;REVB=0.0600931;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0056872;OID=.;OPOS=47158904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr10 47416908 . A G 2339.16 PASS AF=0.453039;AO=243;DP=543;FAO=246;FDP=543;FR=.;FRO=297;FSAF=158;FSAR=88;FSRF=198;FSRR=99;FWDB=-0.00912186;FXX=0.0018382;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.781;QD=17.2314;RBI=0.0739759;REFB=-0.00285581;REVB=0.0734113;RO=296;SAF=156;SAR=87;SRF=196;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220063;STB=0.514636;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00334379;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:543:543:296:297:243:246:0.453039:87:156:196:100:88:158:198:99 chr10 47747159 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.274;QD=43.4862;RBI=0.0345595;REFB=0;REVB=0.0120321;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198804;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr10 47769356 . C A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00281221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.886;QD=18.8862;RBI=0.0467027;REFB=-0.00230987;REVB=0.046618;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0045263;OID=.;OPOS=47769356;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr10 47769358 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00435671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.498;QD=16.8229;RBI=0.00641898;REFB=0.0464547;REVB=-0.00471406;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00267863;OID=.;OPOS=47769358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr10 47911590 . GT AG,GG 162.95 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=12,2;DP=15;FAO=13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231293,-0.0925793;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=195.667,61.8649;QD=43.452;RBI=0.0245626,0.094705;REFB=0,0;REVB=-0.00826756,-0.0199528;RO=0;SAF=2,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000166182,0.116711;OID=.,.;OPOS=47911590,47911591;OREF=GT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:12,2:13,2:0.866667,0.133333:10,0:2,2:0:0:10,0:3,2:0:0 chr10 48370595 . G A 1039.12 PASS AF=0.918605;AO=74;DP=86;FAO=79;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.107465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.399;QD=48.3311;RBI=0.146495;REFB=-0.257906;REVB=0.0995598;RO=4;SAF=15;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705386;STB=0.507584;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0293401;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:86:86:4:7:74:79:0.918605:59:15:1:3:63:16:1:6 chr10 48370747 . C T 41.11 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0289018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4278;QD=16.4424;RBI=0.105829;REFB=-0.0549733;REVB=0.101806;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0294933;OID=.;OPOS=48370747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr10 48371277 . C T 78.33 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.134647;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.5039;QD=8.46816;RBI=0.135173;REFB=-0.0196138;REVB=0.0119233;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191549;STB=0.683168;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00562072;OID=.;OPOS=48371277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:34:37:23:26:11:11:0.297297:9:2:7:16:9:2:10:16 chr10 48373123 . G A 250.39 PASS AF=0.71875;AO=22;DP=31;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0334783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.968;QD=31.2981;RBI=0.0353833;REFB=-0.0189172;REVB=-0.0114534;RO=9;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293406;STB=0.52172;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00677793;OID=.;OPOS=48373123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:32:9:9:22:23:0.71875:11:11:4:5:11:12:4:5 chr10 48373576 . T C 139.91 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00761902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2768;QD=20.7269;RBI=0.114266;REFB=-0.0343461;REVB=0.114012;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318003;STB=0.649798;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0459328;OID=.;OPOS=48373576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:10:4:8:4:10:5:8:4 chr10 48373580 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0320687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7019;QD=14.6567;RBI=0.071782;REFB=-0.0402905;REVB=-0.0642204;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330187;STB=0.692012;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0396428;OID=.;OPOS=48373580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:6:11:4:9:6:11 chr10 48373663 . C T 162.61 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.076491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.749;QD=19.7108;RBI=0.0840027;REFB=-0.0598182;REVB=0.0347215;RO=14;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272761;STB=0.636183;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0637325;OID=.;OPOS=48373663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:16:17:17:0.515152:14:3:6:8:14:3:6:10 chr10 49420008 . T C 253.3 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0402752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7663;QD=12.8255;RBI=0.0403369;REFB=-0.0150996;REVB=0.0022296;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137207;STB=0.564663;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.026309;OID=.;OPOS=49420008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:49:30:30:0.379747:16:14:28:19:16:14:28:21 chr10 49659559 . C T 634.61 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502236;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.527;QD=60.4394;RBI=0.0729498;REFB=0;REVB=0.0529081;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287704;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:14:26:0:0:14:28:0:0 chr10 49659637 . T C 135.26 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00293654;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1807;QD=16.3947;RBI=0.0077367;REFB=-0.0106312;REVB=-0.00715774;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136089;STB=0.578836;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0115791;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:7:11:11:4:7:11 chr10 49659644 . A G 141.92 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.029047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.909;QD=17.7394;RBI=0.0366378;REFB=-0.0167864;REVB=-0.0223295;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462923;STB=0.537338;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0408467;OID=.;OPOS=49659644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:16:15:16:0.5:10:5:4:10:11:5:4:12 chr10 49667795 . T C 834.51 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.372;QD=57.5526;RBI=0.0328336;REFB=0;REVB=0.0297053;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24847e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:34:24:0:0 chr10 49687800 . G A 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0112786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.41;QD=30.4286;RBI=0.0211593;REFB=-0.0277452;REVB=-0.0179028;RO=5;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564098;STB=0.822957;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.013137;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:14:1:4:1:14:1:4:1 chr10 49860258 . A G 296.03 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00122888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.671;QD=49.3375;RBI=0.0600039;REFB=0.111236;REVB=0.0599913;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000430057;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:24:1:1:21:23:0.958333:11:10:0:1:13:10:0:1 chr10 49998824 . C T 488.83 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0165422;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.948;QD=24.4415;RBI=0.0209287;REFB=-0.00636141;REVB=0.0128204;RO=34;SAF=25;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816395;STB=0.544683;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00484717;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:21:25:22:12:21:25:22:12 chr10 50013402 . T C 891.97 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0255192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.011;QD=54.8902;RBI=0.0255933;REFB=0.00565523;REVB=-0.0019461;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.000179345;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:65:0:2:61:63:0.969231:24:37:0:0:24:39:1:1 chr10 50025396 . G A 718.62 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0221082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.73;QD=52.2634;RBI=0.0316457;REFB=-0.0249414;REVB=0.0226424;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5294;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00184175;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:53:53:0.963636:37:16:0:0:37:16:2:0 chr10 50038800 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.156;QD=54.8229;RBI=0.0274637;REFB=0.0165294;REVB=0.0165373;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000338428;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr10 50083111 . T C 977.12 PASS AF=0.86747;AO=73;DP=83;FAO=72;FDP=83;FR=.;FRO=11;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0284868;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.7954;QD=47.09;RBI=0.0539067;REFB=-0.0301876;REVB=-0.045765;RO=5;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423006;STB=0.537624;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00396487;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:83:83:5:11:73:72:0.86747:33:40:1:4:32:40:3:8 chr10 50109902 . G A 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0675331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9289;QD=58.2407;RBI=0.0723824;REFB=-0.108277;REVB=-0.026048;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0036382;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:15:24:0:0:15:24:1:0 chr10 50121784 . T C 2065.54 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229208;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4248;QD=62.5923;RBI=0.0467943;REFB=0;REVB=0.0407963;RO=0;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89846e-05;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:84:48:0:0:85:47:0:0 chr10 50122181 . C A 862.94 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0113379;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.64;QD=54.7898;RBI=0.012397;REFB=-0.0232852;REVB=-0.00501386;RO=1;SAF=22;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209702;STB=0.521732;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000994323;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:1:2:61:61:0.968254:39:22:1:0:39:22:2:0 chr10 50178246 . C T 891.72 PASS AF=0.557692;AO=86;DP=155;FAO=87;FDP=156;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0228986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.335;QD=22.8645;RBI=0.0230138;REFB=-0.00900147;REVB=-0.00229964;RO=68;SAF=46;SAR=40;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402136;STB=0.515935;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0053392;OID=.;OPOS=50178246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:68:69:86:87:0.557692:40:46:33:35:41:46:34:35 chr10 50184949 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0106407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.131;QD=14.2619;RBI=0.0201916;REFB=-0.00150019;REVB=0.0171604;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031934;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:9:15:10:6:9:15 chr10 50186415 . C T 185.55 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00519317;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.821;QD=13.7445;RBI=0.0142213;REFB=-0.0108437;REVB=0.0132392;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824267;STB=0.555506;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0151648;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:11:11:18:13:11:11:19:13 chr10 50227785 . T C 1137.15 PASS AF=1;AO=72;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.796;QD=59.8498;RBI=0.0579987;REFB=0;REVB=0.0227496;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238297;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:72:76:1:50:22:0:0:50:26:0:0 chr10 50315893 . A G 444.96 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0161024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2417;QD=17.978;RBI=0.0476467;REFB=0.0304518;REVB=-0.0448433;RO=54;SAF=23;SAR=22;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134591;STB=0.575001;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0353856;OID=.;OPOS=50315893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:22:23:35:19:22:23:35:19 chr10 50339925 . G A 51.07 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.010902;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.395;QD=13.6185;RBI=0.0333862;REFB=-0.00423243;REVB=0.031556;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296554;STB=0.673053;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0127646;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:7:1:3:4:7:1 chr10 50340304 . C A 364.24 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0283201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.043;QD=21.1152;RBI=0.0289474;REFB=-0.00948046;REVB=0.00599389;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717712;STB=0.539661;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00620684;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:36:37:0.536232:17:19:19:12:17:20:20:12 chr10 50341954 . A G 276.32 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00484933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.254;QD=15.7897;RBI=0.0146354;REFB=-0.0184576;REVB=-0.0138087;RO=39;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678509;STB=0.538293;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0176168;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:13:18:20:19:13:18:20:19 chr10 50374819 . T C 201.88 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0295693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4948;QD=14.1667;RBI=0.0298249;REFB=-0.0387036;REVB=0.00389605;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214592;STB=0.507036;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0663738;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:33:24:24:0.421053:15:9:11:20:15:9:12:21 chr10 50531604 . T C 373.8 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.968;QD=51.5579;RBI=0.0518836;REFB=0.0956952;REVB=0.0412049;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00221712;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:27:28:0.965517:18:9:0:0:18:10:1:0 chr10 50532683 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1721;QD=37.4884;RBI=0.040024;REFB=0;REVB=-0.0286589;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00429085;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr10 50533617 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4379;QD=45.8067;RBI=0.0957664;REFB=0;REVB=0.0525937;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539538;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr10 50534599 . G A 212.06 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0464548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6592;QD=26.5076;RBI=0.0738489;REFB=0.00754574;REVB=0.0574074;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133557;STB=0.545399;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0123795;OID=.;OPOS=50534599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:32:32:10:11:16:16:0.5:10:6:2:8:10:6:3:8 chr10 50534862 . T C 516.07 PASS AF=0.515464;AO=49;DP=96;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=0.00952504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.65;QD=21.2812;RBI=0.00964663;REFB=-0.0249745;REVB=-0.00152679;RO=46;SAF=10;SAR=39;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457493;STB=0.52499;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0272495;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:46:47:49:50:0.515464:39:10:11:35:40:10:11:36 chr10 50535186 . C T 354.29 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=29;FWDB=0.103498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.48;QD=21.4724;RBI=0.103523;REFB=-0.0323248;REVB=-0.00225248;RO=30;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291472;STB=0.657825;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0283935;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:26:10:1:29:26:10:1:29 chr10 50678317 . C G 319.69 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0054771;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.502;QD=18.805;RBI=0.0332769;REFB=-0.0105701;REVB=0.0328231;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276684;STB=0.514851;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0114323;OID=.;OPOS=50678317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:34:33:34:0.5:19:14:15:18:19:15:16:18 chr10 50683438 . T C 982.65 PASS AF=0.462222;AO=104;DP=225;FAO=104;FDP=225;FR=.;FRO=121;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.0311496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.63;QD=17.4694;RBI=0.0311786;REFB=0.000275406;REVB=-0.00134319;RO=113;SAF=59;SAR=45;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109726;STB=0.55196;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000138989;OID=.;OPOS=50683438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:113:121:104:104:0.462222:45:59:51:62:45:59:57:64 chr10 50723684 . G A 856.87 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621534;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.807;QD=57.1247;RBI=0.00871278;REFB=0;REVB=-0.00610591;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117984;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:35:25:0:0 chr10 50724016 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.966;QD=57.5453;RBI=0.00957802;REFB=0;REVB=0.0084325;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14694e-06;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr10 50732280 . C T 222.95 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0146427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.657;QD=16.5147;RBI=0.0271645;REFB=-0.0244718;REVB=0.0228802;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132004;STB=0.574817;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.041301;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:17:8:13:16:17:8:13:16 chr10 50740626 . C T 378.84 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00619763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6984;QD=29.1416;RBI=0.0297063;REFB=0.0178319;REVB=0.0290526;RO=17;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799496;STB=0.543525;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0123082;OID=.;OPOS=50740626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:17:18:11:6:17:18:11:6 chr10 50740876 . G C 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0161783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.886;QD=14.2611;RBI=0.0398655;REFB=-0.00552779;REVB=-0.0364351;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149715;STB=0.586849;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00455651;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:14:10:9:7:14:10 chr10 50820345 . C A 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.589;QD=60.3747;RBI=0.0487277;REFB=0;REVB=0.0196301;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80114e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr10 50856652 . G A 365.02 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0353372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.241;QD=52.1461;RBI=0.0915558;REFB=-0.0109822;REVB=0.0844616;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000453952;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr10 50863147 . T C 1236.65 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.169;QD=61.0693;RBI=0.0141793;REFB=0;REVB=-0.0111618;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97087e-05;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:41:40:0:0 chr10 50872912 . C T 1192.7 PASS AF=0.931818;AO=81;DP=87;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0227777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3995;QD=54.2135;RBI=0.0393334;REFB=-0.00972382;REVB=0.032067;RO=6;SAF=42;SAR=39;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241338;STB=0.512192;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0101545;OID=.;OPOS=50872912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:87:88:6:6:81:82:0.931818:39:42:2:4:40:42:2:4 chr10 50901938 . C T 385.82 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0223328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.167;QD=17.9451;RBI=0.0425869;REFB=-0.00885709;REVB=0.0362614;RO=45;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548157;STB=0.530597;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0151235;OID=.;OPOS=50901938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:45:46:39:40:0.465116:16:23:29:16:17:23:29:17 chr10 50916484 . A G 838.25 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.191;QD=56.8303;RBI=0.0281571;REFB=0;REVB=0.00222813;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194494;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:56:59:1:31:25:0:0:33:26:0:0 chr10 50942763 . C T 375.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4527;QD=55.6234;RBI=0.0452472;REFB=0;REVB=-0.0451807;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668635;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr10 50960209 . G A 393.85 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.222;QD=56.2646;RBI=0.0621026;REFB=0;REVB=0.061179;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101304;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:11:16:0:1:12:16:0:0 chr10 51051653 . T C 158.22 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0159446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.89;QD=10.3749;RBI=0.0350108;REFB=-0.0119955;REVB=-0.0311693;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118881;STB=0.54688;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0255818;OID=.;OPOS=51051653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:20:21:0.344262:13:7:18:22:13:8:18:22 chr10 51549545 . G T 723.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.983;QD=62.9554;RBI=0.0120503;REFB=0;REVB=-0.00191026;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35427e-05;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:25:18:0:0:26:20:0:0 chr10 51568378 . T G 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00321464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.145;QD=19.0768;RBI=0.00482916;REFB=-0.0184859;REVB=-0.00360373;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106082;STB=0.559013;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0186954;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:21:17:22:17:21:17:22:17 chr10 51623147 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00205851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7112;QD=18.8875;RBI=0.0481175;REFB=-0.0406725;REVB=0.0480734;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0306808;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:3:2:3:5:3:2 chr10 51631812 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0878811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4119;QD=12.0154;RBI=0.108837;REFB=-0.00610638;REVB=0.0642062;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0225297;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr10 51827763 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.791;QD=46.848;RBI=0.0310535;REFB=0;REVB=0.0200704;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288875;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr10 52002980 . T G 401.83 PASS AF=0.644068;AO=37;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0101673;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.721;QD=27.2425;RBI=0.0114402;REFB=-0.0101015;REVB=-0.00524456;RO=22;SAF=21;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465696;STB=0.519989;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00516322;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:21:37:38:0.644068:16:21:11:11:16:22:11:10 chr10 52005153 . A G 326.9 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0165248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.238;QD=12.2205;RBI=0.0269719;REFB=-0.0307095;REVB=-0.021317;RO=63;SAF=26;SAR=14;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287203;STB=0.66257;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0526439;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:63:67:40:40:0.373832:14:26:24:39:14:26:26:41 chr10 52103707 . A G 435.97 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0188658;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.108;QD=18.5519;RBI=0.0205673;REFB=-0.020687;REVB=-0.00819136;RO=50;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977529;STB=0.55446;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0224044;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:21:23:21:29:21:23:21:29 chr10 52566594 . G C 654.34 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.010967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5533;QD=17.6849;RBI=0.0232004;REFB=-0.0286327;REVB=0.0204447;RO=80;SAF=32;SAR=35;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517681;STB=0.531811;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0375315;OID=.;OPOS=52566594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:80:81:67:67:0.452703:35:32:34:46:35:32:34:47 chr10 52573698 . G A 770.36 PASS AF=0.423645;AO=85;DP=204;FAO=86;FDP=203;FR=.;FRO=117;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.00977515;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.878;QD=15.1794;RBI=0.0109409;REFB=0.000334317;REVB=0.00491413;RO=117;SAF=38;SAR=47;SRF=48;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387802;STB=0.515236;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.000432055;OID=.;OPOS=52573698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:117:117:85:86:0.423645:47:38:48:69:47:39:50:67 chr10 53059406 . T C 308.19 PASS AF=0.367347;AO=34;DP=96;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00962203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.362;QD=12.5791;RBI=0.0182058;REFB=-0.00230641;REVB=0.0154554;RO=62;SAF=15;SAR=19;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842092;STB=0.563321;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0044832;OID=.;OPOS=53059406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:62:62:34:36:0.367347:19:15:32:30:21:15:32:30 chr10 54405572 . A G 358.07 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.005;QD=55.0869;RBI=0.0313178;REFB=0;REVB=-0.0293458;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147481;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr10 54528266 . G C 150.01 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0169107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5077;QD=19.3554;RBI=0.0295849;REFB=-0.000344145;REVB=-0.0242754;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175884;STB=0.601017;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000183652;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:13:3:5:10:13:3:5:10 chr10 55568972 . T G 1311.88 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0249402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.549;QD=59.6311;RBI=0.0254558;REFB=-0.120723;REVB=0.00509727;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00119558;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:0:2:86:86:0.977273:46:40:0:0:46:40:2:0 chr10 55582153 . C CA 31.45 PASS AF=0.5;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0416769;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0421;QD=7.8619;RBI=0.204234;REFB=-0.0856522;REVB=0.199937;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.103942;OID=.;OPOS=55582154;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:18:8:16:8:2:6:2:6:30:10:2:5:3:7 chr10 55582905 . G T 1246.67 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000471878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.368;QD=57.9845;RBI=0.00775622;REFB=-0.031581;REVB=0.00774185;RO=2;SAF=37;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244347;STB=0.507782;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000436203;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:86:2:3:83:83:0.965116:46:37:1:1:46:37:2:1 chr10 55755491 . C T 254.82 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00493303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.589;QD=21.6871;RBI=0.0069563;REFB=-0.0150601;REVB=0.00490462;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137512;STB=0.576792;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0353363;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:16:7:11:13:16:7 chr10 55949151 . G A 631.51 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4384;QD=61.6107;RBI=0.0374264;REFB=0;REVB=-0.0213169;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65058e-05;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr10 55955444 . T G 896.09 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183653;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.485;QD=57.8125;RBI=0.0761931;REFB=0;REVB=0.0739467;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196108;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:1:0:61:62:1:31:30:0:1:32:30:0:0 chr10 56335031 . A G 876.17 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0150506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6374;QD=54.7604;RBI=0.0198799;REFB=-0.108672;REVB=-0.0129881;RO=2;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392923;STB=0.520827;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00185145;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:23:39:0:2:23:39:0:2 chr10 56335067 . A G 1273.26 PASS AF=0.956044;AO=86;DP=105;FAO=87;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00581262;FXX=0.0319115;HRUN=11;LEN=1;MLLD=227.553;QD=55.9675;RBI=0.0126636;REFB=-0.0550385;REVB=-0.0112508;RO=6;SAF=47;SAR=39;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264381;STB=0.504456;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000438455;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:105:91:6:4:86:87:0.956044:39:47:2:4:35:52:2:2 chr10 56345303 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173;QD=54.5157;RBI=0.0495116;REFB=0;REVB=-0.0280115;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33766e-05;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr10 56345335 . T C 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1459;QD=53.904;RBI=0.0830791;REFB=0;REVB=0.00416014;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175651;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr10 57327576 . C T 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00175573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8985;QD=14.6479;RBI=0.00641071;REFB=-0.00703204;REVB=0.0061656;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194471;STB=0.614347;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.010819;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:7:12:11:3:7:12 chr10 57358667 . G A 253.46 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00924137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.198;QD=17.48;RBI=0.00948348;REFB=0.00326104;REVB=0.00212916;RO=30;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105902;STB=0.559542;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00467957;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:10:18:16:14:10:18:16:14 chr10 57359697 . C T 441.64 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00342725;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.435;QD=27.6023;RBI=0.0497442;REFB=0.0126534;REVB=-0.049626;RO=23;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955575;STB=0.552066;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00722467;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:22:19:14:9:22:19:14:9 chr10 57359819 . T C 216.24 PASS AF=0.438596;AO=22;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0887453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0155;QD=15.1749;RBI=0.0889073;REFB=-0.0100979;REVB=-0.0053649;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856263;STB=0.534563;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0144337;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:32:22:25:0.438596:16:6:7:18:17:8:12:20 chr10 57360079 . G T 127.64 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0284442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0786;QD=11.8733;RBI=0.0631596;REFB=-0.00968737;REVB=0.0563921;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190077;STB=0.612749;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0263456;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:14:14:5:10:14:14 chr10 58118630 . T C 1297.66 PASS AF=0.977273;AO=83;DP=86;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0195817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3127;QD=58.9846;RBI=0.0218728;REFB=-0.0519857;REVB=-0.00974557;RO=2;SAF=34;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270423;STB=0.513886;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00296895;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:88:2:2:83:86:0.977273:49:34:2:0:51:35:2:0 chr10 58120988 . C A 566.91 PASS AF=0.513274;AO=56;DP=112;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0663618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.18;QD=20.0676;RBI=0.0666246;REFB=-0.0235217;REVB=-0.00591171;RO=55;SAF=23;SAR=33;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105686;STB=0.55581;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0226873;OID=.;OPOS=58120988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:55:55:56:58:0.513274:33:23:29:26:34:24:29:26 chr10 59956041 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2099;QD=64.4132;RBI=0.0201165;REFB=0;REVB=0.0130823;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149971;OID=.;OPOS=59956041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr10 60573753 . G T 641.74 PASS AF=0.461538;AO=65;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0113142;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.047;QD=17.9507;RBI=0.0229537;REFB=-0.0185856;REVB=0.0199715;RO=77;SAF=33;SAR=32;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644775;STB=0.539556;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0206714;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:77:65:66:0.461538:32:33:34:43:32:34:34:43 chr10 60577393 . T C 440.79 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0450982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2322;QD=22.3182;RBI=0.0466318;REFB=-0.0215365;REVB=0.0118607;RO=34;SAF=17;SAR=26;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178885;STB=0.610636;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0142758;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:34:36:43:43:0.544304:26:17:21:13:26:17:23:13 chr10 61005244 . G C 524.57 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0100797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3432;QD=22.8076;RBI=0.0518795;REFB=-0.0090934;REVB=0.0508909;RO=42;SAF=26;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143282;STB=0.512637;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0069154;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:42:49:50:0.543478:23:26:23:19:24:26:23:19 chr10 61122268 . T A,TTA 300.97 PASS AF=0,1;AO=2,20;DP=27;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348975,0.119851;FXX=0.119952;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.4801,162.993;QD=54.722;RBI=0.0529605,0.126499;REFB=0,0;REVB=0.0398369,0.0404686;RO=4;SAF=0,10;SAR=2,10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767801,-0.152852;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00122592;OID=.,.;OPOS=61122268,61122269;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:27:22:4:0:2,20:0,22:0,1:2,10:0,10:4:0:0,11:0,11:0:0 chr10 61549657 . AT A 608.95 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114409;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4806;QD=46.8423;RBI=0.158398;REFB=0;REVB=0.109547;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00602758;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:53:52:52:0:27:25:0:0:11:1:27:23:0:1 chr10 61551428 . T C 357.72 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.466;QD=55.0333;RBI=0.0660839;REFB=0;REVB=-0.062691;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187838;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr10 61552692 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.59;QD=57.1062;RBI=0.023266;REFB=0;REVB=-0.0101142;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30658e-05;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr10 61552774 . C T 323.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3729;QD=53.8873;RBI=0.0748355;REFB=0;REVB=0.0727764;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170472;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr10 61665886 . C A 606.26 PASS AF=0.466667;AO=60;DP=132;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=19;FWDB=0.00223285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.273;QD=17.9633;RBI=0.0109017;REFB=-0.0163844;REVB=-0.0106706;RO=70;SAF=39;SAR=21;SRF=53;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119185;STB=0.568319;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0247379;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:70:72:60:63:0.466667:21:39:53:17:24:39:53:19 chr10 61719159 . C T 348.0 PASS AF=0.480519;AO=35;DP=75;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0053022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.65;QD=18.0778;RBI=0.00557293;REFB=-0.0199452;REVB=0.00171586;RO=40;SAF=25;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149919;STB=0.557232;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0154079;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:40:40:35:37:0.480519:10:25:23:17:12:25:23:17 chr10 61719232 . A AT 683.5 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261539;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2827;QD=44.8197;RBI=0.0959254;REFB=0;REVB=-0.0922911;RO=6;SAF=34;SAR=23;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00409244;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:66:61:61:0:36:25:0:0:13:6:34:23:5:1 chr10 61840347 . G A 251.12 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00483788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.219;QD=17.6227;RBI=0.0321361;REFB=-0.0160228;REVB=0.0317699;RO=29;SAF=7;SAR=20;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196823;STB=0.506168;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0149783;OID=.;OPOS=61840347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:20:7:8:21:20:8:8:21 chr10 61841573 . CTTTT CTTT,CTTTC,TCTTT 838.69 PASS AF=0.924242,0.0606061,0.0151515;AO=53,4,4;DP=68;FAO=61,4,1;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1,1;FSAR=51,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109113,0.0800889,-0.0839687;FXX=0.0294074;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=21.3461,7.25115,7.99497;QD=50.8299;RBI=0.134572,0.0803799,0.0895486;REFB=0,0,0;REVB=-0.0787654,-0.0068329,-0.0311162;RO=1;SAF=7,1,2;SAR=46,3,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.422397,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0101354,0.119989,0.166656;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0109801,0.000210664,0.127378;OID=.,.,.;OPOS=61841574,61841577,61841573;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTT,CTTTC,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:68:66:1:0:53,4,4:61,4,1:0.924242,0.0606061,0.0151515:46,3,2:7,1,2:0:1:51,3,0:10,1,1:0:0 chr10 62023781 . G A 538.52 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0241766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5101;QD=20.5151;RBI=0.0257939;REFB=-0.00850277;REVB=0.00898999;RO=49;SAF=19;SAR=36;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946351;STB=0.558118;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00585686;OID=.;OPOS=62023781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:50:55:55:0.52381:36:19:22:27:36:19:23:27 chr10 62631110 . G A 116.97 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0226831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9435;QD=8.50669;RBI=0.042654;REFB=-0.00556467;REVB=-0.0361226;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150738;STB=0.50908;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0128124;OID=.;OPOS=62631110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:8:8:20:19:8:8:20:19 chr10 63172694 . A G 444.69 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0578124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9541;QD=13.7887;RBI=0.0585546;REFB=0.0194588;REVB=0.00929374;RO=78;SAF=26;SAR=25;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00322702;STB=0.501824;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0240839;OID=.;OPOS=63172694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:78:51:51:0.395349:25:26:40:38:25:26:40:38 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 839.81 PASS AF=0.0957447,0.670213,0.0638298;AO=22,30,5;DP=103;FAO=9,63,6;FDP=94;FR=.;FRO=16;FSAF=8,38,6;FSAR=1,25,0;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00487075,0.0329326,-0.0352519;FXX=0.059994;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=205.316,211.401,266.474;QD=35.7364;RBI=0.00785627,0.0333123,0.0361618;REFB=-0.0132811,-0.011209,-0.00683393;REVB=-0.00616415,-0.00501515,-0.008061;RO=26;SAF=21,8,5;SAR=1,22,0;SRF=10;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.71902,-0.117687,0.702329;STB=0.909746,0.584825,0.998636;STBP=0.008,0.003,0;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0449362,0.00768943,0.0543908;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:103:94:26:16:22,30,5:9,63,6:0.0957447,0.670213,0.0638298:1,22,0:21,8,5:10:16:1,25,0:8,38,6:3:13 chr10 63450379 . G A 66.25 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=44;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0144399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.519;QD=5.88883;RBI=0.0823889;REFB=-0.0171004;REVB=-0.0811136;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503224;STB=0.511089;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0566409;OID=.;OPOS=63450379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:44:45:35:35:9:10:0.222222:4:5:18:17:5:5:18:17 chr10 63520698 . T C 1512.73 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108176;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.189;QD=63.6939;RBI=0.0136921;REFB=0;REVB=0.00839367;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82391e-05;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr10 63851958 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0241385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.026;QD=10.6346;RBI=0.0247041;REFB=-0.0135851;REVB=-0.00525611;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.555414;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0144744;OID=.;OPOS=63851958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:6:7:5:3:6:7 chr10 63954188 . G A 248.54 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00108283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.311;QD=16.2977;RBI=0.0187631;REFB=-0.0343863;REVB=-0.0187319;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131225;STB=0.567293;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.027615;OID=.;OPOS=63954188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:30:33:28:28:0.459016:11:17:14:16:11:17:16:17 chr10 63958112 . T C 252.24 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0508985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.367;QD=12.6122;RBI=0.0516668;REFB=0.00544388;REVB=0.00887665;RO=49;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178049;STB=0.606045;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00863985;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:50:30:30:0.375:16:14:15:34:16:14:15:35 chr10 63977980 . C T 411.29 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.0147098;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8966;QD=20.825;RBI=0.0152829;REFB=-0.000272095;REVB=0.00414608;RO=37;SAF=14;SAR=27;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154143;STB=0.588793;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000418554;OID=.;OPOS=63977980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:38:41:41:0.518987:27:14:7:30:27:14:7:31 chr10 63995983 . C T 1259.65 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0121575;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.087;QD=59.2775;RBI=0.0126777;REFB=0.0464163;REVB=0.00359434;RO=2;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035744;STB=0.501887;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.000544806;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:2:2:83:83:0.976471:48:35:1:1:48:35:1:1 chr10 64000878 . T G 142.78 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0115334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4954;QD=22.8451;RBI=0.0265616;REFB=-0.0200069;REVB=0.0239269;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110077;STB=0.540928;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.054134;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:5:9:5:5:6:9:5:5 chr10 64110037 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.052527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7606;QD=12.73;RBI=0.0533741;REFB=0.0269816;REVB=0.00947107;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286527;STB=0.666349;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0217587;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:2:10:5:4:2:10 chr10 64159333 . G T 56.74 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.000901138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.325;QD=11.9458;RBI=0.0256857;REFB=0.00230765;REVB=-0.0256699;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463643;STB=0.761482;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00595521;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:11:0:3:5:11:0 chr10 64415184 . A G 1441.67 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.393;QD=61.3478;RBI=0.0609323;REFB=-0.0312101;REVB=0.0295029;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000435068;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:0:1:92:93:0.989362:47:45:0:0:47:46:1:0 chr10 64416220 . C T 1665.18 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0316887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.607;QD=58.4273;RBI=0.0361557;REFB=0.0242529;REVB=-0.0174088;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075964;STB=0.507811;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-7.10491e-05;OID=.;OPOS=64416220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:114:1:2:111:112:0.982456:62:49:0:1:63:49:0:2 chr10 64565011 . G A 449.07 PASS AF=0.483871;AO=43;DP=90;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0436278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9442;QD=19.3147;RBI=0.0546584;REFB=-0.0405208;REVB=-0.0329265;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279646;STB=0.506472;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0498912;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:47:48:43:45:0.483871:20:23:25:22:21:24:25:23 chr10 64566572 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.638;QD=52.6126;RBI=0.00547509;REFB=0;REVB=0.00533621;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93918e-05;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr10 64567364 . C T 2351.52 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4771;QD=61.0785;RBI=0.0271335;REFB=0;REVB=-0.0223971;RO=0;SAF=90;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.32409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57959e-05;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:64:90:0:0:64:90:0:0 chr10 64567938 . C T 373.47 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.097;QD=55.3294;RBI=0.0285772;REFB=0;REVB=0.025941;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274398;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:16:11:0:0 chr10 64572037 . AT A 235.34 PASS AF=1;AO=29;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11592;FXX=0.0222173;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.64743;QD=21.3944;RBI=0.215947;REFB=0;REVB=0.182197;RO=8;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00735837;OID=.;OPOS=64572038;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:45:44:44:0:25:19:0:0:5:8:16:13:4:4 chr10 64572093 . T C 285.97 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0281034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.217;QD=21.9979;RBI=0.0281034;REFB=-0.0349354;REVB=-4.10382e-05;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552766;STB=0.536399;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0290264;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:23:28:29:0.557692:14:14:9:12:14:15:10:13 chr10 64573771 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.132;QD=57.202;RBI=0.0463209;REFB=0;REVB=0.0212733;RO=0;SAF=28;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256033;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:2:28:0:0:2:28:0:0 chr10 64869942 . A G 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00127453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0658;QD=19.3389;RBI=0.00549016;REFB=-0.00659369;REVB=0.00534018;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379869;STB=0.714059;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0139698;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:4:14:6:12:4:14 chr10 64945364 . G A 116.68 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00714137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5332;QD=13.7266;RBI=0.00830695;REFB=-0.0261982;REVB=-0.00424339;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196894;STB=0.642653;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0362557;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:13:14:0.411765:8:5:11:8:9:5:12:8 chr10 64967445 . A T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9849;QD=63.2855;RBI=0.0590682;REFB=0;REVB=0.0130068;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709331;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A 36.91 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0536256;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=6;MLLD=238.246;QD=6.151;RBI=0.0629049;REFB=-0.0126223;REVB=-0.0328834;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331721;STB=0.707759;STBP=0.323;TYPE=del;VARB=0.0312925;OID=.;OPOS=64967951;OREF=CTAAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:25:6:24:18:3:3:4:14:36:18:3:3:4:14 chr10 64974380 . G C 88.07 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00726511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7461;QD=14.6784;RBI=0.0471037;REFB=-0.0114459;REVB=0.0465401;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.673766;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0487256;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:13:13:10:11:0.458333:6:4:9:4:7:4:9:4 chr10 68040240 . G T 45.86 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00326031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8204;QD=9.1729;RBI=0.00621771;REFB=0.011476;REVB=0.00529436;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216016;STB=0.517191;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0159114;OID=.;OPOS=68040240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:13:13:6:7:0.35:5:1:4:9:5:2:4:9 chr10 68040325 . C T 339.77 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.057;QD=54.363;RBI=0.0293213;REFB=0;REVB=0.0210167;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110099;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr10 68685929 . G C 450.25 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674385;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.134;QD=58.0973;RBI=0.0633693;REFB=0;REVB=0.0630094;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257239;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr10 69571336 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0171916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6107;QD=19.3693;RBI=0.0301676;REFB=-0.0262977;REVB=0.0247898;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08522;STB=0.548327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0319005;OID=.;OPOS=69571336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:9:6:8:8:9:6 chr10 69666598 . T C 375.96 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0290323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7388;QD=17.9029;RBI=0.0330789;REFB=-0.012781;REVB=-0.0158538;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612663;STB=0.528636;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0146393;OID=.;OPOS=69666598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:45:39:39:0.464286:22:17:22:22:22:17:22:23 chr10 69676830 . T C 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0074953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.721;QD=19.3442;RBI=0.00750236;REFB=0.00229167;REVB=-0.00032525;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028511;STB=0.528271;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00241984;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:10:8:7:10:10:8:7:11 chr10 69773841 . G A 289.17 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0706976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8725;QD=10.7098;RBI=0.0711576;REFB=0.0140999;REVB=0.00807815;RO=71;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425292;STB=0.524519;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0435401;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:71:37:37:0.342593:20:17:30:41:20:17:30:41 chr10 69917921 . C T 348.05 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0110231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.767;QD=14.8107;RBI=0.0170209;REFB=-0.0148959;REVB=-0.0129693;RO=53;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110375;STB=0.548626;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.018928;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:53:56:38:38:0.404255:14:24:28:25:14:24:31:25 chr10 69917925 . T C 306.05 PASS AF=0.364583;AO=36;DP=97;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00282752;FXX=0.0103082;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.663;QD=12.7519;RBI=0.00610142;REFB=-0.00332324;REVB=-0.0054067;RO=60;SAF=23;SAR=13;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830824;STB=0.536564;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00614978;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:61:36:35:0.364583:13:23:34:26:13:22:35:26 chr10 69926097 . T C 169.01 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0262392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.487;QD=16.9008;RBI=0.0278198;REFB=-0.0074764;REVB=-0.00924353;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224476;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00666518;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:9:9:10:11:9:9:11:11 chr10 69926334 . C G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00597256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.523;QD=12.8689;RBI=0.00914986;REFB=-0.00171069;REVB=-0.0069317;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259909;STB=0.653058;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00262721;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:6:10:4:7:6:10 chr10 69933921 . G A 208.0 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00343767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.61;QD=17.702;RBI=0.010814;REFB=-0.0323239;REVB=-0.0102531;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.546174;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0155134;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:13:8:12:13:13:8:12:14 chr10 69933969 . G A 306.03 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00289031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.099;QD=20.4019;RBI=0.0030852;REFB=-0.00189227;REVB=0.00107915;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581777;STB=0.51265;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00161155;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:18:14:12:15:18:14:13:15 chr10 69934258 . C G 248.14 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.113;QD=49.6275;RBI=0.0244708;REFB=0;REVB=0.0241213;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037986;OID=.;OPOS=69934258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:16:3:0:0:17:3:0:0 chr10 69948844 . T C 1274.17 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00604288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.659;QD=59.2635;RBI=0.0144312;REFB=-0.0872741;REVB=0.013105;RO=1;SAF=52;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902308;STB=0.509432;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000970684;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:32:52:1:0:32:52:2:0 chr10 69959242 . C A 1843.21 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.661;QD=60.433;RBI=0.027075;REFB=-0.112652;REVB=0.0250145;RO=1;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826089;STB=0.504347;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000919071;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:120:121:0.991803:57:63:0:1:57:64:0:1 chr10 69991853 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.485;QD=40.7626;RBI=0.0532189;REFB=0;REVB=0.0517584;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110104;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr10 70051810 . A G 611.2 PASS AF=0.830508;AO=50;DP=60;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0101853;FXX=0.0327815;HRUN=8;LEN=1;MLLD=228.063;QD=41.437;RBI=0.0109331;REFB=0.0133051;REVB=0.0039739;RO=10;SAF=13;SAR=37;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160407;STB=0.51246;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00142661;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:59:10:10:50:49:0.830508:37:13:3:7:37:12:3:7 chr10 70051928 . A G 972.88 PASS AF=1;AO=46;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.121;QD=58.9626;RBI=0.0291526;REFB=0;REVB=0.0283329;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48974e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:46:66:1:27:19:0:0:46:20:0:0 chr10 70102936 . T A 906.07 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0753722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.79;QD=56.6296;RBI=0.0753901;REFB=-0.0717289;REVB=0.00164116;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00188446;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:64:0:1:62:63:0.984375:29:33:0:0:29:34:0:1 chr10 70103272 . G C 468.61 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1187;QD=56.8009;RBI=0.0381624;REFB=0;REVB=0.0298234;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274343;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:20:13:0:0 chr10 70105560 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2861;QD=62.6704;RBI=0.04846;REFB=0;REVB=-0.0272367;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119685;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr10 70139206 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.000139605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.812;QD=14.6539;RBI=0.0143302;REFB=-0.0183945;REVB=0.0143295;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246848;STB=0.64255;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0193872;OID=.;OPOS=70139206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:7:1:3:5:7:1 chr10 70176478 . GT G 57.13 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0155162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.4654;QD=10.8822;RBI=0.0459902;REFB=-0.0459483;REVB=-0.0432937;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599995;STB=0.870147;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0437847;OID=.;OPOS=70176479;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:10:21:10:21:11:1:9:8:3:56:10:1:9:7:3 chr10 70332580 . A G 420.59 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.73;QD=56.0784;RBI=0.0461376;REFB=0;REVB=0.0310376;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515385;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:19:9:0:0:20:10:0:0 chr10 70405855 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2315;QD=42.1818;RBI=0.0295277;REFB=0;REVB=0.0211137;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164729;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr10 70495544 . T C 306.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4719;QD=53.259;RBI=0.0886006;REFB=0;REVB=0.057329;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345174;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr10 70502288 . G A 899.43 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136066;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.999;QD=58.0278;RBI=0.00773812;REFB=0;REVB=0.00761755;RO=0;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35871e-05;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:45:15:0:0:47:15:0:0 chr10 70534744 . A C 116.34 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4001;QD=42.3046;RBI=0.191908;REFB=0;REVB=0.191839;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293498;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:4:5:0:0:6:5:0:0 chr10 70641860 . T C 413.77 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0273193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5129;QD=48.6789;RBI=0.0287266;REFB=-0.198921;REVB=-0.00888119;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.57138;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0128064;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:0:3:31:31:0.911765:22:9:0:0:22:9:3:0 chr10 70696713 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.314;QD=62.6711;RBI=0.0315726;REFB=0;REVB=0.028578;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69062e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr10 70700944 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4782;QD=40.7627;RBI=0.059815;REFB=0;REVB=-0.0501816;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105667;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr10 70748784 . G A 575.61 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.983;QD=60.5906;RBI=0.0742383;REFB=0;REVB=0.0698585;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438958;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr10 70856852 . G A 501.8 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0183001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.131;QD=27.4961;RBI=0.0255579;REFB=-0.0166682;REVB=0.0178413;RO=26;SAF=21;SAR=25;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054483;STB=0.536657;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0111035;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:26:27:46:46:0.630137:25:21:14:12:25:21:15:12 chr10 70940191 . C T 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.081023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2938;QD=12.6188;RBI=0.0990672;REFB=0.0204925;REVB=0.0570051;RO=38;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896452;STB=0.551587;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0285813;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:14:10:19:19:14:10:19:19 chr10 70992664 . C T 697.09 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7125;QD=61.9638;RBI=0.0386684;REFB=0;REVB=0.0117817;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331571;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:19:24:0:0:21:24:0:0 chr10 71018660 . T C 806.45 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289091;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.184;QD=57.6039;RBI=0.0354469;REFB=0;REVB=0.0205121;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133671;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr10 71026510 . C A,G 740.23 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=49,2;DP=51;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563653,-0.035747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.0362,27.0781;QD=55.8667;RBI=0.0591807,0.0357478;REFB=0,0;REVB=0.0180363,0.000239154;RO=0;SAF=23,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00122788,0.124387;OID=.,.;OPOS=71026510,71026510;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:53:0:0:49,2:51,2:0.962264,0.0377358:26,0:23,2:0:0:26,0:25,2:0:0 chr10 71055459 . T TC 150.17 PASS AF=1;AO=6;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547596;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.4768;QD=42.905;RBI=0.0356069;REFB=0;REVB=-0.0351834;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00270209;OID=.;OPOS=71055460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:14:14:14:0:9:5:0:0:4:0:4:2:0:0 chr10 71060610 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.414;QD=45.8052;RBI=0.0366427;REFB=0;REVB=0.0228028;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709821;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr10 71060621 . C T 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0312239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.246;QD=13.9585;RBI=0.0403359;REFB=-0.00658599;REVB=-0.0255354;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00862157;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:3:4:4:3:3:4 chr10 71060634 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.484;QD=43.4861;RBI=0.0213847;REFB=0;REVB=0.0121743;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525525;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr10 71098295 . T A 850.66 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8067;QD=56.7104;RBI=0.0333408;REFB=0;REVB=0.0321035;RO=1;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403138;OID=.;OPOS=71098295;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:21:38:0:1:22:38:0:0 chr10 71103597 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.428;QD=56.1913;RBI=0.0184307;REFB=0;REVB=0.00852963;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018758;OID=.;OPOS=71103597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr10 71142420 . G A 911.33 PASS AF=0.984375;AO=42;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.219262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9618;QD=56.9579;RBI=0.238039;REFB=-0.122191;REVB=0.0926657;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00609691;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:42:63:0.984375:25:17:0:1:26:37:0:1 chr10 71168685 . A T 474.04 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365768;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.197;QD=59.2543;RBI=0.063082;REFB=0;REVB=0.0513952;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362338;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:33:32:1:11:22:0:0:11:21:0:0 chr10 71332204 . A G 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0282148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.144;QD=13.912;RBI=0.029097;REFB=-0.00612534;REVB=0.00711036;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134752;STB=0.572945;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00894152;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:31:21:21:0.403846:11:10:10:19:11:10:11:20 chr10 71390392 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.051;QD=56.9362;RBI=0.0105979;REFB=0;REVB=0.00828092;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16006e-05;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr10 71392557 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.042;QD=59.4354;RBI=0.0265146;REFB=0;REVB=-0.0236712;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90033e-05;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr10 71392692 . T C 1089.66 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479593;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.998;QD=60.5366;RBI=0.0568225;REFB=0;REVB=0.0304746;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43411e-05;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr10 71562437 . G A 478.73 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0359816;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.627;QD=51.754;RBI=0.0620372;REFB=-0.139822;REVB=0.0505366;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.511176;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00378716;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:37:37:0:3:33:34:0.918919:16:17:0:0:16:18:2:1 chr10 71620403 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00294177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.555;QD=13.5055;RBI=0.00422994;REFB=-0.0227075;REVB=-0.00303947;RO=17;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321757;STB=0.69579;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0345734;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:1:11:13:4:1:11:13:4 chr10 71620436 . A AC 314.71 PASS AF=1;AO=21;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.5833;QD=41.9608;RBI=0.109555;REFB=0;REVB=-0.107557;RO=6;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0125766;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:30:30:30:0:21:9:0:0:6:6:13:8:6:0 chr10 71637832 . A G 232.36 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00720187;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.921;QD=15.7533;RBI=0.0208541;REFB=-0.0188801;REVB=-0.0195711;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196593;STB=0.591335;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0192953;OID=.;OPOS=71637832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:30:32:26:27:0.457627:16:10:6:24:16:11:8:24 chr10 71640255 . G A 218.51 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00107868;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.655;QD=17.8375;RBI=0.0428974;REFB=-0.0369985;REVB=0.0428838;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136547;STB=0.50209;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0288401;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:26:23:23:0.469388:7:16:17:7:7:16:18:8 chr10 71657272 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00737821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.676;QD=53.3624;RBI=0.0191089;REFB=0.0159314;REVB=-0.017627;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000131079;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:1:0:13:16:1:0 chr10 71658512 . G A 742.84 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143188;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.053;QD=57.1418;RBI=0.0167205;REFB=0;REVB=0.00863411;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30169e-05;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr10 71678058 . C G 229.77 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0209335;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3012;QD=11.9363;RBI=0.0217012;REFB=0.0121087;REVB=-0.00572102;RO=47;SAF=20;SAR=8;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238148;STB=0.639895;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0261187;OID=.;OPOS=71678058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:49:28:28:0.363636:8:20:24:23:8:20:25:24 chr10 71682458 . C A 255.36 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00379447;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.333;QD=22.2051;RBI=0.0165313;REFB=-0.00109468;REVB=-0.01609;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425359;STB=0.52379;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000737645;OID=.;OPOS=71682458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:9:13:13:11:9:13 chr10 71876382 . C T 600.66 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.057;QD=58.6007;RBI=0.0266227;REFB=-0.006812;REVB=-0.00171218;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000482807;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:15:25:0:0:15:25:1:0 chr10 71905569 . C A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0537185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.436;QD=19.1085;RBI=0.0546495;REFB=-0.0465161;REVB=0.0100442;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0314462;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:2:4:4:5:2:4 chr10 72043389 . T G 381.86 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448505;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.461;QD=56.5715;RBI=0.0451066;REFB=0;REVB=-0.0047998;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194804;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr10 72043460 . T G 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0394105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6113;QD=32.3682;RBI=0.0489204;REFB=0.000769138;REVB=0.028983;RO=3;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182594;STB=0.602239;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00286054;OID=.;OPOS=72043460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:10:3:2:1:10:3:2:1 chr10 72179746 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.445;QD=48.6258;RBI=0.0380159;REFB=-0.0771383;REVB=0.0204429;RO=1;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249712;STB=0.512809;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00170697;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:21:22:0.956522:18:3:0:1:19:3:0:1 chr10 72181460 . G T 575.37 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4201;QD=60.5655;RBI=0.112089;REFB=0;REVB=0.00298133;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185417;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr10 72195439 . T C 560.83 PASS AF=1;AO=16;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493672;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1212;QD=60.6303;RBI=0.0219925;REFB=0;REVB=0.0214313;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103434;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:16:37:1:13:3:0:0:13:24:0:0 chr10 72289701 . G A 287.61 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00668985;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.459;QD=24.4776;RBI=0.0222084;REFB=-0.0184906;REVB=0.0211768;RO=21;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146011;STB=0.580588;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0131768;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:9:17:17:4:9:17:17:4 chr10 72289778 . C T 294.05 PASS AF=0.563636;AO=29;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00622276;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.516;QD=21.3852;RBI=0.041339;REFB=-0.0260111;REVB=0.0408679;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149614;STB=0.579389;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0206806;OID=.;OPOS=72289778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:29:31:0.563636:15:14:16:8:16:15:16:8 chr10 72307101 . C T 1138.8 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623231;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.351;QD=60.7358;RBI=0.0648226;REFB=0;REVB=0.0178269;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106866;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr10 72324143 . A G 1487.1 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00141585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.218;QD=53.1107;RBI=0.0290729;REFB=-0.00166182;REVB=-0.0290384;RO=7;SAF=53;SAR=52;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901678;STB=0.504761;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000371063;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:112:112:7:7:105:105:0.9375:52:53:3:4:52:53:3:4 chr10 72358577 . G A 506.37 PASS AF=0.538462;AO=47;DP=90;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.00507194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5829;QD=22.2581;RBI=0.0630467;REFB=-0.010729;REVB=0.0628424;RO=41;SAF=27;SAR=20;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254563;STB=0.631179;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0136469;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:41:42:47:49:0.538462:20:27:11:30:22:27:11:31 chr10 72500762 . CT C,CC 557.87 PASS AF=0.255814,0.72093;AO=12,26;DP=39;FAO=11,31;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=11,8;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136317,0.143932;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.094,143.953;QD=51.8944;RBI=0.0141463,0.14395;REFB=-0.0692095,-0.0951935;REVB=0.00378075,-0.00226665;RO=1;SAF=12,3;SAR=0,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.831585,0.019779;STB=0.998299,0.510632;STBP=0.042,0.643;TYPE=del,snp;VARB=-0.0175536,0.00563957;OID=.,.;OPOS=72500763,72500763;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.255814,0.72093:12,26:39:11,31:43:1:11,8:0,23:0:1:36:1:12,3:0,23:0:1 chr10 72500863 . C G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.826;QD=59.3211;RBI=0.0485085;REFB=0;REVB=0.0201542;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82599e-05;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr10 72503343 . C CA 1740.6 PASS AF=1;AO=13;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758303;FXX=0.0162588;HRUN=0;LEN=1;MLLD=196.512;QD=57.5404;RBI=0.0927164;REFB=0;REVB=0.0533488;RO=106;SAF=9;SAR=4;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000884783;OID=.;OPOS=72503344;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:121:121:121:0:69:52:0:0:10:106:9:4:59:47 chr10 72503344 . G A 1480.53 PASS AF=0.891667;AO=105;DP=119;FAO=107;FDP=120;FR=.;FRO=13;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00404363;FXX=0.0243883;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.742;QD=49.3511;RBI=0.0315204;REFB=-0.141842;REVB=0.03126;RO=13;SAF=59;SAR=46;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276655;STB=0.514514;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00130971;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:119:120:13:13:105:107:0.891667:46:59:9:4:47:60:9:4 chr10 72517830 . G A 550.86 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3364;QD=59.5527;RBI=0.100752;REFB=0;REVB=0.0248736;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113943;OID=.;OPOS=72517830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr10 72518009 . A G 641.97 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00564956;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9024;QD=55.8231;RBI=0.0492118;REFB=-0.0100276;REVB=0.0488864;RO=3;SAF=18;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720279;STB=0.536568;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00112043;OID=.;OPOS=72518009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:46:3:3:42:43:0.934783:24:18:3:0:24:19:3:0 chr10 72520660 . T C 746.65 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9533;QD=63.5448;RBI=0.0155685;REFB=0;REVB=0.00311424;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165219;OID=.;OPOS=72520660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr10 72535007 . C T 466.99 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0308982;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.481;QD=53.3701;RBI=0.0644255;REFB=-0.0255625;REVB=-0.0565327;RO=2;SAF=23;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389142;STB=0.520821;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0015449;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:10:23:2:0:10:23:2:0 chr10 72619205 . C T 1526.26 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.791;QD=59.2723;RBI=0.0426024;REFB=0;REVB=0.0224069;RO=0;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70537e-05;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:103:0:0:97:103:1:63:34:0:0:66:37:0:0 chr10 73044580 . G A 537.13 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00220989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.468;QD=23.61;RBI=0.0406803;REFB=-0.0308341;REVB=-0.0406202;RO=36;SAF=34;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25185;STB=0.665413;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0138294;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:36:41:50:50:0.549451:16:34:13:23:16:34:13:28 chr10 73059651 . A G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00059942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.276;QD=12.8973;RBI=0.00410088;REFB=-0.00248305;REVB=0.00405684;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131506;STB=0.518775;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00464373;OID=.;OPOS=73059651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:14:15:9:8:15:15 chr10 73270906 . T C 1054.23 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790767;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.758;QD=60.2417;RBI=0.00955488;REFB=0;REVB=-0.00536326;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07296e-06;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr10 73270982 . G A 525.17 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.068023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.796;QD=56.7753;RBI=0.0681233;REFB=-0.0780814;REVB=0.0036938;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.512188;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00125265;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:16:19:1:0:16:20:1:0 chr10 73434888 . G C 121.53 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0193799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.068;QD=15.1913;RBI=0.0393819;REFB=0.00607356;REVB=-0.0342834;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.0170424;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:8:10:8:6:8:10 chr10 73455201 . T C 321.16 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0924366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.827;QD=18.8917;RBI=0.101665;REFB=-0.00451666;REVB=-0.0423236;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259418;STB=0.643986;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00645595;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:14:20:10:24:14:20:10:24 chr10 73455273 . T C 280.29 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0672105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.795;QD=17.5184;RBI=0.0676288;REFB=0.00574358;REVB=0.00750997;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269421;STB=0.639916;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0129777;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:30:31:0.484375:14:16:8:25:15:16:8:25 chr10 73492079 . A G 617.82 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814241;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3617;QD=61.7815;RBI=0.0221284;REFB=0;REVB=0.0205758;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273737;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr10 73501556 . G A 717.0 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5659;QD=62.3474;RBI=0.0788942;REFB=0;REVB=0.00946591;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920793;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:27:19:0:0 chr10 73520632 . A C 1047.84 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159204;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5491;QD=59.8767;RBI=0.0557563;REFB=0;REVB=0.0557336;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373978;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr10 73521371 . C T 231.61 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00203479;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.508;QD=14.9423;RBI=0.00875973;REFB=-0.0191296;REVB=-0.00852013;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341666;STB=0.517753;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0251703;OID=.;OPOS=73521371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:35:26:27:0.435484:10:16:21:15:10:17:21:14 chr10 73533177 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0212035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.362;QD=12.8692;RBI=0.0229588;REFB=-0.019104;REVB=-0.0088045;RO=33;SAF=4;SAR=17;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036057;STB=0.520871;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0177925;OID=.;OPOS=73533177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:17:4:7:26:17:4:7:26 chr10 73537614 . G A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00729971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2955;QD=18.7116;RBI=0.00862027;REFB=-0.0279671;REVB=-0.00458512;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708919;STB=0.540149;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.019357;OID=.;OPOS=73537614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:6:13:11:7:6:13 chr10 73537978 . C T 105.98 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0659679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3668;QD=15.7008;RBI=0.0679184;REFB=0.00606882;REVB=-0.0161596;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.561308;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00311612;OID=.;OPOS=73537978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:12:13:0.481481:5:7:7:7:5:8:7:7 chr10 73544086 . G A 985.14 PASS AF=0.922078;AO=70;DP=77;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0115395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.263;QD=51.1761;RBI=0.0295945;REFB=-0.191094;REVB=0.027252;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269982;STB=0.500549;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00184199;OID=.;OPOS=73544086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:77:77:2:6:70:71:0.922078:34:36:0:2:35:36:3:3 chr10 73550969 . G A 1471.09 PASS AF=0.990196;AO=96;DP=99;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0564564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.143;QD=57.6899;RBI=0.0628171;REFB=-0.0209327;REVB=0.0275437;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00084588;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:102:0:1:96:101:0.990196:41:55:0:0:45:56:1:0 chr10 73558886 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.543;QD=58.5877;RBI=0.0182173;REFB=0;REVB=0.00934019;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106059;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr10 73558952 . C T 607.36 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0100388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.158;QD=51.6905;RBI=0.0274375;REFB=-0.0917505;REVB=0.025535;RO=3;SAF=26;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00631525;STB=0.524404;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00443474;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:47:47:3:5:42:42:0.893617:16:26:2:1:16:26:2:3 chr10 73562744 . G A 672.38 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00353191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8403;QD=52.7356;RBI=0.0166302;REFB=0.0124035;REVB=0.0162508;RO=2;SAF=29;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313445;STB=0.516123;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000252181;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:2:2:48:49:0.960784:19:29:2:0:19:30:2:0 chr10 73576307 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.772;QD=46.8474;RBI=0.0713362;REFB=0;REVB=0.059577;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731765;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr10 73610982 . G A 3170.54 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093956;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.595;QD=61.5639;RBI=0.00993813;REFB=-0.102938;REVB=-0.00323871;RO=1;SAF=76;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05247e-05;OID=.;OPOS=73610982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:206:1:0:206:206:1:130:76:0:1:130:76:0:0 chr10 73822343 . T C 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0184993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.137;QD=15.5709;RBI=0.0190067;REFB=-0.0300705;REVB=-0.00436247;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148551;STB=0.586989;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0339702;OID=.;OPOS=73822343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:7:5:3:8:7:5 chr10 74237247 . C CT,T 990.37 PASS AF=1,0;AO=62,3;DP=73;FAO=71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019265,0.00709671;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.501,149.603;QD=55.7957;RBI=0.117757,0.049574;REFB=0,0;REVB=-0.116171,-0.0490634;RO=5;SAF=28,0;SAR=34,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00732746,-0.658479;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00291087,0;OID=.,.;OPOS=74237248,74237247;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:5:0:62,3:71,0:1,0:34,3:28,0:2:3:42,0:29,0:0:0 chr10 74830335 . A G 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0166502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.965;QD=14.6471;RBI=0.025418;REFB=-0.0106007;REVB=0.0192054;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.588103;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0142899;OID=.;OPOS=74830335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:4:10:10:8:4:10:11:8 chr10 74834651 . T C 189.86 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0285334;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.005;QD=28.1268;RBI=0.0286215;REFB=-0.0385579;REVB=-0.00224323;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1332;STB=0.556898;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00867191;OID=.;OPOS=74834651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:27:8:9:18:18:0.666667:11:7:5:3:11:7:5:4 chr10 74894375 . T C 464.55 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0152793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.507;QD=13.6631;RBI=0.0536043;REFB=-0.00264799;REVB=0.0513806;RO=83;SAF=32;SAR=21;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183341;STB=0.603734;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00455444;OID=.;OPOS=74894375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:83:83:53:53:0.389706:21:32:36:47:21:32:36:47 chr10 74896664 . T C 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.026177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2326;QD=30.5517;RBI=0.0268623;REFB=-0.00891815;REVB=-0.00602897;RO=7;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027429;STB=0.515135;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00463707;OID=.;OPOS=74896664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:6:12:5:2:6:12:5:2 chr10 74897816 . C T 133.78 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0239608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3805;QD=25.4823;RBI=0.0597974;REFB=-0.0170247;REVB=0.054787;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138477;OID=.;OPOS=74897816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:8:6:3:4:8:6:3:4 chr10 74899111 . A G 228.89 PASS AF=0.564103;AO=15;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0952287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4245;QD=23.4754;RBI=0.257858;REFB=-0.00842806;REVB=-0.23963;RO=10;SAF=15;SAR=0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.824012;STB=0.512184;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00475479;OID=.;OPOS=74899111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:10:17:15:22:0.564103:0:15:6:4:7:15:12:5 chr10 74899134 . C G 250.94 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0239637;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4505;QD=16.7293;RBI=0.0325076;REFB=-0.00154709;REVB=0.0219655;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216363;STB=0.616588;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00174588;OID=.;OPOS=74899134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:30:32:28:28:0.466667:14:14:22:8:14:14:23:9 chr10 74916173 . T A 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0524118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0626;QD=16.624;RBI=0.070587;REFB=-0.0332196;REVB=-0.0472814;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508418;STB=0.529366;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0373987;OID=.;OPOS=74916173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:9:5:4:9:9:5 chr10 74923562 . C T 297.34 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0119618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.122;QD=11.436;RBI=0.0130717;REFB=0.00279404;REVB=-0.00527115;RO=66;SAF=20;SAR=17;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12923;STB=0.57847;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00634722;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:67:37:37:0.355769:17:20:28:38:17:20:28:39 chr10 74934442 . C T 351.69 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0160485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6462;QD=28.7097;RBI=0.0360802;REFB=-0.00860747;REVB=-0.0323145;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181939;STB=0.603706;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00620776;OID=.;OPOS=74934442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:19:29:30:0.612245:14:15:5:14:14:16:5:14 chr10 74995086 . C T 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0170769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.727;QD=25.7521;RBI=0.0204388;REFB=-0.0120573;REVB=-0.0112306;RO=26;SAF=11;SAR=30;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349181;STB=0.519116;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0100678;OID=.;OPOS=74995086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:30:11:8:18:30:11:8:18 chr10 75000698 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00249804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.704;QD=12.7386;RBI=0.012731;REFB=-0.0337951;REVB=-0.0124835;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0458459;OID=.;OPOS=75000698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr10 75000739 . G A 89.56 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0209252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.068;QD=15.5752;RBI=0.0311256;REFB=-0.00190202;REVB=0.0230421;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51721;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00281402;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:12:11:11:0.478261:4:7:7:4:4:7:8:4 chr10 75009107 . T A 191.59 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0212906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.412;QD=15.6402;RBI=0.0231345;REFB=0.0061811;REVB=0.00905067;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121791;STB=0.561492;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00260194;OID=.;OPOS=75009107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:13:7:13:15:13:7:13:16 chr10 75035257 . T C 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0323436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.571;QD=11.1842;RBI=0.0455785;REFB=0.0016259;REVB=0.0321137;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133391;STB=0.507804;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.000670654;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:17:18:10:9:17:18 chr10 75056863 . A C 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.000970074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.555;QD=6.68539;RBI=0.00655573;REFB=-0.00623031;REVB=0.00648356;RO=45;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0210827;OID=.;OPOS=75056863;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:6:9:27:18:6:9:27:18 chr10 75095253 . G A 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.061305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.591;QD=32.4273;RBI=0.0613511;REFB=-0.00420224;REVB=-0.00237725;RO=12;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830324;STB=0.53529;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00232024;OID=.;OPOS=75095253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:12:13:28:28:0.682927:18:10:6:6:18:10:6:7 chr10 75148116 . A G 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00254415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.464;QD=16.279;RBI=0.019081;REFB=-0.00952301;REVB=-0.0189106;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684256;STB=0.538625;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0122514;OID=.;OPOS=75148116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:10:18:19:14:10:18:19:14 chr10 75258528 . TG T 33.21 PASS AF=0.387097;AO=15;DP=33;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0439316;FXX=0.0605877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.98787;QD=4.28483;RBI=0.230711;REFB=-0.138206;REVB=-0.22649;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333241;STB=0.535459;STBP=0.782;TYPE=del;VARB=0.148086;OID=.;OPOS=75258529;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:15:33:12:31:19:5:7:9:10:33:14:4:11:9:5 chr10 75289359 . C A 259.13 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00128443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.846;QD=24.1052;RBI=0.0125376;REFB=-0.0353683;REVB=0.0124716;RO=18;SAF=4;SAR=20;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247509;STB=0.659189;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0253283;OID=.;OPOS=75289359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:20:4:7:11:20:4:8:11 chr10 75404673 . A T 166.39 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00831494;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.38;QD=11.4755;RBI=0.0216077;REFB=-0.00987866;REVB=-0.0199438;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587604;STB=0.534214;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0159966;OID=.;OPOS=75404673;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:21:16:8:13:21:16 chr10 75451768 . A G 50.65 PASS AF=0.2;AO=7;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0201982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.552;QD=5.06468;RBI=0.0227688;REFB=-0.00460034;REVB=-0.0105095;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195002;STB=0.551816;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0149224;OID=.;OPOS=75451768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:7:8:0.2:5:2:14:18:5:3:14:18 chr10 75457513 . TG T 63.89 PASS AF=0.538462;AO=11;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.150294;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.5817;QD=9.82935;RBI=0.165145;REFB=0.0145923;REVB=-0.0684455;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501661;STB=0.688208;STBP=0.096;TYPE=del;VARB=0.0438141;OID=.;OPOS=75457514;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:11:27:14:26:12:2:12:5:7:54:10:1:10:5:5 chr10 75533448 . A G 146.34 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0749643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9277;QD=12.4547;RBI=0.130934;REFB=-0.024902;REVB=-0.107351;RO=27;SAF=2;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431572;STB=0.760498;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.045203;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:30:17:17:0.361702:15:2:11:16:15:2:12:18 chr10 75552538 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0208477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.009;QD=18.7673;RBI=0.0302679;REFB=-0.0295538;REVB=0.0219435;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365022;STB=0.713603;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0193437;OID=.;OPOS=75552538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:0:3:2:4:0:3 chr10 75558867 . G A 162.84 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0513067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7869;QD=10.8557;RBI=0.0759162;REFB=-0.00663997;REVB=0.0559543;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908614;STB=0.559944;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0133012;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:10:11:23:15:10:11:24:15 chr10 75578553 . CTGGGGCCCC CTGGGCCCC,CTGGGCCCCG,CTGGGGCCC,GCTGGGCCCC 140.2 PASS AF=0.469388,0,0.285714,0;AO=11,2,14,4;DP=49;FAO=23,0,14,0;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0,14,0;FSAR=22,0,0,0;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0644587,0.00477984,-0.105965,-0.0263096;FXX=0;HRUN=4,4,4,1;LEN=1,5,1,3;MLLD=12.0942,111.041,10.9964,74.4042;QD=11.445;RBI=0.0854496,0.0563953,0.18276,0.0536497;REFB=-0.144391,-0.0262015,-0.126215,-0.0433396;REVB=-0.0560955,-0.0561923,-0.148904,-0.0467557;RO=11;SAF=1,0,14,0;SAR=10,2,0,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0.583333,0,0,0;SSEP=0,0,0.611111,0;SSSB=-0.409293,-0.523246,0.836026,-0.657755;STB=0.81948,0.5,0.998955,0.5;STBP=0.002,1,0,1;TYPE=del,mnp,del,mnp;VARB=0.146965,0,0.146922,0;OID=.,.,.,.;OPOS=75578555,75578558,75578559,75578553;OREF=G,GCCCC,C,CTG;OALT=-,CCCCG,-,GCT;OMAPALT=CTGGGCCCC,CTGGGCCCCG,CTGGGGCCC,GCTGGGCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:78:49:49:11:12:11,2,14,4:23,0,14,0:0.469388,0,0.285714,0:10,2,0,4:1,0,14,0:4:7:22,0,0,0:1,0,14,0:5:7 chr10 75632760 . C T 337.18 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00579856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.785;QD=15.1541;RBI=0.017337;REFB=-0.00362274;REVB=0.0163386;RO=50;SAF=11;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172029;STB=0.597105;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00706784;OID=.;OPOS=75632760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:52:36:37:0.41573:25:11:23:27:25:12:25:27 chr10 75673101 . T C 124.7 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00518273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2091;QD=17.8145;RBI=0.0292313;REFB=0.00889601;REVB=-0.0287682;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0123439;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr10 75865065 . G A 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0529395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2257;QD=21.4062;RBI=0.0529748;REFB=0.0121082;REVB=0.00193114;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241446;STB=0.6329;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0040896;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:15:17:6:20:15:17:6:20 chr10 75871735 . C G 339.54 PASS AF=0.530303;AO=33;DP=64;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0166467;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.9;QD=20.5782;RBI=0.0314481;REFB=-0.0160948;REVB=0.0266808;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191147;STB=0.614245;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0141742;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:29:31:33:35:0.530303:13:20:11:18:13:22:12:19 chr10 75878915 . C CTA 163.77 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.030479;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.275;QD=19.2669;RBI=0.0390162;REFB=-0.00894096;REVB=-0.0243576;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210401;STB=0.626732;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.0121717;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:16:35:17:34:17:7:10:3:14:99:18:7:9:4:14 chr10 75883134 . C CTT,T 424.93 PASS AF=0.681818,0.0909091;AO=27,5;DP=46;FAO=30,4;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=15,2;FSAR=15,2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00023408,0.00932801;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=202.585,103.228;QD=38.6302;RBI=0.00475716,0.0129719;REFB=-0.0253996,-0.000135847;REVB=0.00475139,-0.0090143;RO=12;SAF=14,2;SAR=13,3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0365427,-0.196884;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0117413,0.0185878;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:46:44:12:10:27,5:30,4:0.681818,0.0909091:13,3:14,2:7:5:15,2:15,2:5:5 chr10 75936611 . C T 304.11 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00189911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.877;QD=32.877;RBI=0.00885115;REFB=-0.0322529;REVB=0.00864501;RO=11;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173316;STB=0.594524;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0251672;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:13:13:9:2:13:13:9:2 chr10 76790612 . TG T 183.12 PASS AF=0.913043;AO=18;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0527111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6376;QD=31.8461;RBI=0.183629;REFB=-0.046061;REVB=0.175901;RO=4;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=0.0153296;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:18:23:21:23:2:10:11:1:1:8:4:9:9:2:2 chr10 76854564 . C T 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.024583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.268;QD=17.3291;RBI=0.0247461;REFB=-0.0101708;REVB=0.00283632;RO=44;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136593;STB=0.571582;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0115639;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:25:13:21:23:25:13:21:24 chr10 76855412 . G A 237.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0375599;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.413;QD=13.5718;RBI=0.0390341;REFB=-0.00324678;REVB=0.010626;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11458;STB=0.557103;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00523983;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:14:14:16:25:14:14:17:25 chr10 76861680 . T C 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00158896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9825;QD=13.0591;RBI=0.0275352;REFB=-0.0024013;REVB=-0.0274893;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150348;STB=0.586221;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0035631;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:21:19:16:10:21:19 chr10 76867899 . T C 240.91 PASS AF=0.5;AO=25;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0149468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2491;QD=17.2081;RBI=0.0155462;REFB=-0.00577894;REVB=0.00427551;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118934;STB=0.519217;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0135433;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:28:25:28:0.5:17:8:13:17:18:10:11:17 chr10 79253630 . G T 269.21 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0239877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.273;QD=16.5667;RBI=0.028147;REFB=-0.02016;REVB=-0.0147257;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105011;STB=0.559056;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0388292;OID=.;OPOS=79253630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:13:17:16:19:13:17:16:19 chr10 79550544 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.418;QD=44.6894;RBI=0.0897221;REFB=0;REVB=-0.0896541;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200239;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr10 79552248 . C T 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0245009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.288;QD=19.1552;RBI=0.0246877;REFB=-0.0138301;REVB=-0.00303089;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820088;STB=0.546392;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0140228;OID=.;OPOS=79552248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:13:10:11:10:13:10 chr10 79579222 . G A 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104905;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.809;QD=55.1429;RBI=0.0104921;REFB=0;REVB=0.000180902;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96219e-05;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr10 79584178 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.063;QD=46.848;RBI=0.0510403;REFB=0;REVB=0.0355228;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998743;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr10 79606441 . A C 976.32 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.247;QD=57.4303;RBI=0.0174783;REFB=-0.0122494;REVB=0.00780649;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00011488;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:0:1:32:35:0:1 chr10 79616605 . T C 1514.89 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272718;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.626;QD=63.7848;RBI=0.0292344;REFB=0;REVB=0.010531;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26852e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:51:43:0:0:51:44:0:0 chr10 79628875 . A G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.475;QD=59.0119;RBI=0.037743;REFB=0;REVB=0.0317246;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186707;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr10 79672275 . G A 84.48 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00139384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7522;QD=22.5275;RBI=0.0957254;REFB=-0.0986983;REVB=-0.0957153;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175933;STB=0.63132;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0358554;OID=.;OPOS=79672275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:14:15:4:5:10:10:0.666667:6:4:3:1:6:4:4:1 chr10 79760818 . A G 150.92 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0132829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.392;QD=12.5762;RBI=0.0358972;REFB=-0.0243797;REVB=-0.0333493;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222474;STB=0.631417;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0384323;OID=.;OPOS=79760818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:15:16:12:5:15:16 chr10 79762028 . G A 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00988593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.658;QD=16.9923;RBI=0.0443215;REFB=-0.00608636;REVB=0.0432049;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173063;STB=0.596707;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00525548;OID=.;OPOS=79762028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:15:12:8:22:15:12:8:22 chr10 79793688 . C T 178.95 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0298235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8743;QD=20.4518;RBI=0.0326117;REFB=-0.0401878;REVB=0.013194;RO=15;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154466;STB=0.637329;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0481173;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:16:18:19:0.542857:16:2:3:12:17:2:4:12 chr10 80310465 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.947;QD=43.486;RBI=0.0235858;REFB=0;REVB=-0.0154186;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371064;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr10 80310636 . G A 1886.29 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.27;QD=61.3427;RBI=0.00202425;REFB=0;REVB=0.00090381;RO=0;SAF=76;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166089;OID=.;OPOS=80310636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:46:76:0:0:46:77:0:0 chr10 81045207 . T C 534.3 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0214674;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.4;QD=18.5844;RBI=0.0215407;REFB=-0.01569;REVB=0.00177551;RO=53;SAF=22;SAR=34;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00311106;STB=0.534304;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0151065;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:53:59:56:56:0.486957:34:22:21:32:34:22:27:32 chr10 81045280 . T C 576.51 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0863688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5593;QD=18.9018;RBI=0.0863698;REFB=0.00598349;REVB=0.00041466;RO=62;SAF=23;SAR=37;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192291;STB=0.510635;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00707999;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:37:23:25:37:37:23:25:37 chr10 81051960 . G A 549.88 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=43;FWDB=-0.002695;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.28;QD=20.5562;RBI=0.00635007;REFB=0.00152733;REVB=-0.00574982;RO=50;SAF=10;SAR=46;SRF=7;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589281;STB=0.518038;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00182803;OID=.;OPOS=81051960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:50:51:56:56:0.523364:46:10:7:43:46:10:8:43 chr10 81053475 . G A 734.95 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2739;QD=62.5488;RBI=0.0724283;REFB=0;REVB=0.0129321;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434199;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:1:0:44:47:1:16:28:1:0:16:31:0:0 chr10 81145701 . G C 597.95 PASS AF=0.875;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.026503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9621;QD=49.8293;RBI=0.0497457;REFB=-0.106007;REVB=-0.0420978;RO=4;SAF=35;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206396;STB=0.597775;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0327551;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:48:48:4:6:42:42:0.875:7:35:0:4:7:35:2:4 chr10 81275625 . TG T,TT 117.99 PASS AF=0.375,0.0625;AO=4,8;DP=31;FAO=12,2;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9,0;FSAR=3,2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00920198,0.007969;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.754,230.352;QD=14.7481;RBI=0.0108746,0.00817058;REFB=0.00191316,0.00220218;REVB=-0.00579494,-0.00180374;RO=18;SAF=3,4;SAR=1,4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.238271,-0.0618928;STB=0.634375,0.995035;STBP=0.229,0.172;TYPE=del,snp;VARB=-0.0107351,0.0273183;OID=.,.;OPOS=81275626,81275626;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0.0625:4,8:31:12,2:32:18:9,0:3,2:10:8:37:18:3,4:1,4:10:8 chr10 81275976 . G A 128.09 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00411011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.697;QD=11.9154;RBI=0.00813575;REFB=-0.0105248;REVB=-0.00702122;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324758;STB=0.519205;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0157374;OID=.;OPOS=81275976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:12:16:9:6:12:16 chr10 81317045 . G T 758.65 PASS AF=0.429319;AO=81;DP=190;FAO=82;FDP=191;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.000497763;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.63;QD=15.8879;RBI=0.0146543;REFB=-0.0116807;REVB=0.0146458;RO=109;SAF=47;SAR=34;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597532;STB=0.529039;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0213174;OID=.;OPOS=81317045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:109:109:81:82:0.429319:34:47:57:52:35:47:57:52 chr10 81319423 . C T 601.01 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.882;QD=60.1008;RBI=0.032711;REFB=0;REVB=0.0282077;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016335;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:16:24:0:0 chr10 81319458 . C T 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0129391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.874;QD=2.91624;RBI=0.0165138;REFB=-0.0120363;REVB=-0.0102608;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453143;STB=0.533223;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0618328;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:3:3:21:18:3:3:21:18 chr10 81319483 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.904;QD=61.6817;RBI=0.0250235;REFB=0;REVB=0.0208275;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78226e-05;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr10 81371698 . C T 288.15 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0159733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.275;QD=20.9565;RBI=0.0281551;REFB=-0.0234473;REVB=-0.0231854;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162127;STB=0.590299;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0218228;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:21:9:12:13:21:9:12:13 chr10 81373674 . T C 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.014811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.612;QD=13.9454;RBI=0.032065;REFB=0.002616;REVB=0.0284394;RO=48;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658988;STB=0.537477;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0026299;OID=.;OPOS=81373674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:16:16:27:21:16:16:27:21 chr10 81701722 . T C 1148.14 PASS AF=0.975;AO=75;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0752644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.857;QD=57.4069;RBI=0.0752758;REFB=-0.0309545;REVB=0.00130841;RO=2;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205638;STB=0.510414;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00209932;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:2:75:78:0.975:45:30:0:2:47:31:0:2 chr10 81841692 . G T 650.28 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.646;QD=61.9318;RBI=0.0307594;REFB=0;REVB=0.0115948;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88142e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr10 81915136 . T C 798.03 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7413;QD=55.0366;RBI=0.0193902;REFB=-0.0800717;REVB=0.0115776;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154619;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00114455;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:0:1:30:27:0:1 chr10 81917708 . A G 292.5 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00310528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.059;QD=27.2092;RBI=0.00498692;REFB=-0.0064656;REVB=-0.00390213;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00650637;STB=0.503594;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00396684;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:9:8:12:14:9:8 chr10 81926702 . G A 945.88 PASS AF=0.538012;AO=92;DP=170;FAO=92;FDP=171;FR=.;FRO=79;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=22;FWDB=-0.00264767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.185;QD=22.1258;RBI=0.0152915;REFB=-0.00566472;REVB=0.0150606;RO=76;SAF=50;SAR=42;SRF=54;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141784;STB=0.584074;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0054812;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:76:79:92:92:0.538012:42:50:54:22:42:50:57:22 chr10 82012599 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0235393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.2;QD=17.2298;RBI=0.0570551;REFB=-0.029697;REVB=0.0519729;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0220074;OID=.;OPOS=82012599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr10 82012954 . A G 186.86 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0118477;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.783;QD=12.4573;RBI=0.0144495;REFB=-0.00784031;REVB=-0.00827168;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220124;STB=0.635963;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0165072;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:37:22:23:0.383333:7:15:18:19:7:16:18:19 chr10 82012967 . G T 155.76 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00272183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.557;QD=9.88947;RBI=0.0201668;REFB=-0.0180583;REVB=-0.0199823;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849999;STB=0.563576;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0350947;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:40:42:20:21:0.333333:9:11:19:21:9:12:20:22 chr10 82013119 . G A 376.31 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0121573;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.853;QD=26.4074;RBI=0.0140039;REFB=-0.0120298;REVB=-0.00695049;RO=21;SAF=23;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204068;STB=0.511152;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00688282;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:13:23:14:7:13:23:14:7 chr10 82013134 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00164595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.696;QD=11.3237;RBI=0.0246256;REFB=-0.00233376;REVB=0.0245705;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882495;STB=0.550977;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00332339;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:9:14:28:13:9:14:28:13 chr10 82013146 . T C 224.81 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0185531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.016;QD=13.2243;RBI=0.0224405;REFB=-0.0137043;REVB=-0.0126237;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551127;STB=0.528069;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0123801;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:40:41:26:27:0.397059:9:17:28:12:9:18:29:12 chr10 82033594 . G A 464.0 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0111007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.769;QD=19.3334;RBI=0.0111875;REFB=-0.0187896;REVB=0.00139088;RO=49;SAF=16;SAR=29;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325337;STB=0.516852;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0204256;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:49:50:45:46:0.479167:29:16:19:30:29:17:20:30 chr10 82034842 . A G 1111.28 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5723;QD=60.0693;RBI=0.1217;REFB=0;REVB=0.0532153;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140338;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:42:29:0:0:42:32:0:0 chr10 82034854 . T C 1000.01 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00434165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.832;QD=56.3388;RBI=0.0307415;REFB=-0.0494368;REVB=0.0304334;RO=2;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224975;STB=0.511625;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000626264;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:2:2:68:69:0.971831:41:27:0:2:42:27:0:2 chr10 82040052 . A G 786.02 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5248;QD=64.1647;RBI=0.0486984;REFB=0;REVB=0.0389519;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611285;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:30:19:0:0 chr10 82095968 . T G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.525;QD=49.3977;RBI=0.0338112;REFB=-0.0129169;REVB=0.00227821;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57136;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000571053;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:20:3:0:0:20:3:1:0 chr10 82192713 . T A 137.49 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0175771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.554;QD=18.9641;RBI=0.0200105;REFB=-0.0104603;REVB=0.00956389;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516107;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0204367;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:7:7:7:7:8:7:7:7 chr10 82363340 . C A 1495.29 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=105;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.051103;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.949;QD=57.5111;RBI=0.0511182;REFB=-0.0822842;REVB=-0.00124703;RO=1;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083971;STB=0.508619;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000279017;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:1:2:101:102:0.980769:56:45:0:1:57:45:0:2 chr10 82363404 . A G 1240.99 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203944;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0199;QD=59.807;RBI=0.0502923;REFB=-0.0177143;REVB=0.0459716;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119868;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00127248;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:39:42:0:1:39:43:0:1 chr10 82369219 . T A 301.24 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00628787;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4804;QD=14.0112;RBI=0.087247;REFB=-0.00968327;REVB=0.0870201;RO=51;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236204;STB=0.628496;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0152118;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:52:34:34:0.395349:13:21:20:31:13:21:21:31 chr10 84745256 . C T 169.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.110032;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7357;QD=23.3677;RBI=0.111963;REFB=-0.0240292;REVB=-0.0207071;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204677;STB=0.614328;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0215409;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:3:9:8:9:3:9 chr10 85909909 . A T 703.49 PASS AF=0.483444;AO=74;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00264403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.061;QD=18.6355;RBI=0.0202204;REFB=-0.00694766;REVB=-0.0200468;RO=77;SAF=28;SAR=46;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109577;STB=0.555125;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0079285;OID=.;OPOS=85909909;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:78:74:73:0.483444:46:28:38:39:45:28:38:40 chr10 85960395 . A G 95.9 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.00316053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4669;QD=11.9872;RBI=0.0331535;REFB=-0.0050891;REVB=0.0330025;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486328;STB=0.749687;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0144523;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:19:20:12:12:0.375:6:6:18:1:6:6:18:2 chr10 85974236 . T C 461.37 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0120763;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.667;QD=18.2722;RBI=0.0205894;REFB=-0.00894016;REVB=-0.016676;RO=51;SAF=19;SAR=29;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107649;STB=0.557897;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0103225;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:52:48:49:0.485149:29:19:26:25:29:20:27:25 chr10 85978939 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0479097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6516;QD=14.5585;RBI=0.0480922;REFB=-0.00326477;REVB=0.00418554;RO=35;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143919;STB=0.582456;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00311713;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:20:6:12:23:20:6:12:23 chr10 85981801 . T G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0008783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.055;QD=12.9748;RBI=0.00509428;REFB=-0.0183366;REVB=0.00501799;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387095;STB=0.52269;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0301985;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:4:14:9:3:4:14 chr10 85981842 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.011031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.517;QD=15.8817;RBI=0.0322101;REFB=0.00522572;REVB=-0.0302623;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266665;STB=0.655927;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0108487;OID=.;OPOS=85981842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:6:4:7:3:6:4 chr10 85981889 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000486524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.598;QD=7.76136;RBI=0.0452316;REFB=-0.0359842;REVB=-0.045229;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0742807;OID=.;OPOS=85981889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:8:5:2:4:8:5 chr10 85984323 . G A 433.21 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0392972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0088;QD=25.1137;RBI=0.0424649;REFB=-0.0454989;REVB=-0.0160936;RO=26;SAF=12;SAR=30;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186625;STB=0.50608;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0282665;OID=.;OPOS=85984323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:26:27:42:42:0.608696:30:12:8:18:29:13:8:19 chr10 85984423 . C T 315.31 PASS AF=0.607843;AO=29;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0142092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.569;QD=24.7299;RBI=0.0348479;REFB=-0.0198301;REVB=0.0318194;RO=20;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922776;STB=0.55996;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.013697;OID=.;OPOS=85984423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:29:31:0.607843:18:11:10:10:20:11:10:10 chr10 85984723 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0199649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.057;QD=13.368;RBI=0.0202899;REFB=-0.00204009;REVB=0.00361688;RO=31;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319924;STB=0.688891;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00409664;OID=.;OPOS=85984723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:14:4:15:16:14:4:15:16 chr10 85993836 . A G 472.7 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142926;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.734;QD=59.0872;RBI=0.0193791;REFB=0;REVB=0.0193263;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110557;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr10 85993910 . G A 175.59 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0373426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3694;QD=13.7721;RBI=0.0432733;REFB=-0.0144176;REVB=0.0218657;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139181;STB=0.58815;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0391614;OID=.;OPOS=85993910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:10:10:11:19:10:10:11:20 chr10 85997105 . G T 423.0 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=40;FWDB=0.0770741;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.769;QD=18.1934;RBI=0.0776171;REFB=-0.00818331;REVB=0.00916439;RO=48;SAF=16;SAR=27;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175518;STB=0.60424;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0135823;OID=.;OPOS=85997105;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:50:43:43:0.462366:27:16:10:38:27:16:10:40 chr10 86004873 . T C 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0358088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5133;QD=14.14;RBI=0.0395894;REFB=0.00156918;REVB=-0.0168834;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960359;STB=0.571326;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00588047;OID=.;OPOS=86004873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:20:14:14:0.411765:8:6:9:8:8:6:11:9 chr10 86274871 . C T 392.46 PASS AF=0.331034;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=145;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00625197;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.437;QD=10.8264;RBI=0.00634118;REFB=-0.00530793;REVB=0.00105995;RO=98;SAF=24;SAR=24;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355807;STB=0.524128;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0111723;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:98:97:48:48:0.331034:24:24:52:46:24:24:52:45 chr10 88126072 . G A 87.5 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0111981;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7867;QD=12.9624;RBI=0.115841;REFB=-0.00529653;REVB=0.115299;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172666;STB=0.583179;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0232721;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:27:17:16:11:11:0.407407:4:7:8:9:4:7:8:8 chr10 88203068 . T C 236.08 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00162063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.368;QD=19.2721;RBI=0.0271985;REFB=-0.0267621;REVB=-0.0271502;RO=26;SAF=18;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273844;STB=0.656503;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.021449;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:5:18:14:12:5:18:14:12 chr10 88422116 . C T 528.94 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0346967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.485;QD=18.0835;RBI=0.0347892;REFB=-0.00950072;REVB=0.00253522;RO=57;SAF=20;SAR=36;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951649;STB=0.538348;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0106433;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:61:56:56:0.478632:36:20:26:31:36:20:26:35 chr10 88426614 . TC T 118.1 PASS AF=0.366337;AO=34;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.17866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7966;QD=4.67704;RBI=0.190544;REFB=0.0283476;REVB=0.0662377;RO=53;SAF=21;SAR=13;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982351;STB=0.56785;STBP=0.35;TYPE=del;VARB=-0.0429685;OID=.;OPOS=88426615;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366337:34:101:37:101:64:24:13:35:29:99:53:21:13:28:25 chr10 88439899 . G A 241.62 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0480806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.233;QD=23.0119;RBI=0.0483037;REFB=0.00699946;REVB=0.00463676;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188126;STB=0.584398;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00213634;OID=.;OPOS=88439899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:16:6:9:10:16:7:9:10 chr10 88505700 . T G 283.94 PASS AF=0.565217;AO=24;DP=44;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00167508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.557;QD=24.6906;RBI=0.00406476;REFB=-0.0198269;REVB=0.00370356;RO=18;SAF=19;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428928;STB=0.700941;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0142268;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:18:20:24:26:0.565217:5:19:5:13:6:20:7:13 chr10 88649360 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00886323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.357;QD=20.8719;RBI=0.020267;REFB=-0.00676246;REVB=-0.0182262;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664426;STB=0.537348;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00483345;OID=.;OPOS=88649360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:12:8:10:11:12:8 chr10 88683889 . C CA 311.92 PASS AF=1;AO=4;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118046;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=124.955;QD=49.9072;RBI=0.118075;REFB=0;REVB=-0.00262308;RO=23;SAF=3;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000821186;OID=.;OPOS=88683890;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:27:25:25:0:14:11:0:0:4:23:3:1:13:10 chr10 88683890 . T A 246.95 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000419931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.371;QD=39.5113;RBI=0.000881387;REFB=-0.115859;REVB=0.00077492;RO=4;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667856;STB=0.536364;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00379292;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:25:25:4:4:21:21:0.84:10:11:3:1:10:11:3:1 chr10 88696622 . C G 354.33 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00398547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.802;QD=21.4746;RBI=0.0105157;REFB=-0.00307119;REVB=-0.00973121;RO=29;SAF=21;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191407;STB=0.612438;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00248884;OID=.;OPOS=88696622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:36:36:0.545455:15:21:10:19:15:21:10:20 chr10 88702350 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2983;QD=44.689;RBI=0.0685814;REFB=0;REVB=0.0295565;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407206;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr10 88717140 . T A 1476.66 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4703;QD=62.1752;RBI=0.071946;REFB=0.0691674;REVB=0.067487;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.506328;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000281631;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:95:0:1:93:94:0.989474:39:54:0:0:39:55:0:1 chr10 88717154 . C T 312.67 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00807109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.239;QD=12.1425;RBI=0.0104167;REFB=-0.0129414;REVB=0.00658523;RO=63;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909259;STB=0.562694;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0107525;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:65:38:38:0.368932:15:23:33:30:15:23:33:32 chr10 88730106 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0329629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8697;QD=13.6306;RBI=0.107607;REFB=0.0236767;REVB=0.102434;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337293;STB=0.519951;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.0158546;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:2:7:6:2:2:7 chr10 88730312 . T C 84.46 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0327618;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8307;QD=9.65299;RBI=0.0439388;REFB=-0.00515378;REVB=-0.0292794;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126689;STB=0.538391;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00192842;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:21:24:11:11:0.314286:7:4:10:11:7:4:10:14 chr10 88768253 . A G 157.92 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0152158;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3458;QD=15.0395;RBI=0.0172268;REFB=-0.027923;REVB=0.00807716;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091655;STB=0.55301;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0244369;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:14:11:9:8:14:11 chr10 88768657 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1021;QD=11.2673;RBI=0.0345301;REFB=-0.0181719;REVB=-0.0161889;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397226;STB=0.523232;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0294836;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:15:5:10:26:15:5:10:26 chr10 88782084 . A G 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0507296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3067;QD=10.3769;RBI=0.1076;REFB=-0.00227142;REVB=-0.0948913;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574782;STB=0.839347;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0060633;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:3:13:2:7:3:13 chr10 88913903 . C G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00134403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.3;QD=21.0137;RBI=0.00719181;REFB=-0.00137309;REVB=0.00706511;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397807;STB=0.726859;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00104034;OID=.;OPOS=88913903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:3:8:1:6:3:8:1:6 chr10 88930249 . A T 120.61 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00192364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.932;QD=17.8674;RBI=0.0208685;REFB=-0.0169661;REVB=-0.0207796;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0192194;OID=.;OPOS=88930249;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:5:8:8:5:5:9:8:5 chr10 88939962 . T C 295.69 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0237078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.447;QD=12.9974;RBI=0.025641;REFB=-0.00441351;REVB=-0.0097673;RO=57;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137447;STB=0.5789;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00996302;OID=.;OPOS=88939962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:22:12:27:30:22:12:27:30 chr10 88988115 . G A 56.31 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.00202062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.145;QD=4.25008;RBI=0.0220909;REFB=-0.00883664;REVB=-0.0219983;RO=38;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357284;STB=0.759553;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0455344;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:53:53:38:44:9:9:0.169811:4:5:10:28:4:5:10:34 chr10 88992641 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.012;QD=49.5992;RBI=0.0644796;REFB=0;REVB=0.0563964;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041354;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr10 89117970 . A AT 84.36 PASS AF=0.419355;AO=4;DP=33;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0.103183;FXX=0.0605877;HRUN=0;LEN=1;MLLD=214.48;QD=10.8846;RBI=0.104087;REFB=-0.00446933;REVB=-0.0136884;RO=24;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503012;STB=0.714084;STBP=0.788;TYPE=ins;VARB=0.00998695;OID=.;OPOS=89117971;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:4:33:13:31:18:1:12:0:18:84:24:0:4:1:23 chr10 89117971 . C T 55.04 PASS AF=0.236842;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=29;FWDB=0.0426587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.232;QD=5.79326;RBI=0.0463023;REFB=-0.00784639;REVB=-0.0180038;RO=29;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606612;STB=0.836909;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0226411;OID=.;OPOS=89117971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:37:38:29:29:8:9:0.236842:7:1:0:29:7:2:0:29 chr10 89267957 . C T 1090.38 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00857667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.686;QD=57.3883;RBI=0.00878835;REFB=-0.0551832;REVB=-0.00191721;RO=2;SAF=26;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350017;STB=0.518513;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00128559;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:48:26:2:0:48:26:2:0 chr10 89420789 . A G 1114.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.404;QD=60.2644;RBI=0.0545894;REFB=0;REVB=0.011659;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145597;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:48:26:0:0:48:26:0:0 chr10 89463480 . G A 345.92 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0403351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.812;QD=19.4884;RBI=0.0428463;REFB=-0.0284191;REVB=0.0144529;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17582;STB=0.603659;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0199561;OID=.;OPOS=89463480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:20:16:22:12:20:16:23:12 chr10 89507288 . C A 103.92 PASS AF=0.35;AO=11;DP=44;FAO=14;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.124746;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.9012;QD=10.3921;RBI=0.125936;REFB=0.0641089;REVB=0.0172697;RO=24;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365292;STB=0.683922;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.115304;OID=.;OPOS=89507288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:44:40:24:21:11:14:0.35:9:2:11:13:11:3:10:11 chr10 89513452 . C T 485.1 PASS AF=0.363636;AO=58;DP=164;FAO=60;FDP=165;FR=.;FRO=105;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.0252844;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3166;QD=11.76;RBI=0.0261244;REFB=-0.0275261;REVB=0.00657171;RO=103;SAF=27;SAR=31;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115011;STB=0.522844;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0284739;OID=.;OPOS=89513452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:103:105:58:60:0.363636:31:27:49:54:33:27:51:54 chr10 89720907 . T G 612.53 PASS AF=0.443709;AO=66;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0605545;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.569;QD=16.2259;RBI=0.0635438;REFB=-0.000391409;REVB=0.0192604;RO=84;SAF=31;SAR=35;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415748;STB=0.519133;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00145263;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:66:67:0.443709:35:31:36:48:36:31:36:48 chr10 90305177 . C T 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584219;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2219;QD=44.876;RBI=0.0805314;REFB=0;REVB=0.0554273;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388567;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr10 90342837 . C G 2230.14 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=147;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0779029;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3761;QD=61.0999;RBI=0.0934608;REFB=-0.0690366;REVB=0.051634;RO=3;SAF=59;SAR=84;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235609;STB=0.512395;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00468009;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:146:3:3:143:143:0.979452:84:59:3:0:84:59:3:0 chr10 90356598 . A G 1303.19 PASS AF=0.955556;AO=85;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0132217;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3152;QD=57.9197;RBI=0.0310577;REFB=-0.0849157;REVB=-0.0281028;RO=1;SAF=14;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662689;STB=0.51351;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00270372;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:90:90:1:4:85:86:0.955556:71:14:0:1:72:14:0:4 chr10 90433345 . T A 252.89 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0140596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.802;QD=19.0862;RBI=0.0198854;REFB=-0.0189485;REVB=-0.0140627;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834894;STB=0.546748;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0203694;OID=.;OPOS=90433345;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:10:17:14:12:10:17:14:12 chr10 90530660 . C A 222.74 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0463731;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5954;QD=14.6059;RBI=0.0830068;REFB=0.0133783;REVB=-0.0688452;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147047;STB=0.599921;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0401963;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:9:17:18:17:9:17:17:18 chr10 90580144 . C T 1555.84 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.921;QD=58.7108;RBI=0.0400377;REFB=0.00879894;REVB=-0.0333818;RO=1;SAF=61;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771683;STB=0.504064;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000343804;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:44:61:1:0:44:61:1:0 chr10 90585819 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.466;QD=57.2022;RBI=0.0647863;REFB=0;REVB=-0.0607974;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610802;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 90749256 . G A,C 948.98 PASS AF=0.984615,0.0153846;AO=58,6;DP=64;FAO=64,1;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203702,-0.00782785;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.901,102.533;QD=58.3986;RBI=0.05429,0.020021;REFB=0,0;REVB=0.0503235,-0.0184273;RO=0;SAF=27,5;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.07727e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000251783,0.00467763;OID=.,.;OPOS=90749256,90749256;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:64:65:0:0:58,6:64,1:0.984615,0.0153846:31,1:27,5:0:0:33,0:31,1:0:0 chr10 90771829 . T C 435.8 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0848353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.8521;QD=54.4751;RBI=0.0959926;REFB=0.261848;REVB=-0.0449171;RO=1;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176136;STB=0.509428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00727471;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:26:5:0:1:26:5:0:1 chr10 90966546 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.012427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7982;QD=15.2937;RBI=0.0124404;REFB=-0.0550616;REVB=0.000576687;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0423935;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:6:3:4:5:6:3 chr10 90966996 . C G 102.67 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0325046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.978;QD=9.33371;RBI=0.0534077;REFB=-0.0173346;REVB=-0.0423773;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184737;STB=0.598316;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0236337;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:31:13:13:0.295455:5:8:22:7:5:8:23:8 chr10 91007360 . T G 582.35 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.51;QD=59.7285;RBI=0.0302238;REFB=0;REVB=0.0171901;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142497;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:35:39:1:27:8:0:0:30:9:0:0 chr10 91066460 . T A 141.9 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0041743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.763;QD=13.8442;RBI=0.010378;REFB=0.0014154;REVB=0.00950143;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342903;STB=0.701035;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00264862;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:14:11:12:4:14:11 chr10 91066769 . C A 701.48 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.243;QD=62.3538;RBI=0.0151854;REFB=0;REVB=-0.00999075;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148058;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:20:25:0:0 chr10 91067595 . C G 438.4 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=96;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.00930314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.817;QD=16.8615;RBI=0.0168531;REFB=-0.00743188;REVB=0.0140527;RO=54;SAF=24;SAR=17;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106406;STB=0.542608;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0117894;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:104:54:56:41:48:0.461538:17:24:37:17:19:29:38:18 chr10 91099943 . C G 249.59 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0280347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.376;QD=19.1995;RBI=0.0366422;REFB=-0.0563943;REVB=-0.0235946;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182825;STB=0.537668;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0484142;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:23:25:26:27:0.519231:13:13:11:12:13:14:11:14 chr10 91100068 . C A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0180894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.764;QD=21.5454;RBI=0.019174;REFB=-0.0209429;REVB=-0.00635746;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205435;STB=0.650957;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0161576;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:8:10:14:14:0.583333:6:8:2:6:6:8:2:8 chr10 91143529 . T A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0114663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.156;QD=13.8991;RBI=0.0176473;REFB=-0.0235114;REVB=-0.0134146;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257136;STB=0.514694;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0289896;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:15:19:14:10:15:19 chr10 91162497 . A G 357.74 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585766;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.967;QD=55.037;RBI=0.0194191;REFB=0;REVB=0.0185145;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05484e-05;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr10 91162677 . C T 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0186849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1133;QD=6.54392;RBI=0.0731842;REFB=0.000830109;REVB=-0.0707587;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219857;STB=0.642475;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00342605;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:10:14:6:2:10:14 chr10 91172556 . AG A 193.04 PASS AF=0.487805;AO=16;DP=38;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00620761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.924;QD=18.8333;RBI=0.00796723;REFB=0.00358853;REVB=0.00499423;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249699;STB=0.656992;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=-0.00438337;OID=.;OPOS=91172557;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:16:38:20:41:21:8:12:15:6:99:20:7:9:14:6 chr10 91174566 . G T 362.12 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00757103;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.817;QD=13.1681;RBI=0.0175672;REFB=-0.000755109;REVB=-0.015852;RO=67;SAF=31;SAR=12;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277519;STB=0.658305;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000984889;OID=.;OPOS=91174566;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:67:67:43:43:0.390909:12:31:32:35:12:31:32:35 chr10 91178000 . C T 75.85 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0270855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.638;QD=12.1361;RBI=0.0411016;REFB=-0.0109356;REVB=-0.0309147;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146256;STB=0.586045;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0153856;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:11:4:4:6:11:4 chr10 91352966 . G A 1840.53 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1119;QD=61.3508;RBI=0.0351091;REFB=0;REVB=0.0295417;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1716e-05;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:55:65:0:0:55:65:0:0 chr10 91468925 . C G 209.54 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0310509;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.1;QD=24.6521;RBI=0.0334553;REFB=-0.00847188;REVB=-0.0124541;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339322;STB=0.520689;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00561904;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:14:20:20:0.588235:11:9:6:6:11:9:7:7 chr10 91470834 . A C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.102502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6619;QD=7.83625;RBI=0.10518;REFB=0.0331016;REVB=0.0235799;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418932;STB=0.752361;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0491533;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:3:13:3:4:3:13 chr10 91487649 . A T 270.73 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0139721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6818;QD=16.9203;RBI=0.0455564;REFB=-0.0741736;REVB=0.0433609;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109114;STB=0.569573;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0619503;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:18:12:17:16:18:12:18:16 chr10 91488979 . A T 285.85 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0125811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.972;QD=15.6629;RBI=0.0246583;REFB=-0.0210688;REVB=0.0212073;RO=41;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912575;STB=0.551569;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0251234;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:20:12:19:22:20:12:19:22 chr10 91497207 . A G 634.61 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0244938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.601;QD=21.5122;RBI=0.026451;REFB=-0.00142865;REVB=0.00998545;RO=53;SAF=32;SAR=31;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144746;STB=0.507934;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00137233;OID=.;OPOS=91497207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:55:63:63:0.533898:31:32:26:27:31:32:27:28 chr10 91497912 . A G 295.37 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0276729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3718;QD=17.9011;RBI=0.0315796;REFB=-0.0220578;REVB=-0.0152146;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804862;STB=0.544883;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0245794;OID=.;OPOS=91497912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:11:23:19:13:11:23 chr10 91497939 . T A,TA 31.72 PASS AF=0.0333333,0.233333;AO=2,7;DP=40;FAO=1,7;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=0,6;FSAR=1,1;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0104655,-0.10626;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=160.24,12.1517;QD=4.22937;RBI=0.0147131,0.119973;REFB=-0.0101318,-0.0798329;REVB=0.0103417,0.0556993;RO=28;SAF=1,6;SAR=1,1;SRF=8;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.210523,0.622475;STB=0.98725,0.864368;STBP=0.492,0.051;TYPE=snp,ins;VARB=0.0293672,0.109648;OID=.,.;OPOS=91497939,91497940;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:40:30:28:22:2,7:1,7:0.0333333,0.233333:1,1:1,6:8:20:1,1:0,6:8:14 chr10 91498127 . T C 386.24 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486016;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.586;QD=57.2201;RBI=0.0493545;REFB=0;REVB=-0.00858784;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435322;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr10 91522481 . A G 273.25 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0124678;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.224;QD=14.5733;RBI=0.0127794;REFB=-0.0102733;REVB=-0.00280508;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715794;STB=0.534475;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0142656;OID=.;OPOS=91522481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:43:44:31:31:0.413333:18:13:21:22:18:13:21:23 chr10 91738556 . C A 1339.42 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3014;QD=62.2987;RBI=0.0292913;REFB=0;REVB=-0.000531491;RO=2;SAF=41;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000524556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188102;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:2:0:84:86:1:43:41:1:1:44:42:0:0 chr10 91923501 . G A 1088.4 PASS AF=0.986486;AO=74;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000120951;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3592;QD=58.8326;RBI=0.0127478;REFB=0.00644758;REVB=-0.0127473;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=6.68188e-05;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:74:73:0.986486:34:40:0:0:34:39:1:0 chr10 92503619 . T C 318.29 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.017255;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8463;QD=24.9637;RBI=0.0174191;REFB=-0.0102907;REVB=-0.00238514;RO=19;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153798;STB=0.519072;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00597027;OID=.;OPOS=92503619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:20:31:31:0.607843:14:17:10:9:14:17:10:10 chr10 93608142 . G A 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0220855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.729;QD=21.9724;RBI=0.0266033;REFB=-0.0140553;REVB=0.0148313;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287277;STB=0.516115;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0144316;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:7:16:14:7:7:16:14:7 chr10 93667635 . C T 770.63 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.103;QD=55.0447;RBI=0.0410464;REFB=0.0486165;REVB=3.88298e-05;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000661305;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:26:28:0:1:27:28:0:1 chr10 93841227 . A G 782.23 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135116;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.95;QD=63.8558;RBI=0.135828;REFB=0;REVB=0.0138957;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569234;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:46:49:1:29:17:0:0:30:19:0:0 chr10 94246992 . C A 171.05 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0225728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9917;QD=18.4918;RBI=0.0449411;REFB=-0.00666909;REVB=-0.038861;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460992;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0217587;OID=.;OPOS=94246992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:9:8:8:11:9:9:8:11 chr10 94594565 . G A 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0183002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.132;QD=18.1746;RBI=0.0216535;REFB=0.0245133;REVB=-0.0115747;RO=32;SAF=7;SAR=24;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203152;STB=0.614516;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0304588;OID=.;OPOS=94594565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:24:7:13:19:24:7:13:19 chr10 94695617 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.443;QD=60.6092;RBI=0.025313;REFB=0;REVB=0.0252617;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101247;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr10 94714427 . C G 701.4 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=146;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0204344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2919;QD=19.2163;RBI=0.0328772;REFB=-0.0147536;REVB=0.0257555;RO=76;SAF=32;SAR=38;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126488;STB=0.569906;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0178698;OID=.;OPOS=94714427;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:76:76:70:70:0.479452:38:32:45:31:38:32:45:31 chr10 95072906 . T C 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.98;QD=60.7147;RBI=0.0159198;REFB=0;REVB=0.0147945;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13617e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr10 95083039 . C T 382.62 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0175431;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.328;QD=15.1534;RBI=0.0203985;REFB=-0.00380222;REVB=-0.0104086;RO=53;SAF=12;SAR=31;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191409;STB=0.609047;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00765719;OID=.;OPOS=95083039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:53:58:43:43:0.425743:31:12:24:29:31:12:26:32 chr10 95168634 . A G 443.63 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00888885;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.923;QD=22.1813;RBI=0.0178769;REFB=-0.0101813;REVB=-0.0155104;RO=37;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242702;STB=0.513381;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0127259;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:22:21:17:20:22:21:17:20 chr10 95216623 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00222561;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.697;QD=22.3414;RBI=0.00239752;REFB=-0.012419;REVB=0.000891495;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158275;STB=0.586112;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00782277;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:9:14:17:18:0.5625:10:7:6:3:10:8:9:5 chr10 95237963 . A G 483.44 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0337384;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2949;QD=16.6703;RBI=0.0559107;REFB=-0.011902;REVB=-0.044584;RO=63;SAF=20;SAR=33;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175668;STB=0.597986;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0142397;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:63:63:53:53:0.456897:33:20:35:28:33:20:35:28 chr10 95262981 . A G 692.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425837;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3579;QD=62.9597;RBI=0.0866385;REFB=0;REVB=0.0754511;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149797;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr10 95279506 . A T 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.222;QD=64.4109;RBI=0.0241464;REFB=0;REVB=0.0205534;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010315;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr10 95279653 . A G 513.0 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9766;QD=56.9998;RBI=0.016886;REFB=-0.0770175;REVB=0.0167962;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119897;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:35:36:1:17:18:1:0:17:19:0:0 chr10 95381773 . T A 284.18 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0181368;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.063;QD=21.86;RBI=0.018272;REFB=-0.0240885;REVB=0.00221813;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642393;STB=0.555518;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00839975;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:25:23:29:29:0.557692:14:15:11:14:14:15:9:14 chr10 95389041 . G A 152.36 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0314698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.807;QD=13.2486;RBI=0.0326218;REFB=-0.0140394;REVB=0.00859255;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.584423;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0455263;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:17:17:0.369565:5:12:17:11:5:12:17:12 chr10 95389083 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00347229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.189;QD=12.2129;RBI=0.0211243;REFB=-0.00335705;REVB=-0.0208369;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381561;STB=0.544956;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00666104;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:13:13:0.371429:5:8:13:7:5:8:15:7 chr10 95395364 . C G 142.49 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00771212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.47;QD=14.2489;RBI=0.0118359;REFB=-0.0155229;REVB=0.00897839;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.586849;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0169044;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:24:15:16:0.4:6:9:10:10:7:9:10:14 chr10 95431668 . A G 232.98 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0143072;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.92;QD=14.7924;RBI=0.0183774;REFB=-0.00242253;REVB=-0.011534;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189149;STB=0.56813;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0225979;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:25:27:0.428571:18:7:16:20:18:9:16:20 chr10 95433124 . A G 298.22 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0184443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.005;QD=29.8216;RBI=0.035152;REFB=-0.00408445;REVB=0.0299244;RO=14;SAF=6;SAR=20;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149108;STB=0.50819;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0022089;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:20:6:3:11:20:6:3:11 chr10 95454681 . G C 608.08 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0153056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.836;QD=27.6401;RBI=0.019916;REFB=-0.0107708;REVB=0.012743;RO=34;SAF=12;SAR=42;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219268;STB=0.620205;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00562449;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:42:12:16:18:42:12:16:18 chr10 95458141 . A G 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0141218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.633;QD=8.20273;RBI=0.0172405;REFB=-0.00704075;REVB=-0.00988983;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136645;STB=0.581725;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00973663;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:8:9:27:15:8:9:27:15 chr10 95459817 . C T 385.26 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.000342676;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3467;QD=14.8177;RBI=0.0439282;REFB=-0.0274907;REVB=-0.0439269;RO=59;SAF=25;SAR=19;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266644;STB=0.510652;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0312996;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:59:60:44:44:0.423077:19:25:32:27:19:25:33:27 chr10 95552653 . T C 754.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.5151;QD=56.9293;RBI=0.0504444;REFB=0;REVB=0.0498763;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278051;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr10 95718600 . T C 318.79 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0138884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.407;QD=15.5508;RBI=0.0354566;REFB=-0.0326642;REVB=0.0326233;RO=46;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188726;STB=0.515214;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0357293;OID=.;OPOS=95718600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:23:12:15:31:23:12:15:32 chr10 95720490 . C T 464.66 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0125312;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.532;QD=17.5344;RBI=0.0129666;REFB=-0.00970824;REVB=-0.0033317;RO=59;SAF=28;SAR=22;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503807;STB=0.531902;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0107955;OID=.;OPOS=95720490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:59:56:50:50:0.471698:22:28:30:29:22:28:28:28 chr10 95720501 . T C 399.69 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00400768;FXX=0.052627;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.116;QD=14.8033;RBI=0.0139119;REFB=-0.00963716;REVB=-0.0133221;RO=60;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396089;STB=0.51668;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0133234;OID=.;OPOS=95720501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:108:60:63:45:45:0.416667:23:22:27:33:23:22:29:34 chr10 95791613 . T C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.648;QD=61.6749;RBI=0.0595721;REFB=0;REVB=0.0590404;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194808;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 95791763 . G A 586.99 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.325;QD=60.2036;RBI=0.0223907;REFB=0;REVB=0.0174613;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174766;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr10 96104665 . T G 667.06 PASS AF=0.960784;AO=47;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0147473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.13;QD=52.3185;RBI=0.0525869;REFB=-0.162514;REVB=0.0504767;RO=4;SAF=22;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471253;STB=0.519223;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00175767;OID=.;OPOS=96104665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:4:2:47:49:0.960784:25:22:2:2:25:24:0:2 chr10 96114835 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3982;QD=50.4053;RBI=0.0922923;REFB=0;REVB=-0.0899817;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00223251;OID=.;OPOS=96114835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr10 96163039 . C G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210535;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.6892;QD=33.4187;RBI=0.10514;REFB=0;REVB=-0.10301;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00402229;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr10 96305729 . T C 648.37 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00523563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.02;QD=52.9284;RBI=0.0114353;REFB=0.0123664;REVB=0.0101663;RO=3;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012166;STB=0.506326;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00126059;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:49:49:3:4:42:42:0.857143:24:18:1:2:24:18:2:2 chr10 96313960 . A C 898.23 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498995;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.949;QD=57.0307;RBI=0.0295362;REFB=-0.0655325;REVB=0.0291116;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297042;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:63:0:0:61:63:1:39:22:0:0:40:23:0:0 chr10 96493058 . C T 786.42 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239985;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.359;QD=64.1973;RBI=0.0419711;REFB=0;REVB=-0.0419024;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000281083;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr10 96541616 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.958;QD=62.0214;RBI=0.011466;REFB=0;REVB=0.000680182;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36154e-05;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr10 96602622 . C T 1173.99 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388385;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.375;QD=60.9866;RBI=0.0227016;REFB=0;REVB=0.0223669;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31323e-05;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:27:49:0:0:28:49:0:0 chr10 96827178 . T C 261.46 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00141141;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.401;QD=19.015;RBI=0.00175544;REFB=-0.0255779;REVB=0.0010438;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144454;STB=0.580756;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0346019;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:28:28:0.509091:11:17:12:15:11:17:12:15 chr10 97071749 . C T 40.79 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00073328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.73;QD=16.3157;RBI=0.0268464;REFB=-0.0269867;REVB=0.0268364;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0302475;OID=.;OPOS=97071749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr10 97072008 . T C 374.21 PASS AF=0.933333;AO=29;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0394297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2833;QD=49.8945;RBI=0.0630971;REFB=-0.00922474;REVB=0.0492599;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.527758;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00315162;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:29:28:0.933333:18:11:0:1:17:11:0:2 chr10 97106165 . T C 555.05 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00990193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.087;QD=55.5053;RBI=0.0100141;REFB=-0.12595;REVB=0.00149434;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.526302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00287252;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:1:2:38:38:0.95:18:20:0:1:18:20:0:2 chr10 97127462 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.161;QD=50.4132;RBI=0.0190403;REFB=0;REVB=-0.0186664;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103174;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr10 97141523 . G A 733.17 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675495;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.131;QD=63.7536;RBI=0.0130852;REFB=0;REVB=0.0112068;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518096;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr10 97174164 . A G 436.27 PASS AF=0.677966;AO=37;DP=56;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00763579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.417;QD=29.5778;RBI=0.0421776;REFB=-0.0568941;REVB=0.0414806;RO=19;SAF=18;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408088;STB=0.509429;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0205006;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:19:19:37:40:0.677966:19:18:8:11:22:18:8:11 chr10 97192324 . A G 1925.29 PASS AF=0.955882;AO=129;DP=135;FAO=130;FDP=136;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0247796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4989;QD=56.6263;RBI=0.0285571;REFB=-0.0359949;REVB=-0.0141943;RO=5;SAF=47;SAR=82;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272435;STB=0.501348;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00870384;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:135:136:5:6:129:130:0.955882:82:47:2:3:83:47:2:4 chr10 97447373 . A T 2124.42 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00787576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.337;QD=62.0268;RBI=0.0232745;REFB=-0.119733;REVB=0.0219015;RO=1;SAF=83;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569357;STB=0.502994;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00119111;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:53:83:1:0:53:83:1:0 chr10 97698370 . C T 244.02 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0664959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.095;QD=18.0755;RBI=0.0664988;REFB=-0.0196357;REVB=-0.000618734;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137005;STB=0.519299;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0186608;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:16:10:10:17:16:11:10:17 chr10 97817650 . G T 178.7 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00304653;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.063;QD=14.5879;RBI=0.00345613;REFB=-0.0319453;REVB=-0.00163202;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428847;STB=0.524812;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0422325;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:13:17:10:9:13:17 chr10 97818692 . T C 149.82 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0162455;FXX=0.0540395;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.865;QD=17.1227;RBI=0.0465371;REFB=-0.00153754;REVB=-0.0436095;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159503;STB=0.576417;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00442096;OID=.;OPOS=97818692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:18:19:16:16:0.457143:9:7:11:7:9:7:11:8 chr10 97918320 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0045898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.743;QD=13.4589;RBI=0.00497557;REFB=-0.020363;REVB=-0.00192093;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626859;STB=0.519207;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0149984;OID=.;OPOS=97918320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:6:10:17:8:6:10:17:9 chr10 97918915 . A C 196.48 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00253812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.082;QD=18.2775;RBI=0.00953394;REFB=-0.0122951;REVB=-0.00918988;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145052;STB=0.581693;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0163957;OID=.;OPOS=97918915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:18:5:7:13:18:5 chr10 97920062 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00565097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.098;QD=15.2296;RBI=0.00588746;REFB=-0.0113832;REVB=-0.00165187;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190523;STB=0.609642;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00988349;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:11:17:8:11:11:17 chr10 97920099 . T TC 547.59 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.151;QD=46.6038;RBI=0.140953;REFB=0;REVB=0.136742;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00269328;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:48:47:47:0:20:27:0:0:10:1:20:27:1:0 chr10 97969621 . G A 529.56 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.026854;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.513;QD=19.0832;RBI=0.0354826;REFB=-0.0136516;REVB=0.0231922;RO=55;SAF=32;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236918;STB=0.505049;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.014361;OID=.;OPOS=97969621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:55:55:56:56:0.504505:24:32:30:25:25:31:31:24 chr10 97987163 . C CG 31.95 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0162258;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.8614;QD=7.9879;RBI=0.0162789;REFB=-0.00527408;REVB=0.00131329;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=0.0172718;OID=.;OPOS=97987164;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:16:6:16:10:3:3:4:6:31:10:3:3:4:6 chr10 97990583 . A G 222.43 PASS AF=0.477273;AO=17;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0222776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.568;QD=20.2211;RBI=0.0476362;REFB=-0.00255612;REVB=0.042106;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733111;STB=0.585503;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00485979;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:17:21:0.477273:9:8:12:10:13:8:12:10 chr10 98064363 . G A 410.17 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0486759;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.319;QD=18.4346;RBI=0.0497193;REFB=-0.0163435;REVB=-0.0101327;RO=46;SAF=12;SAR=29;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212694;STB=0.618315;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0235707;OID=.;OPOS=98064363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:47:41:42:0.47191:29:12:23:23:30:12:23:24 chr10 98078127 . C T 1107.96 PASS AF=0.975309;AO=74;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0153707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0291;QD=54.714;RBI=0.03999;REFB=-0.0694856;REVB=0.036918;RO=6;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764872;STB=0.512497;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00221536;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:81:6:2:74:79:0.975309:34:40:0:6:39:40:0:2 chr10 98078239 . A G 882.17 PASS AF=0.954545;AO=64;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00281581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0185;QD=53.4649;RBI=0.0144079;REFB=-0.0712827;REVB=-0.0141301;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248459;STB=0.519994;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0135356;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:64:63:0.954545:37:27:0:2:36:27:0:3 chr10 98133483 . G A 306.58 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0136861;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.569;QD=17.5188;RBI=0.0222965;REFB=-0.0124243;REVB=0.0176017;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25;STB=0.64069;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0112653;OID=.;OPOS=98133483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:37:33:33:0.471429:22:11:21:14:22:11:22:15 chr10 98287261 . G C 435.76 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0198156;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.131;QD=54.47;RBI=0.0213924;REFB=0.0489574;REVB=0.00806078;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000293717;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:19:11:0:1:20:11:0:1 chr10 98380277 . C T 789.76 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305873;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6776;QD=64.4701;RBI=0.0416989;REFB=0;REVB=0.028341;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451694;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr10 98386558 . G A 929.67 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0103924;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3561;QD=53.8938;RBI=0.0135464;REFB=-0.192705;REVB=0.00868922;RO=4;SAF=38;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186781;STB=0.504049;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00856137;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:4:3:65:66:0.956522:27:38:3:1:28:38:2:1 chr10 98469693 . C T 641.53 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.02075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.982;QD=20.8628;RBI=0.0229304;REFB=-0.00329957;REVB=-0.00975925;RO=59;SAF=26;SAR=38;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134441;STB=0.573965;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00230983;OID=.;OPOS=98469693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:59:64:64:0.520325:38:26:33:26:38:26:33:26 chr10 98741293 . A G 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00892743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.95;QD=14.3995;RBI=0.0192568;REFB=-0.0185954;REVB=0.0170624;RO=34;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610413;STB=0.534761;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0162014;OID=.;OPOS=98741293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:14:11:17:17:14:11:17:17 chr10 98742021 . C T 210.25 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0134991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.536;QD=15.5743;RBI=0.112143;REFB=0.00467119;REVB=0.111328;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068086;STB=0.538431;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00248884;OID=.;OPOS=98742021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:6:18:24:6:6:18:24:6 chr10 98742605 . C T 192.26 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0144984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1463;QD=16.0212;RBI=0.0147427;REFB=-0.0127443;REVB=-0.00267286;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154777;STB=0.5999;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0123076;OID=.;OPOS=98742605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:11:8:16:12:12:8:16:12 chr10 98762051 . T G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00919948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.716;QD=13.4417;RBI=0.0241209;REFB=-0.0203438;REVB=0.0222977;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568639;STB=0.851818;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0284713;OID=.;OPOS=98762051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:13:13:9:10:0.434783:8:1:8:5:9:1:8:5 chr10 98808866 . C G 755.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000919277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.539;QD=62.9473;RBI=0.00807872;REFB=0;REVB=-0.00802625;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40647e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr10 98819317 . A G 646.04 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832755;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.309;QD=60.0967;RBI=0.083289;REFB=-0.0234613;REVB=-0.00150081;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254576;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:43:1:0:42:43:1:26:16:1:0:26:17:0:0 chr10 98901433 . C T 2841.8 PASS AF=0.994536;AO=180;DP=182;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7285;QD=62.1159;RBI=0.0151127;REFB=-0.0734545;REVB=0.00142045;RO=1;SAF=93;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054408;STB=0.502793;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000230624;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:183:1:1:180:182:0.994536:87:93:0:1:89:93:0:1 chr10 98901438 . T C 183.88 PASS AF=0.169312;AO=23;DP=190;FAO=32;FDP=189;FR=.,HEALED;FRO=157;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=83;FSRR=74;FWDB=-0.0317002;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.935;QD=3.89159;RBI=0.0318654;REFB=-0.0126901;REVB=0.00324119;RO=140;SAF=11;SAR=12;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866687;STB=0.653763;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0552077;OID=.;OPOS=98901438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:190:189:140:157:23:32:0.169312:12:11:66:74:21:11:83:74 chr10 98901463 . T C 53.93 PASS AF=0.0822511;AO=19;DP=231;FAO=19;FDP=231;FR=.;FRO=212;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=107;FSRR=105;FWDB=0.00104417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1408;QD=0.933858;RBI=0.0220691;REFB=-0.0137512;REVB=-0.0220444;RO=211;SAF=12;SAR=7;SRF=106;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149465;STB=0.617239;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0755092;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:231:231:211:212:19:19:0.0822511:7:12:106:105:7:12:107:105 chr10 99006083 . G A 134.18 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0534471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.963;QD=16.2646;RBI=0.0536388;REFB=0.00781606;REVB=0.00453138;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0144557;OID=.;OPOS=99006083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:9:9:6:9:9:9 chr10 99019177 . A G 1111.24 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.952;QD=60.067;RBI=0.02284;REFB=0;REVB=0.0214468;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29794e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:50:23:0:0:51:23:0:0 chr10 99080246 . CT C 552.74 PASS AF=1;AO=54;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.8845;QD=34.0146;RBI=0.0965789;REFB=0;REVB=0.0905979;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0032909;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:65:65:65:0:28:37:0:0:12:1:26:28:0:1 chr10 99080871 . G T 147.58 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0172974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5297;QD=26.832;RBI=0.0393201;REFB=-0.0163467;REVB=0.0353111;RO=7;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197586;STB=0.610954;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00823302;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:4:11:3:4:4:11:3:4 chr10 99081531 . G GA 57.31 PASS AF=0.4;AO=8;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0125761;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6998;QD=9.16975;RBI=0.0250985;REFB=-0.0263354;REVB=0.0217205;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349109;STB=0.67828;STBP=0.24;TYPE=ins;VARB=0.052406;OID=.;OPOS=99081532;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:26:10:25:15:4:6:2:13:57:17:3:5:2:15 chr10 99116903 . C T 106.34 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00180189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.256;QD=11.8159;RBI=0.00402178;REFB=-0.0185977;REVB=-0.00359554;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218069;STB=0.641136;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0271411;OID=.;OPOS=99116903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:5:8:9:13:5:8:9:14 chr10 99118382 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0426614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.423;QD=14.8341;RBI=0.0559391;REFB=-0.0164306;REVB=-0.0361827;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216342;STB=0.512356;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.026283;OID=.;OPOS=99118382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:13:17:12:10:13:17 chr10 99126249 . G A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0137134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.679;QD=15.2679;RBI=0.0204921;REFB=-0.0111589;REVB=0.0152272;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141872;STB=0.58025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0180614;OID=.;OPOS=99126249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:14:12:20:13:14:12:20:13 chr10 99129230 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.028986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.553;QD=22.1438;RBI=0.0292934;REFB=-0.00614986;REVB=0.00423234;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.55549;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00612917;OID=.;OPOS=99129230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:6:7:7:10:6:7 chr10 99139140 . G A 125.22 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0136435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.351;QD=10.4351;RBI=0.0190301;REFB=0.00649334;REVB=0.0132665;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286012;STB=0.666481;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0114322;OID=.;OPOS=99139140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:6:27:9:6:6:27 chr10 99141205 . A G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0180566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.641;QD=23.4331;RBI=0.0220502;REFB=-0.0251012;REVB=0.0126558;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340521;STB=0.518996;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0212435;OID=.;OPOS=99141205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:10:10:13:11:10:10 chr10 99155984 . G A 75.96 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00509501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.016;QD=13.2101;RBI=0.0778001;REFB=-0.0451511;REVB=0.0776331;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929071;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0493653;OID=.;OPOS=99155984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:23:23:13:13:9:10:0.434783:5:4:7:6:5:5:7:6 chr10 99160152 . A G 200.57 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0237943;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8796;QD=13.5977;RBI=0.0347705;REFB=-0.0118163;REVB=-0.0253539;RO=35;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478282;STB=0.527449;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0238757;OID=.;OPOS=99160152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:35:24:24:0.40678:18:6:10:25:18:6:10:25 chr10 99160965 . A G 619.71 PASS AF=0.933333;AO=43;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0269241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6862;QD=55.0856;RBI=0.0314515;REFB=-0.0113834;REVB=-0.0162571;RO=2;SAF=14;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062462;STB=0.551699;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00426889;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:2:3:43:42:0.933333:29:14:2:0:29:13:3:0 chr10 99179206 . C T 182.09 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00288577;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.801;QD=23.4957;RBI=0.0058581;REFB=-0.0302152;REVB=-0.00509801;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129189;STB=0.507238;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0308622;OID=.;OPOS=99179206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:6:7:10:8:6:7 chr10 99205686 . A G 123.3 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00193481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.305;QD=17.0065;RBI=0.020521;REFB=-0.00595539;REVB=0.0204296;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376485;STB=0.729344;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00334246;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:11:2:7:8:12:2:7:8 chr10 99205731 . A G 87.1 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0159435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9273;QD=14.5171;RBI=0.0393862;REFB=-0.0227715;REVB=-0.036015;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.624791;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.032972;OID=.;OPOS=99205731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:3:10:6:5:3:10 chr10 99219885 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0330738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.859;QD=21.3771;RBI=0.0341198;REFB=-0.0213393;REVB=-0.00838358;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115364;STB=0.555506;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0165365;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:8:15:11:10:8:15:12:10 chr10 99220707 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0155164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3849;QD=21.3528;RBI=0.0167344;REFB=0.0062299;REVB=0.00626751;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278387;STB=0.657299;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00552305;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:2:7:5:8:2:7 chr10 99240048 . C T 272.43 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0675178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.817;QD=17.8642;RBI=0.0676599;REFB=-0.0141048;REVB=0.00438231;RO=30;SAF=7;SAR=22;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175183;STB=0.572866;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0129575;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:29:30:0.491803:22:7:12:18:22:8:12:19 chr10 99240758 . G C 1640.39 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.646;QD=60.1979;RBI=0.0150337;REFB=0;REVB=0.00557945;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53666e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:60:46:0:0:61:48:0:0 chr10 99337572 . G A 301.77 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00555603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8909;QD=25.1472;RBI=0.0323327;REFB=-0.017987;REVB=0.0318518;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191212;STB=0.518505;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0135733;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:13:13:10:11:13:14:10:11 chr10 99350017 . G C 90.29 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00909806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.345;QD=20.0637;RBI=0.0457751;REFB=-0.0654169;REVB=0.0448618;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.538388;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0174868;OID=.;OPOS=99350017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:18:18:6:7:9:10:0.555556:2:7:5:1:2:8:6:1 chr10 99350128 . A G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0521222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.954;QD=16.4257;RBI=0.0560751;REFB=-0.0169244;REVB=0.0206807;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874175;STB=0.55037;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0239742;OID=.;OPOS=99350128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:3:8:7:4:3:8 chr10 99358901 . G A 138.14 PASS AF=0.736842;AO=12;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0914285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.944;QD=29.0822;RBI=0.119711;REFB=-0.0325226;REVB=0.0772758;RO=5;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306873;STB=0.59308;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0177004;OID=.;OPOS=99358901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:12:14:0.736842:10:2:3:2:10:4:3:2 chr10 99371344 . C A 424.04 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0161008;FXX=0.0186898;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.479;QD=16.1541;RBI=0.0162562;REFB=-0.0142854;REVB=0.00224255;RO=58;SAF=24;SAR=23;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109201;STB=0.56095;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0170291;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:58:58:47:47:0.447619:23:24:36:22:23:24:36:22 chr10 99376092 . T C 450.47 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0271407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1155;QD=21.7095;RBI=0.0378506;REFB=0.00358131;REVB=0.0263828;RO=39;SAF=10;SAR=33;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235399;STB=0.616964;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00289624;OID=.;OPOS=99376092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:39:43:44:0.53012:33:10:18:21:33:11:18:21 chr10 99376152 . A G 414.83 PASS AF=0.552632;AO=39;DP=73;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00532028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.178;QD=21.8331;RBI=0.0130337;REFB=-0.0183216;REVB=-0.0118984;RO=32;SAF=11;SAR=28;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602754;STB=0.565317;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0167807;OID=.;OPOS=99376152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:32:34:39:42:0.552632:28:11:11:21:31:11:13:21 chr10 99393234 . G A 435.36 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0164832;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.593;QD=26.3853;RBI=0.0165538;REFB=-0.0208859;REVB=0.00152737;RO=23;SAF=22;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067095;STB=0.521471;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0121343;OID=.;OPOS=99393234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:23:25:41:41:0.621212:19:22:10:13:19:22:12:13 chr10 99410790 . T C 386.43 PASS AF=0.52;AO=40;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.000210517;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.206;QD=20.6095;RBI=0.00451743;REFB=-0.0114131;REVB=0.00451252;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163397;STB=0.597512;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0122314;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:36:36:40:39:0.52:19:21:12:24:18:21:12:24 chr10 99422648 . A G 446.97 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151632;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0105;QD=57.6741;RBI=0.157476;REFB=0;REVB=0.0425023;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369432;OID=.;OPOS=99422648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:1:0:30:31:1:19:11:1:0:19:12:0:0 chr10 99434760 . C T 133.37 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0231471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.796;QD=15.691;RBI=0.0231825;REFB=-0.0164982;REVB=0.00128111;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133846;STB=0.585548;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0172884;OID=.;OPOS=99434760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:19:14:15:0.441176:8:6:5:12:8:7:6:13 chr10 99439541 . G C 631.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0770396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3519;QD=61.6481;RBI=0.0774804;REFB=0;REVB=-0.00825313;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134333;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr10 99969568 . A G 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00762047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.283;QD=20.3967;RBI=0.0352027;REFB=-0.00892026;REVB=0.034368;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290379;STB=0.516119;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0107974;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:13:14:15:16:13:14 chr10 99991408 . A G 1088.36 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388396;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.122;QD=58.8302;RBI=0.0402191;REFB=-0.142315;REVB=0.010443;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000457577;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:37:36:1:0:37:36:1:0 chr10 100017453 . T G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000317383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.753;QD=22.72;RBI=0.0179472;REFB=0.0121619;REVB=-0.0179444;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278298;STB=0.65766;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00976574;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:6:3:10:4:6:3 chr10 100018844 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3291;QD=57.176;RBI=0.0433872;REFB=0;REVB=0.0406127;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679596;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr10 100144782 . C T 314.77 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0422321;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6137;QD=29.2807;RBI=0.0616097;REFB=-0.0398454;REVB=0.0448576;RO=15;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943473;STB=0.508765;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00718631;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:15:16:26:27:0.627907:9:17:10:5:9:18:11:5 chr10 100147060 . A G 273.35 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0189022;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.6855;QD=22.7792;RBI=0.0388625;REFB=-0.00630187;REVB=-0.0339558;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195046;STB=0.60598;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00600364;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:22:23:24:25:0.520833:12:12:6:16:13:12:6:17 chr10 100148176 . A G 190.55 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0109515;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6925;QD=20.0575;RBI=0.0178452;REFB=0.00793066;REVB=-0.0140896;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713554;STB=0.552431;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00910112;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:18:19:0.5:9:9:11:8:10:9:11:8 chr10 100167396 . G A 235.88 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00273958;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.151;QD=15.4674;RBI=0.0102986;REFB=-0.00949638;REVB=-0.00992756;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115124;STB=0.558037;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0130065;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:34:27:27:0.442623:17:10:16:17:17:10:16:18 chr10 100184062 . CC AG 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0128582;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.244;QD=13.0911;RBI=0.0131473;REFB=-0.000183377;REVB=-0.00274164;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397392;STB=0.523328;STBP=0.831;TYPE=mnp;VARB=0.000421743;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:10:10:6:7:10:10 chr10 100190920 . G A 169.11 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0102572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.884;QD=16.9107;RBI=0.03333;REFB=-0.0240384;REVB=0.0317124;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668602;STB=0.538417;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0466586;OID=.;OPOS=100190920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:14:4:6:16:14:4:6:16 chr10 100195130 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00522134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.079;QD=17.8403;RBI=0.00629503;REFB=-0.0169427;REVB=-0.00351638;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.612755;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0257795;OID=.;OPOS=100195130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:3:11:8:6:3:11 chr10 101090428 . T G 694.96 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0557035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4294;QD=60.4314;RBI=0.0586546;REFB=-0.0143331;REVB=-0.0183706;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00236678;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr10 101124797 . C T 529.88 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0647888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.348;QD=16.5587;RBI=0.0649326;REFB=-0.00914733;REVB=0.00431895;RO=70;SAF=17;SAR=40;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143248;STB=0.57719;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00622726;OID=.;OPOS=101124797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:71:57:57:0.445312:40:17:30:40:40:17:30:41 chr10 101293035 . C A 336.06 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0171796;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9252;QD=22.0371;RBI=0.0186882;REFB=-0.0173171;REVB=-0.00735583;RO=27;SAF=9;SAR=25;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25745;STB=0.642998;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0146717;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:27:34:34:0.557377:25:9:15:12:25:9:15:12 chr10 101295863 . A G 298.4 PASS AF=0.583333;AO=26;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0228862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.102;QD=24.8663;RBI=0.0273762;REFB=-0.00691919;REVB=0.0150226;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206192;STB=0.566618;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00488539;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:20:26:28:0.583333:17:9:13:9:17:11:11:9 chr10 101473218 . A G 89.48 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0506454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3101;QD=15.5619;RBI=0.0519163;REFB=0.0318798;REVB=-0.0114167;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.566808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0347253;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:5:7:5:6:5:7 chr10 101542578 . C T 96.6 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00870122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.904;QD=12.464;RBI=0.0337481;REFB=0.00384956;REVB=-0.0326071;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380433;STB=0.680553;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00889962;OID=.;OPOS=101542578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:11:12:0.387097:3:8:7:12:4:8:7:12 chr10 101544447 . A T 1396.95 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.981;QD=62.7844;RBI=0.0352368;REFB=0;REVB=0.000266887;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18824e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:41:48:0:0 chr10 101604207 . C T 250.95 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0496783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5086;QD=17.0132;RBI=0.0512427;REFB=1.5761e-05;REVB=-0.0125652;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108824;STB=0.55928;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000420651;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:31:31:26:28:0.474576:13:13:19:12:14:14:19:12 chr10 101639796 . G A 479.99 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0159326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.303;QD=17.1424;RBI=0.0196668;REFB=-0.0247058;REVB=0.0115297;RO=59;SAF=26;SAR=26;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729196;STB=0.544626;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0234243;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:52:52:0.464286:26:26:34:25:26:26:35:25 chr10 101639877 . A C 574.34 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00518182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.014;QD=21.0768;RBI=0.0130725;REFB=-0.00586511;REVB=0.0120016;RO=51;SAF=34;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178002;STB=0.500978;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00606967;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:24:34:30:21:24:34:30:21 chr10 101645498 . T C 251.09 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0202178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.359;QD=19.6931;RBI=0.0202369;REFB=0.00147685;REVB=-0.000879867;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255641;STB=0.642435;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00161583;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:7:18:11:15:7:18 chr10 101657880 . G A 203.5 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0134208;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.971;QD=21.4209;RBI=0.0134481;REFB=-0.0147561;REVB=-0.000856407;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853248;STB=0.548143;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.013432;OID=.;OPOS=101657880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:11:7:6:14:11:7 chr10 101689378 . G C 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00359998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.12;QD=12.6185;RBI=0.0157748;REFB=-0.0156914;REVB=-0.0153585;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538044;STB=0.530839;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0236843;OID=.;OPOS=101689378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:8:16:27:11:8:16:27:11 chr10 101716484 . G A 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00655626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.24;QD=19.6442;RBI=0.0528673;REFB=-0.00799786;REVB=0.0524592;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.559889;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00584433;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:4:4:4:7:4:4 chr10 101823396 . C T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0140276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.299;QD=25.2554;RBI=0.0171713;REFB=-0.0195203;REVB=0.0099035;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149988;STB=0.583241;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0156071;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:2:8:10:7:2:8 chr10 101937969 . A G 173.15 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=263.653;QD=36.4516;RBI=0.0145972;REFB=-0.0642034;REVB=0.0145972;RO=1;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358605;OID=.;OPOS=101937969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:1:3:16:16:0.842105:16:0:0:1:16:0:0:3 chr10 101977883 . C T 579.0 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9274;QD=59.3845;RBI=0.00911322;REFB=0;REVB=-0.000209788;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199703;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr10 102006625 . G A 268.73 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0302809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.734;QD=22.394;RBI=0.0338336;REFB=-0.00259124;REVB=0.0150924;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470952;STB=0.526295;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00296334;OID=.;OPOS=102006625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:8:15:15:10:8:15 chr10 102006681 . C T 83.87 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00529543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.54;QD=10.1664;RBI=0.0404814;REFB=-0.00936663;REVB=-0.0401336;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102813;STB=0.561688;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0163917;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:8:14:6:5:8:14 chr10 102016044 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.000764437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.456;QD=6.78762;RBI=0.0149794;REFB=-0.0102667;REVB=-0.0149599;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179244;STB=0.612635;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0106068;OID=.;OPOS=102016044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:8:15:4:4:8:15 chr10 102046380 . T G 83.79 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0595385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4889;QD=13.4064;RBI=0.0603557;REFB=-0.0197793;REVB=-0.00989868;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731962;STB=0.538395;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0223257;OID=.;OPOS=102046380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:25:25:13:14:10:11:0.44:8:2:2:11:9:2:2:12 chr10 102048208 . G T 285.83 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0492922;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.658;QD=17.8643;RBI=0.0522021;REFB=-0.0206153;REVB=0.0171855;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146394;STB=0.582768;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0211633;OID=.;OPOS=102048208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:33:31:31:0.484375:12:19:14:17:12:19:15:18 chr10 102050242 . C A 221.94 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0177113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1556;QD=25.3646;RBI=0.0242233;REFB=-0.00491133;REVB=-0.0165251;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191618;STB=0.605965;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00424242;OID=.;OPOS=102050242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:3:11:11:10:3:11 chr10 102056745 . C T 185.64 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00917209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.565;QD=13.751;RBI=0.0199561;REFB=-0.013447;REVB=0.0177234;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233516;STB=0.501741;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0321493;OID=.;OPOS=102056745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:9:13:19:12:9:13:19:13 chr10 102107251 . C G 391.95 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0412522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6771;QD=14.6521;RBI=0.0583151;REFB=-0.0214483;REVB=0.0412178;RO=59;SAF=27;SAR=18;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423656;STB=0.511623;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0295316;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:62:45:45:0.420561:18:27:33:26:18:27:36:26 chr10 102116311 . A C 249.91 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0296609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.277;QD=12.0439;RBI=0.0392771;REFB=-0.0295863;REVB=-0.0257472;RO=52;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842973;STB=0.54383;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0412695;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:53:30:30:0.361446:20:10:21:31:20:10:21:32 chr10 102295836 . C G 284.32 PASS AF=0.383721;AO=32;DP=85;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0140623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9491;QD=13.2243;RBI=0.0568906;REFB=0.00549308;REVB=-0.0551252;RO=53;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790562;STB=0.529896;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0113377;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:53:53:32:33:0.383721:22:10:20:33:22:11:20:33 chr10 102506070 . G C 3252.15 PASS AF=0.981221;AO=164;DP=216;FAO=209;FDP=213;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=82;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.287377;FXX=0.0138882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8188;QD=61.0733;RBI=0.287667;REFB=-0.0290941;REVB=-0.0129219;RO=1;SAF=37;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126166;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:216:213:1:0:164:209:0.981221:127:37:0:1:127:82:0:0 chr10 102734778 . C G 315.52 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00656713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.218;QD=15.0249;RBI=0.0702257;REFB=0.00279752;REVB=-0.0699179;RO=49;SAF=23;SAR=12;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115976;STB=0.565808;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00532664;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:12:23:27:22:12:23:27:22 chr10 102745062 . G T 372.26 PASS AF=0.365854;AO=44;DP=121;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0129061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.57;QD=12.106;RBI=0.0280822;REFB=-0.016905;REVB=-0.0249408;RO=76;SAF=21;SAR=23;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834111;STB=0.539499;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0258977;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:76:78:44:45:0.365854:23:21:42:34:23:22:43:35 chr10 102746503 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0139883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.215;QD=15.5706;RBI=0.014285;REFB=-0.0195455;REVB=-0.00289633;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188581;STB=0.609182;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0315811;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:8:4:6:5:8:4 chr10 102750623 . T C 424.18 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0021845;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.934;QD=23.5655;RBI=0.0139562;REFB=-0.0254779;REVB=0.0137842;RO=29;SAF=13;SAR=28;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813776;STB=0.548995;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0160002;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:31:41:41:0.569444:28:13:12:17:28:13:13:18 chr10 102750783 . C A 58.63 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0443761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.712;QD=14.6569;RBI=0.0445447;REFB=-0.00884711;REVB=0.0038724;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111879;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:4:4:4:4:4:4 chr10 102766574 . A G 113.04 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0169082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7077;QD=17.3912;RBI=0.0429734;REFB=-0.047238;REVB=-0.0395073;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148023;STB=0.584294;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0405233;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:3:10:8:5:3:10 chr10 102770082 . T G 486.05 PASS AF=0.390728;AO=53;DP=146;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0306097;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1124;QD=12.8754;RBI=0.0306099;REFB=-0.0274721;REVB=-0.000122625;RO=91;SAF=21;SAR=32;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134871;STB=0.559998;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0411014;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:151:91:92:53:59:0.390728:32:21:47:44:34:25:48:44 chr10 102770327 . A G 72.56 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00593444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.192;QD=8.79522;RBI=0.198711;REFB=-0.00516821;REVB=-0.198622;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122057;STB=0.631983;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00847455;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:33:20:23:10:10:0.30303:3:7:12:8:3:7:12:11 chr10 102798962 . C A 443.02 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00710302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.461;QD=21.8777;RBI=0.0223981;REFB=-0.0126759;REVB=-0.021242;RO=36;SAF=20;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313316;STB=0.510199;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.010477;OID=.;OPOS=102798962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:37:44:44:0.54321:24:20:15:21:24:20:16:21 chr10 102824349 . G C 217.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000881799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5198;QD=15.5033;RBI=0.0845994;REFB=-0.00268201;REVB=0.0845948;RO=30;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166908;STB=0.606652;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00718129;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:18:7:13:17:18:7:14:17 chr10 102897515 . GA G 55.17 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.107976;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.89282;QD=7.11827;RBI=0.14364;REFB=-0.104145;REVB=-0.0947294;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149983;STB=0.583229;STBP=0.435;TYPE=del;VARB=0.116495;OID=.;OPOS=102897516;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:15:31:15:31:16:6:9:4:12:51:13:6:9:3:10 chr10 103124606 . A G 6635.21 PASS AF=0.914343;AO=459;DP=502;FAO=459;FDP=502;FR=.;FRO=43;FSAF=148;FSAR=311;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0120176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.251;QD=52.8702;RBI=0.0124932;REFB=0.00306493;REVB=-0.00341432;RO=42;SAF=148;SAR=311;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530085;STB=0.529317;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-7.20518e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:502:42:43:459:459:0.914343:311:148:26:16:311:148:27:16 chr10 103124647 . A G 7118.57 PASS AF=0.913858;AO=483;DP=537;FAO=488;FDP=534;FR=.;FRO=46;FSAF=169;FSAR=319;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00840427;FXX=0.00558649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6174;QD=53.3226;RBI=0.00943842;REFB=0.00319748;REVB=0.00429559;RO=46;SAF=165;SAR=318;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559866;STB=0.528584;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000229772;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:537:534:46:46:483:488:0.913858:318:165:30:16:319:169:30:16 chr10 103124696 . T C 5364.01 PASS AF=0.897375;AO=368;DP=413;FAO=376;FDP=419;FR=.;FRO=43;FSAF=139;FSAR=237;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0341328;FXX=0.0023809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.033;QD=51.2077;RBI=0.0343752;REFB=-0.0150822;REVB=-0.00407557;RO=43;SAF=139;SAR=229;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042557;STB=0.52303;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000562321;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:419:43:43:368:376:0.897375:229:139:25:18:237:139:25:18 chr10 103124715 . A G 3913.8 PASS AF=0.897106;AO=257;DP=290;FAO=279;FDP=311;FR=.;FRO=32;FSAF=110;FSAR=169;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0625669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.886;QD=50.3382;RBI=0.062691;REFB=-0.0330118;REVB=0.00394344;RO=33;SAF=91;SAR=166;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583341;STB=0.521292;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00213513;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:311:33:32:257:279:0.897106:166:91:20:13:169:110:19:13 chr10 103124726 . A G 2689.03 PASS AF=0.870536;AO=192;DP=222;FAO=195;FDP=224;FR=.;FRO=29;FSAF=79;FSAR=116;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0469076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.439;QD=48.0183;RBI=0.0474379;REFB=-0.042908;REVB=0.00707335;RO=30;SAF=78;SAR=114;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421496;STB=0.524094;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00278942;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:30:29:192:195:0.870536:114:78:17:13:116:79:17:12 chr10 103124736 . C T 1680.19 PASS AF=0.83125;AO=125;DP=152;FAO=133;FDP=160;FR=.;FRO=27;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00107638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.792;QD=42.0047;RBI=0.0208234;REFB=-0.0298883;REVB=0.0207956;RO=27;SAF=52;SAR=73;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476242;STB=0.527332;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00839834;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:160:27:27:125:133:0.83125:73:52:15:12:80:53:15:12 chr10 103124746 . G A 1006.07 PASS AF=0.754545;AO=82;DP=109;FAO=83;FDP=110;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0307966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4384;QD=36.5842;RBI=0.0309365;REFB=-0.0267463;REVB=-0.00293923;RO=27;SAF=33;SAR=49;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725156;STB=0.536527;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00907422;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:27:27:82:83:0.754545:49:33:15:12:49:34:15:12 chr10 103368654 . T C 337.98 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0110758;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3692;QD=28.1654;RBI=0.0168694;REFB=-0.0198611;REVB=0.0127241;RO=19;SAF=22;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210672;STB=0.51162;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0149774;OID=.;OPOS=103368654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:19:29:29:0.604167:7:22:14:5:7:22:14:5 chr10 103825747 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.766;QD=58.1421;RBI=0.0514638;REFB=0;REVB=0.0071001;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146948;OID=.;OPOS=103825747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr10 103904762 . TTCCCCCCCCG TCCCCCCCG,TTCCCCCCCG,TTCCCCCCCGC,TTTCCCCCCCG 254.04 PASS AF=0,1,0,0;AO=5,26,2,3;DP=45;FAO=0,41,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0,0;FSAR=0,19,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372071,0.0901646,-0.0278477,0.0526749;FXX=0.0238039;HRUN=4,8,8,8;LEN=2,1,2,1;MLLD=13.1727,8.22056,10.2931,8.44621;QD=24.7847;RBI=0.0821518,0.166787,0.107153,0.221277;REFB=0.0560642,0.0240689,0.0390847,-0.0201543;REVB=-0.0732431,0.140315,0.103471,0.214916;RO=6;SAF=1,12,2,0;SAR=4,14,0,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0.45339,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.429493,-0.07083,0.562437,-0.711122;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.00915093,0.0233849,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=103904763,103904764,103904771,103904764;OREF=TC,C,CG,C;OALT=-,-,GC,T;OMAPALT=TCCCCCCCG,TTCCCCCCCG,TTCCCCCCCGC,TTTCCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0,0:5,26,2,3:45:0,41,0,0:41:0:0,22,0,0:0,19,0,0:0:0:4:6:1,12,2,0:4,14,0,3:4:2 chr10 103991381 . G A 1198.92 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3277;QD=59.9461;RBI=0.14421;REFB=-0.0796591;REVB=0.11585;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340931;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:39:41:0:0 chr10 104136469 . T C 613.89 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00296714;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.346;QD=57.1058;RBI=0.0328279;REFB=-0.0364298;REVB=0.0326935;RO=2;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010028;STB=0.505348;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000661161;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:43:2:2:41:41:0.953488:25:16:1:1:25:16:1:1 chr10 104159196 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.717;QD=33.4283;RBI=0.0405892;REFB=0;REVB=-0.0122866;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356782;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 104160434 . A G 680.83 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.23;QD=61.8934;RBI=0.00865851;REFB=0;REVB=0.00843489;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38608e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:15:29:0:0 chr10 104161191 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.038357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.072;QD=16.9314;RBI=0.0384545;REFB=0.00463592;REVB=0.00273616;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322725;STB=0.68157;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00300594;OID=.;OPOS=104161191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:1:11:7:5:1:11 chr10 104229785 . C T 1080.23 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153905;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.163;QD=60.0128;RBI=0.0249851;REFB=0;REVB=0.0196822;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40736e-05;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr10 104231054 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.301;QD=64.1536;RBI=0.0357476;REFB=0;REVB=-0.0171259;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77349e-05;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr10 104236457 . C T 556.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6434;QD=60.1943;RBI=0.0256159;REFB=0;REVB=0.00857752;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026918;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr10 104239100 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.591;QD=62.3499;RBI=0.0220016;REFB=0;REVB=0.0096348;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64376e-05;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr10 104389932 . T G 1700.8 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320326;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.607;QD=60.2053;RBI=0.0505235;REFB=0;REVB=0.0390709;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84752e-05;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:113:0:0:106:113:1:57:49:0:0:62:51:0:0 chr10 104435746 . C T 728.32 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129472;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.788;QD=57.1228;RBI=0.0393943;REFB=0;REVB=-0.0372059;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174216;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr10 104474046 . CCCTCCTCCTCCTCCTCCTC CCCTCCTCCTCCTCCTC,CCCTCCTCCTCCTCCTCCTG 1002.93 PASS AF=0.774648,0.225352;AO=37,4;DP=77;FAO=55,16;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=5,9;FSAR=50,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946226,0.0516516;FXX=0.13413;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=108.886,104.961;QD=56.5029;RBI=0.097538,0.0543114;REFB=0,0;REVB=0.0236693,0.016788;RO=0;SAF=2,1;SAR=35,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.50694e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0167306,-0.00642046;OID=.,.;OPOS=104474047,104474065;OREF=CCT,C;OALT=-,G;OMAPALT=CCCTCCTCCTCCTCCTC,CCCTCCTCCTCCTCCTCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.774648,0.225352:37,4:77:55,16:71:0:5,9:50,7:0:0:99:0:2,1:35,3:0:0 chr10 104572963 . T C 70.84 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0056598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.057;QD=17.7087;RBI=0.113177;REFB=-0.00039947;REVB=0.113036;RO=7;SAF=8;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.764827;STB=0.648255;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00152416;OID=.;OPOS=104572963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:7:7:8:9:0.5625:0:8:5:2:1:8:5:2 chr10 104574329 . A T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0643129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.349;QD=12.4026;RBI=0.0671457;REFB=-0.0051824;REVB=-0.0192977;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172923;STB=0.60857;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00629049;OID=.;OPOS=104574329;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:9:7:8:20:9:7:8:21 chr10 104596924 . C A 507.13 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00087498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.414;QD=17.9513;RBI=0.0122334;REFB=-0.0122507;REVB=-0.0122021;RO=59;SAF=17;SAR=37;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1458;STB=0.58119;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0137811;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:59:54:54:0.477876:37:17:27:32:37:17:27:32 chr10 104596981 . G A 682.47 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0150207;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7362;QD=21.3273;RBI=0.0176058;REFB=-0.0265689;REVB=0.00918391;RO=60;SAF=21;SAR=46;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519833;STB=0.525637;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0197697;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:60:61:67:67:0.523438:46:21:22:38:46:21:22:39 chr10 104661484 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00177757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.148;QD=18.3452;RBI=0.00457133;REFB=-0.0191105;REVB=0.00421157;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179119;STB=0.601887;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0172751;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:7:11:7:10:7:11 chr10 104814162 . T C 216.32 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0249273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4471;QD=11.0933;RBI=0.0281493;REFB=-0.0107985;REVB=0.0130772;RO=51;SAF=11;SAR=16;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285885;STB=0.664704;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0167591;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:16:11:34:17:16:11:34:17 chr10 104837816 . G A 389.53 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0473461;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0454;QD=15.2757;RBI=0.0474329;REFB=-0.0158021;REVB=0.00286827;RO=55;SAF=14;SAR=30;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089781;STB=0.559893;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0168821;OID=.;OPOS=104837816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:55:58:44:44:0.431373:30:14:22:33:30:14:24:34 chr10 104849468 . G A 336.67 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0136464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.022;QD=17.2651;RBI=0.0137044;REFB=-0.026909;REVB=-0.00125903;RO=41;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138913;STB=0.577504;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0337198;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:41:42:35:36:0.461538:13:22:20:21:13:23:21:21 chr10 104851396 . G T 143.77 PASS AF=0.34;AO=13;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000995665;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.321;QD=11.5015;RBI=0.0143586;REFB=-0.0150687;REVB=0.014324;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172223;STB=0.510626;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0268551;OID=.;OPOS=104851396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:33:13:17:0.34:5:8:12:14:9:8:15:18 chr10 104855670 . G A 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00025353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7527;QD=9.53502;RBI=0.0654068;REFB=-0.00278333;REVB=-0.0654063;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131094;STB=0.589599;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00197551;OID=.;OPOS=104855670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:26:27:12:12:0.307692:6:6:10:16:6:6:10:17 chr10 104934709 . T C 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00876672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.372;QD=27.3907;RBI=0.0194068;REFB=-0.0162904;REVB=0.0173138;RO=11;SAF=16;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3344;STB=0.687292;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0161835;OID=.;OPOS=104934709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:4:16:4:7:4:16:4:7 chr10 105215016 . A G 249.59 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0271303;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.574;QD=16.3666;RBI=0.0608453;REFB=-0.0133169;REVB=-0.0544618;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116173;STB=0.571888;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0120719;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:15:13:11:21:15:13:11:22 chr10 105218252 . A G 433.31 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0163249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.038;QD=18.0545;RBI=0.0176345;REFB=-0.00904781;REVB=-0.00666881;RO=52;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992254;STB=0.55553;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0083075;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:28:16:24:28:28:16:24:28 chr10 105218254 . C T 433.17 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0447381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1867;QD=18.0487;RBI=0.0452688;REFB=-0.0188437;REVB=-0.0069119;RO=51;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10726;STB=0.55553;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0143628;OID=.;OPOS=105218254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:52:44:44:0.458333:28:16:24:27:28:16:24:28 chr10 105218359 . T C 276.59 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=93;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.015103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.922;QD=11.7697;RBI=0.0172689;REFB=-0.0149745;REVB=0.00837334;RO=60;SAF=19;SAR=13;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314327;STB=0.512156;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.018491;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:60:61:32:33:0.351064:13:19:34:26:14:19:34:27 chr10 105233110 . C T 180.59 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0278335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9896;QD=13.8912;RBI=0.114131;REFB=-0.00606221;REVB=0.110685;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978491;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0111833;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:21:21:0.403846:11:10:14:16:11:10:15:16 chr10 105361816 . T G 120.18 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541139;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.074;QD=43.703;RBI=0.0647614;REFB=0;REVB=0.0645349;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823717;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:12:11:1:9:3:0:0:8:3:0:0 chr10 105362104 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.000659788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.892;QD=18.4438;RBI=0.0400479;REFB=-0.00439977;REVB=0.0400425;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232556;STB=0.631371;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00356466;OID=.;OPOS=105362104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:8:1:4:7:8:1 chr10 105362179 . G A 53.23 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0418432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.782;QD=7.34207;RBI=0.0470708;REFB=-0.00104971;REVB=-0.0215594;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881715;STB=0.57503;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00417585;OID=.;OPOS=105362179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:8:8:0.275862:3:5:11:9:3:5:11:10 chr10 105362209 . T C 410.99 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.095;QD=56.6886;RBI=0.0345689;REFB=0;REVB=-0.0163326;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56061e-05;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr10 105657316 . G C 710.34 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.15;QD=54.6416;RBI=0.0359992;REFB=-0.154788;REVB=0.0271726;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000947733;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:0:1:28:23:0:1 chr10 105659826 . T C 1193.68 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132703;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.36;QD=61.2142;RBI=0.0264036;REFB=0;REVB=0.0228265;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76094e-05;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr10 105762591 . G A 712.03 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.998;QD=55.8453;RBI=0.0467481;REFB=0;REVB=0.0429985;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103367;OID=.;OPOS=105762591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:22:27:0:0:22:29:0:0 chr10 105796819 . A G 432.55 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108034;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1777;QD=57.6732;RBI=0.11909;REFB=0;REVB=-0.118599;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117152;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 105882765 . A G 670.02 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.379;QD=62.3276;RBI=0.0747423;REFB=0;REVB=0.00622452;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001594;OID=.;OPOS=105882765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr10 105905239 . T C 315.63 PASS AF=0.375;AO=38;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00999962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.771;QD=12.1398;RBI=0.0106455;REFB=-0.00352118;REVB=-0.00365163;RO=63;SAF=19;SAR=19;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260084;STB=0.522413;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00775681;OID=.;OPOS=105905239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:63:65:38:39:0.375:19:19:30:33:19:20:31:34 chr10 106022829 . AGAG A 218.25 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0131137;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.317;QD=16.4717;RBI=0.0135441;REFB=-0.0212311;REVB=-0.00338719;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450608;STB=0.544856;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=0.0225221;OID=.;OPOS=106022830;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471698:24:53:25:53:28:11:14:10:18:99:27:10:14:10:17 chr10 106027059 . G A 106.42 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00048487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7563;QD=13.3029;RBI=0.0320558;REFB=-0.0149871;REVB=-0.0320521;RO=19;SAF=12;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311698;STB=0.689286;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0345373;OID=.;OPOS=106027059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:1:12:15:4:1:12:15:4 chr10 106028157 . G T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00773418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.438;QD=12.5697;RBI=0.0105931;REFB=-0.0167818;REVB=0.00723856;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103918;STB=0.561319;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.021096;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:15:11:5:10:15:11 chr10 106039185 . A G 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00609073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.833;QD=16.1561;RBI=0.0163594;REFB=-0.00722587;REVB=-0.0151834;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227345;STB=0.512811;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00625857;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:18:9:10:22:18:9:10:22 chr10 106907440 . C T 552.86 PASS AF=0.523364;AO=55;DP=103;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0188608;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.108;QD=20.6676;RBI=0.0316925;REFB=-0.0484099;REVB=0.0254693;RO=47;SAF=25;SAR=30;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134664;STB=0.545501;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.039012;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:47:51:55:56:0.523364:30:25:14:33:31:25:18:33 chr10 108338917 . T C 307.98 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0099561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.07;QD=13.6878;RBI=0.0163619;REFB=-0.00670746;REVB=0.0129841;RO=55;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344279;STB=0.527315;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0126486;OID=.;OPOS=108338917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:34:35:0.388889:19:15:26:29:20:15:26:29 chr10 108380213 . G A 1507.21 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00792329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0742;QD=58.5323;RBI=0.0250942;REFB=-0.110593;REVB=0.0238105;RO=1;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939493;STB=0.50495;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=3.48731e-05;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:50:52:0:1:50:52:0:1 chr10 108389111 . A G 436.75 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00351034;FXX=0.0169477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.495;QD=15.0605;RBI=0.0114187;REFB=-0.012318;REVB=-0.0108657;RO=63;SAF=28;SAR=21;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484031;STB=0.519992;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0154548;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:63:67:49:49:0.422414:21:28:33:30:21:28:36:31 chr10 108729824 . C T 1528.7 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196949;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1386;QD=63.6956;RBI=0.0288381;REFB=0;REVB=-0.0210653;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9098e-05;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:47:49:0:0 chr10 111625016 . A G 400.53 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0189345;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.442;QD=19.7791;RBI=0.0191805;REFB=-0.0211806;REVB=-0.00306179;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157162;STB=0.592038;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0169635;OID=.;OPOS=111625016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:39:40:41:41:0.506173:20:21:13:26:20:21:13:27 chr10 111702528 . A T 477.6 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00654166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1419;QD=15.659;RBI=0.00800598;REFB=-0.00348067;REVB=0.00461545;RO=68;SAF=23;SAR=30;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084029;STB=0.550221;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00239408;OID=.;OPOS=111702528;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:69:53:53:0.434426:30:23:24:44:30:23:24:45 chr10 112044842 . TAAAAC T 128.67 PASS AF=0.586207;AO=14;DP=23;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0301906;FXX=0.0937207;HRUN=4;LEN=5;MLLD=197.541;QD=17.7482;RBI=0.0349953;REFB=-0.0187373;REVB=0.0176973;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.31058;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.710379;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0111319;OID=.;OPOS=112044843;OREF=AAAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:14:23:17:29:12:3:14:7:5:67:0:1:13:0:0 chr10 112266822 . GC AT 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183559;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.64;QD=57.5453;RBI=0.0196162;REFB=0;REVB=0.00691762;RO=0;SAF=4;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.98856e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:54:4:0:0:54:4:0:0 chr10 112361870 . A G 937.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1163;QD=58.5893;RBI=0.0563399;REFB=0;REVB=0.0190911;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353466;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr10 112402492 . G C,T 1164.26 PASS AF=0.419753,0.580247;AO=34,44;DP=78;FAO=34,47;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=16,15;FSAR=18,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686018,-0.00223485;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.2812,114.751;QD=57.4941;RBI=0.0278295,0.00381888;REFB=0,0;REVB=-0.0269708,-0.00309665;RO=0;SAF=16,15;SAR=18,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.014201,0.0161172;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:78:81:0:0:34,44:34,47:0.419753,0.580247:18,29:16,15:0:0:18,32:16,15:0:0 chr10 112572458 . G C 774.12 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.5143;QD=63.1931;RBI=0.0356035;REFB=0;REVB=0.0164368;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287298;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:19:28:0:0:20:29:0:0 chr10 112641053 . A G 712.92 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0244316;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.957;QD=52.8092;RBI=0.051097;REFB=-0.112186;REVB=0.0448776;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.503691;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00109737;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:54:0:2:52:52:0.962963:21:31:0:0:21:31:1:1 chr10 112839368 . C A 355.07 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0266065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1949;QD=18.9368;RBI=0.0278987;REFB=-0.00510825;REVB=0.00839221;RO=38;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849511;STB=0.547187;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0053756;OID=.;OPOS=112839368;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:16:21:25:13:16:21:25:13 chr10 112839579 . A G 279.06 PASS AF=0.4;AO=30;DP=78;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00801297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.77;QD=13.9532;RBI=0.0171338;REFB=-0.00661038;REVB=-0.0151446;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112293;STB=0.544558;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0144456;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:47:48:30:32:0.4:19:11:22:25:19:13:23:25 chr10 112839601 . C A 269.57 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0175583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.458;QD=14.1876;RBI=0.02979;REFB=-0.00762712;REVB=-0.0240654;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411696;STB=0.523389;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0133982;OID=.;OPOS=112839601;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:16:15:20:25:16:15:20:25 chr10 112839903 . A G 116.08 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00919697;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.546;QD=18.5728;RBI=0.0250738;REFB=-0.00427411;REVB=-0.0233262;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101714;STB=0.558193;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00544756;OID=.;OPOS=112839903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:6:7:5:7:6:7:5:7 chr10 113913222 . T C 720.58 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.198;QD=61.3255;RBI=0.0361157;REFB=0;REVB=0.0204772;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317832;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:21:23:0:0:21:26:0:0 chr10 113913351 . C T 567.83 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=85;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0230353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.38;QD=26.1071;RBI=0.0231637;REFB=-0.015108;REVB=-0.00243562;RO=33;SAF=22;SAR=30;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213455;STB=0.517312;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0115268;OID=.;OPOS=113913351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:33:35:52:52:0.597701:30:22:13:20:29:23:14:21 chr10 113917085 . T A 1351.91 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.05;QD=60.76;RBI=0.0140259;REFB=-0.0895494;REVB=0.00401104;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000224517;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:0:1:87:88:0.988764:43:44:0:0:44:44:0:1 chr10 113920465 . G A 2115.84 PASS AF=0.971831;AO=136;DP=142;FAO=138;FDP=142;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0165339;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8742;QD=59.6012;RBI=0.0413187;REFB=-0.111523;REVB=0.0378664;RO=1;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646797;STB=0.505867;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00116047;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:142:142:1:4:136:138:0.971831:73:63:0:1:75:63:1:3 chr10 113935379 . T C 600.5 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00187287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.675;QD=58.5856;RBI=0.0124351;REFB=-0.0419964;REVB=-0.0122933;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0010858;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:1:0:22:18:1:0 chr10 113940329 . T C,G 1140.94 PASS AF=0.936709,0.0506329;AO=72,4;DP=77;FAO=74,4;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0;FSAR=43,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301539,0.0482042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.907,59.1467;QD=57.769;RBI=0.0519201,0.0503653;REFB=-0.101583,-0.0844412;REVB=0.0422663,0.0145951;RO=0;SAF=31,0;SAR=41,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507934,0.995941;STBP=0.309,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.000674418,0.0582367;OID=.,.;OPOS=113940329,113940329;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:77:79:0:1:72,4:74,4:0.936709,0.0506329:41,4:31,0:0:0:43,4:31,0:1:0 chr10 114053546 . C G 513.23 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0143936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7963;QD=15.7916;RBI=0.0426067;REFB=0.0228133;REVB=0.0401018;RO=73;SAF=24;SAR=32;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520568;STB=0.525603;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0301216;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:73:74:56:56:0.430769:32:24:35:38:32:24:35:39 chr10 114186624 . G A 1457.94 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372658;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.541;QD=63.3889;RBI=0.0295417;REFB=0;REVB=0.0293057;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463032;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:58:34:0:0:58:34:0:0 chr10 114186983 . C G 244.91 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.047756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4121;QD=15.5497;RBI=0.0568209;REFB=0.0073667;REVB=0.0307894;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465607;STB=0.507931;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00947908;OID=.;OPOS=114186983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:35:27:28:0.444444:13:14:17:19:14:14:17:18 chr10 114925369 . C A 611.51 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0764955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8345;QD=28.1152;RBI=0.0773052;REFB=0.000475605;REVB=-0.0111595;RO=33;SAF=18;SAR=36;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733796;STB=0.539809;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000453409;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:33:54:54:0.62069:36:18:8:25:36:18:8:25 chr10 115334124 . C T 678.49 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0838862;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7221;QD=53.2151;RBI=0.0842586;REFB=-0.102349;REVB=0.00791301;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00502627;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:48:50:0.980392:22:26:1:0:24:26:1:0 chr10 115370254 . A G 887.8 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319187;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3446;QD=58.2164;RBI=0.0542516;REFB=0;REVB=-0.0438684;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827053;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:38:21:0:0:40:21:0:0 chr10 115370274 . T C 868.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3597;QD=57.8749;RBI=0.00971128;REFB=0;REVB=-0.00947011;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66105e-05;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr10 115375527 . T TA 522.12 PASS AF=1;AO=18;DP=131;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212548;FXX=0.472832;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.978;QD=30.7131;RBI=0.0530733;REFB=-0.0825227;REVB=0.0486313;RO=110;SAF=1;SAR=17;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0119882;OID=.;OPOS=115375528;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:131:68:68:0:8:60:0:0:3:110:1:17:61:49 chr10 115375528 . C A,G 1924.44 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=109,18;DP=128;FAO=115,15;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64,0;FSAR=51,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457708,-0.0119998;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.422,21.8994;QD=59.2135;RBI=0.0578764,0.0682721;REFB=0,0;REVB=0.0354218,-0.0672093;RO=0;SAF=61,0;SAR=48,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.55926e-05,0.198809;OID=.,.;OPOS=115375528,115375528;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:128:130:0:0:109,18:115,15:0.884615,0.115385:48,18:61,0:0:0:51,15:64,0:0:0 chr10 115389356 . G A 300.42 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0172474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7633;QD=25.5674;RBI=0.0373873;REFB=-0.0186967;REVB=0.0331714;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11418;STB=0.563061;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0168241;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:15:12:6:14:15:12:6:14 chr10 115389366 . G A 299.3 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0463943;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5643;QD=24.9419;RBI=0.0475551;REFB=-0.0282433;REVB=-0.0104431;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031098;STB=0.51203;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0188699;OID=.;OPOS=115389366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:21:26:27:0.5625:16:10:8:13:16:11:8:13 chr10 115393929 . G A 407.76 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0117723;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.761;QD=17.3516;RBI=0.0205308;REFB=-0.0133084;REVB=0.0168204;RO=49;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14789;STB=0.574433;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0189529;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:49:52:42:42:0.446809:21:21:32:17:21:21:33:19 chr10 115405615 . T C 1113.82 PASS AF=0.962025;AO=73;DP=76;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0949475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3468;QD=56.3958;RBI=0.0949478;REFB=-0.106637;REVB=-0.000201552;RO=2;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103772;STB=0.505834;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00246666;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:79:2:3:73:76:0.962025:38:35:1:1:39:37:1:2 chr10 115405664 . C T 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.881;QD=59.4999;RBI=0.0230343;REFB=0;REVB=0.015775;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118938;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr10 115410234 . T C 413.25 PASS AF=0.417391;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0107634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.721;QD=14.3738;RBI=0.0215265;REFB=-0.00392838;REVB=0.0186424;RO=65;SAF=22;SAR=25;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678213;STB=0.506206;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00632212;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:65:67:47:48:0.417391:25:22:30:35:26:22:30:37 chr10 115411614 . A G 629.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.117;QD=61.4192;RBI=0.0412161;REFB=0;REVB=-0.0385981;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186775;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr10 115417289 . G A 1065.38 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460751;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.027;QD=60.0214;RBI=0.0106466;REFB=0;REVB=0.00959797;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94404e-07;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr10 115439530 . G C 172.24 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0105046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.338;QD=11.2944;RBI=0.0535657;REFB=-0.0138198;REVB=-0.0525256;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314247;STB=0.673316;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.024029;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:14:8:25:13:14:8:25:14 chr10 115439569 . C T 1310.78 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227286;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.112;QD=60.9665;RBI=0.036292;REFB=-0.0790149;REVB=0.0282934;RO=1;SAF=40;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011696;STB=0.506171;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000271097;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:45:40:1:0:45:40:1:0 chr10 115451781 . C T 624.73 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00633893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.951;QD=18.5106;RBI=0.0399932;REFB=0.00526686;REVB=-0.0394876;RO=70;SAF=26;SAR=38;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201643;STB=0.514226;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00605941;OID=.;OPOS=115451781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:70:71:64:64:0.474074:38:26:27:43:38:26:27:44 chr10 115489152 . C G 216.35 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00700283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.039;QD=22.1899;RBI=0.00738476;REFB=0.00560181;REVB=0.00234414;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137421;STB=0.518779;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00744101;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:18:21:21:0.538462:12:9:7:10:12:9:7:11 chr10 115489167 . G A 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00854701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.435;QD=24.7086;RBI=0.00856448;REFB=-0.00240066;REVB=-0.000546766;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179283;STB=0.509969;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00198159;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:7:10:13:10:7:10 chr10 115525175 . T C 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00849676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.864;QD=18.4268;RBI=0.00977104;REFB=-0.0184536;REVB=0.00482476;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961575;STB=0.553808;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0176468;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:15:13:16:12:15:13 chr10 115529576 . T A 300.72 PASS AF=0.54;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0286219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.66;QD=24.0574;RBI=0.0319037;REFB=-0.0216615;REVB=-0.0140936;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272253;STB=0.507457;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0200129;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:27:27:0.54:18:9:8:14:18:9:8:15 chr10 115609831 . TA T,TT 36.04 PASS AF=0.19403,0;AO=9,5;DP=60;FAO=13,0;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=3,0;FSAR=10,0;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0165374,-0.028381;FXX=0.042851;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.98668,10.9367;QD=2.15158;RBI=0.0165517,0.0336643;REFB=-0.0107291,-0.0361737;REVB=0.000686049,0.0181054;RO=32;SAF=3,5;SAR=6,0;SRF=7;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.170852,0.757356;STB=0.69199,0.5;STBP=0.137,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0683159,-0.0261015;OID=.,.;OPOS=115609832,115609832;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19403,0:9,5:60:13,0:67:54:3,0:10,0:24:30:36:32:3,5:6,0:7:25 chr10 115609915 . C G 736.98 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.919;QD=62.7212;RBI=0.0407919;REFB=0;REVB=-0.0310846;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50826e-05;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:28:19:0:0 chr10 115618430 . T C 607.79 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0261645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.26;QD=22.5108;RBI=0.0261915;REFB=-0.0208947;REVB=0.0011896;RO=48;SAF=32;SAR=28;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211386;STB=0.615348;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0149201;OID=.;OPOS=115618430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:28:32:13:35:28:32:13:35 chr10 115675025 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.478;QD=51.1812;RBI=0.0306027;REFB=0;REVB=-0.011764;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542158;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr10 115805056 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.761;QD=39.2068;RBI=0.0149032;REFB=0;REVB=-0.00872983;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54244e-05;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr10 115910861 . C T 548.93 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.00480542;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.987;QD=17.4264;RBI=0.0747164;REFB=-0.022685;REVB=-0.0745618;RO=68;SAF=26;SAR=32;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109546;STB=0.560764;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0206387;OID=.;OPOS=115910861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:68:68:58:58:0.460317:32:26:23:45:32:26:23:45 chr10 116060387 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.029;QD=58.1421;RBI=0.0226699;REFB=0;REVB=0.0221741;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86704e-05;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr10 116073696 . C T 1190.24 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.113;QD=61.038;RBI=0.00947748;REFB=0;REVB=-0.00772033;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35322e-06;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:45:32:0:0:46:32:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 447.56 PASS AF=1;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256725;FXX=0.117612;HRUN=3;LEN=3;MLLD=185.916;QD=59.6752;RBI=0.0206302;REFB=0;REVB=-0.0204699;RO=13;SAF=8;SAR=22;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-9.26835e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:43:30:30:0:8:22:0:0:3:13:8:22:9:4 chr10 116183731 . T G 199.38 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0270106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5341;QD=19.9381;RBI=0.0278934;REFB=-0.0334966;REVB=-0.00696227;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294619;STB=0.67839;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0349794;OID=.;OPOS=116183731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:6:14:7:12:6:14:7:13 chr10 116183816 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.582;QD=44.6897;RBI=0.0340361;REFB=0;REVB=0.000324179;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184011;OID=.;OPOS=116183816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr10 116931101 . C CTT,T 395.16 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=22,2;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582119,-0.0244698;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=41.7713,190.099;QD=54.5041;RBI=0.0163767,0.0325546;REFB=0,0;REVB=-0.0153072,-0.0214716;RO=3;SAF=7,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0839257,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00104638,-0.00105745;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:29:29:3:0:22,2:28,1:0.965517,0.0344828:15,2:7,0:0:3:21,1:7,0:0:0 chr10 117075175 . G A 1116.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.401;QD=60.3653;RBI=0.0131092;REFB=0;REVB=-0.00117773;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1165e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr10 117823739 . A G 697.37 PASS AF=0.963636;AO=49;DP=52;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0106725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.047;QD=50.7178;RBI=0.0109802;REFB=0.0554572;REVB=0.00258107;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447542;STB=0.519992;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000439156;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:55:2:2:49:53:0.963636:20:29:0:2:24:29:0:2 chr10 117849353 . T C 360.66 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0121981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9884;QD=17.5933;RBI=0.0224673;REFB=-0.0238123;REVB=0.0188676;RO=44;SAF=10;SAR=28;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117472;STB=0.506575;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0334394;OID=.;OPOS=117849353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:28:10:12:32:28:10:12:32 chr10 117884950 . G A 507.59 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00714847;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.73;QD=22.3118;RBI=0.0129142;REFB=-0.0189013;REVB=0.0107552;RO=42;SAF=21;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127778;STB=0.513207;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0175319;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:42:43:48:48:0.527473:27:21:19:23:27:21:20:23 chr10 118228763 . T C 721.09 PASS AF=0.477987;AO=74;DP=158;FAO=76;FDP=159;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.10764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5585;QD=18.1407;RBI=0.111556;REFB=0.00736832;REVB=-0.0292992;RO=83;SAF=26;SAR=48;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035355;STB=0.517076;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00991;OID=.;OPOS=118228763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:83:83:74:76:0.477987:48:26:32:51:49:27:32:51 chr10 118231305 . A G 574.69 PASS AF=0.546392;AO=52;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0167015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.331;QD=23.6987;RBI=0.0176028;REFB=-0.015876;REVB=0.0055606;RO=43;SAF=28;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413682;STB=0.531787;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0116391;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:44:52:53:0.546392:24:28:21:22:24:29:21:23 chr10 118231360 . G A 1134.35 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.617;QD=60.4988;RBI=0.0272314;REFB=0;REVB=0.0226388;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77316e-05;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:1:0:72:75:1:37:35:1:0:38:37:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 1035.35 PASS AF=0.180556,0.819444;AO=11,50;DP=72;FAO=13,59;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=11,26;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560197,-0.00958227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.372,182.59;QD=57.5196;RBI=0.024534,0.0142151;REFB=0,0;REVB=0.0238859,0.0105;RO=0;SAF=8,21;SAR=3,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.20481e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00423547,-0.000686037;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.180556,0.819444:11,50:72:13,59:72:0:11,26:2,33:0:0:49:0:8,21:3,29:0:0 chr10 118231366 . A G 46.06 PASS AF=0.152778;AO=14;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0756952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.4754;QD=2.55888;RBI=0.075736;REFB=-0.0198565;REVB=0.00248632;RO=58;SAF=11;SAR=3;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42631;STB=0.809196;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.16503;OID=.;OPOS=118231366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:72:72:58:61:14:11:0.152778:3:11:26:32:2:9:28:33 chr10 118236610 . T A 102.37 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.063632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.759;QD=17.8027;RBI=0.0645792;REFB=0.0100392;REVB=-0.0110201;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279912;STB=0.516102;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0195421;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:7:4:4:8:7:4 chr10 118313265 . T C 458.63 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0426619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1295;QD=23.5194;RBI=0.0650214;REFB=-0.0338817;REVB=0.0490687;RO=34;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151837;STB=0.583296;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.022487;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:24:20:22:12:24:20:22:12 chr10 118363642 . T C 1936.64 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275407;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6863;QD=61.9726;RBI=0.0358424;REFB=0;REVB=0.0357365;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62908e-05;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr10 118364967 . G C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0214281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.187;QD=16.7843;RBI=0.022707;REFB=-0.0096699;REVB=0.00751313;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387243;STB=0.50823;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0115598;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:11:18:18:13:11:18:20:13 chr10 118380511 . A G 145.36 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.337;QD=44.7248;RBI=0.088494;REFB=0;REVB=0.0780146;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974564;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:3:10:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1448.94 PASS AF=1,0;AO=88,6;DP=102;FAO=96,0;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144034,0.0366611;FXX=0.0103082;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=25.1868,10.1275;QD=60.3723;RBI=0.169306,0.0400521;REFB=0,0;REVB=0.088987,0.0161287;RO=7;SAF=47,1;SAR=41,5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0453575,-0.585813;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00321777,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:96:7:0:88,6:96,0:1,0:41,5:47,1:6:1:47,0:49,0:0:0 chr10 118387282 . A G 199.69 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0505968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.466;QD=23.4923;RBI=0.0514004;REFB=0.0223735;REVB=0.00905347;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375461;STB=0.708087;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00449622;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:34:10:10:14:14:0.411765:7:7:10:0:7:7:10:0 chr10 118616110 . C T 190.92 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0178399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.498;QD=30.5472;RBI=0.0384126;REFB=-0.0566542;REVB=0.0340186;RO=7;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137405;STB=0.57638;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0205883;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:14:4:3:4:14:4:3:4 chr10 118620459 . A C 389.87 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00157902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.616;QD=16.4155;RBI=0.0124201;REFB=-0.0153486;REVB=-0.0123193;RO=54;SAF=20;SAR=20;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566585;STB=0.524679;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0251343;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:54:40:41:0.431579:20:20:30:24:20:21:30:24 chr10 118890573 . T C 718.82 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.18;QD=56.3778;RBI=0.0811652;REFB=0;REVB=0.0276653;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771939;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:37:12:0:0:38:13:0:0 chr10 118927196 . C G 762.58 PASS AF=0.506494;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0174623;FXX=0.0128197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.1311;QD=19.8074;RBI=0.017974;REFB=-0.00739505;REVB=-0.0042583;RO=74;SAF=36;SAR=42;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117476;STB=0.570559;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00493456;OID=.;OPOS=118927196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:74:76:78:78:0.506494:42:36:44:30:42:36:46:30 chr10 119026566 . T C,G 774.78 PASS AF=0.947368,0.0350877;AO=54,2;DP=57;FAO=54,2;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=19,2;FSAR=35,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111443,-0.0150926;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=148.266,15.5952;QD=54.3703;RBI=0.021383,0.0207341;REFB=-0.0774017,-0.0773618;REVB=0.0182493,0.0142168;RO=0;SAF=19,2;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.86274e-08,0;STB=0.512816,0.5;STBP=0.274,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00107821,0.0682492;OID=.,.;OPOS=119026566,119026566;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:1:54,2:54,2:0.947368,0.0350877:35,0:19,2:0:0:35,0:19,2:1:0 chr10 119768551 . C T 1486.27 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.706;QD=62.58;RBI=0.0191371;REFB=0;REVB=0.015563;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111115;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:34:59:0:0:35:60:0:0 chr10 120069611 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.688;QD=57.2025;RBI=0.0138901;REFB=0;REVB=0.0134982;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1424e-05;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr10 120081852 . G C 200.19 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00918611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2803;QD=12.9156;RBI=0.0154233;REFB=-0.000766709;REVB=-0.0123892;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311596;STB=0.504583;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00232701;OID=.;OPOS=120081852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:35:37:24:25:0.403226:11:13:20:15:11:14:21:16 chr10 120353910 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.824;QD=50.4134;RBI=0.0380507;REFB=0;REVB=0.0216121;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409209;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr10 120791060 . A C 170.49 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.311;QD=45.4633;RBI=0.0432938;REFB=0;REVB=0.0423441;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672884;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 356.47 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130612;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=7;MLLD=271.318;QD=47.5298;RBI=0.0137541;REFB=0;REVB=0.00431066;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.18983e-05;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:30:30:0:19:11:0:0:6:0:18:11:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 602.52 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=58;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0128394;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=3;MLLD=303.041;QD=43.0374;RBI=0.0164599;REFB=0.0145398;REVB=0.0102995;RO=9;SAF=21;SAR=27;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680225;STB=0.527016;STBP=0.316;TYPE=ins;VARB=-0.00157047;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:48:58:48:56:8:21:27:5:3:44:9:21:27:6:3 chr10 120792684 . A G 306.69 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.407;QD=53.338;RBI=0.0711709;REFB=0;REVB=0.0703527;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337531;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:17:6:0:0 chr10 120792703 . C A 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000541599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.458;QD=55.5207;RBI=0.0011888;REFB=-0.116655;REVB=0.00105826;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000675445;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:23:10:0:0:23:10:0:1 chr10 120820528 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7576;QD=47.8187;RBI=0.0889372;REFB=0;REVB=0.0840567;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416319;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr10 120828969 . A G 343.93 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696008;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.9;QD=55.0289;RBI=0.0412129;REFB=0;REVB=0.040621;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543164;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr10 120896027 . G A 919.35 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585808;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4402;QD=58.3715;RBI=0.0197283;REFB=0;REVB=-0.0188384;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9124e-05;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr10 120909785 . C T 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.915;QD=64.1508;RBI=0.0171058;REFB=0;REVB=-0.0088921;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36542e-06;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr10 120917445 . G A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.499;QD=57.1968;RBI=0.0543844;REFB=0;REVB=0.0531374;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181339;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr10 120919246 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1315;QD=50.413;RBI=0.066206;REFB=0;REVB=0.0155322;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164834;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr10 120920588 . T C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5749;QD=57.6708;RBI=0.0531678;REFB=0;REVB=-0.0297765;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302797;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr10 120933324 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7043;QD=47.8221;RBI=0.00403962;REFB=0;REVB=0.00360955;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105221;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr10 121199310 . T C 208.43 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0420864;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9872;QD=17.3692;RBI=0.0421375;REFB=-0.0172903;REVB=-0.00207584;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976478;STB=0.555504;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0241222;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:12:9:9:18:12:9:9:18 chr10 121436362 . A G 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0109779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.905;QD=9.65107;RBI=0.0156133;REFB=-0.00594718;REVB=-0.0111024;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993531;STB=0.56692;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00994839;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:5:9:23:9:5:9:24:9 chr10 121551581 . A C 530.32 PASS AF=0.537634;AO=48;DP=92;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0137218;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.42;QD=22.8094;RBI=0.0147869;REFB=-0.00401522;REVB=0.00551037;RO=44;SAF=29;SAR=19;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226273;STB=0.625004;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00308708;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:44:43:48:50:0.537634:19:29:15:29:19:31:15:28 chr10 121579040 . T C 197.28 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0139115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.747;QD=18.7884;RBI=0.0228922;REFB=-0.0116138;REVB=-0.0181803;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180259;STB=0.504946;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0120498;OID=.;OPOS=121579040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:8:12:13:8:8:12:13:9 chr10 121586827 . A G 395.54 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13853;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.976;QD=56.5055;RBI=0.13866;REFB=0;REVB=-0.00599932;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465042;OID=.;OPOS=121586827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:21:6:0:0:21:7:0:0 chr10 121588537 . A G 1185.98 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000667853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.056;QD=60.8195;RBI=0.00552494;REFB=0;REVB=0.00548442;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22078e-05;OID=.;OPOS=121588537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr10 121588554 . T A 987.98 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0274094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.577;QD=54.8879;RBI=0.0417569;REFB=-0.0414679;REVB=0.0315018;RO=2;SAF=26;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349766;STB=0.527265;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00159039;OID=.;OPOS=121588554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:69:69:0.958333:43:26:2:0:43:26:3:0 chr10 121589402 . T G 319.74 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0194896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0859;QD=18.5358;RBI=0.0303673;REFB=0.00435049;REVB=0.0232879;RO=34;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105552;STB=0.551635;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00360903;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:35:34:34:0.492754:15:19:15:19:15:19:16:19 chr10 121602732 . C T 368.12 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0242699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6999;QD=16.7326;RBI=0.0974474;REFB=0.0170128;REVB=-0.0943767;RO=49;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281076;STB=0.515781;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0221931;OID=.;OPOS=121602732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:18:21:25:24:18:21:25:24 chr10 121618382 . T A 52.29 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0390774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5899;QD=6.74712;RBI=0.0537136;REFB=-0.0167011;REVB=-0.0368525;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179244;STB=0.612635;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0972298;OID=.;OPOS=121618382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:8:15:4:4:8:15 chr10 121671651 . T C 430.27 PASS AF=0.373134;AO=50;DP=137;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.00239128;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.787;QD=12.8439;RBI=0.00980985;REFB=-0.0140219;REVB=0.00951393;RO=82;SAF=28;SAR=22;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131866;STB=0.581915;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.017872;OID=.;OPOS=121671651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:82:84:50:50:0.373134:22:28:36:46:22:28:36:48 chr10 121679013 . A G 1428.53 PASS AF=0.96875;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00707673;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.449;QD=59.522;RBI=0.0130923;REFB=-0.0382633;REVB=0.0110149;RO=4;SAF=33;SAR=59;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332037;STB=0.510084;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=6.53894e-05;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:4:3:92:93:0.96875:59:33:3:1:59:34:2:1 chr10 121685559 . G A 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00229124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.237;QD=24.2014;RBI=0.0386368;REFB=0.0222445;REVB=-0.0385688;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0106105;OID=.;OPOS=121685559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:6:6:9:9:6:6 chr10 121693246 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.019205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.494;QD=11.6669;RBI=0.0192145;REFB=-0.0148627;REVB=0.000604497;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844256;STB=0.549929;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0274121;OID=.;OPOS=121693246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:11:15:7:7:11:15 chr10 121718112 . C T 331.59 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0266618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5916;QD=21.3928;RBI=0.0271227;REFB=-0.00679326;REVB=0.00497885;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111357;STB=0.551694;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00680746;OID=.;OPOS=121718112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:28:34:34:0.548387:18:16:9:18:18:16:10:18 chr10 122216804 . G A 443.17 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.000433288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.35;QD=25.6908;RBI=0.0581011;REFB=-0.0395117;REVB=0.0580995;RO=26;SAF=14;SAR=28;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174311;OID=.;OPOS=122216804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:27:42:42:0.608696:28:14:8:18:28:14:9:18 chr10 122348969 . C T 294.44 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.030361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2731;QD=28.0416;RBI=0.0584412;REFB=-0.00527614;REVB=0.0499358;RO=16;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100354;STB=0.555511;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00620986;OID=.;OPOS=122348969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:18:8:7:9:18:8:7:9 chr10 122358342 . G C 742.14 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9919;QD=56.0106;RBI=0.0425126;REFB=0;REVB=0.00336639;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325594;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr10 122358604 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.951;QD=44.6898;RBI=0.0334604;REFB=0;REVB=0.0253921;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299474;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr10 122358876 . TGA T 273.44 PASS AF=0.555556;AO=23;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0108575;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.749;QD=24.306;RBI=0.0193843;REFB=-0.0331227;REVB=0.0160582;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198254;STB=0.563301;STBP=0.378;TYPE=del;VARB=0.0211997;OID=.;OPOS=122358877;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:23:45:25:45:20:17:8:11:9:99:19:17:6:10:9 chr10 122359040 . A G 84.37 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00177027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.956;QD=10.5468;RBI=0.017001;REFB=-0.0167003;REVB=0.0169086;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208678;STB=0.606553;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0292036;OID=.;OPOS=122359040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:11:11:0.34375:6:5:13:7:6:5:13:8 chr10 122359580 . C A 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0327023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.896;QD=20.072;RBI=0.0335593;REFB=-0.0254069;REVB=0.00753564;RO=30;SAF=8;SAR=26;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359912;STB=0.535088;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0215867;OID=.;OPOS=122359580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:26:8:8:22:26:8:9:22 chr10 122624679 . G A 265.41 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0608487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5145;QD=13.2704;RBI=0.0671142;REFB=-0.0160076;REVB=0.0283152;RO=49;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191791;STB=0.51096;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0215438;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:14:17:26:23:14:17:26:23 chr10 122645376 . A T 96.97 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0661008;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.818;QD=11.7537;RBI=0.0661913;REFB=-0.0424968;REVB=-0.00346059;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399758;STB=0.738058;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0280647;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:34:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:13:8:9:3:13:8 chr10 122645421 . G A 128.55 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0151207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5915;QD=12.5417;RBI=0.0234185;REFB=-0.00195652;REVB=-0.0178827;RO=26;SAF=1;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516222;STB=0.818149;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00172153;OID=.;OPOS=122645421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:14:1:9:17:14:1:9:17 chr10 122663585 . G A 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.000462233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.019;QD=18.0351;RBI=0.0114586;REFB=0.00208648;REVB=-0.0114492;RO=41;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929203;STB=0.534229;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0028756;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:44:39:39:0.46988:22:17:22:19:22:17:22:22 chr10 123298158 . T C 2639.57 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.091;QD=62.1076;RBI=0.0321431;REFB=0;REVB=0.0285094;RO=0;SAF=92;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60338e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:0:0:168:170:1:76:92:0:0:77:93:0:0 chr10 123353299 . G A 909.74 PASS AF=0.568493;AO=82;DP=145;FAO=83;FDP=146;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0148852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9677;QD=24.9244;RBI=0.0180119;REFB=-0.0103896;REVB=0.0101418;RO=62;SAF=38;SAR=44;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609698;STB=0.538683;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00962559;OID=.;OPOS=123353299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:62:63:82:83:0.568493:44:38:24:38:44:39:24:39 chr10 123549691 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.604;QD=56.7057;RBI=0.020789;REFB=0;REVB=0.018571;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42378e-05;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:14:15:0:0 chr10 123596254 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8919;QD=37.4881;RBI=0.0637113;REFB=0;REVB=0.058171;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00620635;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr10 123673339 . T C 568.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288605;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1486;QD=59.8703;RBI=0.0349271;REFB=-0.0794609;REVB=0.0196717;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700831;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr10 123810060 . G A 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0187579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7059;QD=13.5754;RBI=0.0522731;REFB=-0.0255855;REVB=0.0487916;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328157;STB=0.692012;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0498907;OID=.;OPOS=123810060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:7:12:4:9:7:12 chr10 123844558 . A G 180.51 PASS AF=0.529412;AO=19;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0215772;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.314;QD=21.2369;RBI=0.0326344;REFB=0.00153929;REVB=-0.0244832;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.593109;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00150679;OID=.;OPOS=123844558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:19:18:0.529412:14:5:5:10:14:4:6:10 chr10 123845322 . T C 401.55 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.387;QD=55.3858;RBI=0.0388989;REFB=0;REVB=0.0200797;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144171;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:6:22:0:0:7:22:0:0 chr10 123970530 . T C 1394.56 PASS AF=1;AO=64;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709622;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.742;QD=62.6768;RBI=0.0739182;REFB=0;REVB=0.0206945;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83205e-05;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:64:89:1:27:37:0:0:51:38:0:0 chr10 123970531 . G C 183.19 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.046617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0755;QD=7.87917;RBI=0.0591227;REFB=-0.0673868;REVB=0.0363641;RO=67;SAF=1;SAR=24;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.733597;STB=0.949409;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.047065;OID=.;OPOS=123970531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:67:68:25:25:0.268817:24:1:39:28:24:1:40:28 chr10 123970569 . C T 724.54 PASS AF=0.496503;AO=69;DP=142;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0249898;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.173;QD=20.2667;RBI=0.0622995;REFB=-0.00450128;REVB=-0.0570678;RO=69;SAF=34;SAR=35;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525496;STB=0.510442;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00520992;OID=.;OPOS=123970569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:69:72:69:71:0.496503:35:34:38:31:35:36:38:34 chr10 123970587 . C T 608.54 PASS AF=0.435065;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0174357;FXX=0.0191071;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.0787;QD=15.8061;RBI=0.0241849;REFB=-0.0083059;REVB=-0.0167603;RO=80;SAF=34;SAR=33;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171768;STB=0.500969;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0042523;OID=.;OPOS=123970587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:154:80:87:67:67:0.435065:33:34:42:38:33:34:44:43 chr10 123970722 . T A 501.29 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0523326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7964;QD=15.6653;RBI=0.0564837;REFB=0.00014806;REVB=-0.0212534;RO=72;SAF=24;SAR=31;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367003;STB=0.524812;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000900182;OID=.;OPOS=123970722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:73:55:55:0.429688:31:24:34:38:31:24:35:38 chr10 123976391 . C A 1084.23 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.141;QD=58.6071;RBI=0.0344325;REFB=-0.0393576;REVB=0.00633205;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119748;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000350411;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:34:39:1:0:34:39:1:0 chr10 123996934 . G A 264.98 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0773361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.226;QD=27.1776;RBI=0.0773998;REFB=-0.00935251;REVB=0.00313905;RO=15;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738056;STB=0.540948;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00267785;OID=.;OPOS=123996934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:18:6:5:10:18:6:5:10 chr10 123997018 . G A 227.79 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0180951;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8092;QD=20.7086;RBI=0.022211;REFB=0.00983972;REVB=-0.0128801;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202845;STB=0.613538;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00462888;OID=.;OPOS=123997018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:6:16:11:11:6:16 chr10 124036328 . G A 265.33 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.000620877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.061;QD=15.6075;RBI=0.0134407;REFB=-0.017236;REVB=-0.0134264;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122911;STB=0.516725;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0242524;OID=.;OPOS=124036328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:38:30:30:0.441176:11:19:23:14:11:19:23:15 chr10 124066731 . T G 185.47 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0215472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2811;QD=19.023;RBI=0.0215473;REFB=-0.00364133;REVB=4.84619e-05;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214966;STB=0.512182;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00215138;OID=.;OPOS=124066731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:11:9:9:10:11:9 chr10 124089036 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.949;QD=59.6795;RBI=0.0316552;REFB=0;REVB=0.00343045;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45425e-05;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr10 124089075 . G A 295.96 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0133018;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3458;QD=17.4092;RBI=0.0133181;REFB=-0.00475163;REVB=-0.000658029;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524419;STB=0.523241;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00533745;OID=.;OPOS=124089075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:35:36:32:32:0.470588:20:12:15:20:20:12:15:21 chr10 124094467 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.01189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.076;QD=13.3139;RBI=0.0119121;REFB=-0.00792765;REVB=-0.000725131;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29382;STB=0.667593;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0084829;OID=.;OPOS=124094467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:23:10:13:9:23:10 chr10 124096035 . T C 124.3 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00571002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.15;QD=17.7571;RBI=0.0137592;REFB=0.00270676;REVB=-0.0125185;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985294;STB=0.535663;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00167642;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:6:7:6:8:7:7:6:8 chr10 124096041 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0430988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.542;QD=17.84;RBI=0.0477751;REFB=-0.0250361;REVB=-0.0206143;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623504;STB=0.535663;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00446035;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:6:8:7:7:6:8 chr10 124096061 . A C 190.49 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0129301;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.795;QD=20.0513;RBI=0.0246408;REFB=0.00607381;REVB=-0.0209758;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116964;STB=0.553016;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00687181;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:20:19:19:19:0.5:8:11:9:11:8:11:9:10 chr10 124183698 . T G 98.01 PASS AF=0.184783;AO=15;DP=93;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=0.00472483;FXX=0.0107515;HRUN=22;LEN=1;MLLD=145.333;QD=4.26124;RBI=0.0184814;REFB=-0.000202884;REVB=-0.0178673;RO=71;SAF=9;SAR=6;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143819;STB=0.624864;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000415937;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:93:92:71:75:15:17:0.184783:6:9:50:21:8:9:51:24 chr10 124183699 . T G 36.71 PASS AF=0.0978261;AO=10;DP=93;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=0.0021927;FXX=0.0107515;HRUN=22;LEN=1;MLLD=163.382;QD=1.59629;RBI=0.00388313;REFB=0.000981581;REVB=-0.0032048;RO=83;SAF=6;SAR=4;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486815;STB=0.57695;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00592065;OID=.;OPOS=124183699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:92:83:83:10:9:0.0978261:4:6:53:30:4:5:53:30 chr10 124183732 . T C 2754.41 PASS AF=0.994382;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00597332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1596;QD=61.8969;RBI=0.0166395;REFB=-0.11199;REVB=-0.0155304;RO=0;SAF=79;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000194858;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:178:0:1:176:177:0.994382:97:79:0:0:97:80:1:0 chr10 124189197 . A G 876.72 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2193;QD=56.5627;RBI=0.066064;REFB=-0.0638861;REVB=0.0315841;RO=1;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304292;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:61:62:1:18:43:0:1:19:43:0:0 chr10 124214448 . G T 715.6 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154548;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.3;QD=57.2482;RBI=0.0179879;REFB=0;REVB=0.00920401;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.424e-05;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr10 124320355 . G A 185.68 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0393979;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.219;QD=17.2722;RBI=0.0396769;REFB=-0.0282637;REVB=0.00469723;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118016;STB=0.567496;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0316925;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:11:13:8:11:11:13 chr10 124329672 . TC CT 87.01 PASS AF=0.297872;AO=25;DP=62;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.103485;FXX=0.241896;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.036;QD=7.40549;RBI=0.107233;REFB=-0.0173501;REVB=0.0281028;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117542;STB=0.504943;STBP=0.969;TYPE=mnp;VARB=0.0284208;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:62:47:33:33:25:14:0.297872:12:13:21:12:5:9:21:12 chr10 124329710 . C A 231.52 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0171846;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.645;QD=16.5371;RBI=0.0201113;REFB=-0.00499508;REVB=-0.0104477;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115151;STB=0.56826;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00677139;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:30:26:26:0.464286:17:9:13:15:17:9:14:16 chr10 124329746 . A T 207.94 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0304669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.928;QD=17.6968;RBI=0.0314675;REFB=-0.0199655;REVB=0.00787229;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691752;STB=0.567502;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0142499;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:26:21:21:0.446809:13:8:10:12:13:8:13:13 chr10 124330427 . C T 309.41 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0128696;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5779;QD=13.6006;RBI=0.0200184;REFB=-0.0100395;REVB=-0.0153332;RO=56;SAF=21;SAR=14;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119985;STB=0.506845;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0297827;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:56:56:35:35:0.384615:14:21:33:23:14:21:33:23 chr10 124330459 . G A 505.17 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00290066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.614;QD=19.8106;RBI=0.00694886;REFB=-0.00110836;REVB=-0.0063145;RO=50;SAF=29;SAR=23;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201205;STB=0.511107;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00122042;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:23:29:29:21:23:29:29:21 chr10 124331867 . C T 2567.95 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014886;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.606;QD=61.1418;RBI=0.0179529;REFB=-0.0732709;REVB=-0.0100356;RO=0;SAF=93;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=4.59878e-05;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:168:0:1:167:167:0.994048:74:93:0:0:74:93:1:0 chr10 124339332 . T C 1523.06 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2597;QD=58.5792;RBI=0.0273698;REFB=-0.0842411;REVB=-0.0106552;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.50495;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000310303;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:0:1:102:103:0.990385:49:53:0:0:50:53:0:1 chr10 124340406 . G C 281.88 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=1;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0254773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.923;QD=13.5846;RBI=0.0304798;REFB=0.0113589;REVB=0.016731;RO=31;SAF=1;SAR=31;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.735703;STB=0.896747;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0194561;OID=.;OPOS=124340406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:50:32:32:0.385542:31:1:17:14:31:1:17:33 chr10 124348643 . G A 598.32 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0103675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.963;QD=18.131;RBI=0.0111751;REFB=-0.00186628;REVB=-0.00417126;RO=69;SAF=23;SAR=39;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205597;STB=0.508339;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00184219;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:70:62:62:0.469697:39:23:27:42:39:23:27:43 chr10 124351013 . C T 420.0 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00752599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4995;QD=14.6086;RBI=0.00855673;REFB=0.00278979;REVB=-0.00407149;RO=67;SAF=23;SAR=25;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326204;STB=0.518349;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0131173;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:25:23:30:37:25:23:30:37 chr10 124351954 . G A 555.17 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.00387719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.475;QD=15.4214;RBI=0.0178854;REFB=-0.0126464;REVB=0.0174601;RO=84;SAF=23;SAR=37;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362538;STB=0.520362;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0175968;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:84:84:60:60:0.416667:37:23:35:49:37:23:35:49 chr10 124353100 . C T 446.06 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0392333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.801;QD=18.2063;RBI=0.0392391;REFB=-0.0127985;REVB=0.000673035;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830186;STB=0.539982;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00960512;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:44:45:0.459184:22:22:31:22:22:23:31:22 chr10 124357536 . T A 721.67 PASS AF=0.493333;AO=71;DP=148;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0553698;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4393;QD=19.2446;RBI=0.0700502;REFB=-0.00926542;REVB=-0.0429094;RO=76;SAF=22;SAR=49;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238013;STB=0.612697;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00949542;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:76:76:71:74:0.493333:49:22:42:34:49:25:42:34 chr10 124358420 . C G 884.98 PASS AF=0.554839;AO=84;DP=154;FAO=86;FDP=155;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0916394;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1547;QD=22.8381;RBI=0.0968204;REFB=-0.00461608;REVB=0.0312476;RO=70;SAF=29;SAR=55;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287735;STB=0.514825;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0051946;OID=.;OPOS=124358420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:70:69:84:86:0.554839:55:29:22:48:56:30:22:47 chr10 124358483 . G A 481.28 PASS AF=0.495327;AO=48;DP=103;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0950703;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4395;QD=17.9918;RBI=0.0955657;REFB=-0.0376275;REVB=0.00971739;RO=55;SAF=14;SAR=34;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800922;STB=0.529208;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0306845;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:55:54:48:53:0.495327:34:14:20:35:37:16:19:35 chr10 124377608 . A G 344.14 PASS AF=0.344;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=72;FWDB=-0.015586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.741;QD=11.0125;RBI=0.0212291;REFB=-0.00942305;REVB=-0.0144136;RO=80;SAF=3;SAR=40;SRF=10;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190202;STB=0.607418;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0217721;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:80:82:43:43:0.344:40:3:10:70:40:3:10:72 chr10 124377837 . T C 546.91 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.00529395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.116;QD=17.3622;RBI=0.0253099;REFB=-0.00693203;REVB=0.0247501;RO=68;SAF=29;SAR=29;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128643;STB=0.571404;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00641801;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:29:29:25:43:29:29:25:43 chr10 124379794 . G A 651.59 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00534811;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.051;QD=18.7508;RBI=0.0132853;REFB=0.0142746;REVB=-0.0121613;RO=72;SAF=34;SAR=32;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404361;STB=0.518739;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0162832;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:73:66:66:0.47482:32:34:34:38:32:34:35:38 chr10 124380676 . C A 640.69 PASS AF=0.458333;AO=63;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00856806;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.611;QD=17.797;RBI=0.0103603;REFB=-0.0192837;REVB=0.00582449;RO=80;SAF=28;SAR=35;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142748;STB=0.566018;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.024121;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:78:63:66:0.458333:35:28:47:33:36:30:45:33 chr10 124402677 . A G 293.42 PASS AF=0.382022;AO=32;DP=84;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0172676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6863;QD=13.1873;RBI=0.0441656;REFB=-0.0254155;REVB=-0.04065;RO=52;SAF=16;SAR=16;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624452;STB=0.550532;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0393219;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:52:55:32:34:0.382022:16:16:29:23:17:17:32:23 chr10 124457452 . C T 1486.7 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=104;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013246;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.643;QD=58.302;RBI=0.0309095;REFB=-0.142718;REVB=0.0279274;RO=1;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854702;STB=0.504347;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000836257;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:102:1:1:99:101:0.990196:55:44:0:1:57:44:0:1 chr10 124457906 . C T 642.07 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0112266;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.276;QD=19.0242;RBI=0.0113723;REFB=-0.0105114;REVB=-0.00181427;RO=68;SAF=26;SAR=39;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174342;STB=0.596409;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00910568;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:70:65:65:0.481481:39:26:40:28:39:26:41:29 chr10 124457969 . C G 332.93 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0428869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3715;QD=16.441;RBI=0.0758563;REFB=0.0143827;REVB=-0.0625691;RO=44;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251168;STB=0.645085;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0191157;OID=.;OPOS=124457969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:45:36:36:0.444444:16:20:13:31:16:20:13:32 chr10 124459139 . T C 294.69 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0238873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3038;QD=18.1347;RBI=0.0241465;REFB=-0.00890351;REVB=0.00352862;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154427;STB=0.586253;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00904527;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:14:19:13:19:14:19 chr10 124596428 . C T 374.16 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00903542;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7321;QD=19.1876;RBI=0.0331192;REFB=-0.0175103;REVB=-0.0318628;RO=38;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715568;STB=0.551425;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0139723;OID=.;OPOS=124596428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:38:39:0.5:18:20:23:15:19:20:24:15 chr10 124600798 . C A 234.95 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00245582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4244;QD=15.4063;RBI=0.0127481;REFB=0.00617369;REVB=0.0125093;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120938;STB=0.559278;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00792503;OID=.;OPOS=124600798;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:13:14:13:20:13:14:14:20 chr10 124600834 . G C 260.24 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0880178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8975;QD=17.3491;RBI=0.0891938;REFB=-0.0128668;REVB=-0.0144365;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167938;STB=0.583278;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0149771;OID=.;OPOS=124600834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:15:14:9:21:15:14:10:21 chr10 124605303 . C T 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0188022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.556;QD=21.377;RBI=0.0377841;REFB=-0.0236345;REVB=0.0327737;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143918;STB=0.581123;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0123639;OID=.;OPOS=124605303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:7:16:12:10:7:16:12:10 chr10 124610027 . G A 277.5 PASS AF=0.438356;AO=30;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0148873;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.801;QD=15.2053;RBI=0.0272349;REFB=-0.0081583;REVB=-0.0228059;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708321;STB=0.541275;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.011844;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:41:30:32:0.438356:17:13:15:26:18:14:15:26 chr10 124647973 . C T 409.16 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00518603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.383;QD=14.4836;RBI=0.00562143;REFB=-0.0025108;REVB=0.00216925;RO=66;SAF=21;SAR=26;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239297;STB=0.513477;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00572656;OID=.;OPOS=124647973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:26:21:31:35:26:21:31:35 chr10 124712463 . C T 354.75 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0281007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8632;QD=13.3869;RBI=0.0588934;REFB=0.00813005;REVB=0.051757;RO=63;SAF=30;SAR=12;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251547;STB=0.639465;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0136382;OID=.;OPOS=124712463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:64:42:42:0.396226:12:30:31:32:12:30:32:32 chr10 124740079 . G A 503.37 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0157905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.678;QD=22.6235;RBI=0.0213462;REFB=-0.0181871;REVB=0.0143638;RO=39;SAF=22;SAR=26;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609376;STB=0.520332;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0216734;OID=.;OPOS=124740079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:39:41:48:48:0.539326:26:22:15:24:26:22:17:24 chr10 124742792 . G A,T 780.1 PASS AF=0.875,0.125;AO=49,7;DP=56;FAO=49,7;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=11,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0005388,-0.00206669;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.822,50.7647;QD=55.7217;RBI=0.0415334,0.0402056;REFB=0,0;REVB=0.0415299,0.0401525;RO=0;SAF=38,1;SAR=11,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00117423,0.0424204;OID=.,.;OPOS=124742792,124742792;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:56:56:0:0:49,7:49,7:0.875,0.125:11,6:38,1:0:0:11,6:38,1:0:0 chr10 124742858 . G A 295.63 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0685364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.527;QD=17.9166;RBI=0.0701317;REFB=-0.0076074;REVB=-0.0148736;RO=33;SAF=25;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201288;STB=0.608199;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0114954;OID=.;OPOS=124742858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:7:25:20:13:7:25:21:13 chr10 124742895 . G A,C 810.78 PASS AF=0.0491803,0.918033;AO=3,56;DP=62;FAO=3,56;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=3,38;FSAR=0,18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017684,0.0226707;FXX=0.0161264;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=135.403,221.635;QD=53.1657;RBI=0.030104,0.0271799;REFB=0.048697,-0.0956716;REVB=-0.0243624,-0.0149929;RO=1;SAF=3,38;SAR=0,18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0254704;STB=0.994603,0.50702;STBP=0.221,0.567;TYPE=snp,snp;VARB=0.121643,0.0029679;OID=.,.;OPOS=124742895,124742895;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:62:61:1:2:3,56:3,56:0.0491803,0.918033:0,18:3,38:0:1:0,18:3,38:1:1 chr10 124816515 . C G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0336761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4667;QD=19.0005;RBI=0.0349532;REFB=0.00913219;REVB=0.0093619;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00997983;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:10:7:7:10:10:7 chr10 125426412 . A G 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0247598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.128;QD=17.991;RBI=0.0258347;REFB=-0.024638;REVB=0.00737455;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168416;STB=0.509427;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0208479;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:14:16:16:13:14:16 chr10 125426565 . G C 1092.73 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.45;QD=59.0665;RBI=0.0227684;REFB=0;REVB=0.0226309;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544228;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:42:32:0:0 chr10 125449015 . G A 728.56 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.463;QD=57.1421;RBI=0.0226751;REFB=0;REVB=-0.00537858;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.66874e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr10 125450857 . C G 790.99 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.208;QD=56.4994;RBI=0.113244;REFB=0;REVB=0.0564879;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422692;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:26:30:0:0 chr10 125506302 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.233;QD=50.4134;RBI=0.00410505;REFB=0;REVB=0.00392064;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22899e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr10 125521533 . G A 102.48 PASS AF=0.27451;AO=13;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00445065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.093;QD=8.03724;RBI=0.0409581;REFB=-0.00111276;REVB=0.0407156;RO=36;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297389;STB=0.633611;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00209447;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:37:13:14:0.27451:4:9:16:20:5:9:17:20 chr10 125521590 . G A 131.94 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00136569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.028;QD=14.6599;RBI=0.0019434;REFB=-0.0104251;REVB=-0.00138264;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.545393;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0112617;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:10:10:6:9:11:10 chr10 125528048 . G A 2997.47 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234409;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.765;QD=63.4385;RBI=0.0325348;REFB=0;REVB=0.0225618;RO=0;SAF=75;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78773e-05;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:187:189:1:112:75:0:0:113:76:0:0 chr10 125601975 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00704593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.274;QD=22.3981;RBI=0.0110656;REFB=0.0153943;REVB=-0.00853239;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981695;STB=0.555006;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0124276;OID=.;OPOS=125601975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:9:10:9:13:9:10 chr10 125804385 . A G 330.05 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00028732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.368;QD=18.3359;RBI=0.00711614;REFB=-0.0186471;REVB=-0.00711034;RO=37;SAF=10;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152548;STB=0.585534;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0131803;OID=.;OPOS=125804385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:25:10:16:21:25:10:16:21 chr10 126089434 . G A 208.61 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000568741;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.716;QD=23.1784;RBI=0.0146194;REFB=-0.0141529;REVB=-0.0146083;RO=15;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140251;STB=0.568893;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0136075;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:15:5:6:9:15:5:6:10 chr10 126172863 . A G 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.359;QD=58.2412;RBI=0.066384;REFB=0.11201;REVB=-0.0297335;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00353716;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr10 126517989 . G A 328.55 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0373542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.548;QD=18.0025;RBI=0.038971;REFB=-0.0201509;REVB=-0.0111089;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539251;STB=0.523796;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0247093;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:20:15:18:19:20:15:18:20 chr10 126674093 . T C 653.81 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170633;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.424;QD=62.2673;RBI=0.0398518;REFB=0;REVB=0.036014;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217885;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr10 126674227 . C CT 892.67 PASS AF=1;AO=91;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637677;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.2763;QD=34.6668;RBI=0.142077;REFB=-0.00524717;REVB=-0.126963;RO=5;SAF=37;SAR=54;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000673417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000878864;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:105:103:103:0:39:64:0:0:16:5:37:54:2:3 chr10 126677266 . A T 67.06 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0317483;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.562;QD=8.38261;RBI=0.0335063;REFB=-0.0356241;REVB=0.0107108;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0623138;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:29:32:20:22:9:10:0.3125:4:5:10:10:5:5:11:11 chr10 126677308 . A T 48.13 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0474284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.0901;QD=4.27843;RBI=0.0477831;REFB=-0.0139353;REVB=0.00581079;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164025;STB=0.511083;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0756184;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:18:19:4:4:18:19 chr10 126677323 . A T 50.36 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.000128402;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.539;QD=4.47666;RBI=0.0183538;REFB=-0.0151505;REVB=0.0183533;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20011;STB=0.635023;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.067843;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:37:37:8:8:0.177778:5:3:20:17:5:3:20:17 chr10 126683071 . G C 44.26 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0083455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.907;QD=2.01183;RBI=0.0163152;REFB=-0.000541783;REVB=0.0140192;RO=77;SAF=7;SAR=3;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207389;STB=0.64969;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00336851;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:77:78:10:10:0.113636:3:7:41:36:3:7:42:36 chr10 126683075 . T A 38.85 PASS AF=0.10989;AO=7;DP=88;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00371709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.062;QD=1.70771;RBI=0.0412507;REFB=-0.00671325;REVB=0.0410829;RO=79;SAF=5;SAR=2;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180519;STB=0.538385;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0367548;OID=.;OPOS=126683075;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:88:91:79:81:7:10:0.10989:2:5:44:35:5:5:44:37 chr10 126683087 . T C 71.9 PASS AF=0.14433;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0198736;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.192;QD=2.96483;RBI=0.02183;REFB=-0.00199649;REVB=0.00903261;RO=80;SAF=7;SAR=7;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468776;STB=0.525737;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0109705;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:94:97:80:83:14:14:0.14433:7:7:43:37:7:7:44:39 chr10 126683103 . C T 59.71 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0397088;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.461;QD=2.25308;RBI=0.0638481;REFB=-0.00736558;REVB=-0.0499979;RO=90;SAF=4;SAR=9;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251932;STB=0.67572;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0487916;OID=.;OPOS=126683103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:106:90:93:13:13:0.122642:9:4:46:44:9:4:47:46 chr10 126683111 . C T 30.5 PASS AF=0.0789474;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=114;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0093598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.636;QD=1.07019;RBI=0.0399935;REFB=0.000787197;REVB=-0.0388828;RO=105;SAF=5;SAR=4;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980408;STB=0.581216;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00595657;OID=.;OPOS=126683111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:114:105:105:9:9:0.0789474:4:5:49:56:4:5:49:56 chr10 126683123 . A C 93.64 PASS AF=0.157895;AO=19;DP=109;FAO=18;FDP=114;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0488746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4339;QD=3.28549;RBI=0.0498142;REFB=-0.011484;REVB=-0.0096295;RO=90;SAF=7;SAR=12;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113493;STB=0.559813;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0507297;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:109:114:90:96:19:18:0.157895:12:7:41:49:11:7:44:52 chr10 126683151 . C T 106.56 PASS AF=0.17757;AO=16;DP=104;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0163769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2582;QD=3.98368;RBI=0.0540202;REFB=-0.00239754;REVB=-0.0514779;RO=87;SAF=5;SAR=11;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192772;STB=0.573092;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0103679;OID=.;OPOS=126683151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:87:88:16:19:0.17757:11:5:40:47:12:7:40:48 chr10 126683162 . C T 83.86 PASS AF=0.152381;AO=16;DP=105;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00258785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.75;QD=3.19449;RBI=0.00526278;REFB=-0.00926132;REVB=-0.00458257;RO=88;SAF=7;SAR=9;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724493;STB=0.500604;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0318405;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:105:105:88:89:16:16:0.152381:9:7:39:49:9:7:39:50 chr10 126683190 . C A 68.85 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0166194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.087;QD=3.3583;RBI=0.0224646;REFB=0.000806855;REVB=-0.0151147;RO=69;SAF=7;SAR=6;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750148;STB=0.550484;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00656419;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:82:82:69:69:13:13:0.158537:6:7:33:36:6:7:33:36 chr10 126683197 . T C 41.13 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.000299032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.636;QD=2.16489;RBI=0.00674753;REFB=-0.00323502;REVB=-0.0067409;RO=66;SAF=5;SAR=4;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048598;STB=0.529346;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0483416;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:66:67:9:9:0.118421:4:5:34:32:4:5:35:32 chr10 126691631 . T A 38.31 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.029621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.888;QD=2.25334;RBI=0.033037;REFB=-0.00139557;REVB=0.0146301;RO=59;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136782;OID=.;OPOS=126691631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:59:60:8:8:0.117647:4:4:29:30:4:4:30:30 chr10 126691634 . T A 38.55 PASS AF=0.126984;AO=7;DP=62;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0433351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.342;QD=2.44791;RBI=0.0434182;REFB=-0.00948304;REVB=-0.00268628;RO=54;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105258;STB=0.507917;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0388954;OID=.;OPOS=126691634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:62:63:54:55:7:8:0.126984:4:3:28:26:4:4:28:27 chr10 126691660 . G A 43.2 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0252351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6453;QD=2.92861;RBI=0.0264053;REFB=-0.0109819;REVB=0.00777363;RO=51;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180656;STB=0.626822;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0240838;OID=.;OPOS=126691660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:4:4:18:33:4:4:18:33 chr10 126714714 . G C 194.35 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0159123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.208;QD=24.2943;RBI=0.0190239;REFB=-0.00626544;REVB=-0.0104263;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470885;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000898419;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:7:6:10:9:7:6 chr10 126714966 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0086439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8566;QD=22.1446;RBI=0.0478026;REFB=-0.0432266;REVB=-0.0470146;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261193;STB=0.646886;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0350689;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:9:4:11:6:9:4 chr10 126715154 . A G 253.18 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0989965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.747;QD=17.461;RBI=0.103871;REFB=-0.0173497;REVB=-0.031447;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185878;STB=0.590506;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0230909;OID=.;OPOS=126715154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:30:27:28:0.482759:10:17:13:17:11:17:13:17 chr10 126715629 . C T 516.79 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0253419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7198;QD=22.4691;RBI=0.0435396;REFB=0.00648744;REVB=0.0354046;RO=43;SAF=27;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533719;STB=0.5294;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00466057;OID=.;OPOS=126715629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:22:27:21:22:22:27:21:22 chr10 126721441 . C A 241.77 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=-0.00400043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.663;QD=21.9792;RBI=0.0115439;REFB=-0.00715872;REVB=0.0108286;RO=20;SAF=2;SAR=21;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107367;STB=0.565466;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00577089;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:21:2:1:19:21:2:1:20 chr10 126727604 . T C 127.41 PASS AF=0.196429;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=112;FR=.;FRO=90;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=62;FWDB=-0.110976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9803;QD=4.55022;RBI=0.111029;REFB=-0.000718319;REVB=0.00344562;RO=90;SAF=1;SAR=21;SRF=28;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556158;STB=0.879586;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000454049;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:90:90:22:22:0.196429:21:1:28:62:21:1:28:62 chr10 126727630 . T G 80.16 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=92;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=53;FWDB=0.00506569;FXX=0.107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.244;QD=3.86317;RBI=0.00646033;REFB=-1.08065e-05;REVB=0.00400933;RO=69;SAF=1;SAR=13;SRF=16;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377252;STB=0.769526;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00120938;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:92:83:69:69:14:14:0.168675:13:1:16:53:13:1:16:53 chr10 127265374 . T C 519.56 PASS AF=0.526316;AO=48;DP=92;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0177579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.027;QD=21.8763;RBI=0.0179946;REFB=-0.0261548;REVB=-0.002909;RO=44;SAF=22;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164971;STB=0.513737;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0149524;OID=.;OPOS=127265374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:44:45:48:50:0.526316:26:22:21:23:27:23:22:23 chr10 127445408 . G T 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0190751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8793;QD=32.352;RBI=0.0696494;REFB=0.00439653;REVB=-0.0669864;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128043;STB=0.571303;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00602367;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:6:5:0:2:6:5:0:2 chr10 127462525 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.594;QD=51.1833;RBI=0.093867;REFB=0;REVB=-0.0714235;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316572;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr10 127579210 . T C 229.91 PASS AF=0.230769;AO=37;DP=156;FAO=36;FDP=156;FR=.;FRO=120;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.0131773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4179;QD=5.89502;RBI=0.0181284;REFB=0.00260046;REVB=0.0124498;RO=118;SAF=17;SAR=20;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231681;STB=0.51717;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00896527;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:118:120:37:36:0.230769:20:17:54:64:19:17:54:66 chr10 127579238 . G T 330.26 PASS AF=0.289308;AO=45;DP=157;FAO=46;FDP=159;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=-0.0188877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.735;QD=8.30845;RBI=0.0205551;REFB=-0.0132628;REVB=-0.00810976;RO=112;SAF=23;SAR=22;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567431;STB=0.522003;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.029041;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:112:113:45:46:0.289308:22:23:52:60:23:23:53:60 chr10 127585173 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0180461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5972;QD=11.9209;RBI=0.0187362;REFB=-0.00482628;REVB=0.00503818;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118071;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00593466;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:5:4:4:3:5:4 chr10 127585179 . G C 57.74 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0156049;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.362;QD=15.397;RBI=0.0192264;REFB=-0.0530725;REVB=-0.0112314;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344857;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0325086;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:15:5:6:6:7:0.466667:4:2:4:1:4:3:4:2 chr10 127585260 . G T 35.77 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00989907;FXX=0.181653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1298;QD=15.8989;RBI=0.0409978;REFB=-0.0462766;REVB=-0.0397847;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0739506;OID=.;OPOS=127585260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:11:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr10 127724776 . GGA G,GGG 576.01 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=4,34;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240135,0.00383776;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=239.731,275.088;QD=59.0783;RBI=0.110136,0.0996004;REFB=0,0;REVB=0.110109,0.0995265;RO=0;SAF=0,23;SAR=4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0247876,0.0095128;OID=.,.;OPOS=127724777,127724778;OREF=GA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:4,34:39:1,38:39:0:0,23:1,15:0:0:4:0:0,23:4,11:0:0 chr10 127730728 . C T 299.34 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00633689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.521;QD=16.1807;RBI=0.0249715;REFB=-0.0107707;REVB=-0.0241541;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185785;STB=0.504947;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0164617;OID=.;OPOS=127730728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:32:33:0.445946:15:17:22:18:15:18:22:19 chr10 127753478 . G A 523.5 PASS AF=0.671429;AO=46;DP=69;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00332386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.277;QD=29.9145;RBI=0.0235027;REFB=-0.018976;REVB=0.0232665;RO=23;SAF=19;SAR=27;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416526;STB=0.526305;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0109847;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:23:23:46:47:0.671429:27:19:8:15:27:20:8:15 chr10 127789698 . T C 569.77 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00373019;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3765;QD=18.9923;RBI=0.0544739;REFB=-0.00291897;REVB=0.0543461;RO=61;SAF=31;SAR=28;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904486;STB=0.558385;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00572842;OID=.;OPOS=127789698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:59:59:0.491667:28:31:38:23:28:31:39:22 chr10 127834139 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.648;QD=51.1846;RBI=0.00883755;REFB=0;REVB=0.00801197;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72863e-05;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 128019025 . C G 218.71 PASS AF=0.307692;AO=27;DP=90;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0085494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6853;QD=9.61369;RBI=0.00974619;REFB=-0.019678;REVB=-0.00467931;RO=62;SAF=10;SAR=17;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192633;STB=0.627483;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0359488;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:62:63:27:28:0.307692:17:10:33:29:18:10:34:29 chr10 128192985 . C T 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00388961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.706;QD=23.1237;RBI=0.0173714;REFB=-3.45802e-05;REVB=-0.0169304;RO=22;SAF=24;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128361;STB=0.571378;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-1.13226e-05;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:6:24:15:7:6:24:15:7 chr10 128202435 . T C 315.31 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.012357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.7574;QD=16.3795;RBI=0.0282453;REFB=-0.0188291;REVB=0.0253988;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813887;STB=0.552209;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0238362;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:34:35:0.454545:19:15:22:20:20:15:22:20 chr10 128926013 . A G 1613.73 PASS AF=0.973451;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0221616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.7;QD=57.1233;RBI=0.0255578;REFB=-0.025436;REVB=0.0127304;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.513041;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=9.3276e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:113:0:3:108:110:0.973451:52:56:0:0:54:56:3:0 chr10 129216658 . T C 539.8 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00189024;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5695;QD=21.8099;RBI=0.0303048;REFB=-0.0154184;REVB=-0.0302458;RO=48;SAF=25;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026902;STB=0.514846;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0218346;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:48:48:51:51:0.515152:26:25:25:23:26:25:25:23 chr10 129242515 . G A 247.63 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0112836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.338;QD=22.5114;RBI=0.0123501;REFB=-0.0173513;REVB=0.00502035;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116278;STB=0.5733;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0154025;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:13:10:6:14:13:11:6:14 chr10 129249662 . G A 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.457;QD=64.1434;RBI=0.0562268;REFB=0;REVB=0.05494;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206856;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr10 129249676 . C T 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0290376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.99;QD=18.6422;RBI=0.0357539;REFB=-0.0188891;REVB=0.0208605;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183126;STB=0.603676;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.022267;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:9:15:9:12:9:15 chr10 129249693 . G A 264.75 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00861101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.019;QD=23.0218;RBI=0.0326475;REFB=-0.0233561;REVB=0.0314915;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167145;STB=0.577554;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0149979;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:8:16:10:11:9:16:10:11 chr10 129249701 . C G 695.09 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0635;QD=60.4426;RBI=0.0924125;REFB=0.00573641;REVB=0.0895338;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00057891;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:17:27:0:1:18:27:0:1 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 97.42 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=6,4;DP=11;FAO=8,1;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629849,0.0430942;FXX=0.307456;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=193.037,93.6095;QD=43.2992;RBI=0.0683193,0.0443626;REFB=0,0;REVB=0.0264655,0.0105322;RO=0;SAF=1,4;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00514682,0.0526112;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:11:9:0:0:6,4:8,1:0.888889,0.111111:5,0:1,4:0:0:6,0:2,1:0:0 chr10 129534679 . T C 1608.55 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.81;QD=60.1329;RBI=0.0677795;REFB=0;REVB=0.0636927;RO=0;SAF=67;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54792e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:107:0:0:99:107:1:32:67:0:0:39:68:0:0 chr10 129534739 . C G 2192.63 PASS AF=0.972973;AO=142;DP=148;FAO=144;FDP=148;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00712202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2401;QD=59.2603;RBI=0.00718701;REFB=-0.0989275;REVB=0.000964383;RO=0;SAF=69;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513156;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00204359;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:148:148:0:4:142:144:0.972973:73:69:0:0:74:70:0:4 chr10 129534864 . A C 1230.78 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498811;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.546;QD=61.539;RBI=0.0499227;REFB=0;REVB=0.00203729;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54655e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr10 129845902 . G A 138.51 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.043609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.991;QD=10.6549;RBI=0.0583983;REFB=-0.0163608;REVB=-0.0388409;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146354;STB=0.586417;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.033896;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:8:9:14:21:8:9:14:21 chr10 129866449 . C G 183.18 PASS AF=0.475;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0864593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0738;QD=18.3175;RBI=0.0915899;REFB=-0.0361482;REVB=0.0302239;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112459;STB=0.60042;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0460392;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:18:19:0.475:9:9:13:8:10:9:14:7 chr10 129871690 . A G 217.3 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0600545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9724;QD=16.7156;RBI=0.0867138;REFB=-0.0180696;REVB=-0.0625519;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103144;STB=0.549958;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00680764;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:15:9:13:14:15:9:13:15 chr10 129882401 . CG AT,TG 235.33 PASS AF=0.0816327,0.428571;AO=4,21;DP=51;FAO=4,21;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=1,11;FSAR=3,10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000714981,-0.0353759;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=60.9865,58.4472;QD=19.2104;RBI=0.0552575,0.0546907;REFB=0.00357787,-0.0332282;REVB=-0.0552529,-0.0417088;RO=22;SAF=0,12;SAR=4,9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.63949,0.0652453;STB=0.691296,0.534851;STBP=0.509,0.66;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0231098,0.0300589;OID=.,.;OPOS=129882401,129882401;OREF=CG,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:49:22:24:4,21:4,21:0.0816327,0.428571:4,9:0,12:11:11:3,10:1,11:11:13 chr10 129883370 . A G 597.96 PASS AF=0.389831;AO=69;DP=177;FAO=69;FDP=177;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=39;FWDB=0.0301544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2551;QD=13.5131;RBI=0.0360417;REFB=-0.00382284;REVB=-0.0197411;RO=108;SAF=40;SAR=29;SRF=69;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665828;STB=0.537483;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0072781;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:108:108:69:69:0.389831:29:40:69:39:29:40:69:39 chr10 129883933 . C T 277.57 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00708046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.854;QD=20.5606;RBI=0.0099646;REFB=-0.00645467;REVB=-0.00701144;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157937;STB=0.584947;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00428051;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:25:28:29:0.537037:18:10:13:11:19:10:13:12 chr10 129899543 . C T 574.43 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.00293257;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.488;QD=16.2958;RBI=0.00776658;REFB=-0.000593765;REVB=0.00719165;RO=79;SAF=29;SAR=32;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133026;STB=0.570348;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00091827;OID=.;OPOS=129899543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:79:80:61:61:0.432624:32:29:48:31:32:29:48:32 chr10 129899578 . T C 1779.71 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0273671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.247;QD=58.3511;RBI=0.0416783;REFB=-0.092931;REVB=0.0314344;RO=1;SAF=67;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703708;STB=0.502591;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.000408279;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:1:3:119:119:0.97541:52:67:1:0:52:67:2:1 chr10 129899778 . G C 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9135;QD=59.141;RBI=0.0217269;REFB=0;REVB=0.0164893;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07618e-05;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:21:46:0:0:21:46:0:0 chr10 129899922 . T C 264.96 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0619698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6042;QD=34.1889;RBI=0.0686906;REFB=0.00262305;REVB=0.0296335;RO=8;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223397;STB=0.622643;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00165;OID=.;OPOS=129899922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:16:7:6:2:16:7:6:2 chr10 129901393 . T C 2283.04 PASS AF=0.993151;AO=139;DP=140;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.747;QD=62.549;RBI=0.0547068;REFB=-0.0474856;REVB=0.0283993;RO=1;SAF=53;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549684;STB=0.502793;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000113735;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:146:1:1:139:145:0.993151:86:53:0:1:89:56:0:1 chr10 129901570 . C T 425.72 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=135;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0513775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.573;QD=12.6138;RBI=0.0521867;REFB=-0.00915157;REVB=-0.00915445;RO=85;SAF=17;SAR=33;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176988;STB=0.60107;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0144475;OID=.;OPOS=129901570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:85:85:50:50:0.37037:33:17:42:43:33:17:42:43 chr10 129901722 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.978;QD=64.4154;RBI=0.0224586;REFB=0;REVB=0.0201324;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08498e-05;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr10 129901726 . C T 803.1 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.688;QD=64.2476;RBI=0.0773617;REFB=0;REVB=0.0769837;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260742;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:35:15:0:0 chr10 129901825 . T C 772.57 PASS AF=0.98;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00467176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.791;QD=61.8054;RBI=0.0216081;REFB=-0.0397681;REVB=0.021097;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000307297;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:49:49:0.98:20:29:0:0:20:29:1:0 chr10 129901946 . T G 1171.76 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.908;QD=60.8705;RBI=0.0416601;REFB=0;REVB=0.0227508;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26294e-05;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:34:43:0:0 chr10 129902158 . C T 375.23 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0682;QD=55.5902;RBI=0.0497596;REFB=0;REVB=0.0468196;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279603;OID=.;OPOS=129902158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr10 129902281 . G A 310.02 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00226879;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.48;QD=47.6946;RBI=0.0194354;REFB=-0.0872603;REVB=0.0193025;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.529388;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00149366;OID=.;OPOS=129902281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:26:1:2:24:24:0.923077:16:8:0:1:16:8:0:2 chr10 129903016 . T C 1132.99 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.394;QD=58.1019;RBI=0.0524318;REFB=-0.157586;REVB=0.0497954;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00081733;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:75:77:0.987179:44:31:0:0:46:31:1:0 chr10 129903094 . G T 277.98 PASS AF=0.432432;AO=26;DP=68;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0209161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.376;QD=15.0257;RBI=0.0230132;REFB=-0.00745606;REVB=0.00959822;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147556;STB=0.562461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00954686;OID=.;OPOS=129903094;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:39:42:26:32:0.432432:11:15:17:22:14:18:19:23 chr10 129904474 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0232644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.679;QD=19.4209;RBI=0.0234462;REFB=-0.0372042;REVB=-0.00291471;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289143;STB=0.516118;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0288779;OID=.;OPOS=129904474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:16:13:13:14:16:13:13:14 chr10 129904477 . C T 784.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.363;QD=57.0765;RBI=0.0301056;REFB=0;REVB=0.0209356;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8763e-05;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr10 129905429 . C T 482.57 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0294418;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1437;QD=15.9527;RBI=0.0295742;REFB=-0.0201555;REVB=0.00279524;RO=67;SAF=42;SAR=11;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196994;STB=0.608399;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0149646;OID=.;OPOS=129905429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:67:68:53:53:0.438017:11:42:43:24:11:42:44:24 chr10 129906364 . G A 344.88 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0144823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.467;QD=15.6765;RBI=0.0239373;REFB=-0.00743165;REVB=0.0190594;RO=50;SAF=22;SAR=15;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153577;STB=0.500613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00834141;OID=.;OPOS=129906364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:37:38:0.431818:15:22:29:21:16:22:29:21 chr10 129906468 . C T 2306.32 PASS AF=0.981013;AO=151;DP=152;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00583557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.257;QD=58.3879;RBI=0.00758599;REFB=-0.00339451;REVB=0.004847;RO=1;SAF=91;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519878;STB=0.505262;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=3.14042e-05;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:158:1:3:151:155:0.981013:60:91:1:0:62:93:1:2 chr10 129907544 . G C 390.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0833;QD=55.7587;RBI=0.0519146;REFB=0;REVB=0.0244782;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161455;OID=.;OPOS=129907544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr10 129910475 . T G 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=4;FWDB=-0.00540645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.558;QD=12.0141;RBI=0.0428699;REFB=-0.0225724;REVB=0.0425276;RO=33;SAF=19;SAR=1;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273167;STB=0.65952;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.04192;OID=.;OPOS=129910475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:1:19:29:4:1:19:30:4 chr10 129911856 . C G 913.23 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0244974;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1969;QD=55.3473;RBI=0.0249531;REFB=-0.042252;REVB=0.00474716;RO=2;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219605;STB=0.511624;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00557463;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:2:2:64:64:0.969697:42:22:0:2:42:22:0:2 chr10 129913960 . A T 1341.14 PASS AF=0.9375;AO=89;DP=97;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0102182;FXX=0.0303;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.207;QD=55.8806;RBI=0.0158282;REFB=-0.0682433;REVB=0.012088;RO=7;SAF=44;SAR=45;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499783;STB=0.520829;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000890647;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:97:96:7:6:89:90:0.9375:45:44:6:1:45:45:5:1 chr10 129917560 . T C 250.23 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0122591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.613;QD=18.5357;RBI=0.0261091;REFB=-0.0285221;REVB=0.0230521;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102931;STB=0.557731;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.013919;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:10:17:14:13:10:17:14:13 chr10 129921195 . A T 422.28 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00987538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1668;QD=20.8534;RBI=0.0317029;REFB=-0.0232941;REVB=0.0301255;RO=39;SAF=16;SAR=26;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499552;STB=0.527662;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0188234;OID=.;OPOS=129921195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:26:16:17:22:26:16:17:22 chr10 131506192 . C T 1412.66 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4219;QD=62.7849;RBI=0.0376481;REFB=0;REVB=-0.0118261;RO=0;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1671e-05;OID=.;OPOS=131506192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:61:28:0:0:61:29:0:0 chr10 131506282 . TC T,TT 721.6 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=5,41;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012788,-0.0136634;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.733,254.83;QD=62.7476;RBI=0.0129646,0.0146297;REFB=0,0;REVB=-0.00213253,0.0052287;RO=0;SAF=1,20;SAR=4,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02085e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0189473,0.000364146;OID=.,.;OPOS=131506283,131506283;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:5,41:46:1,45:46:0:1,20:0,25:0:0:3:0:1,20:4,21:0:0 chr10 131565064 . A G 269.19 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00204853;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.768;QD=16.3143;RBI=0.0319626;REFB=-0.0170152;REVB=-0.0318969;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380951;STB=0.521458;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0204849;OID=.;OPOS=131565064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:19:17:13:17:19:17 chr10 131565170 . A G 431.92 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0288915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8818;QD=17.9967;RBI=0.0610646;REFB=-0.0333542;REVB=-0.0537975;RO=52;SAF=17;SAR=27;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112667;STB=0.563017;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0354494;OID=.;OPOS=131565170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:27:17:26:26:27:17:26:26 chr10 133607904 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.117;QD=50.4115;RBI=0.039195;REFB=0;REVB=0.0145414;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359147;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr10 133607937 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7584;QD=50.409;RBI=0.0787946;REFB=0;REVB=0.0561732;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139638;OID=.;OPOS=133607937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr10 133607947 . T G 294.01 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704782;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9384;QD=53.4556;RBI=0.0760902;REFB=0;REVB=-0.02868;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117158;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr10 133608210 . A G 1116.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6805;QD=60.3701;RBI=0.00935997;REFB=0;REVB=0.00754309;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63086e-06;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:52:22:0:0:52:22:0:0 chr10 133608237 . G A 981.78 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542693;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9243;QD=56.9149;RBI=0.0975637;REFB=-0.145286;REVB=0.0810772;RO=1;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00675563;OID=.;OPOS=133608237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:69:1:0:67:69:1:44:23:0:1:45:24:0:0 chr10 133608291 . TT GG 797.66 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642523;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.592;QD=56.9757;RBI=0.010621;REFB=0;REVB=-0.00845709;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.89997e-06;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:28:28:0:0 chr10 133608495 . A T 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9305;QD=63.5751;RBI=0.0603254;REFB=0;REVB=0.0586995;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267885;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr10 133761285 . G A 369.13 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.000930207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4625;QD=18.9296;RBI=0.00303044;REFB=-0.0244803;REVB=0.00288414;RO=39;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265308;STB=0.63823;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0173659;OID=.;OPOS=133761285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:38:39:0.5:22:16:28:11:22:17:28:11 chr10 133948634 . T C 803.84 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112006;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.569;QD=57.417;RBI=0.0196322;REFB=0;REVB=0.0196002;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23113e-05;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr10 133954011 . C T 2265.94 PASS AF=0.993377;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207164;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.908;QD=60.025;RBI=0.0290278;REFB=-0.0358015;REVB=0.0203333;RO=0;SAF=76;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85252e-08;STB=0.503225;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=5.53138e-05;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:151:0:1:148:150:0.993377:72:76:0:0:73:77:1:0 chr10 133955427 . A G 533.18 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00932239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.794;QD=23.1815;RBI=0.0148895;REFB=-0.0272265;REVB=0.0116099;RO=39;SAF=22;SAR=27;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106842;STB=0.51638;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0196012;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:39:42:49:50:0.543478:27:22:17:22:28:22:17:25 chr10 133961494 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.025631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.975;QD=10.7925;RBI=0.0450585;REFB=-0.0213287;REVB=0.0370584;RO=34;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167944;STB=0.611634;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0285178;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:13:5:14:20:13:5:15:20 chr10 133963466 . A G 2084.27 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00154255;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.101;QD=61.7562;RBI=0.00186221;REFB=-0.0339048;REVB=-0.00104324;RO=1;SAF=67;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704179;STB=0.503649;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000166961;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:1:1:133:134:0.992593:66:67:1:0:66:68:1:0 chr10 133980571 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.027012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.823;QD=17.8392;RBI=0.0300737;REFB=0.00626808;REVB=0.0132205;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00510997;OID=.;OPOS=133980571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr10 133981682 . G A 378.59 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0821249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.9181;QD=48.8509;RBI=0.0828809;REFB=-0.176136;REVB=0.0111692;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772824;STB=0.538435;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00369202;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:31:2:2:27:29:0.935484:16:11:2:0:17:12:2:0 chr10 134013990 . G A 243.48 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729055;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.929;QD=51.2598;RBI=0.0759692;REFB=0;REVB=0.0213565;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819366;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr10 134017295 . A G 492.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5543;QD=57.9835;RBI=0.0767143;REFB=0;REVB=0.0659885;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201609;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:9:22:0:0:11:23:0:0 chr10 134017388 . C G 515.41 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0206086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.939;QD=24.839;RBI=0.0249874;REFB=-0.0458555;REVB=-0.0141299;RO=34;SAF=30;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755614;STB=0.536262;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0309075;OID=.;OPOS=134017388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:35:48:48:0.578313:18:30:18:16:18:30:19:16 chr10 134018834 . C T 666.79 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=110;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0198767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.954;QD=24.2467;RBI=0.0224861;REFB=-0.010243;REVB=-0.010514;RO=45;SAF=39;SAR=25;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102471;STB=0.500298;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00653389;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:45:46:64:64:0.581818:25:39:28:17:25:39:28:18 chr10 134021609 . C CG,G 55.45 PASS AF=0.2,0;AO=12,2;DP=53;FAO=11,0;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.105763,-0.0794417;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=54.0184,78.4879;QD=4.03246;RBI=0.121772,0.0990828;REFB=-0.0167009,-0.00877389;REVB=-0.0603534,-0.0592151;RO=37;SAF=1,0;SAR=11,2;SRF=24;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.672811,-0.503641;STB=0.898896,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.172081,0.0917731;OID=.,.;OPOS=134021610,134021609;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:53:55:37:44:12,2:11,0:0.2,0:11,2:1,0:24:13:10,0:1,0:25:19 chr10 134036193 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00988789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9512;QD=52.6125;RBI=0.0150307;REFB=0;REVB=-0.0113204;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471766;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr10 134062574 . G A 1466.51 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.123;QD=61.1045;RBI=0.0473193;REFB=-0.150316;REVB=0.0370932;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000650518;OID=.;OPOS=134062574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:0:1:94:95:0.989583:56:38:0:0:56:39:1:0 chr10 134143942 . C T 387.5 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882417;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.669;QD=55.3577;RBI=0.0396666;REFB=0;REVB=0.0386726;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432402;OID=.;OPOS=134143942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:8:18:0:0:9:19:0:0 chr10 134143985 . GC TT 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232187;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=298.756;QD=58.5878;RBI=0.0288453;REFB=0;REVB=0.0171156;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.88325e-06;OID=.;OPOS=134143985;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr10 134144005 . T C 417.93 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.856;QD=53.9262;RBI=0.0784617;REFB=-0.0459757;REVB=0.0767146;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00481635;OID=.;OPOS=134144005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr10 134145136 . A G 411.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.06;QD=56.6939;RBI=0.0495022;REFB=0;REVB=-0.0486405;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000674818;OID=.;OPOS=134145136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr10 134145138 . C G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6034;QD=56.7016;RBI=0.0472456;REFB=0;REVB=-0.0357761;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19825e-05;OID=.;OPOS=134145138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr10 134145166 . T C 334.2 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0272312;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.461;QD=51.4151;RBI=0.0272493;REFB=-0.00787246;REVB=0.000994938;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000756923;OID=.;OPOS=134145166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:0:1:16:9:0:1 chr10 134145293 . G T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.849;QD=41.8666;RBI=0.0609249;REFB=-0.0263041;REVB=0.0541279;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00205481;OID=.;OPOS=134145293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:13:2:0:0:13:2:0:1 chr10 134145336 . G T 115.9 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2799;QD=42.144;RBI=0.0381188;REFB=0;REVB=-0.0100114;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696911;OID=.;OPOS=134145336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr10 134151154 . G A 365.86 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00211977;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.401;QD=18.5246;RBI=0.00977221;REFB=-0.00903248;REVB=0.00953953;RO=41;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605334;STB=0.533761;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00977636;OID=.;OPOS=134151154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:17:21:20:21:17:21:20:21 chr10 134161633 . A G 485.06 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.704;QD=57.0663;RBI=0.0137636;REFB=0;REVB=0.0116844;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109109;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:24:9:1:0:24:10:0:0 chr10 134218269 . C T 418.23 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0567376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.297;QD=34.1411;RBI=0.0571576;REFB=-0.0151628;REVB=0.00691593;RO=15;SAF=10;SAR=24;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115038;STB=0.562276;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0106639;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:24:10:2:13:24:10:2:13 chr10 134218296 . C G 166.16 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8608;QD=31.6496;RBI=0.00788893;REFB=-0.000187521;REVB=-0.00788893;RO=5;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269246;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:16:0:0:5:16:0:0:5 chr10 134598628 . A G 727.74 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.261;QD=63.2815;RBI=0.0114853;REFB=0;REVB=0.00213737;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65837e-05;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:31:14:0:0:31:15:0:0 chr10 134622408 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000268037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2808;QD=63.5783;RBI=0.0941118;REFB=0;REVB=0.0941115;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098051;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:29:17:0:0:30:17:0:0 chr10 134623958 . CT CC,TC 582.47 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346642,0.0273887;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=166.243,157.834;QD=59.7406;RBI=0.0443319,0.0313395;REFB=0,0;REVB=-0.0276353,-0.0152324;RO=0;SAF=18,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000144369,0.0100572;OID=.,.;OPOS=134623959,134623958;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:19,2:18,0:0:0:19,2:18,0:0:0 chr10 134624504 . C T 1624.85 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.978;QD=59.0855;RBI=0.0321933;REFB=-0.0399718;REVB=-0.00931038;RO=1;SAF=52;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904146;STB=0.504761;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000174966;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:57:52:1:0:57:52:1:0 chr10 134777790 . G A 1375.73 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00354064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.865;QD=57.3223;RBI=0.0184737;REFB=-0.154972;REVB=0.0181312;RO=3;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02311;STB=0.519996;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000663126;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:96:96:3:5:91:91:0.947917:60:31:0:3:60:31:0:5 chr10 134884516 . G A 312.17 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241582;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2215;QD=54.2908;RBI=0.00612966;REFB=0;REVB=0.00563352;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230796;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:3:20:0:0:3:20:0:0 chr10 134884546 . A G 499.39 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0788958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.275;QD=53.9879;RBI=0.087866;REFB=-0.132556;REVB=0.0386768;RO=1;SAF=25;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183382;STB=0.509086;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00199843;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:34:36:0.972973:9:25:1:0:9:27:1:0 chr10 134884595 . G A 772.9 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0215188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.478;QD=50.682;RBI=0.0462116;REFB=-0.058596;REVB=0.0408957;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.508377;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.000842693;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:61:1:4:57:57:0.934426:21:36:0:1:21:36:3:1 chr10 134884610 . C G 971.8 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0101542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7456;QD=54.7493;RBI=0.0183824;REFB=0.0186584;REVB=0.0153234;RO=2;SAF=46;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108344;STB=0.516366;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00362303;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:68:68:0.957746:22:46:1:1:22:46:1:2 chr10 134886618 . G C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00395106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.553;QD=56.9478;RBI=0.0216411;REFB=-0.0867735;REVB=0.0212774;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00301991;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:36:36:0.972973:17:19:0:0:17:19:0:1 chr10 134902396 . C G 198.39 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00680364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0704;QD=44.0873;RBI=0.0592831;REFB=0.0480379;REVB=-0.0588914;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00659277;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:1:0:7:10:1:0 chr10 134902398 . C T 211.15 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226828;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.512;QD=49.6833;RBI=0.0372234;REFB=0;REVB=0.0371542;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021792;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr10 134942166 . A G 1687.06 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231337;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9044;QD=60.7951;RBI=0.0323017;REFB=0;REVB=-0.0225441;RO=0;SAF=38;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563796;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:73:38:0:0:73:38:0:0 chr10 134942340 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.275;QD=37.4885;RBI=0.0193876;REFB=0;REVB=0.0193876;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103068;OID=.;OPOS=134942340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr10 134942832 . G A 526.83 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.475;QD=56.9548;RBI=0.0313686;REFB=-0.104305;REVB=0.0281169;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00121149;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:1:0:15:21:1:0 chr10 135051543 . T C 353.92 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.508;QD=54.4496;RBI=0.047501;REFB=0;REVB=0.0462001;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102992;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:26:0:0:23:26:1:10:13:0:0:10:16:0:0 chr10 135051562 . A G 485.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7144;QD=57.167;RBI=0.071146;REFB=0;REVB=0.0633339;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139242;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:34:0:0:30:34:1:18:12:0:0:21:13:0:0 chr10 135061112 . C T 175.53 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.051;QD=46.8075;RBI=0.0141625;REFB=0;REVB=-0.00628685;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41759e-05;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr10 135076596 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.702;QD=54.5177;RBI=0.0462728;REFB=0;REVB=0.0337164;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550669;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr10 135082346 . A G 732.64 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00874299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.783;QD=54.2698;RBI=0.0637681;REFB=-0.0431694;REVB=-0.0631659;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0133038;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:1:0:27:26:1:0 chr10 135084232 . C CAGA 1548.34 PASS AF=0.972477;AO=103;DP=110;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00448312;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.772;QD=56.8199;RBI=0.0449726;REFB=-0.0117665;REVB=0.0447486;RO=3;SAF=36;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379059;STB=0.518984;STBP=0.04;TYPE=ins;VARB=0.000346003;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972477:103:110:106:109:3:38:68:3:0:5:3:36:67:3:0 chr10 135084322 . A G 1695.16 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2935;QD=60.5413;RBI=0.0843535;REFB=0;REVB=-0.0594307;RO=0;SAF=38;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000624678;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:74:38:0:0:74:38:0:0 chr10 135085321 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.561;QD=58.5855;RBI=0.031235;REFB=0;REVB=0.0156248;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021491;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr10 135085426 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.642;QD=62.9829;RBI=0.0287115;REFB=0;REVB=0.00710318;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52158e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr10 135085754 . G A 1329.48 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174498;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.888;QD=60.4308;RBI=0.0210842;REFB=0;REVB=0.0118342;RO=0;SAF=21;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.63946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34051e-05;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:88:0:0:86:88:1:65:21:0:0:66:22:0:0 chr10 135086380 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.009;QD=33.4279;RBI=0.0197596;REFB=0;REVB=-0.00250192;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201596;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 135087521 . G A,C 527.07 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=33,2;DP=35;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035153,0.0277788;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.863,182.578;QD=58.5632;RBI=0.0402128,0.032319;REFB=0,0;REVB=0.0195278,0.0165184;RO=0;SAF=19,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.71297e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00256972,-0.020109;OID=.,.;OPOS=135087521,135087521;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:36:0:0:33,2:34,2:0.944444,0.0555556:14,1:19,1:0:0:14,1:20,1:0:0 chr10 135089035 . A G 1548.0 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.01;QD=59.5385;RBI=0.0484995;REFB=0;REVB=0.0188207;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216096;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:58:45:0:0:58:46:0:0 chr10 135097434 . A G 805.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3125;QD=64.4008;RBI=0.0556145;REFB=0;REVB=0.00793488;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315803;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr10 135098672 . G A 793.66 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869742;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8774;QD=56.6898;RBI=0.121728;REFB=0;REVB=0.121417;RO=1;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119465;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:1:0:51:56:1:35:16:0:1:40:16:0:0 chr10 135098830 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.822;QD=60.9786;RBI=0.00852777;REFB=0;REVB=0.0046023;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67929e-05;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr10 135098845 . C T 543.69 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.888;QD=55.7629;RBI=0.0402349;REFB=-0.0918369;REVB=0.0342348;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000808847;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:36:38:0.974359:22:14:0:0:24:14:0:1 chr10 135160950 . C T 198.07 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0863494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0759;QD=44.0149;RBI=0.118624;REFB=-0.186465;REVB=0.0813358;RO=1;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278054;STB=0.515134;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0165184;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:16:1:0:1:16:1:0:1 chr10 135165790 . A G 712.06 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342962;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.184;QD=63.2943;RBI=0.0500379;REFB=0;REVB=-0.0364357;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64989e-06;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr10 135180430 . A G 1049.49 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298842;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.778;QD=59.9711;RBI=0.0422479;REFB=0;REVB=-0.0298633;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60759e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr10 135184126 . G A 1794.13 PASS AF=0.960317;AO=121;DP=126;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0201003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.348;QD=56.9565;RBI=0.047423;REFB=-0.0273448;REVB=0.0429525;RO=5;SAF=67;SAR=54;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352689;STB=0.501858;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00109963;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:126:126:5:5:121:121:0.960317:54:67:3:2:54:67:3:2 chr10 135186806 . A G 191.13 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7327;QD=47.7832;RBI=0.0220355;REFB=0;REVB=0.0199701;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292024;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:11:5:0:0 chr10 135204610 . GTTTT GTTT,GTTTC 87.11 PASS AF=0.239437,0.0985915;AO=14,8;DP=72;FAO=17,7;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=1,0;FSAR=16,7;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0279872,0.0342984;FXX=0.013887;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.1705,24.109;QD=4.90768;RBI=0.0338519,0.065622;REFB=-0.0759022,-0.0539521;REVB=0.0190439,0.0559452;RO=44;SAF=1,0;SAR=13,8;SRF=17;SRR=27;SSEN=0.402312,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539863,-0.652698;STB=0.870492,0.9981;STBP=0.004,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.13112,0.093323;OID=.,.;OPOS=135204611,135204614;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTT,GTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.239437,0.0985915:14,8:72:17,7:71:47:1,0:16,7:18:29:45:44:1,0:13,8:17:27 chr10 135204950 . C G 677.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.643;QD=60.2477;RBI=0.0600519;REFB=-0.164634;REVB=0.0446882;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0021628;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:22:22:0:0:22:22:0:1 chr10 135205009 . C G 840.78 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476374;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.025;QD=56.0521;RBI=0.0477047;REFB=-0.00468753;REVB=-0.00253239;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.50769;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=6.41363e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:58:59:0.983333:31:27:0:0:32:27:0:1 chr10 135233541 . A G 1121.84 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.606;QD=59.0441;RBI=0.0186598;REFB=0;REVB=0.0168114;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179456;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:71:76:1:23:48:0:0:26:50:0:0 chr10 135271789 . C T 1004.59 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00996822;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.291;QD=55.0459;RBI=0.0110101;REFB=-0.134186;REVB=0.00467524;RO=3;SAF=43;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00429461;STB=0.502273;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00258796;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:3:3:70:70:0.958904:27:43:2:1:27:43:2:1 chr10 135278193 . A G 317.0 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.25;QD=52.834;RBI=0.0398459;REFB=0;REVB=-0.0131842;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142519;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr10 135279810 . T G 685.74 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.86;QD=62.34;RBI=0.0471051;REFB=0;REVB=0.0369206;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132613;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr10 135280765 . C T 1667.86 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0308784;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.125;QD=58.5215;RBI=0.0416665;REFB=-0.00871581;REVB=0.0279753;RO=2;SAF=63;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148327;STB=0.507811;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000205793;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:2:2:112:112:0.982456:49:63:2:0:49:63:2:0 chr10 135347397 . T C 819.85 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0373739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3678;QD=55.583;RBI=0.0449976;REFB=-0.245882;REVB=-0.0250594;RO=1;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285653;STB=0.515146;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00842372;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:16:42:0:1:16:42:0:1 chr10 135351362 . T C 199.37 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.033362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.678;QD=18.9875;RBI=0.0339636;REFB=-0.000213295;REVB=0.00636411;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156859;STB=0.58938;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000655637;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:6:14:12:10:6:14:12:10 chr10 135381592 . C G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00941994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.962;QD=11.2576;RBI=0.0356416;REFB=-0.0303948;REVB=-0.0343742;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224141;STB=0.666222;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0388115;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:2:6:6:5:2:6:6:6 chr10 135381623 . T C 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0409674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.648;QD=14.6484;RBI=0.0799728;REFB=-0.0210031;REVB=-0.0686827;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203269;STB=0.618869;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.028798;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:10:9:4:10:10:9 chr10 135381766 . C T 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0384024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.299;QD=17.0965;RBI=0.0384473;REFB=-0.0256702;REVB=0.001859;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179781;STB=0.635671;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0307111;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:15:14:14:0.482759:9:5:2:10:9:5:2:13 chr10 135381927 . T G 105.09 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00638101;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.687;QD=10.2528;RBI=0.0335498;REFB=-0.0124048;REVB=-0.0329374;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191067;STB=0.603613;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0189623;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:29:28:13:13:0.317073:5:8:13:16:5:8:13:15 chr10 135440203 . A T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00136733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.947;QD=13.5055;RBI=0.0104758;REFB=-0.00428934;REVB=0.0103862;RO=17;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502686;STB=0.806686;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00470199;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:1:11:10:7:1:11:10:7 chr11 193863 . T C 711.65 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00670431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.743;QD=29.047;RBI=0.00671601;REFB=-0.0202623;REVB=-0.000396211;RO=37;SAF=34;SAR=27;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00718493;STB=0.503901;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00965556;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:37:37:61:61:0.622449:27:34:21:16:27:34:21:16 chr11 193865 . T G 252.16 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.000471793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.339;QD=10.3984;RBI=0.0260223;REFB=-0.0114493;REVB=-0.026018;RO=66;SAF=23;SAR=8;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333347;STB=0.695857;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0177918;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:8:23:31:35:8:23:31:35 chr11 197337 . G A 272.46 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.000988811;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.054;QD=16.2664;RBI=0.00209285;REFB=-0.0035918;REVB=0.00184453;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00916232;STB=0.503997;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00547874;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:35:37:30:30:0.447761:16:14:16:19:16:14:17:20 chr11 204523 . CATTTCT C 198.6 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0249907;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=6;MLLD=252.029;QD=16.2124;RBI=0.0288711;REFB=-0.011245;REVB=0.0144569;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915012;STB=0.540947;STBP=0.642;TYPE=del;VARB=0.0128651;OID=.;OPOS=204524;OREF=ATTTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:21:51:22:49:27:14:8:19:8:99:24:13:8:17:7 chr11 207275 . C G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0367984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.916;QD=13.9591;RBI=0.0368102;REFB=-0.0445729;REVB=-0.000932378;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0619323;OID=.;OPOS=207275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:3:4:4:3:3:4 chr11 224204 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0198376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.194;QD=14.0964;RBI=0.0250059;REFB=-0.00697009;REVB=0.0152238;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00877938;OID=.;OPOS=224204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:6:8:7:4:6:8 chr11 237087 . A G 551.08 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0015878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.488;QD=26.8817;RBI=0.0471153;REFB=-0.0360531;REVB=-0.0470886;RO=32;SAF=17;SAR=33;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517937;STB=0.52827;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0261343;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:33:17:13:19:33:17:13:19 chr11 244108 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00905406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.803;QD=11.6673;RBI=0.010409;REFB=-0.00968587;REVB=-0.00513527;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240837;STB=0.642653;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0239666;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:11:15:5:9:11:15 chr11 244115 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.027019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.85;QD=13.3358;RBI=0.0284599;REFB=-0.0146925;REVB=0.00894073;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191897;STB=0.612096;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0408696;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:10:14:6:9:10:14 chr11 244129 . C T 108.55 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0161841;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1628;QD=12.0614;RBI=0.0214347;REFB=-0.0248778;REVB=-0.0140542;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269149;STB=0.691082;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0394488;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:23:13:13:0.361111:5:8:7:13:5:8:7:16 chr11 244141 . G A 108.26 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.007671;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.224;QD=12.3724;RBI=0.00890875;REFB=-0.0142207;REVB=0.00453007;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369152;STB=0.727323;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0166539;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:22:13:13:0.371429:4:9:7:14:4:9:7:15 chr11 244167 . C T 88.76 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0334965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.236;QD=9.86219;RBI=0.0471195;REFB=-0.000918026;REVB=-0.0331395;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229478;STB=0.669769;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00204729;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:36:21:24:11:11:0.305556:5:6:7:14:5:6:7:17 chr11 244171 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00478524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.298;QD=9.1886;RBI=0.0260504;REFB=-0.0102443;REVB=-0.0256072;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300102;STB=0.679509;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0213782;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:7:18:5:6:7:18 chr11 244197 . T C 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0054235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.195;QD=4.81088;RBI=0.0182226;REFB=-0.00325884;REVB=-0.0173968;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453573;STB=0.790871;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0149277;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:6:17:2:4:6:17 chr11 244414 . C T 177.24 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0194765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1545;QD=12.2233;RBI=0.0400939;REFB=0.00289431;REVB=-0.0350455;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048052;STB=0.511031;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00620553;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:12:10:17:17:12:10:17:19 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 82.28 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.011748;FXX=0.13459;HRUN=1;LEN=10;MLLD=281.537;QD=7.31337;RBI=0.0150934;REFB=-0.00258361;REVB=0.00947611;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134889;STB=0.512173;STBP=0.95;TYPE=del;VARB=0.00818078;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244444:10:50:11:45:34:6:5:18:16:82:26:5:5:16:10 chr11 280816 . AT TC 155.31 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00438079;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.94;QD=11.947;RBI=0.0695138;REFB=-0.0162885;REVB=-0.0693756;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241865;STB=0.649143;STBP=0.127;TYPE=mnp;VARB=0.0203746;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:32:33:19:19:0.365385:7:12:13:19:7:12:13:20 chr11 284538 . T C 81.27 PASS AF=0.255814;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0403374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0643;QD=7.55985;RBI=0.0668313;REFB=-0.0229864;REVB=-0.0532853;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613067;STB=0.556859;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0379346;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:43:29:32:10:11:0.255814:5:5:13:16:5:6:15:17 chr11 299411 . C G 168.14 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0224801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.7;QD=16.0134;RBI=0.0346152;REFB=-0.0272228;REVB=-0.0263221;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124548;STB=0.571351;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0288933;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:9:15:9:9:9:15 chr11 308290 . T C 574.18 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561685;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9482;QD=60.4396;RBI=0.0459231;REFB=0;REVB=-0.0455783;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325877;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:19:17:0:0:20:18:0:0 chr11 308314 . T C 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0743046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6921;QD=58.5807;RBI=0.0752493;REFB=0;REVB=-0.0118861;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515476;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr11 308362 . T TC 217.16 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12616;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.509;QD=43.4324;RBI=0.126731;REFB=0;REVB=-0.0120142;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00117741;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:7:13:0:0:4:17:0:2:6:11 chr11 308363 . G C 230.14 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.177;QD=46.0271;RBI=0.0216269;REFB=0.0886274;REVB=-0.00276226;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00210922;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr11 308426 . G C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2611;QD=46.8437;RBI=0.0764032;REFB=0;REVB=-0.0759363;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00341579;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr11 309127 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.455;QD=60.9786;RBI=0.0528564;REFB=0;REVB=0.00324295;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292574;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr11 314207 . C G 810.34 PASS AF=1;AO=51;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1265;QD=56.8659;RBI=0.0424393;REFB=0;REVB=0.0408224;RO=3;SAF=29;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329025;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:3:0:51:57:1:22:29:1:2:25:32:0:0 chr11 320772 . A G 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.348;QD=53.9009;RBI=0.0215336;REFB=0;REVB=-0.0157601;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03329e-05;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 400040 . A G 280.9 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0108931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.613;QD=14.4051;RBI=0.0168839;REFB=-0.00987911;REVB=-0.0128998;RO=46;SAF=10;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205701;STB=0.617271;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00951966;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:22:10:23:23:22:10:23:23 chr11 400109 . A G 333.99 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.675;QD=53.4391;RBI=0.0297059;REFB=0;REVB=0.0218377;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463791;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:20:3:0:0:22:3:0:0 chr11 403749 . C T 238.58 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.013953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.576;QD=14.0339;RBI=0.0139944;REFB=-0.0139143;REVB=0.00107547;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165043;STB=0.593684;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0228133;OID=.;OPOS=403749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:13:15:15:25:13:15:15:25 chr11 403980 . G A 542.27 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0124867;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.429;QD=30.1262;RBI=0.0217235;REFB=-0.015135;REVB=-0.0177762;RO=23;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128995;STB=0.562258;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0109688;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:23:24:48:48:0.666667:25:23:16:7:25:23:16:8 chr11 404317 . C T 143.41 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.122657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9926;QD=15.9347;RBI=0.128112;REFB=-0.0350485;REVB=0.0369867;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215384;STB=0.541616;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0609361;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:20:12:16:0.444444:5:7:14:4:5:11:15:5 chr11 404468 . G A 271.28 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00899837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9172;QD=16.4413;RBI=0.0786707;REFB=-0.0291978;REVB=0.0781544;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041025;STB=0.53123;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0530014;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:15:15:19:16:16:15:19:16 chr11 406043 . G A 1371.51 PASS AF=1;AO=76;DP=92;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329946;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.21;QD=62.3414;RBI=0.0356392;REFB=0;REVB=-0.0134726;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352226;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:88:0:0:76:88:1:34:42:0:0:37:51:0:0 chr11 428385 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3624;QD=48.7366;RBI=0.0755587;REFB=0;REVB=-0.0647431;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000902792;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr11 428489 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.542;QD=39.2055;RBI=0.0613063;REFB=0;REVB=0.0498794;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162647;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 429659 . C T 294.7 PASS AF=0.576923;AO=24;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00403823;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2016;QD=22.6695;RBI=0.0152463;REFB=-0.00496359;REVB=0.0147018;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151156;STB=0.544012;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.002018;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:22:24:30:0.576923:11:13:8:14:16:14:8:14 chr11 429660 . G T 30.8 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.000689201;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.452;QD=2.2814;RBI=0.038807;REFB=-0.00856441;REVB=0.0388009;RO=48;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362174;STB=0.786633;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0289079;OID=.;OPOS=429660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:5:1:22:26:5:1:22:26 chr11 431757 . C T 527.85 PASS AF=0.529412;AO=50;DP=101;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0197761;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3652;QD=20.7001;RBI=0.0309266;REFB=-0.0109572;REVB=0.0237773;RO=48;SAF=20;SAR=30;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198681;STB=0.601988;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00920983;OID=.;OPOS=431757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:48:48:50:54:0.529412:30:20:30:18:32:22:30:18 chr11 431834 . A G 424.09 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105683;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.059;QD=56.5456;RBI=0.109377;REFB=0;REVB=0.0281854;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891572;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:28:2:0:0:28:2:0:0 chr11 433387 . A G 685.99 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0053324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.013;QD=58.3817;RBI=0.0263448;REFB=-0.09142;REVB=-0.0257995;RO=2;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335467;STB=0.517849;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000711316;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:27:18:0:2:27:18:0:2 chr11 490484 . A G 194.29 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00846641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.25;QD=24.2856;RBI=0.0150536;REFB=-0.0262637;REVB=0.0124471;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127572;STB=0.571352;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0136818;OID=.;OPOS=490484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:7:6:12:7:7:6 chr11 540719 . G A 130.52 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0217966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.194;QD=17.4025;RBI=0.0269259;REFB=-0.0222257;REVB=-0.0158087;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413564;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0249371;OID=.;OPOS=540719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:5:9:9:6:6:9:9:6 chr11 549959 . C T 310.7 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406078;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.485;QD=54.035;RBI=0.0220644;REFB=0;REVB=0.0216875;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12305e-05;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 551753 . G A 2444.49 PASS AF=0.987879;AO=151;DP=162;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184541;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.885;QD=59.2604;RBI=0.0671533;REFB=-0.10712;REVB=0.0645679;RO=3;SAF=57;SAR=94;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149368;STB=0.504807;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000216061;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:162:165:3:2:151:163:0.987879:94:57:0:3:103:60:0:2 chr11 554166 . C G 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.493;QD=64.1446;RBI=0.0453839;REFB=0;REVB=-0.0234573;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36739e-05;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr11 554214 . G C 728.95 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9992;QD=57.1727;RBI=0.0626536;REFB=0;REVB=-0.000171467;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449367;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:33:18:0:0 chr11 556521 . C G 526.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0617747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7872;QD=56.9375;RBI=0.0671834;REFB=-0.0546091;REVB=-0.02641;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346393;STB=0.518508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00030401;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:13:23:0:1:13:23:0:1 chr11 556857 . G C 1320.77 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9515;QD=62.1541;RBI=0.0695908;REFB=0;REVB=0.0391267;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280962;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:47:35:0:0:49:36:0:0 chr11 557989 . C T 1623.87 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2731;QD=60.1433;RBI=0.0692153;REFB=0;REVB=0.0210587;RO=0;SAF=67;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495322;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:41:67:0:0:41:67:0:0 chr11 558884 . C T 113.47 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424764;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.927;QD=37.8218;RBI=0.0425289;REFB=-0.0987585;REVB=-0.00211259;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00297212;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr11 559016 . C T 158.93 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9239;QD=45.4097;RBI=0.0651069;REFB=0;REVB=0.0557896;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154217;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:3:11:0:0 chr11 562219 . C G 158.67 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0348993;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7911;QD=18.6666;RBI=0.0454402;REFB=-0.0408913;REVB=0.0291007;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0431933;OID=.;OPOS=562219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:16:17:0.5:11:5:4:12:12:5:5:12 chr11 610277 . T C 708.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2054;QD=62.9717;RBI=0.0234434;REFB=0;REVB=-0.0233332;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194058;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr11 614864 . C T 695.94 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0732681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.174;QD=60.5169;RBI=0.0744841;REFB=-0.0428574;REVB=-0.0134041;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000306093;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:16:29:0:0:16:29:1:0 chr11 616970 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.958;QD=48.7373;RBI=0.0289839;REFB=0;REVB=0.0276546;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111551;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr11 617537 . C T 1310.81 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=101;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.108731;FXX=0.0396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7755;QD=54.0539;RBI=0.109602;REFB=0.0779457;REVB=0.0137854;RO=5;SAF=41;SAR=51;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243239;STB=0.512847;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000222486;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:101:97:5:5:92:92:0.948454:51:41:1:4:51:41:1:4 chr11 617967 . C G 1097.98 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.425;QD=60.1634;RBI=0.0898851;REFB=0;REVB=0.0114772;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105837;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr11 618767 . CGGGT CGGTG 34.19 PASS AF=0.153846;AO=4;DP=30;FAO=4;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0587996;FXX=0.103413;HRUN=3;LEN=2;MLLD=31.7035;QD=5.26001;RBI=0.116954;REFB=-0.0244255;REVB=-0.101098;RO=19;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21571;STB=0.651485;STBP=0.56;TYPE=mnp;VARB=0.0892692;OID=.;OPOS=618770;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=CGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:4:30:4:26:19:2:2:6:13:24:19:2:2:6:13 chr11 618998 . G A 439.92 PASS AF=0.77551;AO=37;DP=50;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.027046;FXX=0.039208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.4291;QD=35.9122;RBI=0.0327443;REFB=-0.0180421;REVB=0.0184582;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.682148;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00537584;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:50:49:0:11:37:38:0.77551:31:6:0:0:31:7:9:2 chr11 619789 . T G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.715;QD=47.8192;RBI=0.04926;REFB=0;REVB=0.0491061;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302943;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr11 704583 . A G 289.21 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.355;QD=52.5843;RBI=0.0283717;REFB=0;REVB=0.0282488;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028606;OID=.;OPOS=704583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr11 704604 . GA G 236.02 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.5448;QD=49.6874;RBI=0.0597247;REFB=0;REVB=-0.0575364;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00242859;OID=.;OPOS=704605;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:19:19:0:9:10:0:0:4:0:8:10:0:0 chr11 726178 . G C 145.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.661;QD=44.6751;RBI=0.0581809;REFB=0;REVB=0.0317238;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226948;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 771034 . A G 789.24 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571181;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.956;QD=64.4274;RBI=0.0593229;REFB=0;REVB=-0.0160228;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197082;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr11 772490 . G A 696.45 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0143171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3444;QD=52.5621;RBI=0.0717558;REFB=-0.106569;REVB=0.070313;RO=2;SAF=14;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198961;STB=0.510575;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00313491;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:37:14:1:1:37:14:1:1 chr11 802379 . T C 91.26 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0361386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0486;QD=17.383;RBI=0.0858931;REFB=-0.0233411;REVB=-0.0779206;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144334;STB=0.584248;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0253416;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:10:11:11:0.52381:2:9:7:3:2:9:7:3 chr11 804212 . C A 366.96 PASS AF=0.610169;AO=34;DP=57;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0133294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.336;QD=24.8787;RBI=0.0719675;REFB=-0.0414567;REVB=0.0707223;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048941;STB=0.516957;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0178217;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:23:23:34:36:0.610169:20:14:8:15:22:14:8:15 chr11 823809 . C G 129.13 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0168311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6589;QD=13.5931;RBI=0.031453;REFB=-0.0315074;REVB=-0.0265707;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401627;STB=0.749605;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0293828;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:2:12:13:10:2:13:13:10 chr11 828916 . G A 726.55 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0384395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8457;QD=52.8398;RBI=0.0607826;REFB=0.0440714;REVB=0.0470843;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000304309;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:28:25:2:0:28:25:2:0 chr11 829539 . A G 1343.59 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.117;QD=61.0723;RBI=0.0299093;REFB=0.079144;REVB=-0.00505485;RO=1;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838704;STB=0.504424;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000410223;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:56:31:0:1:56:31:0:1 chr11 830487 . C T 228.81 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660674;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3646;QD=50.8463;RBI=0.083147;REFB=0;REVB=0.0504828;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384349;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr11 830670 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.41;QD=57.2026;RBI=0.0710084;REFB=0;REVB=0.0278023;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035631;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr11 831122 . C T 729.87 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.003;QD=57.245;RBI=0.0558885;REFB=0;REVB=0.0424903;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121809;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:45:51:1:15:30:0:0:19:32:0:0 chr11 837582 . G A 970.36 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00151521;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6546;QD=56.253;RBI=0.0584091;REFB=-0.0575677;REVB=0.0583895;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277783;STB=0.514701;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00170097;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:69:2:2:67:67:0.971014:34:33:2:0:34:33:2:0 chr11 840477 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.569;QD=53.9097;RBI=0.0549253;REFB=0;REVB=0.0246066;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595002;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chr11 862652 . T C 537.79 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0760923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5865;QD=59.7547;RBI=0.0941167;REFB=0;REVB=-0.0553887;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00228086;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr11 865510 . CA AC 58.51 PASS AF=0.0983607;AO=8;DP=62;FAO=6;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0552301;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=2;MLLD=67.0328;QD=3.83675;RBI=0.0552324;REFB=-0.0111912;REVB=-0.000500452;RO=42;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674687;STB=0.599681;STBP=0.617;TYPE=mnp;VARB=0.162704;OID=.;OPOS=865510;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:62:61:42:49:8:6:0.0983607:3:5:24:18:3:3:30:19 chr11 865614 . C T 183.03 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0294152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.843;QD=17.4311;RBI=0.0347186;REFB=-0.00206555;REVB=-0.0184425;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124548;STB=0.571351;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00221516;OID=.;OPOS=865614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:13:10:6:13:13:10 chr11 870446 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.969;QD=57.8847;RBI=0.049886;REFB=0;REVB=0.0414707;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103702;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr11 900929 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.839;QD=53.9098;RBI=0.0359191;REFB=0;REVB=0.02713;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365077;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 903070 . G C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.773;QD=56.7028;RBI=0.0336622;REFB=0;REVB=-0.00989277;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341293;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 993907 . C G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00737559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.78;QD=15.1663;RBI=0.0551906;REFB=-0.0397048;REVB=-0.0546955;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15887;STB=0.590798;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0628089;OID=.;OPOS=993907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:4:16:10:5:4:16 chr11 1016594 . A G 39.23 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0348511;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0216;QD=6.82233;RBI=0.0875512;REFB=-0.0248352;REVB=-0.0803157;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46896;STB=0.774851;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.080638;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:23:14:16:6:6:0.26087:5:1:8:6:5:1:8:8 chr11 1016604 . ACT GGC 112.31 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00176576;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=119.702;QD=12.1411;RBI=0.0118858;REFB=0.00683728;REVB=-0.0117539;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684697;STB=0.540994;STBP=0.808;TYPE=mnp;VARB=-0.0155639;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:37:23:23:12:12:0.324324:7:5:11:12:7:5:11:12 chr11 1016614 . G T 266.98 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.00821516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7284;QD=16.1805;RBI=0.0112436;REFB=-0.000587914;REVB=-0.00767652;RO=36;SAF=6;SAR=24;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715998;STB=0.540512;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000767392;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:24:6:9:27:24:6:9:27 chr11 1016618 . G C 313.16 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0119431;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.526;QD=16.7016;RBI=0.0126377;REFB=-0.0165867;REVB=-0.00413204;RO=41;SAF=5;SAR=29;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161448;STB=0.591777;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0187082;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:29:5:10:31:29:5:10:31 chr11 1016655 . G A 32.22 PASS AF=0.0833333;AO=7;DP=106;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=83;FWDB=-0.0394384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.57;QD=1.19348;RBI=0.0411343;REFB=-0.0077514;REVB=-0.0116893;RO=99;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198027;STB=0.588062;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0765771;OID=.;OPOS=1016655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:108:99:99:7:9:0.0833333:5:2:16:83:7:2:16:83 chr11 1016665 . C T 201.22 PASS AF=0.254237;AO=30;DP=119;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=72;FWDB=-0.0271845;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.082;QD=6.82113;RBI=0.0448429;REFB=-0.0238516;REVB=-0.0356635;RO=85;SAF=3;SAR=27;SRF=16;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226671;STB=0.633228;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0571896;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:85:88:30:30:0.254237:27:3:16:69:27:3:16:72 chr11 1016704 . C A 54.26 PASS AF=0.107143;AO=14;DP=130;FAO=15;FDP=140;FR=.;FRO=125;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=102;FWDB=0.0148335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3509;QD=1.55034;RBI=0.0460692;REFB=-0.00734079;REVB=-0.0436159;RO=116;SAF=3;SAR=11;SRF=22;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464278;STB=0.522906;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0679077;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:130:140:116:125:14:15:0.107143:11:3:22:94:12:3:23:102 chr11 1016713 . T C 66.87 PASS AF=0.116788;AO=14;DP=138;FAO=16;FDP=137;FR=.;FRO=121;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=98;FWDB=-0.0408131;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.268;QD=1.95236;RBI=0.0415753;REFB=-0.0107343;REVB=-0.00792456;RO=121;SAF=2;SAR=12;SRF=23;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995987;STB=0.503721;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0448403;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:138:137:121:121:14:16:0.116788:12:2:23:98:13:3:23:98 chr11 1016715 . T C 33.87 PASS AF=0.080292;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=102;FWDB=0.0399193;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1897;QD=0.988917;RBI=0.0413519;REFB=-0.00356715;REVB=-0.0107905;RO=124;SAF=2;SAR=9;SRF=24;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021509;STB=0.513134;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0820872;OID=.;OPOS=1016715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:137:137:124:126:11:11:0.080292:9:2:24:100:9:2:24:102 chr11 1016719 . T G 31.98 PASS AF=0.0735294;AO=9;DP=135;FAO=10;FDP=136;FR=.;FRO=126;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=101;FWDB=-0.0124132;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.13;QD=0.940555;RBI=0.0135679;REFB=-0.00830004;REVB=-0.00547723;RO=124;SAF=2;SAR=7;SRF=25;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330331;STB=0.5023;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0869017;OID=.;OPOS=1016719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:135:136:124:126:9:10:0.0735294:7:2:25:99:8:2:25:101 chr11 1016722 . T G 63.1 PASS AF=0.118519;AO=13;DP=132;FAO=16;FDP=135;FR=.;FRO=119;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=95;FWDB=0.000124131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.412;QD=1.86951;RBI=0.00641943;REFB=-0.00871078;REVB=-0.00641823;RO=118;SAF=3;SAR=10;SRF=23;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641656;STB=0.519974;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0432124;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:132:135:118:119:13:16:0.118519:10:3:23:95:13:3:24:95 chr11 1016724 . A G 132.28 PASS AF=0.179104;AO=25;DP=134;FAO=24;FDP=134;FR=.;FRO=110;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=86;FWDB=-0.0317584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.672;QD=3.94869;RBI=0.0321739;REFB=-0.0120349;REVB=-0.00515422;RO=106;SAF=4;SAR=21;SRF=21;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825913;STB=0.638379;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0255142;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:106:110:25:24:0.179104:21:4:21:85:21:3:24:86 chr11 1016776 . C G 474.5 PASS AF=0.41129;AO=49;DP=144;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0182164;FXX=0.156452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.854;QD=15.3064;RBI=0.0226108;REFB=-0.0298077;REVB=-0.0133944;RO=72;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128843;STB=0.571747;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0242875;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:124:72:73:49:51:0.41129:34:15:30:42:35:16:31:42 chr11 1016789 . T A 55.81 PASS AF=0.0986842;AO=15;DP=153;FAO=15;FDP=152;FR=.;FRO=137;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=76;FWDB=-0.0129302;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.287;QD=1.46856;RBI=0.013523;REFB=-0.0077755;REVB=-0.00396012;RO=137;SAF=4;SAR=11;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224073;STB=0.672383;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0685314;OID=.;OPOS=1016789;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:153:152:137:137:15:15:0.0986842:11:4:61:76:11:4:61:76 chr11 1016800 . G A 94.28 PASS AF=0.137931;AO=16;DP=145;FAO=20;FDP=145;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.00493331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.935;QD=2.60071;RBI=0.0484307;REFB=-0.0118399;REVB=-0.0481788;RO=125;SAF=4;SAR=12;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372572;STB=0.806237;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.106004;OID=.;OPOS=1016800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:145:145:125:125:16:20:0.137931:12:4:70:55:16:4:70:55 chr11 1016802 . T A 58.02 PASS AF=0.107143;AO=15;DP=140;FAO=15;FDP=140;FR=.;FRO=125;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=55;FWDB=-0.00913291;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4923;QD=1.65776;RBI=0.0359843;REFB=-0.00848402;REVB=-0.034806;RO=124;SAF=4;SAR=11;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353377;STB=0.754772;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.102645;OID=.;OPOS=1016802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:140:140:124:125:15:15:0.107143:11:4:70:54:11:4:70:55 chr11 1016809 . G T 57.66 PASS AF=0.1;AO=14;DP=147;FAO=15;FDP=150;FR=.;FRO=135;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=60;FWDB=-0.00288778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.24;QD=1.5376;RBI=0.027061;REFB=-0.00465876;REVB=-0.0269065;RO=131;SAF=4;SAR=10;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331506;STB=0.753357;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0498447;OID=.;OPOS=1016809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:147:150:131:135:14:15:0.1:10:4:75:56:11:4:75:60 chr11 1016810 . G T 92.44 PASS AF=0.13245;AO=20;DP=150;FAO=20;FDP=151;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.00471859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.28;QD=2.44867;RBI=0.0356869;REFB=-0.0108295;REVB=-0.0353736;RO=121;SAF=5;SAR=15;SRF=74;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438166;STB=0.771442;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0696117;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:150:151:121:131:20:20:0.13245:15:5:74:47:15:5:75:56 chr11 1016825 . G A 90.43 PASS AF=0.0989011;AO=27;DP=273;FAO=27;FDP=273;FR=.;FRO=246;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=85;FSRR=161;FWDB=0.00345511;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9679;QD=1.32497;RBI=0.0325315;REFB=-0.00324696;REVB=-0.0323475;RO=246;SAF=5;SAR=22;SRF=85;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237123;STB=0.683784;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.042949;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:273:273:246:246:27:27:0.0989011:22:5:85:161:22:5:85:161 chr11 1016834 . G A 454.58 PASS AF=0.238095;AO=70;DP=294;FAO=70;FDP=294;FR=.;FRO=224;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=164;FWDB=0.0434504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8017;QD=6.1848;RBI=0.0549755;REFB=-0.0162449;REVB=0.0336803;RO=201;SAF=34;SAR=36;SRF=57;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258914;STB=0.667672;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.072219;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:201:224:70:70:0.238095:36:34:57:144:36:34:60:164 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 900.35 PASS AF=0,0,0.440367;AO=19,13,92;DP=241;FAO=0,0,96;FDP=218;FR=.;FRO=122;FSAF=0,0,45;FSAR=0,0,51;FSRF=37;FSRR=85;FWDB=0.00557514,0.0112868,0.00280234;FXX=0.0954317;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=105.39,124.74,90.9085;QD=16.5201;RBI=0.00580513,0.0113286,0.00376537;REFB=-0.0223175,-0.021706,-0.0311669;REVB=0.00161784,-0.000971849,0.00251494;RO=93;SAF=3,5,44;SAR=16,8,48;SRF=33;SRR=60;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.318547,0.0391934,0.113823;STB=0.5,0.5,0.594041;STBP=1,1,0.02;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0309095;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:241:218:93:122:19,13,92:0,0,96:0,0,0.440367:16,8,48:3,5,44:33:60:0,0,51:0,0,45:37:85 chr11 1016887 . G A 49.46 PASS AF=0.0842105;AO=16;DP=190;FAO=16;FDP=190;FR=.;FRO=174;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=85;FSRR=89;FWDB=-0.0055132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.021;QD=1.04135;RBI=0.00554121;REFB=-0.00270419;REVB=-0.00055647;RO=172;SAF=3;SAR=13;SRF=84;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358545;STB=0.788589;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0237129;OID=.;OPOS=1016887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:190:190:172:174:16:16:0.0842105:13:3:84:88:13:3:85:89 chr11 1016889 . GG AA,GA 392.22 PASS AF=0.0635838,0.254335;AO=11,43;DP=171;FAO=11,44;FDP=173;FR=.;FRO=118;FSAF=5,19;FSAR=6,25;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=0.00413641,-0.0013539;FXX=0.0114279;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=139.972,161.82;QD=9.06854;RBI=0.00592162,0.0261243;REFB=-0.0109509,-0.0164856;REVB=-0.00423742,-0.0260892;RO=114;SAF=5,19;SAR=6,24;SRF=62;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102197,-0.124635;STB=0.5721,0.574196;STBP=0.668,0.245;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0237949,0.0362776;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:171:173:114:118:11,43:11,44:0.0635838,0.254335:6,24:5,19:62:52:6,25:5,19:63:55 chr11 1016894 . G A 222.32 PASS AF=0.232877;AO=33;DP=145;FAO=34;FDP=146;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.00537961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.388;QD=6.09089;RBI=0.00698615;REFB=-0.0150755;REVB=0.00445713;RO=112;SAF=28;SAR=5;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516125;STB=0.793632;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0880005;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:112:112:33:34:0.232877:5:28:52:60:6:28:52:60 chr11 1016906 . G T 64.08 PASS AF=0.123967;AO=14;DP=118;FAO=15;FDP=121;FR=.;FRO=106;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=34;FWDB=-0.0363944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.186;QD=2.11823;RBI=0.0431631;REFB=-0.00762786;REVB=-0.0232057;RO=104;SAF=2;SAR=12;SRF=72;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607479;STB=0.910537;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0457439;OID=.;OPOS=1016906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:118:121:104:106:14:15:0.123967:12:2:72:32:13:2:72:34 chr11 1016910 . G A 80.41 PASS AF=0.140496;AO=17;DP=121;FAO=17;FDP=121;FR=.;FRO=104;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=0.0210201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5228;QD=2.6581;RBI=0.0263477;REFB=-0.00687296;REVB=-0.0158857;RO=102;SAF=15;SAR=2;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458216;STB=0.820992;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0177969;OID=.;OPOS=1016910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:121:121:102:104:17:17:0.140496:2:15:58:44:2:15:60:44 chr11 1016912 . G A 73.94 PASS AF=0.133333;AO=16;DP=112;FAO=16;FDP=120;FR=.;FRO=104;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=31;FWDB=-0.0209946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.402;QD=2.4647;RBI=0.0423878;REFB=-0.0190026;REVB=-0.0368233;RO=96;SAF=2;SAR=14;SRF=72;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681589;STB=0.920637;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0625548;OID=.;OPOS=1016912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:112:120:96:104:16:16:0.133333:14:2:72:24:14:2:73:31 chr11 1016914 . G T 368.02 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=16;FWDB=0.0100446;FXX=0.0260847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0194;QD=13.1435;RBI=0.0226536;REFB=-0.0261193;REVB=0.0203049;RO=69;SAF=18;SAR=26;SRF=50;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330318;STB=0.706437;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0419281;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:69:68:44:44:0.392857:26:18:50:19:26:18:52:16 chr11 1016919 . C T 41.56 PASS AF=0.0948276;AO=10;DP=117;FAO=11;FDP=116;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=-0.0506689;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3594;QD=1.43304;RBI=0.0531314;REFB=-0.00492127;REVB=-0.0159878;RO=105;SAF=6;SAR=4;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223746;STB=0.552534;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0602283;OID=.;OPOS=1016919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:117:116:105:105:10:11:0.0948276:4:6:61:44:4:7:61:44 chr11 1016928 . C G 1176.82 PASS AF=0.872549;AO=88;DP=101;FAO=89;FDP=102;FR=.;FRO=13;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0343916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.235;QD=46.1499;RBI=0.0432286;REFB=-0.059979;REVB=0.0261903;RO=13;SAF=52;SAR=36;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322382;STB=0.516009;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0072663;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:101:102:13:13:88:89:0.872549:36:52:6:7:37:52:6:7 chr11 1016933 . C T 220.87 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0210873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.823;QD=8.18019;RBI=0.0378507;REFB=-0.0220236;REVB=-0.0314324;RO=75;SAF=13;SAR=18;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183076;STB=0.607392;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0580386;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:77:31:31:0.287037:18:13:43:32:18:13:44:33 chr11 1016934 . G A 37.1 PASS AF=0.0980392;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.018491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.477;QD=1.45492;RBI=0.0210317;REFB=-0.00647829;REVB=0.0100207;RO=91;SAF=7;SAR=3;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230718;STB=0.682896;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0633862;OID=.;OPOS=1016934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:102:102:91:92:10:10:0.0980392:3:7:46:45:3:7:46:46 chr11 1016957 . T G 56.92 PASS AF=0.148649;AO=10;DP=76;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0304448;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.689;QD=3.07685;RBI=0.0326312;REFB=-0.00850124;REVB=-0.0117436;RO=60;SAF=1;SAR=9;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502907;STB=0.871322;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0366722;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:76:74:60:63:10:11:0.148649:9:1:28:32:10:1:29:34 chr11 1016959 . T C 36.48 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00247449;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.332;QD=1.99879;RBI=0.00249815;REFB=-0.000471128;REVB=-0.000343015;RO=65;SAF=1;SAR=7;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430898;STB=0.836909;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00251362;OID=.;OPOS=1016959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:74:73:65:65:8:8:0.109589:7:1:30:35:7:1:30:35 chr11 1016960 . G T 91.85 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0473796;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5018;QD=5.10252;RBI=0.0491745;REFB=0.0033474;REVB=0.0131647;RO=58;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191491;STB=0.628722;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0260929;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:74:72:58:57:15:15:0.208333:7:8:22:36:7:8:21:36 chr11 1017023 . G A 89.5 PASS AF=0.140741;AO=19;DP=135;FAO=19;FDP=135;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=97;FWDB=0.00556242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.504;QD=2.65197;RBI=0.0153228;REFB=-0.0130338;REVB=-0.0142775;RO=116;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187924;STB=0.622787;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0571869;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:135:135:116:116:19:19:0.140741:14:5:19:97:14:5:19:97 chr11 1017029 . T G 705.41 PASS AF=0.479452;AO=70;DP=147;FAO=70;FDP=146;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=61;FSRF=16;FSRR=60;FWDB=-0.0303099;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.051;QD=19.3262;RBI=0.0492573;REFB=-0.0248383;REVB=-0.0388277;RO=76;SAF=9;SAR=61;SRF=16;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149171;STB=0.583371;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0279787;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:76:76:70:70:0.479452:61:9:16:60:61:9:16:60 chr11 1017036 . G A 121.32 PASS AF=0.159236;AO=24;DP=157;FAO=25;FDP=157;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=111;FWDB=0.0279816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.063;QD=3.09102;RBI=0.0296791;REFB=-0.0146418;REVB=-0.00989363;RO=130;SAF=6;SAR=18;SRF=21;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172921;STB=0.603177;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0656797;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:130:132:24:25:0.159236:18:6:21:109:19:6:21:111 chr11 1017041 . GT TG 142.12 PASS AF=0.169811;AO=27;DP=160;FAO=27;FDP=159;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=113;FWDB=-0.0220404;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.961;QD=3.57541;RBI=0.048206;REFB=-0.00701951;REVB=-0.0428723;RO=131;SAF=7;SAR=20;SRF=19;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22551;STB=0.641542;STBP=0.259;TYPE=mnp;VARB=0.0607963;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:131:132:27:27:0.169811:20:7:19:112:20:7:19:113 chr11 1017045 . G T 177.21 PASS AF=0.194969;AO=30;DP=157;FAO=31;FDP=159;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=109;FWDB=-0.00832899;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.937;QD=4.45813;RBI=0.0473911;REFB=-0.00903573;REVB=-0.0466535;RO=125;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307595;STB=0.680895;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0313766;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:125:128:30:31:0.194969:20:10:19:106:21:10:19:109 chr11 1017069 . G A 194.95 PASS AF=0.194444;AO=35;DP=181;FAO=35;FDP=180;FR=.;FRO=145;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=118;FWDB=-0.0189082;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2084;QD=4.33219;RBI=0.0194424;REFB=-0.0122208;REVB=-0.00452604;RO=144;SAF=10;SAR=25;SRF=26;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186288;STB=0.607165;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.043531;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:144:145:35:35:0.194444:25:10:26:118:25:10:27:118 chr11 1017084 . G A 228.16 PASS AF=0.2;AO=38;DP=189;FAO=39;FDP=195;FR=.;FRO=156;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=113;FWDB=-0.00227005;FXX=0.00510178;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.269;QD=4.68031;RBI=0.0206273;REFB=-0.0159739;REVB=-0.020502;RO=150;SAF=2;SAR=36;SRF=43;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523746;STB=0.847084;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0560347;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:195:150:156:38:39:0.2:36:2:43:107:37:2:43:113 chr11 1017088 . A C 31.66 PASS AF=0.0656566;AO=13;DP=195;FAO=13;FDP=198;FR=.;FRO=185;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=142;FWDB=-0.0434772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.5;QD=0.639694;RBI=0.0578635;REFB=-0.000279161;REVB=-0.0381826;RO=180;SAF=3;SAR=10;SRF=43;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120781;STB=0.50218;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325807;OID=.;OPOS=1017088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:195:198:180:185:13:13:0.0656566:10:3:43:137:10:3:43:142 chr11 1017110 . C T 376.76 PASS AF=0.296482;AO=46;DP=209;FAO=59;FDP=199;FR=.,HEALED;FRO=140;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=109;FWDB=0.000286638;FXX=0.0432672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.073;QD=7.57302;RBI=0.00160848;REFB=-0.0173917;REVB=-0.00158273;RO=139;SAF=23;SAR=23;SRF=31;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357008;STB=0.631709;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0529077;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:199:139:140:46:59:0.296482:23:23:31:108:36:23:31:109 chr11 1017112 . GT AC,CC,GC 658.8 PASS AF=0.0494505,0.214286,0.181319;AO=10,42,53;DP=204;FAO=9,39,33;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=5,20,10;FSAR=4,19,23;FSRF=16;FSRR=85;FWDB=0.00980368,0.0044688,0.0401915;FXX=0.107838;HRUN=2,2,1;LEN=2,2,1;MLLD=120.237,110.23,86.953;QD=14.4791;RBI=0.0191834,0.0194408,0.0415665;REFB=-0.0140772,-0.0237456,-0.0235062;REVB=0.0164891,0.0189202,0.0106027;RO=90;SAF=5,22,10;SAR=5,20,43;SRF=16;SRR=74;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.427886,0.409153,0.0200056;STB=0.840771,0.752435,0.643552;STBP=0.168,0.003,0.148;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0197138,0.0378761,0.0318277;OID=.,.,.;OPOS=1017112,1017112,1017113;OREF=GT,GT,T;OALT=AC,CC,C;OMAPALT=AC,CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:204:182:90:101:10,42,53:9,39,33:0.0494505,0.214286,0.181319:5,20,43:5,22,10:16:74:4,19,23:5,20,10:16:85 chr11 1017135 . G A 75.04 PASS AF=0.0938776;AO=23;DP=245;FAO=23;FDP=245;FR=.;FRO=222;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=168;FWDB=0.0167317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.009;QD=1.22518;RBI=0.0302937;REFB=-0.00213521;REVB=-0.0252538;RO=222;SAF=9;SAR=14;SRF=54;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207741;STB=0.649889;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0580017;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:245:245:222:222:23:23:0.0938776:14:9:54:168:14:9:54:168 chr11 1017154 . T G 124.92 PASS AF=0.128205;AO=29;DP=235;FAO=30;FDP=234;FR=.;FRO=204;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=154;FWDB=-0.038614;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.329;QD=2.13542;RBI=0.0495941;REFB=-0.0067695;REVB=-0.0311213;RO=201;SAF=9;SAR=20;SRF=50;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968146;STB=0.559664;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0593831;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:201:204:29:30:0.128205:20:9:50:151:21:9:50:154 chr11 1017158 . G T 91.74 PASS AF=0.10917;AO=25;DP=228;FAO=25;FDP=229;FR=.;FRO=204;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=153;FWDB=-0.00678549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6382;QD=1.60249;RBI=0.0215926;REFB=-0.00533906;REVB=0.0204988;RO=203;SAF=8;SAR=17;SRF=51;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104705;STB=0.575484;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0483389;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:228:229:203:204:25:25:0.10917:17:8:51:152:17:8:51:153 chr11 1017161 . C T 34.94 PASS AF=0.0652174;AO=15;DP=231;FAO=15;FDP=230;FR=.;FRO=215;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=162;FWDB=-0.0127083;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.168;QD=0.607693;RBI=0.0465632;REFB=-0.003268;REVB=-0.0447954;RO=204;SAF=6;SAR=9;SRF=52;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184477;STB=0.658781;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0690771;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:231:230:204:215:15:15:0.0652174:9:6:52:152:9:6:53:162 chr11 1017173 . G A 839.66 PASS AF=0.422727;AO=93;DP=220;FAO=93;FDP=220;FR=.;FRO=127;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=23;FSRR=104;FWDB=0.0146478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.923;QD=15.2665;RBI=0.0146942;REFB=-0.0234948;REVB=-0.00116701;RO=125;SAF=30;SAR=63;SRF=23;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17607;STB=0.600053;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0372259;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:125:127:93:93:0.422727:63:30:23:102:63:30:23:104 chr11 1017183 . G T 157.97 PASS AF=0.156098;AO=32;DP=205;FAO=32;FDP=205;FR=.;FRO=173;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=128;FWDB=0.0126559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3113;QD=3.08224;RBI=0.0300193;REFB=-0.00546616;REVB=-0.0272211;RO=173;SAF=6;SAR=26;SRF=45;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132815;STB=0.589272;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0200171;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:173:173:32:32:0.156098:26:6:45:128:26:6:45:128 chr11 1017186 . A G 41.5 PASS AF=0.0746269;AO=15;DP=200;FAO=15;FDP=201;FR=.;FRO=186;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=137;FWDB=-0.0657599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6174;QD=0.825923;RBI=0.0919281;REFB=-0.0176771;REVB=-0.0642372;RO=183;SAF=4;SAR=11;SRF=49;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00155825;STB=0.503825;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0746576;OID=.;OPOS=1017186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:200:201:183:186:15:15:0.0746269:11:4:49:134:11:4:49:137 chr11 1017220 . T C 937.79 PASS AF=0.614286;AO=83;DP=140;FAO=86;FDP=140;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=47;FWDB=0.0176884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.032;QD=26.7941;RBI=0.0192971;REFB=-0.0447055;REVB=-0.00771341;RO=55;SAF=30;SAR=53;SRF=7;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198887;STB=0.602035;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0498267;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:55:54:83:86:0.614286:53:30:7:48:55:31:7:47 chr11 1017231 . A G 807.82 PASS AF=0.598425;AO=67;DP=118;FAO=76;FDP=127;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=44;FWDB=0.0204915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.267;QD=25.443;RBI=0.0227605;REFB=-0.0367034;REVB=0.00990655;RO=51;SAF=32;SAR=35;SRF=7;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27588;STB=0.62133;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0358946;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:127:51:51:67:76:0.598425:35:32:7:44:44:32:7:44 chr11 1017239 . CG TA,TG 666.89 PASS AF=0.526316,0.0614035;AO=59,7;DP=116;FAO=60,7;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=21,1;FSAR=39,6;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=0.0512775,0.0306181;FXX=0.0172399;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=162.021,60.805;QD=23.3996;RBI=0.0515864,0.0365086;REFB=-0.0196131,-0.0228037;REVB=0.00563605,-0.0198849;RO=45;SAF=21,1;SAR=38,6;SRF=6;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.206321,0.0239403;STB=0.591521,0.545317;STBP=0.049,0.922;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00984261,0.140026;OID=.,.;OPOS=1017239,1017239;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:45:47:59,7:60,7:0.526316,0.0614035:38,6:21,1:6:39:39,6:21,1:8:39 chr11 1017277 . A G 55.62 PASS AF=0.111111;AO=15;DP=125;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=88;FWDB=-0.031704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.225;QD=1.76573;RBI=0.0459393;REFB=-0.00464028;REVB=-0.0332457;RO=108;SAF=2;SAR=13;SRF=24;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181207;STB=0.609199;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0356315;OID=.;OPOS=1017277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:125:126:108:112:15:14:0.111111:13:2:24:84:12:2:24:88 chr11 1017302 . G C 157.15 PASS AF=0.195804;AO=28;DP=144;FAO=28;FDP=143;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=94;FWDB=0.0167193;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2194;QD=4.39571;RBI=0.0354834;REFB=-0.0261839;REVB=0.0312975;RO=113;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28625;STB=0.667364;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0679058;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:113:115:28:28:0.195804:18:10:20:93:18:10:21:94 chr11 1017307 . G A 72.53 PASS AF=0.124088;AO=14;DP=137;FAO=17;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=90;FWDB=-0.00329213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.599;QD=2.11767;RBI=0.092598;REFB=-0.0208556;REVB=-0.0925395;RO=84;SAF=1;SAR=13;SRF=29;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475462;STB=0.823405;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.15907;OID=.;OPOS=1017307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:137:137:84:120:14:17:0.124088:13:1:29:55:16:1:30:90 chr11 1017314 . TGGGGT TGGG,TGGGT,TGGTGT 881.92 PASS AF=0,0.488189,0.346457;AO=23,19,41;DP=122;FAO=0,62,44;FDP=127;FR=.;FRO=21;FSAF=0,2,11;FSAR=0,60,33;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0585039,0.0926001,0.01235;FXX=0.0230751;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=16.8883,10.7072,154.374;QD=27.777;RBI=0.210592,0.104539,0.0414277;REFB=-0.0262464,-0.0389438,-0.032753;REVB=-0.202302,-0.0485142,-0.0395441;RO=21;SAF=0,0,11;SAR=23,19,30;SRF=17;SRR=4;SSEN=0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.870269,-0.863634,-0.351644;STB=0.5,0.898869,0.694122;STBP=1,0,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0227113,0.0747608;OID=.,.,.;OPOS=1017318,1017315,1017317;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.488189,0.346457:23,19,41:122:0,62,44:127:21:0,2,11:0,60,33:17:4:99:21:0,0,11:23,19,30:17:4 chr11 1017325 . A C 198.43 PASS AF=0.213333;AO=31;DP=149;FAO=32;FDP=150;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=100;FWDB=0.00779779;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7879;QD=5.29151;RBI=0.0192563;REFB=-0.0214636;REVB=-0.0176068;RO=113;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348826;STB=0.705786;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0851475;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:113:118:31:32:0.213333:19:12:18:95:20:12:18:100 chr11 1017337 . TC CA 219.66 PASS AF=0.215569;AO=35;DP=170;FAO=36;FDP=167;FR=.;FRO=131;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=106;FWDB=0.00442524;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.803;QD=5.26123;RBI=0.0304418;REFB=-0.0108929;REVB=-0.0301184;RO=130;SAF=8;SAR=27;SRF=25;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691487;STB=0.565924;STBP=0.479;TYPE=mnp;VARB=0.0561005;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:167:130:131:35:36:0.215569:27:8:25:105:27:9:25:106 chr11 1017363 . C G 57.17 PASS AF=0.097561;AO=16;DP=157;FAO=16;FDP=164;FR=.;FRO=148;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=112;FWDB=-0.0351638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.339;QD=1.3945;RBI=0.0610571;REFB=-0.00263076;REVB=-0.0499147;RO=141;SAF=2;SAR=14;SRF=33;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210865;STB=0.678306;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0379249;OID=.;OPOS=1017363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:157:164:141:148:16:16:0.097561:14:2:33:108:14:2:36:112 chr11 1017381 . G C 120.76 PASS AF=0.188034;AO=21;DP=118;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=64;FWDB=0.0113247;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3471;QD=4.12845;RBI=0.016515;REFB=-0.00520385;REVB=0.0120207;RO=96;SAF=4;SAR=17;SRF=31;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218167;STB=0.657459;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0444371;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:96:95:21:22:0.188034:17:4:31:65:18:4:31:64 chr11 1017384 . G C 185.01 PASS AF=0.247788;AO=27;DP=113;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.00341277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.102;QD=6.54887;RBI=0.00787569;REFB=-0.0129402;REVB=0.00709785;RO=84;SAF=6;SAR=21;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173511;STB=0.621876;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0279024;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:84:85:27:28:0.247788:21:6:28:56:22:6:29:56 chr11 1017440 . C T 132.55 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=114;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=70;FWDB=-0.0171746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.283;QD=4.53169;RBI=0.0437257;REFB=-0.0113346;REVB=-0.0402115;RO=90;SAF=5;SAR=18;SRF=23;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669704;STB=0.542581;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0578882;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:90:94:23:23:0.196581:18:5:23:67:18:5:24:70 chr11 1017443 . C G 55.5 PASS AF=0.12;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=69;FWDB=-0.0291507;FXX=0.0825612;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1219;QD=2.22003;RBI=0.0483291;REFB=-0.0101754;REVB=-0.0385478;RO=87;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281193;STB=0.693173;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0650053;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:107:100:87:88:12:12:0.12:7:5:19:68:7:5:19:69 chr11 1017566 . G A 45.02 PASS AF=0.0810811;AO=15;DP=184;FAO=15;FDP=185;FR=.;FRO=170;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=142;FWDB=-0.00573278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3289;QD=0.97334;RBI=0.032289;REFB=0.000196233;REVB=0.031776;RO=169;SAF=3;SAR=12;SRF=27;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794952;STB=0.55389;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0019398;OID=.;OPOS=1017566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:184:185:169:170:15:15:0.0810811:12:3:27:142:12:3:28:142 chr11 1017575 . C T 58.34 PASS AF=0.0987654;AO=16;DP=162;FAO=16;FDP=162;FR=.;FRO=146;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=116;FWDB=-0.00861751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.891;QD=1.44038;RBI=0.0224568;REFB=-0.00199159;REVB=-0.0207376;RO=145;SAF=1;SAR=15;SRF=29;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326119;STB=0.779731;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0154307;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:162:162:145:146:16:16:0.0987654:15:1:29:116:15:1:30:116 chr11 1017691 . C G 167.53 PASS AF=0.24;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=-0.0635814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.752;QD=6.70122;RBI=0.0755877;REFB=-0.0220531;REVB=-0.0408768;RO=64;SAF=3;SAR=21;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396383;STB=0.721152;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0733685;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:100:64:76:24:24:0.24:21:3:23:41:21:3:24:52 chr11 1017744 . T C 167.49 PASS AF=0.1875;AO=30;DP=158;FAO=30;FDP=160;FR=.;FRO=130;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=86;FWDB=0.0137421;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.637;QD=4.18717;RBI=0.0138153;REFB=-0.00884881;REVB=0.00141974;RO=128;SAF=8;SAR=22;SRF=44;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116074;STB=0.569672;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0267128;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:128:130:30:30:0.1875:22:8:44:84:22:8:44:86 chr11 1017746 . T G 536.64 PASS AF=0.391304;AO=62;DP=163;FAO=63;FDP=161;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=66;FWDB=0.0157703;FXX=0.0122692;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.7714;QD=13.3326;RBI=0.0199682;REFB=-0.0193429;REVB=-0.0122485;RO=95;SAF=23;SAR=39;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397282;STB=0.535703;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0298378;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:95:98:62:63:0.391304:39:23:32:63:39:24:32:66 chr11 1017767 . G C 156.09 PASS AF=0.169492;AO=30;DP=177;FAO=30;FDP=177;FR=.;FRO=147;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=86;FWDB=-0.000481411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.808;QD=3.5274;RBI=0.0116832;REFB=-0.00508882;REVB=-0.0116733;RO=147;SAF=16;SAR=14;SRF=61;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151341;STB=0.597398;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0403539;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:147:147:30:30:0.169492:14:16:61:86:14:16:61:86 chr11 1017773 . G A 210.09 PASS AF=0.198925;AO=34;DP=184;FAO=37;FDP=186;FR=.;FRO=149;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=83;FWDB=0.0136137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7919;QD=4.51802;RBI=0.018272;REFB=-0.0139732;REVB=0.0121874;RO=143;SAF=13;SAR=21;SRF=63;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769488;STB=0.576775;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0556166;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:143:149:34:37:0.198925:21:13:63:80:24:13:66:83 chr11 1017783 . A G 870.57 PASS AF=0.465969;AO=87;DP=187;FAO=89;FDP=191;FR=.;FRO=102;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.00723209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.073;QD=18.2319;RBI=0.0485902;REFB=-0.00702659;REVB=-0.048049;RO=96;SAF=43;SAR=44;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737976;STB=0.543523;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00827501;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:191:96:102:87:89:0.465969:44:43:40:56:46:43:41:61 chr11 1017789 . A C 98.1 PASS AF=0.117647;AO=24;DP=203;FAO=24;FDP=204;FR=.;FRO=180;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=80;FSRR=100;FWDB=-0.013294;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.488;QD=1.92358;RBI=0.0292479;REFB=-0.00169522;REVB=-0.026052;RO=176;SAF=10;SAR=14;SRF=79;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407796;STB=0.524979;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0202321;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:203:204:176:180:24:24:0.117647:14:10:79:97:14:10:80:100 chr11 1017793 . T G 143.81 PASS AF=0.147059;AO=31;DP=201;FAO=30;FDP=204;FR=.;FRO=174;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=84;FSRR=90;FWDB=0.0237745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7196;QD=2.81972;RBI=0.0265691;REFB=0.00523358;REVB=-0.0118613;RO=170;SAF=6;SAR=25;SRF=83;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399802;STB=0.75931;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0352911;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:170:174:31:30:0.147059:25:6:83:87:24:6:84:90 chr11 1017797 . C G 136.69 PASS AF=0.145729;AO=26;DP=197;FAO=29;FDP=199;FR=.;FRO=170;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=83;FSRR=87;FWDB=-0.0119926;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.21;QD=2.74748;RBI=0.0173592;REFB=-0.00603607;REVB=-0.0125507;RO=170;SAF=7;SAR=19;SRF=83;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284791;STB=0.721678;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0445969;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:170:170:26:29:0.145729:19:7:83:87:22:7:83:87 chr11 1017833 . C T 116.04 PASS AF=0.138298;AO=23;DP=186;FAO=26;FDP=188;FR=.;FRO=162;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=105;FWDB=-0.0128361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.041;QD=2.469;RBI=0.0481977;REFB=-0.00845247;REVB=-0.046457;RO=157;SAF=13;SAR=10;SRF=57;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251724;STB=0.627568;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0567896;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:157:162:23:26:0.138298:10:13:57:100:13:13:57:105 chr11 1017834 . G A 49.9 PASS AF=0.0851064;AO=14;DP=186;FAO=16;FDP=188;FR=.;FRO=172;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=107;FWDB=-0.0243103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.602;QD=1.06164;RBI=0.038038;REFB=-0.0106777;REVB=0.0292557;RO=172;SAF=5;SAR=9;SRF=65;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247568;STB=0.566091;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0739103;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:186:188:172:172:14:16:0.0851064:9:5:65:107:11:5:65:107 chr11 1017844 . TC CG,TG 492.17 PASS AF=0.0650888,0.307692;AO=9,51;DP=168;FAO=11,52;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=5,10;FSAR=6,42;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0283637,-0.0951901;FXX=0.0174408;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=129.969,146.564;QD=11.6489;RBI=0.0283937,0.0955693;REFB=-0.022461,-0.0331872;REVB=-0.00130392,-0.00850493;RO=96;SAF=3,10;SAR=6,41;SRF=42;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122078,-0.329619;STB=0.527509,0.691535;STBP=0.891,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0509479,0.0421019;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:168:169:96:106:9,51:11,52:0.0650888,0.307692:6,41:3,10:42:54:6,42:5,10:45:61 chr11 1017858 . A G 425.14 PASS AF=0.323529;AO=55;DP=171;FAO=55;FDP=170;FR=.;FRO=115;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=72;FWDB=-0.0322366;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9889;QD=10.0032;RBI=0.066502;REFB=-0.0299943;REVB=-0.0581663;RO=113;SAF=15;SAR=40;SRF=43;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14527;STB=0.579969;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0479583;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:113:115:55:55:0.323529:40:15:43:70:40:15:43:72 chr11 1017883 . C A 200.96 PASS AF=0.206061;AO=33;DP=165;FAO=34;FDP=165;FR=.;FRO=131;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=-0.0411005;FXX=0.02941;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4654;QD=4.87175;RBI=0.042046;REFB=-0.0208681;REVB=-0.00886661;RO=126;SAF=8;SAR=25;SRF=50;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225204;STB=0.637814;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0483441;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:126:131:33:34:0.206061:25:8:50:76:26:8:50:81 chr11 1017892 . CAT CGT,TGC 52.87 PASS AF=0.0657895,0.0394737;AO=10,6;DP=162;FAO=10,6;FDP=152;FR=.;FRO=136;FSAF=1,2;FSAR=9,4;FSRF=46;FSRR=90;FWDB=0.008136,0.00280342;FXX=0.0731663;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=124.035,174.718;QD=1.39141;RBI=0.0622779,0.0614237;REFB=-0.00768896,-0.00387045;REVB=-0.0617442,-0.0613596;RO=129;SAF=1,2;SAR=9,4;SRF=44;SRR=85;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.333263,-0.00765657;STB=0.809589,0.505246;STBP=0.078,0.966;TYPE=snp,mnp;VARB=0.118197,0.0595754;OID=.,.;OPOS=1017893,1017892;OREF=A,CAT;OALT=G,TGC;OMAPALT=CGT,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:162:152:129:136:10,6:10,6:0.0657895,0.0394737:9,4:1,2:44:85:9,4:1,2:46:90 chr11 1017921 . C T 69.8 PASS AF=0.122137;AO=16;DP=136;FAO=16;FDP=131;FR=.;FRO=115;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=77;FWDB=-0.0702809;FXX=0.0642811;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4691;QD=2.13121;RBI=0.0706316;REFB=-0.013219;REVB=-0.00702979;RO=106;SAF=3;SAR=13;SRF=32;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187718;STB=0.663531;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0783911;OID=.;OPOS=1017921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:136:131:106:115:16:16:0.122137:13:3:32:74:13:3:38:77 chr11 1017935 . A G 146.61 PASS AF=0.214286;AO=24;DP=119;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=60;FWDB=-0.0494685;FXX=0.0588186;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.932;QD=5.2359;RBI=0.0546297;REFB=0.00201498;REVB=-0.0231791;RO=87;SAF=6;SAR=18;SRF=27;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944732;STB=0.566608;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00988556;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:112:87:88:24:24:0.214286:18:6:27:60:18:6:28:60 chr11 1017941 . G T 52.51 PASS AF=0.113208;AO=11;DP=105;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=66;FWDB=0.00268236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3218;QD=1.98135;RBI=0.0280526;REFB=-0.00522854;REVB=0.027924;RO=94;SAF=6;SAR=5;SRF=28;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300184;STB=0.678985;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0480468;OID=.;OPOS=1017941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:105:106:94:94:11:12:0.113208:5:6:28:66:6:6:28:66 chr11 1017945 . A G 36.38 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=57;FWDB=-0.0522058;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9852;QD=1.56466;RBI=0.10499;REFB=-0.00263968;REVB=-0.0910907;RO=82;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105594;STB=0.512168;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00272117;OID=.;OPOS=1017945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:93:82:84:9:9:0.0967742:6:3:28:54:6:3:27:57 chr11 1017963 . G A 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0206462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.001;QD=3.51302;RBI=0.0433756;REFB=-0.00767043;REVB=-0.0381468;RO=53;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546719;STB=0.858146;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0362855;OID=.;OPOS=1017963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:2:8:17:36:2:8:17:36 chr11 1017968 . T A 78.42 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00346599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.209;QD=5.40796;RBI=0.00663895;REFB=-0.0107938;REVB=0.00566238;RO=45;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421069;STB=0.760828;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.04549;OID=.;OPOS=1017968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:58:58:45:45:13:13:0.224138:4:9:15:30:4:9:15:30 chr11 1017981 . T A 86.12 PASS AF=0.285714;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00295623;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.902;QD=8.20186;RBI=0.0471913;REFB=-0.0130894;REVB=-0.0470987;RO=30;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471879;STB=0.804547;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0800318;OID=.;OPOS=1017981;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:41:42:30:30:11:12:0.285714:2:9:13:17:2:10:13:17 chr11 1017988 . G T 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.000514821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.235;QD=6.54487;RBI=0.016898;REFB=-0.0182764;REVB=0.0168901;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468511;STB=0.785153;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0504549;OID=.;OPOS=1017988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:5:3:19:5:5:3:19:5 chr11 1018024 . CC CA,GA 62.98 PASS AF=0.142857,0.0952381;AO=5,4;DP=40;FAO=6,4;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4,2;FSAR=2,2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0580315,-0.0328322;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=129.512,167.636;QD=5.9982;RBI=0.0734752,0.070379;REFB=-0.00141639,-0.00197969;REVB=-0.0450661,-0.0622516;RO=30;SAF=3,2;SAR=2,2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0785639,-0.0372187;STB=0.642375,0.5;STBP=0.49,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0619077,0.0531219;OID=.,.;OPOS=1018025,1018024;OREF=C,CC;OALT=A,GA;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:40:42:30:32:5,4:6,4:0.142857,0.0952381:2,2:3,2:16:14:2,2:4,2:16:16 chr11 1018031 . G A 65.15 PASS AF=0.216216;AO=6;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0112215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.496;QD=7.04351;RBI=0.049023;REFB=-0.00836175;REVB=-0.0477214;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356515;STB=0.666223;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0377706;OID=.;OPOS=1018031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:27:6:8:0.216216:1:5:16:12:2:6:15:12 chr11 1018116 . T G 49.99 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0619619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0208;QD=6.66562;RBI=0.080127;REFB=-0.0115254;REVB=-0.0508041;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275267;STB=0.697035;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0333577;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:30:30:21:22:6:6:0.2:4:2:12:9:4:2:13:9 chr11 1018262 . GT CA,CG 43.56 PASS AF=0.176471,0.117647;AO=3,2;DP=17;FAO=3,2;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2,1;FSAR=1,1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00269939,-0.0169484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=101.039,168.601;QD=10.2504;RBI=0.0208207,0.033702;REFB=-0.0100105,-0.0224778;REVB=0.020645,0.0291303;RO=10;SAF=2,1;SAR=1,1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0766313,-0.103256;STB=0.555176,0.582527;STBP=0.929,0.875;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0447952,0.0719687;OID=.,.;OPOS=1018262,1018262;OREF=GT,GT;OALT=CA,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:17:17:10:10:3,2:3,2:0.176471,0.117647:1,1:2,1:6:4:1,1:2,1:6:4 chr11 1018295 . T C 118.23 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00125187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9674;QD=12.7819;RBI=0.0132182;REFB=-0.0273162;REVB=-0.0131588;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024428;STB=0.513494;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.018588;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:23:14:14:0.378378:7:7:10:11:7:7:11:12 chr11 1018314 . G A 33.01 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0623299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4464;QD=3.07056;RBI=0.0687378;REFB=-0.000203406;REVB=-0.0289805;RO=36;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349819;STB=0.752869;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00672218;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:36:37:6:6:0.139535:2:4:13:23:2:4:13:24 chr11 1018355 . A G 58.96 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.189966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.034;QD=5.35977;RBI=0.200969;REFB=-0.00778014;REVB=-0.0655855;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298522;STB=0.680515;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0517894;OID=.;OPOS=1018355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:43:44:32:35:9:9:0.204545:5:4:7:25:5:4:8:27 chr11 1018366 . C T 59.11 PASS AF=0.2;AO=8;DP=44;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0321944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.192;QD=5.25394;RBI=0.0423776;REFB=-0.00612762;REVB=-0.0275569;RO=36;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175813;STB=0.578785;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0476255;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:45:36:36:8:9:0.2:5:3:9:27:6:3:9:27 chr11 1018374 . T A 45.74 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0381226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9867;QD=3.32636;RBI=0.0386515;REFB=-0.00531163;REVB=-0.00637189;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159996;STB=0.615127;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0356556;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:46:47:8:8:0.145455:5:3:12:34:5:3:12:35 chr11 1018385 . T A 70.59 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.0237206;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.931;QD=4.41161;RBI=0.0237206;REFB=-0.00230081;REVB=-2.49341e-05;RO=49;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100079;STB=0.560879;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00921077;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:65:64:49:52:12:12:0.1875:8:4:13:36:8:4:14:38 chr11 1018456 . G A 58.71 PASS AF=0.157143;AO=10;DP=69;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.012624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.722;QD=3.35467;RBI=0.0128145;REFB=-0.0127477;REVB=0.00220132;RO=59;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167583;STB=0.533271;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0537793;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:69:70:59:59:10:11:0.157143:8:2:18:41:8:3:18:41 chr11 1018473 . A T 39.9 PASS AF=0.129032;AO=9;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0249395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5521;QD=2.57388;RBI=0.0315407;REFB=-0.00685075;REVB=-0.0193091;RO=47;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882946;STB=0.53117;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0382862;OID=.;OPOS=1018473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:62:62:47:54:9:8:0.129032:7:2:13:34:6:2:15:39 chr11 1018483 . C G 135.41 PASS AF=0.316667;AO=20;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0627414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0758;QD=9.02702;RBI=0.143531;REFB=-0.0662847;REVB=-0.129092;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56028e-08;STB=0.517224;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0866512;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:41:20:19:0.316667:15:5:9:27:14:5:10:31 chr11 1018496 . G T 265.36 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0248458;FXX=0.036357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.496;QD=20.0274;RBI=0.0467883;REFB=-0.0357129;REVB=-0.0396463;RO=17;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484378;STB=0.722609;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0463836;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:17:18:0.339623:15:2:9:8:15:3:9:8 chr11 1018523 . A G 85.6 PASS AF=0.215385;AO=15;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.0076562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5282;QD=5.26744;RBI=0.031194;REFB=-0.0117485;REVB=-0.0302399;RO=47;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614602;STB=0.501626;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.043146;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:65:47:51:15:14:0.215385:12:3:11:36:11:3:11:40 chr11 1019375 . C T 521.38 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00620349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.147;QD=20.855;RBI=0.00914463;REFB=-0.0184781;REVB=0.00671871;RO=50;SAF=18;SAR=32;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386933;STB=0.521432;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0201684;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:32:18:20:30:32:18:20:30 chr11 1075747 . T C 569.87 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00618816;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.647;QD=24.5106;RBI=0.0072113;REFB=-0.0157962;REVB=-0.00370264;RO=44;SAF=29;SAR=23;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281783;STB=0.523379;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00981023;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:44:41:52:52:0.55914:23:29:26:18:23:29:25:16 chr11 1080576 . G A 336.61 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0233662;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.361;QD=27.4783;RBI=0.0242981;REFB=-0.0140059;REVB=-0.00666486;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138096;STB=0.576218;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0153937;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:20:29:29:0.591837:12:17:8:12:12:17:8:12 chr11 1081074 . T C 148.91 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0255461;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.174;QD=16.5453;RBI=0.036673;REFB=-0.00919305;REVB=-0.0263117;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.599867;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0165775;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:20:20:16:16:0.444444:4:12:12:8:4:12:12:8 chr11 1081112 . G C 141.61 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0130379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1506;QD=14.5244;RBI=0.0174979;REFB=-0.03395;REVB=-0.01167;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635182;STB=0.536866;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0449886;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:13:10:6:10:13:10 chr11 1081151 . T C 36.5 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.125028;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7262;QD=5.84079;RBI=0.134805;REFB=-0.000718274;REVB=-0.0504024;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.610731;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00600248;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:18:19:6:6:0.24:4:2:8:10:4:2:9:10 chr11 1081757 . G C 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00392527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.144;QD=15.1952;RBI=0.0289881;REFB=-0.021;REVB=0.0287211;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.023362;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:8:10:8:6:8:10 chr11 1083293 . T C 370.44 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0499198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.313;QD=29.0544;RBI=0.0510859;REFB=0.0142933;REVB=0.0108528;RO=17;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181682;STB=0.509912;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0017301;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:19:15:8:9:19:15:8:9 chr11 1084821 . T C 602.88 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00109583;FXX=0.0390594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.675;QD=19.6059;RBI=0.0123962;REFB=-0.0186265;REVB=0.0123477;RO=54;SAF=36;SAR=25;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156391;STB=0.59406;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0167373;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:123:54:62:61:61:0.495935:25:36:22:32:25:36:25:37 chr11 1087972 . C T 235.1 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0370365;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.295;QD=24.113;RBI=0.0405398;REFB=-0.0224741;REVB=0.0164857;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178848;STB=0.599908;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.013984;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:10:7:14:8:10:7 chr11 1093710 . C G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.728;QD=40.7614;RBI=0.0854932;REFB=0;REVB=0.0752536;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436675;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr11 1094690 . C T 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0174825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.098;QD=46.32;RBI=0.0181023;REFB=0.0857768;REVB=0.00469643;RO=2;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462925;STB=0.524979;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00423759;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:19:4:0:2:19:4:0:2 chr11 1094748 . A AC 149.83 PASS AF=0.846154;AO=8;DP=28;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.04289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.8632;QD=23.051;RBI=0.173471;REFB=-0.0437618;REVB=-0.168085;RO=18;SAF=0;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.736897;STB=0.574395;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=-0.00289571;OID=.;OPOS=1094749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:8:28:22:26:4:4:18:2:2:10:18:0:8:7:11 chr11 1094753 . A C 191.3 PASS AF=0.633333;AO=16;DP=27;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0250963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.29;QD=25.5067;RBI=0.0390523;REFB=0.00428144;REVB=0.0299209;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302969;STB=0.629091;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0256412;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:30:10:11:16:19:0.633333:10:6:0:10:11:8:1:10 chr11 1096494 . T C 1647.86 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0461;QD=59.9221;RBI=0.0357447;REFB=0;REVB=0.00360859;RO=0;SAF=34;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81455e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:110:0:0:104:110:1:70:34:0:0:74:36:0:0 chr11 1101649 . T C 835.45 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8455;QD=56.6409;RBI=0.0717685;REFB=0;REVB=0.0707436;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012577;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:1:0:56:59:1:29:27:0:1:32:27:0:0 chr11 1158073 . T C 2235.1 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.798;QD=63.4072;RBI=0.0268037;REFB=0;REVB=0.00423051;RO=0;SAF=52;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44535e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:88:52:0:0:88:53:0:0 chr11 1161315 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.658;QD=58.5867;RBI=0.0596839;REFB=0;REVB=0.0152066;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242053;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr11 1212877 . A G 294.14 PASS AF=0.276316;AO=42;DP=152;FAO=42;FDP=152;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.0107239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.39;QD=7.7405;RBI=0.0170946;REFB=-0.0150763;REVB=-0.0133125;RO=107;SAF=7;SAR=35;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425753;STB=0.760171;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0419182;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:107:110:42:42:0.276316:35:7:50:57:35:7:52:58 chr11 1212878 . C G 43.3 PASS AF=0.0855263;AO=13;DP=153;FAO=13;FDP=152;FR=.;FRO=139;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=85;FWDB=0.0100225;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.178;QD=1.13954;RBI=0.0109796;REFB=-0.0117333;REVB=-0.00448343;RO=134;SAF=4;SAR=9;SRF=52;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100874;STB=0.581162;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0525117;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:153:152:134:139:13:13:0.0855263:9:4:52:82:9:4:54:85 chr11 1212921 . C T 76.32 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.012394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.444;QD=3.63447;RBI=0.0124173;REFB=-0.00526689;REVB=0.000759825;RO=70;SAF=2;SAR=12;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375559;STB=0.759395;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0153227;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:70:70:14:14:0.166667:12:2:27:43:12:2:27:43 chr11 1212954 . C A 85.1 PASS AF=0.192308;AO=14;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0032475;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.396;QD=4.36419;RBI=0.0228369;REFB=-0.0179686;REVB=0.0226048;RO=62;SAF=2;SAR=12;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547594;STB=0.807677;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.067859;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:78:78:62:63:14:15:0.192308:12:2:36:26:12:3:37:26 chr11 1213047 . T C 33.01 PASS AF=0.139535;AO=7;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0997693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3568;QD=3.07067;RBI=0.134692;REFB=-0.0146006;REVB=-0.0904883;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158538;STB=0.797258;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.120718;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:32:37:7:6:0.139535:2:5:19:13:1:5:19:18 chr11 1213115 . C T 30.45 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0174866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7446;QD=2.25533;RBI=0.0307757;REFB=-0.0104408;REVB=0.0253251;RO=44;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300927;STB=0.713471;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.150836;OID=.;OPOS=1213115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:52:54:44:48:6:6:0.111111:5:1:17:27:5:1:17:31 chr11 1213125 . G A 47.36 PASS AF=0.152542;AO=12;DP=56;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.00422056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1575;QD=3.21092;RBI=0.142021;REFB=-0.0195564;REVB=-0.141958;RO=39;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344245;STB=0.627194;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0812967;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:56:59:39:50:12:9:0.152542:8:4:14:25:5:4:15:35 chr11 1213174 . A G 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=-0.0114545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.671;QD=7.48141;RBI=0.0209934;REFB=-0.0317213;REVB=-0.0175931;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462458;STB=0.777507;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0416466;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:33:36:12:12:0.25:8:4:2:31:8:4:2:34 chr11 1213177 . C T 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=34;FWDB=-0.000820298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.185;QD=7.30302;RBI=0.0329851;REFB=-0.0075963;REVB=-0.0329749;RO=37;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430288;STB=0.749732;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0202593;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:8:4:3:34:8:4:3:34 chr11 1213204 . C G 111.73 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=50;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.00687812;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.616;QD=9.12084;RBI=0.0101705;REFB=-0.00813551;REVB=-0.00749208;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468323;STB=0.754832;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0208175;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:35:13:14:0.285714:6:7:5:29:7:7:5:30 chr11 1246941 . A G 147.29 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0025276;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.747;QD=11.5521;RBI=0.005381;REFB=-0.00762883;REVB=0.00475041;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385933;STB=0.69601;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0108301;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:33:17:18:0.352941:10:7:26:8:10:8:25:8 chr11 1247458 . C T 298.54 PASS AF=0.325;AO=39;DP=121;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=58;FWDB=0.00210454;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8371;QD=9.95119;RBI=0.0158537;REFB=-0.0138465;REVB=0.0157134;RO=77;SAF=15;SAR=24;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107813;STB=0.574194;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.030318;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:77:81:39:39:0.325:24:15:23:54:24:15:23:58 chr11 1253942 . T C 92.17 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0990987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.749;QD=8.99215;RBI=0.101821;REFB=-0.00729895;REVB=-0.0233873;RO=29;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776949;STB=0.547861;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0295156;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:10:2:6:23:10:2:6:23 chr11 1253969 . A G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.0608166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.291;QD=5.37736;RBI=0.0610569;REFB=0.00270721;REVB=0.00541255;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059122;STB=0.538358;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00873308;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:3:22:6:1:3:22 chr11 1253976 . A G 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=-0.0328856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.581;QD=4.30356;RBI=0.0349791;REFB=-0.00388979;REVB=-0.0119197;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236933;STB=0.658696;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0124259;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:6:6:0.1875:5:1:2:23:5:1:2:24 chr11 1258217 . T G 91.04 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0356251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.244;QD=4.00177;RBI=0.041839;REFB=-0.0034695;REVB=-0.0219399;RO=73;SAF=8;SAR=8;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431321;STB=0.538414;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0288116;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:89:91:73:75:16:16:0.175824:8:8:34:39:8:8:34:41 chr11 1258226 . C T 89.57 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.000797207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.618;QD=3.77116;RBI=0.013218;REFB=-0.00875106;REVB=-0.0131939;RO=77;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902579;STB=0.557823;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0322875;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:77:79:16:16:0.168421:8:8:33:44:8:8:34:45 chr11 1258240 . CA TG 108.46 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.023848;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.684;QD=4.61546;RBI=0.0240011;REFB=-0.0081311;REVB=-0.00270644;RO=76;SAF=10;SAR=8;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152127;STB=0.597084;STBP=0.386;TYPE=mnp;VARB=0.0400407;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:76:76:18:18:0.191489:8:10:33:43:8:10:33:43 chr11 1258283 . G A 99.83 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0110646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.295;QD=4.34028;RBI=0.0182895;REFB=-0.00306902;REVB=-0.0145629;RO=75;SAF=11;SAR=6;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304663;STB=0.694948;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0207773;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:75:75:17:17:0.184783:6:11:30:45:6:11:30:45 chr11 1258286 . C T 109.43 PASS AF=0.195652;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00752366;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.913;QD=4.75777;RBI=0.0203024;REFB=-0.0146543;REVB=-0.0188568;RO=73;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280625;STB=0.67118;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0502394;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:74:18:18:0.195652:7:11:28:45:7:11:29:45 chr11 1258295 . A G 111.0 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0202689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.116;QD=5.0455;RBI=0.0211918;REFB=-0.0115906;REVB=-0.00618575;RO=64;SAF=11;SAR=7;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214702;STB=0.663618;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0371934;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:70:18:18:0.204545:7:11:28:36:7:11:28:42 chr11 1262312 . G A 557.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8952;QD=60.2165;RBI=0.0954892;REFB=0;REVB=0.0790133;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192132;OID=.;OPOS=1262312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr11 1264736 . C T 40.53 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.200206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0362;QD=14.7381;RBI=0.205109;REFB=-0.078338;REVB=0.0445798;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0316135;OID=.;OPOS=1264736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:11:4:5:5:6:0.545455:4:1:1:3:4:2:1:4 chr11 1264822 . CT C,CC 127.25 PASS AF=1,0;AO=2,10;DP=13;FAO=11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030332,-0.0446134;FXX=0.153728;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.918,185.689;QD=46.2721;RBI=0.121082,0.126412;REFB=0,0;REVB=-0.117221,-0.118278;RO=0;SAF=1,0;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00332654,0.0148185;OID=.,.;OPOS=1264823,1264823;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:2,10:13:11,0:11:0:1,0:10,0:0:0:3:0:1,0:1,10:0:0 chr11 1276327 . G A 421.36 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0087009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.875;QD=18.123;RBI=0.0147113;REFB=-0.0139521;REVB=-0.0118625;RO=50;SAF=19;SAR=24;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132529;STB=0.573957;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0180589;OID=.;OPOS=1276327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:24:19:29:21:24:19:29:21 chr11 1309956 . C T 435.02 PASS AF=0.709091;AO=37;DP=57;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.0186909;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.238;QD=31.6378;RBI=0.0191036;REFB=-0.00846172;REVB=-0.00394956;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.699898;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00333006;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:0:16:37:39:0.709091:11:26:0:0:12:27:0:16 chr11 1501670 . G C 901.83 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9847;QD=58.1823;RBI=0.00964455;REFB=0;REVB=-0.00928478;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20504e-05;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr11 1502097 . A G 722.35 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.99;QD=56.6548;RBI=0.0270712;REFB=0;REVB=-0.0249775;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93269e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:22:29:0:0 chr11 1507731 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.257;QD=53.2772;RBI=0.00880637;REFB=0;REVB=0.00420562;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71889e-05;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 1629693 . C T 42.18 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0088679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3116;QD=18.7463;RBI=0.0877426;REFB=-0.00082151;REVB=-0.0872933;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0069606;OID=.;OPOS=1629693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:1:3:6:6:0.666667:5:1:1:0:5:1:1:2 chr11 1652021 . C A 64.95 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.011325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.1046;QD=10.8252;RBI=0.0498253;REFB=-0.0436128;REVB=0.0485212;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168645;STB=0.5998;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.039559;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:3:12:6:3:3:12 chr11 1652103 . G C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0142614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.118;QD=12.329;RBI=0.0183425;REFB=-0.0364305;REVB=0.0115351;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195548;STB=0.615182;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0518333;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:6:11:5:6:6:11 chr11 1853107 . C T 149.27 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457846;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.57;QD=45.9283;RBI=0.0459902;REFB=0;REVB=-0.00434309;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551467;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr11 1855854 . G C 1288.29 PASS AF=0.927835;AO=86;DP=94;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0274208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.353;QD=53.1253;RBI=0.0741419;REFB=-0.16867;REVB=0.0688848;RO=1;SAF=20;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712564;STB=0.524133;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00308896;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:94:97:1:7:86:90:0.927835:66:20:0:1:69:21:0:7 chr11 1857173 . T C 462.21 PASS AF=1;AO=20;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021035;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.495;QD=57.7764;RBI=0.0145312;REFB=0;REVB=0.0143781;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131158;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:20:32:1:15:5:0:0:21:11:0:0 chr11 1857747 . T C 937.51 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.862;QD=58.5941;RBI=0.0399974;REFB=0;REVB=-0.0263303;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025791;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:26:37:0:1:27:37:0:0 chr11 1857751 . C G 973.72 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7039;QD=57.2775;RBI=0.0551461;REFB=-0.0735536;REVB=0.0383457;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165774;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0121914;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:28:39:0:1:28:39:0:1 chr11 1858572 . C T 183.36 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.120925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.237;QD=43.1445;RBI=0.126052;REFB=-0.152458;REVB=0.0355855;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00481338;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:0:1:6:10:0:1 chr11 1861760 . T C 803.47 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.527;QD=55.412;RBI=0.0534663;REFB=-0.0236222;REVB=0.0505709;RO=1;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254762;STB=0.513509;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000419421;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:18:39:0:1:18:39:0:1 chr11 1874404 . C T 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00823256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.879;QD=25.3148;RBI=0.00924217;REFB=-0.0161882;REVB=-0.00420031;RO=12;SAF=17;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389873;STB=0.71105;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0119423;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:3:17:5:7:3:17:6:7 chr11 1887806 . T A,C 627.71 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=38,2;DP=40;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192566,0.015172;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.119,97.8507;QD=59.7821;RBI=0.0289124,0.0165864;REFB=0,0;REVB=0.0215664,-0.00670234;RO=0;SAF=7,0;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00599758,0.0322618;OID=.,.;OPOS=1887806,1887806;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:42:0:0:38,2:40,2:0.952381,0.047619:31,2:7,0:0:0:33,2:7,0:0:0 chr11 1890990 . G A 367.46 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0176137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.863;QD=52.4946;RBI=0.0259618;REFB=-0.112683;REVB=0.0190727;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265715;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00165634;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:1:0:10:17:1:0 chr11 1891722 . C T 455.28 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448441;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6005;QD=55.1849;RBI=0.0627693;REFB=-0.0649766;REVB=-0.0439202;RO=1;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547702;STB=0.526299;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.011771;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:8:23:0:1:9:23:0:1 chr11 1902768 . G A 455.0 PASS AF=0.378571;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=140;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=-0.0159966;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.859;QD=12.9999;RBI=0.0226793;REFB=-0.0408173;REVB=0.0160766;RO=82;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127971;STB=0.5593;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0665699;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:87:53:53:0.378571:26:27:32:50:26:27:36:51 chr11 1911115 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.538;QD=43.4861;RBI=0.0394049;REFB=0;REVB=0.0351509;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130403;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr11 1911554 . C T 66.49 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0173234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0177;QD=26.5967;RBI=0.0554351;REFB=0.0353399;REVB=-0.0526588;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108557;STB=0.562335;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0137592;OID=.;OPOS=1911554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:1:1:2:6:1:1 chr11 1946542 . G T 195.06 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00259169;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1103;QD=23.6431;RBI=0.00315116;REFB=-0.00848626;REVB=-0.00179247;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257878;STB=0.645227;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00305903;OID=.;OPOS=1946542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:14:5:8:6:14:5:8:6 chr11 1959707 . C T 552.98 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0581679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.896;QD=24.577;RBI=0.0581706;REFB=-0.0222542;REVB=0.000562395;RO=35;SAF=26;SAR=25;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604808;STB=0.520898;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0140016;OID=.;OPOS=1959707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:39:51:51:0.566667:25:26:15:20:25:26:18:21 chr11 1974029 . G A 199.1 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00404774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.176;QD=22.7547;RBI=0.00427678;REFB=-0.0218746;REVB=0.00138082;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946752;STB=0.553137;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0174901;OID=.;OPOS=1974029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:15:19:20:0.571429:6:13:8:6:7:13:8:7 chr11 1993975 . C A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.692;QD=57.1051;RBI=0.0508937;REFB=0;REVB=0.0120317;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028834;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr11 2016619 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.813;QD=47.8205;RBI=0.0798056;REFB=0;REVB=-0.0766433;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433844;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 2016659 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.427;QD=43.486;RBI=0.0654714;REFB=0;REVB=0.061667;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119258;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr11 2016662 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4907;QD=42.175;RBI=0.0323747;REFB=0;REVB=0.0298797;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156131;OID=.;OPOS=2016662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr11 2016924 . A G 99.93 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1855;QD=39.9732;RBI=0.0370851;REFB=0;REVB=0.0342592;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448311;OID=.;OPOS=2016924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr11 2017017 . A C 656.54 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261488;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5327;QD=62.5278;RBI=0.0316679;REFB=0;REVB=0.0178633;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196431;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr11 2017110 . C G 1091.08 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0169038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9723;QD=57.4252;RBI=0.0505422;REFB=-0.174534;REVB=0.0476317;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00482469;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:0:2:74:74:0.973684:34:40:0:0:34:40:0:2 chr11 2017439 . C G 730.81 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.8;QD=62.1966;RBI=0.0253454;REFB=0;REVB=0.0246538;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021117;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:23:21:0:0:25:22:0:0 chr11 2018168 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.216;QD=35.5759;RBI=0.0317106;REFB=0;REVB=0.0198637;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50873e-05;OID=.;OPOS=2018168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 2018336 . A T 1440.39 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359124;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.78;QD=63.3138;RBI=0.0407948;REFB=0;REVB=0.0193523;RO=0;SAF=62;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5998e-06;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:27:62:0:0:27:64:0:0 chr11 2018449 . A G 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000460262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.426;QD=35.4869;RBI=0.0123684;REFB=-0.0371835;REVB=-0.0123599;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1501;STB=0.583203;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000280256;OID=.;OPOS=2018449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:5:8:0:2:5:8:0:2 chr11 2018853 . G A 2244.9 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026958;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.695;QD=62.7944;RBI=0.0465416;REFB=-0.133051;REVB=0.0379392;RO=0;SAF=70;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000364377;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:143:0:1:142:142:0.993007:72:70:0:0:72:70:1:0 chr11 2154250 . GCCCCCGT GCCCCCGTC,GCCCCGT,GCCCCGTC 510.87 PASS AF=0,0.935484,0.0645161;AO=11,13,14;DP=97;FAO=0,87,6;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=0,83,6;FSAR=0,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650336,0.602884,0.0314205;FXX=0.0412329;HRUN=0,5,5;LEN=1,1,3;MLLD=41.7822,7.46109,42.3145;QD=21.973;RBI=0.0754884,0.856237,0.0521525;REFB=0.0755716,-0.00734652,0.0703705;REVB=0.0383293,0.608006,0.041625;RO=42;SAF=11,11,14;SAR=0,2,0;SRF=39;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.645034,-0.243242,0.688515;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0,0.110251,0.0444106;OID=.,.,.;OPOS=2154258,2154251,2154255;OREF=-,C,CGT;OALT=C,-,GTC;OMAPALT=GCCCCCGTC,GCCCCGT,GCCCCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.935484,0.0645161:11,13,14:97:0,87,6:93:0:0,83,6:0,4,0:0:0:17:42:11,11,14:0,2,0:39:3 chr11 2167543 . T G 93.52 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00426484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.108;QD=16.2646;RBI=0.00871622;REFB=-0.00805139;REVB=0.00760156;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235046;STB=0.64681;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00976238;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:11:12:0.521739:4:7:4:7:4:8:4:7 chr11 2168375 . G C 47.58 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0897869;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.248;QD=7.3198;RBI=0.10905;REFB=0.0254181;REVB=0.0618881;RO=14;SAF=0;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719988;STB=0.788537;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0688508;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:14:19:6:7:0.269231:6:0:6:8:6:1:9:10 chr11 2181060 . T G 407.33 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.988;QD=56.1837;RBI=0.1083;REFB=0;REVB=0.107929;RO=1;SAF=25;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236414;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:1:0:26:29:1:1:25:0:1:1:28:0:0 chr11 2190951 . C T 769.97 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792911;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8666;QD=64.1645;RBI=0.0805772;REFB=0;REVB=0.014339;RO=0;SAF=3;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412567;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:45:3:0:0:45:3:0:0 chr11 2191000 . G A 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.622;QD=14.1677;RBI=0.0141656;REFB=0.00374639;REVB=-0.0141656;RO=12;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00776514;OID=.;OPOS=2191000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:10:0:0:12:10:0:0:12 chr11 2291982 . T A 109.91 PASS AF=0.318182;AO=12;DP=47;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=-0.0103925;FXX=0.119976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4357;QD=9.9921;RBI=0.0123071;REFB=-0.0201691;REVB=0.00659249;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417835;STB=0.745734;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0249973;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:28:30:12:14:0.318182:8:4:2:26:9:5:2:28 chr11 2292080 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0661344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.032;QD=21.0076;RBI=0.0665641;REFB=-0.0463325;REVB=0.00755142;RO=24;SAF=5;SAR=25;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505491;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0229577;OID=.;OPOS=2292080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:25:5:4:20:25:5:4:21 chr11 2323022 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0371265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7794;QD=9.10014;RBI=0.0372537;REFB=-0.00835313;REVB=-0.00307664;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620281;STB=0.552731;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0181583;OID=.;OPOS=2323022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:4:5:11:7:4:5:12:7 chr11 2323028 . GT CC,GC 334.96 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,14;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110061,0.0285357;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=162.782,192.421;QD=53.5936;RBI=0.0152136,0.0293967;REFB=0,0;REVB=0.0105033,0.00706262;RO=0;SAF=3,3;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.103473,-0.000938211;OID=.,.;OPOS=2323028,2323029;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:25:25:0:0:3,14:1,24:0.04,0.96:0,11:3,3:0:0:0,11:1,13:0:0 chr11 2324041 . A G 369.96 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276581;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.889;QD=54.8093;RBI=0.0322368;REFB=0;REVB=0.0165602;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543819;OID=.;OPOS=2324041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:10:15:0:0:10:17:0:0 chr11 2324692 . C T 605.63 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0366922;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7301;QD=19.2262;RBI=0.0368933;REFB=-0.0423524;REVB=-0.00384696;RO=63;SAF=29;SAR=33;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166079;STB=0.587161;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0378532;OID=.;OPOS=2324692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:64:62:62:0.492063:33:29:41:22:33:29:41:23 chr11 2329995 . C T 766.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2089;QD=63.8594;RBI=0.0809192;REFB=0;REVB=0.0229716;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117373;OID=.;OPOS=2329995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr11 2330563 . C T 1197.48 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0662373;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.473;QD=59.8739;RBI=0.0720843;REFB=-0.0336144;REVB=-0.0284388;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.506171;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00132187;OID=.;OPOS=2330563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:39:39:0:1:40:39:0:1 chr11 2343016 . C T 415.17 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345833;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.034;QD=57.2643;RBI=0.036705;REFB=0;REVB=0.0122982;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325098;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr11 2424683 . CA C,CC 374.34 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=11,16;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363248,-0.0593098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.924,206.974;QD=55.4572;RBI=0.0516859,0.0644058;REFB=0,0;REVB=0.0367687,0.0251087;RO=0;SAF=3,14;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00274751,0.0110437;OID=.,.;OPOS=2424684,2424684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925926,0.0740741:11,16:27:25,2:27:0:17,0:8,2:0:0:12:0:3,14:8,2:0:0 chr11 2427291 . A C 128.59 PASS AF=0.365854;AO=10;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00114841;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4391;QD=12.5457;RBI=0.102017;REFB=-0.0438745;REVB=-0.102011;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330288;STB=0.631997;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0652714;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:14:24:10:15:0.365854:9:1:4:10:11:4:11:13 chr11 2432964 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0112696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.825;QD=17.8273;RBI=0.0417853;REFB=-0.0253587;REVB=0.0402369;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198673;STB=0.615179;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0165651;OID=.;OPOS=2432964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:6:5:3:9:6:5 chr11 2435956 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.612;QD=35.5759;RBI=0.0402498;REFB=0;REVB=-0.0385189;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000727563;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 2439542 . A G 835.98 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.609;QD=55.7317;RBI=0.0188126;REFB=-0.113522;REVB=-0.000289456;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000431281;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:32:27:1:0:32:27:1:0 chr11 2439766 . G GC 211.24 PASS AF=1;AO=3;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791021;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.554;QD=42.2471;RBI=0.0795682;REFB=0;REVB=0.00859997;RO=17;SAF=0;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00136943;OID=.;OPOS=2439767;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:21:20:20:0:6:14:0:0:4:17:0:3:6:11 chr11 2439767 . T C 203.65 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0172814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.43;QD=38.7909;RBI=0.0291117;REFB=-0.0138736;REVB=-0.0234274;RO=3;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109755;STB=0.555497;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00167937;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:21:3:3:17:18:0.857143:11:6:0:3:12:6:0:3 chr11 2870108 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.367;QD=57.0003;RBI=0.0349272;REFB=0;REVB=0.0297665;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53927e-05;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr11 2920666 . C T 1241.15 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0375171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8905;QD=55.782;RBI=0.0627635;REFB=-0.106744;REVB=0.0503163;RO=5;SAF=50;SAR=34;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450446;STB=0.523804;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00259138;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:89:89:5:5:84:84:0.94382:34:50:5:0:34:50:5:0 chr11 2924610 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0163085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.961;QD=17.5649;RBI=0.0181318;REFB=-0.0138517;REVB=-0.00792422;RO=35;SAF=8;SAR=24;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435894;STB=0.744207;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00849158;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:24:8:25:10:24:8:25:10 chr11 2929552 . A G 164.89 PASS AF=0.375;AO=16;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0431298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.219;QD=13.7405;RBI=0.0444263;REFB=-0.0142079;REVB=0.0106544;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344917;STB=0.668739;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0256579;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:30:16:18:0.375:7:9:6:20:7:11:10:20 chr11 2999507 . G T 146.19 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0270005;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.66;QD=10.4419;RBI=0.0294243;REFB=-0.00653876;REVB=-0.0116946;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266098;STB=0.525785;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0144397;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:37:19:19:0.339286:11:8:16:20:11:8:17:20 chr11 3022456 . T A 451.39 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00870968;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1582;QD=18.808;RBI=0.0366863;REFB=-0.0328462;REVB=0.0356374;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464669;STB=0.524465;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0436314;OID=.;OPOS=3022456;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:50:51:44:45:0.46875:25:19:24:26:25:20:25:26 chr11 3028140 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0216477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.982;QD=14.7979;RBI=0.0278448;REFB=-0.00952985;REVB=-0.0175132;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.666389;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0138508;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:3:10:5:6:3:10 chr11 3061780 . C T 181.06 PASS AF=0.396552;AO=21;DP=56;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00889674;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2477;QD=12.4869;RBI=0.0184275;REFB=-0.0157198;REVB=-0.0161375;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373457;STB=0.69751;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0269161;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:33:35:21:23:0.396552:7:14:10:23:8:15:11:24 chr11 3109403 . A G 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00320349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.783;QD=11.6346;RBI=0.0252283;REFB=-0.0111901;REVB=-0.0250241;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270173;STB=0.516097;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0129404;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:10:6:4:6:10:6 chr11 3109408 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00901776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.593;QD=14.7014;RBI=0.0202565;REFB=-0.0027077;REVB=-0.0181385;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113119;STB=0.528254;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00708588;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:5:7:8:6:5:7:8:7 chr11 3143621 . C CG 87.37 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=-0.0194505;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.5751;QD=4.53846;RBI=0.0278542;REFB=-0.00368762;REVB=0.0199383;RO=61;SAF=18;SAR=2;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.695174;STB=0.926408;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.063837;OID=.;OPOS=3143622;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25974:20:81:20:77:57:18:2:14:43:87:61:18:2:18:43 chr11 3243367 . G T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0255399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.984;QD=10.0339;RBI=0.0317773;REFB=-0.0141502;REVB=-0.018908;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0102053;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr11 3243427 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0330718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2426;QD=18.4437;RBI=0.0828683;REFB=-0.0144339;REVB=-0.075983;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00783175;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:3:6:8:3:3:6 chr11 3243638 . A G 363.01 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0173522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.163;QD=19.1059;RBI=0.0193731;REFB=-0.0171615;REVB=-0.00861498;RO=38;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145725;STB=0.578907;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0171663;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:38:36:38:0.5:18:18:13:25:19:19:13:25 chr11 3243665 . C T 434.86 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0412937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.517;QD=20.9571;RBI=0.0484582;REFB=-0.0427914;REVB=0.025358;RO=40;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888946;STB=0.549021;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0215531;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:26:17:12:28:26:17:12:28 chr11 3243673 . G C 425.08 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0495961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2534;QD=19.5438;RBI=0.0719271;REFB=-0.010533;REVB=0.0520935;RO=44;SAF=13;SAR=29;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567091;STB=0.521573;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0155891;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:44:42:43:0.494253:29:13:16:28:29:14:16:28 chr11 3243909 . G A 81.05 PASS AF=0.625;AO=7;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0243165;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.4763;QD=20.2613;RBI=0.106896;REFB=-0.139343;REVB=0.104093;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.644436;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0262468;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:16:16:3:6:7:10:0.625:4:3:2:1:7:3:4:2 chr11 3244005 . TC T 668.21 PASS AF=1;AO=52;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.8306;QD=44.547;RBI=0.105338;REFB=0;REVB=-0.0818289;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.75449e-05;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:58:60:60:0:24:36:0:0:12:1:21:31:0:1 chr11 3249829 . G A 184.28 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0144324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.405;QD=12.0841;RBI=0.0568246;REFB=-0.0221307;REVB=0.0549613;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073233;STB=0.562446;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0354562;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:22:23:0.377049:11:11:16:21:11:12:16:22 chr11 3361087 . T C 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00847385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6258;QD=12.7781;RBI=0.0180269;REFB=-0.00435992;REVB=0.0159111;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0132151;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:6:8:8:2:6:8 chr11 3381369 . G C 161.48 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.020398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.933;QD=11.9617;RBI=0.0222009;REFB=-0.00833186;REVB=-0.0087636;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420758;STB=0.524412;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0105569;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:14:20:11:9:14:20 chr11 3400237 . G T 221.93 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0102867;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.48;QD=11.6804;RBI=0.0137552;REFB=-0.0195966;REVB=-0.00913178;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507831;STB=0.52939;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0306242;OID=.;OPOS=3400237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:49:49:27:27:0.355263:12:15:25:24:12:15:25:24 chr11 3436490 . C T 82.43 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0140301;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1372;QD=17.3541;RBI=0.0446621;REFB=-0.0300192;REVB=0.0424012;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0152367;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:6:3:4:6:6:3 chr11 3436492 . A G 255.77 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0001;QD=51.1532;RBI=0.0823319;REFB=0;REVB=0.0532255;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182936;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr11 3661140 . T C 601.05 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.973;QD=58.6386;RBI=0.0272442;REFB=-0.0348078;REVB=0.0243071;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000854257;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:1:1:38:40:0.97561:22:16:0:1:24:16:0:1 chr11 3661585 . A ATGG 136.67 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00863402;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=136.305;QD=36.4461;RBI=0.0335934;REFB=-0.00575016;REVB=-0.0324649;RO=2;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17961;STB=0.59984;STBP=0.122;TYPE=ins;VARB=0.000138647;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:13:16:13:15:2:4:9:2:0:10:2:4:9:2:0 chr11 3663021 . G A 156.42 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00673865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.977;QD=24.065;RBI=0.032128;REFB=-0.00574182;REVB=0.0314133;RO=10;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345548;STB=0.696153;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00435253;OID=.;OPOS=3663021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:13:3:6:4:13:3:6:4 chr11 3845227 . GC G 115.43 PASS AF=0.621622;AO=21;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.162435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.6372;QD=12.479;RBI=0.1653;REFB=-0.0787592;REVB=-0.0306445;RO=15;SAF=1;SAR=20;SRF=8;SRR=7;SSEN=0.294462;SSEP=0;SSSB=-0.638265;STB=0.875652;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0573337;OID=.;OPOS=3845228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.621622:21:37:23:37:14:1:22:8:6:78:15:1:20:8:7 chr11 3845614 . C CG 44.46 PASS AF=0.2;AO=12;DP=47;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0207993;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.8136;QD=3.95232;RBI=0.021708;REFB=-0.0355343;REVB=0.00621494;RO=35;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374618;STB=0.679565;STBP=0.256;TYPE=ins;VARB=0.105538;OID=.;OPOS=3845615;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:12:47:9:45:36:7:2:21:15:44:35:10:2:20:15 chr11 4113200 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.044131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2072;QD=16.1153;RBI=0.0442974;REFB=-0.017459;REVB=-0.00383573;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19967;STB=0.623271;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0158508;OID=.;OPOS=4113200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:16:8:15:13:16:8:16:13 chr11 4159466 . G A 749.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.217;QD=62.4265;RBI=0.0330375;REFB=0;REVB=0.0276757;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363004;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:45:48:1:23:22:0:0:24:24:0:0 chr11 4389404 . AG A 914.06 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0819544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0169;QD=46.875;RBI=0.115329;REFB=0;REVB=0.0811429;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.77585e-05;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:73:78:78:0:26:52:0:0:17:0:25:46:0:0 chr11 4411241 . C T 162.37 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0669787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7295;QD=9.41298;RBI=0.070293;REFB=-0.015501;REVB=-0.0213298;RO=45;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896097;STB=0.564459;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0669725;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:47:22:22:0.318841:12:10:17:28:12:10:17:30 chr11 4592708 . C CAG 438.07 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00267258;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.714;QD=19.0467;RBI=0.0222524;REFB=0.00384021;REVB=-0.0220913;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645241;STB=0.509906;STBP=0.869;TYPE=ins;VARB=-0.00467851;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:43:92:44:92:48:23:21:26:22:99:48:23:20:26:22 chr11 4608542 . C T 125.0 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00351908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.21;QD=12.4997;RBI=0.0188103;REFB=-0.0114051;REVB=-0.0184782;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563079;STB=0.50835;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0378032;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:14:15:0.375:6:8:13:12:7:8:13:12 chr11 4615234 . A G 262.7 PASS AF=0.71875;AO=22;DP=31;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-1.72538e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.525;QD=32.837;RBI=0.0177615;REFB=-0.0282292;REVB=-0.0177615;RO=9;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187286;STB=0.594823;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00910449;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:9:9:22:23:0.71875:10:12:8:1:10:13:8:1 chr11 4615390 . C T 468.71 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136934;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3629;QD=58.5892;RBI=0.00136973;REFB=0;REVB=-3.27084e-05;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98161e-05;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr11 4615508 . C G 239.72 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0237117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1778;QD=11.986;RBI=0.0337884;REFB=0.00225657;REVB=-0.024071;RO=51;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281019;STB=0.660386;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00424385;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:13:16:15:36:13:16:15:36 chr11 4675379 . A G 253.05 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0126341;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.555;QD=17.1559;RBI=0.0249981;REFB=-0.0292661;REVB=0.0215704;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823848;STB=0.546308;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0250451;OID=.;OPOS=4675379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:16:15:16:12:16:15 chr11 4703165 . C A 186.79 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0305548;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7582;QD=18.2232;RBI=0.0360931;REFB=0.00118612;REVB=-0.0192125;RO=24;SAF=16;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413057;STB=0.71207;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00334929;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:24:22:19:19:0.463415:3:16:12:12:3:16:12:10 chr11 4703321 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00462337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.303;QD=13.5054;RBI=0.00479011;REFB=-0.0141121;REVB=-0.00125287;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953953;STB=0.551639;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.019881;OID=.;OPOS=4703321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:15:17:12:12:0.413793:6:6:9:6:6:6:10:7 chr11 4703654 . A G 180.94 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0154409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.289;QD=12.9245;RBI=0.0239741;REFB=-0.0108457;REVB=-0.0183395;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079195;STB=0.527662;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0166834;OID=.;OPOS=4703654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:34:22:22:0.392857:12:10:17:15:12:10:17:17 chr11 4703762 . G T 252.78 PASS AF=0.379747;AO=27;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00164845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4285;QD=12.7991;RBI=0.0266101;REFB=0.00167678;REVB=0.026559;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661947;STB=0.500454;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141631;OID=.;OPOS=4703762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:49:27:30:0.379747:17:10:16:21:19:11:18:31 chr11 4928621 . G A 1704.78 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9038;QD=59.8167;RBI=0.0214125;REFB=0;REVB=0.0100653;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215804;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:114:0:0:111:114:1:67:44:0:0:68:46:0:0 chr11 4929061 . C G,T 564.96 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=35,3;DP=38;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27,3;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917165,0.00334943;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.2446,157.812;QD=59.4698;RBI=0.0264789,0.00347695;REFB=0,0;REVB=-0.0248398,-0.000933008;RO=0;SAF=27,3;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.016767,0.0655304;OID=.,.;OPOS=4929061,4929061;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:38:38:0:0:35,3:35,3:0.921053,0.0789474:8,0:27,3:0:0:8,0:27,3:0:0 chr11 4945229 . G A 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781114;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6194;QD=52.6748;RBI=0.0360067;REFB=0;REVB=0.0351492;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472157;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 4964753 . A G 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.85;QD=64.1533;RBI=0.0116752;REFB=0;REVB=-0.0100765;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88845e-05;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr11 4965301 . G T 727.42 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9689;QD=55.955;RBI=0.0722425;REFB=0;REVB=-0.0146958;RO=2;SAF=37;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013538;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:2:0:49:52:1:12:37:2:0:12:40:0:0 chr11 4967468 . G A 1572.88 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.60802e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.124;QD=59.9193;RBI=0.037393;REFB=0;REVB=0.037393;RO=0;SAF=66;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11623e-05;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:39:66:0:0:39:66:0:0 chr11 4968198 . C A 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0385;QD=51.1804;RBI=0.208298;REFB=0;REVB=-0.207436;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00591422;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr11 4976086 . C T 498.19 PASS AF=0.947368;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00898427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9401;QD=52.441;RBI=0.0348397;REFB=0.0158934;REVB=0.0336614;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518702;STB=0.524986;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00183026;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:34:36:0.947368:17:17:0:2:19:17:0:2 chr11 4976291 . G A 268.56 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0101818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.858;QD=11.6764;RBI=0.0113666;REFB=-0.00171268;REVB=-0.00505292;RO=60;SAF=15;SAR=17;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914843;STB=0.552813;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00281621;OID=.;OPOS=4976291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:17:15:33:27:17:15:33:27 chr11 4976554 . A G 250.87 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.287;QD=50.1731;RBI=0.0690624;REFB=0;REVB=-0.025344;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609061;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr11 4976811 . C A 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8226;QD=50.8305;RBI=0.043553;REFB=-0.0310749;REVB=-0.0400771;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00490431;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr11 5010905 . A G 937.35 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00062502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.895;QD=58.5845;RBI=0.0221651;REFB=0;REVB=0.0221563;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0134e-05;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr11 5020416 . A G 565.51 PASS AF=0.48;AO=55;DP=122;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00741142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.957;QD=18.0963;RBI=0.010387;REFB=-0.025714;REVB=0.00727742;RO=63;SAF=22;SAR=33;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179805;STB=0.57754;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0266012;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:63:65:55:60:0.48:33:22:37:26:33:27:39:26 chr11 5021055 . C G 559.04 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.011657;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.576;QD=18.6348;RBI=0.0248953;REFB=-0.016795;REVB=0.0219976;RO=62;SAF=19;SAR=39;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1551;STB=0.586166;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0253277;OID=.;OPOS=5021055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:39:19:30:32:39:19:30:32 chr11 5079946 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.196;QD=61.684;RBI=0.0148908;REFB=0;REVB=0.00968238;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71135e-06;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr11 5080359 . G A 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0209152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.834;QD=21.8714;RBI=0.023271;REFB=-0.0133975;REVB=-0.0102026;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408841;STB=0.522711;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.011576;OID=.;OPOS=5080359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:12:11:12:16:12:11 chr11 5141902 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00704111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.398;QD=51.5082;RBI=0.0468355;REFB=-0.0269588;REVB=0.0463032;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000385667;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr11 5141980 . A G 450.61 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114915;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.28;QD=58.1431;RBI=0.116053;REFB=0;REVB=0.01621;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105304;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr11 5142134 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.833;QD=52.6128;RBI=0.050663;REFB=0;REVB=0.0262258;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024764;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr11 5142270 . T G 646.63 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.845;QD=60.1519;RBI=0.0186738;REFB=0;REVB=0.0164863;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041369;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:42:43:1:25:17:0:1:26:17:0:0 chr11 5142530 . C T 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00336985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.693;QD=25.1493;RBI=0.00381664;REFB=0.00760937;REVB=0.00179189;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418422;STB=0.523203;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00446379;OID=.;OPOS=5142530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:9:12:14:13:9:12 chr11 5142549 . T C 877.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.768;QD=56.6041;RBI=0.0234505;REFB=0;REVB=0.000504958;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274221;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:30:30:0:0:31:31:0:0 chr11 5142671 . A G 315.09 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.013605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.643;QD=20.0057;RBI=0.0155887;REFB=-0.0152199;REVB=-0.00761005;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124489;STB=0.575177;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0133853;OID=.;OPOS=5142671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:18:15:9:20:18:15:9:21 chr11 5153261 . A G 415.54 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0203255;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4687;QD=21.8706;RBI=0.0251471;REFB=-0.0328456;REVB=-0.0148072;RO=34;SAF=10;SAR=31;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141137;STB=0.588562;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0315847;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:31:10:13:21:31:10:14:21 chr11 5172786 . A G 643.39 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.675;QD=61.2755;RBI=0.0207259;REFB=0;REVB=0.0144589;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188856;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:37:42:1:21:16:0:0:26:16:0:0 chr11 5173149 . C A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0332451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.332;QD=15.2926;RBI=0.0338;REFB=-0.011633;REVB=-0.00609967;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496201;STB=0.799199;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0146269;OID=.;OPOS=5173149;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:5:4:8:1:5:4 chr11 5221645 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205454;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.238;QD=50.4135;RBI=0.0314782;REFB=0;REVB=0.0238488;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16704e-05;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 5221825 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.045;QD=43.4862;RBI=0.00959784;REFB=0;REVB=-0.00381459;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86429e-05;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr11 5248243 . A G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.705;QD=64.4139;RBI=0.0122806;REFB=0;REVB=0.00343636;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72047e-05;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr11 5269583 . GTGA AGAG,GAGG 786.98 PASS AF=0.931034,0.0517241;AO=53,3;DP=61;FAO=54,3;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29,3;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344782,0.0372352;FXX=0.0491723;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=279.519,235.805;QD=54.2748;RBI=0.0398659,0.0413549;REFB=-0.0573047,-0.0567049;REVB=0.0200134,0.0179936;RO=1;SAF=29,3;SAR=24,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0192259,0.727144;STB=0.5098,0.994936;STBP=0.318,0.122;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00203514,0.0114453;OID=.,.;OPOS=5269583,5269584;OREF=GTGA,TGA;OALT=AGAG,AGG;OMAPALT=AGAG,GAGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:61:58:1:1:53,3:54,3:0.931034,0.0517241:24,0:29,3:0:1:25,0:29,3:0:1 chr11 5322737 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.297;QD=53.2756;RBI=0.00531148;REFB=0;REVB=0.00469181;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61617e-06;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 5323071 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000885184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.214;QD=63.8716;RBI=0.01203;REFB=0;REVB=0.0119974;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89776e-06;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr11 5344772 . T C 365.84 PASS AF=0.578125;AO=35;DP=62;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00455528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.627;QD=22.8649;RBI=0.00456852;REFB=-0.0151652;REVB=0.000347582;RO=25;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313076;STB=0.512928;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0122498;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:25:27:35:37:0.578125:21:14:11:14:23:14:11:16 chr11 5344847 . A G 198.67 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0143573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3787;QD=19.3827;RBI=0.037144;REFB=0.00919122;REVB=0.0342571;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318764;STB=0.679077;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00895133;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:5:16:8:12:5:16 chr11 5344902 . C G 66.18 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00120613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.573;QD=12.6053;RBI=0.092077;REFB=-0.039393;REVB=-0.0920691;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33333;STB=0.682485;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0555158;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:2:7:5:6:2:7:6:6 chr11 5345128 . G A 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0183759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.821;QD=25.7315;RBI=0.0216974;REFB=-0.0173641;REVB=0.0115372;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391783;STB=0.521722;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0138471;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:11:15:10:9:11:15:10:9 chr11 5345170 . A G 290.71 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.005055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.458;QD=26.4283;RBI=0.0101084;REFB=-0.029075;REVB=0.00875365;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829872;STB=0.514377;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.022229;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:11:15:10:7:11:15:11:7 chr11 5345486 . G A 302.72 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0100279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.092;QD=19.5303;RBI=0.0204731;REFB=-0.00324232;REVB=0.0178491;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152099;STB=0.566286;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00235352;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:30:31:32:0.516129:16:15:9:20:17:15:10:20 chr11 5372863 . T A 326.72 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0128564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.926;QD=15.0217;RBI=0.0202079;REFB=-0.00710076;REVB=0.0155907;RO=50;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159958;STB=0.58616;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00807037;OID=.;OPOS=5372863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:51:35:36:0.413793:17:18:18:32:18:18:18:33 chr11 5373114 . G A 551.06 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0121849;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.04;QD=17.6339;RBI=0.0122045;REFB=-0.00801245;REVB=-0.000692085;RO=61;SAF=28;SAR=30;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681407;STB=0.502761;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0105871;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:67:58:58:0.464:30:28:29:32:30:28:32:35 chr11 5410934 . T G 125.8 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0942625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5418;QD=12.2734;RBI=0.0943008;REFB=-0.00810011;REVB=0.00268675;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170409;STB=0.532214;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0205783;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:26:14:15:0.365854:11:3:9:18:11:4:8:18 chr11 5411031 . C T 118.71 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0194081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2976;QD=22.6118;RBI=0.0253985;REFB=0.0674491;REVB=0.0163832;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660951;STB=0.50387;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0421862;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:5:8:5:2:5:8:5:3 chr11 5411239 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0038195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.295;QD=19.6672;RBI=0.0252594;REFB=-0.028081;REVB=0.0249689;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14155;STB=0.579751;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0271175;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:13:6:9:10:13:6 chr11 5411395 . C A 359.5 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00633306;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.826;QD=19.6986;RBI=0.0357618;REFB=-0.0145323;REVB=0.0351966;RO=35;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076034;STB=0.548265;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0143454;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:36:37:37:0.506849:18:19:21:14:18:19:22:14 chr11 5411398 . T G 386.71 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0276531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0061;QD=20.9032;RBI=0.0277879;REFB=-0.00642742;REVB=0.00273378;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747723;STB=0.541327;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00862522;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:19:20:21:14:19:20:21:14 chr11 5411579 . GT AC 238.85 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0170351;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.609;QD=13.6484;RBI=0.0178132;REFB=-0.00312577;REVB=-0.00520701;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236259;STB=0.507457;STBP=0.939;TYPE=mnp;VARB=0.00739368;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:17:11:17:24:17:11:17:25 chr11 5424050 . G A 249.74 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0251826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9502;QD=18.4993;RBI=0.0296525;REFB=-0.0144759;REVB=0.0156559;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180986;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:12:15:15:12:12:15 chr11 5443442 . G C 737.88 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000493519;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0115;QD=61.4899;RBI=0.0110275;REFB=-0.0859008;REVB=0.0110164;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284823;STB=0.515145;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00062586;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:16:31:0:1:16:31:0:1 chr11 5443700 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.559;QD=57.5448;RBI=0.021463;REFB=0;REVB=-0.0153374;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09808e-07;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr11 5443739 . TT CC,CT 758.23 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,52;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020244,0.0229972;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=172.819,222.136;QD=56.1655;RBI=0.0261275,0.0307795;REFB=0,0;REVB=0.0165174,0.0204573;RO=0;SAF=1,20;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.00761e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00225958,0.000867632;OID=.,.;OPOS=5443739,5443739;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:0:2,52:2,52:0.037037,0.962963:1,32:1,20:0:0:1,32:1,20:0:0 chr11 5443867 . C T 353.18 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7537;QD=50.4548;RBI=0.0532586;REFB=-0.0870723;REVB=-0.0201342;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00471458;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:26:27:0.964286:14:12:0:0:14:13:1:0 chr11 5443887 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.649;QD=51.9165;RBI=0.0562737;REFB=0;REVB=0.0542595;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696027;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 5443893 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8214;QD=51.9151;RBI=0.0493161;REFB=0;REVB=0.0482148;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137434;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 5443963 . G A 206.62 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.96;QD=48.6167;RBI=0.0668938;REFB=0;REVB=-0.00183951;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912707;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 5444061 . G A 362.49 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297544;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7415;QD=55.7673;RBI=0.0303593;REFB=0;REVB=0.00602993;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818689;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 5444136 . C T 1194.24 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4112;QD=59.7118;RBI=0.0291228;REFB=-0.0244328;REVB=0.0185349;RO=1;SAF=43;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108827;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000719397;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:36:43:1:0:36:43:1:0 chr11 5444353 . T C 346.21 PASS AF=0.878788;AO=27;DP=32;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00743994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0335;QD=41.9644;RBI=0.101141;REFB=0.000524294;REVB=0.100867;RO=5;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102611;STB=0.566621;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00196359;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:32:33:5:4:27:29:0.878788:15:12:4:1:16:13:4:0 chr11 5510284 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.485;QD=61.8518;RBI=0.0554806;REFB=0;REVB=0.00330692;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57494e-05;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr11 5510497 . T C 1287.47 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.205;QD=60.587;RBI=0.0217902;REFB=-0.106914;REVB=0.0161529;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.506171;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000188344;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:83:84:0.988235:44:39:0:0:44:40:1:0 chr11 5510626 . T C 805.57 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165948;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.901;QD=57.5408;RBI=0.0375946;REFB=0;REVB=0.0337337;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125406;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr11 5510928 . G A 255.8 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9499;QD=51.1601;RBI=0.0901272;REFB=0;REVB=0.0172416;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216059;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 5529865 . G A 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.791;QD=59.0142;RBI=0.0218436;REFB=0;REVB=0.0217843;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77866e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 5536537 . A C 1277.71 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8703;QD=60.8434;RBI=0.08328;REFB=0;REVB=-0.0447602;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000739699;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:34:49:0:0:35:49:0:0 chr11 5536848 . G A 1810.58 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104001;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.812;QD=61.3756;RBI=0.00656121;REFB=0;REVB=0.00647826;RO=0;SAF=37;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02659e-05;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:118:118:1:81:37:0:0:81:37:0:0 chr11 5566030 . A G 358.23 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.421;QD=55.1122;RBI=0.0641422;REFB=0;REVB=0.0596611;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310476;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:16:8:0:0:18:8:0:0 chr11 5566365 . T C 1068.09 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.363;QD=58.5253;RBI=0.150269;REFB=-0.0926834;REVB=0.149693;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922938;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:0:0:72:73:1:30:42:0:0:31:42:0:0 chr11 5602275 . A G 711.19 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2599;QD=61.8429;RBI=0.0611091;REFB=0;REVB=0.0441723;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130808;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:22:23:1:0:22:24:0:0 chr11 5602437 . C CA 206.98 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.085743;FXX=0.249911;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.1035;QD=39.4249;RBI=0.0895846;REFB=0;REVB=-0.0259529;RO=25;SAF=2;SAR=1;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00212049;OID=.;OPOS=5602438;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:28:21:21:0:14:7:0:0:3:25:2:1:16:9 chr11 5602438 . T A 393.03 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3448;QD=56.1465;RBI=0.0886155;REFB=0;REVB=0.0869305;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143113;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr11 5602605 . G A,C 590.58 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=40;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180399,0.023694;FXX=0.0487686;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.516,113.232;QD=60.5721;RBI=0.0320188,0.030712;REFB=0,0;REVB=0.026453,-0.0195403;RO=0;SAF=25,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00118392,0.024896;OID=.,.;OPOS=5602605,5602605;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:12,1:25,1:0:0:12,1:25,1:0:0 chr11 5602615 . A G 625.15 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.132;QD=60.9903;RBI=0.0911701;REFB=0;REVB=0.0390108;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213796;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:12:28:0:0:13:28:0:0 chr11 5602679 . T C 772.42 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201398;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.626;QD=64.3682;RBI=0.0378512;REFB=0;REVB=0.0320484;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893752;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr11 5602790 . A G 1450.51 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.719;QD=62.3874;RBI=0.0115423;REFB=0;REVB=0.00989109;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833988;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:87:93:1:46:41:0:0:48:45:0:0 chr11 5602928 . G C 1439.44 PASS AF=1;AO=82;DP=89;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.411;QD=59.9766;RBI=0.0550953;REFB=-0.0480827;REVB=0.0306086;RO=6;SAF=38;SAR=44;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719508;OID=.;OPOS=5602928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:96:6:0:82:96:1:44:38:5:1:49:47:0:0 chr11 5602968 . G A 1602.9 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.241;QD=59.9214;RBI=0.0431409;REFB=0;REVB=0.0310784;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48493e-05;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:60:46:0:0:60:47:0:0 chr11 5625847 . A G 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.72;QD=56.9478;RBI=0.0348277;REFB=-0.0059023;REVB=-0.0103508;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=8.62513e-05;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr11 5629607 . G A 372.19 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0147936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.796;QD=13.4123;RBI=0.0193387;REFB=-0.00797509;REVB=0.0124553;RO=67;SAF=14;SAR=30;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116118;STB=0.566007;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0114697;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:30:14:28:39:30:14:28:39 chr11 5632212 . G A 2626.06 PASS AF=0.936842;AO=177;DP=190;FAO=178;FDP=190;FR=.;FRO=12;FSAF=92;FSAR=86;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0096432;FXX=0.00523533;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.293;QD=55.2854;RBI=0.02554;REFB=-0.145337;REVB=0.0236495;RO=12;SAF=92;SAR=85;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177534;STB=0.509478;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00119397;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:190:190:12:12:177:178:0.936842:85:92:8:4:86:92:8:4 chr11 5664831 . C A 168.44 PASS AF=0.372881;AO=20;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00328082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.66;QD=11.4196;RBI=0.00450762;REFB=-0.0227858;REVB=-0.00309109;RO=30;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433459;STB=0.703298;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0261927;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:37:20:22:0.372881:5:15:10:20:7:15:13:24 chr11 5688940 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0077183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.8685;QD=10.3908;RBI=0.0214276;REFB=0.000942218;REVB=0.0199892;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000293277;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:6:5:5:2:6:5 chr11 5688948 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0184137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1509;QD=10.3903;RBI=0.0556326;REFB=0.0044519;REVB=0.0524968;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.000404252;OID=.;OPOS=5688948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:7:4:5:2:7:4 chr11 5691191 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.529;QD=39.2067;RBI=0.0219723;REFB=0;REVB=0.0164907;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697137;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 5691214 . A C 72.92 PASS AF=0.5625;AO=10;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00294129;FXX=0.0587889;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.857;QD=18.2291;RBI=0.0151798;REFB=-0.03359;REVB=0.0148921;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459658;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193175;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:6:7:10:9:0.5625:6:4:2:4:5:4:3:4 chr11 5700340 . T C 408.65 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.389;QD=56.3651;RBI=0.0710111;REFB=0;REVB=0.0368448;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131359;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr11 5701074 . C A 301.24 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0203917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1752;QD=25.1033;RBI=0.033197;REFB=0.00573032;REVB=-0.0261958;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182955;STB=0.601155;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00487575;OID=.;OPOS=5701074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:13:14:6:15:13:14:6:15 chr11 5717762 . T C 336.8 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00520625;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.859;QD=27.4939;RBI=0.0066061;REFB=-3.05189e-05;REVB=-0.00406639;RO=20;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371867;STB=0.520491;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.000113041;OID=.;OPOS=5717762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:20:29:29:0.591837:19:10:6:14:19:10:6:14 chr11 5718517 . G A 713.22 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=157;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.00934412;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4314;QD=18.2876;RBI=0.0602109;REFB=-0.00898539;REVB=-0.0594814;RO=82;SAF=44;SAR=30;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193255;STB=0.612215;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0117956;OID=.;OPOS=5718517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:82:81:74:75:0.480769:30:44:32:50:30:45:31:50 chr11 5719750 . G C 208.79 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0164846;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.408;QD=18.9805;RBI=0.0314775;REFB=-0.0191195;REVB=-0.0268159;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35582;STB=0.613933;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0146995;OID=.;OPOS=5719750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:18:23:20:21:0.477273:9:11:17:1:10:11:17:6 chr11 5757785 . C T 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0199831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.906;QD=14.6555;RBI=0.0303021;REFB=-0.00750692;REVB=0.0227792;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0159696;OID=.;OPOS=5757785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:8:9:8:5:8:9 chr11 5758062 . T C 373.8 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0341163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2743;QD=14.804;RBI=0.034835;REFB=-0.00193098;REVB=-0.00703969;RO=59;SAF=25;SAR=17;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210926;STB=0.618814;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00491458;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:17:25:23:36:17:25:23:36 chr11 5758118 . A C 1238.56 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.193;QD=61.1635;RBI=0.0283471;REFB=0;REVB=0.00472381;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332787;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:33:47:0:0:33:48:0:0 chr11 5776287 . C T 1969.67 PASS AF=0.963504;AO=130;DP=136;FAO=132;FDP=137;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00863338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.331;QD=57.5085;RBI=0.0179305;REFB=-0.144025;REVB=0.0157152;RO=4;SAF=61;SAR=69;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175069;STB=0.50477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00111489;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:136:137:4:5:130:132:0.963504:69:61:2:2:70:62:3:2 chr11 5776470 . T C,G 697.06 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=3,43;DP=46;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770246,0.018468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.026,61.4183;QD=60.6138;RBI=0.0251997,0.0403189;REFB=0,0;REVB=-0.0239937,0.0358406;RO=0;SAF=2,19;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.166281,-0.00121981;OID=.,.;OPOS=5776470,5776470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:46:46:0:0:3,43:3,43:0.0652174,0.934783:1,24:2,19:0:0:1,24:2,19:0:0 chr11 5776623 . A T 1157.05 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205588;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.02;QD=60.8975;RBI=0.0289253;REFB=0;REVB=0.0288522;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81003e-05;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:25:49:0:0:25:51:0:0 chr11 5799138 . G A 205.89 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0152588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.245;QD=16.8076;RBI=0.0348948;REFB=-0.00858929;REVB=-0.0313818;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237144;STB=0.634495;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.015434;OID=.;OPOS=5799138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:8:20:10:11:8:20 chr11 5809308 . A T 1248.72 PASS AF=1;AO=81;DP=85;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242396;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3326;QD=60.9132;RBI=0.0371646;REFB=0;REVB=-0.0281718;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85521e-06;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:82:0:0:81:82:1:48:33:0:0:48:34:0:0 chr11 5809548 . G A 1196.94 PASS AF=0.987952;AO=77;DP=78;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00712386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.205;QD=57.684;RBI=0.0728183;REFB=-0.0260649;REVB=0.072469;RO=1;SAF=43;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01088;STB=0.505746;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00201128;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:83:1:1:77:82:0.987952:34:43:1:0:39:43:1:0 chr11 5841856 . C T 160.16 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0062609;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.337;QD=10.01;RBI=0.0284273;REFB=0.00743132;REVB=0.0277293;RO=43;SAF=7;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25903;STB=0.652485;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0134575;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:43:43:21:21:0.328125:14:7:24:19:14:7:24:19 chr11 5842310 . T G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000270542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.096;QD=60.2277;RBI=0.0362037;REFB=0;REVB=-0.0362027;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223135;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr11 5842356 . A G 575.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000314116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.874;QD=60.5759;RBI=0.0148218;REFB=0;REVB=-0.0148185;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49746e-05;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr11 5862532 . A C 79.72 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0528407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.024;QD=16.7824;RBI=0.0529065;REFB=-0.0236139;REVB=0.00263743;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0102221;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:5:4:4:5:5:5:4:5 chr11 5862653 . T C 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0137566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.828;QD=18.7626;RBI=0.0152153;REFB=-0.00809276;REVB=-0.00650091;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690588;STB=0.538441;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00841465;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:19:19:23:17:19:19:23:17 chr11 5862731 . A G 339.13 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00640195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.57;QD=17.8488;RBI=0.0573516;REFB=-0.00204907;REVB=-0.0569932;RO=40;SAF=12;SAR=24;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141622;STB=0.579394;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00317806;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:24:12:19:21:24:12:19:21 chr11 5862780 . T C 217.92 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.166572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.852;QD=15.5656;RBI=0.17189;REFB=0.0105985;REVB=0.0424255;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201118;STB=0.614363;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.016982;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:17:8:16:15:17:8:16:15 chr11 5862845 . A G 199.7 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00406866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.549;QD=19.9702;RBI=0.0132416;REFB=0.00620579;REVB=0.012601;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29262;STB=0.666489;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00738639;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:15:5:11:9:15:5:11:9 chr11 5862937 . C A 219.85 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0206404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.842;QD=17.5879;RBI=0.0288771;REFB=0.000975372;REVB=0.0201955;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339003;STB=0.698747;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000619507;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:21:22:0.44:14:7:19:9:15:7:19:9 chr11 5862984 . G C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0029265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.619;QD=13.3138;RBI=0.0144005;REFB=0.00330703;REVB=-0.0141;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173422;STB=0.59958;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00293914;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:9:13:14:19:9:13:14:19 chr11 5863013 . T C 173.68 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0225917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.034;QD=12.8654;RBI=0.0289053;REFB=-0.0114364;REVB=-0.0180314;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317837;STB=0.676768;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0324984;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:33:21:21:0.388889:9:12:8:23:9:12:9:24 chr11 5863113 . G A 394.52 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00582035;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.577;QD=19.726;RBI=0.0195451;REFB=-0.000873577;REVB=-0.0186583;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204834;STB=0.599206;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00132359;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:40:40:40:0.5:17:23:12:24:17:23:15:25 chr11 5877979 . T A 249.91 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00408669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.177;QD=19.9931;RBI=0.0238508;REFB=-0.0126407;REVB=-0.0234981;RO=26;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253671;STB=0.514274;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0101858;OID=.;OPOS=5877979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:7:17:19:7:7:17:19:7 chr11 5906048 . G A 598.18 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583259;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8399;QD=61.3515;RBI=0.0713884;REFB=0;REVB=0.0411631;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109181;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr11 5906073 . G T 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.068;QD=56.6996;RBI=0.0194234;REFB=0;REVB=-0.0169214;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8131e-05;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr11 5906143 . T C 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0130821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6462;QD=22.7189;RBI=0.0371596;REFB=-0.0280923;REVB=0.0347806;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142469;STB=0.580527;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0169643;OID=.;OPOS=5906143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:4:5:5:9:4:5 chr11 5906192 . A C 383.86 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.107;QD=54.8372;RBI=0.012054;REFB=0;REVB=0.0107455;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134663;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:23:28:1:14:9:0:0:15:13:0:0 chr11 5906203 . T G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0134403;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.112;QD=14.6498;RBI=0.0144049;REFB=-0.00610288;REVB=-0.00518271;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432979;STB=0.753046;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0129961;OID=.;OPOS=5906203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:3:11:7:12:3:11:7:12 chr11 5906205 . G A 180.6 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0178367;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.903;QD=22.5756;RBI=0.0190607;REFB=-0.0257796;REVB=-0.0067202;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32288;STB=0.693667;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0161134;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:12:6:10:3:12:6:11:3 chr11 5906290 . A AC 353.5 PASS AF=0.47619;AO=12;DP=91;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00611074;FXX=0.0344788;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.4767;QD=16.8334;RBI=0.00692343;REFB=0.0120338;REVB=0.00325466;RO=65;SAF=7;SAR=5;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131996;STB=0.59995;STBP=0.069;TYPE=ins;VARB=-0.0182622;OID=.;OPOS=5906291;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:12:91:40:84:44:24:16:18:26:99:65:7:5:31:34 chr11 5906291 . T C 239.95 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0168702;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=52.5858;QD=10.3205;RBI=0.0218293;REFB=-0.00770288;REVB=0.0138533;RO=58;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15339;STB=0.584359;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0499529;OID=.;OPOS=5906291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:58:63:30:30:0.322581:12:18:27:31:12:18:30:33 chr11 5968728 . T C 340.41 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0426539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7871;QD=18.1554;RBI=0.0427577;REFB=-0.0605089;REVB=-0.00297756;RO=39;SAF=29;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207269;STB=0.61695;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0397294;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:7:29:25:14:7:29:25:14 chr11 5989293 . G A 339.46 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0223566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8955;QD=23.4112;RBI=0.0367966;REFB=-0.0378115;REVB=0.0292261;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498462;STB=0.519739;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0204059;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:20:14:11:12:20:14:11:13 chr11 5989415 . C T 326.18 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00333107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.568;QD=20.0725;RBI=0.00548079;REFB=-0.0259852;REVB=0.00435236;RO=30;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428808;STB=0.517637;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0203222;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:12:22:18:12:12:22:19:12 chr11 6007272 . A G 765.26 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.562;QD=63.7719;RBI=0.0143258;REFB=0;REVB=-0.00682886;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90776e-05;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:31:16:0:0:32:16:0:0 chr11 6007613 . T G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00638637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.446;QD=54.8231;RBI=0.0247883;REFB=-0.00498301;REVB=-0.0239515;RO=1;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218873;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000132274;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:29:21:1:0:29:21:1:0 chr11 6007680 . A G 714.96 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608099;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.583;QD=60.8474;RBI=0.0703075;REFB=0;REVB=0.0352888;RO=1;SAF=13;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464686;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:1:0:44:47:1:31:13:1:0:32:15:0:0 chr11 6007743 . A G 396.37 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774341;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2537;QD=56.6239;RBI=0.0774357;REFB=0;REVB=-0.000505481;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015312;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 6048617 . G A 368.17 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.036924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4687;QD=12.9184;RBI=0.0391068;REFB=-0.002058;REVB=0.0128827;RO=69;SAF=28;SAR=16;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173534;STB=0.603204;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0039879;OID=.;OPOS=6048617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:44:44:0.385965:16:28:33:36:16:28:33:37 chr11 6129837 . C T 232.29 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0360345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8243;QD=18.9625;RBI=0.0708571;REFB=-0.00386329;REVB=0.0610102;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939972;STB=0.552167;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00828963;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:26:22:23:0.469388:11:11:10:15:11:12:11:15 chr11 6173346 . G T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.049463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.832;QD=7.62907;RBI=0.0494704;REFB=-0.0150388;REVB=0.000855386;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302804;STB=0.691801;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0412395;OID=.;OPOS=6173346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:10:10:2:6:10:10 chr11 6173364 . T A 393.18 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5573;QD=56.168;RBI=0.0575244;REFB=0;REVB=-0.0491773;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446113;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 6221169 . A G 1221.45 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.477;QD=61.0725;RBI=0.0484463;REFB=0;REVB=0.0156494;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79063e-05;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:37:42:0:0:38:42:0:0 chr11 6221214 . T A 401.36 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0241705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5158;QD=16.3822;RBI=0.0292758;REFB=-0.00130694;REVB=0.0165184;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106825;STB=0.506853;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00103802;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:56:42:42:0.428571:23:19:25:29:23:19:26:30 chr11 6221427 . T C 258.3 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0188451;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.241;QD=13.7762;RBI=0.0197392;REFB=-0.0128189;REVB=-0.00587333;RO=44;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101907;STB=0.553155;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0334491;OID=.;OPOS=6221427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:21:9:17:27:21:9:17:28 chr11 6231731 . C T 704.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.644;QD=55.2157;RBI=0.0470087;REFB=-0.0157201;REVB=-0.000489115;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203818;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:18:33:0:0 chr11 6231760 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 37.62 PASS AF=0.2,0.0444444;AO=12,2;DP=46;FAO=9,2;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4,1;FSAR=5,1;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0384067,-0.0948142;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.6747,21.7801;QD=3.34412;RBI=0.0455604,0.104151;REFB=-0.0903821,-0.0721933;REVB=0.0245087,-0.043102;RO=27;SAF=5,1;SAR=7,1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.3125,0;SSSB=-0.279931,-0.159394;STB=0.634232,0.610063;STBP=0.395,0.744;TYPE=del,mnp;VARB=0.119448,0.120287;OID=.,.;OPOS=6231761,6231765;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.0444444:12,2:46:9,2:45:34:4,1:5,1:21:13:31:27:5,1:7,1:18:9 chr11 6232189 . G C 84.82 PASS AF=0.192308;AO=19;DP=104;FAO=20;FDP=104;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=17;FWDB=-0.0338473;FXX=0.0458673;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.4984;QD=3.26221;RBI=0.0401095;REFB=-0.00760018;REVB=-0.0215206;RO=81;SAF=15;SAR=4;SRF=66;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503945;STB=0.554003;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.121418;OID=.;OPOS=6232189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:104:104:81:84:19:20:0.192308:4:15:66:15:5:15:67:17 chr11 6243804 . A G 1505.76 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.081;QD=63.4002;RBI=0.0191245;REFB=0;REVB=-0.012892;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54336e-06;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:33:60:0:0:34:61:0:0 chr11 6340525 . A T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0841626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.104;QD=53.9096;RBI=0.0845933;REFB=0;REVB=0.00852546;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000602817;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr11 6340706 . A G 803.94 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241465;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.945;QD=57.4245;RBI=0.0253108;REFB=0;REVB=0.00758835;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40288e-05;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr11 6411930 . CCTGGTGCTGGCG C,CCTGGCGCTGGCG 451.51 PASS AF=0.5625,0.4375;AO=15,14;DP=31;FAO=18,14;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14,9;FSAR=4,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339664,0.0210742;FXX=0.0302939;HRUN=2,1;LEN=12,1;MLLD=220.908,64.213;QD=56.439;RBI=0.034522,0.052434;REFB=0,0;REVB=0.00616896,0.0480125;RO=0;SAF=11,10;SAR=4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.308614,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.33019e-08,3.63386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00379221,0.0210725;OID=.,.;OPOS=6411931,6411935;OREF=CTGGTGCTGGCG,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTGGCGCTGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5625,0.4375:15,14:31:18,14:32:0:14,9:4,5:0:0:99:0:11,10:4,4:0:0 chr11 6415539 . C T 309.21 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0186311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.642;QD=13.5915;RBI=0.0215736;REFB=-0.0126059;REVB=0.0108767;RO=56;SAF=28;SAR=7;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354103;STB=0.704534;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0221372;OID=.;OPOS=6415539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:7:28:29:27:7:28:29:27 chr11 6549779 . A C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.438;QD=57.3845;RBI=0.030962;REFB=0;REVB=0.0131504;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16662e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr11 6549995 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0760306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.161;QD=54.5164;RBI=0.0760409;REFB=0;REVB=-0.00125637;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536012;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr11 6550004 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.643;QD=51.916;RBI=0.0343223;REFB=0;REVB=0.00707134;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266297;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr11 6550309 . G A 658.39 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.739;QD=59.8532;RBI=0.017914;REFB=-0.153245;REVB=0.000866904;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-8.18026e-05;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:42:43:0.977273:29:13:0:0:30:13:0:1 chr11 6555365 . A G 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8234;QD=53.2683;RBI=0.0803144;REFB=0;REVB=0.0088999;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126771;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 6567892 . AGGC A,AGGCTGCCCTACTGCA 278.07 PASS AF=0.147059,0.647059;AO=5,16;DP=35;FAO=5,22;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=5,21;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00776373,0.0171068;FXX=0.0285633;HRUN=2,1;LEN=3,12;MLLD=384.668,184.624;QD=32.714;RBI=0.0365939,0.0260394;REFB=-0.00378977,-0.000112165;REVB=-0.0357608,-0.0196317;RO=10;SAF=5,15;SAR=0,1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.384121,0;SSSB=0.767621,0.638906;STB=0.99833,0.888411;STBP=0,0;TYPE=del,ins;VARB=0.00333742,0.00172147;OID=.,.;OPOS=6567893,6567896;OREF=GGC,-;OALT=-,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=A,AGGCTGCCCTACTGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.147059,0.647059:5,16:35:5,22:34:7:5,21:0,1:0:7:51:10:5,15:0,1:3:7 chr11 6585007 . G A 393.08 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.458;QD=56.1547;RBI=0.106815;REFB=0;REVB=-0.0803042;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212649;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 6622714 . G A 821.54 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4859;QD=56.6579;RBI=0.0506244;REFB=0;REVB=0.0485708;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522004;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:28:28:0:0:28:30:0:0 chr11 6626049 . G A 140.05 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0807945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2246;QD=8.48762;RBI=0.088163;REFB=-0.00129653;REVB=0.035284;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127769;STB=0.575684;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00333382;OID=.;OPOS=6626049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:10:10:28:18:10:10:28:18 chr11 6626072 . C A 125.35 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.010806;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.294;QD=7.59676;RBI=0.0238149;REFB=-0.00422351;REVB=-0.0212222;RO=48;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339626;STB=0.520525;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0126252;OID=.;OPOS=6626072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:48:48:18:18:0.272727:8:10:28:20:8:10:28:20 chr11 6629665 . C T 386.58 PASS AF=0.52;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00370828;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.368;QD=20.6175;RBI=0.00611379;REFB=0.00828425;REVB=-0.00486077;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104086;STB=0.574139;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0122861;OID=.;OPOS=6629665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:36:38:39:0.52:18:20:22:12:19:20:24:12 chr11 6630028 . TC CT,T 1122.43 PASS AF=0,1;AO=4,93;DP=111;FAO=0,108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549789,0.16684;FXX=0.0270246;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=9.10356,14.3657;QD=41.5716;RBI=0.0104261,0.169473;REFB=0.00856736,-3.57179e-05;REVB=-0.00885871,0.0297573;RO=8;SAF=2,31;SAR=2,62;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.650794;SSSB=-0.127513,-0.0482507;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0187591,0.00277645;OID=.,.;OPOS=6630028,6630029;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:111:108:8:0:4,93:0,108:0,1:2,62:2,31:5:3:0,69:0,39:0:0 chr11 6630833 . G A 528.34 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00213696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.26;QD=24.8631;RBI=0.0181233;REFB=-0.0122206;REVB=-0.0179969;RO=36;SAF=28;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119865;STB=0.56563;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00677023;OID=.;OPOS=6630833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:21:28:15:21:21:28:15:21 chr11 6634149 . C T 1098.65 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.029;QD=60.2001;RBI=0.0199086;REFB=0;REVB=0.0197826;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50181e-05;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:39:34:0:0 chr11 6634189 . G A 391.38 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0416562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.133;QD=20.8736;RBI=0.0418529;REFB=0.00466248;REVB=0.00405255;RO=35;SAF=13;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138595;STB=0.580603;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0017114;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:35:39:40:0.533333:26:13:17:18:27:13:17:18 chr11 6636106 . T A 275.26 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0689181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2535;QD=16.939;RBI=0.0695926;REFB=-0.0399684;REVB=-0.00966556;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304849;STB=0.515565;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0343828;OID=.;OPOS=6636106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:30:31:0.476923:19:11:12:21:20:11:13:21 chr11 6638506 . A T 392.66 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=111;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00405011;FXX=0.0360328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.648;QD=14.6788;RBI=0.00744573;REFB=-0.0101427;REVB=-0.00624784;RO=53;SAF=26;SAR=18;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605693;STB=0.549596;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0145452;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:107:53:62:44:45:0.420561:18:26:31:22:18:27:32:30 chr11 6648424 . G A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00890566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.668;QD=10.1682;RBI=0.0436638;REFB=-0.0126344;REVB=0.042746;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267236;STB=0.662411;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0187456;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:11:11:3:8:11:11 chr11 6648573 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0319986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.63;QD=14.3339;RBI=0.0391406;REFB=-0.034492;REVB=-0.0225406;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0154411;OID=.;OPOS=6648573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:5:5:5:4:5:5 chr11 6652618 . C T 282.23 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0142892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.419;QD=22.5782;RBI=0.0152666;REFB=0.0039081;REVB=0.00537461;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027691;STB=0.501547;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00456927;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:13:11:12:14:13:11 chr11 6655433 . G A 248.24 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-1.37158e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.833;QD=16.278;RBI=0.00254306;REFB=-0.0175058;REVB=-0.00254302;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327553;STB=0.508191;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0101055;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:14:13:17:16:14:14:17:16 chr11 6662730 . CT CTC,TC 147.51 PASS AF=0.446429,0;AO=16,7;DP=57;FAO=25,0;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=3,0;FSAR=22,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.138691,-0.0913397;FXX=0.0175408;HRUN=0,2;LEN=1,2;MLLD=49.243,52.6313;QD=10.5367;RBI=0.14126,0.108643;REFB=0.011728,0.0272219;REVB=-0.0268172,-0.0588257;RO=30;SAF=4,1;SAR=12,6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.154548,-0.342946;STB=0.745525,0.5;STBP=0.013,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.046199,0.0636046;OID=.,.;OPOS=6662732,6662730;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:31:16,7:25,0:0.446429,0:12,6:4,1:11:19:22,0:3,0:13:18 chr11 6737979 . T C 739.36 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.733;QD=54.7672;RBI=0.0529666;REFB=-0.156723;REVB=-0.0497795;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00406106;OID=.;OPOS=6737979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:23:29:1:0:23:30:1:0 chr11 6739109 . G A 727.38 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2148;QD=63.25;RBI=0.026829;REFB=0;REVB=-0.0211636;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497294;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr11 6739407 . A G 698.26 PASS AF=0.913793;AO=54;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0182272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3981;QD=48.1555;RBI=0.0411949;REFB=-0.00386211;REVB=-0.0369431;RO=4;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021231;STB=0.519211;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00278141;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:4:5:54:53:0.913793:32:22:1:3:31:22:1:4 chr11 6739814 . C T 501.42 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.365;QD=58.99;RBI=0.0736134;REFB=0;REVB=0.0386214;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430324;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:2:0:30:34:1:15:15:2:0:17:17:0:0 chr11 6739822 . T C 446.84 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6197;QD=57.6566;RBI=0.00314799;REFB=0;REVB=0.000958934;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43888e-05;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr11 6740308 . C T 892.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.942;QD=57.6115;RBI=0.0341056;REFB=0;REVB=0.0299299;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49044e-05;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:28:30:0:0:31:31:0:0 chr11 6790106 . T C 1609.76 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024796;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6188;QD=59.0738;RBI=0.0249294;REFB=-0.144667;REVB=0.00257498;RO=1;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958853;STB=0.50505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00238461;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:109:1:1:108:108:0.990826:49:59:0:1:49:59:0:1 chr11 6807243 . G A 283.46 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.417;QD=51.5373;RBI=0.0284599;REFB=0;REVB=0.0103372;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111464;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:18:2:0:0:20:2:0:0 chr11 6816778 . A G 222.88 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.62;QD=49.5281;RBI=0.014813;REFB=0;REVB=0.00948169;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148056;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr11 6816875 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.325;QD=60.9776;RBI=0.0204026;REFB=0;REVB=0.0133964;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9641e-05;OID=.;OPOS=6816875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr11 6867894 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.731;QD=51.9167;RBI=0.0668051;REFB=0;REVB=0.0296425;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486171;OID=.;OPOS=6867894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr11 6891704 . T C 753.79 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0624464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.135;QD=61.5339;RBI=0.0626008;REFB=-0.10284;REVB=-0.00439372;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000955463;OID=.;OPOS=6891704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:48:48:0.979592:21:27:0:0:21:27:1:0 chr11 6898663 . G A 305.97 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6149;QD=53.2113;RBI=0.0573325;REFB=0;REVB=0.0562397;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394207;OID=.;OPOS=6898663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:7:16:0:0 chr11 6913244 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.484;QD=62.3499;RBI=0.0299022;REFB=0;REVB=0.00808843;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165965;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr11 6942476 . C A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0628766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1752;QD=11.5968;RBI=0.0802325;REFB=0.00703122;REVB=-0.0498376;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348022;STB=0.705552;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0063448;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:14:7:8:4:14:7 chr11 6942695 . C T 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00160843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.363;QD=17.4899;RBI=0.0022655;REFB=0.00128481;REVB=0.00159544;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154061;STB=0.586147;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00137572;OID=.;OPOS=6942695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:14:14:10:20:14:14:10:20 chr11 6942726 . G C 224.62 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.143926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.593;QD=19.9665;RBI=0.144151;REFB=0.00493897;REVB=-0.00805609;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115442;STB=0.565349;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00680681;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:10:13:15:7:10:13 chr11 6953858 . A G 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0206097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2872;QD=13.2045;RBI=0.0500925;REFB=0.045682;REVB=0.0456563;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0418993;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr11 6976988 . A T 175.0 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0143765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.791;QD=20.0001;RBI=0.0162738;REFB=0.00117401;REVB=0.00762577;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000463274;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:9:8:10:8:9:8 chr11 6976996 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0178901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.54;QD=20.3167;RBI=0.0210387;REFB=-0.000931395;REVB=0.0110712;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116263;STB=0.565645;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.000716502;OID=.;OPOS=6976996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:10:8:11:8:10:8 chr11 7022160 . A G 773.8 PASS AF=1;AO=48;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113059;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.349;QD=57.3187;RBI=0.0328669;REFB=0;REVB=0.0328475;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219083;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:48:54:1:23:25:0:0:29:25:0:0 chr11 7022531 . A T 1212.4 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.084;QD=59.8714;RBI=0.0177137;REFB=0.0228624;REVB=0.00520205;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114082;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.0191e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:0:1:41:39:0:1 chr11 7022717 . T C 746.41 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00060936;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.842;QD=62.2011;RBI=0.0191377;REFB=0;REVB=0.019128;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011345;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr11 7059960 . A C 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.152;QD=57.7096;RBI=0.0326321;REFB=0;REVB=0.0176388;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127473;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr11 7063755 . C T 1521.56 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.959;QD=58.5215;RBI=0.0156168;REFB=0.0295777;REVB=0.00821556;RO=1;SAF=41;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114319;STB=0.506023;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000210898;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:62:41:1:0:62:41:1:0 chr11 7071027 . G A 240.02 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0174287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1256;QD=16.553;RBI=0.0350414;REFB=0.00792013;REVB=-0.0303997;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163721;STB=0.585301;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00705537;OID=.;OPOS=7071027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:26:27:0.465517:18:8:14:16:18:9:15:16 chr11 7071031 . G A 749.18 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.085366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8978;QD=52.5739;RBI=0.0975293;REFB=-0.0461202;REVB=-0.0471659;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144976;STB=0.515146;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0148819;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:57:1:2:53:55:0.964912:32:21:0:1:32:23:0:2 chr11 7079038 . G A 1733.95 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.67;QD=59.7914;RBI=0.0234371;REFB=-0.0758254;REVB=-0.00114542;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.50505;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000121772;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:66:49:0:0:66:49:1:0 chr11 7110363 . G A 2771.77 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00490639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.779;QD=61.9391;RBI=0.0118901;REFB=-0.0640499;REVB=0.0108306;RO=1;SAF=88;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537913;STB=0.502825;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000631303;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:1:1:178:178:0.994413:90:88:1:0:90:88:1:0 chr11 7324475 . T C 1032.56 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091753;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.048;QD=59.8584;RBI=0.093481;REFB=0;REVB=0.0178907;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279962;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:38:31:0:0 chr11 7439264 . C T 214.32 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0209595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5653;QD=12.7953;RBI=0.0344021;REFB=0.00627587;REVB=0.0272801;RO=39;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999708;STB=0.544971;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0121172;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:26:26:0.38806:17:9:17:22:17:9:17:24 chr11 7441737 . T C 701.57 PASS AF=0.544;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.00191056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4028;QD=22.4501;RBI=0.00199066;REFB=-0.00448353;REVB=0.000558997;RO=57;SAF=28;SAR=40;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115495;STB=0.563041;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00386893;OID=.;OPOS=7441737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:57:68:68:0.544:40:28:16:41:40:28:16:41 chr11 7488666 . C G 435.81 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.000401049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.177;QD=18.7446;RBI=0.007633;REFB=-0.0151116;REVB=-0.00762246;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109439;STB=0.548365;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0178343;OID=.;OPOS=7488666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:49:43:44:0.473118:22:21:29:19:22:22:29:20 chr11 7488872 . C T 712.96 PASS AF=0.534351;AO=68;DP=129;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00260022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5499;QD=21.7697;RBI=0.0299009;REFB=-0.0327832;REVB=0.0297877;RO=60;SAF=31;SAR=37;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803933;STB=0.539055;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0244362;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:60:61:68:70:0.534351:37:31:33:27:38:32:33:28 chr11 7488927 . A C 703.6 PASS AF=0.510791;AO=66;DP=134;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0166331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1965;QD=20.2475;RBI=0.0283084;REFB=-0.0599392;REVB=0.0229065;RO=64;SAF=31;SAR=35;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550024;STB=0.531621;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0502742;OID=.;OPOS=7488927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:64:68:66:71:0.510791:35:31:34:30:38:33:36:32 chr11 7489819 . A C 196.77 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0607483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.838;QD=18.3042;RBI=0.061282;REFB=-0.00887764;REVB=0.00807;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156045;STB=0.588696;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0111249;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:10:13:8:12:10:13 chr11 7619518 . T C 1160.37 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000615418;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.85;QD=59.5062;RBI=0.0629364;REFB=-0.0723333;REVB=0.0629334;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000114393;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:42:35:0:1:42:35:0:1 chr11 7619549 . G A 198.35 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0363316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.685;QD=13.2236;RBI=0.0370119;REFB=-0.00585438;REVB=-0.00706375;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802261;STB=0.508842;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00704741;OID=.;OPOS=7619549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:36:24:24:0.4:15:9:13:21:15:9:14:22 chr11 7662732 . C T 166.22 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0215487;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8951;QD=14.1463;RBI=0.022105;REFB=-0.00686943;REVB=-0.00492805;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33568;STB=0.695641;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0109114;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:17:12:13:5:17:12 chr11 7670440 . A G 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.854;QD=60.714;RBI=0.02889;REFB=0;REVB=0.0287136;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111482;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr11 7673015 . G A 330.54 PASS AF=0.373737;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00815882;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.32;QD=13.355;RBI=0.0103341;REFB=-0.0176814;REVB=0.00634248;RO=61;SAF=23;SAR=13;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568448;STB=0.537302;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0294241;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:61:62:36:37:0.373737:13:23:36:25:14:23:35:27 chr11 7686602 . G GTGTT,GTGTTT 254.39 PASS AF=1,0;AO=18,2;DP=20;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128918,0.00672852;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=250.32,235.504;QD=50.8782;RBI=0.0323509,0.02661;REFB=0,0;REVB=-0.0296713,-0.0257453;RO=0;SAF=8,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000336297,0.0264057;OID=.,.;OPOS=7686603,7686603;OREF=-,-;OALT=TGTT,TGTTT;OMAPALT=GTGTT,GTGTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,2:20:20,0:20:0:9,0:11,0:0:0:4:0:8,1:10,1:0:0 chr11 7686674 . T C 724.28 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8295;QD=54.6623;RBI=0.0491506;REFB=0.00602744;REVB=-0.0249293;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.513508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000572274;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:34:18:0:0:34:18:1:0 chr11 7687146 . G A 254.32 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0300106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.932;QD=22.1151;RBI=0.0306348;REFB=-0.00790553;REVB=-0.00615252;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110704;STB=0.561992;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00625468;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:10:14:10:12:10:14:10:12 chr11 7687715 . T C 1515.1 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000701273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.072;QD=62.4782;RBI=0.0113223;REFB=-0.135199;REVB=0.0113006;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000223665;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:54:42:0:0:54:42:1:0 chr11 7710877 . C T 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.581;QD=59.6757;RBI=0.0364677;REFB=0;REVB=0.0266909;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152971;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr11 7712471 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.597;QD=56.9382;RBI=0.0257024;REFB=0;REVB=0.00794202;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12676e-05;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr11 7716855 . T A 1883.84 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0435922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6646;QD=59.8043;RBI=0.0901379;REFB=-0.0776692;REVB=-0.078896;RO=1;SAF=92;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00513699;STB=0.505376;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00259609;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:126:1:2:124:124:0.984127:32:92:1:0:32:92:2:0 chr11 7717209 . AA TT 79.36 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507078;FXX=0.110988;HRUN=25;LEN=2;MLLD=200.383;QD=39.6802;RBI=0.00507078;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00352852;OID=.;OPOS=7717209;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr11 7717212 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172396;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=198.513;QD=32.822;RBI=0.0172396;REFB=0.0391608;REVB=0;RO=1;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000696059;OID=.;OPOS=7717212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:0:9:1:0:0:9:1:0 chr11 7717214 . AAA GCC 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187379;FXX=0.0999001;HRUN=25;LEN=3;MLLD=253.447;QD=41.0879;RBI=0.0187379;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.02772e-05;OID=.;OPOS=7717214;OREF=AAA;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr11 7717219 . A T 113.05 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.011458;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=236.993;QD=28.263;RBI=0.0627081;REFB=-0.0841355;REVB=0.0616525;RO=4;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439458;STB=0.74953;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00215587;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:16:16:4:4:12:12:0.75:2:10:0:4:2:10:0:4 chr11 7721870 . G A 2079.34 PASS AF=0.941558;AO=145;DP=154;FAO=145;FDP=154;FR=.;FRO=9;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0468929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6033;QD=54.0087;RBI=0.0528645;REFB=-0.0719421;REVB=0.0244072;RO=8;SAF=66;SAR=79;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802841;STB=0.500632;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0118706;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:154:154:8:9:145:145:0.941558:79:66:3:5:79:66:4:5 chr11 7727886 . C T 1153.01 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.374;QD=60.6846;RBI=0.0747239;REFB=0;REVB=0.0034383;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7687e-05;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:46:30:0:0 chr11 7750310 . C T 480.7 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0152597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.666;QD=22.8904;RBI=0.0333328;REFB=-0.0173405;REVB=-0.0296347;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157187;STB=0.586171;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0116474;OID=.;OPOS=7750310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:24:22:11:27:24:22:11:27 chr11 7846962 . C T 262.36 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=53;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00146432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.975;QD=19.0804;RBI=0.00467902;REFB=-0.0141693;REVB=-0.00444398;RO=25;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255524;STB=0.520534;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.015036;OID=.;OPOS=7846962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:25:26:27:29:0.527273:18:9:9:16:19:10:10:16 chr11 7847208 . T C 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0042409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.337;QD=57.392;RBI=0.00807764;REFB=0.00780509;REVB=0.00687481;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-8.3102e-05;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:0:1:16:21:0:1 chr11 7847463 . CTCA CTCG,TCGC 73.94 PASS AF=0.75,0.25;AO=6,2;DP=8;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773708,0.101348;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=217.796,106.801;QD=36.9685;RBI=0.0141128,0.102946;REFB=0,0;REVB=-0.0118029,0.0180662;RO=0;SAF=0,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000203745,0.0113334;OID=.,.;OPOS=7847466,7847463;OREF=A,CTCA;OALT=G,TCGC;OMAPALT=CTCG,TCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:8:8:0:0:6,2:6,2:0.75,0.25:6,0:0,2:0:0:6,0:0,2:0:0 chr11 7847472 . C T 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.086416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.4345;QD=26.0257;RBI=0.0864436;REFB=-0.0443041;REVB=0.0021825;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000987603;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr11 7871011 . A G 1269.58 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186176;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8116;QD=59.0504;RBI=0.0208203;REFB=0;REVB=0.00932035;RO=1;SAF=49;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234316;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:86:1:0:80:86:1:31:49:1:0:32:54:0:0 chr11 7871012 . T G 30.73 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=0.0105855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.559;QD=1.35057;RBI=0.0443634;REFB=0.0278128;REVB=0.043082;RO=83;SAF=5;SAR=3;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125879;STB=0.510179;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0275526;OID=.;OPOS=7871012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:83:83:8:8:0.0879121:3:5:51:32:3:5:51:32 chr11 7949350 . A G 1869.39 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.841;QD=61.2914;RBI=0.0199525;REFB=0;REVB=0.0101108;RO=0;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26584e-05;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:50:71:0:0:51:71:0:0 chr11 7949791 . A C 132.07 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0325741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.3396;QD=21.1318;RBI=0.0977558;REFB=0.015797;REVB=0.0921689;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168706;STB=0.650957;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0199717;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:25:25:7:10:14:14:0.56:8:6:5:2:8:6:8:2 chr11 7949860 . G A 69.01 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00611585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.949;QD=10.617;RBI=0.0301121;REFB=-0.017508;REVB=-0.0294845;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190233;STB=0.643818;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0350045;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:25:26:16:16:9:10:0.384615:3:6:13:3:4:6:13:3 chr11 7950024 . A G 225.57 PASS AF=0.677419;AO=17;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0827865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6869;QD=29.1055;RBI=0.0851432;REFB=0.0192969;REVB=0.0198937;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183117;STB=0.58998;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00451618;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:17:21:0.677419:9:8:2:8:11:10:2:8 chr11 7961130 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00345294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.637;QD=16.6272;RBI=0.00444909;REFB=-0.0174995;REVB=-0.00280564;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954316;STB=0.55483;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0194141;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:9:5:6:7:9:5 chr11 8014479 . C T 48.88 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00266788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.485;QD=13.9646;RBI=0.0128573;REFB=-0.0300638;REVB=0.0125775;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235769;STB=0.639615;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0133582;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:5:2:4:3:5:2 chr11 8061231 . G A 140.65 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0298336;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.99;QD=18.7534;RBI=0.0340543;REFB=-0.0283085;REVB=-0.0164211;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21177;STB=0.646851;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0269942;OID=.;OPOS=8061231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:17:15:15:15:0.5:4:11:9:8:4:11:7:8 chr11 8115699 . T C 217.68 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.122027;FXX=0.0555478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.124;QD=12.8046;RBI=0.122299;REFB=-0.0281345;REVB=-0.00814754;RO=39;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148394;STB=0.58817;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0441342;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:39:42:26:26:0.382353:13:13:14:25:13:13:15:27 chr11 8123499 . G A 419.12 PASS AF=0.561644;AO=39;DP=71;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00963081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.577;QD=22.9657;RBI=0.00964429;REFB=-0.0312054;REVB=-0.000509605;RO=32;SAF=30;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178999;STB=0.571846;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0209287;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:32:32:39:41:0.561644:9:30:19:13:11:30:19:13 chr11 8127495 . T C 290.04 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00933861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1247;QD=16.5738;RBI=0.0721595;REFB=0.00749407;REVB=-0.0715526;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020723;STB=0.51699;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0102859;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:21:11:12:25:21:11:12:26 chr11 8159892 . G T 361.96 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00384163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.511;QD=17.8745;RBI=0.032636;REFB=-0.00613295;REVB=-0.0324091;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233548;STB=0.629755;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0091587;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:20:18:31:12:20:18:31:12 chr11 8174966 . G A 86.08 PASS AF=0.315789;AO=9;DP=35;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0511199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.772;QD=9.06152;RBI=0.0511202;REFB=-0.0241056;REVB=-0.000166979;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882612;STB=0.61798;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0473046;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:35:38:25:26:9:12:0.315789:4:5:12:13:4:8:13:13 chr11 8251921 . G C 276.07 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0282057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.466;QD=13.3044;RBI=0.0332372;REFB=-0.0307746;REVB=-0.0175826;RO=51;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416044;STB=0.523794;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0473678;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:20:12:21:30:20:12:21:30 chr11 8284860 . G T 58.59 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00448212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.656;QD=14.6481;RBI=0.0686863;REFB=-0.0278157;REVB=0.0685399;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016037;OID=.;OPOS=8284860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:2:6:6:1:2:6:6:2 chr11 8435077 . CA TC 458.27 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.00966026;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.469;QD=15.5345;RBI=0.0166244;REFB=-0.00719507;REVB=-0.0135297;RO=67;SAF=17;SAR=34;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608195;STB=0.534148;STBP=0.535;TYPE=mnp;VARB=0.0110483;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:67:67:51:51:0.432203:34:17:26:41:34:17:26:41 chr11 8486310 . C A 305.03 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0083524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.443;QD=15.0634;RBI=0.00918028;REFB=-0.0225084;REVB=0.00380985;RO=47;SAF=8;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222261;STB=0.607644;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0487172;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:33:34:0.419753:25:8:20:27:25:9:20:27 chr11 8646670 . T G 229.99 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0156972;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.95;QD=11.6451;RBI=0.0827122;REFB=-0.00322119;REVB=-0.081209;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126723;STB=0.572952;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00399801;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:51:28:28:0.35443:15:13:18:33:15:13:18:33 chr11 8646763 . G C 42.38 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0391003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.389;QD=5.29803;RBI=0.0455968;REFB=-0.0155382;REVB=0.0234572;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424775;STB=0.72767;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0463598;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:32:24:25:6:7:0.21875:3:3:4:20:4:3:4:21 chr11 8669609 . CAAAAC CAAAC,CAAACA 32.61 PASS AF=0.25,0.0178571;AO=14,2;DP=56;FAO=14,1;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=11,1;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.114534,-0.0791499;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.149,125.531;QD=2.32926;RBI=0.155691,0.0806982;REFB=-0.111368,-0.0081648;REVB=0.10546,-0.0157315;RO=35;SAF=11,2;SAR=3,0;SRF=8;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.596906,0.599713;STB=0.845728,0.994339;STBP=0.01,0.129;TYPE=del,mnp;VARB=0.136799,0.119862;OID=.,.;OPOS=8669610,8669613;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=CAAAC,CAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.0178571:14,2:56:14,1:56:41:11,1:3,0:11:30:33:35:11,2:3,0:8:27 chr11 8693405 . G A 394.5 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00816022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.273;QD=19.9747;RBI=0.0156696;REFB=-0.0185272;REVB=-0.0133771;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106327;STB=0.558833;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0175335;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:22:18:13:26:22:18:13:26 chr11 8788168 . A T 741.46 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.943;QD=63.1027;RBI=0.00900733;REFB=0;REVB=-0.00045032;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85711e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr11 8788225 . A C 665.55 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.857;QD=61.9118;RBI=0.0788947;REFB=0;REVB=0.0321171;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376575;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:35:43:1:18:17:0:0:20:23:0:0 chr11 8866808 . C G 194.77 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0184638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0629;QD=17.3127;RBI=0.0406621;REFB=-0.0189582;REVB=-0.0362284;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299036;STB=0.671058;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0198956;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:6:14:10:15:6:14:10:15 chr11 8938934 . C T 128.7 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00480826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9516;QD=12.556;RBI=0.00515714;REFB=-0.0224787;REVB=0.00186459;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154342;STB=0.509079;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0389457;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:9:17:10:5:9:17 chr11 8942942 . C T 483.42 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00944098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.921;QD=20.792;RBI=0.0117496;REFB=-0.00927945;REVB=-0.00699439;RO=46;SAF=28;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182326;STB=0.60087;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0104884;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:19:28:18:28:19:28:18:28 chr11 8942999 . G A 1310.85 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.591;QD=61.6871;RBI=0.038064;REFB=0;REVB=-0.0101843;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26997e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:46:37:0:0:47:38:0:0 chr11 8947021 . A G 257.09 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3708;QD=51.4188;RBI=0.194167;REFB=0;REVB=-0.0156482;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005797;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:15:20:1:8:7:0:0:8:12:0:0 chr11 8947179 . G A 220.56 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0139466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.235;QD=14.2298;RBI=0.0145267;REFB=-0.0314977;REVB=-0.00406403;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893044;STB=0.568474;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0393022;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:35:36:25:26:0.419355:15:10:17:18:16:10:18:18 chr11 8947283 . G C 153.9 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00400587;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2193;QD=13.6797;RBI=0.0303168;REFB=-0.0160061;REVB=0.030051;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309889;STB=0.67077;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0270603;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:28:17:17:0.377778:8:9:7:22:8:9:7:21 chr11 8948680 . A T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0100783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4912;QD=12.4023;RBI=0.023515;REFB=0.0173333;REVB=-0.0212458;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368119;STB=0.521711;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0217546;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:12:4:8:21:12:4:8:21 chr11 8959370 . G A 343.57 PASS AF=0.596491;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00577346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.765;QD=24.1101;RBI=0.0106333;REFB=-0.0219112;REVB=0.00892943;RO=23;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205888;STB=0.508542;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0156465;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:23:33:34:0.596491:20:13:9:14:20:14:9:14 chr11 8959511 . T G 489.75 PASS AF=0.857143;AO=35;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0110612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.297;QD=46.643;RBI=0.0130637;REFB=0.00666855;REVB=-0.00695048;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508017;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.000125914;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:0:6:35:36:0.857143:15:20:0:0:16:20:3:3 chr11 8959545 . C A 181.76 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0252674;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1771;QD=15.1469;RBI=0.0286924;REFB=-0.00297113;REVB=-0.0135945;RO=29;SAF=5;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409498;STB=0.736593;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00609219;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:29:29:19:19:0.395833:14:5:19:10:14:5:19:10 chr11 9005036 . T A 1119.38 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192249;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.791;QD=60.5072;RBI=0.0193608;REFB=0;REVB=-0.00229;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40765e-05;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:44:30:0:0:44:30:0:0 chr11 9009175 . A G 48.24 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00613413;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0303;QD=9.18892;RBI=0.0109751;REFB=-0.00692835;REVB=0.00910082;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473679;STB=0.785954;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00623229;OID=.;OPOS=9009175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:21:21:13:14:7:7:0.333333:6:1:7:6:6:1:7:7 chr11 9045960 . T A 770.55 PASS AF=0.47093;AO=78;DP=169;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.00198361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.532;QD=17.9198;RBI=0.00247411;REFB=-0.0123282;REVB=-0.00147868;RO=91;SAF=28;SAR=50;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178468;STB=0.58375;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0143156;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:91:91:78:81:0.47093:50:28:49:42:50:31:49:42 chr11 9052423 . A C 792.79 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.59;QD=56.6278;RBI=0.147587;REFB=0;REVB=0.0450266;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431997;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:30:24:0:0:31:25:0:0 chr11 9069046 . G A 351.65 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0243013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.03;QD=15.6288;RBI=0.0311576;REFB=-0.0212173;REVB=0.0194999;RO=52;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737112;STB=0.541596;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0236615;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:17:21:25:27:17:21:25:27 chr11 9316937 . G A 452.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7048;QD=56.6104;RBI=0.0536146;REFB=0;REVB=0.038042;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123355;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:22:8:0:0:22:10:0:0 chr11 9406349 . T C 1156.97 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369602;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.736;QD=60.8933;RBI=0.0415634;REFB=0;REVB=0.0190121;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87068e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr11 9537904 . G C 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0106349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.311;QD=26.493;RBI=0.0232856;REFB=0.00947882;REVB=0.0207152;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15699;STB=0.587057;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00296903;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:8:9:7:2:8:9:7:2 chr11 9602477 . A G 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0153277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.46;QD=20.4533;RBI=0.0161879;REFB=-0.0203293;REVB=0.00520671;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383504;STB=0.521713;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0152692;OID=.;OPOS=9602477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:5:12:10:5:5:12:10:5 chr11 9607032 . A G 363.73 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0452559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5318;QD=13.4716;RBI=0.0532105;REFB=0.0140562;REVB=-0.0279868;RO=64;SAF=20;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119003;STB=0.562391;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0253146;OID=.;OPOS=9607032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:65:43:43:0.398148:23:20:37:27:23:20:37:28 chr11 9769483 . C T 748.38 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0611408;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1669;QD=52.518;RBI=0.072114;REFB=0.00376061;REVB=0.0382391;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.517851;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00282457;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:1:2:53:55:0.964912:27:26:1:0:28:27:2:0 chr11 9771886 . TCAAAA T 39.1 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.018354;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=155.696;QD=9.77523;RBI=0.0300821;REFB=-0.0157316;REVB=-0.0238341;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=del;VARB=0.0132068;OID=.;OPOS=9771887;OREF=CAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:15:6:16:10:2:4:3:7:39:0:2:4:0:0 chr11 9800601 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.492;QD=62.6711;RBI=0.0311783;REFB=0;REVB=-0.00757638;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23061e-05;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr11 9800821 . T C 561.33 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829925;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5716;QD=60.6847;RBI=0.0335391;REFB=0;REVB=0.032496;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258431;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr11 9853777 . G C 240.35 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0219666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7287;QD=14.5665;RBI=0.0676831;REFB=0.0138811;REVB=0.0640193;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395331;STB=0.511005;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0179627;OID=.;OPOS=9853777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:12:16:21:16:12:16:21:17 chr11 10328746 . CTCCCCTAT CTCCCCCCTAT,CTCCCCCTA,CTCCCCCTAT,TCCCCCTAT 583.66 PASS AF=0.0638298,0,0.93617,0;AO=5,3,28,2;DP=50;FAO=3,0,44,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,20,0;FSAR=2,0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907339,0.100866,0.166611,-0.00434385;FXX=0.059988;HRUN=4,1,4,2;LEN=2,3,1,2;MLLD=12.998,6.77859,17.8298,24.4025;QD=49.6729;RBI=0.0999592,0.10557,0.184571,0.0197228;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0419428,0.0311619,0.0794189,-0.0192385;RO=3;SAF=1,2,13,1;SAR=4,1,15,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.496916,-0.352427,-0.0959679,-0.473628;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,mnp,ins,mnp;VARB=0.0400677,0.0444008,-0.0427821,0;OID=.,.,.,.;OPOS=10328748,10328752,10328748,10328746;OREF=-,TAT,-,CT;OALT=CC,CTA,C,TC;OMAPALT=CTCCCCCCTAT,CTCCCCCTA,CTCCCCCTAT,TCCCCCTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:14:50:47:3:0:5,3,28,2:3,0,44,0:0.0638298,0,0.93617,0:4,1,15,1:1,2,13,1:3:0:2,0,24,0:1,0,20,0:0:0 chr11 10521764 . T C 758.44 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749277;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.578;QD=63.2036;RBI=0.0212628;REFB=0;REVB=0.0198989;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71248e-05;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr11 10530491 . G A 303.66 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00170857;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.244;QD=25.3046;RBI=0.0610495;REFB=-0.00743212;REVB=0.0610256;RO=21;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158476;STB=0.588168;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00550573;OID=.;OPOS=10530491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:9:18:10:11:9:18:10:11 chr11 10555589 . A G 1948.94 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8518;QD=61.871;RBI=0.0171809;REFB=0;REVB=0.00768249;RO=0;SAF=72;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9059e-05;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:52:72:0:0:53:73:0:0 chr11 10597081 . G A 561.65 PASS AF=0.544554;AO=51;DP=99;FAO=55;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0100311;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.667;QD=22.2435;RBI=0.01315;REFB=-0.020222;REVB=0.00850284;RO=35;SAF=28;SAR=23;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215117;STB=0.60215;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0139901;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:35:44:51:55:0.544554:23:28:9:26:26:29:13:31 chr11 10597887 . C G 311.83 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0278053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.376;QD=16.6311;RBI=0.0290666;REFB=-0.0455033;REVB=-0.00846969;RO=41;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206054;STB=0.615931;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0603699;OID=.;OPOS=10597887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:12:22:18:23:12:22:18:23 chr11 10647702 . G A 689.21 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00111715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.423;QD=22.4134;RBI=0.00568602;REFB=-0.0172451;REVB=0.00557519;RO=55;SAF=36;SAR=31;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127524;STB=0.565471;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0138568;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:55:56:67:67:0.544715:31:36:21:34:31:36:22:34 chr11 10650329 . C T 283.43 PASS AF=0.553191;AO=27;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0292651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1768;QD=24.1216;RBI=0.0340584;REFB=0.00713158;REVB=0.0174221;RO=20;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969038;STB=0.539651;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00765794;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:27:26:0.553191:9:18:11:9:9:17:12:9 chr11 10655609 . C T 902.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3684;QD=58.2182;RBI=0.0489743;REFB=0;REVB=-0.0238145;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100018;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr11 10673739 . T C,G 4048.24 PASS AF=0.922509,0.0664207;AO=249,19;DP=270;FAO=250,18;FDP=271;FR=.;FRO=3;FSAF=91,17;FSAR=159,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.015662,-0.0249507;FXX=0.00367634;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.96,81.2043;QD=59.7526;RBI=0.0176902,0.0249746;REFB=-0.0810395,-0.0108092;REVB=0.00822467,0.00109111;RO=0;SAF=90,18;SAR=159,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.92904e-08,0;STB=0.503867,0.641314;STBP=0.285,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000493741,0.03735;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:270:271:0:3:249,19:250,18:0.922509,0.0664207:159,1:90,18:0:0:159,1:91,17:2:1 chr11 10715124 . T C 780.25 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.931;QD=56.7452;RBI=0.0620373;REFB=0;REVB=0.0564005;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156109;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr11 10786142 . C T 388.75 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00755461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7828;QD=18.7351;RBI=0.0359851;REFB=-0.0221094;REVB=-0.0351832;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141706;STB=0.507894;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0244389;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:18:22:23:20:18:22:23:20 chr11 10786175 . C T 396.27 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0134896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3823;QD=17.8099;RBI=0.0212282;REFB=0.0221859;REVB=-0.0163911;RO=48;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554183;STB=0.530978;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.024481;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:19:22:23:25:19:22:23:25 chr11 10822350 . C T 1822.48 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.805;QD=61.2599;RBI=0.0130265;REFB=0;REVB=0.0128628;RO=0;SAF=46;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17321e-06;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:73:46:0:0:73:46:0:0 chr11 10823079 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.805;QD=60.2284;RBI=0.0315667;REFB=0;REVB=0.030513;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71415e-05;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr11 10828361 . C A 868.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0717;QD=57.8716;RBI=0.0801109;REFB=0;REVB=-0.0200351;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622908;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr11 11292700 . G C 1196.25 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.927;QD=59.8124;RBI=0.0381127;REFB=-0.146816;REVB=0.0367526;RO=1;SAF=46;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010181;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000878977;OID=.;OPOS=11292700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:1:79:79:0.9875:33:46:1:0:33:46:1:0 chr11 11354346 . T C 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0154859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.563;QD=14.3995;RBI=0.0202299;REFB=-0.000334164;REVB=0.0130167;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730532;STB=0.541633;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.000732657;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:18:16:10:15:18:16 chr11 11373508 . T C 236.98 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6181;QD=49.8902;RBI=0.107567;REFB=0;REVB=0.0942243;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00648616;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr11 11373587 . AG GA,GG 1476.54 PASS AF=0.03,0.97;AO=45,49;DP=98;FAO=3,97;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=1,56;FSAR=2,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803915,0.0933447;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=180.992,248.932;QD=59.0616;RBI=0.0940158,0.106547;REFB=0,0;REVB=0.048746,0.0513715;RO=0;SAF=31,24;SAR=14,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00040847,0.00364394;OID=.,.;OPOS=11373587,11373587;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:98:100:0:0:45,49:3,97:0.03,0.97:14,25:31,24:0:0:2,41:1,56:0:0 chr11 11373635 . C T 1938.06 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382755;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9782;QD=62.0178;RBI=0.0421325;REFB=0;REVB=0.0176106;RO=0;SAF=76;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193292;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:49:76:0:0:49:76:0:0 chr11 11373808 . T G 1339.66 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.913;QD=62.3099;RBI=0.0425769;REFB=0;REVB=-0.0388371;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02596e-05;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:47:39:0:0 chr11 11373925 . A C 1028.51 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00273599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2202;QD=57.9442;RBI=0.0121423;REFB=-0.0718905;REVB=-0.01183;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000166724;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:0:1:70:70:0.985915:27:43:0:0:27:43:0:1 chr11 11373960 . C T 1065.88 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045937;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5316;QD=60.0495;RBI=0.0501138;REFB=0;REVB=0.0200295;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366406;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr11 11374016 . T A 1276.69 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.719;QD=61.5274;RBI=0.0319947;REFB=0;REVB=-0.00801598;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90201e-05;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:38:43:0:0:39:44:0:0 chr11 11374283 . T G 2297.43 PASS AF=0.986486;AO=144;DP=147;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0129415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.535;QD=62.0928;RBI=0.0142941;REFB=-0.0428066;REVB=0.00606963;RO=2;SAF=89;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325405;STB=0.501662;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000496747;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:148:2:2:144:146:0.986486:55:89:1:1:56:90:1:1 chr11 11913585 . G T 1098.92 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0170429;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.84;QD=56.3548;RBI=0.0217053;REFB=-0.0812399;REVB=-0.013441;RO=2;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164471;STB=0.507717;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000691741;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:78:78:2:3:75:75:0.961538:40:35:1:1:40:35:2:1 chr11 11986061 . T C 1055.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.044;QD=59.4599;RBI=0.0293426;REFB=0;REVB=-0.0116662;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22512e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:34:35:0:0:35:36:0:0 chr11 12246233 . G C 476.07 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0217215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5357;QD=21.8882;RBI=0.029347;REFB=0.0153092;REVB=-0.0197338;RO=41;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00816329;STB=0.504503;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0198766;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:22:24:21:20:22:24:21:20 chr11 12285090 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00203974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.652;QD=15.626;RBI=0.0122314;REFB=-0.0049998;REVB=0.0120602;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137177;STB=0.578856;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00699056;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:14:9:9:8:14:9 chr11 12315186 . G A 366.57 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0110688;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.106;QD=21.2506;RBI=0.0113113;REFB=-0.0187314;REVB=0.00232946;RO=28;SAF=7;SAR=30;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112773;STB=0.564005;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0251354;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:28:32:37:37:0.536232:30:7:8:20:30:7:9:23 chr11 12315407 . G C 453.78 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0356681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.02;QD=55.0036;RBI=0.0444502;REFB=0.0236774;REVB=0.0265257;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00120885;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:12:20:0:1:12:20:0:1 chr11 12315716 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.302;QD=53.3621;RBI=0.0471843;REFB=-0.0864111;REVB=0.0147895;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000690165;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:0:1:13:16:0:1 chr11 12315848 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0201509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0326;QD=23.3982;RBI=0.0211728;REFB=0.00279419;REVB=0.00649832;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00126058;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:2:1:3:5:2:1 chr11 12315891 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.457;QD=44.6889;RBI=0.0516358;REFB=0;REVB=0.0362794;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894479;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 12315915 . A G 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0107096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.871;QD=24.0712;RBI=0.0110962;REFB=-0.000294786;REVB=0.00290363;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161289;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=9.70006e-05;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:5:2:4:9:5:2 chr11 12534707 . G A 772.07 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.53;QD=61.7656;RBI=0.0523918;REFB=-0.0321126;REVB=-0.0371168;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00283341;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:0:1:30:19:0:1 chr11 12903443 . C T 556.62 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.092;QD=60.1745;RBI=0.0233175;REFB=0;REVB=0.0226937;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30297e-05;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr11 13398129 . T A 1561.4 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.9;QD=59.482;RBI=0.0604565;REFB=0;REVB=0.05931;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83063e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:105:0:0:98:105:1:45:53:0:0:52:53:0:0 chr11 13929046 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.194;QD=44.6898;RBI=0.0300594;REFB=0;REVB=-0.0230475;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94278e-05;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 14101493 . G GC 610.34 PASS AF=1;AO=49;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.3426;QD=44.3885;RBI=0.147712;REFB=0;REVB=0.120348;RO=5;SAF=28;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0049443;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:56:55:55:0:33:22:0:0:11:5:28:21:3:2 chr11 14632570 . A C 693.76 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137213;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.526;QD=63.0687;RBI=0.0266632;REFB=0;REVB=0.0228616;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274981;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr11 14810762 . A G 722.0 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.727;QD=56.6277;RBI=0.0202096;REFB=0;REVB=0.00902122;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348189;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:29:20:0:0:31:20:0:0 chr11 14913575 . G A 2963.51 PASS AF=0.994709;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.347;QD=62.7198;RBI=0.0641795;REFB=-0.0703431;REVB=0.0530585;RO=1;SAF=102;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556896;STB=0.50289;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000197615;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:189:1:1:187:188:0.994709:85:102:0:1:86:102:0:1 chr11 14991539 . T C 2260.05 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0189831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1233;QD=61.9191;RBI=0.0191014;REFB=0.00351113;REVB=-0.00212342;RO=1;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674524;STB=0.50019;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000198648;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:146:146:1:2:144:144:0.986301:70:74:0:1:70:74:1:1 chr11 15199957 . T C 502.73 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175463;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.8992;QD=59.1451;RBI=0.0668655;REFB=0;REVB=0.0645223;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268073;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr11 16816252 . GTTTTTC GTTTTC,GTTTTCG,TGTTTTC 118.14 PASS AF=0.7,0,0;AO=12,2,3;DP=31;FAO=21,0,0;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=5,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.135062,0.0121536,-0.0116137;FXX=0.0322477;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=10.0868,18.9712,44.3355;QD=15.7527;RBI=0.23686,0.173645,0.200239;REFB=-0.149946,-0.0786139,-0.0330796;REVB=-0.194579,-0.173219,-0.199902;RO=10;SAF=1,1,0;SAR=11,1,3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.693867,-0.493481,-0.78742;STB=0.709686,0.5,0.5;STBP=0.006,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.119117,0.129301,0;OID=.,.,.;OPOS=16816253,16816257,16816252;OREF=T,TC,GT;OALT=-,CG,TG;OMAPALT=GTTTTC,GTTTTCG,TGTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:30:10:9:12,2,3:21,0,0:0.7,0,0:11,1,3:1,1,0:9:1:16,0,0:5,0,0:8:1 chr11 16872822 . C G 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00571136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2226;QD=16.9219;RBI=0.0168521;REFB=0.00396178;REVB=-0.0158548;RO=34;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147634;STB=0.583275;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00296655;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:21:9:15:19:21:9:15:19 chr11 17110908 . AA TG 240.23 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0204725;FXX=0.0384566;HRUN=4;LEN=2;MLLD=131.309;QD=12.8121;RBI=0.034379;REFB=-0.00180892;REVB=-0.0276188;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500401;STB=0.523881;STBP=0.78;TYPE=mnp;VARB=0.0051989;OID=.;OPOS=17110908;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:42:46:28:29:0.386667:14:14:23:19:15:14:24:22 chr11 17172133 . T C 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0425163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.904;QD=18.807;RBI=0.0431606;REFB=-0.0132382;REVB=-0.00742985;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116531;STB=0.50649;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0162484;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:17:19:20:17:17:19:20:17 chr11 17191019 . A G 276.07 PASS AF=0.537037;AO=27;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00432546;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4623;QD=20.4496;RBI=0.0527552;REFB=-0.0106907;REVB=-0.0525776;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199461;STB=0.586147;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0108826;OID=.;OPOS=17191019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:27:29:0.537037:17:10:15:10:17:12:15:10 chr11 17333663 . G A 469.59 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000651126;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0335;QD=58.699;RBI=0.0535468;REFB=0;REVB=0.0535429;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140016;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:18:12:0:0:20:12:0:0 chr11 17339127 . T C 436.14 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00751214;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.171;QD=54.5179;RBI=0.0330385;REFB=-0.146394;REVB=0.0321731;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000891015;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:16:15:0:0:16:15:0:1 chr11 17351683 . C G 70.55 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.108645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9436;QD=17.6386;RBI=0.109366;REFB=-0.079103;REVB=0.0125391;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.616187;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0590641;OID=.;OPOS=17351683;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:6:7:9:9:0.5625:4:5:2:4:4:5:2:5 chr11 17352476 . TTACA T,TT 131.73 PASS AF=0,0.46875;AO=4,10;DP=31;FAO=0,15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=0,8;FSAR=0,7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0148223,0.019023;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,3;MLLD=322.142,332.435;QD=16.4666;RBI=0.0148373,0.0190456;REFB=0.00101169,0.000663174;REVB=-0.000666246,-0.000926656;RO=16;SAF=3,5;SAR=1,5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.352936,0.0644098;STB=0.5,0.56423;STBP=1,0.512;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00099498;OID=.,.;OPOS=17352477,17352478;OREF=TACA,ACA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.46875:4,10:31:0,15:32:17:0,8:0,7:7:10:99:16:3,5:1,5:7:9 chr11 17408251 . G A 226.21 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0114718;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.954;QD=24.4548;RBI=0.0397763;REFB=-0.00359913;REVB=0.0380861;RO=13;SAF=17;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353461;STB=0.698436;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00262516;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:13:15:21:22:0.594595:4:17:5:8:5:17:5:10 chr11 17408404 . C T 313.14 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00679611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.974;QD=11.5977;RBI=0.0141575;REFB=-0.0111963;REVB=-0.0124197;RO=68;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468337;STB=0.531293;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0264885;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:69:39:39:0.361111:20:19:36:32:20:19:37:32 chr11 17408630 . C T 314.81 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.010664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.328;QD=19.6757;RBI=0.0207774;REFB=-0.0141164;REVB=-0.017832;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204579;STB=0.620812;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00718635;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:13:20:11:19:13:20:11:20 chr11 17409069 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.034379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.521;QD=9.91659;RBI=0.0358331;REFB=-0.0199078;REVB=0.0101044;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385644;STB=0.731229;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0319345;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:12:5:6:3:12:5 chr11 17409572 . T C 332.68 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00299102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.18;QD=26.6145;RBI=0.00497081;REFB=-0.0237816;REVB=0.00397023;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114352;STB=0.563064;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0209049;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:15:14:7:14:15:14:7:14 chr11 17416987 . TG T 36.35 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.121719;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7163;QD=6.05804;RBI=0.146178;REFB=-0.0665175;REVB=0.0809473;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0.381818;SSEP=0;SSSB=0.466517;STB=0.67699;STBP=0.224;TYPE=del;VARB=0.0736889;OID=.;OPOS=17416988;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:24:9:24:15:7:2:8:7:36:12:7:1:6:6 chr11 17418477 . C A 291.98 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0256312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1648;QD=21.6283;RBI=0.0291234;REFB=-0.00633767;REVB=-0.013828;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207666;STB=0.615306;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00452164;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:10:20:10:14:10:20:10:14 chr11 17448704 . G A 537.64 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.772;QD=58.1233;RBI=0.0619594;REFB=0;REVB=0.055646;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399241;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:23:13:1:0:23:14:0:0 chr11 17496516 . A G 346.97 PASS AF=0.652174;AO=28;DP=43;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00248954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.357;QD=30.1714;RBI=0.00461293;REFB=-0.0171172;REVB=0.00388347;RO=12;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0121121;OID=.;OPOS=17496516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:12:16:28:30:0.652174:14:14:6:6:16:14:8:8 chr11 17519742 . C G 566.26 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00767077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.202;QD=51.4779;RBI=0.0200475;REFB=-0.0496815;REVB=-0.018522;RO=3;SAF=30;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781173;STB=0.534465;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0118324;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:3:4:39:40:0.909091:9:30:1:2:9:31:2:2 chr11 17542439 . T C 412.33 PASS AF=0.473118;AO=41;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=9;FWDB=-0.0187139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.094;QD=17.7348;RBI=0.0650092;REFB=-0.0130124;REVB=0.0622575;RO=46;SAF=27;SAR=14;SRF=38;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190291;STB=0.608457;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0163166;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:46:49:41:44:0.473118:14:27:38:8:16:28:40:9 chr11 17547920 . C T 237.1 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0127219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.761;QD=11.4264;RBI=0.0179116;REFB=-0.0146422;REVB=0.0126087;RO=54;SAF=19;SAR=10;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159607;STB=0.592655;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0322715;OID=.;OPOS=17547920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:10:19:28:26:10:19:28:26 chr11 17614750 . A T 262.08 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0371967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.054;QD=25.5686;RBI=0.045582;REFB=-0.0291517;REVB=0.0263463;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531724;STB=0.529507;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0274026;OID=.;OPOS=17614750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:9:8:13:11:9:8 chr11 17627613 . G C 175.69 PASS AF=0.388889;AO=22;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00937143;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.924;QD=13.0142;RBI=0.0293774;REFB=-0.0240724;REVB=0.0278425;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231259;STB=0.645036;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0389743;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:33:22:21:0.388889:10:12:25:8:10:11:25:8 chr11 17799345 . C T 482.87 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0221518;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.764;QD=20.5475;RBI=0.0223075;REFB=-0.0182075;REVB=-0.00263107;RO=46;SAF=27;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719696;STB=0.544072;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0129494;OID=.;OPOS=17799345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:47:47:47:0.5:20:27:30:16:20:27:31:16 chr11 17948311 . T C 801.11 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.057;QD=57.222;RBI=0.00591309;REFB=0;REVB=-0.00242521;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16288e-05;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr11 18105213 . G T 541.06 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00216253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.073;QD=20.0393;RBI=0.0305501;REFB=-0.00471104;REVB=-0.0304735;RO=49;SAF=30;SAR=26;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056326;STB=0.535702;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00380339;OID=.;OPOS=18105213;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:49:52:56:56:0.518519:26:30:23:26:26:30:24:28 chr11 18159162 . TGTCATCA T,TGTCATCG 1160.05 PASS AF=0.35443,0.64557;AO=27,44;DP=85;FAO=28,51;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=10,31;FSAR=18,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741375,0.0122187;FXX=0.0919435;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=120.678,113.475;QD=58.7368;RBI=0.0115748,0.0152837;REFB=0,0;REVB=0.00888895,-0.00918122;RO=0;SAF=10,28;SAR=17,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=2.34894e-06,0.00205954;OID=.,.;OPOS=18159163,18159169;OREF=GTCATCA,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGTCATCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.35443,0.64557:27,44:85:28,51:79:0:10,31:18,20:0:0:99:0:10,28:17,16:0:0 chr11 18159254 . A G 1192.31 PASS AF=0.953488;AO=78;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00754461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.692;QD=55.4562;RBI=0.0191788;REFB=-0.0700561;REVB=-0.0176325;RO=4;SAF=23;SAR=55;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225063;STB=0.51153;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00472436;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:4:4:78:82:0.953488:55:23:2:2:58:24:2:2 chr11 18194827 . C G 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0257189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.953;QD=15.6536;RBI=0.0259679;REFB=-0.00947064;REVB=-0.00358792;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961627;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00943331;OID=.;OPOS=18194827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:14:12:14:17:14:12:15:17 chr11 18194878 . T G 365.7 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00825804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.017;QD=18.7539;RBI=0.0143138;REFB=0.00710979;REVB=0.0116915;RO=40;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472221;STB=0.526302;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0105311;OID=.;OPOS=18194878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:20:18:21:19:20:18:21:19 chr11 18194944 . T A 276.69 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0455083;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.629;QD=18.1437;RBI=0.049602;REFB=-0.0187887;REVB=0.019732;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044965;STB=0.525147;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0188373;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:16:15:16:14:16:15 chr11 18194964 . A G 210.73 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.017802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0831;QD=14.0488;RBI=0.0457214;REFB=-0.025996;REVB=-0.0421134;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133913;STB=0.5763;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.036632;OID=.;OPOS=18194964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:11:14:15:20:11:14:15:20 chr11 18195051 . T C 632.34 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0196973;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.197;QD=57.4855;RBI=0.0464782;REFB=-0.071591;REVB=0.0420979;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167228;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:21:21:0:1:21:21:1:1 chr11 18195448 . C T 418.08 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0136379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.489;QD=19.9087;RBI=0.0136524;REFB=-0.00779952;REVB=0.0006295;RO=41;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990729;STB=0.511981;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00641074;OID=.;OPOS=18195448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:42:42:42:0.5:19:23:22:19:19:23:22:20 chr11 18210480 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.825;QD=35.5758;RBI=0.0776366;REFB=0;REVB=0.0702024;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102342;OID=.;OPOS=18210480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 18210580 . C T 268.98 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0570845;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9352;QD=15.3704;RBI=0.0877805;REFB=-0.039016;REVB=0.0666842;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274037;STB=0.649597;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0537659;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:21:9:22:17:21:9:22:18 chr11 18231749 . T G 200.13 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0861888;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7585;QD=19.5251;RBI=0.0877531;REFB=0.00575722;REVB=-0.0164954;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139349;STB=0.570487;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00866465;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:21:20:20:0.487805:14:6:4:18:14:6:4:17 chr11 18253176 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0353758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.298;QD=8.81098;RBI=0.0416617;REFB=0.00272937;REVB=-0.0220057;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141704;STB=0.58795;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0284868;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:4:7:3:3:4:7 chr11 18267027 . C T 964.33 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0113114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7967;QD=55.9033;RBI=0.0390407;REFB=-0.00199349;REVB=0.0373662;RO=2;SAF=33;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277737;STB=0.514701;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000186667;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:2:2:66:67:0.971014:33:33:2:0:34:33:2:0 chr11 18267463 . A G 159.77 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0201686;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.336;QD=11.2119;RBI=0.0201802;REFB=-0.0479064;REVB=0.000682993;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101652;STB=0.551677;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0465952;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:36:21:21:0.368421:8:13:24:10:8:13:25:11 chr11 18267471 . A G 283.95 PASS AF=0.574074;AO=27;DP=49;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0225538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.065;QD=21.0331;RBI=0.0241568;REFB=-0.0523105;REVB=-0.00865318;RO=22;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584047;STB=0.503266;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0290657;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:22:23:27:31:0.574074:10:17:14:8:11:20:15:8 chr11 18267478 . G A 103.03 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0414409;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.588;QD=7.92516;RBI=0.0526552;REFB=-0.00122722;REVB=0.0324841;RO=35;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184037;STB=0.609591;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0113567;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:38:14:14:0.269231:4:10:20:15:4:10:22:16 chr11 18291321 . T C 355.39 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00460899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.326;QD=12.4697;RBI=0.00908439;REFB=-0.00714248;REVB=0.00782837;RO=70;SAF=18;SAR=25;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120149;STB=0.564188;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00905533;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:71:43:43:0.377193:25:18:37:33:25:18:37:34 chr11 18301129 . AG GA 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00208898;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.79;QD=18.2489;RBI=0.00238808;REFB=-0.0179807;REVB=0.0011572;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310086;STB=0.681092;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.015272;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:11:2:5:7:11:2:5:7 chr11 18319180 . G T 93.19 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000119956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.688;QD=9.80996;RBI=0.0115412;REFB=-0.00978703;REVB=-0.0115406;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30396;STB=0.685387;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0271349;OID=.;OPOS=18319180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:13:13:9:3:13:13 chr11 18327684 . G T 433.27 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121412;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.417;QD=57.7688;RBI=0.014099;REFB=0;REVB=0.00716747;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000880922;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:31:30:1:12:19:0:0:11:19:0:0 chr11 18388128 . G C 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.027213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.718;QD=10.6672;RBI=0.0290188;REFB=-0.00461922;REVB=0.0100768;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.680784;STB=0.8992;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0182254;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:1:9:4:13:1:9:5:13 chr11 18422487 . C A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00672233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0097;QD=18.6414;RBI=0.0079213;REFB=0.0247627;REVB=0.00419014;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527657;STB=0.513503;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0333573;OID=.;OPOS=18422487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:26:25:25:0.490196:9:16:14:10:9:16:16:10 chr11 18424451 . C T 942.7 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.866;QD=57.1334;RBI=0.0356518;REFB=-0.0878602;REVB=0.0308382;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000338736;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:35:30:0:0:35:30:0:1 chr11 18424487 . A G 940.91 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7983;QD=57.0249;RBI=0.0253461;REFB=0.128477;REVB=-0.0192253;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00206757;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chr11 18467821 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.135;QD=57.1775;RBI=0.0394129;REFB=0;REVB=0.0214596;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26776e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr11 18487305 . C G 80.89 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0197964;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.603;QD=7.52476;RBI=0.0243322;REFB=-0.00590683;REVB=0.0141477;RO=31;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254647;STB=0.667752;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00934904;OID=.;OPOS=18487305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:4:7:13:18:4:7:13:19 chr11 18555901 . C G 142.87 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000503986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.697;QD=14.287;RBI=0.00715039;REFB=0.00306266;REVB=-0.00713261;RO=22;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540073;STB=0.812109;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00509924;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:24:16:16:0.4:13:3:16:6:13:3:17:7 chr11 18555949 . T C 167.82 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00162239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.915;QD=15.6115;RBI=0.0274282;REFB=-0.00910623;REVB=0.0273802;RO=25;SAF=2;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623975;STB=0.863198;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0188768;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:16:2:17:8:16:2:17:8 chr11 18633971 . G A 1239.92 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118726;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.872;QD=61.2305;RBI=0.0350355;REFB=0;REVB=0.0329625;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167112;OID=.;OPOS=18633971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:48:33:0:0 chr11 18731004 . C G 303.0 PASS AF=0.65;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0110855;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.862;QD=30.2995;RBI=0.033634;REFB=-0.0409826;REVB=0.0317547;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909643;STB=0.549962;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0242615;OID=.;OPOS=18731004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:14:14:26:26:0.65:13:13:9:5:13:13:9:5 chr11 18735396 . G T 107.73 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0492897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.857;QD=23.9388;RBI=0.0496105;REFB=-0.0301077;REVB=-0.00563215;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356213;STB=0.666388;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0155057;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:18:6:6:11:12:0.666667:3:8:1:5:4:8:1:5 chr11 18735465 . G A 250.66 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0209246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1397;QD=16.9941;RBI=0.021424;REFB=-0.0450777;REVB=-0.00459857;RO=30;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245072;STB=0.63148;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.059231;OID=.;OPOS=18735465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:8:20:14:16:8:20:15:16 chr11 18735947 . T C 155.3 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0131506;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1184;QD=14.4469;RBI=0.0170711;REFB=-0.0155664;REVB=-0.0108851;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630339;STB=0.536697;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0360635;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:9:17:12:5:9:17 chr11 18737095 . C T 253.06 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0356601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.357;QD=19.099;RBI=0.0506847;REFB=-0.0322418;REVB=0.036018;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214177;STB=0.619553;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0533353;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:17:9:16:11:17:9 chr11 18738281 . C T 179.5 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0330206;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.621;QD=21.7576;RBI=0.0882341;REFB=-0.0115354;REVB=-0.0818223;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261824;STB=0.505294;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0121538;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:15:18:18:0.545455:7:11:9:5:7:11:9:6 chr11 18738329 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0214497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.709;QD=13.7477;RBI=0.0221696;REFB=-0.02527;REVB=0.00560372;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162039;STB=0.592511;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0278181;OID=.;OPOS=18738329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:21:11:11:11:21:11 chr11 18743180 . C G 546.62 PASS AF=0.475;AO=55;DP=126;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00390568;FXX=0.0624951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.372;QD=18.2205;RBI=0.0248924;REFB=-0.0132233;REVB=0.0245841;RO=70;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660472;STB=0.528292;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0147561;OID=.;OPOS=18743180;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:120:70:63:55:57:0.475:24:31:39:31:25:32:32:31 chr11 18764026 . G C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0129271;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.52;QD=16.1194;RBI=0.0155742;REFB=-0.00632514;REVB=-0.00868596;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157135;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00605893;OID=.;OPOS=18764026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:22:25:6:13:12:12:0.48:5:7:5:1:5:7:7:6 chr11 18955744 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2427;QD=37.4885;RBI=0.110501;REFB=0;REVB=-0.103907;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00316026;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:1:7:0:0 chr11 19077755 . A C 481.99 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.941;QD=58.4232;RBI=0.0714469;REFB=0;REVB=0.0205035;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496312;OID=.;OPOS=19077755;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr11 19077765 . T C 515.62 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.157;QD=58.9276;RBI=0.0307745;REFB=0;REVB=0.0226515;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55382e-05;OID=.;OPOS=19077765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr11 19077904 . T G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0563835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.281;QD=53.3632;RBI=0.0569688;REFB=-0.140962;REVB=0.00814487;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00250159;OID=.;OPOS=19077904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:10:19:0:0:10:19:0:1 chr11 19167850 . A G 707.02 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00308581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2151;QD=28.2809;RBI=0.00856791;REFB=0.0213853;REVB=-0.00799293;RO=39;SAF=27;SAR=34;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235935;STB=0.512825;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.010542;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:34:27:16:23:34:27:16:23 chr11 19245854 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000880978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.977;QD=58.416;RBI=0.00538739;REFB=0;REVB=-0.00531487;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00259e-05;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr11 19263369 . CCTTTTTT CCTTTTTC,CCTTTT,TCCTTTTT 404.43 PASS AF=0.305556,0.694444,0;AO=4,10,6;DP=70;FAO=22,50,0;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42,0;FSAR=22,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029667,0.286393,0.31046;FXX=0.0526247;HRUN=15,15,2;LEN=1,2,3;MLLD=138.375,6.52126,8.69938;QD=22.4684;RBI=0.0331797,0.289696,0.325289;REFB=0.0497581,0.301166,0.190553;REVB=-0.0148581,-0.0436229,-0.0970955;RO=2;SAF=0,10,6;SAR=4,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767801,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0816296,-0.13702,0;OID=.,.,.;OPOS=19263376,19263371,19263369;OREF=T,TT,CCT;OALT=C,-,TCC;OMAPALT=CCTTTTTC,CCTTTT,TCCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:70:72:2:0:4,10,6:22,50,0:0.305556,0.694444,0:4,0,0:0,10,6:2:0:22,8,0:0,42,0:0:0 chr11 19612775 . C T 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5172;QD=61.3289;RBI=0.0621268;REFB=0;REVB=-0.0297359;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182832;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 19854088 . G A 618.28 PASS AF=0.543103;AO=60;DP=111;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0384016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5131;QD=21.3201;RBI=0.0458598;REFB=-0.000470317;REVB=0.0250687;RO=51;SAF=24;SAR=36;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126251;STB=0.569661;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0026868;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:116:51:53:60:63:0.543103:36:24:28:23:38:25:29:24 chr11 19901632 . G A 358.73 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0397771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0875;QD=25.1737;RBI=0.0447589;REFB=-0.0429732;REVB=-0.0205217;RO=21;SAF=10;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113024;STB=0.555523;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0250406;OID=.;OPOS=19901632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:22:35:35:0.614035:25:10:9:12:25:10:9:13 chr11 19955194 . G C 334.52 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00207743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.783;QD=27.3074;RBI=0.00360659;REFB=-0.0230726;REVB=-0.00294818;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112513;STB=0.561918;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.030006;OID=.;OPOS=19955194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:16:13:6:14:16:13:6:14 chr11 19955500 . A G 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0181325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.537;QD=13.9955;RBI=0.0181669;REFB=-0.0117925;REVB=-0.00111738;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064053;STB=0.544873;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0151401;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:11:18:23:18:11:18:23:19 chr11 19970501 . T C 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0404;QD=58.5751;RBI=0.0543437;REFB=0;REVB=0.032778;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120251;OID=.;OPOS=19970501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr11 19970558 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.83;QD=59.8368;RBI=0.0536427;REFB=0;REVB=-0.053243;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15197e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr11 19970579 . C T 820.56 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221015;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2485;QD=57.5831;RBI=0.0222664;REFB=0;REVB=0.00270512;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24548e-05;OID=.;OPOS=19970579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr11 20044696 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00922587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.769;QD=10.1699;RBI=0.0310482;REFB=0.000943609;REVB=-0.0296459;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126689;STB=0.593048;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00207173;OID=.;OPOS=20044696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:7:4:10:11:7:4:11:11 chr11 20065673 . G T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000527749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.69;QD=62.9826;RBI=0.0445859;REFB=0;REVB=0.0445828;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19105e-05;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 20065779 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7112;QD=39.2053;RBI=0.0911467;REFB=0;REVB=-0.0869812;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0042227;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 20067064 . C A,T 745.51 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=2,51;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014297,0.03041;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.817,110.714;QD=56.2651;RBI=0.0165058,0.0324954;REFB=0,0;REVB=-0.0164437,0.0114534;RO=0;SAF=1,30;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129043,0.000852264;OID=.,.;OPOS=20067064,20067064;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:53:53:0:0:2,51:1,52:0.0188679,0.981132:1,21:1,30:0:0:1,21:0,31:0:0 chr11 20089792 . G C 594.93 PASS AF=0.491935;AO=60;DP=123;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0099242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6648;QD=19.1913;RBI=0.0191054;REFB=0.0102275;REVB=-0.0163256;RO=63;SAF=34;SAR=26;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650259;STB=0.53205;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0136374;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:63:63:60:61:0.491935:26:34:40:23:26:35:40:23 chr11 20089944 . T C 271.71 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0272718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.588;QD=19.4077;RBI=0.0304218;REFB=-0.0113634;REVB=0.0134809;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154579;STB=0.586147;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00870971;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:16:11:17:12:16:11 chr11 20099112 . A T 733.35 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704438;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.768;QD=56.4113;RBI=0.0105456;REFB=0;REVB=-0.00784764;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373796;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr11 20099541 . C T 272.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0871;QD=51.9839;RBI=0.0742971;REFB=0;REVB=0.0480074;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001811;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr11 20101704 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.204;QD=61.213;RBI=0.037546;REFB=0;REVB=0.0302557;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87819e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr11 20101744 . C A 825.83 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.334;QD=56.9535;RBI=0.00874255;REFB=0;REVB=-0.00788131;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023126;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:36:22:0:0 chr11 20104669 . G A 195.78 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0323675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.085;QD=17.7986;RBI=0.0338459;REFB=-0.0250026;REVB=0.00989415;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272943;STB=0.642718;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0100476;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:12:8:16:7:12:8:16:8 chr11 20112417 . A C 267.21 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00213883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.674;QD=28.1268;RBI=0.00707041;REFB=-0.00465893;REVB=0.00673915;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028631;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:12:12:7:7:12:12:7:7 chr11 20112492 . G A 171.06 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0164978;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.469;QD=16.689;RBI=0.0172545;REFB=-0.00407562;REVB=-0.00505379;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201114;STB=0.614849;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00394557;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:8:15:8:10:8:15 chr11 20117232 . T C 342.42 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00911292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.056;QD=15.5643;RBI=0.0111765;REFB=-0.00928078;REVB=0.00647054;RO=50;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544557;STB=0.524848;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0180086;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:18:19:23:27:18:19:24:27 chr11 20124914 . A C 1134.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.516;QD=60.5313;RBI=0.0125647;REFB=0;REVB=-0.00418389;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40721e-05;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr11 20139937 . C T 488.44 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0371744;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.713;QD=45.4366;RBI=0.0388751;REFB=-0.109898;REVB=0.0113725;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147385;STB=0.513392;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00145895;OID=.;OPOS=20139937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:43:43:2:7:36:36:0.837209:13:23:1:1:13:23:5:2 chr11 20140387 . A G 1442.3 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0478496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1914;QD=58.8692;RBI=0.0552088;REFB=-0.130507;REVB=0.0275395;RO=3;SAF=42;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130115;STB=0.500856;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00188705;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:98:3:2:94:96:0.979592:52:42:2:1:52:44:1:1 chr11 20140471 . A G 1488.02 PASS AF=0.971698;AO=101;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0617412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3957;QD=56.1516;RBI=0.0623204;REFB=-0.0192353;REVB=0.00847707;RO=3;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725903;STB=0.50404;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000482585;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:101:103:0.971698:54:47:1:2:54:49:1:2 chr11 20142377 . GTCAC G 795.22 PASS AF=1;AO=52;DP=66;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000832836;FXX=0.21736;HRUN=1;LEN=4;MLLD=284.564;QD=58.905;RBI=0.0157157;REFB=0;REVB=0.0156936;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000136036;OID=.;OPOS=20142378;OREF=TCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:66:54:54:0:38:16:0:0:4:0:36:16:0:0 chr11 20142448 . T C 666.75 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0284378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9165;QD=47.6251;RBI=0.0614604;REFB=-0.0121699;REVB=-0.0544855;RO=2;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351305;STB=0.504598;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00371952;OID=.;OPOS=20142448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:55:56:2:5:51:51:0.910714:23:28:1:1:23:28:3:2 chr11 20404613 . T G 592.79 PASS AF=1;AO=30;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.559;QD=60.7989;RBI=0.0565142;REFB=0;REVB=0.0484344;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722008;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:30:39:1:8:22:0:0:10:29:0:0 chr11 20429454 . T C 904.9 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.138;QD=56.5563;RBI=0.0350951;REFB=-0.103217;REVB=0.0350587;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544762;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:64:0:0:52:64:1:20:32:0:0:29:35:0:0 chr11 20515455 . TA T,TT 335.09 PASS AF=0.9875,0.0125;AO=23,13;DP=68;FAO=79,1;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49,1;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.219289,0.104983;FXX=0.0123442;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.70756,6.12811;QD=16.7547;RBI=0.235607,0.123759;REFB=0.0576258,-0.0456574;REVB=0.0861583,0.0655353;RO=21;SAF=22,3;SAR=1,10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0.491525,0;SSEP=0,0;SSSB=0.563216,-0.456621;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.025017,-0.00368889;OID=.,.;OPOS=20515456,20515456;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9875,0.0125:23,13:68:79,1:80:0:49,1:30,0:0:0:6:21:22,3:1,10:14:7 chr11 20529886 . G A 1347.91 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.093;QD=60.5802;RBI=0.0299842;REFB=-0.0487318;REVB=-0.0254525;RO=1;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119932;STB=0.506328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-6.87307e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:86:88:0.988764:39:47:0:1:39:49:0:1 chr11 20622975 . G A 205.62 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=27;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.132253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.009;QD=27.4155;RBI=0.138284;REFB=-0.0268976;REVB=0.040394;RO=10;SAF=3;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.521717;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0324412;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:30:10:10:17:20:0.666667:14:3:3:7:15:5:3:7 chr11 20623042 . T C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0106265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.063;QD=24.2461;RBI=0.0140165;REFB=-0.0496698;REVB=-0.00914004;RO=20;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827807;STB=0.545837;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0355168;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:7:18:16:4:7:18:16:4 chr11 20623156 . C G 903.93 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.019758;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.415;QD=56.4953;RBI=0.16335;REFB=-0.0271855;REVB=0.162151;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154749;STB=0.508194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00172444;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:61:63:0.984375:31:30:1:0:33:30:1:0 chr11 20639400 . A G 729.61 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5379;QD=55.0648;RBI=0.0621268;REFB=-0.0383566;REVB=0.0289672;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248625;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:1:0:52:53:1:25:27:0:1:26:27:0:0 chr11 20673867 . G A 1867.29 PASS AF=0.991935;AO=119;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0559769;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.104;QD=60.2352;RBI=0.0559785;REFB=0.0260504;REVB=-0.000417968;RO=1;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714286;STB=0.503649;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00136976;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:119:123:0.991935:66:53:0:1:68:55:0:1 chr11 20805286 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.099;QD=53.2754;RBI=0.0266787;REFB=0;REVB=-0.0254064;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192292;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:10:13:0:0 chr11 21305927 . T C 1573.27 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00682144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.293;QD=58.814;RBI=0.0211234;REFB=-0.0547908;REVB=0.0199916;RO=0;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93175e-08;STB=0.503816;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000172137;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:41:65:0:0:41:65:1:0 chr11 21581805 . C T 327.05 PASS AF=0.383838;AO=27;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0115952;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.908;QD=13.2143;RBI=0.0361712;REFB=-0.00664859;REVB=0.0342624;RO=51;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312416;STB=0.580828;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00840382;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:51:61:27:38:0.383838:8:19:22:29:15:23:29:32 chr11 22242729 . T C 480.66 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0420058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.462;QD=20.2384;RBI=0.042681;REFB=-0.00684699;REVB=0.00756208;RO=47;SAF=14;SAR=33;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879084;STB=0.556439;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00565501;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:48:47:47:0.494737:33:14:18:29:33:14:19:29 chr11 22647366 . G A 202.86 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00183085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.527;QD=23.8655;RBI=0.00245358;REFB=0.00173123;REVB=-0.00163341;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022539;STB=0.54995;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00154233;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:11:14:19:20:0.588235:8:11:6:5:9:11:6:8 chr11 22696451 . A G 1084.64 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575399;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.221;QD=59.4322;RBI=0.0733351;REFB=0;REVB=0.073109;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017976;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:73:0:0:64:73:1:24:40:0:0:32:41:0:0 chr11 22709973 . C A 1388.2 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136418;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4279;QD=62.3912;RBI=0.0191176;REFB=0;REVB=-0.0133934;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015775;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:47:41:0:0:47:42:0:0 chr11 22834189 . C T 205.76 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00219589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0762;QD=10.8295;RBI=0.0115239;REFB=-0.00846242;REVB=0.0113127;RO=50;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474875;STB=0.527586;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0184594;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:14:12:21:29:14:12:21:29 chr11 22881002 . C T 281.94 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0345442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.945;QD=14.6461;RBI=0.0524558;REFB=-0.0334758;REVB=-0.0394754;RO=45;SAF=21;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110137;STB=0.562622;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0349855;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:11:21:25:20:11:21:25:20 chr11 24759855 . G A 311.73 PASS AF=0.5;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0179932;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7661;QD=18.8925;RBI=0.0255033;REFB=-0.0425749;REVB=-0.0180739;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156968;STB=0.515311;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0345607;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:32:33:0.5:18:14:15:18:18:15:14:19 chr11 24784862 . A T 627.56 PASS AF=0.432099;AO=66;DP=158;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0192897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.571;QD=15.4953;RBI=0.0212875;REFB=-0.0237516;REVB=0.00900346;RO=92;SAF=34;SAR=32;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270274;STB=0.530567;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0279734;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:92:92:66:70:0.432099:32:34:45:47:32:38:45:47 chr11 25098938 . G C 638.8 PASS AF=0.515873;AO=61;DP=122;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0422861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4333;QD=20.2795;RBI=0.0541179;REFB=-0.0287824;REVB=-0.0337733;RO=61;SAF=14;SAR=47;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15161;STB=0.55862;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0386686;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:61:61:61:65:0.515873:47:14:22:39:48:17:22:39 chr11 26481611 . G A 349.93 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.891;QD=53.8349;RBI=0.0197105;REFB=0;REVB=-0.00817333;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002862;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr11 26568966 . A G 541.86 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00703303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.85;QD=15.593;RBI=0.042955;REFB=-0.0225382;REVB=-0.0423753;RO=79;SAF=30;SAR=29;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028064;STB=0.519252;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0372636;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:80:59:59:0.42446:29:30:38:41:29:30:38:42 chr11 26621117 . A C 639.36 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=152;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.000685793;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.389;QD=16.8251;RBI=0.00867533;REFB=-0.0211169;REVB=-0.00864818;RO=82;SAF=37;SAR=32;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473914;STB=0.529673;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0225909;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:82:83:69:69:0.453947:32:37:40:42:32:37:40:43 chr11 26656563 . C T 462.12 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0323994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.68;QD=18.1223;RBI=0.0325273;REFB=-0.00443382;REVB=0.00288172;RO=53;SAF=26;SAR=23;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142693;STB=0.579125;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00708381;OID=.;OPOS=26656563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:23:26:20:33:23:26:20:33 chr11 26677947 . C T 616.91 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0143872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.367;QD=20.9122;RBI=0.0274088;REFB=0.0138088;REVB=-0.0233292;RO=56;SAF=34;SAR=27;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923276;STB=0.546974;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00725374;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:61:62:0.525424:27:34:37:19:27:35:37:19 chr11 26692733 . T C 332.55 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0124532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0148;QD=11.8767;RBI=0.0183752;REFB=0.0125957;REVB=0.0135116;RO=71;SAF=21;SAR=20;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836837;STB=0.547803;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0246167;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:20:21:31:40:20:21:31:40 chr11 26692742 . G A 348.59 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00734551;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.104;QD=12.6759;RBI=0.0168227;REFB=0.00174617;REVB=-0.0151343;RO=68;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639263;STB=0.536346;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00317193;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:68:68:42:42:0.381818:21:21:30:38:21:21:30:38 chr11 26694979 . A G 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0132874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.007;QD=15.1704;RBI=0.014815;REFB=0.000159361;REVB=-0.00655183;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173705;STB=0.601295;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00104822;OID=.;OPOS=26694979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:9:15:13:4:9:15 chr11 26702664 . C T 1749.09 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4673;QD=60.8379;RBI=0.0478633;REFB=0;REVB=-0.0459028;RO=0;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154088;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:49:64:0:0:49:66:0:0 chr11 26705310 . A G 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.012495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.6;QD=13.773;RBI=0.0335588;REFB=-0.00484662;REVB=-0.0311459;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120975;STB=0.578869;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0145232;OID=.;OPOS=26705310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:9:11:13:17:9:11:13:18 chr11 26732923 . A G 695.76 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.313;QD=60.5008;RBI=0.0346446;REFB=0.00508645;REVB=-0.00177741;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-9.06654e-05;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:1:0:23:22:1:0 chr11 26734209 . C T 1080.31 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.794;QD=60.0173;RBI=0.0220648;REFB=0;REVB=0.00771886;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43765e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr11 27018202 . T C 294.68 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0167939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1436;QD=28.0643;RBI=0.078395;REFB=-0.00338402;REVB=0.076575;RO=15;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477493;STB=0.514695;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00311064;OID=.;OPOS=27018202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:16:26:26:0.619048:12:14:7:8:12:14:8:8 chr11 27076977 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0108183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4265;QD=21.8719;RBI=0.0281503;REFB=0.012529;REVB=0.0259885;RO=22;SAF=20;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29203;STB=0.654647;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0132313;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:8:20:8:14:8:20:9:14 chr11 27077118 . C T 1107.26 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173747;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.904;QD=57.5201;RBI=0.0175014;REFB=0.0304947;REVB=0.00210189;RO=2;SAF=33;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278103;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000303843;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:42:33:2:0:42:33:2:0 chr11 27388073 . ATTTTTTTAG ATTTTTTAG,ATTTTTTAGT,ATTTTTTTAGT 93.44 PASS AF=0.225,0.2,0.075;AO=9,7,6;DP=40;FAO=9,8,3;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=3,8,3;FSAR=6,0,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0762731,0.0255188,-0.0340104;FXX=0.0476077;HRUN=7,7,1;LEN=1,3,1;MLLD=10.9106,17.6863,13.6933;QD=9.34447;RBI=0.164964,0.056322,0.0537154;REFB=-0.0179541,-0.0529825,-0.0776971;REVB=0.146272,0.0502091,-0.0415769;RO=13;SAF=4,7,6;SAR=5,0,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0170594,0.763626,0.745917;STB=0.549886,0.998572,0.996824;STBP=0.766,0.001,0.034;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0138571,0.122168,0.0707354;OID=.,.,.;OPOS=27388074,27388080,27388083;OREF=T,TAG,-;OALT=-,AGT,T;OMAPALT=ATTTTTTAG,ATTTTTTAGT,ATTTTTTTAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225,0.2,0.075:9,7,6:40:9,8,3:40:20:3,8,3:6,0,0:8:12:35:13:4,7,6:5,0,0:6:7 chr11 27388910 . T C 429.35 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.000624082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.879;QD=17.1742;RBI=0.00554798;REFB=-0.0167176;REVB=0.00551276;RO=56;SAF=25;SAR=19;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686024;STB=0.538479;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0236722;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:19:25:28:28:19:25:28:28 chr11 27390089 . T C 943.93 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0227862;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.138;QD=55.525;RBI=0.0605837;REFB=0.0186305;REVB=-0.0561353;RO=2;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349541;STB=0.517852;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-7.28139e-05;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:65:66:0.970588:26:39:0:2:27:39:0:2 chr11 27406844 . G A 263.89 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00624921;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.511;QD=15.2981;RBI=0.00918513;REFB=-0.00258728;REVB=-0.00673157;RO=36;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103868;STB=0.555966;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00226742;OID=.;OPOS=27406844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:39:29:30:0.434783:10:19:20:16:11:19:21:18 chr11 27517670 . T C 254.11 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.838;QD=50.8225;RBI=0.0682207;REFB=0;REVB=0.0465443;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787482;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr11 27679662 . T C 725.97 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0407607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.258;QD=51.8551;RBI=0.0722154;REFB=-0.0218481;REVB=0.0596123;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520826;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00111556;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:0:2:53:54:0.964286:29:24:0:0:31:23:2:0 chr11 27679916 . C T 360.74 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.00434396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.517;QD=17.597;RBI=0.0056044;REFB=-0.0119643;REVB=-0.00354109;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321661;STB=0.669957;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.016468;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:20:18:35:8:20:18:35:9 chr11 27680744 . A T 224.79 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00760091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.4214;QD=13.0313;RBI=0.0222978;REFB=-0.0297811;REVB=-0.0209623;RO=42;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227074;STB=0.501667;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0297383;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:16:10:17:25:16:11:17:25 chr11 28134974 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.952;QD=57.6807;RBI=0.0158958;REFB=0;REVB=-0.0106469;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68884e-05;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr11 30255185 . C T 228.32 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00157846;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.04;QD=19.8538;RBI=0.0075659;REFB=-0.00722366;REVB=-0.00739941;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327725;STB=0.518502;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0117492;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:9:15:13:9:9:15 chr11 30432220 . A T 598.49 PASS AF=0.38764;AO=68;DP=177;FAO=69;FDP=178;FR=.;FRO=109;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=-0.0445224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7662;QD=13.4493;RBI=0.0571209;REFB=-0.00572271;REVB=0.0357848;RO=108;SAF=35;SAR=33;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159814;STB=0.51051;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0106795;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:108:109:68:69:0.38764:33:35:54:54:33:36:55:54 chr11 31327316 . C T 199.49 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0231799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0681;QD=11.5645;RBI=0.0483602;REFB=-0.0158857;REVB=0.0424429;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162176;STB=0.509382;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0459089;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:14:11:20:24:14:11:20:24 chr11 31458730 . T G 391.59 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.118;QD=54.0119;RBI=0.047245;REFB=0;REVB=0.0181975;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363168;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:18:10:1:0:18:11:0:0 chr11 32124579 . C T 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0119117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.328;QD=13.8302;RBI=0.0161383;REFB=-0.00579345;REVB=-0.0108883;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360483;STB=0.520533;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00997354;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:15:12:16:23:15:12:16:23 chr11 32124978 . T C 485.24 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0167681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3102;QD=37.3263;RBI=0.0177337;REFB=-0.0249427;REVB=0.0057718;RO=11;SAF=19;SAR=22;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758196;STB=0.540777;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00687147;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:41:41:0.788462:22:19:3:8:22:19:3:8 chr11 32125961 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00944823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.235;QD=10.8235;RBI=0.0224459;REFB=-0.00370042;REVB=0.0203605;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177397;STB=0.51062;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00374068;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:8:15:8:4:8:15 chr11 32417945 . T C 750.59 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0191804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4291;QD=61.2727;RBI=0.0193327;REFB=0.136352;REVB=0.00242149;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0275379;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:28:20:0:0:28:20:1:0 chr11 32449661 . G A 736.52 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3739;QD=60.124;RBI=0.24475;REFB=-0.127308;REVB=0.242078;RO=2;SAF=37;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103909;STB=0.52173;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0229871;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:2:1:45:48:0.979592:8:37:0:2:11:37:0:1 chr11 32722315 . A AT 546.02 PASS AF=1;AO=11;DP=97;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=8.67667;QD=23.4847;RBI=0.12865;REFB=0.0781166;REVB=-0.105933;RO=76;SAF=4;SAR=7;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00255037;OID=.;OPOS=32722316;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:97:93:93:0:52:41:0:0:9:76:4:7:45:31 chr11 32722320 . A T 830.68 PASS AF=0.731959;AO=68;DP=94;FAO=71;FDP=97;FR=.;FRO=26;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0274929;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.9777;QD=34.255;RBI=0.0276228;REFB=-0.0435619;REVB=-0.00267516;RO=26;SAF=36;SAR=32;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245816;STB=0.525357;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0356094;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:26:26:68:71:0.731959:32:36:15:11:34:37:16:10 chr11 32954344 . G A 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.985;QD=63.2735;RBI=0.0037295;REFB=0;REVB=-0.00144714;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01164e-05;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 32956244 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8776;QD=48.7368;RBI=0.0398674;REFB=0;REVB=0.0255138;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125907;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 32956620 . A G 738.3 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00233161;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.866;QD=61.5253;RBI=0.00646125;REFB=-0.100856;REVB=-0.00602589;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000443456;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:21:26:0:0:21:26:1:0 chr11 32998888 . A AT,T 40.3 PASS AF=0.27907,0.0232558;AO=9,2;DP=42;FAO=12,1;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7,1;FSAR=5,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00368896,-0.0203948;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=8.36663,155.67;QD=3.74908;RBI=0.125052,0.0206295;REFB=-0.0490543,-0.00780709;REVB=0.124998,0.00310333;RO=26;SAF=5,2;SAR=4,0;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0255439,0.445644;STB=0.559899,0.989867;STBP=0.657,0.457;TYPE=ins,snp;VARB=0.0733227,0.0520264;OID=.,.;OPOS=32998889,32998888;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:42:43:26:30:9,2:12,1:0.27907,0.0232558:4,0:5,2:15:11:5,0:7,1:15:15 chr11 33053107 . C T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0126168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.279;QD=12.083;RBI=0.0633365;REFB=-0.0163741;REVB=-0.0620671;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454545;STB=0.536048;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0157059;OID=.;OPOS=33053107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:9:12:18:16:9:12:18:17 chr11 33065394 . C T 423.78 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0139858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.988;QD=21.189;RBI=0.014532;REFB=0.0111997;REVB=0.00394656;RO=38;SAF=17;SAR=25;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833333;STB=0.546094;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0120824;OID=.;OPOS=33065394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:25:17:19:19:25:17:19:19 chr11 33076191 . T C 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0342209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1465;QD=20.2666;RBI=0.0388619;REFB=0.00278268;REVB=-0.0184168;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00419582;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:12:9:9:12:12:9 chr11 33078251 . A T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0080687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.792;QD=14.7348;RBI=0.0235829;REFB=-0.0107934;REVB=0.0221597;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11163;STB=0.563333;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0142179;OID=.;OPOS=33078251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:20:16:15:12:20:16 chr11 33107250 . G A 200.48 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0276566;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5608;QD=13.5915;RBI=0.0327901;REFB=-0.00259855;REVB=-0.0176154;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359409;STB=0.520531;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00363229;OID=.;OPOS=33107250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:35:24:24:0.40678:15:9:12:23:15:9:12:23 chr11 33108630 . T C 443.68 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0122731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.045;QD=17.2304;RBI=0.0373613;REFB=0.0175282;REVB=0.035288;RO=55;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113437;STB=0.563081;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0204875;OID=.;OPOS=33108630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:24:24:21:34:24:24:21:34 chr11 33360386 . G A 99.77 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00111371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0887;QD=15.35;RBI=0.0187066;REFB=-0.0276098;REVB=-0.0186734;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191053;STB=0.594432;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0335768;OID=.;OPOS=33360386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:7:6:8:4:7:7 chr11 33564123 . T C 142.65 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00132134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.506;QD=14.2649;RBI=0.00148895;REFB=-0.016117;REVB=-0.000686305;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395556;STB=0.730474;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0254128;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:15:9:12:4:15:9 chr11 33604885 . C T 298.79 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0162381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.533;QD=18.6742;RBI=0.0168848;REFB=-0.0211258;REVB=0.00462828;RO=31;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10463;STB=0.568921;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0262555;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:10:22:18:13:10:22:18:14 chr11 33604960 . C T 284.87 PASS AF=0.450704;AO=30;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0718618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9111;QD=16.0488;RBI=0.0733877;REFB=-0.0290666;REVB=0.0148875;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640877;STB=0.518146;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0343331;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:39:30:32:0.450704:15:15:22:17:15:17:22:17 chr11 33631376 . T C 238.21 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0430078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.682;QD=20.2731;RBI=0.0468007;REFB=-0.0186304;REVB=0.0184562;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590749;STB=0.531571;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0130007;OID=.;OPOS=33631376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:22:23:0.489362:11:11:10:13:12:11:10:14 chr11 33640104 . A C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0183536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.794;QD=13.9117;RBI=0.0218635;REFB=-0.00734958;REVB=-0.011881;RO=31;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254925;STB=0.648035;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0151206;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:16:5:14:17:16:5:14:17 chr11 33667333 . A G 551.29 PASS AF=0.695652;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0466309;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4464;QD=31.9586;RBI=0.0567739;REFB=-0.0407408;REVB=-0.0323857;RO=19;SAF=15;SAR=33;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644822;STB=0.555532;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0116095;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:19:21:48:48:0.695652:33:15:8:11:33:15:10:11 chr11 33775982 . A G 161.55 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0121363;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=66.4499;QD=19.0055;RBI=0.0291015;REFB=-0.013662;REVB=0.0264501;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331936;STB=0.698773;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00198205;OID=.;OPOS=33775982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:11:6:12:4:11:6:13:4 chr11 33881016 . T C 683.28 PASS AF=1;AO=30;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.273;QD=60.736;RBI=0.138468;REFB=0;REVB=0.037209;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154317;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:30:45:1:21:9:0:0:21:24:0:0 chr11 34122369 . G T 1581.42 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0122518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.978;QD=56.9882;RBI=0.0181815;REFB=-0.0312259;REVB=0.0134335;RO=3;SAF=64;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00393607;STB=0.502074;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000449547;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:3:3:108:108:0.972973:44:64:2:1:44:64:2:1 chr11 34152939 . T C 927.55 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102868;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.096;QD=57.0803;RBI=0.0503116;REFB=-0.136692;REVB=0.0492487;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000706088;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:0:1:64:64:0.984615:34:30:0:0:34:30:0:1 chr11 34154641 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.8453;QD=55.6534;RBI=0.0274923;REFB=0;REVB=0.0271698;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339253;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr11 34378381 . G C 869.54 PASS AF=0.56338;AO=79;DP=141;FAO=80;FDP=142;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.034104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9782;QD=24.494;RBI=0.0493619;REFB=-0.0438546;REVB=0.0356864;RO=62;SAF=42;SAR=37;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255534;STB=0.510928;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0240771;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:62:62:79:80:0.56338:37:42:31:31:38:42:31:31 chr11 34482908 . C T 1056.53 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.966;QD=58.696;RBI=0.0736247;REFB=0;REVB=0.00254901;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503666;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:72:1:0:69:72:1:39:30:1:0:41:31:0:0 chr11 34501596 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.047;QD=60.9784;RBI=0.027919;REFB=0;REVB=0.00682897;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111548;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr11 34643955 . G A 358.33 PASS AF=0.382609;AO=42;DP=114;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0327825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.432;QD=12.4635;RBI=0.0398316;REFB=-0.00772502;REVB=-0.0226244;RO=66;SAF=21;SAR=21;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979338;STB=0.525197;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0118332;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:66:71:42:44:0.382609:21:21:39:27:21:23:40:31 chr11 34668143 . C T 480.54 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0255151;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.26;QD=17.0102;RBI=0.0260528;REFB=-0.0101291;REVB=0.00526581;RO=61;SAF=24;SAR=28;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155483;STB=0.576386;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0104331;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:28:24:38:23:27:25:38:23 chr11 34680400 . T A 137.7 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00869842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4355;QD=10.0148;RBI=0.0264598;REFB=0.0047806;REVB=0.0249891;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204393;STB=0.634777;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0169696;OID=.;OPOS=34680400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:37:18:18:0.327273:8:10:13:22:8:10:13:24 chr11 34680634 . G A 548.68 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114904;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.944;QD=57.7558;RBI=0.017681;REFB=-0.0268411;REVB=-0.0134383;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000303167;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:1:0:17:20:1:0 chr11 34680853 . G T 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388985;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.1;QD=58.6184;RBI=0.00920986;REFB=0;REVB=0.00834808;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35146e-05;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr11 34909926 . T G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.611;QD=62.3147;RBI=0.00880728;REFB=0;REVB=0.00666358;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73449e-07;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr11 34910397 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.81;QD=59.8554;RBI=0.0427039;REFB=0;REVB=0.0231326;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149918;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr11 34918375 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.142;QD=58.5877;RBI=0.00808661;REFB=0;REVB=-0.00566019;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99926e-07;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr11 34937813 . G A 1135.29 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.501;QD=60.549;RBI=0.0432837;REFB=0;REVB=0.0296002;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124839;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:43:30:0:0:44:31:0:0 chr11 34937931 . G A 246.22 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.144;QD=46.8998;RBI=0.0412064;REFB=0.0285794;REVB=0.032906;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279508;STB=0.515137;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-9.91994e-05;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:16:4:0:1:16:4:0:1 chr11 34938265 . C T 1416.27 PASS AF=0.961538;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00427706;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.577;QD=54.4721;RBI=0.0215583;REFB=-0.115001;REVB=0.0211297;RO=1;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854702;STB=0.501941;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000444044;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:1:4:99:100:0.961538:55:44:0:1:55:45:2:2 chr11 34963416 . T C 1422.1 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219373;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.186;QD=63.2046;RBI=0.0321939;REFB=0;REVB=0.0235627;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7832e-05;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:51:39:0:0 chr11 34991727 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8984;QD=60.2297;RBI=0.0157967;REFB=0;REVB=-0.00636099;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196287;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr11 34999745 . C G 746.88 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1102;QD=63.5646;RBI=0.0133458;REFB=0;REVB=-0.0100479;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34631e-05;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:32:15:0:0 chr11 35017205 . G T 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.518;QD=61.3329;RBI=0.0213651;REFB=0;REVB=-0.0192298;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84275e-05;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr11 35017363 . C A 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.15;QD=59.428;RBI=0.0458606;REFB=0;REVB=0.000792865;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161747;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 35226155 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.279;QD=57.0001;RBI=0.0274495;REFB=0;REVB=0.010599;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84965e-05;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr11 35229673 . T C 1083.86 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945782;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.248;QD=60.2144;RBI=0.0312415;REFB=0;REVB=0.0297755;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54308e-05;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr11 35282334 . T C 134.18 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0692712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7723;QD=16.2641;RBI=0.0720913;REFB=-0.0206448;REVB=0.0199662;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243262;STB=0.641056;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0382066;OID=.;OPOS=35282334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:9:9:11:4:9:9 chr11 35308369 . T C 412.82 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00327199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.196;QD=15.8776;RBI=0.00972202;REFB=-0.0210436;REVB=0.00915488;RO=57;SAF=21;SAR=25;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13773;STB=0.58136;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0237261;OID=.;OPOS=35308369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:46:46:0.442308:25:21:34:23:25:21:35:23 chr11 35327748 . C T 186.71 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0138172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.825;QD=8.68418;RBI=0.014406;REFB=-0.00285118;REVB=-0.00407622;RO=61;SAF=9;SAR=16;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102982;STB=0.561353;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00874365;OID=.;OPOS=35327748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:16:9:27:34:16:9:27:34 chr11 36103228 . A G 792.15 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00155644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.122;QD=53.7048;RBI=0.0488408;REFB=0.025883;REVB=-0.048816;RO=2;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233207;STB=0.501497;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00153246;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:2:2:56:57:0.966102:30:26:1:1:31:26:1:1 chr11 36293048 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00138458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.869;QD=9.47556;RBI=0.0164385;REFB=-0.0231645;REVB=0.0163801;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490515;STB=0.810052;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0352134;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:1:9:12:9:1:9:12:9 chr11 36422701 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0104119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.348;QD=10.8851;RBI=0.0171461;REFB=-0.00327074;REVB=0.0136228;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00552756;OID=.;OPOS=36422701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:5:10:5:4:5:10 chr11 36422712 . A G 64.6 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00545046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5142;QD=10.3353;RBI=0.00884487;REFB=-0.00835581;REVB=0.00696593;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145075;STB=0.586972;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.014479;OID=.;OPOS=36422712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:5:11:5:4:5:11 chr11 36422792 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.28;QD=49.5991;RBI=0.0351642;REFB=0;REVB=0.0326334;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221961;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 36472800 . A G 524.39 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.043084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1394;QD=22.5545;RBI=0.0432375;REFB=-0.00581755;REVB=-0.00364044;RO=42;SAF=20;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380518;STB=0.530961;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00441464;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:43:49:50:0.537634:29:20:19:23:30:20:20:23 chr11 36484208 . T C 1019.59 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269799;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.974;QD=59.1067;RBI=0.0518835;REFB=0;REVB=0.0443169;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228366;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:64:69:1:38:26:0:0:39:30:0:0 chr11 36595600 . A G 191.18 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.743;QD=47.794;RBI=0.0245801;REFB=0;REVB=0.00410759;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571434;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 36597313 . A G 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0294121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6442;QD=19.8475;RBI=0.0540621;REFB=6.66298e-05;REVB=0.0453612;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358473;STB=0.704153;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00291568;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:11:4:9:4:11:4:9:4 chr11 36601170 . G A 925.18 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162148;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3351;QD=56.9343;RBI=0.0162887;REFB=-0.0241072;REVB=0.00154984;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243345;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:65:0:0:62:65:1:31:31:0:0:34:31:0:0 chr11 40136434 . C T 304.44 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00857083;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.099;QD=12.4261;RBI=0.0440343;REFB=-0.00462152;REVB=-0.0431921;RO=63;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131128;STB=0.575205;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00899728;OID=.;OPOS=40136434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:63:63:35:35:0.357143:17:18:25:38:17:18:25:38 chr11 40137543 . T C 1842.28 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.458;QD=60.4027;RBI=0.0303241;REFB=-0.0309713;REVB=0.0276682;RO=1;SAF=51;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922324;STB=0.504854;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=7.57626e-05;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:70:51:1:0:70:51:1:0 chr11 43391648 . C T 206.15 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0424196;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.931;QD=12.6862;RBI=0.0465114;REFB=-0.0108905;REVB=-0.0190758;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237736;STB=0.636257;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0245403;OID=.;OPOS=43391648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:40:40:25:25:0.384615:10:15:15:25:10:15:15:25 chr11 43911365 . T C 731.33 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102094;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.247;QD=63.5943;RBI=0.0178728;REFB=0;REVB=0.0178436;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18605e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr11 43918806 . G A 1421.96 PASS AF=0.539062;AO=138;DP=257;FAO=138;FDP=256;FR=.;FRO=118;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.0236778;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1146;QD=22.2182;RBI=0.0247975;REFB=-0.0157885;REVB=0.00736733;RO=117;SAF=67;SAR=71;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158049;STB=0.510587;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0143456;OID=.;OPOS=43918806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:117:118:138:138:0.539062:71:67:59:58:71:67:60:58 chr11 43923096 . C T 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0215742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.861;QD=16.0293;RBI=0.0216028;REFB=0.001497;REVB=0.00111277;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901225;STB=0.550979;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00195048;OID=.;OPOS=43923096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:16:14:14:11:16:14 chr11 43940644 . G T 1287.18 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.202;QD=60.5731;RBI=0.0317304;REFB=0.0146774;REVB=0.0148811;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114132;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=1.01354e-05;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:41:43:0:1:41:43:0:1 chr11 43946967 . A G 1493.09 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2861;QD=58.5527;RBI=0.0206007;REFB=-0.108584;REVB=-0.0173941;RO=1;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120078;STB=0.506328;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000707864;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:102:1:1:100:101:0.990196:61:39:1:0:62:39:1:0 chr11 43947990 . T C 289.26 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7966;QD=52.5925;RBI=0.0356077;REFB=0;REVB=0.00101614;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109164;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 43963843 . C A 117.31 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0430457;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.4276;QD=22.3451;RBI=0.159311;REFB=-0.0749289;REVB=0.153385;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0384612;OID=.;OPOS=43963843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:21:8:8:12:13:0.619048:4:8:4:4:5:8:4:4 chr11 43964569 . C T 50.4 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00703244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.773;QD=16.8008;RBI=0.0103278;REFB=-0.0225462;REVB=0.00756366;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0101972;OID=.;OPOS=43964569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr11 44080210 . T C 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0130099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.888;QD=16.1149;RBI=0.0719412;REFB=-0.00849217;REVB=0.0707551;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373772;STB=0.712687;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0200768;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:18:11:18:6:18:11 chr11 44096238 . G A 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0728864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.492;QD=16.1974;RBI=0.0790643;REFB=0.0168071;REVB=0.0306388;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00296098;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr11 44286566 . G A 255.66 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00301121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.274;QD=17.9408;RBI=0.0127374;REFB=-0.024539;REVB=0.0123764;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586716;STB=0.532935;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.028857;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:19:9:11:18:19:9:11:18 chr11 44297054 . T C 1729.79 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.313;QD=60.6943;RBI=0.0130212;REFB=0;REVB=0.012841;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29579e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:61:53:0:0:61:53:0:0 chr11 44331509 . C G 765.91 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.387;QD=63.8254;RBI=0.0137243;REFB=0;REVB=0.00901017;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39509e-05;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr11 44636833 . G A 800.82 PASS AF=0.519231;AO=75;DP=150;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0103977;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.491;QD=20.5338;RBI=0.014017;REFB=-0.0112021;REVB=0.00940026;RO=75;SAF=30;SAR=45;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025367;STB=0.517067;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0101591;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:156:75:75:75:81:0.519231:45:30:28:47:48:33:28:47 chr11 44636839 . C T 678.58 PASS AF=0.462025;AO=70;DP=159;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.00120145;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.214;QD=17.1793;RBI=0.0130979;REFB=-0.00603646;REVB=0.0130426;RO=80;SAF=28;SAR=42;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124852;STB=0.509307;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00274218;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:80:85:70:73:0.462025:42:28:33:47:45:28:34:51 chr11 44640640 . C G 2189.92 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144617;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.264;QD=61.6879;RBI=0.0263061;REFB=-0.00452119;REVB=0.0219743;RO=2;SAF=68;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000382861;STB=0.500101;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=1.72932e-05;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:142:142:2:2:140:140:0.985915:72:68:1:1:71:69:1:1 chr11 44924950 . GC G,GG 2047.81 PASS AF=0.969925,0.0300752;AO=119,14;DP=135;FAO=129,4;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=57,3;FSAR=72,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437001,0.0118231;FXX=0.0148137;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.515,85.3343;QD=61.5883;RBI=0.0463735,0.0203204;REFB=0,0;REVB=-0.0155177,-0.0165267;RO=0;SAF=55,6;SAR=64,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-2.98352e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000323002,0.0232662;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.969925,0.0300752:119,14:135:129,4:133:0:57,3:72,1:0:0:4:0:55,6:64,8:0:0 chr11 44940828 . G A 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.234;QD=63.5776;RBI=0.0281845;REFB=0;REVB=0.0198227;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.74565e-07;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr11 45234363 . C T 101.13 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0111827;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.568;QD=14.447;RBI=0.0167083;REFB=-0.0229363;REVB=-0.0124143;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0564206;OID=.;OPOS=45234363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:8:8:6:6:8:8 chr11 45670395 . C T 216.3 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00991641;FXX=0.0444346;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.842;QD=20.1206;RBI=0.034622;REFB=-0.0136121;REVB=-0.0331715;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018054;STB=0.510194;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0141506;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:9:12:13:9:9:12:13:9 chr11 45672261 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00194318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.135;QD=17.689;RBI=0.0689709;REFB=-0.0224615;REVB=-0.0689436;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275555;STB=0.656992;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0198498;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:7:14:10:16:7:14:10:16 chr11 45834198 . T C 771.26 PASS AF=0.951613;AO=35;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0117359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.187;QD=49.7589;RBI=0.0147861;REFB=-0.0383382;REVB=-0.00899426;RO=0;SAF=0;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502047;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00235792;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:0:3:35:59:0.951613:35:0:0:0:37:22:1:2 chr11 45848206 . T C 47.65 PASS AF=0.128205;AO=9;DP=77;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0253695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.52;QD=2.44353;RBI=0.0303594;REFB=-0.00635653;REVB=-0.0166758;RO=66;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235378;STB=0.710244;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0278401;OID=.;OPOS=45848206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:77:78:66:68:9:10:0.128205:3:6:31:35:3:7:31:37 chr11 45848227 . A G 110.25 PASS AF=0.204545;AO=17;DP=87;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0358605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.278;QD=5.01126;RBI=0.0358611;REFB=-0.00811851;REVB=-0.000211539;RO=69;SAF=10;SAR=7;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662944;STB=0.566935;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0372741;OID=.;OPOS=45848227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:69:70:17:18:0.204545:7:10:37:32:7:11:37:33 chr11 45848232 . T C 101.41 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0680187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.301;QD=4.60947;RBI=0.0689841;REFB=-0.0147645;REVB=-0.0115007;RO=69;SAF=10;SAR=7;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844242;STB=0.554739;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0232673;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:71:17:17:0.193182:7:10:36:33:7:10:37:34 chr11 45848271 . A G 199.08 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00842649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.728;QD=9.36852;RBI=0.0255839;REFB=-0.00541438;REVB=-0.0241564;RO=58;SAF=15;SAR=11;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953611;STB=0.512456;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0111463;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:59:26:26:0.305882:11:15:33:25:11:15:33:26 chr11 45848275 . T C 233.47 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00241658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.987;QD=10.6123;RBI=0.0343426;REFB=-0.00483092;REVB=0.0342574;RO=57;SAF=17;SAR=12;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892667;STB=0.541373;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00900247;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:59:29:29:0.329545:12:17:29:28:12:17:31:28 chr11 45868849 . GC CG,GCG 316.45 PASS AF=0,1;AO=3,22;DP=27;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489676,0.0897435;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=5.37438,18.0425;QD=46.8811;RBI=0.0553038,0.0899331;REFB=0,0;REVB=0.0257037,-0.00583725;RO=0;SAF=3,9;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00388091;OID=.,.;OPOS=45868849,45868851;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:27:27:0:0:3,22:0,27:0,1:0,13:3,9:0:0:0,15:0,12:0:0 chr11 45903613 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.337;QD=58.5862;RBI=0.0383546;REFB=0;REVB=-0.0352842;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58539e-05;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr11 45935384 . A G 768.72 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.184;QD=61.4976;RBI=0.00323403;REFB=0;REVB=0.00290491;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123388;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:27:20:0:0:28:22:0:0 chr11 45937266 . A AT 72.28 PASS AF=0.909091;AO=2;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375889;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.4107;QD=26.2853;RBI=0.0396417;REFB=-0.13254;REVB=0.0125911;RO=9;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602534;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=ins;VARB=0.040592;OID=.;OPOS=45937267;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:2:11:10:11:1:4:6:1:0:7:9:0:2:5:4 chr11 45937267 . C T 64.36 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0535166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.076;QD=23.4044;RBI=0.0536564;REFB=-0.119736;REVB=0.00387188;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790568;STB=0.545342;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.019501;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:4:4:1:2:4:4:1:2 chr11 45949534 . C T 607.32 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829408;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0705;QD=57.8396;RBI=0.0858139;REFB=-0.0592226;REVB=0.0220192;RO=2;SAF=20;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243686;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:2:0:39:42:1:19:20:2:0:19:23:0:0 chr11 46342081 . TG GT,T 1072.42 PASS AF=0,1;AO=4,70;DP=80;FAO=0,80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767073,-0.0804398;FXX=0.0123442;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=5.53212,21.0925;QD=53.6208;RBI=0.0810919,0.0828685;REFB=0,0;REVB=0.0263039,0.0199156;RO=2;SAF=1,27;SAR=3,43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.407562,-0.033735;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,4.02594e-06;OID=.,.;OPOS=46342081,46342082;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:80:80:2:0:4,70:0,80:0,1:3,43:1,27:2:0:0,49:0,31:0:0 chr11 46342259 . A AG 330.44 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.6051;QD=37.7647;RBI=0.258802;REFB=0;REVB=0.150606;RO=4;SAF=18;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0162354;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:34:35:35:0:22:13:0:0:6:4:18:11:3:1 chr11 46401517 . A G 200.21 PASS AF=0.271028;AO=26;DP=104;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.000910426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.293;QD=7.48452;RBI=0.000912092;REFB=-0.0147363;REVB=-5.50923e-05;RO=76;SAF=11;SAR=15;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111267;STB=0.537789;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0282527;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:76:78:26:29:0.271028:15:11:39:37:16:13:39:39 chr11 46702920 . T C 1384.95 PASS AF=0.938776;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00211047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.685;QD=56.5287;RBI=0.013888;REFB=-0.0490295;REVB=-0.0137267;RO=4;SAF=34;SAR=58;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101519;STB=0.51342;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.000750386;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:98:98:4:6:92:92:0.938776:58:34:1:3:58:34:1:5 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 77.61 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0351537;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=358.247;QD=12.9353;RBI=0.0416125;REFB=-0.00778831;REVB=-0.022267;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274414;STB=0.677085;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.0105706;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:10:24:10:24:14:6:4:4:10:77:13:6:4:4:9 chr11 46745003 . C T 199.52 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0366631;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.112;QD=14.7793;RBI=0.0370169;REFB=-0.00346658;REVB=0.00510598;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963506;STB=0.57341;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00700893;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:31:23:23:0.425926:7:16:17:11:7:16:18:13 chr11 46801502 . T C 340.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.084;QD=54.5004;RBI=0.0604719;REFB=0;REVB=0.052794;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163082;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr11 46879973 . A G 162.47 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.019918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.766;QD=19.6931;RBI=0.0207829;REFB=-0.00373333;REVB=0.0059334;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370214;STB=0.713076;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00341991;OID=.;OPOS=46879973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:10:6:13:3:11:6:13:3 chr11 46879990 . T C 480.32 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223556;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112;QD=58.2209;RBI=0.0877728;REFB=0;REVB=0.0848781;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370341;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:1:0:32:33:1:14:18:0:1:15:18:0:0 chr11 46890165 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00829823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.965;QD=18.0503;RBI=0.0162089;REFB=-0.0207925;REVB=-0.0139236;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264286;STB=0.651879;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0171188;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:2:6:4:6:2:6 chr11 46890197 . G A 52.2 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000852107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7225;QD=9.49112;RBI=0.113482;REFB=-0.0751946;REVB=-0.113479;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.055549;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:22:11:14:9:8:0.363636:5:4:7:4:4:4:7:7 chr11 46893108 . T C 345.76 PASS AF=0.652174;AO=28;DP=45;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0273023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2288;QD=30.0662;RBI=0.0273054;REFB=-0.0326304;REVB=-0.000407528;RO=16;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244724;STB=0.628495;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0103574;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:16:16:28:30:0.652174:17:11:1:15:18:12:1:15 chr11 46897446 . G A 610.7 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00281583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.868;QD=16.6175;RBI=0.00458822;REFB=-0.0186055;REVB=-0.00362254;RO=83;SAF=31;SAR=33;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218877;STB=0.512222;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0227453;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:83:64:64:0.435374:33:31:42:41:33:31:42:41 chr11 46898771 . T C 390.64 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0257194;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1301;QD=14.4683;RBI=0.0257878;REFB=-0.00402561;REVB=-0.00187791;RO=63;SAF=18;SAR=27;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342574;STB=0.50193;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00592926;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:63:63:45:45:0.416667:27:18:25:38:27:18:25:38 chr11 46914583 . T C 594.09 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0655;QD=60.9327;RBI=0.0616206;REFB=0;REVB=-0.0100012;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113487;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr11 46914598 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0762;QD=60.6095;RBI=0.0267083;REFB=0;REVB=0.00079366;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177883;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr11 46969616 . T C 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.448;QD=63.2797;RBI=0.0400461;REFB=0;REVB=0.0392185;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106343;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr11 47188314 . T C 938.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.622;QD=58.6518;RBI=0.0496277;REFB=0;REVB=-0.00244052;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68643e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:27:34:0:0:27:37:0:0 chr11 47194286 . T C 209.65 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0254452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6495;QD=18.6352;RBI=0.0334957;REFB=-0.0387617;REVB=0.0217831;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.5127;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0361371;OID=.;OPOS=47194286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:12:12:10:11:12:12 chr11 47196982 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0493698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.19;QD=12.2127;RBI=0.0498508;REFB=-0.0114151;REVB=-0.00690829;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272525;STB=0.662993;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0187277;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:10:12:10:3:10:12 chr11 47201041 . C T 128.02 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0194774;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.534;QD=10.8956;RBI=0.0437206;REFB=-0.0162783;REVB=0.0391424;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226489;STB=0.52628;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0320107;OID=.;OPOS=47201041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:6:9:18:13:6:9:18:14 chr11 47238522 . T C 457.05 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.543;QD=57.131;RBI=0.0451633;REFB=0;REVB=0.0210279;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687921;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:18:12:0:0:18:14:0:0 chr11 47259668 . T C 245.21 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0195203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.035;QD=24.5213;RBI=0.0208887;REFB=-0.00622828;REVB=0.00743616;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642457;STB=0.535684;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00557974;OID=.;OPOS=47259668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:11:6:10:13:11:6 chr11 47266808 . T G 155.83 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00854651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.153;QD=10.9351;RBI=0.0362636;REFB=-0.0273142;REVB=-0.0352421;RO=37;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160751;STB=0.594496;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0423656;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:6:14:21:16:6:14:21:16 chr11 47269159 . T C 374.19 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00511657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0192;QD=18.0331;RBI=0.0109025;REFB=-0.020455;REVB=-0.00962735;RO=44;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481608;STB=0.526868;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0139481;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:22:17:17:27:22:17:17:27 chr11 47270255 . C T 209.99 PASS AF=0.416667;AO=21;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0463692;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.7234;QD=13.9996;RBI=0.050195;REFB=-0.0347419;REVB=-0.0192206;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166943;STB=0.530097;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0546837;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:35:21:25:0.416667:13:8:8:14:13:12:15:20 chr11 47280781 . TG T 44.42 PASS AF=0.415094;AO=19;DP=55;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0450172;FXX=0.036357;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.22964;QD=3.35232;RBI=0.120329;REFB=-0.109078;REVB=-0.111591;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=-0.151886;STB=0.715261;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.103726;OID=.;OPOS=47280782;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:19:55:22:53:31:4:18:15:16:44:21:4:15:7:14 chr11 47282023 . GC AG,GT 199.03 PASS AF=0,0.454545;AO=2,20;DP=46;FAO=0,20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=0,11;FSAR=0,9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0270317,0.00134946;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=176.945,59.1585;QD=18.0932;RBI=0.0416198,0.0345336;REFB=0.00915158,-0.00352959;REVB=0.0316464,-0.0345072;RO=24;SAF=0,11;SAR=2,9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.453997,0.127152;STB=0.5,0.572326;STBP=1,0.403;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00653891;OID=.,.;OPOS=47282023,47282024;OREF=GC,C;OALT=AG,T;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:44:24:24:2,20:0,20:0,0.454545:2,9:0,11:10:14:0,9:0,11:10:14 chr11 47298360 . G A 263.19 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.011923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.469;QD=15.2575;RBI=0.0248522;REFB=-0.0306125;REVB=0.0218053;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177092;STB=0.611783;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.019591;OID=.;OPOS=47298360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:39:30:30:0.434783:16:14:24:13:16:14:26:13 chr11 47303275 . T C 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0118588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.579;QD=6.80674;RBI=0.0190012;REFB=-0.00892889;REVB=-0.0148463;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200736;STB=0.64119;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0256001;OID=.;OPOS=47303275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:6:3:13:13:6:3:14:13 chr11 47306585 . G A 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.012383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9363;QD=17.3186;RBI=0.0193793;REFB=-0.000759918;REVB=-0.014907;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221667;STB=0.512696;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-5.71256e-06;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:6:12:11:5:6:12 chr11 47331116 . T C 771.4 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012458;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.49;QD=57.1404;RBI=0.0234418;REFB=0;REVB=0.0198574;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102017;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr11 47346145 . G A 339.27 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0260969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.261;QD=20.562;RBI=0.0269187;REFB=-0.0210568;REVB=0.00660087;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645217;STB=0.535694;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0194877;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:20:15:11:20:20:15:11:20 chr11 47354787 . C T 300.76 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0110546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.547;QD=20.3903;RBI=0.0110767;REFB=-0.010387;REVB=0.000698702;RO=27;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214988;STB=0.517982;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00587651;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:27:31:32:0.542373:18:13:12:15:19:13:12:15 chr11 47364762 . A G 644.22 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346407;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.382;QD=61.3538;RBI=0.0426518;REFB=0;REVB=0.0248837;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260086;OID=.;OPOS=47364762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:38:42:1:24:14:0:0:26:16:0:0 chr11 47431728 . A G 274.07 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.6371;QD=49.8306;RBI=0.165472;REFB=0;REVB=0.130572;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011131;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:1:0:18:22:1:9:9:0:1:11:11:0:0 chr11 47460306 . A G 132.29 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.026224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3605;QD=15.119;RBI=0.0308899;REFB=-0.0117142;REVB=-0.0163245;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152974;STB=0.58916;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0193876;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:8:12:11:4:8:12 chr11 47469439 . A G 449.16 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0190336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.737;QD=19.9627;RBI=0.021269;REFB=-0.0245088;REVB=-0.00949166;RO=44;SAF=15;SAR=29;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512203;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0220245;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:45:44:45:0.5:29:15:15:29:29:16:15:30 chr11 47579119 . A T 322.99 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.774;QD=53.8311;RBI=0.0360101;REFB=0;REVB=0.0255293;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09084e-07;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr11 47593945 . A C 712.53 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.69877e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.682;QD=61.9592;RBI=0.0594306;REFB=0;REVB=0.0594306;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001179;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:21:24:0:1:22:24:0:0 chr11 47609867 . G A 1121.05 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=84;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00907855;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.0487;QD=54.6856;RBI=0.0392198;REFB=-0.0100748;REVB=0.0381545;RO=5;SAF=30;SAR=47;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230873;STB=0.512216;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000293194;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:84:82:5:5:77:77:0.939024:47:30:1:4:47:30:1:4 chr11 47640429 . G C 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000825682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.853;QD=19.0006;RBI=0.00606792;REFB=-0.0126679;REVB=-0.00601148;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00326109;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0103911;OID=.;OPOS=47640429;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:8:9:8:7:8:9:8:9 chr11 47701528 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.362;QD=57.6807;RBI=0.0399287;REFB=0;REVB=-0.0187112;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32096e-05;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr11 47748509 . T C 708.02 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6175;QD=62.935;RBI=0.0170697;REFB=0;REVB=0.0150885;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125448;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 47834592 . G A 206.93 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.543;QD=48.6885;RBI=0.096068;REFB=0;REVB=0.0116037;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129376;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 48118347 . T TA 393.73 PASS AF=1;AO=40;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.5219;QD=30.8807;RBI=0.203165;REFB=0;REVB=-0.152078;RO=5;SAF=19;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00552604;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:51:51:51:0:26:25:0:0:8:5:19:21:3:2 chr11 48145247 . T C 1231.75 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.718;QD=60.0854;RBI=0.0493582;REFB=0.0117549;REVB=0.0478597;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=5.53064e-05;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:40:40:1:0:40:41:1:0 chr11 48166267 . G C 791.83 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0284589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.445;QD=53.6833;RBI=0.0474944;REFB=-0.0255701;REVB=0.0380238;RO=2;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277265;STB=0.514701;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000538278;OID=.;OPOS=48166267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:33:24:0:2:33:24:0:2 chr11 48190383 . A T 832.75 PASS AF=0.983333;AO=53;DP=53;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-4.42195e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.975;QD=55.517;RBI=0.00528273;REFB=-0.032086;REVB=0.00528255;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=3.64387e-05;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:60:0:1:53:59:0.983333:25:28:0:0:29:30:0:1 chr11 48190527 . T C 408.93 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9421;QD=56.4046;RBI=0.103829;REFB=0;REVB=0.0972954;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137971;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr11 48238421 . T G 1488.84 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.215;QD=63.3547;RBI=0.0363318;REFB=0;REVB=0.0270287;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113485;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr11 48267589 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5672;QD=33.4279;RBI=0.0282487;REFB=0;REVB=0.00403498;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00237606;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 48285842 . A G 657.79 PASS AF=1;AO=36;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.173;QD=61.1901;RBI=0.0899391;REFB=0;REVB=0.0868986;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191403;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:36:43:1:20:16:0:0:26:17:0:0 chr11 48285855 . GC G,GT 643.66 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=8,32;DP=41;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162537,0.0895533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.266,92.6796;QD=59.8753;RBI=0.060213,0.0926662;REFB=0,0;REVB=0.0579778,0.0238169;RO=0;SAF=0,18;SAR=8,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0789972,0.00113228;OID=.,.;OPOS=48285856,48285856;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:8,32:41:1,42:43:0:1,18:0,24:0:0:5:0:0,18:8,14:0:0 chr11 48285857 . G T 80.05 PASS AF=0.25;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0174056;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.3726;QD=7.27755;RBI=0.0310417;REFB=-0.0239348;REVB=0.0257028;RO=33;SAF=0;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.765288;STB=0.892092;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00379618;OID=.;OPOS=48285857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:44:33:33:10:11:0.25:10:0:19:14:10:1:19:14 chr11 48285981 . CCTT C 323.23 PASS AF=0.882353;AO=26;DP=33;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00614888;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=3;MLLD=223.608;QD=38.0272;RBI=0.00629738;REFB=-0.0302262;REVB=0.00135952;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518506;STBP=0.58;TYPE=del;VARB=0.00238344;OID=.;OPOS=48285982;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:26:33:30:34:4:18:12:3:1:13:0:14:12:0:0 chr11 48286231 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.491;QD=39.2068;RBI=0.0713565;REFB=0;REVB=-0.00562517;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641216;OID=.;OPOS=48286231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr11 48286256 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0318024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.044;QD=30.5927;RBI=0.0610638;REFB=-0.0140542;REVB=0.0521286;RO=2;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111763;STB=0.562382;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00430784;OID=.;OPOS=48286256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:3:7:2:0:3:7:2:0 chr11 48346523 . C T 31.97 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0096489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6591;QD=1.50443;RBI=0.0303062;REFB=-0.000193322;REVB=0.0287292;RO=75;SAF=6;SAR=2;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298517;STB=0.72669;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00183349;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:85:85:75:77:8:8:0.0941176:2:6:37:38:2:6:39:38 chr11 48346541 . A T 48.47 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00692633;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8311;QD=1.9784;RBI=0.00759278;REFB=0.00483439;REVB=0.00311066;RO=86;SAF=10;SAR=1;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488319;STB=0.881583;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0321341;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:98:86:87:11:11:0.112245:1:10:47:39:1:10:46:41 chr11 48346547 . C T 68.66 PASS AF=0.134615;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=104;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00023365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.918;QD=2.64089;RBI=0.00915448;REFB=-0.00359501;REVB=-0.0091515;RO=89;SAF=13;SAR=1;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558021;STB=0.904413;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0115057;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:103:104:89:90:14:14:0.134615:1:13:47:42:1:13:47:43 chr11 48346551 . C A 64.64 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0203832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.819;QD=2.3506;RBI=0.0355035;REFB=-0.00867482;REVB=-0.0290693;RO=95;SAF=13;SAR=1;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55942;STB=0.908975;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0482809;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:110:95:96:14:14:0.127273:1:13:49:46:1:13:49:47 chr11 48346579 . C A 131.38 PASS AF=0.167785;AO=24;DP=150;FAO=25;FDP=149;FR=.;FRO=124;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=74;FSRR=50;FWDB=-0.016814;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.613;QD=3.52705;RBI=0.0170488;REFB=-0.00916785;REVB=-0.00282006;RO=122;SAF=17;SAR=7;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163988;STB=0.614275;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0627697;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:122:124:24:25:0.167785:7:17:72:50:7:18:74:50 chr11 48346588 . A C 132.26 PASS AF=0.161491;AO=25;DP=160;FAO=26;FDP=161;FR=.;FRO=135;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=53;FWDB=-0.0162034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.154;QD=3.28605;RBI=0.0184202;REFB=-0.0108886;REVB=-0.00876082;RO=135;SAF=16;SAR=9;SRF=82;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442046;STB=0.541869;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0470205;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:135:135:25:26:0.161491:9:16:82:53:9:17:82:53 chr11 48346604 . T G 213.28 PASS AF=0.209581;AO=30;DP=173;FAO=35;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=132;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=83;FSRR=49;FWDB=-0.00315573;FXX=0.0346801;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.244;QD=5.10848;RBI=0.0221304;REFB=-0.0055072;REVB=-0.0219042;RO=98;SAF=17;SAR=13;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857953;STB=0.546876;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0163238;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:167:98:132:30:35:0.209581:13:17:62:36:15:20:83:49 chr11 48346615 . G A 228.65 PASS AF=0.195122;AO=40;DP=207;FAO=40;FDP=205;FR=.;FRO=165;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=97;FSRR=68;FWDB=-0.0209827;FXX=0.00966137;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6784;QD=4.46138;RBI=0.0211577;REFB=0.00304687;REVB=-0.0027156;RO=162;SAF=22;SAR=18;SRF=96;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557185;STB=0.530971;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0153816;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:162:165:40:40:0.195122:18:22:96:66:18:22:97:68 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 143.73 PASS AF=0.211268;AO=38;DP=226;FAO=45;FDP=213;FR=.;FRO=168;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=76;FSRR=92;FWDB=-0.0166769;FXX=0.0361975;HRUN=5;LEN=9;MLLD=283.295;QD=2.69916;RBI=0.035613;REFB=-0.00334295;REVB=-0.0314669;RO=163;SAF=17;SAR=21;SRF=78;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402543;STB=0.524183;STBP=0.738;TYPE=del;VARB=0.0137638;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.211268:38:226:45:213:168:19:26:76:92:99:163:17:21:78:85 chr11 48346681 . G A 301.95 PASS AF=0.208333;AO=50;DP=240;FAO=50;FDP=240;FR=.;FRO=190;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=87;FSRR=103;FWDB=0.0130222;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.34;QD=5.03256;RBI=0.0152661;REFB=-0.00605176;REVB=-0.0079671;RO=187;SAF=19;SAR=31;SRF=84;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912649;STB=0.563417;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0128321;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:187:190:50:50:0.208333:31:19:84:103:31:19:87:103 chr11 48346729 . G C 320.5 PASS AF=0.240196;AO=48;DP=204;FAO=49;FDP=204;FR=.;FRO=155;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=89;FWDB=-0.00146218;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.751;QD=6.28423;RBI=0.011854;REFB=-0.000969106;REVB=-0.0117635;RO=155;SAF=7;SAR=41;SRF=67;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436514;STB=0.744609;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00359385;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:155:155:48:49:0.240196:41:7:67:88:41:8:66:89 chr11 48346791 . C T 249.13 PASS AF=0.277778;AO=34;DP=127;FAO=35;FDP=126;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=61;FWDB=-0.00291413;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.423;QD=7.90883;RBI=0.00539035;REFB=-0.00516957;REVB=-0.00453473;RO=90;SAF=4;SAR=30;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388605;STB=0.741041;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.01309;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:90:91:34:35:0.277778:30:4:30:60:31:4:30:61 chr11 48346822 . A C 225.32 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.0112301;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.955;QD=8.92347;RBI=0.0142036;REFB=-0.0045944;REVB=-0.00869645;RO=71;SAF=6;SAR=24;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176115;STB=0.605329;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00897052;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:71:71:30:30:0.29703:24:6:22:49:24:6:22:49 chr11 48346843 . C T 260.61 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0267031;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.304;QD=14.28;RBI=0.0268298;REFB=-0.0110892;REVB=-0.00260456;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095894;STB=0.533311;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0144983;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:43:30:30:0.410959:21:9:15:24:21:9:15:28 chr11 48346916 . G C 370.1 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00651375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6149;QD=14.0991;RBI=0.0379302;REFB=-0.00200724;REVB=-0.0373667;RO=62;SAF=14;SAR=29;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888858;STB=0.550341;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00186774;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:29:14:25:37:29:14:25:37 chr11 48346924 . T C 430.98 PASS AF=0.418803;AO=50;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00848983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8326;QD=14.7343;RBI=0.0123617;REFB=-0.00186555;REVB=0.0089853;RO=67;SAF=16;SAR=34;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140681;STB=0.571937;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0025792;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:68:50:49:0.418803:34:16:30:37:33:16:30:38 chr11 48346932 . G A 427.31 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0030607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.503;QD=14.2435;RBI=0.00726188;REFB=-0.0109302;REVB=-0.00658536;RO=70;SAF=17;SAR=32;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106148;STB=0.556498;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0098341;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:71:49:49:0.408333:32:17:31:39:32:17:31:40 chr11 48346961 . AA TG 606.72 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00345571;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.531;QD=15.8618;RBI=0.0105668;REFB=-0.0112152;REVB=-0.00998581;RO=86;SAF=27;SAR=40;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640735;STB=0.535775;STBP=0.459;TYPE=mnp;VARB=0.0154658;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:86:86:67:67:0.437908:40:27:40:46:40:27:40:46 chr11 48346999 . T G 672.9 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.00619615;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3826;QD=16.6149;RBI=0.0063159;REFB=-0.0228561;REVB=-0.00122406;RO=87;SAF=31;SAR=42;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576091;STB=0.532548;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0362237;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:87:89:73:73:0.450617:42:31:42:45:42:31:43:46 chr11 48347014 . G A 676.37 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0585845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.946;QD=16.0088;RBI=0.0587654;REFB=-0.00607527;REVB=0.00460727;RO=92;SAF=30;SAR=44;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106394;STB=0.562807;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0326333;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:95:74:74:0.43787:44:30:47:45:44:30:49:46 chr11 48347023 . C T 696.48 PASS AF=0.447059;AO=73;DP=167;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0109442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.302;QD=16.3878;RBI=0.011228;REFB=-0.0120487;REVB=-0.00250862;RO=92;SAF=31;SAR=42;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869742;STB=0.555818;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0146167;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:92:94:73:76:0.447059:42:31:47:45:44:32:49:45 chr11 48347067 . C T 567.04 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0109305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.747;QD=15.4297;RBI=0.0178142;REFB=-0.0231142;REVB=-0.0140666;RO=85;SAF=31;SAR=30;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146086;STB=0.504794;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0314655;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:85:86:61:61:0.414966:30:31:42:43:30:31:43:43 chr11 48347100 . C T 550.19 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0276762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.825;QD=17.8925;RBI=0.0277622;REFB=-0.0166541;REVB=-0.00218362;RO=64;SAF=24;SAR=34;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140966;STB=0.582229;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0239879;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:64:65:58:58:0.471545:34:24:36:28:34:24:37:28 chr11 48347124 . A G 305.63 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0535825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5121;QD=13.2883;RBI=0.077631;REFB=-0.0210066;REVB=-0.0561737;RO=56;SAF=13;SAR=21;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242341;STB=0.620621;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.032008;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:56:57:34:35:0.380435:21:13:34:22:21:14:34:23 chr11 48347130 . C G 276.02 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0274735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2829;QD=13.3021;RBI=0.0289065;REFB=0.0136078;REVB=0.00898859;RO=50;SAF=14;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180173;STB=0.603513;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0167025;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:50:51:31:32:0.385542:17:14:31:19:18:14:31:20 chr11 48347140 . T C 217.0 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0535282;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.958;QD=11.1283;RBI=0.0539238;REFB=-0.00821205;REVB=0.00652024;RO=50;SAF=9;SAR=18;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277313;STB=0.655057;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00843115;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:51:27:27:0.346154:18:9:29:21:18:9:29:22 chr11 48347142 . C T 215.57 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00552414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.175;QD=10.9147;RBI=0.00664174;REFB=-0.0107691;REVB=-0.00368736;RO=51;SAF=9;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266961;STB=0.660897;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0294377;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:18:9:29:22:18:9:30:22 chr11 48347144 . T C 214.48 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0140795;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.995;QD=11.2886;RBI=0.0251062;REFB=-0.0133296;REVB=0.0207867;RO=47;SAF=9;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276389;STB=0.653734;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0257902;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:49:26:27:0.355263:17:9:28:19:17:10:30:19 chr11 48347267 . T C 325.35 PASS AF=0.315789;AO=42;DP=133;FAO=42;FDP=133;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.0237792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.784;QD=9.78504;RBI=0.0249495;REFB=0.00136631;REVB=0.00755178;RO=91;SAF=20;SAR=22;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124621;STB=0.572311;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00438225;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:91:91:42:42:0.315789:22:20:53:38:22:20:53:38 chr11 48347306 . G T 345.97 PASS AF=0.312057;AO=44;DP=143;FAO=44;FDP=141;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.0064359;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.051;QD=9.81485;RBI=0.00658986;REFB=-0.00277753;REVB=-0.00141613;RO=97;SAF=23;SAR=21;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280768;STB=0.51633;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00594913;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:97:97:44:44:0.312057:21:23:53:44:21:23:53:44 chr11 48347342 . G A 198.36 PASS AF=0.25;AO=30;DP=120;FAO=30;FDP=120;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0652131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.523;QD=6.61189;RBI=0.0733661;REFB=-0.0151775;REVB=-0.033613;RO=89;SAF=15;SAR=15;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906616;STB=0.549967;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.046988;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:89:90:30:30:0.25:15:15:51:38:15:15:51:39 chr11 48347346 . A T 152.42 PASS AF=0.217391;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0298122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.681;QD=5.3016;RBI=0.0462518;REFB=-0.00706075;REVB=-0.0353618;RO=90;SAF=12;SAR=13;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.567514;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0354035;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:90:90:25:25:0.217391:13:12:51:39:13:12:51:39 chr11 48347358 . C T 81.71 PASS AF=0.156863;AO=14;DP=100;FAO=16;FDP=102;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0157174;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7837;QD=3.20435;RBI=0.0211335;REFB=-0.00217092;REVB=0.0141275;RO=82;SAF=7;SAR=7;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456811;STB=0.533292;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00420562;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:100:102:82:86:14:16:0.156863:7:7:44:38:7:9:45:41 chr11 48347363 . C T 66.62 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=90;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0193763;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.562;QD=2.89657;RBI=0.0242256;REFB=-0.0016923;REVB=-0.0145408;RO=77;SAF=6;SAR=7;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023658;STB=0.527596;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0110978;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:90:92:77:79:13:13:0.141304:7:6:37:40:7:6:39:40 chr11 48347392 . T C 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0181861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.181;QD=4.23737;RBI=0.0300392;REFB=-0.006977;REVB=0.0239086;RO=49;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584191;STB=0.528649;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0336076;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:49:50:11:11:0.180328:6:5:20:29:6:5:21:29 chr11 48347419 . A G 90.36 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0189054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8438;QD=7.85705;RBI=0.0624327;REFB=-0.0057627;REVB=0.0595014;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162974;STB=0.586816;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0166299;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:6:6:12:21:6:6:13:21 chr11 48347492 . G A 77.9 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0363597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.678;QD=14.1637;RBI=0.0403267;REFB=0.00402478;REVB=-0.0174416;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569313;STB=0.533269;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00820837;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:3:9:7:3:3:9 chr11 48347498 . A T 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0171577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.071;QD=12.0525;RBI=0.0238575;REFB=-0.0148455;REVB=-0.0165769;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940419;STB=0.57128;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0312399;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:6:3:3:9:6:3:3:10 chr11 48366958 . T G 171.0 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.0126855;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.186;QD=8.769;RBI=0.0151007;REFB=0.00606202;REVB=-0.00819199;RO=53;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301193;STB=0.511278;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00234803;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:53:55:23:23:0.294872:16:7:15:38:16:7:16:39 chr11 48366971 . GG CA 219.93 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.00157946;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=2;MLLD=305.651;QD=11.5755;RBI=0.00342347;REFB=-0.00708191;REVB=-0.00303735;RO=49;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171539;STB=0.598259;STBP=0.249;TYPE=mnp;VARB=0.0134488;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:49:49:27:27:0.355263:16:11:13:36:16:11:13:36 chr11 48367050 . T TAG 107.74 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00926848;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.207;QD=7.43046;RBI=0.0246384;REFB=-0.00855673;REVB=-0.0228287;RO=43;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145626;STB=0.603325;STBP=0.339;TYPE=ins;VARB=0.0286465;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:15:59:16:58:42:8:8:15:27:99:43:7:8:15:28 chr11 48367073 . A C 658.51 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00869839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.865;QD=56.043;RBI=0.021117;REFB=-0.102825;REVB=0.0192423;RO=3;SAF=18;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720805;STB=0.538444;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000712479;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:26:18:3:0:26:18:3:0 chr11 48367097 . A G 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000642841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.652;QD=9.18804;RBI=0.00545483;REFB=-0.00134144;REVB=0.00541682;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348831;STB=0.70979;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0031591;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:8:17:4:7:8:17 chr11 48367133 . C A 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0502835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0265;QD=7.83749;RBI=0.0757062;REFB=-0.00510734;REVB=-0.0565951;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420002;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00107444;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:3:4:8:7:3:4:8:8 chr11 48367136 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00587105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.185;QD=7.4642;RBI=0.0134474;REFB=-0.0129696;REVB=-0.012098;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100525;STB=0.530034;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0302726;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:3:4:9:7:3:4:9:8 chr11 48367190 . A T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0112002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.113;QD=14.0966;RBI=0.0114799;REFB=-0.0123394;REVB=0.00251868;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216462;STB=0.596848;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00921631;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:3:10:6:5:4:10 chr11 48367195 . C T 79.14 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0157147;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6135;QD=13.7626;RBI=0.0236899;REFB=-0.0020946;REVB=0.0177275;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288925;STB=0.555448;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00474457;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:23:13:13:9:10:0.434783:6:3:4:9:6:4:4:9 chr11 48367249 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00545613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.426;QD=20.7377;RBI=0.0267165;REFB=-0.0218144;REVB=-0.0261535;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.53842;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0166753;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:11:5:7:11:11:5 chr11 48367252 . G A 177.16 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.074473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.107;QD=21.474;RBI=0.0859753;REFB=-0.0121049;REVB=-0.0429596;RO=13;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336458;STB=0.526852;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00614217;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:13:15:18:18:0.545455:7:11:8:5:7:11:10:5 chr11 48367311 . T C 226.8 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00229901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1214;QD=15.6413;RBI=0.0225743;REFB=-0.00291182;REVB=0.0224569;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140077;STB=0.586143;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00617477;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:13:13:20:11:13:13:21:11 chr11 48367363 . C T 312.86 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0356762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4277;QD=16.9113;RBI=0.0394585;REFB=-0.0245748;REVB=0.0168579;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110012;STB=0.561761;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0261856;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:14:20:19:21:14:20:19:21 chr11 48367387 . C T 235.34 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00996326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5659;QD=13.2584;RBI=0.0180483;REFB=-0.0242786;REVB=0.0150491;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991625;STB=0.556535;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0406273;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:15:13:16:27:15:13:16:27 chr11 48367419 . G A 249.65 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0215332;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.651;QD=14.0648;RBI=0.0215854;REFB=-0.00879645;REVB=0.00150147;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248447;STB=0.640518;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0106639;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:42:42:29:29:0.408451:13:16:13:29:13:16:13:29 chr11 48367424 . C G 248.4 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0164574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.854;QD=13.9942;RBI=0.0171228;REFB=0.004949;REVB=0.00472696;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19074;STB=0.608036;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0164742;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:14:15:14:28:14:15:14:28 chr11 48367455 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0161928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.955;QD=14.0543;RBI=0.0167666;REFB=-0.000706177;REVB=-0.00434901;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180665;STB=0.60257;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00125447;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:12:23:12:13:12:23 chr11 48367469 . TG CA 166.32 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0018055;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.855;QD=12.7935;RBI=0.00264083;REFB=-0.032742;REVB=-0.00192721;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269787;STB=0.643261;STBP=0.128;TYPE=mnp;VARB=0.0287341;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:31:32:20:20:0.384615:9:11:9:22:9:11:10:22 chr11 48367474 . A G 140.66 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0033896;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.895;QD=11.4822;RBI=0.0227421;REFB=0.00309902;REVB=-0.022488;RO=33;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389323;STB=0.729456;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00388757;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:5:11:11:22:5:11:11:22 chr11 48367499 . A G 71.67 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0108853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.006;QD=7.96342;RBI=0.0153383;REFB=-0.012723;REVB=-0.0108062;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514202;STB=0.816592;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0976512;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:2:8:9:17:2:8:9:17 chr11 48367511 . T G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00920795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.467;QD=6.5255;RBI=0.0100363;REFB=-0.00407945;REVB=-0.00399269;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357767;STB=0.728523;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0315902;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:8:12:2:5:8:12 chr11 48373748 . C G 50.67 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00503242;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6892;QD=4.50426;RBI=0.0435679;REFB=0.00324074;REVB=-0.0432763;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827322;STB=0.571247;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0410693;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:34:37:8:8:0.177778:5:3:15:19:5:3:17:20 chr11 48373770 . T A 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00603057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.476;QD=5.37955;RBI=0.0168291;REFB=-0.00077979;REVB=0.0157115;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197341;STB=0.618829;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00298291;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:53:54:42:43:11:11:0.203704:4:7:20:22:4:7:21:22 chr11 48373797 . C T 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0014145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.207;QD=3.84126;RBI=0.0409352;REFB=-0.000403151;REVB=-0.0409108;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111534;STB=0.567431;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00139309;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:49:50:10:10:0.166667:4:6:25:24:4:6:26:24 chr11 48373805 . G A 64.8 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0487424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.841;QD=4.24889;RBI=0.0620227;REFB=-0.00108018;REVB=-0.0383535;RO=48;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170414;STB=0.597381;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00238541;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:48:50:11:11:0.180328:4:7:24:24:4:7:26:24 chr11 48373815 . A G 62.09 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0100817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0733;QD=3.88093;RBI=0.0408622;REFB=-0.0141747;REVB=-0.0395989;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147648;STB=0.591667;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0622613;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:64:52:53:11:11:0.171875:4:7:27:25:4:7:28:25 chr11 48373817 . C T 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00499604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.188;QD=3.89349;RBI=0.0111822;REFB=-0.00320266;REVB=-0.010004;RO=51;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158912;STB=0.591667;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0135152;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:51:53:11:11:0.171875:4:7:26:25:4:7:28:25 chr11 48373820 . A C 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00935925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3772;QD=1.97705;RBI=0.0101818;REFB=0.00139835;REVB=0.0040092;RO=59;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225105;STB=0.675159;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0112936;OID=.;OPOS=48373820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:2:5:31:28:2:5:31:28 chr11 48373827 . G A 74.63 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0233909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.439;QD=4.26471;RBI=0.0266575;REFB=8.64186e-05;REVB=-0.0127864;RO=57;SAF=9;SAR=4;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194103;STB=0.627703;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000291518;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:57:57:13:13:0.185714:4:9:31:26:4:9:31:26 chr11 48373885 . A G 267.53 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=118;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0180439;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.39;QD=9.14614;RBI=0.0188073;REFB=-0.00564399;REVB=-0.00530378;RO=81;SAF=17;SAR=19;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774543;STB=0.545212;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0113462;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:81:81:36:36:0.307692:19:17:33:48:19:17:33:48 chr11 48373900 . A G 356.8 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00749868;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8463;QD=11.3271;RBI=0.00812999;REFB=0.00510371;REVB=0.0031411;RO=80;SAF=21;SAR=23;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449841;STB=0.524989;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0173325;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:80:82:44:44:0.349206:23:21:35:45:23:21:36:46 chr11 48373936 . A G 367.46 PASS AF=0.354331;AO=45;DP=127;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0196871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0034;QD=11.5736;RBI=0.0288663;REFB=-0.0127521;REVB=0.0211112;RO=82;SAF=19;SAR=26;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471183;STB=0.527015;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0239037;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:82:82:45:45:0.354331:26:19:38:44:26:19:38:44 chr11 48373976 . T G 304.02 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0162082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.859;QD=11.3651;RBI=0.019412;REFB=-0.0201974;REVB=-0.0106827;RO=68;SAF=15;SAR=23;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198037;STB=0.517109;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0337277;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:68:69:38:38:0.35514:23:15:28:40:23:15:29:40 chr11 48373986 . A G 243.71 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.0743216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.174;QD=10.7124;RBI=0.0751141;REFB=0.00220598;REVB=-0.0108826;RO=60;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589884;STB=0.538784;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00518228;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:61:30:30:0.32967:17:13:23:37:17:13:23:38 chr11 48374000 . C CT 52.32 PASS AF=0.305556;AO=19;DP=79;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0352333;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.49245;QD=2.90679;RBI=0.136895;REFB=0.00390837;REVB=0.132283;RO=49;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412319;STB=0.506539;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=-0.106115;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:19:79:22:72:50:9:13:20:30:52:49:8:11:19:30 chr11 48387098 . A C 103.25 PASS AF=0.262295;AO=14;DP=60;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00999231;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.362;QD=6.77058;RBI=0.0108476;REFB=-0.0204047;REVB=-0.00422177;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135729;STB=0.554347;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.030427;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:45:45:14:16:0.262295:7:7:22:23:7:9:22:23 chr11 48387107 . T C 88.69 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0220099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.887;QD=5.72209;RBI=0.0343216;REFB=-0.00392556;REVB=-0.0263351;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140214;STB=0.602595;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0739433;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:60:62:46:48:14:14:0.225806:6:8:21:25:6:8:21:27 chr11 48387115 . G A 86.6 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0011366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.99;QD=5.32901;RBI=0.00716312;REFB=-0.00842837;REVB=-0.00707237;RO=51;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195629;STB=0.623205;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0397444;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:51:51:14:14:0.215385:6:8:21:30:6:8:21:30 chr11 48387118 . G A 77.13 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00813009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.727;QD=4.67465;RBI=0.010214;REFB=-0.00511322;REVB=-0.00618277;RO=50;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121493;STB=0.598005;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0377794;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:50:53:13:13:0.19697:6:7:22:28:6:7:22:31 chr11 48387186 . A G 553.96 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0437992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.987;QD=55.3962;RBI=0.0458579;REFB=-0.0166262;REVB=-0.013586;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584497;STB=0.531233;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00274691;OID=.;OPOS=48387186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:23:15:2:0:23:15:2:0 chr11 48387301 . G A 91.13 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00312338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.649;QD=8.28417;RBI=0.0448021;REFB=-0.0416955;REVB=0.0446931;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0520153;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:16:16:6:6:16:16 chr11 48387335 . C A 113.63 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00627904;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.843;QD=7.97389;RBI=0.00820232;REFB=-0.000507704;REVB=0.00527747;RO=42;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508761;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00232978;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:42:41:16:16:0.280702:8:8:21:21:8:8:21:20 chr11 48387370 . A G 46.82 PASS AF=0.132353;AO=8;DP=73;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0254997;FXX=0.0933209;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.337;QD=2.75387;RBI=0.0264303;REFB=-0.0025766;REVB=-0.00695173;RO=50;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494957;STB=0.721894;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0398977;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:73:68:50:59:8:9:0.132353:1:7:24:26:2:7:32:27 chr11 48387424 . G T 195.45 PASS AF=0.288889;AO=23;DP=89;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00206213;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.538;QD=8.68685;RBI=0.0287948;REFB=-0.0173486;REVB=0.0287209;RO=63;SAF=9;SAR=14;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858996;STB=0.590837;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.031023;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:63:64:23:26:0.288889:14:9:29:34:17:9:30:34 chr11 48387490 . G A 209.62 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00412595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.438;QD=8.14062;RBI=0.0153092;REFB=-0.00773694;REVB=-0.0147427;RO=74;SAF=7;SAR=22;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27613;STB=0.666039;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0155461;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:74:29:29:0.281553:22:7:33:41:22:7:33:41 chr11 48387506 . A G 146.48 PASS AF=0.234043;AO=21;DP=95;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00471579;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9924;QD=6.2333;RBI=0.0356677;REFB=1.62403e-06;REVB=-0.0353546;RO=69;SAF=5;SAR=16;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238736;STB=0.658158;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000393997;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:69:72:21:22:0.234043:16:5:28:41:17:5:29:43 chr11 48387526 . G T 162.42 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00341308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.525;QD=7.29972;RBI=0.00343763;REFB=0.000735206;REVB=-0.000410094;RO=66;SAF=5;SAR=18;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291921;STB=0.679463;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00148173;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:66:66:23:23:0.258427:18:5:28:38:18:5:28:38 chr11 48387535 . T C 163.4 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0173882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8125;QD=7.51289;RBI=0.0188797;REFB=0.00277107;REVB=0.00735489;RO=64;SAF=5;SAR=18;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270395;STB=0.665713;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00859936;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:18:5:26:38:18:5:26:38 chr11 48387540 . G T 115.11 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0234167;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.607;QD=5.61493;RBI=0.0234269;REFB=0.00124757;REVB=-0.000692037;RO=62;SAF=4;SAR=14;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260869;STB=0.668585;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00396869;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:62:64:18:18:0.219512:14:4:25:37:14:4:26:38 chr11 48387580 . G T 56.74 PASS AF=0.173077;AO=10;DP=51;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0671759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4542;QD=4.36433;RBI=0.07233;REFB=-0.000567893;REVB=0.0268145;RO=41;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090729;STB=0.535132;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00019462;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:51:52:41:43:10:9:0.173077:7:3:15:26:6:3:16:27 chr11 48387582 . C T 57.36 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0461191;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3134;QD=4.49921;RBI=0.0469266;REFB=-0.0285094;REVB=-0.00866778;RO=42;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633133;STB=0.54276;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0701599;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:52:51:42:42:9:9:0.176471:6:3:16:26:6:3:16:26 chr11 48387584 . A T 49.81 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0129467;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7236;QD=4.15055;RBI=0.0131387;REFB=-0.0139;REVB=-0.00223819;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0523508;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:5:3:15:25:5:3:15:25 chr11 48387591 . A G 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0105469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.898;QD=2.91688;RBI=0.0526258;REFB=-0.00941877;REVB=-0.0515581;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224312;STB=0.644004;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0467912;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:38:39:6:6:0.133333:3:3:12:26:3:3:13:26 chr11 48387850 . G T 36.69 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.0125135;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.863;QD=1.59511;RBI=0.0352938;REFB=-0.00563152;REVB=-0.033001;RO=83;SAF=4;SAR=5;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413553;STB=0.520838;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.038495;OID=.;OPOS=48387850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:92:83:83:9:9:0.0978261:5:4:34:49:5:4:35:48 chr11 48387890 . T C 34.97 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=118;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=-0.0174565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.832;QD=1.18548;RBI=0.0231043;REFB=-0.00507049;REVB=-0.0151354;RO=108;SAF=3;SAR=7;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140342;STB=0.615144;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0525251;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:118:118:108:108:10:10:0.0847458:7:3:45:63:7:3:45:63 chr11 48387894 . C T 40.14 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=-0.0471318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1768;QD=1.33799;RBI=0.0494721;REFB=-0.0215527;REVB=-0.0150361;RO=109;SAF=4;SAR=7;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595671;STB=0.546962;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0249771;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:120:120:109:109:11:11:0.0916667:7:4:45:64:7:4:45:64 chr11 48387900 . G A 52.28 PASS AF=0.107438;AO=13;DP=121;FAO=13;FDP=121;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=0.0193458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3707;QD=1.72824;RBI=0.0252257;REFB=-0.00290877;REVB=-0.0161888;RO=106;SAF=6;SAR=7;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568972;STB=0.548895;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0128841;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:121:121:106:108:13:13:0.107438:7:6:44:62:7:6:44:64 chr11 48387919 . G A 54.1 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=117;FAO=13;FDP=117;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.00738519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.683;QD=1.84971;RBI=0.0207485;REFB=-0.0023196;REVB=0.0193897;RO=102;SAF=6;SAR=7;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491305;STB=0.54321;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00828416;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:117:117:102:104:13:13:0.111111:7:6:43:59:7:6:43:61 chr11 48387930 . T C 75.0 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=117;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=0.0120992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.904;QD=2.56403;RBI=0.0144062;REFB=0.000612469;REVB=0.00781973;RO=101;SAF=7;SAR=9;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662229;STB=0.545498;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00112491;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:117:117:101:101:16:16:0.136752:9:7:39:62:9:7:39:62 chr11 48387946 . G T 56.43 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.0143238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.029;QD=2.01529;RBI=0.0156333;REFB=-0.00158145;REVB=-0.00626312;RO=95;SAF=7;SAR=6;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208391;STB=0.634445;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0100794;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:112:112:95:99:13:13:0.116071:6:7:35:60:6:7:38:61 chr11 48387960 . T C 75.64 PASS AF=0.141509;AO=14;DP=105;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=0.0107122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2525;QD=2.85448;RBI=0.0130818;REFB=-0.00256339;REVB=0.00750887;RO=91;SAF=7;SAR=7;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116606;STB=0.552095;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0284558;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:106:91:91:14:15:0.141509:7:7:37:54:8:7:37:54 chr11 48387978 . T A 112.07 PASS AF=0.184466;AO=19;DP=103;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.00156785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.123;QD=4.35235;RBI=0.00392418;REFB=-0.00456393;REVB=0.00359737;RO=84;SAF=7;SAR=12;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000851438;STB=0.500548;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243683;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:84:84:19:19:0.184466:12:7:31:53:12:7:31:53 chr11 48387983 . T C 125.11 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=-0.00593278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.911;QD=5.00455;RBI=0.00671848;REFB=-0.0014497;REVB=0.0031528;RO=79;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114018;STB=0.564041;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0215758;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:79:80:20:20:0.2:12:8:25:54:12:8:26:54 chr11 48510654 . A C 1296.32 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158229;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.443;QD=61.0035;RBI=0.019661;REFB=0;REVB=0.0116701;RO=0;SAF=26;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461579;OID=.;OPOS=48510654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:79:85:1:53:26:0:0:55:30:0:0 chr11 48510777 . G A 1475.54 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244536;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.24;QD=62.7889;RBI=0.0485194;REFB=0;REVB=0.0419066;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184447;OID=.;OPOS=48510777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:1:0:90:94:1:46:44:0:1:48:46:0:0 chr11 49000423 . C G 1129.97 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0390061;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.27;QD=57.9472;RBI=0.0399996;REFB=-0.113751;REVB=0.00885967;RO=1;SAF=24;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193061;STB=0.519995;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00394012;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:1:2:76:76:0.974359:52:24:1:0:52:24:2:0 chr11 49000521 . TC T,TT 668.12 PASS AF=0.06,0.94;AO=6,44;DP=51;FAO=3,47;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855196,0.0890481;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.4586,45.2694;QD=53.4496;RBI=0.0928105,0.0982075;REFB=-0.0608739,-0.0695541;REVB=0.0360581,0.0414144;RO=1;SAF=2,12;SAR=4,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.171372,-0.0375364;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0662083,0.00869089;OID=.,.;OPOS=49000522,49000522;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.06,0.94:6,44:51:3,47:50:0:1,14:2,33:0:0:8:1:2,12:4,32:1:0 chr11 49000530 . T G 223.82 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0149723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4436;QD=17.5543;RBI=0.0151231;REFB=-0.0124593;REVB=0.00213098;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177156;STB=0.502956;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.016698;OID=.;OPOS=49000530;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:17:7:8:18:17:7:8:19 chr11 49055751 . T C 345.8 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513575;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.853;QD=55.3273;RBI=0.0517055;REFB=0;REVB=0.00598821;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645902;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:22:25:1:9:13:0:0:9:16:0:0 chr11 49059362 . C A 1164.08 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319494;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8513;QD=59.6962;RBI=0.0324925;REFB=-0.0836956;REVB=-0.00591551;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684546;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:78:1:0:77:78:1:37:40:1:0:37:41:0:0 chr11 49075605 . G A 868.75 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.45;QD=57.9166;RBI=0.0411605;REFB=0;REVB=0.0366926;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91841e-05;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:30:30:0:0 chr11 49077889 . AT A 232.44 PASS AF=0.966667;AO=37;DP=64;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0842632;FXX=0.0624902;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.7687;QD=15.4959;RBI=0.29738;REFB=0.0452735;REVB=0.285192;RO=14;SAF=25;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975034;STB=0.505701;STBP=0.786;TYPE=del;VARB=0.0623456;OID=.;OPOS=49077890;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667:37:64:58:60:2:38:20:1:1:4:14:25:12:7:7 chr11 49080616 . T C 686.09 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5919;QD=62.3718;RBI=0.0430546;REFB=0;REVB=-0.0175876;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159584;OID=.;OPOS=49080616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr11 49598178 . G A 403.41 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0280901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4479;QD=14.941;RBI=0.0281482;REFB=-0.00999775;REVB=0.00180831;RO=62;SAF=33;SAR=13;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315946;STB=0.678192;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0152119;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:13:33:26:36:13:33:26:36 chr11 49598207 . T C 420.35 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0439279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5434;QD=17.8871;RBI=0.0696317;REFB=-0.0137336;REVB=-0.054027;RO=49;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18753;STB=0.594389;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0195915;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:51:43:43:0.457447:17:26:20:29:17:26:22:29 chr11 49598209 . T C 1448.16 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.835;QD=62.9634;RBI=0.0410405;REFB=0;REVB=0.00422375;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110288;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:46:45:0:0:46:46:0:0 chr11 49830142 . G T 1622.94 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224732;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.421;QD=60.1088;RBI=0.0322721;REFB=0;REVB=0.0231613;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48546e-05;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:108:0:0:104:108:1:56:48:0:0:57:51:0:0 chr11 49974371 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.936;QD=53.2743;RBI=0.0398887;REFB=0;REVB=-0.0247778;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24318e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr11 49974931 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.012;QD=54.5148;RBI=0.0540996;REFB=0;REVB=0.0321172;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510928;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr11 50003191 . C A 513.45 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0189842;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.097;QD=21.3939;RBI=0.0224212;REFB=0.0147148;REVB=0.0119295;RO=46;SAF=25;SAR=24;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483184;STB=0.521064;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00833465;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:24:25:26:20:24:25:26:21 chr11 51516000 . C T 232.77 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=64;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0605072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2025;QD=14.1074;RBI=0.0924597;REFB=-0.00733488;REVB=0.069912;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155276;STB=0.567521;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0164791;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:38:38:26:28:0.424242:14:12:12:26:16:12:12:26 chr11 51516036 . G A 120.07 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0216369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.002;QD=9.41717;RBI=0.0231772;REFB=-0.0200319;REVB=0.00830811;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265487;STB=0.657904;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0331772;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:11:25:7:8:11:25 chr11 55111238 . C A 305.6 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0145864;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.039;QD=14.7277;RBI=0.0163799;REFB=-0.00627759;REVB=-0.00745236;RO=49;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335463;STB=0.688891;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.01418;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:49:49:34:34:0.409639:13:21:14:35:13:21:14:35 chr11 55111584 . A T 283.63 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00295547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.766;QD=17.7266;RBI=0.013999;REFB=-0.00255188;REVB=-0.0136835;RO=32;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137254;STB=0.570175;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00310802;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:20:11:16:16:20:11:16:17 chr11 55135435 . C T 628.42 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0032619;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.065;QD=18.7589;RBI=0.0262752;REFB=0.0141861;REVB=-0.0260719;RO=70;SAF=29;SAR=35;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038208;STB=0.502116;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0107101;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:70:70:64:64:0.477612:35:29:32:38:35:29:32:38 chr11 55322211 . A G 367.13 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00623756;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.452;QD=14.3973;RBI=0.00756122;REFB=-0.000496247;REVB=0.00427374;RO=58;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422322;STB=0.514012;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.000698052;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:60:42:42:0.411765:20:22:28:30:20:22:30:30 chr11 55339652 . C T 402.25 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0128226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4609;QD=16.5876;RBI=0.0213342;REFB=0.0237582;REVB=-0.0170507;RO=54;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158502;STB=0.594388;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0299412;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:55:42:42:0.43299:16:26:25:29:16:26:25:30 chr11 55339798 . C T 449.48 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0123859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9494;QD=18.9254;RBI=0.0360554;REFB=-0.0134554;REVB=0.0338612;RO=49;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015086;STB=0.513058;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0176053;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:20:25:28:21:20:25:29:21 chr11 55339829 . A G 1201.42 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=89;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00735335;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.783;QD=55.8802;RBI=0.0179815;REFB=-0.0645485;REVB=0.0164092;RO=5;SAF=50;SAR=31;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450308;STB=0.523804;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00126735;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:89:86:5:5:81:81:0.94186:31:50:5:0:31:50:5:0 chr11 55340379 . T C 427.97 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0348801;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7912;QD=19.2346;RBI=0.0375455;REFB=-0.0150271;REVB=0.0138939;RO=47;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137917;STB=0.570451;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.016427;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:47:46:43:43:0.483146:28:15:23:24:28:15:22:24 chr11 55541098 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9199;QD=55.6514;RBI=0.0198057;REFB=0;REVB=-0.0149896;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003311;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr11 55541284 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00885904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6758;QD=8.69169;RBI=0.0514998;REFB=-0.0183616;REVB=0.0507321;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489546;STB=0.817487;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0108297;OID=.;OPOS=55541284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:15:17:8:8:0.32:2:6:4:11:2:6:4:13 chr11 55563776 . T G 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.865;QD=63.8662;RBI=0.0459961;REFB=0;REVB=0.0390186;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109685;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr11 55563900 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0235117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.167;QD=13.4559;RBI=0.0239136;REFB=0.00336847;REVB=-0.00436567;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330769;STB=0.695286;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0105364;OID=.;OPOS=55563900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:6:9:3:8:6:9 chr11 55563922 . A T 55.38 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0267965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.482;QD=10.0682;RBI=0.0389595;REFB=0.000917063;REVB=0.0282806;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.000497829;OID=.;OPOS=55563922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:6:8:3:5:6:8 chr11 55587117 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.052;QD=55.0986;RBI=0.0435239;REFB=0;REVB=-0.0355299;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000634802;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 55587457 . G A 588.25 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0200015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0665;QD=19.9408;RBI=0.0202491;REFB=0.00408029;REVB=0.00315721;RO=56;SAF=22;SAR=38;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10542;STB=0.55087;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00341644;OID=.;OPOS=55587457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:58:60:60:0.508475:38:22:27:29:38:22:27:31 chr11 55587511 . A G 1459.56 PASS AF=0.980392;AO=98;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00752342;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.92;QD=57.2375;RBI=0.00852215;REFB=-0.146076;REVB=0.00400316;RO=2;SAF=33;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278746;STB=0.513886;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00118837;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:102:2:2:98:100:0.980392:65:33:2:0:65:35:2:0 chr11 55587914 . A G 159.56 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.029247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.647;QD=17.729;RBI=0.0435408;REFB=-0.00459826;REVB=0.0322554;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284327;STB=0.668723;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00196666;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:9:7:3:16:9:8:3:16 chr11 55606302 . G T 1031.44 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164988;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.9;QD=59.7936;RBI=0.021957;REFB=0;REVB=0.0144879;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11417e-05;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:41:28:0:0 chr11 55606818 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0299008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.583;QD=9.44464;RBI=0.0381626;REFB=-0.025409;REVB=0.0237134;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467859;STB=0.794397;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0283444;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:4:6:1:5:4:6 chr11 55607071 . G A 149.3 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0651924;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6993;QD=11.9441;RBI=0.0656513;REFB=-0.019901;REVB=-0.00774877;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136115;STB=0.572454;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0197491;OID=.;OPOS=55607071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:32:18:18:0.36:13:5:12:19:13:5:12:20 chr11 55652963 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.521;QD=47.8222;RBI=0.031827;REFB=0;REVB=0.0272252;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531213;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 55652971 . C A 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.693;QD=39.4349;RBI=0.0270622;REFB=0.0362106;REVB=0.0111198;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.514687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00252927;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:10:6:0:1:10:6:1:1 chr11 55653164 . G A 94.91 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0768755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.75;QD=11.8631;RBI=0.0788166;REFB=-0.024079;REVB=-0.0173846;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490421;STB=0.552543;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0389235;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:32:20:20:11:12:0.375:6:5:10:10:7:5:10:10 chr11 55656483 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.792;QD=55.098;RBI=0.0782258;REFB=0;REVB=0.0275254;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303495;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 55681494 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.685;QD=57.6805;RBI=0.0331493;REFB=0;REVB=0.0309574;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258649;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 55681865 . T C 370.29 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0297251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9825;QD=18.0627;RBI=0.0300846;REFB=-0.0359866;REVB=-0.00463665;RO=43;SAF=18;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974655;STB=0.560547;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0355213;OID=.;OPOS=55681865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:38:39:0.47561:20:18:16:27:20:19:16:27 chr11 55746891 . G A 2335.51 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.73;QD=61.059;RBI=0.00680923;REFB=0;REVB=0.00572179;RO=0;SAF=73;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0885e-06;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:151:153:1:78:73:0:0:80:73:0:0 chr11 55761221 . C T 804.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6444;QD=64.3989;RBI=0.0622119;REFB=0;REVB=0.0584002;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747286;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr11 55761738 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.874;QD=60.2307;RBI=0.0454535;REFB=0;REVB=-0.00468168;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171838;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr11 55798152 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.584;QD=57.6798;RBI=0.0153447;REFB=0;REVB=0.0118391;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1615e-06;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr11 55798259 . G T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0288429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.074;QD=12.7815;RBI=0.0473828;REFB=-0.0241133;REVB=0.0375928;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.571292;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0334923;OID=.;OPOS=55798259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:14:14:9:10:0.416667:4:5:10:4:4:6:10:4 chr11 55872657 . A C 122.32 PASS AF=0.184874;AO=22;DP=119;FAO=22;FDP=119;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0188031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.434;QD=4.11148;RBI=0.019664;REFB=-0.0128289;REVB=0.00575461;RO=96;SAF=10;SAR=12;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136539;STB=0.590828;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0318663;OID=.;OPOS=55872657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:96:97:22:22:0.184874:12:10:54:42:12:10:55:42 chr11 55872876 . C T 2302.13 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412614;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.829;QD=60.1865;RBI=0.0425653;REFB=0.0786605;REVB=0.010455;RO=0;SAF=75;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-5.79166e-05;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:153:0:1:152:152:0.993464:77:75:0:0:77:75:1:0 chr11 55873024 . A G 1575.53 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146632;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.498;QD=60.0203;RBI=0.0146759;REFB=0;REVB=-0.000610535;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40722e-07;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:47:58:0:0:47:58:0:0 chr11 55873334 . A G 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0260641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7733;QD=13.7725;RBI=0.0419281;REFB=0.019876;REVB=-0.0328424;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509175;STB=0.529382;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0400048;OID=.;OPOS=55873334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:17:14:10:10:17:14 chr11 55873368 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7618;QD=60.9777;RBI=0.0455432;REFB=0;REVB=0.0131209;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764231;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr11 55889895 . C T 452.49 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00126981;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.647;QD=21.2938;RBI=0.0266845;REFB=0.00243297;REVB=-0.0266542;RO=37;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300587;STB=0.528581;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00238831;OID=.;OPOS=55889895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:37:41:44:44:0.517647:23:21:19:18:23:21:22:19 chr11 55890257 . C T 1461.47 PASS AF=0.928571;AO=101;DP=109;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0253761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.743;QD=52.1953;RBI=0.0317725;REFB=0.0279903;REVB=0.0191192;RO=8;SAF=45;SAR=56;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251422;STB=0.511722;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00140355;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:109:112:8:8:101:104:0.928571:56:45:5:3:56:48:5:3 chr11 55904382 . A C 358.01 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0414557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2128;QD=17.0483;RBI=0.0451286;REFB=-0.0275129;REVB=0.0178331;RO=46;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621271;STB=0.534865;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.03466;OID=.;OPOS=55904382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:15:23:25:21:15:23:25:21 chr11 55904828 . A G 340.55 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0120222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.472;QD=20.9569;RBI=0.0191122;REFB=-0.0235308;REVB=-0.0148574;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135856;STB=0.561496;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0229364;OID=.;OPOS=55904828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:30:35:35:0.538462:22:13:15:13:22:13:15:15 chr11 55905078 . C T 271.71 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00220341;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.914;QD=16.9821;RBI=0.00711283;REFB=-0.0180367;REVB=-0.00676294;RO=34;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193785;STB=0.593342;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0147588;OID=.;OPOS=55905078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:64:34:34:29:30:0.46875:20:9:17:17:20:10:17:17 chr11 55944474 . G A 144.73 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00799134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4048;QD=15.6465;RBI=0.00845025;REFB=0.00647024;REVB=0.00274687;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703014;STB=0.54049;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00447513;OID=.;OPOS=55944474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:9:12:8:8:9:12 chr11 55999950 . G C 187.54 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0186371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8607;QD=12.0993;RBI=0.0520317;REFB=-0.0434106;REVB=0.0485794;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872913;STB=0.548347;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0830031;OID=.;OPOS=55999950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:12:12:15:21:12:12:16:22 chr11 56000403 . C G 888.43 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122786;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1676;QD=58.2577;RBI=0.0423896;REFB=0;REVB=0.0405724;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110696;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr11 56000451 . G A 315.37 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0102455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.042;QD=25.2294;RBI=0.0217475;REFB=-0.0319037;REVB=0.0191828;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104843;STB=0.550261;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0236914;OID=.;OPOS=56000451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:15:12:7:15:16:12:7:15 chr11 56000471 . G A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00119777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.819;QD=22.3974;RBI=0.00350992;REFB=-0.0222221;REVB=-0.00329922;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241271;STB=0.634033;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.014651;OID=.;OPOS=56000471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:11:11:4:15:11:11:4:15 chr11 56000600 . G T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0118204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.837;QD=18.6366;RBI=0.0121263;REFB=-0.00874425;REVB=-0.00270666;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00831494;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:12:4:4:12:12:4:4:12 chr11 56019925 . T G 534.48 PASS AF=0.483051;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.000215837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.71;QD=18.1179;RBI=0.0245607;REFB=-0.0136028;REVB=0.0245598;RO=60;SAF=29;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632526;STB=0.534153;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0136452;OID=.;OPOS=56019925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:61:56:57:0.483051:27:29:27:33:28:29:27:34 chr11 56043604 . A G 312.25 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00231628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.61;QD=17.5913;RBI=0.0159554;REFB=-0.0149772;REVB=-0.0157864;RO=37;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848842;STB=0.537863;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0179516;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:37:33:34:0.478873:14:19:18:19:15:19:18:19 chr11 56043702 . G C 529.83 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000844203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.364;QD=58.8698;RBI=0.0667258;REFB=0;REVB=0.0667205;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233544;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr11 56058197 . G A 316.79 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00474995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.394;QD=12.9302;RBI=0.0165008;REFB=-0.00693183;REVB=0.0158023;RO=62;SAF=14;SAR=22;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261169;STB=0.64914;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0131402;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:22:14:39:23:22:14:39:23 chr11 56086147 . T G 651.04 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5722;QD=62.0037;RBI=0.0727472;REFB=0;REVB=0.027635;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099922;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr11 56113516 . T C 662.08 PASS AF=0.960784;AO=47;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000942524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.321;QD=51.9278;RBI=0.0992812;REFB=-0.125446;REVB=0.0992767;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5004;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0021131;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:0:2:47:49:0.960784:23:24:0:0:25:24:1:1 chr11 56113575 . A G 370.17 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00940269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.79;QD=17.4199;RBI=0.015694;REFB=-0.00746283;REVB=-0.0125655;RO=46;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680716;STB=0.530424;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00662351;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:38:39:0.458824:18:20:21:25:19:20:21:25 chr11 56113593 . C A 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00658806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.434;QD=17.4753;RBI=0.0317372;REFB=-0.0147355;REVB=-0.0310459;RO=55;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873747;STB=0.54857;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0141649;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:24:25:23:32:24:25:23:32 chr11 56127746 . A G 265.41 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0135748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.14;QD=27.2216;RBI=0.0142716;REFB=-0.00133533;REVB=0.00440504;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743596;STB=0.548767;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00061839;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:15:23:24:0.615385:10:13:10:5:11:13:10:5 chr11 56128524 . C T 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00432723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.805;QD=17.4219;RBI=0.00593341;REFB=-0.0109115;REVB=-0.00405961;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675715;STB=0.537824;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0117406;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:20:14:15:16:20:14 chr11 56143156 . C T 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0142845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.585;QD=13.7257;RBI=0.0168426;REFB=-0.0082884;REVB=0.00892325;RO=49;SAF=18;SAR=14;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162727;STB=0.592592;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00652305;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:14:18:20:29:14:18:20:29 chr11 56143158 . A G 253.4 PASS AF=0.37037;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0181572;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.429;QD=12.5135;RBI=0.0249703;REFB=-0.0100512;REVB=0.0171415;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170556;STB=0.605841;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0312772;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:51:29:30:0.37037:12:17:22:29:12:18:22:29 chr11 56143592 . C T 461.38 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00998001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.383;QD=18.8317;RBI=0.0116532;REFB=-0.0322263;REVB=-0.00601631;RO=52;SAF=21;SAR=25;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150417;STB=0.583665;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0314048;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:25:21:32:20:25:21:32:20 chr11 56143690 . C A 128.3 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.092999;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5141;QD=9.5039;RBI=0.0977995;REFB=-0.000838492;REVB=-0.0302641;RO=36;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247285;STB=0.657342;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00489007;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:36:37:17:17:0.314815:12:5:18:18:12:5:19:18 chr11 56143696 . C T 128.22 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0131173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.157;QD=10.2573;RBI=0.0632813;REFB=-0.0263069;REVB=0.0619069;RO=31;SAF=2;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46567;STB=0.740631;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0808356;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:33:16:17:0.34:14:2:14:17:14:3:16:17 chr11 56143716 . TG CA 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0166976;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.87;QD=4.92229;RBI=0.0281697;REFB=-0.0082514;REVB=-0.0226875;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298624;STB=0.700771;STBP=0.244;TYPE=mnp;VARB=0.0530625;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:6:2:16:17:6:2:16:17 chr11 56143725 . C G 41.8 PASS AF=0.159091;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00634833;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.125;QD=3.80005;RBI=0.00824288;REFB=0.00053817;REVB=0.00525774;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183999;STB=0.548879;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00330061;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:44:37:37:6:7:0.159091:4:2:18:19:4:3:18:19 chr11 56143729 . CC TG 41.44 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0295483;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=2;MLLD=236.188;QD=3.76766;RBI=0.0324687;REFB=-0.00549792;REVB=-0.0134578;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279165;STB=0.675159;STBP=0.376;TYPE=mnp;VARB=0.040065;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:45:44:35:37:7:7:0.159091:5:2:18:17:5:2:18:19 chr11 56184888 . G A 393.18 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0167777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.991;QD=13.6759;RBI=0.0171416;REFB=-0.00422121;REVB=-0.00351341;RO=67;SAF=22;SAR=24;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111468;STB=0.561284;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00556237;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:69:46:46:0.4:24:22:25:42:24:22:26:43 chr11 56185345 . A G 223.94 PASS AF=0.769231;AO=19;DP=25;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00803386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.626;QD=34.4521;RBI=0.0125959;REFB=-0.0168081;REVB=0.00970121;RO=6;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107776;STB=0.562437;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00891665;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:6:6:19:20:0.769231:11:8:4:2:12:8:4:2 chr11 56294275 . T C 534.25 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0343828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0655;QD=24.8488;RBI=0.0377395;REFB=-0.0113413;REVB=-0.0155594;RO=35;SAF=17;SAR=33;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160275;STB=0.594411;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0046212;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:36:50:50:0.581395:33:17:19:16:33:17:20:16 chr11 56294338 . G A 1326.36 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=92;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00859825;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.655;QD=58.9492;RBI=0.0337308;REFB=-0.146137;REVB=0.0326165;RO=3;SAF=41;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873876;STB=0.504614;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0027187;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:92:90:3:3:87:87:0.966667:46:41:1:2:46:41:1:2 chr11 56294431 . G T 790.21 PASS AF=0.677083;AO=65;DP=96;FAO=65;FDP=96;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=2;FWDB=-0.00586767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.87;QD=32.9255;RBI=0.0198918;REFB=-0.0103873;REVB=0.0190067;RO=29;SAF=24;SAR=41;SRF=28;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332917;STB=0.67795;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00573169;OID=.;OPOS=56294431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:29:31:65:65:0.677083:41:24:28:1:41:24:29:2 chr11 56310222 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00966633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3437;QD=8.30752;RBI=0.0238009;REFB=0.00435357;REVB=0.0217496;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0105445;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:8:10:3:5:8:10 chr11 56344993 . C A 303.94 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00648533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.042;QD=18.1454;RBI=0.0124445;REFB=-0.018085;REVB=0.010621;RO=32;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865549;STB=0.55312;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0177227;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:34:32:33:0.492537:18:14:11:21:19:14:11:23 chr11 56380134 . C G 111.93 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.000327787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.118;QD=8.1406;RBI=0.0233752;REFB=-0.00737687;REVB=0.0233729;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175782;STB=0.624011;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0160845;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:39:39:15:16:0.290909:8:7:24:15:9:7:24:15 chr11 56431216 . C T 398.72 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0219284;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.731;QD=17.7209;RBI=0.0235111;REFB=-0.0160826;REVB=-0.00848034;RO=49;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991168;STB=0.555528;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0211855;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:16:25:25:24:16:25:25:24 chr11 56467881 . T C 344.67 PASS AF=0.344;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.000351726;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1222;QD=11.0294;RBI=0.0193856;REFB=0.00790478;REVB=0.0193824;RO=81;SAF=22;SAR=21;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902765;STB=0.547526;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0135299;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:81:82:43:43:0.344:21:22:35:46:21:22:36:46 chr11 56467926 . A G 653.48 PASS AF=0.387435;AO=74;DP=190;FAO=74;FDP=191;FR=.;FRO=117;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=-0.0386992;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1815;QD=13.6854;RBI=0.0561692;REFB=-0.00655873;REVB=-0.0407106;RO=115;SAF=43;SAR=31;SRF=50;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157595;STB=0.588685;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00954562;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:115:117:74:74:0.387435:31:43:50:65:31:43:51:66 chr11 56467945 . G T 109.94 PASS AF=0.121076;AO=27;DP=224;FAO=27;FDP=223;FR=.;FRO=196;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=91;FSRR=105;FWDB=0.00246419;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.393;QD=1.97206;RBI=0.0143784;REFB=-0.000927813;REVB=-0.0141656;RO=197;SAF=16;SAR=11;SRF=91;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162432;STB=0.611853;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0116293;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:197:196:27:27:0.121076:11:16:91:106:11:16:91:105 chr11 56468020 . TG CA,CG 1470.93 PASS AF=0.346734,0.311558;AO=69,58;DP=199;FAO=69,62;FDP=199;FR=.;FRO=68;FSAF=35,24;FSAR=34,38;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0153548,-0.00773592;FXX=0.00499975;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=153.082,102.127;QD=29.5663;RBI=0.0187076,0.00893606;REFB=-0.0178243,-0.0290809;REVB=-0.0106867,-0.00447311;RO=68;SAF=35,22;SAR=34,36;SRF=26;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112462,-0.00313089;STB=0.561875,0.502617;STBP=0.177,0.944;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0258713,0.0105223;OID=.,.;OPOS=56468020,56468020;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:68:68:69,58:69,62:0.346734,0.311558:34,36:35,22:26:42:34,38:35,24:26:42 chr11 56468044 . T G 1127.12 PASS AF=0.598837;AO=103;DP=172;FAO=103;FDP=172;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.00377886;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.552;QD=26.2121;RBI=0.00637922;REFB=-0.00592675;REVB=-0.00513952;RO=66;SAF=39;SAR=64;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346237;STB=0.517599;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00354715;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:66:69:103:103:0.598837:64:39:28:38:64:39:29:40 chr11 56468047 . AC AT,GT 2392.56 PASS AF=0.368098,0.631902;AO=57,102;DP=165;FAO=60,103;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=23,38;FSAR=37,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217695,0.0112347;FXX=0.0180712;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.204,180.498;QD=58.7131;RBI=0.0223966,0.0113718;REFB=0,0;REVB=0.00526299,0.00176077;RO=0;SAF=21,37;SAR=36,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00261034,0.0089389;OID=.,.;OPOS=56468048,56468047;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:165:163:0:0:57,102:60,103:0.368098,0.631902:36,65:21,37:0:0:37,65:23,38:0:0 chr11 56468111 . C T 316.54 PASS AF=0.330645;AO=40;DP=119;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0117425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.057;QD=10.2109;RBI=0.0117447;REFB=-0.0101547;REVB=0.000227363;RO=78;SAF=16;SAR=24;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273348;STB=0.505152;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0159936;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:124:78:83:40:41:0.330645:24:16:33:45:25:16:33:50 chr11 56468155 . T G 378.98 PASS AF=0.415094;AO=42;DP=104;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00865019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.735;QD=14.3012;RBI=0.00938123;REFB=-0.00835795;REVB=0.00363066;RO=62;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136295;STB=0.562634;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0128162;OID=.;OPOS=56468155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:62:62:42:44:0.415094:21:21:23:39:23:21:23:39 chr11 56468198 . A G 310.25 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0076156;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2724;QD=13.3439;RBI=0.00988375;REFB=-0.0368056;REVB=-0.0063001;RO=57;SAF=15;SAR=20;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180723;STB=0.597506;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0178443;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:58:35:35:0.376344:20:15:34:23:20:15:34:24 chr11 56468200 . C T 310.23 PASS AF=0.376344;AO=36;DP=94;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0271751;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3127;QD=13.343;RBI=0.0281342;REFB=-0.0163481;REVB=-0.00728357;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170677;STB=0.607842;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0304866;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:58:58:36:35:0.376344:20:16:35:23:20:15:35:23 chr11 56468202 . G A 324.44 PASS AF=0.4;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00850458;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.365;QD=14.4195;RBI=0.0317707;REFB=-0.0206705;REVB=0.0306113;RO=54;SAF=16;SAR=20;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155544;STB=0.588187;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0251619;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:54:54:36:36:0.4:20:16:32:22:20:16:32:22 chr11 56468212 . G A 260.53 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.000156731;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.943;QD=11.9785;RBI=0.024836;REFB=-0.0146842;REVB=0.0248355;RO=56;SAF=19;SAR=12;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275478;STB=0.515893;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0144038;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:12:19:33:23:12:19:33:23 chr11 56468259 . C T 500.8 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00439252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.722;QD=24.4291;RBI=0.0316582;REFB=-0.0691712;REVB=0.031352;RO=33;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105493;STB=0.566824;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0264145;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:35:47:47:0.573171:19:28:24:9:19:28:26:9 chr11 56468368 . C T 477.86 PASS AF=0.375;AO=57;DP=152;FAO=57;FDP=152;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.00318968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.55;QD=12.5754;RBI=0.0672371;REFB=-0.0135309;REVB=-0.0671614;RO=92;SAF=34;SAR=23;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829863;STB=0.544753;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0229266;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:92:95:57:57:0.375:23:34:48:44:23:34:50:45 chr11 56468403 . G A 375.76 PASS AF=0.316456;AO=49;DP=158;FAO=50;FDP=158;FR=.;FRO=108;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.00900017;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3499;QD=9.5128;RBI=0.013101;REFB=-0.00859728;REVB=-0.00952014;RO=108;SAF=27;SAR=22;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125694;STB=0.578598;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0317496;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:108:108:49:50:0.316456:22:27:48:60:22:28:48:60 chr11 56468416 . G A 318.7 PASS AF=0.286667;AO=43;DP=151;FAO=43;FDP=150;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.0854783;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9208;QD=8.49858;RBI=0.0928404;REFB=-0.0193875;REVB=0.0362326;RO=108;SAF=26;SAR=17;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225885;STB=0.629809;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0544064;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:108:107:43:43:0.286667:17:26:45:63:17:26:45:62 chr11 56468440 . G T 70.29 PASS AF=0.125984;AO=16;DP=126;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.0334262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2865;QD=2.21399;RBI=0.0381143;REFB=-0.00188341;REVB=-0.0183136;RO=110;SAF=7;SAR=9;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012915;STB=0.504499;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0148507;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:126:127:110:111:16:16:0.125984:9:7:47:63:9:7:48:63 chr11 56468448 . AA GT 225.04 PASS AF=0.257812;AO=33;DP=128;FAO=33;FDP=128;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0326984;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=137.092;QD=7.03241;RBI=0.0330603;REFB=0.000463443;REVB=-0.00487857;RO=94;SAF=17;SAR=16;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13679;STB=0.577313;STBP=0.315;TYPE=mnp;VARB=-0.00110724;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:94:95:33:33:0.257812:16:17:38:56:16:17:39:56 chr11 56468452 . A C 224.99 PASS AF=0.257812;AO=33;DP=128;FAO=33;FDP=128;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0152087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5247;QD=7.03098;RBI=0.0187689;REFB=0.00223895;REVB=-0.0109986;RO=95;SAF=17;SAR=16;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129242;STB=0.577313;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00616052;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:95:95:33:33:0.257812:16:17:39:56:16:17:39:56 chr11 56468493 . A G 816.02 PASS AF=0.632479;AO=71;DP=114;FAO=74;FDP=117;FR=.;FRO=43;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0623946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0381;QD=27.8982;RBI=0.0623954;REFB=0.00628146;REVB=-0.000311859;RO=43;SAF=42;SAR=29;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168841;STB=0.595793;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00221448;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:43:43:71:74:0.632479:29:42:15:28:29:45:15:28 chr11 56468554 . A C 995.69 PASS AF=0.621429;AO=87;DP=140;FAO=87;FDP=140;FR=.;FRO=53;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0227447;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5306;QD=28.4483;RBI=0.0435093;REFB=0.00771169;REVB=-0.0370909;RO=49;SAF=50;SAR=37;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11154;STB=0.560672;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0124517;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:49:53:87:87:0.621429:37:50:20:29:37:50:22:31 chr11 56468560 . TA CG 943.74 PASS AF=0.62406;AO=83;DP=135;FAO=83;FDP=133;FR=.;FRO=50;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0280795;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.32;QD=28.3832;RBI=0.0285953;REFB=-0.0168874;REVB=0.00540645;RO=49;SAF=48;SAR=35;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755944;STB=0.544944;STBP=0.208;TYPE=mnp;VARB=0.0158848;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:49:50:83:83:0.62406:35:48:23:26:35:48:23:27 chr11 56468637 . C T 400.79 PASS AF=0.319018;AO=52;DP=163;FAO=52;FDP=163;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.00168757;FXX=0.0239507;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.615;QD=9.83544;RBI=0.00416727;REFB=-0.0187072;REVB=0.00381028;RO=110;SAF=24;SAR=28;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452094;STB=0.52317;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0381671;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:110:111:52:52:0.319018:28:24:55:55:28:24:55:56 chr11 56468646 . C T 361.82 PASS AF=0.304348;AO=49;DP=161;FAO=49;FDP=161;FR=.;FRO=112;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.0141919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.64;QD=8.98939;RBI=0.0166462;REFB=0.000161545;REVB=0.00869976;RO=109;SAF=27;SAR=22;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552708;STB=0.523193;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.000420579;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:109:112:49:49:0.304348:22:27:55:54:22:27:58:54 chr11 56468694 . C T 192.95 PASS AF=0.254386;AO=29;DP=114;FAO=29;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0399238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5986;QD=6.7701;RBI=0.0438487;REFB=-0.00861858;REVB=-0.0181329;RO=85;SAF=8;SAR=21;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321991;STB=0.695052;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0153358;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:85:85:29:29:0.254386:21:8:45:40:21:8:45:40 chr11 56468699 . T A 178.56 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.00300928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0141;QD=6.73803;RBI=0.00321086;REFB=-0.0104668;REVB=-0.00111977;RO=78;SAF=8;SAR=19;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317005;STB=0.687581;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0156224;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:79:27:27:0.254717:19:8:43:35:19:8:43:36 chr11 56468704 . T C 168.24 PASS AF=0.242424;AO=23;DP=98;FAO=24;FDP=99;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0120675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.605;QD=6.79757;RBI=0.0218807;REFB=-0.022715;REVB=0.0182522;RO=75;SAF=7;SAR=16;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289038;STB=0.686858;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0534254;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:75:75:23:24:0.242424:16:7:40:35:17:7:40:35 chr11 56468720 . T C 152.54 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0342472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.289;QD=7.0135;RBI=0.0344454;REFB=-0.0104889;REVB=-0.00368934;RO=62;SAF=7;SAR=15;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264997;STB=0.666513;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.024259;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:65:22:22:0.252874:15:7:33:29:15:7:35:30 chr11 56508525 . A G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0173523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.373;QD=11.0158;RBI=0.0416494;REFB=-0.0235929;REVB=-0.0378625;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399317;STB=0.523776;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0245072;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:15:13:7:7:15:13 chr11 56508541 . C T 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00294038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2031;QD=28.193;RBI=0.0225022;REFB=0.02973;REVB=-0.0223093;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109533;STB=0.506048;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0219597;OID=.;OPOS=56508541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:12:11:6:7:12:11:6:7 chr11 56510672 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.577;QD=43.4862;RBI=0.00532372;REFB=0;REVB=-0.00477186;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6771e-05;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 56511160 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00542997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.492;QD=7.03219;RBI=0.00603603;REFB=-0.00909248;REVB=0.00263612;RO=26;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386858;STB=0.746096;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0208241;OID=.;OPOS=56511160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:2:7:12:14:2:7:12:14 chr11 56570067 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0113969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.37;QD=21.2928;RBI=0.0278264;REFB=-0.0150292;REVB=-0.0253854;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110402;STB=0.561731;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0118863;OID=.;OPOS=56570067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:8:17:14:11:8:17 chr11 56756399 . G T 167.12 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0319063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9117;QD=15.1926;RBI=0.0550773;REFB=-0.00543744;REVB=-0.0448944;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339622;STB=0.699745;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00961503;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:3:15:15:11:3:15:15:11 chr11 56756664 . G A 468.8 PASS AF=0.592105;AO=41;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0470184;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.116;QD=24.674;RBI=0.0493727;REFB=0.0160527;REVB=-0.0150643;RO=28;SAF=12;SAR=29;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389032;STB=0.514794;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00893829;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:31:41:45:0.592105:29:12:7:21:29:16:10:21 chr11 56949691 . G A 179.83 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00589269;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.185;QD=22.4781;RBI=0.0120418;REFB=-0.00950106;REVB=-0.0105015;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207807;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00441775;OID=.;OPOS=56949691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:4:10:8:10:4:10 chr11 56954846 . C T 555.7 PASS AF=0.5;AO=56;DP=115;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0185709;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.359;QD=19.1622;RBI=0.0331829;REFB=-0.0320173;REVB=0.0274996;RO=57;SAF=18;SAR=38;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257627;STB=0.631374;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0277161;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:57:58:56:58:0.5:38:18:34:23:38:20:35:23 chr11 56956516 . G A 306.51 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0614329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7979;QD=15.5194;RBI=0.0629112;REFB=-0.0395196;REVB=0.0135582;RO=43;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000687487;STB=0.514697;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0419532;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:34:35:0.443038:19:15:19:24:20:15:20:24 chr11 57004344 . G T 95.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0238978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.214;QD=11.5662;RBI=0.0291557;REFB=-0.0189845;REVB=0.0167017;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513548;STB=0.636153;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0359212;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:33:33:19:21:8:12:0.363636:2:6:5:14:6:6:6:15 chr11 57004577 . C T 456.12 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0453836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2187;QD=23.0944;RBI=0.0456396;REFB=-0.0278086;REVB=0.00482779;RO=35;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575598;STB=0.531631;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.026512;OID=.;OPOS=57004577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:22:22:15:20:22:22:15:20 chr11 57077464 . T C 1062.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1251;QD=59.8471;RBI=0.0457547;REFB=0;REVB=-0.0424947;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519005;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr11 57147016 . A G 1428.56 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000671044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.846;QD=62.7937;RBI=0.000692597;REFB=0;REVB=-0.000171436;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28689e-06;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:43:47:0:0:43:48:0:0 chr11 57148175 . A G 1348.61 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3804;QD=59.9384;RBI=0.0263971;REFB=-0.0481215;REVB=-0.0192509;RO=1;SAF=52;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902668;STB=0.502087;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000587953;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:36:52:1:0:36:52:1:1 chr11 57155001 . G A 2584.71 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.451;QD=61.9093;RBI=0.0231642;REFB=0;REVB=-0.00290333;RO=0;SAF=67;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53063e-05;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:100:67:0:0:100:67:0:0 chr11 57155288 . T C 3087.05 PASS AF=1;AO=193;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158183;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.929;QD=63.6504;RBI=0.0333837;REFB=0;REVB=0.0293982;RO=0;SAF=86;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77841e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:195:194:0:0:193:194:1:107:86:0:0:108:86:0:0 chr11 57157405 . A G 114.91 PASS AF=0.541667;AO=14;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0775738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0014;QD=19.1522;RBI=0.0777331;REFB=-0.0439664;REVB=0.00497355;RO=10;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450164;STB=0.822605;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.029439;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:14:13:0.541667:11:3:8:2:11:2:9:2 chr11 57313469 . C G 1520.85 PASS AF=0.889764;AO=110;DP=126;FAO=113;FDP=127;FR=.;FRO=14;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0174505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7651;QD=47.9009;RBI=0.0241431;REFB=-0.0159586;REVB=0.0166844;RO=14;SAF=65;SAR=45;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969461;STB=0.54021;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0117904;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:126:127:14:14:110:113:0.889764:45:65:2:12:48:65:3:11 chr11 57353983 . T G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00779007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.737;QD=45.1041;RBI=0.0260952;REFB=0.0252086;REVB=-0.0249053;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000498891;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:0:1:8:10:0:1 chr11 57391106 . G C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0211343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1523;QD=13.456;RBI=0.0581684;REFB=0.00326362;REVB=-0.0541932;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191357;STB=0.611322;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00550686;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:4:11:6:5:4:11 chr11 57463500 . T C 519.82 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1958;QD=59.4082;RBI=0.072958;REFB=0;REVB=0.0244161;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000844967;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr11 57468129 . T C 885.01 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2411;QD=58.0331;RBI=0.101859;REFB=0;REVB=0.0353775;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391081;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:44:17:0:0:44:17:0:0 chr11 57571232 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.24;QD=60.2302;RBI=0.039163;REFB=0;REVB=-0.0336619;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90582e-05;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr11 57794197 . C G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0523083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.33;QD=20.6006;RBI=0.0532779;REFB=-0.0353177;REVB=0.0101178;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157965;STB=0.589242;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.024438;OID=.;OPOS=57794197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:10:9:13:7:10:9 chr11 57798723 . A G 687.81 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469718;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.87;QD=62.528;RBI=0.0290728;REFB=0;REVB=0.0286909;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604547;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr11 57798942 . A G 922.98 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315297;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.181;QD=58.6021;RBI=0.0328554;REFB=0;REVB=-0.00923871;RO=0;SAF=16;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209032;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:47:16:0:0:47:16:0:0 chr11 57947264 . C G 710.7 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115151;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.963;QD=54.6693;RBI=0.01285;REFB=-0.121883;REVB=0.00570313;RO=1;SAF=35;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132664;STB=0.50704;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000496692;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:16:35:1:0:16:35:1:0 chr11 57948952 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.109;QD=55.0984;RBI=0.069768;REFB=0;REVB=0.062324;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465487;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 57958775 . C T 1326.32 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205267;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.025;QD=62.4149;RBI=0.00431669;REFB=0;REVB=0.00379741;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299298;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr11 57958972 . C A 471.53 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0776478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6119;QD=55.4736;RBI=0.0801481;REFB=0.0125132;REVB=-0.0198627;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00256791;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:17:15:1:0:18:15:1:0 chr11 57971195 . G A 613.78 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.86;QD=61.3776;RBI=0.0221559;REFB=0;REVB=0.0114886;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012607;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:23:17:0:0 chr11 57971201 . G A 573.14 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00310161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.201;QD=55.9163;RBI=0.00439671;REFB=-0.0474087;REVB=-0.00311626;RO=2;SAF=16;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550239;STB=0.527763;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0083509;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:41:2:2:38:39:0.95122:22:16:2:0:22:17:2:0 chr11 57982229 . A G 875.11 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.023;QD=57.384;RBI=0.0190446;REFB=0;REVB=0.0128302;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159833;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:21:39:0:0:22:39:0:0 chr11 57982584 . T C 1196.86 PASS AF=0.987805;AO=77;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0995893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3323;QD=58.3836;RBI=0.103371;REFB=-0.155711;REVB=0.0277057;RO=2;SAF=31;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029553;STB=0.50769;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00684197;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:2:1:77:81:0.987805:46:31:2:0:49:32:1:0 chr11 57982620 . A G 1324.28 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352684;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.018;QD=62.3192;RBI=0.00858191;REFB=0;REVB=-0.00782372;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49556e-06;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:47:38:0:0 chr11 57982726 . G T 575.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.378;QD=60.5299;RBI=0.0441161;REFB=0;REVB=-0.0109415;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108258;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr11 57982763 . A G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0614176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6813;QD=45.1036;RBI=0.0728944;REFB=-0.0371647;REVB=0.0392616;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00412038;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:1:0:7:11:1:0 chr11 57982832 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6029;QD=50.4121;RBI=0.0454519;REFB=0;REVB=0.0246911;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152609;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:5:14:0:0 chr11 57982896 . G T 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.859;QD=60.546;RBI=0.010277;REFB=0;REVB=-0.00807446;RO=0;SAF=56;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52427e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:19:56:0:0:19:56:0:0 chr11 57983194 . A G 722.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.676;QD=56.6832;RBI=0.0646728;REFB=0;REVB=0.00622379;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29218e-05;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:38:11:0:0:39:12:0:0 chr11 57996312 . C G 1090.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.264;QD=59.7553;RBI=0.0449929;REFB=0;REVB=-0.0276235;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175609;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:50:22:0:0:50:23:0:0 chr11 58034543 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.699;QD=59.5017;RBI=0.0238092;REFB=0;REVB=0.0170812;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13479e-06;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr11 58123152 . T C 1087.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0344239;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.297;QD=58.7731;RBI=0.0540046;REFB=0.00336219;REVB=0.0416113;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160305;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-3.19887e-05;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:44:29:1:0:44:29:1:0 chr11 58125620 . T C 745.13 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979647;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.663;QD=63.4152;RBI=0.031963;REFB=0;REVB=-0.0304247;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010862;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr11 58126305 . A T 637.54 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0126843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.132;QD=47.2249;RBI=0.0130365;REFB=-0.0271994;REVB=-0.00300967;RO=4;SAF=21;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815884;STB=0.55317;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00113402;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:4:5:49:49:0.907407:28:21:4:0:28:21:5:0 chr11 58207204 . A G 939.54 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0340242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.305;QD=52.9317;RBI=0.0439096;REFB=-0.109411;REVB=0.0277563;RO=4;SAF=35;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238043;STB=0.51286;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00111992;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:66:67:0.943662:31:35:3:1:32:35:3:1 chr11 58275175 . G C 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.01659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.758;QD=10.8096;RBI=0.064867;REFB=-0.00804637;REVB=0.0627096;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214548;STB=0.626369;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0282858;OID=.;OPOS=58275175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:13:6:18:18:13:6:18:18 chr11 58318619 . C G 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.463;QD=60.5404;RBI=0.0140203;REFB=0;REVB=0.0084984;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44611e-05;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:23:52:0:0:23:52:0:0 chr11 58478084 . T C 3034.28 PASS AF=0.985294;AO=197;DP=203;FAO=201;FDP=204;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00456198;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1216;QD=59.4956;RBI=0.0162132;REFB=-0.0338812;REVB=0.0155581;RO=2;SAF=91;SAR=106;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00073297;STB=0.501984;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000733388;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:203:204:2:3:197:201:0.985294:106:91:1:1:107:94:1:2 chr11 58491921 . A T 631.56 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.432;QD=61.6154;RBI=0.0272789;REFB=0;REVB=-0.00161532;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6543e-05;OID=.;OPOS=58491921;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr11 58602309 . C T 478.16 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5115;QD=56.254;RBI=0.0711706;REFB=-0.0584123;REVB=0.00645792;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347929;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:34:1:0:32:34:1:20:12:1:0:21:13:0:0 chr11 58892173 . C A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.000381198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.652;QD=10.8849;RBI=0.00792819;REFB=-0.0199495;REVB=0.00791902;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456799;STB=0.768713;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.023626;OID=.;OPOS=58892173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:12:3:6:3:12:3 chr11 58973982 . GTA G 281.08 PASS AF=0.684211;AO=15;DP=34;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0296219;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.402;QD=29.5874;RBI=0.0513381;REFB=-0.0472775;REVB=0.0419302;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376142;STB=0.662506;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0139218;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:15:34:26:38:12:4:22:6:6:85:10:2:13:5:5 chr11 58978940 . C T 288.07 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00283545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0293;QD=14.2254;RBI=0.00828101;REFB=-0.00468384;REVB=0.00778044;RO=47;SAF=8;SAR=24;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338685;STB=0.680737;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.016673;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:48:32:33:0.407407:24:8:26:21:24:9:27:21 chr11 58982071 . C T 175.42 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.024249;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.103;QD=17.9913;RBI=0.0242618;REFB=0.0142984;REVB=-0.000787695;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104911;STB=0.548333;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.013944;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:11:7:10:10:11:7:10:11 chr11 59058590 . C G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.27773e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.766;QD=61.3756;RBI=0.0208915;REFB=0;REVB=0.0208915;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28321e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr11 59132798 . G C 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0190292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8278;QD=18.7116;RBI=0.0213673;REFB=-0.0127441;REVB=0.00971861;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243516;STB=0.639181;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0180174;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:9:10:5:13:9:10 chr11 59132882 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00106829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.671;QD=13.4559;RBI=0.00493793;REFB=-0.0167735;REVB=-0.00482099;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00751908;STB=0.504417;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0190426;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:4:11:8:3:4:11 chr11 59211188 . G A 778.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.71;QD=63.5449;RBI=0.035508;REFB=0;REVB=0.0345937;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637816;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:29:16:0:0:31:18:0:0 chr11 59211265 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.397;QD=47.8182;RBI=0.0456303;REFB=0;REVB=-0.00361674;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415769;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 59224720 . A G 1248.79 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.594;QD=60.1827;RBI=0.0408474;REFB=0.000518993;REVB=-0.0268679;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=5.56613e-06;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:44:38:1:0:44:38:1:0 chr11 59271637 . T C 319.7 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.000913847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.379;QD=18.5334;RBI=0.0173667;REFB=-0.0156026;REVB=0.0173426;RO=35;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104277;STB=0.558321;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0261982;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:11:23:20:15:11:23:20:15 chr11 59323951 . G A 1447.34 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.014723;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.976;QD=56.2073;RBI=0.0188743;REFB=-0.0398787;REVB=0.0118098;RO=2;SAF=45;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206141;STB=0.516126;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000119646;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:103:2:3:100:100:0.970874:55:45:2:0:55:45:3:0 chr11 59480951 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.469;QD=60.2307;RBI=0.0095906;REFB=0;REVB=0.00630934;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55639e-06;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 59603364 . G A 644.9 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0213323;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7525;QD=20.9722;RBI=0.0215522;REFB=-0.0104729;REVB=0.0030709;RO=59;SAF=22;SAR=42;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194016;STB=0.606902;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0106509;OID=.;OPOS=59603364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:59:59:64:64:0.520325:42:22:33:26:42:22:33:26 chr11 59814173 . G A 264.92 PASS AF=0.54;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00402029;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.563;QD=21.1932;RBI=0.00706009;REFB=-0.0377485;REVB=0.00580364;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336054;STB=0.685587;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0319907;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:23:23:27:27:0.54:11:16:4:19:11:16:4:19 chr11 59946302 . C T 356.27 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.586;QD=54.8108;RBI=0.0388766;REFB=0;REVB=0.0388274;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401556;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:21:26:1:18:3:0:0:19:7:0:0 chr11 59947252 . C T 1529.78 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7939;QD=63.7408;RBI=0.0189462;REFB=0;REVB=0.0089582;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05568e-05;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr11 60050125 . A G 437.1 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0167851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.435;QD=21.8552;RBI=0.0432671;REFB=-0.0132854;REVB=-0.0398786;RO=37;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108231;STB=0.559648;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0122814;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:23:20:22:15:23:20:22:15 chr11 60070176 . A G 1050.55 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9251;QD=59.1858;RBI=0.0408354;REFB=0;REVB=0.0275649;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573004;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:39:32:0:0 chr11 60073597 . C T 2045.4 PASS AF=0.971014;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=138;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0529916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6637;QD=59.287;RBI=0.0535606;REFB=-0.0474097;REVB=0.00778689;RO=3;SAF=66;SAR=68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662648;STB=0.500216;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00458514;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:137:138:3:4:134:134:0.971014:68:66:1:2:68:66:2:2 chr11 60105366 . T C 459.13 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0200722;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.476;QD=17.005;RBI=0.0200781;REFB=-0.0199287;REVB=-0.000489343;RO=58;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808309;STB=0.504503;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0211352;OID=.;OPOS=60105366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:58:50:50:0.462963:22:28:32:26:22:28:32:26 chr11 60152563 . T A 522.21 PASS AF=0.486726;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00551119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.939;QD=18.4852;RBI=0.0292511;REFB=-0.0295689;REVB=0.0287273;RO=58;SAF=28;SAR=26;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065511;STB=0.540474;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0325472;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:58:54:55:0.486726:26:28:26:32:26:29:26:32 chr11 60152584 . G A 572.95 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00988676;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7981;QD=19.2589;RBI=0.0241608;REFB=-0.0181752;REVB=-0.0220453;RO=60;SAF=30;SAR=29;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381243;STB=0.521063;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0167484;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:60:60:59:59:0.495798:29:30:28:32:29:30:28:32 chr11 60157107 . T G 179.61 PASS AF=0.395833;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00535563;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.091;QD=14.9677;RBI=0.00725504;REFB=-0.0103091;REVB=0.00489416;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21537;STB=0.627448;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0201522;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:29:17:19:0.395833:11:6:14:11:13:6:15:14 chr11 60157166 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00393699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.262;QD=16.1155;RBI=0.00637911;REFB=-0.00733381;REVB=0.00501928;RO=29;SAF=5;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174631;STB=0.599909;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00869745;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:19:5:10:19:19:5:10:19 chr11 60165352 . ATT A 307.96 PASS AF=0.45283;AO=46;DP=110;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0150003;FXX=0.0363603;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.519;QD=11.6211;RBI=0.025246;REFB=-0.0130984;REVB=-0.0203065;RO=58;SAF=18;SAR=28;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233517;STB=0.510225;STBP=0.845;TYPE=del;VARB=0.0152523;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45283:46:110:48:106:58:19:29:24:34:99:58:18:28:24:34 chr11 60172087 . C T 253.29 PASS AF=0.605263;AO=21;DP=35;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00497584;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.882;QD=26.6623;RBI=0.0318827;REFB=-0.0236571;REVB=-0.031492;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543207;STB=0.522368;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0347236;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:13:15:21:23:0.605263:8:13:9:4:8:15:9:6 chr11 60173360 . A G 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0192599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.892;QD=30.8211;RBI=0.0277814;REFB=-0.0272531;REVB=-0.0200216;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903656;STB=0.550477;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00767625;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:5:7:1:2:5:7:1:2 chr11 60182970 . A T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.019041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.412;QD=23.3816;RBI=0.0208697;REFB=-0.0016459;REVB=-0.00854328;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739392;STB=0.541358;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00101155;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:6:8:9:10:6:8 chr11 60184191 . G A 98.68 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000175919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.962;QD=14.0964;RBI=0.01081;REFB=-0.0220693;REVB=0.0108086;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197057;STB=0.633918;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0340078;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:12:12:0.428571:8:4:8:7:8:4:9:7 chr11 60198328 . C T 223.68 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0124433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0593;QD=12.7819;RBI=0.0125924;REFB=0.0043937;REVB=0.00193203;RO=43;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145443;STB=0.583859;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00585388;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:19:8:18:25:19:8:18:25 chr11 60264947 . C T 179.98 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00395626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.963;QD=15.9978;RBI=0.0570758;REFB=-0.0333337;REVB=0.0569385;RO=25;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249487;STB=0.65451;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0593374;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:13:6:14:11:13:6:15:11 chr11 60265002 . C T 167.63 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.000502982;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.608;QD=13.9688;RBI=0.0440474;REFB=-0.00687474;REVB=-0.0440445;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575692;STB=0.567087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0142686;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:30:18:18:0.375:12:6:10:16:12:6:13:17 chr11 60285575 . A G,T 1530.94 PASS AF=0.944444,0.037037;AO=102,4;DP=108;FAO=102,4;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=57,4;FSAR=45,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00019157,-0.0034114;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.868,135.072;QD=56.7014;RBI=0.0127786,0.00727987;REFB=0.0139121,-0.0182525;REVB=0.0127772,0.00643108;RO=2;SAF=57,4;SAR=45,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0163552,0;STB=0.508619,0.5;STBP=0.241,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000334105,0.0193008;OID=.,.;OPOS=60285575,60285575;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:108:108:2:2:102,4:102,4:0.944444,0.037037:45,0:57,4:2:0:45,0:57,4:2:0 chr11 60291413 . C T 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7378;QD=62.9681;RBI=0.0190913;REFB=0;REVB=-0.0182279;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199419;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr11 60474530 . A C 116.59 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0222043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.835;QD=11.6591;RBI=0.025249;REFB=0.000453696;REVB=0.0120201;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604466;STB=0.535665;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.000866719;OID=.;OPOS=60474530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:18:8:5:9:18:8 chr11 60531264 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.625;QD=63.8719;RBI=0.0322706;REFB=0;REVB=-0.0188414;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83424e-06;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr11 60559805 . A G,T 740.44 PASS AF=0.945455,0.0363636;AO=52,2;DP=55;FAO=52,2;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233832,0.0492387;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.453,22.0021;QD=53.8498;RBI=0.0254284,0.0566475;REFB=-0.0528274,-0.156312;REVB=-0.00999153,-0.0280087;RO=1;SAF=34,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0254452,0;STB=0.513508,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000112667,0.133671;OID=.,.;OPOS=60559805,60559805;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:1:1:52,2:52,2:0.945455,0.0363636:18,2:34,0:0:1:18,2:34,0:0:1 chr11 60609972 . A G 294.39 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00898279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.794;QD=17.5754;RBI=0.034265;REFB=0.00181353;REVB=0.0330666;RO=34;SAF=23;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108525;STB=0.555398;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00189749;OID=.;OPOS=60609972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:35:32:32:0.477612:9:23:21:13:9:23:22:13 chr11 60610065 . G A 155.91 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00432466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.718;QD=10.9407;RBI=0.00696348;REFB=-0.0075944;REVB=0.00545778;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129967;STB=0.575841;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0116586;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:9:11:16:21:9:11:16:21 chr11 60620585 . A G 451.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.956;QD=56.4745;RBI=0.015416;REFB=0;REVB=0.00363889;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239213;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr11 60620590 . C G 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5892;QD=59.0109;RBI=0.00464654;REFB=0;REVB=-0.00439438;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38549e-05;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 60635091 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.34;QD=47.8201;RBI=0.0365092;REFB=0;REVB=0.0100601;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357484;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 60638461 . C T 334.34 PASS AF=0.384615;AO=39;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00630005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.962;QD=12.8591;RBI=0.00710928;REFB=-0.0103736;REVB=-0.00329412;RO=61;SAF=14;SAR=25;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396053;STB=0.547204;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0132795;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:64:39:40:0.384615:25:14:24:37:26:14:27:37 chr11 60638470 . A G 1566.16 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168225;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.527;QD=63.9251;RBI=0.0172768;REFB=0;REVB=0.00393599;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52558e-05;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:61:36:0:0:61:37:0:0 chr11 60666341 . G A 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00897627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.753;QD=17.9518;RBI=0.0151002;REFB=-0.0125193;REVB=0.0121426;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117507;STB=0.565937;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0134923;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:16:11:15:13:16:11:15:13 chr11 60666405 . TG CT,GT 69.02 PASS AF=0.18,0;AO=2,5;DP=46;FAO=9,0;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0626468,0.0271861;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=42.8661,49.1127;QD=5.52159;RBI=0.160186,0.0442401;REFB=-0.122083,-0.110074;REVB=0.147427,0.0349014;RO=34;SAF=1,1;SAR=1,4;SRF=8;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.261961,-0.0591251;STB=0.715829,0.5;STBP=0.237,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0622869,0;OID=.,.;OPOS=60666405,60666405;OREF=TG,TG;OALT=CT,GT;OMAPALT=CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:50:34:41:2,5:9,0:0.18,0:1,4:1,1:8:26:8,0:1,0:11:30 chr11 60673868 . T C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0607712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.288;QD=15.8381;RBI=0.0620056;REFB=-0.0361843;REVB=0.0123107;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26538;STB=0.655356;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0175944;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:5:2:5:3:5:2 chr11 60689445 . T C 937.29 PASS AF=0.985075;AO=59;DP=60;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0994662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.047;QD=55.9575;RBI=0.0997184;REFB=-0.19273;REVB=0.00708847;RO=1;SAF=3;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133858;STB=0.523802;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00519723;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:67:1:1:59:66:0.985075:56:3:1:0:56:10:1:0 chr11 60695301 . C A 1445.45 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0371482;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.887;QD=57.2454;RBI=0.0511874;REFB=-0.091276;REVB=0.035216;RO=2;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169351;STB=0.508927;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00127372;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:101:2:2:99:99:0.980198:55:44:0:2:55:44:0:2 chr11 60698054 . G A 91.65 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0233157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.287;QD=15.2753;RBI=0.0350849;REFB=-0.0103989;REVB=-0.0262169;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389405;STB=0.742721;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0169312;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:24:12:12:11:12:0.5:10:1:4:8:11:1:4:8 chr11 60701136 . C G 157.38 PASS AF=0.377778;AO=15;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00138125;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.18;QD=13.9893;RBI=0.0163781;REFB=-0.0370135;REVB=-0.0163197;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188518;STB=0.591957;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0402814;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:26:15:17:0.377778:10:5:9:8:11:6:13:13 chr11 60703777 . G A 232.02 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00207415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.228;QD=14.7313;RBI=0.0331815;REFB=-0.0176301;REVB=0.0331166;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621751;STB=0.52642;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0243278;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:36:27:27:0.428571:14:13:18:15:14:13:19:17 chr11 60704213 . C T 668.78 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0174142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1568;QD=22.6706;RBI=0.0187496;REFB=-0.0182043;REVB=-0.00694941;RO=53;SAF=46;SAR=19;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131529;STB=0.572252;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0142185;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:19:46:30:23:19:46:30:23 chr11 60705454 . A G 720.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555192;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1762;QD=56.4892;RBI=0.0560361;REFB=0;REVB=-0.0075938;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730747;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr11 60785352 . A G 273.76 PASS AF=0.557692;AO=25;DP=50;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00173494;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.75;QD=21.0582;RBI=0.00674579;REFB=-0.0114688;REVB=-0.00651887;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729235;STB=0.548353;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0094785;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:25:23:25:29:0.557692:15:10:12:13:17:12:12:11 chr11 60785464 . G A 127.16 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.000231558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.713;QD=11.5598;RBI=0.00727656;REFB=-0.00436097;REVB=-0.00727287;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985913;STB=0.558206;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.015363;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:11:18:8:7:11:18 chr11 60892606 . A C,G 437.6 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304788,0.0909146;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.253,58.9211;QD=56.4647;RBI=0.0109525,0.098645;REFB=0,0;REVB=-0.0105199,0.0382801;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.161439,-0.000424847;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:0,15:2,14:0:0:0,15:2,14:0:0 chr11 60893235 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.175;QD=57.1773;RBI=0.0472298;REFB=0;REVB=-0.0033668;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39709e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr11 60899767 . A G 580.71 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00988908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3627;QD=58.0711;RBI=0.0537634;REFB=-0.060115;REVB=0.0528461;RO=1;SAF=31;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623004;STB=0.529396;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00277286;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:7:31:0:1:8:31:0:1 chr11 61106892 . G C 867.8 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9484;QD=57.8532;RBI=0.0584612;REFB=0;REVB=-0.00706301;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528439;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr11 61108974 . G A 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.231;QD=58.584;RBI=0.119429;REFB=0;REVB=0.107397;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160968;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr11 61112802 . C T 675.39 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0189327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4325;QD=60.0344;RBI=0.0195348;REFB=-0.046602;REVB=0.00481263;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0130497;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:19:24:1:0:19:25:1:0 chr11 61165280 . G A 816.72 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9456;QD=55.3711;RBI=0.0248579;REFB=0.0256507;REVB=0.0187719;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000453964;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:29:28:0:1:29:29:0:1 chr11 61165731 . C CA 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017769;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=270.659;QD=43.4862;RBI=0.0336952;REFB=0;REVB=0.0286292;RO=2;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000379374;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:14:12:12:0:9:3:0:0:4:2:9:3:2:0 chr11 61165741 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.589;QD=43.4857;RBI=0.0236775;REFB=0;REVB=0.022641;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186428;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr11 61166306 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9292;QD=44.6895;RBI=0.0530147;REFB=0;REVB=-0.00426611;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0026867;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr11 61179285 . G A 924.52 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.589;QD=57.7827;RBI=0.0262893;REFB=0;REVB=0.0262695;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56236e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:34:28:0:0:35:29:0:0 chr11 61204361 . A C 997.79 PASS AF=0.971831;AO=65;DP=68;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8448;QD=56.2133;RBI=0.0898124;REFB=-0.0545815;REVB=0.0884203;RO=2;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218028;STB=0.500613;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0105144;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:71:2:2:65:69:0.971831:30:35:1:1:33:36:1:1 chr11 61249383 . C A 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.031797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0517;QD=58.7478;RBI=0.0584305;REFB=-0.091564;REVB=0.0490211;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361334;STB=0.519222;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00622041;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:25:21:0:2:25:21:0:2 chr11 61487690 . G A 355.15 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.04218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7506;QD=18.9413;RBI=0.0501111;REFB=-0.0044539;REVB=-0.027055;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356588;STB=0.519845;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00352967;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:18:19:21:17:18:19:21:17 chr11 61495744 . C T 153.87 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0640928;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.548;QD=20.5162;RBI=0.0655218;REFB=-0.0185456;REVB=0.0136095;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260868;STB=0.64979;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0055704;OID=.;OPOS=61495744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:6:8:13:3:6:8 chr11 61505168 . G A 1366.98 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.676;QD=61.4371;RBI=0.0221348;REFB=-0.0853659;REVB=-0.00543274;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787649;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:89:0:0:87:89:1:50:37:0:0:50:39:0:0 chr11 61511782 . T C,TC 43.86 PASS AF=0,0.346154;AO=2,6;DP=26;FAO=0,9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0577539,-0.207961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.136,16.0625;QD=6.74772;RBI=0.0577675,0.252641;REFB=-0.00097976,-0.0745191;REVB=0.00125594,0.143456;RO=18;SAF=0,2;SAR=2,4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.666653,-0.480808;STB=0.5,0.847835;STBP=1,0.022;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.136829;OID=.,.;OPOS=61511782,61511783;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:26:26:18:17:2,6:0,9:0,0.346154:2,4:0,2:14:4:0,7:0,2:14:3 chr11 61524974 . G A 380.79 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00298064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.228;QD=19.5278;RBI=0.00323618;REFB=-0.00268328;REVB=-0.0012604;RO=39;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949494;STB=0.552818;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00270421;OID=.;OPOS=61524974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:15:24:20:19:15:24:20:19 chr11 61534872 . A C 914.36 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0412;QD=57.1474;RBI=0.0484498;REFB=0;REVB=0.01273;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445672;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:21:38:0:0:21:43:0:0 chr11 61551356 . T C 205.07 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0142415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.769;QD=16.4057;RBI=0.0273106;REFB=-0.0222235;REVB=0.0233034;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682584;STB=0.516237;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0357934;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:29:21:21:0.42:11:10:11:16:11:10:13:16 chr11 61564299 . G T 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.055396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7341;QD=18.8883;RBI=0.056066;REFB=0.0180175;REVB=0.00864185;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276405;STB=0.659985;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0139629;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:4:1:5:3:4:1 chr11 61578346 . GGC G,GG,GGG 163.07 PASS AF=0.242424,0.287879,0;AO=20,11,4;DP=86;FAO=16,19,0;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=7,14,0;FSAR=9,5,0;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.114052,-0.065363,0.0499624;FXX=0.204795;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=12.904,9.43669,10.4591;QD=9.88299;RBI=0.145057,0.100785,0.0502455;REFB=-0.0775706,-0.125121,-0.0494233;REVB=-0.0896308,-0.0767151,0.00532607;RO=24;SAF=11,10,0;SAR=9,1,4;SRF=18;SRR=6;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.199485,0.337029,-0.732136;STB=0.674218,0.521254,0.5;STBP=0.086,0.854,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.156151,0.0245943,0;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578348;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.242424,0.287879,0:20,11,4:86:16,19,0:66:31:7,14,0:9,5,0:22:9:66:24:11,10,0:9,1,4:18:6 chr11 61582708 . T C 46.33 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0497406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8386;QD=9.75449;RBI=0.0695834;REFB=-0.0658771;REVB=-0.0486592;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0766119;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:6:6:5:2:6:6 chr11 61593816 . C T 251.33 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00445389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.45;QD=20.5163;RBI=0.0311428;REFB=-0.0256009;REVB=0.0308227;RO=24;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287488;STB=0.655034;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.020812;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:6:18:11:13:6:18:12:13 chr11 61658800 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8297;QD=35.5737;RBI=0.184643;REFB=0;REVB=0.134138;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 61719387 . T C 307.9 PASS AF=0.96;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0295431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5009;QD=49.2643;RBI=0.0434405;REFB=-0.175725;REVB=-0.0318478;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0222294;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:16:8:1:0 chr11 61722645 . C A 311.58 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000219402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.006;QD=49.8529;RBI=0.0473381;REFB=-0.198808;REVB=0.0473376;RO=1;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250636;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00432373;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:18:6:0:1:18:6:0:1 chr11 61730234 . T C 190.94 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.467;QD=47.7337;RBI=0.00903294;REFB=0;REVB=-0.00493218;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76119e-05;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:9:7:0:0 chr11 61895741 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000140003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.24;QD=20.1601;RBI=0.0124649;REFB=-0.030765;REVB=-0.0124641;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0215056;OID=.;OPOS=61895741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:7:7:9:7:7:7 chr11 61897359 . C T 342.25 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0592296;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3469;QD=21.0612;RBI=0.06963;REFB=0.0131799;REVB=-0.0366088;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601719;STB=0.533314;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0113212;OID=.;OPOS=61897359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:30:35:35:0.538462:20:15:15:15:20:15:15:15 chr11 61897566 . C T 189.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00280585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.721;QD=21.0084;RBI=0.012361;REFB=-0.0090513;REVB=0.0120383;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167198;STB=0.602551;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00611304;OID=.;OPOS=61897566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:7:12:13:3:7:12:14:3 chr11 61897579 . C T 180.84 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00520339;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.633;QD=22.6048;RBI=0.0349367;REFB=-0.013593;REVB=0.0345471;RO=13;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944578;STB=0.541619;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0118583;OID=.;OPOS=61897579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:14:18:18:0.5625:5:13:8:5:5:13:9:5 chr11 61906374 . T C 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6244;QD=56.6952;RBI=0.0890527;REFB=0;REVB=-0.0160034;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000952876;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 61908440 . T C 191.98 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0345092;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.548;QD=14.7676;RBI=0.0409941;REFB=0.00149188;REVB=-0.0221277;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104376;STB=0.566609;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00156462;OID=.;OPOS=61908440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:30:22:22:0.423077:13:9:9:20:13:9:9:21 chr11 61913196 . G T 94.18 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0284442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.338;QD=10.4648;RBI=0.0321185;REFB=-0.00296093;REVB=0.0149174;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119645;STB=0.583198;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00796341;OID=.;OPOS=61913196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:6:6:9:14:6:6:9:15 chr11 62010863 . C T 1565.28 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0137382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.843;QD=56.9192;RBI=0.0232934;REFB=-0.0722291;REVB=0.0188108;RO=2;SAF=48;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193627;STB=0.506002;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000577121;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:110:2:3:107:107:0.972727:59:48:2:0:59:48:2:1 chr11 62160723 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0217999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.701;QD=16.034;RBI=0.0224645;REFB=-0.00742694;REVB=-0.00542383;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156462;STB=0.5999;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00850201;OID=.;OPOS=62160723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:12:8:15:12:12:8:16:12 chr11 62160729 . G A 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0282799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.125;QD=13.035;RBI=0.030408;REFB=-0.015479;REVB=0.0111757;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206939;STB=0.629813;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0425781;OID=.;OPOS=62160729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:11:7:18:13:11:7:19:13 chr11 62292882 . G T 1118.55 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4705;QD=57.3618;RBI=0.0787933;REFB=-0.176356;REVB=0.0493859;RO=2;SAF=41;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00546899;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:78:2:0:75:78:1:34:41:2:0:35:43:0:0 chr11 62293822 . C T 358.27 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0304326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.911;QD=17.0604;RBI=0.0306042;REFB=-0.0187353;REVB=0.00323701;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866728;STB=0.552922;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0214157;OID=.;OPOS=62293822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:15:23:31:14:15:23:32:14 chr11 62342915 . G A 613.47 PASS AF=0.566038;AO=57;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0705679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1424;QD=23.1496;RBI=0.104534;REFB=-0.0192231;REVB=0.0771198;RO=49;SAF=41;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213373;STB=0.576448;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0154105;OID=.;OPOS=62342915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:46:57:60:0.566038:16:41:24:25:19:41:24:22 chr11 62381106 . G C 191.43 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0920344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7387;QD=40.3;RBI=0.0922187;REFB=-0.0502865;REVB=0.00582695;RO=1;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181061;STB=0.584304;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0289238;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:1:2:17:17:0.894737:2:15:0:1:2:15:1:1 chr11 62383715 . G C 155.78 PASS AF=1;AO=8;DP=18;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595812;FXX=0.222099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8863;QD=44.5086;RBI=0.0651974;REFB=0;REVB=0.0264723;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0413129;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:14:0:0:8:14:1:6:2:0:0:10:4:0:0 chr11 62417045 . A T 103.76 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.015903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.999;QD=9.88224;RBI=0.0199484;REFB=-0.0139259;REVB=0.012043;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774054;STB=0.514683;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0264469;OID=.;OPOS=62417045;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:29:29:12:13:0.309524:5:7:15:14:6:7:15:14 chr11 62430659 . T A,C 471.47 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=30,3;DP=33;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402471,0.0341801;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.895,130.964;QD=57.1474;RBI=0.0429123,0.0347416;REFB=0,0;REVB=0.0148873,0.00622088;RO=0;SAF=16,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000348235,0.110439;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:33:33:0:0:30,3:30,3:0.909091,0.0909091:14,3:16,0:0:0:14,3:16,0:0:0 chr11 62439569 . G A 897.4 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232572;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.861;QD=55.2244;RBI=0.0500495;REFB=-0.0697546;REVB=0.0443176;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.502241;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00214301;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:1:2:63:63:0.969231:36:27:0:1:36:27:1:1 chr11 62563353 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.995;QD=60.2305;RBI=0.00792673;REFB=0;REVB=0.00110089;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37157e-05;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr11 62564009 . T C 43.42 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0818048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8375;QD=5.78911;RBI=0.0939981;REFB=0.0317006;REVB=0.0462994;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105768;STB=0.567721;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.114745;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:5:18:5:2:5:18 chr11 62609112 . A G 1283.56 PASS AF=0.715278;AO=102;DP=142;FAO=103;FDP=144;FR=.;FRO=41;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00288924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0457;QD=35.6545;RBI=0.0248461;REFB=0.0117534;REVB=-0.0246775;RO=39;SAF=51;SAR=51;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198698;STB=0.515982;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00990209;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:39:41:102:103:0.715278:51:51:18:21:52:51:18:23 chr11 62609122 . T C 64.92 PASS AF=0.0921659;AO=20;DP=217;FAO=20;FDP=217;FR=.;FRO=197;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=87;FSRR=110;FWDB=0.00653177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.929;QD=1.19664;RBI=0.0351779;REFB=0.000852644;REVB=-0.0345662;RO=194;SAF=8;SAR=12;SRF=85;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463487;STB=0.538713;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0100496;OID=.;OPOS=62609122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:217:217:194:197:20:20:0.0921659:12:8:85:109:12:8:87:110 chr11 62609171 . TATT CTGC,TGCT 2740.71 PASS AF=0.808163,0.044898;AO=184,11;DP=259;FAO=198,11;FDP=245;FR=.;FRO=36;FSAF=93,4;FSAR=105,7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00327069,0.0123629;FXX=0.064883;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=195.624,162.038;QD=44.7463;RBI=0.0405051,0.0634056;REFB=-0.0347681,-0.0416774;REVB=0.0403729,0.0621887;RO=34;SAF=89,4;SAR=95,7;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0299358,-0.0240485;STB=0.512496,0.520623;STBP=0.371,0.885;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00775877,0.0198958;OID=.,.;OPOS=62609171,62609172;OREF=TATT,AT;OALT=CTGC,GC;OMAPALT=CTGC,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:245:34:36:184,11:198,11:0.808163,0.044898:95,7:89,4:13:21:105,7:93,4:14:22 chr11 62652779 . C T 229.09 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0171546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1826;QD=14.0978;RBI=0.0173784;REFB=0.0013904;REVB=-0.00277985;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293559;STB=0.657666;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.000979508;OID=.;OPOS=62652779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:16:11:26:11:16:11:26:12 chr11 62766431 . A T 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00259431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.982;QD=19.3682;RBI=0.0254937;REFB=-0.0105817;REVB=-0.0253614;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253096;STB=0.644166;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00746686;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:6:9:5:11:6:9 chr11 62847453 . T C 173.87 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0496153;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1483;QD=12.2014;RBI=0.0512765;REFB=-0.0151172;REVB=-0.0129463;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568249;STB=0.508764;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0203317;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:21:22:0.385965:11:10:18:16:11:11:18:17 chr11 62848445 . A G 150.17 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00311588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8384;QD=9.8469;RBI=0.00323875;REFB=-0.0079774;REVB=-0.000883638;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417373;STB=0.524566;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0210393;OID=.;OPOS=62848445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:10:10:19:22:10:10:19:22 chr11 62848487 . A C 150.56 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00317982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.183;QD=10.3836;RBI=0.0135677;REFB=-0.0130898;REVB=-0.0131898;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619257;STB=0.521718;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0269672;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:38:19:20:0.344828:11:8:14:24:12:8:14:24 chr11 62863518 . A G 652.65 PASS AF=0.94;AO=39;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0283323;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.2665;QD=52.2117;RBI=0.0684772;REFB=-0.0189541;REVB=0.062341;RO=3;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017257;STB=0.510634;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00448662;OID=.;OPOS=62863518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:50:50:3:3:39:47:0.94:21:18:1:2:23:24:1:2 chr11 62886319 . G C 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5701;QD=55.0861;RBI=0.0446084;REFB=0;REVB=0.0444387;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811901;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr11 62902172 . A C 450.82 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0259831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.886;QD=48.7377;RBI=0.0363832;REFB=-0.128966;REVB=0.0254679;RO=3;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121212;STB=0.583281;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00403463;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:37:37:3:4:33:33:0.891892:10:23:0:3:10:23:0:4 chr11 62910849 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.426;QD=62.0078;RBI=0.0203452;REFB=0;REVB=0.00843217;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06513e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr11 62911079 . G C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.397;QD=57.7115;RBI=0.049339;REFB=0;REVB=-0.00722715;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156763;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr11 62931484 . T C 1294.82 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025604;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.512;QD=62.401;RBI=0.0469839;REFB=0;REVB=0.0393944;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162232;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr11 62951221 . C G 763.78 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485124;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7883;QD=56.5761;RBI=0.0569751;REFB=0;REVB=0.0298781;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729071;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr11 62984868 . T C 730.47 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8984;QD=60.8727;RBI=0.0825739;REFB=0.0367829;REVB=0.0786027;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0133899;OID=.;OPOS=62984868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:27:19:1:0:27:20:1:0 chr11 62985544 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5619;QD=54.5172;RBI=0.0594256;REFB=0;REVB=0.00476588;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000692526;OID=.;OPOS=62985544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr11 63129876 . T G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000213804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.47;QD=57.7122;RBI=0.00567454;REFB=0;REVB=-0.00567051;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53608e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr11 63233710 . A G 805.18 PASS AF=0.534247;AO=54;DP=146;FAO=78;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0169436;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5192;QD=22.0596;RBI=0.158022;REFB=-0.0302074;REVB=0.157111;RO=52;SAF=43;SAR=11;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211226;STB=0.549934;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0300062;OID=.;OPOS=63233710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:52:68:54:78:0.534247:11:43:32:20:33:45:32:36 chr11 63258416 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.589;QD=56.9567;RBI=0.0207519;REFB=0;REVB=0.0205031;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10075e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:14:38:0:0:14:38:0:0 chr11 63313644 . T C 963.43 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00656016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.066;QD=54.278;RBI=0.0234154;REFB=-0.109526;REVB=0.0224776;RO=3;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109956;STB=0.505822;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00157997;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:36:32:1:2:36:32:1:2 chr11 63413962 . AAAAT A 694.76 PASS AF=0.983607;AO=49;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0551311;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=4;MLLD=259.22;QD=45.5577;RBI=0.0557617;REFB=0.115409;REVB=0.00836271;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=-0.000445523;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983607:49:58:60:61:1:30:30:1:0:7:0:22:27:0:0 chr11 63487386 . T C 733.15 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00590297;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.635;QD=54.3071;RBI=0.0215492;REFB=0.107971;REVB=0.020725;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000270637;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:0:1:32:21:0:1 chr11 63585804 . C A 100.65 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0980972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.105;QD=16.104;RBI=0.0982164;REFB=0.00474326;REVB=-0.00483666;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842475;STB=0.562401;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00361743;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:8:4:3:9:8:4:3:10 chr11 63661820 . C T 632.54 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.604;QD=61.7113;RBI=0.0370577;REFB=0;REVB=0.0127779;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08369e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr11 63673603 . CTG C 65.46 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12228;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.203;QD=37.4067;RBI=0.130872;REFB=0;REVB=0.0466374;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00333108;OID=.;OPOS=63673604;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:8:7:7:0:5:2:0:0:3:0:4:0:0:0 chr11 63681513 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6827;QD=57.1771;RBI=0.118278;REFB=0;REVB=0.117835;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142836;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:11:38:0:0:13:38:0:0 chr11 63765802 . GC G 56.2 PASS AF=0.52;AO=6;DP=28;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00465683;FXX=0.107105;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0005;QD=8.99223;RBI=0.0381072;REFB=-0.0907963;REVB=0.0378216;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597745;STB=0.754317;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0912825;OID=.;OPOS=63765803;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:6:28:13:25:12:10:3:3:9:49:10:5:1:2:8 chr11 63883985 . T C 537.93 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0690508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.909;QD=24.1766;RBI=0.069172;REFB=-0.0120843;REVB=0.00409351;RO=36;SAF=25;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212514;STB=0.505616;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00643729;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:36:39:50:50:0.561798:25:25:17:19:25:25:20:19 chr11 63884027 . C T 356.13 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0073673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.937;QD=24.5605;RBI=0.00737291;REFB=-0.00508356;REVB=-0.000287755;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260161;STB=0.514278;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00337743;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:18:17:12:11:18:17:12:11 chr11 63884453 . C T 717.4 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00956224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1089;QD=22.9569;RBI=0.0225741;REFB=-0.0162599;REVB=0.0204488;RO=55;SAF=23;SAR=46;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136313;STB=0.571407;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0129672;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:55:56:69:69:0.552:46:23:27:28:46:23:27:29 chr11 63884474 . C T 641.57 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.01727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9208;QD=20.8641;RBI=0.0504402;REFB=-0.0385617;REVB=0.0473916;RO=58;SAF=24;SAR=40;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111612;STB=0.566017;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0314643;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:59:64:64:0.520325:40:24:29:29:40:24:30:29 chr11 63885305 . C T 169.16 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00408245;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.671;QD=21.1445;RBI=0.0233705;REFB=-0.0210088;REVB=-0.0230112;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213792;STB=0.610988;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0213448;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:14:17:18:0.5625:7:10:4:9:7:11:5:9 chr11 63885632 . A G 471.86 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.326;QD=55.513;RBI=0.0459991;REFB=-0.0734602;REVB=0.027886;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0114921;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:1:0:13:20:1:0 chr11 63885704 . C T 66.41 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0623951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.357;QD=12.0742;RBI=0.0624371;REFB=-0.000976673;REVB=0.00228944;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550504;STB=0.744113;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00435193;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:13:13:8:9:0.409091:1:7:5:8:2:7:5:8 chr11 63886539 . C T 332.88 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0306931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.761;QD=16.4386;RBI=0.0377371;REFB=-0.02806;REVB=-0.0219549;RO=45;SAF=15;SAR=21;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222357;STB=0.624679;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0225889;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:21:15:29:16:21:15:29:16 chr11 63988045 . G A 298.72 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0184236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.879;QD=23.8979;RBI=0.0184452;REFB=-0.013187;REVB=0.000892779;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900473;STB=0.549964;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0192353;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:16:7:11:16:16:7 chr11 63988102 . C T 484.86 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0118607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.768;QD=26.5678;RBI=0.0186409;REFB=-0.0221043;REVB=0.0143807;RO=28;SAF=25;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113106;STB=0.50617;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0148268;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:28:45:45:0.616438:20:25:16:12:20:25:16:12 chr11 63991801 . T C 196.24 PASS AF=0.75;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000321917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9382;QD=32.7071;RBI=0.00758133;REFB=-0.0624145;REVB=0.00757449;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159885;STB=0.570675;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.012685;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:23:24:5:6:17:18:0.75:10:7:4:1:11:7:4:2 chr11 63994692 . T C 336.95 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0344715;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.521;QD=17.0605;RBI=0.0384709;REFB=-0.00810772;REVB=0.0170801;RO=44;SAF=7;SAR=29;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291925;STB=0.670117;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00690693;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:43:36:36:0.455696:29:7:19:25:29:7:19:24 chr11 63994696 . T C 1048.96 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0426979;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4499;QD=54.4913;RBI=0.0428331;REFB=-0.0327838;REVB=0.00339992;RO=3;SAF=22;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602364;STB=0.51213;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0267832;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:77:3:4:73:73:0.948052:51:22:3:0:51:22:2:2 chr11 63997329 . A G 1339.65 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0353;QD=62.3092;RBI=0.00645195;REFB=0;REVB=-0.00233187;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07359e-05;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr11 63997338 . T C 1453.87 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.489;QD=63.2118;RBI=0.0616145;REFB=0;REVB=0.0545435;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07064e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:53:38:0:0:53:39:0:0 chr11 64004643 . C G 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00470958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.506;QD=6.02911;RBI=0.0136415;REFB=-0.0147293;REVB=-0.0128028;RO=49;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985447;STB=0.561713;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.049892;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:10:5:20:29:10:5:20:29 chr11 64011441 . T C 538.24 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.211;QD=59.8038;RBI=0.0766341;REFB=0;REVB=0.0105939;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157531;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr11 64012225 . G C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.139;QD=55.0976;RBI=0.0219263;REFB=0;REVB=0.00531768;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168263;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr11 64012784 . G A 52.79 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0920649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1511;QD=21.1157;RBI=0.109659;REFB=-0.0107184;REVB=0.0595755;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168825;STB=0.599677;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0191023;OID=.;OPOS=64012784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:1:2:6:1:1:2 chr11 64014017 . C G 42.34 PASS AF=0.0909091;AO=12;DP=132;FAO=12;FDP=132;FR=.;FRO=120;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.0293021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.042;QD=1.28292;RBI=0.0439643;REFB=-0.00640445;REVB=-0.0327758;RO=119;SAF=3;SAR=9;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248517;STB=0.69478;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0709049;OID=.;OPOS=64014017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:132:132:119:120:12:12:0.0909091:9:3:54:65:9:3:54:66 chr11 64022459 . A G 1769.91 PASS AF=0.991525;AO=91;DP=110;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0090956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.617;QD=59.9969;RBI=0.0334949;REFB=-0.146412;REVB=0.0322363;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.503545;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000350775;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:118:0:1:91:117:0.991525:59:32:0:0:70:47:0:1 chr11 64034866 . G A 133.3 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0377565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.291;QD=15.6821;RBI=0.0423272;REFB=-0.0180279;REVB=0.0191321;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0364954;OID=.;OPOS=64034866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr11 64034911 . G A 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.014599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.513;QD=24.0279;RBI=0.0195428;REFB=-0.0525173;REVB=0.012992;RO=8;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15589;STB=0.588103;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0168223;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:4:10:4:4:4:10:4:4 chr11 64068310 . C T 104.56 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00778516;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.927;QD=18.1837;RBI=0.0118176;REFB=-0.0262407;REVB=0.00889084;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0350069;OID=.;OPOS=64068310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr11 64081445 . G A 324.84 PASS AF=0.4;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00207274;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.21;QD=14.4372;RBI=0.0357084;REFB=-0.000888341;REVB=0.0356482;RO=54;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165528;STB=0.593699;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000973489;OID=.;OPOS=64081445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:54:54:36:36:0.4:17:19:20:34:17:19:20:34 chr11 64084113 . A G 996.28 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135846;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.49;QD=59.4795;RBI=0.0149193;REFB=0;REVB=-0.00616821;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202074;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr11 64085785 . A G 519.85 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.364;QD=59.4118;RBI=0.0859727;REFB=0;REVB=-0.0225311;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529888;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr11 64110805 . A G 71.81 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0572195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.551;QD=19.1484;RBI=0.0583434;REFB=0.0174119;REVB=-0.0113966;RO=6;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504538;STB=0.799198;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0115196;OID=.;OPOS=64110805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:8:1:4:2:8:1:4:2 chr11 64116843 . A C 222.7 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5985;QD=49.4878;RBI=0.072659;REFB=0;REVB=-0.0129226;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00062417;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:14:3:0:0:15:3:0:0 chr11 64359274 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00205668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.389;QD=8.30753;RBI=0.0493054;REFB=-0.0089953;REVB=0.0492625;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124219;STB=0.576735;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0160733;OID=.;OPOS=64359274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:7:11:4:4:7:11 chr11 64367325 . A G 1361.36 PASS AF=1;AO=74;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032555;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0611;QD=61.8801;RBI=0.0326912;REFB=0;REVB=0.00298149;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141223;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:74:88:1:34:40:0:0:39:49:0:0 chr11 64367862 . T C 217.39 PASS AF=0.433962;AO=18;DP=55;FAO=23;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00208384;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2641;QD=16.4067;RBI=0.00541976;REFB=-0.00864585;REVB=-0.00500314;RO=27;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235907;STB=0.558419;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0577077;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:27:27:18:23:0.433962:5:13:19:8:5:18:19:8 chr11 64453268 . G A 487.91 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.00626458;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.789;QD=21.2135;RBI=0.0165128;REFB=-0.0554162;REVB=0.0152783;RO=42;SAF=30;SAR=17;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3342;STB=0.686947;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0291445;OID=.;OPOS=64453268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:45:47:47:0.51087:17:30:10:32:17:30:11:34 chr11 64496357 . G T 521.39 PASS AF=0.6;AO=47;DP=79;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00807115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.016;QD=26.0697;RBI=0.0469425;REFB=-0.032635;REVB=0.0462435;RO=32;SAF=29;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112712;STB=0.555296;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0122787;OID=.;OPOS=64496357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:32:32:47:48:0.6:18:29:15:17:19:29:15:17 chr11 64507680 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8888;QD=48.736;RBI=0.0909419;REFB=0;REVB=-0.0841265;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00369404;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:2:15:0:0:2:15:0:0 chr11 64510701 . AG A 44.38 PASS AF=0.259259;AO=16;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0495389;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.7254;QD=3.28749;RBI=0.142741;REFB=-0.0266059;REVB=-0.133869;RO=35;SAF=2;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451366;STB=0.733421;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.00259613;OID=.;OPOS=64510702;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:16:54:14:54:40:2:12:15:25:44:35:2:14:15:20 chr11 64511050 . G C 300.08 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0379284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.765;QD=19.0527;RBI=0.0405879;REFB=-0.0315904;REVB=-0.0144503;RO=31;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507038;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0232327;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:31:32:0.507937:14:17:17:14:14:18:17:14 chr11 64519062 . T C 74.5 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0699871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8778;QD=10.6424;RBI=0.0859115;REFB=-0.0460594;REVB=-0.0498255;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45528;STB=0.775545;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0697365;OID=.;OPOS=64519062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:7:11:2:8:7:11 chr11 64543927 . G GT 220.58 PASS AF=0.480519;AO=33;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.110268;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.9635;QD=11.4586;RBI=0.125602;REFB=0.0117458;REVB=0.0601407;RO=41;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118231;STB=0.564993;STBP=0.284;TYPE=ins;VARB=-0.0145804;OID=.;OPOS=64543928;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480519:33:77:37:77:40:23:14:20:20:99:41:20:13:20:21 chr11 64559898 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.522;QD=42.1825;RBI=0.0866485;REFB=0;REVB=0.0639251;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206007;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 64572018 . T C 222.66 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0638469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.151;QD=18.9498;RBI=0.0669962;REFB=-0.0288057;REVB=0.0202993;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040868;STB=0.529385;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0390654;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:25:22:22:0.468085:10:12:13:9:10:12:15:10 chr11 64572557 . A G 781.28 PASS AF=1;AO=53;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.25;QD=54.8265;RBI=0.091095;REFB=0;REVB=0.0783708;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678178;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:53:57:1:18:35:0:1:20:37:0:0 chr11 64591679 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.853;QD=51.9164;RBI=0.0385885;REFB=0;REVB=-0.0149892;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84579e-05;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr11 64601933 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0985919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.714;QD=15.2623;RBI=0.0991683;REFB=-0.0322724;REVB=-0.0106763;RO=16;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530845;STB=0.819877;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0278435;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:12:1:7:9:12:1:7:9 chr11 64606177 . C T 260.56 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0402547;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.3235;QD=17.371;RBI=0.0403502;REFB=-0.0475545;REVB=0.00277508;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187115;STB=0.600615;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0589916;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:31:28:29:0.483333:16:12:19:11:16:13:20:11 chr11 64606236 . CT CC,C 594.19 PASS AF=0,1;AO=4,36;DP=56;FAO=0,61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038166,0.110177;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.49711,13.876;QD=38.9635;RBI=0.316911,0.213081;REFB=0,0;REVB=0.314604,0.182386;RO=5;SAF=3,35;SAR=1,1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.345238;SSSB=0.15474,0.424682;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0123476,0.00151689;OID=.,.;OPOS=64606237,64606237;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,36:56:0,61:61:0:0,42:0,19:0:0:4:5:3,35:1,1:3:2 chr11 64621856 . A G 256.28 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.556;QD=51.2554;RBI=0.108372;REFB=0;REVB=0.0839953;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100603;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:8:10:0:0:10:10:0:0 chr11 64622869 . G C 714.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.374;QD=56.0293;RBI=0.021414;REFB=0;REVB=0.0196127;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399357;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:22:26:0:0:25:26:0:0 chr11 64645871 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.484;QD=61.684;RBI=0.0326771;REFB=0;REVB=0.000918703;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94624e-05;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr11 64664233 . C T 224.85 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00702732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.69;QD=19.9869;RBI=0.00781087;REFB=-0.00831722;REVB=-0.00340975;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892695;STB=0.565349;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.008427;OID=.;OPOS=64664233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:15:7:9:13:15:7:10:13 chr11 64677293 . G C 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9737;QD=50.3993;RBI=0.0881562;REFB=0;REVB=0.0680694;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401528;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr11 64680819 . G A 821.39 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.239;QD=55.6876;RBI=0.0610481;REFB=-0.165747;REVB=0.0511559;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00217741;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:1:57:58:0.983051:31:26:0:1:31:27:0:1 chr11 64695360 . G A 697.99 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00270474;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.515;QD=52.6784;RBI=0.0112356;REFB=-0.0560194;REVB=-0.0109052;RO=2;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268968;STB=0.51428;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000619836;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:2:2:51:51:0.962264:34:17:0:2:34:17:0:2 chr11 64789194 . T C 386.67 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00325201;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.564;QD=20.6222;RBI=0.0111779;REFB=-0.0188516;REVB=0.0106944;RO=35;SAF=30;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124143;STB=0.580431;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0116168;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:36:39:39:0.52:9:30:23:12:9:30:23:13 chr11 64799998 . T C 229.44 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.000500873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.431;QD=14.5675;RBI=0.00969658;REFB=-0.0169685;REVB=-0.00968363;RO=35;SAF=5;SAR=20;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160559;STB=0.599578;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0264133;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:25:27:0.428571:20:5:11:24:22:5:11:25 chr11 64807294 . G A 310.55 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-2.28074e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.172;QD=23.4375;RBI=0.0296921;REFB=-0.0240639;REVB=0.0296921;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129427;STB=0.571382;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0234654;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:18:13:13:9:18:13:13:9 chr11 64820695 . T G 395.46 PASS AF=0.342857;AO=48;DP=139;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00866859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.477;QD=11.2987;RBI=0.0260573;REFB=-0.017682;REVB=-0.0245731;RO=91;SAF=21;SAR=27;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902532;STB=0.548367;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0258575;OID=.;OPOS=64820695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:91:92:48:48:0.342857:27:21:47:44:27:21:47:45 chr11 64833935 . G A 524.3 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0137031;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.165;QD=21.4002;RBI=0.0157807;REFB=-0.00935625;REVB=-0.00782666;RO=44;SAF=18;SAR=32;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180942;STB=0.591559;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00815982;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:48:50:50:0.510204:32:18:25:19:32:18:26:22 chr11 64851453 . CTTA CT,CTA 69.96 PASS AF=0,0.5625;AO=2,7;DP=16;FAO=0,9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.071979,-0.0444299;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=135.515,26.4608;QD=17.4893;RBI=0.0755901,0.0669977;REFB=0.0016412,0.0361558;REVB=-0.0230844,-0.0501466;RO=7;SAF=2,3;SAR=0,4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67228,0.125462;STB=0.5,0.616187;STBP=1,0.322;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0425095;OID=.,.;OPOS=64851455,64851454;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5625:2,7:16:0,9:16:7:0,5:0,4:2:5:46:7:2,3:0,4:2:5 chr11 64852421 . T C 203.95 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0402996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6822;QD=14.3121;RBI=0.0413195;REFB=-0.0617517;REVB=-0.00912388;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250745;STB=0.638377;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0512185;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:33:24:24:0.421053:17:7:16:14:17:7:17:16 chr11 64855986 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0417854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.471;QD=19.6682;RBI=0.0421558;REFB=-0.0125604;REVB=0.00557567;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127057;STB=0.572437;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0101296;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:6:13:15:4:6:13 chr11 64856500 . A G 97.03 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7626;QD=38.8115;RBI=0.108904;REFB=0;REVB=0.0195276;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012904;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:7:3:0:0 chr11 64878661 . T C 660.36 PASS AF=0.978261;AO=41;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.169234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9957;QD=57.4226;RBI=0.169415;REFB=-0.0741686;REVB=-0.00783627;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267986;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0110683;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:46:1:1:41:45:0.978261:24:17:1:0:24:21:1:0 chr11 64882789 . C T 190.65 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00678997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3482;QD=15.8872;RBI=0.0235938;REFB=-0.0236049;REVB=0.0225957;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268523;STB=0.504344;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0194984;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:28:19:20:0.416667:7:12:17:11:8:12:17:11 chr11 64884052 . G A 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0212554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.333;QD=17.5685;RBI=0.0213505;REFB=-0.0137025;REVB=0.00201275;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.566429;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0151002;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:14:15:19:11:14:15:20:11 chr11 64895202 . A G 188.9 PASS AF=0.294118;AO=26;DP=86;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0101393;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.655;QD=8.88959;RBI=0.0193132;REFB=-0.0132828;REVB=-0.0164376;RO=60;SAF=16;SAR=10;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160012;STB=0.542338;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0289565;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:60:60:26:25:0.294118:10:16:37:23:9:16:35:25 chr11 64900270 . G T 473.74 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0884002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9581;QD=23.9866;RBI=0.0884163;REFB=0.0033113;REVB=-0.00168957;RO=34;SAF=17;SAR=28;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281126;STB=0.515433;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00214458;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:28:17:14:20:28:17:14:20 chr11 64972286 . G C 268.2 PASS AF=0.537037;AO=25;DP=51;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00399162;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.547;QD=19.8668;RBI=0.00681094;REFB=-0.0391521;REVB=0.00551869;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843443;STB=0.50953;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0351027;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:25:25:25:29:0.537037:18:7:9:16:18:11:9:16 chr11 64981472 . G C 234.62 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0818505;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.285;QD=14.2196;RBI=0.0821654;REFB=-0.00628445;REVB=-0.00718636;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197028;STB=0.590846;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00773327;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:38:27:28:0.424242:13:14:12:25:14:14:13:25 chr11 64990041 . G C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0170064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.818;QD=19.7021;RBI=0.0182989;REFB=-0.007136;REVB=0.00675512;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172654;STB=0.509792;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00853316;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:13:4:4:12:13:4:4:12 chr11 65000719 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0150207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.592;QD=16.4264;RBI=0.0163421;REFB=-0.00160905;REVB=-0.00643757;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316352;STB=0.689226;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00248203;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:3:8:10:1:3:8 chr11 65004301 . G T 293.82 PASS AF=0.54;AO=23;DP=47;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00473652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.991;QD=23.5055;RBI=0.0615749;REFB=-0.0520075;REVB=0.0613924;RO=23;SAF=17;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393666;STB=0.647985;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0244124;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:23:23:23:27:0.54:6:17:7:16:10:17:7:16 chr11 65004309 . C T 288.43 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0262163;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.078;QD=24.5475;RBI=0.0343976;REFB=-0.0166785;REVB=0.0222688;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225518;STB=0.625311;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0154838;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:21:26:26:0.553191:10:16:7:14:10:16:7:14 chr11 65064690 . G A 181.92 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00367138;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.352;QD=23.4737;RBI=0.0373512;REFB=-0.0621452;REVB=-0.0371703;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448988;STB=0.525087;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0443279;OID=.;OPOS=65064690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:3:10:13:5:3:10 chr11 65089792 . G C 556.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4411;QD=60.215;RBI=0.0675287;REFB=0;REVB=-0.00243742;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103189;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr11 65124992 . A T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.000542433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.855;QD=25.8141;RBI=0.0174978;REFB=-0.0243125;REVB=-0.0174893;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525663;STB=0.529112;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0196739;OID=.;OPOS=65124992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:14:13:11:9:14:13:11:9 chr11 65144075 . T C 566.49 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.279;QD=59.6305;RBI=0.00446263;REFB=0;REVB=0.00417003;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205441;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:21:17:0:0 chr11 65180883 . A G 1510.8 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.605;QD=63.6128;RBI=0.064782;REFB=0;REVB=0.00873228;RO=0;SAF=29;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05949e-05;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:66:29:0:0:66:29:0:0 chr11 65211940 . C A 144.95 PASS AF=0.31746;AO=19;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.035504;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5327;QD=9.20337;RBI=0.036194;REFB=-0.0393556;REVB=0.00703396;RO=44;SAF=17;SAR=2;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365672;STB=0.737408;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0776934;OID=.;OPOS=65211940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:43:19:20:0.31746:2:17:31:13:2:18:30:13 chr11 65211979 . G A 453.33 PASS AF=0.594595;AO=43;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0590566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8584;QD=24.5044;RBI=0.133813;REFB=-0.0356375;REVB=0.120076;RO=31;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032625;STB=0.532119;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0244758;OID=.;OPOS=65211979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:30:43:44:0.594595:17:26:20:11:18:26:20:10 chr11 65222952 . T C 696.71 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00682438;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.091;QD=54.6439;RBI=0.00962861;REFB=0.0197771;REVB=0.0067925;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-9.88028e-05;OID=.;OPOS=65222952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:1:0:30:20:1:0 chr11 65307852 . G A 237.81 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0699759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8525;QD=24.3904;RBI=0.0724326;REFB=0.00473387;REVB=0.0187044;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699798;STB=0.527003;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000182599;OID=.;OPOS=65307852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:16:22:23:0.589744:9:13:8:8:10:13:8:8 chr11 65338944 . T G 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00265558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.203;QD=28.2837;RBI=0.017057;REFB=0.0029663;REVB=0.016849;RO=12;SAF=2;SAR=20;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321566;STB=0.681613;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0013906;OID=.;OPOS=65338944;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:20:2:4:8:20:2:4:8 chr11 65347636 . G C 600.07 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00279042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3828;QD=55.82;RBI=0.111379;REFB=-0.129223;REVB=0.111344;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541646;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00912919;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:43:0:2:40:41:0.953488:10:30:0:0:11:30:0:2 chr11 65349624 . A AG 32.08 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00634267;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.9818;QD=8.55413;RBI=0.0251672;REFB=-0.0869063;REVB=-0.0243549;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177426;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=0.238489;OID=.;OPOS=65349625;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:5:15:7:15:8:2:5:3:5:30:9:1:4:3:6 chr11 65349756 . T G 145.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.184;QD=44.7497;RBI=0.0224382;REFB=0;REVB=0.0160391;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173562;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr11 65349849 . A T 106.19 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783868;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3495;QD=42.4777;RBI=0.0875045;REFB=0;REVB=0.0388914;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0058157;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr11 65383896 . G C 1302.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1388;QD=62;RBI=0.0640438;REFB=0;REVB=-0.0520277;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583946;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr11 65385606 . A G 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.048;QD=59.8528;RBI=0.012564;REFB=0;REVB=-0.0110383;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22143e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr11 65387378 . T A 900.19 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053442;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4708;QD=58.0765;RBI=0.0526699;REFB=0;REVB=0.052398;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162522;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr11 65405699 . C T 1849.57 PASS AF=1;AO=110;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=110;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575427;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1233;QD=60.6418;RBI=0.145068;REFB=0;REVB=0.133168;RO=0;SAF=103;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799598;OID=.;OPOS=65405699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:110:122:1:7:103:0:0:12:110:0:0 chr11 65423082 . G A 1373.8 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4013;QD=61.0576;RBI=0.0218539;REFB=-0.0767409;REVB=-0.0182459;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093831;STB=0.504949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00660911;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:87:89:0.988889:37:50:1:0:39:50:1:0 chr11 65487790 . CCTT C 169.93 PASS AF=0.818182;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0102361;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=258.746;QD=30.8966;RBI=0.0164173;REFB=-0.0549222;REVB=0.0128355;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.507238;STBP=0.986;TYPE=del;VARB=0.0123069;OID=.;OPOS=65487791;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:17:21:18:22:4:4:14:1:3:19:0:3:14:0:0 chr11 65546857 . A C 423.37 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.015676;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.169;QD=14.9865;RBI=0.0216062;REFB=-0.0322018;REVB=-0.0148692;RO=63;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875864;STB=0.540584;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0422918;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:63:65:48:48:0.424779:27:21:33:30:27:21:33:32 chr11 65547333 . G A 406.45 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.0106705;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.71;QD=16.7606;RBI=0.0113977;REFB=-0.00542809;REVB=-0.004006;RO=47;SAF=17;SAR=25;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107808;STB=0.568709;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00874922;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:47:55:42:42:0.43299:25:17:14:33:25:17:16:39 chr11 65547455 . C A 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00903273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.773;QD=14.1398;RBI=0.00978769;REFB=-0.0220563;REVB=0.00376943;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269144;STB=0.655527;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.015425;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:6:14:6:8:6:14 chr11 65563502 . TA T,TT 158.62 PASS AF=0.30303,0.212121;AO=7,9;DP=32;FAO=10,7;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4,4;FSAR=6,3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0134457,-0.0121479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.756,257.262;QD=19.2263;RBI=0.0145839,0.0136467;REFB=0.00846558,0.0084968;REVB=0.00564825,0.00621781;RO=15;SAF=2,5;SAR=5,4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0258431,0.295642;STB=0.557266,0.674237;STBP=0.706,0.307;TYPE=del,snp;VARB=-0.0270939,0.015793;OID=.,.;OPOS=65563503,65563503;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303,0.212121:7,9:32:10,7:33:16:4,4:6,3:5:11:34:15:2,5:5,4:4:11 chr11 65617113 . AG A,CA 323.25 PASS AF=0.9375,0;AO=22,2;DP=32;FAO=30,0;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=12,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.138514,0.028229;FXX=0.0302939;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=17.5343,8.18109;QD=40.4062;RBI=0.153164,0.0383593;REFB=0.0292231,0.0826443;REVB=-0.0653691,-0.0259723;RO=3;SAF=6,2;SAR=16,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10369,0.599865;STB=0.526298,0.5;STBP=0.31,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000987023,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617113;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:32:32:3:2:22,2:30,0:0.9375,0:16,0:6,2:2:1:18,0:12,0:0:2 chr11 65623519 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0370525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.4009;QD=19.4207;RBI=0.0370656;REFB=-0.0123117;REVB=0.000984174;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248335;STB=0.622081;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0141909;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:27:29:29:0.517857:19:10:16:9:19:10:16:11 chr11 65624934 . A C 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00540225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.717;QD=16.6612;RBI=0.0170533;REFB=-0.0138521;REVB=0.016175;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073913;STB=0.541637;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0181949;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:17:11:15:17:17:11:15:17 chr11 65625824 . T C 361.04 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00238572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.045;QD=15.2018;RBI=0.00698639;REFB=-0.00887835;REVB=-0.00656643;RO=56;SAF=17;SAR=22;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672121;STB=0.538024;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0184929;OID=.;OPOS=65625824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:22:17:28:28:22:17:28:28 chr11 65628334 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0127536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.215;QD=24.2039;RBI=0.0799864;REFB=-0.0150721;REVB=0.0789631;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304347;STB=0.666518;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0104164;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:12:0:6:12:12:0 chr11 65629932 . T C 296.18 PASS AF=0.6;AO=24;DP=43;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0457983;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.485;QD=26.3274;RBI=0.0479537;REFB=-0.0439309;REVB=-0.0142152;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160789;STB=0.54835;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0196769;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:18:24:27:0.6:17:7:9:10:18:9:8:10 chr11 65629934 . G C 385.74 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0251593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.753;QD=30.8588;RBI=0.0435282;REFB=-0.0217852;REVB=-0.0355206;RO=18;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463155;STB=0.502536;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00381641;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:18:14:8:10:18:14:8:10 chr11 65631167 . C T 355.5 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00140234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.697;QD=16.1592;RBI=0.00595901;REFB=-0.0209842;REVB=0.00579165;RO=48;SAF=31;SAR=7;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357155;STB=0.706496;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0269222;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:50:38:38:0.431818:7:31:25:23:7:31:26:24 chr11 65631973 . G A 153.95 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0228566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.284;QD=11.619;RBI=0.0350465;REFB=-0.00497088;REVB=0.0265676;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209903;STB=0.622625;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00879125;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:7:12:15:19:7:12:15:19 chr11 65632262 . G T 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.014644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.642;QD=21.7438;RBI=0.0173725;REFB=-0.0193509;REVB=-0.00934649;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266919;STB=0.650994;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0175658;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:5:14:7:9:5:14:7:9 chr11 65636053 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.078;QD=50.4118;RBI=0.0353134;REFB=0;REVB=0.0158566;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344332;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 65637432 . T C,TC 33.1 PASS AF=0,0.191489;AO=2,7;DP=47;FAO=0,9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0988865,-0.0589414;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.2528,18.4863;QD=2.81697;RBI=0.0997158,0.0589801;REFB=-0.00639083,-0.0475383;REVB=-0.0128331,-0.00213514;RO=37;SAF=2,3;SAR=0,4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.458159,-0.00473216;STB=0.5,0.502387;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0638011,0.137827;OID=.,.;OPOS=65637432,65637433;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:47:47:37:38:2,7:0,9:0,0.191489:0,4:2,3:16:21:0,5:0,4:17:21 chr11 65649774 . A G 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.68;QD=61.6687;RBI=0.0290265;REFB=0;REVB=0.0215933;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467462;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr11 65649984 . T C 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0333208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.813;QD=12.9413;RBI=0.0334033;REFB=0.00241635;REVB=0.00234675;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183615;STB=0.607122;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00292386;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:16:9:8:7:16:9 chr11 65655393 . G C 130.94 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00996761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.465;QD=10.27;RBI=0.0135843;REFB=0.00057835;REVB=-0.0092293;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375667;STB=0.72068;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00124194;OID=.;OPOS=65655393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:6:10:10:25:6:10:10:25 chr11 65659947 . C T 180.43 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00921013;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.346;QD=14.1515;RBI=0.0198625;REFB=-0.00790762;REVB=-0.0175981;RO=30;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170097;STB=0.583252;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0091632;OID=.;OPOS=65659947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:19:21:0.411765:6:13:16:14:7:14:16:14 chr11 65664346 . T C 657.78 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000274451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.212;QD=59.7982;RBI=0.018386;REFB=-0.110817;REVB=0.018384;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000317884;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:1:0:23:20:1:0 chr11 65684929 . C T 582.49 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172195;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=345.521;QD=58.2485;RBI=0.0178605;REFB=-0.0908452;REVB=0.00474228;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000138166;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:1:0:24:15:1:0 chr11 65685225 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00508664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.257;QD=48.626;RBI=0.0148611;REFB=0.00814977;REVB=-0.0139635;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000276956;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr11 65713207 . T C 496.28 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8983;QD=56.7178;RBI=0.100947;REFB=-0.045782;REVB=-0.00102728;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149456;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:1:0:34:35:1:17:17:0:1:18:17:0:0 chr11 65727301 . A G 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00690101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.971;QD=17.1561;RBI=0.0323596;REFB=-0.00731213;REVB=-0.0316151;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11188;STB=0.563686;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00804698;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:14:6:7:10:14:6 chr11 65732651 . G A 423.22 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.024622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.665;QD=23.8431;RBI=0.0253793;REFB=-0.0599502;REVB=0.00615368;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908238;STB=0.555684;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0331742;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:30:41:41:0.577465:19:22:19:10:19:22:20:10 chr11 65735174 . G C 95.73 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0393011;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.619;QD=20.1537;RBI=0.0408171;REFB=-0.0438167;REVB=-0.011021;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0252244;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:4:4:5:6:4:4 chr11 65788072 . C T 32.53 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-4.93554e-05;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.007;QD=9.2931;RBI=0.000712607;REFB=-0.0231668;REVB=0.000710896;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371228;STB=0.72893;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0442389;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:15:14:9:9:5:5:0.357143:3:2:7:2:3:2:7:2 chr11 65793454 . C T 109.29 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0305845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.756;QD=14.1016;RBI=0.0337985;REFB=-0.00151937;REVB=0.0143851;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116625;STB=0.56885;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00170705;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:11:2:4:14:11:2:4:14 chr11 65793797 . G A 320.88 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0358842;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.794;QD=26.7403;RBI=0.047799;REFB=-0.000540271;REVB=0.0315764;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220541;STB=0.512186;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000170602;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:16:12:8:12:16:12:8:12 chr11 65809875 . C A 231.72 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0145201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.067;QD=12.697;RBI=0.0241876;REFB=-0.0164536;REVB=-0.0193445;RO=43;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277553;STB=0.648425;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0427186;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:45:28:28:0.383562:8:20:20:23:8:20:22:23 chr11 65810209 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0204041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.538;QD=23.3989;RBI=0.0327759;REFB=-0.0360361;REVB=0.0256502;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226465;STB=0.631225;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0163369;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:6:2:2:1:6:2:2:1 chr11 65810749 . T C 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0209001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.204;QD=8.4022;RBI=0.0209005;REFB=-0.0175326;REVB=0.000129203;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168149;STB=0.604412;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.04198;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:10:11:6:3:10:11 chr11 65820673 . A G 1859.22 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.559;QD=60.4626;RBI=0.0428525;REFB=0.00762791;REVB=0.040541;RO=1;SAF=46;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629233;STB=0.503267;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=7.71455e-05;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:75:46:0:1:76:46:0:1 chr11 65826704 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0169376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8975;QD=12.7382;RBI=0.071342;REFB=0.0250516;REVB=0.0693023;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0216031;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr11 65868310 . T A 575.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8357;QD=60.5948;RBI=0.070921;REFB=0;REVB=-0.0705535;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751058;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr11 65985000 . A C 672.45 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0155198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1366;QD=57.2294;RBI=0.0271688;REFB=-0.141576;REVB=0.0222998;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00329165;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:22:23:0:2:22:23:0:2 chr11 66006323 . G C 117.01 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0411331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6414;QD=12.0007;RBI=0.0472542;REFB=0.0125548;REVB=0.0232599;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226199;STB=0.63291;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.01881;OID=.;OPOS=66006323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:16:9:8:6:16:9 chr11 66010633 . T C 499.64 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.381;QD=58.7815;RBI=0.0735641;REFB=0;REVB=-0.0716673;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641843;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:22:10:0:0:22:12:0:0 chr11 66031660 . C T 99.26 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.911;QD=14.7055;RBI=0.00491677;REFB=-0.01957;REVB=0.00491677;RO=15;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143551;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:12:0:0:15:12:0:0:15 chr11 66035286 . CATA CTA,CTAT 638.61 PASS AF=1,0;AO=33,2;DP=44;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276745,0.0283948;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=48.5061,36.4158;QD=58.0556;RBI=0.185153,0.0291501;REFB=0,0;REVB=-0.183073,0.00659236;RO=0;SAF=15,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00225346,-0.0204152;OID=.,.;OPOS=66035287,66035287;OREF=A,ATA;OALT=-,TAT;OMAPALT=CTA,CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:33,2:44:44,0:44:0:21,0:23,0:0:0:4:0:15,2:18,0:0:0 chr11 66083129 . T C,G 402.58 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=26,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345,0.00184503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.578,96.9126;QD=55.5279;RBI=0.037987,0.00770015;REFB=0,0;REVB=0.0158985,-0.00747584;RO=0;SAF=10,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.71087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00228829,0.0504876;OID=.,.;OPOS=66083129,66083129;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:26,2:27,2:0.931034,0.0689655:16,0:10,2:0:0:17,0:10,2:0:0 chr11 66083781 . CG AC,CA 413.94 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,22;DP=31;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160314,0.0169412;FXX=0.0624805;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=99.9895,111.494;QD=55.1922;RBI=0.0178663,0.0947766;REFB=0,0;REVB=0.00788671,0.0932502;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0340718,0.000478737;OID=.,.;OPOS=66083781,66083782;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:30:0:0:2,22:2,28:0.0666667,0.933333:0,10:2,12:0:0:0,14:2,14:0:0 chr11 66099987 . C T 591.92 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0304445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.304;QD=56.3738;RBI=0.0399029;REFB=-0.0990418;REVB=0.0257948;RO=2;SAF=14;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623867;STB=0.533316;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00126838;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:26:14:2:0:26:14:2:0 chr11 66100152 . T C,G 814.21 PASS AF=0.918033,0.0655738;AO=55,3;DP=60;FAO=56,4;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24,1;FSAR=32,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0365804,-0.0071495;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=45.0392,72.9947;QD=53.391;RBI=0.120994,0.0164589;REFB=-0.0246356,0.0728442;REVB=0.115332,0.014825;RO=2;SAF=24,1;SAR=31,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0294432,0.272699;STB=0.50769,0.571096;STBP=0.509,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000273859,0.110477;OID=.,.;OPOS=66100152,66100152;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:60:61:2:1:55,3:56,4:0.918033,0.0655738:31,2:24,1:0:2:32,3:24,1:0:1 chr11 66106138 . C G 35.17 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00623347;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4109;QD=7.81545;RBI=0.0276652;REFB=-0.0243803;REVB=-0.0269538;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717807;STB=0.633673;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.125303;OID=.;OPOS=66106138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:20:18:9:13:5:5:0.277778:2:3:6:3:2:3:10:3 chr11 66107674 . A G 603.12 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150258;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.999;QD=61.8584;RBI=0.0175356;REFB=0;REVB=0.00903996;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175797;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 66131149 . C T 260.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273749;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.638;QD=52.1696;RBI=0.0281772;REFB=0;REVB=-0.00667613;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73505e-05;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr11 66161072 . C T 428.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.92;QD=57.1625;RBI=0.0706468;REFB=0;REVB=-0.0313823;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171809;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr11 66188761 . G T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0249927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.245;QD=19.5232;RBI=0.026362;REFB=-0.00347186;REVB=-0.00838565;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390503;STB=0.726891;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00352952;OID=.;OPOS=66188761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:2:12:6:6:2:12:6:6 chr11 66240882 . T C 278.84 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00859804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8848;QD=21.8694;RBI=0.00859862;REFB=-0.0249056;REVB=-0.000100034;RO=21;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742888;STB=0.542342;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0280669;OID=.;OPOS=66240882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:23:28:28:0.54902:12:16:10:11:12:16:11:12 chr11 66249926 . C T 206.01 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.041517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4259;QD=16.8174;RBI=0.0494211;REFB=-0.0064628;REVB=-0.0268101;RO=28;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328802;STB=0.688439;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00847384;OID=.;OPOS=66249926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:6:15:11:17:6:15:11:17 chr11 66254085 . G T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0309626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.922;QD=18.7951;RBI=0.033603;REFB=-0.0114055;REVB=0.0130568;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589451;STB=0.533305;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0108362;OID=.;OPOS=66254085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:18:9:9:14:18:9 chr11 66272142 . A G 178.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0158961;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.645;QD=14.2959;RBI=0.0180168;REFB=-0.0058054;REVB=-0.0084804;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316549;STB=0.682741;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0067434;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:6:14:12:18:6:14:12:18 chr11 66272237 . G A 135.04 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0640637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6013;QD=16.8796;RBI=0.0641803;REFB=-0.0125415;REVB=0.00386674;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21177;STB=0.622468;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0356039;OID=.;OPOS=66272237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:4:11:9:8:4:11:9:8 chr11 66282095 . G A 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0149165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.205;QD=11.1266;RBI=0.0260312;REFB=-0.0027264;REVB=0.0213335;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748182;STB=0.543991;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00677831;OID=.;OPOS=66282095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:10:24:11:6:10:24 chr11 66297363 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0452439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1973;QD=20.7377;RBI=0.0507066;REFB=0.00101905;REVB=0.0228943;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156805;STB=0.58814;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00144835;OID=.;OPOS=66297363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:5:11:9:9:5:11 chr11 66327673 . G A 543.71 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0275666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3183;QD=23.6397;RBI=0.0319192;REFB=-0.0100887;REVB=0.0160909;RO=40;SAF=16;SAR=35;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990797;STB=0.550242;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00764477;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:41:51:51:0.554348:35:16:17:23:35:16:17:24 chr11 66328095 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00648658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.233;QD=16.6185;RBI=0.027215;REFB=-0.0071117;REVB=-0.0264306;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107247;STB=0.560922;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00578035;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:14:14:14:9:14:14 chr11 66328719 . T C 172.6 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00442232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.001;QD=11.3178;RBI=0.00962791;REFB=-0.0308099;REVB=0.00855218;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205694;STB=0.62984;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0558353;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:39:21:22:0.360656:9:12:15:24:9:13:15:24 chr11 66329732 . A G 107.38 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0117533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9584;QD=12.6323;RBI=0.01255;REFB=-0.00827914;REVB=0.00440023;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242909;STB=0.642641;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0122194;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:13:8:8:5:13:8 chr11 66331000 . A G 183.15 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00138856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.56;QD=11.8159;RBI=0.00180456;REFB=-0.0170688;REVB=-0.00115253;RO=33;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193135;STB=0.591955;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0290501;OID=.;OPOS=66331000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:39:23:23:0.370968:17:6:14:19:17:6:15:24 chr11 66331458 . A G 160.42 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00128625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5945;QD=14.5837;RBI=0.0453041;REFB=0.00930811;REVB=-0.0452858;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209896;STB=0.599891;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00826445;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:17:18:0.409091:7:10:10:16:8:10:10:16 chr11 66333598 . C T 193.13 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0341413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4709;QD=16.4364;RBI=0.050748;REFB=0.0134286;REVB=-0.0375464;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185573;STB=0.510628;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0205398;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:14:13:10:10:14:13 chr11 66335548 . A G 225.4 PASS AF=0.511628;AO=16;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0312531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.404;QD=20.9671;RBI=0.0336288;REFB=-0.038568;REVB=0.0124155;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154064;STB=0.536049;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0284619;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:21:16:22:0.511628:12:4:6:9:16:6:7:14 chr11 66358126 . C T 186.08 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0448191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.861;QD=10.4831;RBI=0.0465286;REFB=-0.00888318;REVB=0.0124965;RO=46;SAF=6;SAR=18;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161142;STB=0.589664;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0253174;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:47:24:24:0.338028:18:6:17:29:18:6:17:30 chr11 66360206 . C A 468.19 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0473448;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.56;QD=27.5404;RBI=0.0477095;REFB=-0.0270324;REVB=0.00588816;RO=25;SAF=18;SAR=25;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962025;STB=0.552462;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.011208;OID=.;OPOS=66360206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:25:25:43:43:0.632353:25:18:14:11:25:18:14:11 chr11 66408033 . C G 117.18 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0108245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.006;QD=12.0183;RBI=0.0120959;REFB=0.0102368;REVB=0.00539837;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200212;STB=0.606587;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.019296;OID=.;OPOS=66408033;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:5:9:11:13:5:9:12:13 chr11 66408071 . G C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00804355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.326;QD=15.6194;RBI=0.0165675;REFB=-0.00642096;REVB=-0.014484;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201776;STB=0.511615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00924683;OID=.;OPOS=66408071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:13:12:9:9:13:12 chr11 66458980 . G A 225.17 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00279162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.892;QD=15.2657;RBI=0.0412054;REFB=-0.00340949;REVB=0.0411108;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19189;STB=0.607922;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00472306;OID=.;OPOS=66458980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:14:12:9:24:14:12:9:24 chr11 66460527 . C T 371.59 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00378603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2142;QD=30.9659;RBI=0.0223213;REFB=-0.0219674;REVB=0.0219979;RO=17;SAF=25;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968029;STB=0.553283;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.027816;OID=.;OPOS=66460527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:6:25:12:5:6:25:12:5 chr11 66468469 . A G 235.58 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00877338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4067;QD=21.4162;RBI=0.0509272;REFB=-0.0358629;REVB=-0.0501658;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743672;STB=0.541715;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0426158;OID=.;OPOS=66468469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:10:11:14:9:10:11 chr11 66472274 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.096;QD=40.7629;RBI=0.0606325;REFB=0;REVB=0.016344;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574142;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 66620239 . C T 53.86 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00286414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.448;QD=8.28631;RBI=0.012303;REFB=0.0124897;REVB=-0.0119649;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0148185;OID=.;OPOS=66620239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:28:26:13:17:8:8:0.307692:4:4:6:7:3:5:10:7 chr11 66834252 . C T 128.82 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0144046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.726;QD=12.5675;RBI=0.0222971;REFB=0.00479006;REVB=0.0170197;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225933;STB=0.640849;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00857201;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:8:17:7:8:8:18 chr11 66837965 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.017;QD=58.5873;RBI=0.0796636;REFB=0;REVB=0.0401716;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226057;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr11 66995603 . T C 789.23 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122565;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.256;QD=64.4271;RBI=0.0132107;REFB=0;REVB=0.00492959;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24347e-05;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr11 67012728 . A G 33.95 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0192479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.611;QD=2.15567;RBI=0.0260501;REFB=-0.00499222;REVB=-0.0175535;RO=55;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47076;STB=0.852192;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0245263;OID=.;OPOS=67012728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:55:56:7:7:0.111111:1:6:25:30:1:6:26:30 chr11 67050292 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00426798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.559;QD=16.8981;RBI=0.0262048;REFB=-0.0339663;REVB=0.0258549;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973785;STB=0.578793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0339856;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:9:10:0.526316:4:5:6:3:5:5:6:3 chr11 67057599 . C T 182.23 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0166982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.771;QD=11.5702;RBI=0.0221275;REFB=-0.0143037;REVB=-0.0145188;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238243;STB=0.5138;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0480336;OID=.;OPOS=67057599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:12:11:20:20:12:11:20:20 chr11 67068859 . T C 572.98 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0801988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2818;QD=60.3132;RBI=0.0823085;REFB=0;REVB=0.0185162;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485006;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:20:14:0:0:20:18:0:0 chr11 67071584 . C G 1387.3 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0260859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0836;QD=60.3175;RBI=0.0326644;REFB=0.00299504;REVB=-0.0196593;RO=1;SAF=30;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155351;STB=0.504064;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.000481916;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:60:30:1:0:60:30:1:1 chr11 67072382 . C T 210.09 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00692287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.105;QD=15.5622;RBI=0.00782086;REFB=-0.00280663;REVB=0.00363864;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233535;STB=0.632798;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00654156;OID=.;OPOS=67072382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:8:16:13:17:8:16:13:17 chr11 67079177 . G A 604.42 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0284299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1893;QD=22.1804;RBI=0.0423425;REFB=-0.0119848;REVB=0.0313788;RO=49;SAF=22;SAR=38;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000600593;STB=0.500329;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105948;OID=.;OPOS=67079177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:49:49:60:60:0.550459:38:22:18:31:38:22:18:31 chr11 67079505 . G A 132.24 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0764365;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.776;QD=33.0604;RBI=0.0812731;REFB=-0.0698733;REVB=0.0276184;RO=2;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529323;STB=0.574349;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0104517;OID=.;OPOS=67079505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:15:16:2:3:13:13:0.8125:9:4:1:1:9:4:2:1 chr11 67130122 . A G 196.15 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00213262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.965;QD=29.0597;RBI=0.0344727;REFB=-0.00116591;REVB=-0.0344067;RO=8;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430588;STB=0.523784;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000609787;OID=.;OPOS=67130122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:27:27:8:8:19:19:0.703704:11:8:4:4:11:8:4:4 chr11 67165015 . T C 388.32 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0159709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6362;QD=31.6992;RBI=0.0516262;REFB=-0.0719946;REVB=0.0490938;RO=16;SAF=5;SAR=27;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099677;STB=0.58059;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0322111;OID=.;OPOS=67165015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:17:32:32:0.653061:27:5:4:12:27:5:5:12 chr11 67171736 . C T 205.04 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0264058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1732;QD=15.7719;RBI=0.0334143;REFB=-0.0085124;REVB=0.0204757;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333522;STB=0.708146;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.015241;OID=.;OPOS=67171736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:29:23:23:0.442308:6:17:11:16:6:17:11:18 chr11 67176898 . A G 109.58 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0196056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.048;QD=14.1394;RBI=0.0206821;REFB=-0.0219368;REVB=0.00658576;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0273237;OID=.;OPOS=67176898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:6:6:10:8:7:6:10:8 chr11 67177075 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 79.43 PASS AF=0.25641,0.128205;AO=12,5;DP=41;FAO=10,5;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6,3;FSAR=4,2;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.116091,-0.07024;FXX=0.0487686;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.7626,24.6253;QD=8.14681;RBI=0.116775,0.0707128;REFB=-0.0877746,-0.055583;REVB=-0.0126264,-0.00816331;RO=21;SAF=6,3;SAR=6,2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0.435897,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0764774,0.197248;STB=0.627655,0.648073;STBP=0.373,0.518;TYPE=del,snp;VARB=0.0546902,0.0822574;OID=.,.;OPOS=67177076,67177080;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641,0.128205:12,5:41:10,5:39:24:6,3:4,2:10:14:39:21:6,3:6,2:9:12 chr11 67177278 . G A 790.68 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3521;QD=56.4769;RBI=0.0129039;REFB=0;REVB=0.0126726;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150994;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:18:37:0:0:19:37:0:0 chr11 67186271 . C A 222.58 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.0158892;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.153;QD=12.3654;RBI=0.0227301;REFB=-0.0161518;REVB=0.0162539;RO=45;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154804;STB=0.588175;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0264042;OID=.;OPOS=67186271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:17:10:11:34:17:10:11:34 chr11 67186453 . C A 188.6 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0380497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.789;QD=29.0153;RBI=0.0397382;REFB=-0.0397983;REVB=0.0114603;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310974;STB=0.517222;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0193709;OID=.;OPOS=67186453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:10:8:4:4:10:8:4:4 chr11 67191449 . T C 260.37 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0126604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.412;QD=15.3157;RBI=0.0136427;REFB=-0.00609211;REVB=0.00508324;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032813;STB=0.518506;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00893807;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:12:18:24:14:12:18:24:14 chr11 67192555 . G A 318.22 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00915028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.55;QD=20.8666;RBI=0.0394316;REFB=-0.0159855;REVB=0.0383552;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225748;STB=0.613224;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0172605;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:28:28:32:33:0.540984:21:11:17:11:21:12:17:11 chr11 67200298 . C T 121.99 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000648194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4999;QD=15.2486;RBI=0.0884836;REFB=-0.0173522;REVB=0.0884813;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148003;STB=0.59985;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0174675;OID=.;OPOS=67200298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:9:4:8:10:10:4:8:10 chr11 67200819 . C T 83.88 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0350616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3574;QD=8.82898;RBI=0.101695;REFB=-0.0158053;REVB=0.0954595;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504774;STB=0.817634;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.08404;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:38:26:26:11:12:0.315789:9:2:16:10:10:2:16:10 chr11 67202156 . C T 111.28 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00862781;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.841;QD=20.2331;RBI=0.0128975;REFB=-0.018549;REVB=0.00958676;RO=8;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2735;STB=0.617772;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0139084;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:8:9:12:13:0.590909:11:1:2:6:11:2:3:6 chr11 67209515 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00450414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.246;QD=11.9925;RBI=0.0115806;REFB=-0.00755035;REVB=-0.0106688;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185127;STB=0.607729;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0265446;OID=.;OPOS=67209515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:11:22:9:9:11:22 chr11 67220015 . C T 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0253381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.45;QD=14.168;RBI=0.0550135;REFB=-0.00804393;REVB=0.048831;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242655;STB=0.639755;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0208849;OID=.;OPOS=67220015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:10:2:4:6:10:2 chr11 67257037 . C T 393.39 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0286419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3894;QD=22.4792;RBI=0.0351598;REFB=-0.00747046;REVB=-0.0203924;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870178;STB=0.54786;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0043896;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:18:21:20:11:18:21:20:11 chr11 67257823 . C A 313.95 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0502414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1173;QD=46.5115;RBI=0.0502946;REFB=-0.104108;REVB=0.0023134;RO=3;SAF=13;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258853;STB=0.535686;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0403643;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:3:2:24:25:0.925926:11:13:2:1:12:13:2:0 chr11 67258391 . A G 335.79 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.473;QD=51.6606;RBI=0.0168368;REFB=0;REVB=-0.00683977;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325511;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:11:14:0:1:12:14:0:0 chr11 67263767 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.52;QD=53.2771;RBI=0.0163134;REFB=0;REVB=0.00345214;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49191e-05;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr11 67288594 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0126143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.073;QD=13.3417;RBI=0.0212413;REFB=-0.0263606;REVB=-0.0170901;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174422;STB=0.616912;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0358289;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:32:21:21:0.396226:9:12:12:18:9:12:12:20 chr11 67351585 . C G 195.1 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00991168;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3252;QD=12.5868;RBI=0.0512997;REFB=-0.0175015;REVB=-0.050333;RO=32;SAF=18;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202259;STB=0.622532;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0695346;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:38:23:24:0.387097:5:18:20:12:6:18:22:16 chr11 67395456 . A T 50.51 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00663733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.145;QD=22.4474;RBI=0.015863;REFB=0.00309433;REVB=-0.0144076;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00289972;OID=.;OPOS=67395456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:6:7:0.777778:3:3:1:1:4:3:1:1 chr11 67430698 . G A 320.84 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0382422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.562;QD=16.2451;RBI=0.0403526;REFB=-0.00832731;REVB=0.0128787;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116067;STB=0.568276;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0120359;OID=.;OPOS=67430698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:44:35:35:0.443038:18:17:15:26:18:17:16:28 chr11 67430762 . T C 330.53 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0207442;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.539;QD=15.7393;RBI=0.020746;REFB=-0.00265642;REVB=0.000276643;RO=46;SAF=11;SAR=25;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307311;STB=0.684142;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0052385;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:36:36:0.428571:25:11:28:18:25:11:30:18 chr11 67431914 . G A 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00312303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.861;QD=15.0178;RBI=0.0170332;REFB=-0.00476357;REVB=0.0167444;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170688;STB=0.509665;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00596267;OID=.;OPOS=67431914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:18:22:17:13:18:22 chr11 67432791 . A G 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0301541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0953;QD=6.5432;RBI=0.0324712;REFB=0.00706336;REVB=0.0120462;RO=24;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429806;STB=0.784873;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.042841;OID=.;OPOS=67432791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:1:7:14:10:1:7:14:10 chr11 67432804 . T C 455.34 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.37;QD=56.9171;RBI=0.00285548;REFB=0;REVB=0.00236163;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181536;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr11 67432854 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.987;QD=55.65;RBI=0.0091725;REFB=0;REVB=-0.001551;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95052e-05;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr11 67433869 . C T 58.58 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0999579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6809;QD=14.6445;RBI=0.10205;REFB=-0.0339734;REVB=0.0205567;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0327868;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:4:4:5:3:4:4 chr11 67434416 . C A 61.58 PASS AF=0.3;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0169367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.686;QD=8.211;RBI=0.0232118;REFB=-0.000620746;REVB=-0.0158725;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273308;STB=0.522338;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00118871;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:29:30:21:21:8:9:0.3:4:4:10:11:5:4:10:11 chr11 67564162 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0606952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.989;QD=12.0153;RBI=0.0734082;REFB=-0.0175707;REVB=-0.04129;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0169303;OID=.;OPOS=67564162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr11 67564197 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.78;QD=46.8477;RBI=0.0466053;REFB=0;REVB=0.0439386;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214037;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 67572698 . G T 88.2 PASS AF=1;AO=5;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.352;QD=39.2009;RBI=0.0367143;REFB=0;REVB=0.0156706;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614462;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:5:9:1:1:4:0:0:4:5:0:0 chr11 67663116 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.614;QD=33.4285;RBI=0.0812562;REFB=0;REVB=0.0787217;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022874;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr11 67663181 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.027329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.867;QD=12.0157;RBI=0.0561158;REFB=0.00366296;REVB=-0.0490113;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0060531;OID=.;OPOS=67663181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr11 67765163 . A AG,G 564.82 PASS AF=1,0;AO=35,3;DP=41;FAO=41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850381,0.00752525;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.8887,8.38464;QD=55.1044;RBI=0.152088,0.0532932;REFB=0,0;REVB=0.126092,0.0527593;RO=2;SAF=27,3;SAR=8,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0379514,0.692188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00651486,0;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:2:0:35,3:41,0:1,0:8,0:27,3:1:1:11,0:30,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 652.47 PASS AF=1,0;AO=46,4;DP=56;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806353,-0.0615232;FXX=0.0185151;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.9075,7.88096;QD=49.2432;RBI=0.0836046,0.103913;REFB=0,0;REVB=0.0220832,-0.0837426;RO=6;SAF=14,1;SAR=32,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0887758,-0.388047;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00304367,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:53:6:0:46,4:53,0:1,0:32,3:14,1:4:2:36,0:17,0:0:0 chr11 67789293 . G C,GC 700.93 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=2,44;DP=49;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265038,-0.0441805;FXX=0.041658;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=10.9301,29.663;QD=60.9502;RBI=0.0546465,0.0729936;REFB=0,0;REVB=0.0545822,0.0581046;RO=3;SAF=1,17;SAR=1,27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142842,0.00670413;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0346223,0.000383472;OID=.,.;OPOS=67789293,67789294;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:49:46:3:0:2,44:1,45:0.0217391,0.978261:1,27:1,17:1:2:1,27:0,18:0:0 chr11 67795378 . G GC 159.76 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8593;QD=39.9408;RBI=0.133405;REFB=0;REVB=0.0705834;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00161746;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:17:16:16:0:7:9:0:0:4:5:5:7:3:2 chr11 67803215 . G A 736.44 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=-0.0269168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0669;QD=20.3155;RBI=0.027428;REFB=-0.0322811;REVB=0.00527098;RO=72;SAF=19;SAR=53;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031849;STB=0.515184;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0333342;OID=.;OPOS=67803215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:72:73:72:72:0.496552:53:19:21:51:53:19:21:52 chr11 67810468 . CCGGGGGG CCGGGGG,CCGGGGGC,CGGGGG 610.86 PASS AF=0.872093,0.127907,0;AO=24,4,10;DP=86;FAO=75,11,0;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32,11,0;FSAR=43,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.471808,0.173441,0.0313866;FXX=0.0114929;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=9.40807,12.7892,8.09772;QD=28.4122;RBI=0.687223,0.275318,0.1974;REFB=0.00884242,-0.0101687,0.140158;REVB=0.499673,0.213818,0.194889;RO=32;SAF=5,4,8;SAR=19,0,2;SRF=12;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0.54717,0,0;SSSB=-0.214324,0.649996,0.498902;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0463995,-0.0624291,-0.0785058;OID=.,.,.;OPOS=67810470,67810475,67810469;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,-;OMAPALT=CCGGGGG,CCGGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.872093,0.127907,0:24,4,10:86:75,11,0:86:0:32,11,0:43,0,0:0:0:28:32:5,4,8:19,0,2:12:20 chr11 67814979 . G C 1344.96 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520882;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3646;QD=62.5563;RBI=0.0560762;REFB=0;REVB=-0.0207691;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121033;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:41:45:0:0 chr11 67848901 . G A 122.95 PASS AF=0.65;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0171956;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.369;QD=24.5899;RBI=0.0179216;REFB=0.0108998;REVB=0.00504938;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206184;STB=0.51161;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00602374;OID=.;OPOS=67848901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:7:7:13:13:0.65:6:7:4:3:6:7:4:3 chr11 67957518 . A T 785.78 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.396;QD=64.1453;RBI=0.0480355;REFB=0;REVB=0.0157157;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252178;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr11 68030015 . C T 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115657;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.84;QD=41.0879;RBI=0.116271;REFB=0;REVB=0.0119267;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270413;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 68171013 . T C 1373.38 PASS AF=0.958333;AO=90;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0292535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.893;QD=57.2244;RBI=0.030094;REFB=-0.019149;REVB=0.00706275;RO=5;SAF=50;SAR=40;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356959;STB=0.523804;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000134027;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:96:96:5:4:90:92:0.958333:40:50:1:4:40:52:0:4 chr11 68192690 . G A 785.03 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0238265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.623;QD=53.2223;RBI=0.0281394;REFB=-0.0835247;REVB=0.0149707;RO=2;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598535;STB=0.503392;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00178551;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:2:2:56:57:0.966102:33:23:1:1:34:23:1:1 chr11 68549340 . A G 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00602692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.823;QD=17.4896;RBI=0.0398709;REFB=-0.0124902;REVB=0.0394128;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699934;STB=0.539312;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00815231;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:16:14:11:17:16:14 chr11 68560780 . C T 461.78 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00719184;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.784;QD=20.9899;RBI=0.00776705;REFB=-0.00239795;REVB=0.00293335;RO=43;SAF=17;SAR=28;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037912;STB=0.52099;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00244037;OID=.;OPOS=68560780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:28:17:18:25:28:17:18:25 chr11 68748003 . T C 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.189;QD=58.414;RBI=0.0412112;REFB=0;REVB=0.00590211;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153478;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr11 68777228 . AGG A,AG 30.48 PASS AF=0,0.5;AO=2,4;DP=15;FAO=0,8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0169911,-0.0268044;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=17.0735,11.2285;QD=7.61947;RBI=0.122627,0.211768;REFB=-0.0456033,-0.0831877;REVB=-0.121444,-0.210064;RO=8;SAF=1,1;SAR=1,3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.269415,-0.479483;STB=0.5,0.681384;STBP=1,0.205;TYPE=del,del;VARB=0,0.0476067;OID=.,.;OPOS=68777229,68777229;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:2,4:15:0,8:16:8:0,3:0,5:6:2:30:8:1,1:1,3:6:2 chr11 68822739 . T C 799.54 PASS AF=1;AO=45;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.21;QD=57.1099;RBI=0.0965789;REFB=0;REVB=0.0917699;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792838;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:45:56:1:17:28:0:0:23:33:0:0 chr11 68834968 . T C,G 350.62 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385922,-0.0298825;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=149.641,69.1169;QD=53.9411;RBI=0.0419019,0.0317027;REFB=0,0;REVB=0.0163221,0.0105878;RO=0;SAF=13,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00331258,0.0547768;OID=.,.;OPOS=68834968,68834968;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:11,2:13,0:0:0:11,2:13,0:0:0 chr11 68840160 . A G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0158051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.928;QD=9.09263;RBI=0.017825;REFB=-0.00584653;REVB=-0.00824202;RO=32;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100544;STB=0.561308;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0147744;OID=.;OPOS=68840160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:8:5:15:17:8:5:15:17 chr11 68840397 . T C 120.12 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0127327;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3096;QD=17.7962;RBI=0.0553018;REFB=-0.0374992;REVB=0.0538161;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200611;STB=0.625487;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0931449;OID=.;OPOS=68840397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:13:14:0.518519:8:5:8:5:9:5:8:5 chr11 68840412 . C G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0119863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.638;QD=18.251;RBI=0.0124196;REFB=-0.0321024;REVB=-0.00325184;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114631;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0209679;OID=.;OPOS=68840412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:15:15:0.5:9:6:7:6:9:6:8:7 chr11 68851414 . T C 817.61 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.89;QD=57.3758;RBI=0.0414775;REFB=0;REVB=-0.0305776;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12415e-05;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr11 68851466 . G T 423.93 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0174965;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.375;QD=25.693;RBI=0.0650372;REFB=-0.0239617;REVB=0.0626395;RO=23;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197176;STB=0.624937;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0151875;OID=.;OPOS=68851466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:23:26:40:40:0.606061:24:16:16:7:25:15:18:8 chr11 68855363 . G A 752.36 PASS AF=0.506944;AO=73;DP=144;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0137097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.24;QD=20.8989;RBI=0.0212983;REFB=-0.0179749;REVB=-0.0162991;RO=68;SAF=43;SAR=30;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180789;STB=0.609036;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0179943;OID=.;OPOS=68855363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:68:71:73:73:0.506944:30:43:26:42:30:43:26:45 chr11 69063136 . C T 345.78 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00606198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.359;QD=19.4806;RBI=0.0589432;REFB=-0.0102882;REVB=0.0586307;RO=34;SAF=24;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228985;STB=0.62129;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0124577;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:12:24:14:20:12:24:15:20 chr11 69063393 . T C 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.012686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.14;QD=9.25747;RBI=0.0132137;REFB=-0.00838404;REVB=0.00369704;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410896;STB=0.524958;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0177077;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:13:15:6:6:13:15 chr11 69063572 . A G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00168318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.545;QD=15.1962;RBI=0.0351337;REFB=-0.0284712;REVB=-0.0350934;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239599;STB=0.64269;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0312278;OID=.;OPOS=69063572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:5:13:12:12:5:13:13:13 chr11 69063984 . C T 317.66 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0554767;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5103;QD=15.3091;RBI=0.0568899;REFB=-0.0036829;REVB=-0.0126013;RO=47;SAF=11;SAR=24;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717921;STB=0.529779;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00846754;OID=.;OPOS=69063984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:48:35:35:0.421687:24:11:12:35:24:11:13:35 chr11 69933905 . C T 192.85 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0310589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4897;QD=13.7752;RBI=0.0380559;REFB=0.00658084;REVB=-0.0219907;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039185;STB=0.522369;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0124039;OID=.;OPOS=69933905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:7:16:24:9:7:16:24:9 chr11 70007311 . A G 385.33 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.000458678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7861;QD=24.8603;RBI=0.0366471;REFB=0.029384;REVB=-0.0366443;RO=23;SAF=15;SAR=22;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141079;STB=0.56936;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0210104;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:24:37:38:0.612903:22:15:5:18:22:16:6:18 chr11 70007392 . A G 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00300337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.745;QD=19.7635;RBI=0.0381536;REFB=-0.0223451;REVB=-0.0380352;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196773;STB=0.517232;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0205867;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:20:15:13:19:20:15:13:20 chr11 70016247 . T TG 128.33 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=123;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0454139;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.3784;QD=4.50266;RBI=0.0461391;REFB=-0.00390126;REVB=0.00814832;RO=85;SAF=14;SAR=18;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118166;STB=0.544328;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=-0.0252809;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:32:123:38:114:76:16:22:37:39:99:85:14:18:38:47 chr11 70253475 . C T 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00520313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.664;QD=16.6319;RBI=0.0158724;REFB=-0.0300262;REVB=-0.0149954;RO=41;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151991;STB=0.585008;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0275177;OID=.;OPOS=70253475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:18:16:13:28:18:16:13:28 chr11 70282629 . A C 226.19 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0465156;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.068;QD=17.3989;RBI=0.0465203;REFB=-0.0159159;REVB=0.000658309;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136784;STB=0.50077;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0186779;OID=.;OPOS=70282629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:13:14:13:12:13:14 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 80.74 PASS AF=0.326531;AO=12;DP=48;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00887883;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=12;MLLD=409.076;QD=6.59141;RBI=0.00897343;REFB=-0.0178822;REVB=-0.00129958;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816666;STB=0.552364;STBP=0.594;TYPE=del;VARB=0.0362047;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:12:48:16:49:33:7:9:17:16:80:33:7:5:17:16 chr11 71146577 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0281633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7681;QD=27.2345;RBI=0.0317493;REFB=-0.0270586;REVB=0.0146577;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265456;STB=0.514693;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0134371;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:9:14:8:6:9:14:8:6 chr11 71146691 . A G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.97;QD=57.7092;RBI=0.0207202;REFB=0;REVB=0.0035551;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74245e-05;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr11 71146952 . G A 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0189238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.416;QD=57.1999;RBI=0.0353741;REFB=0.0330208;REVB=0.0298867;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203384;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.000110516;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:20:22:1:1:20:22:1:1 chr11 71152461 . A G,T 511.68 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=34,2;DP=36;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000265119,-0.0910619;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.5311,45.1309;QD=56.8528;RBI=0.00865495,0.0914311;REFB=-0.0959305,-0.191044;REVB=0.00865089,0.00820814;RO=0;SAF=10,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00130263,0.264921;OID=.,.;OPOS=71152461,71152461;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:36:36:0:0:34,2:35,1:0.972222,0.0277778:24,0:10,2:0:0:24,0:11,1:0:0 chr11 71155129 . G A 574.73 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.00863383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.991;QD=19.6489;RBI=0.0119641;REFB=0.00249848;REVB=-0.00828229;RO=58;SAF=23;SAR=36;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429743;STB=0.523684;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00242928;OID=.;OPOS=71155129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:36:23:20:38:36:23:20:38 chr11 71155153 . A G 1597.75 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6746;QD=63.91;RBI=0.0156559;REFB=0;REVB=-0.00181909;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185231;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:65:34:0:0:65:35:0:0 chr11 71155171 . C T 475.55 PASS AF=0.516484;AO=45;DP=89;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0141283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.476;QD=20.9034;RBI=0.0176736;REFB=-0.0259487;REVB=0.0106182;RO=44;SAF=15;SAR=30;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738322;STB=0.536098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.022918;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:44:44:45:47:0.516484:30:15:18:26:31:16:18:26 chr11 71169547 . G C 383.91 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00955202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5671;QD=13.7109;RBI=0.0396023;REFB=-0.00503635;REVB=-0.038433;RO=67;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191182;STB=0.607796;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00885194;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:20:25:25:42:20:25:25:42 chr11 71174553 . C T 160.85 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00743063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.3314;QD=18.9233;RBI=0.026685;REFB=-0.0163514;REVB=-0.0256296;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464767;STB=0.53;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0233551;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:7:10:8:7:7:10:9:8 chr11 71183474 . C T 341.14 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0134423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0428;QD=18.6923;RBI=0.0508083;REFB=-0.00502507;REVB=0.0489979;RO=38;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160098;STB=0.568588;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0046848;OID=.;OPOS=71183474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:37:35:36:0.493151:11:24:20:18:12:24:20:17 chr11 71183477 . C T 343.15 PASS AF=0.493151;AO=37;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00965459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.68;QD=18.8028;RBI=0.0102611;REFB=-0.0108936;REVB=-0.00347556;RO=36;SAF=24;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878069;STB=0.568588;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0134281;OID=.;OPOS=71183477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:37:36:0.493151:13:24:20:16:12:24:20:17 chr11 71184678 . A C 2277.15 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0580795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.461;QD=62.8181;RBI=0.0686592;REFB=-0.0405061;REVB=0.0366178;RO=0;SAF=65;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10363e-08;STB=0.503816;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000228796;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:79:65:0:0:79:65:1:0 chr11 71185479 . T C 1183.65 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200476;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.492;QD=61.4882;RBI=0.0353185;REFB=0;REVB=0.0290773;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69364e-05;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr11 71185518 . T C 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.752;QD=64.0192;RBI=0.0278524;REFB=0;REVB=0.0271422;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96069e-05;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr11 71189436 . T C 867.02 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.907;QD=57.8014;RBI=0.0141891;REFB=0;REVB=0.00130859;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21466e-05;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:36:24:0:0 chr11 71191817 . C T 371.82 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.011198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.442;QD=17.4973;RBI=0.0112507;REFB=-0.0234536;REVB=0.00108706;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178584;STB=0.599466;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0220042;OID=.;OPOS=71191817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:19:20:32:14:19:20:32:14 chr11 71192439 . C A 250.87 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0316055;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4714;QD=14.3353;RBI=0.0384143;REFB=-0.01167;REVB=-0.0218345;RO=40;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849804;STB=0.540032;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0186232;OID=.;OPOS=71192439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:15:14:16:24:15:14:17:24 chr11 71260243 . T C 216.12 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0214657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.133;QD=22.1661;RBI=0.0317965;REFB=0.00249129;REVB=-0.0234573;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178387;STB=0.606777;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00261556;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:18:20:21:0.538462:12:8:10:6:13:8:11:7 chr11 71260296 . G A 275.66 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0389933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9582;QD=25.6432;RBI=0.039026;REFB=0.0232365;REVB=0.00159724;RO=18;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192904;STB=0.607123;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00990014;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:16:9:11:7:16:9:11:7 chr11 71276632 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00640015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.025;QD=13.4859;RBI=0.0257575;REFB=-0.0113758;REVB=0.0249497;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259257;STB=0.651856;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0157582;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:8:3:5:4:8:3 chr11 71277598 . A C 489.61 PASS AF=0.442623;AO=51;DP=123;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0168954;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.023;QD=16.0526;RBI=0.0171393;REFB=-0.0126764;REVB=-0.00288141;RO=72;SAF=20;SAR=31;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114227;STB=0.525252;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0147108;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:72:68:51:54:0.442623:31:20:36:36:31:23:32:36 chr11 71277647 . CCGCT C 112.39 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.00754311;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=4;MLLD=292.004;QD=7.75129;RBI=0.0109428;REFB=-0.00483247;REVB=-0.00792752;RO=31;SAF=2;SAR=17;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199032;STB=0.651991;STBP=0.216;TYPE=del;VARB=0.00826942;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:19:57:20:58:38:2:18:8:30:99:31:2:17:6:25 chr11 71279936 . A C 123.58 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0177668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9793;QD=8.67251;RBI=0.0697709;REFB=-0.00990713;REVB=-0.0674709;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788689;STB=0.5381;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0173697;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:40:17:17:0.298246:9:8:21:18:9:8:21:19 chr11 71279950 . T C 85.95 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0935122;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3888;QD=6.03175;RBI=0.0974957;REFB=-0.0261161;REVB=-0.027584;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611773;STB=0.529684;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0816958;OID=.;OPOS=71279950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:43:44:13:13:0.22807:6:7:21:22:6:7:22:22 chr11 71318195 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1342;QD=40.7617;RBI=0.177828;REFB=0;REVB=-0.0869236;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400358;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr11 71507152 . T G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4703;QD=49.3978;RBI=0.0231341;REFB=-0.0144216;REVB=-0.0176417;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000743813;OID=.;OPOS=71507152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:1:0:14:9:1:0 chr11 71640096 . C T 102.6 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00271555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0649;QD=17.8434;RBI=0.0972112;REFB=-0.0146469;REVB=-0.0971733;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874175;STB=0.533279;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00384072;OID=.;OPOS=71640096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:23:11:11:11:12:0.521739:4:7:8:3:4:8:8:3 chr11 71707489 . T C 658.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.298;QD=61.2231;RBI=0.039808;REFB=0;REVB=-0.0302519;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36684e-05;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr11 71708013 . G A 375.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.79;QD=55.6389;RBI=0.0265971;REFB=0;REVB=0.0249469;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73269e-05;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:15:10:0:0:17:10:0:0 chr11 71711469 . C T 87.38 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.14601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.064;QD=13.4429;RBI=0.146347;REFB=-0.0126371;REVB=-0.00992189;RO=15;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780997;STB=0.545377;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.019623;OID=.;OPOS=71711469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:10:1:1:14:10:1:1:14 chr11 71714526 . G C 1385.33 PASS AF=0.938776;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0141804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.877;QD=56.5442;RBI=0.0715809;REFB=-0.0789703;REVB=0.0701623;RO=6;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489573;STB=0.525856;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00048372;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:98:98:6:6:92:92:0.938776:55:37:0:6:55:37:0:6 chr11 71932677 . C A 592.36 PASS AF=0.567308;AO=56;DP=102;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0278973;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.608;QD=22.783;RBI=0.0284436;REFB=-0.0366598;REVB=0.00554752;RO=45;SAF=35;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776703;STB=0.54077;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0258677;OID=.;OPOS=71932677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:45:45:56:59:0.567308:21:35:24:21:21:38:25:20 chr11 71941212 . A G 125.71 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0106685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7335;QD=9.66969;RBI=0.0757691;REFB=-0.0386732;REVB=-0.0750142;RO=36;SAF=4;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417489;STB=0.749687;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0477566;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:12:4:22:14:12:4:22:14 chr11 71945332 . A G 268.13 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0412797;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2988;QD=18.1782;RBI=0.0503482;REFB=-0.0673821;REVB=0.0288259;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141965;STB=0.507931;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0609485;OID=.;OPOS=71945332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:27:29:28:30:0.508475:16:12:12:15:16:14:14:15 chr11 72040784 . T C 134.43 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0150201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8081;QD=21.5081;RBI=0.0438887;REFB=-0.0688158;REVB=-0.0412385;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12611;STB=0.553121;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0369648;OID=.;OPOS=72040784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:10:10:14:15:0.6:8:6:6:4:8:7:6:4 chr11 72281941 . A G 1309.76 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.355;QD=60.2189;RBI=0.0706017;REFB=-0.096013;REVB=0.00468376;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032087;OID=.;OPOS=72281941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:0:0:86:87:1:53:33:0:0:53:34:0:0 chr11 72287350 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.845;QD=49.5991;RBI=0.0297285;REFB=0;REVB=0.0297285;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182571;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr11 72288599 . G A 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0204721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.685;QD=18.6206;RBI=0.0244778;REFB=-0.0259544;REVB=0.0134184;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447903;STB=0.524931;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.026676;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:14:25:22:15:14:25 chr11 72289291 . T C 341.89 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0334546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.642;QD=30.3899;RBI=0.0335751;REFB=-0.015041;REVB=-0.00284257;RO=15;SAF=18;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140156;STB=0.588723;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0169945;OID=.;OPOS=72289291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:16:29:29:0.644444:11:18:6:9:11:18:6:10 chr11 72290629 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0586709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8853;QD=9.56794;RBI=0.102886;REFB=-0.0142293;REVB=0.0845173;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748347;STB=0.545346;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0607151;OID=.;OPOS=72290629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:3:12:6:2:3:12 chr11 72291927 . T C 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403418;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.996;QD=50.4973;RBI=0.053899;REFB=0;REVB=0.0357442;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276943;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 72293602 . A G 884.72 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.075;QD=56.1725;RBI=0.0500945;REFB=-0.120069;REVB=0.0417621;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.507244;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00132416;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:28:33:1:0:28:34:1:0 chr11 72295502 . T C 1512.78 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529561;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.637;QD=59.9119;RBI=0.0144339;REFB=0;REVB=-0.0134274;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48615e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr11 72295906 . A G 329.16 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627238;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4977;QD=54.8607;RBI=0.0635277;REFB=0;REVB=0.0100742;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197906;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr11 72301503 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0271428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8756;QD=12.0249;RBI=0.0782742;REFB=-0.0138669;REVB=0.0734175;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368981;STB=0.723259;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0255839;OID=.;OPOS=72301503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:10:2:9:11:10:2:9:11 chr11 72396990 . G A 42.33 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.036786;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.585;QD=13.0247;RBI=0.0373874;REFB=-0.0460146;REVB=-0.00667912;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0346255;OID=.;OPOS=72396990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:13:13:4:7:5:6:0.461538:4:1:1:3:4:2:2:5 chr11 72408055 . G C 224.71 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00811642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.225;QD=19.9746;RBI=0.0451104;REFB=-0.0140747;REVB=0.0443743;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581528;STB=0.53274;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0139822;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:15:8:9:13:15:8 chr11 72408657 . C T 266.65 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0118324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.118;QD=15.9196;RBI=0.0120647;REFB=-0.0126684;REVB=0.00235579;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441423;STB=0.515758;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0164752;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:17:13:14:22:17:13:15:22 chr11 72532569 . G T 510.07 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.062966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6663;QD=52.3151;RBI=0.0630836;REFB=-0.0459879;REVB=0.00384903;RO=3;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902693;STB=0.54836;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00543935;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:14:22:0:3:14:22:0:3 chr11 72532621 . T G 689.47 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.391;QD=62.6789;RBI=0.0357553;REFB=0;REVB=0.0206741;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109204;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr11 72532708 . C T 323.29 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0214083;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.796;QD=47.8951;RBI=0.02622;REFB=-0.0605474;REVB=0.0151385;RO=2;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617812;STB=0.533307;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000707132;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:11:14:2:0:11:14:2:0 chr11 72945341 . C T 2029.43 PASS AF=0.970803;AO=132;DP=138;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0113273;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7988;QD=59.2533;RBI=0.0121553;REFB=-0.0683378;REVB=0.00440947;RO=3;SAF=43;SAR=89;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162806;STB=0.505556;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0086786;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:138:137:3:4:132:133:0.970803:89:43:2:1:89:44:2:2 chr11 72946020 . C T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.052252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.645;QD=49.3988;RBI=0.065768;REFB=-0.105392;REVB=0.0399394;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00167872;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:1:0:10:13:1:0 chr11 72946140 . G C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7245;QD=44.6832;RBI=0.0583038;REFB=0;REVB=0.0510547;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111688;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 73387057 . TTAAGTA T 104.72 PASS AF=0.5;AO=13;DP=32;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0151054;FXX=0.0624805;HRUN=3;LEN=6;MLLD=231.909;QD=13.9623;RBI=0.0164407;REFB=-0.00411123;REVB=-0.00649009;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075581;STB=0.540927;STBP=0.699;TYPE=del;VARB=0.00394419;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:32:15:30:15:4:11:5:10:99:13:4:9:5:8 chr11 73390772 . GAA G,GAG 164.0 PASS AF=0.361111,0.138889;AO=8,6;DP=32;FAO=13,5;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5,3;FSAR=8,2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00380666,-0.0178699;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=41.0362,231.214;QD=18.2222;RBI=0.0567117,0.068759;REFB=-0.0309774,0.00144606;REVB=-0.0565838,-0.0663963;RO=16;SAF=4,4;SAR=4,2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0677072,0.257618;STB=0.536026,0.620213;STBP=0.752,0.603;TYPE=del,snp;VARB=0.03347,0.0230761;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111,0.138889:8,6:32:13,5:36:18:5,3:8,2:8:10:99:16:4,4:4,2:7:9 chr11 73441771 . A AC 299.93 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750642;FXX=0.0416493;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.53;QD=52.1617;RBI=0.0833465;REFB=0;REVB=-0.0362215;RO=21;SAF=2;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000191939;OID=.;OPOS=73441772;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:23:23:0:13:10:0:0:4:21:2:1:12:9 chr11 73441772 . A C 254.6 PASS AF=0.875;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00539263;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.585;QD=42.4331;RBI=0.0447123;REFB=-0.055342;REVB=0.0443859;RO=3;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329482;STB=0.517911;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00170859;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:24:3:3:21:21:0.875:10:11:2:1:10:11:2:1 chr11 73543549 . T C 198.58 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00232196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.663;QD=22.0649;RBI=0.0983248;REFB=0.012917;REVB=-0.0982973;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193627;STB=0.611475;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0326481;OID=.;OPOS=73543549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:36:36:15:15:11:11:0.305556:8:3:2:13:8:3:2:13 chr11 73543621 . T C 97.97 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0310178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.667;QD=14.5146;RBI=0.0357082;REFB=-0.00383728;REVB=-0.0176911;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278149;STB=0.656938;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0071283;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:1:14:9:3:1:14 chr11 73620537 . C G 724.72 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.037407;FXX=0.0138879;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.074;QD=20.4147;RBI=0.10078;REFB=-0.0728591;REVB=-0.0935804;RO=46;SAF=28;SAR=39;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142852;STB=0.528743;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0104714;OID=.;OPOS=73620537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:46:63:67:67:0.471831:39:28:28:18:39:28:30:33 chr11 73670645 . T C 1033.85 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251703;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.062;QD=59.077;RBI=0.00314896;REFB=0;REVB=0.00189222;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628963;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:40:30:0:0 chr11 73687897 . C T 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0085233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.264;QD=15.693;RBI=0.0110532;REFB=-0.00439392;REVB=-0.00703755;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335328;STB=0.680955;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00329942;OID=.;OPOS=73687897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:20:12:29:11:20:12:29:12 chr11 73689104 . G A 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.049276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0508;QD=14.26;RBI=0.0492869;REFB=0.00285669;REVB=0.00103874;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255289;STB=0.647966;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00632088;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:15:9:10:6:15:9 chr11 73715542 . G A 104.34 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0215481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.459;QD=10.4344;RBI=0.0216682;REFB=-0.00758247;REVB=-0.00227829;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253517;STB=0.638573;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.028791;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:8:5:16:10:8:5:16:11 chr11 73717254 . A G 218.1 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0393096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.314;QD=15.5789;RBI=0.0401033;REFB=-0.0254572;REVB=-0.00793937;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105835;STB=0.559952;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.026469;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:14:17:11:14:14:17 chr11 73785326 . T C 513.61 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00315981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.346;QD=24.4577;RBI=0.0102673;REFB=-0.0117338;REVB=0.00976895;RO=36;SAF=36;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248317;STB=0.636925;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0119253;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:12:36:17:19:12:36:17:19 chr11 73806443 . C T 168.16 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.000292008;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.631;QD=12.9353;RBI=0.0208844;REFB=-0.00955261;REVB=-0.0208824;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4828;STB=0.777938;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0116121;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:7:13:5:26:7:13:5:27 chr11 73825503 . T C 554.32 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00256933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.725;QD=20.7223;RBI=0.00961635;REFB=-0.011718;REVB=0.00926675;RO=49;SAF=25;SAR=32;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434687;STB=0.528915;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0107602;OID=.;OPOS=73825503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:57:57:0.53271:32:25:24:25:32:25:25:25 chr11 73879583 . G T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00146653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.714;QD=19.9759;RBI=0.00986305;REFB=0.0315547;REVB=-0.00975341;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176923;STB=0.5999;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0236738;OID=.;OPOS=73879583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:12:8:12:8:12:8 chr11 73978243 . G A 452.42 PASS AF=0.589041;AO=42;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0172732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.159;QD=24.7902;RBI=0.0474747;REFB=-0.0254727;REVB=0.0442208;RO=30;SAF=24;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154981;STB=0.578277;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.011612;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:42:43:0.589041:18:24:11:19:19:24:11:19 chr11 73988167 . C T 602.04 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=90;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00129373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.546;QD=26.4633;RBI=0.00307398;REFB=-0.000323744;REVB=-0.00278848;RO=36;SAF=24;SAR=29;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116972;STB=0.57175;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000120721;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:36:37:53:54:0.593407:29:24:22:14:30:24:23:14 chr11 74043708 . G A 512.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.368;QD=58.5304;RBI=0.078367;REFB=0;REVB=0.00489322;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120091;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:15:17:0:0:16:19:0:0 chr11 74046975 . C T 1291.27 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00799708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.097;QD=59.3687;RBI=0.0101686;REFB=-0.0617651;REVB=-0.00628076;RO=2;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225456;STB=0.511902;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000264824;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:41:44:0:2:41:44:0:2 chr11 74049569 . A G 1327.57 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233577;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2705;QD=62.4737;RBI=0.0299562;REFB=0;REVB=0.0187562;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56358e-05;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:34:51:0:0:34:51:0:0 chr11 74053547 . C T 755.94 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606219;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.608;QD=57.0519;RBI=0.00609275;REFB=0;REVB=-0.000609517;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87143e-05;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr11 74109166 . A G 150.02 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0410616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.669;QD=13.0451;RBI=0.0459228;REFB=-0.0173604;REVB=-0.0205634;RO=29;SAF=13;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342229;STB=0.655588;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0349709;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:3:13:16:13:4:13:16:13 chr11 74110353 . A G 117.95 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00444243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.804;QD=12.7513;RBI=0.0150111;REFB=0.00402777;REVB=-0.0143387;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405333;STB=0.523776;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00633462;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:9:14:8:6:9:14 chr11 74167409 . T C 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0435583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3608;QD=10.3777;RBI=0.0444207;REFB=0.0309415;REVB=-0.00871047;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145075;STB=0.586972;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0328219;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:5:11:5:4:5:11 chr11 74168411 . A G 165.4 PASS AF=0.375;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.005973;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9367;QD=13.783;RBI=0.0715743;REFB=-0.0143711;REVB=0.0713246;RO=31;SAF=3;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550602;STB=0.777469;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0271327;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:30:17:18:0.375:14:3:21:10:14:4:20:10 chr11 74203308 . T A 370.27 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0420966;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2228;QD=23.8883;RBI=0.0613588;REFB=-0.0202516;REVB=0.0446405;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104511;STB=0.564481;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0142953;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:25:26:36:36:0.580645:18:18:16:9:18:18:17:9 chr11 74204269 . T G 794.55 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.14;QD=63.5642;RBI=0.0787234;REFB=0;REVB=0.0643232;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395331;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:37:12:0:0:38:12:0:0 chr11 74208029 . C T 417.44 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0504041;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.684;QD=17.0382;RBI=0.0550428;REFB=-0.0097764;REVB=-0.0221162;RO=55;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111517;STB=0.562471;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0113596;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:21:22:22:33:21:22:22:33 chr11 74208213 . C CA 61.32 PASS AF=0.692308;AO=2;DP=14;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0702737;FXX=0.0713776;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.2585;QD=18.8689;RBI=0.0705977;REFB=-0.0547597;REVB=-0.00675597;RO=12;SAF=1;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855427;STB=0.699568;STBP=0.063;TYPE=ins;VARB=0.014835;OID=.;OPOS=74208214;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:2:14:9:13:4:6:3:0:4:21:12:1:1:5:7 chr11 74208214 . G A 86.79 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0276689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.633;QD=24.7978;RBI=0.0295897;REFB=-0.0382796;REVB=0.0104874;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294912;STB=0.666348;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0106864;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:0:4:4:6:0:4 chr11 74208592 . G T 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0805005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2817;QD=16.384;RBI=0.0812632;REFB=0.0101753;REVB=0.0111077;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.53326;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00241005;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:4:5:4:3:4:5:5:3 chr11 74396330 . C T 211.59 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0108638;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.305;QD=11.9204;RBI=0.0179699;REFB=-0.00347909;REVB=-0.0143141;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172232;STB=0.503266;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00698471;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:45:26:26:0.366197:14:12:21:23:14:12:21:24 chr11 74408740 . C T 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6823;QD=63.5702;RBI=0.0702944;REFB=0;REVB=-0.0467976;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5449e-05;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr11 74413872 . A G 413.94 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0386159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5422;QD=19.0317;RBI=0.0676682;REFB=0.0124572;REVB=-0.055568;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412823;STB=0.502557;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0187877;OID=.;OPOS=74413872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:17:25:26:18:17:25:27:18 chr11 74419357 . C T 175.75 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0325993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1817;QD=12.333;RBI=0.0343858;REFB=-0.011143;REVB=0.0109393;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062041;STB=0.526292;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0267405;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:11:11:15:19:11:11:16:19 chr11 74546905 . G A 285.67 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00532022;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.863;QD=23.3202;RBI=0.0095064;REFB=-0.0433816;REVB=0.00787826;RO=19;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110431;STB=0.556829;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0214342;OID=.;OPOS=74546905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:19:21:28:28:0.571429:15:13:6:13:15:13:7:14 chr11 74553074 . C T 301.83 PASS AF=0.390805;AO=35;DP=88;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.00435941;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2048;QD=13.8772;RBI=0.00919051;REFB=-0.0179807;REVB=-0.0080908;RO=52;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237825;STB=0.647919;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0217003;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:52:53:35:34:0.390805:17:18:15:37:16:18:15:38 chr11 74660631 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.000323675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.32;QD=13.8494;RBI=0.010572;REFB=-0.00373633;REVB=-0.010567;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275894;STB=0.658358;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00655611;OID=.;OPOS=74660631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:6:19:8:8:6:19 chr11 74705696 . T C 163.34 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0497415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.525;QD=20.4174;RBI=0.0548092;REFB=-0.0171083;REVB=-0.0230181;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198416;STB=0.582188;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0231849;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:17:17:0.53125:11:6:2:12:11:6:3:12 chr11 74862391 . A G 347.01 PASS AF=0.9;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00147237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6215;QD=46.2674;RBI=0.0374001;REFB=-0.111417;REVB=0.0373711;RO=3;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645402;STB=0.526562;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00557822;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:28:30:3:3:25:27:0.9:9:16:1:2:11:16:1:2 chr11 74873754 . GCACAGAAAA G 98.23 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00898028;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=9;MLLD=278.935;QD=12.6755;RBI=0.0115281;REFB=-0.00964684;REVB=-0.00722849;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307581;STB=0.651918;STBP=0.179;TYPE=del;VARB=0.014527;OID=.;OPOS=74873755;OREF=CACAGAAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:11:32:12:31:19:8:4:8:11:98:18:8:3:8:10 chr11 74880370 . G A 225.9 PASS AF=0.337209;AO=27;DP=85;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00285639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.422;QD=10.5069;RBI=0.0155712;REFB=-0.0229527;REVB=0.015307;RO=57;SAF=12;SAR=15;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234385;STB=0.630828;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0432866;OID=.;OPOS=74880370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:57:57:27:29:0.337209:15:12:37:20:16:13:37:20 chr11 74883577 . G A 116.18 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00543384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.878;QD=9.11227;RBI=0.0355092;REFB=-0.0259014;REVB=0.035091;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557848;STB=0.555483;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.044881;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:36:14:15:0.294118:8:6:13:21:8:7:14:22 chr11 74904362 . T C 1591.89 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.202;QD=59.51;RBI=0.0223734;REFB=0;REVB=0.0179926;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12019e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:51:52:0:0:54:53:0:0 chr11 74995350 . C T 581.83 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2317;QD=58.1833;RBI=0.029555;REFB=-0.0436207;REVB=0.00664127;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00162577;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:0:1:18:21:0:1 chr11 75145952 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.517;QD=59.8394;RBI=0.00649133;REFB=0;REVB=0.00306113;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69755e-06;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr11 75152243 . C T 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.944;QD=39.3204;RBI=0.0265862;REFB=-0.106344;REVB=0.0102068;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00309052;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:4:9:0:0:4:9:1:0 chr11 75160575 . G A 1627.18 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881371;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.927;QD=60.2659;RBI=0.0457795;REFB=0;REVB=0.044923;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10282e-05;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:52:56:0:0:52:56:0:0 chr11 75277582 . C T 315.43 PASS AF=0.56;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0409861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.902;QD=25.2347;RBI=0.0433561;REFB=-0.0111762;REVB=0.0141383;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333577;STB=0.519986;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00953989;OID=.;OPOS=75277582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:21:22:27:28:0.56:14:13:11:10:14:14:12:10 chr11 75277628 . A G 532.28 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.988;QD=59.1426;RBI=0.0509369;REFB=0;REVB=0.0445992;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79754e-05;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:21:15:0:0 chr11 75277992 . C T 206.1 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0148603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.856;QD=18.3196;RBI=0.0148689;REFB=-0.0114087;REVB=-0.000503648;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798477;STB=0.556908;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0134529;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:10:10:10:14:10:11:10:14 chr11 75298797 . A G 160.45 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0100602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1955;QD=18.3375;RBI=0.0170568;REFB=-0.0288683;REVB=0.0137741;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074462;STB=0.542324;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0200063;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:11:7:8:9:11:7 chr11 75431106 . C T 300.3 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00167695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.921;QD=24.5142;RBI=0.0155062;REFB=-0.0449518;REVB=0.0154153;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182955;STB=0.589409;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0283311;OID=.;OPOS=75431106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:14:13:15:6:14:13:15:7 chr11 75946552 . G A 1194.32 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00163807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.676;QD=59.7162;RBI=0.00697774;REFB=0.0798924;REVB=0.00678274;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000301806;OID=.;OPOS=75946552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:41:38:1:0:41:38:1:0 chr11 76115231 . G A 93.15 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.018062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.182;QD=19.6097;RBI=0.0201612;REFB=-0.0320054;REVB=-0.00895738;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154763;STB=0.588082;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0290186;OID=.;OPOS=76115231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:6:2:5:6:6:2 chr11 76207633 . G A 586.0 PASS AF=0.975;AO=40;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00609709;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.237;QD=58.5997;RBI=0.00945083;REFB=0.0441381;REVB=0.00722106;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000259901;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:0:1:40:39:0.975:19:21:0:0:18:21:0:1 chr11 76246960 . T C 216.51 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00072385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.671;QD=13.3234;RBI=0.0182104;REFB=-0.00325946;REVB=-0.018196;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812418;STB=0.530782;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00579187;OID=.;OPOS=76246960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:26:26:0.4:12:14:17:20:12:14:19:20 chr11 76368553 . A G 929.11 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00656684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0533;QD=55.4694;RBI=0.0450736;REFB=-0.00359958;REVB=0.0445927;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.517236;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000450725;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:37:28:1:0:37:28:2:0 chr11 76368639 . A C 590.43 PASS AF=0.65;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00434191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.955;QD=29.5213;RBI=0.0357273;REFB=-0.0315011;REVB=-0.0354625;RO=28;SAF=36;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206407;STB=0.612326;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.010735;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:52:52:0.65:16:36:11:17:16:36:11:17 chr11 76370792 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.831;QD=62.6711;RBI=0.0241804;REFB=0;REVB=0.0216224;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24147e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr11 76372052 . A G 650.77 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1386;QD=61.9785;RBI=0.108537;REFB=0;REVB=-0.108033;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000735711;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr11 76372418 . T C 306.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00066336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5511;QD=53.2615;RBI=0.0404137;REFB=0;REVB=0.0404083;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966139;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 76400254 . T C 1513.39 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0512631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8078;QD=62.408;RBI=0.0520879;REFB=-0.0501643;REVB=-0.00923287;RO=1;SAF=40;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117059;STB=0.505881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00075357;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:1:1:94:96:0.989691:54:40:1:0:54:42:1:0 chr11 76418737 . A G 262.63 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0962078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0288;QD=47.7514;RBI=0.0962921;REFB=-0.030991;REVB=-0.00402935;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0159963;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:0:1:13:8:0:1 chr11 76423406 . G A 403.94 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0561121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.963;QD=32.3155;RBI=0.0859028;REFB=-0.0447985;REVB=0.0650441;RO=17;SAF=11;SAR=22;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926222;STB=0.550693;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0251159;OID=.;OPOS=76423406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:22:11:8:9:22:11:8:9 chr11 76507692 . T A 1783.21 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0680249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3834;QD=59.4405;RBI=0.0704842;REFB=-0.000834229;REVB=0.0184564;RO=1;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840555;STB=0.504424;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000584469;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:117:119:0.991667:56:61:0:1:56:63:0:1 chr11 76637651 . G A 936.95 PASS AF=1;AO=60;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9788;QD=56.7845;RBI=0.040341;REFB=0;REVB=0.033135;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104783;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:60:66:1:24:36:0:0:26:40:0:0 chr11 76637679 . AG A,AA 976.51 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=17,50;DP=67;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132285,0.0889147;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.546,84.8425;QD=58.299;RBI=0.0133384,0.0892217;REFB=0,0;REVB=0.00170866,0.00739478;RO=0;SAF=12,28;SAR=5,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.15703e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0192016,0.0099179;OID=.,.;OPOS=76637680,76637680;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:17,50:67:1,66:67:0:1,39:0,27:0:0:4:0:12,28:5,22:0:0 chr11 76687399 . A C 776.25 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00854123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.937;QD=48.5156;RBI=0.0101093;REFB=0.0617781;REVB=0.00540784;RO=6;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881565;STB=0.546859;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000554838;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:64:64:6:6:58:58:0.90625:29:29:0:6:29:29:0:6 chr11 76701606 . G A 744.94 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000571014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.11;QD=63.3991;RBI=0.0235936;REFB=0;REVB=-0.0235866;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70619e-05;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr11 76709795 . G A,T 437.46 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=28,3;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303276,0.0196956;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.2806,20.9082;QD=56.4464;RBI=0.0305955,0.0255705;REFB=0,0;REVB=0.00404027,-0.0163074;RO=0;SAF=19,1;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.62669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00792188,0.156265;OID=.,.;OPOS=76709795,76709795;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:28,3:29,2:0.935484,0.0645161:9,2:19,1:0:0:10,1:19,1:0:0 chr11 76732308 . G A 760.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524348;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9661;QD=57.3817;RBI=0.00846708;REFB=0;REVB=0.00664811;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129634;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr11 76732949 . T C 253.92 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141185;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.644;QD=46.1676;RBI=0.0472843;REFB=-0.126998;REVB=0.0451273;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00453437;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:22:1:1:20:21:0.954545:10:10:0:1:11:10:0:1 chr11 76733024 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.39;QD=45.8068;RBI=0.0169164;REFB=0;REVB=0.00848491;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112601;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr11 76751541 . CT C 348.24 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5266;QD=40.9694;RBI=0.124507;REFB=0;REVB=-0.0983689;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00509967;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:34:34:34:0:25:9:0:0:7:0:24:9:0:0 chr11 76751584 . CT C,CC 711.73 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=47,4;DP=52;FAO=48,4;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36,4;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279985,0.0019729;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.405,241.288;QD=54.7487;RBI=0.0270043,0.0204614;REFB=0,0;REVB=0.0268587,-0.020366;RO=0;SAF=36,4;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000799139,-0.0090188;OID=.,.;OPOS=76751585,76751585;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.923077,0.0769231:47,4:52:48,4:52:0:36,4:12,0:0:0:16:0:36,4:11,0:0:0 chr11 76751587 . G A 206.95 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00286492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5138;QD=15.0511;RBI=0.0841622;REFB=-0.0190817;REVB=0.0841135;RO=31;SAF=18;SAR=6;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783698;STB=0.544269;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0384218;OID=.;OPOS=76751587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:6:18:25:6:6:18:25:6 chr11 76751603 . CT C 772.42 PASS AF=1;AO=64;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0857568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.8768;QD=45.4363;RBI=0.119351;REFB=0;REVB=-0.0830085;RO=0;SAF=47;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00306271;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:68:68:68:0:51:17:0:0:14:0:47:17:0:0 chr11 76799004 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.466;QD=58.2375;RBI=0.0270062;REFB=0;REVB=0.0250804;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75703e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr11 76814110 . G A 199.28 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.0193423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.387;QD=11.3872;RBI=0.0421378;REFB=-0.0233976;REVB=-0.0374362;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146191;STB=0.616124;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0459237;OID=.;OPOS=76814110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:39:45:25:25:0.357143:14:11:12:27:14:11:12:33 chr11 76827360 . A G 420.55 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00724161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.731;QD=17.8957;RBI=0.0752247;REFB=-0.0360439;REVB=-0.0748753;RO=50;SAF=13;SAR=30;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185214;STB=0.599627;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0452537;OID=.;OPOS=76827360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:30:13:24:26:30:13:24:27 chr11 76836864 . G A 2191.66 PASS AF=0.97931;AO=138;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0215377;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.591;QD=60.4595;RBI=0.0288414;REFB=-0.154606;REVB=0.0191821;RO=3;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174921;STB=0.50909;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000335053;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:145:3:3:138:142:0.97931:80:58:0:3:81:61:0:3 chr11 76853783 . T C 173.27 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00871681;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7995;QD=18.2394;RBI=0.0122444;REFB=-0.0153844;REVB=-0.00859896;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287827;STB=0.653908;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0207521;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:20:18:18:0.473684:5:13:8:11:5:13:9:11 chr11 76928149 . A G 738.72 PASS AF=0.481481;AO=78;DP=162;FAO=78;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=-0.00474418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.292;QD=18.24;RBI=0.00588708;REFB=-0.00974975;REVB=-0.00348575;RO=84;SAF=35;SAR=43;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053356;STB=0.529442;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0107524;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:84:84:78:78:0.481481:43:35:33:51:43:35:33:51 chr11 76954788 . T TA 185.54 PASS AF=0.508475;AO=23;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0223543;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.9425;QD=12.5792;RBI=0.0255802;REFB=-0.0486883;REVB=-0.0124351;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524503;STB=0.507458;STBP=0.922;TYPE=ins;VARB=0.0493926;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508475:23:59:30:59:29:17:13:16:13:99:35:12:11:20:15 chr11 76954812 . T C 285.75 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0154962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7399;QD=20.4106;RBI=0.0346641;REFB=0.00332589;REVB=0.0310076;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873579;STB=0.504851;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0038438;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:13:17:15:11:13:17:15:11 chr11 76954833 . G A 274.58 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0250244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.267;QD=19.9694;RBI=0.0274394;REFB=-0.00526919;REVB=-0.0112562;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356987;STB=0.528282;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00286896;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:14:15:14:11:14:15:15:11 chr11 76979550 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00929171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.794;QD=10.4387;RBI=0.0197373;REFB=-0.00662335;REVB=-0.0174134;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28395;STB=0.666444;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0168424;OID=.;OPOS=76979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:6:21:7:6:6:21 chr11 76979586 . T G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0334966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.603;QD=18.2512;RBI=0.0335113;REFB=-0.0221818;REVB=0.000992355;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160305;STB=0.592458;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0190136;OID=.;OPOS=76979586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:12:3:5:10:12:3:5:10 chr11 77033699 . A G 797.32 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.524;QD=63.7853;RBI=0.0267234;REFB=0;REVB=-0.00650052;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199699;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr11 77412851 . A G 277.8 PASS AF=0.37931;AO=29;DP=84;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0048639;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.004;QD=12.7725;RBI=0.0200053;REFB=-0.00703196;REVB=-0.0194051;RO=46;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466898;STB=0.512776;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0108911;OID=.;OPOS=77412851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:46:54:29:33:0.37931:12:17:25:21:14:19:30:24 chr11 77553638 . T C 130.92 PASS AF=0.340909;AO=8;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0213303;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.759;QD=11.9019;RBI=0.02728;REFB=-0.00575415;REVB=-0.0170064;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429476;STB=0.645956;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0164092;OID=.;OPOS=77553638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:29:8:15:0.340909:2:6:9:15:5:10:13:16 chr11 77597486 . C T 128.73 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00278821;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3546;QD=9.5358;RBI=0.0411617;REFB=-0.0155073;REVB=-0.0410672;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158259;STB=0.594481;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0187999;OID=.;OPOS=77597486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:11:6:18:19:11:6:18:19 chr11 77597567 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0189007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.497;QD=12.4824;RBI=0.0207844;REFB=0.00645692;REVB=-0.00864601;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.010938;OID=.;OPOS=77597567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:7:12:8:4:7:12 chr11 77597794 . G C 144.42 PASS AF=0.444444;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00926217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.506;QD=16.0471;RBI=0.0105848;REFB=-0.014282;REVB=0.00512344;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203269;STB=0.543423;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0215093;OID=.;OPOS=77597794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:19:20:14:16:0.444444:10:4:9:10:10:6:9:11 chr11 77629132 . A AT 168.33 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.4479;QD=39.6069;RBI=0.0595299;REFB=-0.0483311;REVB=0.0511121;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0006394;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:17:17:0:9:8:0:0:3:1:8:7:0:1 chr11 77635882 . A C 137.81 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0125768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.449;QD=10.0226;RBI=0.0250726;REFB=-0.00518392;REVB=-0.0216901;RO=37;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362717;STB=0.714627;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0118414;OID=.;OPOS=77635882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:5:13:15:22:5:13:15:22 chr11 77727379 . T C 38.45 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0115726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.678;QD=11.8309;RBI=0.0140181;REFB=-0.0264286;REVB=0.0079109;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0316499;OID=.;OPOS=77727379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:4:2:2:4:4:2:2:5 chr11 77734209 . T C 224.75 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=9.09472e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.633;QD=19.9773;RBI=0.0164165;REFB=-0.00351727;REVB=-0.0164162;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590749;STB=0.533303;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00318132;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:13:10:11:11:13:10 chr11 77790653 . T C 485.29 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0316469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4806;QD=16.4505;RBI=0.0406697;REFB=-0.00108086;REVB=-0.0255441;RO=65;SAF=26;SAR=27;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135696;STB=0.575526;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000697107;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:27:26:23:42:27:26:23:42 chr11 77813941 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00520728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.996;QD=18.7438;RBI=0.029796;REFB=0.00108534;REVB=-0.0293375;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298189;STB=0.675156;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00147789;OID=.;OPOS=77813941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:1:3:2:5:1:3 chr11 77825320 . T C 141.33 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0328906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5493;QD=13.4599;RBI=0.0361021;REFB=-0.0247495;REVB=-0.0148852;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359901;STB=0.692054;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0235783;OID=.;OPOS=77825320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:24:26:16:16:0.380952:12:4:14:10:12:4:14:12 chr11 77882393 . T C 335.69 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00839202;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.146;QD=17.2146;RBI=0.016418;REFB=-0.01723;REVB=0.0141112;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22833;STB=0.644274;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0200365;OID=.;OPOS=77882393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:42:34:36:0.461538:15:19:14:29:15:21:13:29 chr11 77921527 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.147;QD=56.9383;RBI=0.0263998;REFB=0;REVB=0.0178428;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27785e-05;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr11 78277277 . A G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00128248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.853;QD=17.9524;RBI=0.0190478;REFB=-0.0181195;REVB=-0.0190046;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829605;STB=0.546524;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0194385;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:15:13:15:12:15:13 chr11 78279790 . T G 215.5 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00989624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.523;QD=20.0464;RBI=0.00997628;REFB=0.0187632;REVB=-0.00126114;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705105;STB=0.536049;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0114826;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:21:21:22:0.511628:16:5:6:14:16:6:7:14 chr11 78290350 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0124008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.072;QD=14.2415;RBI=0.0350705;REFB=-0.0177799;REVB=-0.0328049;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20676;STB=0.62747;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0176478;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:8:14:13:17:8:14:13:18 chr11 78364513 . A G 367.06 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0127659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.578;QD=19.8413;RBI=0.0131333;REFB=0.000105591;REVB=0.00308471;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133966;STB=0.566538;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-8.40031e-05;OID=.;OPOS=78364513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:37:38:0.513514:20:17:22:14:20:18:22:14 chr11 78372536 . G A 535.14 PASS AF=0.395973;AO=57;DP=147;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=-0.000883891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.059;QD=14.3661;RBI=0.0027669;REFB=-0.020628;REVB=0.00262192;RO=89;SAF=21;SAR=36;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053847;STB=0.513425;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0347223;OID=.;OPOS=78372536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:89:90:57:59:0.395973:36:21:37:52:36:23:37:53 chr11 81264998 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.996;QD=57.2025;RBI=0.0142735;REFB=0;REVB=0.0101854;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82227e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 82443672 . C G 108.83 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0829431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.709;QD=15.0107;RBI=0.0841218;REFB=-0.0108553;REVB=0.0140326;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0101966;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:7:9:8:5:7:9 chr11 82443817 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0851152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.043;QD=16.931;RBI=0.0934679;REFB=0.0310593;REVB=-0.0386219;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0335812;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:5:7:7:5:5:7 chr11 82535963 . C T 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=3.67333e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.893;QD=17.398;RBI=0.0148564;REFB=-0.022459;REVB=-0.0148564;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115263;STB=0.566898;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0285483;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:10:3:2:11:10:3 chr11 82643760 . G T 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0610289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2424;QD=16.8806;RBI=0.0655604;REFB=0.00405032;REVB=-0.0239507;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189379;STB=0.610008;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00859457;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:12:3:6:11:12:3:6:11 chr11 82880258 . G T 228.7 PASS AF=0.5;AO=23;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0397399;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5054;QD=20.7909;RBI=0.128639;REFB=-0.0490959;REVB=0.122346;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736841;STB=0.550412;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0520566;OID=.;OPOS=82880258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:23:22:0.5:8:15:12:9:7:15:13:9 chr11 82984984 . ATT AAT,ATA,AT 674.14 PASS AF=0.977778,0.0222222,0;AO=33,4,7;DP=45;FAO=44,1,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,0;FSAR=30,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109016,0.0225398,0.024498;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=28.5818,72.0112,20.9216;QD=59.9234;RBI=0.110492,0.02254,0.0455614;REFB=0,0,0;REVB=0.0180009,8.28031e-05,-0.0384147;RO=0;SAF=9,0,5;SAR=24,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.00742485,-0.0099752,0.0137715;OID=.,.,.;OPOS=82984985,82984986,82984985;OREF=T,T,T;OALT=A,A,-;OMAPALT=AAT,ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.977778,0.0222222,0:33,4,7:45:44,1,0:45:0:14,0,0:30,1,0:0:0:4:0:9,0,5:24,4,2:0:0 chr11 82996986 . A C 725.56 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0265977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.167;QD=51.8255;RBI=0.0299431;REFB=-0.107925;REVB=0.0137534;RO=2;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134251;STB=0.500713;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00036413;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:56:2:2:52:52:0.928571:25:27:1:1:25:27:1:1 chr11 85195025 . A C 3523.33 PASS AF=0.966527;AO=229;DP=239;FAO=231;FDP=239;FR=.;FRO=8;FSAF=93;FSAR=138;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00243023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.451;QD=58.9679;RBI=0.00878559;REFB=-0.015242;REVB=-0.00844278;RO=8;SAF=91;SAR=138;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152172;STB=0.507714;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000740316;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:239:239:8:8:229:231:0.966527:138:91:5:3:138:93:5:3 chr11 85195075 . T C 4656.94 PASS AF=0.962617;AO=308;DP=321;FAO=309;FDP=321;FR=.;FRO=12;FSAF=120;FSAR=189;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0185616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.923;QD=58.0303;RBI=0.0227413;REFB=0.00220708;REVB=0.0131391;RO=12;SAF=119;SAR=189;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210039;STB=0.510896;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-6.52946e-05;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:321:321:12:12:308:309:0.962617:189:119:8:4:189:120:8:4 chr11 85195154 . A T 4027.59 PASS AF=0.984962;AO=256;DP=264;FAO=262;FDP=266;FR=.;FRO=4;FSAF=120;FSAR=142;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.037667;FXX=0.0184495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.561;QD=60.5652;RBI=0.0656889;REFB=-0.0586662;REVB=0.0538166;RO=5;SAF=117;SAR=139;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525535;STB=0.500636;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.000900449;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:264:266:5:4:256:262:0.984962:139:117:3:2:142:120:2:2 chr11 85195185 . T C 2375.38 PASS AF=0.981366;AO=156;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0196098;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.398;QD=59.0157;RBI=0.0244857;REFB=0.00980529;REVB=0.0146631;RO=3;SAF=83;SAR=73;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071569;STB=0.503708;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000268121;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:161:3:3:156:158:0.981366:73:83:1:2:74:84:1:2 chr11 85195190 . CA GG 1849.03 PASS AF=0.976562;AO=112;DP=116;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0149867;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.661;QD=57.7821;RBI=0.051051;REFB=-0.0420346;REVB=0.0488017;RO=3;SAF=69;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014738;STB=0.506032;STBP=0.398;TYPE=mnp;VARB=0.000518414;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:128:3:3:112:125:0.976562:43:69:1:2:52:73:1:2 chr11 85195226 . T C 545.19 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00201547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.145;QD=57.388;RBI=0.00202318;REFB=-0.0712002;REVB=-0.00017644;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00229654;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:1:0:16:21:1:0 chr11 85372787 . C G 218.33 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0670187;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7519;QD=22.9822;RBI=0.0774422;REFB=-0.014499;REVB=0.0388045;RO=17;SAF=3;SAR=18;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488475;STB=0.777474;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0110114;OID=.;OPOS=85372787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:18:3:11:6:18:3:11:6 chr11 85435730 . C T 1270.04 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.030042;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.635;QD=59.0715;RBI=0.0540392;REFB=-0.00212486;REVB=-0.044919;RO=2;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182104;STB=0.509613;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000339913;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:83:84:0.976744:51:32:0:2:51:33:0:2 chr11 85436352 . G A,T 1301.73 PASS AF=0.965909,0.0340909;AO=80,3;DP=83;FAO=85,3;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51,3;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509481,0.0515071;FXX=0.0112347;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.17,109.506;QD=59.1697;RBI=0.0127226,0.0526358;REFB=0,0;REVB=0.0116579,0.0108417;RO=0;SAF=47,3;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.71057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000328553,-0.00373571;OID=.,.;OPOS=85436352,85436352;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:83:88:0:0:80,3:85,3:0.965909,0.0340909:33,0:47,3:0:0:34,0:51,3:0:0 chr11 85436394 . T C 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.506;QD=62.7619;RBI=0.0252253;REFB=0;REVB=0.0246276;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50799e-06;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr11 85436500 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0839062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.449;QD=59.0165;RBI=0.0857542;REFB=0;REVB=0.0177069;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310607;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 85436699 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.558;QD=59.321;RBI=0.0314351;REFB=0;REVB=0.0307641;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59141e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr11 85436868 . G C 963.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.272;QD=57.5133;RBI=0.0363336;REFB=0;REVB=0.0361953;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189344;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:61:67:1:36:25:0:0:41:26:0:0 chr11 85437405 . T C 146.13 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0711409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.82;QD=16.7006;RBI=0.0732492;REFB=-0.0373385;REVB=0.0174478;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761006;STB=0.50908;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.059626;OID=.;OPOS=85437405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:19:14:16:0.457143:6:8:11:8:7:9:11:8 chr11 85437896 . A G 626.54 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00683705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4549;QD=58.283;RBI=0.0252128;REFB=-0.0759323;REVB=0.024268;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00290109;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:40:42:0.976744:17:23:0:1:19:23:0:1 chr11 85447611 . T C 1035.06 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0930238;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0298;QD=58.313;RBI=0.094026;REFB=-0.0825279;REVB=0.013692;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108616;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:71:0:0:69:71:1:42:27:0:0:44:27:0:0 chr11 85456703 . T C 1377.42 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7406;QD=62.6099;RBI=0.0549448;REFB=0;REVB=-0.0473147;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137902;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr11 85565311 . T TA 138.35 PASS AF=0.446154;AO=26;DP=70;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0718108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7287;QD=8.51408;RBI=0.0754277;REFB=-0.010266;REVB=-0.0230769;RO=40;SAF=5;SAR=21;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462026;STB=0.749808;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0146436;OID=.;OPOS=85565312;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154:26:70:29:65:36:5:24:20:16:99:40:5:21:24:16 chr11 85565864 . G A 304.31 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00770075;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.093;QD=14.3206;RBI=0.0149695;REFB=-0.0112471;REVB=0.0128368;RO=48;SAF=20;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522009;STB=0.512084;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0215356;OID=.;OPOS=85565864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:51:34:34:0.4:14:20:28:20:14:20:29:22 chr11 85630389 . T C 334.06 PASS AF=0.507246;AO=33;DP=67;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.021581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.958;QD=19.3658;RBI=0.0258938;REFB=0.00348094;REVB=-0.0143091;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137769;STB=0.521185;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00426835;OID=.;OPOS=85630389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:34:34:33:35:0.507246:17:16:17:17:19:16:17:17 chr11 85692181 . A C 255.35 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0710764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2346;QD=13.2649;RBI=0.07596;REFB=0.0152176;REVB=-0.0267967;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442894;STB=0.525289;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0241822;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:16:14:20:27:16:14:20:27 chr11 85718641 . T C 523.15 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0264862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.402;QD=23.7795;RBI=0.0287021;REFB=-0.015336;REVB=0.0110586;RO=39;SAF=9;SAR=40;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354565;STB=0.696774;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00961027;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:40:9:21:18:40:9:21:18 chr11 85725937 . C T 1022.55 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.035;QD=59.2783;RBI=0.0367536;REFB=0;REVB=0.0299172;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49946e-05;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:31:36:0:0:32:37:0:0 chr11 85968623 . C T 239.28 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0750359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8185;QD=20.807;RBI=0.0777287;REFB=-0.00508266;REVB=0.0202821;RO=22;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272037;STB=0.665827;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00766185;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:17:6:12:10:17:6:13:10 chr11 86098680 . T C 1264.22 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8094;QD=61.6694;RBI=0.025574;REFB=0;REVB=0.0218863;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269764;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr11 86175193 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.49072e-08;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.437;QD=59.3229;RBI=0.0167457;REFB=0;REVB=-0.0167457;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57587e-05;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr11 86660886 . G A 1420.06 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00383356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.261;QD=61.0777;RBI=0.0241999;REFB=0.0328284;REVB=-0.0238944;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.505049;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=4.16381e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:0:1:89:92:0.989247:41:48:0:0:43:49:1:0 chr11 87013438 . G A 250.82 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0411315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.847;QD=10.1339;RBI=0.0440696;REFB=-0.0054491;REVB=-0.0158217;RO=68;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208787;STB=0.621285;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0193795;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:15:16:23:45:15:16:23:45 chr11 87032287 . G C 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00912395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.987;QD=8.68763;RBI=0.0408484;REFB=-0.0110738;REVB=-0.0398164;RO=40;SAF=13;SAR=4;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359352;STB=0.71717;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0187126;OID=.;OPOS=87032287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:4:13:19:21:4:13:19:21 chr11 87317772 . AT A,ATT 49.06 PASS AF=0.6,0;AO=10,2;DP=20;FAO=12,0;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.126886,-0.131319;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.60087,8.56068;QD=9.81241;RBI=0.245391,0.254415;REFB=-0.0429619,0.0502093;REVB=0.21004,-0.217904;RO=8;SAF=2,0;SAR=8,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.449228,-0.684179;STB=0.66637,0.5;STBP=0.099,1;TYPE=del,ins;VARB=0.12435,0;OID=.,.;OPOS=87317773,87317773;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:10,2:20:12,0:20:8:3,0:9,0:5:3:26:8:2,0:8,2:6:2 chr11 87908448 . A G 752.5 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00945487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5789;QD=22.6316;RBI=0.0193432;REFB=-0.0269938;REVB=-0.0168749;RO=60;SAF=25;SAR=47;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621972;STB=0.531065;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0234476;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:60:61:72:72:0.541353:47:25:25:35:47:25:25:36 chr11 87908563 . G A 506.15 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0408088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4108;QD=25.6276;RBI=0.0423294;REFB=-0.00365376;REVB=0.0112436;RO=32;SAF=15;SAR=32;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.592209;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00280155;OID=.;OPOS=87908563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:32:15:17:15:32:15:17:15 chr11 88045583 . A G 1025.24 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3122;QD=59.434;RBI=0.0141686;REFB=0;REVB=0.0127377;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132776;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr11 88338113 . T C 418.99 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00382667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.196;QD=22.9584;RBI=0.00793473;REFB=-0.00406486;REVB=0.00695101;RO=32;SAF=13;SAR=27;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115466;STB=0.514236;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00257311;OID=.;OPOS=88338113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:40:41:0.561644:27:13:10:22:27:14:10:22 chr11 88645129 . T A 415.66 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00456455;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.289;QD=47.5035;RBI=0.00869015;REFB=-0.243845;REVB=0.00739483;RO=4;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177566;STB=0.509548;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0024491;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:35:35:4:4:31:31:0.885714:21:10:1:3:21:10:1:3 chr11 89060002 . G A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00645118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1007;QD=9.82171;RBI=0.0214049;REFB=-0.0204995;REVB=-0.0204096;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991256;STB=0.560395;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.033406;OID=.;OPOS=89060002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:8:15:8:3:8:15 chr11 89133449 . C T 1414.93 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.723;QD=62.8857;RBI=0.0341361;REFB=0;REVB=0.00354546;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102135;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:51:39:0:0 chr11 89531540 . C T 1050.27 PASS AF=0.892857;AO=75;DP=84;FAO=75;FDP=84;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.031757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.631;QD=50.0129;RBI=0.0318632;REFB=-0.0243526;REVB=0.00259878;RO=9;SAF=31;SAR=44;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294264;STB=0.515621;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00146926;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:9:9:75:75:0.892857:44:31:5:4:44:31:5:4 chr11 89531619 . A G 60.22 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0318089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.826;QD=6.02156;RBI=0.031819;REFB=-0.00535743;REVB=-0.000799271;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162634;STB=0.604169;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0284532;OID=.;OPOS=89531619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:5:4:18:13:5:4:18:13 chr11 89774236 . C G 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0393978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9641;QD=32.6185;RBI=0.0563839;REFB=0.0144272;REVB=-0.0403356;RO=4;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151604;STB=0.583231;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00388276;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:10:5:0:4:10:5:0:4 chr11 89774448 . G A 127.26 PASS AF=0.253333;AO=13;DP=69;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0396765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9364;QD=6.78696;RBI=0.0836736;REFB=-0.0190139;REVB=0.0736685;RO=56;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123206;STB=0.629815;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0626165;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:75:56:56:13:19:0.253333:5:8:29:27:6:13:29:27 chr11 89868755 . G A 296.81 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0100758;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2263;QD=16.0439;RBI=0.0317837;REFB=0.00553545;REVB=-0.0301443;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109464;STB=0.555522;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0042046;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:42:41:33:33:0.445946:16:17:17:25:16:17:17:24 chr11 89880604 . G A 287.88 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.000143895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.85;QD=14.5762;RBI=0.0133881;REFB=-0.0149694;REVB=-0.0133873;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210858;STB=0.506684;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0193336;OID=.;OPOS=89880604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:19:14:19:26:19:14:19:27 chr11 89916080 . G C 316.59 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00795247;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.643;QD=13.33;RBI=0.00800993;REFB=-0.00624106;REVB=0.000957653;RO=55;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137093;STB=0.567863;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0152921;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:59:36:36:0.378947:21:15:30:25:21:15:31:28 chr11 89935586 . G T 313.81 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00944772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8704;QD=14.5956;RBI=0.0101995;REFB=-0.0235299;REVB=0.00384319;RO=51;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755317;STB=0.542833;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0156281;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:16:19:24:27:16:19:24:27 chr11 89939448 . G A 202.2 PASS AF=0.588235;AO=17;DP=30;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0442164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1325;QD=23.788;RBI=0.0694733;REFB=-0.0392084;REVB=-0.053586;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124999;STB=0.555497;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0232927;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:34:13:14:17:20:0.588235:12:5:4:9:15:5:5:9 chr11 91545212 . C G 158.66 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00896113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0424;QD=17.1519;RBI=0.0222022;REFB=-0.0235608;REVB=0.0203135;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883899;STB=0.521148;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.029004;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:10:7:8:11:10:7:9:11 chr11 92087789 . A T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0230327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.204;QD=17.8595;RBI=0.023433;REFB=-0.00997172;REVB=0.0043131;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033969;STB=0.518976;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0104435;OID=.;OPOS=92087789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:19:15:15:22:19:15:15:22 chr11 92088177 . C T 167.48 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00705735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.866;QD=17.177;RBI=0.0136557;REFB=-0.0106785;REVB=-0.0116906;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112459;STB=0.564032;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0039297;OID=.;OPOS=92088177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:13:8:9:9:13:8 chr11 92531356 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000599798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.759;QD=59.0187;RBI=0.0346916;REFB=0;REVB=0.0346864;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52857e-05;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 92532677 . T C 323.05 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4036;QD=53.842;RBI=0.0651997;REFB=0;REVB=-0.0418203;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226143;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr11 92534442 . A G 195.37 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581604;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.148;QD=48.8422;RBI=0.0104355;REFB=0;REVB=0.00866444;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20588e-05;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:17:16:1:5:12:0:0:5:11:0:0 chr11 92573911 . G T 400.77 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00718688;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.471;QD=18.6402;RBI=0.022602;REFB=-0.00897668;REVB=-0.0214289;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239863;STB=0.513369;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0093487;OID=.;OPOS=92573911;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:22:19:22:23:22:19:22:23 chr11 92590448 . A G 2235.6 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.309;QD=62.5344;RBI=0.023548;REFB=0;REVB=0.0151185;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02879e-05;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:143:0:0:138:143:1:69:69:0:0:72:71:0:0 chr11 92623877 . G A 392.81 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0110597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.078;QD=17.0788;RBI=0.0171521;REFB=-0.00776647;REVB=0.0131102;RO=51;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103714;STB=0.558111;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0116514;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:22:19:29:22:22:19:29:22 chr11 92625944 . G T 173.9 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0103666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.049;QD=11.2196;RBI=0.0106091;REFB=-0.0109367;REVB=0.00225545;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464406;STB=0.539964;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.017235;OID=.;OPOS=92625944;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:40:22:22:0.354839:13:9:14:24:13:9:14:26 chr11 92627848 . A G 1442.57 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180911;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.767;QD=58.2858;RBI=0.018095;REFB=-0.0575336;REVB=0.000375094;RO=1;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117088;STB=0.506172;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000520333;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:40:57:0:1:40:58:0:1 chr11 92629305 . C T 222.74 PASS AF=0.375;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0895091;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6047;QD=12.3743;RBI=0.0896711;REFB=-0.0162735;REVB=-0.00538832;RO=43;SAF=7;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245565;STB=0.658218;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0310639;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:45:27:27:0.375:20:7:20:23:20:7:22:23 chr11 92718127 . G C 138.24 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00631941;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.92;QD=17.8369;RBI=0.00637995;REFB=-0.0188584;REVB=0.000876798;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34351;STB=0.708067;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00908777;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:11:4:10:5:12:4 chr11 93141580 . C A 135.44 PASS AF=0.339623;AO=15;DP=51;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00414587;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.361;QD=10.2216;RBI=0.00478335;REFB=-0.00773619;REVB=-0.00238583;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146544;STB=0.558761;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0165888;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:35:15:18:0.339623:10:5:7:24:12:6:9:26 chr11 93211764 . A G 1232.67 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.061498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0932;QD=56.6744;RBI=0.0615538;REFB=-0.0686018;REVB=-0.00261988;RO=3;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828409;STB=0.509637;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0183305;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:87:3:4:83:83:0.954023:45:38:1:2:45:38:1:3 chr11 93212254 . C T 972.83 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.971;QD=58.9594;RBI=0.0471769;REFB=0;REVB=0.0456869;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193184;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr11 93402096 . C A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.718;QD=51.178;RBI=0.105374;REFB=0;REVB=0.014561;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255383;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr11 93408831 . G A 445.51 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0161629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.781;QD=52.4132;RBI=0.0182193;REFB=-0.0785143;REVB=-0.00840848;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490904;STB=0.526299;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000584656;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:18:14:0:2:18:14:0:2 chr11 93425159 . C A 1641.66 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9683;QD=60.2445;RBI=0.0500466;REFB=0;REVB=0.0448922;RO=0;SAF=39;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016642;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:70:39:0:0:70:39:0:0 chr11 93462607 . A T 1301.78 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4431;QD=61.9896;RBI=0.0277176;REFB=0;REVB=0.0199273;RO=0;SAF=26;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262609;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:58:26:0:0:58:26:0:0 chr11 93464175 . A C 545.46 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.779;QD=57.4164;RBI=0.0381392;REFB=-0.115406;REVB=0.0296735;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00138775;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:0:1:37:37:0.973684:23:14:0:0:23:14:0:1 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1268.11 PASS AF=0.0666667,0.766667;AO=8,88;DP=127;FAO=8,92;FDP=120;FR=.;FRO=20;FSAF=7,56;FSAR=1,36;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00779177,-0.00932633;FXX=0.0476153;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=69.2115,187.745;QD=42.2705;RBI=0.00793776,0.010279;REFB=-0.0332915,-0.0459405;REVB=0.00151539,0.00432177;RO=22;SAF=7,53;SAR=1,35;SRF=19;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0290453,-0.10491;STB=0.53836,0.546125;STBP=0.919,0.038;TYPE=snp,ins;VARB=0.0685923,0.010227;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:127:120:22:20:8,88:8,92:0.0666667,0.766667:1,35:7,53:19:3:1,36:7,56:17:3 chr11 93517874 . C G 843.38 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.57;QD=57.178;RBI=0.0624561;REFB=0;REVB=0.0250128;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75877e-05;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:31:25:0:0:33:26:0:0 chr11 93517886 . G C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.683;QD=56.9555;RBI=0.124086;REFB=0;REVB=0.00378729;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355229;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr11 93797619 . A G 536.31 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0470726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7091;QD=55.0065;RBI=0.0494718;REFB=-0.0448581;REVB=0.0152191;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003913;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0019988;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:20:17:1:1:20:17:1:1 chr11 93845511 . A G 1124.62 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0541523;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.115;QD=59.1904;RBI=0.0596205;REFB=-0.10351;REVB=0.0249424;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108744;STB=0.505616;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000598819;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:73:75:0.986842:30:43:1:0:31:44:1:0 chr11 93862493 . A C 495.07 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0431049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8174;QD=20.628;RBI=0.0437877;REFB=-0.00183157;REVB=0.00770251;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568402;STB=0.531483;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00105753;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:21:27:24:24:21:27:24:24 chr11 93913036 . A G 536.13 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00925305;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.301;QD=17.2945;RBI=0.030446;REFB=-0.00746724;REVB=-0.0290059;RO=66;SAF=27;SAR=30;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479935;STB=0.530305;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00865461;OID=.;OPOS=93913036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:66:67:57:57:0.459677:30:27:28:38:30:27:28:39 chr11 94225807 . C T 183.45 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00505692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.477;QD=11.8355;RBI=0.0264731;REFB=-0.00638106;REVB=-0.0259856;RO=39;SAF=17;SAR=6;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319482;STB=0.685929;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0119559;OID=.;OPOS=94225807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:6:17:18:21:6:17:18:21 chr11 94225920 . C T 282.57 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.000593885;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0616;QD=12.6996;RBI=0.0216466;REFB=0.00604064;REVB=0.0216384;RO=56;SAF=6;SAR=27;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114071;STB=0.565995;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0078535;OID=.;OPOS=94225920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:27:6:14:42:27:6:14:42 chr11 94231257 . C G 105.41 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0222534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.555;QD=8.10857;RBI=0.0223714;REFB=-0.00596406;REVB=0.00229478;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163939;STB=0.608543;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0220808;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:37:38:14:14:0.269231:8:6:21:16:8:6:22:16 chr11 94231847 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0128161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.407;QD=11.8307;RBI=0.0234295;REFB=-0.00886037;REVB=0.0196135;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.52825;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0108281;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:9:9:5:6:9:9 chr11 94245740 . A G 594.29 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.759;QD=60.9524;RBI=0.0340858;REFB=0;REVB=-0.00871015;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44916e-05;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:31:7:0:0:32:7:0:0 chr11 94261255 . C G 1290.11 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0612668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.966;QD=60.0051;RBI=0.0650359;REFB=0.0938726;REVB=0.0218183;RO=2;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010508;STB=0.506171;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000170821;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:2:1:84:85:0.988372:40:44:1:1:40:45:0:1 chr11 94282014 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.476;QD=61.3364;RBI=0.0174618;REFB=0;REVB=0.016316;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83122e-05;OID=.;OPOS=94282014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr11 94320237 . T C 660.77 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0384215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.265;QD=56.2359;RBI=0.047628;REFB=-0.209377;REVB=0.0281463;RO=3;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574229;STB=0.530598;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0013261;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:47:47:3:3:44:44:0.93617:23:21:0:3:23:21:0:3 chr11 94322352 . AG TA 696.42 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407033;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.985;QD=63.3112;RBI=0.0447766;REFB=0;REVB=0.0186596;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.71155e-05;OID=.;OPOS=94322352;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:29:15:0:0 chr11 94326765 . G C 906.91 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9272;QD=57.5814;RBI=0.0363366;REFB=0;REVB=-0.0178341;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22629e-05;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:33:30:0:0 chr11 94337220 . C T 902.54 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.136;QD=58.2284;RBI=0.0261794;REFB=0;REVB=0.0110213;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98227e-05;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr11 94533373 . C T 837.87 PASS AF=0.443902;AO=91;DP=211;FAO=91;FDP=205;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.000234873;FXX=0.0284347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.772;QD=16.3486;RBI=0.0114652;REFB=-0.00848002;REVB=0.0114628;RO=108;SAF=47;SAR=44;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523754;STB=0.533512;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0113142;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:205:108:114:91:91:0.443902:44:47:50:58:44:47:52:62 chr11 94602414 . C T 87.08 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0373153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.649;QD=12.9012;RBI=0.0414545;REFB=-0.0281835;REVB=0.0180567;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0272826;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:8:8:5:6:8:8 chr11 94608661 . CT C 71.56 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0472359;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7065;QD=6.09038;RBI=0.0610827;REFB=-0.018862;REVB=0.038728;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436383;STB=0.763624;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0392844;OID=.;OPOS=94608662;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:16:47:17:47:30:11:6:6:24:71:29:10:6:6:23 chr11 94608997 . TA T,TT 209.81 PASS AF=0.469388,0.22449;AO=12,11;DP=43;FAO=23,11;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0;FSAR=19,11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.180055,0.299339;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.48782,10.1719;QD=17.1272;RBI=0.280309,0.340831;REFB=0.000405217,-0.0677812;REVB=0.214834,0.162977;RO=14;SAF=0,0;SAR=12,11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.791712,-0.782861;STB=0.629013,0.9986;STBP=0.091,0.007;TYPE=del,snp;VARB=0.0342117,-0.00889072;OID=.,.;OPOS=94608998,94608998;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388,0.22449:12,11:43:23,11:49:15:4,0:19,11:6:9:45:14:0,0:12,11:5:9 chr11 94699507 . A AT,T 1484.26 PASS AF=0.990566,0.00943396;AO=91,7;DP=109;FAO=105,1;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=62,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366421,-0.00809845;FXX=0.0185168;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.8859,243.054;QD=56.0098;RBI=0.0891768,0.020015;REFB=0,0;REVB=0.0813011,-0.0183035;RO=7;SAF=32,5;SAR=59,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0527692,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000420273,0.133108;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:106:7:0:91,7:105,1:0.990566,0.00943396:59,2:32,5:5:2:62,1:43,0:0:0 chr11 94731759 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.536;QD=59.8379;RBI=0.0386665;REFB=0;REVB=0.0372932;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190819;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 94758838 . C T 770.57 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00207988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.149;QD=55.0407;RBI=0.0412937;REFB=-0.0234505;REVB=0.0412413;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000424179;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:0:1:26:29:0:1 chr11 94800902 . G GC 815.66 PASS AF=1;AO=69;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.5513;QD=42.3717;RBI=0.128908;REFB=0;REVB=0.0332664;RO=3;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000974194;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:78:77:77:0:39:38:0:0:16:3:33:36:2:1 chr11 94906286 . AAAAAAAAAAC AAAAAAAAACA,ACAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAC 104.31 PASS AF=0.428571,0.0714286,0.5;AO=2,2,3;DP=16;FAO=6,1,7;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,0;FSAR=4,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.610495,-0.15819,-0.156412;FXX=0.176367;HRUN=13,0,13;LEN=2,1,1;MLLD=6.74881,129.264,127.84;QD=29.8033;RBI=0.610901,0.158904,0.156678;REFB=-0.169589,-0.0397854,-0.0416528;REVB=0.0222628,-0.0150413,-0.00912497;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=2,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=-0.158607,0.140629,0.0416561;OID=.,.,.;OPOS=94906295,94906287,94906286;OREF=AC,-,A;OALT=CA,C,C;OMAPALT=AAAAAAAAACA,ACAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:36:16:14:0:0:2,2,3:6,1,7:0.428571,0.0714286,0.5:2,2,3:0,0,0:0:0:4,0,7:2,1,0:0:0 chr11 95502128 . G C 97.0 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0257037;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3806;QD=9.94874;RBI=0.0429642;REFB=0.00771109;REVB=-0.0344273;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436053;STB=0.777335;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0134789;OID=.;OPOS=95502128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:41:39:23:27:12:12:0.307692:3:9:8:15:3:9:9:18 chr11 95512060 . A G 294.84 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0349085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1987;QD=11.2319;RBI=0.0368864;REFB=0.0128539;REVB=0.0119165;RO=67;SAF=16;SAR=21;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511294;STB=0.533316;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0165743;OID=.;OPOS=95512060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:68:37:37:0.352381:21:16:26:41:21:16:26:42 chr11 95521648 . A G 151.4 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0639962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6091;QD=10.0931;RBI=0.0645052;REFB=-0.0151815;REVB=0.00808679;RO=38;SAF=17;SAR=3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439202;STB=0.752873;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0170785;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:3:17:20:18:3:17:22:18 chr11 95528714 . C T 256.21 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00221368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.274;QD=18.3004;RBI=0.00816547;REFB=-0.00884931;REVB=0.00785968;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659301;STB=0.536816;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0096579;OID=.;OPOS=95528714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:10:18:16:12:10:18 chr11 95564259 . A G 185.68 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0399678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4777;QD=19.044;RBI=0.040013;REFB=-0.014413;REVB=-0.00190098;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965588;STB=0.548141;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0111088;OID=.;OPOS=95564259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:18:19:0.487179:5:13:12:7:6:13:12:8 chr11 95580926 . G A 370.88 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=111;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0130283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.646;QD=13.2456;RBI=0.0183154;REFB=-0.00147484;REVB=-0.0128732;RO=68;SAF=19;SAR=24;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125785;STB=0.576888;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00230166;OID=.;OPOS=95580926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:68:68:43:44:0.392857:24:19:38:30:25:19:38:30 chr11 95657111 . T G 234.86 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0738835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.344;QD=12.2007;RBI=0.0794277;REFB=-0.0507429;REVB=-0.0291546;RO=46;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131997;STB=0.576869;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0443777;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:46:48:29:29:0.376623:18:11:23:23:18:11:24:24 chr11 95712897 . G T 758.64 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0104595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.639;QD=18.6169;RBI=0.0125692;REFB=-0.0138262;REVB=-0.00697031;RO=84;SAF=32;SAR=47;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790059;STB=0.543643;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0132292;OID=.;OPOS=95712897;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:84:84:79:79:0.484663:47:32:41:43:47:32:41:43 chr11 95713024 . G A 802.34 PASS AF=0.56391;AO=75;DP=133;FAO=75;FDP=133;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00331127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.657;QD=24.1304;RBI=0.00487156;REFB=-0.0227609;REVB=0.00357318;RO=58;SAF=32;SAR=43;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127615;STB=0.569632;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.017866;OID=.;OPOS=95713024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:58:58:75:75:0.56391:43:32:34:24:43:32:34:24 chr11 96116444 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00517935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.017;QD=15.6196;RBI=0.0361742;REFB=-0.00396149;REVB=0.0358015;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134157;STB=0.577341;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0041426;OID=.;OPOS=96116444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:12:13:7:11:12:13 chr11 96125435 . CTT C 216.87 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0102049;FXX=0.0491723;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.9233;QD=14.9568;RBI=0.0338098;REFB=-0.00331778;REVB=0.0322329;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725723;STB=0.531893;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=0.00327869;OID=.;OPOS=96125436;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:29:60:30:58:28:12:18:13:15:99:26:11:18:12:14 chr11 96126361 . A G 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0220884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7714;QD=13.5799;RBI=0.0268096;REFB=0.0084912;REVB=-0.0151941;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610216;STB=0.535478;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0215756;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:18:10:7:10:18:10 chr11 97716872 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.378;QD=47.8224;RBI=0.0399204;REFB=0;REVB=0.0174624;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293505;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 98991112 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00625497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.224;QD=17.0891;RBI=0.0192495;REFB=0.00895574;REVB=-0.0182049;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05214;STB=0.529388;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00586733;OID=.;OPOS=98991112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:15:13:13:12:15:13 chr11 100226883 . T A 251.75 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0244161;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.756;QD=11.5745;RBI=0.0374923;REFB=-0.0263255;REVB=0.0284521;RO=57;SAF=16;SAR=14;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278332;STB=0.516118;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0462847;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:14:16:29:28:14:16:29:28 chr11 100512794 . G A 220.69 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0132893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8094;QD=12.0927;RBI=0.0396318;REFB=0.0106685;REVB=0.0373373;RO=45;SAF=18;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19981;STB=0.60944;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0113523;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:9:18:22:23:9:18:23:23 chr11 100814570 . A G 1587.76 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.253;QD=64.152;RBI=0.0144492;REFB=0;REVB=0.00534529;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86159e-05;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:62:37:0:0:62:37:0:0 chr11 100846936 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.544;QD=59.4341;RBI=0.0530737;REFB=0;REVB=-0.00143521;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53886e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr11 100847050 . A G 506.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435255;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.868;QD=59.5999;RBI=0.0435476;REFB=0;REVB=0.00138822;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004066;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr11 100847069 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.325;QD=55.0947;RBI=0.0183083;REFB=0;REVB=-0.0151815;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13758e-05;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr11 100859439 . G A 320.57 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.026251;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.416;QD=26.1688;RBI=0.0275301;REFB=-0.0168076;REVB=-0.00829389;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184196;STB=0.510197;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00730219;OID=.;OPOS=100859439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:28:28:0.571429:14:14:11:10:14:14:11:10 chr11 100863096 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708692;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.942;QD=57.7124;RBI=0.0497172;REFB=0;REVB=0.0492095;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63379e-05;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr11 100863354 . C A 972.95 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00362137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1266;QD=57.2324;RBI=0.0142487;REFB=-0.0248371;REVB=-0.0137809;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000170555;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:0:1:65:67:0.985294:31:34:0:0:33:34:1:0 chr11 100864367 . G A 1481.21 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111435;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.348;QD=58.6619;RBI=0.0176071;REFB=-0.0621085;REVB=0.0136321;RO=1;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210104;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:101:101:1:0:100:101:1:53:47:0:1:54:47:0:0 chr11 100909991 . T C 731.45 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010605;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.368;QD=63.6046;RBI=0.0109864;REFB=0;REVB=0.0109351;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286991;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr11 100921665 . C A 1736.25 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.33;QD=60.3914;RBI=0.0415429;REFB=0;REVB=0.0262208;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400193;OID=.;OPOS=100921665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:104:115:0:0:104:115:1:58:46:0:0:64:51:0:0 chr11 101771248 . G A 308.05 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481494;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.396;QD=53.5741;RBI=0.0498131;REFB=0;REVB=0.0127665;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384063;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 101826949 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.362;QD=52.6132;RBI=0.0311653;REFB=0;REVB=0.00403553;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139654;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr11 101832590 . C A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0331338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.563;QD=22.9154;RBI=0.0369987;REFB=-0.0309674;REVB=-0.0164639;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0136794;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:2:2:3:6:2:2 chr11 101832608 . T C 71.67 PASS AF=0.6;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00524561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.33;QD=19.1129;RBI=0.00725141;REFB=-0.0286652;REVB=0.00500666;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964512;STB=0.522338;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0126758;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:5:6:9:9:0.6:4:5:2:3:4:5:3:3 chr11 101833644 . C T 245.01 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505608;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.314;QD=51.5819;RBI=0.00639045;REFB=0;REVB=-0.00390818;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38061e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr11 101857758 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.548;QD=47.8223;RBI=0.018084;REFB=0;REVB=-0.0132221;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48303e-05;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 102199611 . AT A,TT 62.6 PASS AF=0.333333,0.5;AO=3,5;DP=13;FAO=4,6;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3,6;FSAR=1,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0753001,0.00548455;FXX=0.142755;HRUN=10,1;LEN=1,1;MLLD=3.40293,242.517;QD=20.866;RBI=0.206153,0.111146;REFB=-0.152198,-0.00136056;REVB=-0.191909,0.111011;RO=3;SAF=2,5;SAR=1,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.352427,0;STB=0.624469,0.5;STBP=0.679,1;TYPE=del,snp;VARB=0.116311,-0.00178835;OID=.,.;OPOS=102199612,102199611;OREF=T,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:13:12:3:2:3,5:4,6:0.333333,0.5:1,0:2,5:3:0:1,0:3,6:2:0 chr11 102272884 . C T 716.45 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0177354;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.83;QD=20.7667;RBI=0.0179956;REFB=-0.0234323;REVB=-0.00304905;RO=67;SAF=22;SAR=48;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170345;STB=0.598368;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0171544;OID=.;OPOS=102272884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:67:68:70:70:0.507246:48:22:33:34:48:22:34:34 chr11 102398593 . C T 570.47 PASS AF=0.56383;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0424955;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3583;QD=24.2752;RBI=0.0557608;REFB=-0.0396593;REVB=-0.0361026;RO=40;SAF=27;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746607;STB=0.541284;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0316969;OID=.;OPOS=102398593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:40:41:52:53:0.56383:25:27:17:23:26:27:17:24 chr11 102477377 . G T 843.82 PASS AF=0.983871;AO=57;DP=59;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2236;QD=54.4402;RBI=0.0829484;REFB=-0.0900514;REVB=0.0816207;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00270962;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:0:1:57:61:0.983871:25:32:0:0:28:33:1:0 chr11 102477395 . A G 812.97 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00156631;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.907;QD=54.1979;RBI=0.00492174;REFB=-0.113808;REVB=-0.00466585;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171508;STB=0.501154;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000961849;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:1:2:58:58:0.966667:31:27:1:0:31:27:1:1 chr11 102495998 . T G 737.68 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0365;QD=55.6737;RBI=0.0583713;REFB=0;REVB=-0.0498676;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113248;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:31:19:0:0:31:22:0:0 chr11 102563739 . C T 1259.5 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00123514;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3885;QD=59.2704;RBI=0.00492279;REFB=-0.0128799;REVB=-0.00476532;RO=2;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000268454;STB=0.500142;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000354965;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:42:41:1:1:42:41:1:1 chr11 102567207 . T A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.277;QD=58.5866;RBI=0.0668261;REFB=0;REVB=0.0649666;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222079;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr11 102576358 . T C 671.99 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00588658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.68;QD=52.7052;RBI=0.00619092;REFB=-0.107555;REVB=0.00191721;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699852;STB=0.503721;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000616116;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:20:29:1:1:20:29:1:1 chr11 102576375 . G A 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0221219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8717;QD=17.7521;RBI=0.062572;REFB=0.0149267;REVB=-0.058531;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260738;STB=0.654016;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.018019;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:15:10:18:8:15:10:19:8 chr11 102576382 . G A 220.42 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0337233;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.208;QD=17.2877;RBI=0.0338639;REFB=-0.00702511;REVB=0.00308268;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301828;STB=0.66972;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00918915;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:19:8:15:9:19:8 chr11 102587062 . G A 341.32 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0353403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3022;QD=21.3327;RBI=0.0754687;REFB=-0.0199059;REVB=0.0666828;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822353;STB=0.545429;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0186058;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:17:12:18:17:17:12 chr11 102593248 . T C 765.73 PASS AF=0.606838;AO=70;DP=116;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00887438;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.9729;QD=26.1787;RBI=0.06461;REFB=0.0296016;REVB=-0.0639977;RO=45;SAF=42;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657055;STB=0.542675;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0186611;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:45:46:70:71:0.606838:28:42:23:22:28:43:23:23 chr11 102595492 . G A 91.1 PASS AF=0.3;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0107812;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.79;QD=9.10978;RBI=0.0221938;REFB=-0.00254356;REVB=-0.0193993;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266107;STB=0.558725;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0130324;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:40:23:28:11:12:0.3:6:5:11:12:7:5:14:14 chr11 102666316 . T C 632.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.924;QD=61.6638;RBI=0.0214843;REFB=0;REVB=0.00515487;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133692;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr11 102709425 . A G 302.21 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0327046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.653;QD=19.4976;RBI=0.0381827;REFB=-0.0401563;REVB=0.0197061;RO=29;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210913;STB=0.609687;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0335052;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:20:12:18:11:20:12:18:12 chr11 102713465 . A G 623.64 PASS AF=0.59;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00839424;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.273;QD=24.9456;RBI=0.00927012;REFB=-0.0122874;REVB=-0.00393343;RO=41;SAF=29;SAR=30;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279787;STB=0.501525;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0110474;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:41:41:59:59:0.59:30:29:20:21:30:29:20:21 chr11 102713620 . T C 216.74 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00255454;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.261;QD=16.6725;RBI=0.0231017;REFB=-0.00713192;REVB=0.0229601;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109043;STB=0.579552;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00198055;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:28:24:24:0.461538:11:13:11:15:11:13:11:17 chr11 102738795 . G T 548.02 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2712;QD=56.2068;RBI=0.102235;REFB=0;REVB=-0.0126631;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153305;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:39:3:0:35:39:1:20:15:3:0:21:18:0:0 chr11 102962832 . G C 532.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0189748;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.958;QD=22.6403;RBI=0.0218946;REFB=-0.00608913;REVB=-0.010924;RO=44;SAF=27;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00466711;STB=0.50257;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00541717;OID=.;OPOS=102962832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:23:27:24:20:23:27:24:20 chr11 103029516 . A G 351.18 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00449137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.904;QD=18.0093;RBI=0.00652682;REFB=-0.0201998;REVB=0.00473571;RO=41;SAF=11;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124105;STB=0.569601;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0178761;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:26:11:17:24:26:11:17:24 chr11 103047007 . C A 759.7 PASS AF=0.55814;AO=72;DP=129;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0311168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.35;QD=23.5566;RBI=0.0357991;REFB=0.0349455;REVB=-0.0177008;RO=57;SAF=42;SAR=30;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181766;STB=0.509931;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0241495;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:57:72:72:0.55814:30:42:32:25:30:42:32:25 chr11 103057048 . A G 356.02 PASS AF=0.39;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00336819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.317;QD=14.2409;RBI=0.00492885;REFB=7.86433e-05;REVB=0.00359845;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071381;STB=0.546875;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.000171897;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:61:38:39:0.39:15:23:33:28:15:24:33:28 chr11 103058126 . C T 376.76 PASS AF=0.481481;AO=36;DP=78;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0434217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.616;QD=18.6053;RBI=0.0454162;REFB=-0.0251988;REVB=0.0133111;RO=42;SAF=12;SAR=24;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297375;STB=0.676209;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0206427;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:42:42:36:39:0.481481:24:12:27:15:27:12:27:15 chr11 103082590 . G A 599.93 PASS AF=0.409639;AO=68;DP=166;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.0317102;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.351;QD=14.4561;RBI=0.0324161;REFB=-0.0165023;REVB=-0.00672799;RO=95;SAF=31;SAR=37;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366549;STB=0.510194;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0198526;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:95:98:68:68:0.409639:37:31:40:55:37:31:43:55 chr11 103158278 . C T 351.11 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0477259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1732;QD=18.0056;RBI=0.0709262;REFB=-0.00322355;REVB=-0.0524668;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115791;STB=0.564582;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00177311;OID=.;OPOS=103158278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:19:18:25:16:19:18:25:16 chr11 103229027 . T C 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0105816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.204;QD=12.8367;RBI=0.0117408;REFB=-0.0068294;REVB=0.005087;RO=39;SAF=2;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589223;STB=0.848511;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00946884;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:23:2:19:20:23:2:19:20 chr11 103274940 . A T 309.51 PASS AF=0.551724;AO=29;DP=56;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00139134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.951;QD=21.3456;RBI=0.0512256;REFB=-0.0389027;REVB=0.0512067;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141179;STB=0.593691;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.031787;OID=.;OPOS=103274940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:26:26:29:32:0.551724:16:13:16:10:19:13:16:10 chr11 103275028 . C CT 368.75 PASS AF=1;AO=8;DP=64;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373569;FXX=0.0350816;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3767;QD=26.8183;RBI=0.0446939;REFB=-0.0157457;REVB=-0.0245358;RO=55;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0114752;OID=.;OPOS=103275029;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:64:55:55:0:29:26:0:0:6:55:4:4:31:24 chr11 103275034 . G T 789.72 PASS AF=0.982759;AO=50;DP=52;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9251;QD=54.4632;RBI=0.0455078;REFB=-0.0156699;REVB=0.0369369;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00138555;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:58:1:1:50:57:0.982759:24:26:1:0:29:28:1:0 chr11 103277984 . G T 556.83 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4972;QD=60.1978;RBI=0.0480847;REFB=0;REVB=0.0345637;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69472e-05;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr11 103278048 . G C 246.66 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00749674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.638;QD=17.9391;RBI=0.0231001;REFB=-0.0252256;REVB=-0.0218498;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250466;STB=0.617445;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0263933;OID=.;OPOS=103278048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:26:27:0.490909:11:15:8:19:12:15:9:19 chr11 103278082 . AC A,AG 676.5 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=8,37;DP=45;FAO=3,42;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196636,0.0202014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.066,158.339;QD=60.1336;RBI=0.0205035,0.0360619;REFB=0,0;REVB=-0.00580847,0.0298725;RO=0;SAF=5,15;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,-3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0194643,0.0110497;OID=.,.;OPOS=103278083,103278083;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:8,37:45:3,42:45:0:3,17:0,25:0:0:11:0:5,15:3,22:0:0 chr11 103278129 . C CTCTA 325.26 PASS AF=0.96;AO=23;DP=28;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173352;FXX=0.107105;HRUN=2;LEN=4;MLLD=294.115;QD=52.041;RBI=0.0229238;REFB=-0.14464;REVB=-0.0149997;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336139;STB=0.533305;STBP=0.192;TYPE=ins;VARB=0.00256763;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:23:28:24:25:1:7:17:1:0:6:2:7:16:1:1 chr11 103279098 . C T 1489.65 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8231;QD=63.3894;RBI=0.0709419;REFB=0;REVB=-0.0477156;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059609;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr11 103778154 . C T 430.31 PASS AF=0.416667;AO=48;DP=119;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.00439408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.162;QD=14.3438;RBI=0.00819689;REFB=-0.0105146;REVB=0.00691961;RO=70;SAF=29;SAR=19;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213305;STB=0.615848;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0133902;OID=.;OPOS=103778154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:70:70:48:50:0.416667:19:29:28:42:20:30:28:42 chr11 103780455 . A G 303.97 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0118921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5675;QD=12.9349;RBI=0.0476864;REFB=-0.0221735;REVB=0.0461798;RO=59;SAF=20;SAR=15;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244964;STB=0.514011;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.036826;OID=.;OPOS=103780455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:15:20:35:24:15:20:35:24 chr11 103908735 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00461187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.121;QD=23.5283;RBI=0.00569209;REFB=-0.00274055;REVB=-0.00333624;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251709;STB=0.640312;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00335038;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:4:11:8:12:4:11 chr11 103908968 . C T 99.32 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0244011;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.371;QD=12.0387;RBI=0.0245057;REFB=-0.0150113;REVB=-0.00226171;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283516;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:21:12:12:0.363636:8:4:7:13:8:4:7:14 chr11 103909897 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0110042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.636;QD=16.4266;RBI=0.0110044;REFB=-0.000442994;REVB=7.14622e-05;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155766;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000343264;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:7:4:6:5:7:4 chr11 104758035 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.368;QD=57.6804;RBI=0.0529189;REFB=0;REVB=-0.010441;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706686;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr11 104761100 . T C 447.49 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.18;QD=57.7406;RBI=0.0472201;REFB=0;REVB=0.0470726;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193956;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr11 104761206 . C T 919.65 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7383;QD=58.3907;RBI=0.0330191;REFB=0;REVB=-0.018789;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55717e-05;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr11 104763117 . G A 1141.37 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.864;QD=60.0721;RBI=0.0243894;REFB=0;REVB=0.0181258;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707673;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:0:73:75:0.986842:44:29:0:0:45:30:0:0 chr11 104763716 . A G 1030.11 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.93;QD=58.0346;RBI=0.0265496;REFB=-0.117517;REVB=-0.00425868;RO=1;SAF=43;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108697;STB=0.505745;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000249887;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:27:43:1:0:27:43:1:0 chr11 104768000 . G A,T 738.82 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=50,3;DP=53;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149299,0.00723992;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.5012,33.1175;QD=55.7599;RBI=0.101582,0.0410052;REFB=0,0;REVB=0.100479,0.040361;RO=0;SAF=17,2;SAR=33,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56458e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00139999,0.11113;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:53:53:0:0:50,3:50,3:0.943396,0.0566038:33,1:17,2:0:0:33,1:17,2:0:0 chr11 104768098 . T C 873.63 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0281656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2691;QD=54.6018;RBI=0.0413883;REFB=-0.14504;REVB=0.0303265;RO=3;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358179;STB=0.512496;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00357529;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:3:2:61:62:0.96875:38:23:0:3:39:23:0:2 chr11 104819327 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.698;QD=57.1062;RBI=0.0121098;REFB=0;REVB=0.00782757;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01688e-06;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr11 104839222 . A G 650.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.847;QD=61.9977;RBI=0.00787684;REFB=0;REVB=-0.00777799;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26225e-05;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr11 104869708 . G C 1249.31 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961084;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.301;QD=60.9418;RBI=0.0358909;REFB=0;REVB=0.0345802;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109002;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:43:37:0:0:45:37:0:0 chr11 104877927 . T C 562.96 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0140287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.536;QD=23.9556;RBI=0.0140423;REFB=-0.0233071;REVB=-0.000617443;RO=41;SAF=37;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255122;STB=0.646229;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0209539;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:42:52:52:0.553191:15:37:17:24:15:37:17:25 chr11 105223502 . T C 237.23 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0112259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.615;QD=11.572;RBI=0.0500069;REFB=0.00503338;REVB=-0.0487306;RO=53;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151847;STB=0.587586;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0108006;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:13:16:22:31:13:16:22:31 chr11 105782654 . C T 1823.63 PASS AF=0.494595;AO=183;DP=370;FAO=183;FDP=370;FR=.;FRO=187;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=82;FSRR=105;FWDB=-0.000720685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.973;QD=19.7149;RBI=0.00213835;REFB=-0.00287963;REVB=0.00201325;RO=186;SAF=90;SAR=93;SRF=81;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518783;STB=0.526967;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00257935;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:186:187:183:183:0.494595:93:90:81:105:93:90:82:105 chr11 105852683 . AC A 309.09 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0608089;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7263;QD=12.4884;RBI=0.0674659;REFB=-0.0119537;REVB=-0.0292219;RO=61;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593457;STB=0.528626;STBP=0.661;TYPE=del;VARB=0.022459;OID=.;OPOS=105852684;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373737:37:100:37:99:62:19:18:29:33:99:61:19:18:28:33 chr11 106647222 . G A 267.65 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00189815;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1815;QD=15.9791;RBI=0.0317065;REFB=-0.0205965;REVB=-0.0316497;RO=38;SAF=6;SAR=24;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15806;STB=0.576216;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0233592;OID=.;OPOS=106647222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:37:30:30:0.447761:24:6:12:26:24:6:11:26 chr11 106849400 . G A 1769.81 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000505917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.34;QD=59.9935;RBI=0.0130039;REFB=-0.0229521;REVB=-0.0129941;RO=1;SAF=54;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871394;STB=0.504586;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-2.07252e-05;OID=.;OPOS=106849400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:63:54:1:0:63:54:1:0 chr11 107197640 . T C 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00394791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.007;QD=17.5645;RBI=0.00948064;REFB=0.00691714;REVB=0.00861954;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933667;STB=0.552207;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0105052;OID=.;OPOS=107197640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:14:21:16:16:14:21 chr11 107313745 . G C 224.17 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0167388;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.362;QD=12.6291;RBI=0.0174182;REFB=-0.00919275;REVB=-0.00481719;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181629;STB=0.589996;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0155866;OID=.;OPOS=107313745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:44:26:27:0.380282:11:15:18:26:12:15:18:26 chr11 107381765 . G A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0266345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.432;QD=8.89999;RBI=0.0294357;REFB=-0.0243012;REVB=-0.0125326;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481589;STB=0.795902;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0258403;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:8:3:18:7:8:3:19:7 chr11 107420530 . A G 233.38 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00986261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.556;QD=12.7876;RBI=0.020816;REFB=-0.00907842;REVB=0.0183313;RO=45;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105203;STB=0.560396;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0139934;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:17:11:22:23:17:11:22:23 chr11 107578721 . C G 526.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0812048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.029;QD=56.9452;RBI=0.0848809;REFB=-0.0502168;REVB=0.0247091;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00112117;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:0:1:16:20:0:1 chr11 107647291 . A AT 32.57 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0565008;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.19976;QD=3.34071;RBI=0.0754447;REFB=-0.0981538;REVB=-0.0499955;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126392;STB=0.505148;STBP=0.972;TYPE=ins;VARB=0.0828899;OID=.;OPOS=107647292;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:15:39:15:39:24:7:8:11:13:32:22:8:7:9:13 chr11 107917087 . A G 785.38 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7714;QD=64.1124;RBI=0.054881;REFB=0;REVB=-0.0281088;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241214;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr11 108044091 . T A 408.81 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.15217;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5235;QD=52.7494;RBI=0.170884;REFB=-0.154498;REVB=0.0777539;RO=2;SAF=10;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844049;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00921694;OID=.;OPOS=108044091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:2:1:29:30:0.967742:19:10:2:0:19:11:1:0 chr11 108183167 . A G 619.99 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0981367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.096;QD=59.0462;RBI=0.100475;REFB=-0.121392;REVB=0.0215501;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170644;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000842028;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:0:1:27:14:0:1 chr11 108380335 . T C 753.68 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.092;QD=61.5245;RBI=0.0292875;REFB=-0.0936707;REVB=-0.0195581;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000463534;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:26:22:0:0:26:22:1:0 chr11 108381247 . C T 1247.6 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00177525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.328;QD=58.0278;RBI=0.00380594;REFB=-0.183243;REVB=-0.00336655;RO=2;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197263;STB=0.51546;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00117839;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:86:86:2:3:83:83:0.965116:47:36:0:2:47:36:0:3 chr11 108384207 . C T 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229188;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.484;QD=51.9841;RBI=0.0399999;REFB=0;REVB=0.0327829;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327943;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr11 109294972 . TC T,TT 54.06 PASS AF=0.183333,0.05;AO=11,3;DP=59;FAO=11,3;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=10,3;FSAR=1,0;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0457568,0.00256864;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.1808,32.1006;QD=3.60384;RBI=0.167348,0.120124;REFB=-0.043719,-0.0350939;REVB=0.160971,0.120096;RO=42;SAF=11,3;SAR=0,0;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.745614,0.50822;STB=0.885756,0.996618;STBP=0.006,0.075;TYPE=del,snp;VARB=0.0763942,0.0727903;OID=.,.;OPOS=109294973,109294973;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183333,0.05:11,3:59:11,3:60:46:10,3:1,0:22:24:39:42:11,3:0,0:20:22 chr11 109296550 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0462;QD=58.5869;RBI=0.0622255;REFB=0;REVB=-0.0620838;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000877057;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr11 109298127 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.588;QD=50.4134;RBI=0.0263008;REFB=0;REVB=0.0245613;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126017;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 110479783 . TAAA TAA,T 37.61 PASS AF=0.214286,0.142857;AO=5,4;DP=31;FAO=6,4;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4,0;FSAR=2,4;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0735263,0.0268472;FXX=0.096743;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=11.4565,33.8587;QD=5.3726;RBI=0.210622,0.0800238;REFB=-0.0955345,-0.0356382;REVB=-0.197372,-0.0753859;RO=17;SAF=4,0;SAR=1,4;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.348705,-0.830429;STB=0.777234,0.998861;STBP=0.475,0;TYPE=del,del;VARB=0.031241,0.0417729;OID=.,.;OPOS=110479784,110479784;OREF=A,AAA;OALT=-,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0.142857:5,4:31:6,4:28:18:4,0:2,4:17:1:15:17:4,0:1,4:16:1 chr11 111164651 . T C 111.81 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.000717535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.891;QD=6.48158;RBI=0.0113749;REFB=-0.00782935;REVB=0.0113522;RO=52;SAF=5;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194894;STB=0.620923;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0175081;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:12:5:23:29:12:5:23:29 chr11 111167557 . A C 362.9 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0252778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.591;QD=45.3628;RBI=0.0364179;REFB=-0.0709433;REVB=0.0262162;RO=4;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808167;STB=0.543449;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0010158;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:21:7:0:4:21:7:0:4 chr11 111167776 . C G 597.79 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00871288;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.739;QD=56.9323;RBI=0.0154281;REFB=-0.106435;REVB=0.0127323;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717554;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:1:1:20:20:1:1 chr11 111167792 . T G 259.67 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00413531;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.309;QD=23.6066;RBI=0.0262307;REFB=-0.0754546;REVB=-0.0259027;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0349688;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:12:12:10:10:12:12:10:10 chr11 111168767 . C T 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0275953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.785;QD=12.5662;RBI=0.0293757;REFB=-0.0230109;REVB=0.0100715;RO=40;SAF=6;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257417;STB=0.649444;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0383932;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:19:6:18:22:19:6:18:22 chr11 111179054 . A G 42.21 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0550229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.645;QD=18.7588;RBI=0.0550229;REFB=-0.0678056;REVB=0;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0374944;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:5:6:0.666667:0:5:3:0:0:6:3:0 chr11 111327213 . G A 372.15 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.304;QD=55.1334;RBI=0.0699179;REFB=0;REVB=-0.00707569;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516539;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:24:27:1:9:15:0:0:10:17:0:0 chr11 111368047 . G T 670.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.822;QD=62.3356;RBI=0.0210983;REFB=0;REVB=-0.0106645;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68614e-05;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr11 111420364 . A G 883.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.411;QD=57.9214;RBI=0.0573249;REFB=0;REVB=0.0362093;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020916;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 537.63 PASS AF=0.868852;AO=50;DP=59;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00911456;FXX=0.0468677;HRUN=2;LEN=3;MLLD=242.307;QD=35.2545;RBI=0.0125039;REFB=-0.0418292;REVB=0.00855989;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.524706;STBP=0.367;TYPE=del;VARB=0.00589351;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.868852:50:59:53:61:8:30:23:6:2:21:0:29:21:0:0 chr11 111553893 . T C 266.79 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0057099;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.899;QD=48.5076;RBI=0.0394167;REFB=-0.136149;REVB=0.0390009;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00178285;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:1:0:9:12:1:0 chr11 111692019 . C G 237.42 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0642012;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.856;QD=25.6671;RBI=0.0645656;REFB=-0.0250334;REVB=0.00685013;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229521;STB=0.611552;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0102643;OID=.;OPOS=111692019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:15:22:22:0.594595:12:10:11:3:12:10:11:4 chr11 111724133 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.851;QD=45.8067;RBI=0.0743315;REFB=0;REVB=-0.0174659;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00350076;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 111749349 . A T 690.28 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.495;QD=62.7525;RBI=0.0265174;REFB=0;REVB=0.0256812;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63108e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:23:21:0:0 chr11 111784183 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00823233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.883;QD=11.9196;RBI=0.0353332;REFB=-0.0106597;REVB=-0.0343607;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0126625;OID=.;OPOS=111784183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:6:3:4:3:6:3 chr11 111795085 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0638179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.681;QD=45.8045;RBI=0.0695827;REFB=0;REVB=0.0277315;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404666;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 111848531 . C T 595.55 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7508;QD=59.5554;RBI=0.0690446;REFB=0;REVB=0.0497099;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306101;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:20:17:0:0:20:20:0:0 chr11 111853106 . G GC 274.64 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.179129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.6204;QD=36.6193;RBI=0.1798;REFB=0;REVB=0.0155229;RO=5;SAF=7;SAR=20;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00904483;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:32:30:30:0:8:22:0:0:6:5:7:20:3:2 chr11 111896324 . C T 871.22 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.836;QD=56.208;RBI=0.0334206;REFB=-0.0675261;REVB=0.025539;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00314163;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:0:1:59:61:0.983871:29:30:0:0:31:30:0:1 chr11 111908162 . T C 635.44 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877098;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2435;QD=61.9943;RBI=0.010829;REFB=0;REVB=-0.00635108;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97301e-05;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr11 111916647 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1458;QD=62.3499;RBI=0.0281687;REFB=0;REVB=0.0056296;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031799;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr11 111956989 . C A 955.09 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.211;QD=58.7748;RBI=0.0371954;REFB=0;REVB=0.0370575;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40214e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:24:40:0:0:25:40:0:0 chr11 112020916 . T G 74.49 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0138385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.599;QD=10.2743;RBI=0.0171255;REFB=-0.00850417;REVB=-0.0100886;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262988;STB=0.514257;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0153862;OID=.;OPOS=112020916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:5:4:8:11:6:4:8:11 chr11 112040027 . A G 321.93 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.00962236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4164;QD=15.8975;RBI=0.0412442;REFB=-0.0121487;REVB=-0.040106;RO=44;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446315;STB=0.506575;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0111897;OID=.;OPOS=112040027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:44:46:35:35:0.432099:24:11:14:30:24:11:14:32 chr11 112065434 . T C 973.34 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.774;QD=58.9902;RBI=0.0219775;REFB=0;REVB=0.0105133;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6689e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:33:33:0:0 chr11 112088499 . A C 1342.61 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285761;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2888;QD=60.3419;RBI=0.11239;REFB=-0.141114;REVB=0.108696;RO=2;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210463;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00527889;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:2:1:86:88:0.988764:44:42:0:2:46:42:0:1 chr11 112123095 . A G 287.88 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00556661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7256;QD=18.5727;RBI=0.111831;REFB=-0.0144555;REVB=-0.111693;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871288;STB=0.548558;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0117088;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:16:15:12:19:16:15:12:19 chr11 112223299 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.391;QD=55.6532;RBI=0.00684115;REFB=0;REVB=-0.00167406;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85664e-05;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:4:23:0:0:4:23:0:0 chr11 112832339 . GC G 459.6 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8512;QD=48.3792;RBI=0.0428219;REFB=0;REVB=-0.00241916;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00149888;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:38:38:38:0:23:15:0:0:8:0:22:14:0:0 chr11 112832353 . TT CC,CT 564.06 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,36;DP=38;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754778,-0.0129594;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=9.2955,216.069;QD=59.375;RBI=0.0117859,0.0152085;REFB=0,0;REVB=0.00905194,-0.00795931;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00894369,0.000592491;OID=.,.;OPOS=112832353,112832353;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:2,36:2,36:0.0526316,0.947368:0,16:2,20:0:0:0,16:2,20:0:0 chr11 112832358 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.226;QD=60.6098;RBI=0.0112065;REFB=0;REVB=-0.00911537;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68187e-06;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr11 113103996 . T G 443.59 PASS AF=0.453704;AO=50;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0107085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.802;QD=16.4293;RBI=0.0107104;REFB=-0.0228069;REVB=-0.000203466;RO=54;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15789;STB=0.590397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0299658;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:59:50:49:0.453704:28:22:15:39:27:22:17:42 chr11 113111501 . T C 255.68 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6947;QD=51.1367;RBI=0.0543709;REFB=0;REVB=-0.0167696;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021783;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr11 113113515 . G A 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.117;QD=54.6503;RBI=0.0414868;REFB=-0.0130118;REVB=0.0163436;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000686566;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:26:26:1:0:26:26:1:0 chr11 113130976 . A G 35.72 PASS AF=0.0814815;AO=11;DP=134;FAO=11;FDP=135;FR=.;FRO=124;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=-0.0494908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4417;QD=1.05838;RBI=0.0687726;REFB=-0.00193472;REVB=0.0477529;RO=123;SAF=2;SAR=9;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390924;STB=0.815392;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0226429;OID=.;OPOS=113130976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:134:135:123:124:11:11:0.0814815:9:2:65:58:9:2:65:59 chr11 113194168 . A C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0232587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.176;QD=17.4273;RBI=0.0279431;REFB=0.00292023;REVB=-0.0154871;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235989;STB=0.618204;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00437794;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:18:19:0.452381:9:9:6:17:10:9:6:17 chr11 113200709 . G A 2122.63 PASS AF=0.966667;AO=144;DP=154;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0184887;FXX=0.0259723;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.282;QD=56.6035;RBI=0.0187552;REFB=0.00669406;REVB=-0.0031504;RO=4;SAF=60;SAR=84;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439899;STB=0.506382;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-4.69641e-05;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:154:150:4:5:144:145:0.966667:84:60:2:2:85:60:3:2 chr11 113212553 . T C 1399.62 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00421182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.514;QD=61.5218;RBI=0.0551384;REFB=-0.0747361;REVB=-0.0549773;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104156;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000141867;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:45:44:0:1:46:44:0:1 chr11 113264272 . T C 323.01 PASS AF=0.381443;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0041818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.638;QD=13.3202;RBI=0.0466365;REFB=-0.0126161;REVB=0.0464487;RO=60;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427766;STB=0.532943;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0228197;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:60:36:37:0.381443:19:17:26:34:19:18:26:34 chr11 113264470 . A C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0122372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.613;QD=16.0637;RBI=0.0123226;REFB=-0.0141289;REVB=0.00144809;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234422;STB=0.639894;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0142264;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:16:10:19:11:16:10:20:11 chr11 113266821 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0217454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.711;QD=22.3411;RBI=0.0289632;REFB=0.00470397;REVB=0.0191312;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114146;STB=0.549944;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00227683;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:11:7:7:6:11:7:7:7 chr11 113270015 . G C 266.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0652466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0105;QD=21.2882;RBI=0.065407;REFB=0.025558;REVB=0.00457784;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110402;STB=0.561731;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.033851;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:8:17:14:11:8:17 chr11 113270374 . C T 2186.61 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174714;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.135;QD=62.4745;RBI=0.0857948;REFB=-0.0907891;REVB=0.083997;RO=1;SAF=86;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905462;STB=0.504672;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00028641;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:1:1:138:139:0.992857:52:86:0:1:53:86:0:1 chr11 113270828 . G A 343.2 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00166807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0567;QD=18.8052;RBI=0.0165328;REFB=-0.00604958;REVB=0.0164484;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157347;STB=0.508767;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00545004;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:22:14:15:22:22:14:15:22 chr11 113283477 . A G 149.49 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0341276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.628;QD=11.9594;RBI=0.0439515;REFB=-0.0105491;REVB=-0.0276955;RO=33;SAF=16;SAR=1;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481688;STB=0.79952;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0251989;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:1:16:24:9:1:16:24:9 chr11 113561025 . G A 700.92 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00649477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7175;QD=20.6154;RBI=0.00657334;REFB=0.00839489;REVB=-0.0010133;RO=67;SAF=44;SAR=25;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173857;STB=0.595865;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00516069;OID=.;OPOS=113561025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:67:69:69:0.507353:25:44:30:37:25:44:30:37 chr11 113561054 . A G 2201.04 PASS AF=1;AO=137;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185917;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.372;QD=63.3392;RBI=0.0190994;REFB=0;REVB=0.0043744;RO=0;SAF=69;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19265e-05;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:137:139:1:68:69:0:0:69:70:0:0 chr11 113561057 . A G 2058.17 PASS AF=0.971429;AO=134;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0231001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7935;QD=58.8048;RBI=0.0248327;REFB=-0.183386;REVB=-0.0091129;RO=5;SAF=66;SAR=68;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209994;STB=0.507352;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00713592;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:140:140:5:4:134:136:0.971429:68:66:4:1:69:67:3:1 chr11 113565252 . C T 354.46 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0345253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.667;QD=21.1618;RBI=0.0428842;REFB=-0.0131551;REVB=0.0254374;RO=30;SAF=15;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426576;STB=0.514131;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0100913;OID=.;OPOS=113565252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:36:36:0.537313:21:15:11:19:21:15:12:19 chr11 113570405 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.83;QD=49.5961;RBI=0.0218929;REFB=0;REVB=0.016411;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230058;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr11 113570770 . TGG TG,TGC 129.04 PASS AF=0.32,0.1;AO=13,6;DP=50;FAO=16,5;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=2,0;FSAR=14,5;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0932671,-0.00257922;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.5182,25.6147;QD=10.3235;RBI=0.113133,0.036516;REFB=-0.0283015,-0.00684913;REVB=0.0640338,0.0364248;RO=28;SAF=0,0;SAR=13,6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826983,-0.757688;STB=0.879315,0.998472;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0141588,0.0838065;OID=.,.;OPOS=113570771,113570772;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.1:13,6:50:16,5:50:29:2,0:14,5:21:8:88:28:0,0:13,6:20:8 chr11 113576932 . A G 758.95 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3919;QD=63.2462;RBI=0.123691;REFB=0;REVB=0.0917557;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190106;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:24:24:0:0 chr11 113670052 . T A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00623339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.91;QD=56.9484;RBI=0.00666056;REFB=-0.109376;REVB=0.0023469;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526301;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000578954;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:9:27:0:0:9:27:0:1 chr11 113679119 . C T 289.21 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2682;QD=52.5831;RBI=0.0587822;REFB=0;REVB=0.0239196;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146271;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 113698002 . C T 261.66 PASS AF=0.528302;AO=26;DP=51;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00438386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.688;QD=19.7476;RBI=0.00505988;REFB=-0.0223383;REVB=-0.00252668;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193566;STB=0.619093;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0147492;OID=.;OPOS=113698002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:25:25:26:28:0.528302:13:13:18:7:15:13:18:7 chr11 113803028 . A C 326.81 PASS AF=0.455696;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0275896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.413;QD=16.5474;RBI=0.0276739;REFB=-0.00745714;REVB=0.0021587;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813887;STB=0.521452;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00818203;OID=.;OPOS=113803028;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:42:43:34:36:0.455696:19:15:22:20:19:17:22:21 chr11 113803104 . G A 421.6 PASS AF=0.625;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0521876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2903;QD=26.3501;RBI=0.0540119;REFB=0.00860754;REVB=-0.0139191;RO=23;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563243;STB=0.537717;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0105319;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:23:24:40:40:0.625:21:19:9:14:21:19:9:15 chr11 113846077 . C T 383.64 PASS AF=0.412844;AO=43;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0189077;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.188;QD=14.0785;RBI=0.018948;REFB=-0.0331125;REVB=-0.00123482;RO=65;SAF=17;SAR=26;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215967;STB=0.613089;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0322812;OID=.;OPOS=113846077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:64:43:45:0.412844:26:17:39:26:27:18:38:26 chr11 113848273 . A T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0104271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6779;QD=10.94;RBI=0.0121733;REFB=0.0153338;REVB=-0.00628213;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18725;STB=0.609583;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0172123;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:3:17:8:3:3:17 chr11 114393652 . C T 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0161008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.627;QD=21.4826;RBI=0.0167886;REFB=-0.00798935;REVB=0.00475628;RO=41;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220094;STB=0.512152;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00709057;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:22:23:22:19:22:23:22:19 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 361.33 PASS AF=0.111111,0.861111,0.0277778;AO=3,15,9;DP=75;FAO=8,62,2;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=8,34,2;FSAR=0,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707462,-0.0869175,-0.329335;FXX=0.0136968;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=114.076,6.82676,11.3698;QD=20.074;RBI=0.112538,0.796536,0.474878;REFB=-0.00124271,0.0113261,0.0315995;REVB=0.0875197,0.79178,0.342123;RO=26;SAF=3,9,9;SAR=0,6,0;SRF=5;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.721781,0.422922,0.825591;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.108072,-0.00287275,-0.0829866;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.861111,0.0277778:3,15,9:75:8,62,2:72:0:8,34,2:0,28,0:0:0:35:26:3,9,9:0,6,0:5:21 chr11 114401577 . T C 448.1 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0085736;FXX=0.034087;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.477;QD=21.0872;RBI=0.0146881;REFB=-0.010316;REVB=0.0119261;RO=38;SAF=13;SAR=30;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645298;STB=0.526072;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00812862;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:38:41:43:44:0.517647:30:13:14:24:31:13:14:27 chr11 114421857 . T C 91.59 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00587399;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.116;QD=8.14095;RBI=0.0152652;REFB=0.000715329;REVB=-0.0140898;RO=33;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298699;STB=0.686418;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00298641;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:46:45:33:33:12:12:0.266667:9:3:16:17:9:3:16:17 chr11 114421861 . G A 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0327603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3954;QD=9.09177;RBI=0.0398184;REFB=0.000723477;REVB=-0.0226333;RO=32;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339034;STB=0.708613;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00168461;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:10:3:16:16:10:3:16:16 chr11 114421895 . G A 83.23 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00211429;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.56;QD=8.99744;RBI=0.00669182;REFB=-0.00122779;REVB=-0.00634903;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412803;STB=0.669834;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0169653;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:20:26:10:11:0.297297:8:2:11:9:8:3:13:13 chr11 114421909 . T C 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.018477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5585;QD=8.62757;RBI=0.0196828;REFB=0.00958004;REVB=0.00678331;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407976;STB=0.765433;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0142548;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:9:2:13:13:9:2:14:13 chr11 114421912 . A G 62.54 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.028869;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.124;QD=7.14724;RBI=0.038049;REFB=0.00066094;REVB=0.0247851;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243717;STB=0.627162;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00129095;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:35:24:26:9:9:0.257143:6:3:13:11:6:3:13:13 chr11 114441943 . G A 149.71 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0121766;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.369;QD=9.65847;RBI=0.0391157;REFB=-0.0151335;REVB=-0.0371722;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160183;STB=0.532226;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0284823;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:24:42:20:20:0.322581:10:10:8:16:10:10:23:19 chr11 114442103 . A G 36.13 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00610195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.221;QD=6.56825;RBI=0.0252842;REFB=-0.020609;REVB=-0.0245369;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.545304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0352256;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:13:16:6:6:0.272727:3:3:8:5:3:3:9:7 chr11 114569054 . A G 1479.34 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6066;QD=58.5875;RBI=0.0629048;REFB=0;REVB=0.0118656;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151802;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:101:0:0:91:101:1:45:46:0:0:53:48:0:0 chr11 116661826 . T C 1125.66 PASS AF=0.986667;AO=65;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.678;QD=60.0353;RBI=0.0299638;REFB=0;REVB=0.0214579;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413745;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:0:65:74:0.986667:29:36:0:0:33:41:0:0 chr11 116662579 . C T 804.31 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.538;QD=64.3451;RBI=0.0170942;REFB=0;REVB=0.016926;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78043e-05;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr11 116692334 . C T 305.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.844;QD=53.097;RBI=0.0926862;REFB=0;REVB=0.0815673;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796276;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:8:15:0:0 chr11 116693464 . C T 761.74 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0497243;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.836;QD=53.4556;RBI=0.0499;REFB=-0.0528579;REVB=0.00418326;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000601097;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00262909;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:2:2:55:55:0.964912:27:28:1:1:27:28:1:1 chr11 116701535 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.871;QD=51.9151;RBI=0.0683767;REFB=0;REVB=0.0525197;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573803;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:14:21:1:9:5:0:0:9:12:0:0 chr11 117042377 . G A 188.81 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0174661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.325;QD=11.1067;RBI=0.0223499;REFB=-0.0128917;REVB=-0.0139447;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759952;STB=0.544081;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0207925;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:12:12:19:25:12:12:19:25 chr11 117053433 . C A 228.88 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.131044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7899;QD=16.0615;RBI=0.131127;REFB=0.00259761;REVB=0.00466493;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279734;STB=0.515806;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000878206;OID=.;OPOS=117053433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:14:17:15:11:14:17 chr11 117074109 . G A 291.53 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0603989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.419;QD=19.4351;RBI=0.0604483;REFB=-0.0177632;REVB=0.00244273;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859205;STB=0.547914;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0171614;OID=.;OPOS=117074109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:20:11:13:16:20:11:13:16 chr11 117076875 . G A 207.95 PASS AF=0.306818;AO=26;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.00333562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5298;QD=9.45216;RBI=0.0878907;REFB=-0.00113495;REVB=0.0878273;RO=58;SAF=14;SAR=12;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981565;STB=0.524404;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00339338;OID=.;OPOS=117076875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:58:61:26:27:0.306818:12:14:36:22:12:15:36:25 chr11 117077034 . A G 761.49 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.216;QD=63.4572;RBI=0.0588999;REFB=0;REVB=0.00216326;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274431;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:21:25:0:0:21:27:0:0 chr11 117089213 . C CG 30.7 PASS AF=0.171053;AO=21;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0545469;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.7171;QD=1.61575;RBI=0.055324;REFB=-0.00153687;REVB=-0.00924032;RO=55;SAF=1;SAR=20;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.674812;STB=0.87431;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0516465;OID=.;OPOS=117089214;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171053:21:76:13:76:63:1:12:27:36:30:55:1:20:27:28 chr11 117096652 . G A 115.07 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0557844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1757;QD=12.1126;RBI=0.0800037;REFB=-0.0147759;REVB=0.0573471;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312881;STB=0.695401;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0275744;OID=.;OPOS=117096652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:6:7:6:18:6:8:6:18 chr11 117156552 . T C 210.74 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0504685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.402;QD=19.1579;RBI=0.0507705;REFB=-0.0279156;REVB=0.00552886;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308939;STB=0.675503;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0214849;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:15:6:14:9:15:6:14:9 chr11 117160347 . A G 755.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.098;QD=62.9539;RBI=0.047485;REFB=0;REVB=0.0297825;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546802;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:21:26:0:0:22:26:0:0 chr11 117163824 . C G 261.88 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0252533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1969;QD=15.1815;RBI=0.0255554;REFB=-0.0048243;REVB=0.00391801;RO=39;SAF=24;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365121;STB=0.714122;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00646567;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:39:29:30:0.434783:5:24:21:18:5:25:21:18 chr11 117225982 . C T 228.28 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0111698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0224;QD=21.7413;RBI=0.0478306;REFB=-0.0298271;REVB=0.0465081;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188376;STB=0.592192;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.031446;OID=.;OPOS=117225982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:12:10:13:6:12:10:13:7 chr11 117252489 . T C 2717.83 PASS AF=0.994318;AO=136;DP=177;FAO=175;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=107;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.131;QD=61.7689;RBI=0.0585787;REFB=0;REVB=0.0386534;RO=0;SAF=80;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335937;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:176:0:0:136:175:0.994318:56:80:0:0:68:107:0:0 chr11 117266312 . C G 201.79 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00632358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.544;QD=13.9162;RBI=0.00772306;REFB=-0.0174385;REVB=-0.00443373;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107715;STB=0.514694;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0206477;OID=.;OPOS=117266312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:34:24:24:0.413793:14:10:13:19:14:10:15:19 chr11 117267884 . A G 395.76 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00600248;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0294;QD=15.6735;RBI=0.022121;REFB=-0.0145998;REVB=-0.021291;RO=56;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01783;STB=0.504948;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0173432;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:22:22:29:27:22:22:29:28 chr11 117282800 . G T 199.21 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0047466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1531;QD=23.4364;RBI=0.0401634;REFB=-0.029365;REVB=0.0398819;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645519;STB=0.507035;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0201601;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:14:20:20:0.588235:6:14:9:4:6:14:10:4 chr11 117303108 . T C 286.78 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0336488;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.434;QD=15.0938;RBI=0.0348815;REFB=-0.026141;REVB=-0.00919098;RO=44;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119774;STB=0.554543;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0391807;OID=.;OPOS=117303108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:44:32:32:0.421053:11:21:24:20:11:21:25:19 chr11 117303858 . T C 402.04 PASS AF=0.47191;AO=40;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0131506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.547;QD=18.0694;RBI=0.030082;REFB=-0.00699608;REVB=0.0270553;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239486;STB=0.505615;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00704491;OID=.;OPOS=117303858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:47:40:42:0.47191:21:19:23:23:21:21:23:24 chr11 117304196 . C T 152.6 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=22;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0139109;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.205;QD=29.0661;RBI=0.013945;REFB=-0.00420784;REVB=0.00097443;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.586985;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00379847;OID=.;OPOS=117304196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:6:6:9:15:0.714286:2:7:5:1:7:8:5:1 chr11 117335686 . G A 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00177063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.286;QD=21.4066;RBI=0.0560894;REFB=0.0010297;REVB=0.0560614;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139001;STB=0.576958;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000340258;OID=.;OPOS=117335686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:13:19:11:15:13:19:11:15 chr11 117335722 . T C 1165.24 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3237;QD=58.9997;RBI=0.0372177;REFB=-0.0736123;REVB=-0.0318066;RO=1;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111346;STB=0.505881;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00468066;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:1:1:76:78:0.987342:42:34:0:1:42:36:0:1 chr11 117376413 . G A 367.43 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00344522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0119;QD=29.394;RBI=0.0242982;REFB=-0.010712;REVB=0.0240527;RO=19;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435672;STB=0.523917;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0192924;OID=.;OPOS=117376413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:16:15:8:11:16:15:8:11 chr11 117392110 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0146917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.519;QD=8.69802;RBI=0.0313735;REFB=-0.00113856;REVB=-0.027721;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149468;OID=.;OPOS=117392110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:4:10:5:2:4:10 chr11 117403235 . G T 848.55 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.971;QD=57.5287;RBI=0.0129088;REFB=0;REVB=0.00452527;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57617e-06;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:39:19:0:0:40:19:0:0 chr11 117693255 . T C 504.31 PASS AF=0.539326;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.020295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.827;QD=22.6657;RBI=0.0221111;REFB=-0.0352015;REVB=-0.00877568;RO=41;SAF=24;SAR=23;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122267;STB=0.571066;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0268957;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:41:41:47:48:0.539326:23:24:15:26:23:25:15:26 chr11 117774291 . A C 526.68 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.501;QD=56.9385;RBI=0.0242652;REFB=-0.147113;REVB=-0.0110382;RO=2;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138465;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00806152;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:2:1:35:36:0.972973:22:13:1:1:22:14:0:1 chr11 117779284 . T TG 31.03 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0291581;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.687;QD=5.6411;RBI=0.228429;REFB=-0.0320657;REVB=0.226561;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070928;STB=0.571205;STBP=0.751;TYPE=ins;VARB=0.0801267;OID=.;OPOS=117779285;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:7:24:7:22:15:6:1:12:3:31:17:6:1:14:3 chr11 117781435 . A G 608.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.792;QD=60.871;RBI=0.0607757;REFB=0;REVB=0.0396904;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211944;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:16:24:0:0 chr11 117789242 . C G 621.83 PASS AF=0.565657;AO=57;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0143789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0254;QD=25.1243;RBI=0.0714661;REFB=0.0158891;REVB=-0.0700046;RO=41;SAF=40;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121493;STB=0.556441;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.015306;OID=.;OPOS=117789242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:43:57:56:0.565657:17:40:23:18:17:39:25:18 chr11 117864047 . A G 179.68 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0090283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.859;QD=15.624;RBI=0.0201131;REFB=-0.0331851;REVB=-0.0179729;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120822;STB=0.569404;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0387356;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:11:16:9:10:11:16 chr11 117864113 . G A 145.65 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00804459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.148;QD=17.1354;RBI=0.0203474;REFB=-0.00662721;REVB=0.0186896;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277356;STB=0.651987;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00921175;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:17:18:15:16:0.470588:9:6:12:5:10:6:12:6 chr11 117864846 . A G 297.92 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00552646;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0496;QD=15.68;RBI=0.0370753;REFB=-0.00978404;REVB=-0.0366611;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585114;STB=0.537577;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0173223;OID=.;OPOS=117864846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:43:33:33:0.434211:16:17:23:17:16:17:25:18 chr11 117869670 . A G 289.43 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9146;QD=52.624;RBI=0.045227;REFB=0;REVB=0.0425526;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368613;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr11 117896135 . C T 879.55 PASS AF=0.411017;AO=97;DP=237;FAO=97;FDP=236;FR=.;FRO=139;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=81;FSRR=58;FWDB=-0.00103332;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.647;QD=14.9077;RBI=0.0028964;REFB=-0.000480789;REVB=-0.0027058;RO=138;SAF=39;SAR=58;SRF=80;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186112;STB=0.606039;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000652481;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:138:139:97:97:0.411017:58:39:80:58:58:39:81:58 chr11 117896521 . T A 37.64 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00209824;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.359;QD=6.54631;RBI=0.00653353;REFB=0.00225262;REVB=0.00618744;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286369;STB=0.685106;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0237519;OID=.;OPOS=117896521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:7:10:2:4:7:10 chr11 117965595 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0268783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0562;QD=21.5455;RBI=0.0436143;REFB=-0.0132424;REVB=-0.0343478;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.541607;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0236559;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:4:6:7:7:4:6 chr11 117965602 . C T 77.24 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0287139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9113;QD=13.4325;RBI=0.036404;REFB=-0.0111788;REVB=-0.0223776;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0120286;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:6:7:6:4:6:7 chr11 117982495 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.515;QD=60.9786;RBI=0.0245082;REFB=0;REVB=0.0116567;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42158e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr11 117988082 . T C 1030.46 PASS AF=0.96;AO=70;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000878202;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.535;QD=54.9579;RBI=0.0205144;REFB=-0.053322;REVB=-0.0204956;RO=3;SAF=39;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862308;STB=0.505038;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00383938;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:75:3:3:70:72:0.96:31:39:2:1:33:39:2:1 chr11 117988654 . G C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.011637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.41;QD=12.3948;RBI=0.0254776;REFB=-0.0181437;REVB=-0.0226647;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294039;STB=0.671305;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0287053;OID=.;OPOS=117988654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:7:17:6:8:7:17 chr11 118074337 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8676;QD=59.4305;RBI=0.0690982;REFB=0;REVB=0.0686491;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115411;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 118081345 . A T 1120.61 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00954171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.214;QD=58.9793;RBI=0.00957235;REFB=0.0360537;REVB=0.00076532;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000852774;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:0:1:74:75:0.986842:37:37:0:0:37:38:1:0 chr11 118083664 . A G 1084.17 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8371;QD=57.0614;RBI=0.0126791;REFB=-0.205673;REVB=0.00635473;RO=2;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286441;STB=0.515147;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00560279;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:2:2:73:74:0.973684:32:41:0:2:32:42:0:2 chr11 118107805 . A G 937.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.176;QD=58.5745;RBI=0.0188151;REFB=0;REVB=0.0111657;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78766e-05;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr11 118110977 . T C 1536.15 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.603;QD=63.3466;RBI=0.0375127;REFB=0;REVB=-0.0362791;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963198;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:43:53:0:0:43:54:0:0 chr11 118179197 . A G 434.51 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0652285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1241;QD=54.3138;RBI=0.0652294;REFB=0.00797672;REVB=0.000328406;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=9.47051e-05;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:1:0:20:11:1:0 chr11 118182829 . T A 289.19 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.361;QD=52.5795;RBI=0.0201949;REFB=0;REVB=0.0180324;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249074;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr11 118301738 . GA AG,GAA,G 35.94 PASS AF=0.0454545,0,0.318182;AO=2,3,4;DP=22;FAO=1,0,7;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,2;FSAR=1,0,5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.140639,-0.25984,0.237975;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=22.9489,11.3068,14.3309;QD=6.53427;RBI=0.140833,0.259845,0.238044;REFB=-0.00779017,-0.00664059,0.0064054;REVB=-0.00739557,0.00153864,-0.00575645;RO=10;SAF=0,3,0;SAR=2,0,4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.513477,0.71177,-0.650438;STB=0.986952,0.5,0.555391;STBP=0.513,1,0.767;TYPE=mnp,ins,del;VARB=0.132555,0,-0.0136487;OID=.,.,.;OPOS=118301738,118301739,118301739;OREF=GA,-,A;OALT=AG,A,-;OMAPALT=AG,GAA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:33:22:22:10:14:2,3,4:1,0,7:0.0454545,0,0.318182:2,0,4:0,3,0:3:7:1,0,5:0,0,2:5:9 chr11 118393396 . A G 989.81 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9012;QD=59.0934;RBI=0.0198471;REFB=0;REVB=-0.00126719;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133236;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr11 118404804 . G A 142.08 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.06788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6852;QD=20.2971;RBI=0.0706593;REFB=-0.0163437;REVB=0.0196223;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175363;STB=0.555485;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0110468;OID=.;OPOS=118404804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:12:15:16:0.571429:5:10:6:7:6:10:6:6 chr11 118505676 . GT G 1026.85 PASS AF=1;AO=65;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6458;QD=58.6769;RBI=0.145574;REFB=0;REVB=-0.13881;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000278079;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:69:70:70:0:43:27:0:0:6:0:40:25:0:0 chr11 118509668 . A G 1218.42 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0256346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.254;QD=58.7191;RBI=0.0494019;REFB=0.0596522;REVB=-0.0422304;RO=1;SAF=43;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108852;STB=0.511361;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00687739;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:38:43:1:0:38:43:2:0 chr11 118514625 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.803;QD=14.0438;RBI=0.0183914;REFB=-0.00922201;REVB=0.0183914;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431836;OID=.;OPOS=118514625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr11 118529017 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.356;QD=43.486;RBI=0.0732627;REFB=0;REVB=0.0444563;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131669;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr11 118529044 . C CG 171.74 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155233;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=196.883;QD=45.7984;RBI=0.031378;REFB=0;REVB=-0.0272691;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00121177;OID=.;OPOS=118529045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:8:7:0:0:4:0:7:7:0:0 chr11 118529069 . G C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.083603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1047;QD=55.6489;RBI=0.106787;REFB=0;REVB=0.0664373;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410185;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr11 118529078 . G C 418.82 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7524;QD=52.3521;RBI=0.142425;REFB=-0.114465;REVB=0.141888;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620412;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00714086;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:30:31:0.96875:14:16:0:2:15:16:0:1 chr11 118529127 . G A 134.66 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0131196;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.737;QD=15.3891;RBI=0.0131932;REFB=0.00713737;REVB=-0.00139199;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171974;STB=0.599863;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0083045;OID=.;OPOS=118529127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:10:10:5:10:10:10 chr11 118529703 . G A 45.16 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0299725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9626;QD=9.50748;RBI=0.0423798;REFB=-0.0229786;REVB=0.0299615;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636412;STB=0.810067;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0103065;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:18:19:12:12:6:7:0.368421:1:5:2:10:2:5:2:10 chr11 118530611 . T C 268.73 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0304283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.861;QD=22.3941;RBI=0.0413424;REFB=-0.00926948;REVB=0.0279877;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703223;STB=0.539332;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00993239;OID=.;OPOS=118530611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:12:11:14:11:12:11 chr11 118534082 . C T 513.96 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0103687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.656;QD=17.4223;RBI=0.0212248;REFB=-0.00488074;REVB=0.0185198;RO=62;SAF=25;SAR=30;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588485;STB=0.528583;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00679032;OID=.;OPOS=118534082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:30:25:32:30:30:25:32:31 chr11 118620859 . AAAAT A 60.56 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00267303;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=4;MLLD=326.349;QD=7.57051;RBI=0.00620066;REFB=-0.000206647;REVB=-0.00559491;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236005;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=del;VARB=0.000314257;OID=.;OPOS=118620860;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:10:32:11:32:21:5:6:9:12:60:19:4:6:8:11 chr11 118621825 . G GT,T 762.99 PASS AF=1,0;AO=49,6;DP=58;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048641,-0.00940245;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=23.3349,62.5777;QD=52.6197;RBI=0.084168,0.012064;REFB=0,0;REVB=0.0686899,-0.00755868;RO=3;SAF=24,6;SAR=25,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0531864,0.804025;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00298008,0;OID=.,.;OPOS=118621826,118621825;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:3:0:49,6:58,0:1,0:25,0:24,6:0:3:28,0:30,0:0:0 chr11 118622744 . G A 327.38 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016156;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1357;QD=54.5639;RBI=0.0371966;REFB=0;REVB=0.0335048;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133568;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:1:0:24:24:1:14:10:1:0:14:10:0:0 chr11 118757056 . GAAAAAA GAAAA,GAAAAAG 291.1 PASS AF=0.352941,0.647059;AO=4,2;DP=36;FAO=12,22;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=11,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.478463,-0.0544573;FXX=0.0555401;HRUN=16,16;LEN=2,1;MLLD=3.80488,195.651;QD=34.2464;RBI=0.528911,0.0547582;REFB=-0.0946004,-0.0533816;REVB=-0.225432,-0.00573194;RO=0;SAF=0,1;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0035065,0.0153353;OID=.,.;OPOS=118757057,118757062;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.352941,0.647059:4,2:36:12,22:34:0:1,10:11,12:0:0:79:0:0,1:4,1:0:0 chr11 118757191 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0310461;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=299.346;QD=16.8229;RBI=0.0311119;REFB=-0.00727081;REVB=0.00202295;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335683;STB=0.691862;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00378325;OID=.;OPOS=118757191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:5:0:3:4:5:0 chr11 118757201 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.338;QD=39.2068;RBI=0.014417;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52731e-05;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr11 118769442 . A G 394.34 PASS AF=0.42;AO=40;DP=98;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00444852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.719;QD=15.7735;RBI=0.00517668;REFB=-0.0163709;REVB=-0.0026474;RO=53;SAF=16;SAR=24;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742556;STB=0.540574;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0227516;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:53:58:40:42:0.42:24:16:25:28:26:16:26:32 chr11 118769658 . G A 409.54 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0076166;FXX=0.0749813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.679;QD=44.2741;RBI=0.033233;REFB=-0.0206321;REVB=0.0323484;RO=5;SAF=9;SAR=22;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925266;STB=0.539851;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00416099;OID=.;OPOS=118769658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:5:6:31:31:0.837838:22:9:3:2:22:9:3:3 chr11 118828942 . A G 257.97 PASS AF=0.705882;AO=22;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0234073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.802;QD=30.349;RBI=0.0243429;REFB=-0.028164;REVB=-0.00668414;RO=9;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147036;STB=0.570673;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0125824;OID=.;OPOS=118828942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:34:9:10:22:24:0.705882:11:11:2:7:11:13:3:7 chr11 118865465 . C T 90.32 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0227024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.283;QD=16.4211;RBI=0.0306585;REFB=0.00300897;REVB=0.0206045;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236841;STB=0.593048;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00493886;OID=.;OPOS=118865465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:9:11:11:11:0.5:7:4:6:3:7:4:6:5 chr11 118872404 . T C 257.05 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.022654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2375;QD=16.0657;RBI=0.0231988;REFB=0.00870185;REVB=-0.00499824;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154545;STB=0.587481;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00998729;OID=.;OPOS=118872404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:20:9:16:19:20:9:16:19 chr11 118898435 . AC A 463.33 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3238;QD=43.1002;RBI=0.0734208;REFB=-0.0232641;REVB=0.0731885;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00483828;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:43:43:43:0:29:14:0:0:8:1:28:13:0:1 chr11 118919206 . T C 428.86 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.606;QD=57.1808;RBI=0.0345313;REFB=0;REVB=0.0311449;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289238;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 118925341 . G A,T 433.09 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202583,0.0118923;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=159.587,10.9678;QD=55.8831;RBI=0.021601,0.0337576;REFB=0,0;REVB=0.0074969,-0.0315935;RO=0;SAF=21,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.4007e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=4.95116e-05,0.108976;OID=.,.;OPOS=118925341,118925341;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:8,2:21,0:0:0:8,2:21,0:0:0 chr11 118927013 . T C,TC 533.49 PASS AF=0,1;AO=5,32;DP=43;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207396,0.0725101;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=214.121,19.0226;QD=50.8081;RBI=0.0315906,0.0752985;REFB=0,0;REVB=-0.0238293,0.0203016;RO=6;SAF=4,8;SAR=1,24;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0477139,-0.201788;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00323963;OID=.,.;OPOS=118927013,118927014;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:43:42:6:0:5,32:0,42:0,1:1,24:4,8:5:1:0,27:0,15:0:0 chr11 118947634 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1926;QD=54.5148;RBI=0.0328988;REFB=0;REVB=-0.0233475;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29269e-06;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 118962230 . G T 308.3 PASS AF=0.537313;AO=22;DP=61;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0372392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8624;QD=18.406;RBI=0.0555426;REFB=-0.0668668;REVB=0.0412095;RO=24;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252992;STB=0.647389;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0342214;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:24:31:22:36:0.537313:17:5:11:13:30:6:12:19 chr11 118967758 . T C 742.04 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00875605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.133;QD=60.5745;RBI=0.00943152;REFB=-0.0111522;REVB=0.00350502;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184413;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000212336;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:22:25:1:0:22:26:1:0 chr11 118983434 . C T 203.41 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.0276019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.688;QD=10.2992;RBI=0.0276095;REFB=-0.00825342;REVB=0.000647505;RO=49;SAF=16;SAR=10;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705278;STB=0.560209;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0165498;OID=.;OPOS=118983434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:53:26:26:0.329114:10:16:33:16:10:16:37:16 chr11 119005088 . C T 340.46 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4381;QD=54.4738;RBI=0.0650103;REFB=0;REVB=0.054463;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169175;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr11 119005132 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0301328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.525;QD=17.6438;RBI=0.030164;REFB=0.0231873;REVB=0.00137105;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249071;STB=0.648255;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00540662;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:2:5:8:1:2:5 chr11 119043656 . C T 832.8 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00885797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.261;QD=52.0498;RBI=0.0108651;REFB=0.108237;REVB=0.00629174;RO=4;SAF=15;SAR=45;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038395;STB=0.525882;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000378534;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:64:64:4:3:60:61:0.953125:45:15:2:2:46:15:2:1 chr11 119052826 . C A 3849.56 PASS AF=0.996078;AO=250;DP=256;FAO=254;FDP=255;FR=.;FRO=1;FSAF=122;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0924818;FXX=0.01923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7462;QD=60.3853;RBI=0.112213;REFB=-0.15212;REVB=0.0635517;RO=5;SAF=121;SAR=129;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314192;STB=0.502041;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00147066;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:256:255:5:1:250:254:0.996078:129:121:2:3:132:122:1:0 chr11 119054488 . C T 354.32 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0174648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.508;QD=27.7898;RBI=0.0329199;REFB=-0.0272731;REVB=0.0279052;RO=17;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841659;STB=0.53315;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0121604;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:18:33:33:0.647059:14:19:12:5:14:19:12:6 chr11 119059404 . G A 280.05 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.8004;QD=48.7049;RBI=0.0939692;REFB=0;REVB=0.0733404;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163459;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:17:23:1:1:16:0:0:1:22:0:0 chr11 119063908 . C T 117.43 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.106999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.759;QD=21.3501;RBI=0.107206;REFB=-0.0127679;REVB=-0.0066614;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147025;STB=0.583207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0160625;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:3:6:6:7:3:6 chr11 119065709 . G C 500.03 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0638;QD=58.8267;RBI=0.0193812;REFB=0;REVB=0.000569873;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038675;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr11 119181170 . T C 160.72 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0084688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2635;QD=22.1686;RBI=0.0301637;REFB=-0.05515;REVB=0.0289504;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810739;STB=0.570736;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00919988;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:11:12:16:17:0.586207:6:10:8:3:7:10:9:3 chr11 119206375 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.048406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.473;QD=13.456;RBI=0.0485189;REFB=-0.033276;REVB=0.00330856;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106918;STB=0.562392;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0413938;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:4:11:7:4:4:11 chr11 119213303 . C T 236.55 PASS AF=0.388889;AO=24;DP=70;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.000580242;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.962;QD=13.1418;RBI=0.0244497;REFB=-0.0194693;REVB=0.0244428;RO=44;SAF=17;SAR=7;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640426;STB=0.533732;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0290345;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:44:44:24:28:0.388889:7:17:29:15:11:17:29:15 chr11 119216231 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.981;QD=60.9785;RBI=0.0165671;REFB=0;REVB=-0.00169921;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135938;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr11 119229964 . G A 509.66 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=85;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00010724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.936;QD=23.7051;RBI=0.0166024;REFB=-0.0192315;REVB=0.016602;RO=38;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300469;STB=0.511623;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0160527;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:38:47:48:0.55814:23:24:18:20:24:24:18:20 chr11 119244095 . C T 192.95 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00537496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.607;QD=13.782;RBI=0.00970191;REFB=-0.000641672;REVB=0.00807693;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978835;STB=0.568017;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00101195;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:33:23:23:0.410714:12:11:11:18:12:11:12:21 chr11 119252199 . T G 885.7 PASS AF=0.466667;AO=87;DP=191;FAO=91;FDP=195;FR=.;FRO=104;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=-0.00981631;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.174;QD=18.1683;RBI=0.0137124;REFB=-0.0324191;REVB=0.00957446;RO=104;SAF=42;SAR=45;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874192;STB=0.547811;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0448814;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:195:104:104:87:91:0.466667:45:42:41:63:47:44:41:63 chr11 119290034 . G C 276.53 PASS AF=0.916667;AO=23;DP=25;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00945189;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=269.341;QD=46.0887;RBI=0.0177885;REFB=0.0556963;REVB=0.0150696;RO=2;SAF=21;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420974;STB=0.523789;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000240372;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:24:2:2:23:22:0.916667:2:21:2:0:2:20:2:0 chr11 119508844 . C T 157.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00247962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.283;QD=16.105;RBI=0.0309099;REFB=-0.0187682;REVB=-0.0308103;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037855;STB=0.521714;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0297812;OID=.;OPOS=119508844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:15:7:6:11:15:7 chr11 119510644 . A C 3518.56 PASS AF=0.991228;AO=226;DP=228;FAO=226;FDP=228;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00981087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5208;QD=61.7291;RBI=0.0154809;REFB=-0.172992;REVB=0.0119752;RO=1;SAF=120;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447428;STB=0.504672;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00239718;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:228:228:1:2:226:226:0.991228:106:120:0:1:106:120:0:2 chr11 119879327 . C T 176.94 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0330414;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.087;QD=12.2025;RBI=0.033121;REFB=-0.0146265;REVB=-0.0022947;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26401;STB=0.658515;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0178222;OID=.;OPOS=119879327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:22:22:0.37931:5:17:19:15:5:17:20:16 chr11 119879425 . T C 499.24 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0350888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.726;QD=53.9719;RBI=0.0755984;REFB=-0.114236;REVB=0.0669619;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549101;STB=0.529395;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00250003;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:2:2:34:35:0.945946:18:16:2:0:19:16:2:0 chr11 119993897 . CCTCT CCT,CCTC 661.96 PASS AF=1,0;AO=36,5;DP=44;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111537,0.0700768;FXX=0.0666519;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=226.52,204.547;QD=63.0441;RBI=0.112061,0.0703846;REFB=0,0;REVB=0.0108253,0.00657517;RO=0;SAF=19,4;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000177696,0;OID=.,.;OPOS=119993898,119993901;OREF=CT,T;OALT=-,-;OMAPALT=CCT,CCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:36,5:44:42,0:42:0:23,0:19,0:0:0:4:0:19,4:17,1:0:0 chr11 119999191 . A G 199.75 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00340053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.351;QD=13.5426;RBI=0.00435229;REFB=-0.0222496;REVB=-0.0027164;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245348;STB=0.639776;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0409017;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:14:10:23:12:14:10:23:12 chr11 120042082 . G A 74.69 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000959194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.848;QD=10.67;RBI=0.00183653;REFB=-0.0278675;REVB=-0.00156614;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272686;STB=0.654202;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.037239;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:17:18:10:10:0.357143:8:2:7:10:8:2:7:11 chr11 120042087 . T C 75.09 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0601194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9523;QD=11.1241;RBI=0.0692318;REFB=0.00219918;REVB=0.0343322;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294572;STB=0.666296;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00107929;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:8:2:7:9:8:2:7:10 chr11 120099658 . A G 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.852;QD=61.3723;RBI=0.10047;REFB=0;REVB=-0.09955;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162924;OID=.;OPOS=120099658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr11 120099679 . G A 1371.56 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118675;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.44;QD=62.3438;RBI=0.0211774;REFB=0;REVB=0.0175398;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174119;OID=.;OPOS=120099679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:41:45:0:0:41:47:0:0 chr11 120099791 . C T 1763.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.167;QD=60.8068;RBI=0.090372;REFB=0;REVB=0.0824628;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194183;OID=.;OPOS=120099791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:116:0:0:111:116:1:57:54:0:0:61:55:0:0 chr11 120100597 . G A 723.59 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.459;QD=56.752;RBI=0.0140452;REFB=0;REVB=0.00747189;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63829e-05;OID=.;OPOS=120100597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:18:33:0:0 chr11 120111041 . G C 725.45 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.539;QD=56.8982;RBI=0.12103;REFB=0;REVB=0.117557;RO=0;SAF=41;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129394;OID=.;OPOS=120111041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:42:51:1:1:41:0:0:3:48:0:0 chr11 120175749 . A G 1170.51 PASS AF=1;AO=67;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000345475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0638;QD=60.0264;RBI=0.00703953;REFB=0;REVB=0.00703105;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67505e-05;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:67:78:1:29:38:0:0:38:40:0:0 chr11 120190066 . TAAAAAAAAG TAAAAAAA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAGG 104.53 PASS AF=0.173077,0,0;AO=26,29,16;DP=228;FAO=36,0,0;FDP=208;FR=.;FRO=172;FSAF=7,0,0;FSAR=29,0,0;FSRF=86;FSRR=86;FWDB=-0.0872929,-0.0159734,0.0712516;FXX=0.00952336;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=16.5522,7.7629,12.8848;QD=2.01018;RBI=0.0920209,0.123135,0.170392;REFB=-0.0179605,-0.0122681,0.00383096;REVB=0.0291167,-0.122095,-0.154779;RO=107;SAF=4,12,16;SAR=22,17,0;SRF=65;SRR=42;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.566022,-0.241901,0.654764;STB=0.769973,0.5,0.5;STBP=0.002,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0688309,0,0;OID=.,.,.;OPOS=120190074,120190067,120190074;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173077,0,0:26,29,16:228:36,0,0:208:172:7,0,0:29,0,0:86:86:99:107:4,12,16:22,17,0:65:42 chr11 120292570 . T A 830.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.399;QD=57.2627;RBI=0.0380336;REFB=0;REVB=0.0220393;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09649e-05;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:42:14:0:0:42:16:0:0 chr11 120317134 . T A 219.02 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00445945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.391;QD=23.678;RBI=0.0221465;REFB=-0.00417138;REVB=0.0216929;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137237;STB=0.576848;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00400507;OID=.;OPOS=120317134;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:8:8:14:7:8:8 chr11 120355230 . A G 341.65 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0274151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5316;QD=18.4675;RBI=0.0300992;REFB=-0.0100004;REVB=0.0124247;RO=38;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271502;STB=0.515143;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.022017;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:20:16:18:20:20:16:18:20 chr11 120745874 . C T 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0028546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.146;QD=15.1115;RBI=0.00967011;REFB=-0.0160991;REVB=-0.00923917;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299047;STB=0.668562;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0162996;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:26:12:18:11:26:12 chr11 120776000 . AG A,AA 850.63 PASS AF=0.0655738,0.918033;AO=22,37;DP=61;FAO=4,56;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=4,26;FSAR=0,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342477,0.0317042;FXX=0.0468677;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.972,241.432;QD=55.7788;RBI=0.106316,0.115572;REFB=0.0281624,0.0251868;REVB=0.100649,0.111139;RO=1;SAF=4,25;SAR=18,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10217,-0.0183679;STB=0.5,0.509431;STBP=1,0.317;TYPE=del,snp;VARB=-0.0347031,0.00293653;OID=.,.;OPOS=120776001,120776001;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0655738,0.918033:22,37:61:4,56:61:1:4,26:0,30:1:0:13:1:4,25:18,12:1:0 chr11 120823608 . G A 359.92 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00272754;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.998;QD=16.3598;RBI=0.00272811;REFB=-0.0116645;REVB=-5.5607e-05;RO=48;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20707;STB=0.615325;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0216704;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:48:49:38:39:0.443182:15:23:19:29:15:24:20:29 chr11 120827609 . A G 777.69 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5273;QD=50.9959;RBI=0.0447672;REFB=-0.131333;REVB=-0.0297503;RO=4;SAF=31;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257026;STB=0.505719;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0221924;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:61:61:4:3:57:58:0.95082:26:31:3:1:26:32:2:1 chr11 120989335 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.665;QD=60.2303;RBI=0.0164059;REFB=0;REVB=0.00808737;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92379e-05;OID=.;OPOS=120989335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr11 120996292 . A G 1386.82 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.135;QD=62.3291;RBI=0.034888;REFB=0;REVB=0.0345689;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46434e-05;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:47:42:0:0 chr11 121000774 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000773305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.753;QD=57.2014;RBI=0.00775233;REFB=0;REVB=-0.00771366;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39778e-05;OID=.;OPOS=121000774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 121000784 . T C 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5169;QD=59.427;RBI=0.0213768;REFB=0;REVB=-0.0212917;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268039;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr11 121032978 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.068;QD=55.6561;RBI=0.0255489;REFB=0;REVB=-0.0135781;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44807e-05;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr11 121403229 . T C 1388.75 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.973;QD=62.4157;RBI=0.0287802;REFB=0;REVB=-0.00398107;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8225e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:48:39:0:0:48:41:0:0 chr11 121437819 . C G 625.91 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164049;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.87;QD=61.0644;RBI=0.024597;REFB=0;REVB=0.0183274;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8055e-05;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr11 121448090 . T G 72.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0286472;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.042;QD=7.82471;RBI=0.0311479;REFB=-0.00373551;REVB=-0.0122284;RO=27;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433629;STB=0.772158;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0136334;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:27:27:10:10:0.27027:2:8:12:15:2:8:12:15 chr11 121456962 . C T 195.78 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0146425;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.069;QD=26.1047;RBI=0.0296584;REFB=-0.012599;REVB=0.0257918;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212716;STB=0.623482;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00409556;OID=.;OPOS=121456962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:30:11:11:18:19:0.633333:12:6:7:4:13:6:7:4 chr11 121475904 . CA C,CC 36.96 PASS AF=0.2,0.075;AO=12,3;DP=39;FAO=8,3;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3,0;FSAR=5,3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.138976,0.0762834;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.83335,21.0738;QD=3.69635;RBI=0.147624,0.0870092;REFB=-0.0966716,-0.0554162;REVB=-0.0497864,0.0418503;RO=21;SAF=3,0;SAR=9,3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.313907,-0.598305;STB=0.585989,0.996271;STBP=0.597,0.072;TYPE=del,snp;VARB=0.119177,0.0753458;OID=.,.;OPOS=121475905,121475905;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.075:12,3:39:8,3:40:29:3,0:5,3:14:15:23:21:3,0:9,3:11:10 chr11 121475922 . T A 270.01 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0106737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.19;QD=22.9795;RBI=0.0111127;REFB=-0.00890505;REVB=0.00309237;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299271;STB=0.506891;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0101386;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:14:11:10:11:14:11:10:12 chr11 121491782 . G A 1476.2 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00354369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0336;QD=62.1557;RBI=0.0279409;REFB=0.0461567;REVB=-0.0277153;RO=1;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117059;STB=0.506171;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000455092;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:40:54:0:1:40:54:0:1 chr11 122022927 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.951;QD=58.5875;RBI=0.0350978;REFB=0;REVB=-0.00678085;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109397;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr11 122322268 . A C 1396.23 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5554;QD=62.7519;RBI=0.0398655;REFB=0;REVB=-0.0256524;RO=0;SAF=20;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78144e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71216e-05;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:69:20:0:0:69:20:0:0 chr11 122430682 . C A 1293.99 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.555;QD=61.6184;RBI=0.0363263;REFB=0;REVB=0.0359978;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010993;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:43:41:0:0 chr11 122665437 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.54;QD=57.6806;RBI=0.0285164;REFB=0;REVB=0.0258208;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016307;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr11 122671963 . T A 351.4 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0204221;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.442;QD=17.7926;RBI=0.0239294;REFB=-0.0107718;REVB=-0.0124721;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358627;STB=0.527962;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00983422;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:41:42:37:37:0.468354:23:14:17:24:23:14:18:24 chr11 122738261 . A G 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00969741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.94;QD=11.8281;RBI=0.0159356;REFB=-0.00679136;REVB=-0.0126453;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255529;STB=0.64911;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0133506;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:4:14:6:5:4:14 chr11 122742028 . C G 99.26 PASS AF=0.571429;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0235099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.195;QD=18.9058;RBI=0.030059;REFB=-0.0373607;REVB=0.0187305;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238796;OID=.;OPOS=122742028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:9:9:10:12:0.571429:3:7:6:3:4:8:6:3 chr11 122742428 . T G 68.72 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0658822;FXX=0.0454339;HRUN=6;LEN=1;MLLD=136.044;QD=13.0889;RBI=0.0712062;REFB=-0.0151363;REVB=0.0270157;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196145;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:21:11:12:9:9:0.428571:6:3:4:7:6:3:4:8 chr11 122805487 . A G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0175803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.56;QD=10.474;RBI=0.0226761;REFB=-0.00930484;REVB=-0.0143226;RO=37;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213709;STB=0.626724;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0156867;OID=.;OPOS=122805487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:14:5:16:21:14:5:16:21 chr11 122928622 . A G 290.45 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.401;QD=52.8097;RBI=0.149085;REFB=0;REVB=-0.00217983;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127919;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:17:2:0:0:17:5:0:0 chr11 122929624 . A G 1054.18 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.048;QD=56.9828;RBI=0.0280015;REFB=-0.113388;REVB=0.0229326;RO=2;SAF=35;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026257;STB=0.513885;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000554609;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:37:35:2:0:37:35:2:0 chr11 122930127 . G GCGAGT 150.26 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0195824;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=5;MLLD=279.793;QD=35.356;RBI=0.0199176;REFB=-0.0559078;REVB=-0.00363842;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289969;STB=0.517217;STBP=0.796;TYPE=ins;VARB=0.014088;OID=.;OPOS=122930128;OREF=-;OALT=CGAGT;OMAPALT=GCGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:14:18:14:17:3:6:8:1:2:16:4:6:8:2:2 chr11 122943801 . AT A,AC 356.06 PASS AF=0.25,0.75;AO=6,19;DP=28;FAO=7,21;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=7,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369725,0.0321791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.62,111.846;QD=50.865;RBI=0.0413716,0.0335784;REFB=0,0;REVB=0.0185647,0.00959245;RO=1;SAF=0,6;SAR=6,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782178,-0.0705879;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.010113,-0.000649493;OID=.,.;OPOS=122943802,122943802;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:6,19:28:7,21:28:0:0,7:7,14:0:0:29:1:0,6:6,13:1:0 chr11 122955402 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000874043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.373;QD=51.9167;RBI=0.00789557;REFB=0;REVB=0.00784704;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99819e-05;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr11 123065683 . C T 405.86 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0286837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8364;QD=20.8135;RBI=0.0431507;REFB=-0.0239086;REVB=0.0322371;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952296;STB=0.539166;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0127434;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:37:40:41:0.525641:20:20:14:22:21:20:15:22 chr11 123598941 . T C 500.19 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0166481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.158;QD=15.5097;RBI=0.0289823;REFB=-0.0105343;REVB=-0.0237237;RO=73;SAF=19;SAR=35;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939109;STB=0.553326;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.015163;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:74:54:55:0.426357:35:19:32:41:36:19:32:42 chr11 123676231 . G T 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0032132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.444;QD=18.5769;RBI=0.0123686;REFB=-0.00693286;REVB=-0.011944;RO=31;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177956;STB=0.599506;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.007484;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:20:11:17:14:20:11:17:14 chr11 123753937 . A G 399.11 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0161174;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3884;QD=20.733;RBI=0.0205709;REFB=-0.0201755;REVB=-0.0127824;RO=37;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220333;STB=0.512189;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0211745;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:37:40:40:0.519481:15:25:24:13:15:25:24:13 chr11 123754844 . T C 825.46 PASS AF=0.967213;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0141747;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.297;QD=54.1286;RBI=0.0395748;REFB=-0.162684;REVB=0.0369491;RO=2;SAF=30;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304049;STB=0.516124;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00198165;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:61:2:2:57:59:0.967213:27:30:2:0:29:30:2:0 chr11 123777302 . T G 180.53 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0148338;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.676;QD=10.9412;RBI=0.0161037;REFB=-0.00530842;REVB=-0.00626783;RO=43;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116742;STB=0.550221;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00911062;OID=.;OPOS=123777302;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:43:43:22:23:0.348485:13:9:22:21:13:10:22:21 chr11 123777412 . A G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0629554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.677;QD=4.81088;RBI=0.0633644;REFB=-0.00275113;REVB=-0.00718782;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125574;STB=0.585073;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00704443;OID=.;OPOS=123777412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:13:10:2:4:13:10 chr11 123777497 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0216694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.712;QD=26.3055;RBI=0.0652809;REFB=-0.019235;REVB=0.0615795;RO=13;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474927;STB=0.526291;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0104535;OID=.;OPOS=123777497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:6:15:10:3:6:15:10:3 chr11 123777536 . G A 230.08 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00192477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1306;QD=17.6983;RBI=0.0318591;REFB=-0.0138577;REVB=0.0318009;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381485;STB=0.546304;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0329325;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:25:27:25:25:0.480769:9:16:15:10:9:16:15:12 chr11 123777861 . T C 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0100616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.79;QD=9.21741;RBI=0.0187987;REFB=-0.00842634;REVB=-0.0158794;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885852;STB=0.553125;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0209156;OID=.;OPOS=123777861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:18:19:7:9:18:19 chr11 123777986 . T C 95.85 PASS AF=0.25;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00426442;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.065;QD=6.84633;RBI=0.0123628;REFB=-0.0107529;REVB=-0.0116041;RO=43;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216758;STB=0.626107;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0364056;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:57:56:43:42:14:14:0.25:9:5:23:20:9:5:22:20 chr11 123778031 . G A 93.78 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00852953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.224;QD=10.4201;RBI=0.016817;REFB=-0.010386;REVB=0.0144934;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359081;STB=0.728181;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0213124;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:23:24:12:12:0.333333:9:3:13:10:9:3:14:10 chr11 123778173 . T G 40.25 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0578667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8292;QD=14.6375;RBI=0.102941;REFB=-0.039173;REVB=-0.0851374;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0296527;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:5:1:1:3:5:1:2:3 chr11 123886307 . CA TG 366.0 PASS AF=0.346154;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.0135704;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.246;QD=11.2615;RBI=0.0256072;REFB=-0.0079349;REVB=-0.0217157;RO=85;SAF=20;SAR=25;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093221;STB=0.553392;STBP=0.427;TYPE=mnp;VARB=0.0161007;OID=.;OPOS=123886307;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:85:85:45:45:0.346154:25:20:31:54:25:20:31:54 chr11 123886681 . A G 512.75 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0103415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4197;QD=27.3464;RBI=0.037356;REFB=-0.0534887;REVB=-0.035896;RO=27;SAF=17;SAR=30;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183458;STB=0.594019;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.022177;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:28:47:47:0.626667:30:17:17:10:30:17:17:11 chr11 123886865 . T A 802.14 PASS AF=0.56391;AO=75;DP=133;FAO=75;FDP=133;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0195413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7214;QD=24.1244;RBI=0.0488798;REFB=-0.0447961;REVB=0.0448037;RO=57;SAF=36;SAR=39;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036668;STB=0.523746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0317955;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:57:58:75:75:0.56391:39:36:30:27:39:36:31:27 chr11 123886984 . A G 548.66 PASS AF=0.548387;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.000769515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.245;QD=23.5983;RBI=0.0156234;REFB=-0.00838706;REVB=-0.0156045;RO=42;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363688;STB=0.515171;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00759463;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:42:50:51:0.548387:26:24:22:20:26:25:22:20 chr11 123887164 . A C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0206543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.893;QD=14.2417;RBI=0.0224733;REFB=-0.00776679;REVB=-0.00885706;RO=31;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240323;STB=0.639668;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0125328;OID=.;OPOS=123887164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:18:4:11:20:18:4:11:20 chr11 123887184 . T G 104.27 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0220842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.235;QD=10.4274;RBI=0.0235337;REFB=-0.00468783;REVB=0.00813164;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145263;STB=0.58809;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0145952;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:10:3:9:18:10:3:9:18 chr11 123894136 . A G 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.019371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.819;QD=5.08281;RBI=0.0211097;REFB=-0.0175043;REVB=-0.00838954;RO=51;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159017;STB=0.611788;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0528344;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:67:51:53:14:14:0.208955:7:7:19:32:7:7:19:34 chr11 123901175 . C A 449.75 PASS AF=0.489362;AO=43;DP=91;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0303133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.49;QD=19.1383;RBI=0.0303967;REFB=-0.0225592;REVB=0.0022499;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667057;STB=0.50141;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0197384;OID=.;OPOS=123901175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:46:48:43:46:0.489362:19:24:26:20:20:26:27:21 chr11 123909026 . C T 586.13 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.065834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3649;QD=23.682;RBI=0.0682436;REFB=-0.0621594;REVB=-0.0179742;RO=41;SAF=28;SAR=26;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120052;STB=0.553712;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0418526;OID=.;OPOS=123909026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:45:54:54:0.545455:26:28:15:26:26:28:18:27 chr11 123909637 . G T 156.1 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0048886;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.076;QD=10.9545;RBI=0.086711;REFB=-0.00692903;REVB=-0.0865731;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117835;STB=0.608898;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00824833;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:37:20:20:0.350877:7:13:18:15:7:13:18:19 chr11 123909671 . G A 309.23 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0560759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9614;QD=16.064;RBI=0.0562213;REFB=-0.00897492;REVB=-0.00403983;RO=43;SAF=11;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150159;STB=0.584854;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00653424;OID=.;OPOS=123909671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:23:11:20:23:23:11:20:23 chr11 124015994 . C T 900.54 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.665;QD=58.0995;RBI=0.0463023;REFB=0;REVB=0.00304156;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179639;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:29:31:0:0:31:31:0:0 chr11 124056377 . T C 465.64 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0289642;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.062;QD=21.9124;RBI=0.0401736;REFB=-0.0222501;REVB=-0.0278387;RO=38;SAF=30;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12486;STB=0.571396;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0241082;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:40:45:45:0.529412:15:30:20:18:15:30:21:19 chr11 124056566 . G A 110.97 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0327349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3714;QD=12.3295;RBI=0.0438251;REFB=-0.00737849;REVB=-0.0291388;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11893;STB=0.585457;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0206945;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:9:4:9:13:10:4:9:13 chr11 124056732 . T G 317.81 PASS AF=0.493151;AO=30;DP=69;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00223646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8745;QD=17.4141;RBI=0.0073652;REFB=-0.0246259;REVB=-0.00701744;RO=29;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318721;STB=0.655654;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0510349;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:29:37:30:36:0.493151:21:9:19:10:22:14:26:11 chr11 124056787 . G A 221.03 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00279665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5644;QD=18.0433;RBI=0.00784129;REFB=-0.0128223;REVB=-0.00732561;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274036;STB=0.500959;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.011522;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:13:8:11:16:13:9:11:16 chr11 124095647 . A C 342.07 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0087137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3173;QD=12.9085;RBI=0.0153207;REFB=-0.0316937;REVB=-0.0126014;RO=65;SAF=15;SAR=26;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140323;STB=0.579932;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0434698;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:26:15:32:33:26:15:32:33 chr11 124095884 . A G 134.75 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00155612;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.434;QD=15.4004;RBI=0.00882914;REFB=-0.0205517;REVB=-0.00869092;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304843;STB=0.627277;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0274595;OID=.;OPOS=124095884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:18:20:13:15:0.428571:9:4:11:7:10:5:11:9 chr11 124096247 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0151097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.881;QD=10.1405;RBI=0.0247816;REFB=-0.00414103;REVB=-0.0196425;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332767;STB=0.51997;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00847555;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:10:18:8:5:10:18 chr11 124096275 . T C 83.09 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00384871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.167;QD=9.49591;RBI=0.0197554;REFB=-0.0059225;REVB=0.0193769;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909731;STB=0.554817;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0140116;OID=.;OPOS=124096275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:7:17:7:4:7:17 chr11 124096277 . G A 82.64 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0356552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2281;QD=8.93423;RBI=0.0357164;REFB=-0.0216897;REVB=0.00209001;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123187;STB=0.574458;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0421213;OID=.;OPOS=124096277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:7:19:7:4:7:19 chr11 124121199 . G C 1576.26 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00838294;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.416;QD=58.9255;RBI=0.00840744;REFB=-0.0610114;REVB=0.000641426;RO=0;SAF=68;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-2.62537e-05;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:38:68:0:0:38:68:1:0 chr11 124134743 . G A 263.94 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000897225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4114;QD=50.2749;RBI=0.0777043;REFB=0;REVB=-0.0776991;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00240113;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr11 124135009 . G A 815.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3384;QD=56.2254;RBI=0.0162648;REFB=0;REVB=-0.00906423;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133933;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:29:29:0:0 chr11 124135438 . G A 996.0 PASS AF=0.922078;AO=71;DP=77;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0178911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5901;QD=51.7402;RBI=0.0179484;REFB=-0.0241737;REVB=-0.00143287;RO=6;SAF=38;SAR=33;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690268;STB=0.522443;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0174448;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:77:77:6:6:71:71:0.922078:33:38:6:0:32:39:5:1 chr11 124135481 . C T 1097.24 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1719;QD=59.3104;RBI=0.0871092;REFB=0;REVB=0.013907;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705568;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:73:74:1:31:42:1:0:31:43:0:0 chr11 124135662 . A G 42.82 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0186718;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5587;QD=4.62956;RBI=0.0293152;REFB=0.00385141;REVB=0.0225997;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467781;STB=0.803456;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0183889;OID=.;OPOS=124135662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:37:30:30:7:7:0.189189:2:5:9:21:2:5:9:21 chr11 124135688 . C T 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0494687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.603;QD=3.33867;RBI=0.049473;REFB=0.00174177;REVB=0.000657039;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253343;STB=0.674489;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0149994;OID=.;OPOS=124135688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:3:3:10:24:3:3:10:24 chr11 124135694 . C T 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.000720713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.56;QD=3.33867;RBI=0.00079749;REFB=-0.000626488;REVB=0.000341412;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253343;STB=0.674489;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0084506;OID=.;OPOS=124135694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:3:3:10:24:3:3:10:24 chr11 124135697 . C T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00155226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.284;QD=3.24569;RBI=0.012578;REFB=-0.00691889;REVB=-0.0124819;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226802;STB=0.658062;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0357821;OID=.;OPOS=124135697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:11:24:3:3:11:24 chr11 124179835 . C T 708.41 PASS AF=0.616822;AO=66;DP=107;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.032795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3076;QD=26.4825;RBI=0.0495936;REFB=-0.0161729;REVB=-0.0372024;RO=40;SAF=30;SAR=36;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13531;STB=0.568507;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0105807;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:40:41:66:66:0.616822:36:30:26:14:36:30:26:15 chr11 124180082 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0503369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.151;QD=9.91658;RBI=0.0504249;REFB=-0.0111761;REVB=-0.00297885;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148744;STB=0.59236;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0118151;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:8:1:3:14:8:1:3:14 chr11 124180282 . A C 269.4 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=43;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0141872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.011;QD=23.4262;RBI=0.0151207;REFB=-0.0187558;REVB=-0.00523065;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133753;STB=0.559952;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0213442;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:20:21:23:25:0.543478:14:9:11:9:14:11:12:9 chr11 124189944 . A G 259.25 PASS AF=0.422535;AO=25;DP=66;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.015154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.872;QD=14.6057;RBI=0.0265944;REFB=-0.0355452;REVB=0.0218544;RO=41;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699904;STB=0.537547;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0533734;OID=.;OPOS=124189944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:41:41:25:30:0.422535:15:10:19:22:18:12:19:22 chr11 124252422 . G A 215.71 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00893651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.992;QD=15.1377;RBI=0.00925517;REFB=-0.0041498;REVB=0.00240767;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573547;STB=0.533871;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00559516;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:32:24:25:0.438596:11:13:15:16:11:14:16:16 chr11 124252718 . G A 54.03 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0533223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.266;QD=10.2913;RBI=0.0551933;REFB=-0.00807735;REVB=-0.0142488;RO=13;SAF=0;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.724122;STB=0.685717;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0106575;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:21:13:13:7:8:0.380952:7:0:4:9:7:1:4:9 chr11 124252892 . A G 104.76 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0163185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5988;QD=10.7447;RBI=0.0164987;REFB=0.00198828;REVB=-0.00243166;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160115;STB=0.596854;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00479765;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:10:3:9:17:10:3:9:17 chr11 124253147 . A G 191.23 PASS AF=0.316456;AO=26;DP=78;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.000601475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8936;QD=9.68244;RBI=0.0242911;REFB=-0.0202383;REVB=-0.0242837;RO=52;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245074;STB=0.534128;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.043893;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:52:54:26:25:0.316456:17:9:17:35:16:9:17:37 chr11 124253161 . G A 156.28 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0225261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6749;QD=9.47159;RBI=0.0277831;REFB=0.0117736;REVB=-0.0162627;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708767;STB=0.53496;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0398025;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:40:45:21:21:0.318182:13:8:15:25:13:8:15:30 chr11 124253170 . G A 151.54 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00236297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.033;QD=10.1029;RBI=0.00236678;REFB=-0.00330459;REVB=0.000134259;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307525;STB=0.518098;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00509098;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:13:7:15:25:13:7:15:25 chr11 124253181 . T C 322.16 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00866525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.523;QD=23.8638;RBI=0.0154963;REFB=-0.0230525;REVB=0.0128471;RO=22;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043896;STB=0.528949;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0142138;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:20:11:9:13:21:11:9:13 chr11 124266906 . C T 96.11 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0137689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.947;QD=12.0133;RBI=0.0219581;REFB=-0.014443;REVB=-0.0171049;RO=20;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503523;STB=0.810814;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0367788;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:11:1:8:12:11:1:8:12 chr11 124266912 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0588968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.985;QD=12.0239;RBI=0.0601902;REFB=-0.0117705;REVB=0.0124112;RO=20;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503523;STB=0.810814;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0139349;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:11:1:8:12:11:1:8:12 chr11 124294236 . A G 152.36 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=9.66545e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.646;QD=12.9672;RBI=0.00659335;REFB=-0.0104536;REVB=0.00659264;RO=29;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247887;STB=0.640658;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0247323;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:14:3:10:19:14:3:10:20 chr11 124294349 . C A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00918362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.614;QD=11.8306;RBI=0.0409802;REFB=-0.00741156;REVB=-0.0399379;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47093;STB=0.791409;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00966157;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:1:10:11:7:1:10:11:7 chr11 124294377 . A G 107.93 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0254985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5531;QD=13.0819;RBI=0.0255567;REFB=0.00619864;REVB=0.001725;RO=19;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567282;STB=0.838499;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0108595;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:20:13:13:0.393939:1:12:10:9:1:12:11:9 chr11 124294703 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00737007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.976;QD=15.8391;RBI=0.0119348;REFB=-0.0141538;REVB=-0.0093873;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170899;STB=0.59976;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00909483;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:2:5:4:4:2:5 chr11 124310622 . A G 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.012787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.867;QD=18.6363;RBI=0.0157525;REFB=-0.0184013;REVB=-0.00919959;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0160389;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:6:10:11:5:6:10 chr11 124440362 . C G 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0397335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.782;QD=19.1557;RBI=0.0478638;REFB=-0.0320251;REVB=0.0266869;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141864;STB=0.580566;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.04594;OID=.;OPOS=124440362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:7:14:12:11:7:14:12:11 chr11 124440617 . C T 952.07 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193365;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.742;QD=58.5889;RBI=0.0203687;REFB=0;REVB=0.00640175;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33226e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:46:16:0:0:47:18:0:0 chr11 124487338 . C T 342.64 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0135819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.974;QD=16.1243;RBI=0.0187841;REFB=-0.00156892;REVB=-0.012976;RO=48;SAF=27;SAR=10;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252062;STB=0.642775;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00152284;OID=.;OPOS=124487338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:10:27:24:24:10:27:24:24 chr11 124742365 . G A 245.51 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0387942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9134;QD=11.6911;RBI=0.0748701;REFB=-0.0264571;REVB=0.0640355;RO=53;SAF=9;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162451;STB=0.589411;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0190279;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:53:54:30:30:0.357143:21:9:23:30:21:9:23:31 chr11 124747837 . G A 311.04 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0147484;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.335;QD=16.1577;RBI=0.0149027;REFB=-0.00952899;REVB=0.00213903;RO=43;SAF=9;SAR=25;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350626;STB=0.698203;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0179105;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:25:9:26:17:25:9:26:17 chr11 124756995 . G A 89.55 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0268988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.589;QD=15.5742;RBI=0.0368146;REFB=-0.0252433;REVB=0.025135;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160306;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0177362;OID=.;OPOS=124756995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:7:4:6:5:7:4:6:6 chr11 124766128 . A G 431.58 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00297955;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.768;QD=13.5931;RBI=0.0677279;REFB=-0.0177944;REVB=-0.0676624;RO=72;SAF=30;SAR=19;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767223;STB=0.583712;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0266017;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:72:78:49:49:0.385827:19:30:39:33:18:31:39:39 chr11 124767067 . T C 86.84 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00959591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9242;QD=12.8656;RBI=0.0272438;REFB=-0.0168357;REVB=0.0254979;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0279698;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:8:8:5:6:8:8 chr11 124789755 . T C 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.753;QD=57.5421;RBI=0.0318724;REFB=0;REVB=0.00700897;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135547;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr11 124793682 . T C 768.26 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214079;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.073;QD=64.0217;RBI=0.0214684;REFB=0;REVB=-0.00161095;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118303;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr11 124951311 . T C 301.06 PASS AF=0.395349;AO=28;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.000548443;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=221.287;QD=14.003;RBI=0.00139727;REFB=-0.00348134;REVB=-0.00128514;RO=29;SAF=22;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452031;STB=0.725662;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00911156;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:29:52:28:34:0.395349:6:22:9:20:7:27:24:28 chr11 124955032 . T C 631.73 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.816;QD=61.6321;RBI=0.0527001;REFB=0;REVB=0.0447171;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508183;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr11 124972208 . A G 234.3 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00561704;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.188;QD=24.0306;RBI=0.0114897;REFB=-0.0295465;REVB=-0.0100231;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182786;STB=0.589665;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00781417;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:21:22:0.564103:10:11:5:12:11:11:5:12 chr11 124972518 . A G 222.35 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0535822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1295;QD=13.4758;RBI=0.0651595;REFB=-0.0160947;REVB=0.037077;RO=38;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067545;STB=0.517308;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0386531;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:38:39:26:27:0.409091:10:16:21:17:11:16:22:17 chr11 124972522 . T C 255.15 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0132441;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.055;QD=15.2326;RBI=0.0215215;REFB=-0.00748989;REVB=0.0169638;RO=37;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500693;STB=0.5351;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0145917;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:38:29:29:0.432836:14:15:21:16:14:15:22:16 chr11 125003004 . A G 278.26 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00540815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.777;QD=48.393;RBI=0.068406;REFB=-0.0513769;REVB=0.0681919;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.545411;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00680545;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:23:0:1:21:22:0.956522:16:5:0:0:17:5:1:0 chr11 125301587 . T C 746.79 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.96;QD=63.5564;RBI=0.057567;REFB=0;REVB=-0.0551671;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141152;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr11 125301633 . A G 377.92 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00867426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.887;QD=24.382;RBI=0.0137823;REFB=-0.000426042;REVB=-0.0107103;RO=25;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832813;STB=0.545667;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000434058;OID=.;OPOS=125301633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:18:19:10:15:18:19:10:15 chr11 125303194 . C A 242.47 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0713645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.483;QD=14.9211;RBI=0.0713834;REFB=-0.0165953;REVB=0.00164074;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302812;STB=0.663659;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0150718;OID=.;OPOS=125303194;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:18:10:24:12:18:10:24:13 chr11 125326026 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00698237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.496;QD=19.1341;RBI=0.0205996;REFB=-0.011699;REVB=0.0193801;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00413229;OID=.;OPOS=125326026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr11 125452300 . A AC 468.86 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.9197;QD=39.0717;RBI=0.0827348;REFB=-0.0187625;REVB=0.0117183;RO=4;SAF=21;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00592887;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:48:48:48:0:23:25:0:0:7:4:21:22:2:2 chr11 125479363 . G A 227.95 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00316994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.097;QD=11.5417;RBI=0.0171289;REFB=-0.00597765;REVB=-0.016833;RO=51;SAF=12;SAR=16;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198083;STB=0.614206;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0171051;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:16:12:31:20:16:12:31:20 chr11 125479496 . C T 276.19 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0227659;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.645;QD=15.1339;RBI=0.0272017;REFB=-0.0206253;REVB=0.0148877;RO=45;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186736;STB=0.587245;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0370176;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:45:42:31:31:0.424658:18:13:27:18:18:13:24:18 chr11 125525195 . A G 1627.05 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647765;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.886;QD=59.1653;RBI=0.00876104;REFB=0;REVB=-0.00589881;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158262;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:107:110:1:57:50:0:0:58:52:0:0 chr11 125617610 . A G 304.55 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00357854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.677;QD=20.3034;RBI=0.00616473;REFB=-0.0168985;REVB=-0.00501976;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117814;STB=0.547787;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0126081;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:28:31:32:0.533333:17:14:16:11:17:15:16:12 chr11 125648503 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.237;QD=64.1533;RBI=0.0455262;REFB=0;REVB=0.000621241;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96524e-05;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr11 125707761 . A C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00331028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.014;QD=19.7626;RBI=0.019671;REFB=-0.0123267;REVB=0.0193904;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167399;STB=0.50276;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0106272;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:10:13:14:10:10:13:14:11 chr11 125708198 . C T 556.8 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.452;QD=60.1943;RBI=0.0202227;REFB=0;REVB=0.0178389;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7465e-05;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr11 125708293 . T G 176.53 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.010131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.162;QD=15.0234;RBI=0.0562697;REFB=-0.00937934;REVB=0.0553502;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320821;STB=0.693131;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0237411;OID=.;OPOS=125708293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:12:6:18:10:13:6:18:10 chr11 125763746 . C G 771.52 PASS AF=0.510345;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0399705;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4302;QD=21.2834;RBI=0.0530835;REFB=-0.0140257;REVB=0.0349316;RO=70;SAF=35;SAR=39;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365566;STB=0.516696;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0104465;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:70:71:74:74:0.510345:39:35:36:34:39:35:36:35 chr11 125766044 . C A 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00182531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.674;QD=27.3092;RBI=0.0263658;REFB=-0.00722387;REVB=-0.0263025;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127541;STB=0.507037;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00474693;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:15:14:10:10:15:14:10:10 chr11 125766173 . A C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.507;QD=59.0119;RBI=0.0338828;REFB=0;REVB=0.00578333;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187157;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 125769354 . T C 298.82 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00551685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.246;QD=23.9055;RBI=0.00787455;REFB=0.00228676;REVB=-0.00561897;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447282;STB=0.524869;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00144846;OID=.;OPOS=125769354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:15:12:9:14:15:12:9:14 chr11 125788678 . T C 2296.39 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011759;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.011;QD=62.9147;RBI=0.0352366;REFB=-0.0269546;REVB=0.0332166;RO=1;SAF=49;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492847;STB=0.50259;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000333178;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:146:1:1:145:145:0.993151:96:49:0:1:96:49:0:1 chr11 125810714 . T C 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00604525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.411;QD=9.9156;RBI=0.00922949;REFB=-0.0077577;REVB=-0.00697413;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234373;STB=0.514254;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0140563;OID=.;OPOS=125810714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:6:11:6:3:6:11 chr11 125810721 . G A 65.29 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.052052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4808;QD=10.8822;RBI=0.0560186;REFB=0.00606805;REVB=-0.0207043;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0116346;OID=.;OPOS=125810721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:5:10:6:3:5:10 chr11 125812875 . G A 344.94 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0257696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7104;QD=19.1633;RBI=0.089501;REFB=0.0305037;REVB=0.0857109;RO=36;SAF=11;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229456;STB=0.615319;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0337007;OID=.;OPOS=125812875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:36:35:36:0.5:24:11:20:16:24:12:20:16 chr11 125813527 . G A 161.53 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00113925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.464;QD=14.6846;RBI=0.00420507;REFB=-0.0188974;REVB=-0.0040478;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194869;STB=0.624858;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0261736;OID=.;OPOS=125813527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:26:17:18:0.409091:11:6:13:11:12:6:14:12 chr11 125825708 . A G 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0135643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.301;QD=16.4783;RBI=0.0264246;REFB=-0.00733528;REVB=-0.0226775;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266345;STB=0.652324;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00785905;OID=.;OPOS=125825708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:16:9:12:7:16:9 chr11 125830970 . A T 885.18 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.556;QD=58.0448;RBI=0.033225;REFB=0;REVB=-0.0311376;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66658e-05;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr11 125848261 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.169;QD=49.5992;RBI=0.0085341;REFB=0;REVB=-0.00354166;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61447e-05;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 125871735 . C T 350.87 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00659691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.517;QD=15.4227;RBI=0.0251537;REFB=0.00394549;REVB=-0.0242732;RO=52;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243094;STB=0.63115;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00307541;OID=.;OPOS=125871735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:53:37:38:0.417582:14:23:20:32:15:23:20:33 chr11 125885001 . C A 152.81 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00569553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2468;QD=13.892;RBI=0.0868146;REFB=0.00226528;REVB=-0.0866276;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151563;STB=0.588131;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00742619;OID=.;OPOS=125885001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:7:10:12:15:7:10:12:15 chr11 125889526 . C T 483.82 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0441985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0304;QD=21.0354;RBI=0.0497;REFB=0.00345968;REVB=0.0227284;RO=45;SAF=29;SAR=18;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112439;STB=0.561908;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0046457;OID=.;OPOS=125889526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:18:29:33:12:18:29:33:12 chr11 125891269 . C T 433.57 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00459466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.023;QD=15.0807;RBI=0.0127183;REFB=-0.000272977;REVB=-0.0118593;RO=65;SAF=27;SAR=22;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044248;STB=0.5294;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000255494;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:66:49:49:0.426087:22:27:33:32:22:27:33:33 chr11 126074192 . A G 411.19 PASS AF=0.57971;AO=38;DP=67;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0359624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8523;QD=23.8371;RBI=0.0490643;REFB=-0.00862427;REVB=0.0333768;RO=27;SAF=5;SAR=33;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507997;STB=0.777613;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00586513;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:27:29:38:40:0.57971:33:5:18:9:35:5:18:11 chr11 126081403 . T C 902.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.956;QD=58.2267;RBI=0.0149299;REFB=0;REVB=-0.0119592;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.96499e-06;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr11 126139100 . T C 1025.88 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.074;QD=59.4715;RBI=0.0902173;REFB=0;REVB=0.0892672;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221368;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:22:46:0:0:23:46:0:0 chr11 126139313 . T A 663.56 PASS AF=0.980392;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.154312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0313;QD=52.0436;RBI=0.15459;REFB=0.139753;REVB=-0.00925288;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426994;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0020071;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:2:1:47:50:0.980392:26:21:2:0:26:24:0:1 chr11 126151545 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0121107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.659;QD=17.56;RBI=0.017617;REFB=-0.00802939;REVB=0.0127942;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155444;STB=0.588142;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00606483;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:6:15:10:8:6:15 chr11 126162468 . G A 202.05 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0439442;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4279;QD=20.2046;RBI=0.0444912;REFB=0.0108684;REVB=-0.00695489;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081141;STB=0.530458;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0072616;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:20:20:20:0.5:14:6:4:14:14:6:5:15 chr11 126174038 . C T 118.73 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0206544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7115;QD=13.1918;RBI=0.0361931;REFB=-0.012334;REVB=0.0297209;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272451;STB=0.533849;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0376885;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:5:8:13:9:5:9:13:9 chr11 126174164 . C T 141.86 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=35;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0255941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3438;QD=15.3359;RBI=0.0628205;REFB=0.0054213;REVB=0.0573703;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258549;STB=0.626171;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00425565;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:21:21:14:16:0.432432:4:10:10:11:5:11:10:11 chr11 126176578 . G A 957.26 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520277;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.635;QD=58.908;RBI=0.0129397;REFB=0;REVB=-0.0118476;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07103e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:41:23:0:0:42:23:0:0 chr11 126201403 . T C 182.6 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0368401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8905;QD=17.8147;RBI=0.0500706;REFB=0.00414046;REVB=0.0339097;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847374;STB=0.548335;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0085685;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:10:12:12:7:10:12 chr11 126228403 . G C 510.98 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00809077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.856;QD=21.291;RBI=0.008648;REFB=-0.0179601;REVB=-0.00305409;RO=47;SAF=13;SAR=36;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295499;STB=0.664136;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0160648;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:36:13:27:20:36:13:27:20 chr11 126277216 . C T 317.67 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000563554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.789;QD=18.1525;RBI=0.00849038;REFB=-0.00319319;REVB=-0.00847165;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331237;STB=0.518508;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0052588;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:13:21:21:15:13:21:21:15 chr11 126278075 . C T 366.98 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=52;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.043866;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.084;QD=28.7831;RBI=0.0439264;REFB=-0.0259892;REVB=0.00230332;RO=17;SAF=9;SAR=26;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285454;STB=0.512438;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0119101;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:17:17:35:34:0.666667:26:9:5:12:25:9:5:12 chr11 126278203 . T C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0240481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.491;QD=17.379;RBI=0.0301827;REFB=-0.0239083;REVB=-0.0182396;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266406;STB=0.653752;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0382193;OID=.;OPOS=126278203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:32:33:0.471429:21:11:23:14:22:11:23:14 chr11 126294817 . G A 392.59 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.158;QD=56.0836;RBI=0.0520246;REFB=0;REVB=0.0479693;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366764;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 126310271 . C T 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00515518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.629;QD=19.016;RBI=0.0266004;REFB=-0.0498854;REVB=-0.0260961;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0535681;OID=.;OPOS=126310271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:6:8:7:8:6:8 chr11 126870418 . C T 351.9 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0375936;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.408;QD=22.7029;RBI=0.0383427;REFB=-0.039726;REVB=-0.00754199;RO=27;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10066;STB=0.555524;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0285166;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:27:35:35:0.564516:15:20:12:15:15:20:12:15 chr11 128328913 . G A 335.49 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=75;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0396624;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1494;QD=17.2044;RBI=0.0422503;REFB=-0.00773958;REVB=-0.0145595;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763689;STB=0.53844;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00646635;OID=.;OPOS=128328913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:40:42:34:36:0.461538:18:16:22:18:18:18:24:18 chr11 128333503 . T C 210.27 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0459048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0301;QD=15.5753;RBI=0.057047;REFB=0.00707274;REVB=0.0338691;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408864;STB=0.5232;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00686737;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:15:15:13:11:15:15 chr11 128638216 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGGGGGCG 185.39 PASS AF=0.582418,0;AO=37,5;DP=93;FAO=53,0;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=31,0;FSAR=22,0;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0385377,0.0363604;FXX=0.0108684;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.04197,28.7972;QD=8.1491;RBI=0.242839,0.176061;REFB=-0.022387,0.00733562;REVB=-0.239762,-0.172266;RO=35;SAF=24,0;SAR=13,5;SRF=25;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0645558,-0.718746;STB=0.520199,0.5;STBP=0.682,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0280999,0;OID=.,.;OPOS=128638217,128638223;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.582418,0:37,5:93:53,0:91:38:31,0:22,0:24:14:99:35:24,0:13,5:25:10 chr11 128675292 . T A 463.27 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.011717;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.198;QD=19.1038;RBI=0.016376;REFB=-0.0262036;REVB=-0.0114405;RO=50;SAF=23;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505152;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0245963;OID=.;OPOS=128675292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:23:23:25:25:23:23:25:26 chr11 128708009 . G A 294.48 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00405562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.489;QD=15.1014;RBI=0.0133261;REFB=-0.00331757;REVB=-0.012694;RO=44;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114537;STB=0.558104;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0057895;OID=.;OPOS=128708009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:18:15:25:19:18:15:25:20 chr11 128781339 . T C 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.441;QD=62.0065;RBI=0.0280805;REFB=0;REVB=0.00550588;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18605e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr11 128781978 . T G 712.03 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00232951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0568;QD=59.3362;RBI=0.0131328;REFB=-0.13042;REVB=-0.0129245;RO=2;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426858;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00308555;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:2:1:46:47:0.979167:21:25:0:2:22:25:0:1 chr11 128782002 . T C 940.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154542;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.877;QD=58.806;RBI=0.0229945;REFB=0;REVB=0.0170269;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65757e-05;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:28:36:0:0 chr11 128782012 . C G 990.57 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8943;QD=59.1386;RBI=0.017292;REFB=0;REVB=-0.00117195;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75668e-05;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr11 128787554 . C T 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9732;QD=49.5792;RBI=0.123577;REFB=0;REVB=0.0374132;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265121;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr11 128804955 . C T 30.54 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0207757;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.28;QD=8.14294;RBI=0.024616;REFB=-0.00536786;REVB=-0.0132028;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253419;STB=0.665926;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00155501;OID=.;OPOS=128804955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:15:10:10:5:5:0.333333:4:1:4:6:4:1:4:6 chr11 128842873 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00690155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.609;QD=20.3167;RBI=0.0200334;REFB=-0.00569952;REVB=0.0188071;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252917;STB=0.514271;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00379287;OID=.;OPOS=128842873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:10:8:9:10:10:8 chr11 129312660 . C T 1103.63 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8615;QD=58.8601;RBI=0.0474549;REFB=-0.126498;REVB=-0.00729555;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00251401;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:75:1:1:71:74:0.986667:33:38:0:1:33:41:0:1 chr11 129321818 . T G 64.97 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0564489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7807;QD=14.4385;RBI=0.0573373;REFB=-0.0103583;REVB=0.0100543;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192123;STB=0.615087;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0110534;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:7:2:1:8:7:2 chr11 129729775 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0442688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3546;QD=39.3179;RBI=0.0493933;REFB=-0.00807731;REVB=-0.0219083;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00106237;OID=.;OPOS=129729775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr11 129746707 . G T 525.78 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=95;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.00484344;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.353;QD=22.6143;RBI=0.0167911;REFB=-0.0096977;REVB=0.0160773;RO=41;SAF=18;SAR=31;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333625;STB=0.683659;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0162067;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:41:43:49:50:0.537634:31:18:32:9:31:19:34:9 chr11 129752447 . T C 209.41 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0102607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.714;QD=15.2295;RBI=0.0270398;REFB=-0.0148606;REVB=-0.0250174;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146536;STB=0.57799;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0315883;OID=.;OPOS=129752447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:31:24:24:0.436364:11:13:20:9:11:13:21:10 chr11 129754644 . A G 67.08 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0208731;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.607;QD=9.58251;RBI=0.0221726;REFB=-0.0104428;REVB=0.00747919;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319811;STB=0.691927;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0134427;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:5:14:4:5:5:14 chr11 129775599 . C T 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0463016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.261;QD=22.5989;RBI=0.046637;REFB=-0.00718237;REVB=-0.00558276;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192942;STB=0.607274;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00800089;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:5:15:12:11:5:15 chr11 129785615 . C T 206.78 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0176998;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2531;QD=22.9751;RBI=0.023755;REFB=-0.0026115;REVB=-0.0158435;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189687;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:19:20:0.555556:9:10:8:8:10:10:8:8 chr11 129801043 . C T 663.89 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0049278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2778;QD=18.9682;RBI=0.00779088;REFB=-7.1986e-05;REVB=-0.00603445;RO=73;SAF=27;SAR=40;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865293;STB=0.547931;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-5.72239e-05;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:40:27:36:37:40:27:36:37 chr11 129830796 . C T 130.69 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0308357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1757;QD=22.7292;RBI=0.0377947;REFB=-0.0519052;REVB=-0.0218542;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112725;STB=0.564005;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.038834;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:3:6:11:3:3:6 chr11 129873028 . C T 754.05 PASS AF=0.514085;AO=72;DP=142;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0690003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.968;QD=21.2409;RBI=0.0690671;REFB=-0.0205941;REVB=-0.00303536;RO=70;SAF=36;SAR=36;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768065;STB=0.535436;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0187568;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:69:72:73:0.514085:36:36:41:29:36:37:40:29 chr11 129970126 . C T 334.93 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0221599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.738;QD=16.9586;RBI=0.0311151;REFB=-0.0170931;REVB=-0.0218425;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654293;STB=0.536703;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0221273;OID=.;OPOS=129970126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:16:20:21:22:16:20:21:22 chr11 130068491 . G C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00648676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.213;QD=17.542;RBI=0.0102366;REFB=-0.00782728;REVB=-0.00791902;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0121536;OID=.;OPOS=130068491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:8:8:6:9:8:8 chr11 130109776 . C G 158.03 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0286512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1234;QD=17.0843;RBI=0.0699279;REFB=0.00150012;REVB=-0.0637888;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125006;STB=0.527365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00374795;OID=.;OPOS=130109776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:20:16:17:0.459459:5:11:12:9:6:11:12:8 chr11 130271678 . T G 263.36 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00528763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.146;QD=19.5082;RBI=0.0192221;REFB=-0.0160433;REVB=0.0184806;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19531;STB=0.608564;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0151192;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:15:13:18:8:15:13:18:8 chr11 130275762 . T C 218.03 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0265762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.062;QD=11.4752;RBI=0.0270192;REFB=-0.0311248;REVB=0.00487271;RO=49;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679343;STB=0.539377;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0571049;OID=.;OPOS=130275762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:17:10:21:28:17:10:21:28 chr11 130281488 . G A 734.5 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.534;QD=62.5108;RBI=0.0367889;REFB=0;REVB=0.0356195;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229552;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:35:10:0:0:35:12:0:0 chr11 130284501 . G A 201.22 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0287884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.812;QD=28.7462;RBI=0.0455468;REFB=-0.000768419;REVB=0.035295;RO=8;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203759;STB=0.621513;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00047689;OID=.;OPOS=130284501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:8:9:19:19:0.678571:14:5:0:8:14:5:0:9 chr11 130297748 . G C 190.41 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.05;QD=47.6026;RBI=0.0479322;REFB=0;REVB=0.0478183;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349653;OID=.;OPOS=130297748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr11 130339312 . T C 111.9 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0121271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.105;QD=16.5782;RBI=0.0150093;REFB=-0.00460322;REVB=-0.00884381;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162012;STB=0.59308;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00667996;OID=.;OPOS=130339312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:5:9:6:7:5:9 chr11 130340962 . A G 457.17 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0152727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.033;QD=20.5469;RBI=0.0226364;REFB=-0.0254638;REVB=-0.0167078;RO=44;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714333;STB=0.539522;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0310125;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:22:23:26:18:22:23:26:18 chr11 130750642 . A C 227.12 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0266439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.591;QD=11.356;RBI=0.0283577;REFB=0.00163574;REVB=-0.00970884;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473235;STB=0.532235;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00343041;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:28:28:0.35:17:11:18:33:17:11:18:34 chr11 130775688 . C T 411.14 PASS AF=0.445545;AO=43;DP=99;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.01309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.136;QD=16.2829;RBI=0.0174585;REFB=-0.011364;REVB=0.0115521;RO=56;SAF=8;SAR=35;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392213;STB=0.687567;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0156204;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:56:56:43:45:0.445545:35:8:29:27:35:10:29:27 chr11 130775782 . C T 355.96 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00460291;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.565;QD=12.4898;RBI=0.0187966;REFB=-0.0094562;REVB=0.0182243;RO=71;SAF=12;SAR=31;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19193;STB=0.610015;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0180239;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:71:43:43:0.377193:31:12:31:40:31:12:31:40 chr11 130776524 . T C 149.88 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0342172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8681;QD=16.6534;RBI=0.0354223;REFB=-0.0339254;REVB=0.00916096;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313034;STB=0.63985;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0267471;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:16:17:0.472222:8:8:3:15:9:8:4:15 chr11 130776613 . A G 251.9 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0325171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.794;QD=27.2325;RBI=0.0325241;REFB=-0.000339478;REVB=-0.000674731;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183196;STB=0.600867;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000634828;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:12:11:3:11:12:11:3:11 chr11 130777886 . G A 210.57 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0114487;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.749;QD=13.8075;RBI=0.0530357;REFB=-0.00478298;REVB=0.0517853;RO=36;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477132;STB=0.527304;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0158593;OID=.;OPOS=130777886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:17:8:13:23:17:8:13:23 chr11 130780015 . C T 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.000933537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.811;QD=24.7529;RBI=0.0336151;REFB=-0.00957312;REVB=0.0336021;RO=30;SAF=15;SAR=28;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680662;STB=0.537337;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00819806;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:28:15:13:17:28:15:13:17 chr11 130780225 . C A 1008.26 PASS AF=0.936709;AO=72;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0767071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0074;QD=51.0511;RBI=0.0776307;REFB=-0.17857;REVB=0.0119394;RO=2;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236348;STB=0.508054;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.01569;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:79:79:2:5:72:74:0.936709:39:33:0:2:39:35:3:2 chr11 130784396 . G A 346.97 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0130171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.267;QD=14.6092;RBI=0.0455553;REFB=-0.00647746;REVB=0.0436559;RO=57;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130879;STB=0.573783;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00721512;OID=.;OPOS=130784396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:23:15:16:41:23:15:16:41 chr11 130784488 . A G 353.98 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0113147;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9293;QD=15.7323;RBI=0.0837444;REFB=-0.000507248;REVB=-0.0829765;RO=52;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214194;STB=0.619894;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000603818;OID=.;OPOS=130784488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:20:18:14:38:20:18:14:38 chr11 130784616 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0133763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.39;QD=11.1041;RBI=0.0171196;REFB=-0.0248984;REVB=0.0106843;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0306214;OID=.;OPOS=130784616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:5:5:4:3:5:5 chr11 130784754 . C G 46.39 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0163574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3052;QD=9.76619;RBI=0.0407603;REFB=-0.0110799;REVB=0.0373341;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233803;STB=0.644727;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0133484;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:6:6:2:5:6:6 chr11 130784971 . C G 143.57 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0146878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8324;QD=14.3573;RBI=0.0149584;REFB=0.00692915;REVB=-0.00283213;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172758;STB=0.586849;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00900664;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:16:16:0.4:9:7:14:9:9:7:14:10 chr11 130785205 . G A 102.47 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0215537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9463;QD=17.821;RBI=0.0255544;REFB=0.00967715;REVB=0.0137284;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00898139;OID=.;OPOS=130785205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:7:4:5:7:7:4 chr11 130785304 . T C 127.95 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0203751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.911;QD=15.9942;RBI=0.0294925;REFB=-0.00585611;REVB=-0.0213228;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270067;STB=0.652752;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00860025;OID=.;OPOS=130785304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:14:15:0.46875:4:10:7:9:4:11:8:9 chr11 131531000 . T C 2016.52 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.768;QD=60.6473;RBI=0.016862;REFB=0;REVB=0.00715579;RO=1;SAF=55;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27393e-05;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:133:1:0:119:133:1:64:55:1:0:71:62:0:0 chr11 131531015 . T G 2366.29 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254934;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.25;QD=60.2877;RBI=0.0258764;REFB=-0.0172994;REVB=-0.00443523;RO=0;SAF=78;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=4.54759e-05;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:157:0:1:156:156:0.993631:78:78:0:0:78:78:0:1 chr11 131531223 . A G 1476.3 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9018;QD=62.16;RBI=0.0456191;REFB=-0.0447222;REVB=-0.0157464;RO=0;SAF=27;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00135896;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:94:94:0.989474:67:27:0:0:67:27:0:1 chr11 131531564 . A T 1602.97 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165918;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.615;QD=59.924;RBI=0.0335545;REFB=0;REVB=-0.0291653;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2197e-05;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:58:48:0:0:58:49:0:0 chr11 131531720 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.646;QD=56.9379;RBI=0.0124844;REFB=0;REVB=0.00166441;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51901e-05;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr11 132177633 . A C 498.07 PASS AF=0.429688;AO=53;DP=130;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00700908;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.019;QD=15.5647;RBI=0.0176142;REFB=-0.00197743;REVB=-0.0161596;RO=68;SAF=25;SAR=28;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159535;STB=0.522176;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00214296;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:68:73:53:55:0.429688:28:25:31:37:28:27:33:40 chr11 133306894 . C G 303.43 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0188866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5921;QD=17.3388;RBI=0.043769;REFB=0.00422738;REVB=0.0394845;RO=36;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100914;STB=0.550102;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00363882;OID=.;OPOS=133306894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:13:20:18:18:13:20:19:18 chr11 133714472 . C T 346.21 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00583791;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1615;QD=21.9817;RBI=0.0172306;REFB=-0.0265597;REVB=-0.0162115;RO=27;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119891;STB=0.559288;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0148444;OID=.;OPOS=133714472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:22:13:14:13:22:13:14:14 chr11 133714522 . G A 285.15 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=36;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0890525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.005;QD=30.8266;RBI=0.0904053;REFB=-0.0339643;REVB=0.0155813;RO=12;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232868;STB=0.610077;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00342989;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:12:12:24:25:0.675676:18:6:7:5:18:7:7:5 chr11 133788992 . T C 440.18 PASS AF=0.483516;AO=45;DP=92;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-1.08504e-05;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.812;QD=19.3485;RBI=0.027568;REFB=-0.0292191;REVB=-0.027568;RO=46;SAF=25;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187538;STB=0.594017;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0295152;OID=.;OPOS=133788992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:47:45:44:0.483516:20:25:16:30:20:24:17:30 chr11 133805585 . C T 1376.78 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0272826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.651;QD=59.2162;RBI=0.029866;REFB=-0.109687;REVB=0.0121507;RO=1;SAF=56;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838952;STB=0.501526;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000561253;OID=.;OPOS=133805585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:1:3:90:90:0.967742:34:56:1:0:34:56:2:1 chr11 133814191 . A G 1713.22 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.07;QD=60.6449;RBI=0.0265817;REFB=0;REVB=-0.0028596;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22414e-05;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:61:52:0:0:61:52:0:0 chr11 134018656 . T C 1476.1 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00114158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.643;QD=62.1515;RBI=0.0406778;REFB=-0.0497173;REVB=0.0406618;RO=1;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886281;STB=0.504672;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000492115;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:53:41:0:1:53:41:0:1 chr11 134021477 . G T 791.5 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.335;QD=53.6612;RBI=0.049219;REFB=-0.0653025;REVB=-0.0371208;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.502741;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00310235;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:1:2:56:57:0.966102:32:24:1:0:33:24:1:1 chr11 134047243 . T C 1595.94 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0515822;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6584;QD=59.109;RBI=0.0588042;REFB=-0.061635;REVB=-0.028235;RO=1;SAF=36;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066388;STB=0.503496;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000167348;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:108:1:1:107:107:0.990741:71:36:0:1:71:36:0:1 chr11 134073019 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.815;QD=35.5759;RBI=0.0446597;REFB=0;REVB=0.0417644;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252401;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 134182375 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.991;QD=60.3764;RBI=0.0894929;REFB=0;REVB=0.0891802;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199189;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr11 134208765 . T C 230.35 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000457127;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.132;QD=16.1646;RBI=0.00419599;REFB=0.0112901;REVB=-0.00417101;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367081;STB=0.502073;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.0105583;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:13:18:15:11:13:18 chr11 134208908 . T C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=13;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0279281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.139;QD=24.8032;RBI=0.0279494;REFB=-0.0067072;REVB=0.0010898;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228994;STB=0.63608;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00636266;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:14:4:4:9:10:0.714286:3:6:1:3:3:7:1:3 chr11 134226278 . C T 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0326749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.405;QD=20.4041;RBI=0.0331667;REFB=-0.00230222;REVB=-0.00569069;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473537;STB=0.526299;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00188177;OID=.;OPOS=134226278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:20:12:12:16:20:12:12:16 chr11 134244123 . C G 770.73 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.126;QD=55.052;RBI=0.0467265;REFB=-0.0642518;REVB=0.036408;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000263299;OID=.;OPOS=134244123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:34:21:0:0:34:21:1:0 chr11 134249321 . T C 1249.1 PASS AF=1;AO=67;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141123;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.16;QD=60.9317;RBI=0.0528621;REFB=0;REVB=0.0509436;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63474e-05;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:67:82:1:33:34:0:0:47:35:0:0 chr12 78795 . C G 71.62 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0101082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7266;QD=19.0995;RBI=0.061195;REFB=0.013216;REVB=0.0603544;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20145;STB=0.615147;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00640764;OID=.;OPOS=78795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:5:1:4:5:5:1 chr12 90902 . C T 375.18 PASS AF=0.240506;AO=57;DP=236;FAO=57;FDP=237;FR=.;FRO=180;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=76;FSRR=104;FWDB=0.0356258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.669;QD=6.33216;RBI=0.0369054;REFB=-0.0107623;REVB=-0.0096337;RO=177;SAF=32;SAR=25;SRF=73;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186031;STB=0.604533;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0291639;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:177:180:57:57:0.240506:25:32:73:104:25:32:76:104 chr12 90914 . C T 781.23 PASS AF=0.404545;AO=87;DP=220;FAO=89;FDP=220;FR=.;FRO=131;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=0.000579537;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.836;QD=14.2041;RBI=0.00481502;REFB=-0.0279653;REVB=0.00478002;RO=129;SAF=39;SAR=48;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976538;STB=0.509731;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0434811;OID=.;OPOS=90914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:129:131:87:89:0.404545:48:39:59:70:49:40:61:70 chr12 92119 . T C 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.057056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.325;QD=3.72517;RBI=0.10203;REFB=-0.0198958;REVB=-0.0845858;RO=49;SAF=2;SAR=8;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397877;STB=0.760012;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0804271;OID=.;OPOS=92119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:49:51:10:10:0.163934:8:2:25:24:8:2:25:26 chr12 92991 . C G 32.82 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0637706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6989;QD=2.9172;RBI=0.0642505;REFB=0.00274316;REVB=0.00783831;RO=38;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388202;STB=0.798936;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0201969;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:38:39:6:6:0.133333:5:1:18:20:5:1:19:20 chr12 235022 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171335;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.806;QD=51.9167;RBI=0.0341249;REFB=0;REVB=-0.0295119;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83132e-05;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr12 280349 . C A 2283.91 PASS AF=0.957055;AO=156;DP=163;FAO=156;FDP=163;FR=.;FRO=7;FSAF=85;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5043;QD=56.0469;RBI=0.0395105;REFB=-0.0998562;REVB=-0.0100919;RO=3;SAF=85;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196737;STB=0.517348;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00364094;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:163:163:3:7:156:156:0.957055:71:85:0:3:71:85:1:6 chr12 284058 . T C 239.1 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3744;QD=50.3367;RBI=0.0925138;REFB=0;REVB=0.0548879;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101693;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:17:1:0:0:17:2:0:0 chr12 311949 . A G 808.44 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00651618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.39;QD=53.8959;RBI=0.0646067;REFB=-0.0734587;REVB=-0.0642772;RO=2;SAF=22;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409638;STB=0.521732;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0146214;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:36:22:2:0:36:22:2:0 chr12 393500 . TT AA,TA 414.55 PASS AF=0.0652174,0.847826;AO=3,15;DP=45;FAO=3,39;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=2,13;FSAR=1,26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00921259,-0.0104139;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=2,1;MLLD=22.6068,17.2724;QD=36.0474;RBI=0.0292234,0.100603;REFB=-0.0902569,-0.189347;REVB=0.0277333,0.100063;RO=3;SAF=3,5;SAR=0,10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.664835,-0.108364;STB=0.599313,0.517232;STBP=0.678,0.56;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0411175,0.029577;OID=.,.;OPOS=393500,393501;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:45:46:3:4:3,15:3,39:0.0652174,0.847826:0,10:3,5:2:1:1,26:2,13:2:2 chr12 406292 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.953;QD=58.2396;RBI=0.0113983;REFB=0;REVB=0.00590682;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61024e-06;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr12 427575 . A G 674.13 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698953;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6605;QD=62.7101;RBI=0.0699583;REFB=0;REVB=-0.00296875;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797237;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr12 657404 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0160638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.625;QD=21.0082;RBI=0.0214876;REFB=-0.0285043;REVB=-0.0142713;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617893;STB=0.534224;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0211575;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:9:16:17:13:9:16 chr12 661656 . A G 198.21 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0314034;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3119;QD=18.4377;RBI=0.0352459;REFB=-0.0308268;REVB=0.0160032;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113971;STB=0.565149;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0311794;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:5:15:15:8:5:15:15:8 chr12 662448 . T C 877.46 PASS AF=0.57971;AO=80;DP=138;FAO=80;FDP=138;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0217498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.71;QD=25.4336;RBI=0.0226582;REFB=-0.0287551;REVB=-0.00635136;RO=58;SAF=45;SAR=35;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620029;STB=0.533751;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0204109;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:58:58:80:80:0.57971:35:45:28:30:35:45:28:30 chr12 862989 . T C 787.29 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0948;QD=55.2481;RBI=0.0247309;REFB=-0.175542;REVB=-0.0117878;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00369223;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:57:0:1:56:56:0.982456:28:28:0:0:28:28:1:0 chr12 939302 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.384;QD=49.5938;RBI=0.105031;REFB=0;REVB=0.00914088;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090889;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr12 974404 . T C 222.65 PASS AF=0.480769;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0195376;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.16;QD=17.1272;RBI=0.0254182;REFB=-0.0185353;REVB=0.0162595;RO=28;SAF=0;SAR=23;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.828351;STB=0.877623;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0197991;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:27:23:25:0.480769:23:0:12:16:24:1:11:16 chr12 977338 . A T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.061302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.308;QD=11.9197;RBI=0.061658;REFB=-0.0142489;REVB=-0.00661647;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0182626;OID=.;OPOS=977338;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:3:6:4:3:3:6 chr12 977995 . G T 280.85 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00848122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8234;QD=21.1964;RBI=0.00852088;REFB=-0.027602;REVB=0.000821138;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480101;STB=0.52664;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0493081;OID=.;OPOS=977995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:11:13:14:15:11:13 chr12 987482 . G A 83.83 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.102452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.005;QD=12.8968;RBI=0.106344;REFB=0.00953702;REVB=-0.0285042;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0052793;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:25:26:15:15:10:11:0.423077:7:3:7:8:7:4:7:8 chr12 990912 . A C 737.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.721;QD=56.765;RBI=0.0497653;REFB=0;REVB=-0.0262608;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63263e-05;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:29:21:0:0:29:23:0:0 chr12 993930 . C T 212.68 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00985839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7135;QD=20.2552;RBI=0.0286357;REFB=-0.000587156;REVB=0.0268853;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225566;STB=0.625791;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00116031;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:4:17:12:9:4:17 chr12 994487 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.146;QD=56.9383;RBI=0.0211675;REFB=0;REVB=-0.00289471;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9264e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr12 998365 . G T 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0212473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7592;QD=12.5683;RBI=0.0250561;REFB=-0.00623976;REVB=-0.0132801;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159924;STB=0.577458;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0124757;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:17:8:7:8:17:9 chr12 1017197 . C T 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1915;QD=52.6098;RBI=0.0698616;REFB=0;REVB=-0.04256;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176427;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr12 1020505 . GC GCACTA,TA 171.8 PASS AF=0.313433,0.0447761;AO=23,3;DP=67;FAO=21,3;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11,3;FSAR=10,0;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0106475,-0.0118756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=93.7939,271.546;QD=10.2566;RBI=0.0108531,0.0132312;REFB=-0.0138013,-0.00596491;REVB=0.00210251,-0.00583405;RO=38;SAF=14,3;SAR=9,0;SRF=24;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0260943,0.46176;STB=0.586387,0.99554;STBP=0.354,0.167;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0257145,0.0115431;OID=.,.;OPOS=1020507,1020505;OREF=-,GC;OALT=ACTA,TA;OMAPALT=GCACTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:43:23,3:21,3:0.313433,0.0447761:9,0:14,3:24:14:10,0:11,3:28:15 chr12 1902766 . T G 538.0 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00416525;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.623;QD=19.2144;RBI=0.00685754;REFB=-0.00201984;REVB=-0.00544762;RO=56;SAF=28;SAR=28;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323119;STB=0.517851;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00199895;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:28:28:26:30:28:28:26:30 chr12 1955786 . G A 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0119734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.838;QD=13.6597;RBI=0.0219254;REFB=-0.0236208;REVB=-0.0183674;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733535;STB=0.542796;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0152689;OID=.;OPOS=1955786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:9:12:7:7:9:12 chr12 1965369 . G A 379.1 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0424744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5982;QD=19.1948;RBI=0.0520419;REFB=0.00368141;REVB=0.0300713;RO=40;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035098;STB=0.519521;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00271668;OID=.;OPOS=1965369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:21:18:20:20:21:18:20:20 chr12 1995403 . T C 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.798;QD=63.7495;RBI=0.100826;REFB=0;REVB=0.0994362;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146461;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 146.79 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=52;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0147168;FXX=0.0769034;HRUN=2;LEN=3;MLLD=101.428;QD=16.3099;RBI=0.0476228;REFB=-0.0896477;REVB=0.0452918;RO=40;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123156;STB=0.746487;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.124257;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:10:52:16:36:20:6:10:17:3:99:40:5:5:24:16 chr12 2694638 . C T 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00382314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.412;QD=12.3065;RBI=0.0199988;REFB=-0.0043992;REVB=0.0196299;RO=41;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433529;STB=0.52498;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00839286;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:15:10:18:23:15:10:18:23 chr12 2721137 . C T 364.07 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=0.0220313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.094;QD=21.1056;RBI=0.0256705;REFB=-0.0183334;REVB=0.0131755;RO=32;SAF=23;SAR=13;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202206;STB=0.615599;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0108462;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:36:37:0.536232:13:23:27:5:14:23:27:5 chr12 2750893 . C T 354.91 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00670046;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.706;QD=15.7739;RBI=0.0074663;REFB=-0.0238192;REVB=0.00329384;RO=50;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534199;STB=0.513917;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0305857;OID=.;OPOS=2750893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:52:38:38:0.422222:24:14:16:34:24:14:18:34 chr12 2788879 . G A 224.59 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0268976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.013;QD=16.6365;RBI=0.0269628;REFB=-0.0134719;REVB=0.00187389;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155638;STB=0.596106;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0142552;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:14:11:17:11:14:11:18:11 chr12 2791130 . C T 356.15 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0159763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.58;QD=16.565;RBI=0.0200972;REFB=-0.0154363;REVB=-0.0121925;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1041;STB=0.552604;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0119854;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:21:17:26:21:21:17:26:22 chr12 2791132 . A G 368.38 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.022592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.951;QD=16.7444;RBI=0.0366695;REFB=-0.00281945;REVB=-0.0288835;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12433;STB=0.56407;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00345616;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:39:39:0.443182:22:17:27:21:22:17:27:22 chr12 2791205 . A G 1184.66 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0344448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.744;QD=57.7881;RBI=0.0349619;REFB=-0.108962;REVB=-0.00599103;RO=2;SAF=33;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027824;STB=0.514282;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00065728;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:82:2:2:79:80:0.97561:46:33:2:0:46:34:2:0 chr12 2801469 . C CT,T 171.81 PASS AF=0.44,0;AO=33,5;DP=105;FAO=44,0;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=38,0;FSAR=6,0;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.0954152,-0.0661483;FXX=0.00990001;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=9.16606,25.9223;QD=6.87237;RBI=0.165139,0.0934258;REFB=-0.0677431,-0.00531502;REVB=-0.134784,-0.0659756;RO=57;SAF=30,3;SAR=3,2;SRF=40;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.405205,-0.121627;STB=0.65411,0.5;STBP=0.029,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0125385,0;OID=.,.;OPOS=2801470,2801469;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:100:57:56:33,5:44,0:0.44,0:3,2:30,3:40:17:6,0:38,0:39:17 chr12 2944024 . G C 90.94 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00402039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.044;QD=8.26703;RBI=0.00791173;REFB=-0.0172159;REVB=-0.0068141;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989688;STB=0.560966;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0532571;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:12:12:0.272727:7:5:16:16:7:5:16:16 chr12 2968169 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.954;QD=37.4858;RBI=0.0170811;REFB=0;REVB=0.0167349;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127105;OID=.;OPOS=2968169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr12 2968458 . T C 600.83 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.025985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.6998;QD=58.6174;RBI=0.0859114;REFB=-0.0724464;REVB=-0.0818874;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000574441;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:16:23:0:0:16:24:0:1 chr12 2996174 . A G 225.72 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0169671;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.498;QD=17.0354;RBI=0.0230905;REFB=-0.0229907;REVB=0.0156617;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768025;STB=0.534856;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0233621;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:28:25:25:0.471698:10:15:14:13:10:15:15:13 chr12 2997397 . G A 176.62 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0501146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.006;QD=29.436;RBI=0.0514826;REFB=-0.0340078;REVB=0.011789;RO=7;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714671;STB=0.545399;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0112038;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:7:7:16:17:0.708333:11:5:3:4:12:5:3:4 chr12 3310439 . C T 1426.49 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.165;QD=62.7029;RBI=0.0371628;REFB=0;REVB=0.0224831;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08727e-05;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:91:0:0:86:91:1:42:44:0:0:45:46:0:0 chr12 3391032 . T G 415.05 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00540058;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.468;QD=23.0585;RBI=0.027789;REFB=-0.0322366;REVB=-0.0272592;RO=30;SAF=20;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130148;STB=0.567535;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0269685;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:30:31:40:41:0.569444:20:20:10:20:20:21:11:20 chr12 3392558 . C T 124.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00555534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.155;QD=17.8409;RBI=0.0293016;REFB=-0.0205013;REVB=0.0287702;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205758;OID=.;OPOS=3392558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:14:14:14:0.5:7:7:7:5:7:7:7:7 chr12 3409277 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000675606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.112;QD=54.5174;RBI=0.0660008;REFB=0;REVB=0.0659973;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275786;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr12 3701464 . G A 112.84 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00147534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8371;QD=9.60318;RBI=0.00540801;REFB=0.00903732;REVB=0.00520288;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136891;STB=0.560888;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0196446;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:33:14:14:0.297872:8:6:17:14:8:6:17:16 chr12 3749874 . T C 658.07 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00456151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.929;QD=58.495;RBI=0.013955;REFB=-0.0235519;REVB=0.0131885;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000245116;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:20:23:1:0:21:23:1:0 chr12 3763413 . C T 301.53 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00746949;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.659;QD=16.5223;RBI=0.00923206;REFB=0.00447054;REVB=-0.00542565;RO=40;SAF=20;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194192;STB=0.525468;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00496376;OID=.;OPOS=3763413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:40:33:33:0.452055:13:20:25:15:13:20:26:14 chr12 3835401 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.613;QD=37.4884;RBI=0.0918852;REFB=0;REVB=0.0897739;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039337;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr12 3921166 . CTTTTTTTCA CTTTTTTCA,CTTTTTTCAT 257.06 PASS AF=1,0;AO=23,2;DP=32;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106391,0.0700969;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=10.6284,10.9692;QD=32.1326;RBI=0.121271,0.119434;REFB=-0.0268119,-0.039373;REVB=-0.0582028,-0.0967;RO=4;SAF=7,0;SAR=16,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.134777,-0.687939;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00650445,0;OID=.,.;OPOS=3921167,3921173;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=CTTTTTTCA,CTTTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:23,2:32:32,0:32:0:11,0:21,0:0:0:3:4:7,0:16,2:3:1 chr12 4414126 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.081;QD=50.4128;RBI=0.026531;REFB=0;REVB=0.026531;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436206;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:19:0:0:0:19:0:0:0 chr12 4461485 . G A 400.31 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.925;QD=53.3747;RBI=0.0218197;REFB=-0.141576;REVB=0.0170878;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000581636;OID=.;OPOS=4461485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:12:17:0:1:12:17:0:1 chr12 4478080 . T A 184.13 PASS AF=0.463415;AO=15;DP=38;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0116081;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.332;QD=17.964;RBI=0.035445;REFB=-0.0195702;REVB=0.0334903;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100968;STB=0.578858;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0172709;OID=.;OPOS=4478080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:23:22:15:19:0.463415:11:4:8:15:15:4:7:15 chr12 4553332 . A G 342.55 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00592213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6382;QD=21.4095;RBI=0.0546529;REFB=-0.00580174;REVB=0.0543311;RO=29;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129156;STB=0.571388;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00633494;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:20:15:17:12:20:15:17:12 chr12 4553383 . A G 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0111264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.065;QD=24.3827;RBI=0.0217222;REFB=-0.0177909;REVB=0.0186562;RO=21;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238953;STB=0.513298;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0188936;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:18:8:7:14:18:8:7:14 chr12 4554548 . G C 1016.23 PASS AF=0.949367;AO=68;DP=73;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.071168;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3965;QD=51.4544;RBI=0.080432;REFB=-0.0341078;REVB=0.0374755;RO=5;SAF=22;SAR=46;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112317;STB=0.506694;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0185718;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:79:5:4:68:75:0.949367:46:22:2:3:47:28:1:3 chr12 4702173 . C T 145.14 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.100451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2538;QD=16.1261;RBI=0.113765;REFB=0.0156607;REVB=0.0534061;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191979;STB=0.549939;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0156254;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:20:16:16:0.444444:7:9:13:4:7:9:13:7 chr12 4705317 . C T 191.61 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0270393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8314;QD=15.6419;RBI=0.0444819;REFB=0.00826208;REVB=-0.0353202;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224634;STB=0.628905;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0119566;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:18:11:12:8:18:11 chr12 4716513 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0309281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.355;QD=20.2745;RBI=0.0389441;REFB=-0.00937322;REVB=0.0236663;RO=24;SAF=3;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414526;STB=0.738538;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0149496;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:20:3:11:13:20:3:11:13 chr12 4716572 . C A 124.21 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0791537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5275;QD=17.1328;RBI=0.0806168;REFB=-0.0290866;REVB=0.0152895;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381199;STB=0.720971;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0119637;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:9:6:11:3:9:6 chr12 4735734 . T C 387.96 PASS AF=0.44086;AO=39;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.022972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5741;QD=16.6866;RBI=0.0253524;REFB=-0.00272901;REVB=0.0107253;RO=52;SAF=27;SAR=12;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149173;STB=0.593173;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00524418;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:52:39:41:0.44086:12:27:29:23:12:29:29:23 chr12 4735737 . A G 593.04 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.0103;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6366;QD=25.2357;RBI=0.0872948;REFB=-0.0131398;REVB=-0.086685;RO=33;SAF=29;SAR=21;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234419;STB=0.595637;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00118566;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:33:38:50:50:0.531915:21:29:29:4:21:29:30:8 chr12 4735894 . G A 238.01 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00897295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5263;QD=20.2561;RBI=0.0303786;REFB=-0.0237762;REVB=0.0290232;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973648;STB=0.554626;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0224884;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:7:17:14:9:7:17 chr12 4736086 . A G 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0448038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7978;QD=16.8789;RBI=0.0507814;REFB=0.0072685;REVB=-0.0239033;RO=17;SAF=14;SAR=1;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.692063;STB=0.90485;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0105714;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:1:14:5:12:1:14:5:12 chr12 4736495 . C T 920.33 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.079;QD=58.4336;RBI=0.0202978;REFB=0;REVB=0.0197787;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7534e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr12 4736631 . A G 1665.65 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6305;QD=60.0234;RBI=0.0316009;REFB=0;REVB=-0.0314596;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125027;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:63:47:0:0:64:47:0:0 chr12 4736677 . G C,T 1478.53 PASS AF=0.895833,0.104167;AO=82,10;DP=93;FAO=86,10;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=43,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666203,-0.0106213;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.9155,124.06;QD=61.6055;RBI=0.0672056,0.0109051;REFB=0,0;REVB=0.00885018,-0.00247142;RO=0;SAF=39,1;SAR=43,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.10525e-08,-3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00346181,0.17162;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:93:96:0:0:82,10:86,10:0.895833,0.104167:43,9:39,1:0:0:43,9:43,1:0:0 chr12 4736690 . A G 1362.03 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00539568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0248;QD=61.2147;RBI=0.0177854;REFB=-0.0846733;REVB=0.0169472;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000832912;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:47:41:0:0:47:41:1:0 chr12 4737318 . A G 331.2 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1601;QD=52.9921;RBI=0.0490231;REFB=0;REVB=-0.048859;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186891;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:14:11:0:0 chr12 4737459 . C T 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.764;QD=61.6822;RBI=0.0137471;REFB=0;REVB=0.000318013;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07373e-05;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr12 4737715 . C T 304.14 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.021159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.82;QD=17.3793;RBI=0.0222275;REFB=-0.0123684;REVB=0.00680856;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139236;STB=0.506325;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0140198;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:37:32:33:0.471429:20:12:14:22:20:13:15:22 chr12 4740515 . A T 357.72 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0536756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.235;QD=12.7755;RBI=0.0540967;REFB=-0.012111;REVB=-0.00673733;RO=67;SAF=16;SAR=27;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100774;STB=0.567536;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0194382;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:69:43:43:0.383929:27:16:31:36:27:16:33:36 chr12 4794351 . A G 472.97 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00338156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.15;QD=17.5173;RBI=0.00604914;REFB=-0.00534574;REVB=0.00501568;RO=57;SAF=21;SAR=30;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261377;STB=0.514536;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00532684;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:30:21:25:32:30:21:25:32 chr12 4921228 . T C 174.06 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.000696632;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2313;QD=11.4134;RBI=0.0057627;REFB=-0.00479947;REVB=-0.00572044;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213329;STB=0.622846;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0100644;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:39:39:22:22:0.360656:11:11:27:12:11:11:27:12 chr12 4921301 . T C 44.53 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0196857;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.179;QD=6.14228;RBI=0.0214636;REFB=-0.00483064;REVB=-0.00855326;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218582;STB=0.621021;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.011043;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:29:21:22:7:7:0.241379:4:3:13:8:4:3:13:9 chr12 4921689 . C T 178.89 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0193856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.195;QD=15.5558;RBI=0.0194158;REFB=-0.0097284;REVB=-0.00108295;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118338;STB=0.53913;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0137882;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:27:18:19:0.413043:9:9:16:10:9:10:16:11 chr12 4922030 . C G 541.5 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0200598;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.587;QD=19.5136;RBI=0.0205478;REFB=-0.0301939;REVB=0.00445195;RO=54;SAF=25;SAR=31;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08074;STB=0.540179;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0298457;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:56:56:0.504505:31:25:29:25:30:26:30:25 chr12 4922734 . A G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0178153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.442;QD=9.25821;RBI=0.0223847;REFB=-0.00538222;REVB=-0.0135531;RO=28;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401745;STB=0.749531;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0107402;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:10:2:13:15:10:2:13:15 chr12 4923049 . T C 250.59 PASS AF=0.621622;AO=21;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0208642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.9849;QD=27.091;RBI=0.0255456;REFB=-0.00349282;REVB=0.0147398;RO=11;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728244;STB=0.503873;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00161232;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:11:14:21:23:0.621622:13:8:3:8:15:8:5:9 chr12 4923364 . T C 236.56 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0386981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.717;QD=15.7709;RBI=0.0386983;REFB=0.000788091;REVB=-0.00012955;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216323;STB=0.623132;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000840646;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:20:7:15:18:20:7:15:18 chr12 4923697 . G T 409.51 PASS AF=0.477778;AO=35;DP=82;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0036753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.944;QD=18.2003;RBI=0.0156391;REFB=-0.0089924;REVB=0.0152011;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154653;STB=0.56636;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0060993;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:90:47:47:35:43:0.477778:18:17:30:17:21:22:30:17 chr12 5021228 . T C 198.94 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00668711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.618;QD=11.3678;RBI=0.0206112;REFB=-0.0092883;REVB=0.0194963;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231466;STB=0.632969;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00989817;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:13:12:31:14:13:12:31:14 chr12 5021840 . C G 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0113144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.649;QD=28.0797;RBI=0.0181619;REFB=-0.0150891;REVB=-0.0142071;RO=15;SAF=18;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192341;STB=0.606652;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00765925;OID=.;OPOS=5021840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:7:18:7:8:7:18:7:8 chr12 5021984 . T A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.394;QD=54.5172;RBI=0.0444516;REFB=0;REVB=0.0280995;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33592e-05;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr12 5022438 . C T 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0143043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.593;QD=23.0864;RBI=0.0154579;REFB=-0.0171614;REVB=-0.00585949;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178848;STB=0.588703;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0173277;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:22:22:0.55:14:8:10:7:14:8:10:8 chr12 5023713 . T C 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00450643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.764;QD=13.8489;RBI=0.0431468;REFB=-0.00215476;REVB=0.0429108;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219357;STB=0.626055;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00560458;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:19:6:7:9:19:6 chr12 5023959 . A T 118.25 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00956507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4607;QD=12.7834;RBI=0.0423139;REFB=0.00788459;REVB=-0.0412186;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.609611;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0142656;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:16:6:6:8:17:6 chr12 5025094 . T C 227.9 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=0.0109856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.281;QD=13.8121;RBI=0.017246;REFB=-0.0108574;REVB=-0.0132944;RO=38;SAF=22;SAR=5;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482181;STB=0.505614;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0125537;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:5:22:32:6:5:22:32:7 chr12 5154462 . T C 905.51 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382021;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7631;QD=58.42;RBI=0.041884;REFB=0;REVB=-0.0171718;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254708;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr12 5155663 . A T 906.4 PASS AF=0.502762;AO=90;DP=182;FAO=91;FDP=181;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0130511;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.107;QD=20.0308;RBI=0.0134054;REFB=-0.0160002;REVB=0.00306169;RO=89;SAF=27;SAR=63;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139155;STB=0.575171;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0146126;OID=.;OPOS=5155663;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:89:90:90:91:0.502762:63:27:39:50:63:28:40:50 chr12 5603632 . G A 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0616157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.632;QD=20.4857;RBI=0.0618756;REFB=-0.0119859;REVB=0.00566503;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0106047;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:5:6:6:8:5:6 chr12 5671866 . T A 48.77 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0113862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.218;QD=13.9329;RBI=0.0128708;REFB=-0.00651605;REVB=-0.00600098;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456174;STB=0.76852;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0165109;OID=.;OPOS=5671866;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:1:6:2:5:1:6 chr12 5674754 . G A 508.05 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00291907;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.192;QD=50.8045;RBI=0.0368847;REFB=-0.0383757;REVB=0.036769;RO=3;SAF=18;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408118;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:40:40:3:4:36:36:0.9:18:18:2:1:18:18:2:2 chr12 6030302 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0209917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.691;QD=16.4265;RBI=0.0470631;REFB=-0.0317154;REVB=-0.0421222;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220388;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:6:5:5:6:6:5 chr12 6030405 . A G 335.97 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.034611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8136;QD=22.3977;RBI=0.0754625;REFB=-0.0418479;REVB=-0.0670572;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236357;STB=0.503935;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0134195;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:16:18:14:11:16:18:14:12 chr12 6030437 . A G 383.19 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0104569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.625;QD=20.4368;RBI=0.0194214;REFB=-0.00322764;REVB=-0.016366;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975298;STB=0.547301;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00293819;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:36:38:39:0.52:19:19:14:22:20:19:14:22 chr12 6054395 . A G 106.18 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0205842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.537;QD=12.4919;RBI=0.0216599;REFB=-0.0406801;REVB=-0.00674099;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189795;STB=0.566405;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0452301;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:12:13:0.382353:7:5:5:15:8:5:6:15 chr12 6061069 . T G 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0113911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.353;QD=29.0925;RBI=0.0117171;REFB=0.00332191;REVB=-0.00274475;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724971;STB=0.539873;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00173917;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:10:14:9:4:10:14:9:4 chr12 6091000 . A G 1513.22 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3662;QD=59.9294;RBI=0.012922;REFB=0;REVB=0.004434;RO=0;SAF=62;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46171e-05;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:38:62:0:0:38:63:0:0 chr12 6127535 . T G 77.67 PASS AF=0.15;AO=13;DP=98;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00941303;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.504;QD=3.10688;RBI=0.0144229;REFB=-0.00751272;REVB=-0.0109278;RO=85;SAF=9;SAR=4;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273733;STB=0.666445;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.041121;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:98:100:85:85:13:15:0.15:4:9:40:45:5:10:40:45 chr12 6127891 . C A 192.29 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0503855;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7938;QD=17.8874;RBI=0.0647387;REFB=0.00733339;REVB=-0.0406496;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497194;STB=0.504849;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00657534;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:23:19:20:0.465116:12:7:10:14:12:8:9:14 chr12 6127919 . T G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0218902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.074;QD=10.6346;RBI=0.0296548;REFB=-0.0161329;REVB=-0.0200057;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380118;STB=0.731115;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0309109;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:5:8:2:6:5:8 chr12 6127943 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.696;QD=48.7361;RBI=0.0478294;REFB=0;REVB=-0.0117667;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210699;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr12 6128443 . T C,G 350.73 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189064,-0.0311474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.4464,141.332;QD=53.9587;RBI=0.0243025,0.032131;REFB=0,0;REVB=0.0152694,0.00788927;RO=0;SAF=7,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00338437,0.103965;OID=.,.;OPOS=6128443,6128443;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:17,0:7,2:0:0:17,0:7,2:0:0 chr12 6143984 . T C 1033.26 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.692;QD=59.0437;RBI=0.00887263;REFB=0;REVB=-0.00117218;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126453;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:65:70:1:27:38:0:0:31:39:0:0 chr12 6172202 . T C 1794.54 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196494;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.271;QD=60.3208;RBI=0.031353;REFB=-0.113407;REVB=0.0244318;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082599;STB=0.504347;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000622615;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:57:61:0:1:57:61:0:1 chr12 6204902 . CA C 426.46 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.1079;QD=56.8615;RBI=0.102219;REFB=0;REVB=-0.0629452;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00561381;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:30:30:30:0:21:9:0:0:4:0:21:9:0:0 chr12 6219682 . G A 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.002222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.065;QD=28.0214;RBI=0.03548;REFB=-0.00996961;REVB=0.0354104;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647544;STB=0.535689;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00596293;OID=.;OPOS=6219682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:15:13:10:8:15:13:10:8 chr12 6344600 . C A 990.74 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.032;QD=59.1489;RBI=0.00345882;REFB=0;REVB=-0.00330359;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15547e-06;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:30:35:0:0:32:35:0:0 chr12 6421495 . G A 470.83 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0166233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.654;QD=16.0967;RBI=0.0309259;REFB=0.00104435;REVB=0.0260783;RO=65;SAF=29;SAR=23;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027228;STB=0.515206;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00119661;OID=.;OPOS=6421495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:23:29:38:27:23:29:38:27 chr12 6427052 . C T 345.42 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0223887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.5804;QD=17.714;RBI=0.0391298;REFB=-0.0439065;REVB=0.0320918;RO=40;SAF=10;SAR=27;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343917;STB=0.514723;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0521038;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:27:10:12:28:27:10:12:29 chr12 6428116 . T G 384.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00478123;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.419;QD=19.2402;RBI=0.0333354;REFB=-0.00920214;REVB=-0.0329907;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691357;STB=0.54985;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0121707;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:39:40:39:40:0.5:19:20:17:22:19:21:17:23 chr12 6439470 . A G 463.34 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00375492;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.513;QD=52.9536;RBI=0.00387209;REFB=0.0200712;REVB=0.000945332;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444566;STB=0.523795;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000134293;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:20:13:0:2:20:13:0:2 chr12 6442346 . A G 324.81 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0333372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.045;QD=49.971;RBI=0.0901296;REFB=-0.030061;REVB=-0.0837376;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00151867;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:0:1:16:9:0:1 chr12 6457062 . T C 782.61 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0826;QD=56.9174;RBI=0.129012;REFB=0;REVB=-0.0217478;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116299;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:25:30:0:0 chr12 6484709 . T C 798.59 PASS AF=1;AO=34;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.239;QD=56.0414;RBI=0.122207;REFB=0;REVB=-0.0190742;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467735;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:34:57:1:22:12:0:0:21:36:0:0 chr12 6495275 . C A 666.91 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0136197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.617;QD=57.9918;RBI=0.0368053;REFB=-0.0209739;REVB=0.0341926;RO=2;SAF=13;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198629;STB=0.510583;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000770376;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:31:13:1:1:31:13:1:1 chr12 6500105 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.85;QD=35.5759;RBI=0.0429218;REFB=0;REVB=0.0228778;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013336;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 6560473 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.666;QD=49.5991;RBI=0.0730961;REFB=0;REVB=-0.0373974;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000869877;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr12 6562753 . A G 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6808;QD=55.6436;RBI=0.0230904;REFB=0;REVB=0.00274426;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345569;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr12 6562810 . A G 254.67 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415253;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.126;QD=50.9336;RBI=0.00805371;REFB=0;REVB=-0.00690064;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33412e-05;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 6572048 . A G 500.87 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0304;QD=58.9263;RBI=0.05883;REFB=0;REVB=0.00125083;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418515;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr12 6618871 . C T 222.3 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3111;QD=49.3999;RBI=0.0203413;REFB=0;REVB=0.0136712;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104534;OID=.;OPOS=6618871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:2:0:16:18:1:5:11:2:0:5:13:0:0 chr12 6619284 . C G 670.74 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.672;QD=62.3947;RBI=0.0543893;REFB=0;REVB=-0.00320549;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158477;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr12 6619402 . T C 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.969;QD=59.4272;RBI=0.031644;REFB=0;REVB=0.0314096;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117641;OID=.;OPOS=6619402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr12 6631169 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7104;QD=53.2757;RBI=0.0533669;REFB=0;REVB=-0.0482246;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00061958;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr12 6637845 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.16;QD=58.142;RBI=0.0478164;REFB=0;REVB=0.0217921;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100092;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr12 6639088 . A G 1640.26 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7026;QD=59.6459;RBI=0.0360283;REFB=0;REVB=0.000884684;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32723e-05;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:107:110:1:44:63:0:0:45:65:0:0 chr12 6639981 . C G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2283;QD=59.8346;RBI=0.0602576;REFB=0;REVB=-0.0598214;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000772595;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 6643991 . C G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00393114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.041;QD=9.19972;RBI=0.0611727;REFB=-0.0255413;REVB=-0.0610462;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157892;STB=0.599679;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0443769;OID=.;OPOS=6643991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:10:3:1:6:10:3 chr12 6646320 . T C 753.34 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00532964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3203;QD=61.4967;RBI=0.0264744;REFB=0.0155744;REVB=0.0259324;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025416;STB=0.513508;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-2.26911e-05;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:30:18:1:0:30:18:1:0 chr12 6647109 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.944;QD=56.1852;RBI=0.0381952;REFB=0;REVB=0.0278155;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45219e-05;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr12 6711147 . C A 47.28 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0814422;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.635;QD=23.6378;RBI=0.0814431;REFB=-0.0625227;REVB=0.000371531;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0197515;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr12 6715527 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.116697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1247;QD=11.0914;RBI=0.119464;REFB=0.0320936;REVB=0.0255655;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477139;STB=0.529298;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0204167;OID=.;OPOS=6715527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:1:5:4:1:1:5 chr12 6836852 . A G 112.42 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.040389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9041;QD=8.48462;RBI=0.0744019;REFB=-0.0154629;REVB=-0.0624849;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186353;STB=0.623208;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0324057;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:5:10:19:18:5:10:19:19 chr12 6838576 . G A 297.29 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00403513;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2918;QD=22.8685;RBI=0.0120657;REFB=-0.0168592;REVB=0.011371;RO=22;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123939;STB=0.555518;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0153185;OID=.;OPOS=6838576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:22:29:30:0.576923:20:9:10:12:20:10:10:12 chr12 6839913 . C T 66.01 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0903643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5086;QD=12.0016;RBI=0.14271;REFB=-0.0019257;REVB=0.110456;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52696;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0727003;OID=.;OPOS=6839913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:21:22:12:12:6:8:0.363636:4:2:4:8:5:3:4:8 chr12 6858126 . G A 359.24 PASS AF=0.401869;AO=42;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.000119097;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3896;QD=13.4294;RBI=0.0298411;REFB=-0.00956018;REVB=0.0298408;RO=63;SAF=13;SAR=29;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480409;STB=0.539173;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0131256;OID=.;OPOS=6858126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:64:42:43:0.401869:29:13:22:41:30:13:23:41 chr12 6887020 . T C 1215.53 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.362;QD=60.7763;RBI=0.0337844;REFB=0;REVB=0.0270573;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07056e-05;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:34:44:0:0:34:46:0:0 chr12 6926363 . T C 608.04 PASS AF=0.980392;AO=30;DP=53;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.133034;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.2556;QD=47.6893;RBI=0.134337;REFB=-0.0515607;REVB=-0.0186637;RO=0;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00234078;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:51:0:1:30:50:0.980392:29:1:0:0:29:21:0:1 chr12 6928075 . T C 374.26 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.77;QD=55.4454;RBI=0.0756524;REFB=0;REVB=0.0118439;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255417;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:20:4:0:0:22:5:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1113.67 PASS AF=0.888889;AO=79;DP=91;FAO=80;FDP=90;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0611243;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=2;MLLD=42.5161;QD=49.4966;RBI=0.0615762;REFB=-0.091364;REVB=-0.00744638;RO=8;SAF=32;SAR=47;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280693;STB=0.511518;STBP=0.551;TYPE=mnp;VARB=0.0106268;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:91:90:8:10:79:80:0.888889:47:32:2:6:48:32:5:5 chr12 6939850 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.163;QD=57.8841;RBI=0.0222016;REFB=0;REVB=-0.000313066;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93446e-05;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:36:24:0:0 chr12 6941021 . G A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00366345;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.377;QD=5.44272;RBI=0.0127252;REFB=-0.00752004;REVB=-0.0121865;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437317;STB=0.768593;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0417312;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:3:17:3:3:3:17 chr12 6942823 . A G 780.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277022;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.073;QD=63.6966;RBI=0.0290408;REFB=0;REVB=0.00871518;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114947;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:20:29:0:0 chr12 6946247 . G T 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00592308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.229;QD=18.8209;RBI=0.0382966;REFB=-0.0112946;REVB=0.0378358;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184616;STB=0.604677;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00371081;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:2:8:7:5:2:8 chr12 6946718 . G A 268.47 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0327427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.014;QD=22.3725;RBI=0.0385259;REFB=-0.0280207;REVB=0.0203019;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251022;STB=0.658853;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0111466;OID=.;OPOS=6946718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:23:25:25:0.520833:16:9:14:7:16:9:16:7 chr12 6950930 . AT A 106.03 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0333164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1293;QD=11.4628;RBI=0.0506549;REFB=0.0501934;REVB=0.0381568;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205512;STB=0.568675;STBP=0.421;TYPE=del;VARB=-0.0478813;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:18:36:19:37:18:6:13:8:10:98:16:5:13:8:8 chr12 6954812 . C T 267.5 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0235604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.236;QD=21.8365;RBI=0.0247177;REFB=-0.0016691;REVB=0.00747482;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237824;STB=0.614363;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00186718;OID=.;OPOS=6954812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:17:7:13:11:17:8:13:11 chr12 6954875 . C T 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00518052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.552;QD=19.6905;RBI=0.00523607;REFB=-0.0288655;REVB=-0.000760678;RO=24;SAF=7;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672863;STB=0.530702;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0361465;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:19:7:8:16:19:7:8:17 chr12 6965194 . A G 419.55 PASS AF=0.465347;AO=44;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00313017;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.556;QD=16.6159;RBI=0.0192286;REFB=-0.02151;REVB=0.0189721;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103641;STB=0.558056;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0271105;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:54:44:47:0.465347:25:19:28:24:26:21:30:24 chr12 6976688 . A G 584.98 PASS AF=0.5;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00393796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.208;QD=19.4992;RBI=0.0197053;REFB=-0.0368461;REVB=-0.0193078;RO=60;SAF=36;SAR=24;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156598;STB=0.508648;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0340665;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:60:60:60:0.5:24:36:35:25:24:36:35:25 chr12 6980442 . G A 135.89 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00962158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3427;QD=17.5335;RBI=0.108055;REFB=-0.0121026;REVB=0.107625;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365465;STB=0.708067;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0202486;OID=.;OPOS=6980442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:12:4:10:5:12:4 chr12 6980482 . C T 108.91 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00683298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.113;QD=15.0217;RBI=0.0391665;REFB=-0.0296844;REVB=-0.0385659;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218381;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0395841;OID=.;OPOS=6980482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:16:11:13:0.448276:6:5:9:4:7:6:9:7 chr12 7015707 . G T 159.77 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0150842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.223;QD=11.6199;RBI=0.0433508;REFB=0.000118456;REVB=-0.0406419;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333778;STB=0.69213;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000529193;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:25:10:12:8:25:10 chr12 7026307 . G C 338.22 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.00794598;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.699;QD=22.548;RBI=0.0190453;REFB=-0.0345386;REVB=0.0173085;RO=24;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320136;STB=0.662042;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0476491;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:26:33:34:0.566667:21:12:19:5:22:12:19:7 chr12 7053007 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00917443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.717;QD=23.3817;RBI=0.00927854;REFB=-0.00578366;REVB=0.00138606;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089129;STB=0.549788;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00297566;OID=.;OPOS=7053007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:9:5:9:10:9:5 chr12 7055860 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.958;QD=63.2855;RBI=0.00975435;REFB=0;REVB=0.00400619;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26257e-05;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr12 7065635 . T C 644.85 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0374826;FXX=0.039208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.291;QD=52.6407;RBI=0.0525696;REFB=0.0217695;REVB=0.0368593;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=5.76426e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:0:1:45:47:0.959184:28:17:0:0:30:17:1:0 chr12 7079215 . T G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.395;QD=53.9098;RBI=0.0246188;REFB=0;REVB=0.0131085;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151288;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr12 7080212 . T C,G 353.15 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=24,2;DP=26;FAO=25,1;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104436,-0.0189329;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=172.348,14.9384;QD=54.3301;RBI=0.0524201,0.100201;REFB=0,0;REVB=0.0513692,-0.0983959;RO=0;SAF=10,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000437432,0.043925;OID=.,.;OPOS=7080212,7080212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:26:26:0:0:24,2:25,1:0.961538,0.0384615:14,1:10,1:0:0:15,0:10,1:0:0 chr12 7241055 . A G 371.14 PASS AF=0.481481;AO=37;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0303469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1076;QD=18.3281;RBI=0.0404894;REFB=-0.00928795;REVB=-0.0268041;RO=41;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953171;STB=0.556789;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00723553;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:41:42:37:39:0.481481:20:17:23:18:21:18:24:18 chr12 7242204 . C T 330.68 PASS AF=0.467532;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0616402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0926;QD=17.1781;RBI=0.0998669;REFB=0.0122863;REVB=0.078574;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442068;STB=0.530847;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0109075;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:40:41:34:36:0.467532:18:16:17:23:19:17:17:24 chr12 7249598 . T C 169.24 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0130698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.605;QD=13.0186;RBI=0.0399193;REFB=-0.00170033;REVB=-0.0377191;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222488;STB=0.63449;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00137339;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:20:20:0.384615:10:10:9:22:10:10:9:23 chr12 7254669 . A C 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0498151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2327;QD=11.1284;RBI=0.0562052;REFB=-0.0204541;REVB=0.0260285;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352803;STB=0.701309;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0357892;OID=.;OPOS=7254669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:8:2:8:8:8:2:8:9 chr12 7280880 . C G 721.46 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00655761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.106;QD=23.4621;RBI=0.0132682;REFB=-0.015475;REVB=0.0115344;RO=53;SAF=36;SAR=33;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504897;STB=0.523059;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0104478;OID=.;OPOS=7280880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:54:69:69:0.560976:33:36:31:22:33:36:31:23 chr12 7281317 . C T 367.08 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0139964;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0003;QD=21.5927;RBI=0.0601874;REFB=0.00161939;REVB=-0.0585374;RO=31;SAF=27;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114534;STB=0.563531;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00264964;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:10:27:19:12:10:27:19:12 chr12 7287956 . C T 393.61 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00251464;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.042;QD=13.5728;RBI=0.00751619;REFB=-0.00526597;REVB=-0.00708306;RO=70;SAF=21;SAR=25;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146998;STB=0.508317;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00794114;OID=.;OPOS=7287956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:46:46:0.396552:25:21:31:39:25:21:31:39 chr12 7309199 . G A 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.042464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.346;QD=19.3671;RBI=0.0439737;REFB=-0.013928;REVB=0.0114234;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211612;STB=0.512171;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0289977;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:4:3:4:6:4:3 chr12 7309471 . C A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00346479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.47;QD=15.1662;RBI=0.00893825;REFB=-0.00239673;REVB=0.00823939;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267621;STB=0.654036;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0115876;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:7:16:12:16:7:16:13:17 chr12 7309473 . G C 249.21 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0206433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.049;QD=16.6137;RBI=0.0206964;REFB=-0.0057486;REVB=0.00148098;RO=32;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249167;STB=0.64092;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0233633;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:8:20:15:17:8:20:15:17 chr12 7463241 . A T 428.95 PASS AF=0.456311;AO=45;DP=104;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0102944;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.832;QD=16.6582;RBI=0.0133052;REFB=-0.0110816;REVB=-0.00842942;RO=55;SAF=25;SAR=20;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186995;STB=0.607317;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0193453;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:56:45:47:0.456311:20:25:20:35:20:27:21:35 chr12 7551022 . A T 787.01 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.709;QD=55.2287;RBI=0.0334058;REFB=-0.133686;REVB=0.0168764;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000423698;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:22:34:0:0:22:34:0:1 chr12 7551050 . A C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.182;QD=59.1432;RBI=0.0280112;REFB=0;REVB=0.024015;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86299e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr12 7585971 . A G 971.31 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350385;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.327;QD=57.9884;RBI=0.0919166;REFB=0;REVB=0.0849763;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820228;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:1:0:64:67:1:26:38:0:1:28:39:0:0 chr12 7649484 . T C 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0155365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2379;QD=18.7954;RBI=0.0247783;REFB=-0.0115429;REVB=0.0193024;RO=27;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520547;STB=0.529387;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0092151;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:7:16:20:7:7:16:20:7 chr12 7772997 . G A 331.66 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0224824;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6026;QD=14.2647;RBI=0.0597952;REFB=-0.0120964;REVB=0.0554077;RO=53;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128583;STB=0.585507;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.017542;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:53:56:36:37:0.397849:14:22:26:27:14:23:27:29 chr12 7773058 . C A 251.64 PASS AF=0.317308;AO=32;DP=102;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.0158457;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.885;QD=9.67825;RBI=0.0160464;REFB=-0.00736531;REVB=-0.00253;RO=65;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35381;STB=0.677099;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0155082;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:65:71:32:33:0.317308:12:20:20:45:13:20:24:47 chr12 7773096 . T C 164.66 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0368526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.934;QD=9.54574;RBI=0.0393513;REFB=-0.000223851;REVB=0.0137989;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234732;STB=0.637187;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00187975;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:10:12:16:31:10:12:16:31 chr12 7803646 . G A 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00206088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.874;QD=19.9056;RBI=0.00324606;REFB=-0.00939997;REVB=0.00250793;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710281;STB=0.539542;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0088775;OID=.;OPOS=7803646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:18:12:13:14:18:12:13:14 chr12 7805236 . C G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00672341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8056;QD=8.69139;RBI=0.113283;REFB=0.00545755;REVB=-0.113083;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.639677;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0202913;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:4:4:12:4:4:4:12:5 chr12 7842932 . C T 206.72 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00341621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1405;QD=17.2267;RBI=0.0129954;REFB=-0.00428173;REVB=-0.0125383;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106976;STB=0.550849;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.005276;OID=.;OPOS=7842932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:9:12:12:14:9:12:13:14 chr12 7867847 . G C 404.56 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0227155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8709;QD=17.2152;RBI=0.0621773;REFB=0.0111968;REVB=0.0578794;RO=48;SAF=27;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990973;STB=0.586424;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0106729;OID=.;OPOS=7867847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:52:41:42:0.446809:14:27:27:21:14:28:27:25 chr12 7966823 . CA C 262.05 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00976415;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.593;QD=14.5586;RBI=0.0160131;REFB=-0.00719046;REVB=-0.0126918;RO=42;SAF=20;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134458;STB=0.583275;STBP=0.254;TYPE=del;VARB=0.0147726;OID=.;OPOS=7966824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:29:74:30:72:42:21:9:24:18:99:42:20:9:24:18 chr12 7966958 . C T 510.74 PASS AF=0.796296;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0070222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.948;QD=37.8324;RBI=0.0078169;REFB=-0.0227785;REVB=-0.00343405;RO=11;SAF=28;SAR=15;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115172;STB=0.562014;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00476747;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:11:11:43:43:0.796296:15:28:4:7:15:28:4:7 chr12 7966975 . C T 55.14 PASS AF=0.163934;AO=9;DP=60;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0995161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1874;QD=3.61557;RBI=0.100014;REFB=-0.0180573;REVB=0.00997061;RO=51;SAF=1;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558684;STB=0.896206;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0988935;OID=.;OPOS=7966975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:60:61:51:51:9:10:0.163934:8:1:29:22:9:1:29:22 chr12 8043688 . G C 728.17 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317506;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.199;QD=57.1113;RBI=0.031941;REFB=0;REVB=0.00348185;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00265e-05;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr12 8074055 . T C 48.74 PASS AF=0.0992366;AO=13;DP=131;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.00400756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.428;QD=1.48814;RBI=0.011808;REFB=-0.00279767;REVB=-0.0111071;RO=117;SAF=2;SAR=11;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435359;STB=0.83118;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0247618;OID=.;OPOS=8074055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:131:131:117:118:13:13:0.0992366:11:2:60:57:11:2:60:58 chr12 8278181 . A T 697.0 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0562773;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.389;QD=59.3194;RBI=0.0776467;REFB=-0.162583;REVB=0.0534965;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507243;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00224203;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:47:0:1:45:46:0.978723:34:11:0:0:34:12:0:1 chr12 8374770 . G A 173.79 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2784;QD=46.3451;RBI=0.0880187;REFB=0;REVB=0.08704;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158074;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr12 8374781 . C CACG 51.67 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0111449;FXX=0.0713776;HRUN=0;LEN=3;MLLD=236.774;QD=15.8991;RBI=0.0116623;REFB=-0.0134995;REVB=0.00343491;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=ins;VARB=0.0119723;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:7:14:7:13:6:3:4:3:3:40:6:3:4:3:3 chr12 8374812 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0316437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.858;QD=10.0343;RBI=0.032583;REFB=-0.0235859;REVB=-0.00776738;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0241692;OID=.;OPOS=8374812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:3:3:2:3:3:4 chr12 8375112 . G T 35.25 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0190307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5866;QD=2.01402;RBI=0.0297756;REFB=0.0073072;REVB=0.0229002;RO=61;SAF=4;SAR=4;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127714;STB=0.585507;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0143545;OID=.;OPOS=8375112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:70:70:61:62:8:8:0.114286:4:4:37:24:4:4:37:25 chr12 8376110 . T C 588.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.671;QD=60.3647;RBI=0.0341406;REFB=0;REVB=0.0265983;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936718;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr12 8637403 . G T 420.88 PASS AF=0.359712;AO=49;DP=138;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0217944;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.16;QD=12.1117;RBI=0.0218189;REFB=-0.0173513;REVB=-0.00103462;RO=88;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356055;STB=0.517664;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0342336;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:88:89:49:50:0.359712:28:21:35:53:29:21:35:54 chr12 8693333 . G A 83.45 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0310764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1978;QD=10.1157;RBI=0.0572772;REFB=0.0113747;REVB=0.0481137;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21057;STB=0.633889;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0132414;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:20:22:11:11:0.333333:8:3:9:11:8:3:10:12 chr12 8757481 . G A 1558.75 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307382;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9165;QD=58.8208;RBI=0.0316155;REFB=-0.0340329;REVB=-0.00739594;RO=1;SAF=35;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682841;STB=0.503545;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=2.4807e-05;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:104:105:0.990566:69:35:0:1:70:35:0:1 chr12 8808006 . T C 66.3 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0148351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.65;QD=12.0548;RBI=0.0148512;REFB=-0.00674146;REVB=-0.000690851;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666262;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00594046;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:6:7:7:2:6:7 chr12 8926011 . T C 2270.55 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.11;QD=63.512;RBI=0.0440365;REFB=0;REVB=0.0434532;RO=0;SAF=55;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90437e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:87:55:0:0:88:55:0:0 chr12 9004512 . G A,T 789.91 PASS AF=0.96,0.04;AO=48,2;DP=50;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218221,0.000152234;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.562,24.9217;QD=63.1926;RBI=0.0237384,0.028389;REFB=0,0;REVB=0.00934391,-0.0283886;RO=0;SAF=17,1;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000468478,0.0501378;OID=.,.;OPOS=9004512,9004512;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:48,2:48,2:0.96,0.04:31,1:17,1:0:0:31,1:17,1:0:0 chr12 9004892 . C A 411.05 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.027;QD=56.6969;RBI=0.0574624;REFB=0;REVB=0.0568419;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392869;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:17:12:0:0 chr12 9010671 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.024599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.456;QD=13.6302;RBI=0.0460535;REFB=0.00433889;REVB=-0.0389335;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0138127;OID=.;OPOS=9010671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr12 9013755 . C T 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00744304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.034;QD=7.47043;RBI=0.00846888;REFB=-0.000386325;REVB=-0.0040402;RO=31;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484678;STB=0.810585;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0027995;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:43:31:32:11:11:0.255814:9:2:18:13:9:2:19:13 chr12 9016573 . A G 744.88 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.346;QD=55.1765;RBI=0.028167;REFB=-0.0792685;REVB=-0.0278555;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108127;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:0:0:53:54:1:31:22:0:0:31:23:0:0 chr12 9020489 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.318;QD=52.6129;RBI=0.0327747;REFB=0;REVB=0.0143659;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235274;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr12 9020912 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.298;QD=59.0168;RBI=0.0317828;REFB=0;REVB=-0.0237445;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387773;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 9070366 . T A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00760762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.394;QD=17.56;RBI=0.00952173;REFB=-0.0256758;REVB=0.00572604;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256974;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:14:7:6:12:14:7 chr12 9074259 . C T 85.74 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00941142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.437;QD=11.8263;RBI=0.028399;REFB=-0.00882175;REVB=0.0267942;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392632;STB=0.72693;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0207178;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:15:3:6:5:15:3 chr12 9086898 . A G 444.69 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00694726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.888;QD=20.4456;RBI=0.0238984;REFB=-0.000886002;REVB=0.0228663;RO=42;SAF=25;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143756;STB=0.57378;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000714158;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:43:44:44:0.505747:19:25:17:25:19:25:18:25 chr12 9093001 . G A 126.64 PASS AF=0.517241;AO=11;DP=25;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00258423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3158;QD=17.468;RBI=0.0472177;REFB=-0.0880398;REVB=0.0471469;RO=14;SAF=11;SAR=0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.80922;STB=0.773382;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0274146;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:29:14:14:11:15:0.517241:0:11:6:8:2:13:6:8 chr12 9093008 . GTTTTTTTTC GTTTTTTTC,GTTTTTTTCT 59.44 PASS AF=0.241379,0.206897;AO=7,5;DP=30;FAO=7,6;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5,6;FSAR=2,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.118856,0.0684475;FXX=0.0333222;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.03797,19.5263;QD=8.19831;RBI=0.19082,0.123954;REFB=-0.117229,-0.090487;REVB=0.149283,0.103342;RO=13;SAF=5,5;SAR=2,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199998,0.705031;STB=0.657425,0.997881;STBP=0.394,0.01;TYPE=del,mnp;VARB=0.0898419,0.133241;OID=.,.;OPOS=9093009,9093016;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=GTTTTTTTC,GTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379,0.206897:7,5:30:7,6:29:16:5,6:2,0:8:8:28:13:5,5:2,0:7:6 chr12 9142297 . T C 77.98 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0349154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.221;QD=14.8526;RBI=0.0351131;REFB=-0.00724422;REVB=-0.00372044;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00336561;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:11:10:10:0.47619:5:5:4:6:5:5:5:6 chr12 9161648 . T C 253.69 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.00255024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.584;QD=21.5908;RBI=0.00674895;REFB=-0.0099629;REVB=0.00624857;RO=21;SAF=6;SAR=18;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128911;STB=0.584552;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00775678;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:23:24:24:0.510638:18:6:3:18:18:6:3:20 chr12 9248233 . T C 1462.9 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0164791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.296;QD=60.9543;RBI=0.0168435;REFB=0.0155339;REVB=0.00348448;RO=2;SAF=52;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212415;STB=0.50112;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000688727;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:42:52:1:1:42:52:1:1 chr12 9305473 . T C 2122.79 PASS AF=0.971831;AO=137;DP=142;FAO=138;FDP=142;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00189596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.556;QD=59.7968;RBI=0.0263169;REFB=-0.0345443;REVB=0.0262485;RO=4;SAF=61;SAR=76;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298517;STB=0.501654;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.000866499;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:142:142:4:4:137:138:0.971831:76:61:2:2:77:61:2:2 chr12 9307373 . T G 1853.51 PASS AF=0.969231;AO=119;DP=125;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0620161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5264;QD=57.0312;RBI=0.078714;REFB=-0.0802057;REVB=0.0484758;RO=5;SAF=58;SAR=61;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220133;STB=0.506747;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0026744;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:125:130:5:4:119:126:0.969231:61:58:1:4:67:59:1:3 chr12 9312951 . G A 266.99 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0208039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.401;QD=16.1812;RBI=0.0297992;REFB=-0.00349026;REVB=0.0213351;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583321;STB=0.521458;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00449903;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:29:30:0.454545:17:12:17:19:17:13:17:19 chr12 9315209 . A G 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00454335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.122;QD=19.9739;RBI=0.00457769;REFB=0.00945001;REVB=-0.000559663;RO=48;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670001;STB=0.531901;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00795264;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:22:25:22:26:22:25:23:26 chr12 9316773 . T C 378.65 PASS AF=0.5;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0406834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4055;QD=19.4182;RBI=0.0413293;REFB=-0.0509817;REVB=-0.00727821;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130334;STB=0.551425;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0314944;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:35:39:38:39:0.5:16:22:15:20:17:22:18:21 chr12 9317784 . A G 153.5 PASS AF=0.306667;AO=18;DP=71;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0731788;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6462;QD=8.18668;RBI=0.0759715;REFB=-0.0216989;REVB=0.020409;RO=49;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333279;STB=0.607505;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0800021;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:49:52:18:23:0.306667:7:11:16:33:11:12:19:33 chr12 9317885 . G A 101.54 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00236456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.998;QD=8.64183;RBI=0.0135949;REFB=-0.0112585;REVB=-0.0133877;RO=34;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200518;STB=0.620273;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0287792;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:8:5:8:26:8:5:8:26 chr12 9345273 . A G 782.79 PASS AF=1;AO=21;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6328;QD=53.0706;RBI=0.0797225;REFB=0;REVB=0.0749261;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682156;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:21:59:1:4:17:0:0:39:20:0:0 chr12 9345274 . C G 366.81 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0209713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.753;QD=24.4541;RBI=0.0437082;REFB=0.00433196;REVB=0.0383486;RO=24;SAF=2;SAR=34;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715931;STB=0.901238;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000463534;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:34:2:19:5:34:2:19:5 chr12 9346792 . G C 187.62 PASS AF=0.287234;AO=24;DP=95;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00199833;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.4822;QD=7.98394;RBI=0.015365;REFB=-0.0599205;REVB=-0.0152345;RO=61;SAF=20;SAR=4;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427758;STB=0.697522;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.178461;OID=.;OPOS=9346792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:61:67:24:27:0.287234:4:20:32:29:7:20:32:35 chr12 9439294 . T C 463.28 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0175666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.508;QD=21.8014;RBI=0.0176995;REFB=-0.00653596;REVB=-0.00216485;RO=40;SAF=27;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108264;STB=0.559782;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00639924;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:18:27:19:21:18:27:19:21 chr12 9447488 . C T 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0315361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.1;QD=2.83721;RBI=0.0316618;REFB=-0.00347284;REVB=-0.00281925;RO=51;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117107;STB=0.576728;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0305127;OID=.;OPOS=9447488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:51:52:8:8:0.133333:5:3:24:27:5:3:24:28 chr12 9447492 . T C 30.1 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=57;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0077661;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.415;QD=2.14983;RBI=0.00784307;REFB=-0.0013799;REVB=-0.0010961;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159999;STB=0.616884;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0113897;OID=.;OPOS=9447492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:57:56:49:50:6:6:0.107143:4:2:23:26:4:2:23:27 chr12 9571670 . T C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0420569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.291;QD=37.893;RBI=0.0420678;REFB=-0.0136155;REVB=-0.000958036;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178334;STB=0.599814;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00226223;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:10:2:1:0:10:2:1:0 chr12 9573130 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.364;QD=57.1775;RBI=0.0495493;REFB=0;REVB=0.0334744;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104168;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr12 9573224 . C T 1126.75 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0417531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.078;QD=57.7821;RBI=0.0462597;REFB=-0.0291548;REVB=0.0199158;RO=2;SAF=50;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185522;STB=0.509801;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00141747;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:26:50:2:0:26:50:2:0 chr12 9574002 . C T 908.88 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.435;QD=57.7069;RBI=0.0594074;REFB=0;REVB=0.0407078;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121113;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:31:27:0:0:33:30:0:0 chr12 9574042 . C A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.047;QD=60.031;RBI=0.0599735;REFB=0;REVB=0.0208198;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237916;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr12 9578197 . A T 692.83 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821891;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9954;QD=62.9848;RBI=0.0160871;REFB=0;REVB=0.0138291;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55198e-05;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr12 9583324 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.767;QD=33.4285;RBI=0.029376;REFB=0;REVB=0.00892812;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883214;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 9585578 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.164;QD=49.5992;RBI=0.0457066;REFB=0;REVB=0.0175766;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297183;OID=.;OPOS=9585578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr12 9597776 . G A 1668.1 PASS AF=0.942623;AO=115;DP=123;FAO=115;FDP=122;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00247493;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.243;QD=54.6918;RBI=0.00561889;REFB=0.0471597;REVB=0.00504447;RO=7;SAF=61;SAR=54;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111096;STB=0.505861;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00110326;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:123:122:7:7:115:115:0.942623:54:61:3:4:54:61:3:4 chr12 9750669 . A G 1136.14 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037596;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.501;QD=59.0204;RBI=0.0384263;REFB=0.0214145;REVB=0.00794481;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=1.43417e-05;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:1:0:35:41:1:0 chr12 9833524 . C G 1381.34 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.161;QD=61.3931;RBI=0.0208742;REFB=-0.073331;REVB=0.00970624;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938488;STB=0.504949;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=3.27201e-05;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:50:39:0:1:50:39:0:1 chr12 9833628 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.158;QD=64.1534;RBI=0.0328869;REFB=0;REVB=0.00651832;RO=0;SAF=6;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141609;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:43:6:0:0:43:6:0:0 chr12 9885707 . A ATAAGT,T 434.96 PASS AF=0.820513,0.025641;AO=31,2;DP=40;FAO=32,1;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=18,1;FSAR=14,0;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.015902,-0.00221552;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=163.444,85.4479;QD=44.6112;RBI=0.0167627,0.0112244;REFB=-0.00891414,-0.00192145;REVB=0.0053023,0.0110036;RO=6;SAF=17,2;SAR=14,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0647611,0.658493;STB=0.536401,0.9915;STBP=0.303,0.254;TYPE=ins,snp;VARB=0.00310516,-0.0217066;OID=.,.;OPOS=9885708,9885707;OREF=-,A;OALT=TAAGT,T;OMAPALT=ATAAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:39:6:6:31,2:32,1:0.820513,0.025641:14,0:17,2:2:4:14,0:18,1:2:4 chr12 9905690 . A G 1362.27 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.43;QD=61.2254;RBI=0.0173144;REFB=0.0672346;REVB=0.0140504;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133461;STB=0.507041;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=5.56461e-05;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:53:35:1:0:53:35:1:0 chr12 9906143 . GT GC,G,TG 194.01 PASS AF=0.0625,0.3125,0.34375;AO=2,11,8;DP=36;FAO=2,10,11;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=2,7,0;FSAR=0,3,11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0342074,-0.266813,-0.101761;FXX=0.135099;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=106.899,12.9694,24.7807;QD=24.2515;RBI=0.072955,0.275587,0.127288;REFB=0.00787832,-0.067775,-0.00485446;REVB=-0.0644382,-0.0689831,-0.0764651;RO=6;SAF=2,7,0;SAR=0,4,8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.461538,0;SSSB=0.719959,0.287382,-0.758936;STB=0.996368,0.721216,0.99835;STBP=0.05,0.074,0.082;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0110882,0.0255124,-0.0851329;OID=.,.,.;OPOS=9906144,9906144,9906143;OREF=T,T,GT;OALT=C,-,TG;OMAPALT=GC,G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:76:36:32:6:9:2,11,8:2,10,11:0.0625,0.3125,0.34375:0,4,8:2,7,0:1:5:0,3,11:2,7,0:2:7 chr12 9906151 . GAAA AAAG,AGAA,GAA,GTAA 180.9 PASS AF=0,0,0.8125,0;AO=2,2,13,4;DP=34;FAO=0,0,26,0;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,9,0;FSAR=0,0,17,0;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0363039,-0.0645437,0.0903419,-0.160314;FXX=0.0588062;HRUN=1,1,5,5;LEN=4,2,1,1;MLLD=53.9075,11.8753,11.4859,51.6513;QD=22.6128;RBI=0.0522209,0.12424,0.0904351,0.160322;REFB=0.0185691,0.0487562,0.0749025,-0.00260217;REVB=-0.0375373,-0.106159,-0.00410609,-0.00164871;RO=7;SAF=2,0,3,4;SAR=0,2,10,0;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0.461538,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.804017,0,0.234635,0.819748;STB=0.5,0.5,0.574946,0.5;STBP=1,1,0.146,1;TYPE=mnp,mnp,del,snp;VARB=0,0,0.0203554,0;OID=.,.,.,.;OPOS=9906151,9906151,9906152,9906152;OREF=GAAA,GA,A,A;OALT=AAAG,AG,-,T;OMAPALT=AAAG,AGAA,GAA,GTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:23:34:32:7:6:2,2,13,4:0,0,26,0:0,0,0.8125,0:0,2,10,0:2,0,3,4:0:7:0,0,17,0:0,0,9,0:0:6 chr12 9985915 . G T 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00175681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.404;QD=7.89731;RBI=0.0158277;REFB=-0.00683393;REVB=-0.0157299;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113535;STB=0.557418;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0160944;OID=.;OPOS=9985915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:29:30:11:11:0.268293:6:5:16:13:6:5:16:14 chr12 9994445 . GTGT G 738.18 PASS AF=1;AO=43;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765128;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.233;QD=64.1898;RBI=0.0105849;REFB=0;REVB=0.00731431;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.99656e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:47:46:46:0:21:25:0:0:4:0:20:23:0:0 chr12 10015177 . A G 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00880442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.505;QD=11.3452;RBI=0.0268412;REFB=-0.00708971;REVB=-0.0253562;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197211;STB=0.613401;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00750296;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:12:10:11:28:12:10:11:28 chr12 10041364 . G A 370.44 PASS AF=0.550725;AO=36;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0202719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.624;QD=21.475;RBI=0.0385766;REFB=-0.0110943;REVB=-0.0328208;RO=31;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212984;STB=0.500782;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106213;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:31:36:38:0.550725:20:16:13:18:22:16:13:18 chr12 10046052 . C A 288.66 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0208818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.317;QD=14.2547;RBI=0.024156;REFB=0.0264411;REVB=0.0121435;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112762;STB=0.588009;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0348009;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:47:34:34:0.419753:14:20:22:24:13:21:22:25 chr12 10136671 . TG T,TA 879.66 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=8,49;DP=60;FAO=4,58;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=3,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266716,0.0215422;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.322,143.882;QD=56.752;RBI=0.0328018,0.0256932;REFB=0,0;REVB=0.019094,0.0140027;RO=0;SAF=4,24;SAR=4,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0181965,0.00444321;OID=.,.;OPOS=10136672,10136672;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0645161,0.935484:8,49:60:4,58:62:0:1,29:3,29:0:0:9:0:4,24:4,25:0:0 chr12 10137556 . A AC 276.63 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106681;FXX=0.0434594;HRUN=0;LEN=1;MLLD=143.103;QD=50.2958;RBI=0.177905;REFB=0;REVB=-0.14237;RO=21;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000826865;OID=.;OPOS=10137557;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:22:22:0:7:15:0:0:4:21:1:2:8:13 chr12 10137557 . A C 244.48 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0075386;FXX=0.0434594;HRUN=7;LEN=1;MLLD=176.781;QD=44.4509;RBI=0.00929572;REFB=-0.144072;REVB=0.00543873;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.514836;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00158276;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:22:1:2:20:20:0.909091:13:7:1:0:13:7:1:1 chr12 10149406 . T C 451.7 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0313679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.844;QD=27.7969;RBI=0.070038;REFB=-0.000865704;REVB=-0.0626209;RO=22;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425894;STB=0.530177;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000730401;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:23:42:42:0.646154:20:22:13:9:20:22:14:9 chr12 10149851 . C T 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0042225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.96;QD=60.9141;RBI=0.0177952;REFB=-0.0383953;REVB=-0.017287;RO=1;SAF=38;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123045;STB=0.506492;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000826532;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:48:38:1:0:48:38:1:0 chr12 10150961 . G A 155.8 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0043426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2204;QD=10.9331;RBI=0.0184118;REFB=0.0077009;REVB=0.0178923;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206131;STB=0.626821;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.020443;OID=.;OPOS=10150961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:9:11:13:23:9:11:13:24 chr12 10150974 . A G 164.55 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.000459543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.323;QD=12.9055;RBI=0.0127016;REFB=-0.0369937;REVB=0.0126933;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286432;STB=0.644298;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0498171;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:7:11:11:21:8:11:11:21 chr12 10151642 . T C 1661.8 PASS AF=0.965812;AO=111;DP=115;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.021705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4105;QD=56.8136;RBI=0.119822;REFB=-0.182887;REVB=0.11784;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.517238;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00395151;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:115:117:0:4:111:113:0.965812:54:57:0:0:56:57:0:4 chr12 10165469 . A G 1497.97 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991507;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.47;QD=58.744;RBI=0.0596215;REFB=-0.087291;REVB=0.0587912;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108058;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:102:1:0:101:102:1:51:50:0:1:52:50:0:0 chr12 10167277 . G C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.701;QD=64.4153;RBI=0.0372497;REFB=0;REVB=0.0314444;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95605e-05;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr12 10206925 . A G 289.64 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.004972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.032;QD=13.7923;RBI=0.0103686;REFB=0.00591751;REVB=0.00909878;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494402;STB=0.514215;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0114715;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:51:33:33:0.392857:18:15:20:29:18:15:22:29 chr12 10236797 . A G 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00732757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.36;QD=14.6481;RBI=0.0383171;REFB=-0.0361495;REVB=-0.03761;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108014;STB=0.54539;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0455879;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:7:7:11:7:7:7:11:8 chr12 10236824 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00369317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.904;QD=10.9407;RBI=0.0216607;REFB=0.0065231;REVB=-0.0213436;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150282;STB=0.590194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0177729;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:10:10:7:4:10:10 chr12 10236921 . G T 54.41 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0203204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.557;QD=9.46248;RBI=0.0379643;REFB=-0.0427512;REVB=-0.0320682;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162774;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0796109;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:21:23:13:15:8:8:0.347826:6:2:5:8:6:2:5:10 chr12 10236942 . C G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0111298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.83;QD=7.76206;RBI=0.0297194;REFB=-0.00398052;REVB=-0.0275567;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00879266;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:5:8:4:2:5:8 chr12 10251445 . C G 80.5 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0079669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8995;QD=10.0629;RBI=0.238889;REFB=-0.0457777;REVB=-0.238756;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232556;STB=0.664511;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0784009;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:32:9:21:11:11:0.34375:4:7:8:1:4:7:8:13 chr12 10271055 . T C 237.52 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.014027;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.467;QD=19.7931;RBI=0.0254818;REFB=-0.0244156;REVB=0.0212736;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159889;STB=0.509546;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0261497;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:25:22:23:0.479167:7:15:16:8:7:16:17:8 chr12 10366088 . C T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0454119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3536;QD=16.4521;RBI=0.0458313;REFB=-0.0136753;REVB=0.00618599;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0377293;OID=.;OPOS=10366088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:0:4:4:2:0:4 chr12 10367240 . CTT CT,CTC 165.32 PASS AF=0.408163,0.0204082;AO=18,2;DP=49;FAO=20,1;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12,0;FSAR=8,1;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.020634,-0.0118628;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.4483,28.8214;QD=13.4956;RBI=0.0245044,0.0275445;REFB=-0.00901817,-0.00421156;REVB=-0.0132176,-0.0248591;RO=28;SAF=11,0;SAR=7,2;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.15538,-0.451606;STB=0.579752,0.989181;STBP=0.377,0.474;TYPE=del,snp;VARB=0.0158933,-0.0488869;OID=.,.;OPOS=10367241,10367242;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163,0.0204082:18,2:49:20,1:49:28:12,0:8,1:13:15:99:28:11,0:7,2:13:15 chr12 10367376 . C T 186.78 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0711753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2681;QD=19.6612;RBI=0.0712219;REFB=0.0204792;REVB=-0.00257758;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121217;STB=0.585492;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.020219;OID=.;OPOS=10367376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:13:6:8:10:13:6:9:10 chr12 10462052 . T G 1015.71 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9546;QD=58.8815;RBI=0.0784373;REFB=0;REVB=0.0267185;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164134;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:28:40:0:0:29:40:0:0 chr12 10467533 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.51;QD=53.2772;RBI=0.0582693;REFB=0;REVB=-0.0279544;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015204;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr12 10525740 . C T 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.016;QD=60.5447;RBI=0.038124;REFB=0;REVB=-0.0317022;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74385e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr12 10532111 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.373;QD=43.4862;RBI=0.0123722;REFB=0;REVB=-0.0109808;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21562e-05;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 10532326 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000627868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.031;QD=59.8394;RBI=0.0048628;REFB=0;REVB=0.0048221;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12977e-05;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr12 10560957 . T C 651.04 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0689865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.504;QD=54.2529;RBI=0.0690056;REFB=-0.0450511;REVB=-0.00162258;RO=4;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258214;STB=0.513773;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00152287;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:26:18:1:3:26:18:1:3 chr12 10562025 . C T 1523.05 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00930863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.872;QD=58.579;RBI=0.00930936;REFB=-0.0154366;REVB=0.000116523;RO=1;SAF=54;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870632;STB=0.504586;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000162582;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:49:54:1:0:49:54:1:0 chr12 10562089 . A C,T 2076.09 PASS AF=0.948148,0.0518519;AO=128,7;DP=135;FAO=128,7;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=75,0;FSAR=53,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159857,-0.0035338;FXX=0.0073524;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.814,53.5428;QD=61.5138;RBI=0.0174541,0.0229942;REFB=0,0;REVB=-0.00700718,-0.0227211;RO=0;SAF=75,0;SAR=53,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000299032,0.0765404;OID=.,.;OPOS=10562089,10562089;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:135:135:0:0:128,7:128,7:0.948148,0.0518519:53,7:75,0:0:0:53,7:75,0:0:0 chr12 10570965 . C G 1494.34 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429646;FXX=0.0471654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7281;QD=59.1819;RBI=0.0430933;REFB=0;REVB=0.0033279;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135103;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:98:101:1:43:55:0:0:45:56:0:0 chr12 10571042 . A G 1902.43 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0293207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5737;QD=59.9189;RBI=0.0553738;REFB=-0.0438704;REVB=0.046974;RO=2;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141789;STB=0.507461;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00320131;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:66:59:0:2:66:59:0:2 chr12 10571091 . T G 1587.74 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.277;QD=64.1513;RBI=0.0282376;REFB=0;REVB=-0.00775373;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17451e-05;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr12 10571106 . G C 1453.3 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6144;QD=63.187;RBI=0.0165164;REFB=0;REVB=0.00847053;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.718e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:52:40:0:0:52:40:0:0 chr12 10572982 . A G 1628.33 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033574;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0473;QD=59.2119;RBI=0.0362457;REFB=0.0336104;REVB=0.0136578;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-8.25175e-05;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:108:109:0.990909:45:63:0:0:45:64:1:0 chr12 10573094 . CA GG 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045413;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=2;MLLD=298.2;QD=57.416;RBI=0.01168;REFB=0;REVB=0.010761;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.25397e-05;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr12 10587111 . A G 8821.49 PASS AF=0.969492;AO=571;DP=590;FAO=572;FDP=590;FR=.;FRO=18;FSAF=298;FSAR=274;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00277765;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.816;QD=59.8067;RBI=0.00279513;REFB=-0.00991308;REVB=-0.00031208;RO=18;SAF=297;SAR=274;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053137;STB=0.502755;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=3.21738e-06;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:590:590:18:18:571:572:0.969492:274:297:11:7:274:298:11:7 chr12 10587631 . C T 1311.76 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00440886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.986;QD=59.6255;RBI=0.0412227;REFB=-0.0288465;REVB=0.0409863;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129782;STB=0.501899;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.000844419;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:1:2:86:86:0.977273:50:36:1:0:50:36:1:1 chr12 10588530 . C G 582.23 PASS AF=0.379888;AO=67;DP=178;FAO=68;FDP=179;FR=.;FRO=111;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.0328866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5643;QD=13.0107;RBI=0.0461738;REFB=0.0174768;REVB=0.0324112;RO=111;SAF=30;SAR=37;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102029;STB=0.561558;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0279862;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:111:111:67:68:0.379888:37:30:60:51:38:30:60:51 chr12 10588581 . T C 329.28 PASS AF=0.328125;AO=42;DP=128;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.007461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.469;QD=10.2901;RBI=0.0113613;REFB=-0.0103281;REVB=-0.0085681;RO=86;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149033;STB=0.585898;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0123534;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:86:86:42:42:0.328125:21:21:32:54:21:21:32:54 chr12 10603670 . T C 2035.76 PASS AF=0.901235;AO=145;DP=161;FAO=146;FDP=162;FR=.;FRO=16;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00670509;FXX=0.0121944;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.875;QD=50.2658;RBI=0.0122928;REFB=-0.103378;REVB=0.0103032;RO=16;SAF=87;SAR=58;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103022;STB=0.554455;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000980203;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:161:162:16:16:145:146:0.901235:58:87:1:15:58:88:1:15 chr12 10658507 . G A 411.11 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.00413091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.011;QD=15.3687;RBI=0.0286411;REFB=-0.00835862;REVB=0.0283416;RO=58;SAF=27;SAR=19;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145627;STB=0.573536;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0110181;OID=.;OPOS=10658507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:58:60:46:47:0.439252:19:27:42:16:20:27:42:18 chr12 10659228 . A T 1164.72 PASS AF=0.502165;AO=116;DP=231;FAO=116;FDP=231;FR=.;FRO=115;FSAF=38;FSAR=78;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=0.0210233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6387;QD=20.1683;RBI=0.0467774;REFB=-0.0215125;REVB=0.041787;RO=110;SAF=38;SAR=78;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881171;STB=0.553588;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0215775;OID=.;OPOS=10659228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:110:115:116:116:0.502165:78:38:46:64:78:38:49:66 chr12 10659438 . T C 2891.86 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.987;QD=62.8664;RBI=0.0239085;REFB=0;REVB=0.0217949;RO=0;SAF=83;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04658e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:184:0:0:181:184:1:98:83:0:0:101:83:0:0 chr12 10659964 . C G 891.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.841;QD=57.5479;RBI=0.0179299;REFB=0;REVB=0.0176975;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437558;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:35:25:0:0:37:25:0:0 chr12 10675250 . G C 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.957;QD=59.8285;RBI=0.0439291;REFB=0;REVB=-0.0391321;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908362;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr12 10675295 . G A 54.33 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0615959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2473;QD=8.69252;RBI=0.131128;REFB=0.000183418;REVB=-0.11576;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617149;STB=0.538362;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.013957;OID=.;OPOS=10675295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:5:12:6:2:5:12 chr12 10763205 . T C 58.39 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0081831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.466;QD=14.5977;RBI=0.00883251;REFB=-0.0221997;REVB=-0.00332417;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00479168;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:4:4:5:3:4:4 chr12 10763236 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7936;QD=55.0985;RBI=0.0390754;REFB=0;REVB=-0.0376759;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572843;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr12 10771779 . C T 1466.6 PASS AF=0.442359;AO=147;DP=356;FAO=165;FDP=373;FR=.;FRO=208;FSAF=90;FSAR=75;FSRF=104;FSRR=104;FWDB=0.0326444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9642;QD=15.7276;RBI=0.0327971;REFB=-0.0117833;REVB=-0.00316093;RO=205;SAF=76;SAR=71;SRF=103;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152341;STB=0.525437;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0208535;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:373:205:208:147:165:0.442359:71:76:103:102:75:90:104:104 chr12 10782115 . T C 294.05 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0717055;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.616;QD=17.2969;RBI=0.0829912;REFB=-0.000919852;REVB=-0.0417835;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08181;STB=0.545843;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000906858;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:17:15:20:16:17:15:20:16 chr12 10783729 . A G 501.69 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0180184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.863;QD=22.0524;RBI=0.0214176;REFB=-0.00632544;REVB=-0.011578;RO=43;SAF=23;SAR=25;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278234;STB=0.515339;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00396087;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:25:23:22:21:25:23:22:21 chr12 10856219 . C T 166.14 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0606365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.21;QD=31.6453;RBI=0.0606365;REFB=0.0390299;REVB=-1.20122e-05;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128204;STB=0.555485;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.002989;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:20:21:5:5:15:16:0.761905:10:5:3:2:10:6:3:2 chr12 10871667 . A G 1538.98 PASS AF=1;AO=102;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439762;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1377;QD=58.6279;RBI=0.143182;REFB=0;REVB=0.136261;RO=1;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102149;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:105:1:0:102:105:1:63:39:0:1:65:40:0:0 chr12 10875488 . T C 37.73 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0565372;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5554;QD=7.94401;RBI=0.0578378;REFB=-0.0590804;REVB=0.0121964;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249025;STB=0.651755;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0946786;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:2:11:4:2:2:11 chr12 10958658 . T C 1268.4 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000630925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.981;QD=60.3999;RBI=0.0642322;REFB=-0.0670625;REVB=0.0642291;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997129;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000169392;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:36:47:1:0:36:47:1:0 chr12 10959031 . C T 1050.93 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.91;QD=59.2072;RBI=0.0160861;REFB=0;REVB=-0.00814695;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54056e-05;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:38:31:0:0:38:33:0:0 chr12 10962085 . G A 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00968732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.789;QD=14.6848;RBI=0.0205428;REFB=-0.0128577;REVB=-0.0181153;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044585;STB=0.525312;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.032775;OID=.;OPOS=10962085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:20:11:17:26:20:11:17:26 chr12 10962115 . A C,G 531.92 PASS AF=0.0526316,0.921053;AO=2,35;DP=37;FAO=2,35;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=1,16;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00315299,0.150814;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.522,50.5332;QD=55.9914;RBI=0.0136262,0.151258;REFB=-0.160269,-0.117884;REVB=-0.0132564,0.011591;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1382e-08;STB=0.665164,0.512813;STBP=0.662,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=0.141465,0.00326628;OID=.,.;OPOS=10962115,10962115;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:38:0:1:2,35:2,35:0.0526316,0.921053:1,19:1,16:0:0:1,19:1,16:0:1 chr12 10978402 . G A,T 349.83 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140069,-0.120117;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.927,21.9497;QD=53.8206;RBI=0.0142253,0.12306;REFB=0,0;REVB=0.00248309,-0.026754;RO=0;SAF=10,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00166797,0.103279;OID=.,.;OPOS=10978402,10978402;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:14,2:10,0:0:0:14,2:10,0:0:0 chr12 10999708 . T C 1491.0 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041305;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.389;QD=59.6401;RBI=0.066343;REFB=0;REVB=0.0662143;RO=1;SAF=73;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153713;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:1:0:98:100:1:25:73:0:1:27:73:0:0 chr12 10999780 . C G,T 1678.7 PASS AF=0.0695652,0.921739;AO=8,105;DP=113;FAO=8,106;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=7,91;FSAR=1,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0201084,-0.016364;FXX=0.0170926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.1724,82.9153;QD=58.3895;RBI=0.0495948,0.03912;REFB=0.12034,0.107399;REVB=0.0453354,0.035533;RO=0;SAF=7,90;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.533253,0.502732;STBP=0.649,0.624;TYPE=snp,snp;VARB=0.0582683,-0.00601367;OID=.,.;OPOS=10999780,10999780;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:113:115:0:1:8,105:8,106:0.0695652,0.921739:1,15:7,90:0:0:1,15:7,91:1:0 chr12 11061122 . T C 622.08 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.25;QD=57.8676;RBI=0.0583121;REFB=-0.207795;REVB=0.0505507;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0101209;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:40:42:0.976744:19:21:1:0:21:21:1:0 chr12 11083356 . A G 151.17 PASS AF=0.130435;AO=34;DP=275;FAO=36;FDP=276;FR=.;FRO=240;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=137;FSRR=103;FWDB=-0.0437009;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2795;QD=2.19079;RBI=0.0468842;REFB=-0.00125019;REVB=0.0169811;RO=241;SAF=24;SAR=10;SRF=137;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183863;STB=0.588185;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00795727;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:241:240:34:36:0.130435:10:24:137:104:12:24:137:103 chr12 11083677 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.86;QD=58.1418;RBI=0.0407901;REFB=0;REVB=0.00593589;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236793;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr12 11091432 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=377.207;QD=46.848;RBI=0.00614115;REFB=0;REVB=0.00566297;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66658e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr12 11138683 . C T 1048.81 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00571155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.956;QD=58.2674;RBI=0.0273119;REFB=-0.12206;REVB=0.026708;RO=1;SAF=47;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995486;STB=0.505153;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000439836;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:23:47:1:0:23:48:1:0 chr12 11138852 . C T 1696.63 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.967;QD=59.531;RBI=0.0363882;REFB=-0.0570146;REVB=-0.0144568;RO=1;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772076;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000309232;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:61:52:0:1:61:52:0:1 chr12 11149711 . C A 975.72 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129735;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.984;QD=59.1348;RBI=0.0138152;REFB=0;REVB=-0.00474848;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45577e-05;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr12 11149720 . A G 1048.38 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0025667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.1;QD=58.2433;RBI=0.00303756;REFB=-0.0249015;REVB=-0.00162443;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-1.33914e-05;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:39:32:0:1:39:32:0:1 chr12 11149769 . T C 962.66 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00499419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.516;QD=55.8062;RBI=0.0590878;REFB=0.0277514;REVB=0.0588764;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013692;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00032564;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:69:1:2:65:67:0.971014:31:34:1:0:32:35:1:1 chr12 11150033 . G T 1077.79 PASS AF=1;AO=63;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.471;QD=59.8771;RBI=0.0466903;REFB=0;REVB=0.0196964;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297377;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:72:0:0:63:72:1:32:31:0:0:33:39:0:0 chr12 11150046 . G T 1033.04 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237935;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2205;QD=58.1993;RBI=0.0292064;REFB=-0.0415339;REVB=0.0169376;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00362306;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:33:37:0:1:33:37:0:1 chr12 11150054 . C T 942.49 PASS AF=0.944444;AO=67;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0076856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.465;QD=52.3604;RBI=0.00838677;REFB=0.0126702;REVB=0.00335698;RO=4;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554862;STB=0.514702;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000168445;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:72:72:4:4:67:68:0.944444:32:35:0:4:33:35:1:3 chr12 11150214 . G A 435.89 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6996;QD=54.4857;RBI=0.0516395;REFB=-0.157791;REVB=-0.0506089;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788608;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00437256;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:2:1:30:31:0.96875:17:13:1:1:18:13:1:0 chr12 11150319 . T C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.639;QD=40.758;RBI=0.14153;REFB=0;REVB=0.133345;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213745;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr12 11174302 . A G 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0103479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.364;QD=1.96314;RBI=0.0165097;REFB=-0.00161019;REVB=-0.0128643;RO=72;SAF=4;SAR=5;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147647;STB=0.609518;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0151;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:5:4:41:31:5:4:41:31 chr12 11174327 . C T 46.56 PASS AF=0.107843;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00215076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.442;QD=1.82601;RBI=0.0202364;REFB=-0.00243447;REVB=-0.0201217;RO=91;SAF=5;SAR=6;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607964;STB=0.545372;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0252791;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:102:102:91:91:11:11:0.107843:6:5:46:45:6:5:46:45 chr12 11174372 . C G 77.43 PASS AF=0.145631;AO=15;DP=103;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0525782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6299;QD=3.00711;RBI=0.0756081;REFB=-0.0108436;REVB=-0.0543335;RO=88;SAF=6;SAR=9;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264128;STB=0.518048;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0343849;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:103:103:88:88:15:15:0.145631:9:6:37:51:9:6:37:51 chr12 11174380 . C T 63.86 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0164328;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.752;QD=2.58035;RBI=0.0169713;REFB=-0.0023252;REVB=-0.00424118;RO=79;SAF=4;SAR=9;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161394;STB=0.613795;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0137895;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:100:99:79:86:13:13:0.131313:9:4:34:45:9:4:37:49 chr12 11174390 . G A 62.49 PASS AF=0.13;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.0291994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.343;QD=2.49952;RBI=0.0295025;REFB=-0.00140019;REVB=-0.00421789;RO=83;SAF=5;SAR=8;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322714;STB=0.516104;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0235183;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:99:100:83:87:13:13:0.13:8:5:34:49:8:5:35:52 chr12 11174397 . T A 64.27 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00650625;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.306;QD=2.62342;RBI=0.021118;REFB=-0.00155091;REVB=-0.0200908;RO=81;SAF=5;SAR=8;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913219;STB=0.545384;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00896181;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:98:81:85:13:13:0.132653:8:5:37:44:8:5:37:48 chr12 11174416 . A G 72.6 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0475212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6499;QD=3.0895;RBI=0.0475481;REFB=-0.00147252;REVB=0.00159858;RO=79;SAF=5;SAR=9;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142185;STB=0.592342;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0123851;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:94:94:79:80:14:14:0.148936:9:5:37:42:9:5:37:43 chr12 11174466 . G A 49.42 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0218125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.068;QD=2.10295;RBI=0.0231774;REFB=-0.00234517;REVB=0.00783634;RO=83;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186182;STB=0.513594;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0197531;OID=.;OPOS=11174466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:83:83:11:11:0.117021:6:5:39:44:6:5:39:44 chr12 11174753 . G A 272.95 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.016;QD=51.9906;RBI=0.0393389;REFB=0;REVB=0.000530513;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710255;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:8:9:0:0:8:13:0:0 chr12 11183042 . C G 30.47 PASS AF=0.0631068;AO=13;DP=207;FAO=13;FDP=206;FR=.;FRO=193;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=109;FSRR=84;FWDB=0.0286011;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.77;QD=0.591713;RBI=0.0299694;REFB=0.000368293;REVB=-0.00895235;RO=191;SAF=7;SAR=6;SRF=108;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288092;STB=0.524849;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00397121;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:207:206:191:193:13:13:0.0631068:6:7:108:83:6:7:109:84 chr12 11183451 . A T 1425.16 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468033;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7076;QD=61.9636;RBI=0.0517103;REFB=-0.115676;REVB=-0.0219865;RO=0;SAF=62;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628373;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:92:0:0:91:92:1:29:62:0:0:29:63:0:0 chr12 11183576 . T C 80.9 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.000876276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5792;QD=4.37293;RBI=0.00683333;REFB=0.00310507;REVB=-0.00677692;RO=60;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895271;STB=0.558056;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00937187;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:60:60:14:14:0.189189:8:6:30:30:8:6:30:30 chr12 11183642 . A G 138.3 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.019568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0133;QD=8.92275;RBI=0.0448003;REFB=-0.0130309;REVB=0.0403009;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105996;STB=0.563073;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0311737;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:11:8:22:21:11:8:22:21 chr12 11183676 . C T 150.72 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00924637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.077;QD=10.048;RBI=0.0157933;REFB=-0.00657378;REVB=-0.0128036;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028338;STB=0.51665;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0154416;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:10:10:19:21:10:10:19:21 chr12 11183697 . C A 111.51 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0217123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4785;QD=8.41563;RBI=0.0338594;REFB=-0.00435648;REVB=-0.0259815;RO=38;SAF=9;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23307;STB=0.658016;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0105441;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:38:14:15:0.283019:5:9:17:21:5:10:17:21 chr12 11183708 . T C 81.43 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00721441;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9742;QD=6.78566;RBI=0.0407829;REFB=-0.00452142;REVB=0.0401397;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148171;STB=0.636116;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0350045;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:48:48:33:37:11:11:0.229167:4:7:17:16:4:7:17:20 chr12 11183722 . A C 100.24 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0356465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5979;QD=8.0191;RBI=0.0483071;REFB=0.00135642;REVB=0.0326022;RO=37;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253026;STB=0.656895;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00518415;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:4:9:18:19:4:9:18:19 chr12 11183752 . T C 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00460409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.073;QD=3.20606;RBI=0.0111667;REFB=0.00334406;REVB=-0.0101734;RO=43;SAF=6;SAR=1;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402351;STB=0.799042;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0179409;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:1:6:24:19:1:6:24:19 chr12 11244166 . G C 896.73 PASS AF=0.955882;AO=63;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0106269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.615;QD=52.7489;RBI=0.0108352;REFB=-0.0339892;REVB=-0.00211459;RO=3;SAF=22;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296413;STB=0.514954;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000377785;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:63:65:0.955882:41:22:2:1:42:23:2:1 chr12 11244194 . T C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0311395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.702;QD=55.8045;RBI=0.0311731;REFB=-0.0393913;REVB=0.00144654;RO=1;SAF=17;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269356;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-3.16877e-05;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:41:17:1:0:42:17:1:0 chr12 11244725 . C G 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.535;QD=56.0105;RBI=0.035882;REFB=-0.0600086;REVB=-0.0136984;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00195659;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:1:0:21:13:1:0 chr12 11338613 . CA GG,GT 418.06 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,3;DP=31;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109909,0.00360346;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=225.29,183.547;QD=55.7406;RBI=0.0137795,0.0211868;REFB=0,0;REVB=0.0137356,0.0208781;RO=0;SAF=12,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00110309,0.0807299;OID=.,.;OPOS=11338613,11338613;OREF=CA,CA;OALT=GG,GT;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:31:30:0:0:28,3:28,2:0.933333,0.0666667:16,1:12,2:0:0:16,0:12,2:0:0 chr12 11338781 . C A 1361.04 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9181;QD=61.1704;RBI=0.0609783;REFB=-0.065107;REVB=-0.060937;RO=1;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796515;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022113;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:89:1:0:88:89:1:59:29:0:1:60:29:0:0 chr12 11338957 . A G 239.26 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0622;QD=50.3705;RBI=0.0390325;REFB=0;REVB=0.0333984;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019042;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr12 11338983 . T C 137.37 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9615;QD=42.2667;RBI=0.0852588;REFB=0;REVB=0.00747878;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181178;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr12 11418954 . A G 638.29 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.221;QD=60.7893;RBI=0.0498016;REFB=0;REVB=0.0284451;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674143;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:30:12:0:0 chr12 11420206 . C T 224.27 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0416557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1516;QD=17.2515;RBI=0.0512751;REFB=0.000218802;REVB=-0.0298988;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772338;STB=0.565863;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00138597;OID=.;OPOS=11420206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:27:24:25:0.480769:15:9:11:13:16:9:13:14 chr12 11420375 . G A 96.81 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.151754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.735;QD=35.2022;RBI=0.163613;REFB=-0.141615;REVB=0.0611544;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00756339;OID=.;OPOS=11420375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr12 11461470 . A G 50.05 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0655;QD=33.3696;RBI=0.04101;REFB=0;REVB=0.0296112;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222651;OID=.;OPOS=11461470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr12 11462275 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.334;QD=62.6711;RBI=0.00957745;REFB=0;REVB=0.00771954;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34114e-05;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr12 11506211 . A C 61.76 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1243;QD=35.2907;RBI=0.0199747;REFB=0;REVB=0.0199747;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114469;OID=.;OPOS=11506211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:4:7:1:4:0:0:0:7:0:0:0 chr12 11992168 . G A 358.26 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0207155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.373;QD=17.0602;RBI=0.0209098;REFB=0.00650595;REVB=-0.00284405;RO=43;SAF=14;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117895;STB=0.574346;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0141024;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:46:38:38:0.452381:24:14:21:22:24:14:23:23 chr12 12044393 . T A,TTA 286.45 PASS AF=0.0517241,0.482759;AO=7,27;DP=100;FAO=3,28;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=3,19;FSAR=0,9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0379619,-0.00122358;FXX=0.0491723;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=36.9005,190.976;QD=19.7551;RBI=0.0380005,0.0366568;REFB=-0.0584782,-0.0224288;REVB=-0.00171245,-0.0366364;RO=65;SAF=7,18;SAR=0,9;SRF=27;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.645028,0.297865;STB=0.997342,0.670466;STBP=0.025,0.017;TYPE=snp,ins;VARB=0.0784327,0.00411177;OID=.,.;OPOS=12044393,12044394;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:100:58:65:27:7,27:3,28:0.0517241,0.482759:0,9:7,18:27:38:0,9:3,19:9:18 chr12 12044404 . T TA 78.35 PASS AF=0.204918;AO=22;DP=118;FAO=25;FDP=122;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=28;FWDB=-0.0190709;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.435;QD=2.5687;RBI=0.0457556;REFB=-0.0038047;REVB=-0.0415918;RO=96;SAF=6;SAR=16;SRF=66;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493582;STB=0.834571;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0405853;OID=.;OPOS=12044405;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204918:22:118:25:122:97:6:19:69:28:78:96:6:16:66:30 chr12 12045264 . G T 670.77 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.329;QD=62.3976;RBI=0.140041;REFB=0;REVB=0.0409026;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437602;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:34:8:0:0:35:8:0:0 chr12 12230938 . C G 66.56 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0648107;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.55;QD=11.0926;RBI=0.0652727;REFB=-0.000399227;REVB=0.00775224;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310814;STB=0.659885;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00259902;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:13:15:9:9:0.375:5:4:2:11:5:4:3:12 chr12 12274317 . TGG TGGG,TG,TGT 358.02 PASS AF=0,0.9,0.1;AO=8,13,6;DP=60;FAO=0,54,6;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38,0;FSAR=0,16,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.10616,1.12426,0.111358;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,1;MLLD=8.24089,7.77422,221.955;QD=23.8682;RBI=1.10621,1.12906,0.133665;REFB=0,0,0;REVB=0.0104237,-0.103962,-0.0739308;RO=30;SAF=8,1,0;SAR=0,12,6;SRF=29;SRR=1;SSEN=0,0.75,0;SSEP=0,0.309524,0;SSSB=0.620135,-0.820644,-0.864262;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0,0.030606,0.0828957;OID=.,.,.;OPOS=12274318,12274318,12274319;OREF=-,G,G;OALT=G,-,T;OMAPALT=TGGG,TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.9,0.1:8,13,6:60:0,54,6:60:0:0,38,0:0,16,6:0:0:25:30:8,1,0:0,12,6:29:1 chr12 12301898 . C T 708.03 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159944;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6239;QD=52.4466;RBI=0.0181667;REFB=-0.150243;REVB=0.00861426;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00716055;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:54:1:1:50:53:0.981481:26:24:0:1:27:26:0:1 chr12 12496086 . C T 295.39 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00488707;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.766;QD=16.4105;RBI=0.0403644;REFB=-0.0157751;REVB=-0.0400675;RO=37;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226888;STB=0.59684;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0288254;OID=.;OPOS=12496086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:39:33:33:0.458333:22:11:21:16:21:12:21:18 chr12 12814818 . C T 834.89 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334172;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.397;QD=53.0088;RBI=0.0385763;REFB=-0.0720171;REVB=-0.0192723;RO=3;SAF=24;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247936;STB=0.513153;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000875617;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:63:3:3:60:60:0.952381:36:24:2:1:36:24:2:1 chr12 12941884 . C T 1184.48 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00320015;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.192;QD=59.9737;RBI=0.00598588;REFB=-0.0967173;REVB=-0.00505864;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-7.49457e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:79:0:1:78:78:0.987342:45:33:0:0:45:33:1:0 chr12 12967127 . C T 564.54 PASS AF=0.487603;AO=58;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.031766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6502;QD=18.6625;RBI=0.0317713;REFB=0.00606364;REVB=0.000579978;RO=62;SAF=20;SAR=38;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429212;STB=0.517235;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00597724;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:62:58:59:0.487603:38:20:24:38:38:21:24:38 chr12 13028653 . A G 335.63 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.614;QD=53.7015;RBI=0.0380334;REFB=0;REVB=0.0177931;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116118;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:13:12:0:0 chr12 13061294 . C T 191.41 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00167372;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.211;QD=29.4475;RBI=0.0120979;REFB=-0.0149368;REVB=0.0119816;RO=6;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122683;STB=0.543427;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00728815;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:6:8:18:18:0.692308:15:3:2:4:15:3:2:6 chr12 13208552 . C T 1419.14 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00632492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8118;QD=61.7017;RBI=0.00737061;REFB=0.0196743;REVB=0.00378435;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099791;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=5.13767e-05;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:47:44:0:1:47:44:0:1 chr12 13221606 . T C 775.12 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0689278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.707;QD=53.4568;RBI=0.0711051;REFB=-0.0420264;REVB=-0.0174613;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00179954;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:29:27:1:0:29:27:2:0 chr12 13243647 . A G 197.93 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00718308;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.71;QD=14.6613;RBI=0.0202244;REFB=-0.0163575;REVB=-0.0189058;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679379;STB=0.552629;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0198724;OID=.;OPOS=13243647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:31:23:23:0.425926:12:11:11:16:12:11:12:19 chr12 13349823 . C T 999.03 PASS AF=0.946667;AO=69;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.049046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6796;QD=53.2815;RBI=0.0523734;REFB=-0.116503;REVB=0.0183702;RO=4;SAF=29;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347692;STB=0.517791;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00435593;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:4:4:69:71:0.946667:40:29:3:1:41:30:3:1 chr12 13369196 . C T 212.22 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0476329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.915;QD=12.3025;RBI=0.0481075;REFB=0.00900269;REVB=-0.00674051;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121246;STB=0.569779;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0165174;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:15:11:23:20:15:11:23:20 chr12 13369574 . A G 216.06 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0136029;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.262;QD=16.6202;RBI=0.018988;REFB=-0.00948927;REVB=-0.0132479;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113945;STB=0.564462;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00996597;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:14:10:15:13:14:10:15:13 chr12 13525603 . T G 207.12 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0322007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.227;QD=24.3671;RBI=0.0329193;REFB=-0.0219036;REVB=-0.00684078;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116545;STB=0.565151;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0151228;OID=.;OPOS=13525603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:7:7:7:13:7:7 chr12 13526328 . G T 219.71 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0569529;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3213;QD=23.1268;RBI=0.0636849;REFB=-0.00343903;REVB=-0.0284979;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301208;STB=0.669124;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00327944;OID=.;OPOS=13526328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:6:11:6:15:6:11 chr12 13593879 . G A 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.378;QD=62.3437;RBI=0.0104415;REFB=0;REVB=0.0101589;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43828e-05;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr12 13717508 . G A 598.79 PASS AF=0.580645;AO=53;DP=92;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00152351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.659;QD=25.7544;RBI=0.00535133;REFB=-0.0249738;REVB=0.00512988;RO=39;SAF=16;SAR=37;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158035;STB=0.588982;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.020693;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:39:39:53:54:0.580645:37:16:19:20:38:16:19:20 chr12 14587301 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00507009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.253;QD=18.8287;RBI=0.0141377;REFB=-0.014192;REVB=-0.0131973;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299078;STB=0.67087;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0130639;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:12:10:15:5:12:10 chr12 14656768 . G C 412.78 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0173537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9396;QD=21.4432;RBI=0.0180736;REFB=-0.0133213;REVB=0.00505025;RO=36;SAF=28;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212246;STB=0.617588;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0102383;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:13:28:16:20:13:28:16:20 chr12 14659204 . T TAGGAAAC 62.18 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00617032;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=7;MLLD=242.404;QD=4.36349;RBI=0.0285859;REFB=-0.00733538;REVB=-0.027912;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107592;STB=0.561283;STBP=0.691;TYPE=ins;VARB=0.0311697;OID=.;OPOS=14659205;OREF=-;OALT=AGGAAAC;OMAPALT=TAGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175439:10:58:10:57:47:5:5:20:27:62:46:5:5:19:27 chr12 14664595 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0127857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4874;QD=20.7535;RBI=0.0366576;REFB=-0.00303253;REVB=0.0343556;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329235;STB=0.687239;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00513246;OID=.;OPOS=14664595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:4:11:4:8:4:11:4:8 chr12 14688644 . C T 1208.66 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.539;QD=61.1981;RBI=0.00567368;REFB=0;REVB=-0.00457943;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14457e-06;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr12 14794062 . G A 725.31 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0172135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5013;QD=52.7495;RBI=0.0184677;REFB=-0.00720261;REVB=0.00668974;RO=2;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325731;STB=0.501729;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000528151;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:24:29:1:1:24:29:1:1 chr12 14827463 . AATC A 998.17 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106298;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=3;MLLD=334.717;QD=48.6911;RBI=0.0130839;REFB=0;REVB=-0.00762861;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.52336e-05;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:84:82:82:0:41:41:0:0:18:0:41:41:0:0 chr12 14829893 . A C 4022.84 PASS AF=0.984962;AO=259;DP=264;FAO=262;FDP=266;FR=.;FRO=4;FSAF=115;FSAR=147;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0383584;FXX=0.00374518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5526;QD=60.4939;RBI=0.0491572;REFB=-0.183965;REVB=0.0307419;RO=4;SAF=115;SAR=144;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897274;STB=0.504743;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00282519;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:264:266:4:4:259:262:0.984962:144:115:3:1:147:115:3:1 chr12 14926504 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00368987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.269;QD=16.4806;RBI=0.00774257;REFB=-0.00461731;REVB=-0.00680678;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137654;STB=0.578864;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00690636;OID=.;OPOS=14926504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:14:11:11:8:14:11 chr12 14929721 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00982316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.161;QD=8.30763;RBI=0.119287;REFB=0.000429893;REVB=-0.118881;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351281;STB=0.719432;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0096952;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:8:10:2:6:8:10 chr12 14929872 . A G 994.47 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.314;QD=57.6502;RBI=0.0336758;REFB=-0.175358;REVB=0.00925548;RO=1;SAF=25;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185286;STB=0.509801;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000975578;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:43:25:1:0:43:25:1:0 chr12 15081897 . A C 784.08 PASS AF=0.95;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0186717;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.367;QD=52.2719;RBI=0.0383829;REFB=0.0264623;REVB=-0.0335352;RO=3;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513595;STB=0.527263;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00124782;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:60:3:3:57:57:0.95:26:31:0:3:26:31:0:3 chr12 15103605 . A G 1952.13 PASS AF=0.984615;AO=125;DP=127;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0557344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6994;QD=60.0657;RBI=0.0625949;REFB=-0.172697;REVB=0.0284921;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00187554;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:130:0:2:125:128:0.984615:60:65:0:0:60:68:0:2 chr12 15733669 . G A 444.25 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0483601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.541;QD=23.0777;RBI=0.0504934;REFB=0.0431371;REVB=0.0145221;RO=32;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956281;STB=0.536896;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.049812;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:34:43:43:0.558442:20:23:21:11:20:23:21:13 chr12 16189694 . T A 589.28 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=138;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=0.0176314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.148;QD=16.9576;RBI=0.0178347;REFB=-0.00702184;REVB=-0.00268534;RO=74;SAF=31;SAR=30;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194479;STB=0.612511;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0102453;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:74:77:61:62:0.446043:30:31:23:51:30:32:24:53 chr12 16347308 . G A 489.14 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=121;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0061928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.852;QD=16.0372;RBI=0.027245;REFB=0.00169849;REVB=-0.0265319;RO=68;SAF=30;SAR=23;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668027;STB=0.541677;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00172369;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:68:68:53:54:0.442623:23:30:34:34:23:31:34:34 chr12 16369828 . A T 745.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.894;QD=56.2581;RBI=0.0236233;REFB=0;REVB=0.0217286;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61687e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr12 16397677 . G A 1995.66 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00633656;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.939;QD=61.4051;RBI=0.01115;REFB=-0.0216342;REVB=-0.00917447;RO=1;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704052;STB=0.503703;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-1.40526e-05;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:1:1:129:129:0.992308:67:62:0:1:67:62:0:1 chr12 16397734 . C A 243.53 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.027683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7675;QD=12.8175;RBI=0.0416745;REFB=0.0173804;REVB=-0.0311515;RO=47;SAF=10;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184317;STB=0.605929;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0295178;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:19:10:24:23:19:10:24:23 chr12 16425499 . T A,TA 44.47 PASS AF=0,0.452381;AO=3,14;DP=42;FAO=0,19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=0,12;FSAR=0,7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0280444,0.0938911;FXX=0.0232504;HRUN=2,7;LEN=1,1;MLLD=24.8838,6.56463;QD=4.23528;RBI=0.0567665,0.093895;REFB=-0.0106441,-0.17456;REVB=0.0493553,-0.000855091;RO=22;SAF=3,8;SAR=0,6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.536353,-0.0700618;STB=0.5,0.538422;STBP=1,0.704;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.196629;OID=.,.;OPOS=16425499,16425500;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:42:42:22:23:3,14:0,19:0,0.452381:0,6:3,8:14:8:0,7:0,12:16:7 chr12 16430284 . G A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.851;QD=63.5799;RBI=0.0744229;REFB=0;REVB=0.00484124;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272884;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr12 18435398 . GCCC G 65.5 PASS AF=0.37931;AO=9;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00247145;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=51.8131;QD=9.03426;RBI=0.0454785;REFB=-0.0016976;REVB=-0.0454113;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=-0.18252;STB=0.586936;STBP=0.521;TYPE=del;VARB=0.00152119;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:9:28:11:29:18:4:7:9:9:65:16:3:6:8:8 chr12 18435452 . C T 86.89 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00305827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.747;QD=12.8721;RBI=0.00849045;REFB=-0.0193772;REVB=-0.00792052;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0182152;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:9:7:6:5:9:7 chr12 18649057 . C T 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00936547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.547;QD=24.4927;RBI=0.0126888;REFB=-0.00221884;REVB=-0.00856121;RO=14;SAF=16;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322557;STB=0.695454;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00338383;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:5:16:5:9:5:16:5:10 chr12 18837160 . A G 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.00153681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.463;QD=17.9903;RBI=0.0024867;REFB=-0.00572211;REVB=-0.00195497;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358805;STB=0.68907;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00727538;OID=.;OPOS=18837160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:12:17:5:24:12:17:6:24 chr12 19329493 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0779153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0552;QD=42.1822;RBI=0.0786776;REFB=0;REVB=-0.0109264;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00308801;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr12 19456594 . G C 129.0 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00855119;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.118;QD=19.8463;RBI=0.0166625;REFB=0.00774709;REVB=0.0143009;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227216;STB=0.627742;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00177121;OID=.;OPOS=19456594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:2:10:8:6:2:10 chr12 19877449 . A G 843.71 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0115201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.09;QD=22.8031;RBI=0.012141;REFB=-0.00672984;REVB=-0.00383282;RO=69;SAF=38;SAR=41;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270876;STB=0.514831;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00654486;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:69:69:79:79:0.533784:41:38:31:38:41:38:31:38 chr12 20704503 . CG CC,C 1697.07 PASS AF=0,0.742358;AO=16,146;DP=233;FAO=0,170;FDP=229;FR=.;FRO=59;FSAF=0,21;FSAR=0,149;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.119861,-0.0241817;FXX=0.0213666;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.2373,16.656;QD=29.6432;RBI=0.13461,0.0352726;REFB=-0.0297391,-0.0903898;REVB=0.0612633,0.0256788;RO=64;SAF=15,2;SAR=1,144;SRF=32;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.627157,-0.778256;STB=0.5,0.658853;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0504076;OID=.,.;OPOS=20704504,20704504;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.742358:16,146:233:0,170:229:59:0,21:0,149:28:31:99:64:15,2:1,144:32:32 chr12 20704509 . T G 1503.48 PASS AF=0.651282;AO=126;DP=194;FAO=127;FDP=195;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=116;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0408955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.874;QD=30.8406;RBI=0.0425869;REFB=-0.0235853;REVB=-0.0118827;RO=67;SAF=11;SAR=115;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475153;STB=0.764965;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0250764;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:67:68:126:127:0.651282:115:11:34:33:116:11:35:33 chr12 20766559 . C T 676.57 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0865434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.607;QD=60.1391;RBI=0.0866108;REFB=0.00836247;REVB=-0.00341553;RO=1;SAF=6;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720278;STB=0.538443;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=8.8045e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:38:6:1:0:38:6:1:0 chr12 20968665 . GTTTA G 327.54 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110338;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=4;MLLD=122.918;QD=46.7908;RBI=0.0380075;REFB=0;REVB=0.0363706;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000204616;OID=.;OPOS=20968666;OREF=TTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:28:28:0:24:4:0:0:6:0:22:3:0:0 chr12 21054369 . G A 508.57 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0133058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.3;QD=16.6746;RBI=0.013792;REFB=-0.0170708;REVB=-0.00362979;RO=67;SAF=31;SAR=24;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850201;STB=0.547424;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.022449;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:24:31:32:35:24:31:32:35 chr12 21176135 . T C 2352.33 PASS AF=1;AO=153;DP=158;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366873;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2686;QD=61.0995;RBI=0.135888;REFB=0;REVB=0.130842;RO=0;SAF=90;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674164;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:154:0:0:153:154:1:63:90:0:0:64:90:0:0 chr12 21201663 . G A 824.49 PASS AF=0.415179;AO=92;DP=224;FAO=93;FDP=224;FR=.;FRO=131;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.00719017;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.437;QD=14.7231;RBI=0.0238289;REFB=-0.0141288;REVB=0.0227182;RO=128;SAF=34;SAR=58;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187053;STB=0.609172;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0182927;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:128:131:92:93:0.415179:58:34:70:58:59:34:72:59 chr12 21243001 . C T 162.46 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0300187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.855;QD=19.6923;RBI=0.0307529;REFB=0.00154563;REVB=0.00667998;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.546708;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00239514;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:6:10:9:8:6:10 chr12 21329738 . A G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0314816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5334;QD=9.18897;RBI=0.0391334;REFB=-0.0143842;REVB=0.0232449;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481589;STB=0.788258;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.033879;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:18:7:8:3:18:7 chr12 21331549 . T C 475.77 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0576923;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0513;QD=14.9848;RBI=0.0576952;REFB=-0.0133607;REVB=-0.000581974;RO=73;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732653;STB=0.536941;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0187003;OID=.;OPOS=21331549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:74:53:53:0.417323:26:27:32:41:26:27:33:41 chr12 21331599 . T C 759.3 PASS AF=0.55814;AO=71;DP=129;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0092628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.21;QD=23.5442;RBI=0.0335608;REFB=-0.00115998;REVB=0.0322573;RO=57;SAF=29;SAR=42;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830812;STB=0.541273;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000665611;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:57:71:72:0.55814:42:29:29:28:42:30:29:28 chr12 21331625 . C T 447.58 PASS AF=0.454545;AO=47;DP=108;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00141109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1827;QD=16.2756;RBI=0.0218563;REFB=-0.00959487;REVB=-0.0218107;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200463;STB=0.5147;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0156517;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:60:60:47:50:0.454545:26:21:28:32:28:22:28:32 chr12 21428234 . TA AA,T 40.01 PASS AF=0.0169492,0.194915;AO=6,32;DP=121;FAO=2,23;FDP=118;FR=.;FRO=93;FSAF=2,5;FSAR=0,18;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.0172407,0.209632;FXX=0.0247913;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=162.943,10.497;QD=1.3561;RBI=0.0379885,0.276447;REFB=0.00394342,-0.0884679;REVB=0.033851,-0.180215;RO=70;SAF=6,4;SAR=0,28;SRF=38;SRR=32;SSEN=0,0.34252;SSEP=0,0;SSSB=0.548717,-0.55542;STB=0.994685,0.757958;STBP=0.189,0.013;TYPE=snp,del;VARB=0.0442358,0.101868;OID=.,.;OPOS=21428234,21428235;OREF=T,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:121:118:70:93:6,32:2,23:0.0169492,0.194915:0,28:6,4:38:32:0,18:2,5:49:44 chr12 21654831 . G T 779.43 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869041;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.459;QD=63.6267;RBI=0.0391484;REFB=0;REVB=0.0381716;RO=0;SAF=8;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.98835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369783;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:40:8:0:0:40:9:0:0 chr12 21712570 . A AT 318.9 PASS AF=1;AO=5;DP=39;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324682;FXX=0.153807;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.9251;QD=38.6547;RBI=0.212675;REFB=0;REVB=-0.210182;RO=34;SAF=1;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0190581;OID=.;OPOS=21712571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:39:33:33:0:18:15:0:0:6:34:1:4:21:13 chr12 21712574 . C T 594.04 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9418;QD=60.927;RBI=0.00944911;REFB=0;REVB=-0.0057799;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.053e-05;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr12 21713402 . T C 1529.63 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.162;QD=63.7344;RBI=0.01965;REFB=0;REVB=0.00186422;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78818e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:55:41:0:0:55:41:0:0 chr12 21797029 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.568;QD=63.5783;RBI=0.0390883;REFB=0;REVB=0.0234358;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190632;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr12 22017422 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.592;QD=54.5177;RBI=0.0349462;REFB=0;REVB=0.0191856;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300058;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr12 22063115 . A G 1417.71 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114191;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.93;QD=63.0095;RBI=0.027333;REFB=0;REVB=0.0248334;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40909e-06;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:87:90:1:42:45:0:0:43:47:0:0 chr12 22213786 . C T 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00596793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.127;QD=17.9915;RBI=0.00633269;REFB=0.00166742;REVB=-0.00211821;RO=30;SAF=22;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324469;STB=0.682918;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00101462;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:7:22:13:17:7:22:13:17 chr12 22346402 . C T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.904;QD=54.8231;RBI=0.0187965;REFB=0.0663957;REVB=0.00549934;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000191633;OID=.;OPOS=22346402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:20:30:0:0:20:30:1:0 chr12 22354921 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00283274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.146;QD=15.1664;RBI=0.00544018;REFB=0.00501437;REVB=-0.00464448;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228813;STB=0.631413;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00607302;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:6:14:7:8:6:14 chr12 22478425 . A G 1044.39 PASS AF=0.96;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0258931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.662;QD=55.7006;RBI=0.0262202;REFB=-0.0749636;REVB=-0.00412887;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516479;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000478784;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:0:3:71:72:0.96:27:44:0:0:28:44:3:0 chr12 22602796 . A G 134.29 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0136357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9733;QD=11.1909;RBI=0.0157882;REFB=-0.0240443;REVB=-0.00795828;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144166;STB=0.602966;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0546149;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:32:15:16:0.333333:8:7:19:13:9:7:19:13 chr12 22610096 . CTA CAT,CT,TAT 46.51 PASS AF=0.108108,0.121622,0;AO=8,10,3;DP=74;FAO=8,9,0;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=0,1,0;FSAR=8,8,0;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00982665,-0.0343252,-0.0162162;FXX=0.0133316;HRUN=1,4,1;LEN=2,1,3;MLLD=67.5496,13.8396,76.2462;QD=2.51431;RBI=0.0780302,0.114915,0.129517;REFB=-0.0194837,-0.105528,-0.0175152;REVB=-0.0774089,-0.109669,-0.128498;RO=44;SAF=0,1,0;SAR=8,9,3;SRF=26;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.716705,-0.603587,-0.533794;STB=0.998656,0.875452,0.5;STBP=0.005,0.033,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.146184,0.138913,0;OID=.,.,.;OPOS=22610097,22610098,22610096;OREF=TA,A,CTA;OALT=AT,-,TAT;OMAPALT=CAT,CT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:74:74:44:57:8,10,3:8,9,0:0.108108,0.121622,0:8,9,3:0,1,0:26:18:8,8,0:0,1,0:30:27 chr12 22625238 . A G 153.4 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0123252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4416;QD=13.9455;RBI=0.0309614;REFB=-0.00591386;REVB=0.0284024;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613818;STB=0.535774;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0155574;OID=.;OPOS=22625238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:11:16:11:6:11:16 chr12 22625661 . A G 365.96 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00229386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.929;QD=17.4265;RBI=0.00679202;REFB=-0.0136228;REVB=0.00639294;RO=44;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695167;STB=0.502761;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0225095;OID=.;OPOS=22625661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:45:38:39:0.464286:17:21:24:20:18:21:24:21 chr12 22814036 . A G 326.82 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00631185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2595;QD=13.205;RBI=0.0192652;REFB=-0.038945;REVB=-0.0182018;RO=62;SAF=14;SAR=23;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470179;STB=0.526904;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0990709;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:62:37:37:0.373737:23:14:26:36:23:14:26:36 chr12 22841092 . A C 298.68 PASS AF=0.376344;AO=30;DP=91;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0157981;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=39.1475;QD=12.8463;RBI=0.0182341;REFB=-0.0131779;REVB=0.00910503;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101576;STB=0.512608;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0506842;OID=.;OPOS=22841092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:33:58:30:35:0.376344:16:14:19:14:17:18:31:27 chr12 24859899 . G A 1003.94 PASS AF=0.922078;AO=71;DP=77;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0227289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.86;QD=52.1527;RBI=0.0290758;REFB=-0.202221;REVB=0.0181328;RO=5;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467535;STB=0.529404;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00137116;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:77:77:5:6:71:71:0.922078:48:23:0:5:48:23:0:6 chr12 24964383 . T C 94.2 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0166685;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.791;QD=9.91596;RBI=0.0178294;REFB=-0.00627158;REVB=-0.00632838;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263709;STB=0.657869;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0153964;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:17:9:7:5:17:9 chr12 24964523 . C T 104.36 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0254597;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4619;QD=9.9387;RBI=0.0417575;REFB=0.0240481;REVB=0.0330982;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102844;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0508855;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:13:16:6:7:14:15 chr12 24967846 . A G 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0176562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.908;QD=16.7252;RBI=0.0184377;REFB=-0.0140514;REVB=-0.00531099;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287743;STB=0.666444;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0203;OID=.;OPOS=24967846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:10:9:12:4:10:9 chr12 24968131 . G A 272.79 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.76;QD=51.9605;RBI=0.0579154;REFB=0;REVB=0.0153072;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030497;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr12 24968150 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.127;QD=53.2772;RBI=0.0440778;REFB=0;REVB=0.0439696;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24576e-05;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr12 24970708 . G A 830.42 PASS AF=1;AO=50;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6697;QD=56.2995;RBI=0.0191489;REFB=0;REVB=-0.0104863;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140628;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:50:59:1:27:23:0:0:33:26:0:0 chr12 24970709 . T A 35.4 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0152324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.8698;QD=2.36022;RBI=0.0268709;REFB=-0.0422418;REVB=0.0221364;RO=53;SAF=1;SAR=6;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414965;STB=0.820059;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0439203;OID=.;OPOS=24970709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:6:1:25:28:6:1:25:28 chr12 25054891 . G A 630.78 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6253;QD=61.5393;RBI=0.040078;REFB=0;REVB=-0.0328172;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142334;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr12 25148755 . C G 734.41 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0219108;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.4247;QD=51.5373;RBI=0.0325042;REFB=0.0032565;REVB=0.0240092;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.502091;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-8.06104e-05;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:0:3:54:54:0.947368:20:34:0:0:20:34:2:1 chr12 25242595 . C G 724.16 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0381122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0268;QD=54.6536;RBI=0.0381434;REFB=-0.140586;REVB=-0.00154285;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.507244;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00126042;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:34:18:0:0:34:18:0:1 chr12 25243115 . GT AC,CT,TC 406.49 PASS AF=0,0.931034,0.0689655;AO=2,23,2;DP=28;FAO=0,27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,2;FSAR=0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227526,0.0319621,0.0236359;FXX=0.0333222;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=111.664,136.162,106.444;QD=56.0682;RBI=0.028245,0.0319633,0.0390992;REFB=0,0,0;REVB=-0.0167361,0.000282718,-0.0311462;RO=0;SAF=1,7,2;SAR=1,16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0,0.00268335,-0.0189945;OID=.,.,.;OPOS=25243115,25243115,25243115;OREF=GT,G,GT;OALT=AC,C,TC;OMAPALT=AC,CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:28:29:0:0:2,23,2:0,27,2:0,0.931034,0.0689655:1,16,0:1,7,2:0:0:0,17,0:0,10,2:0:0 chr12 25261735 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.903;QD=43.4854;RBI=0.0645261;REFB=0;REVB=-0.0217899;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504283;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 25343516 . C T 135.11 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194703;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.342;QD=45.0375;RBI=0.0199435;REFB=0;REVB=0.00431857;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263837;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 25357574 . CAA C,CGA 373.43 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=28;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949998,-0.0226266;FXX=0.0357015;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=172.424,94.5116;QD=55.323;RBI=0.0124911,0.0340458;REFB=0,0;REVB=0.0081104,0.0254392;RO=0;SAF=13,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00848535,-0.0302801;OID=.,.;OPOS=25357575,25357575;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925926,0.0740741:25,2:28:25,2:27:0:13,1:12,1:0:0:9:0:13,1:12,1:0:0 chr12 25357628 . TA T 140.35 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8596;QD=43.185;RBI=0.0245073;REFB=0;REVB=-0.00659748;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000420192;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:13:13:13:0:7:6:0:0:4:0:7:5:0:0 chr12 25361091 . T C 2013.48 PASS AF=0.985075;AO=131;DP=135;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0531521;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.039;QD=60.104;RBI=0.0696222;REFB=-0.0713845;REVB=0.0449677;RO=2;SAF=68;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000546152;STB=0.507811;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00285118;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:135:134:2:2:131:132:0.985075:63:68:1:1:63:69:0:2 chr12 25362217 . A G 1031.58 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649447;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.415;QD=59.8016;RBI=0.0671202;REFB=0;REVB=0.0169503;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113426;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:41:28:0:0 chr12 25362464 . AG A,AA 240.96 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,17;DP=20;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425536,0.040165;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.01,263.421;QD=50.7293;RBI=0.0490641,0.0454694;REFB=0,0;REVB=0.0244227,0.0213128;RO=0;SAF=1,10;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.036677,-0.00141296;OID=.,.;OPOS=25362465,25362465;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,17:20:1,18:19:0:0,11:1,7:0:0:6:0:1,10:1,7:0:0 chr12 25362552 . A C 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0982;QD=51.1696;RBI=0.0292431;REFB=0;REVB=-0.025958;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65999e-05;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr12 25368462 . C T 732.36 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0240644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.183;QD=51.3934;RBI=0.0246991;REFB=-0.0173841;REVB=0.00556347;RO=3;SAF=19;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687785;STB=0.536572;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00523391;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:35:19:3:0:35:19:3:0 chr12 25557226 . C T 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00325976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.609;QD=19.1785;RBI=0.0242686;REFB=0.0183618;REVB=-0.0240487;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270485;STB=0.653857;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0112118;OID=.;OPOS=25557226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:8:3:8:5:8:3 chr12 25656756 . TAAA TAA,TAAT 41.07 PASS AF=0.266667,0.1;AO=8,3;DP=32;FAO=8,3;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1,0;FSAR=7,3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.192834,0.0203059;FXX=0.0908816;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.43851,230.45;QD=5.4762;RBI=0.209761,0.0319998;REFB=-0.0629188,-0.00623803;REVB=-0.0825513,-0.0247316;RO=15;SAF=1,0;SAR=7,3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.456052,-0.61006;STB=0.776955,0.99578;STBP=0.101,0.117;TYPE=del,snp;VARB=-0.00163785,0.0636191;OID=.,.;OPOS=25656757,25656759;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAA,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.1:8,3:32:8,3:30:19:1,0:7,3:8:11:23:15:1,0:7,3:7:8 chr12 25671759 . T A 1104.88 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273363;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5035;QD=59.723;RBI=0.104269;REFB=0;REVB=0.100622;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222919;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:70:74:1:38:32:0:0:42:32:0:0 chr12 25699436 . C T 450.28 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00650509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.258;QD=15.9391;RBI=0.00997405;REFB=-0.00673335;REVB=-0.00756078;RO=63;SAF=21;SAR=29;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409056;STB=0.52289;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00841919;OID=.;OPOS=25699436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:63:50:50:0.442478:29:21:29:34:29:21:29:34 chr12 26217567 . T C 289.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.188;QD=52.5915;RBI=0.0116311;REFB=0;REVB=-0.0113236;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55548e-05;OID=.;OPOS=26217567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr12 26491838 . G A 382.56 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0694201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.291;QD=52.7668;RBI=0.0696219;REFB=-0.0480872;REVB=-0.00529722;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00109971;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:1:0:14:14:1:0 chr12 26784850 . G A 445.09 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0310227;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.379;QD=20.0042;RBI=0.0494801;REFB=-0.014775;REVB=0.038547;RO=44;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12257;STB=0.561804;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.012092;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:44:45:44:44:0.494382:21:23:17:27:21:23:18:27 chr12 26806955 . G A 181.19 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00513544;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.041;QD=11.3244;RBI=0.00734808;REFB=-0.00148226;REVB=0.00525563;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174333;STB=0.593625;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0029173;OID=.;OPOS=26806955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:9:14:18:22:9:14:19:22 chr12 26809316 . G A 392.5 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00753189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.848;QD=19.6248;RBI=0.0150807;REFB=-0.00587069;REVB=0.0130651;RO=39;SAF=13;SAR=27;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996848;STB=0.544032;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00669223;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:27:13:9:30:27:13:10:30 chr12 26810777 . T C 297.79 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0256246;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153;QD=13.0896;RBI=0.040434;REFB=-0.0105101;REVB=0.0312776;RO=57;SAF=18;SAR=16;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158754;STB=0.501944;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0166974;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:57:57:34:34:0.373626:16:18:31:26:16:18:30:27 chr12 26810816 . T G 275.47 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0204201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9306;QD=13.2756;RBI=0.0456529;REFB=-0.00459181;REVB=0.0408315;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151555;STB=0.584839;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00826715;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:51:32:32:0.385542:15:17:19:30:15:17:20:31 chr12 26834804 . T TACTC 320.41 PASS AF=0.4;AO=34;DP=92;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00308378;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.857;QD=14.2405;RBI=0.00369146;REFB=-0.00900911;REVB=-0.00202907;RO=54;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135173;STB=0.589725;STBP=0.177;TYPE=ins;VARB=0.0123747;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:34:92:36:90:54:22:14:25:29:99:54:20:14:25:29 chr12 27064232 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.101;QD=57.8849;RBI=0.0260762;REFB=0;REVB=0.0243158;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30479e-05;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr12 27165684 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0411928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.887;QD=10.0339;RBI=0.0431089;REFB=0.00454544;REVB=-0.0127094;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00638002;OID=.;OPOS=27165684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr12 27175640 . A G 1503.57 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0838;QD=63.3082;RBI=0.122704;REFB=0;REVB=-0.0850207;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000621371;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:54:40:0:0:55:40:0:0 chr12 27234878 . G A 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0339542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.292;QD=27.3899;RBI=0.0363177;REFB=-0.00259431;REVB=-0.0128873;RO=11;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158079;STB=0.588141;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0011232;OID=.;OPOS=27234878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:15:5:5:6:15:5:5:6 chr12 27234914 . G A 465.45 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000963585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.414;QD=37.2363;RBI=0.00920141;REFB=-0.00667418;REVB=-0.00915081;RO=12;SAF=24;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162622;STB=0.571388;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00496989;OID=.;OPOS=27234914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:12:14:36:36:0.72:12:24:4:8:12:24:6:8 chr12 27470866 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.798;QD=61.6823;RBI=0.0215677;REFB=0;REVB=-0.0187427;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33158e-05;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:10:31:0:0:10:31:0:0 chr12 27627805 . G A 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0497696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.689;QD=13.3138;RBI=0.0536257;REFB=0.00194189;REVB=0.0199675;RO=33;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300327;STB=0.673519;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00206175;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:16:6:18:15:16:6:18:15 chr12 27641473 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0621925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.294;QD=8.81228;RBI=0.0629738;REFB=-0.00654074;REVB=-0.00988907;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422563;STB=0.770752;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0232738;OID=.;OPOS=27641473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:1:9:15:8:1:9:15:8 chr12 27648710 . C T 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00307777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.516;QD=14.3989;RBI=0.00771873;REFB=-0.026604;REVB=0.00707857;RO=32;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187926;STB=0.625958;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0410991;OID=.;OPOS=27648710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:34:25:25:0.423729:17:8:16:16:17:8:18:16 chr12 27788021 . G A 152.05 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0676667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0939;QD=20.973;RBI=0.0681647;REFB=0.0433415;REVB=-0.0082242;RO=12;SAF=1;SAR=15;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246985;STB=0.705547;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0318169;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:15:1:2:10:15:1:3:10 chr12 27800746 . G T 1454.99 PASS AF=0.980583;AO=99;DP=104;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0135019;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3806;QD=56.5044;RBI=0.0274996;REFB=0.00105838;REVB=0.0239567;RO=3;SAF=52;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00790825;STB=0.500676;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00231719;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:103:3:2:99:101:0.980583:47:52:2:1:47:54:1:1 chr12 27800787 . G C 359.35 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0687671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8874;QD=19.9636;RBI=0.0689882;REFB=-0.034277;REVB=-0.00551857;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243435;STB=0.513506;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0273808;OID=.;OPOS=27800787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:19:18:18:17:19:18:18:17 chr12 27849795 . CA CG,TG 279.69 PASS AF=0.48,0.44;AO=12,11;DP=25;FAO=12,11;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=5,4;FSAR=7,7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00108027,-0.0330242;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=45.0126,149.363;QD=44.7502;RBI=0.023131,0.0367415;REFB=-0.0368195,-0.124368;REVB=0.0231058,0.0161039;RO=2;SAF=5,4;SAR=7,7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149612,-0.178335;STB=0.583194,0.599815;STBP=0.243,0.136;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0224114,0.00451362;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:25:25:2:2:12,11:12,11:0.48,0.44:7,7:5,4:2:0:7,7:5,4:2:0 chr12 27850113 . A T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0207588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.984;QD=13.4415;RBI=0.0212751;REFB=-0.0063459;REVB=0.00465858;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0092045;OID=.;OPOS=27850113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:5:8:7:3:5:8 chr12 27867706 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.696;QD=55.0965;RBI=0.0364571;REFB=0;REVB=0.0174224;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200371;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr12 27867726 . C CA 40.52 PASS AF=0.388889;AO=3;DP=25;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.033162;FXX=0.279888;HRUN=0;LEN=1;MLLD=125.888;QD=9.00465;RBI=0.0388507;REFB=0.00468034;REVB=-0.0202399;RO=22;SAF=3;SAR=0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602032;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=ins;VARB=-0.0161662;OID=.;OPOS=27867727;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:3:25:7:18:11:3:4:6:5:40:22:3:0:10:12 chr12 27867727 . G A 90.65 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0237121;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.835;QD=15.1085;RBI=0.0330902;REFB=0.00346615;REVB=-0.0230802;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0099207;OID=.;OPOS=27867727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:8:5:7:4:8:5 chr12 27878475 . G A 387.16 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00444013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.401;QD=15.333;RBI=0.01634;REFB=-0.00381266;REVB=0.0157251;RO=57;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269037;STB=0.503224;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00517189;OID=.;OPOS=27878475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:58:42:43:0.425743:21:21:30:27:21:22:30:28 chr12 27915718 . A T 199.34 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0436871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.521;QD=15.6341;RBI=0.043734;REFB=-0.00313301;REVB=-0.00202587;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235245;STB=0.646937;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00560662;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:11:11:7:20:11:11:7:22 chr12 27915944 . A G 731.79 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=97;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0115506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.725;QD=30.177;RBI=0.0184149;REFB=-0.00755825;REVB=-0.014342;RO=35;SAF=24;SAR=38;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679552;STB=0.536859;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00442772;OID=.;OPOS=27915944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:35:35:62:62:0.639175:38:24:17:18:38:24:17:18 chr12 27951387 . A G 217.36 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0186833;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.104;QD=13.173;RBI=0.0202547;REFB=-0.00943875;REVB=0.00782243;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195877;STB=0.611032;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0193985;OID=.;OPOS=27951387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:10:30:15:11:10:30 chr12 28122893 . A G 1345.72 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.559;QD=61.8722;RBI=0.0447104;REFB=0;REVB=0.0312256;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65362e-05;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:45:39:0:0:46:41:0:0 chr12 28457618 . A C 1665.81 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320881;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.944;QD=59.4933;RBI=0.0372294;REFB=-0.13258;REVB=0.018878;RO=1;SAF=60;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784689;STB=0.504064;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000582094;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:110:111:0.991071:50:60:1:0:50:61:1:0 chr12 28605426 . G A 325.29 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0101816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.757;QD=17.8244;RBI=0.0117093;REFB=-0.00603491;REVB=-0.00578288;RO=38;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302636;STB=0.672174;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0152778;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:34:35:0.479452:13:21:11:27:13:22:11:27 chr12 28658350 . C T 199.05 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00841168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.543;QD=11.3741;RBI=0.0101084;REFB=0.00125241;REVB=0.00560558;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894001;STB=0.551683;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00148422;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:12:13:27:18:12:13:27:18 chr12 29604392 . C G 560.69 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180105;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.349;QD=60.6146;RBI=0.022894;REFB=0;REVB=0.0141336;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104554;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr12 29614709 . A G 317.56 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0111859;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.332;QD=17.8909;RBI=0.0122846;REFB=-0.0158111;REVB=0.00507807;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364713;STB=0.702762;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0298666;OID=.;OPOS=29614709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:12:22:9:28:12:22:9:28 chr12 29617550 . G A 609.46 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0147911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.948;QD=19.66;RBI=0.0152181;REFB=-0.0145142;REVB=0.00357978;RO=62;SAF=38;SAR=24;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19055;STB=0.605188;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0144522;OID=.;OPOS=29617550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:24:38:25:37:24:38:25:37 chr12 29628016 . G A 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00906405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.741;QD=58.418;RBI=0.0160604;REFB=0;REVB=0.0132582;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50958e-06;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr12 29630081 . G A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.019055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0639;QD=11.7803;RBI=0.0222349;REFB=-0.00602556;REVB=0.0114586;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518407;STB=0.530687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0131794;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:10:6:13:18:10:6:13:18 chr12 29639186 . T C 755.71 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197365;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.466;QD=57.035;RBI=0.0299667;REFB=0;REVB=0.0225494;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79109e-05;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr12 29639877 . G C 252.32 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0504222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4501;QD=17.1067;RBI=0.0560779;REFB=-0.043997;REVB=0.0245424;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836622;STB=0.539056;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0388552;OID=.;OPOS=29639877;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:10:17:22:9:10:18:22:9 chr12 29642573 . A C 148.02 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0246241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6593;QD=11.171;RBI=0.0415687;REFB=-0.00853465;REVB=0.0334904;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945082;STB=0.535677;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0140527;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:8:10:16:18:9:10:16:18 chr12 29648275 . G A 481.48 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0206904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.374;QD=17.3504;RBI=0.0250484;REFB=-0.0188579;REVB=0.0141184;RO=59;SAF=23;SAR=29;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956945;STB=0.553223;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0194491;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:29:23:32:27:29:23:32:27 chr12 29648364 . G A 372.12 PASS AF=0.47561;AO=37;DP=80;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0322366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9495;QD=18.1519;RBI=0.0367705;REFB=-0.0203453;REVB=-0.0176881;RO=43;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205397;STB=0.524987;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0142074;OID=.;OPOS=29648364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:43:43:37:39:0.47561:19:18:20:23:19:20:20:23 chr12 29653884 . T TAG 996.89 PASS AF=0.421642;AO=104;DP=274;FAO=113;FDP=268;FR=.;FRO=155;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=64;FSRR=91;FWDB=0.000171992;FXX=0.0147053;HRUN=3;LEN=2;MLLD=243.671;QD=14.8789;RBI=0.00754092;REFB=-0.0124903;REVB=-0.00753896;RO=152;SAF=53;SAR=51;SRF=62;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107803;STB=0.537771;STBP=0.282;TYPE=ins;VARB=0.0143422;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421642:104:274:113:268:155:54:59:64:91:99:152:53:51:62:90 chr12 29655637 . C T 122.19 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0471328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7932;QD=12.8617;RBI=0.0766712;REFB=-0.00559138;REVB=0.0604729;RO=23;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551489;STB=0.850222;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0180191;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:23:13:15:0.394737:12:1:10:13:14:1:10:13 chr12 30781912 . A G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0110377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.227;QD=25.8143;RBI=0.0226952;REFB=-0.00782739;REVB=0.0198303;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211726;STB=0.617558;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00412597;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:12:8:18:9:12:8 chr12 30782076 . T C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0235373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.735;QD=22.7239;RBI=0.0350737;REFB=-0.0209467;REVB=0.0260031;RO=15;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809188;STB=0.568893;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0164623;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:15:5:5:10:15:5:6:10 chr12 30783475 . A G 288.53 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0320275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.576;QD=13.7395;RBI=0.0322908;REFB=-0.0182387;REVB=-0.00411505;RO=51;SAF=16;SAR=17;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151671;STB=0.586156;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0257221;OID=.;OPOS=30783475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:17:16:32:19:17:16:32:19 chr12 30823971 . A G 271.63 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0645668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7575;QD=14.6829;RBI=0.0660673;REFB=0.00824392;REVB=0.0140005;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378422;STB=0.521459;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0123678;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:14:17:22:21:14:17:22:21 chr12 30868002 . C T 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00523694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.576;QD=13.7744;RBI=0.00643856;REFB=0.00354551;REVB=-0.0037456;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381219;STB=0.521724;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00636109;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:14:14:22:19:14:14:22:19 chr12 30877391 . G T 684.15 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00287846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2549;QD=21.7191;RBI=0.014507;REFB=0.00914849;REVB=-0.0142186;RO=57;SAF=22;SAR=45;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130977;STB=0.565509;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00776257;OID=.;OPOS=30877391;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:59:67:67:0.531746:45:22:27:30:45:22:27:32 chr12 30881809 . T C 288.8 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.000179499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.377;QD=16.2704;RBI=0.0457724;REFB=-0.022765;REVB=0.045772;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054744;STB=0.535189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0164404;OID=.;OPOS=30881809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:39:31:32:0.450704:15:16:17:20:16:16:17:22 chr12 30888001 . T C 415.85 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00769447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.296;QD=16.1496;RBI=0.0174565;REFB=-0.00989836;REVB=0.0156692;RO=57;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610432;STB=0.534179;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0118943;OID=.;OPOS=30888001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:27:19:27:30:27:19:27:30 chr12 30948848 . G C 318.63 PASS AF=0.343284;AO=24;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00133476;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.988;QD=19.0228;RBI=0.0158248;REFB=-0.0292803;REVB=0.0157684;RO=31;SAF=3;SAR=21;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560081;STB=0.925859;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0337582;OID=.;OPOS=30948848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:24:23:0.343284:21:3:19:12:22:1:19:13 chr12 31135478 . T C 1376.86 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4586;QD=62.5843;RBI=0.0936282;REFB=0;REVB=-0.081006;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000922026;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr12 31135579 . T C,G 1043.92 PASS AF=0.985915,0.0140845;AO=68,3;DP=71;FAO=70,1;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=43,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303654,-0.0238862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.3044,118.642;QD=58.8123;RBI=0.0169584,0.0369731;REFB=0,0;REVB=0.0166844,-0.0282217;RO=0;SAF=27,0;SAR=41,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.6787e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.89317e-05,0.164483;OID=.,.;OPOS=31135579,31135579;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:71:71:0:0:68,3:70,1:0.985915,0.0140845:41,3:27,0:0:0:43,1:27,0:0:0 chr12 31237700 . GT AT,TG,TT 494.01 PASS AF=0.885714,0.0571429,0.0571429;AO=29,2,2;DP=35;FAO=31,2,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2,1;FSAR=16,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390091,0.0260442,0.0196022;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=141.135,162.305,155.39;QD=56.4583;RBI=0.0533418,0.0285074,0.0215849;REFB=0,0,0;REVB=0.0363818,-0.0115918,-0.00903687;RO=0;SAF=13,2,1;SAR=16,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=8.93623e-06,0.00342835,0.0831904;OID=.,.,.;OPOS=31237700,31237700,31237700;OREF=G,GT,G;OALT=A,TG,T;OMAPALT=AT,TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:29,2,2:31,2,2:0.885714,0.0571429,0.0571429:16,0,1:13,2,1:0:0:16,0,1:15,2,1:0:0 chr12 31240862 . A T 739.8 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204583;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4325;QD=56.908;RBI=0.0552568;REFB=0;REVB=0.05133;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888323;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr12 31240925 . A G 1514.64 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0058152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.656;QD=62.4594;RBI=0.0383213;REFB=-0.00721474;REVB=0.0378775;RO=1;SAF=39;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120031;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000149755;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:56:39:1:0:57:39:1:0 chr12 31242399 . T C 388.3 PASS AF=0.350746;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=134;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0264195;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.77;QD=11.5912;RBI=0.0426005;REFB=-0.0091337;REVB=-0.0334188;RO=87;SAF=19;SAR=28;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103251;STB=0.559253;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0152988;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:87:87:47:47:0.350746:28:19:43:44:28:19:43:44 chr12 31244716 . C T 183.83 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0108004;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.833;QD=24.5106;RBI=0.0286294;REFB=-0.0110771;REVB=-0.026514;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10519;STB=0.580067;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0107129;OID=.;OPOS=31244716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:13:12:18:18:0.6:8:10:9:4:8:10:9:3 chr12 31249861 . C G 1041.15 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.125726;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4299;QD=56.2784;RBI=0.126146;REFB=-0.0217047;REVB=0.0102897;RO=2;SAF=59;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157613;STB=0.508194;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0025163;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:71:72:0.972973:12:59:2:0:12:60:2:0 chr12 31253995 . C T 635.04 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0677576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.834;QD=59.0736;RBI=0.0681803;REFB=-0.137552;REVB=-0.00757974;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347212;STB=0.51851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000768691;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:43:1:1:41:42:0.976744:28:13:1:0:29:13:1:0 chr12 31255263 . G A 486.18 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0726167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.777;QD=49.8648;RBI=0.0901877;REFB=-0.149097;REVB=0.053485;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183486;STB=0.555523;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00267324;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:39:1:4:35:35:0.897436:25:10:0:1:25:10:3:1 chr12 31256546 . G A,T 73.94 PASS AF=0.75,0.25;AO=6,2;DP=8;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315908,0.0477989;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.649,49.2362;QD=36.9679;RBI=0.0386945,0.0840084;REFB=0,0;REVB=0.0223448,-0.0690846;RO=0;SAF=2,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000872964,0.00528488;OID=.,.;OPOS=31256546,31256546;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:8:8:0:0:6,2:6,2:0.75,0.25:4,0:2,2:0:0:4,0:2,2:0:0 chr12 31256905 . T C 428.65 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.443;QD=57.1533;RBI=0.0288694;REFB=0;REVB=0.0227842;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249501;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr12 31267744 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.817;QD=49.5991;RBI=0.0409714;REFB=0;REVB=-0.00111636;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179112;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr12 31282765 . A T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.015;QD=39.318;RBI=0.0117395;REFB=0.00323091;REVB=0.00358996;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000907742;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:1:0:7:6:1:0 chr12 31282784 . A G 152.35 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.712;QD=40.6258;RBI=0.0544322;REFB=0.0179955;REVB=0.0416782;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00321528;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:1:0:7:7:1:0 chr12 31283446 . T G 357.32 PASS AF=0.493333;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0145268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8326;QD=19.057;RBI=0.111348;REFB=-0.0176947;REVB=0.110397;RO=36;SAF=22;SAR=13;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939922;STB=0.576884;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.02261;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:36:38:35:37:0.493333:13:22:26:10:15:22:28:10 chr12 31285214 . A G 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0112597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0887;QD=17.8391;RBI=0.0157653;REFB=0.0199882;REVB=-0.0110347;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623504;STB=0.535663;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0241543;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:8:6:7:7:8:6 chr12 31291163 . G A 362.1 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0158036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.838;QD=15.4085;RBI=0.0159226;REFB=-0.00823768;REVB=0.001943;RO=55;SAF=16;SAR=23;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15879;STB=0.589698;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0116397;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:23:16:31:24:23:16:31:24 chr12 31297871 . G C 440.26 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00160715;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7484;QD=27.5165;RBI=0.0157224;REFB=-0.0157623;REVB=0.01564;RO=22;SAF=25;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130801;STB=0.564171;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00753197;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:22:23:41:41:0.640625:16:25:9:13:16:25:10:13 chr12 31298362 . G A 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0182307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.72;QD=13.7478;RBI=0.0390328;REFB=-0.0223027;REVB=-0.0345138;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025645;STB=0.50724;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0370774;OID=.;OPOS=31298362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:14:8:12:19:14:8:12:20 chr12 31300891 . C A 603.18 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0011609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.09;QD=21.9337;RBI=0.00679648;REFB=-0.0166617;REVB=-0.0066966;RO=50;SAF=32;SAR=28;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937338;STB=0.551373;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0119678;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:28:32:21:29:28:32:21:29 chr12 31604928 . G C 235.2 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0451464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.851;QD=25.427;RBI=0.0482038;REFB=-0.00600696;REVB=0.0168942;RO=15;SAF=4;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276325;STB=0.65547;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00332446;OID=.;OPOS=31604928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:18:4:7:8:18:4:7:8 chr12 31605044 . G T 172.4 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0205054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.974;QD=15.3246;RBI=0.0304854;REFB=-0.0168745;REVB=-0.0225585;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145161;STB=0.597059;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0257065;OID=.;OPOS=31605044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:18:19:0.422222:8:10:18:8:9:10:18:8 chr12 31648826 . C T 96.42 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00889042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.145;QD=13.2987;RBI=0.017954;REFB=-0.0196142;REVB=0.0155983;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444202;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0260375;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:29:17:17:11:12:0.413793:6:5:7:10:7:5:7:10 chr12 31659332 . A T 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0400933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5661;QD=15.6253;RBI=0.0412536;REFB=-0.00739072;REVB=-0.00971519;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674181;STB=0.538876;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.010922;OID=.;OPOS=31659332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:11:12:10:7:11:12 chr12 31944985 . T G 474.88 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00700754;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.5;QD=21.3429;RBI=0.0158857;REFB=-0.0232676;REVB=0.0142566;RO=44;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117876;STB=0.559661;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0198446;OID=.;OPOS=31944985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:43:46:46:0.516854:20:26:19:25:20:26:19:24 chr12 32134240 . C T 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215626;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.888;QD=60.2519;RBI=0.0219137;REFB=0;REVB=0.00390688;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57136e-05;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr12 32134638 . T C 267.82 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.052;QD=51.0129;RBI=0.0122603;REFB=0;REVB=-0.00951527;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11254e-05;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:17:3:0:0:17:4:0:0 chr12 32135441 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.222;QD=48.7373;RBI=0.036281;REFB=0;REVB=0.0100314;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233911;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr12 32137901 . A G 114.92 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0164703;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.424;QD=9.99307;RBI=0.0187395;REFB=-0.011983;REVB=-0.00893844;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341699;STB=0.677158;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0177241;OID=.;OPOS=32137901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:32:14:14:0.304348:10:4:17:12:10:4:17:15 chr12 32481093 . G C 205.08 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00151808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.819;QD=15.7754;RBI=0.0198526;REFB=-0.00370714;REVB=0.0197944;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474967;STB=0.527003;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00546459;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:14:15:13:10:14:15 chr12 32552769 . C G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.171;QD=54.5149;RBI=0.0111852;REFB=0;REVB=0.00543209;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60347e-05;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr12 32943927 . C T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0118564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.183;QD=19.156;RBI=0.0178305;REFB=-0.00474534;REVB=0.0133173;RO=22;SAF=16;SAR=5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478646;STB=0.777754;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00873992;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:23:21:21:0.477273:5:16:5:17:5:16:5:18 chr12 33030995 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0390394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.546;QD=19.6969;RBI=0.0422675;REFB=-0.00791972;REVB=-0.0162006;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427514;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0060979;OID=.;OPOS=33030995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:12:9:10:11:12:9:10:12 chr12 33031070 . G T 191.11 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0015431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0666;QD=22.4829;RBI=0.0321715;REFB=-0.0109088;REVB=0.0321345;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125134;STB=0.555497;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00913777;OID=.;OPOS=33031070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:15:18:19:0.558824:8:10:6:9:9:10:6:9 chr12 34179325 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 59.55 PASS AF=0.294118,0.117647;AO=9,4;DP=37;FAO=10,4;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6,0;FSAR=4,4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0160835,0.0562288;FXX=0.0810592;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.0625,30.3276;QD=7.00556;RBI=0.0591118,0.0580459;REFB=-0.0708897,-0.0501666;REVB=0.0568817,0.0144103;RO=18;SAF=5,0;SAR=4,4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.52951e-08,-0.675248;STB=0.534177,0.997299;STBP=0.816,0.03;TYPE=del,snp;VARB=0.06701,0.0648856;OID=.,.;OPOS=34179326,34179332;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0.117647:9,4:37:10,4:34:20:6,0:4,4:11:9:33:18:5,0:4,4:10:8 chr12 38712142 . C G 2888.38 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010787;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.857;QD=63.134;RBI=0.0125466;REFB=0;REVB=0.00640774;RO=0;SAF=86;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82394e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:182:183:1:96:86:0:0:97:86:0:0 chr12 38715000 . A G 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0279224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.45;QD=9.69533;RBI=0.0280204;REFB=-0.0077766;REVB=-0.00234135;RO=54;SAF=12;SAR=13;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172488;STB=0.501013;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0161672;OID=.;OPOS=38715000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:13:12:26:28:13:12:26:28 chr12 38717678 . T C 438.05 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0253239;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.871;QD=19.0458;RBI=0.02554;REFB=-0.00521751;REVB=-0.00331573;RO=47;SAF=28;SAR=16;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21731;STB=0.615947;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00831692;OID=.;OPOS=38717678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:16:28:19:28:16:28:20:28 chr12 39087609 . G A 205.92 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.062386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7783;QD=12.87;RBI=0.091808;REFB=-0.0131559;REVB=0.067355;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342875;STB=0.695503;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0211825;OID=.;OPOS=39087609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:16:9:27:12:16:9:27:12 chr12 39096664 . T A 1025.4 PASS AF=0.490654;AO=103;DP=214;FAO=105;FDP=214;FR=.;FRO=109;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.000100539;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.017;QD=19.1664;RBI=0.00109035;REFB=0.00328;REVB=-0.00108571;RO=106;SAF=50;SAR=53;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481908;STB=0.528109;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00429272;OID=.;OPOS=39096664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:106:109:103:105:0.490654:53:50:57:49:53:52:60:49 chr12 39760152 . A T 269.55 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0220107;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.399;QD=28.3738;RBI=0.0437857;REFB=0.0201773;REVB=-0.0378513;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136281;STB=0.56468;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00921758;OID=.;OPOS=39760152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:14:24:24:0.631579:13:11:4:11:13:11:4:10 chr12 40152900 . G A 1543.91 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00789163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.464;QD=62.3801;RBI=0.0442579;REFB=-0.108383;REVB=0.0435486;RO=0;SAF=33;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000368935;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:99:0:1:96:98:0.989899:63:33:0:0:65:33:0:1 chr12 40619082 . G A 1387.02 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00122717;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.584;QD=61.6455;RBI=0.0298138;REFB=-0.148706;REVB=-0.0297886;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000583417;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:49:40:0:0:49:40:0:1 chr12 40713834 . C A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-3.28163e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.047;QD=8.08966;RBI=0.0323338;REFB=-0.00592922;REVB=-0.0323337;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31818;STB=0.68807;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0205642;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:21:22:9:9:0.290323:2:7:11:10:2:7:12:10 chr12 40713845 . G C 82.31 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0155058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.321;QD=8.898;RBI=0.0156749;REFB=0.00174946;REVB=-0.00229607;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201894;STB=0.623536;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00444143;OID=.;OPOS=40713845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:12:14:4:7:12:14 chr12 40713873 . A G 129.22 PASS AF=0.365854;AO=11;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.048105;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=302.728;QD=12.607;RBI=0.0482214;REFB=-0.0149388;REVB=0.00334907;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431041;STB=0.553123;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0162379;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:13:25:11:15:0.365854:5:6:1:12:9:6:8:17 chr12 40713901 . T A 164.78 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0310136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.089;QD=14.0241;RBI=0.0373461;REFB=-0.0119599;REVB=0.0208059;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536154;STB=0.531215;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.021571;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:11:18:12:6:11:18 chr12 40716260 . T C 599.46 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0337869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2573;QD=21.4092;RBI=0.0399361;REFB=-0.0195878;REVB=0.0212917;RO=51;SAF=17;SAR=43;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692055;STB=0.534814;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0256214;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:51:52:60:60:0.535714:43:17:18:33:43:17:18:34 chr12 40758652 . T C 275.34 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00413926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.241;QD=18.9892;RBI=0.00474523;REFB=-0.00154577;REVB=0.00232028;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465551;STB=0.51723;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00139954;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:15:14:15:13:15:15:15:13 chr12 40820208 . G A 319.1 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00556147;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.883;QD=26.0488;RBI=0.0173686;REFB=-0.00315088;REVB=-0.0164542;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552766;STB=0.53059;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00267513;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:28:28:0.571429:14:14:9:12:14:14:9:12 chr12 40821176 . G A 248.24 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.007477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8054;QD=14.6022;RBI=0.0472994;REFB=-0.032913;REVB=0.0467047;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570496;STB=0.527931;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0237621;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:28:29:0.426471:11:17:21:17:12:17:21:18 chr12 40832126 . C T 259.29 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00454114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.304;QD=14.2077;RBI=0.0172132;REFB=-0.00384355;REVB=-0.0166034;RO=43;SAF=3;SAR=27;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396146;STB=0.731864;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00734205;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:27:3:14:29:27:3:14:29 chr12 40832161 . T C 178.95 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0273884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.24;QD=15.2295;RBI=0.0280937;REFB=0.000161073;REVB=0.00625531;RO=28;SAF=1;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500466;STB=0.809548;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000374695;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:17:1:8:20:18:1:8:20 chr12 40834376 . C G 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00406373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.943;QD=11.6769;RBI=0.00615008;REFB=-0.0137411;REVB=-0.00461623;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107502;STB=0.562084;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0245671;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:12:15:22:26:12:15:22:26 chr12 40834955 . C A 628.0 PASS AF=0.450331;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0365319;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.639;QD=16.6358;RBI=0.0366276;REFB=-0.016566;REVB=-0.00264657;RO=81;SAF=25;SAR=43;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787735;STB=0.551828;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0264597;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:81:83:68:68:0.450331:43:25:36:45:43:25:38:45 chr12 40835734 . C G 458.38 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0248695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5423;QD=18.5204;RBI=0.0412115;REFB=-0.0284769;REVB=-0.0328618;RO=50;SAF=20;SAR=26;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526392;STB=0.521105;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0330023;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:53:46:46:0.464646:26:20:19:31:26:20:21:32 chr12 40835749 . T C 541.78 PASS AF=0.525773;AO=49;DP=95;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-5.45771e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.675;QD=22.3413;RBI=5.58305e-06;REFB=-0.00422535;REVB=1.17638e-06;RO=45;SAF=17;SAR=32;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498647;STB=0.519677;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00473043;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:45:46:49:51:0.525773:32:17:18:27:33:18:18:28 chr12 40837264 . T C 198.81 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0238605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.418;QD=19.3958;RBI=0.0238709;REFB=-0.0473751;REVB=0.000702573;RO=20;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179851;STB=0.623241;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0390632;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:20:20:0.487805:16:4:7:13:16:4:8:13 chr12 40838216 . T C 355.17 PASS AF=0.354839;AO=42;DP=125;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0141109;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2312;QD=11.457;RBI=0.0517783;REFB=-0.0152142;REVB=0.0498184;RO=80;SAF=17;SAR=25;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109729;STB=0.54426;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0214467;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:80:80:42:44:0.354839:25:17:40:40:25:19:40:40 chr12 40840325 . T C 607.06 PASS AF=0.525862;AO=60;DP=113;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.000933588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4638;QD=20.9332;RBI=0.0161533;REFB=0.0154735;REVB=-0.0161263;RO=53;SAF=22;SAR=38;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109977;STB=0.564499;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.014787;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:53:55:60:61:0.525862:38:22:26:27:38:23:28:27 chr12 40843504 . A C 173.22 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0002009;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.38;QD=17.7667;RBI=0.00358957;REFB=-0.0166246;REVB=0.00358394;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215916;STB=0.623093;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0117223;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:13:8:11:7:13:8 chr12 40857943 . A C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00321133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.771;QD=14.4904;RBI=0.00395924;REFB=-0.00725947;REVB=-0.00231581;RO=30;SAF=4;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406341;STB=0.737438;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0154454;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:15:4:17:13:15:4:17:13 chr12 41330611 . T C 492.89 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0460298;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5146;QD=14.936;RBI=0.0533676;REFB=-0.039898;REVB=0.0270067;RO=69;SAF=26;SAR=30;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425663;STB=0.550738;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0640954;OID=.;OPOS=41330611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:132:69:76:56:56:0.424242:30:26:35:34:30:26:42:34 chr12 41337435 . C T 356.1 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00560389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.071;QD=24.5589;RBI=0.0428839;REFB=0.00679999;REVB=-0.0425162;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100108;STB=0.554865;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0040957;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:18:17:8:15:18:17:8:15 chr12 41587972 . T C 372.19 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0244379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2355;QD=15.1914;RBI=0.0252564;REFB=0.00333621;REVB=-0.00637799;RO=58;SAF=13;SAR=27;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04335;STB=0.524559;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00538157;OID=.;OPOS=41587972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:27:13:21:37:27:13:21:37 chr12 41900463 . G A 449.71 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000842428;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5245;QD=23.9844;RBI=0.00993665;REFB=0.0108026;REVB=0.00990088;RO=32;SAF=19;SAR=24;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281658;STB=0.51545;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00946879;OID=.;OPOS=41900463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:32:43:43:0.573333:24:19:13:19:24:19:13:19 chr12 41967677 . G A 282.92 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0145788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.925;QD=17.4103;RBI=0.0154793;REFB=-0.0289642;REVB=-0.00520263;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12032;STB=0.575708;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0260067;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:12:19:16:17:12:19:16:18 chr12 42481545 . T C 248.83 PASS AF=0.453125;AO=26;DP=61;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0168926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.707;QD=15.5516;RBI=0.0450573;REFB=-0.013176;REVB=0.0417708;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117647;STB=0.545424;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0127387;OID=.;OPOS=42481545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:34:35:26:29:0.453125:13:13:13:21:15:14:14:21 chr12 42503467 . T C 793.2 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368166;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.693;QD=55.6632;RBI=0.0424865;REFB=0.0430519;REVB=-0.0212048;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-1.0797e-05;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:57:1:1:56:56:0.982456:31:25:1:0:31:25:1:0 chr12 42554505 . A G 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2832;QD=60.9699;RBI=0.0472027;REFB=0;REVB=-0.00836714;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054837;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr12 42599696 . T A 334.03 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.041461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.535;QD=49.486;RBI=0.0650395;REFB=-0.125481;REVB=0.0501111;RO=2;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274738;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.001412;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:2:1:25:26:0.962963:13:12:1:1:14:12:1:0 chr12 42629550 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.901;QD=59.3219;RBI=0.0373433;REFB=0;REVB=0.0277546;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51039e-06;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr12 42636124 . A G 462.68 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.81;QD=57.8352;RBI=0.0449322;REFB=0;REVB=0.0445324;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129095;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:19:13:0:0 chr12 42839836 . A C 956.99 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1274;QD=57.9993;RBI=0.0423603;REFB=0;REVB=0.0252704;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667805;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:24:41:1:0:24:42:0:0 chr12 42853520 . A G 466.55 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188239;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.476;QD=58.3187;RBI=0.0204111;REFB=0;REVB=-0.0078914;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048079;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr12 43821184 . G A 444.75 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0340921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.685;QD=20.4484;RBI=0.0340937;REFB=-0.0197396;REVB=0.000331659;RO=43;SAF=22;SAR=22;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114263;STB=0.56319;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0197955;OID=.;OPOS=43821184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:22:22:16:27:22:22:16:27 chr12 43860525 . CA C,CG 849.34 PASS AF=0.05,0.95;AO=9,50;DP=61;FAO=3,57;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=3,35;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333666,-0.00130162;FXX=0.0322529;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.203,138.652;QD=56.6225;RBI=0.010192,0.00489282;REFB=0,0;REVB=0.0096303,0.00471651;RO=0;SAF=7,31;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0211394,0.00273123;OID=.,.;OPOS=43860526,43860526;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:9,50:61:3,57:60:0:3,35:0,22:0:0:8:0:7,31:2,19:0:0 chr12 44148259 . T C 563.68 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0210251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.3896;QD=21.072;RBI=0.0211278;REFB=0.00446518;REVB=0.00208141;RO=49;SAF=24;SAR=33;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023991;STB=0.518549;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00269152;OID=.;OPOS=44148259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:57:57:0.53271:33:24:22:27:33:24:23:27 chr12 44180295 . G A 486.13 PASS AF=0.486239;AO=47;DP=104;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0498978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.233;QD=17.8396;RBI=0.0526653;REFB=0.00731134;REVB=-0.0168478;RO=56;SAF=18;SAR=29;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101451;STB=0.53126;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00814966;OID=.;OPOS=44180295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:56:56:47:53:0.486239:29:18:22:34:29:24:22:34 chr12 44191625 . G A 222.34 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0166741;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.346;QD=12.1831;RBI=0.0189127;REFB=-0.00918914;REVB=-0.00892538;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444587;STB=0.525336;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.018539;OID=.;OPOS=44191625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:46:27:27:0.369863:14:13:23:21:14:13:24:22 chr12 45269284 . C T 335.59 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00231729;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4939;QD=19.4546;RBI=0.0110739;REFB=-0.00285374;REVB=0.0108287;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386917;STB=0.521511;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00810442;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:34:35:35:0.507246:18:17:18:16:18:17:18:16 chr12 45307633 . T C 591.1 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0014804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.219;QD=18.765;RBI=0.0106903;REFB=-0.00453989;REVB=-0.0105873;RO=64;SAF=31;SAR=30;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687728;STB=0.50026;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00563856;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:65:61:61:0.484127:30:31:33:31:30:31:33:32 chr12 45410075 . A G 383.94 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00114387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.089;QD=20.2071;RBI=0.00386606;REFB=-0.019818;REVB=-0.00369297;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295789;STB=0.501715;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0146712;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:34:37:39:39:0.513158:17:22:18:16:17:22:21:16 chr12 45410288 . C T 575.45 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00662508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.001;QD=16.5598;RBI=0.0133751;REFB=-0.0239831;REVB=-0.0116191;RO=76;SAF=20;SAR=41;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127802;STB=0.573038;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0244493;OID=.;OPOS=45410288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:76:78:61:61:0.438849:41:20:34:42:41:20:35:43 chr12 45417666 . T C 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000106087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.29;QD=8.68975;RBI=0.0401014;REFB=-0.0241146;REVB=-0.0401012;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0250006;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:10:7:3:5:10:7 chr12 46121310 . TG T 50.27 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0812906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.2304;QD=7.73448;RBI=0.0813021;REFB=0.034963;REVB=-0.00136915;RO=16;SAF=0;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.752309;STB=0.77973;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=-0.0409904;OID=.;OPOS=46121311;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:8:26:9:26:17:1:8:7:10:50:16:0:8:7:9 chr12 46318636 . C G 104.13 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0258895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0522;QD=10.413;RBI=0.0952433;REFB=-0.0152062;REVB=-0.0916571;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302936;STB=0.651975;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0320497;OID=.;OPOS=46318636;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:5:8:22:4:5:8:22:5 chr12 46367944 . A G 852.59 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00664215;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.342;QD=53.287;RBI=0.0231815;REFB=-0.016272;REVB=0.0222096;RO=3;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979929;STB=0.505196;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000215584;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:64:3:3:61:61:0.953125:34:27:1:2:34:27:1:2 chr12 46758494 . A G 255.51 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.921;QD=51.1011;RBI=0.0193901;REFB=0;REVB=0.0190115;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69989e-05;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr12 46759017 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.71;QD=58.5878;RBI=0.0210544;REFB=0;REVB=-0.0150821;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65373e-05;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr12 46761127 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.401;QD=53.9107;RBI=0.026417;REFB=0;REVB=-0.0251587;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1212e-05;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr12 47168898 . G A 1108.58 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194672;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.845;QD=57.5888;RBI=0.0400824;REFB=-0.00521907;REVB=0.0350375;RO=2;SAF=39;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236442;STB=0.512497;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000141691;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:36:39:2:0:36:39:2:0 chr12 47186770 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0437452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.185;QD=15.419;RBI=0.0469066;REFB=-0.0152719;REVB=-0.0169288;RO=42;SAF=8;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23307;STB=0.632723;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0150988;OID=.;OPOS=47186770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:24:8:19:23:24:8:19:23 chr12 47470223 . T A,TTACTA 197.15 PASS AF=0.0350877,0.385965;AO=3,19;DP=62;FAO=2,22;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=1,14;FSAR=1,8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0185532,-0.00697;FXX=0.0338926;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=192.159,225.85;QD=13.8352;RBI=0.0195651,0.00987488;REFB=-0.00133406,-0.00295844;REVB=0.00621068,0.00699517;RO=38;SAF=1,12;SAR=2,7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115434,0.209239;STB=0.570734,0.62779;STBP=0.835,0.139;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00196493,0.0071581;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:62:57:38:33:3,19:2,22:0.0350877,0.385965:2,7:1,12:17:21:1,8:1,14:14:19 chr12 47581629 . T C 1425.38 PASS AF=0.969388;AO=86;DP=92;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0332112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.322;QD=58.179;RBI=0.123824;REFB=-0.0405768;REVB=0.119287;RO=5;SAF=48;SAR=38;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441197;STB=0.514848;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000716697;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:98:5:3:86:95:0.969388:38:48:3:2:46:49:3:0 chr12 47740069 . C A 1910.04 PASS AF=1;AO=118;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369373;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.504;QD=61.6142;RBI=0.0466992;REFB=0;REVB=0.0465529;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103131;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:118:124:1:58:60:0:0:62:62:0:0 chr12 47758032 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.388;QD=39.2068;RBI=0.0347347;REFB=0;REVB=0.0347347;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394208;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr12 48134695 . T C 519.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6272;QD=59.3848;RBI=0.0684351;REFB=0;REVB=-0.00342664;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127713;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr12 48144925 . T C 952.69 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.825;QD=58.6273;RBI=0.051152;REFB=0;REVB=0.0334563;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.382e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:21:40:0:0:22:43:0:0 chr12 48176792 . C T 688.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000667136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5682;QD=62.5677;RBI=0.0516169;REFB=0;REVB=0.0516126;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444765;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr12 48176900 . T G 347.14 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00103829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4006;QD=51.4276;RBI=0.0146771;REFB=-0.0883485;REVB=-0.0146403;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00360833;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:0:1:13:13:0:1 chr12 48177238 . A G 1092.87 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.467;QD=59.8832;RBI=0.018781;REFB=0;REVB=0.0162446;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205827;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:35:35:0:0:37:36:0:0 chr12 48178513 . A G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.000555227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.316;QD=22.5999;RBI=0.00924591;REFB=0.0148336;REVB=-0.00922922;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249906;STB=0.637579;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0162223;OID=.;OPOS=48178513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:15:8:2:18:15:8:2:18 chr12 48359967 . T C 285.7 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0254165;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.192;QD=12.9865;RBI=0.027269;REFB=-0.00171574;REVB=0.00987919;RO=55;SAF=19;SAR=14;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134995;STB=0.507731;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00275204;OID=.;OPOS=48359967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:14:19:31:24:14:19:31:24 chr12 48359984 . C T 272.37 PASS AF=0.372093;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0291369;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4591;QD=12.6684;RBI=0.0471372;REFB=-0.0285491;REVB=0.0370535;RO=55;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529364;STB=0.515341;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.048675;OID=.;OPOS=48359984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:54:31:32:0.372093:15:16:31:24:15:17:30:24 chr12 48367976 . C T 435.68 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0217835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.642;QD=18.5395;RBI=0.022266;REFB=-0.0145543;REVB=0.00461007;RO=49;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852969;STB=0.541324;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.019541;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:23:21:19:30:23:21:20:30 chr12 48375568 . A G 103.32 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00479396;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.286;QD=9.18386;RBI=0.0176127;REFB=-0.00410235;REVB=-0.0169477;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15392;STB=0.604649;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00874343;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:8:5:16:15:8:5:17:15 chr12 48375965 . C T 54.71 PASS AF=0.347826;AO=6;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0263511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.894;QD=9.51541;RBI=0.059918;REFB=-0.0191607;REVB=-0.0538125;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375164;STB=0.615076;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0520308;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:23:23:13:15:6:8:0.347826:5:1:6:7:6:2:6:9 chr12 48376291 . G A 114.42 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00280345;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0488;QD=9.94962;RBI=0.0270077;REFB=-0.0145218;REVB=0.0268618;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273214;STB=0.681567;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0298158;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:32:14:14:0.304348:5:9:12:18:5:9:12:20 chr12 48380682 . G A 536.69 PASS AF=0.644737;AO=47;DP=74;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00822549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.167;QD=28.2469;RBI=0.00872393;REFB=-0.0184509;REVB=0.00290659;RO=27;SAF=13;SAR=34;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163565;STB=0.504585;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0092139;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:27:27:47:49:0.644737:34:13:8:19:35:14:8:19 chr12 48389643 . A C 227.09 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0162261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8744;QD=21.1247;RBI=0.0419418;REFB=-0.0147249;REVB=0.038676;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161549;STB=0.509083;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0095093;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:8:13:14:8:8:13 chr12 48391416 . G T 526.52 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00715632;FXX=0.0114929;HRUN=6;LEN=1;MLLD=127.345;QD=24.4895;RBI=0.00716245;REFB=-0.00868979;REVB=0.000296355;RO=35;SAF=22;SAR=27;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114742;STB=0.551;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0122263;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:35:37:49:49:0.569767:27:22:21:14:27:22:21:16 chr12 48398080 . T A 296.66 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00267527;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0365;QD=17.7111;RBI=0.00276391;REFB=-0.023364;REVB=-0.000694372;RO=35;SAF=8;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215096;STB=0.626002;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0345324;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:35:35:31:32:0.477612:23:8:16:19:24:8:16:19 chr12 48413944 . C T 255.61 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00379122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5101;QD=15.73;RBI=0.0207752;REFB=-0.0494455;REVB=0.0204264;RO=35;SAF=6;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345369;STB=0.691584;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0434682;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:23:6:18:17:23:6:18:18 chr12 48413950 . A C 255.14 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0435106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7855;QD=17.0095;RBI=0.0642702;REFB=-0.00264313;REVB=0.0473021;RO=32;SAF=5;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371923;STB=0.720857;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0106632;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:31:28:29:0.483333:23:5:16:16:24:5:16:15 chr12 48438140 . CAT C 96.29 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114596;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.838;QD=38.5172;RBI=0.125541;REFB=-0.281032;REVB=0.0512659;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0128782;OID=.;OPOS=48438141;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:7:10:10:10:0:5:5:0:0:3:0:4:3:0:0 chr12 48477422 . A G 146.08 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0083186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.585;QD=8.9893;RBI=0.0153048;REFB=0.00783843;REVB=-0.0128467;RO=45;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648148;STB=0.538423;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0182288;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:10:10:25:20:10:10:25:20 chr12 48501161 . A T 817.71 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000154904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.105;QD=56.3936;RBI=0.00963027;REFB=0;REVB=-0.00962903;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90284e-05;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:20:36:0:0:20:38:0:0 chr12 48512285 . C A 1219.19 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.56;QD=60.9594;RBI=0.0426131;REFB=0;REVB=0.0422197;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88631e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:80:0:0:73:80:1:34:39:0:0:41:39:0:0 chr12 48542993 . G A 523.28 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.000967273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.841;QD=23.7856;RBI=0.0134738;REFB=-0.0200483;REVB=-0.013439;RO=38;SAF=24;SAR=25;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012837;STB=0.50116;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0132095;OID=.;OPOS=48542993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:39:49:49:0.556818:25:24:18:20:25:24:19:20 chr12 48866585 . A C 457.86 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0027482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.916;QD=26.1632;RBI=0.00573055;REFB=-0.00134181;REVB=-0.00502858;RO=27;SAF=11;SAR=32;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187173;STB=0.602775;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00217026;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:32:11:13:14:32:11:13:14 chr12 48866792 . C T 175.19 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0147816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.662;QD=11.877;RBI=0.0196946;REFB=-0.00392733;REVB=-0.0130146;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242157;STB=0.514006;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00513194;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:10:12:21:16:10:12:21:16 chr12 48882759 . CT C 374.38 PASS AF=0.42268;AO=37;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.000685313;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.085;QD=15.4385;RBI=0.00787243;REFB=-0.0048436;REVB=-0.00784255;RO=57;SAF=25;SAR=12;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131184;STB=0.564579;STBP=0.31;TYPE=del;VARB=0.00952375;OID=.;OPOS=48882760;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42268:37:97:41:97:56:27:14:31:25:99:57:25:12:32:25 chr12 48883012 . T C 64.37 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.025325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8787;QD=9.90238;RBI=0.0394145;REFB=-0.0207002;REVB=0.0302018;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175982;STB=0.608434;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0401605;OID=.;OPOS=48883012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:6:11:7:2:6:11 chr12 48919556 . A G 783.61 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.848;QD=56.9899;RBI=0.0513878;REFB=0;REVB=0.0150828;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027275;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr12 48919659 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0477183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.199;QD=16.8984;RBI=0.0486749;REFB=-0.0133403;REVB=0.00960211;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.648318;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0153606;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:8:2:4:4:8:2:4:5 chr12 48919793 . T C 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.004038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.332;QD=28.2832;RBI=0.00425953;REFB=-0.0178114;REVB=-0.00135579;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082203;STB=0.545413;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00698641;OID=.;OPOS=48919793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:12:10:7:5:12:10:7:5 chr12 48919796 . C T 96.83 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00891939;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.179;QD=11.3921;RBI=0.00981169;REFB=-0.0101753;REVB=-0.00408824;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187393;STB=0.611467;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0137751;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:9:13:5:7:9:13 chr12 48920006 . G A 226.88 PASS AF=0.48;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.11712;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2059;QD=18.1503;RBI=0.117635;REFB=-0.0480764;REVB=0.0109996;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216291;STB=0.621611;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0455757;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:24:24:0.48:14:10:17:9:14:10:17:9 chr12 48954040 . A G 351.88 PASS AF=0.560606;AO=35;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00471185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.315;QD=21.3261;RBI=0.0271495;REFB=-0.0228828;REVB=-0.0267375;RO=29;SAF=24;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907939;STB=0.558324;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0286531;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:29:35:37:0.560606:11:24:17:12:11:26:17:12 chr12 49048738 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.76;QD=58.2396;RBI=0.00377019;REFB=0;REVB=-0.00146004;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60899e-06;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:36:25:0:0:36:26:0:0 chr12 49075811 . T G 364.17 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665575;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.057;QD=56.0261;RBI=0.0265544;REFB=0;REVB=0.0257067;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525745;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr12 49086963 . G A 773.07 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.247;QD=61.8453;RBI=0.025888;REFB=-0.1491;REVB=0.00224745;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000663933;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:0:1:22:27:0:1 chr12 49212739 . GTTTGA GGTTGA,GGTTGT,GTTGA,GTTGAT,GTTGTA 215.44 PASS AF=0.027027,0,0.702703,0,0;AO=6,2,5,2,2;DP=37;FAO=1,0,26,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=1,0,24,0,0;FSAR=0,0,2,0,0;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.318143,-0.0317068,0.25373,-0.0447448,-0.10528;FXX=0;HRUN=3,3,3,3,3;LEN=1,5,1,3,2;MLLD=12.6881,121.407,13.0764,45.6677,37.1504;QD=23.2903;RBI=0.318956,0.0387508,0.257282,0.146111,0.105314;REFB=-0.156865,-0.00540719,-0.186102,-0.0509026,-0.075011;REVB=-0.0227713,-0.0222779,-0.0426019,-0.139091,0.00269171;RO=12;SAF=6,2,4,2,2;SAR=0,0,1,0,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.792717,0.671794,0.554501,0.671794,0.671794;STB=0.996348,0.5,0.840432,0.5,0.5;STBP=0.062,1,0,1,1;TYPE=snp,mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.0194278,0,0.0899452,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=49212740,49212740,49212740,49212742,49212742;OREF=T,TTTGA,T,TGA,TG;OALT=G,GTTGT,-,GAT,GT;OMAPALT=GGTTGA,GGTTGT,GTTGA,GTTGAT,GTTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.027027,0,0.702703,0,0:6,2,5,2,2:37:1,0,26,0,0:37:10:1,0,24,0,0:0,0,2,0,0:1:9:35:12:6,2,4,2,2:0,0,1,0,0:3:9 chr12 49221622 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.747;QD=61.684;RBI=0.0454372;REFB=0;REVB=0.0247719;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138392;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr12 49230035 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.093;QD=50.4131;RBI=0.0158473;REFB=0;REVB=-0.00592814;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116534;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:18:19:1:12:6:1:0:12:7:0:0 chr12 49334762 . G C 956.54 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458435;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.827;QD=58.8638;RBI=0.0151871;REFB=0;REVB=-0.0144787;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243735;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:33:29:0:0:35:30:0:0 chr12 49424534 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0112119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.817;QD=11.1312;RBI=0.0161317;REFB=-0.0103327;REVB=-0.0115985;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.571292;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0146317;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:5:12:6:4:5:12 chr12 49494962 . A G 849.88 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0118455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.335;QD=53.9605;RBI=0.0164784;REFB=0.0490007;REVB=0.0114553;RO=2;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362622;STB=0.519224;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00363119;OID=.;OPOS=49494962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:63:2:2:60:61:0.968254:25:35:0:2:25:36:0:2 chr12 49500398 . G A 1439.86 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121968;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.26;QD=63.2906;RBI=0.015903;REFB=0;REVB=0.010205;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29904e-05;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:42:48:0:0:43:48:0:0 chr12 49500509 . C T 771.72 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164064;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.716;QD=57.1644;RBI=0.0262327;REFB=0;REVB=0.0204691;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24511e-05;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr12 49522578 . T C 260.28 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9207;QD=49.5764;RBI=0.102784;REFB=0;REVB=0.102761;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00651076;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:11:8:0:0:13:8:0:0 chr12 49522605 . C T 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.553;QD=52.7684;RBI=0.0720701;REFB=-0.0814138;REVB=0.0667164;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00263446;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:0:1:17:11:0:1 chr12 49579696 . C G 729.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.935;QD=57.1908;RBI=0.0385358;REFB=0;REVB=0.0324931;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110999;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:27:24:0:0 chr12 49580180 . T C 838.18 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6081;QD=54.9625;RBI=0.101707;REFB=0;REVB=-0.0503753;RO=2;SAF=25;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152801;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:61:2:0:58:61:1:33:25:2:0:33:28:0:0 chr12 49667103 . A T 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.086;QD=54.6357;RBI=0.0186969;REFB=0.00158894;REVB=-0.0139482;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518511;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-3.3705e-05;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:38:13:0:0:38:13:1:0 chr12 49949710 . A AC 31.56 PASS AF=0.25;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0233201;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.709;QD=4.50854;RBI=0.0296059;REFB=-4.00387e-05;REVB=-0.0182396;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382422;STB=0.536739;STBP=0.867;TYPE=ins;VARB=0.0341094;OID=.;OPOS=49949711;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:29:7:28:21:3:4:8:13:31:22:1:5:10:12 chr12 49982238 . G A 255.81 PASS AF=0.521739;AO=17;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00329131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.153;QD=22.2439;RBI=0.00352241;REFB=-0.027194;REVB=-0.00125485;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209548;STB=0.511102;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0320724;OID=.;OPOS=49982238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:17:24:0.521739:12:5:10:10:12:12:11:10 chr12 50185334 . A G 189.75 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.144;QD=47.4362;RBI=0.0356745;REFB=0;REVB=0.0236255;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356828;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:8:6:0:0:9:7:0:0 chr12 50189602 . A G 816.42 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.426;QD=55.3506;RBI=0.0629027;REFB=0;REVB=0.00957421;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104787;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:52:59:1:35:17:0:0:38:21:0:0 chr12 50189807 . C A 403.78 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2285;QD=55.694;RBI=0.0698786;REFB=0;REVB=0.0622363;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207066;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chr12 50189833 . GT G,GG 458.13 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=4,28;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857433,0.010255;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.694,153.665;QD=57.2659;RBI=0.0200444,0.0194448;REFB=0,0;REVB=0.0181179,0.0165208;RO=0;SAF=1,15;SAR=3,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0259656,0.000662722;OID=.,.;OPOS=50189834,50189834;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:4,28:32:1,31:32:0:0,16:1,15:0:0:5:0:1,15:3,13:0:0 chr12 50190653 . C T 277.07 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.668;QD=48.1856;RBI=0.0918133;REFB=-0.0295627;REVB=0.0799719;RO=1;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.533302;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000770773;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:23:1:1:20:22:0.956522:6:14:0:1:7:15:0:1 chr12 50190667 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.441;QD=53.2764;RBI=0.0342433;REFB=0;REVB=0.0339341;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165757;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr12 50232169 . A T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.97;QD=46.848;RBI=0.0207543;REFB=0;REVB=-0.01409;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180387;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr12 50263148 . G A 164.12 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.181166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.668;QD=12.8721;RBI=0.186907;REFB=-0.0257868;REVB=-0.0459671;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706433;STB=0.542575;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0426361;OID=.;OPOS=50263148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:32:18:19:0.372549:10:8:9:15:10:9:13:19 chr12 50348078 . T C 606.23 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.479;QD=60.6226;RBI=0.0372234;REFB=0;REVB=0.00378338;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015532;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr12 50452708 . C G 1251.16 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.43;QD=60.2967;RBI=0.0411519;REFB=-0.0951187;REVB=0.0202168;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000226286;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:1:0:41:41:1:0 chr12 50467644 . G T 243.94 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0122528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0579;QD=23.7989;RBI=0.0929355;REFB=0.0207974;REVB=-0.0921243;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223424;STB=0.624112;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0163183;OID=.;OPOS=50467644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:10:13:5:13:10:13:5:13 chr12 50467769 . G A 195.86 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0101574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.986;QD=25.2728;RBI=0.0168231;REFB=-0.00195133;REVB=0.0134105;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196737;STB=0.609988;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00108537;OID=.;OPOS=50467769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:6:13:5:7:6:13:5:7 chr12 50476158 . G T 2210.82 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132129;FXX=0.0208319;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.029;QD=62.7182;RBI=0.0132537;REFB=-0.0525164;REVB=0.00103956;RO=0;SAF=74;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37847e-08;STB=0.503311;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000137252;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:141:0:1:139:140:0.992908:65:74:0:0:65:75:1:0 chr12 50503269 . C T 219.17 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.041368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1169;QD=13.9153;RBI=0.0470819;REFB=-0.0123619;REVB=-0.022481;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1536;STB=0.587236;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0161667;OID=.;OPOS=50503269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:13:24:13:13:13:24 chr12 50523947 . A G 163.21 PASS AF=0.475;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0396634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3719;QD=16.3209;RBI=0.0469144;REFB=-0.0591354;REVB=0.0250555;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371651;STB=0.677259;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0676635;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:17:19:0.475:8:9:3:18:10:9:3:18 chr12 50523964 . T C 304.88 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0774075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.145;QD=26.5109;RBI=0.0782414;REFB=-0.0247011;REVB=0.0113929;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231971;STB=0.612929;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0291104;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:14:13:3:15:14:13:4:15 chr12 50526814 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0169073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.599;QD=12.0244;RBI=0.0256848;REFB=-0.022081;REVB=-0.0193353;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886344;STB=0.552543;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0369194;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:10:10:7:5:10:10 chr12 50537815 . A G 326.53 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000506878;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.729;QD=24.6436;RBI=0.0170019;REFB=0.00410557;REVB=0.0169944;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774725;STB=0.53442;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00194683;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:31:32:0.603774:18:13:11:10:18:14:11:10 chr12 50650041 . A C 350.63 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00589849;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0054;QD=51.9458;RBI=0.0614443;REFB=0.105731;REVB=0.0611605;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00387298;OID=.;OPOS=50650041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:1:0:13:13:1:0 chr12 50650057 . T C 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4382;QD=56.1773;RBI=0.0205556;REFB=0;REVB=-0.0146165;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000609448;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 50744119 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.859;QD=58.5877;RBI=0.0220845;REFB=0;REVB=0.0219598;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203453;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr12 50744171 . T C 669.45 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.442;QD=62.2744;RBI=0.0310755;REFB=0;REVB=0.00937195;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024556;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr12 50744753 . T C 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.736;QD=50.3968;RBI=0.0150999;REFB=0;REVB=0.013276;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05124e-05;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr12 50747005 . T C 50.3 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.026;QD=33.5354;RBI=0.11017;REFB=0;REVB=-0.0242001;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884792;OID=.;OPOS=50747005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:4:0:0:0:4:2:0:0 chr12 50749219 . TGG TG,TGC 427.36 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=4,26;DP=31;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155943,0.110934;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.5385,38.1387;QD=55.1436;RBI=0.078701,0.113897;REFB=0,0;REVB=-0.0771405,-0.0258118;RO=0;SAF=2,10;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0620241,0.00155653;OID=.,.;OPOS=50749220,50749221;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0967742,0.903226:4,26:31:3,28:31:0:0,12:3,16:0:0:11:0:2,10:2,16:0:0 chr12 50749227 . T G 356.86 PASS AF=0.823529;AO=29;DP=35;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.000163644;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.843;QD=41.983;RBI=0.000406551;REFB=-0.103874;REVB=-0.000372162;RO=4;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103179;STB=0.553154;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00250586;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:34:4:6:29:28:0.823529:16:13:0:4:15:13:1:5 chr12 50754563 . T G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00500894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.259;QD=43.0161;RBI=0.0191197;REFB=-0.0661775;REVB=0.0184519;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00068843;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr12 50831615 . A G 90.26 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0244906;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1813;QD=15.0436;RBI=0.0262181;REFB=-0.0182072;REVB=-0.00935932;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0197462;OID=.;OPOS=50831615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:5:8:4:7:5:8 chr12 50870145 . G A 2282.81 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343526;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.475;QD=59.6813;RBI=0.0386391;REFB=-0.0128501;REVB=-0.0176885;RO=1;SAF=81;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684365;STB=0.503496;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000141918;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:150:152:0.993464:69:81:0:1:71:81:0:1 chr12 50882355 . G A 169.7 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0235378;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4676;QD=23.4074;RBI=0.0322809;REFB=-0.0160395;REVB=0.0220913;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422496;STB=0.519208;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00398745;OID=.;OPOS=50882355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:11:12:16:17:0.586207:11:5:4:7:12:5:4:8 chr12 51089734 . T A 327.99 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0154944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.161;QD=30.5103;RBI=0.0267255;REFB=0.000423205;REVB=0.0217755;RO=15;SAF=10;SAR=18;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639857;STB=0.535031;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000146713;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:18:10:4:11:18:10:4:11 chr12 51135275 . T C 725.39 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00339933;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7896;QD=54.7463;RBI=0.0708064;REFB=-0.060992;REVB=0.0707248;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140615;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0120042;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:33:19:0:1:33:19:0:1 chr12 51141883 . A G 604.76 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232726;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.773;QD=59.0011;RBI=0.0250901;REFB=0.0516625;REVB=-0.00937544;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000449567;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:0:1:17:23:0:1 chr12 51203371 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0174368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.568;QD=19.9285;RBI=0.025601;REFB=-0.0158724;REVB=-0.0187449;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174365;STB=0.599828;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00957998;OID=.;OPOS=51203371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:5:4:8:4:5:4 chr12 51213765 . T C 122.16 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0176935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3522;QD=15.7629;RBI=0.0605692;REFB=-0.00337726;REVB=-0.0579273;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297983;STB=0.672821;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000862463;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:10:7:10:4:10:7 chr12 51235317 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.614;QD=57.2001;RBI=0.0112224;REFB=0;REVB=-0.00839453;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126779;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr12 51236802 . T C 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0232361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2216;QD=29.0508;RBI=0.0533867;REFB=-0.0101972;REVB=-0.0480647;RO=5;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623294;STB=0.856497;STBP=0;TYPE=snp;VARB=4.26846e-05;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:1:13:0:5:1:13:0:5 chr12 51236931 . G A 115.92 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.08;QD=42.154;RBI=0.0334419;REFB=0;REVB=0.031265;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149105;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:6:5:0:0 chr12 51354803 . C T 544.61 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00190248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6242;QD=22.9309;RBI=0.0180268;REFB=-0.0192789;REVB=-0.0179261;RO=43;SAF=20;SAR=31;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062656;STB=0.540605;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0170376;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:44:51:51:0.536842:31:20:20:23:31:20:21:23 chr12 51393116 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0136632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.196;QD=19.849;RBI=0.0137349;REFB=0.00752968;REVB=-0.00140243;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279836;STB=0.633628;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00316439;OID=.;OPOS=51393116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:9:5:9:4:9:6:9:4 chr12 51402905 . T G 464.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.932;QD=58.1194;RBI=0.0513831;REFB=0;REVB=0.0438545;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472437;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr12 51404467 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0500019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1954;QD=16.3859;RBI=0.0520677;REFB=0.0128755;REVB=-0.0145207;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00914261;OID=.;OPOS=51404467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:4:4:4:5:4:4 chr12 51442944 . G A 390.95 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00229055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.524;QD=16.6363;RBI=0.0137404;REFB=-0.0162958;REVB=0.0135482;RO=53;SAF=13;SAR=28;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108103;STB=0.560931;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0177323;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:28:13:22:31:28:13:22:31 chr12 51518787 . C G 219.85 PASS AF=0.740741;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0204895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.255;QD=32.5706;RBI=0.0342562;REFB=-0.0260694;REVB=0.027453;RO=7;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296459;STB=0.638149;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0111252;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:19:20:0.740741:15:4:5:2:15:5:5:2 chr12 51590593 . C T 86.5 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00159848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.36;QD=8.04641;RBI=0.0312717;REFB=-0.0161624;REVB=-0.0312308;RO=30;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443393;STB=0.782094;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0383217;OID=.;OPOS=51590593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:43:43:30:31:11:12:0.27907:2:9:14:16:2:10:15:16 chr12 51636259 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.395;QD=58.5878;RBI=0.0391673;REFB=0;REVB=-0.000565983;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08452e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr12 51681903 . T C 1193.94 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0263844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.391;QD=59.6968;RBI=0.0318907;REFB=-0.120751;REVB=0.0179131;RO=1;SAF=48;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976132;STB=0.505153;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000870939;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:31:48:1:0:31:48:1:0 chr12 51685831 . T C 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0151629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.816;QD=50.6202;RBI=0.0152536;REFB=-0.0807835;REVB=0.00166034;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664029;STB=0.53569;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0039638;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:16:13:2:0:16:13:2:0 chr12 51733734 . G A 164.84 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0781929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6895;QD=12.441;RBI=0.0792794;REFB=-0.0166699;REVB=-0.0130801;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600467;STB=0.534849;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0403391;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:12:8:15:18:12:8:15:18 chr12 51737562 . T C 109.45 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0330332;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.016;QD=13.2665;RBI=0.0390186;REFB=-0.0579092;REVB=0.0207667;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289406;STB=0.684416;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0263373;OID=.;OPOS=51737562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:21:20:13:13:0.393939:8:5:14:7:8:5:14:6 chr12 51737607 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0109581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.437;QD=17.8261;RBI=0.0272944;REFB=-0.0203501;REVB=-0.024998;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0178455;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:4:7:7:5:4:7 chr12 51740387 . ACTGG A 183.63 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322638;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.088;QD=48.9681;RBI=0.0284746;REFB=0;REVB=0.0282913;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00015838;OID=.;OPOS=51740388;OREF=CTGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:15:15:0:6:9:0:0:3:0:6:9:0:0 chr12 51740393 . CCATATCCACTT C 196.92 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466984;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=11;MLLD=450.353;QD=49.2302;RBI=0.00772785;REFB=0;REVB=0.0061573;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00040198;OID=.;OPOS=51740394;OREF=CATATCCACTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:16:16:0:6:10:0:0:4:0:6:10:0:0 chr12 51740409 . TA GG 196.85 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145193;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.05;QD=49.213;RBI=0.0258738;REFB=0;REVB=0.0214159;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0017517;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr12 51863437 . C G 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0072942;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.606;QD=14.1003;RBI=0.0193329;REFB=0.00299623;REVB=-0.0179041;RO=62;SAF=21;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00470773;STB=0.502658;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00424072;OID=.;OPOS=51863437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:22:21:30:32:22:21:30:32 chr12 51863543 . C T 263.56 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0280165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.166;QD=21.5154;RBI=0.0280955;REFB=-0.0304637;REVB=0.0021046;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122149;STB=0.591522;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0169405;OID=.;OPOS=51863543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:24:25:25:0.510204:16:9:11:11:16:9:13:11 chr12 51888761 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0299904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.15;QD=24.246;RBI=0.0308121;REFB=-0.0159011;REVB=0.00706816;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986056;STB=0.55463;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0158883;OID=.;OPOS=51888761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:9:16:15:5:9:16:15:5 chr12 51901390 . A G 902.69 PASS AF=0.90411;AO=66;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0576379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6008;QD=49.4624;RBI=0.0838334;REFB=-0.0393444;REVB=-0.0608761;RO=7;SAF=28;SAR=38;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270673;STB=0.514378;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0387074;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:73:73:7:7:66:66:0.90411:38:28:4:3:38:28:4:3 chr12 52080965 . C T 845.22 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.739;QD=55.4245;RBI=0.0299191;REFB=-0.077259;REVB=0.00580125;RO=1;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232814;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:61:1:0:59:61:1:38:21:0:1:40:21:0:0 chr12 52184271 . T C 313.65 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.553;QD=52.2757;RBI=0.0360789;REFB=0;REVB=-0.00467091;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373727;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:12:8:0:0:12:12:0:0 chr12 52200742 . C A 159.28 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3651;QD=45.5098;RBI=0.0705307;REFB=0;REVB=0.0169127;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192516;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr12 52204246 . T C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.349;QD=57.2336;RBI=0.0260025;REFB=0;REVB=0.0256771;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25625e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr12 52211942 . G A 536.77 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.042;QD=59.6408;RBI=0.0171455;REFB=0;REVB=0.00634475;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39078e-05;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr12 52215102 . T G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.363;QD=37.486;RBI=0.0361206;REFB=0;REVB=0.0350311;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149464;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr12 52215894 . GCCCT GCCT,GCCTC,GGCCT 126.23 PASS AF=0.466667,0,0;AO=23,5,3;DP=61;FAO=28,0,0;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=21,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=0.0794927,-0.0761935,-0.0457915;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=15.2103,52.0912,20.8857;QD=8.4152;RBI=0.102118,0.107503,0.0758116;REFB=-0.0819395,-0.0154755,-0.0552483;REVB=-0.0641016,-0.0758379,-0.0604197;RO=29;SAF=16,5,1;SAR=7,0,2;SRF=1;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.586931,0.858757,0.613381;STB=0.817983,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.103894,0,0;OID=.,.,.;OPOS=52215895,52215897,52215895;OREF=C,CT,C;OALT=-,TC,G;OMAPALT=GCCT,GCCTC,GGCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0,0:23,5,3:61:28,0,0:60:32:21,0,0:7,0,0:3:29:99:29:16,5,1:7,0,2:1:28 chr12 52284233 . T C 783.98 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.994;QD=57.0166;RBI=0.0239992;REFB=0;REVB=-0.0151453;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02932e-05;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr12 52471159 . C T 200.93 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00793161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8569;QD=11.8195;RBI=0.022437;REFB=0.00588487;REVB=-0.0209883;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927987;STB=0.543994;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0101584;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:14:11:15:27:14:11:16:27 chr12 52565322 . G T 244.49 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0100494;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.971;QD=44.4531;RBI=0.0413607;REFB=-0.249787;REVB=0.0401213;RO=2;SAF=15;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575947;STB=0.53122;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00167401;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:22:2:2:20:20:0.909091:5:15:2:0:5:15:2:0 chr12 52602013 . C T 1515.42 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0270495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.257;QD=56.6512;RBI=0.0359858;REFB=-0.229575;REVB=0.023734;RO=2;SAF=49;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018972;STB=0.505495;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00103666;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:3:104:104:0.971963:55:49:2:0:55:49:2:1 chr12 52631313 . A G 448.71 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.047424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7324;QD=18.3148;RBI=0.06181;REFB=-0.0144425;REVB=0.0396414;RO=53;SAF=27;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339743;STB=0.505477;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0157065;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:52:45:46:0.469388:18:27:30:23:19:27:30:22 chr12 52632466 . T TC 32.31 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0214843;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.5035;QD=7.17924;RBI=0.0408899;REFB=-0.0295912;REVB=-0.034791;RO=13;SAF=0;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.741485;STB=0.798934;STBP=0.102;TYPE=ins;VARB=0.12897;OID=.;OPOS=52632467;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:18:6:18:12:1:5:7:5:32:13:0:5:8:5 chr12 52635360 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0114356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2279;QD=8.25443;RBI=0.0692022;REFB=-0.000744727;REVB=0.0682508;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.610759;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0057902;OID=.;OPOS=52635360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:4:8:3:3:4:8 chr12 52639302 . G C 289.85 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0280435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.908;QD=17.3043;RBI=0.0280517;REFB=-0.0274187;REVB=0.000681504;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200919;STB=0.611874;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0239526;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:10:25:16:16:10:25 chr12 52642518 . G A 385.28 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.03621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2422;QD=26.1206;RBI=0.0365892;REFB=0.00117953;REVB=0.00525379;RO=22;SAF=14;SAR=23;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107131;STB=0.505856;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00102094;OID=.;OPOS=52642518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:23:14:8:14:23:14:8:14 chr12 52660812 . G A 1300.24 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140185;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.292;QD=60.4761;RBI=0.0620158;REFB=0.0192701;REVB=0.0604106;RO=1;SAF=21;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220173;STB=0.511109;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000285947;OID=.;OPOS=52660812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:63:21:1:0:63:22:1:0 chr12 52661192 . A G 1276.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2111;QD=60.7914;RBI=0.0633495;REFB=0;REVB=-0.0632314;RO=0;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227418;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:27:55:0:0:27:57:0:0 chr12 52661196 . G A 1233.0 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0562;QD=60.1463;RBI=0.121829;REFB=-0.0362619;REVB=0.120311;RO=0;SAF=55;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022688;OID=.;OPOS=52661196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:82:0:0:80:82:1:25:55:0:0:27:55:0:0 chr12 52661209 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.75;QD=61.5359;RBI=0.0522553;REFB=0;REVB=0.00875072;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15205e-05;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:31:50:0:0:31:50:0:0 chr12 52661302 . C A 463.44 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944988;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6261;QD=57.9302;RBI=0.0340746;REFB=0;REVB=0.0327381;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188876;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr12 52679937 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.872;QD=47.8217;RBI=0.0571698;REFB=0;REVB=0.0567117;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586748;OID=.;OPOS=52679937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr12 52681416 . T C 976.29 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.698;QD=57.429;RBI=0.0385517;REFB=-0.0607825;REVB=0.0213975;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000858212;OID=.;OPOS=52681416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:30:37:0:1:30:37:0:1 chr12 52681437 . A G 923.31 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0508086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.681;QD=56.8192;RBI=0.0584049;REFB=-0.0004211;REVB=0.028803;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000179899;OID=.;OPOS=52681437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:31:33:1:0:31:33:1:0 chr12 52681925 . A C 1047.99 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300682;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.45;QD=59.8854;RBI=0.0367423;REFB=0;REVB=-0.0211164;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184458;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr12 52695754 . C T 306.01 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146681;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.574;QD=51.0019;RBI=0.149179;REFB=-0.0664062;REVB=0.0271853;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00548259;OID=.;OPOS=52695754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:1:0:23:24:1:9:14:1:0:9:15:0:0 chr12 52695787 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.151;QD=45.8068;RBI=0.0470501;REFB=0;REVB=0.0282268;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150439;OID=.;OPOS=52695787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr12 52699548 . T C 131.96 PASS AF=0.177632;AO=17;DP=142;FAO=27;FDP=152;FR=.;FRO=125;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=83;FWDB=-0.026851;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.277;QD=3.47271;RBI=0.0463805;REFB=-0.0227095;REVB=-0.0378176;RO=123;SAF=6;SAR=11;SRF=42;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156563;STB=0.617552;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.123068;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:152:123:125:17:27:0.177632:11:6:42:81:21:6:42:83 chr12 52708420 . G A 1590.39 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.442;QD=58.9033;RBI=0.0174299;REFB=-0.112768;REVB=0.00571856;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000330685;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:106:107:0.990741:53:53:0:0:53:54:0:1 chr12 52708565 . A G 450.85 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357206;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.115;QD=54.6487;RBI=0.0601851;REFB=-0.0942818;REVB=0.0484385;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00226092;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:31:32:0.969697:16:15:0:0:16:16:0:1 chr12 52709880 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.584;QD=51.1816;RBI=0.0262301;REFB=0;REVB=0.0148196;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270478;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr12 52709883 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2267;QD=51.1818;RBI=0.070487;REFB=0;REVB=0.0211378;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148157;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr12 52710309 . G A 2296.91 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349804;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.597;QD=61.2509;RBI=0.0471728;REFB=0;REVB=0.0316487;RO=0;SAF=77;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11575e-05;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:150:0:0:146:150:1:69:77:0:0:73:77:0:0 chr12 52710715 . G A 1532.46 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.711;QD=62.5492;RBI=0.0128591;REFB=0.00488776;REVB=0.00681969;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939136;STB=0.504949;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.69631e-05;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:47:50:1:0:47:50:1:0 chr12 52710721 . G C 1538.77 PASS AF=0.98;AO=99;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0143343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9999;QD=61.5506;RBI=0.0629727;REFB=-0.109671;REVB=-0.0613196;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509998;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00623036;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:0:2:99:98:0.98:49:50:0:0:49:49:2:0 chr12 52711549 . G A 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.549;QD=59.8536;RBI=0.0744432;REFB=0;REVB=0.0720168;RO=0;SAF=50;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204657;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:21:50:0:0:21:50:0:0 chr12 52713088 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5551;QD=57.1768;RBI=0.0132132;REFB=0;REVB=0.000263957;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20492e-05;OID=.;OPOS=52713088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr12 52753861 . C T 391.18 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0321424;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4685;QD=22.3531;RBI=0.0321479;REFB=-0.00179679;REVB=-0.000599209;RO=29;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249315;STB=0.510633;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00061913;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:29:31:39:39:0.557143:16:23:18:11:16:23:19:12 chr12 52773702 . G A 253.32 PASS AF=0.384615;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0475588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5763;QD=12.991;RBI=0.0612398;REFB=-0.018959;REVB=0.0385808;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185811;STB=0.603993;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0152098;OID=.;OPOS=52773702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:48:29:30:0.384615:12:17:18:26:13:17:19:29 chr12 52774158 . G A 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.065157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5111;QD=21.7433;RBI=0.0883902;REFB=0.000361425;REVB=0.0597276;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578055;STB=0.503264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000740449;OID=.;OPOS=52774158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:4:11:8:3:4:11:8:3 chr12 52774235 . A G 428.42 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2365;QD=57.122;RBI=0.102151;REFB=0;REVB=-0.0976868;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000815978;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr12 52774305 . A G 142.78 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.003807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.9;QD=22.8449;RBI=0.0173735;REFB=-0.0297061;REVB=-0.0169513;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166737;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0225741;OID=.;OPOS=52774305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:25:9:10:15:15:0.6:8:7:2:7:8:7:3:7 chr12 52774370 . G A 84.87 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0948183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.9;QD=22.6324;RBI=0.102284;REFB=-0.0155635;REVB=0.0383604;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235067;STB=0.631356;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0110466;OID=.;OPOS=52774370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:0:5:7:3:0:5 chr12 52777439 . A G 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0447317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6864;QD=9.65066;RBI=0.045176;REFB=-0.00644123;REVB=0.00632028;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256391;STB=0.65937;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0125939;OID=.;OPOS=52777439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:7:7:9:23:7:7:9:24 chr12 52777502 . A G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.013075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.591;QD=9.09227;RBI=0.0148579;REFB=0.000334962;REVB=-0.00705712;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424331;STB=0.754478;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000771651;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:4:9:10:22:4:9:10:22 chr12 52777513 . T C 91.47 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00361873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.863;QD=8.5084;RBI=0.0179193;REFB=-0.0113973;REVB=0.0175501;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38846;STB=0.734932;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00769004;OID=.;OPOS=52777513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:4:8:10:21:4:8:10:21 chr12 52777578 . C T 91.44 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0318827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.911;QD=8.50576;RBI=0.0331252;REFB=-0.00908571;REVB=-0.00898723;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032414;STB=0.501989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0453706;OID=.;OPOS=52777578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:13:18:7:5:13:18 chr12 52777580 . A C 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00862427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.931;QD=8.12765;RBI=0.0185822;REFB=-0.0194842;REVB=-0.0164596;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741697;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0559844;OID=.;OPOS=52777580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:13:16:6:5:13:16 chr12 52778947 . A G 435.64 PASS AF=0.473118;AO=42;DP=91;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0152035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5308;QD=18.7372;RBI=0.0152928;REFB=-0.00737179;REVB=-0.00164944;RO=49;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792306;STB=0.529398;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00916896;OID=.;OPOS=52778947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:49:49:42:44:0.473118:18:24:24:25:20:24:24:25 chr12 52779244 . A G 448.96 PASS AF=0.454545;AO=43;DP=104;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00447183;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.172;QD=16.3258;RBI=0.0853741;REFB=-0.0116123;REVB=0.0852569;RO=59;SAF=33;SAR=10;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233677;STB=0.554708;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0175331;OID=.;OPOS=52779244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:110:59:60:43:50:0.454545:10:33:34:25:17:33:34:26 chr12 52788928 . G A 258.98 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0202652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.943;QD=24.0907;RBI=0.0205241;REFB=0.018374;REVB=0.00324967;RO=19;SAF=4;SAR=20;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281869;STB=0.659189;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0127263;OID=.;OPOS=52788928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:20:4:8:11:20:4:8:11 chr12 52789509 . T C 647.48 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.842;QD=61.6645;RBI=0.0343633;REFB=0;REVB=0.010888;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010084;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr12 52789597 . A G 506.47 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00285302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.566;QD=50.6465;RBI=0.00391998;REFB=-0.191029;REVB=0.00268822;RO=3;SAF=15;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848289;STB=0.533879;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000986194;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:40:40:3:4:36:36:0.9:21:15:3:0:21:15:3:1 chr12 52789605 . T A 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.778;QD=59.8298;RBI=0.0300943;REFB=0;REVB=0.0115998;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09637e-05;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 52818377 . C T 1801.0 PASS AF=0.953488;AO=122;DP=130;FAO=123;FDP=129;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0117307;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.938;QD=55.845;RBI=0.0381727;REFB=-0.186405;REVB=0.0363255;RO=1;SAF=59;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798408;STB=0.508704;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00233592;OID=.;OPOS=52818377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:130:129:1:6:122:123:0.953488:63:59:1:0:64:59:4:2 chr12 52818504 . T G 1287.34 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00190696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.542;QD=60.5807;RBI=0.00405546;REFB=0.0439682;REVB=0.00357914;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137272;STB=0.507245;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000847783;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:1:0:50:34:1:0 chr12 52822258 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.315;QD=58.5878;RBI=0.0379681;REFB=0;REVB=0.0251802;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020034;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr12 52825363 . G A 746.21 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.907;QD=63.5077;RBI=0.013891;REFB=0;REVB=0.00882613;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83892e-05;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr12 52827740 . G C 1590.93 PASS AF=0.964602;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00110428;FXX=0.00877116;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.506;QD=56.3163;RBI=0.0138601;REFB=-0.165119;REVB=0.0138161;RO=2;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019767;STB=0.50214;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.000598666;OID=.;OPOS=52827740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:112:113:2:4:108:109:0.964602:47:61:0:2:48:61:2:2 chr12 52827818 . T C 1144.48 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.494;QD=60.2357;RBI=0.0361463;REFB=0;REVB=0.0124994;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52228e-05;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:47:27:0:0:48:28:0:0 chr12 52841765 . G A 851.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.149;QD=57.7069;RBI=0.0184422;REFB=0;REVB=0.00655006;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63308e-05;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:40:18:0:0:40:19:0:0 chr12 52842736 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4081;QD=33.4248;RBI=0.131142;REFB=0;REVB=-0.0602684;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313235;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr12 52843581 . A G 35.6 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.00196683;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.383;QD=1.22756;RBI=0.0368089;REFB=-0.00423882;REVB=-0.0367563;RO=106;SAF=4;SAR=6;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113867;STB=0.591512;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0449504;OID=.;OPOS=52843581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:106:106:10:10:0.0862069:6:4:53:53:6:4:53:53 chr12 52843779 . T C 355.63 PASS AF=0.330882;AO=43;DP=135;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=6.50693e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.578;QD=10.4598;RBI=0.00270675;REFB=-0.0112957;REVB=0.00270597;RO=91;SAF=13;SAR=30;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174039;STB=0.575882;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0195676;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:91:91:43:45:0.330882:30:13:40:51:30:15:40:51 chr12 52843783 . T C 304.15 PASS AF=0.29927;AO=42;DP=135;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.0165261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9518;QD=8.8804;RBI=0.0403416;REFB=-0.008355;REVB=-0.0368013;RO=93;SAF=15;SAR=27;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777978;STB=0.529997;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0124539;OID=.;OPOS=52843783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:93:96:42:41:0.29927:27:15:39:54:26:15:39:57 chr12 52845435 . C T 405.51 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0153283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.693;QD=19.7808;RBI=0.0154506;REFB=-4.82277e-05;REVB=-0.00194032;RO=41;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666672;STB=0.536964;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-5.84332e-06;OID=.;OPOS=52845435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:19:22:25:16:19:22:25:16 chr12 52845801 . T C 330.9 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00226051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5043;QD=34.8317;RBI=0.00375082;REFB=-0.0345366;REVB=0.00299311;RO=10;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625578;STB=0.538432;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00799879;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:38:38:10:10:25:26:0.684211:13:12:6:4:14:12:6:4 chr12 52863564 . C T 519.68 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.38;QD=59.3918;RBI=0.0761032;REFB=0;REVB=0.0749524;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331841;OID=.;OPOS=52863564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr12 52863621 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.915;QD=60.9786;RBI=0.0262535;REFB=0;REVB=0.0121117;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20849e-05;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr12 52865443 . T C 480.44 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0403472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0542;QD=53.3823;RBI=0.0497812;REFB=-0.010997;REVB=0.0291595;RO=2;SAF=9;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308285;STB=0.516519;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0150153;OID=.;OPOS=52865443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:25:9:1:1:25:9:1:1 chr12 52884735 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.013;QD=59.8546;RBI=0.02398;REFB=0;REVB=0.0132571;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12268e-05;OID=.;OPOS=52884735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:42:27:0:0:42:29:0:0 chr12 52886490 . A G 1524.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.6;QD=62.8717;RBI=0.0335827;REFB=0;REVB=0.0168793;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06857e-05;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:50:44:0:0:51:46:0:0 chr12 52886911 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.845;QD=59.4353;RBI=0.0550337;REFB=0;REVB=0.0415742;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472845;OID=.;OPOS=52886911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr12 52938320 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.136;QD=63.1952;RBI=0.0112168;REFB=0;REVB=0.00394748;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66569e-05;OID=.;OPOS=52938320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:39:53:0:0:39:53:0:0 chr12 52965173 . T G 1157.46 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00469427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.444;QD=59.3569;RBI=0.0146931;REFB=-0.0724434;REVB=-0.013923;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000160384;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:27:50:0:0:27:50:0:1 chr12 52965722 . T C 735.69 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.053;QD=56.5916;RBI=0.0430988;REFB=0;REVB=0.0193585;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124216;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:1:0:49:52:1:19:30:1:0:19:33:0:0 chr12 52965761 . C T 707.32 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.547;QD=54.4092;RBI=0.0524281;REFB=-0.0261788;REVB=0.0431289;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.508768;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000585137;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:0:1:50:51:0.980769:22:28:0:0:23:28:1:0 chr12 52965782 . T C 785.48 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0927524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7844;QD=64.1205;RBI=0.104138;REFB=0;REVB=-0.0473477;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192722;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr12 52966437 . C T 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0141686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.809;QD=15.6189;RBI=0.0222636;REFB=-0.0217975;REVB=0.0171733;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534255;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0283731;OID=.;OPOS=52966437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:11:14:11:7:11:14 chr12 52981627 . A T 99.15 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00191524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.223;QD=15.2542;RBI=0.00889198;REFB=-0.0345947;REVB=-0.00868327;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435331;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0410524;OID=.;OPOS=52981627;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:14:14:11:12:0.461538:6:5:7:7:7:5:7:7 chr12 52985293 . A G 364.45 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.017767;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3433;QD=15.5086;RBI=0.0566514;REFB=-0.0264105;REVB=-0.0537933;RO=55;SAF=25;SAR=14;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845144;STB=0.547841;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.033114;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:14:25:31:24:14:25:31:24 chr12 52986187 . T C 118.34 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0127472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.447;QD=12.7936;RBI=0.0166571;REFB=0.000981508;REVB=0.0107223;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494203;STB=0.558056;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00181763;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:23:14:14:0.378378:8:6:10:11:8:6:12:11 chr12 52992812 . T C 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0384338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9097;QD=12.1426;RBI=0.0416353;REFB=-0.0192624;REVB=-0.0160105;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304564;STB=0.517727;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0279953;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:8:11:20:13:8:11:20:13 chr12 52994955 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0139867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.688;QD=11.1312;RBI=0.0152841;REFB=-0.00208;REVB=-0.00616248;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140406;STB=0.612698;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00341753;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:13:17:9:10:0.37037:5:4:4:9:6:4:4:13 chr12 53011955 . G A 402.11 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00214173;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.555;QD=13.7474;RBI=0.0120592;REFB=-7.50275e-05;REVB=0.0118675;RO=69;SAF=23;SAR=24;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576287;STB=0.527857;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000136637;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:70:47:47:0.401709:24:23:30:39:24:23:31:39 chr12 53045626 . T C 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0180497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.813;QD=10.6672;RBI=0.0212359;REFB=-0.0183827;REVB=-0.011188;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359789;STB=0.6996;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0427493;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:7:3:11:6:7:3:11:7 chr12 53045826 . C T 498.45 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0100995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.142;QD=18.1254;RBI=0.0675241;REFB=-0.00243691;REVB=0.0667646;RO=56;SAF=15;SAR=38;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267695;STB=0.645437;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00542748;OID=.;OPOS=53045826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:57:53:53:0.481818:38:15:31:25:38:15:31:26 chr12 53069014 . T C 432.89 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0623481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2971;QD=18.0373;RBI=0.0758363;REFB=-0.000466219;REVB=-0.0431724;RO=52;SAF=23;SAR=20;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224626;STB=0.519003;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.000791523;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:52:43:44:0.458333:20:23:29:23:21:23:29:23 chr12 53070121 . T G 195.14 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00673274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7123;QD=14.1917;RBI=0.0611593;REFB=0.00534445;REVB=-0.0607876;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416666;STB=0.523789;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00946608;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:14:18:12:11:14:18 chr12 53085089 . T C 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.79;QD=53.9007;RBI=0.0353824;REFB=0;REVB=0.0236748;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3765e-05;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr12 53088484 . C T 566.69 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0116421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2664;QD=23.6119;RBI=0.0140237;REFB=-0.00212612;REVB=-0.0078183;RO=43;SAF=31;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032288;STB=0.521165;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00294993;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:43:52:53:0.552083:21:31:24:19:21:32:24:19 chr12 53096913 . G A 119.42 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.006;QD=39.8084;RBI=0.00723313;REFB=0;REVB=0.00723313;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933541;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:11:0:0:0:12:0:0:0 chr12 53162773 . A G 923.12 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1126;QD=57.6948;RBI=0.0722451;REFB=0;REVB=-0.0223602;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104817;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:31:31:0:0:31:33:0:0 chr12 53164848 . G A,T 693.93 PASS AF=0.927273,0.0363636;AO=50,2;DP=55;FAO=51,2;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29,2;FSAR=22,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0251102,0.0564211;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.086,59.1981;QD=50.4675;RBI=0.0263112,0.0576891;REFB=-0.203236,-0.0341413;REVB=-0.00785863,-0.0120285;RO=1;SAF=28,2;SAR=22,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0165169,0;STB=0.51666,0.5;STBP=0.255,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00307651,0.00188088;OID=.,.;OPOS=53164848,53164848;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:55:1:2:50,2:51,2:0.927273,0.0363636:22,0:28,2:1:0:22,0:29,2:2:0 chr12 53165940 . C T 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.271;QD=59.4228;RBI=0.0245506;REFB=-0.000112213;REVB=0.00088145;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000157231;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr12 53186122 . G A 890.62 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258453;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.126;QD=58.4013;RBI=0.0297687;REFB=0;REVB=0.0147714;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59339e-05;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr12 53204614 . C G,T 651.03 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,38;DP=41;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390537,0.106416;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.7915,135.429;QD=59.1849;RBI=0.00701627,0.108237;REFB=0,0;REVB=0.0058289,0.0197737;RO=1;SAF=2,15;SAR=0,23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0302093;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0926354,0.00146706;OID=.,.;OPOS=53204614,53204614;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:41:44:1:0:2,38:1,43:0.0227273,0.977273:0,23:2,15:1:0:0,25:1,18:0:0 chr12 53227803 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0115287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.282;QD=24.1277;RBI=0.0120554;REFB=-0.045438;REVB=0.00352438;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369368;STB=0.703499;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00259441;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:0:11:8:9:0:11 chr12 53238387 . C T 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00647403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3456;QD=22.7166;RBI=0.0101929;REFB=-0.0921369;REVB=0.00787283;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150374;STB=0.584301;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0382411;OID=.;OPOS=53238387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:7:2:6:8:7:2 chr12 53240025 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0414259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.572;QD=12.3285;RBI=0.0504788;REFB=-0.0127323;REVB=-0.0288444;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2224;STB=0.632838;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0245856;OID=.;OPOS=53240025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:3:8:9:8:3:8:9:8 chr12 53240584 . A G 112.55 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0228926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.561;QD=9.18782;RBI=0.0229202;REFB=-0.00377279;REVB=0.00112454;RO=35;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133952;STB=0.58128;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0179913;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:8:6:19:16:8:6:19:16 chr12 53294381 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0188692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.764;QD=18.8856;RBI=0.0191696;REFB=-0.0153261;REVB=0.00338034;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.71943;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0128365;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:4:1:6:2:4:1 chr12 53343461 . A AC 46.65 PASS AF=0.314286;AO=7;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0011898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.6004;QD=5.33185;RBI=0.0173305;REFB=0.0242555;REVB=-0.0172896;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338253;STB=0.649215;STBP=0.266;TYPE=ins;VARB=-0.0475242;OID=.;OPOS=53343462;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:7:36:11:35:24:7:4:10:14:46:28:5:2:12:16 chr12 53343493 . G A 220.25 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0932418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0748;QD=25.9119;RBI=0.0934024;REFB=0.007816;REVB=0.00547405;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340669;STB=0.68947;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00732944;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:15:6:10:3:15:6:10:3 chr12 53433089 . C A 1065.66 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311789;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.054;QD=60.037;RBI=0.052906;REFB=0;REVB=0.0427424;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019263;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr12 53433486 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.33;QD=60.6103;RBI=0.00828359;REFB=0;REVB=-0.00711213;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51948e-06;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr12 53434105 . C A 255.36 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7557;QD=51.071;RBI=0.0580553;REFB=0;REVB=-0.0195844;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00236813;OID=.;OPOS=53434105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr12 53442956 . G C 224.79 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00452144;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.0174;QD=16.9655;RBI=0.0141726;REFB=-0.00805151;REVB=-0.013432;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524178;STB=0.54359;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0211157;OID=.;OPOS=53442956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:28:25:25:0.471698:16:9:8:18:16:9:8:20 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 83.52 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00889971;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=11;MLLD=286.977;QD=6.30322;RBI=0.0304887;REFB=-0.00817811;REVB=-0.0291608;RO=19;SAF=15;SAR=1;SRF=18;SRR=1;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-0.0416876;STB=0.842805;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0240909;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301887:16:48:16:53:37:15:1:24:13:83:19:15:1:18:1 chr12 53495843 . G C 147.98 PASS AF=0.5;AO=12;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00221389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.271;QD=17.4099;RBI=0.0985626;REFB=-0.0339606;REVB=-0.0985377;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28665;STB=0.742563;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0283478;OID=.;OPOS=53495843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:17:12:17:0.5:4:8:5:9:4:13:5:12 chr12 53497402 . A G 243.71 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.057882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.592;QD=15.2317;RBI=0.115556;REFB=0.0273282;REVB=-0.100015;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183359;STB=0.593685;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0440768;OID=.;OPOS=53497402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:14:14:24:11:14:14:24:12 chr12 53497927 . C G 100.07 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0181379;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.89;QD=14.296;RBI=0.0195482;REFB=-0.00762028;REVB=-0.00729049;RO=15;SAF=11;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35366;STB=0.704695;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.01045;OID=.;OPOS=53497927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:16:12:12:0.428571:1:11:11:4:1:11:12:4 chr12 53509933 . C T 320.11 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00867201;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.564;QD=18.2918;RBI=0.00963458;REFB=-0.032178;REVB=0.00419778;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781437;STB=0.57428;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0359517;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:32:36:34:34:0.485714:20:14:16:16:20:14:20:16 chr12 53581376 . C T 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0220091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.046;QD=19.3696;RBI=0.0225456;REFB=-0.0388067;REVB=0.00488941;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.5465;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0171663;OID=.;OPOS=53581376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:9:7:7:7:9:7:8:7 chr12 53607263 . AG A,GA,GC 103.36 PASS AF=0.814815,0,0;AO=12,2,2;DP=28;FAO=22,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=12,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0462009,-0.00877955,-0.0106624;FXX=0.0357015;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=8.46108,89.2862,152.224;QD=15.3123;RBI=0.22704,0.0543717,0.15439;REFB=-0.0848181,0.00358891,-0.000380126;REVB=0.222289,-0.0536582,-0.154021;RO=7;SAF=11,0,0;SAR=1,2,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.418959,-0.621371,-0.621371;STB=0.510195,0.5,0.5;STBP=0.837,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.107956,0.0379508,0;OID=.,.,.;OPOS=53607264,53607263,53607263;OREF=G,AG,AG;OALT=-,GA,GC;OMAPALT=A,GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:27:7:5:12,2,2:22,0,0:0.814815,0,0:1,2,2:11,0,0:4:3:10,0,0:12,0,0:3:2 chr12 53647373 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.34;QD=56.1914;RBI=0.0198595;REFB=0;REVB=0.0146201;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81565e-05;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr12 53662624 . C A 715.81 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322886;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.503;QD=57.2647;RBI=0.0340415;REFB=0;REVB=0.0107829;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115304;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr12 53670545 . C A 1140.65 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0264116;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.1334;QD=56.3286;RBI=0.0333783;REFB=-0.126824;REVB=0.0204093;RO=3;SAF=45;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182632;STB=0.509212;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0030805;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:81:3:3:77:78:0.962963:32:45:1:2:33:45:1:2 chr12 53681883 . A T 251.15 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0138166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.233;QD=41.8586;RBI=0.0208502;REFB=-0.0162476;REVB=-0.0156151;RO=3;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329482;STB=0.517911;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000435696;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:11:10:1:2:11:10:1:2 chr12 53682326 . G A 1469.36 PASS AF=0.971963;AO=102;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0370087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1251;QD=54.9294;RBI=0.103856;REFB=-0.0431364;REVB=0.0970384;RO=3;SAF=59;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490504;STB=0.502839;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00268659;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:107:107:3:3:102:104:0.971963:43:59:2:1:45:59:2:1 chr12 53686703 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2588;QD=56.7054;RBI=0.0735453;REFB=0;REVB=0.0451103;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013071;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:18:11:0:0 chr12 53693532 . AA GC 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200088;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.531;QD=44.6898;RBI=0.0236177;REFB=0;REVB=-0.0125478;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.65806e-05;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr12 53700848 . C T 1305.53 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3283;QD=60.7222;RBI=0.0651472;REFB=0.0125798;REVB=0.0592473;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=1.75905e-05;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:86:0:1:83:85:0.988372:41:42:0:0:42:43:0:1 chr12 53700860 . A G 1414.01 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451132;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.136;QD=62.1543;RBI=0.0452083;REFB=0;REVB=0.0449827;RO=1;SAF=43;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165123;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:1:0:90:91:1:47:43:1:0:47:44:0:0 chr12 53703021 . G A 663.01 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5496;QD=60.2736;RBI=0.0631106;REFB=-0.0577372;REVB=0.0308828;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359194;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:24:19:0:1:25:19:0:0 chr12 53722098 . A G 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2613;QD=57.6723;RBI=0.0332272;REFB=0;REVB=-0.0302764;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119812;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr12 53722128 . G A 283.39 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5991;QD=49.2844;RBI=0.120233;REFB=-0.102422;REVB=0.053088;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487538;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:23:23:0:0:22:23:1:17:5:0:0:18:5:0:0 chr12 53777171 . A G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0167361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.958;QD=16.0653;RBI=0.0167506;REFB=-0.018818;REVB=-0.000696738;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104889;STB=0.559936;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0268472;OID=.;OPOS=53777171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:7:17:11:7:7:17 chr12 53807907 . CAG C 140.31 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00669701;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.256;QD=16.5071;RBI=0.00978303;REFB=-0.0177999;REVB=-0.00713147;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892394;STB=0.576514;STBP=0.435;TYPE=del;VARB=0.0196251;OID=.;OPOS=53807908;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:14:34:16:34:18:5:11:8:10:99:18:5:9:8:10 chr12 54067544 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.154;QD=33.4285;RBI=0.0561132;REFB=0;REVB=-0.0489521;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00374182;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 54109659 . C T 343.63 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0761466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0225;QD=14.0256;RBI=0.103298;REFB=-0.0211758;REVB=0.0698009;RO=57;SAF=23;SAR=15;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972997;STB=0.507324;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0433921;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:57:60:38:38:0.387755:15:23:35:22:15:23:37:23 chr12 54109733 . A G 534.76 PASS AF=0.403974;AO=62;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=-0.0224533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9171;QD=14.1658;RBI=0.064254;REFB=-0.0141875;REVB=-0.0602032;RO=87;SAF=35;SAR=27;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600359;STB=0.546349;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0246172;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:87:90:62:61:0.403974:27:35:54:33:27:34:57:33 chr12 54110197 . A G 81.44 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0145812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.473;QD=20.3595;RBI=0.0358923;REFB=0.0107319;REVB=-0.032797;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.538384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00567825;OID=.;OPOS=54110197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:6:6:9:10:0.625:3:6:3:3:4:6:3:3 chr12 54340077 . G A 850.2 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.648;QD=57.6404;RBI=0.0245742;REFB=0;REVB=-0.00610634;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6554e-05;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:35:22:0:0:36:23:0:0 chr12 54340209 . TTA T,TAA 130.0 PASS AF=0.333333,0.015873;AO=18,5;DP=80;FAO=21,1;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=15,1;FSAR=6,0;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.13387,-0.046895;FXX=0.0156226;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=19.1047,15.7555;QD=8.25415;RBI=0.173975,0.0520136;REFB=-0.0439792,0.00395545;REVB=0.111114,0.0225005;RO=46;SAF=13,5;SAR=5,0;SRF=18;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.389929,0.640147;STB=0.700741,0.99156;STBP=0.022,0.257;TYPE=del,snp;VARB=0.0946987,0.0512229;OID=.,.;OPOS=54340210,54340210;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.015873:18,5:80:21,1:63:41:15,1:6,0:17:24:99:46:13,5:5,0:18:28 chr12 54367061 . T G 993.88 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296822;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.654;QD=59.3362;RBI=0.0325095;REFB=0;REVB=0.0132603;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58786e-05;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr12 54369664 . CCTT CCTTGCCCCACTACTTTAGGGG,GGGG 91.68 PASS AF=0.555556,0.333333;AO=4,3;DP=18;FAO=5,3;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00319819,-0.00587268;FXX=0.499722;HRUN=1,2;LEN=18,4;MLLD=402.203,423.492;QD=40.7445;RBI=0.0317224,0.0170519;REFB=-0.0163203,-0.026588;REVB=0.0315608,0.0160088;RO=4;SAF=0,3;SAR=4,0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.782218;STB=0.5,0.994936;STBP=1,0.122;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00332913,-3.20068e-05;OID=.,.;OPOS=54369668,54369664;OREF=-,CCTT;OALT=GCCCCACTACTTTAGGGG,GGGG;OMAPALT=CCTTGCCCCACTACTTTAGGGG,GGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:18:9:4:1:4,3:5,3:0.555556,0.333333:4,0:0,3:0:4:5,0:0,3:0:1 chr12 54385599 . C T 461.46 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.285;QD=57.6827;RBI=0.103145;REFB=0;REVB=0.00575664;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453051;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:20:9:0:0:21:11:0:0 chr12 54496166 . G T 61.46 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00552921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2984;QD=7.23033;RBI=0.0417389;REFB=-0.0133644;REVB=-0.041371;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221667;STB=0.639684;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0234091;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:13:12:6:3:13:12 chr12 54496219 . A G 46.62 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00291116;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.843;QD=8.47694;RBI=0.0242441;REFB=0.00363034;REVB=-0.0240687;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611001;STB=0.538348;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00688266;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:5:10:5:2:5:10 chr12 54711574 . A G 99.97 PASS AF=0.846154;AO=9;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0346612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9961;QD=30.7597;RBI=0.03475;REFB=-0.0349217;REVB=0.00248267;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593592;STB=0.549915;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.000226909;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:1:2:9:11:0.846154:7:2:0:1:9:2:0:2 chr12 54767812 . G A 874.94 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0276156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.165;QD=52.2349;RBI=0.0308986;REFB=-0.11682;REVB=0.0138601;RO=2;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325365;STB=0.503355;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00156062;OID=.;OPOS=54767812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:67:67:2:4:63:63:0.940299:28:35:0:2:28:35:2:2 chr12 54799450 . A G 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.758;QD=57.6735;RBI=0.0488596;REFB=0;REVB=-0.0488132;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013924;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr12 54891631 . G T 388.09 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0282471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6317;QD=18.7032;RBI=0.0347927;REFB=-0.0183862;REVB=0.0203135;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16755;STB=0.591353;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0219922;OID=.;OPOS=54891631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:43:39:40:0.481928:21:18:27:15:22:18:27:16 chr12 54905815 . C G 791.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047032;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.451;QD=64.6207;RBI=0.0476638;REFB=0;REVB=0.00773459;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159869;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr12 54970454 . T C 1511.66 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283264;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.778;QD=62.986;RBI=0.0425284;REFB=0;REVB=0.0317218;RO=0;SAF=32;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479202;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:62:32:0:0:64:32:0:0 chr12 54972992 . T C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.211;QD=62.0179;RBI=0.0379892;REFB=0;REVB=-0.03735;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265954;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr12 54973623 . T C 999.69 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00579093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.954;QD=56.3205;RBI=0.0306085;REFB=-0.071976;REVB=-0.0300557;RO=2;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255372;STB=0.51351;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000413697;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:36:33:0:2:36:33:0:2 chr12 54974803 . C T 779.09 PASS AF=0.58871;AO=71;DP=122;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.031192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.298;QD=25.1318;RBI=0.0312016;REFB=-0.0129666;REVB=0.000771643;RO=50;SAF=31;SAR=40;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123879;STB=0.569551;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00846128;OID=.;OPOS=54974803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:50:51:71:73:0.58871:40:31:30:20:41:32:31:20 chr12 54975837 . T C 1473.32 PASS AF=0.953704;AO=103;DP=108;FAO=103;FDP=108;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0647263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1796;QD=54.5675;RBI=0.0725427;REFB=-0.142019;REVB=-0.0327558;RO=5;SAF=34;SAR=69;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648236;STB=0.53424;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00679833;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:108:108:5:5:103:103:0.953704:69:34:5:0:69:34:5:0 chr12 55248357 . G T 202.76 PASS AF=0.337662;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.054596;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.468;QD=10.5332;RBI=0.0546993;REFB=-0.0194236;REVB=0.00335926;RO=49;SAF=8;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245414;STB=0.63589;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0279136;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:49:51:25:26:0.337662:17:8:26:23:17:9:28:23 chr12 55250612 . A G 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.784;QD=59.1719;RBI=0.0290304;REFB=-0.0198525;REVB=-0.00359358;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119796;STB=0.506327;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=8.41641e-05;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:37:39:1:0:37:39:1:0 chr12 55344024 . G A 300.98 PASS AF=0.404762;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0152377;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1828;QD=14.3325;RBI=0.0506774;REFB=-0.0121057;REVB=0.0483323;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131467;STB=0.566534;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0235701;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:50:32:34:0.404762:15:17:32:17:16:18:32:18 chr12 55344133 . C G 631.32 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.00678239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.022;QD=17.7836;RBI=0.00764604;REFB=0.0024223;REVB=-0.00353001;RO=77;SAF=31;SAR=34;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919953;STB=0.551097;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00355001;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:34:31:44:33:34:31:44:33 chr12 55355033 . C T 715.44 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0327952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5421;QD=19.3364;RBI=0.034348;REFB=0.0110891;REVB=0.0102107;RO=77;SAF=42;SAR=29;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935335;STB=0.551763;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0143058;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:77:77:71:71:0.47973:29:42:38:39:29:42:38:39 chr12 55356530 . C T 962.9 PASS AF=0.487437;AO=95;DP=197;FAO=97;FDP=199;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=33;FSRR=69;FWDB=0.0175706;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3371;QD=19.3548;RBI=0.0213725;REFB=-0.0151774;REVB=-0.0121678;RO=101;SAF=36;SAR=59;SRF=33;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526655;STB=0.531923;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0238502;OID=.;OPOS=55356530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:101:102:95:97:0.487437:59:36:33:68:60:37:33:69 chr12 55368245 . G A 3029.58 PASS AF=0.984694;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=196;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0261285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.234;QD=61.8282;RBI=0.0287528;REFB=-0.0341391;REVB=0.012001;RO=3;SAF=107;SAR=86;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016319;STB=0.50857;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000254551;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:196:196:3:3:193:193:0.984694:86:107:0:3:86:107:0:3 chr12 55688267 . G A 689.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.949;QD=62.6572;RBI=0.0427162;REFB=0;REVB=0.00691742;RO=0;SAF=9;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022908;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:35:9:0:0:35:9:0:0 chr12 55714772 . G A 446.11 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.774;QD=57.562;RBI=0.0295267;REFB=0;REVB=0.0284699;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134304;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr12 55714876 . C G 755.76 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005242;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0349;QD=57.0384;RBI=0.0144114;REFB=0;REVB=0.0134242;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213579;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr12 55715119 . G A 786.52 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.355;QD=57.2015;RBI=0.0442557;REFB=0;REVB=0.0108737;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282934;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:52:55:1:28:24:0:0:28:27:0:0 chr12 55794976 . A G 830.22 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.152;QD=54.4405;RBI=0.0252313;REFB=-0.0954819;REVB=0.0131033;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.50769;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=6.87489e-05;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:1:59:60:0.983607:28:31:1:0:28:32:1:0 chr12 55805617 . A C 469.78 PASS AF=0.448276;AO=46;DP=110;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.00334331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.98;QD=16.1994;RBI=0.00344462;REFB=-0.0198489;REVB=0.0008293;RO=63;SAF=24;SAR=22;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209139;STB=0.60341;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0394412;OID=.;OPOS=55805617;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:63:64:46:52:0.448276:22:24:20:43:26:26:20:44 chr12 55805787 . C A 432.06 PASS AF=0.505882;AO=44;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0254432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.396;QD=20.3324;RBI=0.0272548;REFB=0.00246533;REVB=-0.00977088;RO=38;SAF=16;SAR=28;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433698;STB=0.520701;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00350024;OID=.;OPOS=55805787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:42:44:43:0.505882:28:16:14:24:27:16:14:28 chr12 55806238 . A G 1200.89 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.079;QD=60.8045;RBI=0.0427904;REFB=0;REVB=0.0358381;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30556e-05;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:38:38:0:0:41:38:0:0 chr12 55807293 . A G 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3323;QD=35.5627;RBI=0.0435888;REFB=0;REVB=0.0435455;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171167;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 55808469 . C G 1445.56 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1573;QD=62.1747;RBI=0.0119974;REFB=0;REVB=-0.00365271;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947316;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:40:52:0:0:41:52:0:0 chr12 55820121 . C T 1168.46 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0354594;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0884;QD=56.9981;RBI=0.0372311;REFB=0.0472169;REVB=0.0113482;RO=2;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208615;STB=0.504961;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0103465;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:2:3:79:79:0.963415:43:36:1:1:42:37:1:2 chr12 55863224 . C G 313.06 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=34;FWDB=-0.051596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8844;QD=16.9221;RBI=0.0608632;REFB=-0.00993371;REVB=-0.0322828;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226052;STB=0.629148;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00591179;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:22:12:6:33:22:12:6:34 chr12 55863381 . A G 256.34 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0747177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5729;QD=44.5803;RBI=0.0977634;REFB=0.0271795;REVB=-0.0630472;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.506323;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00315147;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:12:9:0:1:12:9:1:1 chr12 55886294 . G A 294.74 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8265;QD=51.2591;RBI=0.0905091;REFB=0;REVB=-0.0835178;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00335594;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr12 55886489 . T A 146.2 PASS AF=0.367347;AO=16;DP=47;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0805378;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.1736;QD=11.9347;RBI=0.0815743;REFB=-0.00809767;REVB=0.0129629;RO=31;SAF=14;SAR=2;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60475;STB=0.866557;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0133893;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:31:31:16:18:0.367347:2:14:11:20:2:16:11:20 chr12 55945119 . A G 1016.04 PASS AF=1;AO=55;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482803;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.982;QD=59.7673;RBI=0.0483183;REFB=0;REVB=-0.00191438;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118681;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:55:68:1:29:26:0:0:29:39:0:0 chr12 56031611 . A G 106.11 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519115;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8795;QD=42.4457;RBI=0.0531701;REFB=0;REVB=0.0115003;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00407589;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr12 56089357 . C T 1229.47 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11443;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.425;QD=61.4736;RBI=0.116688;REFB=0;REVB=0.0228479;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188761;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:53:27:0:0:53:27:0:0 chr12 56236531 . A G 1895.13 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2137;QD=60.6441;RBI=0.0957664;REFB=0;REVB=0.0794493;RO=0;SAF=90;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109209;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:120:125:0:0:119:125:1:29:90:0:0:32:93:0:0 chr12 56295734 . A G 116.56 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.616;QD=42.3859;RBI=0.0600511;REFB=0;REVB=0.0506499;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420585;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:7:1:0:0:10:1:0:0 chr12 56296075 . C G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00732642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.182;QD=25.2553;RBI=0.0420027;REFB=-0.0337761;REVB=-0.0413588;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389577;STB=0.521714;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0194401;OID=.;OPOS=56296075;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:3:7:11:6:3:7 chr12 56330572 . G A 1147.24 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00374948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.122;QD=58.0881;RBI=0.065884;REFB=-0.178758;REVB=0.0657773;RO=2;SAF=21;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134733;STB=0.507203;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00201032;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:78:79:2:2:76:77:0.974684:55:21:1:1:56:21:1:1 chr12 56335107 . A G 536.22 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00885804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.121;QD=54.9965;RBI=0.016246;REFB=-0.0298588;REVB=0.0136186;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406473;STB=0.541644;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00153058;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:1:2:36:37:0.948718:25:11:1:0:26:11:2:0 chr12 56348028 . G A 619.28 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0736387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1983;QD=57.6075;RBI=0.0739329;REFB=-0.065076;REVB=-0.00658955;RO=2;SAF=15;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118552;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000583569;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:2:1:40:42:0.976744:25:15:1:1:25:17:0:1 chr12 56374695 . G A 769.26 PASS AF=0.493827;AO=78;DP=160;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0243071;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7019;QD=18.9941;RBI=0.038058;REFB=-0.00904838;REVB=0.0292845;RO=81;SAF=41;SAR=37;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659313;STB=0.506023;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0102558;OID=.;OPOS=56374695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:81:82:78:80:0.493827:37:41:42:39:39:41:43:39 chr12 56398454 . G C,T 671.7 PASS AF=0.471698,0.490566;AO=25,27;DP=53;FAO=25,26;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=11,12;FSAR=14,14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0206603,-0.0154942;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.2827,157.631;QD=50.6942;RBI=0.035845,0.0188404;REFB=-0.111008,-0.0873378;REVB=-0.0292919,-0.0107188;RO=1;SAF=11,12;SAR=14,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0403161,-0.0371713;STB=0.504501,0.50276;STBP=0.876,0.879;TYPE=snp,snp;VARB=0.0209658,0.0356599;OID=.,.;OPOS=56398454,56398454;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:53:1:2:25,27:25,26:0.471698,0.490566:14,15:11,12:1:0:14,14:11,12:1:1 chr12 56494991 . G A 269.21 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0315346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.218;QD=18.8918;RBI=0.0890889;REFB=0.00593265;REVB=0.0833211;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769295;STB=0.542968;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00288387;OID=.;OPOS=56494991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:14:14:17:12:14:14 chr12 56496751 . GGAA GA,GGA,GG 120.03 PASS AF=1,0,0;AO=6,3,3;DP=15;FAO=15,0,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.251537,-0.16169,-0.105148;FXX=0;HRUN=4,12,12;LEN=2,1,2;MLLD=18.6744,5.12826,5.26345;QD=32.0082;RBI=0.252479,0.16441,0.107359;REFB=0,0,0;REVB=0.0217901,-0.0297807,-0.0216762;RO=1;SAF=0,3,3;SAR=6,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.782178,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0187347,0,0;OID=.,.,.;OPOS=56496752,56496753,56496753;OREF=GA,A,AA;OALT=-,-,-;OMAPALT=GA,GGA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:6,3,3:15:15,0,0:15:0:9,0,0:6,0,0:0:0:3:1:0,3,3:6,0,0:1:0 chr12 56634827 . A C 167.65 PASS AF=0.9375;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.135;QD=41.9135;RBI=0.049043;REFB=-0.114699;REVB=0.0260764;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00117049;OID=.;OPOS=56634827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:13:15:0.9375:5:8:0:0:7:8:1:0 chr12 56647911 . G C 375.48 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.735;QD=55.6267;RBI=0.0596434;REFB=0;REVB=0.0454556;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164004;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr12 56649601 . A G 1951.4 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.765;QD=61.9491;RBI=0.067518;REFB=0;REVB=0.0500686;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77399e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:62:62:0:0:63:63:0:0 chr12 56663344 . C T 293.56 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=64;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0208108;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8393;QD=17.7914;RBI=0.0234861;REFB=-0.00363873;REVB=-0.0108862;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137981;STB=0.572869;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0110538;OID=.;OPOS=56663344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:34:34:30:32:0.484848:20:10:16:18:22:10:15:19 chr12 56722060 . T G 1000.92 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0613587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0973;QD=57.1954;RBI=0.0676037;REFB=0.0169615;REVB=0.028379;RO=1;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111201;STB=0.505745;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000962223;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:1:1:67:69:0.985714:42:25:0:1:43:26:0:1 chr12 56815922 . C T 623.2 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.668;QD=60.8001;RBI=0.00361055;REFB=0;REVB=-0.000960817;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225617;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr12 56822378 . T A 213.68 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0458312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8161;QD=44.986;RBI=0.0458572;REFB=-0.170268;REVB=0.00154133;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00659912;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:19:1:1:17:18:0.947368:8:9:0:1:8:10:0:1 chr12 56825311 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.688;QD=49.5984;RBI=0.0511594;REFB=0;REVB=0.0373175;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613176;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr12 56862886 . T C,G 419.9 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203474,-0.0295829;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.218,60.1223;QD=55.9865;RBI=0.0299972,0.0369559;REFB=0,0;REVB=0.0220412,-0.0221492;RO=0;SAF=11,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.31638e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00303573,0.0826861;OID=.,.;OPOS=56862886,56862886;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:28,2:28,2:0.933333,0.0666667:17,2:11,0:0:0:17,2:11,0:0:0 chr12 56956213 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9623;QD=53.9111;RBI=0.00785504;REFB=0;REVB=-0.00586472;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12925e-05;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr12 57106660 . A T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0142204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.78;QD=15.5713;RBI=0.0192043;REFB=-0.0115464;REVB=-0.0129068;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115026;STB=0.566808;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00821341;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:7:5:6:5:7:5 chr12 57108203 . A G 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00274087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4257;QD=10.8325;RBI=0.0190344;REFB=-0.00760418;REVB=-0.0188361;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643979;STB=0.537538;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0183194;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:12:10:21:20:12:10:21:20 chr12 57109792 . A G 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00495042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.618;QD=19.34;RBI=0.0228649;REFB=-0.0189848;REVB=0.0223226;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2246;STB=0.64135;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0106036;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:12:6:10:7:12:6:11:7 chr12 57114100 . A G 262.75 PASS AF=0.846154;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0195511;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.938;QD=40.4236;RBI=0.0240481;REFB=-0.0293625;REVB=-0.0140023;RO=3;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119932;STB=0.576855;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00354052;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:3:4:21:22:0.846154:11:10:3:0:11:11:4:0 chr12 57114307 . A T 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.000125094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.226;QD=22.1878;RBI=0.0260318;REFB=-0.0158106;REVB=0.0260315;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100864;STB=0.55662;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00760918;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:9:9:13:8:9:9 chr12 57133140 . T G 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00839877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7087;QD=18.6428;RBI=0.0392858;REFB=0.00326784;REVB=-0.0383775;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176453;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00535233;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:3:10:8:6:3:10 chr12 57137828 . T A 237.59 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0072959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.178;QD=18.6342;RBI=0.0103071;REFB=0.0058722;REVB=0.00728051;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145822;STB=0.50819;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00672804;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:10:16:15:10:10:16 chr12 57255195 . T C 417.79 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00411745;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3718;QD=25.3207;RBI=0.0172339;REFB=-0.0089069;REVB=0.0167349;RO=25;SAF=19;SAR=21;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138863;STB=0.566481;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00510359;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:25:26:40:40:0.606061:21:19:7:18:21:19:8:18 chr12 57464552 . T C 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00968685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6323;QD=2.13781;RBI=0.0444744;REFB=-0.00199608;REVB=0.0434066;RO=62;SAF=1;SAR=7;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524238;STB=0.886063;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0162573;OID=.;OPOS=57464552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:7:1:36:26:7:1:36:26 chr12 57485460 . AG A 67.73 PASS AF=0.722222;AO=8;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0766614;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.63617;QD=15.0508;RBI=0.187578;REFB=-0.0961464;REVB=0.171198;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354424;STB=0.599866;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=0.10706;OID=.;OPOS=57485461;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:8:18:13:18:5:3:10:0:5:16:8:2:6:0:8 chr12 57489648 . C T 358.99 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0261588;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6675;QD=19.6706;RBI=0.0664009;REFB=-0.0576493;REVB=-0.0610311;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085047;STB=0.547257;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0393476;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:21:16:19:17:21:16:19:17 chr12 57585144 . C T 267.08 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130539;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.451;QD=48.5607;RBI=0.0158231;REFB=0.0444577;REVB=0.00894243;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516114;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000485884;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:0:1:21:21:0.954545:15:6:0:0:15:6:0:1 chr12 57589784 . A C 290.23 PASS AF=1;AO=17;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13376;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3665;QD=52.7693;RBI=0.135817;REFB=0;REVB=0.0235477;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00553896;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:17:22:1:10:7:0:0:11:11:0:0 chr12 57590869 . T C 2649.37 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.279;QD=61.9736;RBI=0.0135864;REFB=0;REVB=-0.00345543;RO=0;SAF=85;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37597e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:0:0:169:171:1:84:85:0:0:86:85:0:0 chr12 57593101 . G A 679.13 PASS AF=0.820896;AO=54;DP=68;FAO=55;FDP=67;FR=.;FRO=12;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0421803;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8645;QD=40.5452;RBI=0.0450434;REFB=-0.0262518;REVB=0.015803;RO=11;SAF=42;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169529;STB=0.595909;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0057365;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:68:67:11:12:54:55:0.820896:12:42:4:7:13:42:4:8 chr12 57637593 . G A 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0139405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.448;QD=22.3818;RBI=0.0152506;REFB=-0.0268448;REVB=0.00618418;RO=27;SAF=14;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773859;STB=0.548481;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0159434;OID=.;OPOS=57637593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:22:14:8:19:22:14:8:20 chr12 57649840 . C T 834.84 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.28;QD=57.5753;RBI=0.0265705;REFB=0;REVB=0.0119949;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46554e-05;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:26:32:0:0 chr12 57870155 . A C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00256282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.827;QD=17.8516;RBI=0.0121267;REFB=-0.0491636;REVB=0.0118528;RO=38;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112791;STB=0.552351;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.04142;OID=.;OPOS=57870155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:40:36:36:0.473684:12:24:21:17:12:24:23:17 chr12 57873042 . T C 455.14 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00664442;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219;QD=25.2854;RBI=0.00699827;REFB=0.00205474;REVB=-0.00219715;RO=29;SAF=18;SAR=25;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110319;STB=0.560189;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00153473;OID=.;OPOS=57873042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:29:29:43:43:0.597222:25:18:8:21:25:18:8:21 chr12 57873498 . T G 360.5 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0687978;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5436;QD=13.352;RBI=0.0898607;REFB=0.00234889;REVB=-0.0578084;RO=63;SAF=17;SAR=26;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264145;STB=0.639461;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000965904;OID=.;OPOS=57873498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:63:65:43:43:0.398148:26:17:41:22:26:17:41:24 chr12 57911160 . G A 963.03 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.531;QD=57.4942;RBI=0.0495715;REFB=0;REVB=0.00709767;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971923;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:32:32:0:0:34:33:0:0 chr12 57920155 . C T 110.27 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.312;QD=36.7571;RBI=0.131975;REFB=-0.206629;REVB=0.131975;RO=1;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00610325;OID=.;OPOS=57920155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:12:12:1:1:11:11:0.916667:11:0:0:1:11:0:0:1 chr12 57958313 . A G 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.725;QD=58.237;RBI=0.052725;REFB=0;REVB=0.0187096;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78813e-05;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:45:17:0:0:45:17:0:0 chr12 57985204 . C T 307.62 PASS AF=0.425;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00749614;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.383;QD=15.381;RBI=0.00810022;REFB=-0.028494;REVB=0.00306942;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101024;STB=0.549971;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0276531;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:46:34:34:0.425:17:17:27:18:17:17:27:19 chr12 57994679 . C G 416.88 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.000218181;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.48;QD=18.1251;RBI=0.012413;REFB=-0.0150512;REVB=0.0124111;RO=48;SAF=13;SAR=30;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120896;STB=0.548364;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0170914;OID=.;OPOS=57994679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:30:13:20:28:29:14:20:29 chr12 57994743 . T G 1538.58 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1714;QD=63.4465;RBI=0.0578629;REFB=0;REVB=-0.0506077;RO=0;SAF=33;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480213;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:63:33:0:0:63:34:0:0 chr12 57995089 . T C 489.24 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123705;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.416;QD=59.3023;RBI=0.0233861;REFB=0;REVB=0.0233534;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158838;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr12 58009372 . G A 567.03 PASS AF=0.429577;AO=60;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0130627;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.719;QD=15.9727;RBI=0.0281281;REFB=-0.00804241;REVB=0.0249109;RO=81;SAF=25;SAR=35;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142575;STB=0.573746;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0123641;OID=.;OPOS=58009372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:60:61:0.429577:35:25:45:36:35:26:45:36 chr12 58010163 . A G 565.77 PASS AF=0.54902;AO=55;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0227546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.826;QD=22.1868;RBI=0.0302378;REFB=-0.0194492;REVB=-0.0199136;RO=44;SAF=25;SAR=30;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128451;STB=0.572847;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0159647;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:46:55:56:0.54902:30:25:27:17:31:25:28:18 chr12 58015494 . G A 257.74 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0305994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7724;QD=18.4097;RBI=0.0681361;REFB=0.00586129;REVB=0.0608786;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323845;STB=0.518122;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00299199;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:12:16:15:13:12:16:15:13 chr12 58017701 . T G 449.51 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00610639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.487;QD=24.2977;RBI=0.012878;REFB=-0.0283337;REVB=0.0113382;RO=30;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188107;STB=0.504136;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0160731;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:24:19:14:16:24:19:14:17 chr12 58019472 . T G 453.67 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0914053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2962;QD=54.99;RBI=0.120141;REFB=0.120652;REVB=-0.0779668;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511104;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00882246;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:22:10:0:0:22:10:0:1 chr12 58026001 . G A 119.74 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0485135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0309;QD=14.0871;RBI=0.0498387;REFB=-0.0163574;REVB=0.0114163;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244948;STB=0.642653;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0387484;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:8:12:5:9:8:12 chr12 58112189 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00456484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.725;QD=21.2676;RBI=0.0177659;REFB=-0.00497861;REVB=-0.0171694;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036754;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378216;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:5:9:11:6:5:9 chr12 58119043 . ATGGGGGGG AGTGGGGGG,ATGGGGGG,ATGGGGGGC,GATGGGGGG 204.02 PASS AF=0,0.854167,0,0;AO=2,22,2,3;DP=49;FAO=0,41,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=0,4,0,0;FSAR=0,37,0,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00488985,0.127025,0.0488153,0.144863;FXX=0.020404;HRUN=1,7,7,1;LEN=2,1,1,3;MLLD=98.9312,7.99185,16.0847,15.8083;QD=17.0013;RBI=0.0459653,0.241481,0.0592006,0.189103;REFB=-0.0218134,-0.0726776,-0.0184832,-0.0709003;REVB=-0.0457045,0.205373,0.033493,0.121551;RO=15;SAF=0,3,0,0;SAR=2,19,2,3;SRF=1;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.411459,0.119405,-0.411459,-0.503005;STB=0.5,0.518198,0.5,0.5;STBP=1,0.775,1,1;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0,0.130628,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=58119044,58119045,58119051,58119043;OREF=TG,G,G,ATG;OALT=GT,-,C,GAT;OMAPALT=AGTGGGGGG,ATGGGGGG,ATGGGGGGC,GATGGGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:49:48:15:7:2,22,2,3:0,41,0,0:0,0.854167,0,0:2,19,2,3:0,3,0,0:1:14:0,37,0,0:0,4,0,0:1:6 chr12 58153059 . A G 341.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0271092;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.318;QD=15.7143;RBI=0.029987;REFB=-0.0111653;REVB=-0.0128184;RO=48;SAF=17;SAR=20;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18551;STB=0.602652;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0122036;OID=.;OPOS=58153059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:50:37:37:0.425287:20:17:31:17:20:17:32:18 chr12 58163704 . G A 295.47 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00567978;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.653;QD=17.6398;RBI=0.0241521;REFB=-0.0179224;REVB=0.0234747;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146973;STB=0.58204;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0196489;OID=.;OPOS=58163704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:32:32:0.477612:16:16:23:12:16:16:23:12 chr12 58174306 . T C,G 652.17 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=40,3;DP=43;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158712,-0.0235764;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.18,115.732;QD=60.6672;RBI=0.0174399,0.042552;REFB=0,0;REVB=0.00722858,-0.0354236;RO=0;SAF=17,2;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.4817e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00653045,0.0597636;OID=.,.;OPOS=58174306,58174306;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:43:43:0:0:40,3:40,3:0.930233,0.0697674:23,1:17,2:0:0:23,1:17,2:0:0 chr12 58176614 . T C 381.93 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0528001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.039;QD=52.6798;RBI=0.06439;REFB=-0.00182406;REVB=-0.0368541;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00202497;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:1:0:18:10:1:0 chr12 58203377 . T A 273.31 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0138206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2865;QD=14.7735;RBI=0.0259722;REFB=-0.00218471;REVB=-0.0219897;RO=43;SAF=23;SAR=8;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190618;STB=0.608886;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0040441;OID=.;OPOS=58203377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:8:23:25:18:8:23:25:18 chr12 58204283 . T C 839.79 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0976768;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.4282;QD=55.9861;RBI=0.0982513;REFB=0.0197496;REVB=0.0106094;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000943427;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:28:31:0:0:28:31:0:1 chr12 58335626 . A T 1406.54 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.193;QD=62.5129;RBI=0.0536978;REFB=0;REVB=0.0484825;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101879;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:46:42:0:0:47:43:0:0 chr12 58350631 . C T 1471.29 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4223;QD=63.2813;RBI=0.0175111;REFB=0;REVB=0.0154465;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12489e-05;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr12 59266456 . T C 219.91 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0038537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8015;QD=12.0497;RBI=0.014877;REFB=-0.00896712;REVB=0.0143692;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270841;STB=0.50367;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0155199;OID=.;OPOS=59266456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:44:46:27:27:0.369863:16:11:19:25:16:11:19:27 chr12 59307848 . CAAAAAAAAAAAG CAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAG 50.7 PASS AF=0.230769,0.538462;AO=3,3;DP=12;FAO=3,7;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=1,3;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.062138,-0.116645;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=2,2;MLLD=11.9578,8.60377;QD=15.5991;RBI=0.240775,0.263521;REFB=0.127458,0.0141801;REVB=0.232618,0.236299;RO=2;SAF=1,3;SAR=2,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272699,0.74993;STB=0.713247,0.636015;STBP=0.737,0.305;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0874097,0.097337;OID=.,.;OPOS=59307859,59307849;OREF=AG,AA;OALT=GA,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.230769,0.538462:3,3:12:3,7:13:3:1,3:2,4:0:3:15:2:1,3:2,0:0:2 chr12 60127590 . A T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00978833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.477;QD=14.0975;RBI=0.0122131;REFB=-0.00498425;REVB=0.00730396;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904412;STB=0.552988;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00672485;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:7:11:9:4:7:11 chr12 60161941 . G GA 89.43 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.11162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.5949;QD=9.41328;RBI=0.122123;REFB=-0.0635809;REVB=0.0495488;RO=23;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32709;STB=0.72194;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.081723;OID=.;OPOS=60161942;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:17:40:18:38:20:3:15:10:10:89:23:3:14:10:13 chr12 60169118 . G T 92.45 PASS AF=0.102804;AO=9;DP=109;FAO=11;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0393643;FXX=0.0446389;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3337;QD=3.45605;RBI=0.0403958;REFB=-0.00185956;REVB=0.0090703;RO=75;SAF=8;SAR=1;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551307;STB=0.897679;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0534524;OID=.;OPOS=60169118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:109:107:75:87:9:11:0.102804:1:8:30:45:1:10:42:45 chr12 60173356 . A T 78.84 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.0755825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.19;QD=6.57007;RBI=0.0765614;REFB=-0.00400929;REVB=0.0122036;RO=33;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562848;STB=0.841625;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0199612;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:33:37:11:11:0.229167:3:8:7:26:3:8:8:29 chr12 60735645 . A G 1268.96 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.166;QD=61.1548;RBI=0.0504384;REFB=0;REVB=0.0286984;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147729;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:79:83:1:44:35:0:0:46:37:0:0 chr12 62778065 . A G 178.9 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0514023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2115;QD=15.2257;RBI=0.0614938;REFB=0.00460427;REVB=0.0337535;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139408;STB=0.580559;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00427113;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:14:14:7:12:14:14 chr12 62810962 . G A 548.95 PASS AF=0.413223;AO=41;DP=120;FAO=50;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00188293;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.63;QD=18.1469;RBI=0.0162095;REFB=-0.00175811;REVB=0.0160997;RO=59;SAF=11;SAR=30;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238085;STB=0.606697;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00669227;OID=.;OPOS=62810962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:59:62:41:50:0.413223:30:11:28:31:36:14:28:34 chr12 62926398 . G A 196.39 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0101679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.66;QD=25.3409;RBI=0.016413;REFB=-0.0339244;REVB=-0.0128841;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731151;STB=0.554738;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0138167;OID=.;OPOS=62926398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:30:31:11:12:19:19:0.612903:10:9:4:7:10:9:4:8 chr12 62928633 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0134266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.265;QD=18.4984;RBI=0.0140926;REFB=-0.0147826;REVB=-0.00428103;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225014;STB=0.626859;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0138117;OID=.;OPOS=62928633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:20:7:13:14:20:7:13:14 chr12 62986620 . G A 396.51 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0550198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.693;QD=15.1052;RBI=0.0550653;REFB=-0.0120598;REVB=0.00223938;RO=58;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698369;STB=0.544359;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0170803;OID=.;OPOS=62986620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:60:44:45:0.428571:22:22:25:33:22:23:26:34 chr12 62990871 . C A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0209369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.2;QD=9.53614;RBI=0.0211253;REFB=-0.00701111;REVB=0.00281493;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139846;STB=0.606959;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0146309;OID=.;OPOS=62990871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:27:27:11:12:0.307692:7:4:13:14:8:4:13:14 chr12 63083521 . G A 426.89 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00687652;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.149;QD=18.973;RBI=0.0170146;REFB=-0.00996252;REVB=-0.0155631;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576484;STB=0.532067;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0116522;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:47:43:43:0.477778:23:20:19:28:23:20:19:28 chr12 63359168 . G A 393.58 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00257493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.304;QD=16.748;RBI=0.00331578;REFB=-0.0013978;REVB=-0.00208905;RO=51;SAF=15;SAR=26;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127094;STB=0.562131;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00185038;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:53:41:41:0.43617:26:15:25:26:26:15:25:28 chr12 63359409 . C A 199.55 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00314889;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8147;QD=19.468;RBI=0.168985;REFB=-0.0565393;REVB=-0.168956;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244757;STB=0.6824;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0338862;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:17:21:20:20:0.487805:7:13:6:11:7:13:6:15 chr12 63544430 . C T 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.096192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4886;QD=18.6413;RBI=0.108197;REFB=0.0230587;REVB=0.0495344;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370519;STB=0.716054;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0154772;OID=.;OPOS=63544430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:12:2:6:7:12:2:6:7 chr12 63954304 . T C 547.83 PASS AF=0.528302;AO=35;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0110201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.731;QD=20.6728;RBI=0.0366716;REFB=-0.0141676;REVB=-0.0349766;RO=44;SAF=8;SAR=27;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403814;STB=0.564786;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.015857;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:44:50:35:56:0.528302:27:8:27:17:29:27:31:19 chr12 64020321 . C A 62.21 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.489;QD=35.5511;RBI=0.0434712;REFB=0;REVB=0.00921696;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00783628;OID=.;OPOS=64020321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:0:0:5:7:1:3:2:0:0:5:2:0:0 chr12 64062023 . A C 223.79 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0328963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.325;QD=19.4597;RBI=0.0341751;REFB=-0.0102411;REVB=-0.00926105;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750266;STB=0.542216;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0107435;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:15:7:6:18:15:7:6:18 chr12 64062052 . G A 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00232326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.299;QD=20.3968;RBI=0.0138827;REFB=0.001178;REVB=0.0136869;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09098;STB=0.550467;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00105814;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:11:16:15:16:11:16 chr12 64062065 . T C 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0229883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.168;QD=19.5181;RBI=0.0292406;REFB=-0.00775004;REVB=-0.0180707;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159954;STB=0.589269;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00972133;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:11:17:11:15:11:17:11:15 chr12 64472803 . A T 1380.2 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460988;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7787;QD=62.7364;RBI=0.0461699;REFB=0;REVB=-0.00256172;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326693;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr12 64519806 . T C 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.289;QD=59.8324;RBI=0.0319994;REFB=0;REVB=0.0215411;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05932e-05;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr12 64587633 . C A 594.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.113;QD=60.9555;RBI=0.0147554;REFB=0;REVB=0.0130354;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94851e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr12 64609562 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.982;QD=61.3361;RBI=0.040811;REFB=0;REVB=0.0160832;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162866;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr12 64669090 . C A 1876.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2756;QD=61.5366;RBI=0.0742974;REFB=0;REVB=-0.0437683;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465069;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:56:66:0:0:56:66:0:0 chr12 64712511 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.383;QD=61.3342;RBI=0.0318542;REFB=0;REVB=-0.022197;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44805e-06;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr12 64749600 . A G 101.15 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0281222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.787;QD=8.42894;RBI=0.0284462;REFB=-0.00568429;REVB=-0.00428154;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395404;STB=0.524235;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0162925;OID=.;OPOS=64749600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:6:7:20:15:6:7:20:15 chr12 64803798 . A C 267.9 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0329133;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.452;QD=21.8691;RBI=0.033194;REFB=0.0013061;REVB=-0.00430818;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174911;STB=0.509796;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.000918021;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:12:12:13:12:12:12 chr12 64838922 . G T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0102212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.675;QD=21.0138;RBI=0.0132922;REFB=-0.0120248;REVB=-0.00849764;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251894;STB=0.639799;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00861992;OID=.;OPOS=64838922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:0:7:9:2:0:7 chr12 64875787 . T A 156.23 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0573141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.832;QD=15.6231;RBI=0.0582158;REFB=-0.00476315;REVB=-0.0102065;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130319;STB=0.575294;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0129468;OID=.;OPOS=64875787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:12:11:6:11:12:11 chr12 65108160 . G C 251.04 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0103441;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.52;QD=14.1433;RBI=0.0104319;REFB=-0.0101368;REVB=-0.00135004;RO=42;SAF=19;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140759;STB=0.508016;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0139155;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:10:19:27:15:10:19:27:15 chr12 65146532 . C T 419.23 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0407747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.925;QD=16.4403;RBI=0.0477475;REFB=-0.00586062;REVB=-0.0248446;RO=56;SAF=16;SAR=30;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189715;STB=0.60628;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00939399;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:30:16:30:26:30:16:30:26 chr12 65150485 . C T 165.28 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000875474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9972;QD=14.3717;RBI=0.0723902;REFB=-0.00175115;REVB=0.0723849;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169694;STB=0.576838;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00674428;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:10:7:16:12:10:8:16:12 chr12 65179776 . G A 94.26 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00298779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8118;QD=10.4737;RBI=0.01067;REFB=-0.00498544;REVB=-0.0102431;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481035;STB=0.528799;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00900472;OID=.;OPOS=65179776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:15:9:5:7:15:9 chr12 65332874 . G A 82.86 PASS AF=0.45;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0264575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.514;QD=16.5724;RBI=0.031409;REFB=-0.00401973;REVB=0.016927;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.551599;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0079379;OID=.;OPOS=65332874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:18:20:4:6:7:9:0.45:6:1:1:3:8:1:1:5 chr12 65448986 . G A 127.11 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0230454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6931;QD=12.4013;RBI=0.0230458;REFB=-0.0323095;REVB=-0.000142933;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231845;STB=0.637486;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0413654;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:14:12:4:11:14:12 chr12 65514241 . C G 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0216613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.049;QD=10.0236;RBI=0.0285101;REFB=-0.00223473;REVB=-0.0185369;RO=37;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120192;STB=0.571347;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0062704;OID=.;OPOS=65514241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:12:6:16:21:12:6:16:21 chr12 65514266 . T C 800.29 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.592;QD=53.3525;RBI=0.126977;REFB=-0.0860308;REVB=0.0492781;RO=3;SAF=26;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00995349;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:3:0:57:60:1:31:26:3:0:31:29:0:0 chr12 65563712 . C T 45.56 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0944006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1806;QD=26.0362;RBI=0.168611;REFB=-0.112677;REVB=0.139707;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0481376;OID=.;OPOS=65563712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr12 65564262 . C A 660.8 PASS AF=0.47482;AO=58;DP=144;FAO=66;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0669143;FXX=0.0347198;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.821;QD=19.016;RBI=0.0674413;REFB=-0.00233241;REVB=0.00841453;RO=53;SAF=20;SAR=38;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500497;STB=0.57063;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00345552;OID=.;OPOS=65564262;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:139:53:73:58:66:0.47482:38:20:18:35:42:24:36:37 chr12 65857555 . T A 639.55 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0429554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.619;QD=59.4925;RBI=0.0435331;REFB=-0.14731;REVB=0.00706865;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00118481;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:21:20:1:0:21:21:1:0 chr12 66358347 . C T 1233.77 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1055;QD=60.9267;RBI=0.0271541;REFB=0;REVB=-0.00150541;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144951;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:48:30:0:0:50:31:0:0 chr12 66359752 . C A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.744;QD=57.7124;RBI=0.0246576;REFB=0;REVB=0.0136808;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33517e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr12 66546100 . A G 700.27 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00820771;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.139;QD=60.8931;RBI=0.05891;REFB=-0.00581784;REVB=-0.0583354;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-8.18155e-06;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:46:0:1:45:45:0.978261:28:17:0:0:28:17:1:0 chr12 66605228 . A G 364.98 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0668278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.132;QD=52.1398;RBI=0.0669645;REFB=-0.0768424;REVB=0.00427529;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00938024;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:0:1:16:11:0:1 chr12 66786091 . G C 303.57 PASS AF=1;AO=15;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.59;QD=52.7947;RBI=0.0259067;REFB=0;REVB=0.0257985;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002332;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:15:23:1:12:3:0:0:12:11:0:0 chr12 68595787 . A G 462.66 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.624;QD=54.4303;RBI=0.0411815;REFB=-0.0847615;REVB=0.0373541;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000735797;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:11:21:1:0:12:21:1:0 chr12 69186904 . G A 158.03 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00270178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.194;QD=25.285;RBI=0.0247561;REFB=-0.00558351;REVB=-0.0246082;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216343;STB=0.620543;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00465977;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:7:2:9:7:7:2 chr12 69187427 . T A,G 560.81 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=35,3;DP=38;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351763,0.0352703;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.9443,153.964;QD=59.0324;RBI=0.0371105,0.0428832;REFB=0,0;REVB=0.0118245,-0.0243922;RO=0;SAF=11,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00718734,0.0596655;OID=.,.;OPOS=69187427,69187427;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:38:38:0:0:35,3:35,3:0.921053,0.0789474:24,2:11,1:0:0:24,2:11,1:0:0 chr12 69187584 . AG AGA,GA 744.84 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=49,3;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567659,0.00327962;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=61.138,42.5933;QD=53.2027;RBI=0.0157813,0.00572052;REFB=0,0;REVB=0.014725,0.00468705;RO=1;SAF=15,3;SAR=34,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0136428,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=9.70325e-05,-0.0778856;OID=.,.;OPOS=69187586,69187584;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:1:0:49,3:54,2:0.964286,0.0357143:34,0:15,3:0:1:36,0:18,2:0:0 chr12 69645863 . CA C,CG 142.49 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=4,5;DP=12;FAO=7,6;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5,4;FSAR=2,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966064,-0.00795251;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.479,197.225;QD=43.8418;RBI=0.0252837,0.0272388;REFB=0,0;REVB=-0.0233654,-0.0260521;RO=0;SAF=4,4;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00715093,0.00477296;OID=.,.;OPOS=69645864,69645864;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.538462,0.461538:4,5:12:7,6:13:0:5,4:2,2:0:0:19:0:4,4:0,1:0:0 chr12 69794856 . G A 693.83 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0229125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1708;QD=52.3641;RBI=0.0588213;REFB=-0.0537521;REVB=0.0541752;RO=2;SAF=18;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494789;STB=0.526305;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0237846;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:33:18:2:0:33:18:2:0 chr12 69972381 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.07;QD=42.1801;RBI=0.0941553;REFB=0;REVB=0.0930621;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356634;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr12 69986788 . A G 685.89 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00152555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.996;QD=58.3738;RBI=0.00830464;REFB=0.129529;REVB=0.00816331;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028453;STB=0.529399;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0019708;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:44:45:0.957447:28:16:1:0:29:16:2:0 chr12 70064295 . C T 435.94 PASS AF=0.5;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00690269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.669;QD=19.8153;RBI=0.0200785;REFB=-0.0229009;REVB=0.0188547;RO=42;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315805;STB=0.511358;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0166729;OID=.;OPOS=70064295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:44:43:44:0.5:21:22:20:22:22:22:21:23 chr12 70091432 . T C 685.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326198;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.319;QD=54.8527;RBI=0.0529733;REFB=-0.0819561;REVB=0.0417387;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.507933;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000841071;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:0:1:49:49:0.98:31:18:0:0:31:18:0:1 chr12 70210263 . T C 118.1 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0106685;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.156;QD=12.1124;RBI=0.0116192;REFB=-0.0116587;REVB=0.00460318;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178135;STB=0.51877;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0131231;OID=.;OPOS=70210263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:13:14:0.358974:8:5:10:15:8:6:10:15 chr12 70273985 . T G 1053.32 PASS AF=0.482143;AO=106;DP=224;FAO=108;FDP=224;FR=.;FRO=116;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=0.030986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9985;QD=18.8092;RBI=0.0310702;REFB=-0.0183258;REVB=0.00228619;RO=117;SAF=53;SAR=53;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772728;STB=0.535436;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0239081;OID=.;OPOS=70273985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:117:116:106:108:0.482143:53:53:49:68:55:53:49:67 chr12 70321449 . TC T,TT 289.45 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,19;DP=23;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549813,0.00285103;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=277.247,288.296;QD=52.6266;RBI=0.0113053,0.00965311;REFB=0,0;REVB=0.00987826,0.00922249;RO=1;SAF=1,9;SAR=2,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0437955;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00211212,0.000982892;OID=.,.;OPOS=70321450,70321450;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:3,19:23:1,21:22:0:1,9:0,12:0:0:6:1:1,9:2,10:0:1 chr12 70330087 . A G 243.92 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00538793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.052;QD=18.763;RBI=0.00551473;REFB=-0.00409246;REVB=0.00117579;RO=26;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380993;STB=0.723948;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00256889;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:24:26:0.5:19:5:15:11:21:5:15:11 chr12 70351684 . C A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00410183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.921;QD=24.1899;RBI=0.0046015;REFB=-0.000192387;REVB=0.00208538;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381116;STB=0.713945;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=4.30774e-05;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:8:4:6:0:8:4:6:0 chr12 70352021 . C T 269.64 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0197851;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.463;QD=14.0072;RBI=0.0244974;REFB=-0.0191023;REVB=-0.0144455;RO=46;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195299;STB=0.624043;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.023592;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:46:46:31:31:0.402597:21:10:23:23:21:10:24:22 chr12 70715490 . C A 214.7 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0417063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2461;QD=21.4699;RBI=0.0451192;REFB=-0.0455835;REVB=-0.0172141;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723453;STB=0.55151;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0431679;OID=.;OPOS=70715490;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:10:11:11:7:10:11:12:7 chr12 70912510 . C T 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.992;QD=58.9596;RBI=0.0240266;REFB=0;REVB=0.0212388;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111513;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr12 70928616 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.745;QD=57.1774;RBI=0.020355;REFB=0;REVB=0.00257936;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57251e-05;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr12 70928724 . A G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.117;QD=59.8308;RBI=0.0242059;REFB=0;REVB=0.0170354;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115302;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr12 70990054 . T C 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00508173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.538;QD=19.3846;RBI=0.0246826;REFB=-0.00812698;REVB=-0.0241538;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113503;STB=0.564291;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0088337;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:11:10:12:8:11:10 chr12 71002865 . T A 229.28 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0026801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.921;QD=9.75646;RBI=0.00367841;REFB=-0.0082394;REVB=-0.00251948;RO=65;SAF=20;SAR=9;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778005;STB=0.545873;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.023152;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:9:20:41:24:9:20:41:24 chr12 71002893 . C T 296.77 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0373744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7817;QD=10.7915;RBI=0.0451945;REFB=0.00139919;REVB=0.0254106;RO=72;SAF=25;SAR=13;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576317;STB=0.533281;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00295278;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:72:38:38:0.345455:13:25:44:28:13:25:44:28 chr12 71003524 . CTT C 145.37 PASS AF=0.403226;AO=21;DP=65;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0112436;FXX=0.0461467;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.042;QD=9.37886;RBI=0.0123314;REFB=-0.00956569;REVB=-0.0050641;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113062;STB=0.536054;STBP=0.641;TYPE=del;VARB=0.0140413;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226:21:65:25:62:37:12:13:20:17:99:37:11:10:19:18 chr12 71139664 . T C 985.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.614;QD=57.1505;RBI=0.0403258;REFB=0;REVB=0.039523;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227287;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:69:0:0:66:69:1:37:29:0:0:40:29:0:0 chr12 71509652 . T A 619.94 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0150855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3153;QD=15.4986;RBI=0.0360397;REFB=-0.00459964;REVB=-0.0327306;RO=89;SAF=29;SAR=40;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10944;STB=0.555134;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00405281;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:89:91:69:69:0.43125:40:29:47:42:40:29:47:44 chr12 71519096 . G C 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00724761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.915;QD=19.7619;RBI=0.0397098;REFB=-0.0282856;REVB=-0.0390428;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258883;STB=0.64527;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0347401;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:7:18:10:13:7:18 chr12 71523134 . A C 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0305043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.824;QD=9.25703;RBI=0.0313351;REFB=-0.00443331;REVB=0.00716795;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147672;STB=0.590748;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0108004;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:9:3:10:18:9:3:10:18 chr12 71526593 . G A 82.31 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0473217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3822;QD=8.89812;RBI=0.0485212;REFB=-0.00447038;REVB=-0.0107219;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291083;STB=0.504942;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00850576;OID=.;OPOS=71526593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:6:5:12:13:6:5:12:14 chr12 71533534 . C G 482.96 PASS AF=0.489796;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.014546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.94;QD=19.7127;RBI=0.0258286;REFB=-0.0185192;REVB=-0.0213431;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150595;STB=0.581608;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0157648;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:49:50:47:48:0.489796:22:25:18:31:23:25:18:32 chr12 71960208 . G A,T 770.52 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=52,3;DP=55;FAO=52,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35,2;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187232,0.019772;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.692,161.547;QD=56.0379;RBI=0.0403135,0.0286823;REFB=0,0;REVB=-0.0357018,-0.0207784;RO=0;SAF=35,2;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.31071e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000713007,0.0260329;OID=.,.;OPOS=71960208,71960208;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:55:55:0:0:52,3:52,3:0.945455,0.0545455:17,1:35,2:0:0:17,1:35,2:0:0 chr12 72018028 . A G 286.67 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0254532;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8187;QD=16.1503;RBI=0.0422978;REFB=-0.0315942;REVB=0.0337822;RO=38;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173759;STB=0.59134;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0440644;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:20:12:21:17:20:12:21:18 chr12 72071045 . A G 555.68 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.655;QD=54.2128;RBI=0.026159;REFB=0.0374191;REVB=-0.00661474;RO=2;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718399;STB=0.53844;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00177696;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:37:37:0.902439:12:25:0:2:12:25:0:2 chr12 72164395 . C T 173.37 PASS AF=0.431818;AO=15;DP=41;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0171964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1948;QD=15.761;RBI=0.0414016;REFB=-0.0112531;REVB=0.0376614;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314981;STB=0.505149;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0138404;OID=.;OPOS=72164395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:25:25:15:19:0.431818:10:5:9:16:12:7:9:16 chr12 72179552 . G T 186.79 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0131022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.677;QD=19.6621;RBI=0.0267815;REFB=-0.0097555;REVB=-0.0233577;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283814;STB=0.660845;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00750051;OID=.;OPOS=72179552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:13:6:12:7:13:6:12:7 chr12 72179583 . G A 186.93 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0218133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.862;QD=27.6933;RBI=0.0244895;REFB=-0.0349376;REVB=-0.0111316;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299998;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0327112;OID=.;OPOS=72179583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:27:7:7:13:13:0.481481:6:7:7:0:6:7:7:0 chr12 72307616 . A G 445.36 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0179436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3985;QD=52.3956;RBI=0.018095;REFB=0.0410427;REVB=-0.0023352;RO=2;SAF=21;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424157;STB=0.522713;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0159168;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:11:21:2:0:11:21:2:0 chr12 72372862 . A G 269.45 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00924512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.588;QD=20.7272;RBI=0.018084;REFB=-0.0164605;REVB=0.0155421;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181835;STB=0.606866;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0140447;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:16:11:5:19:16:12:5:19 chr12 72416235 . A T 463.48 PASS AF=0.471698;AO=49;DP=104;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00277429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.462;QD=17.49;RBI=0.00813172;REFB=-0.022725;REVB=-0.00764384;RO=54;SAF=21;SAR=28;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152371;STB=0.506133;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0237181;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:54:56:49:50:0.471698:28:21:24:30:28:22:24:32 chr12 73058186 . G A 1891.96 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.838;QD=61.5273;RBI=0.00864075;REFB=0;REVB=0.00521976;RO=1;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07495e-06;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:1:0:121:123:1:70:51:0:1:71:52:0:0 chr12 74851233 . G A 206.78 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4239;QD=48.6543;RBI=0.0237779;REFB=0;REVB=0.0231625;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371184;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr12 74932159 . G C 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00679757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.676;QD=20.3419;RBI=0.00911814;REFB=-0.035768;REVB=-0.00607729;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576298;STB=0.531964;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.028868;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:22:15:16:18:22:15:16:18 chr12 74932565 . T C 1051.87 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0505369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3791;QD=54.6428;RBI=0.0519982;REFB=0.00235937;REVB=-0.0122408;RO=4;SAF=25;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437098;STB=0.523154;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00258186;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:4:4:73:73:0.948052:48:25:3:1:48:25:3:1 chr12 74933166 . G A 820.11 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.175;QD=55.6007;RBI=0.02953;REFB=-0.0601634;REVB=0.0208316;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0029872;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:1:0:32:26:1:0 chr12 74933341 . GCAGT G 181.16 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0128884;FXX=0.0819538;HRUN=1;LEN=4;MLLD=225.823;QD=12.9398;RBI=0.0278034;REFB=-0.0346209;REVB=-0.0246357;RO=32;SAF=18;SAR=3;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310273;STB=0.642711;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.0581737;OID=.;OPOS=74933342;OREF=CAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:21:62:22:56:34:18:4:22:12:99:32:18:3:21:11 chr12 74934634 . G A 380.6 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.567;QD=54.3717;RBI=0.0727487;REFB=0;REVB=0.0414667;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145731;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr12 74934636 . A AC 315.55 PASS AF=1;AO=4;DP=30;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510057;FXX=0.199933;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.977;QD=52.5917;RBI=0.052787;REFB=0;REVB=-0.0135973;RO=24;SAF=2;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00113012;OID=.;OPOS=74934637;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:30:24:24:0:11:13:0:0:3:24:2:2:10:14 chr12 74934637 . T C 388.35 PASS AF=0.935484;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0132292;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.323;QD=50.1101;RBI=0.0184211;REFB=-0.107989;REVB=0.0128189;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512114;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00173094;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:30:31:2:2:26:29:0.935484:14:12:1:1:16:13:1:1 chr12 74934909 . AGTGTGTGT A 86.63 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00901861;FXX=0.274931;HRUN=1;LEN=8;MLLD=176.142;QD=11.9489;RBI=0.0105808;REFB=-0.0227689;REVB=0.00553335;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252639;STB=0.603547;STBP=0.459;TYPE=del;VARB=0.0292475;OID=.;OPOS=74934910;OREF=GTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:34:10:29:19:2:8:6:13:86:15:2:8:6:9 chr12 75737595 . T C 578.95 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00323868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.815;QD=24.6362;RBI=0.0536278;REFB=-0.0179071;REVB=0.0535299;RO=41;SAF=29;SAR=24;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474353;STB=0.525988;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0158767;OID=.;OPOS=75737595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:24:29:20:21:24:29:20:21 chr12 75760742 . G A 1551.03 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264958;FXX=0.0202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9903;QD=63.96;RBI=0.0287545;REFB=0;REVB=0.0111711;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224239;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr12 75785100 . C T 350.98 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.000150897;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1909;QD=25.5255;RBI=0.0586932;REFB=-0.0141801;REVB=0.058693;RO=23;SAF=11;SAR=23;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537323;STB=0.538247;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0166248;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:23:21:34:34:0.618182:23:11:6:17:23:11:5:16 chr12 75816814 . G GACA 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00610893;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.498;QD=21.9722;RBI=0.00615428;REFB=-0.0098731;REVB=-0.000745786;RO=22;SAF=3;SAR=20;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158905;STB=0.557715;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=0.00710991;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:23:45:23:44:21:3:20:4:17:99:22:3:20:5:17 chr12 75824810 . GA G 113.86 PASS AF=0.740741;AO=16;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.110132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3414;QD=16.8685;RBI=0.281358;REFB=-0.0910488;REVB=0.258907;RO=9;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.326733;SSSB=-0.0356494;STB=0.523786;STBP=0.775;TYPE=del;VARB=0.127578;OID=.;OPOS=75824811;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.740741:16:27:20:27:7:4:16:1:6:17:9:3:13:2:7 chr12 75893388 . T A 1177.4 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145824;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.813;QD=60.3792;RBI=0.0354358;REFB=0;REVB=0.0354058;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48142e-05;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:48:29:0:0:49:29:0:0 chr12 75893404 . C A 984.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.902;QD=58.7991;RBI=0.0689054;REFB=0;REVB=0.0210965;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133318;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:42:24:0:0:43:24:0:0 chr12 76351726 . C G 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0217304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0182;QD=19.2738;RBI=0.0505739;REFB=-0.0115569;REVB=0.0456674;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133007;STB=0.575156;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.010559;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:15:11:13:10:15:11 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 332.1 PASS AF=0.12,0.8,0.08;AO=6,15,2;DP=24;FAO=3,20,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10,1;FSAR=1,10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405123,0.0235721,0.0146789;FXX=0.0740466;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=168.171,133.238,61.4393;QD=53.1363;RBI=0.0774285,0.0752981,0.0232111;REFB=0,0,0;REVB=0.0659843,0.0715134,0.01798;RO=0;SAF=2,9,1;SAR=4,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0119693,0.00675329,0.0555135;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:24:25:0:0:6,15,2:3,20,2:0.12,0.8,0.08:4,6,1:2,9,1:0:0:1,10,1:2,10,1:0:0 chr12 76426110 . GGA G 365.43 PASS AF=0.860465;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0424087;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=225.965;QD=33.9939;RBI=0.0432879;REFB=-0.0545668;REVB=-0.00868025;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513611;STBP=0.709;TYPE=del;VARB=0.00792478;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.860465:36:40:37:43:6:22:15:3:3:19:0:22:14:0:0 chr12 76427546 . TC AT,TCTTAAT,TCTTAT 186.72 PASS AF=0.25,0.75,0;AO=4,9,2;DP=18;FAO=4,12,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4,6,0;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174796,0.0241483,0.00960206;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=2,5,4;MLLD=96.1053,211.782,188.987;QD=46.6795;RBI=0.020095,0.0242053,0.0127517;REFB=0,0,0;REVB=-0.00991339,-0.00166075,-0.00839081;RO=2;SAF=4,4,2;SAR=0,5,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.176689,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.0100472,0.00700041,0;OID=.,.,.;OPOS=76427546,76427548,76427548;OREF=TC,-,-;OALT=AT,TTAAT,TTAT;OMAPALT=AT,TCTTAAT,TCTTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:18:16:2:0:4,9,2:4,12,0:0.25,0.75,0:0,5,0:4,4,2:2:0:0,6,0:4,6,0:0:0 chr12 76449900 . T C 676.68 PASS AF=0.981818;AO=43;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0662194;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=60.0814;QD=49.2128;RBI=0.0662778;REFB=-0.097073;REVB=0.00278139;RO=2;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040792;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00771452;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:2:1:43:54:0.981818:22:21:0:2:25:29:1:0 chr12 76453966 . G A,C 757.4 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,3;DP=55;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278923,-0.00081789;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.3579,62.5497;QD=56.1037;RBI=0.0350455,0.00896077;REFB=0,0;REVB=0.0212181,-0.00892336;RO=0;SAF=26,0;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00319371,0.116215;OID=.,.;OPOS=76453966,76453966;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:54:0:0:52,3:52,2:0.962963,0.037037:26,3:26,0:0:0:26,2:26,0:0:0 chr12 76709606 . T C 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0037218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.947;QD=11.9168;RBI=0.0249116;REFB=-0.00112973;REVB=0.024632;RO=36;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340676;STB=0.688956;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00117951;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:7:15:13:23:7:15:14:23 chr12 76709610 . T C 187.22 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0230528;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.83;QD=12.4816;RBI=0.0352169;REFB=-0.00723742;REVB=-0.0266232;RO=36;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379333;STB=0.725868;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0140702;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:6:17:14:22:6:17:14:23 chr12 77216281 . G A 263.49 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0323725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.579;QD=17.5661;RBI=0.032995;REFB=0.00561601;REVB=-0.00637895;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922242;STB=0.551688;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00385969;OID=.;OPOS=77216281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:17:14:16:13:17:14 chr12 77256681 . T G 286.47 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0338352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2131;QD=24.3806;RBI=0.0570824;REFB=-0.0110843;REVB=0.0459737;RO=21;SAF=7;SAR=19;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323561;STB=0.517957;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0104169;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:19:7:5:16:19:7:5:16 chr12 77417509 . G T 1090.76 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197448;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.851;QD=59.7678;RBI=0.0285155;REFB=0;REVB=-0.0205736;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719786;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:39:34:0:0 chr12 77423619 . T C 152.12 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0317905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9371;QD=13.2276;RBI=0.0322103;REFB=0.0091838;REVB=-0.00518346;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114474;STB=0.566931;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0254872;OID=.;OPOS=77423619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:7:10:14:15:7:10:14:15 chr12 77449790 . A G 1807.71 PASS AF=0.975806;AO=119;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0113533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.486;QD=58.3131;RBI=0.0113601;REFB=-0.0581614;REVB=0.000392103;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.503735;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000103188;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:0:3:119:121:0.975806:61:58:0:0:62:59:1:2 chr12 78225374 . A G 1136.73 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998031;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.636;QD=60.6257;RBI=0.0254425;REFB=0;REVB=-0.0234033;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76173e-05;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr12 78530979 . G A,T 495.34 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=32,2;DP=34;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000861387,0.000753906;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.854,118.89;QD=58.2754;RBI=0.0077562,0.00366534;REFB=0,0;REVB=0.00770822,0.00358697;RO=0;SAF=16,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0057152,0.0837344;OID=.,.;OPOS=78530979,78530979;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:34:34:0:0:32,2:33,1:0.970588,0.0294118:16,2:16,0:0:0:17,1:16,0:0:0 chr12 78542699 . T C 396.29 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417113;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.072;QD=56.6126;RBI=0.053531;REFB=0;REVB=0.033552;RO=0;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398136;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:27:28:1:25:2:0:0:26:2:0:0 chr12 78598891 . G A 328.66 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0130129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.537;QD=18.0086;RBI=0.0198715;REFB=-0.0204848;REVB=-0.015018;RO=38;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115747;STB=0.564669;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0264191;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:20:15:21:17:20:15:21:17 chr12 79685913 . C A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9206;QD=59.8371;RBI=0.0416704;REFB=0;REVB=-0.0224029;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158017;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr12 79918717 . C T 379.53 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103844;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.836;QD=56.2261;RBI=0.0277503;REFB=0;REVB=0.0277308;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298284;OID=.;OPOS=79918717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr12 80014907 . A T 1171.37 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.121;QD=60.8502;RBI=0.0239699;REFB=0;REVB=-0.00908379;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32388e-05;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:48:29:0:0:48:29:0:0 chr12 80190650 . C G 1899.75 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233266;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.704;QD=61.7804;RBI=0.0244544;REFB=0;REVB=0.00734093;RO=0;SAF=50;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015065;OID=.;OPOS=80190650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:73:50:0:0:73:50:0:0 chr12 80712420 . G A 280.62 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00110963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.36;QD=12.0696;RBI=0.003214;REFB=-0.00536962;REVB=0.00301637;RO=60;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124754;STB=0.507183;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00803673;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:20:13:23:37:20:13:23:37 chr12 80735771 . T C 203.51 PASS AF=0.625;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0204565;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.485;QD=25.4391;RBI=0.0224225;REFB=-0.0120842;REVB=0.00918144;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190875;STB=0.593659;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0142582;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:33:32:12:12:19:20:0.625:9:10:3:9:10:10:3:9 chr12 80737521 . C T 391.19 PASS AF=0.532468;AO=39;DP=73;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0101329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.534;QD=20.3214;RBI=0.0127903;REFB=-0.00657917;REVB=-0.00780492;RO=34;SAF=25;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196657;STB=0.603895;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00539744;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:34:36:39:41:0.532468:14:25:14:20:14:27:16:20 chr12 80747242 . A G 330.8 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0695919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7531;QD=50.8919;RBI=0.0772225;REFB=-0.108592;REVB=-0.0334706;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00654378;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:1:0:15:10:1:0 chr12 80752660 . A G,T 664.94 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=40,2;DP=43;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586501,0.00851249;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.1585,194.242;QD=61.8549;RBI=0.0587061,0.0142262;REFB=0,0;REVB=0.00256239,0.0113983;RO=0;SAF=20,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000544798,0.00557076;OID=.,.;OPOS=80752660,80752660;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:43:0:0:40,2:42,1:0.976744,0.0232558:20,1:20,1:0:0:21,1:21,0:0:0 chr12 80761430 . G A 313.09 PASS AF=0.387097;AO=35;DP=92;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0149142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.615;QD=13.4661;RBI=0.0206997;REFB=-0.0123734;REVB=-0.0143542;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479197;STB=0.546254;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0211785;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:57:35:36:0.387097:15:20:29:26:15:21:29:28 chr12 80761465 . G A 1164.3 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00880592;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.424;QD=58.215;RBI=0.0486219;REFB=-0.0235315;REVB=-0.0478178;RO=2;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236502;STB=0.512192;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=6.99977e-05;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:2:77:78:0.975:39:38:0:2:40:38:0:2 chr12 80765800 . A G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00515042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.445;QD=12.7239;RBI=0.00665253;REFB=-0.000928335;REVB=-0.00421063;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817891;STB=0.547018;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00157891;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:20:16:12:11:20:16 chr12 80771813 . G A 125.6 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0135443;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.452;QD=8.97163;RBI=0.0217742;REFB=-0.00276804;REVB=0.0170489;RO=39;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176399;STB=0.605305;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00759294;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:10:7:22:17:10:7:22:17 chr12 80816492 . C T 241.63 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0348597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6412;QD=21.9663;RBI=0.0399542;REFB=-0.0263422;REVB=-0.0195228;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2002;STB=0.611671;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0135791;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:6:15:11:12:6:15 chr12 80818876 . A G 638.4 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0325643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0151;QD=16.7999;RBI=0.0419676;REFB=0.00319038;REVB=0.0264735;RO=82;SAF=31;SAR=38;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191933;STB=0.501927;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00451788;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:82:83:69:69:0.453947:38:31:37:45:38:31:37:46 chr12 80828843 . A G 376.42 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0189771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.645;QD=16.018;RBI=0.0238234;REFB=-0.00199759;REVB=0.0144022;RO=54;SAF=14;SAR=26;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121032;STB=0.568351;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00246801;OID=.;OPOS=80828843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:26:14:25:29:26:14:25:29 chr12 80838175 . C T 127.29 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0234609;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2491;QD=11.069;RBI=0.074559;REFB=-0.0218748;REVB=-0.0707717;RO=31;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270103;STB=0.516107;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0360191;OID=.;OPOS=80838175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:31:15:15:0.326087:10:5:11:20:10:5:11:20 chr12 80838564 . C T 731.25 PASS AF=0.486486;AO=71;DP=145;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0250877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.225;QD=19.7635;RBI=0.0468611;REFB=-0.00847405;REVB=-0.0395798;RO=73;SAF=35;SAR=36;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100804;STB=0.560669;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00664172;OID=.;OPOS=80838564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:73:76:71:72:0.486486:36:35:28:45:37:35:28:48 chr12 80878317 . G A 174.33 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0314943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.28;QD=11.622;RBI=0.0317729;REFB=-0.000575482;REVB=-0.00419771;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152646;STB=0.588703;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00121776;OID=.;OPOS=80878317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:14:8:19:19:14:8:19:19 chr12 80889829 . T A 378.32 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0203268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.588;QD=16.4486;RBI=0.025501;REFB=-0.00425873;REVB=-0.0153988;RO=52;SAF=24;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828839;STB=0.546643;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.004572;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:16:24:27:25:16:24:27:25 chr12 80890163 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0205796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.764;QD=16.0289;RBI=0.0208108;REFB=-0.0351218;REVB=0.0030935;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153358;STB=0.586636;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0356615;OID=.;OPOS=80890163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:18:12:14:11:18:12 chr12 80900348 . T G 114.83 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0912227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.355;QD=15.8379;RBI=0.0929954;REFB=-0.0252315;REVB=-0.0180712;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270626;STB=0.559499;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0217344;OID=.;OPOS=80900348;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:15:12:14:0.482759:9:3:8:8:9:5:7:8 chr12 80900381 . T C 158.78 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0108973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4827;QD=17.1656;RBI=0.0111461;REFB=-0.0240101;REVB=-0.00234181;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249422;STB=0.670846;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0297882;OID=.;OPOS=80900381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:12:5:10:8:12:5:12:8 chr12 80933609 . A G 161.51 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0232521;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.271;QD=17.9455;RBI=0.0290327;REFB=-0.016947;REVB=0.0173849;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935847;STB=0.553204;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0185843;OID=.;OPOS=80933609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:6:13:10:7:6:13 chr12 80935345 . T C 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000314274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7445;QD=59.3204;RBI=0.0101431;REFB=0;REVB=-0.0101383;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40189e-05;OID=.;OPOS=80935345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr12 80935411 . G C 576.38 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0188999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0726;QD=16.7067;RBI=0.0532273;REFB=0.0429102;REVB=-0.0497588;RO=77;SAF=32;SAR=29;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789845;STB=0.504406;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0568904;OID=.;OPOS=80935411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:77:77:61:61:0.442029:29:32:41:36:29:32:41:36 chr12 80936082 . C T 582.39 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.914;QD=58.2394;RBI=0.017558;REFB=-0.0148238;REVB=0.00740176;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.513507;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=6.40119e-05;OID=.;OPOS=80936082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:18:21:0:0:18:21:0:1 chr12 81028838 . C T 1320.45 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.784;QD=62.1389;RBI=0.0440386;REFB=0;REVB=0.0407005;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012423;OID=.;OPOS=81028838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr12 81329536 . A C 289.21 PASS AF=0.508197;AO=32;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0676047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8145;QD=18.9647;RBI=0.103511;REFB=0.0090387;REVB=0.0783847;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815867;STB=0.559358;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00779003;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:30:32:31:0.508197:14:18:19:10:14:17:20:10 chr12 82783668 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.464;QD=59.4343;RBI=0.0114478;REFB=0;REVB=-0.00964997;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.34423e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr12 82792787 . C A 392.05 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.117;QD=56.0078;RBI=0.0207328;REFB=0;REVB=0.00726545;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805714;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:25:28:1:11:14:0:0:12:16:0:0 chr12 83415669 . G A 350.2 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1137;QD=50.0279;RBI=0.072502;REFB=-0.110494;REVB=-0.0530737;RO=1;SAF=18;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250902;STB=0.512811;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00486289;OID=.;OPOS=83415669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:28:1:1:25:27:0.964286:7:18:1:0:8:19:1:0 chr12 86374117 . A G 490.96 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00274266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.61;QD=19.2535;RBI=0.0155084;REFB=-0.0149626;REVB=-0.015264;RO=51;SAF=20;SAR=31;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.510233;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0180654;OID=.;OPOS=86374117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:31:20:21:30:31:20:21:30 chr12 88440676 . G C 1358.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00482431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8974;QD=62.4617;RBI=0.0376055;REFB=0;REVB=0.0372947;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131926;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr12 88505078 . T C 569.55 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5612;QD=58.4156;RBI=0.0615309;REFB=-0.0573436;REVB=0.051829;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331862;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr12 88547277 . T C 1009.02 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329711;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.893;QD=59.3539;RBI=0.0332041;REFB=0;REVB=-0.00392668;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112883;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr12 89742102 . T A 98.42 PASS AF=0.254902;AO=14;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0153056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.712;QD=7.71925;RBI=0.0166217;REFB=-0.00755505;REVB=-0.00648221;RO=37;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336846;STB=0.683606;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0249486;OID=.;OPOS=89742102;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:14:13:0.254902:10:4:21:16:9:4:21:17 chr12 89743223 . G A 1985.82 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028184;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.351;QD=61.5758;RBI=0.0293148;REFB=0;REVB=0.00806344;RO=0;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403769;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:129:129:0:0:128:129:1:74:54:0:0:75:54:0:0 chr12 89745477 . C A 279.16 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0324481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1603;QD=18.9258;RBI=0.0436687;REFB=-0.00366623;REVB=0.0292246;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281258;STB=0.655911;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00509046;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:17:13:22:7:17:13:22:7 chr12 89853406 . C A 57.47 PASS AF=0.163934;AO=9;DP=59;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0254026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.393;QD=3.76875;RBI=0.0267769;REFB=-0.00154915;REVB=0.00846802;RO=50;SAF=9;SAR=0;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.71086;STB=0.896206;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0257794;OID=.;OPOS=89853406;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:59:61:50:51:9:10:0.163934:0:9:22:28:1:9:22:29 chr12 89984614 . A T 36.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0183058;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.48;QD=9.17307;RBI=0.0453223;REFB=-0.00644223;REVB=0.0414609;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300057;STB=0.66611;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0713273;OID=.;OPOS=89984614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:16:8:9:7:7:0.4375:6:1:3:5:6:1:3:6 chr12 91348786 . G T 1130.87 PASS AF=0.908046;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0223414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.417;QD=51.9942;RBI=0.0223743;REFB=-0.125909;REVB=0.00121387;RO=6;SAF=46;SAR=33;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346167;STB=0.515931;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00109613;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:87:87:6:8:79:79:0.908046:33:46:5:1:33:46:6:2 chr12 91449990 . C T 469.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012431;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.888;QD=58.715;RBI=0.0183733;REFB=0;REVB=-0.0135295;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49759e-05;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr12 91502250 . A G 368.86 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00404372;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.849;QD=16.5778;RBI=0.0100545;REFB=-0.00435906;REVB=-0.00920549;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259533;STB=0.507201;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00471924;OID=.;OPOS=91502250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:50:39:39:0.438202:20:19:24:25:20:19:25:25 chr12 92380457 . G A 223.04 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00846664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.771;QD=16.5216;RBI=0.00969816;REFB=-0.0145013;REVB=0.00472973;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40885;STB=0.73313;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0346924;OID=.;OPOS=92380457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:20:5:17:12:20:5:17:12 chr12 92818786 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.015244;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.807;QD=11.9197;RBI=0.016475;REFB=0.00698633;REVB=-0.00624861;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00758204;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr12 92819139 . A C 133.79 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0325725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4743;QD=25.4838;RBI=0.0338637;REFB=-0.0476224;REVB=0.00926186;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0238063;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:4:10:4:3:4:10:4:3 chr12 92819466 . C T 448.95 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0114382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.815;QD=21.3784;RBI=0.0114382;REFB=-0.00245867;REVB=2.96012e-05;RO=40;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279389;STB=0.519991;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00324992;OID=.;OPOS=92819466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:40:43:44:0.52381:25:18:18:22:26:18:18:22 chr12 93102295 . G A 885.1 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.055;QD=58.0391;RBI=0.0245217;REFB=0;REVB=-0.0203343;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162107;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr12 93147907 . A T 1555.9 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410791;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.764;QD=64.161;RBI=0.0807331;REFB=0;REVB=0.0695007;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193635;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr12 93150102 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.81;QD=56.9568;RBI=0.0204069;REFB=0;REVB=0.0126624;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93453e-05;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr12 93155535 . G A 902.21 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.313;QD=58.207;RBI=0.0261535;REFB=0;REVB=0.0171588;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85628e-06;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr12 93166538 . A G 774.69 PASS AF=0.90625;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00202527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.295;QD=48.4178;RBI=0.0210497;REFB=-0.0855216;REVB=0.0209521;RO=6;SAF=33;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175992;STB=0.509358;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.000609627;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:64:64:6:6:58:58:0.90625:25:33:4:2:25:33:4:2 chr12 93196422 . T G 203.66 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0157149;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=244.001;QD=38.7917;RBI=0.0190061;REFB=0.0991351;REVB=0.0106899;RO=3;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109943;STB=0.559936;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000956785;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:11:7:0:3:11:7:0:3 chr12 93202801 . C T 1453.82 PASS AF=1;AO=79;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.853;QD=63.2094;RBI=0.0701553;REFB=0;REVB=0.0698383;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411419;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:79:92:1:31:48:0:0:44:48:0:0 chr12 93692934 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.128;QD=54.5176;RBI=0.0190948;REFB=0;REVB=-0.00588016;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9774e-05;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr12 93795698 . ATTTTTTT ATTTTTTG,ATTTT,ATTTTTT 485.19 PASS AF=0.577778,0.422222,0;AO=2,6,6;DP=50;FAO=26,19,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=26,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109203,0.142298,0.401116;FXX=0.09998;HRUN=18,18,18;LEN=1,3,1;MLLD=122.653,6.53932,2.0646;QD=43.1279;RBI=0.0448622,0.398586,1.14531;REFB=0,0,0;REVB=0.0435128,-0.37232,-1.07277;RO=2;SAF=0,6,6;SAR=2,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727176,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.000247416,0.057296,0;OID=.,.,.;OPOS=93795705,93795699,93795699;OREF=T,TTT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTT,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.577778,0.422222,0:2,6,6:50:26,19,0:45:0:0,19,0:26,0,0:0:0:99:2:0,6,6:2,0,0:2:0 chr12 93803878 . GATT G 59.66 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0216181;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=272.642;QD=17.0459;RBI=0.0280953;REFB=-0.03416;REVB=0.0179443;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=del;VARB=0.0228997;OID=.;OPOS=93803879;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:7:14:8:14:6:3:5:3:3:38:6:2:5:3:3 chr12 93967035 . A G 1671.97 PASS AF=0.99115;AO=102;DP=103;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.444;QD=59.1849;RBI=0.0641055;REFB=-0.0126694;REVB=0.038988;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854891;STB=0.503936;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=6.28473e-05;OID=.;OPOS=93967035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:113:1:1:102:112:0.99115:55:47:0:1:63:49:0:1 chr12 93967755 . T C 381.04 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471411;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.726;QD=56.4499;RBI=0.0896158;REFB=0;REVB=0.0762149;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097371;OID=.;OPOS=93967755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:24:27:1:13:11:0:0:13:14:0:0 chr12 93968197 . T C 714.62 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8999;QD=60.8187;RBI=0.0486644;REFB=-0.030944;REVB=0.0244089;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268394;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00637844;OID=.;OPOS=93968197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:17:28:0:1:17:29:0:1 chr12 93968256 . G A 702.49 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000998404;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.734;QD=55.0969;RBI=0.0149055;REFB=0;REVB=0.014872;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001487;OID=.;OPOS=93968256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:43:51:1:19:24:0:0:20:31:0:0 chr12 93968258 . T A 49.17 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=53;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00491807;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.1334;QD=3.6421;RBI=0.00550485;REFB=-0.0140222;REVB=0.00247306;RO=43;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157236;STB=0.689683;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0826808;OID=.;OPOS=93968258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:53:54:43:45:10:9:0.166667:3:7:25:18:2:7:26:19 chr12 93968288 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.526;QD=56.9568;RBI=0.0281826;REFB=0;REVB=-0.0180372;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2429e-06;OID=.;OPOS=93968288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr12 93968353 . C CT,T 804.54 PASS AF=0.95082,0.0327869;AO=44,11;DP=63;FAO=58,2;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00715725,-0.0197354;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=68.8089,55.1238;QD=52.7565;RBI=0.0487825,0.0385051;REFB=0.0196765,0.0415707;REVB=0.0482546,0.0330629;RO=7;SAF=25,3;SAR=19,8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0383963,-0.314973;STB=0.508769,0.993266;STBP=0.338,0.227;TYPE=ins,snp;VARB=0.00530084,-0.00724277;OID=.,.;OPOS=93968354,93968353;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:63:61:7:1:44,11:58,2:0.95082,0.0327869:19,8:25,3:5:2:28,0:30,2:0:1 chr12 94132186 . T A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00670134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.429;QD=18.4947;RBI=0.0138149;REFB=-0.0206744;REVB=-0.0120807;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137004;STB=0.566623;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0145198;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:15:15:19:10:15:15:19:11 chr12 94243853 . C T 222.08 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00678277;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.556;QD=14.5623;RBI=0.00866576;REFB=-0.0287549;REVB=-0.00539346;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195402;STB=0.639245;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0296586;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:35:24:26:0.42623:11:13:26:10:13:13:26:9 chr12 94543506 . C T 313.95 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0234141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1808;QD=15.3146;RBI=0.0234165;REFB=-0.0398716;REVB=-0.000335497;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177465;STB=0.611587;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0772613;OID=.;OPOS=94543506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:47:35:35:0.426829:21:14:26:19:21:14:28:19 chr12 94645255 . A G 1515.21 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168953;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.629;QD=63.7982;RBI=0.0168967;REFB=0;REVB=0.000217082;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83475e-05;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr12 94671743 . G C 1422.67 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0418251;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.889;QD=61.8552;RBI=0.0551487;REFB=0.00115563;REVB=0.0359449;RO=1;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082444;STB=0.504347;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-4.3759e-05;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:57:34:0:1:57:34:0:1 chr12 94673509 . GC G 187.52 PASS AF=1;AO=16;DP=25;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158478;FXX=0.119952;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3679;QD=34.0943;RBI=0.164373;REFB=-0.0362628;REVB=-0.0436241;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.365854;SSSB=-0.036598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0301021;OID=.;OPOS=94673510;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:25:22:22:0:16:6:0:0:3:1:12:4:1:0 chr12 94769758 . A G 909.14 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00944377;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.979;QD=56.8211;RBI=0.0193603;REFB=-0.0627096;REVB=-0.0169007;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=6.13306e-05;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:37:26:0:0:37:26:0:1 chr12 94772742 . C T 691.75 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0294174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.441;QD=60.1523;RBI=0.0338033;REFB=-0.00793677;REVB=-0.0166517;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014922;STB=0.507933;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=4.59467e-05;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:31:14:0:1:31:14:0:1 chr12 94909304 . A G 76.33 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0670952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.337;QD=12.7221;RBI=0.0672077;REFB=-0.0462378;REVB=-0.00388818;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198262;STB=0.58316;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.040127;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:13:14:9:10:0.416667:7:2:5:8:7:3:6:8 chr12 94955644 . G T 292.09 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0280452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.148;QD=11.4545;RBI=0.0430829;REFB=-0.0107102;REVB=-0.0327047;RO=66;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106362;STB=0.561023;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0227605;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:19:17:25:41:19:17:25:41 chr12 94972290 . C T 747.57 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0360495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6989;QD=49.0212;RBI=0.0747423;REFB=-0.0542001;REVB=0.065474;RO=5;SAF=22;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331903;STB=0.517655;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0348683;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:61:5:5:56:56:0.918033:34:22:3:2:34:22:3:2 chr12 94975799 . G A 538.81 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.666;QD=59.8673;RBI=0.00858921;REFB=0;REVB=0.00224769;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13225e-05;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:17:19:0:0 chr12 94976084 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.459;QD=57.1775;RBI=0.0370645;REFB=0;REVB=-0.0018795;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93553e-05;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr12 94976159 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0551715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.166;QD=14.9782;RBI=0.0552688;REFB=0.00120082;REVB=-0.00327795;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122307;STB=0.571288;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00296943;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:4:7:5:5:4:7 chr12 95474750 . C T 73.46 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.021091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.678;QD=9.47866;RBI=0.0417196;REFB=-0.0531875;REVB=-0.0359957;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321099;STB=0.703334;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0426015;OID=.;OPOS=95474750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:6:4:14:6:6:4:15:6 chr12 95500727 . C G 546.38 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0695363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3629;QD=57.5139;RBI=0.0975847;REFB=-0.145454;REVB=0.0684652;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00917866;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:0:1:37:37:0.973684:17:20:0:0:17:20:0:1 chr12 95906603 . C A 795.66 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.02472;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.832;QD=53.9431;RBI=0.0263135;REFB=-0.0274355;REVB=-0.00901765;RO=2;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336561;STB=0.517851;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00159422;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:57:57:0.966102:27:30:0:2:27:30:0:2 chr12 95927762 . T C 911.1 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0741603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7149;QD=55.2181;RBI=0.083277;REFB=-0.0911549;REVB=0.0378854;RO=2;SAF=20;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449073;STB=0.523802;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00204583;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:44:20:2:0:44:20:2:0 chr12 96260947 . A G 220.23 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0179153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4244;QD=16.0169;RBI=0.0822842;REFB=0.0261837;REVB=-0.0803102;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565471;STB=0.532916;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0344695;OID=.;OPOS=96260947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:28:30:25:25:0.454545:11:14:14:14:11:14:15:15 chr12 96284650 . A G 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.58;QD=62.3481;RBI=0.0173057;REFB=0;REVB=-0.0115199;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123992;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr12 96288860 . T C 599.93 PASS AF=0.508333;AO=60;DP=118;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0198048;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.322;QD=19.9976;RBI=0.0246121;REFB=-0.00970144;REVB=0.0146125;RO=58;SAF=33;SAR=27;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136171;STB=0.58188;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00967779;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:58:59:60:61:0.508333:27:33:23:35:27:34:23:36 chr12 96337183 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4469;QD=40.7629;RBI=0.0970893;REFB=0;REVB=-0.0570524;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0086691;OID=.;OPOS=96337183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr12 96337225 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0301062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.857;QD=16.8228;RBI=0.0557349;REFB=0.0544532;REVB=0.0469042;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335683;STB=0.691862;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00597046;OID=.;OPOS=96337225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:5:0:3:4:5:0 chr12 96346594 . T C 170.2 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00788004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7824;QD=17.0203;RBI=0.0494155;REFB=0.00420745;REVB=0.0487831;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167939;STB=0.596381;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0036964;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:11:11:12:6:11:11 chr12 96374563 . T C 255.19 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0133602;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.256;QD=15.4659;RBI=0.0134139;REFB=-0.00185829;REVB=0.00119854;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173499;STB=0.596208;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00266303;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:35:37:29:29:0.439394:13:16:13:22:13:16:14:23 chr12 96374614 . C T 142.59 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0154835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.127;QD=14.2593;RBI=0.0156862;REFB=-0.00779602;REVB=0.00251338;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00941541;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:9:15:10:6:9:15 chr12 96387621 . A G 194.32 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0180144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4725;QD=12.3377;RBI=0.0239668;REFB=0.0117542;REVB=0.0158078;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805147;STB=0.546271;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0181693;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:13:11:15:24:13:11:15:24 chr12 96641003 . A G 68.75 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0192138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2461;QD=15.2777;RBI=0.0871081;REFB=-0.0298214;REVB=-0.0849626;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0238777;OID=.;OPOS=96641003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:4:5:4:5:4:5 chr12 96661610 . TAAAAG T,TA 295.3 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=23,3;DP=27;FAO=25,1;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125129,-0.00563723;FXX=0.0370233;HRUN=4,4;LEN=5,4;MLLD=198.268,186.68;QD=45.4301;RBI=0.0160203,0.005666;REFB=0,0;REVB=0.0100039,0.00057024;RO=1;SAF=14,1;SAR=9,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0319244,-0.266641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000786859,-0.0227696;OID=.,.;OPOS=96661611,96661612;OREF=AAAAG,AAAG;OALT=-,-;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.961538,0.0384615:23,3:27:25,1:26:0:14,1:11,0:0:0:3:1:14,1:9,2:1:0 chr12 96821251 . A T 1024.61 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0239271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6704;QD=55.3842;RBI=0.0522317;REFB=-0.0386424;REVB=0.0464289;RO=3;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341505;STB=0.518067;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0109447;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:40:31:0:3:40:31:0:3 chr12 96900801 . G T 335.7 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=66;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00681536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6472;QD=19.7469;RBI=0.0194068;REFB=-0.021794;REVB=-0.0181708;RO=33;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140223;STB=0.587614;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0262928;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:33:33:33:35:0.514706:12:21:16:17:12:23:16:17 chr12 96927972 . A G 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0195141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.74;QD=18.7413;RBI=0.0449786;REFB=0.00544681;REVB=0.0405249;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.000525938;OID=.;OPOS=96927972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr12 96992494 . C T 287.56 PASS AF=0.555556;AO=28;DP=52;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00490269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.048;QD=21.3004;RBI=0.0225979;REFB=0.00182817;REVB=-0.0220597;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000965773;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:22:24:28:30:0.555556:13:15:11:11:15:15:12:12 chr12 97098549 . T C 538.25 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4955;QD=59.8057;RBI=0.0232513;REFB=0;REVB=0.0228524;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223782;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:34:36:1:15:19:1:0:15:21:0:0 chr12 97102578 . G A 43.57 PASS AF=0.75;AO=8;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0801147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8683;QD=21.7866;RBI=0.105452;REFB=0.0580323;REVB=0.0685696;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.624528;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0210777;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:0:2:8:6:0.75:6:2:0:0:5:1:1:1 chr12 97114231 . G A 211.8 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.112253;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0222;QD=19.7027;RBI=0.114195;REFB=-0.0230736;REVB=0.0209682;RO=23;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166923;STB=0.585503;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0637164;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:22:20:21:0.488372:13:7:12:11:13:8:12:10 chr12 97133737 . T G 323.85 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.000406249;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.817;QD=11.6701;RBI=0.0115107;REFB=-0.00713052;REVB=0.0115036;RO=70;SAF=21;SAR=19;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841025;STB=0.551949;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.012069;OID=.;OPOS=97133737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:71:40:40:0.36036:19:21:42:28:19:21:43:28 chr12 97136218 . T C 541.57 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4706;QD=57.0069;RBI=0.130964;REFB=-0.0124662;REVB=0.13033;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00182421;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:16:20:0:1:17:20:0:1 chr12 97136239 . G A 637.87 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527091;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.031;QD=62.2313;RBI=0.0206462;REFB=0;REVB=0.0199621;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758617;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr12 97254620 . G A 1633.7 PASS AF=1;AO=105;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127913;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.427;QD=60.5075;RBI=0.0310639;REFB=0;REVB=0.0283082;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126989;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:105:108:1:54:51:0:0:54:54:0:0 chr12 98115538 . A T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0189677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.444;QD=23.3999;RBI=0.0304639;REFB=0.0484791;REVB=0.0238385;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203264;STB=0.615125;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00895855;OID=.;OPOS=98115538;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:3:0:3:5:3:0 chr12 98332904 . TCA T 190.35 PASS AF=0.487179;AO=20;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0101388;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.82;QD=19.5233;RBI=0.0223307;REFB=-0.0127199;REVB=-0.0198964;RO=20;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276408;STB=0.651997;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.0113326;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:20:40:19:39:20:15:4:11:9:99:20:16:4:11:9 chr12 98811687 . G C 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0109729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6453;QD=16.9226;RBI=0.0215344;REFB=0.00582604;REVB=-0.0185291;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494941;STB=0.527759;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00630309;OID=.;OPOS=98811687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:13:17:21:13:13:17:21:13 chr12 98849314 . A T 215.46 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0131586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.082;QD=13.0584;RBI=0.0233655;REFB=-0.00159904;REVB=-0.019308;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132564;STB=0.575701;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00330754;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:13:13:15:25:13:13:15:25 chr12 98897267 . C T 138.64 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.000665687;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0635;QD=18.4847;RBI=0.0618667;REFB=0.0240442;REVB=0.0618631;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192307;STB=0.608563;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0303839;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:6:9:12:3:6:9:12:3 chr12 98940228 . A AT 75.48 PASS AF=0.516129;AO=13;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0762952;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.5464;QD=9.73973;RBI=0.115025;REFB=-0.0690721;REVB=0.0860798;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445238;STB=0.670391;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=0.0671689;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:13:32:16:31:15:7:9:12:3:51:18:4:9:14:4 chr12 99007623 . C T 83.34 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0102151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5551;QD=9.80456;RBI=0.0406442;REFB=-0.00608732;REVB=-0.0393396;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736464;STB=0.5443;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0147878;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:7:4:7:16:7:4:7:16 chr12 99477625 . T C 313.27 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0534387;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.371;QD=21.9842;RBI=0.0703646;REFB=0.0141632;REVB=-0.0457764;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485451;STB=0.526865;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0160441;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:11:21:15:10:11:21:15:10 chr12 99640428 . T C 387.88 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0101792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.407;QD=18.4703;RBI=0.0141174;REFB=-0.00249202;REVB=0.00978189;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141706;STB=0.514381;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00221533;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:18:22:23:20:18:22:23:21 chr12 99640557 . T C 562.7 PASS AF=0.6;AO=49;DP=83;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0374183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.411;QD=26.4801;RBI=0.0375848;REFB=-0.0270576;REVB=0.00353353;RO=33;SAF=20;SAR=29;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105744;STB=0.569212;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0199829;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:33:34:49:51:0.6:29:20:9:24:29:22:9:25 chr12 100594665 . C T 418.65 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00624749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.224;QD=14.4361;RBI=0.0136385;REFB=0.00777851;REVB=0.0121235;RO=68;SAF=22;SAR=26;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256875;STB=0.501447;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0108991;OID=.;OPOS=100594665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:68:48:48:0.413793:26:22:31:37:26:22:31:37 chr12 100676775 . G A 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00956506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.452;QD=24.0851;RBI=0.0108625;REFB=-0.0197803;REVB=0.00514823;RO=23;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498462;STB=0.52741;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0131919;OID=.;OPOS=100676775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:14:20:12:11:14:20:12:11 chr12 100732307 . C G 283.62 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0288545;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4484;QD=17.7259;RBI=0.0288898;REFB=-0.00561575;REVB=-0.00142772;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212905;STB=0.610708;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0149818;OID=.;OPOS=100732307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:13:18:11:21:13:18:12:21 chr12 100732327 . C T 346.1 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0239235;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.018;QD=19.2276;RBI=0.0249822;REFB=-0.000648619;REVB=-0.00719539;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113379;STB=0.569728;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000617097;OID=.;OPOS=100732327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:36:36:36:0.5:21:15:20:17:21:15:20:16 chr12 100774548 . G A 317.82 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0200004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4941;QD=26.4851;RBI=0.0434521;REFB=-0.0227202;REVB=0.0385755;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340339;STB=0.507241;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0061093;OID=.;OPOS=100774548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:27:28:0.583333:8:19:14:6:8:20:14:6 chr12 100893636 . C T 286.9 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00978484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.703;QD=15.9387;RBI=0.015807;REFB=-0.00964588;REVB=-0.0124145;RO=40;SAF=23;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134379;STB=0.576102;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0113113;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:9:23:24:16:9:23:24:16 chr12 101017445 . T C 1179.26 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=84;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0277697;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.707;QD=56.8318;RBI=0.0299984;REFB=-0.0698086;REVB=0.0113467;RO=4;SAF=37;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002894;STB=0.505135;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000340034;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:84:83:4:3:79:80:0.963855:42:37:2:2:42:38:1:2 chr12 101336201 . G C 566.95 PASS AF=0.475806;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.00466843;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.529;QD=18.2886;RBI=0.00467326;REFB=-0.0152905;REVB=-0.000212333;RO=61;SAF=15;SAR=43;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061528;STB=0.545439;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0194923;OID=.;OPOS=101336201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:61:65:58:59:0.475806:43:15:19:42:44:15:21:44 chr12 101552075 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4929;QD=64.4141;RBI=0.0640051;REFB=0;REVB=0.0624213;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583666;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr12 101560328 . C A 817.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5971;QD=57.3783;RBI=0.0298584;REFB=0;REVB=-0.0225753;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028792;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr12 101561940 . A T 239.63 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.213;QD=50.4474;RBI=0.0536731;REFB=0;REVB=0.0417952;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529631;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr12 101587518 . C T 476.54 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.062;QD=57.7619;RBI=0.0328431;REFB=0;REVB=-0.0106339;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29288e-05;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr12 101680131 . T C 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.004791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.216;QD=14.3247;RBI=0.00776525;REFB=0.00304567;REVB=0.00611109;RO=37;SAF=6;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31764;STB=0.68564;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00736691;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:39:28:28:0.41791:22:6:18:19:22:6:19:20 chr12 101683929 . C T 637.18 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021629;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.236;QD=62.1637;RBI=0.0125111;REFB=0;REVB=0.0123227;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74961e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr12 101685783 . C T 450.95 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0127727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.413;QD=19.1893;RBI=0.0162231;REFB=-0.0131995;REVB=0.0100023;RO=49;SAF=16;SAR=29;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111904;STB=0.562378;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0127874;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:29:16:23:26:29:16:23:26 chr12 101723197 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0727695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.72;QD=12.9747;RBI=0.0728367;REFB=0.003348;REVB=-0.00312745;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151078;STB=0.588097;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00279142;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:5:13:7:5:5:13 chr12 101732670 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0146621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.648;QD=22.6785;RBI=0.0444399;REFB=-0.025872;REVB=0.0419515;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176021;STB=0.599808;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0192603;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:1:4:5:5:1:4 chr12 101734349 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0164562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8875;QD=13.4558;RBI=0.0593915;REFB=-0.00430945;REVB=0.0570661;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582006;STB=0.839414;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0121953;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:12:3:9:2:12:3 chr12 101750814 . T A 784.77 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.468;QD=57.0746;RBI=0.0063593;REFB=0;REVB=0.000673104;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76273e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr12 101755809 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.81;QD=54.6368;RBI=0.0217332;REFB=-0.0363619;REVB=0.018563;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00052121;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:0:1:24:27:0:1 chr12 101757446 . T C 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0179182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.519;QD=14.9039;RBI=0.0200769;REFB=0.00393115;REVB=0.00905645;RO=34;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481196;STB=0.527323;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00483144;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:15:11:16:18:15:11:16:18 chr12 101866174 . C A 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8071;QD=59.8313;RBI=0.0299785;REFB=0;REVB=-0.00337903;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276123;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr12 102036305 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000968468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.421;QD=62.0203;RBI=0.03418;REFB=0;REVB=0.0341663;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015127;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr12 102045163 . C G 232.34 PASS AF=0.575;AO=21;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0464089;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.128;QD=23.2342;RBI=0.0525138;REFB=-0.0409195;REVB=-0.0245748;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189967;STB=0.605288;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0354785;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:16:17:21:23:0.575:13:8:10:6:15:8:10:7 chr12 102064118 . T C 1006.36 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7839;QD=59.1978;RBI=0.0610648;REFB=0;REVB=-0.0610466;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528854;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr12 102079418 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0102793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0336;QD=14.0468;RBI=0.0204667;REFB=-0.0129445;REVB=0.017698;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11362;STB=0.565965;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0164448;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:10:8:16:13:10:8:16:13 chr12 102108345 . T C 515.46 PASS AF=0.491228;AO=41;DP=115;FAO=56;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0105807;FXX=0.0086949;HRUN=8;LEN=1;MLLD=30.6311;QD=18.0863;RBI=0.025897;REFB=-0.023298;REVB=-0.023637;RO=39;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435341;STB=0.527677;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0125203;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:39:54:41:56:0.491228:19:22:19:20:29:27:23:31 chr12 102117589 . C T 1153.38 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.989;QD=60.7042;RBI=0.00588842;REFB=0;REVB=-0.00487021;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8785e-06;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr12 102158763 . T C 461.83 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.09;QD=57.7284;RBI=0.00930119;REFB=0;REVB=0.00924606;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50716e-05;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr12 102173654 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6784;QD=59.8324;RBI=0.0868112;REFB=0;REVB=0.056762;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829097;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr12 102279193 . G A 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9265;QD=62.0147;RBI=0.0137686;REFB=0;REVB=-0.00548244;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82686e-05;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr12 102315359 . G T 271.25 PASS AF=1;AO=12;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.824;QD=51.6672;RBI=0.090135;REFB=0;REVB=0.0693998;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00487966;OID=.;OPOS=102315359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:12:21:1:5:7:0:0:10:11:0:0 chr12 102321583 . C T 113.07 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0149275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6367;QD=17.396;RBI=0.0531502;REFB=-0.013458;REVB=-0.0510109;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227744;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:9:4:4:9:9:4 chr12 103237468 . G C 339.82 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0141051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.031;QD=20.5952;RBI=0.0188516;REFB=0.00255159;REVB=-0.0125071;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127933;STB=0.576981;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00210867;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:17:18:20:10:17:18:21:10 chr12 103248924 . C T 469.8 PASS AF=0.47;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00677538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.6;QD=18.792;RBI=0.00721591;REFB=-0.0180649;REVB=-0.00248265;RO=50;SAF=12;SAR=34;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231526;STB=0.635453;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0231138;OID=.;OPOS=103248924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:53:46:47:0.47:34:12:24:26:34:13:27:26 chr12 103307583 . A G 228.89 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00845445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.875;QD=16.0623;RBI=0.00988252;REFB=-0.00418095;REVB=0.00511729;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120866;STB=0.568283;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00569505;OID=.;OPOS=103307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:17:14:15:11:17:14 chr12 103670917 . A G 680.2 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442531;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.389;QD=60.4626;RBI=0.0445436;REFB=-0.126247;REVB=-0.00507902;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.001025;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chr12 103696182 . T G 196.81 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00383496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.254;QD=18.308;RBI=0.0114144;REFB=-0.0259518;REVB=-0.0107509;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015501;STB=0.525399;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0177286;OID=.;OPOS=103696182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:23:20:20:0.465116:6:14:15:6:6:14:17:6 chr12 103872172 . T G 181.26 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00283271;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.317;QD=15.4264;RBI=0.0647016;REFB=-0.0176762;REVB=0.0646395;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137074;STB=0.589192;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0196709;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:8:11:12:15:8:11:12:16 chr12 104067812 . C T 594.39 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.896;QD=60.9633;RBI=0.0529328;REFB=0;REVB=0.0201388;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164598;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr12 104086631 . C T 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=-0.0476421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.142;QD=9.85687;RBI=0.0477478;REFB=-0.00510279;REVB=0.00317517;RO=41;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103827;STB=0.560384;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0101414;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:16:4:6:35:16:4:6:35 chr12 104092996 . T C 427.65 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0339031;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2945;QD=15.2731;RBI=0.0339963;REFB=-0.022642;REVB=0.00251541;RO=63;SAF=13;SAR=35;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261058;STB=0.643845;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0239727;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:64:48:48:0.428571:35:13:32:31:35:13:32:32 chr12 104100617 . C T 3611.68 PASS AF=0.987234;AO=230;DP=234;FAO=232;FDP=235;FR=.;FRO=3;FSAF=115;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0346948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.771;QD=61.4754;RBI=0.0348202;REFB=-0.0799141;REVB=-0.00295267;RO=3;SAF=114;SAR=116;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398275;STB=0.502073;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=5.50913e-05;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:234:235:3:3:230:232:0.987234:116:114:1:2:117:115:1:2 chr12 104152943 . C T 385.05 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0407761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7641;QD=20.5361;RBI=0.0409322;REFB=0.00480491;REVB=-0.00357173;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832102;STB=0.546052;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00284499;OID=.;OPOS=104152943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:20:19:21:15:20:19:21:15 chr12 104153004 . C G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000656761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.006;QD=15.4097;RBI=0.0152239;REFB=-0.013085;REVB=-0.0152098;RO=33;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169244;STB=0.589674;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0240592;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:34:27:27:0.442623:8:19:18:15:8:19:19:15 chr12 104153006 . G T 301.14 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0273404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.172;QD=19.4283;RBI=0.055455;REFB=-0.0108334;REVB=0.0482469;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815867;STB=0.551836;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00936065;OID=.;OPOS=104153006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:30:32:32:0.516129:14:18:19:10:14:18:20:10 chr12 104159936 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.102799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0337;QD=8.73745;RBI=0.135887;REFB=-0.00386844;REVB=0.0888688;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244737;STB=0.650823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0201898;OID=.;OPOS=104159936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:11:9:6:3:11:9 chr12 104171742 . C T 357.07 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0181188;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.475;QD=24.6252;RBI=0.0263928;REFB=-0.0370723;REVB=0.0191909;RO=22;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117468;STB=0.557395;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0225494;OID=.;OPOS=104171742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:23:35:35:0.603448:23:12:11:11:23:12:11:12 chr12 104186946 . G T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.1;QD=58.5862;RBI=0.0390132;REFB=0;REVB=-0.0339817;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46796e-05;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr12 104235308 . C G 928.51 PASS AF=0.917808;AO=67;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0683988;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.49;QD=50.8774;RBI=0.0813093;REFB=-0.177559;REVB=0.0439637;RO=3;SAF=48;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494086;STB=0.521475;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00496583;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:73:73:3:6:67:67:0.917808:19:48:2:1:19:48:3:3 chr12 104254932 . G A 738.28 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7406;QD=62.8325;RBI=0.0681089;REFB=0;REVB=-0.0663632;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085035;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:16:30:0:0:17:30:0:0 chr12 104309428 . G C 899.64 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1844;QD=56.2273;RBI=0.0362879;REFB=-0.0590144;REVB=-0.0318437;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00114236;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:1:1:61:63:0.984375:36:25:1:0:37:26:0:1 chr12 104325459 . G C 948.85 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00134887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4634;QD=56.6478;RBI=0.0174792;REFB=-0.0248054;REVB=0.0174271;RO=1;SAF=40;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011663;STB=0.506022;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0011195;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:64:66:0.985075:24:40:1:0:25:41:1:0 chr12 104341187 . TGAA T 188.86 PASS AF=0.542857;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00264565;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.212;QD=21.584;RBI=0.0282576;REFB=-0.0187056;REVB=0.0281334;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226441;STB=0.612307;STBP=0.241;TYPE=del;VARB=0.015345;OID=.;OPOS=104341188;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542857:17:34:19:35:16:3:16:5:11:99:13:3:14:5:8 chr12 104359779 . C T 134.83 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0102031;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.666;QD=17.3972;RBI=0.0105018;REFB=-0.0417227;REVB=-0.00248684;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0367914;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:8:8:9:6:8:8 chr12 104512832 . G A 285.98 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5112;QD=51.9957;RBI=0.0247684;REFB=0;REVB=0.0240679;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121424;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr12 104645363 . G A 196.59 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.059093;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.44;QD=24.574;RBI=0.0602433;REFB=-0.0216829;REVB=-0.0117162;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300096;STB=0.516761;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0137646;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:7:6:8:11:7:6 chr12 104645405 . T C 204.98 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00966683;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.256;QD=21.0231;RBI=0.0161416;REFB=-0.0135026;REVB=-0.0129268;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772962;STB=0.543436;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0123618;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:13:6:8:12:13:6 chr12 104709559 . C T 205.82 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0163912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.441;QD=23.5219;RBI=0.017935;REFB=0.011666;REVB=-0.00727974;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195499;STB=0.610052;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0057188;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:5:15:8:7:5:15:8:7 chr12 105245665 . T C 114.07 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0553928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1889;QD=10.1392;RBI=0.0558062;REFB=0.00459829;REVB=0.0067804;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220238;STB=0.632397;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00207705;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:9:5:17:14:9:5:17:14 chr12 105433523 . T A 230.82 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0125431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.349;QD=13.0039;RBI=0.0333677;REFB=-0.0120031;REVB=-0.0309204;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158172;STB=0.579778;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0160229;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:27:28:0.394366:15:12:13:30:16:12:13:30 chr12 105434467 . C T 211.95 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0098812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.006;QD=16.6237;RBI=0.0256211;REFB=0.00245277;REVB=-0.023639;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267621;STB=0.652346;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00350798;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:16:7:16:12:16:7:16:12 chr12 105546172 . G A 1556.36 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137385;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.404;QD=62.8833;RBI=0.0204563;REFB=0.00124419;REVB=0.0151563;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000105458;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:0:1:97:98:0.989899:52:45:0:0:52:46:0:1 chr12 105561664 . C T 592.95 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.978;QD=60.8155;RBI=0.019569;REFB=0;REVB=0.0175351;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126233;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr12 105567068 . T A 1354.8 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.031;QD=62.2898;RBI=0.0400483;REFB=0;REVB=-0.0394832;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41032e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:40:46:0:0:41:46:0:0 chr12 105567070 . T A 1339.76 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.025;QD=62.3144;RBI=0.0177225;REFB=0;REVB=0.00171116;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65288e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:40:46:0:0 chr12 105567087 . T TA 877.54 PASS AF=1;AO=18;DP=87;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0786682;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.0987;QD=43.3353;RBI=0.149424;REFB=0;REVB=-0.127039;RO=68;SAF=8;SAR=10;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14258;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00369443;OID=.;OPOS=105567088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:87:81:81:0:45:36:0:0:17:68:8:10:38:30 chr12 105567089 . T A 894.02 PASS AF=0.827586;AO=69;DP=84;FAO=72;FDP=87;FR=.;FRO=15;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0457482;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.6715;QD=41.1045;RBI=0.0625797;REFB=-0.201063;REVB=0.0427003;RO=15;SAF=40;SAR=29;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385555;STB=0.501446;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0368434;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:84:87:15:15:69:72:0.827586:29:40:7:8:33:39:8:7 chr12 105568122 . G A,T 2587.05 PASS AF=0.97093,0.0290698;AO=163,6;DP=170;FAO=167,5;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=74,2;FSAR=93,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543452,0.00615076;FXX=0.00578001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.9221,132.393;QD=60.1641;RBI=0.0576904,0.00661519;REFB=-0.0148077,-0.0171062;REVB=0.0193593,-0.00243496;RO=0;SAF=70,3;SAR=93,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00238278,0.0632891;OID=.,.;OPOS=105568122,105568122;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:170:172:0:0:163,6:167,5:0.97093,0.0290698:93,3:70,3:0:0:93,3:74,2:0:0 chr12 105568176 . G A 2003.74 PASS AF=0.984848;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0343187;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.137;QD=60.7195;RBI=0.0367325;REFB=-0.113601;REVB=-0.0130958;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.509802;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000634548;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:0:2:129:130:0.984848:80:49:0:0:80:50:2:0 chr12 105601946 . G A 218.99 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00353389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.94;QD=24.332;RBI=0.0289573;REFB=-0.00674317;REVB=-0.0287409;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20341;STB=0.613921;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00584404;OID=.;OPOS=105601946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:8:7:15:6:8:7 chr12 106460938 . G C 207.4 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0326751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.001;QD=14.814;RBI=0.0403443;REFB=-0.0156752;REVB=-0.0236643;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993981;STB=0.565813;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0220086;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:24:24:0.428571:10:14:15:16:10:14:15:17 chr12 106633569 . C T 169.67 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0509733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5096;QD=13.5739;RBI=0.0584421;REFB=-0.0318788;REVB=-0.0285869;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290416;STB=0.667869;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0548142;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:11:20:7:12:11:20 chr12 106647842 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0191262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9326;QD=11.9537;RBI=0.0562214;REFB=0.00888589;REVB=-0.0528681;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45078;STB=0.802399;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00636466;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:1:7:5:5:1:7:5:6 chr12 106786858 . A C 154.0 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.00150654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.041;QD=14.3257;RBI=0.0203594;REFB=-0.0197487;REVB=-0.0203035;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350685;STB=0.69953;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.030687;OID=.;OPOS=106786858;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:5:21:8:9:5:21 chr12 106838340 . T C 331.65 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0140157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.772;QD=21.3967;RBI=0.0148153;REFB=-0.0178256;REVB=0.00480136;RO=28;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352251;STB=0.519496;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0112231;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:12:22:17:11:12:22:17:11 chr12 106893863 . G T 359.55 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0283337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.398;QD=19.975;RBI=0.0283437;REFB=-0.0457268;REVB=-0.000755336;RO=35;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121553;STB=0.56749;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0380449;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:22:15:19:16:22:15:19:16 chr12 106893930 . A T 285.94 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0249548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.585;QD=18.1547;RBI=0.0249619;REFB=-0.0128749;REVB=-0.000596754;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215431;STB=0.620331;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0159119;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:19:12:20:12:19:12:20:12 chr12 106903321 . T C 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0126254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.925;QD=14.7924;RBI=0.0138052;REFB=-0.00975107;REVB=-0.0055842;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078716;STB=0.545405;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0183595;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:17:10:8:10:17:10 chr12 107083059 . C T 659.58 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0246405;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.587;QD=56.1344;RBI=0.0390624;REFB=-0.130701;REVB=0.0303104;RO=2;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975376;STB=0.503573;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000746238;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:47:47:2:3:44:44:0.93617:17:27:1:1:17:27:2:1 chr12 107395106 . A G 681.68 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6632;QD=61.9706;RBI=0.0461843;REFB=0;REVB=0.0275225;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133284;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:18:26:0:0 chr12 107713696 . G A 167.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0310828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.694;QD=15.1948;RBI=0.0329221;REFB=-0.0135294;REVB=0.0108498;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571009;STB=0.532958;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0310786;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:13:13:10:8:13:13 chr12 108618630 . C T 533.02 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0208525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.688;QD=18.5397;RBI=0.0211839;REFB=-0.0164811;REVB=-0.00373235;RO=58;SAF=23;SAR=33;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134857;STB=0.511107;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0200843;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:58:59:56:56:0.486957:33:23:23:35:33:23:23:36 chr12 108918146 . C T 1516.92 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014804;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.169;QD=63.205;RBI=0.0177271;REFB=0;REVB=0.00975149;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032517;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:39:56:0:0:39:57:0:0 chr12 108923950 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.005;QD=64.1513;RBI=0.033623;REFB=0;REVB=0.00736323;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024898;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr12 108954823 . C T 1100.32 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7372;QD=59.4765;RBI=0.00422912;REFB=0;REVB=0.00298527;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018665;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:41:33:0:0 chr12 108955106 . C CT 322.57 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0798;QD=44.4927;RBI=0.0191659;REFB=0;REVB=-0.00213146;RO=2;SAF=7;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000702433;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:29:29:0:7:22:0:0:6:2:7:22:2:0 chr12 108986031 . C T 37.73 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0419889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5582;QD=9.43364;RBI=0.0585009;REFB=-0.0244612;REVB=0.0407344;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426681;STB=0.749062;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0487141;OID=.;OPOS=108986031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:9:10:6:6:0.375:5:1:5:4:5:1:5:5 chr12 109017680 . T G 39.46 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0166819;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7224;QD=4.64264;RBI=0.0508262;REFB=-0.00778693;REVB=-0.0480106;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635029;STB=0.542251;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0750648;OID=.;OPOS=109017680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:13:14:4:3:13:14 chr12 109182049 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00937603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9965;QD=8.73762;RBI=0.0126154;REFB=-0.0333137;REVB=0.00844029;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114488;STB=0.57126;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0411924;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:14:6:2:7:14:6 chr12 109277492 . C A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00452921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.24;QD=14.6498;RBI=0.00464057;REFB=-0.00558639;REVB=-0.00101052;RO=19;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198528;STB=0.617456;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0065486;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:12:2:5:14:12:2:5:14 chr12 109309649 . C CG 33.33 PASS AF=0.205882;AO=9;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0118583;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.5168;QD=3.92083;RBI=0.0119316;REFB=-0.00542089;REVB=0.0013207;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287784;STB=0.713674;STBP=0.253;TYPE=ins;VARB=0.0976055;OID=.;OPOS=109309650;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:9:34:7:34:27:5:2:12:15:33:24:6:3:10:14 chr12 109511256 . T C 800.95 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00096473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.277;QD=57.2103;RBI=0.0192799;REFB=0;REVB=0.0192558;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62514e-05;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr12 109519189 . C T 232.05 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0194391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0202;QD=14.7335;RBI=0.020604;REFB=-0.0192847;REVB=-0.00682966;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665201;STB=0.537787;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0230378;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:16:11:17:19:16:11:17:19 chr12 109524232 . A G 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00349741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.47;QD=17.0638;RBI=0.00583986;REFB=0.009067;REVB=0.00467676;RO=31;SAF=21;SAR=7;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432879;STB=0.743414;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0311823;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:7:21:9:22:7:21:9:22 chr12 109605730 . C T 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.56;QD=56.9543;RBI=0.0330774;REFB=0;REVB=0.00283545;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142656;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr12 109617865 . T C 465.06 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.203;QD=58.1323;RBI=0.0170711;REFB=0;REVB=-0.00303587;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40049e-05;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chr12 109623516 . G A 631.63 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.265;QD=61.6221;RBI=0.0393295;REFB=0;REVB=0.00270585;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147929;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr12 109675029 . T C 187.65 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00921331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.171;QD=12.7223;RBI=0.0405625;REFB=-0.0260624;REVB=-0.0395023;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095561;STB=0.554849;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0328112;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:14:22:12:11:14:22 chr12 109693982 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0250614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.067;QD=14.7983;RBI=0.0319331;REFB=0.0106251;REVB=-0.0197901;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0129338;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:8:5:5:6:8:5 chr12 109696838 . G A 602.18 PASS AF=0.593407;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0102382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.204;QD=26.4692;RBI=0.0120119;REFB=-0.0193757;REVB=-0.0062821;RO=37;SAF=36;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221635;STB=0.621166;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0143996;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:37:54:54:0.593407:18:36:14:23:18:36:14:23 chr12 109717697 . A G 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0462052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6132;QD=19.4066;RBI=0.0471652;REFB=0.0033736;REVB=-0.00946725;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905746;STB=0.550425;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00293211;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:14:16:12:16:14:16:12:16 chr12 109835590 . A G 169.13 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.058674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.519;QD=16.5003;RBI=0.0706931;REFB=-0.0195488;REVB=-0.039432;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249323;STB=0.644561;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0295888;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:10:13:14:4:10:13 chr12 109848567 . T C 499.51 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.761;QD=58.7656;RBI=0.0138467;REFB=0;REVB=0.00930727;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66578e-06;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:23:10:0:0:23:11:0:0 chr12 109883374 . T C 253.91 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.095;QD=50.7822;RBI=0.0152205;REFB=0;REVB=0.00203603;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110767;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr12 110226796 . A G 375.28 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8796;QD=55.5972;RBI=0.0413567;REFB=0;REVB=-0.0176625;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125369;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr12 110240838 . T G 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.11;QD=50.4067;RBI=0.0134269;REFB=0;REVB=0.00923674;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220329;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr12 110290073 . G A 114.87 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0179443;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.837;QD=17.6721;RBI=0.0185825;REFB=-0.00485523;REVB=-0.00482823;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239512;STB=0.613866;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00612541;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:13:13:13:0.5:6:7:3:9:6:7:4:9 chr12 110341933 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0101778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.548;QD=9.13236;RBI=0.0252809;REFB=-0.0170262;REVB=-0.0231417;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253866;STB=0.649756;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0277273;OID=.;OPOS=110341933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:3:19:7:3:3:19 chr12 110371897 . G C 71.56 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0835007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5501;QD=7.95063;RBI=0.0935125;REFB=-0.00922166;REVB=0.0420979;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117391;STB=0.572887;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0327546;OID=.;OPOS=110371897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:13:13:6:4:13:13 chr12 110383141 . G A 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0454932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.698;QD=12.4797;RBI=0.0504472;REFB=-0.00910506;REVB=-0.021801;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110534;STB=0.564867;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0308609;OID=.;OPOS=110383141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:6:13:7:5:6:13 chr12 110385079 . G T 273.95 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0323472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.483;QD=15.2193;RBI=0.0500069;REFB=-0.0203002;REVB=0.038136;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905697;STB=0.592532;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0164997;OID=.;OPOS=110385079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:41:31:31:0.430556:11:20:20:16:11:20:20:21 chr12 110386611 . G A 178.19 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0449305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.39;QD=14.8491;RBI=0.0552672;REFB=0.0006025;REVB=-0.0321825;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121702;STB=0.507035;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00188684;OID=.;OPOS=110386611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:18:11:7:12:18:11 chr12 110456175 . A G 230.88 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0207674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.566;QD=16.4915;RBI=0.033566;REFB=-0.0208002;REVB=-0.0263704;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800512;STB=0.510196;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0364168;OID=.;OPOS=110456175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:28:30:26:26:0.464286:16:10:11:17:16:10:11:19 chr12 110474070 . T C 271.84 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0151006;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3642;QD=23.1354;RBI=0.0162471;REFB=0.00640069;REVB=0.00599485;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163482;STB=0.591144;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0185325;OID=.;OPOS=110474070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:14:8:14:11:14:8 chr12 110486272 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0151632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.464;QD=11.2569;RBI=0.0172856;REFB=-0.0210241;REVB=-0.00829875;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0320588;OID=.;OPOS=110486272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:5:7:6:2:5:7 chr12 110720576 . A G 210.03 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00790755;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9214;QD=15.5581;RBI=0.0110018;REFB=0.00519742;REVB=-0.00764916;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326202;STB=0.518503;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00880085;OID=.;OPOS=110720576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:14:16:12:12:14:16 chr12 110922929 . G T 42.35 PASS AF=0.194444;AO=6;DP=35;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=3.31514e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.192;QD=4.70594;RBI=0.0169269;REFB=-0.0124177;REVB=-0.0169269;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137604;STB=0.51216;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.045606;OID=.;OPOS=110922929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:36:27:29:6:7:0.194444:2:4:15:12:3:4:17:12 chr12 111160003 . G A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0117753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.08;QD=22.3968;RBI=0.0250235;REFB=-0.0104289;REVB=-0.0220798;RO=23;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396041;STB=0.723614;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0107048;OID=.;OPOS=111160003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:5:20:9:14:5:20:9:14 chr12 111353556 . A G 98.95 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0018596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.29;QD=14.6595;RBI=0.00710013;REFB=-0.0215162;REVB=-0.00685227;RO=15;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484044;STB=0.793185;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0223458;OID=.;OPOS=111353556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:12:12:0.444444:1:11:9:6:1:11:9:6 chr12 111375170 . A G 570.04 PASS AF=0.429577;AO=62;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00423405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2844;QD=16.0575;RBI=0.0194275;REFB=-0.0183358;REVB=-0.0189605;RO=79;SAF=27;SAR=35;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312054;STB=0.503779;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0285659;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:79:81:62:61:0.429577:35:27:32:47:35:26:34:47 chr12 111375172 . C T 587.94 PASS AF=0.439716;AO=61;DP=141;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0230805;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.558;QD=16.6792;RBI=0.0231292;REFB=-0.0128416;REVB=0.00150059;RO=79;SAF=27;SAR=34;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386491;STB=0.517405;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0154692;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:79:79:61:62:0.439716:34:27:32:47:35:27:32:47 chr12 111747963 . C T 136.06 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00388628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.6587;QD=17.5565;RBI=0.010659;REFB=-0.0341941;REVB=-0.00992532;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261482;STB=0.658312;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0166436;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:7:15:13:14:0.451613:4:9:2:5:5:9:5:10 chr12 111760251 . G C 155.24 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0138496;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4305;QD=14.113;RBI=0.067827;REFB=-0.0364456;REVB=-0.066398;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089381;STB=0.551939;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0642653;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:15:12:9:8:15:12 chr12 111785586 . T C 276.44 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143069;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.964;QD=52.656;RBI=0.0999159;REFB=0;REVB=0.0988863;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531359;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr12 111786082 . G C 88.29 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.966;QD=39.238;RBI=0.0943614;REFB=0;REVB=0.0942978;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177762;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:4:5:0:0 chr12 111786892 . T C 715.81 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.28422e-05;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.375;QD=57.2645;RBI=0.00779077;REFB=0;REVB=0.00779076;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69618e-05;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr12 111798553 . A G 1550.49 PASS AF=0.964602;AO=106;DP=111;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0292118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7371;QD=54.8846;RBI=0.0457226;REFB=-0.0200544;REVB=0.0351742;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506252;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00218078;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:113:0:4:106:109:0.964602:46:60:0:0:46:63:3:1 chr12 111884608 . T A,C 539.37 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,34;DP=36;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999029,0.0147406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=12.6833,163.48;QD=58.3104;RBI=0.0489291,0.0184193;REFB=0,0;REVB=-0.0478984,0.0110446;RO=0;SAF=1,19;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.147951,0.00170881;OID=.,.;OPOS=111884608,111884608;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:36:37:0:0:2,34:2,35:0.0540541,0.945946:1,15:1,19:0:0:1,16:1,19:0:0 chr12 111886967 . T A 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0021918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.109;QD=19.9409;RBI=0.00462965;REFB=-0.00437825;REVB=0.00407795;RO=28;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473537;STB=0.519468;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00424837;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:12:20:16:12:12:20:17:12 chr12 111993712 . C T 171.45 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0616929;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9836;QD=12.469;RBI=0.0617256;REFB=-0.00742753;REVB=-0.00201102;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229928;STB=0.503469;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00652284;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:21:21:0.381818:10:11:18:15:10:11:18:16 chr12 112110489 . T C 216.94 PASS AF=0.611111;AO=18;DP=32;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.040494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.943;QD=24.1042;RBI=0.047405;REFB=-0.0481358;REVB=0.0246469;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245556;STB=0.631456;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0242783;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:14:14:18:22:0.611111:6:12:5:9:7:15:5:9 chr12 112191641 . G A 311.03 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474969;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.27;QD=54.0925;RBI=0.0961373;REFB=0;REVB=0.0835849;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216462;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr12 112194727 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.557;QD=54.5161;RBI=0.0379471;REFB=0;REVB=-0.0173718;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24971e-05;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr12 112241766 . G A 124.27 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0279112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.243;QD=27.6153;RBI=0.0322704;REFB=-0.00640494;REVB=-0.0161971;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147448;STB=0.588643;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00275891;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:18:5:5:12:13:0.722222:8:4:3:2:9:4:3:2 chr12 112460147 . T G 300.03 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.782;QD=52.1788;RBI=0.048194;REFB=0;REVB=-0.0153911;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191017;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr12 112460749 . A G 1479.59 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00562898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.71;QD=57.4599;RBI=0.00766723;REFB=-0.110685;REVB=-0.00520587;RO=1;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120078;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00123823;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:103:1:1:100:102:0.990291:61:39:1:0:61:41:1:0 chr12 112477055 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311978;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.728;QD=55.0987;RBI=0.0376902;REFB=0;REVB=0.0211483;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17391e-05;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr12 112486197 . G A 304.52 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0162598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1833;QD=17.6532;RBI=0.0298838;REFB=0.0144402;REVB=-0.025073;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145363;STB=0.581661;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.016909;OID=.;OPOS=112486197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:10:23:20:16:10:23:20:16 chr12 112577990 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.449;QD=49.599;RBI=0.0305355;REFB=0;REVB=0.0129954;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205704;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr12 112667675 . T G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.571;QD=61.6827;RBI=0.0492806;REFB=0;REVB=0.0399502;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344342;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr12 112703732 . A C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.068;QD=57.0008;RBI=0.0431548;REFB=0;REVB=0.0413529;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86199e-05;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:13:41:0:0:13:41:0:0 chr12 112704961 . A G 420.47 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2544;QD=56.0631;RBI=0.00439017;REFB=0;REVB=0.00399829;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393858;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr12 112705013 . C T 242.35 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0983295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2618;QD=46.162;RBI=0.0983843;REFB=-0.0743655;REVB=0.00328272;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00538702;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:21:1:0:19:21:1:5:14:1:0:6:15:0:0 chr12 113348870 . G A 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4207;QD=57.3809;RBI=0.00388165;REFB=0;REVB=-0.00292011;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21698e-05;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr12 113357193 . G A 207.05 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0986844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4954;QD=48.7183;RBI=0.105521;REFB=0;REVB=-0.0373632;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00554347;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr12 113357209 . G A 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.252;QD=51.1655;RBI=0.00994411;REFB=0;REVB=-0.000733558;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141879;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 113357237 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000372453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9811;QD=57.6796;RBI=0.0289346;REFB=0;REVB=-0.0289322;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000635309;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 113357442 . G A 878.8 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2617;QD=57.6264;RBI=0.0658173;REFB=0;REVB=0.059534;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100804;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:35:26:0:0 chr12 113369715 . TA T 963.18 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115481;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.384;QD=57.5035;RBI=0.01515;REFB=0;REVB=0.00980628;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.05336e-05;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:68:67:67:0:28:39:0:0:5:0:28:38:0:0 chr12 113369759 . G C 835.64 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0454766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2785;QD=55.7093;RBI=0.0516581;REFB=0.035744;REVB=0.0245038;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-9.5031e-05;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:33:25:0:1:33:26:0:1 chr12 113376388 . G A 650.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4576;QD=61.9199;RBI=0.0748099;REFB=0;REVB=0.069112;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117528;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:18:22:0:0:18:24:0:0 chr12 113376452 . C T 145.39 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.885;QD=44.7346;RBI=0.0512881;REFB=0;REVB=0.0457274;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566058;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:8:5:0:0 chr12 113386950 . T C 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0111338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.375;QD=14.1962;RBI=0.0115192;REFB=-0.00107841;REVB=0.00295493;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174649;STB=0.59509;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00302349;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:19:4:9:22:19:4:9:23 chr12 113398919 . G A 353.4 PASS AF=0.632653;AO=28;DP=46;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0937755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.328;QD=28.8486;RBI=0.0963965;REFB=-0.0155569;REVB=-0.0223254;RO=18;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288863;STB=0.534984;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0110979;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:18:18:28:31:0.632653:16:12:7:11:16:15:7:11 chr12 113407525 . C A 199.6 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0989277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3353;QD=16.9873;RBI=0.121972;REFB=-0.044227;REVB=0.0713474;RO=25;SAF=3;SAR=16;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390793;STB=0.568802;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0624864;OID=.;OPOS=113407525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:25:26:19:21:0.446809:16:3:4:21:16:5:4:22 chr12 113435450 . A T 1287.15 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225892;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7949;QD=62.0314;RBI=0.0248515;REFB=0;REVB=0.0247486;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220245;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:43:40:0:0 chr12 113448288 . A G 801.4 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.027;QD=57.2425;RBI=0.0182499;REFB=0;REVB=0.0165852;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58978e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:28:28:0:0 chr12 113553481 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.939;QD=59.8394;RBI=0.0294894;REFB=0;REVB=0.0256366;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45251e-05;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:26:9:0:0:27:9:0:0 chr12 114282496 . C T 2024.94 PASS AF=0.52973;AO=195;DP=375;FAO=196;FDP=370;FR=.;FRO=174;FSAF=95;FSAR=101;FSRF=67;FSRR=107;FWDB=0.0176463;FXX=0.013333;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.637;QD=21.8912;RBI=0.0236635;REFB=-0.0129999;REVB=0.0157661;RO=171;SAF=94;SAR=101;SRF=64;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929996;STB=0.54703;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0126417;OID=.;OPOS=114282496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:370:171:174:195:196:0.52973:101:94:64:107:101:95:67:107 chr12 114362483 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.385;QD=60.2307;RBI=0.00988115;REFB=0;REVB=0.00759512;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34004e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr12 114374887 . T C 639.24 PASS AF=0.670732;AO=55;DP=82;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00390904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3268;QD=31.1825;RBI=0.0236501;REFB=-0.027534;REVB=0.0233248;RO=27;SAF=27;SAR=28;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00573805;STB=0.503104;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.010159;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:27:55:55:0.670732:28:27:13:14:28:27:13:14 chr12 114377835 . A G 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00584676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.73;QD=16.7137;RBI=0.0122646;REFB=-0.00788201;REVB=-0.0107812;RO=42;SAF=8;SAR=28;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28651;STB=0.665473;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00977975;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:36:36:0.45:28:8:20:22:28:8:21:23 chr12 114377877 . T C 162.3 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0162277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.55;QD=12.0225;RBI=0.021259;REFB=-0.00918539;REVB=0.0137334;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242514;STB=0.651007;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00860505;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:14:6:17:16:14:6:18:16 chr12 114377899 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.322;QD=63.8714;RBI=0.0537732;REFB=0;REVB=0.0522611;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211453;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr12 114383651 . C T 401.26 PASS AF=0.422018;AO=43;DP=105;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0100219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.336;QD=14.725;RBI=0.0164394;REFB=-0.0039906;REVB=-0.0130313;RO=62;SAF=11;SAR=32;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326738;STB=0.666311;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0057152;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:62:63:43:46:0.422018:32:11:34:28:33:13:35:28 chr12 114386572 . C T 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00384824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.335;QD=18.2997;RBI=0.0246302;REFB=-0.00982512;REVB=-0.0243277;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244836;STB=0.639204;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0170127;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:9:14:7:13:9:14 chr12 114386639 . A G 456.99 PASS AF=0.556962;AO=42;DP=77;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00410495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0021;QD=23.1388;RBI=0.0250679;REFB=-0.00272116;REVB=0.0247296;RO=35;SAF=24;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713018;STB=0.547347;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00125521;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:35:35:42:44:0.556962:18:24:17:18:18:26:17:18 chr12 114793297 . T C 363.03 PASS AF=1;AO=18;DP=31;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.336;QD=53.7826;RBI=0.171144;REFB=0;REVB=0.0479093;RO=2;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127157;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:27:2:0:18:27:1:15:3:2:0:15:12:0:0 chr12 114942966 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0150823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.207;QD=6.25133;RBI=0.0368672;REFB=-0.0236142;REVB=0.033641;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954119;STB=0.562286;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0527238;OID=.;OPOS=114942966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:7:10:4:2:7:10 chr12 115120752 . GCCTG GCCGT,GCCT,GCTG 320.97 PASS AF=0.114754,0.885246,0;AO=3,9,19;DP=68;FAO=7,54,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43,0;FSAR=7,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772426,0.524669,-0.440088;FXX=0.0468677;HRUN=1,4,2;LEN=2,1,1;MLLD=31.8711,6.07904,15.4604;QD=21.0469;RBI=0.234783,0.911282,0.615562;REFB=-0.018026,-0.00615467,0.0127194;REVB=-0.221713,-0.745089,-0.430394;RO=29;SAF=2,0,17;SAR=1,9,2;SRF=26;SRR=3;SSEN=0,0.43408,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.387171,-0.849933,-0.00505868;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.129302,-0.0017291,0;OID=.,.,.;OPOS=115120755,115120756,115120753;OREF=TG,G,C;OALT=GT,-,-;OMAPALT=GCCGT,GCCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.114754,0.885246,0:3,9,19:68:7,54,0:61:0:0,43,0:7,11,0:0:0:13:29:2,0,17:1,9,2:26:3 chr12 116155595 . G A 569.78 PASS AF=0.458015;AO=61;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00973812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3376;QD=17.3978;RBI=0.0179057;REFB=-0.00759937;REVB=0.0150261;RO=69;SAF=34;SAR=27;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117034;STB=0.570388;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0133745;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:71:61:60:0.458015:27:34:30:39:26:34:31:40 chr12 116408538 . A G 551.66 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0142278;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.811;QD=23.9854;RBI=0.0142346;REFB=-0.00893301;REVB=0.000442425;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794916;STB=0.547151;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00676857;OID=.;OPOS=116408538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:50:51:0.554348:28:22:22:19:29:22:22:19 chr12 116421110 . C T 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00454286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.063;QD=15.6684;RBI=0.0232227;REFB=-0.0171635;REVB=0.022774;RO=49;SAF=10;SAR=27;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33814;STB=0.696664;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0209223;OID=.;OPOS=116421110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:50:37:37:0.425287:27:10:29:20:27:10:30:20 chr12 116429689 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0598375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4245;QD=28.5376;RBI=0.0603296;REFB=0.0278708;REVB=-0.00768968;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.000720228;OID=.;OPOS=116429689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr12 116446445 . C T 164.92 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00798712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.372;QD=14.0355;RBI=0.0197438;REFB=0.0103205;REVB=-0.0180562;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129764;STB=0.575671;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0101177;OID=.;OPOS=116446445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:13:16:12:6:13:16 chr12 117014174 . GAAAAAAAAA GAAAAAAAA,GAAAAAAAAG,GAAAAAAA,GGAAAAAAAA 234.96 PASS AF=0.771429,0.228571,0,0;AO=15,5,6,2;DP=36;FAO=27,8,0,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13,5,0,0;FSAR=14,3,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515185,0.0494841,-0.0267858,-0.0260179;FXX=0.0277701;HRUN=9,9,9,9;LEN=1,1,2,1;MLLD=8.04513,18.9169,8.88301,14.578;QD=26.8528;RBI=0.0595969,0.0728566,0.0337179,0.0276559;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0299605,-0.0534734,-0.0204797,-0.00937661;RO=2;SAF=6,3,3,2;SAR=9,2,3,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.129617,-0.212944,-0.215133,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=-0.0547012,0.043528,0.0236947,0;OID=.,.,.,.;OPOS=117014175,117014183,117014175,117014175;OREF=A,A,AA,A;OALT=-,G,-,G;OMAPALT=GAAAAAAAA,GAAAAAAAAG,GAAAAAAA,GGAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.771429,0.228571,0,0:15,5,6,2:36:27,8,0,0:35:0:13,5,0,0:14,3,0,0:0:0:42:2:6,3,3,2:9,2,3,0:2:0 chr12 117217141 . T C 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.945;QD=62.0154;RBI=0.0458888;REFB=0;REVB=0.0428967;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229199;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr12 117289603 . A G 115.99 PASS AF=0.28125;AO=10;DP=34;FAO=9;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0468957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2508;QD=14.4992;RBI=0.0478957;REFB=-0.0088773;REVB=-0.00973563;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382526;STB=0.713832;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0219207;OID=.;OPOS=117289603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:34:32:18:18:10:9:0.28125:7:3:12:6:6:3:12:6 chr12 117289613 . G C 278.87 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0106035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.615;QD=21.8718;RBI=0.0183551;REFB=-0.0236665;REVB=0.0149826;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281779;STB=0.522711;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0180639;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:12:15:12:11:12:16:12:11 chr12 117290182 . T TTTCCCC 110.58 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00585679;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=6;MLLD=285.519;QD=13.8229;RBI=0.009779;REFB=-0.00627948;REVB=-0.00783115;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145442;STB=0.585233;STBP=0.438;TYPE=ins;VARB=0.00980531;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:13:33:13:32:19:8:5:9:10:99:19:8:5:9:10 chr12 117383320 . G A 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1381;QD=60.6022;RBI=0.00415541;REFB=0;REVB=0.0027441;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94795e-06;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr12 117465857 . T C 1232.64 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014711;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.008;QD=61.6322;RBI=0.0180881;REFB=0;REVB=0.0105246;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44437e-06;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr12 117584066 . G A 351.58 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0131719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.89;QD=17.1501;RBI=0.013529;REFB=-0.0133378;REVB=-0.00308771;RO=44;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710553;STB=0.54543;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0188676;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:37:38:0.463415:15:22:23:21:15:23:23:21 chr12 117593387 . G A 664.2 PASS AF=0.40884;AO=74;DP=176;FAO=74;FDP=181;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=0.00326166;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.806;QD=14.6785;RBI=0.00613479;REFB=-0.0183634;REVB=-0.00519588;RO=98;SAF=38;SAR=36;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488164;STB=0.522436;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0112827;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:181:98:107:74:74:0.40884:36:38:55:43:36:38:59:48 chr12 117593391 . A G 798.86 PASS AF=0.444444;AO=82;DP=188;FAO=84;FDP=189;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0376606;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.884;QD=16.9071;RBI=0.0403879;REFB=-0.00755474;REVB=-0.01459;RO=104;SAF=46;SAR=36;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519893;STB=0.525334;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0113336;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:104:105:82:84:0.444444:36:46:53:51:37:47:54:51 chr12 117657901 . G A 69.61 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0139341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3824;QD=16.3777;RBI=0.0333478;REFB=-0.0507451;REVB=0.0302971;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341417;STB=0.695816;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0226343;OID=.;OPOS=117657901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:1:7:4:5:1:7 chr12 117691485 . A G 289.7 PASS AF=0.590909;AO=24;DP=42;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0202887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.832;QD=26.3359;RBI=0.0270847;REFB=-0.0372191;REVB=0.0179429;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23315;STB=0.611032;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0176876;OID=.;OPOS=117691485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:18:18:24:26:0.590909:13:11:3:15:15:11:3:15 chr12 117701714 . A G 790.78 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00292916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.742;QD=53.6124;RBI=0.0400799;REFB=-0.0577985;REVB=-0.0399727;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241604;STB=0.512816;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0042533;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:59:1:1:55:58:0.983051:36:19:1:0:39:19:1:0 chr12 117890947 . T C 670.46 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.347;QD=62.3683;RBI=0.0161861;REFB=0;REVB=-0.00470179;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25932e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:21:22:0:0 chr12 117894232 . C A 197.84 PASS AF=0.298851;AO=25;DP=86;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00597305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.883;QD=9.09616;RBI=0.00808473;REFB=-0.0119394;REVB=-0.00544844;RO=59;SAF=14;SAR=11;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211283;STB=0.509762;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.027135;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:59:61:25:26:0.298851:11:14:32:27:12:14:32:29 chr12 117993064 . C T 936.74 PASS AF=0.587413;AO=83;DP=142;FAO=84;FDP=143;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00117153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.899;QD=26.2024;RBI=0.00718265;REFB=-0.00555371;REVB=0.00708647;RO=59;SAF=45;SAR=38;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00015713;STB=0.502762;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00357265;OID=.;OPOS=117993064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:59:59:83:84:0.587413:38:45:32:27:39:45:32:27 chr12 118020115 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.118;QD=57.175;RBI=0.0162664;REFB=0;REVB=0.0113914;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69375e-05;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr12 118199286 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.663;QD=56.7065;RBI=0.0299107;REFB=0;REVB=0.00816718;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134488;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr12 118467553 . A G,T 737.94 PASS AF=0.849057,0.150943;AO=45,5;DP=50;FAO=45,8;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16,6;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144986,0.00589038;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.493,62.3198;QD=55.694;RBI=0.0241426,0.00954773;REFB=0,0;REVB=0.0193044,0.00751415;RO=0;SAF=16,3;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.49331e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00075536,0.0600101;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:50:53:0:0:45,5:45,8:0.849057,0.150943:29,2:16,3:0:0:29,2:16,6:0:0 chr12 118473054 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.18;QD=57.1775;RBI=0.0205534;REFB=0;REVB=0.010067;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30957e-05;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr12 118506186 . A T 237.77 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00388276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.949;QD=18.649;RBI=0.0041142;REFB=-0.0204293;REVB=0.00136043;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141537;STB=0.507686;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0186414;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:24:26:25:25:0.490196:16:9:9:15:16:9:9:17 chr12 118509191 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0619488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.678;QD=18.2486;RBI=0.0620962;REFB=-0.0153174;REVB=-0.00427634;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334588;STB=0.514264;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0104065;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:4:9:8:3:4:9:8:4 chr12 118511793 . AC A 41.09 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00519754;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9578;QD=7.47146;RBI=0.0140226;REFB=-0.12028;REVB=-0.0130238;RO=9;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.30137;SSSB=-0.359995;STB=0.689226;STBP=0.251;TYPE=del;VARB=0.119052;OID=.;OPOS=118511794;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:22:11:22:11:1:10:3:8:41:9:1:10:3:6 chr12 118520170 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.187;QD=60.2271;RBI=0.0184114;REFB=0;REVB=0.0180095;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23161e-05;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr12 118682751 . C T 143.86 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0110789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8948;QD=15.1433;RBI=0.0333276;REFB=-0.0110094;REVB=-0.0314322;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149081;STB=0.599874;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0237114;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:10:6:11:10:10:6:12:10 chr12 118828755 . G A 48.85 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0337233;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.288;QD=11.4952;RBI=0.0424245;REFB=0.00712142;REVB=0.0257405;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.542251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0103226;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:5:5:4:3:5:5 chr12 118855405 . A G 448.7 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00861192;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.097;QD=18.5033;RBI=0.0220724;REFB=-0.00289344;REVB=0.0203231;RO=51;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549391;STB=0.535338;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00346886;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:52:45:45:0.463918:23:22:22:29:23:22:22:30 chr12 119568596 . G A 247.76 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0679535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2409;QD=20.2249;RBI=0.0682563;REFB=-0.0186048;REVB=0.00642311;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112004;STB=0.571853;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0104592;OID=.;OPOS=119568596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:23:24:0.489796:11:12:10:15:11:13:10:15 chr12 119588962 . G A 252.95 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0335336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6994;QD=19.0906;RBI=0.0338911;REFB=-0.0184764;REVB=0.00490976;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861151;STB=0.546196;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0242263;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:26:27:0.509434:16:10:12:13:16:11:13:13 chr12 119871387 . A G 736.64 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.877;QD=61.3863;RBI=0.0404999;REFB=-0.124993;REVB=0.0133311;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00170961;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:0:1:47:47:0.979167:28:19:0:0:28:19:1:0 chr12 120067561 . T C 246.53 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0370224;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.103;QD=11.0801;RBI=0.038178;REFB=0.00271742;REVB=-0.00932199;RO=58;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391851;STB=0.516843;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00614214;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:58:59:30:30:0.337079:15:15:31:27:15:15:31:28 chr12 120171995 . T C 162.07 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0375809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9865;QD=12.0052;RBI=0.0759319;REFB=0.00168428;REVB=-0.0659797;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096653;STB=0.505612;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00714839;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:9:11:19:15:9:11:19:15 chr12 120189879 . A G 207.27 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00441386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.045;QD=24.3841;RBI=0.049041;REFB=-0.0392474;REVB=-0.048842;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754591;STB=0.542126;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0333348;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:12:8:7:7:12:8:7:7 chr12 120189888 . T C 253.89 PASS AF=0.638889;AO=20;DP=33;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00187638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.049;QD=28.2101;RBI=0.0840414;REFB=-0.0467672;REVB=0.0840205;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272005;STB=0.53768;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0495418;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:13:13:20:23:0.638889:10:10:7:6:13:10:7:6 chr12 120575549 . A C 870.35 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00405116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.44;QD=56.1518;RBI=0.0155247;REFB=-0.0896659;REVB=0.0149868;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=6.21929e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr12 120589064 . G C 902.74 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9733;QD=55.553;RBI=0.049219;REFB=0.00218005;REVB=-0.0036645;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145233;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000495826;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:61:64:0.984615:32:29:0:1:34:30:0:1 chr12 120589160 . A G 629.19 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0270264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.236;QD=57.1992;RBI=0.0271134;REFB=0.0837457;REVB=-0.00217;RO=2;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084084;STB=0.504482;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00132893;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:17:25:1:1:17:25:1:1 chr12 120591143 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.136;QD=62.3509;RBI=0.0400148;REFB=0;REVB=0.0363079;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160629;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr12 120608031 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.593;QD=57.6805;RBI=0.0199792;REFB=0;REVB=0.00139422;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79539e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr12 120636549 . C A 489.77 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4685;QD=55.9739;RBI=0.0823182;REFB=0.0198825;REVB=-0.0788702;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00535089;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:13:21:0:0:13:21:0:1 chr12 120661977 . T C 271.11 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.165;QD=51.64;RBI=0.0643;REFB=0;REVB=0.0593171;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576769;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr12 120662505 . T C 307.32 PASS AF=0.471429;AO=34;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0660628;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8995;QD=17.5609;RBI=0.0679141;REFB=-0.015305;REVB=-0.0157491;RO=34;SAF=24;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20087;STB=0.605197;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0206918;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:37:34:33:0.471429:10:24:17:17:10:23:19:18 chr12 120731003 . A G 271.19 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00509783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.832;QD=19.3706;RBI=0.0149237;REFB=-0.00391699;REVB=-0.014026;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472824;STB=0.532687;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0032062;OID=.;OPOS=120731003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:18:10:11:16:19:10:11:16 chr12 120741382 . G A 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166467;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.591;QD=50.4976;RBI=0.0168335;REFB=0;REVB=-0.00250075;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97906e-05;OID=.;OPOS=120741382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr12 120750517 . A G 347.59 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0401073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6341;QD=51.4946;RBI=0.0414379;REFB=0.0174008;REVB=-0.0104163;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0097568;OID=.;OPOS=120750517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:0:1:12:14:0:1 chr12 120762837 . A G 774.96 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229619;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.205;QD=57.4043;RBI=0.0383694;REFB=0;REVB=0.0307402;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258637;OID=.;OPOS=120762837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr12 120882217 . G T 116.09 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00577522;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.66;QD=18.5749;RBI=0.0172129;REFB=-0.0101869;REVB=0.0162152;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075581;STB=0.514264;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00927585;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:12:13:13:0.52:4:9:8:5:4:9:8:4 chr12 120882264 . AAAG A,AAAA 105.56 PASS AF=0.352941,0;AO=10,3;DP=41;FAO=12,0;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0124305,-0.0187763;FXX=0.105235;HRUN=7,1;LEN=3,1;MLLD=199.553,193.569;QD=12.4182;RBI=0.0125286,0.0188191;REFB=0.0101622,0.00889864;REVB=0.00156509,-0.00126866;RO=25;SAF=5,2;SAR=5,1;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0230887,0.198065;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0198583,0;OID=.,.;OPOS=120882265,120882267;OREF=AAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0:10,3:41:12,0:34:22:6,0:6,0:11:11:99:25:5,2:5,1:12:13 chr12 120894974 . C G 74.82 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0207264;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.5043;QD=5.64683;RBI=0.0242083;REFB=-0.0624707;REVB=0.0125083;RO=33;SAF=7;SAR=1;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435237;STB=0.803175;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.114957;OID=.;OPOS=120894974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:53:33:38:8:8:0.150943:1:7:19:14:1:7:22:16 chr12 120934407 . C T 256.95 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0290225;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.3606;QD=18.0316;RBI=0.110106;REFB=-0.000759917;REVB=0.106212;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358519;STB=0.509427;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0025517;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:26:29:28:28:0.491228:15:13:11:15:15:13:14:15 chr12 120934624 . A C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00956576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7279;QD=16.4168;RBI=0.0139444;REFB=0.0298148;REVB=-0.0101461;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.031092;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:5:11:7:7:5:11 chr12 120960057 . C T 70.95 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0108001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.932;QD=21.8295;RBI=0.0478766;REFB=-0.0619046;REVB=0.0466425;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348619;STB=0.666324;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0303275;OID=.;OPOS=120960057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:13:13:4:4:8:9:0.692308:3:5:0:4:4:5:0:4 chr12 120966921 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.039571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.441;QD=10.1734;RBI=0.0431172;REFB=-0.0231999;REVB=0.0171239;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0294459;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr12 121013628 . A G 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0210019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2975;QD=1.88385;RBI=0.0339983;REFB=-0.00135753;REVB=-0.0267359;RO=72;SAF=1;SAR=8;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421416;STB=0.833022;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0205408;OID=.;OPOS=121013628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:83:72:74:9:9:0.108434:8:1:30:42:8:1:31:43 chr12 121017171 . A G 244.07 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00594116;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0458;QD=18.7746;RBI=0.0445308;REFB=-0.0333128;REVB=-0.0441327;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0431676;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:14:12:12:13:14:12:12:14 chr12 121093655 . C T 55.91 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0738064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1232;QD=11.1813;RBI=0.0777186;REFB=-0.0312446;REVB=-0.0243472;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252187;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0967603;OID=.;OPOS=121093655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:9:3:4:4:9:3 chr12 121131891 . C T 438.44 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00381223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.589;QD=21.922;RBI=0.0165041;REFB=-0.015862;REVB=-0.0160578;RO=34;SAF=26;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123532;STB=0.580456;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00995568;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:34:37:42:43:0.5375:16:26:16:18:17:26:16:21 chr12 121174899 . T C 508.23 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0572029;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1774;QD=23.6384;RBI=0.0592224;REFB=-0.00718412;REVB=0.0153334;RO=38;SAF=27;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113812;STB=0.562474;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0114824;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:38:38:48:48:0.55814:21:27:16:22:21:27:16:22 chr12 121174938 . C T 320.55 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0217971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.102;QD=21.3703;RBI=0.023041;REFB=-0.00576325;REVB=0.00746824;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472299;STB=0.526138;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00506514;OID=.;OPOS=121174938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:14:19:14:13:14:19:14:13 chr12 121175221 . G A 797.91 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.00520695;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.978;QD=21.2776;RBI=0.0223898;REFB=-0.0128951;REVB=0.0217759;RO=70;SAF=44;SAR=35;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491547;STB=0.523803;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00894581;OID=.;OPOS=121175221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:70:71:79:79:0.526667:35:44:35:35:35:44:36:35 chr12 121175984 . T C 95.24 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0138564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.144;QD=23.8088;RBI=0.0426609;REFB=-0.035142;REVB=0.0403479;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51721;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0168461;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:16:5:5:10:11:0.6875:4:6:3:2:5:6:3:2 chr12 121176679 . C T 221.27 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0289694;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2859;QD=24.5857;RBI=0.040923;REFB=-0.0592794;REVB=-0.0289044;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713466;STB=0.503975;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0569276;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:8:7:10:11:8:7 chr12 121416622 . C G 261.57 PASS AF=0.5;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0112221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.463;QD=18.039;RBI=0.0292347;REFB=-0.0130848;REVB=0.0269951;RO=28;SAF=23;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055461;STB=0.525465;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0228999;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:29:29:0.5:6:23:21:7:6:23:22:7 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 260.91 PASS AF=0.555556,0.111111;AO=19,6;DP=39;FAO=20,4;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11,4;FSAR=9,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.016558,-0.0205552;FXX=0.0769034;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=173.393,96.2811;QD=28.9901;RBI=0.0166855,0.0207124;REFB=-0.0270811,-0.00864874;REVB=-0.00205875,-0.0025471;RO=12;SAF=11,6;SAR=8,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0031244,0.725845;STB=0.512646,0.99657;STBP=0.882,0.081;TYPE=ins,snp;VARB=0.0224721,0.0549125;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:36:12:12:19,6:20,4:0.555556,0.111111:8,0:11,6:7:5:9,0:11,4:7:5 chr12 121435427 . G A 110.04 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0198148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.52;QD=17.6067;RBI=0.019826;REFB=-0.0163771;REVB=0.000666458;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113581;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0176422;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:12:13:0.52:6:6:7:4:6:7:7:5 chr12 121435475 . G A 166.05 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00430396;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.396;QD=20.7564;RBI=0.00431326;REFB=-0.025155;REVB=-0.00028309;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124999;STB=0.521713;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0161579;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:15:17:17:0.53125:5:12:9:4:5:12:10:5 chr12 121435587 . G T 198.7 PASS AF=0.452381;AO=14;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0161812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.26;QD=18.9236;RBI=0.043966;REFB=-0.00199527;REVB=0.0408801;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734615;STB=0.57405;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0219598;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:21:14:19:0.452381:9:5:8:14:14:5:8:13 chr12 121437221 . T C 946.78 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0497321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.81;QD=55.6929;RBI=0.0553214;REFB=-0.0808329;REVB=0.0242316;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160134;STB=0.501808;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00395598;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:37:29:1:0:37:29:1:1 chr12 121437382 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.437;QD=46.8453;RBI=0.0702097;REFB=0;REVB=0.00833399;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384112;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr12 121439598 . G A 216.27 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00742473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.779;QD=15.4478;RBI=0.00899405;REFB=-0.00152786;REVB=-0.00507606;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833033;STB=0.555511;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00223212;OID=.;OPOS=121439598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:24:25:0.446429:12:12:12:17:12:13:13:18 chr12 121442199 . T A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.000189271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.481;QD=15.9168;RBI=0.0119697;REFB=-0.00108958;REVB=0.0119682;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277322;STB=0.660763;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0016428;OID=.;OPOS=121442199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:9:6:9:4:9:6 chr12 121442214 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0730702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2605;QD=12.781;RBI=0.075063;REFB=-0.00113489;REVB=-0.0171815;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00608394;OID=.;OPOS=121442214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr12 121454257 . T A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9533;QD=56.705;RBI=0.0483838;REFB=0;REVB=0.00494078;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000753319;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr12 121471337 . G A 601.79 PASS AF=0.512605;AO=60;DP=118;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00721152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.66;QD=20.2281;RBI=0.0128013;REFB=-0.00900953;REVB=0.0105768;RO=58;SAF=27;SAR=33;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293905;STB=0.519727;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00859358;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:58:58:60:61:0.512605:33:27:28:30:34:27:28:30 chr12 121600253 . T C 179.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00602515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7498;QD=11.5824;RBI=0.0305648;REFB=0.00422836;REVB=-0.029965;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242399;STB=0.525092;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0119786;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:23:23:0.370968:15:8:14:24:15:8:15:24 chr12 121605355 . G A 97.77 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00633218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.863;QD=13.9675;RBI=0.0217787;REFB=-0.0192918;REVB=-0.0208378;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246768;STB=0.659715;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0392291;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:28:16:16:11:12:0.428571:8:3:8:8:9:3:8:8 chr12 121615131 . C G 223.97 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0180348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4831;QD=10.6651;RBI=0.0260347;REFB=-0.00282912;REVB=0.0187763;RO=55;SAF=15;SAR=13;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116791;STB=0.560303;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00708635;OID=.;OPOS=121615131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:56:28:28:0.333333:13:15:35:20:13:15:35:21 chr12 121622239 . C T 166.4 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00841711;FXX=0.0302939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.589;QD=20.7994;RBI=0.0107918;REFB=-0.00501685;REVB=-0.00675398;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164179;STB=0.557553;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00397785;OID=.;OPOS=121622239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:15:16:17:0.53125:10:6:8:6:10:7:8:7 chr12 121622419 . G T 64.08 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0880219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4396;QD=9.49342;RBI=0.0905423;REFB=0.0130682;REVB=-0.0212143;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128484;STB=0.578767;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0209324;OID=.;OPOS=121622419;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:10:8:3:6:10:8 chr12 121622520 . A T 350.26 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352012;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.697;QD=53.8864;RBI=0.046091;REFB=0;REVB=0.0297532;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487136;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:24:26:1:12:12:1:0:12:14:0:0 chr12 121701681 . G A 223.83 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0127213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.1486;QD=17.5554;RBI=0.0141096;REFB=-0.0188059;REVB=0.00610309;RO=27;SAF=3;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423321;STB=0.744436;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0622063;OID=.;OPOS=121701681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:21:3:12:15:21:3:12:15 chr12 121712077 . T A 89.36 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0386858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.306;QD=14.893;RBI=0.0477229;REFB=0.00162745;REVB=0.0279443;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216462;STB=0.624791;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00276775;OID=.;OPOS=121712077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:10:3:5:6:10:3 chr12 121853164 . T C 379.66 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9397;QD=54.2377;RBI=0.113026;REFB=0;REVB=0.0985629;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192098;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:15:9:0:0:17:11:0:0 chr12 121870922 . G A 209.21 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0973452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5306;QD=41.8418;RBI=0.098809;REFB=-0.0474917;REVB=0.0169451;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102827;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0675884;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:1:1:8:10:1:1 chr12 121871006 . A C 183.4 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.999;QD=43.1527;RBI=0.0440174;REFB=-0.177245;REVB=0.0408338;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00361374;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:0:1:16:16:0.941176:8:8:0:0:8:8:1:0 chr12 121878659 . C T 1548.9 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152036;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.275;QD=63.2204;RBI=0.0274525;REFB=0;REVB=0.022858;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69879e-05;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:93:98:1:58:35:0:0:60:38:0:0 chr12 121880520 . G A 931.85 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0544524;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.636;QD=55.6331;RBI=0.0724593;REFB=-0.162965;REVB=0.0478046;RO=2;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000433733;STB=0.50023;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00113651;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:32:33:1:1:32:33:1:1 chr12 121881848 . G A 432.67 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655473;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.177;QD=57.6894;RBI=0.0662518;REFB=0;REVB=0.00963596;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177433;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr12 122042844 . A G 205.89 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7443;QD=48.4439;RBI=0.0330697;REFB=0;REVB=0.0328988;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136323;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr12 122079189 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000256506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.613;QD=8.73767;RBI=0.0155139;REFB=-0.0126458;REVB=0.0155117;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0288348;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:10:10:4:5:10:10 chr12 122079441 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.853;QD=43.4856;RBI=0.0246931;REFB=0;REVB=0.00712709;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458489;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr12 122079668 . A G 113.81 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00253229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0221;QD=18.2096;RBI=0.0694219;REFB=-0.0337004;REVB=-0.0693757;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583577;STB=0.533283;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0213618;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:3:9:9:4:3:9 chr12 122107255 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0312325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.391;QD=17.3772;RBI=0.0799292;REFB=-0.00321358;REVB=0.0735745;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154239;STB=0.588087;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0052646;OID=.;OPOS=122107255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:8:2:4:7:8:2 chr12 122234089 . T A 657.27 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012593;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6652;QD=62.5974;RBI=0.0340469;REFB=0;REVB=0.0316324;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr12 122234191 . C A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.073;QD=61.3337;RBI=0.0293752;REFB=0;REVB=0.00589438;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149961;OID=.;OPOS=122234191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr12 122243905 . C T 670.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.989;QD=62.403;RBI=0.0722119;REFB=0;REVB=0.0122077;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015701;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:29:12:0:0:29:14:0:0 chr12 122248582 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00092927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.058;QD=52.6132;RBI=0.0401113;REFB=0;REVB=0.0401005;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10611e-05;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:19:2:0:0:19:3:0:0 chr12 122261456 . G A 1521.22 PASS AF=0.972222;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0671002;FXX=0.0357111;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.907;QD=56.3413;RBI=0.0803388;REFB=-0.13861;REVB=0.0441802;RO=3;SAF=39;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236484;STB=0.501403;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00135521;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:108:108:3:3:104:105:0.972222:65:39:1:2:65:40:1:2 chr12 122295335 . T C 443.88 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1317;QD=57.2743;RBI=0.0918703;REFB=0;REVB=0.0853415;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090395;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr12 122326812 . T C 289.39 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.081029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8639;QD=52.6163;RBI=0.099143;REFB=0;REVB=0.0571283;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000640125;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:4:17:0:0:5:17:0:0 chr12 122353796 . A G 702.3 PASS AF=0.979592;AO=43;DP=44;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0505241;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.6321;QD=57.3307;RBI=0.135693;REFB=0.0491717;REVB=0.125936;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284424;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000350995;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:49:1:1:43:48:0.979592:27:16:1:0:29:19:1:0 chr12 122355715 . TC T,TT 369.08 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=3,25;DP=28;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301372,0.0226598;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.575,135.292;QD=54.6778;RBI=0.0586729,0.046739;REFB=0,0;REVB=0.0503414,0.0408787;RO=0;SAF=0,6;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0297279,0.00222239;OID=.,.;OPOS=122355716,122355716;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0740741,0.925926:3,25:28:2,25:27:0:0,6:2,19:0:0:6:0:0,6:3,19:0:0 chr12 122369762 . C T 489.82 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0580917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2661;QD=55.9798;RBI=0.0640584;REFB=-0.0849346;REVB=-0.0269968;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00109035;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:33:34:0.971429:19:14:0:0:19:15:1:0 chr12 122396395 . C G,T 1055.81 PASS AF=0.0138889,0.986111;AO=4,66;DP=70;FAO=1,71;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188104,0.0232345;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.828,200.655;QD=58.6561;RBI=0.0200845,0.0235056;REFB=0,0;REVB=-0.00703957,-0.00355964;RO=0;SAF=1,37;SAR=3,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0211888,-0.00114058;OID=.,.;OPOS=122396395,122396395;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:70:72:0:0:4,66:1,71:0.0138889,0.986111:3,29:1,37:0:0:1,32:0,39:0:0 chr12 122405912 . G T 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0021;QD=58.1321;RBI=0.0430833;REFB=0;REVB=0.00543067;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434026;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr12 122497001 . T C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.000600416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.344;QD=19.1095;RBI=0.00522568;REFB=-0.00970694;REVB=-0.00519108;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137319;STB=0.576271;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0105303;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:6:20:17:10:6:20 chr12 122617989 . A G 159.89 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.00644969;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.289;QD=16.8305;RBI=0.0120923;REFB=-0.0246358;REVB=0.0102286;RO=21;SAF=2;SAR=14;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716222;STB=0.531215;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0245439;OID=.;OPOS=122617989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:16:17:0.447368:14:2:2:19:15:2:2:19 chr12 122618131 . A G 173.04 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.532;QD=18.7067;RBI=0.0171709;REFB=-0.00987918;REVB=-0.0171709;RO=19;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149417;OID=.;OPOS=122618131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:18:0:0:19:18:0:0:19 chr12 122623000 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00687838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.352;QD=15.5715;RBI=0.0393858;REFB=-0.0176012;REVB=-0.0387805;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260718;STB=0.515124;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.018868;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:9:3:3:8:9:3 chr12 122626842 . G A 433.24 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.011273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4065;QD=18.2415;RBI=0.012143;REFB=-0.0135678;REVB=0.00451362;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720533;STB=0.540212;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.021795;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:20:24:24:27:20:24:24:27 chr12 122628219 . T C 389.46 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0182748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.197;QD=18.9982;RBI=0.0187607;REFB=0.000978361;REVB=0.00424225;RO=43;SAF=24;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106194;STB=0.516121;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0010008;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:42:39:40:0.487805:15:24:26:17:15:25:25:17 chr12 122628516 . A T 429.55 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0638407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7892;QD=22.6077;RBI=0.0938484;REFB=-0.0197571;REVB=-0.0687887;RO=32;SAF=24;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568287;STB=0.532304;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.012898;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:32:34:42:42:0.552632:18:24:16:16:18:24:17:17 chr12 122674032 . C T 390.69 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6906;QD=55.8132;RBI=0.0168986;REFB=0;REVB=-0.0108573;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349448;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr12 122674758 . G A 453.55 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.034131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1015;QD=54.9755;RBI=0.042251;REFB=-0.122427;REVB=0.0249043;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.004489;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:1:0:17:15:1:0 chr12 122676013 . A C 324.44 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0339626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.832;QD=18.0245;RBI=0.0343166;REFB=0.00797694;REVB=0.00491658;RO=37;SAF=9;SAR=24;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593092;STB=0.505954;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00805349;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:33:35:0.486111:24:9:12:25:24:11:12:25 chr12 122689161 . C G 117.86 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0205257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8427;QD=13.4695;RBI=0.0223123;REFB=-0.0305879;REVB=0.00874832;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354186;STB=0.709353;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0581502;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:3:11:10:11:3:11:10:11 chr12 122689181 . C G 84.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.023228;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6619;QD=9.60624;RBI=0.0279557;REFB=-0.000466375;REVB=-0.0155557;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249274;STB=0.622811;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0019819;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:35:22:24:11:11:0.314286:4:7:9:13:4:7:11:13 chr12 122689244 . C T 127.35 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0409632;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9882;QD=11.5773;RBI=0.0665727;REFB=-0.0198898;REVB=0.052478;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265503;STB=0.686323;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0922885;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:29:29:13:15:0.340909:8:5:18:11:10:5:18:11 chr12 122691738 . C A 446.75 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.257;QD=57.6451;RBI=0.0718158;REFB=0;REVB=0.0713029;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037102;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr12 122756342 . G A 149.65 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00830509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.819;QD=11.9716;RBI=0.0160035;REFB=-0.00481079;REVB=-0.0136798;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117099;STB=0.554393;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00925209;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:7:10:22:10:7:10:22:11 chr12 122989235 . A C 465.68 PASS AF=0.434426;AO=47;DP=114;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=0.00524948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5106;QD=15.2682;RBI=0.0399352;REFB=-0.0128101;REVB=0.0395887;RO=65;SAF=32;SAR=15;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323139;STB=0.532008;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0251686;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:122:65:69:47:53:0.434426:15:32:46:19:18:35:49:20 chr12 123087442 . A G 145.68 PASS AF=0.447368;AO=12;DP=41;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0458791;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.774;QD=15.3351;RBI=0.0505412;REFB=-0.0455664;REVB=0.0212019;RO=23;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503103;STB=0.511931;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0478849;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:23:21:12:17:0.447368:11:1:9:14:11:6:7:14 chr12 123185864 . A G 168.58 PASS AF=0.226891;AO=27;DP=120;FAO=27;FDP=119;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=0.000752928;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.039;QD=5.66662;RBI=0.0419161;REFB=-0.00380874;REVB=-0.0419094;RO=92;SAF=16;SAR=11;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352932;STB=0.521723;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00751557;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:92:92:27:27:0.226891:11:16:52:40:11:16:52:40 chr12 123185962 . T G 51.16 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=122;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=0.0111609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0491;QD=1.65032;RBI=0.015804;REFB=0.00310235;REVB=0.0111893;RO=108;SAF=6;SAR=7;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662884;STB=0.542649;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0270636;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:122:124:108:111:13:13:0.104839:7:6:44:64:7:6:46:65 chr12 123200247 . G C 1047.55 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.869;QD=58.197;RBI=0.0432744;REFB=-0.121195;REVB=0.0419906;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000487259;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:37:34:0:1:37:34:0:1 chr12 123200334 . T C 192.81 PASS AF=0.894737;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0283243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.438;QD=40.5908;RBI=0.0292813;REFB=0.0180577;REVB=-0.00742493;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583231;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0013078;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:19:0:2:15:17:0.894737:10:5:0:0:12:5:2:0 chr12 123200693 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.27;QD=53.9094;RBI=0.0220587;REFB=0;REVB=-0.0050852;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000741938;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr12 123200768 . T G 628.49 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.023;QD=61.316;RBI=0.0216209;REFB=0;REVB=-0.0195736;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12758e-05;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:10:30:0:0:10:31:0:0 chr12 123200937 . T G 454.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4613;QD=56.7532;RBI=0.0230805;REFB=0;REVB=-0.0230364;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302515;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chr12 123246781 . T A 75.2 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.067;QD=37.5998;RBI=0.00327381;REFB=0;REVB=-0.00327381;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394538;OID=.;OPOS=123246781;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:6:0:0:0:8:0:0:0 chr12 123253852 . T C 79.22 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0212118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6337;QD=7.04214;RBI=0.0469145;REFB=-0.00173631;REVB=0.0418453;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532298;STB=0.533274;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00430389;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:4:7:23:11:4:7:23:11 chr12 123253856 . C CAT,T 607.97 PASS AF=0.581818,0.309091;AO=30,19;DP=55;FAO=32,17;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=23,12;FSAR=9,5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0352799,0.0140133;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=135.885,69.1254;QD=44.2158;RBI=0.0364085,0.104204;REFB=-0.103827,-0.0515935;REVB=0.00899475,-0.103257;RO=6;SAF=22,13;SAR=8,6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199902,0.235536;STB=0.598448,0.648467;STBP=0.019,0.028;TYPE=ins,snp;VARB=0.0183331,-0.00822558;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:55:55:6:6:30,19:32,17:0.581818,0.309091:8,6:22,13:1:5:9,5:23,12:1:5 chr12 123333065 . C T 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0135523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.093;QD=18.9132;RBI=0.026206;REFB=-0.00552777;REVB=-0.0224297;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171844;STB=0.595604;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00501654;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:14:15:9:19:14:15:9:19 chr12 123344021 . G A 200.09 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0184209;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.559;QD=15.1009;RBI=0.0196096;REFB=-0.0186413;REVB=-0.00672357;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16315;STB=0.592754;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0185603;OID=.;OPOS=123344021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:23:23:0.433962:13:10:18:12:13:10:18:12 chr12 123345736 . C G 188.8 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.333;QD=44.4238;RBI=0.0255895;REFB=-0.105531;REVB=0.025259;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216113;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:1:0:16:17:1:10:6:0:1:11:6:0:0 chr12 123350154 . CCTTT C 144.86 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.01009;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=96.2797;QD=20.6947;RBI=0.0233448;REFB=-0.0278266;REVB=-0.0210516;RO=10;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254026;STB=0.638762;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.0215044;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:18:28:18:28:10:13:5:10:0:57:10:13:5:10:0 chr12 123460823 . A G 1365.89 PASS AF=1;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569808;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.912;QD=62.7995;RBI=0.0835953;REFB=0;REVB=0.0611667;RO=0;SAF=58;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186422;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:87:0:0:87:87:1:29:58:0:0:29:58:0:0 chr12 123469647 . G T 301.02 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00679376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.746;QD=14.1655;RBI=0.00907576;REFB=-0.0150792;REVB=-0.00601782;RO=50;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619617;STB=0.541324;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0265007;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:19:15:25:25:19:15:26:25 chr12 123495289 . C A 153.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0487543;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.434;QD=20.4268;RBI=0.0515444;REFB=0.0529932;REVB=0.0167286;RO=15;SAF=14;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294577;STB=0.680286;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0447686;OID=.;OPOS=123495289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:14:16:16:0.533333:2:14:10:5:2:14:9:5 chr12 123645803 . G A 1514.08 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586961;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.371;QD=63.7509;RBI=0.011214;REFB=0;REVB=0.00955514;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78466e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr12 123664514 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.322;QD=35.5759;RBI=0.0377182;REFB=0;REVB=-0.0324577;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150527;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr12 123665695 . A G 732.34 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00707221;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.859;QD=53.2611;RBI=0.0115203;REFB=-0.0261895;REVB=0.00909396;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.51785;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000760349;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:55:1:2:53:53:0.963636:26:27:1:0:26:27:2:0 chr12 123665782 . T A,TA 34.72 PASS AF=0,0.36;AO=2,5;DP=25;FAO=0,9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0665534,-0.0530908;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=25.5031,15.4026;QD=5.55505;RBI=0.1149,0.182594;REFB=-0.0143385,-0.0494307;REVB=0.0936621,0.174706;RO=18;SAF=0,1;SAR=2,4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.444428,-0.122663;STB=0.5,0.715828;STBP=1,0.201;TYPE=snp,ins;VARB=0.0723517,0.12312;OID=.,.;OPOS=123665782,123665783;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:25:25:18:16:2,5:0,9:0,0.36:2,4:0,1:5:13:0,8:0,1:5:11 chr12 123746357 . C G 322.66 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7409;QD=53.776;RBI=0.0351764;REFB=0;REVB=0.0335663;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322021;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr12 123799974 . A G 328.61 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256483;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4666;QD=54.7678;RBI=0.0270738;REFB=0;REVB=-0.00866934;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159744;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr12 123810873 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.923;QD=39.2067;RBI=0.0314426;REFB=0;REVB=-0.0261536;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64539e-05;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr12 123879666 . A G 330.66 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00458342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.072;QD=23.6188;RBI=0.00986214;REFB=-0.00812222;REVB=0.00873236;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825402;STB=0.545427;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00613998;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:15:18:10:13:15:18:10:13 chr12 123879668 . G C 334.35 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0324936;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.181;QD=24.3166;RBI=0.0462767;REFB=0.0107386;REVB=-0.0329499;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662171;STB=0.536402;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00139599;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:15:18:10:12:15:18:10:12 chr12 123879768 . AA CG 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0360498;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.076;QD=26.6377;RBI=0.0376154;REFB=-0.00114084;REVB=0.0107394;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198323;STB=0.610967;STBP=0.177;TYPE=mnp;VARB=0.00153206;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:5:11:3:5:5:11:3:5 chr12 123889492 . A C 118.78 PASS AF=0.1875;AO=21;DP=117;FAO=21;FDP=112;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0336442;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.645;QD=4.24206;RBI=0.0341577;REFB=-0.00696789;REVB=-0.00590007;RO=93;SAF=8;SAR=13;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249823;STB=0.668171;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0135855;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:112:93:91:21:21:0.1875:13:8:54:39:13:8:54:37 chr12 123892095 . T C 228.61 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0383015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2222;QD=9.6256;RBI=0.0383455;REFB=0.000118507;REVB=0.00183796;RO=64;SAF=10;SAR=19;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114786;STB=0.580096;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000810512;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:66:29:29:0.305263:19:10:28:36:19:10:30:36 chr12 123892186 . T C 296.94 PASS AF=0.484848;AO=33;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00325709;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.331;QD=17.9964;RBI=0.00576261;REFB=-0.00389612;REVB=-0.00475384;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427783;STB=0.501922;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00372309;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:33:32:0.484848:19:14:16:18:18:14:15:19 chr12 123892235 . G A 137.86 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0159986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.578;QD=19.0151;RBI=0.0165783;REFB=-0.00307381;REVB=-0.0043458;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00403098;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:5:9:8:7:5:9 chr12 123892590 . C T 228.1 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.000531176;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.431;QD=11.5491;RBI=0.0183965;REFB=-0.0164687;REVB=-0.0183888;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195677;STB=0.613084;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.033908;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:51:51:28:28:0.35443:17:11:29:22:17:11:29:22 chr12 123892824 . C T 183.05 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.711;QD=43.0715;RBI=0.055957;REFB=-0.173609;REVB=-0.0234381;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0027642;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:0:1:16:16:0.941176:14:2:0:0:14:2:0:1 chr12 123893723 . G A 109.78 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00531469;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6011;QD=23.1119;RBI=0.0125561;REFB=-0.0196011;REVB=-0.0113759;RO=7;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111629;STB=0.563984;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0406387;OID=.;OPOS=123893723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:19:7:7:12:12:0.631579:11:1:1:6:11:1:1:6 chr12 123893830 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.726;QD=53.2772;RBI=0.0700077;REFB=0;REVB=0.0233813;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022088;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:19:3:0:0:20:3:0:0 chr12 124008073 . A G,T 846.77 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=56,4;DP=60;FAO=56,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24,4;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046425,0.00727693;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=78.9665,11.7698;QD=56.4511;RBI=0.0121382,0.0484567;REFB=0,0;REVB=-0.0112153,-0.0479071;RO=0;SAF=24,4;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00377219,0.135038;OID=.,.;OPOS=124008073,124008073;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:60:60:0:0:56,4:56,4:0.933333,0.0666667:32,0:24,4:0:0:32,0:24,4:0:0 chr12 124069213 . TC CC,CT 79.24 PASS AF=0.5,0;AO=10,10;DP=20;FAO=10,0;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0103035,0.0154187;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=152.213,126.152;QD=15.8481;RBI=0.0274212,0.0444512;REFB=0.00851686,0.00739161;REVB=-0.0254118,-0.0416914;RO=0;SAF=5,3;SAR=5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.599808,0.5;STBP=0.424,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0474857,0;OID=.,.;OPOS=124069213,124069213;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:0:10:10,10:10,0:0.5,0:5,7:5,3:0:0:5,0:5,0:3:7 chr12 124090453 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.966;QD=61.2131;RBI=0.0149054;REFB=0;REVB=-0.0148606;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55295e-05;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:55:24:0:0:55:24:0:0 chr12 124097777 . G A 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0360442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6069;QD=21.7445;RBI=0.0620397;REFB=0.00522133;REVB=-0.0504949;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202833;STB=0.613632;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00732868;OID=.;OPOS=124097777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:7:13:9:13:7:13 chr12 124144572 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTT 94.03 PASS AF=0.111111,0.694444,0.111111,0;AO=4,8,3,2;DP=35;FAO=4,25,4,0;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=3,14,2,0;FSAR=1,11,2,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.108712,0.207594,0.161085,0.100024;FXX=0.0526177;HRUN=11,11,11,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=7.23843,4.31665,16.454,14.1991;QD=10.4475;RBI=0.158137,0.290764,0.169778,0.146166;REFB=-0.0628542,-0.108944,-0.0855304,-0.0914099;REVB=0.114844,0.203588,0.0536293,0.106582;RO=13;SAF=1,6,2,0;SAR=3,2,1,2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.531518,-0.0266423,-0.138806,-0.67888;STB=0.666019,0.548349,0.713404,0.5;STBP=0.715,0.185,0.323,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0446309,0.0550091,0.0481945,0;OID=.,.,.,.;OPOS=124144573,124144573,124144583,124144572;OREF=TT,T,T,CT;OALT=-,-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:17:35:36:13:3:4,8,3,2:4,25,4,0:0.111111,0.694444,0.111111,0:3,2,1,2:1,6,2,0:10:3:1,11,2,0:3,14,2,0:3:0 chr12 124209332 . T C 145.1 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.972;QD=44.6448;RBI=0.0134957;REFB=0;REVB=-0.000830432;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182957;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr12 124210782 . T C 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.084;QD=57.6728;RBI=0.186844;REFB=0;REVB=0.182841;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016773;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr12 124229429 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000655763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.298;QD=58.7806;RBI=0.00234821;REFB=0;REVB=-0.00225479;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86243e-06;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr12 124243707 . T C 652.02 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.684;QD=62.0974;RBI=0.0169774;REFB=0;REVB=-0.00951074;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52509e-06;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr12 124265687 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.697;QD=62.6704;RBI=0.0414138;REFB=0;REVB=0.0353809;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36071e-05;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr12 124267703 . T C 850.76 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.194;QD=57.6784;RBI=0.0252721;REFB=0;REVB=0.00910225;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9823e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr12 124274474 . A G,T 1187.2 PASS AF=0.962025,0.0379747;AO=76,3;DP=79;FAO=76,3;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=43,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723014,0.00990093;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.892,153.944;QD=60.1116;RBI=0.0127389,0.0157593;REFB=0,0;REVB=0.0104883,0.0122608;RO=0;SAF=33,2;SAR=43,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.66218e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000151836,0.0282707;OID=.,.;OPOS=124274474,124274474;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:79:0:0:76,3:76,3:0.962025,0.0379747:43,1:33,2:0:0:43,1:33,2:0:0 chr12 124325977 . T G 356.14 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00311335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.545;QD=19.2508;RBI=0.0476817;REFB=-0.0120403;REVB=-0.04758;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969736;STB=0.553907;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0108324;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:17:20:16:21:17:20:16:21 chr12 124387491 . G A 254.3 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0322265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6765;QD=15.4123;RBI=0.0467149;REFB=0.00169255;REVB=-0.0338191;RO=36;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185125;STB=0.612824;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00239185;OID=.;OPOS=124387491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:19:10:19:17:19:10:20:17 chr12 124798801 . C T 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00402216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.862;QD=23.6159;RBI=0.00994201;REFB=-0.0230196;REVB=0.00909207;RO=23;SAF=17;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189272;STB=0.603814;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0107712;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:16:17:6:17:16:17:6:17 chr12 124829234 . C T 202.24 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00693893;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.953;QD=10.6443;RBI=0.0129801;REFB=-0.0109284;REVB=0.0109697;RO=49;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418764;STB=0.504481;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0212821;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:49:50:25:26:0.342105:16:9:16:33:17:9:17:33 chr12 124829255 . A G 214.56 PASS AF=0.408451;AO=23;DP=65;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00319322;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.471;QD=12.0878;RBI=0.00625013;REFB=-0.0241185;REVB=0.00537284;RO=39;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293047;STB=0.564952;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0397133;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:39:42:23:29:0.408451:17:6:11:28:17:12:13:29 chr12 124856660 . T A 257.35 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00834712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2819;QD=16.3395;RBI=0.0576008;REFB=-0.047196;REVB=0.0569927;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19528;STB=0.618323;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0580469;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:19:10:18:15:19:10:19:15 chr12 124968349 . T C 340.5 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9625;QD=54.4798;RBI=0.0726423;REFB=0;REVB=0.0446353;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206068;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr12 124979789 . T G 102.88 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0152559;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.542;QD=8.9461;RBI=0.0340387;REFB=-0.0124528;REVB=-0.0304285;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13356;STB=0.581272;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0392652;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:19:14:7:6:19:14 chr12 125270773 . A G 217.45 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0321604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.197;QD=14.0287;RBI=0.0374969;REFB=-0.0167221;REVB=-0.0192801;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252721;STB=0.648674;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0235109;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:12:14:10:25:12:14:10:26 chr12 125284748 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.959;QD=58.1308;RBI=0.0238508;REFB=0;REVB=-0.000289929;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143554;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:26:6:0:0:26:6:0:0 chr12 125292413 . G A 244.06 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00128912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.333;QD=18.7742;RBI=0.0222488;REFB=-0.007854;REVB=0.0222114;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103022;STB=0.557648;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0103114;OID=.;OPOS=125292413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:10:16:13:13:10:16 chr12 125298877 . G A 468.47 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00497368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.398;QD=15.6156;RBI=0.0373685;REFB=-0.00918872;REVB=0.037036;RO=63;SAF=24;SAR=28;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169073;STB=0.530876;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00998834;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:63:68:52:52:0.433333:28:24:28:35:27:25:29:39 chr12 125324553 . C T 57.02 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00911397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.068;QD=28.5084;RBI=0.0147535;REFB=0.0147644;REVB=-0.0116017;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000752659;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr12 125324566 . G A 33.14 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0276488;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.017;QD=13.2568;RBI=0.0411004;REFB=0.00479229;REVB=0.0304103;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00227199;OID=.;OPOS=125324566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:2:3:4:1:2:3:4:1 chr12 125324570 . C T 89.93 PASS AF=0.578947;AO=9;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00352031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.793;QD=18.9319;RBI=0.182959;REFB=-0.0221344;REVB=0.182925;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.588082;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0357715;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:8:9:11:0.578947:3:6:6:4:5:6:6:2 chr12 125386076 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.815;QD=47.8183;RBI=0.0842144;REFB=0;REVB=0.0673367;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012322;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr12 125386091 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.075046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2846;QD=7.76134;RBI=0.0811197;REFB=0.0142276;REVB=-0.0307978;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0537826;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:6:7:3:3:6:7 chr12 125386114 . T A 49.65 PASS AF=0.347826;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00241699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.841;QD=8.63451;RBI=0.0881803;REFB=-0.00688442;REVB=0.0881471;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187526;STB=0.529339;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0243612;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:23:15:15:6:8:0.347826:3:3:5:10:5:3:5:10 chr12 125397553 . T C 255.27 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0540178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3456;QD=29.1735;RBI=0.0651906;REFB=-0.0222418;REVB=-0.036495;RO=12;SAF=21;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453579;STB=0.756471;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0110902;OID=.;OPOS=125397553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:2:21:6:6:2:21:6:6 chr12 125397750 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3587;QD=54.5159;RBI=0.058742;REFB=0;REVB=-0.0587178;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153218;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr12 125398517 . GA AA,AG 91.39 PASS AF=0.578947,0;AO=9,2;DP=19;FAO=11,0;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0183137,0.00913286;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=244.857,225.594;QD=19.2405;RBI=0.0439512,0.0359939;REFB=-0.0384722,-0.0359951;REVB=0.0399539,0.034816;RO=7;SAF=4,2;SAR=5,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.411267,0;STB=0.699704,0.5;STBP=0.122,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.037123,0;OID=.,.;OPOS=125398517,125398517;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:7:8:9,2:11,0:0.578947,0:5,0:4,2:7:0:5,0:6,0:8:0 chr12 125399068 . C T 258.92 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0778909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5217;QD=24.0855;RBI=0.0797533;REFB=-0.0403343;REVB=-0.0171349;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749028;STB=0.530072;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0438172;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:13:11:10:8:13:11:10:9 chr12 125399150 . G A 279.8 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0293199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7546;QD=15.5442;RBI=0.0628522;REFB=-0.00770626;REVB=-0.0555944;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885726;STB=0.51388;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00834861;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:40:31:32:0.444444:15:16:21:19:16:16:21:19 chr12 125424502 . A G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00737154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.958;QD=9.84385;RBI=0.0454407;REFB=-0.00617397;REVB=0.0448388;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372622;STB=0.721128;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0184749;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:15:5:6:4:15:5 chr12 125424510 . T A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0210914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.316;QD=9.84358;RBI=0.0212047;REFB=0.00237297;REVB=-0.0021895;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372622;STB=0.721128;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00207814;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:15:5:6:4:15:5 chr12 125432618 . G A 221.78 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0201887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.308;QD=22.7467;RBI=0.02095;REFB=-0.00846768;REVB=-0.00559619;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244979;STB=0.632912;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00893024;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:17:21:22:0.564103:9:12:4:12:10:12:4:13 chr12 125434580 . C T 347.39 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0128935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.338;QD=27.7909;RBI=0.0505712;REFB=-0.0217964;REVB=0.0488999;RO=20;SAF=24;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151753;STB=0.584209;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0208047;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:6:24:13:7:6:24:13:7 chr12 125434716 . G A 224.93 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00575942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.54;QD=19.9934;RBI=0.0142018;REFB=-0.0327413;REVB=-0.0129816;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817596;STB=0.546298;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0282869;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:8:15:16:6:8:15 chr12 125437019 . T C 154.48 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0717466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9021;QD=14.712;RBI=0.0724938;REFB=-0.00717896;REVB=0.010382;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109005;STB=0.564792;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.012446;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:24:18:18:0.428571:11:7:11:11:11:7:12:12 chr12 125438516 . T C 296.02 PASS AF=0.450704;AO=33;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00777638;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1913;QD=16.6771;RBI=0.0351715;REFB=-0.0310703;REVB=-0.034301;RO=38;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526424;STB=0.549419;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0316665;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:39:33:32:0.450704:13:20:21:17:12:20:21:18 chr12 125438523 . C T 266.92 PASS AF=0.434211;AO=28;DP=72;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00118425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5642;QD=14.0484;RBI=0.056342;REFB=-0.02579;REVB=0.0563296;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764671;STB=0.523486;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0694236;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:37:43:28:33:0.434211:13:15:17:20:14:19:23:20 chr12 125441359 . T C 114.5 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00123976;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.195;QD=15.7925;RBI=0.022924;REFB=-0.0139038;REVB=-0.0228905;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121144;STB=0.58366;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0425583;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:16:13:13:0.448276:6:7:10:5:6:7:11:5 chr12 125448960 . C T 674.08 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261344;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.133;QD=62.7052;RBI=0.038256;REFB=0;REVB=0.0279376;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96706e-05;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr12 125449470 . G A 35.01 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.000904462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5869;QD=5.0017;RBI=0.0415365;REFB=0.00519883;REVB=0.0415267;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201969;STB=0.513469;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00661403;OID=.;OPOS=125449470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:15:7:2:4:15:7 chr12 125562809 . G A 950.47 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000119305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.791;QD=57.6043;RBI=0.0324643;REFB=0;REVB=0.032464;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107499;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:24:39:0:0:27:39:0:0 chr12 125834395 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6649;QD=60.9779;RBI=0.0272972;REFB=0;REVB=-0.0265475;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301047;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr12 125900095 . T A 162.23 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0335789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.513;QD=12.017;RBI=0.0348184;REFB=-0.0172864;REVB=0.00920782;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117509;STB=0.568198;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0218839;OID=.;OPOS=125900095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:19:15:11:9:19:15 chr12 126004154 . A G 640.03 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0074602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.811;QD=22.2618;RBI=0.0152068;REFB=0.00345741;REVB=-0.0132511;RO=52;SAF=26;SAR=37;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104833;STB=0.557459;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00240475;OID=.;OPOS=126004154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:52:63:63:0.547826:37:26:28:24:37:26:28:24 chr12 126068417 . T C 2621.63 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.25;QD=62.0504;RBI=0.0345491;REFB=0;REVB=0.00625188;RO=0;SAF=94;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00155e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:168:169:1:74:94:0:0:74:95:0:0 chr12 126141880 . CCCG C,CC,CCTG 530.82 PASS AF=0.189189,0.0810811,0.72973;AO=8,4,24;DP=38;FAO=7,3,27;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,24;FSAR=7,2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716229,-0.0940235,-0.0783883;FXX=0.0263089;HRUN=3,3,3;LEN=3,2,1;MLLD=34.3622,46.5953,46.8296;QD=57.3856;RBI=0.0790205,0.100428,0.0810129;REFB=0,0,0;REVB=-0.0333826,-0.0352895,-0.0204539;RO=0;SAF=1,2,22;SAR=7,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.560811,0.560811,0;SSSB=-4.78849e-08,0,-3.48349e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0137869,-0.00395314,0.0529893;OID=.,.,.;OPOS=126141881,126141882,126141882;OREF=CCG,CG,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=C,CC,CCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.189189,0.0810811,0.72973:8,4,24:38:7,3,27:37:0:0,1,24:7,2,3:0:0:38:0:1,2,22:7,2,2:0:0 chr12 127067932 . A G 40.42 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0770193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.149;QD=14.699;RBI=0.0776201;REFB=-0.100877;REVB=-0.00963905;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0154041;OID=.;OPOS=127067932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr12 127068865 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0102;QD=51.1813;RBI=0.0674302;REFB=0;REVB=0.0538442;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117738;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr12 127068892 . C T 482.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3884;QD=58.5039;RBI=0.0720922;REFB=0;REVB=-0.0555358;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143763;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:28:5:0:0:28:5:0:0 chr12 127650467 . G C 7405.01 PASS AF=0.967742;AO=477;DP=493;FAO=480;FDP=496;FR=.;FRO=16;FSAF=237;FSAR=243;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.00298922;FXX=0.0060119;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0452;QD=59.7178;RBI=0.00407927;REFB=-0.0670462;REVB=-0.00277579;RO=11;SAF=236;SAR=241;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.514311;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00176372;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:493:496:11:16:477:480:0.967742:241:236:10:1:243:237:15:1 chr12 127650471 . AT GG 8072.9 PASS AF=1;AO=446;DP=536;FAO=524;FDP=524;FR=.;FRO=0;FSAF=279;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522652;FXX=0.0223876;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.983;QD=61.6252;RBI=0.0541068;REFB=-0.0439879;REVB=0.0139965;RO=9;SAF=219;SAR=227;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00741324;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:536:524:9:0:446:524:1:227:219:8:1:245:279:0:0 chr12 127650538 . A G 16954.1 PASS AF=0.972566;AO=1095;DP=1127;FAO=1099;FDP=1130;FR=.;FRO=31;FSAF=468;FSAR=631;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.00135249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7241;QD=60.0145;RBI=0.0433951;REFB=-0.0430336;REVB=-0.043374;RO=27;SAF=466;SAR=629;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199682;STB=0.510642;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00245051;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:1127:1130:27:31:1095:1099:0.972566:629:466:23:4:631:468:25:6 chr12 127650583 . T G 14410.6 PASS AF=0.978858;AO=916;DP=938;FAO=926;FDP=946;FR=.;FRO=20;FSAF=387;FSAR=539;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.064685;FXX=0.00316119;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1637;QD=60.9329;RBI=0.0661901;REFB=0.00501631;REVB=0.0140349;RO=20;SAF=384;SAR=532;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117397;STB=0.506116;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00034557;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:938:946:20:20:916:926:0.978858:532:384:14:6:539:387:14:6 chr12 127650599 . A G 10757.7 PASS AF=0.98987;AO=588;DP=702;FAO=684;FDP=691;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=293;FSAR=391;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.051134;FXX=0.012857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.856;QD=62.273;RBI=0.0522711;REFB=-0.0854657;REVB=0.0108439;RO=13;SAF=209;SAR=379;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151037;STB=0.502955;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00108516;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:702:691:13:7:588:684:0.98987:379:209:9:4:391:293:5:2 chr12 127650616 . G A 934.8 PASS AF=0.237398;AO=145;DP=613;FAO=146;FDP=615;FR=.;FRO=469;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=178;FSRR=291;FWDB=-0.0172967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.2;QD=6.08;RBI=0.0179425;REFB=-0.00263263;REVB=0.00477051;RO=466;SAF=62;SAR=83;SRF=175;SRR=291;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687504;STB=0.540842;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0122045;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:613:615:466:469:145:146:0.237398:83:62:175:291:83:63:178:291 chr12 127650639 . A G 4338.16 PASS AF=0.972973;AO=174;DP=319;FAO=324;FDP=333;FR=.;FRO=9;FSAF=93;FSAR=231;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0367469;FXX=0.0118691;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.422;QD=52.1101;RBI=0.0509712;REFB=-0.0354501;REVB=0.0353232;RO=5;SAF=89;SAR=85;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153431;STB=0.515981;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00381191;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:319:333:5:9:174:324:0.972973:85:89:4:1:231:93:7:2 chr12 127650662 . T C 765.8 PASS AF=0.892308;AO=57;DP=64;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000199936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.866;QD=47.1264;RBI=0.00244461;REFB=-0.0132681;REVB=0.00243642;RO=7;SAF=13;SAR=44;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094372;STB=0.550738;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00233881;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:65:7:7:57:58:0.892308:44:13:4:3:45:13:4:3 chr12 127650669 . A G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00108756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.286;QD=25.3609;RBI=0.00260838;REFB=-0.00852631;REVB=-0.00237083;RO=8;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318945;STB=0.680583;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00399038;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:12:3:5:3:12:3:5:3 chr12 127650855 . TC GG 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940729;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.549;QD=33.4285;RBI=0.00940729;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000109189;OID=.;OPOS=127650855;OREF=TC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 127650859 . A G 64.8 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161993;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.598;QD=37.0271;RBI=0.0161993;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116715;OID=.;OPOS=127650859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr12 127650883 . G T 375.33 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.159;QD=55.6043;RBI=0.0581642;REFB=0;REVB=0.047532;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546235;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr12 127650890 . G C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00714167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.643;QD=52.7696;RBI=0.00715169;REFB=-0.0169666;REVB=-0.000378437;RO=1;SAF=22;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206934;STB=0.511103;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000881344;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:6:22:1:0:6:22:1:0 chr12 127650927 . TA T,TT 687.66 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=48,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=44,1;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611925,0.00653932;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.69,5.7225;QD=53.9343;RBI=0.0724403,0.0204284;REFB=0,0;REVB=-0.0721814,-0.0193535;RO=0;SAF=42,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.07197e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00227062,-0.047775;OID=.,.;OPOS=127650928,127650928;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.980392,0.0196078:48,2:51:50,1:51:0:44,1:6,0:0:0:5:0:42,2:6,0:0:0 chr12 128899673 . A G 459.81 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00121208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4525;QD=23.8863;RBI=0.0607292;REFB=-0.0045808;REVB=-0.0607171;RO=32;SAF=27;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207204;STB=0.619722;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00518292;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:17:27:11:21:17:27:11:22 chr12 128900005 . G A 180.59 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0448034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.082;QD=22.5736;RBI=0.0501118;REFB=-0.0354389;REVB=-0.0224465;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245556;STB=0.638141;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0226787;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:6:12:5:9:6:12:5:9 chr12 129153986 . G A 638.62 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0126263;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.66;QD=22.0215;RBI=0.0156224;REFB=-0.0188478;REVB=0.00919981;RO=51;SAF=37;SAR=26;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112343;STB=0.56198;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0176014;OID=.;OPOS=129153986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:51:53:63:63:0.543103:26:37:23:28:26:37:24:29 chr12 129181810 . A G 2663.95 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00371934;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.504;QD=61.5943;RBI=0.0240128;REFB=0.0240173;REVB=-0.023723;RO=1;SAF=81;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520197;STB=0.502732;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000120569;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:173:1:1:172:172:0.99422:91:81:0:1:91:81:0:1 chr12 129181834 . A G 3172.25 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174934;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7649;QD=63.7638;RBI=0.0196457;REFB=0.0326867;REVB=0.00894067;RO=0;SAF=87;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68957e-05;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:199:0:0:199:199:1:112:87:0:0:112:87:0:0 chr12 129189941 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00517421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.173;QD=15.2931;RBI=0.00517434;REFB=0.00138288;REVB=-3.67929e-05;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237585;STB=0.636106;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00165491;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:8:1:3:6:8:1 chr12 129190021 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9587;QD=46.8461;RBI=0.0734189;REFB=0;REVB=0.0700609;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00402669;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr12 129190474 . G A 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0203718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.444;QD=23.3227;RBI=0.0217214;REFB=-0.021679;REVB=0.00753695;RO=43;SAF=22;SAR=30;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235041;STB=0.506576;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0186121;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:44:52:52:0.541667:30:22:17:26:30:22:18:26 chr12 129293346 . C T 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.335;QD=53.2656;RBI=0.0456221;REFB=0;REVB=0.0326578;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039784;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr12 129298735 . C G 636.67 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=21;FWDB=0.0424296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0039;QD=17.6852;RBI=0.0515914;REFB=-0.0737045;REVB=0.0293496;RO=76;SAF=40;SAR=26;SRF=57;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151395;STB=0.5729;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0900016;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:76:78:66:66:0.458333:26:40:57:19:26:40:57:21 chr12 129298777 . G A 55.61 PASS AF=0.113636;AO=16;DP=133;FAO=15;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.00758105;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9486;QD=1.68526;RBI=0.0125112;REFB=-0.0253226;REVB=-0.0099528;RO=114;SAF=10;SAR=6;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102493;STB=0.547923;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.129113;OID=.;OPOS=129298777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:133:132:114:117:16:15:0.113636:6:10:62:52:6:9:64:53 chr12 129298779 . C T 36.24 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=-0.100468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4382;QD=1.11517;RBI=0.100802;REFB=-0.00927056;REVB=-0.00819834;RO=114;SAF=7;SAR=4;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108448;STB=0.584857;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.157054;OID=.;OPOS=129298779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:130:130:114:119:11:11:0.0846154:4:7:62:52:4:7:65:54 chr12 129298797 . G A 86.09 PASS AF=0.142857;AO=18;DP=126;FAO=18;FDP=126;FR=.;FRO=108;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=43;FWDB=-0.0370711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7294;QD=2.73308;RBI=0.055928;REFB=-0.0232755;REVB=0.0418769;RO=106;SAF=2;SAR=16;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598616;STB=0.900418;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0914798;OID=.;OPOS=129298797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:126:126:106:108:18:18:0.142857:16:2:64:42:16:2:65:43 chr12 129298799 . T C 93.2 PASS AF=0.152;AO=21;DP=127;FAO=19;FDP=125;FR=.;FRO=106;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=42;FWDB=-0.0134931;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7745;QD=2.9823;RBI=0.0523127;REFB=-0.0279204;REVB=-0.0505426;RO=104;SAF=2;SAR=19;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.645315;STB=0.904432;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0949451;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:127:125:104:106:21:19:0.152:19:2:65:39:17:2:64:42 chr12 129298819 . C T 324.02 PASS AF=0.356522;AO=40;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.0148643;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9757;QD=11.2703;RBI=0.0208805;REFB=-0.0432644;REVB=-0.0146645;RO=73;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190063;STB=0.603926;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0829417;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:74:40:41:0.356522:22:18:21:52:23:18:21:53 chr12 129328752 . C A 293.84 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0162116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8596;QD=17.5424;RBI=0.0208622;REFB=-0.0232956;REVB=-0.0131307;RO=35;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199735;STB=0.612253;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0250646;OID=.;OPOS=129328752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:22:10:18:17:22:10:18:17 chr12 129329082 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0697822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.31;QD=11.4396;RBI=0.0739196;REFB=-0.016299;REVB=-0.0243832;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227484;STB=0.689142;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0480412;OID=.;OPOS=129329082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:8:1:3:10:8:1:4:10 chr12 129559557 . C T 153.96 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0288269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.877;QD=18.1131;RBI=0.029578;REFB=-0.0133878;REVB=-0.00662304;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154651;STB=0.559372;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0374662;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:17:16:17:0.5:8:8:6:12:9:8:6:11 chr12 129566340 . G A 365.6 PASS AF=0.487179;AO=39;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0292006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0116;QD=18.7488;RBI=0.0451128;REFB=-0.018256;REVB=-0.0343874;RO=39;SAF=19;SAR=20;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161276;STB=0.576884;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0300465;OID=.;OPOS=129566340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:39:38:0.487179:20:19:26:13:19:19:26:14 chr12 129566406 . C T 308.36 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0279321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.891;QD=13.4067;RBI=0.0380241;REFB=-0.0149277;REVB=0.0257998;RO=56;SAF=24;SAR=11;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316944;STB=0.685608;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0156598;OID=.;OPOS=129566406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:11:24:22:34:11:24:22:35 chr12 129566469 . C T 338.83 PASS AF=0.5;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0490003;FXX=0.0666578;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2145;QD=19.3617;RBI=0.0495749;REFB=-0.0135078;REVB=-0.00752631;RO=39;SAF=5;SAR=30;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425242;STB=0.769053;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0113559;OID=.;OPOS=129566469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:70:39:35:35:35:0.5:30:5:19:20:30:5:20:15 chr12 130015622 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00120051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.452;QD=15.1961;RBI=0.0331334;REFB=-0.0173994;REVB=0.0331117;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460525;STB=0.502657;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0215979;OID=.;OPOS=130015622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:16:10:7:11:16:10 chr12 130649316 . CTTTTTTTTTTTTTA CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTATTA,CTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTAT 348.08 PASS AF=0.306122,0,0.693878,0;AO=8,2,11,2;DP=51;FAO=15,0,34,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,20,0;FSAR=11,0,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292712,-0.0222821,0.0363083,-0.251094;FXX=0.0576812;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,1,2,2;MLLD=138.512,118.3,9.07757,11.3137;QD=28.4151;RBI=0.0904653,0.0365772,0.134434,0.261462;REFB=-0.0139608,-0.0626843,0.026313,-0.00337424;REVB=-0.0855989,-0.0290069,-0.129438,-0.0729003;RO=1;SAF=1,2,4,2;SAR=7,0,7,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.286738,0,-0.0994753,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,mnp;VARB=0.00540073,0,-0.00788734,-0.304365;OID=.,.,.,.;OPOS=130649319,130649327,130649317,130649329;OREF=T,T,TT,TA;OALT=C,A,-,AT;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTATTA,CTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.306122,0,0.693878,0:8,2,11,2:51:15,0,34,0:49:0:4,0,20,0:11,0,14,0:0:0:99:1:1,2,4,2:7,0,7,0:1:0 chr12 130649543 . C G 811.81 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0839;QD=54.1207;RBI=0.041717;REFB=-0.131665;REVB=0.024471;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000391781;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:56:59:0.983333:32:24:0:1:33:26:0:1 chr12 130650015 . CG C,CC 937.07 PASS AF=0.0153846,0.984615;AO=7,59;DP=67;FAO=1,64;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620619,0.0893771;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.78,110.373;QD=57.6656;RBI=0.0655331,0.0984026;REFB=0,0;REVB=0.0210453,0.0411679;RO=0;SAF=3,23;SAR=4,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0461545,0.00290248;OID=.,.;OPOS=130650016,130650016;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0153846,0.984615:7,59:67:1,64:65:0:0,26:1,38:0:0:4:0:3,23:4,36:0:0 chr12 130650180 . A G 885.07 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5574;QD=58.0375;RBI=0.0254618;REFB=0;REVB=0.00363705;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150436;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:41:20:0:0:41:20:0:0 chr12 130912757 . C T 126.56 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00203887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4165;QD=11.5051;RBI=0.0721736;REFB=0.0016567;REVB=-0.0721448;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163888;STB=0.581434;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00650536;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:19:9:7:8:19:10 chr12 130941150 . G C 121.81 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0615981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.577;QD=15.717;RBI=0.0624005;REFB=-0.00495317;REVB=-0.00997476;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557689;STB=0.740338;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00291347;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:12:1:8:9:12:2:8:9 chr12 131275484 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000204651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.836;QD=58.4182;RBI=0.0158532;REFB=0;REVB=-0.0158519;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72252e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr12 131276448 . G T 940.73 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000912832;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.806;QD=54.5352;RBI=0.0240131;REFB=-0.0725983;REVB=0.0239958;RO=3;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124495;STB=0.506594;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00148974;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:70:69:3:3:66:66:0.956522:34:32:1:2:34:32:1:2 chr12 131296908 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.287;QD=37.4885;RBI=0.00582159;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17286e-05;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr12 131299974 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.247;QD=58.0594;RBI=0.034644;REFB=0;REVB=-0.000596535;RO=0;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010811;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:44:17:0:0:44:17:0:0 chr12 131306314 . C G 804.6 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3012;QD=64.3683;RBI=0.0637762;REFB=0;REVB=0.0491684;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778671;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:28:20:0:0:29:21:0:0 chr12 131466562 . T C 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0355519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9346;QD=56.0056;RBI=0.0359039;REFB=-0.0515627;REVB=0.00501485;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011949;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000388229;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:39:21:0:1:39:21:0:1 chr12 131590404 . G A 526.75 PASS AF=0.623377;AO=47;DP=76;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00898955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.941;QD=27.3634;RBI=0.0337071;REFB=-0.0194966;REVB=0.0324862;RO=29;SAF=21;SAR=26;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495485;STB=0.530266;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0104027;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:29:29:47:48:0.623377:26:21:15:14:27:21:15:14 chr12 131620588 . A G 314.08 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=66;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00221812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9392;QD=18.4752;RBI=0.0496741;REFB=-0.0182583;REVB=0.0496246;RO=32;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808657;STB=0.549972;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0201193;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:32:33:33:35:0.514706:12:21:23:9:14:21:23:10 chr12 131622735 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.475;QD=50.4135;RBI=0.0544069;REFB=0;REVB=-0.0528001;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018166;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr12 132237848 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.419;QD=55.0951;RBI=0.0452274;REFB=0;REVB=-0.00976796;RO=0;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013913;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:25:1:0:0:25:1:0:0 chr12 132271113 . T C 1530.04 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.253;QD=63.7517;RBI=0.00989302;REFB=0;REVB=0.00638509;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3143e-06;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:46:50:0:0 chr12 132285934 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0159713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0333;QD=21.0133;RBI=0.0423883;REFB=-0.000805172;REVB=-0.0392643;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41657;STB=0.74069;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00270796;OID=.;OPOS=132285934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:5:2:9:2:5:2 chr12 132403161 . A G 707.91 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.573;QD=62.9251;RBI=0.0452949;REFB=0;REVB=0.00146755;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33658e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr12 132547090 . A G 65.61 PASS AF=0.818182;AO=4;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.154235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7425;QD=23.8568;RBI=0.189169;REFB=-0.105483;REVB=-0.109529;RO=1;SAF=4;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.63963;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0405316;OID=.;OPOS=132547090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:1:2:4:9:0.818182:0:4:1:0:1:8:1:1 chr12 132562080 . G A 740.45 PASS AF=0.472727;AO=78;DP=165;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0326228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.492;QD=17.9504;RBI=0.0326272;REFB=-0.0116007;REVB=-0.000533895;RO=85;SAF=41;SAR=37;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740391;STB=0.534691;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0139856;OID=.;OPOS=132562080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:87:78:78:0.472727:37:41:38:47:37:41:40:47 chr12 132626668 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.246;QD=55.0985;RBI=0.0279448;REFB=0;REVB=0.0254496;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148855;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr12 132635581 . C T 247.2 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.000425569;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7492;QD=25.3535;RBI=0.00316239;REFB=-0.0671789;REVB=-0.00313363;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153955;STB=0.585293;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0369163;OID=.;OPOS=132635581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:11:12:5:11:11:12:5:11 chr12 132682481 . T G 1694.94 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.125;QD=60.5335;RBI=0.0305812;REFB=0;REVB=0.0275984;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38901e-05;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chr12 132682484 . A G 1668.44 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818957;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.806;QD=60.1239;RBI=0.0852883;REFB=0;REVB=0.0238158;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221323;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:49:61:0:0:49:62:0:0 chr12 132688137 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0107506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.383;QD=17.4274;RBI=0.0165111;REFB=-0.020837;REVB=-0.0125316;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165359;STB=0.593814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0255166;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:7:16:10:9:7:16 chr12 132811498 . TC T 78.98 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00121187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.6946;QD=14.3599;RBI=0.0444312;REFB=-0.0145092;REVB=-0.0444146;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00973914;OID=.;OPOS=132811499;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:22:11:22:11:3:8:3:8:76:11:3:8:3:8 chr12 132824450 . G T 98.95 PASS AF=0.375;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0564728;FXX=0.0588062;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.829;QD=12.3687;RBI=0.0606858;REFB=-0.0202047;REVB=-0.022217;RO=20;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597874;STB=0.535652;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0544974;OID=.;OPOS=132824450;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:34:32:20:20:12:12:0.375:10:2:4:16:10:2:4:16 chr12 132862976 . G A 143.98 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00229544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.815;QD=15.1559;RBI=0.00341103;REFB=-0.0127708;REVB=-0.00252311;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150381;STB=0.594156;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.012445;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:11:5:4:17:11:5:4:18 chr12 133149168 . C T 146.97 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=5.74608e-05;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.924;QD=15.8883;RBI=0.004599;REFB=-0.00802159;REVB=0.00459864;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044353;STB=0.525516;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00850696;OID=.;OPOS=133149168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:7:14:10:6:7:14 chr12 133158650 . C T 101.56 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0637395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7363;QD=16.926;RBI=0.148649;REFB=-0.0187882;REVB=0.134289;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374635;STB=0.717016;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.029277;OID=.;OPOS=133158650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:8:4:9:3:8:4 chr12 133181399 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.205;QD=59.4348;RBI=0.0863811;REFB=0;REVB=-0.0135612;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185192;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:24:10:0:0:24:11:0:0 chr12 133182818 . G A 235.06 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0215962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.416;QD=25.4123;RBI=0.0231733;REFB=-0.0486561;REVB=-0.00840269;RO=15;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00558597;STB=0.503103;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.02189;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:16:6:4:11:16:6:4:11 chr12 133196596 . T C 211.39 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172992;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.98;QD=49.7376;RBI=0.020363;REFB=0;REVB=0.0107419;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46028e-05;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr12 133201947 . T C 372.45 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9631;QD=53.2077;RBI=0.0625512;REFB=-0.0482156;REVB=0.0503792;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238509;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199241;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:1:0:27:28:1:19:8:0:1:20:8:0:0 chr12 133202004 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.889;QD=53.2767;RBI=0.0788408;REFB=0;REVB=0.0641011;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234762;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr12 133208979 . T C 1166.8 PASS AF=0.975;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00871338;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.447;QD=58.3399;RBI=0.00918623;REFB=0.0169233;REVB=0.00290928;RO=2;SAF=30;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575676;STB=0.503042;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.000288499;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:80:2:2:78:78:0.975:48:30:1:1:48:30:1:1 chr12 133218277 . G A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.000801137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.906;QD=17.3789;RBI=0.0171793;REFB=-0.00903396;REVB=-0.0171606;RO=37;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495919;STB=0.527761;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0122083;OID=.;OPOS=133218277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:17:16:16:21:17:16:16:21 chr12 133219831 . T C 1549.21 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.711;QD=63.885;RBI=0.0195221;REFB=0;REVB=0.0161387;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13096e-05;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:44:53:0:0:44:53:0:0 chr12 133236000 . C T 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000613827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.333;QD=62.9793;RBI=0.00821648;REFB=0;REVB=-0.00819352;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73944e-05;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr12 133295353 . C T 871.3 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.134;QD=56.213;RBI=0.0329026;REFB=-0.102418;REVB=0.022467;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.506327;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000454166;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:22:39:0:0:22:39:1:0 chr12 133363376 . G T 667.38 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533128;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.744;QD=59.3223;RBI=0.0538897;REFB=-0.158297;REVB=0.00786429;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00126409;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:45:0:1:41:44:0.977778:22:19:0:0:25:19:1:0 chr12 133378440 . C T 1434.19 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.764;QD=63.0413;RBI=0.0332317;REFB=0;REVB=0.0109459;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131372;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:42:48:0:0:43:48:0:0 chr12 133411987 . G C 919.27 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00423793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.829;QD=54.0744;RBI=0.0060785;REFB=-0.00408008;REVB=-0.00435754;RO=2;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242139;STB=0.50373;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=3.01117e-05;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:2:3:65:65:0.955882:38:27:0:2:38:27:1:2 chr12 133433173 . T C,TC 505.2 PASS AF=0.891892,0.108108;AO=31,4;DP=37;FAO=33,4;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20,4;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161325,-0.0464213;FXX=0.0263089;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=44.5082,22.21;QD=54.616;RBI=0.0489168,0.0502349;REFB=0,0;REVB=-0.04618,0.0191992;RO=1;SAF=18,4;SAR=13,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0252169,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00213435,0.0964154;OID=.,.;OPOS=133433173,133433174;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:37:1:0:31,4:33,4:0.891892,0.108108:13,0:18,4:1:0:13,0:20,4:0:0 chr12 133587980 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.513;QD=60.6075;RBI=0.0326983;REFB=0;REVB=-0.0280028;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73595e-05;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr12 133634450 . A C 192.98 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.01;QD=45.4077;RBI=0.0245348;REFB=0;REVB=0.017571;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277101;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:14:17:1:4:10:0:0:5:12:0:0 chr12 133781231 . GA G 487.18 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.5913;QD=43.3045;RBI=0.0927851;REFB=0;REVB=0.0609902;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00440663;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:45:45:45:0:25:20:0:0:9:1:24:16:0:1 chr12 133781428 . A C 1061.92 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0400298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.382;QD=55.8904;RBI=0.0402851;REFB=-0.0573806;REVB=0.0045284;RO=2;SAF=30;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304889;STB=0.510383;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000802332;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:73:73:0.960526:43:30:2:0:43:30:2:1 chr12 133781605 . A G 661.83 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0179438;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.7;QD=56.3261;RBI=0.0356367;REFB=0.0377667;REVB=0.0307895;RO=3;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420363;STB=0.522378;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00346866;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:47:3:3:44:44:0.93617:32:12:0:3:32:12:0:3 chr12 133795885 . G A 1851.83 PASS AF=0.954545;AO=124;DP=131;FAO=126;FDP=132;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0299411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.692;QD=56.1162;RBI=0.0349215;REFB=-0.248418;REVB=0.0179734;RO=4;SAF=50;SAR=74;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212766;STB=0.520056;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00209032;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:131:132:4:6:124:126:0.954545:74:50:3:1:75:51:5:1 chr12 133795960 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=78;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.384;QD=61.6946;RBI=0.0403444;REFB=0;REVB=0.00489762;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9168e-05;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:78:82:1:55:23:0:0:59:23:0:0 chr13 19600126 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.734;QD=54.5169;RBI=0.0222244;REFB=0;REVB=-0.0160891;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36833e-06;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr13 19600200 . C T 276.53 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521692;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.061;QD=52.6728;RBI=0.0477306;REFB=0;REVB=-0.0474447;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549073;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr13 19600475 . C A 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7637;QD=60.7122;RBI=0.0354416;REFB=0;REVB=0.0238689;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401335;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr13 19751229 . T C 319.54 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00303681;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.672;QD=18.2591;RBI=0.0249257;REFB=-0.014282;REVB=0.0247401;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059695;STB=0.527087;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.017716;OID=.;OPOS=19751229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:33:34:0.485714:12:21:25:11:12:22:25:11 chr13 19751544 . C T 707.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7933;QD=62.9015;RBI=0.0626936;REFB=0;REVB=-0.024834;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401926;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr13 20000630 . T C 372.78 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.766;QD=51.418;RBI=0.0693306;REFB=0.0521055;REVB=0.0671519;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000388466;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:26:28:0.965517:14:12:0:1:16:12:0:1 chr13 20038584 . A G 189.03 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0134281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.82;QD=21.0029;RBI=0.0286544;REFB=-0.00746758;REVB=-0.0253132;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295473;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00553023;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:17:19:19:0.527778:9:10:9:7:9:10:9:8 chr13 20247286 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0166074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.174;QD=8.24628;RBI=0.0278078;REFB=-0.0117954;REVB=-0.0223041;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345387;STB=0.717834;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0267712;OID=.;OPOS=20247286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:3:4:12:2:3:4:13:2 chr13 20277413 . T C 59.59 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0587868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.728;QD=3.50538;RBI=0.0593018;REFB=-0.00168603;REVB=0.00779879;RO=57;SAF=4;SAR=7;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180791;STB=0.622417;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0118482;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:7:4:29:28:7:4:29:28 chr13 20311240 . C T 175.56 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0145104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.563;QD=31.9194;RBI=0.0222011;REFB=-0.0307015;REVB=-0.0168029;RO=5;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204601;STB=0.511265;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0703519;OID=.;OPOS=20311240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:22:22:5:5:17:17:0.772727:13:4:1:4:13:4:1:4 chr13 20398742 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0220041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1748;QD=8.81096;RBI=0.0220043;REFB=-0.0122167;REVB=7.4756e-05;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390901;STB=0.740006;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0141338;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:8:3:4:2:8:3 chr13 20716532 . AG A,AT 380.73 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,24;DP=27;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136928,0.105428;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.6782,62.4857;QD=54.3899;RBI=0.163653,0.126247;REFB=0,0;REVB=0.0896273,0.0694489;RO=0;SAF=2,12;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0964281,-0.00797644;OID=.,.;OPOS=20716533,20716533;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:3,24:27:2,26:28:0:0,14:2,12:0:0:9:0:2,12:1,12:0:0 chr13 20763380 . T C 1287.96 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2764;QD=59.9052;RBI=0.022683;REFB=0.0832524;REVB=0.0174921;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106442;STB=0.505617;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00183067;OID=.;OPOS=20763380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:40:44:1:0:41:44:1:0 chr13 20763642 . C T 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.94;QD=58.9867;RBI=0.036352;REFB=-0.0339319;REVB=0.0118672;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119781;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000190652;OID=.;OPOS=20763642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:36:39:1:0:36:39:1:0 chr13 21063524 . A G 204.76 PASS AF=0.512195;AO=19;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0123441;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.593;QD=19.9767;RBI=0.034732;REFB=-0.00671981;REVB=-0.0324644;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303562;STB=0.514272;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0084051;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:19:21:0.512195:7:12:12:8:9:12:12:8 chr13 21205192 . G A 599.45 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143045;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.666;QD=61.482;RBI=0.0230427;REFB=0;REVB=0.018065;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261519;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr13 21356650 . T A 559.75 PASS AF=0.393939;AO=65;DP=165;FAO=65;FDP=165;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.00801834;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.31;QD=13.5696;RBI=0.0338344;REFB=-0.00330835;REVB=-0.0328705;RO=99;SAF=33;SAR=32;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00282993;STB=0.504661;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00473144;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:99:100:65:65:0.393939:32:33:50:49:32:33:50:50 chr13 21547317 . T C 123.43 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00655494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.513;QD=17.0251;RBI=0.0298565;REFB=-0.00202728;REVB=0.0291281;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332251;STB=0.69971;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00315675;OID=.;OPOS=21547317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:13:14:0.482759:4:9:5:10:4:10:5:10 chr13 21562832 . C T 266.87 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204325;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.554;QD=48.5217;RBI=0.0363918;REFB=0.0396275;REVB=0.0301144;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=1.03708e-05;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr13 21620085 . T C 232.71 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00895603;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.837;QD=30.0277;RBI=0.0103645;REFB=-0.0161284;REVB=0.0052166;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422983;STB=0.523342;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0101448;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:31:10:10:21:21:0.677419:12:9:5:5:12:9:5:5 chr13 21714920 . G A 169.86 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00689854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.607;QD=15.0982;RBI=0.00976598;REFB=-0.0289966;REVB=0.00691264;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173408;STB=0.568003;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0247021;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:18:19:0.422222:7:11:11:14:8:11:12:14 chr13 21720956 . C T 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0758456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0448;QD=13.2296;RBI=0.0778769;REFB=0.0260295;REVB=0.0176712;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198353;STB=0.606172;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0536281;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:6:11:13:15:6:11:14:15 chr13 21729252 . T C 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00837363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.648;QD=11.6126;RBI=0.0113287;REFB=-0.00641876;REVB=0.00763034;RO=53;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189957;STB=0.6096;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00975459;OID=.;OPOS=21729252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:12:17:22:31:12:17:22:31 chr13 21729267 . G A 224.76 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0173054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7706;QD=10.8317;RBI=0.0224592;REFB=-0.00641428;REVB=-0.0143157;RO=55;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233453;STB=0.635419;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0113289;OID=.;OPOS=21729267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:11:17:22:33:11:17:22:33 chr13 21732094 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.865;QD=62.6146;RBI=0.0123252;REFB=0;REVB=-0.0100957;RO=0;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72993e-06;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:57:31:0:0:57:31:0:0 chr13 21735998 . T C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0123348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.241;QD=11.7417;RBI=0.0342396;REFB=-0.00481015;REVB=0.0319406;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189435;STB=0.609039;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0126927;OID=.;OPOS=21735998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:11:25:11:10:11:25 chr13 21742311 . C T 384.66 PASS AF=0.390244;AO=43;DP=118;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0074718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1341;QD=12.5093;RBI=0.0228781;REFB=-0.0154131;REVB=-0.0216236;RO=70;SAF=28;SAR=15;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123829;STB=0.539186;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0340945;OID=.;OPOS=21742311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:70:75:43:48:0.390244:15:28:38:32:20:28:39:36 chr13 21746600 . TGA TA,TAT 128.99 PASS AF=0.35,0.05;AO=14,2;DP=40;FAO=14,2;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12,1;FSAR=2,1;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000408447,-0.000560186;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=216.386,217.962;QD=12.8986;RBI=0.0715432,0.052064;REFB=-0.0117553,-0.00893591;REVB=-0.071542,0.052061;RO=23;SAF=11,1;SAR=3,1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0692392,-0.248749;STB=0.650353,0.690678;STBP=0.242,0.708;TYPE=del,mnp;VARB=0.0132135,0.0388783;OID=.,.;OPOS=21746601,21746601;OREF=G,GA;OALT=-,AT;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35,0.05:14,2:40:14,2:40:24:12,1:2,1:17:7:99:23:11,1:3,1:17:6 chr13 21750538 . G A 317.37 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00661858;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2367;QD=15.2949;RBI=0.0654944;REFB=-0.0202999;REVB=0.0651591;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163579;STB=0.592135;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0285676;OID=.;OPOS=21750538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:18:17:31:17:18:17:31:17 chr13 21751528 . A AC,C 360.96 PASS AF=0.979592,0;AO=33,4;DP=53;FAO=48,0;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28,0;FSAR=20,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130891,-0.0103151;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,1;MLLD=10.3555,7.45513;QD=29.4664;RBI=0.191789,0.077478;REFB=-0.0127188,-0.0993903;REVB=0.191342,0.0767883;RO=15;SAF=19,4;SAR=14,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0247829,0.661837;STB=0.508768,0.5;STBP=0.511,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.022364,0.00618882;OID=.,.;OPOS=21751529,21751528;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:49:15:1:33,4:48,0:0.979592,0:14,0:19,4:8:7:20,0:28,0:1:0 chr13 21752154 . G A 464.55 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.107;QD=58.0689;RBI=0.0191469;REFB=0;REVB=0.0127661;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33131e-06;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr13 22275394 . A G 1393.28 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.377;QD=62.6193;RBI=0.0398824;REFB=0;REVB=0.0355364;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100795;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:47:41:0:0:47:42:0:0 chr13 22275583 . G A 896.49 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182523;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.741;QD=57.8383;RBI=0.00316499;REFB=0;REVB=0.00258567;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83803e-05;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:36:26:0:0 chr13 23253313 . T C 500.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.258;QD=58.8274;RBI=0.038273;REFB=0;REVB=0.024332;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523977;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:13:19:0:0:14:20:0:0 chr13 23726765 . C T 168.51 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0313898;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.946;QD=21.7428;RBI=0.0349165;REFB=-0.0219854;REVB=-0.0152919;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805621;STB=0.545401;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0219086;OID=.;OPOS=23726765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:6:8:8:9:6:8 chr13 23824783 . T G 1134.67 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6583;QD=60.5157;RBI=0.0274417;REFB=0;REVB=0.0182995;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46642e-06;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr13 23898509 . T C 1791.93 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0172839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4022;QD=59.2372;RBI=0.0369353;REFB=-0.0394637;REVB=0.0326417;RO=2;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172645;STB=0.509089;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00238101;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:119:119:0.983471:54:65:0:2:54:65:0:2 chr13 23898664 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.936;QD=57.3824;RBI=0.0375354;REFB=0;REVB=-0.0100648;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33323e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr13 23905711 . A G 221.62 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0182294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0204;QD=18.4686;RBI=0.0638666;REFB=0.0119559;REVB=0.0612097;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364213;STB=0.534105;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.014914;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:8:14:15:10:8:14:15:11 chr13 23907677 . C T 726.95 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00098925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.015;QD=63.2129;RBI=0.0595913;REFB=0;REVB=0.0595831;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211709;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:12:33:0:0:13:33:0:0 chr13 23907909 . A G 224.61 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00232819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.563;QD=17.6167;RBI=0.00420943;REFB=-0.0165327;REVB=-0.00350697;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181358;STB=0.502616;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0236805;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:26:27:22:24:0.470588:8:14:17:9:9:15:17:10 chr13 23908034 . A G 240.76 PASS AF=0.479167;AO=24;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0210892;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.745;QD=20.0632;RBI=0.0376062;REFB=-0.0276602;REVB=0.0311363;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985021;STB=0.547444;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0203572;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:24:23:0.479167:15:9:12:13:14:9:12:13 chr13 23909162 . A G 117.93 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0025677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.473;QD=21.4421;RBI=0.0303595;REFB=0.018138;REVB=-0.0302507;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225037;STB=0.651933;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0112305;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:21:22:8:9:13:13:0.590909:9:4:5:3:9:4:6:3 chr13 23910100 . TA T 72.24 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.146891;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.4055;QD=13.7603;RBI=0.267343;REFB=-0.053585;REVB=-0.223373;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.521699;STBP=0.94;TYPE=del;VARB=-0.00214275;OID=.;OPOS=23910101;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:10:22:11:21:10:5:6:5:5:59:9:5:5:4:5 chr13 23911748 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00277706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.434;QD=17.3254;RBI=0.0301756;REFB=-0.00173571;REVB=0.0300475;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13024;STB=0.57396;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00175584;OID=.;OPOS=23911748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:17:8:9:11:17:8 chr13 23911820 . A G 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0715033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5527;QD=15.3766;RBI=0.0727603;REFB=-0.000855757;REVB=0.0134661;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00235908;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:6:8:5:7:6:8 chr13 23913827 . G A 141.35 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0211818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.496;QD=13.4618;RBI=0.0221166;REFB=-0.00294841;REVB=-0.00636209;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678697;STB=0.555485;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00500474;OID=.;OPOS=23913827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:9:6:12:14:10:6:12:14 chr13 23985391 . T C 165.27 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00176717;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.328;QD=12.0194;RBI=0.0168679;REFB=-0.0144852;REVB=0.016775;RO=33;SAF=3;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464443;STB=0.773893;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0199232;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:20:21:0.381818:17:3:17:16:18:3:17:17 chr13 24234517 . A G 482.41 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00580799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2412;QD=23.2484;RBI=0.0320368;REFB=-0.0371419;REVB=-0.0315059;RO=37;SAF=24;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723161;STB=0.539732;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0237038;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:22:24:16:21:22:24:16:21 chr13 24243200 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000702998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.55;QD=55.094;RBI=0.0304759;REFB=0;REVB=0.0304678;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218488;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr13 24243204 . G A 113.08 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0912643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0474;QD=17.3964;RBI=0.0960759;REFB=0.0117147;REVB=0.0300232;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391457;STB=0.723805;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0117448;OID=.;OPOS=24243204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:3:10:4:9:3:10 chr13 24384049 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTG 60.72 PASS AF=0.333333,0.0175439;AO=18,2;DP=57;FAO=19,1;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=14,1;FSAR=5,0;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.221715,-0.091001;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.96776,16.238;QD=4.26096;RBI=0.293972,0.18056;REFB=-0.0841714,-0.0534028;REVB=0.193034,0.155951;RO=22;SAF=14,2;SAR=4,0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.345864,0.518239;STB=0.677223,0.990181;STBP=0.067,0.472;TYPE=del,snp;VARB=0.0189437,0.016297;OID=.,.;OPOS=24384050,24384055;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0175439:18,2:57:19,1:57:37:14,1:5,0:18:19:59:22:14,2:4,0:10:12 chr13 24411772 . T C 1030.09 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129749;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.373;QD=58.8623;RBI=0.0311126;REFB=0;REVB=0.0310855;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125706;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:70:0:0:67:70:1:38:29:0:0:41:29:0:0 chr13 24465717 . A G 70.62 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0551098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9449;QD=7.24333;RBI=0.0577862;REFB=-0.0118815;REVB=-0.0173827;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373028;STB=0.727758;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0424213;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:4:6:8:21:4:6:8:21 chr13 24465743 . A G 372.59 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034091;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.136;QD=55.1989;RBI=0.036305;REFB=0;REVB=0.0124841;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478231;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:20:7:0:0 chr13 24468704 . G A 201.94 PASS AF=0.180488;AO=37;DP=205;FAO=37;FDP=205;FR=.;FRO=168;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=84;FSRR=84;FWDB=0.0270919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2972;QD=3.94029;RBI=0.0854992;REFB=-0.00349324;REVB=0.0810934;RO=166;SAF=17;SAR=20;SRF=83;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052196;STB=0.533245;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.019506;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:166:168:37:37:0.180488:20:17:83:83:20:17:84:84 chr13 24468711 . G C 752.53 PASS AF=0.420513;AO=81;DP=194;FAO=82;FDP=195;FR=.;FRO=113;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=0.00259119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.035;QD=15.4366;RBI=0.0172298;REFB=-0.01074;REVB=-0.0170339;RO=110;SAF=45;SAR=36;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948106;STB=0.556374;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0189155;OID=.;OPOS=24468711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:110:113:81:82:0.420513:36:45:51:59:37:45:51:62 chr13 24468763 . T C 308.77 PASS AF=0.284768;AO=43;DP=153;FAO=43;FDP=151;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=0.00283003;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.078;QD=8.1792;RBI=0.0129219;REFB=-0.00723914;REVB=-0.0126082;RO=107;SAF=26;SAR=17;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210268;STB=0.626543;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0175499;OID=.;OPOS=24468763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:107:108:43:43:0.284768:17:26:46:61:17:26:46:62 chr13 24471039 . T G 301.8 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00763275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.184;QD=12.0721;RBI=0.017062;REFB=-0.0046228;REVB=-0.0152596;RO=65;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140897;STB=0.58115;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00808697;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:65:35:35:0.35:15:20:29:36:15:20:29:36 chr13 24471048 . C T 304.19 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0202861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.195;QD=11.9292;RBI=0.0336531;REFB=-0.0109487;REVB=-0.0268516;RO=63;SAF=21;SAR=16;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135202;STB=0.577125;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0121822;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:63:65:37:37:0.362745:16:21:28:35:16:21:29:36 chr13 24798857 . G A 164.64 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.02494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3661;QD=9.68449;RBI=0.0763144;REFB=-0.0197059;REVB=0.0721241;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220175;STB=0.622529;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0499498;OID=.;OPOS=24798857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:46:22:22:0.323529:14:8:25:20:14:8:25:21 chr13 24876752 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0198251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.097;QD=15.1967;RBI=0.0211947;REFB=-0.0370353;REVB=0.00749537;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22794;STB=0.631397;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0299952;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:6:12:6:8:6:12 chr13 24890157 . C T 1338.31 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.07;QD=62.2468;RBI=0.0233673;REFB=0;REVB=-0.0178312;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06796e-06;OID=.;OPOS=24890157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:31:54:0:0:31:55:0:0 chr13 24890228 . A C 1222.34 PASS AF=0.943182;AO=82;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0176915;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.663;QD=55.5609;RBI=0.0225124;REFB=-0.0138525;REVB=-0.0139218;RO=4;SAF=43;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199144;STB=0.515415;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00151899;OID=.;OPOS=24890228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:88:88:4:5:82:83:0.943182:39:43:3:1:39:44:4:1 chr13 24893015 . C T 262.12 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=0.000104334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.25;QD=10.0816;RBI=0.0126603;REFB=-0.00874613;REVB=-0.0126599;RO=69;SAF=20;SAR=14;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150823;STB=0.590312;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0216973;OID=.;OPOS=24893015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:69:70:34:34:0.326923:14:20:49:20:14:20:50:20 chr13 24895437 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.293;QD=54.5156;RBI=0.0376652;REFB=0;REVB=0.0375787;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101165;OID=.;OPOS=24895437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr13 24895684 . A G 643.8 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0486443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3924;QD=45.9859;RBI=0.0488928;REFB=-0.0330415;REVB=0.00492318;RO=6;SAF=21;SAR=29;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117127;STB=0.562475;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00288491;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:56:56:6:6:50:50:0.892857:29:21:6:0:29:21:6:0 chr13 25008588 . A G 683.7 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226752;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.325;QD=54.6958;RBI=0.0227323;REFB=0.0861209;REVB=-0.0016111;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0018113;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr13 25008630 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.759;QD=58.2353;RBI=0.0488441;REFB=0;REVB=0.0366047;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183628;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr13 25008903 . G T 198.25 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4142;QD=44.0564;RBI=0.082647;REFB=-0.0419665;REVB=0.0644065;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00267661;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:13:4:1:0:13:4:1:0 chr13 25009099 . A C 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2987;QD=61.6754;RBI=0.0260055;REFB=0;REVB=-0.0252643;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208716;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr13 25020863 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.908;QD=55.0981;RBI=0.0294108;REFB=0;REVB=-0.000486573;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09766e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr13 25021154 . C T 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000278122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0642;QD=46.8456;RBI=0.0530253;REFB=0;REVB=0.0530245;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226139;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr13 25021200 . A C 192.06 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241526;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.715;QD=45.1902;RBI=0.0265938;REFB=-0.0933173;REVB=-0.0111302;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293425;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:1:0:16:17:1:8:8:1:0:8:9:0:0 chr13 25021211 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.027;QD=43.016;RBI=0.0257018;REFB=0.0087219;REVB=0.0106795;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=8.43433e-05;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:15:16:0.941176:7:8:1:0:8:8:1:0 chr13 25021245 . A G 154.95 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0279588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.626;QD=32.6204;RBI=0.0290605;REFB=-0.0132769;REVB=-0.00792559;RO=4;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602786;STB=0.53329;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00327996;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:6:9:3:1:6:9:3:1 chr13 25027744 . A G 716.1 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503841;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2212;QD=57.288;RBI=0.0549766;REFB=0;REVB=0.021997;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943823;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr13 25029295 . C T 801.23 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8285;QD=64.0987;RBI=0.0193845;REFB=0;REVB=-0.00630296;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139759;OID=.;OPOS=25029295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:30:20:0:0 chr13 25049676 . G A 953.88 PASS AF=0.957143;AO=68;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00268419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6449;QD=54.5073;RBI=0.00304199;REFB=-0.0856374;REVB=0.00143137;RO=2;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230456;STB=0.518513;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00287307;OID=.;OPOS=25049676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:68:67:0.957143:40:28:0:2:39:28:0:3 chr13 25052261 . C T 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.697;QD=58.1289;RBI=0.033725;REFB=0;REVB=-0.0331256;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022281;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr13 25075859 . C T 746.6 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0318504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.614;QD=51.4895;RBI=0.0347966;REFB=-0.0545062;REVB=0.0140126;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031395;STB=0.507235;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000421645;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:58:58:2:3:54:55:0.948276:29:25:0:2:29:26:1:2 chr13 25265103 . A G 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00703506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.333;QD=12.5668;RBI=0.0209058;REFB=-0.0100763;REVB=0.0196866;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241887;STB=0.640849;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0110682;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:8:18:7:8:8:18 chr13 25265139 . T C 130.01 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0143824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2065;QD=8.66723;RBI=0.0789863;REFB=-0.0198125;REVB=-0.0776658;RO=41;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101733;STB=0.554155;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0382005;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:12:6:17:24:12:6:17:25 chr13 25266932 . C A 58.25 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00819995;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.247;QD=13.7054;RBI=0.0126495;REFB=-0.00351258;REVB=0.00963181;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436331;STB=0.752885;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00716471;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:1:8:3:5:1:8 chr13 25272870 . C T 321.12 PASS AF=0.443038;AO=36;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0405317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1234;QD=16.2594;RBI=0.0475041;REFB=0.0299006;REVB=-0.0247754;RO=43;SAF=25;SAR=11;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168175;STB=0.617459;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0363938;OID=.;OPOS=25272870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:36:35:0.443038:11:25:23:20:10:25:23:21 chr13 25356053 . T C 290.29 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00927331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0389;QD=14.3353;RBI=0.00982547;REFB=-0.00466258;REVB=-0.00324739;RO=45;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110137;STB=0.553538;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00432149;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:48:32:33:0.407407:21:11:20:25:22:11:20:28 chr13 25367324 . TC AT 177.09 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0287267;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.338;QD=14.4567;RBI=0.0380917;REFB=-0.0171963;REVB=-0.0250151;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630543;STB=0.524812;STBP=0.795;TYPE=mnp;VARB=0.035332;OID=.;OPOS=25367324;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:9:10:17:12:9:10:17:13 chr13 25378476 . A G 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0215172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.906;QD=10.3656;RBI=0.0604398;REFB=-0.0217833;REVB=0.05648;RO=37;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259788;STB=0.656975;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0414744;OID=.;OPOS=25378476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:39:20:20:0.338983:5:15:20:17:5:15:21:18 chr13 25419176 . A G 581.81 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9601;QD=58.1807;RBI=0.0157833;REFB=-0.0227263;REVB=-0.00802659;RO=0;SAF=8;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507932;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00181176;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:31:8:0:0:31:8:0:1 chr13 25424583 . T C 287.44 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0220644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.762;QD=24.995;RBI=0.0221666;REFB=-0.00863745;REVB=-0.00212639;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692378;STB=0.538432;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00877199;OID=.;OPOS=25424583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:11:9:14:12:11:9 chr13 25428002 . C A 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0121823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1611;QD=13.9512;RBI=0.0164692;REFB=-0.0425372;REVB=0.0110827;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23478;STB=0.620296;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0358125;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:6:7:7:7:0.5:6:1:2:4:6:1:2:5 chr13 25440318 . G A 167.86 PASS AF=0.418605;AO=19;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0116403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6514;QD=15.6148;RBI=0.0578711;REFB=0.0180109;REVB=-0.0566883;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165359;STB=0.574388;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.041665;OID=.;OPOS=25440318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:19:18:0.418605:10:9:7:16:10:8:8:17 chr13 25453420 . A G 306.52 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0159163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.376;QD=27.2462;RBI=0.0205644;REFB=-0.00661897;REVB=-0.0130217;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334894;STB=0.531227;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00452574;OID=.;OPOS=25453420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:18:27:27:0.6:17:10:6:10:17:10:8:10 chr13 25460428 . A G 648.01 PASS AF=0.909091;AO=48;DP=54;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0031038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.102;QD=47.1277;RBI=0.0189597;REFB=-0.0538973;REVB=0.0187039;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.542356;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000549217;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:54:55:1:5:48:50:0.909091:25:23:0:1:27:23:0:5 chr13 25466955 . T C 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00777638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.095;QD=14.6053;RBI=0.0137975;REFB=-0.0163683;REVB=-0.0113973;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030421;STB=0.52339;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0205265;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:18:16:24:24:18:16:25:24 chr13 25480145 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0453408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6802;QD=13.4416;RBI=0.0457288;REFB=0.0109297;REVB=-0.00594457;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00640202;OID=.;OPOS=25480145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:6:7:5:5:6:7 chr13 25487103 . T A,C 697.85 PASS AF=0.411765,0.588235;AO=21,29;DP=50;FAO=21,30;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14,8;FSAR=7,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224115,-0.0236087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.2045,90.8426;QD=54.7332;RBI=0.0386038,0.0559804;REFB=0,0;REVB=0.0314321,0.0507585;RO=0;SAF=14,8;SAR=7,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.4007e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000485933,0.00074908;OID=.,.;OPOS=25487103,25487103;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:50:51:0:0:21,29:21,30:0.411765,0.588235:7,21:14,8:0:0:7,22:14,8:0:0 chr13 25542441 . G A 180.77 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0300714;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.3888;QD=12.6856;RBI=0.056927;REFB=-0.0173906;REVB=0.0483363;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235075;STB=0.664642;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0258522;OID=.;OPOS=25542441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:35:22:22:0.385965:17:5:13:18:17:5:16:19 chr13 25671200 . C T 34.03 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0259427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.729;QD=1.72326;RBI=0.0399662;REFB=-0.00697125;REVB=-0.0304019;RO=71;SAF=3;SAR=5;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200382;STB=0.653828;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.033972;OID=.;OPOS=25671200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:5:3:39:32:5:3:39:32 chr13 25671206 . A G 37.97 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00201633;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.74;QD=1.74565;RBI=0.0162653;REFB=-0.000421332;REVB=0.0161398;RO=78;SAF=3;SAR=6;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252661;STB=0.691313;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0026965;OID=.;OPOS=25671206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:87:78:78:9:9:0.103448:6:3:43:35:6:3:43:35 chr13 25671210 . C T 37.0 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00606876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.039;QD=1.64444;RBI=0.0296234;REFB=-0.00231845;REVB=-0.0289951;RO=79;SAF=3;SAR=6;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217238;STB=0.666297;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0205708;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:79:81:9:9:0.1:6:3:41:38:6:3:42:39 chr13 25671214 . T G 36.78 PASS AF=0.1;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00260137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4839;QD=1.63474;RBI=0.0458471;REFB=-0.00875134;REVB=-0.0457732;RO=78;SAF=3;SAR=6;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252661;STB=0.676082;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0746552;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:87:90:78:81:9:9:0.1:6:3:43:35:6:3:43:38 chr13 25671271 . A G 120.64 PASS AF=0.159722;AO=22;DP=144;FAO=23;FDP=144;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.0101604;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.544;QD=3.35098;RBI=0.0294172;REFB=-0.00519003;REVB=-0.0276068;RO=121;SAF=8;SAR=14;SRF=66;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229334;STB=0.664529;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0326593;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:121:121:22:23:0.159722:14:8:66:55:15:8:66:55 chr13 25671274 . C T 119.17 PASS AF=0.156463;AO=22;DP=148;FAO=23;FDP=147;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=0.0125002;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.329;QD=3.24259;RBI=0.0201492;REFB=0.00027059;REVB=-0.015803;RO=117;SAF=8;SAR=14;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211068;STB=0.673321;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00280262;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:117:124:22:23:0.156463:14:8:62:55:15:8:69:55 chr13 25671292 . C T 186.12 PASS AF=0.194118;AO=33;DP=170;FAO=33;FDP=170;FR=.;FRO=137;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=76;FSRR=61;FWDB=-0.0252294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5097;QD=4.37934;RBI=0.0801637;REFB=-0.00564606;REVB=-0.0760901;RO=136;SAF=10;SAR=23;SRF=76;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325583;STB=0.701795;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0439805;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:136:137:33:33:0.194118:23:10:76:60:23:10:76:61 chr13 25671310 . TTATGA T 96.66 PASS AF=0.188571;AO=32;DP=175;FAO=33;FDP=175;FR=.;FRO=142;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=78;FSRR=64;FWDB=-0.0130657;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=302.782;QD=2.20943;RBI=0.0148851;REFB=-0.0109996;REVB=-0.00713114;RO=139;SAF=9;SAR=23;SRF=75;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333115;STB=0.699258;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0436968;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188571:32:175:33:175:142:10:23:78:64:96:139:9:23:75:64 chr13 25671320 . A G 179.77 PASS AF=0.181319;AO=33;DP=183;FAO=33;FDP=182;FR=.;FRO=149;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=70;FWDB=-0.00766335;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2194;QD=3.95102;RBI=0.0809948;REFB=-0.0176374;REVB=-0.0806315;RO=149;SAF=10;SAR=23;SRF=79;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293648;STB=0.68749;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.096506;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:149:149:33:33:0.181319:23:10:79:70:23:10:79:70 chr13 25671332 . CA C 59.3 PASS AF=0.171429;AO=32;DP=179;FAO=30;FDP=175;FR=.;FRO=145;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=76;FSRR=69;FWDB=0.0144432;FXX=0.0277762;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.1639;QD=1.35539;RBI=0.051428;REFB=0.00727646;REVB=-0.0493583;RO=137;SAF=9;SAR=23;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309487;STB=0.687735;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=-0.0368188;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:32:179:30:175:145:9:21:76:69:59:137:9:23:71:66 chr13 25671369 . G T 122.97 PASS AF=0.146893;AO=26;DP=178;FAO=26;FDP=177;FR=.;FRO=151;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.0249535;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2936;QD=2.77889;RBI=0.0258178;REFB=0.00159559;REVB=0.00662419;RO=144;SAF=7;SAR=19;SRF=75;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324893;STB=0.719336;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00629974;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:144:151:26:26:0.146893:19:7:75:69:19:7:79:72 chr13 25671398 . C T 71.48 PASS AF=0.111111;AO=18;DP=161;FAO=18;FDP=162;FR=.;FRO=144;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=79;FSRR=65;FWDB=-0.0216526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.743;QD=1.7649;RBI=0.0253609;REFB=-4.52003e-05;REVB=0.0132039;RO=141;SAF=4;SAR=14;SRF=77;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394188;STB=0.785884;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000351214;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:161:162:141:144:18:18:0.111111:14:4:77:64:14:4:79:65 chr13 25671429 . G T 30.65 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=136;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=0.00128641;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.7;QD=0.914935;RBI=0.019881;REFB=-0.000908121;REVB=-0.0198393;RO=120;SAF=3;SAR=7;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255788;STB=0.718048;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.011319;OID=.;OPOS=25671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:136:134:120:124:10:10:0.0746269:7:3:64:56:7:3:67:57 chr13 25672895 . T A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00478682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.657;QD=10.0339;RBI=0.00756287;REFB=-0.028921;REVB=-0.0058552;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.571121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0329243;OID=.;OPOS=25672895;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:2:5:4:1:2:5 chr13 25743537 . A T 208.29 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0283329;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.549;QD=15.1482;RBI=0.0291352;REFB=-0.00467479;REVB=-0.00678998;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165647;STB=0.609519;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00666609;OID=.;OPOS=25743537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:25:31:24:24:0.436364:10:14:10:15:10:14:12:19 chr13 25825889 . T C 1418.38 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00164059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3329;QD=61.6688;RBI=0.0125521;REFB=-0.0816291;REVB=0.0124444;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104166;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000941417;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:45:45:1:0:46:45:1:0 chr13 25831888 . T C 1015.5 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0147777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6109;QD=54.1602;RBI=0.0371503;REFB=-0.0316474;REVB=-0.0340847;RO=3;SAF=50;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335712;STB=0.528393;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00531445;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:3:4:71:71:0.946667:21:50:1:2:21:50:1:3 chr13 25876011 . G A 1290.3 PASS AF=0.988235;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0877426;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.394;QD=60.7198;RBI=0.0884894;REFB=-0.00744976;REVB=0.0114724;RO=0;SAF=19;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000135458;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:0:1:81:84:0.988235:62:19:0:0:63:21:0:1 chr13 26149015 . G A 753.15 PASS AF=0.509934;AO=76;DP=152;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00469949;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.415;QD=19.951;RBI=0.00840887;REFB=-0.0342056;REVB=-0.00697308;RO=67;SAF=30;SAR=46;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598842;STB=0.535346;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0211621;OID=.;OPOS=26149015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:67:74:76:77:0.509934:46:30:31:36:46:31:35:39 chr13 26273385 . G C 1030.34 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5457;QD=58.0475;RBI=0.0613664;REFB=-0.0803201;REVB=-0.0507608;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013701;STB=0.507244;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000967769;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:35:34:1:0:36:34:1:0 chr13 26518714 . A T 79.41 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0415775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.404;QD=15.882;RBI=0.0415786;REFB=-0.00640557;REVB=-0.000312026;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.655927;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0133268;OID=.;OPOS=26518714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:9:10:0.5:3:6:4:6:3:7:4:6 chr13 26518724 . A G 67.27 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0156065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9868;QD=13.4543;RBI=0.0526227;REFB=0.0011178;REVB=-0.0502552;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281248;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0024044;OID=.;OPOS=26518724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:4:7:3:6:4:7 chr13 26518801 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00495393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.129;QD=16.4266;RBI=0.0116973;REFB=-0.0155278;REVB=0.0105965;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309957;STB=0.677128;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0121342;OID=.;OPOS=26518801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:9:2:6:5:9:2 chr13 26518853 . G T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0394447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.108;QD=13.2053;RBI=0.0440867;REFB=0.00491485;REVB=0.0196914;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45721;STB=0.780223;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0116925;OID=.;OPOS=26518853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:2:4:1:5:2:4 chr13 28009031 . G C 165.4 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0106426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.121;QD=9.7292;RBI=0.0164537;REFB=-0.00668207;REVB=0.0125482;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818651;STB=0.55927;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0166093;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:46:22:22:0.323529:13:9:15:29:13:9:15:31 chr13 28009851 . G A 166.42 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0213681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.357;QD=14.793;RBI=0.0213706;REFB=0.0059475;REVB=0.000332164;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898864;STB=0.551669;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00631202;OID=.;OPOS=28009851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:6:12:20:7:6:12:20:7 chr13 28009920 . G A,C 694.95 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,47;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230205,0.00677779;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.0059,91.2323;QD=55.5958;RBI=0.0286106,0.0205888;REFB=0,0;REVB=0.0169889,0.0194412;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00496008,-0.00134514;OID=.,.;OPOS=28009920,28009920;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,47:2,48:0.04,0.96:0,22:2,25:0:0:0,22:2,26:0:0 chr13 28121707 . G A 320.05 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0170946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.192;QD=16.0024;RBI=0.0220419;REFB=-0.00636567;REVB=-0.0139147;RO=43;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161036;STB=0.579799;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0114481;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:45:34:35:0.4375:15:19:17:26:16:19:18:27 chr13 28143229 . A G 316.73 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0102265;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0573;QD=16.2423;RBI=0.0423113;REFB=-0.015807;REVB=-0.0410568;RO=41;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214687;STB=0.621551;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0150957;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:41:43:35:35:0.448718:12:23:18:23:12:23:19:24 chr13 28239940 . G C 158.65 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0124661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8986;QD=17.1509;RBI=0.0438996;REFB=-0.0139399;REVB=-0.0420924;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941497;STB=0.531878;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0400312;OID=.;OPOS=28239940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:11:6:5:14:11:6:6:14 chr13 28239970 . G A 118.29 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0231489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.211;QD=12.788;RBI=0.0240279;REFB=-0.00930892;REVB=-0.00643931;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208041;STB=0.523776;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0177249;OID=.;OPOS=28239970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:8:6:9:13:8:6:9:14 chr13 28537242 . A C 557.7 PASS AF=0.906977;AO=40;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00740123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0898;QD=51.8793;RBI=0.0591785;REFB=0.000230674;REVB=-0.0587139;RO=3;SAF=24;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550961;STB=0.53998;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00112682;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:3:4:40:39:0.906977:16:24:3:0:16:23:4:0 chr13 28537317 . G A 526.38 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0430837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.175;QD=56.9063;RBI=0.0698321;REFB=0.0212379;REVB=0.0549574;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000176015;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chr13 28562605 . T G 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00993209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.477;QD=24.708;RBI=0.0119242;REFB=-0.00420285;REVB=-0.00659855;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838134;STB=0.546597;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0018589;OID=.;OPOS=28562605;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:7:10:11:12:7:10 chr13 28610183 . A G 502.82 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540358;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.509;QD=59.1551;RBI=0.0541919;REFB=0;REVB=-0.00410994;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172988;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr13 28624294 . G A 244.35 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0649395;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.399;QD=12.8604;RBI=0.0656115;REFB=-0.00788031;REVB=-0.00936641;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901939;STB=0.551688;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0113564;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:47:47:29:29:0.381579:13:16:22:25:13:16:22:25 chr13 28636084 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.71;QD=56.9564;RBI=0.0276069;REFB=0;REVB=0.0176357;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42048e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr13 28835527 . T C,TC 1552.52 PASS AF=0.037037,0.953704;AO=5,94;DP=114;FAO=4,103;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=2,45;FSAR=2,58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167915,0.0229613;FXX=0.0357111;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=211.392,230.886;QD=57.5009;RBI=0.0184471,0.024268;REFB=-0.131761,-0.00677688;REVB=-0.00763818,-0.00785592;RO=9;SAF=3,43;SAR=2,51;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.264433,0.0206827;STB=0.599516,0.505493;STBP=0.533,0.27;TYPE=snp,ins;VARB=0.00747354,-0.000399602;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:114:108:9:1:5,94:4,103:0.037037,0.953704:2,51:3,43:3:6:2,58:2,45:1:0 chr13 28883061 . G A 673.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042538;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.556;QD=62.6198;RBI=0.0446209;REFB=0;REVB=0.0134738;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128032;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr13 28893642 . A G 258.31 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0281417;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.386;QD=16.1441;RBI=0.0287863;REFB=-0.00483827;REVB=-0.00605768;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399695;STB=0.501617;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00642709;OID=.;OPOS=28893642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:15:14:15:19:15:14:17:18 chr13 28970917 . C T 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0814;QD=48.7264;RBI=0.0673096;REFB=0;REVB=0.057531;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860904;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr13 29274977 . T TA 81.45 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.166932;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.3699;QD=8.35401;RBI=0.176934;REFB=-0.0141509;REVB=-0.0586457;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194019;STB=0.600483;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=-0.0381502;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897:16:40:17:39:22:7:10:13:9:81:19:6:10:11:8 chr13 29275102 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.396;QD=60.2305;RBI=0.0506986;REFB=0;REVB=-0.0443944;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79778e-05;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr13 29275129 . C T 157.05 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00726375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.351;QD=16.1076;RBI=0.0101198;REFB=-0.00751099;REVB=0.00704613;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104869;STB=0.560437;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0126088;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:10:12:11:6:10:12 chr13 29598842 . G A 185.84 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0139836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.207;QD=19.0601;RBI=0.0203761;REFB=-0.0108591;REVB=-0.0148204;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195907;STB=0.511099;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00737733;OID=.;OPOS=29598842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:8:12:11:8:8:12 chr13 29898768 . A C 453.91 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.589;QD=55.0195;RBI=0.0275981;REFB=-0.126146;REVB=0.0142006;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0016259;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:20:11:1:0:20:12:1:0 chr13 30084173 . G A 740.85 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220346;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.236;QD=56.9882;RBI=0.022084;REFB=0;REVB=-0.00147578;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69673e-05;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr13 30087768 . C T 214.08 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0670393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6358;QD=28.544;RBI=0.0676294;REFB=-0.0207939;REVB=-0.0089149;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181347;STB=0.599904;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0192187;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:10:10:2:8:10:10:2:8 chr13 30087778 . T A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.091;QD=56.7051;RBI=0.0302451;REFB=0;REVB=0.0301024;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346976;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr13 30091714 . G A 1194.21 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00509131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.458;QD=59.7106;RBI=0.0093224;REFB=-0.105815;REVB=0.00780934;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104021;STB=0.505262;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000366077;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:77:79:0.9875:45:32:0:1:47:32:0:1 chr13 30091818 . AG A,AC 2016.62 PASS AF=0.109489,0.890511;AO=20,98;DP=124;FAO=15,122;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=13,32;FSAR=2,90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114574,0.108708;FXX=0.00724585;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=217.386,228.943;QD=58.8795;RBI=0.114615,0.108787;REFB=0,0;REVB=-0.00305591,-0.00414614;RO=0;SAF=18,10;SAR=2,88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.19193e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00338778,0.00535831;OID=.,.;OPOS=30091819,30091819;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109489,0.890511:20,98:124:15,122:137:0:13,32:2,90:0:0:10:0:18,10:2,88:0:0 chr13 30107067 . G C 355.87 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0162707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.588;QD=12.824;RBI=0.0163007;REFB=-0.0157006;REVB=0.000988021;RO=64;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058882;STB=0.513612;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0192897;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:64:68:42:43:0.387387:24:18:24:40:25:18:27:41 chr13 30339472 . C T 180.8 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0164773;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4738;QD=12.914;RBI=0.0215659;REFB=0.0117795;REVB=0.0139136;RO=34;SAF=16;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649321;STB=0.537514;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0326652;OID=.;OPOS=30339472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:6:16:23:11:6:16:23:11 chr13 30781111 . C A 132.26 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0403659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.009;QD=9.98193;RBI=0.0406539;REFB=-0.00321175;REVB=-0.00483022;RO=34;SAF=3;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344365;STB=0.722531;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00696623;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:34:36:16:17:0.320755:13:3:15:19:14:3:16:20 chr13 31036681 . A G 818.04 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.273;QD=57.406;RBI=0.0233045;REFB=0;REVB=-0.00550781;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73762e-05;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:30:27:0:0 chr13 31287979 . G GTA 505.81 PASS AF=1;AO=30;DP=46;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606806;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.821;QD=59.5075;RBI=0.108295;REFB=0;REVB=0.0896975;RO=14;SAF=12;SAR=18;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000882734;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:46:34:34:0:12:22:0:0:3:14:12:18:3:11 chr13 31287981 . G A 80.58 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0268047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9845;QD=7.49551;RBI=0.0302503;REFB=-0.0142864;REVB=0.0140211;RO=32;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476557;STB=0.811792;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0277387;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:10:1:12:20:10:1:12:20 chr13 31531009 . G A 292.72 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0108967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.602;QD=17.219;RBI=0.0243088;REFB=-0.0182087;REVB=0.0217297;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14164;STB=0.579433;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0225145;OID=.;OPOS=31531009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:20:16:19:13:20:16 chr13 31543095 . C T 38.53 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0170917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8419;QD=11.0079;RBI=0.0692193;REFB=-0.00862207;REVB=0.067076;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0108497;OID=.;OPOS=31543095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:3:5:2:4:3:5 chr13 31543163 . T C 54.68 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0871452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3448;QD=9.1137;RBI=0.0872362;REFB=-0.00371732;REVB=0.0039838;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435579;STB=0.776955;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00828033;OID=.;OPOS=31543163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:7:1:7:9:7:1:7:9 chr13 31728703 . T C 79.91 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00767045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.712;QD=11.8385;RBI=0.00767906;REFB=-0.007769;REVB=-0.000363683;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179822;STB=0.654229;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0354668;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:27:15:16:10:11:0.407407:2:8:10:5:2:9:10:6 chr13 31821240 . C T 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.205;QD=56.9901;RBI=0.030048;REFB=0;REVB=-0.0183479;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64099e-05;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr13 31821992 . T C 977.76 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0248538;FXX=0.0416609;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.153;QD=56.6817;RBI=0.0389251;REFB=-0.188287;REVB=0.0299575;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.50153;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00113754;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:1:2:67:67:0.971014:37:30:0:1:37:30:1:1 chr13 31891746 . G A 750.13 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4981;QD=55.5648;RBI=0.0358807;REFB=0;REVB=0.0267795;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127711;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:34:19:0:0:34:20:0:0 chr13 32360547 . A G 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00351011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.644;QD=16.0642;RBI=0.0175991;REFB=0.00383991;REVB=0.0172455;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151256;STB=0.585399;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00379637;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:13:18:11:15:13:18 chr13 32376718 . A G 95.91 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00413921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9407;QD=12.7876;RBI=0.0186091;REFB=-0.00749609;REVB=-0.0181429;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176841;STB=0.604472;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0144775;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:9:9:8:4:9:9 chr13 32660137 . T G 479.92 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0125315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.818;QD=18.2828;RBI=0.0138695;REFB=-0.00254487;REVB=-0.00594345;RO=54;SAF=22;SAR=29;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227309;STB=0.5126;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00266112;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:29:22:22:32:29:22:22:32 chr13 32676096 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.362;QD=57.6807;RBI=0.0169888;REFB=0;REVB=0.0136482;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37651e-05;OID=.;OPOS=32676096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr13 32776153 . T C 692.58 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017214;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6528;QD=62.9615;RBI=0.017438;REFB=0;REVB=0.00278593;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151258;OID=.;OPOS=32776153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr13 32776616 . T A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.669;QD=56.9562;RBI=0.0395417;REFB=0;REVB=0.0199594;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013212;OID=.;OPOS=32776616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr13 32832149 . T C 170.59 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00638981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.792;QD=10.8309;RBI=0.0581793;REFB=-0.0088493;REVB=0.0578273;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247235;STB=0.643438;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0107065;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:9:13:15:26:9:13:15:26 chr13 32906729 . A C 460.8 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00147744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.869;QD=29.7287;RBI=0.0116883;REFB=-0.0251913;REVB=-0.0115945;RO=19;SAF=17;SAR=25;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160893;STB=0.595193;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0118352;OID=.;OPOS=32906729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:20:42:42:0.677419:25:17:13:6:25:17:14:6 chr13 32911888 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0168498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.194;QD=11.1312;RBI=0.0232782;REFB=0.00414511;REVB=0.016061;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218469;STB=0.629388;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00704857;OID=.;OPOS=32911888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:5:12:5:5:5:12 chr13 32913055 . A G 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7594;QD=61.5318;RBI=0.0240331;REFB=0;REVB=0.000223155;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143046;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr13 32915005 . G C 631.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000670207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2888;QD=61.5794;RBI=0.00623358;REFB=0;REVB=0.00619744;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11959e-05;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr13 32915110 . A G 328.1 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.000919393;FXX=0.0183469;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.359;QD=12.2653;RBI=0.00844446;REFB=-0.0126208;REVB=-0.00839426;RO=66;SAF=19;SAR=21;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00580557;STB=0.507732;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0200578;OID=.;OPOS=32915110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:66:67:40:40:0.373832:21:19:31:35:21:19:31:36 chr13 32929232 . A G 151.16 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.036366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4628;QD=20.1551;RBI=0.0639702;REFB=0.0225165;REVB=-0.052628;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106233;STB=0.560268;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0197821;OID=.;OPOS=32929232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:7:7:10:6:7:7 chr13 32929387 . TA CA,GC 100.32 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,2;DP=10;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309002,-0.0126417;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=98.2522,55.5342;QD=40.1275;RBI=0.038379,0.0384256;REFB=0,0;REVB=0.0227624,0.0362866;RO=0;SAF=7,0;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00142527,0.00575159;OID=.,.;OPOS=32929387,32929387;OREF=T,TA;OALT=C,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:8,2:8,2:0.8,0.2:1,2:7,0:0:0:1,2:7,0:0:0 chr13 32976608 . A G 446.76 PASS AF=0.368794;AO=42;DP=141;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.0312614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.977;QD=12.6741;RBI=0.0315421;REFB=-0.00339103;REVB=-0.0041987;RO=73;SAF=27;SAR=15;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110275;STB=0.524117;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00810295;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:89:42:52:0.368794:15:27:40:33:22:30:48:41 chr13 32976640 . TTTG T 103.83 PASS AF=0.313433;AO=19;DP=71;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0159576;FXX=0.0563301;HRUN=3;LEN=3;MLLD=165.699;QD=6.19887;RBI=0.021461;REFB=-0.0142575;REVB=-0.0143503;RO=48;SAF=5;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320788;STB=0.696535;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0206622;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313433:19:71:21:67:46:5:16:23:23:99:48:5:14:25:23 chr13 32976645 . T A 170.23 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00505289;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.161;QD=10.3171;RBI=0.0053524;REFB=-0.00193686;REVB=-0.00176535;RO=48;SAF=6;SAR=16;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235019;STB=0.603674;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00456819;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:66:48:44:22:22:0.333333:16:6:22:26:16:6:18:26 chr13 32976648 . G C 172.98 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0290469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9874;QD=11.3426;RBI=0.0691107;REFB=-0.00788289;REVB=-0.0627102;RO=37;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222947;STB=0.617337;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0165801;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:39:22:22:0.360656:16:6:17:20:16:6:17:22 chr13 32981142 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000381482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1255;QD=12.868;RBI=0.0442458;REFB=0.0227557;REVB=-0.0442442;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231514;STB=0.635527;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0280778;OID=.;OPOS=32981142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:11:5:6:5:11:5 chr13 32981279 . T A 194.31 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00776282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.082;QD=24.2888;RBI=0.0336726;REFB=-0.0131829;REVB=-0.0327656;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182282;STB=0.601898;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0136673;OID=.;OPOS=32981279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:5:8:7:12:5:8 chr13 32994533 . T C 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0013829;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.929;QD=12.0703;RBI=0.0074343;REFB=-0.00223306;REVB=0.00730455;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413396;STB=0.523791;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00337809;OID=.;OPOS=32994533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:15:11:17:27:15:11:17:27 chr13 33002122 . GTC CGT,GT 30.84 PASS AF=0,0.277778;AO=2,13;DP=36;FAO=0,10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=0,8;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0582984,-0.0927612;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=62.9787,10.0965;QD=3.42623;RBI=0.0893941,0.147524;REFB=-0.0195696,-0.146213;REVB=-0.0677688,-0.114712;RO=18;SAF=1,9;SAR=1,4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.202649;STB=0.5,0.740221;STBP=1,0.1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0643418,0.13626;OID=.,.;OPOS=33002122,33002124;OREF=GTC,C;OALT=CGT,-;OMAPALT=CGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:36:36:18:26:2,13:0,10:0,0.277778:1,4:1,9:9:9:0,2:0,8:13:13 chr13 33017043 . T C 269.35 PASS AF=0.394737;AO=22;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.061859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.375;QD=14.1761;RBI=0.0696054;REFB=-0.00753888;REVB=0.0319122;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14029;STB=0.507145;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0128817;OID=.;OPOS=33017043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:22:30:0.394737:11:11:17:28:19:11:17:28 chr13 33590851 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9889;QD=59.8385;RBI=0.0730637;REFB=0;REVB=-0.0690719;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000811507;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr13 33635463 . T C 497.5 PASS AF=0.486239;AO=52;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=48;FWDB=-0.0219313;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.724;QD=18.257;RBI=0.0219485;REFB=-0.03106;REVB=0.000868964;RO=56;SAF=21;SAR=31;SRF=8;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271355;STB=0.644125;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0331773;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:52:53:0.486239:31:21:8:48:32:21:8:48 chr13 33635835 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.239;QD=59.0122;RBI=0.0265528;REFB=0;REVB=0.0232086;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203668;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr13 33700374 . T G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0184582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.552;QD=17.7315;RBI=0.0189473;REFB=-0.00321496;REVB=-0.00427733;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152823;STB=0.586372;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00431412;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:4:15:11:6:4:15 chr13 33703656 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.838;QD=58.2368;RBI=0.0164565;REFB=0;REVB=0.016146;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60526e-05;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr13 33704065 . T C 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0594809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.047;QD=15.2477;RBI=0.0644491;REFB=-0.0658933;REVB=-0.0248136;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293682;STB=0.666317;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0517291;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:6:0:1:6:6:0 chr13 34013847 . G C 174.03 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.011447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2506;QD=19.3372;RBI=0.0230191;REFB=-0.00957271;REVB=-0.0199711;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154992;STB=0.588134;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0111155;OID=.;OPOS=34013847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:9:9:6:12:9:9 chr13 36639771 . A C 227.98 PASS AF=0.45614;AO=27;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0270717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7555;QD=15.9986;RBI=0.0322104;REFB=-0.0364926;REVB=-0.0174537;RO=29;SAF=6;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251061;STB=0.642967;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0898451;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:31:27:26:0.45614:21:6:13:16:20:6:14:17 chr13 36686138 . T C 597.11 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0308444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.121;QD=22.5324;RBI=0.0308985;REFB=-0.0065764;REVB=0.00182702;RO=43;SAF=28;SAR=31;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190104;STB=0.588777;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00718312;OID=.;OPOS=36686138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:43:47:59:59:0.556604:31:28:10:33:31:28:13:34 chr13 36744757 . G A 856.51 PASS AF=0.508876;AO=86;DP=170;FAO=86;FDP=169;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0130622;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.982;QD=20.2725;RBI=0.0234123;REFB=-0.0281075;REVB=0.0194297;RO=80;SAF=35;SAR=51;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00502015;STB=0.501353;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0207519;OID=.;OPOS=36744757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:80:83:86:86:0.508876:51:35:33:47:51:35:34:49 chr13 36744910 . C T 1093.23 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0378519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.117;QD=58.3058;RBI=0.0378526;REFB=-0.029052;REVB=0.000224116;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108759;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000101763;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:43:31:0:1:43:31:0:1 chr13 36801415 . C T 500.99 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=116;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00652712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.21;QD=17.1279;RBI=0.00864438;REFB=-0.00492748;REVB=0.00566763;RO=62;SAF=28;SAR=25;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274327;STB=0.524254;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00625841;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:63:53:54:0.461538:25:28:31:31:25:29:31:32 chr13 36828237 . T C 444.51 PASS AF=0.505747;AO=45;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0415125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8298;QD=20.4373;RBI=0.138219;REFB=-0.0265628;REVB=0.131838;RO=42;SAF=20;SAR=25;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070093;STB=0.506326;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0290542;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:45:44:0.505747:25:20:19:23:24:20:19:24 chr13 36855375 . C T 266.47 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.000783216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3046;QD=15.9084;RBI=0.00133285;REFB=0.0307866;REVB=-0.00107845;RO=36;SAF=10;SAR=20;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366971;STB=0.6989;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0367565;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:20:10:26:10:20:10:26:11 chr13 36855405 . A G 236.21 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.001334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.159;QD=17.4968;RBI=0.0122176;REFB=-0.000474995;REVB=-0.0121446;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424367;STB=0.730592;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00127716;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:19:7:20:7:19:7:20:8 chr13 36857639 . T C 204.44 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00928645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8352;QD=22.7154;RBI=0.0343333;REFB=-0.0250285;REVB=0.0330535;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199272;STB=0.611005;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0367744;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:12:4:10:10:12:4 chr13 36877978 . T C 44.07 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00118841;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=186.711;QD=6.52953;RBI=0.0328081;REFB=-0.00193951;REVB=-0.0327866;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463469;STB=0.521678;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00397446;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:18:20:7:7:0.259259:4:3:7:11:4:3:8:12 chr13 36886469 . T C 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0579525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.008;QD=17.6166;RBI=0.0629804;REFB=-0.0477852;REVB=0.0246586;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564863;STB=0.531888;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0398023;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:14:13:13:11:14:13 chr13 36939688 . C T 1194.24 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00925275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0685;QD=59.7121;RBI=0.033738;REFB=0.107085;REVB=-0.0324444;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00172113;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:43:36:0:1:43:36:0:1 chr13 36939758 . A G 1694.93 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.647;QD=60.5334;RBI=0.0120927;REFB=0;REVB=-0.00914932;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15833e-06;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr13 37269675 . C A 343.22 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0351875;FXX=0.101435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7205;QD=22.1432;RBI=0.0357252;REFB=-0.00317534;REVB=-0.0061747;RO=26;SAF=11;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860759;STB=0.56903;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00365699;OID=.;OPOS=37269675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:62:26:28:34:34:0.548387:23:11:11:15:23:11:13:15 chr13 37269835 . G A 1175.23 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.124;QD=59.5051;RBI=0.0386272;REFB=-0.118047;REVB=0.00784798;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00392882;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:35:43:0:1:35:43:0:1 chr13 37271163 . C A 132.62 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0351446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4074;QD=15.1565;RBI=0.051196;REFB=-0.0010167;REVB=-0.0372275;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00109948;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:9:11:8:7:9:11 chr13 37271428 . GCA G 151.8 PASS AF=0.9375;AO=11;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0950875;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=71.1207;QD=37.9489;RBI=0.129608;REFB=-0.130195;REVB=0.0880713;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=0.0227238;OID=.;OPOS=37271429;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:11:16:15:16:1:9:6:0:1:6:1:7:4:0:1 chr13 37372429 . T C 235.09 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0483075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8677;QD=40.8857;RBI=0.0518774;REFB=-0.00414418;REVB=0.0189115;RO=3;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119771;STB=0.565153;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0113857;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:10:10:3:0:10:10:3:0 chr13 37580139 . G A 218.58 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0296805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.104;QD=14.1021;RBI=0.0301678;REFB=-0.0112685;REVB=0.00540044;RO=36;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477132;STB=0.535383;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0116632;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:17:8:13:23:18:8:13:23 chr13 37583831 . G A 125.61 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0300052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.36;QD=10.6905;RBI=0.0358274;REFB=-0.0153774;REVB=-0.0195778;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196019;STB=0.617486;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.025992;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:16:16:10:5:16:16 chr13 37605735 . G C 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0443711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.229;QD=12.4555;RBI=0.0444394;REFB=-0.000241899;REVB=0.0024641;RO=34;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169522;STB=0.597846;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-2.46965e-05;OID=.;OPOS=37605735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:12:9:20:14:12:9:20:14 chr13 37625601 . T C 556.99 PASS AF=0.95;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0139344;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.824;QD=55.6985;RBI=0.0207222;REFB=-0.016708;REVB=0.0153376;RO=2;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519525;STB=0.526302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000265678;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:40:2:2:37:38:0.95:17:20:0:2:18:20:0:2 chr13 37679268 . G T 318.7 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0110401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9461;QD=20.8986;RBI=0.0243831;REFB=-0.0337332;REVB=0.0217405;RO=28;SAF=23;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178845;STB=0.509912;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0288445;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:10:23:19:9:10:23:19:9 chr13 37679535 . G C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000760631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.496;QD=16.8248;RBI=0.0086071;REFB=-0.0112813;REVB=-0.00857342;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191106;STB=0.60927;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0139248;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:16:12:13:8:16:12 chr13 37679640 . G T 222.56 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0102474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2395;QD=18.9414;RBI=0.0104862;REFB=-0.0393805;REVB=-0.00222556;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270212;STB=0.653323;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0391567;OID=.;OPOS=37679640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:15:10:15:7:15:10 chr13 37679729 . C T 127.05 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0257344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7615;QD=14.947;RBI=0.0257546;REFB=-0.0155128;REVB=-0.00102047;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411139;STB=0.7365;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0124618;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:14:15:0.441176:11:3:11:7:12:3:11:8 chr13 37679776 . G A 39.76 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0599437;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3472;QD=8.836;RBI=0.0649642;REFB=0.00847144;REVB=0.0250419;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343123;STB=0.713605;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00529326;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:8:4:4:2:8:4 chr13 38138689 . C T 351.64 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0119713;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.746;QD=15.2886;RBI=0.0172218;REFB=0.00334542;REVB=-0.0123805;RO=51;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16678;STB=0.611052;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00406853;OID=.;OPOS=38138689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:54:38:38:0.413043:14:24:24:27:14:24:24:30 chr13 38154714 . GTTTTAAC GTTTAAC,GTTTAC,GTTTTAACT,GTTTTAC 53.78 PASS AF=0.340909,0,0.0454545,0.0227273;AO=7,6,5,7;DP=44;FAO=15,0,2,1;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8,0,2,1;FSAR=7,0,0,0;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0538169,0.0482601,0.105153,0.0409054;FXX=0;HRUN=4,4,4,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=13.5686,27.347,13.6658,21.4332;QD=4.88945;RBI=0.0538248,0.240373,0.112793,0.489484;REFB=-0.0835859,-0.032473,-0.104262,0.0225975;REVB=0.000920474,-0.235478,-0.0408059,-0.487772;RO=17;SAF=6,0,3,1;SAR=1,6,2,6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.387755,0.387755,0,0;SSSB=0.381716,-0.745554,0.013936,-0.523944;STB=0.569487,0.5,0.99539,0.991247;STBP=0.557,1,0.096,0.231;TYPE=del,del,ins,del;VARB=0.148988,0,0.0705748,0.0726801;OID=.,.,.,.;OPOS=38154715,38154718,38154722,38154719;OREF=T,TA,-,A;OALT=-,-,T,-;OMAPALT=GTTTAAC,GTTTAC,GTTTTAACT,GTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909,0,0.0454545,0.0227273:7,6,5,7:44:15,0,2,1:44:26:8,0,2,1:7,0,0,0:11:15:50:17:6,0,3,1:1,6,2,6:10:7 chr13 38357471 . G A 343.11 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0211889;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.642;QD=15.9586;RBI=0.0249246;REFB=-0.0130471;REVB=-0.013125;RO=49;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530653;STB=0.529938;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.018232;OID=.;OPOS=38357471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:23:14:21:28:23:14:21:28 chr13 38924083 . A T 1970.22 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6526;QD=62.0541;RBI=0.0120627;REFB=0;REVB=0.00302005;RO=1;SAF=66;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46159e-05;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:1:0:126:127:1:60:66:1:0:60:67:0:0 chr13 38924263 . T C 2013.66 PASS AF=0.964539;AO=131;DP=135;FAO=136;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0327323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5983;QD=57.1252;RBI=0.0449987;REFB=-0.0414549;REVB=-0.0308784;RO=3;SAF=72;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00928149;STB=0.51227;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00304602;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:135:141:3:5:131:136:0.964539:59:72:1:2:62:74:1:4 chr13 38932206 . A T 72.34 PASS AF=0.191176;AO=5;DP=64;FAO=13;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=11;FWDB=0.00896711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.322;QD=4.25558;RBI=0.00897356;REFB=-0.00597869;REVB=-0.000340263;RO=54;SAF=4;SAR=1;SRF=43;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618801;STB=0.723175;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0264778;OID=.;OPOS=38932206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:64:68:54:54:5:13:0.191176:1:4:43:11:1:12:43:11 chr13 38932208 . ATTTTTTTTT ATATTTTTTT,ATTTTTTTT,TATTTTTTTT,TTTTTTTTTC 255.02 PASS AF=0.181818,0.327273,0.0181818,0.254545;AO=8,11,2,5;DP=57;FAO=10,18,1,14;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=9,14,0,11;FSAR=1,4,1,3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00212532,0.0800219,0.0133075,0.000948593;FXX=0.112885;HRUN=9,9,1,1;LEN=1,1,2,10;MLLD=109.808,5.95473,13.4389,166.271;QD=18.5465;RBI=0.0181939,0.0870415,0.0509703,0.0272287;REFB=-0.00297383,-0.0167129,0.0131898,0.00102845;REVB=-0.0180694,0.034245,-0.0492025,0.0272122;RO=12;SAF=6,9,0,4;SAR=2,2,2,1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.094561,-0.671794,0.0783381;STB=0.666261,0.515772,0.993886,0.523775;STBP=0.311,0.887,0.15,0.879;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0.0073264,0.0472838,0.0508049,-0.0187749;OID=.,.,.,.;OPOS=38932210,38932209,38932208,38932208;OREF=T,T,AT,ATTTTTTTTT;OALT=A,-,TA,TTTTTTTTTC;OMAPALT=ATATTTTTTT,ATTTTTTTT,TATTTTTTTT,TTTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:88:57:55:12:12:8,11,2,5:10,18,1,14:0.181818,0.327273,0.0181818,0.254545:2,2,2,1:6,9,0,4:9:3:1,4,1,3:9,14,0,11:9:3 chr13 39262057 . G A 1292.92 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.322;QD=61.5675;RBI=0.0296821;REFB=0;REVB=0.00228663;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39579e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:51:31:0:0:51:33:0:0 chr13 39262435 . C G 152.13 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0167987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.489;QD=13.2288;RBI=0.0226492;REFB=-0.0155911;REVB=0.0151918;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186994;STB=0.615261;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0214535;OID=.;OPOS=39262435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:10:7:7:21:10:7:7:22 chr13 39263713 . GT G,GC 638.61 PASS AF=0.404762,0.595238;AO=14,26;DP=43;FAO=17,25;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10,15;FSAR=7,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105296,-0.00983872;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.3618,71.3661;QD=60.8203;RBI=0.0109886,0.0982951;REFB=0,0;REVB=-0.00314281,-0.0978015;RO=0;SAF=13,11;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00261523,0.0676825;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.404762,0.595238:14,26:43:17,25:42:0:10,15:7,10:0:0:39:0:13,11:1,15:0:0 chr13 39264690 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00125697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.333;QD=14.6506;RBI=0.00716206;REFB=-0.0164484;REVB=-0.00705089;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565179;STB=0.503223;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0272237;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:11:12:16:15:11:12:16:15 chr13 39343822 . C T 137.02 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00960836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2858;QD=11.185;RBI=0.0383769;REFB=-0.0160472;REVB=0.0371546;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359155;STB=0.529989;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0287685;OID=.;OPOS=39343822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:9:7:13:19:9:7:13:20 chr13 39430313 . A AT 862.01 PASS AF=0.98913;AO=14;DP=104;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0634231;FXX=0.140174;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.693;QD=37.4789;RBI=0.0661992;REFB=-0.0886062;REVB=0.0189697;RO=87;SAF=1;SAR=13;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608362;STB=0.505049;STBP=0.506;TYPE=ins;VARB=0.00263064;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.98913:14:104:91:92:1:49:42:1:0:12:87:1:13:48:39 chr13 39430314 . C G,T 1391.81 PASS AF=0.149533,0.803738;AO=14,85;DP=104;FAO=16,86;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=0,47;FSAR=16,39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0102066,0.00837381;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=46.8964,175.379;QD=52.0302;RBI=0.0224582,0.0110373;REFB=-0.0047598,0.00100082;REVB=-0.0200049,0.00719044;RO=3;SAF=0,47;SAR=14,38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.839249,-0.00742845;STB=0.998984,0.514083;STBP=0,0.279;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0191595,0.000665527;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:104:107:3:5:14,85:16,86:0.149533,0.803738:14,38:0,47:2:1:16,39:0,47:4:1 chr13 39455266 . G A 776.02 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.239;QD=56.4375;RBI=0.0143302;REFB=0;REVB=0.0115671;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425191;OID=.;OPOS=39455266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:34:19:0:0:36:19:0:0 chr13 39540589 . TC T 238.26 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00780845;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.438;QD=13.6149;RBI=0.0118029;REFB=-0.00701323;REVB=-0.0088508;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246325;STB=0.639904;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=0.0104086;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:28:71:28:70:42:16:12:14:28:99:42:16:12:14:28 chr13 39584373 . G C 134.23 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0209419;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5377;QD=15.3401;RBI=0.0444644;REFB=-0.0143029;REVB=-0.039224;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665023;STB=0.538411;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0199831;OID=.;OPOS=39584373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:12:8:7:8:12:8 chr13 39586343 . G C 503.41 PASS AF=0.5;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0118788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.03;QD=20.5473;RBI=0.0207459;REFB=-0.0165825;REVB=0.0170084;RO=49;SAF=20;SAR=28;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123008;STB=0.571939;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0166406;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:49:48:49:0.5:28:20:27:22:29:20:27:22 chr13 39587865 . A C 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0214639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.386;QD=12.737;RBI=0.0252019;REFB=-0.0143231;REVB=-0.0132076;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204977;STB=0.512033;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0247335;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:11:17:10:6:11:17 chr13 39587889 . T C 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0264873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.789;QD=16.113;RBI=0.0282921;REFB=-0.0239656;REVB=-0.00994311;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037391;STB=0.521155;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0312271;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:11:18:14:10:11:18 chr13 39603498 . G A 79.26 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0538009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0453;QD=15.852;RBI=0.0553753;REFB=0.018462;REVB=-0.0131106;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188678;STB=0.608497;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0155288;OID=.;OPOS=39603498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:2:8:6:4:2:8 chr13 41323397 . C T 222.61 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0304228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5781;QD=13.9133;RBI=0.0348413;REFB=-0.019114;REVB=0.0169815;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941892;STB=0.553639;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0267161;OID=.;OPOS=41323397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:17:10:17:20:17:10:17:20 chr13 41382711 . A T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0103769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.64;QD=10.8848;RBI=0.0118881;REFB=-0.00290448;REVB=-0.00580059;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289686;STB=0.67699;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00508417;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:7:8:7:2:7:8 chr13 41634954 . G A 415.44 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.013018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.202;QD=27.6957;RBI=0.0254996;REFB=-0.00744051;REVB=-0.0219262;RO=20;SAF=17;SAR=22;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10234;STB=0.547615;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00526002;OID=.;OPOS=41634954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:21:39:39:0.65:22:17:12:8:22:17:12:9 chr13 41705495 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.443;QD=57.2026;RBI=0.0353352;REFB=0;REVB=0.0303539;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164388;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr13 41706800 . A C,G 587.74 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=2,37;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0775534,0.0139994;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.3354,237.018;QD=60.2814;RBI=0.0786895,0.0178198;REFB=0,0;REVB=-0.0133232,0.0110254;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0166457,0.00105361;OID=.,.;OPOS=41706800,41706800;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:39:39:0:0:2,37:1,38:0.025641,0.974359:2,14:0,23:0:0:1,15:0,23:0:0 chr13 41831948 . AAG A,AAA 66.81 PASS AF=0.22973,0;AO=14,4;DP=79;FAO=17,0;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=3,0;FSAR=14,0;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0413045,-0.126379;FXX=0.0512755;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.8628,19.9875;QD=3.61113;RBI=0.060097,0.135682;REFB=-0.060186,-0.0110098;REVB=-0.043653,0.049376;RO=55;SAF=2,3;SAR=12,1;SRF=32;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.550527,0.179443;STB=0.823149,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=del,snp;VARB=0.193347,0;OID=.,.;OPOS=41831949,41831950;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22973,0:14,4:79:17,0:74:57:3,0:14,0:34:23:67:55:2,3:12,1:32:23 chr13 41834744 . C T 257.42 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0175558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1612;QD=16.3439;RBI=0.0524957;REFB=0.00450185;REVB=0.0494731;RO=34;SAF=21;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179102;STB=0.601421;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00271989;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:8:21:19:15:8:21:19:15 chr13 41902939 . T C 740.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3717;QD=56.9855;RBI=0.029121;REFB=0;REVB=-0.00164753;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253862;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:33:17:0:0:33:19:0:0 chr13 42032572 . T C 557.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.69;QD=60.2209;RBI=0.0328994;REFB=0;REVB=0.00920201;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167699;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr13 42273366 . G A 346.06 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00133537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.803;QD=14.4193;RBI=0.00136782;REFB=-0.00342077;REVB=0.000296199;RO=57;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112658;STB=0.568071;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00616477;OID=.;OPOS=42273366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:57:58:38:38:0.395833:20:18:21:36:20:18:21:37 chr13 42381889 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.505;QD=59.8394;RBI=0.0416422;REFB=0;REVB=0.0332861;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14095e-05;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr13 42772717 . G T 219.96 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0108047;FXX=0.0555453;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.136;QD=17.2519;RBI=0.0109575;REFB=3.60883e-05;REVB=0.00182364;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483186;STB=0.52725;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000688649;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:11:16:13:11:11:16 chr13 42793479 . G A 766.44 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7993;QD=62.5667;RBI=0.078076;REFB=0;REVB=0.074196;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228195;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:23:23:0:0:26:23:0:0 chr13 42799496 . A AT,T 43.5 PASS AF=0.346154,0;AO=6,3;DP=27;FAO=9,0;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.124598,0.00879416;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=12.9576,259.566;QD=6.69288;RBI=0.124706,0.0102311;REFB=-0.00274338,-0.00838217;REVB=-0.00518722,0.00522858;RO=17;SAF=4,0;SAR=2,3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463636,-0.529392;STB=0.702085,0.5;STBP=0.186,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0257045,0;OID=.,.;OPOS=42799497,42799496;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:26:17:17:6,3:9,0:0.346154,0:2,3:4,0:4:13:4,0:5,0:4:13 chr13 42803263 . T C 505.08 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0274687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8292;QD=20.2032;RBI=0.0282751;REFB=-0.0175172;REVB=-0.00670437;RO=50;SAF=23;SAR=26;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643148;STB=0.540546;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0229038;OID=.;OPOS=42803263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:26:23:27:23:26:23:28:23 chr13 42803341 . T C 2084.81 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7962;QD=60.8705;RBI=0.0181161;REFB=-0.0551028;REVB=0.00400114;RO=2;SAF=53;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312235;STB=0.50303;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000534455;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:137:137:2:1:135:136:0.992701:82:53:1:1:82:54:0:1 chr13 42872719 . A G 182.94 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.014858;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.092;QD=13.3046;RBI=0.0172173;REFB=-0.000836686;REVB=-0.00869908;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225594;STB=0.627803;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00103065;OID=.;OPOS=42872719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:33:22:22:0.4:9:13:26:7:9:13:26:7 chr13 42872779 . C T 415.22 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0054168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.5;QD=19.3126;RBI=0.0237924;REFB=-0.000740179;REVB=-0.0231676;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148595;STB=0.582255;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00125056;OID=.;OPOS=42872779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:19:23:31:13:19:23:31:13 chr13 42875044 . C G 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0547437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.871;QD=17.4535;RBI=0.0551388;REFB=-0.00216266;REVB=0.00658917;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357308;STB=0.502007;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00293867;OID=.;OPOS=42875044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:13:16:15:12:13:16 chr13 42877265 . G C 187.9 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00189086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.81;QD=20.3134;RBI=0.0245125;REFB=-0.0251816;REVB=-0.0244394;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252415;STB=0.514271;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0195242;OID=.;OPOS=42877265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:18:18:19:0.513514:9:9:9:8:9:10:10:8 chr13 42882620 . C T 278.94 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0168395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.724;QD=27.2133;RBI=0.0180534;REFB=0.0174336;REVB=0.00650825;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102088;STB=0.556375;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0145431;OID=.;OPOS=42882620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:12:13:6:10:12:13:6:10 chr13 43469157 . G A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0456754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3307;QD=12.2292;RBI=0.0571269;REFB=-0.0173642;REVB=-0.0343109;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12814;STB=0.574065;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0323897;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:19:17:13:9:19:17 chr13 43469211 . G A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0131639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.37;QD=14.6164;RBI=0.017392;REFB=-0.00765636;REVB=-0.0113663;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519342;STB=0.519986;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00817619;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:16:12:14:23:16:12:15:23 chr13 43788158 . G A 1200.61 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488434;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.622;QD=61.5697;RBI=0.00724459;REFB=0;REVB=0.00535045;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125252;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr13 43930140 . C T 210.88 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0641947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5845;QD=14.0589;RBI=0.0849367;REFB=-0.00184192;REVB=0.0556174;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694345;STB=0.530097;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00517945;OID=.;OPOS=43930140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:13:12:14:20:13:12:15:20 chr13 44411432 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.935;QD=64.0212;RBI=0.0410311;REFB=0;REVB=0.0361493;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85608e-05;OID=.;OPOS=44411432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr13 44457925 . A G 1280.88 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.893;QD=61.7293;RBI=0.0674416;REFB=0;REVB=0.00559606;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142367;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:45:35:0:0:45:38:0:0 chr13 45515379 . CA C,CC 40.94 PASS AF=0.268293,0.0487805;AO=10,2;DP=41;FAO=11,2;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9,0;FSAR=2,2;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.103485,0.0481667;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.81649,27.3763;QD=3.99457;RBI=0.115456,0.079827;REFB=-0.0633318,-0.0425955;REVB=0.0511951,0.0636578;RO=25;SAF=8,0;SAR=2,2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0.338983,0;SSEP=0,0;SSSB=0.278579,-0.529207;STB=0.691913,0.995695;STBP=0.176,0.089;TYPE=del,snp;VARB=0.0613585,-0.0282857;OID=.,.;OPOS=45515380,45515380;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293,0.0487805:10,2:41:11,2:41:28:9,0:2,2:17:11:31:25:8,0:2,2:15:10 chr13 45563464 . G C 1822.2 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.506;QD=61.2503;RBI=0.022648;REFB=0;REVB=0.0195082;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24486e-05;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:64:54:0:0:64:55:0:0 chr13 45635002 . G T 160.73 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00260386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.523;QD=18.3693;RBI=0.0251975;REFB=-0.0118301;REVB=0.0250626;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259185;STB=0.627764;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0193022;OID=.;OPOS=45635002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:9:7:13:5:9:8:13:5 chr13 45914701 . AGT AG,TAG 46.75 PASS AF=0.36,0.08;AO=8,3;DP=25;FAO=9,2;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5,0;FSAR=4,2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0485995,0.0665638;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=13.677,70.3496;QD=7.48011;RBI=0.0509449,0.0793924;REFB=-0.108144,-0.0121278;REVB=0.0152796,-0.0432715;RO=13;SAF=5,0;SAR=3,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.168369,-0.620235;STB=0.576753,0.993802;STBP=0.601,0.174;TYPE=del,mnp;VARB=0.144903,0.119645;OID=.,.;OPOS=45914703,45914701;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:25:13:14:8,3:9,2:0.36,0.08:3,3:5,0:6:7:4,2:5,0:6:8 chr13 46039407 . G T 265.68 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0748765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.81;QD=48.305;RBI=0.0750329;REFB=-0.103563;REVB=0.00484244;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538424;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00137689;OID=.;OPOS=46039407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:22:0:1:21:21:0.954545:15:6:0:0:15:6:1:0 chr13 46077381 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.743;QD=43.4862;RBI=0.0403091;REFB=0;REVB=0.0220179;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354784;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr13 46103935 . A G 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.492;QD=58.0592;RBI=0.0852873;REFB=0;REVB=0.0780299;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423007;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr13 46108853 . TG CA 927.26 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371546;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.109;QD=58.8736;RBI=0.00417336;REFB=0;REVB=0.0019006;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.01053e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr13 46115731 . C A 622.17 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00477464;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7792;QD=27.6521;RBI=0.0199918;REFB=-0.0386611;REVB=0.0194132;RO=33;SAF=29;SAR=26;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709807;STB=0.527263;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0235319;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:33:35:55:55:0.611111:26:29:14:19:26:29:16:19 chr13 46137837 . T C 1498.78 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109938;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.123;QD=59.9511;RBI=0.0558497;REFB=0;REVB=0.054757;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62393e-05;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr13 46154128 . AATT A 137.83 PASS AF=0.466667;AO=17;DP=47;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0102701;FXX=0.081616;HRUN=5;LEN=3;MLLD=298.727;QD=12.2519;RBI=0.010279;REFB=-0.00289893;REVB=0.000426219;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276232;STB=0.615266;STBP=0.165;TYPE=del;VARB=0.00225958;OID=.;OPOS=46154129;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:17:47:21:45:24:5:16:10:14:99:23:4:13:11:12 chr13 46154749 . A G 469.37 PASS AF=0.511111;AO=44;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00899824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.46;QD=20.8609;RBI=0.0109731;REFB=-0.0205662;REVB=0.0062802;RO=44;SAF=27;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844654;STB=0.543265;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0202871;OID=.;OPOS=46154749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:44:44:44:46:0.511111:17:27:23:21:18:28:23:21 chr13 46355296 . G T 494.78 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.00835452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.223;QD=20.8326;RBI=0.0147882;REFB=-0.0191091;REVB=-0.0122022;RO=47;SAF=19;SAR=29;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938058;STB=0.551736;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0177175;OID=.;OPOS=46355296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:29:19:14:33:29:19:14:33 chr13 46541673 . T A 1056.39 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.025;QD=57.1023;RBI=0.0271593;REFB=-0.112257;REVB=0.0146118;RO=2;SAF=35;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026257;STB=0.513885;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000271084;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:2:2:72:72:0.972973:37:35:2:0:37:35:2:0 chr13 46543660 . G GT 32.52 PASS AF=0.365854;AO=13;DP=45;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.137767;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.06485;QD=3.17265;RBI=0.163376;REFB=-0.0852001;REVB=0.0878178;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294871;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.126887;OID=.;OPOS=46543661;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854:13:45:15:41:26:11:4:19:7:32:26:9:4:23:3 chr13 46562935 . A G 927.55 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290273;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.282;QD=57.9721;RBI=0.0309052;REFB=0;REVB=0.0106088;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92103e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:29:33:0:0:30:34:0:0 chr13 46629944 . A G 992.64 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=79;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0709648;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.885;QD=52.244;RBI=0.0709673;REFB=-0.0132613;REVB=0.000601368;RO=5;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310706;STB=0.522199;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00176429;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:79:76:5:6:70:70:0.921053:39:31:1:4:39:31:1:5 chr13 46638826 . G A 249.97 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00528318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.272;QD=26.3121;RBI=0.0164029;REFB=-0.0285143;REVB=0.0155288;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554829;STB=0.530779;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0149133;OID=.;OPOS=46638826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:14:9:7:8:14:9:7:8 chr13 46641481 . T C 1054.9 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.815;QD=57.8026;RBI=0.032846;REFB=0.0487665;REVB=0.0255237;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-5.88411e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:39:32:0:1:40:32:0:1 chr13 46656669 . A G 1745.65 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301505;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.737;QD=60.7181;RBI=0.0302953;REFB=0;REVB=0.00295924;RO=0;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402485;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:112:115:1:71:41:0:0:74:41:0:0 chr13 46700173 . G T 70.46 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0350393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4136;QD=17.6156;RBI=0.0384644;REFB=-0.00125717;REVB=0.015867;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305806;STB=0.675319;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00447257;OID=.;OPOS=46700173;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:6:1:5:4:6:1 chr13 46700642 . G T 752.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000187623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.395;QD=56.7996;RBI=0.0559945;REFB=0;REVB=0.0559942;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45092e-05;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:28:21:0:0:32:21:0:0 chr13 46708291 . T C 1031.92 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00587035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.199;QD=58.1364;RBI=0.0332971;REFB=-0.134829;REVB=0.0327756;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000280869;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:34:36:0:0:34:36:0:1 chr13 46948548 . G A 99.88 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00665986;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.407;QD=14.2683;RBI=0.00718618;REFB=-0.00284089;REVB=-0.00269954;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448575;STB=0.526271;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00467012;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:10:6:4:8:10:6 chr13 46948660 . A G 43.29 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0346164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.812;QD=6.1843;RBI=0.0349694;REFB=-0.0303059;REVB=-0.00495645;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180464;STB=0.617624;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0648241;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:5:2:9:12:5:2:9:12 chr13 47255902 . G A 494.26 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=113;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0007826;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.472;QD=17.6523;RBI=0.00907361;REFB=-0.00299307;REVB=-0.0090398;RO=59;SAF=11;SAR=41;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345544;STB=0.696051;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00465815;OID=.;OPOS=47255902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:59:59:52:53:0.473214:41:11:31:28:42:11:31:28 chr13 47255944 . GA G 30.38 PASS AF=0.168421;AO=17;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=0.158471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.6802;QD=1.27928;RBI=0.179586;REFB=-0.0341667;REVB=-0.0844862;RO=72;SAF=0;SAR=17;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69929;STB=0.834709;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.0497975;OID=.;OPOS=47255945;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168421:17:95:16:95:79:1:15:23:56:30:72:0:17:22:50 chr13 47260054 . T C 842.61 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00669094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1353;QD=54.362;RBI=0.0411357;REFB=-0.0657797;REVB=0.0405879;RO=2;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349219;STB=0.518512;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00234453;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:60:60:0.967742:26:34:0:2:26:34:0:2 chr13 47273458 . G C 331.03 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0133787;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.082;QD=13.3751;RBI=0.0136515;REFB=-0.00255737;REVB=-0.00271561;RO=59;SAF=28;SAR=9;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330209;STB=0.696158;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00296376;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:62:37:37:0.373737:9:28:28:31:9:28:29:33 chr13 47279454 . A G 333.26 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0079228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.724;QD=17.0902;RBI=0.0101883;REFB=-0.00832107;REVB=-0.00640558;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261358;STB=0.638812;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0124012;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:42:34:36:0.461538:12:22:16:26:13:23:16:26 chr13 47308109 . A G 2083.3 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7443;QD=61.2734;RBI=0.0384595;REFB=-0.0441087;REVB=0.0116919;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000273862;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:136:0:1:134:135:0.992647:68:66:0:0:69:66:0:1 chr13 47315984 . T C 727.29 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.881;QD=55.945;RBI=0.0655554;REFB=0;REVB=-0.00568991;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406954;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:25:25:0:0:25:27:0:0 chr13 47354101 . C T 165.37 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0430829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1185;QD=12.7211;RBI=0.0767088;REFB=-0.013158;REVB=0.0634673;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733497;STB=0.557635;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0334707;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:19:20:0.384615:10:9:13:19:10:10:13:19 chr13 47469940 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.508;QD=57.3858;RBI=0.0132278;REFB=0;REVB=-0.00201007;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32957e-05;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr13 47470824 . C T 289.24 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1267;QD=52.5892;RBI=0.0803616;REFB=0;REVB=0.0404319;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338107;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr13 48033224 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5055;QD=54.4809;RBI=0.0670245;REFB=0.00660632;REVB=-0.0656016;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00138839;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:1:0:15:16:1:0 chr13 48547467 . A T 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0968;QD=59.429;RBI=0.136523;REFB=0;REVB=-0.0348846;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167957;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr13 48655824 . G A 198.6 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0311698;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.576;QD=18.0545;RBI=0.0407727;REFB=-0.0253691;REVB=-0.0262842;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.571354;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0239788;OID=.;OPOS=48655824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:14:6:10:14:14:6:10:14 chr13 49107241 . T C 177.58 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.088939;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.421;QD=47.3546;RBI=0.0889738;REFB=0;REVB=0.00248853;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000631304;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:11:4:0:0 chr13 49783215 . A T 245.82 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.057046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7529;QD=16.1194;RBI=0.0570479;REFB=0.00346257;REVB=0.000469323;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501146;STB=0.538434;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00547728;OID=.;OPOS=49783215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:15:12:13:20:15:13:13:20 chr13 49840024 . A G 784.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8342;QD=64.0621;RBI=0.0274612;REFB=0;REVB=-0.0237225;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121949;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr13 50008301 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.968;QD=60.2298;RBI=0.0112529;REFB=0;REVB=0.00247171;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59555e-05;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr13 50050620 . A G 702.57 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.077868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6104;QD=59.7933;RBI=0.0863428;REFB=-0.163039;REVB=0.0373049;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00714449;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:47:1:1:45:46:0.978723:22:23:1:0:23:23:1:0 chr13 50057097 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9054;QD=55.6554;RBI=0.038318;REFB=0;REVB=-0.0376;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702834;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr13 50057633 . A G 426.59 PASS AF=0.373134;AO=50;DP=134;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00366993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.522;QD=12.7341;RBI=0.00782563;REFB=-0.0137983;REVB=0.00691173;RO=81;SAF=27;SAR=23;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234935;STB=0.525125;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0213972;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:81:84:50:50:0.373134:23:27:42:39:23:27:42:42 chr13 50080847 . A G 527.0 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.055578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.552;QD=56.9726;RBI=0.0558548;REFB=-0.0766658;REVB=0.00555336;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00166273;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:1:0:20:16:1:0 chr13 50123649 . G A 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00178035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.55;QD=7.97599;RBI=0.0623265;REFB=-0.0265724;REVB=0.0623011;RO=48;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191645;STB=0.614788;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0303843;OID=.;OPOS=50123649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:8:11:20:28:8:11:20:28 chr13 50123688 . G T 168.38 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00591364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.087;QD=10.362;RBI=0.0076397;REFB=-0.0113931;REVB=0.00483672;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183364;STB=0.59825;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0323747;OID=.;OPOS=50123688;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:43:22:22:0.338462:10:12:16:26:10:12:17:26 chr13 50126382 . G A 94.85 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0541135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5277;QD=34.4895;RBI=0.0575514;REFB=-0.0444625;REVB=0.0195932;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0063073;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr13 50134099 . T C 91.51 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0224342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.951;QD=9.38548;RBI=0.0224517;REFB=-0.0184612;REVB=-0.000887814;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243363;STB=0.595586;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0369385;OID=.;OPOS=50134099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:38:39:26:27:11:12:0.307692:7:4:15:11:7:5:15:12 chr13 50134150 . A G 85.76 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00480421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.54;QD=10.0893;RBI=0.00761461;REFB=0.00196821;REVB=-0.00590778;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202168;STB=0.636116;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00940866;OID=.;OPOS=50134150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:34:22:23:11:11:0.323529:7:4:12:10:7:4:13:10 chr13 50141345 . G A 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.010368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.821;QD=30.5644;RBI=0.0110831;REFB=-0.00535942;REVB=0.00391652;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567528;STB=0.531222;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00501096;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:11:11:4:6:11:11:4:6 chr13 50141362 . G A 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0639379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.225;QD=9.09882;RBI=0.0641337;REFB=-0.0181825;REVB=-0.00500751;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323733;STB=0.697248;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0573703;OID=.;OPOS=50141362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:12:7:6:3:12:7 chr13 50204880 . G A 526.79 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.734;QD=56.9498;RBI=0.013522;REFB=-0.0454946;REVB=-0.00217022;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000675155;OID=.;OPOS=50204880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:15:21:1:0:15:21:1:0 chr13 50207657 . T C 251.85 PASS AF=0.534884;AO=21;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00164936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.652;QD=23.4281;RBI=0.00662311;REFB=0.00322807;REVB=-0.00641446;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118849;STB=0.592514;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00518983;OID=.;OPOS=50207657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:21:23:0.534884:10:11:12:6:12:11:13:6 chr13 50273603 . A G 253.96 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.000926791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.661;QD=21.6133;RBI=0.00304308;REFB=-0.00316445;REVB=-0.00289852;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176566;STB=0.574407;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00454806;OID=.;OPOS=50273603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:23:24:0.510638:11:12:7:15:12:12:8:15 chr13 50273831 . T C 282.18 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0229211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9252;QD=22.5747;RBI=0.026884;REFB=-0.000228185;REVB=0.0140491;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068799;STB=0.538432;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00103413;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:14:12:13:11:14:12:13:11 chr13 50273970 . C T 164.01 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0202529;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1587;QD=12.378;RBI=0.0306676;REFB=0.0139218;REVB=-0.0230288;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209668;STB=0.584823;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0262638;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:33:20:20:0.377358:10:10:21:9:10:10:21:12 chr13 50283819 . T C 429.59 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=67;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0142582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.931;QD=25.2701;RBI=0.0149397;REFB=-0.0180229;REVB=-0.00446097;RO=27;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499805;STB=0.52242;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0163405;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:27:40:41:0.602941:21:19:11:16:22:19:11:16 chr13 50296115 . C T 604.79 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313009;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1677;QD=60.4785;RBI=0.0321946;REFB=0;REVB=0.007533;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123077;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:40:0:0:38:40:1:17:21:0:0:20:20:0:0 chr13 50296116 . G T 32.71 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00766338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.9021;QD=2.84449;RBI=0.0497074;REFB=0.00724251;REVB=0.0491132;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450148;STB=0.832224;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00665347;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:22:18:5:1:22:18 chr13 50482828 . G A 72.03 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0348753;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.06;QD=11.0817;RBI=0.0364148;REFB=-0.0258515;REVB=-0.0104762;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265032;STB=0.593026;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0370128;OID=.;OPOS=50482828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:26:26:16:16:9:10:0.384615:7:2:7:9:7:3:7:9 chr13 50587718 . A G 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442046;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.99;QD=44.8758;RBI=0.0444376;REFB=0;REVB=-0.0045445;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724834;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr13 50588496 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7126;QD=33.4267;RBI=0.0403261;REFB=0;REVB=0.0399322;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311212;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr13 50590423 . G C 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.05618;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.265;QD=12.0819;RBI=0.0561824;REFB=-0.00103635;REVB=0.00051607;RO=34;SAF=17;SAR=4;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408011;STB=0.733089;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00478077;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:35:21:21:0.375:4:17:16:18:4:17:17:18 chr13 50591480 . T C 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000174038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.157;QD=44.0886;RBI=0.0371283;REFB=-0.100468;REVB=0.0371279;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00304037;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:8:9:0:0:8:9:0:1 chr13 50591616 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00282888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.417;QD=13.4589;RBI=0.0293016;REFB=0.0103849;REVB=0.0291647;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101299;STB=0.575066;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0199983;OID=.;OPOS=50591616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:11:5:10:15:11:5:11:15 chr13 50592459 . T C 376.13 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0242603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.445;QD=21.1906;RBI=0.0694508;REFB=0.00184299;REVB=0.0650757;RO=33;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317254;STB=0.517541;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00113685;OID=.;OPOS=50592459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:17:21:17:16:17:21:17:16 chr13 50656582 . T A 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.00669606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.464;QD=13.8884;RBI=0.00769579;REFB=-0.0195602;REVB=-0.00379315;RO=66;SAF=19;SAR=26;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640022;STB=0.536084;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0316012;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:26:19:24:42:26:19:24:42 chr13 51594741 . T G 863.57 PASS AF=1;AO=43;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9956;QD=56.6276;RBI=0.109935;REFB=0;REVB=0.108468;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235344;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:43:61:1:26:17:0:0:37:24:0:0 chr13 51603768 . T C 803.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225961;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.324;QD=57.4109;RBI=0.0532788;REFB=0;REVB=0.0482498;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269989;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr13 52365354 . G T 270.17 PASS AF=0.625;AO=23;DP=38;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00656125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.262;QD=27.0166;RBI=0.00992524;REFB=-0.0120312;REVB=0.00744718;RO=15;SAF=16;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223384;STB=0.592517;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00823997;OID=.;OPOS=52365354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:15:15:23:25:0.625:7:16:6:9:9:16:6:9 chr13 52391051 . A G 279.08 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00362564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.562;QD=16.4163;RBI=0.0148003;REFB=-0.0113199;REVB=-0.0143494;RO=36;SAF=7;SAR=24;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326072;STB=0.679613;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00864695;OID=.;OPOS=52391051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:24:7:19:17:24:7:19:18 chr13 52440130 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0110304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.306;QD=22.9575;RBI=0.0125524;REFB=-0.0195741;REVB=-0.00599104;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137454;STB=0.592481;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0103137;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:8:8:3:7:8:8:3:8 chr13 52515354 . A G 450.87 PASS AF=0.511111;AO=42;DP=87;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0222987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.258;QD=20.0385;RBI=0.0224666;REFB=-0.0169526;REVB=0.00274184;RO=43;SAF=14;SAR=28;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251552;STB=0.619967;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0109833;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:43:44:42:46:0.511111:28:14:26:17:29:17:27:17 chr13 52515982 . A AAC 203.06 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=76;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00316548;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=2;MLLD=239.047;QD=11.2812;RBI=0.00783016;REFB=-0.0022884;REVB=-0.00716178;RO=50;SAF=6;SAR=19;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191145;STB=0.63927;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=0.00502931;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:25:76:26:72:46:6:20:19:27:99:50:6:19:19:31 chr13 52523808 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0153439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.432;QD=10.8236;RBI=0.0156873;REFB=-0.00472256;REVB=-0.00326451;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181833;STB=0.609973;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0113848;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:9:14:9:3:9:14 chr13 52524488 . T C 229.56 PASS AF=0.46;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0425753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6231;QD=18.3649;RBI=0.0525293;REFB=-0.00756159;REVB=-0.030768;RO=25;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168104;STB=0.531991;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0331292;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:25:27:22:23:0.46:17:5:6:19:18:5:7:20 chr13 52544805 . C G 571.28 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00140904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9808;QD=17.5779;RBI=0.0168724;REFB=0.0253236;REVB=0.0168134;RO=70;SAF=28;SAR=32;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185008;STB=0.510285;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0364973;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:60:60:0.461538:32:28:34:36:32:28:34:36 chr13 52548140 . A C 454.51 PASS AF=0.5;AO=46;DP=100;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0176626;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3867;QD=16.8336;RBI=0.0452113;REFB=-0.0236964;REVB=0.0416184;RO=48;SAF=27;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10017;STB=0.546216;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0254279;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:108:48:54:46:54:0.5:19:27:23:25:25:29:24:30 chr13 52548141 . G C 43.22 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.0169693;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1059;QD=1.54363;RBI=0.0175755;REFB=-0.0098692;REVB=-0.004576;RO=98;SAF=3;SAR=8;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313759;STB=0.733877;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0435773;OID=.;OPOS=52548141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:112:98:101:11:11:0.0982143:8:3:53:45:8:3:54:47 chr13 52603194 . G T 463.72 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0183179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.005;QD=14.9587;RBI=0.0183951;REFB=-0.00330973;REVB=0.00168379;RO=72;SAF=18;SAR=34;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286825;STB=0.661049;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00210277;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:34:18:45:27:34:18:45:27 chr13 52603775 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00790291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.907;QD=18.4434;RBI=0.0202869;REFB=-0.012855;REVB=0.0186843;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232556;STB=0.631371;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0115774;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:8:1:4:7:8:1 chr13 52605367 . T A 38.37 PASS AF=0.25;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0243424;FXX=0.0666445;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.9973;QD=5.48102;RBI=0.106796;REFB=-0.0242488;REVB=-0.103985;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278858;STB=0.605762;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.133267;OID=.;OPOS=52605367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:24:28:15:21:7:7:0.25:2:5:7:8:3:4:9:12 chr13 52607169 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0211407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8631;QD=11.2554;RBI=0.0986658;REFB=-0.0152597;REVB=0.0963743;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0275835;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:7:5:5:3:7:5 chr13 52718050 . C CT 42.98 PASS AF=0.404762;AO=13;DP=44;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.25065;FXX=0.0232504;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.73315;QD=4.09305;RBI=0.251468;REFB=-0.0622928;REVB=-0.0202608;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145263;STB=0.565136;STBP=0.56;TYPE=ins;VARB=0.0649467;OID=.;OPOS=52718051;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:13:44:17:42:25:4:13:8:17:42:27:3:10:9:18 chr13 52971893 . G A 289.17 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4929;QD=52.577;RBI=0.0665147;REFB=0;REVB=0.0665043;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960245;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr13 53035783 . T C 207.06 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5546;QD=48.7211;RBI=0.0428699;REFB=0;REVB=-0.0191762;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143401;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr13 53035925 . A G 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617963;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.532;QD=55.1422;RBI=0.0650879;REFB=0;REVB=0.0204362;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331986;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr13 53050479 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5019;QD=61.3356;RBI=0.0629521;REFB=0;REVB=-0.00794286;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600032;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr13 53422553 . A G 841.87 PASS AF=0.925373;AO=61;DP=66;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0584608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6793;QD=50.2609;RBI=0.072058;REFB=0.0363418;REVB=-0.0421271;RO=5;SAF=18;SAR=43;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164218;STB=0.508233;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00627928;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:66:67:5:5:61:62:0.925373:43:18:1:4:44:18:1:4 chr13 53602970 . A G 273.92 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0571901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7222;QD=15.2175;RBI=0.0595791;REFB=-0.00855529;REVB=-0.0167021;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488298;STB=0.502761;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00925581;OID=.;OPOS=53602970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:13:18:24:17:13:18:24:17 chr13 53608632 . C T 453.68 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.318;QD=56.7103;RBI=0.00779969;REFB=0;REVB=0.00175691;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92454e-05;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:28:32:1:16:12:0:0:16:16:0:0 chr13 55748673 . T C 1416.25 PASS AF=0.989474;AO=88;DP=92;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00588755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4148;QD=59.6316;RBI=0.0987466;REFB=-0.0561236;REVB=0.0985709;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.504347;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00310615;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:95:0:1:88:94:0.989474:54:34:0:0:57:37:0:1 chr13 60385058 . C CTAT 32.33 PASS AF=0.185185;AO=5;DP=36;FAO=5;FDP=27;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00584553;FXX=0.228506;HRUN=1;LEN=3;MLLD=159.049;QD=4.78979;RBI=0.0324659;REFB=-0.00344345;REVB=-0.0319353;RO=31;SAF=3;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134714;STB=0.507662;STBP=0.997;TYPE=ins;VARB=0.0101037;OID=.;OPOS=60385059;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185:5:36:5:27:22:3:2:13:9:32:31:3:2:15:16 chr13 61986918 . C A 183.79 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.05917;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8419;QD=24.5057;RBI=0.0830063;REFB=0.000445881;REVB=-0.0582148;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275135;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:13:12:18:18:0.6:9:9:6:7:9:9:6:6 chr13 64413891 . T A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00969657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8583;QD=12.7299;RBI=0.0383133;REFB=-0.0198754;REVB=-0.0370659;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370366;STB=0.761191;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0233893;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:8:1:4:7:8:1:5:7 chr13 64414975 . G GC 41.51 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.031534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.2578;QD=7.21963;RBI=0.0382305;REFB=-0.0139741;REVB=0.0216143;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401836;STB=0.765308;STBP=0.092;TYPE=ins;VARB=0.0159507;OID=.;OPOS=64414976;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:26:8:23:15:2:6:10:5:41:18:2:6:11:7 chr13 64415160 . GT GTG,TG 115.93 PASS AF=0.6,0.3;AO=2,6;DP=20;FAO=12,6;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=6,3;FSAR=6,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.365082,0.28726;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=10.9837,15.5071;QD=23.1868;RBI=0.377863,0.290063;REFB=-0.078043,-0.0342388;REVB=0.0974439,0.0402221;RO=7;SAF=0,2;SAR=2,4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.577625,-0.090705;STB=0.571312,0.624607;STBP=0.223,0.311;TYPE=ins,mnp;VARB=0.118158,0.0218894;OID=.,.;OPOS=64415162,64415160;OREF=-,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:20:20:7:2:2,6:12,6:0.6,0.3:2,4:0,2:3:4:6,3:6,3:0:2 chr13 67800935 . G A 336.15 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.000548022;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.239;QD=14.0063;RBI=0.0142534;REFB=-0.0148901;REVB=-0.0142429;RO=58;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125289;STB=0.565378;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0235731;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:58:59:37:37:0.385417:18:19:23:35:18:19:24:35 chr13 67802339 . A T 531.58 PASS AF=0.482759;AO=55;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0101266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.507;QD=18.3302;RBI=0.010302;REFB=-0.0150058;REVB=-0.00189283;RO=60;SAF=28;SAR=27;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711832;STB=0.543623;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0141259;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:55:56:0.482759:27:28:26:34:27:29:26:34 chr13 69267981 . T C 81.97 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0192337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.588;QD=8.62829;RBI=0.0311382;REFB=-0.0163481;REVB=-0.0244878;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35272;STB=0.7055;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0490911;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:8:3:15:11:8:3:15:12 chr13 73280182 . T C 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0513365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.286;QD=50.1296;RBI=0.0631141;REFB=0.0386969;REVB=0.0367145;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.80688e-05;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:14:10:0:0:14:10:0:1 chr13 73301655 . A C 661.25 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000187624;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.713;QD=60.114;RBI=0.0128615;REFB=-0.0712978;REVB=0.0128601;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000416836;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr13 73301728 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9195;QD=43.4858;RBI=0.0745466;REFB=0;REVB=0.0164141;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185218;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr13 73302329 . C G 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.000713368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.822;QD=12.0193;RBI=0.021726;REFB=-0.00402163;REVB=0.0217143;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216762;STB=0.512802;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0132919;OID=.;OPOS=73302329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:13:12:7:7:13:12 chr13 73319171 . T C 193.21 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0125237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4352;QD=10.0367;RBI=0.0262407;REFB=-0.00622856;REVB=0.0230593;RO=50;SAF=10;SAR=15;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182137;STB=0.606133;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0202798;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:50:52:25:25:0.324675:15:10:28:22:15:10:29:23 chr13 73329358 . G A 683.59 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.263;QD=62.1446;RBI=0.0425599;REFB=0;REVB=0.0321535;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02802e-05;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:13:30:0:0:14:30:0:0 chr13 73343039 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.311;QD=63.5823;RBI=0.0506758;REFB=0;REVB=-0.0092636;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318272;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr13 73349359 . G C 321.2 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00525061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.552;QD=16.2632;RBI=0.0550653;REFB=-0.0315074;REVB=-0.0548144;RO=44;SAF=25;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207643;STB=0.617459;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0278283;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:10:25:23:21:10:25:23:21 chr13 73350079 . T C 676.92 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00504787;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.356;QD=22.9465;RBI=0.027176;REFB=-0.0219939;REVB=0.026703;RO=50;SAF=29;SAR=37;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482238;STB=0.526921;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0160804;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:50:52:66:66:0.559322:37:29:25:25:37:29:26:26 chr13 73369642 . A G 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00338081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3761;QD=17.3235;RBI=0.0454322;REFB=0.0122804;REVB=0.0453063;RO=24;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267686;STB=0.645414;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0323541;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:5:15:12:12:5:15:13:12 chr13 73650112 . C A 289.6 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.731;QD=52.6551;RBI=0.0252861;REFB=0;REVB=0.00521358;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98918e-05;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:6:16:0:0 chr13 73650117 . G A 323.21 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.317;QD=53.8676;RBI=0.0345432;REFB=0;REVB=0.00345133;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37325e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr13 74266044 . C T 194.7 PASS AF=0.403226;AO=23;DP=61;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00657034;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.12;QD=12.5613;RBI=0.0190294;REFB=-0.0112662;REVB=-0.0178591;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112064;STB=0.545665;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00617083;OID=.;OPOS=74266044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:37:23:25:0.403226:7:16:21:14:9:16:21:16 chr13 74518210 . G A 158.03 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.034781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3434;QD=25.2844;RBI=0.0460367;REFB=0.0133448;REVB=-0.0301605;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285235;STB=0.658351;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0173996;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:8:1:9:7:8:1 chr13 74863339 . C A 643.63 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161649;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.481;QD=59.873;RBI=0.0256281;REFB=-0.0253449;REVB=-0.019887;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000333532;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr13 74988714 . C T 3591.89 PASS AF=0.945736;AO=244;DP=262;FAO=244;FDP=258;FR=.;FRO=14;FSAF=143;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0310177;FXX=0.0152666;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.105;QD=55.6883;RBI=0.0310212;REFB=-0.109919;REVB=-0.000466595;RO=1;SAF=143;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469579;STB=0.524573;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00123739;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:262:258:1:14:244:244:0.945736:101:143:0:1:101:143:2:12 chr13 75814018 . C T 272.53 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.684;QD=51.9111;RBI=0.032632;REFB=0;REVB=0.0278921;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131196;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr13 75814384 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.244;QD=54.5175;RBI=0.0602136;REFB=0;REVB=-0.0583297;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000901427;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr13 75876389 . G A 315.68 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00283838;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.199;QD=17.0636;RBI=0.00301623;REFB=0.00795524;REVB=-0.00102042;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755581;STB=0.529394;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00858943;OID=.;OPOS=75876389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:42:40:34:34:0.459459:16:18:19:23:16:18:19:21 chr13 75884216 . C T 1098.38 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6685;QD=57.8094;RBI=0.0614972;REFB=0;REVB=0.0193872;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181726;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:46:25:0:0:46:30:0:0 chr13 75884290 . G A 265.4 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0488169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.171;QD=27.22;RBI=0.0495105;REFB=-0.0231713;REVB=-0.00825836;RO=15;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137257;STB=0.576205;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0145597;OID=.;OPOS=75884290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:17:7:7:8:17:7:7:8 chr13 75915261 . A C 162.33 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00182148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.022;QD=12.0248;RBI=0.00499284;REFB=-0.00723771;REVB=-0.00464872;RO=34;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167549;STB=0.597601;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0111084;OID=.;OPOS=75915261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:7:13:17:17:7:13:17:17 chr13 75936519 . C G 365.32 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00897904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.72;QD=52.1887;RBI=0.0174573;REFB=0.0479522;REVB=0.0149712;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.000330805;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr13 76055602 . G A 98.34 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0470943;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8675;QD=20.7024;RBI=0.0664833;REFB=0.00358317;REVB=0.046927;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787203;STB=0.545367;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00123883;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:21:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:2:6:9:2:2:6 chr13 76143572 . T C 173.52 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00446658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5424;QD=11.3781;RBI=0.0206557;REFB=-0.0016167;REVB=0.020167;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107977;STB=0.548544;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00318203;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:39:22:22:0.360656:8:14:20:17:8:14:22:17 chr13 76164073 . GTCC G 433.88 PASS AF=0.583333;AO=38;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00268048;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.109;QD=24.1047;RBI=0.00906319;REFB=-0.0315579;REVB=-0.00865774;RO=29;SAF=27;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112175;STB=0.555528;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.0204932;OID=.;OPOS=76164074;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:38:72:42:72:30:30:12:18:12:99:29:27:11:17:12 chr13 76378459 . T C 1546.41 PASS AF=0.931624;AO=108;DP=118;FAO=109;FDP=117;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0173997;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5787;QD=52.8687;RBI=0.0224234;REFB=-0.111593;REVB=0.0141443;RO=5;SAF=54;SAR=54;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838753;STB=0.500314;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00234076;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:118:117:5:8:108:109:0.931624:54:54:2:3:55:54:4:4 chr13 76379737 . A T 456.88 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00463834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.661;QD=16.7662;RBI=0.00648205;REFB=-0.00699489;REVB=-0.00452799;RO=55;SAF=31;SAR=19;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174889;STB=0.580274;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00661507;OID=.;OPOS=76379737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:59:50:50:0.458716:19:31:24:31:19:31:28:31 chr13 76395620 . C T 259.04 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0399507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.485;QD=24.0965;RBI=0.040069;REFB=-0.00336306;REVB=-0.00307694;RO=17;SAF=4;SAR=20;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085839;STB=0.569557;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00193001;OID=.;OPOS=76395620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:19:24:24:0.55814:20:4:4:13:20:4:5:14 chr13 76397731 . G A 305.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0393727;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6839;QD=25.985;RBI=0.0415251;REFB=-0.0165883;REVB=0.0131957;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10334;STB=0.557334;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0123888;OID=.;OPOS=76397731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:10:17:10:10:10:17:10:10 chr13 76423248 . T C 746.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4756;QD=63.4959;RBI=0.0347079;REFB=0;REVB=0.0325665;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347007;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:29:18:0:0 chr13 76445316 . C T 355.65 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0346208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.734;QD=14.2259;RBI=0.051823;REFB=-0.0170625;REVB=0.0385619;RO=59;SAF=28;SAR=11;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168923;STB=0.588737;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0245162;OID=.;OPOS=76445316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:61:39:39:0.39:11:28:34:25:11:28:36:25 chr13 76457183 . T C 316.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0126522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.549;QD=18.9014;RBI=0.017173;REFB=-0.00749888;REVB=0.0116118;RO=32;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142222;STB=0.57909;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0071903;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:12:23:16:16:12:23:16:16 chr13 76709108 . G A 664.95 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241562;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.934;QD=61.8561;RBI=0.0526578;REFB=0;REVB=0.0467901;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035146;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:25:16:0:0:25:18:0:0 chr13 76709222 . GC AC,GA 1513.75 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=7,51;DP=106;FAO=6,99;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=2,47;FSAR=4,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00798621,-0.0087781;FXX=0.0186898;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=67.376,63.6581;QD=57.6668;RBI=0.0351063,0.0381934;REFB=0,0;REVB=-0.0341859,0.037171;RO=0;SAF=2,46;SAR=5,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,5.57138e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.172638,0.00393547;OID=.,.;OPOS=76709222,76709223;OREF=G,C;OALT=A,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:106:105:0:0:7,51:6,99:0.0571429,0.942857:5,5:2,46:0:0:4,52:2,47:0:0 chr13 77458008 . C G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0153399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1707;QD=12.071;RBI=0.0162677;REFB=0.00479153;REVB=-0.00541535;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181335;STB=0.510462;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0114316;OID=.;OPOS=77458008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:13:11:19:21:13:11:19:21 chr13 77522725 . GACTT G 203.46 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00654769;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=4;MLLD=233.84;QD=15.6509;RBI=0.0134054;REFB=-0.0172839;REVB=-0.0116975;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254714;STB=0.597924;STBP=0.233;TYPE=del;VARB=0.0148672;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:22:52:23:52:29:12:11:10:19:99:23:12:10:6:17 chr13 77574983 . A G 223.19 PASS AF=0.48;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00405497;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.273;QD=17.8548;RBI=0.0145885;REFB=0.00258845;REVB=-0.0140136;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173108;STB=0.598062;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00333457;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:26:26:24:24:0.48:17:7:12:14:17:7:12:14 chr13 77575137 . A G 276.18 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0140106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1646;QD=15.7818;RBI=0.0179025;REFB=-0.00667925;REVB=0.0111447;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19398;STB=0.594435;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0238683;OID=.;OPOS=77575137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:39:31:31:0.442857:18:13:23:14:18:13:23:16 chr13 77738664 . A G 543.59 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0152764;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.836;QD=30.6248;RBI=0.0156992;REFB=-0.0129336;REVB=0.00361863;RO=23;SAF=32;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198548;STB=0.607797;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00514872;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:23:48:48:0.676056:16:32:8:15:16:32:8:15 chr13 77751892 . C T 257.32 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.000113052;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.25;QD=15.8353;RBI=0.00135284;REFB=-0.00173554;REVB=-0.00134811;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609162;STB=0.530366;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00225781;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:12:17:22:12:12:17:23:13 chr13 78146301 . C T 1643.58 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0737723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4251;QD=59.228;RBI=0.0745812;REFB=-0.140271;REVB=-0.0109546;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.503999;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00208524;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:111:0:1:110:110:0.990991:62:48:0:0:62:48:0:1 chr13 78178550 . G A 145.73 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0193273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4104;QD=11.2102;RBI=0.0340487;REFB=-0.00706611;REVB=-0.0280315;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339344;STB=0.502162;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00915065;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:34:34:17:18:0.346154:10:7:15:19:10:8:15:19 chr13 78192207 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0141727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.269;QD=9.91653;RBI=0.0147111;REFB=0.00850027;REVB=0.0039434;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509244;STB=0.808172;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0144257;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:1:8:8:8:1:8:9:8 chr13 78216873 . A G 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0332155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3822;QD=17.2221;RBI=0.0333785;REFB=-0.0112412;REVB=0.00329503;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495611;STB=0.527761;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0160927;OID=.;OPOS=78216873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:21:15:15:17:21:15 chr13 78338016 . A G 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0183637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.528;QD=11.1265;RBI=0.0260487;REFB=-0.0102237;REVB=0.0184745;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180556;STB=0.607462;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0156764;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:12:5:15:19:12:5:15:19 chr13 78477674 . A G 837.75 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.745;QD=55.8499;RBI=0.0486214;REFB=0.228075;REVB=-0.023949;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00107604;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:0:1:27:32:0:1 chr13 78521666 . C G 361.34 PASS AF=0.5;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00048917;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.19;QD=19.532;RBI=0.00807861;REFB=-0.00216424;REVB=-0.00806379;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757553;STB=0.542182;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00248334;OID=.;OPOS=78521666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:37:37:37:37:0.5:23:14:17:20:23:14:17:20 chr13 78521890 . C A 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0384084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.9;QD=13.4839;RBI=0.0385955;REFB=-0.0209675;REVB=-0.00379559;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281248;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0333224;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:4:7:3:6:4:7 chr13 79174091 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.892;QD=61.3356;RBI=0.0184712;REFB=0;REVB=0.0114661;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97056e-05;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr13 79188534 . T A 1556.45 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.011;QD=63.5286;RBI=0.0159983;REFB=0;REVB=0.00434916;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65822e-05;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:53:43:0:0:54:44:0:0 chr13 79194750 . TGA T 561.05 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110433;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.952;QD=59.0577;RBI=0.0303638;REFB=0;REVB=0.0303437;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000149783;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:38:38:38:0:13:25:0:0:4:0:11:21:0:0 chr13 79940811 . T C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00954641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.129;QD=28.141;RBI=0.11711;REFB=-0.0323459;REVB=0.116721;RO=7;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193635;STB=0.605948;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0199942;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:3:13:7:0:3:13:7:0 chr13 80910786 . C A 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00605206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3233;QD=19.34;RBI=0.0159686;REFB=-0.00343705;REVB=0.0147774;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299445;STB=0.645018;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0043685;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:10:8:2:15:10:8:3:15 chr13 84452372 . C G 209.27 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0295674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5002;QD=18.6013;RBI=0.0325332;REFB=-0.000817458;REVB=-0.0135712;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308939;STB=0.686093;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.000136841;OID=.;OPOS=84452372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:15:6:14:9:15:6:15:9 chr13 84455810 . CG GC 64.22 PASS AF=0.175258;AO=19;DP=99;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.051542;FXX=0.0202;HRUN=7;LEN=2;MLLD=21.0158;QD=2.64826;RBI=0.100816;REFB=-0.0425478;REVB=-0.0866446;RO=64;SAF=17;SAR=2;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687281;STB=0.903586;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.152722;OID=.;OPOS=84455810;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:99:97:64:80:19:17:0.175258:2:17:19:45:2:15:28:52 chr13 86367009 . C A 418.98 PASS AF=0.448598;AO=43;DP=101;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.000543129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.135;QD=15.6628;RBI=0.0112477;REFB=-0.0122581;REVB=-0.0112346;RO=58;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556768;STB=0.537881;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0159275;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:58:59:43:48:0.448598:26:17:26:32:30:18:26:33 chr13 86367973 . CT C,TC 48.66 PASS AF=0.470588,0;AO=5,2;DP=17;FAO=8,0;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.103732,-0.0308046;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=14.6092,15.9054;QD=11.4493;RBI=0.119934,0.0951371;REFB=0.00946332,0.0325442;REVB=-0.0601983,-0.0900119;RO=8;SAF=3,0;SAR=2,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0255761,-0.634114;STB=0.538364,0.5;STBP=0.794,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0244773,0;OID=.,.;OPOS=86367974,86367973;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:17:17:8:9:5,2:8,0:0.470588,0:2,2:3,0:5:3:3,0:5,0:5:4 chr13 86369120 . C T 128.14 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0339675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.273;QD=13.4881;RBI=0.0367177;REFB=-0.0150924;REVB=-0.0139429;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266846;STB=0.642664;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0295979;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:21:23:14:15:0.394737:5:9:8:13:5:10:10:13 chr13 88331241 . T TGTA,TTGTA 189.53 PASS AF=0,1;AO=2,13;DP=17;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023194,0.0229218;FXX=0.210416;HRUN=1,2;LEN=3,4;MLLD=236.123,256.964;QD=50.5399;RBI=0.0285358,0.0312575;REFB=0,0;REVB=0.0166232,0.0212515;RO=1;SAF=0,2;SAR=2,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0394551;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000213584;OID=.,.;OPOS=88331242,88331242;OREF=-,-;OALT=GTA,TGTA;OMAPALT=TGTA,TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,13:17:0,15:15:0:0,2:0,13:0:0:3:1:0,2:2,11:0:1 chr13 95097956 . C T 130.6 PASS AF=0.3;AO=16;DP=58;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0957025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4;QD=8.70632;RBI=0.111334;REFB=-0.00709735;REVB=0.0568886;RO=42;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265923;STB=0.588134;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0222894;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:42:42:16:18:0.3:12:4:19:23:12:6:19:23 chr13 95117993 . C T 334.24 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0116281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.131;QD=19.3761;RBI=0.012212;REFB=0.00123558;REVB=0.0037309;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049754;STB=0.520996;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00146861;OID=.;OPOS=95117993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:15:20:17:16:15:20:18:16 chr13 95364046 . C G 1381.65 PASS AF=0.988889;AO=84;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.981;QD=61.4068;RBI=0.041312;REFB=0.00423739;REVB=0.0371624;RO=1;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155259;STB=0.507691;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=4.21693e-05;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:84:89:0.988889:30:54:0:1:32:57:0:1 chr13 95672950 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0380559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.731;QD=10.6681;RBI=0.0392233;REFB=0.0036149;REVB=0.00949829;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359331;STB=0.521695;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00579951;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:4:14:8:2:4:14 chr13 95673135 . C T 116.19 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00798809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5664;QD=11.3352;RBI=0.0318793;REFB=-0.0191896;REVB=0.0308622;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256112;STB=0.585247;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0178844;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:27:14:14:0.341463:7:7:6:17:7:7:10:17 chr13 95673518 . T C 867.72 PASS AF=0.589552;AO=79;DP=134;FAO=79;FDP=134;FR=.;FRO=55;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00544757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.873;QD=25.9021;RBI=0.0356115;REFB=0.0128524;REVB=0.0351923;RO=55;SAF=45;SAR=34;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114542;STB=0.562271;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0150361;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:55:55:79:79:0.589552:34:45:23:32:34:45:23:32 chr13 95673938 . TA T,TG 1133.19 PASS AF=0.3625,0.6375;AO=28,49;DP=81;FAO=29,51;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=17,23;FSAR=12,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321198,0.0390914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.9858,100.08;QD=56.6593;RBI=0.0479696,0.0550534;REFB=0,0;REVB=0.0356287,0.0387651;RO=0;SAF=19,21;SAR=9,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.62669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0170418,-0.00154243;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3625,0.6375:28,49:81:29,51:80:0:17,23:12,28:0:0:99:0:19,21:9,28:0:0 chr13 95714976 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.464;QD=57.2377;RBI=0.0139457;REFB=0;REVB=0.0132241;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2534e-05;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr13 95726541 . A G 854.04 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.98;QD=56.0027;RBI=0.046231;REFB=-0.146388;REVB=0.0362395;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000730947;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:0:1:32:28:0:1 chr13 95727780 . T C 1008.33 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9383;QD=59.3138;RBI=0.0343199;REFB=0;REVB=-0.0234789;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331157;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr13 95727802 . C T 240.26 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0157242;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.429;QD=17.1612;RBI=0.0226755;REFB=-0.0114849;REVB=0.0163379;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101851;STB=0.553897;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0140314;OID=.;OPOS=95727802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:29:26:27:0.482143:17:9:7:21:17:10:8:21 chr13 95858978 . T C 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299432;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.655;QD=55.6969;RBI=0.0299462;REFB=0;REVB=-0.000421846;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85361e-05;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr13 95858996 . T C 323.67 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.861;QD=53.9446;RBI=0.0472249;REFB=0;REVB=0.0257927;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139911;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr13 95861804 . A G 771.09 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665961;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.723;QD=64.2575;RBI=0.0674385;REFB=0;REVB=-0.0106258;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692996;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr13 95863008 . C A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00867083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.546;QD=14.2416;RBI=0.0144147;REFB=-0.00983042;REVB=-0.0115152;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299196;STB=0.673096;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0142283;OID=.;OPOS=95863008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:17:5:15:16:17:5:15:16 chr13 96293631 . G A 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00254396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.78;QD=16.2722;RBI=0.0190421;REFB=-0.00733552;REVB=0.0188714;RO=38;SAF=23;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230109;STB=0.638187;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00645202;OID=.;OPOS=96293631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:39:32:32:0.450704:9:23:19:19:9:23:19:20 chr13 96506664 . A G 460.43 PASS AF=0.489362;AO=38;DP=86;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0246271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.898;QD=19.5928;RBI=0.0250275;REFB=-0.0211966;REVB=-0.00445866;RO=45;SAF=10;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263984;STB=0.545051;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0214491;OID=.;OPOS=96506664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:94:45:48:38:46:0.489362:28:10:23:22:27:19:24:24 chr13 96540141 . T C 3913.6 PASS AF=1;AO=245;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127125;FXX=0.00404842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6241;QD=63.6358;RBI=0.0110552;REFB=0.0225576;REVB=0.0109818;RO=1;SAF=108;SAR=137;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82165e-05;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:246:1:0:245:246:1:137:108:0:1:138:108:0:0 chr13 96540143 . T C 3957.37 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524161;FXX=0.0040159;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.202;QD=63.8285;RBI=0.0463582;REFB=-0.0817876;REVB=0.0460609;RO=1;SAF=109;SAR=137;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22192e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:247:248:1:0:246:248:1:137:109:1:0:139:109:0:0 chr13 96540204 . T G 1577.82 PASS AF=0.501587;AO=156;DP=313;FAO=158;FDP=315;FR=.;FRO=157;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=48;FSRR=109;FWDB=0.0109906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.076;QD=20.0358;RBI=0.0222791;REFB=-0.00932294;REVB=0.0193796;RO=155;SAF=75;SAR=81;SRF=48;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157376;STB=0.590981;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00862735;OID=.;OPOS=96540204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:315:155:157:156:158:0.501587:81:75:48:107:81:77:48:109 chr13 96638636 . A C 1475.35 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272851;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.536;QD=57.857;RBI=0.0297809;REFB=-0.0758974;REVB=0.0119342;RO=1;SAF=43;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109034;STB=0.505746;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=8.93845e-05;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:99:101:0.990196:56:43:1:0:58:43:1:0 chr13 96821982 . G T 637.04 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137895;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.069;QD=62.1501;RBI=0.0177668;REFB=0;REVB=0.0112031;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126146;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr13 97485182 . G A 239.92 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0172421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.219;QD=18.1071;RBI=0.048987;REFB=0.00539929;REVB=0.0458523;RO=27;SAF=18;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170964;STB=0.576862;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00961578;OID=.;OPOS=97485182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:25:26:0.490566:7:18:15:12:8:18:15:12 chr13 97639414 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.561;QD=57.1038;RBI=0.0105676;REFB=0;REVB=-0.00853092;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08008e-05;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr13 98829176 . T C 718.89 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.822;QD=56.3831;RBI=0.0356493;REFB=0;REVB=-0.00034463;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18901e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:37:13:0:0:38:13:0:0 chr13 99100547 . T C 1171.92 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.732;QD=60.8791;RBI=0.0134736;REFB=0;REVB=-0.00214791;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66857e-05;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr13 99112680 . C T 94.11 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0569118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.3441;QD=34.2223;RBI=0.0672612;REFB=-0.109471;REVB=-0.0358486;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0379759;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:8:9:0.818182:5:3:0:1:5:4:0:1 chr13 99324248 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.422;QD=33.4277;RBI=0.134497;REFB=0;REVB=0.123761;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441285;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr13 99324524 . T C 288.91 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7756;QD=52.5291;RBI=0.051104;REFB=0;REVB=0.00434619;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849742;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr13 99356612 . A G 704.66 PASS AF=0.483444;AO=72;DP=150;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.000905843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.929;QD=18.6666;RBI=0.00988678;REFB=-0.00523079;REVB=0.0098452;RO=78;SAF=25;SAR=47;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150045;STB=0.577374;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0059076;OID=.;OPOS=99356612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:78:78:72:73:0.483444:47:25:39:39:47:26:39:39 chr13 99376181 . C T 727.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.784;QD=63.3039;RBI=0.148097;REFB=0;REVB=0.147929;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131229;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:15:27:0:0:19:27:0:0 chr13 99447005 . T C 350.28 PASS AF=0.4;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.018691;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.097;QD=14.0113;RBI=0.0319205;REFB=-0.00214668;REVB=-0.0258759;RO=58;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159476;STB=0.589242;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0020668;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:58:60:40:40:0.4:18:22:23:35:18:22:24:36 chr13 99448441 . T A 129.98 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0119902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.552;QD=13.331;RBI=0.020621;REFB=0.00183246;REVB=-0.0167767;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139165;STB=0.581706;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00464;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:11:13:10:5:11:13 chr13 99853443 . T G 130.28 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6061;QD=43.426;RBI=0.0215057;REFB=0;REVB=-0.0215057;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108314;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr13 99857984 . T C 421.15 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0243133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9609;QD=33.0317;RBI=0.0738781;REFB=-0.0307655;REVB=0.0697627;RO=14;SAF=8;SAR=29;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186314;STB=0.6016;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.015621;OID=.;OPOS=99857984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:29:8:7:7:29:8:7:7 chr13 100004108 . G A 89.95 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00157174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9051;QD=15.6443;RBI=0.0177268;REFB=0.00102457;REVB=0.017657;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00193131;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:5:7:7:4:5:7 chr13 100517189 . CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTG CTTTTCTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTCTTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA 266.71 PASS AF=0,0.0740741,0.462963,0.0925926;AO=7,2,15,5;DP=57;FAO=0,4,25,5;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=0,0,8,0;FSAR=0,4,17,5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.290849,-0.239605,-0.0590492,-0.0932334;FXX=0.0526223;HRUN=5,5,1,1;LEN=1,2,2,1;MLLD=8.23328,20.0145,109.444,108.312;QD=19.7564;RBI=0.291216,0.24047,0.059064,0.0933614;REFB=-0.126627,-0.14307,-0.0597104,-0.0338068;REVB=-0.0146118,0.0203839,0.00132183,-0.00488807;RO=11;SAF=4,0,5,0;SAR=3,2,10,5;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.472354,-0.451439,0.224669,-0.644666;STB=0.5,0.996471,0.515139,0.997127;STBP=1,0.092,0.842,0.064;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0.0711149,0.0250186,0.0500877,0.0349415;OID=.,.,.,.;OPOS=100517190,100517194,100517196,100517209;OREF=T,TC,TG,G;OALT=-,CT,-,A;OMAPALT=CTTTTCTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTCTTGTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTG,CTTTTTCTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0740741,0.462963,0.0925926:7,2,15,5:57:0,4,25,5:54:20:0,0,8,0:0,4,17,5:7:13:99:11:4,0,5,0:3,2,10,5:1:10 chr13 100518580 . A G 1193.49 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00217199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0791;QD=59.6747;RBI=0.0361147;REFB=-0.0534164;REVB=-0.0360493;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000283168;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:39:40:0:0:39:40:1:0 chr13 100518634 . C T 275.06 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0316979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1997;QD=15.4965;RBI=0.049139;REFB=-0.0100486;REVB=-0.0375484;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829694;STB=0.543913;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0151323;OID=.;OPOS=100518634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:31:31:0.43662:17:14:14:24:17:14:15:25 chr13 100537232 . T C 229.68 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00499044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.294;QD=11.9316;RBI=0.0110559;REFB=-0.00664236;REVB=0.00986551;RO=49;SAF=19;SAR=9;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299482;STB=0.672756;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.012145;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:9:19:20:29:9:19:20:29 chr13 100945533 . G A 1514.79 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.635;QD=62.4656;RBI=0.0222088;REFB=-0.00726207;REVB=0.000357323;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977764;STB=0.505154;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=1.85862e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:48:48:0:1:48:48:0:1 chr13 101287340 . C T 104.14 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.044744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6937;QD=11.5716;RBI=0.0451782;REFB=-0.0160171;REVB=0.0062486;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151375;STB=0.624792;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0253324;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:23:23:11:13:0.361111:8:3:9:14:10:3:9:14 chr13 101287365 . T C 519.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.595;QD=59.3595;RBI=0.032437;REFB=0;REVB=-0.0223862;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73234e-06;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr13 101287404 . G A 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00770299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.911;QD=20.2666;RBI=0.0325561;REFB=-0.00214166;REVB=-0.0316317;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272282;STB=0.662821;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00102054;OID=.;OPOS=101287404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:8:13:6:14:8:13:6:15 chr13 101289969 . C T 279.09 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0475113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8253;QD=16.4173;RBI=0.0504274;REFB=0.000980583;REVB=0.0168995;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185538;STB=0.510441;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.000599263;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:19:12:15:22:19:12:15:22 chr13 101322622 . G C 254.34 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.024151;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.417;QD=26.7722;RBI=0.043175;REFB=-0.0338007;REVB=0.0357884;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955476;STB=0.552781;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0237951;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:15:23:23:0.605263:14:9:4:11:14:9:4:11 chr13 101735211 . G A 279.81 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.034;QD=48.663;RBI=0.0310156;REFB=-0.0163825;REVB=0.0142926;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=4.76046e-05;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:0:1:11:11:0:1 chr13 101736075 . A G 322.01 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0215111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.236;QD=16.7279;RBI=0.0928574;REFB=-0.00553783;REVB=-0.0903315;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168942;STB=0.606157;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00536039;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:42:42:33:35:0.454545:14:19:17:25:14:21:17:25 chr13 101795317 . A C 240.77 PASS AF=0.575;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00207063;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0762;QD=24.0766;RBI=0.0154944;REFB=-0.00451097;REVB=0.0153554;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183875;STB=0.503265;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00545147;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:17:22:23:0.575:12:10:6:8:12:11:8:9 chr13 101795422 . A G 276.99 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.00160325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.34;QD=13.5117;RBI=0.0211813;REFB=-0.0123731;REVB=-0.0211205;RO=50;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412045;STB=0.523451;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0199785;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:22:10:14:36:22:10:14:36 chr13 102220193 . G T 274.23 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00761906;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.915;QD=21.508;RBI=0.00781772;REFB=-0.0111796;REVB=-0.0017512;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271529;STB=0.640342;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0103489;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:23:28:28:0.54902:21:7:13:11:21:7:12:11 chr13 102366825 . A G 321.26 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0436432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6015;QD=18.8979;RBI=0.0631445;REFB=0.00867311;REVB=-0.0456343;RO=33;SAF=25;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192655;STB=0.617515;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.011206;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:9:25:18:15:9:25:18:16 chr13 102431351 . G C 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00669267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.864;QD=15.0648;RBI=0.0305216;REFB=-0.00827155;REVB=-0.0297787;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506801;STB=0.528742;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00905181;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:11:16:19:16:11:16:19:16 chr13 103328660 . A G 994.25 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254913;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.109;QD=57.6377;RBI=0.042483;REFB=-0.0787781;REVB=0.0339853;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200972;STB=0.509801;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00215726;OID=.;OPOS=103328660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:66:68:0.985507:23:43:0:1:25:43:0:1 chr13 103384824 . G A 869.42 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639046;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.694;QD=57.9614;RBI=0.00686144;REFB=0;REVB=0.00249828;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79132e-05;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:19:39:0:0:19:41:0:0 chr13 103385014 . TA T,TG 1199.97 PASS AF=0.0379747,0.962025;AO=12,66;DP=81;FAO=3,76;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=2,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275605,0.0241836;FXX=0.0365809;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.108,195.99;QD=60.7578;RBI=0.041736,0.0513248;REFB=0,0;REVB=0.0313419,0.0452702;RO=0;SAF=2,28;SAR=10,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0105712,0.000168056;OID=.,.;OPOS=103385015,103385015;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0379747,0.962025:12,66:81:3,76:79:0:1,30:2,46:0:0:6:0:2,28:10,38:0:0 chr13 103385299 . A C 743.96 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.399;QD=61.9968;RBI=0.0362953;REFB=0;REVB=0.0329723;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634488;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:23:23:0:0:24:24:0:0 chr13 103385798 . T C 740.48 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00231018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5737;QD=54.8505;RBI=0.00365849;REFB=-0.0719013;REVB=-0.00283683;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00124909;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:54:0:1:51:53:0.981481:30:21:0:0:30:23:0:1 chr13 103386116 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.361;QD=58.1412;RBI=0.0287711;REFB=0;REVB=0.0190664;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195611;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr13 103386283 . A G 2286.38 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193182;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.22;QD=63.5107;RBI=0.0129038;REFB=0;REVB=0.0127584;RO=0;SAF=61;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41613e-05;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:143:144:1:82:61:0:0:83:61:0:0 chr13 103388220 . A G 1345.42 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254085;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.134;QD=62.5775;RBI=0.0272625;REFB=0;REVB=0.00988184;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16451e-05;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:46:40:0:0 chr13 103391634 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0991;QD=51.9166;RBI=0.053618;REFB=0;REVB=-0.0152702;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501477;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr13 103392562 . C A 1255.23 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.453;QD=61.2307;RBI=0.0233462;REFB=0;REVB=0.017464;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38086e-05;OID=.;OPOS=103392562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:33:48:0:0:34:48:0:0 chr13 103394003 . G A 207.34 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.011;QD=48.7866;RBI=0.0412936;REFB=0;REVB=0.041278;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490588;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr13 103394239 . C T 1246.07 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.732;QD=61.5344;RBI=0.0218835;REFB=0;REVB=0.00807434;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22392e-05;OID=.;OPOS=103394239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:47:32:0:0:48:33:0:0 chr13 103394613 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9584;QD=33.4275;RBI=0.105395;REFB=0;REVB=-0.0785701;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0136028;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr13 103394716 . T C 616.56 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.613;QD=58.7199;RBI=0.119711;REFB=0;REVB=0.118183;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153541;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:39:42:1:7:32:0:0:9:33:0:0 chr13 103395819 . C T 1398.4 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=95;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00378724;FXX=0.0315756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.659;QD=60.7999;RBI=0.00449326;REFB=-0.0459277;REVB=0.00241789;RO=2;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172283;STB=0.508927;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00016342;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:92:2:2:89:90:0.978261:54:35:0:2:55:35:0:2 chr13 103396716 . C G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00091136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.84;QD=60.6087;RBI=0.005397;REFB=0;REVB=0.00531949;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25352e-05;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr13 103397387 . T G 468.04 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.4836;QD=56.7324;RBI=0.0530235;REFB=0;REVB=0.0490865;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011712;OID=.;OPOS=103397387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:25:33:1:14:11:0:0:18:15:0:0 chr13 103397583 . C G 1449.0 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2843;QD=61.6597;RBI=0.0395118;REFB=-0.101735;REVB=0.0381855;RO=1;SAF=31;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150437;STB=0.507691;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00153722;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:1:1:91:93:0.989362:60:31:1:0:61:32:1:0 chr13 103400729 . G A 262.95 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.252;QD=47.8093;RBI=0.0361428;REFB=-0.133866;REVB=0.0160014;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00222061;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr13 103402522 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.949;QD=54.7456;RBI=0.042131;REFB=-0.0448388;REVB=0.0221975;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000322743;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:30:23:0:0:30:23:0:1 chr13 103449202 . T C 1546.52 PASS AF=0.931624;AO=108;DP=117;FAO=109;FDP=117;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0166217;FXX=0.0168053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.517;QD=52.8725;RBI=0.0238926;REFB=-0.147995;REVB=0.0171631;RO=4;SAF=60;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208993;STB=0.521364;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000953034;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:117:117:4:8:108:109:0.931624:48:60:1:3:48:61:2:6 chr13 103450973 . T C 888.39 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00224616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.146;QD=56.4058;RBI=0.00308543;REFB=0.0247055;REVB=-0.00211534;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.516124;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000176598;OID=.;OPOS=103450973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:0:1:61:62:0.984127:46:15:0:0:47:15:1:0 chr13 103493825 . C G 787.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536445;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.498;QD=64.3062;RBI=0.0539186;REFB=0;REVB=0.00543015;RO=0;SAF=7;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516695;OID=.;OPOS=103493825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:42:7:0:0:42:7:0:0 chr13 103504517 . T C 1156.38 PASS AF=0.987013;AO=71;DP=74;FAO=76;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707877;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.776;QD=60.0716;RBI=0.0258789;REFB=0;REVB=0.0248919;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263472;OID=.;OPOS=103504517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:77:0:0:71:76:0.987013:41:30:0:0:45:31:0:0 chr13 103511301 . T C 848.15 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.393;QD=57.5018;RBI=0.0524482;REFB=0;REVB=0.00163355;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11081e-05;OID=.;OPOS=103511301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:36:23:0:0 chr13 103527849 . G C 590.95 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00856338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.87;QD=57.654;RBI=0.0331902;REFB=-0.0416957;REVB=0.0320665;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00224461;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:19:20:1:0:19:21:1:0 chr13 103527930 . G C 721.09 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0144389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.197;QD=57.6873;RBI=0.036261;REFB=-0.036392;REVB=0.0332623;RO=3;SAF=30;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447409;STB=0.515619;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00343351;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:50:50:3:2:47:48:0.96:17:30:3:0:17:31:2:0 chr13 103528337 . G A 1015.91 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00273007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.466;QD=54.1817;RBI=0.00702156;REFB=-0.0191102;REVB=0.00646908;RO=4;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439275;STB=0.523249;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00234496;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:4:4:71:71:0.946667:41:30:0:4:41:30:0:4 chr13 103705044 . A C 941.08 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.805;QD=57.035;RBI=0.0380119;REFB=-0.10984;REVB=0.0364028;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000711897;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:39:26:0:1:39:26:0:1 chr13 106118612 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00687285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.47;QD=18.9417;RBI=0.0239987;REFB=-0.00894198;REVB=0.0229935;RO=38;SAF=12;SAR=25;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367694;STB=0.704118;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00996609;OID=.;OPOS=106118612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:25:12:28:10:25:12:28:10 chr13 106119446 . G A 180.86 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.07295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4084;QD=12.9184;RBI=0.0814549;REFB=0.00641454;REVB=-0.036238;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127557;STB=0.573462;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0122362;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:9:13:16:18:9:13:16:18 chr13 107144320 . G A 288.51 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0155869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.472;QD=13.7385;RBI=0.0162512;REFB=-0.0196414;REVB=-0.00459882;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797297;STB=0.545427;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0353955;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:15:18:24:27:15:18:24:27 chr13 107145463 . G C 1951.76 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.357;QD=61.4727;RBI=0.0368906;REFB=0;REVB=-0.00138051;RO=0;SAF=69;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29717e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:127:0:0:122:127:1:53:69:0:0:54:73:0:0 chr13 108863591 . G A 262.33 PASS AF=0.476923;AO=28;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00498484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.387;QD=16.1435;RBI=0.00502755;REFB=-0.0105093;REVB=-0.00065393;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658498;STB=0.515565;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0138862;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:34:28:31:0.476923:19:9:13:21:20:11:13:21 chr13 108863609 . G A 283.51 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0357666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5678;QD=17.7196;RBI=0.0357962;REFB=-0.0107303;REVB=-0.0014537;RO=33;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109368;STB=0.561444;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0127281;OID=.;OPOS=108863609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:22:9:13:20:22:9:13:20 chr13 108882748 . AC ACTG,TG 83.46 PASS AF=0.304348,0.173913;AO=5,4;DP=25;FAO=7,4;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4,4;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0119731,-0.0108967;FXX=0.079968;HRUN=1,5;LEN=2,2;MLLD=183.641,168.399;QD=14.5142;RBI=0.0279201,0.0506779;REFB=0.00123755,-0.0115918;REVB=-0.0252225,-0.0494925;RO=12;SAF=3,4;SAR=2,0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.180994,0.62617;STB=0.618737,0.995939;STBP=0.517,0.2;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00512186,0.058065;OID=.,.;OPOS=108882750,108882748;OREF=-,AC;OALT=TG,TG;OMAPALT=ACTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:23:12:12:5,4:7,4:0.304348,0.173913:2,0:3,4:9:3:3,0:4,4:9:3 chr13 108884210 . G GAAT 584.34 PASS AF=0.379888;AO=67;DP=183;FAO=68;FDP=179;FR=.;FRO=111;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=-0.00326671;FXX=0.0164826;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.89;QD=13.0579;RBI=0.0053029;REFB=-0.011924;REVB=-0.00417724;RO=109;SAF=37;SAR=30;SRF=69;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905808;STB=0.545625;STBP=0.353;TYPE=ins;VARB=0.0183361;OID=.;OPOS=108884211;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.379888:67:183:68:179:111:38:30:70:41:99:109:37:30:69:40 chr13 108884465 . A AC,C 208.15 PASS AF=0.303571,0.142857;AO=9,10;DP=60;FAO=17,8;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=7,3;FSAR=10,5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0327867,-0.0237917;FXX=0.0344768;HRUN=2,9;LEN=1,1;MLLD=230.523,228.752;QD=14.8681;RBI=0.0358794,0.0282418;REFB=-0.0041759,-0.00472857;REVB=-0.0145728,-0.0152168;RO=34;SAF=4,4;SAR=5,6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0319,-0.0866572;STB=0.526285,0.562754;STBP=0.81,0.795;TYPE=ins,snp;VARB=0.0063063,0.00596745;OID=.,.;OPOS=108884466,108884465;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:56:34:31:9,10:17,8:0.303571,0.142857:5,6:4,4:16:18:10,5:7,3:14:17 chr13 108885678 . A G 30.88 PASS AF=0.357143;AO=2;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0164171;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.16;QD=8.82326;RBI=0.0166414;REFB=0.00109507;REVB=-0.00272283;RO=8;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128706;STB=0.545277;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00126854;OID=.;OPOS=108885678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:8:9:2:5:0.357143:1:1:3:5:3:2:3:6 chr13 108885837 . ATTCT A 182.15 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0166115;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=4;MLLD=227.338;QD=13.2474;RBI=0.0211594;REFB=-0.00845033;REVB=0.0131064;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306601;STB=0.507037;STBP=0.927;TYPE=del;VARB=0.0121544;OID=.;OPOS=108885838;OREF=TTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727:26:57:26:55:29:12:14:13:16:99:28:12:14:12:16 chr13 109661359 . C G 564.45 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00847438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.081;QD=57.8927;RBI=0.0119618;REFB=-0.0427671;REVB=0.00844207;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176755;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000520567;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:26:11:0:1:27:11:0:1 chr13 109717928 . A G 67.04 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00543252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.191;QD=13.4089;RBI=0.0328472;REFB=-0.00979942;REVB=-0.0323949;RO=9;SAF=8;SAR=0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.788558;STB=0.84124;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0162443;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:11:8:9:0.45:0:8:4:5:1:8:4:7 chr13 109779906 . C T 485.45 PASS AF=0.552941;AO=42;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.150845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6048;QD=22.8446;RBI=0.174972;REFB=-0.0447179;REVB=-0.0886616;RO=27;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15503;STB=0.530673;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0355171;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:27:37:42:47:0.552941:18:24:21:6:21:26:23:14 chr13 109793474 . T C 771.69 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0433779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8752;QD=61.7351;RBI=0.0798829;REFB=0.00652586;REVB=-0.0670793;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00449663;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:48:49:0.98:25:23:0:0:26:23:1:0 chr13 109793593 . C A 276.17 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00503386;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=167.316;QD=13.3092;RBI=0.0103194;REFB=-0.0123896;REVB=-0.00900832;RO=51;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161281;STB=0.591495;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0159296;OID=.;OPOS=109793593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:18:14:15:36:18:14:15:36 chr13 109793720 . A C 2324.49 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392203;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.271;QD=64.1239;RBI=0.042688;REFB=0;REVB=0.0168535;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99035e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:145:0:0:145:145:1:75:70:0:0:75:70:0:0 chr13 110408608 . C T 359.42 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0024936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.667;QD=18.9166;RBI=0.0151596;REFB=0.00200433;REVB=-0.0149531;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138083;STB=0.51343;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00198352;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:38:37:38:0.5:21:16:17:21:22:16:17:21 chr13 110435913 . C CA 95.06 PASS AF=0.448276;AO=3;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0415806;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.8984;QD=13.1119;RBI=0.0455777;REFB=0.0185856;REVB=0.0186649;RO=26;SAF=0;SAR=3;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.721781;STB=0.621135;STBP=0.349;TYPE=ins;VARB=-0.00990409;OID=.;OPOS=110435914;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:3:29:13:29:16:8:5:13:3:95:26:0:3:21:5 chr13 110435914 . G A 73.67 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0336512;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.9555;QD=9.82269;RBI=0.0378798;REFB=-0.0184801;REVB=0.0173917;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212765;STB=0.631288;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0281312;OID=.;OPOS=110435914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:2:8:13:7:2:8:13:7 chr13 110436058 . G A 516.61 PASS AF=0.504673;AO=50;DP=103;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0140685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.086;QD=19.3123;RBI=0.0648575;REFB=-0.0154769;REVB=0.0633133;RO=51;SAF=21;SAR=29;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170487;STB=0.588039;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0144889;OID=.;OPOS=110436058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:51:53:50:54:0.504673:29:21:31:20:32:22:31:22 chr13 110819586 . G A 1069.23 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292617;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.015;QD=58.5878;RBI=0.0626668;REFB=-0.0755631;REVB=0.0554155;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141159;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000476883;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:39:33:1:0:39:33:1:0 chr13 110827574 . T A 477.37 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00143919;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0792;QD=18.014;RBI=0.0390281;REFB=-0.00543651;REVB=0.0390016;RO=55;SAF=19;SAR=32;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459109;STB=0.525441;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0075667;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:55:55:51:51:0.481132:32:19:18:37:32:19:18:37 chr13 110827580 . C T 475.2 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.0317688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.034;QD=17.7646;RBI=0.0393702;REFB=-0.0271817;REVB=-0.0232542;RO=54;SAF=18;SAR=33;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200426;STB=0.518241;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0240679;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:54:56:51:51:0.476636:33:18:18:36:33:18:18:38 chr13 110833702 . C T 222.0 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0130034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.13;QD=14.5575;RBI=0.0335878;REFB=-0.00739167;REVB=0.0309686;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502282;STB=0.519069;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00723884;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:14:12:14:20:14:12:15:20 chr13 110838813 . GA G,GG 95.64 PASS AF=0.142857,0.125;AO=7,10;DP=58;FAO=8,7;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6,2;FSAR=2,5;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.00778069,0.00864886;FXX=0.0344768;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.209,134.092;QD=6.8312;RBI=0.0179794,0.0234049;REFB=-0.0161826,-0.011549;REVB=-0.0162086,-0.0217483;RO=40;SAF=6,2;SAR=1,8;SRF=32;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118808,-0.647235;STB=0.535127,0.857868;STBP=0.917,0.128;TYPE=del,snp;VARB=0.033176,0.0251957;OID=.,.;OPOS=110838814,110838814;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0.125:7,10:58:8,7:56:41:6,2:2,5:32:9:35:40:6,2:1,8:32:8 chr13 110839550 . T G 1346.1 PASS AF=0.988764;AO=81;DP=82;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0536307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.328;QD=60.499;RBI=0.056791;REFB=-0.0618928;REVB=-0.0186806;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126256;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000619718;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:89:1:1:81:88:0.988764:44:37:1:0:45:43:1:0 chr13 110843985 . T C 573.35 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.822;QD=55.9367;RBI=0.0104824;REFB=-0.0380561;REVB=-0.0026822;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535696;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00192488;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:26:13:0:0:26:13:2:0 chr13 110857823 . C A,T 1002.02 PASS AF=0.057971,0.942029;AO=4,65;DP=69;FAO=4,65;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=4,29;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026947,0.0323867;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.8742,116.912;QD=58.0879;RBI=0.0281067,0.0373684;REFB=0,0;REVB=-0.00799011,0.0186413;RO=0;SAF=4,29;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.122791,0.000922907;OID=.,.;OPOS=110857823,110857823;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:69:69:0:0:4,65:4,65:0.057971,0.942029:0,36:4,29:0:0:0,36:4,29:0:0 chr13 110857895 . A G 746.0 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0429117;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.976;QD=55.2596;RBI=0.0429677;REFB=-0.160028;REVB=0.00219213;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00124661;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:34:19:1:0:34:19:1:0 chr13 110861785 . C G 278.72 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.000490275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.388;QD=18.896;RBI=0.0352198;REFB=-0.0327159;REVB=-0.0352164;RO=29;SAF=21;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291528;STB=0.663046;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0250297;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:9:21:11:18:9:21:11:18 chr13 110864225 . A T 704.68 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00919818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.927;QD=18.6671;RBI=0.0157611;REFB=-0.00769691;REVB=0.0127986;RO=77;SAF=33;SAR=40;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233584;STB=0.504938;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00778495;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:78:73:73:0.483444:40:33:35:42:40:33:36:42 chr13 111077197 . G A 1981.89 PASS AF=0.984962;AO=129;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021985;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.24;QD=59.6057;RBI=0.0288589;REFB=-0.0414105;REVB=0.0186948;RO=3;SAF=52;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117934;STB=0.501488;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000618045;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:133:133:3:2:129:131:0.984962:77:52:2:1:78:53:1:1 chr13 111154058 . T A 741.61 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368115;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.405;QD=57.0465;RBI=0.0368232;REFB=0;REVB=0.000927664;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52485e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr13 111154061 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.77;QD=56.9353;RBI=0.0780491;REFB=0;REVB=0.0240656;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040125;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr13 111155773 . T C,G 778.73 PASS AF=0.910714,0.0892857;AO=51,5;DP=56;FAO=51,5;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22,4;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021736,0.027518;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.964,134.845;QD=55.6234;RBI=0.0259944,0.030883;REFB=0,0;REVB=0.0142567,0.0140185;RO=0;SAF=22,4;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00178754,0.00086499;OID=.,.;OPOS=111155773,111155773;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:56:56:0:0:51,5:51,5:0.910714,0.0892857:29,1:22,4:0:0:29,1:22,4:0:0 chr13 111156499 . C T 2045.45 PASS AF=0.945205;AO=128;DP=137;FAO=138;FDP=146;FR=.;FRO=8;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0772393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3827;QD=56.0397;RBI=0.0776473;REFB=-0.0111393;REVB=0.00794884;RO=9;SAF=66;SAR=62;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227066;STB=0.515728;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.011542;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:137:146:9:8:128:138:0.945205:62:66:3:6:64:74:2:6 chr13 111158874 . A G 786.79 PASS AF=0.982456;AO=46;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0269314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0943;QD=55.2133;RBI=0.0269667;REFB=0.060527;REVB=-0.00137972;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.512816;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000238608;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:46:56:0.982456:16:30:0:0:19:37:0:1 chr13 111160304 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0111363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.828;QD=15.1567;RBI=0.0366913;REFB=-0.021374;REVB=0.0349604;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903871;STB=0.551295;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0200623;OID=.;OPOS=111160304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:17:15:14:11:17:15 chr13 111164614 . T C 803.96 PASS AF=0.873239;AO=58;DP=69;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0033312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.877;QD=45.2933;RBI=0.00648358;REFB=-0.0638584;REVB=-0.00556236;RO=8;SAF=28;SAR=30;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531364;STB=0.523153;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000260197;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:69:71:8:9:58:62:0.873239:30:28:2:6:30:32:3:6 chr13 111176393 . A G 650.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186303;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.381;QD=60.5544;RBI=0.0723256;REFB=0;REVB=-0.0698849;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870682;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:26:17:0:0 chr13 111176519 . G T 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1698;QD=40.7567;RBI=0.0769846;REFB=0;REVB=0.0634824;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321804;OID=.;OPOS=111176519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr13 111279844 . G A 446.16 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0219514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1135;QD=20.9957;RBI=0.0226952;REFB=-0.0326325;REVB=-0.00576247;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840706;STB=0.551977;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0265278;OID=.;OPOS=111279844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:23:21:23:17:23:21:24:17 chr13 111291044 . T C 911.85 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00410042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.57;QD=55.2635;RBI=0.0162174;REFB=-0.118905;REVB=0.0156905;RO=1;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010382;STB=0.510866;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000463683;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:45:19:0:1:45:19:0:2 chr13 111298392 . A G 767.61 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.417;QD=54.8296;RBI=0.0396008;REFB=-0.120317;REVB=-0.00856272;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000745914;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:30:24:1:0:31:24:1:0 chr13 111315405 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0491627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2349;QD=8.25431;RBI=0.0598584;REFB=-0.00139845;REVB=0.0341475;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000781747;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:8:4:5:1:8:4 chr13 111319754 . T C 193.48 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=94;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0189415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.107;QD=8.23327;RBI=0.034343;REFB=-0.00566279;REVB=-0.0286472;RO=67;SAF=9;SAR=17;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181486;STB=0.614196;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0149099;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:68:26:26:0.276596:17:9:33:34:17:9:34:34 chr13 111365104 . A G 1010.19 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00873889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7883;QD=57.7249;RBI=0.0218228;REFB=-0.0139237;REVB=0.0199967;RO=0;SAF=50;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00115775;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:67:69:0.985714:17:50:0:0:20:49:1:0 chr13 111367876 . G C 560.88 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00393465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.355;QD=21.7818;RBI=0.00875072;REFB=-0.0022093;REVB=0.00781625;RO=46;SAF=33;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019768;STB=0.503047;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00177358;OID=.;OPOS=111367876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:47:56:56:0.543689:23:33:27:19:23:33:28:19 chr13 111368164 . T G 86.06 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9193;QD=38.2502;RBI=0.0456073;REFB=0;REVB=0.0455265;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595117;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:9:0:0:6:9:1:2:4:0:0:5:4:0:0 chr13 111371958 . G A 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0179955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.476;QD=14.6976;RBI=0.0236188;REFB=-0.00437859;REVB=-0.0152974;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303677;STB=0.676153;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0075875;OID=.;OPOS=111371958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:14:9:11:5:14:9 chr13 111531885 . C A 796.0 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.972;QD=63.6798;RBI=0.0167575;REFB=0;REVB=-0.00527734;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04477e-05;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:22:24:0:0:24:26:0:0 chr13 111806245 . A G 120.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0661669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.564;QD=13.4351;RBI=0.0673682;REFB=-0.0235559;REVB=-0.0126656;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024428;STB=0.527738;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0336613;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:7:7:11:10:7:7:12:10 chr13 111870037 . T C 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0046038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.516;QD=20.5423;RBI=0.0198036;REFB=-0.0096707;REVB=0.019261;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134608;STB=0.575852;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.01105;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:12:13:9:15:12:13 chr13 111947320 . GA AG,G 40.61 PASS AF=0.0166667,0.25;AO=3,12;DP=62;FAO=1,15;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=0,7;FSAR=1,8;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00728917,0.113699;FXX=0.0322529;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=121.666,9.34339;QD=2.70749;RBI=0.0130942,0.114404;REFB=-0.00463199,-0.0546234;REVB=-0.0108778,0.0126874;RO=40;SAF=2,5;SAR=1,7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0686792,-0.220484;STB=0.991684,0.591808;STBP=0.287,0.439;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0288369,0.111578;OID=.,.;OPOS=111947320,111947321;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:62:60:40:44:3,12:1,15:0.0166667,0.25:1,7:2,5:24:16:1,8:0,7:26:18 chr13 111980537 . C T 1343.67 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.931;QD=61.0759;RBI=0.0393508;REFB=-0.139577;REVB=0.00644012;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119943;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00112268;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:48:39:1:0:48:39:1:0 chr13 112725791 . G A 73.74 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0466365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6154;QD=10.5338;RBI=0.0468314;REFB=-0.00322393;REVB=-0.00426773;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155187;STB=0.571289;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0279953;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:28:17:18:10:10:0.357143:5:5:6:11:5:5:7:11 chr13 113033010 . A C 433.15 PASS AF=0.5;AO=40;DP=84;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0193596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.014;QD=19.6888;RBI=0.0252723;REFB=-0.0142449;REVB=0.0162449;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608385;STB=0.523295;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0133841;OID=.;OPOS=113033010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:44:44:40:44:0.5:18:22:27:17:19:25:27:17 chr13 113052388 . A G 519.38 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.063;QD=59.3578;RBI=0.0183001;REFB=0;REVB=-0.00965119;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93816e-05;OID=.;OPOS=113052388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:12:23:0:0 chr13 113053470 . T A 807.43 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.496;QD=55.6851;RBI=0.0410583;REFB=-0.123441;REVB=0.0364216;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123093;OID=.;OPOS=113053470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:1:0:57:58:1:24:33:0:1:25:33:0:0 chr13 113153217 . C A 402.63 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00284663;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.814;QD=16.1053;RBI=0.00314309;REFB=0.00094182;REVB=-0.00133256;RO=53;SAF=17;SAR=27;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140799;STB=0.565086;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000998525;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:56:44:44:0.44:27:17:28:25:27:17:28:28 chr13 113153271 . G A 269.62 PASS AF=0.424658;AO=28;DP=70;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0129276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.242;QD=14.7736;RBI=0.0177854;REFB=-0.0051699;REVB=0.0122146;RO=40;SAF=4;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478117;STB=0.693092;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00690632;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:40:42:28:31:0.424658:24:4:21:19:24:7:22:20 chr13 113478654 . G C 174.79 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0460337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3048;QD=13.1918;RBI=0.0473507;REFB=-0.0151016;REVB=0.01109;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189371;STB=0.580569;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.024487;OID=.;OPOS=113478654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:32:20:21:0.396226:8:12:13:18:9:12:14:18 chr13 113479813 . G A 299.16 PASS AF=0.516129;AO=30;DP=60;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0093001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.141;QD=19.3008;RBI=0.0181191;REFB=-0.0310101;REVB=0.0155503;RO=29;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142204;STB=0.514277;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0182449;OID=.;OPOS=113479813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:29:30:30:32:0.516129:16:14:14:15:18:14:14:16 chr13 113479820 . A G 309.82 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0136847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8305;QD=18.7771;RBI=0.013915;REFB=-0.0176512;REVB=-0.00252102;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276684;STB=0.515426;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0254176;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:19:14:15:18:19:14:15:18 chr13 113508839 . G C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00593572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8375;QD=14.1697;RBI=0.0352705;REFB=0.00931625;REVB=0.0347675;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370239;STB=0.725242;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00862669;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:4:8:9:1:4:8 chr13 113530199 . G A 347.44 PASS AF=0.45679;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.010856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.536;QD=17.1574;RBI=0.01538;REFB=-0.0128023;REVB=0.0108945;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990204;STB=0.540208;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0124645;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:44:35:37:0.45679:19:16:15:27:20:17:17:27 chr13 113534907 . T C 619.1 PASS AF=0.448276;AO=61;DP=142;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=-0.00709911;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.763;QD=17.0786;RBI=0.0337266;REFB=-0.0282558;REVB=-0.032971;RO=75;SAF=30;SAR=31;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198189;STB=0.599502;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0196;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:75:80:61:65:0.448276:31:30:22:53:33:32:25:55 chr13 113536132 . T C 140.82 PASS AF=0.5;AO=13;DP=30;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0218151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.484;QD=17.6025;RBI=0.0652973;REFB=-0.0196574;REVB=-0.0615454;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162012;STB=0.564438;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0112399;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:16:13:16:0.5:6:7:5:9:9:7:5:11 chr13 113540649 . G T 236.74 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.021461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.585;QD=19.3257;RBI=0.0284854;REFB=-0.00976289;REVB=-0.0187309;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1344;STB=0.558932;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00957558;OID=.;OPOS=113540649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:14:8:13:13:14:9:13:13 chr13 113571464 . C T 287.43 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000286226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.723;QD=18.544;RBI=0.00110317;REFB=-0.0213783;REVB=-0.0010654;RO=31;SAF=9;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130968;STB=0.57341;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0351375;OID=.;OPOS=113571464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:22:9:13:18:22:9:13:18 chr13 113622956 . C A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.150387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.432;QD=11.1041;RBI=0.150756;REFB=-0.0179991;REVB=0.0105434;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.648156;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0230832;OID=.;OPOS=113622956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:3:7:6:1:3:7 chr13 113656216 . C T 168.72 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00306944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.108;QD=10.3826;RBI=0.0280162;REFB=-0.0107514;REVB=-0.0278475;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861753;STB=0.538427;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0144966;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:43:21:22:0.338462:11:10:16:24:11:11:19:24 chr13 113720476 . C T 140.58 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0466462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7608;QD=31.2405;RBI=0.0468305;REFB=0.056109;REVB=0.00415078;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200828;STB=0.61096;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00863043;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:4:0:7:7:4:0 chr13 113728781 . G A 747.55 PASS AF=0.529412;AO=72;DP=136;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0143628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.721;QD=21.9868;RBI=0.0174642;REFB=-0.0107842;REVB=-0.00993533;RO=64;SAF=32;SAR=40;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00753187;STB=0.504131;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0126504;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:64:64:72:72:0.529412:40:32:29:35:40:32:29:35 chr13 113747124 . A G 919.97 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.307;QD=58.4108;RBI=0.0117475;REFB=0;REVB=0.0112731;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37418e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:22:40:0:0:22:41:0:0 chr13 113747135 . T C 919.85 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5055;QD=58.4031;RBI=0.0339732;REFB=0;REVB=0.0325877;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291629;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr13 113748872 . G A 416.56 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00834598;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.544;QD=22.8253;RBI=0.00848007;REFB=0.00403713;REVB=0.00150206;RO=31;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487309;STB=0.517997;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00304007;OID=.;OPOS=113748872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:32:41:41:0.561644:17:24:20:11:17:24:20:12 chr13 113792754 . T C 288.44 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00354136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.05;QD=46.1501;RBI=0.0269554;REFB=-0.052394;REVB=0.0267218;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.541631;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000313261;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:1:2:23:23:0.92:11:12:0:1:11:12:0:2 chr13 113801737 . C T 790.38 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00869827;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.767;QD=55.4649;RBI=0.0111092;REFB=-0.0119999;REVB=0.00691038;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145081;STB=0.50769;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=6.23833e-05;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:32:24:0:1:32:24:0:1 chr13 113812962 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.147;QD=61.6818;RBI=0.0739499;REFB=0;REVB=0.0736027;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197803;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr13 113818900 . A G 1356.2 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00642194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4668;QD=60.2757;RBI=0.0239067;REFB=0.0547322;REVB=-0.023028;RO=2;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192915;STB=0.505153;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000420129;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:90:2:1:88:89:0.988889:40:48:1:1:41:48:1:0 chr13 113965176 . C A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.223;QD=55.6522;RBI=0.0267398;REFB=0;REVB=0.0174997;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158308;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr13 113973832 . C T 243.91 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00411281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7429;QD=23.2294;RBI=0.0598747;REFB=-0.015561;REVB=0.0597333;RO=19;SAF=4;SAR=19;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466851;STB=0.763341;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0213809;OID=.;OPOS=113973832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:19:4:13:6:19:4:13:6 chr13 113975768 . T C 107.39 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0254974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4816;QD=12.6339;RBI=0.0302648;REFB=0.00447279;REVB=0.0163047;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405815;STB=0.502389;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0168024;OID=.;OPOS=113975768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:8:13:8:5:8:13 chr13 113975894 . C T 137.75 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000705316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9296;QD=18.9993;RBI=0.00640855;REFB=-0.023803;REVB=-0.00636962;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913102;STB=0.584364;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0465425;OID=.;OPOS=113975894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:14:15:15:0.517241:7:8:5:7:7:8:5:9 chr13 113979972 . A ACACT,T 148.46 PASS AF=0.377778,0;AO=10,6;DP=53;FAO=17,0;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10,0;FSAR=7,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0267325,0.00671759;FXX=0.062487;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=217.471,52.1346;QD=13.1964;RBI=0.0283739,0.0205657;REFB=-0.0148588,-0.00857373;REVB=0.0095105,-0.0194376;RO=34;SAF=6,3;SAR=4,3;SRF=22;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0604025,-0.177605;STB=0.535478,0.5;STBP=0.74,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0234074,0;OID=.,.;OPOS=113979973,113979972;OREF=-,A;OALT=CACT,T;OMAPALT=ACACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:45:34:28:10,6:17,0:0.377778,0:4,3:6,3:22:12:7,0:10,0:18:10 chr13 114112389 . T C 178.67 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00583184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.112;QD=22.3334;RBI=0.0166561;REFB=-0.00462141;REVB=0.0156018;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207807;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00493947;OID=.;OPOS=114112389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:10:4:10:8:10:4 chr13 114152755 . C T 376.78 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0159659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.729;QD=18.6065;RBI=0.0199459;REFB=-0.0188705;REVB=-0.0119554;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358647;STB=0.51999;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0167671;OID=.;OPOS=114152755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:18:21:21:21:18:21:21:21 chr13 114154419 . G A 215.86 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0135718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.472;QD=15.9894;RBI=0.034176;REFB=-0.0218385;REVB=-0.0313657;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253997;STB=0.649163;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0190223;OID=.;OPOS=114154419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:11:13:8:21:11:14:8:21 chr13 114156093 . C T 419.92 PASS AF=0.512195;AO=43;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.011796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7331;QD=20.4839;RBI=0.0306461;REFB=-0.00558507;REVB=0.0282849;RO=38;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140751;STB=0.560157;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00371195;OID=.;OPOS=114156093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:40:43:42:0.512195:23:20:24:14:22:20:24:16 chr13 114175004 . C T 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.032134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.132;QD=23.0073;RBI=0.0322543;REFB=-0.0339356;REVB=0.00278275;RO=23;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144435;STB=0.591064;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0208361;OID=.;OPOS=114175004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:24:33:33:0.578947:23:10:11:12:23:10:12:12 chr13 114175032 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.013611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.011;QD=23.5978;RBI=0.0762854;REFB=-0.0178696;REVB=0.0750613;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177337;STB=0.599176;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0208749;OID=.;OPOS=114175032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:17:8:11:10:17:8:11:10 chr13 114204175 . C T 638.77 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0741028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8746;QD=59.4206;RBI=0.0762573;REFB=-0.117668;REVB=0.0179984;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0011639;OID=.;OPOS=114204175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr13 114265331 . C T 493.88 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0466727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.115;QD=22.971;RBI=0.0473568;REFB=-0.00161338;REVB=-0.00801998;RO=39;SAF=15;SAR=32;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109159;STB=0.506001;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00155007;OID=.;OPOS=114265331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:32:15:12:27:32:15:12:27 chr13 114309226 . G A 603.3 PASS AF=0.55;AO=54;DP=99;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0113371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.865;QD=24.1318;RBI=0.0116536;REFB=-0.0232329;REVB=0.00269766;RO=45;SAF=18;SAR=36;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278477;STB=0.645391;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00954214;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:45:54:55:0.55:36:18:30:15:36:19:30:15 chr13 114312354 . T G 512.98 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.562;QD=58.6265;RBI=0.0120299;REFB=0;REVB=0.00555049;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10311e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr13 114322288 . TA GT,TG 764.53 PASS AF=0.0204082,0.979592;AO=2,42;DP=50;FAO=1,48;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604571,-0.00898663;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=112.403,170.583;QD=62.4107;RBI=0.0415853,0.0350123;REFB=0,0;REVB=0.0411435,0.0338394;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.05929,-0.000414278;OID=.,.;OPOS=114322288,114322289;OREF=TA,A;OALT=GT,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:50:49:0:0:2,42:1,48:0.0204082,0.979592:1,18:1,24:0:0:1,19:0,29:0:0 chr13 114523860 . G T 491.01 PASS AF=0.5;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00914543;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=235.091;QD=19.2554;RBI=0.0335199;REFB=-0.00965107;REVB=-0.0322482;RO=25;SAF=37;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417531;STB=0.558275;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00574323;OID=.;OPOS=114523860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:25:51:51:51:0.5:14:37:18:7:14:37:32:19 chr13 114623880 . G A 766.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1859;QD=63.8577;RBI=0.024435;REFB=0;REVB=0.0128588;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196366;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:23:23:0:0:24:24:0:0 chr13 114747187 . G C 245.24 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0662884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4932;QD=23.9261;RBI=0.0689206;REFB=-0.00496673;REVB=0.0188654;RO=17;SAF=5;SAR=18;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019808;STB=0.503103;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00576577;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:18:5:4:13:18:5:4:14 chr13 114780764 . A G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0306615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.498;QD=18.3008;RBI=0.0320496;REFB=-0.00497036;REVB=-0.00932996;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182027;STB=0.603952;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00545783;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:11:12:14:6:11:12 chr14 19378030 . T A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0113799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.706;QD=17.2298;RBI=0.0392251;REFB=-0.00512946;REVB=0.037538;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861157;STB=0.549882;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0168949;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:5:1:2:6:5:1 chr14 19553764 . A G 68.01 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0104474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0614;QD=14.3172;RBI=0.138031;REFB=0.0178391;REVB=-0.137635;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297103;STB=0.680363;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0268732;OID=.;OPOS=19553764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:3:7:8:1:3:7 chr14 19687289 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0563542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.39;QD=19.1341;RBI=0.0565906;REFB=-0.00450504;REVB=0.00516755;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00258121;OID=.;OPOS=19687289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr14 20181502 . C T 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0647019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9344;QD=12.8664;RBI=0.0774054;REFB=-0.0196093;REVB=-0.0424885;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0327243;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr14 20216298 . T C 1424.47 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00315089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4429;QD=60.6157;RBI=0.00380573;REFB=-0.0146251;REVB=0.00213436;RO=2;SAF=53;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175518;STB=0.509257;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0017578;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:39:53:2:0:39:53:2:0 chr14 20404091 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0179541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7388;QD=14.9783;RBI=0.0420781;REFB=-0.0127863;REVB=0.0380554;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.021441;OID=.;OPOS=20404091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:5:6:6:4:5:6 chr14 20404614 . C A 263.99 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00719935;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.648;QD=12.7222;RBI=0.0169088;REFB=-0.00253736;REVB=0.0152996;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996406;STB=0.547782;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00410827;OID=.;OPOS=20404614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:52:30:31:0.373494:17:13:18:34:18:13:18:34 chr14 20404735 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0320567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.797;QD=14.6498;RBI=0.0398505;REFB=0.0111625;REVB=-0.0236734;RO=19;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218205;STB=0.641728;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0260839;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:12:1:3:16:13:1:3:16 chr14 20443872 . C G 355.19 PASS AF=0.638298;AO=26;DP=44;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0375564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.062;QD=30.229;RBI=0.0379657;REFB=-0.0306575;REVB=0.00556;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631289;STB=0.519987;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0123899;OID=.;OPOS=20443872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:17:17:26:30:0.638298:13:13:7:10:16:14:7:10 chr14 20443943 . A G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0141707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.148;QD=23.7581;RBI=0.0172451;REFB=0.00106448;REVB=0.00982783;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225757;STB=0.62491;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00094696;OID=.;OPOS=20443943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:5:17:13:13:5:17 chr14 20444012 . A T 208.88 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0241677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1383;QD=25.3187;RBI=0.0554732;REFB=-0.086591;REVB=-0.0499319;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259776;STB=0.620579;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0259472;OID=.;OPOS=20444012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:11:9:1:11:11:9:2:11 chr14 20444026 . T G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0117295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.165;QD=18.6443;RBI=0.0216288;REFB=-0.0182296;REVB=0.0181721;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799787;STB=0.560356;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0131571;OID=.;OPOS=20444026;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:8:6:4:8:8:6:4:9 chr14 20444193 . A C 331.11 PASS AF=0.362832;AO=38;DP=111;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0203065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3077;QD=11.7208;RBI=0.0221782;REFB=0.00655685;REVB=-0.00891741;RO=71;SAF=26;SAR=12;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163474;STB=0.57862;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0102765;OID=.;OPOS=20444193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:71:72:38:41:0.362832:12:26:39:32:14:27:39:33 chr14 20444441 . C A 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00797098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.616;QD=14.6499;RBI=0.0128844;REFB=-0.0103071;REVB=0.0101229;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114268;STB=0.565161;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0113908;OID=.;OPOS=20444441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:14:17:10:13:14:17 chr14 20444490 . C T 237.18 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00256667;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.961;QD=17.5692;RBI=0.00280332;REFB=-0.0145072;REVB=-0.0011273;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101043;STB=0.556775;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0295857;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:16:12:14:12:16:12 chr14 20444588 . T C 112.17 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0143029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8053;QD=16.6173;RBI=0.0634553;REFB=-0.0269773;REVB=-0.0618224;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39126;STB=0.726905;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0335225;OID=.;OPOS=20444588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:9:5:10:3:9:5 chr14 20444607 . C G 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.02191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.836;QD=16.7241;RBI=0.0240371;REFB=-0.00493728;REVB=-0.00988587;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209483;STB=0.604112;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00377442;OID=.;OPOS=20444607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:9:7:12:6:9:7:12:7 chr14 20470737 . G A 262.95 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00105124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.588;QD=15.0258;RBI=0.0146119;REFB=-0.00666523;REVB=0.014574;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199356;STB=0.606311;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00918551;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:40:30:30:0.428571:19:11:22:17:19:11:22:18 chr14 20470852 . CT CC,C 403.09 PASS AF=0,1;AO=4,45;DP=71;FAO=0,77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489218,0.10261;FXX=0.0253133;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=11.4521,7.32378;QD=20.9395;RBI=0.0941988,0.227616;REFB=0.052286,0.0728895;REVB=0.0804988,0.203176;RO=13;SAF=2,18;SAR=2,27;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0426709,-0.0265344;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0180573;OID=.,.;OPOS=20470853,20470853;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:4,45:71:0,77:77:0:0,36:0,41:0:0:3:13:2,18:2,27:6:7 chr14 20470903 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.37;QD=58.4197;RBI=0.00774204;REFB=0;REVB=-0.00749847;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92196e-06;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr14 20482471 . C T 191.52 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.297;QD=47.8795;RBI=0.0698552;REFB=0;REVB=0.0669263;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429823;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:3:12:0:0:4:12:0:0 chr14 20482919 . A C 99.92 PASS AF=0.258621;AO=14;DP=57;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00297268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.318;QD=6.89073;RBI=0.00812298;REFB=-0.00980979;REVB=-0.00755949;RO=43;SAF=10;SAR=4;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994847;STB=0.511612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0419889;OID=.;OPOS=20482919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:43:43:14:15:0.258621:4:10:31:12:4:11:31:12 chr14 20528207 . G A 417.89 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175654;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6101;QD=57.6397;RBI=0.178899;REFB=0;REVB=-0.0339188;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328395;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:24:29:1:11:13:0:0:11:18:0:0 chr14 20528321 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.455;QD=49.5992;RBI=0.0537436;REFB=0;REVB=0.0098527;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574777;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr14 20528359 . G T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0987762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2361;QD=40.7614;RBI=0.102227;REFB=0;REVB=-0.0263367;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00739887;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr14 20528362 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.881;QD=30.79;RBI=0.0298118;REFB=0.035092;REVB=-0.00553679;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00108894;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 183.34 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810199;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=19;MLLD=540.367;QD=48.89;RBI=0.0179815;REFB=0;REVB=-0.0160528;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.23126e-05;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:15:15:0:12:3:0:0:3:0:11:4:0:0 chr14 20528505 . T A 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.055;QD=60.9733;RBI=0.0360246;REFB=0;REVB=0.0229021;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295321;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr14 20528528 . G A 705.04 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0370994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.15;QD=58.7529;RBI=0.0377886;REFB=-0.131037;REVB=0.00718418;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505811;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000600575;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:0:2:46:46:0.958333:17:29:0:0:17:29:1:1 chr14 20529019 . C T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.697;QD=60.0294;RBI=0.012545;REFB=0;REVB=0.0123002;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13287e-05;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr14 20529043 . C G 698.43 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0414885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0253;QD=58.2021;RBI=0.0421748;REFB=-0.0153317;REVB=0.00757713;RO=2;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267472;STB=0.500907;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00076295;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:48:2:2:45:46:0.958333:24:21:1:1:24:22:1:1 chr14 20586042 . G C 278.87 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00289081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.781;QD=15.4928;RBI=0.00384957;REFB=-0.0124551;REVB=0.00254213;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1344;STB=0.580937;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0171914;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:35:40:31:32:0.444444:16:15:12:23:17:15:13:27 chr14 20586432 . C T 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00178147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.498;QD=14.7408;RBI=0.0126831;REFB=-0.00592307;REVB=0.0125573;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178239;STB=0.600864;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0100687;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:25:16:17:13:25:16 chr14 20665790 . T A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.467;QD=50.1336;RBI=0.0104065;REFB=-0.0405941;REVB=0.00221523;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00115518;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:11:13:0:0:11:13:1:0 chr14 20665840 . G A 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5817;QD=60.9716;RBI=0.0453235;REFB=0;REVB=0.0372125;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072212;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr14 20665887 . G C 698.86 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5566;QD=62.1206;RBI=0.0638195;REFB=0;REVB=0.0177824;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240849;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr14 20691888 . C A 159.23 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00903228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3957;QD=17.6917;RBI=0.0222393;REFB=0.00344817;REVB=0.0203225;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176087;STB=0.584318;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00373362;OID=.;OPOS=20691888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:6:12:8:9:7:12 chr14 20691962 . C G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00902603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.079;QD=11.9918;RBI=0.0540759;REFB=0.0079448;REVB=-0.0533172;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315414;STB=0.692099;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0160539;OID=.;OPOS=20691962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:6:12:12:20:6:12:12:21 chr14 20698239 . T C 359.48 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00172357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.39;QD=19.9709;RBI=0.0691866;REFB=0.00424967;REVB=-0.0691651;RO=34;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364441;STB=0.511105;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00394304;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:23:14:13:21:23:14:14:21 chr14 20698298 . T G 316.54 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0625034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8682;QD=20.4216;RBI=0.0815092;REFB=-0.0333569;REVB=-0.0523171;RO=29;SAF=8;SAR=25;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743401;STB=0.541375;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0477847;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:25:8:9:20:25:8:9:20 chr14 20764585 . A C 804.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2017;QD=64.3689;RBI=0.0181151;REFB=0;REVB=-0.0120743;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70109e-05;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr14 20770036 . T C 759.71 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000823435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.211;QD=55.2516;RBI=0.0148401;REFB=-0.0669232;REVB=0.0148172;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142619;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:31:23:0:1:32:23:0:0 chr14 20824181 . T C 414.91 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051788;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.489;QD=57.2287;RBI=0.0568764;REFB=0;REVB=0.0235145;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430624;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr14 20854734 . A G 1102.06 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176492;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.419;QD=60.3867;RBI=0.0237005;REFB=0;REVB=-0.0158183;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12052e-06;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:48:24:0:0:48:25:0:0 chr14 20872881 . G T 172.28 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00874491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.891;QD=19.6894;RBI=0.017867;REFB=-0.00671174;REVB=-0.0155806;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132974;STB=0.571351;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00582612;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:17:16:18:0.514286:8:8:6:11:9:9:6:11 chr14 20897064 . C T 289.26 PASS AF=0.96;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422446;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8727;QD=46.2818;RBI=0.0680087;REFB=-0.17498;REVB=0.0532971;RO=2;SAF=17;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051356;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0120588;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:25:2:1:22:24:0.96:5:17:2:0:6:18:1:0 chr14 20897676 . T C 263.97 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00666482;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.702;QD=12.7216;RBI=0.0137651;REFB=-0.0147081;REVB=-0.012044;RO=51;SAF=21;SAR=10;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191062;STB=0.616562;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0205441;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:52:31:31:0.373494:10:21:26:25:10:21:26:26 chr14 20898058 . G C 211.29 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00705738;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.6405;QD=29.1427;RBI=0.040637;REFB=-0.097339;REVB=-0.0400195;RO=6;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162657;STB=0.563144;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0174291;OID=.;OPOS=20898058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:6:8:18:18:0.62069:14:4:3:3:14:4:3:5 chr14 20898442 . C T 128.78 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0428655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9575;QD=13.2082;RBI=0.095523;REFB=0.0173641;REVB=0.085365;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167469;STB=0.606149;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0139313;OID=.;OPOS=20898442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:4:11:13:9:4:11:14:10 chr14 20916249 . T C 168.75 PASS AF=0.527778;AO=16;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00884149;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.302;QD=18.7499;RBI=0.0292273;REFB=-0.00821218;REVB=0.0278579;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106458;STB=0.557463;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00625892;OID=.;OPOS=20916249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:17:16:19:0.527778:7:9:9:4:9:10:11:6 chr14 20916958 . T C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0461389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.059;QD=11.5972;RBI=0.0461419;REFB=-0.000846401;REVB=-0.000533222;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000989237;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:9:12:6:6:9:12 chr14 20920250 . T C 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0034939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.312;QD=16.614;RBI=0.0100961;REFB=-0.0192911;REVB=-0.0094723;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079434;STB=0.545402;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0331017;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:7:14:10:7:7:14 chr14 20925154 . T G 104.64 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0429948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.944;QD=19.9321;RBI=0.0435343;REFB=-0.0373357;REVB=-0.00683262;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174365;STB=0.599828;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0263655;OID=.;OPOS=20925154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:4:5:4:8:4:5 chr14 20940606 . G A 315.73 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0100847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.976;QD=15.5916;RBI=0.0305682;REFB=-0.00575917;REVB=-0.0288568;RO=46;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291434;STB=0.50902;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00857439;OID=.;OPOS=20940606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:46:34:35:0.432099:19:15:19:27:20:15:19:27 chr14 20940626 . C T 370.86 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.010945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.641;QD=17.2494;RBI=0.0112748;REFB=-0.00108125;REVB=-0.00270686;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109571;STB=0.505765;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00124113;OID=.;OPOS=20940626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:22:17:20:26:22:17:20:27 chr14 20978834 . G A 202.31 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0316177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.994;QD=21.2962;RBI=0.0392576;REFB=-0.0102576;REVB=-0.0232698;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299218;STB=0.64934;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0100782;OID=.;OPOS=20978834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:7:12:5:13:8:12:5:13 chr14 21024619 . A G 1607.34 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4503;QD=59.5311;RBI=0.0353835;REFB=0;REVB=-0.024285;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8703e-06;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:49:57:0:0:50:58:0:0 chr14 21024786 . A G 1375.86 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00338369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.612;QD=53.9552;RBI=0.00641641;REFB=-0.0334966;REVB=0.0054517;RO=4;SAF=49;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183767;STB=0.514456;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000641111;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:4:5:97:97:0.95098:48:49:3:1:48:49:4:1 chr14 21052259 . T C 384.85 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00242033;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.573;QD=17.1044;RBI=0.00623323;REFB=-0.0110378;REVB=0.00574415;RO=50;SAF=31;SAR=8;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412313;STB=0.73619;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0157688;OID=.;OPOS=21052259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:50:39:40:0.444444:8:31:21:29:8:32:21:29 chr14 21058902 . G A 185.4 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.013338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3928;QD=12.1575;RBI=0.0353812;REFB=-0.0188551;REVB=0.0327708;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282782;STB=0.677149;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0301139;OID=.;OPOS=21058902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:22:24:0.393443:13:9:25:12:15:9:25:12 chr14 21081632 . G A 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00842251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.579;QD=16.0893;RBI=0.0086309;REFB=-0.00570528;REVB=-0.00188514;RO=50;SAF=15;SAR=23;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147816;STB=0.583289;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00807787;OID=.;OPOS=21081632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:23:15:27:23:23:15:27:23 chr14 21081640 . G A 234.31 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0563913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.607;QD=11.1577;RBI=0.0840978;REFB=-0.0469449;REVB=0.0623896;RO=49;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156285;STB=0.594844;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.117471;OID=.;OPOS=21081640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:21:13:26:23:21:13:27:23 chr14 21081642 . TA CG 302.16 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00265151;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.394;QD=14.3887;RBI=0.0208689;REFB=0.00996893;REVB=0.0206998;RO=49;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176854;STB=0.594844;STBP=0.135;TYPE=mnp;VARB=-0.00883223;OID=.;OPOS=21081642;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:21:13:27:22:21:13:27:23 chr14 21081996 . C T 1156.85 PASS AF=0.91954;AO=80;DP=87;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0181093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.28;QD=53.1887;RBI=0.0459549;REFB=-0.265275;REVB=0.0422363;RO=5;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519332;STB=0.537625;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0107378;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:87:87:5:7:80:80:0.91954:43:37:0:5:43:37:0:7 chr14 21082029 . G A 205.03 PASS AF=0.329114;AO=25;DP=80;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0311681;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8385;QD=10.3813;RBI=0.0354692;REFB=-0.0251674;REVB=0.0169297;RO=49;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145337;STB=0.50819;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0622473;OID=.;OPOS=21082029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:49:53:25:26:0.329114:15:10:19:30:16:10:21:32 chr14 21082032 . T G 190.86 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00723247;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.835;QD=9.42494;RBI=0.0211007;REFB=-0.00877913;REVB=0.0198225;RO=56;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411506;STB=0.524293;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0179843;OID=.;OPOS=21082032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:56:56:25:25:0.308642:16:9:22:34:16:9:22:34 chr14 21099310 . C T 175.72 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0846661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2717;QD=11.9134;RBI=0.0849804;REFB=-0.00459279;REVB=0.00730158;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225534;STB=0.520046;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00475288;OID=.;OPOS=21099310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:9:13:22:14:9:13:23:14 chr14 21099313 . C T 166.65 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.015103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.006;QD=11.1097;RBI=0.0310158;REFB=-0.017797;REVB=0.0270901;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281721;STB=0.509425;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0150053;OID=.;OPOS=21099313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:21:22:0.366667:8:13:22:15:9:13:23:15 chr14 21099400 . G A 761.22 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.587;QD=63.4353;RBI=0.0343618;REFB=0;REVB=0.0176514;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61718e-05;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr14 21101155 . C T 482.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.307;QD=58.5423;RBI=0.057684;REFB=0;REVB=0.053282;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191924;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:17:14:0:0:18:15:0:0 chr14 21101233 . GCCCCTTTA GCCC,GCCCTTTA 71.29 PASS AF=0.366667,0.0666667;AO=8,4;DP=32;FAO=11,2;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2,2;FSAR=9,0;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0112567,-0.0323568;FXX=0.0624805;HRUN=4,4;LEN=5,1;MLLD=259.335,15.1827;QD=9.50505;RBI=0.0124099,0.0340278;REFB=-0.00151512,-0.0336569;REVB=-0.00522426,0.0105321;RO=15;SAF=2,3;SAR=6,1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185755,0.386538;STB=0.680301,0.995293;STBP=0.162,0.101;TYPE=del,del;VARB=0.00227612,0.138506;OID=.,.;OPOS=21101237,21101234;OREF=CTTTA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667,0.0666667:8,4:32:11,2:30:17:2,2:9,0:7:10:64:15:2,3:6,1:6:9 chr14 21109141 . C T 137.74 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.022631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.762;QD=18.998;RBI=0.0243688;REFB=-0.0298133;REVB=-0.00903734;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131368;STB=0.514267;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0266431;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:6:9:8:5:6:9:8:6 chr14 21109170 . T A 532.32 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4642;QD=59.1463;RBI=0.0248746;REFB=0;REVB=-0.00687085;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290186;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr14 21109278 . A T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00232996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.287;QD=22.3982;RBI=0.0213695;REFB=-0.0269363;REVB=-0.0212421;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112195;STB=0.571702;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0218882;OID=.;OPOS=21109278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:13:9:5:13:13:9:5:14 chr14 21109385 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.021578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.573;QD=12.0507;RBI=0.0269436;REFB=-0.0225075;REVB=0.0161353;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316785;STB=0.685902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0215105;OID=.;OPOS=21109385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:3:10:4:5:3:10 chr14 21109671 . A G 108.56 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00632046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.96;QD=13.57;RBI=0.00768677;REFB=0.00634979;REVB=0.00437472;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156249;STB=0.505609;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0116623;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:19:13:13:0.40625:4:9:12:5:4:9:13:6 chr14 21109726 . G A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.05854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9572;QD=18.1184;RBI=0.058576;REFB=-0.00669312;REVB=0.00205239;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302987;STB=0.506128;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00779301;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:7:11:11:8:7:11:12:8 chr14 21128169 . G A 495.09 PASS AF=0.5;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0119823;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.37;QD=19.0417;RBI=0.0260887;REFB=-0.0207917;REVB=-0.0231743;RO=49;SAF=31;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124813;STB=0.548964;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0149232;OID=.;OPOS=21128169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:52:51:52:0.5:20:31:23:26:21:31:26:26 chr14 21149930 . T C 1285.29 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322192;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.81;QD=61.9416;RBI=0.0510204;REFB=0;REVB=0.0395601;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6791e-05;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr14 21151483 . T G 3821.21 PASS AF=1;AO=242;DP=247;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847179;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6164;QD=60.1765;RBI=0.107679;REFB=0;REVB=0.0664653;RO=2;SAF=100;SAR=142;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176882;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:247:254:2:0:242:254:1:142:100:1:1:151:103:0:0 chr14 21152167 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.459;QD=63.2864;RBI=0.041863;REFB=0;REVB=0.0404526;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287982;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr14 21216499 . C T 559.49 PASS AF=1;AO=28;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359885;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.376;QD=60.485;RBI=0.0362412;REFB=0;REVB=-0.00427256;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144722;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:28:37:1:19:9:0:0:27:10:0:0 chr14 21238318 . G A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8442;QD=45.801;RBI=0.0686416;REFB=0;REVB=0.0680741;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175047;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr14 21238798 . T C 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0171599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.132;QD=10.6991;RBI=0.0171608;REFB=-0.0108993;REVB=-0.000177866;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395574;STB=0.729033;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0208609;OID=.;OPOS=21238798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:26:6:8:7:26:6 chr14 21250366 . T C 1128.96 PASS AF=0.987179;AO=73;DP=75;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00425293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4506;QD=57.8956;RBI=0.0496859;REFB=-0.146206;REVB=0.0495035;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.505375;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00187855;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:78:0:1:73:77:0.987179:42:31:0:0:46:31:0:1 chr14 21360216 . C G 224.88 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0184689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.137;QD=25.7002;RBI=0.0386195;REFB=-0.0181569;REVB=0.033917;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645261;STB=0.536539;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0175671;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:16:16:0.457143:5:11:8:5:5:11:8:5 chr14 21387994 . A G 356.81 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00527923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.376;QD=12.6306;RBI=0.033711;REFB=-0.00473334;REVB=-0.0332951;RO=66;SAF=20;SAR=23;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037315;STB=0.503925;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00826884;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:66:70:43:43:0.380531:23:20:33:33:23:20:33:37 chr14 21388266 . G C 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0131114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.844;QD=23.4301;RBI=0.0287104;REFB=-0.0454988;REVB=-0.0255417;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540033;STB=0.518996;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0253898;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:24:24:0.545455:13:11:10:9:13:11:10:10 chr14 21463050 . G C 324.98 PASS AF=0.38;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0186538;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.497;QD=12.9993;RBI=0.0270948;REFB=-0.00267904;REVB=-0.0196511;RO=62;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951048;STB=0.554112;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00528346;OID=.;OPOS=21463050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:62:62:38:38:0.38:20:18:24:38:20:18:24:38 chr14 21467913 . T G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.258;QD=57.1059;RBI=0.0307221;REFB=0;REVB=0.00863904;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158788;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr14 21486137 . G C 1311.86 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0833;QD=61.7345;RBI=0.0554494;REFB=0;REVB=-0.0453607;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55329e-05;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:52:30:0:0:52:33:0:0 chr14 21486387 . G A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0021802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.19;QD=32.3679;RBI=0.0362387;REFB=-0.026227;REVB=-0.036173;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159262;STB=0.588105;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00262637;OID=.;OPOS=21486387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:6:7:3:0:6:7:3:0 chr14 21486590 . C T 197.44 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0117541;FXX=0.0819538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.746;QD=14.1027;RBI=0.0203114;REFB=-0.0171821;REVB=-0.0165648;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307392;STB=0.503885;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0203928;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:56:27:33:23:23:0.410714:11:12:14:13:11:12:17:16 chr14 21500541 . T TA 100.16 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0933472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.5449;QD=9.77176;RBI=0.134307;REFB=0.0225864;REVB=0.0965639;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306258;STB=0.539838;STBP=0.665;TYPE=ins;VARB=-0.0215186;OID=.;OPOS=21500542;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:21:43:21:41:20:5:16:6:14:81:19:6:15:6:13 chr14 21501095 . T C 323.71 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0171211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.175;QD=34.9958;RBI=0.0259618;REFB=-0.00237156;REVB=0.0195162;RO=10;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918014;STB=0.505006;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0019373;OID=.;OPOS=21501095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:13:14:5:5:13:14:5:5 chr14 21501151 . G T 140.16 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0234017;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3017;QD=12.1875;RBI=0.0595137;REFB=-0.00556224;REVB=0.0547196;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161739;STB=0.58368;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0118717;OID=.;OPOS=21501151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:30:16:16:0.347826:7:9:12:17:7:9:13:17 chr14 21501195 . G A 223.78 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0128541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.983;QD=20.8164;RBI=0.0859805;REFB=-0.0383306;REVB=0.0850143;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0378994;OID=.;OPOS=21501195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:20:21:21:22:0.511628:10:11:10:10:11:11:11:10 chr14 21502345 . A G 647.57 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0519414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7743;QD=57.5619;RBI=0.103446;REFB=0.0344998;REVB=0.0894606;RO=2;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029222;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00515707;OID=.;OPOS=21502345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:20:23:1:1:20:23:1:1 chr14 21511458 . G C 279.12 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0969955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2142;QD=48.5426;RBI=0.0989166;REFB=0.0368454;REVB=-0.0194004;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000425303;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:7:15:1:0:7:15:1:0 chr14 21511497 . C T 549.68 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105844;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.42;QD=57.8611;RBI=0.0437833;REFB=-0.155769;REVB=0.0424847;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00257141;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:1:0:16:21:1:0 chr14 21511789 . G A 292.6 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0143105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3701;QD=27.2184;RBI=0.0440622;REFB=-0.0263197;REVB=0.0416736;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118499;STB=0.565479;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0222238;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:15:11:10:7:15:11:10:7 chr14 21526079 . C T 95.91 PASS AF=0.647059;AO=7;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0170626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.958;QD=22.5669;RBI=0.070887;REFB=0.0167061;REVB=-0.0688029;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.650873;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0108299;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:17:2:6:7:11:0.647059:2:5:1:1:3:8:2:4 chr14 21542753 . G A 330.14 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00472703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.419;QD=31.4415;RBI=0.0151106;REFB=-0.0326871;REVB=-0.0143522;RO=14;SAF=24;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217502;STB=0.620591;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0199858;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:4:24:9:5:4:24:9:5 chr14 21549893 . G C 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0315771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.654;QD=11.0162;RBI=0.0316252;REFB=-0.00842846;REVB=0.00174391;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203695;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:4:4:3:3:4:4 chr14 21551058 . G A 245.15 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0198631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.398;QD=15.565;RBI=0.0367271;REFB=-0.0176413;REVB=0.0308924;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171691;STB=0.590098;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0186524;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:18:10:18:16:18:10:18:17 chr14 21551069 . T C 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0262397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.393;QD=15.7734;RBI=0.0267524;REFB=-0.0197345;REVB=-0.00521249;RO=33;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255172;STB=0.644797;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0239039;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:19:8:18:15:19:8:18:15 chr14 21556963 . A AT,C,T 250.41 PASS AF=0.5,0.04,0.02;AO=22,2,2;DP=50;FAO=25,2,1;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17,0,1;FSAR=8,2,0;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.073218,0.0115638,0.0537315;FXX=0;HRUN=2,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=21.784,50.9385,22.9695;QD=20.0331;RBI=0.11086,0.0521477,0.0619668;REFB=-0.0201529,0.00521735,-0.00239684;REVB=0.0832406,-0.0508494,0.0308677;RO=20;SAF=16,0,1;SAR=6,2,1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.333191,-0.45406,0.150169;STB=0.651444,0.993401,0.992273;STBP=0.041,0.346,0.254;TYPE=ins,snp,snp;VARB=0.0291638,0.217472,-0.0702497;OID=.,.,.;OPOS=21556964,21556963,21556963;OREF=-,A,A;OALT=T,C,T;OMAPALT=AT,C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:22:22,2,2:25,2,1:0.5,0.04,0.02:6,2,1:16,0,1:7:13:8,2,0:17,0,1:8:14 chr14 21562560 . T C 239.38 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0119586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1351;QD=14.2916;RBI=0.0592343;REFB=-0.00509231;REVB=-0.0580146;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131215;STB=0.507457;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00558045;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:14:14:20:19:14:14:20:19 chr14 21570273 . T C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0430145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.714;QD=9.85822;RBI=0.045989;REFB=0.00382948;REVB=-0.0162708;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840086;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00821966;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:7:6:15:13:7:6:15:14 chr14 21570614 . A C 315.03 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00019884;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.354;QD=16.5803;RBI=0.00327636;REFB=-0.0205038;REVB=-0.00327032;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685967;STB=0.523351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0177622;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:40:42:34:34:0.447368:18:16:16:24:18:16:18:24 chr14 21623489 . C T 435.76 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.565;QD=54.4694;RBI=0.0246942;REFB=0.0479432;REVB=0.0220733;RO=1;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176136;STB=0.509428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.000562087;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:26:5:0:1:26:5:0:1 chr14 21623836 . G A 295.73 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000653153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2201;QD=15.5648;RBI=0.0190543;REFB=-0.0313504;REVB=-0.0190431;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260903;STB=0.520569;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0438664;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:43:33:33:0.434211:18:15:18:24:18:15:18:25 chr14 21770681 . A G 136.13 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00326779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.311;QD=10.4714;RBI=0.0325683;REFB=-0.0101404;REVB=-0.032404;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121535;STB=0.567428;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.02188;OID=.;OPOS=21770681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:35:17:17:0.326923:9:8:12:21:9:8:13:22 chr14 21785790 . G A 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6815;QD=53.2736;RBI=0.0568741;REFB=0;REVB=-0.00174257;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967507;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr14 21793465 . G A 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0103005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.336;QD=22.1881;RBI=0.0213828;REFB=-0.0173339;REVB=0.0187383;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593836;STB=0.533301;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0161187;OID=.;OPOS=21793465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:9:9:12:9:9:9 chr14 21829129 . C G 909.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215372;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.6745;QD=56.8699;RBI=0.0229166;REFB=-0.0655992;REVB=-0.00783057;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000396239;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:29:34:1:0:29:34:1:0 chr14 21831052 . T C 366.71 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.97;QD=52.3868;RBI=0.0664584;REFB=-0.176624;REVB=0.0651715;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00230939;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:0:1:27:27:0.964286:14:13:0:0:14:13:1:0 chr14 21871653 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0919;QD=57.2368;RBI=0.0309128;REFB=0;REVB=0.0300698;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300445;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr14 21899631 . C T 1267.85 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670359;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.389;QD=61.8462;RBI=0.0676559;REFB=0;REVB=-0.00913803;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101229;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr14 21945415 . A G 176.2 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00210422;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3576;QD=11.9457;RBI=0.0694478;REFB=-0.00586743;REVB=-0.0694159;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661478;STB=0.545413;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00921302;OID=.;OPOS=21945415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:37:22:22:0.372881:8:14:22:16:8:14:21:16 chr14 21967438 . G A 295.48 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00881474;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.023;QD=17.6403;RBI=0.0147273;REFB=-0.0137823;REVB=0.011798;RO=35;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210535;STB=0.617903;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.012899;OID=.;OPOS=21967438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:32:32:0.477612:20:12:21:14:20:12:21:14 chr14 21967916 . A G 436.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.859;QD=56.2952;RBI=0.0277356;REFB=0;REVB=0.0193634;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579252;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:12:16:0:0:15:16:0:0 chr14 21993498 . G A 304.24 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.872;QD=50.7065;RBI=0.159776;REFB=0;REVB=0.145805;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0082705;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:0:0:23:24:1:5:18:0:0:6:18:0:0 chr14 22038162 . A C 48.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0369478;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.074;QD=13.9535;RBI=0.0445154;REFB=-0.0268217;REVB=-0.024829;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0287304;OID=.;OPOS=22038162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:3:4:3:3:3:4:3:4 chr14 22038450 . G A 243.97 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0274624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8171;QD=26.3752;RBI=0.0299419;REFB=-0.0384041;REVB=-0.0119304;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636059;STB=0.535181;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0235465;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:12:11:8:6:12:11:8:6 chr14 22038659 . T C 37.45 PASS AF=0.3;AO=3;DP=22;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0242793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.551;QD=7.48937;RBI=0.0246585;REFB=-0.0311651;REVB=-0.00430772;RO=16;SAF=1;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261201;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0860583;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:20:16:14:3:6:0.3:2:1:5:11:4:2:5:9 chr14 22090594 . C G 628.85 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.00214263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.476;QD=17.4682;RBI=0.00446911;REFB=-0.00690627;REVB=-0.00392201;RO=79;SAF=32;SAR=33;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123972;STB=0.568838;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00805042;OID=.;OPOS=22090594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:79:65:65:0.451389:33:32:29:50:33:32:29:50 chr14 22236756 . G C 239.62 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.010165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6521;QD=11.9812;RBI=0.0149416;REFB=-0.0225521;REVB=0.010951;RO=51;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515438;STB=0.529695;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0400447;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:15:14:27:24:15:14:27:24 chr14 22237070 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0132927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.095;QD=19.4776;RBI=0.0175112;REFB=-0.0221541;REVB=0.0113994;RO=42;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787874;STB=0.543807;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0213041;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:24:17:21:21:24:17:21:21 chr14 22237127 . C T 1143.51 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112111;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.338;QD=59.4033;RBI=0.0147532;REFB=-0.0159252;REVB=-0.00959;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122906;STB=0.506492;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=7.80352e-06;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:38:38:0:1:38:38:0:1 chr14 22309847 . T C 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0102731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.946;QD=19.5006;RBI=0.0166829;REFB=-0.00708172;REVB=-0.0131447;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366468;STB=0.52038;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00842701;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:22:14:15:20:22:14:15:20 chr14 22309948 . T C 103.31 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0185583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.489;QD=9.83941;RBI=0.0205827;REFB=-0.00161819;REVB=0.00890147;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273809;STB=0.693557;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00191104;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:10:3:12:15:10:3:14:15 chr14 22314985 . T C 1434.45 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.336;QD=63.0525;RBI=0.0304702;REFB=0;REVB=-0.000556481;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2026e-05;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr14 22315212 . A G 1481.34 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0494429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.306;QD=58.6668;RBI=0.0529037;REFB=0.0131715;REVB=0.0188203;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824859;STB=0.504347;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-4.31721e-05;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:101:1:1:97:100:0.990099:57:40:0:1:57:43:0:1 chr14 22315296 . C T 556.59 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0135004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1248;QD=22.718;RBI=0.014256;REFB=-0.00262884;REVB=-0.00457956;RO=46;SAF=12;SAR=40;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212269;STB=0.617712;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00237582;OID=.;OPOS=22315296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:40:12:20:26:40:12:20:26 chr14 22320728 . T C 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00374023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.563;QD=17.331;RBI=0.00387087;REFB=-0.00303857;REVB=0.000997159;RO=50;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796994;STB=0.54465;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00537678;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:18:23:24:26:18:23:24:26 chr14 22321124 . T C 291.44 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.000768819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.403;QD=16.8951;RBI=0.0210995;REFB=-0.0217177;REVB=0.0210855;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574733;STB=0.532299;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0177248;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:20:12:16:21:20:12:16:21 chr14 22322690 . G A 466.62 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0345561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8817;QD=22.7621;RBI=0.0375414;REFB=-0.0340414;REVB=-0.014671;RO=36;SAF=25;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457511;STB=0.530373;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.025087;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:20:25:22:14:20:25:23:14 chr14 22337393 . G A 1506.6 PASS AF=0.979798;AO=90;DP=94;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0648239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4068;QD=60.8726;RBI=0.0786457;REFB=-0.136667;REVB=-0.044531;RO=2;SAF=23;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394375;STB=0.516663;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00615408;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:99:2:2:90:97:0.979798:67:23:2:0:68:29:2:0 chr14 22356491 . G T 394.46 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0173444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4273;QD=23.2037;RBI=0.0515795;REFB=-0.0444496;REVB=0.0485759;RO=24;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784119;STB=0.516608;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0264451;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:29:39:39:0.573529:19:20:15:9:19:20:16:13 chr14 22356551 . T C 817.97 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0209173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4363;QD=50.3363;RBI=0.0319669;REFB=-0.136269;REVB=0.0241733;RO=5;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645076;STB=0.534235;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00948773;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:65:65:5:5:60:60:0.923077:34:26:0:5:34:26:0:5 chr14 22362971 . A G 1322.97 PASS AF=0.956522;AO=89;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0162253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6503;QD=57.5206;RBI=0.028027;REFB=-0.0326138;REVB=-0.0228528;RO=3;SAF=38;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150882;STB=0.503017;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00999232;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:3:4:89:88:0.956522:51:38:2:1:50:38:2:2 chr14 22363080 . T A 509.07 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00896537;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.947;QD=20.7784;RBI=0.0131061;REFB=-0.0300085;REVB=0.0095599;RO=45;SAF=23;SAR=28;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144996;STB=0.579126;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0168489;OID=.;OPOS=22363080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:45:47:51:51:0.520408:28:23:28:17:28:23:29:18 chr14 22363084 . C G 475.11 PASS AF=0.505263;AO=40;DP=86;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0119538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.077;QD=20.0045;RBI=0.0351607;REFB=-0.0151825;REVB=0.0330663;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807575;STB=0.577949;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0183516;OID=.;OPOS=22363084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:95:46:47:40:48:0.505263:19:21:28:18:27:21:28:19 chr14 22409571 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=6.32444e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.307;QD=13.486;RBI=0.0225234;REFB=-0.029937;REVB=0.0225234;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119999;STB=0.571265;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0237944;OID=.;OPOS=22409571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:5:6:6:3:5:6 chr14 22409620 . T G 137.85 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00350253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.597;QD=19.0135;RBI=0.0137086;REFB=-0.000644616;REVB=-0.0132537;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224755;STB=0.512803;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000416501;OID=.;OPOS=22409620;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:5:9:10:5:5:9 chr14 22409771 . A G 340.21 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.030713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4755;QD=18.1444;RBI=0.0448609;REFB=0.0104602;REVB=0.0326987;RO=38;SAF=22;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00565336;STB=0.511621;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0120549;OID=.;OPOS=22409771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:14:22:23:15:14:22:23:16 chr14 22447248 . A G 392.65 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.899;QD=50.665;RBI=0.0201575;REFB=-0.0186277;REVB=-0.0172427;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262738;STB=0.514129;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=1.85699e-05;OID=.;OPOS=22447248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:20:9:1:1:20:9:1:1 chr14 22476138 . AGGT A 136.5 PASS AF=0.351351;AO=19;DP=72;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.024159;FXX=0.0632831;HRUN=2;LEN=3;MLLD=201.226;QD=7.37853;RBI=0.025057;REFB=-0.0378877;REVB=0.00664801;RO=48;SAF=19;SAR=0;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.805183;STB=0.740974;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0775343;OID=.;OPOS=22476139;OREF=GGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:19:72:26:74:48:21:5:23:25:99:48:19:0:21:27 chr14 22509188 . T C 726.55 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000150285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5805;QD=52.8402;RBI=0.00435473;REFB=-0.0134258;REVB=-0.00435214;RO=1;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129067;STB=0.513508;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00044793;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:55:1:2:52:53:0.963636:36:16:0:1:36:17:0:2 chr14 22521051 . G A 572.42 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.593;QD=60.2546;RBI=0.0214838;REFB=0;REVB=0.019005;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105608;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr14 22555013 . T C 309.01 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00312834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5315;QD=16.0523;RBI=0.0105388;REFB=-0.00541265;REVB=-0.0100638;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136989;STB=0.56874;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0062561;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:16:18:28:14:16:18:28:15 chr14 22600863 . G A 1024.56 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.451;QD=59.3947;RBI=0.00970026;REFB=0;REVB=0.00539578;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53607e-06;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:28:41:0:0 chr14 22616547 . A G 562.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.747;QD=59.1642;RBI=0.0289956;REFB=0;REVB=0.0286252;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235713;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:14:23:0:0:15:23:0:0 chr14 22631678 . C T 520.33 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.714;QD=59.4659;RBI=0.0411332;REFB=0;REVB=0.0411053;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119269;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:9:25:0:0:10:25:0:0 chr14 22636784 . A C 686.93 PASS AF=0.913793;AO=52;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0137784;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.241;QD=47.3747;RBI=0.0452165;REFB=-0.0290452;REVB=0.0430661;RO=4;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310637;STB=0.50781;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000304221;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:4:5:52:53:0.913793:27:25:1:3:27:26:2:3 chr14 22636874 . C T 316.91 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3842;QD=50.7054;RBI=0.0698569;REFB=-0.125427;REVB=0.0348218;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142536;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr14 22670458 . C T 971.94 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0193676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6332;QD=52.5374;RBI=0.0203611;REFB=-0.0532135;REVB=-0.00628276;RO=5;SAF=35;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118247;STB=0.506268;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0255501;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:74:74:5:5:69:69:0.932432:34:35:3:2:34:35:3:2 chr14 22670975 . G A 239.12 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2872;QD=50.341;RBI=0.11208;REFB=0;REVB=-0.0875648;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352165;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr14 22690209 . A C 638.57 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5042;QD=59.4015;RBI=0.027173;REFB=0.0142991;REVB=-0.00488498;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019159;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000104765;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:1:0:18:24:1:0 chr14 22695084 . C T 464.93 PASS AF=0.970588;AO=30;DP=32;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00982951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2997;QD=54.6982;RBI=0.0980363;REFB=-0.0858066;REVB=0.0975423;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00424517;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:34:1:1:30:33:0.970588:15:15:1:0:17:16:1:0 chr14 22739862 . A T 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0109899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6601;QD=16.7539;RBI=0.0165325;REFB=-0.020857;REVB=-0.012351;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339897;STB=0.519215;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0244457;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:15:13:12:12:15:13 chr14 22740245 . A G 321.4 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0318699;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.202;QD=18.906;RBI=0.0351085;REFB=-0.00573214;REVB=0.0147281;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234406;STB=0.630249;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00631132;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:14:20:11:23:14:20:11:23 chr14 22740270 . G A 368.73 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0185097;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.706;QD=19.1546;RBI=0.018922;REFB=-0.00841332;REVB=0.00392866;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142025;STB=0.571392;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0101483;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:37:38:0.493506:18:19:14:25:19:19:14:25 chr14 22887459 . CG C 154.63 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0886442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0519;QD=12.1276;RBI=0.120387;REFB=0.0361196;REVB=0.0814576;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.11658;STB=0.571849;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=-0.00880163;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:25:51:26:51:25:8:18:11:14:99:25:8:17:11:14 chr14 22891883 . G C 149.14 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00939805;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.351;QD=17.0445;RBI=0.0177784;REFB=-0.0163605;REVB=-0.0150913;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212598;STB=0.622483;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0136297;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:10:9:11:5:10:9 chr14 22942890 . G T 448.8 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0121927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.122;QD=15.7473;RBI=0.014166;REFB=-0.00129209;REVB=-0.0072121;RO=63;SAF=22;SAR=28;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146119;STB=0.577188;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00139839;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:64:50:50:0.438596:28:22:37:26:28:22:37:27 chr14 22947903 . C T 239.95 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00107975;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.429;QD=16.2675;RBI=0.00184911;REFB=-0.00838605;REVB=0.00150112;RO=32;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365231;STB=0.520624;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0080709;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:17:10:13:19:17:10:13:19 chr14 22961854 . A G 315.51 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0645718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6479;QD=25.2411;RBI=0.064575;REFB=-0.00241163;REVB=-0.000645554;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510284;STB=0.524478;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00148902;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:22:27:28:0.56:12:15:13:8:13:15:13:9 chr14 22972742 . G A 431.55 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00623581;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.832;QD=17.4365;RBI=0.0104618;REFB=-0.014225;REVB=0.00840024;RO=54;SAF=24;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448952;STB=0.520286;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0150924;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:20:24:27:27:20:24:28:27 chr14 22972783 . ACC AC,ACA 1194.85 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=74,4;DP=81;FAO=78,4;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42,3;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616267,-0.00619359;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.6318,7.7699;QD=58.2853;RBI=0.122633,0.0465848;REFB=0,0;REVB=-0.106023,-0.0461712;RO=0;SAF=41,3;SAR=33,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00232834,-0.0830125;OID=.,.;OPOS=22972784,22972785;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.95122,0.0487805:74,4:81:78,4:82:0:42,3:36,1:0:0:11:0:41,3:33,1:0:0 chr14 22972815 . C T 255.33 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0303714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.836;QD=13.2636;RBI=0.0310363;REFB=-0.00927557;REVB=0.00639003;RO=46;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116748;STB=0.560237;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0142074;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:13:17:21:25:13:17:22:25 chr14 22975700 . T G 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00243828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.127;QD=10.0839;RBI=0.0283536;REFB=-0.0065192;REVB=-0.0282486;RO=56;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213724;STB=0.518505;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.011692;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:57:27:27:0.321429:14:13:28:28:14:13:29:28 chr14 22978335 . C T 2306.31 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167314;FXX=0.0268438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8892;QD=63.6223;RBI=0.029599;REFB=0;REVB=0.0244164;RO=0;SAF=67;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780211;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:143:145:1:76:67:0:0:77:68:0:0 chr14 22984586 . A C 363.05 PASS AF=0.411215;AO=41;DP=102;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00830028;FXX=0.0272702;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.349;QD=13.5718;RBI=0.00915752;REFB=-0.00611285;REVB=0.00386854;RO=60;SAF=26;SAR=15;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228846;STB=0.61326;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00709467;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:60:63:41:44:0.411215:15:26:25:35:18:26:25:38 chr14 22988972 . G C 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.01001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.898;QD=20.3419;RBI=0.010541;REFB=0.00721094;REVB=0.00330345;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758999;STB=0.548606;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00782361;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:18:19:14:19:18:19:14:20 chr14 22993278 . A AG,G 1072.55 PASS AF=0.987179,0.0128205;AO=71,3;DP=81;FAO=77,1;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40,1;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149878,-0.022645;FXX=0.0249969;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=22.0963,88.1327;QD=55.0024;RBI=0.0190806,0.0230117;REFB=0,0;REVB=-0.0118083,-0.00409211;RO=6;SAF=37,1;SAR=34,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0460612,-0.46422;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000416213,0.0294885;OID=.,.;OPOS=22993279,22993278;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:78:6:0:71,3:77,1:0.987179,0.0128205:34,2:37,1:5:1:37,0:40,1:0:0 chr14 22994636 . C T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00628579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.56;QD=19.1729;RBI=0.00952293;REFB=-0.00926894;REVB=0.00715368;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123254;STB=0.568678;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00608541;OID=.;OPOS=22994636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:13:20:15:17:13:20:15:17 chr14 22997524 . A G 2185.01 PASS AF=0.986014;AO=134;DP=139;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00715414;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2492;QD=61.1191;RBI=0.016974;REFB=0.0300711;REVB=-0.0153927;RO=3;SAF=65;SAR=69;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063207;STB=0.500348;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0153718;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:143:3:2:134:141:0.986014:69:65:1:2:74:67:1:1 chr14 22998590 . AG A 713.24 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.2932;QD=49.1891;RBI=0.0173829;REFB=0;REVB=0.00215752;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000462874;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:58:58:58:0:36:22:0:0:13:0:34:22:0:0 chr14 22998619 . AC A 470.86 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0808502;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.4799;QD=42.8054;RBI=0.0956123;REFB=0;REVB=0.0510387;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000472088;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:43:44:44:0:24:20:0:0:9:0:22:18:0:0 chr14 23000062 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.478;QD=57.7104;RBI=0.071992;REFB=0;REVB=-0.0021436;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282688;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:41:18:0:0:41:18:0:0 chr14 23025932 . A T 2336.15 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386083;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.926;QD=61.0759;RBI=0.0434577;REFB=0;REVB=0.0199493;RO=0;SAF=57;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78635e-05;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:95:57:0:0:95:58:0:0 chr14 23044002 . G T 650.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.558;QD=61.9073;RBI=0.0463284;REFB=0;REVB=0.0462017;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017462;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr14 23081223 . T C 268.03 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0346661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2724;QD=21.8796;RBI=0.0615506;REFB=0.00804306;REVB=-0.0508601;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00777152;STB=0.508468;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00753444;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:10:15:14:9:10:15:14:10 chr14 23102784 . A G 75.33 PASS AF=0.357143;AO=6;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00985848;FXX=0.0666445;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.609;QD=10.7616;RBI=0.040044;REFB=-0.000713062;REVB=0.0388115;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.529352;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00137457;OID=.;OPOS=23102784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:15:18:6:10:0.357143:2:4:8:7:4:6:10:8 chr14 23102882 . C A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0180144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.277;QD=7.83717;RBI=0.0222239;REFB=-0.0268656;REVB=0.0130147;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613202;STB=0.538354;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0444615;OID=.;OPOS=23102882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:10:6:3:4:10:6 chr14 23102896 . A G 38.8 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.000626954;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1823;QD=7.05531;RBI=0.0498131;REFB=0.00336157;REVB=0.0498092;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513116;STB=0.53322;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000281659;OID=.;OPOS=23102896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:10:6:2:4:10:6 chr14 23102969 . G A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0178623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0032;QD=24.1909;RBI=0.0301889;REFB=0.0549052;REVB=0.0243373;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981189;STB=0.599822;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0259682;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:12:12:0.666667:3:9:3:2:3:9:3:3 chr14 23103040 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0245747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.989;QD=18.2507;RBI=0.057842;REFB=-0.0404557;REVB=-0.0523621;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182502;STB=0.604508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0185988;OID=.;OPOS=23103040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:7:8:5:10:7:8 chr14 23103282 . T C 100.03 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0250003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5451;QD=15.3886;RBI=0.0349345;REFB=-0.0287019;REVB=-0.0244009;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0392995;OID=.;OPOS=23103282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr14 23103347 . T C 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0272946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8721;QD=16.8966;RBI=0.0301517;REFB=-0.0291264;REVB=-0.0128114;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0093072;OID=.;OPOS=23103347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:4:5:6:4:4:5 chr14 23103354 . AC GT 81.42 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.013832;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=2;MLLD=198.698;QD=16.2831;RBI=0.0161026;REFB=-0.0271406;REVB=0.00824441;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=mnp;VARB=0.0146592;OID=.;OPOS=23103354;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr14 23235808 . G A 936.74 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117025;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.383;QD=58.5464;RBI=0.0195999;REFB=0;REVB=-0.0157228;RO=0;SAF=47;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21651e-05;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:17:47:0:0:17:47:0:0 chr14 23236524 . C T 758.82 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297923;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.77;QD=55.187;RBI=0.0389661;REFB=-0.157715;REVB=0.0251153;RO=1;SAF=34;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136612;STB=0.507244;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000468428;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:1:1:54:54:0.981818:20:34:1:0:20:34:1:0 chr14 23240328 . T A 281.0 PASS AF=0.4;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00375612;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7856;QD=14.0498;RBI=0.0155424;REFB=-0.00415778;REVB=-0.0150817;RO=47;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129305;STB=0.57472;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00679074;OID=.;OPOS=23240328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:31:32:0.4:14:17:20:27:14:18:21:27 chr14 23240713 . T TAGC 82.72 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0202427;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.691;QD=9.45382;RBI=0.0248703;REFB=-0.0218017;REVB=-0.0144486;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295578;STB=0.615182;STBP=0.393;TYPE=ins;VARB=0.0568051;OID=.;OPOS=23240714;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:40:11:35:24:6:5:9:15:82:29:6:4:10:19 chr14 23242827 . A AC 361.28 PASS AF=1;AO=5;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707905;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.8425;QD=51.6117;RBI=0.0802228;REFB=0;REVB=-0.0377414;RO=24;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00157381;OID=.;OPOS=23242828;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:29:28:28:0:13:15:0:0:4:24:3:2:11:13 chr14 23242828 . T C 305.15 PASS AF=0.928571;AO=24;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0245414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1653;QD=43.5924;RBI=0.0245452;REFB=-0.12447;REVB=0.000430875;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121653;STB=0.50276;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0198521;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:28:28:2:2:24:26:0.928571:14:10:1:1:14:12:1:1 chr14 23248112 . A G 536.2 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0221614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.469;QD=54.9951;RBI=0.0345975;REFB=-0.0374331;REVB=0.0265679;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389977;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00606936;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:0:2:23:14:0:2 chr14 23282110 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.782;QD=46.0572;RBI=0.0407715;REFB=-0.137891;REVB=0.0225987;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368096;STB=0.519979;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00482455;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:0:1:12:7:0:1 chr14 23282449 . C T 455.63 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.75;QD=55.2279;RBI=0.0528003;REFB=-0.12634;REVB=0.0385073;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217181;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0011458;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:1:1:32:32:0.969697:21:11:0:1:21:11:0:1 chr14 23299135 . G T 1208.47 PASS AF=0.964286;AO=80;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00570956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.621;QD=57.5463;RBI=0.00951297;REFB=0.0921603;REVB=0.00760905;RO=3;SAF=51;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00215882;STB=0.500959;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=1.87259e-05;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:80:81:0.964286:29:51:2:1:29:52:2:1 chr14 23299286 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.735;QD=61.3324;RBI=0.0355887;REFB=0;REVB=0.0251606;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49518e-07;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr14 23303641 . A C 489.67 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.516;QD=57.6086;RBI=0.0620586;REFB=0;REVB=0.0568924;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218147;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:7:26:0:0:8:26:0:0 chr14 23306048 . C T 318.1 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0168161;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=256.408;QD=45.4431;RBI=0.0187768;REFB=0.0256225;REVB=0.008354;RO=3;SAF=2;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14618;STB=0.57976;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000106466;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:28:28:3:3:25:25:0.892857:23:2:1:2:23:2:1:2 chr14 23312554 . C G 122.76 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00505787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.867;QD=9.26517;RBI=0.0552582;REFB=-0.00440333;REVB=-0.0550262;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953202;STB=0.561969;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0112678;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:37:16:16:0.301887:7:9:20:11:7:9:24:13 chr14 23312923 . T C 176.64 PASS AF=0.396226;AO=12;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0664773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0867;QD=13.3315;RBI=0.0665157;REFB=-0.0240307;REVB=0.00226006;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248749;STB=0.589203;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0327734;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:32:12:21:0.396226:7:5:19:11:11:10:20:12 chr14 23313980 . G A 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00832344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.008;QD=22.065;RBI=0.00851948;REFB=-0.0280534;REVB=0.00181711;RO=32;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100035;STB=0.555202;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0201003;OID=.;OPOS=23313980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:16:23:15:17:16:23:15:17 chr14 23321900 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.894;QD=54.5176;RBI=0.0154977;REFB=0;REVB=0.00483801;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51763e-05;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr14 23371055 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00456435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.037;QD=15.8821;RBI=0.0321987;REFB=-0.0227093;REVB=0.0318735;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247466;OID=.;OPOS=23371055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr14 23371255 . G GGGC 92.04 PASS AF=0.909091;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411097;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=171.191;QD=33.4687;RBI=0.0659866;REFB=-0.0861384;REVB=0.0516162;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790568;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=ins;VARB=0.0174226;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:8:12:10:11:1:5:5:0:1:6:3:4:4:1:2 chr14 23374434 . AG A,AA 728.84 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=11,36;DP=47;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686395,-0.017815;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.059,235.393;QD=63.3773;RBI=0.036153,0.0508857;REFB=0,0;REVB=0.0354954,0.0476653;RO=0;SAF=0,16;SAR=11,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00576811,0.000169523;OID=.,.;OPOS=23374435,23374435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:11,36:47:1,45:46:0:0,16:1,29:0:0:4:0:0,16:11,20:0:0 chr14 23374862 . C T 294.03 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467235;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.801;QD=53.4598;RBI=0.0524677;REFB=0;REVB=-0.0238699;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355014;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:8:14:0:0 chr14 23398902 . C T 556.93 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.88;QD=60.2082;RBI=0.081622;REFB=0;REVB=0.06745;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577629;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr14 23398990 . T G 374.82 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0485596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.457;QD=49.9759;RBI=0.049614;REFB=-0.0325805;REVB=0.0101744;RO=2;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138614;STB=0.507457;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00381975;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:17:11:1:1:17:11:1:1 chr14 23398995 . G A 151.19 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0232416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9331;QD=20.8531;RBI=0.0234494;REFB=-0.037806;REVB=-0.00311483;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810966;STB=0.504581;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0388717;OID=.;OPOS=23398995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:5:8:10:6:5:8 chr14 23426182 . C A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.195;QD=48.6268;RBI=0.106565;REFB=-0.0934062;REVB=0.0209421;RO=1;SAF=4;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10217;STB=0.555502;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000984777;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:18:4:1:0:18:4:1:0 chr14 23528481 . TCCCCCCT TCCCCCTC 30.88 PASS AF=0.24;AO=2;DP=30;FAO=6;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0294245;FXX=0.107105;HRUN=6;LEN=2;MLLD=80.4891;QD=4.94025;RBI=0.0404085;REFB=-0.00349362;REVB=0.0276957;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.763208;STB=0.814358;STBP=0.846;TYPE=mnp;VARB=0.122803;OID=.;OPOS=23528487;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:2:30:6:25:17:1:5:0:17:26:16:1:1:0:16 chr14 23530622 . T C 359.79 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0114563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.912;QD=22.8436;RBI=0.0126774;REFB=-0.0336468;REVB=-0.0054286;RO=27;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513413;STB=0.528286;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0242035;OID=.;OPOS=23530622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:21:15:13:14:21:15:13:14 chr14 23549379 . C G 948.83 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389503;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.531;QD=58.3896;RBI=0.0514374;REFB=0;REVB=0.0512897;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651515;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:58:65:1:35:23:0:0:41:24:0:0 chr14 23567033 . C T 386.72 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00144849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.517;QD=20.9037;RBI=0.0218772;REFB=-0.0169227;REVB=-0.0218292;RO=35;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184069;STB=0.510185;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.016416;OID=.;OPOS=23567033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:17:22:19:16:17:22:19:16 chr14 23567774 . T A 669.49 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0076039;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.134;QD=52.5091;RBI=0.0106606;REFB=-0.0413201;REVB=-0.0074719;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.516123;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0002284;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:19:30:1:0:19:30:2:0 chr14 23569106 . A G 671.78 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.423;QD=52.6882;RBI=0.0549133;REFB=-0.0439584;REVB=-0.0487814;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699852;STB=0.503721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00483252;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:1:1:29:20:1:1 chr14 23571671 . A T 716.38 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242292;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.066;QD=57.3103;RBI=0.0242566;REFB=0;REVB=-0.00115211;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452236;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr14 23572899 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.017537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.977;QD=12.8731;RBI=0.0242782;REFB=-0.0185066;REVB=-0.0167895;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241865;STB=0.64051;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0320284;OID=.;OPOS=23572899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:19:13:12:7:19:13 chr14 23594921 . T C 91.32 PASS AF=0.478261;AO=12;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00519963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.812;QD=15.8821;RBI=0.0392843;REFB=-0.00935166;REVB=-0.0389387;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201547;STB=0.512173;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00492315;OID=.;OPOS=23594921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:12:11:0.478261:1:11:10:1:1:10:11:1 chr14 23595721 . A G 820.09 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00559646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2335;QD=55.5991;RBI=0.00760282;REFB=0.0312287;REVB=-0.00514612;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171508;STB=0.509088;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000743046;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:0:1:27:31:0:1 chr14 23596243 . T TCA 331.72 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0146711;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.762;QD=14.9089;RBI=0.0371658;REFB=-0.0297096;REVB=-0.0341475;RO=54;SAF=24;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164458;STB=0.609313;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.0374303;OID=.;OPOS=23596244;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404494:36:94:36:89:53:24:12:26:27:99:54:24:12:28:26 chr14 23598952 . A G 848.31 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705795;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.239;QD=56.5542;RBI=0.0735228;REFB=0;REVB=0.0205946;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528527;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:57:60:1:32:25:1:0:32:28:0:0 chr14 23777099 . G A 1156.3 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194015;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.014;QD=60.858;RBI=0.037251;REFB=0;REVB=0.0317997;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129849;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr14 23777374 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.104;QD=62.4654;RBI=0.0219893;REFB=0;REVB=0.0147465;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98586e-06;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr14 23826822 . C T 389.05 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0153677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.512;QD=18.7494;RBI=0.0226763;REFB=-0.0184725;REVB=-0.0166749;RO=43;SAF=14;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11289;STB=0.563025;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0226212;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:26:14:20:23:26:14:20:23 chr14 23844979 . C A 399.25 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0263627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.591;QD=15.3559;RBI=0.0276376;REFB=-0.0202459;REVB=-0.00829727;RO=58;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756257;STB=0.537029;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.030091;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:22:23:34:24:22:23:34:25 chr14 23845244 . G A 217.09 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00123887;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0334;QD=16.384;RBI=0.00446199;REFB=-0.0060454;REVB=0.00428655;RO=28;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115902;STB=0.539293;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0181287;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:23:25:0.471698:19:4:7:21:20:5:7:21 chr14 23848311 . C T 840.99 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.948;QD=57.016;RBI=0.048166;REFB=0;REVB=0.00356784;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119577;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:32:25:0:0:32:27:0:0 chr14 23855569 . A G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00500328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.194;QD=19.078;RBI=0.0121292;REFB=-0.00541067;REVB=-0.0110492;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10488;STB=0.558247;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0050232;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:21:10:14:18:21:10 chr14 23892888 . A G 578.74 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=94;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0762453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6639;QD=24.1142;RBI=0.110494;REFB=-0.0463075;REVB=-0.0799722;RO=39;SAF=30;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416997;STB=0.5328;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0357748;OID=.;OPOS=23892888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:39:42:53:54:0.5625:23:30:20:19:23:31:21:21 chr14 23899060 . G A 356.47 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0228435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7121;QD=19.2688;RBI=0.0305734;REFB=-0.0180624;REVB=0.0203202;RO=34;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108213;STB=0.569354;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0302099;OID=.;OPOS=23899060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:37:37:37:0.5:23:14:17:17:23:14:19:18 chr14 23900794 . G A 333.69 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.0241332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.493;QD=14.3522;RBI=0.0346959;REFB=-0.0239789;REVB=0.0249278;RO=53;SAF=16;SAR=21;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271556;STB=0.655054;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.044148;OID=.;OPOS=23900794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:56:37:37:0.397849:21:16:37:16:21:16:39:17 chr14 23902753 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00628516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.075;QD=23.1237;RBI=0.00863175;REFB=-0.00387032;REVB=0.0059164;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072361;STB=0.503997;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00274019;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:12:18:13:9:12:18:13:9 chr14 23944505 . G A 1067.0 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2776;QD=58.4655;RBI=0.0870683;REFB=-0.129377;REVB=0.0850653;RO=1;SAF=27;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171927;STB=0.509088;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00206434;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:45:27:1:0:45:27:1:0 chr14 23944514 . C A 808.3 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00952016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.753;QD=54.8001;RBI=0.0124935;REFB=0.00651977;REVB=0.00809038;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-1.43144e-05;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:59:0:1:56:58:0.983051:35:21:0:0:35:23:0:1 chr14 23947374 . G A 936.05 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606981;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.575;QD=58.5031;RBI=0.0123085;REFB=0;REVB=0.0107078;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20589e-05;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr14 23992742 . T G 283.25 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0162974;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.735;QD=14.7144;RBI=0.0473063;REFB=-0.00238537;REVB=-0.0444103;RO=45;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270839;STB=0.65219;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00279053;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:15:17:12:33:15:17:12:33 chr14 23994517 . A G 323.51 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0144157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.581;QD=16.8055;RBI=0.0270921;REFB=-0.0235667;REVB=-0.0229384;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195892;STB=0.602883;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0239585;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:20:15:26:15:20:15:26:16 chr14 24028907 . GC G,GG 373.81 PASS AF=1,0;AO=25,4;DP=44;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145002,-0.041987;FXX=0.041658;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.6771,5.03812;QD=32.505;RBI=0.240371,0.246769;REFB=0.0206337,0.0172162;REVB=0.19171,0.243171;RO=7;SAF=11,4;SAR=14,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.30137,0;SSSB=-0.0531612,0.694548;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00964751,0;OID=.,.;OPOS=24028908,24028908;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:25,4:44:46,0:46:0:25,0:21,0:0:0:3:7:11,4:14,0:4:3 chr14 24458162 . G C 833.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7473;QD=57.5161;RBI=0.0316677;REFB=0;REVB=-0.024514;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63376e-05;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr14 24458211 . A T 471.07 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0084279;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.797;QD=22.702;RBI=0.00865821;REFB=-0.0263944;REVB=-0.00198368;RO=37;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197058;STB=0.505086;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.026102;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:37:38:45:45:0.542169:22:23:19:18:22:23:19:19 chr14 24505722 . C G 219.22 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00790324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.466;QD=13.9186;RBI=0.00835285;REFB=-0.0214014;REVB=-0.0027035;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535631;STB=0.530539;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0294411;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:14:12:19:18:14:12:19:18 chr14 24507003 . A C 125.68 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0322669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5192;QD=10.6961;RBI=0.0456592;REFB=-0.00278564;REVB=-0.0323049;RO=32;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250402;STB=0.650877;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00391391;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:11:4:15:17:11:4:15:17 chr14 24526206 . T C 215.34 PASS AF=0.548387;AO=13;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0134224;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.617;QD=27.786;RBI=0.0155524;REFB=-0.0477642;REVB=0.00785586;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525104;STB=0.538417;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0430636;OID=.;OPOS=24526206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:32:31:6:7:13:17:0.548387:10:3:1:5:10:7:2:5 chr14 24527220 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0105558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.997;QD=14.0958;RBI=0.0740231;REFB=-0.0181719;REVB=-0.0732666;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073535;STB=0.542783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0279978;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:11:3:3:8:11:3 chr14 24529209 . C T 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00132338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.843;QD=10.6974;RBI=0.0141381;REFB=-0.00191681;REVB=0.014076;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054004;STB=0.517834;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00482699;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:32:15:15:0.319149:9:6:11:20:9:6:12:20 chr14 24529260 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0131088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.588;QD=21.2675;RBI=0.0208217;REFB=-0.0203088;REVB=0.0161773;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064699;STB=0.536542;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0183566;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:6:8:11:6:6:8 chr14 24529890 . AT GC,GT 406.56 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,21;DP=30;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300957,-0.105157;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=99.0841,143.774;QD=56.0775;RBI=0.0327696,0.106585;REFB=0,0;REVB=-0.0129652,-0.0173886;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.45803e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.136383,-0.00339601;OID=.,.;OPOS=24529890,24529890;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:30:29:0:0:2,21:2,27:0.0689655,0.931034:0,17:2,4:0:0:0,17:2,10:0:0 chr14 24543808 . G C 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.59;QD=57.1707;RBI=0.047624;REFB=0;REVB=0.0467504;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323573;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr14 24545366 . T C 400.08 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.064976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.601;QD=53.3441;RBI=0.0702289;REFB=0.0743658;REVB=-0.0266501;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0017781;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:23:6:0:0:23:6:0:1 chr14 24545835 . C T 717.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.295;QD=56.3051;RBI=0.136398;REFB=0;REVB=0.0227797;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106033;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:22:27:0:0:22:29:0:0 chr14 24567498 . A C 1644.21 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139376;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8913;QD=60.3379;RBI=0.0462973;REFB=0;REVB=-0.0441496;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454677;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr14 24569008 . CTT C 397.11 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00705156;FXX=0.0571265;HRUN=3;LEN=2;MLLD=35.6934;QD=48.1343;RBI=0.00712956;REFB=0;REVB=-0.00105179;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.1114e-05;OID=.;OPOS=24569009;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:35:33:33:0:11:22:0:0:7:0:11:20:0:0 chr14 24579527 . A G 426.65 PASS AF=1;AO=21;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.859;QD=56.8862;RBI=0.0739728;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=21;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784865;OID=.;OPOS=24579527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:21:30:1:0:21:0:0:0:30:0:0 chr14 24587639 . G A 958.33 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492058;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.056;QD=58.9742;RBI=0.0516045;REFB=0;REVB=0.0155505;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39627e-05;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr14 24587667 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.994;QD=58.7816;RBI=0.041518;REFB=0;REVB=-0.00306067;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73213e-05;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr14 24614361 . T G 1282.99 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.207;QD=61.8309;RBI=0.0367947;REFB=0;REVB=0.0363587;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122888;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr14 24615435 . T C 1171.76 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8282;QD=60.8704;RBI=0.0392098;REFB=0;REVB=0.00724601;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154422;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr14 24646406 . G A,GGAA 563.75 PASS AF=0.0666667,0.844444;AO=3,35;DP=46;FAO=3,38;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=3,17;FSAR=0,21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0507734,0.00824375;FXX=0.0217344;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=54.4516,212.588;QD=50.1106;RBI=0.0511376,0.0217789;REFB=0.00450378,0.0566163;REVB=0.00609292,0.0201584;RO=6;SAF=3,16;SAR=0,19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.606014,-0.102147;STB=0.5,0.552604;STBP=1,0.065;TYPE=snp,ins;VARB=0.0386929,-0.000816872;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:46:45:6:4:3,35:3,38:0.0666667,0.844444:0,19:3,16:5:1:0,21:3,17:4:0 chr14 24647814 . T C 78.76 PASS AF=0.25;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0288868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.64;QD=7.16012;RBI=0.0331053;REFB=-0.00566683;REVB=0.0161713;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076195;STB=0.546136;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0173217;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:43:44:33:33:10:11:0.25:6:4:13:20:6:5:13:20 chr14 24652882 . A G 216.29 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0277365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7076;QD=15.1783;RBI=0.030311;REFB=0.00403214;REVB=0.0122248;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393535;STB=0.519298;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00378689;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:14:11:12:18:14:11:13:19 chr14 24653523 . G C 48.17 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0474939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.289;QD=12.8453;RBI=0.0491834;REFB=-0.0274498;REVB=-0.0127804;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437863;STB=0.749497;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0361622;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:0:8:4:3:0:8 chr14 24653954 . G A 132.66 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0137637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.412;QD=15.1616;RBI=0.023538;REFB=-0.0252124;REVB=0.0190945;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409917;STB=0.523777;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0337157;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:6:14:11:4:6:14 chr14 24654489 . T C 171.74 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0114742;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.087;QD=12.7218;RBI=0.0493148;REFB=0.00333173;REVB=-0.0479613;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543525;STB=0.53128;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00828934;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:33:21:21:0.388889:8:13:22:11:8:13:22:11 chr14 24657407 . T G 447.23 PASS AF=0.53125;AO=19;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0129038;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.384;QD=27.9517;RBI=0.0691425;REFB=-0.0185406;REVB=0.0679278;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178112;STB=0.568588;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0350003;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:12:17:19:34:0.53125:5:14:11:1:17:17:12:5 chr14 24679877 . C T 457.4 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0205822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.708;QD=45.7397;RBI=0.0356379;REFB=-0.0136474;REVB=0.0290935;RO=5;SAF=22;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631288;STB=0.54997;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000745088;OID=.;OPOS=24679877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:40:40:5:6:34:34:0.85:12:22:2:3:12:22:2:4 chr14 24771256 . T C 1754.41 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.915;QD=60.4969;RBI=0.0643538;REFB=0;REVB=0.0605586;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123329;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:66:49:0:0:67:49:0:0 chr14 24786060 . G A 640.41 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0193551;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.874;QD=28.4627;RBI=0.0219633;REFB=-0.0413173;REVB=0.0103811;RO=33;SAF=17;SAR=39;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237544;STB=0.521671;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0386356;OID=.;OPOS=24786060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:33:34:56:56:0.622222:39:17:11:22:39:17:12:22 chr14 24786293 . T G 303.88 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0327465;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.145;QD=45.019;RBI=0.0365003;REFB=-0.00953592;REVB=0.0161227;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.656556;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00265079;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:27:0:3:24:24:0.888889:22:2:0:0:22:2:2:1 chr14 24786976 . T C 613.05 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.154;QD=61.305;RBI=0.0478497;REFB=0;REVB=0.0246958;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360138;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr14 24793600 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.386;QD=47.8222;RBI=0.0244809;REFB=0;REVB=-0.0227632;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469221;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr14 24795495 . G A 202.34 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328774;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2501;QD=44.9654;RBI=0.0355424;REFB=0.070852;REVB=-0.0135034;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00551569;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr14 24801960 . G C 184.57 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0277295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0339;QD=13.672;RBI=0.0577484;REFB=-0.0146021;REVB=-0.0506552;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645749;STB=0.537004;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.02575;OID=.;OPOS=24801960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:14:18:11:11:14:18 chr14 24836815 . C G 226.92 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0477402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6271;QD=14.4077;RBI=0.0480785;REFB=-0.0348085;REVB=0.00569334;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139025;STB=0.573717;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0503849;OID=.;OPOS=24836815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:26:27:0.428571:12:14:14:21:13:14:14:22 chr14 24839165 . C T 1209.86 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9885;QD=59.7461;RBI=0.0593311;REFB=-0.100753;REVB=-0.0507465;RO=1;SAF=48;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976249;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00107894;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:32:48:1:0:32:48:1:0 chr14 24846757 . A G 730.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112261;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.412;QD=56.2191;RBI=0.0299576;REFB=0;REVB=0.0277747;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088732;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:19:32:1:0:20:32:0:0 chr14 24888335 . T C 531.73 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0439399;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4693;QD=22.627;RBI=0.0470332;REFB=0.00355783;REVB=0.0167752;RO=42;SAF=13;SAR=37;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020522;STB=0.506115;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00459108;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:42:44:50:50:0.531915:37:13:11:31:37:13:11:33 chr14 24898556 . G C 237.99 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0207398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.189;QD=15.1106;RBI=0.0250651;REFB=-0.0226772;REVB=-0.0140755;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146103;STB=0.590488;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0311214;OID=.;OPOS=24898556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:35:27:28:0.444444:13:14:13:22:13:15:13:22 chr14 24898558 . C T 316.03 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.011608;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.174;QD=20.0653;RBI=0.0116175;REFB=-0.0133885;REVB=0.000471487;RO=28;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117464;STB=0.567526;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0131899;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:30:33:33:0.52381:21:12:14:14:21:12:15:15 chr14 24901276 . G T 58.97 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.22278;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.1311;QD=33.699;RBI=0.22278;REFB=0;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216887;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:1:0:6:7:1:0:6:1:0:0:7:0:0 chr14 24909362 . T C 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000760947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.162;QD=58.0584;RBI=0.0044358;REFB=0;REVB=0.00437004;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13831e-06;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr14 24909475 . C G 237.07 PASS AF=0.75;AO=20;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0138777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.022;QD=33.8673;RBI=0.0224523;REFB=-0.020838;REVB=-0.0176497;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.68403;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000382968;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:28:28:0:7:20:21:0.75:5:15:0:0:6:15:0:7 chr14 24909731 . C T 645.87 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0340971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0117;QD=48.7448;RBI=0.0372232;REFB=-0.0714437;REVB=-0.0149317;RO=3;SAF=15;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450923;STB=0.538243;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0225903;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:3:4:49:49:0.924528:34:15:2:1:34:15:3:1 chr14 24910210 . C A 1638.66 PASS AF=0.94958;AO=112;DP=118;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00436066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.384;QD=55.0809;RBI=0.0197694;REFB=-0.117216;REVB=0.0192825;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.524599;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000577125;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:118:119:0:6:112:113:0.94958:70:42:0:0:71:42:5:1 chr14 24910973 . TT GA 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428204;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=84.4369;QD=60.9785;RBI=0.0504857;REFB=0;REVB=0.0267435;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000384326;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr14 24912008 . T C 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00411504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.389;QD=17.8006;RBI=0.00411525;REFB=-0.00768206;REVB=4.11313e-05;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514453;STB=0.529382;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0087252;OID=.;OPOS=24912008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:7:17:15:5:7:17 chr14 24970942 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73;QD=58.1418;RBI=0.0430361;REFB=0;REVB=-0.00218212;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000637414;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr14 24975435 . G T 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496301;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.329;QD=44.8759;RBI=0.0499362;REFB=0;REVB=-0.00552117;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291633;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr14 25102160 . C T 670.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0565;QD=62.3449;RBI=0.058806;REFB=0;REVB=0.0580591;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540764;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr14 25288513 . C T 282.17 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0142108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.638;QD=22.5735;RBI=0.0143373;REFB=-0.000959311;REVB=0.00189996;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112094;STB=0.562453;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00122836;OID=.;OPOS=25288513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:16:8:12:14:16:8 chr14 29242054 . C T 124.05 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00695746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8682;QD=17.1099;RBI=0.00739397;REFB=-0.0442287;REVB=0.0025029;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305188;STB=0.685472;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0256303;OID=.;OPOS=29242054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:6:8:3:11:6:8:3:12 chr14 29261309 . A AAAC 76.77 PASS AF=0.4;AO=8;DP=28;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0267333;FXX=0.0740466;HRUN=8;LEN=3;MLLD=169.87;QD=12.2836;RBI=0.0275044;REFB=-0.0369736;REVB=-0.00646708;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=ins;VARB=0.0662197;OID=.;OPOS=29261310;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:28:10:25:15:5:5:6:9:76:17:5:3:7:10 chr14 31059969 . G A 728.42 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7474;QD=63.3411;RBI=0.0195687;REFB=0;REVB=0.00118163;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215979;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr14 31099738 . A G 1025.15 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00558635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2123;QD=55.4134;RBI=0.0202038;REFB=-0.0380431;REVB=0.0194161;RO=2;SAF=34;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109601;STB=0.505912;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00952426;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:2:3:71:71:0.959459:37:34:1:1:37:34:1:2 chr14 31108977 . T C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.013;QD=57.8246;RBI=0.0106835;REFB=0.0222516;REVB=-0.00234003;RO=1;SAF=8;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549974;STB=0.529396;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=1.30613e-05;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:30:8:1:0:30:8:1:0 chr14 31191772 . T C 1287.49 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0206098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.339;QD=59.1951;RBI=0.0220916;REFB=-0.115773;REVB=0.00795454;RO=1;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919817;STB=0.502701;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.000243181;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:84:85:0.977011:51:33:0:1:52:33:1:1 chr14 31355096 . C G 327.14 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00981858;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.176;QD=20.1315;RBI=0.0104297;REFB=-0.0273551;REVB=-0.00351772;RO=30;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601529;STB=0.524576;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0291765;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:18:16:12:18:18:16:13:18 chr14 31359847 . T A 608.41 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.995;QD=59.3568;RBI=0.040686;REFB=0;REVB=0.0255424;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949064;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:37:41:1:25:12:0:0:27:14:0:0 chr14 31381351 . T C 298.8 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00751206;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.425;QD=22.9848;RBI=0.0252687;REFB=-0.0261056;REVB=0.0241263;RO=22;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112977;STB=0.562458;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0207995;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:22:30:30:0.576923:18:12:12:10:18:12:12:10 chr14 31578762 . C T 236.19 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00693145;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.737;QD=20.9949;RBI=0.00918271;REFB=-0.0140456;REVB=0.00602305;RO=22;SAF=5;SAR=17;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507036;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0188829;OID=.;OPOS=31578762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:17:5:5:17:18:5:5:17 chr14 31582380 . A G 544.73 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1905;QD=57.3404;RBI=0.092543;REFB=0.0802462;REVB=0.0767999;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00111638;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chr14 31582526 . T C 727.99 PASS AF=0.448276;AO=77;DP=173;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=0.00239965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.742;QD=16.7355;RBI=0.0062932;REFB=-0.0130268;REVB=0.00581773;RO=96;SAF=32;SAR=45;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136504;STB=0.578553;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0149949;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:96:96:77:78:0.448276:45:32:53:43:46:32:53:43 chr14 31619392 . T C 184.25 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0291044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.684;QD=28.3455;RBI=0.037645;REFB=-0.0126528;REVB=0.0238763;RO=8;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186774;STB=0.608565;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0071072;OID=.;OPOS=31619392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:8:8:17:18:0.692308:13:4:4:4:14:4:4:4 chr14 31647241 . G A 169.88 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0171936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6643;QD=12.134;RBI=0.0178573;REFB=0.00550518;REVB=-0.00482313;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600169;STB=0.505957;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00847911;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:11:10:16:18:11:10:17:18 chr14 31819047 . C T 809.13 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151019;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.728;QD=57.7952;RBI=0.0159919;REFB=0;REVB=0.00526046;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10472e-05;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr14 31819913 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3909;QD=55.6518;RBI=0.0834357;REFB=0;REVB=0.0834253;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017121;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr14 31864485 . G C 1084.39 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00467024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.291;QD=58.6158;RBI=0.00892718;REFB=-0.117168;REVB=0.00760812;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.505881;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00014241;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:42:31:0:0:42:31:0:1 chr14 32047217 . T C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=0.0177379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.838;QD=16.7549;RBI=0.031067;REFB=0.00154294;REVB=0.0255055;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240738;STB=0.633528;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00119248;OID=.;OPOS=32047217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:17:7:3:25:17:7:3:25 chr14 32071665 . G A 302.48 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.000344592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.685;QD=14.7553;RBI=0.0124243;REFB=-0.0232515;REVB=-0.0124195;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155319;STB=0.573129;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.025873;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:48:34:34:0.414634:17:17:30:16:17:17:30:18 chr14 32131273 . G A 115.43 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0265113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.818;QD=8.24496;RBI=0.0357331;REFB=-0.0174086;REVB=0.0239584;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170272;STB=0.555485;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0540669;OID=.;OPOS=32131273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:40:16:16:0.285714:10:6:14:22:10:6:18:22 chr14 32414145 . C A 166.13 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0114485;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.357;QD=13.2906;RBI=0.0152011;REFB=-0.00792183;REVB=-0.0100003;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629558;STB=0.526288;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0149049;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:31:19:19:0.38:9:10:14:16:9:10:15:16 chr14 32419331 . C T 1181.04 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258059;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.243;QD=60.5659;RBI=0.0119952;REFB=0;REVB=0.0117143;RO=0;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156099;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:54:22:0:0:54:24:0:0 chr14 32627301 . T C 272.68 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0151842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5156;QD=24.2385;RBI=0.0226071;REFB=-0.0148884;REVB=0.0167487;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759698;STB=0.542338;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0232916;OID=.;OPOS=32627301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:16:9:9:11:16:9:9:11 chr14 32960254 . G A 273.9 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00554597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3437;QD=15.2168;RBI=0.00625479;REFB=0.0130996;REVB=0.00289217;RO=39;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235458;STB=0.635746;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0224689;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:41:31:31:0.430556:22:9:20:19:22:9:21:20 chr14 33015014 . G A 30.97 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0683827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4582;QD=12.3871;RBI=0.106109;REFB=-0.0161843;REVB=-0.0811352;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.726606;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0490642;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:0:5:3:2:0:5 chr14 33046388 . A G 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000275659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.66;QD=52.6961;RBI=0.0187028;REFB=-0.0556572;REVB=0.0187007;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447542;STB=0.5238;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000295804;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:20:29:0:2:20:29:0:2 chr14 33292743 . A C 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.007998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.481;QD=8.69922;RBI=0.0121274;REFB=-0.00679511;REVB=0.00911626;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135317;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:6:8:4:3:6:8 chr14 33293122 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0045337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.613;QD=16.4168;RBI=0.0156665;REFB=-0.0045468;REVB=0.0149962;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09589;STB=0.555473;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00487612;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:6:10:10:4:6:10 chr14 33293531 . T A 457.75 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00195326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.036;QD=17.7767;RBI=0.00265985;REFB=-0.011483;REVB=-0.00180543;RO=54;SAF=21;SAR=27;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245062;STB=0.518302;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0142005;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:54:54:48:49:0.475728:27:21:25:29:28:21:25:29 chr14 33294042 . G A 187.91 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0519709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.932;QD=10.8932;RBI=0.0553978;REFB=-0.00884565;REVB=-0.0191819;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220386;STB=0.503719;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0204279;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:45:24:24:0.347826:14:10:18:25:14:10:19:26 chr14 34047414 . T C 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0800942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8137;QD=24.1888;RBI=0.081045;REFB=0.00358721;REVB=-0.0123783;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00673526;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:4:2:4:8:4:2 chr14 34393602 . A G 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1965;QD=42.1728;RBI=0.0714834;REFB=0;REVB=-0.0175498;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138428;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr14 35062312 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.371;QD=47.8203;RBI=0.0155434;REFB=0;REVB=0.00431634;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22325e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr14 35099099 . A G 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6952;QD=61.3309;RBI=0.0718741;REFB=0;REVB=-0.0569476;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164162;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr14 35242828 . G A 252.61 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00749837;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.168;QD=19.0652;RBI=0.0383789;REFB=-0.0316155;REVB=-0.0376392;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387536;STB=0.51063;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0333544;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:12:15:14:11:12:15:15:11 chr14 35591174 . T C 183.87 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0628413;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5766;QD=11.8623;RBI=0.0716363;REFB=0.00362366;REVB=-0.0343908;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800708;STB=0.537782;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.010765;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:39:23:23:0.370968:11:12:17:21:11:12:18:21 chr14 35592538 . C G 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0213483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.922;QD=15.1662;RBI=0.0213911;REFB=0.00320992;REVB=0.00135195;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717256;STB=0.54161;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00503894;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:12:8:5:10:12:8 chr14 35761675 . C G 162.01 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00390621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.904;QD=12.0011;RBI=0.0146325;REFB=-0.00552974;REVB=-0.0141015;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637573;STB=0.537;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00968401;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:19:15:10:10:19:15 chr14 35871217 . G A 130.6 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000605276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.205;QD=22.7138;RBI=0.0236182;REFB=-0.0320387;REVB=0.0236104;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884995;STB=0.549928;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0253878;OID=.;OPOS=35871217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:4:5:6:8:4:5 chr14 36004075 . A G 157.56 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4682;QD=45.017;RBI=0.0907713;REFB=0;REVB=0.0735487;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222532;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr14 36005659 . T C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9184;QD=44.6835;RBI=0.13385;REFB=0;REVB=0.0946749;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00914169;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr14 36140672 . C A,CA 32.71 PASS AF=0,0.205128;AO=4,6;DP=42;FAO=0,8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0129112,-0.0141895;FXX=0.0249938;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.1071,17.71;QD=3.35531;RBI=0.0703515,0.0175466;REFB=-0.0116591,-0.0264858;REVB=-0.0691566,-0.0103219;RO=32;SAF=1,1;SAR=3,5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.281984,-0.417551;STB=0.5,0.843037;STBP=1,0.044;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0491596;OID=.,.;OPOS=36140672,36140673;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:42:39:32:31:4,6:0,8:0,0.205128:3,5:1,1:16:16:0,7:0,1:16:15 chr14 36153177 . T C 653.21 PASS AF=0.87931;AO=50;DP=58;FAO=51;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0189841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.048;QD=45.0487;RBI=0.028068;REFB=-0.0522908;REVB=0.0206741;RO=7;SAF=23;SAR=27;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12374;STB=0.563612;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00135816;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:7:7:50:51:0.87931:27:23:7:0:27:24:7:0 chr14 36191030 . A G 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00604774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.859;QD=15.5754;RBI=0.0124507;REFB=-0.0069553;REVB=0.0108832;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205188;STB=0.511619;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0087131;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:13:18:14:11:13:18 chr14 36400983 . T G 175.27 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.187458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.024;QD=10.0157;RBI=0.18801;REFB=0.0133701;REVB=-0.0144047;RO=47;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185272;STB=0.608601;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0443014;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:14:9:26:21:14:9:26:21 chr14 36789729 . T G 723.81 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.591;QD=54.6268;RBI=0.0517728;REFB=0.0145102;REVB=0.00372727;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241356;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=2.42265e-05;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:32:19:1:0:32:20:1:0 chr14 36789775 . A T 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.247;QD=56.7011;RBI=0.0056045;REFB=0;REVB=-0.00224507;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65735e-05;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr14 36789795 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9682;QD=51.9133;RBI=0.0803548;REFB=0;REVB=0.0170896;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188857;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:18:3:0:0:18:3:0:0 chr14 36840650 . A T 1275.25 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246252;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.246;QD=60.7261;RBI=0.0293807;REFB=-0.0559984;REVB=0.0160257;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000708316;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:84:0:1:83:83:0.988095:54:29:0:0:54:29:0:1 chr14 36947081 . C T 309.92 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0075407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.234;QD=18.783;RBI=0.0103553;REFB=0.000607503;REVB=0.00709713;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685681;STB=0.530257;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.000810498;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:17:16:18:14:17:16:18:15 chr14 37063123 . C T 668.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.275;QD=62.2289;RBI=0.0332692;REFB=0;REVB=0.0230301;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19495e-06;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr14 37063294 . A G 444.35 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.097;QD=55.5436;RBI=0.00785541;REFB=0;REVB=0.00681424;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256999;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:31:32:1:16:15:1:0:16:16:0:0 chr14 37135752 . C T 448.74 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00818695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.167;QD=21.6258;RBI=0.0115968;REFB=-0.0193144;REVB=-0.00821334;RO=39;SAF=12;SAR=31;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106544;STB=0.56247;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0605298;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:39:43:44:0.53012:31:12:15:24:32:12:15:24 chr14 37135753 . G C 347.47 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0062267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.018;QD=17.1589;RBI=0.0255;REFB=-0.0217185;REVB=0.0247281;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104636;STB=0.562833;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00718178;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:44:37:37:0.45679:23:14:12:31:23:14:12:32 chr14 37180685 . T C 347.4 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0221564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.733;QD=17.1554;RBI=0.02489;REFB=-0.0165174;REVB=-0.0113405;RO=43;SAF=10;SAR=27;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187328;STB=0.613571;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0183761;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:44:37:37:0.45679:27:10:19:24:27:10:20:24 chr14 37344229 . A AG 273.93 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012571;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=166.952;QD=49.8045;RBI=0.013226;REFB=0;REVB=0.00411076;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000220003;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:22:22:0:12:10:0:0:4:1:10:8:1:0 chr14 37641838 . A C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0127308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.882;QD=8.73846;RBI=0.0325068;REFB=-0.000691487;REVB=-0.0299101;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360864;STB=0.711359;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00120809;OID=.;OPOS=37641838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:2:7:9:10:2:7:10:10 chr14 38061742 . C T 387.5 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00867818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.304;QD=51.666;RBI=0.081069;REFB=-0.0276676;REVB=0.0806032;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00147005;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:30:1:1:27:29:0.966667:11:16:1:0:13:16:1:0 chr14 38091544 . A G 36.34 PASS AF=0.277778;AO=4;DP=18;FAO=5;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00783992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.608;QD=8.07533;RBI=0.0266155;REFB=-0.0225148;REVB=0.0254347;RO=12;SAF=4;SAR=0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.685298;STB=0.735816;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0630481;OID=.;OPOS=38091544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:18:18:12:12:4:5:0.277778:0:4:6:6:1:4:6:6 chr14 38218289 . A G 216.13 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00162908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.136;QD=13.5081;RBI=0.00533983;REFB=-0.00043858;REVB=0.00508526;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535631;STB=0.538432;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00204412;OID=.;OPOS=38218289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:14:12:19:18:14:12:20:18 chr14 38218343 . A G 970.18 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195758;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.827;QD=56.242;RBI=0.0240036;REFB=-0.0853347;REVB=0.0138911;RO=2;SAF=23;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923791;STB=0.50502;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00116484;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:66:67:0.971014:43:23:1:1:44:23:1:1 chr14 38260034 . T C 1255.67 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.015;QD=60.5143;RBI=0.0229618;REFB=0;REVB=0.0178115;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77685e-05;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:40:40:0:0:41:42:0:0 chr14 38725285 . G A 272.36 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298235;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.466;QD=51.8777;RBI=0.0812742;REFB=0;REVB=0.0756045;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164415;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:19:21:1:9:10:0:0:10:11:0:0 chr14 39556185 . G C 1087.0 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.111734;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4643;QD=56.4676;RBI=0.111838;REFB=-0.131617;REVB=0.00480725;RO=2;SAF=25;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363402;STB=0.517852;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00300659;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:77:2:2:73:75:0.974026:48:25:2:0:48:27:2:0 chr14 39644498 . G A 519.44 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.43;QD=59.365;RBI=0.0347294;REFB=0;REVB=0.0331795;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100048;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr14 39651193 . A G 246.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0128517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.235;QD=46.9612;RBI=0.0223125;REFB=-0.081693;REVB=-0.0182395;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000224053;OID=.;OPOS=39651193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr14 39703324 . A G 1570.05 PASS AF=0.940171;AO=110;DP=117;FAO=110;FDP=117;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0200705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.833;QD=53.6768;RBI=0.0206057;REFB=-0.101845;REVB=0.00466555;RO=7;SAF=64;SAR=46;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154706;STB=0.508164;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00256112;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:117:117:7:7:110:110:0.940171:46:64:5:2:46:64:5:2 chr14 39716201 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.463;QD=58.0581;RBI=0.0262096;REFB=0;REVB=0.00573816;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63848e-05;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr14 39722023 . G C 487.15 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712224;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3652;QD=59.049;RBI=0.0756259;REFB=0;REVB=0.0254292;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107554;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr14 39736680 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.67;QD=57.1774;RBI=0.0211317;REFB=0;REVB=0.0193234;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10639e-05;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr14 39784014 . A G 345.66 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0724758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9807;QD=44.6008;RBI=0.0728252;REFB=-0.185849;REVB=0.00712577;RO=4;SAF=12;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134041;STB=0.507241;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0175288;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:15:12:2:2:15:12:2:2 chr14 39818028 . A G 958.31 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103583;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.549;QD=58.9726;RBI=0.0267972;REFB=0;REVB=0.0247143;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49452e-05;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr14 39819734 . T G 1170.05 PASS AF=0.963855;AO=78;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0166429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.74;QD=56.3878;RBI=0.0204078;REFB=-0.199677;REVB=0.0118107;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134949;STB=0.506476;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0016234;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:83:3:3:78:80:0.963855:37:41:1:2:39:41:1:2 chr14 39868646 . C A 394.29 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.404;QD=56.3265;RBI=0.061555;REFB=0;REVB=0.00465272;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191181;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:17:9:0:0:17:11:0:0 chr14 42360633 . T C 1081.09 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.244;QD=60.0605;RBI=0.0590031;REFB=0;REVB=0.0573216;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19525e-05;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:68:72:1:40:28:0:0:44:28:0:0 chr14 42998026 . T C 704.19 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0401058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.733;QD=58.6824;RBI=0.0523805;REFB=-0.173245;REVB=0.0336932;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253996;STB=0.526304;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00217411;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:1:2:46:46:0.958333:28:18:1:0:28:18:2:0 chr14 44974966 . G A 375.41 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.000684959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.003;QD=15.8069;RBI=0.00117954;REFB=-0.00577267;REVB=-0.00096028;RO=55;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907839;STB=0.551156;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00702827;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:19:21:24:31:19:21:24:31 chr14 44975052 . A G 244.97 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0180069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9049;QD=13.2417;RBI=0.0195928;REFB=-0.0201134;REVB=-0.00772184;RO=45;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456829;STB=0.526177;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0270611;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:21:8:14:31:21:8:14:31 chr14 44975511 . G A 143.3 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00197285;FXX=0.0768935;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.787;QD=23.8825;RBI=0.0052896;REFB=-0.00962833;REVB=0.00490793;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127659;STB=0.559242;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00724589;OID=.;OPOS=44975511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:24:6:9:14:15:0.625:6:8:2:4:6:9:4:5 chr14 44975606 . G T 230.69 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0390796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0871;QD=14.4181;RBI=0.0467798;REFB=0.010696;REVB=0.0257126;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144835;STB=0.587752;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0143755;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:12:15:25:11:12:15:26:11 chr14 45376299 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0287364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.111;QD=22.6319;RBI=0.0458898;REFB=-0.028599;REVB=-0.0357784;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301495;STB=0.671982;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0348775;OID=.;OPOS=45376299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:3:10:3:5:3:10:3:5 chr14 45696037 . T G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00608068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.056;QD=12.8687;RBI=0.0173791;REFB=-0.00626165;REVB=0.0162806;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0109581;OID=.;OPOS=45696037;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr14 45711594 . T C 257.03 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00109639;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.89;QD=18.0369;RBI=0.087459;REFB=-0.0475479;REVB=0.0874522;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10476;STB=0.551829;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0338709;OID=.;OPOS=45711594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:9:19:16:12:9:19:17:12 chr14 47309496 . G T 977.8 PASS AF=1;AO=40;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.156;QD=57.5179;RBI=0.0269757;REFB=0;REVB=-0.0247412;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00951e-05;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:40:68:1:22:18:0:0:39:29:0:0 chr14 47341131 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000628428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.032;QD=53.2771;RBI=0.0184149;REFB=0;REVB=-0.0184042;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170917;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr14 47528470 . T C 1343.32 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8325;QD=61.06;RBI=0.0254169;REFB=0.00678957;REVB=0.016308;RO=1;SAF=43;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108921;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-7.70738e-05;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:44:43:1:0:44:43:1:0 chr14 47528551 . T A 502.35 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0310047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.475;QD=22.0813;RBI=0.0316758;REFB=-0.016165;REVB=0.00648553;RO=42;SAF=18;SAR=30;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060241;STB=0.525212;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.014159;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:43:48:48:0.527473:30:18:13:29:30:18:14:29 chr14 47613364 . G T 340.36 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0164562;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.039;QD=17.9139;RBI=0.0269598;REFB=-0.00292971;REVB=0.0213547;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317449;OID=.;OPOS=47613364;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:40:36:36:0.473684:18:18:20:19:18:18:20:20 chr14 48810512 . T C 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0141461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.086;QD=16.0418;RBI=0.0181253;REFB=0.00331568;REVB=-0.0113321;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303363;STB=0.674343;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00540885;OID=.;OPOS=48810512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:16:10:13:6:16:10 chr14 50068299 . C G 178.68 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0253409;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4602;QD=13.7443;RBI=0.0300359;REFB=-0.0275134;REVB=-0.0161243;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124161;STB=0.571361;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0305348;OID=.;OPOS=50068299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:14:17:9:12:14:17 chr14 50092471 . T C 57.88 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00347849;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.24;QD=11.5768;RBI=0.0184742;REFB=-0.0106956;REVB=-0.0181438;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31536;STB=0.713795;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0233567;OID=.;OPOS=50092471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:13:12:8:8:0.4:5:3:9:4:5:3:9:3 chr14 50100386 . T C 123.19 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0269503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.43;QD=16.4247;RBI=0.0269534;REFB=-0.0131469;REVB=0.000411152;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359682;STB=0.709353;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0135869;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:9:7:11:3:9:7 chr14 50101370 . G A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0211923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.724;QD=16.2724;RBI=0.0228461;REFB=-0.0273609;REVB=0.00853415;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167201;STB=0.593829;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0418093;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:17:15:25:14:17:15:25:14 chr14 50101682 . C G 382.47 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0544448;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.919;QD=27.8161;RBI=0.0546407;REFB=-0.0371921;REVB=-0.00462282;RO=19;SAF=21;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136399;STB=0.574427;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0283594;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:19:19:36:36:0.654545:15:21:7:12:15:21:7:12 chr14 50195679 . A G 1586.09 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6425;QD=64.0844;RBI=0.0227325;REFB=0;REVB=0.0209233;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104603;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:46:52:0:0:46:53:0:0 chr14 50251369 . A G 946.4 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170662;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.649;QD=59.1502;RBI=0.0184155;REFB=0;REVB=-0.00691906;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112211;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr14 50298962 . T A 330.42 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.194;QD=50.834;RBI=0.0176274;REFB=0.0716636;REVB=0.00745503;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000748449;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:12:12:0:1:13:12:0:1 chr14 50363117 . C T 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0106764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4835;QD=17.8381;RBI=0.0167623;REFB=0.0658508;REVB=0.0129224;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1854;STB=0.605911;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0629509;OID=.;OPOS=50363117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:5:9:6:8:5:9 chr14 50477643 . G C 526.19 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.548;QD=58.466;RBI=0.0209363;REFB=0;REVB=0.0155702;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401354;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr14 50535374 . C A 343.11 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00823591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.039;QD=18.8003;RBI=0.0130966;REFB=-0.000506112;REVB=-0.0101829;RO=35;SAF=22;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187701;STB=0.604522;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000705822;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:37:36:36:0.493151:14:22:14:21:14:22:15:22 chr14 50575408 . C T 123.65 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0245835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4191;QD=17.0544;RBI=0.0291852;REFB=-0.0315546;REVB=-0.0157298;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890391;STB=0.550949;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0153797;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:5:10:8:6:5:10 chr14 50575411 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.435;QD=56.1916;RBI=0.028688;REFB=0;REVB=0.0228833;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48775e-05;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr14 50575432 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00771827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.934;QD=22.7197;RBI=0.0136713;REFB=-0.002398;REVB=-0.0112842;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205008;STB=0.616263;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00112502;OID=.;OPOS=50575432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:5:4:10:4:5:4 chr14 50583083 . G T 201.84 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0101885;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8002;QD=27.8401;RBI=0.03776;REFB=0.0237161;REVB=0.0363595;RO=7;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851423;STB=0.547478;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0158631;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:7:10:17:19:0.655172:7:10:3:4:7:12:5:5 chr14 50585248 . C T 405.41 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0240531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.96;QD=17.2513;RBI=0.0248282;REFB=-0.000115344;REVB=0.00615529;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515652;STB=0.524404;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.000294375;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:26:16:22:29:26:16:22:30 chr14 50616878 . G A 298.25 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0259207;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.199;QD=18.076;RBI=0.0324988;REFB=-0.00516477;REVB=0.0196032;RO=32;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207425;STB=0.603591;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0137819;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:34:32:32:0.484848:22:10:17:15:22:10:17:17 chr14 50623657 . G A 764.52 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00479774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4669;QD=49.324;RBI=0.0189495;REFB=-0.0617944;REVB=-0.018332;RO=5;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746586;STB=0.539669;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0034507;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:5:5:57:57:0.919355:29:28:0:5:29:28:0:5 chr14 50623669 . G A 52.81 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0673659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.228;QD=3.9115;RBI=0.0737606;REFB=-0.00750682;REVB=-0.030041;RO=45;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194217;STB=0.632611;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0596624;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:54:54:45:45:9:9:0.166667:6:3:22:23:6:3:22:23 chr14 50623679 . G A 354.3 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0123101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5476;QD=31.4933;RBI=0.0171227;REFB=-0.0368804;REVB=0.0119016;RO=14;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00282359;STB=0.511339;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0606109;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:15:30:30:0.666667:17:13:6:8:17:13:6:9 chr14 50623683 . A G 376.59 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.014591;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2928;QD=31.3826;RBI=0.0514678;REFB=-0.091678;REVB=0.0493563;RO=17;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260753;STB=0.514277;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0180686;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:17:14:7:10:17:14:7:10 chr14 50704331 . C T 160.22 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.123;QD=45.7767;RBI=0.0546965;REFB=0;REVB=0.0168169;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440083;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 50711395 . C G 300.31 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0246614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.729;QD=30.8011;RBI=0.0258511;REFB=-0.0175398;REVB=-0.00775206;RO=11;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143562;STB=0.551142;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0132721;OID=.;OPOS=50711395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:11:13:26:26:0.666667:12:14:3:8:12:14:5:8 chr14 50713678 . CT CG,GA 100.31 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,2;DP=10;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151874,-0.00460757;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=133.201,169.488;QD=40.1253;RBI=0.0313579,0.00488207;REFB=0,0;REVB=-0.0274347,0.00161395;RO=0;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0177153,0.0264801;OID=.,.;OPOS=50713679,50713678;OREF=T,CT;OALT=G,GA;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:8,2:8,2:0.8,0.2:2,0:6,2:0:0:2,0:6,2:0:0 chr14 50769717 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4481;QD=43.4861;RBI=0.0142101;REFB=0;REVB=-0.0140737;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416941;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr14 50778816 . A C 95.98 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0279768;FXX=0.0605877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.417;QD=12.3849;RBI=0.0453299;REFB=-0.0346666;REVB=-0.0356664;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291871;STB=0.577828;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0468031;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:33:31:15:19:11:11:0.354839:2:9:12:3:2:9:14:5 chr14 50786004 . A G 79.67 PASS AF=0.9;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00625608;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.537;QD=31.8695;RBI=0.0234707;REFB=-0.062652;REVB=-0.0226216;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.529348;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0399815;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:1:1:8:9:0.9:7:1:0:1:8:1:0:1 chr14 50788213 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0104153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.767;QD=13.5767;RBI=0.0179562;REFB=0.00457619;REVB=-0.014627;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123637;STB=0.507235;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00540053;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:10:9:6:7:10:9 chr14 50798743 . G A 180.08 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0111404;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.812;QD=21.1864;RBI=0.0171478;REFB=-0.00194104;REVB=0.013036;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046583;STB=0.526286;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00382525;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:8:8:10:8:8:8 chr14 50799126 . G C 266.11 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0315371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3562;QD=21.2891;RBI=0.0339059;REFB=0.00680736;REVB=0.0124507;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142116;STB=0.579555;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00368009;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:9:16:12:13:9:16 chr14 50802727 . A C 255.23 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0226141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8974;QD=13.4331;RBI=0.0231209;REFB=-0.0115494;REVB=-0.0048144;RO=45;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700895;STB=0.533311;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0290667;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:46:30:30:0.394737:16:14:24:21:16:14:24:22 chr14 50802840 . A G 199.46 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0418424;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.569;QD=18.9957;RBI=0.0420799;REFB=0.00161323;REVB=-0.00446356;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200944;STB=0.615258;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0040478;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:16:4:8:14:16:4:8:14 chr14 50824839 . G A 581.52 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0959;QD=59.643;RBI=0.0288812;REFB=0;REVB=0.0255528;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269461;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:21:16:0:0:23:16:0:0 chr14 50886523 . A G 69.57 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0265841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.035;QD=16.37;RBI=0.141517;REFB=0.00507084;REVB=0.138997;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157762;STB=0.592997;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0029911;OID=.;OPOS=50886523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:5:3:2:7:5:3 chr14 50935150 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.429;QD=57.5453;RBI=0.0160675;REFB=0;REVB=0.0118076;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75052e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr14 51057727 . G A 924.25 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236307;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.018;QD=57.7659;RBI=0.0338361;REFB=0;REVB=0.0242173;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057123;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:32:30:0:0:33:31:0:0 chr14 51202311 . G C 314.41 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192;QD=52.4009;RBI=0.0134623;REFB=0;REVB=-0.00850686;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179947;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr14 51219349 . G A 364.09 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0153564;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.669;QD=14.2781;RBI=0.0352022;REFB=-0.00897194;REVB=0.0316761;RO=57;SAF=24;SAR=18;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448305;STB=0.537555;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0137063;OID=.;OPOS=51219349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:57:60:42:42:0.411765:18:24:35:22:18:24:38:22 chr14 51223789 . C T 536.29 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0133777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.957;QD=55.0042;RBI=0.0193042;REFB=0.00677704;REVB=-0.0139172;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445524;STB=0.523797;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-7.26297e-05;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:20:17:0:2:20:17:0:2 chr14 51224374 . T G 533.28 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000922993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.3;QD=59.253;RBI=0.0419643;REFB=0;REVB=0.0419541;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199985;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr14 51224658 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.11;QD=50.413;RBI=0.0333093;REFB=0;REVB=0.0323848;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340367;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr14 51224729 . C T 112.2 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0315256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.222;QD=17.2616;RBI=0.0502052;REFB=-0.0100218;REVB=0.039073;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240907;STB=0.622446;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00966077;OID=.;OPOS=51224729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:4:9:5:7:4:9:6:7 chr14 51225132 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.61;QD=58.1421;RBI=0.0321171;REFB=0;REVB=0.0245576;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129581;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr14 51237701 . A G 1083.61 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684266;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.177;QD=58.5733;RBI=0.0717925;REFB=-0.0878132;REVB=0.0217247;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029948;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:74:0:0:72:74:1:40:32:0:0:40:34:0:0 chr14 51239067 . C G 926.4 PASS AF=0.942857;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00830448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1626;QD=52.9371;RBI=0.00915304;REFB=-0.0752572;REVB=0.00384886;RO=3;SAF=36;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377507;STB=0.526308;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00339765;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:70:3:4:65:66:0.942857:29:36:3:0:30:36:4:0 chr14 51368610 . A G 1065.22 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=77;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0282012;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.294;QD=56.064;RBI=0.0363116;REFB=-0.117401;REVB=0.0228742;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286401;STB=0.509128;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000597463;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:76:2:3:72:73:0.960526:32:40:0:2:32:41:1:2 chr14 51378589 . CCTTT CCTT,CCTTG,CTT 1323.48 PASS AF=0.981481,0.00925926,0;AO=57,19,21;DP=108;FAO=106,1,0;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=53,1,0;FSAR=53,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0433255,-0.0586686,-0.0561773;FXX=0;HRUN=3,3,2;LEN=1,1,2;MLLD=19.0076,7.21451,5.44294;QD=49.0177;RBI=0.0651121,0.103218,0.232865;REFB=-0.00199432,-0.0476979,0.0477401;REVB=0.0486055,-0.0849238,-0.225987;RO=1;SAF=43,9,1;SAR=14,10,20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0108441,-0.0483869,-0.301145;STB=0.504672,0.5,0.5;STBP=0.5,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-8.38927e-05,0.0132083,0;OID=.,.,.;OPOS=51378591,51378593,51378590;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,-;OMAPALT=CCTT,CCTTG,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981481,0.00925926,0:57,19,21:108:106,1,0:108:1:53,1,0:53,0,0:1:0:5:1:43,9,1:14,10,20:1:0 chr14 51383432 . G A 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.692;QD=62.6387;RBI=0.00458635;REFB=0;REVB=0.00147997;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64103e-05;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr14 51446216 . T G 2607.65 PASS AF=0.966667;AO=173;DP=182;FAO=174;FDP=180;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0198903;FXX=0.0109884;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5013;QD=57.9478;RBI=0.0206963;REFB=-0.0191181;REVB=-0.00571955;RO=2;SAF=83;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000440844;STB=0.500768;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00191354;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:182:180:2:6:173:174:0.966667:90:83:1:1:91:83:3:3 chr14 51710861 . A G 443.69 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0979149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.835;QD=17.2306;RBI=0.0979189;REFB=0.0021817;REVB=0.000892594;RO=53;SAF=23;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428198;STB=0.513179;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00419307;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:55:48:48:0.466019:25:23:23:30:25:23:25:30 chr14 51712092 . T C 452.13 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0197118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.924;QD=19.4463;RBI=0.0312554;REFB=-0.0199065;REVB=0.0242557;RO=48;SAF=18;SAR=27;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113778;STB=0.56329;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.03164;OID=.;OPOS=51712092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:27:18:25:23:27:18:25:23 chr14 51716188 . T G 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00800116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.235;QD=16.7255;RBI=0.0142857;REFB=-3.21198e-05;REVB=-0.0118348;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17504;STB=0.59988;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-5.54725e-05;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:6:13:8:8:6:13 chr14 51716467 . G A 125.25 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.124866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.574;QD=10.4373;RBI=0.12505;REFB=-0.0130951;REVB=-0.00678376;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128368;STB=0.594918;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0205007;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:31:33:15:15:0.3125:8:7:18:13:8:7:20:13 chr14 51721580 . ATTTTAG ATTTAGT 32.83 PASS AF=0.230769;AO=4;DP=28;FAO=6;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0240374;FXX=0.0714031;HRUN=4;LEN=3;MLLD=36.2255;QD=5.05131;RBI=0.0417307;REFB=-0.0211573;REVB=0.0341123;RO=17;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484459;STB=0.852545;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.0717745;OID=.;OPOS=51721584;OREF=TAG;OALT=AGT;OMAPALT=ATTTAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:4:28:6:26:20:5:1:7:13:31:17:3:1:5:12 chr14 51722690 . T C 226.39 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.006754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3024;QD=17.0864;RBI=0.0344728;REFB=-0.0240233;REVB=0.0338047;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166023;STB=0.595271;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0273306;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:28:25:25:0.471698:9:16:12:14:9:16:13:15 chr14 52182081 . T A 276.32 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0160432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.266;QD=15.7897;RBI=0.0169214;REFB=-0.0141497;REVB=-0.00538049;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119839;STB=0.567347;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0204266;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:13:26:17:14:13:26 chr14 52186966 . G A 457.86 PASS AF=0.541176;AO=43;DP=82;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0273563;FXX=0.034087;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.5631;QD=21.5464;RBI=0.0374514;REFB=0.00217286;REVB=-0.0255781;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210368;STB=0.525899;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00117702;OID=.;OPOS=52186966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:39:39:43:46:0.541176:21:22:19:20:21:25:19:20 chr14 52384093 . G C 260.87 PASS AF=0.509091;AO=29;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00935208;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.16;QD=18.9722;RBI=0.0153186;REFB=-0.0184618;REVB=-0.0121325;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110548;STB=0.508469;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0184612;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:29:28:0.509091:14:15:14:13:13:15:14:13 chr14 52418587 . T C 251.79 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00897648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8167;QD=20.5541;RBI=0.0450657;REFB=-0.0347005;REVB=0.0441627;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806712;STB=0.537282;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0501403;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:24:24:0.489796:8:16:14:10:8:16:15:10 chr14 52418617 . C T 192.17 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00106504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.714;QD=16.3552;RBI=0.0256858;REFB=-0.011941;REVB=0.0256637;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833138;STB=0.547778;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0242396;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:14:13:8:12:14:13 chr14 52418636 . G T 182.95 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00111413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0259;QD=17.424;RBI=0.00609306;REFB=0.0075394;REVB=-0.00599033;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00885754;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:10:13:9:10:10:13 chr14 52418655 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0668716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.87;QD=21.2648;RBI=0.071951;REFB=-0.0450362;REVB=0.0265545;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177651;STB=0.5999;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0233283;OID=.;OPOS=52418655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:11:7:12:8:11:7 chr14 52466486 . G A 385.32 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0121607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.338;QD=23.3525;RBI=0.0129897;REFB=-0.0217249;REVB=0.00456618;RO=26;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854724;STB=0.560575;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0105864;OID=.;OPOS=52466486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:26:28:38:38:0.575758:19:19:16:10:19:19:18:10 chr14 52478315 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0157965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.236;QD=14.8342;RBI=0.0158039;REFB=0.00275592;REVB=-0.000481616;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411415;STB=0.512356;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0047199;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:10:12:17:12:10:12:17:13 chr14 52481917 . C T 165.62 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0133225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.143;QD=11.4222;RBI=0.0174051;REFB=-0.000277251;REVB=-0.0112005;RO=37;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147829;STB=0.586506;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000586581;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:15:6:15:22:15:6:15:22 chr14 52496387 . C A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0143378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.178;QD=58.8007;RBI=0.0256534;REFB=-0.017464;REVB=0.0212726;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145539;STB=0.50769;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=3.92823e-05;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:42:32:1:0:42:32:1:0 chr14 52496407 . C T 853.89 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0085381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1792;QD=55.9927;RBI=0.0478911;REFB=-0.0602867;REVB=-0.0471239;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000779188;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:35:25:0:0:35:25:0:1 chr14 52507429 . A G 1017.14 PASS AF=0.5;AO=99;DP=198;FAO=99;FDP=198;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=-0.0148992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.176;QD=20.5483;RBI=0.0203991;REFB=-0.0180217;REVB=-0.0139333;RO=99;SAF=43;SAR=56;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164458;STB=0.590292;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0203743;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:99:99:99:99:0.5:56:43:61:38:56:43:61:38 chr14 52520368 . C T 709.35 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409822;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.08;QD=54.5652;RBI=0.0677355;REFB=-0.107407;REVB=0.053931;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00403401;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:50:51:0.980769:27:23:1:0:27:24:1:0 chr14 52520853 . A G 1403.27 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131845;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.199;QD=61.6823;RBI=0.0320599;REFB=-0.100466;REVB=0.0292234;RO=1;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869552;STB=0.504586;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000715515;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:88:90:0.989011:54:34:0:1:54:36:0:1 chr14 52535648 . G T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.6;QD=63.5802;RBI=0.0240558;REFB=0;REVB=-0.00249294;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93757e-05;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr14 52536512 . T C 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.472;QD=64.4107;RBI=0.0367658;REFB=0;REVB=0.00908484;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332646;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr14 52906081 . T G 871.23 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141644;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.356;QD=58.0822;RBI=0.0231978;REFB=0;REVB=0.0183714;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23074e-05;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr14 52907353 . C T 1239.52 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055762;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9727;QD=61.211;RBI=0.0172963;REFB=0;REVB=0.0163728;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390726;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr14 52937255 . C T 137.64 PASS AF=0.4;AO=14;DP=38;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0173564;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.391;QD=13.7638;RBI=0.0178762;REFB=-0.0146629;REVB=0.00427961;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0460302;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:24:14:16:0.4:4:10:15:9:6:10:15:9 chr14 53098902 . G A 323.57 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00973793;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2852;QD=12.5659;RBI=0.0136312;REFB=-0.00137991;REVB=0.00953843;RO=63;SAF=22;SAR=17;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129415;STB=0.578333;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00263699;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:17:22:28:35:17:22:28:36 chr14 53130507 . T C 211.07 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0134037;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.653;QD=24.1227;RBI=0.0838235;REFB=0.00120549;REVB=0.082745;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159973;STB=0.521718;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-5.37439e-05;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:14:15:20:20:0.571429:9:11:8:6:9:11:9:6 chr14 53145132 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0124504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.407;QD=12.8688;RBI=0.0180225;REFB=-0.0104689;REVB=0.0130308;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0133604;OID=.;OPOS=53145132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:6:5:9:6:6:5:9:7 chr14 53345378 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.431;QD=53.2764;RBI=0.0261034;REFB=0;REVB=-0.00178215;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020697;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:17:5:0:0:17:6:0:0 chr14 53386063 . CT C 43.25 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00163425;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.28864;QD=6.65358;RBI=0.0641452;REFB=-0.114858;REVB=0.0641244;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.128105;OID=.;OPOS=53386064;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:11:26:12:26:14:6:6:7:7:43:14:5:6:7:7 chr14 53529669 . A T 905.09 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.702;QD=56.5681;RBI=0.0165956;REFB=0;REVB=0.00582511;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76559e-06;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:64:0:0:61:64:1:28:33:0:0:29:35:0:0 chr14 53619463 . G A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.112;QD=37.893;RBI=0.0305449;REFB=0.125119;REVB=-0.0127491;RO=1;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393232;STB=0.521703;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00393392;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:1:11:1:0:1:11:1:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 58.88 PASS AF=0.117647,0.352941;AO=2,6;DP=17;FAO=2,6;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2,5;FSAR=0,1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0230336,-0.0335619;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=97.0644,100.447;QD=13.8532;RBI=0.0233961,0.0454758;REFB=-0.0377106,-0.0748483;REVB=-0.00410269,0.0306862;RO=9;SAF=2,5;SAR=0,1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.415714;STB=0.5,0.736367;STBP=1,0.799;TYPE=snp,ins;VARB=0.0594922,0.0352255;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:17:17:9:9:2,6:2,6:0.117647,0.352941:0,1:2,5:9:0:0,1:2,5:9:0 chr14 53619544 . G A 679.21 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=44;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.621;QD=57.8048;RBI=0.0688437;REFB=-0.161382;REVB=0.0552525;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199732;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0024866;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:47:1:1:42:46:0.978723:19:23:1:0:21:25:1:0 chr14 54875276 . C A 575.94 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304744;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.717;QD=60.6254;RBI=0.0332474;REFB=0;REVB=-0.0132929;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46347e-05;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr14 54875514 . A G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6652;QD=53.2704;RBI=0.0911324;REFB=0;REVB=0.0267501;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163058;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr14 54996872 . G A 195.96 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.000497563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.754;QD=17.8149;RBI=0.0141043;REFB=-0.0148456;REVB=-0.0140955;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197124;STB=0.621501;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0271562;OID=.;OPOS=54996872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:8:11:9:15:8:12:9:15 chr14 55221543 . T C 190.36 PASS AF=0.298851;AO=25;DP=83;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0692638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.4283;QD=8.75194;RBI=0.0955186;REFB=-0.0158556;REVB=0.0657749;RO=58;SAF=15;SAR=10;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378002;STB=0.502261;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0431852;OID=.;OPOS=55221543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:58:61:25:26:0.298851:10:15:33:25:11:15:35:26 chr14 55308770 . C A 1641.71 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0662205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7532;QD=59.1607;RBI=0.0662484;REFB=-0.0867304;REVB=-0.0019249;RO=1;SAF=49;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958916;STB=0.50505;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000722989;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:109:110:0.990991:60:49:1:0:61:49:1:0 chr14 55408294 . C T 255.75 PASS AF=0.509091;AO=29;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0013427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.732;QD=18.6002;RBI=0.0122538;REFB=-0.0106587;REVB=0.01218;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129312;STB=0.545422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00923541;OID=.;OPOS=55408294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:27:29:28:0.509091:14:15:15:7:14:14:16:11 chr14 55907172 . C G 1349.72 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00138203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7057;QD=59.9876;RBI=0.00169289;REFB=-0.0386751;REVB=0.000977678;RO=2;SAF=62;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102937;STB=0.505434;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00225528;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:26:62:1:1:26:62:1:1 chr14 56958247 . C T 192.9 PASS AF=0.375;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0164841;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2425;QD=12.0564;RBI=0.017021;REFB=0.00706325;REVB=0.00424153;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120025;STB=0.578061;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0253905;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:41:40:24:24:0.375:12:12:16:25:12:12:15:25 chr14 57052511 . G T 1896.27 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.362;QD=61.6673;RBI=0.0223202;REFB=0;REVB=-0.0205096;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40846e-05;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr14 57101682 . A G 1381.92 PASS AF=1;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213494;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.335;QD=62.8147;RBI=0.0214016;REFB=0;REVB=0.00149267;RO=0;SAF=28;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153132;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:88:0:0:87:88:1:59:28:0:0:60:28:0:0 chr14 57866623 . A G 356.0 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0235989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4912;QD=24.5519;RBI=0.0278844;REFB=-0.00260429;REVB=0.0148537;RO=22;SAF=10;SAR=25;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517255;STB=0.512188;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00170656;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:23:35:35:0.603448:25:10:5:17:25:10:6:17 chr14 57876265 . G A 355.31 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0375884;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3186;QD=14.9602;RBI=0.0412057;REFB=0.000718821;REVB=-0.0168826;RO=55;SAF=24;SAR=14;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149578;STB=0.510199;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00207247;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:56:38:39:0.410526:14:24:34:21:14:25:35:21 chr14 57938124 . C T 738.8 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1212;QD=56.8306;RBI=0.0186061;REFB=0;REVB=0.0090345;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316654;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr14 57938260 . T C 644.48 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3635;QD=61.3787;RBI=0.0483159;REFB=0;REVB=0.0349922;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751782;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:26:15:1:0:26:16:0:0 chr14 57945689 . G A 786.77 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.051783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.43;QD=55.2118;RBI=0.0572512;REFB=0.0219461;REVB=0.0244175;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.508472;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000570498;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:1:0:27:29:1:0 chr14 57948380 . T C 689.82 PASS AF=0.98;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537561;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.676;QD=55.1856;RBI=0.0641399;REFB=-0.131638;REVB=0.0349887;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000949786;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:50:0:1:48:49:0.98:32:16:0:0:32:17:0:1 chr14 57957664 . T A 1542.01 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00777288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.534;QD=57.6452;RBI=0.00823427;REFB=-0.0387847;REVB=-0.00271765;RO=1;SAF=48;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978419;STB=0.510202;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-1.47045e-05;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:105:105:0.981308:57:48:1:0:57:48:2:0 chr14 58478873 . GAAAAAAAT GAAAAAAT,GAAAAAATA,GAAAAAT 365.23 PASS AF=1,0,0;AO=30,2,5;DP=40;FAO=42,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=24,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.225046,-0.122048,-0.118048;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=11.6564,9.76217,9.74477;QD=34.7835;RBI=0.225839,0.122522,0.118471;REFB=-0.0340012,-0.0542011,-0.0411315;REVB=-0.0189143,-0.0107667,-0.00999676;RO=2;SAF=10,1,4;SAR=20,1,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0216314,0,0.190062;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.00466705,0,0;OID=.,.,.;OPOS=58478874,58478880,58478874;OREF=A,AT,AA;OALT=-,TA,-;OMAPALT=GAAAAAAT,GAAAAAATA,GAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:30,2,5:40:42,0,0:42:0:18,0,0:24,0,0:0:0:4:2:10,1,4:20,1,1:1:1 chr14 58598252 . G C 142.42 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00181999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2811;QD=14.2418;RBI=0.0068777;REFB=-0.0358792;REVB=-0.00663253;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111447;STB=0.564438;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0527586;OID=.;OPOS=58598252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:16:8:7:9:16:8 chr14 58605790 . G A 263.91 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00391923;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.819;QD=17.0263;RBI=0.0098517;REFB=-0.0101847;REVB=-0.00903856;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693006;STB=0.541638;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00976278;OID=.;OPOS=58605790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:31:33:29:29:0.467742:18:11:14:17:18:11:15:18 chr14 58678057 . G A 326.01 PASS AF=0.347458;AO=40;DP=117;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00790176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4416;QD=11.0512;RBI=0.00961214;REFB=-0.00147963;REVB=-0.00547316;RO=77;SAF=18;SAR=22;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04985;STB=0.519675;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.003639;OID=.;OPOS=58678057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:77:77:40:41:0.347458:22:18:38:39:22:19:38:39 chr14 58831142 . A G 219.75 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.023407;FXX=0.0256345;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.324;QD=23.1312;RBI=0.0239225;REFB=0.00501966;REVB=-0.00493949;RO=16;SAF=3;SAR=18;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465986;STB=0.756996;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00248177;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:18:3:10:6:18:3:10:7 chr14 58838668 . A G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00487726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.518;QD=18.1176;RBI=0.0585776;REFB=-0.00225651;REVB=-0.0583742;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310763;STB=0.677709;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00180748;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:8:12:5:13:8:12 chr14 58838701 . C T 104.5 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0489171;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.004;QD=17.417;RBI=0.0639036;REFB=-0.00136631;REVB=-0.0411192;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222009;STB=0.628352;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00218833;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:12:12:12:12:0.5:4:8:5:7:4:8:5:7 chr14 58839339 . A C 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00862141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.714;QD=54.013;RBI=0.0263316;REFB=0.146017;REVB=0.0248802;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424896;STB=0.522714;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00113145;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:0:2:21:14:0:2 chr14 58917454 . G A 756.84 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166527;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.01;QD=57.1198;RBI=0.0324152;REFB=0;REVB=0.0278107;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168312;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr14 58937416 . T C 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3406;QD=58.7748;RBI=0.0478048;REFB=0;REVB=-0.0477096;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000453045;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr14 58953746 . C G 905.57 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0249928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7297;QD=56.5981;RBI=0.033263;REFB=0.00210123;REVB=-0.0219496;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122662;STB=0.506491;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00073131;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:25:38:1:0:25:38:1:0 chr14 59006820 . T C 117.12 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0739874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0072;QD=6.16393;RBI=0.0740286;REFB=0.0123196;REVB=-0.00246864;RO=58;SAF=6;SAR=12;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190209;STB=0.618047;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.034626;OID=.;OPOS=59006820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:12:6:28:30:12:6:28:30 chr14 59010649 . T C 131.0 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0277979;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.657;QD=13.1001;RBI=0.0345562;REFB=-0.00657807;REVB=0.0205282;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285998;STB=0.516756;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0263915;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:8:7:11:14:8:7:11:14 chr14 59730422 . AAGG A,AAGA 357.69 PASS AF=0.362637,0.0769231;AO=31,7;DP=92;FAO=33,7;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=12,6;FSAR=21,1;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.0084745,0.0669325;FXX=0.0421008;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=225.059,48.284;QD=15.7227;RBI=0.0147614,0.0908168;REFB=-0.019979,-0.00714676;REVB=-0.0120865,0.0613818;RO=49;SAF=11,6;SAR=20,1;SRF=12;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.135479,0.640758;STB=0.588186,0.929405;STBP=0.237,0.112;TYPE=del,snp;VARB=0.0371235,0.0877492;OID=.,.;OPOS=59730423,59730425;OREF=AGG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362637,0.0769231:31,7:92:33,7:91:51:12,6:21,1:12:39:99:49:11,6:20,1:12:37 chr14 59789727 . G A 255.71 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0362652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6482;QD=15.736;RBI=0.0655011;REFB=-0.0137634;REVB=-0.0545457;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497927;STB=0.544072;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0142643;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:36:29:29:0.446154:13:16:17:17:13:16:17:19 chr14 59797235 . A G 191.38 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0303967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.836;QD=15.3107;RBI=0.039039;REFB=-0.015453;REVB=-0.0244966;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104413;STB=0.54995;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0217013;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:11:9:16:13:11:9:16:14 chr14 59835972 . A C,G 153.69 PASS AF=0.555556,0.277778;AO=10,5;DP=18;FAO=10,5;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=4,1;FSAR=6,4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00218972,0.00398205;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=144.132,130.375;QD=34.1541;RBI=0.00917349,0.0059999;REFB=-0.186519,-0.0915299;REVB=-0.00890831,-0.00448799;RO=1;SAF=4,1;SAR=6,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0687795,0.0951258;STB=0.516097,0.57112;STBP=0.915,0.778;TYPE=snp,snp;VARB=0.000964721,0.00611847;OID=.,.;OPOS=59835972,59835972;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:18:18:1:3:10,5:10,5:0.555556,0.277778:6,4:4,1:0:1:6,4:4,1:1:2 chr14 60004844 . C T 306.83 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0879306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7769;QD=49.092;RBI=0.0896908;REFB=-0.0632692;REVB=-0.0176821;RO=1;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225969;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00686827;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:1:1:23:24:0.96:20:3:0:1:20:4:0:1 chr14 60031996 . G A 2036.32 PASS AF=0.964286;AO=134;DP=139;FAO=135;FDP=140;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00831081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.02;QD=58.1805;RBI=0.0217721;REFB=-0.14398;REVB=0.0201235;RO=4;SAF=57;SAR=77;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419956;STB=0.506493;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000497327;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:139:140:4:5:134:135:0.964286:77:57:2:2:78:57:3:2 chr14 60043422 . A G 1491.55 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.203;QD=63.4704;RBI=0.0151934;REFB=0;REVB=-0.00218296;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2046e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr14 60063472 . A G 1558.69 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235335;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6518;QD=58.8186;RBI=0.0300406;REFB=-0.0688199;REVB=0.0186711;RO=1;SAF=47;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999006;STB=0.505262;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000893606;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:58:47:1:0:58:47:1:0 chr14 60574539 . A G 836.02 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145761;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8669;QD=57.6565;RBI=0.024379;REFB=0;REVB=0.0195415;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020138;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr14 60575123 . CA AC 41.92 PASS AF=0.266667;AO=5;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.138192;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=20.666;QD=5.58975;RBI=0.148636;REFB=-0.0615706;REVB=-0.054732;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130656;STB=0.785674;STBP=0.104;TYPE=mnp;VARB=-0.0372478;OID=.;OPOS=60575123;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:30:14:21:5:8:0.266667:4:1:4:10:7:1:9:12 chr14 60575240 . T C 226.05 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00139998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6858;QD=20.5497;RBI=0.0580317;REFB=-0.00317063;REVB=0.0580148;RO=21;SAF=2;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466868;STB=0.76892;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0201935;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:21:22:0.5:19:2:9:12:20:2:9:13 chr14 60575869 . A G 382.09 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0357439;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.129;QD=13.4065;RBI=0.0416122;REFB=-0.00434833;REVB=-0.0213061;RO=69;SAF=20;SAR=25;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420579;STB=0.523799;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00698622;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:69:69:45:45:0.394737:25:20:28:41:25:20:28:41 chr14 60576637 . A T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00384016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.14;QD=15.1533;RBI=0.00969346;REFB=-0.0149949;REVB=0.00890036;RO=43;SAF=8;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200133;STB=0.614097;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0201217;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:24:8:18:25:24:8:18:25 chr14 60576750 . T G 262.05 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00688945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.944;QD=25.5661;RBI=0.0157804;REFB=-0.0178482;REVB=0.014197;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960596;STB=0.553148;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00740763;OID=.;OPOS=60576750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:5:12:14:10:5:12 chr14 60576951 . A G 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=5.82037e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.392;QD=20.4402;RBI=0.0121432;REFB=-0.0175343;REVB=0.012143;RO=29;SAF=9;SAR=24;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339377;STB=0.518786;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0084301;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:24:9:7:22:24:9:7:22 chr14 60577712 . A G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00738417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.52;QD=13.0537;RBI=0.00813875;REFB=-0.00729311;REVB=0.00342248;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247433;STB=0.640835;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0129438;OID=.;OPOS=60577712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:10:25:11:12:10:25 chr14 60577873 . C G 40.0 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.129668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5858;QD=14.5456;RBI=0.13647;REFB=-0.0082;REVB=-0.0425472;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.035309;OID=.;OPOS=60577873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:5:6:0.545455:4:1:1:4:5:1:1:4 chr14 60581863 . G A 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00858229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.56;QD=14.0443;RBI=0.0136717;REFB=-0.00293311;REVB=-0.0106424;RO=40;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125408;STB=0.571378;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.003419;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:12:16:18:22:12:16:18:22 chr14 60581935 . C T 1080.81 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.374;QD=60.0449;RBI=0.0129741;REFB=0;REVB=-0.0115695;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46892e-06;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:31:41:0:0 chr14 60582053 . G A 135.47 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0244208;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.124;QD=15.9378;RBI=0.0281593;REFB=-0.0178247;REVB=0.0140204;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108301;STB=0.562417;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0105907;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:11:8:8:7:11:8 chr14 60585131 . A G 372.96 PASS AF=0.493976;AO=27;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0285123;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.7686;QD=17.9739;RBI=0.0366036;REFB=-0.0559528;REVB=0.0229537;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178375;STB=0.50476;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.018221;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:28:42:27:41:0.493976:14:13:19:9:15:26:27:15 chr14 60591199 . A T 323.69 PASS AF=0.4;AO=35;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0222984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3048;QD=14.3861;RBI=0.0235459;REFB=-0.00853857;REVB=0.00756234;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220043;STB=0.609697;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0125387;OID=.;OPOS=60591199;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:54:35:36:0.4:15:20:20:35:16:20:20:34 chr14 60591829 . T C 327.76 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00468418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.956;QD=12.2528;RBI=0.0175279;REFB=-0.000824234;REVB=0.0168904;RO=64;SAF=20;SAR=20;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337891;STB=0.504671;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00226294;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:67:40:40:0.373832:20:20:34:30:20:20:34:33 chr14 60591887 . G A 305.77 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00331484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.378;QD=12.8744;RBI=0.00889667;REFB=-0.0133522;REVB=0.00825607;RO=60;SAF=14;SAR=21;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111684;STB=0.564066;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0247507;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:21:14:30:30:21:14:30:30 chr14 60601308 . G A 108.25 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00956654;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.935;QD=12.3717;RBI=0.0118143;REFB=-0.01168;REVB=-0.00693252;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303876;STB=0.67972;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0198941;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:9:13:4:9:9:13 chr14 60611585 . T C 168.24 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00310006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.396;QD=10.3533;RBI=0.0337465;REFB=-0.00963028;REVB=0.0336038;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220209;STB=0.627988;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0226872;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:28:15:12:10:28:15 chr14 60611648 . C T 329.2 PASS AF=0.377358;AO=37;DP=103;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.000481283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.69;QD=12.4228;RBI=0.00628662;REFB=-0.0142157;REVB=0.00626817;RO=64;SAF=16;SAR=21;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210565;STB=0.644374;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0223199;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:64:66:37:40:0.377358:21:16:40:24:24:16:42:24 chr14 60611675 . G A 332.58 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0144991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.012;QD=11.8779;RBI=0.0267764;REFB=-0.00333697;REVB=-0.0225111;RO=71;SAF=19;SAR=22;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172188;STB=0.598141;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00903698;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:22:19:44:27:22:19:44:27 chr14 60616042 . C T 252.46 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.01415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.604;QD=19.0539;RBI=0.016904;REFB=-0.00627762;REVB=-0.00924783;RO=26;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160243;STB=0.589992;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00339414;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:8:19:14:12:8:19:14:12 chr14 60864583 . G T 1603.48 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151224;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.885;QD=58.8433;RBI=0.0190995;REFB=-0.010846;REVB=0.0116663;RO=1;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724713;STB=0.503816;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=8.70909e-05;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:109:1:1:108:108:0.990826:65:43:0:1:65:43:0:1 chr14 60900113 . C T 1377.41 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.493;QD=62.6096;RBI=0.0165696;REFB=0;REVB=0.00894089;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26857e-05;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr14 60903757 . G A 519.97 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.571;QD=59.425;RBI=0.0685557;REFB=0;REVB=0.012121;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356072;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:16:17:0:0:16:19:0:0 chr14 60923783 . C T 634.82 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1213;QD=60.4591;RBI=0.00976338;REFB=0;REVB=-0.00874707;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98707e-05;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:25:16:1:0:25:17:0:0 chr14 60932752 . G A 669.94 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9053;QD=62.3198;RBI=0.0116234;REFB=0;REVB=0.00317108;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121124;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr14 61124940 . A G 719.91 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.241;QD=62.6009;RBI=0.0101046;REFB=0;REVB=0.000706166;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88868e-05;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr14 61176485 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.195;QD=52.612;RBI=0.0496218;REFB=0;REVB=0.00916245;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381403;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr14 61180657 . T G 1589.88 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.35;QD=59.9953;RBI=0.0336078;REFB=0;REVB=0.0134713;RO=0;SAF=40;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29912e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:66:40:0:0:66:40:0:0 chr14 61444288 . T C 138.93 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0230692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3854;QD=12.0812;RBI=0.0577263;REFB=-0.000449895;REVB=0.0529163;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424159;STB=0.524969;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00243281;OID=.;OPOS=61444288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:18:12:7:9:18:12 chr14 61445967 . A G 520.15 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.223;QD=59.4456;RBI=0.0204453;REFB=0;REVB=0.00969468;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156601;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:20:15:0:0 chr14 61449328 . T A 1589.22 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0255195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.493;QD=56.2557;RBI=0.0266618;REFB=-0.183475;REVB=0.00772053;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.512668;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000848018;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:113:113:0:4:109:109:0.964602:65:44:0:0:65:44:3:1 chr14 61509924 . T C 802.7 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.134;QD=54.4205;RBI=0.0301964;REFB=-0.153335;REVB=-0.00290946;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000624269;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:0:1:56:58:0.983051:29:27:0:0:29:29:1:0 chr14 61924239 . G A 192.93 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0127845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.777;QD=13.7807;RBI=0.0643861;REFB=-0.00864481;REVB=-0.0631041;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282975;STB=0.529592;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0120057;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:15:8:10:21:15:8:10:23 chr14 61924241 . A C 153.04 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0236889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.844;QD=10.3754;RBI=0.0243492;REFB=-0.0105903;REVB=0.00563195;RO=36;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109958;STB=0.544701;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0212895;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:36:39:20:20:0.338983:14:6:14:22:14:6:14:25 chr14 61997226 . C T 542.59 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0181562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.931;QD=19.7307;RBI=0.0204426;REFB=-0.00258853;REVB=-0.00939414;RO=52;SAF=31;SAR=25;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130361;STB=0.571449;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00326437;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:54:56:56:0.509091:25:31:21:31:25:31:22:32 chr14 62213848 . T C 493.75 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0037496;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.487;QD=56.4284;RBI=0.00428185;REFB=0.0117921;REVB=0.00206756;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-1.60848e-05;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:0:1:19:15:0:1 chr14 62229285 . T G 298.32 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.019684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.451;QD=13.5598;RBI=0.0201029;REFB=-0.00697735;REVB=-0.00408279;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108404;STB=0.504695;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00829923;OID=.;OPOS=62229285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:54:34:34:0.386364:16:18:27:25:16:18:29:25 chr14 62244837 . A G 153.96 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0429472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4554;QD=14.3217;RBI=0.04581;REFB=0.00111389;REVB=-0.0159401;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25379;STB=0.657425;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000894436;OID=.;OPOS=62244837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:6:11:10:15:6:11:10:16 chr14 62462766 . T C 676.69 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.29;QD=60.1497;RBI=0.024657;REFB=-0.118632;REVB=-0.0154764;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218371;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00071247;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:1:0:22:22:1:0 chr14 62463129 . G T 469.42 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123107;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.911;QD=58.6769;RBI=0.0158149;REFB=0;REVB=0.00992772;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533028;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 62463214 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.633;QD=51.9164;RBI=0.0470374;REFB=0;REVB=0.00633051;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283728;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr14 63174616 . T C 1449.19 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00939536;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.9091;QD=60.3829;RBI=0.0298957;REFB=0.0125669;REVB=-0.0283809;RO=2;SAF=50;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151015;STB=0.500893;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000552137;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:93:94:0.979167:43:50:1:1:43:51:1:1 chr14 63784407 . A AG,G 662.0 PASS AF=0.982759,0.0172414;AO=31,18;DP=58;FAO=57,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310043,-0.0164831;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.2323,8.87902;QD=45.6551;RBI=0.0757479,0.362477;REFB=0,0;REVB=-0.0691121,-0.362102;RO=8;SAF=30,1;SAR=1,17;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.385185,-0.632934;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00359169,0.0117711;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:58:58:8:0:31,18:57,1:0.982759,0.0172414:1,17:30,1:6:2:21,0:36,1:0:0 chr14 63842235 . T C 150.39 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.052688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.596;QD=20.7433;RBI=0.0528932;REFB=-0.0252134;REVB=0.0046545;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299975;STB=0.620547;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0173135;OID=.;OPOS=63842235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:11:13:16:16:0.551724:8:8:1:10:8:8:3:10 chr14 64118045 . T C 396.49 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00284245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.328;QD=17.8198;RBI=0.0113286;REFB=-0.0176803;REVB=-0.0109662;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472819;STB=0.526453;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0202065;OID=.;OPOS=64118045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:16:25:27:21:16:25:27:21 chr14 64423187 . C A 158.23 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00720071;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.636;QD=15.823;RBI=0.0127997;REFB=-0.00460627;REVB=0.0105822;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211591;STB=0.512181;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00864874;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:14:9:7:10:14:9 chr14 64491695 . T C 903.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.509;QD=58.2751;RBI=0.0514633;REFB=0;REVB=0.0470134;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012315;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:37:23:0:0:38:24:0:0 chr14 64494278 . C T 1042.96 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.488;QD=59.5978;RBI=0.0330281;REFB=0;REVB=-0.0317733;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74549e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:37:33:0:0 chr14 64496749 . C T 274.29 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0631956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.279;QD=24.9351;RBI=0.063669;REFB=-0.0958758;REVB=0.0077497;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693373;STB=0.538431;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.014275;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:6:13:15:10:6:13 chr14 64496763 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0157037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.494;QD=15.16;RBI=0.0185064;REFB=-0.00505998;REVB=-0.00979188;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233392;STB=0.636181;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0108427;OID=.;OPOS=64496763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:10:12:12:4:10:12 chr14 64497930 . G A 65.69 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00203339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.631;QD=13.138;RBI=0.0123856;REFB=-0.0186338;REVB=-0.0122176;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117224;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0246117;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:19:20:11:11:8:9:0.45:3:5:7:4:3:6:7:4 chr14 64498037 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.871;QD=55.0987;RBI=0.03931;REFB=0;REVB=0.0389897;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162397;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr14 64519035 . A G 47.84 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0459118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7593;QD=12.7585;RBI=0.0615977;REFB=-0.0504321;REVB=0.0410657;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46433;STB=0.685728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.070167;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:8:8:6:7:0.466667:1:5:3:5:2:5:3:5 chr14 64522674 . G C 164.49 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00999171;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.309;QD=19.9375;RBI=0.0177277;REFB=-0.00307512;REVB=0.0146437;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131511;STB=0.574382;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00426038;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:10:6:9:8:10:6 chr14 64522843 . A G 185.77 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00886735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5947;QD=14.8618;RBI=0.022441;REFB=-0.00669224;REVB=-0.0206148;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139706;STB=0.580564;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00753072;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:14:16:8:12:14:16 chr14 64540823 . A G 218.47 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00431449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.666;QD=13.8709;RBI=0.00433791;REFB=-0.00289775;REVB=-0.000450158;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214741;STB=0.501228;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00378031;OID=.;OPOS=64540823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:37:25:26:0.412698:13:12:17:20:14:12:17:20 chr14 64551688 . C T 292.24 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0159443;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.641;QD=17.7113;RBI=0.0204851;REFB=-0.000387643;REVB=0.0128616;RO=34;SAF=19;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13015;STB=0.549102;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00215225;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:30:32:0.484848:11:19:17:17:13:19:17:17 chr14 64560091 . TG CA 297.15 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.000655422;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.659;QD=15.2387;RBI=0.0136197;REFB=-0.00552194;REVB=-0.0136039;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103606;STB=0.570723;STBP=0.309;TYPE=mnp;VARB=0.00821819;OID=.;OPOS=64560091;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:43:45:33:33:0.423077:18:15:24:19:18:15:26:19 chr14 64565582 . T C 211.68 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0259606;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.1;QD=18.8162;RBI=0.0270206;REFB=-0.0104751;REVB=0.00749394;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121916;STB=0.556908;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0129536;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:24:21:21:0.466667:11:10:14:9:11:10:14:10 chr14 64612858 . C A 292.58 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0199882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.717;QD=17.2104;RBI=0.0408791;REFB=-0.0117631;REVB=-0.0356591;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855021;STB=0.54794;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0115411;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:14:18:17:19:14:18:17:19 chr14 64637147 . C A 260.61 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0131836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3675;QD=24.8196;RBI=0.078265;REFB=-0.0227972;REVB=0.0771466;RO=17;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194465;STB=0.622738;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0194419;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:17:7:9:8:17:7:10:8 chr14 64656855 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0136196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.064;QD=20.7547;RBI=0.022321;REFB=-0.0235271;REVB=0.0176842;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138447;STB=0.578836;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.014647;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:4:11:7:5:4:11:7:5 chr14 64657684 . C A 366.52 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0080777;FXX=0.0315756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.372;QD=15.9356;RBI=0.00860421;REFB=-0.00869521;REVB=-0.00296364;RO=52;SAF=26;SAR=13;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138208;STB=0.584571;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0139623;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:52:53:39:39:0.423913:13:26:28:24:13:26:28:25 chr14 64691744 . G A 105.36 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0207562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.38;QD=12.3956;RBI=0.0731746;REFB=-0.0387925;REVB=0.0701691;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354989;STB=0.724274;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0422072;OID=.;OPOS=64691744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:3:10:9:11:3:10:9:12 chr14 64694749 . T G 306.42 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00983314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.153;QD=17.2631;RBI=0.0122164;REFB=0.0130352;REVB=0.00724912;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400014;STB=0.536402;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0122947;OID=.;OPOS=64694749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:37:33:34:0.478873:17:16:19:17:18:16:20:17 chr14 64855041 . T C 1410.2 PASS AF=1;AO=80;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.061;QD=62.6754;RBI=0.0233892;REFB=0;REVB=0.0163868;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552132;OID=.;OPOS=64855041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:80:90:1:36:44:0:0:45:45:0:0 chr14 64855163 . C T 418.6 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0689838;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3101;QD=16.4156;RBI=0.0755526;REFB=0.0109975;REVB=0.0308128;RO=57;SAF=16;SAR=30;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113178;STB=0.557545;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0117331;OID=.;OPOS=64855163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:57:56:46:46:0.45098:30:16:26:31:30:16:25:31 chr14 64882380 . A G 300.48 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0109494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.586;QD=44.5155;RBI=0.0223728;REFB=-0.0426544;REVB=0.0195103;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978817;STB=0.514007;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00162479;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:27:2:3:23:24:0.888889:10:13:1:1:11:13:2:1 chr14 64908845 . G A 352.94 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=0.00107176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.902;QD=13.194;RBI=0.00165474;REFB=-0.020316;REVB=-0.00126075;RO=65;SAF=15;SAR=27;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968987;STB=0.554698;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.029114;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:27:15:18:47:27:15:18:47 chr14 64935720 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2605;QD=44.6898;RBI=0.0137761;REFB=0;REVB=-0.000107611;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390848;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr14 65008251 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.501;QD=58.1409;RBI=0.0168936;REFB=0;REVB=-0.00576571;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43938e-05;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr14 65016702 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.277;QD=55.0986;RBI=0.00790412;REFB=0;REVB=0.00190545;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01348e-05;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr14 65031534 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.393;QD=56.7063;RBI=0.0349414;REFB=0;REVB=0.0108377;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57305e-05;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr14 65210357 . C T 178.77 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0166165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.752;QD=12.5449;RBI=0.0194616;REFB=-0.0174657;REVB=-0.0101314;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234042;STB=0.632535;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0433086;OID=.;OPOS=65210357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:35:22:22:0.385965:9:13:12:21:9:13:13:22 chr14 65412748 . G C 657.64 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.881;QD=59.7854;RBI=0.0206718;REFB=0.0712041;REVB=0.0169747;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284424;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000381347;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:27:16:1:0:27:16:1:0 chr14 65417070 . C A 507.96 PASS AF=0.55814;AO=46;DP=84;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.124342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.495;QD=23.6258;RBI=0.12449;REFB=-0.0237996;REVB=0.00607493;RO=38;SAF=28;SAR=18;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197523;STB=0.613987;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0320302;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:38:38:46:48:0.55814:18:28:14:24:18:30:14:24 chr14 65419293 . A G 483.97 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0920606;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0514;QD=58.6629;RBI=0.119003;REFB=0;REVB=-0.0754094;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00324666;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr14 65520040 . CG C 31.1 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0210433;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.5205;QD=6.91114;RBI=0.0725901;REFB=-0.102935;REVB=-0.0694731;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257384;STB=0.624738;STBP=0.482;TYPE=del;VARB=0.121422;OID=.;OPOS=65520041;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:7:18:8:18:10:2:6:1:9:31:10:2:5:1:9 chr14 65544367 . C A 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0157314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.589;QD=12.7392;RBI=0.0158118;REFB=-0.0169822;REVB=0.00159224;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0129241;OID=.;OPOS=65544367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:3:7:5:3:3:7 chr14 65878909 . C T 168.7 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.026375;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.989;QD=15.3365;RBI=0.0278507;REFB=-0.0222694;REVB=0.00894538;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229768;STB=0.632354;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0217275;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:16:10:11:7:16:10 chr14 66028446 . A G 444.42 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0548907;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.851;QD=22.7908;RBI=0.05545;REFB=-0.00818755;REVB=0.00785583;RO=33;SAF=5;SAR=38;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198701;STB=0.643989;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00635733;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:35:43:43:0.551282:38:5:8:25:38:5:10:25 chr14 66136163 . C A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00870385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.655;QD=17.6896;RBI=0.0178126;REFB=-0.0231963;REVB=-0.0155413;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942073;STB=0.553794;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.025059;OID=.;OPOS=66136163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:11:15:14:7:11:15 chr14 66974474 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0161648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.303;QD=12.3959;RBI=0.0226886;REFB=-0.0160912;REVB=-0.0159208;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0178835;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:0:5:4:1:0:5 chr14 67147816 . T C 168.69 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0647001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7169;QD=24.0987;RBI=0.068226;REFB=-0.0126357;REVB=0.0216491;RO=10;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197467;STB=0.620565;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0115018;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:6:11:9:1:6:11:10:1 chr14 67666829 . GC CG,G 207.52 PASS AF=0.514286,0.342857;AO=3,9;DP=35;FAO=18,12;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=0,10;FSAR=18,2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0223974,0.0273875;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=116.329,9.11629;QD=23.7168;RBI=0.128932,0.0938823;REFB=-0.0210297,-0.197985;REVB=0.126971,0.0897987;RO=5;SAF=0,9;SAR=3,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.743083,0.779824;STB=0.999028,0.605863;STBP=0.001,0.302;TYPE=mnp,del;VARB=0.0292783,0.177341;OID=.,.;OPOS=67666829,67666830;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:35:35:5:5:3,9:18,12:0.514286,0.342857:3,0:0,9:4:1:18,2:0,10:3:2 chr14 67671293 . T C 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.000483655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.14;QD=14.1368;RBI=0.00419461;REFB=-0.00256604;REVB=-0.00416664;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299292;STB=0.682688;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00176012;OID=.;OPOS=67671293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:6:8:5:14:6:8:5:15 chr14 67800316 . G A 125.17 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0321936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.204;QD=10.4311;RBI=0.0352501;REFB=-0.01006;REVB=0.0143577;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658857;STB=0.512518;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0236362;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:33:14:15:0.3125:8:6:16:17:8:7:16:17 chr14 67800815 . G A 97.87 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0950445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9931;QD=13.4996;RBI=0.106362;REFB=0.00646678;REVB=0.0477425;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664552;STB=0.538858;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0116776;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:6:11:7:5:6:11 chr14 67850106 . A G 177.25 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00299926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6073;QD=12.2239;RBI=0.0131407;REFB=-0.0117404;REVB=-0.0127939;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839477;STB=0.50485;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0183393;OID=.;OPOS=67850106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:15:21:13:9:15:21 chr14 67878717 . A G 91.69 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0135367;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9856;QD=11.1145;RBI=0.0935264;REFB=-0.0695677;REVB=-0.0925415;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456441;STB=0.705552;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.10324;OID=.;OPOS=67878717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:34:33:17:21:9:12:0.363636:7:2:11:6:8:4:14:7 chr14 67938818 . G A 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00281087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.905;QD=30.1493;RBI=0.0122363;REFB=-0.0160809;REVB=0.0119091;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213963;STB=0.617642;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0127251;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:10:9:7:1:10:9:7:1 chr14 67938855 . G C 174.74 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00848604;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.315;QD=26.8828;RBI=0.0300862;REFB=-0.0171096;REVB=0.0288647;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189665;STB=0.605261;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00790861;OID=.;OPOS=67938855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:7:2:9:8:7:2 chr14 68042255 . A G 142.76 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0174665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.494;QD=9.84557;RBI=0.0424056;REFB=-0.0151232;REVB=-0.0386414;RO=38;SAF=2;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585074;STB=0.847737;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0270184;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:17:2:21:17:17:2:21:18 chr14 68042574 . A G 424.63 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00923245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2682;QD=18.8723;RBI=0.0145725;REFB=-0.0357901;REVB=0.0112747;RO=47;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806465;STB=0.544871;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0392553;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:21:22:20:27:21:22:20:27 chr14 68045935 . G A 328.73 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0868812;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.972;QD=23.0686;RBI=0.0869027;REFB=-0.0205239;REVB=0.00193344;RO=23;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598881;STB=0.541376;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0160381;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:24:33:33:0.578947:17:16:13:10:17:16:14:10 chr14 68053149 . A G 179.67 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0157806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.42;QD=16.3332;RBI=0.0158046;REFB=-0.0213562;REVB=-0.000871391;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191767;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0184456;OID=.;OPOS=68053149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:11:14:11:8:11:14 chr14 68053802 . T C 127.16 PASS AF=0.5;AO=15;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0231076;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3406;QD=18.1662;RBI=0.0692396;REFB=0.00870769;REVB=-0.0652699;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677684;STB=0.535663;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0153703;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:14:15:14:0.5:7:8:8:5:7:7:8:6 chr14 68053977 . A C 1538.45 PASS AF=0.990476;AO=105;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6134;QD=58.6078;RBI=0.0325619;REFB=-0.109287;REVB=-0.0280983;RO=0;SAF=38;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11471e-08;STB=0.503759;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000585577;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:105:104:0.990476:67:38:0:0:66:38:0:1 chr14 68055613 . C G 170.52 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00782342;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.021;QD=14.2101;RBI=0.0085549;REFB=0.00310216;REVB=-0.00346127;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10741;STB=0.555494;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00684299;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:28:29:19:19:0.395833:4:15:20:8:4:15:21:8 chr14 68193731 . G A 211.22 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0228945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.913;QD=12.0696;RBI=0.0240376;REFB=-0.0130356;REVB=0.00732421;RO=44;SAF=17;SAR=9;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633062;STB=0.503647;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0215966;OID=.;OPOS=68193731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:9:17:29:15:9:17:29:15 chr14 68213744 . G A 736.38 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0695;QD=56.6448;RBI=0.0203801;REFB=0;REVB=0.0158564;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123697;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:22:30:0:0 chr14 68228266 . C T 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00346605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.336;QD=35.1723;RBI=0.00776325;REFB=-0.0318395;REVB=-0.00694655;RO=3;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108364;STB=0.559918;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0222142;OID=.;OPOS=68228266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:5:10:1:2:5:10:1:2 chr14 68251934 . G A 188.83 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0228112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.138;QD=14.2514;RBI=0.0252578;REFB=-0.0302031;REVB=0.0108447;RO=31;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110315;STB=0.5632;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0374828;OID=.;OPOS=68251934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:9:13:15:16:9:13:15:16 chr14 68251991 . G A 677.2 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.759;QD=60.1953;RBI=0.0671723;REFB=-0.133497;REVB=0.0351602;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000608236;OID=.;OPOS=68251991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:29:15:0:1:29:15:0:1 chr14 68252669 . G C 205.03 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0071329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1943;QD=15.7717;RBI=0.00990178;REFB=-0.0502673;REVB=0.00686782;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125424;STB=0.571366;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0636355;OID=.;OPOS=68252669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:15:14:14:9:15:14 chr14 68256111 . GTTTT GTTT,GTTTC 79.03 PASS AF=0.407407,0.111111;AO=10,3;DP=27;FAO=11,3;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=10,3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.111645,-0.0839123;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.4631,22.8576;QD=11.7088;RBI=0.111981,0.0840496;REFB=-0.135975,-0.0744866;REVB=-0.00867514,0.00480287;RO=13;SAF=1,0;SAR=9,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0.411765,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.486332,-0.620235;STB=0.803903,0.995851;STBP=0.022,0.104;TYPE=del,snp;VARB=0.149335,0.00958057;OID=.,.;OPOS=68256112,68256115;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTT,GTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0.111111:10,3:27:11,3:27:13:1,0:10,3:6:7:58:13:1,0:9,3:6:7 chr14 68264381 . CA C 364.94 PASS AF=0.47561;AO=36;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.021726;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.061;QD=17.802;RBI=0.0237321;REFB=-0.0193109;REVB=-0.00954947;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380447;STB=0.524987;STBP=0.694;TYPE=del;VARB=0.0210536;OID=.;OPOS=68264382;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47561:36:82:39:82:43:20:19:20:23:99:41:19:17:20:21 chr14 68264867 . A G 176.49 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.197;QD=47.0648;RBI=0.0709934;REFB=0;REVB=-0.00631148;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633711;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:11:15:1:8:3:0:0:8:7:0:0 chr14 68271981 . C A 197.79 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0638187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2404;QD=14.651;RBI=0.0729588;REFB=-0.00745961;REVB=0.0353576;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301997;STB=0.509795;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0125164;OID=.;OPOS=68271981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:31:22:23:0.425926:12:10:14:17:13:10:14:17 chr14 68274548 . G A 521.44 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0326767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.331;QD=21.5028;RBI=0.0344575;REFB=-0.0295238;REVB=-0.0109339;RO=47;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988215;STB=0.5546;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0283225;OID=.;OPOS=68274548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:20:30:23:24:20:30:23:24 chr14 68616597 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0752;QD=50.4057;RBI=0.0438425;REFB=0;REVB=0.00270372;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135162;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr14 68935789 . T C 1153.53 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.079;QD=60.7119;RBI=0.00708215;REFB=0;REVB=-0.00161184;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1297e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:35:41:0:0 chr14 69012355 . C G 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.867;QD=64.4085;RBI=0.0708275;REFB=0;REVB=0.0116388;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160451;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr14 69117512 . T C 80.22 PASS AF=0.255814;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0276514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.6989;QD=7.46276;RBI=0.0281873;REFB=-0.00724654;REVB=0.00547029;RO=32;SAF=10;SAR=0;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.735201;STB=0.841945;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0258508;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:10:11:0.255814:0:10:18:14:1:10:18:14 chr14 69262441 . A G 693.44 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0145166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.888;QD=50.4321;RBI=0.0158635;REFB=0.0119106;REVB=0.0063968;RO=3;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273314;STB=0.514796;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0011503;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:51:52:0.945455:21:30:1:2:21:31:1:2 chr14 69263074 . G A 301.91 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2741;QD=50.3181;RBI=0.184909;REFB=0;REVB=-0.0385343;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126496;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:18:2:0:0:19:5:0:0 chr14 69345647 . C T 162.21 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00623623;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.338;QD=18.5379;RBI=0.014311;REFB=-0.00634025;REVB=0.0128808;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154267;STB=0.572872;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00347285;OID=.;OPOS=69345647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:9:7:5:13:10:7:5:13 chr14 69352230 . G A 226.82 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0583591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7123;QD=15.6427;RBI=0.0749676;REFB=0.0356298;REVB=0.047057;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465727;STB=0.534456;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0436851;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:26:26:0.448276:13:13:17:14:13:13:18:14 chr14 69695792 . G A 657.62 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00990331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3695;QD=59.7837;RBI=0.0590267;REFB=-0.0648957;REVB=0.05819;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.521729;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0147411;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:32:11:0:0:32:11:1:0 chr14 69703158 . A G 1862.15 PASS AF=0.99187;AO=119;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.527;QD=60.5577;RBI=0.0245804;REFB=-0.105412;REVB=0.0186206;RO=1;SAF=42;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111741;STB=0.505746;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000267741;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:119:122:0.99187:77:42:1:0:79:43:1:0 chr14 69704553 . G T 1089.32 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00729244;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.07;QD=58.8824;RBI=0.0450427;REFB=-0.123391;REVB=0.0444484;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013709;STB=0.507244;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000857341;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:34:39:0:1:34:39:0:1 chr14 69795199 . G A 385.12 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00830155;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.358;QD=22.3257;RBI=0.0286334;REFB=-0.0194053;REVB=-0.0274036;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113004;STB=0.562277;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0185129;OID=.;OPOS=69795199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:31:31:38:38:0.550725:18:20:12:19:18:20:12:19 chr14 69799892 . A G 205.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00151599;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.419;QD=22.1878;RBI=0.0276779;REFB=-0.00831899;REVB=-0.0276364;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226531;STB=0.615888;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0050905;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:20:20:0.540541:11:9:13:5:11:9:12:5 chr14 69820946 . C A 84.86 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00634107;FXX=0.149925;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.723;QD=19.9678;RBI=0.00735725;REFB=-0.027152;REVB=0.00373095;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153783;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:20:17:6:6:9:9:0.529412:6:3:2:4:6:3:2:4 chr14 69922552 . T C 374.46 PASS AF=0.481481;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0173313;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.699;QD=18.4917;RBI=0.040433;REFB=-0.0262285;REVB=0.0365302;RO=43;SAF=16;SAR=22;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713489;STB=0.528736;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0230842;OID=.;OPOS=69922552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:42:38:39:0.481481:22:16:15:28:23:16:15:27 chr14 69966850 . G A 162.05 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0258135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.781;QD=19.0652;RBI=0.0352157;REFB=-0.0168619;REVB=0.0239543;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414798;STB=0.534371;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0156447;OID=.;OPOS=69966850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:16:17:15:17:0.5:10:5:6:10:12:5:6:11 chr14 70037611 . A T 1061.68 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00811391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.346;QD=55.8777;RBI=0.0274754;REFB=-0.0274927;REVB=0.02625;RO=3;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184146;STB=0.509744;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000285265;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:31:42:1:2:31:42:1:2 chr14 70038786 . A G 231.93 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.939;QD=48.8276;RBI=0.0436425;REFB=0;REVB=0.0368638;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047431;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:17:1:0:0:18:1:0:0 chr14 70180778 . C G 1042.0 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.461;QD=59.5428;RBI=0.0225469;REFB=0;REVB=0.0131599;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02516e-05;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:49:19:0:0:49:21:0:0 chr14 70418881 . G A 510.72 PASS AF=0.564706;AO=47;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0124175;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.369;QD=24.0341;RBI=0.0130973;REFB=-0.0125839;REVB=-0.00416478;RO=37;SAF=21;SAR=26;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053756;STB=0.52408;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0101882;OID=.;OPOS=70418881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:37:47:48:0.564706:26:21:19:18:26:22:19:18 chr14 70477508 . C T 610.54 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0152664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.907;QD=21.4226;RBI=0.0194912;REFB=-0.0218373;REVB=0.0121179;RO=52;SAF=40;SAR=21;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881343;STB=0.544877;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0153131;OID=.;OPOS=70477508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:52:53:61:61:0.535088:21:40:29:23:21:40:30:23 chr14 70634087 . A G 1856.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.142;QD=61.3677;RBI=0.064171;REFB=0;REVB=-0.0632439;RO=0;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.8965e-05;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:50:71:0:0:50:71:0:0 chr14 70712880 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.235;QD=51.9167;RBI=0.00646181;REFB=0;REVB=0.00541986;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65873e-05;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr14 70713586 . T G 312.66 PASS AF=0.364486;AO=38;DP=107;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.00370594;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.849;QD=11.6882;RBI=0.00516822;REFB=-0.0125643;REVB=0.00360229;RO=65;SAF=21;SAR=17;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707016;STB=0.550995;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0134326;OID=.;OPOS=70713586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:68:38:39:0.364486:17:21:40:25:18:21:42:26 chr14 70713720 . AATC A 382.8 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=134;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0191953;FXX=0.0227256;HRUN=3;LEN=3;MLLD=281.899;QD=11.8697;RBI=0.0197805;REFB=-0.0138153;REVB=-0.00477593;RO=71;SAF=27;SAR=31;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137688;STB=0.560074;STBP=0.218;TYPE=del;VARB=0.0162132;OID=.;OPOS=70713721;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457364:58:134:59:129:70:28:31:41:29:99:71:27:31:43:28 chr14 70713858 . T C 558.71 PASS AF=0.55914;AO=43;DP=85;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0445084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7871;QD=24.0305;RBI=0.0445498;REFB=-0.0243748;REVB=0.00191928;RO=41;SAF=8;SAR=35;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332345;STB=0.586922;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0191569;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:93:41:41:43:52:0.55914:35:8:20:21:36:16:20:21 chr14 70827773 . T C 868.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9809;QD=57.8772;RBI=0.0936784;REFB=0;REVB=0.0178078;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096464;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr14 70839389 . A C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249695;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.74;QD=44.0922;RBI=0.0267957;REFB=-0.0678799;REVB=-0.00972279;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00358615;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr14 70924249 . A G 1230.19 PASS AF=1;AO=69;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.004;QD=61.5096;RBI=0.0610902;REFB=0;REVB=0.0575515;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200952;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:69:80:1:29:40:0:0:40:40:0:0 chr14 70924501 . C G 600.27 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0181236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.802;QD=45.3036;RBI=0.0278348;REFB=-0.0025023;REVB=-0.0211261;RO=6;SAF=15;SAR=32;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819257;STB=0.543809;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00010199;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:32:15:4:2:32:15:4:2 chr14 70924566 . CA GT 362.7 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591663;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.353;QD=55.8001;RBI=0.0240358;REFB=0;REVB=0.0232962;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000167613;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:17:7:0:0:19:7:0:0 chr14 70924693 . T C 211.72 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298692;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.55;QD=49.8163;RBI=0.0367456;REFB=0;REVB=0.0214025;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183929;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr14 70924696 . GA AG 171.24 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102767;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.186;QD=40.2916;RBI=0.122842;REFB=0;REVB=0.0672982;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000840934;OID=.;OPOS=70924696;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr14 70924955 . A C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1672;QD=58.0591;RBI=0.0323419;REFB=0;REVB=0.0238326;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273146;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr14 70925257 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.094;QD=43.4849;RBI=0.0146854;REFB=0;REVB=0.014536;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185126;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr14 70991650 . A C 276.87 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0726329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.1949;QD=46.145;RBI=0.0757944;REFB=-0.130848;REVB=0.0216624;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369717;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00537308;OID=.;OPOS=70991650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:22:23:0.958333:10:12:1:0:10:13:1:0 chr14 71052506 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTA 47.42 PASS AF=0.25,0.0178571;AO=17,4;DP=56;FAO=14,1;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=4,1;FSAR=10,0;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00641558,-0.0193282;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.4831,21.4216;QD=3.3873;RBI=0.0108046,0.0202105;REFB=-0.061261,-0.0325578;REVB=-0.00869368,0.00590617;RO=33;SAF=6,2;SAR=11,2;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0.34252,0;SSSB=-0.0492153,0.118591;STB=0.606776,0.99156;STBP=0.388,0.257;TYPE=del,snp;VARB=0.0635972,0.179679;OID=.,.;OPOS=71052507,71052512;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.0178571:17,4:56:14,1:56:41:4,1:10,0:17:24:44:33:6,2:11,2:13:20 chr14 71139279 . G T 1026.87 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.04;QD=59.5287;RBI=0.018578;REFB=0;REVB=-0.00888217;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15395e-05;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:35:32:0:0:36:33:0:0 chr14 71199452 . G A 285.62 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00390749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.245;QD=23.8012;RBI=0.00915792;REFB=-0.0130242;REVB=-0.00828245;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127922;STB=0.572094;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00814141;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:22:26:26:0.541667:11:15:14:5:11:15:16:6 chr14 71204973 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.000377813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.294;QD=15.1663;RBI=0.0137111;REFB=-0.0301943;REVB=0.0137059;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361883;STB=0.686347;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0179392;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:8:7:16:3:8:7:16:4 chr14 71374702 . G A 623.07 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=169;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.0123491;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8977;QD=14.7473;RBI=0.0380497;REFB=-0.0239101;REVB=0.0359899;RO=89;SAF=28;SAR=42;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395761;STB=0.514702;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0299769;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:89:99:70:70:0.414201:42:28:39:50:42:28:42:57 chr14 71444788 . G A 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0101881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.669;QD=18.6308;RBI=0.0353018;REFB=0.00426963;REVB=0.0337997;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329008;STB=0.687265;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00357571;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:11:5:11:5:11:5 chr14 71492869 . T C 361.86 PASS AF=0.407767;AO=40;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0136074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.185;QD=14.0527;RBI=0.0202794;REFB=-0.00182528;REVB=0.0150365;RO=61;SAF=23;SAR=17;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165614;STB=0.511358;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00277269;OID=.;OPOS=71492869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:61:61:40:42:0.407767:17:23:36:25:18:24:36:25 chr14 71577480 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0115791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.468;QD=16.6612;RBI=0.0148249;REFB=-0.00883645;REVB=0.00925754;RO=32;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130379;STB=0.573715;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0101768;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:8:20:19:13:8:20:19:13 chr14 71915415 . T G,TGTG 396.2 PASS AF=0.172414,0.827586;AO=5,22;DP=29;FAO=5,24;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=5,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345316,0.00139026;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=54.8622,211.838;QD=54.6475;RBI=0.0365722,0.0133647;REFB=0,0;REVB=-0.0120454,-0.0132922;RO=1;SAF=0,13;SAR=5,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0486023;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0412816,0.00238217;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:29:29:1:0:5,22:5,24:0.172414,0.827586:5,9:0,13:0:1:5,11:0,13:0:0 chr14 72055466 . T TC 116.45 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549838;FXX=0.39984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.7335;QD=31.0542;RBI=0.10496;REFB=0;REVB=0.0894055;RO=22;SAF=0;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0105951;OID=.;OPOS=72055467;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:15:15:0:11:4:0:0:3:22:0:3:14:8 chr14 72055468 . A C,T 332.51 PASS AF=0.88,0.12;AO=22,3;DP=25;FAO=22,3;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375549,-0.000482345;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.595,58.3482;QD=53.2014;RBI=0.055246,0.0654811;REFB=0,0;REVB=0.0551182,0.0654793;RO=0;SAF=14,0;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00420505,0.0682172;OID=.,.;OPOS=72055468,72055468;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:25:25:0:0:22,3:22,3:0.88,0.12:8,3:14,0:0:0:8,3:14,0:0:0 chr14 72117156 . T C 666.08 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00961637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9615;QD=57.9195;RBI=0.0248283;REFB=-0.0563747;REVB=0.0228904;RO=2;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00566436;STB=0.503017;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00180748;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:2:2:44:44:0.956522:19:25:1:1:19:25:1:1 chr14 73079291 . G A,GA,GAA 298.28 PASS AF=0,0,1;AO=2,7,12;DP=25;FAO=0,0,23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,3;FSAR=0,0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989062,0.221571,0.143427;FXX=0;HRUN=2,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=4.96908,22.0748,31.969;QD=51.8742;RBI=0.218298,0.362917,0.205785;REFB=0,0,0;REVB=0.194606,0.287428,0.147567;RO=3;SAF=0,1,2;SAR=2,6,10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.666583,-0.368547,-0.255954;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0204178,0.0162177;OID=.,.,.;OPOS=73079291,73079292,73079292;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:4:25:23:3:0:2,7,12:0,0,23:0,0,1:2,6,10:0,1,2:2:1:0,0,20:0,0,3:0:0 chr14 73159894 . G A 982.71 PASS AF=0.485;AO=97;DP=200;FAO=97;FDP=200;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.000510587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.084;QD=19.6542;RBI=0.0114335;REFB=-0.000384082;REVB=0.0114221;RO=103;SAF=38;SAR=59;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00333952;STB=0.50184;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.000406142;OID=.;OPOS=73159894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:103:103:97:97:0.485:59:38:40:63:59:38:40:63 chr14 73220020 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.10006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7167;QD=19.646;RBI=0.100863;REFB=-0.00507152;REVB=-0.0127077;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292536;STB=0.672611;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000546258;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:10:11:0.578947:5:5:7:1:6:5:7:1 chr14 73240509 . C T 74.46 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0563902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4882;QD=22.9101;RBI=0.0595437;REFB=0.0310744;REVB=0.0191208;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00302109;OID=.;OPOS=73240509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:5:4:8:9:0.692308:3:5:2:3:4:5:2:2 chr14 73358945 . A C 1515.46 PASS AF=0.946429;AO=105;DP=110;FAO=106;FDP=112;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0373301;FXX=0.0260847;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.464;QD=54.1234;RBI=0.0373318;REFB=-0.14111;REVB=-0.000358457;RO=4;SAF=51;SAR=54;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00099469;STB=0.500505;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000884056;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:110:112:4:6:105:106:0.946429:54:51:2:2:54:52:3:3 chr14 73360819 . T TTGTC 675.42 PASS AF=0.927273;AO=47;DP=57;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0231068;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=271.447;QD=49.1213;RBI=0.0276916;REFB=-0.0513344;REVB=0.0152611;RO=6;SAF=14;SAR=33;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164739;STB=0.5588;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.00215105;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927273:47:57:51:55:4:15:36:4:0:17:6:14:33:6:0 chr14 73425462 . G A 38.03 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.000139368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.622;QD=9.50749;RBI=0.0442969;REFB=-0.0374139;REVB=-0.0442966;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.059467;OID=.;OPOS=73425462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:16:9:10:6:6:0.375:3:3:3:6:3:3:3:7 chr14 73440864 . C T 226.69 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00696933;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.357;QD=20.1501;RBI=0.0337826;REFB=0.00412458;REVB=0.0330559;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188066;STB=0.605118;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00265577;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:5:18:13:9:5:18 chr14 73459917 . C T 542.53 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00583729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.542;QD=21.4862;RBI=0.00618125;REFB=-0.0153969;REVB=0.0020332;RO=47;SAF=30;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382868;STB=0.521056;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0104592;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:24:30:24:23:24:30:24:23 chr14 73465003 . A G 185.34 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0187105;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.035;QD=18.0824;RBI=0.0277903;REFB=-0.0208161;REVB=0.0205479;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304272;STB=0.673391;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0361699;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:14:8:13:6:14:8 chr14 73528645 . G A 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0272916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.801;QD=9.11118;RBI=0.0278075;REFB=-0.0127698;REVB=-0.00533166;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458431;STB=0.779333;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0279874;OID=.;OPOS=73528645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:5:11:2:6:5:11 chr14 73711394 . A G 238.4 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00457084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.794;QD=14.2328;RBI=0.0184724;REFB=-0.0172655;REVB=0.017898;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14943;STB=0.585514;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0234412;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:27:28:0.41791:16:11:21:17:17:11:21:18 chr14 73716774 . G A 140.15 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0149453;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2715;QD=9.18988;RBI=0.0171781;REFB=-0.0237536;REVB=-0.00846905;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118798;STB=0.514716;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.043065;OID=.;OPOS=73716774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:41:42:19:19:0.311475:10:9:19:22:10:9:19:23 chr14 73727509 . T G 405.97 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.907;QD=55.9952;RBI=0.0130303;REFB=0;REVB=-0.0123511;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23005e-05;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:20:9:0:0 chr14 73735366 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00503093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.153;QD=12.8691;RBI=0.0291783;REFB=-0.00157425;REVB=-0.0287413;RO=33;SAF=5;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32169;STB=0.687309;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000894;OID=.;OPOS=73735366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:16:5:17:16:16:5:17:16 chr14 73958375 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.486;QD=56.1916;RBI=0.014281;REFB=0;REVB=0.0134003;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1721e-05;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr14 73958811 . GT G,GC 671.97 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=9,34;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274226,0.0299266;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.674,165.494;QD=61.088;RBI=0.0397942,0.0379929;REFB=0,0;REVB=-0.0288371,-0.0234064;RO=0;SAF=8,17;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0174822,0.00252417;OID=.,.;OPOS=73958812,73958812;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:9,34:44:1,43:44:0:1,25:0,18:0:0:4:0:8,17:1,17:0:0 chr14 73963383 . T C 766.65 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.334;QD=63.8878;RBI=0.0430794;REFB=0;REVB=0.0430592;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44735e-05;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:1:0:44:48:1:24:20:0:1:28:20:0:0 chr14 73969610 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0176687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.182;QD=14.262;RBI=0.0210571;REFB=-0.0135708;REVB=0.011455;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172932;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0212299;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:8:16:8:8:8:16 chr14 73989859 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.04;QD=64.1534;RBI=0.0234506;REFB=0;REVB=0.0229929;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102162;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr14 74058832 . C T 182.65 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.357;QD=42.9761;RBI=0.102211;REFB=-0.178961;REVB=0.0943742;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.519975;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00724991;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:4:12:0:0:4:12:1:0 chr14 74061968 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1401;QD=54.5123;RBI=0.0904621;REFB=0;REVB=0.0576437;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133349;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr14 74083846 . C T 490.0 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.873;QD=57.6468;RBI=0.0424272;REFB=0;REVB=-0.00179754;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120112;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr14 74168625 . G A 568.12 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272361;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.668;QD=58.2684;RBI=0.0369901;REFB=-0.0237916;REVB=-0.0250292;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000152011;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:0:1:20:18:0:1 chr14 74196686 . T C 1004.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.947;QD=59.0958;RBI=0.0485203;REFB=0;REVB=0.0474036;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112547;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr14 74196792 . T C 709.86 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9441;QD=61.7273;RBI=0.18258;REFB=0;REVB=0.0107806;RO=0;SAF=0;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133748;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:46:0:0:41:46:1:41:0:0:0:41:5:0:0 chr14 74196844 . T C 667.03 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0477093;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.074;QD=58.0021;RBI=0.0477109;REFB=-0.0557179;REVB=0.000392486;RO=2;SAF=6;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000157156;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:38:6:0:2:38:6:0:2 chr14 74206481 . T C 482.78 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4662;QD=58.5186;RBI=0.0402334;REFB=0;REVB=-0.0233494;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194953;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr14 74206605 . TGGGGGGGCT TGGGGGGCT,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCTG 46.37 PASS AF=0.04,0.08,0.32;AO=5,3,5;DP=28;FAO=1,2,8;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=0,2,7;FSAR=1,0,1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.104515,-0.111881,-0.0839857;FXX=0;HRUN=7,7,1;LEN=1,3,1;MLLD=8.66621,13.932,12.8536;QD=7.41856;RBI=0.149313,0.13315,0.0871854;REFB=-0.0699144,-0.0791643,-0.0765624;REVB=0.106636,0.0721912,0.0234028;RO=12;SAF=2,3,5;SAR=3,0,0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0772232,0.693733,0.756567;STB=0.985671,0.996262,0.874062;STBP=0.531,0.055,0.017;TYPE=del,mnp,ins;VARB=-0.0066761,0.0680105,0.0536889;OID=.,.,.;OPOS=74206606,74206612,74206615;OREF=G,GCT,-;OALT=-,CTG,G;OMAPALT=TGGGGGGCT,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.04,0.08,0.32:5,3,5:28:1,2,8:25:14:0,2,7:1,0,1:4:10:37:12:2,3,5:3,0,0:4:8 chr14 74324807 . G A 159.86 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00400773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6869;QD=18.2695;RBI=0.0164537;REFB=0.0387099;REVB=0.0159582;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150899;STB=0.58636;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0390041;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:8:10:12:5:8:10 chr14 74340797 . A T 409.31 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00755427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.812;QD=23.389;RBI=0.0102563;REFB=-0.0170449;REVB=0.00693714;RO=29;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219934;STB=0.61358;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00926766;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:24:16:20:9:24:16:20:10 chr14 74404756 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0292302;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.113;QD=6.25134;RBI=0.0296821;REFB=-0.00516827;REVB=-0.0051598;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404914;STB=0.755997;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00956992;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:12:5:4:2:12:5 chr14 74428000 . A T 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0106044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.504;QD=14.6638;RBI=0.0314599;REFB=-0.0018409;REVB=-0.0296188;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00351993;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:9:6:8:12:9:6:8:13 chr14 74489735 . G A 1194.17 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0454126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.718;QD=59.7086;RBI=0.0501991;REFB=-0.132083;REVB=0.0213927;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000393021;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:79:79:0.9875:54:25:0:0:54:25:0:1 chr14 74514674 . A T 804.71 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.793;QD=64.3764;RBI=0.0104592;REFB=0;REVB=-0.00838429;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40811e-06;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr14 74539325 . C A 434.09 PASS AF=1;AO=29;DP=44;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560791;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.858;QD=54.2606;RBI=0.063097;REFB=0;REVB=0.02892;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000902587;OID=.;OPOS=74539325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:32:1:0:29:32:1:19:10:0:1:18:14:0:0 chr14 74876181 . T G 317.61 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0449413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.44;QD=15.4931;RBI=0.0608972;REFB=-0.0182557;REVB=-0.0410944;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285786;STB=0.522955;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0337783;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:35:35:0.426829:15:20:25:21:15:20:25:22 chr14 74991855 . A G 593.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.596;QD=60.8544;RBI=0.0928581;REFB=0;REVB=-0.0923539;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324731;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr14 74992800 . A G 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0219992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.387;QD=14.0472;RBI=0.0227539;REFB=-0.00530913;REVB=-0.00581172;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107266;STB=0.506227;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00877508;OID=.;OPOS=74992800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:11:7:11:18:11:7:11:18 chr14 75019071 . G A 557.99 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00928762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.524;QD=23.0098;RBI=0.0156;REFB=-0.00665321;REVB=0.012534;RO=45;SAF=24;SAR=28;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13487;STB=0.574104;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00467069;OID=.;OPOS=75019071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:28:24:28:17:28:24:28:17 chr14 75359670 . G A 993.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.016;QD=57.577;RBI=0.0463578;REFB=-0.0806774;REVB=-0.00844796;RO=1;SAF=21;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219715;STB=0.511624;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000534939;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:47:21:1:0:47:21:1:0 chr14 75367807 . C T 623.72 PASS AF=0.436242;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0124447;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7432;QD=16.7442;RBI=0.0378497;REFB=-0.0115963;REVB=-0.0357453;RO=83;SAF=27;SAR=38;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312497;STB=0.514487;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0153217;OID=.;OPOS=75367807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:83:84:65:65:0.436242:38:27:37:46:38:27:37:47 chr14 75373475 . T C 163.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0109706;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.725;QD=10.9195;RBI=0.013637;REFB=-0.0162208;REVB=0.0081002;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148881;STB=0.587013;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0150291;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:39:39:21:21:0.35:13:8:20:19:13:8:20:19 chr14 75376480 . T C,TC 34.18 PASS AF=0,0.152941;AO=8,9;DP=88;FAO=0,13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=0,6;FSAR=0,7;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0289783,0.0217713;FXX=0.0229859;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=34.3577,45.1864;QD=1.60851;RBI=0.190209,0.0641107;REFB=-0.0105016,-0.00614138;REVB=-0.187989,-0.0603008;RO=71;SAF=2,4;SAR=6,5;SRF=48;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.465855,-0.277268;STB=0.5,0.647475;STBP=1,0.303;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0771198;OID=.,.;OPOS=75376480,75376481;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:88:85:71:72:8,9:0,13:0,0.152941:6,5:2,4:48:23:0,7:0,6:46:26 chr14 75388183 . C T 94.69 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00894669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4098;QD=10.8217;RBI=0.0136634;REFB=-0.0135315;REVB=-0.0103269;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203466;STB=0.512175;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0288525;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:10:13:7:5:10:13 chr14 75409305 . G T 379.02 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.00578955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3486;QD=16.4792;RBI=0.0057969;REFB=-0.0117329;REVB=-0.000291707;RO=51;SAF=20;SAR=19;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180615;STB=0.597779;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00957577;OID=.;OPOS=75409305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:52:39:40:0.434783:19:20:17:34:20:20:17:35 chr14 75412908 . A C,G 1246.29 PASS AF=0.0365854,0.963415;AO=3,79;DP=83;FAO=3,79;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=3,36;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111262,-0.0109967;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.361,80.0676;QD=60.7947;RBI=0.0519205,0.039006;REFB=0,0;REVB=-0.0519085,-0.0374238;RO=0;SAF=3,36;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.1912,-0.000788668;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:83:82:0:0:3,79:3,79:0.0365854,0.963415:0,43:3,36:0:0:0,43:3,36:0:0 chr14 75475894 . G C 487.86 PASS AF=0.484848;AO=46;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.017991;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3883;QD=19.7116;RBI=0.0179923;REFB=-0.0133523;REVB=-0.000210626;RO=51;SAF=25;SAR=21;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196756;STB=0.606119;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0121477;OID=.;OPOS=75475894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:46:48:0.484848:21:25:17:34:22:26:17:34 chr14 75513826 . T C 356.24 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00823168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.99;QD=21.9222;RBI=0.016469;REFB=0.000317202;REVB=0.0142642;RO=29;SAF=21;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109908;STB=0.56069;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00027916;OID=.;OPOS=75513826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:15:21:13:16:15:21:13:16 chr14 75513828 . G A 230.7 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0447187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4431;QD=14.4186;RBI=0.0601458;REFB=0.00758656;REVB=-0.0402212;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873679;STB=0.549617;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0172636;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:21:16:14:13:21:16 chr14 75513883 . T C 769.28 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5597;QD=56.9837;RBI=0.0731221;REFB=0;REVB=0.0691517;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449505;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr14 75515693 . C T 229.27 PASS AF=0.578947;AO=20;DP=36;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0289308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.372;QD=24.134;RBI=0.0306775;REFB=-0.0264884;REVB=0.0102039;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149104;STB=0.578877;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00343203;OID=.;OPOS=75515693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:16:16:20:22:0.578947:10:10:11:5:11:11:11:5 chr14 75537322 . A G 195.18 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0121247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.576;QD=14.1948;RBI=0.0354091;REFB=-0.00131973;REVB=0.0332685;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098376;STB=0.556211;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00203842;OID=.;OPOS=75537322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:15:17:10:13:15:17 chr14 75590846 . A T 205.12 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00244214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.93;QD=15.7785;RBI=0.0129046;REFB=-0.0190065;REVB=-0.0126714;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063522;STB=0.546178;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.025291;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:29:23:23:0.442308:13:10:14:14:13:10:15:14 chr14 75705656 . G A 172.55 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0117502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.449;QD=18.1636;RBI=0.0224001;REFB=-0.0148241;REVB=0.0190709;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286962;STB=0.529379;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0224773;OID=.;OPOS=75705656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:17:18:0.473684:9:8:9:10:10:8:10:10 chr14 75705863 . C T 45.93 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0123452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.605;QD=9.18623;RBI=0.0489811;REFB=-0.00591496;REVB=-0.0473998;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.030017;OID=.;OPOS=75705863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:6:7:3:4:6:7 chr14 75745753 . CCGGGG CCGGCG,CCGGG,CCGGGC,CGGG 576.64 PASS AF=0,1,0,0;AO=3,19,3,19;DP=73;FAO=0,73,0,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0,0;FSAR=0,45,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.244957,-0.187163,-0.325544,-0.120463;FXX=0.0394685;HRUN=4,4,4,2;LEN=1,1,1,2;MLLD=91.9526,10.4881,95.5502,9.37514;QD=31.5968;RBI=0.247242,0.288435,0.326025,0.171496;REFB=0.0237217,-0.00651477,0.0617708,0.0270311;REVB=-0.0335301,0.219465,-0.0176991,-0.122064;RO=9;SAF=3,5,3,0;SAR=0,14,0,19;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.740238,0.0311786,0.740238,-0.833139;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0,0.00310258,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=75745757,75745755,75745758,75745754;OREF=G,G,G,CG;OALT=C,-,C,-;OMAPALT=CCGGCG,CCGGG,CCGGGC,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:3,19,3,19:73:0,73,0,0:73:0:0,28,0,0:0,45,0,0:0:0:3:9:3,5,3,0:0,14,0,19:2:7 chr14 75746690 . C T 592.48 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0447643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1131;QD=53.8619;RBI=0.0535508;REFB=-0.14754;REVB=-0.0293912;RO=2;SAF=20;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446315;STB=0.512189;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0442935;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:2:3:41:41:0.931818:21:20:2:0:21:20:2:1 chr14 75746698 . CAT ATC,CATC,CTC 52.18 PASS AF=0,0.333333,0;AO=2,5,2;DP=43;FAO=0,12,0;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=0,9,0;FSAR=0,3,0;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0389023,0.164936,-0.00913679;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=3,1,2;MLLD=28.69,16.2442,108.701;QD=5.79731;RBI=0.0414906,0.169153,0.0326864;REFB=-0.039637,-0.0751924,-0.00341246;REVB=-0.0144252,-0.0375364,-0.0313835;RO=33;SAF=2,2,2;SAR=0,3,0;SRF=12;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.512653,0.0446116,0.512653;STB=0.5,0.871652,0.5;STBP=1,0.013,1;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.0399069,0.161744,0;OID=.,.,.;OPOS=75746698,75746701,75746699;OREF=CAT,-,AT;OALT=ATC,C,TC;OMAPALT=ATC,CATC,CTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:43:36:33:24:2,5,2:0,12,0:0,0.333333,0:0,3,0:2,2,2:12:21:0,3,0:0,9,0:2:22 chr14 75758885 . A G 250.71 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0449915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9742;QD=19.6638;RBI=0.0456622;REFB=-0.0228021;REVB=-0.00779786;RO=24;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173876;STB=0.588906;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0214705;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:9:17:11:13:9:17:12:13 chr14 75904660 . A G 2452.72 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534158;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.962;QD=61.318;RBI=0.0633448;REFB=0;REVB=-0.0340488;RO=0;SAF=80;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81565e-05;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:159:160:1:79:80:0:0:80:80:0:0 chr14 75937022 . G A 245.6 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0845304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9109;QD=46.7807;RBI=0.0904912;REFB=-0.0210752;REVB=-0.0322996;RO=1;SAF=16;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279508;STB=0.515137;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00133352;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:4:16:1:0:4:16:1:0 chr14 76045362 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.021176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.876;QD=25.2551;RBI=0.0215957;REFB=-0.00604198;REVB=-0.00423723;RO=9;SAF=3;SAR=14;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739483;STB=0.514688;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00406707;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:9:10:17:17:0.62963:14:3:1:8:14:3:2:8 chr14 76045963 . C G 46.77 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0436351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0112;QD=10.3922;RBI=0.0533336;REFB=0.00159458;REVB=-0.0306668;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466707;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00869213;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:6:5:6:1:6:5 chr14 76224153 . T A 421.39 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00232701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.302;QD=20.5556;RBI=0.0378836;REFB=-0.0175122;REVB=0.0378121;RO=39;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154034;STB=0.583294;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0111781;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:39:40:41:42:0.512195:17:24:16:23:18:24:16:24 chr14 76330181 . G A 46.34 PASS AF=0.4;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0198324;FXX=0.117578;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.44;QD=12.358;RBI=0.0344714;REFB=-0.043816;REVB=0.0281949;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404236;STB=0.705426;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.03892;OID=.;OPOS=76330181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:15:7:7:5:6:0.4:4:1:0:7:5:1:0:7 chr14 76368544 . T C 255.18 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00443225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.051;QD=22.1892;RBI=0.0183097;REFB=-0.0100728;REVB=0.0177651;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130086;STB=0.572461;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00960571;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:6:16:14:10:6:16 chr14 76425616 . GC CG 61.8 PASS AF=0.192308;AO=11;DP=53;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00516056;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=2;MLLD=160.412;QD=4.75415;RBI=0.0261057;REFB=-0.000655387;REVB=-0.0255906;RO=39;SAF=1;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542044;STB=0.837436;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.030207;OID=.;OPOS=76425616;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:53:52:39:42:11:10:0.192308:10:1:18:21:9:1:18:24 chr14 76619167 . A C 145.69 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0223955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7813;QD=15.7502;RBI=0.0235258;REFB=0.000727722;REVB=-0.0072045;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154634;STB=0.618888;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000695182;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:21:16:16:0.432432:4:12:11:7:4:12:12:9 chr14 76662446 . C T 236.23 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0339766;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2769;QD=13.3088;RBI=0.0345064;REFB=0.00598899;REVB=-0.00602341;RO=42;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230187;STB=0.633088;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.011941;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:27:28:0.394366:19:8:21:21:20:8:21:22 chr14 76905712 . A G 234.5 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0337155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.993;QD=18.7596;RBI=0.0710642;REFB=-0.0519832;REVB=0.0625571;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184307;STB=0.59992;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.049149;OID=.;OPOS=76905712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:22:23:0.46:13:9:6:20:14:9:6:21 chr14 76957887 . T C 1039.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8406;QD=59.3929;RBI=0.034921;REFB=0;REVB=-0.0298869;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264031;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:31:37:0:0:33:37:0:0 chr14 77294930 . G A 168.15 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0159088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.345;QD=15.642;RBI=0.0247016;REFB=-0.0131895;REVB=-0.0188965;RO=24;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326783;STB=0.683976;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0219138;OID=.;OPOS=77294930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:18:18:0.418605:15:3:10:14:15:3:10:15 chr14 77332367 . C T 1108.0 PASS AF=0.974359;AO=63;DP=76;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00839193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.092;QD=56.8203;RBI=0.0406061;REFB=0.00399871;REVB=0.0397295;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.500338;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00414094;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:78:0:2:63:76:0.974359:36:27:0:0:39:37:1:1 chr14 77332408 . T C 250.3 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00366583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.612;QD=14.51;RBI=0.012211;REFB=-0.0261485;REVB=0.0116478;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229233;STB=0.521457;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.038067;OID=.;OPOS=77332408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:17:12:17:22:17:12:18:22 chr14 77336521 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0561869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.907;QD=22.9576;RBI=0.0561895;REFB=-0.00795703;REVB=-0.000540056;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123823;STB=0.569294;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0068767;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:8:3:7:9:8:3 chr14 77691753 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.018357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.37;QD=24.0275;RBI=0.0205015;REFB=-0.0199766;REVB=0.00912866;RO=8;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310935;STB=0.675416;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00909448;OID=.;OPOS=77691753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:4:10:2:6:4:10:2:6 chr14 77697967 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0323;QD=60.2295;RBI=0.0228092;REFB=0;REVB=-0.0217823;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167063;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr14 77703057 . A G 154.22 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00517238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.306;QD=18.6938;RBI=0.0255913;REFB=-0.0291948;REVB=-0.0250631;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326017;STB=0.51611;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0253523;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:16:16:17:0.515152:9:7:6:9:9:8:7:9 chr14 77708804 . C T 54.12 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0150845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.655;QD=8.32576;RBI=0.0900743;REFB=-0.0160669;REVB=-0.0888022;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22957;STB=0.653498;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0336178;OID=.;OPOS=77708804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:17:18:8:8:0.307692:4:4:5:12:4:4:5:13 chr14 77723259 . G C 90.73 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00363089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.29;QD=8.06485;RBI=0.0261536;REFB=-0.000756468;REVB=-0.0259004;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135193;STB=0.57237;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00989181;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:5:7:15:17:5:7:16:17 chr14 77745193 . A C 888.57 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00470741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.712;QD=56.4169;RBI=0.0110419;REFB=-0.0997915;REVB=-0.00998822;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000650286;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:29:32:0:1:29:33:0:1 chr14 77746112 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0433488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5009;QD=13.205;RBI=0.0631765;REFB=0.0214087;REVB=-0.0459582;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396745;STB=0.736113;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.02666;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:5:1:4:2:5:1 chr14 77746812 . T C 267.46 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00605726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.384;QD=19.1042;RBI=0.0146505;REFB=-0.0160012;REVB=0.0133397;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746711;STB=0.503174;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0188517;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:27:28:29:0.517857:17:11:10:16:17:12:11:16 chr14 77751925 . C T 1381.39 PASS AF=0.961538;AO=96;DP=101;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00887645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1006;QD=53.1302;RBI=0.014916;REFB=-0.00752372;REVB=0.0119873;RO=3;SAF=50;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276021;STB=0.518178;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0164196;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:101:104:3:4:96:100:0.961538:46:50:3:0:47:53:4:0 chr14 77786863 . C A 148.19 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0126175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0089;QD=17.9622;RBI=0.0171088;REFB=-0.0186349;REVB=-0.0115547;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510191;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0170291;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:17:16:16:0.484848:12:4:4:12:12:4:4:13 chr14 77793207 . G A 272.15 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0052989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.804;QD=15.7766;RBI=0.00997802;REFB=-0.00528924;REVB=0.00845474;RO=38;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211475;STB=0.624918;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00933116;OID=.;OPOS=77793207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:19:11:22:16:20:11:22:16 chr14 77794283 . T C 1732.0 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192735;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4524;QD=60.7719;RBI=0.0318704;REFB=0;REVB=-0.0253821;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00772e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:115:114:1:59:56:0:0:59:55:0:0 chr14 77796641 . G A 284.4 PASS AF=0.37931;AO=34;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0624679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5719;QD=13.0759;RBI=0.0631752;REFB=-0.00983864;REVB=0.00942709;RO=53;SAF=11;SAR=23;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147812;STB=0.573725;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0237906;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:54:34:33:0.37931:23:11:24:29:22:11:24:30 chr14 77843814 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0137667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.534;QD=10.3903;RBI=0.0160745;REFB=-0.00986214;REVB=0.00829856;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.011878;OID=.;OPOS=77843814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:4:7:4:3:4:7 chr14 77844869 . A G 159.72 PASS AF=0.607143;AO=13;DP=24;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0171147;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=78.8184;QD=22.8173;RBI=0.0292657;REFB=-0.0652397;REVB=0.0237397;RO=4;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144739;STB=0.504582;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00632262;OID=.;OPOS=77844869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:28:4:11:13:17:0.607143:10:3:2:2:11:6:4:7 chr14 77845121 . A G 112.26 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0172574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.605;QD=16.6315;RBI=0.0461101;REFB=-0.013507;REVB=0.0427589;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692208;STB=0.561308;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0190053;OID=.;OPOS=77845121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:8:5:6:7:8:5:7:7 chr14 77902238 . G A 285.48 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0151928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0539;QD=16.3131;RBI=0.0641521;REFB=-0.00710723;REVB=-0.0623271;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219088;STB=0.634364;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0103647;OID=.;OPOS=77902238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:31:32:0.457143:13:18:13:24:13:19:13:25 chr14 77926011 . C T 277.42 PASS AF=0.5;AO=31;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0278665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.747;QD=18.4946;RBI=0.0284549;REFB=0.00317837;REVB=-0.00575691;RO=29;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055892;STB=0.550986;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00323559;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:31:30:0.5:13:18:15:14:12:18:15:15 chr14 77928525 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0244361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9509;QD=12.737;RBI=0.0251904;REFB=0.00421375;REVB=-0.00611821;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138288;STB=0.581292;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00774394;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:6:10:14:14:6:10:14:14 chr14 77935520 . G A 308.47 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0365372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.282;QD=20.9133;RBI=0.0458431;REFB=-0.0107993;REVB=-0.0276879;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173876;STB=0.60371;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00927411;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:18:14:17:9:18:14:18:9 chr14 77942316 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0272657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.406;QD=18.8866;RBI=0.0377152;REFB=-0.0539723;REVB=-0.0260579;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0220197;OID=.;OPOS=77942316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:3:2:3:5:3:2 chr14 77951124 . C T 202.39 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00212684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.661;QD=14.2027;RBI=0.00214874;REFB=-0.00709727;REVB=-0.000305958;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236927;STB=0.64172;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00359664;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:14:10:21:11:14:10:22:11 chr14 77964661 . T C 109.26 PASS AF=0.341463;AO=15;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0146367;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.969;QD=10.6595;RBI=0.0146378;REFB=-0.0247894;REVB=-0.000180431;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173508;STB=0.535265;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0540032;OID=.;OPOS=77964661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:15:14:0.341463:9:6:10:16:9:5:11:16 chr14 77976325 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00695098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.344;QD=13.6305;RBI=0.0704011;REFB=0.00805295;REVB=-0.0700572;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250633;STB=0.646722;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0144034;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:7:2:4:4:7:2 chr14 77987958 . C A 632.91 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00706345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.827;QD=58.8757;RBI=0.00744187;REFB=0.0477321;REVB=-0.00234287;RO=1;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132274;STB=0.507039;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00128106;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:35:7:0:1:35:7:0:1 chr14 78028803 . A G 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.401;QD=58.1264;RBI=0.0225319;REFB=0;REVB=-0.00979995;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194188;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr14 78174473 . A C 265.82 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=0.00568543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8212;QD=11.433;RBI=0.0773744;REFB=-0.0163382;REVB=-0.0771652;RO=61;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091926;STB=0.552814;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0339696;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:22:10:15:46:22:10:15:46 chr14 78184566 . C A 400.8 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=65;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.000569084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.587;QD=24.2906;RBI=0.00782447;REFB=-0.0200731;REVB=-0.00780375;RO=27;SAF=16;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986287;STB=0.548995;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0115568;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:27:27:38:39:0.590909:22:16:8:19:23:16:8:19 chr14 78188878 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0480437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.754;QD=15.5715;RBI=0.0517204;REFB=-0.0298309;REVB=-0.019152;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0339503;OID=.;OPOS=78188878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr14 78197365 . C T 70.84 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00255165;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.143;QD=15.7429;RBI=0.00609047;REFB=-0.0315383;REVB=-0.00553019;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241623;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0309241;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:10:9:9:9:0.5:6:3:6:4:6:3:5:4 chr14 80669580 . T C 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0251244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.759;QD=15.9774;RBI=0.0275536;REFB=-0.0172783;REVB=0.0113123;RO=40;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184563;STB=0.60425;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0224682;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:21:11:21:19:21:11:21:19 chr14 80963383 . A AGC 616.0 PASS AF=0.90566;AO=41;DP=66;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00489243;FXX=0.086192;HRUN=0;LEN=2;MLLD=256.047;QD=46.4908;RBI=0.0163891;REFB=-0.000823494;REVB=-0.0156419;RO=18;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217204;STB=0.504711;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=3.75491e-05;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90566:41:66:48:53:5:17:31:2:3:25:18:16:25:14:4 chr14 81380682 . G A 596.53 PASS AF=0.530973;AO=59;DP=112;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00715625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.698;QD=21.1162;RBI=0.0258146;REFB=-0.0270685;REVB=-0.0248029;RO=52;SAF=37;SAR=22;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12837;STB=0.578184;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0194584;OID=.;OPOS=81380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:52:53:59:60:0.530973:22:37:25:27:22:38:25:28 chr14 81562998 . T C 1062.08 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6917;QD=59.8357;RBI=0.0400785;REFB=0;REVB=0.0292999;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503063;OID=.;OPOS=81562998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr14 84642753 . G A 179.35 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=34;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0193201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.9;QD=19.3897;RBI=0.0219799;REFB=-0.0130672;REVB=0.0104809;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221667;STB=0.509794;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0149291;OID=.;OPOS=84642753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:18:18:16:19:0.513514:11:5:6:12:13:6:6:12 chr14 86088056 . T C 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.322;QD=57.2254;RBI=0.0230174;REFB=0;REVB=-0.00286146;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12809e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr14 86091415 . G A 267.62 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0749025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9344;QD=24.329;RBI=0.0793684;REFB=-0.0139923;REVB=-0.0262481;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221872;STB=0.627284;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0163398;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:14:10:3:16:14:11:3:16 chr14 88400449 . T C 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1704;QD=60.2231;RBI=0.0649123;REFB=0;REVB=0.0567275;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792581;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr14 88400486 . A G,T 439.86 PASS AF=0.882353,0.0882353;AO=25,5;DP=32;FAO=30,3;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17,1;FSAR=13,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175204,-0.00148726;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.1294,85.5545;QD=51.7486;RBI=0.0354812,0.00478427;REFB=-0.116659,-0.169269;REVB=0.0308537,-0.00454723;RO=2;SAF=13,2;SAR=12,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0661725,-0.281149;STB=0.514276,0.665547;STBP=0.531,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.00367358,0.0441809;OID=.,.;OPOS=88400486,88400486;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:32:34:2:1:25,5:30,3:0.882353,0.0882353:12,3:13,2:2:0:13,2:17,1:1:0 chr14 88401213 . T C 728.35 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1253;QD=57.1255;RBI=0.127006;REFB=0;REVB=0.126651;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137691;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr14 88407875 . T A 832.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.128;QD=57.4393;RBI=0.0478343;REFB=0;REVB=0.00502641;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67073e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:23:33:0:0:23:35:0:0 chr14 88411947 . T C 1822.4 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.015277;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5217;QD=58.7872;RBI=0.0229223;REFB=-0.0950562;REVB=0.0170893;RO=2;SAF=66;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141761;STB=0.511109;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000938113;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:2:3:121:121:0.975806:55:66:2:0:55:66:3:0 chr14 88431898 . C T 220.41 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0911529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9705;QD=24.4895;RBI=0.0977918;REFB=0.00974873;REVB=-0.0354174;RO=15;SAF=5;SAR=16;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199829;STB=0.609667;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00932732;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:16:5:1:14:16:5:1:14 chr14 88453422 . AGGA AAGA,AG,AGA,AGAA 224.38 PASS AF=0,0.2,0.8,0;AO=2,5,11,4;DP=24;FAO=0,4,16,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,5,0;FSAR=0,2,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033914,-0.030076,0.0718317,0.11665;FXX=0.0475964;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=5.47368,16.8115,18.3043,13.703;QD=44.8759;RBI=0.0546062,0.0318134,0.137736,0.192053;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0427981,0.0103694,-0.117522,-0.152569;RO=1;SAF=1,3,2,0;SAR=1,2,9,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.25849,-0.121807,-0.177567,-0.749895;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0385816,-0.0609748,0.00163822,-0.0303737;OID=.,.,.,.;OPOS=88453423,88453424,88453423,88453424;OREF=G,GA,G,G;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=AAGA,AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.2,0.8,0:2,5,11,4:24:0,4,16,0:20:0:0,2,5,0:0,2,11,0:0:0:14:1:1,3,2,0:1,2,9,4:1:0 chr14 88477413 . C T 1138.84 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0268931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7208;QD=59.1607;RBI=0.0269224;REFB=0.00483095;REVB=-0.00125673;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129635;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000283668;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:40:36:1:0:40:36:1:0 chr14 88652389 . C T 1132.13 PASS AF=0.558511;AO=105;DP=189;FAO=105;FDP=188;FR=.;FRO=83;FSAF=71;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=0.0200275;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.508;QD=24.0879;RBI=0.0478007;REFB=-0.0245517;REVB=-0.0434029;RO=83;SAF=71;SAR=34;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558316;STB=0.530445;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0144839;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:83:83:105:105:0.558511:34:71:51:32:34:71:51:32 chr14 88792816 . T G 280.59 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00992931;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.382;QD=16.5052;RBI=0.011479;REFB=-0.0149621;REVB=0.00575996;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338983;STB=0.519072;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.017424;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:19:18:14:17:19:18 chr14 88852279 . TG T,TT 814.29 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=53,6;DP=63;FAO=57,6;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38,3;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179044,0.0267394;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=23.9491,8.98427;QD=51.7009;RBI=0.0825478,0.0395135;REFB=0,0;REVB=-0.0805827,-0.0290917;RO=1;SAF=37,3;SAR=16,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.012566,-0.123249;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0139122,-0.0511606;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.904762,0.0952381:53,6:63:57,6:63:0:38,3:19,3:0:0:21:1:37,3:16,3:1:0 chr14 88862486 . C A 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0257459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4519;QD=9.49096;RBI=0.0724165;REFB=0.0205132;REVB=-0.0676853;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383826;STB=0.736288;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0423631;OID=.;OPOS=88862486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:8:10:2:7:8:10 chr14 88862529 . G A 94.65 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0289626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2704;QD=10.8173;RBI=0.0295448;REFB=-0.00859068;REVB=-0.00583679;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166153;STB=0.599829;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0268996;OID=.;OPOS=88862529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:12:11:4:8:12:11 chr14 88904567 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00662386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.306;QD=17.4275;RBI=0.00680855;REFB=-0.00261594;REVB=-0.00157509;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230401;STB=0.63144;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00449604;OID=.;OPOS=88904567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:14:9:12:7:14:9 chr14 88935925 . A G 604.64 PASS AF=0.459854;AO=62;DP=136;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0234081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.475;QD=17.6536;RBI=0.024993;REFB=-0.000389527;REVB=-0.00875857;RO=74;SAF=38;SAR=24;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190264;STB=0.599643;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000526811;OID=.;OPOS=88935925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:74:74:62:63:0.459854:24:38:31:43:25:38:31:43 chr14 88938652 . A G 294.19 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0146843;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.279;QD=12.2578;RBI=0.0167053;REFB=-0.00701854;REVB=0.0079648;RO=60;SAF=14;SAR=20;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153517;STB=0.57806;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0110991;OID=.;OPOS=88938652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:62:34:34:0.354167:20:14:33:27:20:14:33:29 chr14 89016597 . C T 276.47 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00504472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.687;QD=24.0412;RBI=0.00721836;REFB=0.00326894;REVB=-0.00516289;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107581;STB=0.538432;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0028063;OID=.;OPOS=89016597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:20:25:26:0.565217:14:11:12:9:14:12:11:9 chr14 89037482 . CT CA,CAT,C 95.14 PASS AF=0,0.393939,0;AO=3,5,4;DP=34;FAO=0,13,0;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=0,8,0;FSAR=0,5,0;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.181263,0.0559924,0.279925;FXX=0;HRUN=10,0,10;LEN=1,1,1;MLLD=28.3852,29.0184,4.17062;QD=11.5315;RBI=0.235211,0.1811,0.299241;REFB=-0.105137,-0.0295045,-0.211717;REVB=-0.149894,-0.172227,-0.10577;RO=13;SAF=1,2,1;SAR=2,3,3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.300774,-0.233544,-0.396905;STB=0.5,0.600783,0.5;STBP=1,0.368,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.0603649,0.066049,0.0594078;OID=.,.,.;OPOS=89037483,89037483,89037483;OREF=T,-,T;OALT=A,A,-;OMAPALT=CA,CAT,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.393939,0:3,5,4:34:0,13,0:33:20:0,8,0:0,5,0:9:11:69:13:1,2,1:2,3,3:8:5 chr14 89041089 . TA T 54.71 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0795118;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.82813;QD=4.12924;RBI=0.120416;REFB=-0.0625075;REVB=0.090432;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512182;STB=0.547123;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=0.0840656;OID=.;OPOS=89041090;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358:19:52:20:53:33:10:10:19:14:54:26:10:9:15:11 chr14 89094243 . G C 415.61 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101559;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7177;QD=57.3253;RBI=0.0451434;REFB=0;REVB=-0.0439862;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616991;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:5:24:0:0:5:24:0:0 chr14 89306550 . T C 436.74 PASS AF=0.551282;AO=40;DP=75;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00964401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.92;QD=22.3968;RBI=0.00980026;REFB=-0.015155;REVB=0.00174307;RO=35;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276273;STB=0.506937;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0138581;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:35:35:40:43:0.551282:23:17:16:19:24:19:16:19 chr14 89306556 . C T 352.23 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0251919;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.275;QD=20.7196;RBI=0.0500977;REFB=-0.000606977;REVB=-0.043303;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530973;STB=0.529395;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000786775;OID=.;OPOS=89306556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:18:18:14:18:18:18:14:18 chr14 89313011 . GA G 92.24 PASS AF=0.78125;AO=15;DP=31;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.162989;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.04604;QD=11.5302;RBI=0.201443;REFB=-0.0805534;REVB=0.11838;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132271;STB=0.526739;STBP=0.645;TYPE=del;VARB=0.0812758;OID=.;OPOS=89313012;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.78125:15:31:25:32:7:8:17:3:4:22:13:7:8:4:9 chr14 89445481 . C G,T 983.73 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=4,64;DP=68;FAO=4,64;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=4,23;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257081,0.057218;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.963,50.8598;QD=57.8666;RBI=0.0265009,0.0572381;REFB=0,0;REVB=0.00643367,0.00151544;RO=0;SAF=4,23;SAR=0,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0815763,0.00213248;OID=.,.;OPOS=89445481,89445481;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:68:68:0:0:4,64:4,64:0.0588235,0.941176:0,41:4,23:0:0:0,41:4,23:0:0 chr14 89628761 . AT AA,A 42.5 PASS AF=0.117647,0.205882;AO=4,9;DP=36;FAO=4,7;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=1,1;FSAR=3,6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.10739,0.197961;FXX=0.0555401;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=28.7617,8.36279;QD=5.00054;RBI=0.127895,0.252101;REFB=-0.0511259,-0.101314;REVB=-0.0694581,-0.156098;RO=17;SAF=1,1;SAR=3,8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.431019,-0.606259;STB=0.812176,0.871716;STBP=0.277,0.037;TYPE=snp,del;VARB=0.0810489,0.0785696;OID=.,.;OPOS=89628762,89628762;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.117647,0.205882:4,9:36:4,7:34:23:1,1:3,6:15:8:19:17:1,1:3,8:11:6 chr14 89867978 . T C 1217.77 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.945;QD=60.1367;RBI=0.0174329;REFB=-0.0533654;REVB=-0.0154862;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142171;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:81:1:0:80:81:1:45:35:0:1:46:35:0:0 chr14 89884022 . A C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0128288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.871;QD=22.3981;RBI=0.0178465;REFB=-0.0104086;REVB=-0.0124063;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146837;STB=0.571702;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00684167;OID=.;OPOS=89884022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:9:12:14:5:9:13:14:5 chr14 90095445 . T C 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00738611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.249;QD=18.9984;RBI=0.0113654;REFB=-0.0136141;REVB=-0.00863821;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340071;STB=0.680634;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0102623;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:17:17:0.5:5:12:5:11:5:12:6:11 chr14 90178913 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.697;QD=45.8043;RBI=0.0233433;REFB=0;REVB=0.00393113;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211172;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr14 90178934 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0326732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.557;QD=19.3691;RBI=0.0333893;REFB=0.000548504;REVB=0.00687807;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302492;STB=0.674342;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00126531;OID=.;OPOS=90178934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:2:5:3:7:2:5 chr14 90303383 . A G 730.51 PASS AF=1;AO=39;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176963;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.388;QD=63.5228;RBI=0.0605808;REFB=0;REVB=0.0579386;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169766;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:39:46:1:14:25:0:0:19:27:0:0 chr14 90303435 . T A 669.92 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0210794;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.537;QD=54.6869;RBI=0.0219848;REFB=0.0753615;REVB=0.00624424;RO=3;SAF=24;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157209;STB=0.502731;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.000429957;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:3:4:45:45:0.918367:21:24:2:1:21:24:2:2 chr14 90303445 . T C,G 729.48 PASS AF=0.93617,0.0638298;AO=44,3;DP=47;FAO=44,3;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21,3;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754719,0.00278743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.7233,52.2255;QD=62.0833;RBI=0.0574845,0.00604704;REFB=0,0;REVB=0.0569869,-0.00536627;RO=0;SAF=21,3;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2717e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00495778,0.0544512;OID=.,.;OPOS=90303445,90303445;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:47:47:0:0:44,3:44,3:0.93617,0.0638298:23,0:21,3:0:0:23,0:21,3:0:0 chr14 90341494 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1673;QD=57.3844;RBI=0.0479265;REFB=0;REVB=-0.0342096;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74911e-06;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr14 90745422 . T C 1595.41 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00250787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.83;QD=58.015;RBI=0.0157411;REFB=-0.0548345;REVB=0.01554;RO=1;SAF=46;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102068;STB=0.505375;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000306243;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:1:108:109:0.990909:62:46:1:0:63:46:1:0 chr14 90767607 . C T 962.78 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9796;QD=57.4794;RBI=0.0215778;REFB=0;REVB=0.0208112;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543082;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr14 90865462 . C G 680.37 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262147;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.232;QD=60.4772;RBI=0.0281809;REFB=-0.110921;REVB=0.0103418;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000956581;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:1:0:20:24:1:0 chr14 90871478 . T C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00161155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.703;QD=25.4983;RBI=0.0154306;REFB=-0.0138467;REVB=0.0153462;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302011;STB=0.516764;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00906291;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:7:9:12:11:7:9 chr14 91123575 . T C 339.38 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6906;QD=54.3013;RBI=0.0576816;REFB=0;REVB=-0.0445922;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000775791;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr14 91161862 . C T 7464.58 PASS AF=1;AO=469;DP=472;FAO=473;FDP=473;FR=.;FRO=0;FSAF=273;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00680692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.809;QD=63.1254;RBI=0.0225795;REFB=-0.0457332;REVB=0.0215291;RO=1;SAF=271;SAR=198;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00240507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37143e-05;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:472:473:1:0:469:473:1:198:271:0:1:200:273:0:0 chr14 91165572 . G A 1452.99 PASS AF=0.989362;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1926;QD=61.8292;RBI=0.0251983;REFB=-0.0318133;REVB=-0.00844783;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000477339;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:94:93:0.989362:55:39:0:0:54:39:0:1 chr14 91636530 . G C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00318635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.43;QD=21.2667;RBI=0.0135162;REFB=-0.0296644;REVB=0.0131353;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247952;STB=0.641076;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0301337;OID=.;OPOS=91636530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:13:4:7:7:13:4:7:7 chr14 91700846 . G A 859.62 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.637;QD=54.5787;RBI=0.091546;REFB=-0.0417518;REVB=0.0897025;RO=1;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200789;STB=0.520826;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00533592;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:23:38:0:1:23:38:0:2 chr14 91717214 . C T 1160.36 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422705;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.05;QD=61.0718;RBI=0.0220081;REFB=0;REVB=0.0215983;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98684e-06;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr14 91739081 . A G 192.77 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00707608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.437;QD=10.5625;RBI=0.01072;REFB=-0.00949601;REVB=0.00805284;RO=47;SAF=19;SAR=6;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308328;STB=0.687049;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0162486;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:47:25:26:0.356164:6:19:24:23:6:20:24:23 chr14 91760522 . C T 215.27 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0025244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4338;QD=12.6626;RBI=0.0128287;REFB=-0.0054517;REVB=-0.0125779;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923067;STB=0.553007;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00822432;OID=.;OPOS=91760522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:12:14:19:23:12:14:19:23 chr14 91883499 . G A 492.69 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03886;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.264;QD=59.7193;RBI=0.0420359;REFB=0;REVB=0.0160286;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718346;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr14 91883967 . G T 105.88 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00185518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4848;QD=11.4461;RBI=0.0512463;REFB=-0.0415884;REVB=0.0512127;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235942;STB=0.656405;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0914789;OID=.;OPOS=91883967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:24:13:13:0.351351:9:4:11:10:9:4:13:11 chr14 91925027 . G T 57.27 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00610058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.326;QD=6.0281;RBI=0.00936833;REFB=-0.00326539;REVB=0.00710975;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118615;STB=0.550912;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0127583;OID=.;OPOS=91925027;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:37:38:28:29:9:9:0.236842:3:6:21:7:3:6:21:8 chr14 91942087 . AG A 221.67 PASS AF=0.769231;AO=19;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0211478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8868;QD=34.1024;RBI=0.0593563;REFB=-0.0390163;REVB=-0.0554612;RO=6;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123997;STB=0.571353;STBP=0.223;TYPE=del;VARB=0.00183117;OID=.;OPOS=91942088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.769231:19:26:20:26:6:15:5:3:3:34:6:14:5:3:3 chr14 92040793 . C G 320.15 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0110958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8186;QD=13.6233;RBI=0.0203006;REFB=-0.0128814;REVB=0.0169999;RO=58;SAF=29;SAR=7;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313335;STB=0.681239;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0215111;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:7:29:33:25:7:29:33:25 chr14 92084004 . C G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3211;QD=59.0173;RBI=0.0122264;REFB=0;REVB=-0.00966256;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18154e-05;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr14 92088016 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.475;QD=58.4195;RBI=0.0521735;REFB=0;REVB=-0.0509828;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30646e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr14 92159558 . A G 151.52 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0249388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.553;QD=12.6268;RBI=0.0250213;REFB=-0.000657514;REVB=0.0020303;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212298;STB=0.629494;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00108438;OID=.;OPOS=92159558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:10:7:7:23:10:7:7:24 chr14 92181337 . G A 186.69 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0330083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.944;QD=27.6573;RBI=0.0330667;REFB=-0.0299849;REVB=-0.00196372;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333351;STB=0.518498;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0115019;OID=.;OPOS=92181337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:9:9:18:18:0.666667:9:9:4:5:9:9:4:5 chr14 92181405 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.225;QD=59.4352;RBI=0.0598131;REFB=0;REVB=0.00259619;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442438;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr14 92249126 . G A 1568.55 PASS AF=0.990741;AO=100;DP=102;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.471;QD=58.0943;RBI=0.0144474;REFB=0.0853345;REVB=0.0036342;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.503936;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-5.37573e-05;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:108:0:1:100:107:0.990741:59:41:0:0:63:44:0:1 chr14 92251587 . A G 525.74 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0170249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4371;QD=19.1178;RBI=0.0176276;REFB=-0.0292533;REVB=-0.0045699;RO=55;SAF=36;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104931;STB=0.558118;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0266273;OID=.;OPOS=92251587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:19:36:30:25:19:36:30:25 chr14 92268615 . T G 715.57 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590589;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.721;QD=57.2453;RBI=0.0656598;REFB=0;REVB=0.0286924;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143265;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr14 92270253 . C G 153.24 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0310994;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.234;QD=20.4324;RBI=0.032082;REFB=-0.00274228;REVB=0.00787921;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105752;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00264736;OID=.;OPOS=92270253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:6:8:11:5:6:8 chr14 92347680 . A G 970.97 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.836;QD=58.8469;RBI=0.054379;REFB=0;REVB=-0.051867;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208713;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:39:26:0:0:39:27:0:0 chr14 92537223 . G T 159.52 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0473676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3439;QD=11.6011;RBI=0.0580647;REFB=0.0049228;REVB=0.0335831;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234016;STB=0.64692;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00905831;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:35:19:20:0.363636:9:10:11:24:9:11:11:24 chr14 92537354 . C G 68.67 PASS AF=0.25;AO=8;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0370511;FXX=0.0476077;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.624;QD=6.8669;RBI=0.0533794;REFB=-0.0221377;REVB=-0.0384263;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513459;STB=0.705428;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0391411;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:40:40:21:30:8:10:0.25:7:1:11:10:8:2:13:17 chr14 92548785 . C T 233.32 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0602841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3259;QD=16.9689;RBI=0.0602895;REFB=0.0047304;REVB=0.000804819;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737094;STB=0.550032;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00681636;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:29:25:26:0.472727:11:14:14:15:11:15:14:15 chr14 92549586 . G A 119.03 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00765199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.115;QD=12.8675;RBI=0.01716;REFB=-0.00848904;REVB=-0.0153595;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132719;STB=0.578199;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0109825;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:11:12:9:5:11:12 chr14 92559678 . G C 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0368616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.844;QD=13.4581;RBI=0.0368628;REFB=-0.00945847;REVB=0.000301887;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.599867;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0110023;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:10:16:12:4:10:16 chr14 92572927 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.174;QD=21.0137;RBI=0.0223966;REFB=0.00527182;REVB=-0.0223966;RO=7;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00386119;OID=.;OPOS=92572927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:11:0:0:7:11:0:0:7 chr14 92588002 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.813;QD=54.5169;RBI=0.105819;REFB=0;REVB=-0.0956364;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044813;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr14 92732101 . A C 322.63 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.000737235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9576;QD=14.1814;RBI=0.0153762;REFB=0.000605972;REVB=-0.0153585;RO=54;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170113;STB=0.602562;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0027166;OID=.;OPOS=92732101;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:13:23:26:28:13:23:26:29 chr14 92792255 . G A 919.16 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0059;QD=58.3594;RBI=0.0301915;REFB=0;REVB=-0.00857107;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345393;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:44:19:0:0:44:19:0:0 chr14 92909073 . TG CG,GC 842.23 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=51,5;DP=59;FAO=58,2;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897972,0.0234852;FXX=0.0322529;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=132.203,61.9658;QD=56.1488;RBI=0.0998633,0.0353876;REFB=0,0;REVB=0.0994588,-0.0264713;RO=0;SAF=25,0;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94283e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000564332,0.0716204;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:59:60:0:0:51,5:58,2:0.966667,0.0333333:26,5:25,0:0:0:32,2:26,0:0:0 chr14 92920371 . C T 576.71 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0038171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.472;QD=21.3595;RBI=0.00923205;REFB=-0.0160767;REVB=0.00840598;RO=50;SAF=21;SAR=37;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120985;STB=0.566554;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0185595;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:37:21:25:25:37:21:25:25 chr14 92958522 . A C 157.84 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0155251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.438;QD=12.1418;RBI=0.0171575;REFB=-0.0182093;REVB=-0.00730425;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209279;STB=0.621121;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.033146;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:22:11:10:9:22:11 chr14 93118038 . A G 316.58 PASS AF=0.460526;AO=33;DP=74;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0228509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3025;QD=16.6622;RBI=0.023351;REFB=-0.0291728;REVB=-0.0048069;RO=39;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131759;STB=0.551694;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0280235;OID=.;OPOS=93118038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:39:41:33:35:0.460526:22:11:18:21:22:13:19:22 chr14 93118668 . C T 166.19 PASS AF=0.586207;AO=14;DP=27;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.184885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4449;QD=22.9224;RBI=0.187512;REFB=-0.0912038;REVB=0.0312737;RO=13;SAF=1;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584043;STB=0.630901;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0219522;OID=.;OPOS=93118668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:29:13:12:14:17:0.586207:13:1:7:6:13:4:6:6 chr14 93118669 . G A 108.08 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0308758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.743;QD=14.9075;RBI=0.0310145;REFB=-0.0296499;REVB=-0.0029299;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288924;STB=0.688862;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0233161;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:16:13:13:0.448276:6:7:3:11:6:7:3:13 chr14 93119407 . C T 173.4 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00701907;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.511;QD=12.8442;RBI=0.00712739;REFB=-0.0313072;REVB=0.00123791;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601501;STB=0.534726;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0467451;OID=.;OPOS=93119407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:16:17:12:9:16:17 chr14 93178191 . A G 1175.21 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310922;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.184;QD=61.0498;RBI=0.0311374;REFB=0;REVB=-0.00167711;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7127e-05;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr14 93183718 . C T 169.5 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0268483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8459;QD=16.5361;RBI=0.033081;REFB=-0.0186361;REVB=-0.0193268;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159573;STB=0.591298;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.018227;OID=.;OPOS=93183718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:14:9:10:8:14:9 chr14 93199080 . C T 284.68 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00639837;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.95;QD=21.8988;RBI=0.00946908;REFB=-0.0319691;REVB=-0.00698028;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108398;STB=0.559959;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0134975;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:8:15:15:14:8:15 chr14 93276654 . T C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.843;QD=44.0922;RBI=0.0420499;REFB=0.0251169;REVB=-0.0393325;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00109398;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr14 93398031 . G C 128.18 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.00746717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9789;QD=12.2077;RBI=0.0802119;REFB=-0.0208789;REVB=0.0798636;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367041;STB=0.521709;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0541193;OID=.;OPOS=93398031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:12:3:6:21:12:3:6:21 chr14 93399169 . G A 337.08 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00974468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.937;QD=13.0904;RBI=0.0335731;REFB=-0.0144637;REVB=0.0321278;RO=63;SAF=28;SAR=12;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26824;STB=0.653065;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0236334;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:63:40:40:0.38835:12:28:29:34:12:28:29:34 chr14 93401178 . A G 167.42 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.100701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.419;QD=41.8557;RBI=0.101144;REFB=0.0023588;REVB=-0.00945782;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100822;STB=0.555478;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00506614;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:11:4:1:0:11:4:1:0 chr14 93407062 . A G 781.76 PASS AF=0.95;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0310862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.267;QD=52.1175;RBI=0.0517739;REFB=-0.0444364;REVB=0.0414027;RO=3;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194452;STB=0.510585;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00334232;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:56:57:0.95:26:30:1:2:26:31:1:2 chr14 93407301 . C A 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0140224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.1;QD=20.9874;RBI=0.014039;REFB=-0.014286;REVB=0.000682778;RO=30;SAF=11;SAR=24;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470334;STB=0.525973;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0133551;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:24:11:8:22:24:11:8:22 chr14 93412743 . G A 344.78 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00276336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8841;QD=21.8909;RBI=0.0595587;REFB=0.0013761;REVB=0.0594946;RO=27;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420727;STB=0.524077;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.000695812;OID=.;OPOS=93412743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:27:28:34:35:0.555556:21:13:9:18:22:13:9:19 chr14 93693831 . C T 246.59 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0150678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6533;QD=15.9088;RBI=0.0538866;REFB=-0.0200107;REVB=0.0517371;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.539506;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0225113;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:15:12:17:17:16:12:17:17 chr14 93943998 . G A 458.96 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00993693;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2078;QD=22.6644;RBI=0.0102235;REFB=-0.00984768;REVB=-0.00240344;RO=36;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777174;STB=0.547924;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00929573;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:36:37:44:44:0.54321:24:20:13:23:24:20:13:24 chr14 93994954 . G A 391.89 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00866875;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4248;QD=13.2844;RBI=0.0200385;REFB=0.00449872;REVB=0.0180663;RO=70;SAF=17;SAR=29;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970903;STB=0.564906;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00887233;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:70:72:46:46:0.389831:29:17:32:38:29:17:34:38 chr14 94007075 . C T 479.61 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.000811898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.757;QD=19.9835;RBI=0.00763007;REFB=-0.0218207;REVB=-0.00758675;RO=48;SAF=31;SAR=16;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138645;STB=0.503691;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0209736;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:48:49:47:47:0.489583:16:31:31:17:16:31:32:17 chr14 94410275 . CA C 290.19 PASS AF=0.522222;AO=44;DP=92;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00467118;FXX=0.0217368;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.8587;QD=12.8972;RBI=0.0329077;REFB=-0.00276493;REVB=-0.0325744;RO=42;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03963;STB=0.529827;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.00672287;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522222:44:92:47:90:43:19:28:20:23:99:42:19:25:20:22 chr14 94417421 . G A 1923.8 PASS AF=0.992308;AO=124;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146783;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.042;QD=59.1938;RBI=0.0501366;REFB=-0.0537468;REVB=0.0479398;RO=1;SAF=73;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922467;STB=0.504586;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00313811;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:130:1:1:124:129:0.992308:51:73:0:1:54:75:0:1 chr14 94417541 . A G 527.41 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337447;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.605;QD=60.2757;RBI=0.0372317;REFB=0;REVB=-0.0157319;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69944e-05;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr14 94417586 . G A 400.57 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.486;QD=53.4096;RBI=0.141657;REFB=0;REVB=0.0986065;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327192;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:15:15:0:0 chr14 94467549 . C T 211.8 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00277437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.603;QD=19.7021;RBI=0.0176958;REFB=-0.0041701;REVB=-0.017477;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150015;STB=0.581422;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00399751;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:22:21:21:0.488372:11:10:13:7:11:10:14:8 chr14 94564035 . A G 731.97 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661372;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.992;QD=56.3054;RBI=0.0664464;REFB=0;REVB=0.00640302;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117294;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:51:52:1:34:17:0:0:35:17:0:0 chr14 94564039 . A G 283.27 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0101024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8744;QD=23.124;RBI=0.0388746;REFB=-0.0280342;REVB=-0.037539;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170853;STB=0.601917;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0235079;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:15:11:5:17:15:11:5:18 chr14 94564058 . G A 242.6 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0426677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.042;QD=22.5671;RBI=0.0478757;REFB=-0.0400091;REVB=0.0217153;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209464;STB=0.5894;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0341246;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:19:20:22:23:0.534884:12:10:4:15:13:10:5:15 chr14 94756450 . T A 412.27 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00492961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9035;QD=35.0867;RBI=0.0132519;REFB=-0.00312878;REVB=0.0123008;RO=14;SAF=21;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157102;STB=0.585604;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00364421;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:12:21:5:9:12:21:5:9 chr14 94756750 . T C 367.24 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.00654505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.462;QD=19.0774;RBI=0.00659711;REFB=-0.0346393;REVB=-0.000827184;RO=39;SAF=14;SAR=24;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140986;STB=0.577943;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0283927;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:24:14:9:30:24:14:9:30 chr14 94756794 . T C 775.04 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00303104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6068;QD=53.4509;RBI=0.00694818;REFB=-0.00453027;REVB=0.00625219;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362315;STB=0.519224;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00179708;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:31:25:2:0:31:25:2:0 chr14 94772504 . G A 390.38 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0151617;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7278;QD=16.2657;RBI=0.015576;REFB=-0.00121498;REVB=-0.0035682;RO=55;SAF=13;SAR=28;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119157;STB=0.50671;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00172451;OID=.;OPOS=94772504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:28:13:18:37:28:13:18:37 chr14 94776219 . C T 433.35 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00391177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.355;QD=16.2001;RBI=0.0129541;REFB=-0.0102452;REVB=0.0123493;RO=59;SAF=16;SAR=32;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611299;STB=0.534232;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00810623;OID=.;OPOS=94776219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:32:16:23:36:32:16:23:36 chr14 94776221 . A C 527.74 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0432299;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.483;QD=21.5402;RBI=0.0435115;REFB=0.000839001;REVB=-0.00494288;RO=47;SAF=18;SAR=32;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161971;STB=0.507933;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0013442;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:50:50:0.510204:32:18:17:30:32:18:18:30 chr14 94780608 . G A 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0120383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.155;QD=22.3817;RBI=0.025813;REFB=-0.0234223;REVB=0.0228339;RO=28;SAF=26;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753224;STB=0.541643;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0221463;OID=.;OPOS=94780608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:10:26:18:10:10:26:18:10 chr14 94847415 . A G 337.14 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.000849979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9932;QD=24.973;RBI=0.0316891;REFB=-0.00862246;REVB=-0.0316777;RO=21;SAF=8;SAR=25;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831677;STB=0.545823;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00655175;OID=.;OPOS=94847415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:25:8:7:14:25:8:7:14 chr14 94912799 . G A 731.17 PASS AF=0.514493;AO=70;DP=137;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0154067;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.003;QD=21.1932;RBI=0.0251107;REFB=-0.00400608;REVB=0.0198288;RO=66;SAF=45;SAR=25;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157815;STB=0.585963;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00365947;OID=.;OPOS=94912799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:66:67:70:71:0.514493:25:45:31:35:25:46:32:35 chr14 94912896 . T G 378.12 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0238368;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.861;QD=18.6728;RBI=0.0262462;REFB=-0.0145618;REVB=-0.010985;RO=40;SAF=23;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150229;STB=0.595655;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0124448;OID=.;OPOS=94912896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:42:39:39:0.481481:16:23:17:23:16:23:17:25 chr14 94929541 . G A 621.54 PASS AF=0.588235;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00100732;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.1242;QD=24.3742;RBI=0.00730326;REFB=-0.00785675;REVB=0.00723346;RO=42;SAF=27;SAR=32;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686194;STB=0.540262;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0108076;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:42:42:59:60:0.588235:32:27:23:19:33:27:23:19 chr14 94931105 . A G 207.28 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00916936;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.284;QD=13.1608;RBI=0.00961957;REFB=0.0130238;REVB=0.00290844;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201763;STB=0.607509;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0231071;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:15:10:22:15:15:10:22:16 chr14 94933473 . C A 221.7 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.012697;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.944;QD=12.1478;RBI=0.0227652;REFB=-0.0070182;REVB=0.0188955;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161235;STB=0.515756;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0157038;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:46:27:27:0.369863:13:14:24:21:13:14:25:21 chr14 94933640 . A T 341.64 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0335273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.979;QD=18.467;RBI=0.035004;REFB=-0.0187397;REVB=-0.0100598;RO=38;SAF=12;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358032;STB=0.519989;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0149935;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:24:12:14:24:24:12:14:24 chr14 94933695 . G A 298.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0253877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2589;QD=18.6739;RBI=0.0401608;REFB=0.00661872;REVB=0.0311184;RO=32;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667988;STB=0.537359;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00539779;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:23:9:11:21:23:9:11:21 chr14 94935566 . G A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00683597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.249;QD=25.1488;RBI=0.00753693;REFB=-0.0124958;REVB=0.00317408;RO=21;SAF=21;SAR=6;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371016;STB=0.520533;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00646573;OID=.;OPOS=94935566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:6:21:17:4:6:21:17:4 chr14 95053849 . T C 455.19 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.000800567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.5176;QD=22.7595;RBI=0.00474879;REFB=-0.00712707;REVB=0.00468082;RO=36;SAF=9;SAR=35;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17297;STB=0.595928;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00608739;OID=.;OPOS=95053849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:35:9:13:23:35:9:13:23 chr14 95053863 . C T 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00269741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.479;QD=23.2576;RBI=0.013122;REFB=-0.00642754;REVB=0.0128418;RO=36;SAF=11;SAR=35;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118485;STB=0.518693;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00508021;OID=.;OPOS=95053863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:36:37:46:46:0.554217:35:11:9:27:35:11:10:27 chr14 95053890 . GC AC,AT 1077.52 PASS AF=0.472973,0.527027;AO=34,39;DP=76;FAO=35,39;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=13,10;FSAR=22,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013852,0.0207471;FXX=0.0263123;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=202.411,208.18;QD=58.2441;RBI=0.00497219,0.0209425;REFB=0,0;REVB=-0.00477534,-0.00285435;RO=0;SAF=12,10;SAR=22,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.75716e-08,4.36384e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00290407,0.00249153;OID=.,.;OPOS=95053890,95053890;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:76:74:0:0:34,39:35,39:0.472973,0.527027:22,29:12,10:0:0:22,29:13,10:0:0 chr14 95054012 . A G 508.82 PASS AF=0.564706;AO=47;DP=84;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00645032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2384;QD=23.9446;RBI=0.0316505;REFB=-0.0133253;REVB=-0.0309863;RO=37;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891777;STB=0.552359;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00979508;OID=.;OPOS=95054012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:37:37:47:48:0.564706:28:19:19:18:29:19:19:18 chr14 95054176 . T C 482.15 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.951;QD=58.4421;RBI=0.0394833;REFB=0;REVB=-0.00460611;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65237e-05;OID=.;OPOS=95054176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:25:6:0:0:26:7:0:0 chr14 95107973 . C T 253.77 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0278389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2343;QD=21.5977;RBI=0.0861527;REFB=-0.0206464;REVB=0.0815309;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148776;STB=0.593562;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0265123;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:14:10:13:9:14:10:14:9 chr14 95555205 . C T 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7188;QD=58.9608;RBI=0.0259076;REFB=0;REVB=0.0249496;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139103;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr14 95660242 . A G 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0082161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.102;QD=52.6961;RBI=0.0129059;REFB=-0.0920696;REVB=0.00995277;RO=2;SAF=19;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469855;STB=0.52499;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000970482;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:30:19:2:0:30:19:2:0 chr14 95786115 . C T 261.9 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0402301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.447;QD=22.2897;RBI=0.0420479;REFB=-0.0174279;REVB=0.0122298;RO=21;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258389;STB=0.614704;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.015662;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:21:22:24:25:0.531915:18:6:11:10:18:7:11:11 chr14 95884323 . G A 167.07 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.102676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9508;QD=25.7033;RBI=0.104288;REFB=-0.0861303;REVB=0.01826;RO=8;SAF=2;SAR=14;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542629;STB=0.74436;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0267944;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:8:9:16:17:0.653846:14:2:7:1:14:3:7:2 chr14 95903307 . TAGA T 328.0 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040542;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=188.318;QD=54.6662;RBI=0.071227;REFB=0;REVB=-0.058563;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.8883e-05;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:25:24:24:0:12:12:0:0:4:0:11:11:0:0 chr14 95906023 . G A 231.66 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0148088;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.959;QD=22.6006;RBI=0.0201662;REFB=-0.0188318;REVB=0.0136885;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927713;STB=0.529999;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0352921;OID=.;OPOS=95906023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:15:7:4:14:15:7:5:14 chr14 95906321 . G A 666.5 PASS AF=0.411111;AO=74;DP=182;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=-0.00817061;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.03;QD=14.8111;RBI=0.01306;REFB=-0.0159458;REVB=0.0101885;RO=104;SAF=23;SAR=51;SRF=38;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644526;STB=0.544195;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0197472;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:104:106:74:74:0.411111:51:23:38:66:51:23:40:66 chr14 95918625 . T C 165.95 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0119176;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.183;QD=11.4447;RBI=0.0143965;REFB=-0.0107965;REVB=-0.00807653;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206123;STB=0.528026;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0141985;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:37:21:21:0.362069:11:10:16:19:11:10:16:21 chr14 95921741 . C T 155.31 PASS AF=0.432432;AO=12;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00624922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.081;QD=16.7906;RBI=0.00869072;REFB=-0.0320033;REVB=0.00603952;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251285;STB=0.576834;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0343809;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:12:16:0.432432:5:7:16:4:5:11:16:4 chr14 95923670 . A C 132.11 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0289908;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.998;QD=13.9064;RBI=0.0302897;REFB=-0.00602777;REVB=-0.00877498;RO=24;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235448;STB=0.648429;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00831891;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:23:15:15:0.394737:12:3:9:15:12:3:9:14 chr14 95999820 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.524;QD=60.0304;RBI=0.0293671;REFB=0;REVB=-0.0110911;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117183;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr14 96131432 . A G 682.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4714;QD=62.0314;RBI=0.0601634;REFB=0;REVB=-0.0432266;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104557;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr14 96134589 . C T 229.46 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0051875;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9473;QD=16.1022;RBI=0.0755205;REFB=-0.00437599;REVB=0.0753421;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122095;STB=0.578888;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00827255;OID=.;OPOS=96134589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:31:26:26:0.45614:13:13:20:12:13:13:20:11 chr14 96136794 . A G 471.73 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5549;QD=57.1791;RBI=0.0889739;REFB=0;REVB=0.0416123;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292806;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:23:9:0:0:23:10:0:0 chr14 96157187 . G A 143.54 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0165674;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.635;QD=13.0491;RBI=0.0165694;REFB=0.00260838;REVB=-0.000252894;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899355;STB=0.552567;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00380569;OID=.;OPOS=96157187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:16:16:0.363636:9:7:10:18:9:7:10:18 chr14 96556914 . T C 1141.71 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187253;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.194;QD=60.0901;RBI=0.0619134;REFB=0;REVB=0.0590138;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123068;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:74:76:1:29:45:0:1:30:46:0:0 chr14 96557121 . T C 529.27 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00270046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3924;QD=57.2183;RBI=0.0171927;REFB=-0.179022;REVB=0.0169793;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00393252;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:37:0:1:36:36:0.972973:16:20:0:0:16:20:0:1 chr14 96557873 . G T 560.81 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309595;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.981;QD=60.6282;RBI=0.0392084;REFB=0;REVB=0.0240584;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279924;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr14 96558235 . T C 780.05 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.896;QD=63.6776;RBI=0.0111989;REFB=0;REVB=0.00488905;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292896;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:23:25:0:0:23:26:0:0 chr14 96558881 . C G 923.62 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.127;QD=56.8382;RBI=0.0387346;REFB=-0.104046;REVB=0.023817;RO=1;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101589;STB=0.505375;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000435645;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:46:18:0:1:46:18:0:1 chr14 96559208 . G T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.028444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.764;QD=21.8412;RBI=0.0432178;REFB=-0.00938971;REVB=0.0325379;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00662365;OID=.;OPOS=96559208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr14 96559723 . G A 842.54 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0125019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.392;QD=54.3576;RBI=0.0209456;REFB=-0.0321557;REVB=0.0168054;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165565;STB=0.50108;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00129052;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:28:32:0:1:28:32:1:1 chr14 96559791 . C T 289.15 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8253;QD=52.5726;RBI=0.0288355;REFB=0;REVB=0.0265688;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651899;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:7:15:0:0 chr14 96560092 . G A 850.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000209076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3806;QD=57.6866;RBI=0.00854778;REFB=0;REVB=0.00854522;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16836e-05;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 392.88 PASS AF=0.6125;AO=44;DP=67;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.022942;FXX=0.101112;HRUN=4;LEN=9;MLLD=231.839;QD=19.6442;RBI=0.0415359;REFB=-0.0422212;REVB=0.0346251;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.505226;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.0221089;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6125:44:67:49:80:31:31:18:20:11:99:0:27:17:0:0 chr14 96707457 . A G 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00990681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.024;QD=18.1162;RBI=0.0169172;REFB=-0.0158215;REVB=-0.013713;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281921;STB=0.659828;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00414925;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:14:6:11:7:14:6 chr14 96708667 . T C 199.39 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0279318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.107;QD=27.5013;RBI=0.0371446;REFB=-0.0108582;REVB=0.0244855;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049823;STB=0.527646;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00325248;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:11:8:5:5:11:8:5:5 chr14 96708782 . A T 215.0 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0101761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.047;QD=15.3574;RBI=0.0177802;REFB=-0.00876104;REVB=0.0145802;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315001;STB=0.679856;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0217752;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:28:31:23:25:0.446429:15:8:19:9:17:8:20:11 chr14 96709359 . A AC 62.02 PASS AF=0.295455;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0156023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4231;QD=5.63825;RBI=0.112831;REFB=-0.00411389;REVB=0.111747;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203669;STB=0.548661;STBP=0.688;TYPE=ins;VARB=0.0195186;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:12:47:13:44:31:5:8:14:17:62:34:4:8:17:17 chr14 96730142 . A G 666.78 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0128174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.543;QD=21.0011;RBI=0.0140902;REFB=-0.00860108;REVB=-0.00585227;RO=61;SAF=34;SAR=32;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134677;STB=0.57392;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00756589;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:32:34:22:39:32:34:22:39 chr14 96871104 . G A 231.53 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0180187;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.881;QD=22.588;RBI=0.0248649;REFB=-0.0109624;REVB=0.0171345;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243248;STB=0.625708;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00805828;OID=.;OPOS=96871104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:19:22:22:0.536585:9:13:6:14:9:13:6:13 chr14 96922752 . C G 631.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.831;QD=61.654;RBI=0.0258166;REFB=0;REVB=-0.0244216;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34238e-05;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr14 96922766 . A G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0109924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.966;QD=21.3765;RBI=0.0111843;REFB=0.00254282;REVB=0.00206289;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141031;STB=0.578881;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00327979;OID=.;OPOS=96922766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:15:7:11:12:15:7 chr14 97104758 . A G 390.16 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.014808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.146;QD=20.5345;RBI=0.0250036;REFB=-0.0113927;REVB=0.020147;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855112;STB=0.552606;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0114643;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:36:39:40:0.526316:19:20:22:14:20:20:22:14 chr14 97321689 . C T 1546.71 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1712;QD=62.4932;RBI=0.0290873;REFB=-0.0857598;REVB=-0.025216;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000609698;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:39:59:0:0:39:59:0:1 chr14 98435696 . T C 2334.6 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640733;FXX=0.0316436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.625;QD=61.0352;RBI=0.071286;REFB=0;REVB=0.0709975;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244451;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:151:153:1:77:74:0:0:79:74:0:0 chr14 98444369 . T C,G 667.15 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=41,2;DP=44;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387452,-0.015207;FXX=0.0425441;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=207.337,16.6603;QD=59.3026;RBI=0.0158504,0.108836;REFB=-0.0713089,-0.0130249;REVB=0.0153695,-0.107768;RO=0;SAF=21,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00154113,0.0420122;OID=.,.;OPOS=98444369,98444369;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:44:45:0:0:41,2:44,1:0.977778,0.0222222:20,2:21,0:0:0:23,1:21,0:0:0 chr14 98817896 . T C 726.84 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8892;QD=52.8614;RBI=0.03064;REFB=0.0123763;REVB=-0.0199577;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.503175;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00476544;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:53:53:0.963636:22:31:0:1:22:31:1:1 chr14 99182559 . G A 270.84 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0906683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.343;QD=12.1727;RBI=0.0912949;REFB=-0.00720284;REVB=0.0106776;RO=56;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667943;STB=0.522224;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0129322;OID=.;OPOS=99182559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:57:31:32:0.359551:17:14:22:34:18:14:23:34 chr14 99638736 . ATTTTTTTTTTTTTTA ATTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTATT 190.98 PASS AF=0.461538,0,0.307692,0.230769;AO=3,5,6,2;DP=30;FAO=12,0,8,6;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,2,6;FSAR=7,0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517575,-0.066547,-0.104426,-0.00938601;FXX=0.103413;HRUN=14,14,14,14;LEN=4,3,2,3;MLLD=14.3328,11.151,8.12477,113.665;QD=29.3807;RBI=0.0517578,0.0665567,0.104463,0.00938672;REFB=-0.0735663,-0.0785024,-0.0748132,-0.0246786;REVB=-0.000184593,0.00113538,-0.00278678,0.000115631;RO=0;SAF=1,2,1,2;SAR=2,3,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0.046872,0.0750538,-0.0309354,-0.0697186;OID=.,.,.,.;OPOS=99638737,99638737,99638737,99638749;OREF=TTTT,TTT,TT,TTA;OALT=-,-,-,ATT;OMAPALT=ATTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.461538,0,0.307692,0.230769:3,5,6,2:30:12,0,8,6:26:0:5,0,2,6:7,0,6,0:0:0:35:0:1,2,1,2:2,3,5,0:0:0 chr14 99876505 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00572634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.724;QD=11.1978;RBI=0.0198255;REFB=-0.00475953;REVB=0.0189805;RO=22;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605708;STB=0.871223;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00841136;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:1:11:10:12:1:11:10:12 chr14 100411774 . G A 458.1 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00325444;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.542;QD=55.5277;RBI=0.021232;REFB=-0.134351;REVB=0.0209811;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00152845;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:0:1:32:32:0.969697:12:20:0:0:12:20:0:1 chr14 100615665 . T C 1276.22 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=90;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00312178;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.061;QD=57.358;RBI=0.033493;REFB=-0.0401719;REVB=0.0333472;RO=4;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054027;STB=0.528565;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00142683;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:90:89:4:4:85:85:0.955056:33:52:0:4:33:52:0:4 chr14 100625902 . C T 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4033;QD=53.2679;RBI=0.0932779;REFB=0;REVB=0.0927214;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133305;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr14 100758502 . G A 404.7 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0477054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8829;QD=18.3953;RBI=0.0477235;REFB=-0.0283988;REVB=-0.00131388;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485996;STB=0.519991;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0266883;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:24:18:17:28:24:18:18:28 chr14 100759046 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0012415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.781;QD=11.2563;RBI=0.0166222;REFB=-0.0207226;REVB=0.0165758;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340422;STB=0.699579;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0189311;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:10:2:4:4:10:2 chr14 100759277 . C T 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00252029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.733;QD=17.9428;RBI=0.0340404;REFB=-0.0241665;REVB=0.033947;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469589;STB=0.526297;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0210348;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:16:13:14:14:16:13 chr14 100792482 . C A 1544.41 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0633866;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.183;QD=62.4004;RBI=0.0698872;REFB=-0.122812;REVB=0.0294341;RO=2;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000617816;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000628927;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:99:2:1:95:98:0.989899:49:46:1:1:52:46:1:0 chr14 100795139 . G T 290.76 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4457;QD=48.4592;RBI=0.0395324;REFB=-0.0151088;REVB=0.0309164;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00064914;OID=.;OPOS=100795139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:22:22:0.916667:13:9:0:0:13:9:1:0 chr14 100808845 . G A 903.85 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.846;QD=57.3874;RBI=0.107742;REFB=0;REVB=0.0298627;RO=0;SAF=14;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349075;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:47:14:0:0:48:15:0:0 chr14 100832391 . T C 1171.86 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.342;QD=60.8757;RBI=0.0278744;REFB=0;REVB=0.015577;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65402e-05;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr14 100847523 . T C 596.61 PASS AF=0.906977;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00975711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5677;QD=55.4981;RBI=0.0126665;REFB=-0.0540417;REVB=-0.00807706;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.501886;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00653996;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:42:43:0:2:38:39:0.906977:20:18:0:0:21:18:1:1 chr14 100847707 . A G 1193.83 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664861;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.99;QD=61.2218;RBI=0.0102257;REFB=0;REVB=0.0077692;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66477e-06;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:55:23:0:0:55:23:0:0 chr14 100847930 . A G 789.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016525;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.787;QD=64.474;RBI=0.0168531;REFB=0;REVB=0.00330931;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013452;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr14 101138230 . A C 217.41 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0375702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3357;QD=13.1765;RBI=0.0674845;REFB=0.000330535;REVB=0.0560593;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126729;STB=0.568669;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00105321;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:40:26:26:0.393939:12:14:25:13:12:14:26:14 chr14 101198417 . A G 1491.64 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.124;QD=63.4742;RBI=0.0184448;REFB=0;REVB=0.017707;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10118e-05;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:48:45:0:0:48:46:0:0 chr14 101200645 . T C 143.47 PASS AF=0.875;AO=11;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0307544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.483;QD=35.8666;RBI=0.0655418;REFB=-0.0571321;REVB=0.0578783;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562412;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00171737;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:0:2:11:14:0.875:7:4:0:0:7:7:2:0 chr14 101302211 . G T 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0227498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.245;QD=25.3676;RBI=0.0228066;REFB=-0.0245074;REVB=-0.00160845;RO=11;SAF=4;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780405;STB=0.595231;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0128241;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:11:14:21:21:0.6:17:4:3:8:17:4:5:9 chr14 101507727 . C T 698.38 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.71;QD=62.0778;RBI=0.130272;REFB=0;REVB=0.00885216;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559417;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr14 101522556 . T C 1568.83 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.166;QD=59.7651;RBI=0.0185296;REFB=0;REVB=0.0174318;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91819e-05;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:47:56:0:0:49:56:0:0 chr14 102446161 . G A 336.36 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00790094;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5848;QD=20.6992;RBI=0.0089496;REFB=-0.0177473;REVB=-0.00420363;RO=30;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187408;STB=0.515914;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0131601;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:34:35:0.538462:14:20:17:13:14:21:17:13 chr14 102550803 . G A 252.12 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7759;QD=50.424;RBI=0.0513841;REFB=0;REVB=0.0245526;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151067;OID=.;OPOS=102550803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr14 102568296 . G A 1000.22 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00809844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9604;QD=56.3505;RBI=0.0778053;REFB=-0.111855;REVB=-0.0773827;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511901;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00187651;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:0:2:69:69:0.971831:41:28:0:0:41:28:0:2 chr14 102568367 . T A 990.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.258;QD=59.1359;RBI=0.0309746;REFB=0;REVB=0.00995907;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06608e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr14 102808330 . C T 51.57 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0694915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4568;QD=18.7531;RBI=0.0701429;REFB=0.010972;REVB=-0.00953707;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368547;STB=0.77329;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0263326;OID=.;OPOS=102808330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:3:4:7:7:0.636364:1:6:1:2:1:6:1:3 chr14 102808655 . G C 269.1 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00879021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.779;QD=29.0917;RBI=0.00971605;REFB=-0.00930115;REVB=0.0041393;RO=11;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100955;STB=0.586134;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00992653;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:11:13:24:24:0.648649:15:9:6:5:15:9:8:5 chr14 102814945 . G A 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00679042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.027;QD=16.5033;RBI=0.032035;REFB=-0.00494666;REVB=0.031307;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807452;STB=0.553531;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0153316;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:13:13:17:12:13:13:18:12 chr14 102894593 . G A 348.53 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0212545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3214;QD=33.193;RBI=0.0455544;REFB=-0.00899183;REVB=0.0402921;RO=13;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946333;STB=0.551688;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00548068;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:13:16:5:8:13:16:5:8 chr14 102965367 . TCACCACACCACACCACACCA TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT 188.95 PASS AF=0.652174,0.130435;AO=14,3;DP=23;FAO=15,3;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=11,3;FSAR=4,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0615817,0.0706283;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=155.031,69.0162;QD=32.8609;RBI=0.0961641,0.071077;REFB=-0.110371,-0.048457;REVB=0.0738596,0.00797331;RO=5;SAF=11,3;SAR=3,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119351,0.658479;STB=0.540927,0.994993;STBP=0.554,0.188;TYPE=del,snp;VARB=0.0514791,0.073592;OID=.,.;OPOS=102965368,102965387;OREF=CACCA,A;OALT=-,T;OMAPALT=TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174,0.130435:14,3:23:15,3:23:5:11,3:4,0:3:2:30:5:11,3:3,0:3:2 chr14 102965435 . A G 193.7 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0232939;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9354;QD=22.7887;RBI=0.0251065;REFB=-0.0983341;REVB=0.00936639;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219493;STB=0.60725;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0473131;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:15:19:19:0.558824:8:11:4:10:8:11:5:10 chr14 102965437 . A T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00934087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.778;QD=23.8204;RBI=0.0720925;REFB=-0.0452205;REVB=-0.0714848;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178848;STB=0.599908;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0300617;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:8:14:7:10:8:14:7:10 chr14 103161736 . A AG,G 727.93 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=50,4;DP=56;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486487,0.0141043;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.8013,5.23962;QD=52.9405;RBI=0.122409,0.159653;REFB=0,0;REVB=-0.112327,-0.159029;RO=1;SAF=31,0;SAR=19,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0149453,-0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00147373,-0.00548152;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:56:55:1:0:50,4:54,1:0.981818,0.0181818:19,4:31,0:1:0:23,1:31,0:0:0 chr14 103193028 . G A 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0561;QD=59.138;RBI=0.0339017;REFB=0;REVB=0.029098;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442719;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr14 103338324 . T A,TA 1211.44 PASS AF=0.963415,0.0365854;AO=69,15;DP=89;FAO=79,3;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39,3;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646131,0.0489288;FXX=0;HRUN=8,2;LEN=1,1;MLLD=33.2891,24.1669;QD=59.0946;RBI=0.0750506,0.0489288;REFB=0,0;REVB=0.0381802,-6.81183e-05;RO=5;SAF=32,10;SAR=37,5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00817453,0.128204;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0137128,-0.0595962;OID=.,.;OPOS=103338324,103338325;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:89:82:5:0:69,15:79,3:0.963415,0.0365854:37,5:32,10:2:3:40,0:39,3:0:0 chr14 103342049 . T C 717.94 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000320056;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.273;QD=57.4353;RBI=0.00169966;REFB=0;REVB=0.00166925;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68592e-05;OID=.;OPOS=103342049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:37:12:0:0:37:13:0:0 chr14 103370119 . C T 664.12 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0498836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.026;QD=59.0329;RBI=0.0643261;REFB=-0.0459183;REVB=0.0406136;RO=1;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034749;STB=0.51851;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000380336;OID=.;OPOS=103370119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:13:30:0:1:13:31:0:1 chr14 103370163 . C T 590.32 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0223763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.258;QD=45.4092;RBI=0.0642767;REFB=-0.0745136;REVB=0.0602561;RO=5;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095338;STB=0.547682;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00285138;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:52:52:5:5:46:47:0.903846:15:31:1:4:16:31:1:4 chr14 103399961 . T C 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.026918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1451;QD=12.7807;RBI=0.114179;REFB=0.0138301;REVB=-0.11096;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438811;STB=0.749624;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0332668;OID=.;OPOS=103399961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:13:1:5:5:13:1 chr14 103440473 . G C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0104735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2555;QD=14.4113;RBI=0.0162137;REFB=0.000117275;REVB=0.0123769;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344524;STB=0.695468;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-6.80013e-05;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:5:23:9:9:5:23 chr14 103566904 . G A 461.36 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00520037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.303;QD=18.8312;RBI=0.0314369;REFB=-0.00694465;REVB=0.0310038;RO=52;SAF=26;SAR=20;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106411;STB=0.559095;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00737391;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:20:26:35:17:20:26:35:17 chr14 103576395 . G A 1693.6 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7761;QD=60.4856;RBI=0.0689574;REFB=0;REVB=0.0687848;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370979;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr14 103576415 . A G 265.84 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00409242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.612;QD=13.2919;RBI=0.0073897;REFB=-0.0251788;REVB=0.00615303;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854297;STB=0.556061;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0250982;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:46:49:31:31:0.3875:18:13:23:23:18:13:25:24 chr14 103576443 . TC CG 965.29 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030966;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.526;QD=59.4027;RBI=0.037663;REFB=0;REVB=0.0214385;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000158986;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:39:26:0:0 chr14 103576775 . C T 209.9 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00154909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.804;QD=18.6577;RBI=0.00651718;REFB=-0.0163721;REVB=0.0063304;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178323;STB=0.600747;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0168903;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:16:8:11:10:16:8 chr14 103593950 . C G 102.91 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0170995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.835;QD=17.8974;RBI=0.0222167;REFB=-0.0273195;REVB=0.0141841;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159197;STB=0.608523;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.026289;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:23:23:10:11:12:12:0.521739:6:6:3:7:6:6:3:8 chr14 103602278 . A G 157.82 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0157864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.628;QD=16.6123;RBI=0.0209509;REFB=-0.0042057;REVB=-0.0137742;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234864;STB=0.646886;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0035862;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:6:11:8:12:6:11:8:13 chr14 103852725 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.371;QD=58.9611;RBI=0.0220516;REFB=0;REVB=-0.0118437;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78942e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr14 103934488 . T C 672.82 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00579084;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=236.584;QD=54.9242;RBI=0.013798;REFB=-0.220518;REVB=-0.012524;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391242;STB=0.500907;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00134923;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:49:49:2:4:45:45:0.918367:22:23:2:0:22:23:2:2 chr14 103986255 . C T 1232.43 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.645;QD=60.1186;RBI=0.0627307;REFB=-0.0525706;REVB=0.0558974;RO=1;SAF=48;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976018;STB=0.504949;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000749678;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:82:1:1:78:81:0.987805:30:48:1:0:31:50:1:0 chr14 103996396 . G A 1160.13 PASS AF=0.963415;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0479244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.098;QD=56.5915;RBI=0.0492438;REFB=-0.0771563;REVB=0.0113229;RO=3;SAF=43;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318772;STB=0.516125;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000932897;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:82:3:3:77:79:0.963415:34:43:3:0:34:45:3:0 chr14 104001032 . C T 344.04 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0387872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.564;QD=31.276;RBI=0.0499152;REFB=-0.0364497;REVB=0.0314178;RO=14;SAF=8;SAR=21;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586314;STB=0.550526;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0186821;OID=.;OPOS=104001032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:15:29:29:0.659091:21:8:5:9:21:8:6:9 chr14 104001517 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191715;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.373;QD=62.021;RBI=0.0195289;REFB=0;REVB=-0.0037191;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74871e-05;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 378.27 PASS AF=1;AO=24;DP=40;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651091;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=12;MLLD=424.962;QD=56.04;RBI=0.0195188;REFB=0;REVB=0.0184009;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.18867e-05;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:40:27:27:0:15:12:0:0:4:13:14:10:13:0 chr14 104194196 . C G 1952.21 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.704;QD=61.9751;RBI=0.0196391;REFB=0;REVB=0.0195778;RO=0;SAF=62;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73793e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:64:62:0:0:64:62:0:0 chr14 104201549 . C T 168.26 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.020157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1206;QD=13.1965;RBI=0.0335432;REFB=-0.0222645;REVB=0.0268112;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278261;STB=0.509794;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0377297;OID=.;OPOS=104201549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:30:31:19:20:0.392157:9:10:15:15:10:10:16:15 chr14 104208286 . G T 489.84 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0318734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.662;QD=19.5938;RBI=0.0347458;REFB=-0.0206693;REVB=-0.0138332;RO=51;SAF=9;SAR=39;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25318;STB=0.638918;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0227723;OID=.;OPOS=104208286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:52:48:48:0.48:39:9:20:31:39:9:20:32 chr14 104394850 . C T 429.25 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00191966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7943;QD=19.7356;RBI=0.0141261;REFB=0.00444563;REVB=0.0139951;RO=43;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105292;STB=0.563276;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00366368;OID=.;OPOS=104394850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:44:43:43:0.494253:22:21:16:27:22:21:16:28 chr14 104429453 . A G 1175.55 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.374;QD=59.5214;RBI=0.0542125;REFB=0.0231907;REVB=0.0522346;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000139919;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:41:37:0:0:41:37:0:1 chr14 104436931 . C T 136.28 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00557368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.499;QD=10.6889;RBI=0.00658748;REFB=0.00493156;REVB=0.00351126;RO=33;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258367;STB=0.68061;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.010348;OID=.;OPOS=104436931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:34:16:17:0.333333:13:3:12:21:14:3:13:21 chr14 104452640 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0168231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.808;QD=15.2295;RBI=0.0193799;REFB=-0.0130277;REVB=-0.009621;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530915;STB=0.530531;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0194298;OID=.;OPOS=104452640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:12:7:9:19:12:7:9:19 chr14 104465037 . T C 1280.01 PASS AF=0.897959;AO=87;DP=99;FAO=88;FDP=98;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0897975;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9353;QD=52.2451;RBI=0.108473;REFB=0.00866424;REVB=0.0608511;RO=10;SAF=40;SAR=47;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104842;STB=0.554335;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00716712;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:98:10:10:87:88:0.897959:47:40:10:0:47:41:10:0 chr14 104480071 . G A 322.13 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.00327087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5753;QD=16.5194;RBI=0.0107202;REFB=-0.0150625;REVB=0.0102091;RO=41;SAF=7;SAR=28;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286985;STB=0.507932;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0170737;OID=.;OPOS=104480071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:43:35:35:0.448718:28:7:9:32:28:7:9:34 chr14 104480201 . C A 1478.24 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00477395;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4343;QD=62.2419;RBI=0.00546272;REFB=0.0614806;REVB=-0.00265532;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.506328;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0003382;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:1:1:94:94:0.989474:55:39:1:0:55:39:1:0 chr14 104481083 . T C 210.79 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0378279;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.653;QD=18.3298;RBI=0.0766776;REFB=-0.0271896;REVB=0.0666972;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696018;STB=0.539644;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0241468;OID=.;OPOS=104481083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:10:15:14:7:10:15 chr14 104497543 . C T 212.69 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0225748;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4826;QD=16.0517;RBI=0.0269134;REFB=-0.00330629;REVB=-0.0146529;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107368;STB=0.560924;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0038057;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:14:15:15:9:14:15 chr14 104559552 . G C 911.86 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0376854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.755;QD=55.2639;RBI=0.0424126;REFB=0.0135334;REVB=0.0194586;RO=2;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496208;STB=0.526307;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.000128971;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:18:46:0:2:18:46:0:2 chr14 104559623 . T C 1699.68 PASS AF=0.982759;AO=110;DP=112;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.010978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.118;QD=58.6095;RBI=0.0799314;REFB=-0.168084;REVB=0.0791739;RO=1;SAF=68;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111683;STB=0.510868;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00389766;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:116:1:2:110:114:0.982759:42:68:0:1:45:69:0:2 chr14 104559852 . T C 739.11 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7831;QD=56.8547;RBI=0.0925417;REFB=0;REVB=-0.0264289;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142222;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr14 104559919 . T C 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6038;QD=57.6721;RBI=0.0665702;REFB=0;REVB=-0.0128131;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153287;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr14 104559922 . C G 378.41 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0141027;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.127;QD=50.4552;RBI=0.0141028;REFB=-0.0363417;REVB=-7.03354e-05;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.502391;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00171561;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:30:1:2:28:28:0.933333:15:13:0:1:15:13:1:1 chr14 104563932 . G T 1012.98 PASS AF=0.972222;AO=65;DP=66;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00172665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.908;QD=56.2768;RBI=0.0398774;REFB=-0.023239;REVB=0.03984;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.504827;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000433853;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:72:0:2:65:70:0.972222:46:19:0:0:46:24:1:1 chr14 104624141 . GC G 35.07 PASS AF=0.275862;AO=33;DP=91;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.146748;FXX=0.0439512;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.82513;QD=1.61225;RBI=0.210057;REFB=-0.170332;REVB=0.150295;RO=45;SAF=26;SAR=7;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458976;STB=0.736642;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.170024;OID=.;OPOS=104624142;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:33:91:24:87:63:18:6:27:36:35:45:26:7:16:29 chr14 104641792 . C T 740.69 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802636;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.84;QD=56.9759;RBI=0.0354635;REFB=0;REVB=0.0345433;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68739e-05;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:14:38:0:0:14:38:0:0 chr14 104642341 . A G 1035.75 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.576;QD=59.1857;RBI=0.0187008;REFB=0;REVB=0.0179077;RO=0;SAF=14;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87485e-06;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:55:14:0:0:56:14:0:0 chr14 104643409 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9404;QD=23.2183;RBI=0.0380602;REFB=-0.0402491;REVB=-0.0380602;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352598;OID=.;OPOS=104643409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr14 104643721 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.819;QD=57.2023;RBI=0.0447633;REFB=0;REVB=0.0293695;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170617;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr14 104643859 . A G 353.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.589;QD=54.3692;RBI=0.066907;REFB=0;REVB=0.0606755;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230176;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:6:18:0:0:8:18:0:0 chr14 104644099 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.939;QD=37.4885;RBI=0.0386396;REFB=0;REVB=-0.0222482;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181217;OID=.;OPOS=104644099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr14 104646326 . A C 174.91 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.019289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.2;QD=14.5755;RBI=0.019289;REFB=-0.00999695;REVB=2.54099e-05;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236209;STB=0.611854;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0141397;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:29:18:19:0.395833:12:6:16:13:12:7:16:13 chr14 104646771 . T C 206.93 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0376586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7566;QD=17.2441;RBI=0.0690612;REFB=0.0306117;REVB=-0.0578902;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159191;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0562427;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:15:12:9:12:15:12 chr14 104647224 . C T 410.18 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00667801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.774;QD=18.2303;RBI=0.0209068;REFB=-0.0256662;REVB=-0.0198116;RO=48;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171138;STB=0.50955;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0288887;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:22:20:22:26:22:20:22:26 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 330.85 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0299953;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=9;MLLD=259.397;QD=35.7675;RBI=0.0521931;REFB=-0.0540256;REVB=0.0427131;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529389;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.0188463;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72973:27:33:27:37:10:21:6:7:3:72:0:21:6:0:0 chr14 105058447 . AGGGGC AGGGC,AGGGCG,AGGGCT,AGGGGCG 54.95 PASS AF=0.25641,0,0,0.205128;AO=15,2,2,5;DP=43;FAO=10,0,0,8;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=1,0,0,8;FSAR=9,0,0,0;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.213647,-0.136987,0.0234812,-0.0260755;FXX=0.0714116;HRUN=4,4,4,0;LEN=1,2,2,1;MLLD=11.6129,52.7113,23.7156,54.2867;QD=5.6357;RBI=0.237134,0.1398,0.0331886,0.0301708;REFB=-0.13041,-0.0425992,-0.0889635,-0.0296376;REVB=-0.102895,-0.0279027,-0.0234545,-0.0151771;RO=17;SAF=2,2,1,5;SAR=13,0,1,0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.415663,0,0,0;SSSB=-0.420017,0.540081,0.0291305,0.705809;STB=0.785697,0.5,0.5,0.998622;STBP=0.061,1,1,0;TYPE=del,mnp,mnp,ins;VARB=0.169353,0,0,0.212199;OID=.,.,.,.;OPOS=105058448,105058451,105058451,105058453;OREF=G,GC,GC,-;OALT=-,CG,CT,G;OMAPALT=AGGGC,AGGGCG,AGGGCT,AGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641,0,0,0.205128:15,2,2,5:43:10,0,0,8:39:21:1,0,0,8:9,0,0,0:8:13:42:17:2,2,1,5:13,0,1,0:8:9 chr14 105058498 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0130903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.987;QD=12.3293;RBI=0.0378215;REFB=-0.0329438;REVB=0.0354839;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162153;STB=0.596829;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0153839;OID=.;OPOS=105058498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:7:10:8:3:7:10 chr14 105070896 . C T 59.18 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0496171;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9099;QD=13.151;RBI=0.0555734;REFB=0.00831374;REVB=-0.025031;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245631;STB=0.514669;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0060436;OID=.;OPOS=105070896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:6:4:3:5:6:4 chr14 105167807 . C T 928.21 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.178;QD=57.1205;RBI=0.0571004;REFB=-0.108383;REVB=0.0188123;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247818;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:64:65:1:41:23:0:1:42:23:0:0 chr14 105177351 . CAG C,CG,CGG 1537.89 PASS AF=0.0185185,0.981481,0;AO=14,83,12;DP=112;FAO=2,106,0;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=1,47,0;FSAR=1,59,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281772,0.00408958,0.00811664;FXX=0.00917347;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=60.0846,75.1684,61.8018;QD=56.9589;RBI=0.0424825,0.0192209,0.0148325;REFB=0,0,0;REVB=-0.042389,-0.0187808,0.0124147;RO=0;SAF=6,41,2;SAR=8,42,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0138841,-0.000664944,0.0327767;OID=.,.,.;OPOS=105177352,105177352,105177352;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481,0:14,83,12:112:2,106,0:108:0:1,47,0:1,59,0:0:0:4:0:6,41,2:8,42,10:0:0 chr14 105179194 . T C 1044.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.51;QD=59.6744;RBI=0.0337147;REFB=0;REVB=0.0313236;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19632e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr14 105180565 . T C 835.85 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00381258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6357;QD=55.7236;RBI=0.0261523;REFB=-0.0469143;REVB=-0.0258729;RO=0;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00129241;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:60:0:1:57:59:0.983333:44:13:0:0:45:14:0:1 chr14 105180706 . A C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.072;QD=57.5453;RBI=0.0152227;REFB=0;REVB=0.00657643;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr14 105196229 . CA C,CC 105.38 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=5,6;DP=11;FAO=10,1;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170643,0.0337637;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.9372,59.5822;QD=38.3203;RBI=0.173842,0.102571;REFB=0,0;REVB=-0.0331973,-0.0968544;RO=0;SAF=1,1;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00102774,0.0283735;OID=.,.;OPOS=105196230,105196230;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.909091,0.0909091:5,6:11:10,1:11:0:1,1:9,0:0:0:5:0:1,1:4,5:0:0 chr14 105196235 . G A 138.05 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0175284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6018;QD=39.4434;RBI=0.0522889;REFB=-0.1479;REVB=0.0492634;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00733696;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:0:1:13:13:0.928571:11:2:0:0:11:2:0:1 chr14 105196365 . T C 1283.41 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5249;QD=61.8512;RBI=0.031766;REFB=0;REVB=-0.0272839;RO=0;SAF=24;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017283;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:58:24:0:0:59:24:0:0 chr14 105211221 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.657;QD=57.3856;RBI=0.0144253;REFB=0;REVB=0.0109996;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0348e-05;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr14 105213343 . A G 732.89 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0123;QD=55.3127;RBI=0.0935394;REFB=0;REVB=0.0221678;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178875;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:33:19:1:0:33:20:0:0 chr14 105220209 . G GA 1531.71 PASS AF=1;AO=45;DP=130;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529887;FXX=0.0573723;HRUN=0;LEN=1;MLLD=167.472;QD=53.2768;RBI=0.0630706;REFB=0;REVB=-0.0342067;RO=83;SAF=31;SAR=14;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00196568;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:130:115:115:0:53:62:0:0:9:83:31:14:28:55 chr14 105220210 . G A 823.28 PASS AF=0.604839;AO=75;DP=124;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0169383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.976;QD=26.5573;RBI=0.0381062;REFB=-0.11847;REVB=0.0341347;RO=47;SAF=22;SAR=53;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274198;STB=0.642605;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00794789;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:47:49:75:75:0.604839:53:22:31:16:53:22:31:18 chr14 105222037 . C T 2607.6 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253875;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.668;QD=62.0858;RBI=0.0454242;REFB=0;REVB=0.0376674;RO=0;SAF=68;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8349e-05;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:168:168:1:100:68:0:0:100:68:0:0 chr14 105223668 . GT AC,AT 1264.24 PASS AF=0.0361446,0.963855;AO=3,77;DP=84;FAO=3,80;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=3,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312807,0.0304096;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=81.5974,157.924;QD=60.9271;RBI=0.0363105,0.0395551;REFB=0,0;REVB=0.0184384,0.0252955;RO=0;SAF=0,32;SAR=3,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0189055,0.000152905;OID=.,.;OPOS=105223668,105223668;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:84:83:0:0:3,77:3,80:0.0361446,0.963855:3,45:0,32:0:0:3,47:0,33:0:0 chr14 105239894 . C T 207.1 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.26;QD=48.7303;RBI=0.107676;REFB=0;REVB=0.105823;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113325;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:9:5:0:0:12:5:0:0 chr14 105268740 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000163434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.766;QD=19.9285;RBI=0.0181184;REFB=-0.00479849;REVB=-0.0181176;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253577;STB=0.644916;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00511415;OID=.;OPOS=105268740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:6:3:8:4:6:3 chr14 105354097 . G A 255.95 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00581164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.896;QD=14.0248;RBI=0.00905779;REFB=-0.00931704;REVB=-0.00694754;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787096;STB=0.560378;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0210678;OID=.;OPOS=105354097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:42:43:29:30:0.410959:18:11:19:23:19:11:20:23 chr14 105393556 . G C 313.98 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00461678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7974;QD=30.6317;RBI=0.00809481;REFB=-0.0380995;REVB=0.00664916;RO=14;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242368;STB=0.633233;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0114083;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:18:9:10:4:18:9:10:4 chr14 105405599 . G C 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00323746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.989;QD=14.0549;RBI=0.00621112;REFB=-0.011634;REVB=0.00530064;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126066;STB=0.569084;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0125833;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:35:25:25:0.416667:8:17:18:14:8:17:20:15 chr14 105405942 . G A 226.82 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0576822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.749;QD=17.1183;RBI=0.057953;REFB=-0.0408423;REVB=-0.00559549;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736317;STB=0.55064;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0425349;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:11:13:13:15:11:14:13:15 chr14 105406238 . A C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.015731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.295;QD=11.0924;RBI=0.0390413;REFB=0.00417377;REVB=0.0357318;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00177926;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr14 105407031 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0301433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.486;QD=20.8931;RBI=0.0301574;REFB=-0.0319009;REVB=0.000920534;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066985;STB=0.538384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0216945;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:3:3:4:6:3:3 chr14 105407208 . T C 167.47 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00995775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.691;QD=23.0994;RBI=0.0168422;REFB=-0.00884231;REVB=-0.0135832;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00656402;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:5:7:9:8:5:7 chr14 105407798 . T C 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0118938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.312;QD=8.8105;RBI=0.0364322;REFB=-0.00325576;REVB=0.0344361;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00547456;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr14 105408030 . A G 137.0 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00173014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.759;QD=18.2666;RBI=0.0249193;REFB=-0.00610374;REVB=-0.0248591;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342688;STB=0.69812;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00382693;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:3:12:7:8:3:12:7:8 chr14 105408182 . T G 277.4 PASS AF=0.5;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0389784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.301;QD=18.4935;RBI=0.0426787;REFB=-0.0211887;REVB=-0.0173826;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177828;STB=0.604586;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0240067;OID=.;OPOS=105408182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:30:30:0.5:17:13:7:22:17:13:7:23 chr14 105408315 . T C 359.31 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0353168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6237;QD=19.9619;RBI=0.0355234;REFB=0.00635377;REVB=-0.00382577;RO=34;SAF=13;SAR=24;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145367;STB=0.568089;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0141182;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:24:13:7:27:24:13:8:27 chr14 105408811 . A G 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0102499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.896;QD=20.8116;RBI=0.0542171;REFB=-0.0143175;REVB=-0.0532394;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771486;STB=0.543359;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0228452;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:13:10:12:11:13:10 chr14 105408827 . A C 271.67 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.061793;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1817;QD=23.1211;RBI=0.0617938;REFB=-0.00563243;REVB=-0.000303484;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388652;STB=0.533307;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00613102;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:22:25:25:0.531915:12:13:13:10:12:13:13:9 chr14 105408955 . A G 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00484148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.62;QD=16.5033;RBI=0.054095;REFB=-0.0194216;REVB=-0.0538779;RO=30;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312975;STB=0.676742;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0181053;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:8:18:11:19:8:18:11:19 chr14 105409959 . G T 460.03 PASS AF=0.5;AO=43;DP=89;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0596804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6259;QD=19.5759;RBI=0.0797032;REFB=-0.0357749;REVB=0.0528284;RO=46;SAF=17;SAR=26;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217004;STB=0.605906;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0380319;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:46:47:43:47:0.5:26:17:29:17:28:19:29:18 chr14 105410183 . T C 221.67 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0314644;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.735;QD=17.386;RBI=0.0314644;REFB=-0.00760722;REVB=3.26893e-05;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228265;STB=0.629517;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00952633;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:17:7:14:13:17:7:14:13 chr14 105410411 . C T 261.01 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00268094;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.126;QD=20.4717;RBI=0.00578697;REFB=-0.0165621;REVB=0.00512851;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156365;STB=0.508714;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0117282;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:14:13:12:12:14:13:12:12 chr14 105410775 . A G 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00785992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.105;QD=7.27119;RBI=0.0185543;REFB=-0.00550833;REVB=-0.0168073;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889948;STB=0.555432;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0111085;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:23:25:9:9:0.264706:5:4:12:11:5:4:13:12 chr14 105410827 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000317566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.426;QD=6.81341;RBI=0.000633956;REFB=-0.00211058;REVB=-0.000548682;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439766;STB=0.788537;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00776341;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:6:1:9:10:6:1:9:10 chr14 105411700 . A G 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00927487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9292;QD=23.0859;RBI=0.0446594;REFB=-0.041496;REVB=-0.0436857;RO=18;SAF=6;SAR=16;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114631;STB=0.563582;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0471853;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:16:6:3:15:16:6:3:15 chr14 105411781 . G A 242.08 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0111514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6937;QD=23.6174;RBI=0.0177121;REFB=-0.0154248;REVB=0.013761;RO=18;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122749;STB=0.568658;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0180025;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:16:7:8:10:16:7:8:10 chr14 105412259 . GG CC 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0274025;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=92.4758;QD=16.0714;RBI=0.0315798;REFB=-0.0119729;REVB=-0.0156967;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116817;STB=0.501617;STBP=0.973;TYPE=mnp;VARB=0.0139581;OID=.;OPOS=105412259;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:29:29:0.453125:15:14:16:18:15:14:17:18 chr14 105413204 . G T 158.39 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0397813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.297;QD=9.8994;RBI=0.0522746;REFB=-0.00550108;REVB=0.0339129;RO=42;SAF=7;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228607;STB=0.638164;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0130318;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:20:21:0.328125:13:7:23:19:14:7:23:20 chr14 105413223 . A G 1044.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.384;QD=59.6774;RBI=0.00538378;REFB=0;REVB=-0.00275151;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71746e-06;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:37:33:0:0 chr14 105414238 . C A 338.5 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00877142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.648;QD=24.1785;RBI=0.0187458;REFB=-0.0263478;REVB=0.016567;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424216;STB=0.523291;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0197632;OID=.;OPOS=105414238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:19:15:11:11:19:15:11:11 chr14 105414252 . C T 383.61 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0328696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7568;QD=23.6068;RBI=0.048539;REFB=-0.0151133;REVB=0.035716;RO=21;SAF=20;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636872;STB=0.503245;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0134234;OID=.;OPOS=105414252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:27:38:38:0.584615:18:20:9:12:18:20:14:13 chr14 105414280 . T G 854.04 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000478479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1826;QD=56.0027;RBI=0.0692625;REFB=0.0597019;REVB=-0.0692609;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00182654;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:1:0:32:28:1:0 chr14 105414629 . G A 237.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00392453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.406;QD=18.6395;RBI=0.0141013;REFB=-0.0201756;REVB=0.0135441;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126906;STB=0.571371;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0218928;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:15:10:14:12:15:10:14:12 chr14 105414790 . A G 319.41 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0138757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5302;QD=18.5162;RBI=0.0322423;REFB=-0.00117592;REVB=-0.0291038;RO=33;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028244;STB=0.509428;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000913845;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:35:33:34:0.492754:13:20:19:14:13:21:21:14 chr14 105414810 . C G 301.97 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0665723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8888;QD=19.4818;RBI=0.0672733;REFB=-0.0222511;REVB=-0.00968639;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532295;STB=0.529642;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0226473;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:12:20:17:13:12:20:17:13 chr14 105415352 . G C 577.32 PASS AF=0.48;AO=58;DP=123;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0075708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.928;QD=18.4742;RBI=0.0159908;REFB=-0.0195438;REVB=0.014085;RO=65;SAF=22;SAR=36;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154011;STB=0.572791;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0250477;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:65:65:58:60:0.48:36:22:35:30:36:24:35:30 chr14 105415422 . G A 666.47 PASS AF=0.478571;AO=65;DP=141;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00399241;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.361;QD=19.042;RBI=0.00628349;REFB=-0.016279;REVB=0.0048521;RO=72;SAF=33;SAR=32;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033629;STB=0.513971;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0196;OID=.;OPOS=105415422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:72:73:65:67:0.478571:32:33:34:38:34:33:34:39 chr14 105415469 . T C 858.81 PASS AF=0.6;AO=78;DP=130;FAO=78;FDP=130;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0276728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.4199;QD=26.4249;RBI=0.0292369;REFB=0.00775289;REVB=0.00943451;RO=52;SAF=29;SAR=49;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154551;STB=0.584019;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00675819;OID=.;OPOS=105415469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:52:52:78:78:0.6:49:29:30:22:49:29:30:22 chr14 105415497 . T C 109.09 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=105;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.000421067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.73;QD=4.15597;RBI=0.00451542;REFB=-0.0043453;REVB=0.00449575;RO=86;SAF=4;SAR=15;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373747;STB=0.744867;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.028543;OID=.;OPOS=105415497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:86:86:19:19:0.180952:15:4:42:44:15:4:42:44 chr14 105415577 . G A 33.53 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0397999;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.484;QD=3.11947;RBI=0.0943837;REFB=0.00992939;REVB=0.0855819;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198605;STB=0.634463;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0416058;OID=.;OPOS=105415577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:43:38:37:6:6:0.139535:4:2:19:19:4:2:18:19 chr14 105415608 . G C 107.25 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00388639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.494;QD=13.0005;RBI=0.00858708;REFB=-0.0289243;REVB=0.00765728;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.629432;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0275662;OID=.;OPOS=105415608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:8:4:12:8:8:5:12:8 chr14 105415659 . G A 139.3 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00434826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4826;QD=20.6369;RBI=0.0468944;REFB=-0.0687252;REVB=0.0466924;RO=12;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145668;STB=0.583213;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0553979;OID=.;OPOS=105415659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:12:3:4:8:12:3:4:8 chr14 105415933 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00701342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.129;QD=21.2649;RBI=0.0123485;REFB=-0.02574;REVB=0.0101635;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228507;STB=0.629079;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0229321;OID=.;OPOS=105415933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:8:10:6:14:8:10 chr14 105416010 . T C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00294972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.483;QD=16.4805;RBI=0.0258477;REFB=-0.00570073;REVB=-0.0256789;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743284;STB=0.542668;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00568915;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:14:11:7:12:14:11 chr14 105416087 . C T 291.8 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.119443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7262;QD=21.6151;RBI=0.122909;REFB=-0.0131405;REVB=0.0289819;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539703;STB=0.529905;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00656495;OID=.;OPOS=105416087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:12:12:17:13:12:12 chr14 105416220 . T A 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.733;QD=56.2116;RBI=0.0225149;REFB=-0.0445088;REVB=0.0163148;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000626945;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:0:1:33:28:0:1 chr14 105416284 . A G 312.65 PASS AF=0.523077;AO=32;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00838288;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1624;QD=19.2401;RBI=0.0096577;REFB=-0.0524191;REVB=0.00479567;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547552;STB=0.520536;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0300589;OID=.;OPOS=105416284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:31:32:34:0.523077:18:14:15:15:19:15:15:16 chr14 105416660 . A G 186.23 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1078;QD=13.0684;RBI=0.0215306;REFB=-0.0217421;REVB=-0.012951;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175009;STB=0.524251;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0282838;OID=.;OPOS=105416660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:34:23:23:0.403509:14:9:12:20:14:9:12:22 chr14 105416685 . C G 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0265536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9011;QD=23.0082;RBI=0.0590227;REFB=-0.040544;REVB=-0.0527123;RO=24;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431371;STB=0.523795;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0149463;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:21:12:10:14:21:12:10:14 chr14 105416784 . A G 120.31 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00805563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.119;QD=9.43597;RBI=0.0606484;REFB=-0.0121516;REVB=-0.060111;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193776;STB=0.620002;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0444159;OID=.;OPOS=105416784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:33:36:15:15:0.294118:8:7:21:12:8:7:23:13 chr14 105416823 . G A 68.12 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.043152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5595;QD=6.33699;RBI=0.0659345;REFB=-0.0158387;REVB=0.0498525;RO=33;SAF=8;SAR=2;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165419;STB=0.607359;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0929204;OID=.;OPOS=105416823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:43:43:33:33:10:10:0.232558:2:8:23:10:2:8:23:10 chr14 105416959 . A G 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.000784083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6721;QD=8.81097;RBI=0.0801919;REFB=0.0186484;REVB=-0.0801881;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28045;STB=0.670265;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0443798;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:8:15:4:6:8:15 chr14 105416971 . T G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0209473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.637;QD=10.4723;RBI=0.0238914;REFB=-0.00403826;REVB=-0.0114896;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318808;STB=0.690598;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00651071;OID=.;OPOS=105416971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:4:8:9:15:4:8:9:15 chr14 105417102 . T C 226.76 PASS AF=0.521739;AO=21;DP=44;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0113078;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.667;QD=19.7179;RBI=0.0116626;REFB=-0.0277157;REVB=-0.00285472;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018883;STB=0.543442;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0284653;OID=.;OPOS=105417102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:22:21:24:0.521739:12:9:9:11:12:12:9:13 chr14 105417147 . A G 293.64 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-5.97512e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.961;QD=22.1614;RBI=0.00846877;REFB=-0.00688759;REVB=-0.00846856;RO=23;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818583;STB=0.53486;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0052577;OID=.;OPOS=105417147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:11:18:12:11:12:18:12:11 chr14 105417222 . C T 310.24 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0255056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5275;QD=21.3955;RBI=0.0259552;REFB=0.0245641;REVB=0.00481019;RO=26;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731165;STB=0.540515;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0118211;OID=.;OPOS=105417222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:12:20:14:12:12:20:14:12 chr14 105417225 . C G 331.76 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00550672;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.165;QD=23.6972;RBI=0.00602813;REFB=-0.0273601;REVB=0.00245242;RO=23;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316424;STB=0.517425;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00949582;OID=.;OPOS=105417225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:23:33:33:0.589286:13:20:13:10:13:20:13:10 chr14 105417228 . C T 327.72 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0524716;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.075;QD=22.9981;RBI=0.0529558;REFB=-0.0195369;REVB=-0.00714478;RO=24;SAF=20;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508344;STB=0.528036;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00744253;OID=.;OPOS=105417228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:24:33:33:0.578947:13:20:13:11:13:20:13:11 chr14 105417766 . G A 127.82 PASS AF=0.411765;AO=2;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0384604;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.725;QD=15.0377;RBI=0.0506761;REFB=-0.0322916;REVB=0.032998;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.745913;STB=0.70943;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0444696;OID=.;OPOS=105417766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:34:34:17:17:2:14:0.411765:0:2:2:15:7:7:2:15 chr14 105417768 . C A 172.74 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00472377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.064;QD=19.7417;RBI=0.00606865;REFB=-0.00229367;REVB=0.00380979;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287319;STB=0.666508;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00161108;OID=.;OPOS=105417768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:10:7:2:15:10:8:2:15 chr14 105417774 . G A 175.08 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0225493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3141;QD=20.009;RBI=0.0244248;REFB=0.000624911;REVB=-0.0093862;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283169;STB=0.666508;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-9.07642e-05;OID=.;OPOS=105417774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:10:8:2:14:10:8:2:15 chr14 105417837 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0152511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.458;QD=23.8208;RBI=0.0242868;REFB=-0.0125128;REVB=-0.0189011;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104181;STB=0.558087;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0103212;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:7:10:10:12:7:10 chr14 105417894 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.984;QD=56.7066;RBI=0.069888;REFB=0;REVB=-0.0106764;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175781;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr14 105418264 . G A 203.06 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000537198;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.214;QD=14.0044;RBI=0.00164105;REFB=-0.0059102;REVB=-0.00155063;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112142;STB=0.585293;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0137759;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:24:24:0.413793:16:8:14:18:16:8:16:18 chr14 105418275 . T C 243.88 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0100918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.324;QD=15.2423;RBI=0.010905;REFB=-0.0164584;REVB=0.0041321;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183321;STB=0.606304;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0154908;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:28:28:0.4375:19:9:17:17:19:9:18:18 chr14 105418344 . T G 244.31 PASS AF=0.521739;AO=22;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0372138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9737;QD=21.244;RBI=0.039801;REFB=-0.00523354;REVB=0.0141159;RO=21;SAF=5;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256312;STB=0.615282;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0156893;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:22:24:0.521739:17:5:10:11:18:6:10:12 chr14 105418391 . C T 270.3 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0046854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.262;QD=23.0042;RBI=0.0282923;REFB=-0.034889;REVB=0.0279016;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166495;STB=0.589401;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0316893;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:24:25:0.531915:15:9:12:9:16:9:12:10 chr14 105418502 . G T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00518501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.611;QD=9.19949;RBI=0.032499;REFB=-0.00385435;REVB=-0.0320827;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413404;STB=0.752737;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00830419;OID=.;OPOS=105418502;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:4:9:2:5:4:9 chr14 105418504 . G T 54.68 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.000862397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.038;QD=9.11335;RBI=0.0286039;REFB=-0.00166986;REVB=-0.0285909;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169958;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0100704;OID=.;OPOS=105418504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:3:5:7:8:3:5:7:9 chr14 105418535 . C G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0188203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.014;QD=5.78798;RBI=0.043099;REFB=-0.00392709;REVB=-0.0387727;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413825;STB=0.765061;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0120178;OID=.;OPOS=105418535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:8:15:2:5:8:15 chr14 105418638 . A G 195.61 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00508536;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.04;QD=17.0095;RBI=0.00531895;REFB=-0.0178657;REVB=0.00155896;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162302;STB=0.592581;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0173126;OID=.;OPOS=105418638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:10:16:9:11:10:16 chr14 105419234 . T C 127.46 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0194119;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5307;QD=9.99668;RBI=0.0493402;REFB=-0.00465672;REVB=-0.0453611;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340795;STB=0.686982;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0462983;OID=.;OPOS=105419234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:32:35:16:16:0.313725:10:6:22:10:10:6:23:12 chr14 105419557 . G A 139.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0176145;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.014;QD=19.2917;RBI=0.0177247;REFB=-0.0188686;REVB=0.00197345;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.018863;OID=.;OPOS=105419557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:5:9:8:7:5:9 chr14 105419559 . A G 31.99 PASS AF=0.451613;AO=17;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.028784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8925;QD=4.12738;RBI=0.0442627;REFB=-0.0699235;REVB=-0.0336255;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918183;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.362814;OID=.;OPOS=105419559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:31:31:14:17:17:14:0.451613:9:8:5:9:8:6:7:10 chr14 105419568 . A G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00583382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.426;QD=24.2929;RBI=0.0296526;REFB=-0.00297255;REVB=-0.0290731;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885881;STB=0.504945;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00308299;OID=.;OPOS=105419568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:6:7:10:9:6:7 chr14 105420215 . T C 375.33 PASS AF=0.64;AO=31;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0014014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.121;QD=30.0266;RBI=0.0173613;REFB=-0.0357976;REVB=-0.0173046;RO=18;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00484657;STB=0.508788;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.021794;OID=.;OPOS=105420215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:31:32:0.64:17:14:8:10:17:15:8:10 chr14 105461067 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00435796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.922;QD=18.0869;RBI=0.00673727;REFB=-0.0103993;REVB=0.00513799;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217791;STB=0.621687;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.012652;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:8:19:12:14:8:19 chr14 105477180 . A G 199.71 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00705729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8974;QD=13.54;RBI=0.0229306;REFB=-0.00595394;REVB=0.0218176;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160874;STB=0.600773;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00429621;OID=.;OPOS=105477180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:24:24:0.40678:15:9:18:16:15:9:19:16 chr14 105477613 . T C 72.48 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0182507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.768;QD=10.7378;RBI=0.019156;REFB=-0.0204659;REVB=-0.00581937;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.545363;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.015933;OID=.;OPOS=105477613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:27:27:15:17:9:10:0.37037:5:4:7:8:6:4:8:9 chr14 105518336 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.000945888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.99;QD=12.7389;RBI=0.0171442;REFB=-0.0216883;REVB=-0.0171181;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.666296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0238505;OID=.;OPOS=105518336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:8:2:4:4:8:2 chr14 105916420 . C T 809.03 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.36;QD=53.9356;RBI=0.0338126;REFB=0.0744695;REVB=0.0239803;RO=2;SAF=34;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269356;STB=0.514281;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000942306;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:2:2:57:58:0.966667:23:34:2:0:24:34:2:0 chr14 105930406 . G A 177.52 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0140741;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.306;QD=14.2018;RBI=0.0222386;REFB=-0.0253398;REVB=0.0172184;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841413;STB=0.560914;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0320696;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:19:20:0.4:8:11:15:15:8:12:15:15 chr14 105935824 . G A 620.01 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0142748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2446;QD=59.0485;RBI=0.0296766;REFB=-0.125761;REVB=0.0260179;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000209487;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:23:18:0:0:23:18:0:1 chr14 105953595 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.653;QD=40.7629;RBI=0.0153751;REFB=0;REVB=-0.00526696;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217279;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr14 105962234 . T C 723.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.473;QD=56.7249;RBI=0.0318551;REFB=0;REVB=-0.0290134;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11636e-05;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:12:38:0:0:12:39:0:0 chr14 105962369 . A G 913.57 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.108;QD=58.0044;RBI=0.0216787;REFB=0;REVB=-0.0210999;RO=0;SAF=14;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44121e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:48:14:0:0:48:15:0:0 chr14 105995534 . G A 75.11 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.873;QD=37.5547;RBI=0.107988;REFB=0;REVB=0.105778;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305923;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr14 106053460 . G A 318.01 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0120765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.678;QD=15.5126;RBI=0.0175031;REFB=-0.0351786;REVB=0.0126695;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13307;STB=0.574958;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0349813;OID=.;OPOS=106053460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:18:17:29:18:18:17:29:18 chr14 106053491 . C T 674.94 PASS AF=0.907407;AO=47;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0108769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.977;QD=49.9955;RBI=0.0478516;REFB=-0.0695762;REVB=0.046599;RO=2;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761039;STB=0.505616;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00324252;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:2:3:47:49:0.907407:19:28:1:1:21:28:2:1 chr14 106053559 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.807;QD=44.6888;RBI=0.0369929;REFB=0;REVB=0.0328918;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613973;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr14 106053577 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0206477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.301;QD=28.5362;RBI=0.0593683;REFB=-0.0121345;REVB=-0.0556621;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00893131;OID=.;OPOS=106053577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr14 106053975 . G A 1532.6 PASS AF=0.972222;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.043777;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7496;QD=56.7628;RBI=0.0590801;REFB=-0.115378;REVB=0.0396741;RO=2;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163575;STB=0.512818;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00306672;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:2:3:104:105:0.972222:57:47:0:2:57:48:0:3 chr14 106054568 . A G 1913.29 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.907;QD=61.7189;RBI=0.0342165;REFB=0;REVB=0.0327825;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9819e-05;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:60:62:0:0:62:62:0:0 chr14 106066454 . T C 1041.09 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601213;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.081;QD=59.4908;RBI=0.0353403;REFB=0;REVB=0.0348251;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001322;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:34:36:0:0 chr14 106066690 . A C 160.74 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.678;QD=45.9263;RBI=0.0715194;REFB=0;REVB=0.0209329;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467162;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:7:7:0:0 chr14 106067298 . T C 631.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.074;QD=61.6512;RBI=0.0233724;REFB=0;REVB=0.019983;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156216;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr14 106067958 . C G,T 2174.95 PASS AF=0.0347222,0.951389;AO=6,136;DP=144;FAO=5,137;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=0,46;FSAR=5,91;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0548414,0.00992542;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.0153,246.719;QD=60.4153;RBI=0.0673614,0.0212349;REFB=-0.0941932,-0.0771272;REVB=-0.039115,0.0187725;RO=2;SAF=1,45;SAR=5,91;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.418591,-0.0206552;STB=0.997126,0.510637;STBP=0.02,0.069;TYPE=snp,snp;VARB=0.015001,0.000713451;OID=.,.;OPOS=106067958,106067958;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:144:144:2:2:6,136:5,137:0.0347222,0.951389:5,91:1,45:2:0:5,91:0,46:2:0 chr14 106090846 . T C 1445.17 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0290056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.718;QD=60.8494;RBI=0.0421217;REFB=-0.166266;REVB=0.0305436;RO=1;SAF=60;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783714;STB=0.50333;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00128575;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:33:60:1:0:33:60:1:1 chr14 106090927 . G T 3104.66 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322045;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.191;QD=63.3603;RBI=0.0326943;REFB=-0.101084;REVB=0.00563811;RO=1;SAF=119;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193522;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:193:196:1:0:192:196:1:73:119:1:0:76:120:0:0 chr14 106091329 . G C 2012.1 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8922;QD=61.4383;RBI=0.041892;REFB=-0.133126;REVB=0.0249228;RO=1;SAF=61;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772739;STB=0.504064;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000856599;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:69:61:1:0:69:61:1:0 chr14 106091504 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.582;QD=60.9784;RBI=0.0040285;REFB=0;REVB=0.00363757;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0246e-05;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr14 106091555 . C T 410.4 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.669;QD=56.6067;RBI=0.0426441;REFB=0;REVB=0.0217248;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137693;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:14:9:0:0:20:9:0:0 chr14 106091696 . A AC 155.83 PASS AF=1;AO=6;DP=32;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114572;FXX=0.466511;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.6089;QD=38.9579;RBI=0.127351;REFB=0;REVB=0.0556017;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0411445;OID=.;OPOS=106091697;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:32:16:16:0:13:3:0:0:3:26:3:3:13:13 chr14 106091697 . T C,G 359.05 PASS AF=0.862069,0.103448;AO=23,4;DP=30;FAO=25,3;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12,1;FSAR=13,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0466348,0.00531648;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.0571,107.814;QD=49.5236;RBI=0.0466349,0.019092;REFB=-0.186819,-0.197496;REVB=-0.000101781,-0.0183368;RO=2;SAF=11,1;SAR=12,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.076973,-0.407562;STB=0.519984,0.665547;STBP=0.531,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.0289513,0.0218508;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:30:29:2:1:23,4:25,3:0.862069,0.103448:12,3:11,1:2:0:13,2:12,1:1:0 chr14 106091743 . CA C 338.26 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.257;QD=54.1208;RBI=0.0271188;REFB=0;REVB=0.0231245;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000166974;OID=.;OPOS=106091744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:25:25:25:0:12:13:0:0:4:0:11:13:0:0 chr14 106092152 . G A 2141.33 PASS AF=1;AO=134;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00010333;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5275;QD=62.9804;RBI=0.0544527;REFB=0;REVB=0.0544526;RO=0;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156954;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:134:136:1:58:76:0:0:60:76:0:0 chr14 106109752 . A C 1553.62 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000702675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.749;QD=62.7724;RBI=0.00298559;REFB=-0.117253;REVB=0.00290172;RO=1;SAF=42;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011159;STB=0.505881;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00034929;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:56:42:1:0:56:42:1:0 chr14 106110137 . C T 1532.92 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.779;QD=58.9583;RBI=0.0230029;REFB=0;REVB=0.0202049;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130088;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:52:52:0:0 chr14 106110914 . G T 2181.42 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155339;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.029;QD=63.2297;RBI=0.0413899;REFB=0;REVB=0.0383643;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56028e-05;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:70:68:0:0:70:68:0:0 chr14 106173722 . C T 45.6 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0111833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.84;QD=2.72231;RBI=0.0265727;REFB=0.000752167;REVB=-0.0241048;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569493;STB=0.533259;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00229344;OID=.;OPOS=106173722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:57:58:9:9:0.134328:4:5:29:28:4:5:30:28 chr14 106173790 . A G 727.57 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3804;QD=63.2673;RBI=0.0399344;REFB=0;REVB=0.0123879;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187257;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr14 106188230 . C T 543.69 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851776;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.564;QD=60.4095;RBI=0.0855397;REFB=0;REVB=0.0078628;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039045;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr14 106204113 . C T 1034.11 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0201986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.295;QD=54.4271;RBI=0.0269057;REFB=-0.135382;REVB=0.0177745;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52702;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00077104;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:0:4:72:72:0.947368:35:37:0:0:35:37:0:4 chr14 106207843 . T C 682.96 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0302262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.832;QD=52.5356;RBI=0.0391392;REFB=-0.0254794;REVB=0.0248648;RO=2;SAF=22;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408839;STB=0.52173;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000762797;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:28:22:2:0:28:22:2:0 chr14 106209119 . T C 1090.17 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0306014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.04;QD=57.3772;RBI=0.0364623;REFB=0.0484457;REVB=0.0198255;RO=2;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242466;STB=0.512817;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000825795;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:38:36:0:2:38:36:0:2 chr14 106209340 . T C 629.08 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0128032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.483;QD=57.1889;RBI=0.013894;REFB=-0.0712516;REVB=0.00539626;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520454;STB=0.527764;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000607838;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:41:42:0.954545:24:17:2:0:25:17:2:0 chr14 106209368 . G C 51.47 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00671425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.846;QD=2.98367;RBI=0.0266718;REFB=-0.0019505;REVB=-0.0258129;RO=59;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453312;STB=0.81295;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.045553;OID=.;OPOS=106209368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:2:8:25:34:2:8:25:34 chr14 106209373 . T C 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0160098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.931;QD=3.34977;RBI=0.028772;REFB=-0.00847808;REVB=-0.0239064;RO=59;SAF=8;SAR=3;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368843;STB=0.748927;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0808137;OID=.;OPOS=106209373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:3:8:25:34:3:8:25:34 chr14 106237624 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.75;QD=55.0986;RBI=0.0296718;REFB=0;REVB=0.00968476;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144869;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr14 106237642 . T G 284.29 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.302;QD=51.6886;RBI=0.00674106;REFB=0;REVB=0.00138035;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68375e-06;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:13:7:0:0:14:8:0:0 chr14 106303846 . C T 538.05 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.856;QD=59.7835;RBI=0.0396714;REFB=0;REVB=0.0357364;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206809;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:17:19:0:0 chr14 106307418 . G A 664.76 PASS AF=0.426901;AO=73;DP=174;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.000782537;FXX=0.0228558;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.272;QD=15.55;RBI=0.00881699;REFB=-0.013273;REVB=0.00878219;RO=97;SAF=27;SAR=46;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182914;STB=0.605234;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.013083;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:171:97:98:73:73:0.426901:46:27:53:44:46:27:54:44 chr14 106321330 . G A 163.56 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00400855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.206;QD=13.3522;RBI=0.0649258;REFB=-0.0169257;REVB=0.0648019;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290596;STB=0.6733;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0184628;OID=.;OPOS=106321330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:9:9:7:23:9:9:7:24 chr14 106321590 . C A 1350.78 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0123996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.518;QD=58.7294;RBI=0.0234844;REFB=-0.0547539;REVB=0.0199441;RO=3;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378597;STB=0.519995;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00234957;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:92:92:3:3:88:89:0.967391:36:52:0:3:36:53:0:3 chr14 106321663 . T C 251.08 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0389341;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.29;QD=14.1454;RBI=0.039193;REFB=-0.0187102;REVB=-0.00449723;RO=44;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335301;STB=0.508016;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0198855;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:42:28:29:0.408451:18:10:17:27:19:10:15:27 chr14 106321913 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.308;QD=53.906;RBI=0.10068;REFB=0;REVB=0.0781758;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938826;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr14 106323734 . C T 46.78 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.904;QD=26.7321;RBI=0.0552342;REFB=-0.232158;REVB=0.0552342;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131953;OID=.;OPOS=106323734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr14 106324349 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.141;QD=23.217;RBI=0.144779;REFB=-0.0968133;REVB=0.0675357;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0422185;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr14 106329435 . T G 777.8 PASS AF=0.924242;AO=58;DP=65;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0728526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2833;QD=47.1391;RBI=0.0728528;REFB=-0.0689645;REVB=0.000165128;RO=6;SAF=24;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455263;STB=0.5134;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0240401;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:65:66:6:5:58:61:0.924242:34:24:4:2:35:26:3:2 chr14 106329451 . GTA ACC 736.42 PASS AF=1;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237157;FXX=0.105245;HRUN=1;LEN=3;MLLD=154.731;QD=57.7587;RBI=0.033784;REFB=0;REVB=0.0240607;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00026768;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr14 106346915 . C A 2384.38 PASS AF=0.460674;AO=245;DP=539;FAO=246;FDP=534;FR=.;FRO=288;FSAF=141;FSAR=105;FSRF=139;FSRR=149;FWDB=0.00562449;FXX=0.00927627;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6187;QD=17.8606;RBI=0.0216716;REFB=0.00410635;REVB=0.020929;RO=282;SAF=140;SAR=105;SRF=139;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769269;STB=0.549173;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0102991;OID=.;OPOS=106346915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:539:534:282:288:245:246:0.460674:105:140:139:143:105:141:139:149 chr14 106350696 . A G 1203.42 PASS AF=0.407295;AO=132;DP=330;FAO=134;FDP=329;FR=.;FRO=195;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=102;FSRR=93;FWDB=0.00430864;FXX=0.00604211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.425;QD=14.6312;RBI=0.00925625;REFB=-0.0017519;REVB=-0.0081923;RO=196;SAF=68;SAR=64;SRF=102;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00561976;STB=0.500409;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0024434;OID=.;OPOS=106350696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:329:196:195:132:134:0.407295:64:68:102:94:64:70:102:93 chr14 106368472 . T A 1718.79 PASS AF=0.409382;AO=191;DP=467;FAO=192;FDP=469;FR=.;FRO=277;FSAF=91;FSAR=101;FSRF=119;FSRR=158;FWDB=-0.0159945;FXX=0.00212761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.008;QD=14.6592;RBI=0.0173774;REFB=-0.00369719;REVB=0.00679328;RO=276;SAF=91;SAR=100;SRF=118;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521123;STB=0.526338;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00583937;OID=.;OPOS=106368472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:469:276:277:191:192:0.409382:100:91:118:158:101:91:119:158 chr14 106370603 . G C 254.87 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00496385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1936;QD=22.1629;RBI=0.0118184;REFB=0.0389629;REVB=0.0107254;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112857;STB=0.563125;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0364883;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:13:11:13:9:13:11:13:9 chr14 106385332 . G C 585.5 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0370612;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1129;QD=22.0944;RBI=0.0430898;REFB=-0.0393201;REVB=-0.0219817;RO=48;SAF=30;SAR=28;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829022;STB=0.545439;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0287514;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:28:30:20:28:28:30:20:28 chr14 106436780 . A G,T 306.46 PASS AF=0.88,0.08;AO=22,2;DP=25;FAO=22,2;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16,1;FSAR=6,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00209887,0.00823994;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.112,154.645;QD=49.0342;RBI=0.040891,0.028477;REFB=-0.0380675,-0.0430755;REVB=0.0408371,0.0272588;RO=1;SAF=16,1;SAR=6,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0280287,-0.25849;STB=0.515138,0.665164;STBP=0.619,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.0110605,0.00731418;OID=.,.;OPOS=106436780,106436780;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:25:25:1:1:22,2:22,2:0.88,0.08:6,1:16,1:1:0:6,1:16,1:1:0 chr14 106452766 . T A 1040.02 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.321;QD=59.4298;RBI=0.0647713;REFB=0;REVB=0.0481739;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16648e-05;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:32:35:0:0:34:36:0:0 chr14 106471268 . A G 766.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9017;QD=63.8429;RBI=0.0399748;REFB=0;REVB=-0.0179973;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158654;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr14 106471273 . C T 671.36 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.12241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7552;QD=52.6553;RBI=0.150482;REFB=-0.0482268;REVB=0.0875243;RO=2;SAF=17;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521895;STB=0.527766;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0168068;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:32:17:2:0:32:17:2:0 chr14 106471353 . C T 1457.39 PASS AF=0.980392;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3889;QD=57.1527;RBI=0.0327505;REFB=-0.0513873;REVB=-0.00511903;RO=1;SAF=41;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114277;STB=0.501399;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0037629;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:102:1:2:98:100:0.980392:57:41:1:0:57:43:1:1 chr14 106471388 . C A 1556.26 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0462437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.911;QD=58.7267;RBI=0.0497435;REFB=-0.0218644;REVB=0.0183286;RO=1;SAF=47;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999006;STB=0.505262;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000117445;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:58:47:1:0:58:47:1:0 chr14 106471509 . C A 34.0 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0238641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.921;QD=3.88604;RBI=0.0533854;REFB=0.00174527;REVB=0.0477547;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368599;STB=0.749251;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00349713;OID=.;OPOS=106471509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:10:19:2:4:10:19 chr14 106471528 . C A 283.79 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0370187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3267;QD=43.6603;RBI=0.0370235;REFB=-0.0846605;REVB=0.00059731;RO=3;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162133;STB=0.588155;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0121231;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:16:7:3:0:16:7:3:0 chr14 106471534 . A C,G 323.42 PASS AF=0.0769231,0.884615;AO=2,23;DP=26;FAO=2,23;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=2,7;FSAR=0,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00989026,0.0123568;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=194.25,49.1783;QD=49.7561;RBI=0.010292,0.0536696;REFB=-0.186305,-0.0215244;REVB=0.00284761,-0.0522277;RO=1;SAF=2,7;SAR=0,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0615783;STB=0.5,0.533304;STBP=1,0.28;TYPE=snp,snp;VARB=0.00316537,-0.00117653;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:26:26:1:1:2,23:2,23:0.0769231,0.884615:0,16:2,7:1:0:0,16:2,7:1:0 chr14 106471547 . A G 254.75 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4015;QD=50.9499;RBI=0.114207;REFB=0;REVB=0.111839;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100189;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:9:7:0:0:13:7:0:0 chr14 106471689 . A C 631.66 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5929;QD=61.6251;RBI=0.0445391;REFB=0;REVB=0.040997;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257823;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr14 106478401 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.991;QD=44.689;RBI=0.0365272;REFB=0;REVB=0.0357638;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230557;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr14 106478513 . C G 769.68 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.762;QD=57.0133;RBI=0.0665948;REFB=0;REVB=0.00816062;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131565;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:39:14:0:0:39:15:0:0 chr14 106494269 . T C 1348.95 PASS AF=1;AO=74;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175949;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3326;QD=62.0209;RBI=0.178712;REFB=0;REVB=-0.0313021;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178518;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:74:87:1:51:23:0:0:52:35:0:0 chr14 106539280 . A G 416.2 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00386102;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2295;QD=30.2693;RBI=0.0543263;REFB=0.0068975;REVB=-0.0541889;RO=17;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837004;STB=0.545431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00368171;OID=.;OPOS=106539280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:17:17:38:38:0.690909:19:19:11:6:19:19:11:6 chr14 106552667 . A G 213.02 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00956702;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4619;QD=16.077;RBI=0.0228108;REFB=0.012399;REVB=0.0207076;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105472;STB=0.524622;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0117682;OID=.;OPOS=106552667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:26:29:24:24:0.45283:13:11:9:17:13:11:12:17 chr14 106573251 . G A 96.5 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0282513;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.822;QD=11.3531;RBI=0.0301492;REFB=-0.0131149;REVB=-0.0105281;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139567;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0279918;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:12:10:7:5:12:10 chr14 106573662 . A G 159.88 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0583997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8599;QD=17.7639;RBI=0.0961583;REFB=0.0146624;REVB=0.076393;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212598;STB=0.631417;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00521025;OID=.;OPOS=106573662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:5:11:9:10:5:12:9:10 chr14 106667592 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00810513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.062;QD=19.7021;RBI=0.031005;REFB=-0.0443943;REVB=0.0299269;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209241;STB=0.602717;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0229702;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:10:7:10:5:10:7:10:6 chr14 106667786 . T C 150.96 PASS AF=0.516129;AO=14;DP=29;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00135796;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.889;QD=19.4783;RBI=0.00758836;REFB=-0.00927154;REVB=-0.00746587;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384191;STB=0.724938;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.01083;OID=.;OPOS=106667786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:15:15:14:16:0.516129:6:8:2:13:6:10:2:13 chr14 106725276 . G A 322.42 PASS AF=0.282209;AO=46;DP=163;FAO=46;FDP=163;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.00454143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2291;QD=7.91219;RBI=0.006755;REFB=-0.0240198;REVB=-0.00500055;RO=115;SAF=28;SAR=18;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229955;STB=0.628909;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0475231;OID=.;OPOS=106725276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:115:117:46:46:0.282209:18:28:48:67:18:28:50:67 chr14 106725315 . G A 230.98 PASS AF=0.224852;AO=38;DP=169;FAO=38;FDP=169;FR=.;FRO=131;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=86;FWDB=-0.0416972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.029;QD=5.46704;RBI=0.0456916;REFB=-0.00623832;REVB=-0.0186833;RO=129;SAF=17;SAR=21;SRF=44;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139524;STB=0.582784;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0419447;OID=.;OPOS=106725315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:129:131:38:38:0.224852:21:17:44:85:21:17:45:86 chr14 106725329 . C T 247.25 PASS AF=0.233533;AO=39;DP=167;FAO=39;FDP=167;FR=.;FRO=128;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=84;FWDB=0.0052494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.935;QD=5.92224;RBI=0.0053435;REFB=-0.00622125;REVB=-0.000998367;RO=127;SAF=17;SAR=22;SRF=44;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117433;STB=0.573119;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0187313;OID=.;OPOS=106725329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:127:128:39:39:0.233533:22:17:44:83:22:17:44:84 chr14 106725335 . TA CG 194.79 PASS AF=0.210526;AO=32;DP=154;FAO=32;FDP=152;FR=.;FRO=120;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=82;FWDB=-0.0196356;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.944;QD=5.12595;RBI=0.0280948;REFB=-0.0134557;REVB=0.0200938;RO=116;SAF=12;SAR=20;SRF=34;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115928;STB=0.550329;STBP=0.548;TYPE=mnp;VARB=0.0407395;OID=.;OPOS=106725335;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:116:120:32:32:0.210526:20:12:34:82:20:12:38:82 chr14 106725338 . C T 177.21 PASS AF=0.194969;AO=31;DP=159;FAO=31;FDP=159;FR=.;FRO=128;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=86;FWDB=0.00375262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5045;QD=4.45821;RBI=0.0366933;REFB=9.81105e-05;REVB=-0.0365009;RO=127;SAF=12;SAR=19;SRF=42;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780967;STB=0.551149;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0015565;OID=.;OPOS=106725338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:127:128:31:31:0.194969:19:12:42:85:19:12:42:86 chr14 106725340 . CT TA 173.09 PASS AF=0.196203;AO=30;DP=158;FAO=31;FDP=158;FR=.;FRO=127;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=85;FWDB=0.0298001;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=72.7389;QD=4.38198;RBI=0.0352982;REFB=-0.00342857;REVB=0.0189187;RO=118;SAF=11;SAR=19;SRF=39;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506426;STB=0.548782;STBP=0.581;TYPE=mnp;VARB=0.0231249;OID=.;OPOS=106725340;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:118:127:30:31:0.196203:19:11:39:79:19:12:42:85 chr14 106725346 . G A 244.31 PASS AF=0.237805;AO=38;DP=161;FAO=39;FDP=164;FR=.;FRO=125;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=85;FWDB=-0.055087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.852;QD=5.95867;RBI=0.0551099;REFB=-0.0159613;REVB=0.00158636;RO=121;SAF=13;SAR=25;SRF=37;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051888;STB=0.511515;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0443042;OID=.;OPOS=106725346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:121:125:38:39:0.237805:25:13:37:84:26:13:40:85 chr14 106725658 . G A 566.3 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0248916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4855;QD=24.6219;RBI=0.0278962;REFB=0.0124909;REVB=0.0125938;RO=39;SAF=21;SAR=31;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204542;STB=0.616871;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00618302;OID=.;OPOS=106725658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:39:40:52:52:0.565217:31:21:26:13:31:21:27:13 chr14 106725662 . T C 520.28 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0622787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7507;QD=23.6492;RBI=0.085736;REFB=-0.00331378;REVB=0.0589239;RO=39;SAF=19;SAR=30;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243597;STB=0.633555;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00429502;OID=.;OPOS=106725662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:30:19:27:12:30:19:27:12 chr14 106780634 . G A 1610.73 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00604947;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.198;QD=59.1093;RBI=0.0344317;REFB=0.0238566;REVB=0.0338961;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811401;STB=0.504273;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=1.26646e-05;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:108:108:0.990826:58:50:0:1:58:50:0:1 chr14 106780817 . A C 540.46 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.197;QD=60.0512;RBI=0.0850523;REFB=0;REVB=-0.00709868;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197027;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:17:15:0:0:17:19:0:0 chr14 106780956 . AG A 632.91 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0062;QD=45.2077;RBI=0.0663816;REFB=0;REVB=0.0124427;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000926251;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:56:56:56:0:17:39:0:0:11:0:16:37:0:0 chr14 106791117 . G A 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0481128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.448;QD=16.7837;RBI=0.0484469;REFB=-0.00281859;REVB=-0.0056796;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111424;STB=0.510995;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00292305;OID=.;OPOS=106791117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:19:10:11:21:19:10:12:21 chr14 106791119 . A G 886.49 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.64;QD=57.1931;RBI=0.0251466;REFB=0;REVB=-0.00334936;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103978;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:39:22:0:0:39:23:0:0 chr14 106791200 . GC AG 508.52 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197529;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.061;QD=56.5023;RBI=0.0211988;REFB=-0.186036;REVB=0.00769477;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.281;TYPE=mnp;VARB=0.00184988;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:23:12:1:0:23:12:1:0 chr14 106805440 . A G 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.016;QD=59.8291;RBI=0.0066078;REFB=0;REVB=-0.00649799;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80022e-05;OID=.;OPOS=106805440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr14 106805508 . G A 167.45 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.191;QD=41.8631;RBI=0.0476049;REFB=-0.143905;REVB=0.0416838;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.521711;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0174672;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:4:11:0:0:4:11:1:0 chr14 106815723 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.568;QD=35.5759;RBI=0.024561;REFB=0;REVB=-0.0119985;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171112;OID=.;OPOS=106815723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr14 106845487 . C G 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00934093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.226;QD=13.5148;RBI=0.0184309;REFB=0.00120547;REVB=0.0158885;RO=42;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203064;STB=0.616098;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00173963;OID=.;OPOS=106845487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:10:18:19:23:10:18:19:23 chr14 106866565 . C A 412.69 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=56;FWDB=-0.0365869;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.41;QD=13.4209;RBI=0.0440849;REFB=-0.0266864;REVB=0.0245942;RO=69;SAF=14;SAR=34;SRF=13;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140584;STB=0.528956;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0276838;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:69:75:48:48:0.390244:34:14:13:56:34:14:19:56 chr14 106877390 . C G 372.5 PASS AF=0.3125;AO=49;DP=160;FAO=50;FDP=160;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.0102154;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.013;QD=9.31248;RBI=0.0166351;REFB=-0.00529747;REVB=-0.013129;RO=105;SAF=27;SAR=22;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546;STB=0.53377;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0144242;OID=.;OPOS=106877390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:105:110:49:50:0.3125:22:27:53:52:23:27:54:56 chr14 106877445 . C T 374.33 PASS AF=0.317881;AO=46;DP=149;FAO=48;FDP=151;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0161392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5107;QD=9.91611;RBI=0.0296054;REFB=-0.0136956;REVB=-0.0248195;RO=99;SAF=24;SAR=22;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279943;STB=0.501389;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0400285;OID=.;OPOS=106877445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:99:103:46:48:0.317881:22:24:54:45:22:26:56:47 chr14 106877447 . A ATGATCT 294.54 PASS AF=0.280822;AO=40;DP=148;FAO=41;FDP=146;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0163326;FXX=0.0519447;HRUN=0;LEN=6;MLLD=237.03;QD=8.06971;RBI=0.0191586;REFB=-0.0100873;REVB=0.010015;RO=100;SAF=20;SAR=20;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242266;STB=0.532694;STBP=0.631;TYPE=ins;VARB=0.0266397;OID=.;OPOS=106877448;OREF=-;OALT=TGATCT;OMAPALT=ATGATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280822:40:148:41:146:105:20:21:56:49:99:100:20:20:52:48 chr14 106877519 . A G 280.86 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0177098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.847;QD=14.4033;RBI=0.0403441;REFB=-0.0107298;REVB=-0.0362492;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034345;STB=0.512812;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0133326;OID=.;OPOS=106877519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:16:16:21:24:16:16:22:24 chr14 106877551 . A C 186.23 PASS AF=0.5;AO=16;DP=36;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0454889;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4442;QD=19.6027;RBI=0.0627483;REFB=-0.0816758;REVB=0.0432216;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0335637;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:19:16:19:0.5:8:8:8:10:11:8:8:11 chr14 106877556 . C G 115.23 PASS AF=0.451613;AO=11;DP=34;FAO=14;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0114411;FXX=0.0882094;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.128;QD=14.8683;RBI=0.0476659;REFB=-0.0454608;REVB=-0.0462725;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578471;STB=0.542797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0638836;OID=.;OPOS=106877556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:31:10:17:11:14:0.451613:7:4:3:7:8:6:6:11 chr14 106877618 . G C 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0214915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2428;QD=3.67706;RBI=0.0232892;REFB=-0.00335416;REVB=0.00897209;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166411;STB=0.624688;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0231353;OID=.;OPOS=106877618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:5:3:22:21:5:3:23:21 chr14 106877637 . A G 206.49 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00487877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0809;QD=10.8678;RBI=0.0504721;REFB=-0.00467388;REVB=0.0502357;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17306;STB=0.592037;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00448287;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:50:26:26:0.342105:13:13:32:17:13:13:32:18 chr14 106877646 . T C 271.73 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0194183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.718;QD=12.3515;RBI=0.0260341;REFB=-0.0148709;REVB=0.0173408;RO=56;SAF=10;SAR=22;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360275;STB=0.706577;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.023809;OID=.;OPOS=106877646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:22:10:36:20:22:10:36:20 chr14 106877700 . G T 589.94 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.015597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.861;QD=18.5808;RBI=0.0245409;REFB=-0.0133977;REVB=-0.0189471;RO=65;SAF=24;SAR=37;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150882;STB=0.587578;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0161089;OID=.;OPOS=106877700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:66:61:61:0.480315:37:24:36:29:37:24:37:29 chr14 106878056 . T G 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00534956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.62;QD=19.156;RBI=0.0227084;REFB=-0.00541711;REVB=0.0220693;RO=23;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397552;STB=0.72772;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00516025;OID=.;OPOS=106878056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:17:4:13:10:17:4:13:10 chr14 106878067 . T G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00560802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.371;QD=20.5464;RBI=0.0203661;REFB=-0.0120589;REVB=-0.0195788;RO=22;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419237;STB=0.738889;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.005507;OID=.;OPOS=106878067;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:18:4:13:9:18:4:13:9 chr14 106878071 . A G 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00826849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.917;QD=22.3981;RBI=0.0099476;REFB=-0.029248;REVB=-0.00553054;RO=19;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391039;STB=0.721699;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0181171;OID=.;OPOS=106878071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:18:4:11:8:18:4:11:8 chr14 106993845 . T G 133.74 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0344069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9477;QD=16.2104;RBI=0.046729;REFB=0.0049203;REVB=0.0316191;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00507357;OID=.;OPOS=106993845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:12:6:5:10:12:6 chr14 106993886 . A G 98.81 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00691681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.871;QD=10.4009;RBI=0.0252201;REFB=-0.0204365;REVB=-0.0242531;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169457;STB=0.545783;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.045044;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:37:38:25:25:12:13:0.342105:4:8:17:8:5:8:17:8 chr14 107048702 . G A 116.85 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.012183;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.388;QD=7.41931;RBI=0.0199715;REFB=-0.00973533;REVB=-0.0158251;RO=46;SAF=4;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340376;STB=0.70883;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0273463;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:46:46:17:17:0.269841:13:4:23:23:13:4:23:23 chr14 107048747 . G A 74.24 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00647145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6494;QD=3.37474;RBI=0.0178018;REFB=-0.00572722;REVB=0.0165839;RO=70;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82603e-08;STB=0.531205;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0383378;OID=.;OPOS=107048747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:70:74:14:14:0.159091:9:5:25:45:9:5:29:45 chr14 107048749 . C G 169.25 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0537417;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.489;QD=8.05935;RBI=0.0550763;REFB=-0.0106998;REVB=-0.0120507;RO=56;SAF=5;SAR=18;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271235;STB=0.677838;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0238138;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:56:61:23:23:0.27381:18:5:23:33:18:5:26:35 chr14 107048765 . T C 72.28 PASS AF=0.152174;AO=13;DP=90;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=0.00657884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.839;QD=3.14243;RBI=0.0282408;REFB=-0.00493651;REVB=0.0274639;RO=76;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172101;STB=0.595963;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0319928;OID=.;OPOS=107048765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:90:92:76:78:13:14:0.152174:7:6:25:51:8:6:25:53 chr14 107048786 . G A 63.66 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.0209802;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.895;QD=2.57192;RBI=0.0238362;REFB=-0.00653529;REVB=0.0113134;RO=83;SAF=6;SAR=7;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962885;STB=0.578997;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0338817;OID=.;OPOS=107048786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:101:99:83:86:13:13:0.131313:7:6:32:51:7:6:32:54 chr14 107048795 . G GCTA 87.04 PASS AF=0.16;AO=14;DP=99;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0606653;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.704;QD=3.48159;RBI=0.0651862;REFB=-0.00790162;REVB=-0.0238529;RO=83;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876041;STB=0.516109;STBP=0.898;TYPE=ins;VARB=0.0462678;OID=.;OPOS=107048796;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16:14:99:16:100:84:6:10:30:54:87:83:6:8:30:53 chr14 107078567 . T C 377.79 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0268998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.168;QD=24.3733;RBI=0.0269756;REFB=-0.0295891;REVB=-0.00202029;RO=25;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243638;STB=0.513362;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.014907;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:16:21:15:10:16:21:15:10 chr14 107078790 . C T 801.06 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053317;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.202;QD=56.2144;RBI=0.0545128;REFB=0;REVB=0.0113554;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160805;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:28:27:0:0:30:27:0:0 chr14 107083424 . T C 374.03 PASS AF=0.254237;AO=50;DP=230;FAO=60;FDP=236;FR=.;FRO=176;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=107;FWDB=0.00779194;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0097;QD=6.33942;RBI=0.0116081;REFB=-0.0119017;REVB=0.00860425;RO=139;SAF=22;SAR=28;SRF=52;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840467;STB=0.52015;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0453645;OID=.;OPOS=107083424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:236:139:176:50:60:0.254237:28:22:52:87:38:22:69:107 chr14 107083633 . T C 684.32 PASS AF=0.590909;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=110;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0041835;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2415;QD=24.8845;RBI=0.0491244;REFB=0.00280264;REVB=-0.0489459;RO=44;SAF=27;SAR=38;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097458;STB=0.548838;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00221684;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:44:45:65:65:0.590909:38:27:24:20:38:27:24:21 chr14 107095326 . C T 1240.04 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.042226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4348;QD=55.7324;RBI=0.0462995;REFB=-0.150188;REVB=-0.0189897;RO=3;SAF=37;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149448;STB=0.520384;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00433729;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:89:89:3:5:84:84:0.94382:47:37:2:1:47:37:4:1 chr14 107113851 . C T 324.2 PASS AF=0.443038;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00877709;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.676;QD=16.4153;RBI=0.00878989;REFB=-0.0230966;REVB=0.000474057;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113398;STB=0.545822;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0331044;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:44:33:35:0.443038:18:15:26:20:18:17:25:19 chr14 107114193 . A G 89.77 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00238526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.287;QD=7.48124;RBI=0.0032225;REFB=-0.00319511;REVB=-0.0021668;RO=36;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326968;STB=0.6997;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00742101;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:7:5:25:11:7:5:25:11 chr14 107131128 . G T 90.06 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0146708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.823;QD=7.66461;RBI=0.0167847;REFB=-0.00266024;REVB=-0.00815429;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117165;STB=0.551884;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00999882;OID=.;OPOS=107131128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:33:35:12:12:0.255319:7:5:17:16:7:5:17:18 chr14 107131246 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0564046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.012;QD=11.0188;RBI=0.0598406;REFB=0.00371238;REVB=0.0199855;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00648072;OID=.;OPOS=107131246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:3:5:5:1:3:5 chr14 107131410 . A G 53.38 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0389245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6323;QD=7.62509;RBI=0.0419205;REFB=0.0211216;REVB=0.015563;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252565;STB=0.657509;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0269681;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:8:12:3:5:8:12 chr14 107170005 . T C 257.76 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00374108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.347;QD=18.4117;RBI=0.0532476;REFB=-0.0176908;REVB=-0.053116;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813953;STB=0.535689;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0168653;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:14:14:16:11:14:14:16:12 chr14 107170055 . G A 305.15 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00140701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.076;QD=17.6901;RBI=0.0201255;REFB=-0.0168228;REVB=-0.0200763;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165841;STB=0.509278;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0353651;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:15:18:19:17:15:18:19:17 chr14 107170062 . A G 287.31 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0318572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.35;QD=15.9616;RBI=0.0466258;REFB=0.00552552;REVB=-0.0340454;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575766;STB=0.52446;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00864953;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:15:17:23:16:15:17:23:17 chr14 107170174 . C T 236.09 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0619407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.521;QD=19.2728;RBI=0.0760748;REFB=-0.00368045;REVB=0.044167;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19972;STB=0.612116;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00458666;OID=.;OPOS=107170174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:19:7:11:12:19:7 chr14 107170219 . C G 213.51 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0190407;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.872;QD=19.8612;RBI=0.0199079;REFB=-0.020306;REVB=-0.00581149;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328401;STB=0.672256;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0256063;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:22:21:21:0.488372:13:8:16:5:13:8:16:6 chr14 107178832 . A G 1816.52 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=124;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0297416;FXX=0.0239981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6791;QD=59.5581;RBI=0.092397;REFB=0.0174917;REVB=-0.0874794;RO=2;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153168;STB=0.507935;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.000695543;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:122:2:2:119:120:0.983607:61:58:0:2:62:58:0:2 chr14 107178899 . T G 476.52 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0256975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.158;QD=16.72;RBI=0.025897;REFB=-0.0258749;REVB=0.00320831;RO=59;SAF=22;SAR=30;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336007;STB=0.524682;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0160375;OID=.;OPOS=107178899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:62:52:52:0.45614:30:22:27:32:30:22:29:33 chr14 107178938 . T C 447.19 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00271813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.55;QD=18.4409;RBI=0.00279448;REFB=-0.0260809;REVB=-0.000648777;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876861;STB=0.554597;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0316533;OID=.;OPOS=107178938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:52:45:45:0.463918:27:18:25:26:27:18:26:26 chr14 107178965 . A C 319.8 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00552203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.417;QD=18.5388;RBI=0.00661159;REFB=-0.00142826;REVB=-0.00363599;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117724;STB=0.56548;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00304672;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:18:16:12:23:18:16:12:23 chr14 107179017 . A G 198.66 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0319458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.232;QD=19.3816;RBI=0.0717037;REFB=-0.0155648;REVB=-0.0641942;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113503;STB=0.564291;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00981138;OID=.;OPOS=107179017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:10:11:8:12:10:11 chr14 107179063 . T C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0356684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.88;QD=18.8285;RBI=0.038506;REFB=-0.0106392;REVB=0.0145079;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046355;STB=0.526289;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0153687;OID=.;OPOS=107179063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:11:11:9:11:11:11 chr14 107179106 . C T 184.44 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00247706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6329;QD=13.6619;RBI=0.00646196;REFB=-0.0270384;REVB=0.00596834;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101053;STB=0.537004;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0556925;OID=.;OPOS=107179106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:22:22:0.407407:11:11:12:18:11:11:14:18 chr14 107179211 . A G 236.1 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00035977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1383;QD=11.2428;RBI=0.0292471;REFB=-0.00838789;REVB=0.0292449;RO=55;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901559;STB=0.552449;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.02273;OID=.;OPOS=107179211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:20:9:21:34:20:9:21:34 chr14 107179243 . G A 194.35 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0208084;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0814;QD=9.96658;RBI=0.0236076;REFB=-0.0175371;REVB=-0.0111504;RO=52;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645289;STB=0.548072;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0536346;OID=.;OPOS=107179243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:52:53:25:25:0.320513:18:7:17:35:18:7:18:35 chr14 107179254 . T C 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00266857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3824;QD=10.685;RBI=0.0157716;REFB=-0.0132113;REVB=-0.0155442;RO=45;SAF=7;SAR=17;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827461;STB=0.543019;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00892061;OID=.;OPOS=107179254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:46:24:24:0.342857:17:7:16:29:17:7:16:30 chr14 107179268 . A G 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.033105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.492;QD=10.6295;RBI=0.0335245;REFB=-0.000852656;REVB=-0.00528683;RO=44;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473886;STB=0.527712;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00150746;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:16:7:15:29:16:7:15:29 chr14 107283156 . A G 137.8 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0053199;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.871;QD=8.74907;RBI=0.0218188;REFB=-0.00806218;REVB=-0.0211603;RO=39;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109733;STB=0.578229;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0300843;OID=.;OPOS=107283156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:44:19:19:0.301587:7:12:21:18:7:12:23:21 chr14 107283160 . C T 143.49 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0018459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.735;QD=8.4405;RBI=0.0158198;REFB=-0.0103362;REVB=-0.0157117;RO=48;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119403;STB=0.571357;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0368804;OID=.;OPOS=107283160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:8:12:24:24:8:12:24:24 chr15 20462603 . G T 77.27 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0282476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.791;QD=6.06015;RBI=0.0324369;REFB=-0.00452029;REVB=0.0159445;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14653;STB=0.593473;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.064109;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:6:5:23:17:6:5:23:17 chr15 20462613 . G C 109.03 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0329995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5039;QD=8.5513;RBI=0.0333568;REFB=-0.00152549;REVB=-0.00486934;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101049;STB=0.561709;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00840784;OID=.;OPOS=20462613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:6:8:18:19:6:8:18:19 chr15 20476906 . T C 246.03 PASS AF=0.295652;AO=34;DP=115;FAO=34;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0119391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.942;QD=8.55763;RBI=0.0187505;REFB=-0.0105099;REVB=0.0144582;RO=79;SAF=16;SAR=18;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725688;STB=0.542365;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0192228;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:79:81:34:34:0.295652:18:16:42:37:18:16:43:38 chr15 20588705 . C A 102.03 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00154994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6612;QD=5.91453;RBI=0.0245974;REFB=-0.00574782;REVB=-0.0245485;RO=52;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535714;STB=0.540932;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0146819;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:53:16:16:0.231884:9:7:25:27:9:7:26:27 chr15 20645827 . A G 280.41 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=36;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0538787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.71;QD=30.3147;RBI=0.0594113;REFB=-0.0344263;REVB=0.0250358;RO=12;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217677;STB=0.611683;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.015215;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:37:12:12:24:25:0.675676:14:10:1:11:15:10:1:11 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=56;DP=213;LEN=4;RO=157;SAF=33;SAR=33;SRF=81;SRR=66;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:213:157:56:33:33:81:66 chr15 20874897 . A G 3889.22 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321001;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.478;QD=62.2275;RBI=0.0337863;REFB=0;REVB=-0.0105404;RO=0;SAF=109;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20134e-05;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:250:0:0:250:250:1:141:109:0:0:141:109:0:0 chr15 20874927 . T A 315.48 PASS AF=0.214575;AO=50;DP=247;FAO=53;FDP=247;FR=.;FRO=194;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=75;FSRR=119;FWDB=-0.00122197;FXX=0.0159356;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.971;QD=5.10903;RBI=0.0060232;REFB=-0.00154263;REVB=0.00589794;RO=190;SAF=24;SAR=26;SRF=74;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117547;STB=0.552993;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00608317;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:190:194:50:53:0.214575:26:24:74:116:29:24:75:119 chr15 20876515 . A G 2355.79 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118997;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.621;QD=60.405;RBI=0.0285646;REFB=-0.10977;REVB=0.0259679;RO=1;SAF=86;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549992;STB=0.50289;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000266985;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:156:1:1:155:155:0.99359:69:86:1:0:69:86:1:0 chr15 22016194 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00912795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.12;QD=11.0924;RBI=0.0339268;REFB=0.00423239;REVB=0.0326758;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.628983;STB=0.873803;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0118167;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:6:0:4:1:6:0 chr15 22368855 . T C 668.4 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0024925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.172;QD=21.2189;RBI=0.00264818;REFB=-0.00458205;REVB=-0.000894591;RO=60;SAF=39;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123092;STB=0.567665;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0044635;OID=.;OPOS=22368855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:60:66:66:0.52381:27:39:27:33:27:39:27:33 chr15 22368862 . G A 1533.19 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0521193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9754;QD=55.7523;RBI=0.0523561;REFB=-0.0461611;REVB=-0.00497426;RO=2;SAF=56;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000997665;STB=0.510139;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00424334;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:110:2:4:106:106:0.963636:50:56:1:1:50:56:1:3 chr15 22368905 . G A 390.56 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0111887;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.893;QD=18.822;RBI=0.0140639;REFB=-0.0233097;REVB=0.00852085;RO=42;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119262;STB=0.518978;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0192675;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:43:39:40:0.481928:20:19:21:21:21:19:22:21 chr15 22368957 . C T 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00117636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.281;QD=26.2139;RBI=0.0150285;REFB=-0.00769634;REVB=0.0149824;RO=26;SAF=30;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195866;STB=0.607423;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00390555;OID=.;OPOS=22368957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:12:30:12:14:12:30:12:14 chr15 22369132 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.000322367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.76;QD=13.8996;RBI=0.00533654;REFB=0.000357306;REVB=0.0053268;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345159;STB=0.69647;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000768666;OID=.;OPOS=22369132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:8:16:11:23:8:16:11:23 chr15 22369179 . A T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00337219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.252;QD=15.1599;RBI=0.0102078;REFB=-0.0131963;REVB=-0.00963468;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258665;STB=0.649167;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0240971;OID=.;OPOS=22369179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:8:14:6:10:8:14 chr15 22369248 . T C 519.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000541593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4342;QD=59.4214;RBI=0.029112;REFB=0;REVB=0.029107;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200679;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr15 22369290 . A G 258.28 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0187476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.652;QD=12.4471;RBI=0.0632122;REFB=-0.0178265;REVB=0.0603681;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314691;STB=0.526881;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0329537;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:30:31:0.373494:17:13:24:28:18:13:24:28 chr15 22369426 . G A 358.94 PASS AF=0.352;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0169889;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.965;QD=11.4861;RBI=0.0226773;REFB=-0.00243938;REVB=-0.0150213;RO=81;SAF=25;SAR=19;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566052;STB=0.532486;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00400621;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:81:81:44:44:0.352:19:25:42:39:19:25:42:39 chr15 22382704 . G C 141.81 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.000228441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3882;QD=13.8346;RBI=0.00499128;REFB=-0.0153723;REVB=0.00498605;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406708;STB=0.73421;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.024651;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:9:7:2:22:9:7:2:23 chr15 22382739 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172362;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.228;QD=53.2772;RBI=0.0221739;REFB=0;REVB=-0.0139498;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34861e-05;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr15 22382795 . G A 239.79 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0292326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2378;QD=16.537;RBI=0.0322951;REFB=-0.0118762;REVB=0.0137269;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522405;STB=0.52122;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0173534;OID=.;OPOS=22382795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:12:15:15:15:12:15:16:15 chr15 22382897 . A G 1008.76 PASS AF=0.615385;AO=88;DP=144;FAO=88;FDP=143;FR=.;FRO=55;FSAF=60;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0255922;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1864;QD=28.217;RBI=0.0818481;REFB=-0.019939;REVB=-0.0777441;RO=55;SAF=60;SAR=28;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366265;STB=0.519851;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0110494;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:55:55:88:88:0.615385:28:60:35:20:28:60:35:20 chr15 22383066 . A G 419.25 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00979262;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7479;QD=15.6728;RBI=0.0109824;REFB=-0.0086867;REVB=0.00497176;RO=59;SAF=30;SAR=16;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15016;STB=0.580212;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00717036;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:46:47:0.439252:16:30:30:29:17:30:30:30 chr15 22383189 . G A 344.04 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0063184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.933;QD=16.383;RBI=0.0218545;REFB=-0.000234102;REVB=0.0209213;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720684;STB=0.540519;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000548442;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:20:17:25:22:20:17:25:22 chr15 22383482 . GA G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00297857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.716;QD=12.6376;RBI=0.011781;REFB=0.00492242;REVB=0.0113983;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131227;STB=0.566405;STBP=0.576;TYPE=del;VARB=-0.00646915;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:13:35:13:34:21:5:8:6:15:99:22:5:8:6:16 chr15 22413700 . A G 536.12 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0258031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4749;QD=54.9866;RBI=0.0410032;REFB=0.0426393;REVB=-0.0318663;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123575;STB=0.506604;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00756038;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:1:1:23:14:1:1 chr15 22413825 . C T 505.38 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00580997;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.815;QD=17.7325;RBI=0.0743749;REFB=-0.027769;REVB=-0.0741476;RO=59;SAF=28;SAR=26;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890102;STB=0.544731;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0186056;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:60:54:54:0.473684:26:28:25:34:26:28:26:34 chr15 22440297 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0125787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.14;QD=6.57355;RBI=0.0292528;REFB=-0.001684;REVB=0.0264102;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38307;STB=0.742119;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00592292;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:11:5:4:2:11:5 chr15 22440816 . A G 349.04 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0124079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.977;QD=20.2342;RBI=0.0124212;REFB=-0.0179071;REVB=0.000574107;RO=33;SAF=12;SAR=24;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156674;STB=0.586163;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0111574;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:24:12:6:27:24:12:6:27 chr15 22448752 . C T 223.99 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0101319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.73;QD=10.666;RBI=0.0367795;REFB=0.00323027;REVB=0.0353564;RO=55;SAF=9;SAR=19;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201733;STB=0.624242;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00681513;OID=.;OPOS=22448752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:56:28:28:0.333333:19:9:27:28:19:9:28:28 chr15 22840279 . G T 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00616703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.938;QD=27.3146;RBI=0.00637831;REFB=-0.0381033;REVB=-0.00162805;RO=11;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160918;STB=0.575149;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0198404;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:11:12:21:21:0.636364:13:8:7:4:13:8:7:5 chr15 22861901 . G A 338.66 PASS AF=0.659091;AO=28;DP=43;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00123611;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.252;QD=30.7876;RBI=0.0027033;REFB=-0.00256492;REVB=-0.00240414;RO=14;SAF=13;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218678;STB=0.505491;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0024058;OID=.;OPOS=22861901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:14:15:28:29:0.659091:15:13:6:8:15:14:7:8 chr15 22873784 . C T 267.44 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0308568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0185;QD=21.8316;RBI=0.0337932;REFB=-0.00491198;REVB=-0.0137783;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207296;STB=0.531123;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00684415;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:24:25:0.510204:13:11:10:13:13:12:10:14 chr15 22926229 . G A 631.62 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000451702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0381;QD=61.6218;RBI=0.0137877;REFB=0;REVB=-0.0137803;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87526e-05;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:11:29:0:0:12:29:0:0 chr15 22956313 . T G,TG 69.0 PASS AF=0,0.26;AO=2,12;DP=53;FAO=0,13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=0,2;FSAR=0,11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0492526,-0.0695639;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=66.0389,16.2393;QD=5.51973;RBI=0.0498161,0.0752946;REFB=0.000566359,-0.0383557;REVB=-0.00747164,0.0288121;RO=39;SAF=1,3;SAR=1,9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0315335,-0.278099;STB=0.5,0.785225;STBP=1,0.03;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.035082;OID=.,.;OPOS=22956313,22956314;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:53:50:39:37:2,12:0,13:0,0.26:1,9:1,3:18:21:0,11:0,2:18:19 chr15 23006358 . CT C 51.67 PASS AF=0.416667;AO=8;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0122785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4039;QD=8.61116;RBI=0.119796;REFB=-0.064014;REVB=-0.119165;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.301724;SSSB=-0.500064;STB=0.705428;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.0828454;OID=.;OPOS=23006359;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:8:23:10:24:14:2:8:7:7:51:13:1:7:7:6 chr15 23006364 . GA G 71.65 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.15854;FXX=0.09995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.8884;QD=15.9229;RBI=0.167869;REFB=-0.104292;REVB=-0.0551821;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0.326087;SSEP=0;SSSB=-0.249071;STB=0.5384;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.0856953;OID=.;OPOS=23006365;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:9:19:12:18:6:3:9:1:5:20:7:1:8:2:5 chr15 23006707 . C A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0236213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5771;QD=23.2627;RBI=0.0257416;REFB=0.00618355;REVB=0.0102304;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232821;STB=0.630137;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00510495;OID=.;OPOS=23006707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:7:12:8:15:7:12 chr15 23021238 . C T 128.94 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00227078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5087;QD=12.28;RBI=0.0206946;REFB=-0.0663794;REVB=-0.0205696;RO=17;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490964;STB=0.801393;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00418926;OID=.;OPOS=23021238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:27:15:15:0.357143:4:11:3:14:4:11:6:21 chr15 23052632 . T C 911.54 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388975;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.94;QD=56.9715;RBI=0.0393006;REFB=-0.108182;REVB=0.00561441;RO=1;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101571;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000121562;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:46:17:0:1:46:17:0:1 chr15 23059394 . C T 355.04 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3731;QD=50.7204;RBI=0.0288993;REFB=-0.0739819;REVB=0.00266309;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00229006;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:10:16:0:1:10:17:0:1 chr15 23098401 . C T 636.04 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.998;QD=59.1663;RBI=0.0633846;REFB=-0.109097;REVB=0.0581795;RO=1;SAF=28;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164593;STB=0.508768;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000932457;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:40:42:0.976744:12:28:1:0:14:28:1:0 chr15 23098449 . C T 807.94 PASS AF=0.755814;AO=64;DP=86;FAO=65;FDP=86;FR=.;FRO=21;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0201296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.971;QD=37.5787;RBI=0.035118;REFB=-0.0049303;REVB=0.0287762;RO=21;SAF=41;SAR=23;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130772;STB=0.509453;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.000891997;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:21:21:64:65:0.755814:23:41:14:7:24:41:14:7 chr15 23158293 . A C 165.43 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0229733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.652;QD=16.9676;RBI=0.0280469;REFB=-0.0147827;REVB=-0.016089;RO=20;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372062;STB=0.736544;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0186773;OID=.;OPOS=23158293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:20:21:17:18:0.461538:3:14:10:10:3:15:10:11 chr15 23261950 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4213;QD=55.0934;RBI=0.0517552;REFB=0;REVB=0.0136951;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941066;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr15 23326356 . G C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00129814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.619;QD=12.0831;RBI=0.0180829;REFB=-0.0194191;REVB=0.0180362;RO=35;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231971;STB=0.635224;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0296918;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:6:15:18:17:6:15:18:17 chr15 23686598 . T C 182.53 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0459847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9878;QD=42.9479;RBI=0.0461591;REFB=0.000755129;REVB=-0.00400893;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101073;STB=0.555483;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00198831;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:4:12:0:1:4:12:0:1 chr15 23686673 . G A 446.38 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0234;QD=57.597;RBI=0.0924859;REFB=0;REVB=0.0876734;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194039;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr15 23687214 . C G 1171.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2593;QD=60.8684;RBI=0.024784;REFB=0;REVB=-0.0201696;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61965e-05;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr15 23688944 . A G 820.29 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051176;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1323;QD=57.5645;RBI=0.0514117;REFB=0;REVB=0.00491679;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345841;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr15 23811592 . C T 228.92 PASS AF=0.511628;AO=17;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0464149;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.1;QD=21.2946;RBI=0.0520887;REFB=-0.021175;REVB=0.0236408;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137296;STB=0.536448;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0142413;OID=.;OPOS=23811592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:21:17:22:0.511628:8:9:5:9:12:10:8:13 chr15 23931507 . G A 154.12 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00586275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.352;QD=14.3367;RBI=0.0130864;REFB=0.00746345;REVB=0.0116996;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176876;STB=0.617521;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.011619;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:17:17:0.395349:7:10:18:6:7:10:20:6 chr15 24921771 . G C 711.02 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7263;QD=61.8277;RBI=0.0413633;REFB=0;REVB=0.0203884;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939923;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:25:19:0:0:26:20:0:0 chr15 25307562 . A G 675.67 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330076;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.167;QD=62.8525;RBI=0.0347787;REFB=0;REVB=0.0109571;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100168;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr15 25330550 . T A 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0347656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.095;QD=21.2923;RBI=0.043613;REFB=-0.0200031;REVB=0.0263333;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160804;STB=0.59992;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0229331;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:15:10:14:10:15:10:15:10 chr15 25924539 . T C 2943.67 PASS AF=0.980488;AO=184;DP=194;FAO=201;FDP=205;FR=.;FRO=4;FSAF=100;FSAR=101;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0341067;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0187;QD=57.4375;RBI=0.0475664;REFB=-0.109925;REVB=0.0331556;RO=4;SAF=91;SAR=93;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204642;STB=0.509803;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00725954;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:194:205:4:4:184:201:0.980488:93:91:4:0:101:100:4:0 chr15 25926179 . C T 266.51 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.021448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.192;QD=15.9109;RBI=0.0219038;REFB=-0.0180209;REVB=-0.00444483;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231463;STB=0.503997;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0419012;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:29:30:0.447761:15:14:17:20:16:14:17:20 chr15 25926186 . G A 249.19 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0225961;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.156;QD=16.3406;RBI=0.0273794;REFB=-0.00585098;REVB=-0.0154612;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777995;STB=0.543828;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00595128;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:13:15:15:18:13:15:15:18 chr15 25961964 . A G 801.01 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.698;QD=57.215;RBI=0.0442689;REFB=0;REVB=0.0441761;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116505;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr15 26327466 . C T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00256722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.464;QD=12.7982;RBI=0.00294454;REFB=-0.00284642;REVB=-0.00144211;RO=40;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102073;STB=0.570203;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00462494;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:19:7:14:26:19:7:15:26 chr15 27182357 . T C 840.35 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.624;QD=54.2159;RBI=0.0309419;REFB=-0.00401706;REVB=0.0107993;RO=2;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263806;STB=0.50108;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=7.43749e-05;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:59:60:0.967742:32:27:1:1:32:28:1:1 chr15 27772676 . C T 1953.31 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.016377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.274;QD=58.7462;RBI=0.018106;REFB=-0.066642;REVB=0.00772161;RO=2;SAF=72;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170948;STB=0.501772;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000332186;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:133:133:2:4:129:129:0.969925:57:72:1:1:57:72:2:2 chr15 28090173 . C T 538.38 PASS AF=0.5;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0173654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.152;QD=19.2277;RBI=0.021989;REFB=-0.0132864;REVB=-0.0134892;RO=55;SAF=32;SAR=24;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184979;STB=0.606023;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0110097;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:55:56:56:56:0.5:24:32:20:35:24:32:20:36 chr15 28096538 . A G 340.07 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0113413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9191;QD=15.8171;RBI=0.028775;REFB=-0.024786;REVB=-0.0264457;RO=48;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913595;STB=0.544743;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0302413;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:18:19:29:19:18:19:29:20 chr15 28197037 . T C 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0391214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.11;QD=13.6607;RBI=0.0427522;REFB=-0.0256478;REVB=-0.0172415;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266846;STB=0.65565;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0624795;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:13:8:9:5:13:8 chr15 28231793 . T C 1019.49 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082813;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.209;QD=59.1011;RBI=0.0250292;REFB=0;REVB=0.0236195;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355963;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:39:28:0:0:39:30:0:0 chr15 28235773 . C T 191.55 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0186683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.486;QD=15.6369;RBI=0.0204444;REFB=-0.0214939;REVB=0.00833473;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139375;STB=0.580042;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0298113;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:17:12:11:9:17:12 chr15 28356556 . AG AA,AGA,GA 223.94 PASS AF=0.0714286,0.803571,0.0357143;AO=4,28,3;DP=56;FAO=4,45,2;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=2,22,2;FSAR=2,23,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00266345,0.0930913,0.000885234;FXX=0;HRUN=1,8,3;LEN=1,1,2;MLLD=220.823,6.97974,29.3442;QD=15.9958;RBI=0.0272883,0.219337,0.024723;REFB=-0.000241567,-0.0476543,-0.0242357;REVB=-0.027158,-0.198602,-0.0247071;RO=13;SAF=2,12,3;SAR=2,16,0;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.128996,-0.108558,0.597541;STB=0.555281,0.508893,0.994301;STBP=0.813,0.794,0.168;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0303209,0.0603454,-0.0882469;OID=.,.,.;OPOS=28356557,28356558,28356556;OREF=G,-,AG;OALT=A,A,GA;OMAPALT=AA,AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:56:56:13:5:4,28,3:4,45,2:0.0714286,0.803571,0.0357143:2,16,0:2,12,3:8:5:2,23,0:2,22,2:2:3 chr15 28362459 . G A 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.824;QD=62.0154;RBI=0.0613055;REFB=0;REVB=0.0359385;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286833;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr15 28412872 . G A 734.61 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.672;QD=61.2173;RBI=0.0112468;REFB=-0.10406;REVB=-0.0012895;RO=1;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347981;STB=0.518511;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000402577;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:13:34:0:1:13:34:0:1 chr15 28414665 . T C 958.98 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5174;QD=57.2528;RBI=0.080243;REFB=-0.0594114;REVB=0.064185;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00124828;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:33:33:1:0:33:33:1:0 chr15 28419746 . G A 389.69 PASS AF=0.555556;AO=38;DP=69;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0559267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.875;QD=21.6493;RBI=0.0565309;REFB=-0.0249705;REVB=0.00824352;RO=30;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139204;STB=0.572997;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0215006;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:30:32:38:40:0.555556:15:23:13:17:16:24:14:18 chr15 28447562 . A G 34.73 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.133813;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6087;QD=5.14474;RBI=0.133814;REFB=-0.0293429;REVB=-0.000388887;RO=18;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463705;STB=0.682326;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0886708;OID=.;OPOS=28447562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:27:18:21:5:6:0.222222:1:4:7:11:2:4:9:12 chr15 28517436 . T C 371.45 PASS AF=0.408163;AO=39;DP=99;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0200624;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.568;QD=15.161;RBI=0.0219574;REFB=-0.00578752;REVB=-0.00892347;RO=53;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873188;STB=0.557071;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00631217;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:53:58:39:40:0.408163:18:21:33:20:19:21:36:22 chr15 28517454 . G T 169.2 PASS AF=0.240741;AO=26;DP=108;FAO=26;FDP=108;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00112048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.747;QD=6.26673;RBI=0.0144147;REFB=-0.00755215;REVB=-0.0143711;RO=82;SAF=15;SAR=11;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660656;STB=0.540315;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0270566;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:82:82:26:26:0.240741:11:15:43:39:11:15:43:39 chr15 28953403 . G A 106.69 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00702558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.551;QD=35.5626;RBI=0.00717851;REFB=0.109585;REVB=0.00147387;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000768289;OID=.;OPOS=28953403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:10:11:0.916667:7:3:1:0:8:3:1:0 chr15 28953412 . C T 122.88 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00304875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.414;QD=37.8083;RBI=0.0200486;REFB=0.0138159;REVB=0.0198154;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128042;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00410884;OID=.;OPOS=28953412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:1:0:9:3:1:0 chr15 29034198 . C T 168.62 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.024505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.723;QD=15.6858;RBI=0.0286224;REFB=-0.0168353;REVB=0.0147902;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091655;STB=0.534845;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0214116;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:17:18:0.418605:9:8:14:11:9:9:14:11 chr15 29415560 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.868;QD=53.2764;RBI=0.0752327;REFB=0;REVB=0.0544528;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995383;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr15 29415698 . A G 940.28 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.415;QD=57.8632;RBI=0.0275365;REFB=0;REVB=-0.0147211;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103107;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:31:32:0:0:31:34:0:0 chr15 29421014 . G C 108.36 PASS AF=0.27451;AO=13;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00473104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.223;QD=8.49909;RBI=0.0333022;REFB=-0.00540205;REVB=-0.0329645;RO=37;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542339;STB=0.571333;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0130897;OID=.;OPOS=29421014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:37:37:13:14:0.27451:9:4:10:27:9:5:10:27 chr15 29421054 . C T 100.81 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0099285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.793;QD=8.22968;RBI=0.0102497;REFB=-0.00678012;REVB=0.00254581;RO=34;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616587;STB=0.526276;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0189413;OID=.;OPOS=29421054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:36:13:13:0.265306:9:4:9:25:9:4:10:26 chr15 29443949 . A G 74.18 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0154699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5057;QD=10.2313;RBI=0.061936;REFB=0.00628524;REVB=-0.0599729;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57196;STB=0.863181;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0340115;OID=.;OPOS=29443949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:9:1:10:8:9:1:11:8 chr15 29544656 . T C 501.42 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.441;QD=58.9911;RBI=0.0259555;REFB=0;REVB=0.0182045;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286243;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr15 30008856 . C A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.131;QD=58.7817;RBI=0.0920409;REFB=0;REVB=0.0405448;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002802;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr15 30008889 . G A 901.19 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00130073;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.346;QD=56.3241;RBI=0.00265326;REFB=0.00795166;REVB=-0.00231255;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132996;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000183829;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:1:1:62:63:0.984375:35:27:0:1:36:27:0:1 chr15 30010691 . C G 67.9 PASS AF=0.140351;AO=17;DP=113;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0264568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1651;QD=2.3824;RBI=0.0283515;REFB=-0.0146813;REVB=-0.0101905;RO=91;SAF=1;SAR=16;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.671677;STB=0.936953;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.218348;OID=.;OPOS=30010691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:113:114:91:98:17:16:0.140351:16:1:55:36:15:1:56:42 chr15 30516461 . A C 492.14 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.445;QD=57.8993;RBI=0.107428;REFB=0;REVB=-0.0508753;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00876284;OID=.;OPOS=30516461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:28:34:1:20:8:0:0:20:14:0:0 chr15 30664453 . C T 306.21 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8613;QD=53.2537;RBI=0.083482;REFB=0;REVB=0.0815889;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125398;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr15 30665280 . TCA T 129.34 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223673;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.571;QD=43.1124;RBI=0.0268717;REFB=0;REVB=-0.0148928;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00027328;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:12:12:12:0:5:7:0:0:4:0:4:7:0:0 chr15 31197564 . G A 758.38 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1043;QD=56.1765;RBI=0.0935009;REFB=0;REVB=0.0856826;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728076;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:45:54:1:35:10:0:0:43:11:0:0 chr15 31229420 . T C 1531.34 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142456;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4115;QD=63.8058;RBI=0.0321339;REFB=0;REVB=0.0288037;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34151e-05;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr15 31231190 . T C 465.4 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.88;QD=58.175;RBI=0.0274019;REFB=0;REVB=-0.0269144;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468425;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr15 31260136 . T C 510.75 PASS AF=0.41844;AO=52;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.00510543;FXX=0.00704176;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111.124;QD=14.4893;RBI=0.00801877;REFB=-0.0118239;REVB=0.00618347;RO=58;SAF=22;SAR=30;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243704;STB=0.561841;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0346922;OID=.;OPOS=31260136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:58:82:52:59:0.41844:30:22:26:32:37:22:39:43 chr15 31267147 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.623;QD=64.1537;RBI=0.00998102;REFB=0;REVB=0.00271873;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74725e-05;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr15 31330280 . A G 1458.23 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139963;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.45;QD=59.5194;RBI=0.0202673;REFB=0;REVB=0.0146583;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01622e-05;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:94:98:1:49:45:0:0:53:45:0:0 chr15 31342744 . C T 1202.12 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=87;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0342854;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.939;QD=56.5703;RBI=0.0486977;REFB=-0.15222;REVB=-0.0345829;RO=3;SAF=36;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378325;STB=0.526309;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00201741;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:85:3:4:81:81:0.952941:45:36:3:0:45:36:4:0 chr15 31362293 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00202029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.433;QD=10.81;RBI=0.00666826;REFB=-0.00870186;REVB=-0.00635485;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152776;STB=0.589262;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0154253;OID=.;OPOS=31362293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:14:22:9:10:14:22 chr15 31362352 . C T 487.93 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.279;QD=57.4034;RBI=0.0268083;REFB=0;REVB=0.020506;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610846;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:27:34:1:16:11:0:0:17:17:0:0 chr15 31369123 . A G 1065.27 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8344;QD=58.3708;RBI=0.0313045;REFB=0.0193149;REVB=0.0243755;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=7.79692e-06;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:34:38:0:0:34:38:0:1 chr15 32322929 . G A 59.27 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0308515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.421;QD=15.8043;RBI=0.0318313;REFB=-0.0593984;REVB=0.00783669;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170899;STB=0.59976;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.051482;OID=.;OPOS=32322929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:2:5:4:4:2:5 chr15 32450704 . G A 89.61 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.0173609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.461;QD=4.84401;RBI=0.0197588;REFB=-0.0173131;REVB=-0.00943453;RO=58;SAF=10;SAR=5;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00809209;STB=0.510191;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0789357;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:58:59:15:15:0.202703:5:10:39:19:5:10:40:19 chr15 33023098 . C G 156.94 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0187687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7349;QD=20.9246;RBI=0.0917451;REFB=-0.056447;REVB=0.0898048;RO=13;SAF=15;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556075;STB=0.695086;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.014455;OID=.;OPOS=33023098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:16:17:0.566667:1:15:7:6:2:15:8:5 chr15 33023670 . C T 201.71 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0215429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4598;QD=21.2322;RBI=0.0610985;REFB=-0.0631014;REVB=0.0571746;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405079;STB=0.533301;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0568831;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:20:20:0.526316:8:12:11:6:8:12:12:6 chr15 33023685 . A C 221.72 PASS AF=0.478261;AO=23;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0121026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0665;QD=19.2799;RBI=0.0226104;REFB=-0.00812143;REVB=-0.0190986;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794133;STB=0.573702;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0189564;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:23:22:0.478261:9:14:12:11:8:14:12:12 chr15 33023689 . C A 255.6 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00886442;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.065;QD=21.7533;RBI=0.047357;REFB=-0.00911079;REVB=-0.04652;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134595;STB=0.575693;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00605874;OID=.;OPOS=33023689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:12:11:8:16:12:11 chr15 33023951 . T C 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0237983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1077;QD=15.6238;RBI=0.0459185;REFB=-0.0230824;REVB=0.0392703;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152993;STB=0.588131;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0518241;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:13:10:10:7:13:10 chr15 33024455 . T G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00529653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.931;QD=22.3411;RBI=0.0125164;REFB=-0.01138;REVB=0.0113405;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088825;STB=0.549944;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00506327;OID=.;OPOS=33024455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:7:7:11:7:7:7 chr15 33024567 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.046217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6099;QD=14.3339;RBI=0.0719406;REFB=0.0057107;REVB=-0.0551311;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0134768;OID=.;OPOS=33024567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:5:5:5:4:5:5 chr15 33024767 . A G 618.44 PASS AF=0.525424;AO=60;DP=117;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0225678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.921;QD=20.9641;RBI=0.0290583;REFB=-0.0336057;REVB=0.0183052;RO=54;SAF=30;SAR=30;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319037;STB=0.525416;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0371916;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:54:56:60:62:0.525424:30:30:29:25:31:31:31:25 chr15 33026667 . A T 78.45 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0451443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8381;QD=14.9432;RBI=0.104423;REFB=-0.0281884;REVB=0.0941603;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259375;STB=0.515122;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0372807;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:2:9:8:2:2:9 chr15 33191023 . A G 223.93 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0316691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.365;QD=15.7147;RBI=0.034593;REFB=-0.0146676;REVB=-0.0139192;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980875;STB=0.543826;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0144773;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:25:26:0.45614:12:13:13:18:13:13:13:18 chr15 33359574 . C A 817.85 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553776;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.104;QD=57.3926;RBI=0.0692389;REFB=0;REVB=-0.0415613;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537137;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr15 33446258 . G A 213.27 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=0.00923159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5402;QD=12.5454;RBI=0.0118825;REFB=-0.0228523;REVB=0.00748142;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272919;STB=0.654024;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0222846;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:15:11:8:34:15:11:8:34 chr15 33446311 . G C 177.13 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=36;FWDB=-0.0112886;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.188;QD=10.4194;RBI=0.0130597;REFB=-0.0246281;REVB=0.00656682;RO=44;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226482;STB=0.615296;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0357429;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:45:23:23:0.338235:15:8:8:36:15:8:9:36 chr15 33822786 . C G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00138073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.351;QD=10.6346;RBI=0.00148732;REFB=-0.0135984;REVB=0.000552898;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912387;STB=0.555414;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0197578;OID=.;OPOS=33822786;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:7:6:3:5:7:6 chr15 33840414 . A G 490.17 PASS AF=0.552239;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0428631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.3251;QD=29.2638;RBI=0.0929557;REFB=-0.0618859;REVB=-0.0824835;RO=13;SAF=15;SAR=19;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241942;STB=0.60791;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0260947;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:13:14:34:37:0.552239:19:15:12:1:20:17:12:2 chr15 33872177 . C T 267.23 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0104509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2508;QD=17.5235;RBI=0.017065;REFB=-0.00932103;REVB=0.0134905;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387243;STB=0.52837;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00480357;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:29:30:0.491803:18:11:13:18:19:11:13:18 chr15 33905410 . A G 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0215586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.633;QD=21.8822;RBI=0.0279282;REFB=0.0015427;REVB=0.0177542;RO=27;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821543;STB=0.545427;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000983366;OID=.;OPOS=33905410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:13:21:14:13:13:21:14:13 chr15 33954652 . C T 1055.94 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0384956;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.468;QD=54.8541;RBI=0.0462446;REFB=-0.0824969;REVB=0.0256252;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155053;STB=0.504768;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00367285;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:78:77:1:4:73:73:0.948052:30:43:0:1:30:43:2:2 chr15 34014753 . T C 727.45 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.563;QD=63.2565;RBI=0.0201681;REFB=0;REVB=-9.46824e-05;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185909;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr15 34014913 . C T 764.23 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.813;QD=63.6858;RBI=0.0620103;REFB=0;REVB=0.0618538;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017173;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:14:34:0:0:14:34:0:0 chr15 34016274 . G A 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196003;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.406;QD=60.1587;RBI=0.0293375;REFB=-0.0750227;REVB=0.0218294;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000305421;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:0:1:22:22:0:1 chr15 34064288 . T A 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0186712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.132;QD=12.0836;RBI=0.018707;REFB=-0.0211085;REVB=0.00115664;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985559;STB=0.505807;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0471219;OID=.;OPOS=34064288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:11:19:10:6:11:19 chr15 34113536 . A G 754.03 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.206;QD=56.9079;RBI=0.0211061;REFB=0;REVB=-0.0145478;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16201e-06;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr15 34158266 . A G 1391.83 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0200076;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9761;QD=60.5145;RBI=0.0569158;REFB=-0.129095;REVB=0.0532833;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977254;STB=0.510202;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00217971;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:92:1:2:90:90:0.978261:48:42:0:1:48:42:0:2 chr15 34356653 . A G 211.43 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0282299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5064;QD=19.221;RBI=0.0285316;REFB=-0.0195958;REVB=-0.00413807;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297829;STB=0.675503;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0165308;OID=.;OPOS=34356653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:14:6:14:9:15:6:14:9 chr15 34356988 . G A 783.92 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.71;QD=57.0121;RBI=0.0580684;REFB=0;REVB=0.0536289;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165756;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:19:33:0:0:22:33:0:0 chr15 34357259 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.186;QD=53.2772;RBI=0.0552997;REFB=0;REVB=-0.00555576;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113558;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 34395827 . GAAAAAAA GAAAAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAG 33.97 PASS AF=0.122449,0.183673,0.0408163;AO=5,9,2;DP=49;FAO=6,9,2;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=2,4,2;FSAR=4,5,0;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.027229,-0.0300252,0.00399488;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=8.22239,8.20831,21.8194;QD=2.77268;RBI=0.0824727,0.0857716,0.0154663;REFB=0.0363323,-0.0307082,-0.015086;REVB=-0.0778482,0.0803446,0.0149414;RO=29;SAF=2,4,2;SAR=3,5,0;SRF=9;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.11436,0.168239,0.562737;STB=0.550858,0.632502,0.996778;STBP=0.782,0.451,0.029;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.145164,0.115573,0.0551567;OID=.,.,.;OPOS=34395828,34395828,34395834;OREF=-,A,A;OALT=A,-,G;OMAPALT=GAAAAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.122449,0.183673,0.0408163:5,9,2:49:6,9,2:49:32:2,4,2:4,5,0:9:23:23:29:2,4,2:3,5,0:9:20 chr15 34517995 . T G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00110191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.977;QD=15.1662;RBI=0.00251715;REFB=-0.0106808;REVB=0.00226315;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16315;STB=0.592754;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0206383;OID=.;OPOS=34517995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:10:13:12:18:10:13:12:18 chr15 34522985 . C G 1019.95 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00830212;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.058;QD=58.2828;RBI=0.0205504;REFB=-0.0212555;REVB=0.0187988;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000488415;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:0:1:68:69:0.985714:38:30:0:0:39:30:0:1 chr15 34524995 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.028;QD=57.177;RBI=0.0135268;REFB=0;REVB=0.00222126;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43121e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:27:24:0:0 chr15 34525035 . T C 733.34 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0367649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9435;QD=61.1113;RBI=0.0556332;REFB=-0.0533652;REVB=-0.0417539;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000522875;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:0:1:25:22:0:1 chr15 34528948 . G A 302.92 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00210471;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5714;QD=25.2434;RBI=0.0429178;REFB=-0.0141944;REVB=0.0428661;RO=22;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105516;STB=0.567113;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0172794;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:21:27:27:0.5625:18:9:10:12:18:9:10:11 chr15 34551082 . G A 521.96 PASS AF=0.607595;AO=47;DP=78;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0246676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.822;QD=26.4284;RBI=0.0253948;REFB=-0.00247393;REVB=-0.00603356;RO=31;SAF=28;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106342;STB=0.560963;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00129381;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:31:31:47:48:0.607595:19:28:14:17:19:29:14:17 chr15 34640218 . C T 1381.2 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0232033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.974;QD=59.4066;RBI=0.0391644;REFB=-0.011755;REVB=0.0315509;RO=3;SAF=49;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281337;STB=0.509802;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00430052;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:3:2:90:91:0.978495:41:49:3:0:41:50:2:0 chr15 34640378 . T C 363.69 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471042;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.332;QD=55.9526;RBI=0.0119374;REFB=0;REVB=0.0109687;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171283;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr15 34648935 . G T 481.81 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.303;QD=58.4016;RBI=0.0193527;REFB=0;REVB=0.0185435;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04818e-05;OID=.;OPOS=34648935;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr15 34649631 . G A 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.987;QD=59.8515;RBI=0.0387487;REFB=0;REVB=0.0345212;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02731e-05;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr15 34673722 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00379885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.181;QD=17.4276;RBI=0.00707795;REFB=0.0124246;REVB=0.00597211;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439952;STB=0.50251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0131854;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:12:11:9:10:12:11 chr15 35045276 . G A 98.63 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0203085;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.231;QD=23.2063;RBI=0.0260976;REFB=-0.0359794;REVB=0.0163906;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159979;STB=0.509075;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.014678;OID=.;OPOS=35045276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:17:6:6:11:11:0.647059:9:2:1:5:9:2:1:5 chr15 35045312 . T A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0426027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.717;QD=22.8307;RBI=0.045307;REFB=-0.00491858;REVB=0.0154186;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.564013;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00198834;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:4:6:11:4:4:6 chr15 35080931 . T C 985.25 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948017;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.139;QD=59.7118;RBI=0.0283067;REFB=0;REVB=0.026672;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56775e-05;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr15 35082141 . A G 150.9 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0344461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.477;QD=12.5747;RBI=0.0558941;REFB=-0.0203961;REVB=-0.0440183;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335576;STB=0.70564;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0171841;OID=.;OPOS=35082141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:31:17:17:0.354167:5:12:12:18:5:12:12:19 chr15 35082225 . C T 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0248361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.267;QD=10.3802;RBI=0.0360307;REFB=-0.00529488;REVB=0.0261033;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409162;STB=0.729174;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.016375;OID=.;OPOS=35082225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:6:12:10:25:6:12:11:25 chr15 35149008 . C T 968.41 PASS AF=0.879518;AO=68;DP=86;FAO=73;FDP=83;FR=.;FRO=10;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.000883786;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.606;QD=46.6701;RBI=0.00203426;REFB=-0.00143484;REVB=-0.00183225;RO=9;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122677;STB=0.559543;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000467814;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:86:83:9:10:68:73:0.879518:30:38:0:9:30:43:1:9 chr15 35230934 . A ATAGT 101.32 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00580165;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=4;MLLD=197.627;QD=15.0104;RBI=0.0176127;REFB=-0.0149065;REVB=0.0166298;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.509538;STBP=0.92;TYPE=ins;VARB=0.00976361;OID=.;OPOS=35230935;OREF=-;OALT=TAGT;OMAPALT=ATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:28:12:27:15:5:7:6:9:99:16:5:6:6:10 chr15 35256624 . C G 158.49 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00980773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.632;QD=12.1914;RBI=0.0269003;REFB=-0.00180732;REVB=-0.0250486;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217277;STB=0.634058;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00379743;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:8:11:12:20:8:11:12:21 chr15 35270904 . AG A 30.8 PASS AF=0.5;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0259821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6033;QD=12.3214;RBI=0.0928628;REFB=-0.0183229;REVB=-0.0891539;RO=4;SAF=0;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719948;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=del;VARB=0.0750934;OID=.;OPOS=35270905;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:4:10:5:10:5:1:4:3:2:22:4:0:4:2:2 chr15 35273620 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0342228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.287;QD=17.8403;RBI=0.0379143;REFB=0.0045018;REVB=0.0163186;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106175;STB=0.574366;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00485755;OID=.;OPOS=35273620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:8:6:4:9:8:6:4:10 chr15 36946303 . C G 2253.4 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000238577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.637;QD=62.5945;RBI=0.0340412;REFB=0.0291051;REVB=0.0340404;RO=0;SAF=65;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2093e-08;STB=0.503816;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000494326;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:0:1:142:143:0.993056:77:65:0:0:78:65:1:0 chr15 36983962 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00430614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.257;QD=15.2557;RBI=0.00452826;REFB=-0.0227873;REVB=-0.00140082;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0293015;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:12:8:12:17:12:8:12:18 chr15 37173267 . G A 386.01 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.017605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6214;QD=14.8463;RBI=0.0960078;REFB=-0.0164687;REVB=-0.0943799;RO=60;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155733;STB=0.59268;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0193689;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:43:44:0.423077:20:23:23:37:20:24:23:37 chr15 37183609 . CTTTTTTTTG CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT 861.82 PASS AF=1,0;AO=98,7;DP=152;FAO=151,0;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=84,0;FSAR=67,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143413,0.0712894;FXX=0.013071;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.49858,10.9083;QD=22.8297;RBI=0.155222,0.0718478;REFB=0,0;REVB=-0.0593848,-0.00893997;RO=19;SAF=54,7;SAR=44,0;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0413392,0.699533;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00183772,-0.0234311;OID=.,.;OPOS=37183610,37183617;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=CTTTTTTTG,CTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:98,7:152:151,0:151:0:84,0:67,0:0:0:5:19:54,7:44,0:13:6 chr15 37343040 . C G 232.99 PASS AF=0.473684;AO=25;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.000786324;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0398;QD=16.3502;RBI=0.0233166;REFB=-0.031806;REVB=-0.0233033;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293329;STB=0.685008;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.013666;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:30:25:27:0.473684:15:10:19:7:17:10:22:8 chr15 38233869 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.103;QD=60.0308;RBI=0.0114025;REFB=0;REVB=0.00453594;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55507e-06;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr15 38614525 . G A 1142.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.189;QD=60.1291;RBI=0.0197035;REFB=0;REVB=0.0156471;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24794e-06;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:41:31:0:0:44:32:0:0 chr15 38643574 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.512;QD=60.6097;RBI=0.050747;REFB=0;REVB=0.0231637;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161888;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr15 38857631 . C G 413.01 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0106131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.558;QD=24.2947;RBI=0.0269375;REFB=0.00417298;REVB=0.0247587;RO=28;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989304;STB=0.554225;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00434529;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:21:19:17:11:21:19:17:11 chr15 39545032 . T G 1425.81 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.496;QD=60.6729;RBI=0.0273456;REFB=-0.0559977;REVB=0.0150477;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513511;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00235782;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:94:0:2:91:92:0.978723:55:36:0:0:56:36:2:0 chr15 39545268 . G A 720.88 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00945232;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.468;QD=61.3515;RBI=0.0211079;REFB=-0.16851;REVB=0.0188732;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015416;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000354922;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:1:1:46:46:0.978723:30:16:0:1:30:16:0:1 chr15 39546049 . A C 148.11 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0243203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.67;QD=17.9522;RBI=0.0278827;REFB=0.0105047;REVB=0.0136371;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265217;STB=0.515133;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0211019;OID=.;OPOS=39546049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:8:9:8:8:8:9 chr15 39546114 . A G 164.94 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0433051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1721;QD=14.0375;RBI=0.0433081;REFB=-0.00472286;REVB=-0.000512001;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275788;STB=0.516031;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00398371;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:11:7:12:17:11:7:12:17 chr15 39881431 . A G 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0114138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.155;QD=8.86106;RBI=0.0170945;REFB=-0.00133715;REVB=0.0127259;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322349;STB=0.694255;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00234044;OID=.;OPOS=39881431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:8:5:22:11:8:5:22:11 chr15 39910431 . A G 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0252019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.698;QD=21.0121;RBI=0.0256883;REFB=0.00810147;REVB=0.0049755;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132778;STB=0.575126;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00500408;OID=.;OPOS=39910431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:6:10:6:7:6:10:6:7 chr15 40094433 . G A 153.61 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0171926;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8111;QD=19.8207;RBI=0.042838;REFB=-0.0183954;REVB=0.0392366;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0256185;OID=.;OPOS=40094433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:7:8:7:9:7:8 chr15 40099769 . T C 214.3 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=0.0652577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9231;QD=12.7938;RBI=0.109185;REFB=0.0160061;REVB=-0.0875371;RO=42;SAF=9;SAR=16;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461566;STB=0.741219;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0249518;OID=.;OPOS=40099769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:41:25:26:0.38806:16:9:34:8:16:10:33:8 chr15 40226495 . T C 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.225;QD=57.1019;RBI=0.0132211;REFB=0;REVB=0.0124991;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66004e-05;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr15 40259848 . A C 271.37 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00928809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.839;QD=23.5971;RBI=0.00974759;REFB=0.00691076;REVB=-0.00295752;RO=20;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193815;STB=0.599176;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00699172;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:17:8:11:9:17:8:11:10 chr15 40265799 . A G 309.55 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0638763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6933;QD=18.7605;RBI=0.0735933;REFB=-0.00182469;REVB=-0.0365484;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028244;STB=0.51575;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00224659;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:20:13:14:19:20:13:14:19 chr15 40327207 . ATCTTT A 609.14 PASS AF=0.453237;AO=54;DP=140;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.0155196;FXX=0.0413765;HRUN=1;LEN=5;MLLD=190.64;QD=17.5292;RBI=0.0361744;REFB=-0.0177897;REVB=0.0326761;RO=44;SAF=36;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695375;STB=0.501968;STBP=0.976;TYPE=del;VARB=0.0237916;OID=.;OPOS=40327208;OREF=TCTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453237:54:140:63:139:76:40:23:48:28:99:44:36:18:29:15 chr15 40327290 . A G 655.76 PASS AF=0.347826;AO=80;DP=230;FAO=80;FDP=230;FR=.;FRO=150;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=0.00489727;FXX=0.00862032;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.288;QD=11.4046;RBI=0.00933025;REFB=-0.0115505;REVB=-0.00794169;RO=149;SAF=44;SAR=36;SRF=75;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534218;STB=0.532714;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0226623;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:149:150:80:80:0.347826:36:44:75:74:36:44:75:75 chr15 40327301 . G A 665.81 PASS AF=0.363636;AO=80;DP=221;FAO=80;FDP=220;FR=.;FRO=140;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.0189581;FXX=0.0134523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3058;QD=12.1056;RBI=0.0280461;REFB=-0.00448048;REVB=-0.0206681;RO=137;SAF=44;SAR=36;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11636;STB=0.563447;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00758454;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:137:140:80:80:0.363636:36:44:61:76:36:44:63:77 chr15 40327793 . CCTG C 123.9 PASS AF=0.240602;AO=36;DP=131;FAO=32;FDP=133;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.00310164;FXX=0.0220572;HRUN=2;LEN=3;MLLD=280.933;QD=3.72633;RBI=0.0186376;REFB=-0.0083629;REVB=-0.0183777;RO=79;SAF=18;SAR=18;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223407;STB=0.502594;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.0261868;OID=.;OPOS=40327794;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240602:36:131:32:133:101:15:17:47:54:99:79:18:18:41:38 chr15 40328575 . G C 1072.9 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.631;QD=57.9947;RBI=0.0534869;REFB=-0.0982724;REVB=0.0354953;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000661291;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:38:34:1:0:38:35:1:0 chr15 40328665 . G A 156.23 PASS AF=0.375;AO=19;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0105877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.955;QD=11.159;RBI=0.0157674;REFB=-0.00478977;REVB=-0.0116839;RO=32;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147163;STB=0.562069;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0132728;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:35:19:21:0.375:15:4:10:22:15:6:13:22 chr15 40330564 . C T 489.72 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0396129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.482;QD=55.9675;RBI=0.0399209;REFB=0.00358801;REVB=0.00494928;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-1.40602e-05;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:21:12:1:0:21:13:0:1 chr15 40383347 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.02;QD=62.022;RBI=0.0256734;REFB=0;REVB=0.0236196;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50825e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr15 40383779 . A C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00996987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.479;QD=9.91658;RBI=0.013218;REFB=0.00565526;REVB=-0.00867852;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32543;STB=0.705323;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0107194;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:8:1:5:12:8:1:5:12 chr15 40426913 . C A 105.94 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0286372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.18;QD=6.62102;RBI=0.0331861;REFB=-0.00274001;REVB=-0.0167699;RO=48;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129499;STB=0.579899;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00481058;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:10:6:23:25:10:6:23:25 chr15 40477831 . G A 288.91 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0169142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1863;QD=21.0114;RBI=0.0269994;REFB=-0.0011227;REVB=0.0210446;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310039;STB=0.524256;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0012833;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:15:14:13:12:16:14:13:12 chr15 40544493 . A G 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00673256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.725;QD=13.6999;RBI=0.0207862;REFB=-0.0145465;REVB=-0.0196657;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122911;STB=0.608572;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0189152;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:30:18:18:0.375:6:12:15:12:6:12:15:15 chr15 40544520 . G C 115.13 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0443854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6189;QD=11.8086;RBI=0.0443891;REFB=0.00627453;REVB=0.000575025;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364894;STB=0.507452;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0114271;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:25:13:14:0.358974:5:8:14:10:6:8:14:11 chr15 40544617 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0783845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8093;QD=14.6494;RBI=0.107928;REFB=-1.83727e-05;REVB=-0.0741914;RO=19;SAF=13;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329257;STB=0.698561;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000197552;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:1:13:15:4:1:13:15:4 chr15 40558064 . A G 163.67 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0118465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9876;QD=13.361;RBI=0.0584285;REFB=-0.0160775;REVB=-0.0572149;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107325;STB=0.599886;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0474279;OID=.;OPOS=40558064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:31:18:18:0.367347:12:6:12:16:12:6:15:16 chr15 40558087 . G A 321.03 PASS AF=0.604167;AO=26;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0102678;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.889;QD=26.7527;RBI=0.0143169;REFB=-0.0509115;REVB=-0.00997718;RO=14;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104072;STB=0.538895;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0419328;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:14:19:26:29:0.604167:17:9:7:7:18:11:9:10 chr15 40558482 . A G 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0128236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.87;QD=15.6241;RBI=0.0135105;REFB=-0.00872381;REVB=-0.0042531;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161818;STB=0.603381;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.01975;OID=.;OPOS=40558482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:9:8:14:8:9:8:15:8 chr15 40568823 . C A 267.87 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0560588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9526;QD=16.7421;RBI=0.0648598;REFB=-6.21146e-05;REVB=0.0326221;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575933;STB=0.515615;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00182679;OID=.;OPOS=40568823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:34:30:30:0.46875:15:15:14:18:15:15:16:18 chr15 40573675 . G T 816.95 PASS AF=0.969697;AO=57;DP=64;FAO=64;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0253294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.711;QD=49.5123;RBI=0.0427344;REFB=-0.189886;REVB=0.0344187;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.50095;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00215208;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:64:66:1:2:57:64:0.969697:28:29:1:0:34:30:1:1 chr15 40573716 . A G 1098.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0511;QD=60.1957;RBI=0.0468012;REFB=0;REVB=-0.041559;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.67116e-05;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr15 40581543 . T C 932.91 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.324;QD=56.5398;RBI=0.0339502;REFB=-0.138047;REVB=0.0318662;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000440904;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:66:0:1:64:65:0.984848:33:31:0:0:34:31:1:0 chr15 40583876 . T G 255.69 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1537;QD=51.1372;RBI=0.0836198;REFB=0;REVB=0.0652773;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222255;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr15 40589002 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.16;QD=59.6794;RBI=0.00535893;REFB=0;REVB=-0.00519181;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92899e-06;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr15 40589771 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0216246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.18;QD=26.3053;RBI=0.0332276;REFB=-0.00649056;REVB=-0.025228;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634418;STB=0.535178;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00432168;OID=.;OPOS=40589771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:5:8:11:10:5:8 chr15 40590134 . G A 731.96 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267568;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.393;QD=56.3048;RBI=0.00986415;REFB=0;REVB=0.00949433;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40794e-05;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr15 40633138 . A T 458.72 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0321895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.599;QD=23.5243;RBI=0.0322257;REFB=-0.0250441;REVB=-0.00152614;RO=32;SAF=13;SAR=31;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427941;STB=0.516305;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0154645;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:32:34:44:44:0.564103:31:13:8:24:31:13:9:25 chr15 40655845 . C G 134.24 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.132631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.5804;QD=38.3554;RBI=0.137315;REFB=-0.101134;REVB=-0.0355598;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430526;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0140249;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:10:2:0:1:10:3:0:1 chr15 40655873 . G C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.478;QD=46.8432;RBI=0.0625196;REFB=0;REVB=0.01559;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157192;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr15 40659476 . G A 306.1 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0345691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.698;QD=20.4068;RBI=0.0347186;REFB=-0.0337868;REVB=-0.00321881;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912359;STB=0.560306;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0236566;OID=.;OPOS=40659476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:20:12:13:14:20:12:14:14 chr15 40710723 . G A 289.4 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0429028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9023;QD=15.0339;RBI=0.0432168;REFB=-0.0195204;REVB=-0.00520041;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145886;STB=0.530368;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0205379;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:44:44:32:33:0.428571:17:15:20:24:17:16:19:25 chr15 40751555 . C A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0295011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0387;QD=20.8923;RBI=0.058416;REFB=0.0278566;REVB=0.0504194;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00923734;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:4:2:5:5:4:2 chr15 40764616 . G A 174.7 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0339854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.48;QD=18.8862;RBI=0.0382384;REFB=-0.0280406;REVB=0.0175262;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176087;STB=0.576835;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0217461;OID=.;OPOS=40764616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:18:18:0.486486:6:12:8:9:6:12:10:9 chr15 40849408 . C T 886.13 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00673356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0799;QD=56.2621;RBI=0.0112329;REFB=-0.151123;REVB=-0.00899097;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00196943;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:33:29:0:1:33:29:0:1 chr15 40856989 . C T 244.69 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.368;QD=46.6071;RBI=0.0619412;REFB=-0.0189622;REVB=0.0523367;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00133587;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr15 40917114 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00291984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.064;QD=14.0975;RBI=0.00867277;REFB=-0.00903175;REVB=0.00816648;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171216;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0138519;OID=.;OPOS=40917114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:8:10:7:6:8:10 chr15 41105926 . T G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0102001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.74;QD=11.8305;RBI=0.0239514;REFB=-0.0216034;REVB=-0.0216709;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435505;STB=0.791409;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0219605;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:1:10:11:6:1:10:11:7 chr15 41146880 . T C 257.68 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0415033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.5;QD=30.3154;RBI=0.0429319;REFB=0.0185884;REVB=-0.0109829;RO=11;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221672;STB=0.512185;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00385828;OID=.;OPOS=41146880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:16:7:3:8:16:7:3:8 chr15 41148199 . C T 516.24 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9949;QD=58.9994;RBI=0.0159832;REFB=0;REVB=-0.0152899;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217032;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr15 41148516 . G A 200.13 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00996868;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6123;QD=13.5681;RBI=0.0277797;REFB=-0.00396972;REVB=-0.0259295;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218677;STB=0.616923;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0112302;OID=.;OPOS=41148516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:35:24:24:0.40678:15:9:20:14:15:9:20:15 chr15 41149161 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.609;QD=45.8068;RBI=0.0159402;REFB=0;REVB=-0.0139948;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30239e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr15 41245676 . G A 592.45 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.752;QD=60.7638;RBI=0.0549295;REFB=0;REVB=0.0306311;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317537;OID=.;OPOS=41245676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:23:14:0:0:25:14:0:0 chr15 41271718 . C T 1970.45 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.17279e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.248;QD=62.0614;RBI=0.0175235;REFB=0;REVB=0.0175233;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06448e-06;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:125:127:1:69:56:0:0:70:57:0:0 chr15 41476209 . T C 485.45 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163247;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.829;QD=57.1112;RBI=0.0163824;REFB=0;REVB=-0.00137385;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00994844;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:20:14:0:0 chr15 41476465 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0181239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.852;QD=15.7004;RBI=0.0184289;REFB=-0.0002163;REVB=-0.00333862;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108301;STB=0.562417;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000377595;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:8:11:7:8:8:11 chr15 41483682 . A G 176.23 PASS AF=0.4;AO=17;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00960952;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4271;QD=14.0987;RBI=0.03242;REFB=-0.0185933;REVB=0.0309631;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336446;STB=0.6998;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0191988;OID=.;OPOS=41483682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:30:17:20:0.4:5:12:11:17:6:14:11:19 chr15 41484287 . C A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00861321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.73;QD=26.3129;RBI=0.0168209;REFB=-0.0225252;REVB=0.0144483;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108339;STB=0.559942;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0129533;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:3:9:12:8:3:9 chr15 41508037 . A G 157.01 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00189243;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0791;QD=15.3175;RBI=0.0514277;REFB=-0.0142288;REVB=0.0513928;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125103;STB=0.502955;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0240151;OID=.;OPOS=41508037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:24:17:17:0.414634:10:7:10:15:10:7:10:14 chr15 41509288 . T A 30.12 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00397387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.422;QD=10.0412;RBI=0.0231533;REFB=-0.0305235;REVB=-0.0228097;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477139;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0215647;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:6:7:5:5:0.416667:1:4:5:1:1:4:6:1 chr15 41564393 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0241098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.481;QD=14.0438;RBI=0.0249566;REFB=-0.0162237;REVB=0.00644582;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00501077;OID=.;OPOS=41564393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:4:0:1:4:4:0 chr15 41574051 . C T 234.05 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0207696;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9076;QD=17.0217;RBI=0.0268995;REFB=-0.0464741;REVB=-0.0170942;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159343;STB=0.571373;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.025572;OID=.;OPOS=41574051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:31:29:26:26:0.472727:16:10:17:14:16:10:15:14 chr15 41634587 . AC GA 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0880179;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.853;QD=7.04802;RBI=0.0881068;REFB=-0.0204443;REVB=0.00395787;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306466;STB=0.695912;STBP=0.227;TYPE=mnp;VARB=0.0371963;OID=.;OPOS=41634587;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:11:11:6:2:11:11 chr15 41679717 . C T 210.95 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0110817;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.492;QD=18.3437;RBI=0.0135108;REFB=-0.0213983;REVB=-0.00772899;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.555502;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0140898;OID=.;OPOS=41679717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:25:21:21:0.456522:13:8:12:13:13:8:12:13 chr15 41805237 . C T 100.0 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00353904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.149;QD=15.3845;RBI=0.00921103;REFB=-0.0178419;REVB=-0.00850401;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116603;STB=0.613434;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0168018;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:14:12:12:0.461538:3:9:7:4:3:9:8:6 chr15 41815516 . G C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.067;QD=59.323;RBI=0.0322723;REFB=0;REVB=0.0272884;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79242e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr15 41819696 . T C 490.33 PASS AF=0.490741;AO=51;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0520247;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5418;QD=18.1604;RBI=0.0703983;REFB=-0.0278904;REVB=0.0474274;RO=55;SAF=19;SAR=32;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277022;STB=0.639837;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0232329;OID=.;OPOS=41819696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:51:53:0.490741:32:19:37:18:33:20:36:19 chr15 41819716 . C T 471.44 PASS AF=0.49;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0278329;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7823;QD=18.8575;RBI=0.0301876;REFB=-0.0171039;REVB=0.0116884;RO=52;SAF=30;SAR=18;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207851;STB=0.612199;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0337214;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:51:48:49:0.49:18:30:21:31:19:30:20:31 chr15 41820200 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00640806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.671;QD=8.89975;RBI=0.00717839;REFB=-0.00880638;REVB=-0.00323511;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714133;STB=0.543402;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0162624;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:18:8:4:7:18:8 chr15 41821752 . T C 131.35 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0475813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0911;QD=11.4213;RBI=0.0476012;REFB=0.0105437;REVB=0.0013776;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480291;STB=0.78277;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0181307;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:14:14:0.304348:4:10:8:22:4:10:8:22 chr15 41829230 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00622938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.055;QD=13.4558;RBI=0.0486402;REFB=-0.0135212;REVB=-0.0482397;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299811;STB=0.703929;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0227077;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:2:9:8:6:2:9:8:7 chr15 41991315 . AC TC,TT 453.67 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=29,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218554,-0.00955344;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=55.1308,171.429;QD=56.709;RBI=0.030567,0.0118761;REFB=0,0;REVB=0.0213702,0.007055;RO=0;SAF=11,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000570141,-0.0198613;OID=.,.;OPOS=41991315,41991315;OREF=A,AC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:29,2:30,2:0.9375,0.0625:18,0:11,2:0:0:19,0:11,2:0:0 chr15 42026764 . C T 1582.27 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.67;QD=63.2909;RBI=0.0550733;REFB=0;REVB=0.0487039;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119841;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:0:0:93:100:1:55:38:0:0:58:42:0:0 chr15 42032383 . C G 493.89 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00504008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.378;QD=22.9716;RBI=0.00512282;REFB=-0.0236495;REVB=0.000917007;RO=39;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122608;STB=0.506744;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0171867;OID=.;OPOS=42032383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:26:21:18:21:26:21:18:21 chr15 42041712 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.096;QD=40.763;RBI=0.0577892;REFB=0;REVB=0.0310876;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683729;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr15 42059392 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0192319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.795;QD=26.3385;RBI=0.0222032;REFB=-0.0108351;REVB=0.0110959;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219569;STB=0.608601;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00615875;OID=.;OPOS=42059392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:9:14:4:10:9:14:5:10 chr15 42105918 . C G 135.71 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00755512;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.983;QD=8.35155;RBI=0.0120824;REFB=-0.00124204;REVB=0.00942897;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985419;STB=0.558763;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00271413;OID=.;OPOS=42105918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:46:46:19:19:0.292308:9:10:28:18:9:10:28:18 chr15 42109223 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0292204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9549;QD=20.4559;RBI=0.044819;REFB=0.00302552;REVB=-0.0339839;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188781;STB=0.62979;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00402436;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:13:4:6:8:13:4:7:8 chr15 42119900 . T C 138.25 PASS AF=0.339286;AO=17;DP=54;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0965045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7878;QD=9.87495;RBI=0.0966261;REFB=-0.0159962;REVB=-0.00484409;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235177;STB=0.5999;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0386146;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:37:37:17:19:0.339286:8:9:12:25:10:9:12:25 chr15 42128568 . C G 263.62 PASS AF=0.648649;AO=22;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0580683;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4673;QD=28.4992;RBI=0.0867324;REFB=-0.0255533;REVB=-0.064425;RO=15;SAF=16;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347518;STB=0.696873;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0467536;OID=.;OPOS=42128568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:13:22:24:0.648649:6:16:4:11:7:17:2:11 chr15 42134097 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00131481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.386;QD=21.7464;RBI=0.00159151;REFB=-0.0159595;REVB=-0.000896773;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263574;STB=0.657978;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0187764;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:14:8:13:6:14:8:14:6 chr15 42135988 . C T 2819.7 PASS AF=0.978723;AO=180;DP=188;FAO=184;FDP=188;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0223645;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.348;QD=59.9937;RBI=0.0473995;REFB=-0.0932147;REVB=0.0417916;RO=0;SAF=92;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22177e-08;STB=0.505669;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000390855;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:188:188:0:4:180:184:0.978723:88:92:0:0:89:95:1:3 chr15 42138321 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.226;QD=51.1834;RBI=0.0233447;REFB=0;REVB=0.0228358;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04615e-05;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr15 42139642 . C T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0126261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.244;QD=24.8187;RBI=0.0141641;REFB=-0.0309631;REVB=0.00641891;RO=18;SAF=3;SAR=21;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328376;STB=0.686089;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0223842;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:21:3:7:11:21:3:7:11 chr15 42149472 . T C 1556.32 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.009157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.544;QD=58.7289;RBI=0.0300222;REFB=-0.212343;REVB=0.0285916;RO=1;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007975;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000979196;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:103:105:0.990566:59:44:0:1:59:46:0:1 chr15 42149506 . G C 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.657;QD=58.4169;RBI=0.0360752;REFB=0;REVB=0.0220921;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115296;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr15 42154738 . G A 1531.91 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795749;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.404;QD=63.1717;RBI=0.0843356;REFB=0;REVB=0.0279343;RO=0;SAF=67;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654032;OID=.;OPOS=42154738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:99:97:0:0:96:97:1:29:67:0:0:29:68:0:0 chr15 42166500 . C T 1968.36 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00294121;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.899;QD=61.9955;RBI=0.0628486;REFB=0;REVB=0.0627798;RO=0;SAF=83;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136057;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:125:127:1:42:83:0:0:42:85:0:0 chr15 42171537 . A G 2304.97 PASS AF=0.993197;AO=140;DP=141;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.477;QD=62.7203;RBI=0.0535805;REFB=-0.0277998;REVB=0.0484432;RO=1;SAF=70;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674413;STB=0.503401;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00661551;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:147:1:1:140:146:0.993197:70:70:1:0:73:73:1:0 chr15 42178155 . T C 1023.75 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0157525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2454;QD=56.0961;RBI=0.0548188;REFB=-0.0933167;REVB=0.0525067;RO=1;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165852;STB=0.516662;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00147469;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:70:71:0.972603:28:42:0:1:29:42:0:2 chr15 42235316 . C T 337.89 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00881003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0595;QD=17.5525;RBI=0.0527493;REFB=-0.00676025;REVB=-0.0520084;RO=41;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203932;STB=0.511402;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0137495;OID=.;OPOS=42235316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:23:13:14:27:23:13:14:27 chr15 42287578 . G A 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0205739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5226;QD=13.264;RBI=0.0548719;REFB=0.00781482;REVB=0.0508689;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762963;STB=0.543471;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.013539;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:17:11:14:29:17:11:14:29 chr15 42342818 . G A 304.94 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00266462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3782;QD=12.8394;RBI=0.00481499;REFB=-0.0158459;REVB=0.00401047;RO=60;SAF=24;SAR=11;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282975;STB=0.662482;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0300946;OID=.;OPOS=42342818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:11:24:26:34:11:24:26:34 chr15 42342824 . T G 281.32 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0417967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.927;QD=12.2311;RBI=0.0419976;REFB=-0.00164127;REVB=-0.0041034;RO=59;SAF=23;SAR=10;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292211;STB=0.668591;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00520218;OID=.;OPOS=42342824;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:10:23:26:33:10:23:26:33 chr15 42371752 . A T 78.14 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00959885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.098;QD=14.8841;RBI=0.025875;REFB=-0.00255774;REVB=0.0240286;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356162;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00504801;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:21:11:11:9:10:0.47619:6:3:8:3:6:4:8:3 chr15 42373810 . G C 1187.1 PASS AF=0.56701;AO=108;DP=187;FAO=110;FDP=194;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0154465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.481;QD=24.4763;RBI=0.020551;REFB=-0.0327845;REVB=0.0135555;RO=79;SAF=45;SAR=63;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806193;STB=0.560652;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0315019;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:194:79:84:108:110:0.56701:63:45:41:38:65:45:46:38 chr15 42377744 . C G 650.69 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.49;QD=61.97;RBI=0.0278509;REFB=0;REVB=0.0277779;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60637e-05;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:22:20:0:0 chr15 42433802 . A G 327.57 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=0.00180671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.639;QD=12.2456;RBI=0.00979058;REFB=-0.0108025;REVB=-0.00962244;RO=66;SAF=23;SAR=17;SRF=48;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176625;STB=0.603205;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0171161;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:67:40:40:0.373832:17:23:48:18:17:23:49:18 chr15 42434254 . G A 657.73 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00376495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.898;QD=59.7934;RBI=0.0184935;REFB=-0.111099;REVB=-0.0181062;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000777313;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:16:27:0:0:16:27:1:0 chr15 42434336 . G C 308.01 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00312472;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.417;QD=24.1574;RBI=0.00487742;REFB=-0.0164201;REVB=0.00374505;RO=20;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604774;STB=0.543052;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00947668;OID=.;OPOS=42434336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:14:16:9:11:14:16:9:12 chr15 42434837 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.474;QD=58.1419;RBI=0.0303423;REFB=0;REVB=0.0289545;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02904e-05;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr15 42439376 . G A 320.29 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0068693;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.763;QD=15.817;RBI=0.0255799;REFB=-0.00474861;REVB=0.0246403;RO=46;SAF=14;SAR=21;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103043;STB=0.557863;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00493416;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:46:35:35:0.432099:21:14:14:32:21:14:14:32 chr15 42442823 . G C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00160351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.915;QD=15.1969;RBI=0.0276612;REFB=0.000578689;REVB=-0.0276146;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253924;STB=0.514685;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.000955111;OID=.;OPOS=42442823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:12:6:5:9:12:6 chr15 42444914 . TCCCC CTCCC,TCCC,TCCCG 94.62 PASS AF=0.0816327,0.183673,0.122449;AO=5,6,5;DP=49;FAO=4,9,6;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=4,6,3;FSAR=0,3,3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0144474,-0.0885253,-0.0443546;FXX=0.019996;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=25.3496,12.8624,21.8813;QD=7.7237;RBI=0.0350858,0.095376,0.0798863;REFB=-0.0334631,-0.0753957,-0.0592143;REVB=-0.0319733,-0.0354944,0.0664416;RO=27;SAF=5,4,3;SAR=0,2,2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.533333,0;SSSB=0.653084,0.179959,0.0959474;STB=0.997216,0.631281,0.5;STBP=0.03,0.4,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.152339,0.00402616,0.172675;OID=.,.,.;OPOS=42444914,42444915,42444918;OREF=TC,C,C;OALT=CT,-,G;OMAPALT=CTCCC,TCCC,TCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:49:49:27:30:5,6,5:4,9,6:0.0816327,0.183673,0.122449:0,2,2:5,4,3:14:13:0,3,3:4,6,3:15:15 chr15 42445554 . G T 289.44 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0418358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2877;QD=25.728;RBI=0.0491679;REFB=-0.007723;REVB=-0.0258313;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962419;STB=0.562453;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00472641;OID=.;OPOS=42445554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:19:26:26:0.577778:14:12:6:12:14:12:6:13 chr15 42453963 . T C 194.79 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00341807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8891;QD=17.3143;RBI=0.00455718;REFB=-0.0123209;REVB=0.00301408;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109514;STB=0.562749;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0146218;OID=.;OPOS=42453963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:10:15:14:6:10:15 chr15 42459034 . T C 317.26 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0219986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.199;QD=25.899;RBI=0.0267131;REFB=6.32709e-05;REVB=0.0151542;RO=20;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218991;STB=0.61282;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=1.57616e-05;OID=.;OPOS=42459034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:9:19:8:12:9:19:9:12 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 292.93 PASS AF=1,0,0;AO=7,8,6;DP=23;FAO=23,0,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,0;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519018,-0.0148002,-0.0185843;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=249.474,246.353,242.142;QD=50.9445;RBI=0.0477082,0.0528734,0.0557124;REFB=0,0,0;REVB=-0.0474251,-0.0507597,-0.0525214;RO=2;SAF=6,1,3;SAR=1,7,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.223089,-0.233526,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000946024,-0.00447092,0.0194875;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:7,8,6:23:23,0,0:23:0:12,0,0:11,0,0:0:0:4:2:6,1,3:1,7,3:1:1 chr15 42568547 . C G 781.96 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149495;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.888;QD=56.8701;RBI=0.017127;REFB=0;REVB=0.00835738;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072414;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr15 42570718 . A G 247.61 PASS AF=0.575;AO=21;DP=38;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0543699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.65;QD=24.7611;RBI=0.060876;REFB=-0.0313832;REVB=0.0273824;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290608;STB=0.62059;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0163809;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:15:17:21:23:0.575:10:11:2:13:11:12:4:13 chr15 42575956 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00934606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.75;QD=18.25;RBI=0.0146324;REFB=-0.021305;REVB=0.0112587;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198362;STB=0.614052;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.015623;OID=.;OPOS=42575956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:7:8:11:4:7:8 chr15 42575963 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.193;QD=56.7061;RBI=0.0403192;REFB=0;REVB=0.0401443;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302658;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr15 42579948 . TG AC,CG 822.39 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=2,52;DP=57;FAO=2,56;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228469,-0.0117864;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=55.848,96.5854;QD=56.7162;RBI=0.0177105,0.0327345;REFB=0,0;REVB=-0.0175625,0.030539;RO=0;SAF=0,32;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.00761e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00703242,0.000379283;OID=.,.;OPOS=42579948,42579948;OREF=TG,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:58:0:0:2,52:2,56:0.0344828,0.965517:2,20:0,32:0:0:2,23:0,33:0:0 chr15 42579984 . G A 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0228009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.999;QD=9.85697;RBI=0.0248164;REFB=0.0066542;REVB=0.00979659;RO=41;SAF=6;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252317;STB=0.64933;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0084246;OID=.;OPOS=42579984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:14:6:21:20:14:6:21:20 chr15 42643529 . T C 200.96 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0118244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.069;QD=15.1667;RBI=0.0120961;REFB=-0.0103115;REVB=0.00254926;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131848;STB=0.574404;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.013901;OID=.;OPOS=42643529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:10:13:12:16:10:13:13:17 chr15 42643538 . A G 238.54 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00521416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.45;QD=18.0031;RBI=0.00689252;REFB=-0.0117871;REVB=0.00450769;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177543;STB=0.586041;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00988363;OID=.;OPOS=42643538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:10:15:11:16:11:15:11:16 chr15 43027368 . C T 257.05 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00371804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0444;QD=16.3207;RBI=0.0210669;REFB=0.00561665;REVB=0.0207363;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983468;STB=0.56287;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00626149;OID=.;OPOS=43027368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:34:28:29:0.460317:16:12:18:16:17:12:18:16 chr15 43170793 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00127167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.299;QD=14.9786;RBI=0.0400419;REFB=-0.0285364;REVB=-0.0400217;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20973;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0213779;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:4:7:4:6:4:7 chr15 43170823 . C T 77.89 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0311814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7793;QD=14.1626;RBI=0.0326644;REFB=-0.0644647;REVB=0.00973032;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0753145;OID=.;OPOS=43170823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:4:8:4:6:4:8 chr15 43473436 . G A 442.27 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0199978;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.164;QD=22.3933;RBI=0.0264044;REFB=-0.0243943;REVB=-0.0172418;RO=36;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109292;STB=0.564344;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.019266;OID=.;OPOS=43473436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:36:36:42:43:0.544304:19:23:15:21:19:24:15:21 chr15 43477780 . G A 254.14 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.038251;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6884;QD=26.7516;RBI=0.101575;REFB=0.00515138;REVB=0.0940981;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148878;STB=0.582022;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000546439;OID=.;OPOS=43477780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:15:15:23:23:0.605263:14:9:3:12:14:9:3:12 chr15 43531411 . G C 134.25 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0207718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.52;QD=16.2725;RBI=0.0249147;REFB=-0.00360556;REVB=-0.0137578;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239574;STB=0.636198;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0106945;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:14:4:7:8:14:4 chr15 43545728 . G A 155.54 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000772527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.854;QD=15.1749;RBI=0.00975115;REFB=-0.0104885;REVB=-0.0097205;RO=23;SAF=15;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636738;STB=0.811845;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0140377;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:16:17:0.414634:1:15:11:12:2:15:11:13 chr15 43571390 . C G 357.87 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0578287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6936;QD=17.0412;RBI=0.0578365;REFB=0.00750667;REVB=0.000946532;RO=47;SAF=9;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276607;STB=0.632694;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00793479;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:46:37:38:0.452381:28:9:23:24:28:10:22:24 chr15 43579566 . A G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0174529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6007;QD=6.54485;RBI=0.0199561;REFB=-0.0034757;REVB=-0.00967703;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171073;STB=0.610814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00690321;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:9:15:6:2:9:15 chr15 43621947 . A G 1525.57 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.847;QD=59.8262;RBI=0.0368692;REFB=0;REVB=0.0244885;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46442e-05;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:50:50:0:0:52:50:0:0 chr15 43632549 . T C 383.48 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0381416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.724;QD=52.8941;RBI=0.0381441;REFB=-0.0813991;REVB=-0.000440827;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00121292;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr15 43650384 . G A 207.41 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.102;QD=48.8032;RBI=0.0479246;REFB=0;REVB=0.040823;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230012;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr15 43661802 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.849;QD=62.0216;RBI=0.00731831;REFB=0;REVB=0.00496974;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54653e-07;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr15 43724646 . T G 1312.57 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00402297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.609;QD=59.6623;RBI=0.0311104;REFB=-0.171476;REVB=0.0308492;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129782;STB=0.51351;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00112533;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:1:2:86:86:0.977273:36:50:0:1:36:50:0:2 chr15 43748304 . A G 626.99 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.346;QD=59.7136;RBI=0.0237293;REFB=-0.0592975;REVB=0.0213723;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800109;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr15 43762196 . C T 698.68 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.206;QD=53.7445;RBI=0.0136801;REFB=-0.088502;REVB=-0.00336522;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000375408;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:50:51:0.980769:24:26:0:0:24:27:0:1 chr15 43767774 . G C 429.0 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3879;QD=57.2004;RBI=0.0126874;REFB=0;REVB=0.00578883;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368554;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr15 43816917 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000722588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.651;QD=56.7063;RBI=0.0514856;REFB=0;REVB=0.0514805;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473828;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr15 43817406 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.553;QD=57.2023;RBI=0.0221808;REFB=0;REVB=0.0136231;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269628;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr15 43818052 . G A 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3225;QD=40.7523;RBI=0.103083;REFB=0;REVB=-0.0882833;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00811783;OID=.;OPOS=43818052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr15 43820074 . T C,TC 30.85 PASS AF=0,0.183333;AO=5,13;DP=59;FAO=0,11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=0,3;FSAR=0,8;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00897176,-0.00534247;FXX=0.0322529;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=45.3917,8.70374;QD=2.05646;RBI=0.0632322,0.0243892;REFB=-0.0144345,-0.148736;REVB=-0.0625925,-0.0237969;RO=40;SAF=1,3;SAR=4,10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.349625,-0.346936;STB=0.5,0.639731;STBP=1,0.382;TYPE=snp,ins;VARB=0.0381003,0.16449;OID=.,.;OPOS=43820074,43820075;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:59:60:40:49:5,13:0,11:0,0.183333:4,10:1,3:20:20:0,8:0,3:21:28 chr15 43822054 . G T 260.98 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=42;FAO=23;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0020552;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.244;QD=25.4614;RBI=0.021493;REFB=-0.0446781;REVB=-0.0213945;RO=9;SAF=2;SAR=19;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48837;STB=0.730179;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0207677;OID=.;OPOS=43822054;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:42:41:9:16:21:23:0.560976:19:2:6:3:21:2:6:10 chr15 43892847 . G C 734.54 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0385105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.148;QD=61.2113;RBI=0.0398443;REFB=-0.105457;REVB=0.0102229;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000347107;OID=.;OPOS=43892847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:1:0:24:23:1:0 chr15 43893072 . G A 128.18 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.381;QD=42.7268;RBI=0.00126135;REFB=0;REVB=-0.000128325;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108187;OID=.;OPOS=43893072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr15 43897499 . T C 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0005;QD=51.1691;RBI=0.0374786;REFB=0;REVB=0.0346507;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679845;OID=.;OPOS=43897499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr15 43939642 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.15;QD=58.5868;RBI=0.0174721;REFB=0;REVB=-0.0171404;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11401e-05;OID=.;OPOS=43939642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:25:7:0:0:25:8:0:0 chr15 43988604 . G A 1194.55 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.02793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3322;QD=58.2705;RBI=0.0373196;REFB=-0.0335841;REVB=-0.0247522;RO=2;SAF=41;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225334;STB=0.511902;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0201513;OID=.;OPOS=43988604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:39:41:2:0:39:41:2:0 chr15 44043793 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.77;QD=58.7817;RBI=0.0287355;REFB=0;REVB=-0.00895559;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10088e-05;OID=.;OPOS=44043793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr15 44069069 . G C 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.333;QD=58.5956;RBI=0.0285765;REFB=0;REVB=-0.00149475;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138181;OID=.;OPOS=44069069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr15 44089414 . A AAG 303.71 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.000930999;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=74.5355;QD=26.4095;RBI=0.0406132;REFB=-0.0197604;REVB=0.0406025;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115066;STB=0.586859;STBP=0.191;TYPE=ins;VARB=0.0121679;OID=.;OPOS=44089415;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586957:26:47:27:46:19:11:16:4:15:99:20:10:16:5:15 chr15 44093927 . T C 576.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.808;QD=60.6467;RBI=0.0390765;REFB=0;REVB=0.024821;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206691;OID=.;OPOS=44093927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr15 44102010 . A C 1494.9 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136491;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.612;QD=63.6126;RBI=0.0138545;REFB=0;REVB=0.00237682;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05153e-05;OID=.;OPOS=44102010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr15 44120559 . T G 639.95 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413933;FXX=0.10636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.791;QD=60.9472;RBI=0.0564278;REFB=0;REVB=0.0383496;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135516;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:42:0:0:39:42:1:15:24:0:0:16:26:0:0 chr15 44198049 . A G 368.53 PASS AF=0.5;AO=35;DP=73;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0178708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.296;QD=19.3964;RBI=0.0213867;REFB=-0.0216866;REVB=-0.0117484;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111176;STB=0.578471;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0241954;OID=.;OPOS=44198049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:38:38:35:38:0.5:17:18:15:23:17:21:15:23 chr15 44943757 . A G 563.84 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00400217;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.832;QD=57.83;RBI=0.0112939;REFB=-0.0831888;REVB=0.010561;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-1.03898e-05;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr15 44966389 . T C 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6239;QD=50.3978;RBI=0.0210347;REFB=0;REVB=-0.0207705;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000368129;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr15 45047134 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.555;QD=56.7058;RBI=0.0195631;REFB=0;REVB=-0.0168189;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63862e-05;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr15 45047550 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00221841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.302;QD=12.9421;RBI=0.013638;REFB=-0.0152391;REVB=-0.0134564;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449217;STB=0.526281;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0366105;OID=.;OPOS=45047550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:9:16:9:6:9:16 chr15 45047573 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.161;QD=58.5877;RBI=0.0293322;REFB=0;REVB=0.0175544;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126911;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr15 45249064 . T C 418.0 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00748983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.958;QD=17.4168;RBI=0.0103882;REFB=-0.0131506;REVB=0.00719845;RO=53;SAF=24;SAR=19;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103817;STB=0.557963;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0140753;OID=.;OPOS=45249064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:19:24:35:18:19:24:35:18 chr15 45365869 . A C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0220811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.469;QD=12.7388;RBI=0.0249576;REFB=-0.0152425;REVB=-0.0116322;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283851;STB=0.666296;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.021038;OID=.;OPOS=45365869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:2:8:4:4:2:8 chr15 45392075 . G A 1270.59 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743631;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1366;QD=59.7923;RBI=0.0795569;REFB=-0.0731002;REVB=0.0282744;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155457;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:85:0:0:83:85:1:45:38:0:0:47:38:0:0 chr15 45400358 . C G 593.69 PASS AF=0.931818;AO=29;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0230797;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.201;QD=53.9717;RBI=0.0377546;REFB=-0.0461564;REVB=0.0298787;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.510539;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.000380267;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:0:3:29:41:0.931818:17:12:0:0:20:21:2:1 chr15 45404066 . G A 1509.37 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.037354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.176;QD=60.3747;RBI=0.0428359;REFB=-0.162801;REVB=0.0209665;RO=1;SAF=43;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109017;STB=0.51685;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000643052;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:100:1:3:97:97:0.97:54:43:1:0:54:43:3:0 chr15 45408414 . C G 488.34 PASS AF=1;AO=18;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6107;QD=59.1927;RBI=0.217774;REFB=0;REVB=0.212944;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360069;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:18:33:1:3:15:0:0:18:15:0:0 chr15 45408933 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.102;QD=63.871;RBI=0.0126844;REFB=0;REVB=0.0116175;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0797e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr15 45444133 . T C 339.64 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0151139;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.081;QD=28.3037;RBI=0.0262835;REFB=-0.0490603;REVB=-0.0215033;RO=19;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119368;STB=0.565801;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0331071;OID=.;OPOS=45444133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:12:17:8:11:12:17:8:11 chr15 45444518 . A G 269.63 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0286391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.035;QD=22.947;RBI=0.0302979;REFB=-0.0217524;REVB=-0.00988761;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218623;STB=0.501844;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0351292;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:20:22:24:25:0.531915:9:15:13:7:9:16:14:8 chr15 45446156 . C T 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00719218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.631;QD=10.3428;RBI=0.0274394;REFB=0.010302;REVB=0.0264801;RO=41;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783952;STB=0.545715;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0186024;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:13:8:13:28:13:8:13:28 chr15 45453032 . T C 242.47 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00888386;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.217;QD=18.6514;RBI=0.0170029;REFB=-0.0264817;REVB=0.0144975;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877992;STB=0.541369;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.028622;OID=.;OPOS=45453032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:26:26:26:0.5:9:17:14:11:9:17:15:11 chr15 45457519 . T G 400.14 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00870102;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.577;QD=15.3899;RBI=0.015685;REFB=-0.0305069;REVB=0.0130503;RO=49;SAF=18;SAR=27;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276923;STB=0.543288;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0431023;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:59:45:45:0.432692:27:18:21:28:27:18:28:31 chr15 45467540 . C G 229.79 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0420606;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.411;QD=19.1493;RBI=0.0437927;REFB=-0.0305613;REVB=0.0121945;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32028;STB=0.677559;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0210829;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:25:22:23:0.479167:7:15:9:17:7:16:9:16 chr15 45653707 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.273;QD=47.8147;RBI=0.0276337;REFB=-0.0472255;REVB=0.0165329;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000470453;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr15 45654327 . A G 1297.02 PASS AF=0.930693;AO=93;DP=100;FAO=94;FDP=101;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00543247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7925;QD=51.3669;RBI=0.0081188;REFB=-0.116101;REVB=-0.00603351;RO=6;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567714;STB=0.524747;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0223504;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:100:101:6:7:93:94:0.930693:47:46:0:6:47:47:1:6 chr15 45661678 . T A 1529.6 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.095;QD=63.7334;RBI=0.0360932;REFB=0;REVB=0.031515;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45295e-05;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr15 45695695 . G A 1688.68 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040499;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3473;QD=59.2518;RBI=0.0672351;REFB=-0.0323386;REVB=0.0536693;RO=1;SAF=45;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104336;STB=0.505375;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000567531;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:1:1:112:113:0.991228:67:45:1:0:67:46:1:0 chr15 45779810 . G A 521.04 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.061401;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.301;QD=54.8459;RBI=0.0616373;REFB=-0.155808;REVB=0.00539266;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176666;STB=0.518508;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000889342;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:38:1:2:36:36:0.947368:26:10:0:1:26:10:0:2 chr15 45968435 . T C 234.9 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00754079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.447;QD=18.7918;RBI=0.00768795;REFB=-0.00542939;REVB=-0.00149705;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115074;STB=0.565161;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00520179;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:15:12:13:10:15:12 chr15 48053229 . C A 283.76 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.058679;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2346;QD=23.1639;RBI=0.0831308;REFB=-0.0522054;REVB=-0.0588854;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213204;STB=0.627805;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0446386;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:23:26:26:0.530612:18:8:13:11:18:8:13:10 chr15 48058071 . G A 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0166338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.332;QD=16.4803;RBI=0.0479571;REFB=-0.00921105;REVB=-0.04498;RO=25;SAF=15;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348931;STB=0.702247;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0110549;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:4:15:12:13:4:15:12:13 chr15 48063076 . T C 334.02 PASS AF=0.341463;AO=43;DP=123;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0103931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.886;QD=10.8625;RBI=0.0181589;REFB=-0.0113133;REVB=-0.0148906;RO=79;SAF=24;SAR=19;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171428;STB=0.591512;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.028826;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:81:43:42:0.341463:19:24:32:47:19:23:33:48 chr15 48426484 . A G,T 636.42 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227071,-0.0152739;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.575,19.1652;QD=59.2023;RBI=0.0447379,0.028861;REFB=-0.0122362,-0.0658299;REVB=0.038547,-0.024488;RO=0;SAF=24,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.2194e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000763601,0.218394;OID=.,.;OPOS=48426484,48426484;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:17,0:24,2:0:0:17,0:24,2:0:0 chr15 48443699 . T C 820.16 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0530756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2437;QD=55.6038;RBI=0.0546121;REFB=-0.0442338;REVB=-0.0128632;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200666;STB=0.510635;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00811428;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:0:1:23:35:0:1 chr15 48460927 . C T 1547.05 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.789;QD=63.7957;RBI=0.0414223;REFB=0;REVB=-0.00529402;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107331;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr15 48495508 . C T 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0283505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.299;QD=17.9916;RBI=0.0364957;REFB=-0.00344681;REVB=0.0229822;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450249;STB=0.525188;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00311491;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:14:15:17:13:14:15:17:13 chr15 48539587 . T C 187.8 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00666051;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7738;QD=10.7313;RBI=0.00742332;REFB=-0.00388629;REVB=0.00327771;RO=44;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096807;STB=0.569847;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00397042;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:44:46:24:24:0.342857:11:13:20:24:11:13:20:26 chr15 48580713 . T C 490.55 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101894;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.361;QD=59.4611;RBI=0.102388;REFB=0;REVB=-0.0100449;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176727;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:32:33:1:23:9:0:0:24:9:0:0 chr15 48595192 . G T 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2197;QD=60.6061;RBI=0.01393;REFB=0;REVB=-0.0138829;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220591;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr15 48701029 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.414;QD=53.9324;RBI=0.01322;REFB=0.091795;REVB=0.00732294;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=3.56378e-05;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:0:1:12:18:0:1 chr15 48702457 . C A 1173.8 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222162;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.213;QD=57.9656;RBI=0.0297324;REFB=0.00751957;REVB=0.0197599;RO=1;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901803;STB=0.504329;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.000686512;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:81:1:2:79:79:0.975309:52:27:0:1:52:27:1:1 chr15 48779506 . T C 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398051;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.539;QD=59.995;RBI=0.0254253;REFB=0;REVB=0.0251118;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500022;OID=.;OPOS=48779506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:50:56:0:0:50:56:0:0 chr15 48807637 . C T 1379.34 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0595841;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0604;QD=59.3263;RBI=0.0635826;REFB=-0.134336;REVB=0.0221919;RO=2;SAF=49;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189511;STB=0.503976;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00425509;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:2:3:90:90:0.967742:41:49:2:0:41:49:2:1 chr15 48818363 . CA AG,CAG 58.68 PASS AF=0.0972222,0.125;AO=7,10;DP=72;FAO=7,9;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=0,2;FSAR=7,7;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0280217,0.10496;FXX=0.0136968;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=28.1275,8.10794;QD=3.26004;RBI=0.0284799,0.120489;REFB=-0.039282,-0.191078;REVB=-0.00508792,-0.0591704;RO=52;SAF=0,2;SAR=7,8;SRF=15;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.573965,-0.145865;STB=0.99792,0.590894;STBP=0.033,0.653;TYPE=mnp,ins;VARB=0.127893,0.133952;OID=.,.;OPOS=48818363,48818365;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:72:72:52:56:7,10:7,9:0.0972222,0.125:7,8:0,2:15:37:7,7:0,2:17:39 chr15 49054772 . C A 906.4 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619286;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.379;QD=58.4777;RBI=0.0622327;REFB=0;REVB=0.00614431;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174591;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr15 49117694 . A AT 34.61 PASS AF=0.153846;AO=13;DP=119;FAO=18;FDP=117;FR=.;FRO=99;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=0.00267648;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.7994;QD=1.18333;RBI=0.0848816;REFB=0.0128882;REVB=-0.0848394;RO=98;SAF=1;SAR=12;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605245;STB=0.893426;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.113155;OID=.;OPOS=49117695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:13:119:18:117:99:2:16:58:41:34:98:1:12:58:40 chr15 49118087 . C T 235.68 PASS AF=0.647059;AO=23;DP=35;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.012937;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.613;QD=27.7272;RBI=0.0840897;REFB=-0.0124583;REVB=-0.0830886;RO=11;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394789;STB=0.529385;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0188571;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:34:11:12:23:22:0.647059:12:11:6:5:11:11:7:5 chr15 49168841 . G A 1530.45 PASS AF=0.462644;AO=160;DP=347;FAO=161;FDP=348;FR=.;FRO=187;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=92;FSRR=95;FWDB=0.0254838;FXX=0.0169487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5151;QD=17.5914;RBI=0.0323843;REFB=-0.0137546;REVB=0.0199829;RO=185;SAF=73;SAR=87;SRF=91;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347944;STB=0.52082;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0106007;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:348:185:187:160:161:0.462644:87:73:91:94:88:73:92:95 chr15 49170990 . G C 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00884815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.687;QD=28.4028;RBI=0.0172448;REFB=-0.0168489;REVB=0.0148018;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103915;STB=0.538885;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00923063;OID=.;OPOS=49170990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:10:11:21:21:0.65625:11:10:3:7:11:10:4:7 chr15 49288160 . A G 827.9 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0513428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4086;QD=54.2883;RBI=0.120745;REFB=-0.237547;REVB=0.109286;RO=1;SAF=21;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219355;STB=0.505134;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00964346;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:2:59:59:0.967213:38:21:1:0:38:21:1:1 chr15 49325289 . A C 526.0 PASS AF=0.648649;AO=46;DP=73;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00284763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.832;QD=28.4323;RBI=0.00518829;REFB=-0.0158621;REVB=-0.00433698;RO=26;SAF=26;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946166;STB=0.549132;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00911915;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:26:46:48:0.648649:20:26:11:15:21:27:11:15 chr15 50152583 . G T 1439.43 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614116;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.532;QD=63.2714;RBI=0.00680481;REFB=0;REVB=-0.00293116;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57127e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:38:53:0:0:38:53:0:0 chr15 50311135 . C A 504.26 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493359;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.924;QD=59.3249;RBI=0.0664098;REFB=0;REVB=0.0444547;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640586;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:14:17:0:0:15:19:0:0 chr15 50311148 . A G 635.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743114;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.584;QD=62.0394;RBI=0.00979602;REFB=0;REVB=0.00638281;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36041e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr15 50474766 . A C 172.26 PASS AF=0.68;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0261578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.605;QD=27.5614;RBI=0.0263927;REFB=-0.0649502;REVB=-0.00351359;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854928;STB=0.53077;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0321896;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:23:25:7:8:16:17:0.68:7:9:5:2:8:9:5:3 chr15 50534454 . T G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00334886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.177;QD=20.2743;RBI=0.00537586;REFB=-0.00851012;REVB=-0.00420536;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171115;STB=0.596247;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00976391;OID=.;OPOS=50534454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:15:9:13:10:15:9 chr15 50534514 . T G 191.79 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0510665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.671;QD=15.656;RBI=0.0512711;REFB=-0.016826;REVB=0.00457546;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266346;STB=0.673463;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0148839;OID=.;OPOS=50534514;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:27:29:20:20:0.408163:14:6:15:12:14:6:17:12 chr15 50534622 . GC G 53.52 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.123906;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.7543;QD=14.2714;RBI=0.150395;REFB=-0.0489384;REVB=-0.0852408;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=0;SSEN=0.478673;SSEP=0;SSSB=-0.484288;STB=0.777201;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0550513;OID=.;OPOS=50534623;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:10:15:10:15:5:2:8:5:0:32:5:2:8:5:0 chr15 50534703 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0434265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.902;QD=16.1717;RBI=0.0506132;REFB=-0.005512;REVB=0.0259967;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422682;STB=0.744785;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00744599;OID=.;OPOS=50534703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:9:7:17:2:9:7:18:2 chr15 50534832 . A G 422.67 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00779949;FXX=0.0595167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.704;QD=21.4013;RBI=0.0133121;REFB=-0.00967596;REVB=0.010788;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221592;STB=0.605215;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0122342;OID=.;OPOS=50534832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:34:37:41:42:0.531646:22:19:25:9:22:20:26:11 chr15 50773755 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5729;QD=56.9996;RBI=0.0204826;REFB=0;REVB=0.00452372;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137228;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr15 50773787 . A G 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0174764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.073;QD=22.3963;RBI=0.0177607;REFB=-0.0037531;REVB=0.00316507;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703223;STB=0.539332;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00263582;OID=.;OPOS=50773787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:12:11:14:11:12:11 chr15 50789423 . G A 107.34 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00176542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.909;QD=13.0108;RBI=0.0114921;REFB=-0.0211154;REVB=0.0113557;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445238;STB=0.772001;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0186307;OID=.;OPOS=50789423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:13:14:0.424242:4:9:4:14:4:10:4:15 chr15 50853015 . G A 201.59 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00435378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0814;QD=13.0057;RBI=0.0100085;REFB=0.00561564;REVB=-0.00901187;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175177;STB=0.607059;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0158252;OID=.;OPOS=50853015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:37:24:25:0.403226:11:13:13:22:11:14:14:23 chr15 50867082 . G A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3178;QD=57.1979;RBI=0.0352996;REFB=0;REVB=-0.0215944;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0349e-05;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr15 50878630 . G A 302.68 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0131845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.452;QD=31.861;RBI=0.0208777;REFB=-0.00709929;REVB=0.0161879;RO=12;SAF=9;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358661;STB=0.51063;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00445283;OID=.;OPOS=50878630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:25:26:0.684211:16:9:5:7:16:10:5:7 chr15 50888568 . A G 64.62 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0136891;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.018;QD=21.5394;RBI=0.227625;REFB=-0.036001;REVB=0.227213;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31972;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00882278;OID=.;OPOS=50888568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:12:4:4:7:8:0.666667:1:6:2:2:2:6:2:2 chr15 50981098 . T C 538.11 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.406;QD=59.7896;RBI=0.0386858;REFB=0;REVB=0.00670723;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211628;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr15 51217361 . T C 1184.49 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.188;QD=59.974;RBI=0.029092;REFB=0;REVB=0.0045974;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02236e-05;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:44:32:0:0:45:34:0:0 chr15 51294832 . G A 224.8 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0497458;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1949;QD=12.8458;RBI=0.0602989;REFB=0.00377516;REVB=-0.034078;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178488;STB=0.602501;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00748838;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:43:43:27:27:0.385714:17:10:23:20:17:10:23:20 chr15 51295934 . G A 67.9 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.013505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5755;QD=9.69956;RBI=0.0487195;REFB=-0.019832;REVB=-0.0468103;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30793;STB=0.710003;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0314668;OID=.;OPOS=51295934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:28:18:18:9:10:0.357143:8:1:5:13:9:1:5:13 chr15 51502844 . A C 1687.97 PASS AF=0.95935;AO=115;DP=122;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0335232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8555;QD=54.8933;RBI=0.134771;REFB=-0.192321;REVB=0.130536;RO=7;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530781;STB=0.519682;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.008496;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:122:123:7:5:115:118:0.95935:59:56:0:7:61:57:0:5 chr15 51502986 . G A 644.48 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=0.00345774;FXX=0.013157;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.557;QD=17.1861;RBI=0.0234079;REFB=-0.00138667;REVB=0.0231511;RO=81;SAF=46;SAR=23;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398664;STB=0.522161;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00109175;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:81:69:69:0.46:23:46:51:30:23:46:51:30 chr15 51503881 . T A 175.19 PASS AF=0.475;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.014263;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.975;QD=17.519;RBI=0.04487;REFB=-0.0132791;REVB=-0.0425427;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328355;STB=0.649205;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0140587;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:17:19:0.475:7:10:5:16:9:10:5:16 chr15 51503897 . G A 160.54 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0345589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.096;QD=18.348;RBI=0.0383452;REFB=-0.00609829;REVB=-0.0166145;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230665;STB=0.629996;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00876616;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:4:14:9:8:4:14 chr15 51507968 . G A 640.42 PASS AF=0.516129;AO=63;DP=123;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00914138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.77;QD=20.6586;RBI=0.00921346;REFB=-0.0189709;REVB=-0.00115021;RO=59;SAF=21;SAR=42;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162323;STB=0.596554;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.018195;OID=.;OPOS=51507968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:59:60:63:64:0.516129:42:21:30:29:43:21:31:29 chr15 51529112 . T C 561.45 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0166856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0704;QD=17.8237;RBI=0.0237164;REFB=-0.0225938;REVB=0.0168541;RO=66;SAF=25;SAR=34;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152138;STB=0.504949;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0223342;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:67:59:59:0.468254:34:25:29:37:34:25:29:38 chr15 51675625 . C T 1389.12 PASS AF=0.960396;AO=95;DP=100;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00807762;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.031;QD=55.0148;RBI=0.0112238;REFB=0.00462435;REVB=-0.00779261;RO=3;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260828;STB=0.517853;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.000288819;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:100:101:3:4:95:97:0.960396:53:42:0:3:54:43:0:4 chr15 51689772 . G A 879.23 PASS AF=0.405858;AO=97;DP=242;FAO=97;FDP=239;FR=.;FRO=142;FSAF=27;FSAR=70;FSRF=49;FSRR=93;FWDB=0.0281724;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.673;QD=14.7152;RBI=0.0282247;REFB=-0.0028309;REVB=0.00171775;RO=140;SAF=27;SAR=70;SRF=49;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895614;STB=0.547259;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00345816;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:239:140:142:97:97:0.405858:70:27:49:91:70:27:49:93 chr15 51698867 . T C 135.98 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00496789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3159;QD=17.5452;RBI=0.0874351;REFB=-0.0429149;REVB=-0.0872939;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207948;STB=0.620512;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0371443;OID=.;OPOS=51698867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:3:12:10:6:3:12:10:6 chr15 51698922 . C T 271.87 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00727376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.689;QD=19.4193;RBI=0.00782669;REFB=0.00133954;REVB=0.00288954;RO=26;SAF=8;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332005;STB=0.533608;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00221318;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:21:8:8:18:21:8:9:18 chr15 51783820 . T C 552.76 PASS AF=0.415584;AO=64;DP=154;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00741834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.346;QD=14.3574;RBI=0.0155138;REFB=-0.0152818;REVB=-0.0136252;RO=85;SAF=16;SAR=48;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219211;STB=0.638013;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0366721;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:90:64:64:0.415584:48:16:37:48:48:16:41:49 chr15 51791559 . A G 240.62 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0379582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8799;QD=21.3888;RBI=0.0416231;REFB=0.0182478;REVB=0.017078;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121253;STB=0.556372;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0157894;OID=.;OPOS=51791559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:11:11:14:8:11:12:14:8 chr15 51795172 . G A 266.56 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00489634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.546;QD=13.4967;RBI=0.0128307;REFB=0.00253731;REVB=0.0118598;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12091;STB=0.553698;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00421973;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:48:31:31:0.392405:16:15:17:29:16:15:19:29 chr15 51868373 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0409776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.389;QD=7.3228;RBI=0.0439765;REFB=-0.0059679;REVB=0.0159617;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571422;STB=0.858263;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0336216;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:4:10:1:5:4:10 chr15 51914662 . G A 1217.67 PASS AF=0.492593;AO=118;DP=247;FAO=133;FDP=270;FR=.;FRO=137;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=79;FSRR=58;FWDB=0.0321702;FXX=0.00735267;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.8682;QD=18.0395;RBI=0.0729464;REFB=-0.0349809;REVB=0.0654695;RO=128;SAF=65;SAR=53;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261201;STB=0.529453;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0363006;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:270:128:137:118:133:0.492593:53:65:74:54:64:69:79:58 chr15 51914716 . T C 980.68 PASS AF=0.468182;AO=97;DP=215;FAO=103;FDP=220;FR=.;FRO=117;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=0.0226184;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.728;QD=17.8305;RBI=0.0279247;REFB=-0.0227507;REVB=-0.0163767;RO=116;SAF=42;SAR=55;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238341;STB=0.507371;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0238404;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:220:116:117:97:103:0.468182:55:42:53:63:56:47:55:62 chr15 52521383 . C T 157.83 PASS AF=0.425;AO=13;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.01915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.415;QD=15.7826;RBI=0.020596;REFB=-0.0272495;REVB=0.0075812;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14875;STB=0.63619;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0319774;OID=.;OPOS=52521383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:13:17:0.425:4:9:13:10:4:13:13:10 chr15 52536596 . C T 45.37 PASS AF=0.269231;AO=5;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00440274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.745;QD=6.97953;RBI=0.0105541;REFB=-0.0229673;REVB=0.00959195;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463402;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0284686;OID=.;OPOS=52536596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:26:7:19:5:7:0.269231:3:2:0:7:3:4:11:8 chr15 52539673 . C T 334.1 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0207677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3484;QD=14.526;RBI=0.0575686;REFB=-0.00434974;REVB=0.0536921;RO=55;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128373;STB=0.572725;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00782225;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:17:20:23:32:17:20:23:32 chr15 52556429 . A G,T 769.38 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000103519,-0.000487056;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.2015,90.2461;QD=62.8063;RBI=0.0545453,0.00530478;REFB=0,0;REVB=-0.0545452,0.00528237;RO=0;SAF=22,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.50742e-05,0.118638;OID=.,.;OPOS=52556429,52556429;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:25,1:22,1:0:0:25,1:22,1:0:0 chr15 52570093 . G A 46.99 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00518775;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.375;QD=8.94993;RBI=0.0340118;REFB=-0.0106091;REVB=0.0336139;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453064;STB=0.768638;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0337151;OID=.;OPOS=52570093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:12:2:4:3:12:2 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 369.93 PASS AF=1;AO=24;DP=33;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118945;FXX=0.0999667;HRUN=3;LEN=9;MLLD=274.733;QD=54.8037;RBI=0.0173122;REFB=0;REVB=0.0125791;RO=6;SAF=5;SAR=19;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000256806;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:33:27:27:0:6:21:0:0:3:6:5:19:3:3 chr15 52611451 . A G 766.44 PASS AF=0.445652;AO=81;DP=185;FAO=82;FDP=184;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=70;FSRR=32;FWDB=-0.038371;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.017;QD=16.6617;RBI=0.0383955;REFB=-0.0327874;REVB=0.00137282;RO=99;SAF=35;SAR=46;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238756;STB=0.640876;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0260574;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:99:102:81:82:0.445652:46:35:67:32:47:35:70:32 chr15 52652174 . T C 324.78 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.021552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.736;QD=17.0936;RBI=0.0472758;REFB=-0.0102752;REVB=0.0420775;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957203;STB=0.553608;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0276145;OID=.;OPOS=52652174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:24:17:18:17:24:17 chr15 52667552 . G A 200.91 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-4.91408e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.489;QD=11.8183;RBI=0.0355798;REFB=-0.00414631;REVB=-0.0355798;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221774;STB=0.627806;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00904782;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:15:10:26:17:15:10:26:17 chr15 52676392 . A G 784.18 PASS AF=0.527397;AO=68;DP=148;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0154927;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.62;QD=21.4844;RBI=0.0180831;REFB=-0.0300188;REVB=0.00932605;RO=56;SAF=26;SAR=42;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22885;STB=0.624533;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0388924;OID=.;OPOS=52676392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:146:56:69:68:77:0.527397:42:26:37:19:51:26:41:28 chr15 52689526 . T C 1011.6 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0485121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8843;QD=57.8054;RBI=0.0507351;REFB=0.00996971;REVB=0.0148533;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000578204;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:38:31:1:0:38:31:1:0 chr15 52689631 . T G 346.03 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0320598;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2381;QD=18.9604;RBI=0.0557419;REFB=-0.0212867;REVB=-0.0455997;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260627;STB=0.522967;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0198269;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:37:36:36:0.493151:22:14:15:21:22:14:16:21 chr15 52901283 . TT CC 574.01 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259273;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=84.4939;QD=60.422;RBI=0.0491457;REFB=0;REVB=0.0417502;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000308853;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr15 53907948 . G A 329.86 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0218151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2135;QD=24.4343;RBI=0.0239937;REFB=0.055353;REVB=0.00998983;RO=21;SAF=23;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12294;STB=0.571383;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0317046;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:21:32:33:0.611111:9:23:12:9:9:24:12:9 chr15 53994493 . A G 1008.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.537;QD=59.3281;RBI=0.0384143;REFB=0;REVB=0.0265568;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141775;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr15 54008795 . T C 1190.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.955;QD=61.0444;RBI=0.0811674;REFB=0;REVB=0.0724506;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705136;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr15 54008845 . T C 1289.36 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112581;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2364;QD=62.1377;RBI=0.0288099;REFB=0;REVB=-0.0265192;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14583e-05;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr15 54306925 . G A 1084.09 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133171;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3923;QD=60.2272;RBI=0.0175508;REFB=0;REVB=0.0175002;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707925;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:29:43:0:0 chr15 54336662 . A G 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00815651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.057;QD=18.9974;RBI=0.0209663;REFB=-0.00262975;REVB=-0.0193147;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720245;STB=0.540167;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0033137;OID=.;OPOS=54336662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:15:15:18:13:15:15 chr15 55489065 . G A 491.76 PASS AF=0.516129;AO=46;DP=91;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00068886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.864;QD=21.151;RBI=0.00959467;REFB=-0.00872257;REVB=-0.00956991;RO=45;SAF=17;SAR=29;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496751;STB=0.535237;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00930237;OID=.;OPOS=55489065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:45:45:46:48:0.516129:29:17:19:26:31:17:19:26 chr15 55619796 . T C 198.45 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.010393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.538;QD=19.361;RBI=0.010401;REFB=-0.0068228;REVB=0.000407637;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113503;STB=0.564291;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00744934;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:10:11:8:12:10:11 chr15 55631502 . AT A 48.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0810723;FXX=0.0327815;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.564;QD=3.31466;RBI=0.216758;REFB=-0.130412;REVB=-0.201026;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032853;STB=0.656625;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.128941;OID=.;OPOS=55631503;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40678:24:61:24:59:35:17:7:16:19:48:26:13:11:15:11 chr15 55632859 . G T 247.2 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0210293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0562;QD=13.7334;RBI=0.021031;REFB=-0.0164083;REVB=-0.000271342;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244536;STB=0.6399;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0223997;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:9:20:20:23:9:20:20:23 chr15 55759193 . T C 102.4 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00299963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5681;QD=29.2559;RBI=0.0575137;REFB=-0.00412003;REVB=-0.0574354;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00250958;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:13:14:1:3:11:11:0.785714:5:6:1:0:5:6:1:2 chr15 55970041 . A G 665.17 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.702;QD=60.4698;RBI=0.0119119;REFB=0;REVB=-0.0118287;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350947;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr15 55972797 . T C 1588.73 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.295;QD=59.9521;RBI=0.0300357;REFB=0;REVB=0.0195523;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82835e-05;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr15 56139153 . T C 622.58 PASS AF=0.97619;AO=37;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.936;QD=59.2932;RBI=0.169104;REFB=-0.0960477;REVB=0.165548;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00160701;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:37:41:0.97619:16:21:0:1:18:23:0:1 chr15 56152729 . T C 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00711579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.475;QD=15.9468;RBI=0.0109123;REFB=-0.00708465;REVB=-0.00827308;RO=47;SAF=25;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176604;STB=0.599942;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00692956;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:11:25:25:22:11:25:25:22 chr15 56152872 . C T 350.04 PASS AF=0.506849;AO=35;DP=71;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0252494;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5499;QD=19.18;RBI=0.0330087;REFB=-0.0102796;REVB=-0.0212613;RO=35;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076861;STB=0.534005;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00505217;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:36:35:37:0.506849:18:17:20:15:19:18:20:16 chr15 56207811 . T G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0141677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.029;QD=21.2268;RBI=0.0220161;REFB=-0.0182763;REVB=0.0168519;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771368;STB=0.554899;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0216989;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:19:10:10:13:19:10:11:13 chr15 56208535 . G A 381.58 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00275897;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.37;QD=25.0218;RBI=0.0155422;REFB=-0.0010449;REVB=0.0152954;RO=24;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407673;STB=0.526867;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000832044;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:24:24:36:37:0.606557:16:20:12:12:16:21:12:12 chr15 56258659 . A T 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.030387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.115;QD=15.1562;RBI=0.0333869;REFB=-0.0107793;REVB=0.0138315;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197864;STB=0.511227;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0145701;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:16:16:13:12:16:16 chr15 56322148 . C T 206.97 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3204;QD=48.698;RBI=0.0571982;REFB=0;REVB=-0.0570548;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179654;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr15 56322156 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.021106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2871;QD=9.44403;RBI=0.0583258;REFB=0.00284053;REVB=0.0543731;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00259545;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr15 56386577 . T G 1396.13 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.019;QD=62.7475;RBI=0.0322013;REFB=0;REVB=-0.00152514;RO=0;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88534e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:59:29:0:0:60:29:0:0 chr15 56387931 . C T 919.94 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1597;QD=58.409;RBI=0.0279359;REFB=0;REVB=-0.0127932;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373218;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:44:19:0:0:44:19:0:0 chr15 56721264 . G A 397.14 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446759;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3762;QD=56.7345;RBI=0.00824043;REFB=0;REVB=-0.00692426;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201593;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr15 56923714 . G A 1044.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.417;QD=59.6774;RBI=0.0119587;REFB=0;REVB=-0.00420804;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1995e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr15 56946980 . T G 352.4 PASS AF=0.537313;AO=37;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00611406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4095;QD=21.0389;RBI=0.055249;REFB=-0.0380103;REVB=0.0549097;RO=29;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141069;STB=0.589189;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0478861;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:31:37:36:0.537313:23:14:16:13:23:13:17:14 chr15 56959028 . C T 426.61 PASS AF=0.432432;AO=49;DP=112;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0251625;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.092;QD=15.3734;RBI=0.0333297;REFB=-0.00975479;REVB=-0.0218567;RO=61;SAF=17;SAR=32;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210296;STB=0.503081;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0153822;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:61:63:49:48:0.432432:32:17:20:41:31:17:22:41 chr15 57697346 . T G 306.59 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0123096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.043;QD=27.2525;RBI=0.0123388;REFB=-0.0268841;REVB=0.000847835;RO=18;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167037;STB=0.591772;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0210088;OID=.;OPOS=57697346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:15:12:4:14:15:12:4:14 chr15 57730404 . T C 403.72 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00608186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.746;QD=19.4562;RBI=0.0156561;REFB=-0.0197145;REVB=-0.0144265;RO=41;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466172;STB=0.520966;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0182755;OID=.;OPOS=57730404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:26:15:17:24:26:15:17:25 chr15 57731335 . A C 256.03 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.133;QD=51.2068;RBI=0.0197905;REFB=0;REVB=0.00471455;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301303;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr15 57731728 . A G 523.67 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835633;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.666;QD=59.8476;RBI=0.0236156;REFB=0;REVB=0.0220878;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113027;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr15 57918069 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.66;QD=61.5361;RBI=0.0367027;REFB=0;REVB=-0.03037;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11879e-05;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:50:30:0:0:51:30:0:0 chr15 57918090 . A G 1080.22 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8491;QD=60.0124;RBI=0.047264;REFB=0;REVB=0.0247824;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533827;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr15 57967219 . T C 1373.1 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.56;QD=62.4138;RBI=0.0256675;REFB=0;REVB=0.010422;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50261e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:38:47:0:0:40:48:0:0 chr15 58000981 . C T 591.75 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.332;QD=56.3575;RBI=0.0306989;REFB=-0.0966199;REVB=0.0128924;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506326;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00302139;OID=.;OPOS=58000981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:0:2:40:40:0.952381:25:15:0:0:25:15:1:1 chr15 58256127 . C T 517.41 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00664513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.041;QD=25.2393;RBI=0.0114042;REFB=-0.0367784;REVB=0.0092681;RO=33;SAF=17;SAR=31;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170338;STB=0.599853;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0141866;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:31:17:19:14:31:17:20:14 chr15 58444720 . A T 1150.88 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.251;QD=60.5725;RBI=0.0172481;REFB=0;REVB=0.0142072;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22153e-06;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:40:35:0:0:40:36:0:0 chr15 58471368 . C T 898.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.456;QD=57.9426;RBI=0.0238388;REFB=0;REVB=0.021064;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22004e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:29:29:0:0:31:31:0:0 chr15 58476281 . A G 855.08 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.607;QD=57.0052;RBI=0.0207363;REFB=0;REVB=0.0198397;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20531e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr15 58571401 . A T 105.57 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0452014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.168;QD=11.7298;RBI=0.0493796;REFB=-0.00366837;REVB=-0.0198791;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399383;STB=0.523772;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00454197;OID=.;OPOS=58571401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:11:2:4:19:11:2:4:19 chr15 58834741 . G T 449.86 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0415317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.023;QD=24.3165;RBI=0.0426734;REFB=0.00218172;REVB=0.00980494;RO=30;SAF=28;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119575;STB=0.57366;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00113239;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:15:28:15:15:15:28:15:16 chr15 58837957 . A G 1103.88 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.653;QD=58.8738;RBI=0.0373216;REFB=0;REVB=0.0296229;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120474;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:67:75:1:38:29:0:0:44:31:0:0 chr15 58838010 . A G 980.79 PASS AF=0.897436;AO=70;DP=82;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0153708;FXX=0.0487745;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.633;QD=50.2971;RBI=0.0171047;REFB=-0.0205918;REVB=0.00750408;RO=8;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604417;STB=0.532066;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0045024;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:82:78:8:8:70:70:0.897436:40:30:1:7:40:30:1:7 chr15 58838011 . T G 32.57 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00400768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.9276;QD=1.56945;RBI=0.00840774;REFB=-0.00825664;REVB=0.00739112;RO=75;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390798;STB=0.821154;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0274885;OID=.;OPOS=58838011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:75:75:8:8:0.0963855:7:1:32:43:7:1:32:43 chr15 58853079 . C A 188.18 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0217662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.542;QD=20.9084;RBI=0.0342925;REFB=-0.0223141;REVB=0.0264992;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116617;STB=0.602551;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0174509;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:16:17:17:19:0.527778:5:12:13:3:7:12:14:3 chr15 58853109 . A G 144.12 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0149493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.483;QD=15.581;RBI=0.116476;REFB=-0.0131676;REVB=0.115512;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462537;STB=0.76311;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0267093;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:17:4:11:5:17:4 chr15 58983318 . G C 500.19 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.892;QD=58.8457;RBI=0.0132421;REFB=0;REVB=0.00107722;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124893;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr15 58983425 . G C 792.65 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00247223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.468;QD=56.6175;RBI=0.00287772;REFB=0;REVB=-0.00147288;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88635e-05;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:22:32:0:0:23:33:0:0 chr15 58983588 . T A 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.688;QD=56.9349;RBI=0.0504573;REFB=0;REVB=-0.0141555;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246065;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr15 58985163 . GTT GGT,GT,GTG 930.7 PASS AF=0,0.985294,0.0147059;AO=31,28,4;DP=67;FAO=0,67,1;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,0;FSAR=0,37,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.502879,-0.0955638,-0.109985;FXX=0.0285673;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=13.1869,23.6728,13.3201;QD=54.7473;RBI=0.503645,0.0955792,0.116347;REFB=0.0526366,-0.0300355,0.0982197;REVB=-0.0277794,-0.00171424,-0.0379465;RO=0;SAF=29,0,1;SAR=2,28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-0.000548216,0.00567593;OID=.,.,.;OPOS=58985164,58985164,58985165;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGT,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.985294,0.0147059:31,28,4:67:0,67,1:68:0:0,30,0:0,37,1:0:0:4:0:29,0,1:2,28,3:0:0 chr15 59147037 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8493;QD=47.8222;RBI=0.0335274;REFB=0;REVB=-0.0107565;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139567;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr15 59147413 . T A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079588;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.775;QD=49.5987;RBI=0.0141868;REFB=0;REVB=0.0117441;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106762;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr15 59347929 . C A 339.11 PASS AF=0.473684;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0424476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7093;QD=17.848;RBI=0.0463737;REFB=-0.013249;REVB=0.0186739;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426178;STB=0.516215;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00610556;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:40:34:36:0.473684:18:16:19:21:20:16:19:21 chr15 59368167 . G A 569.21 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0231484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0835;QD=21.6842;RBI=0.0240271;REFB=0.00161803;REVB=0.00643874;RO=48;SAF=31;SAR=26;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332438;STB=0.518237;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0019599;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:26:31:28:20:26:31:28:20 chr15 59499179 . G A 838.55 PASS AF=0.983333;AO=55;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0514126;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.841;QD=55.9034;RBI=0.0600335;REFB=-0.0455538;REVB=0.0309962;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132799;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000589957;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:60:1:1:55:59:0.983333:35:20:0:1:37:22:0:1 chr15 59499228 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.239;QD=58.5998;RBI=0.0335245;REFB=0;REVB=-0.00275612;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27343e-05;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr15 59499244 . C A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0137743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.173;QD=18.0733;RBI=0.0178925;REFB=-0.0447224;REVB=0.0114197;RO=31;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900534;STB=0.550527;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0298423;OID=.;OPOS=59499244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:21:9:12:19:21:9:12:19 chr15 59499274 . C A 842.62 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00239722;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.09;QD=54.3624;RBI=0.0131548;REFB=-0.0278596;REVB=0.0129345;RO=2;SAF=21;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999562;STB=0.505299;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00028521;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:60:60:0.967742:39:21:1:1:39:21:1:1 chr15 59500116 . T C 507.87 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0190564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4327;QD=56.4297;RBI=0.0414496;REFB=0.0828302;REVB=0.0368093;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000930226;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:0:1:19:16:0:1 chr15 59510189 . G A 486.46 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00283996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.986;QD=21.3827;RBI=0.0331408;REFB=-0.0129252;REVB=0.0330189;RO=44;SAF=18;SAR=29;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179962;STB=0.509936;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0112029;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:29:18:16:28:29:18:16:28 chr15 59682428 . G A 458.42 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0006951;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.472;QD=55.5663;RBI=0.0235106;REFB=-0.103041;REVB=0.0235003;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00173144;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:0:1 chr15 59682486 . G GT 260.29 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577607;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.7404;QD=35.9014;RBI=0.07343;REFB=-0.0568118;REVB=0.0453395;RO=3;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0119741;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:30:29:29:0:12:17:0:0:3:3:12:13:0:3 chr15 59784493 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.416;QD=60.5101;RBI=0.03779;REFB=-0.0858396;REVB=0.0171371;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00254336;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:1:0:16:29:1:0 chr15 59911421 . A T 338.8 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00058166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9451;QD=23.3656;RBI=0.0479593;REFB=-0.0417007;REVB=0.0479557;RO=24;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490811;STB=0.521679;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0429994;OID=.;OPOS=59911421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:33:34:0.586207:20:13:8:16:21:13:8:16 chr15 59911892 . G T 320.77 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00564626;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9577;QD=16.0383;RBI=0.0161953;REFB=-0.0105649;REVB=0.0151792;RO=45;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105932;STB=0.505963;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0134404;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:45:45:35:35:0.4375:23:12:15:30:23:12:15:30 chr15 59911970 . A C 591.79 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0342167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3608;QD=22.982;RBI=0.0345014;REFB=-0.0122777;REVB=0.00442319;RO=43;SAF=23;SAR=35;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550579;STB=0.521656;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0122959;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:45:58:58:0.563107:35:23:20:23:35:23:20:25 chr15 59912253 . A C 83.4 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00503271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4543;QD=9.81158;RBI=0.00611711;REFB=0.00180436;REVB=-0.00347719;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991256;STB=0.560395;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00162736;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:8:15:8:3:8:15 chr15 59912625 . G A 620.38 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2951;QD=60.5246;RBI=0.0280335;REFB=0;REVB=0.0266104;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170448;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:37:41:1:18:19:0:0:21:20:0:0 chr15 59931372 . GAAAGT G 218.92 PASS AF=0.636364;AO=25;DP=39;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0011831;FXX=0.083316;HRUN=3;LEN=5;MLLD=205.792;QD=19.9019;RBI=0.0129359;REFB=-0.0225411;REVB=0.0128817;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.363008;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.607066;STBP=0.056;TYPE=del;VARB=0.013022;OID=.;OPOS=59931373;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:25:39:28:44:16:11:17:11:5:91:0:9:16:0:0 chr15 60678298 . T A 182.82 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0371704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.509;QD=43.016;RBI=0.0411002;REFB=-0.00150715;REVB=0.0175383;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826301;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000196887;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:15:16:0.941176:5:10:0:1:6:10:0:1 chr15 60690089 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8433;QD=43.4856;RBI=0.0466407;REFB=0;REVB=0.0134984;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108327;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr15 60715800 . T G 317.77 PASS AF=0.866667;AO=24;DP=28;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00844134;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=55.1771;QD=42.3692;RBI=0.16959;REFB=-0.0529949;REVB=0.16938;RO=4;SAF=8;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249202;STB=0.514275;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0196797;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:28:30:4:4:24:26:0.866667:16:8:1:3:17:9:1:3 chr15 60724118 . C G 561.06 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525682;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.685;QD=59.0587;RBI=0.00528322;REFB=0;REVB=-0.000527499;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62471e-06;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:1:0:37:38:1:15:22:0:1:16:22:0:0 chr15 60734697 . A G 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.526;QD=55.0837;RBI=0.023688;REFB=0;REVB=-0.0114624;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04381e-05;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr15 60789798 . G T 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.03;QD=56.9476;RBI=0.0179893;REFB=0;REVB=-0.00887954;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14291e-05;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr15 62259637 . C T 480.92 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.117271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2508;QD=53.4352;RBI=0.124257;REFB=-0.0120334;REVB=-0.0410758;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491493;STB=0.5263;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00138614;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:18:16:0:2:18:16:0:2 chr15 62539781 . A G 209.67 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00514019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.03;QD=18.6375;RBI=0.0167432;REFB=0.00114968;REVB=-0.0159346;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195671;STB=0.624875;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00154754;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:6:15:12:11:6:15:12:12 chr15 62990971 . C T 704.97 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8988;QD=62.6643;RBI=0.0374609;REFB=0;REVB=-0.0233672;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21646e-05;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr15 63009804 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.18;QD=56.011;RBI=0.0486698;REFB=-0.0513347;REVB=0.0201955;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00152126;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:33:34:0.971429:15:18:0:0:16:18:1:0 chr15 63047778 . C T 332.37 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0699334;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5342;QD=18.7249;RBI=0.0780355;REFB=-0.0337967;REVB=0.0346245;RO=36;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952925;STB=0.553196;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0192207;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:36:36:35:35:0.492958:22:13:17:19:22:13:17:19 chr15 63047793 . C T 288.85 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0247525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.934;QD=16.2733;RBI=0.0247593;REFB=-0.0199266;REVB=-0.000578516;RO=39;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788552;STB=0.544277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0270676;OID=.;OPOS=63047793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:18:14:14:25:18:14:14:25 chr15 63131117 . T A 372.25 PASS AF=0.616667;AO=35;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00111845;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.38;QD=24.8167;RBI=0.0195156;REFB=-0.0104078;REVB=-0.0194835;RO=24;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129726;STB=0.573367;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0086666;OID=.;OPOS=63131117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:23:35:37:0.616667:22:13:13:11:23:14:13:10 chr15 63133046 . G A 137.46 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0193796;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7576;QD=9.99684;RBI=0.0370562;REFB=-0.0441879;REVB=-0.0315848;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781493;STB=0.546507;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.079368;OID=.;OPOS=63133046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:33:37:18:18:0.327273:10:8:17:16:10:8:19:18 chr15 63341073 . C A 258.04 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0111817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.464;QD=23.4578;RBI=0.0113731;REFB=-0.0194761;REVB=0.00207756;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642779;STB=0.543824;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0110875;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:20:24:24:0.545455:8:16:14:5:8:16:15:5 chr15 63351840 . C A 104.75 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0974574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7031;QD=10.7439;RBI=0.123793;REFB=-0.0124938;REVB=-0.0763331;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293411;STB=0.674073;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.017727;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:5:8:9:17:5:8:9:17 chr15 63433766 . G A 926.07 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0365594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5143;QD=55.2875;RBI=0.0400074;REFB=0.021689;REVB=-0.016248;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.512191;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0126438;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:1:2:64:65:0.970149:40:24:0:1:40:25:0:2 chr15 63446199 . CAAAATT C 374.02 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519923;FXX=0.0605877;HRUN=4;LEN=6;MLLD=260.588;QD=48.2599;RBI=0.00850703;REFB=0;REVB=0.00673331;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.15896e-05;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:33:31:31:0:14:17:0:0:7:0:13:16:0:0 chr15 63548787 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.203;QD=60.2307;RBI=0.00951723;REFB=0;REVB=0.00940494;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29099e-05;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:28:8:0:0:29:8:0:0 chr15 64215375 . G C 680.2 PASS AF=0.962963;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0415779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7655;QD=50.3851;RBI=0.0491907;REFB=-0.07595;REVB=0.026287;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014486;STB=0.51428;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0110053;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:54:1:2:50:52:0.962963:32:18:0:1:34:18:0:2 chr15 64367745 . T C 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0313418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.99;QD=40.6384;RBI=0.0530633;REFB=0.0396446;REVB=0.0428183;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00118564;OID=.;OPOS=64367745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:0:1:10:4:0:1 chr15 64385851 . T C 568.47 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6637;QD=59.8385;RBI=0.0261618;REFB=0;REVB=0.0148869;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938089;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:25:11:0:0:27:11:0:0 chr15 64436061 . A T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0139944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.864;QD=11.5633;RBI=0.015433;REFB=-0.00639579;REVB=0.00650656;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173186;STB=0.603033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0155088;OID=.;OPOS=64436061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:14:15:10:5:14:15 chr15 64455123 . G T 337.39 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00764848;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.557;QD=19.8464;RBI=0.0082442;REFB=-0.0176197;REVB=0.00307694;RO=33;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154332;STB=0.58575;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0207057;OID=.;OPOS=64455123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:33:35:35:0.514706:21:14:19:14:21:14:19:14 chr15 64508763 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.101;QD=56.1914;RBI=0.0611241;REFB=0;REVB=-0.0364065;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38827e-05;OID=.;OPOS=64508763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr15 64558040 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.659;QD=23.2183;RBI=0.0562897;REFB=-0.075904;REVB=0.0226815;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00465055;OID=.;OPOS=64558040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr15 64634884 . C A 103.99 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.052396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.936;QD=14.8555;RBI=0.0613694;REFB=0.0115521;REVB=-0.031951;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171635;STB=0.638051;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0294446;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:15:12:12:0.428571:9:3:5:7:9:3:7:8 chr15 64737225 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00302424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.186;QD=12.5695;RBI=0.00480236;REFB=-0.014314;REVB=-0.00373051;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614915;STB=0.536035;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0234925;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:17:9:6:9:17:9 chr15 64792896 . G A 1103.05 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.818;QD=58.8296;RBI=0.0128287;REFB=0;REVB=-0.00272048;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355732;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:70:75:1:32:38:0:0:33:42:0:0 chr15 64793617 . A G 236.23 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00977299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.14;QD=17.4985;RBI=0.0138811;REFB=0.00608486;REVB=-0.00985772;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626577;STB=0.535142;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0107;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:16:10:9:19:16:10:9:19 chr15 64915106 . C T 1082.75 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0127035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4389;QD=56.2468;RBI=0.0269429;REFB=-0.0385637;REVB=0.0237601;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502318;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00234594;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:75:75:0.974026:31:44:0:0:31:44:1:1 chr15 65041622 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.802;QD=39.2068;RBI=0.051246;REFB=0;REVB=0.046733;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990928;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr15 65108479 . T C 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5731;QD=57.6669;RBI=0.0793947;REFB=0;REVB=0.0620106;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263893;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr15 65153690 . G A 235.95 PASS AF=0.457627;AO=24;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00558459;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.366;QD=15.9968;RBI=0.0141199;REFB=-0.0104859;REVB=0.0129686;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672294;STB=0.524981;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0113374;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:32:24:27:0.457627:8:16:20:13:9:18:20:12 chr15 65157482 . C T 145.55 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0231042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.998;QD=25.3135;RBI=0.066555;REFB=-0.0494281;REVB=0.0624161;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167763;STB=0.594461;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00728971;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:4:11:4:4:4:11:4:4 chr15 65159797 . T G 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.162655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.069;QD=22.9152;RBI=0.162761;REFB=0.0113354;REVB=0.00585543;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17833;STB=0.599811;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0124354;OID=.;OPOS=65159797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:0:4:8:1:0:4 chr15 65209705 . C T 157.77 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0294759;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.496;QD=23.3725;RBI=0.0348619;REFB=-0.0218557;REVB=0.0186152;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243896;STB=0.638112;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0111707;OID=.;OPOS=65209705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:11:11:16:16:0.592593:4:12:5:6:4:12:5:6 chr15 65347405 . G A 728.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.532;QD=54.9749;RBI=0.0805155;REFB=-0.100383;REVB=0.0325449;RO=1;SAF=13;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859364;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:1:0:52:53:1:39:13:1:0:39:14:0:0 chr15 65370353 . T C 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5573;QD=61.0458;RBI=0.0280344;REFB=0;REVB=-0.0151687;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16714e-05;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr15 65394453 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00263625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.886;QD=19.6462;RBI=0.00302999;REFB=-0.0429654;REVB=-0.00149367;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787203;STB=0.545367;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.026497;OID=.;OPOS=65394453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:2:6:9:2:2:6 chr15 65449169 . C T 789.89 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.494;QD=56.4209;RBI=0.0130435;REFB=0;REVB=-0.0124334;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62539e-05;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr15 65489128 . C T 361.62 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.221;QD=53.5734;RBI=0.0609377;REFB=0;REVB=0.0431341;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421227;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:12:14:0:1:13:14:0:0 chr15 65489688 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.773;QD=57.2357;RBI=0.0433307;REFB=0;REVB=-0.0399187;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7503e-05;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr15 65490592 . C T 201.88 PASS AF=0.5;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0272307;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.998;QD=20.1883;RBI=0.0283375;REFB=-0.00292987;REVB=-0.00784249;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990893;OID=.;OPOS=65490592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:20:19:20:0.5:5:14:12:7:6:14:14:6 chr15 65490901 . T C 637.82 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0142943;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.608;QD=44.7591;RBI=0.0160374;REFB=-0.0122415;REVB=0.00727125;RO=7;SAF=20;SAR=30;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406984;STB=0.52173;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000820965;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:57:57:7:7:50:50:0.877193:30:20:4:3:30:20:4:3 chr15 65495747 . A G 206.91 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0291744;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.876;QD=15.0478;RBI=0.0313391;REFB=-0.02701;REVB=-0.0114454;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165924;STB=0.589667;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0378113;OID=.;OPOS=65495747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:31:22:24:0.436364:15:7:15:17:16:8:15:16 chr15 65553246 . C T 307.17 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00189997;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.865;QD=15.7524;RBI=0.0363733;REFB=-0.0246605;REVB=-0.0363236;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111911;STB=0.563128;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.025482;OID=.;OPOS=65553246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:14:20:21:23:14:20:21:23 chr15 65619427 . T A 32.4 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0134295;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.709;QD=11.7816;RBI=0.0210995;REFB=0.0018575;REVB=0.0162738;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00227376;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chr15 65620156 . C T 147.33 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0642996;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7487;QD=16.3694;RBI=0.0688965;REFB=-0.0195792;REVB=0.0247444;RO=20;SAF=1;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415997;STB=0.749582;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0228783;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:20:16:16:0.444444:15:1:5:15:15:1:5:15 chr15 65621441 . C A 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0314852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.449;QD=16.8959;RBI=0.0540433;REFB=-0.0125851;REVB=0.0439245;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0118285;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr15 65621857 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.51;QD=53.277;RBI=0.0843104;REFB=0;REVB=0.0745934;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490253;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 65667724 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.723;QD=57.6798;RBI=0.0264302;REFB=0;REVB=0.0156693;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168089;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr15 65676617 . T C 68.17 PASS AF=0.391304;AO=10;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00107443;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.965;QD=11.8552;RBI=0.0210406;REFB=-0.0240411;REVB=-0.0210131;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.576753;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0376565;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:24:23:13:14:10:9:0.391304:5:5:6:7:4:5:6:8 chr15 65684533 . A G 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0490433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2278;QD=18.631;RBI=0.0570365;REFB=-0.00134515;REVB=-0.029119;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00209695;OID=.;OPOS=65684533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:16:16:16:0.5:8:8:7:7:8:8:9:7 chr15 65689267 . T C 210.68 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00393266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.06;QD=19.1527;RBI=0.00841315;REFB=-0.0223399;REVB=0.00743742;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119823;STB=0.567623;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0396833;OID=.;OPOS=65689267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:8:15:11:10:8:15 chr15 65759542 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.000313639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.823;QD=15.101;RBI=0.00525923;REFB=-0.0037697;REVB=0.00524987;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170957;STB=0.607503;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00564216;OID=.;OPOS=65759542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:16:8:15:15:16:8:16:15 chr15 65916527 . A T 1366.0 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157788;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.333;QD=61.3932;RBI=0.0162125;REFB=-0.106904;REVB=-0.00372461;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000347143;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:0:1:88:88:0.988764:39:49:0:0:39:49:1:0 chr15 66011630 . A G 1154.43 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.561;QD=60.7592;RBI=0.0368462;REFB=0;REVB=0.016064;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23408e-05;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:31:43:0:0:32:44:0:0 chr15 66023799 . G A,T 202.22 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=3,14;DP=17;FAO=3,14;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229474,0.051551;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.974,45.7089;QD=47.5804;RBI=0.0107526,0.0757253;REFB=0,0;REVB=-0.0105049,-0.055469;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00803536,0.0015297;OID=.,.;OPOS=66023799,66023799;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:17:17:0:0:3,14:3,14:0.176471,0.823529:1,5:2,9:0:0:1,5:2,9:0:0 chr15 66257408 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8749;QD=61.6808;RBI=0.0411354;REFB=0;REVB=-0.00374507;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000556423;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr15 66274690 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.44;QD=45.8067;RBI=0.0740365;REFB=0;REVB=0.0136792;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00089096;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr15 66411441 . C T 361.96 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0120382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.403;QD=15.4027;RBI=0.0274416;REFB=-0.0157564;REVB=0.0246602;RO=53;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997084;STB=0.54464;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0174994;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:55:39:39:0.414894:20:19:31:22:20:19:31:24 chr15 66612965 . T C 169.12 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0235014;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.149;QD=10.4076;RBI=0.0238252;REFB=4.26342e-05;REVB=-0.00391506;RO=43;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924245;STB=0.554202;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=3.26525e-06;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:14:8:19:24:14:8:19:24 chr15 66640619 . C A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.358;QD=54.5177;RBI=0.0157406;REFB=0;REVB=-0.0134163;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83439e-06;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr15 66641732 . GC CC,G 205.23 PASS AF=0.448276,0.344828;AO=10,9;DP=28;FAO=13,10;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=9,10;FSAR=4,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00729992,-0.0609731;FXX=0.0333222;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=210.12,12.6147;QD=28.3079;RBI=0.013455,0.0814939;REFB=-0.0260016,-0.106103;REVB=0.0113025,-0.0540697;RO=6;SAF=7,9;SAR=3,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0.306818;SSEP=0,0.603448;SSSB=0.348751,0.82629;STB=0.669156,0.998622;STBP=0.04,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0166784,0.0303564;OID=.,.;OPOS=66641732,66641733;OREF=G,C;OALT=C,-;OMAPALT=CC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:28:29:6:6:10,9:13,10:0.448276,0.344828:3,0:7,9:1:5:4,0:9,10:1:5 chr15 66644521 . C G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.548;QD=58.1374;RBI=0.0557863;REFB=0;REVB=0.055684;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258689;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr15 66821250 . A G 152.79 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0347647;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.068;QD=11.5312;RBI=0.0359338;REFB=-0.00189633;REVB=0.00909138;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135366;STB=0.588026;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00247579;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:34:19:19:0.358491:11:8:18:15:11:8:19:15 chr15 67073549 . C T 313.65 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0202483;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.601;QD=20.5669;RBI=0.0243347;REFB=-0.00676783;REVB=0.0134975;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217468;STB=0.512041;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00617957;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:12:16:18:15:12:16 chr15 67234251 . A G 1182.25 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.778;QD=59.1126;RBI=0.0365162;REFB=-0.0824106;REVB=0.0211913;RO=2;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121612;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000220091;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:2:1:78:79:0.9875:41:37:1:1:41:38:0:1 chr15 67457335 . A G 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.211;QD=57.38;RBI=0.00599978;REFB=0;REVB=0.00309834;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04889e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr15 67486775 . T C 184.81 PASS AF=0.475;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0195533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.066;QD=18.4809;RBI=0.0398567;REFB=-0.00581145;REVB=0.0347307;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611687;STB=0.521716;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00914449;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:18:19:0.475:10:8:8:13:11:8:8:13 chr15 67486847 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.012903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.821;QD=21.2676;RBI=0.0132766;REFB=0.00331474;REVB=-0.00312711;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036754;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00321858;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:5:9:11:6:5:9 chr15 67494304 . T G 275.09 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.000990254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.015;QD=22.4559;RBI=0.00558715;REFB=0.00696165;REVB=0.00549869;RO=23;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172954;STB=0.57137;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00463529;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:23:25:26:0.530612:20:5:8:15:20:6:8:15 chr15 67528374 . T G 193.12 PASS AF=0.375;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0122992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7884;QD=12.0697;RBI=0.0368811;REFB=-0.0039781;REVB=0.0347699;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120937;STB=0.564461;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00616837;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:37:40:24:24:0.375:9:15:19:18:9:15:21:19 chr15 67574440 . C G 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00147702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.237;QD=18.2994;RBI=0.00275152;REFB=-0.00685439;REVB=0.00232148;RO=23;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315526;STB=0.681616;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00543736;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:16:4:11:12:16:4:11:12 chr15 67692502 . T C 1431.82 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.018495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.058;QD=56.1497;RBI=0.0348998;REFB=-0.0429073;REVB=-0.0295961;RO=3;SAF=46;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113103;STB=0.505965;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000221656;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:3:3:99:99:0.970588:53:46:2:1:53:46:2:1 chr15 67768151 . G C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.35;QD=58.9614;RBI=0.0299812;REFB=0;REVB=0.0248455;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100251;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr15 67814542 . G A 357.8 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0499972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0442;QD=19.6052;RBI=0.0500665;REFB=0.00211026;REVB=0.00263378;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183555;STB=0.602039;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00298187;OID=.;OPOS=67814542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:23:14:21:15:23:14:21:15 chr15 67951150 . G T 253.62 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00876184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.671;QD=17.4908;RBI=0.00910731;REFB=-0.0215984;REVB=0.00248462;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136706;STB=0.576867;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.019609;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:15:15:18:10:15:15 chr15 67962763 . A G 545.67 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00131307;FXX=0.0178555;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.854;QD=19.8425;RBI=0.00321855;REFB=-0.0119108;REVB=0.00293852;RO=53;SAF=28;SAR=28;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749068;STB=0.536351;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00834127;OID=.;OPOS=67962763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:53:54:56:56:0.509091:28:28:31:22:28:28:31:23 chr15 68112037 . C T 255.7 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0209886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.331;QD=15.7353;RBI=0.0235572;REFB=-0.00858496;REVB=-0.0106967;RO=35;SAF=22;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269746;STB=0.647743;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.016415;OID=.;OPOS=68112037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:7:22:18:17:7:22:19:17 chr15 68112096 . A G 180.23 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0127931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.255;QD=16.0202;RBI=0.0165954;REFB=-0.0060803;REVB=-0.0105709;RO=26;SAF=4;SAR=15;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091695;STB=0.552187;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0223289;OID=.;OPOS=68112096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:15:4:4:22:15:4:4:22 chr15 68117300 . T A 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0188291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.691;QD=17.8245;RBI=0.0198573;REFB=-0.0141281;REVB=-0.00630671;RO=48;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126668;STB=0.57105;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0134949;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:28:13:21:27:28:13:21:27 chr15 68120014 . C T 45.82 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00543206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.829;QD=9.16455;RBI=0.021487;REFB=-0.0423531;REVB=-0.0207891;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199998;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0348088;OID=.;OPOS=68120014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:7:6:2:5:7:6 chr15 68483627 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0117871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.487;QD=13.4057;RBI=0.019217;REFB=-0.0135062;REVB=-0.0151775;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221893;STB=0.512728;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0190068;OID=.;OPOS=68483627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:14:20:14:9:14:20 chr15 68583175 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.247;QD=57.8848;RBI=0.0535956;REFB=0;REVB=0.0497291;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015219;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr15 68603625 . C T 966.63 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.59;QD=57.7095;RBI=0.0537701;REFB=0;REVB=0.0323338;RO=1;SAF=47;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048256;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:19:47:1:0:19:48:0:0 chr15 68605169 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.848;QD=61.684;RBI=0.0372238;REFB=0;REVB=0.0331691;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110216;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr15 68609647 . G T 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00131058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.048;QD=19.3861;RBI=0.0413017;REFB=-0.0154648;REVB=0.0412809;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278705;STB=0.656992;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.014192;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:15:6:12:8:15:6 chr15 68624396 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.722;QD=53.2772;RBI=0.0114434;REFB=0;REVB=0.0046364;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93284e-05;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr15 68628143 . C T 692.76 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=121;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0563485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.779;QD=22.901;RBI=0.0568217;REFB=-0.0143604;REVB=0.00731813;RO=54;SAF=24;SAR=43;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107485;STB=0.505881;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0129926;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:54:67:67:0.553719:43:24:20:34:43:24:20:34 chr15 68649587 . G A 690.75 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00908085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.52;QD=54.1765;RBI=0.0418757;REFB=0.0146945;REVB=0.0408792;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000406564;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:21:28:1:0:22:28:1:0 chr15 69019582 . G C 45.08 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0178009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.524;QD=7.83919;RBI=0.056624;REFB=-0.00408671;REVB=-0.0537532;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455337;STB=0.79317;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0175204;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:8:8:6:1:8:8 chr15 69238272 . G T 156.09 PASS AF=0.414634;AO=13;DP=37;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0347508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.107;QD=15.2278;RBI=0.0402625;REFB=-0.0173336;REVB=0.0203336;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075912;STB=0.556457;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0177904;OID=.;OPOS=69238272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:23:24:13:17:0.414634:5:8:14:9:8:9:15:9 chr15 69238445 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00702872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.628;QD=10.0339;RBI=0.0102759;REFB=-0.00463045;REVB=-0.00749605;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0048706;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr15 69325581 . C T 429.26 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0233054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5657;QD=28.1485;RBI=0.0300657;REFB=-0.0264273;REVB=0.0189948;RO=21;SAF=20;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150487;STB=0.508193;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0119742;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:20:20:10:11:20:20:10:11 chr15 69327825 . C T 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.000177677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.743;QD=15.9138;RBI=0.0185352;REFB=-0.0210929;REVB=-0.0185343;RO=36;SAF=21;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258985;STB=0.640281;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0281362;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:9:21:16:20:9:21:17:20 chr15 69542968 . G A 128.05 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0236237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8823;QD=20.4883;RBI=0.0474379;REFB=-0.0225915;REVB=0.0411373;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231617;STB=0.632885;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0167318;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:5:6:11:3:5:6 chr15 69652451 . G A 385.83 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00219981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.84;QD=15.5891;RBI=0.00750855;REFB=-0.00131353;REVB=-0.00717907;RO=58;SAF=27;SAR=14;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352528;STB=0.698183;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00185252;OID=.;OPOS=69652451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:14:27:18:40:14:27:18:40 chr15 69683945 . C G 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00427286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6506;QD=22.9078;RBI=0.0541709;REFB=-0.0576576;REVB=-0.0540022;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425242;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0456406;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:9:8:11:10:9:8 chr15 69684050 . C T 273.18 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00482499;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3153;QD=19.5127;RBI=0.0225737;REFB=0.0124382;REVB=-0.022052;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124372;STB=0.569278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0130599;OID=.;OPOS=69684050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:11:16:13:16:11:16 chr15 69697756 . G A 741.2 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216402;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.327;QD=57.0157;RBI=0.0283903;REFB=0;REVB=0.0183769;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176329;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr15 69709748 . C A 279.39 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00956814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.593;QD=18.3207;RBI=0.0187509;REFB=-0.0215327;REVB=-0.016126;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438242;STB=0.557997;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0178303;OID=.;OPOS=69709748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:29:30:30:31:0.508197:12:18:16:13:11:20:16:14 chr15 69728949 . A G 537.52 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00883326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.024;QD=17.6237;RBI=0.0134153;REFB=0.0100652;REVB=0.0100968;RO=64;SAF=30;SAR=27;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471362;STB=0.501729;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.012501;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:65:57:57:0.467213:27:30:34:30:27:30:34:31 chr15 69732736 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0019432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.207;QD=12.8691;RBI=0.0260536;REFB=-0.000516775;REVB=-0.025981;RO=33;SAF=18;SAR=3;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541377;STB=0.816238;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000829654;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:3:18:13:20:3:18:13:20 chr15 69740350 . A G 125.8 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0234989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7179;QD=11.9806;RBI=0.0242969;REFB=-0.0240246;REVB=-0.00617579;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049783;STB=0.529372;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0520993;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:12:15:9:6:12:15 chr15 70341337 . A G 36.29 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00434249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.472;QD=6.31084;RBI=0.0334126;REFB=-0.027251;REVB=0.0331292;RO=17;SAF=5;SAR=0;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.660936;STB=0.685563;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0190913;OID=.;OPOS=70341337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:23:17:17:5:6:0.26087:0:5:11:6:1:5:11:6 chr15 70345626 . C T 369.35 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0300937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.634;QD=18.0169;RBI=0.033819;REFB=-0.0188667;REVB=-0.0154302;RO=44;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183722;STB=0.506955;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0207766;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:43:38:39:0.47561:24:14:17:27:24:15:16:27 chr15 70346922 . GC CG,GT 149.27 PASS AF=0,0.5;AO=2,15;DP=34;FAO=0,17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=0,8;FSAR=0,9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0400929,0.00604268;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=47.9464,41.5958;QD=17.5617;RBI=0.0533905,0.0400983;REFB=0.0232761,-0.0715351;REVB=-0.0352577,0.0396404;RO=12;SAF=2,6;SAR=0,9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.671794,0.126749;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0820087;OID=.,.;OPOS=70346922,70346923;OREF=GC,C;OALT=CG,T;OMAPALT=CG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:34:34:12:17:2,15:0,17:0,0.5:0,9:2,6:3:9:0,9:0,8:8:9 chr15 70347362 . C A 74.83 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.312;QD=37.4129;RBI=0.07883;REFB=0;REVB=0.0734095;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483536;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr15 70347816 . A AG,AGT 156.83 PASS AF=1,0;AO=12,2;DP=16;FAO=14,0;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957034,0.0403132;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=120.384,98.9971;QD=44.8095;RBI=0.0977047,0.0465604;REFB=0,0;REVB=0.0196741,0.0232963;RO=2;SAF=4,0;SAR=8,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.179011,-0.727176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00177697,0;OID=.,.;OPOS=70347817,70347817;OREF=-,-;OALT=G,GT;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:12,2:16:14,0:14:0:4,0:10,0:0:0:4:2:4,0:8,2:2:0 chr15 70347920 . T C 195.13 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00056935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.169;QD=14.1911;RBI=0.0537838;REFB=-0.00667079;REVB=-0.0537808;RO=32;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205047;STB=0.618072;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0138406;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:17:6:14:18:17:6:14:18 chr15 70350607 . C T 302.02 PASS AF=0.37234;AO=31;DP=92;FAO=35;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0614546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0959;QD=12.8518;RBI=0.249038;REFB=-0.0876151;REVB=-0.241336;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184646;STB=0.539854;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0883183;OID=.;OPOS=70350607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:32:59:31:35:0.37234:16:15:22:10:20:15:29:30 chr15 70351788 . T C 1223.51 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.508;QD=61.1755;RBI=0.0484732;REFB=0;REVB=-0.000202815;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89674e-05;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:80:0:0:74:80:1:38:36:0:0:38:42:0:0 chr15 70358363 . G A 206.49 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=6.28922e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8405;QD=17.2075;RBI=0.0528893;REFB=-0.0244677;REVB=0.0528892;RO=27;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1494;STB=0.586118;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0239788;OID=.;OPOS=70358363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:17:4:8:19:17:4:8:19 chr15 70371777 . C G 345.38 PASS AF=0.644444;AO=30;DP=44;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0277213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1694;QD=30.7004;RBI=0.0279318;REFB=0.0192544;REVB=0.00342293;RO=14;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101558;STB=0.553451;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00515515;OID=.;OPOS=70371777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:14:16:30:29:0.644444:18:12:8:6:17:12:9:7 chr15 71184278 . G T 671.32 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0348374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3308;QD=55.9434;RBI=0.0534354;REFB=-0.214366;REVB=0.0405178;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0114182;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:48:0:3:45:45:0.9375:27:18:0:0:27:18:2:1 chr15 71184495 . A G 1050.06 PASS AF=0.863636;AO=74;DP=88;FAO=76;FDP=88;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0334834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5138;QD=47.73;RBI=0.0338961;REFB=-0.030104;REVB=-0.00527335;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.56832;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00132685;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:0:12:74:76:0.863636:48:26:0:0:49:27:10:2 chr15 71276480 . GCAA G 666.83 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231934;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.777;QD=62.031;RBI=0.0289937;REFB=0;REVB=0.0289008;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.18703e-05;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:42:43:43:0:26:17:0:0:4:0:25:16:0:0 chr15 71447239 . G A 238.73 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0056409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.51;QD=14.043;RBI=0.00567604;REFB=-0.0178971;REVB=-0.000630639;RO=37;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161558;STB=0.586893;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0175229;OID=.;OPOS=71447239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:37:40:28:28:0.411765:10:18:18:19:10:18:20:20 chr15 71953045 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.989;QD=58.0611;RBI=0.0186535;REFB=0;REVB=0.00767301;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60322e-05;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:36:25:0:0 chr15 72070075 . G A 163.3 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0180825;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.62;QD=19.2118;RBI=0.0204696;REFB=-0.00537775;REVB=0.00959302;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117167;STB=0.566847;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000821427;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:12:5:7:10:12:5:7:10 chr15 72105885 . G A 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0252195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.995;QD=17.0693;RBI=0.0450924;REFB=-0.0245412;REVB=0.0373805;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117192;STB=0.565773;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0228466;OID=.;OPOS=72105885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:18:13:19:16:18:13:19:16 chr15 72105928 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCAC 729.02 PASS AF=0.985507,0.0144928;AO=54,3;DP=65;FAO=68,1;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205294,0.00709861;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.3565,7.31832;QD=42.2621;RBI=0.0282188,0.0605853;REFB=-0.0593769,-0.0908379;REVB=-0.0193609,-0.060168;RO=3;SAF=30,1;SAR=24,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0222233,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0136289,-0.0989684;OID=.,.;OPOS=72105929,72105933;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.985507,0.0144928:54,3:65:68,1:69:0:38,1:30,0:0:0:3:3:30,1:24,2:1:2 chr15 72143643 . A T 396.62 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00863988;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1833;QD=22.9926;RBI=0.0125343;REFB=-0.0487107;REVB=-0.00908087;RO=30;SAF=24;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222079;STB=0.62216;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0225942;OID=.;OPOS=72143643;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:30:30:39:39:0.565217:15:24:10:20:15:24:10:20 chr15 72191073 . T C 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00925464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.82;QD=24.5162;RBI=0.0265736;REFB=-0.0145358;REVB=-0.02491;RO=22;SAF=20;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10317;STB=0.557576;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0152892;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:7:20:14:8:7:20:14:8 chr15 72191266 . C T 842.24 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9712;QD=55.2291;RBI=0.0602555;REFB=0;REVB=0.0423824;RO=2;SAF=34;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344947;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:2:0:59:61:1:25:34:2:0:25:36:0:0 chr15 72432583 . A G 435.75 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.713;QD=54.4688;RBI=0.0230667;REFB=0.0445734;REVB=0.00166867;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217036;STB=0.51162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.000506292;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:21:10:0:1:21:10:0:1 chr15 72433144 . A G 211.31 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00401763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.78;QD=22.243;RBI=0.0274692;REFB=-0.0126101;REVB=0.0271738;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201123;STB=0.596923;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0124465;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:12:8:11:6:12:9:11:6 chr15 72433182 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0158292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.274;QD=11.1978;RBI=0.0161049;REFB=-0.0207207;REVB=-0.00296701;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478794;STB=0.791214;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0259147;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:21:22:12:12:0.352941:3:9:6:15:3:9:6:16 chr15 72501157 . G A 193.3 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0199385;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.348;QD=15.161;RBI=0.0203132;REFB=-0.0299648;REVB=-0.00388379;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058874;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0312761;OID=.;OPOS=72501157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:29:22:22:0.431373:14:8:8:18:14:8:11:18 chr15 72521861 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00737225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.626;QD=15.7383;RBI=0.0132773;REFB=-0.00601091;REVB=-0.0110425;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379962;STB=0.502144;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0070583;OID=.;OPOS=72521861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:20:16:13:16:20:16 chr15 72637795 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.553;QD=60.978;RBI=0.0186282;REFB=0;REVB=-0.0175581;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131227;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr15 72637878 . C T 282.5 PASS AF=0.52;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0232474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.139;QD=22.6003;RBI=0.0238881;REFB=-0.0117219;REVB=-0.00549507;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118083;STB=0.503152;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0119235;OID=.;OPOS=72637878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:22:24:26:26:0.52:11:15:13:9:11:15:14:10 chr15 72638892 . T C 637.91 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136902;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.671;QD=60.753;RBI=0.0143548;REFB=0;REVB=-0.00431717;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93856e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:17:23:0:0:19:23:0:0 chr15 72879653 . A ATTG 254.15 PASS AF=0.733333;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0122689;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=3;MLLD=243.627;QD=33.8867;RBI=0.0166968;REFB=0.030015;REVB=0.011325;RO=9;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14;STB=0.566607;STBP=0.272;TYPE=ins;VARB=-0.00421304;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:21:32:22:30:8:11:11:6:2:54:9:11:10:7:2 chr15 72987588 . G T 632.64 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0908084;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5838;QD=57.5129;RBI=0.101451;REFB=-0.0125025;REVB=-0.0452348;RO=3;SAF=19;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068503;STB=0.523798;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000923959;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:3:2:41:42:0.954545:22:19:3:0:22:20:2:0 chr15 73002035 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.184;QD=58.1421;RBI=0.0257378;REFB=0;REVB=0.0256734;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124409;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr15 73023937 . T C 1047.36 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000535964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0901;QD=58.1868;RBI=0.041973;REFB=0.0257614;REVB=0.0419695;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165877;STB=0.508769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-9.24335e-05;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:43:28:1:0:43:28:1:0 chr15 73052840 . T C 132.7 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=39;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0363493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4825;QD=12.9467;RBI=0.0528436;REFB=-0.023205;REVB=0.0383558;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650817;STB=0.53654;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0402914;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:25:25:14:16:0.390244:7:7:11:14:8:8:11:14 chr15 73052845 . A G 130.25 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00475856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.824;QD=13.7109;RBI=0.0230967;REFB=-0.0105612;REVB=0.0226012;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570906;STB=0.533289;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0143052;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:11:12:7:8:11:12 chr15 73067234 . T C 507.23 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489681;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.343;QD=59.6746;RBI=0.0327433;REFB=0;REVB=0.0323751;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771872;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr15 73541513 . A G 853.87 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0138;QD=55.9918;RBI=0.0317916;REFB=0.0270097;REVB=-0.0191211;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00324869;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:35:25:0:1:35:25:0:1 chr15 73545729 . TTGT GATC,TTGC,TTTC 341.56 PASS AF=0.0740741,0.888889,0;AO=2,21,3;DP=27;FAO=2,24,0;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=2,11,0;FSAR=0,13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242979,-0.00982689,-0.0414825;FXX=0;HRUN=16,3,1;LEN=4,1,2;MLLD=70.4712,75.3314,52.9971;QD=50.601;RBI=0.0244838,0.0173568,0.044589;REFB=-0.104807,-0.0312804,0.0772129;REVB=-0.003011,0.014307,-0.0163518;RO=0;SAF=2,9,2;SAR=0,12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.521721,0.5;STBP=1,0.313,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=-0.0294777,0.000625369,0;OID=.,.,.;OPOS=73545729,73545732,73545731;OREF=TTGT,T,GT;OALT=GATC,C,TC;OMAPALT=GATC,TTGC,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:27:27:0:1:2,21,3:2,24,0:0.0740741,0.888889,0:0,12,1:2,9,2:0:0:0,13,0:2,11,0:1:0 chr15 73564881 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.856;QD=64.1535;RBI=0.0209729;REFB=0;REVB=0.0102846;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99649e-05;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr15 73614114 . T C 397.37 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0945021;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8569;QD=56.7677;RBI=0.105813;REFB=0;REVB=0.0476008;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236718;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr15 73614834 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.231;QD=49.5991;RBI=0.00825677;REFB=0;REVB=0.00322061;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78255e-05;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr15 74032783 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000558061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5512;QD=54.5131;RBI=0.027342;REFB=0;REVB=0.0273363;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430375;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr15 74176557 . G A 146.67 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0286556;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.461;QD=10.4766;RBI=0.0289377;REFB=-0.00982641;REVB=0.00403091;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046653;STB=0.527382;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0219395;OID=.;OPOS=74176557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:16:21:10:9:16:21 chr15 74244344 . CG GC,TG 675.53 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,42;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322337,0.0177007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=132.123,169.716;QD=60.047;RBI=0.0158691,0.0274692;REFB=0,0;REVB=0.0155382,0.0210058;RO=1;SAF=0,20;SAR=2,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0208598;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0991039,0.000579668;OID=.,.;OPOS=74244344,74244344;OREF=CG,C;OALT=GC,T;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:1:0:2,42:2,43:0.0444444,0.955556:2,22:0,20:0:1:2,23:0,20:0:0 chr15 74275676 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.041;QD=47.8224;RBI=0.0373986;REFB=0;REVB=0.0308266;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399953;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr15 74277795 . T C 1587.73 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.448;QD=64.1509;RBI=0.0389241;REFB=0;REVB=-0.00671865;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.34995e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:51:48:0:0:51:48:0:0 chr15 74325925 . C G 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0369813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.562;QD=12.3981;RBI=0.0398981;REFB=0.00628986;REVB=-0.0149748;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0046688;OID=.;OPOS=74325925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr15 74328116 . A G 221.18 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.127797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.595;QD=18.4315;RBI=0.129495;REFB=-0.0556674;REVB=-0.020903;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137902;STB=0.503813;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0371337;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:12:10:11:14:12:10:12:14 chr15 74328206 . G C 194.93 PASS AF=0.59375;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0795953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.232;QD=24.3668;RBI=0.0796117;REFB=-0.0114521;REVB=0.0016149;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113857;STB=0.516761;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00779856;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:12:13:17:19:0.59375:11:6:6:6:11:8:6:7 chr15 74356031 . C A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0368081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4077;QD=8.37063;RBI=0.0549288;REFB=0.00773879;REVB=0.0407718;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385863;STB=0.736901;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0224583;OID=.;OPOS=74356031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:8:3:17:11:8:3:17:11 chr15 74368293 . A G 127.26 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0254353;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1077;QD=9.08975;RBI=0.0651642;REFB=-0.00375484;REVB=-0.0599952;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038202;STB=0.501083;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148185;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:39:17:17:0.303571:10:7:16:20:10:7:16:23 chr15 74368297 . C G 161.39 PASS AF=0.344262;AO=19;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0197349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.543;QD=10.5832;RBI=0.0339499;REFB=0.0010563;REVB=0.0276248;RO=40;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135449;STB=0.53015;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00260501;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:19:21:0.344262:13:6:17:23:13:8:17:23 chr15 74467856 . G A 344.68 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033311;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.253;QD=55.1487;RBI=0.0334723;REFB=0;REVB=0.00328214;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265561;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr15 74536400 . TAAG T 134.4 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=54;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0407269;FXX=0.0545355;HRUN=2;LEN=3;MLLD=233.832;QD=10.3386;RBI=0.0448836;REFB=-0.00571325;REVB=-0.0188641;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301528;STB=0.62488;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.0073781;OID=.;OPOS=74536401;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:20:54:22:52:30:6:16:14:16:99:24:4:16:11:13 chr15 74622533 . A G 210.87 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00236746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.107;QD=19.6155;RBI=0.00862874;REFB=0.00160893;REVB=-0.0082976;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021567;STB=0.512183;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00272535;OID=.;OPOS=74622533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:11:11:10:11:11:11 chr15 74622549 . G T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0152474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.274;QD=18.1537;RBI=0.0220483;REFB=-0.00657535;REVB=-0.0159262;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114699;STB=0.577093;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00862131;OID=.;OPOS=74622549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:21:21:0.456522:8:13:12:12:8:13:12:13 chr15 74622678 . G A 120.15 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0725346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.763;QD=14.1348;RBI=0.0725505;REFB=-0.0185383;REVB=0.00151891;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171752;STB=0.599859;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0193557;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:8:12:6:8:8:12 chr15 74703929 . T C 353.01 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0255714;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6487;QD=15.6893;RBI=0.0322304;REFB=-0.00124806;REVB=-0.0196189;RO=52;SAF=18;SAR=20;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203137;STB=0.614079;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0014479;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:52:38:38:0.422222:20:18:35:17:20:18:35:17 chr15 74709975 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0567278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.719;QD=6.92876;RBI=0.0577782;REFB=-0.00483996;REVB=-0.0109671;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.599657;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0478733;OID=.;OPOS=74709975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:8:7:2:4:8:7 chr15 74710593 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=9;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0077247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.32;QD=13.2127;RBI=0.00871032;REFB=-0.022072;REVB=0.00402476;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973785;STB=0.583218;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0346202;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:9:22:9:14:0.388889:5:4:3:6:7:7:14:8 chr15 74749015 . A G 643.71 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00075826;FXX=0.039208;HRUN=7;LEN=1;MLLD=108.741;QD=52.5473;RBI=0.0320767;REFB=-0.101919;REVB=0.0320677;RO=2;SAF=23;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391372;STB=0.519992;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00307069;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:49:2:2:46:47:0.959184:23:23:2:0:23:24:2:0 chr15 74836316 . A G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0660926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.613;QD=44.094;RBI=0.0661441;REFB=-0.146757;REVB=0.00261009;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00732592;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:1:0 chr15 74888196 . A G 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00163957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.184;QD=46.0596;RBI=0.0234266;REFB=-0.133057;REVB=0.0233691;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00534575;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:1:0:12:7:1:0 chr15 74889163 . C T 802.92 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0964113;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2567;QD=57.351;RBI=0.0966185;REFB=0;REVB=-0.00632419;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393883;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr15 75012985 . T C 281.8 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0159307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.259;QD=17.0787;RBI=0.0466468;REFB=-0.00944235;REVB=-0.0438422;RO=32;SAF=10;SAR=21;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304654;STB=0.663925;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.017545;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:32:35:31:31:0.469697:21:10:21:11:21:10:22:13 chr15 75047426 . C T 79.45 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0972356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.093;QD=15.889;RBI=0.0987263;REFB=-0.0231543;REVB=0.0170916;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.010833;OID=.;OPOS=75047426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr15 75081078 . G A 176.22 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.047829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.353;QD=11.9469;RBI=0.0482835;REFB=-0.00622322;REVB=-0.0066092;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107991;STB=0.537003;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00669213;OID=.;OPOS=75081078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:34:37:21:22:0.372881:9:12:16:18:10:12:18:19 chr15 75129594 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00745924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.957;QD=15.2587;RBI=0.0140929;REFB=-0.0262025;REVB=-0.011957;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23478;STB=0.642384;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.015432;OID=.;OPOS=75129594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:4:2:1:6:4:2 chr15 75130093 . T C 152.03 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0897813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6829;QD=13.2198;RBI=0.120691;REFB=-0.00308317;REVB=-0.0806583;RO=29;SAF=2;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471989;STB=0.783572;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0011816;OID=.;OPOS=75130093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:15:2:13:16:15:2:13:16 chr15 75131661 . A G 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00163292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.889;QD=11.1292;RBI=0.00164432;REFB=-0.0125958;REVB=-0.000193262;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0203033;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:10:7:4:6:10:7 chr15 75131959 . A G 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00224576;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.028;QD=14.0475;RBI=0.00953498;REFB=-0.00915333;REVB=-0.00926674;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774132;STB=0.544974;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0157274;OID=.;OPOS=75131959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:14:15:8:10:14:15 chr15 75305040 . A G 566.29 PASS AF=0.95122;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0290853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.593;QD=55.2477;RBI=0.0291019;REFB=-0.0742305;REVB=-0.000983196;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129717;STB=0.500625;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00113498;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:41:2:2:37:39:0.95122:18:19:1:1:19:20:1:1 chr15 75310861 . C T 490.15 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0249161;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6382;QD=27.6143;RBI=0.0304259;REFB=-0.0186695;REVB=0.0174621;RO=26;SAF=19;SAR=26;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135376;STB=0.57346;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00761943;OID=.;OPOS=75310861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:26:26:45:45:0.633803:26:19:6:20:26:19:6:20 chr15 75312715 . C G 167.64 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0565428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.166;QD=41.9087;RBI=0.062528;REFB=-0.140319;REVB=0.0266959;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.555478;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00276457;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:4:11:0:1:4:11:0:1 chr15 75336729 . A G 928.63 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.695;QD=58.0394;RBI=0.0294415;REFB=0;REVB=-0.00839708;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228848;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:32:32:0:0 chr15 75498548 . A G 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.983;QD=56.9507;RBI=0.041954;REFB=0;REVB=0.0152095;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100561;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr15 75499602 . C A,G 757.32 PASS AF=0.979167,0.0208333;AO=46,2;DP=48;FAO=47,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471995,-0.00593166;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.2164,131.838;QD=63.1102;RBI=0.0778269,0.0235438;REFB=0,0;REVB=0.0618808,-0.0227843;RO=0;SAF=14,0;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000843776,0.13421;OID=.,.;OPOS=75499602,75499602;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:48:0:0:46,2:47,1:0.979167,0.0208333:32,2:14,0:0:0:33,1:14,0:0:0 chr15 75499619 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.859;QD=62.3506;RBI=0.0107055;REFB=0;REVB=-0.00353718;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81635e-06;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr15 75499861 . G A 501.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6568;QD=59.0028;RBI=0.0197037;REFB=0;REVB=0.017185;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321297;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr15 75499995 . T G 444.01 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0271213;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.889;QD=14.9247;RBI=0.0275404;REFB=-0.01582;REVB=0.00478652;RO=63;SAF=22;SAR=28;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680337;STB=0.530793;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0217534;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:63:69:50:50:0.420168:28:22:32:31:28:22:34:35 chr15 75503147 . G A 1087.5 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.043342;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.358;QD=58.7838;RBI=0.0462919;REFB=-0.0476964;REVB=0.0162607;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000533365;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:39:34:1:0:39:34:1:0 chr15 75648650 . C T 81.13 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00866066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7317;QD=18.0285;RBI=0.0436564;REFB=-0.0359399;REVB=0.0427887;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871479;STB=0.571292;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.018747;OID=.;OPOS=75648650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:7:8:10:10:0.555556:4:6:5:2:4:6:6:2 chr15 75650836 . G A 681.73 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496795;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.365;QD=61.9753;RBI=0.0497597;REFB=0;REVB=0.00282447;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246452;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:27:17:0:0 chr15 76136768 . C T 1815.66 PASS AF=0.870968;AO=134;DP=156;FAO=135;FDP=155;FR=.;FRO=20;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.026254;FXX=0.0189861;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.326;QD=46.8557;RBI=0.0267702;REFB=-0.0544037;REVB=0.00523164;RO=15;SAF=53;SAR=81;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662882;STB=0.527719;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000693815;OID=.;OPOS=76136768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:156:155:15:20:134:135:0.870968:81:53:11:4:82:53:12:8 chr15 76191802 . G A,T 973.77 PASS AF=0.942029,0.0434783;AO=65,3;DP=69;FAO=65,3;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=39,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00954178,-0.0177998;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.236,105.594;QD=56.4502;RBI=0.012873,0.02684;REFB=-0.072695,-0.0134122;REVB=-0.00864112,-0.0200886;RO=1;SAF=26,0;SAR=39,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0178214,-0.727144;STB=0.509431,0.994936;STBP=0.315,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000815854,0.0908615;OID=.,.;OPOS=76191802,76191802;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:69:69:1:1:65,3:65,3:0.942029,0.0434783:39,3:26,0:1:0:39,3:26,0:1:0 chr15 76298132 . A G 119.86 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116734;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0005;QD=43.5844;RBI=0.0759233;REFB=0;REVB=0.0750205;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439439;OID=.;OPOS=76298132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr15 76496232 . G A 491.15 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833215;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5784;QD=59.5336;RBI=0.0942931;REFB=0;REVB=0.0441443;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131564;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:34:33:1:25:9:0:0:24:9:0:0 chr15 76496339 . C CT 60.94 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280611;FXX=0.461184;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.492;QD=34.8249;RBI=0.041378;REFB=0;REVB=-0.0304091;RO=10;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00360328;OID=.;OPOS=76496340;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:13:7:7:0:7:0:0:0:4:10:2:0:5:5 chr15 76496340 . C T 94.73 PASS AF=0.833333;AO=7;DP=13;FAO=10;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0482707;FXX=0.076864;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.863;QD=31.5765;RBI=0.0631945;REFB=-0.124239;REVB=-0.0407859;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.583171;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00587015;OID=.;OPOS=76496340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:13:12:3:2:7:10:0.833333:5:2:2:1:5:5:2:0 chr15 76496624 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0322113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.749;QD=11.9536;RBI=0.0362979;REFB=-0.0383016;REVB=0.0167321;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380618;STB=0.729141;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0278719;OID=.;OPOS=76496624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:7:4:6:2:7:4 chr15 76496977 . G C 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.657;QD=60.4468;RBI=0.0306897;REFB=0;REVB=-0.0225441;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28704e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr15 76630303 . T C 2513.45 PASS AF=1;AO=162;DP=167;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151924;FXX=0.0239507;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.977;QD=61.6798;RBI=0.0210207;REFB=0;REVB=0.014528;RO=0;SAF=39;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22269e-05;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:163:0:0:162:163:1:123:39:0:0:123:40:0:0 chr15 76634680 . T C 849.96 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00212099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.83;QD=53.1224;RBI=0.0239654;REFB=-0.0732449;REVB=0.0238713;RO=2;SAF=23;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392848;STB=0.514343;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000328749;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:38:23:2:0:38:23:2:1 chr15 76673716 . T C 922.28 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000558656;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.886;QD=58.5572;RBI=0.0387223;REFB=0;REVB=0.0387183;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133466;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr15 76726465 . G T 1409.35 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9833;QD=60.6174;RBI=0.0206675;REFB=0.00814794;REVB=-0.0170665;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108962;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000902174;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:93:1:1:91:92:0.989247:43:48:0:1:44:48:0:1 chr15 77176158 . T C 124.85 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00574197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4465;QD=17.8358;RBI=0.0140229;REFB=-0.0341644;REVB=0.0127934;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232012;STB=0.634404;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0323069;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:11:3:6:8:11:3:6:8 chr15 77176200 . A T 103.6 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.015245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.256;QD=18.8364;RBI=0.0159423;REFB=0.00862329;REVB=0.00466351;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204835;STB=0.631344;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00572526;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:22:8:10:12:12:0.545455:9:3:4:4:9:3:5:5 chr15 77310884 . C T 50.27 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0386302;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.816;QD=11.8273;RBI=0.039923;REFB=-0.00416805;REVB=0.0100775;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.737044;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00649482;OID=.;OPOS=77310884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:17:8:10:7:7:0.411765:5:2:5:3:5:2:7:3 chr15 77324880 . A G 728.42 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.013;QD=57.1309;RBI=0.0126715;REFB=0;REVB=0.0117928;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04759e-05;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:43:51:1:25:18:0:0:33:18:0:0 chr15 77325279 . C T 907.1 PASS AF=0.464646;AO=91;DP=199;FAO=92;FDP=198;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0130991;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.616;QD=18.3253;RBI=0.0133192;REFB=-0.0179015;REVB=-0.00241092;RO=104;SAF=26;SAR=65;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169227;STB=0.594781;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0204504;OID=.;OPOS=77325279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:104:106:91:92:0.464646:65:26:46:58:65:27:48:58 chr15 77344793 . T A 302.81 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00182721;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.907;QD=16.5922;RBI=0.00603861;REFB=-0.0125223;REVB=-0.00575553;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763253;STB=0.535634;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0149617;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:39:40:33:33:0.452055:17:16:22:17:17:16:22:18 chr15 77907145 . G A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.236;QD=63.8695;RBI=0.0278076;REFB=0;REVB=0.0269387;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125472;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr15 77907535 . C G 1576.18 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.059218;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.502;QD=58.9225;RBI=0.0619201;REFB=-0.0690211;REVB=-0.0180921;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.506023;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000236766;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:65:41:0:0:65:41:1:0 chr15 77907775 . T C 886.75 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747535;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.629;QD=57.2096;RBI=0.0293238;REFB=0;REVB=0.028355;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56488e-05;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:1:0:61:62:1:33:28:0:1:34:28:0:0 chr15 77907784 . G A 972.4 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.217;QD=58.933;RBI=0.0190784;REFB=0;REVB=0.00231648;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1216e-05;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:33:33:0:0 chr15 78207558 . C T 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00396616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.694;QD=11.2961;RBI=0.0067533;REFB=0.0012926;REVB=0.00546596;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131322;STB=0.57684;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00231954;OID=.;OPOS=78207558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:9:9:13:21:9:9:13:21 chr15 78207625 . A G 102.34 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00266944;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.887;QD=7.05782;RBI=0.00656401;REFB=0.00129819;REVB=-0.00599669;RO=42;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686188;STB=0.550392;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00539565;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:43:15:15:0.258621:7:8:20:22:7:8:20:23 chr15 78208021 . T C 103.95 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0176142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5648;QD=10.1412;RBI=0.0966346;REFB=-0.00296325;REVB=-0.0950157;RO=26;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449471;STB=0.77828;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00194713;OID=.;OPOS=78208021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:28:13:13:0.317073:2:11:13:13:2:11:14:14 chr15 78208236 . A G 75.54 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0349609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.898;QD=3.51369;RBI=0.0459875;REFB=-0.010198;REVB=-0.0298761;RO=71;SAF=10;SAR=4;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202045;STB=0.642644;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0469961;OID=.;OPOS=78208236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:71:72:14:14:0.162791:4:10:40:31:4:10:40:32 chr15 78208239 . T C 84.7 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0532727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.687;QD=4.03355;RBI=0.0572888;REFB=-0.00428516;REVB=-0.0210721;RO=66;SAF=11;SAR=4;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251635;STB=0.662422;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0458201;OID=.;OPOS=78208239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:83:84:66:69:15:15:0.178571:4:11:36:30:4:11:38:31 chr15 78208833 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00441243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.73;QD=14.1958;RBI=0.00802078;REFB=-0.00752022;REVB=-0.00669801;RO=32;SAF=18;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893739;STB=0.551375;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0172174;OID=.;OPOS=78208833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:5:18:23:9:5:18:23:9 chr15 78208880 . G A 269.35 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0220776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7876;QD=18.9015;RBI=0.0426087;REFB=-0.0163056;REVB=0.0364428;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15015;STB=0.562002;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0266456;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:28:29:29:0.508772:14:15:18:8:14:15:18:10 chr15 78209436 . C T 146.09 PASS AF=0.36;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00459372;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.162;QD=11.687;RBI=0.010546;REFB=-0.0111372;REVB=-0.00949291;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292532;STB=0.504499;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0200742;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:17:18:0.36:10:7:14:18:10:8:14:18 chr15 78211339 . T C 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0305999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.711;QD=6.80732;RBI=0.0377218;REFB=-0.0146823;REVB=-0.0220586;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417813;STB=0.527888;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0284572;OID=.;OPOS=78211339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:25:27:9:9:0.25:5:4:12:13:5:4:13:14 chr15 78211344 . CA TG 52.27 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0342577;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.857;QD=5.80817;RBI=0.0363912;REFB=-0.0173111;REVB=-0.0122771;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853525;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=mnp;VARB=0.0510729;OID=.;OPOS=78211344;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:36:27:28:8:8:0.222222:5:3:12:15:5:3:13:15 chr15 78211427 . G T 75.81 PASS AF=0.142857;AO=4;DP=55;FAO=7;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0401127;FXX=0.109071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.202;QD=6.18843;RBI=0.0538353;REFB=-0.0112661;REVB=-0.0359056;RO=30;SAF=3;SAR=1;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252276;STB=0.789759;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.075028;OID=.;OPOS=78211427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:55:49:30:37:4:7:0.142857:1:3:16:14:1:6:21:16 chr15 78211471 . C T 238.94 PASS AF=0.326087;AO=27;DP=90;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0169438;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.077;QD=10.3885;RBI=0.0372659;REFB=-0.0274611;REVB=0.0331912;RO=61;SAF=9;SAR=18;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211472;STB=0.616462;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0685563;OID=.;OPOS=78211471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:61:62:27:30:0.326087:18:9:31:30:20:10:31:31 chr15 78211598 . C T 207.97 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-8.72709e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.423;QD=17.6994;RBI=0.00962949;REFB=0.000269101;REVB=-0.00962909;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110682;STB=0.563317;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00126642;OID=.;OPOS=78211598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:15:6:10:16:15:6:10:16 chr15 78233843 . C T 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0379929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1389;QD=29.1639;RBI=0.0704867;REFB=0.0570144;REVB=-0.059371;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286464;STB=0.516099;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0234576;OID=.;OPOS=78233843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:8:3:1:2:8:3:1:2 chr15 78234455 . T C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.205;QD=43.4762;RBI=0.0732848;REFB=0;REVB=0.0729089;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896773;OID=.;OPOS=78234455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr15 78234461 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.208;QD=45.8057;RBI=0.092795;REFB=0;REVB=0.088816;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107793;OID=.;OPOS=78234461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr15 78234477 . A G 173.55 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.713;QD=43.3871;RBI=0.0557847;REFB=-0.0860664;REVB=0.0133585;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00851527;OID=.;OPOS=78234477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:4:12:0:0 chr15 78276594 . AC CA 522.92 PASS AF=0.96;AO=39;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.252576;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=68.7213;QD=41.8336;RBI=0.25592;REFB=-0.131692;REVB=-0.0412353;RO=3;SAF=20;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652762;STB=0.519992;STBP=0.254;TYPE=mnp;VARB=0.0106805;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:50:3:2:39:48:0.96:19:20:3:0:24:24:2:0 chr15 78276660 . A G 870.9 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162216;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8383;QD=58.0603;RBI=0.0256239;REFB=0;REVB=-0.0198354;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109886;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr15 78369815 . G A 747.57 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.257;QD=63.6229;RBI=0.0913723;REFB=0;REVB=0.0871538;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604175;OID=.;OPOS=78369815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:43:47:1:26:17:0:0:27:20:0:0 chr15 78390414 . T C 1189.09 PASS AF=0.547619;AO=113;DP=208;FAO=115;FDP=210;FR=.;FRO=95;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.0224803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.407;QD=22.6492;RBI=0.0226055;REFB=-0.027998;REVB=-0.00237548;RO=92;SAF=52;SAR=61;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686372;STB=0.539905;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0260614;OID=.;OPOS=78390414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:92:95:113:115:0.547619:61:52:50:42:61:54:53:42 chr15 78390909 . C T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0200471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.798;QD=13.7844;RBI=0.0299035;REFB=0.00120913;REVB=0.0221886;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416666;STB=0.531954;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00147232;OID=.;OPOS=78390909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:18:14:11:12:19:14 chr15 78403004 . A G 544.52 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.199;QD=57.3179;RBI=0.0248756;REFB=-0.0306732;REVB=-0.00987106;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0061185;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:36:37:0.973684:21:15:0:0:22:15:0:1 chr15 78466127 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0212705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.258;QD=23.0936;RBI=0.0256392;REFB=-0.0202548;REVB=-0.0143156;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160942;STB=0.598208;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0241782;OID=.;OPOS=78466127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:10:6:7:5:11:6:7:5 chr15 78474476 . C T 155.96 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.000555135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.506;QD=9.4522;RBI=0.00961308;REFB=-0.019459;REVB=-0.00959703;RO=45;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201578;STB=0.618934;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0524585;OID=.;OPOS=78474476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:13:8:25:20:13:8:25:20 chr15 78587910 . A G 1491.61 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.392;QD=59.0735;RBI=0.0561857;REFB=0;REVB=0.0211044;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104403;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:101:0:0:95:101:1:49:46:0:0:53:48:0:0 chr15 78633595 . T G 265.36 PASS AF=0.483871;AO=27;DP=59;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00418718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.347;QD=17.1203;RBI=0.00765054;REFB=-0.0269095;REVB=0.00640299;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139789;STB=0.581604;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0220844;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:30:32:27:30:0.483871:15:12:9:21:17:13:9:23 chr15 78758677 . G C 1049.52 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205445;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.125;QD=59.9724;RBI=0.0220095;REFB=0;REVB=0.00789575;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172806;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr15 78780104 . T C 757.4 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271204;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.234;QD=55.0834;RBI=0.0273831;REFB=-0.131088;REVB=0.00378402;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000430332;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:24:30:0:0:24:30:0:1 chr15 78789488 . C T 362.04 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287264;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.589;QD=55.699;RBI=0.0475368;REFB=0;REVB=0.0378753;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103924;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr15 78834965 . GA G 33.02 PASS AF=0.529412;AO=6;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.126918;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.25607;QD=7.77038;RBI=0.253836;REFB=-0.117743;REVB=-0.219828;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.387255;SSSB=-0.162993;STB=0.58423;STBP=0.484;TYPE=del;VARB=0.109491;OID=.;OPOS=78834966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:6:17:9:17:8:4:5:5:3:31:9:3:3:6:3 chr15 78841220 . T C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0112222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.381;QD=8.40191;RBI=0.0112474;REFB=-0.00893977;REVB=-0.000753443;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31818;STB=0.69952;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0120606;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:10:11:7:2:10:11 chr15 78885574 . T A 379.48 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.00666211;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.854;QD=21.6847;RBI=0.0123254;REFB=-0.00594472;REVB=0.0103698;RO=32;SAF=10;SAR=28;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190907;STB=0.507808;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00529853;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:28:10:9:23:28:10:8:24 chr15 78887709 . G GTCTC 246.15 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0103401;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=4;MLLD=239.915;QD=13.4879;RBI=0.011674;REFB=-0.0149388;REVB=0.00541888;RO=47;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146435;STB=0.607825;STBP=0.155;TYPE=ins;VARB=0.0203331;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39726:28:76:29:73:44:9:20:21:23:99:47:9:19:21:26 chr15 78911181 . T C 103.36 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0168163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.287;QD=13.7811;RBI=0.0213645;REFB=-0.0128758;REVB=0.0131778;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336532;STB=0.672298;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0336559;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:15:2:5:8:15:2 chr15 79045517 . G A 120.27 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0183379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5863;QD=6.77558;RBI=0.0237841;REFB=0.010421;REVB=0.0151462;RO=53;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575841;STB=0.535172;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0262753;OID=.;OPOS=79045517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:9:9:24:29:9:9:24:29 chr15 79045521 . T C 129.14 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0279014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.649;QD=7.07593;RBI=0.0401148;REFB=-0.00254924;REVB=-0.028822;RO=53;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01599;STB=0.517628;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00495306;OID=.;OPOS=79045521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:54:19:19:0.260274:11:8:23:30:11:8:24:30 chr15 79051721 . G A 65.72 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0133446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.841;QD=11.429;RBI=0.0208641;REFB=-0.0131337;REVB=-0.0160384;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128213;STB=0.576753;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.024427;OID=.;OPOS=79051721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:6:8:4:5:6:8 chr15 79054900 . C G 112.12 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.039254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1457;QD=16.6099;RBI=0.0735449;REFB=-0.0472645;REVB=0.062193;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230746;STB=0.631394;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0573841;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:3:11:7:6:3:11 chr15 79058013 . C T 170.34 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00110725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.294;QD=17.0339;RBI=0.00385455;REFB=-0.0249514;REVB=0.0036921;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089133;STB=0.53842;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0149092;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:17:18:0.45:11:6:6:16:12:6:6:16 chr15 79058572 . T G 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.002;QD=45.7969;RBI=0.0282199;REFB=0;REVB=0.0041217;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037741;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr15 79058923 . G A 418.54 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00928082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.5373;QD=54.0052;RBI=0.081931;REFB=0.00161771;REVB=0.0814037;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.523793;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000918768;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:9:20:0:1:10:20:0:1 chr15 79058968 . T C 269.38 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0147786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7701;QD=15.3929;RBI=0.0174421;REFB=-0.0243136;REVB=0.00926382;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24796;STB=0.639584;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.058208;OID=.;OPOS=79058968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:12:19:14:25:12:19:14:25 chr15 79067055 . C T 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0195371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5407;QD=8.42968;RBI=0.0277109;REFB=0.00168718;REVB=-0.0196519;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114477;STB=0.579497;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00928463;OID=.;OPOS=79067055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:13:13:0.270833:6:7:15:19:6:7:15:20 chr15 79083120 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000153738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2428;QD=44.6898;RBI=0.00158884;REFB=0;REVB=-0.00158138;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15917e-05;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr15 79089007 . T C 726.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9084;QD=63.1735;RBI=0.0762222;REFB=0;REVB=0.0734612;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519805;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:14:31:0:0:14:32:0:0 chr15 79185877 . A G 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0277602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.242;QD=19.0166;RBI=0.0278731;REFB=-0.0104069;REVB=0.00250598;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148555;STB=0.584364;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0116675;OID=.;OPOS=79185877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:9:5:8:7:9:5 chr15 79185898 . C A 134.01 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0672907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5652;QD=16.2433;RBI=0.0694166;REFB=-0.0304707;REVB=0.017048;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13619;STB=0.57821;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0248818;OID=.;OPOS=79185898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:11:7:8:7:11:7 chr15 79189580 . CTTC CTTT,CTTTTC,TCTT 96.07 PASS AF=0.0666667,0.3,0.0666667;AO=5,7,2;DP=35;FAO=2,9,2;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1,7,2;FSAR=1,2,0;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00407935,-0.0457159,0.00566071;FXX=0.117612;HRUN=1,2,1;LEN=1,2,4;MLLD=220.064,28.8777,221.547;QD=12.8094;RBI=0.0277107,0.0535346,0.0278905;REFB=-0.00435087,-0.0350882,-0.00427336;REVB=-0.0274088,-0.027857,-0.02731;RO=16;SAF=2,5,2;SAR=3,2,0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.114336,0.248764,0.534299;STB=0.526055,0.685825,0.994258;STBP=0.874,0.202,0.17;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0178563,-0.00943097,0.00604015;OID=.,.,.;OPOS=79189583,79189581,79189580;OREF=C,-,CTTC;OALT=T,TT,TCTT;OMAPALT=CTTT,CTTTTC,TCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:35:30:16:17:5,7,2:2,9,2:0.0666667,0.3,0.0666667:3,2,0:2,5,2:8:8:1,2,0:1,7,2:9:8 chr15 79217690 . G C 738.99 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0523076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.548;QD=52.7853;RBI=0.0523505;REFB=-0.118469;REVB=0.00211754;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.502702;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00573198;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:1:2:53:54:0.964286:31:22:1:0:31:23:1:1 chr15 79224747 . C T 171.07 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000225127;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.147;QD=12.4411;RBI=0.00882375;REFB=-0.0122941;REVB=-0.00882088;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109233;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163679;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:34:21:21:0.381818:8:13:22:13:8:13:21:13 chr15 79231518 . A G 86.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.013276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.745;QD=9.58281;RBI=0.013485;REFB=-0.00584786;REVB=0.00236494;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418302;STB=0.555981;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0160771;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:35:36:22:24:12:12:0.333333:5:7:12:10:5:7:12:12 chr15 79237247 . C G 187.72 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00247591;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.956;QD=26.8173;RBI=0.00278936;REFB=-0.0124589;REVB=-0.00128467;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951104;STB=0.552788;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00641211;OID=.;OPOS=79237247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:10:10:18:18:0.642857:10:8:3:7:10:8:3:7 chr15 79237324 . C A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0266046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4135;QD=17.6425;RBI=0.0609632;REFB=-0.0456591;REVB=0.0548517;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305806;STB=0.675319;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0350626;OID=.;OPOS=79237324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:1:6:4:5:1:6 chr15 79271212 . CG GA 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00238349;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=195.971;QD=27.2216;RBI=0.0149673;REFB=-0.000290173;REVB=0.0147763;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695422;STB=0.53843;STBP=0.582;TYPE=mnp;VARB=0.000257815;OID=.;OPOS=79271212;OREF=CG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:12:12:9:6:12:12:9:6 chr15 79277247 . A C 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.28;QD=63.0506;RBI=0.0236235;REFB=0;REVB=0.00742696;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87863e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr15 79606137 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.878;QD=57.1769;RBI=0.0179705;REFB=0;REVB=0.0178616;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17837e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr15 79614418 . A G 1327.11 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892253;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.015;QD=62.4521;RBI=0.00950539;REFB=0;REVB=0.00327733;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81672e-05;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr15 79748603 . C T 427.7 PASS AF=0.591549;AO=40;DP=67;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0107269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4206;QD=24.0956;RBI=0.0131561;REFB=-0.00259967;REVB=0.00761698;RO=27;SAF=9;SAR=31;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139455;STB=0.556493;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00255509;OID=.;OPOS=79748603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:27:29:40:42:0.591549:31:9:10:17:32:10:10:19 chr15 79749155 . C T 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.018561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.005;QD=8.11409;RBI=0.0361075;REFB=0.0023395;REVB=0.0309716;RO=39;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503003;STB=0.799644;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0035864;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:4:11:11:28:4:11:11:28 chr15 79749447 . G T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.120454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4326;QD=27.3856;RBI=0.125281;REFB=-0.0606633;REVB=0.0344415;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157689;STB=0.588075;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0311239;OID=.;OPOS=79749447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:0:3:7:3:0:3 chr15 79750127 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=17;DP=27;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00950321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.933;QD=26.3986;RBI=0.0112057;REFB=-0.0207207;REVB=0.00593775;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527584;STB=0.535675;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00799872;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:9:10:17:18:0.642857:8:9:4:5:9:9:4:6 chr15 79750256 . A G 93.62 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.101207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.129;QD=15.6032;RBI=0.106964;REFB=-0.0226493;REVB=-0.0346188;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267683;STB=0.624804;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0428834;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:24:24:11:12:12:12:0.5:6:6:2:9:6:6:3:9 chr15 79750307 . T C 237.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3929;QD=49.9716;RBI=0.0488148;REFB=0;REVB=0.0110606;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809576;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr15 79755604 . A G 462.33 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0195946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.664;QD=24.3329;RBI=0.0235709;REFB=-0.0189901;REVB=-0.0131012;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150362;STB=0.561951;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00914344;OID=.;OPOS=79755604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:32:43:44:0.578947:20:23:10:20:21:23:12:20 chr15 79764055 . TGT TG,TT,TTT 119.36 PASS AF=0.482759,0.413793,0;AO=9,5,2;DP=37;FAO=14,12,0;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=5,10,0;FSAR=9,2,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00328888,0.00855813,0.00847669;FXX=0.147016;HRUN=11,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=4.00575,167.49,167.129;QD=16.4637;RBI=0.347585,0.10984,0.0991979;REFB=-0.0502927,-0.00444579,-0.00390949;REVB=-0.347569,0.109506,0.0988351;RO=6;SAF=3,5,2;SAR=6,0,0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.122922,0.739739,0.606693;STB=0.615217,0.565118,0.5;STBP=0.063,0.651,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.155395,0.00547513,-0.0151653;OID=.,.,.;OPOS=79764057,79764056,79764056;OREF=T,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.482759,0.413793,0:9,5,2:37:14,12,0:29:3:5,10,0:9,2,0:3:0:63:6:3,5,2:6,0,0:3:3 chr15 80215300 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.47;QD=63.2858;RBI=0.027199;REFB=0;REVB=-0.0114449;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01922e-05;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr15 80216532 . A T 1199.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.775;QD=60.7574;RBI=0.0378085;REFB=0;REVB=0.0348805;RO=0;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97748e-05;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:54:22:0:0:56:23:0:0 chr15 80216964 . G A 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.011978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.283;QD=21.509;RBI=0.0243845;REFB=-0.0202978;REVB=-0.0212398;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386554;STB=0.521718;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0198803;OID=.;OPOS=80216964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:10:9:9:12:10:9 chr15 80217100 . A G 1467.03 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119446;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4949;QD=63.0981;RBI=0.0397683;REFB=0;REVB=0.0379321;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003521;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:45:47:0:0:46:47:0:0 chr15 80259964 . C T 244.15 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0111743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0393;QD=23.2526;RBI=0.0849158;REFB=-0.0201043;REVB=-0.0841774;RO=18;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165022;STB=0.590079;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0111556;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:22:23:0.547619:17:5:7:11:18:5:7:12 chr15 80260014 . T C 250.05 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0231877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.718;QD=26.3212;RBI=0.0247315;REFB=0.000300519;REVB=-0.00860106;RO=15;SAF=4;SAR=19;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314976;STB=0.517494;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000459682;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:19:4:3:12:19:4:3:12 chr15 80263217 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0458018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.687;QD=17.689;RBI=0.0458063;REFB=-0.0220306;REVB=-0.000641822;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.546174;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0249176;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:21:21:0.446809:13:8:12:13:13:8:12:14 chr15 80263345 . A C 130.99 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00527209;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.359;QD=11.148;RBI=0.013487;REFB=0.0118648;REVB=-0.0124138;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131657;STB=0.608966;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0271201;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:30:32:15:15:0.319149:11:4:11:19:11:4:13:19 chr15 80263406 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0443915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6706;QD=13.4422;RBI=0.0450699;REFB=-0.0171877;REVB=-0.00779058;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301146;STB=0.680449;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0104501;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:6:7:8:2:6:7 chr15 80672506 . T C 315.67 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0196205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2191;QD=22.548;RBI=0.0368264;REFB=-0.0313242;REVB=0.0311644;RO=24;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124324;STB=0.573348;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0317612;OID=.;OPOS=80672506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:31:32:0.571429:12:19:11:13:12:20:11:13 chr15 80690335 . C T 223.54 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0388659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.464;QD=14.9026;RBI=0.039128;REFB=-0.00718278;REVB=0.00452165;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186851;STB=0.523791;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00888061;OID=.;OPOS=80690335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:25:26:0.433333:10:15:21:13:11:15:21:13 chr15 81047404 . T C 169.0 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00348309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7261;QD=12.0713;RBI=0.020502;REFB=-0.0121046;REVB=0.0202039;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123224;STB=0.571361;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0118757;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:9:12:16:19:9:12:16:19 chr15 81047829 . C A 365.59 PASS AF=0.560606;AO=35;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0121444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.967;QD=22.1568;RBI=0.0134564;REFB=0.00283567;REVB=0.00579559;RO=30;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717282;STB=0.520254;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00170528;OID=.;OPOS=81047829;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:29:35:37:0.560606:17:18:18:12:17:20:17:12 chr15 81212521 . T C 533.46 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0593008;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.662;QD=19.9423;RBI=0.0594243;REFB=-0.00913968;REVB=-0.00382929;RO=51;SAF=20;SAR=35;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115012;STB=0.559481;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0125536;OID=.;OPOS=81212521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:35:20:25:26:35:20:25:27 chr15 81212608 . G A 763.98 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000573254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.661;QD=61.1182;RBI=0.00610843;REFB=-0.0754934;REVB=-0.00608147;RO=1;SAF=14;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87788e-05;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:50:1:0:48:50:1:34:14:1:0:35:15:0:0 chr15 81218024 . A G 154.75 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0323828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.835;QD=14.7383;RBI=0.0323829;REFB=-0.0183468;REVB=9.04068e-05;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438595;STB=0.517221;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0244657;OID=.;OPOS=81218024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:15:17:0.404762:6:9:14:11:7:10:14:11 chr15 81440818 . C T 398.58 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=1.43055e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.108;QD=18.3255;RBI=0.000907568;REFB=-0.0170461;REVB=-0.000907455;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358955;STB=0.532452;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0278271;OID=.;OPOS=81440818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:46:41:41:0.471264:23:18:21:23:23:18:23:23 chr15 81582868 . G A 496.9 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00873303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.453;QD=19.297;RBI=0.0196361;REFB=-0.0322827;REVB=0.0175872;RO=51;SAF=24;SAR=27;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884054;STB=0.543405;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0265018;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:51:51:51:52:0.504854:27:24:29:22:27:25:29:22 chr15 81600995 . A G 269.93 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00689179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.066;QD=22.9725;RBI=0.00691424;REFB=-0.0112476;REVB=0.000556783;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123433;STB=0.506891;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0092222;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:10:12:14:11:10:12 chr15 81624768 . C T 459.75 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.711;QD=57.4687;RBI=0.0636305;REFB=0;REVB=0.0608944;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280313;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr15 81625336 . G A 263.9 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00476894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.413;QD=22.9481;RBI=0.00517371;REFB=-0.0183351;REVB=0.00200613;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743672;STB=0.555713;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.018374;OID=.;OPOS=81625336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:23:25:0.543478:14:9:10:11:16:9:10:11 chr15 81625385 . C T 122.73 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0404083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.993;QD=12.9184;RBI=0.0428907;REFB=0.00437458;REVB=-0.0143799;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423692;STB=0.528346;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00725308;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:13:15:0.394737:9:4:7:16:11:4:7:16 chr15 81636267 . C T 573.74 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.114;QD=60.3937;RBI=0.0772254;REFB=0;REVB=0.0330089;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154246;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:21:15:0:0:23:15:0:0 chr15 81637284 . G A 815.56 PASS AF=0.531034;AO=77;DP=145;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00397969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.12;QD=22.4983;RBI=0.00598996;REFB=-0.00557204;REVB=0.0044768;RO=67;SAF=33;SAR=44;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036951;STB=0.506023;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0046467;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:67:68:77:77:0.531034:44:33:29:38:44:33:30:38 chr15 82336551 . C T 548.1 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00377358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.753;QD=19.2314;RBI=0.00828323;REFB=-0.0121617;REVB=0.00737373;RO=56;SAF=25;SAR=30;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239471;STB=0.526453;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0118204;OID=.;OPOS=82336551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:56:57:55:57:0.5:30:25:24:32:30:27:24:33 chr15 82384133 . C T 310.6 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00430849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2785;QD=23.4413;RBI=0.060632;REFB=0.00392549;REVB=-0.0604788;RO=21;SAF=19;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237963;STB=0.639334;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00412274;OID=.;OPOS=82384133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:12:19:6:15:12:19:6:16 chr15 82384317 . T G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0085566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.894;QD=15.5715;RBI=0.0185652;REFB=-0.0020786;REVB=-0.0164757;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336685;STB=0.69432;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0020955;OID=.;OPOS=82384317;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:3:9:4:7:3:9 chr15 82443939 . G A 330.56 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0171225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6824;QD=23.6111;RBI=0.0238094;REFB=-0.0242257;REVB=-0.0165441;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478195;STB=0.5263;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0178016;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:15:18:14:9:15:18:14:9 chr15 82444437 . A G 268.06 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0177837;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.235;QD=21.0245;RBI=0.0267472;REFB=-0.0165595;REVB=0.0199789;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418422;STB=0.506325;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00850849;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:51:21:23:27:28:0.54902:13:14:12:9:13:15:12:11 chr15 82444663 . T C 338.07 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0184841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.78;QD=28.7722;RBI=0.0222963;REFB=-0.0154577;REVB=0.0124685;RO=18;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087583;STB=0.542102;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.011447;OID=.;OPOS=82444663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:18:18:28:29:0.617021:17:11:5:13:18:11:5:13 chr15 82456227 . T C 461.29 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0378841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7351;QD=18.8281;RBI=0.0391864;REFB=-0.00867981;REVB=0.0100185;RO=52;SAF=30;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151115;STB=0.584378;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0152389;OID=.;OPOS=82456227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:16:30:26:26:16:30:26:26 chr15 82512429 . C G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9492;QD=60.229;RBI=0.029455;REFB=0;REVB=-0.0290338;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256311;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr15 82555242 . A G 301.11 PASS AF=0.453333;AO=31;DP=72;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.00192024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.593;QD=16.0594;RBI=0.00888627;REFB=-0.0206685;REVB=-0.00867631;RO=41;SAF=21;SAR=10;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439325;STB=0.722267;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0239523;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:41:41:31:34:0.453333:10:21:9:32:12:22:9:32 chr15 82558034 . G C 715.97 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.079;QD=62.2581;RBI=0.024837;REFB=0;REVB=-0.00155883;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30525e-05;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr15 82563991 . C T 227.04 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0257992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.424;QD=11.3518;RBI=0.036121;REFB=-0.0121956;REVB=-0.0252809;RO=52;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123288;STB=0.571378;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0184824;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:12:16:24:28:12:16:24:28 chr15 82574879 . T C 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0188024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.089;QD=33.9184;RBI=0.0266119;REFB=-0.0232414;REVB=0.0188324;RO=4;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.594472;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00831372;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:11:5:3:1:11:5:3:1 chr15 82636963 . G A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000724339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.084;QD=27.1543;RBI=0.0262337;REFB=-0.0171786;REVB=0.0262237;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139697;STB=0.507801;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00610094;OID=.;OPOS=82636963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:2:4:9:5:2:4 chr15 82637061 . C T 491.02 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.119069;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5;QD=50.3613;RBI=0.120008;REFB=-0.143871;REVB=0.0149793;RO=4;SAF=14;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686135;STB=0.536821;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00829461;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:40:39:4:4:35:35:0.897436:21:14:3:1:21:14:3:1 chr15 82637079 . C T 415.61 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0510787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.68;QD=47.4985;RBI=0.0562489;REFB=-0.0765033;REVB=0.0235565;RO=4;SAF=13;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175211;STB=0.509428;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00559317;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:35:35:4:4:31:31:0.885714:18:13:2:2:18:13:2:2 chr15 83215251 . T C 323.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.439;QD=53.8947;RBI=0.0232348;REFB=0;REVB=0.0231171;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189832;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr15 83224696 . C T 1473.13 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.951;QD=63.3604;RBI=0.0223366;REFB=0;REVB=0.00412158;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10539e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:44:48:0:0:44:49:0:0 chr15 83297138 . C T 791.69 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00164443;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.196;QD=55.5571;RBI=0.0723398;REFB=-0.00844716;REVB=0.0723211;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000318383;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:57:1:1:53:56:0.982456:25:28:1:0:28:28:1:0 chr15 83428193 . G A 276.27 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00456127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.475;QD=15.7868;RBI=0.00547983;REFB=-0.0156044;REVB=0.003037;RO=39;SAF=23;SAR=8;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428726;STB=0.741779;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0163736;OID=.;OPOS=83428193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:8:23:12:27:8:23:12:27 chr15 83502065 . AC CG 151.3 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0282979;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.417;QD=17.7996;RBI=0.0291433;REFB=-0.0170667;REVB=-0.00696853;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13619;STB=0.591128;STBP=0.346;TYPE=mnp;VARB=0.0228168;OID=.;OPOS=83502065;OREF=AC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:15:16:0.470588:7:8:7:11:7:9:7:11 chr15 83680287 . A G 296.87 PASS AF=0.317073;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0126148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.952;QD=9.65428;RBI=0.032353;REFB=-0.010802;REVB=-0.0297924;RO=81;SAF=18;SAR=21;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805438;STB=0.542478;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0300285;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:81:84:39:39:0.317073:21:18:43:38:21:18:44:40 chr15 84373247 . G A 313.6 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0339442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4719;QD=14.9334;RBI=0.0343045;REFB=-0.00967949;REVB=0.00495891;RO=48;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697254;STB=0.547917;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0129335;OID=.;OPOS=84373247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:35:35:0.416667:24:11:18:30:24:11:19:30 chr15 84488636 . A G 341.14 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0200895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.478;QD=18.1942;RBI=0.0235868;REFB=0.00669065;REVB=-0.0123592;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595119;STB=0.539029;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00712973;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:14:21:21:18:14:22:21:18 chr15 84493651 . T C 398.27 PASS AF=0.410256;AO=46;DP=115;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.00500983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0458;QD=13.6161;RBI=0.0212772;REFB=-0.000837366;REVB=-0.020679;RO=68;SAF=19;SAR=27;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499656;STB=0.545536;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00168494;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:68:69:46:48:0.410256:27:19:25:43:27:21:25:44 chr15 84539619 . C G 742.56 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523193;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7743;QD=57.1201;RBI=0.0540978;REFB=0;REVB=0.0137574;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613249;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:25:25:0:0:27:25:0:0 chr15 84581889 . G A,C 626.44 PASS AF=0.930233,0.0465116;AO=39,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0;FSAR=9,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0765322,0.0472885;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=89.684,12.1009;QD=58.2731;RBI=0.0799064,0.0769165;REFB=-0.124477,-0.107691;REVB=0.0229753,0.0606626;RO=0;SAF=30,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.68708e-08,0;STB=0.507933,0.993266;STBP=0.634,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00041883,0.140185;OID=.,.;OPOS=84581889,84581889;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:43:0:1:39,2:40,2:0.930233,0.0465116:9,2:30,0:0:0:9,2:31,0:1:0 chr15 84581904 . T C,G 656.8 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204923,-0.00561755;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.5119,195.112;QD=61.098;RBI=0.0707917,0.0069818;REFB=0,0;REVB=0.0677608,0.00414593;RO=0;SAF=30,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00464457,0.110843;OID=.,.;OPOS=84581904,84581904;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:11,1:30,1:0:0:11,1:30,1:0:0 chr15 84582124 . G T 758.36 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.236;QD=54.1688;RBI=0.0300991;REFB=0.0641661;REVB=0.0153084;RO=1;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116387;STB=0.506171;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000391836;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:40:14:0:1:40:15:0:1 chr15 84651290 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.851;QD=54.5174;RBI=0.0431997;REFB=0;REVB=0.0388561;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200452;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr15 84909385 . G A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0451129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.955;QD=32.3673;RBI=0.0472761;REFB=-0.0056505;REVB=0.014137;RO=3;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207333;STB=0.615207;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00382083;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:8:5:3:0:8:5:3:0 chr15 85149771 . G T 841.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0322;QD=57.0322;RBI=0.0446512;REFB=0;REVB=0.0365841;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253956;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:26:30:0:0:26:33:0:0 chr15 85163998 . G C 500.73 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.865;QD=58.9094;RBI=0.0811898;REFB=0;REVB=0.0779358;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213617;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:14:18:0:0:16:18:0:0 chr15 85165699 . C T 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00750651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.314;QD=9.49195;RBI=0.0247732;REFB=-0.0213564;REVB=-0.0236086;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243405;STB=0.644926;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0456125;OID=.;OPOS=85165699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:6:18:6:5:6:18 chr15 85188994 . T C 337.95 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2738;QD=54.0718;RBI=0.0750817;REFB=0;REVB=0.011176;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662563;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:22:25:1:11:11:0:0:12:13:0:0 chr15 85189464 . T G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0233388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.37;QD=12.3288;RBI=0.0233981;REFB=-0.00759227;REVB=0.00166409;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282984;STB=0.637358;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0171529;OID=.;OPOS=85189464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:10:11:0.392857:5:5:4:13:6:5:4:13 chr15 85198362 . G T 34.76 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00662589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.571;QD=5.34842;RBI=0.00723479;REFB=-0.00299159;REVB=-0.00290512;RO=20;SAF=1;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412748;STB=0.666112;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0103553;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:25:26:20:20:5:6:0.230769:4:1:11:9:4:2:11:9 chr15 85200520 . G T 357.83 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0256836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.2867;QD=19.6069;RBI=0.0389498;REFB=-0.0146793;REVB=0.0292822;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988434;STB=0.505492;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0120409;OID=.;OPOS=85200520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:23:14:14:22:23:14:14:22 chr15 85326392 . C G 256.39 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00208207;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.394;QD=22.2945;RBI=0.00820744;REFB=-0.0234834;REVB=0.00793896;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942359;STB=0.563125;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0234883;OID=.;OPOS=85326392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:22:24:24:0.521739:13:11:12:9:13:11:13:9 chr15 85327228 . GCCCCCA GCCCC,GCCCCA 32.7 PASS AF=0,0.350877;AO=10,15;DP=57;FAO=0,20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=0,16;FSAR=0,4;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0636361,-0.0885627;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=100.459,8.67588;QD=2.29465;RBI=0.0651756,0.138007;REFB=-0.0103864,-0.155309;REVB=-0.0140821,-0.105842;RO=24;SAF=5,12;SAR=5,3;SRF=5;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.345007,0.584931;STB=0.5,0.845845;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.169049;OID=.,.;OPOS=85327233,85327229;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.350877:10,15:57:0,20:57:37:0,16:0,4:8:29:33:24:5,12:5,3:5:19 chr15 85333953 . A G 1051.33 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110799;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.738;QD=58.4072;RBI=0.0196422;REFB=-0.0284127;REVB=0.0162189;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000448048;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:38:33:1:0:38:33:1:0 chr15 85341859 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0317058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.568;QD=23.0011;RBI=0.0369521;REFB=-0.03024;REVB=0.018979;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004934;STB=0.50273;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0223234;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:10:12:16:13:10:12 chr15 85349231 . T C 838.55 PASS AF=0.450777;AO=87;DP=194;FAO=87;FDP=193;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=-0.000548378;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.299;QD=17.3793;RBI=0.00675943;REFB=-0.00796806;REVB=0.00673715;RO=105;SAF=40;SAR=47;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00260696;STB=0.501378;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0111841;OID=.;OPOS=85349231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:105:106:87:87:0.450777:47:40:48:57:47:40:49:57 chr15 85360101 . T C 1079.41 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7671;QD=59.9675;RBI=0.0229572;REFB=0;REVB=0.0129632;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137648;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:29:42:0:0:30:42:0:0 chr15 85383145 . C G 72.91 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0339315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.361;QD=20.8327;RBI=0.0556871;REFB=-0.0634092;REVB=0.0441555;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0347073;OID=.;OPOS=85383145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:2:3:5:4:2:3 chr15 85383640 . G A 138.81 PASS AF=0.340426;AO=17;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0177028;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.598;QD=11.8134;RBI=0.0185181;REFB=-0.011713;REVB=0.00543442;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344118;STB=0.584304;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0180443;OID=.;OPOS=85383640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:31:17:16:0.340426:5:12:19:9:4:12:20:11 chr15 85383839 . G A 1116.82 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.491;QD=60.3689;RBI=0.0374737;REFB=0;REVB=0.0227986;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68213e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr15 85399645 . C T 180.63 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00235583;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.882;QD=12.6756;RBI=0.0157511;REFB=-0.00101735;REVB=-0.0155739;RO=33;SAF=18;SAR=4;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097795;STB=0.594246;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00292637;OID=.;OPOS=85399645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:35:22:22:0.385965:4:18:25:8:4:18:25:10 chr15 85401259 . C T 1376.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7175;QD=62.5657;RBI=0.0549521;REFB=0;REVB=0.0404095;RO=0;SAF=23;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543259;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:65:23:0:0:65:23:0:0 chr15 85401419 . T C 1015.59 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.401;QD=58.0336;RBI=0.0751234;REFB=-0.0819803;REVB=0.0228275;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411956;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:70:0:0:66:70:1:43:23:0:0:47:23:0:0 chr15 85405995 . T C 415.82 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0396634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7696;QD=34.652;RBI=0.0415246;REFB=-0.0344534;REVB=0.0122924;RO=11;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306093;STB=0.676348;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0150641;OID=.;OPOS=85405995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:48:48:11:12:26:27:0.5625:11:15:0:11:11:16:0:12 chr15 85411941 . A G 889.65 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467741;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6066;QD=58.3378;RBI=0.0468537;REFB=0;REVB=0.00272885;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616152;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr15 85447431 . G A 355.25 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00725551;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.176;QD=16.1476;RBI=0.0193715;REFB=-0.0191241;REVB=0.0179614;RO=49;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819435;STB=0.539004;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0251486;OID=.;OPOS=85447431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:50:38:38:0.431818:21:17:18:31:21:17:19:31 chr15 85448875 . C A 371.64 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0277742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.772;QD=23.5964;RBI=0.0287311;REFB=-0.0230209;REVB=0.00735322;RO=25;SAF=29;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17589;STB=0.610123;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0281431;OID=.;OPOS=85448875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:8:29:15:10:8:29:15:11 chr15 85467275 . C T 327.5 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0254916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6536;QD=20.4684;RBI=0.0261178;REFB=-0.00499356;REVB=-0.00568489;RO=30;SAF=7;SAR=27;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402723;STB=0.725063;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00487464;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:27:7:19:11:27:7:19:11 chr15 85476441 . G A 500.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.643;QD=58.9372;RBI=0.0538321;REFB=0;REVB=0.0177828;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293033;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:27:5:0:0:29:5:0:0 chr15 85478410 . A G 499.19 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0197501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1461;QD=53.9666;RBI=0.0732995;REFB=-0.0322981;REVB=-0.0705886;RO=2;SAF=9;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315373;STB=0.516889;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000538655;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:26:9:1:1:26:9:1:1 chr15 85478696 . C T 224.64 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0105848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.488;QD=17.619;RBI=0.0340849;REFB=0.0103558;REVB=0.0323997;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461196;STB=0.52609;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0116057;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:17:7:9:18:17:7:9:18 chr15 85607670 . G T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.036883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5257;QD=13.7844;RBI=0.0368997;REFB=0.0227017;REVB=-0.00111093;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244828;STB=0.514006;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0544;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:15:18:12:11:15:18 chr15 86087309 . T C 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0100412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.327;QD=17.9197;RBI=0.0100418;REFB=-0.00296617;REVB=0.000107861;RO=34;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12985;STB=0.572869;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00373199;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:22:10:15:19:22:10:15:19 chr15 86122779 . T C 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0165637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.909;QD=19.7629;RBI=0.0206066;REFB=-0.0108066;REVB=-0.0122586;RO=32;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370165;STB=0.528206;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00779937;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:16:19:16:16:16:19:16:17 chr15 86122916 . T C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0147861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.904;QD=15.6537;RBI=0.0148679;REFB=-0.0217554;REVB=0.0015582;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631405;STB=0.535789;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0297701;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:17:9:13:19:17:9:13:19 chr15 86123019 . C T 38.16 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00838456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.153;QD=10.1757;RBI=0.0448418;REFB=-0.0244937;REVB=0.0440509;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046104;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0264386;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:9:9:5:6:0.4:3:2:4:5:4:2:4:5 chr15 86123462 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0308739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.774;QD=22.1447;RBI=0.0324333;REFB=-0.0525794;REVB=-0.00993588;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152631;STB=0.586715;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0102681;OID=.;OPOS=86123462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:14:3:4:9:14:3:4:9 chr15 86123833 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0272662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.064;QD=17.3211;RBI=0.0280908;REFB=-0.0156116;REVB=0.00675649;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0117382;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:6:12:12:4:6:12 chr15 86123924 . C T 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00540151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.219;QD=14.0757;RBI=0.0286236;REFB=-0.0177524;REVB=0.0281094;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422461;STB=0.524651;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0161292;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:6:10:7:5:6:10 chr15 86123988 . G A 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0247812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5823;QD=12.9715;RBI=0.0559223;REFB=0.00837215;REVB=0.0501318;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490867;STB=0.792157;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0245928;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:10:2:11:7:10:2:11:7 chr15 86124419 . C T 254.05 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0177646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8228;QD=22.5821;RBI=0.0323527;REFB=-0.0702973;REVB=0.0270391;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179599;STB=0.59992;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0311548;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:15:6:12:12:15:6 chr15 86124483 . C G 274.05 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0520998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3784;QD=24.9137;RBI=0.058967;REFB=0.0281323;REVB=-0.0276173;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140187;STB=0.577919;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.020227;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:11:8:15:10:11:8 chr15 86124555 . G A 361.48 PASS AF=0.625;AO=34;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000315257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.505;QD=25.82;RBI=0.00290321;REFB=-0.00255639;REVB=-0.00288605;RO=20;SAF=11;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129099;STB=0.553579;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00151828;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:21:34:35:0.625:23:11:10:10:23:12:10:11 chr15 86124946 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00962552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.388;QD=8.25467;RBI=0.0287141;REFB=-0.039121;REVB=-0.0270527;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177981;STB=0.610759;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0563971;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:8:4:3:3:8:4 chr15 86124968 . G A 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000506105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.422;QD=14.0794;RBI=0.009427;REFB=-0.0259855;REVB=0.00941341;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122388;STB=0.571312;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0288492;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:10:6:6:6:10:6 chr15 86125031 . G A 352.69 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0160317;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.678;QD=21.0559;RBI=0.0160842;REFB=-0.0205439;REVB=-0.00129778;RO=29;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744519;STB=0.544234;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0155084;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:31:36:36:0.537313:13:23:16:13:13:23:17:14 chr15 86273754 . C A 291.03 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0653866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1365;QD=26.4576;RBI=0.0654062;REFB=0.019908;REVB=0.0016039;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17887;STB=0.598883;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0119328;OID=.;OPOS=86273754;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:12:6:15:11:12:6 chr15 86287867 . G A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0160336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4014;QD=22.3973;RBI=0.0210283;REFB=-0.00945288;REVB=0.0136056;RO=19;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504408;STB=0.528276;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00948917;OID=.;OPOS=86287867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:14:8:8:11:14:8:8:11 chr15 86288518 . G C 131.09 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0165703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7004;QD=10.9239;RBI=0.0255365;REFB=-0.00898296;REVB=-0.0194304;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270235;STB=0.687266;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.017491;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:32:14:16:0.333333:5:9:13:19:5:11:13:19 chr15 86292324 . G C 1004.95 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.049;QD=58.2578;RBI=0.0265028;REFB=0;REVB=0.0215812;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001303;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:67:69:1:41:26:0:0:43:26:0:0 chr15 86313048 . T C 720.02 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.882;QD=62.6103;RBI=0.017821;REFB=0;REVB=0.0164732;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163337;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr15 86368898 . G A 248.76 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0314716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.295;QD=43.2621;RBI=0.0472129;REFB=0.0257267;REVB=0.0351937;RO=2;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102025;STB=0.549952;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00177151;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:23:2:2:20:21:0.913043:8:12:0:2:9:12:0:2 chr15 86368959 . A T 855.85 PASS AF=0.926471;AO=64;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0147446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5263;QD=50.3442;RBI=0.0214355;REFB=-0.0205909;REVB=0.0155589;RO=3;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894996;STB=0.518267;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0155143;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:68:3:5:64:63:0.926471:36:28:1:2:35:28:1:4 chr15 86807761 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00880167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.51;QD=17.4015;RBI=0.012349;REFB=-0.0216751;REVB=0.0086619;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136804;STB=0.578197;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0163741;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:4:9:7:6:4:9 chr15 86807878 . C T 224.97 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00134521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.453;QD=23.681;RBI=0.0431492;REFB=0.00361009;REVB=0.0431282;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104009;STB=0.545413;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000602128;OID=.;OPOS=86807878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:9:12:7:9:10:12:7:9 chr15 86814866 . A G 162.47 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0152071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7868;QD=15.1135;RBI=0.0154692;REFB=-0.0171951;REVB=0.00283579;RO=23;SAF=3;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415829;STB=0.727867;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0115765;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:15:3:12:11:15:3:12:13 chr15 86940622 . T C 1560.31 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149098;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.563;QD=60.0119;RBI=0.031535;REFB=0;REVB=0.0277876;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49353e-05;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:55:46:0:0:57:47:0:0 chr15 87217613 . A G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7018;QD=60.6068;RBI=0.0565584;REFB=0;REVB=0.0120155;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531838;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr15 87531281 . A C 1151.76 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4533;QD=60.6189;RBI=0.0740371;REFB=0;REVB=0.0666651;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259307;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr15 88576185 . G C 545.2 PASS AF=0.39759;AO=64;DP=162;FAO=66;FDP=166;FR=.;FRO=100;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.0446665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7458;QD=13.1374;RBI=0.0513427;REFB=0.000712262;REVB=0.0253175;RO=97;SAF=28;SAR=36;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174472;STB=0.5158;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000508802;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:166:97:100:64:66:0.39759:36:28:44:53:38:28:45:55 chr15 88679785 . G A 1149.33 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140445;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.355;QD=61.2977;RBI=0.0228402;REFB=0;REVB=0.0180118;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089291;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:75:0:0:75:75:1:49:26:0:0:49:26:0:0 chr15 89169858 . A G 190.34 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00364397;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.784;QD=20.0361;RBI=0.0288985;REFB=0.00126176;REVB=0.0286678;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184613;STB=0.604287;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00242308;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:11:8:12:7:11:8:12:7 chr15 89172558 . G C 281.41 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0301811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.001;QD=21.2381;RBI=0.0362765;REFB=-0.00249591;REVB=-0.0201267;RO=24;SAF=10;SAR=19;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488713;STB=0.527068;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00251501;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:19:10:7:17:19:10:7:17 chr15 89173657 . A T 230.46 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000746987;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.934;QD=19.6132;RBI=0.00794393;REFB=0.0067887;REVB=-0.00790873;RO=21;SAF=20;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448818;STB=0.790404;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00396568;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:21:24:23:23:0.489362:3:20:10:11:3:20:10:14 chr15 89173732 . T C 1116.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6767;QD=60.3692;RBI=0.0140093;REFB=0;REVB=-0.000626891;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012122;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr15 89174748 . G C 210.26 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0174008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.727;QD=15.5746;RBI=0.0308945;REFB=-0.000238324;REVB=0.0255281;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824267;STB=0.537006;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00146131;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:30:22:24:0.444444:11:11:18:13:12:12:17:13 chr15 89193497 . A T 337.75 PASS AF=0.7;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0314153;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2991;QD=33.7752;RBI=0.0318098;REFB=-0.0353914;REVB=0.00499424;RO=11;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234926;STB=0.524982;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0161966;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:40:11:12:28:28:0.7:14:14:5:6:14:14:5:7 chr15 89195178 . G C 353.58 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0124134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.239;QD=18.6094;RBI=0.019904;REFB=-0.0201169;REVB=0.0155588;RO=38;SAF=19;SAR=18;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155715;STB=0.57898;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0203836;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:18:19:13:25:18:19:14:25 chr15 89195245 . C T 273.52 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0536131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.913;QD=19.8921;RBI=0.0657784;REFB=-0.0321735;REVB=-0.0381109;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056155;STB=0.523061;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0285339;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:12:17:13:12:12:17:14:12 chr15 89195526 . A G 264.75 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0344843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.071;QD=20.7646;RBI=0.0464239;REFB=-0.0157706;REVB=-0.0310807;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598413;STB=0.533309;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.032274;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:9:15:15:12:9:15 chr15 89391160 . C A 349.9 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0138882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.524;QD=17.7164;RBI=0.0175267;REFB=-0.00819966;REVB=-0.0106913;RO=40;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886939;STB=0.503788;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00929471;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:37:37:0.468354:20:17:18:22:20:17:19:23 chr15 89392745 . T C 2508.84 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9415;QD=61.5667;RBI=0.021805;REFB=0;REVB=0.00460094;RO=0;SAF=71;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97171e-05;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:91:71:0:0:91:72:0:0 chr15 89398330 . G A 185.25 PASS AF=0.42;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.000662683;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.963;QD=14.8202;RBI=0.0362246;REFB=-0.0113551;REVB=0.0362186;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103448;STB=0.558771;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.014889;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:29:29:21:21:0.42:15:6:6:23:15:6:6:23 chr15 89398553 . C A 137.22 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0136312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0353;QD=11.2014;RBI=0.0375576;REFB=-0.00480494;REVB=-0.0349966;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900649;STB=0.571341;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00637168;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:33:16:16:0.326531:8:8:13:18:8:8:13:20 chr15 89401109 . A G 574.65 PASS AF=0.517544;AO=57;DP=112;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00910392;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.186;QD=20.1632;RBI=0.00945215;REFB=0.00767308;REVB=0.00254199;RO=55;SAF=23;SAR=34;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127555;STB=0.567544;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00614285;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:55:55:57:59:0.517544:34:23:30:25:35:24:30:25 chr15 89401615 . T G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00670261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.114;QD=22.7198;RBI=0.013065;REFB=-0.0113357;REVB=-0.0112147;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105825;STB=0.559359;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00227398;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:2:7:9:5:2:7 chr15 89402051 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0100007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.965;QD=10.3903;RBI=0.0112395;REFB=-4.5229e-05;REVB=0.00512945;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184599;STB=0.613693;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=1.21385e-05;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:5:6:5:2:5:6 chr15 89402239 . T C 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0642733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.09;QD=9.33457;RBI=0.0647001;REFB=-0.0180043;REVB=-0.00741863;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15392;STB=0.593494;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0269049;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:5:8:15:16:5:8:15:16 chr15 89417238 . A G 273.89 PASS AF=0.595238;AO=23;DP=40;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00907225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.604;QD=26.0843;RBI=0.0167055;REFB=-0.0185667;REVB=-0.0140274;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152755;STB=0.584353;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0131149;OID=.;OPOS=89417238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:17:17:23:25:0.595238:15:8:3:14:16:9:3:14 chr15 89421327 . A G 435.39 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.014538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.89;QD=23.857;RBI=0.0223717;REFB=-0.030243;REVB=-0.0170041;RO=30;SAF=25;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197993;STB=0.614833;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0313885;OID=.;OPOS=89421327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:31:42:42:0.575342:17:25:10:20:17:25:10:21 chr15 89421405 . G A 187.95 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0238347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7366;QD=19.7837;RBI=0.0353203;REFB=-0.0296678;REVB=0.0260659;RO=18;SAF=17;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44608;STB=0.751883;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0319701;OID=.;OPOS=89421405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:2:17:10:8:2:17:11:8 chr15 89422286 . C T 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0269953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.182;QD=21.5089;RBI=0.0290557;REFB=-0.0387222;REVB=-0.0107466;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193404;STB=0.597587;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.025359;OID=.;OPOS=89422286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:5:13:7:7:5:13:8:7 chr15 89430506 . C T 241.35 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.093211;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.263;QD=16.3624;RBI=0.0964206;REFB=-0.000809924;REVB=0.0246709;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294373;STB=0.53008;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00209366;OID=.;OPOS=89430506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:32:27:27:0.457627:19:8:10:21:19:8:11:21 chr15 89436244 . T C 737.59 PASS AF=0.981818;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00894182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7751;QD=53.6429;RBI=0.0530316;REFB=-0.0130041;REVB=0.0522723;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00393911;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:55:0:1:50:54:0.981818:32:18:0:0:33:21:1:0 chr15 89436295 . G A 729.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.365;QD=57.2094;RBI=0.0265746;REFB=0;REVB=0.0254655;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115911;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr15 89450003 . G A 168.94 PASS AF=0.45;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0337947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7949;QD=16.8942;RBI=0.039298;REFB=-0.00265493;REVB=0.0200562;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266103;STB=0.706259;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00288096;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:22:17:18:0.45:14:3:8:13:15:3:10:12 chr15 89450546 . C T 643.28 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.81;QD=58.48;RBI=0.0609381;REFB=-0.171959;REVB=0.0164636;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00288717;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:42:43:0.977273:28:14:0:0:28:15:1:0 chr15 89450587 . G T 538.49 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.515;QD=59.8322;RBI=0.0202266;REFB=0;REVB=-0.000649927;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13393e-05;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:24:12:0:0 chr15 89739259 . G C 768.54 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9639;QD=56.929;RBI=0.0714507;REFB=0;REVB=0.0517968;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508259;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr15 89740616 . G A 1175.89 PASS AF=1;AO=75;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218158;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0154;QD=58.7946;RBI=0.0219785;REFB=0;REVB=-0.00266994;RO=1;SAF=42;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025053;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:75:80:1:33:42:1:0:36:44:0:0 chr15 89744476 . G T 2050.06 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.374;QD=62.1231;RBI=0.0489789;REFB=0;REVB=-0.000611279;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84092e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:129:132:1:54:75:0:0:54:78:0:0 chr15 89838236 . G A 1154.72 PASS AF=0.987342;AO=74;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0547017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2781;QD=58.4669;RBI=0.0614947;REFB=-0.136999;REVB=0.0280949;RO=2;SAF=49;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898943;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00340013;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:79:2:1:74:78:0.987342:25:49:1:1:29:49:1:0 chr15 89870572 . TGGGGA GGGGGA,TGGGA,TGGGAG 67.84 PASS AF=0,0.4,0;AO=2,10,3;DP=35;FAO=0,14,0;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=0,2,0;FSAR=0,12,0;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0325917,0.231291,0.133756;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=208.743,13.915,51.7962;QD=7.75279;RBI=0.0349386,0.233262,0.141161;REFB=0.00423802,-0.087279,-0.0111059;REVB=-0.012589,-0.0302631,-0.0451183;RO=19;SAF=2,1,0;SAR=0,9,3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.30131,0;SSSB=0.449404,-0.647779,-0.675248;STB=0.5,0.834277,0.5;STBP=1,0.004,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.159018,0.0535642;OID=.,.,.;OPOS=89870572,89870573,89870576;OREF=T,G,GA;OALT=G,-,AG;OMAPALT=GGGGGA,TGGGA,TGGGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:35:35:19:21:2,10,3:0,14,0:0,0.4,0:0,9,3:2,1,0:13:6:0,12,0:0,2,0:14:7 chr15 89878377 . A T 1799.06 PASS AF=0.968254;AO=121;DP=126;FAO=122;FDP=126;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0291259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.254;QD=57.1131;RBI=0.0455347;REFB=0.0382071;REVB=-0.0350013;RO=4;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267401;STB=0.513887;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000935746;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:126:4:4:121:122:0.968254:69:52:0:4:70:52:0:4 chr15 90039643 . T C 440.38 PASS AF=0.445455;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0124873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1636;QD=16.0137;RBI=0.0230735;REFB=-0.0318308;REVB=0.0194024;RO=59;SAF=24;SAR=24;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752736;STB=0.555533;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.038308;OID=.;OPOS=90039643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:61:48:49:0.445455:24:24:34:25:25:24:36:25 chr15 90126121 . C T 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0144825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.744;QD=21.6305;RBI=0.0243236;REFB=-0.0059294;REVB=0.0195421;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596649;STB=0.54112;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00426309;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:14:16:14:9:14:16:15:9 chr15 90128966 . C T 455.79 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0099406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.003;QD=15.3206;RBI=0.0235622;REFB=-0.00784088;REVB=-0.0213626;RO=67;SAF=24;SAR=27;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101957;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:68:51:51:0.428571:27:24:31:36:27:24:32:36 chr15 90138670 . C T 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0403071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.221;QD=15.409;RBI=0.0419973;REFB=-0.00257498;REVB=-0.0117947;RO=33;SAF=6;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268359;STB=0.663661;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0028028;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:21:6:15:18:21:6:16:18 chr15 90167658 . G A 171.15 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.021546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9302;QD=17.5538;RBI=0.0219209;REFB=-0.0170261;REVB=0.00403678;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129221;STB=0.57383;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0167668;OID=.;OPOS=90167658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:11:10:11:7:11:10 chr15 90168108 . C T 402.89 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0171955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.754;QD=16.7871;RBI=0.018212;REFB=-0.0265324;REVB=0.00599949;RO=50;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658159;STB=0.52688;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0361459;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:54:42:42:0.4375:19:23:24:26:19:23:27:27 chr15 90176073 . C A 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0121325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.879;QD=20.1556;RBI=0.0205581;REFB=-0.0153075;REVB=0.0165963;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744206;STB=0.541517;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0163366;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:18:10:11:14:18:10:11:14 chr15 90176432 . T G 251.45 PASS AF=0.37037;AO=27;DP=78;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00574296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.687;QD=12.4174;RBI=0.0222717;REFB=-0.0159742;REVB=-0.0215185;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164115;STB=0.600261;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.030981;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:51:51:27:30:0.37037:13:14:19:32:14:16:19:32 chr15 90191827 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3639;QD=43.486;RBI=0.0412045;REFB=0;REVB=-0.0365183;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021115;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr15 90195967 . C G 1550.66 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00875499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.5364;QD=62.6529;RBI=0.0384104;REFB=-0.073876;REVB=-0.0373993;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.004728;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:42:56:0:0:42:56:1:0 chr15 90196008 . C T 298.05 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00195184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.931;QD=20.9158;RBI=0.00722029;REFB=-0.0207445;REVB=-0.00695147;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102889;STB=0.557025;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0155747;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:14:17:11:15:14:17:11:15 chr15 90210257 . G A 515.27 PASS AF=0.46281;AO=52;DP=117;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00314051;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.426;QD=17.0336;RBI=0.00699212;REFB=-0.0166628;REVB=-0.00624715;RO=65;SAF=29;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00387217;STB=0.5098;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0180156;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:65:65:52:56:0.46281:23:29:36:29:26:30:36:29 chr15 90213229 . G C 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.000260676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.824;QD=7.48132;RBI=0.00753086;REFB=-0.0109941;REVB=-0.00752635;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020626;STB=0.521547;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0481162;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:35:36:12:12:0.25:5:7:21:14:5:7:22:14 chr15 90226947 . C A 255.1 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0173322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.41;QD=14.1722;RBI=0.0407884;REFB=-0.0146907;REVB=-0.0369227;RO=42;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18837;STB=0.607071;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0275437;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:11:19:19:23:11:19:19:23 chr15 90344352 . T C 50.58 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0375357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4783;QD=12.6446;RBI=0.0380029;REFB=-0.0463271;REVB=0.00594088;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.699474;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0372184;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:15:16:8:8:7:8:0.5:5:2:4:4:6:2:5:3 chr15 90346861 . C T 222.8 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.10564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.651;QD=18.962;RBI=0.105642;REFB=-0.0399181;REVB=0.000718085;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344691;STB=0.679098;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00999874;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:12:10:20:4:12:10:20:5 chr15 90349558 . C T 558.14 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0102466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.159;QD=23.0162;RBI=0.0117705;REFB=-0.0117418;REVB=0.00579252;RO=45;SAF=23;SAR=29;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395951;STB=0.521783;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0101552;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:29:23:22:23:29:23:22:23 chr15 90617539 . C T 100.63 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00538906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6881;QD=16.1006;RBI=0.00764779;REFB=-0.021424;REVB=-0.00542648;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190057;STB=0.639785;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0242351;OID=.;OPOS=90617539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:13:12:12:0.48:6:6:8:3:6:6:10:3 chr15 90623052 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.286;QD=51.9114;RBI=0.0218015;REFB=0;REVB=-0.00710532;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019686;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr15 90628537 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0911552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6105;QD=12.8686;RBI=0.0983619;REFB=0.0109426;REVB=0.0369565;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777998;STB=0.546014;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0157616;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:9:7:4:7:9:7 chr15 90764219 . G A 290.08 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00455712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.561;QD=16.576;RBI=0.0104882;REFB=-0.0137493;REVB=-0.00944638;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144187;STB=0.503814;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.018672;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:31:32:0.457143:20:11:14:24:20:12:14:24 chr15 90768320 . C T 893.82 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.061;QD=56.7504;RBI=0.0665686;REFB=-0.0682164;REVB=0.0658687;RO=0;SAF=14;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436668;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:63:0:0:61:63:1:47:14:0:0:49:14:0:0 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 622.6 PASS AF=0.547619,0,0.452381;AO=8,14,20;DP=43;FAO=23,0,19;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,11;FSAR=17,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014232,-0.0121211,-0.0116417;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=107.773,91.9393,108.437;QD=59.295;RBI=0.0215563,0.0191544,0.0208043;REFB=0,0,0;REVB=0.0161903,0.0148314,0.017242;RO=0;SAF=0,7,10;SAR=8,7,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00836421,-0.00437896,0.0214076;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.547619,0,0.452381:8,14,20:43:23,0,19:42:0:6,0,11:17,0,8:0:0:99:0:0,7,10:8,7,10:0:0 chr15 90772200 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.682;QD=60.2307;RBI=0.00457637;REFB=0;REVB=0.00435798;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32567e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr15 90772831 . C T 618.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3689;QD=60.3793;RBI=0.0070053;REFB=0;REVB=-0.00458458;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60587e-05;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr15 90774259 . G C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.073;QD=57.2012;RBI=0.0567288;REFB=0;REVB=0.0278053;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148873;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr15 90774447 . TAGAG T 256.23 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256504;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=313.678;QD=51.245;RBI=0.0337633;REFB=0;REVB=0.0219549;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000219818;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:20:20:0:7:13:0:0:4:0:7:12:0:0 chr15 90784207 . A G 1574.31 PASS AF=0.989899;AO=79;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.425;QD=63.6086;RBI=0.0507813;REFB=0;REVB=0.0453883;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145043;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:99:0:0:79:98:0.989899:33:46:0:0:46:52:0:0 chr15 90784250 . T C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.017;QD=61.5349;RBI=0.0317498;REFB=0;REVB=0.0294678;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.138e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr15 90794102 . G A 340.41 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.616;QD=54.4649;RBI=0.0494243;REFB=0;REVB=0.0426458;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185648;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:12:11:0:0:12:13:0:0 chr15 90794757 . T G 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.919;QD=53.9302;RBI=0.0222668;REFB=-0.00987819;REVB=0.00991458;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00106889;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:1:0:19:11:1:0 chr15 90794845 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.342;QD=57.6759;RBI=0.0318529;REFB=0;REVB=0.0318075;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207325;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr15 90796558 . G A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0369;QD=60.6072;RBI=0.017263;REFB=0;REVB=-0.0172334;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221549;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr15 90800408 . C G 937.39 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7942;QD=58.587;RBI=0.0298295;REFB=0;REVB=0.0038172;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230947;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr15 90800449 . C T 834.2 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4536;QD=57.531;RBI=0.0578813;REFB=0;REVB=-0.0529098;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000657086;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr15 90809633 . G A 306.12 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4413;QD=53.2381;RBI=0.0349579;REFB=0;REVB=0.00827629;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611638;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:14:9:0:0 chr15 90818400 . A T 115.92 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.074;QD=42.1528;RBI=0.0669994;REFB=0;REVB=0.0614018;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110144;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr15 90818469 . C T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.821;QD=48.7313;RBI=0.0800488;REFB=0;REVB=0.0709757;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177387;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr15 90818641 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8555;QD=46.8475;RBI=0.0756229;REFB=0;REVB=0.0525934;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58278e-05;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr15 90818827 . G A 272.32 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9303;QD=49.5135;RBI=0.123764;REFB=0;REVB=0.123575;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186988;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:1:0:21:22:1:8:13:0:1:9:13:0:0 chr15 90819131 . TC T,TT 238.06 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=4,15;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661414,0.0601407;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.185,186.721;QD=50.118;RBI=0.0682768,0.0609086;REFB=0,0;REVB=0.0169421,0.00964154;RO=0;SAF=3,4;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0269956,0.00566578;OID=.,.;OPOS=90819132,90819132;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:4,15:19:1,18:19:0:0,7:1,11:0:0:5:0:3,4:1,11:0:0 chr15 90819641 . A C 766.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5935;QD=63.843;RBI=0.0296449;REFB=0;REVB=0.0293482;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230123;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr15 90819876 . T C 123.21 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8245;QD=37.9117;RBI=0.0484727;REFB=0.00904418;REVB=0.0459404;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00201694;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:1:0:6:6:1:0 chr15 90820063 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000611301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.387;QD=48.7373;RBI=0.02507;REFB=0;REVB=-0.0250626;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123961;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr15 90820721 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.616;QD=46.8476;RBI=0.0416365;REFB=0;REVB=0.0301356;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434034;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr15 90892246 . G C 385.94 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0160706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.129;QD=14.8438;RBI=0.0255869;REFB=-0.00432618;REVB=0.0199104;RO=60;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854902;STB=0.548055;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00311816;OID=.;OPOS=90892246;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:22:22:25:35:22:22:25:35 chr15 90892293 . C T 1566.6 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0703;QD=63.9428;RBI=0.0396198;REFB=0;REVB=0.0335687;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301654;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:58:39:0:0:58:40:0:0 chr15 90892412 . C T 166.38 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.028129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4689;QD=14.7897;RBI=0.0369955;REFB=0.000628092;REVB=0.0240298;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203124;STB=0.511736;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.000769166;OID=.;OPOS=90892412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:10:17:11:7:10:17 chr15 90892585 . G C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0080316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4291;QD=14.0435;RBI=0.0790211;REFB=0.00504463;REVB=0.0786119;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00391993;OID=.;OPOS=90892585;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr15 90897952 . C T 229.29 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0129041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.453;QD=12.068;RBI=0.0387732;REFB=0.0128014;REVB=0.0365629;RO=47;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146435;STB=0.57921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0205648;OID=.;OPOS=90897952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:48:28:28:0.368421:19:9:21:26:19:9:21:27 chr15 90902172 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00684951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.91;QD=20.7548;RBI=0.00922853;REFB=-0.0144807;REVB=-0.00618465;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144746;STB=0.581979;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0122264;OID=.;OPOS=90902172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:5:7:6:9:5:7 chr15 90903311 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.623;QD=55.6555;RBI=0.0689055;REFB=0;REVB=0.0687636;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259436;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr15 91010776 . T C 81.97 PASS AF=0.297297;AO=8;DP=34;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0072187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.27;QD=8.86113;RBI=0.0127013;REFB=-0.00954684;REVB=-0.0104506;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126229;STB=0.597809;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0257639;OID=.;OPOS=91010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:34:37:25:26:8:11:0.297297:3:5:13:12:4:7:13:13 chr15 91017718 . C T 721.25 PASS AF=0.659574;AO=60;DP=91;FAO=62;FDP=94;FR=.;FRO=32;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0286966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.415;QD=30.6914;RBI=0.0296596;REFB=-0.0152599;REVB=-0.00749637;RO=29;SAF=34;SAR=26;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925598;STB=0.559759;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00648974;OID=.;OPOS=91017718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:29:32:60:62:0.659574:26:34:12:17:26:36:13:19 chr15 91045408 . G A 145.6 PASS AF=0.346154;AO=15;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0183053;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.88;QD=11.1998;RBI=0.0198606;REFB=-0.0375994;REVB=0.0077044;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0420845;OID=.;OPOS=91045408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:34:15:18:0.346154:9:6:11:16:9:9:17:17 chr15 91185971 . G A 98.36 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0156609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0908;QD=10.9288;RBI=0.0217485;REFB=-0.0235022;REVB=0.0150909;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203466;STB=0.533282;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.054331;OID=.;OPOS=91185971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:36:36:23:23:12:13:0.361111:5:7:13:10:5:8:13:10 chr15 91185994 . C T 115.35 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0137054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.665;QD=13.1826;RBI=0.0207377;REFB=-0.0150522;REVB=0.0155633;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479278;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203092;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:13:14:0.4:5:8:12:9:6:8:12:9 chr15 91424574 . G C 745.49 PASS AF=0.400943;AO=33;DP=216;FAO=85;FDP=212;FR=.;FRO=127;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=76;FSRR=51;FWDB=0.00636194;FXX=0.0185177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.019;QD=14.0658;RBI=0.0318652;REFB=-0.0152937;REVB=-0.0312237;RO=93;SAF=1;SAR=32;SRF=63;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.787458;STB=0.569264;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0224607;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:212:93:127:33:85:0.400943:32:1:63:30:44:41:76:51 chr15 91428290 . C T 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.734;QD=57.8247;RBI=0.0560414;REFB=-0.00603538;REVB=0.0485422;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00022683;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:0:1:21:17:0:1 chr15 91428589 . T G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.848;QD=57.3845;RBI=0.0282512;REFB=0;REVB=0.0213043;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64936e-05;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr15 91428636 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.847;QD=57.105;RBI=0.0679352;REFB=0;REVB=0.0609538;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433442;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr15 91430436 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.731;QD=62.3477;RBI=0.0616784;REFB=0;REVB=0.055613;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133287;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr15 91452595 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0174612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.913;QD=13.0605;RBI=0.0303801;REFB=0.00747338;REVB=-0.0248607;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16638;STB=0.594526;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00858545;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:15:11:11:29:15:11:11:29 chr15 91455458 . C T 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0227825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9692;QD=18.9138;RBI=0.0768133;REFB=0.0242165;REVB=0.073357;RO=28;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21832;STB=0.622552;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.019382;OID=.;OPOS=91455458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:21:8:14:14:21:8:14:14 chr15 91474236 . T C 186.38 PASS AF=0.487805;AO=17;DP=38;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0100814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.103;QD=18.183;RBI=0.0159252;REFB=-0.00371446;REVB=0.0123279;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278045;STB=0.512183;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00558131;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:20:21:17:20:0.487805:8:9:10:10:10:10:10:11 chr15 91474738 . G C 398.81 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0082305;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.755;QD=20.7173;RBI=0.0123556;REFB=-0.0245564;REVB=0.00921524;RO=35;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193319;STB=0.596224;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0185255;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:37:40:40:0.519481:27:13:19:16:27:13:19:18 chr15 91496242 . C T 244.52 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0238348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.362;QD=30.5644;RBI=0.0300016;REFB=-0.0089137;REVB=0.0182208;RO=9;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107708;STB=0.5479;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00334412;OID=.;OPOS=91496242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:9:10:22:22:0.6875:16:6:4:5:16:6:4:6 chr15 91509592 . T C 449.17 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7482;QD=52.8433;RBI=0.0509074;REFB=0.00229072;REVB=-0.0286018;RO=2;SAF=6;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132388;STB=0.529393;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000220619;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:34:2:1:31:33:0.970588:25:6:2:0:25:8:1:0 chr15 91524841 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.429;QD=63.5827;RBI=0.0186777;REFB=0;REVB=0.0141991;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22807e-06;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:30:17:0:0 chr15 91525197 . C T 109.63 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0474816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.473;QD=17.5414;RBI=0.050007;REFB=-0.0286727;REVB=0.0156907;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144848;STB=0.597414;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0127288;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:6:6:8:4:7:6:8:4 chr15 91543761 . C T 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00629249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.816;QD=28.5324;RBI=0.0321414;REFB=-0.033686;REVB=0.0315195;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00744294;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr15 91548601 . G A 341.99 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00360047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.585;QD=30.3993;RBI=0.00422083;REFB=-0.0127402;REVB=0.00220272;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015774;STB=0.508655;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00586439;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:17:12:7:9:17:12:7:9 chr15 91561061 . G T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00119626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.579;QD=14.6525;RBI=0.00817966;REFB=-0.0183093;REVB=-0.00809171;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0266628;OID=.;OPOS=91561061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr15 91795124 . G A 362.24 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00806747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.738;QD=20.9991;RBI=0.0727789;REFB=-0.0250414;REVB=0.0723304;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602428;STB=0.533315;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.024784;OID=.;OPOS=91795124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:17:20:15:17:17:20:15:17 chr15 91825027 . C T 227.03 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0109401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.753;QD=21.1187;RBI=0.0127907;REFB=-0.00509697;REVB=0.00662687;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144501;STB=0.563703;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00400344;OID=.;OPOS=91825027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:13:9:5:15:13:9:6:15 chr15 91827264 . C T 225.68 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00677387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.757;QD=12.1987;RBI=0.0151314;REFB=-0.0116178;REVB=-0.0135305;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128454;STB=0.56752;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0146446;OID=.;OPOS=91827264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:46:27:28:0.378378:13:14:18:27:14:14:18:28 chr15 91836645 . G A 276.08 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.019761;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.677;QD=17.5288;RBI=0.0199196;REFB=0.009485;REVB=0.00250858;RO=33;SAF=22;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139895;STB=0.578892;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0130431;OID=.;OPOS=91836645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:33:30:30:0.47619:8:22:20:13:8:22:20:13 chr15 91836683 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.575;QD=57.1059;RBI=0.0404997;REFB=0;REVB=0.0404857;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108717;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr15 92638193 . G A 560.9 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00557967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.622;QD=23.6169;RBI=0.0061997;REFB=-0.0268989;REVB=-0.00270252;RO=43;SAF=27;SAR=25;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445737;STB=0.524475;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0235193;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:25:27:20:23:25:27:20:23 chr15 92647645 . G C 700.62 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.201;QD=62.2773;RBI=0.0230643;REFB=0;REVB=-0.0070578;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78743e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:33:11:0:0:34:11:0:0 chr15 92694207 . C T 296.66 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0240244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.666;QD=13.1848;RBI=0.066324;REFB=-0.0139522;REVB=-0.0618199;RO=56;SAF=16;SAR=18;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128643;STB=0.573429;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0331032;OID=.;OPOS=92694207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:18:16:33:23:18:16:33:23 chr15 93015427 . G A 388.3 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0224171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9077;QD=21.2769;RBI=0.0324969;REFB=0.00926253;REVB=-0.0235271;RO=34;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196067;STB=0.607707;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00657499;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:18:21:26:8:18:21:26:8 chr15 93198671 . A G 768.56 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0346;QD=56.9304;RBI=0.0457121;REFB=0;REVB=-0.00730673;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528011;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 478.43 PASS AF=0.787879,0.212121;AO=25,7;DP=33;FAO=26,7;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3;FSAR=18,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944271,-0.013275;FXX=0.0833102;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=199.982,86.3755;QD=57.9913;RBI=0.0317287,0.0162814;REFB=0,0;REVB=0.030291,-0.00942642;RO=0;SAF=7,4;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00706991,0.0174198;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.787879,0.212121:25,7:33:26,7:33:0:8,3:18,4:0:0:45:0:7,4:18,3:0:0 chr15 93510603 . A G 901.62 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0189056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.011;QD=53.828;RBI=0.022606;REFB=-0.0364692;REVB=0.0123939;RO=2;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032653;STB=0.510394;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000728184;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:67:2:3:63:64:0.955224:35:28:1:1:36:28:2:1 chr15 93521604 . A G 1234.82 PASS AF=0.954023;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0164167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.871;QD=56.7731;RBI=0.0188629;REFB=-0.00727565;REVB=-0.00928983;RO=3;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333936;STB=0.52325;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=1.56184e-06;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:87:3:4:82:83:0.954023:41:41:0:3:41:42:0:4 chr15 93536197 . C T 272.78 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0193605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.732;QD=24.247;RBI=0.024235;REFB=-0.0383572;REVB=-0.0145776;RO=20;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154668;STB=0.586485;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.022099;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:18:7:9:11:18:7:9:11 chr15 93570241 . T C 2547.5 PASS AF=0.976744;AO=168;DP=173;FAO=168;FDP=172;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00922338;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.127;QD=59.2441;RBI=0.0190089;REFB=-0.146521;REVB=0.0166213;RO=3;SAF=62;SAR=106;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132772;STB=0.502977;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000310293;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:173:172:3:4:168:168:0.976744:106:62:0:3:106:62:1:3 chr15 93588336 . A C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.84;QD=62.3462;RBI=0.0177483;REFB=0;REVB=0.00847834;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208432;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr15 93609460 . A T 1458.51 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162254;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.686;QD=62.0641;RBI=0.0255837;REFB=-0.0158344;REVB=-0.0255322;RO=1;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117038;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000240074;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:40:52:0:1:40:53:0:1 chr15 93616933 . C G 1623.21 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.265;QD=60.1188;RBI=0.0471383;REFB=0;REVB=0.0309773;RO=0;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32123e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:42:66:0:0:42:66:0:0 chr15 93616975 . A G 851.44 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.508;QD=56.7628;RBI=0.0117218;REFB=0;REVB=0.0108688;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82839e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:30:25:0:0:32:28:0:0 chr15 93750256 . G T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.695;QD=60.9773;RBI=0.0107463;REFB=0;REVB=0.00566606;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4413e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr15 94304132 . C T 250.35 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0317281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6124;QD=20.0276;RBI=0.0318042;REFB=-0.0256008;REVB=-0.00219806;RO=26;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253671;STB=0.514274;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0170146;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:7:17:19:7:7:17:19:7 chr15 94304189 . T C 270.49 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0455015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.707;QD=20.8065;RBI=0.047458;REFB=-0.0114513;REVB=-0.013486;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721404;STB=0.519217;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00436898;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:24:28:28:0.538462:14:14:9:13:14:14:11:13 chr15 94841691 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=33;FWDB=0.00807595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.469;QD=18.673;RBI=0.0108723;REFB=-0.000287054;REVB=0.00727915;RO=36;SAF=2;SAR=33;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986572;STB=0.555521;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.000648824;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:33:2:3:33:33:2:3:33 chr15 94945704 . A G 283.08 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0502321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.758;QD=17.4201;RBI=0.0588405;REFB=0.00285481;REVB=0.0306421;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598841;STB=0.529393;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00119753;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:34:31:31:0.476923:12:19:17:14:12:19:19:15 chr15 94945719 . G T 313.02 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0174072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.973;QD=16.9199;RBI=0.0225518;REFB=-0.0167621;REVB=-0.0143378;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429382;STB=0.524112;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0198101;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:13:21:23:17:13:21:23:17 chr15 96289064 . T A 254.12 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0102984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4065;QD=18.1516;RBI=0.0107237;REFB=0.0205107;REVB=0.00298997;RO=28;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2254;STB=0.626198;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0170594;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:10:18:11:17:10:18:11:17 chr15 97970963 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0100119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.209;QD=18.2512;RBI=0.0166822;REFB=-0.0201347;REVB=0.0133438;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0138051;OID=.;OPOS=97970963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:9:6:9:6:9:6 chr15 98015489 . A G 707.78 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.784;QD=62.9142;RBI=0.0392872;REFB=0;REVB=-0.00123108;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315222;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr15 98301844 . GC G,GT 277.36 PASS AF=0.227273,0.772727;AO=4,16;DP=22;FAO=5,17;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=5,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113806,-0.0131042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.106,117.531;QD=50.4289;RBI=0.018373,0.0273221;REFB=0,0;REVB=0.0144239,0.0239745;RO=0;SAF=0,11;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.031365,-0.00345576;OID=.,.;OPOS=98301845,98301845;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.227273,0.772727:4,16:22:5,17:22:0:0,12:5,5:0:0:18:0:0,11:4,5:0:0 chr15 98995081 . A G 1043.11 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.123;QD=59.6062;RBI=0.0445543;REFB=0;REVB=0.028837;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133884;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:34:34:0:0:34:36:0:0 chr15 99023968 . T G 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0168072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.036;QD=16.8712;RBI=0.0176085;REFB=-0.012855;REVB=-0.00525118;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18336;STB=0.592581;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0166096;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:9:11:9:16:9:11:10:16 chr15 99478225 . G A 282.33 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00765879;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.044;QD=19.4713;RBI=0.00767877;REFB=-0.0128962;REVB=0.000553492;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011942;STB=0.513504;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.014726;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:28:30:30:0.517241:19:11:11:18:19:11:11:17 chr15 99503199 . GGTGTGTGTGTGTGTA GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG 337.92 PASS AF=0.92,0.08;AO=21,3;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754961,-0.030342;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=120.125,85.0258;QD=54.0679;RBI=0.0973791,0.0368032;REFB=0,0;REVB=0.0615064,0.0208289;RO=0;SAF=13,1;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00212014,0.0745514;OID=.,.;OPOS=99503200,99503212;OREF=GT,GTA;OALT=-,ATG;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTA,GGTGTGTGTGTGTATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.92,0.08:21,3:25:23,2:25:0:13,1:10,1:0:0:10:0:13,1:8,2:0:0 chr15 99504437 . C T 559.14 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0213922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.143;QD=20.5187;RBI=0.0313283;REFB=0.00612285;REVB=-0.0228874;RO=50;SAF=27;SAR=30;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149789;STB=0.589413;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00479687;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:52:57:57:0.522936:30:27:15:35:30:27:15:37 chr15 99504671 . C T 150.68 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00411929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0154;QD=9.88053;RBI=0.0398436;REFB=-0.0139545;REVB=0.0396301;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293772;STB=0.52551;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0265321;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:36:41:19:20:0.327869:10:9:18:18:11:9:20:21 chr15 99511793 . C G 393.01 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00846925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.764;QD=19.6506;RBI=0.020655;REFB=-0.0084457;REVB=-0.0188388;RO=40;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229226;STB=0.512732;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0125832;OID=.;OPOS=99511793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:23:17:18:22:23:17:18:22 chr15 99511804 . A AC 164.08 PASS AF=0.449275;AO=29;DP=74;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0516351;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9887;QD=9.51207;RBI=0.0674987;REFB=-0.0368082;REVB=0.0434728;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053458;STB=0.553872;STBP=0.444;TYPE=ins;VARB=0.0464652;OID=.;OPOS=99511805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449275:29:74:31:69:38:11:20:17:21:99:42:11:18:18:24 chr15 99653800 . T C 957.0 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0044156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3789;QD=57.1343;RBI=0.200337;REFB=-0.136759;REVB=0.200288;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00732011;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:67:0:1:66:66:0.985075:32:34:0:0:32:34:1:0 chr15 99670989 . T C 409.51 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.497;QD=56.4842;RBI=0.0712612;REFB=0;REVB=0.0413585;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001633;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:11:14:0:0:12:17:0:0 chr15 99671760 . T C 1577.05 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00287659;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.771;QD=58.9551;RBI=0.0442476;REFB=-0.00240626;REVB=-0.044154;RO=1;SAF=69;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682933;STB=0.503596;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-5.3419e-05;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:106:106:0.990654:37:69:1:0:37:69:1:0 chr15 99672722 . A G 716.79 PASS AF=0.978723;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00826306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.409;QD=61.0034;RBI=0.0892138;REFB=-0.0144427;REVB=0.0888303;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000336568;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:47:0:1:43:46:0.978723:16:27:0:0:19:27:0:1 chr15 99715352 . A G 912.28 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00428664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4048;QD=55.2897;RBI=0.0680775;REFB=0.137113;REVB=-0.0679425;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129402;STB=0.501922;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00585436;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:36:28:0:1:36:28:1:1 chr15 100246936 . T C 152.44 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0107002;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.944;QD=10.1629;RBI=0.0120593;REFB=-0.0145341;REVB=-0.00556167;RO=40;SAF=14;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238095;STB=0.640699;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0312225;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:40:20:20:0.333333:6:14:20:20:6:14:20:20 chr15 100246942 . G A 945.23 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.89;QD=58.1681;RBI=0.0167496;REFB=0;REVB=0.012184;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36617e-05;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:24:39:0:0:26:39:0:0 chr15 100252805 . G T 141.3 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.119072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.887;QD=21.7378;RBI=0.11923;REFB=-0.0250469;REVB=0.00614004;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12655;STB=0.571334;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0236861;OID=.;OPOS=100252805;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:4:7:7:8:4:7 chr15 100256618 . A C 209.41 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0223156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6671;QD=20.9413;RBI=0.046303;REFB=-0.0146219;REVB=-0.0405707;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17051;STB=0.595654;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0113746;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:12:7:12:9:12:7 chr15 100257173 . T C 266.4 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00248359;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.885;QD=15.6706;RBI=0.00402186;REFB=-0.00850938;REVB=0.00316341;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087539;STB=0.555519;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0223562;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:16:14:14:23:16:14:14:24 chr15 100257795 . CC CCCAGCTGTTG,TG 64.28 PASS AF=0.155556,0.0444444;AO=8,2;DP=45;FAO=7,2;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4,2;FSAR=3,0;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0727622,-0.0351708;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=9,2;MLLD=149.707,257.493;QD=5.71412;RBI=0.0768886,0.0388555;REFB=-0.00818638,-0.0101565;REVB=-0.0248501,-0.0165154;RO=33;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0147412,0.390356;STB=0.608106,0.992979;STBP=0.577,0.339;TYPE=ins,mnp;VARB=0.020595,0.00839302;OID=.,.;OPOS=100257797,100257795;OREF=-,CC;OALT=CAGCTGTTG,TG;OMAPALT=CCCAGCTGTTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:45:45:33:36:8,2:7,2:0.155556,0.0444444:3,0:5,2:21:12:3,0:4,2:25:11 chr15 100269680 . G C 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0156254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.485;QD=24.8178;RBI=0.0159043;REFB=-0.0118124;REVB=-0.00296536;RO=16;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611092;STB=0.53626;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00706909;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:18:24:24:0.571429:10:14:8:8:10:14:9:9 chr15 100269796 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.32;QD=57.6805;RBI=0.0260757;REFB=0;REVB=-0.00125045;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121398;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr15 100332743 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00948057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.848;QD=15.8821;RBI=0.0283475;REFB=-0.0262336;REVB=0.0267151;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344822;STB=0.692039;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0258118;OID=.;OPOS=100332743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:10:0:2:8:10:0 chr15 100332877 . T C 55.6 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0723885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6034;QD=10.1091;RBI=0.0774926;REFB=-0.0179542;REVB=0.0276589;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532212;STB=0.772247;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.038378;OID=.;OPOS=100332877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:14:14:7:8:0.363636:4:3:13:1:4:4:13:1 chr15 100332919 . T C 69.84 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.49;QD=34.9198;RBI=0.0980404;REFB=0;REVB=0.0451703;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00679039;OID=.;OPOS=100332919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:5:3:0:0 chr15 100333075 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.035;QD=46.848;RBI=0.0803135;REFB=0;REVB=0.0269525;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709369;OID=.;OPOS=100333075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr15 100345096 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0395185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.984;QD=13.9591;RBI=0.0395364;REFB=-0.000246912;REVB=0.00118926;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334793;STB=0.705189;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00135577;OID=.;OPOS=100345096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:3:4:6:1:3:4 chr15 100512047 . A G 79.62 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00553402;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.374;QD=11.7949;RBI=0.0113937;REFB=-0.00214136;REVB=-0.00995943;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431396;STB=0.758388;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00286006;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:27:16:17:10:10:0.37037:9:1:6:10:9:1:6:11 chr15 100512079 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0579637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.263;QD=11.9535;RBI=0.0614592;REFB=0.00328727;REVB=-0.0204313;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244273;STB=0.650717;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00459942;OID=.;OPOS=100512079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:3:8:7:1:3:8 chr15 100513117 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.016597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.876;QD=15.917;RBI=0.0227759;REFB=-0.00871855;REVB=0.0155974;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985294;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00914699;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:7:6:8:6:7:6:8:7 chr15 100514417 . CC TG 310.65 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00275051;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=157.984;QD=14.7927;RBI=0.00277395;REFB=0.00508007;REVB=-0.000359903;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624179;STB=0.526158;STBP=0.713;TYPE=mnp;VARB=-0.00707185;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:34:35:0.416667:18:16:26:23:18:17:26:23 chr15 100514614 . T C 265.12 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0323586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.238;QD=27.1913;RBI=0.0355531;REFB=-0.0390447;REVB=-0.0147292;RO=15;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643783;STB=0.519068;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0188797;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:23:24:0.615385:6:17:10:5:7:17:10:5 chr15 100672237 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.339;QD=53.9108;RBI=0.0271853;REFB=0;REVB=0.00703336;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130649;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr15 100794363 . C T 323.29 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8903;QD=53.8808;RBI=0.112782;REFB=0;REVB=-0.0175002;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239622;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr15 100801698 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00297413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.571;QD=56.6222;RBI=0.0128355;REFB=-0.0101432;REVB=0.0124862;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192676;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000158187;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:24:39:0:1:24:39:0:1 chr15 100821467 . G A 489.41 PASS AF=0.426357;AO=52;DP=120;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0134012;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.84;QD=15.1755;RBI=0.0256967;REFB=-0.0206307;REVB=0.0219255;RO=67;SAF=28;SAR=24;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076163;STB=0.518407;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.030052;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:129:67:74:52:55:0.426357:24:28:31:36:25:30:38:36 chr15 100821576 . G A 380.06 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0319217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.243;QD=17.6773;RBI=0.0375103;REFB=-0.0202396;REVB=0.0196985;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219204;STB=0.61482;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0395991;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:28:42:35:36:0.418605:22:13:18:10:23:13:24:18 chr15 100942962 . T C 392.43 PASS AF=0.967742;AO=27;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.177877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1582;QD=50.6357;RBI=0.17829;REFB=0.0450985;REVB=0.0121192;RO=2;SAF=20;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.510631;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000418835;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:31:2:1:27:30:0.967742:7:20:2:0:7:23:1:0 chr15 101041896 . T C 572.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690428;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.028;QD=58.7604;RBI=0.0153467;REFB=0;REVB=0.0137059;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509799;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:20:19:0:0 chr15 101109818 . G A 194.48 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.011969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.69;QD=20.4719;RBI=0.0256061;REFB=-0.024928;REVB=0.0226366;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687735;STB=0.547704;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.025764;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:12:7:8:10:13:7:8:10 chr15 101110096 . T C 291.41 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00508817;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.084;QD=21.1936;RBI=0.00668386;REFB=-0.0116397;REVB=-0.00433411;RO=25;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291144;STB=0.51616;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00976675;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:19:11:10:15:19:11:10:15 chr15 101113862 . C T 578.73 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0239432;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.859;QD=17.6713;RBI=0.0246184;REFB=-0.0137647;REVB=-0.00572611;RO=69;SAF=28;SAR=32;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00280328;STB=0.506637;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0171087;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:131:69:71:60:60:0.458015:32:28:32:37:32:28:34:37 chr15 101324497 . A T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0205386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.476;QD=8.81105;RBI=0.0524697;REFB=-0.0182656;REVB=0.0482829;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0440357;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:8:3:2:4:8:3 chr15 101421673 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.622;QD=63.8691;RBI=0.0270566;REFB=0;REVB=0.0234181;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164001;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr15 101562793 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.637;QD=51.911;RBI=0.0774352;REFB=0;REVB=0.0393819;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161813;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr15 101591923 . A G 308.79 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0403107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.218;QD=19.2991;RBI=0.040315;REFB=-0.0264747;REVB=0.000590447;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113533;STB=0.503474;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0324298;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:20:12:12:19:20:13:12:19 chr15 101595257 . G A 210.83 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0200268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.794;QD=14.0551;RBI=0.0202729;REFB=-0.00845173;REVB=-0.00314977;RO=33;SAF=5;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364204;STB=0.727074;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00842771;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:25:25:0.416667:20:5:17:16:20:5:19:16 chr15 101598200 . G A 172.96 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0281041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5852;QD=11.3413;RBI=0.0476406;REFB=-0.0353485;REVB=0.038468;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862944;STB=0.557326;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0424232;OID=.;OPOS=101598200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:11:11:16:22:11:11:16:23 chr15 101598314 . C T 251.75 PASS AF=0.348315;AO=28;DP=92;FAO=31;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.0154557;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.61;QD=11.3148;RBI=0.0186999;REFB=-0.00576924;REVB=-0.0105266;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184586;STB=0.625382;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0099532;OID=.;OPOS=101598314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:49:58:28:31:0.348315:13:15:18:31:16:15:17:41 chr15 101607450 . T C 787.65 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451123;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.404;QD=57.2835;RBI=0.00656469;REFB=0;REVB=-0.00476907;RO=0;SAF=10;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18782e-05;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:44:10:0:0:45:10:0:0 chr15 101607513 . T C 265.35 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.00647736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.077;QD=17.99;RBI=0.0199555;REFB=-0.0262849;REVB=-0.018875;RO=30;SAF=6;SAR=23;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960613;STB=0.505373;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0267173;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:23:6:6:24:23:6:6:24 chr15 101717680 . G T 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.969;QD=56.6223;RBI=0.0194869;REFB=-0.0941598;REVB=0.0149082;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0019998;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:1:0:32:31:1:0 chr15 101718927 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00953458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.35;QD=9.91658;RBI=0.0773465;REFB=0.00648128;REVB=-0.0767565;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389497;STB=0.745993;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0104509;OID=.;OPOS=101718927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:1:8:11:6:1:8:11:6 chr15 101910550 . G A 177.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0130511;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.892;QD=14.2139;RBI=0.0133149;REFB=-0.00657623;REVB=-0.00263758;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338792;STB=0.53009;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00868172;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:30:20:20:0.4:9:11:15:14:9:11:15:15 chr15 102192540 . T G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0214833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.26;QD=15.2589;RBI=0.022044;REFB=-0.00011508;REVB=-0.00494025;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308536;STB=0.680376;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0012938;OID=.;OPOS=102192540;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:1:5:3:4:1:5 chr15 102192548 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.095;QD=44.6895;RBI=0.0779666;REFB=0;REVB=-0.013088;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579559;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr15 102196186 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0158049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.78;QD=17.4546;RBI=0.0162384;REFB=-0.0183568;REVB=-0.00372702;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808904;STB=0.535167;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0177951;OID=.;OPOS=102196186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:14:13:11:17:14:13:12:17 chr15 102284706 . G A 159.01 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.00304556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0137;QD=6.8391;RBI=0.025345;REFB=-0.00977499;REVB=0.0251614;RO=68;SAF=15;SAR=8;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458913;STB=0.519331;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0457404;OID=.;OPOS=102284706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:70:23:23:0.247312:8:15:42:26:8:15:44:26 chr15 102389423 . C G 621.0 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0105191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.47;QD=17.9999;RBI=0.0113019;REFB=-0.0175042;REVB=-0.00413307;RO=73;SAF=27;SAR=37;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692549;STB=0.535113;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0180276;OID=.;OPOS=102389423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:73:74:64:64:0.463768:37:27:36:37:37:27:36:38 chr15 102506321 . A G 122.82 PASS AF=0.111111;AO=33;DP=298;FAO=33;FDP=297;FR=.;FRO=264;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=116;FSRR=148;FWDB=0.0129234;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.516;QD=1.65415;RBI=0.0400059;REFB=-0.000304507;REVB=-0.0378611;RO=261;SAF=16;SAR=17;SRF=116;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504386;STB=0.540516;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00297094;OID=.;OPOS=102506321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:297:261:264:33:33:0.111111:17:16:116:145:17:16:116:148 chr15 102506389 . C T 35.61 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=74;FWDB=-0.00267822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.867;QD=1.22803;RBI=0.0123306;REFB=-0.00339873;REVB=-0.0120362;RO=103;SAF=2;SAR=8;SRF=29;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123587;STB=0.623581;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0456388;OID=.;OPOS=102506389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:103:106:10:10:0.0862069:8:2:29:74:8:2:32:74 chr15 102515257 . C T 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.111;QD=32.8228;RBI=0.0283406;REFB=-0.101414;REVB=-0.0255258;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00261816;OID=.;OPOS=102515257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:5:4:0:0:5:4:1:0 chr15 102516350 . G A 146.39 PASS AF=0.875;AO=12;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0990412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7679;QD=36.5983;RBI=0.17841;REFB=-0.0792365;REVB=0.148395;RO=2;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.549931;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0286992;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:12:14:0.875:4:8:2:0:5:9:2:0 chr16 103517 . A C 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.091;QD=56.9508;RBI=0.0445465;REFB=0;REVB=-0.027264;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91774e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr16 108585 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.43;QD=63.872;RBI=0.043927;REFB=0;REVB=0.0139484;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46772e-05;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr16 112891 . C T 289.81 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0349936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.988;QD=26.9589;RBI=0.0402598;REFB=-0.0198928;REVB=0.0199073;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359317;STB=0.51984;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0146308;OID=.;OPOS=112891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:10:7:12:14:10:7 chr16 113883 . G GCC 287.84 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854224;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=2;MLLD=37.9983;QD=42.6425;RBI=0.0337947;REFB=-0.0151658;REVB=0.0326972;RO=4;SAF=12;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710658;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=ins;VARB=0.00103178;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:26:30:26:27:1:12:14:0:1:3:4:12:14:3:1 chr16 113886 . GC G 234.53 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640815;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.4888;QD=37.5248;RBI=0.0933046;REFB=0;REVB=0.0678182;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00184019;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:26:25:25:0:13:12:0:0:5:0:11:12:0:0 chr16 138770 . ACA ACAG,CAG 962.19 PASS AF=1,0;AO=58,4;DP=78;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.25234,-0.0940676;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=18.057,60.94;QD=49.9841;RBI=0.252917,0.134026;REFB=0,0;REVB=-0.0170679,-0.0954693;RO=15;SAF=23,0;SAR=35,4;SRF=15;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.22973,-0.854467;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0100754,0;OID=.,.;OPOS=138773,138770;OREF=-,ACA;OALT=G,CAG;OMAPALT=ACAG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:15:0:58,4:77,0:1,0:35,4:23,0:15:0:39,0:38,0:0:0 chr16 309998 . C T 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00216128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.326;QD=15.1961;RBI=0.0418891;REFB=-0.0138839;REVB=0.0418333;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17581;STB=0.601626;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0131011;OID=.;OPOS=309998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:7:11:6:8:7:11 chr16 324052 . A G 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.071;QD=51.1742;RBI=0.0316743;REFB=0;REVB=0.0240903;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162718;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr16 325290 . C G 248.2 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0628172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.157;QD=16.2753;RBI=0.0775089;REFB=6.91302e-05;REVB=0.0454052;RO=32;SAF=5;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254335;STB=0.639822;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00230663;OID=.;OPOS=325290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:23:5:12:20:23:5:12:21 chr16 335619 . G A 44.33 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0371834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.566;QD=6.82075;RBI=0.0384165;REFB=-0.011084;REVB=0.00965515;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0266735;OID=.;OPOS=335619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:18:19:6:7:0.269231:4:2:8:10:4:3:8:11 chr16 336396 . G A 1222.88 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0140749;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0885;QD=58.9338;RBI=0.0143929;REFB=-0.083961;REVB=-0.00300913;RO=1;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160465;STB=0.503712;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00116245;OID=.;OPOS=336396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:83:1:2:81:81:0.975904:29:52:0:1:29:52:1:1 chr16 336716 . C T 190.92 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0195885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.735;QD=30.547;RBI=0.0298631;REFB=0.00533883;REVB=0.0225409;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814684;STB=0.504499;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00314799;OID=.;OPOS=336716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:3:4:10:8:3:4 chr16 337547 . G GC 856.44 PASS AF=1;AO=71;DP=80;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120717;FXX=0.0506265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.9301;QD=45.6766;RBI=0.12846;REFB=0;REVB=0.127892;RO=3;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00274268;OID=.;OPOS=337548;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:80:75:75:0:29:46:0:0:16:3:29:42:0:3 chr16 337613 . G A 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.037585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.152;QD=15.1118;RBI=0.0395622;REFB=-0.0174941;REVB=0.0123508;RO=38;SAF=4;SAR=25;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415843;STB=0.740284;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0247605;OID=.;OPOS=337613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:25:4:17:21:25:4:17:21 chr16 337678 . T G 375.82 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.05;QD=55.6775;RBI=0.0315658;REFB=0;REVB=0.0215833;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53614e-06;OID=.;OPOS=337678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:16:11:0:0 chr16 337871 . T C 403.59 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.609;QD=55.6676;RBI=0.0896607;REFB=0;REVB=0.0437356;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487293;OID=.;OPOS=337871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:26:29:1:16:10:0:0:16:13:0:0 chr16 343495 . TGGA TG,TGA 142.7 PASS AF=0,0.8;AO=2,12;DP=19;FAO=0,16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=0,1;FSAR=0,15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.130066,0.109927;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=202.746,16.6034;QD=28.5407;RBI=0.135614,0.122369;REFB=0.0263144,-0.163696;REVB=-0.0383959,0.0537604;RO=4;SAF=1,0;SAR=1,12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.823505;STB=0.5,0.725433;STBP=1,0.042;TYPE=del,del;VARB=0,0.0668994;OID=.,.;OPOS=343497,343496;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.8:2,12:19:0,16:20:4:0,1:0,15:2:2:13:4:1,0:1,12:2:2 chr16 347184 . A G 229.75 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0105689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.674;QD=14.8224;RBI=0.0185925;REFB=-0.00881664;REVB=-0.0152964;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914881;STB=0.544978;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0158385;OID=.;OPOS=347184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:33:35:26:27:0.435484:11:15:16:17:11:16:18:17 chr16 396264 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.603;QD=57.0005;RBI=0.00261975;REFB=0;REVB=0.00155712;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54438e-06;OID=.;OPOS=396264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr16 396804 . G A 49.1 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00878491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7134;QD=6.77257;RBI=0.00980321;REFB=0.00135864;REVB=-0.00435066;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164658;STB=0.551596;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0052908;OID=.;OPOS=396804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:29:29:21:21:7:8:0.275862:4:3:12:9:4:4:12:9 chr16 419092 . A G 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.204;QD=64.4112;RBI=0.0299809;REFB=0;REVB=-0.017568;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8292e-06;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr16 419617 . C G 144.88 PASS AF=0.4;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0232568;FXX=0.142816;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.3023;QD=19.3174;RBI=0.0964786;REFB=-0.0791359;REVB=0.0936336;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420583;STB=0.764274;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0698138;OID=.;OPOS=419617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:35:30:12:13:11:12:0.4:3:8:3:9:3:9:3:10 chr16 420079 . C T 324.33 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.026822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.852;QD=12.8445;RBI=0.0297056;REFB=-0.011853;REVB=-0.0127673;RO=59;SAF=23;SAR=15;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123375;STB=0.590932;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0232324;OID=.;OPOS=420079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:59:63:38:38:0.376238:15:23:29:30:15:23:29:34 chr16 426432 . T C 127.5 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0240373;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.822;QD=17.5864;RBI=0.0243354;REFB=-0.012683;REVB=-0.00379724;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150546;STB=0.586087;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0144421;OID=.;OPOS=426432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:10:5:7:7:10:5 chr16 427435 . G T 146.44 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0148112;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.036;QD=25.4683;RBI=0.019672;REFB=-0.0152594;REVB=0.0129466;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527419;STB=0.578841;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00570873;OID=.;OPOS=427435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:21:23:6:8:15:15:0.652174:6:9:3:3:6:9:3:5 chr16 427479 . T C 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00352681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.049;QD=9.4939;RBI=0.00618248;REFB=-0.0114697;REVB=-0.00507786;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15701;STB=0.595568;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0226528;OID=.;OPOS=427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:12:12:7:4:12:12 chr16 427516 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.188;QD=56.7048;RBI=0.0149917;REFB=0;REVB=-0.0146973;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13089e-05;OID=.;OPOS=427516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr16 427784 . G A 204.56 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0296296;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.247;QD=16.6986;RBI=0.039141;REFB=-0.0244697;REVB=-0.0255755;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023807;STB=0.513606;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0276702;OID=.;OPOS=427784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:14:14:11:10:14:14 chr16 427820 . C T 178.14 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0460445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0366;QD=14.845;RBI=0.0580623;REFB=0.0394694;REVB=-0.0353713;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707777;STB=0.52605;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0505067;OID=.;OPOS=427820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:29:18:19:0.395833:10:8:11:18:11:8:11:18 chr16 449345 . G C 178.64 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0410964;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0225;QD=13.7416;RBI=0.0412914;REFB=-0.0367075;REVB=0.00400847;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109455;STB=0.563028;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0251891;OID=.;OPOS=449345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:16:15:8:13:16:15 chr16 449659 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0376398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.923;QD=15.8391;RBI=0.0388384;REFB=-0.0665747;REVB=0.00957451;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.599733;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0520115;OID=.;OPOS=449659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:4:3:2:6:4:3 chr16 456416 . T G 256.43 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00372311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3294;QD=19.7251;RBI=0.028151;REFB=-0.0145974;REVB=-0.0279037;RO=24;SAF=20;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367828;STB=0.693666;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00945231;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:26:27:0.519231:6:20:9:15:7:20:9:16 chr16 570557 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.045;QD=54.5176;RBI=0.00551337;REFB=0;REVB=0.0052514;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40212e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr16 601632 . T C 1822.31 PASS AF=1;AO=104;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4039;QD=61.2542;RBI=0.0110962;REFB=0;REVB=0.00274525;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30442e-05;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:104:119:1:49:55:0:0:54:65:0:0 chr16 602313 . C A 382.56 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.098;QD=52.7673;RBI=0.0311416;REFB=0.0206924;REVB=0.0181488;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00181391;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr16 602494 . TGGGGG TGGGGA,TGGGG 35.82 PASS AF=0.0869565,0.304348;AO=2,8;DP=24;FAO=2,7;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=2,3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0107898,-0.0523351;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=51.1651,11.2155;QD=6.23025;RBI=0.02901,0.104071;REFB=-0.0362842,-0.123488;REVB=0.0269288,0.0899545;RO=12;SAF=0,6;SAR=2,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.306452;SSSB=-0.630414,0.102563;STB=0.996262,0.599733;STBP=0.043,0.6;TYPE=snp,del;VARB=-0.0105142,0.15689;OID=.,.;OPOS=602499,602495;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGGGA,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.304348:2,8:24:2,7:23:14:0,4:2,3:10:4:25:12:0,6:2,2:8:4 chr16 603471 . A G 309.16 PASS AF=0.596154;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0355024;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.041;QD=23.7814;RBI=0.0363204;REFB=-0.0147071;REVB=0.00766449;RO=21;SAF=13;SAR=17;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19086;STB=0.60863;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0106256;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:30:31:0.596154:17:13:4:17:17:14:4:17 chr16 622565 . A G 176.14 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0264222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5268;QD=12.1472;RBI=0.0580266;REFB=-0.0279052;REVB=-0.0516619;RO=34;SAF=19;SAR=3;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336455;STB=0.688203;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0834818;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:36:22:22:0.37931:3:19:22:12:3:19:24:12 chr16 624713 . C T 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0212086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.686;QD=23.8243;RBI=0.0217888;REFB=-0.00421055;REVB=0.00499487;RO=28;SAF=12;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213412;STB=0.617584;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00174798;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:27:12:16:12:27:12:16:12 chr16 632073 . C T 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0030992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.317;QD=24.7086;RBI=0.0109899;REFB=0.0010097;REVB=0.0105439;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107644;STB=0.559947;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.000354626;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:8:9:9:14:8:9 chr16 632115 . G A 191.66 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0242307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.248;QD=15.6461;RBI=0.0242584;REFB=-0.022843;REVB=0.0011585;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929098;STB=0.582006;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0271793;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:29:20:20:0.408163:7:13:14:11:7:13:15:14 chr16 632138 . C T 191.41 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0264457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.485;QD=15.3131;RBI=0.028057;REFB=-0.026122;REVB=-0.00937134;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596891;STB=0.55097;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0252317;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:8:11:19:11:9:11:19:11 chr16 632180 . G C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0405905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.469;QD=10.1573;RBI=0.0406421;REFB=-0.00448122;REVB=0.00204791;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403805;STB=0.745393;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00693689;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:31:14:14:0.311111:11:3:16:13:11:3:17:14 chr16 632198 . T A 103.74 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0186866;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1027;QD=9.4312;RBI=0.0188057;REFB=0.0153262;REVB=0.00211357;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31196;STB=0.734917;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0190174;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:31:13:13:0.295455:10:3:13:14:10:3:17:14 chr16 632225 . T C 80.29 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00123471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4449;QD=7.46909;RBI=0.036561;REFB=0.00132513;REVB=0.0365402;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283414;STB=0.678233;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.000969617;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:8:3:16:16:8:3:16:16 chr16 632230 . CG C 74.94 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0329047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.318;QD=7.13701;RBI=0.0337916;REFB=-0.00919664;REVB=-0.00769124;RO=31;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371556;STB=0.666349;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0219589;OID=.;OPOS=632231;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905:10:42:11:42:31:3:8:15:16:74:31:2:8:15:16 chr16 632233 . T C 90.99 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0921604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3326;QD=8.27169;RBI=0.0953494;REFB=-0.0154541;REVB=-0.0244534;RO=33;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300389;STB=0.624787;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0355051;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:33:32:11:12:0.272727:8:3:17:16:8:4:16:16 chr16 633125 . T C 773.03 PASS AF=0.516556;AO=76;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.00899277;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.012;QD=20.4777;RBI=0.0405975;REFB=-0.00733781;REVB=0.039589;RO=73;SAF=33;SAR=43;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161472;STB=0.592982;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00621254;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:73:76:78:0.516556:43:33:45:28:45:33:45:28 chr16 633353 . TG CA 318.49 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.015785;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.04;QD=12.6136;RBI=0.0158026;REFB=-0.0129126;REVB=0.000744958;RO=63;SAF=20;SAR=18;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495959;STB=0.528287;STBP=0.673;TYPE=mnp;VARB=0.0241279;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:63:63:38:38:0.376238:18:20:36:27:18:20:36:27 chr16 633764 . G A 304.01 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00665143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5267;QD=14.83;RBI=0.0214733;REFB=-0.00688787;REVB=0.0204172;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215209;STB=0.512188;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00973453;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:17:17:25:23:17:17:25:23 chr16 678843 . C T 317.16 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0558005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6936;QD=11.9684;RBI=0.0561072;REFB=-0.0374528;REVB=-0.00585806;RO=67;SAF=16;SAR=23;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156843;STB=0.589698;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0432656;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:23:16:37:30:23:16:37:30 chr16 679814 . T C 2184.58 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00442981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0628;QD=61.974;RBI=0.0184665;REFB=-0.129981;REVB=0.0179273;RO=2;SAF=49;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423097;STB=0.502824;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00108036;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:2:1:137:140:0.992908:88:49:1:1:88:52:0:1 chr16 688117 . C T 568.08 PASS AF=0.542857;AO=56;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.123961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9693;QD=21.6413;RBI=0.126018;REFB=-0.00947047;REVB=-0.0226752;RO=49;SAF=19;SAR=37;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252545;STB=0.627073;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.010659;OID=.;OPOS=688117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:48:56:57:0.542857:37:19:31:18:37:20:30:18 chr16 701656 . C T 601.92 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0226079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.54;QD=54.7201;RBI=0.0331766;REFB=-0.0553771;REVB=0.0242811;RO=3;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293823;STB=0.515687;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000939969;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:18:23:1:2:18:23:1:2 chr16 705360 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.192;QD=44.6898;RBI=0.0735381;REFB=0;REVB=0.032386;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771332;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr16 705844 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0406293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2825;QD=56.0118;RBI=0.0508928;REFB=0.109901;REVB=-0.0306487;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0059248;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:0:1:22:12:0:1 chr16 705920 . G C 428.49 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0443;QD=57.1322;RBI=0.0134174;REFB=0;REVB=0.00382926;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190948;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr16 708275 . C A 1447.81 PASS AF=0.989474;AO=89;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309416;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3411;QD=60.9605;RBI=0.0768653;REFB=-0.0242787;REVB=0.0703626;RO=3;SAF=46;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029905;STB=0.504853;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00218171;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:95:3:1:89:94:0.989474:43:46:3:0:43:51:1:0 chr16 709001 . C A 620.66 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0490872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.846;QD=50.6657;RBI=0.0521503;REFB=-0.19332;REVB=0.0176094;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044666;STB=0.565187;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00351594;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:49:49:2:6:43:43:0.877551:23:20:2:0:23:20:6:0 chr16 711687 . T TGAC 301.4 PASS AF=0.397727;AO=32;DP=91;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.00132698;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=3;MLLD=193.189;QD=13.6998;RBI=0.0224203;REFB=0.00604501;REVB=-0.022381;RO=52;SAF=25;SAR=7;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477495;STB=0.509429;STBP=0.92;TYPE=ins;VARB=-0.00821233;OID=.;OPOS=711688;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397727:32:91:35:88:53:26:9:40:13:99:52:25:7:39:13 chr16 711712 . C T 1556.85 PASS AF=0.981481;AO=104;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.100501;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.999;QD=57.6611;RBI=0.126049;REFB=-0.16321;REVB=0.0760786;RO=1;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114328;STB=0.502006;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00214109;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:108:1:2:104:106:0.981481:41:63:0:1:42:64:1:1 chr16 711905 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.898;QD=61.3352;RBI=0.0465347;REFB=0;REVB=-0.0386247;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17478e-05;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr16 712867 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.664;QD=59.4347;RBI=0.0387811;REFB=0;REVB=0.0249206;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116237;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr16 715990 . G A,C 745.68 PASS AF=0.910714,0.0714286;AO=50,4;DP=56;FAO=51,4;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23,4;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0607246,0.0163237;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.2263,204.156;QD=53.2628;RBI=0.0789038,0.0164572;REFB=-0.176094,-0.115626;REVB=0.0503818,-0.00209181;RO=2;SAF=22,4;SAR=28,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0044017,0.725637;STB=0.508768,0.995941;STBP=0.51,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=0.00404455,0.139719;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:56:56:2:1:50,4:51,4:0.910714,0.0714286:28,0:22,4:1:1:28,0:23,4:0:1 chr16 717523 . G T 1095.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.072;QD=60.0281;RBI=0.0455234;REFB=0;REVB=0.0413644;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49383e-05;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:39:34:0:0 chr16 720986 . G A 605.63 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293384;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.843;QD=59.0859;RBI=0.0600555;REFB=-0.147894;REVB=0.0524016;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000949633;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:39:40:0.97561:20:19:0:0:21:19:1:0 chr16 721053 . TG T 188.14 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0227311;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9694;QD=12.7552;RBI=0.0813426;REFB=0.0199216;REVB=0.0781019;RO=31;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619424;STB=0.534858;STBP=0.645;TYPE=del;VARB=-0.0138937;OID=.;OPOS=721054;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474576:28:60:28:59:31:18:10:18:13:99:31:18:10:18:13 chr16 722331 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.478;QD=57.6769;RBI=0.0562322;REFB=0;REVB=-0.000224402;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149683;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr16 722548 . A G 373.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.088;QD=55.2688;RBI=0.0497334;REFB=0;REVB=0.00453359;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193823;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:19:8:0:0 chr16 735921 . T C 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2036;QD=49.5829;RBI=0.052015;REFB=0;REVB=0.0441073;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524613;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr16 740404 . C G 570.77 PASS AF=0.975;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00831799;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2011;QD=57.0766;RBI=0.117358;REFB=-0.119778;REVB=0.117063;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0184347;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:40:0:1:37:39:0.975:12:25:0:0:13:26:1:0 chr16 746884 . A C 3066.19 PASS AF=0.990291;AO=194;DP=199;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00332473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6175;QD=59.5377;RBI=0.0459784;REFB=-0.0520707;REVB=0.045858;RO=2;SAF=89;SAR=105;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089839;STB=0.504347;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0043129;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:206:2:2:194:204:0.990291:105:89:0:2:114:90:0:2 chr16 746914 . G A 2896.2 PASS AF=0.989362;AO=183;DP=187;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000683903;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.562;QD=61.6212;RBI=0.0141899;REFB=-0.122015;REVB=0.0141734;RO=2;SAF=73;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216848;STB=0.501069;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=3.63204e-05;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:188:2:2:183:186:0.989362:110:73:1:1:111:75:1:1 chr16 772061 . C T 834.56 PASS AF=0.863014;AO=63;DP=73;FAO=63;FDP=73;FR=.;FRO=10;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0135105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.089;QD=45.7291;RBI=0.0163995;REFB=0.0248713;REVB=0.00929578;RO=10;SAF=42;SAR=21;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473595;STB=0.525244;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00192865;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:73:73:10:10:63:63:0.863014:21:42:5:5:21:42:5:5 chr16 772062 . G T 42.37 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0108728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.7104;QD=2.29007;RBI=0.0171612;REFB=0.0125075;REVB=0.0132774;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113727;STB=0.581869;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0131071;OID=.;OPOS=772062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:4:5:42:23:4:5:42:23 chr16 772141 . G C 825.4 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.666;QD=54.1243;RBI=0.0199686;REFB=-0.104338;REVB=0.00516116;RO=2;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217703;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000849505;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:61:2:1:58:60:0.983607:27:31:1:1:27:33:0:1 chr16 773291 . GCC GC,G 118.76 PASS AF=1,0;AO=15,2;DP=19;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673172,-8.01839e-05;FXX=0.0526039;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=8.24367,7.06435;QD=26.3908;RBI=0.0120405,0.00589898;REFB=0.033689,0.0556437;REVB=-0.00998291,-0.00589843;RO=1;SAF=4,1;SAR=11,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100822,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000974981,0;OID=.,.;OPOS=773292,773292;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:15,2:19:18,0:18:0:6,0:12,0:0:0:3:1:4,1:11,1:1:0 chr16 773341 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.141;QD=56.1905;RBI=0.102753;REFB=0;REVB=0.095113;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806756;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 774520 . C T 50.09 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6143;QD=33.3938;RBI=0.0839838;REFB=0;REVB=0.029432;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450612;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 774692 . A G 1521.51 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2437;QD=63.3962;RBI=0.0665471;REFB=0;REVB=-0.0446086;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13442e-05;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:41:53:0:0:41:55:0:0 chr16 778024 . T C 612.46 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.785;QD=61.2457;RBI=0.0423273;REFB=0;REVB=0.0181184;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284805;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr16 778820 . G A 807.66 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271827;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7484;QD=57.6903;RBI=0.0422604;REFB=0;REVB=0.0323581;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688829;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr16 781633 . G A 471.06 PASS AF=0.972973;AO=32;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.148714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0857;QD=50.9249;RBI=0.152147;REFB=-0.064418;REVB=0.0321358;RO=1;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183157;STB=0.529395;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00874098;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:37:1:1:32:36:0.972973:25:7:0:1:28:8:1:0 chr16 784765 . C T 289.19 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0366;QD=52.5798;RBI=0.154355;REFB=0;REVB=-0.00040513;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414615;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr16 814942 . G A 246.6 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00764787;FXX=0.0684838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.879;QD=14.5057;RBI=0.0136585;REFB=-0.0248776;REVB=0.0113166;RO=37;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175627;STB=0.610783;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0387199;OID=.;OPOS=814942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:40:28:28:0.411765:19:9:18:19:19:9:20:20 chr16 818643 . T C 140.13 PASS AF=0.555556;AO=16;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00127597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.081;QD=20.7603;RBI=0.0133334;REFB=-0.0355061;REVB=-0.0132722;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126749;STB=0.615227;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.027324;OID=.;OPOS=818643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:11:12:16:15:0.555556:6:10:5:6:5:10:5:7 chr16 818807 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0175312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.292;QD=11.9535;RBI=0.0178832;REFB=-0.00298734;REVB=-0.00353063;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00544558;OID=.;OPOS=818807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:6:5:4:4:6:5 chr16 819434 . C T 327.69 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=9.89521e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.526;QD=16.592;RBI=0.0151588;REFB=-0.00149631;REVB=0.0151584;RO=43;SAF=23;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258588;STB=0.632953;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000827577;OID=.;OPOS=819434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:43:35:36:0.455696:12:23:17:26:13:23:17:26 chr16 819441 . G C 355.41 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00810833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.743;QD=16.7251;RBI=0.0142217;REFB=-0.00240158;REVB=0.0116838;RO=47;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275594;STB=0.64387;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00171543;OID=.;OPOS=819441;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:37:38:0.447059:14:23:16:31:15:23:16:31 chr16 823174 . C G 478.11 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00206943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.537;QD=19.7158;RBI=0.0127086;REFB=-0.0216527;REVB=-0.012539;RO=49;SAF=26;SAR=21;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746739;STB=0.54568;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0205856;OID=.;OPOS=823174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:21:26:31:18:21:26:32:18 chr16 824284 . C T 179.06 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0289883;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4147;QD=14.9215;RBI=0.0397215;REFB=-0.00651555;REVB=0.0271565;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345175;STB=0.542951;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.012548;OID=.;OPOS=824284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:10:19:13:6:11:18 chr16 824480 . C T 150.63 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.056914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6465;QD=10.3885;RBI=0.0591009;REFB=-0.0216071;REVB=-0.0159284;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144192;STB=0.572368;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0584244;OID=.;OPOS=824480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:11:9:12:25:11:9:13:25 chr16 825255 . G A 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0577756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9123;QD=18.2991;RBI=0.0589248;REFB=0.00844815;REVB=0.0115806;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144846;STB=0.508227;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00641741;OID=.;OPOS=825255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:10:13:11:9:10:13 chr16 835298 . C T 175.49 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0112502;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.94;QD=13.2442;RBI=0.0177276;REFB=-0.0234132;REVB=0.0137004;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947741;STB=0.554678;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0359713;OID=.;OPOS=835298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:17:15:8:13:17:15 chr16 839262 . A G 2110.09 PASS AF=0.992701;AO=132;DP=134;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0761816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.144;QD=61.6086;RBI=0.0772514;REFB=-0.0851063;REVB=-0.0128121;RO=2;SAF=57;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197015;STB=0.503311;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000519448;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:137:2:1:132:136:0.992701:75:57:1:1:75:61:0:1 chr16 839269 . G A 644.53 PASS AF=0.496183;AO=66;DP=131;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.03336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2708;QD=19.6803;RBI=0.0641622;REFB=-0.00086988;REVB=0.0548078;RO=64;SAF=18;SAR=48;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304809;STB=0.660923;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00168584;OID=.;OPOS=839269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:66:66:65:0.496183:48:18:38:26:47:18:38:28 chr16 839996 . T C 120.47 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0135678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.942;QD=14.1731;RBI=0.0430217;REFB=-0.00884245;REVB=-0.0408262;RO=19;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544206;STB=0.843524;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00846032;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:13:1:8:11:13:1:9:11 chr16 840378 . A G 216.88 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0254281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4135;QD=22.8294;RBI=0.0398967;REFB=0.0128381;REVB=0.0307434;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107809;STB=0.555504;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0210837;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:17:21:21:0.552632:10:11:10:5:10:11:11:6 chr16 840599 . C T 369.89 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00317893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.349;QD=17.4064;RBI=0.0171862;REFB=-0.0160431;REVB=-0.0168896;RO=43;SAF=10;SAR=28;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217158;STB=0.605758;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0208756;OID=.;OPOS=840599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:43:46:38:39:0.458824:28:10:20:23:28:11:21:25 chr16 843067 . G A 300.39 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00265377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.07;QD=19.0723;RBI=0.00318013;REFB=-0.0289993;REVB=0.00175235;RO=31;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1589;STB=0.588728;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.037847;OID=.;OPOS=843067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:11:21:15:16:11:21:15:16 chr16 848755 . G A 139.61 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0170783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.62;QD=21.4784;RBI=0.0235443;REFB=0.000813169;REVB=-0.016207;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232282;STB=0.6314;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00188378;OID=.;OPOS=848755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:5:10:4:7:5:10:4:7 chr16 855717 . C G 661.3 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0881583;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.251;QD=60.118;RBI=0.0886048;REFB=0.10197;REVB=0.00888395;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000231448;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:1:0:25:18:1:0 chr16 929711 . C T 267.88 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0157357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.001;QD=16.235;RBI=0.0157568;REFB=-0.0088913;REVB=0.000813977;RO=36;SAF=10;SAR=20;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366971;STB=0.70575;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0181297;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:20:10:26:10:20:10:26:10 chr16 984113 . C A 116.56 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0158483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.228;QD=11.656;RBI=0.0219803;REFB=-0.0286074;REVB=-0.0152304;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764117;STB=0.545388;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0467145;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:11:15:9:5:11:15 chr16 1004554 . C T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0360904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.454;QD=16.1561;RBI=0.0367694;REFB=-0.024323;REVB=-0.0070337;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171615;STB=0.605519;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0333111;OID=.;OPOS=1004554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:27:27:0.457627:10:17:14:17:10:17:14:18 chr16 1034834 . T C 754.82 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174912;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4612;QD=56.9672;RBI=0.0189203;REFB=0;REVB=-0.00721357;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194978;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr16 1034954 . T C 88.1 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0470096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.273;QD=27.1079;RBI=0.0528186;REFB=-0.00695359;REVB=0.0240812;RO=3;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5713;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00247678;OID=.;OPOS=1034954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:9:10:0.769231:9:0:0:3:9:1:0:3 chr16 1035456 . A G 343.84 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=-0.00363141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.193;QD=17.1921;RBI=0.0368588;REFB=-0.00774501;REVB=0.0366795;RO=40;SAF=34;SAR=2;SRF=34;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289972;STB=0.643624;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0119701;OID=.;OPOS=1035456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:40:43:36:37:0.4625:2:34:34:6:3:34:35:8 chr16 1115495 . T C 75.13 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0455364;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4461;QD=10.733;RBI=0.0613366;REFB=-0.0557281;REVB=0.0410928;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.571289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0580824;OID=.;OPOS=1115495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:17:18:10:10:0.357143:5:5:10:7:5:5:11:7 chr16 1115904 . G A 55.25 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0751211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6656;QD=24.5554;RBI=0.08255;REFB=-0.0325249;REVB=0.0342245;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216951;STB=0.624651;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00853269;OID=.;OPOS=1115904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:0:2:3:4:0:2 chr16 1116169 . A G 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0317604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.363;QD=7.52724;RBI=0.0318262;REFB=-0.00685122;REVB=0.00204566;RO=41;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287172;STB=0.68357;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.012634;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:43:16:16:0.271186:7:9:13:28:7:9:13:30 chr16 1116213 . G A 241.13 PASS AF=0.75;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0010695;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.3226;QD=34.4472;RBI=0.079402;REFB=-0.0244117;REVB=0.0793948;RO=6;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504888;STB=0.549248;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0170978;OID=.;OPOS=1116213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:29:28:6:7:21:21:0.75:13:8:3:3:13:8:4:3 chr16 1116216 . GCCCT GCCCTG,GCCT,GCCTG 174.26 PASS AF=0.947368,0.0526316,0;AO=12,2,3;DP=19;FAO=18,1,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,0;FSAR=10,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0972511,-0.0506355,-0.0795639;FXX=0;HRUN=5,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=14.9907,13.4287,5.87389;QD=36.6869;RBI=0.144567,0.315106,0.150723;REFB=0,0,0;REVB=0.106967,-0.311011,-0.128012;RO=0;SAF=5,0,1;SAR=7,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.226804,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=-0.00174305,0.120236,0;OID=.,.,.;OPOS=1116221,1116217,1116219;OREF=-,C,CT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GCCCTG,GCCT,GCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.947368,0.0526316,0:12,2,3:19:18,1,0:19:0:8,0,0:10,1,0:0:0:5:0:5,0,1:7,2,2:0:0 chr16 1116445 . A G 190.54 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.156;QD=47.6348;RBI=0.100818;REFB=0;REVB=0.0984832;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289488;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:1:12:0:0:3:13:0:0 chr16 1129872 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.039;QD=37.4885;RBI=0.0911672;REFB=0;REVB=0.0564391;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019596;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr16 1129912 . A G 73.72 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.042;QD=36.8583;RBI=0.055764;REFB=0;REVB=0.0400202;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875808;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr16 1131181 . C T 1511.27 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041023;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.767;QD=59.8521;RBI=0.0413147;REFB=0;REVB=0.00490089;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46577e-05;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr16 1131393 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.3;QD=39.3176;RBI=0.0442765;REFB=0.0185984;REVB=-0.0209409;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000629986;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr16 1252369 . C T 562.83 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.046;QD=54.91;RBI=0.101196;REFB=-0.0845786;REVB=0.0994662;RO=2;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623306;STB=0.531234;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000691395;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:2:2:38:39:0.95122:14:24:0:2:15:24:0:2 chr16 1260481 . T C 725.86 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.477;QD=60.4879;RBI=0.0157587;REFB=0.0117719;REVB=-0.0117475;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000410899;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:1:1:45:47:0.979167:21:24:1:0:22:25:1:0 chr16 1261219 . A G 1012.33 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675697;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.547;QD=59.549;RBI=0.0745322;REFB=0;REVB=-0.0314544;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128575;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:23:44:0:0:23:45:0:0 chr16 1261222 . A G 930.24 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0366416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3828;QD=55.5365;RBI=0.0366894;REFB=-0.168883;REVB=-0.00187257;RO=2;SAF=44;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209893;STB=0.511108;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00530935;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:65:65:0.970149:21:44:2:0:21:44:2:0 chr16 1261282 . T C 610.04 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00270277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.946;QD=46.9264;RBI=0.010151;REFB=-0.128483;REVB=0.00978453;RO=3;SAF=28;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477653;STB=0.520539;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.000814676;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:52:52:3:5:47:47:0.903846:19:28:3:0:19:28:4:1 chr16 1265600 . G A 149.08 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0557709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5282;QD=18.6353;RBI=0.0576435;REFB=-0.00934111;REVB=0.0145732;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300156;STB=0.672184;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0452424;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:12:4:9:7:12:4:9:7 chr16 1268494 . C T 191.9 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00938981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.118;QD=30.7037;RBI=0.0246891;REFB=-0.0670424;REVB=0.0228338;RO=3;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130661;STB=0.639856;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.017139;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:25:25:3:7:18:18:0.72:9:9:3:0:9:9:7:0 chr16 1269029 . T C 329.92 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165542;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.839;QD=50.7574;RBI=0.0177095;REFB=-0.15141;REVB=-0.00629162;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00415157;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:26:1:1:24:25:0.961538:13:11:0:1:14:11:0:1 chr16 1270162 . G A 729.04 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0283;QD=62.0455;RBI=0.0857208;REFB=0;REVB=0.0847404;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013427;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:28:18:1:0:28:19:0:0 chr16 1270349 . T C 79.26 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285357;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4553;QD=39.6305;RBI=0.0916505;REFB=0;REVB=0.0870949;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00537715;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 1270475 . G A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00476546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.843;QD=26.3375;RBI=0.076804;REFB=-0.026648;REVB=0.076656;RO=15;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915847;STB=0.55052;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00759234;OID=.;OPOS=1270475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:7:16:12:3:7:16:12:3 chr16 1271890 . G T 601.23 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0626463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0928;QD=58.6562;RBI=0.106646;REFB=-0.122403;REVB=0.086306;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00254195;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:14:26:0:0:14:26:1:0 chr16 1272038 . G A,C 539.18 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863593,-0.0346048;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.4744,18.9113;QD=58.2898;RBI=0.0881458,0.0369439;REFB=0,0;REVB=0.0176566,0.0129367;RO=0;SAF=17,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000998582,0.171521;OID=.,.;OPOS=1272038,1272038;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:18,0:17,2:0:0:18,0:17,2:0:0 chr16 1272865 . G A 2361.98 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.439;QD=60.9544;RBI=0.0184335;REFB=0;REVB=0.00873351;RO=0;SAF=83;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27281e-05;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:155:0:0:152:155:1:69:83:0:0:71:84:0:0 chr16 1272881 . C T 308.55 PASS AF=0.28;AO=41;DP=145;FAO=42;FDP=150;FR=.;FRO=108;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0180306;FXX=0.00662208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.624;QD=8.22786;RBI=0.0186491;REFB=-0.0081365;REVB=-0.00476307;RO=72;SAF=17;SAR=24;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111216;STB=0.538443;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0194258;OID=.;OPOS=1272881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:150:72:108:41:42:0.28:24:17:37:35:24:18:52:56 chr16 1278744 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.292;QD=50.4134;RBI=0.0433084;REFB=0;REVB=-0.0285606;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30333e-05;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr16 1278767 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.719;QD=48.7373;RBI=0.0559755;REFB=0;REVB=0.0495576;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327126;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr16 1279574 . C G 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.137;QD=43.4768;RBI=0.0609299;REFB=0;REVB=0.0436136;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121134;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr16 1279584 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4568;QD=45.8058;RBI=0.0505719;REFB=0;REVB=-0.0238422;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00233357;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 1279623 . G A 164.38 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244099;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.035;QD=46.9656;RBI=0.0256452;REFB=0;REVB=0.00786339;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195896;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 1279704 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00228807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0016;QD=16.8229;RBI=0.0911683;REFB=0.00260731;REVB=-0.0911396;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477379;STB=0.777056;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00476726;OID=.;OPOS=1279704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:0:5:2:5:0:5 chr16 1279710 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.149514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5193;QD=14.6497;RBI=0.154445;REFB=0.0215022;REVB=0.0387157;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601011;STB=0.856027;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0012151;OID=.;OPOS=1279710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:0:5:1:5:0:5 chr16 1291188 . C T 152.41 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2286;QD=40.6438;RBI=0.0235067;REFB=-0.138396;REVB=0.0106747;RO=1;SAF=12;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364168;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00513088;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:2:12:1:0:2:12:1:0 chr16 1291597 . C G 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0369498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.079;QD=32.6186;RBI=0.0427337;REFB=-0.0354308;REVB=0.0214682;RO=4;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443366;STB=0.749604;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00177522;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:13:2:4:0:13:2:4:0 chr16 1306355 . T C 82.25 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.102289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7693;QD=32.8989;RBI=0.111015;REFB=-0.146321;REVB=0.0431421;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0128495;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:7:2:0:0:7:2:0:1 chr16 1306559 . AG A,GA 107.84 PASS AF=0.483871,0;AO=10,4;DP=31;FAO=15,0;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8,0;FSAR=7,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.112795,-0.00709487;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=19.2813,122.257;QD=13.915;RBI=0.121018,0.204258;REFB=0.00387354,0.00428519;REVB=-0.0438479,-0.204134;RO=12;SAF=8,0;SAR=2,4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.167732,-0.731329;STB=0.515131,0.5;STBP=0.864,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0021262,0;OID=.,.;OPOS=1306560,1306559;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:16:10,4:15,0:0.483871,0:2,4:8,0:8:4:7,0:8,0:9:7 chr16 1306671 . G A 272.55 PASS AF=0.568182;AO=23;DP=42;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0472171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.384;QD=24.7776;RBI=0.0473241;REFB=0.00121667;REVB=-0.0031801;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116726;STB=0.577919;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000614777;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:19:19:23:25:0.568182:10:13:8:11:10:15:8:11 chr16 1306681 . G A 243.98 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0485221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2516;QD=23.236;RBI=0.048647;REFB=-0.0046048;REVB=0.00348398;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318822;STB=0.517804;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0050546;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:10:9:10:13:10:9 chr16 1306918 . C T 269.3 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00507766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.736;QD=11.8372;RBI=0.0227824;REFB=-0.00182844;REVB=-0.0222094;RO=59;SAF=17;SAR=15;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656561;STB=0.503788;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00672484;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:15:17:31:28:15:17:31:28 chr16 1306921 . G A 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0154883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.814;QD=12.2435;RBI=0.0164317;REFB=-0.00561082;REVB=-0.0054874;RO=59;SAF=17;SAR=16;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114599;STB=0.506592;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0112622;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:16:17:31:28:16:17:31:28 chr16 1306927 . C T 256.24 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0177819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.483;QD=11.2634;RBI=0.0410527;REFB=-0.0177114;REVB=0.0370018;RO=60;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362543;STB=0.521013;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0170419;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:14:17:31:29:14:17:31:29 chr16 1306971 . A G 256.39 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00827057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.727;QD=11.2698;RBI=0.0166863;REFB=-0.0108374;REVB=-0.0144924;RO=58;SAF=17;SAR=14;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043272;STB=0.512187;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0341726;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:60:31:31:0.340659:14:17:34:24:14:17:34:26 chr16 1306973 . A G 244.46 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0442429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7607;QD=10.8648;RBI=0.0445331;REFB=-0.0186346;REVB=-0.00507519;RO=60;SAF=17;SAR=13;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0296128;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:13:17:34:26:13:17:34:26 chr16 1306986 . C T 201.17 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0640858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8748;QD=9.81302;RBI=0.0653588;REFB=-0.0117314;REVB=0.0128367;RO=56;SAF=16;SAR=10;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742583;STB=0.543655;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0162942;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:10:16:31:25:10:16:31:25 chr16 1311333 . A G 752.43 PASS AF=0.981818;AO=46;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.298;QD=54.7221;RBI=0.12386;REFB=-0.163057;REVB=0.0546122;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00384377;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:1:1:46:54:0.981818:21:25:1:0:26:28:1:0 chr16 1312546 . T A 725.56 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361121;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.384;QD=56.9066;RBI=0.0426155;REFB=0;REVB=0.0226274;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80804e-05;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr16 1312826 . A G 976.68 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.163;QD=57.4519;RBI=0.0273862;REFB=-0.0689039;REVB=-0.00756444;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000652817;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:34:32:0:0:34:33:1:0 chr16 1312872 . G T 271.9 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00647372;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.019;QD=15.762;RBI=0.00787059;REFB=-0.00536934;REVB=0.00447627;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525256;STB=0.530398;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00597022;OID=.;OPOS=1312872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:38:30:31:0.449275:13:17:19:18:13:18:20:18 chr16 1370597 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.312;QD=59.0176;RBI=0.049895;REFB=0;REVB=0.0398538;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218896;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr16 1370614 . C G 406.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.471;QD=56.1359;RBI=0.0266233;REFB=0;REVB=-0.0251829;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59822e-05;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr16 1370630 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4474;QD=47.8207;RBI=0.0391839;REFB=0;REVB=-0.0225773;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113889;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 1374818 . AA GA,GG 357.08 PASS AF=0.892857,0.0714286;AO=25,2;DP=28;FAO=25,2;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136014,0.00679708;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=224.035,176.758;QD=51.0117;RBI=0.0151627,0.00769853;REFB=0.0221784,0.0168031;REVB=0.00670143,0.00361485;RO=1;SAF=15,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.044143,0.697199;STB=0.52379,0.993266;STBP=0.301,0.227;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000950836,-0.0170482;OID=.,.;OPOS=1374818,1374818;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:28:28:1:1:25,2:25,2:0.892857,0.0714286:10,0:15,2:0:1:10,0:15,2:0:1 chr16 1389152 . G GA 743.45 PASS AF=1;AO=6;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115087;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.8847;QD=53.1035;RBI=0.12215;REFB=0;REVB=-0.0409333;RO=48;SAF=5;SAR=1;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00191778;OID=.;OPOS=1389153;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:56:56:56:0:30:26:0:0:4:48:5:1:24:24 chr16 1389153 . C A 617.79 PASS AF=0.875;AO=47;DP=55;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0585652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2232;QD=44.1278;RBI=0.0812802;REFB=-0.173771;REVB=0.0563612;RO=7;SAF=24;SAR=23;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842711;STB=0.545833;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0174594;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:55:56:7:7:47:49:0.875:23:24:6:1:25:24:6:1 chr16 1391871 . C G 817.68 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.244;QD=57.3814;RBI=0.0370768;REFB=0;REVB=-0.008174;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31907e-05;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr16 1394507 . A C 915.5 PASS AF=0.984375;AO=53;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.688;QD=57.2186;RBI=0.0452299;REFB=0;REVB=0.0244601;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130967;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:64:0:0:53:63:0.984375:28:25:0:0:35:28:0:0 chr16 1419947 . A G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0025677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.949;QD=50.8365;RBI=0.019092;REFB=0.0310139;REVB=-0.0189186;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00158613;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:13:12:0:0:13:12:0:1 chr16 1433766 . T C 1190.06 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.618;QD=61.0285;RBI=0.0814676;REFB=0;REVB=0.0807254;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228165;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr16 1447278 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.19;QD=60.2298;RBI=0.0188213;REFB=0;REVB=0.000864405;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5695e-05;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr16 1479250 . C T 680.48 PASS AF=0.466216;AO=68;DP=149;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=0.0223409;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.976;QD=18.3912;RBI=0.0254793;REFB=-0.0117555;REVB=-0.0122506;RO=79;SAF=30;SAR=38;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124856;STB=0.57267;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0161615;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:79:79:68:69:0.466216:38:30:25:54:38:31:25:54 chr16 1484392 . G C 185.04 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0124879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4116;QD=18.9783;RBI=0.026295;REFB=-0.00969812;REVB=0.0231405;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142977;STB=0.591302;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00684506;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:18:19:0.487179:10:8:12:8:11:8:12:8 chr16 1484473 . A G 598.75 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012873;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.087;QD=61.4101;RBI=0.0222979;REFB=0;REVB=-0.0182066;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19115e-05;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr16 1488646 . A G 402.12 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0223458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4022;QD=21.7364;RBI=0.0545181;REFB=-0.00510796;REVB=-0.0497282;RO=32;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211139;STB=0.50847;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00218923;OID=.;OPOS=1488646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:34:40:40:0.540541:24:16:12:20:24:16:13:21 chr16 1503879 . T A 802.18 PASS AF=0.56391;AO=75;DP=132;FAO=75;FDP=133;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0295134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.463;QD=24.1256;RBI=0.0304397;REFB=-0.0159123;REVB=-0.00745215;RO=57;SAF=31;SAR=44;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767193;STB=0.538436;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0137044;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:57:58:75:75:0.56391:44:31:29:28:44:31:29:29 chr16 1536372 . G A 107.4 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528004;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.057;QD=42.9608;RBI=0.00647881;REFB=0;REVB=-0.00375448;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132845;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr16 1536535 . C T 347.25 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2856;QD=53.4228;RBI=0.0615362;REFB=0;REVB=0.0424224;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010817;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr16 1537454 . CT C,CC 173.09 PASS AF=0.625,0.375;AO=8,6;DP=16;FAO=10,6;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=7,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037236,0.00777325;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.999,145.784;QD=43.2724;RBI=0.0539293,0.0336562;REFB=0,0;REVB=0.039011,0.0327462;RO=1;SAF=2,2;SAR=6,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0679981,0.0962265;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0010348,0.00611063;OID=.,.;OPOS=1537455,1537455;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.625,0.375:8,6:16:10,6:16:0:3,2:7,4:0:0:28:1:2,2:6,4:0:1 chr16 1537839 . G A 957.28 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.464;QD=56.3108;RBI=0.048307;REFB=-0.087599;REVB=0.0469012;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113841;STB=0.506022;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00392125;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:1:1:65:67:0.985294:24:41:1:0:26:41:1:0 chr16 1538363 . C A 1124.07 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369812;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.129;QD=59.1616;RBI=0.0478422;REFB=-0.0696662;REVB=0.0303524;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0001923;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:75:75:0.986842:39:36:0:0:39:36:1:0 chr16 1538433 . A G 699.97 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0118418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.332;QD=50.9069;RBI=0.0158238;REFB=-0.213209;REVB=-0.0104959;RO=3;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448028;STB=0.5238;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0126507;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:3:3:52:52:0.945455:30:22:0:3:30:22:0:3 chr16 1538464 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.102;QD=62.0217;RBI=0.0694618;REFB=0;REVB=0.0211229;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010867;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:33:9:0:0:33:9:0:0 chr16 1544301 . GA CG 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166343;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.103;QD=56.1916;RBI=0.0307744;REFB=0;REVB=0.0307294;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000132451;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr16 1555496 . C T 459.99 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0497424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.957;QD=18.5856;RBI=0.0497785;REFB=-0.00302124;REVB=0.00189598;RO=48;SAF=13;SAR=33;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333017;STB=0.559295;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00393665;OID=.;OPOS=1555496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:53:46:46:0.464646:33:13:15:33:33:13:20:33 chr16 1676035 . AGGGGGC ACGGGGC,AGGGGC,AGGGGCG,CAGGGGC 80.19 PASS AF=0,0.416667,0.0833333,0;AO=2,17,3,2;DP=50;FAO=0,20,4,0;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=0,9,3,0;FSAR=0,11,1,0;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0266734,-0.0506754,-0.066865,-0.0470129;FXX=0.039992;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=150.064,7.73726,64.8667,20.6982;QD=6.68281;RBI=0.0572992,0.184653,0.0673238,0.0979678;REFB=-0.0263957,-0.184814,-0.0227015,-0.109976;REVB=-0.0507122,0.177563,-0.00784627,0.0859504;RO=16;SAF=0,11,1,1;SAR=2,6,2,1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.440476,0,0;SSSB=-0.510523,0.183655,-0.119082,0.062606;STB=0.5,0.518415,0.774541,0.5;STBP=1,0.857,0.326,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.179413,-0.0179699,0;OID=.,.,.,.;OPOS=1676036,1676036,1676040,1676035;OREF=G,G,GC,AG;OALT=C,-,CG,CA;OMAPALT=ACGGGGC,AGGGGC,AGGGGCG,CAGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:50:48:16:24:2,17,3,2:0,20,4,0:0,0.416667,0.0833333,0:2,6,2,1:0,11,1,1:7:9:0,11,1,0:0,9,3,0:10:14 chr16 1706698 . CG C 55.44 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0548865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9424;QD=13.0435;RBI=0.0575094;REFB=-0.105098;REVB=0.0171698;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207621;STB=0.620002;STBP=0.298;TYPE=del;VARB=0.119001;OID=.;OPOS=1706699;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:10:17:10:17:7:3:7:4:3:35:7:3:7:4:3 chr16 1814440 . A G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.051;QD=45.1041;RBI=0.0611665;REFB=-0.065923;REVB=-0.0495516;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00100943;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:7:11:0:0:7:11:0:1 chr16 1818503 . G C 331.95 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00635631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.164;QD=51.0698;RBI=0.069456;REFB=-0.165747;REVB=0.0691645;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00392997;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:26:0:1:25:25:0.961538:11:14:0:0:11:14:0:1 chr16 1818783 . C T 250.22 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00200647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.322;QD=20.0178;RBI=0.00592284;REFB=-0.0150537;REVB=0.00557263;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037479;STB=0.518503;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.016565;OID=.;OPOS=1818783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:26:24:24:0.48:13:11:10:14:13:11:11:15 chr16 1820992 . T A 298.81 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.992;QD=51.9663;RBI=0.0281906;REFB=0;REVB=0.0204812;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624285;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:20:23:1:6:14:0:0:7:16:0:0 chr16 1859432 . G C 83.53 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.090774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0505;QD=20.882;RBI=0.0908978;REFB=-0.0335722;REVB=-0.00474192;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.562377;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0250643;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:2:4:5:5:2:4 chr16 1877558 . G A 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0267905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7731;QD=13.6268;RBI=0.0352209;REFB=0.00394143;REVB=0.0228643;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0045876;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr16 1878031 . GC AT 163.62 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0386615;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.254;QD=22.5676;RBI=0.0407341;REFB=-0.0207007;REVB=-0.0128278;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153092;STB=0.558069;STBP=0.527;TYPE=mnp;VARB=0.00847904;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:12:12:16:17:0.586207:12:4:5:7:12:5:5:7 chr16 1878067 . C G 39.79 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0393035;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.816;QD=10.612;RBI=0.0494057;REFB=0.00953715;REVB=-0.029936;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0261669;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:9:9:6:6:0.4:5:1:4:5:5:1:4:5 chr16 1878492 . G A 264.91 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0126251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.069;QD=20.777;RBI=0.015797;REFB=-0.0130663;REVB=0.00949475;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119877;STB=0.563829;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00694581;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:26:27:0.529412:15:11:13:10:16:11:13:11 chr16 1878521 . C G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0226899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3496;QD=17.5415;RBI=0.0266582;REFB=-0.044332;REVB=0.0139938;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589223;STB=0.515131;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0450165;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:7:8:9:6:7:8:9:7 chr16 1878597 . T C 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0179704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7873;QD=11.8123;RBI=0.0297454;REFB=0.00488653;REVB=0.0237034;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768092;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00673137;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:14:9:6:7:14:9 chr16 1878641 . A C 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0186796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9738;QD=10.378;RBI=0.0232614;REFB=0.0189477;REVB=0.0138625;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124271;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0287159;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:9:7:5:4:9:7 chr16 1894912 . C T 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00734425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4122;QD=13.4408;RBI=0.0661874;REFB=0.00852898;REVB=-0.0657787;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177933;STB=0.603583;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0160526;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:3:10:6:4:3:10 chr16 1894961 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0493434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.834;QD=21.1722;RBI=0.0499562;REFB=-0.0301521;REVB=-0.00780051;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222221;STB=0.624812;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0202241;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:1:7:7:5:1:7 chr16 1918125 . T G 340.73 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0093104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.381;QD=15.6657;RBI=0.00933458;REFB=-0.00572767;REVB=0.000671552;RO=50;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10658;STB=0.560223;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00729594;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:23:14:24:26:23:14:24:26 chr16 1961674 . G C 145.53 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00390714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.371;QD=16.1698;RBI=0.0274264;REFB=-0.028268;REVB=0.0271467;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117088;STB=0.554194;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0260855;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:15:16:0.444444:11:4:7:12:11:5:8:12 chr16 1962132 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.333;QD=14.0438;RBI=0.0114673;REFB=-0.0242398;REVB=0.0114673;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185398;OID=.;OPOS=1962132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr16 1990994 . T C 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00446726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.008;QD=18.6369;RBI=0.0203337;REFB=-0.0086585;REVB=0.0198369;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237709;STB=0.642704;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0128796;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:6:10:13:2:6:10:14:2 chr16 2009697 . C T 422.13 PASS AF=0.387597;AO=48;DP=127;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.0805207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6779;QD=13.0894;RBI=0.149509;REFB=0.00942728;REVB=0.125973;RO=78;SAF=18;SAR=30;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037295;STB=0.500164;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00919334;OID=.;OPOS=2009697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:78:79:48:50:0.387597:30:18:29:49:31:19:30:49 chr16 2014283 . A G 408.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.656;QD=56.3027;RBI=0.0578342;REFB=0;REVB=0.056168;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284813;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:8:20:0:0:9:20:0:0 chr16 2024131 . T C 195.43 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283828;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2662;QD=48.8573;RBI=0.0395822;REFB=0;REVB=0.0275893;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505069;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr16 2028402 . A C 246.6 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0639646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2013;QD=17.9345;RBI=0.0641674;REFB=-0.0235538;REVB=0.00509718;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663602;STB=0.546524;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0234263;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:15:12:14:13:15:12:15:13 chr16 2029083 . G A 74.66 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0278952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.956;QD=24.8879;RBI=0.0285965;REFB=-0.0241894;REVB=-0.00629425;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176687;STB=0.588061;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0107347;OID=.;OPOS=2029083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:6:2:0:3:7:2:0:3 chr16 2035868 . C T 359.42 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0397756;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.063;QD=16.3371;RBI=0.040635;REFB=-0.0247661;REVB=-0.00831273;RO=50;SAF=17;SAR=20;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242596;STB=0.640775;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0201932;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:37:38:0.431818:20:17:35:15:21:17:35:15 chr16 2048826 . C G 73.76 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0751238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.986;QD=9.83519;RBI=0.0751512;REFB=-0.00943851;REVB=-0.00202816;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.535142;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0414957;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:7:13:6:4:7:13 chr16 2049640 . A G 243.73 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00184174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9785;QD=15.2328;RBI=0.122353;REFB=-0.0223802;REVB=-0.122339;RO=34;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155149;STB=0.611026;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0156252;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:34:36:28:28:0.4375:7:21:21:13:7:21:21:15 chr16 2049831 . G C 188.75 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0528652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4154;QD=20.9722;RBI=0.0626684;REFB=-0.0463528;REVB=0.033654;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481957;STB=0.578229;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0434949;OID=.;OPOS=2049831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:19:19:0.527778:12:7:6:8:12:7:9:8 chr16 2052216 . G A 36.89 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0097348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8057;QD=7.76634;RBI=0.0299361;REFB=-0.014942;REVB=-0.028309;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0244299;OID=.;OPOS=2052216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:5:8:4:2:5:8 chr16 2086482 . G A 194.22 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0129669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3229;QD=24.2771;RBI=0.0609235;REFB=-0.0209619;REVB=0.0595276;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683169;STB=0.503813;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0340956;OID=.;OPOS=2086482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:4:9:13:6:4:9 chr16 2257105 . C G 383.94 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00761441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.526;QD=17.6522;RBI=0.0100244;REFB=0.0039172;REVB=-0.00651992;RO=46;SAF=14;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647351;STB=0.543643;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00519779;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:26:14:19:27:26:14:20:27 chr16 2260567 . C T 928.26 PASS AF=0.955882;AO=61;DP=64;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0168837;FXX=0.0285673;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.5218;QD=54.6037;RBI=0.0356413;REFB=-0.173272;REVB=0.0313886;RO=3;SAF=32;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125948;STB=0.505693;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00343577;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:64:68:3:3:61:65:0.955882:29:32:2:1:30:35:2:1 chr16 2260612 . T C 668.26 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.192;QD=62.1634;RBI=0.0435714;REFB=0;REVB=0.0390642;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147887;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr16 2263144 . TAA TA,TAG,TGA 781.88 PASS AF=0.0178571,0.982143,0;AO=12,37,2;DP=56;FAO=1,55,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0;FSAR=1,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152631,-0.041024,-0.0375073;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=23.6503,37.6858,83.0924;QD=55.8486;RBI=0.0983431,0.151887,0.0775811;REFB=0,0,0;REVB=-0.0971514,0.146242,-0.067912;RO=0;SAF=1,22,0;SAR=11,15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.23983e-08,3.82408e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0499154,0.00854385,0.0339032;OID=.,.,.;OPOS=2263145,2263146,2263145;OREF=A,A,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=TA,TAG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0178571,0.982143,0:12,37,2:56:1,55,0:56:0:0,27,0:1,28,0:0:0:4:0:1,22,0:11,15,2:0:0 chr16 2263516 . A G 262.94 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0474964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1436;QD=47.807;RBI=0.0523896;REFB=-0.0166306;REVB=-0.0221081;RO=1;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263952;STB=0.514272;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00732613;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:17:4:0:1:17:4:0:1 chr16 2282256 . G A 202.84 PASS AF=1;AO=8;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7643;QD=47.7267;RBI=0.247205;REFB=0;REVB=0.236825;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00773536;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:8:17:1:3:5:0:0:8:9:0:0 chr16 2285357 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.671;QD=56.9985;RBI=0.0294117;REFB=0;REVB=0.0176165;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132654;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr16 2331430 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.377;QD=62.9799;RBI=0.0269989;REFB=0;REVB=0.0240595;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78534e-05;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr16 2511114 . G A 274.07 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00999809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.975;QD=29.6294;RBI=0.00999896;REFB=-0.0124761;REVB=-0.000131711;RO=12;SAF=21;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054828;STB=0.533952;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00491369;OID=.;OPOS=2511114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:37:12:12:24:25:0.675676:3:21:10:2:3:22:10:2 chr16 2512523 . G A 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0399712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.583;QD=39.4355;RBI=0.0441156;REFB=-0.0658207;REVB=0.018668;RO=2;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609953;STB=0.533293;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0109849;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:14:2:0:2:14:2:0:2 chr16 2523137 . T TC 31.53 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0674545;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.7105;QD=7.41951;RBI=0.0712392;REFB=-0.00980286;REVB=0.0229109;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434685;STB=0.776761;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=0.111665;OID=.;OPOS=2523138;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:6:17:6:17:11:1:5:6:5:31:11:1:5:6:5 chr16 2766484 . G C 35.36 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0199389;FXX=0.111049;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4741;QD=8.84074;RBI=0.0321698;REFB=-0.014822;REVB=0.0252455;RO=8;SAF=0;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.732891;STB=0.794397;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.149452;OID=.;OPOS=2766484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:15:16:8:10:5:6:0.375:5:0:4:4:5:1:6:4 chr16 2790192 . A AC,C 31.32 PASS AF=0.35,0;AO=3,2;DP=20;FAO=7,0;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00335469,-0.0259737;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=47.478,187.637;QD=6.26438;RBI=0.00436776,0.0300627;REFB=-0.0235752,-0.0124164;REVB=0.00279703,-0.0151371;RO=14;SAF=0,1;SAR=3,1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.705668,-0.22986;STB=0.752737,0.5;STBP=0.112,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.184997,0;OID=.,.;OPOS=2790193,2790192;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:20:20:14:13:3,2:7,0:0.35,0:3,1:0,1:10:4:5,0:2,0:9:4 chr16 2812890 . A G 695.78 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0407356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.311;QD=60.5029;RBI=0.0420315;REFB=-0.0248205;REVB=0.0103566;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000474191;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:44:45:0.978261:25:19:0:0:25:20:1:0 chr16 2812939 . C A 435.27 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.37;QD=54.409;RBI=0.0474635;REFB=0.0184886;REVB=0.0394907;RO=2;SAF=7;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422343;STB=0.510632;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00737181;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:30:31:0.96875:23:7:1:1:23:8:0:1 chr16 2814162 . G A 65.24 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00939765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.694;QD=10.874;RBI=0.0425224;REFB=-0.0149118;REVB=-0.0414709;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469885;STB=0.52824;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0337264;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:6:9:5:4:6:9 chr16 2815237 . A C 107.26 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0212912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3523;QD=12.6182;RBI=0.0220747;REFB=-0.0111989;REVB=0.00582911;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652316;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0131708;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:10:11:6:7:10:11 chr16 2818161 . T C 269.6 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.110776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7492;QD=12.687;RBI=0.120302;REFB=-0.0222476;REVB=-0.0469168;RO=52;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416819;STB=0.502241;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0419521;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:52:53:31:32:0.376471:18:13:22:30:18:14:23:30 chr16 2818704 . T G 300.52 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0396463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.988;QD=16.4667;RBI=0.0400407;REFB=-0.0316601;REVB=0.00560643;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183232;STB=0.592537;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0358441;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:14:18:15:25:15:18:15:25 chr16 2821525 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00414978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.228;QD=12.0148;RBI=0.0103227;REFB=-0.00944456;REVB=0.00945186;RO=33;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386348;STB=0.50442;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0125546;OID=.;OPOS=2821525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:34:20:20:0.37037:6:14:23:10:6:14:24:10 chr16 2821988 . TCCTC TCTC,TCTCG 150.1 PASS AF=0.410256,0.025641;AO=12,2;DP=38;FAO=16,1;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10,1;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0560624,-0.0415983;FXX=0.0249938;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=27.2273,67.6208;QD=15.3952;RBI=0.0750717,0.0416005;REFB=-0.0103852,-0.0157253;REVB=-0.0499277,-0.000420703;RO=22;SAF=8,2;SAR=4,0;SRF=13;SRR=9;SSEN=0.228917,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0887244,0.46253;STB=0.520807,0.988082;STBP=0.832,0.49;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0097613,0.144516;OID=.,.;OPOS=2821989,2821990;OREF=C,CTC;OALT=-,TCG;OMAPALT=TCTC,TCTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256,0.025641:12,2:38:16,1:39:22:10,1:6,0:13:9:99:22:8,2:4,0:13:9 chr16 2871555 . G A 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00234736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.025;QD=28.1265;RBI=0.0189992;REFB=-0.0175712;REVB=0.0188536;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117484;STB=0.56468;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0118489;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:11:13:10:4:11:13:10:4 chr16 2881906 . G A 404.56 PASS AF=0.4375;AO=43;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0245707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.382;QD=16.8566;RBI=0.0252078;REFB=-0.0154832;REVB=0.00563185;RO=53;SAF=26;SAR=17;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16889;STB=0.585119;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00989903;OID=.;OPOS=2881906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:43:42:0.4375:17:26:23:30:17:25:24:30 chr16 2891212 . G A 197.51 PASS AF=0.633333;AO=20;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0260994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5962;QD=26.334;RBI=0.0299992;REFB=-0.0231849;REVB=0.0147908;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06181;STB=0.512532;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.011902;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:20:19:0.633333:8:12:5:5:8:11:6:5 chr16 2983459 . C T 307.28 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00722126;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.032;QD=17.813;RBI=0.0244217;REFB=-0.0102771;REVB=-0.0233297;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524755;STB=0.529394;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0110511;OID=.;OPOS=2983459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:33:33:0.478261:12:21:21:15:12:21:21:15 chr16 2983483 . C G 318.58 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.056542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.247;QD=20.8903;RBI=0.0565497;REFB=0.0155725;REVB=0.000929959;RO=28;SAF=21;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259253;STB=0.514368;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0106793;OID=.;OPOS=2983483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:12:21:17:11:12:21:17:11 chr16 2986840 . G C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0480078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.742;QD=10.3792;RBI=0.0553505;REFB=-0.0162406;REVB=-0.0275486;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419926;STB=0.7495;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0416107;OID=.;OPOS=2986840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:4:12:3:6:4:12 chr16 3021223 . G T 331.6 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0260035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.904;QD=21.3933;RBI=0.0278078;REFB=-0.00625754;REVB=0.00985336;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163573;STB=0.590343;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00498462;OID=.;OPOS=3021223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:15:19:10:18:15:19:10:18 chr16 3065924 . G A 769.69 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.953;QD=57.0142;RBI=0.0417042;REFB=0;REVB=0.014064;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173541;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr16 3075999 . C G 1262.53 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.708;QD=61.5867;RBI=0.037211;REFB=0;REVB=0.00677304;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104748;OID=.;OPOS=3075999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:37:45:0:0 chr16 3119167 . T C 54.84 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0247148;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1749;QD=8.12414;RBI=0.048303;REFB=0.000907575;REVB=-0.0415013;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234284;STB=0.631291;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00331009;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:20:19:8:8:0.296296:5:3:4:16:5:3:4:15 chr16 3119304 . A G 95.72 PASS AF=0.361111;AO=10;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0697135;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.354;QD=10.636;RBI=0.0702559;REFB=-0.00325455;REVB=0.00871338;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248998;STB=0.525076;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00606441;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:24:23:10:13:0.361111:8:2:9:15:8:5:8:15 chr16 3132197 . A G 228.3 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0153497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7683;QD=21.7426;RBI=0.0410263;REFB=0.00116747;REVB=-0.0380467;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524711;STB=0.529385;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00165529;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:13:7:9:13:13:7 chr16 3207446 . G A 905.97 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.357;QD=56.6229;RBI=0.0134977;REFB=-0.101049;REVB=-0.00138993;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145288;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=1.26098e-05;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:1:0:31:32:1:0 chr16 3208911 . G A 251.76 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.85;QD=50.3518;RBI=0.0313571;REFB=0;REVB=0.00698074;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086945;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:3:13:0:0:4:16:0:0 chr16 3208914 . T C 289.2 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.474;QD=52.5815;RBI=0.0192681;REFB=0;REVB=0.00911763;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272299;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr16 3234217 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0168982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.016;QD=7.83715;RBI=0.0183601;REFB=-0.0204624;REVB=0.00717949;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613202;STB=0.538354;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.040697;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:10:6:3:4:10:6 chr16 3241975 . G T 258.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0178181;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.404;QD=15.9231;RBI=0.0366668;REFB=-0.0137677;REVB=-0.0320464;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112246;STB=0.563087;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0184464;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:12:17:25:11:12:17:25:11 chr16 3243904 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.014154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.054;QD=22.5829;RBI=0.0151402;REFB=-0.0302807;REVB=-0.00537488;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471463;STB=0.526296;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0245682;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:16:8:10:16:16:8 chr16 3243922 . C A 263.29 PASS AF=0.529412;AO=22;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0410916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.081;QD=20.6504;RBI=0.041681;REFB=0.0117985;REVB=0.00698458;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142114;STB=0.533309;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0112495;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:24:22:27:0.529412:12:10:13:8:12:15:15:9 chr16 3243942 . T C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0191084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.535;QD=19.9055;RBI=0.0256563;REFB=-0.0106189;REVB=-0.0171206;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125896;STB=0.576694;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00961619;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:27:29:30:0.526316:16:13:15:10:16:14:17:10 chr16 3243951 . C T 260.68 PASS AF=0.54386;AO=26;DP=54;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0243302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7132;QD=18.2932;RBI=0.0278985;REFB=-0.0359762;REVB=0.0136516;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273466;STB=0.574277;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0356596;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:28:26:26:31:0.54386:17:9:18:10:17:14:16:10 chr16 3293888 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.706;QD=56.0118;RBI=0.0655042;REFB=-0.0173072;REVB=0.0640706;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0010295;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:12:22:0:0:12:22:1:0 chr16 3293922 . A T 157.36 PASS AF=0.369565;AO=12;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0183247;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.5882;QD=13.6832;RBI=0.12522;REFB=0.0195493;REVB=0.123872;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953953;STB=0.526432;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.000174369;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:27:12:17:0.369565:6:6:9:6:7:10:17:10 chr16 3294246 . G A 117.6 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00352544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.503;QD=21.3816;RBI=0.0162641;REFB=-0.0317198;REVB=-0.0158774;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223167;STB=0.624829;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0099687;OID=.;OPOS=3294246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:1:8:8:5:1:8 chr16 3297100 . G A 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0287742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4041;QD=11.0148;RBI=0.0438362;REFB=-0.00336341;REVB=0.0330705;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120148;STB=0.571329;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00619176;OID=.;OPOS=3297100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:11:17:7:7:11:17 chr16 3304626 . C G 97.19 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00920402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5133;QD=12.9583;RBI=0.0404382;REFB=-0.0338832;REVB=0.0393768;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122388;STB=0.566558;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0505197;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:16:18:12:12:0.4:6:6:6:10:6:6:7:11 chr16 3405986 . G A 540.2 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.00342794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.137;QD=27.3517;RBI=0.0100405;REFB=-0.0237529;REVB=-0.00943717;RO=30;SAF=23;SAR=26;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228653;STB=0.624058;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0102461;OID=.;OPOS=3405986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:26:23:24:6:26:23:24:6 chr16 3405994 . A G 1209.25 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.24;QD=61.228;RBI=0.0219914;REFB=0;REVB=0.0190728;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27505e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:30:47:0:0:31:48:0:0 chr16 3406112 . C T 223.7 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00595128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.972;QD=26.3173;RBI=0.0308115;REFB=-0.0481626;REVB=0.0302313;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819794;STB=0.521718;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0294639;OID=.;OPOS=3406112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:11:13:21:21:0.617647:7:14:6:5:7:14:8:5 chr16 3406387 . C G 278.51 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144913;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5945;QD=50.6378;RBI=0.0895732;REFB=0;REVB=-0.0883932;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00309684;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:17:22:1:2:15:0:0:7:15:0:0 chr16 3406516 . A G 188.63 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0186569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.849;QD=29.0194;RBI=0.0187256;REFB=-0.0208278;REVB=-0.00160281;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161258;STB=0.588693;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0140079;OID=.;OPOS=3406516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:7:11:7:1:7:11:7:1 chr16 3406626 . G A 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0280369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.381;QD=22.6796;RBI=0.0309816;REFB=0.00257665;REVB=0.013183;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287934;STB=0.666295;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000121356;OID=.;OPOS=3406626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:8:2:3:2:8:2:3:2 chr16 3419934 . G T 160.02 PASS AF=0.695652;AO=14;DP=21;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0107462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.659;QD=27.8296;RBI=0.0127661;REFB=-0.0203174;REVB=-0.00689152;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51722;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00866606;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:23:7:7:14:16:0.695652:6:8:4:3:6:10:4:3 chr16 3434820 . C T 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00224036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.682;QD=21.6643;RBI=0.0147329;REFB=-0.0125833;REVB=-0.0145616;RO=33;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567513;STB=0.531302;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0135187;OID=.;OPOS=3434820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:18:21:20:13:18:21:20:13 chr16 3447282 . C G 292.25 PASS AF=0.492308;AO=30;DP=62;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00691289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.581;QD=17.9847;RBI=0.0343617;REFB=-0.0159589;REVB=-0.0336592;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270479;STB=0.523063;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0206497;OID=.;OPOS=3447282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:32:33:30:32:0.492308:16:14:14:18:16:16:15:18 chr16 3452193 . T G 450.8 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090953;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9436;QD=58.1682;RBI=0.0372277;REFB=0;REVB=0.0360996;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299466;OID=.;OPOS=3452193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:32:31:1:19:13:0:0:18:13:0:0 chr16 3486285 . C A 1232.18 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328948;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7018;QD=61.609;RBI=0.036014;REFB=0;REVB=0.0146609;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81632e-06;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr16 3490922 . G C 137.12 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0158705;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8148;QD=16.62;RBI=0.0215208;REFB=-0.023569;REVB=-0.0145352;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383468;STB=0.721012;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0284906;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:12:6:11:4:12:6 chr16 3533577 . C G 102.98 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=55;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.0461392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.2181;QD=6.86506;RBI=0.0903988;REFB=-0.0360788;REVB=0.0777375;RO=42;SAF=3;SAR=9;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57061;STB=0.768955;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.102758;OID=.;OPOS=3533577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:42:44:12:16:0.266667:9:3:32:10:10:6:34:10 chr16 3534892 . G A 56.05 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0697765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.809;QD=10.1908;RBI=0.069822;REFB=-0.00369115;REVB=0.00252026;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196049;STB=0.608385;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00937047;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:13:14:8:8:0.363636:7:1:3:10:7:1:3:11 chr16 3535028 . G A 267.65 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0232288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.455;QD=24.3321;RBI=0.0247434;REFB=-0.0359577;REVB=-0.00852401;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954796;STB=0.542616;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0364187;OID=.;OPOS=3535028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:11:13:8:11:12:13:8:11 chr16 3535116 . T C 1882.88 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1956;QD=61.2318;RBI=0.0737779;REFB=0;REVB=-0.0306821;RO=0;SAF=77;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369933;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:120:123:1:43:77:0:0:45:78:0:0 chr16 3535540 . G A 231.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0175169;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.114;QD=22.589;RBI=0.0210492;REFB=-0.0291512;REVB=-0.0116717;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182834;STB=0.60274;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0123664;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:9:10:7:15:9:10 chr16 3536872 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.006;QD=40.7629;RBI=0.0939334;REFB=0;REVB=0.0434458;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013286;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 3558381 . T C 331.03 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.641;QD=50.9279;RBI=0.0311232;REFB=-0.110538;REVB=0.0262889;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533306;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000885573;OID=.;OPOS=3558381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:7:18:0:0:7:18:0:1 chr16 3558389 . C T 375.51 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000324573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.493;QD=55.6309;RBI=0.00430433;REFB=0;REVB=-0.00429207;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66041e-05;OID=.;OPOS=3558389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:8:19:0:0 chr16 3602227 . AG A 438.15 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.164772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.2021;QD=47.3678;RBI=0.290648;REFB=0;REVB=-0.239429;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0136045;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:37:37:0:21:16:0:0:8:0:20:14:0:0 chr16 3613126 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.013492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.717;QD=16.4544;RBI=0.0227319;REFB=-0.0409748;REVB=-0.0182949;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279564;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0118054;OID=.;OPOS=3613126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:1:3:2:4:1:3 chr16 3613150 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00830907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.036;QD=37.4885;RBI=0.0531267;REFB=0;REVB=0.0524729;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757943;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr16 3639139 . A G 1665.41 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425848;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.375;QD=60.5602;RBI=0.0045369;REFB=0;REVB=0.00156489;RO=0;SAF=36;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92124e-05;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:74:36:0:0:74:36:0:0 chr16 3639827 . G A 35.18 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.6264;QD=10.8245;RBI=0.0992865;REFB=-0.107035;REVB=0.0992865;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.114743;OID=.;OPOS=3639827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:13:13:7:7:5:6:0.461538:5:0:0:7:6:0:0:7 chr16 3656482 . C T 132.99 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0543924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.044;QD=15.1983;RBI=0.0547164;REFB=-0.0126106;REVB=-0.00594544;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271683;STB=0.673227;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0160139;OID=.;OPOS=3656482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:11:4:10:9:11:4:11:9 chr16 3707747 . G A 756.1 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.902;QD=54.9888;RBI=0.0930749;REFB=0;REVB=0.0801562;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265462;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:31:21:0:0:34:21:0:0 chr16 3724465 . G C 650.15 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0492028;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5352;QD=20.1596;RBI=0.0500178;REFB=-0.002169;REVB=0.00899214;RO=64;SAF=33;SAR=32;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714049;STB=0.503936;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.000280758;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:64:64:65:65:0.503876:32:33:33:31:32:33:33:31 chr16 3795292 . G A,T 593.27 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,37;DP=39;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477716,0.0151009;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.863,160.633;QD=59.3274;RBI=0.0494245,0.0170144;REFB=0,0;REVB=-0.0126749,-0.00783934;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.68991e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0299686,0.00191196;OID=.,.;OPOS=3795292,3795292;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:40:0:0:2,37:2,38:0.05,0.95:2,19:0,18:0:0:1,20:1,18:0:0 chr16 3795363 . G A 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.585;QD=59.8316;RBI=0.0752713;REFB=0;REVB=0.0749383;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374559;OID=.;OPOS=3795363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr16 3820667 . C T 298.58 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0161146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7224;QD=44.2338;RBI=0.0959826;REFB=-0.184568;REVB=0.0946202;RO=3;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102547;STB=0.55551;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0124442;OID=.;OPOS=3820667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:27:3:3:23:24:0.888889:11:12:3:0:12:12:3:0 chr16 4013467 . C T 275.77 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0278451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.936;QD=25.6529;RBI=0.0286149;REFB=-0.0306391;REVB=0.00659247;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962864;STB=0.565984;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0208913;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:10:15:8:9:10:15:8:10 chr16 4015313 . A G 398.8 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=26;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.947;QD=53.1729;RBI=0.0435605;REFB=-0.200788;REVB=0.0215523;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00261882;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:30:0:1:26:29:0.966667:17:9:0:0:18:11:0:1 chr16 4015316 . A G 410.17 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6001;QD=56.5758;RBI=0.0451839;REFB=0;REVB=-0.0119909;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134678;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr16 4016676 . A G 727.81 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127669;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.339;QD=57.0828;RBI=0.022259;REFB=0;REVB=-0.0182338;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404347;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr16 4027605 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.505;QD=60.977;RBI=0.0634664;REFB=0;REVB=0.0223388;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419038;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr16 4033436 . T C 109.53 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00525391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.276;QD=36.5104;RBI=0.00532968;REFB=-0.133477;REVB=-0.00089549;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000792954;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:12:12:0:1:11:11:0.916667:8:3:0:0:8:3:1:0 chr16 4164364 . C T 143.09 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00258983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2649;QD=18.4625;RBI=0.0835883;REFB=-0.0178931;REVB=-0.0835482;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638684;STB=0.54745;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0238772;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:5:10:9:6:5:11:9:6 chr16 4165069 . G A 157.75 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0216812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.853;QD=17.0541;RBI=0.0217665;REFB=-0.0191452;REVB=0.0019251;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354353;STB=0.677345;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0209937;OID=.;OPOS=4165069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:9:8:2:17:9:8:3:17 chr16 4165432 . T C 384.2 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375009;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7194;QD=54.8856;RBI=0.0552492;REFB=0;REVB=0.0405728;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377918;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr16 4242028 . A T 313.41 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00147526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.884;QD=50.1461;RBI=0.0360303;REFB=-0.119368;REVB=-0.0360001;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00114537;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr16 4242093 . C T 109.86 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0786893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7454;QD=14.6474;RBI=0.10817;REFB=-0.0216147;REVB=-0.074221;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149999;STB=0.58809;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0191946;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:3:10:11:6:3:10:11:6 chr16 4245693 . A G 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00124953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.077;QD=21.4068;RBI=0.0252353;REFB=-0.0200031;REVB=0.0252044;RO=26;SAF=20;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731165;STB=0.540515;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0184024;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:12:20:14:12:12:20:14:12 chr16 4292002 . C A 427.81 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.000823278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.053;QD=19.4458;RBI=0.0205829;REFB=-0.00278253;REVB=-0.0205664;RO=42;SAF=24;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120285;STB=0.512815;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00235644;OID=.;OPOS=4292002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:42:45:43:43:0.488636:19:24:24:18:19:24:24:21 chr16 4307646 . A G 1034.5 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0283688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3459;QD=53.0514;RBI=0.0422521;REFB=-0.0562653;REVB=0.0313122;RO=4;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497048;STB=0.519658;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0520823;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:77:78:4:5:73:73:0.935897:36:37:0:4:36:37:1:4 chr16 4310468 . C G 1246.07 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.124;QD=60.0518;RBI=0.048626;REFB=-0.107674;REVB=0.0296878;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726216;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:83:0:0:78:83:1:42:36:0:0:44:39:0:0 chr16 4386814 . T C 916.36 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213226;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.575;QD=58.1815;RBI=0.0261309;REFB=0;REVB=0.0260438;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83633e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr16 4387632 . GC G 46.86 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.113235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.7527;QD=12.4972;RBI=0.188242;REFB=-0.114032;REVB=0.150375;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296554;STB=0.622369;STBP=0.442;TYPE=del;VARB=0.128206;OID=.;OPOS=4387633;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:7:15:8:15:7:3:5:1:6:26:8:3:4:1:7 chr16 4414987 . G A 500.0 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1059;QD=58.823;RBI=0.0561683;REFB=0;REVB=0.0180819;RO=0;SAF=30;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062881;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:3:30:0:0:3:31:0:0 chr16 4431202 . A G 1769.5 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.326;QD=59.9829;RBI=0.0356882;REFB=-0.0324179;REVB=0.00829103;RO=1;SAF=57;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825902;STB=0.504273;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00180499;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:116:117:0.991525:59:57:1:0:59:58:1:0 chr16 4432029 . A C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.582;QD=57.1043;RBI=0.0345578;REFB=0;REVB=-0.00922385;RO=0;SAF=5;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51735e-05;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:50:5:0:0:50:5:0:0 chr16 4445327 . C T 573.23 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.309;QD=55.9246;RBI=0.0157946;REFB=0.0625246;REVB=-0.000101605;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.524987;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00334357;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:39:39:0.95122:20:19:0:0:20:19:2:0 chr16 4476089 . T C 703.55 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=55;FAO=51;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0266407;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.898;QD=52.1145;RBI=0.0304802;REFB=-0.058829;REVB=0.0148093;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159576;STB=0.516123;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00299583;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:54:1:2:50:51:0.944444:21:29:1:0:21:30:2:0 chr16 4484396 . A T 453.74 PASS AF=0.969697;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0216344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8011;QD=54.9988;RBI=0.0238309;REFB=-0.0230903;REVB=-0.00999319;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529393;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.019075;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:33:32:0.969697:9:24:0:0:8:24:0:1 chr16 4496973 . T A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.263;QD=57.3857;RBI=0.0145552;REFB=0;REVB=0.0117485;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92876e-05;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr16 4625274 . A G 105.87 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00759885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.805;QD=21.173;RBI=0.0543176;REFB=0.00610928;REVB=-0.0537835;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277454;STB=0.653644;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00295647;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:0:8:9:3:0:8 chr16 4625470 . C G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0288023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7006;QD=19.3706;RBI=0.0341099;REFB=-0.018767;REVB=-0.0182732;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305895;STB=0.669087;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0167198;OID=.;OPOS=4625470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:15:16:16:0.516129:6:10:3:10:6:10:4:11 chr16 4625938 . A T 47.38 PASS AF=0.583333;AO=5;DP=10;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0610392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9721;QD=15.7937;RBI=0.0645395;REFB=-0.0521219;REVB=0.0209655;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.650752;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0499182;OID=.;OPOS=4625938;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:12:4:5:5:7:0.583333:2:3:1:3:3:4:1:4 chr16 4626070 . A G 36.86 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00135817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.862;QD=6.70181;RBI=0.00152203;REFB=-0.00419499;REVB=-0.000686984;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111604;STB=0.590616;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0116365;OID=.;OPOS=4626070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:15:16:6:6:0.272727:3:3:6:9:3:3:6:10 chr16 4709131 . C A 58.53 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00602613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7643;QD=14.6328;RBI=0.0454012;REFB=0.00360977;REVB=-0.0449995;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00699718;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:4:4:6:2:4:4 chr16 4721468 . T C 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0168736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3356;QD=7.73019;RBI=0.0248885;REFB=-0.00387162;REVB=0.0182954;RO=39;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652792;STB=0.539695;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00902937;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:11:3:7:32:11:3:7:32 chr16 4736316 . C T 369.6 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.025858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4632;QD=17.3931;RBI=0.0324199;REFB=-0.0134141;REVB=0.0195554;RO=46;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879663;STB=0.54927;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0165207;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:23:16:23:23:23:16:23:23 chr16 4751045 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0124177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.419;QD=11.9197;RBI=0.0152733;REFB=-0.0163523;REVB=-0.00889241;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0150863;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:4:5:4:3:4:5 chr16 4752134 . A G 253.16 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.000228828;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.37;QD=20.6662;RBI=0.0411102;REFB=-0.0184576;REVB=-0.0411096;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184232;STB=0.612702;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0249962;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:14:10:15:9:14:10:16:9 chr16 4790273 . G A 534.88 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0461421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3193;QD=54.8591;RBI=0.142489;REFB=-0.036689;REVB=0.134811;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104939;STB=0.506604;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00426749;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:39:2:2:35:37:0.948718:21:14:1:1:23:14:1:1 chr16 4794873 . C T 790.49 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.965;QD=55.4728;RBI=0.0329213;REFB=-0.113635;REVB=0.00869602;RO=1;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102558;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:56:57:1:19:37:0:1:20:37:0:0 chr16 4796393 . A G 803.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.501;QD=64.3042;RBI=0.0387487;REFB=0;REVB=0.0387355;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112285;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:18:32:0:0 chr16 4797457 . C T 479.15 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0185617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1051;QD=18.2533;RBI=0.0530995;REFB=0.0199025;REVB=-0.0497496;RO=52;SAF=28;SAR=23;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798969;STB=0.513038;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0229016;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:54:51:51:0.485714:23:28:29:23:23:28:31:23 chr16 4797518 . G A 549.55 PASS AF=0.457364;AO=57;DP=132;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00914615;FXX=0.0227256;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.615;QD=17.0401;RBI=0.0257567;REFB=-0.0063868;REVB=0.0240782;RO=68;SAF=35;SAR=22;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996073;STB=0.535846;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00816657;OID=.;OPOS=4797518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:129:68:70:57:59:0.457364:22:35:35:33:24:35:37:33 chr16 4802386 . G T 362.02 PASS AF=0.412371;AO=38;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0763069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1927;QD=14.9285;RBI=0.0850675;REFB=-0.0169561;REVB=0.0375996;RO=58;SAF=14;SAR=24;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00727586;STB=0.50413;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0264969;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:57:38:40:0.412371:24:14:21:37:25:15:21:36 chr16 4815602 . T C 333.65 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0706098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0734;QD=47.6636;RBI=0.0832142;REFB=-0.046429;REVB=0.0440323;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515722;STB=0.527757;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0429651;OID=.;OPOS=4815602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:9:17:2:0:9:17:2:0 chr16 4815608 . A G 382.85 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8252;QD=52.8075;RBI=0.0129557;REFB=-0.127075;REVB=0.00490108;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00235908;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:1:0:10:18:1:0 chr16 4833970 . C T 251.34 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00115743;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.348;QD=20.1075;RBI=0.0478759;REFB=-0.0213827;REVB=0.0478619;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426327;STB=0.523791;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0203131;OID=.;OPOS=4833970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:26:26:0.52:15:11:9:15:15:11:9:15 chr16 4837545 . A G 188.69 PASS AF=0.612903;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0345822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.27;QD=24.3475;RBI=0.0513406;REFB=-0.0269561;REVB=0.0379464;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.522161;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.017964;OID=.;OPOS=4837545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:31:13:12:17:19:0.612903:8:9:5:8:10:9:5:7 chr16 4846068 . T C 190.68 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00234246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.344;QD=15.2541;RBI=0.0208668;REFB=-0.00861123;REVB=0.0207349;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300532;STB=0.684659;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0188553;OID=.;OPOS=4846068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:20:20:0.4:11:9:21:7:11:9:23:7 chr16 4847524 . T C 148.82 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0131736;FXX=0.128991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.817;QD=22.0478;RBI=0.0289212;REFB=-0.0158511;REVB=0.0257466;RO=12;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921414;STB=0.55166;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0250791;OID=.;OPOS=4847524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:27:12:12:15:15:0.555556:13:2:1:11:13:2:1:11 chr16 4855279 . A G 418.43 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.679;QD=55.791;RBI=0.0145384;REFB=0;REVB=0.00462779;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266028;OID=.;OPOS=4855279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr16 4861709 . G C 554.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000326037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.769;QD=59.94;RBI=0.0308342;REFB=0;REVB=0.0308325;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76129e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr16 4908667 . A G 244.33 PASS AF=0.5;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0414783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5986;QD=18.7949;RBI=0.043238;REFB=-0.00702569;REVB=-0.0122096;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668278;STB=0.538892;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00487153;OID=.;OPOS=4908667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:24:26:26:26:0.5:15:11:12:12:15:11:13:13 chr16 4923091 . G A 649.03 PASS AF=0.5;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0173191;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.593;QD=19.9703;RBI=0.0199173;REFB=-0.0123774;REVB=0.00983593;RO=64;SAF=16;SAR=49;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218506;STB=0.626417;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0138149;OID=.;OPOS=4923091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:64:65:65:65:0.5:49:16:29:35:49:16:30:35 chr16 4930100 . C T 473.31 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00746808;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5984;QD=21.0361;RBI=0.0082402;REFB=0.00998334;REVB=-0.00348262;RO=40;SAF=27;SAR=19;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238791;STB=0.639751;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00718963;OID=.;OPOS=4930100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:40:44:46:46:0.511111:19:27:12:28:19:27:13:31 chr16 4933939 . G C 114.33 PASS AF=0.521739;AO=9;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0424772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.889;QD=19.8842;RBI=0.046319;REFB=-0.0382583;REVB=0.0184699;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331835;STB=0.640819;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0215121;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:23:23:6:9:9:12:0.521739:4:5:6:0:5:7:8:1 chr16 4935146 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00368362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.802;QD=9.26746;RBI=0.00907025;REFB=-0.0140584;REVB=-0.00828857;RO=44;SAF=13;SAR=8;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212259;STB=0.524367;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0218489;OID=.;OPOS=4935146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:46:21:21:0.313433:8:13:28:16:8:13:30:16 chr16 4935636 . G A 83.13 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00828394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1152;QD=13.3015;RBI=0.045828;REFB=-0.0579342;REVB=0.0450731;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301146;STB=0.716372;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0547732;OID=.;OPOS=4935636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:25:25:13:14:10:11:0.44:8:2:6:7:9:2:7:7 chr16 4938160 . T G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.822;QD=64.1527;RBI=0.0177715;REFB=0;REVB=-0.0154485;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36392e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr16 4940809 . A G 1730.49 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8231;QD=60.191;RBI=0.0266031;REFB=0;REVB=-0.025752;RO=0;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38114e-05;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:112:115:1:67:45:0:0:68:47:0:0 chr16 4942099 . C T 233.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00903303;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.994;QD=14.7971;RBI=0.00915363;REFB=-0.00193126;REVB=-0.00148095;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174492;STB=0.605065;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00304292;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:36:27:27:0.428571:13:14:12:23:13:14:12:24 chr16 4944518 . C G 525.64 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768669;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.837;QD=60.0732;RBI=0.0108009;REFB=0;REVB=-0.00758774;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169801;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr16 5065179 . C A 102.65 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00975753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7284;QD=14.159;RBI=0.0341492;REFB=-0.0185714;REVB=-0.0327255;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174839;STB=0.581278;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0569155;OID=.;OPOS=5065179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:16:12:13:0.448276:5:7:12:4:5:8:12:4 chr16 5074952 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.304;QD=57.2026;RBI=0.0254667;REFB=0;REVB=0.0232991;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07939e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr16 5075226 . G A 515.72 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0960358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.178;QD=58.9391;RBI=0.0966759;REFB=0;REVB=0.0111062;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282412;OID=.;OPOS=5075226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:24:10:0:0:25:10:0:0 chr16 5075542 . G A 1117.19 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153206;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.207;QD=59.5832;RBI=0.0182221;REFB=-0.0676726;REVB=-0.00986542;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000808835;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:1:0:35:39:1:0 chr16 5106184 . C T 778.28 PASS AF=0.936508;AO=55;DP=61;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.029737;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.3138;QD=49.4144;RBI=0.0331056;REFB=-0.115884;REVB=-0.0145495;RO=4;SAF=10;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155926;STB=0.576895;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00308016;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:63:4:4:55:59:0.936508:45:10:4:0:48:11:4:0 chr16 5129729 . G A 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0106189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5378;QD=17.8364;RBI=0.0949714;REFB=-0.0735001;REVB=-0.0943758;RO=13;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13299;STB=0.565935;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0193083;OID=.;OPOS=5129729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:2:12:10:3:2:12:11:3 chr16 5132636 . C T 903.49 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105713;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.894;QD=58.2899;RBI=0.0109655;REFB=0;REVB=0.00291395;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74878e-05;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr16 5139217 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.454;QD=46.848;RBI=0.0331762;REFB=0;REVB=0.033077;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181043;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 233.6 PASS AF=1;AO=13;DP=27;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05773;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=7;MLLD=262.481;QD=49.1778;RBI=0.0735397;REFB=0;REVB=0.0455558;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000645217;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:27:19:19:0:6:13:0:0:4:7:4:9:7:0 chr16 6533549 . C A 216.37 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0462058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.123;QD=25.455;RBI=0.0486723;REFB=-0.0163199;REVB=-0.0152974;RO=12;SAF=3;SAR=17;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272526;STB=0.63895;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0113528;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:12:13:20:21:0.617647:17:3:5:7:17:4:6:7 chr16 6923966 . A G 787.49 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259618;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.57;QD=57.2718;RBI=0.0260591;REFB=0;REVB=-0.00224889;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132047;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr16 7102036 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAT 828.42 PASS AF=0.0266667,0.973333,0;AO=10,44,4;DP=73;FAO=2,73,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=2,34,0;FSAR=0,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0969095,-0.073182,-0.0543921;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=6.76392,15.5077,6.08977;QD=44.1822;RBI=0.199264,0.257991,0.0561997;REFB=-0.00937382,0.022777,0.0736923;REVB=0.174112,0.247394,-0.0141387;RO=7;SAF=7,27,0;SAR=3,17,4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.473371,0.159334,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0362415,0.00463951,0;OID=.,.,.;OPOS=7102037,7102037,7102038;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAT;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0266667,0.973333,0:10,44,4:73:2,73,0:75:0:2,34,0:0,39,0:0:0:6:7:7,27,0:3,17,4:0:7 chr16 7760884 . T G 819.35 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00536524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.942;QD=55.5488;RBI=0.00912246;REFB=-0.161213;REVB=0.00737791;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000234552;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:57:58:0.983051:35:22:0:1:35:23:0:1 chr16 7761529 . C T 183.4 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.818;QD=45.8493;RBI=0.0484834;REFB=0;REVB=0.0405413;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356222;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:9:7:0:0 chr16 8722629 . G C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0111655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.12;QD=11.44;RBI=0.0117358;REFB=-0.0453957;REVB=0.00361377;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333138;STB=0.693526;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.024606;OID=.;OPOS=8722629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:12:2:4:5:12:2 chr16 8728953 . C T 1183.63 PASS AF=0.975309;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0207389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.286;QD=58.4507;RBI=0.0252239;REFB=-0.213986;REVB=0.0143577;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104021;STB=0.510414;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00133965;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:81:1:2:77:79:0.975309:32:45:1:0:32:47:2:0 chr16 8729124 . G A 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0457367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6254;QD=19.5221;RBI=0.0489686;REFB=-0.00508909;REVB=-0.0174952;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207763;STB=0.619531;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.01792;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:5:7:11:3:5:7 chr16 8736028 . T C 1921.7 PASS AF=0.962406;AO=128;DP=133;FAO=128;FDP=133;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0614081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1441;QD=57.7955;RBI=0.0920191;REFB=0.0557056;REVB=-0.0685315;RO=5;SAF=46;SAR=82;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185394;STB=0.509768;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0070779;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:133:133:5:5:128:128:0.962406:82:46:3:2:82:46:3:2 chr16 8738427 . T C 704.95 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00234192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.134;QD=58.7459;RBI=0.0278984;REFB=-0.0103837;REVB=0.0277999;RO=2;SAF=28;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032403;STB=0.517234;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000414951;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:18:28:2:0:18:28:2:0 chr16 8738499 . G A 740.94 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490625;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.56;QD=56.9953;RBI=0.0506306;REFB=0;REVB=0.012503;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297097;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr16 8738579 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.65;QD=60.9786;RBI=0.0526255;REFB=0;REVB=0.0177978;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185463;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr16 8739954 . G A,T 801.26 PASS AF=0.98,0.02;AO=44,6;DP=50;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592345,-0.00378269;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.065,196.48;QD=64.1005;RBI=0.0753756,0.00587833;REFB=0,0;REVB=0.0751425,-0.00449956;RO=0;SAF=23,0;SAR=21,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2717e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00423491,-0.0406304;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:50:0:0:44,6:49,1:0.98,0.02:21,6:23,0:0:0:27,0:22,1:0:0 chr16 8740015 . A C 661.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.874;QD=61.491;RBI=0.0531746;REFB=0;REVB=-0.0486565;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236898;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr16 8740418 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3504;QD=57.5438;RBI=0.02826;REFB=0;REVB=-0.0179342;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305795;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr16 8740503 . G A 662.88 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.232;QD=61.6635;RBI=0.0550894;REFB=0;REVB=0.0172734;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143543;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:39:43:1:18:21:0:0:21:22:0:0 chr16 8839954 . A G 340.14 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.921;QD=54.4224;RBI=0.0393029;REFB=0;REVB=0.0374423;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131583;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:17:8:0:0 chr16 8841960 . T C 878.45 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.171;QD=57.6035;RBI=0.0642006;REFB=0;REVB=0.0521046;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245481;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:56:61:1:29:27:0:0:32:29:0:0 chr16 8868776 . C A 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0100273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.043;QD=20.9365;RBI=0.0108694;REFB=-0.0206594;REVB=0.00419495;RO=29;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142211;STB=0.5789;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0179817;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:12:22:14:15:12:22:14:15 chr16 8877832 . C T 154.95 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0150209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.523;QD=17.2168;RBI=0.0175726;REFB=0.00228743;REVB=0.00911968;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861396;STB=0.556441;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00125267;OID=.;OPOS=8877832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:17:19:13:14:0.388889:5:8:9:8:6:8:9:10 chr16 8877854 . C G 575.67 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.946;QD=60.5973;RBI=0.0300234;REFB=0;REVB=-0.0248705;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.3532e-05;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr16 8952248 . A G 643.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.477;QD=61.2557;RBI=0.0152675;REFB=0;REVB=0.0146611;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120672;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr16 8953081 . C G 506.86 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00420035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.044;QD=20.4793;RBI=0.00992384;REFB=-0.0268719;REVB=-0.00899108;RO=50;SAF=22;SAR=27;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267784;STB=0.514829;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0250667;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:27:22:21:29:27:22:21:29 chr16 8979046 . A G 711.66 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4208;QD=55.8163;RBI=0.108303;REFB=0;REVB=-0.102708;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254188;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:21:29:1:0:21:30:0:0 chr16 9030444 . C G 676.96 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00718896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5651;QD=60.1739;RBI=0.0453538;REFB=-0.0960117;REVB=0.0447804;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00169044;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:17:27:1:0:17:27:1:0 chr16 9211655 . TGGGGT TGGGT,TGGGTG,TGTGGT 42.7 PASS AF=0.25,0,0.05;AO=7,2,2;DP=39;FAO=10,0,2;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4,0,0;FSAR=6,0,2;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0292058,-0.0835349,-0.0359884;FXX=0.0243843;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=13.5601,47.3073,126.772;QD=4.27038;RBI=0.216454,0.129897,0.0953776;REFB=-0.101554,-0.0259924,-0.0170846;REVB=-0.214474,-0.0994738,-0.0883274;RO=23;SAF=2,2,0;SAR=5,0,2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0.326923,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.579997,0.384349,-0.686036;STB=0.785973,0.5,0.99767;STBP=0.063,1,0.009;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.104474,0,0.0481295;OID=.,.,.;OPOS=9211656,9211659,9211657;OREF=G,GT,G;OALT=-,TG,T;OMAPALT=TGGGT,TGGGTG,TGTGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0,0.05:7,2,2:39:10,0,2:40:28:4,0,0:6,0,2:23:5:33:23:2,2,0:5,0,2:19:4 chr16 10524656 . GGACG GGA,GG 224.0 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=19;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168764,0.00993342;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=191.985,210.342;QD=49.7771;RBI=0.0309587,0.0439524;REFB=0,0;REVB=0.0309126,0.0428152;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0177743,-0.00011803;OID=.,.;OPOS=10524659,10524657;OREF=CG,GAC;OALT=-,-;OMAPALT=GGA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,16:19:1,17:18:0:0,10:1,7:0:0:6:0:1,9:1,7:0:0 chr16 10575824 . C A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0822005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7102;QD=49.5979;RBI=0.0829031;REFB=0;REVB=-0.0107702;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00306589;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 10631912 . C T 286.54 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.000501789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.316;QD=24.3861;RBI=0.00312048;REFB=-0.0377331;REVB=0.00307987;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163068;STB=0.519378;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0206828;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:15:10:8:13:15:11:8:13 chr16 10769958 . T C 1038.7 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647133;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.62;QD=59.3545;RBI=0.0190969;REFB=0;REVB=0.017967;RO=0;SAF=51;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64454e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.96235e-05;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:18:51:0:0:18:52:0:0 chr16 10783113 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.953;QD=51.183;RBI=0.0244075;REFB=0;REVB=0.014903;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206212;OID=.;OPOS=10783113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr16 10813648 . CG TG,TT 707.08 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=42,4;DP=46;FAO=42,4;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=19,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039035,-0.000583177;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=203.176,164.364;QD=61.485;RBI=0.00971876,0.00233208;REFB=0,0;REVB=0.00890039,0.00225799;RO=0;SAF=23,0;SAR=19,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00257865,-0.0544528;OID=.,.;OPOS=10813648,10813648;OREF=C,CG;OALT=T,TT;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:46:46:0:0:42,4:42,4:0.913043,0.0869565:19,4:23,0:0:0:19,4:23,0:0:0 chr16 10862964 . A G 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0474196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5435;QD=10.5415;RBI=0.0480866;REFB=-0.00192871;REVB=-0.00798163;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178214;STB=0.606553;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000848439;OID=.;OPOS=10862964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:8:13:5:6:8:13 chr16 10995933 . A G 420.51 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.321;QD=56.0682;RBI=0.0439475;REFB=0;REVB=0.0391778;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716592;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr16 11000848 . G C 185.86 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0406577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9799;QD=19.0626;RBI=0.0853839;REFB=0.0494528;REVB=0.0750824;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230989;STB=0.614814;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0295975;OID=.;OPOS=11000848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:13:13:0.333333:5:8:14:3:5:8:15:4 chr16 11001743 . G A 114.22 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0163684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.3071;QD=16.3165;RBI=0.0351764;REFB=-0.0252108;REVB=-0.031136;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.574366;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0322753;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:5:8:10:4:6:8:10:4 chr16 11001770 . G T 230.22 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0435438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6664;QD=22.4602;RBI=0.0463564;REFB=-0.0237415;REVB=0.0159014;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217906;STB=0.528276;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0193884;OID=.;OPOS=11001770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:19:22:22:0.536585:8:14:11:7:8:14:11:8 chr16 11002133 . C G 99.24 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0217083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1476;QD=12.4047;RBI=0.0549316;REFB=-0.0268497;REVB=-0.0504602;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167492;STB=0.615207;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0329105;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:12:13:0.40625:7:5:11:8:8:5:11:8 chr16 11002904 . G A 269.37 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0100269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6587;QD=18.9032;RBI=0.0713839;REFB=-0.0268273;REVB=0.0706762;RO=28;SAF=21;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488173;STB=0.527307;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0324009;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:8:21:19:9:8:21:19:9 chr16 11002927 . A G 1088.82 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.138;QD=59.6615;RBI=0.0442822;REFB=0;REVB=0.043938;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37594e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:31:40:0:0:32:41:0:0 chr16 11367143 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.908;QD=57.5452;RBI=0.0458981;REFB=0;REVB=0.0313903;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95011e-05;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr16 11367154 . C T 218.56 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0182467;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.807;QD=15.6111;RBI=0.0556159;REFB=-0.0188285;REVB=-0.0525374;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00547917;STB=0.503103;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0379202;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:31:25:25:0.446429:9:16:20:11:9:16:20:11 chr16 11369712 . C T 115.47 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0385788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4919;QD=10.9969;RBI=0.0733024;REFB=-0.0257487;REVB=-0.0623291;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799514;STB=0.547552;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0766284;OID=.;OPOS=11369712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:16:12:7:7:16:12 chr16 11387117 . A G 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.055;QD=59.8515;RBI=0.0345459;REFB=0;REVB=-0.00781071;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46029e-05;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:52:19:0:0:52:19:0:0 chr16 11387164 . T C 744.98 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.459;QD=56.2246;RBI=0.0215865;REFB=0;REVB=0.0215499;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46624e-05;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:36:16:0:0:37:16:0:0 chr16 11540712 . T C 658.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.169;QD=61.2104;RBI=0.0522799;REFB=0;REVB=-0.00509823;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290363;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:29:12:0:0:29:14:0:0 chr16 11540760 . C T 136.26 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0144057;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.896;QD=25.9545;RBI=0.0218375;REFB=0.00995523;REVB=-0.0164119;RO=6;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289706;STB=0.692612;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0145936;OID=.;OPOS=11540760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:6:7:14:14:0.666667:11:3:4:2:11:3:5:2 chr16 11541896 . G A,C 204.59 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=15,2;DP=17;FAO=16,1;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745348,0.0303653;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.3909,181.924;QD=48.1379;RBI=0.127086,0.0360353;REFB=0,0;REVB=0.102934,-0.0194035;RO=0;SAF=4,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00316368,0.0893508;OID=.,.;OPOS=11541896,11541896;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:17:17:0:0:15,2:16,1:0.941176,0.0588235:11,1:4,1:0:0:12,0:4,1:0:0 chr16 11542894 . C T 905.85 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.787;QD=56.6157;RBI=0.0790625;REFB=-0.128282;REVB=0.0342129;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.508194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000997683;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:1:0:33:30:1:0 chr16 11553883 . C G 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0126391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.14;QD=15.4188;RBI=0.0127778;REFB=-0.0115616;REVB=-0.00187755;RO=36;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274983;STB=0.662987;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0146811;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:20:9:21:15:20:9:22:15 chr16 11556121 . A G 278.36 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0307239;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.09;QD=13.5783;RBI=0.0367496;REFB=-0.0238224;REVB=-0.0201638;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119363;STB=0.560938;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0384517;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:16:16:19:30:16:16:20:30 chr16 11650325 . G A 177.76 PASS AF=0.411765;AO=19;DP=49;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0181206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7629;QD=13.9419;RBI=0.020125;REFB=-0.0334325;REVB=0.00875547;RO=30;SAF=15;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128538;STB=0.54763;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0467389;OID=.;OPOS=11650325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:30:30:19:21:0.411765:4:15:21:9:5:16:21:9 chr16 11658459 . A AT 72.63 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00417207;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.59;QD=10.7596;RBI=0.00885538;REFB=-0.00630336;REVB=-0.00781099;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239435;STB=0.66637;STBP=0.201;TYPE=ins;VARB=0.00718343;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:9:27:10:27:17:5:5:4:13:72:17:4:5:4:13 chr16 11852354 . A C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6287;QD=55.0909;RBI=0.0405611;REFB=0;REVB=-0.0321674;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179575;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr16 11969724 . G C 769.93 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5404;QD=57.0322;RBI=0.0224456;REFB=0;REVB=0.0220065;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124586;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr16 12027474 . CAT C 143.47 PASS AF=1;AO=9;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375674;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.002;QD=40.9918;RBI=0.0698972;REFB=0;REVB=0.0589433;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00384577;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:14:14:14:0:10:4:0:0:4:0:8:1:0:0 chr16 12060163 . A G 791.86 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.035351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.911;QD=53.6855;RBI=0.0476246;REFB=-0.119576;REVB=0.0319125;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136707;STB=0.514281;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00105228;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:34:23:0:1:34:23:0:2 chr16 12162969 . A G 426.94 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0218231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.359;QD=21.8944;RBI=0.0245629;REFB=-0.00510479;REVB=-0.0112734;RO=36;SAF=10;SAR=31;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202137;STB=0.598663;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00315123;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:36:41:42:0.538462:31:10:16:20:31:11:16:20 chr16 12181702 . G T 230.88 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000554128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.181;QD=23.0883;RBI=0.0263227;REFB=-0.0378782;REVB=0.0263168;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545012;STB=0.538426;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0230803;OID=.;OPOS=12181702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:8:13:10:8:8:14:10:8 chr16 12662420 . C T 212.92 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=70;FAO=28;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=40;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0788306;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.6098;QD=12.5247;RBI=0.288064;REFB=-0.0202736;REVB=0.277068;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147988;STB=0.543886;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0400852;OID=.;OPOS=12662420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:23:40:13:28:0.411765:8:5:6:17:23:5:9:31 chr16 12666984 . T A 97.73 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00488861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8967;QD=13.4806;RBI=0.00954398;REFB=-0.0114827;REVB=-0.00819689;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268038;STB=0.654938;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00963361;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:13:4:6:6:13:4 chr16 12667393 . G A 540.18 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0248604;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.56;QD=16.2459;RBI=0.0251896;REFB=-0.0213393;REVB=-0.00405918;RO=74;SAF=28;SAR=30;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714474;STB=0.535979;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0267605;OID=.;OPOS=12667393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:74:75:58:58:0.43609:30:28:41:33:30:28:41:34 chr16 12667409 . C G 456.43 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.000319804;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.617;QD=16.7498;RBI=0.00505991;REFB=-0.00663894;REVB=-0.0050498;RO=59;SAF=23;SAR=27;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307066;STB=0.51712;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00646119;OID=.;OPOS=12667409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:59:59:50:50:0.458716:27:23:29:30:27:23:29:30 chr16 12667945 . C T 742.0 PASS AF=0.51049;AO=72;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00341929;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3506;QD=20.7552;RBI=0.038815;REFB=0.0122557;REVB=0.0386641;RO=70;SAF=40;SAR=32;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882546;STB=0.54434;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0106264;OID=.;OPOS=12667945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:70:72:73:0.51049:32:40:32:38:32:41:33:37 chr16 12758966 . T C 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0195425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.042;QD=27.2773;RBI=0.0201972;REFB=-0.0234014;REVB=0.00510081;RO=19;SAF=5;SAR=23;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097579;STB=0.554176;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0163231;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:23:5:5:14:23:5:5:14 chr16 12897578 . G T 2287.2 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193395;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0073;QD=60.1895;RBI=0.0307696;REFB=-0.0105021;REVB=0.0239322;RO=1;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638473;STB=0.503355;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00034515;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:152:1:1:151:151:0.993421:74:77:0:1:74:77:0:1 chr16 13002359 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.876;QD=58.0607;RBI=0.0248151;REFB=0;REVB=-0.00696521;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69021e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr16 14540868 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0158024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.407;QD=24.5165;RBI=0.0217645;REFB=-0.0055391;REVB=0.0149658;RO=22;SAF=21;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567316;STB=0.531621;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00719086;OID=.;OPOS=14540868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:6:21:16:6:6:21:16:6 chr16 15082865 . C T 257.48 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00176671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2748;QD=23.4072;RBI=0.025249;REFB=-0.0403503;REVB=0.0251871;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261792;STB=0.644423;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0332023;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:3:17:13:11:3:17 chr16 15083131 . A T 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0111282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.082;QD=8.43018;RBI=0.0115408;REFB=-0.00102045;REVB=-0.00305835;RO=35;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252025;STB=0.655384;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0108676;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:9:4:18:17:9:4:18:17 chr16 15095675 . C A 65.65 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0414765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1581;QD=11.9363;RBI=0.0612405;REFB=-0.0285987;REVB=-0.0450566;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0900337;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:12:13:9:9:0.409091:3:6:6:6:3:6:7:6 chr16 15098047 . C G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000815304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.67;QD=25.8141;RBI=0.00133533;REFB=-0.0165986;REVB=-0.00105753;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210324;STB=0.617003;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0139745;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:9:11:8:19:9:11 chr16 15111218 . C T 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0198123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.01;QD=15.2532;RBI=0.0234799;REFB=-0.00323267;REVB=-0.0126007;RO=30;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317882;STB=0.684587;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0086006;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:5:15:14:16:5:15:14:16 chr16 15116625 . G T 163.93 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.011189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9113;QD=20.4912;RBI=0.0349565;REFB=-0.0243403;REVB=-0.0331174;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804595;STB=0.571903;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0273602;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:16:17:0.53125:10:6:4:10:10:7:4:11 chr16 15129970 . A G 292.34 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.028306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5591;QD=33.4101;RBI=0.0477093;REFB=-0.0474984;REVB=-0.038405;RO=9;SAF=9;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742202;STB=0.518782;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0200252;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:35:35:9:10:25:25:0.714286:16:9:2:7:16:9:3:7 chr16 15131962 . A G 250.37 PASS AF=0.356322;AO=28;DP=80;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0154992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5534;QD=11.5115;RBI=0.0552341;REFB=-8.10729e-05;REVB=-0.0530149;RO=51;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134194;STB=0.53123;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.000537748;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:87:51:56:28:31:0.356322:16:12:28:23:17:14:28:28 chr16 15131974 . G T 262.93 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00602765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5812;QD=12.6711;RBI=0.00619717;REFB=-5.2232e-05;REVB=0.00143959;RO=51;SAF=12;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155976;STB=0.595549;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=2.21504e-05;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:52:31:31:0.373494:19:12:27:24:19:12:28:24 chr16 15133889 . T G 581.39 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0177414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.19;QD=21.9394;RBI=0.0202006;REFB=-0.0127105;REVB=-0.00965944;RO=48;SAF=32;SAR=26;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900196;STB=0.504936;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0138731;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:26:32:27:21:26:32:27:21 chr16 15178499 . G A 105.38 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=58;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0182625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.661;QD=7.14409;RBI=0.0197686;REFB=-0.0149211;REVB=-0.00756819;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10791;STB=0.537267;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0347596;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:43:43:15:16:0.271186:6:9:22:21:7:9:22:21 chr16 15221957 . T C 33.11 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0146377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.235;QD=3.15333;RBI=0.0597055;REFB=-0.00933367;REVB=-0.0578834;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482319;STB=0.84504;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0601205;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:5:1:21:15:5:1:21:15 chr16 15680642 . C T 114.33 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0333198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9729;QD=18.2929;RBI=0.0403429;REFB=0.015575;REVB=0.0227451;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152196;STB=0.556873;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00848498;OID=.;OPOS=15680642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:8:4:6:6:8:5:6:6 chr16 15781054 . A G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0219526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.078;QD=15.643;RBI=0.025593;REFB=-0.0194497;REVB=0.0131561;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456191;STB=0.52617;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0255484;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:9:20:13:7:9:20 chr16 15811023 . C T 378.05 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0348195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8737;QD=18.9023;RBI=0.0357155;REFB=-0.0145168;REVB=0.00794974;RO=40;SAF=23;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105539;STB=0.565296;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0206363;OID=.;OPOS=15811023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:16:23:19:21:16:23:19:22 chr16 15811062 . C T 317.0 PASS AF=0.486111;AO=32;DP=68;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0354494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.427;QD=17.6108;RBI=0.0360689;REFB=-0.046796;REVB=0.00665652;RO=35;SAF=22;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29931;STB=0.666568;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0275563;OID=.;OPOS=15811062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:35:37:32:35:0.486111:10:22:13:22:10:25:15:22 chr16 15818141 . A C 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0344297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.97;QD=15.6166;RBI=0.0415622;REFB=-0.0101922;REVB=-0.0232811;RO=52;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133955;STB=0.50171;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0116755;OID=.;OPOS=15818141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:54:39:39:0.419355:23:16:22:30:23:16:22:32 chr16 15820863 . C T 444.93 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.0227481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.532;QD=17.977;RBI=0.0247652;REFB=-0.00163216;REVB=-0.00978984;RO=53;SAF=26;SAR=19;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27984;STB=0.659312;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00154281;OID=.;OPOS=15820863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:19:26:15:38:19:26:15:39 chr16 15843899 . G A 188.77 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00820439;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.12;QD=44.4171;RBI=0.0174738;REFB=-0.128137;REVB=0.015428;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397692;STB=0.521712;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000770813;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:1:0:5:11:1:0 chr16 15850204 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000115092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.305;QD=60.2295;RBI=0.0269961;REFB=0;REVB=0.0269959;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48048e-05;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr16 15959756 . G A 172.99 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0623838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3967;QD=18.7021;RBI=0.0638787;REFB=-0.00441231;REVB=-0.0137386;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293785;STB=0.678375;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0434425;OID=.;OPOS=15959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:12:6:12:6:12:6:13:6 chr16 15959776 . G T 177.2 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0105955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.026;QD=18.1739;RBI=0.0167971;REFB=0.000224166;REVB=0.0130337;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19497;STB=0.619439;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00153654;OID=.;OPOS=15959776;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:11:7:12:8:12:7:12:8 chr16 15961351 . T C 262.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00263253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.427;QD=15.0164;RBI=0.00851808;REFB=-0.000875909;REVB=-0.00810108;RO=40;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773372;STB=0.54383;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00141521;OID=.;OPOS=15961351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:18:12:19:21:18:12:19:21 chr16 15961356 . C T 173.82 PASS AF=0.338235;AO=24;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0435126;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3012;QD=10.2248;RBI=0.0442164;REFB=-0.00682645;REVB=0.0078578;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939187;STB=0.565783;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0172065;OID=.;OPOS=15961356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:45:45:24:23:0.338235:13:11:21:24:14:9:22:23 chr16 15961369 . G A 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00515087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.849;QD=12.0589;RBI=0.0098013;REFB=-0.0143124;REVB=0.00833871;RO=42;SAF=7;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206265;STB=0.619766;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0180495;OID=.;OPOS=15961369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:18:7:19:23:18:7:19:23 chr16 15967361 . T TCTA 82.13 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00485408;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.871;QD=8.87898;RBI=0.0368907;REFB=-0.0105982;REVB=-0.0365699;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109862;STB=0.590735;STBP=0.488;TYPE=ins;VARB=0.0235659;OID=.;OPOS=15967362;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=TCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:10:37:11:37:26:8:3:16:10:82:26:7:3:16:10 chr16 15971028 . C A,G 514.65 PASS AF=0.0540541,0.918919;AO=2,34;DP=37;FAO=2,34;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=2,18;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00517811,0.0112169;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.1839,61.746;QD=55.6373;RBI=0.0222551,0.0432418;REFB=-0.0690274,-0.136559;REVB=0.0216443,0.0417616;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.515143;STBP=0.227,0.319;TYPE=snp,snp;VARB=0.0205342,0.00649501;OID=.,.;OPOS=15971028,15971028;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:1:2,34:2,34:0.0540541,0.918919:0,16:2,18:0:0:0,16:2,18:0:1 chr16 15973653 . TG AT 114.74 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00422408;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.355;QD=16.3911;RBI=0.0553427;REFB=-0.0560515;REVB=0.0551812;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262873;STB=0.53679;STBP=0.752;TYPE=mnp;VARB=0.0936282;OID=.;OPOS=15973653;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:13:14:0.5:8:5:5:9:8:6:5:9 chr16 15982435 . G A 215.66 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00385417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.888;QD=18.3545;RBI=0.0160429;REFB=-0.00892819;REVB=0.015573;RO=25;SAF=3;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481467;STB=0.736125;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0159701;OID=.;OPOS=15982435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:21:22:0.468085:18:3:14:11:18:4:14:11 chr16 16138322 . T C 166.44 PASS AF=0.328358;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00414795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.228;QD=9.93693;RBI=0.00607083;REFB=-0.0182663;REVB=0.00443277;RO=45;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201578;STB=0.598017;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0465197;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:45:21:22:0.328358:8:13:20:25:9:13:20:25 chr16 16139714 . T C 257.82 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00901035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.24;QD=18.4154;RBI=0.0098857;REFB=-0.0388923;REVB=0.00406703;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835962;STB=0.536057;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.032447;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:13:15:17:10:13:15:17:11 chr16 16162019 . T C 580.87 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0470947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8284;QD=58.0874;RBI=0.078087;REFB=-0.100926;REVB=0.0622869;RO=2;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492505;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00592575;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:2:1:38:39:0.975:18:20:0:2:19:20:0:1 chr16 16236650 . T C 410.36 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00287561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.778;QD=18.238;RBI=0.00288087;REFB=-0.0104384;REVB=0.000174007;RO=48;SAF=11;SAR=31;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326181;STB=0.682959;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104989;OID=.;OPOS=16236650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:31:11:28:20:31:11:28:20 chr16 16263663 . G A 305.82 PASS AF=0.409639;AO=35;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00357324;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.362;QD=14.7382;RBI=0.00740867;REFB=-0.0277135;REVB=-0.00649002;RO=47;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707427;STB=0.565052;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0352916;OID=.;OPOS=16263663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:49:35:34:0.409639:21:14:22:25:21:13:24:25 chr16 16271357 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135041;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.921;QD=54.637;RBI=0.0138149;REFB=-0.0550237;REVB=0.00291375;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241289;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000336638;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:31:19:1:0:32:19:1:0 chr16 16272670 . T C 767.19 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3222;QD=63.9326;RBI=0.192196;REFB=0;REVB=0.18527;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244278;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:11:29:0:0:18:30:0:0 chr16 16291971 . C T 510.49 PASS AF=0.390728;AO=59;DP=151;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=63;FWDB=0.0327553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9352;QD=13.5229;RBI=0.0446669;REFB=-0.0300364;REVB=0.0303681;RO=89;SAF=23;SAR=36;SRF=29;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732202;STB=0.548791;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0356875;OID=.;OPOS=16291971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:92:59:59:0.390728:36:23:29:60:36:23:29:63 chr16 16291983 . A G 595.83 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=-0.000918419;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.764;QD=15.9954;RBI=0.00788298;REFB=-0.00918943;REVB=-0.00782929;RO=80;SAF=23;SAR=40;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579667;STB=0.539894;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.016924;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:80:86:63:63:0.422819:40:23:25:55:40:23:26:60 chr16 16468294 . C T 596.38 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0176357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.197;QD=48.6839;RBI=0.0231333;REFB=-0.0138196;REVB=0.0149711;RO=7;SAF=18;SAR=24;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767955;STB=0.541157;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00298124;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:49:49:7:7:42:42:0.857143:24:18:5:2:24:18:5:2 chr16 17451933 . C T 513.08 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0245293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.04;QD=18.6573;RBI=0.025171;REFB=-0.0167818;REVB=0.00564729;RO=54;SAF=19;SAR=35;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502947;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0171162;OID=.;OPOS=17451933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:56:54:54:0.490909:35:19:19:35:35:19:20:36 chr16 18823379 . T C 1123.66 PASS AF=0.974684;AO=68;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0284322;FXX=0.0124984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=156.344;QD=56.894;RBI=0.0284389;REFB=-0.0176473;REVB=0.000615541;RO=2;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377629;STB=0.517237;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000672924;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:68:77:0.974684:24:44:0:2:28:49:0:2 chr16 18847416 . G A 395.42 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0151072;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5921;QD=25.5112;RBI=0.0250027;REFB=-0.0129343;REVB=0.0199226;RO=24;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405236;STB=0.522173;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00705601;OID=.;OPOS=18847416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:24:24:38:38:0.612903:18:20:14:10:18:20:14:10 chr16 18861335 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00087534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4626;QD=21.2925;RBI=0.0144983;REFB=-0.0127588;REVB=-0.0144719;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299936;STB=0.675919;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00975053;OID=.;OPOS=18861335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:16:9:17:7:16:9:18:7 chr16 18908268 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0947619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9176;QD=10.0339;RBI=0.0952612;REFB=0.0158234;REVB=-0.00974111;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090044;STB=0.555348;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0433098;OID=.;OPOS=18908268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:1:6:4:1:1:6 chr16 19041595 . G A 646.44 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.016807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.589;QD=50.7015;RBI=0.0280945;REFB=-0.121291;REVB=0.0225127;RO=3;SAF=20;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654868;STB=0.534869;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000799466;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:28:20:3:0:28:20:3:0 chr16 19067933 . G A 743.15 PASS AF=0.948276;AO=52;DP=57;FAO=55;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.025322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3447;QD=51.2515;RBI=0.0438297;REFB=-0.0975153;REVB=0.0357748;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324593;STB=0.515619;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00268519;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:52:55:0.948276:24:28:2:0:24:31:2:0 chr16 19080184 . C T 519.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4616;QD=59.403;RBI=0.0737119;REFB=0;REVB=0.000645207;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956443;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr16 19080227 . C CTG,G 324.49 PASS AF=0.884615,0.0769231;AO=21,2;DP=27;FAO=23,2;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=6,0;FSAR=17,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0350336,-0.041513;FXX=0.0370233;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=239.048,76.3429;QD=49.9209;RBI=0.0375819,0.0416875;REFB=-0.0239119,0.0325413;REVB=0.0136031,-0.00380997;RO=1;SAF=6,0;SAR=15,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0708105,-0.697199;STB=0.538427,0.993266;STBP=0.166,0.232;TYPE=ins,snp;VARB=0.00563761,0.000121128;OID=.,.;OPOS=19080228,19080227;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:27:26:1:1:21,2:23,2:0.884615,0.0769231:15,2:6,0:1:0:17,2:6,0:1:0 chr16 19085298 . C T 1572.91 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.117;QD=59.9203;RBI=0.00759742;REFB=0;REVB=0.00274111;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29919e-05;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr16 19129169 . AAG A 260.13 PASS AF=0.40367;AO=43;DP=112;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00756512;FXX=0.0353951;HRUN=3;LEN=2;MLLD=265.007;QD=9.54611;RBI=0.00774216;REFB=-0.00975042;REVB=0.0016462;RO=59;SAF=16;SAR=27;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160402;STB=0.591614;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=0.0135557;OID=.;OPOS=19129170;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40367:43:112:44:109:65:17:27:35:30:99:59:16:27:31:28 chr16 19297219 . T C,G 787.73 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038793,0.011966;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.259,56.3569;QD=56.2664;RBI=0.0538034,0.0129135;REFB=0,0;REVB=-0.0372814,-0.00485521;RO=0;SAF=0,30;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0616586,0.00200102;OID=.,.;OPOS=19297219,19297219;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:2,24:0,30:0:0:2,24:0,30:0:0 chr16 19310092 . T C 618.43 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.676;QD=60.3342;RBI=0.0646697;REFB=0;REVB=-0.00630438;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117653;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:21:17:0:0:21:20:0:0 chr16 19509938 . G GCA 716.83 PASS AF=0.873016;AO=55;DP=63;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0298015;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.367;QD=45.5129;RBI=0.0356808;REFB=-0.0310778;REVB=0.0196211;RO=8;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107325;STB=0.557123;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00114021;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.873016:55:63:55:63:8:24:31:0:8:40:8:24:31:0:8 chr16 19514351 . G A 279.45 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.045014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0749;QD=14.1495;RBI=0.0459367;REFB=-0.0136459;REVB=0.00916092;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319806;STB=0.524925;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0157602;OID=.;OPOS=19514351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:47:32:32:0.405063:17:15:22:22:17:15:24:23 chr16 19514483 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0419483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9464;QD=10.472;RBI=0.056087;REFB=-0.000195687;REVB=-0.0372302;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046246;STB=0.527732;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000779924;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:11:13:6:6:11:13 chr16 19547357 . A G 175.53 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0109016;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.992;QD=8.56251;RBI=0.0457169;REFB=-0.000757026;REVB=0.0443981;RO=57;SAF=17;SAR=7;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305808;STB=0.6876;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00160376;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:58:24:24:0.292683:7:17:26:31:7:17:26:32 chr16 19547503 . C T 141.9 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0313997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.643;QD=9.62063;RBI=0.0316465;REFB=0.00118451;REVB=-0.00394462;RO=40;SAF=4;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36716;STB=0.719749;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0025691;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:15:4:20:20:15:4:20:20 chr16 19589697 . AA TC 40.74 PASS AF=0.545455;AO=3;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00311331;FXX=0;HRUN=13;LEN=2;MLLD=147.127;QD=14.8133;RBI=0.0125667;REFB=0.00998919;REVB=-0.012175;RO=4;SAF=2;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149914;STB=0.739831;STBP=0.153;TYPE=mnp;VARB=-0.00247898;OID=.;OPOS=19589697;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:11:4:5:3:6:0.545455:1:2:2:2:1:5:2:3 chr16 19868687 . G C 1210.37 PASS AF=0.964286;AO=80;DP=86;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0113027;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.585;QD=57.6367;RBI=0.0446998;REFB=-0.0120126;REVB=-0.0432472;RO=3;SAF=35;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158827;STB=0.508019;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000395218;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:84:3:3:80:81:0.964286:45:35:2:1:45:36:2:1 chr16 20043330 . T C 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7399;QD=56.93;RBI=0.0107033;REFB=0;REVB=0.00782797;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010067;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr16 20334679 . C T 1481.19 PASS AF=0.99;AO=90;DP=93;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.445;QD=59.2476;RBI=0.0428751;REFB=-0.0719772;REVB=0.0229849;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00159544;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:100:0:1:90:99:0.99:57:33:0:0:60:39:1:0 chr16 20423000 . G A 690.84 PASS AF=0.670455;AO=58;DP=87;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00698675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4651;QD=31.4019;RBI=0.0332064;REFB=-0.0297627;REVB=0.0324631;RO=29;SAF=29;SAR=29;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531222;STB=0.525637;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0189033;OID=.;OPOS=20423000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:29:29:58:59:0.670455:29:29:12:17:30:29:12:17 chr16 20430678 . G A 94.52 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00663549;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.221;QD=9.22175;RBI=0.00850485;REFB=-0.0142322;REVB=-0.00532003;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270587;STB=0.657254;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.02338;OID=.;OPOS=20430678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:42:41:28:29:12:12:0.292683:3:9:15:13:3:9:16:13 chr16 20432605 . A G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0334457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.38;QD=17.9524;RBI=0.0367561;REFB=-0.0167103;REVB=0.0152444;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528073;STB=0.529633;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0179205;OID=.;OPOS=20432605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:15:13:11:16:15:13 chr16 20435261 . CT TG 215.9 PASS AF=0.461538;AO=22;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00279317;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.138;QD=16.6074;RBI=0.00522445;REFB=-0.0154433;REVB=0.0044151;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172564;STB=0.564462;STBP=0.408;TYPE=mnp;VARB=0.0234163;OID=.;OPOS=20435261;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:22:24:0.461538:14:8:15:13:14:10:15:13 chr16 20441084 . T C 364.31 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0188658;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.884;QD=17.7712;RBI=0.0195669;REFB=-0.0227294;REVB=0.00519085;RO=43;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878787;STB=0.534865;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0260939;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:43:44:37:38:0.463415:19:18:17:26:20:18:18:26 chr16 20476852 . T C 240.32 PASS AF=0.391892;AO=25;DP=70;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00153363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.755;QD=12.9904;RBI=0.0159971;REFB=-0.0128611;REVB=-0.0159234;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160649;STB=0.586147;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0155163;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:44:45:25:29:0.391892:15:10:24:20:17:12:25:20 chr16 20492207 . G A 627.26 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.011157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.43;QD=16.0835;RBI=0.0172346;REFB=-0.0252498;REVB=0.0131359;RO=85;SAF=35;SAR=34;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453672;STB=0.531241;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0332018;OID=.;OPOS=20492207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:85:87:69:69:0.442308:34:35:47:38:34:35:49:38 chr16 20552075 . G T 365.85 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0097278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.182;QD=13.6766;RBI=0.00996899;REFB=-0.00211704;REVB=-0.00217963;RO=63;SAF=15;SAR=28;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236378;STB=0.638252;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00378437;OID=.;OPOS=20552075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:64:43:43:0.401869:28:15:36:27:28:15:37:27 chr16 20570661 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.686;QD=33.4285;RBI=0.0467216;REFB=0;REVB=0.00915275;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986899;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 20576048 . C A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0488361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.219;QD=7.79741;RBI=0.0497153;REFB=-0.00503161;REVB=0.00930843;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115241;STB=0.571276;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0114945;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:8:15:5:4:8:15 chr16 20635418 . C T 321.13 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0366773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4475;QD=14.7645;RBI=0.0759267;REFB=-0.0281512;REVB=0.0664804;RO=50;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138758;STB=0.572479;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0547026;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:50:51:36:36:0.413793:16:20:21:29:16:20:22:29 chr16 20636814 . G A 192.96 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0224989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.625;QD=13.7825;RBI=0.0263922;REFB=-0.0127443;REVB=0.0137965;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392525;STB=0.721478;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0324605;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:26:7:14:9:26:7 chr16 20638576 . A T 439.93 PASS AF=0.46875;AO=43;DP=93;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0254007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8959;QD=18.3303;RBI=0.0254632;REFB=-0.0199476;REVB=-0.00178386;RO=49;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572231;STB=0.542284;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0410444;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:49:51:43:45:0.46875:22:21:21:28:22:23:22:29 chr16 20753123 . T C 1227.76 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.336;QD=61.3879;RBI=0.0309692;REFB=0;REVB=0.0304872;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30664e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:45:34:0:0:46:34:0:0 chr16 20810067 . T C 292.46 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.042984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3913;QD=17.4605;RBI=0.0503929;REFB=-0.0433713;REVB=0.0263025;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270859;STB=0.522374;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.052756;OID=.;OPOS=20810067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:16:16:18:16:16:16:19:16 chr16 20811681 . C T 207.14 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00516862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.562;QD=15.0648;RBI=0.00531672;REFB=-0.00671937;REVB=0.00124613;RO=29;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154381;STB=0.552587;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00780479;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:29:31:23:24:0.436364:7:16:16:13:8:16:18:13 chr16 20855309 . A G 1422.87 PASS AF=0.943925;AO=99;DP=105;FAO=101;FDP=107;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00772943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8077;QD=53.1913;RBI=0.027028;REFB=-0.0747657;REVB=-0.0258992;RO=6;SAF=44;SAR=55;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030543;STB=0.515877;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0191987;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:107:6:6:99:101:0.943925:55:44:1:5:56:45:1:5 chr16 20873767 . T G 310.14 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0302284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.312;QD=28.8506;RBI=0.055758;REFB=-0.0294608;REVB=0.0468529;RO=16;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204455;STB=0.612817;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0261147;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:18:9:10:6:18:9:10:6 chr16 21008690 . T C 171.18 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00643254;FXX=0.0156226;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.098;QD=10.8686;RBI=0.00804548;REFB=0.00748803;REVB=0.00483242;RO=41;SAF=6;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232876;STB=0.636811;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0104171;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:22:22:0.349206:16:6:19:22:16:6:19:22 chr16 21190853 . A C 679.32 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0264038;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.871;QD=57.8147;RBI=0.0286364;REFB=0.013881;REVB=0.0110852;RO=2;SAF=19;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469262;STB=0.524989;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.000584107;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:26:19:2:0:26:19:2:0 chr16 21217061 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9528;QD=56.7056;RBI=0.0457509;REFB=0;REVB=0.0456315;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081398;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr16 21222672 . C A 769.48 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.045;QD=56.9981;RBI=0.0294272;REFB=0;REVB=0.0249315;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94735e-05;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr16 21531154 . G C 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0260569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.222;QD=5.82267;RBI=0.0288849;REFB=-0.0122748;REVB=-0.0124649;RO=45;SAF=2;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416784;STB=0.77023;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0496889;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:11:2:20:25:11:2:20:25 chr16 21531473 . G A 32.69 PASS AF=0.172414;AO=5;DP=29;FAO=5;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0852654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4131;QD=4.50922;RBI=0.0872877;REFB=-0.0100518;REVB=0.0186805;RO=18;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177683;STB=0.529293;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0269692;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:29:29:18:23:5:5:0.172414:2:3:8:10:2:3:13:10 chr16 21531493 . CT C,CC 516.15 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=4,31;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693806,0.0592786;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.27,207.573;QD=58.9882;RBI=0.0761916,0.062646;REFB=0,0;REVB=0.0314881,0.0202628;RO=0;SAF=4,17;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.023471,0.00110191;OID=.,.;OPOS=21531494,21531494;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:4,31:35:1,34:35:0:1,20:0,14:0:0:3:0:4,17:0,14:0:0 chr16 21531609 . C T 144.82 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.251;QD=38.6192;RBI=0.056274;REFB=0.052162;REVB=0.0534003;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047723;STB=0.523776;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000109843;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:1:1:13:14:0.933333:9:4:0:1:10:4:0:1 chr16 21658389 . G A 158.19 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0233546;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0201;QD=16.2244;RBI=0.0676161;REFB=-0.00430012;REVB=-0.0634547;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356102;STB=0.703261;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00238751;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:16:6:11:6:16:6 chr16 21689879 . T A 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0217225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.435;QD=14.4326;RBI=0.0219691;REFB=-0.00735425;REVB=-0.00328272;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232183;STB=0.631629;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0145367;OID=.;OPOS=21689879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:12:19:17:27:12:19:17:27 chr16 21690559 . G A 119.28 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0472983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0235;QD=14.9096;RBI=0.100024;REFB=-0.0602191;REVB=-0.0881344;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.631397;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0696832;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:18:12:14:0.4375:6:6:12:3:8:6:12:6 chr16 21730449 . C T 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0179371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.049;QD=28.8518;RBI=0.0232548;REFB=-0.0221392;REVB=0.0148002;RO=16;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06387;STB=0.535185;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0128519;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:11:16:8:8:11:16:8:8 chr16 21747662 . G A 51.52 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.000100811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.824;QD=3.55305;RBI=0.0211073;REFB=-0.00481672;REVB=-0.0211071;RO=47;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023545;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0332121;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:47:49:9:9:0.155172:5:4:20:27:5:4:22:27 chr16 21994411 . G A 271.88 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0101175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.07;QD=19.4197;RBI=0.0152064;REFB=-0.0143456;REVB=0.0113521;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595766;STB=0.533227;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0104459;OID=.;OPOS=21994411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:13:14:17:12:13:14 chr16 22144318 . C T 57.9 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00921049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4146;QD=8.27107;RBI=0.0187381;REFB=0.0105377;REVB=-0.0163181;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252565;STB=0.590353;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0198381;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:28:28:20:19:8:9:0.321429:5:3:12:8:5:4:11:8 chr16 22155629 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0218051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.496;QD=14.1958;RBI=0.021897;REFB=-0.000807158;REVB=-0.00200393;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143959;STB=0.582328;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00129412;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:17:15:14:9:17:15 chr16 22161136 . T C 283.77 PASS AF=0.6;AO=16;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.113159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.5273;QD=25.2243;RBI=0.115662;REFB=-0.0725444;REVB=0.0239333;RO=17;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384068;STB=0.554743;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0192414;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:16:27:0.6:15:1:4:13:16:11:5:13 chr16 22178256 . G A 412.11 PASS AF=0.588235;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00684386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.588;QD=24.242;RBI=0.0813638;REFB=-0.00732412;REVB=0.0810754;RO=27;SAF=27;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276618;STB=0.648573;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00311716;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:28:39:40:0.588235:12:27:9:18:13:27:9:19 chr16 22262514 . C A 212.66 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0265936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.033;QD=20.2535;RBI=0.0288809;REFB=-0.013933;REVB=-0.0112644;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872148;STB=0.549248;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00992566;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:13:8:10:11:13:8:10:11 chr16 22269867 . A G 565.24 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0305915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.815;QD=53.8319;RBI=0.0305921;REFB=-0.0276007;REVB=-0.000191458;RO=3;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684464;STB=0.536567;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000452955;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:19:20:0:3:19:20:0:3 chr16 22337478 . A G 591.27 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0417904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3296;QD=18.7704;RBI=0.0421548;REFB=-0.00183381;REVB=-0.00553117;RO=65;SAF=26;SAR=35;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025099;STB=0.513884;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00139332;OID=.;OPOS=22337478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:35:26:26:39:35:26:26:39 chr16 22357850 . C CAG 719.49 PASS AF=0.981132;AO=48;DP=57;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0042082;FXX=0.0535619;HRUN=0;LEN=2;MLLD=213.883;QD=54.3009;RBI=0.0160269;REFB=-0.0733215;REVB=0.0154646;RO=5;SAF=21;SAR=27;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290771;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.000370414;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981132:48:57:52:53:1:24:28:0:1:4:5:21:27:3:2 chr16 22826339 . A G 649.08 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0105482;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.914;QD=23.1812;RBI=0.0129995;REFB=-0.0201168;REVB=-0.00759739;RO=48;SAF=35;SAR=28;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442587;STB=0.528933;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0181115;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:49:63:63:0.5625:28:35:24:24:28:35:24:25 chr16 23360199 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.955;QD=49.5985;RBI=0.0669292;REFB=0;REVB=0.012232;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407428;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 23477997 . CCA C 139.89 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000100545;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=276.624;QD=15.1232;RBI=0.00345837;REFB=-0.0193021;REVB=-0.0034569;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424398;STB=0.510627;STBP=0.93;TYPE=del;VARB=0.0153723;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:18:35:19:37:18:12:7:11:7:99:14:12:6:10:4 chr16 23489711 . C G 145.56 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0148012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.442;QD=16.1729;RBI=0.0316727;REFB=-0.03407;REVB=-0.0280016;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.571338;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0275477;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:10:10:6:10:10:10 chr16 23490353 . T G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00262392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.761;QD=16.4543;RBI=0.0066868;REFB=-0.0224715;REVB=-0.00615047;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0114853;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr16 23536684 . T C 183.1 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00576393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.026;QD=25.2552;RBI=0.0137013;REFB=-0.0175705;REVB=0.0124299;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112978;STB=0.503872;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0110409;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:17:18:0.62069:9:8:5:6:10:8:5:6 chr16 23546561 . G C 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0273816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3233;QD=14.0951;RBI=0.0281555;REFB=0.0106757;REVB=-0.00655566;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0271218;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:8:6:4:7:8:6 chr16 23563501 . C T 727.46 PASS AF=0.448276;AO=78;DP=174;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=69;FWDB=0.00629958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.434;QD=16.7233;RBI=0.0107437;REFB=-0.0182909;REVB=0.00870297;RO=95;SAF=31;SAR=47;SRF=27;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120539;STB=0.56879;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0211642;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:95:96:78:78:0.448276:47:31:27:68:47:31:27:69 chr16 23582153 . G A 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0192799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.196;QD=11.2642;RBI=0.0296487;REFB=-0.0170889;REVB=-0.022524;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296148;STB=0.670575;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0310151;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:26:10:11:9:26:10 chr16 23585061 . T C 728.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2333;QD=57.1601;RBI=0.0551567;REFB=0;REVB=-0.00200396;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191019;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr16 23607504 . G C 144.11 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0200976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5602;QD=24.0183;RBI=0.0461932;REFB=-0.000342413;REVB=-0.0415921;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.545393;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-7.78944e-06;OID=.;OPOS=23607504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:9:9:14:15:0.625:4:10:5:4:5:10:5:4 chr16 23646191 . T C 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.027193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6814;QD=17.1665;RBI=0.046477;REFB=-0.00552428;REVB=0.0376915;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251582;STB=0.640704;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00522463;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:10:22:12:17:10:22 chr16 23677006 . A G 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.337;QD=61.2123;RBI=0.0262868;REFB=0;REVB=-0.019742;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76746e-06;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr16 23701538 . A G 375.28 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.89;QD=55.5976;RBI=0.0286519;REFB=0;REVB=0.00387441;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372506;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr16 23711925 . C G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.775;QD=57.7093;RBI=0.0587007;REFB=0;REVB=-0.0556875;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98788e-05;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr16 24166130 . T C 169.86 PASS AF=0.37931;AO=19;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.010894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.304;QD=11.7145;RBI=0.0119403;REFB=-0.0135188;REVB=-0.00488791;RO=36;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184699;STB=0.569968;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.024843;OID=.;OPOS=24166130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:36:19:22:0.37931:6:13:19:17:8:14:19:17 chr16 24226934 . G A 217.88 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00803878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.602;QD=20.2677;RBI=0.00911292;REFB=-0.00951126;REVB=0.00429225;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558936;STB=0.509795;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0118769;OID=.;OPOS=24226934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:21:21:22:0.511628:12:9:8:8:13:9:9:12 chr16 24564879 . GTA G 65.05 PASS AF=0.727273;AO=5;DP=15;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0280832;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.325;QD=23.6536;RBI=0.050044;REFB=-0.127691;REVB=0.0414215;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.0345622;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:5:15:8:11:3:3:5:1:2:14:4:1:4:1:3 chr16 24834233 . C T 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.014883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.676;QD=14.6508;RBI=0.0178613;REFB=-0.0150016;REVB=0.00987537;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120645;STB=0.558537;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0202556;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:12:11:18:12:12:11:18:13 chr16 24902194 . T C 1145.11 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0334106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.6512;QD=57.9801;RBI=0.0334191;REFB=-0.106236;REVB=-0.000752565;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517237;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000793438;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:0:2:77:77:0.974684:28:49:0:0:28:49:0:2 chr16 25043277 . G A 281.87 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2207;QD=49.0213;RBI=0.087647;REFB=-0.167606;REVB=0.0822922;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0119143;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr16 25137289 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.869;QD=54.5176;RBI=0.00524037;REFB=0;REVB=0.00100086;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14324e-06;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr16 25137385 . G A 52.22 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00741645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5216;QD=3.07194;RBI=0.0111739;REFB=0.0029185;REVB=-0.00835774;RO=57;SAF=3;SAR=7;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259985;STB=0.687121;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0176525;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:57:58:10:10:0.147059:7:3:29:28:7:3:30:28 chr16 25239805 . G C 212.26 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0323059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6842;QD=27.3884;RBI=0.0870582;REFB=0.0109778;REVB=0.0808422;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118873;STB=0.565851;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00443236;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:11:9:7:4:11:9:7:4 chr16 27226106 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00827969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.713;QD=11.4396;RBI=0.0113275;REFB=-0.0116669;REVB=-0.00773043;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238875;STB=0.652832;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0134614;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:5:8:9:14:5:8:9:15 chr16 27238110 . C T 315.85 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00497926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.873;QD=15.0402;RBI=0.00535525;REFB=-0.00981639;REVB=0.00197119;RO=49;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135766;STB=0.576879;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0136376;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:14:21:23:26:14:21:23:26 chr16 27246617 . T C 282.21 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00814263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4034;QD=22.5764;RBI=0.00836982;REFB=-0.00240298;REVB=-0.00193685;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212258;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:12:12:13:13:12:12 chr16 27356203 . A G 163.65 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00599968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1299;QD=13.3588;RBI=0.0105282;REFB=-0.00762582;REVB=0.00865136;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174736;STB=0.510193;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00735582;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:15:16:9:9:15:16 chr16 27371158 . C T 610.3 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0274475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9562;QD=56.7724;RBI=0.0366806;REFB=-0.108221;REVB=-0.0243331;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390665;STB=0.520823;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00340616;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:23:18:0:2:23:18:0:2 chr16 27445670 . TGGG TGGA,TGG 145.6 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,13;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117715,0.227912;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=221.578,10.8847;QD=29.1197;RBI=0.0148657,0.266126;REFB=0,0;REVB=-0.00907858,0.137402;RO=4;SAF=2,2;SAR=0,11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.687939,-0.0729841;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0143716,0.0516501;OID=.,.;OPOS=27445673,27445671;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGA,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,13:20:2,18:20:0:2,3:0,15:0:0:10:4:2,2:0,11:1:3 chr16 27772901 . G A 626.03 PASS AF=0.875;AO=49;DP=57;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0360874;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.008;QD=44.7165;RBI=0.0363157;REFB=-0.0197538;REVB=-0.00406618;RO=6;SAF=26;SAR=23;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627843;STB=0.505122;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000844882;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:57:56:6:7:49:49:0.875:23:26:3:3:23:26:4:3 chr16 27974487 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7715;QD=62.0187;RBI=0.0538597;REFB=0;REVB=-0.0186272;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524235;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:16:26:0:0 chr16 28354090 . C G 124.76 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0176006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9221;QD=7.5609;RBI=0.0382687;REFB=-0.0293326;REVB=-0.033981;RO=46;SAF=9;SAR=9;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20949;STB=0.621085;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0556063;OID=.;OPOS=28354090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:46:48:18:18:0.272727:9:9:31:15:9:9:32:16 chr16 28354223 . G A 75.91 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0570268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3393;QD=11.6792;RBI=0.0571152;REFB=-0.0155839;REVB=-0.00317657;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846473;STB=0.539915;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0350685;OID=.;OPOS=28354223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:15:16:10:10:0.384615:1:9:13:2:1:9:14:2 chr16 28508716 . T C 468.88 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197884;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.146;QD=58.6098;RBI=0.042843;REFB=0;REVB=0.0379993;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149185;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr16 28603393 . T C 352.45 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00164879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9384;QD=50.3504;RBI=0.0109555;REFB=-0.0753338;REVB=-0.0108307;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00330338;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:15:11:1:0:15:12:1:0 chr16 28603710 . C A 502.75 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0395278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.547;QD=17.4869;RBI=0.039669;REFB=-0.000338293;REVB=-0.00334405;RO=61;SAF=24;SAR=29;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580198;STB=0.537271;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000639745;OID=.;OPOS=28603710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:53:54:0.469565:29:24:24:37:29:25:24:37 chr16 28617485 . C T 899.65 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286061;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.26;QD=58.0417;RBI=0.0578361;REFB=0;REVB=0.0577653;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239608;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr16 28621311 . T C 344.61 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.021376;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7658;QD=20.8857;RBI=0.036628;REFB=-0.012781;REVB=0.0297435;RO=30;SAF=22;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828738;STB=0.550503;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00918551;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:30:30:35:36:0.545455:13:22:16:14:13:23:16:14 chr16 28842311 . A G 211.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150289;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.336;QD=49.6922;RBI=0.0151532;REFB=0;REVB=0.00193722;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90205e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr16 28915527 . G A 837.08 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00640048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.05;QD=55.8052;RBI=0.0364875;REFB=-0.0400231;REVB=0.0359217;RO=1;SAF=18;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254817;STB=0.513509;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000223542;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:40:18:1:0:41:18:1:0 chr16 28944396 . C G 300.28 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8524;QD=52.2229;RBI=0.0738646;REFB=0;REVB=0.0565563;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127961;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:18:4:0:0:18:5:0:0 chr16 28990506 . C CG,G 63.42 PASS AF=0.235294,0.117647;AO=10,4;DP=37;FAO=8,4;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6,4;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0314181,-0.0108927;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=33.0849,53.9563;QD=7.46132;RBI=0.0552092,0.0679495;REFB=-0.0362563,-0.0169462;REVB=-0.0453978,-0.0670707;RO=23;SAF=8,4;SAR=2,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.396124,0.642669;STB=0.723561,0.997316;STBP=0.163,0.026;TYPE=ins,snp;VARB=0.140021,0.179932;OID=.,.;OPOS=28990507,28990506;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:34:23:22:10,4:8,4:0.235294,0.117647:2,0:8,4:11:12:2,0:6,4:10:12 chr16 28995757 . C A 651.18 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.896;QD=62.0172;RBI=0.0235755;REFB=0;REVB=-0.0165682;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68892e-07;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:17:23:0:0:19:23:0:0 chr16 28997997 . G A 396.29 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0205708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.614;QD=25.986;RBI=0.0289517;REFB=-0.0372188;REVB=-0.0203726;RO=22;SAF=14;SAR=24;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290569;STB=0.50922;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0228993;OID=.;OPOS=28997997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:23:38:38:0.622951:24:14:9:13:24:14:9:14 chr16 29124421 . T C 182.77 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00381799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.541;QD=9.74754;RBI=0.0117826;REFB=0.00579437;REVB=0.0111469;RO=51;SAF=8;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252427;STB=0.648523;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0057351;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:16:8:28:23:16:8:28:23 chr16 29580611 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0671908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.977;QD=44.6882;RBI=0.0690752;REFB=0;REVB=0.0160245;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125229;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr16 29675326 . A G 240.55 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00427636;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.022;QD=19.2438;RBI=0.0201225;REFB=0.00160193;REVB=0.0196629;RO=25;SAF=5;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370471;STB=0.710095;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000597991;OID=.;OPOS=29675326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:25:25:0.5:20:5:14:11:20:5:14:11 chr16 29675928 . C T 118.46 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0529074;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.179;QD=20.6019;RBI=0.0621296;REFB=-0.0265285;REVB=0.0325713;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159391;STB=0.591095;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0154114;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:5:5:9:4:5:5 chr16 29679989 . A G 644.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7476;QD=61.3999;RBI=0.0652075;REFB=0;REVB=0.0648022;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011282;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:8:32:0:0:10:32:0:0 chr16 29680195 . G A 131.5 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.00715744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4006;QD=14.611;RBI=0.0124077;REFB=-0.00616103;REVB=0.0101352;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176086;STB=0.555487;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0106296;OID=.;OPOS=29680195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:12:3:2:18:12:3:3:18 chr16 29680256 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.876;QD=39.2063;RBI=0.0214543;REFB=0;REVB=0.0214543;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515929;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr16 29680389 . A C 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0197003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.645;QD=11.5708;RBI=0.0234313;REFB=-0.0311795;REVB=-0.0126856;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400134;STB=0.523176;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.03858;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:23:19:10:14:23:19 chr16 29708350 . A G 393.05 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0619;QD=56.1503;RBI=0.120678;REFB=0;REVB=-0.0702552;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061836;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr16 29790864 . G A 746.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0932;QD=63.5219;RBI=0.0569475;REFB=0;REVB=0.0534738;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114234;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr16 29791561 . T G 851.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3464;QD=57.7098;RBI=0.019301;REFB=0;REVB=-0.00514774;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148831;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:34:25:0:0 chr16 29791721 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000508774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8191;QD=58.1416;RBI=0.0316433;REFB=0;REVB=0.0316392;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302316;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr16 29811319 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9779;QD=33.4269;RBI=0.0996563;REFB=0;REVB=0.099183;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331748;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr16 29814234 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.104;QD=57.8849;RBI=0.0459019;REFB=0;REVB=0.034888;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125447;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr16 29821744 . G A 774.08 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00508218;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.312;QD=55.2915;RBI=0.0191575;REFB=-0.0274421;REVB=-0.0184711;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00115688;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:0:1:55:55:0.982143:22:33:0:0:22:33:0:1 chr16 29823050 . G T 315.81 PASS AF=0.595745;AO=24;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0121255;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.862;QD=26.8772;RBI=0.0152681;REFB=-0.0291055;REVB=0.00927831;RO=14;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145167;STB=0.586142;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0147066;OID=.;OPOS=29823050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:14:19:24:28:0.595745:18:6:6:8:20:8:9:10 chr16 29825126 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8491;QD=64.1537;RBI=0.0107425;REFB=0;REVB=0.00263109;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40268e-05;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr16 29826538 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.498;QD=45.8068;RBI=0.01512;REFB=0;REVB=-0.0150705;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124333;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr16 29876150 . CAA CA,C,CCA 210.95 PASS AF=1,0,0;AO=19,5,2;DP=38;FAO=38,0,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145195,0.0696309,-0.0288368;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=7.46399,9.92276,10.4796;QD=22.2054;RBI=0.217498,0.111613,0.108607;REFB=-0.00262837,-0.00522097,-0.0407465;REVB=0.161938,0.0872293,0.104709;RO=10;SAF=9,5,2;SAR=10,0,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0783405,0.706086,0.542827;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00973804,0.0567409,0;OID=.,.,.;OPOS=29876151,29876151,29876151;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=CA,C,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:19,5,2:38:38,0,0:38:0:22,0,0:16,0,0:0:0:4:10:9,5,2:10,0,0:6:4 chr16 29882490 . C T 140.01 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0270129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8625;QD=20.7415;RBI=0.0382841;REFB=-0.0205189;REVB=-0.0271289;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314298;STB=0.674926;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0169157;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:1:11:8:7:1:11 chr16 29899123 . G T 186.8 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0310034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2121;QD=19.6635;RBI=0.0414896;REFB=0.000714472;REVB=0.0275713;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150521;STB=0.585492;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00116789;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:13:6:9:10:13:6:9:10 chr16 29908433 . C G 698.03 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0408802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5834;QD=54.7477;RBI=0.0429667;REFB=-0.0655471;REVB=-0.0132268;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000290366;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:29:20:0:1:29:21:0:1 chr16 29918034 . T C 99.02 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0155016;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.592;QD=22.0053;RBI=0.0574847;REFB=0.022963;REVB=-0.0553551;RO=7;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962028;STB=0.555445;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0051423;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:18:7:7:11:11:0.611111:1:10:6:1:1:10:6:1 chr16 29994922 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0124354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.768;QD=9.91657;RBI=0.0175088;REFB=-0.0157517;REVB=0.0123254;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187728;STB=0.610901;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0269579;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:2:15:7:2:2:15 chr16 29998200 . A G 295.75 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=-0.00615079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.643;QD=10.5626;RBI=0.0408919;REFB=-0.0153443;REVB=-0.0404266;RO=72;SAF=16;SAR=22;SRF=20;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173639;STB=0.605526;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0207878;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:74:38:38:0.339286:22:16:20:52:22:16:20:54 chr16 30005970 . CCT C,CCC 95.27 PASS AF=0.538462,0;AO=9,2;DP=28;FAO=14,0;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12,0;FSAR=2,0;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0016485,-0.0919901;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=24.5621,16.1262;QD=14.6566;RBI=0.0184752,0.122948;REFB=-0.0694161,-0.020758;REVB=0.0184015,-0.0815717;RO=15;SAF=8,1;SAR=1,1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.362611,-0.173623;STB=0.642621,0.5;STBP=0.196,1;TYPE=del,snp;VARB=0.103914,0;OID=.,.;OPOS=30005971,30005972;OREF=CT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0:9,2:28:14,0:26:12:12,0:2,0:8:4:88:15:8,1:1,1:10:5 chr16 30018500 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0365544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2569;QD=14.098;RBI=0.0372315;REFB=0.0131647;REVB=0.00706837;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596411;STB=0.840264;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0184349;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:16:2:10:3:16:2 chr16 30021402 . C T 173.1 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00866474;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.538;QD=18.7141;RBI=0.0222406;REFB=-0.0250085;REVB=0.0204833;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723083;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0157869;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:18:18:0.486486:11:7:8:9:11:7:8:11 chr16 30034986 . G A 131.99 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0136348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.461;QD=23.9979;RBI=0.0166276;REFB=-0.0431072;REVB=-0.00951676;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177266;STB=0.599854;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0284579;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:3:5:5:9:3:5 chr16 30037128 . A C 88.06 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.020408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.279;QD=14.0903;RBI=0.0230114;REFB=-0.0129544;REVB=0.0106318;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.586784;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0126832;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:9:2:4:9:9:2:4:10 chr16 30097849 . TGG GTG,T,TG 108.72 PASS AF=0,0.0681818,0.590909;AO=2,6,19;DP=42;FAO=0,3,26;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=0,0,4;FSAR=0,3,22;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0169824,0.0327332,0.0751928;FXX=0.0222173;HRUN=1,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=90.5763,16.5163,8.61016;QD=9.88361;RBI=0.160736,0.0840685,0.170597;REFB=-0.0109689,-0.093054,-0.165224;REVB=-0.159837,-0.0774342,-0.153132;RO=11;SAF=0,0,3;SAR=2,6,16;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0.416667,0.416667;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767034,-0.827439,-0.540313;STB=0.5,0.997779,0.77852;STBP=1,0.009,0;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.000169133,0.00284815;OID=.,.,.;OPOS=30097849,30097850,30097850;OREF=TG,GG,G;OALT=GT,-,-;OMAPALT=GTG,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:62:42:44:11:15:2,6,19:0,3,26:0,0.0681818,0.590909:2,6,16:0,0,3:10:1:0,3,22:0,0,4:12:3 chr16 30119525 . C A 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.649;QD=62.0214;RBI=0.0315472;REFB=0;REVB=0.0192799;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101173;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr16 30198151 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.776;QD=48.7373;RBI=0.030652;REFB=0;REVB=-0.00760811;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90505e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr16 30393660 . G A 481.42 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00305125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.242;QD=53.4909;RBI=0.00305148;REFB=-0.107076;REVB=3.76616e-05;RO=2;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583286;STB=0.531232;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000615467;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:15:19:0:2:15:19:0:2 chr16 30408765 . C T 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0928;QD=53.9042;RBI=0.0511697;REFB=0;REVB=0.0129263;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833598;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr16 30663210 . GGC G,GCC 62.86 PASS AF=0.428571,0;AO=14,6;DP=63;FAO=27,0;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=22,0;FSAR=5,0;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.279087,-0.356722;FXX=0.0735186;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.9721,15.9891;QD=3.99096;RBI=0.283079,0.357031;REFB=-0.319566,-0.0806752;REVB=-0.0473712,-0.0148419;RO=43;SAF=9,6;SAR=5,0;SRF=7;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.548312,0.788988;STB=0.845917,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0882496,0;OID=.,.;OPOS=30663211,30663211;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0:14,6:63:27,0:63:36:22,0:5,0:6:30:63:43:9,6:5,0:7:36 chr16 30666367 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0521464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9402;QD=17.3776;RBI=0.0584513;REFB=-0.0681528;REVB=-0.0264066;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327076;STB=0.691913;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0378239;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:5:5:9:2:5:5 chr16 30724070 . G T 975.13 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0275232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6521;QD=57.3605;RBI=0.0276099;REFB=-0.0235836;REVB=0.00218672;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000158527;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:31:36:1:0:31:36:1:0 chr16 30734963 . C A 583.13 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.581;QD=58.3128;RBI=0.0306307;REFB=-0.16029;REVB=0.00602668;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000586396;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:21:18:1:0:21:18:1:0 chr16 30762640 . C T 467.94 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0263755;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.64;QD=49.2564;RBI=0.0264236;REFB=-0.140805;REVB=0.00159378;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001867;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:1:4:34:34:0.894737:17:17:0:1:17:17:2:2 chr16 30770515 . CCA C 140.36 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00432952;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=2;MLLD=266.985;QD=10.593;RBI=0.017933;REFB=-0.00612887;REVB=0.0174025;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171759;STB=0.528276;STBP=0.741;TYPE=del;VARB=0.00772017;OID=.;OPOS=30770516;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:22:56:22:53:31:11:11:14:17:99:29:11:11:14:15 chr16 30772004 . GAA G 113.89 PASS AF=0.566667;AO=13;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0668413;FXX=0.0908816;HRUN=5;LEN=2;MLLD=20.1086;QD=15.1858;RBI=0.0669814;REFB=-0.0377387;REVB=-0.00433004;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379544;STB=0.514876;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0218907;OID=.;OPOS=30772005;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:13:31:17:30:13:6:11:5:8:73:9:2:11:5:4 chr16 30779716 . A G 1937.5 PASS AF=1;AO=58;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.913;QD=62.0001;RBI=0.0379744;REFB=0;REVB=0.0259018;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91341e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:58:125:1:36:22:0:0:88:37:0:0 chr16 30780828 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.78;QD=53.2772;RBI=0.0172916;REFB=0;REVB=0.0100782;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137356;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr16 30795021 . CGG CG,CGT 31.68 PASS AF=0.214286,0.0714286;AO=7,2;DP=28;FAO=6,2;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=5,2;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.116165,-0.0482442;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.2728,146.889;QD=4.52619;RBI=0.12298,0.0659647;REFB=-0.107369,-0.0178078;REVB=-0.0403683,-0.044987;RO=17;SAF=1,0;SAR=6,2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254477,-0.456158;STB=0.647587,0.992804;STBP=0.506,0.322;TYPE=del,snp;VARB=0.105388,0.144595;OID=.,.;OPOS=30795022,30795023;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CG,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0.0714286:7,2:28:6,2:28:20:1,0:5,2:6:14:22:17:1,0:6,2:5:12 chr16 30886643 . T C 316.55 PASS AF=0.892857;AO=23;DP=27;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0252161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2235;QD=45.2218;RBI=0.0711031;REFB=-0.0763473;REVB=0.0664816;RO=3;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340136;STB=0.501638;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0106082;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:28:3:3:23:25:0.892857:15:8:1:2:17:8:1:2 chr16 30964940 . A G 601.7 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.114072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7305;QD=58.7024;RBI=0.115804;REFB=-0.183793;REVB=0.019952;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183934;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00698233;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:15:25:1:0:15:25:1:0 chr16 30999142 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0355288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.491;QD=21.0138;RBI=0.0373201;REFB=-0.00406971;REVB=-0.0114234;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.817602;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00444765;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:0:7:11:11:0.611111:2:9:0:0:2:9:0:7 chr16 30999462 . T C 800.46 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3157;QD=57.1756;RBI=0.0697335;REFB=0;REVB=-0.0224039;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000802128;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr16 31075175 . G A,C 455.65 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221933,-0.00978948;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.865,91.9851;QD=56.9567;RBI=0.020295,0.0573707;REFB=0,0;REVB=0.0201733,-0.0565293;RO=0;SAF=17,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.001958,0.167551;OID=.,.;OPOS=31075175,31075175;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:13,2:17,0:0:0:13,2:17,0:0:0 chr16 31075708 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.019;QD=39.2055;RBI=0.0203237;REFB=0;REVB=0.0201427;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278842;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr16 31088347 . G A 1291.58 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9443;QD=60.7805;RBI=0.0533669;REFB=0;REVB=0.00127024;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143505;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:42:40:0:0:42:43:0:0 chr16 31088625 . A G 398.32 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.219;QD=53.1096;RBI=0.0617777;REFB=0.0700647;REVB=0.0546088;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000144727;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:11:17:1:0:12:17:1:0 chr16 31088893 . CAA CA,CAC 196.91 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=9,5;DP=29;FAO=18,9;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=8,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.619444,0.071713;FXX=0.0689417;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.70269,113.379;QD=29.1722;RBI=0.625721,0.10993;REFB=0,0;REVB=-0.0884096,-0.0833174;RO=7;SAF=3,0;SAR=6,5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0.326923,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.471797,-0.826071;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0040531,0.150337;OID=.,.;OPOS=31088894,31088895;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:9,5:29:18,9:27:0:10,0:8,9:0:0:45:7:3,0:6,5:7:0 chr16 31093892 . A G 737.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2629;QD=56.7473;RBI=0.0498278;REFB=0;REVB=0.0308065;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313336;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr16 31099011 . T C 501.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.703;QD=58.9647;RBI=0.0348968;REFB=0;REVB=0.0259818;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05794e-05;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr16 31121793 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.692;QD=33.428;RBI=0.0499422;REFB=0;REVB=-0.0284481;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132062;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 31141826 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9333;QD=48.7315;RBI=0.0327032;REFB=0;REVB=0.00266819;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000840684;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr16 31141880 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.532;QD=48.7305;RBI=0.00839968;REFB=0;REVB=0.00415294;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34749e-05;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr16 31153105 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.054;QD=56.9567;RBI=0.0372478;REFB=0;REVB=-0.0178105;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108218;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr16 31154146 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4746;QD=35.5754;RBI=0.0665645;REFB=0;REVB=0.0191789;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00673473;OID=.;OPOS=31154146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr16 31193942 . C A 344.13 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0368605;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.108;QD=30.5893;RBI=0.0378773;REFB=0.00240045;REVB=0.00871744;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112001;STB=0.561249;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000814071;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:16:16:29:29:0.644444:17:12:4:12:17:12:4:12 chr16 31195279 . C T 272.34 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0141014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.636;QD=17.2917;RBI=0.0149534;REFB=-0.0314878;REVB=-0.00497555;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141446;STB=0.507931;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0376391;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:17:16:15:15:17:16 chr16 31230463 . C T 174.33 PASS AF=0.45;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0165524;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.876;QD=17.4331;RBI=0.0247538;REFB=-0.0171641;REVB=0.0184056;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786889;STB=0.555856;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.016037;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:22:17:18:0.45:12:5:8:14:13:5:8:14 chr16 31336719 . G A 135.5 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0136544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.416;QD=17.4843;RBI=0.0381413;REFB=-0.0490661;REVB=-0.0356134;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057851;STB=0.515131;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0391731;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:14:15:0.483871:7:7:7:9:8:7:7:9 chr16 31374535 . C G 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00101127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.441;QD=18.4424;RBI=0.0259224;REFB=-0.0593694;REVB=-0.0259027;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0449108;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr16 31418869 . A G 137.38 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=30;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0218423;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.6951;QD=16.6526;RBI=0.0369745;REFB=-0.0712548;REVB=0.0298333;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414199;STB=0.511097;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0517461;OID=.;OPOS=31418869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:16:17:14:16:0.484848:10:4:4:12:11:5:5:12 chr16 31422429 . T C 819.95 PASS AF=0.983051;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7375;QD=55.5895;RBI=0.0464721;REFB=-0.0616324;REVB=0.0444574;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00375386;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:59:58:0.983051:33:26:0:0:32:26:0:1 chr16 31439170 . G A 218.28 PASS AF=0.464286;AO=22;DP=50;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00909725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4921;QD=15.5913;RBI=0.0446972;REFB=-0.0402859;REVB=0.0437617;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351083;STB=0.541634;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0103127;OID=.;OPOS=31439170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:56:28:30:22:26:0.464286:11:11:15:13:15:11:15:15 chr16 31539934 . G T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0572305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1822;QD=7.3219;RBI=0.0587008;REFB=0.00473679;REVB=0.0130558;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272723;STB=0.666221;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0169718;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:2:12:4:2:2:12 chr16 31580635 . CG C 31.88 PASS AF=0.375;AO=8;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0635908;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.34339;QD=3.98482;RBI=0.275327;REFB=-0.0140187;REVB=-0.267882;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0.305556;SSEP=0;SSSB=-0.180179;STB=0.694073;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=-0.0711435;OID=.;OPOS=31580636;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:32:12:32:20:2:10:8:12:31:18:2:6:7:11 chr16 31724836 . T C 246.51 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0224702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2229;QD=46.9534;RBI=0.10359;REFB=-0.0501753;REVB=-0.101123;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0300157;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr16 31765220 . G A 199.59 PASS AF=0.361111;AO=24;DP=69;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0495562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8053;QD=11.0886;RBI=0.0567415;REFB=-0.017968;REVB=-0.0276366;RO=45;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808599;STB=0.574266;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0306145;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:45:46:24:26:0.361111:15:9:20:25:17:9:21:25 chr16 31770723 . T A 263.32 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=57;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0108067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.912;QD=17.5549;RBI=0.0268374;REFB=-0.0218354;REVB=-0.0245654;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832719;STB=0.569894;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0134168;OID=.;OPOS=31770723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:30:31:27:29:0.483333:15:12:16:14:17:12:17:14 chr16 31926619 . G A 156.32 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341695;FXX=0.277624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.791;QD=48.0973;RBI=0.0362049;REFB=0;REVB=0.0119683;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026334;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr16 32077537 . G T 302.01 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=131;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.00482187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.146;QD=9.15177;RBI=0.00677434;REFB=-0.0162461;REVB=0.00475828;RO=91;SAF=27;SAR=13;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10526;STB=0.566632;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0411294;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:91:92:40:40:0.30303:13:27:54:37:13:27:54:38 chr16 32077580 . A G 323.94 PASS AF=0.323077;AO=41;DP=129;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.00234882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0237;QD=9.96733;RBI=0.0187537;REFB=-0.00276044;REVB=-0.0186061;RO=87;SAF=27;SAR=14;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210337;STB=0.60669;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00664613;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:87:88:41:42:0.323077:14:27:42:45:15:27:43:45 chr16 33629700 . G A 218.41 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00556319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.764;QD=9.49596;RBI=0.00587227;REFB=-0.00656363;REVB=0.00187999;RO=61;SAF=12;SAR=16;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552972;STB=0.517338;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0142143;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:61:64:28:28:0.304348:16:12:29:32:16:12:29:35 chr16 33629846 . T A 197.08 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00591779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.734;QD=10.9488;RBI=0.0122081;REFB=-0.0113093;REVB=0.0106779;RO=47;SAF=7;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295697;STB=0.672754;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0269832;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:18:7:25:22:18:7:25:22 chr16 33629950 . G T 240.57 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=10;FWDB=-0.00196437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.73;QD=12.181;RBI=0.00566737;REFB=0.00218243;REVB=-0.00531605;RO=50;SAF=12;SAR=17;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410451;STB=0.731652;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00633545;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:17:12:40:10:17:12:40:10 chr16 33629973 . G A 271.74 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=13;FWDB=-0.016967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.508;QD=12.3516;RBI=0.0253303;REFB=-0.0225965;REVB=-0.0188081;RO=55;SAF=15;SAR=17;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323107;STB=0.686527;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0348226;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:56:32:32:0.363636:17:15:42:13:17:15:43:13 chr16 33630022 . A T 265.86 PASS AF=0.313043;AO=33;DP=113;FAO=36;FDP=115;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00656825;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.742;QD=9.24711;RBI=0.00656999;REFB=-0.000283392;REVB=0.000151195;RO=79;SAF=17;SAR=16;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459509;STB=0.50605;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.000553774;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:79:79:33:36:0.313043:16:17:41:38:17:19:41:38 chr16 33784710 . C T 239.71 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.0410435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2261;QD=11.8376;RBI=0.144719;REFB=-0.00764718;REVB=0.138777;RO=51;SAF=24;SAR=5;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169705;STB=0.595228;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0157675;OID=.;OPOS=33784710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:52:29:29:0.358025:5:24:37:14:5:24:38:14 chr16 33961123 . T C 32.48 PASS AF=0.125;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.078483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9852;QD=2.70688;RBI=0.0885111;REFB=-0.00808339;REVB=-0.0409221;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289552;STB=0.719308;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0470997;OID=.;OPOS=33961123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:48:41:42:6:6:0.125:4:2:24:17:4:2:25:17 chr16 33961370 . A C 55.8 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00504395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.621;QD=27.898;RBI=0.00616286;REFB=-0.0577936;REVB=0.00354111;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0215002;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:0:1:6:7:0.875:4:2:0:0:4:3:0:1 chr16 33961810 . T C 46.38 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0693779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2365;QD=9.27637;RBI=0.0731986;REFB=-0.032275;REVB=-0.0233398;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.624625;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0293589;OID=.;OPOS=33961810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:11:13:7:7:0.35:5:2:4:7:5:2:6:7 chr16 33961827 . CCT C 34.34 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0487248;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=117.293;QD=6.24369;RBI=0.0565017;REFB=-0.0043577;REVB=0.0286066;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493865;STB=0.805374;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=0.0103925;OID=.;OPOS=33961828;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:6:22:6:22:16:1:5:9:7:34:15:1:5:9:6 chr16 33961880 . CA TG 30.97 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=9;FAO=3;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0894433;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=79.5247;QD=13.7664;RBI=0.12551;REFB=-0.0160418;REVB=-0.0880488;RO=3;SAF=1;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555201;STBP=0.867;TYPE=mnp;VARB=0.0145538;OID=.;OPOS=33961880;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:9:3:4:3:3:0.333333:2:1:1:2:2:1:1:3 chr16 33962298 . T G 33.43 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0322441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4294;QD=19.1038;RBI=0.0589873;REFB=-0.115086;REVB=0.0493945;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.059546;OID=.;OPOS=33962298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr16 33962329 . C G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00216648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.777;QD=28.6822;RBI=0.0631676;REFB=-0.0714155;REVB=-0.0631304;RO=2;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586432;STB=0.533258;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00935468;OID=.;OPOS=33962329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:6:3:1:1:6:3:1:1 chr16 33962369 . C T 54.47 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0526632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.254;QD=24.2094;RBI=0.0767538;REFB=-0.0437029;REVB=0.0558367;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145918;STB=0.583115;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0431921;OID=.;OPOS=33962369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:0:2:5:2:0:2 chr16 33962375 . CC GG 50.93 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0791102;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=216.71;QD=22.6335;RBI=0.0840922;REFB=-0.0422051;REVB=0.0285143;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173071;STB=0.583115;STBP=0.62;TYPE=mnp;VARB=0.0175796;OID=.;OPOS=33962375;OREF=CC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:6:7:0.777778:4:2:0:2:5:2:0:2 chr16 33962416 . G A 36.55 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0181926;FXX=0.124844;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.632;QD=20.8866;RBI=0.0197553;REFB=-0.0274887;REVB=0.00770089;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0022963;OID=.;OPOS=33962416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr16 33962422 . C A 72.94 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0262592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0232;QD=20.8387;RBI=0.0268608;REFB=-0.00325238;REVB=0.0056528;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028019;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00010964;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:3:2:4:5:3:2 chr16 33962435 . G A 96.72 PASS AF=0.75;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0647915;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5587;QD=32.2383;RBI=0.0947647;REFB=-0.0735843;REVB=0.069155;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147719;STB=0.583156;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0180795;OID=.;OPOS=33962435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:16:12:2:2:9:9:0.75:4:5:2:0:4:5:2:0 chr16 33962542 . T A 31.44 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0170307;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1194;QD=1.82267;RBI=0.0221259;REFB=-0.00739037;REVB=0.0141248;RO=64;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295515;STB=0.742303;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0407989;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:71:69:64:62:7:7:0.101449:2:5:29:35:2:5:27:35 chr16 33962561 . GG CA 645.43 PASS AF=0.8;AO=52;DP=65;FAO=52;FDP=65;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00176613;FXX=0.0579626;HRUN=2;LEN=2;MLLD=226.942;QD=39.7188;RBI=0.0105943;REFB=-0.0484339;REVB=0.0104461;RO=10;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120763;STB=0.538447;STBP=0.231;TYPE=mnp;VARB=0.00602299;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:65:65:10:13:52:52:0.8:26:26:1:9:26:26:4:9 chr16 33962570 . G A 521.43 PASS AF=0.652778;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0237486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.743;QD=28.9685;RBI=0.0238139;REFB=-0.00213448;REVB=-0.00176238;RO=25;SAF=23;SAR=24;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315838;STB=0.517152;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000828381;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:25:47:47:0.652778:24:23:11:14:24:23:11:14 chr16 33962619 . G A 412.08 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0199328;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.898;QD=31.6983;RBI=0.0204733;REFB=-0.0207504;REVB=0.00467334;RO=15;SAF=15;SAR=22;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335216;STB=0.518191;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00736347;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:15:15:37:37:0.711538:22:15:7:8:22:15:7:8 chr16 33962641 . G T 211.9 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0298615;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5541;QD=25.6847;RBI=0.0301572;REFB=-0.0108249;REVB=-0.00421225;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272005;STB=0.515136;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0226452;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:10:10:6:7:10:10:6:7 chr16 33962682 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.088799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.99;QD=12.0157;RBI=0.0910102;REFB=-0.062759;REVB=-0.01994;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0352737;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr16 33962891 . A T 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.000145085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.454;QD=15.6499;RBI=0.00373107;REFB=-0.0198995;REVB=0.00372824;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267453;STB=0.651003;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0294874;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:18:3:6:10:18:3 chr16 33962907 . AGGA CAAG,TGGG 148.52 PASS AF=0.097561,0.292683;AO=4,10;DP=43;FAO=4,12;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=2,11;FSAR=2,1;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0123981,0.0021672;FXX=0.0465008;HRUN=2,2;LEN=4,4;MLLD=130.654,181.036;QD=14.4899;RBI=0.0151524,0.0176465;REFB=0.00466919,-0.00308244;REVB=0.00871116,0.0175129;RO=22;SAF=2,9;SAR=2,1;SRF=20;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.551896,-0.0293418;STB=0.813863,0.586502;STBP=0.498,0.67;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0243892,0.00729485;OID=.,.;OPOS=33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA;OALT=CAAG,TGGG;OMAPALT=CAAG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:43:41:22:23:4,10:4,12:0.097561,0.292683:2,1:2,9:20:2:2,1:2,11:20:3 chr16 33962923 . G A 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000582877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.786;QD=4.81374;RBI=0.0070084;REFB=-0.00124265;REVB=-0.00698412;RO=44;SAF=10;SAR=1;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53385;STB=0.852897;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00340336;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:44:46:11:11:0.192982:1:10:24:20:1:10:26:20 chr16 33962930 . G T 60.96 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00527967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.023;QD=3.69426;RBI=0.0391527;REFB=-0.00661835;REVB=0.0387951;RO=54;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556305;STB=0.879732;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0457134;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:54:55:11:11:0.166667:1:10:27:27:1:10:28:27 chr16 33962996 . TG CG,CT 259.88 PASS AF=0.490909,0;AO=30,9;DP=66;FAO=27,0;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11,0;FSAR=16,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.000101375,-0.00143568;FXX=0.166641;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=277.699,159.403;QD=18.9004;RBI=0.000895621,0.0136621;REFB=-0.00761396,-0.00803594;REVB=0.000889866,0.0135864;RO=27;SAF=11,3;SAR=19,6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.224769,-0.341106;STB=0.601267,0.5;STBP=0.149,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00680352,0;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:55:27:28:30,9:27,0:0.490909,0:19,6:11,3:17:10:16,0:11,0:17:11 chr16 33963000 . T C 279.47 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0051074;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.254;QD=16.4396;RBI=0.0303153;REFB=-0.0179994;REVB=0.0298819;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782566;STB=0.551691;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0183269;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:37:29:31:0.455882:16:13:20:18:18:13:19:18 chr16 33963002 . G A 107.94 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00480233;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0524;QD=5.91441;RBI=0.0429958;REFB=-0.000693801;REVB=-0.0427268;RO=48;SAF=12;SAR=5;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369401;STB=0.743912;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00378209;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:56:17:17:0.232877:5:12:19:29:5:12:21:35 chr16 33963003 . A G 131.18 PASS AF=0.273973;AO=13;DP=65;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00109012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.423;QD=7.18808;RBI=0.0618291;REFB=-0.0247686;REVB=0.0618195;RO=51;SAF=4;SAR=9;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27752;STB=0.723174;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0328126;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:73:51:53:13:20:0.273973:9:4:27:24:15:5:29:24 chr16 33963015 . T C 1289.11 PASS AF=0.676829;AO=111;DP=164;FAO=111;FDP=164;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=80;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.000878503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.678;QD=31.4416;RBI=0.0237482;REFB=-0.024426;REVB=0.023732;RO=51;SAF=31;SAR=80;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190907;STB=0.604464;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0108899;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:51:53:111:111:0.676829:80:31:29:22:80:31:30:23 chr16 33963020 . C A 2266.65 PASS AF=0.798165;AO=141;DP=218;FAO=174;FDP=218;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=60;FSAR=114;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0612963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.05;QD=41.5899;RBI=0.0656696;REFB=-0.0310941;REVB=0.0235641;RO=43;SAF=45;SAR=96;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136281;STB=0.555021;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00860172;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:43:43:141:174:0.798165:96:45:26:17:114:60:26:17 chr16 33963046 . T C 10279.5 PASS AF=0.927632;AO=657;DP=718;FAO=705;FDP=760;FR=.;FRO=55;FSAF=289;FSAR=416;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.000710915;FXX=0.00523553;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.285;QD=54.1027;RBI=0.056859;REFB=-0.0290437;REVB=0.0568545;RO=53;SAF=282;SAR=375;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000687179;STB=0.501976;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0040235;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:718:760:53:55:657:705:0.927632:375:282:23:30:416:289:24:31 chr16 33963086 . A G 12809.8 PASS AF=0.948946;AO=853;DP=900;FAO=855;FDP=901;FR=.;FRO=46;FSAF=347;FSAR=508;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0325999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4736;QD=56.8693;RBI=0.0334515;REFB=-0.0406576;REVB=0.00750006;RO=35;SAF=346;SAR=507;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116061;STB=0.506539;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00890635;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:900:901:35:46:853:855:0.948946:507:346:9:26:508:347:13:33 chr16 33963106 . T C 13205.1 PASS AF=1;AO=854;DP=890;FAO=858;FDP=858;FR=.;FRO=0;FSAF=341;FSAR=517;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175221;FXX=0.0391933;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.228;QD=61.5624;RBI=0.0192163;REFB=-0.0554883;REVB=0.00788934;RO=23;SAF=340;SAR=514;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92071e-05;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:890:858:23:0:854:858:1:514:340:14:9:517:341:0:0 chr16 33963108 . A G 13188.8 PASS AF=0.968362;AO=844;DP=872;FAO=857;FDP=885;FR=.;FRO=28;FSAF=352;FSAR=505;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00158365;FXX=0.00112866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.669;QD=59.6102;RBI=0.0075494;REFB=-0.0124614;REVB=-0.00738143;RO=26;SAF=344;SAR=500;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590657;STB=0.501752;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000755188;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:872:885:26:28:844:857:0.968362:500:344:8:18:505:352:10:18 chr16 33963175 . C G 11047.7 PASS AF=0.976744;AO=708;DP=729;FAO=714;FDP=731;FR=.;FRO=17;FSAF=281;FSAR=433;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.032375;FXX=0.0013661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.361;QD=60.4527;RBI=0.0422587;REFB=0.0290539;REVB=-0.02716;RO=15;SAF=276;SAR=432;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023533;STB=0.50099;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00216027;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:729:731:15:17:708:714:0.976744:432:276:5:10:433:281:6:11 chr16 33963202 . A G 7042.53 PASS AF=1;AO=440;DP=441;FAO=442;FDP=442;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=292;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043309;FXX=0.00674142;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.093;QD=63.7333;RBI=0.0107709;REFB=-0.0336636;REVB=0.00986181;RO=0;SAF=150;SAR=290;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25721e-06;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:441:442:0:0:440:442:1:290:150:0:0:292:150:0:0 chr16 33963210 . AT GC 5149.32 PASS AF=1;AO=325;DP=333;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501943;FXX=0.0210204;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.375;QD=63.1818;RBI=0.0060602;REFB=-0.0306049;REVB=-0.00339579;RO=1;SAF=107;SAR=218;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218332;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.18691e-05;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:333:326:1:0:325:326:1:218:107:0:1:218:108:0:0 chr16 33963224 . T C 3719.07 PASS AF=0.98;AO=243;DP=251;FAO=245;FDP=250;FR=.;FRO=5;FSAF=101;FSAR=144;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00512997;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.477;QD=59.5051;RBI=0.0082949;REFB=-0.157925;REVB=-0.00651834;RO=6;SAF=99;SAR=144;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035233;STB=0.504386;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000791516;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:251:250:6:5:243:245:0.98:144:99:2:4:144:101:1:4 chr16 33963248 . T C 3120.26 PASS AF=0.946188;AO=210;DP=223;FAO=211;FDP=223;FR=.;FRO=12;FSAF=110;FSAR=101;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000437668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.959;QD=55.9688;RBI=0.0277969;REFB=-0.0451686;REVB=0.0277934;RO=11;SAF=110;SAR=100;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205361;STB=0.503343;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00187856;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:223:223:11:12:210:211:0.946188:100:110:6:5:101:110:7:5 chr16 33963279 . T C 3472.67 PASS AF=0.935743;AO=238;DP=249;FAO=233;FDP=249;FR=.;FRO=16;FSAF=110;FSAR=123;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.000346438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3562;QD=55.7858;RBI=0.0289999;REFB=-0.0134347;REVB=0.0289979;RO=10;SAF=112;SAR=126;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176476;STB=0.505822;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00375547;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:249:249:10:16:238:233:0.935743:126:112:7:3:123:110:9:7 chr16 33963283 . C CGG,G 3316.89 PASS AF=0.973451,0.00884956;AO=170,9;DP=248;FAO=220,2;FDP=226;FR=.;FRO=4;FSAF=101,2;FSAR=119,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0900931,-0.0217335;FXX=0.0173905;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=37.9294,152.226;QD=58.7059;RBI=0.0999872,0.0232831;REFB=-0.0138378,0.0174438;REVB=0.0433668,0.00835207;RO=48;SAF=69,7;SAR=101,2;SRF=34;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126539,0.110265;STB=0.503761,0.995001;STBP=0.416,0.159;TYPE=ins,snp;VARB=0.000670829,0.00975815;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:248:226:48:4:170,9:220,2:0.973451,0.00884956:101,2:69,7:34:14:119,0:101,2:1:3 chr16 33963289 . A G 3524.57 PASS AF=0.978814;AO=212;DP=241;FAO=231;FDP=236;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=106;FSAR=125;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0179527;FXX=0.020746;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.423;QD=59.7384;RBI=0.0205224;REFB=-0.0101123;REVB=0.00994324;RO=5;SAF=89;SAR=123;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000892238;STB=0.501256;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000372505;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:241:236:5:5:212:231:0.978814:123:89:2:3:125:106:2:3 chr16 33963329 . T C 3674.6 PASS AF=0.940299;AO=244;DP=261;FAO=252;FDP=268;FR=.;FRO=16;FSAF=121;FSAR=131;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00171821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6273;QD=54.8448;RBI=0.00423314;REFB=-0.0251738;REVB=0.00386875;RO=15;SAF=115;SAR=129;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000513287;STB=0.501186;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00332539;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:261:268:15:16:244:252:0.940299:129:115:7:8:131:121:8:8 chr16 33963332 . A G 3776.33 PASS AF=0.951311;AO=253;DP=267;FAO=254;FDP=267;FR=.;FRO=13;FSAF=123;FSAR=131;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0245805;FXX=0.0037312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2237;QD=56.5742;RBI=0.0259145;REFB=-0.0837784;REVB=-0.00820734;RO=13;SAF=122;SAR=131;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00523651;STB=0.502641;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00198407;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:267:267:13:13:253:254:0.951311:131:122:7:6:131:123:7:6 chr16 33963395 . AT TC 2391.24 PASS AF=0.902703;AO=132;DP=193;FAO=167;FDP=185;FR=.;FRO=18;FSAF=64;FSAR=103;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0224676;FXX=0.0414486;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.84;QD=51.7025;RBI=0.0461546;REFB=-0.0406267;REVB=0.0403169;RO=18;SAF=55;SAR=77;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450014;STB=0.523194;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.00368684;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:193:185:18:18:132:167:0.902703:77:55:11:7:103:64:11:7 chr16 33963424 . A G 1329.85 PASS AF=0.792308;AO=96;DP=125;FAO=103;FDP=130;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=71;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0113768;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.326;QD=40.9184;RBI=0.0131346;REFB=-0.0106865;REVB=-0.00656391;RO=28;SAF=28;SAR=68;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181547;STB=0.588858;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00260383;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:28:27:96:103:0.792308:68:28:19:9:71:32:19:8 chr16 33963427 . T C 1103.66 PASS AF=0.747967;AO=80;DP=118;FAO=92;FDP=123;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00069579;FXX=0.061064;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.851;QD=35.8914;RBI=0.0173469;REFB=-0.0133105;REVB=0.017333;RO=26;SAF=23;SAR=57;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204611;STB=0.586697;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00252717;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:26:31:80:92:0.747967:57:23:18:8:60:32:21:10 chr16 33963437 . T C 1995.99 PASS AF=0.832402;AO=147;DP=178;FAO=149;FDP=179;FR=.;FRO=30;FSAF=50;FSAR=99;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00109957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9213;QD=44.6032;RBI=0.00160327;REFB=-0.0014005;REVB=0.00116679;RO=25;SAF=49;SAR=98;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056457;STB=0.53028;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000882798;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:25:30:147:149:0.832402:98:49:13:12:99:50:15:15 chr16 33963445 . A G 2413.38 PASS AF=0.876847;AO=176;DP=201;FAO=178;FDP=203;FR=.;FRO=25;FSAF=57;FSAR=121;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00172539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.43;QD=47.5544;RBI=0.036587;REFB=0.0190752;REVB=-0.0365463;RO=25;SAF=57;SAR=119;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619436;STB=0.533102;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00305132;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:25:25:176:178:0.876847:119:57:14:11:121:57:14:11 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 2543.02 PASS AF=0.773585,0.122642;AO=159,25;DP=215;FAO=164,26;FDP=212;FR=.;FRO=22;FSAF=44,9;FSAR=120,17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0115493,-0.0160307;FXX=0.0139528;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=196.26,95.5409;QD=47.9816;RBI=0.0228726,0.0289159;REFB=0.00635498,-0.00287171;REVB=0.0197426,0.0240655;RO=19;SAF=43,8;SAR=116,17;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100596,-0.287216;STB=0.546495,0.615041;STBP=0.004,0.096;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000849606,-0.0102627;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:215:212:19:22:159,25:164,26:0.773585,0.122642:116,17:43,8:13:6:120,17:44,9:13:9 chr16 33963490 . T C 1967.59 PASS AF=0.765854;AO=157;DP=205;FAO=157;FDP=205;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=113;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0771249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.749;QD=38.392;RBI=0.100091;REFB=0.0270416;REVB=0.0637959;RO=47;SAF=44;SAR=113;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960423;STB=0.549426;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00920623;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:47:48:157:157:0.765854:113:44:22:25:113:44:22:26 chr16 33963528 . T C 1719.9 PASS AF=0.843537;AO=119;DP=143;FAO=124;FDP=147;FR=.;FRO=23;FSAF=39;FSAR=85;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0101263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.185;QD=46.8001;RBI=0.0279445;REFB=-0.0153558;REVB=0.0260453;RO=23;SAF=38;SAR=81;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250184;STB=0.513787;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00311887;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:23:23:119:124:0.843537:81:38:9:14:85:39:9:14 chr16 33963560 . C A 86.52 PASS AF=0.145161;AO=18;DP=124;FAO=18;FDP=124;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=-0.0301255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.614;QD=2.79092;RBI=0.0341653;REFB=-0.00214106;REVB=-0.016116;RO=104;SAF=5;SAR=13;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162385;STB=0.613321;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0151863;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:124:124:104:106:18:18:0.145161:13:5:41:63:13:5:42:64 chr16 33963563 . G C 1095.57 PASS AF=0.778761;AO=87;DP=113;FAO=88;FDP=113;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0118136;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.894;QD=38.7812;RBI=0.017949;REFB=-0.0229679;REVB=-0.0135131;RO=25;SAF=29;SAR=58;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850089;STB=0.546165;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0122576;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:25:25:87:88:0.778761:58:29:13:12:59:29:13:12 chr16 33963571 . T C 1051.57 PASS AF=0.804124;AO=78;DP=97;FAO=78;FDP=97;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00215876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.726;QD=43.3637;RBI=0.0162463;REFB=0.000514958;REVB=0.0161022;RO=19;SAF=27;SAR=51;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071277;STB=0.538057;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000142779;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:19:19:78:78:0.804124:51:27:10:9:51:27:10:9 chr16 33963588 . G A 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00786914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.3;QD=2.03386;RBI=0.00937315;REFB=-0.00192916;REVB=0.00509239;RO=57;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731653;STB=0.563694;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0123969;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:57:58:7:7:0.107692:3:4:29:28:3:4:29:29 chr16 33963591 . T C 279.59 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0108295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.683;QD=21.1012;RBI=0.0216819;REFB=-0.01708;REVB=0.0187836;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125356;STB=0.57518;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0232005;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:24:28:29:0.54717:17:11:13:11:18:11:13:11 chr16 33963595 . A G 247.0 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0145073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1776;QD=24.7003;RBI=0.0621631;REFB=-0.0219604;REVB=-0.0604466;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144898;STB=0.580794;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0225367;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:15:8:9:8:15:8:9:8 chr16 33963597 . C T 281.6 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00497213;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.647;QD=27.473;RBI=0.0090069;REFB=-0.0136975;REVB=0.00751014;RO=16;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116251;STB=0.564304;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00960161;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:15:10:9:7:15:10:9:7 chr16 33963599 . T C 155.48 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0615338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4105;QD=15.1684;RBI=0.0649098;REFB=-0.00733569;REVB=-0.020661;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280681;STB=0.674346;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0135595;OID=.;OPOS=33963599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:12:5:13:10:12:5:14:10 chr16 33963605 . T C 406.24 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00516461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.721;QD=33.1626;RBI=0.0225258;REFB=-0.00359172;REVB=-0.0219257;RO=16;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646947;STB=0.535295;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00139005;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:18:15:9:7:18:15:9:7 chr16 33963624 . T C 254.38 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.000101531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.979;QD=15.4166;RBI=0.037782;REFB=-0.00109721;REVB=0.0377818;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098423;STB=0.556455;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00117909;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:37:29:29:0.439394:17:12:18:17:17:12:19:18 chr16 33963636 . AA GG 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00635823;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.011;QD=15.1533;RBI=0.00648711;REFB=-0.00344533;REVB=-0.00128669;RO=43;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199285;STB=0.511271;STBP=0.872;TYPE=mnp;VARB=0.00465661;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:17:15:21:22:17:15:21:22 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 91.33 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00234137;FXX=0.106045;HRUN=3;LEN=8;MLLD=298.572;QD=6.19192;RBI=0.0136959;REFB=-0.0117799;REVB=-0.0134943;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268064;STB=0.580436;STBP=0.405;TYPE=del;VARB=0.0225769;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:18:62:18:59:41:10:8:18:23:91:32:10:8:17:15 chr16 33963678 . C T 667.19 PASS AF=0.743243;AO=54;DP=75;FAO=55;FDP=74;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.013719;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.026;QD=36.0644;RBI=0.0190205;REFB=-0.0213531;REVB=0.0131745;RO=18;SAF=26;SAR=28;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952836;STB=0.540579;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00697635;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:18:19:54:55:0.743243:28:26:5:13:29:26:6:13 chr16 33963708 . GT AC 75.02 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00944097;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.282;QD=5.17373;RBI=0.0115607;REFB=-0.000525876;REVB=-0.00667215;RO=45;SAF=10;SAR=2;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528649;STB=0.832778;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.00337772;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:61:58:45:46:12:12:0.206897:2:10:18:27:2:10:19:27 chr16 33963722 . C G 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0188152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.546;QD=16.5613;RBI=0.0277509;REFB=-0.00809086;REVB=-0.0203985;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25855;STB=0.645463;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0142285;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:17:10:20:11:17:10:20:11 chr16 33963732 . AG CA,CG 199.98 PASS AF=0.166667,0.277778;AO=9,15;DP=54;FAO=9,15;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5,4;FSAR=4,11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.022362,-0.0134286;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=145.864,114.868;QD=14.8132;RBI=0.0285137,0.0320814;REFB=-0.00504968,0.00192929;REVB=-0.0176909,-0.0291357;RO=30;SAF=5,4;SAR=4,11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.138894,-0.437304;STB=0.588049,0.758288;STBP=0.586,0.026;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00769808,-0.0133204;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:54:30:30:9,15:9,15:0.166667,0.277778:4,11:5,4:20:10:4,11:5,4:20:10 chr16 33963737 . GC AT 214.82 PASS AF=0.48;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00928493;FXX=0.107124;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.527;QD=17.1855;RBI=0.00978276;REFB=-0.00409846;REVB=-0.00308097;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923585;STB=0.561411;STBP=0.417;TYPE=mnp;VARB=0.00234763;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:50:26:26:23:24:0.48:12:11:15:11:13:11:15:11 chr16 33963758 . T C 73.23 PASS AF=0.211538;AO=10;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00145004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.464;QD=5.6331;RBI=0.0265019;REFB=-0.00274483;REVB=-0.0264622;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224388;STB=0.601895;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0160412;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:52:52:41:41:10:11:0.211538:4:6:17:24:5:6:17:24 chr16 33963769 . C A 454.67 PASS AF=0.829268;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00284344;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.068;QD=44.3582;RBI=0.00338385;REFB=-0.00496735;REVB=0.00183447;RO=7;SAF=14;SAR=20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415624;STB=0.522375;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000940733;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:41:41:7:7:34:34:0.829268:20:14:2:5:20:14:2:5 chr16 33963772 . CGGG CGG,CGGC 492.9 PASS AF=0.425532,0.489362;AO=16,23;DP=50;FAO=20,23;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=7,10;FSAR=13,13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000701863,-0.00746961;FXX=0.113186;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.355,24.7596;QD=41.9489;RBI=0.025394,0.018741;REFB=-0.00696026,-0.0378598;REVB=0.0253843,0.017188;RO=4;SAF=4,10;SAR=12,13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0516567;STB=0.5185,0.528029;STBP=0.726,0.478;TYPE=del,snp;VARB=0.0542719,-0.013762;OID=.,.;OPOS=33963773,33963775;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.425532,0.489362:16,23:50:20,23:47:4:7,10:13,13:1:3:99:4:4,10:12,13:1:3 chr16 33963783 . G C,T 1024.57 PASS AF=0.506173,0.419753;AO=41,34;DP=81;FAO=41,34;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=6,16;FSAR=35,18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00406188,0.00855026;FXX=0.0121936;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=118.52,130.908;QD=50.5961;RBI=0.0170175,0.00864493;REFB=0.00060401,-0.00681109;REVB=0.0165257,-0.00127589;RO=6;SAF=6,16;SAR=35,18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00961658,0.0855172;STB=0.505152,0.545967;STBP=0.944,0.17;TYPE=snp,snp;VARB=0.00651322,-0.000492941;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:81:6:6:41,34:41,34:0.506173,0.419753:35,18:6,16:1:5:35,18:6,16:1:5 chr16 33963809 . G C 2192.37 PASS AF=0.916667;AO=153;DP=170;FAO=154;FDP=168;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=137;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00400533;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.196;QD=52.1994;RBI=0.106177;REFB=-0.0440586;REVB=0.106101;RO=14;SAF=17;SAR=136;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180732;STB=0.596037;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00332814;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:170:168:14:14:153:154:0.916667:136:17:9:5:137:17:9:5 chr16 33963816 . TG GA 1839.96 PASS AF=0.752525;AO=147;DP=197;FAO=149;FDP=198;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=134;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0220726;FXX=0.019801;HRUN=1;LEN=2;MLLD=108.011;QD=37.1709;RBI=0.0254161;REFB=-0.035183;REVB=0.0126008;RO=48;SAF=15;SAR=132;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307186;STB=0.664986;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0204129;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:48:49:147:149:0.752525:132:15:21:27:134:15:21:28 chr16 33963822 . A G 2992.82 PASS AF=0.828996;AO=223;DP=270;FAO=223;FDP=269;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=186;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00480851;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.363;QD=44.5028;RBI=0.029219;REFB=-0.0307207;REVB=-0.0288207;RO=45;SAF=37;SAR=186;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12204;STB=0.569267;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00614111;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:45:46:223:223:0.828996:186:37:18:27:186:37:19:27 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 4934.77 PASS AF=0.840686,0.0441176;AO=323,18;DP=417;FAO=343,18;FDP=408;FR=.;FRO=47;FSAF=95,18;FSAR=248,0;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00238648,-0.015574;FXX=0.0215822;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=187.517,95.991;QD=48.3801;RBI=0.0118481,0.0445516;REFB=-0.0220067,-0.0201911;REVB=-0.0116053,-0.0417408;RO=53;SAF=90,18;SAR=233,0;SRF=19;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0261877,0.810682;STB=0.515724,0.999385;STBP=0.12,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00742832,-0.0296157;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:408:53:47:323,18:343,18:0.840686,0.0441176:233,0:90,18:19:34:248,0:95,18:18:29 chr16 33963855 . T C 10308.7 PASS AF=0.929708;AO=701;DP=754;FAO=701;FDP=754;FR=.;FRO=53;FSAF=251;FSAR=450;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00283336;FXX=0.00264547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0912;QD=54.6882;RBI=0.0382391;REFB=-0.00843196;REVB=0.038134;RO=52;SAF=251;SAR=450;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104758;STB=0.501474;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000421072;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:754:754:52:53:701:701:0.929708:450:251:19:33:450:251:20:33 chr16 33963875 . A G 15769.7 PASS AF=0.98439;AO=1000;DP=1018;FAO=1009;FDP=1025;FR=.;FRO=16;FSAF=402;FSAR=607;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0152339;FXX=0.00774436;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0737;QD=61.5402;RBI=0.0898522;REFB=0.0540061;REVB=-0.0885514;RO=15;SAF=398;SAR=602;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89221e-05;STB=0.500381;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.000669096;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:1018:1025:15:16:1000:1009:0.98439:602:398:6:9:607:402:6:10 chr16 33963881 . C G 15366.5 PASS AF=0.94879;AO=1014;DP=1085;FAO=1019;FDP=1074;FR=.;FRO=55;FSAF=397;FSAR=622;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00207762;FXX=0.0128675;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7821;QD=57.2308;RBI=0.042744;REFB=0.00678919;REVB=-0.0426934;RO=54;SAF=396;SAR=618;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919134;STB=0.505441;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000293526;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:1085:1074:54:55:1014:1019:0.94879:618:396:26:28:622:397:27:28 chr16 33963912 . T C 19635.0 PASS AF=0.978412;AO=1265;DP=1299;FAO=1269;FDP=1297;FR=.;FRO=28;FSAF=518;FSAR=751;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0069695;FXX=0.00460472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8701;QD=60.555;RBI=0.0174231;REFB=-0.068791;REVB=0.0159684;RO=24;SAF=517;SAR=748;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641744;STB=0.502846;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00103726;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:1299:1297:24:28:1265:1269:0.978412:748:517:14:10:751:518:15:13 chr16 33963961 . C G 21246.8 PASS AF=0.961859;AO=1383;DP=1444;FAO=1387;FDP=1442;FR=.;FRO=55;FSAF=555;FSAR=832;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0435274;FXX=0.00276623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.081;QD=58.9371;RBI=0.0438237;REFB=-0.0652097;REVB=-0.00508785;RO=38;SAF=553;SAR=830;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136872;STB=0.510782;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00146063;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:1444:1442:38:55:1383:1387:0.961859:830:553:25:13:832:555:37:18 chr16 33963975 . A G 19324.2 PASS AF=0.940919;AO=1289;DP=1372;FAO=1290;FDP=1371;FR=.;FRO=81;FSAF=531;FSAR=759;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.00615485;FXX=0.00145665;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.904;QD=56.38;RBI=0.01005;REFB=-0.00466617;REVB=0.00794489;RO=78;SAF=530;SAR=759;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199847;STB=0.510246;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000199985;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1372:1371:78:81:1289:1290:0.940919:759:530:46:32:759:531:47:34 chr16 33963991 . A G 18619.2 PASS AF=0.970185;AO=1195;DP=1237;FAO=1204;FDP=1241;FR=.;FRO=37;FSAF=523;FSAR=681;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0341053;FXX=0.00481151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.64;QD=60.0135;RBI=0.0341065;REFB=-0.0350297;REVB=0.000285145;RO=37;SAF=519;SAR=676;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017194;STB=0.508939;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00106446;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:1237:1241:37:37:1195:1204:0.970185:676:519:27:10:681:523:27:10 chr16 33964017 . A G 14130.2 PASS AF=0.954865;AO=909;DP=965;FAO=952;FDP=997;FR=.;FRO=45;FSAF=423;FSAR=529;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=-0.0033505;FXX=0.00697204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.35;QD=56.6907;RBI=0.00401741;REFB=-0.0287707;REVB=0.00221669;RO=45;SAF=408;SAR=501;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277996;STB=0.515187;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000861447;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:965:997:45:45:909:952:0.954865:501:408:34:11:529:423:35:10 chr16 33964062 . C T 120.42 PASS AF=0.0861057;AO=44;DP=512;FAO=44;FDP=511;FR=.;FRO=467;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=128;FSRR=339;FWDB=-0.0442142;FXX=0.00583646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6272;QD=0.94263;RBI=0.0483098;REFB=-0.0112554;REVB=0.0194665;RO=463;SAF=17;SAR=27;SRF=125;SRR=338;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158923;STB=0.613744;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0474028;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:511:463:467:44:44:0.0861057:27:17:125:338:27:17:128:339 chr16 33964064 . T C 5186.4 PASS AF=0.805383;AO=367;DP=480;FAO=389;FDP=483;FR=.;FRO=94;FSAF=76;FSAR=313;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00165438;FXX=0.00821338;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9575;QD=42.9516;RBI=0.0071927;REFB=-0.0654572;REVB=0.00699985;RO=92;SAF=71;SAR=296;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190617;STB=0.600119;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.010992;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:483:92:94:367:389:0.805383:296:71:51:41:313:76:53:41 chr16 33964070 . AG GC 4482.83 PASS AF=0.779775;AO=343;DP=455;FAO=347;FDP=445;FR=.;FRO=98;FSAF=76;FSAR=271;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.00450753;FXX=0.0305004;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.622;QD=40.2951;RBI=0.0178682;REFB=-0.0625305;REVB=0.0172903;RO=94;SAF=75;SAR=268;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176781;STB=0.592771;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0149514;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:455:445:94:98:343:347:0.779775:268:75:52:42:271:76:53:45 chr16 33964082 . T C 4056.73 PASS AF=0.767554;AO=314;DP=415;FAO=317;FDP=413;FR=.;FRO=96;FSAF=81;FSAR=236;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.000330727;FXX=0.0095921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.093;QD=39.2904;RBI=0.0138177;REFB=-0.0154552;REVB=0.0138137;RO=96;SAF=80;SAR=234;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11636;STB=0.561233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00708461;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:413:96:96:314:317:0.767554:234:80:45:51:236:81:45:51 chr16 33964091 . T C 5202.81 PASS AF=0.943548;AO=297;DP=372;FAO=351;FDP=372;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=109;FSAR=242;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0697524;FXX=0.00799979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.769;QD=55.9442;RBI=0.0704315;REFB=-0.0557098;REVB=0.00975715;RO=22;SAF=57;SAR=240;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071149;STB=0.516974;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00401802;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:372:372:22:21:297:351:0.943548:240:57:12:10:242:109:12:9 chr16 33964108 . G C 2276.82 PASS AF=0.643333;AO=192;DP=297;FAO=193;FDP=300;FR=.;FRO=107;FSAF=69;FSAR=124;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=0.0122916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.987;QD=30.3576;RBI=0.0242381;REFB=-0.0177578;REVB=0.0208902;RO=104;SAF=68;SAR=124;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351007;STB=0.5206;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00537443;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:300:104:107:192:193:0.643333:124:68:42:62:124:69:44:63 chr16 33964119 . A G 54.1 PASS AF=0.0775194;AO=20;DP=258;FAO=20;FDP=258;FR=.;FRO=238;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=99;FSRR=139;FWDB=0.00269931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.153;QD=0.838824;RBI=0.00581166;REFB=-0.00132103;REVB=0.00514676;RO=230;SAF=11;SAR=9;SRF=95;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15649;STB=0.621731;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0252231;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:258:258:230:238:20:20:0.0775194:9:11:95:135:9:11:99:139 chr16 33964134 . G C 1110.39 PASS AF=0.547368;AO=103;DP=191;FAO=104;FDP=190;FR=.;FRO=86;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0443787;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4181;QD=23.3765;RBI=0.0443792;REFB=-0.00292364;REVB=-0.000209783;RO=86;SAF=56;SAR=47;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752484;STB=0.542849;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00811613;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:86:86:103:104:0.547368:47:56:39:47:47:57:39:47 chr16 33964143 . T C 826.31 PASS AF=0.482955;AO=85;DP=176;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0120929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4391;QD=18.7798;RBI=0.0503478;REFB=-0.030438;REVB=-0.0488739;RO=90;SAF=52;SAR=33;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147575;STB=0.584408;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0239818;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:90:91:85:85:0.482955:33:52:41:49:33:52:41:50 chr16 33964153 . G T 121.18 PASS AF=0.151515;AO=25;DP=166;FAO=25;FDP=165;FR=.;FRO=140;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=-0.00371899;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.838;QD=2.93769;RBI=0.00703823;REFB=-0.00153485;REVB=-0.00597543;RO=139;SAF=14;SAR=11;SRF=72;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537816;STB=0.538955;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00804279;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:139:140:25:25:0.151515:11:14:72:67:11:14:72:68 chr16 33964154 . C T 220.95 PASS AF=0.220859;AO=36;DP=163;FAO=36;FDP=163;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=0.00933908;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.926;QD=5.42206;RBI=0.013213;REFB=-0.00321195;REVB=-0.00934696;RO=125;SAF=15;SAR=21;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170461;STB=0.609869;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00809045;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:125:127:36:36:0.220859:21:15:69:56:21:15:71:56 chr16 33964168 . G A 242.21 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=-0.0304348;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.135;QD=7.87672;RBI=0.0304921;REFB=-0.0117921;REVB=0.00186902;RO=89;SAF=15;SAR=19;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239719;STB=0.641271;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0207363;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:89:89:34:34:0.276423:19:15:57:32:19:15:57:32 chr16 33964170 . C A 57.09 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0217253;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.823;QD=2.42925;RBI=0.0284206;REFB=-0.00416268;REVB=-0.0183232;RO=82;SAF=3;SAR=9;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301083;STB=0.716293;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0537926;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:96:94:82:82:12:12:0.12766:9:3:40:42:9:3:40:42 chr16 33964196 . T C 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0223794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.702;QD=9.36209;RBI=0.0279513;REFB=-0.00781758;REVB=-0.0167462;RO=48;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124849;STB=0.573577;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0197607;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:10:12:21:27:10:12:21:27 chr16 33964202 . C T 487.1 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00834106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.513;QD=29.9756;RBI=0.0213726;REFB=0.00323853;REVB=-0.0196778;RO=21;SAF=23;SAR=21;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842502;STB=0.545688;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00200616;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:21:23:8:13:21:23:8:13 chr16 33964204 . T G 204.13 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0152941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.208;QD=12.5616;RBI=0.0255182;REFB=-0.00852436;REVB=0.0204272;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214105;STB=0.512305;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.019075;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:20:20:12:13:20:20 chr16 33964233 . CC TA,TC 81.3 PASS AF=0.102041,0.142857;AO=5,7;DP=48;FAO=5,7;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=3,4;FSAR=2,3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0108693,0.0192346;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=184.144,125.377;QD=6.63652;RBI=0.0144502,0.0216087;REFB=-0.00722696,-0.00880663;REVB=-0.00952196,-0.00984717;RO=36;SAF=3,4;SAR=2,3;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.052077,0.0193918;STB=0.529293,0.503302;STBP=0.947,0.999;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0117549,0.0215007;OID=.,.;OPOS=33964233,33964233;OREF=CC,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:48:49:36:37:5,7:5,7:0.102041,0.142857:2,3:3,4:20:16:2,3:3,4:21:16 chr16 33964237 . CT CG,TG 169.66 PASS AF=0.347826,0.0652174;AO=16,3;DP=46;FAO=16,3;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11,1;FSAR=5,2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.013885,0.00274614;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=170.006,197.86;QD=14.753;RBI=0.021311,0.012578;REFB=-0.00758965,-0.00972848;REVB=-0.0161668,-0.0122746;RO=23;SAF=11,1;SAR=5,2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.22245,-0.158088;STB=0.635084,0.635442;STBP=0.183,0.663;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0196107,0.015459;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:27:16,3:16,3:0.347826,0.0652174:5,2:11,1:11:12:5,2:11,1:13:14 chr16 33964242 . CA CG,GG 107.44 PASS AF=0.162791,0.162791;AO=7,5;DP=43;FAO=7,7;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4,5;FSAR=3,2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00307958,-0.0060637;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=135.713,195.608;QD=9.99422;RBI=0.0147131,0.0110405;REFB=-0.00982687,-0.00731421;REVB=-0.0143872,-0.00922626;RO=28;SAF=4,3;SAR=3,2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.043134,0.0760368;STB=0.543874,0.666173;STBP=0.782,0.372;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00808242,0.0349458;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:43:43:28:29:7,5:7,7:0.162791,0.162791:3,2:4,3:15:13:3,2:4,5:15:14 chr16 33964252 . G A 41.05 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0123525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.759;QD=3.7317;RBI=0.0225392;REFB=0.000779181;REVB=-0.0188529;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248859;STB=0.675159;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00529007;OID=.;OPOS=33964252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:2:5:19:18:2:5:19:18 chr16 33964276 . A G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.036173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.806;QD=5.53971;RBI=0.0460456;REFB=-0.00492881;REVB=-0.0284905;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188497;STB=0.621336;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0106576;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:19:10:4:4:19:10 chr16 33965449 . G C 115.01 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00174661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2258;QD=5.11163;RBI=0.0143505;REFB=-0.0150836;REVB=-0.0142438;RO=70;SAF=5;SAR=14;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369902;STB=0.72789;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0534661;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:70:71:19:19:0.211111:14:5:39:31:14:5:39:32 chr16 33965456 . T C 524.76 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0107207;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1722;QD=23.8528;RBI=0.0108115;REFB=0.00175064;REVB=-0.00139864;RO=39;SAF=18;SAR=31;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222126;STB=0.621975;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000436578;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:39:39:49:49:0.556818:31:18:25:14:31:18:25:14 chr16 33965459 . C T 140.19 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00453354;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0943;QD=6.16209;RBI=0.00575258;REFB=-0.0071548;REVB=0.00354108;RO=68;SAF=5;SAR=16;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432512;STB=0.765617;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0277881;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:68:70:21:21:0.230769:16:5:40:28:16:5:41:29 chr16 33965460 . G A 177.26 PASS AF=0.274725;AO=22;DP=88;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0261447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8974;QD=7.79179;RBI=0.0289244;REFB=-0.00405202;REVB=0.0123724;RO=66;SAF=9;SAR=13;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1492;STB=0.565356;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0306893;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:66:66:22:25:0.274725:13:9:35:31:14:11:35:31 chr16 33965482 . GA G 133.64 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0154558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.633;QD=6.2158;RBI=0.0180995;REFB=-0.00516698;REVB=0.00941847;RO=65;SAF=8;SAR=12;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171336;STB=0.5999;STBP=0.365;TYPE=del;VARB=0.018895;OID=.;OPOS=33965483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558:20:86:20:86:66:8:12:35:31:99:65:8:12:35:30 chr16 33965487 . C T 32.98 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0231541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.721;QD=1.60861;RBI=0.0243232;REFB=-0.00818105;REVB=0.00745004;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155685;STB=0.512165;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0474954;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:82:82:74:74:8:8:0.097561:4:4:36:38:4:4:36:38 chr16 33965489 . A T 124.38 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0269344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5842;QD=6.14203;RBI=0.0536542;REFB=0.0115122;REVB=0.0464037;RO=62;SAF=8;SAR=11;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982462;STB=0.56072;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0349348;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:62:19:19:0.234568:11:8:31:31:11:8:31:31 chr16 33965493 . T C 123.8 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00249061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0021;QD=6.03893;RBI=0.00590498;REFB=-0.0217394;REVB=0.00535403;RO=63;SAF=8;SAR=11;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146716;STB=0.590698;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0326906;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:63:19:19:0.231707:11:8:34:29:11:8:34:29 chr16 33965496 . A T 114.16 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00859234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5479;QD=5.7081;RBI=0.039918;REFB=-0.00738972;REVB=-0.0389823;RO=62;SAF=7;SAR=11;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197412;STB=0.622792;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0262073;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:11:7:34:28:11:7:34:28 chr16 33965505 . C T 138.3 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00276673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.943;QD=7.37622;RBI=0.00570391;REFB=0.00346802;REVB=0.00498797;RO=55;SAF=8;SAR=12;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19697;STB=0.61893;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0106509;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:12:8:31:24:12:8:31:24 chr16 33965507 . G C 203.1 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00483799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.013;QD=10.6897;RBI=0.0152319;REFB=-0.0215125;REVB=-0.0144432;RO=48;SAF=10;SAR=15;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205551;STB=0.639894;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0350185;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:50:25:26:0.342105:15:10:28:20:16:10:30:20 chr16 33965533 . A C 374.32 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0236874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8388;QD=20.7953;RBI=0.0406562;REFB=-0.00225059;REVB=-0.0330429;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382058;STB=0.513882;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00187532;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:19:19:18:15:19:19:18:16 chr16 33965538 . A G 364.32 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0247575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.707;QD=21.12;RBI=0.0300404;REFB=0.00136514;REVB=-0.0170145;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036733;STB=0.520741;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.000835828;OID=.;OPOS=33965538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:32:36:37:0.536232:19:17:16:15:19:18:17:15 chr16 33965539 . G GC 74.18 PASS AF=0.34;AO=14;DP=68;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0112934;FXX=0.230734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.9882;QD=5.93438;RBI=0.03909;REFB=-0.131646;REVB=0.0374231;RO=54;SAF=7;SAR=7;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529377;STBP=0.781;TYPE=ins;VARB=0.151924;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:14:68:17:50:33:8:9:17:16:74:54:7:7:27:27 chr16 33965542 . C T 101.43 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0234704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.388;QD=5.79597;RBI=0.0236812;REFB=0.00559158;REVB=-0.00315304;RO=47;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889278;STB=0.548326;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0230197;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:54:16:16:0.228571:9:7:24:23:9:7:27:27 chr16 33965553 . CAG CA,CG,CGG 705.88 PASS AF=0.641791,0.358209,0;AO=20,11,11;DP=69;FAO=43,24,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20,9,0;FSAR=23,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403363,-0.0150197,-0.0159497;FXX=0.0289813;HRUN=3,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=13.7774,118.579,122.161;QD=42.1419;RBI=0.92646,0.0170128,0.112687;REFB=0,0,0;REVB=0.925581,-0.00799016,-0.111553;RO=22;SAF=20,8,1;SAR=0,3,10;SRF=0;SRR=22;SSEN=0.396318,0,0;SSEP=0.346804,0,0;SSSB=0.886028,0.699309,0.473841;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0732741,-0.00235781,0.0649791;OID=.,.,.;OPOS=33965555,33965554,33965554;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CA,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.641791,0.358209,0:20,11,11:69:43,24,0:67:0:20,9,0:23,15,0:0:0:99:22:20,8,1:0,3,10:0:22 chr16 33965560 . TT AC,AT 411.24 PASS AF=0.367647,0.235294;AO=25,16;DP=70;FAO=25,16;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=11,7;FSAR=14,9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.018439,-0.00658099;FXX=0.0422476;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=204.97,230.589;QD=24.1903;RBI=0.0190833,0.00888094;REFB=-0.00932909,-0.0130083;REVB=0.00491688,0.00596336;RO=27;SAF=11,7;SAR=14,9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0385818,-0.0475257;STB=0.521722,0.527824;STBP=0.766,0.824;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000511568,0.018702;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:27:27:25,16:25,16:0.367647,0.235294:14,9:11,7:13:14:14,9:11,7:13:14 chr16 34984257 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00572877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.645;QD=21.7465;RBI=0.00596271;REFB=-0.0158041;REVB=-0.00165381;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028687;STB=0.516114;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0160666;OID=.;OPOS=34984257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:16:6:6:14:16:6:6:14 chr16 46565019 . T G 934.17 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00173882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.717;QD=53.3812;RBI=0.00479291;REFB=-0.0370156;REVB=0.00446638;RO=2;SAF=21;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428858;STB=0.531905;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000299651;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:70:70:2:3:66:67:0.957143:45:21:2:0:45:22:3:0 chr16 46590024 . T C 552.25 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0460048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7951;QD=56.6412;RBI=0.0538492;REFB=0.0316943;REVB=-0.0279873;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000767137;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:19:18:0:1:19:19:0:1 chr16 46642286 . G A 320.01 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000359391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8142;QD=53.3345;RBI=0.0468663;REFB=0;REVB=0.0468649;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803088;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr16 46655210 . A G 469.11 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03088;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2805;QD=58.6389;RBI=0.034776;REFB=0;REVB=0.0159936;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43772e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr16 46696284 . G A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000351193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.224;QD=62.98;RBI=0.0191104;REFB=0;REVB=0.0191072;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89201e-05;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr16 46741595 . T C 194.24 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0239049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5739;QD=17.2656;RBI=0.0409545;REFB=-0.0123633;REVB=-0.033254;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255622;STB=0.644312;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0181476;OID=.;OPOS=46741595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:6:19:10:10:6:19 chr16 46773999 . C A 650.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8798;QD=61.9261;RBI=0.0610351;REFB=0;REVB=-0.0599769;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111829;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr16 48122582 . G A 1714.53 PASS AF=0.983471;AO=115;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0925262;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7506;QD=56.6786;RBI=0.093053;REFB=-0.0576617;REVB=-0.00988697;RO=3;SAF=54;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256479;STB=0.508619;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00139576;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:120:121:3:2:115:119:0.983471:61:54:3:0:62:57:2:0 chr16 48234327 . C T 220.02 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0101744;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.107;QD=22.5663;RBI=0.0122079;REFB=-0.0520229;REVB=-0.00674639;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685444;STB=0.528274;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0335874;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:17:18:21:21:0.538462:14:7:7:10:14:7:7:11 chr16 48258198 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.913;QD=49.5976;RBI=0.0278463;REFB=0;REVB=0.026804;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019232;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr16 48765612 . TTA T,TTT 34.07 PASS AF=0.333333,0;AO=4,7;DP=31;FAO=7,0;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.100284,-0.164428;FXX=0.0454339;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=18.2518,11.8125;QD=6.49046;RBI=0.124356,0.178213;REFB=-0.0682319,-0.0203882;REVB=-0.0735365,-0.0687248;RO=14;SAF=3,0;SAR=1,7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0508503,-0.795735;STB=0.599733,0.5;STBP=0.6,1;TYPE=del,snp;VARB=0.15886,0;OID=.,.;OPOS=48765613,48765614;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:4,7:31:7,0:21:14:4,0:3,0:10:4:34:14:3,0:1,7:10:4 chr16 49670390 . A G 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=0.0249422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.172;QD=12.215;RBI=0.0252778;REFB=-0.00718777;REVB=0.00410552;RO=26;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.697019;STB=0.904835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0138002;OID=.;OPOS=49670390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:2:13:4:22:2:13:4:23 chr16 49670525 . G T 146.84 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.011812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.178;QD=11.2956;RBI=0.0122565;REFB=-0.000918837;REVB=-0.00327064;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941475;STB=0.555492;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00192178;OID=.;OPOS=49670525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:12:6:14:20:12:6:14:20 chr16 49672520 . A G 361.87 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246657;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3058;QD=55.6729;RBI=0.0250793;REFB=0;REVB=0.00453587;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000555956;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 50059279 . C A 258.18 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00790911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.18;QD=44.9013;RBI=0.0263292;REFB=-0.0778591;REVB=0.0251132;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.510907;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00513645;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:23:23:1:2:21:21:0.913043:13:8:1:0:13:8:1:1 chr16 50069312 . C G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8476;QD=55.0964;RBI=0.0282417;REFB=0;REVB=-0.0269588;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101703;OID=.;OPOS=50069312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 50069772 . A G 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.762;QD=62.6596;RBI=0.0299228;REFB=0;REVB=-0.0287228;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92862e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG 90.04 PASS AF=0.5;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0268137;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=242.072;QD=16.371;RBI=0.0270787;REFB=-0.0198053;REVB=-0.00377965;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623631;STB=0.873014;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.00773199;OID=.;OPOS=50071012;OREF=-;OALT=TTTAG;OMAPALT=CTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:22:11:22:11:1:10:8:3:79:11:1:9:8:3 chr16 50106594 . T C 1335.13 PASS AF=0.96;AO=94;DP=101;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0935929;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5359;QD=53.4052;RBI=0.0942844;REFB=-0.114571;REVB=-0.0113984;RO=4;SAF=36;SAR=58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954651;STB=0.52631;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00667021;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:101:100:4:4:94:96:0.96:58:36:2:2:60:36:4:0 chr16 50188027 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0371624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6647;QD=20.2095;RBI=0.0669457;REFB=-0.0213907;REVB=0.0556838;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180782;STB=0.602495;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0293015;OID=.;OPOS=50188027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:7:3:7:6:7:3 chr16 50263762 . G A 101.57 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.337;QD=40.6272;RBI=0.0276597;REFB=0;REVB=0.0184213;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467445;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:2:8:0:0 chr16 50265818 . C T 377.51 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5442;QD=50.3345;RBI=0.0500144;REFB=-0.028131;REVB=-0.0379765;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545937;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0134371;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:30:1:1:27:29:0.966667:19:8:1:0:19:10:1:0 chr16 50322106 . C T 145.04 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.057908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.006;QD=16.1153;RBI=0.0585087;REFB=-0.0258598;REVB=0.00836216;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753757;STB=0.543423;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0428692;OID=.;OPOS=50322106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:11:9:6:10:11:9 chr16 50326661 . A G 1029.54 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261444;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.405;QD=59.6836;RBI=0.0296477;REFB=0;REVB=0.0139807;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62325e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr16 50642201 . G C 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193123;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9361;QD=57.7374;RBI=0.0202567;REFB=0;REVB=0.00611307;RO=0;SAF=10;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116627;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:48:10:0:0:48:10:0:0 chr16 50733859 . C G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0140655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.516;QD=14.132;RBI=0.0160618;REFB=-0.0214887;REVB=-0.00775512;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04531;STB=0.526288;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.036455;OID=.;OPOS=50733859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:16:15:10:9:16:15 chr16 50788391 . A AT,T 35.2 PASS AF=0.285714,0;AO=4,6;DP=39;FAO=8,0;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.161386,-0.0229871;FXX=0.0344709;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=11.0785,240.305;QD=5.02887;RBI=0.166794,0.0239372;REFB=-0.0558509,-0.00117743;REVB=-0.0421269,-0.00667696;RO=28;SAF=1,0;SAR=3,6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.28675,-0.686406;STB=0.767494,0.5;STBP=0.137,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.113587,0;OID=.,.;OPOS=50788392,50788391;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:39:28:28:20:4,6:8,0:0.285714,0:3,6:1,0:14:14:7,0:1,0:8:12 chr16 50831760 . T G 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0107545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.764;QD=16.1649;RBI=0.0151936;REFB=-0.00483356;REVB=-0.0107324;RO=41;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134516;STB=0.575712;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00673266;OID=.;OPOS=50831760;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:14:19:18:23:14:19:18:23 chr16 51171175 . C T 1412.6 PASS AF=0.969072;AO=92;DP=96;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0049611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6976;QD=58.2516;RBI=0.0181887;REFB=-0.163589;REVB=-0.0174991;RO=3;SAF=37;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016394;STB=0.508396;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00745727;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:97:3:3:92:94:0.969072:55:37:2:1:56:38:2:1 chr16 51173559 . G A 266.53 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00286446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.055;QD=15.6781;RBI=0.0509563;REFB=-0.0106678;REVB=0.0508758;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110839;STB=0.568046;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0108244;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:38:30:30:0.441176:17:13:12:25:17:13:12:26 chr16 51705448 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.132;QD=56.191;RBI=0.0473803;REFB=0;REVB=0.0361915;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640683;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 119.26 PASS AF=0.253521;AO=15;DP=75;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.000705053;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=5;MLLD=239.852;QD=6.71896;RBI=0.0179408;REFB=0.00126438;REVB=-0.017927;RO=51;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194646;STB=0.507034;STBP=0.953;TYPE=ins;VARB=-0.00422728;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253521:15:75:18:71:53:9:9:27:26:99:51:8:7:28:23 chr16 52478206 . C T 343.37 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00377315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.894;QD=13.8734;RBI=0.00970604;REFB=0.000678491;REVB=0.00894262;RO=61;SAF=19;SAR=19;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886239;STB=0.505048;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00112508;OID=.;OPOS=52478206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:19:19:30:31:19:19:30:31 chr16 52478215 . C T 315.95 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0180664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.654;QD=12.7655;RBI=0.019728;REFB=-0.000656953;REVB=0.00792474;RO=62;SAF=20;SAR=16;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792894;STB=0.540518;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00217174;OID=.;OPOS=52478215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:62:63:36:36:0.363636:16:20:30:32:16:20:31:32 chr16 53262964 . C T 857.89 PASS AF=0.440367;AO=92;DP=218;FAO=96;FDP=218;FR=.;FRO=122;FSAF=27;FSAR=69;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=-0.0196984;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5533;QD=15.7412;RBI=0.0203735;REFB=-0.00879441;REVB=-0.00520136;RO=96;SAF=27;SAR=65;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207976;STB=0.596994;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0134549;OID=.;OPOS=53262964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:96:122:92:96:0.440367:65:27:48:48:69:27:53:69 chr16 53341747 . AT A,AG 927.92 PASS AF=0.0307692,0.969231;AO=12,49;DP=65;FAO=2,63;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725858,-0.00885094;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.876,59.1791;QD=57.1028;RBI=0.072725,0.0212767;REFB=0,0;REVB=0.00449633,0.0193483;RO=0;SAF=11,10;SAR=1,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0872,0.0162426;OID=.,.;OPOS=53341748,53341748;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0307692,0.969231:12,49:65:2,63:65:0:2,23:0,40:0:0:6:0:11,10:1,39:0:0 chr16 53360677 . AAC A 127.98 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0269137;FXX=0.0731529;HRUN=3;LEN=2;MLLD=279.356;QD=13.4714;RBI=0.0288498;REFB=-0.00590797;REVB=0.0103906;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170494;STB=0.57823;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=0.00582799;OID=.;OPOS=53360678;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:18:40:18:38:20:10:8:14:6:99:19:10:8:14:5 chr16 53396356 . T C 1043.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9954;QD=59.6205;RBI=0.0755885;REFB=0;REVB=0.075552;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741119;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:34:36:0:0 chr16 53404203 . C A 591.72 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2242;QD=60.6895;RBI=0.0517324;REFB=0;REVB=-0.0468416;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113724;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:21:17:0:1:22:17:0:0 chr16 53514580 . A G 148.31 PASS AF=0.34;AO=15;DP=48;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0524911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.473;QD=11.865;RBI=0.0601959;REFB=-0.0170974;REVB=0.0294657;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598134;STB=0.510626;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0354764;OID=.;OPOS=53514580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:31:33:15:17:0.34:9:6:14:17:9:8:15:18 chr16 53634955 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0399057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8271;QD=21.0135;RBI=0.0687277;REFB=-0.0274122;REVB=-0.0559557;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204503;STB=0.533274;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0185067;OID=.;OPOS=53634955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:11:11:0.611111:4:7:4:2:4:7:5:2 chr16 53945351 . G A 373.06 PASS AF=0.5;AO=37;DP=77;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=0.0820737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.387;QD=18.6532;RBI=0.0840271;REFB=-0.00642823;REVB=0.0180129;RO=40;SAF=8;SAR=29;SRF=5;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137463;STB=0.562996;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00950796;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:40:40:37:40:0.5:29:8:5:35:32:8:5:35 chr16 54967096 . C A 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00252186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.194;QD=14.131;RBI=0.012408;REFB=0.00610985;REVB=0.0121491;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660177;STB=0.504849;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0103539;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:31:19:19:0.38:13:6:9:20:13:6:10:21 chr16 55325460 . T C 253.3 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00524766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.098;QD=19.1167;RBI=0.0115304;REFB=0.00793372;REVB=-0.0102671;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535329;STB=0.529893;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00742301;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:10:16:15:12:10:16 chr16 55523705 . T C 143.55 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00996504;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6781;QD=11.484;RBI=0.0503286;REFB=-0.0274035;REVB=-0.0493322;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205037;STB=0.627764;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0215522;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:33:17:17:0.34:8:9:11:21:8:9:11:22 chr16 55601388 . A G 698.83 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00153939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.318;QD=54.8105;RBI=0.0215743;REFB=-0.111024;REVB=0.0215193;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000863195;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:23:27:0:0:23:27:0:1 chr16 55806311 . G T 246.75 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00731389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.841;QD=11.3448;RBI=0.0256432;REFB=-0.00848261;REVB=-0.024578;RO=57;SAF=17;SAR=13;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105283;STB=0.560972;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0160466;OID=.;OPOS=55806311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:13:17:27:30:13:17:27:30 chr16 55806409 . T C 440.25 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0322169;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.508;QD=16.9327;RBI=0.0352206;REFB=0.00312184;REVB=0.0142324;RO=55;SAF=28;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546587;STB=0.535816;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00339454;OID=.;OPOS=55806409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:55:56:48:48:0.461538:20:28:29:26:20:28:29:27 chr16 55844927 . A C 204.5 PASS AF=0.72;AO=22;DP=30;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00814303;FXX=0.166611;HRUN=14;LEN=1;MLLD=135.079;QD=32.7207;RBI=0.0109695;REFB=-0.00176968;REVB=-0.00734993;RO=6;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179352;STB=0.504499;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.000191229;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:30:25:6:7:22:18:0.72:10:12:3:3:10:8:3:4 chr16 55862691 . G A 132.43 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0166422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.234;QD=6.23195;RBI=0.0166732;REFB=-0.0014346;REVB=-0.00101713;RO=64;SAF=7;SAR=13;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170537;STB=0.611467;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00632387;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:65:20:20:0.235294:13:7:31:33:13:7:32:33 chr16 55862717 . T C 130.91 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00446339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.752;QD=5.95036;RBI=0.00873949;REFB=0.00303849;REVB=0.00751378;RO=67;SAF=7;SAR=13;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198765;STB=0.628902;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0217011;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:68:20:20:0.227273:13:7:34:33:13:7:35:33 chr16 55862720 . T C 111.87 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=0.0157584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.758;QD=4.06791;RBI=0.0172259;REFB=-0.000770716;REVB=0.00695739;RO=90;SAF=7;SAR=13;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360753;STB=0.728239;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00250138;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:90:90:20:20:0.181818:13:7:58:32:13:7:58:32 chr16 55862762 . C G 100.98 PASS AF=0.16129;AO=18;DP=121;FAO=20;FDP=124;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.00171296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.247;QD=3.25725;RBI=0.00312722;REFB=-0.00541623;REVB=0.00261634;RO=100;SAF=5;SAR=13;SRF=62;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415157;STB=0.795182;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0258307;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:100:104:18:20:0.16129:13:5:62:38:15:5:65:39 chr16 55862791 . T C 38.69 PASS AF=0.0887097;AO=10;DP=123;FAO=11;FDP=124;FR=.;FRO=113;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=-0.00702486;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.154;QD=1.24808;RBI=0.0184749;REFB=-0.00215711;REVB=-0.0170873;RO=112;SAF=3;SAR=7;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307591;STB=0.68673;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0377027;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:123:124:112:113:10:11:0.0887097:7:3:65:47:7:4:65:48 chr16 55862824 . C T 38.76 PASS AF=0.088;AO=11;DP=124;FAO=11;FDP=125;FR=.;FRO=114;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=0.00791742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3457;QD=1.24033;RBI=0.0313045;REFB=-0.000635642;REVB=-0.0302867;RO=113;SAF=5;SAR=6;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138466;STB=0.604132;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00245531;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:125:113:114:11:11:0.088:6:5:65:48:6:5:65:49 chr16 55862836 . G A 30.65 PASS AF=0.0762712;AO=9;DP=118;FAO=9;FDP=118;FR=.;FRO=109;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.0254224;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.964;QD=1.03897;RBI=0.0256337;REFB=-0.000736884;REVB=0.00328468;RO=109;SAF=2;SAR=7;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354028;STB=0.794237;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0290947;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:118:118:109:109:9:9:0.0762712:7:2:60:49:7:2:60:49 chr16 55866894 . T TA 298.51 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0107955;FXX=0.0454442;HRUN=0;LEN=1;MLLD=269.254;QD=28.4292;RBI=0.0323169;REFB=-0.0122123;REVB=-0.0304604;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159922;STB=0.615296;STBP=0.061;TYPE=ins;VARB=0.00803254;OID=.;OPOS=55866895;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:25:44:26:42:16:16:10:5:11:99:18:15:10:7:11 chr16 55880480 . A C 167.5 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0835366;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.5681;QD=15.5811;RBI=0.107235;REFB=-0.0254734;REVB=-0.067238;RO=23;SAF=16;SAR=2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326131;STB=0.679004;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.048016;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:2:16:16:7:2:16:18:7 chr16 55880534 . G C 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0091663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.867;QD=21.6129;RBI=0.0538133;REFB=-0.00606489;REVB=-0.0530269;RO=23;SAF=17;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998393;STB=0.556189;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0125311;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:7:17:14:9:7:17:14:9 chr16 55883618 . T C 414.38 PASS AF=0.639344;AO=38;DP=59;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00726102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5001;QD=27.1724;RBI=0.0336773;REFB=-0.0166297;REVB=0.0328852;RO=21;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414843;STB=0.534433;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00902054;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:21:22:38:39:0.639344:25:13:6:15:25:14:6:16 chr16 55893483 . G C 125.41 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0583086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3818;QD=8.95771;RBI=0.0630001;REFB=0.0071619;REVB=-0.0238563;RO=39;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181255;STB=0.501083;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0223425;OID=.;OPOS=55893483;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:10:7:16:23:10:7:16:23 chr16 55905636 . A G 1285.0 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455869;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8568;QD=61.9275;RBI=0.0455869;REFB=0;REVB=6.84813e-05;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2682e-05;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr16 55907811 . C T 89.57 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=46;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0603696;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.677;QD=8.14268;RBI=0.0606547;REFB=-0.00563219;REVB=-0.00587466;RO=31;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289892;STB=0.647911;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0620697;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:46:44:31:32:11:12:0.272727:4:7:12:19:5:7:12:20 chr16 56228066 . A G,T 1267.84 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=79,4;DP=83;FAO=80,4;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=47,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166794,0.0150767;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.265,121.115;QD=60.3732;RBI=0.0176808,0.0158929;REFB=0,0;REVB=-0.00586583,-0.00502765;RO=0;SAF=33,2;SAR=46,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000697228,-0.0154872;OID=.,.;OPOS=56228066,56228066;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:83:84:0:0:79,4:80,4:0.952381,0.047619:46,2:33,2:0:0:47,2:33,2:0:0 chr16 56368689 . C T 818.27 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0364425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.949;QD=52.7914;RBI=0.0526001;REFB=-0.123793;REVB=0.0379304;RO=2;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294689;STB=0.515146;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00118643;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:62:62:2:2:59:60:0.967742:31:28:0:2:32:28:0:2 chr16 56379451 . G C 42.16 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0218819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.113;QD=6.02346;RBI=0.0835733;REFB=-0.027969;REVB=0.0806577;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948922;STB=0.603155;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.034016;OID=.;OPOS=56379451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:28:18:20:8:8:0.285714:7:1:3:15:7:1:4:16 chr16 56379496 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0920493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.202;QD=8.30707;RBI=0.0928493;REFB=-0.00350053;REVB=0.0121623;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367827;STB=0.522672;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00891874;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:2:16:7:1:2:16 chr16 56395610 . G A 179.29 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0072586;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.256;QD=12.5815;RBI=0.0211606;REFB=-0.0148792;REVB=0.0198768;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134054;STB=0.577486;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0266561;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:14:8:17:18:14:8:17:18 chr16 56401352 . T C 92.36 PASS AF=0.5;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00317661;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.336;QD=16.7927;RBI=0.0287262;REFB=-0.0196344;REVB=-0.02855;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44639;STB=0.850303;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0213235;OID=.;OPOS=56401352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:8:11:9:11:0.5:1:8:4:4:1:10:4:7 chr16 56500132 . C T 687.15 PASS AF=0.57265;AO=66;DP=115;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0178665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8474;QD=23.4922;RBI=0.019924;REFB=-0.0290735;REVB=-0.00881776;RO=49;SAF=23;SAR=43;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132645;STB=0.5635;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0279869;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:49:50:66:67:0.57265:43:23:25:24:43:24:25:25 chr16 56500176 . T A 639.09 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0317097;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0246;QD=23.2396;RBI=0.0368653;REFB=-0.016555;REVB=0.0188028;RO=47;SAF=21;SAR=41;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384169;STB=0.51747;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0113125;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:47:48:62:62:0.563636:41:21:18:29:41:21:18:30 chr16 56510299 . A C 136.38 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0230628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6572;QD=18.1842;RBI=0.0233691;REFB=-0.000853908;REVB=-0.00377157;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159277;STB=0.614052;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00134326;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:4:11:8:6:4:11:8:7 chr16 56545175 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0332262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.698;QD=7.3277;RBI=0.0337184;REFB=-0.00839335;REVB=0.00574036;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289512;STB=0.689572;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0114957;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:7:1:6:15:7:1:6:15 chr16 56548501 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.127;QD=53.2738;RBI=0.0740223;REFB=0;REVB=0.0682481;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533553;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 56601720 . A G 805.95 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0964;QD=56.5582;RBI=0.0160404;REFB=0;REVB=-0.00960259;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00494e-06;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:23:34:0:0 chr16 56601722 . T C 801.25 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1719;QD=57.2324;RBI=0.0272387;REFB=0;REVB=0.000523486;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108349;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:22:33:0:0:22:34:0:0 chr16 56667282 . C A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0185845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.505;QD=20.0175;RBI=0.019993;REFB=-0.0252041;REVB=0.00737117;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028511;STB=0.516111;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0195744;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:10:7:8:10:10:7 chr16 56673828 . A G 131.84 PASS AF=0.454545;AO=12;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00083634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.59;QD=15.9809;RBI=0.0335539;REFB=-0.0325637;REVB=-0.0335435;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0383849;OID=.;OPOS=56673828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:18:12:15:0.454545:7:5:6:7:10:5:6:12 chr16 56686471 . G T 311.42 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0213736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.879;QD=19.1641;RBI=0.0213857;REFB=-0.00141817;REVB=-0.000718136;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952066;STB=0.553019;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0302069;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:14:19:15:17:14:19:15:17 chr16 56709728 . GA CG 130.32 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193543;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=104.723;QD=43.4389;RBI=0.0214568;REFB=0;REVB=0.00926323;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000267455;OID=.;OPOS=56709728;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:1:10:0:0:1:11:0:0 chr16 56855496 . C G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.627;QD=60.977;RBI=0.0364041;REFB=0;REVB=0.0328197;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283481;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr16 56868700 . A G 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.247;QD=62.0172;RBI=0.00896142;REFB=0;REVB=-0.00268131;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69092e-05;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr16 56873495 . C T 426.85 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00989352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.771;QD=16.4173;RBI=0.0119987;REFB=0.0108675;REVB=0.00678877;RO=54;SAF=27;SAR=20;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176857;STB=0.583808;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0128573;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:57:47:47:0.451923:20:27:21:33:20:27:24:33 chr16 56901065 . A G 251.63 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00738237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.418;QD=17.6583;RBI=0.00791083;REFB=-0.0308225;REVB=-0.00284285;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592885;STB=0.551829;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0325552;OID=.;OPOS=56901065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:28:29:27:28:0.491228:9:18:17:11:9:19:17:12 chr16 56904587 . C G 693.8 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3414;QD=52.3622;RBI=0.0395844;REFB=-0.0697759;REVB=0.0314194;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03761;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0132248;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:2:1:49:52:0.981132:24:25:0:2:27:25:0:1 chr16 56919235 . G A 139.48 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00384674;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.469;QD=11.623;RBI=0.0102855;REFB=-0.0106719;REVB=0.00953907;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151525;STB=0.590278;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0227585;OID=.;OPOS=56919235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:18:14:5:11:18:14 chr16 56933519 . G A 242.48 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00862822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.657;QD=14.9217;RBI=0.00906736;REFB=-0.011233;REVB=-0.00278762;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249293;STB=0.628712;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.012603;OID=.;OPOS=56933519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:13:15:28:8:13:15:28:9 chr16 56938387 . C T 150.35 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0161801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.7087;QD=12.2735;RBI=0.0396084;REFB=-0.0115098;REVB=-0.0361529;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500547;STB=0.519208;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0213239;OID=.;OPOS=56938387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:9:8:16:15:9:8:16:16 chr16 57005301 . C T 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0512744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3566;QD=18.964;RBI=0.0517961;REFB=-0.0143008;REVB=-0.00733301;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187754;STB=0.510629;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0178404;OID=.;OPOS=57005301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:13:12:11:11:13:12 chr16 57016092 . G A 327.97 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0112459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5684;QD=30.5087;RBI=0.049558;REFB=-0.0082141;REVB=0.0482651;RO=15;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246051;STB=0.513504;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00483436;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:12:16:8:7:12:16:8:7 chr16 57060340 . T C 91.22 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.086151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2969;QD=17.375;RBI=0.0864532;REFB=-0.024017;REVB=0.00722272;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.518484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0123182;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:10:11:0.52381:3:7:6:4:4:7:6:4 chr16 57060353 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0336903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.686;QD=9.44531;RBI=0.0337463;REFB=-0.014489;REVB=-0.00194345;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0131385;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:6:4:4:2:6:4 chr16 57068106 . AC GT 273.43 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0282432;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=105.087;QD=17.3604;RBI=0.0471658;REFB=-0.0231528;REVB=-0.0377747;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307651;STB=0.509548;STBP=0.885;TYPE=mnp;VARB=0.0231591;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:14:16:16:16:14:16:17:16 chr16 57070004 . C CT,T 36.21 PASS AF=0.307692,0.153846;AO=3,2;DP=16;FAO=4,2;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3,1;FSAR=1,1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0142479,0.0684387;FXX=0;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=73.8183,72.523;QD=11.1428;RBI=0.0549704,0.0891324;REFB=-0.0596203,-0.0635556;REVB=-0.0530919,-0.0571028;RO=10;SAF=3,1;SAR=0,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.649379,0;STB=0.781267,0.665187;STBP=0.214,0.751;TYPE=ins,snp;VARB=0.118754,0.0991206;OID=.,.;OPOS=57070005,57070004;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:16:13:10:7:3,2:4,2:0.307692,0.153846:0,1:3,1:5:5:1,1:3,1:2:5 chr16 57071113 . TA CG,TG 522.3 PASS AF=0.361111,0.638889;AO=13,23;DP=37;FAO=13,23;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6,13;FSAR=7,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027884,-0.0278001;FXX=0.0270197;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=103.102,99.1239;QD=58.0331;RBI=0.0683172,0.0531509;REFB=0,0;REVB=-0.0623676,-0.0453009;RO=0;SAF=6,13;SAR=7,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.011972,0.0157457;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:37:36:0:0:13,23:13,23:0.361111,0.638889:7,10:6,13:0:0:7,10:6,13:0:0 chr16 57073683 . G C 786.11 PASS AF=1;AO=33;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328141;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.418;QD=64.172;RBI=0.0482833;REFB=0;REVB=-0.0354191;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259886;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:33:49:1:18:15:0:0:23:26:0:0 chr16 57080528 . C A 253.26 PASS AF=0.467742;AO=25;DP=58;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0385435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.471;QD=16.3396;RBI=0.041739;REFB=-0.0272283;REVB=0.0160169;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680861;STB=0.567153;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0327252;OID=.;OPOS=57080528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:33:33:25:29:0.467742:9:16:19:14:9:20:19:14 chr16 57091977 . T C 216.8 PASS AF=0.471698;AO=22;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0383302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7876;QD=16.3623;RBI=0.0386075;REFB=-0.0117513;REVB=0.00461887;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130599;STB=0.608936;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0231114;OID=.;OPOS=57091977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:28:22:25:0.471698:10:12:12:17:10:15:11:17 chr16 57096110 . T C 233.92 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0268909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.256;QD=15.0917;RBI=0.0371943;REFB=-0.008696;REVB=-0.0256963;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983069;STB=0.546185;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00739946;OID=.;OPOS=57096110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:14:13:13:21:14:13:14:21 chr16 57101340 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0283297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.366;QD=11.814;RBI=0.0345824;REFB=-0.0204873;REVB=0.0198335;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263461;STB=0.641136;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0445377;OID=.;OPOS=57101340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:5:8:8:14:5:8:9:14 chr16 57101373 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0131361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.213;QD=14.7422;RBI=0.048589;REFB=-0.0399027;REVB=-0.0467796;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255107;STB=0.646249;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.056809;OID=.;OPOS=57101373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:7:18:8:9:7:18 chr16 57111232 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0138384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.237;QD=15.8391;RBI=0.0141476;REFB=-0.00047679;REVB=-0.0029416;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170899;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000975656;OID=.;OPOS=57111232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:5:2:4:4:5:2 chr16 57392733 . A C 151.69 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5833;QD=43.3395;RBI=0.0849018;REFB=0;REVB=0.0605059;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00743618;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr16 57416695 . CC TA 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0675568;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.652;QD=14.6657;RBI=0.0681325;REFB=-0.0025197;REVB=-0.0088382;RO=21;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579924;STB=0.832922;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.00653341;OID=.;OPOS=57416695;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:3:12:4:17:3:12:4:17 chr16 57499902 . T C 911.52 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.071598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3203;QD=55.2433;RBI=0.102491;REFB=-0.11809;REVB=0.0733361;RO=2;SAF=33;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277643;STB=0.514701;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00372262;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:31:33:2:0:31:33:2:0 chr16 57503213 . C T 1236.83 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.859;QD=60.3334;RBI=0.0191499;REFB=0;REVB=0.0107912;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023907;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:50:29:0:0:53:29:0:0 chr16 57507061 . CATT C 62.28 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0394202;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.734;QD=6.38781;RBI=0.0394856;REFB=-0.00456026;REVB=-0.00227219;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356403;STB=0.741445;STBP=0.116;TYPE=del;VARB=0.0128482;OID=.;OPOS=57507062;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:9:39:9:39:30:3:6:20:10:62:28:3:6:18:10 chr16 57595999 . A G 218.67 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0191468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.096;QD=13.6669;RBI=0.0675626;REFB=-0.013087;REVB=-0.0647927;RO=37;SAF=7;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245423;STB=0.649878;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0313583;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:19:7:18:19:19:7:19:19 chr16 57601792 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0187862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.999;QD=16.8229;RBI=0.0228884;REFB=0.00276844;REVB=0.0130751;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000954787;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:1:4:4:3:1:4 chr16 57689385 . C G 1234.45 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.152;QD=60.9606;RBI=0.0343735;REFB=0;REVB=0.0337332;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44372e-05;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:75:81:1:47:28:0:0:51:30:0:0 chr16 57689883 . T C 508.07 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0647928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2872;QD=56.452;RBI=0.0658649;REFB=0.045119;REVB=-0.0118352;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00342896;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:1:0:15:20:1:0 chr16 57698931 . A G 123.04 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0729398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1746;QD=16.4058;RBI=0.0763353;REFB=-0.02489;REVB=0.0225138;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180327;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0301572;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:10:6:8:6:10:6 chr16 57702274 . G T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00668818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.47;QD=19.5236;RBI=0.00721789;REFB=-0.0348289;REVB=-0.00271409;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170674;STB=0.608543;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.035103;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:7:6:8:4:8:6:8:4 chr16 57722328 . C T 132.67 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.075399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7588;QD=15.1625;RBI=0.0775095;REFB=0.00587021;REVB=0.0179645;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122839;STB=0.571331;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00377438;OID=.;OPOS=57722328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:9:11:10:5:9:11 chr16 57723752 . A G 222.33 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0248323;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8233;QD=18.1497;RBI=0.0416121;REFB=-0.00677222;REVB=-0.0333905;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030387;STB=0.505613;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0105666;OID=.;OPOS=57723752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:12:10:11:15:12:10:12:15 chr16 57735900 . G C 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00541177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.475;QD=10.5912;RBI=0.011656;REFB=0.00196523;REVB=-0.0103235;RO=40;SAF=9;SAR=12;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244521;STB=0.642072;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00294614;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:12:9:26:14:12:9:26:14 chr16 57755647 . G A 267.38 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0174614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.727;QD=18.44;RBI=0.0204382;REFB=-0.00502505;REVB=-0.0106216;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496;STB=0.517479;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00474873;OID=.;OPOS=57755647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:16:13:11:17:16:13:12:17 chr16 57760824 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.016302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.524;QD=16.6272;RBI=0.0205689;REFB=-0.0234927;REVB=0.0125429;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034656;STB=0.519969;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0251999;OID=.;OPOS=57760824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:7:7:6:7:7:7 chr16 57762401 . T C 386.21 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.000800894;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.644;QD=16.611;RBI=0.0171647;REFB=-0.0284836;REVB=0.017146;RO=51;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123895;STB=0.566233;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0297871;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:51:52:40:41:0.44086:17:23:23:28:18:23:23:29 chr16 57792852 . TCCACTTGC T 172.97 PASS AF=0.560976;AO=20;DP=38;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0502139;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=8;MLLD=240.398;QD=16.8748;RBI=0.050636;REFB=-0.0401012;REVB=-0.0065244;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0.299732;SSEP=0;SSSB=-0.0489782;STB=0.620326;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=0.0309695;OID=.;OPOS=57792853;OREF=CCACTTGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:20:38:23:41:18:6:17:9:9:99:14:6:14:5:9 chr16 57937788 . T C 430.35 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00056443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0241;QD=15.939;RBI=0.000856233;REFB=-0.0097017;REVB=-0.000643858;RO=59;SAF=26;SAR=21;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615328;STB=0.544168;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0140398;OID=.;OPOS=57937788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:47:48:0.444444:21:26:29:30:21:27:29:31 chr16 57937856 . G C,T 1246.15 PASS AF=0.451613,0.505376;AO=40,47;DP=93;FAO=42,47;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=19,17;FSAR=23,30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.100082,0.0240415;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.3511,156.418;QD=53.5979;RBI=0.102295,0.0247384;REFB=-0.249824,-0.0659299;REVB=0.021163,0.00583081;RO=4;SAF=17,17;SAR=23,30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0983605,-0.098604;STB=0.547596,0.552609;STBP=0.065,0.018;TYPE=snp,snp;VARB=0.0419266,0.0145133;OID=.,.;OPOS=57937856,57937856;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:93:93:4:4:40,47:42,47:0.451613,0.505376:23,30:17,17:4:0:23,30:19,17:4:0 chr16 57945668 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00893253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.263;QD=17.2298;RBI=0.0776634;REFB=0.0587649;REVB=-0.077148;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032898;STB=0.519183;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0103479;OID=.;OPOS=57945668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:4:2:3:5:4:2 chr16 57951247 . T C 486.55 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.016382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1923;QD=24.3276;RBI=0.0182944;REFB=0.00984632;REVB=-0.00814335;RO=34;SAF=22;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288445;STB=0.515806;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00585956;OID=.;OPOS=57951247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:24:22:15:19:24:22:15:19 chr16 57996960 . C T 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.054088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4484;QD=12.1808;RBI=0.0560082;REFB=-0.00203014;REVB=-0.01454;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139625;STB=0.567427;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00480963;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:7:3:6:8:7:3:6:9 chr16 58019396 . G A,C 789.25 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=54,2;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130356,0.0861913;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.523,174.759;QD=56.375;RBI=0.130465,0.0863392;REFB=0,0;REVB=0.00532686,-0.00505023;RO=0;SAF=6,0;SAR=48,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000718703,0.0236178;OID=.,.;OPOS=58019396,58019396;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:54,2:54,2:0.964286,0.0357143:48,2:6,0:0:0:48,2:6,0:0:0 chr16 58035429 . C A 2355.16 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316554;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.077;QD=64.0859;RBI=0.0516007;REFB=0;REVB=0.0407501;RO=0;SAF=61;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37551e-05;OID=.;OPOS=58035429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:146:147:1:85:61:0:0:86:61:0:0 chr16 58054099 . C G 954.44 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4328;QD=58.7349;RBI=0.00869253;REFB=0;REVB=-0.00474724;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32741e-05;OID=.;OPOS=58054099;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:37:28:0:0 chr16 58074562 . G A 215.3 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0387617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.472;QD=10.9014;RBI=0.0392152;REFB=-0.00983381;REVB=0.00594666;RO=51;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952041;STB=0.559543;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0238068;OID=.;OPOS=58074562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:17:10:15:36:17:10:15:37 chr16 58147899 . AG A 47.29 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0374525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.5265;QD=8.22393;RBI=0.172555;REFB=0.0144049;REVB=-0.168441;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.329787;SSSB=-0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=-0.0421898;OID=.;OPOS=58147900;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:23:8:23:15:3:5:6:9:47:15:3:5:6:9 chr16 58191966 . C T 431.79 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00723369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.883;QD=53.9733;RBI=0.0961964;REFB=0.0205574;REVB=0.095924;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000674719;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:16:14:0:1:17:14:0:1 chr16 58233657 . A G 87.85 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0112686;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.953;QD=11.3358;RBI=0.0125162;REFB=-0.0136643;REVB=0.00544745;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208678;STB=0.624061;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0180199;OID=.;OPOS=58233657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:33:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:13:7:6:5:13:7 chr16 58233709 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00579889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.413;QD=8.81246;RBI=0.042104;REFB=-0.0224137;REVB=0.0417028;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272391;STB=0.675005;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0219839;OID=.;OPOS=58233709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:4:7:5:1:4:7 chr16 58318604 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.557;QD=63.872;RBI=0.0567267;REFB=0;REVB=0.0202591;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136341;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr16 58327646 . A G 770.1 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00302663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1545;QD=55.0068;RBI=0.0146893;REFB=0.0674728;REVB=-0.0143741;RO=1;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132766;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00296996;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:35:19:0:1:35:20:0:1 chr16 58540531 . A G 297.74 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0422184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.193;QD=20.8943;RBI=0.042262;REFB=-0.00643966;REVB=-0.00191931;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816014;STB=0.567088;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00505797;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:26:31:31:0.54386:14:17:15:8:14:17:18:8 chr16 58542901 . G A 379.57 PASS AF=0.527027;AO=37;DP=72;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0488818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5735;QD=20.5171;RBI=0.0492077;REFB=-0.024359;REVB=0.00565408;RO=33;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409963;STB=0.521728;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0250898;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:33:35:37:39:0.527027:14:23:19:14:15:24:20:15 chr16 58545426 . A G 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0185086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.335;QD=17.2391;RBI=0.0232037;REFB=-0.0384255;REVB=-0.0139944;RO=47;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016864;STB=0.500945;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0391607;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:15:24:29:18:15:24:29:18 chr16 58552921 . G A 236.01 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0101203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.459;QD=19.2664;RBI=0.0148077;REFB=-0.00576321;REVB=-0.0108097;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240293;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00489081;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:22:23:0.469388:10:12:13:12:11:12:14:12 chr16 58575489 . G A 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0142101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.812;QD=9.89715;RBI=0.0159745;REFB=0.00563556;REVB=0.00729775;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721881;STB=0.543417;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0061292;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:7:7:14:18:7:7:14:18 chr16 58577421 . C T 114.21 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0267642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.899;QD=18.2732;RBI=0.0277381;REFB=-0.0178038;REVB=-0.00728552;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123714;STB=0.570367;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.013126;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:3:9:8:5:3:9 chr16 58582416 . C T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00763529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7158;QD=15.783;RBI=0.0256624;REFB=-0.0111738;REVB=0.0245002;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.542797;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00438307;OID=.;OPOS=58582416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:11:6:6:8:11:6 chr16 58587737 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.000369607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9335;QD=14.6975;RBI=0.0429087;REFB=-0.00161073;REVB=0.0429071;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207223;STB=0.60482;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00199761;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:11:10:8:21:11:10:9:21 chr16 58616984 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00579711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.071;QD=19.8492;RBI=0.0140281;REFB=-0.0110597;REVB=-0.0127742;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114631;STB=0.56513;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00999358;OID=.;OPOS=58616984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:7:6:9:6:7:6 chr16 58743454 . A C 154.5 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0137462;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.355;QD=13.7335;RBI=0.0330511;REFB=-0.0105435;REVB=0.0300568;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169694;STB=0.598842;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0265137;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:12:16:7:10:12:16 chr16 58750604 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00421279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7682;QD=17.8274;RBI=0.00870232;REFB=-0.0202956;REVB=0.00761464;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366754;STB=0.703453;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00971672;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:11:0:4:8:11:0 chr16 58757668 . A C 273.32 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00408302;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.14;QD=21.4368;RBI=0.00409558;REFB=-0.0274342;REVB=-0.000320539;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175853;STB=0.597679;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0185482;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:14:9:17:11:14:9 chr16 58757683 . A G 303.46 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00265196;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.57;QD=22.0701;RBI=0.00515561;REFB=-0.00929469;REVB=-0.00442125;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244123;STB=0.638382;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00721661;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:30:31:0.563636:18:12:17:7:19:12:17:7 chr16 58804449 . T C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.109254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2545;QD=18.2475;RBI=0.112917;REFB=-0.0168058;REVB=-0.0285289;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239512;STB=0.636165;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0204322;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:9:3:7:6:9:3 chr16 61777269 . C A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00623473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.249;QD=16.923;RBI=0.0198844;REFB=-0.0169289;REVB=-0.0188817;RO=34;SAF=24;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283813;STB=0.661298;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0214184;OID=.;OPOS=61777269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:6:24:19:15:6:24:19:15 chr16 64980818 . C T 654.91 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144996;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.727;QD=62.3727;RBI=0.0383221;REFB=0;REVB=0.0354731;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73869e-05;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr16 65016087 . A C 1305.51 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246146;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5373;QD=60.7212;RBI=0.0250037;REFB=-0.0804529;REVB=-0.00439347;RO=0;SAF=27;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00349154;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:83:85:0.988372:56:27:0:0:58:27:0:1 chr16 65022114 . C T 338.49 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0259408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.882;QD=15.2132;RBI=0.0394645;REFB=-0.0280173;REVB=-0.0297409;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15286;STB=0.586161;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0409143;OID=.;OPOS=65022114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:18:19:19:33:18:19:19:33 chr16 65022234 . C T 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0270435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.079;QD=19.3694;RBI=0.0304491;REFB=-0.0358997;REVB=-0.0139926;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137869;STB=0.578413;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0358871;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:8:7:10:6:8:7 chr16 65025718 . G A 624.68 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00794674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0801;QD=25.7599;RBI=0.0140217;REFB=-0.0260885;REVB=-0.0115523;RO=41;SAF=23;SAR=33;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164079;STB=0.508963;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0212395;OID=.;OPOS=65025718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:33:23:16:25:33:23:16:25 chr16 66335718 . A G 267.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0816;QD=50.9629;RBI=0.0874138;REFB=0;REVB=-0.063301;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016088;OID=.;OPOS=66335718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:5:16:0:0 chr16 66420885 . C T 533.96 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00287915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.704;QD=23.7317;RBI=0.0209757;REFB=-0.0127323;REVB=0.0207771;RO=40;SAF=21;SAR=29;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248075;STB=0.513618;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0077708;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:29:21:18:22:29:21:18:22 chr16 66432423 . TC CT 127.22 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00776258;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.753;QD=11.565;RBI=0.0168931;REFB=-0.00788076;REVB=-0.0150039;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925219;STB=0.563026;STBP=0.604;TYPE=mnp;VARB=0.0205408;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:9:6:9:19:9:6:9:20 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 165.51 PASS AF=0.306452,0.0967742;AO=56,19;DP=190;FAO=57,18;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=37,0;FSAR=20,18;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=0.144676,-0.0670724;FXX=0.0312484;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.62753,51.62;QD=3.55932;RBI=0.145981,0.0814727;REFB=-0.167278,-0.039499;REVB=0.0194775,-0.0462504;RO=76;SAF=30,1;SAR=26,18;SRF=39;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0232284,-0.656752;STB=0.632632,0.99932;STBP=0.026,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.193728,0.11148;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306452,0.0967742:56,19:190:57,18:186:111:37,0:20,18:50:61:99:76:30,1:26,18:39:37 chr16 66526927 . C T 166.16 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00639163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.514;QD=14.4488;RBI=0.0103711;REFB=-0.00348124;REVB=-0.00816742;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300729;STB=0.686037;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00602557;OID=.;OPOS=66526927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:3:15:16:10:3:15:17:11 chr16 66765067 . G A 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0160877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.483;QD=19.9054;RBI=0.0250552;REFB=-0.0337168;REVB=0.019208;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129126;STB=0.571859;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0284124;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:19:12:15:13:19:12:15:13 chr16 66792714 . T C 126.8 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00961473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3729;QD=19.5076;RBI=0.0292491;REFB=-0.0114259;REVB=-0.0276237;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203831;STB=0.615228;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00720999;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:3:9:7:7:3:9 chr16 66812797 . C T 357.48 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=56;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0660948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.078;QD=25.0861;RBI=0.0665372;REFB=0.00441418;REVB=0.00765959;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967859;STB=0.545428;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00194271;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:22:34:35:0.614035:20:14:12:10:20:15:12:10 chr16 67181999 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0102464;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.213;QD=13.5055;RBI=0.0158427;REFB=-0.00641642;REVB=0.0120831;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00765279;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:8:9:5:7:8:9 chr16 67233266 . A C 303.55 PASS AF=0.5;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.030331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0747;QD=18.3967;RBI=0.120783;REFB=-0.00306916;REVB=-0.116913;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836259;STB=0.515226;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00132796;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:30:33:32:33:0.5:18:14:16:14:18:15:16:17 chr16 67237063 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0192144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.616;QD=6.92897;RBI=0.0193229;REFB=-0.00657846;REVB=0.00204501;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370512;STB=0.52373;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0374929;OID=.;OPOS=67237063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:7:8:3:3:7:8 chr16 67679183 . C T 530.07 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0139744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.486;QD=15.0375;RBI=0.0145678;REFB=-0.0173511;REVB=-0.0041154;RO=80;SAF=15;SAR=43;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224593;STB=0.640147;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0224702;OID=.;OPOS=67679183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:83:58:58:0.411348:43:15:36:44:43:15:39:44 chr16 67691668 . A G 240.1 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0399252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.032;QD=20.8782;RBI=0.0522059;REFB=-0.0183767;REVB=-0.0336368;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0284414;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:11:12:12:11:11:12:12:11 chr16 67759871 . ATTTTTA ATTTTAT 37.08 PASS AF=0.857143;AO=2;DP=9;FAO=6;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0324993;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=19.6333;QD=21.1901;RBI=0.0963124;REFB=-0.160811;REVB=0.0906635;RO=3;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=mnp;VARB=0.049319;OID=.;OPOS=67759876;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:2:9:6:7:1:4:2:0:1:6:3:0:2:0:3 chr16 68025801 . G C 650.6 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0386727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5359;QD=57.8312;RBI=0.0402184;REFB=-0.0770288;REVB=0.0110427;RO=2;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049111;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0102055;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:45:2:1:43:44:0.977778:24:19:1:1:24:20:0:1 chr16 68026425 . G A 160.28 PASS AF=0.64;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0156706;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.899;QD=25.6455;RBI=0.0212059;REFB=-0.0158441;REVB=-0.0142872;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973223;STB=0.538414;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00883162;OID=.;OPOS=68026425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:10:9:16:16:0.64:9:7:3:7:9:7:3:6 chr16 68057096 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0944685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3276;QD=57.0797;RBI=0.0968606;REFB=0;REVB=0.0213931;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515828;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr16 68100461 . C T 127.14 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.035377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4078;QD=11.5581;RBI=0.0511647;REFB=-0.00985354;REVB=0.0369634;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185567;STB=0.610954;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0245899;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:11:4:12:17:11:4:12:17 chr16 68208419 . T C 272.86 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0329839;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.054;QD=14.7492;RBI=0.0353043;REFB=-0.014872;REVB=0.0125879;RO=41;SAF=4;SAR=27;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488893;STB=0.78502;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0108277;OID=.;OPOS=68208419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:41:43:31:31:0.418919:27:4:21:20:27:4:22:21 chr16 68309144 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.03047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.035;QD=13.6309;RBI=0.0435693;REFB=-0.0270104;REVB=0.0311426;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0389613;OID=.;OPOS=68309144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:4:5:5:3:4:5 chr16 68344696 . C T 300.6 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00595322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.192;QD=21.4712;RBI=0.0117431;REFB=-0.0101082;REVB=-0.0101223;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127291;STB=0.501729;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00960596;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:25:31:31:0.553571:16:15:12:12:16:15:12:13 chr16 68355320 . G GT,T 46.85 PASS AF=0.275862,0;AO=11,7;DP=60;FAO=16,0;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=4,0;FSAR=12,0;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0236544,-0.00871278;FXX=0.0333278;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.3822,237.247;QD=3.23104;RBI=0.0384032,0.00896494;REFB=-0.078526,-0.00485839;REVB=0.0302535,-0.0021113;RO=40;SAF=2,3;SAR=9,4;SRF=13;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.230777,0.132489;STB=0.554277,0.5;STBP=0.668,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.123262,0;OID=.,.;OPOS=68355321,68355320;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:60:58:40:42:11,7:16,0:0.275862,0:9,4:2,3:13:27:12,0:4,0:13:29 chr16 68389763 . C T 202.9 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00425797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.588;QD=21.9354;RBI=0.00980293;REFB=-0.0180079;REVB=-0.0088299;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164835;STB=0.536389;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0368236;OID=.;OPOS=68389763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:17:20:20:0.540541:14:6:2:13:14:6:4:13 chr16 68389772 . C T 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0279346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.36;QD=20.4541;RBI=0.0279732;REFB=-0.0138569;REVB=0.00146923;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198416;STB=0.620565;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0285934;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:11:6:2:12:11:6:2:13 chr16 68398924 . C T 185.26 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00594538;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.032;QD=17.2335;RBI=0.0261865;REFB=-0.0120377;REVB=-0.0255026;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152597;STB=0.583855;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0358322;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:24:19:19:0.44186:9:10:8:14:9:10:9:15 chr16 68569440 . T G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0136427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.771;QD=15.6999;RBI=0.0605572;REFB=0.00438369;REVB=0.0590005;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00711519;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:10:9:8:7:10:9 chr16 68569459 . T C 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0211726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.611;QD=15.1664;RBI=0.0249364;REFB=-0.0077589;REVB=0.0131737;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.586091;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0104783;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:9:6:10:9:9:6:11:9 chr16 68598007 . A G 64.85 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0522378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4428;QD=10.3755;RBI=0.0579527;REFB=0.0234743;REVB=0.0250944;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.535635;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0357509;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:8:8:5:4:8:8 chr16 68713730 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0119965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.881;QD=17.0889;RBI=0.0153823;REFB=-0.00401646;REVB=0.00962794;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118784;STB=0.566864;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00452674;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:17:11:13:12:17:11 chr16 68713823 . C A 184.5 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.036297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0964;QD=13.6667;RBI=0.0373873;REFB=-0.0119697;REVB=0.00896305;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123128;STB=0.508467;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0348879;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:32:22:22:0.407407:12:10:14:16:12:10:15:17 chr16 68721470 . T C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00727532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.999;QD=19.369;RBI=0.00753676;REFB=-0.0111198;REVB=-0.00196785;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818777;STB=0.5465;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0118395;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:7:8:7:9:7:8 chr16 68721533 . G C 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0343118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.337;QD=15.3766;RBI=0.0809708;REFB=-0.0450434;REVB=-0.0733415;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506435;STB=0.555461;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0426418;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:4:8:8:5:4:8:8:6 chr16 68725783 . G A 204.85 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0293676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.2182;QD=22.146;RBI=0.143939;REFB=-0.0479782;REVB=0.140911;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158894;STB=0.55926;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0441605;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:14:17:20:20:0.540541:5:15:8:6:5:15:11:6 chr16 68729785 . C A 137.29 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0169568;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.16;QD=17.1611;RBI=0.0256399;REFB=-0.0356976;REVB=0.0192321;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272828;STB=0.62946;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0366002;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:5:9:6:11:6:9:6:11 chr16 68776416 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0390997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.129;QD=24.3281;RBI=0.0401943;REFB=-0.0338535;REVB=0.00931642;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.749163;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00199553;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:2:0:6:1:2:0 chr16 68857441 . T C 181.98 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00657472;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8312;QD=19.6733;RBI=0.04107;REFB=-0.02072;REVB=0.0405403;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538518;STB=0.539893;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0208281;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:18:19:0.513514:12:6:7:11:13:6:7:11 chr16 68868522 . T C 290.4 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0771243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7915;QD=14.1659;RBI=0.0791499;REFB=-0.00475142;REVB=0.0177919;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014115;STB=0.503354;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.01194;OID=.;OPOS=68868522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:49:33:33:0.402439:15:18:25:22:15:18:27:22 chr16 68869448 . C CG 127.63 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131871;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.705;QD=39.2696;RBI=0.132007;REFB=0;REVB=0.0059831;RO=11;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000706091;OID=.;OPOS=68869449;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:13:13:13:0:5:8:0:0:4:11:0:2:5:6 chr16 68869449 . A G 123.1 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0561525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.414;QD=37.8775;RBI=0.0567214;REFB=0.0969755;REVB=0.00801369;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00153629;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr16 68893953 . T C 129.72 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0124449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.121;QD=15.261;RBI=0.0141902;REFB=0.00786525;REVB=0.00681804;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173577;STB=0.615856;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.010808;OID=.;OPOS=68893953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:8:6:5:14:8:7:5:14 chr16 68919559 . T C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0408219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5867;QD=10.1571;RBI=0.0496528;REFB=-0.0100332;REVB=0.028266;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129853;STB=0.577669;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0267223;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:12:19:7:7:12:19 chr16 69008037 . C T 187.35 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00264728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6202;QD=14.6944;RBI=0.00440552;REFB=-0.00291318;REVB=0.00352144;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978491;STB=0.505613;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00506153;OID=.;OPOS=69008037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:14:16:11:10:14:16 chr16 69143577 . A G 196.71 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00111525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1307;QD=18.2989;RBI=0.0135751;REFB=-0.000372452;REVB=-0.0135292;RO=23;SAF=3;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400655;STB=0.732038;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000172501;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:17:3:11:12:17:3:11:12 chr16 69342960 . GGTTG GG,GGT,GGTT,GGTTT 484.8 PASS AF=0,0.493506,0,0.116883;AO=10,17,8,8;DP=76;FAO=0,38,0,9;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=0,12,0,2;FSAR=0,26,0,7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00329258,-0.00360663,-0.00392469,-0.0040876;FXX=0.0374953;HRUN=2,2,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=197.218,201.933,202.867,201.756;QD=25.1843;RBI=0.0560181,0.0667777,0.0667523,0.0595977;REFB=-0.00104155,-0.00024116,0.000735228,0.00130031;REVB=0.0559213,0.0666803,0.0666368,0.0594574;RO=19;SAF=2,4,5,3;SAR=8,13,3,5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.55415,-0.463365,-0.142215,-0.39228;STB=0.5,0.572842,0.5,0.708362;STBP=1,0.218,1,0.167;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0271576,-0.0121415,-0.0175086,0.0348925;OID=.,.,.,.;OPOS=69342961,69342963,69342964,69342964;OREF=GTT,TG,G,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=GG,GGT,GGTT,GGTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.493506,0,0.116883:10,17,8,8:76:0,38,0,9:77:30:0,12,0,2:0,26,0,7:14:16:99:19:2,4,5,3:8,13,3,5:14:5 chr16 69354963 . A G 429.61 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0162552;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.995;QD=22.3173;RBI=0.0173021;REFB=-0.0082117;REVB=-0.00592713;RO=35;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105817;STB=0.562311;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00985085;OID=.;OPOS=69354963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:41:42:0.545455:16:25:17:18:16:26:17:18 chr16 69499731 . T C 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.817;QD=49.5915;RBI=0.0472319;REFB=0;REVB=-0.046911;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433063;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr16 69704122 . C CTG 130.67 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410215;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=223.023;QD=43.555;RBI=0.0441724;REFB=0;REVB=0.016384;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000242284;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:14:12:12:0:6:6:0:0:4:4:4:6:4:0 chr16 69733460 . G A 996.84 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1162;QD=58.6375;RBI=0.0396638;REFB=0;REVB=0.0279123;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232364;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:48:19:0:0:49:19:0:0 chr16 69735271 . T A 1232.54 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393211;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.942;QD=61.627;RBI=0.0509826;REFB=0;REVB=0.0324511;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705581;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:45:33:0:0:47:33:0:0 chr16 69736851 . G A 409.45 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8161;QD=56.4759;RBI=0.0759455;REFB=0;REVB=0.0643265;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122247;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:17:12:0:0 chr16 69745145 . G A 638.61 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0555468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.674;QD=59.4056;RBI=0.0573866;REFB=-0.0879269;REVB=-0.0144144;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015915;STB=0.508471;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000913926;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:29:13:0:1:29:13:0:1 chr16 69814950 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.03;QD=44.6898;RBI=0.0346534;REFB=0;REVB=-0.0175678;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47855e-05;OID=.;OPOS=69814950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr16 69814953 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.334;QD=44.6898;RBI=0.0180562;REFB=0;REVB=0.0176623;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22407e-05;OID=.;OPOS=69814953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr16 69963355 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.481;QD=50.4135;RBI=0.0394921;REFB=0;REVB=-0.022358;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3302e-05;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr16 69967897 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.511;QD=62.0218;RBI=0.0194459;REFB=0;REVB=-0.0184287;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017128;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr16 69970329 . A G 650.87 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6089;QD=61.9879;RBI=0.0104422;REFB=0;REVB=0.0103273;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16044e-05;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr16 69988373 . T C 716.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2236;QD=56.2179;RBI=0.027773;REFB=0;REVB=0.0107481;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103946;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr16 69988472 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.25;QD=51.1835;RBI=0.0690099;REFB=0;REVB=0.0402724;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821129;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 70010559 . T C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00332003;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.946;QD=3.15728;RBI=0.0217407;REFB=-0.00561095;REVB=-0.0214857;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168338;STB=0.622532;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0268458;OID=.;OPOS=70010559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:4:2:17:19:4:2:17:19 chr16 70010589 . T C 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0174762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.737;QD=7.01219;RBI=0.0289478;REFB=-0.00614197;REVB=0.0230772;RO=39;SAF=3;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306141;STB=0.685966;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.028966;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:39:40:13:13:0.245283:10:3:18:21:10:3:18:22 chr16 70010610 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0260323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.001;QD=9.26724;RBI=0.0326118;REFB=-0.0047796;REVB=-0.0196431;RO=46;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140371;STB=0.583133;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0139162;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:13:8:23:23:13:8:23:23 chr16 70016573 . G A 1304.06 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103151;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.335;QD=59.9569;RBI=0.044096;REFB=0.000287156;REVB=0.0428725;RO=2;SAF=46;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180469;STB=0.506328;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000449413;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:87:2:1:85:86:0.988506:39:46:1:1:39:47:0:1 chr16 70165914 . T C 100.24 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.000264323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.048;QD=8.01956;RBI=0.00272668;REFB=-0.00289531;REVB=0.00271383;RO=37;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079086;STB=0.504878;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130575;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:8:5:14:23:8:5:14:23 chr16 70180088 . A T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00983251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.243;QD=56.4877;RBI=0.0104465;REFB=-0.035985;REVB=0.00352868;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406249;STB=0.521726;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000815809;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:24:11:1:0:24:11:1:0 chr16 70190401 . C T 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0293067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.795;QD=25.711;RBI=0.0296884;REFB=-0.0214159;REVB=0.00474595;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525104;STB=0.529368;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00915523;OID=.;OPOS=70190401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:3:10:5:1:3:10:5:1 chr16 70191029 . T G 730.64 PASS AF=0.551181;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=127;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00337101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.301;QD=23.0122;RBI=0.0178;REFB=-0.01864;REVB=-0.0174779;RO=56;SAF=26;SAR=44;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640357;STB=0.531744;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0205807;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:56:57:70:70:0.551181:44:26:25:31:44:26:25:32 chr16 70191051 . T C 115.94 PASS AF=0.166667;AO=22;DP=131;FAO=22;FDP=132;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.0341685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.517;QD=3.51343;RBI=0.0361317;REFB=-0.00491379;REVB=0.0117479;RO=109;SAF=9;SAR=13;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169305;STB=0.515567;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.030794;OID=.;OPOS=70191051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:109:110:22:22:0.166667:13:9:46:63:13:9:47:63 chr16 70191161 . C T 680.74 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.000155331;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4056;QD=21.1082;RBI=0.0057514;REFB=-0.00768324;REVB=0.00574931;RO=62;SAF=25;SAR=42;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951973;STB=0.552156;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0134128;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:62:62:67:67:0.51938:42:25:17:45:42:25:17:45 chr16 70191333 . T C 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0276157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.874;QD=22.3897;RBI=0.0328292;REFB=-0.0241866;REVB=0.0177519;RO=24;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084196;STB=0.54997;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0124746;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:26:34:34:0.566667:22:12:11:13:22:12:12:14 chr16 70191566 . A G 490.61 PASS AF=0.464912;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0116068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9955;QD=17.2143;RBI=0.0199293;REFB=-0.00705786;REVB=-0.0162006;RO=60;SAF=16;SAR=36;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133244;STB=0.570989;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00858583;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:61:52:53:0.464912:36:16:26:34:36:17:27:34 chr16 70287172 . T TG 340.99 PASS AF=1;AO=7;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.085514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4505;QD=33.2672;RBI=0.257389;REFB=0;REVB=-0.242768;RO=34;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0467647;OID=.;OPOS=70287173;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:41:41:41:0:20:21:0:0:7:34:2:5:18:16 chr16 70287177 . A G 572.96 PASS AF=0.95122;AO=40;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0775234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2435;QD=55.8985;RBI=0.0816787;REFB=0.0264254;REVB=-0.0257205;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.500625;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0288263;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:40:39:0.95122:21:19:1:0:20:19:1:1 chr16 70367408 . T C 262.09 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0436065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6136;QD=25.5695;RBI=0.0445124;REFB=-0.0273605;REVB=-0.00893477;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333929;STB=0.518503;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00988786;OID=.;OPOS=70367408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:8:16:12:5:8:16:12:5 chr16 70506907 . T C 264.97 PASS AF=0.491525;AO=27;DP=57;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0320666;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.918;QD=17.9642;RBI=0.0320673;REFB=-0.00871709;REVB=0.0002084;RO=30;SAF=6;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207031;STB=0.598781;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00814336;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:30:27:29:0.491525:21:6:12:18:22:7:12:18 chr16 70515355 . C T 181.44 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0300073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2233;QD=24.1915;RBI=0.0324921;REFB=0.0278902;REVB=-0.012462;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243242;STB=0.636209;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0161406;OID=.;OPOS=70515355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:4:8:6:12:4:8 chr16 70546234 . G A 605.63 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.019;QD=60.5633;RBI=0.0261219;REFB=0;REVB=0.00694249;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07243e-05;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr16 70548297 . G A 721.31 PASS AF=1;AO=35;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9083;QD=54.4385;RBI=0.0931696;REFB=0;REVB=0.0928278;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226834;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:35:53:1:16:19:0:1:34:19:0:0 chr16 70569215 . A T 892.34 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.455;QD=56.6562;RBI=0.0285814;REFB=0;REVB=-0.0107434;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428928;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:26:35:0:0:27:36:0:0 chr16 70602221 . C T 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7472;QD=60.2004;RBI=0.0171918;REFB=0;REVB=-0.0163599;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46856e-05;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr16 70680850 . C G 87.24 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0229381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8595;QD=13.4221;RBI=0.100633;REFB=-0.0172185;REVB=-0.0979838;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299811;STB=0.703929;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.051034;OID=.;OPOS=70680850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:2:9:8:6:2:9:8:7 chr16 70680853 . GCCCCG GCCC,GCCCG 58.39 PASS AF=0.380952,0.0952381;AO=6,3;DP=22;FAO=8,2;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0446848,0.0400074;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=30.121,16.6763;QD=11.1228;RBI=0.0831207,0.0976904;REFB=-0.0787673,-0.0863698;REVB=-0.070088,-0.0891225;RO=12;SAF=4,2;SAR=2,1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.264239,0.267894;STB=0.648983,0.995406;STBP=0.284,0.107;TYPE=del,del;VARB=0.12305,0.0274095;OID=.,.;OPOS=70680857,70680854;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0.0952381:6,3:22:8,2:21:11:5,2:3,0:4:7:49:12:4,2:2,1:5:7 chr16 70690989 . G C 698.79 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.906;QD=54.8067;RBI=0.0291909;REFB=-0.0493888;REVB=0.0188947;RO=1;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140538;STB=0.50746;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00047315;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:33:17:0:1:33:17:0:1 chr16 70726795 . C A 680.24 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0135377;FXX=0.0387567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.772;QD=21.9433;RBI=0.0319045;REFB=-0.0158695;REVB=0.02889;RO=53;SAF=29;SAR=37;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727209;STB=0.544638;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0229099;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:124:53:58:66:66:0.532258:37:29:28:25:37:29:31:27 chr16 70796515 . G A 1018.92 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0320735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.813;QD=54.3425;RBI=0.0397049;REFB=-0.0496048;REVB=0.0234044;RO=3;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280739;STB=0.519602;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00177316;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:75:75:3:4:71:71:0.946667:49:22:0:3:49:22:0:4 chr16 70818759 . A G 474.71 PASS AF=0.441667;AO=49;DP=116;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00535433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.478;QD=15.8237;RBI=0.0125152;REFB=-0.0294035;REVB=-0.011312;RO=58;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572205;STB=0.532271;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0257313;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:120:58:67:49:53:0.441667:25:24:25:33:27:26:29:38 chr16 70884524 . C G 500.74 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00865546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2716;QD=21.7712;RBI=0.0101872;REFB=-0.0163296;REVB=0.00537227;RO=43;SAF=22;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750119;STB=0.534848;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00971484;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:43:44:48:48:0.521739:26:22:16:27:26:22:17:27 chr16 70884534 . T A 433.47 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00818524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.175;QD=20.6412;RBI=0.00837604;REFB=-0.00540999;REVB=-0.0017776;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991925;STB=0.548997;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00312838;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:41:41:42:43:0.511905:22:20:15:26:23:20:15:26 chr16 70886630 . C T 138.3 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0198086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0702;QD=8.92231;RBI=0.0251773;REFB=-0.0121782;REVB=0.0155408;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442065;STB=0.526288;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0189286;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:10:9:22:21:10:9:22:21 chr16 70889147 . A G 703.15 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.00201811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4991;QD=17.4695;RBI=0.0109523;REFB=-0.0103366;REVB=0.0107648;RO=86;SAF=39;SAR=36;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807867;STB=0.504476;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0100327;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:86:75:75:0.465839:36:39:44:42:36:39:44:42 chr16 70891640 . T C 254.25 PASS AF=0.264286;AO=36;DP=136;FAO=37;FDP=140;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.00586703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3603;QD=7.26436;RBI=0.00763531;REFB=-0.0160014;REVB=0.00488631;RO=100;SAF=16;SAR=20;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686652;STB=0.533316;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0469812;OID=.;OPOS=70891640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:100:103:36:37:0.264286:20:16:39:61:21:16:40:63 chr16 70894024 . C T 228.52 PASS AF=0.171206;AO=44;DP=258;FAO=44;FDP=257;FR=.;FRO=213;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=94;FSRR=119;FWDB=-0.00586211;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.458;QD=3.55677;RBI=0.0109503;REFB=-0.00198969;REVB=-0.009249;RO=211;SAF=18;SAR=26;SRF=92;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355991;STB=0.527333;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0128613;OID=.;OPOS=70894024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:211:213:44:44:0.171206:26:18:92:119:26:18:94:119 chr16 70894087 . T C 298.44 PASS AF=0.217778;AO=49;DP=225;FAO=49;FDP=225;FR=.;FRO=176;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=109;FWDB=0.00800573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.854;QD=5.30567;RBI=0.0172995;REFB=-0.000857595;REVB=0.0153356;RO=176;SAF=26;SAR=23;SRF=67;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190808;STB=0.616002;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0031811;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:176:176:49:49:0.217778:23:26:67:109:23:26:67:109 chr16 70896015 . GA G 191.68 PASS AF=0.368932;AO=36;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.149543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4437;QD=7.44394;RBI=0.149847;REFB=-0.00217993;REVB=-0.00955043;RO=61;SAF=24;SAR=12;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249935;STB=0.662764;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=-0.00492557;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368932:36:103:38:103:65:26:12:28:37:99:61:24:12:27:34 chr16 70896033 . C T 125.61 PASS AF=0.181102;AO=23;DP=127;FAO=23;FDP=127;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0148405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.66;QD=3.95624;RBI=0.014959;REFB=-0.00409601;REVB=0.00187975;RO=102;SAF=13;SAR=10;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132405;STB=0.576725;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0295799;OID=.;OPOS=70896033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:102:104:23:23:0.181102:10:13:47:55:10:13:49:55 chr16 70896118 . A G 493.63 PASS AF=0.407407;AO=54;DP=134;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.00542875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6833;QD=14.6261;RBI=0.0241567;REFB=-0.0145906;REVB=-0.0235387;RO=80;SAF=29;SAR=25;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183528;STB=0.607153;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0177441;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:80:80:54:55:0.407407:25:29:29:51:25:30:29:51 chr16 70896122 . A C 151.95 PASS AF=0.19697;AO=25;DP=131;FAO=26;FDP=132;FR=.;FRO=106;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=0.0204032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7931;QD=4.60465;RBI=0.0246429;REFB=-0.00245232;REVB=0.0138197;RO=106;SAF=10;SAR=15;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444645;STB=0.541031;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00821686;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:106:106:25:26:0.19697:15:10:46:60:16:10:46:60 chr16 70897039 . C G 457.05 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00697599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.131;QD=23.1419;RBI=0.0231909;REFB=-0.0126302;REVB=0.0221168;RO=35;SAF=18;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629838;STB=0.534649;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00982968;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:26:18:17:18:26:18:17:18 chr16 70902559 . C T 778.28 PASS AF=0.425641;AO=83;DP=194;FAO=83;FDP=195;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.0053568;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.221;QD=15.9648;RBI=0.0151989;REFB=-0.0121948;REVB=-0.0142236;RO=111;SAF=35;SAR=48;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672644;STB=0.540328;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0257238;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:111:112:83:83:0.425641:48:35:54:57:48:35:55:57 chr16 70902568 . C T 685.25 PASS AF=0.41989;AO=75;DP=180;FAO=76;FDP=181;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.00532284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.991;QD=15.1438;RBI=0.0103213;REFB=0.00303828;REVB=-0.00884289;RO=104;SAF=32;SAR=43;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468084;STB=0.532459;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00410302;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:104:105:75:76:0.41989:43:32:49:55:44:32:50:55 chr16 70908239 . G A 205.91 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00506096;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.978;QD=7.91945;RBI=0.0389411;REFB=-0.00780434;REVB=0.0386108;RO=76;SAF=20;SAR=9;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223599;STB=0.628839;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0244912;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:76:75:29:29:0.278846:9:20:39:37:9:20:39:36 chr16 70908736 . A G 312.18 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0106125;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.295;QD=13.8745;RBI=0.0200701;REFB=-0.000183323;REVB=-0.0170347;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125032;STB=0.512813;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000263182;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:55:34:35:0.388889:15:19:28:22:16:19:31:24 chr16 70913386 . G A 461.58 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0135402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.749;QD=18.84;RBI=0.0146303;REFB=-0.0274659;REVB=0.0055414;RO=51;SAF=15;SAR=31;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164501;STB=0.587638;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0271093;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:52:46:46:0.469388:31:15:25:26:31:15:25:27 chr16 70917855 . A G 416.99 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.00662345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4752;QD=14.0163;RBI=0.0128138;REFB=-0.0221337;REVB=-0.0109692;RO=70;SAF=28;SAR=20;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018089;STB=0.505048;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0318418;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:71:48:48:0.403361:20:28:42:28:20:28:42:29 chr16 70917931 . C G 550.46 PASS AF=0.475806;AO=51;DP=116;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0366687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.82;QD=17.7566;RBI=0.0408639;REFB=-0.0151275;REVB=0.0180351;RO=64;SAF=30;SAR=21;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104402;STB=0.544435;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0192653;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:124:64:65:51:59:0.475806:21:30:31:33:25:34:32:33 chr16 70926334 . G C 243.19 PASS AF=0.209424;AO=40;DP=191;FAO=40;FDP=191;FR=.;FRO=151;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.00310341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.837;QD=5.09301;RBI=0.0353925;REFB=-0.00607621;REVB=0.0352562;RO=151;SAF=16;SAR=24;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157518;STB=0.597436;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.027946;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:151:151:40:40:0.209424:24:16:79:72:24:16:79:72 chr16 70934994 . C T 145.13 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0194809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6777;QD=7.16707;RBI=0.0380433;REFB=-0.00874893;REVB=0.032677;RO=57;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243713;STB=0.519462;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.025394;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:57:60:21:21:0.259259:11:10:26:31:11:10:27:33 chr16 70942688 . A C 792.6 PASS AF=0.482353;AO=81;DP=169;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.033389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.818;QD=18.6494;RBI=0.0409205;REFB=-0.00996534;REVB=-0.0236571;RO=87;SAF=44;SAR=37;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110297;STB=0.559894;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0120718;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:87:88:81:82:0.482353:37:44:37:50:38:44:37:51 chr16 70954513 . T C 185.71 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00430328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5829;QD=8.53824;RBI=0.110015;REFB=-0.0302033;REVB=-0.109931;RO=58;SAF=7;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292543;STB=0.655382;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0741767;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:58:62:25:25:0.287356:18:7:30:28:18:7:30:32 chr16 70954571 . CT TA 215.52 PASS AF=0.3;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0140204;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.075;QD=9.57867;RBI=0.016887;REFB=-0.00704868;REVB=0.00941269;RO=63;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648144;STB=0.503827;STBP=0.968;TYPE=mnp;VARB=0.0131509;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:63:63:27:27:0.3:16:11:26:37:16:11:26:37 chr16 70954606 . C T 155.4 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0367898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.754;QD=7.58057;RBI=0.0368308;REFB=-0.0114265;REVB=0.00173895;RO=60;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631181;STB=0.537864;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0344268;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:14:8:19:41:14:8:19:41 chr16 70954774 . A G 65.75 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0237195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.499;QD=11.4348;RBI=0.134082;REFB=-0.000447006;REVB=-0.131967;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551644;STB=0.791819;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000349692;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:12:14:9:9:0.391304:7:2:10:2:7:2:10:4 chr16 70954809 . C A 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0097667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.437;QD=12.7903;RBI=0.0163136;REFB=-0.00512509;REVB=-0.013067;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421204;STB=0.745931;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00468028;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:10:4:16:7:10:4:16:7 chr16 70954915 . G T 985.97 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0138937;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.953;QD=54.026;RBI=0.0142355;REFB=-0.147225;REVB=-0.00310089;RO=2;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269942;STB=0.500397;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000519222;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:73:73:2:4:69:69:0.945205:34:35:0:2:34:35:2:2 chr16 70954945 . T A 307.22 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0126912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.935;QD=15.5553;RBI=0.0149123;REFB=-0.0117635;REVB=-0.00783017;RO=45;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397072;STB=0.502241;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0154743;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:16:18:24:21:16:18:24:21 chr16 70972595 . T C 554.93 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0310981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6165;QD=22.4213;RBI=0.0315194;REFB=0.00977817;REVB=0.00513623;RO=47;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208604;STB=0.511494;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00916294;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:30:22:21:26:30:22:21:26 chr16 70972620 . G C 405.97 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=108;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0118482;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.451;QD=15.1765;RBI=0.0144737;REFB=-0.0248448;REVB=-0.00831311;RO=62;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490207;STB=0.540994;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0248056;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:62:61:45:46:0.429907:27:18:22:40:27:19:21:40 chr16 70975565 . T C 186.99 PASS AF=0.203822;AO=32;DP=156;FAO=32;FDP=157;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=78;FSRR=47;FWDB=0.00121415;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.56;QD=4.76394;RBI=0.0124574;REFB=-0.00779843;REVB=0.0123981;RO=122;SAF=16;SAR=16;SRF=76;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157736;STB=0.574783;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0319599;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:122:125:32:32:0.203822:16:16:76:46:15:17:78:47 chr16 70975667 . T C 520.89 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00301423;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.876;QD=18.1178;RBI=0.00411497;REFB=-0.0237943;REVB=-0.00280133;RO=61;SAF=27;SAR=28;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318857;STB=0.513432;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0215073;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:61:60:55:55:0.478261:28:27:32:29:28:27:31:29 chr16 70986480 . G A 692.0 PASS AF=0.398964;AO=77;DP=192;FAO=77;FDP=193;FR=.;FRO=116;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=71;FWDB=0.0390113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4672;QD=14.342;RBI=0.0441478;REFB=0.014587;REVB=0.0206675;RO=115;SAF=36;SAR=41;SRF=45;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822064;STB=0.548335;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0251467;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:115:116:77:77:0.398964:41:36:45:70:41:36:45:71 chr16 70989299 . C T 499.86 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0138639;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.756;QD=16.5241;RBI=0.0408235;REFB=-0.0150147;REVB=0.0383973;RO=64;SAF=26;SAR=28;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104427;STB=0.543649;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0177354;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:67:54:54:0.446281:28:26:24:40:28:26:27:40 chr16 70989335 . G A 581.02 PASS AF=0.483871;AO=61;DP=123;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0154207;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.344;QD=18.7426;RBI=0.0181109;REFB=-0.0165749;REVB=-0.00949775;RO=62;SAF=28;SAR=33;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800812;STB=0.50108;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0150706;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:62:64:61:60:0.483871:33:28:29:33:32:28:30:34 chr16 70993566 . A G 572.26 PASS AF=0.352332;AO=68;DP=194;FAO=68;FDP=193;FR=.;FRO=125;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=75;FSRR=50;FWDB=-0.00515749;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7894;QD=11.8602;RBI=0.0310221;REFB=-0.000825693;REVB=0.0305904;RO=123;SAF=50;SAR=18;SRF=73;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183988;STB=0.601738;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00119977;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:123:125:68:68:0.352332:18:50:73:50:18:50:75:50 chr16 71008169 . T C 409.27 PASS AF=0.384;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0120956;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.708;QD=13.0965;RBI=0.0140667;REFB=-0.0158704;REVB=0.00718117;RO=75;SAF=18;SAR=30;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434009;STB=0.526305;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0209506;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:75:77:48:48:0.384:30:18:31:44:30:18:32:45 chr16 71012855 . T C 527.05 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.00262059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.381;QD=17.716;RBI=0.00427614;REFB=-0.0139772;REVB=0.00337904;RO=61;SAF=42;SAR=14;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110318;STB=0.56542;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0145199;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:63:56:56:0.470588:14:42:40:21:14:42:41:22 chr16 71025245 . C T 338.85 PASS AF=0.426966;AO=34;DP=87;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00964632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.583;QD=15.2292;RBI=0.0132375;REFB=-0.00402772;REVB=-0.00906531;RO=50;SAF=15;SAR=19;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144794;STB=0.565337;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00699245;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:50:51:34:38:0.426966:19:15:29:21:20:18:30:21 chr16 71026076 . C G 304.71 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0138016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7238;QD=12.9665;RBI=0.0191847;REFB=0.00414249;REVB=0.0133255;RO=57;SAF=10;SAR=24;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317901;STB=0.676369;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00610562;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:57:59:34:35:0.37234:24:10:33:24:24:11:35:24 chr16 71026098 . C T 249.24 PASS AF=0.418919;AO=27;DP=77;FAO=31;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00571108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.126;QD=13.4724;RBI=0.00933008;REFB=-0.00460201;REVB=0.00737793;RO=39;SAF=4;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342058;STB=0.679957;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00770096;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:39:43:27:31:0.418919:23:4:15:24:25:6:19:24 chr16 71054178 . T C 543.71 PASS AF=0.430657;AO=58;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0125354;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.167;QD=15.8747;RBI=0.019292;REFB=-0.00648403;REVB=0.0146644;RO=76;SAF=26;SAR=32;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125319;STB=0.512008;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00961221;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:78:58:59:0.430657:32:26:35:41:33:26:36:42 chr16 71061495 . A G 781.54 PASS AF=0.43;AO=86;DP=200;FAO=86;FDP=200;FR=.;FRO=114;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=44;FWDB=-0.00299138;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.092;QD=15.6308;RBI=0.0216801;REFB=-0.0231049;REVB=-0.0214728;RO=111;SAF=60;SAR=26;SRF=68;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973116;STB=0.554077;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0370806;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:111:114:86:86:0.43:26:60:68:43:26:60:70:44 chr16 71094434 . G A 375.5 PASS AF=0.175481;AO=72;DP=416;FAO=73;FDP=416;FR=.;FRO=343;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=163;FSRR=180;FWDB=0.00157267;FXX=0.00239802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7947;QD=3.61062;RBI=0.0123144;REFB=-0.000550267;REVB=0.0122136;RO=318;SAF=22;SAR=50;SRF=154;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239426;STB=0.649885;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00248076;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:416:318:343:72:73:0.175481:50:22:154:164:51:22:163:180 chr16 71098649 . T C 527.04 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.010125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6565;QD=14.64;RBI=0.0104806;REFB=0.00892571;REVB=0.00270688;RO=83;SAF=31;SAR=27;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926705;STB=0.548263;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00649358;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:83:86:58:58:0.402778:27:31:37:46:27:31:39:47 chr16 71100830 . T C 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00423305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.725;QD=8.68718;RBI=0.00490534;REFB=-0.00854393;REVB=-0.00247864;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1218;STB=0.572811;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0231747;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:8:9:17:23:8:9:17:23 chr16 71100838 . T C 90.49 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.014459;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.265;QD=6.58141;RBI=0.0186407;REFB=-0.0077181;REVB=0.0117648;RO=40;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767467;STB=0.56536;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0194351;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:57:55:40:42:13:13:0.236364:6:7:19:21:6:7:19:23 chr16 71101200 . T C 395.79 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0173976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.022;QD=22.9443;RBI=0.048718;REFB=-0.00580175;REVB=0.0455057;RO=30;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1164;STB=0.564169;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00457546;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:25:14:15:15:25:14:15:15 chr16 71101270 . C T 350.73 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0180297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.582;QD=21.9203;RBI=0.0210857;REFB=-0.00032798;REVB=0.0109333;RO=28;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460988;STB=0.519187;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00129222;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:28:35:36:0.5625:18:17:12:16:19:17:12:16 chr16 71103269 . T C 1204.16 PASS AF=0.433898;AO=126;DP=295;FAO=128;FDP=295;FR=.;FRO=167;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=74;FSRR=93;FWDB=0.00840845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.714;QD=16.3276;RBI=0.012377;REFB=-0.00809624;REVB=-0.00908231;RO=165;SAF=58;SAR=68;SRF=73;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184051;STB=0.505723;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0107443;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:165:167:126:128:0.433898:68:58:73:92:70:58:74:93 chr16 71109904 . C A 425.4 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=0.0276693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.236;QD=15.1929;RBI=0.0302534;REFB=-0.0116857;REVB=0.0122343;RO=63;SAF=13;SAR=35;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188538;STB=0.518511;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0129201;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:64:48:48:0.428571:35:13:18:45:35:13:19:45 chr16 71113780 . C T 178.96 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00900727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.098;QD=15.2302;RBI=0.0159578;REFB=-0.00949718;REVB=-0.0131727;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119036;STB=0.580559;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0117972;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:28:19:19:0.404255:7:12:14:13:7:12:14:14 chr16 71122408 . C T 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.042523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2692;QD=15.7374;RBI=0.0500063;REFB=0.0200417;REVB=-0.0263139;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538874;STB=0.530366;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0359154;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:17:12:13:23:17:12:13:23 chr16 71163579 . C T 444.4 PASS AF=0.5;AO=43;DP=88;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0161893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.547;QD=19.751;RBI=0.0548337;REFB=-0.0183106;REVB=0.0523894;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195899;STB=0.588197;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0136723;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:44:45:43:45:0.5:19:24:15:29:21:24:16:29 chr16 71163606 . C T 203.06 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=100;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0141771;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.52;QD=8.20454;RBI=0.04255;REFB=-0.0127642;REVB=-0.0401187;RO=72;SAF=14;SAR=13;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157413;STB=0.603643;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0396355;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:72:72:27:27:0.272727:13:14:28:44:13:14:27:45 chr16 71163693 . A G 59.73 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00483686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.365;QD=3.51378;RBI=0.024192;REFB=-0.0123951;REVB=-0.0237035;RO=57;SAF=3;SAR=8;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157018;STB=0.607695;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0513705;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:8:3:22:35:8:3:22:35 chr16 71237702 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00808557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.311;QD=24.818;RBI=0.0323255;REFB=0.00931981;REVB=-0.0312979;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179248;STB=0.599914;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00496767;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:10:8:16:8:10:8 chr16 71264523 . T A 93.53 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0349634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4599;QD=10.6895;RBI=0.0414998;REFB=-0.00544338;REVB=-0.022356;RO=23;SAF=0;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.748267;STB=0.764648;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0166002;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:35:23:23:11:12:0.342857:11:0:7:16:11:1:7:16 chr16 71264561 . A G 154.78 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0574001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.728;QD=14.7407;RBI=0.0674574;REFB=-0.0185233;REVB=-0.0354364;RO=23;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662822;STB=0.559924;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0143301;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:25:17:17:0.404762:14:3:5:18:14:3:6:19 chr16 71318577 . T C 218.4 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00781263;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.901;QD=15.6001;RBI=0.0118906;REFB=-0.00743446;REVB=0.00896383;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223707;STB=0.51912;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0106038;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:8:17:21:9:8:17:22:9 chr16 71319539 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.538;QD=41.8675;RBI=0.0290634;REFB=0.247154;REVB=0.0112942;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00212879;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:0:1:9:6:0:1 chr16 71319646 . G A 1008.64 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603683;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6721;QD=59.3317;RBI=0.0555849;REFB=0;REVB=0.0552562;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541929;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:62:68:1:32:30:0:0:37:31:0:0 chr16 71418291 . T C 244.29 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0560858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.87;QD=13.0288;RBI=0.0612277;REFB=0.0036169;REVB=0.0245606;RO=46;SAF=8;SAR=20;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43092;STB=0.728091;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00433179;OID=.;OPOS=71418291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:28:29:0.386667:20:8:32:14:20:9:32:14 chr16 71487206 . T C 724.09 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0246418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8489;QD=47.4811;RBI=0.0247031;REFB=0.0551278;REVB=-0.00173888;RO=6;SAF=23;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161523;STB=0.508596;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0495085;OID=.;OPOS=71487206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:61:6:6:55:55:0.901639:32:23:2:4:32:23:2:4 chr16 71509588 . G A 561.77 PASS AF=0.975;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0395099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5045;QD=56.1773;RBI=0.102002;REFB=-0.016638;REVB=0.0940393;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00284088;OID=.;OPOS=71509588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:1:1:37:39:0.975:17:20:1:0:19:20:1:0 chr16 71509634 . G C,T 433.46 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=29,2;DP=35;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206248,-0.00740923;FXX=0.0285633;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=155.406,110.347;QD=50.9958;RBI=0.0792629,0.00903174;REFB=-0.225761,-0.0596434;REVB=0.0792361,0.00516484;RO=2;SAF=11,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0489889,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00390758,0.0209548;OID=.,.;OPOS=71509634,71509634;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:34:2:0:29,2:33,1:0.970588,0.0294118:18,2:11,0:0:2:22,1:11,0:0:0 chr16 71509685 . C G 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.385;QD=56.1784;RBI=0.0357275;REFB=0;REVB=0.005263;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177955;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr16 71509796 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4973;QD=47.8213;RBI=0.075883;REFB=0;REVB=0.0703846;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421713;OID=.;OPOS=71509796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 71660310 . G A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3011;QD=55.6498;RBI=0.147576;REFB=0;REVB=0.116691;RO=0;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00451164;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:3:24:0:0:3:24:0:0 chr16 71668634 . T G 159.38 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.147;QD=45.5368;RBI=0.0279769;REFB=0;REVB=-0.0276723;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156627;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr16 71674882 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9217;QD=48.7364;RBI=0.040365;REFB=0;REVB=-0.0400272;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118891;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr16 71678932 . T C 428.81 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.289;QD=57.1744;RBI=0.0211476;REFB=0;REVB=-0.0210349;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64188e-05;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr16 71679057 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.469;QD=50.4125;RBI=0.0160938;REFB=0;REVB=-0.0116144;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89974e-06;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr16 71800384 . T A 262.95 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.73;QD=47.8089;RBI=0.0263078;REFB=-0.0579416;REVB=-0.004506;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000439161;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr16 71886530 . T A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.265;QD=47.8197;RBI=0.0317406;REFB=0;REVB=-0.0312668;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136494;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr16 71889173 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.371;QD=60.5472;RBI=0.0117601;REFB=0;REVB=0.00616019;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06322e-05;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr16 71890489 . C G 1427.76 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165796;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.735;QD=62.7585;RBI=0.0175803;REFB=0;REVB=0.017502;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136164;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:35:54:0:0:36:55:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG 971.3 PASS AF=0.857143;AO=61;DP=86;FAO=72;FDP=84;FR=.;FRO=12;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0105297;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=4;MLLD=251.067;QD=46.2526;RBI=0.0142873;REFB=-0.00272463;REVB=-0.00965676;RO=12;SAF=40;SAR=21;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521418;STB=0.512192;STBP=0.574;TYPE=ins;VARB=0.000416289;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:61:86:72:84:12:42:30:6:6:60:12:40:21:6:6 chr16 71983772 . G C 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.614;QD=57.1722;RBI=0.0116086;REFB=0;REVB=0.00399304;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7992e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr16 71986946 . A G 753.45 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2117;QD=61.5058;RBI=0.0264529;REFB=-0.133106;REVB=0.0226391;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00242993;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:1:0:27:21:1:0 chr16 71986995 . G A 423.86 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.314;QD=56.5144;RBI=0.0173941;REFB=0;REVB=0.0105439;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119352;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:15:15:0:0 chr16 71988106 . C T 681.11 PASS AF=0.944444;AO=49;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000401736;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.175;QD=50.4524;RBI=0.0420738;REFB=-0.0361996;REVB=0.0420718;RO=3;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804056;STB=0.54284;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0023852;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:54:3:3:49:51:0.944444:16:33:0:3:16:35:0:3 chr16 72001136 . G A,T 555.15 PASS AF=0.973684,0.0263158;AO=34,2;DP=37;FAO=37,1;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147487,0.0162593;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.567,131.228;QD=58.4371;RBI=0.029658,0.0273711;REFB=0,0;REVB=0.0296213,-0.0220185;RO=0;SAF=13,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00239076,0.0242214;OID=.,.;OPOS=72001136,72001136;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:38:0:0:34,2:37,1:0.973684,0.0263158:21,2:13,0:0:0:23,1:14,0:0:0 chr16 72007399 . C T 306.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.567;QD=53.2419;RBI=0.0472689;REFB=0;REVB=0.0186974;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171732;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 72011181 . G T 650.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9999;QD=61.9384;RBI=0.0444709;REFB=0;REVB=0.00418025;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371879;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr16 72011193 . A C 719.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7895;QD=62.5676;RBI=0.0413657;REFB=0;REVB=-0.00393305;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359275;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr16 72011261 . A G 1005.17 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00367271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1431;QD=52.9037;RBI=0.00393667;REFB=-0.0140503;REVB=0.00141725;RO=4;SAF=26;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673709;STB=0.543847;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00742043;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:76:4:5:71:71:0.934211:45:26:4:0:45:26:5:0 chr16 72013797 . G C 396.87 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240807;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.004;QD=56.6961;RBI=0.00551656;REFB=0;REVB=-0.00496323;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159489;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr16 72020134 . T C 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0689267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3665;QD=50.1335;RBI=0.070834;REFB=0.0127609;REVB=-0.0163268;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00508518;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:1:0:13:11:1:0 chr16 72020294 . G A 457.67 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107245;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6602;QD=55.4756;RBI=0.011171;REFB=-0.0764221;REVB=-0.00312647;RO=1;SAF=6;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715383;STB=0.538436;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00289268;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:25:6:1:0:26:6:1:0 chr16 72020322 . GA GG,TG 373.28 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300774,0.0480537;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=152.718,112.917;QD=55.3002;RBI=0.0418683,0.0665577;REFB=0,0;REVB=0.0291256,0.0460519;RO=0;SAF=3,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.65945e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00699933,0.0441515;OID=.,.;OPOS=72020323,72020322;OREF=A,GA;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:22,2:3,0:0:0:22,2:3,0:0:0 chr16 72032231 . T A 617.0 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014174;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.961;QD=61.7004;RBI=0.0293369;REFB=0;REVB=0.0256856;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109356;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr16 72042682 . A C 691.04 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.435;QD=61.4257;RBI=0.0449814;REFB=0;REVB=0.0420778;RO=1;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176043;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:33:11:0:1:34:11:0:0 chr16 72818965 . T TA 374.06 PASS AF=0.579439;AO=56;DP=111;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0112546;FXX=0.0360328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.6132;QD=13.9837;RBI=0.0561395;REFB=4.75444e-05;REVB=0.0549998;RO=51;SAF=30;SAR=26;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977828;STB=0.547655;STBP=0.244;TYPE=ins;VARB=-0.00896879;OID=.;OPOS=72818966;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.579439:56:111:62:107:45:33:29:29:16:99:51:30:26:33:18 chr16 72827758 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.859;QD=63.583;RBI=0.016718;REFB=0;REVB=0.0160437;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51038e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr16 72828403 . A G 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3834;QD=18.6427;RBI=0.0395159;REFB=0.0166247;REVB=0.0237266;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121348;STB=0.568769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00510143;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:3:10:9:5:3:10 chr16 72829630 . A G 149.98 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0117949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2395;QD=12.7645;RBI=0.0353217;REFB=-0.0420582;REVB=0.0332942;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905827;STB=0.523901;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0379196;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:30:17:17:0.361702:9:8:10:16:9:8:13:17 chr16 72831652 . G A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0415748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.043;QD=27.1537;RBI=0.0770062;REFB=-0.00846063;REVB=0.0648189;RO=5;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525103;STB=0.514265;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00432625;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:5:6:14:14:0.7:12:2:1:4:12:2:1:5 chr16 72832135 . T A 264.05 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0168192;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.967;QD=12.7252;RBI=0.0178036;REFB=-0.00150519;REVB=0.00583806;RO=52;SAF=19;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166453;STB=0.595549;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00308084;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:52:52:31:31:0.373494:12:19:24:28:12:19:24:28 chr16 72991660 . C G 191.2 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0235235;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9213;QD=15.6078;RBI=0.0312565;REFB=-0.0277554;REVB=-0.020582;RO=27;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159191;STB=0.52069;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0479294;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:28:21:21:0.428571:12:9:12:15:12:9:13:15 chr16 72993831 . A C 206.76 PASS AF=1;AO=10;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0468;QD=48.6485;RBI=0.0332335;REFB=0;REVB=0.0227416;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38134e-05;OID=.;OPOS=72993831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:10:17:1:2:8:0:0:8:9:0:0 chr16 72993832 . G C 45.69 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0273172;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=113.144;QD=8.70195;RBI=0.0597365;REFB=0.00771567;REVB=0.0531246;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619041;STB=0.887901;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00810344;OID=.;OPOS=72993832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:14:14:6:7:0.333333:5:1:11:3:6:1:11:3 chr16 73143402 . C CAGA 85.77 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00548075;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.624;QD=11.4357;RBI=0.032544;REFB=0.0154439;REVB=0.0320792;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200623;STB=0.639731;STBP=0.294;TYPE=ins;VARB=-0.0219328;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:10:30:11:30:19:8:3:10:9:85:19:7:3:10:9 chr16 74366531 . A C 155.96 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0108657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.66;QD=15.9956;RBI=0.0108711;REFB=-0.0266476;REVB=-0.000343591;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408071;STB=0.724685;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0214787;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:16:17:0.435897:11:5:15:5:11:6:17:5 chr16 74371496 . A T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00538763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.108;QD=11.0823;RBI=0.00539266;REFB=-0.00565107;REVB=-0.000232996;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504425;STB=0.519819;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0100462;OID=.;OPOS=74371496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:13:10:16:25:13:10:17:25 chr16 74394671 . T C 140.42 PASS AF=0.277778;AO=19;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0436078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.942;QD=7.80116;RBI=0.0442398;REFB=-0.0251905;REVB=-0.00745076;RO=52;SAF=6;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293559;STB=0.64985;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0484414;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:19:20:0.277778:13:6:29:23:13:7:29:23 chr16 74425314 . G A 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.013346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.584;QD=1.45407;RBI=0.0723645;REFB=-0.00393789;REVB=0.0711231;RO=77;SAF=6;SAR=2;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133461;STB=0.623829;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0619738;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:77:79:8:8:0.091954:2:6:50:27:2:6:50:29 chr16 74425358 . G A 290.77 PASS AF=0.269231;AO=42;DP=156;FAO=42;FDP=156;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=82;FSRR=32;FWDB=-0.0043567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.762;QD=7.45551;RBI=0.00628504;REFB=-0.000877715;REVB=-0.00452999;RO=114;SAF=24;SAR=18;SRF=82;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194221;STB=0.61385;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00315489;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:114:114:42:42:0.269231:18:24:82:32:18:24:82:32 chr16 74425548 . A G 1213.52 PASS AF=0.654545;AO=107;DP=165;FAO=108;FDP=165;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0064382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4289;QD=29.4187;RBI=0.0223144;REFB=-0.0316633;REVB=0.0213654;RO=55;SAF=42;SAR=65;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098744;STB=0.557451;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0133205;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:55:57:107:108:0.654545:65:42:30:25:65:43:32:25 chr16 74425569 . C T 258.99 PASS AF=0.283465;AO=36;DP=127;FAO=36;FDP=127;FR=.;FRO=91;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0129866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.426;QD=8.15705;RBI=0.0159508;REFB=-0.0176557;REVB=-0.00926148;RO=91;SAF=5;SAR=31;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489699;STB=0.795518;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0397044;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:91:91:36:36:0.283465:31:5:44:47:31:5:44:47 chr16 74425702 . GG AA 99.21 PASS AF=0.129353;AO=17;DP=195;FAO=26;FDP=201;FR=.;FRO=175;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=-0.00116042;FXX=0.0147052;HRUN=2;LEN=2;MLLD=157.453;QD=1.97435;RBI=0.00566457;REFB=-0.00387718;REVB=-0.00554444;RO=172;SAF=14;SAR=3;SRF=78;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428927;STB=0.63626;STBP=0.152;TYPE=mnp;VARB=0.0189516;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:201:172:175:17:26:0.129353:3:14:78:94:10:16:80:95 chr16 74425732 . G T 167.23 PASS AF=0.163265;AO=32;DP=197;FAO=32;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=164;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=80;FSRR=84;FWDB=-0.015524;FXX=0.00507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.608;QD=3.41287;RBI=0.0813419;REFB=-0.0160993;REVB=-0.0798468;RO=129;SAF=20;SAR=12;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682884;STB=0.615312;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.071761;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:129:164:32:32:0.163265:12:20:74:55:12:20:80:84 chr16 74425769 . C T 128.68 PASS AF=0.157895;AO=27;DP=173;FAO=27;FDP=171;FR=.;FRO=144;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=72;FWDB=-0.0120561;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6579;QD=3.01012;RBI=0.0510445;REFB=-0.014304;REVB=-0.0496003;RO=142;SAF=16;SAR=11;SRF=70;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127675;STB=0.578339;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0688769;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:142:144:27:27:0.157895:11:16:70:72:11:16:72:72 chr16 74425787 . G T 145.3 PASS AF=0.180556;AO=26;DP=144;FAO=26;FDP=144;FR=.;FRO=118;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0138428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.312;QD=4.03611;RBI=0.013852;REFB=-0.00736949;REVB=0.000503553;RO=118;SAF=15;SAR=11;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985952;STB=0.563256;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.025529;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:118:118:26:26:0.180556:11:15:59:59:11:15:59:59 chr16 74425793 . T C 124.79 PASS AF=0.175573;AO=23;DP=128;FAO=23;FDP=131;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.00502542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.565;QD=3.81027;RBI=0.0348444;REFB=-0.0184859;REVB=-0.0344801;RO=104;SAF=13;SAR=10;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832412;STB=0.561408;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0454036;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:104:108:23:23:0.175573:10:13:52:52:10:13:53:55 chr16 74425795 . G A 120.71 PASS AF=0.174603;AO=22;DP=126;FAO=22;FDP=126;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=0.00700655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3641;QD=3.832;RBI=0.0329793;REFB=-0.033235;REVB=-0.0322264;RO=99;SAF=12;SAR=10;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770135;STB=0.545413;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0232691;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:99:104:22:22:0.174603:10:12:48:51:10:12:51:53 chr16 74425826 . G A 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00573107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.031;QD=4.90516;RBI=0.00579293;REFB=-0.00564255;REVB=-0.000844335;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18846;STB=0.622411;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0142886;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:5:5:15:28:5:5:15:28 chr16 74537591 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.559;QD=55.0987;RBI=0.0316963;REFB=0;REVB=0.0148855;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155259;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr16 74664743 . T C 671.86 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00199685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6874;QD=52.695;RBI=0.0327049;REFB=0.0223541;REVB=0.0326439;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.51666;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00118761;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:29:20:0:1:29:20:0:2 chr16 74664810 . A T 734.76 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484482;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9426;QD=55.4533;RBI=0.0528388;REFB=0;REVB=0.0210881;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200405;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:35:16:0:0:35:18:0:0 chr16 74670458 . C T 246.63 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.120886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6912;QD=46.9775;RBI=0.135124;REFB=-0.191373;REVB=-0.0603748;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00521237;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:13:7:0:0:13:7:0:1 chr16 74695079 . G T 994.26 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000963374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8108;QD=57.6384;RBI=0.00839163;REFB=-0.000149489;REVB=0.00833615;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141074;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-3.34355e-05;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:33:35:0:1:33:35:0:1 chr16 74750351 . A G 211.38 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00429404;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.65;QD=18.7897;RBI=0.0410279;REFB=-0.00664761;REVB=-0.0408026;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593965;STB=0.503368;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00651901;OID=.;OPOS=74750351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:15:9:8:13:15:9 chr16 74750396 . T C 128.84 PASS AF=0.393939;AO=10;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0391583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.913;QD=15.6172;RBI=0.0397159;REFB=0.00609835;REVB=-0.00663156;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583385;STB=0.70557;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0124102;OID=.;OPOS=74750396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:18:10:13:0.393939:9:1:8:5:9:4:12:6 chr16 74750405 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00841528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.808;QD=19.3696;RBI=0.0481951;REFB=-0.00324431;REVB=0.0474547;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321766;STB=0.683966;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00273561;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:6:9:4:12:6:9 chr16 74750556 . A G 359.89 PASS AF=0.828571;AO=28;DP=34;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0150136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.8844;QD=41.1304;RBI=0.015309;REFB=0.0142078;REVB=0.00299255;RO=6;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983523;STB=0.554418;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000874489;OID=.;OPOS=74750556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:35:6:6:28:29:0.828571:15:13:1:5:15:14:1:5 chr16 75018889 . GT G 35.62 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00405127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3649;QD=8.38006;RBI=0.22821;REFB=-0.0650435;REVB=0.228174;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=del;VARB=0.117727;OID=.;OPOS=75018890;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:6:17:7:17:10:3:4:4:6:35:10:3:3:3:7 chr16 75142266 . C CT 36.71 PASS AF=0.269231;AO=4;DP=40;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0320044;FXX=0.349913;HRUN=0;LEN=1;MLLD=171.88;QD=5.64767;RBI=0.0503089;REFB=-0.0043401;REVB=-0.0388162;RO=36;SAF=4;SAR=0;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.671529;STB=0.627577;STBP=0.53;TYPE=ins;VARB=0.02129;OID=.;OPOS=75142267;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:4:40:7:26:19:3:4:5:14:36:36:4:0:11:25 chr16 75142267 . C T 200.91 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00418623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.12;QD=20.0913;RBI=0.00861055;REFB=-0.0236312;REVB=-0.00752443;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127321;STB=0.55314;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0184832;OID=.;OPOS=75142267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:12:8:5:14:12:8:6:14 chr16 75238103 . C T 854.85 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851125;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2831;QD=57.9557;RBI=0.0851318;REFB=0;REVB=0.00181343;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139643;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr16 75269267 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.413;QD=58.1418;RBI=0.0222465;REFB=0;REVB=0.00500629;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106872;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr16 75269534 . C T 289.43 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0224707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.36;QD=46.3093;RBI=0.0867511;REFB=-0.0200953;REVB=0.0837903;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.533305;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00325283;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:9:14:2:0:9:14:2:0 chr16 75281964 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.865;QD=48.7373;RBI=0.0453504;REFB=0;REVB=0.0180031;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666371;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr16 75327916 . A G 601.03 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0841382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.237;QD=58.6373;RBI=0.0847042;REFB=0.0151761;REVB=0.00977621;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000705885;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:1:0:27:13:1:0 chr16 75565284 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.639;QD=33.4285;RBI=0.0481444;REFB=0;REVB=0.0432777;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278029;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 75565420 . A G 471.37 PASS AF=0.970588;AO=28;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.005;QD=55.4549;RBI=0.0706592;REFB=0.0272837;REVB=-0.068828;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00263079;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:28:33:0.970588:14:14:0:0:19:14:1:0 chr16 75574030 . C T 1026.69 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.097;QD=59.5183;RBI=0.0152863;REFB=0;REVB=0.00953903;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34871e-05;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:41:28:0:0 chr16 75590092 . G C 885.04 PASS AF=0.984127;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00459223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4545;QD=56.1927;RBI=0.113428;REFB=-0.13453;REVB=0.113335;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00301477;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:63:0:1:58:62:0.984127:29:29:0:0:33:29:0:1 chr16 75646307 . T C 164.08 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00236758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.918;QD=29.8329;RBI=0.0265363;REFB=-0.0356584;REVB=-0.0264305;RO=6;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112591;STB=0.562422;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0124042;OID=.;OPOS=75646307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:6:6:16:16:0.727273:7:9:2:4:7:9:2:4 chr16 75646576 . G T 1601.77 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000461599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.847;QD=59.8791;RBI=0.0218123;REFB=0;REVB=0.0218074;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19116e-05;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:59:47:0:0:60:47:0:0 chr16 75646685 . G T 362.89 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6647;QD=51.8407;RBI=0.0473724;REFB=0.0192151;REVB=-0.0368903;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0048664;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:26:27:0.964286:18:8:0:0:18:9:1:0 chr16 75728368 . A G,T 630.1 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=39,2;DP=42;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262768,-0.00626324;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.0964,45.8896;QD=60.0092;RBI=0.0265474,0.0255031;REFB=0,0;REVB=-0.00378106,-0.0247221;RO=0;SAF=22,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00236451,0.173704;OID=.,.;OPOS=75728368,75728368;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:42:42:0:0:39,2:39,3:0.928571,0.0714286:17,0:22,2:0:0:17,1:22,2:0:0 chr16 76311602 . G GT 482.92 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.6844;QD=39.4219;RBI=0.111744;REFB=0;REVB=0.105047;RO=4;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00679784;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:49:49:49:0:21:28:0:0:10:4:20:23:0:4 chr16 76321560 . G A 782.91 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0164283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9029;QD=21.5976;RBI=0.0182432;REFB=0.0010641;REVB=-0.00793263;RO=69;SAF=51;SAR=24;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275696;STB=0.520294;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00117257;OID=.;OPOS=76321560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:69:70:75:75:0.517241:24:51:45:24:24:51:45:25 chr16 76532583 . A G 1104.26 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.074;QD=59.6899;RBI=0.00909477;REFB=0;REVB=-0.00697404;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101222;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:46:26:0:0:46:28:0:0 chr16 76587202 . T G 249.88 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00356157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2038;QD=16.659;RBI=0.0482415;REFB=-0.00551043;REVB=-0.0481099;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146849;STB=0.582268;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00591114;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:13:15:22:10:13:15:22:10 chr16 76587331 . T C 423.56 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0305161;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.664;QD=14.9931;RBI=0.0341315;REFB=0.00424699;REVB=-0.015288;RO=66;SAF=23;SAR=25;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130268;STB=0.569197;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00612652;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:66:65:48:48:0.424779:25:23:40:26:25:23:39:26 chr16 76902847 . T C 142.9 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=0.0249111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.312;QD=6.72468;RBI=0.0262147;REFB=-0.00492425;REVB=-0.00816373;RO=63;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443927;STB=0.758906;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0175953;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:64:21:21:0.247059:7:14:18:45:7:14:19:45 chr16 76902850 . G A 128.68 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.0264146;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.196;QD=6.43377;RBI=0.0269791;REFB=-0.00350194;REVB=-0.00549024;RO=60;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448906;STB=0.773745;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0297256;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:61:19:19:0.2375:6:13:18:42:6:13:18:43 chr16 77228629 . A G 233.22 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6108;QD=46.6434;RBI=0.0233196;REFB=-0.128429;REVB=0.0194591;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00688267;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:20:20:1:0:19:20:1:9:10:1:0:9:11:0:0 chr16 77228866 . T C 756.8 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202869;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.164;QD=61.7799;RBI=0.0337042;REFB=0.127144;REVB=0.026915;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000711433;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:0:1:48:48:0.979592:34:14:0:0:34:14:1:0 chr16 77228971 . C T 323.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8218;QD=53.8874;RBI=0.0927787;REFB=0;REVB=0.056335;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016787;OID=.;OPOS=77228971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:11:13:0:0 chr16 77233394 . A G 3767.22 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.373;QD=63.3146;RBI=0.0453395;REFB=0;REVB=0.0293314;RO=0;SAF=94;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77613e-05;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:238:0:0:237:238:1:143:94:0:0:143:95:0:0 chr16 77246795 . C G 543.16 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0688149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0377;QD=57.1751;RBI=0.0778717;REFB=-0.11236;REVB=-0.0364488;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.511622;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00201026;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:21:16:0:0:21:16:0:1 chr16 77316023 . T C 116.57 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0190555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1053;QD=11.657;RBI=0.0262623;REFB=-0.00580064;REVB=0.018072;RO=26;SAF=12;SAR=2;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319503;STB=0.69441;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0125549;OID=.;OPOS=77316023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:2:12:17:9:2:12:17:9 chr16 77316150 . G T 68.05 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0510362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.183;QD=14.3261;RBI=0.051161;REFB=-0.00784495;REVB=0.00357102;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43731;STB=0.758444;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0150163;OID=.;OPOS=77316150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:7:3:7:2:7:3 chr16 77317591 . T C 264.39 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0299715;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3542;QD=17.6259;RBI=0.0308579;REFB=-0.0321709;REVB=0.00734302;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665225;STB=0.558782;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0321557;OID=.;OPOS=77317591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:31:29:29:0.483333:19:10:12:17:19:10:14:17 chr16 77323235 . C G 329.32 PASS AF=0.57377;AO=32;DP=59;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0336593;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.475;QD=21.595;RBI=0.0446999;REFB=0.00868827;REVB=-0.029413;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270482;STB=0.649632;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00676082;OID=.;OPOS=77323235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:25:26:32:35:0.57377:20:12:18:7:23:12:18:8 chr16 77327018 . G A 239.76 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00737719;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2767;QD=14.3139;RBI=0.0282028;REFB=-0.0281386;REVB=0.0272208;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125769;STB=0.564057;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0269531;OID=.;OPOS=77327018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:39:28:28:0.41791:16:12:21:17:16:12:21:18 chr16 77328895 . C T 382.96 PASS AF=0.590909;AO=36;DP=63;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0112512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.619;QD=23.2095;RBI=0.0121107;REFB=-0.0118958;REVB=-0.00448085;RO=26;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058642;STB=0.517501;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0101897;OID=.;OPOS=77328895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:26:27:36:39:0.590909:18:18:15:11:19:20:15:12 chr16 77328990 . C A 395.54 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0247328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6557;QD=30.4265;RBI=0.0247337;REFB=-0.00260397;REVB=-0.000213976;RO=15;SAF=16;SAR=20;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484267;STB=0.53646;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000548481;OID=.;OPOS=77328990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:15:16:36:36:0.692308:20:16:8:7:20:16:9:7 chr16 77353973 . G T 785.74 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2646;QD=57.1449;RBI=0.0287964;REFB=0;REVB=0.0228801;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261293;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:37:17:0:0:37:18:0:0 chr16 77359919 . A T 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.426;QD=63.2686;RBI=0.0247299;REFB=0;REVB=-0.000641666;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010386;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr16 77389956 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.359;QD=60.6091;RBI=0.0123525;REFB=0;REVB=0.00637382;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89206e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr16 77401545 . A G 565.29 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0222049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.737;QD=16.7492;RBI=0.0258199;REFB=-0.0102486;REVB=-0.0131762;RO=75;SAF=32;SAR=28;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663537;STB=0.537006;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00948142;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:75:60:60:0.444444:28:32:35:40:28:32:35:40 chr16 77769288 . C T 1314.71 PASS AF=0.505747;AO=132;DP=262;FAO=132;FDP=261;FR=.;FRO=129;FSAF=79;FSAR=53;FSRF=74;FSRR=55;FWDB=0.0549988;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.458;QD=20.1488;RBI=0.0550078;REFB=-0.0110825;REVB=0.000998147;RO=129;SAF=79;SAR=53;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231817;STB=0.512708;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0100882;OID=.;OPOS=77769288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:129:129:132:132:0.505747:53:79:74:55:53:79:74:55 chr16 77769369 . C T 2280.69 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604724;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.648;QD=63.7956;RBI=0.0674899;REFB=0;REVB=0.0299663;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16835e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:69:74:0:0:69:74:0:0 chr16 77775672 . A G 459.81 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00246111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.824;QD=21.1405;RBI=0.0302357;REFB=-0.023312;REVB=0.0301354;RO=42;SAF=29;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172527;STB=0.595533;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0233441;OID=.;OPOS=77775672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:16:29:19:23:16:29:19:23 chr16 78013123 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.26;QD=61.6833;RBI=0.0281312;REFB=0;REVB=-0.0055992;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106173;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr16 78013882 . A T 264.08 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00981739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.914;QD=17.9038;RBI=0.0194466;REFB=-0.00751242;REVB=-0.0167865;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107092;STB=0.559768;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00644504;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:10:20:16:13:10:20 chr16 78063000 . T C 239.86 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0545878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6811;QD=16.5418;RBI=0.0559182;REFB=-0.053485;REVB=-0.0121251;RO=31;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130859;STB=0.574044;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0582613;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:19:8:13:18:19:8:13:18 chr16 78063064 . G T 183.1 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0548379;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5764;QD=17.8635;RBI=0.0550307;REFB=-0.00578435;REVB=0.00460236;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260317;STB=0.501482;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00589919;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:7:15:13:6:7:15 chr16 78064351 . C G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0218721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.014;QD=18.0505;RBI=0.0362665;REFB=-0.0449441;REVB=0.0289287;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662608;STB=0.538383;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0371764;OID=.;OPOS=78064351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:5:3:3:7:5:3 chr16 78065139 . A G 772.7 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0022341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.859;QD=61.8164;RBI=0.00389624;REFB=-0.135597;REVB=0.0031921;RO=1;SAF=33;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140455;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000358692;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:15:33:1:0:16:33:1:0 chr16 78065972 . A G 402.36 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.00569294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4575;QD=16.5922;RBI=0.0344193;REFB=0.00338525;REVB=0.0339452;RO=55;SAF=12;SAR=30;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393293;STB=0.522049;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00533915;OID=.;OPOS=78065972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:30:12:14:41:30:12:14:41 chr16 78066018 . A C 397.98 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0153827;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.48;QD=17.8866;RBI=0.0224775;REFB=0.00253844;REVB=0.0163894;RO=48;SAF=11;SAR=30;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227613;STB=0.512706;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00304187;OID=.;OPOS=78066018;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:48:48:41:41:0.460674:30:11:12:36:30:11:12:36 chr16 78142307 . TG T,TT 347.05 PASS AF=0.658537,0.0487805;AO=8,18;DP=38;FAO=27,2;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=18,1;FSAR=9,1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0373698,-0.0362993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.697,184.219;QD=33.8584;RBI=0.048659,0.0468387;REFB=0.00756842,0.00606755;REVB=0.0311641,0.029601;RO=11;SAF=6,13;SAR=2,5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.380618,0.262489;STB=0.581756,0.570733;STBP=0.154,0.878;TYPE=del,snp;VARB=-0.0199053,0.0298003;OID=.,.;OPOS=78142308,78142308;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.658537,0.0487805:8,18:38:27,2:41:12:18,1:9,1:5:7:97:11:6,13:2,5:4:7 chr16 78586531 . T C 1521.4 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196112;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8763;QD=57.9581;RBI=0.019692;REFB=-0.0943178;REVB=-0.00178278;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117148;STB=0.503875;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000744784;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:1:1:104:104:0.990476:64:40:1:0:64:40:0:1 chr16 79245786 . A G 302.41 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0173098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.851;QD=17.0372;RBI=0.0184059;REFB=-0.0219196;REVB=-0.00625696;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406169;STB=0.512527;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0328442;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:21:12:12:25:21:12:13:25 chr16 79245930 . G C 212.4 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=-0.00374627;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.188;QD=11.6384;RBI=0.0350225;REFB=-0.00897039;REVB=0.0348215;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290412;STB=0.665107;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0216592;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:47:47:26:26:0.356164:12:14:37:10:12:14:37:10 chr16 79245956 . C G 237.65 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.00512583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.451;QD=11.5929;RBI=0.0240168;REFB=-0.00272701;REVB=-0.0234635;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283429;STB=0.67377;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00688925;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:53:29:29:0.353659:15:14:37:13:15:14:40:13 chr16 79245961 . T C 238.05 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=0.00998495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.51;QD=11.6122;RBI=0.0120203;REFB=-0.00666689;REVB=-0.00669244;RO=53;SAF=14;SAR=15;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305272;STB=0.67377;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00366057;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:15:14:40:13:15:14:40:13 chr16 79633805 . TGCC T 84.7 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116844;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.196;QD=37.645;RBI=0.135377;REFB=0;REVB=0.0683693;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00180927;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:9:9:9:0:5:4:0:0:4:0:2:4:0:0 chr16 79634579 . A C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0289702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.958;QD=15.0639;RBI=0.0305258;REFB=-0.0162449;REVB=0.00962043;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191546;STB=0.598504;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0203669;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:13:14:11:23:13:14:12:23 chr16 80646618 . C T 334.21 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0060527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.95;QD=16.7105;RBI=0.00914877;REFB=-0.00582579;REVB=0.00686038;RO=44;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081081;STB=0.54543;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00669568;OID=.;OPOS=80646618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:20:16:16:28:20:16:16:28 chr16 80666991 . A G 417.81 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.024238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.062;QD=22.5841;RBI=0.0262271;REFB=-0.0146917;REVB=-0.010019;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287528;STB=0.509592;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.017675;OID=.;OPOS=80666991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:33:40:41:0.554054:22:18:16:17:22:19:16:17 chr16 80667093 . T C 407.99 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0495478;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.537;QD=22.6663;RBI=0.0496022;REFB=-0.0205275;REVB=-0.00232064;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113725;STB=0.56247;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0218073;OID=.;OPOS=80667093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:22:18:10:22:22:18:10:22 chr16 81010073 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0257903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.379;QD=14.096;RBI=0.030138;REFB=-0.0152931;REVB=-0.0155935;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317416;STB=0.68154;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0179908;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:2:12:6:5:2:12 chr16 81050965 . A T 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.744;QD=57.1752;RBI=0.0418114;REFB=0;REVB=-0.040075;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.72808e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr16 81056441 . T G 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0174045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.349;QD=19.2738;RBI=0.0174533;REFB=-0.00778798;REVB=-0.00130331;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849801;STB=0.547786;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00724567;OID=.;OPOS=81056441;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:16:7:6:20:16:7:6:20 chr16 81061827 . G A 256.39 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0163283;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7631;QD=15.7781;RBI=0.0203602;REFB=0.00022364;REVB=0.0121623;RO=36;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186086;STB=0.605692;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000431732;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:36:29:29:0.446154:21:8:16:20:21:8:16:20 chr16 81062171 . C T 240.45 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0156123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.809;QD=21.3736;RBI=0.0206148;REFB=-0.0047872;REVB=-0.013462;RO=21;SAF=20;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413187;STB=0.730098;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0126816;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:3:20:11:10:3:20:12:10 chr16 81076821 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00341558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.268;QD=11.9536;RBI=0.00428971;REFB=-0.00964329;REVB=0.00259527;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0107129;OID=.;OPOS=81076821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:7:4:3:5:7:4 chr16 81077915 . T C 152.48 PASS AF=0.75;AO=14;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0459188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.784;QD=30.4961;RBI=0.0611295;REFB=-0.0284893;REVB=0.040352;RO=5;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215386;STB=0.608563;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.010506;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:20:5:5:14:15:0.75:6:8:5:0:6:9:5:0 chr16 81094951 . A G 533.57 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0214977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.024;QD=19.9463;RBI=0.0405815;REFB=-0.0254007;REVB=-0.0344195;RO=52;SAF=30;SAR=25;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280444;STB=0.515458;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0235317;OID=.;OPOS=81094951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:25:30:30:22:25:30:30:22 chr16 81095099 . C G 77.97 PASS AF=0.47619;AO=11;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0655842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6268;QD=14.8508;RBI=0.0869456;REFB=0.0218866;REVB=-0.0570811;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119431;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0337712;OID=.;OPOS=81095099;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:11:11:10:0.47619:6:5:6:4:5:5:6:5 chr16 81095363 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00206506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.575;QD=12.1822;RBI=0.0187955;REFB=-0.0216524;REVB=-0.0186818;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.599808;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.018178;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:5:5:4:10:5:5:5:10 chr16 81145807 . C G 339.98 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0290103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1425;QD=15.4535;RBI=0.0439388;REFB=-0.00286586;REVB=0.0330003;RO=51;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239179;STB=0.513506;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00359223;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:19:18:26:25:19:18:26:25 chr16 81151122 . A C 777.87 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.822;QD=63.4997;RBI=0.034729;REFB=0;REVB=-0.00445971;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131402;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr16 81157324 . G A 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5476;QD=56.7022;RBI=0.0356301;REFB=0;REVB=-0.0101543;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562946;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr16 81157385 . G T 109.56 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0236331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4079;QD=15.112;RBI=0.0839822;REFB=-0.00374595;REVB=0.0805884;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455556;STB=0.760828;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00621908;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:3:13:4:9:3:13 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 62.66 PASS AF=0.169014;AO=10;DP=73;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.000408572;FXX=0;HRUN=1;LEN=22;MLLD=420.973;QD=3.53001;RBI=0.00784014;REFB=-0.00303273;REVB=-0.00782949;RO=61;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249141;STB=0.643448;STBP=0.296;TYPE=ins;VARB=0.0133415;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169014:10:73:12:71:59:5:7:35:24:62:61:4:6:37:24 chr16 81161552 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0114177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.097;QD=12.0843;RBI=0.0181709;REFB=0.0128056;REVB=0.0141357;RO=29;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198548;STB=0.625516;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.015184;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:9:7:18:11:9:7:19:11 chr16 81161569 . T G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0160799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.789;QD=13.23;RBI=0.0479523;REFB=-0.00967174;REVB=-0.0451759;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15086;STB=0.588131;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0205633;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:16:13:10:7:16:13 chr16 81161571 . T C 151.04 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.083497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.052;QD=13.1339;RBI=0.0841078;REFB=-0.0198805;REVB=0.0101184;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15086;STB=0.588131;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0818745;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:16:13:10:7:16:13 chr16 81161578 . G A 141.27 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00466464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.538;QD=13.1416;RBI=0.0310945;REFB=-0.0188083;REVB=0.0307426;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2455;STB=0.613892;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0464678;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:10:5:15:12:10:6:15:12 chr16 81161608 . T C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00323713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.719;QD=13.2126;RBI=0.00938723;REFB=-0.0122347;REVB=0.00881141;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221397;STB=0.642653;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00965661;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:9:5:12:9:9:5:13:9 chr16 81173136 . T C 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.437;QD=63.5734;RBI=0.0431325;REFB=0;REVB=-0.0310406;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568669;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr16 81173193 . C T 171.06 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0067062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.005;QD=17.5449;RBI=0.0329216;REFB=-0.0087806;REVB=0.0322313;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428207;STB=0.74169;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00945987;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:17:4:12:6:17:4 chr16 81175103 . G A 684.93 PASS AF=0.613208;AO=64;DP=106;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0340857;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0492;QD=25.8464;RBI=0.0464642;REFB=-0.0498227;REVB=0.0315767;RO=40;SAF=25;SAR=39;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127345;STB=0.574877;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0284803;OID=.;OPOS=81175103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:40:41:64:65:0.613208:39:25:9:31:39:26:9:32 chr16 81180988 . C G 168.14 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00278779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.263;QD=10.3468;RBI=0.050552;REFB=-0.00774631;REVB=0.0504751;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924245;STB=0.554202;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0211932;OID=.;OPOS=81180988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:8:14:24:19:8:14:24:19 chr16 81180995 . T C 409.69 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00423135;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.628;QD=25.6053;RBI=0.00795241;REFB=-0.00213479;REVB=0.00673324;RO=25;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297406;STB=0.501628;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00159742;OID=.;OPOS=81180995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:17:22:14:11:17:22:14:11 chr16 81181066 . G A 246.97 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0261179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.612;QD=15.6808;RBI=0.0426859;REFB=-0.0250201;REVB=-0.0337631;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488557;STB=0.511937;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0216301;OID=.;OPOS=81181066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:33:35:28:28:0.444444:15:13:17:16:15:13:17:18 chr16 81181783 . T C 153.03 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.021236;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9485;QD=16.5434;RBI=0.0408625;REFB=-0.0140902;REVB=-0.0349109;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416401;STB=0.50174;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0113967;OID=.;OPOS=81181783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:20:16:17:0.459459:6:10:12:6:6:11:13:7 chr16 81181869 . T C 302.14 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.01704;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.681;QD=16.5554;RBI=0.0185178;REFB=-0.00495871;REVB=-0.00724912;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105403;STB=0.565717;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00732529;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:40:33:33:0.452055:18:15:22:17:18:15:23:17 chr16 81185412 . C T 177.32 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0108954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.489;QD=21.4927;RBI=0.0119923;REFB=0.00672255;REVB=0.00501065;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435261;STB=0.540495;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0129855;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:8:10:7:7:8:10:7:8 chr16 81185416 . A G 409.69 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0438971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.89;QD=48.1985;RBI=0.044849;REFB=-0.110075;REVB=0.00919092;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345091;STB=0.548356;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0036632;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:1:3:30:31:0.911765:13:17:0:1:14:17:0:3 chr16 81185419 . G C 201.69 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0410771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.827;QD=21.8041;RBI=0.0411559;REFB=-0.014013;REVB=-0.00254582;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722218;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0071487;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:7:10:10:10:7:10 chr16 81190598 . T C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00565637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.909;QD=22.398;RBI=0.00814474;REFB=-0.0175248;REVB=-0.00586022;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981695;STB=0.555006;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0146306;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:9:10:9:13:9:10 chr16 81190601 . T C 635.81 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119052;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.797;QD=62.03;RBI=0.0434749;REFB=0;REVB=0.0418131;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266567;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr16 81190613 . A G 154.68 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00982337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9936;QD=15.0907;RBI=0.064479;REFB=-0.0108295;REVB=0.0637263;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110759;STB=0.565638;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0186708;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:16:17:0.414634:8:8:14:9:9:8:14:10 chr16 81194382 . T C 213.99 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0122921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.87;QD=10.5672;RBI=0.0127727;REFB=-0.00630816;REVB=-0.00347063;RO=53;SAF=7;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22388;STB=0.639065;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0166743;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:54:27:27:0.333333:20:7:23:30:20:7:24:30 chr16 81198306 . C A 216.3 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.016813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.707;QD=22.1846;RBI=0.0225809;REFB=-0.00913108;REVB=-0.0150739;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247124;STB=0.637558;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00518329;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:14:4:11:10:14:4 chr16 81199520 . T C 237.37 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751226;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2247;QD=49.9726;RBI=0.0611199;REFB=0;REVB=0.0606565;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00821377;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:13:6:0:0 chr16 81199538 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2468;QD=48.7369;RBI=0.0771241;REFB=0;REVB=0.0232658;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184596;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr16 81199544 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.586;QD=48.7372;RBI=0.045896;REFB=0;REVB=0.000959174;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534069;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr16 81199554 . CA TG 164.79 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530831;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.391;QD=47.0821;RBI=0.0556213;REFB=0;REVB=-0.0166108;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000450226;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr16 81208175 . C T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00293492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.429;QD=56.4874;RBI=0.0165055;REFB=-0.0708964;REVB=0.0162424;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00136874;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:11:24:0:0:11:24:0:1 chr16 81208203 . G T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00335462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.216;QD=14.2705;RBI=0.0305717;REFB=-0.0184082;REVB=-0.0303871;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270085;STB=0.65472;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0236329;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:7:17:15:18:7:17:15:18 chr16 81208515 . G A 186.47 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.219;QD=46.6182;RBI=0.0183843;REFB=0;REVB=0.00947902;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283021;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:10:6:0:0 chr16 81209207 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.67;QD=53.906;RBI=0.0326795;REFB=0;REVB=0.0200494;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216828;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr16 81213378 . A G 391.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.261;QD=55.9342;RBI=0.0784076;REFB=0;REVB=0.0778078;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143758;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr16 81232275 . G A 319.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.505;QD=53.2184;RBI=0.0366131;REFB=0;REVB=0.0283064;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229884;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr16 81232564 . T G 1619.42 PASS AF=0.982456;AO=110;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00966514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1452;QD=56.8219;RBI=0.0290163;REFB=-0.0140918;REVB=-0.0273593;RO=2;SAF=52;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179062;STB=0.500314;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000381625;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:114:114:2:2:110:112:0.982456:58:52:2:0:58:54:1:1 chr16 81241098 . C T 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.369;QD=61.6747;RBI=0.0293522;REFB=0;REVB=0.0206859;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193483;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr16 81241100 . G C 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00566049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.574;QD=58.6486;RBI=0.0248445;REFB=-0.0348502;REVB=0.0241911;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284076;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000928895;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:16:24:0:1:16:24:0:1 chr16 81242102 . G A 613.04 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.25;QD=61.3044;RBI=0.0470839;REFB=0;REVB=-0.0442976;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165306;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr16 81242194 . T C 736.43 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.135;QD=56.6485;RBI=0.0522572;REFB=0;REVB=0.0197802;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146519;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:48:52:1:35:13:0:0:36:16:0:0 chr16 81248716 . C T 657.49 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.00379754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.989;QD=16.9675;RBI=0.0156794;REFB=-0.00489256;REVB=0.0152126;RO=82;SAF=38;SAR=33;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072879;STB=0.545943;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00536776;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:84:71:71:0.458065:33:38:50:32:33:38:52:32 chr16 81248745 . A G 705.64 PASS AF=0.511111;AO=68;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0176789;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.718;QD=20.9077;RBI=0.0181391;REFB=-0.0332915;REVB=-0.00405981;RO=62;SAF=42;SAR=26;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146613;STB=0.576841;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0350174;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:66:68:69:0.511111:26:42:28:34:26:43:31:35 chr16 81249954 . T A 207.6 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0325749;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.612;QD=13.1809;RBI=0.0325781;REFB=-0.0171846;REVB=-0.000455099;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174696;STB=0.592283;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0364594;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:10:15:16:21:10:15:17:21 chr16 81253745 . C G 214.43 PASS AF=0.40625;AO=23;DP=61;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00637899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.934;QD=13.4021;RBI=0.00983845;REFB=-0.027995;REVB=-0.00749023;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494573;STB=0.538432;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0420185;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:38:38:23:26:0.40625:11:12:20:18:14:12:20:18 chr16 81253759 . A G 196.88 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0233544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8912;QD=12.9099;RBI=0.0448913;REFB=-0.00982699;REVB=0.038338;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131106;STB=0.57528;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0168745;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:14:10:20:17:14:10:20:17 chr16 81253917 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0248103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.923;QD=20.1601;RBI=0.0248971;REFB=-0.0120857;REVB=-0.00207685;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223444;STB=0.627028;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0116798;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:8:6:11:5:8:6 chr16 81279120 . T C 146.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0135654;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.56;QD=16.281;RBI=0.0218538;REFB=-0.0120537;REVB=-0.0171339;RO=17;SAF=13;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492381;STB=0.775753;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0157737;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:20:16:16:0.444444:3:13:5:12:3:13:7:13 chr16 81497952 . A G 799.57 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931864;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.258;QD=57.1122;RBI=0.029843;REFB=0;REVB=0.0283507;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1507e-05;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:27:29:0:0 chr16 81679151 . A G 286.51 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0143161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.601;QD=18.1909;RBI=0.0313226;REFB=-0.0100242;REVB=-0.0278596;RO=29;SAF=22;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557675;STB=0.567364;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0117012;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:29:32:31:31:0.492063:9:22:19:10:9:22:19:13 chr16 81726863 . C G 352.18 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0186619;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.283;QD=15.4806;RBI=0.0288609;REFB=-0.0159282;REVB=-0.0220156;RO=51;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149735;STB=0.584251;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0186979;OID=.;OPOS=81726863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:53:38:38:0.417582:22:16:29:22:22:16:30:23 chr16 81743328 . A G 506.11 PASS AF=0.538462;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0353151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5339;QD=22.2465;RBI=0.0389772;REFB=-0.00104612;REVB=-0.0164944;RO=41;SAF=22;SAR=26;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995593;STB=0.552312;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00146747;OID=.;OPOS=81743328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:41:42:48:49:0.538462:26:22:14:27:26:23:15:27 chr16 81819768 . T C 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0212193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.774;QD=17.9912;RBI=0.0269787;REFB=-0.0117268;REVB=-0.0166611;RO=30;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257527;STB=0.643014;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0104642;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:15:14:23:7:15:14:23:7 chr16 81902079 . T C 963.15 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7926;QD=58.3726;RBI=0.0527214;REFB=0;REVB=0.0488494;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353226;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:37:27:0:0:37:29:0:0 chr16 81902139 . G C 1062.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6798;QD=59.8352;RBI=0.0657379;REFB=0;REVB=0.00783653;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727489;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr16 81914583 . C T 260.45 PASS AF=0.54;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0421483;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.737;QD=20.8363;RBI=0.0421532;REFB=-0.0233795;REVB=0.000641713;RO=21;SAF=5;SAR=21;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160616;STB=0.607131;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0150953;OID=.;OPOS=81914583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:23:26:27:0.54:21:5:7:14:22:5:8:15 chr16 81929488 . C T 1432.16 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0482181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.494;QD=56.163;RBI=0.0486389;REFB=-0.119582;REVB=0.00638418;RO=2;SAF=51;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000569493;STB=0.504461;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.000941578;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:2:3:99:99:0.970588:48:51:1:1:48:51:2:1 chr16 81941319 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.288;QD=60.6101;RBI=0.0446121;REFB=0;REVB=0.0417588;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167177;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr16 81971403 . T C 108.39 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0526007;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.399;QD=13.1378;RBI=0.0526073;REFB=-0.029284;REVB=-0.000833124;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136949;STB=0.537678;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0308993;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:20:12:13:0.393939:6:6:12:7:6:7:12:8 chr16 81995543 . G T 59.37 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0132348;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.512;QD=13.1924;RBI=0.0225768;REFB=-0.0604775;REVB=0.0182908;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.666296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0553579;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:8:2:4:4:8:2 chr16 82182354 . G A 425.55 PASS AF=0.538462;AO=37;DP=73;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00954777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.847;QD=21.8231;RBI=0.0162653;REFB=-0.0139121;REVB=0.0131681;RO=35;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149223;STB=0.587338;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00968467;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:35:36:37:42:0.538462:19:18:23:12:22:20:24:12 chr16 82185112 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00877005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.822;QD=18.8859;RBI=0.0281322;REFB=-0.0281992;REVB=-0.0267303;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00607416;OID=.;OPOS=82185112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:3:2:4:4:3:2 chr16 82203705 . A C 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0889821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.064;QD=7.32304;RBI=0.0891631;REFB=-0.0355056;REVB=-0.00567959;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399996;STB=0.74925;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0414332;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:10:4:4:2:10:4 chr16 82203711 . G T 45.51 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0677308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3534;QD=8.66899;RBI=0.0677555;REFB=-0.022899;REVB=0.00182905;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439136;STB=0.76852;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0948377;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:10:4:5:2:10:4 chr16 82203742 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0408557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.907;QD=11.2553;RBI=0.0524759;REFB=-0.022962;REVB=0.0329322;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345943;STB=0.709978;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0289314;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:7:5:6:2:7:5 chr16 82203758 . C T 56.48 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0337114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3281;QD=11.2968;RBI=0.0456007;REFB=-0.0250708;REVB=0.0307077;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466517;STB=0.78947;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0326408;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:6:6:7:1:6:6 chr16 82203768 . G T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0487963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.421;QD=11.9197;RBI=0.0499635;REFB=0.0206905;REVB=0.0107364;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45597;STB=0.781686;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00665653;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:5:4:6:1:5:4 chr16 82487931 . T C 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=-0.0213229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.645;QD=15.5563;RBI=0.0255605;REFB=-0.00877926;REVB=-0.0140951;RO=45;SAF=25;SAR=9;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882923;STB=0.549522;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00975495;OID=.;OPOS=82487931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:9:25:36:9:9:25:36:9 chr16 82673047 . C T 682.27 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00968806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.706;QD=52.4826;RBI=0.0381533;REFB=-0.0743623;REVB=0.0369028;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0007528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395056;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:24:25:1:1:25:25:1:1 chr16 82903030 . A C 145.04 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9892;QD=44.6272;RBI=0.1793;REFB=0;REVB=0.161984;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109187;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr16 83817019 . A G 43.2 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0016618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.857;QD=6.40029;RBI=0.0164691;REFB=-0.00406904;REVB=-0.016385;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128081;STB=0.58922;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0246032;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:27:18:20:6:7:0.259259:3:3:7:11:3:4:9:11 chr16 83983071 . C A,T 623.5 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=42;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190143,0.0230758;FXX=0.0238039;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=135.18,188.252;QD=60.8293;RBI=0.0593452,0.0711244;REFB=0,0;REVB=0.0562166,0.067277;RO=0;SAF=1,12;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.083492,0.00135268;OID=.,.;OPOS=83983071,83983071;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:1,27:1,12:0:0:1,27:1,12:0:0 chr16 83984776 . A C 748.19 PASS AF=0.918033;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0374023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3159;QD=49.0615;RBI=0.0379142;REFB=0.00655969;REVB=-0.00620912;RO=2;SAF=3;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232692;STB=0.658314;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00169222;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:58:61:2:5:55:56:0.918033:52:3:2:0:53:3:3:2 chr16 83984844 . A C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.955;QD=58.0603;RBI=0.01514;REFB=0;REVB=0.0151068;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30187e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr16 83984850 . C G 877.87 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00763982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.254;QD=54.8671;RBI=0.0276372;REFB=-0.195989;REVB=0.0265603;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113779;STB=0.511901;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00114893;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:1:2:62:62:0.96875:41:21:0:1:41:21:0:2 chr16 84028014 . C G 252.68 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00369053;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.805;QD=19.0703;RBI=0.0089015;REFB=-0.0141178;REVB=-0.00810041;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117169;STB=0.565412;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0170597;OID=.;OPOS=84028014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:16:10:14:13:16:10 chr16 84031884 . G C 125.58 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0364665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2865;QD=11.163;RBI=0.0375828;REFB=-0.0202261;REVB=-0.00909182;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196609;STB=0.527637;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0484012;OID=.;OPOS=84031884;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:30:14:15:0.333333:4:10:21:9:4:11:21:9 chr16 84070500 . C G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00957208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.381;QD=11.8818;RBI=0.0349821;REFB=-0.00637007;REVB=-0.033647;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151722;STB=0.59004;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0148587;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:13:15:10:5:13:15 chr16 84073559 . T C 140.93 PASS AF=0.322034;AO=17;DP=57;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00350024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.386;QD=9.55451;RBI=0.0084306;REFB=-0.0130484;REVB=-0.00766964;RO=40;SAF=5;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380453;STB=0.705567;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0262817;OID=.;OPOS=84073559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:40:40:17:19:0.322034:12:5:25:15:13:6:25:15 chr16 84115483 . G A 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0496359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.217;QD=12.9077;RBI=0.0509023;REFB=0.00221094;REVB=0.0112839;RO=51;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031623;STB=0.529393;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0035038;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:51:53:32:32:0.376471:16:16:27:24:16:16:29:24 chr16 84132796 . T C 668.16 PASS AF=0.59596;AO=58;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00619611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.758;QD=26.9965;RBI=0.010762;REFB=0.004921;REVB=-0.00879938;RO=40;SAF=24;SAR=34;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23006;STB=0.626859;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00197965;OID=.;OPOS=84132796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:58:59:0.59596:34:24:29:11:35:24:29:11 chr16 84217062 . C T 410.04 PASS AF=0.939394;AO=29;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0400544;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.039;QD=49.7016;RBI=0.041291;REFB=-0.168626;REVB=-0.0100297;RO=3;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382566;STB=0.500978;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00402594;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:33:33:3:2:29:31:0.939394:16:13:2:1:16:15:1:1 chr16 84228199 . G T 326.36 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.013609;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.193;QD=20.3978;RBI=0.0218699;REFB=-0.0253433;REVB=0.0171198;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186362;STB=0.60323;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0321122;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:20:14:19:11:20:14:19:11 chr16 84228237 . A C 168.25 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0102181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.449;QD=16.0236;RBI=0.0133598;REFB=-0.0362981;REVB=-0.0086067;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157028;STB=0.590803;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0555;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:13:5:10:14:13:5:10:14 chr16 84228770 . G C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0208095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.348;QD=14.0978;RBI=0.0220671;REFB=-0.0107534;REVB=0.00734313;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0142267;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:8:10:6:7:8:10 chr16 84228873 . C T 499.9 PASS AF=0.490909;AO=52;DP=108;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00707767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0192;QD=18.1783;RBI=0.0694636;REFB=0.0186077;REVB=0.0691021;RO=56;SAF=40;SAR=12;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223373;STB=0.601226;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00825938;OID=.;OPOS=84228873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:56:56:52:54:0.490909:12:40:32:24:14:40:32:24 chr16 84229559 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0364628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7676;QD=12.4821;RBI=0.0395224;REFB=-0.00287747;REVB=-0.0152475;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447868;STB=0.759617;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00574429;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:4:15:4:8:4:15 chr16 84230500 . A C 383.18 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=124;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0243505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.46;QD=12.3608;RBI=0.0284042;REFB=-0.00921036;REVB=-0.0146237;RO=78;SAF=20;SAR=26;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568725;STB=0.53236;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0180961;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:78:78:46:46:0.370968:26:20:30:48:26:20:30:48 chr16 84256103 . C T 189.21 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00386495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.216;QD=12.0136;RBI=0.0072746;REFB=-0.00618107;REVB=0.00616296;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210906;STB=0.630324;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00665299;OID=.;OPOS=84256103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:8:15:18:21:8:16:18:21 chr16 84270381 . G A 1754.3 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0381804;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0607;QD=59.976;RBI=0.0532656;REFB=-0.0792468;REVB=0.0371413;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000471119;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:0:1:116:116:0.991453:58:58:0:0:58:58:1:0 chr16 84270476 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00287583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.64;QD=21.008;RBI=0.0182063;REFB=-0.0134953;REVB=0.0179777;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279229;STB=0.515479;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0138882;OID=.;OPOS=84270476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:10:15:17:13:10:15 chr16 84438505 . C T 175.17 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00864704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4236;QD=13.7392;RBI=0.0644726;REFB=-0.0029744;REVB=-0.0638901;RO=30;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377519;STB=0.727039;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00467541;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:5:15:12:18:5:15:12:19 chr16 84438512 . G A 875.22 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137645;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.404;QD=58.3478;RBI=0.0404465;REFB=0;REVB=0.0380323;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164878;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr16 84444349 . A C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.953;QD=63.2866;RBI=0.0271834;REFB=0;REVB=0.027042;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76559e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr16 84485573 . C A 1154.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02986;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.295;QD=60.7572;RBI=0.0667292;REFB=0;REVB=0.0596755;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473487;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr16 84493144 . C G 560.84 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025316;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.195;QD=60.6317;RBI=0.0573371;REFB=0;REVB=0.0514456;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218496;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr16 84494020 . G T 666.91 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00802689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.485;QD=57.9918;RBI=0.0529258;REFB=-0.0269223;REVB=-0.0523136;RO=2;SAF=15;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585942;STB=0.531236;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000128477;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:29:15:2:0:29:15:2:0 chr16 84494275 . C T 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0128543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.337;QD=20.2673;RBI=0.0144228;REFB=-0.0194459;REVB=0.0065409;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190715;STB=0.596238;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0256051;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:13:8:12:8:13:8:12:9 chr16 84513531 . C T 727.11 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=0.00212398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.996;QD=19.1345;RBI=0.0134127;REFB=-0.000940777;REVB=-0.0132435;RO=73;SAF=49;SAR=26;SRF=51;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455772;STB=0.527262;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00103465;OID=.;OPOS=84513531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:73:77:75:75:0.493421:26:49:51:22:26:49:54:23 chr16 84516309 . G A 305.44 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00826871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2375;QD=19.0902;RBI=0.0370428;REFB=-0.00486352;REVB=0.0361082;RO=31;SAF=9;SAR=23;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440709;STB=0.511104;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0105324;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:23:9:10:21:23:10:10:21 chr16 84520324 . GT G,GC 200.94 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,6;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598786,-0.0537262;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.4377,72.2214;QD=47.2807;RBI=0.0706706,0.0649221;REFB=0,0;REVB=0.0375353,-0.0364468;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0032882,0.0178335;OID=.,.;OPOS=84520325,84520325;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.882353:2,6:17:2,15:17:0:2,8:0,7:0:0:7:0:2,5:0,1:0:0 chr16 84520396 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.544;QD=60.2272;RBI=0.0441956;REFB=0;REVB=-0.0427108;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148138;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr16 84520537 . T C 885.62 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00939209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.314;QD=56.2299;RBI=0.010379;REFB=0.033852;REVB=0.0044172;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165629;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-2.02357e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:28:34:0:1:28:34:0:1 chr16 84522897 . G C 491.96 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0281525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0433;QD=51.7854;RBI=0.0316967;REFB=-0.0497056;REVB=0.0145644;RO=3;SAF=24;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.529395;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00371372;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:11:24:3:0:11:24:3:0 chr16 84531071 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00568619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.219;QD=21.2649;RBI=0.014199;REFB=-0.0141093;REVB=0.0130107;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846433;STB=0.547704;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0115827;OID=.;OPOS=84531071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:10:8:7:13:10:8 chr16 84691044 . C T 218.66 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0435631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6695;QD=23.6388;RBI=0.0770833;REFB=-0.00938106;REVB=0.0635932;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381435;STB=0.50273;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00977977;OID=.;OPOS=84691044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:13:8:5:10:13:8:6:10 chr16 84695361 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.019551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.026;QD=16.1064;RBI=0.025569;REFB=-0.0187102;REVB=-0.0164782;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407973;STB=0.735561;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0348427;OID=.;OPOS=84695361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:4:13:8:14:4:13:8:14 chr16 84778685 . A G 167.82 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0330799;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.118;QD=20.9769;RBI=0.033861;REFB=-0.0183524;REVB=0.0072313;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352672;STB=0.519976;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0215457;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:4:11:13:4:4:11 chr16 84778690 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00825476;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.035;QD=15.1969;RBI=0.0151317;REFB=0.00173151;REVB=0.0126818;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07888;STB=0.545392;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00259597;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:4:14:10:4:4:14 chr16 84778694 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0277707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.061;QD=12.4824;RBI=0.0289593;REFB=-0.000192249;REVB=-0.00821146;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851185;STB=0.54992;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=5.4498e-05;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:5:14:8:4:5:14 chr16 84778697 . G C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0329791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.922;QD=12.4823;RBI=0.0423301;REFB=0.00914633;REVB=-0.0265371;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851185;STB=0.54992;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00390563;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:5:14:8:4:5:14 chr16 84879464 . A G 386.91 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0337633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.353;QD=15.3231;RBI=0.0356704;REFB=-0.00910493;REVB=-0.0115071;RO=56;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071294;STB=0.531354;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0115091;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:58:43:43:0.425743:26:17:26:30:26:17:26:32 chr16 84883102 . C T 676.69 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.031304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.945;QD=60.1499;RBI=0.0324275;REFB=-0.0332765;REVB=0.00846195;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177216;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00225994;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:26:17:0:1:26:18:0:1 chr16 84906098 . C G 309.46 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=-0.00893969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.033;QD=11.9021;RBI=0.0129606;REFB=-0.00771522;REVB=-0.009384;RO=64;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216483;STB=0.629567;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0109243;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:66:38:38:0.365385:20:18:18:46:20:18:18:48 chr16 84922859 . C T 277.52 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00955242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.793;QD=18.5011;RBI=0.0250172;REFB=-0.015934;REVB=0.0231217;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136413;STB=0.582727;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0148316;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:14:15:11:19:14:16:11:19 chr16 84942638 . T G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00785075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.834;QD=15.1962;RBI=0.0083667;REFB=-0.0149012;REVB=-0.00289264;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101062;STB=0.568107;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0149258;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:9:9:15:10:9:9:16:10 chr16 85009463 . T C 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.632;QD=62.011;RBI=0.00772535;REFB=0;REVB=-0.00499856;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28542e-06;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr16 85009970 . A G 779.62 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000697871;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.148;QD=56.6998;RBI=0.00197926;REFB=0;REVB=-0.00185215;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277591;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr16 85015541 . G A 1294.17 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194201;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.155;QD=60.9019;RBI=0.0238145;REFB=-0.107403;REVB=0.0137838;RO=1;SAF=35;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05152e-05;OID=.;OPOS=85015541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:85:1:0:84:85:1:49:35:1:0:49:36:0:0 chr16 85100976 . G A 541.81 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00317976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.704;QD=20.8387;RBI=0.044229;REFB=-0.0157649;REVB=0.0441146;RO=48;SAF=27;SAR=28;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253537;STB=0.509088;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0140113;OID=.;OPOS=85100976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:49:55:55:0.528846:28:27:25:23:28:27:25:24 chr16 85112002 . T G 791.5 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9112;QD=53.6606;RBI=0.0181354;REFB=-0.0579244;REVB=-0.00169199;RO=2;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767061;STB=0.504069;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0111117;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:35:22:1:1:35:22:1:1 chr16 85694811 . C G 35.29 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0316734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.851;QD=2.82335;RBI=0.0321578;REFB=-0.00240224;REVB=-0.00556079;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45429;STB=0.811921;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.131095;OID=.;OPOS=85694811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:50:50:40:43:7:7:0.14:6:1:20:20:6:1:20:23 chr16 85694817 . C CG 54.14 PASS AF=0.235294;AO=11;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0332919;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.2455;QD=4.24638;RBI=0.0416239;REFB=-0.0493807;REVB=0.024984;RO=38;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422153;STB=0.724648;STBP=0.098;TYPE=ins;VARB=0.156617;OID=.;OPOS=85694818;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:11:51:12:51:39:8:4:14:25:54:38:8:3:14:24 chr16 85705880 . C T 667.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.911;QD=62.1388;RBI=0.0274754;REFB=0;REVB=0.0161837;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185143;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr16 85705901 . G A 734.42 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0256128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.148;QD=52.4586;RBI=0.0320138;REFB=-0.0561244;REVB=0.0192059;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336247;STB=0.517235;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000262607;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:26:27:2:0:26:28:2:0 chr16 85706047 . A C 1050.43 PASS AF=0.96;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0244811;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6644;QD=56.0228;RBI=0.026971;REFB=-0.0831937;REVB=-0.0113187;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.507793;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000743234;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:75:1:3:72:72:0.96:38:34:1:0:38:34:2:1 chr16 85707289 . C G 633.11 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00177874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.159;QD=48.7006;RBI=0.0162342;REFB=-0.092846;REVB=0.0161364;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.532632;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000732098;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:1:4:48:48:0.923077:31:17:0:1:31:17:3:1 chr16 85813231 . A C 122.17 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0175291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3106;QD=9.22011;RBI=0.0234068;REFB=0.0116972;REVB=0.0155116;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258315;STB=0.515494;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0262373;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:20:17:7:9:20:17 chr16 85814899 . T TAGTC 592.03 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0114385;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=4;MLLD=305.734;QD=51.4806;RBI=0.0116926;REFB=0.00144264;REVB=-0.0024241;RO=5;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453029;STB=0.524217;STBP=0.384;TYPE=ins;VARB=-0.000239157;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.891304:41:47:41:46:5:17:24:1:4:25:5:17:24:1:4 chr16 85834818 . G A 261.71 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.000469392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4883;QD=17.161;RBI=0.00731513;REFB=-0.0274593;REVB=0.00730005;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262887;STB=0.647625;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0299089;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:10:19:12:20:10:19:12:20 chr16 85838653 . T C 1418.37 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0113314;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5299;QD=59.7207;RBI=0.0382083;REFB=-0.0146493;REVB=0.0364894;RO=3;SAF=49;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805871;STB=0.504253;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.000698243;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:3:3:92:92:0.968421:43:49:2:1:43:49:2:1 chr16 85839211 . G C 610.1 PASS AF=0.625;AO=53;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00395882;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.031;QD=27.7316;RBI=0.0830627;REFB=-0.0284301;REVB=0.0829683;RO=35;SAF=17;SAR=36;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151876;STB=0.596109;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.02548;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:33:53:55:0.625:36:17:18:17:38:17:18:15 chr16 85954801 . G A 834.65 PASS AF=0.480226;AO=85;DP=179;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0224436;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.505;QD=18.862;RBI=0.0335489;REFB=-0.0161917;REVB=0.0249361;RO=89;SAF=29;SAR=56;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856865;STB=0.558152;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0160793;OID=.;OPOS=85954801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:89:92:85:85:0.480226:56:29:38:51:56:29:41:51 chr16 86069722 . A G 491.83 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3325;QD=57.8626;RBI=0.0940312;REFB=0;REVB=-0.0583708;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356209;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:25:9:0:0 chr16 86069738 . C G 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446262;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.392;QD=59.8619;RBI=0.00956876;REFB=0;REVB=-0.00846441;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74948e-05;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr16 86069788 . GT TG 339.0 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459952;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.094;QD=50.2216;RBI=0.0594459;REFB=0;REVB=0.0376598;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0022068;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:0:0:24:27:1:16:8:0:0:18:9:0:0 chr16 86069827 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.674;QD=58.1421;RBI=0.0164916;REFB=0;REVB=0.0163877;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98629e-05;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr16 86547496 . C T 336.73 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.044666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2232;QD=18.4508;RBI=0.0466521;REFB=0.0217942;REVB=0.0134673;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126028;STB=0.561755;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0200687;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:37:35:36:0.493151:19:16:22:15:19:17:22:15 chr16 86565826 . C G 259.52 PASS AF=0.405063;AO=30;DP=78;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=0.0562501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.803;QD=13.1401;RBI=0.0564088;REFB=-0.00670071;REVB=-0.00422863;RO=47;SAF=20;SAR=10;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154891;STB=0.556588;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00458071;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:47:30:32:0.405063:10:20:37:10:10:22:36:11 chr16 86574818 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0178996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.967;QD=12.7911;RBI=0.0179068;REFB=-0.0039616;REVB=-0.00050522;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887419;STB=0.551928;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00800299;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:8:15:8:6:8:15 chr16 86614583 . C T 41.71 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0151686;FXX=0.076864;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.594;QD=13.9037;RBI=0.0156397;REFB=-0.00590082;REVB=-0.00380944;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003595;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr16 87350773 . C A 780.26 PASS AF=0.967213;AO=57;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.142208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.376;QD=51.1645;RBI=0.147923;REFB=-0.167529;REVB=0.0407196;RO=3;SAF=16;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440311;STB=0.507489;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00372032;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:3:2:57:59:0.967213:41:16:2:1:41:18:1:1 chr16 87417621 . G A 1056.93 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132262;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.377;QD=58.7183;RBI=0.0209527;REFB=0;REVB=0.0162507;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434914;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:68:72:1:29:39:0:0:29:43:0:0 chr16 87436720 . G T 164.6 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152681;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.549;QD=47.0286;RBI=0.0180601;REFB=0;REVB=0.0179955;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247349;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:4:10:0:0 chr16 87436764 . A G 354.03 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.991;QD=54.4666;RBI=0.0414309;REFB=0;REVB=-0.0117729;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7033e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:7:19:0:0 chr16 87445270 . T C 271.73 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0210567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.864;QD=12.3512;RBI=0.0218761;REFB=-0.0259787;REVB=-0.00593149;RO=55;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842701;STB=0.553791;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0420864;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:56:32:32:0.363636:17:15:30:25:17:15:31:25 chr16 87445839 . C T 211.02 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0142243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6199;QD=19.6298;RBI=0.0155981;REFB=0.0310562;REVB=-0.0064008;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289819;STB=0.651275;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0113875;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:8:13:6:15:8:13:7:15 chr16 87446053 . G A 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0239942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.241;QD=19.3442;RBI=0.0246846;REFB=-0.000622305;REVB=0.00579733;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129032;STB=0.573683;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000663598;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:14:4:6:12:14:4:6:12 chr16 87451279 . G A 93.04 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334661;FXX=0.124922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.98;QD=26.5832;RBI=0.0462283;REFB=-0.0331153;REVB=0.0318916;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199671;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00769346;OID=.;OPOS=87451279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:18:14:5:3:8:9:0.642857:4:4:4:1:5:4:2:1 chr16 87493737 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0156861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.11;QD=14.1317;RBI=0.0162177;REFB=-0.000631026;REVB=-0.00411828;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187564;STB=0.598224;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000662877;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:8:11:12:18:8:11:13:18 chr16 87678144 . T C 246.05 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7757;QD=49.2092;RBI=0.0667408;REFB=0;REVB=0.0486027;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249312;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr16 87678165 . G A 90.6 PASS AF=0.5;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0117187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0856;QD=16.4722;RBI=0.0138856;REFB=-0.031464;REVB=0.00744866;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651943;STB=0.873014;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0358102;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:21:22:10:11:11:11:0.5:10:1:8:2:10:1:8:3 chr16 87723838 . T C 1004.59 PASS AF=0.566474;AO=81;DP=155;FAO=98;FDP=173;FR=.;FRO=75;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00550969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.445;QD=23.2276;RBI=0.0303339;REFB=-0.0278184;REVB=-0.0298293;RO=71;SAF=51;SAR=30;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718593;STB=0.560545;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0162826;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:173:71:75:81:98:0.566474:30:51:39:32:33:65:40:35 chr16 87729334 . C CA 198.48 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00520071;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=242.682;QD=44.1074;RBI=0.0388229;REFB=-0.058388;REVB=0.038473;RO=3;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478102;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=ins;VARB=0.00471131;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:16:20:17:18:1:9:8:0:1:6:3:8:8:1:2 chr16 87736160 . G A 417.01 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.0152232;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.513;QD=19.3956;RBI=0.0158934;REFB=-0.0108245;REVB=-0.00456684;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270137;STB=0.649228;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0108012;OID=.;OPOS=87736160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:44:42:42:0.488372:19:23:11:33:19:23:11:33 chr16 87736778 . T C 235.79 PASS AF=0.5;AO=20;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.142229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.1993;QD=20.5035;RBI=0.164776;REFB=-0.00414548;REVB=-0.0831982;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127962;STB=0.544709;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00548065;OID=.;OPOS=87736778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:23:20:23:0.5:10:10:10:5:10:13:15:8 chr16 87737001 . G A 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0273523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.069;QD=13.506;RBI=0.0278658;REFB=-0.00114783;REVB=-0.00532488;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259769;STB=0.655442;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00150035;OID=.;OPOS=87737001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:10:2:6:11:10:2:6:11 chr16 87737619 . G A 115.76 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0376797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3325;QD=17.1494;RBI=0.0737899;REFB=-0.00807467;REVB=-0.0634444;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212182;STB=0.631986;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00266272;OID=.;OPOS=87737619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:4:9:6:7:4:10:6:7 chr16 87737756 . C T 190.17 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0564115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.622;QD=21.7342;RBI=0.0588195;REFB=-0.00339285;REVB=-0.0166577;RO=16;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232439;STB=0.632031;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00199447;OID=.;OPOS=87737756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:15:4:7:9:15:4:7:9 chr16 87738694 . G A 357.88 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.041145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.298;QD=19.6096;RBI=0.0662168;REFB=-0.029281;REVB=0.0518821;RO=36;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151432;STB=0.574586;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0214296;OID=.;OPOS=87738694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:14:22:16:20:15:22:16:20 chr16 87738709 . GCTTCCT G 306.08 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0271406;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=330.54;QD=16.7713;RBI=0.0271787;REFB=-0.0155876;REVB=-0.00143794;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133333;STB=0.576878;STBP=0.244;TYPE=del;VARB=0.0156095;OID=.;OPOS=87738710;OREF=CTTCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:33:72:34:73:39:16:18:24:15:99:35:15:18:21:14 chr16 87738813 . G C 164.3 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0496541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9532;QD=13.6919;RBI=0.0682286;REFB=-0.0104594;REVB=-0.0467932;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114802;STB=0.567087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0171783;OID=.;OPOS=87738813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:13:17:12:6:13:17 chr16 87738853 . T C 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0401587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.181;QD=11.8799;RBI=0.0405609;REFB=0.00322955;REVB=0.0056973;RO=28;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200468;STB=0.619549;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.009833;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:11:4:12:16:11:4:12:16 chr16 87738858 . A G 128.24 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0683836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.193;QD=12.2137;RBI=0.0807152;REFB=0.000643946;REVB=0.0428792;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215885;STB=0.628389;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00161694;OID=.;OPOS=87738858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:11:4:12:15:11:4:12:15 chr16 87738888 . G T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0151588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.298;QD=15.1715;RBI=0.0171466;REFB=-0.00610211;REVB=-0.00801348;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390737;STB=0.737024;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00994166;OID=.;OPOS=87738888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:13:4:14:9:13:4:15:9 chr16 87739087 . A C 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0135603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.329;QD=16.1562;RBI=0.013561;REFB=-0.00806163;REVB=0.00013445;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201471;STB=0.613301;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00833366;OID=.;OPOS=87739087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:12:15:11:21:12:15:11:21 chr16 87739125 . G A 235.96 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0192368;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4724;QD=15.4727;RBI=0.0201531;REFB=-0.0090026;REVB=0.00600796;RO=32;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21073;STB=0.622448;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0139123;OID=.;OPOS=87739125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:34:27:27:0.442623:8:19:16:16:8:19:17:17 chr16 87739191 . CAA C 135.29 PASS AF=0.431373;AO=17;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0100544;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=34.5628;QD=10.611;RBI=0.0127134;REFB=-0.0206299;REVB=-0.00778076;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248103;STB=0.618941;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=0.0191842;OID=.;OPOS=87739192;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:17:49:22:51:29:13:9:11:18:99:26:10:7:9:17 chr16 87760533 . G A 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0108483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.168;QD=19.7363;RBI=0.0142752;REFB=-0.00294123;REVB=0.00927885;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134372;STB=0.507459;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00242326;OID=.;OPOS=87760533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:21:16:17:21:21:16 chr16 87788864 . G A 775.68 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00053094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.106;QD=53.4954;RBI=0.0109485;REFB=-0.112016;REVB=0.0109356;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294499;STB=0.515619;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00200833;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:31:25:0:2:31:25:0:2 chr16 87866138 . G C 444.7 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4182;QD=57.3806;RBI=0.0374935;REFB=0;REVB=-0.0149687;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107024;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr16 87868141 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0289437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.59;QD=19.1796;RBI=0.0351278;REFB=-0.0204422;REVB=0.0199055;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513374;STB=0.529366;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0158185;OID=.;OPOS=87868141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:4:7:9:4:4:7 chr16 88017809 . C T 105.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0377497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.8227;QD=11.4375;RBI=0.0426849;REFB=0.00519192;REVB=0.0199238;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325853;STB=0.677159;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0108947;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:5:8:7:16:5:8:8:16 chr16 88052161 . C A 1491.24 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.984;QD=63.4572;RBI=0.0210946;REFB=0;REVB=0.00575798;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6456e-05;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr16 88105053 . T A 214.73 PASS AF=0.4;AO=23;DP=62;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00735126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.59;QD=13.2142;RBI=0.0128088;REFB=-0.0225593;REVB=-0.0104892;RO=39;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17647;STB=0.606478;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0295104;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:39:39:23:26:0.4:11:12:14:25:12:14:14:25 chr16 88105725 . G A 154.52 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00427228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0653;QD=14.7165;RBI=0.0103253;REFB=-0.0362604;REVB=0.00939996;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904212;STB=0.541262;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0511956;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:10:7:12:12:10:7:12:13 chr16 88123598 . C G 675.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7629;QD=61.377;RBI=0.0742527;REFB=0;REVB=-0.00247219;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754087;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr16 88123697 . C A 411.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.716;QD=56.6902;RBI=0.0912075;REFB=0;REVB=0.0907521;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172498;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr16 88124525 . A G 55.12 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0237567;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.939;QD=18.3744;RBI=0.0849121;REFB=-0.0125765;REVB=-0.081521;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0128152;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:4:1:2:5:4:1 chr16 88134285 . A G 263.45 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0452884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3583;QD=43.9083;RBI=0.0610641;REFB=0.0190971;REVB=-0.0409607;RO=2;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00276498;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:21:22:0.916667:11:10:1:1:11:11:1:1 chr16 88494947 . T C 764.36 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00512206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.385;QD=51.8207;RBI=0.0244877;REFB=-0.0168524;REVB=0.023946;RO=3;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142735;STB=0.507578;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00414889;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:29:27:1:2:29:27:1:2 chr16 88494976 . A C 1139.83 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.618;QD=59.9912;RBI=0.0454545;REFB=0;REVB=0.0274118;RO=1;SAF=23;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127301;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:1:0:69:76:1:46:23:1:0:49:27:0:0 chr16 88495654 . A G 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000906332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5645;QD=57.1833;RBI=0.0143497;REFB=0;REVB=-0.0143211;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289526;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr16 88496008 . T C 230.88 PASS AF=0.405797;AO=23;DP=65;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.000626876;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.226;QD=13.3841;RBI=0.00062929;REFB=-0.0350577;REVB=5.50703e-05;RO=39;SAF=1;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.673934;STB=0.646943;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0575501;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:39:41:23:28:0.405797:22:1:18:21:22:6:17:24 chr16 88497446 . A G 130.4 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.599;QD=43.4651;RBI=0.035292;REFB=0;REVB=-0.0226502;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02193e-05;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr16 88498221 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.661;QD=51.9166;RBI=0.0278057;REFB=0;REVB=0.0185818;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50486e-05;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr16 88498297 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.319;QD=42.1826;RBI=0.0528945;REFB=0;REVB=0.0123425;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110055;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr16 88499539 . C G 1343.54 PASS AF=0.92381;AO=97;DP=105;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0119448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.501;QD=51.1823;RBI=0.0140526;REFB=-0.0324283;REVB=-0.00740249;RO=2;SAF=54;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219972;STB=0.533063;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00103907;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:105:105:2:8:97:97:0.92381:43:54:1:1:43:54:1:7 chr16 88501034 . G C 95.27 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8447;QD=34.6421;RBI=0.223954;REFB=0.0286978;REVB=-0.181212;RO=1;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290714;STB=0.666259;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00670645;OID=.;OPOS=88501034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:1:9:0:1:1:9:0:1 chr16 88501971 . T A 612.29 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182776;FXX=0.0908884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5174;QD=61.2293;RBI=0.0412564;REFB=0;REVB=0.0369868;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493627;OID=.;OPOS=88501971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:37:40:1:15:22:0:0:18:22:0:0 chr16 88502505 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5309;QD=47.8189;RBI=0.0679573;REFB=0;REVB=-0.0676553;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194875;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr16 88504206 . G T 411.36 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00989153;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=237.046;QD=21.0952;RBI=0.0100956;REFB=-0.0123532;REVB=0.00201943;RO=36;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779009;STB=0.549289;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.008985;OID=.;OPOS=88504206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:19:22:16:20:19:22:16:21 chr16 88504849 . T TC 618.22 PASS AF=0.985714;AO=14;DP=84;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0510175;FXX=0.146324;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.3109;QD=35.3271;RBI=0.0838805;REFB=-0.0640894;REVB=-0.066582;RO=65;SAF=0;SAR=14;SRF=51;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.817846;STB=0.510635;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0228294;OID=.;OPOS=88504850;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985714:14:84:69:70:1:46:23:0:1:8:65:0:14:51:14 chr16 88504850 . G C 802.41 PASS AF=0.792683;AO=60;DP=77;FAO=65;FDP=82;FR=.;FRO=17;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0530705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9523;QD=39.1421;RBI=0.0912361;REFB=-0.0447073;REVB=0.0742128;RO=17;SAF=47;SAR=13;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366724;STB=0.660326;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144465;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:17:17:60:65:0.792683:13:47:0:17:18:47:0:17 chr16 88504868 . A G 1105.12 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.192;QD=59.7365;RBI=0.0511186;REFB=0;REVB=-0.0272188;RO=0;SAF=19;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127464;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:53:19:0:0:53:21:0:0 chr16 88505635 . A G 151.14 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0454176;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8712;QD=18.8924;RBI=0.0455273;REFB=-0.0292409;REVB=-0.0031576;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915042;STB=0.53196;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0353675;OID=.;OPOS=88505635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:16:16:16:0.5:7:9:10:5:7:9:10:6 chr16 88505734 . C T 164.41 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422553;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.067;QD=46.9744;RBI=0.0430796;REFB=0;REVB=0.00838722;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589115;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr16 88535341 . G A 291.45 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0266735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.999;QD=14.3927;RBI=0.0267623;REFB=-0.0163872;REVB=-0.00217891;RO=47;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11188;STB=0.569673;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0237447;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:14:19:22:25:14:19:22:26 chr16 88535407 . C G 195.18 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00665813;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7361;QD=14.1952;RBI=0.00934373;REFB=-0.0331486;REVB=-0.00655551;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135064;STB=0.566872;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0462478;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:32:23:23:0.418182:11:12:12:19:11:12:13:19 chr16 88552370 . A G 462.02 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00197532;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.725;QD=13.0146;RBI=0.0118806;REFB=-0.0132993;REVB=-0.0117153;RO=91;SAF=30;SAR=23;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13992;STB=0.572917;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0203089;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:91:89:53:53:0.373239:23:30:40:51:23:30:40:49 chr16 88594567 . C T 233.51 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0793851;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0343;QD=16.9825;RBI=0.0833495;REFB=-0.0220327;REVB=0.0253996;RO=29;SAF=4;SAR=22;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227132;STB=0.629842;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0250087;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:22:4:9:20:22:4:9:20 chr16 88599023 . A G 640.84 PASS AF=0.457516;AO=68;DP=152;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.00192196;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.228;QD=16.754;RBI=0.00882654;REFB=-0.0128861;REVB=-0.00861475;RO=80;SAF=25;SAR=43;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767543;STB=0.521939;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0125025;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:80:83:68:70:0.457516:43:25:30:50:44:26:34:49 chr16 88633052 . G C 205.12 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00166005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.233;QD=15.7785;RBI=0.0263118;REFB=-0.0152087;REVB=-0.0262593;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410288;STB=0.729683;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.019177;OID=.;OPOS=88633052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:24:5:14:9:24:5 chr16 88644005 . A G 512.56 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0828634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1161;QD=48.8152;RBI=0.0829231;REFB=-0.0482615;REVB=0.00314657;RO=4;SAF=10;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104698;STB=0.547555;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0102525;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:42:42:4:5:37:37:0.880952:27:10:3:1:27:10:3:2 chr16 88691622 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0422437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.296;QD=16.9315;RBI=0.0424135;REFB=-0.0181711;REVB=-0.00379176;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312315;STB=0.681497;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0308067;OID=.;OPOS=88691622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:5:7:3:9:5:7 chr16 88697820 . G A 49.36 PASS AF=0.138889;AO=5;DP=37;FAO=5;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00473429;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.947;QD=5.48483;RBI=0.00688212;REFB=-0.00444785;REVB=0.004995;RO=25;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419997;STB=0.614004;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0282814;OID=.;OPOS=88697820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:37:36:25:28:5:5:0.138889:4:1:14:11:3:2:15:13 chr16 88713236 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.399;QD=60.2304;RBI=0.0176488;REFB=0;REVB=0.00470205;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00907e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr16 88713501 . A G 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0106681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.881;QD=17.9916;RBI=0.029107;REFB=-0.0234451;REVB=-0.0270816;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198286;STB=0.511103;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0251178;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:11:18:18:12:11:18:18:12 chr16 88717386 . T C 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.548;QD=58.4127;RBI=0.0161829;REFB=0;REVB=0.0117922;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28219e-05;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr16 88724347 . G T 787.35 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.518;QD=64.2732;RBI=0.0606666;REFB=0;REVB=0.0431422;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205775;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:14:33:0:0:16:33:0:0 chr16 88767769 . G C 340.57 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0128952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7777;QD=23.4875;RBI=0.0131411;REFB=-0.024614;REVB=-0.00253018;RO=24;SAF=19;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758153;STB=0.541727;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0191414;OID=.;OPOS=88767769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:15:19:11:13:15:19:11:13 chr16 88778615 . G A 1520.75 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.033265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.651;QD=61.4444;RBI=0.0337726;REFB=-0.031333;REVB=0.00583347;RO=2;SAF=60;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00480596;STB=0.502534;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00100933;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:37:60:1:1:37:60:1:1 chr16 88779739 . A G 1396.24 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.135;QD=62.7523;RBI=0.0470366;REFB=0;REVB=-0.0410418;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46578e-05;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 223.16 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=15,2;DP=20;FAO=15,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373581,0.00910015;FXX=0.09995;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=192.927,42.0115;QD=49.59;RBI=0.0482405,0.0122059;REFB=0,0;REVB=0.0305208,-0.00813457;RO=0;SAF=3,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0114363,0.0364685;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.166667:15,2:20:15,3:18:0:3,0:12,3:0:0:16:0:3,0:12,2:0:0 chr16 88781040 . A G 643.78 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.679;QD=61.3126;RBI=0.0190126;REFB=0;REVB=-0.00237878;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.59801e-05;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:13:27:0:0:14:28:0:0 chr16 88781125 . T C 195.35 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187025;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7596;QD=48.8385;RBI=0.0214599;REFB=0;REVB=0.0213783;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255043;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr16 88782676 . A G 338.99 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0030443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.99;QD=19.3708;RBI=0.00311918;REFB=-0.0221623;REVB=0.000679347;RO=31;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985062;STB=0.541643;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0186831;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:34:35:36:0.514286:23:12:14:17:24:12:14:20 chr16 88783449 . C G 192.07 PASS AF=0.434783;AO=18;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0371088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4351;QD=16.7013;RBI=0.0844704;REFB=-0.00572995;REVB=0.0758827;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208495;STB=0.507455;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0102344;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:25:18:20:0.434783:13:5:6:17:15:5:6:19 chr16 88783521 . T C 219.55 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0318672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5363;QD=17.9228;RBI=0.034576;REFB=-0.00180429;REVB=0.0134158;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200846;STB=0.612674;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00184289;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:5:22:14:8:5:22 chr16 88787704 . G C 1536.95 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.917;QD=62.7326;RBI=0.0194025;REFB=-0.0596645;REVB=0.0180209;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039708;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:98:0:0:96:98:1:49:47:0:0:50:48:0:0 chr16 88788477 . A G 95.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4245;QD=38.0757;RBI=0.067991;REFB=0;REVB=0.0616488;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445467;OID=.;OPOS=88788477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:3:7:0:0 chr16 88792047 . A G 185.34 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0241307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0135;QD=10.2966;RBI=0.115206;REFB=-0.00583946;REVB=-0.11265;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663486;STB=0.556425;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00643626;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:45:48:24:24:0.333333:13:11:18:27:13:11:18:30 chr16 88792097 . A G 184.01 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00413087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.062;QD=13.8875;RBI=0.00489377;REFB=-0.0162864;REVB=0.00262391;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291373;STB=0.628267;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0203362;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:31:20:22:0.415094:8:12:9:20:10:12:10:21 chr16 88803124 . T C 1508.51 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3308;QD=61.5718;RBI=0.0734415;REFB=0;REVB=0.0626776;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101206;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:98:0:0:89:98:1:55:34:0:0:61:37:0:0 chr16 88803982 . C G 74.16 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0610696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9689;QD=10.2286;RBI=0.0909557;REFB=-0.00960154;REVB=0.067405;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201589;STB=0.620462;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0283205;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:13:6:5:5:13:6 chr16 88804734 . A G 431.09 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2294;QD=55.6243;RBI=0.0621309;REFB=0;REVB=-0.0099854;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180869;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr16 88804924 . TCCC TCC,TCCA 333.04 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=23,3;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116723,0.00987696;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.1978,7.99604;QD=45.9367;RBI=0.183002,0.0671298;REFB=-0.0446127,-0.0517151;REVB=0.140945,0.0663992;RO=2;SAF=8,3;SAR=15,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0245642,0.692188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00672755,0.0525328;OID=.,.;OPOS=88804925,88804927;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=TCC,TCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.931034,0.0689655:23,3:29:27,2:29:0:10,2:17,0:0:0:9:2:8,3:15,0:1:1 chr16 88808743 . A G 214.21 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00183712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.321;QD=45.0975;RBI=0.0213077;REFB=0.0501656;REVB=0.0212283;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00192653;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:1:0:8:10:1:0 chr16 88809368 . G T 461.4 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0566158;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.623;QD=21.2136;RBI=0.0567035;REFB=0.0067411;REVB=-0.00315286;RO=41;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958203;STB=0.552231;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00452742;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:42:44:45:0.517241:22:22:25:16:22:23:26:16 chr16 88809434 . A G 1665.57 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.866;QD=60.0207;RBI=0.0686276;REFB=0;REVB=-0.0380074;RO=0;SAF=39;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42684e-05;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:109:111:1:70:39:0:0:72:39:0:0 chr16 88809480 . A G 1342.93 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488416;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4524;QD=62.4616;RBI=0.0524681;REFB=0;REVB=-0.0191677;RO=0;SAF=19;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128854;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:67:19:0:0:67:19:0:0 chr16 88809686 . T C 1328.72 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.02136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4775;QD=59.7178;RBI=0.0545335;REFB=-0.0987536;REVB=-0.0501763;RO=2;SAF=57;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163349;STB=0.508619;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00362733;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:30:57:2:0:30:57:2:0 chr16 88809773 . G C 1567.64 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.647;QD=63.9854;RBI=0.0615947;REFB=0;REVB=0.0490898;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43763e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:53:43:0:0:55:43:0:0 chr16 88809893 . GG AC 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00456565;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=262.048;QD=21.2676;RBI=0.00814212;REFB=-0.0245606;REVB=0.00674159;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307609;STB=0.67146;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=0.0176515;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:12:2:9:8:12:2 chr16 88870967 . T C 272.48 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.117;QD=51.9008;RBI=0.0189931;REFB=0;REVB=0.0122554;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93897e-05;OID=.;OPOS=88870967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:19:21:1:18:1:0:0:20:1:0:0 chr16 88872145 . T C 789.49 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194158;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.295;QD=64.4479;RBI=0.0485804;REFB=0;REVB=0.0485416;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947243;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr16 88872229 . A G 788.88 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410812;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.449;QD=64.3986;RBI=0.0431735;REFB=0;REVB=-0.0132771;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67855e-05;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr16 88872511 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.398;QD=61.6839;RBI=0.0333519;REFB=0;REVB=0.0327308;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123581;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr16 88874632 . C G 2381.45 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462306;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.266;QD=60.2899;RBI=0.0467489;REFB=-0.0840911;REVB=0.00694202;RO=0;SAF=75;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512298;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:156:158:0:0:155:158:1:80:75:0:0:82:76:0:0 chr16 88884466 . C T 200.4 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0222243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5324;QD=20.5542;RBI=0.0223448;REFB=-0.00495386;REVB=-0.00231696;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472314;STB=0.514271;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0110368;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:19:20:0.512821:8:11:10:9:9:11:11:8 chr16 88901673 . G A 515.96 PASS AF=0.44;AO=53;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0661199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8157;QD=16.5108;RBI=0.0730017;REFB=0.0177286;REVB=0.030942;RO=53;SAF=26;SAR=27;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119308;STB=0.503104;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.010014;OID=.;OPOS=88901673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:53:68:53:55:0.44:27:26:33:20:28:27:33:35 chr16 88904086 . A G 260.05 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0484593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4551;QD=16.7776;RBI=0.061782;REFB=-0.00796351;REVB=-0.0383238;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145058;STB=0.58134;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0129038;OID=.;OPOS=88904086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:15:14:21:12:15:14:21:12 chr16 88942240 . CG C 80.15 PASS AF=0.481481;AO=8;DP=25;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00826479;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4134;QD=11.8737;RBI=0.0497543;REFB=0.0142404;REVB=0.0490631;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386833;STB=0.66642;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=-0.0137901;OID=.;OPOS=88942241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:8:25:13:27:14:8:5:4:10:79:13:5:3:3:10 chr16 88942648 . T TTA 46.48 PASS AF=0.128205;AO=12;DP=93;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0605355;FXX=0.0370325;HRUN=6;LEN=2;MLLD=17.4265;QD=2.38335;RBI=0.150024;REFB=-0.0114835;REVB=-0.137269;RO=72;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192698;STB=0.694223;STBP=0.248;TYPE=ins;VARB=0.042195;OID=.;OPOS=88942649;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.128205:12:93:10:78:68:6:4:25:43:46:72:6:6:25:47 chr16 89167094 . T C 206.66 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4043;QD=48.6253;RBI=0.024736;REFB=0;REVB=0.00936548;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371893;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr16 89167140 . G C 301.78 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2638;QD=50.2973;RBI=0.269336;REFB=-0.0426683;REVB=0.26153;RO=2;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00639402;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:2:0:19:24:1:14:5:0:2:19:5:0:0 chr16 89167395 . C T 689.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0786;QD=62.6402;RBI=0.0644534;REFB=0;REVB=-0.0041874;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641214;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr16 89167404 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.827;QD=64.1535;RBI=0.0108776;REFB=0;REVB=-0.00376127;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53831e-05;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr16 89167431 . G C 802.67 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.043;QD=57.3335;RBI=0.0776602;REFB=0;REVB=0.076856;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275909;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:15:36:0:0:20:36:0:0 chr16 89167443 . T C 985.98 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.872;QD=58.8646;RBI=0.0414349;REFB=0;REVB=0.0394066;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249519;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:21:45:0:0:22:45:0:0 chr16 89167458 . C A 975.2 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00614005;FXX=0.038956;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.271;QD=52.7134;RBI=0.00811525;REFB=-0.105388;REVB=0.00530633;RO=5;SAF=47;SAR=22;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476822;STB=0.525245;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=7.27275e-05;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:5:5:69:69:0.932432:22:47:5:0:22:47:5:0 chr16 89180883 . G A 669.78 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.157;QD=62.3054;RBI=0.0529287;REFB=0;REVB=-0.0037904;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244663;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr16 89245890 . G T 158.51 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00350438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9262;QD=17.1358;RBI=0.0159976;REFB=-0.0565972;REVB=0.0156091;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458804;STB=0.527365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0796893;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:20:15:17:0.459459:6:9:11:6:6:11:12:8 chr16 89246670 . T C 62.81 PASS AF=0.264706;AO=10;DP=35;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0483564;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.72;QD=7.38902;RBI=0.0715458;REFB=-0.00646733;REVB=-0.05273;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937713;STB=0.526257;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0179451;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:25:25:10:9:0.264706:6:4:12:13:5:4:12:13 chr16 89251851 . A G 48.5 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0672857;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0324;QD=10.7787;RBI=0.07306;REFB=-0.0328635;REVB=-0.0284674;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138499;STB=0.583117;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.035658;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:2:9:5:2:2:9 chr16 89256695 . G A 149.56 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0391969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.849;QD=12.7286;RBI=0.0545053;REFB=-0.0313105;REVB=-0.0378739;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610216;STB=0.507763;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0484198;OID=.;OPOS=89256695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:28:30:17:17:0.361702:10:7:10:18:10:7:12:18 chr16 89259993 . A G 346.68 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0209491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7189;QD=14.9109;RBI=0.0479015;REFB=0.00133397;REVB=-0.0430777;RO=55;SAF=10;SAR=28;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104048;STB=0.559196;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00315798;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:28:10:19:36:28:10:19:36 chr16 89260248 . AGG A,AG 77.61 PASS AF=0.0526316,0.736842;AO=3,10;DP=19;FAO=1,14;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=0,2;FSAR=1,12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.122123,0.202192;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=16.1902,9.027;QD=16.34;RBI=0.122159,0.202268;REFB=-0.0467185,-0.0761907;REVB=-0.0029602,-0.00555658;RO=4;SAF=0,1;SAR=3,9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.683038,-0.359962;STB=0.988136,0.631363;STBP=0.488,0.128;TYPE=del,del;VARB=0.0676001,0.0533567;OID=.,.;OPOS=89260249,89260249;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0526316,0.736842:3,10:19:1,14:19:4:0,2:1,12:2:2:13:4:0,1:3,9:2:2 chr16 89262431 . G A 190.73 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0216446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.271;QD=16.9539;RBI=0.0223602;REFB=-0.0142135;REVB=0.00561166;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129858;STB=0.543817;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0254969;OID=.;OPOS=89262431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:19:20:0.444444:12:7:6:18:13:7:7:18 chr16 89265087 . A G 237.51 PASS AF=0.322581;AO=28;DP=91;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0359986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1086;QD=10.2153;RBI=0.0479052;REFB=-0.0215636;REVB=-0.0316071;RO=63;SAF=12;SAR=16;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167065;STB=0.570567;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0443574;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:63:63:28:30:0.322581:16:12:36:27:16:14:36:27 chr16 89265100 . GC AT,CC 184.3 PASS AF=0.277778,0;AO=25,4;DP=90;FAO=25,0;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=13,0;FSAR=12,0;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0154565,0.0114731;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=234.804,28.8801;QD=8.19111;RBI=0.016171,0.0519295;REFB=-0.00632402,0.00998999;REVB=-0.00475386,-0.0506462;RO=59;SAF=13,1;SAR=12,3;SRF=33;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0468279,-0.297013;STB=0.513358,0.5;STBP=0.887,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0171742,0;OID=.,.;OPOS=89265100,89265100;OREF=GC,G;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:65:25,4:25,0:0.277778,0:12,3:13,1:33:26:12,0:13,0:35:30 chr16 89265466 . A G 170.89 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00861753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7097;QD=25.3175;RBI=0.0534185;REFB=-0.0986121;REVB=-0.0527188;RO=6;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171463;STB=0.57768;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0546265;OID=.;OPOS=89265466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:27:27:6:10:17:17:0.62963:13:4:0:6:13:4:4:6 chr16 89291210 . G GGTGA 425.56 PASS AF=0.888889;AO=31;DP=40;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0273073;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=4;MLLD=317.831;QD=47.2841;RBI=0.0281602;REFB=-0.00343249;REVB=-0.00687823;RO=6;SAF=11;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468762;STB=0.511621;STBP=0.768;TYPE=ins;VARB=0.000626163;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:31:40:32:36:4:11:21:1:3:20:6:11:20:3:3 chr16 89291951 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.956;QD=50.4135;RBI=0.020154;REFB=0;REVB=-0.00977212;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29332e-06;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr16 89293271 . A C 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0105179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.074;QD=58.3762;RBI=0.0198887;REFB=-0.00520834;REVB=0.0168799;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.521729;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=9.48685e-05;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:23:22:2:0:23:22:2:0 chr16 89293614 . A G 1072.23 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0123221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.901;QD=57.1855;RBI=0.0124298;REFB=-0.0278774;REVB=-0.00163277;RO=2;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197027;STB=0.510414;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00079788;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:47:26:0:2:47:26:0:2 chr16 89294184 . G A 612.94 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000165223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.06;QD=61.2937;RBI=0.0055495;REFB=0;REVB=0.00554704;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95544e-05;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr16 89294381 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7681;QD=40.7628;RBI=0.059065;REFB=0;REVB=0.0161413;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00413742;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr16 89294439 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.448;QD=40.762;RBI=0.140952;REFB=0;REVB=0.133703;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373785;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr16 89294511 . C T 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00611614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.758;QD=44.0902;RBI=0.0200081;REFB=-0.0201748;REVB=0.0190503;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000604095;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chr16 89294697 . C T 421.94 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712776;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9559;QD=54.4437;RBI=0.108512;REFB=-0.121458;REVB=0.0818196;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00837942;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:1:0 chr16 89299200 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.315;QD=42.1826;RBI=0.0720847;REFB=0;REVB=0.0501095;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147777;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr16 89299227 . C T 239.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0606;QD=50.334;RBI=0.0192497;REFB=0;REVB=0.000658944;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294262;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:6:13:0:0 chr16 89299280 . T A 358.07 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0517;QD=55.0872;RBI=0.0828102;REFB=0;REVB=0.0738136;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181466;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:10:16:0:0 chr16 89345122 . G A 102.1 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0157106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.35;QD=29.1725;RBI=0.0612805;REFB=-0.0607631;REVB=0.0592324;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808542;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00406496;OID=.;OPOS=89345122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:5:6:1:2:5:6:1:2 chr16 89345408 . G A 246.5 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0383143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.611;QD=17.9272;RBI=0.0399248;REFB=0.00737023;REVB=0.0112251;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262202;STB=0.647614;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00872185;OID=.;OPOS=89345408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:19:8:16:12:19:8:16:12 chr16 89350038 . G A 105.77 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0400834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4647;QD=11.435;RBI=0.0648999;REFB=-0.0122329;REVB=0.0510423;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1951;STB=0.605213;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0337238;OID=.;OPOS=89350038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:9:4:11:12:9:4:11:13 chr16 89350178 . G A 241.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00412278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.852;QD=14.6156;RBI=0.00610967;REFB=-0.0117939;REVB=-0.00450896;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05338;STB=0.530281;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0155866;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:17:21:14:14:17:21 chr16 89590168 . T C,TATCTC 235.26 PASS AF=0.0535714,0.428571;AO=3,24;DP=56;FAO=3,24;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=0,11;FSAR=3,13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00747883,-0.0122118;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=136.268,229.552;QD=16.8045;RBI=0.0262307,0.0171214;REFB=-0.00864748,-0.0136223;REVB=-0.0251419,-0.0120006;RO=28;SAF=0,11;SAR=3,13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.586033,-0.10733;STB=0.996683,0.550978;STBP=0.077,0.537;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0476463,0.0212718;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:56:28:29:3,24:3,24:0.0535714,0.428571:3,13:0,11:16:12:3,13:0,11:16:13 chr16 89590243 . G A 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0268732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.771;QD=19.9668;RBI=0.0333132;REFB=-0.00243986;REVB=-0.0196876;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201193;STB=0.612013;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00219687;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:18:11:16:10:18:11:16:10 chr16 89662319 . C T 182.01 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0716536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0139;QD=16.9312;RBI=0.11194;REFB=-0.0353632;REVB=0.0860022;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118016;STB=0.567496;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0388098;OID=.;OPOS=89662319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:11:13:8:11:11:13 chr16 89662990 . T C 259.88 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0291171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9997;QD=16.7665;RBI=0.0434184;REFB=-0.0358798;REVB=-0.032208;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424109;STB=0.531229;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0198387;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:14:15:18:14:14:15:19:14 chr16 89704365 . G C 112.02 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00553552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.765;QD=16.595;RBI=0.0131638;REFB=-0.00333866;REVB=0.0119433;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985294;STB=0.556731;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00249019;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:8:6:7:6:8:6 chr16 89713563 . C G 146.58 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0230983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.868;QD=9.16147;RBI=0.0297617;REFB=-0.0230062;REVB=-0.0187676;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444596;STB=0.534448;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0495453;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:11:9:21:22:11:9:22:22 chr16 89760652 . C T 470.27 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0169246;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.674;QD=22.94;RBI=0.0180245;REFB=-0.037233;REVB=-0.0062001;RO=35;SAF=18;SAR=27;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137802;STB=0.564328;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0262434;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:37:45:45:0.54878:27:18:20:15:27:18:20:17 chr16 89760712 . G A 273.43 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0123458;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.599;QD=17.3607;RBI=0.0195127;REFB=-0.0370538;REVB=0.0151105;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063531;STB=0.543102;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0258146;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:33:30:30:0.47619:17:13:17:17:17:13:17:16 chr16 89762432 . C G 252.57 PASS AF=0.4;AO=24;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0118037;FXX=0.034087;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.686;QD=11.8857;RBI=0.0396506;REFB=-0.0154016;REVB=-0.0378529;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117973;STB=0.58556;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0311918;OID=.;OPOS=89762432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:35:51:24:34:0.4:15:9:17:18:22:12:25:26 chr16 89763214 . T C 92.14 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0126484;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1185;QD=8.37657;RBI=0.0280465;REFB=-0.0070123;REVB=-0.0250325;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585186;STB=0.515478;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0126359;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:44:32:32:11:12:0.272727:6:5:13:19:7:5:14:18 chr16 89764549 . G A 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0223585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.265;QD=7.83785;RBI=0.0276749;REFB=-0.0134431;REVB=-0.0163095;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214682;STB=0.633776;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0357864;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:10:6:4:3:10:6 chr16 89777761 . C T 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00996055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.176;QD=26.3144;RBI=0.0192994;REFB=0.0025152;REVB=0.0165304;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149856;STB=0.583256;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00343656;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:6:8:8:14:6:8 chr16 89782989 . A G 274.05 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.121762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8536;QD=47.6615;RBI=0.128172;REFB=-0.0277842;REVB=0.0400247;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297929;STB=0.515138;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0289264;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:15:6:0:1:16:6:0:1 chr16 89783187 . C T 863.79 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0468352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7005;QD=55.7282;RBI=0.0590286;REFB=-0.149275;REVB=0.0359282;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00214633;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:0:1:59:61:0.983871:28:31:0:0:28:33:0:1 chr16 89789898 . T C,G 1360.18 PASS AF=0.904255,0.0638298;AO=85,6;DP=94;FAO=85,6;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=39,4;FSAR=46,2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0292925,-0.00290247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.9136,121.357;QD=57.8802;RBI=0.0302886,0.0149096;REFB=-0.148211,-0.132325;REVB=-0.00770396,-0.0146243;RO=1;SAF=39,4;SAR=46,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.011992,-0.0962265;STB=0.504309,0.614989;STBP=0.719,0.435;TYPE=snp,snp;VARB=0.000561259,0.0407175;OID=.,.;OPOS=89789898,89789898;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:94:94:1:3:85,6:85,6:0.904255,0.0638298:46,2:39,4:1:0:46,2:39,4:1:2 chr16 89806347 . A T 804.63 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.483;QD=64.3705;RBI=0.0535123;REFB=0;REVB=-0.0135227;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114716;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr16 89836323 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.663;QD=57.679;RBI=0.0589622;REFB=0;REVB=0.0589471;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236133;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr16 89845194 . A G 399.99 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.124;QD=53.3316;RBI=0.04973;REFB=-0.149309;REVB=-0.0311842;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0010186;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:13:16:0:0:13:16:1:0 chr16 89849480 . C T 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0199239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5117;QD=12.9738;RBI=0.0404294;REFB=-0.0254735;REVB=-0.0351792;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655735;STB=0.538399;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0359228;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:4:8:13:5:4:8:13:5 chr16 89866043 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0291;QD=51.1794;RBI=0.10372;REFB=0;REVB=0.0653885;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488898;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr16 89882359 . T G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0240552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.782;QD=11.8818;RBI=0.0252567;REFB=-0.00999772;REVB=-0.00769725;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232083;STB=0.635914;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.012928;OID=.;OPOS=89882359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:9:19:7:8:9:19 chr16 89986154 . G A 102.04 PASS AF=0.6;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0217027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4959;QD=20.407;RBI=0.0410815;REFB=-0.0745049;REVB=0.034881;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.102688;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:20:7:8:11:12:0.6:7:4:2:5:7:5:3:5 chr16 90028240 . G A 83.91 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0348101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.367;QD=10.1705;RBI=0.0366333;REFB=-0.011673;REVB=0.0114129;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.677128;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0256583;OID=.;OPOS=90028240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:6:5:15:6:6:5:16:6 chr16 90037828 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0323113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2923;QD=15.651;RBI=0.0338921;REFB=0.00457518;REVB=-0.0102301;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222029;STB=0.618888;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00561864;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:4:12:11:9:4:12:12:9 chr16 90038369 . A G 197.62 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00620278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2565;QD=18.8211;RBI=0.0148506;REFB=-0.00395;REVB=-0.0134932;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284555;STB=0.671193;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00682081;OID=.;OPOS=90038369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:13:7:14:7:13:7:15:7 chr16 90038647 . A G 175.78 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00256984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.136;QD=11.9171;RBI=0.0109326;REFB=-0.0215459;REVB=-0.0106262;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150788;STB=0.587078;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0393577;OID=.;OPOS=90038647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:10:12:15:22:10:12:15:22 chr16 90038786 . C A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.123;QD=56.9363;RBI=0.00486093;REFB=0;REVB=0.00333123;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87568e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr16 90048327 . G A 400.4 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.049439;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.706;QD=18.4091;RBI=0.0499393;REFB=-0.0226258;REVB=-0.00705101;RO=40;SAF=15;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786946;STB=0.526491;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0240994;OID=.;OPOS=90048327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:40:46:41:41:0.471264:26:15:18:22:26:15:19:27 chr16 90095484 . C T 328.95 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0253941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.885;QD=12.8999;RBI=0.0257234;REFB=-0.0210114;REVB=0.00410335;RO=61;SAF=13;SAR=26;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160418;STB=0.593054;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0306287;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:63:39:39:0.382353:26:13:29:32:26:13:30:33 chr16 90095561 . C T 77.9 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0189216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.281;QD=14.1641;RBI=0.0231289;REFB=-0.0275411;REVB=0.0133012;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151801;STB=0.57128;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0254929;OID=.;OPOS=90095561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:7:3:5:6:7:3:5:7 chr16 90096003 . C G 231.03 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.014552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5269;QD=16.5022;RBI=0.0381388;REFB=-0.0352138;REVB=-0.0352535;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513663;STB=0.538432;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0261902;OID=.;OPOS=90096003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:13:12:16:14:14:12:16:14 chr16 90096052 . CCTT C 163.62 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0176765;FXX=0.0806322;HRUN=2;LEN=3;MLLD=185.298;QD=11.4821;RBI=0.0177895;REFB=-0.022136;REVB=-0.0020015;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18401;STB=0.577026;STBP=0.322;TYPE=del;VARB=0.0264478;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596:24:62:25:57:32:12:13:11:21:99:29:12:12:9:20 chr16 90096067 . G A 275.3 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0207724;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.7;QD=17.7613;RBI=0.0461948;REFB=-0.0124486;REVB=0.041261;RO=32;SAF=8;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318981;STB=0.679509;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0189776;OID=.;OPOS=90096067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:22:8:19:13:22:8:19:13 chr16 90097748 . C T 69.53 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00438756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.509;QD=16.361;RBI=0.04479;REFB=-0.0282925;REVB=-0.0445746;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522614;STB=0.812733;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0351915;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:3:5:1:8:3:5 chr16 90109711 . A G 418.02 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6945;QD=53.9382;RBI=0.102158;REFB=-0.163078;REVB=-0.0894564;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00625421;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:29:30:0.967742:20:9:0:0:21:9:0:1 chr16 90110027 . G A 595.22 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000802157;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.989;QD=56.6872;RBI=0.0329945;REFB=0.00203777;REVB=0.0329848;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99906e-05;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:1:1:20:20:1:1 chr16 90110279 . C T 39.29 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.114903;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.3;QD=9.82176;RBI=0.115401;REFB=0.00024709;REVB=0.0107141;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563565;OID=.;OPOS=90110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:5:5:3:3:5:5 chr16 90110284 . G A 83.58 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0149582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.595;QD=20.8941;RBI=0.0240653;REFB=-0.0241725;REVB=0.0188519;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0125408;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:4:2:5:5:4:2 chr16 90110289 . C A 173.94 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475183;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4228;QD=46.3849;RBI=0.100453;REFB=0;REVB=0.0885037;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231072;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:15:1:0:13:15:1:6:7:1:0:8:7:0:0 chr16 90110681 . T C 80.22 PASS AF=0.282051;AO=7;DP=35;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0129812;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.667;QD=8.22793;RBI=0.0152221;REFB=-0.0188498;REVB=-0.00795002;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892627;STB=0.598741;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0510934;OID=.;OPOS=90110681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:35:39:28:28:7:11:0.282051:3:4:18:10:3:8:17:11 chr16 90141355 . A C 465.12 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.161;QD=58.1396;RBI=0.0815555;REFB=0;REVB=-0.0815489;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000723474;OID=.;OPOS=90141355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:12:20:0:0 chr16 90160238 . C T 37.7 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0264158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.084;QD=9.42619;RBI=0.117211;REFB=-0.00662967;REVB=-0.114196;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572962;STB=0.864277;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00450635;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:1:5:2:7:1:5:2:8 chr16 90160246 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00236608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.643;QD=10.1733;RBI=0.120994;REFB=0.00358142;REVB=-0.120971;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41225;STB=0.749249;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00214778;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:2:7:2:4:2:7 chr16 90161065 . A T 190.72 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00723995;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.62;QD=11.3862;RBI=0.055475;REFB=-0.0284888;REVB=-0.0550005;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203532;STB=0.603686;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0422318;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:43:24:24:0.358209:15:9:23:18:15:9:23:20 chr16 90161231 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0480016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4367;QD=12.0504;RBI=0.0949374;REFB=-0.00437295;REVB=-0.0819083;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249493;STB=0.643813;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00138088;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:1:12:7:2:1:12 chr16 90161585 . C A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0336618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.35;QD=5.00529;RBI=0.0336895;REFB=-0.0210156;REVB=0.00136487;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217505;STB=0.64242;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0453784;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:15:7:3:3:15:7 chr16 90232832 . A C 453.5 PASS AF=0.361842;AO=54;DP=152;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=32;FWDB=-0.0314862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.798;QD=11.9341;RBI=0.0475517;REFB=-0.0292139;REVB=-0.035634;RO=95;SAF=39;SAR=15;SRF=64;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065155;STB=0.544122;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0433773;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:95:97:54:55:0.361842:15:39:64:31:15:40:65:32 chr16 90232893 . C A 327.2 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=122;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=0.146139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.849;QD=10.3872;RBI=0.180412;REFB=-0.029253;REVB=0.105791;RO=82;SAF=23;SAR=15;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511718;STB=0.541813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0612857;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:82:84:38:42:0.333333:15:23:53:29:17:25:55:29 chr17 6115 . G C 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.925;QD=58.032;RBI=0.0449526;REFB=0.00489535;REVB=0.0290923;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=8.96864e-05;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:30:40:0:0:30:40:0:1 chr17 6157 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.832;QD=61.6837;RBI=0.026513;REFB=0;REVB=0.0027881;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71507e-05;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr17 65506 . G A 357.31 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00415763;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.503;QD=18.3238;RBI=0.00878975;REFB=-0.0192528;REVB=-0.00774427;RO=39;SAF=25;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942035;STB=0.50544;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0210965;OID=.;OPOS=65506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:40:37:38:0.487179:12:25:26:13:12:26:27:13 chr17 171098 . T G 177.01 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00147259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.125;QD=14.4498;RBI=0.0505433;REFB=-0.0171901;REVB=-0.0505219;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629558;STB=0.536442;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0350574;OID=.;OPOS=171098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:16:14:10:9:16:14 chr17 171137 . C A 98.41 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00999797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.887;QD=7.7185;RBI=0.0107786;REFB=-0.0095433;REVB=-0.00402718;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274535;STB=0.510622;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0357979;OID=.;OPOS=171137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:33:38:13:13:0.254902:7:6:16:17:7:6:17:21 chr17 181474 . T C 528.06 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0432717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.656;QD=17.9004;RBI=0.049586;REFB=-0.00639501;REVB=-0.0242144;RO=62;SAF=21;SAR=35;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441843;STB=0.524545;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00811595;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:35:21:26:36:35:21:26:36 chr17 182990 . A C 83.34 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0939668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5386;QD=9.80422;RBI=0.136497;REFB=-0.0305947;REVB=-0.0990028;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149752;STB=0.574334;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.123347;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:5:6:9:13:5:6:10:13 chr17 292759 . C T 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.411;QD=52.6066;RBI=0.0424424;REFB=0;REVB=0.014156;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023141;OID=.;OPOS=292759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 505129 . A C 320.19 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=0.0392756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.198;QD=13.625;RBI=0.0394563;REFB=-0.0118968;REVB=-0.00377211;RO=56;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19175;STB=0.592057;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0197019;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:58:36:36:0.382979:21:15:14:42:21:15:16:42 chr17 526907 . G T 242.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.021715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.972;QD=22.597;RBI=0.0217635;REFB=-0.00999858;REVB=-0.00145289;RO=19;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105976;STB=0.577599;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00877364;OID=.;OPOS=526907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:17:6:7:12:17:6:8:12 chr17 648186 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.515;QD=59.4334;RBI=0.0335126;REFB=0;REVB=0.0245779;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481284;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr17 648498 . C T 374.07 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1698;QD=55.4174;RBI=0.0207764;REFB=0;REVB=0.00927463;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421353;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr17 649232 . C T 177.86 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.022553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.908;QD=14.8213;RBI=0.0454559;REFB=-0.00163636;REVB=-0.0394665;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10353;STB=0.588144;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00185102;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:29:19:19:0.395833:10:9:15:11:10:9:18:11 chr17 649547 . G C 288.43 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2925;QD=50.1617;RBI=0.281207;REFB=0;REVB=0.279436;RO=2;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0073445;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:2:0:21:23:1:5:16:0:2:7:16:0:0 chr17 649935 . G C 382.2 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00907329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.848;QD=52.7167;RBI=0.0220023;REFB=-0.015899;REVB=0.0200443;RO=1;SAF=20;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226895;STB=0.51162;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000246103;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:7:20:1:0:7:21:1:0 chr17 650206 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0517438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8191;QD=19.1795;RBI=0.0588171;REFB=-0.0481983;REVB=0.0279648;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513374;STB=0.529366;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0415772;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:7:4:4:9:7:4 chr17 685640 . G T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0467864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8446;QD=12.8603;RBI=0.129853;REFB=-0.0153128;REVB=0.121132;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0307534;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:5:3:3:4:5:3 chr17 704017 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4583;QD=53.9074;RBI=0.036244;REFB=0;REVB=0.00167137;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000883458;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr17 908502 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00564286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8262;QD=14.0973;RBI=0.0286717;REFB=0.0126461;REVB=0.0281109;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0160377;OID=.;OPOS=908502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:8:10:6:7:8:10 chr17 908529 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00231102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.607;QD=13.4419;RBI=0.0104312;REFB=-0.0377323;REVB=-0.010172;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154027;STB=0.509073;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0385847;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:8:5:4:6:8:5 chr17 925764 . A G 1205.03 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.801;QD=61.0144;RBI=0.0386292;REFB=0;REVB=-0.0296692;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104237;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:45:33:0:0:45:34:0:0 chr17 970413 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.82;QD=42.1825;RBI=0.08456;REFB=0;REVB=0.0836811;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435291;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 1183464 . A G 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0313124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.688;QD=10.1071;RBI=0.0490826;REFB=-0.00958002;REVB=-0.0377973;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120099;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204987;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:42:21:21:0.333333:12:9:18:23:12:9:18:24 chr17 1209700 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.016499;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=189.555;QD=14.0438;RBI=0.016499;REFB=-0.014279;REVB=0;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114308;OID=.;OPOS=1209700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:0:5:4:0:0:5:4:0 chr17 1359363 . T G 222.03 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0223962;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.716;QD=15.8589;RBI=0.0223971;REFB=-0.00677378;REVB=0.000195926;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16507;STB=0.578882;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.010319;OID=.;OPOS=1359363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:29:31:25:25:0.446429:17:8:14:15:17:8:14:17 chr17 1371123 . T C 88.05 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00354902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7097;QD=14.0885;RBI=0.00945351;REFB=-0.0069371;REVB=-0.00876204;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500944;STB=0.77195;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0230019;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:8:3:11:2:8:3:11:3 chr17 1373518 . T C 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0108997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6024;QD=15.1704;RBI=0.0209601;REFB=-0.0292904;REVB=-0.0179031;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408023;STB=0.501728;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0283744;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:5:12:17:6:5:12:17:7 chr17 1373612 . C T 53.03 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0499891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3232;QD=21.2139;RBI=0.0616023;REFB=-0.0291801;REVB=0.0359991;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175667;STB=0.599755;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00568425;OID=.;OPOS=1373612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:3:0:1:6:3:0 chr17 1384066 . A G 667.19 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518337;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.215;QD=62.0644;RBI=0.0221865;REFB=0;REVB=-0.0215725;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013684;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:40:43:1:22:18:0:0:22:21:0:0 chr17 1384070 . C A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0100349;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.846;QD=18.9666;RBI=0.0121559;REFB=-0.00120832;REVB=-0.00686048;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769398;STB=0.531886;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00127141;OID=.;OPOS=1384070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:11:11:10:14:11:11:11:14 chr17 1399375 . C T 92.48 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00358104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.599;QD=9.24812;RBI=0.0208269;REFB=-0.00950943;REVB=-0.0205167;RO=28;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401745;STB=0.749531;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0221391;OID=.;OPOS=1399375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:2:10:15:13:2:10:15:13 chr17 1424948 . A G 822.16 PASS AF=0.897059;AO=62;DP=69;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00460742;FXX=0.0144907;HRUN=7;LEN=1;MLLD=243.965;QD=48.3625;RBI=0.0107707;REFB=0.00733179;REVB=0.00973554;RO=6;SAF=27;SAR=35;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108763;STB=0.500246;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371516;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:69:68:6:7:62:61:0.897059:35:27:3:3:35:26:3:4 chr17 1489088 . C G 381.19 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381601;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.107;QD=56.472;RBI=0.0514095;REFB=0;REVB=-0.0344491;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7643e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 1516480 . T C 865.13 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.151;QD=56.7299;RBI=0.0758296;REFB=0;REVB=0.0178776;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569097;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:58:61:1:24:34:0:0:26:35:0:0 chr17 1538546 . C T 1322.36 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.024059;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.667;QD=58.7715;RBI=0.0475438;REFB=-0.0808753;REVB=0.041007;RO=2;SAF=32;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588164;STB=0.510647;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00284682;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:90:2:3:86:87:0.966667:54:32:1:1:55:32:2:1 chr17 1538628 . C G 1212.2 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300084;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.432;QD=61.3771;RBI=0.0301498;REFB=0;REVB=-0.00291656;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17618e-05;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr17 1542153 . G A 620.87 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0318422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7785;QD=55.1881;RBI=0.0363122;REFB=-0.0638066;REVB=0.0174542;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360825;STB=0.528289;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0128562;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:2:3:42:42:0.933333:25:17:0:2:25:17:0:3 chr17 1542190 . G A 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.293;QD=60.9731;RBI=0.0191447;REFB=0;REVB=0.0121465;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170884;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr17 1630208 . C T 735.88 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012152;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.869;QD=61.3231;RBI=0.0456902;REFB=-0.0763302;REVB=0.0440446;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000811834;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:0:1:27:20:0:1 chr17 1630395 . T C 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6794;QD=62.9727;RBI=0.0552768;REFB=0;REVB=0.0501856;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011472;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr17 1630584 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.995;QD=47.8222;RBI=0.0477549;REFB=0;REVB=0.0451761;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042318;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 1636116 . T C 33.05 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.045277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.737;QD=3.07397;RBI=0.0564911;REFB=-0.00519715;REVB=-0.0337821;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2643;STB=0.715734;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0198631;OID=.;OPOS=1636116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:34:37:6:6:0.139535:4:2:19:15:4:2:22:15 chr17 1636934 . A G 1135.23 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.287;QD=60.5456;RBI=0.0535808;REFB=0;REVB=0.0101219;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38905e-05;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:48:26:0:0:49:26:0:0 chr17 1637074 . A G 756.2 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330733;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6872;QD=63.0167;RBI=0.068917;REFB=0;REVB=-0.0604625;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170841;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr17 1637302 . A G 740.91 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0134768;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2443;QD=54.8822;RBI=0.0195487;REFB=0.00423765;REVB=-0.0141608;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000225979;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:0:1:33:20:0:1 chr17 1639458 . A G 865.92 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6281;QD=57.7282;RBI=0.0565329;REFB=0;REVB=-0.0172085;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302379;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr17 1673276 . C T 249.11 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00319884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8853;QD=14.2348;RBI=0.0478476;REFB=-0.0391452;REVB=0.0477406;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175946;STB=0.599931;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0766365;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:17:12:24:17:17:12:24:17 chr17 1674429 . T C 195.76 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000733157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8644;QD=17.7965;RBI=0.0024483;REFB=-0.0194629;REVB=0.00233595;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853815;STB=0.509425;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0110416;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:8:12:14:9:8:12:14:10 chr17 1680002 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000903313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7133;QD=58.5815;RBI=0.0347136;REFB=0;REVB=0.0347018;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470831;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr17 1686410 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.668;QD=60.9773;RBI=0.0545412;REFB=0;REVB=0.014821;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144729;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr17 1690752 . G A 236.11 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0502919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1414;QD=15.7403;RBI=0.079403;REFB=-0.00437255;REVB=0.0614457;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248119;STB=0.652068;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00609963;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:27:27:0.45:15:12:22:9:15:12:24:9 chr17 1704296 . C A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0404284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2831;QD=8.40195;RBI=0.0530521;REFB=0.0129324;REVB=-0.0343522;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407405;STB=0.753263;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0341816;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:12:9:7:2:12:9 chr17 1731268 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00714238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.732;QD=15.626;RBI=0.00755963;REFB=-0.0152477;REVB=0.00247678;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104704;STB=0.559933;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0239385;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:6:17:11:6:6:17 chr17 1733399 . A G 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0965314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4407;QD=13.9516;RBI=0.125911;REFB=-0.0152639;REVB=-0.0808415;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252798;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00038141;OID=.;OPOS=1733399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:4:3:5:2:4:3 chr17 1782957 . C T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00285437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.305;QD=12.5626;RBI=0.0267778;REFB=-0.00748415;REVB=-0.0266252;RO=31;SAF=18;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202489;STB=0.616321;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0127183;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:35:22:22:0.385965:4:18:21:10:4:18:24:11 chr17 1801144 . C T 1231.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00812388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.851;QD=60.0686;RBI=0.0139019;REFB=-0.0615113;REVB=0.0112812;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=9.35309e-05;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:42:39:0:1:42:39:0:1 chr17 1839674 . G C 241.93 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0256025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.43;QD=14.8881;RBI=0.0370731;REFB=0.00373884;REVB=-0.0268129;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223542;STB=0.51267;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00612127;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:19:18:13:15:19:18 chr17 1840357 . G A 143.26 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0316106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.795;QD=14.6938;RBI=0.0316857;REFB=-0.00285511;REVB=-0.0021808;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312269;STB=0.683952;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0219641;OID=.;OPOS=1840357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:13:3:10:13:13:3:10:13 chr17 1840468 . C T 480.2 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00465388;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.984;QD=18.2931;RBI=0.0103846;REFB=-0.00505215;REVB=0.00928335;RO=53;SAF=24;SAR=27;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139209;STB=0.571878;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0111011;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:54:51:51:0.485714:27:24:33:20:27:24:33:21 chr17 1936810 . CG C 37.51 PASS AF=0.238095;AO=9;DP=44;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0599106;FXX=0.0454442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5186;QD=3.57231;RBI=0.17906;REFB=-0.0281849;REVB=0.16874;RO=29;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0.385417;SSSB=0.495017;STB=0.841488;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.120224;OID=.;OPOS=1936811;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:9:44:10:42:32:8:2:10:22:37:29:7:2:10:19 chr17 1943888 . T C 539.17 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.491;QD=59.9079;RBI=0.0397766;REFB=0;REVB=0.0386032;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110347;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:27:8:0:0:28:8:0:0 chr17 1962394 . C T 251.62 PASS AF=0.648649;AO=22;DP=34;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0263415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.3969;QD=27.2023;RBI=0.0325887;REFB=-0.0306231;REVB=0.0191873;RO=12;SAF=16;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474926;STB=0.526293;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0195942;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:12:13:22:24:0.648649:6:16:8:4:6:18:9:4 chr17 1962682 . CA C 646.44 PASS AF=0.504673;AO=95;DP=214;FAO=108;FDP=214;FR=.;FRO=106;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.0649949;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2824;QD=12.083;RBI=0.0734102;REFB=0.0392622;REVB=-0.0341279;RO=102;SAF=51;SAR=44;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207912;STB=0.518794;STBP=0.608;TYPE=del;VARB=-0.0370972;OID=.;OPOS=1962683;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504673:95:214:108:214:106:55:53:58:48:99:102:51:44:57:45 chr17 2091765 . C T 422.99 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0264812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.827;QD=18.3908;RBI=0.0304034;REFB=-0.010668;REVB=-0.014937;RO=48;SAF=23;SAR=20;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662811;STB=0.541626;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00970591;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:20:23:29:19:20:23:30:19 chr17 2186100 . C T 391.08 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00875219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.255;QD=27.4445;RBI=0.00935403;REFB=-0.0268656;REVB=-0.00330108;RO=20;SAF=11;SAR=26;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370342;STB=0.520174;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0199887;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:26:11:5:15:26:11:5:15 chr17 2202943 . T C 232.17 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0101724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.553;QD=23.812;RBI=0.0110394;REFB=0.00361531;REVB=-0.00428833;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338162;STB=0.518851;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00248971;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:10:7:10:12:10:7 chr17 2203167 . T G 322.41 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0698198;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9507;QD=27.4395;RBI=0.0823959;REFB=-0.0116623;REVB=-0.0437525;RO=19;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018837;STB=0.510393;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00650416;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:19:19:28:28:0.595745:17:11:7:12:17:11:7:12 chr17 2203348 . T C 61.21 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.964;QD=34.9769;RBI=0.0778123;REFB=0;REVB=0.0770005;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00784179;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr17 2203453 . A G 223.95 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0378812;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.007;QD=33.1783;RBI=0.0427288;REFB=-0.0369972;REVB=-0.0197676;RO=6;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433519;STB=0.507685;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00449825;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:27:6:7:20:20:0.740741:12:8:3:3:12:8:3:4 chr17 2236404 . T C 124.84 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0430269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8814;QD=17.8335;RBI=0.0432112;REFB=0.00105899;REVB=0.00398626;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460672;STB=0.768787;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00347928;OID=.;OPOS=2236404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:12:2:8:6:12:2:8:6 chr17 2297571 . G A,GCA 261.96 PASS AF=0.102041,0.469388;AO=8,14;DP=52;FAO=5,23;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=0,4;FSAR=5,19;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0619616,-0.0363933;FXX=0.0925755;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=64.2773,59.9968;QD=21.3845;RBI=0.0660585,0.0972747;REFB=-0.0643949,-0.0678336;REVB=0.0229016,0.0902103;RO=25;SAF=1,2;SAR=7,12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.622324,-0.591318;STB=0.998309,0.782815;STBP=0.002,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0.0925961,0.158733;OID=.,.;OPOS=2297571,2297572;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:49:25:21:8,14:5,23:0.102041,0.469388:7,12:1,2:17:8:5,19:0,4:15:6 chr17 2318550 . G C 142.43 PASS AF=0.339286;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0241236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5408;QD=10.1738;RBI=0.0354246;REFB=-0.00712002;REVB=-0.0259414;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110656;STB=0.562433;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00521313;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:35:37:18:19:0.339286:7:11:18:17:7:12:20:17 chr17 2559056 . C T 84.28 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0310289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.856;QD=10.5344;RBI=0.0310673;REFB=-0.00529317;REVB=-0.00154466;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178214;STB=0.606553;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0139931;OID=.;OPOS=2559056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:8:13:5:6:8:13 chr17 2585113 . C T 342.35 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=-0.00401059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.093;QD=16.1105;RBI=0.0114886;REFB=-0.0221095;REVB=-0.0107658;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263013;STB=0.646496;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0251991;OID=.;OPOS=2585113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:19:18:11:37:19:18:11:37 chr17 2588722 . TAA T 78.64 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00358235;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=197.151;QD=11.6501;RBI=0.00794696;REFB=-0.0115043;REVB=0.00709373;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297828;STB=0.509538;STBP=0.92;TYPE=del;VARB=0.0168018;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:12:27:12:27:15:5:7:6:9:78:13:5:7:5:8 chr17 2595964 . G A 296.33 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.938;QD=49.3879;RBI=0.0702688;REFB=-0.0970751;REVB=0.0671129;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00251634;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:1:0 chr17 2598251 . CCG CCC,CC,C 72.43 PASS AF=0,0.177778,0.177778;AO=3,7,5;DP=47;FAO=0,8,8;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=0,2,1;FSAR=0,6,7;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0546054,-0.042975,-0.104186;FXX=0.0217344;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=14.9008,10.7767,18.7648;QD=6.43853;RBI=0.0657191,0.0940398,0.114912;REFB=-0.0415717,-0.0763067,-0.0373691;REVB=-0.0365685,-0.0836459,-0.0484774;RO=26;SAF=0,2,1;SAR=3,5,4;SRF=6;SRR=20;SSEN=0,0.352941,0;SSEP=0,0.371429,0;SSSB=-0.474336,0.0849783,-0.0528158;STB=0.5,0.588039,0.575135;STBP=1,0.656,0.723;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0582639,0.0870885;OID=.,.,.;OPOS=2598253,2598253,2598252;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.177778,0.177778:3,7,5:47:0,8,8:45:29:0,2,1:0,6,7:5:24:35:26:0,2,1:3,5,4:6:20 chr17 2600186 . G A 441.62 PASS AF=0.356164;AO=52;DP=146;FAO=52;FDP=146;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=0.0338909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9878;QD=12.0992;RBI=0.0454872;REFB=-0.01459;REVB=0.0303396;RO=94;SAF=13;SAR=39;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164909;STB=0.595002;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.024788;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:94:94:52:52:0.356164:39:13:35:59:39:13:35:59 chr17 2868935 . T C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00773105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.661;QD=51.5087;RBI=0.0173149;REFB=-0.0930879;REVB=0.0154931;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00293489;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr17 2883588 . C A 707.89 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1834;QD=55.5206;RBI=0.00925359;REFB=0;REVB=-0.00899804;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94042e-05;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:1:0:49:51:1:30:19:1:0:30:21:0:0 chr17 2929392 . G A,C 532.35 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=33,2;DP=36;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150653,-0.0233722;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=130.343,15.3569;QD=57.5512;RBI=0.00605929,0.0779104;REFB=0,0;REVB=-0.00586902,-0.074322;RO=0;SAF=17,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000286784,0.157333;OID=.,.;OPOS=2929392,2929392;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:36:37:0:0:33,2:35,2:0.945946,0.0540541:16,2:17,0:0:0:18,2:17,0:0:0 chr17 2929674 . T C 820.07 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373482;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.549;QD=57.5486;RBI=0.0478832;REFB=0;REVB=-0.0299653;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183804;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:14:43:0:0:14:43:0:0 chr17 2930339 . G A 502.11 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.094001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.551;QD=59.072;RBI=0.0967011;REFB=0;REVB=-0.0226914;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301146;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:22:12:0:0 chr17 2940759 . A G 827.35 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.327;QD=57.0583;RBI=0.0294849;REFB=0;REVB=0.000963144;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77337e-05;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:30:27:0:0:31:27:0:0 chr17 2966032 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7465;QD=35.5757;RBI=0.103507;REFB=0;REVB=0.0825653;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189628;OID=.;OPOS=2966032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr17 3030822 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0462013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4927;QD=15.6512;RBI=0.0505371;REFB=0.0216578;REVB=-0.0204801;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150381;STB=0.585676;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0194294;OID=.;OPOS=3030822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:4:17:11:5:4:17 chr17 3100827 . T C 489.35 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.705;QD=55.9257;RBI=0.0118622;REFB=-0.138652;REVB=0.00397943;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000650698;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:18:15:0:1:19:15:0:1 chr17 3101076 . G C 743.12 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0118754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.642;QD=59.4499;RBI=0.0191413;REFB=-0.136627;REVB=0.0150121;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5238;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000706743;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:20:28:0:0:20:28:0:2 chr17 3101578 . G T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.237;QD=58.7817;RBI=0.031374;REFB=0;REVB=-0.023248;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35772e-06;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr17 3101691 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.824;QD=40.763;RBI=0.0372523;REFB=0;REVB=-0.0123821;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255693;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr17 3119008 . T C 151.97 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0131442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7879;QD=10.6646;RBI=0.0193686;REFB=0.00276074;REVB=0.0142258;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110365;STB=0.538567;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00466904;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:19:20:0.350877:6:13:22:15:7:13:22:15 chr17 3181384 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00907172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.515;QD=12.4668;RBI=0.0228315;REFB=-0.00578618;REVB=-0.0209519;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613024;STB=0.535474;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00887976;OID=.;OPOS=3181384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:11:9:13:20:11:9:13:20 chr17 3195503 . C T 867.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.813;QD=57.8079;RBI=0.0190228;REFB=0;REVB=0.0171562;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78782e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr17 3214181 . T G 100.68 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0105942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.018;QD=16.1084;RBI=0.0139836;REFB=-0.0373651;REVB=-0.00912709;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0403825;OID=.;OPOS=3214181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:6:7:7:5:6:7 chr17 3300934 . A T 279.28 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0187228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.452;QD=19.9485;RBI=0.0308251;REFB=-0.030966;REVB=0.0244876;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113636;STB=0.502391;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0333212;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:16:13:12:14:16:14:12:14 chr17 3301549 . G A 175.09 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0368614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.697;QD=21.8866;RBI=0.0374345;REFB=-0.046809;REVB=0.00652522;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109116;STB=0.560911;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0385467;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:3:11:12:6:3:11 chr17 3324810 . A G 150.26 PASS AF=0.5;AO=11;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0649971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6582;QD=18.7825;RBI=0.118785;REFB=-0.0281901;REVB=-0.0994249;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21426;STB=0.681601;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0238771;OID=.;OPOS=3324810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:11:16:0.5:6:5:4:12:6:10:4:12 chr17 3337057 . A G 853.05 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154555;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6045;QD=57.8336;RBI=0.0155166;REFB=0;REVB=0.00137523;RO=0;SAF=48;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12918e-05;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:11:48:0:0:11:48:0:0 chr17 3343519 . T C 423.34 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0233776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3455;QD=21.1669;RBI=0.0398324;REFB=-0.000819308;REVB=-0.0322508;RO=38;SAF=24;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151315;STB=0.58359;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00070862;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:18:24:15:23:18:24:15:23 chr17 3352294 . A G 155.17 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=6.14002e-05;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.331;QD=10.7014;RBI=0.00738542;REFB=-0.014221;REVB=-0.00738517;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659222;STB=0.551128;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0197647;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:38:20:20:0.344828:14:6:12:22:14:6:14:24 chr17 3352331 . C T 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0197378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.351;QD=13.0608;RBI=0.020107;REFB=-0.00390138;REVB=0.00383523;RO=39;SAF=5;SAR=21;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135484;STB=0.592945;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00526596;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:21:5:11:28:21:5:12:28 chr17 3416555 . C A 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0470531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.892;QD=21.7439;RBI=0.0470906;REFB=0.0155066;REVB=0.00187929;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110883;STB=0.562433;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00724426;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:8:8:12:7:8:8 chr17 3422032 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.284;QD=59.3229;RBI=0.0136738;REFB=0;REVB=0.00847166;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57638e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr17 3422077 . G A 710.43 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9276;QD=54.6481;RBI=0.0298749;REFB=-0.161484;REVB=0.0157766;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00318855;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr17 3445901 . T G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.326;QD=60.6091;RBI=0.0436506;REFB=0;REVB=0.0136992;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313227;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 3447914 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7067;QD=39.2026;RBI=0.0669643;REFB=0;REVB=-0.0273332;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00482576;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 3458072 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.791;QD=57.2024;RBI=0.0327439;REFB=0;REVB=-0.000564477;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131056;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 3475490 . C T 251.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0431579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.378;QD=16.7944;RBI=0.0454087;REFB=-0.0214054;REVB=-0.014119;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307161;STB=0.516655;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0178673;OID=.;OPOS=3475490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:14:14:14:16:14:14:15:17 chr17 3476990 . G A 132.94 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00801764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.961;QD=18.3364;RBI=0.0343025;REFB=-0.0170759;REVB=0.0333523;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514267;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0154189;OID=.;OPOS=3476990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:6:8:8:6:6:9:8:6 chr17 3480910 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0484333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.579;QD=7.762;RBI=0.0508598;REFB=-0.00979014;REVB=-0.0155222;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0232863;OID=.;OPOS=3480910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:7:6:3:3:7:6 chr17 3486702 . G A 441.32 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.737;QD=56.9449;RBI=0.0336328;REFB=0;REVB=0.0329568;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68621e-05;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:26:31:1:10:16:0:0:14:17:0:0 chr17 3514028 . G C 175.57 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0714;QD=46.8188;RBI=0.0352019;REFB=0;REVB=-0.012343;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000954126;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr17 3524660 . C T 224.57 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0416837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.142;QD=18.3319;RBI=0.0632395;REFB=-0.0122114;REVB=-0.0475574;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209328;STB=0.618272;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.017937;OID=.;OPOS=3524660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:21:23:0.469388:8:13:10:15:9:14:10:16 chr17 3553526 . A G 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4841;QD=59.0052;RBI=0.0424301;REFB=0;REVB=-0.0216233;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109047;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr17 3559823 . G A 299.45 PASS AF=0.5;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00928509;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9542;QD=18.7154;RBI=0.0110428;REFB=-0.0223436;REVB=0.00597745;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288251;STB=0.61422;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.02393;OID=.;OPOS=3559823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:64:27:32:32:32:0.5:14:18:24:3:14:18:25:7 chr17 3561396 . C T 954.27 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0113957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.334;QD=54.5298;RBI=0.0259237;REFB=-0.110813;REVB=0.0232846;RO=3;SAF=25;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252;STB=0.51335;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=6.66281e-05;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:42:25:2:1:42:25:2:1 chr17 3563963 . C G 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.000185277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.503;QD=22.9067;RBI=0.0129363;REFB=-0.0481384;REVB=-0.0129349;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00818939;STB=0.504583;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0289089;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:12:5:6:15:12:5 chr17 3564068 . G A 59.23 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0591895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.676;QD=15.7934;RBI=0.0610889;REFB=-0.0723053;REVB=0.0151148;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.571264;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0446481;OID=.;OPOS=3564068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:6:1:2:6:6:1 chr17 3564073 . A G 32.29 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.038745;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3652;QD=10.7635;RBI=0.0395868;REFB=-0.021565;REVB=-0.00812042;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0349794;OID=.;OPOS=3564073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:13:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:6:1:2:3:6:1 chr17 3564084 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00077312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.347;QD=10.0331;RBI=0.00271402;REFB=-0.0521019;REVB=-0.00260157;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0511853;OID=.;OPOS=3564084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:6:1:2:3:6:1 chr17 3564378 . C T 341.97 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00103335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.109;QD=30.3969;RBI=0.0116074;REFB=-0.0484475;REVB=0.0115613;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172618;STB=0.594449;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0224562;OID=.;OPOS=3564378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:15:14:12:4:15:14:12:4 chr17 3564400 . TT AG,TG 646.37 PASS AF=0.302326,0.697674;AO=13,29;DP=44;FAO=13,30;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8,17;FSAR=5,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216715,-0.0373743;FXX=0.0227221;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=71.3683,73.9768;QD=60.1274;RBI=0.0187348,0.0383527;REFB=0,0;REVB=0.018609,0.00860753;RO=0;SAF=8,16;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.017699,0.0233357;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:44:43:0:0:13,29:13,30:0.302326,0.697674:5,13:8,16:0:0:5,13:8,17:0:0 chr17 3568012 . A G 724.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.17;QD=62.9881;RBI=0.0309651;REFB=0;REVB=0.0117911;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19146e-05;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:33:12:0:0:33:13:0:0 chr17 3594276 . TG T 542.63 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144394;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.7675;QD=43.4107;RBI=0.176718;REFB=0;REVB=-0.176127;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00360762;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:51:50:50:0:14:36:0:0:10:0:14:30:0:0 chr17 3775847 . CT C,CC 967.85 PASS AF=0.0151515,0.984848;AO=9,57;DP=66;FAO=1,65;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1,38;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036256,0.0388703;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=278.89,299.605;QD=58.6574;RBI=0.0634253,0.072327;REFB=0,0;REVB=0.052041,0.0609943;RO=0;SAF=6,33;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.25003e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0172535,0.000285021;OID=.,.;OPOS=3775848,3775848;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0151515,0.984848:9,57:66:1,65:66:0:1,38:0,27:0:0:3:0:6,33:3,24:0:0 chr17 3775916 . T C 897.15 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257178;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2316;QD=56.9619;RBI=0.0262699;REFB=0;REVB=0.00535725;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255106;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:60:63:1:26:34:0:0:29:34:0:0 chr17 3818788 . G A 517.82 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0659635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.942;QD=54.5078;RBI=0.066534;REFB=-0.135131;REVB=0.00869456;RO=2;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114665;STB=0.506132;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00141206;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:22:14:1:1:22:14:1:1 chr17 3818830 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7059;QD=57.2;RBI=0.0486164;REFB=0;REVB=-0.0378332;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108165;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr17 3819002 . T C 599.94 PASS AF=1;AO=30;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117276;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.591;QD=61.5321;RBI=0.0403949;REFB=0;REVB=0.0386551;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364885;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:30:39:1:9:21:0:0:16:23:0:0 chr17 3828086 . C G 339.96 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0356771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3847;QD=15.6304;RBI=0.0357254;REFB=-0.0268922;REVB=0.00185773;RO=50;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338394;STB=0.519074;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.035881;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:21:16:20:30:21:16:20:30 chr17 4058041 . C T 107.71 PASS AF=0.272727;AO=13;DP=53;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0250052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4417;QD=7.83311;RBI=0.0407496;REFB=-0.041277;REVB=0.0321756;RO=40;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237111;STB=0.642508;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0743836;OID=.;OPOS=4058041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:40:40:13:15:0.272727:7:6:11:29:8:7:11:29 chr17 4069735 . C A 186.77 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0227984;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.937;QD=10.5223;RBI=0.0228455;REFB=-0.00263151;REVB=0.00146615;RO=47;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621981;STB=0.536236;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00682313;OID=.;OPOS=4069735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:47:24:24:0.338028:13:11:19:28:13:11:19:28 chr17 4088291 . C T 386.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0122813;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9321;QD=53.3153;RBI=0.04251;REFB=-0.00886188;REVB=0.0406973;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000516242;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:1:0:14:14:1:0 chr17 4174572 . T C 39.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0205924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2594;QD=13.1986;RBI=0.0376294;REFB=-0.0360031;REVB=-0.0314949;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0647983;OID=.;OPOS=4174572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:2:4:3:3:2:4 chr17 4350182 . T C 132.14 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0330154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.86;QD=24.0255;RBI=0.0335269;REFB=-0.0164764;REVB=-0.00583454;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466193;STB=0.516106;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00951525;OID=.;OPOS=4350182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:13:14:0.636364:4:9:6:2:4:10:6:2 chr17 4352539 . C T 238.9 PASS AF=0.394737;AO=28;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00245074;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.893;QD=12.5738;RBI=0.0100814;REFB=-0.024358;REVB=0.00977893;RO=45;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891714;STB=0.520197;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0364659;OID=.;OPOS=4352539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:46:28:30:0.394737:16:12:23:22:16:14:23:23 chr17 4446457 . G A 610.63 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.030783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.25;QD=56.8031;RBI=0.046609;REFB=-0.179325;REVB=0.0349972;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426083;STB=0.522716;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00138688;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:20:21:2:0:20:21:2:0 chr17 4451453 . C T 482.42 PASS AF=0.554217;AO=45;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0833062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.833;QD=23.2491;RBI=0.0851766;REFB=-0.0487532;REVB=0.017752;RO=37;SAF=19;SAR=26;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119574;STB=0.559261;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.033827;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:45:46:0.554217:26:19:21:16:26:20:21:16 chr17 4455500 . T C 708.1 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713319;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.318;QD=55.5368;RBI=0.0726993;REFB=0;REVB=0.0140338;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288871;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:1:0:50:51:1:30:20:1:0:30:21:0:0 chr17 4458598 . G C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0304992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.156;QD=12.4821;RBI=0.0378464;REFB=-0.0197846;REVB=0.0224087;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0226192;OID=.;OPOS=4458598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:7:12:7:5:7:12 chr17 4461748 . G A 167.55 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00789398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.152;QD=41.8867;RBI=0.0182538;REFB=-0.128296;REVB=0.0164586;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434393;STB=0.523778;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00208837;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:0:1:10:5:0:1 chr17 4463023 . G A 312.23 PASS AF=0.336134;AO=40;DP=118;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00601217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.325;QD=10.4951;RBI=0.0217343;REFB=-0.0188438;REVB=0.0208862;RO=78;SAF=21;SAR=19;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139703;STB=0.503998;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.03154;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:78:79:40:40:0.336134:19:21:40:38:19:21:41:38 chr17 4463699 . G A 221.22 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=0.00956941;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.576;QD=10.0556;RBI=0.0181976;REFB=-7.03944e-05;REVB=0.0154783;RO=57;SAF=15;SAR=13;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196819;STB=0.626163;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000114989;OID=.;OPOS=4463699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:57:60:28:28:0.318182:13:15:40:17:13:15:43:17 chr17 4463796 . G A 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0163228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.647;QD=20.5997;RBI=0.0163315;REFB=-0.0149064;REVB=0.000535898;RO=19;SAF=1;SAR=19;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403068;STB=0.736113;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0167004;OID=.;OPOS=4463796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:19:1:4:15:19:1:4:15 chr17 4495682 . G A 232.44 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00897557;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2988;QD=23.2439;RBI=0.0103856;REFB=-0.000906043;REVB=-0.00522502;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157175;STB=0.588152;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000228899;OID=.;OPOS=4495682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:7:15:9:9:7:15:9:9 chr17 4497160 . T C 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00534219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.322;QD=12.0229;RBI=0.00688509;REFB=-0.000248184;REVB=0.00434344;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23251;STB=0.638063;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000401775;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:11:9:8:4:11:9 chr17 4498611 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0222794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.21;QD=14.7982;RBI=0.0348004;REFB=-0.00997507;REVB=0.0267338;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00923202;OID=.;OPOS=4498611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:5:8:6:5:5:8 chr17 4545581 . C T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.486;QD=56.1834;RBI=0.137199;REFB=0;REVB=0.024477;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066408;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr17 4575283 . A G 465.44 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.203;QD=58.1794;RBI=0.0211178;REFB=0;REVB=-0.0160821;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81091e-06;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr17 4575322 . GGGAGGCAGAGCT G,GGGAGGCAGGGTT 70.79 PASS AF=0.32,0.08;AO=5,2;DP=25;FAO=8,2;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=3,2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00637712,-0.0261112;FXX=0.0384468;HRUN=5,1;LEN=12,3;MLLD=298.285,258.309;QD=11.3268;RBI=0.0173914,0.0340894;REFB=-0.00587761,-0.0174711;REVB=-0.0161801,-0.0219156;RO=14;SAF=3,0;SAR=2,2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0.333333,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112308,-0.547468;STB=0.604132,0.994165;STBP=0.521,0.184;TYPE=del,mnp;VARB=0.00974074,0.0347325;OID=.,.;OPOS=4575323,4575331;OREF=GGAGGCAGAGCT,AGC;OALT=-,GGT;OMAPALT=G,GGGAGGCAGGGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.08:5,2:25:8,2:25:15:5,0:3,2:7:8:56:14:3,0:2,2:7:7 chr17 4620497 . C T 543.01 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0839362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.969;QD=57.1593;RBI=0.085089;REFB=-0.0167986;REVB=-0.0139589;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00378808;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:1:0:14:23:1:0 chr17 4622638 . C T 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000851049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.244;QD=60.227;RBI=0.0152716;REFB=0;REVB=0.0152479;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67216e-05;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr17 4649378 . T C 524.56 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122937;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1727;QD=59.9491;RBI=0.0173306;REFB=0;REVB=-0.0122154;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693078;OID=.;OPOS=4649378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr17 4693054 . G A 600.44 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00544331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.403;QD=42.8884;RBI=0.0313667;REFB=-0.0423118;REVB=0.0308907;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509046;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0127658;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:0:8:48:48:0.857143:21:27:0:0:21:27:4:4 chr17 4693170 . T C 401.37 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.548;QD=55.3606;RBI=0.0354748;REFB=0;REVB=0.0116453;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147682;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:16:13:0:0 chr17 4700993 . C G 141.87 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0072715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1569;QD=13.8413;RBI=0.0072728;REFB=0.0115296;REVB=0.000137866;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865243;STB=0.550395;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0210131;OID=.;OPOS=4700993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:12:13:7:9:12:13 chr17 4701019 . C T 178.77 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0170376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.386;QD=15.2148;RBI=0.0202791;REFB=-0.0190553;REVB=-0.0109984;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973477;STB=0.505612;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0321111;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:13:15:10:9:13:15 chr17 4712395 . A T 59.69 PASS AF=0.318182;AO=5;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0207751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.002;QD=10.8532;RBI=0.0361621;REFB=-0.0168524;REVB=-0.0295989;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31445;STB=0.666222;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0356196;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:22:22:13:13:5:7:0.318182:3:2:9:4:4:3:9:4 chr17 4712617 . C T 96.08 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.028906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.258;QD=14.2334;RBI=0.0297735;REFB=-0.00582945;REVB=-0.00713487;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224736;STB=0.628946;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0118488;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:3:12:7:5:3:12 chr17 4718776 . G A 199.69 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0113118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2135;QD=15.0711;RBI=0.0737803;REFB=-0.0186781;REVB=0.072908;RO=30;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299138;STB=0.625932;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0482025;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:30:30:21:23:0.433962:6:15:13:17:8:15:13:17 chr17 4721376 . A G 127.42 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0378001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.204;QD=14.5617;RBI=0.0379936;REFB=-0.00640696;REVB=-0.00383031;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158812;STB=0.571331;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00898964;OID=.;OPOS=4721376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:13:15:0.428571:9:4:9:11:10:5:9:11 chr17 4722876 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0409734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.588;QD=12.0157;RBI=0.0409812;REFB=-0.0292544;REVB=-0.000801172;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0436958;OID=.;OPOS=4722876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr17 4794848 . T TC 128.47 PASS AF=0.455696;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=40;FWDB=0.0533549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.7458;QD=6.50477;RBI=0.0650083;REFB=-0.129367;REVB=0.0371394;RO=43;SAF=0;SAR=34;SRF=3;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.804174;STB=0.651055;STBP=0.292;TYPE=ins;VARB=0.142427;OID=.;OPOS=4794849;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455696:34:79:36:79:43:1:35:3:40:99:43:0:34:3:40 chr17 4796274 . T C 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.212;QD=60.0295;RBI=0.0202865;REFB=0;REVB=-0.0201534;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2915e-05;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr17 4796286 . C T 1018.15 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0310709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.073;QD=54.3011;RBI=0.0456975;REFB=-0.0974905;REVB=0.0335091;RO=4;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204534;STB=0.510829;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00163277;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:75:75:4:4:71:71:0.946667:39:32:1:3:39:32:1:3 chr17 4797305 . G A 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0672272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5435;QD=22.3401;RBI=0.0752364;REFB=0.00253213;REVB=0.0337792;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455938;STB=0.507034;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00250777;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:10:8:5:8:10:8:6:8 chr17 4801101 . A C 74.87 PASS AF=0.4;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0332825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.2061;QD=11.9789;RBI=0.0741299;REFB=-0.0485207;REVB=-0.0662384;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132829;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.062989;OID=.;OPOS=4801101;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:24:25:11:14:8:10:0.4:6:2:4:7:6:4:5:9 chr17 4801163 . C A 66.67 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.205;QD=12.1227;RBI=0.00117163;REFB=0.00489517;REVB=-0.00117163;RO=11;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00450271;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:11:13:9:9:0.409091:9:0:0:11:9:0:0:13 chr17 4801286 . C T 110.67 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=285.373;QD=15.2644;RBI=0.00402788;REFB=-0.00105771;REVB=-0.00402788;RO=15;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014435;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:13:0:0:15:13:0:0:16 chr17 4862630 . T A,TCA 53.54 PASS AF=0.105263,0.315789;AO=2,5;DP=22;FAO=2,6;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=0,2;FSAR=2,4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0403864,-0.0431122;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=33.229,100.312;QD=11.2707;RBI=0.040494,0.0432498;REFB=-0.0668229,-0.0811691;REVB=0.00294992,-0.00344761;RO=15;SAF=0,2;SAR=2,3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.504245,5.1089e-08;STB=0.993891,0.583047;STBP=0.185,0.752;TYPE=snp,ins;VARB=0.177552,0.155618;OID=.,.;OPOS=4862630,4862631;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:22:19:15:11:2,5:2,6:0.105263,0.315789:2,3:0,2:6:9:2,4:0,2:5:6 chr17 4862810 . A AC,C 43.47 PASS AF=0.1875,0.125;AO=6,5;DP=33;FAO=6,4;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5,4;FSAR=1,0;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.048364,-0.057311;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=44.8608,56.8079;QD=5.43328;RBI=0.0487943,0.0575189;REFB=-0.0165818,-0.0161974;REVB=0.00646605,0.00488579;RO=22;SAF=5,5;SAR=1,0;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.496966,0.706636;STB=0.832224,0.997507;STBP=0.122,0.023;TYPE=ins,snp;VARB=0.102754,0.204004;OID=.,.;OPOS=4862811,4862810;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:33:32:22:22:6,5:6,4:0.1875,0.125:1,0:5,5:9:13:1,0:5,4:9:13 chr17 4875566 . T C 212.55 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0201583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.504;QD=21.2548;RBI=0.0264506;REFB=-0.0452924;REVB=0.0171254;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652459;STB=0.521718;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0420786;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:20:21:0.525:8:12:10:9:9:12:10:9 chr17 4890902 . C T 85.5 PASS AF=0.611111;AO=8;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0200696;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.171;QD=18.9991;RBI=0.0222938;REFB=0.000512435;REVB=-0.00970706;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426988;STB=0.726859;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00345661;OID=.;OPOS=4890902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:18:6:7:8:11:0.611111:6:2:5:1:8:3:6:1 chr17 4893461 . A G 190.64 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0618643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4376;QD=21.7871;RBI=0.0675853;REFB=-0.01385;REVB=-0.0272137;RO=15;SAF=16;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332208;STB=0.680631;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0191833;OID=.;OPOS=4893461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:16:19:19:0.542857:3:16:8:7:3:16:9:7 chr17 4926882 . A G 413.74 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00685522;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.887;QD=14.9094;RBI=0.00837393;REFB=-0.0246406;REVB=-0.00480923;RO=63;SAF=27;SAR=20;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164137;STB=0.587592;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0355765;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:63:64:47:47:0.423423:20:27:26:37:20:27:27:37 chr17 4927121 . G A 257.51 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00437711;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.273;QD=15.8467;RBI=0.00731776;REFB=-0.00742142;REVB=0.00586434;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112594;STB=0.563592;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00656995;OID=.;OPOS=4927121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:36:29:29:0.446154:17:12:19:17:17:12:19:17 chr17 4936898 . C T 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771715;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.97;QD=48.8435;RBI=0.0244755;REFB=0;REVB=0.0232271;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388833;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr17 4937575 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8328;QD=48.7368;RBI=0.0431678;REFB=0;REVB=-0.0393077;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000997539;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr17 4996915 . AC A 101.89 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229509;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5758;QD=40.755;RBI=0.0336413;REFB=0;REVB=-0.0245966;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000145325;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:10:10:10:0:2:8:0:0:4:0:1:7:0:0 chr17 4997039 . G C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0419858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3062;QD=16.6268;RBI=0.0429558;REFB=0.0555735;REVB=0.0090772;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246548;STB=0.64263;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.060862;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:6:8:4:9:6:8 chr17 4997433 . G A 207.75 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0115129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8053;QD=27.6997;RBI=0.0502657;REFB=-0.0531729;REVB=0.0489294;RO=10;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134292;STB=0.574549;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.031464;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:30:10:10:20:20:0.666667:6:14:5:5:6:14:5:5 chr17 4997787 . A G 567.43 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000275634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.458;QD=59.7298;RBI=0.0124869;REFB=0;REVB=0.0124839;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92247e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr17 4998586 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00054469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.387;QD=39.2064;RBI=0.0628241;REFB=0;REVB=0.0628217;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848748;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr17 4998852 . G C 140.64 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0097049;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.434;QD=19.3992;RBI=0.0159986;REFB=-0.00705285;REVB=-0.0127189;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863963;STB=0.549229;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00383696;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:7:7:9:6:7:7 chr17 4999228 . AC A 77.9 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0262376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.6032;QD=11.9852;RBI=0.0262438;REFB=0.0192325;REVB=0.000572821;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11125;STB=0.538398;STBP=0.764;TYPE=del;VARB=-0.0264572;OID=.;OPOS=4999229;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:11:26:12:26:14:6:6:8:6:77:14:5:6:8:6 chr17 5012540 . G T 77.27 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00849562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7616;QD=13.4383;RBI=0.0183952;REFB=0.00657981;REVB=0.0163159;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00360977;OID=.;OPOS=5012540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:9:4:6:4:9:4 chr17 5015151 . C A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0298419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.771;QD=10.8848;RBI=0.0305602;REFB=-0.0110649;REVB=0.00658677;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227806;STB=0.636074;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0303706;OID=.;OPOS=5015151;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:10:5:5:4:10:5 chr17 5036205 . A C 45.6 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0217849;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.671;QD=2.72251;RBI=0.0224812;REFB=2.64668e-09;REVB=-0.00555189;RO=56;SAF=8;SAR=1;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55486;STB=0.890944;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=7.36215e-05;OID=.;OPOS=5036205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:66:67:56:58:9:9:0.134328:1:8:24:32:1:8:25:33 chr17 5036210 . TC GT 55.24 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0187878;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.744;QD=3.50754;RBI=0.0309295;REFB=-0.00396642;REVB=-0.0245693;RO=53;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481136;STB=0.823628;STBP=0.041;TYPE=mnp;VARB=0.0112061;OID=.;OPOS=5036210;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:65:63:53:53:10:10:0.15873:2:8:21:32:2:8:21:32 chr17 5036214 . C T 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0198011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.249;QD=3.07289;RBI=0.0198596;REFB=-0.000509657;REVB=-0.00152285;RO=58;SAF=8;SAR=2;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478109;STB=0.8262;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00999486;OID=.;OPOS=5036214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:2:8:23:35:2:8:23:35 chr17 5036224 . C G 51.69 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0163649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.137;QD=2.99665;RBI=0.0198165;REFB=-0.00407445;REVB=-0.0111751;RO=57;SAF=8;SAR=2;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472547;STB=0.821608;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0558237;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:57:59:10:10:0.144928:2:8:23:34:2:8:24:35 chr17 5036274 . C A 68.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0552135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.945;QD=4.81312;RBI=0.0592936;REFB=-0.0061418;REVB=-0.0216149;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221068;STB=0.644183;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0304323;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:4:7:21:25:4:7:21:25 chr17 5036281 . G C 77.41 PASS AF=0.226415;AO=9;DP=52;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0933142;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.141;QD=5.84196;RBI=0.0944945;REFB=-0.0099924;REVB=-0.0148885;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248546;STB=0.657963;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0584859;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:52:53:41:41:9:12:0.226415:3:6:19:22:4:8:19:22 chr17 5042422 . G A 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0160525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.336;QD=25.3161;RBI=0.0532284;REFB=-0.0374704;REVB=-0.0507502;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958901;STB=0.514836;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0138031;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:10:13:20:20:0.606061:13:7:5:5:13:7:5:8 chr17 5042894 . T C 348.37 PASS AF=0.352459;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00177488;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.338;QD=11.4221;RBI=0.00727856;REFB=-0.00259751;REVB=-0.00705884;RO=79;SAF=19;SAR=24;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444924;STB=0.525536;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00464391;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:79:79:43:43:0.352459:24:19:38:41:24:19:38:41 chr17 5058808 . G A 416.69 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00191286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.383;QD=19.6088;RBI=0.00215196;REFB=-0.0131626;REVB=-0.000985842;RO=43;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155962;STB=0.590865;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0126738;OID=.;OPOS=5058808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:43:41:42:0.494118:16:25:19:24:16:26:19:24 chr17 5072316 . C T 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0555562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.388;QD=12.7838;RBI=0.0555686;REFB=-0.013577;REVB=0.00117359;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168865;STB=0.50998;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0332436;OID=.;OPOS=5072316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:4:10:7:3:4:10 chr17 5074890 . A G 300.76 PASS AF=0.43038;AO=31;DP=76;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0040112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.164;QD=15.2281;RBI=0.0296536;REFB=-0.0143965;REVB=0.0293811;RO=45;SAF=10;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27021;STB=0.667595;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0187434;OID=.;OPOS=5074890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:45:45:31:34:0.43038:21:10:26:19:24:10:26:19 chr17 5084763 . G A 511.16 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960494;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.285;QD=58.4184;RBI=0.0117488;REFB=0;REVB=0.00676605;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023085;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:27:7:0:0:28:7:0:0 chr17 5085857 . C T 347.6 PASS AF=0.525424;AO=29;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0138855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.963;QD=23.5662;RBI=0.0139024;REFB=-0.0170978;REVB=0.000685398;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243198;STB=0.62646;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00415744;OID=.;OPOS=5085857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:22:29:31:0.525424:16:13:3:18:16:15:4:18 chr17 5085893 . C T 191.6 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0289794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0108;QD=11.7907;RBI=0.0388864;REFB=-0.0183046;REVB=0.0259296;RO=40;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161155;STB=0.586882;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0511863;OID=.;OPOS=5085893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:16:8:19:21:16:8:19:22 chr17 5087040 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0193806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8447;QD=15.6257;RBI=0.0316288;REFB=-0.0134738;REVB=0.0249955;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10353;STB=0.569404;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0165615;OID=.;OPOS=5087040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:9:10:11:15:9:10:11:16 chr17 5126674 . A G 434.91 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.514;QD=56.1176;RBI=0.0509968;REFB=0;REVB=0.0452772;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505512;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:10:18:0:0:10:21:0:0 chr17 5126689 . G A 83.69 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0159475;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.172;QD=9.56419;RBI=0.0363807;REFB=-0.025062;REVB=0.0326991;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433385;STB=0.526268;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0515137;OID=.;OPOS=5126689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:14:10:5:6:14:10 chr17 5280440 . T C 435.79 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8893;QD=54.4742;RBI=0.0578667;REFB=-0.111766;REVB=0.0359165;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0054433;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:1:0 chr17 5284698 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.468;QD=54.5173;RBI=0.0298968;REFB=0;REVB=0.0165307;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135784;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 5284719 . T C 396.43 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.245;QD=54.6796;RBI=0.14365;REFB=0;REVB=0.143646;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071795;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:13:10:0:0:18:11:0:0 chr17 5284770 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.368;QD=59.0187;RBI=0.0169147;REFB=0;REVB=0.00181083;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83233e-05;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr17 5287297 . AG A 452.26 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0911724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.4194;QD=48.8926;RBI=0.161828;REFB=0;REVB=-0.133701;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00770255;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:37:37:37:0:20:17:0:0:8:0:19:16:0:0 chr17 5288760 . A G 255.1 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4904;QD=48.5913;RBI=0.0962102;REFB=0;REVB=0.0204938;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339623;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:21:0:0:16:21:1:12:4:0:0:15:6:0:0 chr17 5288769 . CA C 270.16 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.409;QD=46.9845;RBI=0.0466665;REFB=-0.0384123;REVB=0.0312626;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000769349;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:20:23:23:23:0:6:17:0:0:3:1:5:15:0:1 chr17 5288794 . G C 375.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1181;QD=55.6398;RBI=0.0616064;REFB=0;REVB=-0.0165743;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883794;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr17 5289580 . A G 296.24 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.356;QD=49.374;RBI=0.0379036;REFB=0.0857;REVB=-0.00383275;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00137929;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:1:0:11:12:1:0 chr17 5290033 . T C 609.84 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0867883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8944;QD=56.7296;RBI=0.0886914;REFB=-0.172195;REVB=0.0182745;RO=2;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446315;STB=0.523798;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00840938;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:20:21:0:2:20:21:0:2 chr17 5290703 . G A 947.24 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.1;QD=58.2917;RBI=0.0193325;REFB=0;REVB=-0.00187941;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08755e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:37:28:0:0 chr17 5294976 . T A 663.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025007;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.375;QD=61.7515;RBI=0.0279869;REFB=0;REVB=-0.0125664;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188717;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr17 5308377 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.785;QD=57.1062;RBI=0.0220818;REFB=0;REVB=0.00981022;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46122e-05;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr17 5326089 . C T 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.067;QD=62.6656;RBI=0.0228473;REFB=0;REVB=0.0227449;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26511e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr17 5326145 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.745;QD=62.9827;RBI=0.0363084;REFB=0;REVB=0.00147616;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018193;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr17 5326162 . G A 693.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131235;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.301;QD=63.0088;RBI=0.0143062;REFB=0;REVB=-0.00569565;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000602403;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr17 5328633 . G A 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.808;QD=44.6838;RBI=0.0529058;REFB=0;REVB=0.032883;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825623;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr17 5334850 . G A 417.83 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6783;QD=53.9136;RBI=0.0448912;REFB=-0.124116;REVB=-0.0426412;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00521273;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr17 5334873 . GA G,GG 576.73 PASS AF=0.902439,0.0731707;AO=36,4;DP=44;FAO=37,3;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17,2;FSAR=20,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.062168,-0.0525812;FXX=0.0681663;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.158,9.43983;QD=56.2658;RBI=0.0665133,0.0560468;REFB=-0.0517192,-0.119203;REVB=-0.0236465,0.0194029;RO=1;SAF=16,3;SAR=20,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0283532,-0.119989;STB=0.514278,0.59939;STBP=0.313,0.681;TYPE=del,snp;VARB=-0.00333739,-0.00938115;OID=.,.;OPOS=5334874,5334874;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.902439,0.0731707:36,4:44:37,3:41:1:17,2:20,1:1:0:16:1:16,3:20,1:1:0 chr17 5347576 . G A 805.58 PASS AF=0.9375;AO=58;DP=63;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00417579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0569;QD=50.3485;RBI=0.0491547;REFB=-0.149766;REVB=0.048977;RO=4;SAF=27;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649129;STB=0.533322;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00752457;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:63:64:4:4:58:60:0.9375:31:27:4:0:32:28:4:0 chr17 5359323 . GGCC GC,GGC,GG,GGGC 180.52 PASS AF=0,0.913043,0.0434783,0;AO=6,7,3,2;DP=24;FAO=0,21,1,0;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0,9,1,0;FSAR=0,12,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0067986,-0.0457872,-0.0263379,-0.0413188;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,1,2,1;MLLD=6.64892,11.5965,9.9823,5.76901;QD=31.3951;RBI=0.239291,0.229611,0.125816,0.486043;REFB=-0.0461737,0.00410852,0.00489141,0.0514449;REVB=-0.239195,0.224999,0.123029,0.484284;RO=5;SAF=0,6,3,0;SAR=6,1,0,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0.347962,0,0,0;SSEP=0,0.466357,0.466357,0;SSSB=-0.731761,0.518377,0.743083,-0.544828;STB=0.5,0.526291,0.5,0.5;STBP=1,0.323,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.0106476,-0.0189051,-0.007705;OID=.,.,.,.;OPOS=5359324,5359325,5359325,5359325;OREF=GC,C,CC,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GC,GGC,GG,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.913043,0.0434783,0:6,7,3,2:24:0,21,1,0:23:1:0,9,1,0:0,12,0,0:1:0:4:5:0,6,3,0:6,1,0,2:1:4 chr17 5487164 . C G 2120.49 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2066;QD=62.8293;RBI=0.0437824;REFB=0;REVB=0.0367869;RO=0;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10779e-05;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:64:71:0:0:64:71:0:0 chr17 5991344 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.252;QD=64.153;RBI=0.0523339;REFB=0;REVB=0.0393647;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254471;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr17 6014176 . A G 772.54 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9183;QD=61.8032;RBI=0.0313537;REFB=-0.147538;REVB=0.0101087;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00170495;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:27:22:0:0:27:22:0:1 chr17 6110583 . C A 132.44 PASS AF=0.517241;AO=10;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00280521;FXX=0.121175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.309;QD=18.2673;RBI=0.028018;REFB=-0.00234685;REVB=0.0278773;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155187;STB=0.550392;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00279805;OID=.;OPOS=6110583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:17:14:10:15:0.517241:5:5:11:6:8:7:8:6 chr17 6330068 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0659178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.298;QD=24.0268;RBI=0.0664817;REFB=-0.0014613;REVB=0.00864027;RO=8;SAF=1;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416959;STB=0.742401;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0024386;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:13:1:3:5:13:1:3:5 chr17 6331803 . T C 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0321418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5349;QD=18.116;RBI=0.0344674;REFB=-0.0233145;REVB=0.0124463;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204267;STB=0.617505;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0250233;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:14:4:8:12:14:4:8:12 chr17 6353679 . A C 445.49 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0095725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.749;QD=52.41;RBI=0.0247296;REFB=-0.0146437;REVB=0.0228018;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553075;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:16:16:0:1:16:16:1:1 chr17 6364753 . A G 1417.43 PASS AF=1;AO=71;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578152;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.28;QD=62.9967;RBI=0.0600149;REFB=0;REVB=-0.0160996;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003722;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:71:90:1:40:31:0:0:42:48:0:0 chr17 6406883 . C T 382.76 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00930392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.343;QD=20.973;RBI=0.0112642;REFB=0.00805501;REVB=-0.00634978;RO=34;SAF=14;SAR=25;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212423;STB=0.511745;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00570136;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:25:14:13:21:25:14:13:21 chr17 6483046 . T C 1080.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.555;QD=60.025;RBI=0.0105119;REFB=0;REVB=-0.00392526;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92615e-05;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr17 6493198 . T C 2704.06 PASS AF=0.988701;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174889;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7647;QD=61.1087;RBI=0.023619;REFB=-0.0904403;REVB=-0.0158744;RO=1;SAF=85;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556739;STB=0.505746;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00115537;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:177:177:1:2:175:175:0.988701:90:85:1:0:89:86:2:0 chr17 6511781 . A G 689.84 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442195;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.207;QD=62.7123;RBI=0.0456796;REFB=0;REVB=0.0114568;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232451;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:17:27:0:0 chr17 6515387 . A G 1077.11 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.23;QD=59.8392;RBI=0.0401287;REFB=0;REVB=0.013883;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11063e-05;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:30:41:0:0:30:42:0:0 chr17 6515454 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.596;QD=55.656;RBI=0.0212986;REFB=0;REVB=0.0212585;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60363e-05;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr17 6531648 . A G 2234.73 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.51;QD=63.3966;RBI=0.0376838;REFB=0;REVB=0.00112183;RO=0;SAF=80;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88233e-05;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:61:80:0:0:61:80:0:0 chr17 6546259 . T C 634.32 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.836;QD=56.3843;RBI=0.0153651;REFB=-0.17134;REVB=-0.00228866;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.524988;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0011807;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:1:2:42:43:0.955556:24:18:1:0:24:19:2:0 chr17 6556022 . A G 1170.74 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293779;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.267;QD=60.038;RBI=0.0314571;REFB=0;REVB=0.0112468;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84628e-05;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:74:78:1:33:41:0:0:37:41:0:0 chr17 6556194 . T TAGAAG 765.33 PASS AF=0.852941;AO=55;DP=73;FAO=58;FDP=68;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0134562;FXX=0.0933209;HRUN=1;LEN=5;MLLD=251.397;QD=45.0191;RBI=0.0177644;REFB=-0.01996;REVB=0.0115977;RO=10;SAF=27;SAR=28;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261895;STB=0.502537;STBP=0.942;TYPE=ins;VARB=0.00324129;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941:55:73:58:68:10:28:30:5:5:53:10:27:28:5:5 chr17 6556326 . G A 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.402;QD=56.9966;RBI=0.0218325;REFB=0;REVB=0.0166555;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28015e-05;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr17 6556538 . G C 1323.7 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372131;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3125;QD=62.2918;RBI=0.0499496;REFB=0;REVB=0.0333188;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339328;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr17 6556541 . A T 1344.99 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.08;QD=61.1361;RBI=0.0230308;REFB=-0.152726;REVB=0.0124428;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000381274;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:38:49:0:0:38:49:1:0 chr17 6558768 . C T 253.7 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0584279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.64;QD=44.1211;RBI=0.0608921;REFB=0.0114983;REVB=0.0171473;RO=2;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843034;STB=0.506323;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0126975;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:23:2:2:20:21:0.913043:9:11:1:1:9:12:1:1 chr17 6663894 . GC AG,GA 227.94 PASS AF=0.428571,0.0408163;AO=20,2;DP=49;FAO=21,2;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=7,1;FSAR=14,1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00367281,0.00164542;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=135.285,111.345;QD=18.607;RBI=0.00369478,0.00913714;REFB=-0.0112977,-0.00447447;REVB=0.000402292,-0.00898777;RO=26;SAF=7,1;SAR=13,1;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00418209,0.147215;STB=0.507929,0.641554;STBP=0.966,0.754;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0184766,-0.0145609;OID=.,.;OPOS=6663894,6663895;OREF=GC,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:20,2:21,2:0.428571,0.0408163:13,1:7,1:9:17:14,1:7,1:9:17 chr17 6683215 . C T 131.91 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00486904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1313;QD=14.6571;RBI=0.0781773;REFB=0.00543425;REVB=-0.0780256;RO=21;SAF=13;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187151;STB=0.61057;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00887226;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:2:13:16:5:2:13:16:5 chr17 6690161 . C T 345.33 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0482491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8295;QD=16.6423;RBI=0.0485572;REFB=8.78368e-05;REVB=-0.00546176;RO=46;SAF=11;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206603;STB=0.602975;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00017752;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:46:36:37:0.445783:25:11:23:23:25:12:23:23 chr17 6716242 . G A 247.0 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0159003;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.062;QD=19.3727;RBI=0.0298305;REFB=-0.0400516;REVB=0.0252396;RO=25;SAF=19;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955566;STB=0.553691;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0339629;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:7:19:16:9:7:19:16:9 chr17 6899559 . C G 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1294;QD=35.5611;RBI=0.044152;REFB=0;REVB=-0.000755652;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00374626;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 6902743 . G A 529.84 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0154254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.25;QD=52.9837;RBI=0.0519708;REFB=-0.185969;REVB=0.0496288;RO=3;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550238;STB=0.529396;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00201986;OID=.;OPOS=6902743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:40:40:3:3:37:37:0.925:24:13:0:3:24:13:0:3 chr17 6902760 . A G 392.9 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.528;QD=56.1289;RBI=0.0649063;REFB=0;REVB=0.0557263;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457661;OID=.;OPOS=6902760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:17:9:0:0:19:9:0:0 chr17 6905061 . T G 326.68 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113049;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.995;QD=54.4472;RBI=0.0120052;REFB=0;REVB=0.0119518;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44001e-05;OID=.;OPOS=6905061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr17 6919093 . T C 468.84 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213488;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.086;QD=58.6053;RBI=0.0511542;REFB=0;REVB=0.0464864;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163641;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:33:32:1:23:10:0:0:22:10:0:0 chr17 6929924 . T C 767.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.249;QD=55.7886;RBI=0.0323559;REFB=0;REVB=-0.0215563;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125408;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr17 6930139 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00172173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137;QD=11.4393;RBI=0.0100077;REFB=-0.0140288;REVB=0.00985853;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500501;STB=0.809307;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0279066;OID=.;OPOS=6930139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:7:7:1:8:7:7 chr17 6942111 . G T 51.85 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0373052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.123;QD=6.09957;RBI=0.0375435;REFB=-0.0151308;REVB=-0.00422299;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246785;STB=0.649599;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0782999;OID=.;OPOS=6942111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:2:6:14:11:2:6:15:11 chr17 6979179 . A G 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00285891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.573;QD=18.821;RBI=0.0222859;REFB=-0.0168165;REVB=-0.0221018;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00942591;OID=.;OPOS=6979179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr17 6981353 . G C 152.54 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0531998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.183;QD=8.71672;RBI=0.0546202;REFB=-0.0181168;REVB=-0.0123752;RO=46;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10831;STB=0.557322;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0522402;OID=.;OPOS=6981353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:49:21:21:0.3:9:12:22:24:9:12:24:25 chr17 6981397 . A G 176.6 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=67;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00539733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.472;QD=10.388;RBI=0.00551574;REFB=-0.0340006;REVB=0.00113677;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890616;STB=0.565549;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0376502;OID=.;OPOS=6981397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:45:22:23:0.338235:11:11:19:26:11:12:19:26 chr17 7011144 . G A 110.02 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0299821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.8496;QD=13.7527;RBI=0.110397;REFB=-0.0392913;REVB=0.106247;RO=17;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818026;STB=0.549925;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0584744;OID=.;OPOS=7011144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:17:18:13:14:0.4375:3:10:12:5:3:11:13:5 chr17 7099811 . G A 205.12 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00455243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.367;QD=16.4097;RBI=0.0455178;REFB=-0.0182917;REVB=0.0452896;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205836;STB=0.611002;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0291937;OID=.;OPOS=7099811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:29:21:21:0.42:14:7:14:12:14:7:15:14 chr17 7123240 . T C 86.53 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0435808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.135;QD=8.65258;RBI=0.0458275;REFB=-0.0205477;REVB=-0.0141729;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259258;STB=0.585123;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0348416;OID=.;OPOS=7123240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:40:40:23:28:7:7:0.175:4:3:15:8:4:3:15:13 chr17 7127718 . T C 323.54 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.000107506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.416;QD=16.8073;RBI=0.00529356;REFB=-0.0230979;REVB=-0.00529247;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106041;STB=0.544279;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0284612;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:42:35:35:0.454545:18:17:15:25:18:17:17:25 chr17 7129840 . T C 144.99 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.027141;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.621;QD=23.1988;RBI=0.0276826;REFB=-0.0157355;REVB=0.00544897;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164712;STB=0.592472;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0184708;OID=.;OPOS=7129840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:10:10:15:15:0.6:8:7:7:3:8:7:7:3 chr17 7132556 . C T 361.76 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0233061;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.365;QD=25.3865;RBI=0.0245351;REFB=-0.0153785;REVB=0.00766809;RO=22;SAF=19;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219858;STB=0.620112;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00816093;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:22:22:35:35:0.614035:16:19:5:17:16:19:5:17 chr17 7133162 . G A 1049.77 PASS AF=0.559322;AO=99;DP=177;FAO=99;FDP=177;FR=.;FRO=78;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0226824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.604;QD=23.7237;RBI=0.0250257;REFB=-0.00669189;REVB=0.0105734;RO=78;SAF=56;SAR=43;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432076;STB=0.523541;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00748398;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:78:78:99:99:0.559322:43:56:40:38:43:56:40:38 chr17 7133609 . G A 319.39 PASS AF=0.515152;AO=32;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0539342;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1733;QD=19.3567;RBI=0.11383;REFB=-0.0173368;REVB=0.100242;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122612;STB=0.502761;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0200204;OID=.;OPOS=7133609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:32:32:34:0.515152:18:14:14:19:20:14:13:19 chr17 7134129 . A G 211.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0604369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9183;QD=15.9648;RBI=0.069629;REFB=0.00879726;REVB=-0.0345771;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311821;STB=0.51767;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.017485;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:16:13:10:14:16:13 chr17 7137567 . G A 147.56 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.989;QD=36.8908;RBI=0.0066435;REFB=-0.0121494;REVB=0.0066435;RO=2;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188863;OID=.;OPOS=7137567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:14:0:0:2:14:0:0:2 chr17 7147350 . T TC 215.33 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0457137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.0881;QD=10.7662;RBI=0.077213;REFB=-0.0226278;REVB=-0.0622263;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537804;STB=0.500321;STBP=0.99;TYPE=ins;VARB=0.0111323;OID=.;OPOS=7147351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4875:38:83:39:80:41:20:19:21:20:99:45:19:19:25:20 chr17 7154534 . G A 247.52 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-1.06535e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.36;QD=16.2305;RBI=0.0134728;REFB=-0.0172873;REVB=-0.0134728;RO=32;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267654;STB=0.626281;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.018537;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:27:28:0.459016:8:19:14:18:9:19:15:18 chr17 7158203 . T G 34.76 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.241;QD=23.174;RBI=0.00405175;REFB=-0.0100266;REVB=0.00405175;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457862;OID=.;OPOS=7158203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr17 7162056 . C A 133.79 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.019386;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.297;QD=22.2981;RBI=0.0336144;REFB=-0.00803596;REVB=-0.0274611;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884995;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0206376;OID=.;OPOS=7162056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:24:9:10:14:14:0.583333:8:6:5:4:8:6:6:4 chr17 7163739 . A G 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0017875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.009;QD=18.7769;RBI=0.00229151;REFB=0.0031417;REVB=0.00143383;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137164;STB=0.576864;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00523417;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:15:11:15:11:15:11 chr17 7185788 . T C 591.23 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.755;QD=60.6394;RBI=0.0813384;REFB=0;REVB=0.0155193;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517802;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:34:39:1:27:7:0:0:29:10:0:0 chr17 7187123 . T C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0182032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.336;QD=13.2126;RBI=0.0248404;REFB=-0.0211257;REVB=0.0169024;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324718;STB=0.690778;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0192249;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:9:13:4:10:9:13 chr17 7192091 . C T 600.48 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=90;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0216927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.365;QD=26.3949;RBI=0.0229672;REFB=-0.0248461;REVB=0.00754455;RO=37;SAF=31;SAR=22;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175181;STB=0.590084;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0190546;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:37:37:53:54:0.593407:22:31:13:24:23:31:13:24 chr17 7193380 . C A 129.2 PASS AF=0.375;AO=11;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00181415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.187;QD=12.9204;RBI=0.0145209;REFB=-0.0168876;REVB=-0.0144071;RO=22;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357002;STB=0.575656;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0246607;OID=.;OPOS=7193380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:25:11:15:0.375:9:2:10:12:9:6:13:12 chr17 7213579 . A G 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0228018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.846;QD=18.5769;RBI=0.0244326;REFB=-0.00936862;REVB=-0.00877677;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146394;STB=0.581784;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0106865;OID=.;OPOS=7213579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:12:19:14:17:12:19:14:17 chr17 7213773 . GGT G 55.26 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0318063;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.498;QD=7.36772;RBI=0.0400406;REFB=-0.00705781;REVB=0.024323;RO=17;SAF=0;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.682673;STB=0.642516;STBP=0.436;TYPE=del;VARB=0.0143892;OID=.;OPOS=7213774;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:30:10:30:20:1:9:4:16:55:17:0:7:3:14 chr17 7216540 . G A 342.41 PASS AF=0.644444;AO=26;DP=42;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.021438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.18;QD=30.436;RBI=0.0264869;REFB=-0.0202927;REVB=0.0155553;RO=16;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150047;STB=0.574993;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00990296;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:16:16:26:29:0.644444:16:10:3:13:18:11:3:13 chr17 7217463 . T C 353.53 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00406859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.46;QD=23.9684;RBI=0.00670746;REFB=-0.0247317;REVB=0.0053326;RO=24;SAF=14;SAR=21;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188616;STB=0.602887;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0155703;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:21:14:4:20:21:14:4:20 chr17 7219230 . A G 500.78 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6995;QD=58.9147;RBI=0.0832405;REFB=0;REVB=-0.071112;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000493236;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr17 7221158 . TC CT,T 57.27 PASS AF=0,0.47619;AO=2,8;DP=21;FAO=0,10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0906465,0.0494322;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=23.3321,16.3339;QD=10.9084;RBI=0.202046,0.0860029;REFB=0.0105626,0.00737284;REVB=-0.180571,-0.0703773;RO=10;SAF=0,3;SAR=2,5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.759974,-0.463825;STB=0.5,0.790802;STBP=1,0.026;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00518621;OID=.,.;OPOS=7221158,7221159;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:21:21:10:11:2,8:0,10:0,0.47619:2,5:0,3:9:1:0,7:0,3:10:1 chr17 7221385 . G A 782.44 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00563281;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.281;QD=51.3077;RBI=0.0387898;REFB=-0.0744964;REVB=0.0383787;RO=4;SAF=29;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108279;STB=0.509047;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00167629;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:61:4:3:57:58:0.95082:28:29:2:2:28:30:1:2 chr17 7245371 . A G 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0184605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.265;QD=21.3763;RBI=0.0187955;REFB=-0.0350786;REVB=-0.00353252;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207035;STB=0.511618;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0262131;OID=.;OPOS=7245371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:10:12:12:11:10:12 chr17 7286266 . C T 56.38 PASS AF=0.4;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00902148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.511;QD=11.276;RBI=0.0202067;REFB=-0.0256482;REVB=0.018081;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0352125;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:11:12:8:8:0.4:5:3:5:6:5:3:5:7 chr17 7286326 . T A 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.000955923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5018;QD=15.8796;RBI=0.0152321;REFB=-0.00186305;REVB=-0.0152021;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.631356;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00287246;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:1:9:7:3:1:9 chr17 7307018 . AAAG A 111.66 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0212335;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=304.72;QD=9.30512;RBI=0.0215578;REFB=-0.00573172;REVB=-0.00372472;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.33858;SSSB=0.103537;STB=0.578634;STBP=0.416;TYPE=del;VARB=0.00783656;OID=.;OPOS=7307019;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:18:48:19:48:29:9:10:10:19:99:26:8:10:9:17 chr17 7318396 . C T 715.47 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112277;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.784;QD=57.2379;RBI=0.0320064;REFB=0;REVB=0.0319867;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210538;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr17 7322245 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.827;QD=62.0205;RBI=0.0264839;REFB=0;REVB=0.0163764;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93816e-05;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr17 7322741 . AT A 88.51 PASS AF=0.47619;AO=15;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.130186;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6731;QD=8.42951;RBI=0.276694;REFB=0.0958661;REVB=0.244154;RO=21;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.527778;SSSB=0.409944;STB=0.692105;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=-0.0276525;OID=.;OPOS=7322742;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:15:43:20:42:22:15:5:9:13:87:21:12:3:9:12 chr17 7369232 . CGGGGC GCCGGG 57.72 PASS AF=0.421053;AO=2;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0955165;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=6;MLLD=114.839;QD=12.1513;RBI=0.0991207;REFB=-0.0252471;REVB=-0.0264861;RO=5;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.71364;STBP=0.208;TYPE=mnp;VARB=0.179401;OID=.;OPOS=7369232;OREF=CGGGGC;OALT=GCCGGG;OMAPALT=GCCGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:19:5:11:2:8:0.421053:2:0:0:5:7:1:4:7 chr17 7386055 . C T 1681.09 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0182446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.663;QD=57.4733;RBI=0.0298215;REFB=-0.124577;REVB=0.0235894;RO=2;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139617;STB=0.50187;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000424221;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:2:3:113:114:0.974359:67:46:0:2:68:46:1:2 chr17 7386279 . TG CA 421.69 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00567715;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.199;QD=54.4114;RBI=0.0184064;REFB=-0.0230497;REVB=0.0175091;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=mnp;VARB=0.000498707;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr17 7400137 . T C 374.76 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00865335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.759;QD=49.9678;RBI=0.0139114;REFB=-0.0715517;REVB=0.0108925;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546874;STB=0.529391;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00520971;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:16:12:0:2:16:12:0:2 chr17 7402600 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.915;QD=51.1795;RBI=0.0843506;REFB=0;REVB=0.0612123;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164314;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:10:10:0:0 chr17 7404107 . T C 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.13;QD=58.7793;RBI=0.0270201;REFB=0;REVB=0.0118216;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137205;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr17 7404991 . T C 774.85 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9173;QD=55.346;RBI=0.0253352;REFB=0;REVB=-0.0200449;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154102;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:53:56:1:30:23:0:0:30:26:0:0 chr17 7416683 . A G 137.56 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0313849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.072;QD=39.3022;RBI=0.0313849;REFB=-0.119828;REVB=0;RO=1;SAF=13;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438788;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:0:13:1:0:0:13:1:0 chr17 7417086 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3014;QD=26.0262;RBI=0.0134019;REFB=0.0905395;REVB=-0.0134019;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0226131;OID=.;OPOS=7417086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr17 7460517 . G C 365.85 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0286572;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.527;QD=23.9902;RBI=0.045315;REFB=-0.0250513;REVB=-0.0351029;RO=26;SAF=10;SAR=26;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19034;STB=0.594539;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.011847;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:25:36:36:0.590164:26:10:13:13:26:10:12:13 chr17 7460559 . T G 519.91 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.145;QD=59.4178;RBI=0.0517475;REFB=0;REVB=0.0401777;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257473;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr17 7462555 . G A 601.09 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00668627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.287;QD=21.6609;RBI=0.0106887;REFB=-0.0217371;REVB=0.00833923;RO=50;SAF=13;SAR=47;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248675;STB=0.643783;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0216573;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:51:60:60:0.540541:47:13:23:27:47:13:24:27 chr17 7462969 . A G 164.41 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0336677;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6268;QD=11.1465;RBI=0.0753052;REFB=6.15425e-05;REVB=-0.06736;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319876;STB=0.518621;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00178737;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:11:10:17:21:11:10:17:21 chr17 7470285 . CA C 867.73 PASS AF=1;AO=69;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000302508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.2514;QD=46.9044;RBI=0.0368464;REFB=0;REVB=-0.0368451;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000744032;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:73:74:74:0:36:38:0:0:16:0:35:34:0:0 chr17 7477938 . G C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0172461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.178;QD=16.0424;RBI=0.0362263;REFB=-0.0092318;REVB=0.0318577;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143955;STB=0.583241;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00899166;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:16:10:5:14:16:10 chr17 7479892 . C T 512.28 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.000397788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4465;QD=21.5695;RBI=0.0191293;REFB=-0.0284722;REVB=0.0191252;RO=45;SAF=20;SAR=29;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519317;STB=0.534665;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0210201;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:46:49:49:0.515789:29:20:21:24:29:20:22:24 chr17 7482125 . A G 302.56 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0493921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3956;QD=31.8489;RBI=0.0628636;REFB=-0.0146559;REVB=-0.0388877;RO=11;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143562;STB=0.564467;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0117816;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:11:12:26:26:0.684211:14:12:8:3:14:12:8:4 chr17 7483018 . CGGGGGC CGGGGC,CGGGGG 41.13 PASS AF=0.3,0.1;AO=4,3;DP=21;FAO=6,2;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5,1;FSAR=1,1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.186947,-0.26713;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,1;MLLD=16.4405,15.5786;QD=8.22632;RBI=0.196876,0.271563;REFB=-0.0420186,0.108549;REVB=0.0617327,-0.0488688;RO=12;SAF=3,2;SAR=1,1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.109789;STB=0.587912,0.712541;STBP=0.675,0.719;TYPE=del,del;VARB=0.102074,-0.173693;OID=.,.;OPOS=7483019,7483024;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGGC,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.1:4,3:21:6,2:20:12:5,1:1,1:9:3:31:12:3,2:1,1:9:3 chr17 7557419 . A G 233.09 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0653503;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5084;QD=16.9522;RBI=0.0674604;REFB=-0.022217;REVB=-0.0167405;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509084;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.025842;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:29:26:26:0.472727:13:13:15:15:13:13:14:15 chr17 7560835 . T G 198.71 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0367468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.712;QD=19.8709;RBI=0.0368532;REFB=-0.0332533;REVB=0.00279916;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107618;STB=0.525356;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0383164;OID=.;OPOS=7560835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:20:20:18:20:0.5:11:7:8:12:11:9:8:12 chr17 7577407 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.994;QD=44.6898;RBI=0.0215717;REFB=0;REVB=0.00229895;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175379;OID=.;OPOS=7577407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr17 7577427 . G A 137.46 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.324;QD=39.2737;RBI=0.0582178;REFB=0.00807824;REVB=0.0518457;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.000665301;OID=.;OPOS=7577427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr17 7578115 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0091;QD=49.5988;RBI=0.0525313;REFB=0;REVB=-0.0473531;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010807;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr17 7592168 . C G 155.86 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00368094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0401;QD=28.3373;RBI=0.0339501;REFB=0.0128822;REVB=0.03375;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0227756;OID=.;OPOS=7592168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:22:5:6:8:9:0.409091:4:4:3:2:5:4:4:2 chr17 7592560 . C T 257.37 PASS AF=0.69697;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.023131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.894;QD=31.1961;RBI=0.0280352;REFB=-0.0364813;REVB=0.0158408;RO=10;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132652;STB=0.577496;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0153688;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:10:10:22:23:0.69697:16:6:1:9:16:7:1:9 chr17 7606722 . C G 73.1 PASS AF=0.3125;AO=6;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0443569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.714;QD=9.13698;RBI=0.0459701;REFB=-0.00978612;REVB=-0.0120712;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239465;STB=0.713903;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0320117;OID=.;OPOS=7606722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:32:14:22:6:10:0.3125:3:3:4:10:4:6:6:16 chr17 7613765 . G A 310.84 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00668019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.967;QD=16.3601;RBI=0.00680268;REFB=0.00134007;REVB=-0.00128512;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122007;STB=0.568527;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00210168;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:18:16:25:17:18:16:25:17 chr17 7614601 . G A 670.75 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0153928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.288;QD=47.9107;RBI=0.0233202;REFB=-0.0794073;REVB=0.0175183;RO=2;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.530852;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00120319;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:56:56:2:5:51:51:0.910714:38:13:0:2:38:13:0:5 chr17 7673605 . A G 207.52 PASS AF=0.428571;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0102134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.561;QD=16.9407;RBI=0.0152726;REFB=-0.000273285;REVB=0.0113551;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30565;STB=0.652044;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000608691;OID=.;OPOS=7673605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:27:28:19:21:0.428571:10:9:5:22:11:10:6:22 chr17 7681412 . C G 220.5 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00235873;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8938;QD=16.0365;RBI=0.0117178;REFB=-0.0337815;REVB=-0.0114779;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337527;STB=0.519069;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0329106;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:19:11:10:15:19:11 chr17 7684081 . C T 134.32 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.033367;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.235;QD=15.3503;RBI=0.0341375;REFB=-0.0128018;REVB=0.00721192;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0149575;OID=.;OPOS=7684081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:9:11:8:7:9:11 chr17 7734764 . G A 175.25 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0695953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3403;QD=12.0863;RBI=0.0805794;REFB=-0.0154367;REVB=0.0406146;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111678;STB=0.539899;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0291892;OID=.;OPOS=7734764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:33:36:22:22:0.37931:9:13:16:17:9:13:19:17 chr17 7750232 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1798;QD=42.1805;RBI=0.137911;REFB=0;REVB=0.126762;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281126;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 7751388 . C A 1106.66 PASS AF=0.95;AO=74;DP=79;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0228739;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.658;QD=55.333;RBI=0.0234945;REFB=-0.0850493;REVB=0.00536423;RO=2;SAF=4;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133267;STB=0.51351;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000972883;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:79:80:2:4:74:76:0.95:70:4:0:2:72:4:0:4 chr17 7751751 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0478823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.361;QD=40.6393;RBI=0.0483658;REFB=-0.0157367;REVB=0.00682187;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.555473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00138976;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:0:1:4:10:0:1 chr17 7760704 . A G 1540.94 PASS AF=0.98;AO=94;DP=98;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0495853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.605;QD=61.6378;RBI=0.049674;REFB=-0.0614783;REVB=-0.00296814;RO=1;SAF=33;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01415;STB=0.513155;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000320764;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:100:1:2:94:98:0.98:61:33:1:0:61:37:2:0 chr17 7843053 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.973;QD=42.1826;RBI=0.094214;REFB=0;REVB=0.0461951;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357973;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr17 7847955 . C A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8464;QD=51.1775;RBI=0.00453981;REFB=0;REVB=-0.00453981;RO=0;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141489;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:20:0:0:0:20:0:0:0 chr17 7849087 . C G 1044.25 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9103;QD=59.6713;RBI=0.0173634;REFB=0;REVB=-0.0167555;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104192;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr17 7906519 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4439;QD=33.4284;RBI=0.122796;REFB=0;REVB=0.112856;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145526;OID=.;OPOS=7906519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 7942814 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0209067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8268;QD=8.81081;RBI=0.0210756;REFB=-0.0182082;REVB=0.00266268;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.034424;OID=.;OPOS=7942814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:5:6:4:2:5:6 chr17 7999957 . G A 155.45 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0475147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5986;QD=15.1656;RBI=0.0508047;REFB=-0.00261356;REVB=0.0179855;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389656;STB=0.522423;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00738461;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:19:5:4:13:19:5 chr17 8023057 . A C 336.93 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.883;QD=53.9091;RBI=0.00999517;REFB=0;REVB=-0.00611533;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126733;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:19:25:1:12:7:0:0:13:12:0:0 chr17 8023059 . A C 340.92 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.163;QD=54.547;RBI=0.0134412;REFB=0;REVB=-0.0101237;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22303e-06;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr17 8023061 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00824731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.223;QD=10.3793;RBI=0.0198851;REFB=-0.00530555;REVB=0.0180942;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.535635;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00628987;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:5:4:7:8:5:4:8:8 chr17 8023143 . G A 406.49 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8537;QD=56.067;RBI=0.0722854;REFB=0;REVB=-0.0333185;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288754;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr17 8024237 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0129;QD=60.2273;RBI=0.0353136;REFB=0;REVB=-0.0280515;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00077888;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr17 8045707 . GC CG,G 132.82 PASS AF=0,0.941176;AO=2,10;DP=17;FAO=0,16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=0,6;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254609,0.207704;FXX=0.0555247;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=74.7421,13.483;QD=31.2527;RBI=0.132838,0.209217;REFB=0.0970752,0.00896192;REVB=-0.130375,0.0251142;RO=3;SAF=0,3;SAR=2,7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.666583,-0.163937;STB=0.5,0.52378;STBP=1,0.521;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0223073;OID=.,.;OPOS=8045707,8045708;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:17:17:3:1:2,10:0,16:0,0.941176:2,7:0,3:2:1:0,10:0,6:0:1 chr17 8046772 . C G 74.58 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.104;QD=37.2897;RBI=0.0456588;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408926;OID=.;OPOS=8046772;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr17 8048010 . C A 72.36 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0245722;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.174;QD=18.0891;RBI=0.0299761;REFB=-0.0162217;REVB=0.017169;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394184;STB=0.666296;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0148837;OID=.;OPOS=8048010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:15:16:5:7:7:9:0.5625:3:4:0:5:3:6:2:5 chr17 8048169 . T C 696.8 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7024;QD=60.591;RBI=0.0487049;REFB=-0.127573;REVB=-0.0097536;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0036677;OID=.;OPOS=8048169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:19:26:0:0:19:26:1:0 chr17 8053085 . T G 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00319477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.14;QD=27.2645;RBI=0.0130433;REFB=-0.00862411;REVB=-0.012646;RO=13;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249662;STB=0.63936;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00379802;OID=.;OPOS=8053085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:17:5:7:6:17:5:7:6 chr17 8062583 . A G 729.88 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0158304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.435;QD=51.2197;RBI=0.0160144;REFB=-0.100669;REVB=-0.00242067;RO=3;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307613;STB=0.515269;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000495517;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:57:3:3:53:54:0.947368:20:33:1:2:21:33:1:2 chr17 8064083 . T G 914.69 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.1;QD=58.0758;RBI=0.216959;REFB=0;REVB=0.215934;RO=0;SAF=49;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450505;OID=.;OPOS=8064083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:49:63:1:0:49:0:0:1:62:0:0 chr17 8076778 . C T 487.93 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391871;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.355;QD=59.1425;RBI=0.0466876;REFB=0;REVB=-0.0253793;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905454;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr17 8076802 . T A 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4688;QD=60.973;RBI=0.0273609;REFB=0;REVB=0.0241386;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655179;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr17 8079029 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8813;QD=50.4119;RBI=0.0780776;REFB=0;REVB=0.0493384;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034229;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr17 8090908 . A G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0144191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5518;QD=12.024;RBI=0.0586331;REFB=0.020477;REVB=-0.0568325;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185289;STB=0.610913;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0371348;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:12:8:3:9:12:8 chr17 8092694 . T G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0143339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1368;QD=12.9735;RBI=0.0889371;REFB=-0.0342765;REVB=-0.0877745;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857139;STB=0.550477;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0153176;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:9:9:7:5:9:9 chr17 8108331 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.594;QD=51.177;RBI=0.0312062;REFB=0;REVB=0.0161066;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279249;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 8108339 . G A 224.99 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0842667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1156;QD=42.855;RBI=0.0934981;REFB=0.116103;REVB=0.0405096;RO=2;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917561;STB=0.549948;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00240933;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:9:10:0:2:9:10:0:2 chr17 8132763 . T C 46.72 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00671555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.481;QD=12.4583;RBI=0.0231277;REFB=-0.0133348;REVB=0.0221312;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236249;STB=0.599733;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0141179;OID=.;OPOS=8132763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:15:8:8:6:7:0.466667:3:3:2:6:4:3:2:6 chr17 8135061 . T C,G 128.83 PASS AF=0.75,0.25;AO=10,2;DP=12;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.09808,0.0438215;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.893,137.157;QD=42.9424;RBI=0.101085,0.0524496;REFB=0,0;REVB=0.024466,0.0288208;RO=0;SAF=2,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0041894,0.00361986;OID=.,.;OPOS=8135061,8135061;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:12:12:0:0:10,2:9,3:0.75,0.25:8,0:2,2:0:0:8,0:1,3:0:0 chr17 8141707 . T C 541.59 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562135;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3143;QD=60.177;RBI=0.0131569;REFB=0;REVB=-0.0118956;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471263;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr17 8157310 . C T 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0202283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.782;QD=23.4121;RBI=0.02089;REFB=-0.0140765;REVB=0.00521638;RO=25;SAF=22;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146299;STB=0.580598;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0103572;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:13:22:11:14:13:22:11:14 chr17 8192922 . C T 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00295129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2098;QD=12.4008;RBI=0.0167526;REFB=-0.0963936;REVB=-0.0164906;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0387608;OID=.;OPOS=8192922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:0:5:4:1:0:5 chr17 8216468 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.638;QD=55.0987;RBI=0.00500914;REFB=0;REVB=0.00500914;RO=0;SAF=0;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54452e-05;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:26:0:0:0:26:0:0:0 chr17 8224276 . T C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.435;QD=55.0921;RBI=0.0115758;REFB=0;REVB=0.00919855;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06419e-05;OID=.;OPOS=8224276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr17 8249116 . C T 503.83 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0116392;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.095;QD=50.3831;RBI=0.0290215;REFB=-0.0279469;REVB=0.0265853;RO=4;SAF=19;SAR=17;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888889;STB=0.547593;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0013135;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:17:19:4:0:17:19:4:0 chr17 8339283 . C T 197.27 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.067224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.453;QD=26.3021;RBI=0.0792558;REFB=-0.0318953;REVB=0.0419812;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167464;STB=0.592501;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0160883;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:2:9:11:8:2:9 chr17 8339307 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.922;QD=56.7051;RBI=0.0750075;REFB=0;REVB=0.0622077;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646588;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr17 8378932 . A G 437.42 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0195564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2843;QD=19.0181;RBI=0.0206491;REFB=-0.00735945;REVB=-0.00662817;RO=47;SAF=27;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137396;STB=0.57154;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.005412;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:17:27:22:25:17:27:23:25 chr17 8383894 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.47;QD=58.1395;RBI=0.0428264;REFB=0;REVB=0.00845364;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357137;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr17 8402669 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0810416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8948;QD=14.697;RBI=0.0821575;REFB=-0.0111782;REVB=-0.0134953;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297176;STB=0.654608;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0174392;OID=.;OPOS=8402669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:30:21:21:0.411765:15:6:16:12:15:6:16:14 chr17 8416901 . C T 261.87 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0811356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5132;QD=14.9642;RBI=0.0980658;REFB=-0.043373;REVB=0.0550809;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640877;STB=0.528552;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0718281;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:15:15:22:17:15:15:22:18 chr17 8424270 . G A 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.662;QD=57.2316;RBI=0.0231524;REFB=0;REVB=0.0220108;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44701e-05;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr17 8450357 . C A 193.12 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00184909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.189;QD=16.4357;RBI=0.0145498;REFB=-0.0216817;REVB=-0.0144319;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317387;STB=0.518183;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.027635;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:13:14:11:9:13:14 chr17 8644854 . C T 136.93 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0341627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2334;QD=11.9069;RBI=0.0364092;REFB=-0.0221462;REVB=-0.0125913;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170883;STB=0.586851;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0805559;OID=.;OPOS=8644854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:8:8:19:10:8:8:19:11 chr17 8647931 . G C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1775;QD=51.1791;RBI=0.0545371;REFB=0;REVB=0.015257;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717571;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 8700778 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.000677598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.797;QD=15.1662;RBI=0.0160209;REFB=-0.0205688;REVB=0.0160066;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.56748;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0225494;OID=.;OPOS=8700778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:13:7:7:8:13:7 chr17 8700982 . C T 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0632024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0798;QD=13.4835;RBI=0.0952151;REFB=-0.00983243;REVB=0.0712135;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403938;STB=0.740614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0234425;OID=.;OPOS=8700982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:7:4:7:2:7:4 chr17 8701497 . C G 65.33 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0397158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.765;QD=10.8884;RBI=0.0465182;REFB=-0.0148414;REVB=-0.0242198;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608985;STB=0.870411;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00309047;OID=.;OPOS=8701497;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:10:5:8:1:10:5 chr17 8725214 . A AG 259.36 PASS AF=1;AO=23;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8729;QD=37.0512;RBI=0.0570918;REFB=-0.0341833;REVB=-0.0338963;RO=4;SAF=3;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00075482;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:28:28:28:0:7:21:0:0:4:4:3:20:3:1 chr17 8792029 . A G 85.11 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0353924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.462;QD=11.7389;RBI=0.0559626;REFB=-0.0746913;REVB=-0.0433495;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47093;STB=0.791409;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0416376;OID=.;OPOS=8792029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:1:10:11:7:1:10:11:7 chr17 8792514 . G A 241.67 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00799075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1312;QD=21.9703;RBI=0.0134177;REFB=0.0721113;REVB=0.0107788;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076196;STB=0.542706;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0330726;OID=.;OPOS=8792514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:10:11:10:13:10:11 chr17 9066254 . T C 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2801;QD=57.2322;RBI=0.0712431;REFB=0;REVB=-0.00967496;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437039;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr17 9086712 . C T 234.01 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.751;QD=49.2656;RBI=0.172766;REFB=0;REVB=0.00109804;RO=1;SAF=2;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797769;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:18:19:1:16:2:1:0:16:3:0:0 chr17 9395231 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.142;QD=57.2009;RBI=0.0248098;REFB=0;REVB=0.00143391;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112726;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr17 9471711 . T G 437.36 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0440016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.83;QD=49.9845;RBI=0.0440674;REFB=-0.152594;REVB=0.00240855;RO=3;SAF=19;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682009;STB=0.536563;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00135612;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:13:19:3:0:13:19:3:0 chr17 9479098 . C A 566.25 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0202334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.836;QD=53.9287;RBI=0.0650103;REFB=-0.119981;REVB=0.0617814;RO=2;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390336;STB=0.530597;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00116755;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:42:42:2:3:39:39:0.928571:23:16:0:2:23:16:0:3 chr17 9515777 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0747629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8759;QD=10.6346;RBI=0.0750568;REFB=0.0145745;REVB=-0.00663508;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118061;STB=0.571254;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.017831;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:8:5:4:4:8:5 chr17 9549441 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00154681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.793;QD=12.73;RBI=0.00254837;REFB=0.00890264;REVB=0.00202524;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385795;STB=0.7268;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.012317;OID=.;OPOS=9549441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:3:9:3:6:3:9 chr17 9586165 . C T 163.66 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00152711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.626;QD=20.4572;RBI=0.0155696;REFB=-0.00662942;REVB=0.0154945;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266006;STB=0.650978;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0049125;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:5:12:6:9:5:12:6:9 chr17 9632247 . A G 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00664927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.868;QD=16.0926;RBI=0.0124987;REFB=-0.0136345;REVB=-0.0105833;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859701;STB=0.541172;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0177326;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:17:14:20:17:17:14:20:18 chr17 9712255 . G A 331.53 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00733996;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.313;QD=23.6808;RBI=0.00744253;REFB=-0.0141414;REVB=-0.00123139;RO=22;SAF=8;SAR=25;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294558;STB=0.514192;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00843681;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:23:33:33:0.589286:25:8:6:16:25:8:5:18 chr17 9725101 . G A 200.87 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0216685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.254;QD=20.6016;RBI=0.0379168;REFB=-0.0303467;REVB=-0.0311152;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206105;STB=0.511616;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0279168;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:10:9:9:11:10:9 chr17 9725338 . G A 281.03 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00966732;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.036;QD=21.2099;RBI=0.0275213;REFB=-0.0282919;REVB=0.0257675;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266087;STB=0.504596;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0171674;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:24:29:29:0.54717:13:16:13:12:13:16:13:11 chr17 9725347 . A G 271.54 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.023943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.784;QD=19.3958;RBI=0.0265281;REFB=-0.00540036;REVB=-0.0114225;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750427;STB=0.519986;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0098637;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:27:29:29:0.517857:13:16:16:9:13:16:16:11 chr17 9814048 . CA CAG,CG,C 157.34 PASS AF=0.142857,0,0.666667;AO=3,3,11;DP=22;FAO=3,0,14;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=3,0,14;FSAR=0,0,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00825359,-0.00601776,-0.00634654;FXX=0.0454339;HRUN=6,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=4.4481,248.792,254.237;QD=29.9687;RBI=0.00825359,0.00601776,0.00634654;REFB=-0.0615484,0.00494402,0.00575436;REVB=0,0,0;RO=4;SAF=3,3,11;SAR=0,0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,snp,del;VARB=0.164811,0.0281508,-0.0115681;OID=.,.,.;OPOS=9814050,9814049,9814049;OREF=-,A,A;OALT=G,G,-;OMAPALT=CAG,CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.142857,0,0.666667:3,3,11:22:3,0,14:21:4:3,0,14:0,0,0:4:0:19:4:3,3,11:0,0,0:4:0 chr17 10206595 . T C 385.01 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00445388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.12;QD=23.334;RBI=0.0119137;REFB=-0.00604792;REVB=-0.0110498;RO=27;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389416;STB=0.530462;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00488045;OID=.;OPOS=10206595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:28:38:38:0.575758:23:15:12:15:23:15:13:15 chr17 10222131 . G A 208.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00111;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7882;QD=13.4797;RBI=0.0259355;REFB=-0.00624664;REVB=0.0259117;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115072;STB=0.565467;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0106105;OID=.;OPOS=10222131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:37:37:25:25:0.403226:10:15:26:11:10:15:26:11 chr17 10222149 . A G 236.54 PASS AF=0.4;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0134491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.795;QD=13.5166;RBI=0.0262922;REFB=-0.0111723;REVB=-0.0225921;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675702;STB=0.544273;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0171627;OID=.;OPOS=10222149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:42:28:28:0.4:12:16:26:15:12:16:27:15 chr17 10223697 . G T 226.08 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00850731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.545;QD=20.5523;RBI=0.0214703;REFB=-0.016989;REVB=-0.0197129;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137584;STB=0.523686;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0176616;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:22:22:20:22:0.5:13:7:8:14:13:9:8:14 chr17 10223714 . T C 198.33 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0198015;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5155;QD=18.8887;RBI=0.0893363;REFB=-0.0367879;REVB=0.0871141;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352803;STB=0.51998;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00987709;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:12:8:8:14:12:8:8:14 chr17 10231417 . C T 342.66 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0227774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.995;QD=18.7758;RBI=0.0312322;REFB=-0.00695487;REVB=-0.021369;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086554;STB=0.548189;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0045868;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:19:17:21:16:19:17:21:16 chr17 10236465 . G A 192.41 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0191377;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.269;QD=11.4873;RBI=0.0192973;REFB=0.00189146;REVB=-0.00247713;RO=43;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211589;STB=0.621988;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00467743;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:43:24:24:0.358209:11:13:15:28:11:13:15:28 chr17 10243717 . G A 1029.24 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704942;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6477;QD=59.6658;RBI=0.0706229;REFB=0;REVB=0.00426198;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624754;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr17 10297658 . A G 443.03 PASS AF=0.483516;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00386948;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.817;QD=19.4738;RBI=0.00512909;REFB=-0.0209075;REVB=-0.00336671;RO=46;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054338;STB=0.518064;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0254611;OID=.;OPOS=10297658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:46:47:43:44:0.483516:24:19:23:23:24:20:23:24 chr17 10304261 . G A 156.83 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0371066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8748;QD=16.9545;RBI=0.0972363;REFB=-0.00902042;REVB=-0.0898777;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238186;STB=0.646285;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00466355;OID=.;OPOS=10304261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:5:11:9:11:5:12:9:11 chr17 10309415 . T C 349.59 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0398657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8101;QD=15.1995;RBI=0.048794;REFB=-0.0286007;REVB=0.0281351;RO=52;SAF=15;SAR=23;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301144;STB=0.518992;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0235198;OID=.;OPOS=10309415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:54:38:38:0.413043:23:15:22:30:23:15:23:31 chr17 10318636 . A G 1181.0 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.423;QD=59.7977;RBI=0.123425;REFB=0;REVB=0.0383442;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735612;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:79:0:0:71:79:1:38:33:0:0:38:41:0:0 chr17 10346781 . T C 440.42 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=0.0354146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.153;QD=22.0212;RBI=0.0370594;REFB=-0.00969614;REVB=0.010918;RO=36;SAF=11;SAR=32;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102726;STB=0.5602;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00730815;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:32:11:6:30:32:11:6:31 chr17 10348354 . T C 226.11 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00670227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.612;QD=20.5551;RBI=0.0371061;REFB=0.00417937;REVB=-0.0364958;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387148;STB=0.522801;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00629096;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:22:22:22:0.5:12:10:10:10:12:10:11:11 chr17 10355371 . C T 188.78 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0488299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8508;QD=13.0196;RBI=0.08788;REFB=0.0192822;REVB=0.0730653;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589983;STB=0.533951;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0253295;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:8:15:21:14:8:15:21:14 chr17 10355763 . T C 535.48 PASS AF=0.430657;AO=58;DP=136;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00210094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.862;QD=15.6343;RBI=0.0353661;REFB=-0.00767138;REVB=0.0353036;RO=78;SAF=26;SAR=32;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040053;STB=0.526674;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0121261;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:78:78:58:59:0.430657:32:26:38:40:33:26:38:40 chr17 10363410 . A G 820.05 PASS AF=0.421296;AO=90;DP=215;FAO=91;FDP=216;FR=.;FRO=125;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=0.00184937;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.821;QD=15.1861;RBI=0.0161011;REFB=-0.0167437;REVB=-0.0159946;RO=124;SAF=40;SAR=50;SRF=51;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349939;STB=0.520268;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0249961;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:124:125:90:91:0.421296:50:40:51:73:50:41:52:73 chr17 10415840 . A G 456.59 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419547;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.748;QD=57.0735;RBI=0.0424028;REFB=0;REVB=0.00614792;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286443;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:1:0:29:32:1:19:10:1:0:19:13:0:0 chr17 10427924 . G A 287.95 PASS AF=0.5;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0205417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.902;QD=18.5771;RBI=0.0213761;REFB=-0.0223039;REVB=0.00591394;RO=30;SAF=6;SAR=25;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240382;STB=0.647915;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.022026;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:31:31:0.5:25:6:12:18:25:6:13:18 chr17 10448769 . A T 445.19 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0141782;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2772;QD=18.5495;RBI=0.0184741;REFB=-0.0141439;REVB=0.0118437;RO=50;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237244;STB=0.513623;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0200825;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:51:44:45:0.46875:30:14:17:33:31:14:17:34 chr17 10450816 . T C 440.43 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=101;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00454432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.357;QD=16.9396;RBI=0.0256319;REFB=-0.00586652;REVB=-0.0252259;RO=54;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431568;STB=0.527342;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00817624;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:54:56:47:48:0.461538:24:23:24:30:25:23:24:32 chr17 10536018 . G A 301.86 PASS AF=0.464789;AO=31;DP=69;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0116283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.573;QD=17.0062;RBI=0.0542133;REFB=-0.0247403;REVB=0.0529516;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143284;STB=0.566287;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0304731;OID=.;OPOS=10536018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:37:38:31:33:0.464789:18:13:21:16:18:15:22:16 chr17 10541515 . C T 251.06 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0418033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7734;QD=19.6912;RBI=0.0487706;REFB=-0.0371688;REVB=0.025121;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24195;STB=0.590703;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0363709;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:25:25:26:0.509804:12:13:17:4:12:14:18:7 chr17 10541741 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0614809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7732;QD=12.0155;RBI=0.0615017;REFB=-0.00850554;REVB=0.00159959;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00362961;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr17 10542471 . T G 368.6 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0113456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.865;QD=19.4001;RBI=0.0542314;REFB=-0.014816;REVB=0.0530313;RO=38;SAF=22;SAR=16;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049008;STB=0.527206;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0153633;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:16:22:24:14:16:22:24:14 chr17 10542765 . A G 344.67 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0260269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.01;QD=19.1481;RBI=0.0263168;REFB=-0.00909016;REVB=0.00389599;RO=36;SAF=11;SAR=25;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163193;STB=0.591163;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00544058;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:25:11:17:19:25:11:17:19 chr17 10542886 . T C 382.12 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00448363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.839;QD=19.8504;RBI=0.0483857;REFB=-0.0347367;REVB=0.0481776;RO=38;SAF=27;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184044;STB=0.602537;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0225377;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:12:27:19:19:12:27:19:19 chr17 10543463 . T C 438.09 PASS AF=0.369565;AO=51;DP=139;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.00811073;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.253;QD=12.6982;RBI=0.0103106;REFB=-0.0183535;REVB=-0.00636595;RO=87;SAF=28;SAR=23;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353698;STB=0.527386;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0521287;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:87:87:51:51:0.369565:23:28:45:42:23:28:44:43 chr17 10544416 . G T 104.8 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0192746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0501;QD=10.7487;RBI=0.0193925;REFB=-0.0274881;REVB=0.00213468;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128007;STB=0.576354;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0281223;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:11:15:6:7:11:15 chr17 10614442 . A G 187.69 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0527254;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4972;QD=26.8129;RBI=0.0648451;REFB=-0.000257522;REVB=-0.037748;RO=10;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162376;STB=0.590803;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00422957;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:10:10:18:18:0.642857:13:5:5:5:13:5:5:5 chr17 10617803 . G T 94.12 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.026853;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3695;QD=9.65376;RBI=0.0613124;REFB=-0.0155483;REVB=-0.0551192;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14694;STB=0.588097;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0150667;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:8:19:7:5:8:19 chr17 11166782 . G A 326.13 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0177008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7015;QD=20.0696;RBI=0.0720947;REFB=0.000634757;REVB=-0.069888;RO=31;SAF=23;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147693;STB=0.582228;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00151709;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:11:23:16:15:11:23:16:15 chr17 11461194 . C T 316.65 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0141689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.615;QD=11.014;RBI=0.0238194;REFB=-0.0108068;REVB=-0.019147;RO=75;SAF=22;SAR=18;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109306;STB=0.562848;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0236539;OID=.;OPOS=11461194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:75:75:40:40:0.347826:18:22:34:41:18:22:34:41 chr17 11511457 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.213;QD=60.61;RBI=0.0283891;REFB=0;REVB=0.0217019;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33348e-05;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 11523082 . A G 375.35 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8318;QD=55.6071;RBI=0.0379788;REFB=0;REVB=0.0362833;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276686;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr17 11583089 . T C 923.77 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0273307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.087;QD=55.1505;RBI=0.0512341;REFB=-0.231714;REVB=0.0433354;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.503105;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00288422;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:1:2:64:65:0.970149:39:25:0:1:39:26:1:1 chr17 11648332 . C T 849.68 PASS AF=0.984375;AO=58;DP=61;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.133925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2076;QD=53.1051;RBI=0.133946;REFB=-0.180267;REVB=0.00236266;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285653;STB=0.513509;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00677153;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:64:1:1:58:63:0.984375:42:16:1:0:45:18:1:0 chr17 11757355 . G A 79.01 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0121987;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2617;QD=13.7415;RBI=0.0199635;REFB=-0.0272811;REVB=-0.0158029;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177933;STB=0.603583;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0190178;OID=.;OPOS=11757355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:10:3:4:6:10:3 chr17 11865462 . G A 321.43 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0122408;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.582;QD=18.6339;RBI=0.013053;REFB=-0.0222993;REVB=0.00453243;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684359;STB=0.536061;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0168121;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:35:34:34:0.492754:18:16:13:20:18:16:14:21 chr17 11980471 . T A 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.00919577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.744;QD=13.0291;RBI=0.0104242;REFB=-0.00250495;REVB=0.0049093;RO=46;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00752968;STB=0.504307;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00731432;OID=.;OPOS=11980471;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:20:9:14:32:20:9:14:32 chr17 12812258 . G T 260.11 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00137893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2115;QD=16.7816;RBI=0.0258841;REFB=0.00825848;REVB=0.0258473;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146362;STB=0.50823;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00957947;OID=.;OPOS=12812258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:18:11:13:20:18:11:13:20 chr17 12820632 . A C 739.94 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.434;QD=56.9181;RBI=0.0947436;REFB=0;REVB=0.00774266;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221336;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:26:24:0:0:26:26:0:0 chr17 12894832 . A G 154.79 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.018279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.557;QD=22.9311;RBI=0.045306;REFB=0.0286869;REVB=-0.0414549;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313645;STB=0.675464;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0155908;OID=.;OPOS=12894832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:2:9:6:10:2:9 chr17 13399616 . A T 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.149;QD=54.5137;RBI=0.0520398;REFB=0;REVB=-0.0293788;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54158e-05;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr17 14005439 . G A 447.56 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00609636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6285;QD=18.6485;RBI=0.0239808;REFB=-0.00444069;REVB=0.023193;RO=51;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181425;STB=0.594055;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00675269;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:51:44:45:0.46875:21:23:17:34:22:23:17:34 chr17 14095309 . A G 1469.63 PASS AF=1;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209626;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.979;QD=59.3791;RBI=0.0282365;REFB=0;REVB=-0.0189174;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159589;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:99:0:0:98:99:1:56:42:0:0:56:43:0:0 chr17 14111176 . C A 686.79 PASS AF=0.9;AO=53;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0326134;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.383;QD=45.7861;RBI=0.0348144;REFB=0.0243675;REVB=0.0121821;RO=5;SAF=20;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104246;STB=0.528835;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00721145;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:60:60:5:6:53:54:0.9:33:20:5:0:33:21:4:2 chr17 14139891 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.37;QD=46.848;RBI=0.00697241;REFB=0;REVB=0.00577;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64211e-05;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr17 14140103 . A G 606.27 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121555;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9911;QD=59.1484;RBI=0.0174936;REFB=-0.109587;REVB=0.0125805;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00273214;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr17 14248423 . T C 109.57 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00715514;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8206;QD=15.1129;RBI=0.00721199;REFB=-0.0332098;REVB=0.000903734;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259769;STB=0.559344;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0329772;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:17:16:12:13:0.448276:10:2:6:11:10:3:5:11 chr17 14249167 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0195835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.915;QD=18.3009;RBI=0.0205268;REFB=-0.00617944;REVB=0.0061512;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423538;STB=0.508227;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00484229;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:11:9:10:12:11:9:10:13 chr17 14673567 . C CA 60.67 PASS AF=0.461538;AO=13;DP=42;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.122635;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.30945;QD=6.22282;RBI=0.152866;REFB=-0.0543179;REVB=-0.0912625;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644495;STB=0.542809;STBP=0.631;TYPE=ins;VARB=0.0156377;OID=.;OPOS=14673568;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:13:42:18:39:21:10:8:10:11:59:25:7:6:12:13 chr17 15234895 . C T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0148807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.259;QD=12.4814;RBI=0.0353646;REFB=-0.00572081;REVB=-0.0320815;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512175;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00831472;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:8:4:6:12:8:4:6:13 chr17 15311975 . G A 218.48 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0541;QD=48.5518;RBI=0.0334296;REFB=0;REVB=-0.01615;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000895295;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:5:13:0:0 chr17 15341183 . A C 498.34 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0100126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3523;QD=21.4341;RBI=0.0107074;REFB=-0.0288925;REVB=-0.00379406;RO=43;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996247;STB=0.505374;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0340719;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:45:48:48:0.516129:24:24:21:22:24:24:22:23 chr17 15343524 . C CCTT 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=166.59;QD=54.5177;RBI=0.00756362;REFB=0;REVB=-0.00756362;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.95771e-05;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:25:25:0:0:25:0:0:4:0:0:25:0:0 chr17 15443734 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0027079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.939;QD=14.3344;RBI=0.0129488;REFB=-0.0243727;REVB=-0.0126625;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15627;STB=0.592381;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0170701;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:5:5:3:6:5:5 chr17 15443742 . C G 128.05 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0177003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.765;QD=20.4874;RBI=0.024749;REFB=-0.0130987;REVB=0.0172978;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204611;STB=0.511611;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00277842;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:6:5:6:8:6:5 chr17 15477417 . A G 56.1 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00142099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.757;QD=10.686;RBI=0.0312862;REFB=-0.0167552;REVB=0.0312539;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308108;STB=0.657205;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0347676;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:21:12:13:7:8:0.380952:2:5:11:1:3:5:11:2 chr17 15492426 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0152823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5224;QD=19.134;RBI=0.0449969;REFB=0.0407447;REVB=-0.0423222;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0179779;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr17 15620481 . C T 38.4 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00710664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.966;QD=2.84464;RBI=0.0283423;REFB=-0.000668313;REVB=0.0274369;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222344;STB=0.659365;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00637948;OID=.;OPOS=15620481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:4:3:29:18:4:3:29:18 chr17 15690281 . C T 165.15 PASS AF=0.4;AO=16;DP=43;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0263228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4416;QD=14.6796;RBI=0.0646743;REFB=-0.0418635;REVB=0.0590751;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194495;STB=0.566429;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0366906;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:27:27:16:18:0.4:6:10:12:15:8:10:12:15 chr17 15690793 . T C 364.96 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=-0.0212742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.743;QD=14.173;RBI=0.0255372;REFB=0.000452416;REVB=-0.0141265;RO=60;SAF=15;SAR=27;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127313;STB=0.57477;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.000836703;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:27:15:15:45:27:15:15:46 chr17 15690888 . C G 402.97 PASS AF=0.6;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0447768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8187;QD=24.7981;RBI=0.0881643;REFB=-0.0036385;REVB=-0.0759472;RO=24;SAF=12;SAR=27;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389699;OID=.;OPOS=15690888;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:24:26:39:39:0.6:27:12:8:16:27:12:8:18 chr17 16068340 . C T 169.51 PASS AF=0.234783;AO=23;DP=111;FAO=27;FDP=115;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00580363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.816;QD=5.89581;RBI=0.00784249;REFB=-0.0079906;REVB=-0.0052747;RO=85;SAF=19;SAR=4;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461169;STB=0.716491;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.025527;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:85:88:23:27:0.234783:4:19:41:44:7:20:41:47 chr17 16068343 . G A 202.38 PASS AF=0.26087;AO=30;DP=115;FAO=30;FDP=115;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0122459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8453;QD=7.03918;RBI=0.0224634;REFB=-0.00822325;REVB=-0.0188319;RO=84;SAF=23;SAR=7;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36287;STB=0.716358;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0109299;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:84:85:30:30:0.26087:7:23:41:43:7:23:42:43 chr17 16068362 . C T 260.61 PASS AF=0.292683;AO=34;DP=121;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00376326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.65;QD=8.47518;RBI=0.0379182;REFB=-0.00550262;REVB=-0.037731;RO=87;SAF=25;SAR=9;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320518;STB=0.701181;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0122184;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:87:87:34:36:0.292683:9:25:42:45:9:27:42:45 chr17 16068377 . C G 278.03 PASS AF=0.280576;AO=37;DP=143;FAO=39;FDP=139;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.000914768;FXX=0.0347198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.03;QD=8.00077;RBI=0.013115;REFB=-0.000862802;REVB=-0.013083;RO=98;SAF=29;SAR=8;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355262;STB=0.69842;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00180505;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:139:98:100:37:39:0.280576:8:29:51:47:9:30:52:48 chr17 16068383 . G A 343.77 PASS AF=0.307692;AO=44;DP=144;FAO=44;FDP=143;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.00179114;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.229;QD=9.61586;RBI=0.00190439;REFB=-0.00500394;REVB=0.000646945;RO=100;SAF=32;SAR=12;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275849;STB=0.664772;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0106683;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:100:99:44:44:0.307692:12:32:51:49:12:32:50:49 chr17 16068396 . G A 397.16 PASS AF=0.326667;AO=49;DP=149;FAO=49;FDP=150;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00943525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.556;QD=10.5909;RBI=0.0305778;REFB=-0.00194648;REVB=0.0290857;RO=91;SAF=36;SAR=13;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233445;STB=0.673216;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0101509;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:91:101:49:49:0.326667:13:36:50:41:13:36:50:51 chr17 16097825 . T G 62.14 PASS AF=0.11811;AO=14;DP=127;FAO=15;FDP=127;FR=.;FRO=112;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=-0.0252678;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4895;QD=1.95701;RBI=0.0269855;REFB=-0.00774951;REVB=-0.00947394;RO=110;SAF=3;SAR=11;SRF=40;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21328;STB=0.679271;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0614976;OID=.;OPOS=16097825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:127:127:110:112:14:15:0.11811:11:3:40:70:12:3:41:71 chr17 16097870 . C A 79.31 PASS AF=0.138211;AO=17;DP=122;FAO=17;FDP=123;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=75;FWDB=0.0111872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1375;QD=2.5791;RBI=0.0347759;REFB=0.0125353;REVB=-0.0329274;RO=105;SAF=4;SAR=13;SRF=31;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954959;STB=0.563737;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0751947;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:122:123:105:106:17:17:0.138211:13:4:31:74:13:4:31:75 chr17 16325968 . A G 126.81 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0144267;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.318;QD=18.1162;RBI=0.0144267;REFB=-0.00218449;REVB=-9.87484e-06;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236713;OID=.;OPOS=16325968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:14:14:14:0.5:7:7:7:8:7:7:7:7 chr17 16326005 . A C 134.71 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0149589;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0622;QD=14.563;RBI=0.0207045;REFB=-0.0205347;REVB=-0.0143145;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199743;STB=0.626174;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0313417;OID=.;OPOS=16326005;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:8:7:14:7:8:7:15:7 chr17 16336992 . C G 50.67 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0207639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5164;QD=11.2596;RBI=0.0345375;REFB=-0.00048726;REVB=-0.0275989;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439266;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00798791;OID=.;OPOS=16336992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:18:9:10:7:8:0.444444:2:5:2:7:2:6:3:7 chr17 16346932 . G T 165.7 PASS AF=0.53125;AO=18;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0135606;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.365;QD=20.712;RBI=0.043921;REFB=-0.0241584;REVB=0.0417751;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243242;STB=0.650978;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0289108;OID=.;OPOS=16346932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:12:15:18:17:0.53125:12:6:8:4:12:5:9:6 chr17 16350239 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.688;QD=53.2746;RBI=0.0291381;REFB=0;REVB=-0.0112423;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69783e-05;OID=.;OPOS=16350239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chr17 16524929 . C A 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00809585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.59;QD=56.0072;RBI=0.00818201;REFB=-0.103619;REVB=-0.00118423;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000722085;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:0:1:60:60:0.983607:38:22:0:0:38:22:1:0 chr17 16635980 . G A 272.28 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6865;QD=51.8636;RBI=0.00793601;REFB=0;REVB=-0.00597352;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181739;OID=.;OPOS=16635980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 16735618 . G A 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00735345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.526;QD=51.8348;RBI=0.0383164;REFB=0.0235404;REVB=0.0376042;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133849;STB=0.507182;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0017036;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:1:1:19:12:1:1 chr17 16746358 . G A 483.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6526;QD=58.5727;RBI=0.0296499;REFB=0;REVB=0.00237805;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039656;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr17 16828713 . A T 452.46 PASS AF=0.511111;AO=44;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0319544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5973;QD=20.1095;RBI=0.0330419;REFB=-0.00802605;REVB=0.00840721;RO=44;SAF=20;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834664;STB=0.546104;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00865451;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:44:46:0.511111:24:20:16:28:25:21:16:28 chr17 16828790 . TG CA 271.19 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.00459119;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.676;QD=22.599;RBI=0.00459334;REFB=-0.0212174;REVB=0.000140474;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308082;STB=0.669932;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0253993;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:3:20:13:12:3:20 chr17 16836425 . G A 377.55 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0112257;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.723;QD=18.4169;RBI=0.0218476;REFB=-0.0223382;REVB=0.018743;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331279;STB=0.524987;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0235554;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:43:43:38:39:0.47561:19:19:20:23:19:20:20:23 chr17 16842912 . A G 333.7 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0100709;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.101;QD=21.5288;RBI=0.0420477;REFB=-0.0428316;REVB=-0.0408238;RO=28;SAF=27;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348426;STB=0.694505;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0349555;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:28:28:34:34:0.548387:7:27:12:16:7:27:12:16 chr17 16842979 . C T 452.03 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0295161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4008;QD=19.442;RBI=0.0322904;REFB=-0.00434183;REVB=0.0130946;RO=48;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669401;STB=0.529827;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0063539;OID=.;OPOS=16842979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:48:48:44:45:0.483871:18:26:25:23:19:26:25:23 chr17 16842991 . G A 369.61 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0111337;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.066;QD=16.9934;RBI=0.0122397;REFB=-0.0173094;REVB=-0.0050845;RO=48;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429732;STB=0.524109;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0175284;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:17:22:25:23:17:22:25:23 chr17 16855878 . C T 202.21 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=22;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0236931;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.2077;QD=38.5168;RBI=0.0238268;REFB=-0.10368;REVB=0.00252111;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.565147;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00742408;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:21:0:3:17:18:0.857143:8:9:0:0:8:10:3:0 chr17 16892265 . G A 455.49 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0215064;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0473;QD=25.3049;RBI=0.0371303;REFB=-0.00322314;REVB=0.0302678;RO=29;SAF=27;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233651;STB=0.627847;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00187763;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:29:29:43:43:0.597222:16:27:9:20:16:27:9:20 chr17 16892273 . A G 439.27 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0259296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8253;QD=24.7475;RBI=0.0299232;REFB=-0.0124947;REVB=0.0149349;RO=28;SAF=25;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223986;STB=0.615381;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0114029;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:29:42:42:0.591549:17:25:8:20:17:25:9:20 chr17 16893462 . T C 309.72 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.00143324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.715;QD=18.771;RBI=0.0154261;REFB=-0.0248323;REVB=0.0153594;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261969;STB=0.65019;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0154005;OID=.;OPOS=16893462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:17:16:25:7:17:16:26:7 chr17 16946210 . C T 360.79 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=16;FWDB=0.00368289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.969;QD=13.1198;RBI=0.0108534;REFB=0.000327785;REVB=0.0102094;RO=64;SAF=23;SAR=20;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252749;STB=0.641189;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000495359;OID=.;OPOS=16946210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:67:43:43:0.390909:20:23:49:15:20:23:51:16 chr17 16960978 . G A 163.33 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0164675;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.09;QD=19.7972;RBI=0.0165288;REFB=0.000406929;REVB=0.00142298;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658609;STB=0.526286;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.000285911;OID=.;OPOS=16960978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:11:5:4:12:12:5:4:12 chr17 17000077 . T C 271.98 PASS AF=0.424658;AO=26;DP=69;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0328857;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.211;QD=14.9027;RBI=0.0328901;REFB=-0.0168691;REVB=-0.000541087;RO=43;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291339;STB=0.527932;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0243067;OID=.;OPOS=17000077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:43:42:26:31:0.424658:14:12:21:22:14:17:21:21 chr17 17039561 . CCAGCAG C,CCAG 248.9 PASS AF=0.318182,0.681818;AO=3,6;DP=22;FAO=7,15;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5,7;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853862,0.0388511;FXX=0.119952;HRUN=2,1;LEN=6,3;MLLD=119.422,70.3264;QD=45.2542;RBI=0.032719,0.0829081;REFB=0,0;REVB=-0.0315852,0.0732417;RO=0;SAF=2,3;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.250253,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0666191,0.0153865;OID=.,.;OPOS=17039562,17039562;OREF=CAGCAG,CAG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.318182,0.681818:3,6:22:7,15:22:0:5,7:2,8:0:0:40:0:2,3:1,3:0:0 chr17 17080575 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000295213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.629;QD=17.4015;RBI=0.00055375;REFB=-0.00639142;REVB=0.000468495;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00636313;OID=.;OPOS=17080575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:6:7:7:6:6:7 chr17 17124815 . C T 47.39 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0250665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.323;QD=7.29073;RBI=0.025995;REFB=-0.00494081;REVB=0.00688571;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447664;STB=0.777113;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00821171;OID=.;OPOS=17124815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:26:26:17:18:7:8:0.307692:2:5:5:12:2:6:6:12 chr17 17183974 . A C 173.71 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.00537856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.156;QD=12.8676;RBI=0.0166734;REFB=-0.0215595;REVB=-0.0157821;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386742;STB=0.723009;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0389242;OID=.;OPOS=17183974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:5:27:10:11:5:28 chr17 17250159 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00586318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.162;QD=13.5768;RBI=0.0336029;REFB=-0.0132751;REVB=0.0330874;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448006;STB=0.522578;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0137747;OID=.;OPOS=17250159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:8:5:7:11:8:5:8:11 chr17 17326604 . CA TG 267.86 PASS AF=0.54;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0145433;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.386;QD=21.429;RBI=0.0168074;REFB=-0.0169234;REVB=0.00842507;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127898;STB=0.571374;STBP=0.291;TYPE=mnp;VARB=0.0126799;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:23:27:27:0.54:9:18:12:11:9:18:12:11 chr17 17363784 . A C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0351603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.847;QD=24.1271;RBI=0.0374275;REFB=-0.00727221;REVB=0.0128284;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758887;STB=0.54255;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00520597;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:6:5:6:11:6:5 chr17 17397982 . T C 1281.24 PASS AF=0.921569;AO=93;DP=102;FAO=94;FDP=102;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0283356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.063;QD=50.2445;RBI=0.0316622;REFB=0.023289;REVB=0.0141276;RO=5;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468622;STB=0.518793;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.000902183;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:102:102:5:8:93:94:0.921569:48:45:0:5:48:46:2:6 chr17 17425684 . C T 231.34 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0386664;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.356;QD=22.5693;RBI=0.0407218;REFB=-0.00537774;REVB=-0.0127742;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686566;STB=0.553439;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00457346;OID=.;OPOS=17425684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:19:22:22:0.536585:14:8:8:10:14:8:9:10 chr17 17682484 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.335;QD=58.1414;RBI=0.020289;REFB=0;REVB=0.00312798;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67038e-05;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr17 17696531 . G C 181.78 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0744209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6217;QD=16.9093;RBI=0.0857888;REFB=-0.040105;REVB=0.0426762;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106659;STB=0.560912;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0333613;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:14:10:10:9:14:10 chr17 17696755 . C A 408.94 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0172557;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0714;QD=22.4077;RBI=0.0225557;REFB=-0.0133574;REVB=-0.0145259;RO=33;SAF=11;SAR=29;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868628;STB=0.548044;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0108526;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:29:11:12:21:29:11:12:21 chr17 17697099 . G A 41.59 PASS AF=0.291667;AO=5;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00585167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.245;QD=6.93134;RBI=0.0647247;REFB=-0.0870708;REVB=0.0644597;RO=18;SAF=5;SAR=0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.709451;STB=0.678486;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0939764;OID=.;OPOS=17697099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:23:24:18:17:5:7:0.291667:0:5:8:10:2:5:8:9 chr17 17698254 . G A 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00385185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.356;QD=11.2146;RBI=0.00568164;REFB=-0.0103207;REVB=-0.00417663;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540173;STB=0.532093;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0203327;OID=.;OPOS=17698254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:16:17:9:7:16:17 chr17 17707105 . T C 253.12 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0352221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5766;QD=17.4566;RBI=0.0434094;REFB=-0.0150872;REVB=-0.0253728;RO=30;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290602;STB=0.663224;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0211;OID=.;OPOS=17707105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:9:19:11:19:9:19:11:19 chr17 17715101 . G A 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00499681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.624;QD=13.0353;RBI=0.0246367;REFB=0.00777853;REVB=0.0241247;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171859;STB=0.599893;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00692793;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:11:21:9:9:11:21 chr17 17715317 . C G 143.13 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00256205;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.701;QD=21.204;RBI=0.00455588;REFB=-0.0161527;REVB=-0.00376722;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262026;STB=0.514832;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0117241;OID=.;OPOS=17715317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:6:6:8:7:6:6 chr17 17719608 . G A 538.49 PASS AF=0.487395;AO=55;DP=121;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0198691;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.968;QD=18.1004;RBI=0.0302197;REFB=0.00217329;REVB=-0.0227695;RO=61;SAF=36;SAR=19;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129665;STB=0.581157;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0029369;OID=.;OPOS=17719608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:61:61:55:58:0.487395:19:36:32:29:19:39:32:29 chr17 17896205 . C T 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0120409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.021;QD=19.4011;RBI=0.013485;REFB=-0.0174622;REVB=0.00607138;RO=38;SAF=16;SAR=22;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202672;STB=0.611711;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0193545;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:22:16:8:30:22:16:8:30 chr17 17948475 . G A 146.88 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.112666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.204;QD=17.28;RBI=0.114966;REFB=-0.0243254;REVB=0.0228836;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265217;STB=0.529375;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0309103;OID=.;OPOS=17948475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:8:8:8:9:8:8:8:10 chr17 17997209 . G A 262.82 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0102221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.23;QD=12.666;RBI=0.0103727;REFB=-0.00601996;REVB=0.00176123;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140703;STB=0.586445;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0107012;OID=.;OPOS=17997209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:18:13:28:23:18:13:29:23 chr17 18003671 . T G 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.566;QD=53.4964;RBI=0.0253936;REFB=0.0482678;REVB=0.018125;RO=2;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128728;STB=0.506892;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.000429689;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:21:13:1:1:21:13:1:1 chr17 18022990 . C T 128.4 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00836054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.941;QD=12.2284;RBI=0.0193795;REFB=0.00802376;REVB=0.0174834;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106839;STB=0.545395;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0108008;OID=.;OPOS=18022990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:6:9:18:8:6:9:18:9 chr17 18023897 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0164804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.439;QD=16.199;RBI=0.0676582;REFB=-0.0475192;REVB=0.0656204;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0192447;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr17 18041507 . C T 867.95 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8273;QD=57.8633;RBI=0.0340212;REFB=0;REVB=-0.0153539;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105039;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr17 18046898 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3232;QD=44.6887;RBI=0.0344298;REFB=0;REVB=0.0337975;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130925;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr17 18047189 . G A 684.45 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039941;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9009;QD=54.7559;RBI=0.061201;REFB=-0.109121;REVB=0.0463711;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00123904;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:48:49:0.98:25:23:0:1:25:24:0:1 chr17 18052867 . T C 651.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2069;QD=62.0054;RBI=0.051568;REFB=0;REVB=0.030901;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9225e-05;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr17 18077175 . T C 868.45 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.903;QD=57.8969;RBI=0.0155649;REFB=0;REVB=-0.0067908;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21671e-05;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr17 18087299 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4627;QD=40.7629;RBI=0.0362007;REFB=0;REVB=-0.0185934;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284556;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr17 18148049 . CA GG 139.2 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987322;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.636;QD=42.8318;RBI=0.0987322;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.99902e-05;OID=.;OPOS=18148049;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:13:0:0:11:13:1:0:11:0:0:0:13:0:0 chr17 18148052 . G T 71.7 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00682192;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=206.55;QD=19.1188;RBI=0.00682192;REFB=0.0417113;REVB=0;RO=6;SAF=9;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436937;OID=.;OPOS=18148052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:0:9:6:0:0:9:6:0 chr17 18148485 . G A 87.55 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4727;QD=38.9114;RBI=0.0324486;REFB=0;REVB=0.00477285;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132666;OID=.;OPOS=18148485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr17 18167505 . T C 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00266371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8717;QD=56.0082;RBI=0.0263881;REFB=-0.00213906;REVB=0.0262534;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00414835;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:1:0:18:16:1:0 chr17 18219835 . T C 171.38 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206106;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.244;QD=42.8448;RBI=0.0217265;REFB=0.0522688;REVB=-0.00687336;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0014139;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr17 18220770 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6801;QD=54.5148;RBI=0.0783352;REFB=0;REVB=-0.078219;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185575;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr17 18221010 . A G 198.39 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000168693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8202;QD=44.0869;RBI=0.0910957;REFB=-0.00932522;REVB=0.0910955;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00162679;OID=.;OPOS=18221010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr17 18230380 . T G 948.16 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745142;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.903;QD=57.4643;RBI=0.0810071;REFB=0;REVB=0.031777;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082746;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:61:66:1:33:28:0:0:35:31:0:0 chr17 18236339 . G A 451.61 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00693714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.101;QD=54.7407;RBI=0.0301385;REFB=-0.08086;REVB=0.0293293;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00114536;OID=.;OPOS=18236339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:33:0:1:31:32:0.969697:15:16:0:0:16:16:0:1 chr17 18528623 . A G 870.65 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0474763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2589;QD=56.1712;RBI=0.0657204;REFB=0.105464;REVB=-0.0454443;RO=1;SAF=40;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116565;STB=0.506171;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00184551;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:21:40:1:0:21:40:1:0 chr17 18542519 . T G 304.18 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3935;QD=52.9014;RBI=0.039796;REFB=0;REVB=-0.0388139;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520252;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr17 18647625 . T A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000914597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.361;QD=5.95779;RBI=0.0242454;REFB=-0.00664451;REVB=-0.0242282;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161893;STB=0.587933;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0211446;OID=.;OPOS=18647625;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:8:9:4:2:8:10 chr17 18694277 . G A 130.95 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0149544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.983;QD=5.95213;RBI=0.0226159;REFB=-0.0125056;REVB=-0.0169659;RO=68;SAF=14;SAR=6;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223143;STB=0.639278;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0389723;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:68:68:20:20:0.227273:6:14:36:32:6:14:36:32 chr17 18702220 . T C 610.52 PASS AF=0.437908;AO=66;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.00129432;FXX=0.0192295;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0125;QD=15.9613;RBI=0.0078105;REFB=-0.00981007;REVB=0.00770251;RO=85;SAF=22;SAR=44;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158575;STB=0.595258;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0166223;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:86:66:67:0.437908:44:22:41:44:45:22:42:44 chr17 18775900 . A G 150.85 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0214072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5901;QD=12.5704;RBI=0.0237767;REFB=-0.0176234;REVB=-0.0103471;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184513;STB=0.608146;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0163039;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:18:13:10:7:18:13 chr17 18855611 . T C 85.49 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0211332;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.885;QD=9.76985;RBI=0.0216015;REFB=0.00677607;REVB=-0.00447322;RO=23;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629621;STB=0.89309;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0121704;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:36:35:23:24:11:11:0.314286:10:1:14:9:10:1:15:9 chr17 18880268 . C A 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0680854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.796;QD=15.2359;RBI=0.0703661;REFB=-0.0230573;REVB=0.0177698;RO=36;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189198;STB=0.607066;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0470103;OID=.;OPOS=18880268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:11:17:15:21:11:17:15:21 chr17 18880986 . C T 174.52 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0166046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.686;QD=19.9445;RBI=0.0650528;REFB=-0.0115631;REVB=0.062898;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131328;STB=0.583234;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00790833;OID=.;OPOS=18880986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:17:18:0.514286:4:13:11:6:4:14:11:6 chr17 18907029 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.53;QD=59.4341;RBI=0.0391828;REFB=0;REVB=-0.031748;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198526;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr17 18918396 . G C 685.63 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0166777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6264;QD=58.3514;RBI=0.0900222;REFB=-0.0718174;REVB=0.0884639;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.521729;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0141056;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:47:1:2:43:45:0.957447:20:23:0:1:22:23:0:2 chr17 18923124 . G A 372.87 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00508419;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.886;QD=14.3411;RBI=0.0493456;REFB=-0.00621191;REVB=0.0490829;RO=60;SAF=23;SAR=20;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680454;STB=0.532716;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00985748;OID=.;OPOS=18923124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:61:43:43:0.413462:20:23:36:24:20:23:36:25 chr17 18923180 . C T 611.92 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.016439;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.06;QD=21.4709;RBI=0.0251271;REFB=-0.0374929;REVB=-0.0190034;RO=53;SAF=34;SAR=27;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104485;STB=0.557358;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0348001;OID=.;OPOS=18923180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:53:61:61:0.535088:27:34:23:30:27:34:23:30 chr17 18997015 . T C 87.47 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.787;QD=38.8756;RBI=0.0619335;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337695;OID=.;OPOS=18997015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:7:9:1:0:7:0:0:0:9:0:0 chr17 19232078 . T C 360.85 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0407933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3546;QD=14.291;RBI=0.0913188;REFB=-0.000582502;REVB=-0.0817009;RO=60;SAF=22;SAR=19;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318471;STB=0.518005;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-5.2935e-05;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:19:22:34:26:19:22:34:26 chr17 19238623 . C A 132.81 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0105404;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.431;QD=14.358;RBI=0.01741;REFB=-0.0068862;REVB=0.0138567;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791205;STB=0.5345;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00743533;OID=.;OPOS=19238623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:22:15:15:0.405405:7:8:14:9:7:8:13:9 chr17 19355571 . G A 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0414341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.131;QD=16.8946;RBI=0.0443089;REFB=-0.0415848;REVB=0.0157002;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0362464;OID=.;OPOS=19355571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:6:4:3:5:6:4:4:5 chr17 19355676 . A G 33.39 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0317275;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.708;QD=2.90329;RBI=0.0417426;REFB=-0.00251504;REVB=-0.0271258;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712142;STB=0.559135;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0115852;OID=.;OPOS=19355676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:46:39:40:6:6:0.130435:2:4:28:11:2:4:29:11 chr17 19355688 . A C 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0286187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.297;QD=2.56861;RBI=0.051397;REFB=-0.00526451;REVB=-0.0426922;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985725;STB=0.507438;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0245387;OID=.;OPOS=19355688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:2:4:29:15:2:4:29:15 chr17 19411482 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0195059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.62;QD=7.62908;RBI=0.0232766;REFB=-0.0024499;REVB=-0.0127012;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302804;STB=0.691801;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00811564;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:10:10:6:2:10:10 chr17 19578873 . A T 830.15 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00424245;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.206;QD=55.3434;RBI=0.00449259;REFB=-0.0721038;REVB=-0.00147816;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000468611;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:30:28:1:0:31:28:1:0 chr17 19608773 . G A 1270.16 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.686;QD=61.2125;RBI=0.065977;REFB=0;REVB=0.0567582;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020776;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:39:44:0:0 chr17 19617236 . G T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.15;QD=58.5861;RBI=0.0286292;REFB=0;REVB=0.0249738;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107351;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr17 19642952 . G C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00956509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.732;QD=14.8515;RBI=0.0377764;REFB=-0.0140596;REVB=-0.0365454;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794639;STB=0.5045;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0176019;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:12:16:11:8:12:17 chr17 19644472 . A T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0226065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.203;QD=17.3252;RBI=0.0254845;REFB=-0.000286227;REVB=-0.0117644;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524023;STB=0.529946;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.000670514;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:10:15:13:7:10:15 chr17 19645938 . A C 670.16 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.526;QD=62.3408;RBI=0.0567016;REFB=0;REVB=-0.0509862;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.38991e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr17 19678475 . G A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00840442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.113;QD=15.5712;RBI=0.0201178;REFB=5.96852e-05;REVB=-0.0182782;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000202513;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr17 19687216 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0227647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.753;QD=16.728;RBI=0.025205;REFB=-0.0304568;REVB=0.0108195;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287743;STB=0.666444;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0234657;OID=.;OPOS=19687216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:10:9:12:4:10:9 chr17 19713740 . C T 496.82 PASS AF=0.473684;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=0.0270918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8147;QD=17.4323;RBI=0.0309175;REFB=0.012786;REVB=-0.0148972;RO=56;SAF=26;SAR=27;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174675;STB=0.596457;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0104843;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:56:60:53:54:0.473684:27:26:17:39:27:27:19:41 chr17 19729495 . T C 250.35 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0123328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.96;QD=12.0652;RBI=0.0127883;REFB=-0.000981038;REVB=0.00338279;RO=53;SAF=15;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547766;STB=0.542141;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00302777;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:29:30:0.361446:14:15:30:23:15:15:30:23 chr17 19768092 . TTA T,TAA 79.0 PASS AF=0.253731,0.0149254;AO=16,5;DP=70;FAO=17,1;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=9,1;FSAR=8,0;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.0195449,-0.0454716;FXX=0.0147037;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=16.4816,16.1362;QD=4.71653;RBI=0.0454809,0.122559;REFB=-0.066153,0.00953644;REVB=0.0410671,-0.113812;RO=44;SAF=7,4;SAR=9,1;SRF=13;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180467,0.523216;STB=0.69211,0.994452;STBP=0.119,0.15;TYPE=del,snp;VARB=0.193097,0.0480509;OID=.,.;OPOS=19768093,19768093;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253731,0.0149254:16,5:70:17,1:67:49:9,1:8,0:13:36:78:44:7,4:9,1:13:31 chr17 19812541 . T C 223.1 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00362946;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.568;QD=14.6297;RBI=0.0049806;REFB=0.0085297;REVB=0.00341077;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239589;STB=0.513608;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0114906;OID=.;OPOS=19812541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:11:15:21:14:11:15:21:14 chr17 19861458 . C T 541.04 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00936816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.397;QD=33.2945;RBI=0.0108236;REFB=-0.0166426;REVB=0.00542099;RO=18;SAF=13;SAR=34;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222125;STB=0.620384;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0119465;OID=.;OPOS=19861458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:18:18:47:47:0.723077:34:13:12:6:34:13:12:6 chr17 20013802 . G A 258.61 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00473798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.031;QD=23.5103;RBI=0.0104023;REFB=-0.0256813;REVB=0.00926063;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879069;STB=0.538429;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0109354;OID=.;OPOS=20013802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:14:10:10:9:14:10:10:10 chr17 20107773 . T C 287.34 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0385594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6233;QD=22.5366;RBI=0.0793458;REFB=-0.0150268;REVB=-0.0693465;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284006;STB=0.507437;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.008866;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:28:29:0.568627:15:13:11:11:15:14:11:11 chr17 20108184 . C G 165.12 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0207756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.508;QD=21.3053;RBI=0.0596846;REFB=-0.0406924;REVB=0.055952;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157568;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.034678;OID=.;OPOS=20108184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:10:6:5:9:11:6:5:9 chr17 20108239 . A T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.621;QD=55.0951;RBI=0.00733244;REFB=0;REVB=0.00715855;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61767e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr17 20109189 . C T 288.82 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0212165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7837;QD=21.0054;RBI=0.0303264;REFB=-0.00892837;REVB=0.0216691;RO=25;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164344;STB=0.59118;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00519035;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:12:18:10:15:12:18:10:15 chr17 20163529 . A G 440.53 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115222;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.076;QD=55.0667;RBI=0.115931;REFB=0;REVB=0.0127971;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130683;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:26:32:1:14:12:0:0:15:17:0:0 chr17 20244264 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.806;QD=34.6655;RBI=0.0372074;REFB=-0.122358;REVB=-0.00996941;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0204045;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr17 20370735 . T C 220.18 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1892;QD=48.9286;RBI=0.049214;REFB=0;REVB=-0.0467799;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161957;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:17:0:0:0:17:1:0:0 chr17 20370767 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.77;QD=53.9112;RBI=0.00807526;REFB=0;REVB=-0.00216166;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79354e-05;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr17 20370796 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.819;QD=53.2771;RBI=0.0307678;REFB=0;REVB=0.0121912;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259506;OID=.;OPOS=20370796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr17 20370806 . G A 297.44 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1911;QD=51.729;RBI=0.027226;REFB=0;REVB=0.0205992;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722346;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr17 20769862 . T A 140.03 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0117889;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.838;QD=10.7712;RBI=0.0409847;REFB=-0.0161042;REVB=-0.0392526;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983387;STB=0.557629;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0301061;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:34:34:18:18:0.346154:9:9:20:14:9:9:20:14 chr17 20769866 . G A 91.72 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0184806;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5219;QD=6.92236;RBI=0.0304966;REFB=-0.00132294;REVB=-0.0242593;RO=40;SAF=4;SAR=9;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37393;STB=0.730753;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0210111;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:53:53:40:40:13:13:0.245283:9:4:25:15:9:4:25:15 chr17 20769867 . G C 30.34 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0250306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1508;QD=2.28971;RBI=0.0371018;REFB=-0.00454923;REVB=-0.0273864;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422221;STB=0.804295;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.127218;OID=.;OPOS=20769867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:53:53:44:47:6:6:0.113208:1:5:21:23:1:5:24:23 chr17 20769896 . G T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000941205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.014;QD=13.224;RBI=0.0202085;REFB=-0.0150888;REVB=-0.0201866;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581527;STB=0.533306;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0143178;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:20:16:12:12:20:16 chr17 20769899 . G T 198.78 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.014577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.898;QD=13.2517;RBI=0.034869;REFB=0.000459282;REVB=-0.0316759;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740715;STB=0.549959;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00166761;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:24:24:0.4:12:12:20:15:12:12:21:15 chr17 20769904 . G A 197.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0363663;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3006;QD=12.9789;RBI=0.0365135;REFB=0.00663764;REVB=-0.00327444;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103791;STB=0.57371;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00958954;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:37:24:24:0.393443:12:12:21:14:12:12:23:14 chr17 20769954 . T G 179.9 PASS AF=0.37931;AO=24;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0421054;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.815;QD=12.4068;RBI=0.0421459;REFB=-0.0304915;REVB=0.00184541;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110338;STB=0.541364;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0401955;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:24:22:0.37931:11:13:22:12:10:12:22:14 chr17 20769964 . C A 148.65 PASS AF=0.345455;AO=21;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0685751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7313;QD=10.811;RBI=0.0924882;REFB=0.00232398;REVB=-0.0620607;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878366;STB=0.515608;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00488604;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:36:21:19:0.345455:10:11:20:13:8:11:20:16 chr17 20769968 . G A 158.2 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0061726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1712;QD=12.1693;RBI=0.0145977;REFB=-0.0118363;REVB=-0.0132284;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11239;STB=0.564449;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0210237;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:31:33:18:19:0.365385:10:8:17:14:10:9:19:14 chr17 20769995 . C T 93.23 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0806915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6192;QD=10.3585;RBI=0.0993282;REFB=-0.0242552;REVB=0.0579222;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555981;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0579617;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:36:24:24:10:12:0.333333:5:5:12:12:7:5:12:12 chr17 20770002 . CC AG 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0197191;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=226.32;QD=8.81184;RBI=0.0227903;REFB=-0.00630378;REVB=0.011426;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213753;STB=0.631983;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.0177558;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:11:12:7:3:11:12 chr17 20797873 . G GCAT 65.15 PASS AF=0.162162;AO=11;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00410132;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.786;QD=3.5217;RBI=0.00410238;REFB=-0.00253644;REVB=-9.30999e-05;RO=60;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324595;STB=0.67222;STBP=0.216;TYPE=ins;VARB=0.0174658;OID=.;OPOS=20797874;OREF=-;OALT=CAT;OMAPALT=GCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162162:11:74:12:74:62:7:5:23:39:65:60:7:4:22:38 chr17 20799119 . A G 354.78 PASS AF=0.493333;AO=32;DP=71;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00621197;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.722;QD=18.9216;RBI=0.0265292;REFB=-0.0475538;REVB=0.0257916;RO=39;SAF=9;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244217;STB=0.642775;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.039916;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:39:38:32:37:0.493333:23:9:20:19:27:10:20:18 chr17 20903068 . C A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.00584208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.16;QD=12.9139;RBI=0.0183463;REFB=0.00617377;REVB=-0.0173913;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339575;STB=0.698014;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00762643;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:10:14:9:27:10:14:9:28 chr17 20903080 . C A 212.54 PASS AF=0.423729;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00139773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.761;QD=14.4092;RBI=0.0197225;REFB=-0.0110467;REVB=-0.0196729;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364168;STB=0.686136;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00878721;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:34:23:25:0.423729:9:14:8:25:10:15:9:25 chr17 20924523 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.031686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.238;QD=26.3417;RBI=0.0415812;REFB=-0.00388622;REVB=-0.0269257;RO=11;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148936;STB=0.583241;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00174567;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:5:14:6:5:5:14:6:5 chr17 21132915 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9423;QD=42.1822;RBI=0.0830311;REFB=0;REVB=0.0779034;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278052;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 21144074 . G A 739.14 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00655399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.441;QD=54.7511;RBI=0.014924;REFB=-0.15675;REVB=-0.0134079;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000108921;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr17 21144155 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.581;QD=40.7623;RBI=0.0469682;REFB=0;REVB=0.0444908;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408127;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr17 21144352 . G A 536.31 PASS AF=0.906977;AO=36;DP=41;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0215104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.749;QD=49.8896;RBI=0.025346;REFB=-0.0902071;REVB=0.013406;RO=4;SAF=25;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419298;STB=0.514131;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00848448;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:41:43:4:4:36:39:0.906977:11:25:2:2:14:25:2:2 chr17 21194769 . C T 180.77 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0407603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3987;QD=16.8156;RBI=0.0483347;REFB=-0.0267295;REVB=-0.0259777;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.609256;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0325125;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:12:6:12:12:13:6:12:12 chr17 21194771 . A T 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0130613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2356;QD=3.73327;RBI=0.0290074;REFB=0.00114321;REVB=-0.0259004;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423927;STB=0.805;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00857827;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:6:1:17:20:6:1:17:20 chr17 21194785 . T C 207.61 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00657568;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.891;QD=16.9475;RBI=0.0163106;REFB=-0.00557054;REVB=-0.0149264;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.599902;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00975255;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:14:14:14:7:14:14 chr17 21194820 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0294849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.599;QD=17.4543;RBI=0.0298467;REFB=-0.0235795;REVB=-0.00463319;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707764;STB=0.539781;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0269505;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:16:11:14:15:16:11:14:15 chr17 21194843 . T C 274.28 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0269411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.674;QD=18.5954;RBI=0.0270177;REFB=-0.0184101;REVB=0.00203259;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642495;STB=0.524459;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0288431;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:18:11:13:16:18:12:13:16 chr17 21194852 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.014088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.969;QD=18.4388;RBI=0.0172075;REFB=-0.00815874;REVB=-0.00988065;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955207;STB=0.553468;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00586013;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:18:11:14:15:18:11:14:15 chr17 21194859 . G A 239.03 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000410051;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0436;QD=16.2052;RBI=0.021209;REFB=6.37381e-05;REVB=-0.0212051;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120022;STB=0.567757;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.000263763;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:16:11:17:15:16:11:17:15 chr17 21199022 . A T 177.43 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0251947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7371;QD=14.484;RBI=0.0474115;REFB=0.00431207;REVB=-0.0401631;RO=29;SAF=18;SAR=1;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698324;STB=0.912147;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0203934;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:1:18:12:17:1:18:13:17 chr17 21199037 . G A 339.54 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.018504;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3573;QD=32.3367;RBI=0.0362782;REFB=-0.0211666;REVB=-0.0312044;RO=13;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130827;STB=0.56072;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0112013;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:42:13:14:28:28:0.666667:11:17:5:8:11:17:6:8 chr17 21199083 . T A 335.83 PASS AF=0.818182;AO=26;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0273683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.913;QD=40.7063;RBI=0.0294864;REFB=-0.0410972;REVB=0.0109736;RO=6;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21249;STB=0.615298;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0213376;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:26:27:0.818182:10:16:0:6:10:17:0:6 chr17 21199390 . C T 58.09 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0203313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9454;QD=3.27272;RBI=0.0233355;REFB=0.00696284;REVB=-0.0114535;RO=60;SAF=6;SAR=5;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068916;STB=0.546791;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0372558;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:60:60:11:11:0.15493:5:6:36:24:5:6:36:24 chr17 21199403 . C T 61.29 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00321977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.953;QD=3.0266;RBI=0.0419385;REFB=-0.00360646;REVB=-0.0418147;RO=69;SAF=7;SAR=5;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591364;STB=0.540642;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.017561;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:5:7:37:32:5:7:37:32 chr17 21201719 . T C 254.23 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0326775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3196;QD=15.4078;RBI=0.0371346;REFB=-0.0268689;REVB=-0.0176397;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189635;STB=0.510722;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0261623;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:12:17:21:16:12:17:21:16 chr17 21202191 . C A 173.04 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00835818;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.6448;QD=11.1638;RBI=0.0381137;REFB=-0.0398402;REVB=0.0371859;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481496;STB=0.509546;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0660153;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:62:34:40:21:22:0.354839:14:7:10:24:14:8:14:26 chr17 21202237 . G C 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0199123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.308;QD=11.6166;RBI=0.0271829;REFB=-0.0269923;REVB=-0.0185044;RO=34;SAF=3;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262834;STB=0.656702;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0251169;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:16:3:11:23:16:3:11:23 chr17 21203893 . T C 233.74 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000510814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.694;QD=19.8926;RBI=0.00121784;REFB=-0.0120655;REVB=-0.00110553;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114699;STB=0.533553;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0130983;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:24:21:23:0.489362:13:8:12:12:13:10:12:12 chr17 21203907 . T C 41.2 PASS AF=0.159091;AO=8;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0469297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1138;QD=3.7459;RBI=0.0477024;REFB=0.000350079;REVB=-0.00855124;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134798;STB=0.675159;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00419461;OID=.;OPOS=21203907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:33:37:8:7:0.159091:5:3:16:17:5:2:18:19 chr17 21203934 . G A 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00207904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.728;QD=18.7107;RBI=0.0185918;REFB=0.00415314;REVB=0.0184752;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499439;STB=0.539834;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00442268;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:10:8:7:11:10:8:7:12 chr17 21203941 . G A 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00881988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0355;QD=5.37244;RBI=0.00882498;REFB=-0.00587644;REVB=0.000300264;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107242;STB=0.507025;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0109383;OID=.;OPOS=21203941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:11:19:5:3:11:19 chr17 21203949 . C T 130.78 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0276419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3509;QD=15.3855;RBI=0.0296349;REFB=-0.0436519;REVB=0.0106842;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124769;STB=0.549935;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0474193;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:9:6:5:13:9:6:6:13 chr17 21204187 . G T 159.04 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00544796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.965;QD=10.0975;RBI=0.00690529;REFB=-0.0134619;REVB=0.00424297;RO=42;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877486;STB=0.551674;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0357948;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:7:14:25:17:7:14:25:17 chr17 21204192 . C T 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00308178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.36;QD=9.88281;RBI=0.0155425;REFB=-0.00285649;REVB=-0.0152339;RO=42;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877486;STB=0.561737;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00744224;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:7:14:25:17:7:14:25:18 chr17 21204210 . C T 141.03 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0312613;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9736;QD=7.83509;RBI=0.0342941;REFB=0.00573733;REVB=0.0141002;RO=52;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116116;STB=0.570104;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0146818;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:52:52:20:20:0.277778:7:13:29:23:7:13:29:23 chr17 21204257 . G A 184.64 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0073349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.18;QD=8.29832;RBI=0.0136302;REFB=-0.0180343;REVB=-0.0114883;RO=64;SAF=13;SAR=12;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080428;STB=0.547944;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0404455;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:64:25:25:0.280899:12:13:29:35:12:13:29:35 chr17 21204266 . T C 576.06 PASS AF=0.597701;AO=51;DP=83;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00520021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.546;QD=26.4855;RBI=0.00680313;REFB=-0.0141256;REVB=-0.00438638;RO=32;SAF=27;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208525;STB=0.524957;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00879678;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:32:35:51:52:0.597701:24:27:16:16:25:27:16:19 chr17 21204290 . G C 58.05 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00279281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.678;QD=2.58021;RBI=0.0159969;REFB=-0.00194534;REVB=-0.0157512;RO=78;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872889;STB=0.561464;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0120286;OID=.;OPOS=21204290;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:78:78:12:12:0.133333:7:5:38:40:7:5:38:40 chr17 21204308 . G T 115.97 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0146131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.678;QD=5.94737;RBI=0.0196997;REFB=0.00311153;REVB=0.0132112;RO=58;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898404;STB=0.555494;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0107604;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:60:18:18:0.230769:8:10:28:30:8:10:29:31 chr17 21205460 . C T 311.73 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0257358;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.459;QD=18.8925;RBI=0.0260507;REFB=-0.0124626;REVB=0.00403851;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236682;STB=0.636281;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0200352;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:12:20:12:21:12:21:12:21 chr17 21206556 . C T 537.47 PASS AF=0.779661;AO=45;DP=59;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0624599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.807;QD=36.4384;RBI=0.075515;REFB=-0.0634288;REVB=0.0424414;RO=14;SAF=11;SAR=34;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181749;STB=0.531483;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0101559;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:14:13:45:46:0.779661:34:11:3:11:34:12:2:11 chr17 21207813 . T G 157.63 PASS AF=0.194245;AO=27;DP=139;FAO=27;FDP=139;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0418119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2628;QD=4.53618;RBI=0.0435662;REFB=-0.00638309;REVB=-0.0122384;RO=110;SAF=10;SAR=17;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110375;STB=0.563488;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0189647;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:110:112:27:27:0.194245:17:10:50:60:17:10:50:62 chr17 21207834 . C T 105.39 PASS AF=0.154412;AO=21;DP=136;FAO=21;FDP=136;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=-0.0161108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.718;QD=3.0996;RBI=0.0214722;REFB=-0.00972544;REVB=-0.0141951;RO=115;SAF=9;SAR=12;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145288;STB=0.509668;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0489841;OID=.;OPOS=21207834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:115:115:21:21:0.154412:12:9:48:67:12:9:48:67 chr17 21207835 . G A 150.73 PASS AF=0.192593;AO=26;DP=136;FAO=26;FDP=135;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=0.0445656;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3349;QD=4.46614;RBI=0.047747;REFB=0.000501245;REVB=-0.0171372;RO=110;SAF=9;SAR=17;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120371;STB=0.579829;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00196984;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:110:109:26:26:0.192593:17:9:48:62:17:9:48:61 chr17 21207844 . C T 181.53 PASS AF=0.221374;AO=29;DP=131;FAO=29;FDP=131;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.0256887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.015;QD=5.54274;RBI=0.0263131;REFB=-0.0054304;REVB=-0.00569832;RO=100;SAF=11;SAR=18;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534644;STB=0.534336;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0205229;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:100:102:29:29:0.221374:18:11:42:58:18:11:43:59 chr17 21208413 . C T 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00463691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.71;QD=11.0961;RBI=0.012043;REFB=-0.00899259;REVB=-0.0111145;RO=51;SAF=12;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737911;STB=0.542825;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.018443;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:15:12:26:25:15:12:26:25 chr17 21208449 . G T 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00285618;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.533;QD=13.4162;RBI=0.0267923;REFB=-0.00267588;REVB=-0.0266396;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540223;STB=0.537619;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00366878;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:14:11:14:22:14:11:14:23 chr17 21215483 . C T 550.83 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.00712525;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.677;QD=17.7688;RBI=0.0154455;REFB=-0.0172339;REVB=0.0137039;RO=66;SAF=25;SAR=33;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138367;STB=0.576833;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0182733;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:66:58:58:0.467742:33:25:38:28:33:25:38:28 chr17 21215537 . C A 425.08 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00483528;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.858;QD=13.9371;RBI=0.00846608;REFB=-0.0125831;REVB=0.00694943;RO=73;SAF=25;SAR=24;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984453;STB=0.555496;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0182134;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:73:49:49:0.401639:24:25:44:29:24:25:44:29 chr17 21215552 . C T 443.36 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00543643;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.586;QD=13.7477;RBI=0.0292991;REFB=-0.0034622;REVB=0.0287903;RO=73;SAF=28;SAR=23;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133452;STB=0.524975;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00957988;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:78:51:51:0.395349:23:28:41:32:23:28:46:32 chr17 21215557 . G A 464.74 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.00467556;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.474;QD=14.9917;RBI=0.0205104;REFB=-0.00927011;REVB=0.0199704;RO=70;SAF=30;SAR=22;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574796;STB=0.50444;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0145899;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:70:72:52:52:0.419355:22:30:40:30:22:30:41:31 chr17 21216788 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00853941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.235;QD=16.5275;RBI=0.015692;REFB=-0.00372811;REVB=0.013165;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590725;STB=0.533307;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00398984;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:18:11:11:14:18:11 chr17 21216846 . G C 179.62 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0410912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8549;QD=15.619;RBI=0.0580441;REFB=0.0200502;REVB=0.0409955;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247946;STB=0.644531;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0240171;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:4:15:16:11:4:15:16:11 chr17 21217513 . G A 358.25 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.00754553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5993;QD=17.0594;RBI=0.0224145;REFB=0.00356938;REVB=0.0211062;RO=46;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142202;STB=0.579229;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00326719;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:23:15:12:34:23:15:12:34 chr17 21217547 . T C 390.91 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.00410475;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.432;QD=18.3959;RBI=0.0144062;REFB=-0.00405969;REVB=-0.013809;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222316;STB=0.624791;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00897298;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:43:45:39:40:0.470588:21:18:10:33:22:18:10:35 chr17 21217586 . G T 339.45 PASS AF=0.461538;AO=34;DP=80;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.000780805;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.522;QD=17.4074;RBI=0.000853939;REFB=-0.00906327;REVB=-0.000345769;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134024;STB=0.588697;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0083093;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:42:42:34:36:0.461538:19:15:13:29:19:17:13:29 chr17 21217596 . C G 361.7 PASS AF=0.350649;AO=22;DP=79;FAO=27;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0102339;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.065;QD=18.7897;RBI=0.0461235;REFB=-0.0477722;REVB=-0.0449738;RO=25;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168104;STB=0.501222;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0543217;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:25:38:22:27:0.350649:17:5:6:19:17:10:14:24 chr17 21217660 . C T 303.34 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00106895;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.501;QD=14.4449;RBI=0.00284451;REFB=-0.0102744;REVB=-0.00263601;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146139;STB=0.582125;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0137618;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:48:50:34:34:0.404762:15:19:20:28:15:19:21:29 chr17 21217690 . C T 275.99 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0410224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5244;QD=13.3005;RBI=0.0563439;REFB=-0.0126763;REVB=0.0386238;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359334;STB=0.520535;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0229327;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:14:18:27:24:14:18:27:24 chr17 21217727 . T C 81.35 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.120119;FXX=0.0714158;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6413;QD=6.25755;RBI=0.120296;REFB=-0.0164971;REVB=0.00652963;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37212;STB=0.8117;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0282401;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:56:52:26:40:11:11:0.211538:9:2:12:14:9:2:23:17 chr17 21217749 . G C 113.38 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0455751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.136;QD=9.6494;RBI=0.0513021;REFB=-0.0160709;REVB=-0.0235544;RO=30;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117185;STB=0.571324;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0350952;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:33:13:14:0.297872:9:4:12:18:9:5:15:18 chr17 21318698 . C T 126.23 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00336623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2072;QD=14.4259;RBI=0.0101187;REFB=0.00039414;REVB=0.00954232;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117166;STB=0.523777;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00167868;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:14:15:0.428571:11:3:6:14:11:4:6:14 chr17 21318770 . G A 63.75 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0361184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.815;QD=4.72204;RBI=0.0364397;REFB=-0.0077889;REVB=-0.00482834;RO=44;SAF=2;SAR=8;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367545;STB=0.747436;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0451602;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:8:2:21:23:8:2:21:23 chr17 21318773 . G A 55.92 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0136473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.176;QD=4.22021;RBI=0.0155458;REFB=-0.00891787;REVB=-0.00744452;RO=43;SAF=2;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343193;STB=0.727969;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0395766;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:43:44:9:9:0.169811:7:2:21:22:7:2:21:23 chr17 21318782 . G A 128.05 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00376075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4817;QD=9.31297;RBI=0.0250866;REFB=-0.0310925;REVB=0.0248031;RO=37;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397945;STB=0.741996;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.051315;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:5:12:13:24:5:12:13:25 chr17 21318821 . A C 105.06 PASS AF=0.209877;AO=18;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00847482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1076;QD=5.18804;RBI=0.0366979;REFB=-0.0157814;REVB=-0.0357059;RO=63;SAF=10;SAR=8;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05377e-08;STB=0.533294;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.058558;OID=.;OPOS=21318821;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:63:64:18:17:0.209877:8:10:35:28:7:10:35:29 chr17 21318867 . G A 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0511601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7353;QD=8.53583;RBI=0.0511747;REFB=0.00110726;REVB=0.00122309;RO=59;SAF=17;SAR=7;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250933;STB=0.650242;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0022017;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:7:17:30:29:7:17:30:29 chr17 21318897 . G C 317.59 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0234516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.827;QD=13.0966;RBI=0.0432682;REFB=-0.0176219;REVB=-0.0363616;RO=61;SAF=20;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161697;STB=0.509254;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0215961;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:16:20:33:28:16:20:33:28 chr17 21318918 . G A 148.3 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0237831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.915;QD=6.31072;RBI=0.0240814;REFB=-0.00737695;REVB=-0.00377823;RO=72;SAF=15;SAR=7;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183225;STB=0.61339;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0264259;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:72:72:22:22:0.234043:7:15:39:33:7:15:39:33 chr17 21318948 . C T 128.13 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0593564;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7874;QD=6.83384;RBI=0.0618313;REFB=-0.00877257;REVB=-0.0173185;RO=57;SAF=11;SAR=8;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436707;STB=0.532729;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0436442;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:57:56:19:19:0.253333:8:11:31:26:8:11:30:26 chr17 21318951 . CA CG,TG 414.75 PASS AF=0.333333,0.25;AO=24,19;DP=73;FAO=24,18;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=16,11;FSAR=8,7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0218157,-0.0300828;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=61.8705,159.553;QD=23.0418;RBI=0.0625001,0.0391411;REFB=-0.0226372,-0.0156165;REVB=-0.0585691,-0.0250409;RO=30;SAF=16,11;SAR=8,8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.26383,0.187564;STB=0.649874,0.63059;STBP=0.065,0.181;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00972943,0.0252164;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:30:30:24,19:24,18:0.333333,0.25:8,8:16,11:12:18:8,7:16,11:12:18 chr17 21318969 . C T 133.11 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0116805;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9176;QD=7.8301;RBI=0.0260648;REFB=-0.0151186;REVB=-0.0233011;RO=47;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565653;STB=0.535284;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0597587;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:47:49:19:19:0.279412:11:8:22:25:11:8:23:26 chr17 21318981 . C T 115.63 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0113758;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.918;QD=7.22689;RBI=0.0362058;REFB=-0.0190538;REVB=0.0343723;RO=46;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808985;STB=0.557553;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0383951;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:46:47:17:17:0.265625:10:7:22:24:10:7:23:24 chr17 21319007 . GG AC,GC 297.21 PASS AF=0.333333,0.2;AO=20,12;DP=64;FAO=20,12;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12,5;FSAR=8,7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00956533,-0.0102621;FXX=0.0624902;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=179.316,174.327;QD=19.814;RBI=0.0236132,0.017135;REFB=-0.0251958,-0.0304915;REVB=0.0215891,0.0137222;RO=28;SAF=12,5;SAR=8,7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.208877,0.02836;STB=0.619716,0.517213;STBP=0.178,0.87;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0317372,0.0171197;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:28:28:20,12:20,12:0.333333,0.2:8,7:12,5:11:17:8,7:12,5:11:17 chr17 21319069 . G A 237.03 PASS AF=0.297297;AO=32;DP=110;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.00213504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4136;QD=8.54162;RBI=0.0371896;REFB=-0.0221383;REVB=0.0371283;RO=78;SAF=8;SAR=24;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204825;STB=0.628543;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0648974;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:78:78:32:33:0.297297:24:8:31:47:25:8:31:47 chr17 21319079 . C A 215.08 PASS AF=0.274336;AO=31;DP=113;FAO=31;FDP=113;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0121347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1763;QD=7.61327;RBI=0.0133813;REFB=-0.00290143;REVB=0.0056399;RO=82;SAF=8;SAR=23;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170114;STB=0.602347;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00672072;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:82:82:31:31:0.274336:23:8:31:51:23:8:31:51 chr17 21319087 . G A 237.89 PASS AF=0.294643;AO=31;DP=110;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.0161591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.648;QD=8.49596;RBI=0.0217779;REFB=-0.00322729;REVB=0.0146001;RO=79;SAF=9;SAR=22;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106025;STB=0.577897;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00800456;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:79:79:31:33:0.294643:22:9:29:50:24:9:29:50 chr17 21319110 . G A 282.49 PASS AF=0.327434;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.043984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5382;QD=9.99951;RBI=0.0439999;REFB=0.000165448;REVB=0.00118368;RO=76;SAF=8;SAR=29;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295299;STB=0.673552;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000279755;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:76:37:37:0.327434:29:8:33:43:29:8:33:43 chr17 21319121 . C T 311.71 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0214621;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.524;QD=11.4388;RBI=0.0361494;REFB=0.00984293;REVB=-0.0290889;RO=68;SAF=15;SAR=24;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732106;STB=0.548756;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0204169;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:68:70:39:39:0.357798:24:15:22:46:24:15:22:48 chr17 21319171 . G A 252.48 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.000553231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5949;QD=9.26525;RBI=0.00864959;REFB=-0.0106105;REVB=-0.00863188;RO=74;SAF=8;SAR=26;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309178;STB=0.687382;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0257607;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:75:34:34:0.311927:26:8:35:39:26:8:36:39 chr17 21319208 . C T 178.41 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0365296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.736;QD=8.81052;RBI=0.0373845;REFB=-0.0186164;REVB=-0.00794927;RO=56;SAF=6;SAR=18;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27835;STB=0.661925;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0177273;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:57:24:24:0.296296:18:6:26:30:18:6:26:31 chr17 21319230 . G C 128.77 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00489183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.892;QD=7.05604;RBI=0.0222532;REFB=-0.00942285;REVB=-0.0217089;RO=54;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516727;STB=0.531445;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0424539;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:11:8:25:29:11:8:25:29 chr17 21319251 . C T 151.11 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0186594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.196;QD=8.3947;RBI=0.0340641;REFB=-0.00306461;REVB=0.028499;RO=51;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666382;STB=0.503975;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00767493;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:11:10:24:27:11:10:24:27 chr17 21319272 . C T 172.92 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.000197639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.291;QD=9.60681;RBI=0.0402539;REFB=-0.0185421;REVB=-0.0402535;RO=49;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110788;STB=0.565161;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0547215;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:10:13:23:26:10:13:23:26 chr17 21319285 . C T 125.85 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0197071;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8072;QD=6.37192;RBI=0.0548522;REFB=-0.00438142;REVB=0.0511897;RO=60;SAF=15;SAR=4;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506805;STB=0.801515;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0204795;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:60:60:19:19:0.240506:4:15:22:38:4:15:23:37 chr17 21319302 . T C 686.89 PASS AF=0.62766;AO=59;DP=95;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0230787;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7105;QD=29.2292;RBI=0.0317529;REFB=-0.0400793;REVB=0.0218087;RO=34;SAF=32;SAR=27;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107537;STB=0.563399;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.022063;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:34:35:59:59:0.62766:27:32:13:21:27:32:13:22 chr17 21319311 . C T 227.16 PASS AF=0.3;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0270907;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.372;QD=9.08633;RBI=0.0289389;REFB=-0.00699105;REVB=-0.0101761;RO=69;SAF=20;SAR=10;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306352;STB=0.68409;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0258504;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:69:70:30:30:0.3:10:20:28:41:10:20:28:42 chr17 21319369 . G A 227.59 PASS AF=0.230769;AO=36;DP=159;FAO=36;FDP=156;FR=.;FRO=120;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=67;FWDB=-0.00112145;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.23;QD=5.83552;RBI=0.00492424;REFB=-0.0119552;REVB=0.00479484;RO=123;SAF=20;SAR=16;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156673;STB=0.58694;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0396903;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:156:123:120:36:36:0.230769:16:20:53:70:16:20:53:67 chr17 21319392 . G A 186.3 PASS AF=0.201258;AO=32;DP=159;FAO=32;FDP=159;FR=.;FRO=127;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=-0.016505;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.428;QD=4.6867;RBI=0.0193753;REFB=-0.00958363;REVB=0.0101482;RO=126;SAF=17;SAR=15;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160901;STB=0.596433;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0467159;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:126:127:32:32:0.201258:15:17:51:75:15:17:52:75 chr17 21319399 . A G 212.37 PASS AF=0.221519;AO=34;DP=157;FAO=35;FDP=158;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=-0.0202275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.075;QD=5.37643;RBI=0.0270075;REFB=-0.0049362;REVB=-0.0178956;RO=121;SAF=13;SAR=21;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940119;STB=0.567437;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0118774;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:121:123:34:35:0.221519:21:13:55:66:22:13:56:67 chr17 21319407 . C T 166.35 PASS AF=0.188312;AO=29;DP=154;FAO=29;FDP=154;FR=.;FRO=125;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=72;FWDB=0.0380985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1618;QD=4.32073;RBI=0.0516276;REFB=0.00531611;REVB=-0.0348413;RO=125;SAF=16;SAR=13;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16232;STB=0.602501;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00755509;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:125:125:29:29:0.188312:13:16:53:72:13:16:53:72 chr17 21319436 . G A 81.99 PASS AF=0.135338;AO=18;DP=133;FAO=18;FDP=133;FR=.;FRO=115;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.0127186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.409;QD=2.46578;RBI=0.0181703;REFB=-0.00811645;REVB=-0.0129767;RO=113;SAF=6;SAR=12;SRF=48;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120799;STB=0.585009;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0449903;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:133:133:113:115:18:18:0.135338:12:6:48:65:12:6:49:66 chr17 21319439 . T G 82.06 PASS AF=0.133333;AO=18;DP=134;FAO=18;FDP=135;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=-0.0195866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.637;QD=2.43135;RBI=0.0196115;REFB=-0.00735441;REVB=-0.000987068;RO=116;SAF=6;SAR=12;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117582;STB=0.578857;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0233267;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:134:135:116:117:18:18:0.133333:12:6:49:67:12:6:49:68 chr17 21319452 . G A 81.92 PASS AF=0.144068;AO=17;DP=118;FAO=17;FDP=118;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0308588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7374;QD=2.77703;RBI=0.0308849;REFB=-0.00503285;REVB=0.00126982;RO=99;SAF=5;SAR=12;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162916;STB=0.613571;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0225633;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:118:118:99:101:17:17:0.144068:12:5:41:58:12:5:42:59 chr17 21319465 . T C 64.02 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=109;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.0708953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6891;QD=2.3072;RBI=0.078981;REFB=-0.00182239;REVB=-0.0348119;RO=95;SAF=5;SAR=9;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042541;STB=0.541663;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00879629;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:109:111:95:97:14:14:0.126126:9:5:37:58:9:5:39:58 chr17 21319470 . T C 32.73 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.0349825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.047;QD=1.22368;RBI=0.0427754;REFB=-0.0049662;REVB=-0.0246162;RO=96;SAF=4;SAR=5;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441993;STB=0.533824;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0280753;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:107:96:98:9:9:0.0841121:5:4:39:57:5:4:40:58 chr17 21319473 . G A 389.12 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.00655784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.176;QD=14.4118;RBI=0.00656213;REFB=-0.0166209;REVB=-0.000237487;RO=62;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190164;STB=0.603235;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0208675;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:62:63:44:45:0.416667:21:23:21:41:22:23:21:42 chr17 21319488 . C T 55.68 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0015248;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.239;QD=2.27274;RBI=0.00214075;REFB=-0.00584246;REVB=0.00150261;RO=82;SAF=2;SAR=10;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359495;STB=0.759517;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0527824;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:94:98:82:86:12:12:0.122449:10:2:35:47:10:2:36:50 chr17 21319519 . G C 80.77 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0192272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.338;QD=3.40099;RBI=0.0199077;REFB=-0.00455031;REVB=-0.00516081;RO=80;SAF=5;SAR=10;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735001;STB=0.549551;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0283875;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:95:95:80:80:15:15:0.157895:10:5:31:49:10:5:31:49 chr17 21319523 . C T 90.25 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.00785663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.502;QD=3.88162;RBI=0.0183488;REFB=-0.00456889;REVB=-0.0165817;RO=76;SAF=6;SAR=10;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043438;STB=0.524049;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0362921;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:93:76:77:16:16:0.172043:10:6:31:45:10:6:31:46 chr17 21319527 . C T 98.62 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00623322;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.94;QD=4.15251;RBI=0.0208045;REFB=-0.00339279;REVB=-0.0198488;RO=75;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329628;STB=0.501277;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164541;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:94:95:75:78:17:17:0.178947:10:7:29:46:10:7:32:46 chr17 21319543 . G A 180.22 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00695043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.571;QD=6.93169;RBI=0.0109145;REFB=-0.0100365;REVB=-0.00841539;RO=77;SAF=11;SAR=16;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751025;STB=0.545289;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0385182;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:16:11:36:41:16:11:36:41 chr17 21319560 . G T 194.1 PASS AF=0.256637;AO=29;DP=113;FAO=29;FDP=113;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.00723103;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6704;QD=6.87069;RBI=0.0718712;REFB=0.0179034;REVB=0.0715065;RO=84;SAF=13;SAR=16;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024663;STB=0.523852;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0607995;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:84:84:29:29:0.256637:16:13:36:48:16:13:35:49 chr17 21319650 . CGAG C 337.68 PASS AF=0.298701;AO=44;DP=155;FAO=46;FDP=154;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.000490149;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.279;QD=8.77093;RBI=0.00700322;REFB=-0.0141139;REVB=0.00698605;RO=100;SAF=20;SAR=24;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174888;STB=0.523799;STBP=0.71;TYPE=del;VARB=0.0302393;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298701:44:155:46:154:108:22:24:48:60:99:100:20:24:44:56 chr17 21319682 . C T 371.04 PASS AF=0.306748;AO=50;DP=163;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.0161866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5544;QD=9.10534;RBI=0.0195331;REFB=-0.00840307;REVB=0.0109333;RO=113;SAF=20;SAR=30;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115202;STB=0.567137;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0227839;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:113:113:50:50:0.306748:30:20:56:57:30:20:56:57 chr17 21319716 . G A 231.01 PASS AF=0.268293;AO=32;DP=125;FAO=33;FDP=123;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00747486;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7498;QD=7.51245;RBI=0.0144253;REFB=-0.0103637;REVB=0.0123376;RO=85;SAF=13;SAR=19;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15038;STB=0.60211;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0177525;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:85:90:32:33:0.268293:19:13:45:40:20:13:48:42 chr17 21319728 . T C 213.87 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0783149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0665;QD=7.70699;RBI=0.0790453;REFB=-0.0229303;REVB=0.0107209;RO=79;SAF=11;SAR=20;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201326;STB=0.624183;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.072842;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:79:80:31:31:0.279279:20:11:41:38:20:11:42:38 chr17 21319743 . A G 202.68 PASS AF=0.27451;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0297842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.955;QD=7.94812;RBI=0.0371832;REFB=-0.0111123;REVB=-0.0222596;RO=72;SAF=9;SAR=19;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25414;STB=0.65225;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0251613;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:72:74:28:28:0.27451:19:9:38:34:19:9:39:35 chr17 21319767 . C T 431.71 PASS AF=0.531646;AO=40;DP=100;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0417696;FXX=0.2178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.786;QD=21.8589;RBI=0.0418058;REFB=-0.0327937;REVB=-0.00173997;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334349;STB=0.506326;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.023363;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:79:37:37:40:42:0.531646:19:21:18:19:21:21:18:19 chr17 21319785 . C T 389.16 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0135671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.427;QD=15.1129;RBI=0.0142421;REFB=-0.0133173;REVB=-0.00433254;RO=57;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101978;STB=0.546874;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0151305;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:59:44:44:0.427184:21:23:24:33:21:23:26:33 chr17 21319786 . G A 142.17 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00936757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0548;QD=5.57515;RBI=0.0135167;REFB=6.08897e-05;REVB=-0.00974425;RO=78;SAF=8;SAR=14;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18887;STB=0.608596;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.000367803;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:78:80:22:22:0.215686:14:8:40:38:14:8:40:40 chr17 21319845 . C T 104.7 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0150531;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.657;QD=5.43908;RBI=0.0165146;REFB=-0.00803064;REVB=0.00679219;RO=59;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222453;STB=0.643549;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0283815;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:60:17:17:0.220779:7:10:24:35:7:10:24:36 chr17 21319860 . C T 163.25 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0322336;FXX=0.238057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7033;QD=13.6041;RBI=0.0324899;REFB=-0.0184515;REVB=-0.00407282;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14917;STB=0.586604;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0567843;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:13:16:13:6:13:16 chr17 21319868 . G T 82.21 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.000564899;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.696;QD=5.48082;RBI=0.0289734;REFB=-0.0100729;REVB=-0.0289679;RO=43;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355302;STB=0.732991;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0295112;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:61:60:43:47:13:13:0.216667:4:9:17:26:4:9:18:29 chr17 21319908 . C T 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0452318;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.404;QD=10.4745;RBI=0.0495039;REFB=-0.00357062;REVB=0.0201176;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222534;STB=0.630181;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00689841;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:14:23:8:11:14:23 chr17 21319943 . A G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0142721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.478;QD=6.73533;RBI=0.0245012;REFB=-0.00559582;REVB=-0.0199153;RO=35;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216045;STB=0.626228;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0133044;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:7:4:19:16:7:4:19:17 chr17 21319955 . G A 129.73 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0493958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9452;QD=12.9727;RBI=0.0499212;REFB=-0.0228781;REVB=0.0072239;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325021;STB=0.71302;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.039367;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:14:15:0.375:4:10:10:14:4:11:10:15 chr17 21319989 . C A 77.94 PASS AF=0.5;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00568446;FXX=0.217297;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.862;QD=17.3198;RBI=0.0173224;REFB=-0.011162;REVB=0.0163632;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0105701;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:23:18:8:9:9:9:0.5:4:5:3:5:4:5:4:5 chr17 21319993 . T C 124.18 PASS AF=0.684211;AO=10;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.010573;FXX=0.136302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.272;QD=26.1423;RBI=0.0248633;REFB=-0.0294986;REVB=0.0225032;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109203;STB=0.517215;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0162304;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:6:6:10:13:0.684211:5:5:2:4:8:5:2:4 chr17 21320008 . C T 65.35 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0122583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.394;QD=11.3649;RBI=0.0158185;REFB=-0.0183439;REVB=0.00999793;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270169;STB=0.660046;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.068811;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:4:10:4:5:4:10 chr17 21320012 . C T 63.42 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00354986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0671;QD=11.0303;RBI=0.0227231;REFB=-0.0279196;REVB=0.0224441;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350874;STB=0.533905;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0155661;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:22:23:13:14:7:9:0.391304:3:4:7:6:5:4:7:7 chr17 21320025 . C T 75.76 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00816507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.155;QD=12.121;RBI=0.0168971;REFB=-0.0171046;REVB=-0.0147934;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.580483;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0401232;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:15:15:9:10:0.4:4:5:7:8:4:6:7:8 chr17 21320041 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.018904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.713;QD=11.1312;RBI=0.0218544;REFB=-0.00651891;REVB=-0.0109661;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2505;STB=0.65085;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0116733;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:9:8:7:3:9:8 chr17 21320102 . C A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0103518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.907;QD=7.25994;RBI=0.0117324;REFB=-0.00596573;REVB=-0.00552181;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152803;STB=0.563977;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0232485;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:27:29:10:10:0.25641:5:5:10:17:5:5:12:17 chr17 21320114 . T G 51.23 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0389693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7163;QD=5.12281;RBI=0.118725;REFB=-0.00203955;REVB=-0.112147;RO=32;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395867;STB=0.526249;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00577559;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:40:40:32:32:8:8:0.2:5:3:13:19:5:3:13:19 chr17 21320197 . G C 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00661399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.762;QD=15.0647;RBI=0.0179005;REFB=-0.00344254;REVB=0.0166338;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327271;STB=0.509084;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00326815;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:15:12:14:20:15:12:15:20 chr17 21320210 . C T 254.18 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00983269;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.542;QD=14.32;RBI=0.00986518;REFB=-0.000161527;REVB=0.000799998;RO=39;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112068;STB=0.559077;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=5.55629e-07;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:39:42:29:29:0.408451:18:11:19:20:18:11:20:22 chr17 21320212 . A G 526.63 PASS AF=0.631579;AO=45;DP=73;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00416478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.199;QD=27.7174;RBI=0.0124243;REFB=-0.0147659;REVB=0.0117055;RO=27;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153687;STB=0.502207;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00832453;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:27:28:45:48:0.631579:24:21:12:15:26:22:13:15 chr17 21320252 . G T 252.51 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00483586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.82;QD=10.4128;RBI=0.0122357;REFB=-0.00847944;REVB=0.0112395;RO=63;SAF=17;SAR=14;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268812;STB=0.502012;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0194607;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:63:66:31:31:0.319588:14:17:36:27:14:17:36:30 chr17 21320263 . T C 147.64 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=99;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00803761;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.168;QD=6.02613;RBI=0.0331877;REFB=-0.0151811;REVB=-0.0321997;RO=77;SAF=11;SAR=11;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106131;STB=0.56117;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0519174;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:77:76:22:22:0.22449:11:11:45:32:11:11:44:32 chr17 21320279 . C T 213.2 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0136304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9963;QD=8.36079;RBI=0.061226;REFB=0.00411336;REVB=-0.0596895;RO=73;SAF=17;SAR=12;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302919;STB=0.517993;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0179979;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:73:73:29:29:0.284314:12:17:41:32:12:17:41:32 chr17 21320350 . G A 61.0 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0107812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.248;QD=3.0888;RBI=0.0133353;REFB=-0.00215379;REVB=-0.00784834;RO=67;SAF=8;SAR=4;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218238;STB=0.649321;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0101767;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:79:79:67:67:12:12:0.151899:4:8:33:34:4:8:33:34 chr17 21320365 . T C 148.26 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0164658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2424;QD=7.80323;RBI=0.0167255;REFB=-0.0147381;REVB=-0.00293583;RO=54;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00635702;STB=0.510655;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.039469;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:55:21:21:0.276316:11:10:26:28:11:10:27:28 chr17 21320711 . C G 48.3 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=-0.0323835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4453;QD=3.78793;RBI=0.0888799;REFB=-0.00443188;REVB=-0.0827705;RO=41;SAF=6;SAR=2;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967012;STB=0.577289;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0136843;OID=.;OPOS=21320711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:41:43:8:8:0.156863:2:6:33:8:2:6:35:8 chr17 21320787 . G A 455.02 PASS AF=0.327684;AO=58;DP=177;FAO=58;FDP=177;FR=.;FRO=119;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=101;FWDB=-0.0218834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.676;QD=10.2828;RBI=0.0284561;REFB=-0.0117933;REVB=-0.0181898;RO=119;SAF=14;SAR=44;SRF=18;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159377;STB=0.590432;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0247255;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:119:119:58:58:0.327684:44:14:18:101:44:14:18:101 chr17 21320796 . C T 677.98 PASS AF=0.459119;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=67;FSRF=14;FSRR=72;FWDB=-0.0116126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.646;QD=17.056;RBI=0.0152111;REFB=-0.00839184;REVB=-0.0098247;RO=84;SAF=6;SAR=67;SRF=14;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212329;STB=0.616338;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0108767;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:84:86:73:73:0.459119:67:6:14:70:67:6:14:72 chr17 21320798 . G C 581.1 PASS AF=0.484277;AO=76;DP=160;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=69;FSRF=14;FSRR=68;FWDB=-0.0051535;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.785;QD=14.6188;RBI=0.0390131;REFB=-0.0503211;REVB=0.0386712;RO=80;SAF=8;SAR=68;SRF=13;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124489;STB=0.580696;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.115056;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:80:82:76:77:0.484277:68:8:13:67:69:8:14:68 chr17 21320806 . G A 107.41 PASS AF=0.142857;AO=22;DP=160;FAO=23;FDP=161;FR=.;FRO=138;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=116;FWDB=-0.000891435;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.277;QD=2.66844;RBI=0.0312238;REFB=-0.00190105;REVB=0.0312111;RO=138;SAF=2;SAR=20;SRF=22;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192224;STB=0.550614;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0153856;OID=.;OPOS=21320806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:138:138:22:23:0.142857:20:2:22:116:20:3:22:116 chr17 21320980 . C G 787.81 PASS AF=0.593496;AO=73;DP=123;FAO=73;FDP=123;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.000280667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.945;QD=25.6199;RBI=0.00297362;REFB=-0.0269932;REVB=-0.00296035;RO=49;SAF=33;SAR=40;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157584;STB=0.579984;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0151259;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:49:50:73:73:0.593496:40:33:12:37:40:33:13:37 chr17 21320991 . C T 163.85 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=0.0128545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.367;QD=5.79989;RBI=0.0138941;REFB=-0.00825974;REVB=-0.00527333;RO=87;SAF=13;SAR=13;SRF=29;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211439;STB=0.628226;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0279063;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:87:26:26:0.230088:13:13:29:58:13:13:29:58 chr17 21320993 . G T 720.33 PASS AF=0.62037;AO=66;DP=108;FAO=67;FDP=108;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0375974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.113;QD=26.679;RBI=0.0376905;REFB=-0.0146893;REVB=0.00264784;RO=41;SAF=29;SAR=37;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124887;STB=0.569869;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00906171;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:41:41:66:67:0.62037:37:29:11:30:37:30:11:30 chr17 21321005 . C A 137.73 PASS AF=0.221053;AO=20;DP=97;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=0.0449857;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5473;QD=5.79913;RBI=0.0733826;REFB=-0.0101941;REVB=0.0579766;RO=74;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183178;STB=0.630608;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0205368;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:74:74:20:21:0.221053:11:9:23:51:11:10:23:51 chr17 21321016 . T C 391.67 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0521195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.641;QD=22.0658;RBI=0.0537704;REFB=-0.028399;REVB=0.0132219;RO=32;SAF=12;SAR=27;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191279;STB=0.604348;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0232677;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:27:12:4:28:27:12:4:28 chr17 21321028 . CC TG 227.91 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.0141683;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=2;MLLD=227.474;QD=17.2005;RBI=0.0150222;REFB=-0.00662824;REVB=0.00499259;RO=27;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204319;STB=0.615279;STBP=0.485;TYPE=mnp;VARB=0.0113058;OID=.;OPOS=21321028;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:27:18:18:0.339623:15:3:2:25:15:3:2:25 chr17 21322972 . GT CC 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00805522;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.163;QD=16.6157;RBI=0.0122488;REFB=-0.00456498;REVB=0.00922752;RO=21;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221127;STB=0.62809;STBP=0.21;TYPE=mnp;VARB=0.013479;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:13:4:9:12:13:4:9:12 chr17 21322975 . G A 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0185225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.088;QD=4.41788;RBI=0.0186724;REFB=0.0127364;REVB=-0.00236142;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135264;STB=0.590307;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0179664;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:10:21:4:3:10:21 chr17 21323001 . C T 113.78 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00877207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.281;QD=10.8363;RBI=0.0125374;REFB=-0.0029895;REVB=-0.00895754;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112516;STB=0.629435;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00774999;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:28:9:14:0.333333:5:4:13:11:10:4:13:15 chr17 21323049 . C T 98.93 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0170452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.984;QD=5.34752;RBI=0.0170452;REFB=-0.00504261;REVB=1.82772e-05;RO=58;SAF=8;SAR=8;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429041;STB=0.526993;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0384801;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:58:58:16:16:0.216216:8:8:27:31:8:8:27:31 chr17 21323056 . G T 35.06 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00607922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.484;QD=1.84538;RBI=0.0436995;REFB=-0.00315417;REVB=-0.0432746;RO=68;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282601;STB=0.718612;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0336209;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:6:2:33:35:6:2:33:35 chr17 21323074 . T C 45.15 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00352759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.921;QD=2.10013;RBI=0.00512377;REFB=-0.00333118;REVB=-0.00371607;RO=73;SAF=3;SAR=7;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175815;STB=0.637645;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0197963;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:86:73:76:10:10:0.116279:7:3:32:41:7:3:34:42 chr17 21323096 . G A 224.96 PASS AF=0.315217;AO=28;DP=92;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0190559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.251;QD=9.78102;RBI=0.0243979;REFB=-0.00625595;REVB=0.0152357;RO=58;SAF=9;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195094;STB=0.593684;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0106806;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:63:28:29:0.315217:19:9:28:30:19:10:30:33 chr17 21323107 . A G 179.17 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=97;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0102944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.271;QD=7.31301;RBI=0.0161964;REFB=-0.00948059;REVB=-0.012504;RO=67;SAF=7;SAR=18;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27181;STB=0.676776;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0340322;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:67:73:25:25:0.255102:18:7:33:34:18:7:37:36 chr17 21825565 . G T 2483.14 PASS AF=0.987879;AO=163;DP=166;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0144426;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.714;QD=60.1973;RBI=0.0158686;REFB=-0.097932;REVB=0.00657437;RO=0;SAF=80;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.35852e-08;STB=0.505952;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-1.67001e-05;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:166:165:0:2:163:163:0.987879:83:80:0:0:83:80:0:2 chr17 21826256 . A G 754.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.953;QD=56.9316;RBI=0.042736;REFB=0;REVB=0.0153638;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41168e-05;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:40:12:0:0:40:13:0:0 chr17 22023528 . G C 170.72 PASS AF=0.328571;AO=22;DP=71;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00487779;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.521;QD=9.75526;RBI=0.00496403;REFB=0.00405229;REVB=0.000921295;RO=48;SAF=8;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161701;STB=0.612145;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00838479;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:48:47:22:23:0.328571:14:8:24:24:15:8:24:23 chr17 22023591 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0213449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.524;QD=17.8513;RBI=0.0294498;REFB=-0.00648267;REVB=0.02029;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614608;STB=0.509045;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00755448;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:21:15:16:23:21:15:16:24 chr17 25628820 . T C 613.29 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.73;QD=61.3289;RBI=0.0331318;REFB=0;REVB=0.0306554;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191518;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr17 25972311 . C T 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00107983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.821;QD=9.19058;RBI=0.00395578;REFB=0.00151709;REVB=-0.00380554;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581478;STB=0.534448;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00338421;OID=.;OPOS=25972311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:9:11:22:22:9:11:22:22 chr17 26089867 . T C 552.19 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.000408093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.321;QD=18.1047;RBI=0.0161146;REFB=-0.012672;REVB=-0.0161094;RO=63;SAF=30;SAR=28;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660884;STB=0.540281;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00886798;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:64:58:58:0.47541:28:30:37:26:28:30:38:26 chr17 26092631 . A G 286.77 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00408424;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.118;QD=15.5012;RBI=0.0330451;REFB=-0.0134031;REVB=-0.0327918;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914773;STB=0.543568;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0164758;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:31:32:0.432432:13:18:28:14:13:19:28:14 chr17 26096597 . G A 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.005955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.617;QD=20.1573;RBI=0.0255114;REFB=-0.00286857;REVB=-0.0248066;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11081;STB=0.562422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00215022;OID=.;OPOS=26096597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:14:16:16:0.533333:7:9:5:7:7:9:6:8 chr17 26105932 . G A 341.83 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00592972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.504;QD=18.4775;RBI=0.00627707;REFB=-0.00494866;REVB=-0.00205914;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630077;STB=0.52642;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00491044;OID=.;OPOS=26105932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:38:35:36:0.486486:18:17:15:21:19:17:16:22 chr17 26523332 . G A 164.76 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0168007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6506;QD=21.2595;RBI=0.0220507;REFB=-0.0462314;REVB=-0.0142817;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110446;STB=0.56173;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0138858;OID=.;OPOS=26523332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:13:4:2:12:13:4:2:12 chr17 26671945 . A AG,G 1188.21 PASS AF=0.967033,0.032967;AO=73,4;DP=92;FAO=88,3;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=63,3;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189692,0.084509;FXX=0.0108684;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.2925,13.2504;QD=52.229;RBI=0.268984,0.0885712;REFB=0,0;REVB=0.190708,0.0265157;RO=14;SAF=55,3;SAR=18,1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0710034,0.220153;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0138963,-0.0696913;OID=.,.;OPOS=26671946,26671945;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:92:91:14:0:73,4:88,3:0.967033,0.032967:18,1:55,3:8:6:25,0:63,3:0:0 chr17 26676135 . C T 888.36 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362537;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7808;QD=58.2534;RBI=0.0498862;REFB=0;REVB=-0.0342681;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10681e-05;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr17 26694861 . G A 639.2 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0191613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.601;QD=59.4607;RBI=0.052565;REFB=-0.131252;REVB=0.0489482;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000956188;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:1:0:16:26:1:0 chr17 26708300 . T C 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.997;QD=60.2004;RBI=0.0238011;REFB=0;REVB=0.0227149;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38788e-05;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:50:23:0:0:50:23:0:0 chr17 26708302 . G T 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0461572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.506;QD=56.5628;RBI=0.0584717;REFB=-0.0440931;REVB=0.0358951;RO=2;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196944;STB=0.510414;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000529532;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:47:23:0:2:47:23:0:2 chr17 26727721 . GA G 727.36 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0903934;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5225;QD=46.9267;RBI=0.111644;REFB=0;REVB=-0.0655238;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00322472;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:63:62:62:0:29:33:0:0:13:0:28:32:0:0 chr17 26857788 . T C 321.74 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0303238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0216;QD=23.8325;RBI=0.0304068;REFB=-0.0233749;REVB=0.00224525;RO=21;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141903;STB=0.56793;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0183085;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:17:15:14:7:17:15:14:8 chr17 26864302 . G C 175.73 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0135465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.939;QD=23.4304;RBI=0.0136599;REFB=-0.0331451;REVB=-0.00175692;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120225;STB=0.558192;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0104965;OID=.;OPOS=26864302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:12:5:2:10:13:5:2:10 chr17 26875038 . C T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0162807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.183;QD=22.3981;RBI=0.0195219;REFB=-0.00484717;REVB=0.0107724;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312748;STB=0.675889;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0035008;OID=.;OPOS=26875038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:16:6:12:7:16:6:12:7 chr17 27009749 . C T 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0136759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.071;QD=14.2706;RBI=0.0253447;REFB=-0.00704029;REVB=0.0213383;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701368;STB=0.540026;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00610076;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:16:17:14:10:16:17 chr17 27065211 . T C 210.1 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000462915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.174;QD=11.8366;RBI=0.0180567;REFB=-0.0295749;REVB=-0.0180507;RO=45;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127048;STB=0.57322;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0315119;OID=.;OPOS=27065211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:12:14:19:26:12:14:19:26 chr17 27185827 . C T 519.61 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1684;QD=59.3834;RBI=0.0659986;REFB=0;REVB=-0.00427495;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00090935;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr17 27188460 . GCCCT GCC,GCCT 292.83 PASS AF=0,0.918367;AO=8,29;DP=50;FAO=0,45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=0,33;FSAR=0,12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0366815,-0.0311102;FXX=0.019996;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=130.394,10.9693;QD=23.9048;RBI=0.122772,0.263939;REFB=0.0246971,-0.10768;REVB=0.117164,0.262099;RO=9;SAF=8,24;SAR=0,5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.396318,0.396318;SSSB=0.802703,0.294299;STB=0.5,0.523799;STBP=1,0.315;TYPE=del,del;VARB=0,0.0987927;OID=.,.;OPOS=27188463,27188461;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.918367:8,29:50:0,45:49:4:0,33:0,12:2:2:5:9:8,24:0,5:3:6 chr17 27207453 . G A 323.61 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0181478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2105;QD=28.7652;RBI=0.0181895;REFB=-0.012636;REVB=-0.0012314;RO=17;SAF=7;SAR=21;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891711;STB=0.549259;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00919561;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:21:7:6:11:21:7:6:11 chr17 27207571 . C T 246.32 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.00742288;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.728;QD=13.3144;RBI=0.0123166;REFB=-0.00358206;REVB=0.00982851;RO=45;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153591;STB=0.586901;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00502758;OID=.;OPOS=27207571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:45:29:29:0.391892:19:10:10:35:19:10:10:35 chr17 27225586 . A T 107.24 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00492161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.302;QD=22.5758;RBI=0.0102407;REFB=-0.0485538;REVB=0.00898052;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162618;STB=0.592433;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0462901;OID=.;OPOS=27225586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:4:3:8:4:4:3 chr17 27286750 . G A 297.36 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00408978;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.009;QD=15.6505;RBI=0.0265501;REFB=-0.00518218;REVB=0.0262332;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15695;STB=0.588509;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00670365;OID=.;OPOS=27286750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:14:19:18:25:14:19:18:25 chr17 27286851 . T C 343.64 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0018015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0582;QD=16.5609;RBI=0.0218029;REFB=-0.0119127;REVB=-0.0217284;RO=45;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200934;STB=0.617302;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0198321;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:17:20:15:30:17:20:15:31 chr17 27290968 . CT CTG,TG 165.88 PASS AF=0.428571,0;AO=16,2;DP=53;FAO=24,0;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9,0;FSAR=15,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.260212,0.0461597;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,2;MLLD=16.7556,19.2627;QD=11.8484;RBI=0.260601,0.0919004;REFB=0.0909445,0.0383255;REVB=-0.0142445,0.0794667;RO=23;SAF=4,2;SAR=12,0;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.170819,0.54377;STB=0.590832,0.5;STBP=0.26,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.103553,0;OID=.,.;OPOS=27290970,27290968;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:23:32:16,2:24,0:0.428571,0:12,0:4,2:9:14:15,0:9,0:17:15 chr17 27422053 . C T 114.67 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0751812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.603;QD=10.4243;RBI=0.0803258;REFB=-0.0327448;REVB=-0.0282846;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375558;STB=0.72193;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0411657;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:21:9:9:5:21:9 chr17 27423834 . G GC 31.41 PASS AF=0.184783;AO=19;DP=93;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0199018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.0759;QD=1.36552;RBI=0.0222182;REFB=-0.042085;REVB=-0.00987764;RO=72;SAF=1;SAR=18;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623194;STB=0.894529;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0436278;OID=.;OPOS=27423835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184783:19:93:17:92:75:1:16:31:44:31:72:1:18:32:40 chr17 27438469 . G A 138.43 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0091467;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.0914;QD=11.5358;RBI=0.0154646;REFB=-0.00652071;REVB=-0.0124696;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899108;STB=0.576834;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00850724;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:32:15:16:0.333333:4:11:23:6:5:11:25:7 chr17 27441077 . C G 169.82 PASS AF=0.396226;AO=15;DP=46;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0408386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.084;QD=12.8165;RBI=0.0410392;REFB=-0.0205208;REVB=0.00405293;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243762;STB=0.505489;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0172555;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:53:27:32:15:21:0.396226:7:8:15:12:9:12:18:14 chr17 27580756 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00985967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.821;QD=17.0333;RBI=0.010908;REFB=-0.0194016;REVB=-0.00466587;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12534;STB=0.571352;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0249071;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:7:15:10:8:7:15 chr17 27835138 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00856892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.87;QD=14.6539;RBI=0.0297584;REFB=-0.0459205;REVB=-0.028498;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213273;STB=0.624707;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0395302;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:2:6:4:4:2:6 chr17 27889578 . T C 1383.79 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00514867;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.018;QD=61.5017;RBI=0.0251869;REFB=-0.135943;REVB=0.0246551;RO=1;SAF=59;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796593;STB=0.504201;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000507982;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:30:59:1:0:30:59:1:0 chr17 27889986 . T C 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.068;QD=57.232;RBI=0.0328761;REFB=0;REVB=0.0312746;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100012;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr17 27901975 . A G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.765;QD=55.6493;RBI=0.0176868;REFB=0;REVB=0.00132043;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136167;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr17 27904711 . G A 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00371065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9783;QD=19.6921;RBI=0.0396832;REFB=-0.0176998;REVB=0.0395093;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123582;STB=0.569323;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00894027;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:17:9:12:13:17:9:12:13 chr17 28268800 . A C 205.06 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.021468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.82;QD=16.405;RBI=0.0224575;REFB=0.0120412;REVB=0.00659296;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125275;STB=0.571363;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0163501;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:20:9:9:12:20:9 chr17 28296327 . T G 162.0 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.109335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6293;QD=19.6363;RBI=0.141335;REFB=-0.0203556;REVB=-0.0895625;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384694;STB=0.678488;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0187739;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:13:3:9:7:13:4:9:7 chr17 28320247 . AT AA,GA 581.64 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288907,0.0329968;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=276.995,214.929;QD=59.6555;RBI=0.0313634,0.0339018;REFB=0,0;REVB=0.0122062,0.0077806;RO=0;SAF=21,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=7.55773e-05,-0.0216884;OID=.,.;OPOS=28320248,28320247;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:16,2:21,0:0:0:16,2:21,0:0:0 chr17 28381141 . C G 145.53 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00944301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.186;QD=16.1703;RBI=0.0151275;REFB=-0.00228836;REVB=0.0118183;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617758;STB=0.535668;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00212882;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:6:14:12:4:6:14 chr17 28405273 . C T 222.69 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0208312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2402;QD=18.9524;RBI=0.026262;REFB=-0.0155241;REVB=0.0159923;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240293;STB=0.513606;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0122409;OID=.;OPOS=28405273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:13:12:10:12:13:12 chr17 28407876 . T G 313.96 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0293161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.078;QD=15.5042;RBI=0.0596438;REFB=-0.0276931;REVB=0.0519418;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123564;STB=0.566228;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0369646;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:45:46:34:35:0.432099:17:17:17:28:18:17:17:29 chr17 28444183 . A C 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.051599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1705;QD=44.0881;RBI=0.0957068;REFB=-0.0941239;REVB=-0.080606;RO=1;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029595;STB=0.51611;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0296607;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:15:2:0:1:15:2:0:1 chr17 28511978 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.941;QD=45.8068;RBI=0.039954;REFB=0;REVB=0.0353899;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045047;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 28794020 . A G 921.7 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0452053;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4539;QD=56.7198;RBI=0.0643972;REFB=-0.0616057;REVB=0.0458638;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00240269;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:65:1:1:64:64:0.984615:25:39:1:0:25:39:1:0 chr17 28853530 . A C 422.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.639;QD=56.2819;RBI=0.0542537;REFB=0;REVB=0.0442361;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026734;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr17 28900708 . G T 244.76 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132811;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.707;QD=46.6212;RBI=0.0142568;REFB=-0.13987;REVB=0.00518355;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0010426;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:0:1:9:11:0:1 chr17 29219640 . A G 130.57 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0111002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.473;QD=13.7446;RBI=0.0188154;REFB=-0.0254612;REVB=-0.0151923;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257187;STB=0.649291;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0317567;OID=.;OPOS=29219640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:15:8:9:6:15:8 chr17 29486152 . G A 871.22 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015474;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.714;QD=58.0816;RBI=0.0155266;REFB=0;REVB=0.00127753;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76244e-05;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr17 29496819 . C T 175.41 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.796;QD=46.7752;RBI=0.0860758;REFB=0;REVB=0.085936;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986914;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr17 29508775 . G A 765.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.143;QD=63.832;RBI=0.0442961;REFB=0;REVB=-0.00752376;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00871e-05;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr17 29646032 . G A 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.174;QD=61.6938;RBI=0.0187589;REFB=0;REVB=0.015267;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17839e-05;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:49:33:0:0:49:33:0:0 chr17 29705947 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.193;QD=51.9159;RBI=0.0333607;REFB=0;REVB=-0.000459274;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173176;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 29844728 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTC,GCTTTTT 33.29 PASS AF=0.191176,0.0441176,0;AO=16,3,3;DP=66;FAO=13,3,0;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=2,2,0;FSAR=11,1,0;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00153453,-0.0500293,0.0101611;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.93182,20.0643,28.0748;QD=1.95798;RBI=0.134623,0.0536346,0.0744717;REFB=-0.132057,-0.0855987,-0.0577197;REVB=-0.134614,-0.0193324,-0.0737753;RO=37;SAF=7,2,0;SAR=9,1,3;SRF=21;SRR=16;SSEN=0.45679,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.150466,0.101851,-0.547615;STB=0.833212,0.606862,0.5;STBP=0.013,0.717,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.174146,0.106765,0;OID=.,.,.;OPOS=29844729,29844734,29844728;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,GC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTC,GCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:66:68:37:52:16,3,3:13,3,0:0.191176,0.0441176,0:9,1,3:7,2,0:21:16:11,1,0:2,2,0:29:23 chr17 29855661 . G A 159.53 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.029456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1186;QD=17.7251;RBI=0.0305859;REFB=-0.00918516;REVB=0.00823668;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00981852;OID=.;OPOS=29855661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:5:14:7:10:5:14 chr17 29857460 . G A 258.58 PASS AF=0.5;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00285436;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.274;QD=18.4699;RBI=0.028044;REFB=-0.0163021;REVB=0.0278983;RO=28;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197941;STB=0.518554;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0151818;OID=.;OPOS=29857460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:28:28:27:28:0.5:16:11:12:16:17:11:12:16 chr17 29859016 . G A 277.37 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0270482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3163;QD=18.491;RBI=0.03795;REFB=0.018787;REVB=0.0266195;RO=29;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199723;STB=0.620607;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0177296;OID=.;OPOS=29859016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:10:20:13:16:10:20:13:17 chr17 29859506 . G T 78.68 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0334525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7555;QD=10.8531;RBI=0.0593635;REFB=-0.0262745;REVB=0.0490404;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349884;STB=0.662304;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0499311;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:29:16:18:10:11:0.37931:6:4:12:4:6:5:13:5 chr17 29890808 . C T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00656607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.263;QD=56.01;RBI=0.0155928;REFB=-0.0787216;REVB=0.014143;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406014;STB=0.521726;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0085411;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:11:23:0:1:11:23:0:1 chr17 30183857 . T C 542.1 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746778;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.109;QD=60.233;RBI=0.0793881;REFB=0;REVB=0.0269388;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371052;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr17 30222002 . T C 356.36 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.205;QD=54.825;RBI=0.0627109;REFB=0;REVB=0.0156907;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494801;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:12:11:0:0:12:14:0:0 chr17 30348160 . T C 374.36 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0201372;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.908;QD=17.2121;RBI=0.0210047;REFB=-0.0178283;REVB=0.00597429;RO=46;SAF=21;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582347;STB=0.521266;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0235073;OID=.;OPOS=30348160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:48:39:39:0.448276:18:21:22:24:18:21:24:24 chr17 30470028 . G GC 85.27 PASS AF=0.451613;AO=10;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0109178;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.2174;QD=11.003;RBI=0.014849;REFB=0.0407913;REVB=-0.0100646;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337888;STB=0.516754;STBP=0.908;TYPE=ins;VARB=-0.0464952;OID=.;OPOS=30470029;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:10:32:14:31:17:3:11:4:13:85:22:1:9:6:16 chr17 30533970 . A G 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0338745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.594;QD=15.1965;RBI=0.0353049;REFB=-0.0160786;REVB=-0.0099475;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590993;STB=0.502657;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0237309;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:11:7:8:16:11:7:10:16 chr17 30625205 . G A 351.85 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00470973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.412;QD=15.6376;RBI=0.0673479;REFB=-0.0144469;REVB=0.067183;RO=52;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858276;STB=0.548399;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0225796;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:20:18:29:23:20:18:29:23 chr17 31268378 . C T 226.12 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0171448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.474;QD=13.9151;RBI=0.0173517;REFB=-0.0149952;REVB=-0.00267142;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301135;STB=0.662799;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0114381;OID=.;OPOS=31268378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:26:27:0.415385:14:12:28:9:14:13:29:9 chr17 31340682 . C T 329.06 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0288836;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9269;QD=15.1293;RBI=0.0587783;REFB=-0.0115187;REVB=-0.0511921;RO=49;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190327;STB=0.617065;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00828243;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:51:36:36:0.413793:16:20:18:31:16:20:18:33 chr17 31618732 . A G 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00721779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.894;QD=14.0409;RBI=0.0293383;REFB=-0.0257914;REVB=-0.0284366;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.081207;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr17 32483237 . A G 288.82 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00468056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.383;QD=16.2718;RBI=0.00468979;REFB=-0.00581737;REVB=-0.000294102;RO=39;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105635;STB=0.559648;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00831722;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:22:10:16:23:22:10:16:23 chr17 32483270 . C G 266.47 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.108156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7261;QD=15.9085;RBI=0.109455;REFB=-0.0159967;REVB=0.0168094;RO=37;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184052;STB=0.604095;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0214026;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:20:10:19:18:20:10:19:18 chr17 32612894 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0405789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8654;QD=5.78787;RBI=0.0406196;REFB=0.00644791;REVB=-0.00181752;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269228;STB=0.666295;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0237428;OID=.;OPOS=32612894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:3:20:5:2:3:20 chr17 32614637 . C A 241.72 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00671259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.136;QD=21.9745;RBI=0.0239148;REFB=-0.00216905;REVB=0.0229534;RO=20;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182515;STB=0.594319;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00550183;OID=.;OPOS=32614637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:17:6:9:11:17:6:9:12 chr17 32904586 . C T 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7358;QD=63.8633;RBI=0.0289666;REFB=0;REVB=-0.0159129;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542583;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr17 32906008 . C G 374.1 PASS AF=0.47561;AO=32;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0290564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.1581;QD=18.2486;RBI=0.0366749;REFB=-0.0073911;REVB=-0.0223779;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118306;STB=0.514117;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00433418;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:26:43:32:39:0.47561:15:17:10:16:18:21:22:21 chr17 33269648 . C G 86.65 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0280723;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.002;QD=11.5531;RBI=0.0295452;REFB=-0.00352423;REVB=-0.00921224;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066101;STB=0.507678;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00585555;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:30:30:18:19:11:11:0.366667:8:3:5:13:8:3:5:14 chr17 33286664 . A G 275.76 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00982094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.215;QD=25.6523;RBI=0.0103097;REFB=-0.0239849;REVB=0.00313656;RO=17;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530439;STB=0.542822;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0170352;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:25:25:0.581395:15:10:8:9:15:10:9:9 chr17 33288363 . C T 2560.53 PASS AF=0.945055;AO=171;DP=184;FAO=172;FDP=182;FR=.;FRO=10;FSAF=52;FSAR=120;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0414683;FXX=0.010869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.256;QD=56.2754;RBI=0.0418629;REFB=-0.047855;REVB=-0.00573459;RO=9;SAF=52;SAR=119;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399897;STB=0.531597;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000752674;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:184:182:9:10:171:172:0.945055:119:52:6:3:120:52:8:2 chr17 33288882 . T G 1286.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000172624;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.521;QD=60.5402;RBI=0.00594642;REFB=0;REVB=0.00594391;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265749;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:44:36:0:0:44:41:0:0 chr17 33289046 . G C 300.09 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0124606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0948;QD=31.588;RBI=0.0140854;REFB=0.0361014;REVB=-0.0065675;RO=9;SAF=23;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110928;STB=0.537353;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00331289;OID=.;OPOS=33289046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:9:12:26:26:0.684211:3:23:7:2:3:23:10:2 chr17 33289113 . AAG A 39.33 PASS AF=0.305556;AO=9;DP=39;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0315137;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=2;MLLD=22.1033;QD=4.37022;RBI=0.0315675;REFB=-0.0616929;REVB=0.00184185;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284209;STB=0.545372;STBP=0.761;TYPE=del;VARB=0.161509;OID=.;OPOS=33289114;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556:9:39:11:36:25:5:6:13:12:39:26:3:6:15:11 chr17 33289937 . A T 807.63 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.178;QD=56.6755;RBI=0.0191101;REFB=0;REVB=0.0189895;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42912e-05;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:24:29:0:0:27:30:0:0 chr17 33307586 . G A 121.13 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00572324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5478;QD=14.6822;RBI=0.0218001;REFB=-0.0200715;REVB=0.0210354;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296918;STB=0.683291;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0219105;OID=.;OPOS=33307586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:8:5:13:6:9:5:13:6 chr17 33332629 . G A 313.47 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00567777;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9152;QD=14.4123;RBI=0.00828318;REFB=-0.0109833;REVB=-0.00603108;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115826;STB=0.577005;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0150085;OID=.;OPOS=33332629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:52:35:35:0.402299:20:15:27:23:20:15:29:23 chr17 33448818 . T C 464.09 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.028787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6384;QD=53.0391;RBI=0.0493071;REFB=-0.155677;REVB=-0.0400313;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.549969;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00555549;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:35:1:2:33:33:0.942857:24:9:1:0:24:9:2:0 chr17 33454415 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.639;QD=56.1916;RBI=0.0168431;REFB=0;REVB=0.0100053;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7436e-05;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr17 33457562 . T C 130.3 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0201898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.698;QD=22.66;RBI=0.0255639;REFB=-0.00207299;REVB=0.0156807;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112725;STB=0.564005;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00126421;OID=.;OPOS=33457562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:3:6:11:3:3:6 chr17 33459096 . C T 95.98 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0161734;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.376;QD=10.969;RBI=0.0195384;REFB=0.00090804;REVB=-0.0109623;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378726;STB=0.716044;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00264188;OID=.;OPOS=33459096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:24:23:12:12:0.342857:3:9:10:14:3:9:10:13 chr17 33459419 . G A 169.17 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0289153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3986;QD=13.0134;RBI=0.0351581;REFB=-0.0371405;REVB=0.0199999;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240239;STB=0.513875;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0568922;OID=.;OPOS=33459419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:14:6:9:23:14:6:9:23 chr17 33460175 . T C 152.34 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0171456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7514;QD=13.5411;RBI=0.0201284;REFB=0.00501794;REVB=-0.0105442;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230205;STB=0.662933;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0284472;OID=.;OPOS=33460175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:28:17:17:0.377778:8:9:18:6:8:9:22:6 chr17 33460367 . G A 163.02 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0232026;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.089;QD=19.1787;RBI=0.0611261;REFB=-0.0214654;REVB=0.0565513;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191794;STB=0.62671;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0162388;OID=.;OPOS=33460367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:5:12:8:8:5:12:8:9 chr17 33460431 . C T 291.28 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0749395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5142;QD=16.886;RBI=0.0833124;REFB=-0.00920896;REVB=0.036401;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498973;STB=0.536209;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0114508;OID=.;OPOS=33460431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:15:16:21:16:16:16:21:16 chr17 33460516 . A G 220.41 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0714987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.816;QD=17.2872;RBI=0.072697;REFB=-0.0235739;REVB=-0.0131451;RO=26;SAF=2;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46743;STB=0.725699;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0270055;OID=.;OPOS=33460516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:27:23:24:0.470588:21:2:10:16:21:3:11:16 chr17 33464864 . C T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3799;QD=62.9806;RBI=0.086668;REFB=0;REVB=0.0860376;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135985;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr17 33469279 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6459;QD=46.8474;RBI=0.0674905;REFB=0;REVB=-0.0654626;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00346952;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr17 33680807 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.023;QD=35.5758;RBI=0.0453157;REFB=0;REVB=0.040326;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207636;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 33680840 . T C 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0700738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6655;QD=44.0894;RBI=0.0779748;REFB=-0.00155842;REVB=-0.0342013;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1013;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00272649;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:13:4:1:0:13:4:1:0 chr17 33689926 . T C 1730.45 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8246;QD=60.7174;RBI=0.0868209;REFB=0;REVB=-0.0365744;RO=0;SAF=69;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000634599;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:45:69:0:0:45:69:0:0 chr17 33690466 . C A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0210532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.762;QD=16.3859;RBI=0.0211108;REFB=-0.0127921;REVB=-0.00155855;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0120318;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:3:5:4:5:3:5 chr17 33749546 . A G 176.91 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0287469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.297;QD=16.0828;RBI=0.0497368;REFB=-0.019586;REVB=-0.0405877;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972164;STB=0.578864;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0367082;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:25:19:19:0.431818:11:8:12:11:11:8:14:11 chr17 33768334 . T G 201.1 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00101161;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.688;QD=15.1773;RBI=0.00936774;REFB=-0.0256384;REVB=-0.00931296;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137658;STB=0.57915;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0202643;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:27:30:23:23:0.433962:13:10:8:19:13:10:9:21 chr17 33768354 . C T 659.34 PASS AF=0.959184;AO=39;DP=45;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.04756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.7735;QD=53.8238;RBI=0.166458;REFB=-0.11635;REVB=0.159519;RO=6;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528295;STB=0.515145;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0334538;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:49:6:2:39:47:0.959184:25:14:1:5:32:15:0:2 chr17 33768383 . T A 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0214757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.569;QD=30.6473;RBI=0.0214763;REFB=-0.0123338;REVB=0.000164467;RO=14;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215101;STB=0.618952;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00502178;OID=.;OPOS=33768383;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:21:6:7:7:21:6:7:7 chr17 33769034 . G A 157.24 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00115467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8572;QD=7.96156;RBI=0.0332544;REFB=-0.0057429;REVB=-0.0332344;RO=56;SAF=14;SAR=8;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816075;STB=0.556574;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0145039;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:56:57:22:22:0.278481:8:14:32:24:8:14:32:25 chr17 33769038 . C A 39.41 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0145124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.703;QD=1.92259;RBI=0.0202512;REFB=-0.00827783;REVB=0.0141244;RO=73;SAF=8;SAR=1;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457773;STB=0.855396;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0386896;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:1:8:39:34:1:8:39:34 chr17 33771996 . G A 167.87 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0133217;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.678;QD=14.9215;RBI=0.0272188;REFB=-0.017263;REVB=0.0237359;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226957;STB=0.622094;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0235251;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:27:18:18:0.4:9:9:8:20:9:9:8:19 chr17 33805150 . T C 1489.86 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152136;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2877;QD=62.7307;RBI=0.0777797;REFB=0;REVB=0.0777649;RO=0;SAF=30;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306551;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:92:95:1:62:30:0:0:65:30:0:0 chr17 33806546 . G A 241.29 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00363149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1874;QD=12.6993;RBI=0.0150744;REFB=-0.0074794;REVB=0.0146305;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881836;STB=0.543448;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00927027;OID=.;OPOS=33806546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:47:29:29:0.381579:14:15:20:26:14:15:21:26 chr17 33806863 . G A 1513.28 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.167;QD=59.932;RBI=0.0249035;REFB=0;REVB=-0.012411;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37134e-06;OID=.;OPOS=33806863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:44:57:0:0:44:57:0:0 chr17 33880003 . C G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00286254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.186;QD=19.849;RBI=0.114871;REFB=0.0133046;REVB=0.114835;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182392;STB=0.604248;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00699997;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:7:6:4:11:7:6 chr17 33881631 . T C 1298.78 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00715069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.818;QD=58.3723;RBI=0.0098417;REFB=-0.0243011;REVB=-0.00676215;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114156;STB=0.517643;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000512592;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:1:3:86:86:0.966292:41:45:0:1:41:45:0:3 chr17 33881718 . G A 919.84 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6959;QD=58.4028;RBI=0.0326908;REFB=0;REVB=-0.00310369;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243756;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr17 33884804 . T C 223.57 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00233848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.246;QD=14.9049;RBI=0.0262558;REFB=-0.00597288;REVB=0.0261514;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481196;STB=0.527323;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00621697;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:11:15:18:16:11:15:18:16 chr17 33901917 . TTAAG T 77.2 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00613405;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=286.42;QD=8.82275;RBI=0.0136545;REFB=-0.0170301;REVB=-0.0121992;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767043;STB=0.545384;STBP=0.683;TYPE=del;VARB=0.033019;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:13:35:13:35:22:8:5:12:10:77:22:8:5:12:10 chr17 33901965 . C G 156.42 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000671182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.233;QD=24.0643;RBI=0.0309877;REFB=-0.0160443;REVB=0.0309804;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432421;STB=0.524241;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00933931;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:5:5:9:7:5:5 chr17 33998802 . G C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000251688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.684;QD=9.75937;RBI=0.0324178;REFB=-0.0225488;REVB=-0.0324168;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0362313;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr17 34069578 . C T 197.15 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0496003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.285;QD=26.2866;RBI=0.0547079;REFB=-0.0202853;REVB=0.0230818;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524966;STB=0.507035;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0128345;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:17:19:0.633333:9:8:6:5:9:10:6:5 chr17 34073301 . C T 628.83 PASS AF=0.432099;AO=69;DP=161;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.00746714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.619;QD=15.5268;RBI=0.0141201;REFB=-0.00646761;REVB=-0.0119841;RO=83;SAF=42;SAR=27;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673876;STB=0.516249;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0079601;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:83:92:69:70:0.432099:27:42:45:38:27:43:54:38 chr17 34100350 . G C,GC 412.0 PASS AF=0.0322581,0.935484;AO=3,27;DP=31;FAO=1,29;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=1,10;FSAR=0,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121584,-0.0186348;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=205.625,236.286;QD=53.1612;RBI=0.0315101,0.0426759;REFB=-0.116819,-0.00892705;REVB=0.0290699,0.0383924;RO=1;SAF=2,9;SAR=1,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.0488676;STB=0.5,0.523793;STBP=1,0.256;TYPE=snp,ins;VARB=0.000730605,0.000237214;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:31:31:1:1:3,27:1,29:0.0322581,0.935484:1,18:2,9:1:0:0,19:1,10:1:0 chr17 34328461 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.691;QD=56.1891;RBI=0.0302719;REFB=0;REVB=-0.0300957;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162448;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 34340284 . C T 1511.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.806;QD=63.6456;RBI=0.00238803;REFB=0;REVB=0.00165941;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16811e-06;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:52:41:0:0:52:43:0:0 chr17 34431287 . G T 1565.92 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202792;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7614;QD=63.2694;RBI=0.044724;REFB=0;REVB=0.0398621;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68806e-05;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:96:99:1:37:59:0:0:39:60:0:0 chr17 34431961 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.022;QD=37.4829;RBI=0.0515314;REFB=0;REVB=0.0373498;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163831;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr17 34539815 . G C 519.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9612;QD=59.4164;RBI=0.0167206;REFB=0;REVB=-0.0165682;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258513;OID=.;OPOS=34539815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr17 34854280 . G A 1355.68 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2623;QD=61.622;RBI=0.0783877;REFB=0;REVB=0.0775306;RO=1;SAF=24;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065113;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:63:24:0:1:64:24:0:0 chr17 34942595 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.632;QD=43.4862;RBI=0.0613693;REFB=0;REVB=0.0209258;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002625;OID=.;OPOS=34942595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr17 34956585 . CCA C 684.92 PASS AF=1;AO=53;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227934;FXX=0.0677851;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.21;QD=49.812;RBI=0.0300893;REFB=0;REVB=0.0196425;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000233531;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:57:55:55:0:27:28:0:0:12:0:26:27:0:0 chr17 35444172 . A T 325.95 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0043992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.601;QD=18.1085;RBI=0.00673751;REFB=-0.0198882;REVB=-0.00510304;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302771;STB=0.515143;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00858241;OID=.;OPOS=35444172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:37:33:35:0.486111:15:18:19:18:16:19:19:18 chr17 35478362 . T C 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.084;QD=63.8676;RBI=0.0284316;REFB=0;REVB=0.0280658;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36663e-05;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr17 35479592 . A G 109.45 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.141061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.808;QD=16.8376;RBI=0.141064;REFB=-0.00106731;REVB=-0.000927653;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139543;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00365725;OID=.;OPOS=35479592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:13:13:13:0.5:6:7:4:7:6:7:6:7 chr17 35609866 . C T 233.27 PASS AF=0.5;AO=20;DP=44;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0122139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.937;QD=20.2847;RBI=0.0329719;REFB=-0.0382747;REVB=0.0306262;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238541;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0382959;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:23:20:23:0.5:11:9:10:11:11:12:11:12 chr17 35696804 . G A 174.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.154;QD=46.4663;RBI=0.0244858;REFB=0;REVB=0.0211975;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173048;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr17 35743010 . C G 154.55 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00361888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3294;QD=14.7189;RBI=0.0539971;REFB=0.00541207;REVB=0.0538757;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322092;STB=0.688236;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00319059;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:4:13:12:13:4:13:12:13 chr17 35771468 . C T 130.24 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0164023;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5889;QD=20.8377;RBI=0.0313955;REFB=0.00407261;REVB=-0.0267702;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352117;STB=0.519971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00379805;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:6:5:7:7:5:6 chr17 35873324 . T C 251.63 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00255102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.173;QD=17.0599;RBI=0.00382256;REFB=-0.0108697;REVB=-0.0028468;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258372;STB=0.644451;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0112841;OID=.;OPOS=35873324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:9:22:12:16:9:22 chr17 35873399 . TA T 741.35 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.3815;QD=49.4232;RBI=0.0456444;REFB=0;REVB=-0.0260954;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00150527;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:60:60:60:0:22:38:0:0:13:0:22:37:0:0 chr17 35902224 . TC T,TG,TT 737.87 PASS AF=0.0727273,0.927273,0;AO=8,44,2;DP=56;FAO=4,51,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15,0;FSAR=3,36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105294,0.0999034,-0.00247668;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=78.1212,88.6015,60.7747;QD=53.6631;RBI=0.10716,0.102384,0.00524963;REFB=0,0,0;REVB=0.019915,0.0224006,0.00462868;RO=0;SAF=2,11,2;SAR=6,33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.58669e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0252185,0.00100632,0;OID=.,.,.;OPOS=35902225,35902225,35902225;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=T,TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0727273,0.927273,0:8,44,2:56:4,51,0:55:0:1,15,0:3,36,0:0:0:8:0:2,11,2:6,33,0:0:0 chr17 35984410 . T C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00298161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.557;QD=22.1888;RBI=0.00610885;REFB=-0.0028269;REVB=0.00533179;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147688;STB=0.590669;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00212525;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:13:11:6:15:13:11:6:16 chr17 35988672 . C T 202.98 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0811034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2938;QD=21.9437;RBI=0.0819828;REFB=-0.0112181;REVB=0.0119755;RO=16;SAF=3;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419354;STB=0.730914;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00637262;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:20:20:0.540541:17:3:9:7:17:3:9:8 chr17 35995638 . T A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0103392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.253;QD=10.853;RBI=0.0103697;REFB=-0.00104058;REVB=0.000795081;RO=39;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924949;STB=0.554164;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.001735;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:7:14:23:16:7:14:23:16 chr17 36003359 . A G 282.23 PASS AF=0.56;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0111986;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.69;QD=22.5783;RBI=0.0194174;REFB=-0.0106343;REVB=-0.0158628;RO=22;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261334;STB=0.644562;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0178104;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:22:28:28:0.56:17:11:16:6:17:11:16:6 chr17 36358847 . T A 1283.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0579;QD=61.8312;RBI=0.072454;REFB=0;REVB=0.0716412;RO=0;SAF=57;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391279;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:24:57:0:0:26:57:0:0 chr17 36617210 . A G 1787.2 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00994722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.028;QD=60.5829;RBI=0.0118777;REFB=0;REVB=0.00649092;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58946e-05;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:46:69:0:0:49:69:0:0 chr17 36646386 . A G 2269.78 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=148;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0105519;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.485;QD=62.1859;RBI=0.0658761;REFB=-0.109123;REVB=0.0650256;RO=0;SAF=60;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18098e-08;STB=0.505881;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000400845;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:146:0:2:144:144:0.986301:84:60:0:0:84:60:0:2 chr17 36861983 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8201;QD=59.0147;RBI=0.0767009;REFB=0;REVB=-0.033415;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174961;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr17 36890949 . T C 95.79 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0600578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.974;QD=11.6104;RBI=0.0637276;REFB=-0.0121964;REVB=0.0213136;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163849;STB=0.575634;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0162526;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:33:15:21:12:12:0.363636:7:5:6:9:6:6:8:13 chr17 36894839 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.275;QD=56.1902;RBI=0.0388822;REFB=0;REVB=0.024691;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159715;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr17 36990036 . GCC GC,G 388.03 PASS AF=1,0;AO=29,5;DP=36;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.242119,-0.126591;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=18.7982,8.00891;QD=41.9495;RBI=0.271001,0.142223;REFB=-0.0232343,-0.035594;REVB=-0.121738,-0.0648249;RO=1;SAF=16,4;SAR=13,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.411168,0.411168;SSSB=0.0344827,0.277405;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0120882,0.0381947;OID=.,.;OPOS=36990037,36990037;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:29,5:36:37,0:37:0:22,0:15,0:0:0:6:1:16,4:13,1:0:1 chr17 37006474 . T A,TA 54.16 PASS AF=0,0.354839;AO=4,13;DP=69;FAO=0,22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=0,9;FSAR=0,13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.019891,-0.0394697;FXX=0;HRUN=2,7;LEN=1,1;MLLD=28.4639,6.98588;QD=3.49403;RBI=0.0340904,0.0470202;REFB=-0.0338797,-0.157682;REVB=-0.0276859,0.0255547;RO=50;SAF=0,7;SAR=4,6;SRF=25;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.533678,0.0476663;STB=0.5,0.527002;STBP=1,0.75;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.156844;OID=.,.;OPOS=37006474,37006475;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:69:62:50:40:4,13:0,22:0,0.354839:4,6:0,7:25:25:0,13:0,9:18:22 chr17 37017938 . G A 294.74 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589439;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.9506;QD=51.2585;RBI=0.0589479;REFB=0;REVB=0.00068517;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00511915;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:11:10:0:0:12:11:0:0 chr17 37017969 . T G 364.94 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0363642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8288;QD=52.1347;RBI=0.0432767;REFB=-0.0067242;REVB=0.0234631;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=4.36458e-05;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:15:12:0:0:15:12:1:0 chr17 37070658 . A G 276.71 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0320137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0107;QD=26.3533;RBI=0.0455132;REFB=-0.0245646;REVB=-0.0323508;RO=17;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530439;STB=0.529388;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.014595;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:15:10:8:9:15:10:8:9 chr17 37076331 . G A 282.22 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0192859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.649;QD=22.5776;RBI=0.0626029;REFB=-0.0331908;REVB=0.0595581;RO=23;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794724;STB=0.558574;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0263973;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:18:8:9:14:18:8:10:14 chr17 37101367 . T A 308.08 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0377085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7696;QD=28.0068;RBI=0.0418804;REFB=0.0208605;REVB=0.018222;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905855;STB=0.549879;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0117877;OID=.;OPOS=37101367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:14:13:6:11:14:13:6:11 chr17 37101380 . T C 543.13 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383389;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.392;QD=57.1719;RBI=0.045117;REFB=0;REVB=0.0237838;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555954;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:32:38:1:20:12:0:1:21:17:0:0 chr17 37213317 . C A,G 441.72 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=29,2;DP=31;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627883,0.0318084;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.578,32.5202;QD=56.9965;RBI=0.079475,0.0377251;REFB=0,0;REVB=0.0487226,0.0202833;RO=0;SAF=8,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.4007e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00622059,-0.0403965;OID=.,.;OPOS=37213317,37213317;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:31:31:0:0:29,2:30,1:0.967742,0.0322581:21,0:8,2:0:0:21,0:9,1:0:0 chr17 37224102 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0048587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.501;QD=21.0076;RBI=0.0198821;REFB=-0.028544;REVB=-0.0192793;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140662;STB=0.579531;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0266459;OID=.;OPOS=37224102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:8:9:13:6:8:9 chr17 37228765 . A G 296.96 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0552656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.119;QD=49.4932;RBI=0.060242;REFB=-0.132564;REVB=-0.0239752;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00391347;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:1:0:14:9:1:0 chr17 37235720 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0110698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.378;QD=16.923;RBI=0.0152345;REFB=-0.0179925;REVB=-0.0104666;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469033;STB=0.526298;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0192996;OID=.;OPOS=37235720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:22:12:12:18:22:12 chr17 37235754 . C T 288.79 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0202497;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3317;QD=16.0437;RBI=0.0204091;REFB=0.00309915;REVB=-0.00254571;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377727;STB=0.521263;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00346153;OID=.;OPOS=37235754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:14:18:24:16:14:18:24:16 chr17 37243927 . A G 218.73 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0238552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.46;QD=23.6463;RBI=0.0240707;REFB=-0.033215;REVB=0.0032139;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189967;STB=0.606116;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.031075;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:10:6:13:8:10:6 chr17 37349710 . C G 657.87 PASS AF=0.461039;AO=69;DP=151;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=59;FSRF=18;FSRR=65;FWDB=0.00260234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.058;QD=17.0876;RBI=0.0152721;REFB=-0.0309118;REVB=0.0150488;RO=82;SAF=12;SAR=57;SRF=17;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543587;STB=0.543265;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0472201;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:82:83:69:71:0.461039:57:12:17:65:59:12:18:65 chr17 37410892 . C G 936.21 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.975;QD=58.5132;RBI=0.00439435;REFB=0;REVB=-0.00147216;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46604e-06;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr17 37814080 . G A 96.89 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00748122;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.392;QD=11.744;RBI=0.015912;REFB=-0.0229361;REVB=0.0140436;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0427164;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:14:7:4:8:14:7 chr17 37822311 . A C 136.99 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00702784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.203;QD=18.8949;RBI=0.0113974;REFB=-0.0321495;REVB=0.00897269;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452578;STB=0.719329;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0176598;OID=.;OPOS=37822311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:11:3:10:4:11:4:10:4 chr17 37828496 . T C 74.13 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0283837;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.885;QD=8.72121;RBI=0.0308119;REFB=-0.00921631;REVB=0.0119891;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282276;STB=0.674342;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0218019;OID=.;OPOS=37828496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:35:34:24:24:10:10:0.294118:3:7:11:13:3:7:11:13 chr17 37829129 . A G 37.1 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00672809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7693;QD=8.24454;RBI=0.146803;REFB=-0.0206576;REVB=-0.146648;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308307;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0237585;OID=.;OPOS=37829129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:4:2:7:4:4:2:7:5 chr17 37830900 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0279242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.113;QD=16.1065;RBI=0.0283674;REFB=-0.0078036;REVB=0.00499475;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117594;STB=0.567489;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00953545;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:13:9:9:8:13:9 chr17 37884037 . C G 192.83 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.056372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9139;QD=13.7734;RBI=0.0601332;REFB=-0.0214427;REVB=0.0209332;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284342;STB=0.501627;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0322103;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:13:20:14:9:13:20 chr17 37898543 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0904963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.317;QD=60.9762;RBI=0.0981182;REFB=0;REVB=0.0379157;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258137;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:9:29:0:0:9:30:0:0 chr17 38121993 . G A 544.47 PASS AF=0.671233;AO=48;DP=70;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00693947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6636;QD=29.8342;RBI=0.0104967;REFB=0.00237149;REVB=0.00787557;RO=21;SAF=24;SAR=24;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669915;STB=0.530714;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00196968;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:21:24:48:49:0.671233:24:24:8:13:24:25:10:14 chr17 38122680 . G A,T 264.55 PASS AF=0.380952,0.619048;AO=8,13;DP=21;FAO=8,13;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227655,0.0279264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.8455,164.198;QD=50.3908;RBI=0.0273632,0.0320764;REFB=0,0;REVB=-0.0151815,-0.01578;RO=0;SAF=2,7;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00215347,0.0212664;OID=.,.;OPOS=38122680,38122680;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:21:21:0:0:8,13:8,13:0.380952,0.619048:6,6:2,7:0:0:6,6:2,7:0:0 chr17 38131187 . C A 219.7 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0146939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0591;QD=17.5763;RBI=0.0580221;REFB=-0.0172408;REVB=0.0561306;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682584;STB=0.535024;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0168345;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:21:22:0.44:10:11:16:11:10:12:17:11 chr17 38246286 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.62;QD=60.9755;RBI=0.0127084;REFB=0;REVB=0.0109657;RO=0;SAF=7;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39764e-05;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:32:7:0:0:32:7:0:0 chr17 38513802 . GGGGCC CGGGCC,G,GG,GGC,GGGC 758.94 PASS AF=0,0.163934,0.245902,0.0819672,0.508197;AO=3,8,9,6,12;DP=58;FAO=0,10,15,5,31;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,11,3,5;FSAR=0,0,4,2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000830253,0.00992337,0.0159364,0.013328,0.0322182;FXX=0;HRUN=4,4,4,4,4;LEN=1,5,4,3,2;MLLD=10.3064,27.1933,29.9237,29.4339,28.7429;QD=49.7664;RBI=0.269772,0.0519732,0.0786669,0.0728202,0.155803;REFB=-0.0513696,-0.108893,-0.107649,-0.103574,-0.0802687;REVB=-0.269771,0.0510171,0.0770358,0.0715902,0.152436;RO=0;SAF=0,8,9,4,2;SAR=3,0,0,2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.445946,0.445946,0.445946,0.445946;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,del;VARB=0,0.0335686,0.0225232,-0.0386044,-0.0541554;OID=.,.,.,.,.;OPOS=38513802,38513803,38513804,38513804,38513805;OREF=G,GGGCC,GGCC,GGC,GC;OALT=C,-,-,-,-;OMAPALT=CGGGCC,G,GG,GGC,GGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:61:58:61:0:0:3,8,9,6,12:0,10,15,5,31:0,0.163934,0.245902,0.0819672,0.508197:3,0,0,2,10:0,8,9,4,2:0:0:0,0,4,2,26:0,10,11,3,5:0:0 chr17 38513810 . TTCCCCT TCCCT,TTCCCT,TTCCCTC 74.51 PASS AF=0,0.298701,0;AO=13,14,3;DP=80;FAO=0,23,0;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=0,20,0;FSAR=0,3,0;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.237906,-0.110032,-0.207531;FXX=0.0253133;HRUN=2,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=21.0733,10.6893,85.3258;QD=3.87072;RBI=0.312648,0.226787,0.212919;REFB=-0.0647548,-0.16277,-0.0148147;REVB=-0.202853,-0.198306,-0.0475974;RO=42;SAF=9,6,3;SAR=4,8,0;SRF=13;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.442683,0.152836,0.597675;STB=0.5,0.888575,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.191474,-0.0192511;OID=.,.,.;OPOS=38513811,38513812,38513815;OREF=TC,C,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=TCCCT,TTCCCT,TTCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.298701,0:13,14,3:80:0,23,0:77:54:0,20,0:0,3,0:15:39:73:42:9,6,3:4,8,0:13:29 chr17 38784927 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00332391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.721;QD=21.944;RBI=0.0241186;REFB=-0.0384418;REVB=0.0238885;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172863;STB=0.597225;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0159447;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:4:8:7:9:4:8 chr17 38855772 . T C 255.89 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00871334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7265;QD=18.9545;RBI=0.0111683;REFB=-0.0110539;REVB=0.00698624;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487898;STB=0.533874;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0147785;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:27:28:0.518519:10:17:15:11:10:18:15:11 chr17 38857446 . C A 339.86 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0100828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.832;QD=18.1256;RBI=0.0118143;REFB=-0.0186427;REVB=0.00615738;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169446;STB=0.599947;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0222964;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:17:18:27:12:18:18:27:12 chr17 38910712 . T G 286.36 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0217019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.321;QD=15.6907;RBI=0.0566515;REFB=-0.0285421;REVB=0.0523299;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28759;STB=0.661008;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0231551;OID=.;OPOS=38910712;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:14:18:11:30:14:18:11:30 chr17 38911212 . G A 177.29 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00263862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1317;QD=12.2268;RBI=0.0397403;REFB=0.00129826;REVB=-0.0396526;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987356;STB=0.557091;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0036016;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:9:13:18:18:9:13:18:18 chr17 38911327 . C G 349.21 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00184538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9018;QD=27.9367;RBI=0.0472473;REFB=-0.0278027;REVB=0.0472112;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770478;STB=0.542345;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0267396;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:12:18:14:6:12:18:14:6 chr17 38911363 . G A 143.24 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00449401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6103;QD=14.6909;RBI=0.0237765;REFB=-0.00398223;REVB=0.0233479;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172774;STB=0.524241;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00959572;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:7:9:12:10:7:9:12:11 chr17 38928014 . A G 388.15 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.014286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.29;QD=16.1729;RBI=0.0184894;REFB=-0.00105536;REVB=0.0117375;RO=55;SAF=12;SAR=29;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235352;STB=0.63312;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00284278;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:29:12:28:27:29:12:28:27 chr17 38935812 . A G 696.58 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2719;QD=54.6336;RBI=0.0526541;REFB=-0.151286;REVB=-0.0502854;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00355352;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:51:1:1:50:50:0.980392:21:29:1:0:21:29:1:0 chr17 38936659 . C T 287.92 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00071044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.684;QD=18.5753;RBI=0.0038789;REFB=0.00123297;REVB=-0.00381329;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126228;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:19:12:12:19:19:12:12:19 chr17 38938591 . C G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00355796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3086;QD=19.3689;RBI=0.0592457;REFB=-0.0279608;REVB=0.0591387;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351757;STB=0.509791;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0116115;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:13:3:3:11:13:3:3:12 chr17 38950272 . T C 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=1.28439e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.429;QD=19.7626;RBI=0.00377908;REFB=-0.0198495;REVB=-0.00377905;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110123;STB=0.561991;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0131616;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:9:16:12:11:9:16 chr17 38955173 . G A 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0141851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.314;QD=15.0642;RBI=0.0161816;REFB=-0.00437561;REVB=-0.00778641;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528987;STB=0.529954;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00526303;OID=.;OPOS=38955173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:13:14:20:15:13:14:20:15 chr17 38978462 . C T 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00246074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5596;QD=7.76053;RBI=0.033134;REFB=-0.00512881;REVB=0.0330425;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30002;STB=0.689036;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00903232;OID=.;OPOS=38978462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:8:5:4:2:8:5 chr17 38978536 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.112;QD=47.8224;RBI=0.0177841;REFB=0;REVB=0.0146803;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08228e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 38990834 . G C 1326.96 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.302;QD=61.7191;RBI=0.0456222;REFB=0;REVB=0.0408434;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75273e-05;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:42:38:0:0:46:40:0:0 chr17 38991032 . T A 753.87 PASS AF=0.493671;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0438403;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.662;QD=19.0853;RBI=0.048505;REFB=-0.0333007;REVB=0.0207549;RO=78;SAF=41;SAR=37;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697632;STB=0.53824;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0373617;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:78:80:78:78:0.493671:37:41:35:43:37:41:36:44 chr17 39081713 . A G 414.05 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0176752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.367;QD=16.5619;RBI=0.0181692;REFB=-0.0104846;REVB=0.00420778;RO=55;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473719;STB=0.525317;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0152406;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:57:43:43:0.43:23:20:23:32:23:20:24:33 chr17 39084504 . T C 207.3 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0247875;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.376;QD=13.1621;RBI=0.0305363;REFB=-0.0349009;REVB=0.0178339;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131113;STB=0.552121;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0579063;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:38:24:25:0.396825:10:14:18:21:11:14:18:20 chr17 39134455 . G A 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0253932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.7;QD=11.4381;RBI=0.0287994;REFB=-0.00497909;REVB=-0.0135863;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368393;STB=0.740306;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0185004;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:12:14:9:9:0.391304:4:5:2:10:4:5:2:12 chr17 39135205 . A G 769.29 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.18;QD=56.9845;RBI=0.0344659;REFB=0;REVB=0.0239045;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140776;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 39135207 . A G 249.74 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00565345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.383;QD=18.4989;RBI=0.00642938;REFB=-0.00685902;REVB=-0.00306193;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259998;STB=0.645057;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00674814;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:11:16:8:19:11:16:8:19 chr17 39137297 . C T 347.54 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5656;QD=51.4878;RBI=0.01555;REFB=-0.116615;REVB=-0.0117664;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00388568;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:1:0 chr17 39139348 . A G 430.34 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0199075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.556;QD=15.9387;RBI=0.0250922;REFB=-0.0238298;REVB=-0.0152745;RO=58;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680569;STB=0.530793;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0261392;OID=.;OPOS=39139348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:58:60:47:48:0.444444:26:21:22:36:27:21:23:37 chr17 39140272 . A G 378.97 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0166977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3406;QD=21.9692;RBI=0.0185695;REFB=0.00285748;REVB=0.00812482;RO=31;SAF=22;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181352;STB=0.599948;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00328903;OID=.;OPOS=39140272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:16:22:11:20:16:22:11:20 chr17 39150167 . G A 164.48 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.74;QD=13.7067;RBI=0.0197633;REFB=-0.0173999;REVB=0.0191939;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856491;STB=0.549709;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0262096;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:19:11:8:10:19:11 chr17 39150284 . A G 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.915;QD=58.0544;RBI=0.0127101;REFB=0;REVB=-0.00999147;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32863e-06;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr17 39150357 . A G 1134.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.026;QD=60.5312;RBI=0.0386591;REFB=0;REVB=0.0354779;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81719e-05;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:53:22:0:0:53:22:0:0 chr17 39155881 . C T 58.18 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0349596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.643;QD=4.84845;RBI=0.0352615;REFB=-0.00629868;REVB=-0.00460426;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358908;STB=0.534806;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0248181;OID=.;OPOS=39155881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:38:39:9:9:0.1875:5:4:18:20:5:4:19:20 chr17 39156027 . G A 242.2 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0155418;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.51;QD=18.6309;RBI=0.0278037;REFB=-0.0183481;REVB=-0.0230542;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220946;STB=0.622556;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0234528;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:5:21:15:11:5:21 chr17 39156067 . A G 129.71 PASS AF=0.365854;AO=11;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.010751;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.476;QD=12.6547;RBI=0.0148842;REFB=-0.0307768;REVB=-0.0102934;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102486;STB=0.561319;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0558399;OID=.;OPOS=39156067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:26:11:15:0.365854:6:5:11:9:10:5:11:15 chr17 39156084 . T C 167.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00738218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5453;QD=15.1948;RBI=0.00837961;REFB=-0.0348555;REVB=-0.00396502;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309372;STB=0.502657;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.046884;OID=.;OPOS=39156084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:11:7:9:16:11:7:10:16 chr17 39183304 . C T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00414185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.143;QD=11.9183;RBI=0.0912105;REFB=-0.0116281;REVB=-0.0911164;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0107101;OID=.;OPOS=39183304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:2:5:5:3:2:5:5:4 chr17 39186031 . C T 271.27 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0127372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5158;QD=18.0844;RBI=0.0158751;REFB=-0.0263607;REVB=0.00947548;RO=29;SAF=9;SAR=20;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197454;STB=0.607695;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0231676;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:29:30:0.5:20:9:4:25:21:9:4:26 chr17 39186052 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00132033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.486;QD=21.0077;RBI=0.0263842;REFB=-0.0155858;REVB=0.0263511;RO=25;SAF=6;SAR=24;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138274;STB=0.577264;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0152834;OID=.;OPOS=39186052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:24:6:8:17:24:6:8:17 chr17 39186168 . A C 178.38 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402297;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3318;QD=47.5675;RBI=0.0663477;REFB=0;REVB=-0.0527597;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00361505;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr17 39186195 . CA TG 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0145161;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=266.276;QD=16.9316;RBI=0.019726;REFB=-0.00606998;REVB=-0.0133566;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=mnp;VARB=0.00530864;OID=.;OPOS=39186195;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:6:6:5:7:6:6 chr17 39186220 . G A 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0100487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.026;QD=14.663;RBI=0.0416355;REFB=-0.0100862;REVB=0.0404047;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308023;STB=0.677197;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0161854;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:15:6:9:6:15:6 chr17 39190758 . T C 54.32 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0258851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.026;QD=8.69138;RBI=0.0270264;REFB=-0.0014739;REVB=-0.00777104;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883077;STB=0.59976;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00333093;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:17:17:7:8:0.32:3:4:11:6:4:4:11:6 chr17 39190830 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0274597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.455;QD=18.4438;RBI=0.0274623;REFB=-0.00799467;REVB=-0.000377635;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15431;STB=0.589302;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00728768;OID=.;OPOS=39190830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:5:4:3:8:5:4 chr17 39190973 . C G 47.61 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.030565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.731;QD=11.9028;RBI=0.0581659;REFB=-0.0401234;REVB=0.0494879;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219799;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0363513;OID=.;OPOS=39190973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:6:7:0.4375:4:2:5:4:5:2:5:4 chr17 39197601 . T C 35.15 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00780015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.186;QD=5.20681;RBI=0.0100196;REFB=-0.00361271;REVB=0.00628889;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135199;STB=0.587966;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0180074;OID=.;OPOS=39197601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:16:5:2:4:16:5 chr17 39197609 . C A 44.25 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0266085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.157;QD=6.80702;RBI=0.0719771;REFB=-0.00947803;REVB=-0.0668782;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276205;STB=0.670177;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0283784;OID=.;OPOS=39197609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:15:4:3:4:15:4 chr17 39197614 . G A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00164734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.4;QD=5.44275;RBI=0.0452879;REFB=-0.00916018;REVB=-0.0452579;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961294;STB=0.529316;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0337405;OID=.;OPOS=39197614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:2:4:14:5:2:4:14:6 chr17 39197638 . A G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0367846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1877;QD=15.5704;RBI=0.0766535;REFB=-0.073621;REVB=-0.0672507;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190272;STB=0.60957;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0347189;OID=.;OPOS=39197638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:9:3:5:6:9:3 chr17 39203490 . G C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.023;QD=50.4105;RBI=0.108029;REFB=0;REVB=0.0926429;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221981;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G 187.1 PASS AF=1;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301847;FXX=0.363471;HRUN=1;LEN=13;MLLD=276.624;QD=53.4578;RBI=0.0551856;REFB=0;REVB=0.0461989;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000266722;OID=.;OPOS=39203522;OREF=TGGTGTCTGAGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:14:22:14:14:0:11:3:0:0:3:0:11:3:0:0 chr17 39203553 . G T 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0626377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1917;QD=16.2705;RBI=0.0660436;REFB=-0.0124675;REVB=-0.020935;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165557;STB=0.595613;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0166795;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:9:9:10:5:9:9 chr17 39216302 . T G,TG 207.27 PASS AF=0,0.468085;AO=2,19;DP=48;FAO=0,22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=0,21;FSAR=0,1;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0142026,-0.092515;FXX=0.059988;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=148.844,23.4179;QD=17.64;RBI=0.0617876,0.126787;REFB=-0.0244462,-0.0330945;REVB=-0.0601331,-0.0866945;RO=27;SAF=2,19;SAR=0,0;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463741,0.821062;STB=0.5,0.888774;STBP=1,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0189096;OID=.,.;OPOS=39216302,39216303;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:47:27:25:2,19:0,22:0,0.468085:0,0:2,19:14:13:0,1:0,21:13:12 chr17 39240504 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000887466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.976;QD=9.76024;RBI=0.0280344;REFB=0.000921428;REVB=-0.0280203;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384023;STB=0.734638;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00301026;OID=.;OPOS=39240504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:8:4:5:2:8:4 chr17 39240511 . A T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00353047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4172;QD=7.32269;RBI=0.015216;REFB=0.00320259;REVB=-0.0148008;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331207;STB=0.709008;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00954164;OID=.;OPOS=39240511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:9:5:4:2:9:5 chr17 39253815 . G A 87.16 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0155305;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.4046;QD=14.5263;RBI=0.0381217;REFB=-0.0335595;REVB=-0.0348147;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160306;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0308319;OID=.;OPOS=39253815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:24:11:13:11:11:0.458333:4:7:5:6:4:7:6:7 chr17 39253835 . C T 92.18 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0129278;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7606;QD=16.7595;RBI=0.0154757;REFB=-0.011616;REVB=-0.00850698;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160306;STB=0.593048;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0126208;OID=.;OPOS=39253835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:4:7:5:6:4:7:5:6 chr17 39254318 . C T 541.3 PASS AF=0.398734;AO=63;DP=159;FAO=63;FDP=158;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.00392332;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.309;QD=13.7037;RBI=0.023722;REFB=-0.0150967;REVB=-0.0233953;RO=93;SAF=34;SAR=29;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478225;STB=0.533376;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.019751;OID=.;OPOS=39254318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:93:95:63:63:0.398734:29:34:46:47:29:34:46:49 chr17 39254335 . A AT 341.06 PASS AF=0.391566;AO=63;DP=168;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=0.0789183;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6666;QD=8.21818;RBI=0.108724;REFB=0.00463346;REVB=0.0747854;RO=103;SAF=32;SAR=31;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459055;STB=0.525742;STBP=0.612;TYPE=ins;VARB=-0.00305821;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391566:63:168:65:166:101:33:32:47:54:99:103:32:31:48:55 chr17 39262597 . C T 218.05 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0501847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.042;QD=11.4765;RBI=0.0502281;REFB=-0.00272906;REVB=-0.00208592;RO=49;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411696;STB=0.523792;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00544799;OID=.;OPOS=39262597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:15:12:20:29:15:12:20:29 chr17 39262632 . G A 305.07 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00149623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.962;QD=15.0651;RBI=0.0361092;REFB=-0.0143174;REVB=-0.0360782;RO=46;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327272;STB=0.513361;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0287745;OID=.;OPOS=39262632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:21:13:19:27:21:13:19:28 chr17 39262653 . G A 254.29 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00770245;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.446;QD=16.4058;RBI=0.00838531;REFB=-0.0422882;REVB=0.00331445;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577286;STB=0.543999;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0317586;OID=.;OPOS=39262653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:28:29:0.467742:18:10:10:23:18:11:10:23 chr17 39273998 . A G 38.94 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0542816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.5603;QD=4.32656;RBI=0.143458;REFB=-0.0392716;REVB=-0.132791;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181373;STB=0.51216;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.123617;OID=.;OPOS=39273998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:36:36:29:29:7:7:0.194444:4:3:12:17:4:3:12:17 chr17 39274491 . C T 366.44 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.040754;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.639;QD=18.7919;RBI=0.0452472;REFB=-0.0277908;REVB=-0.0196577;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129085;STB=0.565242;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.032493;OID=.;OPOS=39274491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:40:38:38:0.487179:21:17:23:16:21:17:23:17 chr17 39274518 . C T 563.46 PASS AF=0.508772;AO=57;DP=112;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0205471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.645;QD=19.7704;RBI=0.0289749;REFB=-0.0126319;REVB=0.0204294;RO=54;SAF=24;SAR=33;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11914;STB=0.560319;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0145596;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:54:56:57:58:0.508772:33:24:30:24:33:25:31:25 chr17 39279841 . G A 124.76 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0320035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.798;QD=10.1848;RBI=0.037566;REFB=-0.00724221;REVB=-0.0196717;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488849;STB=0.529372;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0218119;OID=.;OPOS=39279841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:19:15:6:9:19:15 chr17 39296125 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00218724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.847;QD=10.1418;RBI=0.0340878;REFB=-0.0171299;REVB=-0.0340175;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148288;STB=0.597934;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0373304;OID=.;OPOS=39296125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:7:5:7:17:7:5:7:18 chr17 39305956 . G A 137.83 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.02334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9896;QD=19.0116;RBI=0.0715742;REFB=-0.0287312;REVB=0.0676617;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268408;STB=0.651396;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00901184;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:3:11:7:8:3:11 chr17 39334133 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.344;QD=43.4861;RBI=0.0540923;REFB=0;REVB=0.0029895;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769366;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr17 39334456 . G A 697.0 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0775263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0441;QD=52.6035;RBI=0.105689;REFB=-0.0512301;REVB=0.0718326;RO=2;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294058;STB=0.515619;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00446299;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:2:2:50:51:0.962264:31:19:0:2:31:20:0:2 chr17 39340707 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.802;QD=60.9772;RBI=0.0443628;REFB=0;REVB=-0.0137392;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107611;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr17 39341158 . G A 753.69 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3685;QD=56.8825;RBI=0.0369339;REFB=0;REVB=0.00517928;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148769;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:33:18:0:0:34:19:0:0 chr17 39341266 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.706;QD=39.2067;RBI=0.0235033;REFB=0;REVB=-0.0144018;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95096e-05;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr17 39341294 . T A 50.29 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.31;QD=33.5234;RBI=0.0629857;REFB=0;REVB=-0.00959514;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156867;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:3:6:1:1:2:0:0:1:5:0:0 chr17 39341473 . G C 142.64 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0357697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3115;QD=14.2635;RBI=0.0394233;REFB=-0.00774588;REVB=0.0165749;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537382;STB=0.812109;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0085416;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:13:3:17:7:13:3:17:7 chr17 39346139 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0445364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2786;QD=10.1723;RBI=0.0485415;REFB=0.00859275;REVB=-0.0193077;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415714;STB=0.736367;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0105382;OID=.;OPOS=39346139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:0:9:5:1:0:9 chr17 39346518 . T C 144.79 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.054;QD=44.552;RBI=0.0713455;REFB=0;REVB=-0.0175183;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562806;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr17 39346592 . ACCT A,ACCTGCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA 32.27 PASS AF=0.2,0.3;AO=2,3;DP=11;FAO=2,3;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2,1;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00669045,-0.134537;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,27;MLLD=411.613,343.897;QD=12.9078;RBI=0.00858772,0.134564;REFB=-0.00475875,-0.0267891;REVB=0.00538394,-0.00271147;RO=6;SAF=2,1;SAR=0,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.562437,-0.317885;STB=0.992876,0.665555;STBP=0.315,0.618;TYPE=del,ins;VARB=0.0140682,0.0187742;OID=.,.;OPOS=39346593,39346596;OREF=CCT,-;OALT=-,GCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA;OMAPALT=A,ACCTGCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.2,0.3:2,3:11:2,3:10:5:2,1:0,2:3:2:20:6:2,1:0,2:4:2 chr17 39383012 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.127;QD=23.218;RBI=0.0472197;REFB=-0.0923519;REVB=0.0472197;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00824492;OID=.;OPOS=39383012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr17 39383335 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.266;QD=57.6793;RBI=0.10791;REFB=0;REVB=0.0164235;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111546;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 39394674 . A G 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779157;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.166;QD=54.5648;RBI=0.0114918;REFB=0;REVB=0.00844702;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51005e-06;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr17 39394729 . C A 81.55 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8504;QD=32.6204;RBI=0.0948926;REFB=-0.0625822;REVB=-0.0819516;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080744;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0778194;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:1:0:4:5:1:0 chr17 39406409 . C A 1659.51 PASS AF=0.965812;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0158585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6744;QD=56.7353;RBI=0.0847353;REFB=-0.0743616;REVB=0.0832381;RO=4;SAF=59;SAR=53;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181377;STB=0.509312;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00656542;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:117:4:4:112:113:0.965812:53:59:1:3:54:59:1:3 chr17 39406447 . A G 1726.98 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0320292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.235;QD=58.0496;RBI=0.0376638;REFB=-0.012688;REVB=-0.0198164;RO=2;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172617;STB=0.513511;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000156493;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:119:119:2:3:116:116:0.97479:54:62:0:2:54:62:0:3 chr17 39406567 . C A 1457.27 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.269;QD=62.0116;RBI=0.0297579;REFB=-0.0261432;REVB=0.0220847;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=6.28799e-07;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:92:93:0.989362:50:42:0:0:51:42:1:0 chr17 39406589 . A G 1420.69 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00668767;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.715;QD=61.7691;RBI=0.017151;REFB=-0.107104;REVB=0.0157934;RO=1;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111524;STB=0.505881;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-1.44275e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:1:1:91:91:0.98913:42:49:0:1:42:49:0:1 chr17 39406713 . C G 45.85 PASS AF=0.1;AO=12;DP=119;FAO=12;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.0123541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.617;QD=1.52842;RBI=0.02252;REFB=-0.00711481;REVB=0.0188289;RO=105;SAF=2;SAR=10;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379966;STB=0.792158;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0685849;OID=.;OPOS=39406713;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:119:120:105:108:12:12:0.1:10:2:49:56:10:2:50:58 chr17 39406737 . T A 58.08 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.00728414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.606;QD=2.13121;RBI=0.0072844;REFB=-0.00152038;REVB=6.23581e-05;RO=96;SAF=2;SAR=11;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376658;STB=0.781333;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.014451;OID=.;OPOS=39406737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:109:109:96:96:13:13:0.119266:11:2:41:55:11:2:41:55 chr17 39406752 . T C 55.06 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=0.0104295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.46;QD=2.20234;RBI=0.0123324;REFB=-0.00621065;REVB=-0.00658133;RO=87;SAF=2;SAR=10;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284602;STB=0.71992;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0284111;OID=.;OPOS=39406752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:87:88:12:12:0.12:10:2:31:56:10:2:32:56 chr17 39406755 . T C 48.85 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.000478375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.932;QD=2.03545;RBI=0.00966334;REFB=-0.00411788;REVB=0.00965149;RO=85;SAF=2;SAR=9;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289283;STB=0.720375;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0140276;OID=.;OPOS=39406755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:85:85:11:11:0.114583:9:2:33:52:9:2:33:52 chr17 39406763 . C T 34.43 PASS AF=0.101124;AO=8;DP=92;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.0169785;FXX=0.0430061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.334;QD=1.54736;RBI=0.0190907;REFB=-0.00204872;REVB=-0.0087285;RO=77;SAF=1;SAR=7;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368954;STB=0.809639;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0220911;OID=.;OPOS=39406763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:92:89:77:80:8:9:0.101124:7:1:31:46:8:1:30:50 chr17 39406774 . T C 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=0.0212425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3582;QD=1.57974;RBI=0.0316515;REFB=0.00290015;REVB=0.0234642;RO=74;SAF=1;SAR=7;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315729;STB=0.770623;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.026593;OID=.;OPOS=39406774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:74:75:8:8:0.0963855:7:1:25:49:7:1:26:49 chr17 39412372 . G C 542.07 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000436281;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8795;QD=60.2297;RBI=0.0455927;REFB=0;REVB=0.0455906;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991786;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr17 39432562 . A T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.515;QD=53.9068;RBI=0.0146348;REFB=0;REVB=0.0143822;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64542e-05;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 39458765 . A G 276.4 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.946;QD=48.0691;RBI=0.0140438;REFB=-0.137212;REVB=-0.00640858;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00295211;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:10:11:1:0:11:11:1:0 chr17 39535859 . A G 2262.72 PASS AF=0.945122;AO=154;DP=167;FAO=155;FDP=164;FR=.;FRO=9;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0202269;FXX=0.0238081;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.62;QD=55.1882;RBI=0.0204476;REFB=-0.0206405;REVB=0.00299626;RO=9;SAF=83;SAR=71;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0017505;STB=0.500753;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.000949217;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:167:164:9:9:154:155:0.945122:71:83:5:4:71:84:5:4 chr17 39580559 . T A 151.94 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00352526;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.92;QD=10.1294;RBI=0.00370499;REFB=-1.06696e-05;REVB=0.00113996;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297567;STB=0.517465;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=4.17423e-05;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:12:8:15:25:12:8:15:25 chr17 39580562 . T C 151.25 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00296084;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.883;QD=10.0834;RBI=0.00783219;REFB=-0.00442362;REVB=0.00725097;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297567;STB=0.517465;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0148578;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:12:8:15:25:12:8:15:25 chr17 39580660 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0109652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.983;QD=7.62917;RBI=0.0361176;REFB=0.00502688;REVB=-0.0344128;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362117;STB=0.73613;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00236241;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:1:7:13:7:1:7:13:7 chr17 39580739 . C A 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.00622634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.027;QD=8.64049;RBI=0.0424231;REFB=-0.0167845;REVB=-0.0419637;RO=34;SAF=11;SAR=2;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105664;STB=0.565605;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0411893;OID=.;OPOS=39580739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:2:11:27:7:2:11:27:7 chr17 39593768 . A G 745.96 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.991;QD=52.3482;RBI=0.0217974;REFB=0.0383724;REVB=-0.00420381;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00971845;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:57:0:2:55:55:0.964912:30:25:0:0:29:26:0:2 chr17 39616430 . G T 114.54 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0126134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.6941;QD=11.4545;RBI=0.0404589;REFB=-0.0217589;REVB=0.0384425;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135787;STB=0.579336;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0471737;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:4:10:21:5:4:10:21:5 chr17 39619193 . C T 285.92 PASS AF=0.375;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0128201;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.258;QD=12.9963;RBI=0.0167383;REFB=-0.0195989;REVB=0.0107619;RO=55;SAF=10;SAR=23;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326564;STB=0.687168;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0236481;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:55:55:33:33:0.375:23:10:33:22:23:10:33:22 chr17 39620565 . C T 570.93 PASS AF=0.714286;AO=49;DP=70;FAO=50;FDP=70;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0687088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.012;QD=32.6245;RBI=0.0688774;REFB=-0.0222262;REVB=-0.00481618;RO=20;SAF=32;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16907;STB=0.585561;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0168208;OID=.;OPOS=39620565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:20:20:49:50:0.714286:17:32:7:13:18:32:7:13 chr17 39622068 . G T 989.34 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7009;QD=59.0652;RBI=0.0297051;REFB=0;REVB=-0.0155484;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68932e-05;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:40:27:0:0 chr17 39623363 . T C 776.52 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.71;QD=56.4739;RBI=0.047495;REFB=0;REVB=0.0305046;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133411;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:51:55:1:30:21:0:0:33:22:0:0 chr17 39624240 . G C 755.92 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3194;QD=55.9942;RBI=0.0487551;REFB=0;REVB=-0.0371191;RO=1;SAF=17;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34175e-05;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:36:17:1:0:36:18:0:0 chr17 39624326 . G C 787.42 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432614;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.22;QD=64.2794;RBI=0.0478414;REFB=0;REVB=0.0204267;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221138;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:35:13:0:0:36:13:0:0 chr17 39633317 . A G 317.0 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040717;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7849;QD=52.8339;RBI=0.0992719;REFB=0;REVB=0.0905375;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132561;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:21:24:1:4:17:0:0:6:18:0:0 chr17 39633349 . G C 317.27 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0301468;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.186;QD=45.3238;RBI=0.0316441;REFB=0.00501106;REVB=0.00961856;RO=3;SAF=15;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137982;STB=0.507457;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.000458011;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:10:15:2:1:10:15:2:1 chr17 39633866 . C T 380.79 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.000317975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6489;QD=19.5279;RBI=0.028022;REFB=-0.0199773;REVB=0.0280202;RO=39;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921568;STB=0.551155;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0247641;OID=.;OPOS=39633866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:20:19:23:16:20:19:23:16 chr17 39634625 . A G 449.6 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.567;QD=58.0133;RBI=0.0517815;REFB=0;REVB=0.031579;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340179;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:26:31:1:11:15:0:0:13:18:0:0 chr17 39637244 . A G 1013.36 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.904;QD=58.7456;RBI=0.0800126;REFB=0;REVB=0.0777814;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255731;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:31:36:0:0:33:36:0:0 chr17 39643646 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.325;QD=59.8389;RBI=0.0447981;REFB=0;REVB=0.0203196;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213089;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr17 39646021 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.967;QD=56.7065;RBI=0.0425396;REFB=0;REVB=0.0310527;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024266;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 39659194 . T C 765.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0283;QD=63.8317;RBI=0.0472014;REFB=0;REVB=0.00932058;RO=0;SAF=42;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220531;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:5:42:0:0:6:42:0:0 chr17 39659913 . G A 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0260666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5087;QD=18.6749;RBI=0.0321016;REFB=-0.0127406;REVB=-0.0187362;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995253;STB=0.54875;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0172827;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:12:20:16:15:12:20:17:15 chr17 39661366 . G C 205.11 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00116952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0925;QD=15.778;RBI=0.00161427;REFB=-0.00177241;REVB=-0.0011127;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474967;STB=0.527003;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00320924;OID=.;OPOS=39661366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:14:15:13:10:14:15 chr17 39661689 . G A 37.19 PASS AF=0.461538;AO=2;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0031426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.094;QD=11.4436;RBI=0.024641;REFB=-0.0183409;REVB=-0.0244398;RO=6;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168213;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00988149;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:13:13:6:7:2:6:0.461538:1:1:2:4:4:2:3:4 chr17 39670912 . G C 601.94 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0355069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1295;QD=54.7214;RBI=0.0371087;REFB=-0.0215281;REVB=-0.010785;RO=1;SAF=6;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132221;STB=0.520538;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0036722;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:1:3:41:41:0.931818:35:6:0:1:35:6:0:3 chr17 39674641 . T C 1011.73 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.547;QD=57.8133;RBI=0.0113593;REFB=-0.0208752;REVB=-0.000984157;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000228084;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:0:1:33:36:0:1 chr17 39681475 . A G 829.85 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.973;QD=57.2313;RBI=0.13561;REFB=0;REVB=0.0252709;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597102;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:40:17:0:0:40:18:0:0 chr17 39723990 . T A 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.508;QD=49.5864;RBI=0.089069;REFB=0;REVB=0.00454721;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027271;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 39727816 . T G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9033;QD=61.6815;RBI=0.0778851;REFB=0;REVB=0.0211075;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606277;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr17 39728050 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8853;QD=44.6861;RBI=0.0399585;REFB=0;REVB=-0.0399585;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186967;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr17 39742718 . A G 227.63 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.001073;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.384;QD=15.6987;RBI=0.014862;REFB=-0.000936837;REVB=-0.0148232;RO=32;SAF=4;SAR=22;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597141;STB=0.533953;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000786884;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:22:4:6:26:22:4:6:26 chr17 39742807 . C T 108.37 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0662099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.612;QD=16.0546;RBI=0.0685111;REFB=0.00141602;REVB=0.0176075;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352121;STB=0.684019;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000236937;OID=.;OPOS=39742807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:11:1:0:14:12:1:0:14 chr17 39743081 . G A 278.34 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0465154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.602;QD=20.6179;RBI=0.0541376;REFB=-0.0282202;REVB=0.0276983;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217454;STB=0.627294;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0187462;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:25:29:29:0.537037:14:15:6:18:14:15:6:19 chr17 39766504 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488108;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.8833;QD=37.4862;RBI=0.0157767;REFB=0;REVB=-0.0150027;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020274;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:4:8:1:3:1:0:0:6:2:0:0 chr17 39766611 . G A 50.84 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00606089;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.808;QD=15.6424;RBI=0.012008;REFB=-0.00763851;REVB=-0.0103662;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.713468;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00504051;OID=.;OPOS=39766611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:5:6:5:6:0.461538:4:1:3:2:5:1:3:3 chr17 39767744 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5761;QD=46.8471;RBI=0.0310597;REFB=0;REVB=-0.0301764;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485511;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr17 39871700 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.84;QD=64.1534;RBI=0.0719566;REFB=0;REVB=0.0566777;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591755;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr17 39874267 . T A 782.51 PASS AF=0.966102;AO=55;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0010619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.336;QD=53.0514;RBI=0.016111;REFB=-0.106242;REVB=0.016076;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.521731;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00186721;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:55:57:0.966102:35:20:0:0:35:22:2:0 chr17 39874283 . T A 801.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8914;QD=57.2198;RBI=0.029657;REFB=0;REVB=-0.027958;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427768;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr17 39879729 . CAGA C 164.37 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127623;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=303.134;QD=46.9614;RBI=0.0886681;REFB=0;REVB=-0.0877449;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000266511;OID=.;OPOS=39879730;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:14:14:14:0:11:3:0:0:4:0:10:2:0:0 chr17 39880340 . A C 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.92;QD=50.1329;RBI=0.015866;REFB=0.00701421;REVB=0.00916986;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544279;STB=0.529387;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=8.49865e-05;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:0:1:8:16:0:1 chr17 39880545 . C T 593.71 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0603218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.682;QD=56.5437;RBI=0.0614708;REFB=-0.117228;REVB=0.0118297;RO=2;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334838;STB=0.517848;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.000972906;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:2:2:40:40:0.952381:27:13:0:2:27:13:0:2 chr17 39880573 . G A 383.12 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.71;QD=54.7308;RBI=0.0208087;REFB=0;REVB=0.00263605;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117908;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:23:4:0:0:23:5:0:0 chr17 39881289 . G C 888.9 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320641;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.007;QD=56.4378;RBI=0.0763239;REFB=0;REVB=0.0692621;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139317;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:1:0:61:63:1:25:36:0:1:27:36:0:0 chr17 39883350 . G A 138.08 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0114313;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.185;QD=10.0419;RBI=0.0137138;REFB=-0.0121632;REVB=0.00757577;RO=36;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358702;STB=0.506842;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0279786;OID=.;OPOS=39883350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:37:18:18:0.327273:12:6:11:25:12:6:12:25 chr17 39883559 . G A 271.97 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.732;QD=51.8034;RBI=0.116422;REFB=0;REVB=0.116402;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900645;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:18:21:1:5:13:0:0:8:13:0:0 chr17 39883595 . T C,G 505.29 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=32,2;DP=34;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145956,-0.0113051;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.196,181.87;QD=57.7475;RBI=0.019966,0.0198774;REFB=0,0;REVB=0.0136238,0.0163495;RO=0;SAF=16,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00520276,-0.0695787;OID=.,.;OPOS=39883595,39883595;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:34:35:0:0:32,2:33,2:0.942857,0.0571429:16,1:16,1:0:0:17,1:16,1:0:0 chr17 39884091 . G C 317.21 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142063;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.62;QD=50.7543;RBI=0.0198661;REFB=-0.0403816;REVB=0.0138868;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000944006;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:14:10:0:1:14:10:0:1 chr17 39884583 . G A 567.01 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0815464;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4882;QD=58.1551;RBI=0.114784;REFB=-0.0920702;REVB=0.0807809;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.012605;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr17 39890715 . A T 786.67 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.58;QD=64.2175;RBI=0.0570169;REFB=0;REVB=0.028414;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137483;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:24:25:0:0 chr17 39925925 . A G 183.97 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0146461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.703;QD=17.9487;RBI=0.0186343;REFB=-0.0259458;REVB=-0.0115207;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290378;STB=0.664818;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.038785;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:7:15:7:12:7:15 chr17 39959189 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.441;QD=55.6561;RBI=0.0397616;REFB=0;REVB=0.0391412;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97527e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr17 39983808 . G C 958.66 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417031;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6566;QD=58.9945;RBI=0.0339451;REFB=0;REVB=0.033688;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198978;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr17 39983820 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.735;QD=58.2387;RBI=0.0338594;REFB=0;REVB=0.00220937;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140164;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr17 39983849 . G C 656.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616017;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5884;QD=62.5022;RBI=0.0949912;REFB=0;REVB=0.0723088;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234533;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr17 39987130 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7789;QD=60.9778;RBI=0.0221146;REFB=0;REVB=-0.000579599;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382649;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 856.38 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677685;FXX=0.063482;HRUN=0;LEN=4;MLLD=292.282;QD=58.0598;RBI=0.00919845;REFB=0;REVB=0.00621978;RO=2;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.44695e-05;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:64:59:59:0:27:32:0:0:5:2:24:31:1:1 chr17 39998141 . C T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.86;QD=49.3982;RBI=0.0258401;REFB=-0.0533924;REVB=0.01895;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000881505;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:10:13:0:0:10:13:1:0 chr17 40010979 . G A 444.44 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.919;QD=57.347;RBI=0.0369846;REFB=0;REVB=0.0294055;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176468;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:11:20:0:0 chr17 40048613 . A G 802.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.769;QD=57.305;RBI=0.0305627;REFB=0;REVB=0.0296115;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48878e-05;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:32:22:0:0:34:22:0:0 chr17 40146969 . C CA 238.2 PASS AF=0.961538;AO=3;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131466;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.7607;QD=36.6456;RBI=0.133854;REFB=0.0519906;REVB=-0.0251709;RO=23;SAF=0;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525763;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=ins;VARB=-0.00301672;OID=.;OPOS=40146970;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:3:26:25:26:1:8:17:0:1:4:23:0:3:8:15 chr17 40146970 . G A 307.22 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0442672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.95;QD=47.2649;RBI=0.0445766;REFB=0.0959127;REVB=0.0052426;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.529388;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0091267;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:26:26:1:2:24:24:0.923077:16:8:0:1:16:8:0:2 chr17 40173851 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.584;QD=55.0984;RBI=0.0487435;REFB=0;REVB=0.047329;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220181;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr17 40257163 . T C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.0138983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.517;QD=10.8236;RBI=0.0142613;REFB=-0.00517747;REVB=-0.00319729;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489008;STB=0.775107;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0112706;OID=.;OPOS=40257163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:1:22:7:5:1:22 chr17 40274873 . A C 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00581885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.595;QD=20.1592;RBI=0.019553;REFB=-0.0207883;REVB=0.0186671;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105752;STB=0.560107;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.020088;OID=.;OPOS=40274873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:8:6:5:11:8:6 chr17 40280291 . G A 181.78 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0437345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.531;QD=13.7192;RBI=0.0473469;REFB=-0.0104666;REVB=-0.0181391;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153116;STB=0.513357;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0102677;OID=.;OPOS=40280291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:29:31:21:22:0.415094:9:12:17:12:9:13:19:12 chr17 40344455 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0971103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1721;QD=19.1802;RBI=0.105916;REFB=-0.0264374;REVB=0.0422815;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181889;STB=0.602692;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0106322;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:9:2:5:8:9:2 chr17 40459562 . A G 169.61 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.018575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.162;QD=11.3074;RBI=0.0195307;REFB=-0.0159712;REVB=0.00603493;RO=38;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104201;STB=0.571125;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0306177;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:14:7:16:22:15:7:16:22 chr17 40459737 . C T 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0722115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3253;QD=13.4846;RBI=0.0832487;REFB=-0.0259277;REVB=0.0414229;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0134625;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:4:7:5:4:4:7 chr17 40475650 . G GA 149.05 PASS AF=0.705882;AO=18;DP=40;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0317705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1941;QD=17.5351;RBI=0.043867;REFB=0.0522013;REVB=0.0302481;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186942;STB=0.507806;STBP=0.923;TYPE=ins;VARB=-0.00437844;OID=.;OPOS=40475651;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:18:40:24:34:10:15:9:6:4:33:21:12:6:10:11 chr17 40689455 . T C 1011.09 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0599746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5798;QD=56.1719;RBI=0.0657568;REFB=0.0366897;REVB=0.0269631;RO=2;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248661;STB=0.513154;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00137707;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:2:2:69:70:0.972222:37:32:0:2:37:33:0:2 chr17 40696233 . C G 556.7 PASS AF=0.974359;AO=30;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.249622;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9064;QD=57.0977;RBI=0.257231;REFB=-0.0133156;REVB=0.0621036;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619954;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00502383;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:30:38:0.974359:23:7:1:0:24:14:1:0 chr17 40699291 . G A 446.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2484;QD=57.6541;RBI=0.104094;REFB=0;REVB=0.0872201;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014722;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr17 40699332 . T C 659.88 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00084519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.503;QD=57.3808;RBI=0.0142219;REFB=0.0584478;REVB=0.0141968;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00387055;OID=.;OPOS=40699332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:1:2:43:44:0.956522:21:22:1:0:22:22:1:1 chr17 40723584 . T G 223.15 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0367845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2317;QD=16.5299;RBI=0.0376648;REFB=-0.0249831;REVB=-0.00809575;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178798;STB=0.59738;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0310209;OID=.;OPOS=40723584;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:24:25:0.462963:8:16:23:5:8:17:24:5 chr17 40821883 . C CG,G 35.45 PASS AF=0.318182,0;AO=3,2;DP=21;FAO=7,0;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0370144,0.00511843;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=21.5573,224.513;QD=6.4452;RBI=0.148717,0.0146098;REFB=-0.0606278,-0.01053;REVB=0.144037,0.0136839;RO=15;SAF=1,1;SAR=2,1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.423019,-0.252475;STB=0.782407,0.5;STBP=0.09,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.141394,0.118825;OID=.,.;OPOS=40821884,40821883;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:22:15:15:3,2:7,0:0.318182,0:2,1:1,1:11:4:5,0:2,0:11:4 chr17 40822678 . C T 1097.64 PASS AF=0.938272;AO=76;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000178697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.697;QD=54.2047;RBI=0.0491595;REFB=-0.0697442;REVB=0.0491592;RO=4;SAF=41;SAR=35;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200501;STB=0.503761;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00185202;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:81:4:5:76:76:0.938272:35:41:3:1:35:41:3:2 chr17 41031657 . C T 229.05 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0158642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7083;QD=22.3467;RBI=0.0553615;REFB=-0.0196595;REVB=0.0530398;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228237;STB=0.501278;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193119;OID=.;OPOS=41031657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:13:6:7:15:13:6 chr17 41046589 . G A 36.36 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.106869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9415;QD=7.27267;RBI=0.115982;REFB=-0.01746;REVB=-0.0450655;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239465;STB=0.649545;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0395719;OID=.;OPOS=41046589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:4:10:3:3:4:10 chr17 41063017 . G T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00443012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.449;QD=10.8236;RBI=0.0167528;REFB=-0.0102962;REVB=0.0161564;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318145;STB=0.69197;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0162622;OID=.;OPOS=41063017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:12:11:9:3:12:11 chr17 41116234 . G A 279.48 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0889541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4856;QD=48.6044;RBI=0.090059;REFB=-0.0232716;REVB=-0.0140639;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000850786;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:1:0:15:7:1:0 chr17 41121207 . GGGGC G,GG,GGG,GGGG,GGGGG 320.47 PASS AF=0.333333,0.166667,0.166667,0.333333,0;AO=6,5,4,6,3;DP=25;FAO=8,4,4,8,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,0,2,0;FSAR=7,4,4,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937196,-0.0186119,-0.0259746,-0.0312969,-0.0349433;FXX=0.0768935;HRUN=5,5,5,1,1;LEN=4,3,2,1,1;MLLD=156.294,158.135,157.716,155.014,150.593;QD=53.4124;RBI=0.0410629,0.0389682,0.0384265,0.0389633,0.0397324;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0399791,0.0342362,0.028318,0.0232087,0.018911;RO=0;SAF=0,0,1,0,2;SAR=6,5,3,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,snp;VARB=-0.0131789,-0.0021092,-0.032159,0.00332561,0.00454188;OID=.,.,.,.,.;OPOS=41121208,41121209,41121210,41121211,41121211;OREF=GGGC,GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG,GGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.333333,0.166667,0.166667,0.333333,0:6,5,4,6,3:25:8,4,4,8,0:24:0:1,0,0,2,0:7,4,4,6,0:0:0:20:0:0,0,1,0,2:6,5,3,6,1:0:0 chr17 41121216 . G A 61.03 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0201025;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=106.582;QD=9.04204;RBI=0.0204519;REFB=-0.0334371;REVB=-0.0037645;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131116;STB=0.581615;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0036915;OID=.;OPOS=41121216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:3:15:8:1:3:15 chr17 41121217 . G A 129.05 PASS AF=0.538462;AO=15;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00469264;FXX=0.0370233;HRUN=7;LEN=1;MLLD=244.002;QD=19.8536;RBI=0.00485233;REFB=0.00117961;REVB=0.00123463;RO=12;SAF=1;SAR=14;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356213;STB=0.70233;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000667626;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:15:14:0.538462:14:1:3:9:13:1:3:9 chr17 41133071 . T C 344.62 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362988;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.473;QD=55.1394;RBI=0.0366748;REFB=0;REVB=0.00523845;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97218e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 41165493 . AT GT,TC 757.08 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=45,2;DP=49;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485441,0.0374373;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=135.063,86.9973;QD=63.0897;RBI=0.0513596,0.0387797;REFB=0,0;REVB=-0.0167712,-0.010115;RO=0;SAF=32,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00350193,0.0394695;OID=.,.;OPOS=41165493,41165493;OREF=A,AT;OALT=G,TC;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:48:0:0:45,2:46,2:0.958333,0.0416667:13,2:32,0:0:0:14,2:32,0:0:0 chr17 41165878 . C T 587.78 PASS AF=0.975;AO=34;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.002319;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2956;QD=58.7778;RBI=0.0593769;REFB=-0.129015;REVB=0.0593316;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508767;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00231705;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:0:1:34:39:0.975:23:11:0:0:28:11:0:1 chr17 41174025 . A C 214.66 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0166946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.38;QD=45.1908;RBI=0.0180838;REFB=-0.173504;REVB=0.00695085;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.545402;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00271722;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:1:0:13:5:1:0 chr17 41196408 . G A 634.08 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596894;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=89.7441;QD=60.3884;RBI=0.0323034;REFB=0;REVB=0.0317472;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612271;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:35:42:1:12:23:0:0:15:27:0:0 chr17 41223094 . T C 937.82 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.038;QD=58.6136;RBI=0.0400886;REFB=0;REVB=0.0223217;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70193e-05;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:38:24:0:0:38:26:0:0 chr17 41234470 . A G 935.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4029;QD=58.474;RBI=0.0468187;REFB=0;REVB=-0.037738;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110303;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr17 41244000 . T C 697.37 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0082837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.466;QD=60.6411;RBI=0.0439671;REFB=-0.174008;REVB=0.0431797;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000824791;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr17 41244435 . T C 704.79 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0434067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5716;QD=58.7325;RBI=0.0541711;REFB=-0.0319893;REVB=0.0324093;RO=2;SAF=15;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586347;STB=0.531236;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00392435;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:46:46:0.958333:31:15:2:0:31:15:2:0 chr17 41244936 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.809;QD=55.6539;RBI=0.00642364;REFB=0;REVB=3.71652e-05;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9872e-05;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr17 41245237 . A G 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9511;QD=63.2795;RBI=0.0396246;REFB=0;REVB=0.0387607;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379154;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr17 41245466 . G A 817.28 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6577;QD=57.353;RBI=0.0633983;REFB=0;REVB=-0.0615891;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371674;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr17 41246724 . C T 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0146278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.086;QD=16.8721;RBI=0.0146561;REFB=0.00319492;REVB=-0.000909851;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193849;STB=0.5999;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00659134;OID=.;OPOS=41246724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:20:20:0.434783:8:12:10:15:8:12:11:15 chr17 41277187 . G C 79.28 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.713;QD=39.6406;RBI=0.00492566;REFB=0;REVB=0.00492566;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015337;OID=.;OPOS=41277187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr17 41291953 . C G 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497496;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0672;QD=55.6961;RBI=0.0728669;REFB=0;REVB=-0.0532406;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47212e-05;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr17 41330024 . T C 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4347;QD=59.3182;RBI=0.0351764;REFB=0;REVB=0.0252375;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368267;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr17 41331460 . G A 396.93 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00085164;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.308;QD=56.7045;RBI=0.000998959;REFB=0;REVB=-0.000522139;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011934;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr17 41332804 . T C 239.78 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.126134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5545;QD=43.597;RBI=0.129165;REFB=-0.0195729;REVB=0.0278158;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.541626;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0266826;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:22:1:2:20:20:0.909091:11:9:0:1:11:9:0:2 chr17 41361960 . A G,T 612.13 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=38,2;DP=40;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986489,0.0195013;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.464,56.1216;QD=59.7199;RBI=0.012535,0.0198357;REFB=0,0;REVB=-0.00773366,-0.00362705;RO=0;SAF=26,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.05056e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00164681,-0.0778456;OID=.,.;OPOS=41361960,41361960;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:41:0:0:38,2:39,2:0.95122,0.0487805:12,2:26,0:0:0:12,2:27,0:0:0 chr17 41362272 . C G 567.72 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421217;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5775;QD=58.228;RBI=0.0535734;REFB=-0.153953;REVB=0.0331041;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00409218;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr17 41445410 . A T 109.1 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221537;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=218.759;QD=36.365;RBI=0.0265275;REFB=-0.150222;REVB=-0.0145918;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00162;OID=.;OPOS=41445410;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:1:0:6:5:1:0 chr17 41454935 . T C 167.48 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00326949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.632;QD=41.8703;RBI=0.00833593;REFB=-0.114915;REVB=-0.00766799;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00369542;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr17 41478004 . TAAAAAT TAAAA,TAAAAAA,TAAAAT,TTAAAAT 73.93 PASS AF=0.258065,0,0.129032,0.0645161;AO=7,2,6,2;DP=36;FAO=8,0,4,2;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0,1,2;FSAR=3,0,3,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0395285,0.029475,-0.0691928,-0.0417217;FXX=0.0605877;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=18.327,20.6589,10.8912,22.293;QD=9.53992;RBI=0.0633601,0.0574752,0.11449,0.0502189;REFB=-0.0589838,0.0584771,-0.114086,-0.0616456;REVB=0.0495176,-0.0493419,0.0912153,0.0279507;RO=12;SAF=5,0,4,2;SAR=2,2,2,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.150055,-0.593836,0.0946031,0.532086;STB=0.526249,0.5,0.766141,0.993741;STBP=0.917,1,0.296,0.185;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=0.19354,0,0.102286,0.0634719;OID=.,.,.,.;OPOS=41478009,41478010,41478005,41478005;OREF=AT,T,A,A;OALT=-,A,-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAAA,TAAAAT,TTAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065,0,0.129032,0.0645161:7,2,6,2:36:8,0,4,2:31:17:5,0,1,2:3,0,3,0:10:7:32:12:5,0,4,2:2,2,2,0:7:5 chr17 41489846 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.031138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.407;QD=9.44478;RBI=0.0345423;REFB=-0.00382409;REVB=-0.014953;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429227;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0122348;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:10:10:5:6:0.375:1:4:4:6:2:4:4:6 chr17 41522213 . T A 226.11 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0168338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6189;QD=21.0339;RBI=0.0350764;REFB=-0.00785246;REVB=0.030773;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239271;STB=0.633078;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00954609;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:17:4:10:12:17:4 chr17 41603882 . T C 365.87 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0129972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.982;QD=18.7624;RBI=0.0132077;REFB=-0.00872585;REVB=0.00234866;RO=40;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917757;STB=0.551008;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00892221;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:17:21:26:14:17:21:26:14 chr17 41843979 . C G 310.93 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0538718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7382;QD=22.2094;RBI=0.0539699;REFB=-0.0261768;REVB=0.00325265;RO=23;SAF=9;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126668;STB=0.568921;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0206533;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:23:24:31:32:0.571429:22:9:10:13:22:10:11:13 chr17 41846508 . A G 287.99 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0185419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.607;QD=16.2246;RBI=0.0513576;REFB=-0.0141091;REVB=0.0478936;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268907;STB=0.65339;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0243021;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:39:31:32:0.450704:18:13:26:11:19:13:27:12 chr17 41959808 . T C 2866.07 PASS AF=0.938095;AO=197;DP=212;FAO=197;FDP=210;FR=.;FRO=13;FSAF=81;FSAR=116;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0175657;FXX=0.00943352;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.884;QD=54.5918;RBI=0.0217361;REFB=-0.0768168;REVB=-0.0128025;RO=13;SAF=81;SAR=116;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431246;STB=0.522701;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00623962;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:212:210:13:13:197:197:0.938095:116:81:10:3:116:81:10:3 chr17 41960343 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.265;QD=53.9094;RBI=0.0532669;REFB=0;REVB=-0.0399607;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146992;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr17 41960633 . CG GC 1452.47 PASS AF=1;AO=93;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235109;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.504;QD=60.5198;RBI=0.0256597;REFB=-0.145783;REVB=0.0102789;RO=2;SAF=52;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00158298;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:2:0:93:96:1:41:52:2:0:42:54:0:0 chr17 41961451 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.23;QD=56.7027;RBI=0.0201995;REFB=0;REVB=0.00636721;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06829e-05;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr17 41994794 . C T 739.31 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.479;QD=54.7639;RBI=0.0405835;REFB=-0.0543107;REVB=0.0152619;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000259979;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:21:32:1:0:21:32:1:0 chr17 42030743 . G C 863.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3661;QD=57.5469;RBI=0.107376;REFB=0;REVB=0.107231;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112262;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:26:34:0:0 chr17 42152103 . G A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00998792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.379;QD=57.3927;RBI=0.0107651;REFB=0.00250313;REVB=0.00401597;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000101549;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:0:1:19:18:0:1 chr17 42155408 . G A 290.41 PASS AF=0.6;AO=20;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00210923;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.329;QD=29.0412;RBI=0.0193089;REFB=-0.061262;REVB=-0.0191933;RO=5;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217551;STB=0.611674;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0273566;OID=.;OPOS=42155408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:41:40:5:11:20:24:0.6:12:8:5:0:13:11:9:2 chr17 42213347 . G A 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.091;QD=61.6925;RBI=0.0364263;REFB=0;REVB=0.0281505;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56234e-05;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr17 42225547 . A C 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.795;QD=48.7277;RBI=0.063665;REFB=0;REVB=0.0302303;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112263;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr17 42248346 . A T 652.45 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2094;QD=62.1381;RBI=0.00794307;REFB=0;REVB=0.000881979;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69792e-05;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:30:10:0:0:32:10:0:0 chr17 42254527 . T G 477.93 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017907;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4202;QD=57.9304;RBI=0.0343166;REFB=0;REVB=0.0292741;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239648;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:26:33:1:10:16:0:0:13:20:0:0 chr17 42255097 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.535;QD=57.6807;RBI=0.0237321;REFB=0;REVB=0.00382663;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55363e-05;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr17 42267949 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0345026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.908;QD=21.1726;RBI=0.0426044;REFB=-0.0258871;REVB=0.0249942;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892086;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0163975;OID=.;OPOS=42267949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:7:8:12:12:0.6:5:7:5:2:5:7:5:3 chr17 42270290 . CA CG,TG 672.46 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=37,3;DP=44;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25,3;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000417533,0.00703498;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=157.993,106.887;QD=61.1325;RBI=0.0107466,0.0171189;REFB=0,0;REVB=0.0107385,0.0156065;RO=0;SAF=23,3;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.91909e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000146988,0.00800393;OID=.,.;OPOS=42270291,42270290;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:44:44:0:0:37,3:41,3:0.931818,0.0681818:14,0:23,3:0:0:16,0:25,3:0:0 chr17 42270828 . TGGGGC TGGG,TGGGC 51.85 PASS AF=0.0784314,0.313725;AO=11,11;DP=52;FAO=4,16;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=4,9;FSAR=0,7;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.230426,-0.064426;FXX=0.0192271;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=16.8491,9.39691;QD=4.06648;RBI=0.331315,0.250615;REFB=-0.0599965,-0.170618;REVB=-0.238062,-0.242192;RO=23;SAF=10,4;SAR=1,7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0.555556,0.555556;SSEP=0,0;SSSB=0.349865,-0.401832;STB=0.996161,0.623814;STBP=0.156,0.253;TYPE=del,del;VARB=0.00794288,0.17329;OID=.,.;OPOS=42270832,42270829;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0784314,0.313725:11,11:52:4,16:51:31:4,9:0,7:23:8:33:23:10,4:1,7:17:6 chr17 42284038 . C T 405.35 PASS AF=0.493976;AO=34;DP=88;FAO=41;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0337825;FXX=0.0568117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.131;QD=19.5347;RBI=0.0578921;REFB=-0.0545406;REVB=-0.0470132;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235532;STB=0.604031;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0437846;OID=.;OPOS=42284038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:83:29:42:34:41:0.493976:19:15:5:24:22:19:11:31 chr17 42287518 . CC CT,TT 709.54 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=42,3;DP=46;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24,3;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064392,0.00651819;FXX=0.0212721;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=41.443,142.746;QD=61.6993;RBI=0.00643941,0.0236524;REFB=0,0;REVB=-5.19886e-05,-0.0227365;RO=0;SAF=23,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00215678,-0.00161733;OID=.,.;OPOS=42287519,42287518;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:46:0:0:42,3:43,3:0.934783,0.0652174:19,0:23,3:0:0:19,0:24,3:0:0 chr17 42338998 . T G 364.02 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00705804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4123;QD=13.4822;RBI=0.00862442;REFB=-0.00236595;REVB=0.00495628;RO=64;SAF=13;SAR=30;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221858;STB=0.622347;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00406486;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:65:43:43:0.398148:30:13:32:32:30:13:32:33 chr17 42392622 . T C 1675.93 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.468;QD=60.3939;RBI=0.0225078;REFB=0;REVB=0.0192632;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75356e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:60:51:0:0:60:51:0:0 chr17 42398052 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.329;QD=50.4135;RBI=0.0486436;REFB=0;REVB=0.0168163;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221101;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr17 42398756 . C CA 115.54 PASS AF=1;AO=3;DP=19;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303131;FXX=0.333148;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.105;QD=38.5123;RBI=0.037211;REFB=0;REVB=0.0215819;RO=14;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.705668;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00220349;OID=.;OPOS=42398757;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:19:12:12:0:0:12:0:0:3:14:3:0:4:10 chr17 42398757 . C A,G 217.71 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=13,4;DP=17;FAO=14,4;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177813,0.0391545;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=151.512,50.2645;QD=48.3794;RBI=0.0490651,0.0529922;REFB=0,0;REVB=0.0457297,-0.0357085;RO=0;SAF=2,4;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00341936,0.0428527;OID=.,.;OPOS=42398757,42398757;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:17:18:0:0:13,4:14,4:0.777778,0.222222:11,0:2,4:0:0:12,0:2,4:0:0 chr17 42453690 . T C 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.137052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4899;QD=19.8451;RBI=0.137081;REFB=0.0166788;REVB=-0.00281275;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175965;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0211408;OID=.;OPOS=42453690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:8:5:9:6:8:5 chr17 42475983 . G C 643.88 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000765839;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.829;QD=50.5003;RBI=0.0192508;REFB=-0.0236633;REVB=0.0192355;RO=3;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207305;STB=0.511034;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000783248;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:3:3:48:48:0.941176:25:23:2:1:25:23:2:1 chr17 42851729 . C T 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.409;QD=33.4215;RBI=0.0351811;REFB=0;REVB=0.0346386;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518687;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 42852604 . G T 714.95 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8337;QD=60.8464;RBI=0.0388456;REFB=-0.018236;REVB=0.0207298;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000883094;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:19:27:0:1:19:27:0:1 chr17 42852610 . T C 725.97 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.697;QD=63.1274;RBI=0.0554951;REFB=0;REVB=-0.0544708;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205852;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr17 42854610 . T C,G 776.31 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=47,2;DP=49;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414556,-0.080838;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.6748,12.7416;QD=63.3721;RBI=0.0464154,0.0973532;REFB=0,0;REVB=0.0208764,-0.0542481;RO=0;SAF=17,1;SAR=30,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00429209,0.134922;OID=.,.;OPOS=42854610,42854610;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:49:49:0:0:47,2:48,1:0.979592,0.0204082:30,1:17,1:0:0:30,1:18,0:0:0 chr17 42855554 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.779;QD=59.8382;RBI=0.061581;REFB=0;REVB=0.060881;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444741;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr17 42857430 . G A 1198.58 PASS AF=0.975904;AO=75;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00761484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5582;QD=57.7629;RBI=0.107761;REFB=-0.144154;REVB=0.107492;RO=2;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214974;STB=0.505049;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00244805;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:2:1:75:81:0.975904:43:32:0:2:49:32:0:1 chr17 42857517 . C T 490.03 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00379808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3048;QD=56.0032;RBI=0.0130416;REFB=-0.0363571;REVB=0.0124763;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000635091;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:23:11:0:1:23:11:0:1 chr17 42880753 . C T 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8428;QD=57.1956;RBI=0.0516531;REFB=0;REVB=-0.0420029;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119759;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr17 43111688 . G A 137.83 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.000196937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.484;QD=19.0104;RBI=0.0127726;REFB=-0.0173387;REVB=0.0127711;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381971;STB=0.52171;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0180539;OID=.;OPOS=43111688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:9:5:6:9:9:5 chr17 43176804 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.283;QD=62.6711;RBI=0.0354757;REFB=0;REVB=0.0348121;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56481e-05;OID=.;OPOS=43176804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr17 43181287 . A G 603.65 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.292;QD=60.3654;RBI=0.016601;REFB=0;REVB=0.0165271;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73912e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr17 43183028 . G A 932.79 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.979;QD=56.5328;RBI=0.0338047;REFB=0.079885;REVB=0.027787;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000219828;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:1:1:63:65:0.984848:38:25:1:0:40:25:1:0 chr17 43183108 . G A 1403.33 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0168803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.692;QD=55.0326;RBI=0.0169106;REFB=0.0395146;REVB=0.0010121;RO=3;SAF=51;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825146;STB=0.509023;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.000465156;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:102:3:4:98:98:0.960784:47:51:2:1:47:51:3:1 chr17 43192820 . AA AG,GG 300.06 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228171,-0.0147711;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=135.115,68.6895;QD=52.1836;RBI=0.0251114,0.0179991;REFB=0,0;REVB=0.0104863,-0.010285;RO=0;SAF=7,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000904821,-0.00102602;OID=.,.;OPOS=43192821,43192820;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:14,0:7,2:0:0:14,0:7,2:0:0 chr17 43226887 . A G 224.6 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0254912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.856;QD=17.6156;RBI=0.0383911;REFB=-0.0108871;REVB=-0.0287067;RO=26;SAF=5;SAR=18;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934953;STB=0.551141;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0173461;OID=.;OPOS=43226887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:23:24:0.470588:18:5:4:22:19:5:4:23 chr17 43227214 . T C 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00301871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.437;QD=16.5259;RBI=0.00418734;REFB=-0.0141137;REVB=-0.00290194;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409847;STB=0.52315;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0190388;OID=.;OPOS=43227214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:15:14:11:14:15:14 chr17 43227766 . T TTTGG 371.51 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186335;FXX=0.124961;HRUN=3;LEN=4;MLLD=298.858;QD=53.0723;RBI=0.0199644;REFB=0.0255222;REVB=-0.00716725;RO=3;SAF=16;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103999;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=ins;VARB=-0.00058676;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286:26:31:27:28:1:16:11:0:1:6:3:16:10:2:1 chr17 43318778 . GC CG 238.11 PASS AF=0.875;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0154335;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=197.503;QD=39.6847;RBI=0.0274457;REFB=-0.0556187;REVB=0.0226953;RO=3;SAF=14;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00126873;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:20:21:0.875:6:14:2:1:7:14:2:1 chr17 43319770 . C T 216.83 PASS AF=0.393939;AO=23;DP=63;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.0950819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.984;QD=13.1411;RBI=0.098724;REFB=-0.0108179;REVB=-0.026568;RO=40;SAF=2;SAR=21;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275352;STB=0.507429;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0203298;OID=.;OPOS=43319770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:40:40:23:26:0.393939:21:2:8:32:21:5:8:32 chr17 43333125 . C T 251.61 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00262239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.468;QD=20.5393;RBI=0.00761469;REFB=-0.0158275;REVB=0.00714889;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741341;STB=0.53149;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0225203;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:13:11:13:11:13:11:13:12 chr17 43333785 . AAGAC A 69.12 PASS AF=0.291667;AO=13;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0236004;FXX=0.058812;HRUN=2;LEN=4;MLLD=225.61;QD=5.75985;RBI=0.028303;REFB=-0.0174135;REVB=0.015623;RO=32;SAF=2;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432231;STB=0.749583;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.0371206;OID=.;OPOS=43333786;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:13:49:14:48:34:2:12:14:20:69:32:2:11:15:17 chr17 43340936 . G A 138.71 PASS AF=0.583333;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0752134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.318;QD=23.1184;RBI=0.0859915;REFB=-0.0217651;REVB=0.0416832;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274816;STB=0.65766;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00724944;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:23:24:6:9:12:14:0.583333:10:2:3:3:10:4:6:3 chr17 43342141 . G C 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.465;QD=62.4634;RBI=0.0256373;REFB=0;REVB=-0.00963447;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70404e-05;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr17 43364293 . C CG 542.68 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505877;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.9452;QD=46.1852;RBI=0.0610528;REFB=0;REVB=0.034181;RO=2;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000488795;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:49:47:47:0:25:22:0:0:10:2:25:21:0:2 chr17 43472825 . G C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0128279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.582;QD=16.884;RBI=0.0379339;REFB=-0.00143754;REVB=-0.0356991;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112057;STB=0.56423;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.005051;OID=.;OPOS=43472825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:10:7:8:7:10:7 chr17 43483049 . TC GT,T 35.19 PASS AF=0,0.152778;AO=5,8;DP=72;FAO=0,11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=0,6;FSAR=0,5;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0212029,-0.0176683;FXX=0.0136968;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=25.0587,14.9841;QD=1.95485;RBI=0.0212414,0.0633198;REFB=-0.0380936,-0.0597183;REVB=0.00127729,-0.0608049;RO=48;SAF=1,7;SAR=4,1;SRF=31;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0.534653;SSSB=-0.464502,0.358107;STB=0.5,0.581253;STBP=1,0.619;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.118733;OID=.,.;OPOS=43483049,43483050;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:72:72:48:61:5,8:0,11:0,0.152778:4,1:1,7:31:17:0,5:0,6:39:22 chr17 43922640 . G A 73.44 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0163677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.317;QD=20.983;RBI=0.0203534;REFB=-0.0162469;REVB=0.012098;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0108365;OID=.;OPOS=43922640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:2:3:3:6:2:3 chr17 43923827 . C A 64.55 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00706852;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0129;QD=11.2268;RBI=0.0181506;REFB=-0.0356552;REVB=-0.0167177;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212868;STB=0.562357;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0542718;OID=.;OPOS=43923827;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:23:14:14:8:9:0.391304:6:2:6:8:6:3:6:8 chr17 43923898 . A G 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447918;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.188;QD=42.4476;RBI=0.0454838;REFB=0;REVB=-0.00790379;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045341;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr17 43924412 . T C 282.35 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.00921459;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.237;QD=14.4797;RBI=0.0100064;REFB=-0.01557;REVB=0.00390134;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286696;STB=0.666574;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0181197;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:16:15:10:36:16:16:10:36 chr17 44061025 . C T 548.81 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0141027;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.604;QD=19.2564;RBI=0.0165762;REFB=-0.00753125;REVB=-0.00871105;RO=53;SAF=28;SAR=29;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114842;STB=0.57;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00958167;OID=.;OPOS=44061025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:57:57:57:0.5:29:28:33:20:29:28:36:21 chr17 44067382 . T C 130.0 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0808349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3489;QD=13.6843;RBI=0.0867997;REFB=-0.0261004;REVB=0.0316214;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127729;STB=0.528346;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0399157;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:11:3:7:16:11:4:7:16 chr17 44077044 . T C 115.05 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.013;QD=41.8375;RBI=0.0603658;REFB=0;REVB=0.00619041;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087025;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:10:1:0:0 chr17 44117135 . C T 347.27 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0169601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.132;QD=13.3564;RBI=0.0657279;REFB=-0.0135445;REVB=-0.063502;RO=59;SAF=38;SAR=3;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55419;STB=0.836793;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0140641;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:59:63:41:41:0.394231:3:38:35:24:3:38:36:27 chr17 44144013 . C T 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00282664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.163;QD=13.0886;RBI=0.00801413;REFB=-0.00744639;REVB=0.0074991;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948443;STB=0.545397;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0102852;OID=.;OPOS=44144013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:10:6:12:14:10:6:12:15 chr17 44144993 . C G 546.79 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.901;QD=59.1128;RBI=0.0462397;REFB=0;REVB=0.0460326;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40159e-05;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:29:37:1:15:14:0:0:18:19:0:0 chr17 44248499 . G C 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00426658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.85;QD=14.1966;RBI=0.0104813;REFB=0.0076056;REVB=-0.00957357;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112676;STB=0.564459;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00789419;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:9:14:16:16:9:14:16:16 chr17 44998563 . G A 1259.78 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9597;QD=61.4528;RBI=0.0119506;REFB=0;REVB=0.0101594;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021642;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr17 45000547 . G C 1486.99 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4253;QD=63.2763;RBI=0.0539227;REFB=0;REVB=-0.0422068;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499011;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:55:39:0:0:55:39:0:0 chr17 45214631 . G A 78.06 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00931326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.47;QD=14.1935;RBI=0.0304834;REFB=0.0088162;REVB=-0.0290259;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252837;STB=0.650827;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0112068;OID=.;OPOS=45214631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:7:5:2:8:7:5 chr17 45214682 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0254046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.08;QD=27.8588;RBI=0.0523149;REFB=0.0110397;REVB=-0.0457325;RO=8;SAF=14;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256977;STB=0.644544;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00201502;OID=.;OPOS=45214682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:3:14:4:4:3:14:4:4 chr17 45214699 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0159646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.371;QD=7.83721;RBI=0.0178124;REFB=-0.00626731;REVB=0.00790002;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275096;STB=0.678645;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0110689;OID=.;OPOS=45214699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:11:5:1:6:11:5 chr17 45216132 . T G 35.41 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.015461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.729;QD=5.44702;RBI=0.0164585;REFB=0.00142498;REVB=0.0056426;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832872;STB=0.555366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00316742;OID=.;OPOS=45216132;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:8:12:4:2:8:12 chr17 45216162 . A C 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0139518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.386;QD=17.8381;RBI=0.0151796;REFB=0.0157359;REVB=-0.0059807;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320311;STB=0.68394;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0072332;OID=.;OPOS=45216162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:5:9:4:10:5:9 chr17 45216168 . TT CG 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00816026;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=109.761;QD=19.0179;RBI=0.00947332;REFB=-0.0168212;REVB=0.00481186;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333241;STB=0.690557;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.0183193;OID=.;OPOS=45216168;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:5:9:4:11:5:9 chr17 45216172 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0116769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0488;QD=21.9443;RBI=0.014213;REFB=-0.024748;REVB=-0.00810303;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338842;STB=0.692054;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.010769;OID=.;OPOS=45216172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:4:8:4:12:4:8 chr17 45216210 . A G 114.51 PASS AF=0.619048;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0620394;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9578;QD=21.8109;RBI=0.0640396;REFB=-0.0127161;REVB=0.0158805;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38497;STB=0.732918;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0132552;OID=.;OPOS=45216210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:21:8:8:11:13:0.619048:2:9:3:5:2:11:3:5 chr17 45216216 . A G 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0495841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9707;QD=18.8186;RBI=0.0557158;REFB=-0.00551975;REVB=-0.02541;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368393;STB=0.699618;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00620873;OID=.;OPOS=45216216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:2:10:4:5:2:10:5:5 chr17 45216231 . T C 89.92 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0142783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8348;QD=17.127;RBI=0.0494167;REFB=0.0077832;REVB=0.047309;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501661;STB=0.799313;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00346225;OID=.;OPOS=45216231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:5:5:1:10:5:5 chr17 45219255 . A G 30.3 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0219006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1589;QD=1.68334;RBI=0.051638;REFB=0.00565299;REVB=0.0467638;RO=65;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521394;STB=0.540869;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0439822;OID=.;OPOS=45219255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:4:3:25:40:4:3:25:40 chr17 45219276 . A G 39.76 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0182068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.429;QD=2.44671;RBI=0.0199152;REFB=0.00103023;REVB=-0.00807028;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593868;STB=0.510179;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0078244;OID=.;OPOS=45219276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:64:65:54:57:8:8:0.123077:5:3:20:34:5:3:22:35 chr17 45219283 . TA CA,CG 37.01 PASS AF=0.0806452,0.0483871;AO=5,3;DP=62;FAO=5,3;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=2,1;FSAR=3,2;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00115129,0.00904928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=131.479,215.238;QD=2.38787;RBI=0.0055526,0.0298189;REFB=-0.000300257,0.00173966;REVB=-0.00543194,-0.0284126;RO=54;SAF=2,1;SAR=3,2;SRF=21;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0125641,-0.0527429;STB=0.510596,0.556575;STBP=0.994,0.904;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00757807,0.00919825;OID=.,.;OPOS=45219283,45219283;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:62:62:54:54:5,3:5,3:0.0806452,0.0483871:3,2:2,1:21:33:3,2:2,1:21:33 chr17 45219296 . G C 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0126897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.716;QD=3.02625;RBI=0.0414705;REFB=-0.0089344;REVB=-0.0394814;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812017;STB=0.565533;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0236889;OID=.;OPOS=45219296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:44:45:7:7:0.134615:4:3:16:28:4:3:16:29 chr17 45234298 . G C 88.82 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00685097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3866;QD=27.3299;RBI=0.0813187;REFB=-0.00635895;REVB=0.0810296;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.593025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00416061;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:2:1:7:3:2:1 chr17 45234343 . T G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0147683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.69;QD=20.4558;RBI=0.0174833;REFB=-0.0143503;REVB=-0.00935767;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209241;STB=0.618045;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0155669;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:10:5:10:7:10:5 chr17 45234360 . A C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0115815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.519;QD=15.6503;RBI=0.0146686;REFB=-0.00961956;REVB=0.0090021;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149081;STB=0.586098;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0085995;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:11:10:10:6:11:10 chr17 45234403 . TT GG 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0274458;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.113;QD=11.5972;RBI=0.0281794;REFB=-0.00408053;REVB=-0.00638794;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11507;STB=0.568413;STBP=0.596;TYPE=mnp;VARB=0.00625997;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:11:10:7:5:11:10 chr17 45234406 . CA C 44.31 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0481881;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.336;QD=5.71696;RBI=0.0482524;REFB=0.00119669;REVB=0.00249006;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223454;STB=0.586909;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=-0.00261348;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:6:32:7:31:24:3:4:13:11:44:23:2:4:12:11 chr17 45234416 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.031207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0149;QD=9.4757;RBI=0.0313768;REFB=0.019194;REVB=0.00325918;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132937;STB=0.580488;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0275363;OID=.;OPOS=45234416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:13:8:5:5:13:8 chr17 45234420 . T G 59.48 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00785371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2476;QD=10.8147;RBI=0.0261788;REFB=-0.0339407;REVB=0.0249729;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0494316;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:21:22:12:13:8:9:0.409091:4:4:8:4:5:4:9:4 chr17 45266522 . T C 199.47 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0110289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7895;QD=19.9473;RBI=0.0464468;REFB=-0.0581316;REVB=-0.0451183;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444401;STB=0.5251;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.039374;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:10:10:11:9:10:10 chr17 45266535 . T C 228.0 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00855853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.02;QD=21.7139;RBI=0.0379315;REFB=0.00781264;REVB=-0.0369533;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849073;STB=0.547576;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00907209;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:8:12:11:11:8:12 chr17 45266571 . T A 275.12 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00685665;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.336;QD=24.4548;RBI=0.0105925;REFB=-0.0225559;REVB=0.00807392;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240152;STB=0.631475;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00575664;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:20:25:25:0.555556:10:15:5:13:10:15:6:14 chr17 45364540 . T C 330.17 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0100226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.269;QD=20.9629;RBI=0.0312065;REFB=-0.0277589;REVB=0.0295532;RO=29;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218888;STB=0.625043;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0186605;OID=.;OPOS=45364540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:20:13:19:10:21:13:19:10 chr17 45368337 . A C 1447.28 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762203;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7074;QD=58.4758;RBI=0.0763886;REFB=-0.0638861;REVB=0.00506777;RO=1;SAF=35;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112206;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:99:1:0:97:99:1:62:35:1:0:63:36:0:0 chr17 45369777 . A G 180.04 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00518389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.378;QD=23.2308;RBI=0.00821008;REFB=-0.0122301;REVB=-0.00636652;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422746;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00868243;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:11:7:4:8:11:7:5:8 chr17 45369789 . G A 113.08 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00300511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.277;QD=17.3964;RBI=0.00691241;REFB=-0.00282765;REVB=-0.00622501;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306125;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:9:4:4:8:9:4:4:9 chr17 45388586 . T A 1179.3 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106339;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9014;QD=59.7111;RBI=0.0492507;REFB=-0.0879553;REVB=0.048089;RO=1;SAF=57;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230713;STB=0.512192;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000745495;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:77:78:0.987342:20:57:0:1:20:58:0:1 chr17 45421563 . G A 185.12 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0411814;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6628;QD=13.7123;RBI=0.0631301;REFB=0.00461932;REVB=-0.0478488;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207042;STB=0.611015;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00679203;OID=.;OPOS=45421563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:32:22:22:0.407407:11:11:23:10:11:11:22:10 chr17 45447832 . A G 608.78 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0352852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0521;QD=25.1045;RBI=0.0558246;REFB=-0.0277792;REVB=0.043259;RO=42;SAF=25;SAR=30;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172303;STB=0.509431;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0231799;OID=.;OPOS=45447832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:30:25:20:22:30:25:20:22 chr17 45451894 . G A 1448.39 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0775355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1231;QD=57.362;RBI=0.0776427;REFB=-0.141638;REVB=0.0040771;RO=2;SAF=55;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169351;STB=0.508927;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00159676;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:44:55:2:0:44:55:2:0 chr17 45468842 . A T 664.41 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672484;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.95;QD=63.2771;RBI=0.0116181;REFB=0;REVB=0.00947401;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559941;OID=.;OPOS=45468842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:42:0:0:39:42:1:18:21:0:0:18:24:0:0 chr17 45468871 . A G 164.57 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0116593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0113;QD=14.31;RBI=0.0194561;REFB=-0.013572;REVB=0.0155756;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198628;STB=0.60594;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0288443;OID=.;OPOS=45468871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:6:12:13:14:6:12:14:14 chr17 45490251 . C T 861.79 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255415;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3043;QD=57.4525;RBI=0.0263151;REFB=0;REVB=-0.0063337;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339664;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:41:19:0:0 chr17 45567593 . ATC A 187.2 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0280286;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.096;QD=24.1545;RBI=0.031819;REFB=-0.0461289;REVB=0.0150614;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229477;STB=0.519834;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=0.0271748;OID=.;OPOS=45567594;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903:18:32:19:31:12:7:12:5:7:99:11:6:12:4:7 chr17 45569815 . A G 359.2 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.497;QD=55.2608;RBI=0.0422752;REFB=0;REVB=0.00163265;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560868;OID=.;OPOS=45569815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:20:26:1:5:15:0:0:5:21:0:0 chr17 45663702 . C A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00545884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.142;QD=9.75978;RBI=0.0243924;REFB=-0.0275059;REVB=-0.0237738;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311223;STB=0.691747;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0184348;OID=.;OPOS=45663702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:5:7:2:5:5:7 chr17 45700384 . C CCTA 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.000592435;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=180.187;QD=11.2146;RBI=0.0194031;REFB=-0.0253454;REVB=-0.019394;RO=35;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110535;STB=0.538855;STBP=0.748;TYPE=ins;VARB=0.0483365;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:16:51:16:49:33:11:5:21:12:99:35:11:5:21:14 chr17 45735975 . G A 197.47 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0154512;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0227;QD=17.9516;RBI=0.0155711;REFB=0.00480995;REVB=0.00192829;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115783;STB=0.541626;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00548957;OID=.;OPOS=45735975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:24:19:20:0.454545:11:8:9:13:11:9:9:15 chr17 45750468 . T C 229.64 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00248906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.802;QD=11.9291;RBI=0.0141973;REFB=-0.0030442;REVB=-0.0139774;RO=48;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129982;STB=0.567819;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00948955;OID=.;OPOS=45750468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:13:15:20:28:13:15:21:28 chr17 45759767 . C T 379.03 PASS AF=0.43956;AO=41;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00591821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0276;QD=16.6604;RBI=0.0307387;REFB=-0.00997091;REVB=0.0301636;RO=50;SAF=27;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142932;STB=0.5982;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00625424;OID=.;OPOS=45759767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:51:41:40:0.43956:14:27:26:24:13:27:26:25 chr17 45760349 . T C 603.24 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.463;QD=58.8524;RBI=0.0377727;REFB=-0.132828;REVB=0.00633666;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000467748;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:0:1:40:40:0.97561:20:20:0:0:20:20:1:0 chr17 45760429 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.602;QD=44.6898;RBI=0.0578934;REFB=0;REVB=0.0303244;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474916;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 45760433 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.17;QD=43.4862;RBI=0.0290029;REFB=0;REVB=0.0191228;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290804;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr17 45760958 . TA T 32.01 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.111913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.9819;QD=4.74219;RBI=0.133456;REFB=-0.0795761;REVB=-0.0727036;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716086;STB=0.542765;STBP=0.795;TYPE=del;VARB=-0.0840618;OID=.;OPOS=45760959;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:27:9:27:18:3:6:5:13:32:15:3:8:5:10 chr17 45885687 . A G 820.44 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034989;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.238;QD=57.5746;RBI=0.0365285;REFB=0;REVB=-0.0104927;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69452e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr17 45885756 . C T 265.63 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0141751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.232;QD=13.2816;RBI=0.0154742;REFB=-0.0104185;REVB=-0.00620625;RO=48;SAF=24;SAR=7;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366315;STB=0.706369;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0149303;OID=.;OPOS=45885756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:7:24:22:26:7:24:23:26 chr17 45893819 . C T 153.96 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00768252;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.876;QD=13.3874;RBI=0.0614964;REFB=-0.0107131;REVB=-0.0610147;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234306;STB=0.646886;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0469239;OID=.;OPOS=45893819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:17:17:0.369565:6:11:12:16:6:11:12:17 chr17 45915788 . T C 552.7 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3611;QD=59.7515;RBI=0.0404172;REFB=0;REVB=0.0344121;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59902e-05;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:27:9:0:0:27:10:0:0 chr17 45916018 . C G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00542243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.592;QD=24.0667;RBI=0.006829;REFB=-0.0254087;REVB=0.0041512;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206849;STB=0.615248;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0158439;OID=.;OPOS=45916018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:2:8:8:8:2:8 chr17 45994044 . C T 777.82 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8963;QD=56.5686;RBI=0.0953786;REFB=0;REVB=0.0913474;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105935;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr17 45994094 . T C 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0753892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6182;QD=60.2006;RBI=0.0762278;REFB=0;REVB=-0.0112757;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358916;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr17 45994154 . G A 697.89 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588739;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6732;QD=63.4449;RBI=0.0634097;REFB=0;REVB=-0.0235511;RO=0;SAF=3;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217442;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:41:3:0:0:41:3:0:0 chr17 46002744 . G T 709.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.194;QD=63.0423;RBI=0.028689;REFB=0;REVB=0.0145163;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36136e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:28:17:0:0 chr17 46005792 . A ACT 861.52 PASS AF=0.914286;AO=62;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0114958;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.961;QD=49.2299;RBI=0.0117567;REFB=-0.0132115;REVB=0.00246332;RO=6;SAF=31;SAR=31;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276743;STB=0.512966;STBP=0.492;TYPE=ins;VARB=0.00117331;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914286:62:70:64:70:6:31:33:2:4:25:6:31:31:2:4 chr17 46026156 . A G 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.972;QD=44.0884;RBI=0.0519918;REFB=0.0428414;REVB=-0.0510115;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.000781054;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chr17 46029962 . ACTCT A,GCTCA 142.76 PASS AF=0.372093,0;AO=15,2;DP=45;FAO=16,0;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7,0;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00461494,-0.0139052;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=191.165,111.857;QD=13.2804;RBI=0.00679934,0.0143346;REFB=-0.00702429,-0.0252548;REVB=-0.00499333,-0.00348244;RO=26;SAF=6,2;SAR=9,0;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109202,0.476737;STB=0.527824,0.5;STBP=0.824,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0123896,0;OID=.,.;OPOS=46029963,46029962;OREF=CTCT,ACTCT;OALT=-,GCTCA;OMAPALT=A,GCTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:26:27:15,2:16,0:0.372093,0:9,0:6,2:13:13:9,0:7,0:13:14 chr17 46059071 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.46;QD=54.5175;RBI=0.0344289;REFB=0;REVB=0.0178729;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175819;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr17 46136133 . G C 131.75 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0801264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.028;QD=18.8211;RBI=0.0927397;REFB=-0.000245145;REVB=-0.046695;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585624;STB=0.521711;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000958891;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:4:10:10:3:4:11:10:3 chr17 46137055 . GCTGGAC G 180.89 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00180579;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=6;MLLD=289.462;QD=16.0793;RBI=0.0107205;REFB=-0.0219717;REVB=0.0105673;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798967;STB=0.529381;STBP=0.745;TYPE=del;VARB=0.0303683;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:17:46:19:45:26:10:9:15:11:99:23:9:8:14:9 chr17 46147945 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0110542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.963;QD=12.7388;RBI=0.0267897;REFB=0.000443564;REVB=-0.0244027;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380216;STB=0.72318;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00061922;OID=.;OPOS=46147945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:2:8:3:5:2:8 chr17 46166073 . G A 241.91 PASS AF=0.3125;AO=29;DP=94;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0273093;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.476;QD=10.0798;RBI=0.0307429;REFB=-0.0118103;REVB=0.0141184;RO=65;SAF=6;SAR=23;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342408;STB=0.682681;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0173856;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:65:66:29:30:0.3125:23:6:30:35:23:7:31:35 chr17 46262171 . C T 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00957644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.997;QD=21.8148;RBI=0.0162315;REFB=0.00244464;REVB=0.0131054;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986373;STB=0.560946;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00194906;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:18:23:15:19:18:23:15:20 chr17 46507417 . G A 585.64 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.00314445;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.001;QD=16.3816;RBI=0.00314653;REFB=-0.00326517;REVB=-0.000114504;RO=81;SAF=28;SAR=34;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327207;STB=0.518276;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00466392;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:81:81:62:62:0.433566:34:28:34:47:34:28:34:47 chr17 46607021 . T C 2250.55 PASS AF=0.980519;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0522795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.785;QD=58.4558;RBI=0.0537367;REFB=-0.0481978;REVB=0.0124293;RO=1;SAF=63;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537498;STB=0.508379;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00509332;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:154:1:3:151:151:0.980519:88:63:0:1:88:63:0:3 chr17 46607817 . C T 337.76 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0146216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9364;QD=15.0115;RBI=0.0318909;REFB=-0.0270764;REVB=0.0283414;RO=53;SAF=15;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185973;STB=0.517317;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0366517;OID=.;OPOS=46607817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:53:36:37:0.411111:21:15:23:30:22:15:23:30 chr17 46607958 . T A 61.9 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00917175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6877;QD=7.50359;RBI=0.0730487;REFB=-0.0523636;REVB=-0.0724706;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123245;STB=0.567408;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.134232;OID=.;OPOS=46607958;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:33:23:24:9:9:0.272727:7:2:7:16:7:2:7:17 chr17 46608029 . C CA 56.03 PASS AF=0.45;AO=2;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.106933;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=102.473;QD=11.2054;RBI=0.107121;REFB=-0.042096;REVB=-0.00634007;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456158;STB=0.726652;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.0771647;OID=.;OPOS=46608030;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:2:20:9:20:11:1:8:4:7:56:17:0:2:5:12 chr17 46608030 . G A 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00982102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.311;QD=9.19826;RBI=0.0167201;REFB=-0.027505;REVB=-0.0135317;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.66611;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.107146;OID=.;OPOS=46608030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:4:9:6:1:4:9 chr17 46608184 . G GGGGCGCTGT 185.37 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=88;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00636996;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=9;MLLD=293.037;QD=8.72304;RBI=0.00807037;REFB=-0.0145122;REVB=-0.00495524;RO=63;SAF=17;SAR=3;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460166;STB=0.678418;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.0318946;OID=.;OPOS=46608185;OREF=-;OALT=GGGCGCTGT;OMAPALT=GGGGCGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:20:88:25:85:60:19:6:32:28:99:63:17:3:33:30 chr17 46620095 . G T 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0588416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6985;QD=8.45111;RBI=0.0742818;REFB=-0.00990899;REVB=-0.0453371;RO=41;SAF=4;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364954;STB=0.735133;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0116098;OID=.;OPOS=46620095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:43:18:18:0.295082:14:4:21:20:14:4:23:20 chr17 46620111 . T C 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0294618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.648;QD=8.56756;RBI=0.0294633;REFB=-0.00889216;REVB=0.00030174;RO=37;SAF=3;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380867;STB=0.735204;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0161189;OID=.;OPOS=46620111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:11:3:19:18:11:3:19:18 chr17 46626811 . G GGACA 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0201843;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=387.207;QD=6.25133;RBI=0.0217475;REFB=-0.0050167;REVB=-0.00809611;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522784;STB=0.819712;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.014505;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:6:24:6:23:17:4:2:3:14:35:17:4:2:3:14 chr17 46653037 . AT A,AA 525.2 PASS AF=0.419847,0.0381679;AO=33,12;DP=117;FAO=55,5;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=21,1;FSAR=34,4;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.0395997,0.0458526;FXX=0.0150365;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.984,231.131;QD=16.0367;RBI=0.0396021,0.0458538;REFB=-0.00257168,-0.00279924;REVB=0.000437127,0.000319724;RO=70;SAF=6,4;SAR=27,8;SRF=22;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213982,0.026978;STB=0.543822,0.63389;STBP=0.448,0.602;TYPE=del,snp;VARB=0.00128348,-0.000751588;OID=.,.;OPOS=46653038,46653038;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419847,0.0381679:33,12:117:55,5:131:71:21,1:34,4:22:49:99:70:6,4:27,8:22:48 chr17 46670520 . T C 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00778248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.41;QD=52.962;RBI=0.00799117;REFB=-0.0704117;REVB=-0.00181433;RO=2;SAF=20;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.523795;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00333615;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:13:20:2:0:13:20:2:0 chr17 46684929 . A G 173.0 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0524842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3137;QD=11.3445;RBI=0.0524864;REFB=-0.0218925;REVB=-0.000481653;RO=39;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833894;STB=0.548544;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0428111;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:14:8:17:22:14:8:17:22 chr17 46688256 . T C 116.15 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0203499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6653;QD=11.3321;RBI=0.0204512;REFB=-0.00340975;REVB=0.00203288;RO=26;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160115;STB=0.537135;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00779393;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:13:14:0.341463:10:3:9:17:10:4:9:18 chr17 46689680 . C A 125.78 PASS AF=0.538462;AO=10;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.010777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.332;QD=19.3503;RBI=0.0348372;REFB=-0.0385276;REVB=0.0331284;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773769;STB=0.571326;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0412763;OID=.;OPOS=46689680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:10:14:0.538462:5:5:7:5:8:6:7:5 chr17 46842983 . T C 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.099303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9899;QD=43.015;RBI=0.0993069;REFB=-0.000835036;REVB=-0.000878884;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0024033;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr17 46881748 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.729;QD=56.1916;RBI=0.0173408;REFB=0;REVB=0.0116531;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10673e-06;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr17 46934001 . GCATT G 187.82 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704547;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=4;MLLD=158.101;QD=46.9555;RBI=0.0762656;REFB=0;REVB=0.029199;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000769153;OID=.;OPOS=46934002;OREF=CATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:16:16:16:0:5:11:0:0:4:0:3:9:0:0 chr17 46970836 . A G 851.95 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.859;QD=57.7596;RBI=0.0509475;REFB=0;REVB=0.0348342;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166282;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:38:18:0:0:41:18:0:0 chr17 47014675 . C T 115.96 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9265;QD=42.1664;RBI=0.0927015;REFB=0;REVB=0.086065;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240535;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 47036043 . C G 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4696;QD=63.2808;RBI=0.0277481;REFB=0;REVB=0.0120716;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46285e-05;OID=.;OPOS=47036043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr17 47128722 . GCCCCC GCCCC,GCCCCT,GGCCCC 283.39 PASS AF=0.882353,0.0588235,0.0588235;AO=20,2,2;DP=33;FAO=30,2,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1,2;FSAR=18,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.282763,0.165532,0.072047;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=12.9281,10.7615,13.0797;QD=33.3398;RBI=0.283534,0.165814,0.128704;REFB=-0.0812385,-0.0903213,-0.116338;REVB=0.0209007,0.00966585,0.106648;RO=7;SAF=8,1,2;SAR=12,1,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.423729,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0825626,-0.0720733,0.577625;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0418135,-0.0710743,0.0612586;OID=.,.,.;OPOS=47128723,47128727,47128723;OREF=C,C,C;OALT=-,T,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCT,GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.882353,0.0588235,0.0588235:20,2,2:33:30,2,2:34:0:12,1,2:18,1,0:0:0:9:7:8,1,2:12,1,0:4:3 chr17 47210429 . A G 214.12 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0736078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4054;QD=14.7671;RBI=0.0802325;REFB=0.00263259;REVB=-0.0319241;RO=33;SAF=20;SAR=5;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462352;STB=0.764482;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0105222;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:5:20:12:21:5:20:12:21 chr17 47210506 . C A 210.16 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0431553;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6525;QD=18.2744;RBI=0.046992;REFB=-0.0315128;REVB=0.0185975;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335313;STB=0.68554;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0253814;OID=.;OPOS=47210506;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:20:21:0.456522:7:13:7:17:7:14:8:17 chr17 47241604 . T C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00425056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.056;QD=55.4104;RBI=0.0174804;REFB=0.00255327;REVB=-0.0169557;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-6.33975e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chr17 47297297 . T C 1286.6 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.989;QD=60.5457;RBI=0.0251012;REFB=0.025402;REVB=-0.0033588;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119894;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-2.99683e-05;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:39:44:0:1:39:45:0:1 chr17 47300823 . G A 125.81 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00954807;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.721;QD=18.6391;RBI=0.0167844;REFB=0.000208294;REVB=0.013804;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147527;STB=0.583225;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000249591;OID=.;OPOS=47300823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:11:2:4:10:11:2 chr17 47373417 . T C 458.7 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00781308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.77;QD=53.9646;RBI=0.122561;REFB=-0.0658555;REVB=0.122312;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00369423;OID=.;OPOS=47373417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:32:33:0.970588:16:16:0:0:17:16:0:1 chr17 47888852 . A G 237.66 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6019;QD=50.0331;RBI=0.0913214;REFB=0;REVB=0.0881921;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193028;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr17 47903381 . C T 78.5 PASS AF=0.226415;AO=11;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00210557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.829;QD=5.92428;RBI=0.00780992;REFB=-0.0061604;REVB=-0.00752073;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706105;STB=0.509418;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0256581;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:53:53:41:41:11:12:0.226415:6:5:21:20:6:6:21:20 chr17 48067439 . G A 150.11 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00569989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7838;QD=20.014;RBI=0.0211183;REFB=-0.0262284;REVB=-0.0203346;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382282;STB=0.749625;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0567315;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:15:16:0.533333:13:2:6:7:14:2:7:7 chr17 48067953 . T C 404.68 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=12;FWDB=0.00174342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.374;QD=16.5174;RBI=0.0390763;REFB=-0.00988648;REVB=0.0390373;RO=56;SAF=25;SAR=17;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191038;STB=0.62001;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.013177;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:55:42:43:0.438776:17:25:43:13:18:25:43:12 chr17 48072225 . G A 287.29 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0232963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.276;QD=16.6543;RBI=0.0233342;REFB=-0.0159427;REVB=-0.00132873;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722622;STB=0.54714;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0181778;OID=.;OPOS=48072225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:31:32:0.463768:19:12:17:20:20:12:17:20 chr17 48148265 . AC A 30.68 PASS AF=0.1875;AO=16;DP=78;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.148112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5961;QD=1.53404;RBI=0.261175;REFB=-0.0442478;REVB=-0.215116;RO=57;SAF=3;SAR=13;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0.406915;SSSB=-0.474077;STB=0.854182;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0743211;OID=.;OPOS=48148266;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:16:78:15:80:65:2:13:36:29:30:57:3:13:32:25 chr17 48149386 . C T 197.9 PASS AF=0.40678;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0163153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8662;QD=13.4166;RBI=0.0654928;REFB=-0.0040155;REVB=-0.0634281;RO=34;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31535;STB=0.702526;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00170632;OID=.;OPOS=48149386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:34:35:22:24:0.40678:6:16:15:19:6:18:15:20 chr17 48151353 . T C 313.1 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00883796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.284;QD=16.9246;RBI=0.0169215;REFB=-0.0214353;REVB=0.0144301;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277631;STB=0.515914;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00969793;OID=.;OPOS=48151353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:40:34:34:0.459459:18:16:19:19:18:16:20:20 chr17 48155425 . G A 242.58 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0240887;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6618;QD=17.0232;RBI=0.0254659;REFB=-0.0313519;REVB=0.00826101;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24493;STB=0.637673;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0376476;OID=.;OPOS=48155425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:17:10:19:11:17:10:19:11 chr17 48166980 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00187522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.784;QD=21.613;RBI=0.00667396;REFB=-0.0100391;REVB=-0.0064051;RO=22;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270159;STB=0.507456;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00799563;OID=.;OPOS=48166980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:7:17:15:7:7:17:16:7 chr17 48174908 . C T 447.14 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00896726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.031;QD=18.4388;RBI=0.0240919;REFB=-0.024943;REVB=0.0223608;RO=50;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671434;STB=0.547097;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0276967;OID=.;OPOS=48174908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:52:45:45:0.463918:22:23:22:28:22:23:22:30 chr17 48211533 . T G 54.68 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.269;QD=24.304;RBI=0.0208838;REFB=0.0108741;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00268832;OID=.;OPOS=48211533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:9:2:2:6:7:0.777778:0:6:2:0:0:7:2:0 chr17 48258139 . TT CC,TC 675.68 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037806,0.0275965;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=7.84232,233.555;QD=61.4255;RBI=0.0388443,0.0400877;REFB=0,0;REVB=-0.00892109,0.0290766;RO=0;SAF=0,24;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0349853,0.000728494;OID=.,.;OPOS=48258139,48258140;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:2,18:0,24:0:0:2,18:0,24:0:0 chr17 48258321 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.345;QD=60.2298;RBI=0.0184964;REFB=0;REVB=-0.0178146;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88632e-05;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 48265495 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.805;QD=56.7061;RBI=0.0241555;REFB=0;REVB=-0.014341;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70999e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr17 48267291 . G C 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0141002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.215;QD=14.3334;RBI=0.0228332;REFB=-0.00456696;REVB=0.0179594;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040409;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00663896;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:4:6:5:4:4:6 chr17 48268223 . A G 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.943;QD=60.6032;RBI=0.024234;REFB=0;REVB=-0.000112369;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87879e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr17 48269903 . A G 456.63 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0455057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.876;QD=17.7331;RBI=0.0463406;REFB=-0.0258892;REVB=-0.00875692;RO=54;SAF=28;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679702;STB=0.5378;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.033291;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:21:28:27:27:21:28:27:27 chr17 48276971 . G C 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.17;QD=58.227;RBI=0.0277393;REFB=0.0182192;REVB=0.0173518;RO=1;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101703;STB=0.505375;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-5.4103e-05;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:46:25:0:1:46:25:0:1 chr17 48356260 . G A,C 744.98 PASS AF=0.563636,0.436364;AO=30,23;DP=53;FAO=31,24;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18,11;FSAR=13,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571302,0.0241054;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.514,98.2158;QD=54.1801;RBI=0.0639129,0.0343016;REFB=0,0;REVB=0.0286529,0.0244035;RO=0;SAF=17,11;SAR=13,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0150525,-0.00498521;OID=.,.;OPOS=48356260,48356260;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:55:0:0:30,23:31,24:0.563636,0.436364:13,12:17,11:0:0:13,13:18,11:0:0 chr17 48431032 . G A 284.54 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00166899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9776;QD=20.3246;RBI=0.0346603;REFB=-0.0934133;REVB=0.03462;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999999;STB=0.565174;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0811181;OID=.;OPOS=48431032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:30:30:0.535714:18:12:13:12:18:12:14:12 chr17 48431197 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00369681;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.74;QD=8.69141;RBI=0.0406746;REFB=-0.0101652;REVB=-0.0405063;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377676;STB=0.734096;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0267238;OID=.;OPOS=48431197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:2:6:7:10:2:6:7:10 chr17 48432324 . G C 322.04 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0398105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0998;QD=28.0034;RBI=0.0408153;REFB=-0.0189884;REVB=-0.00900033;RO=18;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194263;STB=0.607066;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.015377;OID=.;OPOS=48432324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:17:11:12:6:17:11:12:6 chr17 48433958 . T C 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00279459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.862;QD=17.8513;RBI=0.00739041;REFB=-0.0122629;REVB=-0.00684167;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581231;STB=0.538271;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.01031;OID=.;OPOS=48433958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:17:19:23:16:17:19:24:16 chr17 48445674 . CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGC CCTGGTCAGCTGGTCAGC,CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGT 278.4 PASS AF=0.5,0.5;AO=9,10;DP=22;FAO=11,11;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5;FSAR=4,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020048,0.071958;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=319.859,46.7994;QD=50.6176;RBI=0.0293041,0.0937666;REFB=0,0;REVB=0.021373,-0.0601184;RO=0;SAF=7,5;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0187335,-5.19008e-05;OID=.,.;OPOS=48445675,48445699;OREF=CTGGTCAG,C;OALT=-,T;OMAPALT=CCTGGTCAGCTGGTCAGC,CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:9,10:22:11,11:22:0:7,5:4,6:0:0:86:0:7,5:2,5:0:0 chr17 48452776 . A C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00184271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.483;QD=24.2041;RBI=0.0167739;REFB=-0.0133647;REVB=-0.0166724;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157894;STB=0.588138;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0155779;OID=.;OPOS=48452776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:4:8:8:10:4:8 chr17 48452978 . A AAGC 108.44 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0135289;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=3;MLLD=286.633;QD=13.1447;RBI=0.0142245;REFB=-0.0129055;REVB=0.00439361;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481035;STB=0.537678;STBP=0.753;TYPE=ins;VARB=0.0191498;OID=.;OPOS=48452979;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:12:37:13:33:20:7:6:12:8:99:24:7:5:15:9 chr17 48455985 . A T 211.97 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0493584;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.456;QD=18.8414;RBI=0.0498686;REFB=0.00185649;REVB=-0.00711513;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.587013;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00147588;OID=.;OPOS=48455985;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:24:20:21:0.466667:13:7:13:9:13:8:13:11 chr17 48456193 . T C 385.81 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00735423;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.223;QD=20.3058;RBI=0.00810479;REFB=-0.0145205;REVB=0.00340631;RO=36;SAF=9;SAR=30;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248491;STB=0.6474;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0167388;OID=.;OPOS=48456193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:30:9:17:19:30:9:18:19 chr17 48457722 . G C 341.29 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.00931615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3743;QD=14.5232;RBI=0.0150314;REFB=-0.0295336;REVB=0.0117963;RO=50;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3195;STB=0.67418;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0561439;OID=.;OPOS=48457722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:56:38:38:0.404255:15:23:14:36:15:23:17:39 chr17 48472270 . C T 186.97 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00139045;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8914;QD=18.6974;RBI=0.0438417;REFB=-0.0104729;REVB=0.0438196;RO=21;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37935;STB=0.719456;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0290966;OID=.;OPOS=48472270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:16:3:10:11:16:3:10:11 chr17 48545596 . G A 177.32 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0175242;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.984;QD=13.6403;RBI=0.0487068;REFB=-0.0209978;REVB=0.045445;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215344;STB=0.618767;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0277402;OID=.;OPOS=48545596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:29:31:21:21:0.403846:10:11:9:20:10:11:10:21 chr17 48549791 . C G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00110059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.437;QD=24.493;RBI=0.0105501;REFB=-0.0168088;REVB=-0.0104926;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011584;OID=.;OPOS=48549791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:10:5:7:14:10:5 chr17 48598785 . G A 1468.0 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.719;QD=63.14;RBI=0.0445433;REFB=0;REVB=-0.00728792;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24016e-05;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:50:42:0:0:51:42:0:0 chr17 48599450 . A T 310.23 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459446;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.317;QD=53.9526;RBI=0.0460484;REFB=0;REVB=0.00308994;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324037;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr17 48603344 . C CG,G 32.67 PASS AF=0.156863,0;AO=7,2;DP=51;FAO=8,0;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0549395,-0.0510235;FXX=0.0192271;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=46.1408,200.766;QD=2.5626;RBI=0.100385,0.0692;REFB=-0.00725913,0.00305696;REVB=-0.0840166,-0.0467465;RO=40;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144913,0.437383;STB=0.869708,0.5;STBP=0.026,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0419604,0;OID=.,.;OPOS=48603345,48603344;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:51:51:40:43:7,2:8,0:0.156863,0:3,0:4,2:18:22:1,0:7,0:19:24 chr17 48603503 . C T 428.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.438;QD=57.1628;RBI=0.0543299;REFB=0;REVB=0.0187229;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507965;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr17 48606537 . C G 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7448;QD=60.2184;RBI=0.0210027;REFB=0;REVB=-0.0152259;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498234;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr17 48607613 . G GA 239.34 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.345;QD=41.6247;RBI=0.0898796;REFB=0;REVB=-0.00292797;RO=20;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44137;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00031292;OID=.;OPOS=48607614;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:23:23:0:7:16:0:0:5:20:2:1:5:15 chr17 48607614 . G A 236.06 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0639062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.942;QD=41.0531;RBI=0.0762884;REFB=-0.209534;REVB=0.0416645;RO=3;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12337;STB=0.567496;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00275478;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:23:23:3:3:20:20:0.869565:15:5:2:1:15:5:2:1 chr17 48608717 . T C 1528.28 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.495;QD=63.6783;RBI=0.00658604;REFB=0;REVB=0.00459441;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17114e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:40:54:0:0:42:54:0:0 chr17 48610272 . G C 1177.79 PASS AF=1;AO=71;DP=84;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144413;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.707;QD=60.3997;RBI=0.0777314;REFB=0;REVB=0.0763781;RO=0;SAF=55;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220034;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:78:0:0:71:78:1:16:55:0:0:24:54:0:0 chr17 48613837 . A G 1696.7 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.063;QD=59.5334;RBI=0.0163479;REFB=0.0456571;REVB=0.00559193;RO=1;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940112;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-9.14372e-05;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:1:1:112:113:0.991228:50:62:0:1:50:63:0:1 chr17 48629458 . A G 1079.15 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5122;QD=59.9525;RBI=0.0328842;REFB=0;REVB=-0.0242597;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288281;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr17 48653354 . C A 781.85 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0546027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.928;QD=52.123;RBI=0.0552531;REFB=-0.0125432;REVB=0.00845246;RO=2;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314166;STB=0.524582;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000720009;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:2:3:57:57:0.95:29:28:0:2:29:28:0:3 chr17 48701800 . C T 205.87 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.118969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3277;QD=22.2563;RBI=0.141723;REFB=-0.0173573;REVB=0.0770178;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240585;STB=0.5135;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0234706;OID=.;OPOS=48701800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:8:9:10:10:8:9 chr17 48703752 . T C 410.85 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00885058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.492;QD=21.0693;RBI=0.0235357;REFB=-0.0385732;REVB=0.0218082;RO=37;SAF=28;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179702;STB=0.599682;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0213162;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:13:28:18:19:13:28:18:19 chr17 48712705 . G A 180.59 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0271502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.077;QD=13.8913;RBI=0.0369172;REFB=-0.0116744;REVB=-0.0250148;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06687;STB=0.505613;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0447348;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:28:31:20:21:0.403846:12:8:13:15:12:9:13:18 chr17 48712711 . C G 647.85 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0400693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9598;QD=50.812;RBI=0.062526;REFB=-0.104676;REVB=0.0479995;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.527261;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0025991;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:51:51:0:3:48:48:0.941176:26:22:0:0:26:22:0:3 chr17 48917333 . C T 271.51 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0193981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.832;QD=23.6096;RBI=0.0506791;REFB=-0.01318;REVB=0.0468197;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170618;STB=0.601094;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00909174;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:24:25:0.543478:17:7:10:11:18:7:10:11 chr17 48940422 . T C 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0197458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.641;QD=14.6967;RBI=0.028381;REFB=-0.014745;REVB=-0.0203859;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858883;STB=0.549777;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0382983;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:12:11:9:7:12:11 chr17 51063068 . A G 156.97 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0283818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1776;QD=16.0989;RBI=0.0294118;REFB=-0.00464641;REVB=-0.00771522;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.592708;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00570113;OID=.;OPOS=51063068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:8:14:8:9:8:14 chr17 51901084 . A G 347.44 PASS AF=0.966667;AO=24;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000434305;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.901;QD=46.3255;RBI=0.0139932;REFB=-0.0975853;REVB=-0.0139865;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00378417;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:0:1:24:29:0.966667:15:9:0:0:20:9:0:1 chr17 51901385 . C T 971.94 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.595;QD=58.9057;RBI=0.0510262;REFB=0;REVB=0.0428622;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013953;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:39:25:0:0:41:25:0:0 chr17 51901643 . C T 858.87 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0225083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.03;QD=54.5312;RBI=0.0226167;REFB=0.017482;REVB=0.00221178;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269576;STB=0.514281;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000352236;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:34:27:0:2:34:27:0:2 chr17 51901703 . C G 670.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.378;QD=62.3324;RBI=0.00372367;REFB=0;REVB=0.00135887;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40661e-06;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr17 51902252 . C T 1456.18 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.636;QD=62.6314;RBI=0.0254155;REFB=0;REVB=0.0244952;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180915;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:41:49:0:0:42:51:0:0 chr17 51902492 . A AAAT 78.76 PASS AF=1;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268245;FXX=0.110988;HRUN=3;LEN=3;MLLD=291.588;QD=39.3791;RBI=0.0355853;REFB=0;REVB=0.0354841;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298189;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000202165;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:12:8:8:0:3:5:0:0:4:4:2:5:3:1 chr17 53076799 . G A 673.15 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0106601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.583;QD=52.7963;RBI=0.0131958;REFB=-0.118779;REVB=-0.00777755;RO=2;SAF=14;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625875;STB=0.533319;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000732594;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:2:2:49:49:0.960784:35:14:2:0:35:14:2:0 chr17 53076986 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00572272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0523;QD=51.5087;RBI=0.0301183;REFB=-0.0883741;REVB=0.0295696;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00427105;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:9:17:0:1:9:17:0:1 chr17 53121020 . A G 298.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00970958;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9292;QD=13.2694;RBI=0.0271317;REFB=-0.0122819;REVB=-0.0253348;RO=52;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10331;STB=0.558789;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0223272;OID=.;OPOS=53121020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:56:34:34:0.377778:15:19:24:28:15:19:26:30 chr17 53158492 . G A 451.72 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0215044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.597;QD=24.7518;RBI=0.0226869;REFB=-0.00950568;REVB=0.00722881;RO=30;SAF=15;SAR=28;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146396;STB=0.508021;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00791508;OID=.;OPOS=53158492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:28:15:11:19:28:15:11:19 chr17 53400110 . T C 753.57 PASS AF=0.577236;AO=71;DP=123;FAO=71;FDP=123;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00454867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.789;QD=24.5062;RBI=0.020696;REFB=-0.0161594;REVB=0.02019;RO=52;SAF=31;SAR=40;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941708;STB=0.551329;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0156093;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:52:71:71:0.577236:40:31:29:23:40:31:29:23 chr17 53400918 . GT G 167.03 PASS AF=0.517857;AO=27;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0985997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.0693;QD=11.9303;RBI=0.139177;REFB=-0.096485;REVB=-0.0982256;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199461;STB=0.620606;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=0.0901869;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:27:55:29:56:27:11:18:17:10:99:25:10:17:15:10 chr17 53851228 . C T 1717.28 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8048;QD=60.2554;RBI=0.0648127;REFB=0;REVB=0.0260646;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267266;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:114:0:0:109:114:1:61:48:0:0:63:51:0:0 chr17 54450038 . C A 411.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.648;QD=56.6891;RBI=0.0504294;REFB=0;REVB=0.0502296;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015545;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr17 54450134 . G A 670.24 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.104;QD=62.3475;RBI=0.0848866;REFB=0;REVB=0.00999951;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228146;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr17 54534634 . G A 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4259;QD=50.13;RBI=0.0484723;REFB=-0.0431032;REVB=-0.0441002;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040273;STB=0.521721;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000301954;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:0:1:11:13:0:1 chr17 54921494 . A C 617.62 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316356;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.249;QD=61.7616;RBI=0.0320757;REFB=0;REVB=-0.00529491;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106415;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr17 54978794 . G A 363.56 PASS AF=0.625;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0112883;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.301;QD=25.9689;RBI=0.0193128;REFB=-0.0490464;REVB=0.0156703;RO=21;SAF=29;SAR=6;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353804;STB=0.519326;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0266081;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:21:21:35:35:0.625:6:29:18:3:6:29:18:3 chr17 55027850 . T C 227.15 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463204;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1162;QD=50.4768;RBI=0.0609935;REFB=0;REVB=-0.0396816;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91849e-05;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 55062822 . C T 296.86 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0133854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.521;QD=18.2685;RBI=0.0196015;REFB=-0.00452531;REVB=0.0143196;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157697;STB=0.588179;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0063634;OID=.;OPOS=55062822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:20:12:18:15:20:12:18:15 chr17 55182811 . CT C 404.17 PASS AF=1;AO=36;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.4157;QD=37.5975;RBI=0.06595;REFB=-0.016177;REVB=-0.00319388;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00568907;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:41:43:43:0:21:22:0:0:7:1:14:22:1:0 chr17 55183203 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.726;QD=53.275;RBI=0.0531688;REFB=0;REVB=0.0127088;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568456;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr17 55183716 . T C 988.59 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.681;QD=59.0202;RBI=0.0371651;REFB=0;REVB=0.0255717;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89412e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:28:38:0:0:28:39:0:0 chr17 56270442 . A G 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0326479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.024;QD=14.8066;RBI=0.033156;REFB=-0.0307581;REVB=-0.00578227;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200328;STB=0.617437;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0412946;OID=.;OPOS=56270442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:52:36:36:0.409091:19:17:34:17:19:17:35:17 chr17 56272390 . A G 500.07 PASS AF=0.302521;AO=32;DP=120;FAO=36;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.00981299;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.897;QD=16.8091;RBI=0.0252885;REFB=-0.0208936;REVB=0.023307;RO=63;SAF=24;SAR=8;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232744;STB=0.56518;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.024177;OID=.;OPOS=56272390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:63:32:36:0.302521:8:24:36:27:12:24:36:27 chr17 56327999 . A G 113.8 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00674596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.435;QD=19.7917;RBI=0.00984131;REFB=-0.0382664;REVB=0.00716543;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140099;STB=0.591095;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.035654;OID=.;OPOS=56327999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:10:10:12:13:0.565217:8:4:5:5:9:4:5:5 chr17 56344867 . G A 80.22 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00356252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.881;QD=11.884;RBI=0.0593928;REFB=-0.0100221;REVB=0.0592858;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015192;STB=0.528872;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0146088;OID=.;OPOS=56344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:27:16:16:10:11:0.407407:3:7:11:5:3:8:11:5 chr17 56357818 . C A 289.77 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0110965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.558;QD=14.6719;RBI=0.0115809;REFB=-0.0167688;REVB=-0.00331403;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50882;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0223165;OID=.;OPOS=56357818;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:46:32:33:0.417722:16:16:23:23:17:16:23:23 chr17 56383744 . T C 318.97 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.00648249;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3025;QD=15.5594;RBI=0.00663745;REFB=-0.0106884;REVB=0.00142582;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173238;STB=0.588097;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0250922;OID=.;OPOS=56383744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:47:34:35:0.426829:21:13:10:34:22:13:11:36 chr17 56386118 . A G 341.5 PASS AF=0.392157;AO=39;DP=97;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0120624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.946;QD=13.392;RBI=0.0179043;REFB=-0.0532431;REVB=0.0132311;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127937;STB=0.524126;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0600732;OID=.;OPOS=56386118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:57:62:39:40:0.392157:18:21:30:27:19:21:35:27 chr17 56386358 . T A 616.5 PASS AF=0.441379;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=60;FSAR=4;FSRF=76;FSRR=5;FWDB=0.00226312;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.932;QD=17.0069;RBI=0.0520806;REFB=-0.00142816;REVB=0.0520314;RO=81;SAF=60;SAR=4;SRF=76;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330839;STB=0.501844;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153932;OID=.;OPOS=56386358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:145:81:81:64:64:0.441379:4:60:76:5:4:60:76:5 chr17 56435885 . G T 343.82 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5242;QD=50.9359;RBI=0.225981;REFB=-0.110871;REVB=0.225914;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466556;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:27:0:0:24:27:1:9:15:0:0:11:16:0:0 chr17 56492800 . T C 819.76 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284726;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3639;QD=57.5267;RBI=0.0405206;REFB=0;REVB=0.0404204;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233756;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr17 56544280 . T G 313.39 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00765735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0327;QD=50.143;RBI=0.0158062;REFB=-0.0535116;REVB=-0.0138275;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00117019;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:14:9:0:1:14:10:0:1 chr17 56584205 . A C 531.56 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.552;QD=59.0618;RBI=0.0289556;REFB=0;REVB=0.0266102;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562625;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:14:19:0:0:16:20:0:0 chr17 56585872 . G C 1055.94 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00306399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.597;QD=57.078;RBI=0.00708699;REFB=-0.0419204;REVB=0.00639041;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165877;STB=0.517237;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00134207;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:74:1:2:71:72:0.972973:43:28:1:0:44:28:2:0 chr17 56598439 . T C 940.33 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00520356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.434;QD=56.9894;RBI=0.0307634;REFB=0.1934;REVB=0.0303202;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00124695;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:31:34:0:1:31:34:0:1 chr17 56621283 . CGGG CGG,CGGT 797.53 PASS AF=0.1,0.883333;AO=7,50;DP=60;FAO=6,53;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=1,35;FSAR=5,18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.146337,0.0813435;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.149,40.2912;QD=53.1686;RBI=0.151129,0.0896576;REFB=-0.0610651,0.0736112;REVB=-0.0377538,0.0377057;RO=1;SAF=1,33;SAR=6,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.300628,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2842,-0.0140538;STB=0.666027,0.50704;STBP=0.127,0.634;TYPE=del,snp;VARB=-0.108116,0.00484983;OID=.,.;OPOS=56621284,56621286;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CGG,CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.883333:7,50:60:6,53:60:1:1,35:5,18:1:0:26:1:1,33:6,17:1:0 chr17 56621288 . C T 31.42 PASS AF=0.131148;AO=7;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0475719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.7028;QD=2.06014;RBI=0.0476661;REFB=-0.0305866;REVB=0.00299431;RO=54;SAF=1;SAR=6;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551226;STB=0.908875;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.185763;OID=.;OPOS=56621288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:61:61:54:53:7:8:0.131148:6:1:35:19:7:1:35:18 chr17 56621359 . T C,G 1262.33 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=71,5;DP=77;FAO=82,2;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44,2;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854982,-0.0119043;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.235,74.5518;QD=60.111;RBI=0.116797,0.0834768;REFB=0,0;REVB=0.116484,0.0826236;RO=0;SAF=41,4;SAR=30,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21646e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00235714,0.0624477;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:77:84:0:0:71,5:82,2:0.97619,0.0238095:30,1:41,4:0:0:38,0:44,2:0:0 chr17 56636854 . T C 508.41 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.463;QD=56.4904;RBI=0.0332844;REFB=-0.0863245;REVB=0.0102898;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000565349;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr17 56736616 . GA G 30.23 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.149472;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.2202;QD=6.0456;RBI=0.219663;REFB=0.00972471;REVB=0.160966;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622945;STB=0.878996;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=-0.0237817;OID=.;OPOS=56736617;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:20:7:20:13:6:1:3:10:30:13:6:1:3:10 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 541.46 PASS AF=0.780488,0.219512;AO=22,13;DP=40;FAO=32,9;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21,6;FSAR=11,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0956887,-0.00816466;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.4373,14.389;QD=52.8251;RBI=0.109666,0.130915;REFB=0,0;REVB=-0.0535757,-0.130661;RO=0;SAF=16,6;SAR=6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.17051e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0117882,0.0435314;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.780488,0.219512:22,13:40:32,9:41:0:21,6:11,3:0:0:29:0:16,6:6,7:0:0 chr17 57287454 . A G 214.28 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=-0.00477057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.931;QD=12.793;RBI=0.0131106;REFB=-0.0141956;REVB=-0.0122118;RO=40;SAF=12;SAR=14;SRF=34;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408056;STB=0.718609;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0175659;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:14:12:34:6:14:12:34:7 chr17 57290383 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.000463308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.771;QD=23.0879;RBI=0.00595559;REFB=-0.00602336;REVB=-0.00593754;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145377;STB=0.588152;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00581363;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:7:14:9:9:7:15:9:9 chr17 57477235 . T G 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00473335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0389;QD=10.6319;RBI=0.0089953;REFB=0.0278136;REVB=0.00764923;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457906;STB=0.768678;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.023956;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:11:2:5:3:11:2 chr17 57477616 . G A 196.86 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00136117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.623;QD=12.9088;RBI=0.00563035;REFB=-0.0129911;REVB=-0.00546334;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131069;STB=0.57528;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0160958;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:37:24:24:0.393443:10:14:16:19:10:14:17:20 chr17 57478276 . T A 316.67 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0336349;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.874;QD=15.0795;RBI=0.0352793;REFB=-0.0115509;REVB=0.0106453;RO=50;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197432;STB=0.612841;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0153634;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:49:34:35:0.416667:16:18:17:33:16:19:17:32 chr17 57951973 . G A 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0222484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.899;QD=17.0959;RBI=0.0289968;REFB=-0.0182972;REVB=-0.0185963;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129571;STB=0.559499;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.022145;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:9:5:7:7:9:5:7:8 chr17 57963537 . A G 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00505177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5179;QD=25.3157;RBI=0.0196051;REFB=-0.00095425;REVB=-0.018943;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276154;STB=0.652676;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00061612;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:2:11:9:11:2:11 chr17 58024275 . A G 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00157383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.997;QD=26.5702;RBI=0.0321818;REFB=-0.0133373;REVB=0.0321433;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591994;STB=0.533274;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00188522;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:3:1:4:7:3:1 chr17 58024324 . A G 156.46 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.000682891;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=250.508;QD=24.0708;RBI=0.0180568;REFB=0.00275515;REVB=-0.0180439;RO=3;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150783;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:3:10:15:16:0.615385:8:7:1:2:8:8:5:5 chr17 58031412 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00606764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.584;QD=7.83717;RBI=0.00961193;REFB=-0.00754149;REVB=-0.00745472;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.584187;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0180185;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:11:5:3:4:11:5 chr17 58786625 . A G 1491.17 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.116;QD=63.4541;RBI=0.0290955;REFB=0;REVB=0.0257425;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223025;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr17 58824567 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7463;QD=59.8319;RBI=0.073775;REFB=0;REVB=0.0710144;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144758;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr17 59490235 . C T 104.68 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0240631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.758;QD=20.9361;RBI=0.0260514;REFB=-0.0369713;REVB=0.00998209;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0381188;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:20:6:8:9:10:0.5:6:3:3:3:6:4:3:5 chr17 59533868 . G C 812.34 PASS AF=0.419355;AO=92;DP=217;FAO=91;FDP=217;FR=.;FRO=126;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=-0.0330854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2791;QD=14.9741;RBI=0.0419089;REFB=-0.0240637;REVB=0.0257238;RO=122;SAF=40;SAR=52;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00037086;STB=0.504697;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0299397;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:122:126:92:91:0.419355:52:40:53:69:52:39:55:71 chr17 59534987 . T G 146.33 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0233498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.786;QD=18.2912;RBI=0.0243574;REFB=-0.0179977;REVB=0.00693318;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197718;STB=0.622928;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0191204;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:8:7:11:5:9:7:11:5 chr17 59557600 . C T 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0578765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6957;QD=22.5989;RBI=0.0654363;REFB=-0.00731346;REVB=0.0305323;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15005;STB=0.583603;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00863357;OID=.;OPOS=59557600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:6:14:12:11:6:14 chr17 59560463 . C T 322.69 PASS AF=0.591837;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0165722;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2731;QD=26.3421;RBI=0.0235398;REFB=-0.0163888;REVB=0.0167178;RO=19;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061047;STB=0.53017;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0174591;OID=.;OPOS=59560463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:19:20:28:29:0.591837:17:11:9:10:18:11:9:11 chr17 59561204 . G A 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0064754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.813;QD=14.6473;RBI=0.00897582;REFB=-0.0119717;REVB=0.00621568;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533473;STB=0.530259;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0168946;OID=.;OPOS=59561204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:18:14:22:23:18:14:22:23 chr17 59760174 . G A 524.26 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265796;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.056;QD=59.9157;RBI=0.0267216;REFB=0;REVB=0.00275112;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015069;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr17 59760996 . A G 259.65 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141123;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.522;QD=51.9308;RBI=0.0515422;REFB=0;REVB=0.0495726;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513455;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr17 59763114 . A T 475.59 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.059634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5141;QD=51.4149;RBI=0.0811378;REFB=-0.115934;REVB=0.0550193;RO=3;SAF=22;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595979;STB=0.531897;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.016064;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:37:37:3:3:34:34:0.918919:12:22:3:0:12:22:3:0 chr17 59763347 . A G 753.92 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.397;QD=62.8266;RBI=0.00703969;REFB=0;REVB=0.0069291;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124692;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:29:16:0:0:31:17:0:0 chr17 59763465 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.948;QD=59.0119;RBI=0.0257322;REFB=0;REVB=0.0257032;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161793;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr17 59955426 . T G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.93;QD=57.5451;RBI=0.00422053;REFB=0;REVB=0.00404889;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57365e-06;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr17 60040329 . C T 489.19 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.968;QD=55.9074;RBI=0.0128203;REFB=-0.0592419;REVB=0.000901327;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207674;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000557991;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:22:11:0:1:23:11:0:1 chr17 60043884 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.779;QD=59.8384;RBI=0.030979;REFB=0;REVB=-0.0291891;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196827;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr17 60043929 . T C 499.61 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00766504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.984;QD=54.0123;RBI=0.00975077;REFB=0.0373397;REVB=0.00602698;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.522714;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00142501;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:21:14:0:1:21:14:0:2 chr17 60083208 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3831;QD=45.8057;RBI=0.136901;REFB=0;REVB=-0.0836354;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0085472;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr17 60345508 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.52;QD=37.4882;RBI=0.0154302;REFB=0;REVB=0.00572984;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319969;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr17 60348325 . G A 2011.41 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155363;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8136;QD=62.3692;RBI=0.00774398;REFB=0;REVB=0.00758653;RO=0;SAF=52;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20315e-06;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:77:52:0:0:77:52:0:0 chr17 60351457 . G A 2106.39 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9044;QD=62.4116;RBI=0.0595329;REFB=0;REVB=-0.0337558;RO=0;SAF=44;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12436e-05;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:133:135:1:89:44:0:0:91:44:0:0 chr17 60493386 . A G 49.34 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.106436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2491;QD=15.1826;RBI=0.106799;REFB=0.000477997;REVB=-0.00879599;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00525127;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:4:2:4:3:4:2 chr17 60503892 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.294;QD=43.4861;RBI=0.0619937;REFB=0;REVB=0.0435889;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113124;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 60683503 . A G 187.91 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.00357505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.444;QD=10.8935;RBI=0.0122549;REFB=-0.0184545;REVB=0.0117219;RO=45;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125359;STB=0.572461;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0304627;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:14:10:14:31:14:10:14:31 chr17 60741917 . G A 411.88 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.00325794;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.292;QD=20.5938;RBI=0.00551497;REFB=-0.0277154;REVB=-0.0044498;RO=37;SAF=30;SAR=11;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587743;STB=0.540674;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0217817;OID=.;OPOS=60741917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:37:39:41:41:0.5125:11:30:29:8:11:30:31:8 chr17 60753904 . A C 249.91 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0127265;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7672;QD=22.2138;RBI=0.0128216;REFB=0.00880333;REVB=-0.00155877;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925459;STB=0.571368;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00364877;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:21:23:24:0.533333:14:9:10:10:15:9:11:10 chr17 60758273 . G C 878.68 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0278;QD=57.6181;RBI=0.0522679;REFB=0;REVB=-0.0515731;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430961;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:31:30:0:0 chr17 60766224 . A G 1319.8 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.363;QD=62.1081;RBI=0.0206324;REFB=0;REVB=0.0191092;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9468e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:41:44:0:0 chr17 60767015 . G A 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.281;QD=64.1349;RBI=0.0674061;REFB=0;REVB=0.0635586;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023334;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr17 60769803 . A G 223.09 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00754309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.539;QD=16.5251;RBI=0.0173547;REFB=-0.014074;REVB=-0.0156297;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632598;STB=0.535686;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0192109;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:12:17:13:12:12:17 chr17 61559923 . C T 194.73 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0567003;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.855;QD=16.5724;RBI=0.0585184;REFB=-0.0199889;REVB=0.0144733;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524023;STB=0.535433;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0347657;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:27:20:20:0.425532:13:7:10:15:13:7:11:16 chr17 61564052 . A G 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0308635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.783;QD=21.2266;RBI=0.0513273;REFB=-0.0132765;REVB=-0.0410113;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371465;STB=0.520625;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.01079;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:13:11:12:17:13:11 chr17 61566031 . G A 255.39 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00305963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.542;QD=15.7164;RBI=0.020408;REFB=-0.0125183;REVB=0.0201773;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135682;STB=0.583725;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0131297;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:17:11:19:17:18:11:19:17 chr17 61573761 . T C 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0435666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5279;QD=16.8961;RBI=0.0744248;REFB=0.00264008;REVB=0.0603407;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245151;STB=0.514256;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0037503;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:8:1:1:9:8:1 chr17 61600805 . CA C,CCAA 35.85 PASS AF=0,0.259259;AO=4,3;DP=30;FAO=0,7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=0,5;FSAR=0,2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.304955,0.2322;FXX=0.0357015;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.1208,22.0931;QD=5.31068;RBI=0.323156,0.246977;REFB=0.00126056,-0.0384403;REVB=-0.106921,0.0841487;RO=19;SAF=2,2;SAR=2,1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0902568,0.100489;STB=0.5,0.631788;STBP=1,0.477;TYPE=del,ins;VARB=0.015775,0.133804;OID=.,.;OPOS=61600806,61600806;OREF=A,-;OALT=-,CA;OMAPALT=C,CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.259259:4,3:30:0,7:27:20:0,5:0,2:11:9:35:19:2,2:2,1:11:8 chr17 61607708 . T C 194.35 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0334347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.219;QD=24.2932;RBI=0.0335424;REFB=-0.0469669;REVB=0.00268591;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861439;STB=0.548122;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0275804;OID=.;OPOS=61607708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:7:6:11:8:7:6 chr17 61611423 . T C 215.19 PASS AF=0.525;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0187508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.309;QD=21.5191;RBI=0.0338485;REFB=-0.047847;REVB=-0.0281803;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104819;STB=0.571361;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0198696;OID=.;OPOS=61611423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:19:21:21:0.525:12:9:10:8:12:9:11:8 chr17 61805747 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0149761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.722;QD=16.9321;RBI=0.0344709;REFB=0.00072209;REVB=-0.0310477;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144848;STB=0.583198;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000908849;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:8:4:6:6:8:4 chr17 61838259 . G A 218.57 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0156992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2106;QD=31.2246;RBI=0.0516664;REFB=0.00303773;REVB=-0.0492235;RO=8;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394609;STB=0.521717;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00252232;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:11:9:3:5:11:9:3:5 chr17 61898272 . C T 327.57 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0825494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5964;QD=17.9491;RBI=0.0836698;REFB=-0.0185538;REVB=-0.0136463;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131407;STB=0.522375;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0292561;OID=.;OPOS=61898272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:38:35:35:0.479452:16:19:12:19:16:19:19:19 chr17 61901197 . T A 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00999541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.9;QD=26.5705;RBI=0.0201278;REFB=0.00345265;REVB=0.0174705;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610795;STB=0.533719;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00283462;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:16:12:7:13:16:12:7:13 chr17 61903445 . G C 619.38 PASS AF=0.604396;AO=54;DP=90;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00580894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.901;QD=27.2253;RBI=0.0208054;REFB=-0.00276823;REVB=-0.019978;RO=35;SAF=24;SAR=30;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749947;STB=0.537512;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00175461;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:35:36:54:55:0.604396:30:24:12:23:30:25:13:23 chr17 61906846 . T C 130.05 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0310457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.25;QD=13.3386;RBI=0.0329843;REFB=-0.0118264;REVB=-0.0111413;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15895;STB=0.591725;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0153205;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:5:19:10:5:5:19 chr17 61908271 . C T 277.56 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0108599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.147;QD=20.5598;RBI=0.0129858;REFB=-0.0132497;REVB=0.00711986;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071339;STB=0.548311;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00700279;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:25:28:29:0.537037:11:17:12:11:11:18:13:12 chr17 61908556 . C T 314.77 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0178147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.858;QD=24.2127;RBI=0.0190632;REFB=-0.0211173;REVB=-0.00678532;RO=18;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400204;STB=0.537251;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0156565;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:18:21:31:31:0.596154:12:19:10:8:12:19:11:10 chr17 61910167 . G A 762.04 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.655;QD=56.4473;RBI=0.021208;REFB=0;REVB=0.0050476;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42518e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:29:23:0:0:30:24:0:0 chr17 61987405 . A T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0257116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.733;QD=16.1561;RBI=0.0259243;REFB=0.00590291;REVB=-0.00331428;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241713;STB=0.521057;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00665751;OID=.;OPOS=61987405;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:15:12:13:18:15:12:13:19 chr17 62007498 . A G 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0552614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.887;QD=10.4293;RBI=0.0569045;REFB=-0.0269635;REVB=-0.0135759;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35775;STB=0.717056;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0392706;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:11:3:15:15:11:3:15:15 chr17 62019103 . G T 404.54 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00969267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.132;QD=17.0333;RBI=0.0130049;REFB=-0.00502691;REVB=0.00867065;RO=53;SAF=11;SAR=31;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094449;STB=0.553204;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00616639;OID=.;OPOS=62019103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:31:11:18:35:31:11:18:35 chr17 62020348 . T C 251.8 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0120403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.486;QD=14.8119;RBI=0.0184279;REFB=-0.0258811;REVB=-0.0139505;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000918638;STB=0.507671;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0307667;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:16:13:17:21:16:13:18:21 chr17 62041068 . T C 1955.42 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220276;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.546;QD=62.0769;RBI=0.0522386;REFB=0;REVB=0.0473673;RO=0;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135812;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:47:79:0:0:47:79:0:0 chr17 62078815 . C T 358.75 PASS AF=0.680851;AO=27;DP=44;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0653266;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.1958;QD=30.5322;RBI=0.0879694;REFB=-0.0522354;REVB=0.0589157;RO=17;SAF=5;SAR=22;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169942;STB=0.550426;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0218998;OID=.;OPOS=62078815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:17:15:27:32:0.680851:22:5:6:11:25:7:5:10 chr17 62079334 . A G 685.79 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0526943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.659;QD=58.3648;RBI=0.0534675;REFB=-0.0149365;REVB=0.0090602;RO=2;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000888191;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=8.21435e-05;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:22:23:1:1:22:23:1:1 chr17 62121480 . T C 530.36 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276945;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.51;QD=58.9283;RBI=0.106439;REFB=0;REVB=0.102773;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561813;OID=.;OPOS=62121480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:13:23:0:0 chr17 62125272 . A G 1363.8 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000898569;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.486;QD=62.7036;RBI=0.000952347;REFB=0;REVB=0.000315498;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144529;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr17 62141455 . A G 1200.55 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0624609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9102;QD=58.5634;RBI=0.0627489;REFB=0.0557392;REVB=-0.00600545;RO=2;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189319;STB=0.509997;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00223914;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:49:31:0:2:49:31:0:2 chr17 62291105 . GT G 49.59 PASS AF=0.5;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.143581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1554;QD=9.91795;RBI=0.152944;REFB=-0.0697498;REVB=0.0526926;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450024;STB=0.739926;STBP=0.057;TYPE=del;VARB=0.111565;OID=.;OPOS=62291106;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:20:10:20:10:7:3:2:8:49:11:6:2:3:8 chr17 62750234 . C T 585.14 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=95;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.000903804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.298;QD=24.3808;RBI=0.0070782;REFB=0.00720923;REVB=0.00702026;RO=42;SAF=36;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135701;STB=0.57712;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00456241;OID=.;OPOS=62750234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:42:53:54:0.5625:17:36:22:20:17:37:22:20 chr17 62782689 . T C 1434.3 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6245;QD=62.361;RBI=0.060518;REFB=0;REVB=0.0590269;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489102;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:56:33:0:0:59:33:0:0 chr17 62796759 . A C 33.39 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0755175;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.898;QD=2.90349;RBI=0.0773496;REFB=-0.00660491;REVB=-0.0167356;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453143;STB=0.543335;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0420173;OID=.;OPOS=62796759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:46:39:40:6:6:0.130435:3:3:18:21:3:3:18:22 chr17 62820746 . G T 231.47 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00862395;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.643;QD=16.5337;RBI=0.0439044;REFB=-0.010431;REVB=0.0430491;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278086;STB=0.64314;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0125578;OID=.;OPOS=62820746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:14:11:22:8:14:12:22:8 chr17 62845896 . A G 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00368949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.462;QD=17.5396;RBI=0.0127472;REFB=0.00273407;REVB=-0.0122016;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201563;STB=0.615232;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00531939;OID=.;OPOS=62845896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:10:6:9:6:10:6 chr17 63533789 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.696;QD=46.8471;RBI=0.06758;REFB=0;REVB=0.0653491;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078078;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr17 63534250 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.09;QD=60.2267;RBI=0.0798379;REFB=0;REVB=0.0779848;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311929;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:15:22:0:0 chr17 64023624 . T C 339.19 PASS AF=0.406593;AO=39;DP=93;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.000680847;FXX=0.0215031;HRUN=7;LEN=1;MLLD=202.891;QD=14.9094;RBI=0.0014546;REFB=0.0138611;REVB=0.00128542;RO=51;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218612;STB=0.503935;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0140738;OID=.;OPOS=64023624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:51:54:39:37:0.406593:23:16:22:29:21:16:23:31 chr17 64023642 . A G 366.96 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0110475;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.295;QD=15.6151;RBI=0.0114818;REFB=-0.0110741;REVB=-0.00312779;RO=52;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333423;STB=0.515687;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0156056;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:52:55:39:39:0.414894:23:16:23:29:23:16:24:31 chr17 64025331 . A G 214.38 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.000249188;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.584;QD=19.9426;RBI=0.00304132;REFB=-0.00905362;REVB=0.00303109;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349473;STB=0.696787;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00370682;OID=.;OPOS=64025331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:6:16:7:14:6:16 chr17 64208230 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.455;QD=59.0187;RBI=0.0333511;REFB=0;REVB=-0.00310628;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05016e-05;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr17 64208285 . C G 168.64 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.003965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.291;QD=16.0612;RBI=0.00475594;REFB=-0.00552529;REVB=0.00262636;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877505;STB=0.516556;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00797771;OID=.;OPOS=64208285;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:24:18:18:0.428571:11:7:5:12:11:7:10:14 chr17 64210757 . C A 202.5 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0550153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4162;QD=21.892;RBI=0.0568793;REFB=-0.00940781;REVB=0.0144419;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154719;STB=0.586869;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00371002;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:7:10:8:12:7:10 chr17 64216815 . C T 332.24 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00569854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6834;QD=18.985;RBI=0.00605962;REFB=-0.0336619;REVB=0.00206048;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762195;STB=0.557344;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0310762;OID=.;OPOS=64216815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:20:15:17:16:20:15:19:16 chr17 64216854 . A G 303.46 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00761922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.701;QD=22.0699;RBI=0.0232677;REFB=-0.0330782;REVB=0.0219848;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046216;STB=0.517354;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0172362;OID=.;OPOS=64216854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:24:31:31:0.563636:18:13:11:12:18:13:11:13 chr17 64263870 . C A 293.21 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0391714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6022;QD=17.7705;RBI=0.0514676;REFB=0.00396555;REVB=-0.0333844;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135747;STB=0.575711;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00384077;OID=.;OPOS=64263870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:22:12:16:16:22:12 chr17 64783081 . G A 1333.16 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0469;QD=61.2949;RBI=0.0172561;REFB=0;REVB=0.00841283;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136138;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:84:87:1:56:28:0:0:58:29:0:0 chr17 64785022 . G A 252.67 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00328771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.915;QD=21.5039;RBI=0.00422041;REFB=-0.0366973;REVB=-0.00264629;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794133;STB=0.53066;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0256913;OID=.;OPOS=64785022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:14:9:11:12:14:10:11:12 chr17 64801021 . A G 560.88 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022307;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1239;QD=60.6358;RBI=0.0270537;REFB=0;REVB=0.0153069;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101168;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr17 64881075 . A G 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9521;QD=57.7105;RBI=0.00563157;REFB=0;REVB=0.00429305;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81894e-06;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr17 65027740 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.074;QD=43.4861;RBI=0.024164;REFB=0;REVB=0.0196569;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136302;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr17 65066879 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.972;QD=60.978;RBI=0.0163087;REFB=0;REVB=0.0124633;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14937e-05;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 65104666 . T G 1767.19 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.52;QD=60.9376;RBI=0.0503014;REFB=0;REVB=0.0406979;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97374e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:64:52:0:0:64:52:0:0 chr17 65104743 . G A 1796.09 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.447;QD=60.8843;RBI=0.0602227;REFB=0;REVB=0.0344757;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127652;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:72:44:0:0:74:44:0:0 chr17 65110436 . A G 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0393147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.622;QD=14.4325;RBI=0.0452427;REFB=-0.00628235;REVB=-0.0223888;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955842;STB=0.554341;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00533055;OID=.;OPOS=65110436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:12:19:23:21:12:19:23:21 chr17 65404916 . AAG A 70.58 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0474836;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=38.1912;QD=10.0836;RBI=0.0611616;REFB=-0.0162647;REVB=-0.0385493;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201167;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=del;VARB=0.01971;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:11:28:12:28:16:7:5:7:9:70:16:7:4:7:9 chr17 65453288 . C T 488.91 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0231855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4418;QD=21.9735;RBI=0.0310895;REFB=0.0157192;REVB=-0.020712;RO=42;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882422;STB=0.548643;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0156487;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:22:25:18:24:22:25:18:24 chr17 65574283 . A G 615.67 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04344;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.936;QD=60.0654;RBI=0.0550636;REFB=0;REVB=0.0338374;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380406;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:41:0:0:35:41:1:20:15:0:0:26:15:0:0 chr17 65739627 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00584772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.043;QD=53.3621;RBI=0.0216098;REFB=0.0867817;REVB=0.0208036;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000123793;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:0:1:17:12:0:1 chr17 65850501 . A G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0170385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.352;QD=15.5699;RBI=0.0187755;REFB=-0.00713596;REVB=-0.00788711;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296512;STB=0.51721;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00649266;OID=.;OPOS=65850501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:8:4:4:7:8:4 chr17 65978851 . T G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1718;QD=56.7053;RBI=0.0537058;REFB=0;REVB=0.0242771;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761598;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr17 65989048 . T C 347.73 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7905;QD=51.516;RBI=0.070345;REFB=-0.0985327;REVB=-0.054653;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281527;STB=0.51514;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00215864;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:0:1:16:10:0:1 chr17 66016006 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.997;QD=61.3362;RBI=0.0226542;REFB=0;REVB=-0.00328656;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8286e-05;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr17 66016096 . C T 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7467;QD=60.2213;RBI=0.0148735;REFB=0;REVB=0.0129545;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379079;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr17 66246416 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000991557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.279;QD=62.022;RBI=0.00353466;REFB=0;REVB=0.00339274;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09275e-06;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr17 66253095 . T A 446.81 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.051;QD=57.6523;RBI=0.0252667;REFB=0;REVB=0.0111969;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035391;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr17 66264567 . TTA TAT,T 321.26 PASS AF=0.0245902,0.311475;AO=3,34;DP=52;FAO=3,38;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=0,12;FSAR=3,26;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0011031,-0.07792;FXX=0.0317435;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=34.9645,122.006;QD=10.5333;RBI=0.0211958,0.0779217;REFB=-0.0173106,-0.0316272;REVB=-0.0211671,-0.000499474;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.996215,0.594234;STBP=0.101,0.193;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0549595,0.10252;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0245902,0.311475:3,34:52:3,38:122:81:0,12:3,26:36:45:99:0:0,11:3,23:0:0 chr17 66265077 . C A,CA 68.17 PASS AF=0,0.666667;AO=6,3;DP=20;FAO=0,12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00815983,0.125853;FXX=0.09995;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=158.734,10.844;QD=15.1487;RBI=0.0124522,0.201261;REFB=0.00292481,-0.106776;REVB=0.0094061,0.157057;RO=11;SAF=3,2;SAR=3,1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0469701,0.136146;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.146336;OID=.,.;OPOS=66265077,66265078;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:20:18:11:6:6,3:0,12:0,0.666667:3,1:3,2:6:5:0,6:0,6:3:3 chr17 66267650 . T G 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0127803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.81;QD=28.9132;RBI=0.018278;REFB=-0.0147435;REVB=-0.0130671;RO=14;SAF=21;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150326;STB=0.57528;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0088663;OID=.;OPOS=66267650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:15:26:26:0.634146:5:21:9:5:5:21:10:5 chr17 66267691 . A T 114.67 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0238167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.2272;QD=10.4246;RBI=0.0444215;REFB=-0.012178;REVB=-0.0374971;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117583;STB=0.569759;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0200823;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:22:8:5:9:22:8 chr17 66270082 . A G 80.56 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00563448;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.289;QD=15.3439;RBI=0.0302398;REFB=-0.0100495;REVB=0.0297103;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.589287;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0169163;OID=.;OPOS=66270082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:11:10:10:0.47619:3:7:6:4:3:7:6:5 chr17 66391016 . G A 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00936407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.71;QD=21.3872;RBI=0.0398916;REFB=-0.0266323;REVB=-0.038777;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472299;STB=0.526138;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0228694;OID=.;OPOS=66391016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:19:14:13:14:19:14:13:14 chr17 66391276 . G A 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0247961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.232;QD=20.3966;RBI=0.0348258;REFB=-0.0204438;REVB=0.0244538;RO=27;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246028;STB=0.63568;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00747181;OID=.;OPOS=66391276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:16:15:21:6:16:15:21:6 chr17 66449122 . G A 239.71 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0155077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.905;QD=11.9857;RBI=0.0156158;REFB=-0.00394058;REVB=-0.00183429;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122403;STB=0.564014;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00568969;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:13:16:22:28:13:16:23:28 chr17 66533655 . A G 770.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211519;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.776;QD=64.1994;RBI=0.0214247;REFB=0;REVB=-0.00340856;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75753e-05;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr17 66538239 . G T 949.78 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300224;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0135;QD=55.8694;RBI=0.0721292;REFB=-0.153273;REVB=0.0655842;RO=4;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202105;STB=0.502278;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00507919;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:4:2:65:66:0.970588:37:28:1:3:38:28:1:1 chr17 66539847 . C T 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0158711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9369;QD=12.7845;RBI=0.0438922;REFB=0.0133486;REVB=0.0409223;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425716;STB=0.524398;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0217229;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:19:24:14:13:19:24 chr17 66547249 . G A 230.68 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.00515191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.034;QD=16.4773;RBI=0.00515351;REFB=-0.00390448;REVB=-0.000128346;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318058;STB=0.677297;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00736826;OID=.;OPOS=66547249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:24:6:14:12:24:6 chr17 66596463 . C T 841.41 PASS AF=0.592308;AO=77;DP=130;FAO=77;FDP=130;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00876272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.814;QD=25.8895;RBI=0.0370748;REFB=-0.0176462;REVB=0.0360244;RO=53;SAF=40;SAR=37;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077798;STB=0.54225;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.013487;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:53:53:77:77:0.592308:37:40:33:20:37:40:33:20 chr17 66872802 . G C 1524.56 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0493443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8896;QD=57.5306;RBI=0.0506448;REFB=-0.0786338;REVB=0.0114035;RO=2;SAF=57;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017368;STB=0.500915;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00114151;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:47:57:1:1:47:57:1:1 chr17 67031457 . C T 1013.93 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127333;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4247;QD=59.6427;RBI=0.0521306;REFB=0;REVB=-0.052115;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405928;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr17 67101718 . C T 896.87 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3756;QD=56.0542;RBI=0.0269287;REFB=-0.128755;REVB=0.00491088;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00283946;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:31:31:0:1:32:31:0:1 chr17 67267317 . T C 453.81 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000673818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.028;QD=55.0068;RBI=0.0327704;REFB=-0.0886331;REVB=-0.0327634;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000388838;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:6:26:0:0:6:26:1:0 chr17 67273882 . C A 1116.56 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.26;QD=60.3547;RBI=0.0299897;REFB=0;REVB=0.024475;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018961;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr17 67513003 . C A 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00309341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.1;QD=12.6189;RBI=0.0186339;REFB=-0.0120647;REVB=-0.0183754;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590533;STB=0.551587;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0240572;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:14:10:17:19:14:10:19:19 chr17 67513055 . A G 179.98 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.020809;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.844;QD=11.0755;RBI=0.0275105;REFB=-0.00467369;REVB=0.0179948;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169065;STB=0.504084;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00808687;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:42:23:23:0.353846:13:10:18:22:13:10:18:24 chr17 67982157 . C T 785.32 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.643;QD=57.1139;RBI=0.0241548;REFB=0;REVB=0.0238099;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24865e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr17 68173731 . A G 111.37 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00731496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.528;QD=15.9094;RBI=0.0493065;REFB=-0.00903537;REVB=0.0487609;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370936;STB=0.711745;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0186342;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:12:3:8:5:12:3 chr17 70645032 . G A 268.07 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00332242;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.975;QD=16.0039;RBI=0.0071247;REFB=-0.0262405;REVB=-0.00630261;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768732;STB=0.543449;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0314912;OID=.;OPOS=70645032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:10:20:22:15:10:20:22:15 chr17 70660158 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0821617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4637;QD=13.2305;RBI=0.0860671;REFB=0.00402666;REVB=-0.025632;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347302;STB=0.668231;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0103801;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:4:12:13:16:5:12:13:16 chr17 70943990 . T C 670.81 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3552;QD=62.4009;RBI=0.0561542;REFB=0;REVB=0.0541348;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237294;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr17 71027797 . C A 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0308051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.888;QD=12.9736;RBI=0.030837;REFB=-0.0389687;REVB=0.00140227;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230768;STB=0.636132;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0332538;OID=.;OPOS=71027797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:10:8:8:4:10:8 chr17 71027833 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0153494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.922;QD=11.2566;RBI=0.0291498;REFB=-0.0170646;REVB=0.0247812;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272725;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0145201;OID=.;OPOS=71027833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:6:6:6:2:6:6 chr17 71192663 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9324;QD=40.7585;RBI=0.0111796;REFB=0;REVB=-0.00949014;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000927621;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 71192873 . A G 80.08 PASS AF=0.9;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0148473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.012;QD=32.0302;RBI=0.0331237;REFB=-0.194847;REVB=0.0296097;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00741528;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:10:0:1:8:9:0.9:5:3:0:0:6:3:1:0 chr17 71196809 . A G 1120.22 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3481;QD=59.7452;RBI=0.0162608;REFB=0;REVB=-0.0150369;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1437e-05;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:1:0:74:75:1:39:35:1:0:39:36:0:0 chr17 71197439 . C T 490.14 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00362062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.145;QD=22.2791;RBI=0.00422864;REFB=-0.0196362;REVB=-0.00218462;RO=41;SAF=26;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486765;STB=0.526796;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0141598;OID=.;OPOS=71197439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:21:26:25:16:21:26:25:16 chr17 71197748 . G A 167.69 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0376381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6807;QD=41.9223;RBI=0.0607016;REFB=-0.176962;REVB=0.0476241;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0152771;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:0:1:6:9:0:1 chr17 71205613 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0266703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.812;QD=14.0792;RBI=0.0273318;REFB=-0.014603;REVB=-0.00597695;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0193488;OID=.;OPOS=71205613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:8:8:7:5:8:8 chr17 71205854 . A G 172.95 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.15;QD=46.1192;RBI=0.0126398;REFB=0;REVB=0.0118691;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124164;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr17 71232687 . T C 168.43 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0121821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.912;QD=24.0619;RBI=0.0134079;REFB=-0.0238609;REVB=-0.00560074;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307576;STB=0.517221;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0252965;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:5:6:10:7:5:6 chr17 71232804 . C A 804.49 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8819;QD=64.3592;RBI=0.0329166;REFB=0;REVB=-0.0320235;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264961;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr17 71232807 . T C 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00824124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1854;QD=20.0286;RBI=0.0568557;REFB=0.00430345;REVB=-0.0562552;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167601;STB=0.501676;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0135342;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:13:11:11:14:13:11:12:14 chr17 71232881 . G C 215.5 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0387026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7597;QD=15.6729;RBI=0.0641788;REFB=-0.0426368;REVB=0.051196;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652725;STB=0.525527;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0475067;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:24:25:0.454545:12:12:13:17:13:12:13:17 chr17 71233130 . A G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.707;QD=19.9285;RBI=0.0695147;REFB=-0.0632359;REVB=0.0607996;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155545;STB=0.588097;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0265874;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:2:7:7:5:2:7 chr17 71238433 . G A 471.74 PASS AF=0.440678;AO=51;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0103151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8404;QD=15.9913;RBI=0.010665;REFB=-0.00809762;REVB=0.00270953;RO=65;SAF=26;SAR=25;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044171;STB=0.525414;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0196587;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:66:51:52:0.440678:25:26:36:29:26:26:36:30 chr17 71239215 . AA TT 35.07 PASS AF=0.176471;AO=5;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00440186;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.993;QD=4.12536;RBI=0.00729247;REFB=0.00137648;REVB=-0.0058141;RO=28;SAF=1;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458333;STB=0.847942;STBP=0.1;TYPE=mnp;VARB=-0.0509284;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:34:34:28:28:5:6:0.176471:4:1:17:11:5:1:17:11 chr17 71244630 . C T 146.13 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0396309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.417;QD=10.2549;RBI=0.0735575;REFB=-0.0326474;REVB=-0.0619685;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865243;STB=0.518076;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0701539;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:38:16:19:0.333333:9:7:13:12:11:8:15:23 chr17 71365314 . A G 955.0 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.703;QD=58.7694;RBI=0.0268243;REFB=0;REVB=0.00880598;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121022;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr17 71386577 . G T 495.58 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0061766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.721;QD=23.3216;RBI=0.00841155;REFB=-0.0278671;REVB=-0.00570997;RO=37;SAF=11;SAR=36;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201947;STB=0.501741;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0258415;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:37:38:47:47:0.552941:36:11:8:29:36:11:9:29 chr17 71395349 . G A 115.81 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.027116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.562;QD=11.5814;RBI=0.0278673;REFB=-0.020059;REVB=0.00642726;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139864;STB=0.57366;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0509875;OID=.;OPOS=71395349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:4:10:15:10:4:10:16:10 chr17 71410891 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0140377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.654;QD=15.1969;RBI=0.0404919;REFB=-0.029118;REVB=-0.0379808;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539195;STB=0.531206;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0239892;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:10:8:7:7:10:8 chr17 71468267 . G A 145.81 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0255027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1436;QD=25.3588;RBI=0.0297316;REFB=-0.00328932;REVB=-0.0152833;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980432;STB=0.55484;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00211548;OID=.;OPOS=71468267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:5:3:8:7:5:3 chr17 71503636 . T C 309.99 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0216297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.681;QD=16.1033;RBI=0.0332764;REFB=0.00335585;REVB=0.0252878;RO=41;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831167;STB=0.558408;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00382592;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:43:34:34:0.441558:17:17:24:17:17:17:26:17 chr17 71746427 . G A 83.54 PASS AF=0.289474;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0220331;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0123;QD=8.79347;RBI=0.032161;REFB=-0.0145587;REVB=0.023428;RO=30;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351502;STB=0.7055;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0312371;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:40:38:30:27:10:11:0.289474:3:7:12:18:3:8:12:15 chr17 71746435 . C T 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0839593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.204;QD=9.33488;RBI=0.0884006;REFB=-0.000226351;REVB=-0.0276679;RO=31;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443215;STB=0.768817;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00164372;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:3:10:12:19:3:10:12:19 chr17 71746479 . C G 216.27 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0440954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8032;QD=13.3089;RBI=0.0460602;REFB=-0.0213947;REVB=-0.0133094;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547171;STB=0.538432;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0273467;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:13:13:17:21:13:13:17:22 chr17 71746508 . T C 236.83 PASS AF=0.411765;AO=25;DP=64;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0283008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.482;QD=13.9311;RBI=0.0294459;REFB=-0.0106718;REVB=0.00813171;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442015;STB=0.508451;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0124429;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:39:40:25:28:0.411765:14:11:17:22:15:13:18:22 chr17 71746796 . A G 114.71 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0387564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3484;QD=10.4286;RBI=0.0424279;REFB=-0.0150599;REVB=-0.0172647;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32477;STB=0.69508;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0442379;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:10:4:17:13:10:4:17:13 chr17 71747278 . G C 493.63 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00954729;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.569;QD=17.4738;RBI=0.0158209;REFB=-0.0166057;REVB=-0.0126155;RO=58;SAF=26;SAR=27;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235944;STB=0.512696;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0165878;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:58:60:53:53:0.469027:27:26:27:31:27:26:28:32 chr17 71747323 . T C 156.02 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0207324;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.221;QD=10.9489;RBI=0.0243089;REFB=-0.00702305;REVB=-0.0126921;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750837;STB=0.52629;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0145735;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:21:16:10:10:20:17 chr17 71747336 . G A 109.42 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0428676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8395;QD=8.10505;RBI=0.0448458;REFB=0.00119297;REVB=-0.0131727;RO=38;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628182;STB=0.503717;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00295482;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:38:39:14:15:0.277778:7:7:21:17:7:8:21:18 chr17 71747394 . C T 302.18 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0166061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2371;QD=17.024;RBI=0.0416817;REFB=-0.0269593;REVB=0.0382309;RO=37;SAF=23;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236405;STB=0.627192;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0113615;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:38:33:33:0.464789:10:23:17:20:10:23:18:20 chr17 71747397 . G A 304.1 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0329899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3834;QD=17.377;RBI=0.0331721;REFB=-0.0132204;REVB=-0.00347154;RO=37;SAF=24;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272396;STB=0.653423;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0125563;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:9:24:17:20:9:24:17:20 chr17 71752500 . C CT 970.39 PASS AF=1;AO=65;DP=71;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016988;FXX=0.0289813;HRUN=0;LEN=1;MLLD=175.679;QD=57.9335;RBI=0.0254797;REFB=0;REVB=0.0189901;RO=2;SAF=35;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.21078e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:71:67:67:0:35:32:0:0:5:2:35:30:2:0 chr17 72209858 . A G 651.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.97;QD=62.0152;RBI=0.076333;REFB=0;REVB=0.00372121;RO=0;SAF=4;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322277;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:38:4:0:0:38:4:0:0 chr17 72301432 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.407;QD=61.8144;RBI=0.0155491;REFB=0.00336567;REVB=0.00712267;RO=1;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324232;STB=0.517234;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-1.26386e-05;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:14:35:0:1:14:35:0:1 chr17 72303449 . G A 1725.1 PASS AF=0.983051;AO=113;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.024796;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.963;QD=58.4779;RBI=0.0538096;REFB=-0.112639;REVB=0.047756;RO=1;SAF=44;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683231;STB=0.506943;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00104804;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:118:118:1:2:113:116:0.983051:69:44:0:1:71:45:0:2 chr17 72305534 . C T 1942.49 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.553;QD=61.6664;RBI=0.0285199;REFB=0;REVB=0.0212985;RO=1;SAF=61;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64753e-05;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:1:0:125:126:1:64:61:1:0:64:62:0:0 chr17 72305688 . T C 516.38 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0247196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1689;QD=50.3784;RBI=0.0427675;REFB=-0.0682837;REVB=0.0348999;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183679;STB=0.545826;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00149199;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:1:4:37:37:0.902439:25:12:0:1:25:12:3:1 chr17 72306291 . G A 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00686848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0677;QD=18.0856;RBI=0.00792009;REFB=-0.000617247;REVB=-0.00394358;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129152;STB=0.572684;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000551567;OID=.;OPOS=72306291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:9:17:14:13:9:17:14:13 chr17 72308319 . G A 165.7 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0173662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4785;QD=14.4088;RBI=0.0173697;REFB=-0.017164;REVB=-0.000345766;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813272;STB=0.547211;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0198317;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:15:13:7:11:15:13 chr17 72324649 . G GC 230.44 PASS AF=1;AO=18;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133441;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.9967;QD=35.4516;RBI=0.0992553;REFB=0;REVB=0.0983542;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0101175;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:27:26:26:0:10:16:0:0:5:7:8:10:2:5 chr17 72338765 . G A 271.73 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0183962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.116;QD=20.9022;RBI=0.0353038;REFB=-0.0393138;REVB=0.030132;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985106;STB=0.554756;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0414067;OID=.;OPOS=72338765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:15:13:14:10:15:13:14:10 chr17 72346855 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.13;QD=52.6065;RBI=0.0337188;REFB=0;REVB=0.0154999;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369737;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr17 72346868 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000271173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7914;QD=11.2562;RBI=0.0264798;REFB=-0.0174303;REVB=-0.0264784;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0159063;OID=.;OPOS=72346868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:5:3:5:6:5:3:6:6 chr17 72349067 . C T 369.35 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0376931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8651;QD=25.0409;RBI=0.0610917;REFB=-0.0350107;REVB=0.0480773;RO=23;SAF=6;SAR=30;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154762;STB=0.585533;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0179318;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:30:6:7:16:30:6:7:16 chr17 72350362 . G A 250.65 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.100601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5142;QD=14.5307;RBI=0.125866;REFB=-0.0113136;REVB=0.0756416;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117591;STB=0.506676;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0190673;OID=.;OPOS=72350362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:17:12:17:23:17:12:17:23 chr17 72350412 . G A 136.52 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0262603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8797;QD=18.2021;RBI=0.0500061;REFB=-0.0594306;REVB=0.0425558;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.045392;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:15:15:15:0.5:8:7:4:8:8:7:7:8 chr17 72351406 . C T 352.42 PASS AF=0.380531;AO=41;DP=112;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0165266;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7107;QD=12.475;RBI=0.0394399;REFB=-0.0220385;REVB=0.0358103;RO=61;SAF=12;SAR=29;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208849;STB=0.587106;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0379201;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:61:70:41:43:0.380531:29:12:29:32:29:14:32:38 chr17 72351761 . A G 1044.9 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.135;QD=59.7085;RBI=0.0244118;REFB=0;REVB=0.0212322;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25904e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:36:31:0:0:38:32:0:0 chr17 72366695 . C A 763.01 PASS AF=0.966102;AO=55;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.061829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2218;QD=51.7298;RBI=0.073553;REFB=-0.0201841;REVB=0.03984;RO=3;SAF=35;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315679;STB=0.504778;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00564557;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:3:2:55:57:0.966102:20:35:1:2:21:36:1:1 chr17 72368550 . T C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0362475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5209;QD=14.6975;RBI=0.036457;REFB=-0.014773;REVB=0.00390341;RO=23;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177606;STB=0.604789;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0193377;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:14:2:5:18:14:2:5:18 chr17 72439699 . GT G,GG 173.57 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=4,11;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225832,0.00483383;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.516,164.926;QD=46.2842;RBI=0.0515695,0.0459947;REFB=0,0;REVB=0.0463618,0.04574;RO=0;SAF=1,7;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00574776,0.0046468;OID=.,.;OPOS=72439700,72439700;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.133333,0.866667:4,11:15:2,13:15:0:1,7:1,6:0:0:6:0:1,7:3,4:0:0 chr17 72439808 . TG T,TT 1368.82 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=88,4;DP=97;FAO=96,3;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55,2;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.17899,-0.0926574;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.4554,5.89173;QD=55.3057;RBI=0.195264,0.0940936;REFB=0,0;REVB=-0.0780416,-0.0163773;RO=0;SAF=48,3;SAR=40,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.43431e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00561707,0.0355977;OID=.,.;OPOS=72439809,72439809;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.969697,0.030303:88,4:97:96,3:99:0:55,2:41,1:0:0:4:0:48,3:40,1:0:0 chr17 72469958 . A G 632.7 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00251498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5578;QD=21.2671;RBI=0.0379674;REFB=-0.00971932;REVB=-0.037884;RO=56;SAF=28;SAR=35;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293703;STB=0.516124;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00920307;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:56:63:63:0.529412:35:28:23:33:35:28:23:33 chr17 72589178 . ATTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTCT 134.77 PASS AF=0.653846,0.115385;AO=15,3;DP=27;FAO=17,3;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=4,3;FSAR=13,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0295629,0.0141956;FXX=0.0370233;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.968,23.4684;QD=20.7336;RBI=0.0325995,0.0542638;REFB=0.0591299,0.0590343;REVB=-0.013739,-0.052374;RO=6;SAF=2,3;SAR=13,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0.33042,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.391191,0.637446;STB=0.633975,0.994809;STBP=0.053,0.219;TYPE=del,mnp;VARB=0.0738939,-0.0996793;OID=.,.;OPOS=72589179,72589184;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846,0.115385:15,3:27:17,3:26:6:4,3:13,0:4:2:20:6:2,3:13,0:4:2 chr17 72615293 . C T 520.27 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.195419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9593;QD=57.8081;RBI=0.197079;REFB=0;REVB=-0.0255257;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033887;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:24:12:0:0 chr17 72691928 . T C 823.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.0493;QD=55.8028;RBI=0.0375732;REFB=-0.127482;REVB=0.0240448;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177371;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:0:0:58:59:1:20:38:0:0:21:38:0:0 chr17 72700943 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1763;QD=53.9108;RBI=0.0223026;REFB=0;REVB=-0.00240231;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513095;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr17 72740598 . G A 138.63 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0149451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4386;QD=12.6024;RBI=0.0282051;REFB=-0.0104227;REVB=-0.0239201;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51218;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0174754;OID=.;OPOS=72740598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:28:15:16:0.363636:10:5:9:18:10:6:10:18 chr17 72764305 . TG T 101.33 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.130509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2313;QD=16.8887;RBI=0.138653;REFB=-0.0036898;REVB=-0.0468183;RO=9;SAF=0;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.814804;STB=0.797369;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0305631;OID=.;OPOS=72764306;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:24:16:24:8:1:15:4:4:38:9:0:11:5:4 chr17 72838649 . C A 1245.36 PASS AF=0.538117;AO=120;DP=223;FAO=120;FDP=223;FR=.;FRO=103;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.00355353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.031;QD=22.3383;RBI=0.00395657;REFB=-0.0208646;REVB=0.0017398;RO=102;SAF=50;SAR=70;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546336;STB=0.527794;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0166569;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:102:103:120:120:0.538117:70:50:49:53:70:50:49:54 chr17 72860253 . A G 451.72 PASS AF=0.485149;AO=47;DP=102;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0111818;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.211;QD=17.8897;RBI=0.011193;REFB=-0.0147936;REVB=-0.000501264;RO=55;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892738;STB=0.544776;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0128276;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:55:52:47:49:0.485149:23:24:23:32:24:25:22:30 chr17 72860654 . G A 627.75 PASS AF=0.625;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0214724;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.051;QD=28.534;RBI=0.024539;REFB=-0.0378204;REVB=-0.0118786;RO=32;SAF=24;SAR=31;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000781911;STB=0.504624;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0251787;OID=.;OPOS=72860654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:33:55:55:0.625:31:24:14:18:31:24:14:19 chr17 72862593 . C T 766.77 PASS AF=0.509804;AO=78;DP=153;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00658664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4548;QD=20.0462;RBI=0.023236;REFB=-0.0190946;REVB=0.0222829;RO=73;SAF=31;SAR=47;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740367;STB=0.534911;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0248223;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:73:75:78:78:0.509804:47:31:35:38:47:31:35:40 chr17 72863030 . T C 170.52 PASS AF=0.68;AO=12;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0225911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3949;QD=27.2829;RBI=0.0314206;REFB=-0.00602999;REVB=-0.021838;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.509423;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00698929;OID=.;OPOS=72863030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:12:17:0.68:4:8:4:4:8:9:4:4 chr17 72889685 . G A 163.22 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=0.0596415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.69;QD=7.50434;RBI=0.0704428;REFB=-0.0272824;REVB=-0.0374844;RO=55;SAF=16;SAR=7;SRF=12;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524185;STB=0.780633;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.014406;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:55:64:23:23:0.264368:7:16:12:43:7:16:18:46 chr17 72889696 . A G 160.75 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=40;FWDB=-0.0502714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7736;QD=10.3712;RBI=0.0739204;REFB=-0.0388333;REVB=-0.0541942;RO=40;SAF=17;SAR=4;SRF=1;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.737359;STB=0.911938;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0428084;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:41:21:21:0.33871:4:17:1:39:4:17:1:40 chr17 72937605 . G A 697.24 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.035074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.999;QD=56.9179;RBI=0.0388992;REFB=-0.0350475;REVB=0.0168215;RO=3;SAF=22;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208428;STB=0.51154;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000664865;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:49:3:3:45:46:0.938776:23:22:2:1:24:22:2:1 chr17 72937851 . G A 186.81 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0274009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.053;QD=19.6639;RBI=0.0362083;REFB=0.00509413;REVB=-0.0236692;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.012162;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:12:7:6:12:12:7:7:12 chr17 72938100 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.309;QD=57.2026;RBI=0.0516081;REFB=0;REVB=-0.0138946;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015541;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr17 72948369 . A G 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7206;QD=59.1379;RBI=0.0424848;REFB=0;REVB=0.0372688;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302572;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr17 72949167 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.728;QD=50.4125;RBI=0.0668259;REFB=0;REVB=0.0281821;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806212;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:15:4:0:0 chr17 72949649 . C T 1330.57 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0378778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.988;QD=57.8507;RBI=0.0560844;REFB=-0.0778118;REVB=0.0413609;RO=3;SAF=41;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334137;STB=0.523251;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00399324;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:92:92:3:4:88:88:0.956522:47:41:3:0:47:41:4:0 chr17 72952017 . A G 688.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.473;QD=62.5738;RBI=0.0120842;REFB=0;REVB=-0.00474914;RO=0;SAF=8;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25279e-05;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:36:8:0:0:36:8:0:0 chr17 73037868 . C G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0171385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.021;QD=9.11039;RBI=0.0336609;REFB=0.00534248;REVB=-0.0289711;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505953;STB=0.806805;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00664177;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:1:7:7:8:1:7:8:8 chr17 73038746 . T C 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.000415193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.734;QD=13.7206;RBI=0.00255915;REFB=0.00152269;REVB=-0.00252525;RO=47;SAF=9;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28906;STB=0.665404;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00291474;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:22:9:26:21:22:9:26:21 chr17 73059820 . C G 382.07 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.016669;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.81;QD=16.9807;RBI=0.0208897;REFB=-0.0225466;REVB=0.0125906;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0242012;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:50:40:40:0.444444:20:20:24:25:20:20:25:25 chr17 73060073 . T C 248.89 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0308246;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.032;QD=25.5272;RBI=0.043762;REFB=-0.00732777;REVB=0.0310638;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743596;STB=0.55168;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0039581;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:16:23:23:0.589744:13:10:5:10:13:10:5:11 chr17 73060111 . G A 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0250202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5966;QD=26.3152;RBI=0.0331701;REFB=-0.0417941;REVB=0.0217771;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871933;STB=0.548151;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0257072;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:15:7:3:11:15:7:3:11 chr17 73085975 . G A 136.78 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0101473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.63;QD=18.2378;RBI=0.022934;REFB=-0.0216886;REVB=-0.020567;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118644;STB=0.56748;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0227483;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:5:10:8:7:5:10 chr17 73089524 . G A 383.1 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00542419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1262;QD=22.8718;RBI=0.0356799;REFB=0.0125188;REVB=0.0352652;RO=28;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131723;STB=0.500397;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.012217;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:17:21:15:13:17:21:16:13 chr17 73089706 . G A 112.85 PASS AF=0.75;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0145429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0872;QD=28.2124;RBI=0.136115;REFB=-0.0306568;REVB=0.135336;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254731;STB=0.624804;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0092866;OID=.;OPOS=73089706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:16:4:4:11:12:0.75:6:5:4:0:6:6:4:0 chr17 73089852 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2698;QD=48.7334;RBI=0.0202175;REFB=0;REVB=-0.016444;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636939;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr17 73110279 . C T 965.85 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553681;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.987;QD=59.4367;RBI=0.0651377;REFB=0;REVB=0.0343117;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54233e-05;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr17 73205976 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0188204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.292;QD=11.3693;RBI=0.0231794;REFB=-0.00283021;REVB=0.0135307;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53983;STB=0.79952;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0149447;OID=.;OPOS=73205976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:8:3:15:3:8:3:15:4 chr17 73221439 . C T 1006.04 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0370199;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.823;QD=54.3804;RBI=0.0461369;REFB=-0.196545;REVB=0.0275344;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024233;STB=0.511298;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00178327;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:76:74:2:4:70:70:0.945946:38:32:0:2:38:32:1:3 chr17 73222847 . C T 483.55 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.739;QD=58.6121;RBI=0.018223;REFB=0;REVB=0.00475576;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84389e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr17 73222865 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00372005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.98;QD=12.1824;RBI=0.0156048;REFB=-0.002776;REVB=0.0151549;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336027;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00310514;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:7:8:5:5:7:8 chr17 73230856 . C T 476.35 PASS AF=0.490385;AO=49;DP=102;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0143861;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.081;QD=18.321;RBI=0.0196071;REFB=-0.0257755;REVB=0.0133222;RO=52;SAF=21;SAR=28;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604799;STB=0.538152;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0298268;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:52:53:49:51:0.490385:28:21:19:33:28:23:20:33 chr17 73258479 . C T 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000846659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.802;QD=18.9487;RBI=0.0151782;REFB=-0.0171242;REVB=0.0151546;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162654;STB=0.509084;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0143065;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:14:13:14:14:14:13 chr17 73269530 . A G 624.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8575;QD=60.8953;RBI=0.0534985;REFB=0;REVB=-0.0451928;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103808;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:23:16:0:0:23:18:0:0 chr17 73269676 . C T 193.96 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0216385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0641;QD=14.1063;RBI=0.0219625;REFB=-0.0172176;REVB=-0.00375848;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781564;STB=0.530779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.023778;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:32:21:23:0.418182:11:10:15:17:11:12:15:17 chr17 73279624 . A G 773.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.101;QD=63.136;RBI=0.0549546;REFB=0;REVB=-0.0306525;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418732;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr17 73315368 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00140924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.605;QD=15.3785;RBI=0.0111316;REFB=-0.00348327;REVB=-0.011042;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00327569;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:2:10:10:4:2:10:10:4 chr17 73315395 . ATT A 46.25 PASS AF=0.411765;AO=3;DP=20;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0112925;FXX=0.190386;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.443;QD=10.8825;RBI=0.0228038;REFB=-0.00186862;REVB=0.0198114;RO=11;SAF=1;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604151;STB=0.578732;STBP=0.616;TYPE=del;VARB=0.0035784;OID=.;OPOS=73315396;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:3:20:7:17:10:4:3:7:3:46:11:1:2:10:1 chr17 73402246 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8061;QD=37.4875;RBI=0.117038;REFB=0;REVB=-0.113375;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00262143;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr17 73488794 . C T 306.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.924;QD=53.2573;RBI=0.0679232;REFB=0;REVB=-0.0160309;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377035;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr17 73495692 . C G 754.96 PASS AF=0.982143;AO=34;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.272276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.1151;QD=53.9258;RBI=0.275391;REFB=-0.0382429;REVB=-0.0413068;RO=1;SAF=4;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153351;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00409938;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:34:55:0.982143:30:4:0:1:33:22:0:1 chr17 73498482 . CT C,CC 235.8 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,17;DP=20;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.342,181.973;QD=49.6427;RBI=0.0444015,0.0433409;REFB=0,0;REVB=0.0444015,0.0433409;RO=1;SAF=0,0;SAR=2,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.851526;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0195868,0.000427261;OID=.,.;OPOS=73498483,73498483;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,17:20:1,18:19:0:0,0:1,18:0:0:5:1:0,0:2,17:1:0 chr17 73498623 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.014501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.08;QD=16.7275;RBI=0.0888234;REFB=-0.0280115;REVB=-0.0876317;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221667;STB=0.534369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0371763;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:5:11:12:6:5:11:12:7 chr17 73513156 . G A 52.62 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0162025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.288;QD=7.0154;RBI=0.0191364;REFB=-0.00858394;REVB=0.0101823;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198256;STB=0.62237;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0155471;OID=.;OPOS=73513156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:5:17:5:3:5:17 chr17 73513289 . C G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0374545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4085;QD=16.4252;RBI=0.0658152;REFB=0.000637971;REVB=-0.0541184;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341546;STB=0.689415;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00164533;OID=.;OPOS=73513289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:0:11:9:2:0:11 chr17 73518203 . G C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0244463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.729;QD=13.7531;RBI=0.0248166;REFB=-0.0159437;REVB=-0.00427121;RO=22;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345387;STB=0.698609;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0233035;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:13:2:8:14:13:2:8:15 chr17 73518284 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.246;QD=54.5169;RBI=0.0451832;REFB=0;REVB=0.0344537;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535125;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr17 73519413 . C T 142.58 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0050755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1475;QD=14.2577;RBI=0.0830636;REFB=-0.0227083;REVB=0.0829084;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891363;STB=0.551882;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.027229;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:11:13:10:6:11:13 chr17 73520824 . T A 211.79 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0158044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.417;QD=19.701;RBI=0.019177;REFB=-0.0238221;REVB=0.0108618;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386857;STB=0.519981;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0133903;OID=.;OPOS=73520824;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:22:21:21:0.488372:15:6:5:15:15:6:7:15 chr17 73552185 . G A 68.07 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0125319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0852;QD=12.965;RBI=0.0520407;REFB=-0.0419074;REVB=0.0505092;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313558;STB=0.679688;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0211711;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:1:11:6:3:1:11 chr17 73554186 . G C 44.3 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0128041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.591;QD=6.81468;RBI=0.0428632;REFB=-0.00803473;REVB=-0.0409061;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812293;STB=0.571225;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.022008;OID=.;OPOS=73554186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:18:19:7:7:0.269231:3:4:9:9:3:4:9:10 chr17 73565171 . T C 35.56 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0374668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1333;QD=6.46517;RBI=0.0525295;REFB=-0.0383638;REVB=-0.0368183;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1089e-08;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0320984;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:20:22:15:16:5:6:0.272727:3:2:6:9:4:2:7:9 chr17 73571030 . A G 67.64 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0490902;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.693;QD=12.883;RBI=0.0492523;REFB=0.00141254;REVB=0.00399302;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166393;STB=0.615148;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00140597;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:3:8:5:4:3:9 chr17 73571155 . T C 159.22 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0682746;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6045;QD=9.95129;RBI=0.0807403;REFB=-0.0148539;REVB=0.0430996;RO=43;SAF=5;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337014;STB=0.72591;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0325233;OID=.;OPOS=73571155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:16:5:22:21:16:5:24:19 chr17 73587784 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.439;QD=58.0611;RBI=0.0127833;REFB=0;REVB=0.00860761;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43007e-05;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr17 73588067 . A G 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0674548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9396;QD=6.10444;RBI=0.0782888;REFB=0.0161058;REVB=-0.0397364;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349909;STB=0.72669;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0529282;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:2:6:12:14:2:6:12:14 chr17 73590830 . T G 919.34 PASS AF=0.955882;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.05677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.482;QD=54.0787;RBI=0.0585488;REFB=-0.0765022;REVB=0.0143226;RO=2;SAF=40;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076112;STB=0.501701;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000408962;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:68:2:3:64:65:0.955882:24:40:1:1:24:41:2:1 chr17 73602081 . G A 47.12 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0214131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1623;QD=11.0866;RBI=0.061303;REFB=-0.0347804;REVB=-0.0574416;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.655317;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.04322;OID=.;OPOS=73602081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:7:3:4:3:7:3 chr17 73606310 . G A 567.58 PASS AF=0.557895;AO=50;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0285518;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9328;QD=23.8981;RBI=0.0315257;REFB=-0.0140995;REVB=0.0133666;RO=36;SAF=24;SAR=26;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163494;STB=0.608983;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00809811;OID=.;OPOS=73606310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:36:42:50:53:0.557895:26:24:25:11:27:26:31:11 chr17 73609112 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0238477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.168;QD=8.25467;RBI=0.0274379;REFB=-0.00494404;REVB=0.0135694;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403885;STB=0.759899;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00970344;OID=.;OPOS=73609112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:6:6:1:5:6:6 chr17 73609139 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0170463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.24;QD=21.0136;RBI=0.0353304;REFB=-0.0269542;REVB=-0.0309461;RO=7;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462643;STB=0.526269;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00935038;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:2:9:6:1:2:9:6:1 chr17 73611823 . T C 619.46 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0126727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.423;QD=27.229;RBI=0.0130956;REFB=-0.0280046;REVB=0.00330098;RO=32;SAF=29;SAR=26;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186643;STB=0.587107;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0121669;OID=.;OPOS=73611823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:32:36:55:55:0.604396:26:29:8:24:26:29:11:25 chr17 73613975 . G A 544.57 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00121114;FXX=0.0434745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.576;QD=19.8024;RBI=0.00484009;REFB=-0.0114929;REVB=-0.00468611;RO=40;SAF=28;SAR=22;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747594;STB=0.5238;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0132544;OID=.;OPOS=73613975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:110:40:46:50:50:0.454545:22:28:26:14:22:28:28:18 chr17 73615962 . T C 163.97 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0395137;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5556;QD=12.3752;RBI=0.103063;REFB=-0.00856623;REVB=-0.0951873;RO=33;SAF=16;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353449;STB=0.707735;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00565119;OID=.;OPOS=73615962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:4:16:17:16:4:16:17:16 chr17 73615983 . G A 220.33 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0471644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5891;QD=14.2149;RBI=0.0495041;REFB=-0.0102699;REVB=0.0150394;RO=36;SAF=22;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478049;STB=0.776231;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00607481;OID=.;OPOS=73615983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:4:22:16:20:4:22:16:20 chr17 73616088 . T C 233.67 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0194022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.648;QD=24.5971;RBI=0.0217343;REFB=-0.0166411;REVB=-0.00979473;RO=15;SAF=17;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160483;STB=0.610669;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00959669;OID=.;OPOS=73616088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:16:22:22:0.578947:5:17:9:6:5:17:9:7 chr17 73616853 . G C 129.48 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0196596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.142;QD=12.6324;RBI=0.0197662;REFB=-0.0159914;REVB=-0.00205016;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366241;STB=0.539946;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0319777;OID=.;OPOS=73616853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:26:14:15:0.365854:6:8:14:12:6:9:14:12 chr17 73616864 . C A 166.05 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0149107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.931;QD=14.7602;RBI=0.0697169;REFB=-0.0247612;REVB=0.0681037;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765217;STB=0.556898;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0319254;OID=.;OPOS=73616864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:7:11:14:12:7:11:14:13 chr17 73616920 . A G 214.94 PASS AF=0.44;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0427748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.656;QD=17.1952;RBI=0.0432443;REFB=-0.0133477;REVB=-0.00635514;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159191;STB=0.514693;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0225363;OID=.;OPOS=73616920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:27:28:21:22:0.44:9:12:15:12:10:12:16:12 chr17 73619920 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0257219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.211;QD=13.631;RBI=0.0320478;REFB=-0.0188638;REVB=0.0191165;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200579;STB=0.620366;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0398529;OID=.;OPOS=73619920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:4:5:6:2:4:5 chr17 73625286 . G A 448.95 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.00901602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.582;QD=14.3663;RBI=0.0164691;REFB=-0.0241515;REVB=0.0137819;RO=74;SAF=30;SAR=21;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190851;STB=0.607435;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0269604;OID=.;OPOS=73625286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:21:30:30:44:21:30:30:44 chr17 73625430 . G A 250.65 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0451396;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9551;QD=16.4363;RBI=0.129916;REFB=-0.0244838;REVB=0.121822;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197017;STB=0.590102;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0364969;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:31:33:28:28:0.459016:14:14:9:22:14:14:11:22 chr17 73625478 . T C 1111.55 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0298012;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.305;QD=57.7426;RBI=0.0298297;REFB=-0.0172602;REVB=-0.00130423;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.513154;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000261192;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:74:75:0.974026:37:37:1:0:38:37:2:0 chr17 73627539 . T C 269.41 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00377829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5342;QD=23.4272;RBI=0.00560728;REFB=-0.0156906;REVB=-0.0041432;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121239;STB=0.557476;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0145145;OID=.;OPOS=73627539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:15:10:11:9:15:10:11:10 chr17 73627565 . A G 540.54 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439767;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.878;QD=60.0602;RBI=0.0543187;REFB=0;REVB=-0.0318837;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000730713;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr17 73687495 . G A 417.64 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0206327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.546;QD=22.5749;RBI=0.0250826;REFB=-0.00303251;REVB=-0.0142629;RO=32;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902297;STB=0.541949;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00166242;OID=.;OPOS=73687495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:20:21:20:12:20:21:20:13 chr17 73698557 . C T 727.6 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8731;QD=55.9691;RBI=0.0587544;REFB=0;REVB=0.0562869;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553258;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:50:52:1:32:18:0:0:34:18:0:0 chr17 73732428 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00785708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1764;QD=11.0923;RBI=0.0747858;REFB=-0.0503363;REVB=-0.0743719;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.032127;OID=.;OPOS=73732428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:4:2:2:3:4:2 chr17 73750859 . C G 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0141127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2141;QD=17.378;RBI=0.0233985;REFB=-0.011818;REVB=-0.0186634;RO=9;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522722;STB=0.799313;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0179367;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:10:1:5:4:10:1:5:5 chr17 73751176 . G A 337.15 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0291727;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8885;QD=16.8572;RBI=0.0374961;REFB=-0.00408502;REVB=0.0235566;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623255;STB=0.519763;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00498714;OID=.;OPOS=73751176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:44:36:36:0.45:16:20:26:16:16:20:26:18 chr17 73760820 . G A 168.9 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0259772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.801;QD=25.9839;RBI=0.0310674;REFB=-0.0493978;REVB=0.0170402;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945429;STB=0.53394;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0342299;OID=.;OPOS=73760820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:16:17:0.653846:11:5:4:5:11:6:4:5 chr17 73773735 . AC A 122.03 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0272851;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.7323;QD=11.905;RBI=0.0430315;REFB=0.00303888;REVB=0.0332751;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116964;STB=0.566939;STBP=0.493;TYPE=del;VARB=-0.000183882;OID=.;OPOS=73773736;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:19:42:19:41:22:11:8:10:12:99:20:11:8:9:11 chr17 73812909 . A G 1212.29 PASS AF=0.590426;AO=101;DP=179;FAO=111;FDP=188;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0177303;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6223;QD=25.7933;RBI=0.0278266;REFB=-0.0290816;REVB=0.0214466;RO=77;SAF=42;SAR=59;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314739;STB=0.524626;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0206952;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:188:77:77:101:111:0.590426:59:42:35:42:67:44:35:42 chr17 73816026 . A G 83.1 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00323753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.207;QD=25.5701;RBI=0.0779907;REFB=-0.0234279;REVB=-0.0779235;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.588075;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.032386;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:3:3:9:10:0.769231:3:6:3:0:3:7:3:0 chr17 73819525 . C T 1108.74 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0483033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.042;QD=57.5966;RBI=0.056948;REFB=-0.180127;REVB=0.0301641;RO=2;SAF=40;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230683;STB=0.512192;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00175987;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:35:40:2:0:35:40:2:0 chr17 73824121 . T C 1678.76 PASS AF=0.99115;AO=113;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0732831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3956;QD=59.4252;RBI=0.0735488;REFB=-0.0393212;REVB=-0.0062461;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=2.63642e-06;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:113:112:0.99115:66:47:0:0:65:47:0:1 chr17 73826120 . C T 220.55 PASS AF=0.468085;AO=18;DP=44;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0197375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.052;QD=18.7699;RBI=0.0197683;REFB=-0.0072098;REVB=0.00110296;RO=25;SAF=15;SAR=3;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512916;STB=0.701008;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00997845;OID=.;OPOS=73826120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:25:25:18:22:0.468085:3:15:9:16:6:16:9:16 chr17 73827205 . T C 2237.26 PASS AF=0.974194;AO=151;DP=155;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0594117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.984;QD=57.7358;RBI=0.0597049;REFB=-0.0242837;REVB=0.00591033;RO=2;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121933;STB=0.512657;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0010953;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:155:155:2:4:151:151:0.974194:77:74:0:2:77:74:0:4 chr17 73831016 . G A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00170629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.543;QD=23.0081;RBI=0.0380176;REFB=-0.00849288;REVB=0.0379793;RO=24;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270408;STB=0.514916;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00644145;OID=.;OPOS=73831016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:10:23:16:8:10:23:16:8 chr17 73836162 . C G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2826;QD=42.1784;RBI=0.108733;REFB=0;REVB=0.106625;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00772963;OID=.;OPOS=73836162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr17 73886888 . A G 127.78 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00278121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.021;QD=21.2962;RBI=0.00697556;REFB=-0.0170832;REVB=0.00639713;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474842;STB=0.541607;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00978446;OID=.;OPOS=73886888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:13:14:0.583333:6:7:6:4:7:7:6:4 chr17 73888354 . G A 124.85 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00301248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5658;QD=17.8349;RBI=0.0527337;REFB=0.0149607;REVB=-0.0526476;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176453;STB=0.612755;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0239146;OID=.;OPOS=73888354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:6:8:10:3:6:8:11:3 chr17 73888423 . A G 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0481443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.01;QD=25.2552;RBI=0.0510572;REFB=-0.00849585;REVB=-0.0169987;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595974;STB=0.533294;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00360668;OID=.;OPOS=73888423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:5:5:10:7:5:5 chr17 73888427 . A C 184.71 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.116766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9537;QD=26.3873;RBI=0.116799;REFB=-0.045022;REVB=-0.00276769;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102393;STB=0.540937;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0209481;OID=.;OPOS=73888427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:11:7:5:4:11:7:5:5 chr17 73897046 . A G 416.66 PASS AF=0.438776;AO=41;DP=96;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.049251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.229;QD=17.0066;RBI=0.0495812;REFB=-0.00545548;REVB=-0.00571308;RO=49;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241875;STB=0.605216;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.013922;OID=.;OPOS=73897046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:49:55:41:43:0.438776:19:22:14:35:20:23:19:36 chr17 73900688 . T C 559.3 PASS AF=0.5;AO=47;DP=107;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0311703;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.784;QD=18.9592;RBI=0.0489126;REFB=-0.0524724;REVB=0.0376942;RO=60;SAF=21;SAR=26;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152414;STB=0.534093;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0556363;OID=.;OPOS=73900688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:118:60:59:47:59:0.5:26:21:36:24:28:31:35:24 chr17 73916423 . A T 279.38 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00511879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.19;QD=18.9411;RBI=0.050531;REFB=-0.0378806;REVB=-0.050271;RO=28;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890661;STB=0.541497;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0266162;OID=.;OPOS=73916423;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:13:17:13:15:13:17:14:15 chr17 73919521 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0186881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.606;QD=22.8301;RBI=0.0208319;REFB=-0.0164076;REVB=0.00920456;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726419;STB=0.540928;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0260714;OID=.;OPOS=73919521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:5:5:9:6:5:5 chr17 73919538 . G A 116.88 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00428375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.506;QD=14.6104;RBI=0.0728957;REFB=-0.0154744;REVB=0.0727697;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0386111;OID=.;OPOS=73919538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:9:9:8:6:9:9 chr17 73922941 . T C 308.43 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.021562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.686;QD=29.3741;RBI=0.0280956;REFB=0.00092248;REVB=0.0180123;RO=15;SAF=4;SAR=22;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267381;STB=0.51063;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.000478088;OID=.;OPOS=73922941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:26:27:0.642857:22:4:2:13:23:4:2:13 chr17 73949540 . G C 356.25 PASS AF=0.625;AO=19;DP=49;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0211236;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.787;QD=29.6875;RBI=0.02271;REFB=-0.0517425;REVB=-0.00833884;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304836;STB=0.538546;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0326844;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:18:18:19:30:0.625:13:6:12:6:13:17:12:6 chr17 73997474 . G A 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00539046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.631;QD=13.4569;RBI=0.00781518;REFB=-0.0137327;REVB=-0.00565862;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166702;STB=0.611322;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0178205;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:6:5:4:10:6:5:4:11 chr17 74014628 . G A 272.27 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00542455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9937;QD=17.2872;RBI=0.00807907;REFB=-0.0184106;REVB=0.00598712;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156104;STB=0.587245;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0188857;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:11:22:15:15:11:22 chr17 74014668 . T C 220.75 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0260402;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.974;QD=23.237;RBI=0.0357625;REFB=-0.00304813;REVB=0.0245125;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210514;STB=0.618066;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00283052;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:7:14:7:10:7:14:7:10 chr17 74017554 . G T 132.95 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00397098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.007;QD=6.3311;RBI=0.0206968;REFB=-0.0015462;REVB=0.0203123;RO=64;SAF=5;SAR=15;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390537;STB=0.74072;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00317943;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:64:64:20:20:0.238095:15:5:36:28:15:5:36:28 chr17 74017573 . C G 132.47 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0472559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.434;QD=6.23373;RBI=0.0474666;REFB=-0.00766683;REVB=-0.00446796;RO=64;SAF=5;SAR=15;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374791;STB=0.727039;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0257463;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:65:20:20:0.235294:15:5:35:29:15:5:35:30 chr17 74017594 . A G 116.93 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0819597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4475;QD=5.84629;RBI=0.0864383;REFB=-0.00780524;REVB=0.0274622;RO=60;SAF=3;SAR=15;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467255;STB=0.795102;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0165307;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:62:18:18:0.225:15:3:31:29:15:3:32:30 chr17 74036573 . A T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00187626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.103;QD=14.6502;RBI=0.00417646;REFB=0.00171551;REVB=0.00373128;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172952;STB=0.576857;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00169046;OID=.;OPOS=74036573;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:31:23:23:0.425926:11:12:10:19:11:12:12:19 chr17 74056413 . C T 306.15 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4516;QD=53.244;RBI=0.0807765;REFB=0;REVB=-0.0107187;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184474;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr17 74066447 . T A 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.388;QD=62.6646;RBI=0.0493739;REFB=0;REVB=0.0378419;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302121;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr17 74077797 . C T 424.19 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=78;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0217726;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.386;QD=21.478;RBI=0.0260244;REFB=-0.0139215;REVB=0.0142556;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712693;STB=0.540127;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00313621;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:37:41:42:0.531646:24:17:17:17:24:18:19:18 chr17 74080443 . C T 308.87 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0491628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6784;QD=16.0454;RBI=0.0510604;REFB=-0.026727;REVB=0.0137909;RO=42;SAF=11;SAR=23;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109462;STB=0.515953;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0488703;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:23:11:14:28:23:11:15:28 chr17 74152366 . A G 86.79 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0355149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6311;QD=12.8574;RBI=0.0388552;REFB=0.0145866;REVB=-0.0157614;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0194996;OID=.;OPOS=74152366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:5:11:7:4:5:11 chr17 74286082 . C T 410.75 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.752;QD=56.6548;RBI=0.0527605;REFB=0;REVB=0.0117388;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003422;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:18:8:0:0:19:10:0:0 chr17 74286106 . C T 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5562;QD=57.1897;RBI=0.0335198;REFB=0;REVB=0.0037417;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527613;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr17 74287204 . C G 575.59 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5787;QD=60.588;RBI=0.0967763;REFB=0;REVB=0.0469763;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244643;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr17 74287389 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.629;QD=51.1844;RBI=0.0337962;REFB=0;REVB=0.0324418;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144779;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr17 74287594 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0014;QD=52.613;RBI=0.0429423;REFB=0;REVB=-0.0283784;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57664e-05;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 74289500 . G A 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9609;QD=48.7301;RBI=0.0580654;REFB=0;REVB=0.0374671;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133107;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr17 74289705 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.951;QD=35.5759;RBI=0.0431997;REFB=0;REVB=0.038801;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825402;OID=.;OPOS=74289705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 74289839 . G A 487.1 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559339;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.131;QD=59.0423;RBI=0.0174641;REFB=0;REVB=0.0165442;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00138e-05;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr17 74289875 . C T 723.67 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.105408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1091;QD=60.3057;RBI=0.115522;REFB=-0.113154;REVB=0.0472686;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00507713;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:48:1:1:45:47:0.979167:21:24:0:1:22:25:0:1 chr17 74289908 . A G 1147.3 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.764;QD=60.3842;RBI=0.00803705;REFB=0;REVB=0.00143839;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546066;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:29:45:0:0:30:46:0:0 chr17 74290097 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.819;QD=53.2772;RBI=0.044549;REFB=0;REVB=0.0269058;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362204;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr17 74307737 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.157;QD=47.8195;RBI=0.041835;REFB=0;REVB=0.0413203;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322537;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr17 74383475 . T C 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.195;QD=57.1836;RBI=0.0405537;REFB=0;REVB=0.0147822;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385749;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr17 74467017 . G C 139.43 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0122483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.912;QD=12.3941;RBI=0.0122543;REFB=-0.0137789;REVB=0.000384899;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387096;STB=0.533292;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0220586;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:16:16:0.355556:8:8:15:13:8:8:16:13 chr17 74475024 . G A 149.38 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395307;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.118;QD=45.9624;RBI=0.0554948;REFB=0;REVB=0.0389486;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439025;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:3:10:0:0 chr17 74475975 . C A 180.6 PASS AF=0.475;AO=17;DP=38;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0161491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.574;QD=18.0597;RBI=0.0350987;REFB=-0.0299038;REVB=0.0311628;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209548;STB=0.626724;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0611542;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:20:21:17:19:0.475:12:5:10:10:14:5:10:11 chr17 74524651 . TT GG 205.27 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427258;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=76.8677;QD=48.2995;RBI=0.0719557;REFB=0;REVB=-0.0578975;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.8996e-06;OID=.;OPOS=74524651;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:1:15:0:0:1:16:0:0 chr17 74541129 . A G 318.81 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6646;QD=53.1345;RBI=0.009872;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=23;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110557;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:0:23:0:0:0:24:0:0 chr17 74652491 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.723;QD=57.6803;RBI=0.0193143;REFB=0;REVB=0.0140445;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12249e-06;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr17 74652499 . A AT 299.15 PASS AF=1;AO=4;DP=31;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811112;FXX=0.133289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.1128;QD=46.0226;RBI=0.0955491;REFB=0;REVB=-0.0505034;RO=27;SAF=3;SAR=1;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23318;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.001546;OID=.;OPOS=74652500;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:31:26:26:0:16:10:0:0:5:27:3:1:15:12 chr17 74652501 . AT AA,TA 392.84 PASS AF=0.1,0.866667;AO=4,22;DP=27;FAO=3,26;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=3,13;FSAR=0,13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0694621,0.0674826;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=221.442,239.456;QD=52.3789;RBI=0.180025,0.126919;REFB=-0.127671,-0.128031;REVB=0.166084,0.107492;RO=0;SAF=3,13;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-5.2029e-08;STB=0.5,0.518504;STBP=1,0.516;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0557612,0.0138954;OID=.,.;OPOS=74652502,74652501;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:30:0:1:4,22:3,26:0.1,0.866667:1,9:3,13:0:0:0,13:3,13:1:0 chr17 74732507 . A G 501.63 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000911341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0134;QD=59.0153;RBI=0.0142407;REFB=0;REVB=-0.0142115;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145074;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:17:16:1:0:17:17:0:0 chr17 74733099 . G A 3148.6 PASS AF=1;AO=203;DP=207;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349262;FXX=0.0144224;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.159;QD=61.4361;RBI=0.0465831;REFB=-0.0329632;REVB=0.0308245;RO=0;SAF=91;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07437e-06;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:205:0:0:203:205:1:112:91:0:0:112:93:0:0 chr17 74846672 . C G 120.11 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00702653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5252;QD=14.1303;RBI=0.0426985;REFB=-0.0249912;REVB=0.0421164;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365961;STB=0.709415;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.036122;OID=.;OPOS=74846672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:16:4:8:6:16:4 chr17 74857676 . A G 361.86 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00615669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.861;QD=25.8474;RBI=0.00790923;REFB=-0.0276654;REVB=-0.00496498;RO=21;SAF=8;SAR=27;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172895;STB=0.595272;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0139306;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:27:8:9:12:27:8:9:12 chr17 74878259 . G A 591.34 PASS AF=0.516949;AO=59;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0167146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.206;QD=20.0453;RBI=0.0309879;REFB=-0.01711;REVB=0.0260935;RO=55;SAF=27;SAR=32;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292779;STB=0.523655;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0173361;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:55:57:59:61:0.516949:32:27:27:28:34:27:28:29 chr17 74922706 . C T 464.48 PASS AF=0.458716;AO=47;DP=110;FAO=50;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.142853;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3;QD=17.0451;RBI=0.154257;REFB=0.0709359;REVB=0.0582103;RO=38;SAF=27;SAR=20;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228726;STB=0.558912;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0744383;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:38:57:47:50:0.458716:20:27:11:27:20:30:28:29 chr17 74928758 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.015215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.102;QD=20.4559;RBI=0.0167782;REFB=-0.0257803;REVB=-0.00707194;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161694;STB=0.591136;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0247961;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:5:10:8:9:5:10 chr17 74936576 . G A 207.01 PASS AF=0.425926;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00605549;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3894;QD=15.3339;RBI=0.0291534;REFB=-0.0175745;REVB=0.0285176;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527508;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0381706;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:29:21:23:0.425926:14:7:9:18:14:9:10:19 chr17 74942478 . C T 422.93 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00976308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.208;QD=18.3881;RBI=0.00986551;REFB=-0.00553269;REVB=-0.00141795;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134761;STB=0.574915;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00696462;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:23:20:16:33:23:20:16:33 chr17 74944934 . G A 373.19 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.019988;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6529;QD=17.3578;RBI=0.0411037;REFB=-0.0140983;REVB=0.0359165;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866531;STB=0.568828;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0158423;OID=.;OPOS=74944934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:43:47:39:39:0.453488:19:20:26:17:19:20:30:17 chr17 74945978 . C T 89.6 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.00704922;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.712;QD=9.68631;RBI=0.00884497;REFB=-0.0026356;REVB=0.00534247;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182002;STB=0.644243;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00625722;OID=.;OPOS=74945978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:36:37:25:25:11:12:0.324324:8:3:4:21:8:4:4:21 chr17 75085434 . G A 187.89 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00847062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.526;QD=8.94691;RBI=0.0214874;REFB=-0.0181821;REVB=-0.0197473;RO=57;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136828;STB=0.579085;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0433647;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:57:59:25:25:0.297619:12:13:23:34:12:13:24:35 chr17 75148741 . G A 150.55 PASS AF=0.354167;AO=15;DP=46;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0214545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6238;QD=12.5462;RBI=0.0511787;REFB=0.00310181;REVB=0.0464647;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343714;STB=0.749074;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00531876;OID=.;OPOS=75148741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:24:31:15:17:0.354167:11:4:14:10:13:4:19:12 chr17 75158261 . C G 201.81 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00952692;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7365;QD=16.1445;RBI=0.0242994;REFB=-0.023433;REVB=-0.0223539;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616093;STB=0.535024;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0157331;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:12:10:11:17:12:10:11:17 chr17 75190846 . A C 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.506;QD=59.8336;RBI=0.00887493;REFB=0;REVB=0.00338407;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7427e-05;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 75190962 . C T 102.38 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0370162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.307;QD=17.8058;RBI=0.0379441;REFB=-0.0256175;REVB=-0.00834011;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581219;STB=0.533279;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0325591;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:3:8:8:4:3:8 chr17 75303298 . T C 785.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.693;QD=57.1255;RBI=0.0334322;REFB=0;REVB=0.0220514;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63189e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:34:21:0:0 chr17 75478481 . C T 235.0 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00695349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.037;QD=18.7999;RBI=0.0098422;REFB=0.000188258;REVB=0.00696549;RO=27;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14578;STB=0.583255;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0002362;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:18:5:9:18:18:5:9:18 chr17 75494705 . A G 1354.85 PASS AF=0.988764;AO=84;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5243;QD=60.8923;RBI=0.0493717;REFB=-0.0768158;REVB=0.0440591;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00053503;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:84:88:0.988764:56:28:0:0:57:31:1:0 chr17 75495065 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.422;QD=45.8068;RBI=0.0633514;REFB=0;REVB=0.0623413;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351375;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 75495397 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.182;QD=53.9064;RBI=0.0164561;REFB=0;REVB=0.00975917;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160539;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr17 75496342 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.529;QD=40.7625;RBI=0.0302733;REFB=0;REVB=0.0302733;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565556;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr17 75496361 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9111;QD=40.7595;RBI=0.0277231;REFB=0;REVB=-0.0277231;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178822;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr17 75548687 . G A 261.9 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0533894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2495;QD=25.551;RBI=0.0866599;REFB=0.00679544;REVB=-0.0682607;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799492;STB=0.544293;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0091856;OID=.;OPOS=75548687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:6:11:13:11:6:11 chr17 75558676 . A T 57.41 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.686;QD=32.8055;RBI=0.119154;REFB=0;REVB=0.116079;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00872761;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr17 75559019 . C T 505.42 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010978;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.375;QD=59.4616;RBI=0.03563;REFB=0;REVB=-0.0338966;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54994e-05;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr17 75878090 . A G 316.46 PASS AF=0.478873;AO=35;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0105213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0563;QD=17.8285;RBI=0.0524474;REFB=-0.00910841;REVB=-0.0513812;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165478;STB=0.605574;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00479137;OID=.;OPOS=75878090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:35:34:0.478873:18:17:11:25:17:17:11:26 chr17 76060866 . C G 323.02 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0277727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1298;QD=10.7672;RBI=0.0284724;REFB=-0.000685167;REVB=0.00627339;RO=79;SAF=25;SAR=16;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148495;STB=0.585654;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00104759;OID=.;OPOS=76060866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:79:79:41:41:0.341667:16:25:38:41:16:25:38:41 chr17 76060954 . A C 330.05 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00779891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.112;QD=18.3358;RBI=0.0124092;REFB=-0.00617843;REVB=-0.00965218;RO=37;SAF=24;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24242;STB=0.635682;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00596184;OID=.;OPOS=76060954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:11:24:16:21:11:24:16:21 chr17 76093866 . T C 663.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9937;QD=61.6954;RBI=0.0552734;REFB=0;REVB=-0.0333402;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170472;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:29:12:0:0:29:14:0:0 chr17 76104573 . CTG C 270.62 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00361957;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.892;QD=22.5513;RBI=0.00399246;REFB=-0.00719301;REVB=-0.00168478;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216954;STB=0.602752;STBP=0.168;TYPE=del;VARB=0.00455512;OID=.;OPOS=76104574;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:24:50:25:48:23:8:17:12:11:99:23:7:17:12:11 chr17 76105731 . C T 371.61 PASS AF=0.409524;AO=42;DP=106;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0144048;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.545;QD=14.1566;RBI=0.014407;REFB=-0.0115456;REVB=0.000252496;RO=61;SAF=26;SAR=16;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266975;STB=0.644843;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0186415;OID=.;OPOS=76105731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:62:42:43:0.409524:16:26:22:39:17:26:22:40 chr17 76105754 . G A 473.35 PASS AF=0.430894;AO=51;DP=125;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0125555;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.623;QD=15.3936;RBI=0.0155955;REFB=-0.0142396;REVB=0.00925093;RO=70;SAF=30;SAR=21;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164171;STB=0.588815;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0221926;OID=.;OPOS=76105754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:70:70:51:53:0.430894:21:30:30:40:22:31:30:40 chr17 76106308 . C T 228.18 PASS AF=0.46;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0316975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4059;QD=18.2543;RBI=0.0323788;REFB=-0.0203989;REVB=-0.00660689;RO=26;SAF=17;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504955;STB=0.753868;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0376625;OID=.;OPOS=76106308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:26:27:21:23:0.46:4:17:8:18:5:18:9:18 chr17 76113954 . G A 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0127343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.376;QD=26.3986;RBI=0.016458;REFB=-0.0195422;REVB=-0.0104261;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106365;OID=.;OPOS=76113954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:5:5:9:9:5:5 chr17 76117171 . GGC G,GCC 32.12 PASS AF=0.28,0;AO=7,6;DP=35;FAO=7,0;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3,0;FSAR=4,0;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.24327,-0.0699648;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.5855,21.5364;QD=5.13904;RBI=0.254418,0.138788;REFB=-0.0724291,0.0152667;REVB=-0.074487,-0.119863;RO=20;SAF=4,6;SAR=3,0;SRF=2;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.366667,0;SSSB=0.546891,0.833025;STB=0.749499,0.5;STBP=0.245,1;TYPE=del,snp;VARB=0.191582,0;OID=.,.;OPOS=76117172,76117172;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28,0:7,6:35:7,0:25:18:3,0:4,0:2:16:32:20:4,6:3,0:2:18 chr17 76130575 . A T 730.92 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949329;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.421;QD=63.5583;RBI=0.0367453;REFB=0;REVB=0.0354978;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102411;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr17 76131070 . G A 763.07 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0432632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5012;QD=52.6254;RBI=0.0694055;REFB=-0.0446868;REVB=0.0542717;RO=2;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932197;STB=0.505346;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0138246;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:54:56:0.965517:34:20:1:1:36:20:1:1 chr17 76134828 . C A,G 541.06 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=34,3;DP=37;FAO=34,3;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074517,0.13969;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=154.393,9.34262;QD=58.4934;RBI=0.0135756,0.143918;REFB=0,0;REVB=0.0113477,0.034631;RO=0;SAF=7,0;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.32246e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00115159,0.13598;OID=.,.;OPOS=76134828,76134828;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:37:0:0:34,3:34,3:0.918919,0.0810811:27,3:7,0:0:0:27,3:7,0:0:0 chr17 76143009 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.917;QD=54.5176;RBI=0.0513005;REFB=0;REVB=0.0493345;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398403;OID=.;OPOS=76143009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr17 76157266 . T C 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0229046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.687;QD=13.7512;RBI=0.0277718;REFB=-0.0106994;REVB=-0.0157051;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820866;STB=0.533289;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0285659;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:23:15:15:0.394737:8:7:11:9:8:7:12:11 chr17 76157271 . G A 119.59 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0185643;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.709;QD=12.9283;RBI=0.0199128;REFB=-0.0104997;REVB=0.00720325;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648377;STB=0.513494;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0251871;OID=.;OPOS=76157271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:23:13:14:0.378378:7:6:12:11:7:7:12:11 chr17 76178748 . T C 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0631202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.438;QD=16.1712;RBI=0.0656064;REFB=-0.00605823;REVB=0.0178895;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123809;STB=0.571338;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00779129;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:6:10:10:10:6:10:10:10 chr17 76219591 . G A 538.43 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5029;QD=59.8253;RBI=0.0256134;REFB=0;REVB=0.0207783;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061644;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr17 76230729 . T C 975.88 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00812697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6427;QD=57.4048;RBI=0.0707415;REFB=-0.0094805;REVB=0.0702731;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165774;STB=0.508769;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0012259;OID=.;OPOS=76230729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:39:28:1:0:39:28:1:0 chr17 76268010 . C T 92.28 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0097282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9616;QD=18.4563;RBI=0.0232205;REFB=-0.0610225;REVB=-0.0210844;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15431;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0424086;OID=.;OPOS=76268010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:4:5:8:3:4:5 chr17 76367106 . G A 148.68 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0510695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6297;QD=11.8942;RBI=0.0552937;REFB=-0.0254961;REVB=0.0211967;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121535;STB=0.571347;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0534352;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:8:9:21:12:8:9:21:12 chr17 76395430 . C T 238.68 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0077283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1455;QD=14.04;RBI=0.0835971;REFB=-0.0206284;REVB=-0.0832391;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189545;STB=0.599929;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0374912;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:39:40:28:28:0.411765:16:12:24:15:16:12:24:16 chr17 76420085 . T C 353.18 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0202828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.958;QD=15.8731;RBI=0.0220108;REFB=0.00175911;REVB=-0.00854876;RO=50;SAF=12;SAR=26;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490304;STB=0.511527;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0024544;OID=.;OPOS=76420085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:51:38:38:0.426966:26:12:16:34:26:12:17:34 chr17 76423097 . G A 990.72 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=2.84904e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.96;QD=57.4332;RBI=0.0166561;REFB=-0.0941501;REVB=-0.0166561;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00120824;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:0:1:66:68:0.985507:32:34:0:0:33:35:0:1 chr17 76433898 . T C 375.47 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.259;QD=55.6252;RBI=0.0299186;REFB=0;REVB=0.0176915;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339118;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 76449505 . G C 696.32 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00447975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.28;QD=56.8426;RBI=0.00660605;REFB=-0.0140788;REVB=-0.00485508;RO=3;SAF=16;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803314;STB=0.542838;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0013365;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:30:16:3:0:30:16:3:0 chr17 76451921 . A G 684.27 PASS AF=0.962264;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0293566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.537;QD=51.6433;RBI=0.031673;REFB=-0.0350343;REVB=-0.0118899;RO=2;SAF=15;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167043;STB=0.508109;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.000997107;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:53:2:2:49:51:0.962264:34:15:1:1:35:16:1:1 chr17 76462770 . G A 1182.47 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270692;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.408;QD=60.6395;RBI=0.0382792;REFB=0;REVB=0.0270658;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128413;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:39:37:0:0:39:39:0:0 chr17 76468839 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00747908;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.557;QD=19.3697;RBI=0.00803462;REFB=-0.0401421;REVB=0.00293573;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257989;STB=0.644995;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.048986;OID=.;OPOS=76468839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:3:12:8:8:3:12 chr17 76468843 . C T 110.0 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0493568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.611;QD=14.6665;RBI=0.0495308;REFB=-0.0330082;REVB=0.00414824;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.555473;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0586282;OID=.;OPOS=76468843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:5:12:8:5:5:12 chr17 76471366 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00494425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.194;QD=15.2293;RBI=0.0211898;REFB=0.00130787;REVB=0.0206049;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160038;STB=0.591744;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00101441;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:19:9:9:10:19:9 chr17 76472768 . G A 236.19 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0101631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.954;QD=13.4964;RBI=0.0188273;REFB=0.000169152;REVB=0.0158486;RO=41;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781588;STB=0.550584;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-2.67112e-05;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:15:13:16:25:15:13:16:26 chr17 76481693 . C G 348.84 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0156346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8815;QD=15.0038;RBI=0.0559901;REFB=0.0173277;REVB=0.053763;RO=52;SAF=23;SAR=15;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108716;STB=0.503251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0236732;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:55:38:38:0.408602:15:23:32:20:15:23:33:22 chr17 76482435 . C T 143.11 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0299145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4785;QD=14.6777;RBI=0.0330987;REFB=0.0191229;REVB=0.014165;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157922;STB=0.562834;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0240951;OID=.;OPOS=76482435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:10:5:11:12:10:6:11:12 chr17 76491127 . TG CC 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305996;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.337;QD=57.0008;RBI=0.00312856;REFB=0;REVB=0.000651582;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.38517e-06;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr17 76496492 . A G 2152.69 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.086;QD=62.3969;RBI=0.0432202;REFB=0;REVB=0.034631;RO=0;SAF=45;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95156e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:127:138:0:0:127:138:1:82:45:0:0:91:47:0:0 chr17 76497920 . C A 600.8 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0499584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0796;QD=54.6182;RBI=0.0513076;REFB=-0.0163846;REVB=0.0116888;RO=3;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239422;STB=0.526303;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00117427;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:28:13:1:2:27:14:0:3 chr17 76498692 . C T 609.36 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.224;QD=60.9356;RBI=0.0363749;REFB=0;REVB=0.0125834;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031265;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:14:22:0:0:16:24:0:0 chr17 76503593 . T C 422.56 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.019473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8818;QD=18.3721;RBI=0.0195442;REFB=0.00378494;REVB=0.00166723;RO=49;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493103;STB=0.527522;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0055672;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:25:18:23:26:25:18:23:26 chr17 76503624 . C T 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00251579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.864;QD=21.4826;RBI=0.00904814;REFB=-0.0187093;REVB=0.00869135;RO=41;SAF=22;SAR=23;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127969;STB=0.570509;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0148123;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:23:22:14:27:23:22:14:27 chr17 76525565 . A G 375.47 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3427;QD=55.6254;RBI=0.0698239;REFB=0;REVB=-0.0588898;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515495;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:15:12:0:0 chr17 76528591 . C T 327.05 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556276;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.85;QD=54.509;RBI=0.0212317;REFB=0;REVB=0.02049;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49909e-05;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr17 76528790 . A G 728.65 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.188;QD=57.1486;RBI=0.019185;REFB=0;REVB=0.00934773;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0235e-05;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:24:27:0:0 chr17 76535948 . T C 556.4 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3304;QD=60.1511;RBI=0.0450028;REFB=0;REVB=0.0444523;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338788;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr17 76557862 . T C 1147.31 PASS AF=0.927711;AO=75;DP=81;FAO=77;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0190991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0482;QD=55.2921;RBI=0.019293;REFB=-0.216016;REVB=-0.0027284;RO=3;SAF=42;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787666;STB=0.504586;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00255735;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:83:3:3:75:77:0.927711:33:42:2:1:35:42:2:1 chr17 76557943 . G A 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00348398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.493;QD=18.2368;RBI=0.00503883;REFB=-0.0200449;REVB=0.00364029;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054734;STB=0.547596;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0170077;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:48:42:42:0.466667:23:19:23:22:23:19:26:22 chr17 76567707 . T C 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.175895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4829;QD=57.6712;RBI=0.175911;REFB=0;REVB=0.00236078;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190808;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr17 76571044 . G A 203.27 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00977815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.999;QD=21.975;RBI=0.0358652;REFB=-0.0382493;REVB=0.0345065;RO=16;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269954;STB=0.677084;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0343474;OID=.;OPOS=76571044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:17:3:6:10:17:3:7:10 chr17 76799795 . G A 378.16 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.010218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.364;QD=18.9082;RBI=0.0425577;REFB=-0.0385305;REVB=0.0413129;RO=39;SAF=22;SAR=17;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227673;STB=0.612602;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0261216;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:41:39:39:0.4875:17:22:12:27:17:22:14:27 chr17 76799859 . CT CC,CG 1089.34 PASS AF=0.905405,0.0945946;AO=53,8;DP=77;FAO=67,7;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22,4;FSAR=45,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799374,0.00796208;FXX=0.038956;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.635,99.216;QD=58.8833;RBI=0.0273621,0.0371825;REFB=0,0;REVB=0.0261684,0.03632;RO=1;SAF=17,4;SAR=36,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.01291,0.0978599;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00464918,-0.0178674;OID=.,.;OPOS=76799860,76799860;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.905405,0.0945946:53,8:77:67,7:74:0:22,4:45,3:0:0:23:1:17,4:36,4:0:1 chr17 76799861 . G C 76.13 PASS AF=0.194805;AO=13;DP=74;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.015494;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=60.4055;QD=3.95501;RBI=0.029407;REFB=-0.00927997;REVB=-0.0249942;RO=61;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543605;STB=0.552418;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0968213;OID=.;OPOS=76799861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:74:77:61:62:13:15:0.194805:8:5:21:40:9:6:21:41 chr17 76799898 . A G 946.7 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.899;QD=58.2583;RBI=0.0426791;REFB=0;REVB=-0.0182915;RO=0;SAF=16;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8873e-05;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:48:16:0:0:48:17:0:0 chr17 76803659 . T C 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0444715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.535;QD=12.7348;RBI=0.0445365;REFB=-0.0417514;REVB=-0.00240497;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436331;STB=0.72318;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0201224;OID=.;OPOS=76803659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:3:5:1:8:3:5:2:8 chr17 76809011 . C G 148.58 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0386414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9374;QD=10.806;RBI=0.0411966;REFB=-0.00822507;REVB=-0.0142829;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167152;STB=0.535336;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00806625;OID=.;OPOS=76809011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:36:18:19:0.345455:9:9:17:16:10:9:19:17 chr17 76817090 . C T 36.57 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0140564;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.546;QD=5.6259;RBI=0.0325712;REFB=-0.0186794;REVB=-0.029382;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.538334;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0449935;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:27:26:19:20:6:6:0.230769:3:3:10:9:3:3:11:9 chr17 76867017 . C T 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00920562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.101;QD=27.8591;RBI=0.0330896;REFB=-0.0251454;REVB=0.0317833;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231207;STB=0.627764;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0135654;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:1:7:8:9:1:7 chr17 76970879 . A G 233.61 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.031854;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9174;QD=10.4991;RBI=0.032198;REFB=-0.0151697;REVB=-0.004694;RO=57;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108757;STB=0.568293;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0223123;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:57:60:29:29:0.325843:16:13:31:26:16:13:33:27 chr17 76988785 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.296;QD=59.4347;RBI=0.0237013;REFB=0;REVB=0.0218867;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20699e-05;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr17 76989782 . G A 95.96 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0560257;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.017;QD=10.1008;RBI=0.0560257;REFB=-0.00484712;REVB=8.67101e-06;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214241;STB=0.642615;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0169135;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:38:25:26:12:12:0.315789:4:8:12:13:4:8:12:14 chr17 76993546 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3983;QD=59.018;RBI=0.0336987;REFB=0;REVB=-0.00228021;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287198;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr17 77039835 . G A 841.3 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176795;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7261;QD=56.0866;RBI=0.100542;REFB=-0.135494;REVB=0.0989751;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00333541;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:0:1:59:59:0.983333:29:30:0:0:29:30:0:1 chr17 77039852 . G A 1377.46 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.047;QD=62.6118;RBI=0.0668042;REFB=0;REVB=0.056681;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154238;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:45:41:0:0:46:42:0:0 chr17 77040128 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.94;QD=39.2066;RBI=0.0713469;REFB=0;REVB=0.0286233;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161059;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr17 77040185 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.117;QD=33.4285;RBI=0.0426067;REFB=0;REVB=0.0354308;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900309;OID=.;OPOS=77040185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 77042718 . C T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.182;QD=61.3316;RBI=0.00666616;REFB=0;REVB=-0.00583243;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13818e-05;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr17 77073566 . G A 460.84 PASS AF=0.4;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00114434;FXX=0.0225547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.035;QD=14.1795;RBI=0.00127074;REFB=-0.00223446;REVB=-0.000552522;RO=78;SAF=24;SAR=28;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545508;STB=0.530794;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00310877;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:78:78:52:52:0.4:28:24:40:38:28:24:40:38 chr17 77075670 . C T 278.03 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0100064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.981;QD=13.73;RBI=0.0157242;REFB=-0.00336427;REVB=0.0121294;RO=49;SAF=19;SAR=13;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204392;STB=0.511639;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00316105;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:13:19:30:19:13:19:30:19 chr17 77075673 . A G 284.13 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00533575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.491;QD=15.1537;RBI=0.0117071;REFB=-0.00973817;REVB=-0.0104205;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103615;STB=0.52044;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0248725;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:38:43:31:32:0.426667:12:19:27:11:13:19:27:16 chr17 77076440 . G T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0503288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.107;QD=13.8495;RBI=0.050443;REFB=-0.00106693;REVB=-0.00339159;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168298;STB=0.509792;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00267098;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:9:16:10:6:9:16 chr17 77078109 . A G 577.34 PASS AF=0.439716;AO=56;DP=135;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0132624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.461;QD=16.3783;RBI=0.0212001;REFB=-0.0288977;REVB=0.0165394;RO=73;SAF=28;SAR=28;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020779;STB=0.505493;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0368952;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:73:79:56:62:0.439716:28:28:38:35:32:30:39:40 chr17 77087005 . C CA 592.18 PASS AF=0.558559;AO=49;DP=114;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00640414;FXX=0.00892777;HRUN=0;LEN=1;MLLD=189.797;QD=21.3397;RBI=0.00737571;REFB=-0.0155229;REVB=-0.00365896;RO=53;SAF=16;SAR=33;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528459;STB=0.522244;STBP=0.601;TYPE=ins;VARB=0.0145882;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558559:49:114:62:111:49:20:42:18:31:99:53:16:33:20:33 chr17 77093768 . T C 269.69 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=37;FWDB=-0.0245274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.334;QD=14.9828;RBI=0.103424;REFB=-0.010728;REVB=-0.100474;RO=38;SAF=6;SAR=24;SRF=4;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165022;STB=0.617881;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0112269;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:38:41:30:31:0.430556:24:6:4:34:24:7:4:37 chr17 77704912 . T C 236.16 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0179001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.749;QD=19.278;RBI=0.0218833;REFB=-0.012024;REVB=0.0125883;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112659;STB=0.563853;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00888137;OID=.;OPOS=77704912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:14:12:8:15:14:12 chr17 77705045 . T C 320.1 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0567347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.112;QD=16.0051;RBI=0.0577626;REFB=-0.00497805;REVB=-0.0108482;RO=42;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173041;STB=0.586159;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00819853;OID=.;OPOS=77705045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:45:35:35:0.4375:18:17:13:29:18:17:15:30 chr17 77758484 . G A 185.52 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00260572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.594;QD=13.742;RBI=0.0178487;REFB=-0.0165804;REVB=-0.0176574;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31678;STB=0.681653;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0294715;OID=.;OPOS=77758484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:7:15:12:20:7:15:12:20 chr17 78013724 . G C 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0073154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.158;QD=57.3905;RBI=0.0223994;REFB=-0.0904058;REVB=0.0211712;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00055371;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:24:13:1:0:24:13:1:0 chr17 78055758 . T G 92.24 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0223412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.457;QD=18.4474;RBI=0.0465899;REFB=-0.00338734;REVB=-0.0408839;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00159806;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr17 78063957 . A G 176.51 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0815798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.072;QD=14.1206;RBI=0.083466;REFB=-0.013475;REVB=-0.017644;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271912;STB=0.526288;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0251688;OID=.;OPOS=78063957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:31:19:19:0.38:9:10:14:14:9:10:15:16 chr17 78063964 . A G 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0387588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1494;QD=8.3708;RBI=0.064853;REFB=-0.00961548;REVB=-0.0519968;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530436;STB=0.532651;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0196312;OID=.;OPOS=78063964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:14:14:6:5:14:14 chr17 78063966 . A G 81.5 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0268047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.282;QD=8.35854;RBI=0.0698663;REFB=-0.036372;REVB=-0.0645199;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114211;STB=0.507029;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0859141;OID=.;OPOS=78063966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:13:15:6:5:13:15 chr17 78063996 . A G 34.94 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00710601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5727;QD=4.99112;RBI=0.0398312;REFB=-0.023919;REVB=-0.0391922;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248483;STB=0.666112;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0733772;OID=.;OPOS=78063996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:10:12:2:4:10:12 chr17 78071052 . T C 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.03559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.707;QD=16.4803;RBI=0.0408922;REFB=-0.0163661;REVB=-0.0201376;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266345;STB=0.652324;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0260508;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:9:16:7:12:9:16 chr17 78078709 . T C 466.83 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00493898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.725;QD=19.8651;RBI=0.0195531;REFB=-0.0267584;REVB=-0.018919;RO=47;SAF=12;SAR=34;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215247;STB=0.626917;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.028774;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:48:46:46:0.489362:34:12:22:25:34:12:23:25 chr17 78079597 . A G 251.67 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0174124;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2796;QD=16.778;RBI=0.0190726;REFB=0.00487114;REVB=-0.00778302;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118644;STB=0.56662;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0100743;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:20:12:14:14:20:12 chr17 78079669 . G A 165.03 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0175452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.285;QD=14.0449;RBI=0.0509674;REFB=-0.015445;REVB=0.0478523;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163357;STB=0.595575;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0284111;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:12:17:13:5:12:17 chr17 78082504 . G A 384.07 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0128179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.965;QD=17.6586;RBI=0.016259;REFB=-0.0193534;REVB=0.0100028;RO=46;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543786;STB=0.517233;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.017007;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:39:40:0.45977:20:19:25:21:20:20:25:22 chr17 78084769 . G A 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0147222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.425;QD=20.4043;RBI=0.0407405;REFB=-0.0355711;REVB=-0.0379874;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227958;STB=0.51265;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0300108;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:14:18:15:13:14:18:15:13 chr17 78091405 . G A 412.54 PASS AF=0.518987;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00264582;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.283;QD=20.888;RBI=0.00357298;REFB=-0.0209553;REVB=0.00240122;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071055;STB=0.54487;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0175827;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:40:41:0.518987:19:21:23:15:20:21:23:15 chr17 78092063 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0138026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.45;QD=21.971;RBI=0.0162162;REFB=-0.0238238;REVB=-0.00851205;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544063;STB=0.530581;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0226929;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:10:7:7:13:10:7 chr17 78113832 . G A 103.46 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0242757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.398;QD=18.8103;RBI=0.0321777;REFB=-0.0241846;REVB=-0.021121;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.03282;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr17 78157995 . G A 189.4 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0296597;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.072;QD=20.4759;RBI=0.030781;REFB=-0.0335546;REVB=0.0082322;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417034;STB=0.680651;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.03037;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:18:18:19:0.513514:14:4:13:7:14:5:11:7 chr17 78166328 . G A 997.83 PASS AF=0.497738;AO=95;DP=206;FAO=110;FDP=221;FR=.;FRO=111;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.00682894;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.762;QD=18.0603;RBI=0.00733573;REFB=-0.0219992;REVB=0.00267926;RO=106;SAF=42;SAR=53;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465989;STB=0.502304;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0243363;OID=.;OPOS=78166328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:221:106:111:95:110:0.497738:53:42:52:54:54:56:56:55 chr17 78178893 . C T 144.6 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.00632314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2112;QD=15.6319;RBI=0.015318;REFB=-0.00315162;REVB=0.0139521;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765971;STB=0.543808;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00143219;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:3:18:13:3:3:18 chr17 78184393 . C T 845.94 PASS AF=0.491429;AO=86;DP=175;FAO=86;FDP=175;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.0663943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3035;QD=19.3357;RBI=0.0669149;REFB=0.00264076;REVB=-0.00833073;RO=89;SAF=36;SAR=50;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142658;STB=0.578593;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0024808;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:89:89:86:86:0.491429:50:36:51:38:50:36:51:38 chr17 78187954 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00488302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.611;QD=6.57359;RBI=0.00513976;REFB=-0.00331183;REVB=-0.00160413;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192221;STB=0.624574;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0064694;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:8:8:4:2:8:8 chr17 78219065 . C A 414.94 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214677;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.436;QD=57.2332;RBI=0.0443313;REFB=0;REVB=0.0387866;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540555;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 78261805 . A G 114.93 PASS AF=0.461538;AO=9;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.143175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1221;QD=17.6821;RBI=0.143192;REFB=0.00316304;REVB=0.00220596;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197653;STB=0.634129;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0937125;OID=.;OPOS=78261805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:24:26:12:12:9:12:0.461538:6:3:2:10:7:5:2:10 chr17 78293189 . A T 341.81 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0345423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.935;QD=18.4762;RBI=0.0346149;REFB=-0.00696113;REVB=-0.00224027;RO=38;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152396;STB=0.585059;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00641078;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:22:14:21:17:22:14:21:17 chr17 78298938 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5717;QD=59.5008;RBI=0.0806619;REFB=0;REVB=-0.0519421;RO=0;SAF=6;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0119e-05;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:63:6:0:0:63:6:0:0 chr17 78302157 . C A 511.09 PASS AF=0.532609;AO=41;DP=85;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0255081;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.918;QD=22.2214;RBI=0.0265685;REFB=-0.0151746;REVB=0.00743102;RO=43;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176277;STB=0.536571;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0125449;OID=.;OPOS=78302157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:92:43:43:41:49:0.532609:25:16:16:27:27:22:16:27 chr17 78306102 . G C 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0259102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3361;QD=12.5643;RBI=0.0264628;REFB=-0.0108294;REVB=0.00537934;RO=46;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660245;STB=0.537822;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0160114;OID=.;OPOS=78306102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:16:12:17:29:16:12:17:29 chr17 78306280 . A G 41.96 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=14;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0613916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.8857;QD=11.1881;RBI=0.0850342;REFB=-0.102217;REVB=0.0588378;RO=5;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386089;STB=0.639379;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.122218;OID=.;OPOS=78306280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:14:15:5:8:4:5:0.333333:3:1:0:5:4:1:3:5 chr17 78311508 . G A 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0452625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.7;QD=10.1569;RBI=0.0523389;REFB=-0.00771631;REVB=0.0262806;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816695;STB=0.560423;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00874796;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:8:6:15:15:8:6:16:15 chr17 78319136 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00513253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.534;QD=17.1563;RBI=0.0220869;REFB=-0.0128788;REVB=0.0214823;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558923;STB=0.531878;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0160975;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:14:6:6:11:14:6 chr17 78319380 . G C 470.62 PASS AF=0.46789;AO=50;DP=108;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0275797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2384;QD=17.2704;RBI=0.0282884;REFB=0.0166514;REVB=-0.00629217;RO=58;SAF=30;SAR=20;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147228;STB=0.574808;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0193945;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:58:58:50:51:0.46789:20:30:26:32:21:30:26:32 chr17 78327358 . G A 883.69 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.177;QD=57.9472;RBI=0.0609805;REFB=0;REVB=0.0474533;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123767;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:14:45:0:0:14:47:0:0 chr17 78354661 . C T 478.15 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023731;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.643;QD=54.6462;RBI=0.0478866;REFB=0.0703291;REVB=0.0415929;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=3.91117e-07;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:14:19:0:1:15:19:0:1 chr17 78401588 . G T 347.58 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1031;QD=51.4926;RBI=0.0262266;REFB=-0.0790067;REVB=0.00444764;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0147094;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr17 78865546 . T C 285.18 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00587265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.172;QD=15.4153;RBI=0.00587395;REFB=-0.0155949;REVB=0.000123589;RO=41;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151658;STB=0.565488;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0177613;OID=.;OPOS=78865546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:31:32:0.432432:10:21:22:19:11:21:23:19 chr17 78865630 . A G 276.85 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0177387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8662;QD=17.8613;RBI=0.0178937;REFB=-0.00261974;REVB=0.00234961;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156743;STB=0.51622;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00184693;OID=.;OPOS=78865630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:14:16:16:15:14:17:16:15 chr17 78896529 . C T 249.79 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0371148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.636;QD=16.6523;RBI=0.037156;REFB=-0.0190173;REVB=-0.00175016;RO=31;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203363;STB=0.624906;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0398044;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:8:20:16:15:8:20:16:16 chr17 78921117 . C T 439.58 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00998824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6885;QD=21.979;RBI=0.0157865;REFB=-0.00560018;REVB=-0.0122249;RO=34;SAF=16;SAR=27;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878871;STB=0.503104;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00403965;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:37:43:43:0.5375:27:16:13:21:27:16:14:23 chr17 78936728 . TG TC,T 1619.2 PASS AF=0.0437956,0.956204;AO=26,17;DP=137;FAO=6,131;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=0,69;FSAR=6,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.263581,0.79066;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=50.2338,15.8372;QD=47.2759;RBI=0.263869,0.903439;REFB=-0.0913499,0.00568776;REVB=0.0123274,0.437104;RO=80;SAF=0,3;SAR=26,14;SRF=62;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0.272444;SSSB=-0.847608,-0.661852;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0642542,0.0216447;OID=.,.;OPOS=78936729,78936729;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0437956,0.956204:26,17:137:6,131:137:0:0,69:6,62:0:0:10:80:0,3:26,14:62:18 chr17 79059230 . C T 3038.99 PASS AF=1;AO=198;DP=204;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142215;FXX=0.0294103;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.013;QD=61.3938;RBI=0.019874;REFB=-0.0787768;REVB=0.0138825;RO=0;SAF=53;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176701;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:198:0:0:198:198:1:145:53:0:0:145:53:0:0 chr17 79059332 . GCC AGG,GC,GCG 381.36 PASS AF=0.133333,0.822222,0.0444444;AO=2,4,3;DP=37;FAO=6,37,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0;FSAR=6,9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613243,0.554684,0.0864606;FXX=0;HRUN=5,4,4;LEN=3,1,1;MLLD=163.045,10.3117,126.892;QD=33.8982;RBI=0.128878,0.748882,0.152594;REFB=-0.0110805,-0.0483264,-0.0157095;REVB=-0.113352,-0.50314,-0.125736;RO=20;SAF=0,4,0;SAR=2,0,3;SRF=19;SRR=1;SSEN=0,0.341463,0;SSEP=0,0.509542,0;SSSB=-0.806139,0.528804,-0.826428;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.104652,-0.0815876,0.147577;OID=.,.,.;OPOS=79059332,79059333,79059334;OREF=GCC,C,C;OALT=AGG,-,G;OMAPALT=AGG,GC,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:37:45:20:0:2,4,3:6,37,2:0.133333,0.822222,0.0444444:2,0,3:0,4,0:19:1:6,9,2:0,28,0:0:0 chr17 79082862 . G A 534.13 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3927;QD=59.3474;RBI=0.0421375;REFB=0;REVB=0.0251852;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575149;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:29:36:1:15:14:0:0:18:18:0:0 chr17 79086217 . G A 115.87 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0102359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.078;QD=12.1966;RBI=0.0102754;REFB=0.00599419;REVB=-0.000899496;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493174;STB=0.795984;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0251782;OID=.;OPOS=79086217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:13:14:0.368421:11:2:13:10:12:2:13:11 chr17 79091102 . TG T,TT 302.61 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,20;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355861,0.0406155;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=295.015,309.03;QD=52.6279;RBI=0.0360571,0.0410809;REFB=0,0;REVB=-0.00580916,-0.00616636;RO=0;SAF=2,7;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00765108,0.00014296;OID=.,.;OPOS=79091103,79091103;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:3,20:23:1,22:23:0:0,9:1,13:0:0:6:0:2,7:1,13:0:0 chr17 79094224 . G T 501.63 PASS AF=0.510417;AO=48;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0196138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8007;QD=20.9011;RBI=0.0196178;REFB=-0.0189802;REVB=0.000393096;RO=47;SAF=17;SAR=31;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346386;STB=0.52572;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0261716;OID=.;OPOS=79094224;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:47:47:48:49:0.510417:31:17:15:32:31:18:15:32 chr17 79095144 . G A 738.95 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.314;QD=54.7374;RBI=0.0603008;REFB=-0.123972;REVB=0.0528123;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00130172;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:19:34:0:1:19:34:0:1 chr17 79095629 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.515;QD=60.2307;RBI=0.0398276;REFB=0;REVB=0.0256326;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205828;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr17 79171967 . A G 428.4 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.145;QD=57.1198;RBI=0.106451;REFB=0;REVB=-0.103583;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501179;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr17 79173184 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8942;QD=51.9162;RBI=0.034694;REFB=0;REVB=0.0334693;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617101;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr17 79173223 . G GC 218.91 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201164;FXX=0.0714031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.3749;QD=33.6777;RBI=0.025852;REFB=0;REVB=0.0162376;RO=25;SAF=1;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000327775;OID=.;OPOS=79173224;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:26:26:0:15:11:0:0:3:25:1:2:15:10 chr17 79173224 . T C,G 351.11 PASS AF=0.857143,0.107143;AO=25,3;DP=28;FAO=24,3;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15,1;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00966074,-0.0347352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.2445,129.789;QD=50.1583;RBI=0.0158356,0.0347365;REFB=-0.00581458,-0.017519;REVB=0.0125474,0.000299119;RO=0;SAF=15,1;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.526294,0.59939;STBP=0.297,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00312578,0.189404;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:28:28:0:1:25,3:24,3:0.857143,0.107143:10,2:15,1:0:0:9,2:15,1:0:1 chr17 79174221 . T C 1482.16 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115554;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.886;QD=59.8851;RBI=0.0141686;REFB=0;REVB=0.00819891;RO=0;SAF=30;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135893;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:99:0:0:99:99:1:69:30:0:0:69:30:0:0 chr17 79182778 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9018;QD=59.4352;RBI=0.044012;REFB=0;REVB=0.0230454;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257353;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr17 79202955 . CT C,CC 529.86 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=11,25;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061021,0.0787974;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.196,223.737;QD=58.8737;RBI=0.0611295,0.0789281;REFB=0,0;REVB=0.00364055,0.00454102;RO=0;SAF=4,4;SAR=7,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0029511,0.00625119;OID=.,.;OPOS=79202956,79202956;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:11,25:36:2,34:36:0:0,8:2,26:0:0:7:0:4,4:7,21:0:0 chr17 79219419 . TC CT 32.02 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.16224;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.4716;QD=1.82959;RBI=0.163699;REFB=-0.03008;REVB=0.0218092;RO=41;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247602;STB=0.714759;STBP=0.183;TYPE=mnp;VARB=0.120928;OID=.;OPOS=79219419;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:70:41:60:10:10:0.142857:8:2:15:26:8:2:25:35 chr17 79219500 . AATG A 1095.64 PASS AF=0.916667;AO=95;DP=111;FAO=99;FDP=108;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=72;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.000191698;FXX=0.0442439;HRUN=2;LEN=3;MLLD=296.164;QD=40.5793;RBI=0.000848565;REFB=-0.00632772;REVB=0.000826628;RO=0;SAF=26;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.561109;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.00064194;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667:95:111:99:108:9:27:72:8:1:11:0:26:69:0:0 chr17 79220224 . G C 590.48 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1546;QD=60.5621;RBI=0.196707;REFB=0;REVB=0.19668;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460378;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:16:19:0:0:20:19:0:0 chr17 79263549 . C A 797.07 PASS AF=0.666667;AO=63;DP=97;FAO=66;FDP=99;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0222571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.34;QD=32.2049;RBI=0.0595015;REFB=-0.0212727;REVB=0.055182;RO=33;SAF=30;SAR=33;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137934;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108938;OID=.;OPOS=79263549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:33:33:63:66:0.666667:33:30:15:18:36:30:15:18 chr17 79410256 . G A 149.07 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0517241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4037;QD=18.6339;RBI=0.0517725;REFB=-0.0163292;REVB=0.00223775;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574449;STB=0.532745;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0158595;OID=.;OPOS=79410256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:9:7:6:10:9:7 chr17 79478019 . G A 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.033;QD=60.6063;RBI=0.0265702;REFB=0;REVB=0.00948162;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19768e-05;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 79496190 . G A 1607.59 PASS AF=0.956897;AO=109;DP=115;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0165181;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.1;QD=55.4341;RBI=0.0745852;REFB=-0.146984;REVB=0.0727331;RO=3;SAF=47;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121749;STB=0.516065;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00252555;OID=.;OPOS=79496190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:115:116:3:5:109:111:0.956897:62:47:2:1:63:48:4:1 chr17 79507170 . T C 220.59 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.164;QD=49.0202;RBI=0.0570405;REFB=0;REVB=0.0503585;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119169;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:9:9:0:0 chr17 79507272 . G A,T 708.24 PASS AF=0.9375,0.0416667;AO=42,2;DP=48;FAO=45,2;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18,2;FSAR=27,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155925,0.00150596;FXX=0.039992;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.883,69.962;QD=59.0199;RBI=0.130775,0.0147215;REFB=-0.0702225,-0.0890829;REVB=0.129842,0.0146443;RO=1;SAF=18,2;SAR=24,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0253627,0;STB=0.513507,0.5;STBP=0.307,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000721042,0.162865;OID=.,.;OPOS=79507272,79507272;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:48:48:1:1:42,2:45,2:0.9375,0.0416667:24,0:18,2:1:0:27,0:18,2:1:0 chr17 79508400 . T C 526.74 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.309;QD=56.9446;RBI=0.0359436;REFB=0.00378825;REVB=0.0332374;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000104995;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr17 79514028 . C G 322.89 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.616;QD=53.8154;RBI=0.0917367;REFB=0;REVB=0.0861758;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247006;OID=.;OPOS=79514028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr17 79580457 . C A 155.92 PASS AF=0.30137;AO=21;DP=72;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0134141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9845;QD=8.54339;RBI=0.0254409;REFB=-0.00791405;REVB=0.0216171;RO=50;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452506;STB=0.503594;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0204244;OID=.;OPOS=79580457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:51:21:22:0.30137:14:7:15:35:15:7:16:35 chr17 79589242 . G A 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0019257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.362;QD=19.8256;RBI=0.00580152;REFB=-0.0212625;REVB=-0.0054726;RO=25;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216804;STB=0.621835;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0193873;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:20:7:12:13:20:7:12:13 chr17 79596811 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.017382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.228;QD=23.0884;RBI=0.0174128;REFB=-0.00905673;REVB=0.00103466;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146164;STB=0.581324;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00690423;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:5:13:12:10:5:13 chr17 79612161 . C T 234.42 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.010301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.075;QD=13.0233;RBI=0.0173084;REFB=0.000504434;REVB=-0.0139094;RO=44;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290026;STB=0.666213;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000483107;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:9:19:18:26:9:19:18:26 chr17 79612397 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.085;QD=40.7622;RBI=0.034586;REFB=0;REVB=-0.034314;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746262;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr17 79612413 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.944;QD=50.41;RBI=0.0260089;REFB=0;REVB=0.0247885;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278929;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr17 79612443 . T C 499.4 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.393;QD=55.489;RBI=0.0224343;REFB=-0.130887;REVB=0.0183613;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000554377;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:36:1:1:34:35:0.972222:17:17:0:1:18:17:0:1 chr17 79612633 . T C 184.63 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0487723;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.419;QD=16.7842;RBI=0.0488142;REFB=-0.0242839;REVB=-0.00202127;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299582;STB=0.637915;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0211352;OID=.;OPOS=79612633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:18:19:0.431818:14:4:12:13:14:5:12:13 chr17 79614481 . A G 175.42 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.093;QD=46.7783;RBI=0.0402957;REFB=0;REVB=0.0302152;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341331;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 357.86 PASS AF=0.914286;AO=29;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00133319;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=4;MLLD=264.817;QD=40.8984;RBI=0.015884;REFB=-0.04508;REVB=-0.015828;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516984;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.00460009;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914286:29:35:32:35:3:15:17:2:1:8:0:13:16:0:0 chr17 79632363 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00351659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.852;QD=11.3331;RBI=0.0158457;REFB=-0.0116997;REVB=0.0154505;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844256;STB=0.56089;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0325722;OID=.;OPOS=79632363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:7:7:15:11:7:7:16:11 chr17 79637349 . T C 1526.76 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163886;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.772;QD=62.9593;RBI=0.0166629;REFB=0;REVB=0.00301108;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120808;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:64:31:0:0:66:31:0:0 chr17 79637367 . C G 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0183837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.37;QD=15.0059;RBI=0.0304268;REFB=-0.00833935;REVB=-0.0242451;RO=57;SAF=11;SAR=28;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125466;STB=0.57139;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0101109;OID=.;OPOS=79637367;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:28:11:22:35:28:11:22:35 chr17 79639550 . G A 184.6 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0429116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1629;QD=18.4599;RBI=0.0576365;REFB=-0.0467893;REVB=-0.038478;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711292;STB=0.518499;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0439096;OID=.;OPOS=79639550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:6:13:15:5:6:13:15:6 chr17 79639708 . C T 238.33 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00289682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.949;QD=16.1578;RBI=0.0064762;REFB=-0.0125995;REVB=0.00579221;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218415;STB=0.629537;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0154005;OID=.;OPOS=79639708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:12:15:10:21:12:15:10:22 chr17 79650828 . T G 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0323931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.722;QD=7.79769;RBI=0.0492664;REFB=-0.0405947;REVB=-0.0371196;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35632;STB=0.719538;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0544316;OID=.;OPOS=79650828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:8:15:3:6:8:15 chr17 79663880 . T C 142.84 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.0789438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6389;QD=11.6604;RBI=0.0791715;REFB=-0.00525457;REVB=0.00600054;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295015;STB=0.659526;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0186173;OID=.;OPOS=79663880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:32:16:17:0.346939:9:7:6:25:10:7:6:26 chr17 79663931 . T C 106.83 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00253673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.242;QD=12.2095;RBI=0.0027326;REFB=-0.0128178;REVB=-0.00101595;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225778;STB=0.532206;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.018238;OID=.;OPOS=79663931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:11:2:3:18:11:2:4:18 chr17 79668135 . G T 135.01 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0355025;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.262;QD=15.8834;RBI=0.0406489;REFB=-0.0304608;REVB=-0.0197966;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213434;STB=0.624816;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0537776;OID=.;OPOS=79668135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:15:15:0.441176:12:3:7:12:12:3:7:12 chr17 79668664 . C T 353.02 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00202263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.79;QD=12.1732;RBI=0.021856;REFB=-0.0125276;REVB=-0.0217622;RO=71;SAF=19;SAR=24;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715233;STB=0.532458;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0239375;OID=.;OPOS=79668664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:73:43:43:0.37069:24:19:36:35:24:19:36:37 chr17 79671714 . T C 349.69 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00851183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3294;QD=17.9327;RBI=0.00883223;REFB=-0.0290309;REVB=-0.00235735;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426125;STB=0.536822;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0294912;OID=.;OPOS=79671714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:41:36:37:0.474359:20:16:16:24:20:17:16:25 chr17 79682558 . T C 133.83 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0777377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8975;QD=13.0567;RBI=0.0777869;REFB=-0.0165718;REVB=-0.0027643;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338234;STB=0.691746;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0233796;OID=.;OPOS=79682558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:3:13:13:11:3:13:14:11 chr17 79769466 . T C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.040495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.827;QD=21.8422;RBI=0.0568755;REFB=-0.0635121;REVB=0.0399372;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215133;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00808611;OID=.;OPOS=79769466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:2:0:3:3:2:0 chr17 79801977 . C T 84.77 PASS AF=0.44;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00777744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.776;QD=13.5631;RBI=0.00862085;REFB=-0.0137564;REVB=-0.00371892;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270169;STB=0.596848;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0104999;OID=.;OPOS=79801977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:25:25:14:14:9:11:0.44:4:5:4:10:6:5:4:10 chr17 79803101 . A G 140.8 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0241315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5693;QD=13.4093;RBI=0.0252404;REFB=0.00228152;REVB=0.00739936;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363932;STB=0.709985;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00675571;OID=.;OPOS=79803101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:19:7:10:6:19:7 chr17 79825897 . A G 339.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.261;QD=54.3022;RBI=0.0289381;REFB=0;REVB=0.00647191;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378943;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:5:19:0:0:5:20:0:0 chr17 79857305 . T C 33.0 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=36;FWDB=0.0346004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8441;QD=2.99987;RBI=0.0598275;REFB=-0.0144334;REVB=-0.0488072;RO=34;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441878;STB=0.777381;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.177322;OID=.;OPOS=79857305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:34:37:7:7:0.159091:6:1:1:33:6:1:1:36 chr17 79872241 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.351;QD=59.4356;RBI=0.0250934;REFB=0;REVB=0.00447541;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89719e-05;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr17 79891147 . T C 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.045;QD=58.9577;RBI=0.0498718;REFB=0;REVB=-0.0478207;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161974;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr17 79899272 . A G 207.05 PASS AF=0.477273;AO=17;DP=41;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0301434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.408;QD=18.8229;RBI=0.0379811;REFB=-0.0468853;REVB=-0.0231071;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173705;STB=0.508466;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0439;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:24:23:17:21:0.477273:4:13:15:9:7:14:15:8 chr17 79899495 . G A 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0185012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.447;QD=18.938;RBI=0.0209515;REFB=-0.0117541;REVB=-0.00983212;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336186;STB=0.686628;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0166521;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:7:22:11:19:7:22 chr17 79899698 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0100799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.676;QD=11.5972;RBI=0.0105918;REFB=-0.00100226;REVB=0.00325291;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207537;STB=0.621438;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0013539;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:5:16:7:5:5:16 chr17 79993919 . C T 181.33 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.109837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.858;QD=32.9695;RBI=0.109845;REFB=-0.0334269;REVB=-0.00140331;RO=5;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707164;STB=0.538878;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00765444;OID=.;OPOS=79993919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:11:6:1:4:11:6:1:4 chr17 80013235 . A G 917.15 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816299;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.355;QD=58.2315;RBI=0.00847657;REFB=0;REVB=0.00228426;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71326e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:35:28:0:0 chr17 80099639 . C A 575.1 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7954;QD=60.5368;RBI=0.0278172;REFB=0;REVB=-0.0250096;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217439;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr17 80103737 . T C 928.4 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00389952;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.371;QD=56.2667;RBI=0.0151405;REFB=0.0630845;REVB=0.0146297;RO=1;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010382;STB=0.505493;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00161885;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:64:65:0.984848:45:19:0:1:45:20:0:1 chr17 80136418 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1854;QD=60.6073;RBI=0.0804008;REFB=0;REVB=0.0416211;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122173;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 80151881 . G A 1088.68 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.754;QD=57.2989;RBI=0.055271;REFB=-0.159522;REVB=0.0530701;RO=2;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236412;STB=0.512497;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00418492;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:39:35:0:2:39:35:0:2 chr17 80159566 . T C 625.79 PASS AF=0.895833;AO=44;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.036526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.591;QD=52.1495;RBI=0.102622;REFB=0.0195967;REVB=-0.0959014;RO=4;SAF=21;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042573;STB=0.534867;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0387076;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:4:5:44:43:0.895833:23:21:3:1:23:20:4:1 chr17 80195582 . T C 602.3 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0180857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.034;QD=54.7545;RBI=0.0219238;REFB=-0.0323224;REVB=0.0123919;RO=3;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653301;STB=0.534867;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000462768;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:20:21:0:3:20:21:0:3 chr17 80218800 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3877;QD=37.4873;RBI=0.0329022;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00219802;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr17 80280865 . G A 224.73 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00243348;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.581;QD=16.9611;RBI=0.00774882;REFB=-0.0168199;REVB=0.00735679;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122249;STB=0.534856;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0107796;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:24:25:0.471698:15:9:14:14:15:10:13:15 chr17 80373452 . C T 636.42 PASS AF=0.955556;AO=40;DP=43;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0637117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.377;QD=56.5702;RBI=0.0675749;REFB=-0.147682;REVB=0.0225206;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.502617;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.010761;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:45:1:2:40:43:0.955556:22:18:0:1:24:19:1:1 chr17 80377690 . T G 146.76 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0125067;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6478;QD=24.4593;RBI=0.052008;REFB=-0.00908746;REVB=0.0504818;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216767;STB=0.622468;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00393884;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:9:9:15:15:0.625:11:4:5:4:11:4:5:4 chr17 80391684 . A G 876.77 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9152;QD=56.566;RBI=0.0325889;REFB=-0.0455287;REVB=-0.0193212;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15931e-06;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:62:0:0:60:62:1:36:24:0:0:37:25:0:0 chr17 80394530 . G T 418.68 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0855364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3713;QD=54.0231;RBI=0.0969188;REFB=-0.139787;REVB=0.0455717;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00902661;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr17 80397746 . G C 306.61 PASS AF=0.393258;AO=29;DP=84;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.0265264;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.608;QD=13.7801;RBI=0.0267968;REFB=-0.0284692;REVB=0.00379744;RO=49;SAF=5;SAR=24;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919568;STB=0.54382;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0648253;OID=.;OPOS=80397746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:49:54:29:35:0.393258:24:5:11:38:26:9:17:37 chr17 80401946 . A G 116.12 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00442024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4814;QD=20.1953;RBI=0.0183494;REFB=-0.0242346;REVB=0.017809;RO=10;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412846;STB=0.681516;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.027442;OID=.;OPOS=80401946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:12:13:0.565217:10:2:6:4:10:3:6:4 chr17 80439733 . C T 629.32 PASS AF=0.580952;AO=60;DP=105;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00941186;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.304;QD=23.9742;RBI=0.00962988;REFB=-0.0125202;REVB=-0.00203751;RO=41;SAF=34;SAR=26;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149038;STB=0.596868;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00640057;OID=.;OPOS=80439733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:41:44:60:61:0.580952:26:34:15:26:26:35:15:29 chr17 80452592 . G C 207.01 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1793;QD=48.7073;RBI=0.144106;REFB=0;REVB=0.0519802;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184686;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr17 80481088 . T C 195.53 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0190576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.011;QD=17.7755;RBI=0.0225932;REFB=-0.034071;REVB=-0.0121352;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048064;STB=0.52737;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0431273;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:12:12:11:9:12:12 chr17 80544015 . A T 277.7 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00163547;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0786;QD=24.6842;RBI=0.0183755;REFB=-0.0150752;REVB=-0.0183025;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306309;STB=0.670024;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0223837;OID=.;OPOS=80544015;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:9:16:5:15:9:16:5:15 chr17 80614933 . T C 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0234365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.43;QD=14.1947;RBI=0.0371248;REFB=-0.00827023;REVB=-0.0287921;RO=21;SAF=13;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30926;STB=0.706194;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0178895;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:2:13:14:7:2:13:14:8 chr17 80615040 . A C 941.49 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753071;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.253;QD=58.8431;RBI=0.0125418;REFB=0;REVB=-0.0100293;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94983e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr17 80674643 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.946;QD=43.4861;RBI=0.0181001;REFB=0;REVB=-0.0111569;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60301e-05;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 80696410 . A C 505.4 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376865;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.956;QD=59.4592;RBI=0.0425767;REFB=0;REVB=0.0198117;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240885;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr17 80700592 . T C 919.84 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.647;QD=58.4023;RBI=0.0600642;REFB=0;REVB=0.00998964;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50692e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chr17 80706928 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7584;QD=44.6891;RBI=0.0142421;REFB=0;REVB=0.00944265;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773116;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr17 80708601 . C G 83.57 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.030118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.983;QD=20.8926;RBI=0.0301269;REFB=-0.0113826;REVB=-0.000732038;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232701;STB=0.644839;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00992768;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:6:6:9:10:0.625:2:7:3:3:2:8:3:3 chr17 80788465 . T C 311.46 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0107284;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.78;QD=21.4798;RBI=0.0160812;REFB=-0.0254866;REVB=-0.0119794;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065842;STB=0.528243;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0106358;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:26:32:32:0.551724:14:18:12:13:14:18:13:13 chr17 80788492 . A G 583.7 PASS AF=0.641975;AO=50;DP=79;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0204286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.583;QD=28.8246;RBI=0.0218115;REFB=-0.0313504;REVB=0.00764287;RO=27;SAF=36;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17429;STB=0.595003;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0197135;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:27:29:50:52:0.641975:14:36:13:14:16:36:13:16 chr17 80863857 . T C 1007.84 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727484;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.322;QD=59.2846;RBI=0.0230058;REFB=0;REVB=0.0218253;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73806e-05;OID=.;OPOS=80863857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr17 80887244 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.777;QD=51.1837;RBI=0.0178485;REFB=0;REVB=-0.0106793;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17783e-05;OID=.;OPOS=80887244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 80887451 . A G 1011.69 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00787954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.328;QD=57.8108;RBI=0.0151388;REFB=-0.0618952;REVB=0.0129266;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000375166;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr17 80895745 . T C 939.76 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0229547;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.135;QD=54.4791;RBI=0.0432852;REFB=-0.0266422;REVB=0.0366973;RO=3;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449302;STB=0.523802;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00127972;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:69:3:3:66:66:0.956522:30:36:0:3:30:36:0:3 chr17 80895769 . A G 937.38 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2379;QD=58.5861;RBI=0.0841561;REFB=0;REVB=-0.0827592;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000686856;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr17 80895933 . A G 328.55 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789439;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.727;QD=54.7591;RBI=0.0970393;REFB=0;REVB=0.0967176;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589778;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:20:24:1:7:13:0:0:11:13:0:0 chr17 80899281 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.206;QD=53.2767;RBI=0.0426017;REFB=0;REVB=0.037765;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324632;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr17 80904844 . C T 290.72 PASS AF=0.39759;AO=34;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0506973;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.961;QD=14.0105;RBI=0.0507008;REFB=0.000434729;REVB=0.000589864;RO=50;SAF=15;SAR=19;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20615;STB=0.627798;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000484896;OID=.;OPOS=80904844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:50:34:33:0.39759:19:15:32:18:19:14:32:18 chr17 81006387 . G A 495.48 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0150872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9107;QD=55.053;RBI=0.0384482;REFB=0.0114475;REVB=-0.0353643;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00460648;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:33:34:0.944444:18:15:1:0:18:16:1:0 chr17 81043039 . A G 349.04 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.606;QD=53.6991;RBI=0.0317648;REFB=0;REVB=0.0316439;RO=0;SAF=2;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11921e-05;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:23:2:0:0:24:2:0:0 chr17 81050982 . G C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0140264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.197;QD=10.8236;RBI=0.0142465;REFB=-0.0233481;REVB=-0.00249471;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118681;STB=0.571306;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0388834;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:10:13:8:4:10:13 chr18 47492 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0134677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.45;QD=15.5716;RBI=0.0443458;REFB=-0.0150867;REVB=-0.0422513;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224136;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0138458;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:6:6:3:8:6:6 chr18 48104 . T C 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0227546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3426;QD=6.45724;RBI=0.112038;REFB=-0.0282104;REVB=0.109703;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140907;STB=0.59984;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0330432;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:41:42:13:13:0.236364:4:9:24:17:4:9:24:18 chr18 49034 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0289903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.671;QD=14.3343;RBI=0.0445401;REFB=-0.0315438;REVB=-0.033814;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286347;STB=0.670818;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0302141;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:5:5:7:2:5:5 chr18 49169 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0130873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.07;QD=20.8379;RBI=0.0244119;REFB=-0.0325083;REVB=0.0206074;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313638;STB=0.685212;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0330284;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:2:3:8:1:2:3 chr18 252559 . G A 655.11 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182008;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.882;QD=62.3917;RBI=0.0182014;REFB=0;REVB=0.000137613;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99743e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:28:14:0:0 chr18 319446 . C A 461.09 PASS AF=0.40625;AO=51;DP=126;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0337852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5864;QD=14.4089;RBI=0.0344875;REFB=-0.00285467;REVB=0.00692446;RO=75;SAF=30;SAR=21;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731624;STB=0.530476;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00437998;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:75:76:51:52:0.40625:21:30:39:36:22:30:40:36 chr18 334742 . C T 407.56 PASS AF=0.380952;AO=47;DP=125;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=0.054314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.626;QD=12.9384;RBI=0.0570591;REFB=-0.00448459;REVB=0.0174849;RO=78;SAF=11;SAR=36;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699642;STB=0.544098;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00673589;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:78:78:47:48:0.380952:36:11:22:56:37:11:22:56 chr18 334758 . T C 1932.8 PASS AF=0.992126;AO=123;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000747796;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.669;QD=60.8756;RBI=0.0796621;REFB=-0.0546535;REVB=0.0796586;RO=1;SAF=36;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054302;STB=0.502762;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000271565;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:1:1:123:126:0.992126:87:36:0:1:90:36:0:1 chr18 334994 . A G 800.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.496;QD=64.0417;RBI=0.0203575;REFB=0;REVB=0.00857489;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28148e-05;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:13:36:0:0:13:37:0:0 chr18 580623 . T C 195.54 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00821062;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.131;QD=16.6417;RBI=0.00852451;REFB=-0.00556019;REVB=0.00229193;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106561;STB=0.574395;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0130318;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:19:20:0.425532:9:10:17:10:10:10:17:10 chr18 581201 . T A 582.9 PASS AF=0.401198;AO=66;DP=167;FAO=67;FDP=167;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=0.0405507;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3287;QD=13.9616;RBI=0.0489099;REFB=0.00482362;REVB=0.0273462;RO=99;SAF=35;SAR=31;SRF=33;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208658;STB=0.622517;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0104696;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:99:100:66:67:0.401198:31:35:33:66:31:36:33:67 chr18 581203 . TT GA 590.98 PASS AF=0.41358;AO=67;DP=164;FAO=67;FDP=162;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=0.0136698;FXX=0.0181807;HRUN=2;LEN=2;MLLD=174.717;QD=14.5921;RBI=0.0167537;REFB=-0.00293871;REVB=-0.00968613;RO=94;SAF=35;SAR=32;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188782;STB=0.607941;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.00341828;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:94:95:67:67:0.41358:32:35:32:62:32:35:32:63 chr18 581343 . T C 340.32 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00231669;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.844;QD=21.6073;RBI=0.0674135;REFB=-0.0236301;REVB=-0.0673737;RO=26;SAF=20;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658418;STB=0.532692;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0188987;OID=.;OPOS=581343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:28:35:35:0.555556:15:20:17:9:15:20:18:10 chr18 658064 . G C 371.23 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00804287;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.452;QD=14.142;RBI=0.0293293;REFB=-0.0172608;REVB=-0.028205;RO=61;SAF=25;SAR=18;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937843;STB=0.500455;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0225503;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:18:25:36:25:18:25:36:26 chr18 706558 . C T 178.64 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0252567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.066;QD=31.0672;RBI=0.0274887;REFB=-0.0143367;REVB=0.0108503;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219834;STB=0.505611;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00487489;OID=.;OPOS=706558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:16:17:0.73913:6:10:4:2:6:11:4:2 chr18 712568 . G A 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.226093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2918;QD=23.397;RBI=0.228516;REFB=-0.0328729;REVB=0.0331878;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156255;STB=0.588042;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0348953;OID=.;OPOS=712568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:0:3:7:1:0:3 chr18 722366 . T TG 113.28 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0101723;FXX=0.0605877;HRUN=0;LEN=1;MLLD=188.311;QD=14.6169;RBI=0.0128419;REFB=-0.00732854;REVB=-0.00783833;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114204;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=ins;VARB=0.0102272;OID=.;OPOS=722367;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:12:32:13:31:18:7:6:8:10:99:19:7:5:9:10 chr18 724612 . A G 289.51 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0143147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2509;QD=48.2524;RBI=0.0212229;REFB=-0.0323104;REVB=0.0156685;RO=1;SAF=17;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264303;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00192156;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:22:23:0.958333:5:17:1:0:5:18:1:0 chr18 907675 . G A 341.6 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00541228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2368;QD=15.8882;RBI=0.0253378;REFB=-0.0250495;REVB=0.024753;RO=48;SAF=10;SAR=27;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766776;STB=0.539149;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.049711;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:27:10:16:32:27:10:16:33 chr18 2539016 . C G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.834;QD=55.0975;RBI=0.0604762;REFB=0;REVB=0.0602799;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148236;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr18 2547500 . G T 1044.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.633;QD=59.6657;RBI=0.0190535;REFB=0;REVB=-0.00589534;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51174e-05;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:39:28:0:0:39:31:0:0 chr18 2554807 . T G 450.82 PASS AF=0.571429;AO=41;DP=76;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00888766;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8735;QD=23.4193;RBI=0.0337684;REFB=0.0210056;REVB=0.0325778;RO=35;SAF=30;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275064;STB=0.641312;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0126505;OID=.;OPOS=2554807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:33:41:44:0.571429:11:30:15:20:13:31:13:20 chr18 2554836 . A G 492.28 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00931268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.156;QD=22.6335;RBI=0.0115985;REFB=-0.0101671;REVB=0.00691368;RO=39;SAF=32;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211998;STB=0.612153;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00743288;OID=.;OPOS=2554836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:15:32:17:22:15:32:18:22 chr18 2555002 . C T 312.88 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0102885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.87;QD=22.3486;RBI=0.025753;REFB=-0.0154973;REVB=-0.0236086;RO=24;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711463;STB=0.53123;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0152059;OID=.;OPOS=2555002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:31:32:0.571429:17:14:13:11:17:15:13:11 chr18 2555005 . C T 306.75 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0248489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2143;QD=22.7223;RBI=0.0256231;REFB=-0.0551882;REVB=-0.00625093;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626526;STB=0.534584;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0122716;OID=.;OPOS=2555005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:16:15:13:10:16:15:13:10 chr18 2555008 . T G 284.6 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0298302;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.56;QD=21.8923;RBI=0.0305284;REFB=-0.0277485;REVB=0.00649207;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575985;STB=0.551688;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0113715;OID=.;OPOS=2555008;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:21:23:29:29:0.557692:16:13:11:10:16:13:13:10 chr18 2705700 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000725424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3489;QD=56.1871;RBI=0.0477867;REFB=0;REVB=0.0477811;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506357;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr18 2707619 . G A 439.49 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0387938;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.252;QD=19.1083;RBI=0.0389658;REFB=0.00286902;REVB=-0.00365717;RO=48;SAF=27;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128396;STB=0.57154;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00354835;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:48:44:44:0.478261:17:27:23:25:17:27:23:25 chr18 2724930 . A T 762.35 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.249;QD=63.5294;RBI=0.0425842;REFB=0;REVB=0.0327848;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204605;OID=.;OPOS=2724930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr18 2763697 . C T 1566.15 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.478;QD=63.9244;RBI=0.0249606;REFB=0;REVB=0.0248784;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16605e-05;OID=.;OPOS=2763697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:98:0:0:89:98:1:37:52:0:0:45:53:0:0 chr18 2778979 . G T 893.9 PASS AF=0.955224;AO=61;DP=64;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.101272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0607;QD=53.3672;RBI=0.110203;REFB=0.0129027;REVB=0.0434591;RO=3;SAF=30;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140118;STB=0.50609;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00647464;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:67:3:3:61:64:0.955224:31:30:1:2:34:30:1:2 chr18 2913431 . T C 1187.32 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506268;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4312;QD=60.8881;RBI=0.0516087;REFB=0;REVB=0.0100192;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012508;OID=.;OPOS=2913431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:38:39:0:0:39:39:0:0 chr18 2914073 . TAAC TAC,TACT 279.29 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=18,2;DP=23;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831691,0.054616;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=26.0538,15.9842;QD=48.5715;RBI=0.0845037,0.0941529;REFB=0,0;REVB=0.014959,0.0766933;RO=0;SAF=6,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00444548,0.0232123;OID=.,.;OPOS=2914074,2914075;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=TAC,TACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:18,2:23:20,3:23:0:7,1:13,2:0:0:10:0:6,0:12,2:0:0 chr18 2920288 . G A 1088.02 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0508762;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.817;QD=58.812;RBI=0.0837745;REFB=-0.122893;REVB=0.0665565;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00140386;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:72:73:0.986486:43:29:0:0:44:29:1:0 chr18 2946291 . C T 2313.42 PASS AF=0.987179;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0190978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5971;QD=59.3184;RBI=0.0511961;REFB=-0.0489159;REVB=-0.0475006;RO=2;SAF=69;SAR=84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135867;STB=0.507041;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00395333;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:2:2:153:154:0.987179:84:69:2:0:84:70:2:0 chr18 3025464 . A G 992.85 PASS AF=0.972603;AO=68;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.18162;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.016;QD=54.4027;RBI=0.181752;REFB=-0.150373;REVB=-0.00690555;RO=5;SAF=34;SAR=34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129154;STB=0.513885;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00104075;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:73:5:2:68:71:0.972603:34:34:2:3:35:36:0:2 chr18 3067278 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8337;QD=55.0974;RBI=0.0235289;REFB=0;REVB=0.0194573;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213374;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr18 3075503 . C CAAA 740.12 PASS AF=1;AO=45;DP=60;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181384;FXX=0.133311;HRUN=0;LEN=3;MLLD=210.127;QD=56.932;RBI=0.00257553;REFB=0;REVB=-0.00182847;RO=6;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000149749;OID=.;OPOS=3075504;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:60:52:52:0:20:32:0:0:4:6:17:28:1:5 chr18 3075712 . C A 180.58 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00657369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8848;QD=9.76095;RBI=0.0415541;REFB=-0.000350041;REVB=-0.0410309;RO=50;SAF=8;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241751;STB=0.642081;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00168285;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:16:8:27:23:16:8:27:23 chr18 3089522 . G T 230.74 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0288218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.826;QD=22.5108;RBI=0.0293027;REFB=-0.03961;REVB=-0.00528691;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133867;STB=0.553439;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0250331;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:17:19:22:22:0.536585:14:8:9:8:14:8:9:10 chr18 3168816 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00393349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.693;QD=21.6302;RBI=0.0110812;REFB=-0.0143972;REVB=-0.0103595;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209907;STB=0.51162;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00997061;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:9:15:18:12:9:15 chr18 3176040 . C G 449.37 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00321533;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.44;QD=23.3436;RBI=0.0099998;REFB=-0.0110868;REVB=-0.00946877;RO=34;SAF=26;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156009;STB=0.585831;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0121179;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:34:34:43:43:0.558442:17:26:14:20:17:26:14:20 chr18 3188976 . A G 2373.74 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133128;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.252;QD=64.1551;RBI=0.013468;REFB=0;REVB=-0.00203866;RO=0;SAF=40;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3109e-05;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:108:40:0:0:108:40:0:0 chr18 3256112 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0311849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.168;QD=16.6157;RBI=0.0312022;REFB=-0.0113369;REVB=-0.0010387;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184081;STB=0.604206;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0231274;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:4:17:11:6:4:17 chr18 3457539 . A G 288.68 PASS AF=0.406977;AO=31;DP=83;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=0.0288432;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7672;QD=13.4271;RBI=0.0305576;REFB=-0.0244472;REVB=-0.0100914;RO=49;SAF=17;SAR=14;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208088;STB=0.592915;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0257224;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:49:51:31:35:0.406977:14:17:36:13:14:21:38:13 chr18 3457607 . C T 289.5 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00153648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.231;QD=13.9516;RBI=0.00295287;REFB=-0.00821711;REVB=-0.00252164;RO=48;SAF=22;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479238;STB=0.530954;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0105486;OID=.;OPOS=3457607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:50:33:33:0.39759:11:22:30:18:11:22:31:19 chr18 3571217 . T C 769.01 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.878;QD=56.9637;RBI=0.148485;REFB=0;REVB=0.139714;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171345;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr18 3597218 . ATTT ATTA,ATT 34.6 PASS AF=0,0.5;AO=2,6;DP=16;FAO=0,8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0278283,-0.0527318;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=70.6915,14.4721;QD=8.65055;RBI=0.0359856,0.0555987;REFB=-0.00730353,-0.118169;REVB=-0.0228155,0.0176229;RO=8;SAF=2,5;SAR=0,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.231394;SSSB=0.634114,0.46433;STB=0.5,0.806804;STBP=1,0.025;TYPE=snp,del;VARB=0.102905,0.122089;OID=.,.;OPOS=3597221,3597219;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:2,6:16:0,8:16:8:0,7:0,1:3:5:30:8:2,5:0,1:3:5 chr18 5233105 . C G 211.41 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0102561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0933;QD=19.6657;RBI=0.113353;REFB=-0.0174481;REVB=-0.112889;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228425;STB=0.642715;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0134811;OID=.;OPOS=5233105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:21:21:0.488372:6:15:10:11:6:15:10:12 chr18 5237575 . G T 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0067131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.999;QD=27.2505;RBI=0.0111928;REFB=0.00811559;REVB=0.00895618;RO=17;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10374;STB=0.54835;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00721717;OID=.;OPOS=5237575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:18:9:8:9:18:9:8:10 chr18 5237612 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0286059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.789;QD=21.9446;RBI=0.0351699;REFB=-0.0292127;REVB=0.0204604;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567603;STB=0.531876;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0147921;OID=.;OPOS=5237612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:11:5:3:9:11:5:3:9 chr18 5292030 . A G 366.1 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00182968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6211;QD=16.2709;RBI=0.0319601;REFB=0.0277827;REVB=0.0319077;RO=50;SAF=22;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444967;STB=0.531018;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.040878;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:17:22:26:24:17:22:26:25 chr18 5410574 . A G 269.04 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00980193;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.605;QD=16.3057;RBI=0.0173474;REFB=-0.018132;REVB=-0.0143127;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458979;STB=0.533311;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0255025;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:36:30:30:0.454545:16:14:19:18:16:14:19:17 chr18 5416160 . T C 386.55 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00879955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.279;QD=18.1904;RBI=0.0114923;REFB=-0.0428905;REVB=0.007392;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180189;STB=0.599953;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.030819;OID=.;OPOS=5416160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:22:18:12:33:22:18:12:33 chr18 5630531 . G A 1080.75 PASS AF=0.9375;AO=74;DP=84;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.033105;FXX=0.0476134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.276;QD=54.0375;RBI=0.048306;REFB=-0.140025;REVB=0.0351785;RO=5;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555486;STB=0.528728;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00110515;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:84:80:5:5:74:75:0.9375:40:34:0:5:41:34:0:5 chr18 5955911 . C T 141.92 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0635223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.867;QD=13.8453;RBI=0.0752778;REFB=-0.0182504;REVB=-0.0403939;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836018;STB=0.54853;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0212752;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:9:7:9:16:9:7:9:16 chr18 5955932 . G A 104.98 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00868419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9895;QD=11.6647;RBI=0.0271302;REFB=-0.0265855;REVB=0.0257028;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157662;STB=0.59308;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0478971;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:9:14:6:7:9:14 chr18 5956145 . T C 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00695686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.911;QD=11.5701;RBI=0.0122039;REFB=-0.00591875;REVB=0.0100269;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104923;STB=0.553527;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0102113;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:14:10:21:20:14:10:21:21 chr18 5956238 . C T 428.22 PASS AF=0.542169;AO=40;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00330263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.421;QD=20.637;RBI=0.0429649;REFB=-0.030791;REVB=-0.0428378;RO=26;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761963;STB=0.517123;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0323042;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:26:38:40:45:0.542169:18:22:17:9:22:23:18:20 chr18 5960165 . G A 580.83 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00823466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.721;QD=18.8889;RBI=0.0140693;REFB=-0.0275287;REVB=-0.0114077;RO=62;SAF=30;SAR=30;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593138;STB=0.536573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.018167;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:63:60:60:0.487805:30:30:27:35:30:30:27:36 chr18 6046717 . T C 1813.24 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000107236;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8348;QD=61.4659;RBI=0.00587781;REFB=0;REVB=-0.00587683;RO=0;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73629e-05;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:118:118:1:51:67:0:0:51:67:0:0 chr18 6455000 . C T 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.353;QD=58.9602;RBI=0.0459325;REFB=0;REVB=0.0458083;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237707;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr18 6455037 . T C 1046.86 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.957;QD=58.1587;RBI=0.0242939;REFB=-0.000210604;REVB=0.014042;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.507934;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000101361;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:40:31:0:0:40:31:1:0 chr18 6588865 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0682634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.812;QD=18.483;RBI=0.0683993;REFB=-0.00905812;REVB=0.00430909;RO=21;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186545;STB=0.607468;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00400468;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:16:3:6:15:16:3:6:15 chr18 6851058 . C G 332.38 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00363142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7226;QD=12.4256;RBI=0.0196823;REFB=-0.0191889;REVB=-0.0193444;RO=65;SAF=16;SAR=25;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128609;STB=0.56894;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0285117;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:65:66:41:41:0.383178:25:16:33:32:25:16:33:33 chr18 6889973 . A G 851.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.201;QD=57.7015;RBI=0.0287577;REFB=0;REVB=0.0278008;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52819e-05;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr18 6890434 . A G 851.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382087;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.925;QD=57.7008;RBI=0.0422659;REFB=0;REVB=0.0180695;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171343;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:20:38:0:0:20:39:0:0 chr18 6912143 . A C 379.04 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00930948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6652;QD=50.5391;RBI=0.0167716;REFB=0.0486252;REVB=0.0139506;RO=2;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01607;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00206821;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:2:1:26:29:0.966667:16:10:1:1:19:10:1:0 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 175.18 PASS AF=0.315068;AO=20;DP=67;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0296517;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=12;MLLD=301.544;QD=9.59882;RBI=0.0309244;REFB=-0.00421386;REVB=0.00878052;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202615;STB=0.602061;STBP=0.251;TYPE=del;VARB=0.00957309;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315068:20:67:23:73:50:14:9:23:27:99:34:12:8:14:20 chr18 6980523 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.091;QD=58.141;RBI=0.00919206;REFB=0;REVB=0.00556133;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20139e-05;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr18 6985631 . C T 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.457;QD=57.6686;RBI=0.0313379;REFB=0;REVB=0.00576817;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205934;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr18 6999628 . T C 817.71 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.014;QD=57.3833;RBI=0.0268701;REFB=0;REVB=-0.0238053;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112779;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:23:34:0:0 chr18 7008583 . A C 159.76 PASS AF=0.45;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0440803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5141;QD=15.9756;RBI=0.045239;REFB=-0.0429007;REVB=-0.0101735;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.530692;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0888908;OID=.;OPOS=7008583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:21:22:16:18:0.45:10:6:10:11:10:8:11:11 chr18 7011413 . G A 319.92 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0147086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.67;QD=18.5462;RBI=0.0147114;REFB=-0.000445415;REVB=-0.000286877;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052795;STB=0.521726;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000365524;OID=.;OPOS=7011413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:35:34:34:0.492754:17:17:15:19:17:17:16:19 chr18 7012123 . A G 77.17 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00655451;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.592;QD=11.0247;RBI=0.0175168;REFB=-0.0116379;REVB=-0.0162443;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224862;STB=0.63608;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0159731;OID=.;OPOS=7012123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:9:9:7:3:9:9 chr18 7017322 . A G 291.48 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0148675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.757;QD=19.4317;RBI=0.0322722;REFB=-0.0165539;REVB=-0.0286436;RO=28;SAF=24;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359707;STB=0.709914;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00799818;OID=.;OPOS=7017322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:7:24:11:17:7:24:11:18 chr18 7023371 . A G 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00170352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7597;QD=18.4823;RBI=0.0370593;REFB=0.00623837;REVB=-0.0370201;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086445;STB=0.548847;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0112016;OID=.;OPOS=7023371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:5:16:13:6:5:16 chr18 7033037 . G A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.120723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.116;QD=17.0702;RBI=0.122084;REFB=-0.0313805;REVB=-0.0181789;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134961;STB=0.583692;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0312632;OID=.;OPOS=7033037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:35:31:31:0.469697:19:12:18:16:19:12:19:16 chr18 7034508 . T G 177.38 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00795615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2474;QD=14.4799;RBI=0.0411553;REFB=0.03205;REVB=0.040379;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204447;STB=0.618918;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0396191;OID=.;OPOS=7034508;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:13:6:15:15:13:6:15:15 chr18 7038885 . T G 50.93 PASS AF=0.169811;AO=11;DP=51;FAO=9;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00500169;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=16.8401;QD=3.84381;RBI=0.123395;REFB=-0.0152234;REVB=-0.123294;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201571;STB=0.594507;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.042799;OID=.;OPOS=7038885;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:51:53:28:41:11:9:0.169811:7:4:15:13:5:4:23:18 chr18 7567803 . C G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0226683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.012;QD=20.838;RBI=0.0375449;REFB=-0.0752914;REVB=0.0299294;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0379487;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr18 8069868 . C T 272.5 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.407;QD=51.9044;RBI=0.0968859;REFB=0;REVB=0.0152853;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104162;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr18 8387195 . G A 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.679;QD=59.8449;RBI=0.0439551;REFB=0;REVB=0.0375122;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160175;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr18 8387219 . G C 368.36 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00533031;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9565;QD=26.7897;RBI=0.0375073;REFB=0.00183686;REVB=0.0371266;RO=20;SAF=22;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153217;STB=0.508375;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00132032;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:13:22:13:7:13:22:13:7 chr18 8471976 . A G 205.83 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0138089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8718;QD=21.6663;RBI=0.0482022;REFB=-0.0161097;REVB=0.0461819;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160139;STB=0.575989;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0145183;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:9:11:6:11:10:11:6:11 chr18 8720085 . C G 224.58 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0103817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.131;QD=17.614;RBI=0.0206738;REFB=-0.0152751;REVB=0.017878;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227797;STB=0.627917;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0177376;OID=.;OPOS=8720085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:19:8:13:11:19:8 chr18 8720092 . G T 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0463913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2327;QD=16.9787;RBI=0.0618718;REFB=-0.0112839;REVB=-0.0409386;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26923;STB=0.652054;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00684731;OID=.;OPOS=8720092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:8:18:12:17:8:18:12:17 chr18 8783835 . T C 163.6 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0153497;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.211;QD=19.247;RBI=0.0203883;REFB=-0.0332004;REVB=-0.0134189;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251857;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0404286;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:17:17:17:0.5:8:9:8:8:8:9:9:8 chr18 8784370 . A G 1300.89 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0188452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.013;QD=58.4672;RBI=0.0288912;REFB=0.0696243;REVB=-0.0218989;RO=3;SAF=41;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917579;STB=0.504846;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00615449;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:45:41:1:2:45:41:1:2 chr18 8784723 . A G 116.69 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00951042;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.786;QD=11.1131;RBI=0.0108595;REFB=-0.00366816;REVB=-0.00524213;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131621;STB=0.524441;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0070765;OID=.;OPOS=8784723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:26:28:13:14:0.333333:6:7:17:9:6:8:17:11 chr18 8786354 . G A 81.31 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0320755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.018;QD=18.0681;RBI=0.0325011;REFB=-0.036599;REVB=0.00524298;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089159;STB=0.533264;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.021277;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:7:8:10:10:0.555556:8:2:2:5:8:2:2:6 chr18 8809445 . G C 280.31 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.00304225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.479;QD=10.5776;RBI=0.00563109;REFB=-0.0107475;REVB=-0.00473855;RO=67;SAF=18;SAR=18;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109734;STB=0.547144;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0317007;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:70:36:36:0.339623:18:18:40:27:18:18:40:30 chr18 8825399 . C T 509.71 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00104761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.876;QD=21.0189;RBI=0.0134644;REFB=-0.0171149;REVB=-0.0134236;RO=47;SAF=26;SAR=23;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965173;STB=0.547135;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0156423;OID=.;OPOS=8825399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:48:49:49:0.505155:23:26:30:17:23:26:30:18 chr18 8826083 . G C 574.4 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.832;QD=60.4633;RBI=0.0416475;REFB=0;REVB=0.0266387;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112327;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr18 8828952 . C T 344.12 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0111626;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.652;QD=16.1937;RBI=0.0187619;REFB=-0.017071;REVB=-0.01508;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286167;STB=0.507629;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0254567;OID=.;OPOS=8828952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:19:18:23:24:19:18:24:24 chr18 9117867 . T C 986.37 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000770992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.478;QD=56.3638;RBI=0.0191745;REFB=-0.120178;REVB=0.019159;RO=2;SAF=35;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262415;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00126584;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:70:2:1:68:69:0.985714:33:35:2:0:33:36:1:0 chr18 9255982 . A G 777.18 PASS AF=0.982456;AO=47;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0330188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.797;QD=54.539;RBI=0.0443873;REFB=-0.0149342;REVB=-0.0296645;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000422487;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:47:56:0.982456:30:17:0:0:35:21:0:1 chr18 9618005 . A G 246.5 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00218754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2216;QD=46.9521;RBI=0.0067837;REFB=-0.00432407;REVB=0.00642131;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00123712;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:0:1:9:11:0:1 chr18 9618049 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.102;QD=56.1901;RBI=0.0288625;REFB=0;REVB=0.0082543;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015914;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr18 9887497 . G A 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6874;QD=34.6611;RBI=0.101744;REFB=0.021484;REVB=0.0880946;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00480267;OID=.;OPOS=9887497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr18 9887545 . G GA 55.52 PASS AF=0.615385;AO=3;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.061629;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.594;QD=17.0831;RBI=0.0708198;REFB=-0.0678388;REVB=-0.03489;RO=10;SAF=2;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411706;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.0623362;OID=.;OPOS=9887546;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:3:13:8:13:5:6:2:3:2:28:10:2:1:7:3 chr18 9887546 . G A 38.79 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0533235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8353;QD=11.9361;RBI=0.0720923;REFB=-0.113279;REVB=0.0485171;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.106176;OID=.;OPOS=9887546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr18 9888069 . A G 312.85 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0146868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9934;QD=14.3837;RBI=0.0146899;REFB=0.00292488;REVB=-0.000300275;RO=53;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049708;STB=0.539423;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0108819;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:52:34:35:0.402299:22:12:21:32:23:12:21:31 chr18 9955960 . A G 1360.93 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799741;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3118;QD=62.5716;RBI=0.0804548;REFB=0;REVB=-0.00878198;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160582;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:51:35:0:0:51:36:0:0 chr18 10454960 . C G 270.26 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0661961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4276;QD=47.001;RBI=0.0713867;REFB=0.00315197;REVB=0.0267234;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.533302;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00432044;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:7:14:0:1:7:15:0:1 chr18 10487918 . C T 1377.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.531;QD=62.6133;RBI=0.0425257;REFB=0;REVB=0.0349783;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27928e-05;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr18 10696400 . CA C,CC 88.99 PASS AF=0.333333,0.1;AO=8,3;DP=28;FAO=10,3;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1,1;FSAR=9,2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00601821,0.0583136;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.861,24.6239;QD=11.8652;RBI=0.0167747,0.0912861;REFB=-0.000838028,-0.0144534;REVB=0.015658,0.070233;RO=17;SAF=0,1;SAR=8,2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.744471,-0.0909073;STB=0.790488,0.570941;STBP=0.055,0.913;TYPE=del,snp;VARB=-0.0378876,0.0377659;OID=.,.;OPOS=10696401,10696401;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.1:8,3:28:10,3:30:17:1,1:9,2:7:10:64:17:0,1:8,2:7:10 chr18 10731428 . C T 203.82 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00194935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9651;QD=22.6461;RBI=0.0132959;REFB=-0.0104252;REVB=0.0131523;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173225;STB=0.597459;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0204871;OID=.;OPOS=10731428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:14:6:8:8:14:6:8:8 chr18 10741011 . G A 982.44 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00298587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.811;QD=56.1393;RBI=0.0140489;REFB=-0.0529922;REVB=0.0137279;RO=2;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000794477;STB=0.50042;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=1.56083e-06;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:33:35:1:1:33:35:1:1 chr18 10748603 . A T 629.86 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065465;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.501;QD=61.4493;RBI=0.00868047;REFB=0;REVB=0.00570034;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26054e-05;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr18 10752666 . C T 201.93 PASS AF=0.526316;AO=15;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0193907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.797;QD=21.2556;RBI=0.0272405;REFB=-0.00574082;REVB=-0.0191322;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329436;STB=0.722648;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00214129;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:18:15:20:0.526316:12:3:7:6:16:4:11:7 chr18 10758023 . G A 1792.02 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00733587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.984;QD=59.2402;RBI=0.01534;REFB=-0.00461599;REVB=-0.0134722;RO=1;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655195;STB=0.506848;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000216718;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:72:47:0:1:72:47:0:2 chr18 10762962 . G A 993.8 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0850521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5702;QD=57.6115;RBI=0.0971473;REFB=-0.0388727;REVB=0.046944;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0074048;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:0:1:36:32:0:1 chr18 10763007 . T C 890.25 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2965;QD=57.4356;RBI=0.00280074;REFB=0;REVB=-0.00163174;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74889e-05;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:1:0:61:62:1:31:30:0:1:32:30:0:0 chr18 10787047 . G A 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91;QD=56.6961;RBI=0.0363001;REFB=0;REVB=0.016045;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84754e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr18 11609754 . G A 153.33 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0527518;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.538;QD=13.3328;RBI=0.052752;REFB=-0.00511902;REVB=-0.000163095;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198353;STB=0.606172;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.012167;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:6:11:13:15:6:11:14:15 chr18 11609863 . G A 381.7 PASS AF=0.541667;AO=37;DP=73;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00754095;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.633;QD=21.2053;RBI=0.0253942;REFB=-0.0200765;REVB=0.0242487;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185637;STB=0.514971;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0186021;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:32:33:37:39:0.541667:17:20:18:14:19:20:18:15 chr18 11609903 . CA GG 1074.21 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441357;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=297.053;QD=58.8606;RBI=0.0646315;REFB=0;REVB=0.0472152;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00181234;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:39:32:0:0:40:33:0:0 chr18 11610052 . T C 271.95 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0190975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.002;QD=17.5449;RBI=0.0191004;REFB=-0.0201889;REVB=-0.000332856;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131077;STB=0.516118;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0230667;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:15:14:15:17:15:15:15:17 chr18 11610073 . G A 273.77 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.010482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.288;QD=15.2096;RBI=0.0180676;REFB=-0.00136941;REVB=-0.0147162;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045124;STB=0.525531;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00193671;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:13:18:22:19:13:18:22:19 chr18 11610163 . G C 700.58 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0110116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7556;QD=50.9509;RBI=0.0398683;REFB=-0.0230091;REVB=0.0383174;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.526306;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00824298;OID=.;OPOS=11610163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:1:3:52:52:0.945455:25:27:1:0:25:27:3:0 chr18 11610332 . G T 336.66 PASS AF=0.435294;AO=35;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.028118;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.75;QD=15.8428;RBI=0.0327877;REFB=-0.0215651;REVB=0.0168646;RO=47;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673376;STB=0.544599;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.032827;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:35:37:0.435294:23:12:19:28:25:12:19:29 chr18 11610349 . G A 397.75 PASS AF=0.526316;AO=33;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0305606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2892;QD=20.9342;RBI=0.122316;REFB=0.00493932;REVB=0.118437;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124086;STB=0.553681;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00822071;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:33:40:0.526316:19:14:10:24:23:17:11:24 chr18 11610362 . G C 37.94 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0115998;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.355;QD=2.19966;RBI=0.0403539;REFB=-0.00347106;REVB=-0.0386507;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138639;STB=0.517198;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0395527;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:65:69:57:61:8:8:0.115942:5:3:22:35:5:3:24:37 chr18 11610382 . C A 263.4 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.014674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8851;QD=19.511;RBI=0.0463131;REFB=0.00810813;REVB=0.043927;RO=26;SAF=7;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637808;STB=0.535688;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00687169;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:21:7:8:18:21:7:8:18 chr18 11619521 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0419086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.41;QD=14.6507;RBI=0.120288;REFB=0.000203573;REVB=0.112751;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601011;STB=0.856027;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00681207;OID=.;OPOS=11619521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:5:0:5:1:5:0 chr18 11619523 . C A 31.65 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0639854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.089;QD=11.5075;RBI=0.0904664;REFB=-0.00647169;REVB=0.0639533;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596316;STB=0.826352;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0061654;OID=.;OPOS=11619523;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:4:1:5:0:4:1:5:1 chr18 11619552 . C T 305.94 PASS AF=1;AO=15;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.926;QD=53.2061;RBI=0.0762338;REFB=0;REVB=0.0343589;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482469;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:15:23:1:11:4:0:0:17:6:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 891.14 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766131;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=3;MLLD=172.476;QD=57.4928;RBI=0.0388724;REFB=-0.0435152;REVB=0.0381099;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000276812;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:65:62:62:0:27:35:0:0:4:0:24:34:0:0 chr18 11625886 . T C 1179.9 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00848528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9691;QD=58.2666;RBI=0.0432117;REFB=-0.13291;REVB=-0.0423704;RO=2;SAF=51;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182024;STB=0.509613;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00287888;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:28:51:2:0:28:51:2:0 chr18 11639356 . G C 2410.57 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.124;QD=64.2818;RBI=0.0641717;REFB=0;REVB=0.0634184;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55048e-05;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:150:0:0:145:150:1:67:78:0:0:72:78:0:0 chr18 11853053 . A G 763.15 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.17;QD=63.5955;RBI=0.0465054;REFB=0;REVB=0.0312669;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105682;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:27:19:0:0:28:20:0:0 chr18 11853731 . A G 1032.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259833;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.143;QD=59.8435;RBI=0.0111575;REFB=0;REVB=-0.0108508;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203039;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr18 11885084 . T C 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00731896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.589;QD=15.4185;RBI=0.00778424;REFB=-0.00947661;REVB=-0.00265089;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231463;STB=0.51308;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.012372;OID=.;OPOS=11885084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:15:14:17:20:15:14:17:20 chr18 11886563 . C G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.452;QD=62.6146;RBI=0.0366213;REFB=0;REVB=0.0175852;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22534e-05;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr18 11889467 . C T 245.93 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0197858;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0388;QD=15.6149;RBI=0.0220878;REFB=-0.0190869;REVB=0.009818;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199214;STB=0.620602;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00785942;OID=.;OPOS=11889467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:10:18:15:19:10:18:15:20 chr18 11893554 . C G 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.034826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.912;QD=19.7004;RBI=0.0351564;REFB=-0.0277569;REVB=-0.00480871;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129484;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0179912;OID=.;OPOS=11893554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:9:7:10:7:9:7 chr18 11999115 . T C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00587056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.023;QD=24.7082;RBI=0.00793955;REFB=0.00208649;REVB=0.00534536;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624999;STB=0.534801;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00162036;OID=.;OPOS=11999115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:9:8:9:14:9:8 chr18 12094031 . G T 95.12 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0829617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.6051;QD=11.1909;RBI=0.0829723;REFB=-0.00435726;REVB=0.0013233;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439992;STB=0.77099;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0186847;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:3:9:7:14:3:9:7:15 chr18 12274104 . G T 223.56 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0433463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8562;QD=19.8717;RBI=0.0434236;REFB=-0.0137693;REVB=0.00259051;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170602;STB=0.618068;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0173603;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:21:22:0.488889:6:15:12:10:6:16:12:11 chr18 12348285 . T C 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0271784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.559;QD=57.6029;RBI=0.0272297;REFB=-0.0700289;REVB=0.00167067;RO=2;SAF=28;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138068;STB=0.507358;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00397011;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:15:28:1:1:15:28:1:1 chr18 12351342 . C T 1514.68 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355732;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.578;QD=63.7759;RBI=0.0403667;REFB=0;REVB=0.0190791;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54751e-05;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr18 12760740 . T A 251.55 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0611777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4438;QD=20.5344;RBI=0.099217;REFB=0.0102348;REVB=-0.0781108;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026884;STB=0.515139;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00742325;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:16:9:8:16:16:9 chr18 12984144 . C A 519.9 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9407;QD=59.4177;RBI=0.0245145;REFB=0;REVB=-0.0237856;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214848;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr18 13001512 . G C 670.03 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.956;QD=62.3285;RBI=0.0280644;REFB=0;REVB=-0.00405769;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32734e-05;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr18 13001523 . G A 302.75 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0139957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.851;QD=25.7657;RBI=0.0143749;REFB=0.00206285;REVB=0.00328016;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391418;STB=0.529112;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.001614;OID=.;OPOS=13001523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:26:27:0.574468:13:13:9:11:13:14:9:11 chr18 13038431 . A G 415.33 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0147329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7523;QD=19.3175;RBI=0.0886455;REFB=-0.00115269;REVB=0.0874127;RO=43;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359664;STB=0.527218;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00213875;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:26:16:18:25:26:16:19:25 chr18 13056333 . C T 224.7 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0461205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.626;QD=19.5388;RBI=0.0463883;REFB=-0.0121507;REVB=-0.0049776;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167894;STB=0.595054;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.010968;OID=.;OPOS=13056333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:13:11:14:8:13:11 chr18 13068132 . T C 875.05 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.633;QD=57.3805;RBI=0.0579803;REFB=0;REVB=0.0169851;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203129;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:30:31:0:0 chr18 13069782 . C T 288.69 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.314;QD=52.4894;RBI=0.0931176;REFB=0;REVB=0.0872988;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846368;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr18 13092424 . G A 299.69 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0758972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.516;QD=19.0278;RBI=0.0759522;REFB=-0.0110982;REVB=-0.00288747;RO=30;SAF=20;SAR=11;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353122;STB=0.691075;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.020149;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:31:32:0.507937:11:20:7:23:11:21:8:23 chr18 13095609 . T C 1937.04 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185922;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.566;QD=61.9854;RBI=0.0293343;REFB=0;REVB=0.0226899;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62598e-06;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr18 13100451 . A G 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0107482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.074;QD=14.8505;RBI=0.0142872;REFB=-0.00505475;REVB=-0.00941283;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188861;STB=0.608585;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00761429;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:10:19:9:10:10:19 chr18 13116432 . G T 2967.18 PASS AF=0.989529;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=191;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00921524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.01;QD=62.1399;RBI=0.00921538;REFB=0.0342355;REVB=5.09913e-05;RO=2;SAF=93;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000158312;STB=0.500083;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-8.13211e-05;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:191:191:2:2:189:189:0.989529:96:93:1:1:96:93:1:1 chr18 14105016 . C A 76.06 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00638735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.783;QD=12.1688;RBI=0.0153029;REFB=-0.028964;REVB=-0.0139062;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181314;STB=0.608469;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.036301;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:8:7:3:7:8:7 chr18 14105853 . C A 238.16 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0302785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9366;QD=14.0094;RBI=0.0311438;REFB=-0.0169001;REVB=-0.00729012;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187853;STB=0.629144;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0236703;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:40:28:28:0.411765:18:10:20:17:18:10:23:17 chr18 14105923 . T C 798.52 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0209005;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=240.319;QD=49.9072;RBI=0.0209104;REFB=-0.128147;REVB=-0.000641473;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.000642355;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:0:5:59:59:0.921875:30:29:0:0:30:29:3:2 chr18 14186497 . G C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.064;QD=62.9798;RBI=0.0117241;REFB=0;REVB=0.00273909;RO=0;SAF=8;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06036e-05;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:37:8:0:0:37:8:0:0 chr18 14187255 . A T 89.33 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0239721;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3358;QD=11.9104;RBI=0.0338958;REFB=-0.0141612;REVB=-0.0239639;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361346;STB=0.695569;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0214734;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:32:30:18:19:11:11:0.366667:7:4:13:5:7:4:13:6 chr18 14187273 . C G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0203137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.986;QD=15.6508;RBI=0.0217477;REFB=-0.00753416;REVB=-0.00776644;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117353;STB=0.567485;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0170607;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:13:8:8:8:13:8 chr18 14187304 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00531002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.775;QD=14.2619;RBI=0.0131545;REFB=-0.00754752;REVB=-0.0120351;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12938;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0144026;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:15:9:8:8:15:9 chr18 14187327 . T G 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0278162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.904;QD=8.12763;RBI=0.0284224;REFB=0.00329708;REVB=0.00583879;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332142;STB=0.70271;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00979556;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:7:4:19:10:7:4:19:10 chr18 14187346 . A G 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0118511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.601;QD=7.25915;RBI=0.020185;REFB=-0.00227784;REVB=0.0163397;RO=29;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585417;STB=0.536768;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00776492;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:4:6:16:13:4:6:16:13 chr18 14513678 . T G 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00702515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.367;QD=1.88398;RBI=0.0107295;REFB=-0.00216765;REVB=0.0081099;RO=74;SAF=2;SAR=7;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38712;STB=0.789396;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0144035;OID=.;OPOS=14513678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:7:2:41:33:7:2:41:33 chr18 14533105 . G C 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00211388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.844;QD=9.62341;RBI=0.00822293;REFB=-0.000829952;REVB=-0.00794658;RO=42;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16549;STB=0.597348;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00136582;OID=.;OPOS=14533105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:11:9:25:17:11:9:25:17 chr18 14542916 . G T 38.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.119203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5282;QD=15.2473;RBI=0.121004;REFB=-0.0997911;REVB=-0.0208035;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.136091;OID=.;OPOS=14542916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr18 14542979 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0356976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.078;QD=24.0738;RBI=0.0357384;REFB=-0.00874038;REVB=0.00170678;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243242;STB=0.636165;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0110595;OID=.;OPOS=14542979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:6:1:7:6:6:1 chr18 14542995 . C T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00422549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0656;QD=14.6989;RBI=0.0369467;REFB=0.015024;REVB=0.0367042;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989856;STB=0.558038;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0286783;OID=.;OPOS=14542995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:10:5:3:9:10:5 chr18 14542999 . G A 95.94 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0171987;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.381;QD=10.9651;RBI=0.0568526;REFB=-0.017024;REVB=-0.0541887;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753952;STB=0.545376;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0199509;OID=.;OPOS=14542999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:23:23:12:12:0.342857:3:9:16:7:3:9:16:7 chr18 14543139 . T C 297.44 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.000662654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1383;QD=13.8343;RBI=0.00874483;REFB=-0.0138635;REVB=-0.00871968;RO=51;SAF=23;SAR=10;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150071;STB=0.587102;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0232772;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:52:33:34:0.395349:10:23:29:22:10:24:30:22 chr18 14752957 . G A 204.96 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00694216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4433;QD=10.6473;RBI=0.015051;REFB=-0.0131858;REVB=0.0133544;RO=48;SAF=8;SAR=18;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310978;STB=0.67532;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0147609;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:51:26:26:0.337662:18:8:28:20:18:8:29:22 chr18 14759244 . G C 223.7 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00802729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.269;QD=12.7829;RBI=0.0325671;REFB=0.00534352;REVB=-0.0315623;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106762;STB=0.561137;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00700028;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:13:14:18:25:13:14:18:25 chr18 14779969 . C G 262.64 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00710357;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.631;QD=14.5909;RBI=0.00771345;REFB=-0.0100766;REVB=-0.0030061;RO=42;SAF=7;SAR=23;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307809;STB=0.676344;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0150915;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:23:7:21:21:23:7:21:21 chr18 14779986 . G A 115.38 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00934204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.929;QD=5.8421;RBI=0.013657;REFB=-0.0049502;REVB=-0.00996192;RO=61;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107514;STB=0.566402;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0256137;OID=.;OPOS=14779986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:10:8:22:39:10:8:22:39 chr18 14780019 . G T 114.89 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00866997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.712;QD=5.74443;RBI=0.0221539;REFB=-0.00286574;REVB=-0.0203869;RO=62;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941686;STB=0.558341;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0135699;OID=.;OPOS=14780019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:18:18:0.225:10:8:23:39:10:8:23:39 chr18 14780024 . T C 103.46 PASS AF=0.2125;AO=16;DP=79;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0346881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9387;QD=5.17288;RBI=0.040895;REFB=-0.00211744;REVB=0.0216597;RO=63;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939871;STB=0.584107;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00799431;OID=.;OPOS=14780024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:63:63:16:17:0.2125:9:7:23:40:9:8:23:40 chr18 14780037 . C A 115.42 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0447955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.291;QD=5.84417;RBI=0.0449626;REFB=-0.000497845;REVB=-0.00387237;RO=60;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121341;STB=0.579625;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00222835;OID=.;OPOS=14780037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:61:18:18:0.227848:10:8:21:39:10:8:21:40 chr18 14796214 . G T 179.03 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.000768964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.018;QD=12.5633;RBI=0.00178687;REFB=-0.017444;REVB=0.00161295;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162039;STB=0.561349;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.023869;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:35:22:22:0.385965:11:11:21:11:11:11:21:14 chr18 14814651 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.156;QD=51.1846;RBI=0.0347559;REFB=0;REVB=-0.0240392;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53523e-06;OID=.;OPOS=14814651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr18 14848820 . C T 594.63 PASS AF=0.790323;AO=48;DP=67;FAO=49;FDP=62;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0140398;FXX=0.0882223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.564;QD=38.3634;RBI=0.0160444;REFB=-0.0158648;REVB=0.00776572;RO=12;SAF=29;SAR=19;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102982;STB=0.565249;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00395378;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:67:62:12:13:48:49:0.790323:19:29:4:8:19:30:4:9 chr18 14848821 . G A 100.95 PASS AF=0.238806;AO=12;DP=62;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0103478;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.814;QD=6.02697;RBI=0.0107677;REFB=-0.0132335;REVB=-0.00297777;RO=45;SAF=4;SAR=8;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345737;STB=0.645577;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0338027;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:45:51:12:16:0.238806:8:4:28:17:10:6:29:22 chr18 14850375 . G A 53.44 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.018763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.612;QD=7.63431;RBI=0.0339799;REFB=0.00158801;REVB=-0.02833;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948922;STB=0.603155;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00663231;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:18:20:8:8:0.285714:7:1:3:15:7:1:4:16 chr18 19034556 . T C 309.14 PASS AF=0.365385;AO=36;DP=102;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.000804786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.702;QD=11.8899;RBI=0.0131566;REFB=-0.0117545;REVB=-0.0131319;RO=66;SAF=11;SAR=25;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146077;STB=0.555827;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0205623;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:66:66:36:38:0.365385:25:11:28:38:25:13:28:38 chr18 19079853 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.343;QD=57.2371;RBI=0.0136724;REFB=0;REVB=-0.00374676;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08456e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr18 19080502 . TGGGA TGG,TGGA 41.75 PASS AF=0.15,0.1;AO=5,5;DP=39;FAO=6,4;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=1,0;FSAR=5,4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0263642,0.0421093;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=28.37,15.2606;QD=4.17475;RBI=0.213445,0.239365;REFB=-0.00909972,-0.0355963;REVB=-0.21181,-0.235632;RO=26;SAF=0,0;SAR=5,5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.716549,-0.716549;STB=0.832224,0.997508;STBP=0.122,0.026;TYPE=del,del;VARB=0.0733611,-0.0614211;OID=.,.;OPOS=19080505,19080503;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15,0.1:5,5:39:6,4:40:30:1,0:5,4:17:13:22:26:0,0:5,5:17:9 chr18 19100758 . A ATCT,T 312.55 PASS AF=0.574074,0.037037;AO=28,2;DP=56;FAO=31,2;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=6,0;FSAR=25,2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0247413,-0.0589696;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=149.857,69.5673;QD=23.1517;RBI=0.0247487,0.061371;REFB=-0.0240011,-0.0282766;REVB=0.000607939,-0.0169998;RO=24;SAF=4,0;SAR=24,2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.487763,-0.547397;STB=0.705647,0.995678;STBP=0.001,0.101;TYPE=ins,snp;VARB=0.0251608,0.150957;OID=.,.;OPOS=19100759,19100758;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:24:21:28,2:31,2:0.574074,0.037037:24,2:4,0:15:9:25,2:6,0:13:8 chr18 19153494 . C T 929.93 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0097721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0401;QD=55.5182;RBI=0.0104482;REFB=-0.122929;REVB=0.0036973;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185194;STB=0.503631;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00139057;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:1:2:65:65:0.970149:40:25:1:0:40:25:1:1 chr18 19154143 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0167381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.014;QD=13.2053;RBI=0.0304757;REFB=-0.0186922;REVB=-0.0254677;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327571;STB=0.687061;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0233361;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:6:0:1:5:6:0 chr18 19373962 . T TATG 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0129297;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=235.657;QD=21.0076;RBI=0.0129985;REFB=-0.000706959;REVB=-0.00133522;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252917;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000670446;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:19:37:19:36:17:10:9:9:8:99:18:10:9:10:8 chr18 19450303 . A G 130.55 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.796;QD=22.7048;RBI=0.00188351;REFB=-0.0248971;REVB=-0.000744805;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018083;STB=0.51019;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0173209;OID=.;OPOS=19450303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:3:6:9:5:3:6 chr18 19508949 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.7;QD=57.2025;RBI=0.0416309;REFB=0;REVB=-0.00316252;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226775;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr18 19710668 . A C 273.11 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0166373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3846;QD=24.276;RBI=0.044292;REFB=-0.0108112;REVB=0.0410485;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210061;STB=0.592519;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00949239;OID=.;OPOS=19710668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:20:24:25:0.555556:10:14:6:13:11:14:7:13 chr18 19840623 . A G 709.38 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9706;QD=54.5675;RBI=0.0347553;REFB=-0.0553328;REVB=0.00910342;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000598105;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:28:22:1:0:29:22:1:0 chr18 19995753 . T C 275.11 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00108328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.182;QD=15.4994;RBI=0.00613051;REFB=-0.0106568;REVB=-0.00603404;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658677;STB=0.537181;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0166891;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:16:15:22:18:16:15:22:18 chr18 19996011 . G A 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.024009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3706;QD=21.268;RBI=0.0636167;REFB=0.0103398;REVB=0.0589122;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522387;STB=0.513292;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00518272;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:7:6:9:8:7:7 chr18 20948731 . GA G 52.03 PASS AF=0.386364;AO=18;DP=42;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0110855;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.36103;QD=4.72989;RBI=0.166276;REFB=-0.111054;REVB=-0.165906;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620941;STB=0.671515;STBP=0.098;TYPE=del;VARB=0.127917;OID=.;OPOS=20948732;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:18:42:17:44:27:13:4:14:13:52:23:12:6:14:9 chr18 20953720 . G A 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0662175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7268;QD=14.9772;RBI=0.114582;REFB=0.0540264;REVB=0.0935105;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122307;STB=0.571288;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0424996;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:4:7:5:5:4:7 chr18 21017836 . T C 393.71 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.443;QD=56.2444;RBI=0.0198106;REFB=0;REVB=0.00363387;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13257e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr18 21100240 . C T 432.92 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0139559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.964;QD=16.1839;RBI=0.0151375;REFB=-0.0154027;REVB=0.00586314;RO=58;SAF=22;SAR=26;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708032;STB=0.509002;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0194613;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:26:22:27:31:26:22:28:31 chr18 21109250 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0472957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.753;QD=9.53606;RBI=0.0481996;REFB=-0.00455908;REVB=-0.00929085;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748206;STB=0.545378;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00991894;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:13:14:7:5:13:14 chr18 21124945 . C G 351.17 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0249819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8794;QD=23.4116;RBI=0.0285105;REFB=0.021777;REVB=0.0137388;RO=24;SAF=19;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154112;STB=0.592016;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0125563;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:25:35:35:0.583333:16:19:8:16:16:19:8:17 chr18 21413869 . T C 2145.3 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.855;QD=62.6365;RBI=0.0738652;REFB=0;REVB=0.0728988;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112689;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:126:137:0:0:126:137:1:71:55:0:0:81:56:0:0 chr18 21437931 . G C 494.45 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0116547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.723;QD=16.2113;RBI=0.0166903;REFB=-0.0136432;REVB=-0.0119472;RO=66;SAF=22;SAR=32;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475997;STB=0.527681;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0149866;OID=.;OPOS=21437931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:68:54:54:0.442623:32:22:30:36:32:22:31:37 chr18 21441717 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0646343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.146;QD=14.7985;RBI=0.0668771;REFB=-0.0285208;REVB=-0.0171741;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260718;STB=0.52936;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0316894;OID=.;OPOS=21441717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:8:3:3:9:8:3:3:10 chr18 21511089 . A G 1102.04 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0532475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.726;QD=58.7756;RBI=0.0534931;REFB=-0.105852;REVB=0.00512074;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000719815;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:28:46:0:0:28:46:1:0 chr18 21710321 . C T 1556.14 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.378;QD=59.8517;RBI=0.037372;REFB=0;REVB=-0.00399399;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08589e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:67:36:0:0:67:37:0:0 chr18 21739725 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.417;QD=61.3363;RBI=0.0216237;REFB=0;REVB=0.00515839;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29089e-05;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr18 21759055 . G C 739.22 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.924;QD=56.863;RBI=0.0351322;REFB=0;REVB=-0.00306731;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54292e-05;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:32:20:0:0 chr18 21759190 . G C 73.92 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00639955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2587;QD=19.7127;RBI=0.0530067;REFB=-0.0310626;REVB=0.052619;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0256195;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:15:15:5:6:9:9:0.6:3:6:2:3:3:6:2:4 chr18 22009559 . CTTAA C,CTTAG 252.8 PASS AF=0.571429,0;AO=25,2;DP=57;FAO=28,0;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12,0;FSAR=16,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00825858,0.0122358;FXX=0.155146;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=198.717,36.5014;QD=20.6364;RBI=0.0129718,0.0445945;REFB=-0.00663333,0.0158494;REVB=-0.0100032,0.042883;RO=22;SAF=10,0;SAR=15,2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123338,-0.518239;STB=0.541147,0.5;STBP=0.528,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00299064,0;OID=.,.;OPOS=22009560,22009563;OREF=TTAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429,0:25,2:57:28,0:49:21:12,0:16,0:11:10:99:22:10,0:15,2:12:10 chr18 22020543 . C G 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0495689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.811;QD=20.2682;RBI=0.0495937;REFB=-0.0114222;REVB=-0.00157074;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253785;STB=0.524452;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0119543;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:12:9:8:12:12:9:8:13 chr18 23597811 . T C 734.93 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.736;QD=61.2445;RBI=0.0614865;REFB=-0.142639;REVB=0.0588857;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00126451;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:47:47:0.979167:19:28:0:0:19:28:0:1 chr18 23873463 . T C 2360.13 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040217;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.047;QD=61.3021;RBI=0.0375166;REFB=0;REVB=0.0373005;RO=0;SAF=57;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42704e-05;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:152:154:1:95:57:0:0:97:57:0:0 chr18 23879134 . T C 138.47 PASS AF=0.928571;AO=10;DP=15;FAO=13;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210092;FXX=0.0666222;HRUN=10;LEN=1;MLLD=283.494;QD=39.562;RBI=0.0210165;REFB=-0.0675629;REVB=-0.000555191;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305955;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00153224;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:14:2:1:10:13:0.928571:6:4:1:1:6:7:1:0 chr18 24035399 . A G 665.98 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1569;QD=61.9517;RBI=0.0241701;REFB=0;REVB=-0.0240414;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305699;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:31:11:0:0:31:12:0:0 chr18 24269375 . C T 386.54 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00334774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.597;QD=18.1901;RBI=0.0527086;REFB=-0.0161421;REVB=0.0526022;RO=45;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112959;STB=0.562784;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00962049;OID=.;OPOS=24269375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:24:16:13:32:24:16:13:32 chr18 24445692 . C T 478.08 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0164399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.414;QD=17.8722;RBI=0.0177275;REFB=-0.0211747;REVB=0.00663291;RO=53;SAF=20;SAR=32;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116452;STB=0.565512;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0218362;OID=.;OPOS=24445692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:55:52:52:0.485981:32:20:27:26:32:20:28:27 chr18 25531066 . TTA T,TT,TTT 90.67 PASS AF=0,0.947368,0;AO=4,5,5;DP=26;FAO=0,18,0;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5,0;FSAR=0,13,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.406771,0.162814,0.606504;FXX=0.173837;HRUN=10,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=6.2011,6.78877,5.57463;QD=19.0886;RBI=0.410976,0.176519,0.607083;REFB=0.224087,0.0107734,-0.207933;REVB=-0.0586357,-0.0681966,-0.0265146;RO=5;SAF=1,2,2;SAR=3,3,3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.320004,-0.162496,-0.162496;STB=0.5,0.518498,0.5;STBP=1,0.608,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0403361,0.0249277,-0.0302066;OID=.,.,.;OPOS=25531067,25531068,25531068;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.947368,0:4,5,5:26:0,18,0:19:1:0,5,0:0,13,0:0:1:6:5:1,2,2:3,3,3:3:2 chr18 25543387 . G A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0524702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.395;QD=13.0606;RBI=0.053435;REFB=-0.0160286;REVB=-0.0101084;RO=39;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765532;STB=0.531472;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0257025;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:17:9:11:28:17:9:12:28 chr18 25565082 . A G 1617.79 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2049;QD=58.8286;RBI=0.0315647;REFB=-0.10951;REVB=-0.00652824;RO=1;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894596;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:110:1:0:108:110:1:68:40:0:1:69:41:0:0 chr18 25570228 . G C 2208.5 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00549671;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.861;QD=58.5032;RBI=0.0171119;REFB=-0.10613;REVB=0.016205;RO=3;SAF=73;SAR=75;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060422;STB=0.503177;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000200219;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:148:148:0.980132:75:73:1:2:75:73:1:2 chr18 25616451 . A T 234.97 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00513897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.151;QD=15.408;RBI=0.00570577;REFB=-0.0138992;REVB=-0.00247926;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327271;STB=0.518505;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0192808;OID=.;OPOS=25616451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:14:20:15:12:14:20 chr18 28570025 . G T 785.06 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2562;QD=57.0952;RBI=0.0355153;REFB=0;REVB=-0.00708161;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298471;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr18 28586964 . A G 1808.64 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.574;QD=60.7946;RBI=0.022352;REFB=0;REVB=0.0187973;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3064e-05;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:57:59:0:0:60:59:0:0 chr18 28610988 . C T 755.86 PASS AF=0.933333;AO=55;DP=59;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00240893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6152;QD=50.3905;RBI=0.033237;REFB=0.0327383;REVB=-0.0331496;RO=3;SAF=31;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102115;STB=0.504853;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0133939;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:60:3:4:55:56:0.933333:24:31:2:1:24:32:2:2 chr18 28611061 . A T 1334.93 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199913;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2239;QD=62.0896;RBI=0.0574867;REFB=0;REVB=0.0538987;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195671;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:39:45:0:0:41:45:0:0 chr18 28611139 . A C 650.83 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0400186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.22;QD=54.2357;RBI=0.0695227;REFB=-0.0245203;REVB=0.05685;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.53702;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00311146;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:1:4:44:44:0.916667:25:19:0:1:25:19:0:4 chr18 28720147 . C T 2470.31 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=165;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163576;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.663;QD=60.9954;RBI=0.016719;REFB=-0.138686;REVB=-0.00345774;RO=1;SAF=96;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493089;STB=0.50259;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=5.94402e-05;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:162:1:1:160:161:0.993827:64:96:1:0:65:96:1:0 chr18 28722039 . G A 434.88 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0697751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7359;QD=20.9582;RBI=0.070783;REFB=0.0189888;REVB=0.0119024;RO=40;SAF=18;SAR=25;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571586;STB=0.503161;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0189368;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:25:18:17:23:25:18:17:23 chr18 28722103 . T C 603.52 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.000225316;FXX=0.0537577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.476;QD=27.4329;RBI=0.0167133;REFB=-0.00252892;REVB=0.0167118;RO=33;SAF=20;SAR=33;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142908;STB=0.590022;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00238301;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:33:35:53:53:0.602273:33:20:19:14:33:20:21:14 chr18 28734749 . A G 323.75 PASS AF=0.4;AO=35;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0105073;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.143;QD=14.3891;RBI=0.027389;REFB=-0.0041866;REVB=0.0252934;RO=53;SAF=25;SAR=10;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898782;STB=0.544216;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00824402;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:35:36:0.4:10:25:34:19:11:25:34:20 chr18 28898294 . A G 551.24 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0498745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.427;QD=19.5128;RBI=0.0510381;REFB=-0.0239789;REVB=-0.0108361;RO=56;SAF=26;SAR=31;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736121;STB=0.504064;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0243834;OID=.;OPOS=28898294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:31:26:26:30:31:26:26:30 chr18 28913599 . C T 234.16 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0390522;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8063;QD=9.18281;RBI=0.0513619;REFB=-0.0250862;REVB=-0.0333612;RO=59;SAF=19;SAR=12;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13931;STB=0.631264;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0643901;OID=.;OPOS=28913599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:59:71:31:31:0.303922:12:19:29:30:12:19:30:41 chr18 28956904 . C T 119.27 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00350885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9203;QD=8.83498;RBI=0.0514934;REFB=-0.00526971;REVB=-0.0513738;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119611;STB=0.562422;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0155973;OID=.;OPOS=28956904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:38:16:16:0.296296:9:7:20:17:9:7:20:18 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 2267.67 PASS AF=0.0604027,0.939597;AO=26,119;DP=150;FAO=9,140;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=3,82;FSAR=6,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248844,-0.0289086;FXX=0.00666622;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.8547,40.8206;QD=60.8769;RBI=0.0400218,0.166766;REFB=0,0;REVB=0.0313451,0.164241;RO=0;SAF=3,80;SAR=23,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.36602e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0542763,0.00413284;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0604027,0.939597:26,119:150:9,140:149:0:3,82:6,58:0:0:13:0:3,80:23,39:0:0 chr18 28968959 . C T 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7135;QD=59.6768;RBI=0.0468663;REFB=0;REVB=-0.0035054;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020944;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr18 28986333 . A C 752.01 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357973;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.949;QD=56.7555;RBI=0.0358201;REFB=0;REVB=-0.00127646;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77585e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr18 29046606 . G A 467.94 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00381205;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.785;QD=22.5513;RBI=0.00389718;REFB=-0.0108436;REVB=0.000810121;RO=37;SAF=29;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221;STB=0.627648;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0123197;OID=.;OPOS=29046606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:37:38:45:45:0.542169:16:29:14:23:16:29:14:24 chr18 29055957 . A G 1669.83 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195746;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3106;QD=60.7212;RBI=0.0329822;REFB=0;REVB=0.0329241;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110907;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:59:51:0:0:59:51:0:0 chr18 29104698 . C T 252.69 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0148594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.537;QD=23.5058;RBI=0.0289991;REFB=0.00475543;REVB=0.0249028;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208682;STB=0.511618;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0020449;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:10:9:12:12:10:9 chr18 29122799 . G A 45.57 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.013064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.867;QD=8.67933;RBI=0.0260772;REFB=-0.010883;REVB=0.0225688;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260867;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0205902;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:14:14:6:7:0.333333:4:2:8:6:4:3:8:6 chr18 29126670 . T C 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00873971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.009;QD=17.7537;RBI=0.0183911;REFB=-0.0109157;REVB=0.0161818;RO=26;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121887;STB=0.510389;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0121612;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:18:7:7:19:18:7:8:19 chr18 29339910 . G T 150.95 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0222257;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.224;QD=37.7373;RBI=0.0271248;REFB=-0.0867329;REVB=-0.0155491;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129287;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00182947;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:8:6:2:0:8:6:2:0 chr18 29432624 . T C 104.57 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00812753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1387;QD=19.9187;RBI=0.0128099;REFB=-0.0152061;REVB=-0.00990139;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104918;STB=0.559899;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0276547;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:5:4:7:5:5:4 chr18 29451051 . CA C 63.68 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0144945;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.2575;QD=8.49025;RBI=0.0147053;REFB=-0.138948;REVB=-0.00248052;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506809;STB=0.79952;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.12324;OID=.;OPOS=29451052;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:14:30:14:30:16:2:12:10:6:63:14:2:12:9:5 chr18 29454644 . A G 145.84 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0200245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.266;QD=16.6673;RBI=0.0208927;REFB=-0.0120353;REVB=-0.00596022;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390572;STB=0.722915;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0161587;OID=.;OPOS=29454644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:14:5:11:5:14:5 chr18 29477770 . G A 291.02 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0207075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8373;QD=26.4565;RBI=0.0369328;REFB=-0.00380595;REVB=0.0305816;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138919;STB=0.576864;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00270682;OID=.;OPOS=29477770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:7:11:11:15:7:11 chr18 29488804 . A G 287.92 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00294443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.228;QD=25.0361;RBI=0.00927536;REFB=-0.00653889;REVB=0.0087956;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692378;STB=0.538432;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0042858;OID=.;OPOS=29488804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:9:11:12:14:9:11 chr18 29497573 . A G 694.49 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000305811;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.425;QD=56.6927;RBI=0.00268167;REFB=-0.0494473;REVB=-0.00266418;RO=3;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216656;STB=0.51154;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00449439;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:49:3:3:46:46:0.938776:22:24:1:2:22:24:1:2 chr18 29710880 . A AAG,G 240.17 PASS AF=0.333333,0;AO=28,8;DP=101;FAO=29,0;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=20,0;FSAR=9,0;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0135632,0.0132079;FXX=0.0842017;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=301.463,188.332;QD=11.0423;RBI=0.0151707,0.0135182;REFB=-0.00467041,-0.0105123;REVB=0.00679638,0.00287991;RO=64;SAF=19,0;SAR=9,8;SRF=31;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.235787,-0.632644;STB=0.674577,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00856871,0;OID=.,.;OPOS=29710881,29710880;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:87:64:58:28,8:29,0:0.333333,0:9,8:19,0:31:33:9,0:20,0:25:33 chr18 29772721 . T C 567.11 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00382747;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.244;QD=18.5937;RBI=0.00980546;REFB=-0.0103874;REVB=0.0090276;RO=62;SAF=17;SAR=42;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153535;STB=0.582201;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00993179;OID=.;OPOS=29772721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:63:59:59:0.483607:42:17:27:35:42:17:27:36 chr18 29795076 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.739;QD=58.7803;RBI=0.0233329;REFB=0;REVB=0.0228348;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97976e-05;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr18 29795101 . T C 908.76 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163197;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.918;QD=58.6293;RBI=0.0697692;REFB=0;REVB=0.0678337;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195446;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:56:62:1:29:27:0:0:35:27:0:0 chr18 30253010 . T C,TC 337.65 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=7,16;DP=29;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940684,0.0136509;FXX=0.0357015;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=51.1145,56.08;QD=50.0219;RBI=0.0144418,0.035108;REFB=0,0;REVB=0.0109579,0.0323454;RO=6;SAF=5,5;SAR=2,11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.304739,-0.011846;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0748081,0.021542;OID=.,.;OPOS=30253010,30253011;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:27:6:0:7,16:3,24:0.111111,0.888889:2,11:5,5:2:4:1,15:2,9:0:0 chr18 30804756 . C T 781.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5573;QD=56.829;RBI=0.0770547;REFB=0;REVB=-0.0660895;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663892;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr18 30846889 . G GT 388.51 PASS AF=1;AO=14;DP=88;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349204;FXX=0.37205;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.5049;QD=28.7786;RBI=0.198687;REFB=-0.0179007;REVB=-0.198656;RO=71;SAF=3;SAR=11;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00839002;OID=.;OPOS=30846890;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:88:54:54:0:2:52:0:0:8:71:3:11:28:43 chr18 30846895 . A T 1401.17 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.933;QD=62.2742;RBI=0.0298524;REFB=0;REVB=-0.0133388;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4422e-05;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:84:90:1:56:28:0:0:57:33:0:0 chr18 30908047 . A T 249.99 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.187;QD=49.9984;RBI=0.0222742;REFB=0;REVB=0.0194576;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38205e-05;OID=.;OPOS=30908047;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:20:0:0:11:20:1:1:10:0:0:6:14:0:0 chr18 31319098 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00399748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.196;QD=10.4724;RBI=0.0122063;REFB=-0.00211966;REVB=0.0115332;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415999;STB=0.749583;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00361963;OID=.;OPOS=31319098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:15:9:9:3:15:9 chr18 31320229 . A G 661.61 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389949;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3244;QD=61.5447;RBI=0.0912022;REFB=0;REVB=0.0824454;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152681;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:37:43:1:26:11:0:0:28:15:0:0 chr18 31324934 . A G 548.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.561;QD=57.7714;RBI=0.0285363;REFB=-0.0956483;REVB=-0.0102113;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587907;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:0:37:38:1:20:17:0:1:21:17:0:0 chr18 32468824 . CTTTTTTTCT CTTTTTTCT,CTTTTTTTTC 41.18 PASS AF=0.274194,0;AO=14,3;DP=66;FAO=17,0;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=1,0;FSAR=16,0;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.0101984,-0.0399631;FXX=0.0746157;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.89047,206.504;QD=2.65697;RBI=0.0851882,0.0400643;REFB=-0.112149,-0.00676248;REVB=0.0845755,0.00284689;RO=37;SAF=1,0;SAR=13,3;SRF=5;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.211544,-0.396542;STB=0.774891,0.5;STBP=0.075,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.129026,0;OID=.,.;OPOS=32468825,32468832;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=CTTTTTTCT,CTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.274194,0:14,3:66:17,0:62:45:1,0:16,0:10:35:42:37:1,0:13,3:5:32 chr18 32834095 . T C 154.0 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00653375;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4148;QD=13.6891;RBI=0.0706405;REFB=-0.00714433;REVB=0.0703377;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871903;STB=0.535478;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0121385;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:28:17:17:0.377778:10:7:9:18:10:7:10:18 chr18 32834186 . T G 46.88 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0491753;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7111;QD=8.93029;RBI=0.0492895;REFB=-0.0214015;REVB=-0.00335277;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351603;STB=0.726721;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0484199;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:13:14:7:7:0.333333:3:4:3:10:3:4:3:11 chr18 32887117 . G A 299.45 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00282058;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.12;QD=13.6115;RBI=0.00619193;REFB=-0.0037715;REVB=0.0055122;RO=52;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16743;STB=0.584868;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00778836;OID=.;OPOS=32887117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:52:54:34:34:0.386364:21:13:28:24:21:13:28:26 chr18 32889193 . C T 320.64 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0219181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.621;QD=19.1426;RBI=0.0285838;REFB=-0.0231583;REVB=-0.0183475;RO=32;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132515;STB=0.567017;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0240162;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:21:13:17:15:21:13:17:16 chr18 32916162 . T C 64.45 PASS AF=0.25;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0102281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.822;QD=6.44506;RBI=0.0275305;REFB=-0.00104152;REVB=0.02556;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261949;STB=0.699664;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00372175;OID=.;OPOS=32916162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:39:40:29:30:9:10:0.25:4:5:22:7:5:5:23:7 chr18 32917644 . T C 284.5 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0443067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.27;QD=17.7812;RBI=0.0463294;REFB=-0.0329048;REVB=0.0135402;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476197;STB=0.519987;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0493983;OID=.;OPOS=32917644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:33:31:31:0.484375:12:19:18:14:12:19:19:14 chr18 32947616 . A ATTTTAT,ATTTTATT,T 319.68 PASS AF=0.857143,0.0357143,0;AO=17,3,4;DP=30;FAO=24,1,0;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=8,0,0;FSAR=16,1,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0134837,-0.0123682,0.0275449;FXX=0.0666445;HRUN=4,4,2;LEN=6,7,1;MLLD=226.149,219.288,37.9657;QD=45.6685;RBI=0.0243899,0.0207604,0.0276951;REFB=0.0220586,0.0180354,0.0043471;REVB=-0.0203238,-0.016674,0.00288113;RO=4;SAF=7,1,0;SAR=10,2,4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0585141,0.0848588,-0.687804;STB=0.5,0.985111,0.5;STBP=1,0.528,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00346172,0.000827677,0;OID=.,.,.;OPOS=32947617,32947617,32947616;OREF=-,-,A;OALT=TTTTAT,TTTTATT,T;OMAPALT=ATTTTAT,ATTTTATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:28:4:3:17,3,4:24,1,0:0.857143,0.0357143,0:10,2,4:7,1,0:1:3:16,1,0:8,0,0:1:2 chr18 33290678 . C CTGAT 375.15 PASS AF=0.453488;AO=37;DP=89;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0175793;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.281;QD=17.449;RBI=0.018792;REFB=-0.0165016;REVB=0.00664144;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451627;STB=0.524421;STBP=0.714;TYPE=ins;VARB=0.020481;OID=.;OPOS=33290679;OREF=-;OALT=TGAT;OMAPALT=CTGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453488:37:89:39:86:47:19:20:25:22:99:47:18:19:25:22 chr18 33557466 . A G 285.98 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0153429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4503;QD=18.1576;RBI=0.0207217;REFB=-0.00565753;REVB=-0.0139278;RO=32;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430214;STB=0.524038;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00679243;OID=.;OPOS=33557466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:16:15:17:15:16:15:17:15 chr18 33647254 . A C 727.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.261;QD=63.25;RBI=0.0302848;REFB=0;REVB=0.00775071;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172325;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:15:30:0:0:15:31:0:0 chr18 33702162 . G A 266.15 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00459486;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.959;QD=20.0869;RBI=0.00466856;REFB=-0.00766832;REVB=0.000826277;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769806;STB=0.541371;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0101271;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:25:27:28:0.528302:19:8:8:13:20:8:9:16 chr18 33706614 . C G 1335.76 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114999;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.297;QD=62.1284;RBI=0.0182773;REFB=0;REVB=0.0142061;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343101;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:42:44:0:0 chr18 33721325 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0182986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5422;QD=12.781;RBI=0.0378908;REFB=-0.0326256;REVB=0.0331794;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302009;STB=0.677085;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0401051;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:10:4:6:4:10:4 chr18 33779705 . G A 437.03 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0127782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.302;QD=19.0011;RBI=0.0208343;REFB=-0.00548174;REVB=0.0164555;RO=48;SAF=27;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238549;STB=0.505195;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00394939;OID=.;OPOS=33779705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:48:43:44:0.478261:16:27:29:19:17:27:29:19 chr18 33779821 . C A 1495.23 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315285;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7898;QD=63.6267;RBI=0.0488876;REFB=0;REVB=-0.0487858;RO=0;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162702;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:32:62:0:0:32:62:0:0 chr18 33779855 . C T 386.97 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00312086;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.0904;QD=17.5896;RBI=0.0398629;REFB=-0.0101037;REVB=0.0397406;RO=48;SAF=29;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199954;STB=0.612617;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0105407;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:11:29:26:22:11:29:26:22 chr18 33779896 . A G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.312;QD=58.2382;RBI=0.0134693;REFB=0;REVB=-0.0122692;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57223e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr18 33780019 . CA C,CG 457.45 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=4,27;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205582,0.0247156;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.7955,75.348;QD=57.181;RBI=0.0317351,0.028102;REFB=0,0;REVB=-0.024176,-0.0133739;RO=0;SAF=2,7;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0886079,-0.000566947;OID=.,.;OPOS=33780020,33780020;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:4,27:32:1,31:32:0:0,9:1,22:0:0:5:0:2,7:2,20:0:0 chr18 33785093 . G A 426.96 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0043247;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.914;QD=21.6181;RBI=0.00574809;REFB=-0.0119564;REVB=0.00378648;RO=36;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971116;STB=0.558903;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00889186;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:36:37:42:42:0.531646:22:20:13:23:22:20:13:24 chr18 33785185 . A G 804.93 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.071;QD=64.3942;RBI=0.0169936;REFB=0;REVB=0.0085601;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96699e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr18 33831189 . C A 410.04 PASS AF=0.427273;AO=46;DP=108;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0275909;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7402;QD=14.9107;RBI=0.0322768;REFB=-0.0137151;REVB=-0.0167492;RO=61;SAF=14;SAR=32;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219661;STB=0.619988;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0211163;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:61:63:46:47:0.427273:32:14:31:30:33:14:31:32 chr18 34205551 . C T 993.02 PASS AF=0.608392;AO=87;DP=145;FAO=87;FDP=143;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0409215;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.449;QD=27.7766;RBI=0.0411097;REFB=-0.0279765;REVB=-0.00392908;RO=55;SAF=40;SAR=47;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353755;STB=0.522806;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.019659;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:55:56:87:87:0.608392:47:40:28:27:47:40:29:27 chr18 34366846 . G A 221.58 PASS AF=0.490196;AO=22;DP=49;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00225848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.436;QD=17.3785;RBI=0.0192947;REFB=-0.00682216;REVB=0.019162;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320064;STB=0.664997;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00623144;OID=.;OPOS=34366846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:25:26:22:25:0.490196:10:12:5:20:12:13:5:21 chr18 34378445 . G A 1950.05 PASS AF=0.984615;AO=124;DP=126;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.049021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.859;QD=60.0017;RBI=0.0526641;REFB=-0.0248456;REVB=0.019247;RO=2;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137676;STB=0.507142;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00266105;OID=.;OPOS=34378445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:130:2:2:124:128:0.984615:68:56:0:2:69:59:0:2 chr18 34850846 . G A 101.58 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0542785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.775;QD=16.9303;RBI=0.0557537;REFB=-0.0254037;REVB=0.0127405;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115026;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0294496;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:23:24:12:12:11:12:0.5:5:6:5:7:6:6:5:7 chr18 39761310 . A G 639.15 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.095;QD=59.4554;RBI=0.0481571;REFB=-6.66885e-05;REVB=0.0100179;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.51851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-2.3958e-05;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:29:13:1:0:29:13:1:0 chr18 40323497 . G T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00128602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.275;QD=21.3532;RBI=0.0139226;REFB=-0.0160621;REVB=-0.0138631;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177266;STB=0.599854;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00762645;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:7:2:6:7:7:2 chr18 40554120 . A G 552.54 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00416252;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.702;QD=25.1154;RBI=0.00490817;REFB=-0.00130036;REVB=-0.00260068;RO=35;SAF=28;SAR=23;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897369;STB=0.560225;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00156408;OID=.;OPOS=40554120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:37:51:51:0.579545:23:28:15:20:23:28:15:22 chr18 42456653 . G A 285.72 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0834727;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.96;QD=20.0503;RBI=0.0835875;REFB=-0.0048761;REVB=-0.004379;RO=27;SAF=1;SAR=29;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558517;STB=0.825303;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00510491;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:27:30:30:0.526316:29:1:7:20:29:1:7:20 chr18 42456670 . C CTCTT,T 264.3 PASS AF=0.4,0.127273;AO=22,7;DP=58;FAO=22,7;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=1,1;FSAR=21,6;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0438357,0.0206124;FXX=0.0677851;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=229.314,92.078;QD=19.2218;RBI=0.0439041,0.0209338;REFB=-0.0173149,-0.00323642;REVB=0.0024503,-0.00365432;RO=29;SAF=1,1;SAR=21,6;SRF=4;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.329411,0.012215;STB=0.709205,0.517191;STBP=0.123,0.995;TYPE=ins,snp;VARB=0.0224012,-0.0246311;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:29:26:22,7:22,7:0.4,0.127273:21,6:1,1:4:25:21,6:1,1:4:22 chr18 42531180 . A T 228.48 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0429748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.913;QD=22.2911;RBI=0.0591461;REFB=-0.0306028;REVB=0.0406377;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329041;STB=0.526291;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0285835;OID=.;OPOS=42531180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:7:14:12:7:7:15:12:7 chr18 42532606 . G A 784.79 PASS AF=0.543478;AO=74;DP=137;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0128118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.92;QD=22.7475;RBI=0.0129623;REFB=-0.00654183;REVB=-0.00196942;RO=61;SAF=33;SAR=41;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245517;STB=0.517773;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00607665;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:61:63:74:75:0.543478:41:33:29:32:41:34:31:32 chr18 42533130 . A G 738.93 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00436145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.115;QD=54.7355;RBI=0.0319977;REFB=-0.035427;REVB=0.0316991;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000388645;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:27:26:0:0:27:26:1:0 chr18 43206985 . A G 1942.87 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00595146;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.303;QD=61.1928;RBI=0.0155649;REFB=-0.0379972;REVB=-0.0143822;RO=1;SAF=52;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904992;STB=0.504761;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00128631;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:127:1:1:126:126:0.992126:74:52:1:0:74:52:1:0 chr18 43246156 . G A 267.43 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00594657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.609;QD=13.7144;RBI=0.00895222;REFB=0.00214827;REVB=0.00669183;RO=46;SAF=24;SAR=7;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281558;STB=0.669756;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00333222;OID=.;OPOS=43246156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:7:24:25:21:7:24:25:22 chr18 43247001 . C G 210.2 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0480463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.158;QD=15.5701;RBI=0.0578954;REFB=-0.00963588;REVB=0.0323021;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326202;STB=0.518503;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0283884;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:16:14:12:12:16:14 chr18 43262359 . G A 694.62 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199404;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6335;QD=63.1475;RBI=0.0217967;REFB=0;REVB=-0.00880218;RO=0;SAF=4;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97848e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304961;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:40:4:0:0:40:4:0:0 chr18 43310414 . AG A,AA 425.71 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=9,18;DP=27;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228792,0.0224687;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.345,258.367;QD=56.761;RBI=0.219733,0.197732;REFB=0,0;REVB=0.218538,0.196451;RO=0;SAF=6,15;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.32e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0172348,0.00878282;OID=.,.;OPOS=43310415,43310415;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:9,18:27:1,29:30:0:1,20:0,9:0:0:7:0:6,15:3,3:0:0 chr18 43316538 . A G 696.26 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.413;QD=60.5444;RBI=0.0415122;REFB=0;REVB=0.0190996;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299063;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr18 43416974 . T A 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00931442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.106;QD=46.9559;RBI=0.00975874;REFB=-0.0520384;REVB=-0.0029111;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00299563;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr18 43420177 . G A,C 744.98 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=44,3;DP=47;FAO=45,3;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033476,0.0176555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.103,182.261;QD=62.0815;RBI=0.0367471,0.0200825;REFB=0,0;REVB=0.015156,0.00957036;RO=0;SAF=23,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2717e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.81038e-05,0.0251877;OID=.,.;OPOS=43420177,43420177;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:47:48:0:0:44,3:45,3:0.9375,0.0625:21,3:23,0:0:0:21,3:24,0:0:0 chr18 43481075 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.16;QD=49.5992;RBI=0.0135512;REFB=0;REVB=-0.00993285;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85833e-06;OID=.;OPOS=43481075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr18 43490602 . G A 362.38 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00762842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.903;QD=49.983;RBI=0.0408099;REFB=-0.0183749;REVB=0.0400906;RO=1;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226895;STB=0.512187;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000563374;OID=.;OPOS=43490602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:1:1:27:28:0.965517:20:7:0:1:20:8:0:1 chr18 43547127 . TGG GTG,T,TG 467.5 PASS AF=0,0.0714286,0.928571;AO=2,6,31;DP=42;FAO=0,3,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,16;FSAR=0,3,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100267,0.000231931,0.000266589;FXX=0.0454442;HRUN=1,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=5.6571,9.93004,14.7938;QD=44.5241;RBI=0.0139635,0.0771818,0.150075;REFB=0,0,0;REVB=-0.00971828,-0.0771815,-0.150075;RO=0;SAF=2,0,13;SAR=0,6,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.47619,0.47619;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,5.33668e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0385165,-0.0196902;OID=.,.,.;OPOS=43547127,43547128,43547128;OREF=TG,GG,G;OALT=GT,-,-;OMAPALT=GTG,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:12:42:42:0:0:2,6,31:0,3,39:0,0.0714286,0.928571:0,6,18:2,0,13:0:0:0,3,23:0,0,16:0:0 chr18 43685173 . TA T,TT 39.74 PASS AF=0.268293,0.0487805;AO=16,2;DP=41;FAO=11,2;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7,1;FSAR=4,1;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00882586,0.0279847;FXX=0.0238039;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.38597,20.4975;QD=3.87704;RBI=0.0636253,0.119041;REFB=-0.0876616,-0.0568671;REVB=0.0630102,0.115705;RO=20;SAF=11,1;SAR=5,1;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0938807,-0.0981437;STB=0.533274,0.665195;STBP=0.847,0.714;TYPE=del,snp;VARB=0.100894,-0.0278635;OID=.,.;OPOS=43685174,43685174;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293,0.0487805:16,2:41:11,2:41:28:7,1:4,1:19:9:31:20:11,1:5,1:12:8 chr18 43833701 . T TCTG 448.89 PASS AF=0.483871;AO=42;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0149761;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.016;QD=19.307;RBI=0.015123;REFB=-0.00249001;REVB=0.002103;RO=49;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681279;STB=0.519991;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=0.00238354;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:42:94:45:93:48:18:27:21:27:99:49:16:26:22:27 chr18 43843736 . T G 410.89 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4726;QD=56.6742;RBI=0.193879;REFB=0;REVB=0.185614;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595511;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:8:20:0:0:9:20:0:0 chr18 44040336 . TGAAAAAAAAAAC ATGAAAAAAAAAC,TGAAAAAAAAAAA 33.26 PASS AF=0,0.0833333;AO=4,5;DP=62;FAO=0,5;FDP=60;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=55;FSAF=0,2;FSAR=0,3;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0224288,0.00222781;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=17.0954,233.067;QD=2.21754;RBI=0.0732517,0.00828997;REFB=0.0146528,-0.00409272;REVB=-0.0697335,-0.00798501;RO=27;SAF=4,2;SAR=0,3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.624832,-0.0959474;STB=0.5,0.583556;STBP=1,0.764;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0101732;OID=.,.;OPOS=44040336,44040348;OREF=TGA,C;OALT=ATG,A;OMAPALT=ATGAAAAAAAAAC,TGAAAAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:62:60:27:55:4,5:0,5:0,0.0833333:0,3:4,2:13:14:0,3:0,2:27:28 chr18 44040559 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00421933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.891;QD=9.19978;RBI=0.00786257;REFB=-0.0116377;REVB=0.00663455;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413404;STB=0.752737;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0128684;OID=.;OPOS=44040559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:4:9:2:5:4:9 chr18 44040660 . T C 388.38 PASS AF=0.637931;AO=36;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0200726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8988;QD=26.7846;RBI=0.0672733;REFB=0.00527364;REVB=0.064209;RO=21;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126991;STB=0.57305;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00299146;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:21:21:36:37:0.637931:15:21:16:5:16:21:16:5 chr18 44063598 . G A 633.44 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0189543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7473;QD=15.836;RBI=0.020008;REFB=0.000639933;REVB=0.00640727;RO=89;SAF=34;SAR=36;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312626;STB=0.514282;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00120428;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:89:90:70:70:0.4375:36:34:46:43:36:34:46:44 chr18 44126909 . T C 440.03 PASS AF=0.451613;AO=35;DP=96;FAO=42;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.000184245;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.542;QD=18.9258;RBI=0.001522;REFB=-0.0528928;REVB=-0.00151081;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653112;STB=0.521063;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0518466;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:33:36:35:42:0.451613:13:22:23:10:17:25:23:13 chr18 44260054 . T C 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0964025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2557;QD=18.3428;RBI=0.103283;REFB=0.00540167;REVB=0.0370667;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370643;STB=0.709445;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00820452;OID=.;OPOS=44260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:14:4:11:6:14:4 chr18 44470706 . G A 834.23 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5683;QD=57.5333;RBI=0.0674313;REFB=0;REVB=0.0221517;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804944;OID=.;OPOS=44470706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr18 44561124 . G C 135.85 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0152887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7097;QD=17.5285;RBI=0.0475869;REFB=-0.0505287;REVB=-0.045064;RO=16;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159075;STB=0.589371;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0295459;OID=.;OPOS=44561124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:2:13:15:1:2:13:15:1 chr18 44561292 . T G 306.07 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5592;QD=53.2289;RBI=0.0480085;REFB=0;REVB=-0.0426438;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116118;OID=.;OPOS=44561292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr18 44584658 . C T 143.01 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00109312;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.57;QD=12.7116;RBI=0.00954913;REFB=0.000289842;REVB=-0.00948636;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049575;STB=0.538414;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.000648791;OID=.;OPOS=44584658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:29:16:16:0.355556:9:7:11:17:9:7:11:18 chr18 44610718 . T C 696.71 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128694;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.551;QD=54.6441;RBI=0.0131321;REFB=-0.0437402;REVB=0.00261336;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000837537;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:49:50:0.980392:25:24:1:0:25:25:1:0 chr18 44757344 . G A 1462.4 PASS AF=0.971698;AO=98;DP=102;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00371645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.811;QD=55.185;RBI=0.0275555;REFB=0.055323;REVB=0.0273037;RO=3;SAF=41;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492308;STB=0.501912;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000803808;OID=.;OPOS=44757344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:106:3:3:98:103:0.971698:57:41:1:2:62:41:1:2 chr18 44760901 . G A 279.53 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0383323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8393;QD=48.6136;RBI=0.0394853;REFB=0.0606857;REVB=0.00947221;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00213522;OID=.;OPOS=44760901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr18 46001932 . A G 720.26 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000321508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.308;QD=54.3592;RBI=0.0180988;REFB=-0.00131995;REVB=0.0180959;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229599;STB=0.511623;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=3.46285e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:20:31:0:1:21:31:0:1 chr18 46163042 . GC CG,G 36.5 PASS AF=0,0.194118;AO=9,64;DP=171;FAO=0,33;FDP=170;FR=.;FRO=137;FSAF=0,23;FSAR=0,10;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=-0.100024,-0.165898;FXX=0.0116272;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=38.738,6.69521;QD=0.858733;RBI=0.1052,0.177271;REFB=-0.0499964,-0.185933;REVB=-0.032592,-0.0624726;RO=84;SAF=9,41;SAR=0,23;SRF=37;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.643606,0.206106;STB=0.5,0.644769;STBP=1,0.072;TYPE=mnp,del;VARB=0.0255971,0.144556;OID=.,.;OPOS=46163042,46163043;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:171:170:84:137:9,64:0,33:0,0.194118:0,23:9,41:37:47:0,10:0,23:72:65 chr18 46284587 . T C 761.33 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0462899;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4756;QD=53.427;RBI=0.0462901;REFB=-0.0536636;REVB=0.000116523;RO=2;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362231;STB=0.519224;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00617409;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:25:30:0:2:25:30:0:2 chr18 46545924 . A G 1349.95 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141368;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.959;QD=61.3613;RBI=0.0154536;REFB=0.014586;REVB=-0.00624202;RO=1;SAF=10;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061152;STB=0.503225;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-9.59599e-05;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:88:1:1:87:87:0.988636:77:10:0:1:77:10:0:1 chr18 46545979 . A C 516.01 PASS AF=0.434109;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=66;FWDB=-0.000800301;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.506;QD=16.0002;RBI=0.0103287;REFB=-0.0379789;REVB=-0.0102976;RO=69;SAF=3;SAR=53;SRF=6;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138187;STB=0.597479;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.057962;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:69:73:56:56:0.434109:53:3:6:63:53:3:7:66 chr18 46576058 . T C 197.53 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0079712;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.088;QD=20.2592;RBI=0.0378025;REFB=-0.0315998;REVB=0.0369525;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366709;STB=0.675869;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0161293;OID=.;OPOS=46576058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:19:20:0.512821:4:15:8:11:5:15:8:11 chr18 47013723 . A T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00526122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.73;QD=18.7953;RBI=0.0188678;REFB=-0.0185762;REVB=0.0181194;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794133;STB=0.529704;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0218224;OID=.;OPOS=47013723;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:27:23:23:0.46:14:9:11:12:14:9:12:15 chr18 47014953 . G GTGT 43.36 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00397491;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=174.847;QD=7.22622;RBI=0.00824381;REFB=-0.0059647;REVB=0.00722222;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334106;STB=0.571225;STBP=0.715;TYPE=ins;VARB=0.0137139;OID=.;OPOS=47014954;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=GTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:6:24:7:24:17:4:3:8:9:43:17:3:3:8:9 chr18 47017820 . A G 309.22 PASS AF=0.381443;AO=33;DP=94;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0224964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.2104;QD=12.7512;RBI=0.0262038;REFB=-0.0214976;REVB=0.0134369;RO=46;SAF=17;SAR=16;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164989;STB=0.595242;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0273281;OID=.;OPOS=47017820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:46:60:33:37:0.381443:16:17:31:15:18:19:40:20 chr18 47318626 . T C 470.27 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0210121;FXX=0.0176975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.286;QD=16.9467;RBI=0.0211617;REFB=-0.020664;REVB=0.00251117;RO=59;SAF=21;SAR=30;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779962;STB=0.548368;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0313764;OID=.;OPOS=47318626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:60:51:51:0.459459:30:21:29:30:30:21:30:30 chr18 47352639 . A C 47.65 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00467562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.629;QD=2.44354;RBI=0.00615152;REFB=-0.00344116;REVB=-0.00399748;RO=68;SAF=5;SAR=5;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897697;STB=0.563977;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0169973;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:68:68:10:10:0.128205:5:5:29:39:5:5:29:39 chr18 47352677 . A C 66.47 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00141725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.998;QD=3.79851;RBI=0.0183276;REFB=-0.00444358;REVB=-0.0182727;RO=54;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358641;STB=0.547187;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0364768;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:54:58:12:12:0.171429:7:5:21:33:7:5:21:37 chr18 47397996 . T C 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0145056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.43;QD=19.9907;RBI=0.0185212;REFB=-0.00999553;REVB=-0.0115162;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185585;STB=0.604841;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0190232;OID=.;OPOS=47397996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:8:14:10:13:8:14:10:13 chr18 47398549 . G A 587.28 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0218626;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.036;QD=21.1631;RBI=0.0245679;REFB=-0.0184526;REVB=0.0112076;RO=49;SAF=21;SAR=38;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816349;STB=0.561495;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0266599;OID=.;OPOS=47398549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:52:59:59:0.531532:38:21:22:27:38:21:25:27 chr18 47405425 . T TGAG 344.42 PASS AF=0.39604;AO=35;DP=105;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0229555;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.134;QD=13.6405;RBI=0.0238792;REFB=-0.00981246;REVB=0.00657707;RO=62;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425612;STB=0.529602;STBP=0.632;TYPE=ins;VARB=0.0167415;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39604:35:105:40:101:61:19:21:26:35:99:62:16:19:26:36 chr18 47429022 . C T 584.12 PASS AF=0.420382;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=157;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.00103511;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.908;QD=14.882;RBI=0.00486063;REFB=-0.0175855;REVB=-0.00474913;RO=91;SAF=25;SAR=41;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243126;STB=0.636044;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0220011;OID=.;OPOS=47429022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:91:91:66:66:0.420382:41:25:56:35:41:25:56:35 chr18 47500836 . G A 716.02 PASS AF=0.460606;AO=75;DP=163;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00418641;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.434;QD=17.3581;RBI=0.0348207;REFB=-0.0100361;REVB=0.0345681;RO=85;SAF=40;SAR=35;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826225;STB=0.554481;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0114502;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:85:89:75:76:0.460606:35:40:38:47:35:41:39:50 chr18 47563299 . T C 742.15 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00907143;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1398;QD=54.9738;RBI=0.0109902;REFB=-0.0611812;REVB=0.00620433;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00286595;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr18 47795629 . C A 1174.84 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0174779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2232;QD=58.017;RBI=0.0452237;REFB=0.0158699;REVB=0.0417098;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106383;STB=0.501424;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.000900774;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:1:2:79:79:0.975309:35:44:1:0:35:44:1:1 chr18 47800179 . G C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.021603;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.695;QD=13.0537;RBI=0.0216954;REFB=-0.0126221;REVB=0.00200036;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264845;STB=0.649648;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0194954;OID=.;OPOS=47800179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:7:28:13:10:7:28 chr18 47803354 . C T 344.67 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00910443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.533;QD=19.1485;RBI=0.0118261;REFB=-0.00813289;REVB=-0.00754765;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00843094;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:20:16:15:20:20:16:16:20 chr18 47810251 . C G 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.046537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.028;QD=17.1584;RBI=0.0475575;REFB=-0.0177668;REVB=-0.00979897;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116633;STB=0.558851;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0255424;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:44:37:37:0.45679:17:20:18:25:17:20:19:25 chr18 47810351 . A G 168.03 PASS AF=0.392157;AO=18;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0204713;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.072;QD=13.1791;RBI=0.0248063;REFB=-0.0198591;REVB=0.0140099;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113651;STB=0.528897;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0288841;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:31:18:20:0.392157:10:8:11:21:12:8:11:20 chr18 47908556 . G A 579.96 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460167;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.918;QD=61.0486;RBI=0.0470341;REFB=0;REVB=-0.00973007;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31522e-05;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr18 48327815 . G A 232.84 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0347121;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.437;QD=23.2838;RBI=0.0351282;REFB=-0.00877044;REVB=-0.00539052;RO=18;SAF=5;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05569;STB=0.531221;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00748645;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:17:5:5:13:17:5:5:13 chr18 48331553 . T C 164.37 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0429012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5113;QD=13.6977;RBI=0.0433346;REFB=-0.0106365;REVB=-0.00611377;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286012;STB=0.666481;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0129862;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:6:12:12:18:6:12:12:18 chr18 48333203 . C G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.587;QD=60.9778;RBI=0.0462778;REFB=0;REVB=0.0206863;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195885;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr18 48578977 . GT G 41.66 PASS AF=0.470588;AO=13;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0916397;FXX=0.0285633;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.61736;QD=4.90075;RBI=0.10562;REFB=-0.0707816;REVB=0.0525145;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149726;STB=0.538413;STBP=0.707;TYPE=del;VARB=0.0881419;OID=.;OPOS=48578978;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:13:35:16:34:18:6:10:8:10:41:15:5:8:6:9 chr18 48723217 . C T 220.55 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0413033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.252;QD=40.0999;RBI=0.0728415;REFB=0.00423275;REVB=0.0599993;RO=2;SAF=15;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723358;STB=0.524449;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000831648;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:22:22:2:3:19:19:0.863636:4:15:1:1:4:15:2:1 chr18 49072801 . C T 423.73 PASS AF=0.525;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0578471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.056;QD=21.1866;RBI=0.0624694;REFB=0.0125179;REVB=-0.0235828;RO=37;SAF=12;SAR=30;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234113;STB=0.636997;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00900179;OID=.;OPOS=49072801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:38:42:42:0.525:30:12:20:17:30:12:21:17 chr18 49867165 . A G 637.69 PASS AF=0.453947;AO=67;DP=150;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00235854;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6021;QD=16.7812;RBI=0.0275127;REFB=-0.0126278;REVB=-0.0274115;RO=83;SAF=32;SAR=35;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521382;STB=0.520391;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0175797;OID=.;OPOS=49867165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:83:83:67:69:0.453947:35:32:44:39:35:34:44:39 chr18 49867224 . T C 2534.71 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0336898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.19;QD=60.3503;RBI=0.0351821;REFB=0.00372243;REVB=-0.0101378;RO=1;SAF=76;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622069;STB=0.506493;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=9.24062e-06;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:168:1:2:166:166:0.988095:90:76:1:0:90:76:2:0 chr18 50432602 . C G 309.37 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00606799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6415;QD=16.071;RBI=0.00627722;REFB=0.00752485;REVB=-0.00160719;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19008;STB=0.606918;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0105343;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:14:20:17:26:14:20:17:26 chr18 51681244 . T C 92.49 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.00587374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.676;QD=5.60551;RBI=0.0061883;REFB=-0.0101262;REVB=0.00194788;RO=47;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383327;STB=0.736872;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0289851;OID=.;OPOS=51681244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:66:66:47:51:15:15:0.227273:6:9:13:34:6:9:14:37 chr18 51795957 . GCGACGAC GCGAC,GCGA,GCGGCGAC 428.14 PASS AF=0.506329,0,0.0253165;AO=23,13,3;DP=83;FAO=40,0,2;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=9,0,0;FSAR=31,0,2;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00101652,-0.0124102,0.00104511;FXX=0.048187;HRUN=1,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=175.036,191.659,74.0656;QD=21.6778;RBI=0.00592087,0.0211179,0.00333628;REFB=-0.0369996,-0.0283061,-0.0314363;REVB=0.00583295,-0.0170866,-0.00316837;RO=27;SAF=7,0,0;SAR=16,13,3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.109826,-0.774608,-0.524993;STB=0.547195,0.5,0.992907;STBP=0.487,1,0.348;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0310125,0,0.102309;OID=.,.,.;OPOS=51795958,51795961,51795960;OREF=CGA,CGAC,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCGAC,GCGA,GCGGCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506329,0,0.0253165:23,13,3:83:40,0,2:79:37:9,0,0:31,0,2:11:26:99:27:7,0,0:16,13,3:11:16 chr18 51820805 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00122641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.501;QD=12.2128;RBI=0.048602;REFB=-0.0217064;REVB=-0.0485866;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564458;STB=0.533283;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.050023;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:9:13:7:6:9:13 chr18 52265308 . A C 322.32 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0259802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.378;QD=19.2429;RBI=0.0260026;REFB=-0.00852034;REVB=0.00107978;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108197;STB=0.506021;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00616724;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:13:21:20:13:13:21:20:13 chr18 52570281 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.983;QD=52.6131;RBI=0.0228605;REFB=0;REVB=0.00182445;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5829e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr18 52605188 . C T 112.2 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0118017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2592;QD=16.6216;RBI=0.0593596;REFB=-0.0209946;REVB=0.0581746;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230746;STB=0.631394;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.034605;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:11:3:6:7:11:3 chr18 52889967 . T C 107.65 PASS AF=0.342105;AO=14;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00408442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.287;QD=11.332;RBI=0.0144467;REFB=0.00827494;REVB=-0.0138573;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402825;STB=0.71013;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0142281;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:14:13:0.342105:9:5:18:6:8:5:18:7 chr18 52895531 . T C 189.86 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0126226;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.376;QD=12.8718;RBI=0.0156177;REFB=-0.00833336;REVB=-0.00919685;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779992;STB=0.544984;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00964019;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:15:21:15:8:15:21 chr18 53177774 . G C 109.87 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0178847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6535;QD=14.6488;RBI=0.02386;REFB=-0.0186698;REVB=0.0157935;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230989;STB=0.632005;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0269561;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:14:3:5:8:14:3 chr18 53303101 . C G 1127.63 PASS AF=1;AO=43;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531278;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.349;QD=60.9528;RBI=0.137893;REFB=0;REVB=0.13779;RO=0;SAF=39;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.15207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326024;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:43:74:1:4:39:0:0:33:41:0:0 chr18 54339818 . C G 1028.88 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3955;QD=57.9649;RBI=0.0336057;REFB=-0.00130432;REVB=0.00630028;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160235;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000634614;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:41:29:1:0:41:29:1:0 chr18 54448778 . G A 583.87 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00580394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.551;QD=23.8312;RBI=0.0680006;REFB=-0.0223983;REVB=0.0677524;RO=44;SAF=29;SAR=24;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366032;STB=0.5244;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.020674;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:53:54:0.55102:24:29:26:18:25:29:26:18 chr18 54815025 . G T 706.83 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8798;QD=62.829;RBI=0.0126227;REFB=0;REVB=0.0104782;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114423;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr18 55145377 . G A 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249428;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.735;QD=59.0437;RBI=0.0251525;REFB=0;REVB=0.00324063;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140633;OID=.;OPOS=55145377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr18 55145575 . C G 823.47 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974726;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6792;QD=56.7913;RBI=0.0482723;REFB=0;REVB=0.0472779;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212872;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr18 55145765 . G C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.414;QD=52.6108;RBI=0.00515042;REFB=0;REVB=-0.00173276;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90406e-05;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr18 55145906 . C T 575.74 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4315;QD=60.6044;RBI=0.0621967;REFB=0;REVB=0.00477102;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756928;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:25:12:0:0:26:12:0:0 chr18 55146453 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.313;QD=60.2031;RBI=0.0326881;REFB=0;REVB=-0.0320619;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35995e-05;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:25:48:0:0:25:48:0:0 chr18 55150557 . G T 1016.76 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0577314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5038;QD=54.9602;RBI=0.0577352;REFB=-0.0223111;REVB=0.000665686;RO=2;SAF=24;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933975;STB=0.500213;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000340689;OID=.;OPOS=55150557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:2:3:71:71:0.959459:47:24:1:1:47:24:1:2 chr18 55154066 . A G,T 1315.52 PASS AF=0.912088,0.0769231;AO=80,6;DP=86;FAO=83,7;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=33,6;FSAR=50,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000997906,0.00539133;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.333,81.7608;QD=57.825;RBI=0.0235738,0.0178509;REFB=-0.116381,-0.109778;REVB=0.0235526,0.0170173;RO=0;SAF=33,5;SAR=47,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.71057e-08,-3.18042e-08;STB=0.507461,0.538356;STBP=0.287,0.653;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00639982,0.0591266;OID=.,.;OPOS=55154066,55154066;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:86:91:0:1:80,6:83,7:0.912088,0.0769231:47,1:33,5:0:0:50,1:33,6:1:0 chr18 55155489 . A G 1015.32 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253511;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.234;QD=58.018;RBI=0.0253671;REFB=-0.101729;REVB=-0.000898991;RO=1;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185316;STB=0.509801;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=2.84352e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:25:44:0:1:25:44:0:1 chr18 55158489 . A AATTCTGC 305.32 PASS AF=0.862069;AO=21;DP=30;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0061768;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=256.83;QD=42.1135;RBI=0.0101229;REFB=-0.00904369;REVB=0.00801997;RO=6;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020604;STB=0.521722;STBP=0.573;TYPE=ins;VARB=0.00201023;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.862069:21:30:25:29:4:15:10:3:1:20:6:13:8:4:2 chr18 55221648 . T C 2071.08 PASS AF=1;AO=132;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198687;FXX=0.0362293;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.64;QD=62.2882;RBI=0.010409;REFB=-0.0559232;REVB=0.0102176;RO=0;SAF=52;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28344e-05;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:136:133:0:0:132:133:1:80:52:0:0:80:53:0:0 chr18 55226383 . G C 573.17 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00326786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7808;QD=55.9193;RBI=0.0204178;REFB=-0.00155496;REVB=0.0201546;RO=2;SAF=25;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139327;STB=0.507439;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.000279853;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:14:25:1:1:14:25:1:1 chr18 55314820 . C A 224.52 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00768679;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.404;QD=19.1079;RBI=0.0210163;REFB=-0.0126463;REVB=0.0195601;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162594;STB=0.592428;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0165997;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:13:12:7:15:13:12 chr18 55317676 . C T 531.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025569;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0191;QD=57.4886;RBI=0.0353271;REFB=0.0175154;REVB=-0.024377;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000468417;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chr18 55335366 . G T 90.98 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0350431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.554;QD=17.3301;RBI=0.0365848;REFB=0.00342243;REVB=-0.0105086;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578471;STB=0.533274;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0015312;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:3:7:7:4:3:7 chr18 55346232 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7357;QD=37.8928;RBI=0.0377686;REFB=-0.0450997;REVB=0.0352486;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00664636;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr18 55362532 . T G 841.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.472;QD=57.025;RBI=0.0581202;REFB=0;REVB=0.04622;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127875;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr18 55364852 . A G 1453.7 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116423;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.655;QD=63.2043;RBI=0.00382798;REFB=0;REVB=-0.00364665;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395997;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:32:60:0:0:32:60:0:0 chr18 55816791 . G A 523.16 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0317319;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8745;QD=15.5011;RBI=0.0325594;REFB=0.0259019;REVB=0.00729366;RO=78;SAF=22;SAR=35;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209566;STB=0.617499;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0405408;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:78:78:57:57:0.422222:35:22:46:32:35:22:46:32 chr18 56148781 . G C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00655159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.264;QD=22.6785;RBI=0.0244625;REFB=-0.0140276;REVB=0.0235689;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381322;STB=0.592391;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0114717;OID=.;OPOS=56148781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:4:5:10:10:0.666667:8:2:1:3:8:2:2:3 chr18 56148796 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.23;QD=43.4837;RBI=0.0334775;REFB=0;REVB=0.00930928;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503125;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr18 56149099 . T C 1174.95 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0538326;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.967;QD=57.3148;RBI=0.0594981;REFB=-0.190856;REVB=0.0253393;RO=2;SAF=35;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262805;STB=0.520543;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00206448;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:83:82:2:3:79:79:0.963415:44:35:2:0:44:35:3:0 chr18 56196451 . C T 158.07 PASS AF=0.5;AO=14;DP=31;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00767657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.344;QD=18.5962;RBI=0.00793568;REFB=-0.0266291;REVB=-0.00201131;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552695;STB=0.529582;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0234516;OID=.;OPOS=56196451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:17:17:14:17:0.5:9:5:7:10:9:8:7:10 chr18 56202418 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1645;QD=40.7604;RBI=0.0563111;REFB=0;REVB=0.0363134;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275504;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr18 56202768 . C A 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0237647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6646;QD=17.5363;RBI=0.0345151;REFB=-0.0282153;REVB=-0.0250306;RO=36;SAF=24;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125986;STB=0.502957;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0333841;OID=.;OPOS=56202768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:38:34:34:0.472222:10:24:25:11:10:24:27:11 chr18 56202982 . A T 993.88 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159133;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.927;QD=59.3363;RBI=0.0174279;REFB=0;REVB=-0.00710624;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45075e-05;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr18 56203074 . G A 364.12 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.01413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.342;QD=18.4366;RBI=0.0304865;REFB=-0.0151508;REVB=0.0270143;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630921;STB=0.509532;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0144754;OID=.;OPOS=56203074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:37:38:0.481013:21:16:18:23:22:16:18:23 chr18 56203120 . C T 405.28 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00658827;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.097;QD=17.2461;RBI=0.0172171;REFB=-0.00251501;REVB=-0.0159067;RO=51;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17442;STB=0.602362;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.002459;OID=.;OPOS=56203120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:18:24:20:31:18:24:20:32 chr18 56203411 . G C 289.14 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.083;QD=52.571;RBI=0.0587728;REFB=0;REVB=0.0576612;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222047;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr18 56203447 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2903;QD=55.0957;RBI=0.0355812;REFB=0;REVB=-0.00642746;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426869;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr18 56203891 . G T 699.41 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0217986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.914;QD=50.8663;RBI=0.0258475;REFB=-0.114032;REVB=0.0138895;RO=3;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434279;STB=0.523068;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00141454;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:31:21:0:3:31:21:0:3 chr18 56203898 . T G 767.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.366;QD=56.8619;RBI=0.0241734;REFB=0;REVB=0.0008868;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04722e-05;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:34:15:0:0:35:19:0:0 chr18 56204250 . A C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6963;QD=56.9552;RBI=0.0152933;REFB=0;REVB=-0.00844289;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251083;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr18 56204387 . ACAGTTGATGTGTCCT A 97.59 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00570488;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=15;MLLD=408.663;QD=11.8288;RBI=0.0102472;REFB=-0.011995;REVB=-0.00851233;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600117;STB=0.538397;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.0255519;OID=.;OPOS=56204388;OREF=CAGTTGATGTGTCCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:12:35:12:33:21:7:5:11:10:97:19:7:5:10:9 chr18 56204410 . C T 185.29 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00485587;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.653;QD=13.725;RBI=0.00848545;REFB=-0.0297672;REVB=0.00695869;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15839;STB=0.590826;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0274369;OID=.;OPOS=56204410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:14:18:9:13:14:18 chr18 56204581 . A T 246.61 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0056953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.035;QD=15.9105;RBI=0.00937492;REFB=-0.015941;REVB=-0.00744666;RO=33;SAF=7;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100035;STB=0.550982;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.020485;OID=.;OPOS=56204581;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:21:7:11:22:21:7:11:23 chr18 56204644 . T G 273.14 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00684293;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.252;QD=23.2458;RBI=0.0174084;REFB=-0.0493199;REVB=0.0160071;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125246;STB=0.570238;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.023283;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:18:7:9:13:18:7:9:13 chr18 56204671 . A T 266.2 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0462621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1917;QD=18.0472;RBI=0.0495322;REFB=-0.0623207;REVB=-0.0176991;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259793;STB=0.642517;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0418849;OID=.;OPOS=56204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:30:29:29:0.491525:12:17:8:20:12:17:9:21 chr18 56204747 . G A 1641.06 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.244;QD=60.2223;RBI=0.0119538;REFB=0;REVB=0.0108491;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37498e-06;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:54:54:0:0:55:54:0:0 chr18 56204932 . T G 136.75 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00502514;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.136;QD=9.76805;RBI=0.00556562;REFB=0.00108769;REVB=-0.00239249;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173278;STB=0.603936;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00123051;OID=.;OPOS=56204932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:14:4:13:25:14:4:13:25 chr18 56204945 . C G 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00553428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.83;QD=14.1315;RBI=0.00957769;REFB=0.00515913;REVB=-0.0078169;RO=31;SAF=3;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294494;STB=0.674487;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00305511;OID=.;OPOS=56204945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:16:3:11:20:16:3:11:20 chr18 56204977 . C T 178.71 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00403809;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.551;QD=14.5884;RBI=0.0116316;REFB=-0.013415;REVB=0.0109081;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403918;STB=0.52334;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0137869;OID=.;OPOS=56204977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:10:20:12:7:10:20 chr18 56204991 . C T 179.37 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00879471;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.481;QD=14.9478;RBI=0.0211525;REFB=-0.016678;REVB=-0.0192375;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267272;STB=0.515423;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0193297;OID=.;OPOS=56204991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:10:19:12:7:10:19 chr18 56205262 . A C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00045892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.831;QD=25.2763;RBI=0.0214489;REFB=-0.025694;REVB=0.021444;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22548;STB=0.625289;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0224931;OID=.;OPOS=56205262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:9:3:11:8:9:3 chr18 56246442 . T C 165.78 PASS AF=0.32;AO=13;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0488149;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.9363;QD=13.2621;RBI=0.119475;REFB=-0.002886;REVB=-0.109048;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274105;STB=0.536992;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0602859;OID=.;OPOS=56246442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:28:13:16:0.32:9:4:6:15:10:6:9:19 chr18 56247180 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0191708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.273;QD=12.7825;RBI=0.0192654;REFB=-0.0103412;REVB=-0.00190637;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168865;STB=0.50998;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0124609;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:4:10:7:3:4:10 chr18 56247567 . A G 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00744403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.239;QD=21.5455;RBI=0.00887451;REFB=-0.00283298;REVB=-0.00483149;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247621;STB=0.640814;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00187259;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:6:4:10:4:6:4 chr18 56247600 . C A 31.97 PASS AF=0.357143;AO=4;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0552554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.707;QD=9.13557;RBI=0.0704839;REFB=-0.0157979;REVB=-0.0437586;RO=5;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320004;STB=0.562247;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0299091;OID=.;OPOS=56247600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:14:14:5:8:4:5:0.357143:3:1:3:2:3:2:4:4 chr18 56279025 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.441;QD=58.5878;RBI=0.0222001;REFB=0;REVB=0.0183926;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72363e-05;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr18 56381371 . T G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00531497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.684;QD=13.8497;RBI=0.00621029;REFB=-0.00211553;REVB=0.00321228;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191666;STB=0.621474;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00318714;OID=.;OPOS=56381371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:9:7:15:9:9:7:16:9 chr18 56470255 . G C 115.9 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.622;QD=42.1438;RBI=0.0331819;REFB=0;REVB=-0.0184841;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80433e-05;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr18 56470264 . T TG,TGG 223.23 PASS AF=0,1;AO=2,16;DP=18;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0710111,-0.0367314;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=24.2605,42.3406;QD=49.6073;RBI=0.266877,0.166562;REFB=0,0;REVB=0.257256,0.162461;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.78418e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00641614;OID=.,.;OPOS=56470265,56470265;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,16:18:0,18:18:0:0,13:0,5:0:0:4:0:0,13:2,3:0:0 chr18 56587802 . A C 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00652275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.499;QD=13.0874;RBI=0.0519433;REFB=-0.0096435;REVB=-0.0515321;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366029;STB=0.521445;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0168155;OID=.;OPOS=56587802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:16:11:6:10:16:11 chr18 56593521 . T G 510.81 PASS AF=0.925;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.105462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8411;QD=51.0808;RBI=0.1084;REFB=-0.144319;REVB=0.0250696;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.522715;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.018834;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:40:1:3:35:37:0.925:21:14:0:1:23:14:2:1 chr18 57428919 . A G 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0229805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.105;QD=6.78735;RBI=0.0231292;REFB=-0.0109824;REVB=-0.00261843;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267706;STB=0.668882;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0283334;OID=.;OPOS=57428919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:14:9:5:3:14:9 chr18 57570059 . A G 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0082696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.493;QD=18.7104;RBI=0.0613356;REFB=0.0224951;REVB=0.0607756;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172565;STB=0.595134;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0260043;OID=.;OPOS=57570059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:19:18:18:0.486486:10:8:11:6:10:8:12:7 chr18 57640352 . C CAA 109.03 PASS AF=0.535714;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0884932;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=2;MLLD=30.6387;QD=15.5753;RBI=0.101595;REFB=0.0333456;REVB=-0.0499043;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265234;STB=0.638324;STBP=0.155;TYPE=ins;VARB=-0.0352441;OID=.;OPOS=57640353;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:13:30:15:28:13:8:7:3:10:83:13:7:6:3:10 chr18 59166541 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0309296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.386;QD=22.7947;RBI=0.0312591;REFB=-0.0250501;REVB=0.00452656;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158787;STB=0.588166;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0209361;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:5:16:14:10:5:16 chr18 59170304 . C G 941.0 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.068;QD=57.03;RBI=0.0447917;REFB=-0.0448128;REVB=0.0419749;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000409829;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:32:33:1:0:32:33:1:0 chr18 59780393 . T A 78.05 PASS AF=0.266667;AO=10;DP=43;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0142227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.403;QD=6.93785;RBI=0.020437;REFB=-0.021871;REVB=0.014676;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156704;STB=0.66642;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0577916;OID=.;OPOS=59780393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:43:45:32:33:10:12:0.266667:4:6:23:9:6:6:24:9 chr18 59805532 . T C 902.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6503;QD=58.2249;RBI=0.0463021;REFB=0;REVB=0.0142671;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197399;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr18 59807635 . T C 93.33 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00102247;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.47;QD=17.7774;RBI=0.0346877;REFB=-0.0208865;REVB=0.0346726;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283331;STB=0.675404;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0110576;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:9:10:11:11:0.52381:6:5:1:8:6:5:1:9 chr18 59814268 . G A 309.08 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.000582129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.285;QD=16.0563;RBI=0.00595815;REFB=-0.0197627;REVB=0.00592964;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540633;STB=0.539461;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0311033;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:33:34:0.441558:19:14:16:27:19:15:16:27 chr18 59814324 . G C 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.171;QD=59.1394;RBI=0.0118371;REFB=0;REVB=-0.00618013;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60125e-06;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr18 60027241 . C T 1135.06 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.531;QD=60.5367;RBI=0.0136589;REFB=0;REVB=-0.00126715;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22182e-05;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr18 60036083 . A G 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.476;QD=58.1224;RBI=0.0186785;REFB=0;REVB=0.0176937;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01814e-05;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr18 60111488 . G A 210.47 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0612294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8473;QD=26.3083;RBI=0.0685197;REFB=0.0217627;REVB=-0.0307558;RO=12;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258293;STB=0.645;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0174197;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:16:4:6:6:16:4:6:6 chr18 60237388 . A G 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7231;QD=59.852;RBI=0.0366581;REFB=0;REVB=-0.0211126;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26713e-05;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr18 60241732 . C T 472.39 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.309;QD=55.5755;RBI=0.0338914;REFB=-0.154047;REVB=0.0140813;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526299;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00093252;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:9:24:0:0:9:24:0:1 chr18 60244856 . A G 2246.31 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219443;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.178;QD=59.9016;RBI=0.0410283;REFB=-0.077065;REVB=0.0346665;RO=0;SAF=86;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115185;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:147:150:0:0:145:150:1:59:86:0:0:62:88:0:0 chr18 60562298 . A T 230.67 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00268096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3647;QD=14.4169;RBI=0.0523085;REFB=-0.0342064;REVB=-0.0522397;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106206;STB=0.569326;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.048519;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:17:10:17:19:17:10:18:19 chr18 60794045 . AT A 30.87 PASS AF=0.416667;AO=7;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.155462;FXX=0.039984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.0041;QD=5.14581;RBI=0.274863;REFB=-0.0570586;REVB=0.226674;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425185;STB=0.705428;STBP=0.127;TYPE=del;VARB=0.0521317;OID=.;OPOS=60794046;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:7:25:10:24:14:8:2:7:7:30:10:6:1:5:5 chr18 60995261 . G C 96.3 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00332414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.179;QD=12.0372;RBI=0.0286749;REFB=0.00247768;REVB=0.0284816;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167999;STB=0.576787;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00466664;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:18:20:12:12:0.375:3:9:11:7:3:9:13:7 chr18 61022791 . C T 91.04 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00049721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.444;QD=19.1665;RBI=0.0226216;REFB=-0.00970989;REVB=0.0226161;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871479;STB=0.533919;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0128582;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:10:11:0.578947:4:6:5:2:5:6:5:3 chr18 61156606 . G C 309.97 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00812601;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.996;QD=19.3733;RBI=0.0472434;REFB=-0.0270478;REVB=0.0465393;RO=31;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101895;STB=0.549104;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0185396;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:32:33:0.515625:17:15:11:20:18:15:11:20 chr18 61160287 . T C 288.28 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.000391768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.281;QD=18.9039;RBI=0.0356932;REFB=0.00627894;REVB=-0.0356911;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780386;STB=0.55788;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00699143;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:30:31:31:0.508197:16:15:11:17:16:15:11:19 chr18 61160385 . T C 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0049699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.848;QD=15.2291;RBI=0.0195282;REFB=-0.0113236;REVB=0.0188852;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194849;STB=0.613275;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.022921;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:14:5:12:16:14:5:12:16 chr18 61170721 . T C 116.16 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0146684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0133;QD=20.2011;RBI=0.0147445;REFB=0.00431083;REVB=-0.00149613;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.526986;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00198091;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:6:7:6:3:6:7:6:4 chr18 61170782 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0193039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.814;QD=16.1723;RBI=0.0231131;REFB=-0.00999397;REVB=0.0127112;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192059;STB=0.610967;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00892513;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:11:5:10:10:11:5:10:10 chr18 61170925 . T C 911.85 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0300548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.875;QD=55.2635;RBI=0.0347536;REFB=-0.176443;REVB=0.0174506;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115574;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:32:32:0:1:32:32:1:1 chr18 61233907 . C T 69.57 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0414529;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0351;QD=13.9132;RBI=0.0441642;REFB=0.013244;REVB=-0.0152358;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403938;STB=0.740614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00501875;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:11:11:9:9:0.45:7:2:7:4:7:2:7:4 chr18 61234004 . G C 164.34 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0160658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.756;QD=13.6952;RBI=0.0364052;REFB=-0.00147606;REVB=0.0326685;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121217;STB=0.570675;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00236789;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:15:15:7:11:15:15 chr18 61264298 . G A 1459.34 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00358107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.51;QD=58.9634;RBI=0.0301544;REFB=-0.04181;REVB=0.029941;RO=4;SAF=50;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211792;STB=0.51118;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00174988;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:99:4:4:95:95:0.959596:45:50:1:3:45:50:1:3 chr18 61264468 . C T 1106.16 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.514;QD=58.995;RBI=0.0497804;REFB=-0.112965;REVB=0.0410013;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805406;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:75:1:0:74:75:1:32:42:1:0:32:43:0:0 chr18 61322995 . T C 1632.69 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486834;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.133;QD=59.3705;RBI=0.0545513;REFB=-0.0928761;REVB=-0.0246124;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.503875;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000309684;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:109:109:0.990909:64:45:0:0:64:45:0:1 chr18 61326597 . A C 674.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377221;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.808;QD=62.7192;RBI=0.0377221;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=43;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443316;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:0:43:0:0:0:43:0:0 chr18 61326602 . A G 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.898;QD=61.1862;RBI=0.0208879;REFB=0.0725416;REVB=0;RO=1;SAF=47;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237716;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:0:47:1:0:0:47:1:0 chr18 61326609 . T G 805.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.951;QD=64.4051;RBI=0.00519995;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=50;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30774e-05;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:0:50:0:0:0:50:0:0 chr18 61377579 . A C 1029.6 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426721;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.452;QD=59.6869;RBI=0.0427855;REFB=0;REVB=0.0031127;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3344e-05;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr18 61379838 . T G 1066.88 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319297;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2909;QD=60.1058;RBI=0.0202207;REFB=0;REVB=0.019967;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565891;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr18 61383354 . C T 332.17 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.00126869;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.312;QD=16.0084;RBI=0.0103515;REFB=-0.0103003;REVB=-0.0102734;RO=46;SAF=13;SAR=23;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138357;STB=0.581459;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0123715;OID=.;OPOS=61383354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:23:13:11:35:23:13:11:36 chr18 61387312 . G A 965.07 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00755895;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.92;QD=57.6159;RBI=0.0369109;REFB=-0.0975172;REVB=-0.0361286;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00406987;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:67:0:1:66:66:0.985075:38:28:0:0:38:28:0:1 chr18 61387333 . T A 786.04 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618365;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.444;QD=56.1454;RBI=0.0102912;REFB=0;REVB=0.00822623;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011067;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:36:19:0:0:36:20:0:0 chr18 61387389 . G A 519.22 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1489;QD=56.1316;RBI=0.0509096;REFB=0.00211008;REVB=0.0394289;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373832;STB=0.519989;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00123608;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:23:12:1:0:24:12:1:0 chr18 61390316 . C A 678.41 PASS AF=0.927273;AO=50;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00185684;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.073;QD=49.3388;RBI=0.00550176;REFB=-0.126658;REVB=0.00517895;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.521855;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000649234;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:55:55:1:4:50:51:0.927273:28:22:0:1:28:23:3:1 chr18 61390332 . C T 891.49 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0363371;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.781;QD=56.6024;RBI=0.0363438;REFB=-0.0859273;REVB=0.000695539;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000803899;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:31:31:0:0:31:31:1:0 chr18 61390361 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.301;QD=57.5453;RBI=0.0187755;REFB=0;REVB=0.0145098;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51587e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr18 61390570 . T G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.698;QD=43.016;RBI=0.0156721;REFB=0.113107;REVB=-0.00577414;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00183959;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:1:0:9:7:1:0 chr18 61564394 . A G 270.11 PASS AF=0.527273;AO=22;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0399132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2351;QD=19.6446;RBI=0.110394;REFB=-0.0010705;REVB=0.102926;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519249;STB=0.554103;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0202314;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:22:29:0.527273:8:14:14:10:15:14:15:10 chr18 61570503 . C G 419.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0304626;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3074;QD=19.2673;RBI=0.0333437;REFB=-0.0198836;REVB=-0.0135584;RO=45;SAF=15;SAR=27;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106807;STB=0.559557;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0167655;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:45:42:42:0.482759:27:15:21:24:27:15:21:24 chr18 61570529 . C G 213.73 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00743227;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.092;QD=14.49;RBI=0.00950611;REFB=-0.00528466;REVB=0.00592684;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102778;STB=0.558573;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0110098;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:17:17:15:10:17:17 chr18 61575213 . T G 632.0 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.00506811;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.316;QD=16.4155;RBI=0.00976565;REFB=-0.00549765;REVB=0.00834758;RO=84;SAF=38;SAR=31;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736915;STB=0.544277;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0130813;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:84:85:69:69:0.448052:31:38:40:44:31:38:40:45 chr18 61575232 . A G 756.63 PASS AF=0.45977;AO=80;DP=174;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0131269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.693;QD=17.3938;RBI=0.0156701;REFB=-0.0208186;REVB=-0.00855787;RO=93;SAF=40;SAR=40;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678257;STB=0.534474;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.023729;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:93:94:80:80:0.45977:40:40:40:53:40:40:41:53 chr18 61582867 . A G 596.74 PASS AF=0.616279;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00733333;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.41;QD=27.7555;RBI=0.00890079;REFB=0.00797263;REVB=-0.00504443;RO=34;SAF=36;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22246;STB=0.615198;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00591191;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:34:33:53:53:0.616279:17:36:13:21:17:36:13:20 chr18 61587053 . G A 165.58 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0169875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6538;QD=11.419;RBI=0.0275831;REFB=-0.0152581;REVB=0.0217313;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147518;STB=0.585894;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0156845;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:18:19:8:13:18:19 chr18 61587067 . C T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0158249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.509;QD=12.5625;RBI=0.0234945;REFB=-0.00813235;REVB=-0.0173656;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015201;STB=0.508764;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0126122;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:17:18:11:11:17:18 chr18 61600384 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0101678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.837;QD=16.7847;RBI=0.0250531;REFB=-0.0043816;REVB=0.022897;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158265;STB=0.508891;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00322352;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:11:18:21:12:11:18:21:12 chr18 61650865 . G A 322.87 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0331269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.45;QD=19.2759;RBI=0.0372326;REFB=-0.00283516;REVB=0.0169964;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123188;STB=0.568344;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00257023;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:18:16:11:22:18:16:11:22 chr18 62036875 . G A 1004.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324398;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.238;QD=59.0802;RBI=0.0325996;REFB=0;REVB=-0.00322418;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197766;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:38:30:0:0 chr18 63430177 . A G 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00415377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.111;QD=18.7912;RBI=0.00759463;REFB=-0.00995818;REVB=-0.00635803;RO=49;SAF=22;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964814;STB=0.505374;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0130075;OID=.;OPOS=63430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:22:22:24:25:22:22:24:25 chr18 63489378 . C T 1440.01 PASS AF=0.989362;AO=89;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00825733;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6798;QD=61.277;RBI=0.0276858;REFB=-0.0402106;REVB=0.0264257;RO=1;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770705;STB=0.503999;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00042822;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:89:93:0.989362:61:28:0:1:62:31:0:1 chr18 63530016 . A G 1444.35 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0280744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.132;QD=60.8148;RBI=0.0436706;REFB=-0.0650244;REVB=-0.0334507;RO=2;SAF=37;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249341;STB=0.513155;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00262851;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:56:37:2:0:56:37:2:0 chr18 64176269 . G A 590.28 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00149766;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.559;QD=23.8496;RBI=0.007794;REFB=-0.0103614;REVB=0.00764875;RO=45;SAF=33;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121886;STB=0.566985;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00949703;OID=.;OPOS=64176269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:45:54:54:0.545455:21:33:21:24:21:33:21:24 chr18 66504093 . A C 1297.12 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.162;QD=61.7677;RBI=0.0420033;REFB=0;REVB=0.0192071;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46635e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:43:40:0:0:43:41:0:0 chr18 66504459 . A T 676.15 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00246876;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.08;QD=58.7955;RBI=0.0419076;REFB=-0.0183685;REVB=0.0418348;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240823;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00157887;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:46:1:1:44:45:0.978261:19:25:0:1:20:25:0:1 chr18 66513615 . A G 638.67 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00715231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0847;QD=59.4109;RBI=0.0112516;REFB=0.0736888;REVB=0.00868578;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00216232;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:18:24:0:0:18:24:0:1 chr18 66526176 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2553;QD=42.1821;RBI=0.0803987;REFB=0;REVB=0.0766946;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235908;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr18 67345034 . T C 1286.41 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337676;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4269;QD=61.9954;RBI=0.061419;REFB=0;REVB=0.0513035;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27703e-05;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr18 67365668 . A G 230.63 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.000334029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.766;QD=14.4146;RBI=0.005832;REFB=-0.00404721;REVB=-0.00582242;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01542;STB=0.508765;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0141391;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:12:15:20:17:12:15:20:17 chr18 67531642 . T C 311.92 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00503213;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.205;QD=16.4166;RBI=0.00758635;REFB=-0.0176182;REVB=0.00567718;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145191;STB=0.594416;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0198644;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:42:34:34:0.447368:16:18:16:26:16:18:15:27 chr18 67534642 . C T 184.28 PASS AF=0.311475;AO=15;DP=59;FAO=19;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0389563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.701;QD=12.0837;RBI=0.0389564;REFB=-0.027428;REVB=9.6595e-05;RO=36;SAF=2;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540327;STB=0.668392;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0432197;OID=.;OPOS=67534642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:36:37:15:19:0.311475:13:2:20:16:13:6:21:16 chr18 67687860 . T C 283.95 PASS AF=0.304;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=125;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.0222231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.128;QD=9.08643;RBI=0.0253989;REFB=-0.0151148;REVB=-0.0122979;RO=86;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198469;STB=0.618868;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0423902;OID=.;OPOS=67687860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:86:87:38:38:0.304:17:21:33:53:17:21:33:54 chr18 67718688 . A G 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00800086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.575;QD=58.987;RBI=0.0118956;REFB=-0.00107124;REVB=0.00880295;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119781;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=1.16629e-05;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:36:39:1:0:36:39:1:0 chr18 67863850 . T TCTC 182.69 PASS AF=0.73913;AO=14;DP=24;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0464951;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=209.803;QD=31.7723;RBI=0.0467558;REFB=-0.0185063;REVB=0.0049308;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346772;STB=0.566931;STBP=0.308;TYPE=ins;VARB=0.0080945;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:14:24:17:23:6:7:10:4:2:36:9:4:10:7:2 chr18 67871343 . A C 822.05 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0621193;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9997;QD=55.7322;RBI=0.0674601;REFB=-0.121315;REVB=0.026307;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00265543;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:0:1:26:32:0:1 chr18 70209177 . C T 1305.65 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0679331;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.89;QD=60.7277;RBI=0.0768017;REFB=-0.00440069;REVB=0.0358272;RO=0;SAF=29;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20959e-08;STB=0.504424;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000186495;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:0:1:85:85:0.988372:56:29:0:0:56:29:0:1 chr18 70417396 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0621198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.184;QD=57.8839;RBI=0.0634631;REFB=0;REVB=-0.0129884;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252043;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr18 70532840 . T G 1739.52 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00160827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.514;QD=59.4709;RBI=0.0134497;REFB=-0.0597178;REVB=-0.0133532;RO=1;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811748;STB=0.504201;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000114651;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:1:1:115:116:0.991453:58:57:0:1:59:57:0:1 chr18 71412428 . C T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.579;QD=59.0155;RBI=0.0050032;REFB=0;REVB=-0.00481243;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82795e-05;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr18 71928150 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0348747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.729;QD=10.4728;RBI=0.0442878;REFB=0.00408367;REVB=-0.0272977;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150898;STB=0.586417;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00931785;OID=.;OPOS=71928150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:35:17:17:0.326923:9:8:20:13:9:8:21:14 chr18 71996294 . A G 150.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0170759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2807;QD=19.3639;RBI=0.0524097;REFB=-0.0278935;REVB=0.0495498;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199204;STB=0.613586;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0319294;OID=.;OPOS=71996294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:8:7:11:5:8:7 chr18 72009544 . C T 89.08 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.041438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.295;QD=10.7979;RBI=0.0487833;REFB=-0.00100751;REVB=0.025743;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155624;STB=0.626659;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0052928;OID=.;OPOS=72009544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:32:33:20:21:11:12:0.363636:6:5:12:8:7:5:13:8 chr18 72021715 . A AC 166.0 PASS AF=1;AO=4;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488533;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.03173;QD=22.8964;RBI=0.0617532;REFB=0;REVB=-0.0377733;RO=27;SAF=2;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0010722;OID=.;OPOS=72021716;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:31:29:29:0:18:11:0:0:4:27:2:2:17:10 chr18 72021717 . T C 315.47 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0471908;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1484;QD=43.5127;RBI=0.0498355;REFB=0.0138175;REVB=0.0160188;RO=3;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645402;STB=0.556476;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0200336;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:3:4:25:25:0.862069:9:16:1:2:9:16:1:3 chr18 72103782 . T C 546.88 PASS AF=0.487179;AO=56;DP=119;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0217736;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7387;QD=18.6967;RBI=0.0296972;REFB=0.0115746;REVB=-0.0201949;RO=60;SAF=19;SAR=37;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187903;STB=0.607104;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0112032;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:60:60:56:57:0.487179:37:19:32:28:38:19:32:28 chr18 72114455 . C T 729.48 PASS AF=1;AO=37;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622289;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.583;QD=57.2141;RBI=0.154919;REFB=0;REVB=0.141871;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079831;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:37:51:1:15:22:0:0:27:24:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 466.87 PASS AF=0.918919;AO=30;DP=39;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0617965;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.515;QD=50.4719;RBI=0.110357;REFB=-0.143103;REVB=0.0914328;RO=7;SAF=17;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00169528;STB=0.50888;STBP=0.731;TYPE=ins;VARB=0.012214;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918919:30:39:34:37:3:19:15:2:1:14:7:17:13:4:3 chr18 72228124 . A G 1443.12 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421671;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4715;QD=62.0695;RBI=0.0421678;REFB=-0.133428;REVB=0.000242867;RO=1;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957698;STB=0.505049;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00106537;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:49:43:0:1:49:43:0:1 chr18 72238472 . C A 229.48 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00289043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.112;QD=17.6523;RBI=0.0409903;REFB=-0.012211;REVB=-0.0408883;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461679;STB=0.502338;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0120494;OID=.;OPOS=72238472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:27:24:25:0.480769:14:10:13:15:14:11:12:15 chr18 72343008 . T C 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232425;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.244;QD=58.6148;RBI=0.0522659;REFB=0;REVB=0.0468136;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441456;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr18 72346050 . T C 116.26 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0276352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.387;QD=20.2197;RBI=0.0277277;REFB=-0.00597049;REVB=-0.00226363;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090647;STB=0.551643;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00572107;OID=.;OPOS=72346050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:5:5:5:8:5:5 chr18 72776121 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.079;QD=57.5446;RBI=0.0619949;REFB=0;REVB=0.0431268;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447162;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr18 72914280 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.966;QD=42.1825;RBI=0.0351712;REFB=0;REVB=0.0351461;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010251;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr18 72997677 . C T 1519.85 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0367556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.186;QD=61.4081;RBI=0.0406716;REFB=0.101433;REVB=0.0174129;RO=1;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783967;STB=0.508195;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000878925;OID=.;OPOS=72997677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:60:37:0:1:60:37:0:2 chr18 72998004 . T C 530.57 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.562;QD=58.9524;RBI=0.0204539;REFB=0;REVB=0.019739;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56294e-05;OID=.;OPOS=72998004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr18 72998268 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4286;QD=53.2738;RBI=0.0374324;REFB=0;REVB=-0.0269848;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107026;OID=.;OPOS=72998268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr18 72998886 . T C 1829.44 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148172;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.181;QD=60.9814;RBI=0.0255987;REFB=0;REVB=0.0208745;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752979;OID=.;OPOS=72998886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:117:120:1:51:66:0:0:54:66:0:0 chr18 72999359 . T C 1307.54 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.652;QD=61.5313;RBI=0.0173888;REFB=0;REVB=0.00977683;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067292;OID=.;OPOS=72999359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:0:82:84:0.988235:39:43:0:0:41:43:0:0 chr18 74208573 . G A 160.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0710763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8599;QD=45.7674;RBI=0.163492;REFB=0;REVB=0.147234;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034544;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr18 74611127 . A G 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.524;QD=62.9741;RBI=0.0412199;REFB=0;REVB=0.0065575;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264281;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr18 74672741 . C T 204.55 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0125333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5162;QD=12.7845;RBI=0.0365383;REFB=-0.0294704;REVB=-0.0343214;RO=38;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867867;STB=0.543775;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0601361;OID=.;OPOS=74672741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:17:8:15:23:17:8:15:24 chr18 74680259 . C T 428.61 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.273;QD=57.1483;RBI=0.0259247;REFB=0;REVB=-0.0044107;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182934;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr18 74692336 . A G 1369.35 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-1.31203e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.206;QD=60.8601;RBI=0.0239576;REFB=-1.05363e-05;REVB=0.0239576;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-7.06092e-05;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:88:89:0.988889:41:47:0:0:41:48:1:0 chr18 74702864 . G A 888.35 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0992;QD=56.4029;RBI=0.045263;REFB=-0.135833;REVB=0.0424489;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136821;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00189805;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:34:27:0:1:35:27:0:1 chr18 74980809 . G A 268.58 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8127;QD=51.1585;RBI=0.0641098;REFB=0;REVB=0.0489429;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951276;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:18:21:1:9:9:0:0:11:10:0:0 chr18 76754466 . C T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8439;QD=57.1991;RBI=0.0442265;REFB=0;REVB=0.042581;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181561;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr18 76755255 . C CA 168.92 PASS AF=0.72;AO=3;DP=26;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.113443;FXX=0.0384468;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.765;QD=27.0276;RBI=0.113445;REFB=0.000611092;REVB=-0.000739722;RO=22;SAF=2;SAR=1;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414365;STB=0.5748;STBP=0.29;TYPE=ins;VARB=4.87159e-05;OID=.;OPOS=76755256;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:3:26:18:25:7:7:11:1:6:46:22:2:1:6:16 chr18 76755256 . G A 149.51 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0451428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.915;QD=23.0012;RBI=0.0452049;REFB=0.00610518;REVB=0.00236739;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269184;STB=0.531212;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00336954;OID=.;OPOS=76755256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:26:10:10:15:16:0.615385:10:5:3:7:10:6:3:7 chr18 77067000 . T G 240.03 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00740638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.895;QD=15.4858;RBI=0.00801896;REFB=-0.0175771;REVB=-0.00307397;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398143;STB=0.532235;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0261016;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:14:13:15:19:14:14:15:19 chr18 77171061 . T G 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.081474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.403;QD=37.8897;RBI=0.0828585;REFB=-0.0836574;REVB=0.0150832;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00252765;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr18 77211764 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00725541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.673;QD=15.6192;RBI=0.0583177;REFB=-0.00221386;REVB=-0.0578646;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733128;STB=0.542325;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00396379;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:10:15:12:6:10:15 chr18 77227476 . A G 319.44 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00369057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.121;QD=27.1861;RBI=0.00572094;REFB=-0.00625999;REVB=0.00437136;RO=18;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1175;STB=0.576216;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00532143;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:11:17:8:10:11:17:8:11 chr18 77246406 . T G 378.97 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0240256;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.01;QD=21.0537;RBI=0.0255979;REFB=-0.0262186;REVB=-0.00883293;RO=31;SAF=14;SAR=24;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130115;STB=0.538442;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0249085;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:31:34:38:38:0.527778:24:14:7:24:24:14:10:24 chr18 77287776 . A G 219.28 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0163343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0874;QD=17.5427;RBI=0.0340749;REFB=-0.0286233;REVB=0.0299047;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964222;STB=0.50549;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0374012;OID=.;OPOS=77287776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:15:13:10:12:15:13 chr18 77420703 . C G 178.22 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0127365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7654;QD=11.1385;RBI=0.0135831;REFB=-0.0210602;REVB=0.00472048;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132414;STB=0.578443;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0199044;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:41:23:23:0.359375:14:9:19:18:14:9:21:20 chr18 77477945 . C CG 36.78 PASS AF=0.22449;AO=6;DP=51;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0290724;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.5962;QD=3.0027;RBI=0.0567372;REFB=-0.0211773;REVB=-0.0487227;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222763;STB=0.684476;STBP=0.189;TYPE=ins;VARB=0.176442;OID=.;OPOS=77477946;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449:6:51:11:49:38:3:8:19:19:36:42:2:4:22:20 chr18 77513721 . T C 1552.62 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245502;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.918;QD=64.0257;RBI=0.0245681;REFB=0;REVB=0.0009358;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03269e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:44:53:0:0:44:53:0:0 chr18 77728135 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.853;QD=56.1914;RBI=0.0425588;REFB=0;REVB=-0.00946525;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163752;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr18 77736735 . T C 323.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.967;QD=53.8862;RBI=0.0343105;REFB=0;REVB=0.00230769;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000917688;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr18 77772974 . C A 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0166911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5484;QD=3.93694;RBI=0.0210759;REFB=0.000638325;REVB=0.0128686;RO=46;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352112;STB=0.735149;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00502983;OID=.;OPOS=77772974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:3:6:17:29:3:6:17:29 chr18 77773006 . A G 183.34 PASS AF=0.32;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0138487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.886;QD=9.778;RBI=0.0306862;REFB=-0.00653017;REVB=-0.0273835;RO=49;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735385;STB=0.533305;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0219226;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:51:24:24:0.32:17:7:17:32:17:7:17:34 chr18 77773035 . G A 201.46 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0202295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.885;QD=12.5914;RBI=0.0265817;REFB=0.00641861;REVB=0.017244;RO=38;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124208;STB=0.573851;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00952951;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:24:25:0.390625:17:7:15:23:18:7:15:24 chr18 77805856 . A C 340.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8534;QD=54.4936;RBI=0.0250974;REFB=0;REVB=0.023476;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379909;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr18 77894844 . G A 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404679;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.41;QD=41.0873;RBI=0.0544786;REFB=0;REVB=0.0364729;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01275e-05;OID=.;OPOS=77894844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr18 77896242 . C T 803.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.662;QD=64.2935;RBI=0.115406;REFB=0;REVB=0.093981;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001815;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:33:17:0:0 chr18 77918221 . C T 337.82 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.507;QD=54.0507;RBI=0.0288824;REFB=0;REVB=0.0200564;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105218;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:7:16:0:0:7:18:0:0 chr19 367089 . G A 241.82 PASS AF=0.315789;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=0.0124672;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3142;QD=10.1819;RBI=0.0181255;REFB=0.00636107;REVB=0.0131569;RO=65;SAF=18;SAR=12;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116152;STB=0.567524;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0130189;OID=.;OPOS=367089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:65:65:30:30:0.315789:12:18:45:20:12:18:45:20 chr19 372661 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0157;QD=50.4128;RBI=0.0267176;REFB=0;REVB=-0.0255964;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613076;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr19 453160 . A G 820.05 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0128084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.813;QD=55.5963;RBI=0.0137229;REFB=0.0247718;REVB=-0.00492568;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-8.96245e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:36:22:0:1:36:22:0:1 chr19 463528 . G A 2348.73 PASS AF=0.987342;AO=155;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0650241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0915;QD=59.4614;RBI=0.0651455;REFB=-0.172233;REVB=0.00397576;RO=2;SAF=91;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103401;STB=0.505376;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00199745;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:2:2:155:156:0.987342:64:91:2:0:64:92:2:0 chr19 464310 . A G 61.27 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.715;QD=35.0099;RBI=0.139277;REFB=0;REVB=0.13596;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254622;OID=.;OPOS=464310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr19 498524 . A G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0342507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.599;QD=19.8255;RBI=0.0391142;REFB=-0.0110926;REVB=-0.0188894;RO=25;SAF=4;SAR=23;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500907;STB=0.527839;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00820732;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:23:4:3:22:23:4:3:22 chr19 501719 . T C 95.97 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0961675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.239;QD=22.5815;RBI=0.0962037;REFB=0.000431181;REVB=-0.00264045;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140261;STB=0.580485;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000973174;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:9:2:2:4:9:2:2:4 chr19 501725 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0841124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.116;QD=24.8015;RBI=0.0850429;REFB=-0.0064567;REVB=0.0125458;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172958;STB=0.599769;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000409956;OID=.;OPOS=501725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:9:1:1:3:9:1:1:3 chr19 504830 . C G 281.47 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.030827;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.34;QD=16.8039;RBI=0.035437;REFB=-0.0355414;REVB=0.0174779;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174903;STB=0.532447;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0314058;OID=.;OPOS=504830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:36:31:31:0.462687:18:13:7:23:18:13:13:23 chr19 549678 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.618;QD=56.1873;RBI=0.00907025;REFB=0;REVB=0.00829227;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47344e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 549725 . T C 131.79 PASS AF=0.4;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0240412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.664;QD=17.5718;RBI=0.0282838;REFB=-0.0224112;REVB=-0.0148995;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202882;STB=0.540471;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0193795;OID=.;OPOS=549725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:14:15:10:12:0.4:8:2:5:9:8:4:6:9 chr19 579010 . G A 130.4 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9167;QD=43.4669;RBI=0.0831921;REFB=0;REVB=0.074998;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107052;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 579035 . C T 153.51 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0101422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.83;QD=29.2406;RBI=0.0476134;REFB=-0.0258341;REVB=0.0465207;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220378;STB=0.585692;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00514669;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:6:5:15:16:0.761905:6:9:1:5:7:9:1:4 chr19 579100 . C T 53.11 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0280601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0731;QD=7.32566;RBI=0.0307345;REFB=-0.0112476;REVB=-0.0125395;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640626;STB=0.540438;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0323659;OID=.;OPOS=579100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:9:12:5:3:9:12 chr19 579157 . T C 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0338513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.54;QD=11.2549;RBI=0.0350737;REFB=-0.0363636;REVB=0.00917925;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424782;STB=0.749621;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0305166;OID=.;OPOS=579157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:6:2:0:11:6:2:0:12 chr19 579252 . AGGGTGCCTTCCCGAAGG A 55.94 PASS AF=0.4;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00609099;FXX=0.0908678;HRUN=3;LEN=17;MLLD=267.521;QD=11.1878;RBI=0.0537069;REFB=-0.0164173;REVB=0.0533604;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341391;STB=0.666222;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.020394;OID=.;OPOS=579253;OREF=GGGTGCCTTCCCGAAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:24:8:20:12:6:2:6:6:55:10:6:1:6:4 chr19 579450 . G A 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00274576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.379;QD=19.9045;RBI=0.0483501;REFB=-0.0202816;REVB=0.0482721;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755796;STB=0.542028;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0124516;OID=.;OPOS=579450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:12:15:14:16:12:15 chr19 579627 . C T 202.41 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0382686;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.416;QD=16.1929;RBI=0.0593038;REFB=-0.0227025;REVB=0.045304;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11837;STB=0.551613;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.040367;OID=.;OPOS=579627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:28:21:22:0.44:13:8:13:13:13:9:14:14 chr19 580388 . C G 366.18 PASS AF=0.433333;AO=40;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0182159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0047;QD=16.2745;RBI=0.018575;REFB=0.0121472;REVB=0.00363489;RO=47;SAF=14;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239503;STB=0.656635;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0280505;OID=.;OPOS=580388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:51:40:39:0.433333:26:14:28:19:26:13:31:20 chr19 580665 . T C 291.33 PASS AF=0.452055;AO=31;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00661236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.237;QD=15.9634;RBI=0.00987365;REFB=-0.0453447;REVB=-0.00733251;RO=40;SAF=19;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064906;STB=0.514374;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0461817;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:31:33:0.452055:12:19:22:18:14:19:22:18 chr19 582505 . G A 77.13 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0681292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.6331;QD=13.4141;RBI=0.0733552;REFB=-0.00185401;REVB=-0.0271918;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00356098;OID=.;OPOS=582505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:7:6:4:6:7:6 chr19 582775 . A G 356.6 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2507;QD=54.861;RBI=0.0424576;REFB=0;REVB=0.0147518;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974744;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr19 582927 . T A 523.52 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00919782;FXX=0.0499875;HRUN=7;LEN=1;MLLD=230.457;QD=55.1072;RBI=0.0277159;REFB=-0.0679355;REVB=0.0261451;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274091;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000215787;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:1:1:17:19:1:1 chr19 603625 . T C 186.57 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00953939;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.984;QD=10.3649;RBI=0.016453;REFB=-0.0016745;REVB=-0.0134053;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126411;STB=0.574194;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00392458;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:16:8:21:27:16:8:21:27 chr19 603634 . T C 193.49 PASS AF=0.328947;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0100189;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.415;QD=10.1838;RBI=0.011074;REFB=-0.00622911;REVB=-0.00471742;RO=49;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116644;STB=0.563824;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0208314;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:51:24:25:0.328947:16:8:21:28:16:9:23:28 chr19 603769 . T C 486.2 PASS AF=0.413534;AO=52;DP=130;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0195492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.932;QD=14.6225;RBI=0.0251802;REFB=-0.0244104;REVB=0.0158704;RO=78;SAF=24;SAR=28;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545508;STB=0.523514;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0172201;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:78:78:52:55:0.413534:28:24:40:38:29:26:40:38 chr19 603826 . C T 389.2 PASS AF=0.416667;AO=43;DP=105;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0284442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7184;QD=14.4149;RBI=0.0309949;REFB=-0.00303852;REVB=-0.0123132;RO=62;SAF=18;SAR=25;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052212;STB=0.509351;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00512739;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:62:63:43:45:0.416667:25:18:29:33:25:20:29:34 chr19 603874 . C T 216.99 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0666507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.706;QD=15.4994;RBI=0.0672721;REFB=-0.0108539;REVB=-0.00912232;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138428;STB=0.577463;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0344895;OID=.;OPOS=603874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:11:14:12:17:11:14:13:18 chr19 605171 . T C 1818.03 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.954;QD=60.6009;RBI=0.088618;REFB=0;REVB=0.00518133;RO=0;SAF=39;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129846;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:115:120:1:76:39:0:0:77:43:0:0 chr19 613898 . T C 646.91 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8829;QD=61.6101;RBI=0.0481961;REFB=0;REVB=0.0460621;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477386;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr19 619021 . G C 45.32 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0402324;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.819;QD=6.97274;RBI=0.0430233;REFB=-0.0092958;REVB=0.0152432;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407997;STB=0.749423;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0310669;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:15:4:4:3:15:4 chr19 621063 . A G 307.93 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0283037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.335;QD=17.3479;RBI=0.0320813;REFB=0.00912;REVB=0.0151034;RO=34;SAF=23;SAR=10;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755943;STB=0.549433;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0132338;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:37:33:34:0.478873:10:23:26:8:11:23:28:9 chr19 621070 . G A 359.44 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0085077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.412;QD=17.9718;RBI=0.0158465;REFB=-0.0264866;REVB=-0.013369;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111638;STB=0.562013;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0412805;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:14:24:31:11:14:24:31:11 chr19 621712 . A G 105.66 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0650645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.568;QD=11.4221;RBI=0.157445;REFB=-0.0073547;REVB=-0.143372;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281763;STB=0.669574;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00231557;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:3:10:13:11:3:10:13:11 chr19 625198 . A G 161.42 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0119207;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.953;QD=11.9567;RBI=0.0120866;REFB=-0.0123021;REVB=0.00199559;RO=35;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245386;STB=0.633719;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0232918;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:35:34:20:20:0.37037:6:14:17:18:6:14:17:17 chr19 630075 . C T 519.33 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00166436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.621;QD=28.4561;RBI=0.00217695;REFB=-0.0137443;REVB=0.00140322;RO=26;SAF=21;SAR=26;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041414;STB=0.522502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00687157;OID=.;OPOS=630075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:26:47:47:0.643836:26:21:10:16:26:21:10:16 chr19 641215 . T C 520.08 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.406;QD=59.4376;RBI=0.0159827;REFB=0;REVB=0.00540342;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19145e-05;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr19 687078 . G A 309.98 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0151231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6684;QD=28.8356;RBI=0.0200133;REFB=-0.00800051;REVB=0.0131081;RO=13;SAF=7;SAR=20;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238589;STB=0.672762;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0123352;OID=.;OPOS=687078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:16:27:27:0.627907:20:7:8:5:20:7:11:5 chr19 687112 . G A 164.07 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0133294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.777;QD=29.8304;RBI=0.0178583;REFB=-0.017532;REVB=0.0118848;RO=6;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469506;STB=0.765228;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00307416;OID=.;OPOS=687112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:6:6:16:16:0.727273:14:2:5:1:14:2:5:1 chr19 691909 . T C 896.73 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0144178;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.752;QD=55.1834;RBI=0.0658747;REFB=-0.0573664;REVB=0.0642776;RO=3;SAF=24;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254744;STB=0.519994;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00209139;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:3:2:62:63:0.969231:38:24:2:1:39:24:2:0 chr19 731144 . A G 751.24 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0078581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0205;QD=53.6601;RBI=0.0091416;REFB=-0.0403203;REVB=0.00467109;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000737851;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:28:26:1:0:28:27:1:0 chr19 746409 . G A 286.78 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0322061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.909;QD=31.0037;RBI=0.0325916;REFB=-0.00266439;REVB=0.0049981;RO=12;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871275;STB=0.547906;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00110538;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:16:9:6:6:16:9:6:6 chr19 746712 . C T 219.73 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00829159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.104;QD=17.5786;RBI=0.0327604;REFB=-0.0225431;REVB=-0.0316938;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673758;STB=0.538426;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0398773;OID=.;OPOS=746712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:14:8:12:16:14:8:12:16 chr19 756985 . T G 279.32 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0588013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7475;QD=18.9371;RBI=0.0588403;REFB=-0.00646326;REVB=0.00214057;RO=28;SAF=8;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12961;STB=0.566349;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00527701;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:22:8:11:17:22:8:11:18 chr19 757399 . A C 220.69 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0279131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.807;QD=12.0925;RBI=0.0326214;REFB=-0.013357;REVB=-0.0168824;RO=45;SAF=18;SAR=9;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19981;STB=0.622549;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0339651;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:9:18:22:23:9:18:22:24 chr19 757412 . A G 287.34 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00992843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.753;QD=13.5217;RBI=0.0247869;REFB=-0.0168709;REVB=-0.0227116;RO=50;SAF=22;SAR=11;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.571384;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0451907;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:52:33:33:0.388235:11:22:27:23:11:22:29:23 chr19 757606 . T C 120.45 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0298385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.284;QD=18.5303;RBI=0.0298805;REFB=-0.0103431;REVB=0.00158317;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784743;STB=0.569516;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0112412;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:12:12:12:14:0.538462:4:8:7:5:4:10:7:5 chr19 811420 . G A 67.9 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00201997;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.56;QD=12.3459;RBI=0.0546978;REFB=-0.00250381;REVB=0.0546605;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175766;STB=0.580461;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00378276;OID=.;OPOS=811420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:14:13:9:9:0.409091:3:6:7:7:3:6:7:6 chr19 815086 . A G 188.55 PASS AF=0.415094;AO=23;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.019124;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.359;QD=14.2301;RBI=0.0196796;REFB=-0.018947;REVB=-0.00464307;RO=29;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242687;STB=0.655019;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.036562;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:31:23:22:0.415094:17:6:14:15:17:5:14:17 chr19 829568 . C T 111.65 PASS AF=0.5;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0100147;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.448;QD=18.608;RBI=0.0163187;REFB=-0.016735;REVB=-0.0128843;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898424;STB=0.517213;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0140259;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:24:8:10:11:12:0.5:7:4:3:5:8:4:3:7 chr19 830854 . T C 427.31 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00918826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.078;QD=16.9232;RBI=0.00992053;REFB=-0.0145913;REVB=-0.00374071;RO=54;SAF=24;SAR=22;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312083;STB=0.503019;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0154567;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:22:24:28:26:22:24:29:26 chr19 844020 . G A 166.58 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0219366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.922;QD=22.2111;RBI=0.0283282;REFB=-0.0137571;REVB=0.017924;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444403;STB=0.507034;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0128481;OID=.;OPOS=844020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:11:5:4:9:12:5:4:9 chr19 868115 . C T 317.69 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00884945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.978;QD=25.9339;RBI=0.0179987;REFB=-0.0173046;REVB=0.015673;RO=21;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613131;STB=0.527029;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0137662;OID=.;OPOS=868115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:21:27:28:0.571429:11:16:14:7:11:17:14:7 chr19 871135 . A G 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.000593792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.416;QD=21.0065;RBI=0.0534773;REFB=-0.00614356;REVB=-0.053474;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152848;STB=0.585712;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0030042;OID=.;OPOS=871135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:9:10:12:5:9:10:12:5 chr19 871987 . G A 802.76 PASS AF=0.516779;AO=76;DP=147;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.000399715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.218;QD=21.5505;RBI=0.0608809;REFB=0.00193128;REVB=0.0608796;RO=71;SAF=37;SAR=39;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537994;STB=0.503574;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00210514;OID=.;OPOS=871987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:71:72:76:77:0.516779:39:37:35:36:39:38:35:37 chr19 880066 . G A 205.14 PASS AF=0.5;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0228798;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.421;QD=20.5141;RBI=0.0245579;REFB=-0.0127193;REVB=-0.00892214;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467648;STB=0.524975;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00916033;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:20:20:20:0.5:10:10:8:10:10:10:9:11 chr19 885818 . A G 142.59 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.062421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3483;QD=15.8429;RBI=0.0635725;REFB=-0.0093825;REVB=-0.0120451;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422687;STB=0.710627;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0102696;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:4:11:6:14:5:11:6:14 chr19 965043 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.451;QD=56.189;RBI=0.0184441;REFB=0;REVB=0.00403565;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106042;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 984533 . T C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0339016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.974;QD=24.2924;RBI=0.0359814;REFB=-0.036769;REVB=0.0120557;RO=13;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168217;STB=0.594489;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0301277;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:14:5:6:7:14:5:6:7 chr19 990281 . G A 54.25 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0152557;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.005;QD=6.38262;RBI=0.0153201;REFB=-0.0205085;REVB=-0.00140283;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249546;STB=0.617369;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0654448;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:36:34:24:26:8:8:0.235294:4:4:17:7:4:4:17:9 chr19 990317 . GGC G,GG,GGG 192.0 PASS AF=0,1,0;AO=6,8,7;DP=35;FAO=0,28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0950934,0.00916758,0.104757;FXX=0.124961;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.54082,9.44214,3.40579;QD=27.4283;RBI=0.257759,0.282224,0.55935;REFB=0.118994,-0.00840295,-0.126912;REVB=-0.239576,0.282075,0.549453;RO=8;SAF=2,5,3;SAR=4,3,4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0.305556,0,0;SSEP=0,0.555556,0;SSSB=0.247224,0.404954,0.296554;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.122453,0.0207846,0.163872;OID=.,.,.;OPOS=990318,990319,990319;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:6,8,7:35:0,28,0:28:0:0,12,0:0,16,0:0:0:4:8:2,5,3:4,3,4:1:7 chr19 991129 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.011095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.346;QD=10.3903;RBI=0.0188881;REFB=-0.00688575;REVB=-0.015286;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381916;STB=0.726721;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0108286;OID=.;OPOS=991129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:9:2:4:3:9:2 chr19 1003172 . C T 1750.15 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152159;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.097;QD=60.8749;RBI=0.0255764;REFB=0;REVB=0.020558;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05777e-05;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:69:46:0:0:69:46:0:0 chr19 1005098 . G T 298.71 PASS AF=0.54;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0171722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.957;QD=23.8967;RBI=0.0408623;REFB=-0.00687745;REVB=-0.0370789;RO=22;SAF=20;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257436;STB=0.655615;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00592988;OID=.;OPOS=1005098;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:23:27:27:0.54:7:20:10:12:7:20:10:13 chr19 1009883 . A G 52.03 PASS AF=0.25;AO=9;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.078205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2648;QD=6.50355;RBI=0.135491;REFB=-0.00541443;REVB=-0.110642;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386417;STB=0.725226;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0145371;OID=.;OPOS=1009883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:22:24:9:8:0.25:2:7:10:12:2:6:11:13 chr19 1014398 . A G 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0286027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.301;QD=19.9919;RBI=0.0337066;REFB=-0.0383338;REVB=-0.0178331;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12584;STB=0.57136;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0339532;OID=.;OPOS=1014398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:9:14:16:6:9:14 chr19 1036552 . T C 1518.62 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356328;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.495;QD=63.942;RBI=0.0485788;REFB=0;REVB=0.0330182;RO=0;SAF=61;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176993;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:94:95:1:33:61:0:0:34:61:0:0 chr19 1038995 . A C 2305.27 PASS AF=0.993506;AO=149;DP=150;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175924;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.823;QD=59.8772;RBI=0.0176259;REFB=0.00860028;REVB=-0.00108601;RO=0;SAF=63;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.78262e-08;STB=0.502793;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-6.61262e-05;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:154:0:1:149:153:0.993506:86:63:0:0:89:64:0:1 chr19 1041352 . A G 117.81 PASS AF=0.358974;AO=12;DP=37;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.000289668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.6;QD=12.0831;RBI=0.0433746;REFB=-0.023235;REVB=-0.0433737;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809768;STB=0.583209;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0386306;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:25:25:12:14:0.358974:4:8:15:10:4:10:15:10 chr19 1042809 . A G 43.41 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0108066;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.141;QD=7.55021;RBI=0.0155164;REFB=-0.0124553;REVB=0.0111345;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247213;STB=0.522323;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0322037;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:23:23:17:16:6:7:0.304348:4:2:6:11:5:2:5:11 chr19 1045158 . GC G,GG 80.78 PASS AF=0.333333,0.0666667;AO=10,2;DP=30;FAO=10,2;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=1,2;FSAR=9,0;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.130294,0.0988289;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.3958,27.392;QD=10.7712;RBI=0.130796,0.0990422;REFB=-0.0308889,-0.0113017;REVB=-0.0114504,0.0064974;RO=18;SAF=1,2;SAR=9,0;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.604871,0.479986;STB=0.870147,0.993561;STBP=0.007,0.203;TYPE=del,snp;VARB=0.0459622,0.0871205;OID=.,.;OPOS=1045159,1045159;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0666667:10,2:30:10,2:30:18:1,2:9,0:11:7:68:18:1,2:9,0:11:7 chr19 1047002 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1545;QD=46.8436;RBI=0.103745;REFB=0;REVB=-0.0963446;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00213329;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr19 1047161 . A G 894.0 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.313;QD=57.6775;RBI=0.0155338;REFB=0;REVB=-0.000479597;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7958e-05;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:24:34:0:0:25:37:0:0 chr19 1049269 . G A 676.08 PASS AF=0.464968;AO=72;DP=156;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0217083;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.485;QD=17.225;RBI=0.0241645;REFB=-0.0196983;REVB=0.0106148;RO=84;SAF=43;SAR=29;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139606;STB=0.51079;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0257067;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:84:84:72:73:0.464968:29:43:49:35:29:44:49:35 chr19 1049305 . C A 972.05 PASS AF=0.508021;AO=94;DP=188;FAO=95;FDP=187;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0283574;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2763;QD=20.7925;RBI=0.0681206;REFB=-0.0147135;REVB=0.0619377;RO=89;SAF=48;SAR=46;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551352;STB=0.508106;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.019463;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:89:92:94:95:0.508021:46:48:46:43:47:48:48:44 chr19 1052005 . C T 347.68 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0100126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.85;QD=19.8673;RBI=0.0101013;REFB=-0.0131575;REVB=0.00133548;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793245;STB=0.543976;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0271976;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:19:17:13:21:19:17:13:21 chr19 1054060 . A G 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00142261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.288;QD=14.0462;RBI=0.0104932;REFB=-0.0129476;REVB=-0.0103963;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386588;STB=0.50239;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0175963;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:18:18:0.382979:10:8:13:14:10:8:13:16 chr19 1055191 . G A 37.38 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0739855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.015;QD=8.79632;RBI=0.0812235;REFB=-0.0211833;REVB=0.0335172;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0428176;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:7:4:2:4:7:4 chr19 1059004 . A G 246.97 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0675264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7994;QD=24.6968;RBI=0.0897763;REFB=-0.0184579;REVB=-0.0591605;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624999;STB=0.534801;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00944081;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:9:8:9:14:9:8 chr19 1064193 . G A 615.98 PASS AF=0.539823;AO=60;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0236556;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.471;QD=21.8046;RBI=0.0295575;REFB=-0.0188831;REVB=0.0177216;RO=51;SAF=30;SAR=30;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139821;STB=0.576059;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0171116;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:52:60:61:0.539823:30:30:17:34:31:30:17:35 chr19 1068734 . T C 520.53 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=3.52702e-05;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.064;QD=23.1345;RBI=0.0443402;REFB=-0.0397011;REVB=-0.0443402;RO=39;SAF=25;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039265;STB=0.521297;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0201365;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:39:41:49:49:0.544444:24:25:18:21:24:25:19:22 chr19 1068738 . G A 488.09 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00464087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.785;QD=22.186;RBI=0.0317352;REFB=-0.0220224;REVB=0.031394;RO=40;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505994;STB=0.521982;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0309131;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:41:47:47:0.534091:24:23:22:18:24:23:22:19 chr19 1074000 . A T 361.09 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.000365577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.374;QD=15.2037;RBI=0.00242316;REFB=-0.0152846;REVB=-0.00239542;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876896;STB=0.549544;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0200013;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:19:20:24:32:19:20:24:32 chr19 1094004 . G A 1510.84 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.815;QD=63.6145;RBI=0.0314895;REFB=0;REVB=0.00378198;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61752e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:45:49:0:0:46:49:0:0 chr19 1109213 . A G 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0120044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.147;QD=17.3751;RBI=0.0278128;REFB=-0.0184854;REVB=-0.0250887;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791542;STB=0.545376;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0186216;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:2:8:8:3:2:8 chr19 1110829 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0127982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.129;QD=20.838;RBI=0.0297961;REFB=-0.00672335;REVB=0.0269075;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275108;STB=0.659987;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00410289;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:7:2:3:2:7:2:3:2 chr19 1112943 . G C 203.08 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0331216;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1219;QD=20.8291;RBI=0.0342448;REFB=-0.00701472;REVB=-0.00869864;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206817;STB=0.593579;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00544698;OID=.;OPOS=1112943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:19:19:20:0.512821:9:10:15:5:9:11:14:5 chr19 1127615 . G C 327.98 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0243245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.875;QD=30.5094;RBI=0.054999;REFB=0.00863693;REVB=0.0493276;RO=15;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277578;STB=0.651065;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00938208;OID=.;OPOS=1127615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:14:14:14:1:14:14:14:1 chr19 1127720 . G A 689.72 PASS AF=0.618557;AO=59;DP=96;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00732798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3329;QD=28.442;RBI=0.0562872;REFB=-0.0285495;REVB=0.0558081;RO=37;SAF=23;SAR=36;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494268;STB=0.530425;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0235877;OID=.;OPOS=1127720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:37:37:59:60:0.618557:36:23:12:25:36:24:12:25 chr19 1228260 . C A 398.27 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.000980062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.306;QD=14.4826;RBI=0.0149268;REFB=0.0216246;REVB=0.0148946;RO=63;SAF=34;SAR=12;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350744;STB=0.694657;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0274455;OID=.;OPOS=1228260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:12:34:26:37:12:34:27:37 chr19 1231142 . T C 344.18 PASS AF=1;AO=19;DP=29;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282929;FXX=0.137883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.762;QD=55.0683;RBI=0.0552567;REFB=0;REVB=0.0474638;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047895;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:25:0:0:19:25:1:3:16:0:0:5:20:0:0 chr19 1231217 . T TC 32.56 PASS AF=0.096;AO=21;DP=125;FAO=12;FDP=125;FR=.;FRO=113;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.0319916;FXX=0.00793588;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.265;QD=1.0418;RBI=0.0416793;REFB=-0.00616241;REVB=-0.0267152;RO=102;SAF=1;SAR=20;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.690971;STB=0.91474;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0558743;OID=.;OPOS=1231218;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.096:21:125:12:125:113:1:11:61:52:32:102:1:20:60:42 chr19 1256998 . C T 302.75 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0165827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.44;QD=17.0564;RBI=0.0166419;REFB=-0.01088;REVB=0.00140318;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224828;STB=0.512612;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0167248;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:19:14:17:21:19:14:17:21 chr19 1272040 . T C 2307.77 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000248419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.587;QD=61.1329;RBI=0.019335;REFB=0;REVB=0.0193334;RO=0;SAF=52;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5115e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:99:52:0:0:99:52:0:0 chr19 1277275 . G C 469.15 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202318;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7872;QD=58.6434;RBI=0.068782;REFB=0;REVB=0.0657392;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99147e-05;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:11:21:0:0 chr19 1357082 . T C 484.25 PASS AF=0.472727;AO=49;DP=106;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00301318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.517;QD=17.609;RBI=0.0134153;REFB=-0.0142161;REVB=0.0130726;RO=57;SAF=23;SAR=26;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717657;STB=0.548685;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0148301;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:57:58:49:52:0.472727:26:23:31:26:29:23:31:27 chr19 1360575 . G A 315.49 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00338575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4327;QD=17.5272;RBI=0.0136291;REFB=-0.000495919;REVB=0.0132019;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172313;STB=0.503309;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00212951;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:19:15:17:20:19:15:17:21 chr19 1389043 . CAT C 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501361;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.206;QD=50.4977;RBI=0.0574475;REFB=0;REVB=0.0280461;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000695521;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:18:18:0:8:10:0:0:4:0:8:10:0:0 chr19 1394466 . G GTGC 241.02 PASS AF=0.709677;AO=18;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00161699;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.288;QD=31.1;RBI=0.0215435;REFB=-0.0628774;REVB=0.0214828;RO=9;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243222;STB=0.575009;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=0.0204667;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.709677:18:31:22:31:9:7:15:5:4:62:9:4:14:5:4 chr19 1495634 . G A 132.23 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0251117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8346;QD=15.5568;RBI=0.0251476;REFB=-0.0203394;REVB=0.00134297;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445112;STB=0.525658;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0276885;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:8:11:8:7:8:11 chr19 1497543 . A G 200.67 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0430926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.236;QD=22.9333;RBI=0.0448787;REFB=-0.0451182;REVB=-0.0125349;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277848;STB=0.544973;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0298617;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:14:17:17:0.485714:12:5:4:11:12:5:3:11 chr19 1510661 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.998;QD=33.4284;RBI=0.0736556;REFB=0;REVB=0.00687205;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408755;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 1533972 . C G 289.71 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00926295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7059;QD=16.5549;RBI=0.0298878;REFB=-0.0321557;REVB=0.0284161;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234979;STB=0.6315;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0412103;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:18:14:26:12:18:14:26:12 chr19 1534042 . T C 222.55 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0933887;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6459;QD=18.1676;RBI=0.109306;REFB=-0.0538674;REVB=-0.0568019;RO=24;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204644;STB=0.614356;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0608125;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:24:25:23:24:0.489796:17:6:11:13:18:6:11:14 chr19 1535084 . G A 400.25 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.01182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.217;QD=14.5546;RBI=0.0119974;REFB=-0.0152;REVB=-0.00205538;RO=62;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126247;STB=0.579306;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0178482;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:62:64:46:46:0.418182:21:25:26:36:21:25:26:38 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 169.75 PASS AF=0.346154,0.0576923;AO=18,3;DP=54;FAO=18,3;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10,2;FSAR=8,1;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0114946,-0.0337303;FXX=0.0370302;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=48.7304,213.888;QD=13.0574;RBI=0.0268612,0.0337405;REFB=-0.0115141,-0.00306429;REVB=0.0242776,-0.000830485;RO=25;SAF=10,2;SAR=8,1;SRF=4;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.392171,0.548199;STB=0.682636,0.825995;STBP=0.065,0.459;TYPE=del,snp;VARB=0.0308658,0.0246655;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154,0.0576923:18,3:54:18,3:52:31:10,2:8,1:8:23:99:25:10,2:8,1:4:21 chr19 1535205 . G C 223.96 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0286993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7748;QD=17.5653;RBI=0.0547928;REFB=-0.0139266;REVB=-0.0466755;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352037;STB=0.687056;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0136717;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:24:24:0.470588:9:15:6:20:9:15:7:20 chr19 1609267 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238362;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.196;QD=58.1419;RBI=0.026607;REFB=0;REVB=0.0118223;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00443e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr19 1619339 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.896;QD=33.4285;RBI=0.0480349;REFB=0;REVB=0.0286253;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263094;OID=.;OPOS=1619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 1624007 . A G 3409.17 PASS AF=0.982301;AO=219;DP=225;FAO=222;FDP=226;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=112;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0318917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.95;QD=60.3393;RBI=0.0393736;REFB=0.00959021;REVB=-0.023091;RO=4;SAF=108;SAR=111;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877586;STB=0.504504;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.000851784;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:225:226:4:4:219:222:0.982301:111:108:3:1:112:110:3:1 chr19 1782798 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0154527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.806;QD=19.3684;RBI=0.0158214;REFB=-0.0194491;REVB=-0.00339572;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175884;STB=0.601017;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0166172;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:13:3:5:10:13:3:5:10 chr19 1789556 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0469068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3535;QD=17.5413;RBI=0.0494739;REFB=-0.0156567;REVB=0.0157295;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213067;STB=0.512179;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0182166;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:11:5:5:10:11:5 chr19 1796166 . C T 820.53 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000982448;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.552;QD=57.5811;RBI=0.0167713;REFB=0;REVB=0.0167425;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67537e-06;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr19 1810605 . T C 145.27 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.818;QD=44.6969;RBI=0.0298461;REFB=0;REVB=0.0196608;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229234;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr19 1811547 . A G 233.23 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00561323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.742;QD=23.9207;RBI=0.0737265;REFB=-0.0149205;REVB=0.0735125;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137237;STB=0.572451;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0144637;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:17:21:22:0.564103:14:7:8:8:15:7:8:9 chr19 1811603 . C T 257.75 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.024778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.576;QD=23.4316;RBI=0.024778;REFB=-0.00860275;REVB=2.93071e-07;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596026;STB=0.533305;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00662688;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:16:8:8:12:16:8:8:12 chr19 1819125 . T C 345.81 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0161583;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.353;QD=19.7606;RBI=0.0188502;REFB=-0.023621;REVB=0.00970778;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228584;STB=0.515143;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.019129;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:33:34:35:36:0.514286:16:19:18:15:17:19:19:15 chr19 1821637 . A G 546.0 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.365;QD=59.0271;RBI=0.0840704;REFB=0;REVB=0.0169642;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299769;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:22:15:0:0 chr19 1825927 . TCTC T,TCTT 140.83 PASS AF=0.318182,0.0454545;AO=13,6;DP=49;FAO=14,2;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6,0;FSAR=8,2;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0218875,-0.0104304;FXX=0.083316;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=150.414,98.2956;QD=12.8029;RBI=0.0426392,0.0296376;REFB=-0.00408717,0.00114944;REVB=-0.0365928,-0.0277416;RO=26;SAF=5,0;SAR=8,6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0459377,-0.651101;STB=0.574366,0.993079;STBP=0.544,0.337;TYPE=del,snp;VARB=0.00402225,0.0598397;OID=.,.;OPOS=1825928,1825930;OREF=CTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.0454545:13,6:49:14,2:44:28:6,0:8,2:9:19:99:26:5,0:8,6:9:17 chr19 1828584 . C G 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00310178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.192;QD=18.889;RBI=0.073169;REFB=-0.0204894;REVB=0.0731033;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376043;STB=0.71943;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00430656;OID=.;OPOS=1828584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:2:6:1:4:2:6:1:4 chr19 1880950 . T C 685.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167236;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.56;QD=54.8522;RBI=0.0175837;REFB=0.0143149;REVB=0.00543217;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=2.24563e-05;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:0:1:49:49:0.98:33:16:0:0:33:16:1:0 chr19 1925942 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=0.0105283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.946;QD=12.0207;RBI=0.0124146;REFB=-0.00590377;REVB=-0.00657852;RO=25;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336351;STB=0.51997;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0137477;OID=.;OPOS=1925942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:13:1:2:23:13:1:2:23 chr19 1925970 . T C 325.76 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00359118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.873;QD=29.6149;RBI=0.00811087;REFB=0.0245727;REVB=0.00727252;RO=16;SAF=4;SAR=24;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119696;STB=0.565175;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00540252;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:24:4:1:15:24:4:1:15 chr19 2037798 . G T 324.45 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0544017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9578;QD=17.0762;RBI=0.0624143;REFB=-0.00292635;REVB=0.0305941;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132434;STB=0.524628;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00364685;OID=.;OPOS=2037798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:41:35:35:0.460526:22:13:15:24:22:13:17:24 chr19 2041032 . T C 218.18 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-8.29197e-05;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.797;QD=22.3779;RBI=0.0726383;REFB=-0.0103204;REVB=-0.0726383;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915441;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0103824;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:7:14:13:4:7:14:13:5 chr19 2050823 . G T 135.82 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0162549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.34;QD=13.9303;RBI=0.0232122;REFB=-0.0239928;REVB=0.0165706;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201691;STB=0.629462;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0372565;OID=.;OPOS=2050823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:10:5:12:11:11:5:12:11 chr19 2078488 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00625031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.553;QD=17.8273;RBI=0.0104132;REFB=-0.0220304;REVB=0.00832872;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395181;STB=0.719724;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0268015;OID=.;OPOS=2078488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:11:0:5:7:11:0 chr19 2099327 . T C 184.14 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0032831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1122;QD=13.6398;RBI=0.0496123;REFB=-0.0154867;REVB=-0.0495036;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655579;STB=0.537701;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0426574;OID=.;OPOS=2099327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:12:20:15:7:12:20 chr19 2110746 . G A 563.27 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0145134;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.517;QD=16.3267;RBI=0.0368378;REFB=-0.0236537;REVB=0.0338583;RO=73;SAF=42;SAR=18;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243767;STB=0.655536;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0466744;OID=.;OPOS=2110746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:73:78:60:60:0.434783:18:42:34:39:18:42:34:44 chr19 2116281 . T C 281.38 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0304284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.065;QD=19.4053;RBI=0.0506357;REFB=-0.024246;REVB=-0.0404733;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321348;STB=0.53446;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0215548;OID=.;OPOS=2116281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:28:30:30:0.517241:15:15:12:14:15:15:12:16 chr19 2116649 . A G 596.63 PASS AF=0.435374;AO=61;DP=141;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=0.00921477;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.716;QD=16.2349;RBI=0.00936193;REFB=-0.0162418;REVB=0.00165341;RO=79;SAF=36;SAR=25;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450735;STB=0.53368;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0158131;OID=.;OPOS=2116649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:147:79:83:61:64:0.435374:25:36:50:29:26:38:54:29 chr19 2249583 . G A 228.06 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0244093;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.216;QD=26.8306;RBI=0.0245132;REFB=-0.0402015;REVB=0.00225372;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171611;STB=0.594814;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0279612;OID=.;OPOS=2249583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:3:10:11:10:3:10 chr19 2249634 . G A 109.16 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0416775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.994;QD=25.6836;RBI=0.0417168;REFB=0.000160365;REVB=-0.00181056;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144298;STB=0.566903;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.000139114;OID=.;OPOS=2249634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:11:12:0.705882:6:5:1:4:7:5:1:4 chr19 2250469 . G A 198.52 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0225826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.053;QD=26.4699;RBI=0.024827;REFB=-0.036628;REVB=0.0103153;RO=10;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463518;STB=0.538422;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0152346;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:29:30:10:11:19:19:0.633333:12:7:3:7:12:7:3:8 chr19 2251817 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.718;QD=58.1415;RBI=0.0110998;REFB=0;REVB=0.00514913;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98772e-05;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 2252990 . C G 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0134255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.671;QD=20.3971;RBI=0.0238532;REFB=-0.025888;REVB=0.0197163;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600255;STB=0.533312;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0240906;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:12:15:15:16:12:15 chr19 2337468 . G A 436.36 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0137809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.711;QD=21.286;RBI=0.017166;REFB=-0.0114541;REVB=0.0102351;RO=38;SAF=18;SAR=25;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222965;STB=0.616539;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0139338;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:39:43:43:0.52439:25:18:26:12:25:18:26:13 chr19 2339958 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.057;QD=62.3501;RBI=0.0260411;REFB=0;REVB=0.0259501;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38329e-05;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chr19 2340154 . G GC 1150.72 PASS AF=1;AO=101;DP=140;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.246;QD=35.1365;RBI=0.225725;REFB=0;REVB=0.161486;RO=38;SAF=48;SAR=53;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00800542;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:140:131:131:0:63:68:0:0:24:38:48:53:21:17 chr19 2341059 . GT AC,GC 280.8 PASS AF=0.5,0.5;AO=11,11;DP=22;FAO=11,11;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222028,0.0270911;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=126.282,107.342;QD=51.0543;RBI=0.0392265,0.0272261;REFB=0,0;REVB=0.0323381,0.00270806;RO=0;SAF=2,9;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00660595,0.0154452;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:87:22:22:0:0:11,11:11,11:0.5,0.5:9,2:2,9:0:0:9,2:2,9:0:0 chr19 2341577 . G A 310.64 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00114122;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.855;QD=18.2727;RBI=0.0132453;REFB=-0.0157152;REVB=0.0131961;RO=35;SAF=10;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208132;STB=0.616784;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0232078;OID=.;OPOS=2341577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:35:33:33:0.485294:23:10:18:17:23:10:18:17 chr19 2344022 . G A 37.4 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0039014;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4876;QD=13.6017;RBI=0.0425218;REFB=-0.0652053;REVB=0.0423424;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.53322;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0692232;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:11:11:5:5:5:6:0.545455:1:4:3:2:2:4:3:2 chr19 2353150 . C A 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.806;QD=47.8142;RBI=0.0411738;REFB=0;REVB=0.0248986;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349987;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 2389872 . G C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0145027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.252;QD=11.4404;RBI=0.0160929;REFB=-0.0123555;REVB=0.0069751;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111091;STB=0.565515;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.019264;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:7:17:8:5:7:17 chr19 2398849 . A G 356.19 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0225713;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.035;QD=18.7468;RBI=0.0233261;REFB=-0.0124979;REVB=-0.00588571;RO=38;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605873;STB=0.538902;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0176385;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:22:15:13:25:22:15:13:26 chr19 2408486 . T C 115.26 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.114389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.038;QD=17.7329;RBI=0.117696;REFB=0.011462;REVB=-0.0277033;RO=9;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474473;STB=0.84144;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0140277;OID=.;OPOS=2408486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:9:13:13:13:0.5:12:1:4:5:12:1:7:6 chr19 2408495 . T G 115.03 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0586648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4971;QD=19.1712;RBI=0.0615057;REFB=-0.00823473;REVB=-0.0184768;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483496;STB=0.766975;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0163355;OID=.;OPOS=2408495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:10:11:13:13:0.541667:11:2:7:3:11:2:7:4 chr19 2408530 . G A 166.64 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0378862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.095;QD=31.7412;RBI=0.040551;REFB=-0.0312794;REVB=0.0144577;RO=4;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361443;STB=0.575119;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00628223;OID=.;OPOS=2408530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:20:21:4:5:16:16:0.761905:13:3:1:3:13:3:2:3 chr19 2410332 . T C 151.75 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0401629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8424;QD=20.9307;RBI=0.0622299;REFB=-0.0253518;REVB=-0.0475342;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192046;STB=0.608559;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00913493;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:8:5:10:6:8:5 chr19 2413961 . G C 157.64 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0465223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0289;QD=16.594;RBI=0.0465234;REFB=-0.00660674;REVB=-0.000321501;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121753;STB=0.555491;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00944816;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:9:8:12:8:9:8:12:9 chr19 2415801 . G A 130.68 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0203635;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.01;QD=13.7553;RBI=0.0209169;REFB=-0.013345;REVB=0.00477934;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126392;STB=0.559362;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0173948;OID=.;OPOS=2415801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:8:7:13:9:8:7:13:10 chr19 2418031 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0296348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.69;QD=8.69797;RBI=0.0399996;REFB=0.0203123;REVB=0.0268654;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301111;STB=0.68373;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0170637;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:10:4:4:3:10:4 chr19 2427266 . G A 301.29 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0190587;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.892;QD=13.3905;RBI=0.0224541;REFB=-0.0134953;REVB=-0.0118724;RO=55;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247015;STB=0.634071;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0267918;OID=.;OPOS=2427266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:55:56:34:34:0.377778:15:19:18:37:15:19:19:37 chr19 2433890 . A C,G 533.49 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677881,0.00799344;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.551,122.126;QD=59.2761;RBI=0.0818182,0.0209824;REFB=0,0;REVB=-0.0458148,-0.0194001;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.48532e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.076314,0.00401401;OID=.,.;OPOS=2433890,2433890;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:1,20:1,14:0:0:1,20:1,14:0:0 chr19 2538760 . A T 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.027685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.34;QD=44.606;RBI=0.0666743;REFB=-0.0129503;REVB=0.0606548;RO=2;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296733;STB=0.516113;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00128772;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:7:14:1:1:7:14:1:1 chr19 2714720 . A G 349.43 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.611;QD=53.7582;RBI=0.0323564;REFB=0;REVB=0.0264629;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662242;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:17:9:0:0 chr19 2714771 . T C 447.22 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.539;QD=57.7061;RBI=0.00879848;REFB=0;REVB=-0.000726043;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72264e-05;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr19 2717256 . C G 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00485003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.52;QD=18.7088;RBI=0.0594583;REFB=-0.0188384;REVB=-0.0592601;RO=19;SAF=17;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383061;STB=0.72616;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.016086;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:1:17:15:4:1:17:15:4 chr19 2732965 . GCCCA GCC,GCCA 78.43 PASS AF=0,0.764706;AO=2,8;DP=17;FAO=0,13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=0,3;FSAR=0,10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0491387,0.0606344;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=133.253,12.0545;QD=18.4538;RBI=0.0543482,0.0653886;REFB=0.00560677,-0.161624;REVB=-0.0232187,0.0244772;RO=5;SAF=1,2;SAR=1,6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0967026,-0.121731;STB=0.5,0.581261;STBP=1,0.284;TYPE=del,del;VARB=0,0.126692;OID=.,.;OPOS=2732968,2732966;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.764706:2,8:17:0,13:17:4:0,3:0,10:2:2:15:5:1,2:1,6:2:3 chr19 2762585 . A C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0073005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.032;QD=20.3167;RBI=0.0276943;REFB=-0.0192475;REVB=0.0267147;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387837;STB=0.71801;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0133269;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:14:4:13:6:14:4 chr19 2765222 . G A 213.45 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.038914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2593;QD=16.1095;RBI=0.0455017;REFB=0.00568456;REVB=-0.023582;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163212;STB=0.5924;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00622117;OID=.;OPOS=2765222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:17:12:14:10:17:12 chr19 2767192 . G T 393.49 PASS AF=0.533333;AO=38;DP=76;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00444487;FXX=0.0384566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.076;QD=20.9859;RBI=0.016698;REFB=-0.0576305;REVB=0.0160955;RO=27;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112221;STB=0.553009;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0285777;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:27:35:38:40:0.533333:25:13:13:14:27:13:15:20 chr19 2833802 . A G 610.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.207;QD=61.0335;RBI=0.0401672;REFB=0;REVB=0.0370758;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113582;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:13:26:0:0:14:26:0:0 chr19 2833864 . G A 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3105;QD=57.2349;RBI=0.0476986;REFB=0;REVB=-0.047254;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465505;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr19 2853566 . A G 255.57 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6703;QD=51.114;RBI=0.0453634;REFB=0;REVB=-0.00494322;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067039;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 2896818 . C T 727.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9066;QD=63.241;RBI=0.0100724;REFB=0;REVB=-0.00916366;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54696e-05;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr19 2896948 . T C 221.88 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0115784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.313;QD=12.3268;RBI=0.0263739;REFB=-0.00415609;REVB=0.0236964;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128454;STB=0.573717;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00927364;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:14:13:27:18:14:13:27:18 chr19 2896953 . A G 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00109636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.914;QD=11.1569;RBI=0.0167333;REFB=0.00376211;REVB=0.0166973;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998298;STB=0.557778;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00799467;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:28:18:12:13:28:18 chr19 2915738 . T A 176.03 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00509767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.04;QD=11.9345;RBI=0.0691583;REFB=-0.0132609;REVB=0.0689701;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207518;STB=0.593002;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0189564;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:37:21:22:0.372881:12:9:9:27:13:9:10:27 chr19 2917186 . T C 249.44 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0208593;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.958;QD=16.0927;RBI=0.0225795;REFB=-0.026827;REVB=0.00864424;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485573;STB=0.527427;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.039651;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:11:17:19:15:11:17:19:15 chr19 2917287 . C A 167.67 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0275195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6804;QD=13.4134;RBI=0.0426861;REFB=-0.0612691;REVB=-0.0326309;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13954;STB=0.539404;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0488052;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:31:18:19:0.38:11:7:16:15:11:8:15:16 chr19 2917612 . T C 247.91 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0081552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.433;QD=21.0991;RBI=0.0224071;REFB=0.0020092;REVB=0.0208703;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636784;STB=0.535027;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.001257;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:23:24:0.510638:13:10:8:14:14:10:8:15 chr19 2917689 . C T 302.21 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0158923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6233;QD=19.4975;RBI=0.0320795;REFB=-0.00582606;REVB=-0.0278662;RO=30;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532295;STB=0.529642;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0069953;OID=.;OPOS=2917689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:20:12:13:17:20:12:13:17 chr19 2933676 . C A 189.71 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0177483;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.848;QD=13.0834;RBI=0.0184021;REFB=0.00661674;REVB=-0.00486154;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108226;STB=0.551954;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0101084;OID=.;OPOS=2933676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:35:23:23:0.396552:8:15:20:16:8:15:20:15 chr19 2934282 . T C 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0113705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.901;QD=28.0794;RBI=0.075485;REFB=-0.0546619;REVB=0.0746237;RO=15;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109146;STB=0.56039;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0176377;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:8:17:8:7:8:17:8:7 chr19 2936623 . C T 163.4 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000102412;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.601;QD=19.2236;RBI=0.0228235;REFB=-0.0308131;REVB=-0.0228233;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295475;STB=0.654357;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0278658;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:17:17:17:0.5:5:12:7:11:5:12:7:10 chr19 2993427 . T C 456.32 PASS AF=0.48913;AO=46;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0104489;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.38;QD=19.8401;RBI=0.0140605;REFB=-0.0140424;REVB=0.00940842;RO=42;SAF=30;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198358;STB=0.634359;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0160054;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:42:47:46:45:0.48913:16:30:18:24:16:29:18:29 chr19 3028871 . G C 129.92 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00853068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.699;QD=16.7643;RBI=0.020731;REFB=-0.0291618;REVB=-0.0188944;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266204;STB=0.654435;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.033078;OID=.;OPOS=3028871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:14:15:0.483871:2:12:10:5:2:13:11:5 chr19 3062857 . T C 1540.86 PASS AF=0.948718;AO=107;DP=119;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0173959;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9603;QD=52.6791;RBI=0.0533299;REFB=-0.158585;REVB=0.0504129;RO=9;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753761;STB=0.525857;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00489203;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:119:117:9:6:107:111:0.948718:52:55:0:9:55:56:0:6 chr19 3119239 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.599;QD=58.1421;RBI=0.034721;REFB=0;REVB=0.0339444;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144433;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr19 3150238 . A G 272.28 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.749;QD=51.862;RBI=0.0329719;REFB=0;REVB=-0.021005;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289588;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr19 3155902 . G A 830.94 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.759;QD=54.4876;RBI=0.0186985;REFB=0.0500469;REVB=0.00625594;RO=1;SAF=34;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136737;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00019993;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:61:1:1:58:60:0.983607:24:34:1:0:24:36:1:0 chr19 3186085 . G T 1072.61 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368061;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.803;QD=58.7729;RBI=0.0488209;REFB=-0.146114;REVB=0.0320748;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00101548;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:73:0:1:72:72:0.986301:35:37:0:0:35:37:1:0 chr19 3208890 . T C 1439.95 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241204;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2784;QD=62.6065;RBI=0.0360996;REFB=0;REVB=0.0360189;RO=0;SAF=24;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480909;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:66:24:0:0:68:24:0:0 chr19 3224896 . G C 248.36 PASS AF=0.42029;AO=27;DP=67;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00304158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.555;QD=14.3978;RBI=0.00681571;REFB=-0.0104391;REVB=-0.00609939;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067848;STB=0.524459;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0143722;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:40:40:27:29:0.42029:14:13:19:21:14:15:19:21 chr19 3534523 . C T 793.73 PASS AF=0.539568;AO=74;DP=140;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00127093;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.865;QD=22.841;RBI=0.00287006;REFB=-0.0141297;REVB=0.00257333;RO=63;SAF=39;SAR=35;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122255;STB=0.566496;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.014666;OID=.;OPOS=3534523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:63:64:74:75:0.539568:35:39:24:39:36:39:24:40 chr19 3534842 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.823;QD=42.1826;RBI=0.0191655;REFB=0;REVB=0.0140163;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155254;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr19 3543397 . C T 123.22 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.98;QD=37.915;RBI=0.0195612;REFB=-0.0932199;REVB=0.0147467;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00107934;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:7:5:0:0:7:5:0:1 chr19 3548231 . A G 412.03 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0153367;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.044;QD=21.9748;RBI=0.0458714;REFB=-0.0319999;REVB=-0.0432316;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376139;STB=0.50099;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0219488;OID=.;OPOS=3548231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:34:40:41:0.546667:22:18:15:18:23:18:15:19 chr19 3576314 . CCTT C 480.7 PASS AF=1;AO=37;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155621;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=3;MLLD=252.049;QD=45.781;RBI=0.0158018;REFB=0;REVB=0.00274164;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000275847;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:42:42:42:0:9:33:0:0:9:0:9:28:0:0 chr19 3591590 . T C 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0192034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.13;QD=31.0673;RBI=0.023412;REFB=0.0209498;REVB=-0.0133922;RO=5;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292344;STB=0.53604;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0020294;OID=.;OPOS=3591590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:5:6:17:17:0.73913:8:9:3:2:8:9:4:2 chr19 3592171 . T C 121.24 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.020115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8664;QD=25.5247;RBI=0.0272469;REFB=-0.108905;REVB=-0.0183788;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205918;STB=0.639787;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.022303;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:19:5:6:13:13:0.684211:8:5:4:1:8:5:5:1 chr19 3595923 . G A 429.21 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4578;QD=57.2283;RBI=0.0851296;REFB=0;REVB=0.0482219;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112124;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr19 3611765 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.884;QD=57.6807;RBI=0.0266416;REFB=0;REVB=0.0111867;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63823e-05;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr19 3611972 . G A 1126.92 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1132;QD=58.5412;RBI=0.0395757;REFB=-0.119725;REVB=0.0368622;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000895142;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:74:76:0.987013:36:38:0:0:38:38:1:0 chr19 3613147 . C G 334.19 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00720257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2823;QD=27.2805;RBI=0.00722023;REFB=-0.00818687;REVB=-0.000504579;RO=20;SAF=7;SAR=22;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225513;STB=0.625325;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00577489;OID=.;OPOS=3613147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:22:7:10:10:22:7:10:10 chr19 3614403 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00428586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.981;QD=57.6781;RBI=0.037598;REFB=0;REVB=0.037353;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105959;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 3633115 . C A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.030672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.888;QD=16.8228;RBI=0.030672;REFB=-0.050859;REVB=0;RO=5;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0300761;OID=.;OPOS=3633115;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:0:7:5:0:0:7:5:0 chr19 3653525 . C T 772.93 PASS AF=0.98;AO=37;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242817;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.484;QD=61.8347;RBI=0.0248601;REFB=-0.0894852;REVB=0.00533153;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00014115;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:37:49:0.98:11:26:0:0:19:30:0:1 chr19 3728609 . G A 161.76 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00200537;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.59;QD=15.0476;RBI=0.0331139;REFB=-0.0283498;REVB=0.0330531;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157534;STB=0.541499;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0356085;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:24:26:16:17:0.395349:9:7:7:17:10:7:9:17 chr19 3730041 . C T 428.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8001;QD=57.163;RBI=0.0734055;REFB=0;REVB=0.0699479;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700847;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr19 3738649 . A C 528.41 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5579;QD=58.7123;RBI=0.0396706;REFB=0;REVB=-0.0383992;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381367;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr19 3738971 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9185;QD=57.6794;RBI=0.0301197;REFB=0;REVB=-0.0299731;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401764;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr19 3740658 . T G 186.99 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00660336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.434;QD=10.685;RBI=0.0171331;REFB=-0.00827074;REVB=0.0158095;RO=46;SAF=14;SAR=10;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134523;STB=0.577828;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0104223;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:10:14:32:14:10:14:32:14 chr19 3746087 . G A 785.57 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137097;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.236;QD=57.1326;RBI=0.0209225;REFB=0;REVB=0.0158049;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33598e-05;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr19 3750205 . T TG,TGG 352.42 PASS AF=0.147059,0.852941;AO=7,20;DP=42;FAO=5,29;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674687,0.0365584;FXX=0.0285633;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.6283,20.4051;QD=41.4609;RBI=0.14798,0.0799242;REFB=0,0;REVB=-0.131705,-0.0710729;RO=9;SAF=4,7;SAR=3,13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0150213,-0.121516;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0445607,0.0200709;OID=.,.;OPOS=3750206,3750206;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.147059,0.852941:7,20:42:5,29:34:0:3,11:2,18:0:0:8:9:4,7:3,13:5:4 chr19 3750615 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0983017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.915;QD=57.2011;RBI=0.0985151;REFB=0;REVB=-0.0064805;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115303;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr19 3750622 . A C 501.98 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.226;QD=59.0559;RBI=0.0549386;REFB=0;REVB=0.0122066;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619681;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr19 3752563 . G A 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0146446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.914;QD=20.1587;RBI=0.0357354;REFB=-0.0225212;REVB=0.0325969;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224986;STB=0.626896;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0178225;OID=.;OPOS=3752563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:10:4:9:7:10:4 chr19 3752874 . A G 354.26 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.42;QD=54.5019;RBI=0.0651937;REFB=0;REVB=0.0651587;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396801;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr19 3753769 . C T 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.834;QD=55.6058;RBI=0.0595334;REFB=-0.036533;REVB=0.0449784;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229992;STB=0.512191;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000348819;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:38:20:1:0:38:20:1:0 chr19 3767265 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0306452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.626;QD=9.47557;RBI=0.0335772;REFB=-0.0104038;REVB=-0.0137222;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207796;STB=0.627321;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0143988;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:10:11:7:3:10:11 chr19 3783977 . G C 237.65 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0308238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1006;QD=20.2251;RBI=0.036719;REFB=-0.0259648;REVB=0.0199545;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244188;STB=0.636909;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0275334;OID=.;OPOS=3783977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:17:7:13:10:17:7 chr19 3820191 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0122412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.915;QD=13.2053;RBI=0.0186471;REFB=-0.0040998;REVB=-0.0140665;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327571;STB=0.687061;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.000201762;OID=.;OPOS=3820191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:0:6:5:1:0:6 chr19 3831449 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.030992;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.663;QD=18.7693;RBI=0.0334017;REFB=-0.133404;REVB=0.0124569;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209294;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00827307;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:1:5:1:1:1:5:2:1 chr19 3831525 . C A 86.4 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0349775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7905;QD=13.293;RBI=0.0358717;REFB=-0.00363639;REVB=-0.00795932;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26404;STB=0.67093;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00520186;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:10:5:7:4:10:5 chr19 3831765 . G A 60.82 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00822428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.923;QD=7.37224;RBI=0.0223045;REFB=-0.0061582;REVB=0.0207328;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793601;STB=0.595526;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0178474;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:33:33:25:24:8:9:0.272727:3:5:14:11:3:6:13:11 chr19 3977486 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.995;QD=51.9166;RBI=0.0735243;REFB=0;REVB=0.0734829;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005679;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 3979408 . A G 379.76 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709943;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.62;QD=56.2612;RBI=0.0753038;REFB=0;REVB=0.0251094;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144191;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr19 4028783 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.569;QD=61.684;RBI=0.0636977;REFB=0;REVB=0.00405787;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294931;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr19 4033462 . T C 1769.26 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0786355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.453;QD=59.9748;RBI=0.0790138;REFB=-0.140686;REVB=0.00772199;RO=1;SAF=52;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904575;STB=0.504761;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000229852;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:65:52:1:0:65:52:1:0 chr19 4042858 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1416;QD=59.0161;RBI=0.0780331;REFB=0;REVB=0.0744603;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451425;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr19 4042923 . A G 765.22 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1817;QD=63.7685;RBI=0.0446093;REFB=0;REVB=-0.0130521;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372546;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr19 4043024 . T C 766.9 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.673;QD=63.9084;RBI=0.0621573;REFB=0;REVB=-0.0172592;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115291;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:45:48:1:30:15:0:0:31:17:0:0 chr19 4101062 . G T 638.83 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0758538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.06;QD=59.4261;RBI=0.0801576;REFB=-0.0574;REVB=0.0259124;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000722992;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:22:20:0:0:22:20:1:0 chr19 4154910 . C T 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0336592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3609;QD=9.18826;RBI=0.114665;REFB=0.0123308;REVB=0.109613;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416598;STB=0.732953;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0123491;OID=.;OPOS=4154910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:7:4:18:6:7:4:18:7 chr19 4157148 . G A 132.29 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.027284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.578;QD=22.0486;RBI=0.030949;REFB=-0.0522781;REVB=0.0146092;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105825;STB=0.548325;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0189716;OID=.;OPOS=4157148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:24:9:9:14:15:0.625:9:5:2:7:10:5:2:7 chr19 4168437 . C A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0333679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.356;QD=17.5419;RBI=0.0439459;REFB=-0.0115171;REVB=-0.0285977;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675673;STB=0.549936;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00920284;OID=.;OPOS=4168437;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:4:11:10:5:4:12 chr19 4180836 . C T 681.6 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.21;QD=60.5867;RBI=0.0507912;REFB=-0.109096;REVB=0.0462882;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123094;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:1:0:44:45:1:23:21:0:1:24:21:0:0 chr19 4186395 . T G 168.53 PASS AF=0.461538;AO=15;DP=36;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0110048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.825;QD=17.2855;RBI=0.0133221;REFB=-0.0135729;REVB=0.00750826;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28963;STB=0.589647;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0157126;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:20:21:15:18:0.461538:6:9:6:14:9:9:7:14 chr19 4200156 . G A 538.02 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1384;QD=58.1641;RBI=0.149157;REFB=0;REVB=0.116155;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291185;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:20:16:1:0:20:17:0:0 chr19 4210356 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.055;QD=55.655;RBI=0.0463268;REFB=0;REVB=0.0382771;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496766;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr19 4216910 . G A 49.13 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8825;QD=32.75;RBI=0.0826442;REFB=0;REVB=0.0826162;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384247;OID=.;OPOS=4216910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:1:4:0:0:2:4:0:0 chr19 4217207 . T G 641.68 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.656;QD=61.112;RBI=0.0469241;REFB=0;REVB=0.0275455;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15873e-07;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr19 4236996 . G A 1133.34 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.911;QD=60.4447;RBI=0.0463026;REFB=0;REVB=0.0233745;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160019;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:46:28:0:0:47:28:0:0 chr19 4237067 . A G 676.52 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0389376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.152;QD=60.1347;RBI=0.059031;REFB=-0.0583675;REVB=-0.0443681;RO=1;SAF=11;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407921;STB=0.521729;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00405064;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:33:11:1:0:33:11:1:0 chr19 4251069 . T C 1083.51 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028156;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1245;QD=60.195;RBI=0.0489729;REFB=0;REVB=0.0400697;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180364;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:34:36:0:0:35:37:0:0 chr19 4254375 . C T 152.42 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.935;QD=40.6444;RBI=0.0723036;REFB=-0.0326286;REVB=-0.0687879;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000162062;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:6:8:0:0:6:8:1:0 chr19 4283059 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0253615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.386;QD=17.4276;RBI=0.0266492;REFB=0.0051939;REVB=0.0081838;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169672;STB=0.609021;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00593589;OID=.;OPOS=4283059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:12:7:12:10:12:7:13:10 chr19 4288332 . A G 68.08 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00975349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.265;QD=14.3322;RBI=0.0123853;REFB=-0.0100116;REVB=-0.00763313;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328854;STB=0.691009;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.016358;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:7:9:0.473684:3:4:8:1:4:5:9:1 chr19 4292597 . C T 94.62 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.011662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.793;QD=11.1314;RBI=0.0841143;REFB=-0.00931062;REVB=0.0833019;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210035;STB=0.646835;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0253132;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:22:22:11:12:0.352941:5:6:16:6:6:6:16:6 chr19 4310327 . C T 301.8 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0110492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.368;QD=25.1496;RBI=0.0112508;REFB=-0.00776117;REVB=-0.00212051;RO=20;SAF=5;SAR=22;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309153;STB=0.666528;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00582214;OID=.;OPOS=4310327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:22:5:10:10:22:5:10:11 chr19 4325433 . G A 398.55 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.473;QD=51.4253;RBI=0.0495692;REFB=0;REVB=0.0488432;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135022;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:25:31:1:19:6:0:0:24:7:0:0 chr19 4333711 . C T 1274.39 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4942;QD=59.9715;RBI=0.123781;REFB=-0.0490523;REVB=0.122557;RO=1;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326406;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:81:85:1:0:80:85:1:29:51:0:1:32:53:0:0 chr19 4352959 . A G 87.71 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.823;QD=38.9827;RBI=0.201261;REFB=0;REVB=0.200808;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272114;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:6:9:1:1:5:0:0:4:5:0:0 chr19 4357555 . A G 1071.35 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0328;QD=58.7041;RBI=0.0332863;REFB=0;REVB=-0.0042643;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266164;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:43:28:0:0:43:30:0:0 chr19 4362691 . G C 1743.48 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0144609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.719;QD=58.116;RBI=0.0176358;REFB=-0.0943188;REVB=0.0100946;RO=3;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217391;STB=0.511448;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000144759;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:64:53:0:3:64:53:0:3 chr19 4442336 . C G,T 1370.8 PASS AF=0.0337079,0.966292;AO=4,85;DP=89;FAO=3,86;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=2,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164187,0.089719;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.4185,170.859;QD=61.6089;RBI=0.0148651,0.0981508;REFB=0,0;REVB=-0.0147742,0.0398005;RO=0;SAF=2,20;SAR=2,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-8.01904e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.118607,0.00124652;OID=.,.;OPOS=4442336,4442336;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:89:89:0:0:4,85:3,86:0.0337079,0.966292:2,65:2,20:0:0:2,65:1,21:0:0 chr19 4442999 . T G 631.65 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1406;QD=61.6239;RBI=0.052034;REFB=0;REVB=-0.0202097;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199451;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr19 4443046 . T C 1117.69 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208669;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.699;QD=60.4157;RBI=0.0223069;REFB=0;REVB=0.00788477;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277893;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:36:38:0:0 chr19 4457650 . C T 330.58 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0880682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.165;QD=50.8592;RBI=0.088526;REFB=-0.0814886;REVB=-0.00899095;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.571365;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00527786;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:0:1:25:25:0.961538:22:3:0:0:22:3:1:0 chr19 4493708 . A G 280.66 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0161311;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.899;QD=14.2105;RBI=0.0174237;REFB=-0.0108614;REVB=0.00658581;RO=45;SAF=22;SAR=10;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754996;STB=0.560594;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0187943;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:45:47:32:32:0.405063:10:22:28:17:10:22:28:19 chr19 4508945 . A G 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.509;QD=64.1434;RBI=0.0500768;REFB=0;REVB=0.0483217;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78818e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr19 4511350 . T A 58.77 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00227964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.841;QD=6.35392;RBI=0.00266086;REFB=0.000519566;REVB=-0.00137239;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53979;STB=0.844204;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00112169;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:36:37:27:28:9:9:0.243243:1:8:13:14:1:8:14:14 chr19 4511453 . G A 111.29 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0161036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2356;QD=15.8992;RBI=0.0616221;REFB=-0.0034955;REVB=0.0594807;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361002;STB=0.721594;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00766956;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:4:9:4:10:4:9:4:11 chr19 4511525 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00965139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.656;QD=9.4447;RBI=0.0114747;REFB=0.00847653;REVB=-0.00620648;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535511;STB=0.832222;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00919917;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:7:3:5:1:7:3 chr19 4511647 . C G 104.82 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0291887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2715;QD=10.7512;RBI=0.0527243;REFB=0.00543522;REVB=0.0439075;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00740477;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:4:9:18:8:4:9:18:8 chr19 4511725 . T C 96.35 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0281372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5074;QD=12.8464;RBI=0.0833906;REFB=0.00425166;REVB=-0.0785003;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23631;STB=0.644886;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00620737;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:29:30:17:18:11:12:0.4:2:9:11:6:2:10:12:6 chr19 4511730 . T C 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00929956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.45;QD=14.6548;RBI=0.0452452;REFB=-0.0007423;REVB=-0.0442792;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279998;STB=0.66637;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.000776528;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:2:11:11:6:2:11:11:6 chr19 4511746 . A T 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0116587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.242;QD=10.1686;RBI=0.0117068;REFB=-0.000140582;REVB=0.00106066;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241872;STB=0.661433;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000582225;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:20:22:11:11:0.333333:2:9:13:7:2:9:14:8 chr19 4511791 . A C 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0121677;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.842;QD=16.9234;RBI=0.0426731;REFB=-0.00689509;REVB=-0.0409016;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144044;STB=0.594472;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00783293;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:19:16:16:0.457143:5:11:11:9:5:11:10:9 chr19 4511830 . A G 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00721388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.497;QD=12.9413;RBI=0.0267395;REFB=-0.0145234;REVB=-0.0257481;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274957;STB=0.669688;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.036247;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:6:9:8:16:6:9:8:17 chr19 4511955 . T C 321.86 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0100452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.596;QD=13.9939;RBI=0.0263637;REFB=-0.00733175;REVB=-0.0243749;RO=56;SAF=19;SAR=17;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124808;STB=0.57078;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0290397;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:17:19:36:20:17:19:36:20 chr19 4512669 . T C 367.26 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0239541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7334;QD=16.506;RBI=0.0275081;REFB=-0.0112111;REVB=0.0135239;RO=50;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527442;STB=0.529634;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00834495;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:19:20:23:27:19:20:23:27 chr19 4513143 . CA TG 53.02 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0216746;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=183.839;QD=21.21;RBI=0.131743;REFB=-0.195941;REVB=0.129948;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200664;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=mnp;VARB=0.0226361;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:6:7:0.7:1:5:3:0:2:5:3:0 chr19 4513559 . A G 121.65 PASS AF=0.357143;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0195914;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.951;QD=11.5856;RBI=0.0456316;REFB=-0.0170088;REVB=-0.0412118;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151615;STB=0.523777;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0363828;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:13:15:0.357143:9:4:8:19:11:4:8:19 chr19 4558431 . C G 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0244145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.876;QD=22.9149;RBI=0.0249262;REFB=-0.0724573;REVB=0.00502471;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0464585;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:1:3:4:5:1:3 chr19 4685276 . A C 300.16 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0235083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7492;QD=16.447;RBI=0.0574189;REFB=0.0320856;REVB=-0.052386;RO=38;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142122;STB=0.568585;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0484362;OID=.;OPOS=4685276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:40:33:33:0.452055:11:22:20:18:11:22:22:18 chr19 4816719 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.433;QD=50.4133;RBI=0.0706971;REFB=0;REVB=0.00591363;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479568;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr19 4818378 . T C 717.43 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228431;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.298;QD=57.3946;RBI=0.0268701;REFB=0;REVB=0.014149;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171519;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr19 4847713 . A G 390.5 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.601;QD=53.8617;RBI=0.0251774;REFB=0;REVB=0.0237941;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035292;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:25:29:1:7:18:0:0:9:20:0:0 chr19 4847874 . A G 682.8 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6782;QD=60.6938;RBI=0.131222;REFB=0;REVB=0.0301664;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152172;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:24:18:0:0:27:18:0:0 chr19 4852106 . A G 775.94 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0134767;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.019;QD=55.424;RBI=0.0162858;REFB=-0.157182;REVB=0.0091436;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.513509;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00094046;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:56:0:1:55:55:0.982143:18:37:0:0:18:37:0:1 chr19 4852137 . C T 591.77 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0522639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.845;QD=56.3593;RBI=0.0600531;REFB=-0.0547085;REVB=0.0295779;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170572;STB=0.517848;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.000953726;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:13:27:1:0:13:27:2:0 chr19 4945914 . A C 199.71 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0264453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.722;QD=19.9712;RBI=0.0694837;REFB=0.00252018;REVB=-0.0642544;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21056;STB=0.626775;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00703307;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:12:7:12:8:13:7:12:8 chr19 4945917 . C T 191.73 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00879632;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.979;QD=20.1825;RBI=0.00981482;REFB=-0.0113597;REVB=-0.00435379;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210311;STB=0.63144;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0412278;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:12:7:11:7:12:7:12:7 chr19 4945974 . T C 271.52 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2902;QD=51.7185;RBI=0.11051;REFB=0;REVB=0.0925324;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000776283;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:10:8:0:0:13:8:0:0 chr19 4950770 . C T 136.5 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00859061;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.404;QD=16.546;RBI=0.0288873;REFB=-0.016771;REVB=0.0275804;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414798;STB=0.533288;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0192934;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:18:15:15:0.454545:5:10:10:6:5:10:11:7 chr19 4954454 . C T 706.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.856;QD=62.759;RBI=0.034452;REFB=0;REVB=0.0249134;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20819e-05;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:20:25:0:0 chr19 4954679 . G GC 422.52 PASS AF=1;AO=25;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886298;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7012;QD=44.4757;RBI=0.09384;REFB=0;REVB=-0.0308336;RO=13;SAF=22;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00221621;OID=.;OPOS=4954680;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:39:38:38:0:26:12:0:0:8:13:22:3:4:9 chr19 5041178 . T C 1241.43 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3639;QD=61.3054;RBI=0.0648913;REFB=0;REVB=0.0594929;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119165;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr19 5110794 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.967;QD=60.6077;RBI=0.0214251;REFB=0;REVB=0.0104709;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6256e-05;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr19 5114116 . T G 1492.15 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000164706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.905;QD=63.4957;RBI=0.0158136;REFB=0;REVB=0.0158127;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24935e-05;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr19 5135392 . A G 1152.58 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0160593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.113;QD=56.9177;RBI=0.0197013;REFB=0.0387134;REVB=0.0114122;RO=3;SAF=45;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601015;STB=0.503407;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00123812;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:81:3:3:77:78:0.962963:32:45:2:1:33:45:2:1 chr19 5206775 . A G 49.7 PASS AF=0.266667;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.105848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5715;QD=6.62696;RBI=0.11087;REFB=-0.0321212;REVB=0.0329903;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339937;STB=0.599733;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0913904;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:29:30:22:22:7:8:0.266667:1:6:14:8:2:6:14:8 chr19 5214697 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.7;QD=56.9978;RBI=0.0275388;REFB=0;REVB=-0.0274463;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58652e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr19 5455611 . C T 764.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.508;QD=56.6575;RBI=0.0796876;REFB=0;REVB=0.0608489;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135739;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:23:29:0:0:25:29:0:0 chr19 5455735 . G A 172.17 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00327059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6194;QD=19.677;RBI=0.0227034;REFB=-0.029358;REVB=0.0224666;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135474;STB=0.569543;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0705383;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:17:16:18:0.514286:9:7:10:7:10:8:10:7 chr19 5455796 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.957;QD=55.656;RBI=0.0542164;REFB=0;REVB=-0.0174205;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124586;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr19 5455971 . G T 801.64 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0513807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.641;QD=53.4426;RBI=0.0588852;REFB=-0.140864;REVB=0.0287662;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336634;STB=0.517851;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00285066;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:2:2:58:58:0.966667:31:27:2:0:31:27:2:0 chr19 5455978 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.11;QD=57.7116;RBI=0.0319776;REFB=0;REVB=0.029984;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129348;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr19 5455990 . G A 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.513;QD=57.7033;RBI=0.0531491;REFB=0;REVB=0.0385747;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391122;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr19 5456450 . T C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.642;QD=61.6779;RBI=0.0280747;REFB=0;REVB=0.00486485;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78129e-05;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr19 5591735 . G A 253.18 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00617237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.219;QD=19.1082;RBI=0.0130123;REFB=-0.00115927;REVB=0.0114552;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854931;STB=0.547909;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00149528;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:9:18:15:11:9:18:15:11 chr19 5766090 . T C 153.05 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0146;QD=43.7282;RBI=0.136743;REFB=0;REVB=0.136716;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00420335;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr19 5772950 . G A 197.32 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00475078;FXX=0.040808;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.925;QD=16.7935;RBI=0.0370477;REFB=-0.00379968;REVB=0.0367418;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105581;STB=0.560449;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0111019;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:12:15:9:11:12:15 chr19 5778517 . A T 181.29 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0112749;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4907;QD=20.7185;RBI=0.0232972;REFB=-0.0205335;REVB=0.0203871;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144048;STB=0.599886;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0414758;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:17:17:18:0.514286:12:5:6:7:12:6:9:8 chr19 5783905 . G A 262.04 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.119177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0779;QD=31.7623;RBI=0.155216;REFB=-0.116378;REVB=0.0994421;RO=10;SAF=16;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120362;STB=0.533305;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0501488;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:33:33:10:9:23:24:0.727273:7:16:5:5:8:16:5:4 chr19 5784370 . C T 83.27 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00998782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.986;QD=13.3226;RBI=0.0739433;REFB=0.00064928;REVB=0.0732656;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400953;STB=0.7495;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000366636;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:25:25:14:14:10:11:0.44:8:2:8:6:9:2:8:6 chr19 5786815 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00159597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.529;QD=15.1603;RBI=0.00419213;REFB=-0.0240263;REVB=-0.00387645;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454969;STB=0.526283;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0373591;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:12:10:8:8:12:10 chr19 5789565 . T C 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0167383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.129;QD=29.0296;RBI=0.0172515;REFB=-0.00928541;REVB=0.0041764;RO=8;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555494;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0038716;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:8:10:3:5:8:10:3:5 chr19 5831634 . G T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0624175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4166;QD=10.6345;RBI=0.0763508;REFB=0.0296097;REVB=0.0439716;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168369;STB=0.602151;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0388332;OID=.;OPOS=5831634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:6:7:3:5:6:7 chr19 5831840 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=18;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00198412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.97;QD=21.2676;RBI=0.0196452;REFB=-0.00424769;REVB=0.0195448;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455938;STB=0.507803;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00347062;OID=.;OPOS=5831840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:18:17:0.548387:8:10:8:5:7:10:8:6 chr19 5832209 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.552;QD=56.9569;RBI=0.023087;REFB=0;REVB=0.00856574;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18067e-05;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr19 5843784 . A T 174.45 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00608944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.593;QD=19.9376;RBI=0.00918686;REFB=-0.0338205;REVB=-0.00687875;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512806;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.033134;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:8:9:9:8:8:10:9:8 chr19 5844537 . A G 185.83 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00960669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9018;QD=19.0594;RBI=0.0148808;REFB=-0.0192405;REVB=0.0113644;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281394;STB=0.660588;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0162092;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:11:9:14:5:11:9 chr19 5844649 . G A 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0121103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.66;QD=31.0672;RBI=0.0238376;REFB=-0.0150337;REVB=0.0205323;RO=6;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122608;STB=0.567491;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0069863;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:10:7:1:5:10:7:1:5 chr19 5844792 . A C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0103075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3723;QD=19.1799;RBI=0.012174;REFB=-0.0332962;REVB=0.00647782;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316108;STB=0.703889;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0292378;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:3:10:4:6:3:10:4:7 chr19 5866654 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.089;QD=44.6898;RBI=0.0388228;REFB=0;REVB=0.0384709;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300129;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 5867748 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.188;QD=33.4243;RBI=0.132759;REFB=0;REVB=0.127029;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289962;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:1:4:0:0:2:4:0:0 chr19 5896530 . TC CG,TCG 51.34 PASS AF=0,0.185714;AO=3,10;DP=70;FAO=0,13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=0,2;FSAR=0,11;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0211786,-0.00517967;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=59.4375,40.7254;QD=2.9336;RBI=0.0641422,0.0111683;REFB=0.00353226,-0.00602388;REVB=-0.0605449,0.00989453;RO=57;SAF=0,2;SAR=3,8;SRF=37;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.525771,-0.518742;STB=0.5,0.873201;STBP=1,0.006;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0386549;OID=.,.;OPOS=5896530,5896532;OREF=TC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:70:70:57:57:3,10:0,13:0,0.185714:3,8:0,2:37:20:0,11:0,2:37:20 chr19 6156483 . T C 212.08 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00254607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.054;QD=20.1982;RBI=0.010501;REFB=-0.00553133;REVB=0.0101877;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109584;STB=0.571361;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0102108;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:11:9:12:9:12:9:12:9 chr19 6190645 . C A,CA 93.68 PASS AF=0,0.5;AO=2,11;DP=32;FAO=0,15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=0,6;FSAR=0,9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00481455,0.128739;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=162.035,15.5855;QD=12.4907;RBI=0.00862139,0.15641;REFB=-0.0146147,-0.105908;REVB=0.00715181,0.0888285;RO=19;SAF=1,4;SAR=1,7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.322878,0.189188;STB=0.5,0.646889;STBP=1,0.168;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.131946;OID=.,.;OPOS=6190645,6190646;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:32:30:19:15:2,11:0,15:0,0.5:1,7:1,4:4:15:0,9:0,6:2:13 chr19 6375831 . G A 734.55 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229767;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.571;QD=63.8737;RBI=0.0248173;REFB=0;REVB=0.00937919;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74226e-05;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr19 6376352 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00129834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.753;QD=14.6568;RBI=0.00475336;REFB=-0.0196398;REVB=-0.0045726;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967959;STB=0.519097;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0245967;OID=.;OPOS=6376352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:8:5:6:10:8:5:6:11 chr19 6376722 . A G 928.61 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0613841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5768;QD=55.4391;RBI=0.0766044;REFB=-0.239052;REVB=-0.0458283;RO=2;SAF=26;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349541;STB=0.518513;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00797094;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:39:26:2:0:39:26:2:0 chr19 6415443 . T C 542.23 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477815;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.426;QD=60.2474;RBI=0.058795;REFB=0;REVB=0.0342605;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268592;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr19 6430106 . C T 186.75 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020873;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.907;QD=43.9409;RBI=0.0209069;REFB=-0.0689155;REVB=0.00119144;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00112907;OID=.;OPOS=6430106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:0:1:16:16:0.941176:8:8:0:0:8:8:1:0 chr19 6456019 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5621;QD=37.4885;RBI=0.0494129;REFB=0;REVB=-0.00710284;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00315593;OID=.;OPOS=6456019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 6456021 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8187;QD=37.4885;RBI=0.0145231;REFB=0;REVB=0.0120978;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143773;OID=.;OPOS=6456021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 6456062 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0273557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.551;QD=13.959;RBI=0.0273558;REFB=-0.0209143;REVB=5.24923e-05;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125462;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0193378;OID=.;OPOS=6456062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:2:5:4:3:2:5 chr19 6458240 . G C 301.49 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0417905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5742;QD=16.7493;RBI=0.0432496;REFB=-0.0147602;REVB=0.0111389;RO=39;SAF=8;SAR=25;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015449;STB=0.508665;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0191115;OID=.;OPOS=6458240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:25:8:9:30:25:8:9:30 chr19 6466482 . A G 936.45 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361027;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.391;QD=56.7547;RBI=0.0403163;REFB=0;REVB=0.0179443;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012893;OID=.;OPOS=6466482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:61:66:1:30:31:0:0:31:35:0:0 chr19 6477256 . G T 63.84 PASS AF=0.25;AO=10;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0113648;FXX=0.0270197;HRUN=9;LEN=1;MLLD=216.589;QD=7.09364;RBI=0.0119274;REFB=-0.00513683;REVB=-0.00362008;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488185;STB=0.559863;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0107378;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:36:36:25:27:10:9:0.25:4:6:16:9:3:6:16:11 chr19 6495736 . A G 74.91 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5195;QD=37.4541;RBI=0.106411;REFB=0;REVB=-0.0707429;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0118619;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 6535080 . T C 2875.51 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.233;QD=62.8527;RBI=0.00519952;REFB=0;REVB=-0.00343081;RO=0;SAF=98;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20435e-07;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:183:0:0:180:183:1:82:98:0:0:84:99:0:0 chr19 6665020 . T C 610.39 PASS AF=0.953488;AO=43;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0110205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4249;QD=56.7806;RBI=0.0440922;REFB=0.0168525;REVB=-0.0426927;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521729;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0134233;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:0:2:43:41:0.953488:19:24:0:0:19:22:2:0 chr19 6665336 . G A 296.12 PASS AF=0.604651;AO=21;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0200443;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.432;QD=27.5458;RBI=0.0688207;REFB=-0.0315922;REVB=0.0658371;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200709;STB=0.577804;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0147023;OID=.;OPOS=6665336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:13:17:21:26:0.604651:12:9:2:11:15:11:4:13 chr19 6669934 . G A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0196689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.638;QD=29.5624;RBI=0.0201087;REFB=-0.0214861;REVB=-0.00418251;RO=17;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202461;STB=0.59993;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00757699;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:28:29:0.630435:18:10:11:6:18:11:11:6 chr19 6677989 . G A 246.7 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0140407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.41;QD=15.916;RBI=0.0293996;REFB=-0.0250848;REVB=0.0258301;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11522;STB=0.56517;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0261633;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:18:10:16:18:18:10:16:18 chr19 6679511 . C T 251.2 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0764751;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2924;QD=20.9331;RBI=0.0798083;REFB=-0.018335;REVB=-0.0228236;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141439;STB=0.577721;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0241605;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:21:23:23:25:0.520833:17:6:3:18:19:6:3:20 chr19 6696597 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.152;QD=53.2766;RBI=0.0236274;REFB=0;REVB=-0.00301125;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010365;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 6697406 . A G 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.719;QD=62.007;RBI=0.025066;REFB=0;REVB=-0.00834255;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81702e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr19 6702157 . C G 603.38 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.039094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5597;QD=54.853;RBI=0.128552;REFB=-0.154654;REVB=0.122463;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531899;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00754685;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:44:44:0:3:41:41:0.931818:22:19:0:0:22:19:0:3 chr19 6709704 . C T 163.64 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0402353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.144;QD=20.4555;RBI=0.040291;REFB=-0.00622666;REVB=-0.00211646;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204358;STB=0.51011;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00692206;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:16:17:0.53125:5:11:10:5:6:11:10:5 chr19 6709848 . C T 127.3 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0144543;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.419;QD=18.8597;RBI=0.0406645;REFB=-0.00947545;REVB=-0.0380088;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926398;STB=0.552995;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00537261;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:7:6:5:9:7:6 chr19 6713291 . C T 76.49 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0925335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7607;QD=13.3034;RBI=0.146641;REFB=0.0119336;REVB=0.11376;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604717;STB=0.509073;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00176014;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:23:13:13:9:10:0.434783:4:5:8:5:4:6:8:5 chr19 6731057 . T C 79.6 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00133284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1305;QD=7.07599;RBI=0.0439828;REFB=-0.00121693;REVB=-0.0439626;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166334;STB=0.604745;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000421064;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:4:7:17:17:4:7:17:17 chr19 6737481 . T C 314.15 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.476;QD=52.3584;RBI=0.0402806;REFB=0;REVB=-0.00158299;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115239;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:10:12:0:0:10:14:0:0 chr19 6737509 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.844;QD=56.1882;RBI=0.055929;REFB=0;REVB=0.0492881;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356657;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr19 6751279 . A G 724.65 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.864;QD=63.013;RBI=0.0081711;REFB=0;REVB=-0.00661171;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29361e-06;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:24:19:0:0:25:21:0:0 chr19 6751281 . C T 689.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.7532;QD=62.6616;RBI=0.0480994;REFB=0;REVB=0.0407827;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862795;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 6751293 . T G 699.1 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0310552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.535;QD=54.831;RBI=0.0363865;REFB=-0.128519;REVB=0.018962;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00278915;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:28:21:0:1:28:22:0:1 chr19 6754188 . T C 492.1 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5521;QD=57.8935;RBI=0.0547007;REFB=0;REVB=0.0120435;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416152;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr19 6755007 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.117;QD=48.7373;RBI=0.020253;REFB=0;REVB=0.0157944;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2353e-05;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr19 6833777 . A G 312.24 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0196713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.12;QD=14.6935;RBI=0.0355494;REFB=-0.0160394;REVB=0.0296108;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13621;STB=0.577137;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0402109;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:20:15:28:22:20:15:28:22 chr19 6833989 . G T 56.44 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0165657;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.7676;QD=16.1262;RBI=0.0359644;REFB=-0.0257365;REVB=-0.031922;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0184229;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:14:4:5:5:5:0.357143:3:2:4:0:3:2:4:1 chr19 6896483 . G A 120.82 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.042868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6696;QD=14.6451;RBI=0.063359;REFB=-0.0182663;REVB=-0.046655;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363557;STB=0.709263;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0128614;OID=.;OPOS=6896483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:5:14:5:9:5:14 chr19 6897464 . C G 605.78 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0977618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.504;QD=60.5782;RBI=0.0991091;REFB=0;REVB=0.0162865;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490748;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:21:15:0:0:22:18:0:0 chr19 6901891 . G A 976.46 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0521623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6155;QD=57.4387;RBI=0.0770287;REFB=-0.102315;REVB=-0.0566791;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149999;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00158706;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:31:36:0:1:31:36:0:1 chr19 6903920 . A G 680.71 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6117;QD=60.5072;RBI=0.0132858;REFB=-0.105496;REVB=-0.0115108;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342553;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:1:0:44:45:1:21:23:0:1:22:23:0:0 chr19 6904137 . C T 575.26 PASS AF=0.975;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296658;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.364;QD=57.5262;RBI=0.0297708;REFB=-0.0765229;REVB=-0.00249761;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322723;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00101817;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:37:39:0.975:23:14:1:0:24:15:1:0 chr19 6913811 . A G 887.43 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325234;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.475;QD=56.3445;RBI=0.0203666;REFB=-0.0248228;REVB=-0.0201052;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115063;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:63:1:0:60:63:1:36:24:1:0:36:27:0:0 chr19 6919624 . A C 621.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3664;QD=60.61;RBI=0.0569234;REFB=0;REVB=0.0505651;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355275;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:10:30:0:0:11:30:0:0 chr19 6919753 . A G 529.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615004;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.808;QD=60.4634;RBI=0.0622918;REFB=0;REVB=0.00989754;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450976;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr19 6972357 . C T 680.39 PASS AF=0.938776;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0695498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.269;QD=55.5421;RBI=0.069662;REFB=-0.203277;REVB=0.00395236;RO=3;SAF=25;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531214;STB=0.527261;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00509447;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:48:49:3:3:45:46:0.938776:20:25:3:0:20:26:3:0 chr19 6974556 . C A 146.02 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0196297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.469;QD=15.7862;RBI=0.0197204;REFB=-0.0119069;REVB=0.00188963;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221033;STB=0.648479;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0142041;OID=.;OPOS=6974556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:21:16:16:0.432432:8:8:12:4:8:8:16:5 chr19 7005905 . T A 170.94 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7893;QD=45.5851;RBI=0.140649;REFB=0;REVB=0.0622632;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00516789;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:9:15:1:8:1:0:0:13:2:0:0 chr19 7006048 . G A 188.54 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0295771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.611;QD=20.3823;RBI=0.044182;REFB=-0.0141337;REVB=0.0328214;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336673;STB=0.692966;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0102926;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:10:8:15:3:11:8:15:3 chr19 7012781 . T G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.889;QD=18.7669;RBI=0.0129919;REFB=0.061973;REVB=-0.0129919;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00956972;OID=.;OPOS=7012781;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr19 7075696 . GAGA G 180.38 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0218832;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=3;MLLD=146.615;QD=15.3514;RBI=0.0219397;REFB=-0.0269475;REVB=-0.00157315;RO=28;SAF=16;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363738;STB=0.714025;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.0333601;OID=.;OPOS=7075697;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:19:48:19:47:28:16:3:16:12:99:28:16:3:16:12 chr19 7076418 . C A 497.43 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0322701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9567;QD=21.1671;RBI=0.0844996;REFB=-0.0086895;REVB=-0.0780949;RO=46;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941765;STB=0.552109;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0110728;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:19:29:23:23:19:29:23:23 chr19 7112265 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.174;QD=45.8044;RBI=0.0372627;REFB=0;REVB=0.0291927;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110489;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 7125297 . G A 88.8 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0207829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.842;QD=14.7994;RBI=0.0224984;REFB=-0.00108155;REVB=0.00861681;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00176721;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:8:5:6:5:8:5 chr19 7150491 . G A 61.35 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0479141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4293;QD=18.8783;RBI=0.0498009;REFB=-0.0316979;REVB=0.0135782;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.015081;OID=.;OPOS=7150491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:3:5:2:2:3:5:3:2 chr19 7163065 . G A 139.51 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0180673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4683;QD=20.6679;RBI=0.0371315;REFB=-0.0285377;REVB=-0.0324396;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10615;STB=0.559922;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0481832;OID=.;OPOS=7163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:8:4:7:8:8:4 chr19 7166376 . C T 298.1 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00839732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.853;QD=20.9191;RBI=0.021291;REFB=-0.0254634;REVB=-0.0195651;RO=25;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23859;STB=0.643667;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0232119;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:23:8:13:12:23:8:14:12 chr19 7184413 . C T 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0215682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.438;QD=16.063;RBI=0.021582;REFB=-0.0165078;REVB=0.00077303;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456741;STB=0.526286;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0232696;OID=.;OPOS=7184413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:9:15:12:6:9:15 chr19 7504982 . C T 187.27 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0380757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4555;QD=20.2454;RBI=0.0380843;REFB=-0.0664837;REVB=-0.000808876;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31041;STB=0.678779;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0317273;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:18:19:19:0.513514:7:12:16:1:7:12:17:1 chr19 7524855 . C T 607.08 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0267157;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4116;QD=26.3946;RBI=0.0798645;REFB=-0.0087573;REVB=0.0752636;RO=37;SAF=31;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105999;STB=0.552655;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00871322;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:37:38:54:54:0.586957:23:31:16:21:23:31:17:21 chr19 7528734 . A G 246.16 PASS AF=0.952381;AO=21;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0580155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.605;QD=46.8883;RBI=0.0813317;REFB=-0.174881;REVB=0.0570003;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00781659;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:21:20:0.952381:13:8:0:0:12:8:0:1 chr19 7532011 . G C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0117328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.252;QD=14.7016;RBI=0.0124638;REFB=-0.0117147;REVB=0.00420572;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332617;STB=0.687261;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0108919;OID=.;OPOS=7532011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:1:14:8:4:1:14 chr19 7533767 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.975;QD=59.8392;RBI=0.0365565;REFB=0;REVB=0.0350999;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111863;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr19 7533850 . A G 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.902;QD=58.5806;RBI=0.0212461;REFB=0;REVB=0.00335768;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31315e-05;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 7538039 . A G 1157.69 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.992;QD=59.3687;RBI=0.034064;REFB=-0.15534;REVB=0.0148037;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000408516;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:34:43:0:0:34:43:1:0 chr19 7538117 . A G 742.02 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.94;QD=54.9645;RBI=0.0120232;REFB=-0.149148;REVB=0.0029114;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974155;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:1:0:53:54:1:27:26:0:1:28:26:0:0 chr19 7542118 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0210356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0261;QD=15.8817;RBI=0.023268;REFB=-0.0211103;REVB=-0.00994509;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22118;STB=0.608469;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0309163;OID=.;OPOS=7542118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:3:7:4:5:3:7:5:5 chr19 7547074 . A C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0185005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.844;QD=28.1412;RBI=0.0226805;REFB=-0.0185854;REVB=-0.0131201;RO=6;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112591;STB=0.540932;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0088762;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:6:7:16:16:0.695652:7:9:2:4:7:9:3:4 chr19 7550844 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00510937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.324;QD=15.8821;RBI=0.00692162;REFB=-0.00929809;REVB=0.00466938;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00539618;OID=.;OPOS=7550844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr19 7570978 . T C 123.31 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.154936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8076;QD=11.2099;RBI=0.155081;REFB=-0.00152676;REVB=0.00668923;RO=28;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540484;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00150929;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:28:29:14:15:0.340909:11:3:6:22:12:3:7:22 chr19 7571030 . T A 137.92 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0476199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.524;QD=19.0232;RBI=0.0527818;REFB=-0.0144268;REVB=-0.0227655;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.603622;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0271771;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:12:3:4:9:12:3:5:9 chr19 7593589 . C T 442.16 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00377053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.249;QD=14.8624;RBI=0.0221116;REFB=-0.00418954;REVB=0.0217878;RO=68;SAF=19;SAR=31;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806755;STB=0.550275;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0041156;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:69:50:50:0.420168:31:19:31:37:31:19:32:37 chr19 7671440 . GC G 30.8 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0428516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2924;QD=5.86734;RBI=0.0949594;REFB=-0.0226602;REVB=0.084741;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311223;STB=0.693879;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=0.0545245;OID=.;OPOS=7671441;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:2:5:8:6:30:12:2:5:7:5 chr19 7703605 . C T 825.02 PASS AF=0.910448;AO=61;DP=67;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0110767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.833;QD=49.2549;RBI=0.0225348;REFB=-0.0103263;REVB=0.0196245;RO=5;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373223;STB=0.511349;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000407829;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:67:67:5:6:61:61:0.910448:33:28:1:4:33:28:2:4 chr19 7705440 . C CTG 175.29 PASS AF=0.888889;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0384918;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.707;QD=38.9535;RBI=0.0791831;REFB=-0.0875927;REVB=0.0691978;RO=3;SAF=12;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060143;STB=0.538415;STBP=0.497;TYPE=ins;VARB=0.0134343;OID=.;OPOS=7705441;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:15:18:16:18:2:12:4:2:0:10:3:12:3:2:1 chr19 7711221 . T C 1245.02 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023613;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.574;QD=61.4826;RBI=0.026644;REFB=0;REVB=0.0123421;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0633e-05;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:79:81:1:48:31:0:0:49:32:0:0 chr19 7712277 . A G 1372.75 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.898;QD=61.6968;RBI=0.0245938;REFB=0;REVB=-0.00432242;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12223e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:44:44:0:0:44:45:0:0 chr19 7755056 . G A 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0272693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3757;QD=17.8365;RBI=0.0684462;REFB=-0.0167426;REVB=0.0627795;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204512;STB=0.6178;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0269632;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:10:4:7:7:10:4:7:7 chr19 7913974 . T C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0447459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.867;QD=20.0719;RBI=0.044847;REFB=0.0033541;REVB=-0.00300976;RO=30;SAF=7;SAR=27;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181402;STB=0.596257;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00247327;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:27:7:11:19:27:7:11:20 chr19 7916620 . A G 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0155839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.598;QD=14.0955;RBI=0.0245155;REFB=-0.0184406;REVB=-0.0189248;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149999;STB=0.576797;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0203765;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:10:3:6:11:10:3:6:12 chr19 7928462 . T C 669.92 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.893;QD=62.3185;RBI=0.0406452;REFB=0;REVB=0.0404819;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129192;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr19 7928787 . TA GC,TC 99.26 PASS AF=0,0.611111;AO=2,12;DP=20;FAO=0,11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0445825,-0.0456937;FXX=0.09995;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=144.274,87.2798;QD=22.0587;RBI=0.056471,0.0552911;REFB=0.00319101,0.000378034;REVB=-0.0346609,-0.0311319;RO=5;SAF=1,5;SAR=1,7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.306614,-0.198498;STB=0.5,0.545372;STBP=1,0.688;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00248387;OID=.,.;OPOS=7928787,7928788;OREF=TA,A;OALT=GC,C;OMAPALT=GC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:20:18:5:7:2,12:0,11:0,0.611111:1,7:1,5:4:1:0,6:0,5:4:3 chr19 7936208 . A G 47.35 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0339714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.056;QD=13.5276;RBI=0.0490668;REFB=0.013973;REVB=-0.0354047;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0339087;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:14:14:7:7:5:5:0.357143:3:2:5:2:3:2:5:2 chr19 7936590 . T C 61.67 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0249277;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.78;QD=16.4464;RBI=0.0567551;REFB=0.0154757;REVB=0.0509877;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330584;STB=0.705493;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00217363;OID=.;OPOS=7936590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:6:7:8:8:0.533333:3:5:6:0:3:5:7:0 chr19 7938305 . CAGGT AGGGT,CAGGG,CAGGGT 509.16 PASS AF=0,0,1;AO=2,2,29;DP=39;FAO=0,0,37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,27;FSAR=0,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132377,-0.100344,-0.0748847;FXX=0.0263089;HRUN=2,3,2;LEN=2,1,1;MLLD=11.3605,5.47237,23.4299;QD=55.044;RBI=0.101824,0.194522,0.145769;REFB=0,0,0;REVB=-0.100959,-0.166643,-0.125064;RO=1;SAF=1,1,25;SAR=1,1,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.25849,-0.25849,-0.0182766;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0,-0.00791147;OID=.,.,.;OPOS=7938305,7938309,7938307;OREF=CA,T,-;OALT=AG,G,G;OMAPALT=AGGGT,CAGGG,CAGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:39:37:1:0:2,2,29:0,0,37:0,0,1:1,1,4:1,1,25:1:0:0,0,10:0,0,27:0:0 chr19 7944348 . TC T 306.72 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.0693;QD=45.4406;RBI=0.0440956;REFB=0;REVB=-0.0338396;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000231446;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:27:27:0:13:14:0:0:6:0:13:14:0:0 chr19 7963914 . A C 282.6 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.6;QD=51.3816;RBI=0.0738409;REFB=0;REVB=0.0258345;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652315;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:1:0:21:22:1:15:6:1:0:15:7:0:0 chr19 7968168 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.723;QD=55.6549;RBI=0.0333631;REFB=0;REVB=0.0328622;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13454e-05;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr19 7986638 . C G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.885;QD=58.5845;RBI=0.0523335;REFB=0;REVB=0.0141673;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116624;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr19 8027942 . G A 114.98 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0265188;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.694;QD=17.0345;RBI=0.0284821;REFB=0.00260165;REVB=-0.0103916;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225385;STB=0.629024;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00365645;OID=.;OPOS=8027942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:4:10:6:7:4:10 chr19 8122737 . G A 157.01 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0877953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5228;QD=16.1038;RBI=0.0896543;REFB=-0.0421958;REVB=-0.018163;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332992;STB=0.69309;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0312789;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:13:4:12:10:13:4:12:10 chr19 8122767 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0188585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.736;QD=12.2129;RBI=0.0685211;REFB=-0.0065625;REVB=-0.0658748;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0118221;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:12:10:6:7:12:10 chr19 8152725 . A G 277.53 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00795346;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.85;QD=15.8586;RBI=0.00978065;REFB=0.00085494;REVB=0.00569242;RO=39;SAF=20;SAR=11;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37104;STB=0.707838;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00326592;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:11:20:10:29:11:20:10:29 chr19 8159362 . G T 246.75 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00845025;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.883;QD=42.9134;RBI=0.0386746;REFB=-0.107409;REVB=0.0377401;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000868338;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:23:2:2:20:21:0.913043:10:10:1:1:10:11:1:1 chr19 8159409 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.284;QD=51.9167;RBI=0.053634;REFB=0;REVB=0.0495863;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342496;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 8160897 . G C 118.78 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0221245;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7633;QD=11.8783;RBI=0.0305591;REFB=-0.0206657;REVB=-0.0210799;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266974;STB=0.648633;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0249375;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:4:10:12:13:4:10:13:13 chr19 8165868 . G A 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0234582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.492;QD=22.5294;RBI=0.0303624;REFB=-0.0349149;REVB=-0.0192766;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657094;STB=0.536194;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0217721;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:22:18:17:15:22:18:17:15 chr19 8176569 . G A 110.46 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00882078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7593;QD=15.2355;RBI=0.0276899;REFB=-0.0306708;REVB=0.0262473;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225385;STB=0.656028;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0192829;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:16:13:13:0.448276:6:7:4:10:6:7:4:12 chr19 8176640 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0127965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.706;QD=16.4168;RBI=0.0168148;REFB=0.00156307;REVB=-0.0109081;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150546;STB=0.566573;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00394259;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:7:7:5:10:7:7:6:10 chr19 8176919 . C T 484.44 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0224553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.463;QD=53.8266;RBI=0.0225628;REFB=-0.167245;REVB=0.00219984;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.517847;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000858025;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:36:36:0:2:34:34:0.944444:27:7:0:0:27:7:0:2 chr19 8176945 . T C 157.7 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00257619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.941;QD=16.5996;RBI=0.00344476;REFB=-0.0086048;REVB=0.00228683;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227546;STB=0.513073;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0154043;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:14:3:4:17:14:3:4:17 chr19 8183871 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.037699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.344;QD=7.76192;RBI=0.044454;REFB=-0.0120529;REVB=-0.0235572;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383322;STB=0.726748;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0353152;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:1:12:4:2:1:12 chr19 8188812 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0318506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.86;QD=21.7443;RBI=0.0318829;REFB=-0.00357374;REVB=-0.00143441;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912176;STB=0.505148;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00330957;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:6:5:7:8:6:5 chr19 8191184 . C T 129.74 PASS AF=0.583333;AO=12;DP=22;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0768775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6917;QD=21.6238;RBI=0.0880194;REFB=-0.058066;REVB=0.0428632;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.603508;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0394861;OID=.;OPOS=8191184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:24:10:10:12:14:0.583333:5:7:4:6:5:9:4:6 chr19 8191238 . C T 279.58 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.475;QD=50.832;RBI=0.0151214;REFB=0;REVB=0.0131168;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00582027;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr19 8191248 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.074;QD=51.9167;RBI=0.0381723;REFB=0;REVB=0.0212129;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162056;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr19 8196443 . TC GT,T,TT 568.24 PASS AF=0,0.0263158,0.973684;AO=2,5,31;DP=38;FAO=0,1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,21;FSAR=0,1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135006,0.0107064,0.0130069;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=222.209,248.327,262.61;QD=59.8144;RBI=0.0262362,0.0261697,0.035818;REFB=0,0,0;REVB=0.022496,0.0238795,0.0333729;RO=0;SAF=1,2,18;SAR=1,3,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-5.33668e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.01713,0.0014043;OID=.,.,.;OPOS=8196443,8196444,8196444;OREF=TC,C,C;OALT=GT,-,T;OMAPALT=GT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:38:38:0:0:2,5,31:0,1,37:0,0.0263158,0.973684:1,3,13:1,2,18:0:0:0,1,16:0,0,21:0:0 chr19 8203328 . G A 306.94 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000106118;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.037;QD=17.7937;RBI=0.00954141;REFB=-0.000646517;REVB=-0.00954082;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131528;STB=0.573725;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00100809;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:12:21:18:18:12:21:18:18 chr19 8321946 . T C 301.77 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00695234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.77;QD=25.1476;RBI=0.0229861;REFB=-0.0454495;REVB=-0.0219095;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210324;STB=0.608685;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0201085;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:8:19:9:11:8:19:10:11 chr19 8326904 . G A 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.887;QD=56.1773;RBI=0.0345957;REFB=0;REVB=0.0270776;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472596;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr19 8367033 . T C 230.25 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0628;QD=46.0507;RBI=0.0442866;REFB=-0.169089;REVB=0.0397006;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00526891;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:1:0:9:10:1:0 chr19 8454236 . A G 386.09 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.064075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8494;QD=30.8871;RBI=0.0648647;REFB=-0.0316877;REVB=-0.0100907;RO=18;SAF=7;SAR=25;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337549;STB=0.686289;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0110161;OID=.;OPOS=8454236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:25:7:12:6:25:7:12:6 chr19 8468337 . C T 265.34 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0653325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0808;QD=17.9893;RBI=0.0653743;REFB=-0.0100551;REVB=-0.00233606;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137374;STB=0.507687;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0148947;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:16:13:13:17:16:13:13:17 chr19 8486884 . G A 280.78 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00528826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.14;QD=21.1909;RBI=0.0158904;REFB=-0.0260982;REVB=0.0149846;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148012;STB=0.539654;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0161071;OID=.;OPOS=8486884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:23:27:28:0.528302:11:16:7:11:11:17:12:11 chr19 8553630 . C T 1515.7 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000145981;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.846;QD=63.8191;RBI=0.0198231;REFB=0;REVB=0.0198226;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9066e-05;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr19 8564523 . T G 96.14 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0203265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4058;QD=12.0174;RBI=0.0305809;REFB=-0.0054374;REVB=-0.0228478;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515146;STB=0.814671;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00487824;OID=.;OPOS=8564523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:18:20:11:12:0.375:2:9:6:12:2:10:7:13 chr19 8567475 . T C 142.07 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00969251;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.398;QD=9.63165;RBI=0.0210472;REFB=-0.0246456;REVB=0.0186826;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736774;STB=0.532314;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0516741;OID=.;OPOS=8567475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:31:40:19:19:0.322034:11:8:11:20:11:8:15:25 chr19 8567500 . G A 140.81 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.041937;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6916;QD=12.2445;RBI=0.0504895;REFB=0.0109741;REVB=0.0281155;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148021;STB=0.586851;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0191119;OID=.;OPOS=8567500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:8:8:11:19:8:8:11:19 chr19 8578000 . G A 342.98 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0126006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.2;QD=21.4363;RBI=0.0132435;REFB=-0.0242152;REVB=0.00407627;RO=29;SAF=27;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329963;STB=0.683777;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.021572;OID=.;OPOS=8578000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:8:27:12:17:8:27:12:17 chr19 8578035 . T C 165.93 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.011979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.777;QD=14.429;RBI=0.0487301;REFB=-0.00401768;REVB=-0.0472348;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576627;STB=0.533297;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00590008;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:20:8:6:12:20:8 chr19 8578118 . A G 357.55 PASS AF=0.402062;AO=40;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.0161274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4692;QD=14.7446;RBI=0.0653134;REFB=0.00340835;REVB=-0.063291;RO=54;SAF=26;SAR=14;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615821;STB=0.543828;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0114531;OID=.;OPOS=8578118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:58:40:39:0.402062:14:26:38:16:14:25:41:17 chr19 8578199 . T C 381.24 PASS AF=0.408696;AO=42;DP=117;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.00617032;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.868;QD=13.2604;RBI=0.0122307;REFB=-0.0145776;REVB=0.0105602;RO=66;SAF=36;SAR=6;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340767;STB=0.598569;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0308567;OID=.;OPOS=8578199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:66:68:42:47:0.408696:6:36:42:24:11:36:43:25 chr19 8612914 . G A 66.81 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0045131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.38;QD=12.7253;RBI=0.00926643;REFB=-0.0218182;REVB=0.00809313;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728013;STB=0.542768;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0368379;OID=.;OPOS=8612914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:1:11:8:1:1:11 chr19 8645785 . CAT CCT,CGC,CT,CTC 784.83 PASS AF=0.963636,0,0.0363636,0;AO=45,2,6,2;DP=57;FAO=53,0,2,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,2,0;FSAR=34,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409478,-0.0335356,0.0322998,0.0236002;FXX=0.0350816;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=136.655,96.9378,121.389,44.5034;QD=57.0783;RBI=0.0616232,0.0738118,0.0486483,0.0248793;REFB=0,0,0,0;REVB=0.046051,-0.0657537,0.0363783,0.00787463;RO=0;SAF=13,2,4,2;SAR=32,0,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,mnp,del,mnp;VARB=0.00319216,0,0.0447078,0.0657476;OID=.,.,.,.;OPOS=8645786,8645786,8645786,8645786;OREF=A,AT,A,AT;OALT=C,GC,-,TC;OMAPALT=CCT,CGC,CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.963636,0,0.0363636,0:45,2,6,2:57:53,0,2,0:55:0:19,0,2,0:34,0,0,0:0:0:6:0:13,2,4,2:32,0,2,0:0:0 chr19 8651562 . A G 222.03 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.218;QD=49.3397;RBI=0.0406949;REFB=0;REVB=0.0352574;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155308;OID=.;OPOS=8651562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:13:4:0:0:14:4:0:0 chr19 8669931 . G C 725.42 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484901;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.753;QD=54.7483;RBI=0.0535397;REFB=0.063492;REVB=0.0226982;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00013959;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:1:0:31:21:1:0 chr19 8808373 . G T 1138.95 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0464814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6667;QD=59.1663;RBI=0.109866;REFB=-0.00601231;REVB=0.0995486;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108787;STB=0.505746;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00187715;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:43:33:0:1:43:33:0:1 chr19 8808900 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.806;QD=33.4241;RBI=0.0344602;REFB=0;REVB=-0.0201183;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015336;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 8808942 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.177505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1162;QD=35.5738;RBI=0.179759;REFB=0;REVB=-0.028377;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0170838;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr19 8953801 . T C 601.05 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00346275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7403;QD=58.6391;RBI=0.0207256;REFB=0.0363139;REVB=0.0204343;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000188859;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:1:0:22:18:1:0 chr19 8953922 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.671;QD=61.3343;RBI=0.0464597;REFB=0;REVB=0.0199932;RO=0;SAF=5;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95381e-05;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:35:5:0:0:35:5:0:0 chr19 8961981 . C G 1728.18 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8708;QD=59.5925;RBI=0.049209;REFB=-0.0235034;REVB=0.047879;RO=1;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114843;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:116:1:0:114:116:1:50:64:0:1:51:65:0:0 chr19 8982271 . G A 245.3 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0344612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.5443;QD=13.6278;RBI=0.0838244;REFB=-0.0109835;REVB=0.076413;RO=41;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499565;STB=0.503353;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0169352;OID=.;OPOS=8982271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:41:43:28:29:0.402778:13:15:20:21:14:15:22:21 chr19 8987218 . G T 824.39 PASS AF=0.571429;AO=75;DP=133;FAO=76;FDP=133;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0099122;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.727;QD=24.7938;RBI=0.0486642;REFB=-0.0391048;REVB=0.047644;RO=56;SAF=37;SAR=38;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472211;STB=0.524415;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.027076;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:56:57:75:76:0.571429:38:37:31:25:39:37:31:26 chr19 8996019 . A T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00179417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9165;QD=20.4844;RBI=0.0213146;REFB=-0.0377185;REVB=0.021239;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.57133;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0291716;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:8:3:6:8:8:3 chr19 8999414 . G A 48.8 PASS AF=0.114583;AO=10;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.00376158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7887;QD=2.03328;RBI=0.00507724;REFB=0.0043311;REVB=0.00341011;RO=85;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293533;STB=0.512173;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0350514;OID=.;OPOS=8999414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:85:85:10:11:0.114583:6:4:32:53:7:4:32:53 chr19 8999429 . G T 33.84 PASS AF=0.0882353;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.020277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.0466;QD=1.3269;RBI=0.0423091;REFB=-0.00271385;REVB=-0.0371336;RO=88;SAF=4;SAR=5;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969156;STB=0.553455;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0583827;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:102:102:88:93:9:9:0.0882353:5:4:32:56:5:4:36:57 chr19 8999438 . A T 65.67 PASS AF=0.137255;AO=13;DP=100;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.0549476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.234;QD=2.57534;RBI=0.0625654;REFB=0.00174123;REVB=-0.0299197;RO=87;SAF=5;SAR=8;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374074;STB=0.547409;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00950698;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:100:102:87:88:13:14:0.137255:8:5:36:51:9:5:36:52 chr19 8999445 . C T 530.74 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00473593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.913;QD=20.6114;RBI=0.0210846;REFB=-0.0416474;REVB=0.0205458;RO=46;SAF=24;SAR=30;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828402;STB=0.537431;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0245345;OID=.;OPOS=8999445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:46:49:54:54:0.524272:30:24:16:30:30:24:18:31 chr19 8999449 . G T 68.36 PASS AF=0.134615;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=104;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.0184371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4425;QD=2.62924;RBI=0.0359508;REFB=-0.0122897;REVB=-0.0308632;RO=88;SAF=5;SAR=9;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679995;STB=0.539416;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.073543;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:102:104:88:90:14:14:0.134615:9:5:36:52:9:5:36:54 chr19 8999453 . C T 264.85 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0280077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.79;QD=10.2853;RBI=0.0285412;REFB=-0.0137699;REVB=0.00549277;RO=68;SAF=11;SAR=23;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110123;STB=0.570323;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0226186;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:69:34:34:0.330097:23:11:28:40:23:11:29:40 chr19 8999474 . T C 35.93 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.048211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.481;QD=1.52885;RBI=0.0492785;REFB=-0.00058182;REVB=0.0102014;RO=83;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402882;STB=0.837668;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00920279;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:83:85:9:9:0.0957447:8:1:34:49:8:1:36:49 chr19 8999478 . T C 38.84 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0312024;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.737;QD=1.84974;RBI=0.0341764;REFB=-0.00728785;REVB=-0.0139441;RO=76;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188871;STB=0.647359;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0620294;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:84:76:75:9:9:0.107143:4:5:30:46:4:5:29:46 chr19 9001822 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00491792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.76;QD=12.6376;RBI=0.0149475;REFB=-0.022516;REVB=0.0141153;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858113;STB=0.550382;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.033467;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:13:8:6:7:13:8 chr19 9001833 . A G 131.32 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00510569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.107;QD=14.1972;RBI=0.00645062;REFB=0.00175945;REVB=0.00394239;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296633;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00167049;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:12:9:6:9:13:9 chr19 9001835 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.010149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.938;QD=14.1955;RBI=0.0133201;REFB=-0.00381206;REVB=-0.00862689;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964467;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0164039;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:13:9:6:9:13:9 chr19 9002504 . T C 139.34 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=109;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.0230862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5234;QD=5.11321;RBI=0.0345468;REFB=-0.00548928;REVB=-0.0257003;RO=85;SAF=10;SAR=13;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177186;STB=0.614076;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0167565;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:85:86:23:23:0.211009:13:10:49:36:13:10:50:36 chr19 9002519 . G C 107.92 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=107;FAO=20;FDP=112;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0125303;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.937;QD=3.8543;RBI=0.058556;REFB=-0.0130638;REVB=0.0571997;RO=87;SAF=2;SAR=13;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546614;STB=0.689382;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0950476;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:87:92:15:20:0.178571:13:2:50:37:13:7:54:38 chr19 9002576 . T C 68.91 PASS AF=0.126984;AO=17;DP=126;FAO=16;FDP=126;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.047211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8219;QD=2.18755;RBI=0.0698518;REFB=-0.0135649;REVB=-0.051482;RO=100;SAF=8;SAR=9;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013367;STB=0.523017;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0638417;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:126:126:100:110:17:16:0.126984:9:8:46:54:9:7:51:59 chr19 9002587 . C T 53.09 PASS AF=0.109244;AO=13;DP=120;FAO=13;FDP=119;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0350729;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3471;QD=1.78448;RBI=0.0403102;REFB=-0.00917529;REVB=-0.0198696;RO=104;SAF=4;SAR=9;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136469;STB=0.611472;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0607693;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:120:119:104:106:13:13:0.109244:9:4:43:61:9:4:45:61 chr19 9002597 . C T 60.19 PASS AF=0.118644;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=118;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=0.0605873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0855;QD=2.04029;RBI=0.0631292;REFB=0.00321513;REVB=-0.0177336;RO=103;SAF=6;SAR=8;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013922;STB=0.504943;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.020576;OID=.;OPOS=9002597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:117:118:103:104:14:14:0.118644:8:6:43:60:8:6:44:60 chr19 9003615 . C T 605.19 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.024345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.702;QD=20.8686;RBI=0.0367689;REFB=-0.0338313;REVB=-0.0275549;RO=55;SAF=22;SAR=39;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179051;STB=0.598577;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0333578;OID=.;OPOS=9003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:39:22:31:24:39:22:31:24 chr19 9003618 . C T 523.25 PASS AF=0.478632;AO=55;DP=115;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0195556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.899;QD=17.8887;RBI=0.0372903;REFB=-0.0185406;REVB=-0.0317513;RO=60;SAF=31;SAR=24;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21403;STB=0.616827;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0133246;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:60:61:55:56:0.478632:24:31:20:40:24:32:21:40 chr19 9003640 . G T 628.81 PASS AF=0.553571;AO=61;DP=111;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0077018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.655;QD=22.4574;RBI=0.0234584;REFB=-0.0146098;REVB=-0.022158;RO=50;SAF=25;SAR=36;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091828;STB=0.54544;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0138749;OID=.;OPOS=9003640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:50:50:61:62:0.553571:36:25:26:24:36:26:26:24 chr19 9003645 . G A 396.91 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=109;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0254806;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1779;QD=14.4332;RBI=0.0313711;REFB=-0.0129892;REVB=0.0182998;RO=62;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550927;STB=0.523799;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0276176;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:62:64:45:46:0.418182:23:22:27:35:24:22:28:36 chr19 9005556 . T C 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00186167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.479;QD=2.35109;RBI=0.0180113;REFB=0.0054624;REVB=0.0179148;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111797;STB=0.58637;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0566545;OID=.;OPOS=9005556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:27:20:2:4:27:20 chr19 9005605 . A T 30.78 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0577729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4681;QD=2.27994;RBI=0.0816781;REFB=-0.0105497;REVB=-0.0577374;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101331;STB=0.578677;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.065326;OID=.;OPOS=9005605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:2:4:28:20:2:4:28:20 chr19 9005616 . G T 30.99 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0154143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0458;QD=2.33883;RBI=0.054389;REFB=-0.00197473;REVB=-0.052159;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133949;STB=0.604903;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0134234;OID=.;OPOS=9005616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:51:53:45:47:6:6:0.113208:2:4:25:20:2:4:26:21 chr19 9005719 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.241;QD=56.7045;RBI=0.0154109;REFB=0;REVB=-0.0139836;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79952e-05;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr19 9006370 . A G 55.6 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0324799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7033;QD=2.26931;RBI=0.049281;REFB=-0.00557733;REVB=-0.0370631;RO=84;SAF=7;SAR=5;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144935;STB=0.612609;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0366915;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:98:98:84:86:12:12:0.122449:5:7:39:45:5:7:39:47 chr19 9006415 . TT CA 45.47 PASS AF=0.119048;AO=9;DP=86;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.00630495;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=2;MLLD=173.607;QD=2.16536;RBI=0.0282841;REFB=-0.00198793;REVB=-0.0275724;RO=67;SAF=7;SAR=2;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460458;STB=0.747261;STBP=0.13;TYPE=mnp;VARB=0.0194074;OID=.;OPOS=9006415;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:86:84:67:74:9:10:0.119048:2:7:25:42:3:7:30:44 chr19 9006418 . G A 59.42 PASS AF=0.139535;AO=12;DP=86;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00464643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.401;QD=2.76357;RBI=0.0159091;REFB=-0.00723772;REVB=-0.0152155;RO=74;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217349;STB=0.649382;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0438457;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:74:74:12:12:0.139535:5:7:30:44:5:7:30:44 chr19 9012840 . G A 94.65 PASS AF=0.114286;AO=23;DP=207;FAO=24;FDP=210;FR=.;FRO=186;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=66;FSRR=120;FWDB=-0.0121065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.434;QD=1.80292;RBI=0.0157739;REFB=-0.0066914;REVB=0.0101118;RO=183;SAF=4;SAR=19;SRF=65;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273129;STB=0.714082;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0502934;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:207:210:183:186:23:24:0.114286:19:4:65:118:20:4:66:120 chr19 9014551 . T C 329.29 PASS AF=0.397849;AO=38;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00410766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7123;QD=14.163;RBI=0.0279497;REFB=0.00818057;REVB=0.0276462;RO=55;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15837;STB=0.578904;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0119531;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:56:38:37:0.397849:15:23:25:30:15:22:26:30 chr19 9014569 . A G 333.27 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0002214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.758;QD=14.8119;RBI=0.00132309;REFB=-0.0137998;REVB=-0.00130443;RO=48;SAF=23;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226384;STB=0.611051;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0186738;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:53:36:37:0.411111:13:23:20:28:14:23:23:30 chr19 9019605 . C G 516.66 PASS AF=0.410072;AO=56;DP=139;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00236603;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.706;QD=14.8679;RBI=0.0122928;REFB=-0.0249525;REVB=-0.012063;RO=80;SAF=31;SAR=25;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043211;STB=0.536436;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0343227;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:82:56:57:0.410072:25:31:41:39:25:32:41:41 chr19 9020153 . CA TG 146.56 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00732228;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.514;QD=10.2846;RBI=0.0165608;REFB=-0.0161892;REVB=-0.0148541;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127458;STB=0.570823;STBP=0.468;TYPE=mnp;VARB=0.0239548;OID=.;OPOS=9020153;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:36:38:19:19:0.333333:10:9:13:23:10:9:14:24 chr19 9021069 . C T 52.69 PASS AF=0.108333;AO=13;DP=120;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=-0.0247755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.262;QD=1.75646;RBI=0.031431;REFB=-0.00884008;REVB=-0.0193412;RO=107;SAF=4;SAR=9;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27966;STB=0.706016;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0599131;OID=.;OPOS=9021069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:120:120:107:107:13:13:0.108333:9:4:58:49:9:4:58:49 chr19 9021075 . T C 84.73 PASS AF=0.140625;AO=18;DP=128;FAO=18;FDP=128;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=0.00280462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.902;QD=2.64776;RBI=0.0213156;REFB=-0.00423422;REVB=-0.0211302;RO=109;SAF=6;SAR=12;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249316;STB=0.666482;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.039712;OID=.;OPOS=9021075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:128:128:109:110:18:18:0.140625:12:6:58:51:12:6:58:52 chr19 9021096 . G A 52.43 PASS AF=0.0992908;AO=14;DP=143;FAO=14;FDP=141;FR=.;FRO=127;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=-0.00316771;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.289;QD=1.48724;RBI=0.0203717;REFB=0.000740284;REVB=-0.020124;RO=128;SAF=5;SAR=9;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801402;STB=0.557014;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0124465;OID=.;OPOS=9021096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:143:141:128:127:14:14:0.0992908:9:5:54:74:9:5:53:74 chr19 9021107 . C G 71.2 PASS AF=0.116438;AO=16;DP=144;FAO=17;FDP=146;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=79;FWDB=-0.0215823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.696;QD=1.95055;RBI=0.0301951;REFB=-0.000352968;REVB=0.0211175;RO=128;SAF=4;SAR=12;SRF=49;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182168;STB=0.591815;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00213601;OID=.;OPOS=9021107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:144:146:128:129:16:17:0.116438:12:4:49:79:12:5:50:79 chr19 9021118 . C T 86.11 PASS AF=0.130137;AO=19;DP=146;FAO=19;FDP=146;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=80;FWDB=-0.0144972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.189;QD=2.35929;RBI=0.0217412;REFB=-0.000965415;REVB=0.0162022;RO=126;SAF=7;SAR=12;SRF=47;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615543;STB=0.501546;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00770253;OID=.;OPOS=9021118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:146:146:126:127:19:19:0.130137:12:7:47:79:12:7:47:80 chr19 9021138 . G A 52.19 PASS AF=0.0992908;AO=14;DP=140;FAO=14;FDP=141;FR=.;FRO=127;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=87;FWDB=-0.0288234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.942;QD=1.48046;RBI=0.0297643;REFB=-0.000991419;REVB=-0.00742452;RO=126;SAF=4;SAR=10;SRF=39;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337134;STB=0.531355;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00659378;OID=.;OPOS=9021138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:140:141:126:127:14:14:0.0992908:10:4:39:87:10:4:40:87 chr19 9024994 . C T 85.94 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0219086;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.461;QD=9.04589;RBI=0.0223712;REFB=-0.013065;REVB=0.0045259;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907501;STB=0.532934;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0309271;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:38:38:25:27:11:11:0.289474:7:4:11:14:7:4:11:16 chr19 9028373 . G A 467.91 PASS AF=0.542169;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0193146;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7432;QD=22.5499;RBI=0.0245476;REFB=-0.020955;REVB=-0.0151503;RO=38;SAF=18;SAR=26;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1433;STB=0.571856;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0205886;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:44:45:0.542169:26:18:22:16:26:19:22:16 chr19 9046876 . G T 251.76 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0135134;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.857;QD=12.2809;RBI=0.0248971;REFB=-0.00532704;REVB=0.0209106;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789924;STB=0.545424;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0116915;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:52:52:30:30:0.365854:16:14:28:24:16:14:28:24 chr19 9048320 . C T 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0334787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.27;QD=8.80879;RBI=0.0335493;REFB=-0.00227865;REVB=0.00217623;RO=23;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324032;STB=0.707349;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00776284;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:9:1:6:17:9:1:6:17 chr19 9048421 . T C 143.99 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0528632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.785;QD=15.1571;RBI=0.0535373;REFB=0.00150095;REVB=0.00846901;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154904;STB=0.609229;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00144903;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:12:4:8:13:12:4:9:13 chr19 9049339 . C G 653.17 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0152509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.179;QD=17.5349;RBI=0.0213267;REFB=-0.00308447;REVB=-0.0149076;RO=82;SAF=35;SAR=32;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221535;STB=0.512328;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00432439;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:82:82:67:67:0.449664:32:35:41:41:32:35:41:41 chr19 9049910 . C T 500.97 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0330331;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.585;QD=21.547;RBI=0.0412888;REFB=-0.0164017;REVB=-0.0247706;RO=45;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04867;STB=0.526871;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0162737;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:45:48:48:0.516129:24:24:25:20:24:24:25:20 chr19 9056989 . C G 403.26 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00897094;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4326;QD=21.2242;RBI=0.0289488;REFB=-0.00440038;REVB=-0.0275237;RO=30;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129413;STB=0.572867;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00213446;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:36:40:40:0.526316:23:17:8:22:23:17:10:26 chr19 9057408 . A G 433.69 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=81;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0331083;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.335;QD=22.2406;RBI=0.0333816;REFB=-0.0133034;REVB=0.00426248;RO=40;SAF=25;SAR=16;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271296;STB=0.654604;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0152024;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:40:36:41:42:0.538462:16:25:12:28:16:26:10:26 chr19 9057687 . A G 335.71 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00124026;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.792;QD=19.1834;RBI=0.00489686;REFB=-0.00170648;REVB=-0.00473719;RO=35;SAF=10;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172085;STB=0.596272;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00258791;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:35:35:35:35:0.5:25:10:16:19:25:10:16:19 chr19 9057721 . C T 338.24 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0196203;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3594;QD=22.5491;RBI=0.0279241;REFB=-0.0104141;REVB=-0.0198695;RO=26;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117747;STB=0.565131;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0188375;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:23:11:12:14:23:11:12:14 chr19 9058624 . G A 673.7 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00559429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8321;QD=20.415;RBI=0.0610498;REFB=-0.0250671;REVB=0.0607929;RO=64;SAF=32;SAR=35;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198874;STB=0.514818;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0244868;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:64:65:67:67:0.507576:35:32:32:32:35:32:33:32 chr19 9058942 . C T 389.93 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0205543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.577;QD=21.6631;RBI=0.0220516;REFB=-0.0139252;REVB=0.00798719;RO=33;SAF=15;SAR=24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344063;STB=0.519006;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00986947;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:24:15:14:19:24:15:14:19 chr19 9059808 . A G 333.05 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0165895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.213;QD=14.0231;RBI=0.0180372;REFB=-0.00697592;REVB=0.00708034;RO=58;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199857;STB=0.613423;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0126819;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:16:21:22:36:16:21:22:36 chr19 9060085 . C T 429.45 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00634527;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.561;QD=15.6164;RBI=0.00753904;REFB=-0.00990624;REVB=-0.0040712;RO=61;SAF=21;SAR=27;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790214;STB=0.547878;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0113171;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:62:48:48:0.436364:27:21:22:39:27:21:22:40 chr19 9060541 . C T 363.77 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00462504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.49;QD=15.8161;RBI=0.0235074;REFB=-0.0133645;REVB=-0.0230479;RO=53;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112861;STB=0.563482;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.031108;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:20:19:20:33:20:19:20:33 chr19 9060572 . G A 388.89 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00551089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.963;QD=18.7419;RBI=0.0197064;REFB=-0.0322643;REVB=0.0189202;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518063;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0304894;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:43:40:40:0.481928:20:20:18:18:20:20:20:23 chr19 9060605 . G A 555.09 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.000794032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.33;QD=22.4278;RBI=0.0472971;REFB=-0.00600422;REVB=0.0472905;RO=47;SAF=31;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567322;STB=0.531275;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00468254;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:21:31:25:22:21:31:25:22 chr19 9060812 . T C 280.43 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0324094;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.988;QD=19.0125;RBI=0.0347025;REFB=-0.0099797;REVB=-0.0124053;RO=29;SAF=20;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312268;STB=0.674042;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0103301;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:29:30:30:0.508475:10:20:9:20:10:20:9:20 chr19 9061559 . C G 310.57 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00214251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.933;QD=16.3456;RBI=0.0453251;REFB=-0.00305906;REVB=-0.0452745;RO=41;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573982;STB=0.526683;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00433372;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:42:34:34:0.447368:21:13:18:23:21:13:18:24 chr19 9062415 . T G 369.02 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0112754;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.599;QD=17.784;RBI=0.012046;REFB=-0.0212172;REVB=-0.00423914;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02098;STB=0.526868;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0248176;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:44:38:39:0.46988:22:16:18:27:22:17:17:27 chr19 9062544 . T G 208.23 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0343827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0953;QD=18.9298;RBI=0.0536558;REFB=0.0167779;REVB=-0.0411919;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337905;STB=0.503308;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0199686;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:23:20:21:0.477273:8:12:13:10:9:12:13:10 chr19 9066874 . G T 465.15 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.0156592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.681;QD=13.6809;RBI=0.0445456;REFB=-0.00432076;REVB=-0.0417025;RO=82;SAF=11;SAR=42;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272966;STB=0.653689;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0123978;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:82:83:53:53:0.389706:42:11:34:48:42:11:34:49 chr19 9069792 . G A 404.78 PASS AF=0.405172;AO=46;DP=117;FAO=47;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.178806;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0263;QD=13.9581;RBI=0.185673;REFB=-0.00546711;REVB=0.0500255;RO=44;SAF=19;SAR=27;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244375;STB=0.570551;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.021479;OID=.;OPOS=9069792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:44:69:46:47:0.405172:27:19:17:27:28:19:36:33 chr19 9069892 . A C 638.71 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00197176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.79;QD=20.4388;RBI=0.00436407;REFB=4.58787e-05;REVB=0.00389323;RO=59;SAF=27;SAR=37;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763516;STB=0.53459;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-4.08202e-05;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:61:64:64:0.512:37:27:30:29:37:27:30:31 chr19 9070194 . A G 341.02 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0131718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.535;QD=20.986;RBI=0.0202452;REFB=-0.0297844;REVB=-0.0153745;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00404922;STB=0.502241;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0230958;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:20:15:13:17:20:15:13:17 chr19 9070225 . G C 450.94 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00872878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7442;QD=19.1888;RBI=0.0211825;REFB=-0.0094933;REVB=0.0193004;RO=49;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023583;STB=0.513121;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0179185;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:25:20:23:26:25:20:23:26 chr19 9070837 . G A 317.9 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0130351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.502;QD=15.8948;RBI=0.0429662;REFB=-0.0340259;REVB=-0.0409411;RO=39;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255296;STB=0.510723;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.031923;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:45:35:35:0.4375:18:17:20:19:18:17:21:24 chr19 9071763 . T A 526.89 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0120854;FXX=0.0217376;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.564;QD=15.6115;RBI=0.0174414;REFB=-0.0119554;REVB=-0.0125757;RO=76;SAF=26;SAR=31;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00450651;STB=0.504324;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0143718;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:76:78:57:57:0.422222:31:26:35:41:31:26:35:43 chr19 9071834 . G C 333.14 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.000581326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.712;QD=16.4515;RBI=0.0101644;REFB=-0.0161169;REVB=0.0101477;RO=43;SAF=9;SAR=26;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31706;STB=0.69525;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0399106;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:45:35:36:0.444444:26:9:24:19:27:9:26:19 chr19 9072221 . G A 182.96 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.121029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.444;QD=17.4245;RBI=0.121081;REFB=-0.0208713;REVB=0.00354668;RO=23;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426163;STB=0.747366;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0248154;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:16:3:12:11:16:3:12:11 chr19 9072875 . G A 409.1 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0163256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.608;QD=17.9822;RBI=0.0172155;REFB=-0.00224298;REVB=-0.00546332;RO=49;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184834;STB=0.603326;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00261553;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:26:16:28:21:26:16:28:21 chr19 9072975 . G A 423.72 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00154562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.459;QD=16.1416;RBI=0.024217;REFB=-0.0142636;REVB=0.0241677;RO=57;SAF=26;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951664;STB=0.548458;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0158354;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:58:47:47:0.447619:21:26:26:31:21:26:27:31 chr19 9074073 . G A 181.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0611732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4115;QD=11.9226;RBI=0.0664424;REFB=-0.000856924;REVB=0.0259314;RO=37;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458221;STB=0.537701;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00262188;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:38:23:23:0.377049:18:5:7:30:19:4:8:30 chr19 9077581 . G T 615.42 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00175892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.576;QD=20.5139;RBI=0.0233736;REFB=0.00153642;REVB=-0.0233073;RO=58;SAF=41;SAR=21;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226888;STB=0.512496;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00135906;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:58:58:62:62:0.516667:21:41:37:21:21:41:37:21 chr19 9080462 . C G 559.42 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0048063;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.418;QD=15.648;RBI=0.00505821;REFB=-0.0102295;REVB=-0.00157638;RO=81;SAF=29;SAR=31;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782615;STB=0.54293;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0135016;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:81:83:60:60:0.41958:31:29:33:48:31:29:34:49 chr19 9083427 . A G 416.36 PASS AF=0.629032;AO=40;DP=64;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00629899;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.102;QD=26.8616;RBI=0.0267618;REFB=-0.0157072;REVB=-0.02601;RO=24;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11977;STB=0.570335;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0131589;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:24:23:40:39:0.629032:22:18:15:9:21:18:15:8 chr19 9083457 . C T 479.32 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0237368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.586;QD=28.1952;RBI=0.0254359;REFB=-0.0177699;REVB=-0.00914045;RO=24;SAF=18;SAR=26;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140711;STB=0.576578;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00985172;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:44:44:0.647059:26:18:15:9:26:18:15:9 chr19 9083791 . G A 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0422014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.83;QD=14.3985;RBI=0.0431956;REFB=-0.0134559;REVB=0.00921451;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287168;STB=0.517794;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0184135;OID=.;OPOS=9083791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:34:25:25:0.423729:14:11:15:17:14:11:16:18 chr19 9084183 . G A 703.95 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.000258386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.553;QD=19.4192;RBI=0.00172713;REFB=-0.0113483;REVB=-0.00170769;RO=74;SAF=22;SAR=48;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532743;STB=0.534511;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0135209;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:74:75:70:70:0.482759:48:22:27:47:48:22:28:47 chr19 9084299 . T C 261.21 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0170313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0714;QD=17.1282;RBI=0.0255074;REFB=0.00286793;REVB=0.0189885;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191746;STB=0.585248;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00863368;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:32:28:29:0.47541:19:9:16:15:19:10:16:16 chr19 9085004 . T C 287.24 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00672838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.016;QD=15.9578;RBI=0.0251244;REFB=-0.0157814;REVB=0.0242067;RO=40;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160191;STB=0.580937;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0159966;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:40:31:32:0.444444:16:15:13:27:17:15:13:27 chr19 9085643 . A G 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00883428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.114;QD=13.7746;RBI=0.0131575;REFB=-0.00659671;REVB=0.00975068;RO=40;SAF=6;SAR=22;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120131;STB=0.58211;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00836214;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:22:6:12:28:22:6:13:28 chr19 9085958 . A G 703.69 PASS AF=0.503597;AO=66;DP=134;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.00953935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.468;QD=20.2501;RBI=0.0106967;REFB=-0.0172764;REVB=0.00483945;RO=67;SAF=25;SAR=41;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656253;STB=0.540972;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0195173;OID=.;OPOS=9085958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:67:69:66:70:0.503597:41:25:30:37:45:25:30:39 chr19 9086145 . G C 197.44 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0237788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.974;QD=18.8037;RBI=0.0240304;REFB=-0.00611802;REVB=-0.00346828;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181962;STB=0.62789;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.015697;OID=.;OPOS=9086145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:20:20:0.47619:7:13:9:11:7:13:9:13 chr19 9086318 . G A 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0267214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.828;QD=25.3158;RBI=0.0394791;REFB=-0.0596002;REVB=-0.0290614;RO=13;SAF=17;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422355;STB=0.738853;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0259029;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:3:17:5:8:3:17:5:8 chr19 9086819 . G A 177.67 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0636725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.251;QD=21.5356;RBI=0.0652866;REFB=-0.0192546;REVB=0.0144277;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747459;STB=0.536544;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0224772;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:14:15:16:18:0.545455:7:9:8:6:7:11:8:7 chr19 9087615 . T A 807.31 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7687;QD=54.7331;RBI=0.0681059;REFB=0.232253;REVB=0.0660165;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00278364;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:56:58:0.983051:28:28:1:0:30:28:1:0 chr19 9087758 . G A 542.19 PASS AF=0.409091;AO=64;DP=155;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.0160542;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.047;QD=14.0828;RBI=0.0166917;REFB=-0.0131725;REVB=-0.00456887;RO=90;SAF=35;SAR=29;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10647;STB=0.568324;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0212516;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:90:91:64:63:0.409091:29:35:40:50:28:35:40:51 chr19 9088017 . T G 727.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4005;QD=63.24;RBI=0.0703985;REFB=0;REVB=0.0700675;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665147;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr19 9088330 . G A 297.21 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=60;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0524608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4676;QD=18.8703;RBI=0.0732419;REFB=-0.0271527;REVB=0.0511101;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934636;STB=0.556697;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0205656;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:30:31:30:32:0.507937:11:19:16:14:11:21:17:14 chr19 9088772 . T C 714.92 PASS AF=0.591304;AO=66;DP=113;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00768702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.934;QD=24.8667;RBI=0.00910525;REFB=-0.0119499;REVB=0.00488009;RO=47;SAF=30;SAR=36;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914425;STB=0.548414;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00685428;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:47:47:66:68:0.591304:36:30:27:20:37:31:27:20 chr19 9090182 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0199996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.505;QD=15.7844;RBI=0.0218743;REFB=-0.0176677;REVB=-0.00886016;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258651;STB=0.646874;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0142539;OID=.;OPOS=9090182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:3:14:8:6:3:14 chr19 9090784 . C T 161.36 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00969506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.595;QD=19.5588;RBI=0.0407952;REFB=-0.00889986;REVB=0.0396264;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767521;STB=0.565539;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00872606;OID=.;OPOS=9090784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:4:12:13:3:5:12:13:3 chr19 9204307 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.331;QD=55.656;RBI=0.0257236;REFB=0;REVB=0.0224579;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218902;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr19 9213026 . T C 545.18 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0380099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4711;QD=57.3868;RBI=0.0583071;REFB=-0.093436;REVB=-0.044215;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00153516;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:1:0:21:16:1:0 chr19 9213079 . A C 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2445;QD=50.8309;RBI=0.0435888;REFB=0.0959457;REVB=0.0419008;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00609563;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:15:10:0:1:15:10:0:1 chr19 9213132 . A G 307.27 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8061;QD=51.2114;RBI=0.160897;REFB=0;REVB=0.0108101;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527941;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:13:10:1:0:13:11:0:0 chr19 9225685 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0502162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4714;QD=8.30747;RBI=0.0572493;REFB=0.000723236;REVB=-0.027492;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121057;STB=0.574292;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.01055;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:5:13:5:3:5:13 chr19 9226017 . C G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0137482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.333;QD=21.3533;RBI=0.016889;REFB=-0.0257731;REVB=-0.00980945;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214541;STB=0.512176;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0150556;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:3:6:9:4:3:6 chr19 9226192 . A G 37.37 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00249517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5285;QD=9.34196;RBI=0.0192372;REFB=-0.0159644;REVB=-0.0190747;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137251;STB=0.583088;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0656155;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:1:9:5:1:1:9 chr19 9236698 . G GATGGT 158.66 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0112017;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=5;MLLD=278.927;QD=16.2725;RBI=0.011525;REFB=-0.0102662;REVB=-0.00271046;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589381;STB=0.53394;STBP=0.722;TYPE=ins;VARB=0.0137607;OID=.;OPOS=9236699;OREF=-;OALT=ATGGT;OMAPALT=GATGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897:17:39:17:39:22:11:6:13:9:99:22:11:6:13:9 chr19 9236886 . A G 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0114808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.308;QD=23.0921;RBI=0.0124334;REFB=-0.0178821;REVB=-0.00477288;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661604;STB=0.537146;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.017718;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:6:6:7:10:6:6 chr19 9237435 . A G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0159745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.881;QD=24.8032;RBI=0.0192884;REFB=-0.0208277;REVB=0.0108102;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0080655;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:2:2:6:4:2:2 chr19 9297565 . G T 145.56 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0292209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6478;QD=17.1247;RBI=0.0313291;REFB=-0.0210987;REVB=0.0112984;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136089;STB=0.589167;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0218088;OID=.;OPOS=9297565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:11:4:7:11:12:4:7:11 chr19 9346427 . T C 508.4 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.04;QD=56.4888;RBI=0.0702094;REFB=-0.116681;REVB=0.0410464;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000872049;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:35:35:0.972222:16:19:0:0:16:19:1:0 chr19 9346599 . C G 713.78 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3302;QD=59.4812;RBI=0.0390244;REFB=-0.149876;REVB=0.0357484;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0110791;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:0:1:46:47:0.979167:28:18:0:0:28:19:1:0 chr19 9434872 . C T 439.22 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00774049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.634;QD=24.7449;RBI=0.0079238;REFB=-0.0308599;REVB=-0.0016945;RO=27;SAF=20;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227953;STB=0.511435;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0265941;OID=.;OPOS=9434872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:29:42:42:0.591549:22:20:12:15:22:20:13:16 chr19 9449888 . A G 571.39 PASS AF=0.548077;AO=56;DP=103;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0199222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.83;QD=21.9765;RBI=0.0228426;REFB=-0.0138682;REVB=-0.0111755;RO=47;SAF=30;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738424;STB=0.543844;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0182753;OID=.;OPOS=9449888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:47:47:56:57:0.548077:26:30:21:26:26:31:21:26 chr19 9452026 . ACT A 249.55 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157606;FXX=0.136302;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.691;QD=52.5375;RBI=0.0157618;REFB=0;REVB=0.000194255;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.64884e-05;OID=.;OPOS=9452027;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:22:19:19:0:5:14:0:0:3:0:4:13:0:0 chr19 9490814 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.859;QD=59.8394;RBI=0.0239446;REFB=0;REVB=0.0205343;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22062e-05;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr19 9492141 . C T 548.15 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4291;QD=59.2598;RBI=0.0232808;REFB=0;REVB=-0.0133978;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052345;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:20:15:0:0:20:17:0:0 chr19 9492270 . GAA GA,GAGA,GAG 381.4 PASS AF=0.773585,0.150943,0;AO=27,6,2;DP=53;FAO=41,8,0;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=16,0,0;FSAR=25,8,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.6567,0.0704231,0.0839574;FXX=0;HRUN=4,0,4;LEN=1,1,1;MLLD=12.108,152.938,160.193;QD=28.7846;RBI=0.674704,0.117038,0.118601;REFB=0.104357,0.0360106,0.0439215;REVB=-0.154823,-0.0934804,-0.0837702;RO=16;SAF=4,0,0;SAR=23,6,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0.380435,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.489453,-0.789149,-0.656611;STB=0.537019,0.5,0.5;STBP=0.14,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.0383577,0.225001,0;OID=.,.,.;OPOS=9492271,9492272,9492272;OREF=A,-,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=GA,GAGA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.773585,0.150943,0:27,6,2:53:41,8,0:53:4:16,0,0:25,8,0:0:4:36:16:4,0,0:23,6,2:12:4 chr19 9492370 . A T 130.55 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.54;QD=43.5163;RBI=0.0213958;REFB=0;REVB=0.00963391;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164098;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr19 9524185 . A G 1090.69 PASS AF=0.820755;AO=88;DP=106;FAO=87;FDP=106;FR=.;FRO=19;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.116208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7688;QD=41.1581;RBI=0.119455;REFB=-0.222874;REVB=0.0276634;RO=12;SAF=43;SAR=45;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778961;STB=0.543435;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0434827;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:106:106:12:19:88:87:0.820755:45:43:10:2:44:43:14:5 chr19 9921575 . C T 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0515957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.142;QD=11.3679;RBI=0.0528692;REFB=-0.000209866;REVB=0.0115341;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933329;STB=0.555457;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00135746;OID=.;OPOS=9921575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:7:12:6:5:7:12 chr19 9964946 . G A 269.95 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.004587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.908;QD=22.9748;RBI=0.127086;REFB=-0.00692436;REVB=0.127003;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169778;STB=0.549448;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00926763;OID=.;OPOS=9964946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:22:25:25:0.531915:14:11:12:6:14:11:12:10 chr19 10070500 . G A,GA 142.69 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=11,2;DP=15;FAO=11,2;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523761,0.0054638;FXX=0.0713776;HRUN=6,0;LEN=1,1;MLLD=219.462,207.204;QD=43.9041;RBI=0.0186205,0.0166514;REFB=0,0;REVB=0.0178687,0.0157294;RO=2;SAF=9,1;SAR=2,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.13189,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00180469,0.0338076;OID=.,.;OPOS=10070500,10070501;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:15:13:2:0:11,2:11,2:0.846154,0.153846:2,1:9,1:1:1:2,1:9,1:0:0 chr19 10071063 . T C 173.18 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.286;QD=46.1802;RBI=0.026914;REFB=0;REVB=0.00957153;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227148;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr19 10077419 . C G 130.52 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.134;QD=43.5053;RBI=0.0104629;REFB=0;REVB=-0.000833168;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61881e-05;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr19 10079093 . C T 631.99 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.161;QD=61.6572;RBI=0.0816314;REFB=0;REVB=0.00664151;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219175;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr19 10080619 . A AG,AGG 146.08 PASS AF=1,0;AO=15,4;DP=26;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131217,0.0837607;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.57734,8.09145;QD=23.3735;RBI=0.16223,0.0993122;REFB=-0.0507763,-0.057795;REVB=-0.0953978,-0.0533578;RO=7;SAF=2,0;SAR=13,4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0116092,-0.645224;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00509954,0.000305672;OID=.,.;OPOS=10080620,10080620;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:15,4:26:25,0:25:0:3,0:22,0:0:0:3:7:2,0:13,4:1:6 chr19 10081276 . C G 638.79 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.14;QD=59.4223;RBI=0.0194426;REFB=0.0687484;REVB=0.0143164;RO=0;SAF=36;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538442;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000352445;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:6:36:0:0:6:36:0:1 chr19 10084292 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.291;QD=60.6098;RBI=0.0831987;REFB=0;REVB=0.0223578;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002123;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 10084422 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.022;QD=39.2068;RBI=0.0717327;REFB=0;REVB=0.0713043;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743632;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr19 10085054 . G A 154.57 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00318652;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.504;QD=38.6421;RBI=0.0336835;REFB=-0.138743;REVB=0.0335325;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395718;STB=0.571326;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00173061;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:16:16:1:1:14:15:0.9375:11:3:0:1:12:3:1:0 chr19 10088271 . C G 614.92 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5137;QD=59.9923;RBI=0.0940304;REFB=0;REVB=0.0939592;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884939;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr19 10089262 . G A 688.66 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5729;QD=62.6054;RBI=0.00351296;REFB=0;REVB=-0.00197018;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02541e-05;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:37:7:0:0:37:7:0:0 chr19 10100061 . C A 750.88 PASS AF=0.98;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00246482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.819;QD=60.0705;RBI=0.00652179;REFB=-0.0861902;REVB=-0.00603808;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149319;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00095198;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:47:49:0.98:16:31:1:0:16:33:1:0 chr19 10102676 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.255;QD=54.5175;RBI=0.0469495;REFB=0;REVB=0.0432022;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2034e-05;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr19 10104272 . G C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.819;QD=44.6062;RBI=0.0172578;REFB=-0.01135;REVB=-0.00401991;RO=2;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296733;STB=0.516113;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000420555;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:7:14:1:1:7:14:1:1 chr19 10106936 . G C 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9842;QD=58.1359;RBI=0.0428978;REFB=0;REVB=0.037823;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935728;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr19 10108714 . G A 728.71 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5793;QD=57.1537;RBI=0.0590967;REFB=0;REVB=0.0127894;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402378;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr19 10112346 . T C 825.9 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.752;QD=56.9587;RBI=0.0127861;REFB=0;REVB=0.00384769;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021433;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:34:22:0:0:34:24:0:0 chr19 10149036 . G A 174.29 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00841204;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.465;QD=25.8215;RBI=0.01211;REFB=-0.0410396;REVB=0.00871141;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527584;STB=0.510904;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0167821;OID=.;OPOS=10149036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:27:9:10:17:17:0.62963:9:8:5:4:9:8:5:5 chr19 10172516 . T C 299.48 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0113314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.435;QD=16.6375;RBI=0.0182326;REFB=-0.0123236;REVB=0.0142838;RO=38;SAF=20;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621883;STB=0.549926;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0148522;OID=.;OPOS=10172516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:32:33:0.458333:12:20:26:12:13:20:27:12 chr19 10218524 . C G 724.16 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1299;QD=54.6534;RBI=0.0143978;REFB=-0.118366;REVB=0.00974178;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00147784;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:21:31:0:0:21:31:1:0 chr19 10220586 . C T 94.32 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00923862;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.165;QD=18.8632;RBI=0.0822914;REFB=-0.0119524;REVB=0.0817712;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355197;STB=0.707439;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00421474;OID=.;OPOS=10220586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:2:9:4:5:2:9:4:5 chr19 10225777 . A G 62.63 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0359027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.62;QD=8.08126;RBI=0.0359926;REFB=-0.00700766;REVB=0.00254177;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182291;STB=0.50723;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0221743;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:4:5:12:9:4:5:12:10 chr19 10226256 . A G 79.03 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0132646;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.367;QD=13.7437;RBI=0.0811468;REFB=-0.0124057;REVB=-0.0800553;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160599;STB=0.606553;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0185552;OID=.;OPOS=10226256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:23:12:13:10:10:0.434783:3:7:10:2:3:7:11:2 chr19 10229297 . C A 193.88 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0115702;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.508;QD=16.1563;RBI=0.0210938;REFB=0.0119135;REVB=-0.0176374;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402655;STB=0.739;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0075071;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:28:20:20:0.416667:7:13:7:22:7:13:6:22 chr19 10265312 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.004;QD=56.1915;RBI=0.0437427;REFB=0;REVB=0.0132039;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230593;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr19 10267077 . T C 221.52 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0157238;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.73;QD=15.823;RBI=0.0181734;REFB=-0.0127293;REVB=-0.00911237;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308141;STB=0.678294;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0103289;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:24:25:0.446429:12:12:6:25:12:13:6:25 chr19 10271034 . C G 727.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7523;QD=63.2634;RBI=0.0454171;REFB=0;REVB=-0.0340078;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13655e-05;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr19 10273372 . T C 117.17 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0181737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.306;QD=12.0176;RBI=0.0222295;REFB=0.00202065;REVB=0.0128011;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157235;STB=0.606587;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00546776;OID=.;OPOS=10273372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:14:14:0.358974:9:5:12:12:9:5:13:12 chr19 10334663 . T G 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.952;QD=33.4086;RBI=0.0262017;REFB=0;REVB=0.00073614;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588142;OID=.;OPOS=10334663;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr19 10370490 . T A 354.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.58;QD=54.5089;RBI=0.0222799;REFB=0;REVB=0.0222799;RO=0;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111466;OID=.;OPOS=10370490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:24:0:0:0:26:0:0:0 chr19 10415781 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000952651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.496;QD=7.32114;RBI=0.0172574;REFB=0.000337026;REVB=-0.0172311;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34828;STB=0.728298;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00839914;OID=.;OPOS=10415781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:8:6:1:5:8:6 chr19 10428226 . G A 87.48 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000273554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.864;QD=13.459;RBI=0.0098501;REFB=-0.0188825;REVB=-0.0098463;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397116;STB=0.737225;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.042293;OID=.;OPOS=10428226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:8:7:9:2:8:7 chr19 10449392 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.883;QD=56.1916;RBI=0.0158118;REFB=0;REVB=0.00930408;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06178e-05;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr19 10475652 . C A 648.67 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.981;QD=60.3418;RBI=0.0762626;REFB=0;REVB=0.0147344;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789355;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:24:18:1:0:24:19:0:0 chr19 10488969 . G T 450.6 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00792576;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.084;QD=20.0264;RBI=0.0213117;REFB=-0.0303538;REVB=0.0197831;RO=43;SAF=15;SAR=30;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819508;STB=0.559973;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.027631;OID=.;OPOS=10488969;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:43:45:45:45:0.5:30:15:18:25:30:15:20:25 chr19 10577843 . C A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0188145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.936;QD=17.6436;RBI=0.0313737;REFB=-0.018152;REVB=0.0251063;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286547;STB=0.666296;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0111749;OID=.;OPOS=10577843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:5:2:6:3:5:2 chr19 10579474 . T G 632.32 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3994;QD=61.6894;RBI=0.191684;REFB=0;REVB=0.164216;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380474;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:22:16:0:0:24:17:0:0 chr19 10579834 . T C 92.21 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0789966;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.699;QD=28.3733;RBI=0.0805906;REFB=-0.0192455;REVB=0.0159491;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000970647;OID=.;OPOS=10579834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:13:3:3:10:10:0.769231:6:4:1:2:6:4:1:2 chr19 10599965 . G A 162.36 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0401095;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.474;QD=17.5522;RBI=0.0424739;REFB=-0.0078813;REVB=-0.0139734;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264332;STB=0.649193;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0183638;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:4:16:9:8:4:16 chr19 10600442 . G C 356.16 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242642;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.295;QD=54.7944;RBI=0.0259626;REFB=0;REVB=0.00923602;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633209;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr19 10668452 . A G 141.89 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.399;QD=43.6572;RBI=0.0288578;REFB=0;REVB=-0.0286383;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327258;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:6:7:0:0 chr19 10668673 . A G 178.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00426853;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.677;QD=20.9721;RBI=0.017687;REFB=-0.0289001;REVB=0.0171642;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226446;STB=0.526286;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0256558;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:16:18:18:0.529412:10:8:8:9:10:8:8:8 chr19 10670183 . TC CG,TG 705.92 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,48;DP=52;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114554,0.0287573;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=123.514,108.84;QD=55.3659;RBI=0.0119455,0.0375938;REFB=0,0;REVB=0.00338666,0.0242138;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0444645,0.000280213;OID=.,.;OPOS=10670183,10670184;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:51:0:0:2,48:2,49:0.0392157,0.960784:2,25:0,23:0:0:2,25:0,24:0:0 chr19 10683477 . A G 406.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.759;QD=56.047;RBI=0.025954;REFB=0;REVB=0.0135236;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44307e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:14:15:0:0 chr19 10692000 . T C 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.71;QD=63.8634;RBI=0.0108318;REFB=0;REVB=0.000425899;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16673e-05;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr19 10738639 . C T 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7893;QD=57.1946;RBI=0.0941772;REFB=0;REVB=0.0256284;RO=0;SAF=3;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109949;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:27:3:0:0:27:3:0:0 chr19 10742170 . A G 255.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.463;QD=51.1723;RBI=0.106596;REFB=0;REVB=-0.105549;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011758;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 10763007 . A C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0218314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.787;QD=20.3165;RBI=0.0224237;REFB=-0.0174379;REVB=0.00511969;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165474;STB=0.593125;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0173579;OID=.;OPOS=10763007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:6:12:9:10:6:12 chr19 10794630 . G T 500.48 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0260565;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.842;QD=18.366;RBI=0.0334164;REFB=-0.0147077;REVB=0.0209216;RO=54;SAF=21;SAR=32;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130026;STB=0.581584;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0189286;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:54:56:53:53:0.486239:32:21:29:25:32:21:31:25 chr19 10979998 . C T 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.103462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2159;QD=19.1778;RBI=0.106076;REFB=0.00418647;REVB=0.0234026;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136262;STB=0.578384;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000700675;OID=.;OPOS=10979998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:4:7:10:3:4:7 chr19 11224265 . A G 114.52 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0192677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.885;QD=10.9064;RBI=0.019933;REFB=-0.0182786;REVB=0.00510677;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377811;STB=0.547552;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0425756;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:13:14:0.333333:6:7:16:12:7:7:16:12 chr19 11226800 . C T 225.92 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0253837;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.172;QD=26.5792;RBI=0.0319416;REFB=-0.0120541;REVB=0.019389;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310577;STB=0.517225;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00960169;OID=.;OPOS=11226800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:13:21:21:0.617647:12:9:5:8:12:9:5:8 chr19 11233941 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.89;QD=54.5186;RBI=0.037652;REFB=0;REVB=-0.01555;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57799e-05;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr19 11242044 . G A 192.1 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0137577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.714;QD=11.8216;RBI=0.013889;REFB=-0.00681303;REVB=-0.00190534;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510196;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0127987;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:15:9:15:25:15:9:16:25 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 104.17 PASS AF=0.75,0.166667;AO=6,2;DP=12;FAO=9,2;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4,1;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0662464,0.215054;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=117.742,38.9451;QD=34.722;RBI=0.0663199,0.216343;REFB=-0.205246,0.0739402;REVB=0.00312098,-0.0235769;RO=0;SAF=3,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.545355,0.665164;STBP=0.528,0.662;TYPE=del,snp;VARB=0.02704,0.0944052;OID=.,.;OPOS=11244188,11244202;OREF=TA,T;OALT=-,C;OMAPALT=TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.166667:6,2:12:9,2:12:1:4,1:5,1:0:1:11:0:3,1:3,1:0:0 chr19 11277232 . G A 301.01 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0197676;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9407;QD=16.9581;RBI=0.0326216;REFB=-0.0197742;REVB=0.0259501;RO=38;SAF=23;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179663;STB=0.585243;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0267138;OID=.;OPOS=11277232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:32:33:0.464789:9:23:21:17:10:23:21:17 chr19 11303943 . A G 365.01 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0291627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7543;QD=52.144;RBI=0.0543757;REFB=-0.0135992;REVB=-0.0458939;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0109718;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:1:0:11:16:1:0 chr19 11319636 . G A 131.09 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0159312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.169;QD=21.8481;RBI=0.0540475;REFB=-0.0325053;REVB=0.0516462;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339143;STB=0.519203;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0177388;OID=.;OPOS=11319636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:6:4:5:9:6:4 chr19 11358799 . G A 48.47 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0177686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.077;QD=9.6943;RBI=0.0519456;REFB=-0.0610064;REVB=0.0488121;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237604;STB=0.599679;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0938438;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:20:20:10:13:7:7:0.35:1:6:7:3:1:6:10:3 chr19 11363146 . A T 579.52 PASS AF=1;AO=33;DP=42;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072281;FXX=0.0952154;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1076;QD=61.0017;RBI=0.0782928;REFB=0;REVB=-0.030087;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062765;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:38:0:0:33:38:1:26:7:0:0:26:12:0:0 chr19 11465316 . G C 277.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00126218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.834;QD=20.5612;RBI=0.0244894;REFB=-0.0148141;REVB=-0.0244569;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229955;STB=0.501278;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00965899;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:12:13:15:14:12:13 chr19 11508177 . G A 257.34 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0058016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.29;QD=16.0839;RBI=0.00583474;REFB=-0.0117886;REVB=-0.000621023;RO=33;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739725;STB=0.559958;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0121337;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:35:29:29:0.453125:11:18:18:15:11:18:18:17 chr19 11526759 . G A 920.81 PASS AF=0.883117;AO=68;DP=77;FAO=68;FDP=77;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00412548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0437;QD=47.8344;RBI=0.0372639;REFB=-0.208654;REVB=0.0370349;RO=8;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069038;STB=0.529222;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.021566;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:77:77:8:9:68:68:0.883117:36:32:1:7:36:32:2:7 chr19 11526765 . G T 1027.91 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0210567;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.306;QD=53.398;RBI=0.0271332;REFB=-0.0343724;REVB=0.0171121;RO=4;SAF=31;SAR=41;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322113;STB=0.511181;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000832173;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:77:77:4:5:72:72:0.935065:41:31:3:1:41:31:3:2 chr19 11529958 . C T 605.8 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.028095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.856;QD=29.916;RBI=0.0342087;REFB=-0.0171841;REVB=0.0195167;RO=24;SAF=5;SAR=48;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328826;STB=0.667252;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00674877;OID=.;OPOS=11529958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:24:28:53:53:0.654321:48:5:9:15:48:5:9:19 chr19 11664068 . A G 116.17 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.756;QD=42.2425;RBI=0.0963357;REFB=0;REVB=0.0963224;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720477;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:3:8:0:0 chr19 11725438 . C T 184.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=58;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.051702;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7274;QD=12.2925;RBI=0.0735832;REFB=-0.043771;REVB=0.0523583;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109498;STB=0.569666;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0707371;OID=.;OPOS=11725438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:35:35:20:25:0.416667:10:10:21:14:13:12:21:14 chr19 11833654 . TA AT,T 52.9 PASS AF=0.111111,0.194444;AO=7,7;DP=38;FAO=4,7;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=0,2;FSAR=4,5;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0313101,0.124804;FXX=0.0526177;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=60.9956,13.6927;QD=5.87806;RBI=0.0642397,0.145363;REFB=-0.0178792,-0.0673216;REVB=-0.0560929,-0.0745279;RO=19;SAF=1,2;SAR=6,5;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13476,0.113585;STB=0.99605,0.545331;STBP=0.163,0.847;TYPE=mnp,del;VARB=0.184595,0.113013;OID=.,.;OPOS=11833654,11833655;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:38:36:19:25:7,7:4,7:0.111111,0.194444:6,5:1,2:4:15:4,5:0,2:6:19 chr19 11833719 . G A 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0203743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.372;QD=11.0157;RBI=0.0227349;REFB=-0.0115702;REVB=-0.0100878;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188005;STB=0.610095;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.024244;OID=.;OPOS=11833719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:9:5:6:22:9:5:6:22 chr19 11891003 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.293;QD=60.6102;RBI=0.0217648;REFB=0;REVB=0.0163004;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31036e-06;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr19 11892553 . T A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.00169986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.12;QD=16.8989;RBI=0.00905267;REFB=-0.0229337;REVB=0.00889164;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468406;STB=0.764279;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0132154;OID=.;OPOS=11892553;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:0:9:4:6:0:9 chr19 11892728 . C A 401.92 PASS AF=0.47191;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0411175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5106;QD=18.0639;RBI=0.0421784;REFB=-0.000753765;REVB=0.00940032;RO=47;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204379;STB=0.606669;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00300827;OID=.;OPOS=11892728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:47:41:42:0.47191:21:20:13:34:22:20:13:34 chr19 11892935 . G C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00716904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0336;QD=7.95353;RBI=0.0183791;REFB=-0.0200279;REVB=-0.0169233;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0249224;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:11:8:4:4:11:8 chr19 11917746 . C A 42.33 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00513925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.583;QD=18.8121;RBI=0.0166027;REFB=-0.021464;REVB=-0.0157872;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00795929;OID=.;OPOS=11917746;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr19 11917976 . G T 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00289958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7902;QD=19.7602;RBI=0.0119361;REFB=-0.0476419;REVB=0.0115786;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138051;STB=0.578242;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0489189;OID=.;OPOS=11917976;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:16:7:11:14:16:7:11:14 chr19 11918585 . T C 334.35 PASS AF=0.344262;AO=42;DP=122;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.00524487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.649;QD=10.9624;RBI=0.00589077;REFB=-0.00949854;REVB=-0.00268188;RO=80;SAF=13;SAR=29;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267147;STB=0.654236;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0197702;OID=.;OPOS=11918585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:80:42:42:0.344262:29:13:43:37:29:13:43:37 chr19 11941221 . T A 537.13 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0043052;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.935;QD=17.4675;RBI=0.00505811;REFB=-0.0209972;REVB=0.00265513;RO=66;SAF=20;SAR=37;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105687;STB=0.558891;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0235797;OID=.;OPOS=11941221;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:66:66:57:57:0.463415:37:20:30:36:37:20:30:36 chr19 11942362 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0182865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.514;QD=14.3998;RBI=0.019014;REFB=-0.0075551;REVB=0.00520919;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117542;STB=0.573713;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0145406;OID=.;OPOS=11942362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:13:12:12:21:13:12:12:22 chr19 11942615 . A C 103.04 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0545915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8077;QD=22.8968;RBI=0.0587175;REFB=0.0240558;REVB=0.021622;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213785;STB=0.565115;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00295412;OID=.;OPOS=11942615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:11:12:0.666667:8:3:0:5:8:4:1:5 chr19 11942771 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0603271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8614;QD=14.6525;RBI=0.0620477;REFB=0.00718862;REVB=0.0145105;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00980944;OID=.;OPOS=11942771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr19 11943552 . G A 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0086118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.755;QD=10.1678;RBI=0.0358166;REFB=-0.0050419;REVB=-0.0347659;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514937;STB=0.803538;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00865961;OID=.;OPOS=11943552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:5:17:3:8:5:17 chr19 11943697 . G A 255.66 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.266;QD=51.1315;RBI=0.038533;REFB=0;REVB=0.0321607;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292294;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 11979305 . C G 115.03 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0417659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7262;QD=19.1721;RBI=0.0485294;REFB=0.0249634;REVB=-0.0247128;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395842;STB=0.719735;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0240037;OID=.;OPOS=11979305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:0:11:7:6:0:11 chr19 11979636 . T C 38.4 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000748733;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.613;QD=8.08415;RBI=0.0142035;REFB=-0.012889;REVB=-0.0141837;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.029787;OID=.;OPOS=11979636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:7:6:3:3:7:6 chr19 12187020 . G A 283.78 PASS AF=0.44;AO=30;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00936826;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.984;QD=15.135;RBI=0.014784;REFB=-0.0145982;REVB=0.0114369;RO=43;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022539;STB=0.52949;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0237905;OID=.;OPOS=12187020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:42:30:33:0.44:16:14:21:22:19:14:20:22 chr19 12222381 . C G 576.39 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.293;QD=60.6727;RBI=0.0243293;REFB=0;REVB=0.023188;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48218e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:14:24:0:0 chr19 12256358 . T G 257.77 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00316316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.57;QD=30.3261;RBI=0.00669289;REFB=-0.0159815;REVB=-0.00589824;RO=11;SAF=17;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193453;STB=0.607044;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00970179;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:6:17:5:6:6:17:5:6 chr19 12444278 . G A 251.85 PASS AF=0.5;AO=25;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0114034;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.702;QD=18.6552;RBI=0.0170909;REFB=-0.0251817;REVB=0.0127303;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173593;STB=0.601731;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0268331;OID=.;OPOS=12444278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:25:27:0.5:8:17:13:13:8:19:14:13 chr19 12491498 . C T 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0239619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.817;QD=22.5827;RBI=0.0322526;REFB=-0.00817975;REVB=-0.0215884;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101745;STB=0.556918;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00911662;OID=.;OPOS=12491498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:16:10:12:12:16:10:12:12 chr19 12502457 . A G 128.78 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0183707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.501;QD=11.9796;RBI=0.0351951;REFB=-0.00941137;REVB=-0.0300202;RO=27;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291788;STB=0.684988;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0123557;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:11:4:14:13:11:4:15:13 chr19 12876964 . G C 54.64 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00775146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8103;QD=14.5695;RBI=0.0152537;REFB=-0.0650142;REVB=-0.0131374;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0244847;OID=.;OPOS=12876964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr19 12958697 . T C 55.21 PASS AF=0.368421;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0691431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.43;QD=11.623;RBI=0.136497;REFB=-0.00823293;REVB=-0.117688;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47111;STB=0.689101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0395369;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:19:19:9:10:5:7:0.368421:4:1:6:3:5:2:6:4 chr19 12963143 . T C 81.7 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0532739;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2754;QD=7.78113;RBI=0.0581184;REFB=0.00674119;REVB=-0.02323;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14868;STB=0.59211;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.030412;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:13:18:5:6:13:18 chr19 12985576 . A G 164.08 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0138874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.076;QD=13.6729;RBI=0.0155348;REFB=-0.0175953;REVB=-0.00696216;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166178;STB=0.588134;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0394116;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:12:6:14:15:12:6:14:16 chr19 12989560 . G A 291.65 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00716792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.024;QD=19.4435;RBI=0.014799;REFB=-0.00821137;REVB=0.0129473;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858191;STB=0.547795;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00738553;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:18:13:15:14:18:13:15:14 chr19 12996719 . G A 40.15 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0564909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7364;QD=14.6013;RBI=0.0711197;REFB=-0.0553293;REVB=0.0432063;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.70522;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.028794;OID=.;OPOS=12996719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:4:2:3:1:4:2:4:1 chr19 12996740 . A G 38.68 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0134682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.242;QD=11.0503;RBI=0.0270826;REFB=-0.0371928;REVB=0.0234963;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332419;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0481109;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:8:8:5:6:0.428571:1:4:4:4:1:5:4:4 chr19 13010520 . A G 436.48 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000301529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.661;QD=56.3198;RBI=0.00742813;REFB=0;REVB=-0.007422;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22488e-05;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:24:6:0:0:25:6:0:0 chr19 13031210 . T C 54.51 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013929;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0666;QD=36.3429;RBI=0.0439176;REFB=0;REVB=0.0416502;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367194;OID=.;OPOS=13031210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 13211728 . CG C 38.02 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0139444;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.2823;QD=9.50548;RBI=0.158219;REFB=0.0247428;REVB=0.157604;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561098;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.0138425;OID=.;OPOS=13211729;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:1:6:6:3:37:8:1:6:6:2 chr19 13246561 . C T 414.36 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0130483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.537;QD=35.265;RBI=0.0166635;REFB=-0.0206661;REVB=0.0103642;RO=13;SAF=12;SAR=21;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952539;STB=0.564476;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0100313;OID=.;OPOS=13246561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:13:14:33:33:0.702128:21:12:7:6:21:12:8:6 chr19 13246731 . C T 40.79 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00390491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.8304;QD=14.8325;RBI=0.0493673;REFB=-0.0908061;REVB=0.0492126;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247547;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0738279;OID=.;OPOS=13246731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:3:2:1:5:3:2 chr19 13387904 . A G 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00275786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.761;QD=17.3773;RBI=0.0423212;REFB=0.0214669;REVB=0.0422312;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197016;STB=0.613825;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0126224;OID=.;OPOS=13387904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:4:6:4:7:4:6 chr19 13445208 . C T 139.47 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0207553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.668;QD=12.3977;RBI=0.0322335;REFB=-0.00984167;REVB=-0.024662;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945386;STB=0.555487;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0164419;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:17:12:8:8:17:12 chr19 13470522 . T C 212.56 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0143039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8737;QD=14.9161;RBI=0.0182981;REFB=-0.00396568;REVB=-0.0114114;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457961;STB=0.509946;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0048259;OID=.;OPOS=13470522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:32:23:25:0.438596:8:15:21:11:9:16:21:11 chr19 13862642 . G A 46.37 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.000957893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.933;QD=9.76138;RBI=0.00318874;REFB=-0.00722486;REVB=-0.00304146;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286112;STB=0.681208;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0164261;OID=.;OPOS=13862642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:4:8:6:1:4:8 chr19 13868243 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00154814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.072;QD=22.6321;RBI=0.0330633;REFB=0.0152393;REVB=-0.033027;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141855;STB=0.580516;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00922804;OID=.;OPOS=13868243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:4:4:4:9:4:4 chr19 13885309 . C T 169.07 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00269311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.555;QD=24.1526;RBI=0.00806551;REFB=-0.00411704;REVB=0.0076026;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06032;STB=0.54255;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00247707;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:11:11:16:17:0.607143:6:10:6:5:6:11:6:5 chr19 13885484 . A G 139.34 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0496868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7233;QD=12.3857;RBI=0.0588546;REFB=0.0182957;REVB=0.0315451;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293432;STB=0.507033;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0335229;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:9:7:13:15:9:7:13:16 chr19 13900059 . A G 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00162158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.26;QD=21.9722;RBI=0.0105281;REFB=-0.0206774;REVB=0.0104025;RO=20;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173743;STB=0.587551;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0143475;OID=.;OPOS=13900059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:15:8:11:9:15:8:11:10 chr19 14000170 . T C 256.07 PASS AF=0.320988;AO=21;DP=82;FAO=26;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0158669;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9621;QD=12.6452;RBI=0.0251722;REFB=-0.0172213;REVB=0.0195417;RO=49;SAF=10;SAR=11;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183694;STB=0.586602;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0363882;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:49:21:26:0.320988:11:10:31:18:13:13:31:18 chr19 14000400 . A G 430.31 PASS AF=0.640625;AO=40;DP=63;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00991045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.064;QD=26.8944;RBI=0.0190075;REFB=0.0072845;REVB=-0.0162193;RO=19;SAF=18;SAR=22;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454368;STB=0.514257;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0025715;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:19:23:40:41:0.640625:22:18:10:9:23:18:11:12 chr19 14000870 . C T 195.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00240031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.61;QD=12.6173;RBI=0.0213545;REFB=-0.0108921;REVB=-0.0212191;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746706;STB=0.551587;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0256413;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:10:14:19:18:10:14:19:19 chr19 14015711 . C A 194.02 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0455256;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8958;QD=22.8263;RBI=0.0495753;REFB=0.00530951;REVB=-0.0196247;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300096;STB=0.520483;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00630644;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:15:19:19:0.558824:8:11:7:6:8:11:8:7 chr19 14030689 . T C 154.09 PASS AF=0.515152;AO=15;DP=31;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0114007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1307;QD=18.6776;RBI=0.0451089;REFB=-0.0279837;REVB=0.0436445;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118644;STB=0.577529;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0258366;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:16:15:17:0.515152:7:8:10:5:8:9:11:5 chr19 14065341 . T C 138.78 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00185732;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9436;QD=18.5037;RBI=0.047335;REFB=-0.0432723;REVB=0.0472986;RO=15;SAF=14;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565526;STB=0.835232;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0274912;OID=.;OPOS=14065341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:1:14:8:7:1:14:8:7 chr19 14083761 . T C 223.0 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5397;QD=49.5549;RBI=0.0950842;REFB=0;REVB=0.0928236;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246765;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 14141666 . G T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.007829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.654;QD=54.481;RBI=0.013652;REFB=0.0916153;REVB=-0.011184;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000260038;OID=.;OPOS=14141666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chr19 14185226 . T C 243.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341658;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.89;QD=51.2558;RBI=0.0347004;REFB=0;REVB=-0.0060676;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218268;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr19 14323987 . C A 268.08 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00511693;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.833;QD=13.5739;RBI=0.0113733;REFB=-0.00380539;REVB=-0.0101572;RO=47;SAF=4;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447389;STB=0.757378;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0053505;OID=.;OPOS=14323987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:48:31:31:0.392405:27:4:21:26:27:4:21:27 chr19 14512488 . C CA 280.93 PASS AF=1;AO=4;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023224;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.0814;QD=51.0779;RBI=0.0288948;REFB=0;REVB=0.0171918;RO=16;SAF=1;SAR=3;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.702118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00174803;OID=.;OPOS=14512489;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:21:22:22:0:18:4:0:0:4:16:1:3:15:1 chr19 14512489 . G A 188.19 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00822969;FXX=0.0454339;HRUN=6;LEN=1;MLLD=89.6343;QD=35.8457;RBI=0.032522;REFB=-0.0510315;REVB=-0.0314635;RO=4;SAF=16;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510268;STB=0.789658;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00314604;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:21:21:4:4:17:17:0.809524:1:16:1:3:1:16:1:3 chr19 14561722 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9906;QD=44.6885;RBI=0.0294731;REFB=0;REVB=0.00485536;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371787;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 14578369 . C T 228.26 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0457189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0185;QD=21.7394;RBI=0.0461819;REFB=-0.0606696;REVB=-0.00652314;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122935;STB=0.568903;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0422009;OID=.;OPOS=14578369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:8:12:10:12:8:12 chr19 14580328 . A G 160.18 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0897835;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0377;QD=24.6425;RBI=0.0911973;REFB=-0.00302879;REVB=0.015996;RO=10;SAF=1;SAR=15;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399035;STB=0.731323;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00121938;OID=.;OPOS=14580328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:26:10:10:16:16:0.615385:15:1:3:7:15:1:3:7 chr19 14580635 . G C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00885163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.273;QD=16.8735;RBI=0.044163;REFB=-0.0181209;REVB=0.0432669;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282923;STB=0.660863;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0128662;OID=.;OPOS=14580635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:18:8:12:8:18:8 chr19 14580638 . T C 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0350358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.304;QD=16.8718;RBI=0.0375872;REFB=-0.0258992;REVB=0.0136121;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282923;STB=0.660863;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0151088;OID=.;OPOS=14580638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:18:8:12:8:18:8 chr19 14581063 . A G 127.91 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.021195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.45;QD=10.886;RBI=0.0289812;REFB=-0.0148605;REVB=-0.0197658;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128368;STB=0.585803;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0291968;OID=.;OPOS=14581063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:32:15:15:0.319149:7:8:13:18:7:8:13:19 chr19 14584317 . G A 56.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-2.53561e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9116;QD=11.9486;RBI=0.0520935;REFB=-0.00425359;REVB=0.0520935;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00931079;OID=.;OPOS=14584317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:6:5:4:4:6:5 chr19 14589378 . C T 142.58 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0187555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.796;QD=14.2578;RBI=0.0269731;REFB=-0.00423018;REVB=-0.0193851;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261239;STB=0.649829;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00380537;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:6:18:8:8:6:18 chr19 14590236 . C T 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0206823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6018;QD=18.1746;RBI=0.029979;REFB=0.00291975;REVB=0.0217022;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708964;STB=0.539558;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00107531;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:14:17:20:12:14:17:20:12 chr19 14600197 . A C 88.97 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00751672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.417;QD=17.7933;RBI=0.01047;REFB=-0.0250079;REVB=0.0072884;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339319;STB=0.639731;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0219635;OID=.;OPOS=14600197;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:8:2:5:4:8:3:5:4 chr19 14600294 . G A 76.81 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.000312888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.52;QD=12.8013;RBI=0.0140372;REFB=-0.0128699;REVB=0.0140337;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.677085;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0142375;OID=.;OPOS=14600294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:9:4:6:4:10:4 chr19 14752325 . C T 925.02 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00590098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.376;QD=56.9245;RBI=0.014607;REFB=-0.0324859;REVB=0.013362;RO=1;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116565;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000130418;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:61:64:0.984615:40:21:0:1:40:24:0:1 chr19 14758168 . G A 48.24 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0246359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4274;QD=12.863;RBI=0.0318033;REFB=-0.0106751;REVB=-0.0201127;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.599733;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.035884;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:2:6:4:3:2:6 chr19 14769339 . C G 3275.91 PASS AF=0.990783;AO=208;DP=208;FAO=215;FDP=217;FR=.;FRO=2;FSAF=127;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0887095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.637;QD=60.3855;RBI=0.0939283;REFB=-0.0967008;REVB=0.0308733;RO=0;SAF=125;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00422999;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:217:0:2:208:215:0.990783:83:125:0:0:88:127:0:2 chr19 14772878 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.028529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1549;QD=21.2665;RBI=0.0572862;REFB=0.00480614;REVB=0.0496771;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605684;STB=0.504582;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00111386;OID=.;OPOS=14772878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:12:5:3:10:12:5:4:10 chr19 14817548 . T A 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2726;QD=56.186;RBI=0.0462556;REFB=0;REVB=0.0424457;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542244;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 14829749 . C T 936.69 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000449723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.52;QD=58.5434;RBI=0.00282137;REFB=0;REVB=0.00278529;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12007e-05;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr19 14847013 . G C 86.16 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0724824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6338;QD=12.3079;RBI=0.0736677;REFB=-0.0064267;REVB=0.013162;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201167;STB=0.60246;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0288291;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:11:11:0.392857:7:4:9:7:7:4:9:8 chr19 14862430 . C G 778.48 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6074;QD=63.5496;RBI=0.0193792;REFB=0;REVB=-0.00733642;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130345;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr19 14876125 . T C 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0251291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.153;QD=13.5056;RBI=0.0271537;REFB=-0.0298769;REVB=0.0102885;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882068;STB=0.551639;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0262706;OID=.;OPOS=14876125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:10:7:6:6:10:7 chr19 14877043 . C T 518.67 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0188618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8102;QD=16.5974;RBI=0.018956;REFB=-0.0100378;REVB=-0.0018874;RO=69;SAF=23;SAR=33;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166965;STB=0.593119;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00908222;OID=.;OPOS=14877043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:69:56:56:0.448:33:23:40:29:33:23:40:29 chr19 14910438 . C T 330.67 PASS AF=0.962963;AO=23;DP=25;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.110197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.777;QD=48.9887;RBI=0.111765;REFB=-0.0655191;REVB=0.0186605;RO=1;SAF=2;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182988;STB=0.571368;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00103269;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:27:1:1:23:26:0.962963:21:2:1:0:23:3:1:0 chr19 14910573 . C T 146.3 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0135146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.742;QD=16.256;RBI=0.0151535;REFB=-0.0201259;REVB=-0.00685436;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181939;STB=0.616297;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0401131;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:16:16:0.444444:9:7:12:7:9:7:13:7 chr19 14938616 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.942;QD=59.8381;RBI=0.0321583;REFB=0;REVB=-0.0244009;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175216;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr19 14974930 . G A 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.389;QD=62.3363;RBI=0.0513004;REFB=0;REVB=0.0121131;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10583e-05;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 14975040 . G A 159.72 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00671605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.196;QD=17.7464;RBI=0.008311;REFB=-0.00143573;REVB=0.00489564;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145576;STB=0.582688;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0017463;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:6:13:9:8:6:13 chr19 14975368 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.369;QD=35.5752;RBI=0.00651116;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000545483;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr19 14991643 . G A 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00168871;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.375;QD=14.7423;RBI=0.00182907;REFB=-0.00478908;REVB=0.000702683;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244741;STB=0.639851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00884217;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:6:19:9:8:6:19 chr19 14991963 . C A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00818526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.711;QD=15.5715;RBI=0.0100834;REFB=-0.0140694;REVB=-0.00588871;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296512;STB=0.51721;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0152671;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:4:8:7:4:4:8 chr19 14992031 . A G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00964995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.816;QD=31.2416;RBI=0.0311162;REFB=0.00431353;REVB=0.0295821;RO=4;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151283;STB=0.583225;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000625754;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:4:10:4:0:4:10:4:0 chr19 14992042 . A G 127.12 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0189738;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.665;QD=28.2489;RBI=0.039075;REFB=0.00741724;REVB=-0.0341592;RO=5;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196536;STB=0.608548;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00865483;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:19:18:5:5:13:13:0.722222:4:9:5:0:4:9:5:0 chr19 14992045 . C T 137.95 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0412744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9978;QD=29.0428;RBI=0.108267;REFB=-0.00899953;REVB=0.10009;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.599873;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00593526;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:4:10:5:0:4:10:5:0 chr19 15052983 . T TATC 602.18 PASS AF=0.857143;AO=47;DP=57;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0176817;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.798;QD=43.0129;RBI=0.0188274;REFB=-0.0579046;REVB=-0.00646749;RO=8;SAF=23;SAR=24;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368572;STB=0.51785;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.00696589;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:47:57:48:56:8:24:24:5:3:45:8:23:24:5:3 chr19 15063757 . A G 200.54 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00295476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9535;QD=20.5683;RBI=0.0347176;REFB=-0.0186951;REVB=-0.0345917;RO=18;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305738;STB=0.540941;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.016833;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:19:20:20:0.512821:15:5:5:13:15:5:6:13 chr19 15083693 . C A 192.75 PASS AF=1;AO=11;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.711;QD=48.1868;RBI=0.0805219;REFB=0;REVB=0.0628462;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071835;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:11:16:1:2:9:0:0:7:9:0:0 chr19 15121307 . C G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0197838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.584;QD=19.1797;RBI=0.0204191;REFB=-0.0306264;REVB=-0.00505402;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211474;STB=0.620075;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0148076;OID=.;OPOS=15121307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:8:3:7:6:8:3 chr19 15131330 . G A 307.97 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.00542166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9108;QD=24.1549;RBI=0.0121437;REFB=-0.000874856;REVB=0.0108662;RO=20;SAF=9;SAR=21;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18907;STB=0.609073;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000639959;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:30:30:0.588235:21:9:2:18:21:9:2:19 chr19 15133733 . C G 335.94 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0239946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6447;QD=22.3963;RBI=0.024371;REFB=-0.0091077;REVB=0.00426634;RO=25;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390578;STB=0.514885;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00769991;OID=.;OPOS=15133733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:22:12:10:15:22:12:10:16 chr19 15133762 . G C 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0071;QD=56.9506;RBI=0.0365398;REFB=0;REVB=-0.0295554;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480158;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr19 15133787 . C A 200.46 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0057831;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.53;QD=19.5569;RBI=0.0223551;REFB=-0.0111014;REVB=0.0215942;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51998;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0116399;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:21:20:20:0.487805:14:6:6:14:14:6:7:14 chr19 15198024 . A T 157.93 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00643653;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.766;QD=17.5475;RBI=0.0175915;REFB=-0.0451459;REVB=0.0163717;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109111;STB=0.560984;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0476301;OID=.;OPOS=15198024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:16:17:0.472222:7:9:8:10:7:10:9:10 chr19 15198263 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5626;QD=49.5988;RBI=0.0382496;REFB=0;REVB=-0.00598559;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062203;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 15198292 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.614;QD=48.7372;RBI=0.0278591;REFB=0;REVB=0.015738;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271891;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 15198441 . G T 130.6 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0171608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.844;QD=22.7129;RBI=0.0395813;REFB=-0.0513368;REVB=-0.0356677;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884995;STB=0.549928;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0472266;OID=.;OPOS=15198441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:5:4:8:6:5:4 chr19 15198507 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3812;QD=51.916;RBI=0.0536082;REFB=0;REVB=-0.039783;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48473e-05;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr19 15198606 . C T 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00244529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7946;QD=17.2462;RBI=0.00594362;REFB=-0.0150281;REVB=0.00541731;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218708;STB=0.623633;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0309664;OID=.;OPOS=15198606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:20:7:10:11:20:7 chr19 15198631 . A C 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00553511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.113;QD=26.5711;RBI=0.0176149;REFB=-0.0112151;REVB=-0.0167227;RO=19;SAF=20;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155368;STB=0.599925;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00504232;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:8:20:10:9:8:20:10:10 chr19 15198751 . T C 267.43 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00407476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.717;QD=18.4434;RBI=0.0391918;REFB=-0.040251;REVB=-0.0389794;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031042;STB=0.517353;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0300754;OID=.;OPOS=15198751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:15:14:13:16:15:14 chr19 15198764 . T C 919.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00074408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5693;QD=58.4064;RBI=0.0395982;REFB=0;REVB=-0.0395912;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251715;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr19 15198851 . A T 386.71 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0021405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.122;QD=20.9032;RBI=0.00688069;REFB=-0.00674278;REVB=0.00653927;RO=34;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388327;STB=0.514219;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00484268;OID=.;OPOS=15198851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:35:39:39:0.527027:20:19:15:19:20:19:16:19 chr19 15225348 . T C 85.35 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0691586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.795;QD=13.1302;RBI=0.14508;REFB=-0.0092618;REVB=-0.127536;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00301467;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:26:26:9:14:9:11:0.423077:6:3:3:6:6:5:6:8 chr19 15225358 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.58;QD=53.2768;RBI=0.00227492;REFB=0;REVB=0.00072635;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88392e-06;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 15226970 . G A 79.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0789705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8007;QD=15.8751;RBI=0.0815223;REFB=-0.027123;REVB=0.0202374;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.608469;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0306171;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:5:5:7:3:5:5 chr19 15229993 . A G 144.76 PASS AF=0.444444;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0140577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.023;QD=16.0841;RBI=0.0504506;REFB=0.00249189;REVB=-0.0484525;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643408;STB=0.545399;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00364773;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:20:20:14:16:0.444444:5:9:14:6:6:10:14:6 chr19 15233581 . C A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00279298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.883;QD=19.0179;RBI=0.0104898;REFB=-0.0338465;REVB=0.0101111;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0229828;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:8:6:8:7:8:6 chr19 15270805 . C A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0620868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3803;QD=16.4543;RBI=0.0812892;REFB=0.000202613;REVB=-0.0524706;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0119666;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:2:2:1:5:2:2 chr19 15278057 . A G 246.54 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=57;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00767473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6451;QD=14.7188;RBI=0.0126738;REFB=-0.0623202;REVB=-0.0100858;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269811;STB=0.544299;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0325202;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:67:29:38:27:29:0.432836:16:11:11:18:16:13:20:18 chr19 15285052 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0359308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.615;QD=22.144;RBI=0.0413339;REFB=-0.0186435;REVB=0.0204321;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.583573;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0123616;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:6:11:6:6:6:11:6:7 chr19 15292437 . T C 48.18 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00296711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.292;QD=4.48174;RBI=0.0169215;REFB=-0.0173829;REVB=-0.0166593;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919039;STB=0.581197;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0779376;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:42:43:33:35:8:8:0.186047:4:4:19:14:4:4:21:14 chr19 15295134 . G A 871.47 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0558331;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6671;QD=54.467;RBI=0.0646096;REFB=-0.169904;REVB=0.0325126;RO=2;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348075;STB=0.502048;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00492873;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:64:2:2:61:62:0.96875:34:27:1:1:35:27:1:1 chr19 15298136 . C A 136.83 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00228346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.331;QD=18.2438;RBI=0.0102238;REFB=-0.0213774;REVB=0.00996549;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.03192;OID=.;OPOS=15298136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:7:8:9:6:7:8 chr19 15302844 . T C 130.36 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4535;QD=43.4521;RBI=0.0702033;REFB=0;REVB=0.0673603;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263401;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 15418976 . T G 74.73 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.201;QD=37.3661;RBI=0.105636;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951206;OID=.;OPOS=15418976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 15508362 . G C 1510.84 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.828;QD=63.6142;RBI=0.00392225;REFB=0;REVB=0.00367933;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20279e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:48:45:0:0:49:46:0:0 chr19 15533821 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.24;QD=62.3497;RBI=0.0180311;REFB=0;REVB=0.00433189;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108705;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr19 15540462 . C CG 33.67 PASS AF=0.195652;AO=17;DP=94;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0747156;FXX=0.0212743;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.5174;QD=1.4641;RBI=0.08022;REFB=-0.00805537;REVB=-0.0292034;RO=74;SAF=3;SAR=14;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396782;STB=0.682231;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=0.166931;OID=.;OPOS=15540463;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195652:17:94:18:92:74:4:14:31:43:33:74:3:14:34:40 chr19 15549939 . C T 306.24 PASS AF=0.923077;AO=25;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.119849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9762;QD=47.1137;RBI=0.119883;REFB=-0.0864907;REVB=-0.00288811;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549958;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0317619;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:0:2:25:24:0.923077:10:15:0:0:9:15:0:2 chr19 15580290 . G A 38.13 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0230143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7106;QD=10.1691;RBI=0.0638291;REFB=0.00135806;REVB=0.0595357;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613938;STB=0.849948;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0583539;OID=.;OPOS=15580290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:1:5:1:7:1:5:2:7 chr19 15582863 . C T 202.82 PASS AF=0.540541;AO=14;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00348752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.519;QD=21.9268;RBI=0.0122363;REFB=-0.0307971;REVB=0.0117287;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204512;STB=0.509527;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0267398;OID=.;OPOS=15582863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:17:14:20:0.540541:4:10:7:7:9:11:9:8 chr19 15586672 . A T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00217842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.649;QD=14.6537;RBI=0.0131063;REFB=-0.0124187;REVB=-0.012924;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112079;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:3:5:5:3:3:5 chr19 15587185 . C T 136.18 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0238855;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.512;QD=10.0876;RBI=0.0242152;REFB=-0.00472687;REVB=-0.00398212;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217686;STB=0.610988;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0120363;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:36:17:18:0.333333:11:6:19:16:11:7:20:16 chr19 15587345 . T C 135.59 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0117339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.082;QD=16.9492;RBI=0.0334893;REFB=-0.0161323;REVB=0.0313664;RO=17;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297627;STB=0.683919;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0278939;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:12:2:6:11:13:2:6:11 chr19 15726487 . G T 88.8 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0187915;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.764;QD=13.6615;RBI=0.0486936;REFB=-0.0285231;REVB=0.0449215;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.607823;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0381743;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:26:15:15:9:11:0.423077:3:6:12:3:4:7:12:3 chr19 15729052 . GCCCC CGCCC,GCCCG 110.37 PASS AF=0,0.283019;AO=2,14;DP=53;FAO=0,15;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=0,4;FSAR=0,11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0757248,-0.058799;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=91.7252,82.4518;QD=8.33013;RBI=0.0762061,0.0588613;REFB=-0.026443,-0.0325534;REVB=-0.00855179,0.0027059;RO=25;SAF=2,3;SAR=0,11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.550817,-0.19955;STB=0.5,0.694468;STBP=1,0.091;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0270239;OID=.,.;OPOS=15729052,15729056;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CGCCC,GCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:53:25:38:2,14:0,15:0,0.283019:0,11:2,3:9:16:0,11:0,4:20:18 chr19 15730498 . G GC 1590.5 PASS AF=1;AO=101;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654034;FXX=0.00909008;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.1584;QD=58.367;RBI=0.0821623;REFB=0;REVB=-0.0497297;RO=6;SAF=50;SAR=51;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000319911;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:111:109:109:0:51:58:0:0:9:6:50:51:1:5 chr19 15739596 . CA C,CC 497.19 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=4,30;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196358,0.0195648;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.556,197.279;QD=58.4924;RBI=0.0403249,0.0368913;REFB=0,0;REVB=0.0352212,0.031276;RO=0;SAF=2,14;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0148665,0.00028542;OID=.,.;OPOS=15739597,15739597;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:4,30:34:1,33:34:0:1,15:0,18:0:0:3:0:2,14:2,16:0:0 chr19 15757927 . T C 1071.12 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161403;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.049;QD=59.5067;RBI=0.0298555;REFB=0;REVB=0.0251166;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031345;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:44:27:0:0:45:27:0:0 chr19 15763721 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.744;QD=57.3858;RBI=0.0390259;REFB=0;REVB=0.0051957;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86153e-05;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr19 15769378 . CG C,CC 631.61 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=5,36;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185125,0.0315373;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.624,139.638;QD=57.4192;RBI=0.0188721,0.0318132;REFB=0,0;REVB=-0.00366624,-0.00418017;RO=1;SAF=4,14;SAR=1,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0951258,-0.0322556;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0238173,0.0055363;OID=.,.;OPOS=15769379,15769379;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:5,36:44:2,42:44:0:2,19:0,23:0:0:7:1:4,14:1,22:1:0 chr19 15769529 . GC TT 820.56 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169741;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.322;QD=57.5833;RBI=0.0298038;REFB=0;REVB=0.0297554;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.03725e-05;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr19 15769625 . A G 693.39 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0648263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.572;QD=52.3314;RBI=0.0648659;REFB=-0.181422;REVB=-0.00226664;RO=2;SAF=21;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427375;STB=0.522718;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00163425;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:53:2:2:50:51:0.962264:29:21:2:0:30:21:2:0 chr19 15784061 . C A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1339;QD=61.336;RBI=0.0127742;REFB=0;REVB=-0.00652539;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26501e-05;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr19 15784386 . C T 789.14 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314011;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5334;QD=64.4194;RBI=0.0568403;REFB=0;REVB=0.0473793;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75681e-05;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr19 15789098 . A G 827.28 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.415;QD=57.054;RBI=0.0750921;REFB=0;REVB=0.00620992;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984075;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:55:58:1:27:28:0:0:28:30:0:0 chr19 15789140 . A G 1234.61 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.551;QD=60.9684;RBI=0.0161634;REFB=0;REVB=0.0112483;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215765;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:33:47:0:0:34:47:0:0 chr19 15791180 . C T 724.94 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.742;QD=63.038;RBI=0.0666754;REFB=0;REVB=0.0651267;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267917;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:15:29:0:0:17:29:0:0 chr19 15793235 . T C 1418.68 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.674;QD=61.6817;RBI=0.0339434;REFB=-0.031251;REVB=0.0245473;RO=1;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783573;STB=0.504131;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000320657;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:60:31:0:1:60:31:0:1 chr19 15807884 . A G 664.71 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0229;QD=61.8333;RBI=0.198221;REFB=0;REVB=-0.0484445;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228012;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:34:43:1:26:8:0:0:26:17:0:0 chr19 15839365 . C T 57.53 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.113824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4801;QD=28.7636;RBI=0.122634;REFB=-0.116699;REVB=0.0456407;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00648348;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:7:8:1:1:6:7:0.875:4:2:0:1:5:2:0:1 chr19 15852242 . C A 463.12 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0329708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.195;QD=52.9278;RBI=0.112763;REFB=-0.0281126;REVB=0.107835;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491206;STB=0.5263;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00191121;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:15:18:2:0:15:18:2:0 chr19 15905002 . T C 942.17 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874755;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.921;QD=58.8854;RBI=0.088066;REFB=0;REVB=0.0101813;RO=0;SAF=11;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375297;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:51:11:0:0:52:12:0:0 chr19 15905431 . T C 958.75 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.136;QD=57.2386;RBI=0.0680324;REFB=-0.0827958;REVB=0.0485919;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000716993;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:32:34:0:0:32:34:1:0 chr19 15905529 . C A 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.173;QD=45.7907;RBI=0.122274;REFB=0;REVB=0.107174;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493014;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 15989696 . G C 104.1 PASS AF=0.302326;AO=12;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0133395;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.36;QD=9.68412;RBI=0.027261;REFB=-0.0113102;REVB=-0.0237744;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796727;STB=0.503592;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0228768;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:31:30:12:13:0.302326:5:7:16:15:6:7:16:14 chr19 15989730 . T C 137.64 PASS AF=0.311475;AO=17;DP=59;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0360711;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0715;QD=9.02546;RBI=0.0362082;REFB=-0.0130078;REVB=0.00314838;RO=42;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257113;STB=0.602633;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0311617;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:42:42:17:19:0.311475:6:11:18:24:8:11:18:24 chr19 16034714 . A G 784.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8101;QD=64.0295;RBI=0.0296278;REFB=0;REVB=0.0214963;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217092;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr19 16045141 . T C 815.88 PASS AF=1;AO=42;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.058;QD=57.2545;RBI=0.0993825;REFB=0;REVB=0.0412872;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142065;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:42:57:1:19:23:0:0:27:30:0:0 chr19 16060236 . G A 169.98 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0056348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.908;QD=12.8287;RBI=0.0056589;REFB=0.0010079;REVB=0.000521784;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348157;STB=0.690422;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00220025;OID=.;OPOS=16060236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:32:20:21:0.396226:6:14:10:18:6:15:13:19 chr19 16268207 . TA T 150.23 PASS AF=1;AO=16;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904506;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.62335;QD=28.6148;RBI=0.166158;REFB=0;REVB=-0.139382;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000251411;OID=.;OPOS=16268208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:21:21:21:0:10:11:0:0:3:1:8:8:1:0 chr19 16275655 . C T 346.28 PASS AF=0.674419;AO=27;DP=42;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00783129;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=168.904;QD=32.2118;RBI=0.050755;REFB=-0.00488168;REVB=0.0501472;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.585929;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00190919;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:0:14:27:29:0.674419:15:12:0:0:16:13:10:4 chr19 16591464 . G A 553.32 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.409;QD=59.8188;RBI=0.0595255;REFB=0;REVB=0.0270312;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08788e-05;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:27:9:0:0:28:9:0:0 chr19 16594769 . C T 79.13 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0198001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.714;QD=15.0719;RBI=0.0284442;REFB=-0.0310067;REVB=-0.0204213;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0264371;OID=.;OPOS=16594769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:5:5:7:3:6:5 chr19 16601194 . C T 784.65 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.359;QD=57.0651;RBI=0.0178346;REFB=0;REVB=0.0145849;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43055e-05;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:39:14:0:0:39:16:0:0 chr19 16611978 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00492885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.066;QD=15.5715;RBI=0.0122886;REFB=-0.00920952;REVB=-0.0112568;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148551;STB=0.586989;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0100784;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:5:7:8:3:5:7 chr19 16612011 . T C 89.66 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0206828;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.462;QD=13.7943;RBI=0.0231624;REFB=0.00260195;REVB=0.0104267;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.531857;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00512247;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:13:15:11:11:0.423077:6:5:5:8:6:5:6:9 chr19 16628850 . G A 47.13 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00427899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.709;QD=9.42679;RBI=0.0197881;REFB=-0.000399843;REVB=0.0193199;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496025;STB=0.79904;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000234131;OID=.;OPOS=16628850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:10:13:7:7:0.35:1:6:4:6:1:6:6:7 chr19 16631318 . G A 272.25 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0934995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7996;QD=17.2855;RBI=0.094302;REFB=0.00575197;REVB=0.0122761;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966765;STB=0.554019;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00616703;OID=.;OPOS=16631318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:10:23:18:12:10:23 chr19 16633950 . T C 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587087;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.799;QD=39.614;RBI=0.061716;REFB=0;REVB=0.0190303;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467418;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 16666101 . G C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0196439;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.405;QD=26.3159;RBI=0.0337736;REFB=-0.0305279;REVB=0.0274731;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138114;STB=0.576851;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.018468;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:15:7:7:7:15:7:7:7 chr19 16770837 . AG AC,A,CA 111.68 PASS AF=0,0.489796,0;AO=2,21,2;DP=49;FAO=0,24,0;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=0,19,0;FSAR=0,5,0;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0786209,-0.0759409,-0.0278274;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=36.1304,11.8652,71.2041;QD=9.11708;RBI=0.0897113,0.0760144,0.0416828;REFB=-0.0418655,-0.129158,-0.0216842;REVB=-0.0432073,0.00334192,-0.0310338;RO=23;SAF=2,17,0;SAR=0,4,2;SRF=6;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.621043,0.519268,-0.408293;STB=0.5,0.784613,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.141821,0;OID=.,.,.;OPOS=16770838,16770838,16770837;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,CA;OMAPALT=AC,A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:49:49:23:25:2,21,2:0,24,0:0,0.489796,0:0,4,2:2,17,0:6:17:0,5,0:0,19,0:6:19 chr19 16842052 . G T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0214426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.236;QD=23.5282;RBI=0.0237219;REFB=-0.00130819;REVB=0.0101462;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103819;STB=0.558081;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00199581;OID=.;OPOS=16842052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:7:8:8:12:7:8 chr19 16855265 . A G 627.46 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000857002;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.797;QD=61.2155;RBI=0.03119;REFB=0;REVB=0.0311782;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715197;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:22:17:0:0:24:17:0:0 chr19 16860105 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.434;QD=62.9822;RBI=0.0372215;REFB=0;REVB=0.0260865;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133109;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr19 16899838 . A T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.439;QD=58.2393;RBI=0.065446;REFB=0;REVB=-0.05704;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82827e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr19 16976286 . A G 977.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775723;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3768;QD=59.2622;RBI=0.0362439;REFB=0;REVB=-0.035404;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698406;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr19 17006714 . G A,GCA 91.01 PASS AF=0.078125,0.15625;AO=10,10;DP=91;FAO=5,10;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=5,9;FSAR=0,1;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0451196,-0.0737179;FXX=0.111096;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=60.6079,73.0972;QD=5.6884;RBI=0.164063,0.176247;REFB=-0.0215572,-0.0376418;REVB=-0.157737,-0.16009;RO=68;SAF=10,10;SAR=0,0;SRF=33;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.675695,0.675695;STB=0.997785,0.867906;STBP=0.016,0.021;TYPE=snp,ins;VARB=0.0832564,0.206473;OID=.,.;OPOS=17006714,17006715;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:91:64:68:49:10,10:5,10:0.078125,0.15625:0,0:10,10:33:35:0,1:5,9:25:24 chr19 17017878 . G A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0311663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.888;QD=14.1702;RBI=0.0405411;REFB=-0.025151;REVB=-0.0259277;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569313;STB=0.533269;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0278642;OID=.;OPOS=17017878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:9:3:3:7:9:3 chr19 17025292 . G A 142.8 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0321252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.995;QD=22.8475;RBI=0.0360459;REFB=-0.0644098;REVB=0.0163487;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269184;STB=0.515131;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0301466;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:3:7:10:5:3:7 chr19 17088299 . T C 160.26 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.299;QD=45.7884;RBI=0.0142829;REFB=0;REVB=0.0122229;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304262;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr19 17091368 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.148;QD=63.5828;RBI=0.0275723;REFB=0;REVB=0.0185695;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58471e-05;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr19 17100552 . A G 393.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.244;QD=56.224;RBI=0.0312612;REFB=0;REVB=0.0305524;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11079e-05;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr19 17108135 . C T 294.94 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102625;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.9;QD=53.6252;RBI=0.0259892;REFB=0;REVB=0.0238772;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352473;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr19 17111297 . A G 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.025;QD=60.6036;RBI=0.0489195;REFB=0;REVB=0.0125594;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573099;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr19 17170885 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.813;QD=56.7051;RBI=0.0232097;REFB=0;REVB=0.0189627;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39037e-05;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 17273893 . G T 153.29 PASS AF=0.571429;AO=13;DP=25;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0258538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.833;QD=21.8982;RBI=0.0308759;REFB=-0.0286607;REVB=0.0168791;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362916;STB=0.665025;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.027155;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:28:12:12:13:16:0.571429:5:8:2:10:7:9:2:10 chr19 17283657 . C T 176.82 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0747178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.767;QD=20.8018;RBI=0.0847545;REFB=0.00596061;REVB=-0.0400071;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191794;STB=0.583238;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00489973;OID=.;OPOS=17283657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:17:18:0.529412:5:12:8:8:6:12:8:8 chr19 17303774 . T G 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.917;QD=61.1851;RBI=0.0297177;REFB=0.112188;REVB=0.0045288;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000632905;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:32:15:0:0:32:15:0:1 chr19 17305440 . T C 666.93 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3906;QD=62.0402;RBI=0.0511821;REFB=0;REVB=0.0388949;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74496e-05;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr19 17306031 . T C 62.5 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.42;QD=35.7156;RBI=0.110796;REFB=0;REVB=0.0834324;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00699829;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:4:7:1:2:2:0:0:3:4:0:0 chr19 17312992 . C T 531.03 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.604;QD=59.0037;RBI=0.0530769;REFB=0;REVB=0.0524419;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593424;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:13:21:0:0:15:21:0:0 chr19 17316782 . T C 572.49 PASS AF=0.975;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.848;QD=57.2494;RBI=0.0505774;REFB=0.0528661;REVB=0.0451261;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000929493;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:37:39:0.975:22:15:0:1:24:15:0:1 chr19 17317955 . A G 1245.68 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961318;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1636;QD=61.5151;RBI=0.0961712;REFB=0;REVB=0.00275185;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577947;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr19 17330060 . T C 1105.67 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0657;QD=59.7657;RBI=0.0472603;REFB=0;REVB=-0.0465784;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283266;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:43:30:0:0:43:31:0:0 chr19 17337871 . A G 263.89 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3225;QD=50.2644;RBI=0.100851;REFB=0;REVB=0.0386746;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197406;OID=.;OPOS=17337871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:17:2:0:0:19:2:0:0 chr19 17337882 . C G 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.37;QD=55.6969;RBI=0.0269929;REFB=0;REVB=0.0202041;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23509e-05;OID=.;OPOS=17337882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr19 17338099 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.973;QD=48.737;RBI=0.0457645;REFB=0;REVB=-0.00216968;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198575;OID=.;OPOS=17338099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 17339112 . G A 383.85 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.919;QD=54.8355;RBI=0.0568608;REFB=0;REVB=0.0536621;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811668;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:9:19:0:0 chr19 17366278 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.426;QD=53.9102;RBI=0.0333041;REFB=0;REVB=-0.0325246;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141835;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr19 17451981 . G A 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9726;QD=58.7798;RBI=0.0467493;REFB=0;REVB=0.0435667;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288183;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr19 17463214 . C T 78.04 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.07153;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3048;QD=13.0071;RBI=0.0718101;REFB=-0.0285471;REVB=0.00633643;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206149;STB=0.619359;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.079745;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:2:12:7:3:2:12 chr19 17471421 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0584094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.241;QD=24.0748;RBI=0.0722265;REFB=0.00706903;REVB=-0.0424855;RO=6;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284443;STB=0.646799;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00264438;OID=.;OPOS=17471421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:2:11:3:3:2:11:4:3 chr19 17547292 . A G 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401755;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.487;QD=62.6851;RBI=0.0408021;REFB=0;REVB=0.0071231;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100121;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr19 17599863 . C G 107.03 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0617179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1153;QD=22.5325;RBI=0.064129;REFB=-0.065728;REVB=0.0174192;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463935;STB=0.526272;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.025524;OID=.;OPOS=17599863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:4:3:6:6:4:3 chr19 17641667 . G A 264.28 PASS AF=0.369048;AO=29;DP=83;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00405062;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.977;QD=12.5845;RBI=0.0231152;REFB=-0.00882611;REVB=0.0227575;RO=53;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127119;STB=0.545425;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0127045;OID=.;OPOS=17641667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:53:53:29:31:0.369048:11:18:27:26:13:18:27:26 chr19 17648350 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.029;QD=53.9093;RBI=0.0308414;REFB=0;REVB=0.0247767;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38521e-05;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:19:5:0:0 chr19 17651370 . A G 356.39 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2407;QD=54.8287;RBI=0.145942;REFB=0;REVB=0.0651803;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309226;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:5:21:0:0 chr19 17654181 . C T 148.91 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0364859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.848;QD=18.6134;RBI=0.0373486;REFB=-0.0372902;REVB=0.00798082;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322636;STB=0.681611;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0360042;OID=.;OPOS=17654181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:3:13:7:9:3:13 chr19 17654182 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0158677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.895;QD=16.8835;RBI=0.0327657;REFB=-0.00913652;REVB=0.0286672;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373052;STB=0.705579;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0351834;OID=.;OPOS=17654182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:12:3:9:7:12:3:9:8 chr19 17660300 . G A 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000594111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.757;QD=22.7236;RBI=0.0256777;REFB=0.00396523;REVB=0.0256708;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00133585;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:10:6:10:10:10:6 chr19 17662616 . G A 105.87 PASS AF=0.6;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00841198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.271;QD=21.1733;RBI=0.00847425;REFB=-0.0250054;REVB=0.00102547;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124659;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00950261;OID=.;OPOS=17662616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:11:12:0.6:5:6:3:5:6:6:3:5 chr19 17692324 . T G 320.53 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0687;QD=53.4216;RBI=0.111382;REFB=0;REVB=0.111143;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00412857;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:10:12:0:0:11:13:0:0 chr19 17731496 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0289915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9486;QD=7.32764;RBI=0.0461865;REFB=0.00346552;REVB=-0.0359539;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582173;STB=0.85006;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0109221;OID=.;OPOS=17731496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:17:4:6:2:17:4 chr19 17746947 . A G 874.5 PASS AF=1;AO=39;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603717;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.045;QD=58.2997;RBI=0.0620451;REFB=0;REVB=0.0143126;RO=0;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155818;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:39:60:1:34:5:0:0:36:24:0:0 chr19 17777508 . C G 69.83 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0389977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1605;QD=9.31116;RBI=0.0939706;REFB=-0.0193588;REVB=-0.0854965;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325653;STB=0.534177;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0260408;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:28:30:19:20:9:10:0.333333:5:4:9:10:6:4:9:11 chr19 17838600 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 40.7 PASS AF=0.170732,0.0731707;AO=9,3;DP=40;FAO=7,3;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=1,0;FSAR=6,3;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.114429,0.0666327;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=15.166,31.852;QD=3.9712;RBI=0.149112,0.0666856;REFB=-0.0162494,-0.0165909;REVB=-0.0956056,-0.00265414;RO=26;SAF=1,0;SAR=8,3;SRF=5;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.18881,-0.463736;STB=0.575107,0.994548;STBP=0.774,0.305;TYPE=del,snp;VARB=0.0212787,0.0471636;OID=.,.;OPOS=17838601,17838605;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732,0.0731707:9,3:40:7,3:41:31:1,0:6,3:6:25:25:26:1,0:8,3:5:21 chr19 17885270 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.579;QD=59.0173;RBI=0.040179;REFB=0;REVB=0.0397445;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39045e-05;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 17886940 . G A 148.87 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350802;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.906;QD=45.8069;RBI=0.0381387;REFB=0;REVB=0.0149647;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354038;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 17887024 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.529;QD=60.6092;RBI=0.0600034;REFB=0;REVB=0.0567111;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023718;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:23:13:0:0:24:14:0:0 chr19 17892591 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.246;QD=45.8035;RBI=0.0823103;REFB=0;REVB=0.00918514;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175277;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 17898592 . G A 237.15 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00407665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5155;QD=13.9498;RBI=0.0309775;REFB=-0.0157802;REVB=0.0307081;RO=39;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826602;STB=0.53819;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0396098;OID=.;OPOS=17898592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:13:15:24:15:13:15:24:16 chr19 17922795 . G A 72.56 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0536632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0215;QD=8.79504;RBI=0.054497;REFB=0.00427312;REVB=0.00949674;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135174;STB=0.602435;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0201791;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:3:7:13:9:3:7:13:10 chr19 17932138 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5974;QD=40.7625;RBI=0.0603979;REFB=0;REVB=0.0601882;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233712;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr19 17953290 . G A 77.84 PASS AF=0.526316;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0530947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3295;QD=16.3864;RBI=0.147637;REFB=-0.0224047;REVB=0.137759;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200579;STB=0.648318;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0370462;OID=.;OPOS=17953290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:17:19:9:9:8:10:0.526316:6:2:4:5:8:2:4:5 chr19 18047283 . T G 363.04 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0151291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.229;QD=19.1076;RBI=0.019774;REFB=-0.015992;REVB=-0.0127326;RO=35;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076034;STB=0.539453;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0185106;OID=.;OPOS=18047283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:38:37:38:0.5:18:19:21:14:19:19:22:16 chr19 18123738 . T C 772.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000314109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.089;QD=63.0636;RBI=0.0165271;REFB=0;REVB=0.0165241;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.764e-06;OID=.;OPOS=18123738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:25:21:0:0:26:23:0:0 chr19 18124184 . C T 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118064;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.714;QD=51.9832;RBI=0.0512505;REFB=0;REVB=0.0498721;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415712;OID=.;OPOS=18124184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 18180413 . C G 201.9 PASS AF=0.373134;AO=26;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0397399;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.5803;QD=12.0534;RBI=0.0409332;REFB=-0.0131318;REVB=0.00981152;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697491;STB=0.563585;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0259996;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:26:25:0.373134:11:15:21:20:10:15:21:21 chr19 18180451 . A G 156.13 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00583527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.541;QD=9.46258;RBI=0.0186918;REFB=-0.00666145;REVB=-0.0177577;RO=45;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445266;STB=0.526291;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0119969;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:9:12:24:21:9:12:24:21 chr19 18186575 . G A 115.5 PASS AF=0.355556;AO=11;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00672304;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.051;QD=10.2671;RBI=0.026745;REFB=-0.0109098;REVB=0.0258862;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632777;STB=0.644279;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0218138;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:29:11:16:0.355556:8:3:6:20:8:8:8:21 chr19 18186618 . T C 170.04 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00268155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9699;QD=13.8808;RBI=0.00654416;REFB=-0.0142405;REVB=-0.00596953;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144286;STB=0.599902;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0216656;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:11:7:8:22:11:8:8:22 chr19 18191664 . C G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0878946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.273;QD=8.69802;RBI=0.0916907;REFB=-0.00929498;REVB=0.0261097;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34615;STB=0.693879;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0103691;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:5:2:8:5:5:2:8:6 chr19 18197635 . G A 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00932901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.196;QD=16.8124;RBI=0.0132849;REFB=-0.0147769;REVB=-0.00945825;RO=47;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191476;STB=0.607306;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0218171;OID=.;OPOS=18197635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:22:16:29:18:22:16:29:18 chr19 18197744 . T A 214.2 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0103835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.109;QD=28.5595;RBI=0.0188962;REFB=0.00536887;REVB=0.0157876;RO=10;SAF=2;SAR=17;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560595;STB=0.817796;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00660167;OID=.;OPOS=18197744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:19:20:0.666667:17:2:8:2:18:2:8:2 chr19 18234441 . C T 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8719;QD=56.1835;RBI=0.0706579;REFB=0;REVB=0.0130756;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012376;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr19 18245512 . C T 174.35 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.108;QD=46.4923;RBI=0.0142771;REFB=0;REVB=0.00503837;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256694;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:3:12:0:0 chr19 18248146 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.87;QD=51.1846;RBI=0.0285877;REFB=0;REVB=0.0181043;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374328;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr19 18255359 . G A 768.75 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00797876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.237;QD=61.5003;RBI=0.0415624;REFB=-0.114187;REVB=0.0407894;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.513508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0012045;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:48:49:0.98:30:18:0:0:31:18:1:0 chr19 18257750 . C T 1677.99 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0708274;FXX=0.0169477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.751;QD=57.8616;RBI=0.0723028;REFB=-0.146182;REVB=0.0145317;RO=3;SAF=48;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287489;STB=0.515149;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000643017;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:113:113:0.974138:65:48:3:0:65:48:3:0 chr19 18272815 . G A 267.33 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00709166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.468;QD=21.8225;RBI=0.00747594;REFB=-0.00315066;REVB=-0.00236603;RO=24;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126007;STB=0.577294;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00303863;OID=.;OPOS=18272815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:17:7:10:14:18:7:10:14 chr19 18273047 . T C 491.48 PASS AF=0.971429;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.665;QD=56.1685;RBI=0.0516533;REFB=-0.0563798;REVB=0.0120691;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.523795;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00292773;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:35:0:1:31:34:0.971429:24:7:0:0:24:10:1:0 chr19 18279638 . T C 1257.18 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022818;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.368;QD=62.0829;RBI=0.0330084;REFB=0;REVB=-0.0238515;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247167;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr19 18313515 . C T 71.36 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.031662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1907;QD=7.71509;RBI=0.0317344;REFB=-0.0201325;REVB=0.00214265;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197382;STB=0.621393;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0390037;OID=.;OPOS=18313515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:18:9:5:5:18:9 chr19 18359037 . G A 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00014247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.048;QD=20.0308;RBI=0.011172;REFB=-0.0174746;REVB=-0.0111711;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466067;STB=0.526294;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0202209;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:15:9:11:15:15:9:11:15 chr19 18368810 . G T 1408.53 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0123425;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.832;QD=60.5817;RBI=0.0353881;REFB=-0.10481;REVB=0.033166;RO=1;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123103;STB=0.512818;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000607159;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:93:1:2:91:91:0.978495:38:53:0:1:38:53:0:2 chr19 18368969 . G A 1984.64 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0264329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.472;QD=59.6883;RBI=0.0286634;REFB=-0.023645;REVB=0.0110856;RO=2;SAF=55;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169656;STB=0.513272;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000101428;OID=.;OPOS=18368969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:2:3:130:130:0.977444:75:55:2:0:75:55:3:0 chr19 18368988 . G A 1927.43 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914496;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.865;QD=61.6777;RBI=0.047147;REFB=0;REVB=0.0462516;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11966e-05;OID=.;OPOS=18368988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:68:56:0:0:69:56:0:0 chr19 18369120 . G A 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00586693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.418;QD=56.9468;RBI=0.0333009;REFB=-0.0967351;REVB=0.0327801;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00596049;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:26:10:1:0:26:10:1:0 chr19 18369211 . T G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1917;QD=62.0195;RBI=0.0131468;REFB=0;REVB=0.0025488;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111174;OID=.;OPOS=18369211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:34:8:0:0:34:8:0:0 chr19 18369270 . C G,T 311.04 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,20;DP=22;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726946,-0.00536056;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.1471,177.557;QD=51.8403;RBI=0.0106399,0.00600808;REFB=0,0;REVB=-0.0077693,0.00271319;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150017,0.00353867;OID=.,.;OPOS=18369270,18369270;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:22:24:0:0:2,20:1,23:0.0416667,0.958333:2,14:0,6:0:0:1,16:0,7:0:0 chr19 18369581 . G T 226.21 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.5871;QD=47.623;RBI=0.115514;REFB=0;REVB=0.102383;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00671019;OID=.;OPOS=18369581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:1:0:17:19:1:9:8:0:1:10:9:0:0 chr19 18369596 . GT AC 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252373;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.434;QD=50.4135;RBI=0.0253208;REFB=0;REVB=-0.00205525;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000286398;OID=.;OPOS=18369596;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 18370063 . A AG 168.89 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217919;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.5224;QD=32.1685;RBI=0.0518557;REFB=0;REVB=-0.0470545;RO=4;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000408114;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:22:21:21:0:11:10:0:0:3:4:8:8:2:2 chr19 18375563 . G A 240.28 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0106893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.615;QD=43.6869;RBI=0.043531;REFB=-0.0817709;REVB=0.0421982;RO=2;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390562;STB=0.521255;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00169202;OID=.;OPOS=18375563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:6:14:1:1:6:14:1:1 chr19 18375659 . C T 1206.35 PASS AF=0.9875;AO=75;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7044;QD=60.3174;RBI=0.0304618;REFB=0;REVB=-0.0294762;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533843;OID=.;OPOS=18375659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:0:75:79:0.9875:27:48:0:0:30:49:0:0 chr19 18376407 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.811;QD=49.5992;RBI=0.0394558;REFB=0;REVB=0.0363197;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377192;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 18376522 . T G 446.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.108;QD=57.6501;RBI=0.0127828;REFB=0;REVB=0.0126576;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61207e-05;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:20:11:0:0 chr19 18377274 . A G 407.19 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00542901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9836;QD=52.5411;RBI=0.105906;REFB=0.0614148;REVB=-0.105767;RO=1;SAF=28;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163549;STB=0.508469;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000211696;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:1:28:1:0:1:29:1:0 chr19 18377496 . C G 769.66 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359292;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0133;QD=64.1385;RBI=0.0373751;REFB=0;REVB=0.0102949;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522048;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr19 18378219 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.969;QD=58.1421;RBI=0.0286251;REFB=0;REVB=0.0142808;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47836e-05;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr19 18392894 . C T 255.7 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9446;QD=48.705;RBI=0.0499619;REFB=0;REVB=-0.0358986;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00602538;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:21:0:0:19:21:1:4:15:0:0:4:17:0:0 chr19 18392913 . A G 249.55 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8679;QD=49.9096;RBI=0.0483211;REFB=0;REVB=0.0370547;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468827;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:5:14:0:0:5:15:0:0 chr19 18444360 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000868807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.454;QD=43.4859;RBI=0.0273742;REFB=0;REVB=-0.0273604;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000931889;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:4:8:0:0 chr19 18502835 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0178396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.935;QD=14.4116;RBI=0.0178742;REFB=-0.00928058;REVB=-0.0011111;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474011;STB=0.778349;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0120138;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:15:3:16:12:15:3:16:12 chr19 18538742 . A C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00627413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.878;QD=17.1559;RBI=0.0309061;REFB=-0.013882;REVB=-0.0302625;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213889;STB=0.621227;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0283044;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:5:15:9:8:5:15 chr19 18546678 . T C 433.41 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0219175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.862;QD=26.2675;RBI=0.0220429;REFB=-0.00284542;REVB=0.00234759;RO=25;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541481;STB=0.502957;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.000992657;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:21:20:12:13:21:20:12:13 chr19 18547305 . T A 150.35 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00827317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0075;QD=13.3648;RBI=0.0518442;REFB=-0.0254507;REVB=-0.0511799;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293769;STB=0.51074;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.103606;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:10:7:10:16:10:7:12:16 chr19 18553580 . CAGAT C 64.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00237703;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=4;MLLD=269.746;QD=8.34591;RBI=0.00773158;REFB=-0.0193198;REVB=0.00735711;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317645;STB=0.707889;STBP=0.168;TYPE=del;VARB=0.0340297;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:9:32:9:31:22:6:3:8:14:64:21:6:3:8:13 chr19 18562438 . C T 286.49 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0027925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.837;QD=24.3819;RBI=0.0312073;REFB=-0.0145882;REVB=0.0310821;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113552;STB=0.553151;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0117718;OID=.;OPOS=18562438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:25:26:0.553191:12:13:8:13:13:13:8:13 chr19 18679379 . C G 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00974148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7401;QD=48.6251;RBI=0.017832;REFB=-0.00269741;REVB=0.014936;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0016819;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:0:1:14:8:0:1 chr19 18684563 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.452;QD=45.8068;RBI=0.0499554;REFB=0;REVB=0.0498175;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145299;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr19 18700047 . A G 517.99 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118405;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.584;QD=54.5253;RBI=0.0138059;REFB=-0.0768642;REVB=-0.00709975;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492024;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00113759;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:18:18:0:2:18:18:0:2 chr19 18710535 . G A 714.38 PASS AF=0.979592;AO=44;DP=46;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0632;QD=58.3163;RBI=0.0702803;REFB=-0.0960806;REVB=0.0530387;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00393159;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:49:1:1:44:48:0.979592:24:20:0:1:28:20:0:1 chr19 18726856 . T C 994.2 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000301857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.498;QD=57.6346;RBI=0.00558611;REFB=-0.0445648;REVB=0.00557795;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150024;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00195338;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:31:37:0:1:31:37:0:1 chr19 18775077 . C T 1980.02 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0409771;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3738;QD=60.4585;RBI=0.0504604;REFB=-0.0611035;REVB=0.0294471;RO=2;SAF=53;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175925;STB=0.509258;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00501781;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:76:53:2:0:76:53:2:0 chr19 18977937 . G C 755.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497181;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8613;QD=57.0195;RBI=0.0754982;REFB=0;REVB=0.0753344;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508016;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr19 19011244 . T C 294.05 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00377704;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.968;QD=17.2969;RBI=0.0210795;REFB=0.000282064;REVB=-0.0207384;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142415;STB=0.514697;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.000428389;OID=.;OPOS=19011244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:36:32:32:0.470588:16:16:16:15:16:16:19:17 chr19 19023853 . T C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0283076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6651;QD=8.73629;RBI=0.0304312;REFB=-0.031531;REVB=0.0111685;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385455;STB=0.739278;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0395892;OID=.;OPOS=19023853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:9:11:2:7:9:11 chr19 19049198 . G A 160.14 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.000801152;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.698;QD=10.1679;RBI=0.00920889;REFB=-0.00637586;REVB=-0.00917398;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261664;STB=0.628721;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0155655;OID=.;OPOS=19049198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:42:21:21:0.333333:11:10:10:30:11:10:12:30 chr19 19136541 . C T 480.89 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.093;QD=56.5755;RBI=0.0681816;REFB=0;REVB=0.0665866;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902017;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr19 19153664 . C T 204.32 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0105894;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.896;QD=12.5735;RBI=0.0240548;REFB=-0.0101395;REVB=-0.0215985;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993764;STB=0.556918;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0182892;OID=.;OPOS=19153664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:14:26:14:11:14:26 chr19 19230868 . A G 1257.6 PASS AF=0.988095;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.622;QD=59.8856;RBI=0.0451982;REFB=-0.0267946;REVB=0.0326202;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.505881;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000107679;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:84:0:1:78:83:0.988095:38:40:0:0:42:41:0:1 chr19 19267910 . G A 45.07 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0255772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0443;QD=7.51178;RBI=0.0372999;REFB=-0.00736058;REVB=0.0271494;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346032;STB=0.74645;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0194258;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:24:17:17:6:7:0.291667:4:2:11:6:5:2:11:6 chr19 19338942 . G A 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00471662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2449;QD=21.7445;RBI=0.0398255;REFB=0.0122056;REVB=-0.0395452;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217628;STB=0.62315;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00290388;OID=.;OPOS=19338942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:8:8:14:5:8:8 chr19 19339285 . G A 361.73 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00864574;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.464;QD=18.791;RBI=0.0237282;REFB=-0.0153897;REVB=0.022097;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379899;STB=0.507243;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0194634;OID=.;OPOS=19339285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:38:39:37:38:0.493506:21:16:18:20:21:17:18:21 chr19 19446936 . G A 1032.55 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2775;QD=59.0026;RBI=0.0359902;REFB=0;REVB=0.0239242;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221699;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:31:39:0:0 chr19 19449686 . G T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.416;QD=60.0309;RBI=0.0328434;REFB=0;REVB=0.0238113;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58313e-05;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr19 19467085 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.639;QD=45.8068;RBI=0.024297;REFB=0;REVB=-0.00813317;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102209;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 19467937 . T C 521.64 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00651651;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4337;QD=54.9099;RBI=0.0534117;REFB=0.0327681;REVB=0.0530127;RO=2;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553034;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00909609;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:2:2:36:36:0.947368:16:20:1:1:16:20:1:1 chr19 19468710 . C G 660.6 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.963;QD=61.4508;RBI=0.0447471;REFB=0;REVB=0.00982258;RO=1;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159019;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232986;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:1:0:40:43:1:29:11:0:1:31:12:0:0 chr19 19468734 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.757;QD=56.7066;RBI=0.0146694;REFB=0;REVB=-0.00531076;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94864e-05;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr19 19735257 . G T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.745;QD=55.6561;RBI=0.0361179;REFB=0;REVB=0.030501;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168953;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr19 19737974 . C A 121.63 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0134813;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.933;QD=14.3095;RBI=0.0346362;REFB=-0.00361581;REVB=0.0319048;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122488;STB=0.588113;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0116008;OID=.;OPOS=19737974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:20:14:14:0.411765:7:7:13:8:7:7:13:7 chr19 19749013 . C T 59.37 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.027063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2235;QD=15.8314;RBI=0.189646;REFB=-0.0139974;REVB=0.187706;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0117506;OID=.;OPOS=19749013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr19 19823270 . T A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00786677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.508;QD=12.7822;RBI=0.00879112;REFB=-0.0074933;REVB=0.00392398;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0123637;OID=.;OPOS=19823270;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:6:8:6:4:6:8 chr19 19855654 . C T 766.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.996;QD=63.8569;RBI=0.0445118;REFB=0;REVB=0.0273813;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234735;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr19 20150125 . T C 289.67 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0989774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.352;QD=52.6677;RBI=0.0989999;REFB=0;REVB=0.00211134;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204232;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr19 20150175 . G C 202.87 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.742;QD=47.7349;RBI=0.0193023;REFB=0;REVB=0.0169251;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575768;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr19 20229486 . G A 91.79 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0271714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.274;QD=30.5966;RBI=0.0286662;REFB=0.0231816;REVB=0.00913611;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00141029;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:6:4:1:1:6:4:1:1 chr19 20369503 . C G 644.91 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0121142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.994;QD=21.3194;RBI=0.0139393;REFB=-0.0177255;REVB=-0.00689567;RO=56;SAF=20;SAR=44;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171732;STB=0.599523;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0173713;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:57:64:64:0.528926:44:20:28:28:44:20:29:28 chr19 20728068 . T C 99.98 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.053098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.279;QD=15.3819;RBI=0.111511;REFB=-0.0329234;REVB=0.098058;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200054;STB=0.583208;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0203691;OID=.;OPOS=20728068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:14:12:12:0.461538:3:9:10:1:3:9:12:2 chr19 20808149 . A G,T 640.8 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=40,2;DP=42;FAO=41,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281799,-0.0233827;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.752,67.3632;QD=61.0285;RBI=0.119263,0.0247473;REFB=0,0;REVB=0.115886,-0.00810435;RO=0;SAF=25,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00109783,0.180981;OID=.,.;OPOS=20808149,20808149;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:42:42:0:0:40,2:41,1:0.97619,0.0238095:15,1:25,1:0:0:16,0:25,1:0:0 chr19 21299774 . T TATA 32.48 PASS AF=0.625;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00706312;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=190.186;QD=16.2424;RBI=0.0296763;REFB=0.00501205;REVB=-0.0288235;RO=6;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388047;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=ins;VARB=-0.0055007;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:4:11:5:8:3:3:2:2:1:15:6:3:1:2:4 chr19 21300462 . A G 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00684831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.861;QD=47.8803;RBI=0.0106996;REFB=0.0160394;REVB=0.00822083;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.531225;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.000128323;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:10:15:1:0:10:15:2:0 chr19 21607878 . ATAAT A 485.44 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049611;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.845;QD=57.1106;RBI=0.0520959;REFB=0;REVB=-0.0158976;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000325239;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:32:34:34:0:10:24:0:0:4:0:9:22:0:0 chr19 21608158 . A G 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00505054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.424;QD=9.66869;RBI=0.00792865;REFB=-0.000381668;REVB=-0.00611192;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159477;STB=0.593798;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00085862;OID=.;OPOS=21608158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:9:12:19:25:9:12:19:25 chr19 21608269 . AC GT 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192088;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.708;QD=51.1846;RBI=0.0192089;REFB=0;REVB=5.23757e-05;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.12516e-05;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr19 21608272 . A T 259.47 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.124;QD=49.4223;RBI=0.0165926;REFB=0;REVB=0.00932826;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12455e-05;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:13:7:0:1:14:7:0:0 chr19 21608275 . C T 254.73 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.364;QD=50.9462;RBI=0.121297;REFB=0;REVB=0.121049;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428925;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 21608280 . T A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.823;QD=53.2749;RBI=0.034822;REFB=0;REVB=0.032454;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123789;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 21608283 . A C 298.63 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.225;QD=51.936;RBI=0.0355351;REFB=0;REVB=0.0308055;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663413;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr19 21608287 . G C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2115;QD=50.4104;RBI=0.0376973;REFB=0;REVB=0.0376361;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631412;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr19 21608311 . G A 224.4 PASS AF=0.904762;AO=20;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00774012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7837;QD=42.7423;RBI=0.0841402;REFB=0.0558924;REVB=-0.0837835;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.562433;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0620049;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:20:19:0.904762:12:8:1:0:12:7:2:0 chr19 21608319 . A C 262.27 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.1168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.2996;QD=47.6853;RBI=0.117107;REFB=-0.0648396;REVB=0.0084749;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00174392;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:13:8:0:0:13:8:1:0 chr19 21909733 . C T 63.84 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.014983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.041;QD=23.2138;RBI=0.0223465;REFB=-0.0464851;REVB=0.0165795;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.545342;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00337362;OID=.;OPOS=21909733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:7:8:0.727273:3:4:1:2:4:4:1:2 chr19 21909948 . G A 138.49 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00838037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3208;QD=10.0723;RBI=0.0131688;REFB=-0.027265;REVB=0.0101581;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204393;STB=0.617403;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0567458;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:37:18:18:0.327273:10:8:22:13:10:8:23:14 chr19 22115982 . A G 32.12 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0327531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6628;QD=2.00735;RBI=0.0352725;REFB=-0.00389275;REVB=0.0130915;RO=57;SAF=1;SAR=6;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480311;STB=0.863612;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0441139;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:64:64:57:57:7:7:0.109375:6:1:32:25:6:1:32:25 chr19 22153495 . A T 110.89 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0257827;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7272;QD=14.3085;RBI=0.0758695;REFB=-0.00423951;REVB=-0.0713543;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376723;STB=0.71668;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00639164;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:14:4:8:5:14:4 chr19 22154732 . T C 137.86 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0922796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.293;QD=11.4881;RBI=0.0935111;REFB=-0.031735;REVB=-0.0151262;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518407;STB=0.52195;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0521335;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:10:6:13:18:10:6:13:19 chr19 22154954 . C T 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00499241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.91;QD=20.7549;RBI=0.0201885;REFB=-0.0115632;REVB=-0.0195614;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202987;STB=0.615227;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00558504;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:5:7:5:10:5:7 chr19 22156482 . G T 178.15 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.01211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6911;QD=14.8455;RBI=0.0429195;REFB=0.0309838;REVB=0.0411757;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524828;STB=0.561981;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.049486;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:29:19:19:0.395833:7:12:17:8:7:12:21:8 chr19 22156585 . G T 54.58 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00444897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1847;QD=9.92447;RBI=0.0236121;REFB=-0.00958866;REVB=0.0231892;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604161;STB=0.839307;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.04238;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:21:22:13:14:7:8:0.363636:2:5:1:12:2:6:2:12 chr19 22157302 . G A 399.45 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00152006;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.539;QD=17.9528;RBI=0.00444365;REFB=-0.00502475;REVB=-0.00417558;RO=47;SAF=26;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182172;STB=0.607626;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00585119;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:47:48:41:41:0.460674:15:26:21:26:15:26:21:27 chr19 22364233 . C T 381.59 PASS AF=0.449438;AO=38;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00146248;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.119;QD=17.1499;RBI=0.00866366;REFB=-0.00146876;REVB=-0.00853933;RO=46;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989933;STB=0.54441;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00174532;OID=.;OPOS=22364233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:49:38:40:0.449438:16:22:22:24:18:22:23:26 chr19 22846788 . C A 122.95 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0391898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.21;QD=16.393;RBI=0.0393256;REFB=-0.00604895;REVB=0.0032661;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115907;STB=0.566573;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00563073;OID=.;OPOS=22846788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:10:6:7:7:10:6 chr19 22868896 . A T 47.13 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00456291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8528;QD=11.0886;RBI=0.00569325;REFB=-0.0104796;REVB=0.00340485;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239788;STB=0.642496;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0149563;OID=.;OPOS=22868896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:8:2:3:4:8:2 chr19 22868965 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0243804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.066;QD=7.465;RBI=0.025061;REFB=-0.026593;REVB=0.00580113;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871158;STB=0.555391;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0918078;OID=.;OPOS=22868965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:11:6:2:5:11:6 chr19 22937148 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.020709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.842;QD=12.3282;RBI=0.0351368;REFB=-0.00524601;REVB=0.0283854;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303356;STB=0.675404;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0115235;OID=.;OPOS=22937148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:14:3:5:6:14:3 chr19 22941191 . T A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0198021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.409;QD=20.8979;RBI=0.035649;REFB=-0.032848;REVB=0.0296434;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348619;STB=0.699532;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.018171;OID=.;OPOS=22941191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:4:0:5:3:4:0 chr19 22942325 . G C 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0190977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.532;QD=14.3333;RBI=0.0198685;REFB=-0.0250203;REVB=0.00548077;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0349482;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:6:4:3:6:6:4 chr19 23159486 . T C 169.19 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.04;QD=12.7692;RBI=0.0579477;REFB=-0.00690293;REVB=0.0513256;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124427;STB=0.570596;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0104767;OID=.;OPOS=23159486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:32:20:21:0.396226:10:10:18:11:11:10:19:13 chr19 23316947 . C T 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0135526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.739;QD=24.4926;RBI=0.0194664;REFB=-0.0152571;REVB=-0.0139739;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210526;STB=0.616518;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00907152;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:3:12:11:10:3:12 chr19 23328940 . G A 167.17 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00178908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.604;QD=15.1973;RBI=0.0290831;REFB=-0.0231574;REVB=-0.029028;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238469;STB=0.636223;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0281395;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:7:19:9:9:7:19 chr19 23406165 . T C 46.4 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.012105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.699;QD=10.3114;RBI=0.0133375;REFB=-0.0106188;REVB=0.0055998;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00864175;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:4:7:2:5:4:7 chr19 23542290 . AG GC 286.47 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0119151;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.911;QD=24.3807;RBI=0.046786;REFB=-0.0180884;REVB=-0.0452434;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078328;STB=0.553151;STBP=0.431;TYPE=mnp;VARB=0.0150554;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:21:26:26:0.553191:13:13:8:12:13:13:8:13 chr19 23543095 . T C 364.89 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0175298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.666;QD=21.4639;RBI=0.0178651;REFB=-0.0250976;REVB=0.00344492;RO=31;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674531;STB=0.530661;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0156104;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:36:37:0.544118:18:18:13:18:19:18:13:18 chr19 23545447 . A G 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0668907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.198;QD=16.885;RBI=0.0686426;REFB=-0.0293619;REVB=0.0154093;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583331;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0237844;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:17:15:15:0.46875:8:7:8:7:8:7:9:8 chr19 23837195 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00857375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.43;QD=17.2464;RBI=0.0134585;REFB=-0.00580014;REVB=-0.0103741;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14365;STB=0.571361;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.014143;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:12:9:15:11:12:9:15:12 chr19 23837365 . A C 207.01 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7936;QD=48.708;RBI=0.0602099;REFB=0;REVB=-0.0557986;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0029862;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr19 23869823 . T G 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0171343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6707;QD=14.6475;RBI=0.0229195;REFB=0.0312633;REVB=0.0152224;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205028;STB=0.643871;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0427928;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:19:14:14:0.424242:8:6:11:6:8:6:13:6 chr19 23927468 . A G 709.11 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.991;QD=63.0316;RBI=0.00841393;REFB=0;REVB=0.000515965;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12951e-05;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr19 24182631 . A T 204.26 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00109368;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.66;QD=14.8549;RBI=0.00317864;REFB=-0.0180769;REVB=-0.00298456;RO=31;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267498;STB=0.607503;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0136933;OID=.;OPOS=24182631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:31:31:22:24:0.436364:16:6:16:15:16:8:16:15 chr19 24183677 . T C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00921337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.101;QD=12.143;RBI=0.0146831;REFB=-0.00489489;REVB=0.0114328;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119125;STB=0.578864;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00846898;OID=.;OPOS=24183677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:8:11:15:17:8:11:15:18 chr19 24183696 . T C 163.86 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0114366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.51;QD=13.3761;RBI=0.01825;REFB=-0.02202;REVB=-0.0142221;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774132;STB=0.525086;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0375887;OID=.;OPOS=24183696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:31:18:18:0.367347:8:10:14:15:8:10:16:15 chr19 24183714 . T C 101.66 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.047148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.235;QD=9.68168;RBI=0.0577251;REFB=-0.00220338;REVB=0.0333054;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640667;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00589452;OID=.;OPOS=24183714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:6:7:13:14:6:7:14:15 chr19 24183723 . T G 83.77 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0372351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4246;QD=8.377;RBI=0.0464254;REFB=-0.0111148;REVB=-0.0277284;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530436;STB=0.558725;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0289159;OID=.;OPOS=24183723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:40:28:28:11:12:0.3:5:6:14:14:5:7:14:14 chr19 24183727 . A G 93.35 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0331283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.905;QD=10.0923;RBI=0.0344559;REFB=-0.0249633;REVB=0.00947221;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160057;STB=0.596253;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.061038;OID=.;OPOS=24183727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:11:14:5:7:11:14 chr19 24183731 . T C 86.2 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0129128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.355;QD=9.57798;RBI=0.0224447;REFB=-0.0161228;REVB=-0.0183582;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750187;STB=0.583194;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0473837;OID=.;OPOS=24183731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:35:36:23:24:11:12:0.333333:5:6:11:12:5:7:11:13 chr19 24183734 . T C 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0696874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.156;QD=10.8229;RBI=0.0705718;REFB=-0.0130229;REVB=0.0111377;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16234;STB=0.596995;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0245655;OID=.;OPOS=24183734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:10:13:5:7:10:13 chr19 24183736 . T C 94.26 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0258465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.529;QD=10.7724;RBI=0.0320961;REFB=0.00281204;REVB=-0.0190294;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16234;STB=0.596995;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0162157;OID=.;OPOS=24183736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:10:13:5:7:10:13 chr19 24183758 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000847319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.259;QD=6.01599;RBI=0.00396316;REFB=-0.00266141;REVB=0.00387152;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837426;STB=0.554299;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00254243;OID=.;OPOS=24183758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:11:11:4:3:11:11 chr19 24183773 . T A 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0213355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.039;QD=4.46242;RBI=0.0231127;REFB=-0.00656118;REVB=0.00888788;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222387;STB=0.651662;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00916943;OID=.;OPOS=24183773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:4:2:13:12:4:2:13:12 chr19 24184114 . A G 135.48 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00729169;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.121;QD=8.21072;RBI=0.0366965;REFB=-0.00192967;REVB=0.0359648;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225105;STB=0.519211;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00479373;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:44:47:19:19:0.287879:9:10:24:20:9:10:26:21 chr19 24184152 . G C 64.23 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0101529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.44;QD=2.70452;RBI=0.0228072;REFB=-0.00730349;REVB=-0.0204227;RO=82;SAF=4;SAR=9;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309293;STB=0.713964;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0462345;OID=.;OPOS=24184152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:82:82:13:13:0.136842:9:4:46:36:9:4:46:36 chr19 24184156 . A G 44.2 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0089371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.566;QD=2.00924;RBI=0.0134133;REFB=0.00120619;REVB=0.0100022;RO=77;SAF=4;SAR=6;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203383;STB=0.642579;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0202988;OID=.;OPOS=24184156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:77:78:10:10:0.113636:6:4:44:33:6:4:44:34 chr19 24184166 . A G 43.14 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0412847;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.515;QD=1.8964;RBI=0.042569;REFB=-0.00405837;REVB=-0.0103776;RO=66;SAF=4;SAR=6;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158137;STB=0.66635;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0369514;OID=.;OPOS=24184166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:66:81:10:10:0.10989:6:4:35:31:6:4:48:33 chr19 24184170 . T C 41.86 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.0279254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.762;QD=1.72618;RBI=0.0562836;REFB=-0.00671584;REVB=-0.0488674;RO=85;SAF=4;SAR=6;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24731;STB=0.671675;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0570638;OID=.;OPOS=24184170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:97:85:87:10:10:0.103093:6:4:52:33:6:4:52:35 chr19 24184172 . AT GC 48.82 PASS AF=0.112245;AO=10;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.0317993;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.072;QD=1.99281;RBI=0.0567325;REFB=-0.00354349;REVB=-0.0469828;RO=84;SAF=4;SAR=6;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242339;STB=0.699657;STBP=0.167;TYPE=mnp;VARB=0.0349714;OID=.;OPOS=24184172;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:84:87:10:11:0.112245:6:4:51:33:7:4:52:35 chr19 24184178 . A T 40.34 PASS AF=0.0980392;AO=10;DP=101;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.033855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.485;QD=1.58184;RBI=0.0338991;REFB=-0.000216965;REVB=-0.00172854;RO=91;SAF=4;SAR=6;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223685;STB=0.663809;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00236032;OID=.;OPOS=24184178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:102:91:92:10:10:0.0980392:6:4:54:37:6:4:54:38 chr19 24311799 . ATTG A 35.78 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0222774;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=190.304;QD=5.30065;RBI=0.022476;REFB=0.00260459;REVB=0.0029816;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335034;STB=0.728523;STBP=0.204;TYPE=del;VARB=-0.00738024;OID=.;OPOS=24311800;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:7:27:7:27:20:5:2:8:12:35:19:5:2:8:11 chr19 29724192 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00432365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7884;QD=18.4833;RBI=0.0651253;REFB=-0.0220282;REVB=-0.0649816;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058524;STB=0.533298;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0160034;OID=.;OPOS=29724192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:9:12:12:7:9:12 chr19 29724209 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3352;QD=57.6779;RBI=0.0199561;REFB=0;REVB=-0.00839318;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13564e-05;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr19 30102856 . A G 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00873857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.455;QD=14.8326;RBI=0.0143487;REFB=-0.0156794;REVB=-0.0113808;RO=46;SAF=12;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197773;STB=0.612836;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0228243;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:48:34:34:0.414634:22:12:25:21:22:12:26:22 chr19 30165781 . C G 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00919484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.826;QD=21.6122;RBI=0.027591;REFB=0.0212625;REVB=-0.0260138;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167942;STB=0.593948;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0211812;OID=.;OPOS=30165781;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:8:15:11:13:8:15 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1102.71 PASS AF=0.858974,0.141026;AO=46,12;DP=78;FAO=67,11;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=33,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065042,0.0111458;FXX=0.0370325;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=94.4493,78.914;QD=56.5491;RBI=0.0795998,0.0114199;REFB=0,0;REVB=0.0458875,-0.00248711;RO=0;SAF=22,5;SAR=24,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0161252,0.0109053;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.858974,0.141026:46,12:78:67,11:78:0:34,3:33,8:0:0:61:0:22,5:24,7:0:0 chr19 31038995 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.3252e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.794;QD=60.2307;RBI=0.00175245;REFB=0;REVB=-0.00175047;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25342e-06;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr19 31769763 . G A 876.99 PASS AF=0.984615;AO=59;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.31;QD=53.9687;RBI=0.101639;REFB=-0.021156;REVB=0.10104;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000291747;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:65:0:1:59:64:0.984615:31:28:0:0:34:30:0:1 chr19 32083696 . T C 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.449;QD=63.613;RBI=0.00718683;REFB=0;REVB=0.00266416;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54361e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr19 32873698 . A G 400.61 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119391;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.269;QD=53.4151;RBI=0.019268;REFB=-0.0206586;REVB=0.0151233;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00235352;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:11:17:1:0:11:18:1:0 chr19 32930069 . G A 231.47 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3871;QD=46.2937;RBI=0.019242;REFB=-0.110738;REVB=-0.00929403;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00538522;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:20:0:1:19:19:0.95:10:9:0:0:10:9:0:1 chr19 33088126 . TAG T,TCT 439.04 PASS AF=0.870968,0.129032;AO=27,4;DP=32;FAO=27,4;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18,4;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556514,0.00466941;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=97.9209,154.277;QD=56.6498;RBI=0.0121882,0.0126281;REFB=0,0;REVB=0.0108435,-0.0117331;RO=0;SAF=18,4;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00351157,0.00679734;OID=.,.;OPOS=33088127,33088127;OREF=AG,AG;OALT=-,CT;OMAPALT=T,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.870968,0.129032:27,4:32:27,4:31:0:18,4:9,0:0:0:20:0:18,4:9,0:0:0 chr19 33096786 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0534057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.154;QD=6.81331;RBI=0.0622218;REFB=-0.00163652;REVB=0.0319278;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229193;STB=0.644765;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00573314;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:12:7:4:3:12:7 chr19 33099305 . T C 61.74 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00206118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.611;QD=7.26368;RBI=0.0371151;REFB=-0.00938729;REVB=-0.0370578;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160116;STB=0.612659;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0208102;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:24:25:9:9:0.264706:4:5:10:14:4:5:10:15 chr19 33099336 . A G 104.8 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0128278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.376;QD=11.0312;RBI=0.0173812;REFB=-0.0111082;REVB=-0.0117283;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235158;STB=0.639788;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0128057;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:10:15:5:8:10:15 chr19 33110204 . T C 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0358101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1853;QD=11.8291;RBI=0.0498064;REFB=-0.0495587;REVB=0.0346167;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.586936;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0699408;OID=.;OPOS=33110204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:8:9:7:4:9:9 chr19 33117666 . T C 313.69 PASS AF=0.540984;AO=29;DP=57;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00301407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.026;QD=20.57;RBI=0.00490532;REFB=-0.0365111;REVB=-0.00387009;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122439;STB=0.569691;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0271535;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:25:28:29:33:0.540984:12:17:11:14:15:18:11:17 chr19 33167837 . C T 331.49 PASS AF=0.823529;AO=26;DP=32;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0429358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3717;QD=38.9989;RBI=0.0883191;REFB=-0.114997;REVB=0.0771802;RO=5;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488849;STB=0.531997;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0334434;OID=.;OPOS=33167837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:32:34:5:6:26:28:0.823529:17:9:1:4:19:9:1:5 chr19 33168086 . C T 352.58 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00945726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.853;QD=21.0496;RBI=0.0140734;REFB=-0.0111453;REVB=-0.0104221;RO=31;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238355;STB=0.6319;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0108856;OID=.;OPOS=33168086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:13:23:11:20:13:23:11:20 chr19 33168412 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.000250117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.395;QD=27.3906;RBI=0.0046067;REFB=-0.0212245;REVB=0.0045999;RO=11;SAF=4;SAR=16;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184168;STB=0.510194;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00807366;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:16:4:2:9:16:4:2:9 chr19 33200162 . C T 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00188922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.891;QD=15.064;RBI=0.0307902;REFB=-0.00088101;REVB=-0.0307322;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421879;STB=0.502391;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00128676;OID=.;OPOS=33200162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:17:18:14:13:17:18 chr19 33239450 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.715;QD=56.7059;RBI=0.0129461;REFB=0;REVB=-0.00314264;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47779e-05;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr19 33246948 . A G 214.11 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00658414;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.151;QD=17.1286;RBI=0.0301937;REFB=-0.00911249;REVB=0.0294671;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258596;STB=0.64603;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0150675;OID=.;OPOS=33246948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:18:9:14:9:18:9 chr19 33281924 . A G 1349.41 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0395233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4242;QD=59.9739;RBI=0.0396334;REFB=0.00336941;REVB=-0.00295139;RO=2;SAF=66;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141437;STB=0.507461;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000161873;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:22:66:2:0:22:66:2:0 chr19 33293607 . C T 373.06 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0131802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.25;QD=20.4414;RBI=0.015101;REFB=0.00261639;REVB=-0.00737037;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278548;STB=0.507955;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00193369;OID=.;OPOS=33293607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:18:20:19:15:18:20:19:16 chr19 33309030 . A T 346.0 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0176467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.828;QD=24.714;RBI=0.0200554;REFB=-0.010461;REVB=-0.00952963;RO=22;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142301;STB=0.507808;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00812773;OID=.;OPOS=33309030;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:21:13:8:14:21:13:8:14 chr19 33333155 . G A 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00795989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.676;QD=25.6533;RBI=0.0117026;REFB=-0.0177599;REVB=0.00857848;RO=22;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820548;STB=0.544908;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00672494;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:19:17:13:9:19:17:13:9 chr19 33353041 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.107;QD=43.4862;RBI=0.0316702;REFB=0;REVB=0.0308703;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178889;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr19 33353061 . G T 207.2 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.411;QD=48.7529;RBI=0.0790248;REFB=0;REVB=0.0775503;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872954;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr19 33353464 . G A 983.23 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4397;QD=58.7;RBI=0.0814141;REFB=0;REVB=0.0208823;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959662;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:35:30:0:0:36:31:0:0 chr19 33353854 . T C 313.36 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.801;QD=50.1371;RBI=0.0330772;REFB=0.0274313;REVB=-0.0199588;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264929;STB=0.514274;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.000200865;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:17:7:0:1:17:7:0:1 chr19 33355055 . A G 578.34 PASS AF=0.975;AO=33;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.339;QD=57.8338;RBI=0.0705749;REFB=-0.129583;REVB=0.0663069;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00879788;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:33:39:0.975:20:13:0:0:25:14:1:0 chr19 33355069 . A G 181.25 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00401092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.325;QD=16.4774;RBI=0.0107792;REFB=-0.0329863;REVB=-0.0100052;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290378;STB=0.692648;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0115319;OID=.;OPOS=33355069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:25:19:19:0.431818:7:12:7:15:7:12:7:18 chr19 33355081 . G A 273.85 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0050628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.735;QD=24.8957;RBI=0.0488958;REFB=-0.022168;REVB=0.048633;RO=19;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289268;STB=0.661374;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.035974;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:18:7:12:7:18:7:12:7 chr19 33370070 . A G 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00316099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.965;QD=16.2695;RBI=0.00634696;REFB=-0.0160842;REVB=0.00550382;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334887;STB=0.695363;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0117869;OID=.;OPOS=33370070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:3:12:9:9:3:12:9:9 chr19 33370084 . T A 207.99 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00599792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.27;QD=23.1105;RBI=0.00691963;REFB=-0.00637071;REVB=-0.00345054;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289578;STB=0.663832;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.016413;OID=.;OPOS=33370084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:17:17:0.472222:5:12:5:9:5:12:5:9 chr19 33370161 . A C 123.64 PASS AF=0.3;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.045686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4174;QD=9.89103;RBI=0.0532947;REFB=0.0117014;REVB=-0.0274428;RO=35;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219244;STB=0.599867;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0288434;OID=.;OPOS=33370161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:35:35:14:15:0.3:9:5:19:16:9:6:19:16 chr19 33390796 . G A 238.07 PASS AF=0.4375;AO=26;DP=62;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00808697;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4179;QD=14.8791;RBI=0.0321192;REFB=-0.0259973;REVB=-0.0310845;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609456;STB=0.546842;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0330864;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:36:26:28:0.4375:13:13:18:14:14:14:21:15 chr19 33430816 . T G 406.53 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0022337;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2792;QD=18.0679;RBI=0.0185143;REFB=-0.0360269;REVB=0.018379;RO=46;SAF=6;SAR=33;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456548;STB=0.755947;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0419175;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:47:39:39:0.433333:33:6:25:21:33:6:25:22 chr19 33444556 . T C 685.65 PASS AF=0.568966;AO=65;DP=114;FAO=66;FDP=116;FR=.;FRO=50;FSAF=50;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0146436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0266;QD=23.6431;RBI=0.0232317;REFB=-0.0163186;REVB=-0.0180355;RO=49;SAF=49;SAR=16;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387782;STB=0.71737;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0169406;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:49:50:65:66:0.568966:16:49:14:35:16:50:14:36 chr19 33444576 . C T 534.87 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0105691;FXX=0.0169477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.175;QD=18.4439;RBI=0.0113848;REFB=-0.0184968;REVB=-0.00423174;RO=55;SAF=43;SAR=13;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402326;STB=0.728728;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0108762;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:55:60:56:56:0.482759:13:43:19:36:13:43:21:39 chr19 33444588 . T G 479.17 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.00766543;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.905;QD=16.813;RBI=0.0168228;REFB=0.00062894;REVB=0.0149749;RO=56;SAF=42;SAR=10;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484738;STB=0.766314;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00289965;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:56:62:52:52:0.45614:10:42:18:38:10:42:22:40 chr19 33444590 . C T 55.91 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=113;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0105801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.765;QD=1.97929;RBI=0.0274732;REFB=0.00117976;REVB=-0.0253542;RO=100;SAF=12;SAR=1;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539855;STB=0.904297;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00656557;OID=.;OPOS=33444590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:113:113:100:100:13:13:0.115044:1:12:51:49:1:12:51:49 chr19 33467357 . G A 148.16 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0107303;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.609;QD=11.62;RBI=0.0110409;REFB=-0.0141429;REVB=-0.00260049;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209653;STB=0.509793;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0216922;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:33:17:18:0.352941:9:8:14:17:9:9:16:17 chr19 33470874 . A G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00380582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.755;QD=24.2921;RBI=0.0323264;REFB=-0.000804248;REVB=-0.0321015;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828023;STB=0.578864;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000336809;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:11:13:19:19:0.59375:8:11:5:6:8:11:5:8 chr19 33487071 . G C 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000136964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7633;QD=23.3802;RBI=0.0161745;REFB=-0.0105462;REVB=-0.0161739;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348888;STB=0.698448;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0109993;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:16:3:7:7:16:3:7:7 chr19 33490566 . T C 60.33 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00724587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.751;QD=3.60185;RBI=0.0433238;REFB=-0.00895542;REVB=-0.0427135;RO=54;SAF=2;SAR=9;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466266;STB=0.822;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0405141;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:54:56:11:11:0.164179:9:2:30:24:9:2:32:24 chr19 33490585 . G A 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00056787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.009;QD=3.4397;RBI=0.019225;REFB=0.000308942;REVB=0.0192166;RO=50;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183319;STB=0.627617;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00294358;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:3:6:26:24:3:6:26:24 chr19 33605300 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0514618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.345;QD=9.7602;RBI=0.0515743;REFB=-0.00373899;REVB=0.00340538;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073775;STB=0.545324;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00756617;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:6:6:4:3:6:6 chr19 33605312 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.656;QD=44.6891;RBI=0.0451957;REFB=0;REVB=0.040846;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249013;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 33608733 . C A 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0102503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.798;QD=18.7099;RBI=0.0104887;REFB=-0.00435763;REVB=-0.0022234;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791356;STB=0.5447;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00489516;OID=.;OPOS=33608733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:4:15:13:5:4:15 chr19 33635761 . C T 106.59 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0151966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.208;QD=21.3174;RBI=0.0265571;REFB=-0.00271452;REVB=-0.0217794;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148255;STB=0.59985;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00207348;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:20:7:8:12:12:0.6:8:4:1:6:8:4:1:7 chr19 33647379 . T C 191.24 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.091;QD=47.8099;RBI=0.0738313;REFB=0;REVB=0.0398995;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100149;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:8:6:0:0:9:7:0:0 chr19 33693785 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.00147565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.349;QD=15.1964;RBI=0.0254044;REFB=-0.0197745;REVB=-0.0253615;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291815;STB=0.664701;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0396481;OID=.;OPOS=33693785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:2:16:9:5:2:16 chr19 33696354 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0960443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.306;QD=12.738;RBI=0.0960531;REFB=-0.00354621;REVB=-0.00129525;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.675253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0143271;OID=.;OPOS=33696354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:3:7:3:5:3:7 chr19 33696621 . C T 467.5 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0241972;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8553;QD=20.1075;RBI=0.0251513;REFB=-0.0158673;REVB=-0.00686186;RO=47;SAF=22;SAR=24;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206749;STB=0.613955;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0335574;OID=.;OPOS=33696621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:47:47:46:46:0.494624:24:22:12:35:24:22:12:35 chr19 33696708 . T C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0101101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.799;QD=15.8384;RBI=0.0125146;REFB=-0.0263044;REVB=0.00737573;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0173393;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:3:4:4:4:3:4 chr19 33696897 . C T 318.36 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0633456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6443;QD=26.5301;RBI=0.0665844;REFB=0.000458007;REVB=-0.020514;RO=20;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058703;STB=0.503244;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000302769;OID=.;OPOS=33696897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:10:18:13:7:10:18:13:7 chr19 33697546 . C T 232.88 PASS AF=0.611111;AO=20;DP=34;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0324972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.964;QD=25.8752;RBI=0.0515699;REFB=-0.0352761;REVB=0.0400423;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168909;STB=0.583256;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0162315;OID=.;OPOS=33697546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:14:20:22:0.611111:13:7:8:6:14:8:8:6 chr19 33698291 . T C 411.59 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.106;QD=56.7715;RBI=0.0428005;REFB=0;REVB=0.0161792;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189154;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr19 33700281 . C A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0185489;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.019;QD=13.7472;RBI=0.0195186;REFB=-0.0057445;REVB=-0.0060757;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390982;STB=0.50724;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00797579;OID=.;OPOS=33700281;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:32:22:22:0.407407:14:8:12:18:14:8:12:20 chr19 33702245 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.062554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1577;QD=15.1964;RBI=0.0821883;REFB=0.00707799;REVB=-0.0533096;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151154;STB=0.58662;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0139261;OID=.;OPOS=33702245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:4:14:9:5:4:14 chr19 33872032 . ATTTTTTG ATTTTTG,ATTTTTGT 98.62 PASS AF=0.555556,0;AO=19,4;DP=47;FAO=25,0;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8,0;FSAR=17,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0271105,-0.224546;FXX=0.0425441;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.15782,19.1357;QD=8.76639;RBI=0.0637465,0.224557;REFB=-0.0731708,-0.0484427;REVB=0.0576944,-0.00219476;RO=18;SAF=5,3;SAR=14,1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.335294,0;SSSB=-0.0160749,0.500331;STB=0.53965,0.5;STBP=0.59,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0916434,0;OID=.,.;OPOS=33872033,33872038;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTG,ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0:19,4:47:25,0:45:20:8,0:17,0:8:12:69:18:5,3:14,1:5:13 chr19 34304323 . C T 476.37 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0372765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.937;QD=20.9391;RBI=0.0374998;REFB=-0.0195812;REVB=0.00408653;RO=44;SAF=18;SAR=28;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577823;STB=0.535977;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0183464;OID=.;OPOS=34304323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:44:46:47:0.516484:28:18:20:24:29:18:20:24 chr19 34584137 . A G 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0096158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.293;QD=15.1608;RBI=0.0113673;REFB=-0.0113578;REVB=0.00606233;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172576;STB=0.599874;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0185517;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:10:12:6:10:10:12 chr19 34842488 . T C 407.97 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0131909;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.035;QD=22.9844;RBI=0.0142171;REFB=-0.0300711;REVB=-0.00530341;RO=31;SAF=13;SAR=27;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109334;STB=0.560307;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0208467;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:27:13:14:17:27:13:14:17 chr19 34868642 . A G 278.17 PASS AF=0.490566;AO=16;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0348836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.015;QD=20.9941;RBI=0.0357684;REFB=-0.0236217;REVB=-0.00790663;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134542;STB=0.510301;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0163828;OID=.;OPOS=34868642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:17:20:16:26:0.490566:7:9:12:5:11:15:12:8 chr19 34959979 . A G 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0108121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.943;QD=21.7429;RBI=0.0110614;REFB=0.000138134;REVB=0.00233522;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214124;STB=0.620054;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000167879;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:11:5:11:8:11:5 chr19 34972146 . G C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0708093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7782;QD=21.7444;RBI=0.0730222;REFB=-0.0122456;REVB=0.0178408;RO=11;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167708;STB=0.595605;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0125166;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:12:3:4:7:12:3:4:7 chr19 34972365 . C T 81.18 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0548825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.358;QD=18.0407;RBI=0.0729107;REFB=-0.0251531;REVB=-0.0479989;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871479;STB=0.571292;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0356081;OID=.;OPOS=34972365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:6:4:2:5:6:4:2:6 chr19 35170730 . T C 422.27 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.027043;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.265;QD=20.8529;RBI=0.048988;REFB=-0.0306388;REVB=0.0408472;RO=39;SAF=28;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164506;STB=0.59126;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0266045;OID=.;OPOS=35170730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:14:28:19:20:14:28:19:20 chr19 35175592 . G A 117.62 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.030608;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4258;QD=6.19049;RBI=0.034997;REFB=-0.0102827;REVB=-0.0169689;RO=58;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753212;STB=0.546634;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0307487;OID=.;OPOS=35175592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:11:7:26:32:11:7:26:32 chr19 35524546 . C T 166.05 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0156144;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0048;QD=13.2841;RBI=0.0196153;REFB=-0.0111932;REVB=0.0118722;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251204;STB=0.644349;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0186862;OID=.;OPOS=35524546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:31:19:19:0.38:10:9:22:9:10:9:22:9 chr19 35551225 . G GC,GCC 195.65 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=18,3;DP=23;FAO=21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129121,-0.0619293;FXX=0.0832986;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.8422,8.39093;QD=35.5719;RBI=0.130772,0.0629909;REFB=0,0;REVB=-0.0207117,-0.0115162;RO=1;SAF=8,3;SAR=10,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0539582,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0196106,-0.0329306;OID=.,.;OPOS=35551226,35551226;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.954545,0.0454545:18,3:23:21,1:22:0:11,1:10,0:0:0:3:1:8,3:10,0:1:0 chr19 35590180 . T A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.776;QD=53.91;RBI=0.0775428;REFB=0;REVB=0.0752255;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512772;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr19 35597352 . T C 104.42 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619542;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.258;QD=41.7691;RBI=0.0960718;REFB=0;REVB=0.0958719;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583342;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr19 35597462 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0026414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.896;QD=12.7914;RBI=0.00289083;REFB=-0.0137172;REVB=0.0011747;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449826;STB=0.53643;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0207186;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:5:9:15:7:5:9:16:7 chr19 35597620 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0024797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.898;QD=13.3679;RBI=0.0118329;REFB=-0.000779185;REVB=-0.0115702;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172535;STB=0.601424;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00121326;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:13:5:13:18:13:5:13:18 chr19 35597729 . C T 135.75 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000543923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7388;QD=23.6085;RBI=0.014358;REFB=-0.0693228;REVB=0.0143477;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207161;STB=0.615223;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00859894;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:23:23:6:8:13:14:0.608696:6:7:1:5:6:8:2:6 chr19 35610245 . A G 350.98 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5264;QD=51.9966;RBI=0.0425003;REFB=0;REVB=0.0129893;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134042;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:13:14:0:0 chr19 35612132 . A G 72.59 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0205283;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.558;QD=8.79896;RBI=0.0250993;REFB=-0.0017148;REVB=0.0144418;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189567;STB=0.614231;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00422544;OID=.;OPOS=35612132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:21:23:10:10:0.30303:6:4:12:9:6:4:13:10 chr19 35612159 . C G 85.45 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.10382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0811;QD=11.7866;RBI=0.146507;REFB=-0.00563565;REVB=0.103372;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256069;STB=0.6519;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00845888;OID=.;OPOS=35612159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:11:7:7:4:11:7 chr19 35612168 . T A 145.56 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000867455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.883;QD=22.3937;RBI=0.0159913;REFB=-0.042644;REVB=-0.0159678;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178961;STB=0.588123;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0295332;OID=.;OPOS=35612168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:24:26:7:10:15:16:0.615385:6:9:2:5:6:10:4:6 chr19 35614336 . T C 570.43 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0729431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7876;QD=50.7049;RBI=0.0732537;REFB=0.00876205;REVB=-0.00673905;RO=5;SAF=21;SAR=19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574048;STB=0.530711;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0224667;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:5:5:40:40:0.888889:19:21:4:1:19:21:4:1 chr19 35614534 . A T 278.06 PASS AF=0.488889;AO=17;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0359154;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.992;QD=24.7167;RBI=0.0375391;REFB=-0.0383517;REVB=-0.0109209;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191794;STB=0.538426;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0507592;OID=.;OPOS=35614534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:18:17:22:0.488889:5:12:8:8:8:14:10:8 chr19 35616315 . GC AT 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0273265;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.151;QD=17.2298;RBI=0.0296811;REFB=0.00749461;REVB=0.0115859;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=mnp;VARB=-0.00436831;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:2:4:3:5:2:4 chr19 35616663 . A G 178.2 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00618328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.103;QD=14.8501;RBI=0.0107674;REFB=-0.0184694;REVB=-0.00881502;RO=29;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328222;STB=0.692086;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0443324;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:15:4:14:15:15:4:14:15 chr19 35616692 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0404353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.245;QD=14.6973;RBI=0.0528476;REFB=0.0156888;REVB=0.0340272;RO=30;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267509;STB=0.655013;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0139862;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:16:5:14:16:16:5:14:16 chr19 35617122 . A G 205.09 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0171061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6374;QD=15.7759;RBI=0.0263369;REFB=-0.0202333;REVB=-0.0200254;RO=28;SAF=4;SAR=19;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163194;STB=0.587545;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0249139;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:19:4:8:20:19:4:8:21 chr19 35617270 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0151604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1057;QD=12.3961;RBI=0.0251707;REFB=-0.0318409;REVB=0.020093;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0181817;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:3:2:4:1:3:2 chr19 35622695 . A G 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.089;QD=59.0085;RBI=0.0467734;REFB=0;REVB=0.0165403;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603773;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr19 35648365 . T G 1153.37 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.792;QD=60.7035;RBI=0.0731061;REFB=0;REVB=0.0529653;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341829;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr19 35649324 . C G 411.13 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.104;QD=56.7073;RBI=0.0449552;REFB=0;REVB=0.0213569;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69108e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:22:6:0:0:23:6:0:0 chr19 35655151 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0353727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.756;QD=12.8603;RBI=0.0358808;REFB=-0.00222471;REVB=-0.00601681;RO=8;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.740074;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00292504;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:4:7:0.466667:2:2:2:6:2:5:2:6 chr19 35660450 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00750532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.999;QD=11.1974;RBI=0.0381146;REFB=0.0126296;REVB=-0.0373683;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109101;STB=0.58319;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0264116;OID=.;OPOS=35660450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:4:8:12:9:4:8:12:10 chr19 35660508 . G A 82.29 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0361072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7915;QD=8.89633;RBI=0.0379173;REFB=0.00087376;REVB=0.0115752;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447464;STB=0.558717;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000240281;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:10:11:0.297297:5:5:12:14:5:6:12:14 chr19 35719020 . C T 683.08 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3092;QD=60.718;RBI=0.0642459;REFB=-0.0531994;REVB=0.0137657;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306848;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:45:0:0:42:45:1:27:15:0:0:28:17:0:0 chr19 35719106 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.222;QD=52.6123;RBI=0.0278053;REFB=0;REVB=0.027223;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225259;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr19 35757427 . G A 1065.51 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220295;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.094;QD=60.0285;RBI=0.0505163;REFB=0;REVB=0.0454599;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176803;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr19 35758274 . TG GA,TGGGA 1056.09 PASS AF=0.0470588,0.858824;AO=4,68;DP=85;FAO=4,73;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=3,35;FSAR=1,38;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.030467,0.00784162;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,3;MLLD=106.345,113.815;QD=49.6986;RBI=0.0312531,0.00787231;REFB=0.0226664,-0.0369681;REVB=0.00696546,0.000694466;RO=10;SAF=3,34;SAR=1,34;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.372583,0.0240993;STB=0.680854,0.502032;STBP=0.441,0.938;TYPE=mnp,ins;VARB=0.036141,0.00481063;OID=.,.;OPOS=35758274,35758276;OREF=TG,-;OALT=GA,GGA;OMAPALT=GA,TGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:85:85:10:8:4,68:4,73:0.0470588,0.858824:1,34:3,34:4:6:1,38:3,35:4:4 chr19 35786868 . C T 1066.0 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8391;QD=58.411;RBI=0.0282248;REFB=-0.0728375;REVB=-0.0207983;RO=1;SAF=26;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178383;STB=0.509431;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000772465;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:45:26:1:0:46:26:1:0 chr19 35790503 . G A 132.19 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=31;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0210431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7844;QD=15.5522;RBI=0.0579893;REFB=-0.00758738;REVB=0.0540365;RO=18;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262508;STB=0.533934;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0136694;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:18:19:13:15:0.441176:2:11:12:6:4:11:13:6 chr19 35836530 . G A 114.0 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00613495;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.105;QD=8.14299;RBI=0.0218422;REFB=-0.000769065;REVB=-0.0209629;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885852;STB=0.562422;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00286127;OID=.;OPOS=35836530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:40:16:16:0.285714:9:7:19:18:9:7:21:19 chr19 35843086 . G A 258.08 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0835349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8791;QD=44.8836;RBI=0.162559;REFB=-0.188009;REVB=0.139453;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837164;STB=0.545411;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0225375;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:0:2:10:11:0:2 chr19 35849926 . G A 389.43 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00687358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.528;QD=13.201;RBI=0.0527999;REFB=-0.0291878;REVB=0.0523506;RO=71;SAF=21;SAR=25;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128982;STB=0.57689;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0410074;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:72:46:46:0.389831:25:21:41:30:25:21:42:30 chr19 35851239 . G A 31.61 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0205072;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.018;QD=14.0495;RBI=0.0387729;REFB=-0.00355883;REVB=0.0329058;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00544224;OID=.;OPOS=35851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr19 35863707 . G A 156.02 PASS AF=0.583333;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0177912;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.5347;QD=26.0034;RBI=0.0181884;REFB=-0.0156213;REVB=-0.00378045;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164015;STB=0.536792;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00421183;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:24:24:4:7:12:14:0.583333:9:3:0:4:11:3:1:6 chr19 35863809 . T A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.142917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2623;QD=9.44284;RBI=0.142959;REFB=-0.00556699;REVB=0.00347033;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444295;STB=0.768453;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00227515;OID=.;OPOS=35863809;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:2:8:2:4:2:8 chr19 35991373 . C T 171.37 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0107416;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.267;QD=11.2373;RBI=0.0571395;REFB=-0.0235075;REVB=-0.0561207;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888181;STB=0.565157;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0443872;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:37:39:21:22:0.360656:8:13:20:17:8:14:21:18 chr19 35991442 . T G 857.88 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720849;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.027;QD=57.1917;RBI=0.0737496;REFB=0;REVB=0.0155811;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199535;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:57:60:1:22:35:0:0:22:38:0:0 chr19 35998362 . T G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0144032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5933;QD=18.0491;RBI=0.016334;REFB=0.0252026;REVB=-0.00770372;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264286;STB=0.651879;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0219883;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:6:2:6:4:6:2 chr19 36002381 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.219;QD=44.0922;RBI=0.0324717;REFB=0.0121732;REVB=-0.0302892;RO=1;SAF=14;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316306;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000812177;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:3:14:1:0:3:14:1:0 chr19 36002710 . C A 878.29 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0617245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.732;QD=55.7643;RBI=0.0712891;REFB=-0.0907875;REVB=0.0356681;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000435583;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:60:62:0.984127:34:26:1:0:36:26:1:0 chr19 36004106 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9226;QD=55.653;RBI=0.0318577;REFB=0;REVB=-0.0315459;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520325;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr19 36004171 . C A 323.29 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.917;QD=53.8818;RBI=0.0256231;REFB=0;REVB=0.024051;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71169e-05;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr19 36017928 . G C 341.57 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.295667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.275;QD=54.6509;RBI=0.295736;REFB=0;REVB=0.00639767;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320981;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:18:25:1:17:1:0:0:19:6:0:0 chr19 36033460 . C T 1487.37 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173075;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.038;QD=63.2924;RBI=0.0181234;REFB=0;REVB=0.0053767;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24679e-05;OID=.;OPOS=36033460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:47:46:0:0:48:46:0:0 chr19 36066570 . A G 5752.63 PASS AF=0.948655;AO=383;DP=404;FAO=388;FDP=409;FR=.;FRO=21;FSAF=138;FSAR=250;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00667296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.804;QD=56.2604;RBI=0.00778089;REFB=-0.011972;REVB=0.00400173;RO=21;SAF=137;SAR=246;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777396;STB=0.503927;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00047938;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:404:409:21:21:383:388:0.948655:246:137:6:15:250:138:6:15 chr19 36066577 . A G 5601.73 PASS AF=0.944162;AO=370;DP=393;FAO=372;FDP=394;FR=.;FRO=22;FSAF=136;FSAR=236;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00589113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.218;QD=56.8703;RBI=0.0396104;REFB=-0.0163885;REVB=0.0391699;RO=22;SAF=136;SAR=234;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109342;STB=0.505606;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.000693569;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:393:394:22:22:370:372:0.944162:234:136:6:16:236:136:6:16 chr19 36066634 . A G 4179.06 PASS AF=0.943709;AO=283;DP=301;FAO=285;FDP=302;FR=.;FRO=17;FSAF=124;FSAR=161;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0053079;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4625;QD=55.3518;RBI=0.0121299;REFB=-0.000669083;REVB=-0.0109069;RO=17;SAF=123;SAR=160;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394243;STB=0.502031;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=4.43196e-05;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:301:302:17:17:283:285:0.943709:160:123:8:9:161:124:8:9 chr19 36066642 . A G 3512.4 PASS AF=0.91791;AO=244;DP=267;FAO=246;FDP=268;FR=.;FRO=22;FSAF=118;FSAR=128;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0100926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4396;QD=52.4239;RBI=0.0177159;REFB=-0.0153713;REVB=-0.01456;RO=22;SAF=116;SAR=128;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00328634;STB=0.502066;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00216097;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:267:268:22:22:244:246:0.91791:128:116:10:12:128:118:10:12 chr19 36066645 . A G 3356.13 PASS AF=0.915058;AO=232;DP=256;FAO=237;FDP=259;FR=.;FRO=22;FSAF=119;FSAR=118;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.016814;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.268;QD=51.8322;RBI=0.0248286;REFB=-0.0352085;REVB=0.0182688;RO=20;SAF=118;SAR=114;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129995;STB=0.500179;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00347744;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:256:259:20:22:232:237:0.915058:114:118:10:10:118:119:11:11 chr19 36066661 . A G 2246.86 PASS AF=0.852632;AO=162;DP=190;FAO=162;FDP=190;FR=.;FRO=28;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0411195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.855;QD=47.3023;RBI=0.0422105;REFB=-0.00758019;REVB=0.00953495;RO=28;SAF=87;SAR=75;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196634;STB=0.510403;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00130235;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:28:28:162:162:0.852632:75:87:17:11:75:87:17:11 chr19 36066667 . A G 1793.28 PASS AF=0.815476;AO=136;DP=168;FAO=137;FDP=168;FR=.;FRO=31;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0194902;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.725;QD=42.6972;RBI=0.0195698;REFB=-0.0146445;REVB=0.00176309;RO=30;SAF=79;SAR=57;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301611;STB=0.512997;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00237059;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:30:31:136:137:0.815476:57:79:20:10:58:79:20:11 chr19 36066744 . C T 85.97 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0281311;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4949;QD=5.13249;RBI=0.028819;REFB=0.00318812;REVB=0.00625901;RO=51;SAF=1;SAR=13;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.71066;STB=0.937291;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00461715;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:67:51:53:14:14:0.208955:13:1:35:16:13:1:35:18 chr19 36157740 . C T 148.99 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0220629;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.171;QD=17.5277;RBI=0.0293886;REFB=-0.00957627;REVB=-0.0194144;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0104235;OID=.;OPOS=36157740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:10:8:9:7:10:8 chr19 36159368 . T G 164.1 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0398692;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0117;QD=12.3848;RBI=0.040372;REFB=-0.0190371;REVB=-0.00635176;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509425;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0217594;OID=.;OPOS=36159368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:33:20:20:0.377358:10:10:16:16:10:10:17:16 chr19 36168914 . T C 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8129;QD=39.1968;RBI=0.077742;REFB=0;REVB=-0.0643995;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135083;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr19 36211082 . C T 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0240516;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.6;QD=10.6324;RBI=0.030368;REFB=-0.0134041;REVB=-0.0185402;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279975;STB=0.666296;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0305235;OID=.;OPOS=36211082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:10:3:4:4:10:3 chr19 36211742 . C A 92.72 PASS AF=0.625;AO=8;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0133793;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.3553;QD=23.1793;RBI=0.0145723;REFB=-0.083811;REVB=0.00577456;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292303;STB=0.666348;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.024596;OID=.;OPOS=36211742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:16:16:4:4:8:10:0.625:4:4:0:4:4:6:0:4 chr19 36214632 . A AG,G 1189.76 PASS AF=1,0;AO=68,3;DP=84;FAO=81,0;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134676,-0.0475267;FXX=0.0240935;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.2544,87.4094;QD=58.7536;RBI=0.139216,0.0483653;REFB=0,0;REVB=-0.035262,-0.00896784;RO=12;SAF=38,1;SAR=30,2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.040379,-0.0961013;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00158478,0;OID=.,.;OPOS=36214633,36214632;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:81:12:0:68,3:81,0:1,0:30,2:38,1:5:7:38,0:43,0:0:0 chr19 36218478 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0231065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.143;QD=11.9197;RBI=0.0511358;REFB=0.0107392;REVB=0.0456175;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206013;STB=0.622323;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00781762;OID=.;OPOS=36218478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:7:2:3:4:7:2 chr19 36224705 . A G 780.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.733;QD=56.7543;RBI=0.0432718;REFB=0;REVB=0.0368747;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13959e-05;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr19 36224738 . A AC,C 49.43 PASS AF=0.2,0;AO=10,2;DP=57;FAO=11,0;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=4,0;FSAR=7,0;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00197997,-0.0217981;FXX=0.017854;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=14.6944,113.218;QD=3.59521;RBI=0.0625434,0.0312162;REFB=-0.0730607,-0.00422711;REVB=0.062512,-0.0223449;RO=44;SAF=4,0;SAR=6,2;SRF=17;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0175684,-0.354683;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.162316,0;OID=.,.;OPOS=36224739,36224738;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:57:55:44:44:10,2:11,0:0.2,0:6,2:4,0:17:27:7,0:4,0:16:28 chr19 36233470 . G A 237.46 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0482185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.605;QD=13.7658;RBI=0.0482588;REFB=-0.0128952;REVB=0.00197327;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667081;STB=0.514009;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0280007;OID=.;OPOS=36233470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:41:27:28:0.405797:13:14:21:20:13:15:21:20 chr19 36234652 . T C 449.04 PASS AF=0.517647;AO=41;DP=82;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00219787;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2496;QD=21.1313;RBI=0.111383;REFB=0.00387468;REVB=0.111361;RO=40;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143026;STB=0.596721;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00278348;OID=.;OPOS=36234652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:40:41:41:44:0.517647:24:17:23:17:27:17:24:17 chr19 36243089 . T C 765.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2685;QD=55.6669;RBI=0.0259448;REFB=0;REVB=-0.0214489;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292295;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:52:55:1:23:29:0:0:24:31:0:0 chr19 36243813 . G A 1153.97 PASS AF=0.963415;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00383172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.83;QD=56.2911;RBI=0.00522177;REFB=0.00276906;REVB=0.00354751;RO=3;SAF=33;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690136;STB=0.503623;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000150674;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:82:3:3:77:79:0.963415:44:33:1:2:45:34:1:2 chr19 36246491 . CG C,GC 51.9 PASS AF=0.44,0.04;AO=9,2;DP=24;FAO=11,1;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=10,1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00200721,-0.0313493;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.2665,176.29;QD=8.30472;RBI=0.167129,0.0900042;REFB=-0.124162,-0.002174;REVB=0.167117,-0.0843681;RO=13;SAF=1,0;SAR=8,2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.355556,0;SSSB=-0.521077,-0.569211;STB=0.832592,0.990155;STBP=0.012,0.486;TYPE=del,mnp;VARB=0.130295,0.0345646;OID=.,.;OPOS=36246492,36246491;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:24:25:13:13:9,2:11,1:0.44,0.04:8,2:1,0:7:6:10,1:1,0:7:6 chr19 36258937 . AG A 280.8 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.19892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.7838;QD=44.928;RBI=0.222053;REFB=0;REVB=-0.0986837;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0138004;OID=.;OPOS=36258938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:23:25:25:0:20:5:0:0:5:0:18:5:0:0 chr19 36259415 . G A 171.62 PASS AF=0.319444;AO=24;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0345241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7307;QD=9.5346;RBI=0.0345437;REFB=-0.0270766;REVB=-0.00116201;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122861;STB=0.590559;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0695055;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:49:24:23:0.319444:12:12:18:28:11:12:19:30 chr19 36268771 . C T 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0141488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.22;QD=20.4368;RBI=0.0200305;REFB=-0.0326291;REVB=0.0141786;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882131;STB=0.54901;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0246913;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:14:12:17:13:14:12 chr19 36270052 . A G 254.11 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.863;QD=50.8222;RBI=0.0313884;REFB=0;REVB=-0.0276706;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108687;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr19 36271139 . C T 156.65 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0264602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6957;QD=16.0663;RBI=0.0620027;REFB=-0.0251682;REVB=0.0560731;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035962;STB=0.53394;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0349652;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:6:10:13:9:6:11:13:9 chr19 36278470 . C G 509.64 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0425575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.131;QD=56.6267;RBI=0.0511362;REFB=-0.182697;REVB=0.0283507;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00172749;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:0:1:35:35:0.972222:17:18:0:0:17:18:1:0 chr19 36298022 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0225156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.176;QD=15.2927;RBI=0.0228512;REFB=-0.0468645;REVB=0.00390213;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0431417;OID=.;OPOS=36298022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:2:7:6:3:2:7 chr19 36302921 . T C 609.17 PASS AF=0.5;AO=61;DP=123;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00779141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.535;QD=19.6506;RBI=0.00851762;REFB=-0.0192925;REVB=-0.00344148;RO=62;SAF=34;SAR=27;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165473;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:62:62:61:62:0.5:27:34:35:27:27:35:35:27 chr19 36322270 . C T 715.05 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.807;QD=60.855;RBI=0.041637;REFB=-0.133123;REVB=-0.00314718;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000687767;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:25:21:0:0:25:21:0:1 chr19 36342212 . C T 122.35 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0696095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2613;QD=15.7865;RBI=0.0797235;REFB=-0.0117358;REVB=0.0388632;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328858;STB=0.502509;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.018646;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:5:8:11:6:5:9:11:6 chr19 36349333 . G A 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0902893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4401;QD=14.0409;RBI=0.0937862;REFB=-0.0237575;REVB=-0.0253708;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00657654;OID=.;OPOS=36349333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr19 36355595 . A G 521.25 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0142399;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9958;QD=54.8684;RBI=0.0244993;REFB=-0.0128442;REVB=-0.019936;RO=2;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114665;STB=0.506132;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000853896;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:14:22:1:1:14:22:1:1 chr19 36431519 . GAC CGA 37.34 PASS AF=0.195122;AO=10;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00358295;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=28.3967;QD=3.6432;RBI=0.0495396;REFB=-0.0173121;REVB=-0.0494099;RO=27;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672477;STB=0.898541;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.167183;OID=.;OPOS=36431519;OREF=GAC;OALT=CGA;OMAPALT=CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:41:41:27:33:10:8:0.195122:1:9:8:19:1:7:11:22 chr19 36486445 . G C 252.67 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.078;QD=50.5342;RBI=0.0691818;REFB=0;REVB=0.0449856;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379667;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 36497358 . C G 165.68 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0117948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.381;QD=11.4259;RBI=0.0151556;REFB=-0.0302227;REVB=-0.00951719;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717878;STB=0.558047;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0514211;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:37:21:21:0.362069:11:10:19:16:11:10:21:16 chr19 36549684 . G A 213.64 PASS AF=0.423729;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0380571;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3327;QD=14.4838;RBI=0.0382222;REFB=-0.0115193;REVB=-0.00354817;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00675485;STB=0.500687;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0351397;OID=.;OPOS=36549684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:23:25:0.423729:10:13:19:15:11:14:19:15 chr19 36590329 . T C 78.05 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.018685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.525;QD=14.1903;RBI=0.0193821;REFB=-0.0194799;REVB=-0.00515169;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151801;STB=0.617401;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0217928;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:11:12:10:10:0.454545:7:3:5:6:7:3:6:6 chr19 36590357 . GC G 37.7 PASS AF=0.318182;AO=9;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0587962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.3252;QD=6.8552;RBI=0.129603;REFB=-0.0731725;REVB=-0.115499;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.52381;SSSB=0.495786;STB=0.877043;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.103828;OID=.;OPOS=36590358;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:9:22:7:22:15:6:1:4:11:37:12:7:2:3:9 chr19 36594659 . A T 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7647;QD=61.6749;RBI=0.0219566;REFB=0;REVB=0.0209671;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114616;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr19 36595436 . A C 95.94 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00963598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.396;QD=11.629;RBI=0.0744797;REFB=-0.0376704;REVB=-0.0738537;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237364;STB=0.538397;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0631056;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:21:21:11:12:0.363636:5:6:11:10:5:7:11:10 chr19 36602729 . G C 156.21 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0435374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3504;QD=15.6206;RBI=0.0575258;REFB=7.68435e-05;REVB=0.0375994;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798967;STB=0.545941;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000306766;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:9:14:9:8:9:14 chr19 36603703 . T A 245.85 PASS AF=0.491228;AO=24;DP=55;FAO=28;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0220759;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1848;QD=17.2526;RBI=0.023769;REFB=-0.0274863;REVB=-0.00881004;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195182;STB=0.544399;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0243418;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:20:29:24:28:0.491228:13:11:14:6:15:13:16:13 chr19 36642884 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.291;QD=59.8387;RBI=0.0201759;REFB=0;REVB=0.0114558;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8766e-05;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr19 36727365 . G A 786.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.739;QD=64.169;RBI=0.0336497;REFB=0;REVB=0.0291095;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4909e-05;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:27:22:0:0 chr19 36729041 . A G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0517181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.827;QD=24.8032;RBI=0.0518522;REFB=-0.0254703;REVB=-0.00372639;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802204;STB=0.545366;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0126157;OID=.;OPOS=36729041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:1:3:6:4:1:3 chr19 36729170 . C T 42.78 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0537643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4743;QD=5.70379;RBI=0.1799;REFB=0.00366053;REVB=0.171678;RO=22;SAF=6;SAR=0;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.661281;STB=0.685092;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000178926;OID=.;OPOS=36729170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:30:22:23:6:7:0.233333:0:6:15:7:1:6:16:7 chr19 36940698 . A G 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0212222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0749;QD=27.39;RBI=0.0238466;REFB=0.0158841;REVB=0.0108757;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020981;STB=0.511616;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0122009;OID=.;OPOS=36940698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:14:6:3:8:14:6:3:8 chr19 36940760 . G T 126.87 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0476361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.57;QD=19.519;RBI=0.0553618;REFB=-0.00857411;REVB=-0.0282088;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518451;STB=0.545391;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00205801;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:11:12:14:14:0.538462:8:6:4:7:8:6:4:8 chr19 37004938 . T C 62.64 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0109611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3992;QD=7.82971;RBI=0.0459707;REFB=-0.0188503;REVB=0.0446448;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249863;STB=0.67699;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0898433;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:22:23:9:9:0.28125:2:7:13:9:2:7:13:10 chr19 37039069 . A C 308.35 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0133407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6169;QD=18.6876;RBI=0.0170915;REFB=0.00217088;REVB=-0.0106839;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137248;STB=0.59011;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00401566;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:33:33:33:0.5:18:15:19:12:18:15:21:12 chr19 37068081 . G C 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00342275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4807;QD=8.80984;RBI=0.0436302;REFB=2.42429e-05;REVB=0.0434957;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340216;STB=0.705311;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00448573;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:9:2:3:3:9:2 chr19 37117302 . A G 97.89 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0040055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.672;QD=13.9849;RBI=0.0180196;REFB=-0.0144291;REVB=-0.0175688;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.526271;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0207487;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:28:16:16:11:12:0.428571:7:4:6:10:8:4:6:10 chr19 37210805 . C T 130.72 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00634798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4508;QD=10.2524;RBI=0.0705442;REFB=-0.00281784;REVB=-0.070258;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285887;STB=0.669651;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00238656;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:6:10:13:22:6:10:13:22 chr19 37211478 . G A 76.15 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00538965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6706;QD=12.1834;RBI=0.0485001;REFB=-0.00886264;REVB=0.0481997;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353734;STB=0.67828;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0108553;OID=.;OPOS=37211478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:9:10:0.4:5:4:2:13:6:4:2:13 chr19 37239278 . C A 127.1 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0746285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8035;QD=29.9062;RBI=0.0780223;REFB=-0.000665351;REVB=-0.0227611;RO=3;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182594;STB=0.644918;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0045037;OID=.;OPOS=37239278;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:16:17:3:4:13:13:0.764706:3:10:1:2:3:10:1:3 chr19 37241141 . A G 249.1 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0193951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.542;QD=26.2205;RBI=0.0293407;REFB=-0.003978;REVB=0.022016;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246645;STB=0.524251;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0035755;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:9:14:9:5:9:14:10:5 chr19 37310344 . T C 111.88 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0248194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.827;QD=15.9823;RBI=0.0468765;REFB=-0.0153754;REVB=0.0397669;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197057;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0163019;OID=.;OPOS=37310344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:8:4:8:7:9:4:8:7 chr19 37369454 . T G 150.3 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.03363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2362;QD=12.2693;RBI=0.0374477;REFB=0.000925651;REVB=0.016473;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369366;STB=0.521714;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.000989849;OID=.;OPOS=37369454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:18:14:8:9:18:14 chr19 37369543 . A G 155.74 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.044565;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3234;QD=13.5422;RBI=0.0634964;REFB=3.73952e-05;REVB=0.0452299;RO=29;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323789;STB=0.692812;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00207293;OID=.;OPOS=37369543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:29:29:17:17:0.369565:14:3:12:17:14:3:12:17 chr19 37383253 . T G 37.16 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0717227;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.1535;QD=9.90801;RBI=0.0761915;REFB=0.00610282;REVB=0.0257097;RO=10;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756169;STB=0.52165;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0243697;OID=.;OPOS=37383253;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:15:10:9:4:5:0.333333:3:1:2:8:4:1:2:7 chr19 37441111 . C T 185.21 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0130033;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.662;QD=17.2287;RBI=0.0356395;REFB=-0.0186449;REVB=-0.0331826;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138984;STB=0.579127;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0330159;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:24:24:19:19:0.44186:10:9:8:16:10:9:8:16 chr19 37441980 . A G 129.3 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0206793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5785;QD=12.9301;RBI=0.0243586;REFB=-0.016984;REVB=0.0128728;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867922;STB=0.550952;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0242523;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:13:12:6:9:13:12 chr19 37482151 . A G 289.13 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0335662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.076;QD=15.0199;RBI=0.0335669;REFB=-0.0111085;REVB=0.000222304;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10669;STB=0.56176;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0183168;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:44:32:33:0.428571:13:19:20:21:13:20:22:22 chr19 37487632 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00308973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3261;QD=17.5417;RBI=0.0483476;REFB=-0.00221054;REVB=-0.0482488;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233128;STB=0.634425;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00215991;OID=.;OPOS=37487632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:4:11:8:8:4:11:8:8 chr19 37487723 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00630897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.84;QD=14.8514;RBI=0.0281228;REFB=0.00618239;REVB=-0.027406;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454997;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00897424;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:14:15:9:10:14:15 chr19 37487866 . A T 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.011708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.925;QD=19.6659;RBI=0.0543292;REFB=-0.037336;REVB=-0.0530527;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325339;STB=0.684017;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0237181;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:6:13:6:13:6:13:6:13 chr19 37487873 . C A 199.71 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0459874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.797;QD=19.971;RBI=0.0498837;REFB=0.0100132;REVB=-0.0193271;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265384;STB=0.64985;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0147842;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:7:13:7:13:7:13 chr19 37488055 . T G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00838829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.865;QD=9.49162;RBI=0.00913521;REFB=-0.000962822;REVB=-0.00361782;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229856;STB=0.644779;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00153928;OID=.;OPOS=37488055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:4:14:8:1:4:14 chr19 37488197 . G A 158.6 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0287258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3553;QD=15.1046;RBI=0.0518639;REFB=-0.0439401;REVB=0.0431822;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904212;STB=0.564792;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0582574;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:10:7:12:12:11:7:12:12 chr19 37488299 . A G 128.7 PASS AF=0.365854;AO=16;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0782798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4347;QD=12.5563;RBI=0.116141;REFB=-0.0344815;REVB=0.0857965;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.5607;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.060354;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:26:16:15:0.365854:11:5:7:17:11:4:9:17 chr19 37488472 . C G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0289399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4333;QD=16.1989;RBI=0.0335124;REFB=0.0176108;REVB=-0.0168987;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.016554;OID=.;OPOS=37488472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chr19 37681014 . G A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00486933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.117;QD=20.0301;RBI=0.00855268;REFB=0.0224522;REVB=-0.00703121;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127855;STB=0.561411;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0272127;OID=.;OPOS=37681014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:11:13:10:15:11:13:11:15 chr19 37690375 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0202061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.44;QD=17.2299;RBI=0.0246836;REFB=-0.028707;REVB=-0.0141772;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325838;STB=0.6918;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0155946;OID=.;OPOS=37690375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:4:2:6:2:4:2 chr19 37690420 . C T 306.26 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000171609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.647;QD=47.1161;RBI=0.0153847;REFB=-0.0243812;REVB=0.0153838;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503223;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00162774;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:0:2:24:24:0.923077:13:11:0:0:13:11:1:1 chr19 37758904 . T C 38.17 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=128;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=-0.0208961;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6741;QD=1.17451;RBI=0.0887947;REFB=-0.00381042;REVB=-0.0863009;RO=116;SAF=5;SAR=6;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577141;STB=0.547568;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0440108;OID=.;OPOS=37758904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:128:130:116:119:11:11:0.0846154:6:5:47:69:6:5:48:71 chr19 37825633 . A T 154.34 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.000714527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.751;QD=9.07893;RBI=0.011021;REFB=-0.00283064;REVB=-0.0109979;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235349;STB=0.627981;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00843946;OID=.;OPOS=37825633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:47:21:21:0.308824:12:9:28:16:12:9:29:18 chr19 38030265 . G A 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.958;QD=63.5753;RBI=0.0330043;REFB=0;REVB=0.0266253;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156059;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr19 38033251 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00015847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2482;QD=40.7622;RBI=0.0498985;REFB=0;REVB=0.0498982;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162012;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr19 38034016 . TTA T,TAA,TT 36.73 PASS AF=0.321429,0,0;AO=5,8,5;DP=45;FAO=9,0,0;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0138519,-0.0920078,0.0946268;FXX=0.096743;HRUN=5,5,7;LEN=2,1,1;MLLD=18.128,14.9134,7.90401;QD=5.24671;RBI=0.187524,0.0978731,0.23407;REFB=-0.103309,0.0238969,-0.132349;REVB=-0.187012,0.0333722,-0.21409;RO=22;SAF=1,8,0;SAR=4,0,5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.279785,0.767118,-0.651987;STB=0.583135,0.5,0.5;STBP=0.622,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0530975,0,-0.000248872;OID=.,.,.;OPOS=38034017,38034017,38034018;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=T,TAA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429,0,0:5,8,5:45:9,0,0:28:19:2,0,0:7,0,0:6:13:34:22:1,8,0:4,0,5:9:13 chr19 38046967 . G A 754.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.551;QD=62.8708;RBI=0.0326707;REFB=0;REVB=0.0321149;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549118;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:24:24:0:0 chr19 38055612 . A T 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.222;QD=57.103;RBI=0.0458525;REFB=0;REVB=-0.0456536;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202997;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr19 38056574 . T A 695.81 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0826461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7614;QD=60.5056;RBI=0.0871117;REFB=0.245949;REVB=-0.0275332;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00773451;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:0:1:19:26:0:1 chr19 38091932 . A T 646.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1473;QD=61.6024;RBI=0.0605541;REFB=0;REVB=0.0157794;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200644;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr19 38202516 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.968;QD=51.9152;RBI=0.131623;REFB=0;REVB=0.130598;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084686;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 38314767 . A G 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00376056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.411;QD=59.4472;RBI=0.0284482;REFB=0.0259093;REVB=0.0281986;RO=2;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999722;STB=0.505317;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.000446909;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:18:30:1:1:18:30:1:1 chr19 38376485 . T A 578.89 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.228;QD=57.8892;RBI=0.0198474;REFB=0.0331551;REVB=0.015815;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000309535;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr19 38377564 . T C 347.58 PASS AF=0.9;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00390375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.5593;QD=46.3442;RBI=0.0260106;REFB=-0.107791;REVB=-0.025716;RO=2;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061895;STB=0.51484;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0133616;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:29:30:2:3:27:27:0.9:14:13:0:2:14:13:1:2 chr19 38377749 . T C 122.25 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0537177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.128;QD=15.7745;RBI=0.0537503;REFB=-0.0108801;REVB=0.00186967;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.542797;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0154067;OID=.;OPOS=38377749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:11:6:6:8:11:6 chr19 38377773 . G A 358.71 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6519;QD=55.1857;RBI=0.106291;REFB=0;REVB=-0.0231473;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206134;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:12:12:0:0:12:14:0:0 chr19 38378107 . G A 340.41 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4536;QD=54.4655;RBI=0.0460575;REFB=0;REVB=-0.0174669;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143207;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr19 38378539 . G C 797.85 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.398;QD=63.828;RBI=0.00857595;REFB=0;REVB=0.00808792;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77942e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr19 38379446 . C T 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.595;QD=58.1324;RBI=0.0266695;REFB=0;REVB=-0.00119532;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30951e-05;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 38382328 . C T 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0375;QD=63.7508;RBI=0.0693598;REFB=0;REVB=-0.0659695;RO=0;SAF=30;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312424;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:66:30:0:0:66:30:0:0 chr19 38384421 . C G 114.96 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0413;QD=41.805;RBI=0.0754311;REFB=0;REVB=0.061273;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00909991;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chr19 38697929 . GGA ACG,GAC 197.01 PASS AF=0,0.285714;AO=6,27;DP=156;FAO=0,44;FDP=154;FR=.;FRO=110;FSAF=0,39;FSAR=0,5;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0840274,-0.0574629;FXX=0.0128197;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=47.6432,30.2131;QD=5.11724;RBI=0.0844357,0.0742481;REFB=-0.0169837,-0.038714;REVB=0.00829328,-0.0470191;RO=96;SAF=6,22;SAR=0,5;SRF=41;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.544414,0.495393;STB=0.5,0.832567;STBP=1,0;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0705878,0.164439;OID=.,.;OPOS=38697929,38697930;OREF=GGA,GA;OALT=ACG,AC;OMAPALT=ACG,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:156:154:96:110:6,27:0,44:0,0.285714:0,5:6,22:41:55:0,5:0,39:55:55 chr19 38698554 . GCC CGC,GC,GCT,GCTC 110.17 PASS AF=0.0454545,0.409091,0.136364,0.0909091;AO=2,6,2,4;DP=22;FAO=1,9,3,2;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=1,1,0,0;FSAR=0,8,3,2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0525217,0.0723482,-0.0343367,-0.0367799;FXX=0;HRUN=1,4,4,0;LEN=2,1,1,1;MLLD=79.4587,18.131,105.764,105.26;QD=20.0308;RBI=0.0525326,0.139302,0.0360669,0.0613359;REFB=-0.00971576,-0.0919128,0.003516,0.00935598;REVB=-0.00106873,0.119042,-0.0110367,-0.0490849;RO=8;SAF=1,1,0,0;SAR=1,5,2,4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.128706,-0.46433,-0.634114,-0.730747;STB=0.985273,0.826738,0.996669,0.995565;STBP=0.522,0.022,0.061,0.096;TYPE=mnp,del,snp,ins;VARB=0.0535021,0.0614909,0.106957,0.139245;OID=.,.,.,.;OPOS=38698554,38698555,38698556,38698556;OREF=GC,C,C,-;OALT=CG,-,T,T;OMAPALT=CGC,GC,GCT,GCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:22:22:8:7:2,6,2,4:1,9,3,2:0.0454545,0.409091,0.136364,0.0909091:1,5,2,4:1,1,0,0:5:3:0,8,3,2:1,1,0,0:5:2 chr19 38698996 . A AT 206.51 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783799;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.4268;QD=41.302;RBI=0.0785786;REFB=0;REVB=-0.00558516;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000730123;OID=.;OPOS=38698997;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:9:11:0:0:4:18:1:1:8:10 chr19 38698997 . G T 208.44 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00316115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.636;QD=41.6872;RBI=0.0132312;REFB=-0.219077;REVB=-0.012848;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102827;STB=0.505612;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00582273;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:10:8:1:1:10:8:1:1 chr19 38702777 . C T 276.69 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=53;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0299233;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.318;QD=20.1225;RBI=0.0348431;REFB=-0.0272058;REVB=0.0178504;RO=19;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371772;STB=0.70575;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00528221;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:19:25:28:30:0.545455:20:8:15:4:20:10:20:5 chr19 38709568 . C T 141.39 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0217939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5853;QD=21.7529;RBI=0.029287;REFB=-0.0153196;REVB=-0.019564;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261199;STB=0.646282;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0159552;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:2:9:7:8:2:9 chr19 38794895 . T C 1060.79 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000808134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.592;QD=58.1256;RBI=0.0231083;REFB=-0.108066;REVB=-0.0230941;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000345038;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:71:72:0.986301:45:26:0:0:45:27:1:0 chr19 38795250 . G A 206.62 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0267878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.019;QD=13.1188;RBI=0.0342894;REFB=-0.0294972;REVB=0.021405;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321868;STB=0.67564;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0346407;OID=.;OPOS=38795250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:9:16:12:25:9:16:13:25 chr19 38795546 . TGAAG TG,TGAAGAAGAAGGAGAAGGGC 218.23 PASS AF=0.346154,0.538462;AO=7,13;DP=26;FAO=9,14;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=6,5;FSAR=3,9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0138598,-0.0298642;FXX=0.103413;HRUN=2,2;LEN=3,15;MLLD=144.139,190.157;QD=33.5742;RBI=0.0167181,0.0340694;REFB=-0.0108852,-0.0376206;REVB=-0.00934877,0.0163968;RO=2;SAF=4,4;SAR=3,9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.174483,-0.17961;STB=0.599799,0.615217;STBP=0.317,0.063;TYPE=del,ins;VARB=0.0400757,0.0168134;OID=.,.;OPOS=38795547,38795551;OREF=GAA,-;OALT=-,AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=TG,TGAAGAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.346154,0.538462:7,13:26:9,14:26:3:6,5:3,9:3:0:61:2:4,4:3,9:2:0 chr19 38798086 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00332208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.359;QD=11.1039;RBI=0.00853419;REFB=-0.0196169;REVB=-0.00786106;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341391;STB=0.713564;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0241858;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:6:4:1:6:6:4 chr19 38800165 . C T 100.11 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0372281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.079;QD=15.4008;RBI=0.0378673;REFB=-0.0502054;REVB=-0.00692874;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264132;STB=0.666389;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.031199;OID=.;OPOS=38800165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:14:14:11:12:0.461538:4:7:5:9:4:8:5:9 chr19 38817486 . T C 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0520458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.726;QD=16.0646;RBI=0.0551902;REFB=-0.0165647;REVB=-0.0183627;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132136;STB=0.576184;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0224541;OID=.;OPOS=38817486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:13:11:6:12:13:11 chr19 38817876 . G A 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0244105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.126;QD=20.6004;RBI=0.0248168;REFB=-0.0105216;REVB=0.00447235;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155872;STB=0.5877;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0105211;OID=.;OPOS=38817876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:12:7:11:9:12:7 chr19 38827960 . T C 282.64 PASS AF=0.75;AO=19;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00497479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.074;QD=35.3298;RBI=0.0787807;REFB=-0.0187065;REVB=0.0786234;RO=8;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175448;STB=0.583264;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00831991;OID=.;OPOS=38827960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:19:24:0.75:11:8:6:2:14:10:6:2 chr19 38847431 . T C 489.94 PASS AF=0.642857;AO=44;DP=69;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000690843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.507;QD=27.9964;RBI=0.015248;REFB=-0.000530446;REVB=0.0152324;RO=24;SAF=29;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191007;STB=0.60412;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000377864;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:24:25:44:45:0.642857:15:29:9:15:16:29:9:16 chr19 38861333 . G A 346.26 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0319991;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.473;QD=21.9846;RBI=0.0443265;REFB=-0.0566504;REVB=0.030674;RO=24;SAF=19;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445592;STB=0.512813;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0405219;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:24:28:34:35:0.555556:15:19:12:12:16:19:16:12 chr19 38877255 . G T 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.02736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.683;QD=13.0896;RBI=0.0278825;REFB=-0.0193761;REVB=-0.00537244;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105786;STB=0.562401;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0507045;OID=.;OPOS=38877255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:8:12:9:4:8:12 chr19 38901578 . C T 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=1;FWDB=-0.00230192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2172;QD=15.2287;RBI=0.0331587;REFB=0.00289815;REVB=-0.0330787;RO=28;SAF=18;SAR=1;SRF=27;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975822;STB=0.555502;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00540076;OID=.;OPOS=38901578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:1:18:27:1:1:18:27:1 chr19 38912764 . A G 455.66 PASS AF=1;AO=19;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1945;QD=56.957;RBI=0.0464032;REFB=0;REVB=-0.0180616;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000843261;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:19:32:1:9:10:0:0:15:17:0:0 chr19 38912765 . T G 108.77 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.030994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.751;QD=13.5961;RBI=0.0369578;REFB=-0.104612;REVB=0.0201309;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272843;STB=0.507235;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0114256;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:6:6:10:9:6:7:10:9 chr19 38935280 . A G 443.87 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00134337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9274;QD=17.2377;RBI=0.0310519;REFB=-0.013629;REVB=-0.0310228;RO=54;SAF=18;SAR=30;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869224;STB=0.554133;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0131165;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:55:48:48:0.466019:30:18:25:29:30:18:26:29 chr19 38939408 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.751;QD=62.0187;RBI=0.0258923;REFB=0;REVB=0.0241111;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247219;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr19 38946182 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0173285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.503;QD=22.1885;RBI=0.0287958;REFB=0.00204072;REVB=0.0229983;RO=22;SAF=20;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327435;STB=0.686097;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000904663;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:4:20:12:10:4:20:12:10 chr19 38956839 . C T 1533.02 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0434;QD=58.9624;RBI=0.0123328;REFB=0;REVB=0.0115381;RO=0;SAF=29;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36224e-06;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:104:0:0:102:104:1:73:29:0:0:74:30:0:0 chr19 38959680 . C T 519.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.512;QD=59.4189;RBI=0.0386248;REFB=0;REVB=0.0375501;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444064;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr19 38990336 . C T 77.13 PASS AF=0.416667;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0408971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.827;QD=12.8546;RBI=0.0872882;REFB=-0.0197992;REVB=0.0771146;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559202;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0552451;OID=.;OPOS=38990336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:24:14:14:8:10:0.416667:4:4:7:7:6:4:7:7 chr19 38990345 . C T 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0126978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.395;QD=11.4379;RBI=0.0127981;REFB=-0.0103062;REVB=0.00159904;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13422;STB=0.605818;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0162189;OID=.;OPOS=38990345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:6:3:6:7:6:3:7:7 chr19 38991516 . G A 55.36 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0159232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4875;QD=10.065;RBI=0.0162484;REFB=-0.049532;REVB=0.00323455;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34871;STB=0.713729;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0427812;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:8:6:6:2:8:6 chr19 38991543 . G A 43.56 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.007541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.783;QD=6.96914;RBI=0.0263392;REFB=-0.00879194;REVB=0.0252366;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156386;STB=0.624625;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0287542;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:25:17:18:7:7:0.28:5:2:7:10:5:2:8:10 chr19 38993547 . C T 1521.5 PASS AF=0.954955;AO=106;DP=112;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000409287;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.599;QD=54.8287;RBI=0.0329458;REFB=-0.0215919;REVB=0.0329433;RO=5;SAF=52;SAR=54;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773584;STB=0.504081;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000842427;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:112:111:5:5:106:106:0.954955:54:52:2:3:54:52:2:3 chr19 38994910 . G A 595.32 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0260164;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.854;QD=56.6972;RBI=0.0400413;REFB=-0.0954929;REVB=0.0304377;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000551335;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:23:17:1:1:23:17:1:1 chr19 38995438 . T C 785.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.611;QD=64.1312;RBI=0.0611452;REFB=0;REVB=0.0320272;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276181;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr19 38995510 . T C 433.92 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474517;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5276;QD=57.8565;RBI=0.011022;REFB=0;REVB=0.00994823;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538171;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr19 38995975 . G A 766.6 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.689;QD=63.8832;RBI=0.0243145;REFB=0;REVB=0.0170863;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7525e-05;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr19 38996990 . T C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3518;QD=57.6784;RBI=0.0173688;REFB=0;REVB=0.0158136;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015029;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr19 39002725 . A G 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.988;QD=58.4128;RBI=0.03562;REFB=0;REVB=0.0197669;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42878e-05;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr19 39008003 . G A 674.89 PASS AF=0.585586;AO=63;DP=106;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0152711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.94;QD=24.3203;RBI=0.0259749;REFB=-0.0180146;REVB=0.0210116;RO=43;SAF=36;SAR=27;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164979;STB=0.575977;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0153885;OID=.;OPOS=39008003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:43:46:63:65:0.585586:27:36:15:28:29:36:17:29 chr19 39010053 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00126857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.625;QD=12.0842;RBI=0.00889273;REFB=-0.0142156;REVB=-0.00880178;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080714;STB=0.547428;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0242751;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:19:11:7:9:19:11 chr19 39086604 . T C 49.46 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0918879;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3202;QD=12.3659;RBI=0.155662;REFB=-0.0525382;REVB=-0.125647;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392579;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0551251;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:10:9:7:7:0.4375:5:2:7:3:5:2:6:3 chr19 39100594 . G A 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00133462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.763;QD=15.1608;RBI=0.00655379;REFB=-0.0131799;REVB=-0.00641646;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851303;STB=0.536378;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0188073;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:7:9:10:11:7:9:11:11 chr19 39101870 . T C 296.13 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0676607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8566;QD=49.3553;RBI=0.0679065;REFB=0.136992;REVB=-0.00577247;RO=1;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250351;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00633701;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:18:5:0:1:18:5:0:1 chr19 39101879 . G A 109.88 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0469444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.664;QD=14.6507;RBI=0.047679;REFB=-0.0107235;REVB=0.00833698;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23035;STB=0.66637;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.018483;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:11:2:5:11:11:2:6:11 chr19 39196745 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0179501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.044;QD=15.643;RBI=0.0183626;REFB=0.0073143;REVB=-0.00387026;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327;STB=0.518828;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00926215;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:11:18:13:7:11:18 chr19 39212400 . C T 105.78 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0659263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.652;QD=11.4355;RBI=0.0676785;REFB=-0.0129977;REVB=-0.0153005;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351636;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.039391;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:11:13:7:6:11:13 chr19 39224413 . A G 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000163598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.255;QD=54.4979;RBI=0.044015;REFB=0;REVB=-0.0440147;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203679;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 39227895 . C T 218.97 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.000292156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.422;QD=23.6728;RBI=0.0214901;REFB=-0.0102142;REVB=0.0214882;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559265;STB=0.531107;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00859977;OID=.;OPOS=39227895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:16:5:3:13:16:5:3:13 chr19 39233146 . A G 1606.65 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4095;QD=60.0618;RBI=0.0275889;REFB=0;REVB=0.0275291;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73725e-05;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr19 39279824 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.61;QD=35.5759;RBI=0.00883012;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71246e-05;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr19 39294466 . C A 186.27 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0136381;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3806;QD=12.0174;RBI=0.021809;REFB=-0.00506424;REVB=0.0170186;RO=39;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115019;STB=0.577457;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0134849;OID=.;OPOS=39294466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:9:13:19:20:9:14:19:20 chr19 39306529 . C T 801.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.978;QD=57.2238;RBI=0.0297829;REFB=0;REVB=0.0201281;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47115e-05;OID=.;OPOS=39306529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:28:28:0:0 chr19 39308190 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.928;QD=60.9783;RBI=0.036164;REFB=0;REVB=0.0156061;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151662;OID=.;OPOS=39308190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr19 39364584 . C T 219.03 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00598345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6318;QD=15.6446;RBI=0.0375563;REFB=0.00236146;REVB=0.0370766;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530896;STB=0.79976;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00301488;OID=.;OPOS=39364584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:31:25:25:0.446429:20:5:22:7:20:5:23:8 chr19 39385532 . T C 139.85 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0273427;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.7;QD=18.0448;RBI=0.0306004;REFB=-0.0250289;REVB=0.013739;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917792;STB=0.547883;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0226694;OID=.;OPOS=39385532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:15:16:14:15:0.483871:9:5:4:11:9:6:5:11 chr19 39402455 . C G 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0224141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.17;QD=23.9648;RBI=0.0273401;REFB=-0.0272501;REVB=0.0156553;RO=18;SAF=1;SAR=22;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588013;STB=0.841683;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0129225;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:22:1:7:11:22:1:7:11 chr19 39416887 . C T 649.91 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.033616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4434;QD=22.0307;RBI=0.0436525;REFB=-0.00113341;REVB=0.027848;RO=54;SAF=38;SAR=26;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125745;STB=0.568962;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00171129;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:54:64:64:0.542373:26:38:24:30:26:38:24:30 chr19 39432783 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.506;QD=59.5;RBI=0.0253849;REFB=0;REVB=0.0250961;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61716e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:27:40:0:0:28:41:0:0 chr19 39433299 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.719;QD=57.2019;RBI=0.0107047;REFB=0;REVB=-0.0105071;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27802e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr19 39589189 . C T 1792.61 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00577482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.16;QD=59.2599;RBI=0.00584926;REFB=0.0521889;REVB=-0.000930216;RO=1;SAF=74;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104377;STB=0.510868;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.000321002;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:45:74:0:1:45:74:0:2 chr19 39590955 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.457;QD=55.097;RBI=0.0257681;REFB=0;REVB=-0.00150353;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101468;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 39688901 . G T 106.61 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0359197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.362;QD=15.2297;RBI=0.0430717;REFB=-0.0196315;REVB=0.0237686;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0855692;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:12:13:0.464286:6:6:7:7:6:7:7:8 chr19 39735106 . T C 56.11 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00391873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3629;QD=6.6015;RBI=0.0611966;REFB=-0.0116746;REVB=0.061071;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219857;STB=0.655871;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0309617;OID=.;OPOS=39735106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:34:34:24:25:8:9:0.264706:2:6:14:10:2:7:15:10 chr19 39879663 . A G 434.41 PASS AF=0.483516;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00736489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0705;QD=19.095;RBI=0.0218135;REFB=0.0245106;REVB=-0.0205326;RO=48;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647517;STB=0.548759;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0249586;OID=.;OPOS=39879663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:47:43:44:0.483516:24:19:18:30:24:20:17:30 chr19 39882118 . G C 293.19 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.00914157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.031;QD=12.476;RBI=0.0110678;REFB=-0.0170228;REVB=-0.00623927;RO=59;SAF=13;SAR=21;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283927;STB=0.656965;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0227976;OID=.;OPOS=39882118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:60:34:34:0.361702:21:13:38:21:21:13:38:22 chr19 39883087 . G GT,T 40.8 PASS AF=0.272727,0;AO=4,2;DP=35;FAO=9,0;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0123528,0.0185173;FXX=0.0294031;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=12.9045,201.82;QD=4.94543;RBI=0.0442556,0.0189655;REFB=-0.0243543,-0.0129989;REVB=-0.0424967,0.00409882;RO=29;SAF=0,2;SAR=4,0;SRF=21;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.706637,0.380995;STB=0.685903,0.5;STBP=0.236,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0429671,0;OID=.,.;OPOS=39883088,39883087;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:35:33:29:24:4,2:9,0:0.272727,0:4,0:0,2:21:8:5,0:4,0:17:7 chr19 39888390 . G C 173.09 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0185848;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0001;QD=17.7529;RBI=0.0290891;REFB=-0.0115412;REVB=-0.0223781;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206746;STB=0.63143;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0279551;OID=.;OPOS=39888390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:6:12:9:11:6:12:9:12 chr19 39891161 . T C 235.04 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00112053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.772;QD=13.2418;RBI=0.0312851;REFB=-0.0109402;REVB=0.031265;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107939;STB=0.506168;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0169989;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:16:12:18:25:16:12:18:25 chr19 39891219 . C T 255.9 PASS AF=0.434783;AO=28;DP=67;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.037413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.691;QD=14.8348;RBI=0.0375125;REFB=-0.018839;REVB=-0.00273076;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456088;STB=0.541173;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0216799;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:39:39:28:30:0.434783:17:11:17:22:19:11:17:22 chr19 39914748 . G A 254.99 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.494;QD=50.9973;RBI=0.0427485;REFB=0;REVB=0.0312138;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455993;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:10:10:0:0 chr19 39915637 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.407;QD=37.4885;RBI=0.0379184;REFB=0;REVB=0.0158898;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494055;OID=.;OPOS=39915637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 39915757 . C CG 142.09 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760929;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=133.875;QD=43.7197;RBI=0.148485;REFB=0;REVB=-0.127506;RO=11;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.07587e-05;OID=.;OPOS=39915758;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:13:13:13:0:5:8:0:0:4:11:1:1:4:7 chr19 39915758 . C G 102.19 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0376147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.195;QD=29.1976;RBI=0.0497363;REFB=-0.105682;REVB=0.0325397;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012578;STB=0.526268;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00284184;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:14:14:2:3:11:11:0.785714:6:5:1:1:6:5:1:2 chr19 39916110 . GGGA G 678.76 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291562;FXX=0.0689536;HRUN=3;LEN=3;MLLD=154.214;QD=50.2785;RBI=0.0294188;REFB=0;REVB=-0.00392188;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.53361e-05;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:56:54:54:0:24:30:0:0:12:0:23:30:0:0 chr19 39926509 . A C 358.46 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.72;QD=55.1469;RBI=0.0738778;REFB=0;REVB=0.0241113;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492843;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr19 39926521 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8235;QD=54.5151;RBI=0.00968211;REFB=0;REVB=-0.000587374;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04552e-05;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr19 39932066 . T C 1070.4 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.722;QD=59.4665;RBI=0.0705352;REFB=0;REVB=0.0618709;RO=0;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145548;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:65:72:1:48:17:0:0:53:19:0:0 chr19 39944082 . C T 539.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.889;QD=59.9453;RBI=0.0719574;REFB=0;REVB=0.0623071;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089412;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:24:10:0:0:26:10:0:0 chr19 39955533 . G A 592.06 PASS AF=0.93617;AO=38;DP=45;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0697079;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.6647;QD=50.3879;RBI=0.137716;REFB=-0.163078;REVB=0.11877;RO=6;SAF=20;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670137;STB=0.50921;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0220973;OID=.;OPOS=39955533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:45:47:6:3:38:44:0.93617:18:20:3:3:21:23:2:1 chr19 39971432 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.512;QD=40.7621;RBI=0.0317153;REFB=0;REVB=-0.0316384;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000597255;OID=.;OPOS=39971432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 39991237 . C G 727.75 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0530024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.0056;QD=58.2202;RBI=0.098496;REFB=-0.174987;REVB=0.0830194;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.519223;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00356905;OID=.;OPOS=39991237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:47:48:0.96:24:23:0:1:25:23:0:2 chr19 39994711 . T C 785.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1197;QD=64.1403;RBI=0.0445719;REFB=0;REVB=0.0443563;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292762;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr19 39996027 . C T 1446.43 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0189477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.025;QD=60.9021;RBI=0.0224247;REFB=-0.0965314;REVB=0.0119938;RO=2;SAF=41;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225604;STB=0.511625;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000203001;OID=.;OPOS=39996027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:92:93:0.978947:51:41:2:0:51:42:2:0 chr19 40009396 . A G 141.99 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00357144;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.2851;QD=18.3209;RBI=0.0411829;REFB=-0.000474092;REVB=0.0410277;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393889;STB=0.727354;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=7.09541e-05;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:5:10:3:12:5:11:3:12 chr19 40023088 . T G 598.48 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00483497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.535;QD=18.1357;RBI=0.0123067;REFB=-0.00902048;REVB=-0.0113172;RO=69;SAF=29;SAR=33;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176367;STB=0.51327;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00933333;OID=.;OPOS=40023088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:70:62:62:0.469697:33:29:31:38:33:29:31:39 chr19 40023308 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.587;QD=42.1826;RBI=0.0357901;REFB=0;REVB=0.00857004;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280665;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 40030654 . G C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0239336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.501;QD=16.408;RBI=0.0290445;REFB=-0.0269483;REVB=0.0164551;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201492;STB=0.60293;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0186816;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:11:10:19:9:11:10:19:10 chr19 40030704 . C T 391.17 PASS AF=0.567568;AO=38;DP=70;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0454225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.174;QD=21.1442;RBI=0.0458329;REFB=-0.0467079;REVB=-0.00611967;RO=30;SAF=28;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130877;STB=0.548996;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0395469;OID=.;OPOS=40030704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:30:32:38:42:0.567568:10:28:18:12:14:28:18:14 chr19 40149297 . T A 1061.7 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2369;QD=59.8143;RBI=0.0773738;REFB=0;REVB=0.0731601;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342767;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr19 40174236 . G A 176.44 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.000260837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2396;QD=14.1151;RBI=0.0170804;REFB=-0.0133547;REVB=-0.0170784;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154695;STB=0.59047;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0201319;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:14:5:12:19:14:5:12:19 chr19 40196627 . G A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0153173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.445;QD=17.7314;RBI=0.0158525;REFB=0.00766201;REVB=0.00408426;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113657;STB=0.588366;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0145912;OID=.;OPOS=40196627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:13:4:6:12:13:4:7:12 chr19 40197924 . T C 505.39 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0690368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0002;QD=20.2155;RBI=0.078898;REFB=-0.000564769;REVB=0.0381944;RO=51;SAF=23;SAR=26;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108955;STB=0.560366;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00153368;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:26:23:30:21:26:23:30:21 chr19 40199914 . C G 150.77 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0360409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.616;QD=12.5645;RBI=0.049111;REFB=-0.0298511;REVB=-0.0333608;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145043;STB=0.587681;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0622688;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:31:17:17:0.354167:6:11:15:14:6:11:16:15 chr19 40224986 . A G 255.65 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00153599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3177;QD=15.7324;RBI=0.01893;REFB=-0.00921858;REVB=-0.0188676;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874776;STB=0.549262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00602729;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:23:13:13:16:23:13 chr19 40225646 . G A 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0125449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.257;QD=9.99276;RBI=0.0273157;REFB=-0.00362418;REVB=0.0242646;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271243;STB=0.663058;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00838062;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:13:4:16:20:13:4:16:20 chr19 40357683 . T G 175.6 PASS AF=0.403509;AO=20;DP=54;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0143973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4032;QD=12.3231;RBI=0.0437503;REFB=-0.0338;REVB=-0.0413136;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134286;STB=0.512728;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0470629;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:34:34:20:23:0.403509:6:14:20:14:9:14:20:14 chr19 40363020 . G A 130.49 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00876899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.19;QD=17.9986;RBI=0.0432402;REFB=-0.0331462;REVB=0.0423417;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121348;STB=0.596895;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0297681;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:14:15:0.517241:9:5:3:10:9:6:3:11 chr19 40363926 . C G 178.96 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00880428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.87;QD=15.2305;RBI=0.045047;REFB=-0.0192804;REVB=-0.0441782;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346271;STB=0.698079;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0478625;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:8:20:7:12:8:20 chr19 40366362 . G C 224.57 PASS AF=0.479167;AO=21;DP=46;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0292805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.466;QD=18.7145;RBI=0.0305231;REFB=-0.0189795;REVB=0.00862067;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37679;STB=0.670694;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0184819;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:25:21:23:0.479167:15:6:17:8:15:8:17:8 chr19 40368395 . C T 335.15 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.016298;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.073;QD=21.9771;RBI=0.0328755;REFB=-0.0160356;REVB=0.0285512;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129814;STB=0.571388;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0253229;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:14:20:20:7:14:20:20:7 chr19 40368498 . AA CA,CC 617.29 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,43;DP=45;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290962,0.0247298;FXX=0.108672;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=159.343,205.36;QD=60.2231;RBI=0.0308918,0.0247307;REFB=0,0;REVB=0.0103785,0.000209256;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.176161,0.00466747;OID=.,.;OPOS=40368498,40368498;OREF=A,AA;OALT=C,CC;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:45:41:0:0:2,43:2,39:0.0487805,0.95122:0,19:2,24:0:0:0,14:2,25:0:0 chr19 40368520 . G C 106.23 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0682262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6518;QD=11.8036;RBI=0.0840755;REFB=-0.0129618;REVB=0.0491311;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312758;STB=0.699733;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0268012;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:23:13:13:0.361111:7:6:16:5:7:6:18:5 chr19 40392482 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0643125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4634;QD=14.0965;RBI=0.0655086;REFB=-0.0256695;REVB=0.0124613;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0182101;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:8:6:7:4:8:6 chr19 40392631 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0057578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.869;QD=14.7015;RBI=0.0297585;REFB=-0.0081648;REVB=0.0291961;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00924694;OID=.;OPOS=40392631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:9:6:5:7:9:6 chr19 40406019 . G A 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00472909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.385;QD=22.7935;RBI=0.00475995;REFB=-0.0186298;REVB=-0.000541095;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279132;STB=0.655611;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0142263;OID=.;OPOS=40406019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:15:9:15:6:15:9:15:6 chr19 40408821 . C G 36.57 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0267214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5681;QD=7.31383;RBI=0.0787144;REFB=-0.0121906;REVB=0.07404;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0317282;OID=.;OPOS=40408821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:3:3:6:7:3:3:7:7 chr19 40900865 . C T 950.09 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0377954;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.425;QD=55.8877;RBI=0.0410311;REFB=-0.124698;REVB=0.0159707;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125996;STB=0.513154;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000863571;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:1:2:66:66:0.970588:29:37:1:0:29:37:2:0 chr19 40901383 . A AC 47.92 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0176601;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.2913;QD=7.09873;RBI=0.0234409;REFB=-0.110593;REVB=0.0154141;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192793;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=0.125503;OID=.;OPOS=40901384;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:10:30:12:27:15:5:7:9:6:47:19:4:6:11:8 chr19 40901496 . T C 631.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.069;QD=61.5892;RBI=0.0166988;REFB=0;REVB=-0.0144168;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07264e-05;OID=.;OPOS=40901496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:25:16:0:0 chr19 40901614 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.24;QD=33.4253;RBI=0.0822978;REFB=0;REVB=-0.0681457;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0111391;OID=.;OPOS=40901614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 40929363 . T C 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.038471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.201;QD=20.5403;RBI=0.0394042;REFB=-0.0305731;REVB=-0.00852482;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061651;STB=0.53473;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0261595;OID=.;OPOS=40929363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:11:14:15:9:11:14 chr19 41008049 . A G 245.32 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00555172;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5249;QD=22.8203;RBI=0.0217349;REFB=-0.00239554;REVB=-0.0210139;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120482;STB=0.574883;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00319115;OID=.;OPOS=41008049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:22:23:0.534884:13:9:11:9:14:9:11:9 chr19 41008178 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0349667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.061;QD=14.6539;RBI=0.0350657;REFB=-0.00407379;REVB=0.00263272;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104005;OID=.;OPOS=41008178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:1:7:7:1:1:7 chr19 41012190 . C T 350.23 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00768193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.23;QD=22.9659;RBI=0.0143892;REFB=-0.0381787;REVB=0.0121671;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110533;STB=0.570961;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.014023;OID=.;OPOS=41012190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:26:35:35:0.57377:23:12:12:13:23:12:13:13 chr19 41096189 . A G 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00401044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.161;QD=14.6505;RBI=0.0332242;REFB=-0.0175055;REVB=-0.0329813;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253154;STB=0.647927;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0266081;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:10:9:10:4:10:9 chr19 41097276 . C G 203.51 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0166616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.335;QD=21.4224;RBI=0.0166757;REFB=-0.0156569;REVB=0.000686077;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289021;STB=0.64985;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0306698;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:13:7:12:5:13:7:12:6 chr19 41111069 . G A 313.07 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.103295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1301;QD=28.4612;RBI=0.103911;REFB=-0.0220048;REVB=0.0112945;RO=16;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478084;STB=0.519986;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0375575;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:27:28:0.636364:15:12:6:10:16:12:6:10 chr19 41117869 . A G 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.051994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8605;QD=9.4912;RBI=0.0552985;REFB=-0.0221663;REVB=-0.0188296;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630838;STB=0.538391;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0424051;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:10:14:7:4:10:14 chr19 41118056 . A G 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0322345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.519;QD=13.9562;RBI=0.0395979;REFB=0.00939775;REVB=-0.0229984;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308536;STB=0.705362;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0134388;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:3:4:1:5:3:4:1:6 chr19 41123093 . A AG,AGG 263.09 PASS AF=1,0;AO=26,5;DP=39;FAO=36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145168,-0.0759627;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=9.27588,7.84633;QD=29.2322;RBI=0.213449,0.110806;REFB=0,0;REVB=-0.156483,-0.0806693;RO=7;SAF=11,2;SAR=15,3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00219387,-0.0274957;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0187154,0.0148344;OID=.,.;OPOS=41123094,41123094;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:26,5:39:36,0:36:0:14,0:22,0:0:0:6:7:11,2:15,3:3:4 chr19 41128309 . C T 39.5 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.147993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.76;QD=12.1545;RBI=0.148897;REFB=-0.0496943;REVB=-0.0163823;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0775052;OID=.;OPOS=41128309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr19 41129842 . C T 57.28 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0606421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1981;QD=12.73;RBI=0.0636915;REFB=-0.0423595;REVB=0.0194716;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51755;STB=0.815763;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0359089;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:6:4:7:1:6:4 chr19 41211056 . T C 51.78 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0478203;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.44;QD=15.9334;RBI=0.0598426;REFB=0.0495862;REVB=0.0359772;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0188165;OID=.;OPOS=41211056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr19 41350664 . A T 1283.57 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.895;QD=61.8589;RBI=0.0935535;REFB=0;REVB=-0.000171933;RO=0;SAF=21;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106011;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:61:21:0:0:61:22:0:0 chr19 41354606 . G T 47.93 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0123339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.029;QD=3.04348;RBI=0.0123397;REFB=-0.00879066;REVB=-0.000378891;RO=54;SAF=8;SAR=1;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59704;STB=0.908265;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0285677;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:1:8:20:34:1:8:20:34 chr19 41356281 . T C 772.34 PASS AF=0.610169;AO=72;DP=118;FAO=72;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0560311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9818;QD=26.1811;RBI=0.0565902;REFB=-0.0114509;REVB=-0.00793562;RO=46;SAF=28;SAR=44;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821837;STB=0.544648;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0093951;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:46:46:72:72:0.610169:44:28:23:23:44:28:23:23 chr19 41381647 . A C 402.32 PASS AF=1;AO=22;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7953;QD=53.6429;RBI=0.239553;REFB=0;REVB=0.235755;RO=0;SAF=21;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00602071;OID=.;OPOS=41381647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:22:30:1:1:21:0:0:7:23:0:0 chr19 41383153 . A G 220.52 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0039586;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.086;QD=16.0381;RBI=0.00542797;REFB=0.00185194;REVB=-0.00371381;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513663;STB=0.529047;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00478336;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:13:12:16:14:13:12:16:14 chr19 41383217 . T C 231.13 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0583661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.133;QD=17.1208;RBI=0.0584497;REFB=-0.0124108;REVB=0.00312541;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018742;STB=0.519985;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0161534;OID=.;OPOS=41383217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:28:25:26:0.481481:13:12:14:14:14:12:14:14 chr19 41383799 . G A 404.09 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0135823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2403;QD=19.4741;RBI=0.0228373;REFB=-0.00949277;REVB=0.0183593;RO=42;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183747;STB=0.601814;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00528399;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:22:19:28:14:22:19:28:14 chr19 41384675 . T C 2185.92 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427683;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0849;QD=63.3599;RBI=0.0438463;REFB=0;REVB=0.00966264;RO=0;SAF=72;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327327;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:66:72:0:0:66:72:0:0 chr19 41386033 . T C 579.11 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00761946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.85;QD=21.6489;RBI=0.0189244;REFB=0.00343288;REVB=-0.0173228;RO=47;SAF=33;SAR=25;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655804;STB=0.545881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00229588;OID=.;OPOS=41386033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:49:58:58:0.542056:25:33:23:24:25:33:23:26 chr19 41386079 . C T 410.34 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0107473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.007;QD=18.2372;RBI=0.0110943;REFB=-0.0178638;REVB=0.00275321;RO=48;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042643;STB=0.523798;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0170519;OID=.;OPOS=41386079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:20:22:23:25:20:22:23:25 chr19 41386136 . A C 154.01 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0175467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.629;QD=14.6672;RBI=0.0249411;REFB=-0.0150811;REVB=0.0177248;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505611;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.030731;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:25:16:17:0.404762:8:8:11:11:8:9:13:12 chr19 41386420 . A C 221.46 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0919835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8705;QD=18.8477;RBI=0.100632;REFB=-0.00945714;REVB=-0.0408135;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136018;STB=0.595661;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0117107;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:25:21:22:0.468085:10:11:16:8:11:11:17:8 chr19 41386486 . CA AG 125.83 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0171806;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.722;QD=12.9052;RBI=0.0279424;REFB=-0.0212006;REVB=-0.0220364;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255303;STB=0.615228;STBP=0.288;TYPE=mnp;VARB=0.0374556;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:25:14:14:0.358974:7:7:15:5:7:7:17:8 chr19 41386494 . A C 131.14 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0467172;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.605;QD=13.1143;RBI=0.0468866;REFB=-0.0187335;REVB=0.00398253;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209085;STB=0.631413;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0345639;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:24:25:15:15:0.375:8:7:16:8:8:7:17:8 chr19 41386527 . G A 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.000155499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.759;QD=18.828;RBI=0.00918881;REFB=-0.0275998;REVB=-0.00918749;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517722;STB=0.529382;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0320064;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:12:10:8:12:12:10 chr19 41387620 . A G 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00624891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1623;QD=11.1265;RBI=0.0136971;REFB=-0.0253104;REVB=-0.0121886;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331751;STB=0.519607;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.026178;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:17:17:8:9:17:17 chr19 41387647 . A G 149.15 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0379167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.377;QD=9.6226;RBI=0.0422442;REFB=-0.0165922;REVB=-0.0186252;RO=41;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209718;STB=0.61527;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0260214;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:8:12:17:24:8:12:18:24 chr19 41387656 . A T 174.27 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00453562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.464;QD=11.6178;RBI=0.00453681;REFB=0.00718497;REVB=0.000103695;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128649;STB=0.574627;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0110313;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:18:20:9:13:18:20 chr19 41404196 . A G 313.21 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0231546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.448;QD=19.5756;RBI=0.0247704;REFB=-0.014366;REVB=0.00879992;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980847;STB=0.545427;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0115955;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:18:14:17:14:18:15:17:14 chr19 41405962 . T G 154.85 PASS AF=0.404762;AO=15;DP=40;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00487249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.279;QD=14.7477;RBI=0.0246294;REFB=-0.0600835;REVB=0.0241427;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160884;STB=0.518251;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.090763;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:25:25:15:17:0.404762:5:10:17:8:5:12:17:8 chr19 41414481 . G A 436.41 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.014176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.135;QD=15.4482;RBI=0.0149504;REFB=-0.0179536;REVB=-0.0047491;RO=63;SAF=20;SAR=29;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284606;STB=0.51957;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.02574;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:64:49:49:0.433628:29:20:24:39:29:20:24:40 chr19 41700493 . G C 93.78 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0231914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.129;QD=10.138;RBI=0.0330077;REFB=-0.0193955;REVB=0.0234877;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112421;STB=0.567457;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0274884;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:15:10:6:6:15:10 chr19 41743861 . A G 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00507733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.009;QD=51.8346;RBI=0.00627625;REFB=0.0962835;REVB=0.00368945;RO=2;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017791;STB=0.509548;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00275005;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:11:20:1:1:11:20:1:1 chr19 41748153 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00803535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.111;QD=10.2403;RBI=0.0202643;REFB=-0.0141422;REVB=-0.0186031;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309114;STB=0.677571;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0240479;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:2:8:10:8:2:8:11:8 chr19 41808432 . A T 67.63 PASS AF=0.36;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00182672;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.425;QD=10.8204;RBI=0.0651878;REFB=-0.0135827;REVB=-0.0651622;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353661;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.023297;OID=.;OPOS=41808432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:25:18:16:9:9:0.36:3:6:6:12:3:6:6:10 chr19 41829581 . T A 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0465912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2898;QD=9.91243;RBI=0.0679962;REFB=-0.0111026;REVB=0.0495252;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439844;STB=0.761393;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0257609;OID=.;OPOS=41829581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:4:13:3:6:4:13 chr19 41829606 . G A 82.95 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0213974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5661;QD=9.47978;RBI=0.0214156;REFB=-0.00120467;REVB=0.000883789;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331235;STB=0.696656;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00234822;OID=.;OPOS=41829606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:6:18:5:6:6:18 chr19 41848139 . GC G 247.7 PASS AF=1;AO=20;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.251673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.8106;QD=34.1661;RBI=0.275941;REFB=0;REVB=0.113154;RO=5;SAF=4;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.397173;SSEP=0;SSSB=-0.19683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0173798;OID=.;OPOS=41848140;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:27:29:29:0:7:22:0:0:5:5:4:16:3:2 chr19 41937095 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.542;QD=63.2867;RBI=0.064174;REFB=0;REVB=0.00870446;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228756;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr19 41939297 . C G 768.17 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.541;QD=64.0141;RBI=0.0570896;REFB=0;REVB=0.0513505;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155631;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:25:19:0:0:28:20:0:0 chr19 41944237 . T C 622.28 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0250607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.984;QD=48.8059;RBI=0.0494888;REFB=-0.000505986;REVB=-0.0426743;RO=3;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403248;STB=0.534953;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-7.3195e-06;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:3:4:47:47:0.921569:16:31:1:2:16:31:1:3 chr19 41945837 . T A 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.957;QD=60.597;RBI=0.0107653;REFB=0;REVB=0.0103482;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35941e-05;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr19 41949870 . T C 501.07 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.439;QD=55.674;RBI=0.0274111;REFB=0.0464502;REVB=0.0196707;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000310022;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:0:1:35:35:0.972222:18:17:0:0:18:17:1:0 chr19 42070360 . C T 818.9 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4434;QD=55.5188;RBI=0.0447016;REFB=-0.118116;REVB=0.0310839;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00172776;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:57:58:0.983051:25:32:0:0:25:33:1:0 chr19 42070528 . G C 661.26 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00221083;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.845;QD=60.1145;RBI=0.0184341;REFB=-0.0492282;REVB=0.0183011;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00219343;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:42:43:0.977273:26:16:1:0:27:16:1:0 chr19 42071289 . T C 1704.23 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128976;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5653;QD=60.8653;RBI=0.0276079;REFB=0;REVB=0.02441;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86855e-05;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr19 42083849 . C A 1523.07 PASS AF=0.990566;AO=98;DP=101;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8343;QD=57.4745;RBI=0.111205;REFB=-0.122254;REVB=0.00144599;RO=3;SAF=50;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276064;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00614428;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:106:3:1:98:105:0.990566:48:50:3:0:48:57:1:0 chr19 42085873 . A G 726.81 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407216;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.136;QD=57.0049;RBI=0.0455158;REFB=0;REVB=0.0203331;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001245;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr19 42132273 . C T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0218956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.893;QD=19.9285;RBI=0.0218959;REFB=-0.00223588;REVB=0.000114692;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.537129;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00154418;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:6:5:3:6:7:5:3:6 chr19 42132314 . G C 222.32 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.758;QD=49.4045;RBI=0.052585;REFB=0;REVB=0.0419095;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392893;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr19 42190859 . A T 209.85 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0662581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8325;QD=11.0449;RBI=0.0662872;REFB=-0.0221927;REVB=-0.00196452;RO=48;SAF=11;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155331;STB=0.60516;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0548365;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:26:27:0.355263:15:11:27:21:16:11:28:21 chr19 42221607 . A G 777.96 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236477;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.491;QD=55.5682;RBI=0.0266331;REFB=-0.0560221;REVB=-0.0122517;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020053;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0017195;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:0:1:23:32:0:1 chr19 42260569 . G A 380.25 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0198628;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8358;QD=14.2148;RBI=0.0313795;REFB=-0.00542816;REVB=0.0242928;RO=61;SAF=11;SAR=33;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261724;STB=0.659608;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00974331;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:61:63:44:44:0.411215:33:11:29:32:33:11:31:32 chr19 42312933 . G A 250.3 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0125531;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.626;QD=11.9188;RBI=0.0426961;REFB=-0.0125912;REVB=0.040809;RO=53;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280685;STB=0.516119;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0202397;OID=.;OPOS=42312933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:53:53:31:31:0.369048:15:16:26:27:15:16:26:27 chr19 42315281 . G T 317.7 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00164187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.862;QD=25.9346;RBI=0.0658381;REFB=0.040162;REVB=0.0658177;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753722;STB=0.550984;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0352603;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:14:14:12:8:14:14:13:8 chr19 42342319 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00616647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.299;QD=15.293;RBI=0.0154696;REFB=0.00169085;REVB=-0.0141874;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540293;STB=0.813304;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00112981;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:1:8:2:7:1:8 chr19 42354629 . T C 268.09 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00650013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.765;QD=28.9825;RBI=0.0220287;REFB=-0.0156991;REVB=-0.0210479;RO=12;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013527;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00590457;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:12:13:23:24:0.648649:12:11:6:6:13:11:6:7 chr19 42463447 . C T 632.93 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.538;QD=61.7497;RBI=0.101476;REFB=0;REVB=0.0597353;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345736;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:30:10:0:0:30:11:0:0 chr19 42489516 . A C 1066.39 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0482167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.432;QD=58.4321;RBI=0.0539128;REFB=-0.138878;REVB=0.0241193;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000329005;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:37:35:0:0:37:35:1:0 chr19 42558591 . C T 173.03 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0615072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3721;QD=18.7057;RBI=0.0765504;REFB=-0.0132412;REVB=0.0455722;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218046;STB=0.623744;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0212773;OID=.;OPOS=42558591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:7:12:7:11:7:12 chr19 42593716 . A G 1143.61 PASS AF=0.479167;AO=115;DP=239;FAO=115;FDP=240;FR=.;FRO=125;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=48;FSRR=77;FWDB=-0.0209474;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.7;QD=19.0602;RBI=0.0217882;REFB=-0.00950749;REVB=-0.00599444;RO=124;SAF=47;SAR=68;SRF=48;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211458;STB=0.513369;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00976967;OID=.;OPOS=42593716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:124:125:115:115:0.479167:68:47:48:76:68:47:48:77 chr19 42703764 . G A 236.14 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00339298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.42;QD=19.2771;RBI=0.00495857;REFB=-0.0129337;REVB=-0.00361594;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111201;STB=0.547488;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0166244;OID=.;OPOS=42703764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:9:14:18:7:9:14:18:8 chr19 42703833 . A G 94.67 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00615182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.048;QD=10.819;RBI=0.0212181;REFB=-0.0156315;REVB=0.0203067;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131088;STB=0.577766;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0364342;OID=.;OPOS=42703833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:16:7:5:7:16:7 chr19 42728836 . T C 192.31 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0019307;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.347;QD=29.5854;RBI=0.0063366;REFB=-0.0136819;REVB=0.0060353;RO=8;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142222;STB=0.579116;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00826031;OID=.;OPOS=42728836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:8:8:18:18:0.692308:13:5:4:4:13:5:4:4 chr19 42736267 . A G 753.93 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.165;QD=56.9003;RBI=0.0518332;REFB=0;REVB=0.0194501;RO=0;SAF=11;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5556e-05;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:42:11:0:0:42:11:0:0 chr19 42747229 . GG AC 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00669116;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.673;QD=13.758;RBI=0.00698715;REFB=0.00346703;REVB=0.00201209;RO=53;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049708;STB=0.528367;STBP=0.69;TYPE=mnp;VARB=-0.00225848;OID=.;OPOS=42747229;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:22:12:21:32:22:12:21:32 chr19 42747474 . C T 359.02 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0129513;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.086;QD=22.4386;RBI=0.0220344;REFB=-0.018646;REVB=0.0178264;RO=28;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618939;STB=0.521265;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0137895;OID=.;OPOS=42747474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:22:14:13:15:21:15:13:15 chr19 42748683 . A G 96.23 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0132351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.268;QD=12.417;RBI=0.0168898;REFB=-0.0450642;REVB=0.0104927;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272843;STB=0.516102;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00992263;OID=.;OPOS=42748683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:9:10:6:6:9:10 chr19 42753034 . A G 142.22 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0404692;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.005;QD=12.9291;RBI=0.0483421;REFB=-0.0100962;REVB=-0.0264425;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606935;STB=0.535669;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0214595;OID=.;OPOS=42753034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:12:16:10:6:12:16 chr19 42753283 . G A 530.46 PASS AF=0.52381;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0387569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.315;QD=20.208;RBI=0.0469303;REFB=-0.0149692;REVB=0.0264642;RO=47;SAF=23;SAR=31;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362392;STB=0.539501;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.021478;OID=.;OPOS=42753283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:47:50:54:55:0.52381:31:23:22:25:32:23:25:25 chr19 42753649 . GC CC,CG 143.77 PASS AF=0.73913,0;AO=12,2;DP=23;FAO=17,0;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00225276,-0.00253436;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=185.319,161.567;QD=25.0041;RBI=0.0350856,0.0171508;REFB=-0.026692,-0.0228883;REVB=0.0350132,0.0169625;RO=9;SAF=8,1;SAR=4,1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253577,0.174857;STB=0.507683,0.5;STBP=0.93,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00771533,0;OID=.,.;OPOS=42753649,42753649;OREF=G,GC;OALT=C,CG;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:23:23:9:6:12,2:17,0:0.73913,0:4,1:8,1:3:6:8,0:9,0:3:3 chr19 42848659 . A AC 51.18 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.103974;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.9572;QD=5.24946;RBI=0.104477;REFB=-0.00904223;REVB=-0.0102455;RO=26;SAF=1;SAR=11;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.724749;STB=0.927045;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0446815;OID=.;OPOS=42848660;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:12:39:12:39:27:1:11:20:7:51:26:1:11:20:6 chr19 42880120 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0219276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.583;QD=14.9786;RBI=0.0344092;REFB=-0.0180412;REVB=0.0265174;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122307;STB=0.571288;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0240244;OID=.;OPOS=42880120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:7:4:5:5:7:4 chr19 42912223 . C T 255.19 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00544312;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3726;QD=16.4635;RBI=0.00545951;REFB=-0.00153827;REVB=0.000422648;RO=32;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335342;STB=0.703158;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00130888;OID=.;OPOS=42912223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:27:29:0.467742:18:9:22:10:20:9:23:10 chr19 42937953 . T G 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0053396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.085;QD=22.7235;RBI=0.031448;REFB=-0.000288007;REVB=-0.0309914;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891936;STB=0.54995;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=4.27033e-05;OID=.;OPOS=42937953;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:9:7:11:9:9:7 chr19 43243217 . AA GG 586.01 PASS AF=0.425806;AO=63;DP=154;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.00317789;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.17;QD=15.1227;RBI=0.00654693;REFB=-0.00593513;REVB=0.00572392;RO=89;SAF=21;SAR=42;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558359;STB=0.530796;STBP=0.533;TYPE=mnp;VARB=0.00682403;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:89:89:63:66:0.425806:42:21:34:55:44:22:34:55 chr19 43243238 . A G 500.18 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0213362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.535;QD=15.5094;RBI=0.0296889;REFB=-0.00334593;REVB=-0.0206446;RO=74;SAF=20;SAR=35;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287956;STB=0.516123;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00509144;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:74:55:55:0.426357:35:20:25:49:35:20:25:49 chr19 43262172 . A C 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0236188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.091;QD=25.6502;RBI=0.0244497;REFB=-0.0517977;REVB=-0.00632002;RO=18;SAF=18;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142397;STB=0.579333;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0421646;OID=.;OPOS=43262172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:7:18:10:8:7:18:10:8 chr19 43371292 . A T 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.602;QD=32.8225;RBI=0.0234339;REFB=-0.0362676;REVB=0.0168798;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000696954;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr19 43371294 . C A 94.87 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.248107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9205;QD=37.9479;RBI=0.29386;REFB=0;REVB=0.157469;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00594031;OID=.;OPOS=43371294;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr19 43372386 . T C 3145.36 PASS AF=0.976636;AO=206;DP=213;FAO=209;FDP=214;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=129;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0146027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.506;QD=58.7918;RBI=0.021656;REFB=-0.0517967;REVB=-0.015992;RO=4;SAF=78;SAR=128;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142581;STB=0.510265;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000725632;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:213:214:4:5:206:209:0.976636:128:78:3:1:129:80:4:1 chr19 43372941 . T C 972.39 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.944;QD=58.9324;RBI=0.0214294;REFB=0;REVB=-0.00454363;RO=0;SAF=53;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8368e-05;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:12:53:0:0:13:53:0:0 chr19 43382368 . T G 1791.31 PASS AF=0.967742;AO=119;DP=126;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0144367;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3421;QD=57.7843;RBI=0.0155327;REFB=-0.0151017;REVB=0.00573124;RO=6;SAF=80;SAR=39;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176741;STB=0.515452;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0040762;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:126:124:6:4:119:120:0.967742:39:80:3:3:39:81:1:3 chr19 43382374 . C G 1904.57 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.842;QD=61.4379;RBI=0.00689473;REFB=0;REVB=0.00271416;RO=0;SAF=82;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29032e-06;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:41:82:0:0:42:82:0:0 chr19 43383680 . G T 1834.98 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0206908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1892;QD=58.7195;RBI=0.0239097;REFB=0.0141161;REVB=-0.011982;RO=2;SAF=73;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313281;STB=0.501706;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.000222583;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:2:3:122:122:0.976:49:73:1:1:49:73:2:1 chr19 43420451 . G C 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.716;QD=60.0297;RBI=0.0255994;REFB=0;REVB=0.0157884;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114036;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr19 43433687 . C A 256.72 PASS AF=0.491525;AO=22;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0407064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3698;QD=17.405;RBI=0.078151;REFB=0.00865815;REVB=0.0667125;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677659;STB=0.530436;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00248603;OID=.;OPOS=43433687;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:30:22:29:0.491525:6:16:16:8:10:19:18:12 chr19 43433805 . A G 1391.03 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124071;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.305;QD=60.4794;RBI=0.01241;REFB=-0.0372392;REVB=0.000267179;RO=1;SAF=30;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155351;STB=0.504064;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.000120886;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:92:1:2:90:90:0.978261:60:30:1:0:60:30:1:1 chr19 43439793 . G A 1541.73 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0120492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7699;QD=57.6347;RBI=0.0140601;REFB=0.0676587;REVB=0.00724605;RO=2;SAF=77;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105218;STB=0.505546;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-1.34852e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:28:77:1:1:28:77:1:1 chr19 43519362 . C T 2255.31 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.635;QD=63.5298;RBI=0.00629082;REFB=0;REVB=0.00608639;RO=0;SAF=61;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43889e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:80:61:0:0:81:61:0:0 chr19 43519442 . T C 2110.67 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0381603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.341;QD=61.1787;RBI=0.0460639;REFB=-0.0490844;REVB=0.0258006;RO=1;SAF=52;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090539;STB=0.509433;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000161017;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:1:2:136:136:0.985507:84:52:1:0:84:52:2:0 chr19 43529026 . CA TG 1150.05 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00083951;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.87;QD=60.5291;RBI=0.0154457;REFB=0;REVB=0.0154229;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00107388;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:75:76:1:31:44:0:0:31:45:0:0 chr19 43530473 . G C 525.85 PASS AF=0.543478;AO=47;DP=89;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00474113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.799;QD=22.863;RBI=0.0165563;REFB=-0.00182129;REVB=0.0158629;RO=38;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04352;STB=0.527596;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00144876;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:38:42:47:50:0.543478:21:26:19:19:22:28:21:21 chr19 43530514 . AGGGG AGGG,AGGGC 78.69 PASS AF=0.221154,0.0192308;AO=29,5;DP=107;FAO=23,2;FDP=104;FR=.;FRO=79;FSAF=7,2;FSAR=16,0;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.154199,-0.0230496;FXX=0.0370336;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.1753,20.815;QD=3.02661;RBI=0.240163,0.141251;REFB=-0.0688433,-0.0551377;REVB=-0.184122,-0.139357;RO=62;SAF=7,3;SAR=22,2;SRF=37;SRR=25;SSEN=0.583333,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.41989,0.00350727;STB=0.695482,0.99438;STBP=0.031,0.203;TYPE=del,snp;VARB=0.0667083,0.0584328;OID=.,.;OPOS=43530515,43530518;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221154,0.0192308:29,5:107:23,2:104:79:7,2:16,0:44:35:72:62:7,3:22,2:37:25 chr19 43585334 . T G 46.05 PASS AF=0.0728745;AO=18;DP=250;FAO=18;FDP=247;FR=.;FRO=229;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=102;FSRR=127;FWDB=0.00816782;FXX=0.0119995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5753;QD=0.745703;RBI=0.0258332;REFB=0.00257557;REVB=-0.024508;RO=228;SAF=5;SAR=13;SRF=100;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187785;STB=0.66504;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0326684;OID=.;OPOS=43585334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:250:247:228:229:18:18:0.0728745:13:5:100:128:13:5:102:127 chr19 43679410 . A G 1525.13 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000213306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.981;QD=59.8089;RBI=0.0622636;REFB=0;REVB=0.0622633;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71628e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:98:102:1:51:47:0:0:55:47:0:0 chr19 43680051 . C T 1880.55 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00307058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.428;QD=60.6628;RBI=0.0130421;REFB=-0.109911;REVB=0.0126754;RO=1;SAF=80;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590218;STB=0.503105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-8.13403e-06;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:43:80:1:0:43:80:1:0 chr19 43680147 . C T 620.57 PASS AF=0.520661;AO=60;DP=120;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0504278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.579;QD=20.5149;RBI=0.0515169;REFB=-0.028782;REVB=0.0105369;RO=57;SAF=39;SAR=21;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673761;STB=0.516551;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0350286;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:57:58:60:63:0.520661:21:39:33:24:24:39:34:24 chr19 43687589 . G A 191.8 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0179741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5584;QD=22.5652;RBI=0.0291015;REFB=-0.0295421;REVB=0.0228873;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144517;STB=0.592383;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0297781;OID=.;OPOS=43687589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:9:10:10:4:9:10:11:4 chr19 43687613 . T C 193.44 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00196874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.861;QD=20.9128;RBI=0.0506549;REFB=-0.00492261;REVB=0.0506166;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113292;STB=0.573336;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0047967;OID=.;OPOS=43687613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:18:20:0.540541:8:10:11:5:9:11:12:5 chr19 43689004 . G A 491.01 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0138155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0405;QD=19.839;RBI=0.016499;REFB=-0.0168093;REVB=0.00901937;RO=48;SAF=23;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504427;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0216714;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:51:48:48:0.484848:25:23:23:25:25:23:24:27 chr19 43690506 . G C 1011.56 PASS AF=0.985714;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.663;QD=57.8032;RBI=0.0556896;REFB=0.0274091;REVB=0.0543397;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=7.2567e-06;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:70:0:1:65:69:0.985714:30:35:0:0:32:37:0:1 chr19 43699336 . T C 1906.61 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000208526;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.509;QD=60.0507;RBI=0.0193451;REFB=-0.0722379;REVB=0.019344;RO=2;SAF=47;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120265;STB=0.506328;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-7.35445e-05;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:127:2:2:125:125:0.984252:78:47:0:2:78:47:0:2 chr19 43699417 . A G 2388.56 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541113;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6896;QD=60.0896;RBI=0.0707451;REFB=0;REVB=0.0705378;RO=0;SAF=59;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110755;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:159:0:0:147:159:1:88:59:0:0:98:61:0:0 chr19 43702342 . C T 1454.35 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00109492;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.458;QD=61.8872;RBI=0.0151744;REFB=0.026423;REVB=0.0151349;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998003;STB=0.505262;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000109656;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:92:93:0.989362:47:45:0:1:47:46:0:1 chr19 43708926 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.295;QD=42.1825;RBI=0.0381418;REFB=0;REVB=-0.0294765;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000816882;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr19 43708968 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.516;QD=46.848;RBI=0.0262604;REFB=0;REVB=0.0233304;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05376e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 173.97 PASS AF=0,1,0;AO=3,9,3;DP=15;FAO=0,15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0;FSAR=0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000481832,-0.00205072,-0.0043383;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=270.229,276.183,270.768;QD=46.3928;RBI=0.01394,0.0148185,0.0143909;REFB=0,0,0;REVB=0.0139317,0.0146759,0.0137214;RO=0;SAF=1,7,2;SAR=2,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000446045,-0.000331845,0.0346658;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:3,9,3:15:0,15,0:15:0:0,10,0:0,5,0:0:0:4:0:1,7,2:2,2,1:0:0 chr19 43709619 . C T 256.02 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1123;QD=51.2033;RBI=0.0791382;REFB=0;REVB=0.0778803;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300681;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr19 43709637 . C G 322.95 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024118;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.645;QD=53.8247;RBI=0.00720305;REFB=0;REVB=0.00678727;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05966e-05;OID=.;OPOS=43709637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 43709647 . G A 337.43 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3823;QD=51.912;RBI=0.23348;REFB=0;REVB=0.231616;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00890108;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:23:26:1:9:14:0:1:12:14:0:0 chr19 43709654 . C A 356.77 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.45;QD=54.8869;RBI=0.0509941;REFB=0;REVB=0.0509818;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253367;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 43709656 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.731;QD=55.6561;RBI=0.0498633;REFB=0;REVB=0.0447516;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03196e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 43772270 . G T 981.26 PASS AF=0.68;AO=82;DP=119;FAO=85;FDP=125;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.00277914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0509;QD=31.4004;RBI=0.0328673;REFB=0.0054623;REVB=0.0327496;RO=37;SAF=34;SAR=48;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226359;STB=0.611439;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00219198;OID=.;OPOS=43772270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:125:37:40:82:85:0.68:48:34:30:7:51:34:30:10 chr19 43772302 . C T 736.53 PASS AF=0.59322;AO=68;DP=116;FAO=70;FDP=118;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00122592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.993;QD=24.967;RBI=0.00897776;REFB=-0.0255997;REVB=0.00889366;RO=45;SAF=18;SAR=50;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119037;STB=0.571009;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0187814;OID=.;OPOS=43772302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:45:48:68:70:0.59322:50:18:18:27:50:20:21:27 chr19 43773532 . G C 228.22 PASS AF=0.422535;AO=23;DP=65;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0174175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.603;QD=12.8573;RBI=0.0220012;REFB=-0.0268782;REVB=0.0134418;RO=39;SAF=2;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623424;STB=0.643817;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.091145;OID=.;OPOS=43773532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:39:41:23:30:0.422535:21:2:22:17:21:9:22:19 chr19 43773572 . G A 234.26 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0578369;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1121;QD=11.0239;RBI=0.0843852;REFB=-0.0229908;REVB=0.0614471;RO=56;SAF=12;SAR=17;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177982;STB=0.603155;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.04767;OID=.;OPOS=43773572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:56:56:29:29:0.341176:17:12:32:24:17:12:32:24 chr19 43773599 . T C 1230.68 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131945;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9008;QD=61.5338;RBI=0.0159036;REFB=0;REVB=0.0158488;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74934e-05;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:81:80:1:44:37:0:0:43:37:0:0 chr19 43857873 . G C 252.9 PASS AF=0.3875;AO=26;DP=76;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.032126;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.605;QD=12.6449;RBI=0.0322322;REFB=-0.0241392;REVB=-0.00261449;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662903;STB=0.501628;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0405788;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:48:49:26:31:0.3875:14:12:25:23:14:17:27:22 chr19 43864548 . C A 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.054;QD=60.0282;RBI=0.0166606;REFB=0;REVB=0.0111433;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61985e-05;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr19 43910649 . G T 206.64 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.182;QD=48.6208;RBI=0.0535333;REFB=0;REVB=0.0524535;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242562;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr19 43910764 . A G 190.91 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.443;QD=47.7271;RBI=0.0508522;REFB=0;REVB=-0.029786;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160283;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:5:11:0:0 chr19 43922061 . A G 738.94 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9046;QD=54.7363;RBI=0.0329766;REFB=-0.0780772;REVB=0.0302464;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0124357;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr19 43967413 . C T 476.62 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00263112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.662;QD=15.2518;RBI=0.0112531;REFB=-0.00915265;REVB=-0.0109411;RO=71;SAF=12;SAR=41;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283602;STB=0.665423;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0174762;OID=.;OPOS=43967413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:72:53:53:0.424:41:12:33:38:41:12:34:38 chr19 43979589 . G T 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00852176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.304;QD=52.1517;RBI=0.0743271;REFB=-0.122831;REVB=0.073837;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00586229;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr19 44031324 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0366727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.767;QD=25.4671;RBI=0.0828862;REFB=-0.00692657;REVB=0.074332;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236511;STB=0.636032;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00387268;OID=.;OPOS=44031324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:2:1:7:2:2:1 chr19 44047550 . T C 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0927724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.48;QD=19.1787;RBI=0.094664;REFB=0.00694312;REVB=0.0188294;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513492;STB=0.796599;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00883903;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:8:3:11:2:8:3 chr19 44047826 . T A 415.27 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05401;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.461;QD=57.279;RBI=0.0540563;REFB=0;REVB=0.00223722;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80621e-05;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr19 44050195 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0307417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.6057;QD=10.0745;RBI=0.0487864;REFB=-0.0500299;REVB=0.0378821;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462567;STB=0.76885;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0305572;OID=.;OPOS=44050195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:6:2:0:13:6:2:0:14 chr19 44055726 . T C 152.04 PASS AF=0.435897;AO=13;DP=36;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0192772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.255;QD=15.594;RBI=0.0195342;REFB=-0.0471849;REVB=-0.00315828;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274105;STB=0.587057;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0599491;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:21:22:13:17:0.435897:9:4:6:15:9:8:7:15 chr19 44057227 . T C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00909842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.453;QD=7.48166;RBI=0.0187237;REFB=-0.018138;REVB=-0.0163645;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155746;STB=0.603232;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.039688;OID=.;OPOS=44057227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:26:28:10:10:0.263158:7:3:11:15:7:3:12:16 chr19 44081288 . A G 129.0 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0129712;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4248;QD=17.1999;RBI=0.0327033;REFB=-0.030867;REVB=-0.0300209;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0295024;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:14:16:14:14:0.466667:7:7:7:7:7:7:9:7 chr19 44082791 . T C 184.76 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00695921;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.201;QD=24.6348;RBI=0.0629715;REFB=-0.0405939;REVB=0.0625858;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204677;STB=0.620308;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0146549;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:12:12:17:18:0.6:9:8:9:3:10:8:9:3 chr19 44082945 . T C 85.93 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000813489;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.809;QD=10.7411;RBI=0.0246671;REFB=-0.00447349;REVB=-0.0246537;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155624;STB=0.576134;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0081723;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:20:21:11:11:0.34375:6:5:12:8:6:5:12:9 chr19 44098963 . C G 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0139304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.311;QD=13.2585;RBI=0.0140251;REFB=-0.029084;REVB=0.00162653;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646747;STB=0.536925;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0435008;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:15:14:19:26:15:14:19:26 chr19 44102989 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGG 161.76 PASS AF=0.6,0.0833333;AO=29,8;DP=61;FAO=36,5;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=19,5;FSAR=17,0;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.138154,-0.14071;FXX=0.0476115;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=9.94358,11.9991;QD=10.784;RBI=0.181967,0.14319;REFB=-0.100303,-0.0843879;REVB=-0.118429,0.0265306;RO=14;SAF=13,8;SAR=16,0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.347962;SSSB=-0.157255,0.734908;STB=0.517757,0.997339;STBP=0.721,0.03;TYPE=del,del;VARB=0.0893045,0.107632;OID=.,.;OPOS=44102990,44102995;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0.0833333:29,8:61:36,5:60:19:19,5:17,0:11:8:51:14:13,8:16,0:10:4 chr19 44116956 . A G 180.09 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0212066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3797;QD=23.2369;RBI=0.0292814;REFB=0.00617259;REVB=-0.0201911;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238389;STB=0.652332;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00462831;OID=.;OPOS=44116956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:5:13:5:7:5:13:5:8 chr19 44117682 . C T 45.62 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0884746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3703;QD=26.0661;RBI=0.0928841;REFB=-0.020369;REVB=-0.0282791;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0113515;OID=.;OPOS=44117682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:5:6:0.857143:1:4:0:0:1:5:1:0 chr19 44126738 . G A 115.4 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.0127193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7568;QD=10.9902;RBI=0.0401618;REFB=-0.00991674;REVB=-0.0380945;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341405;STB=0.629474;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0243612;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:28:14:14:0.333333:4:10:24:2:4:10:24:4 chr19 44127431 . TGGGGGGGA GGTCGGGGA,TGGGGGG,TGGGGGGA,TGGGGGGGG 67.56 PASS AF=0,0,0.5,0.047619;AO=2,5,16,2;DP=48;FAO=0,0,21,2;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=0,0,11,2;FSAR=0,0,10,0;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0101465,-0.113886,-0.0303549,-0.0790022;FXX=0.124974;HRUN=1,7,7,1;LEN=4,2,1,1;MLLD=96.0676,32.366,7.68171,41.3219;QD=6.43424;RBI=0.0384539,0.115702,0.0446432,0.0800123;REFB=-0.0334169,-0.0865741,-0.19201,0.00928529;REVB=-0.0370911,-0.0204182,-0.0327352,-0.0126738;RO=17;SAF=0,4,8,2;SAR=2,1,8,0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.626525,0.14443,-0.186679,0.456158;STB=0.5,0.5,0.602317,0.992461;STBP=1,1,0.192,0.34;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0,0.180721,0.0957815;OID=.,.,.,.;OPOS=44127431,44127438,44127432,44127439;OREF=TGGG,GA,G,A;OALT=GGTC,-,-,G;OMAPALT=GGTCGGGGA,TGGGGGG,TGGGGGGA,TGGGGGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:62:48:42:17:19:2,5,16,2:0,0,21,2:0,0,0.5,0.047619:2,1,8,0:0,4,8,2:12:5:0,0,10,0:0,0,11,2:14:5 chr19 44223113 . G A 527.18 PASS AF=0.4;AO=58;DP=145;FAO=58;FDP=145;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.00687202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.764;QD=14.5429;RBI=0.0190503;REFB=-0.0127407;REVB=0.0177676;RO=86;SAF=33;SAR=25;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980889;STB=0.558768;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0144534;OID=.;OPOS=44223113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:86:87:58:58:0.4:25:33:41:45:25:33:41:46 chr19 44273516 . T C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0395461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.747;QD=26.6016;RBI=0.0606584;REFB=0.00945777;REVB=0.0459951;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12621;STB=0.571264;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00113595;OID=.;OPOS=44273516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:2:6:2:0:2:6:2:0 chr19 44351694 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.055;QD=47.819;RBI=0.0395047;REFB=0;REVB=0.0189209;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048789;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr19 44377357 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.344;QD=55.0949;RBI=0.0176665;REFB=0;REVB=0.01627;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139611;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr19 44417575 . A G 612.83 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4398;QD=61.2827;RBI=0.0769908;REFB=0;REVB=-0.0764676;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110339;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr19 44418077 . C T 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5784;QD=57.7087;RBI=0.0497759;REFB=0;REVB=0.0387681;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618139;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr19 44418343 . C T 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000825239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.23;QD=64.4127;RBI=0.0377772;REFB=0;REVB=0.0377682;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60065e-05;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr19 44418544 . A G 888.02 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197288;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0118;QD=58.2308;RBI=0.042726;REFB=0;REVB=-0.0378984;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193866;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr19 44418693 . T C 563.7 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.216;QD=57.8151;RBI=0.0408041;REFB=-0.130358;REVB=0.00607424;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521727;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00207046;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:11:27:0:0:11:27:0:1 chr19 44418776 . G A 753.14 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000385242;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.456;QD=56.8411;RBI=0.0315858;REFB=0;REVB=0.0315834;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37469e-05;OID=.;OPOS=44418776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr19 44419030 . A G 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.246;QD=61.3228;RBI=0.0170061;REFB=0;REVB=-0.0108244;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10531e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr19 44470189 . T A 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0483269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.743;QD=57.8228;RBI=0.0494459;REFB=-0.00979018;REVB=0.0104599;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000374778;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:1:0:21:17:1:0 chr19 44470420 . T C 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8026;QD=60.9564;RBI=0.019597;REFB=0;REVB=-0.0141173;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35304e-06;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr19 44470548 . A G 410.76 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6218;QD=56.656;RBI=0.0517921;REFB=0;REVB=0.0310775;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234324;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr19 44470663 . G C 557.64 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.533;QD=60.2851;RBI=0.0105255;REFB=0;REVB=0.00181777;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25326e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:33:37:1:16:17:0:0:17:20:0:0 chr19 44471209 . T A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6533;QD=60.9771;RBI=0.0162911;REFB=0;REVB=-0.0140195;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95204e-05;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr19 44471323 . G A 722.81 PASS AF=0.964286;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0137617;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.617;QD=51.6296;RBI=0.0235642;REFB=-0.131538;REVB=0.0191281;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.516661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00283161;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:56:1:2:51:54:0.964286:26:25:0:1:29:25:0:2 chr19 44500478 . A T 785.23 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.915;QD=57.1074;RBI=0.0432798;REFB=0;REVB=0.0372149;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142394;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:28:27:0:0 chr19 44500761 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.394;QD=60.6102;RBI=0.00787891;REFB=0;REVB=-0.000202772;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27587e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr19 44501116 . A G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287915;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.964;QD=56.4877;RBI=0.0293839;REFB=-0.0889928;REVB=0.00587028;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00216035;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:23:12:1:0:23:12:1:0 chr19 44501227 . A G 675.41 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0475925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6325;QD=60.036;RBI=0.0578506;REFB=-0.122053;REVB=0.0328885;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00301055;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:0:1:23:21:0:1 chr19 44501627 . T C 966.89 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00705508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.793;QD=56.0516;RBI=0.00883672;REFB=0.0139171;REVB=0.00532104;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289069;STB=0.50153;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=3.44602e-05;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:2:2:67:67:0.971014:37:30:1:1:37:30:1:1 chr19 44511202 . A T 210.72 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00628606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.913;QD=14.0479;RBI=0.0180854;REFB=-0.018094;REVB=-0.0169578;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162524;STB=0.592519;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0354632;OID=.;OPOS=44511202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:21:14:14:11:21:14 chr19 44511223 . T G 850.72 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9753;QD=57.6757;RBI=0.0783596;REFB=0;REVB=0.0729387;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810348;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:1:0:57:59:1:28:29:1:0:29:30:0:0 chr19 44535997 . CTG CTT,TCT 122.82 PASS AF=0.451613,0;AO=10,2;DP=31;FAO=14,0;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0193075,0.0110835;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=205.273,188.603;QD=15.8474;RBI=0.0399351,0.0141774;REFB=-0.0291036,-0.0271546;REVB=0.0349576,0.0088405;RO=17;SAF=4,0;SAR=6,2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0522173,-0.474595;STB=0.542797,0.5;STBP=0.712,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0358443,0;OID=.,.;OPOS=44535999,44535997;OREF=G,CTG;OALT=T,TCT;OMAPALT=CTT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:10,2:14,0:0.451613,0:6,2:4,0:6:11:8,0:6,0:6:11 chr19 44564981 . G A 362.54 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0164905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.965;QD=20.1409;RBI=0.0261893;REFB=-0.0339702;REVB=-0.0203456;RO=34;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290628;STB=0.520822;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0347589;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:24:13:13:21:25:13:13:21 chr19 44570393 . C A 253.55 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00555018;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.212;QD=12.8377;RBI=0.0275314;REFB=-0.0175648;REVB=-0.0269662;RO=48;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390446;STB=0.518975;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0248665;OID=.;OPOS=44570393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:49:29:30:0.379747:15:14:23:25:15:15:23:26 chr19 44570551 . G A 178.45 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0450483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1335;QD=20.9935;RBI=0.0488813;REFB=-0.0578881;REVB=0.0189746;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171356;STB=0.582689;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.078456;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:16:18:18:0.529412:11:7:9:6:11:7:9:7 chr19 44571154 . T C 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00653704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0942;QD=33.9181;RBI=0.0240031;REFB=0.00686553;REVB=-0.0230958;RO=4;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00297116;OID=.;OPOS=44571154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:4:12:3:1:4:12:3:1 chr19 44589999 . TCTC T 165.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00265333;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=3;MLLD=252.705;QD=20.7049;RBI=0.023069;REFB=-0.0139876;REVB=-0.0229159;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455802;STB=0.538417;STBP=0.689;TYPE=del;VARB=0.0123774;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:17:33:17:32:15:7:10:5:10:99:14:7:10:5:9 chr19 44590558 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00366398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2984;QD=17.2288;RBI=0.0194017;REFB=-0.011957;REVB=-0.0190526;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122361;STB=0.571253;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0161517;OID=.;OPOS=44590558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:2:4:4:4:2:4 chr19 44591360 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00608233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.141;QD=14.1955;RBI=0.0191154;REFB=-0.00560002;REVB=0.0181219;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057395;STB=0.519829;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00755072;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:8:7:11:10:8:7:11:11 chr19 44610665 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0213857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.569;QD=18.4388;RBI=0.0234277;REFB=-0.0069712;REVB=0.00956605;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162796;STB=0.517271;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00677541;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:15:14:13:15:15:14:13:16 chr19 44610798 . A T 290.82 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0124975;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.009;QD=19.07;RBI=0.0480207;REFB=-0.0157704;REVB=-0.046366;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224562;STB=0.624258;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0178507;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:23:7:15:16:23:7 chr19 44610843 . C T 353.28 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0048673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.465;QD=21.4111;RBI=0.00894716;REFB=-0.00742261;REVB=-0.0075074;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210011;STB=0.621149;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00532188;OID=.;OPOS=44610843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:18:18:22:7:18:18:23:7 chr19 44611066 . T C 103.44 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00988446;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.318;QD=17.2391;RBI=0.0277429;REFB=-0.018995;REVB=-0.0259223;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0113722;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:12:12:12:12:0.5:5:7:6:6:5:7:6:6 chr19 44611420 . A G 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00234922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.315;QD=20.9181;RBI=0.00921713;REFB=-0.0165763;REVB=-0.00891272;RO=26;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04299;STB=0.523794;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0146252;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:20:11:8:18:20:11:8:18 chr19 44612005 . A G 178.7 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.002636;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.776;QD=13.7461;RBI=0.00609488;REFB=-0.01306;REVB=0.00549537;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983877;STB=0.555501;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0169116;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:31:20:21:0.403846:13:7:14:18:14:7:13:18 chr19 44612014 . A T 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0864109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.137;QD=15.2551;RBI=0.0866352;REFB=0.00545605;REVB=-0.00623051;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559353;STB=0.532295;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00994813;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:12:18:13:7:12:18 chr19 44635869 . G C 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.043103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9114;QD=14.3328;RBI=0.0902866;REFB=-0.0561148;REVB=-0.0793334;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0557636;OID=.;OPOS=44635869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:10:9:9:0.473684:6:3:4:5:6:3:4:6 chr19 44652954 . G A 491.11 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00315833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.284;QD=19.843;RBI=0.0483929;REFB=-0.0296451;REVB=0.0482897;RO=50;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578912;STB=0.527377;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0292918;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:51:48:48:0.484848:21:27:25:25:21:27:26:25 chr19 44660967 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9755;QD=45.8003;RBI=0.17251;REFB=0;REVB=-0.171689;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00714248;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 44764064 . A G 460.37 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.000194025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8994;QD=21.4125;RBI=0.0140021;REFB=-0.0112872;REVB=-0.0140008;RO=40;SAF=21;SAR=24;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239588;STB=0.636029;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00804663;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:24:21:30:10:24:21:31:10 chr19 44778797 . T A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00284853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.924;QD=9.49539;RBI=0.00533397;REFB=-0.0284909;REVB=0.00450968;RO=24;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506321;STB=0.820173;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0910618;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:10:1:10:14:10:1:10:14 chr19 44778799 . G A 82.88 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0541553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0141;QD=9.47216;RBI=0.0552527;REFB=-0.00891728;REVB=-0.0109571;RO=23;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484403;STB=0.820173;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.016138;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:23:24:11:11:0.314286:10:1:9:14:10:1:10:14 chr19 44792969 . G A 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.01054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0699;QD=16.4527;RBI=0.0219818;REFB=0.011895;REVB=-0.0192901;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0413461;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr19 44832684 . T G 383.45 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0222116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.485;QD=22.8924;RBI=0.0222803;REFB=-0.0163682;REVB=0.00174883;RO=29;SAF=9;SAR=29;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733261;STB=0.540184;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00978752;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:29:9:5:24:29:9:5:24 chr19 44832875 . A G 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0179547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6754;QD=11.1268;RBI=0.0201391;REFB=0.0111804;REVB=0.00912208;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201905;STB=0.619576;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0157354;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:11:6:18:16:11:6:18:16 chr19 44832992 . C G 144.72 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00845814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3587;QD=15.6449;RBI=0.0428347;REFB=0.0115238;REVB=0.0419913;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304145;STB=0.675546;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0128208;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:13:8:11:5:13:8 chr19 44833506 . C T 192.94 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0218704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0039;QD=12.0589;RBI=0.0479673;REFB=-0.0155072;REVB=0.0426913;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186343;STB=0.510744;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.032723;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:10:14:24:16:10:14:24:16 chr19 44833851 . G C 164.59 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0202317;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.787;QD=9.27272;RBI=0.0250064;REFB=-0.00840847;REVB=0.0146968;RO=48;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119308;STB=0.50276;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0166499;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:49:22:22:0.309859:8:14:31:17:8:14:31:18 chr19 44840789 . T C 190.84 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00724228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.627;QD=12.1171;RBI=0.0224868;REFB=-0.00599684;REVB=0.0212886;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362938;STB=0.689506;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0155032;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:39:39:23:24:0.380952:15:8:27:12:15:9:27:12 chr19 44890697 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0101849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9374;QD=8.89955;RBI=0.054073;REFB=-0.00592544;REVB=0.0531051;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199952;STB=0.624747;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0192939;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:9:2:8:18:9:2:8:18 chr19 44890801 . T C 277.4 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.024511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7944;QD=18.493;RBI=0.0547595;REFB=0.00364152;REVB=-0.0489675;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14956;STB=0.583279;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00640738;OID=.;OPOS=44890801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:15:15:10:20:15:15:10:20 chr19 44891784 . T C 83.19 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0115488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.978;QD=9.50695;RBI=0.012987;REFB=-0.0071706;REVB=-0.0059404;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149752;STB=0.559478;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0109562;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:22:24:11:11:0.314286:6:5:13:9:6:5:13:11 chr19 44898662 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0114392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.806;QD=14.6537;RBI=0.0837128;REFB=0.0145946;REVB=0.0829276;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00685374;OID=.;OPOS=44898662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:5:3:3:5:5:3 chr19 44930880 . G A 2543.98 PASS AF=1;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287868;FXX=0.0238081;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1434;QD=62.0484;RBI=0.0317086;REFB=0;REVB=0.0132949;RO=0;SAF=87;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247402;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:164:0:0:164:164:1:77:87:0:0:77:87:0:0 chr19 44932972 . C T 516.84 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0258329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.533;QD=25.2116;RBI=0.0285928;REFB=-0.00996064;REVB=-0.0122559;RO=34;SAF=32;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222201;STB=0.621797;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.01134;OID=.;OPOS=44932972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:16:32:13:21:16:32:13:21 chr19 44933504 . G A 289.16 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00513178;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.016;QD=13.6074;RBI=0.0242686;REFB=-0.00986722;REVB=0.0237198;RO=52;SAF=20;SAR=13;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110847;STB=0.506325;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0150318;OID=.;OPOS=44933504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:52:52:33:33:0.388235:13:20:31:21:13:20:31:21 chr19 44933706 . C T 248.19 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0240429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3099;QD=16.275;RBI=0.0314549;REFB=-0.0204546;REVB=0.0202818;RO=33;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387593;STB=0.521826;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0360742;OID=.;OPOS=44933706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:15:13:14:19:15:13:14:19 chr19 44933947 . G A 268.44 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0215653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1746;QD=13.9447;RBI=0.0444262;REFB=-0.0107443;REVB=0.038841;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13553;STB=0.576776;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0106148;OID=.;OPOS=44933947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:14:17:31:15:14:17:31:15 chr19 44934489 . G A 1018.4 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0527243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8127;QD=56.578;RBI=0.090948;REFB=-0.155244;REVB=0.0741059;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126076;STB=0.500796;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00501322;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:37:33:0:1:37:33:1:1 chr19 44981318 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0695456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.232;QD=11.9536;RBI=0.0732739;REFB=-0.00913225;REVB=-0.0230754;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0161889;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:4:7:4:4:4:7 chr19 44981525 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.115992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1866;QD=14.3351;RBI=0.116719;REFB=-0.00245176;REVB=0.0130057;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.631902;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00285929;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:5:4:6:3:5:4:7:3 chr19 44981883 . C G 304.41 PASS AF=0.551724;AO=30;DP=56;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0056854;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.427;QD=20.994;RBI=0.0103155;REFB=-0.0246122;REVB=0.00860734;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168521;STB=0.578078;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.018926;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:26:26:30:32:0.551724:16:14:7:19:18:14:7:19 chr19 44983567 . C G 586.35 PASS AF=0.5;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0108288;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.953;QD=19.545;RBI=0.011746;REFB=0.00135144;REVB=-0.00455018;RO=60;SAF=19;SAR=41;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115938;STB=0.564198;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00142142;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:60:60:60:60:0.5:41:19:26:34:41:19:26:34 chr19 45001346 . G A 289.33 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0107689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7077;QD=16.0741;RBI=0.0149241;REFB=-0.0175516;REVB=0.0103324;RO=38;SAF=23;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179663;STB=0.605194;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0140602;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:40:32:32:0.444444:9:23:21:17:9:23:22:18 chr19 45016990 . CT C 1572.57 PASS AF=0.992908;AO=134;DP=144;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0317041;FXX=0.0208319;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.858;QD=44.6119;RBI=0.110089;REFB=-0.0406623;REVB=0.105425;RO=2;SAF=60;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147603;STB=0.503999;STBP=0.293;TYPE=del;VARB=0.00304229;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992908:134:144:140:141:1:62:78:1:0:24:2:60:74:1:1 chr19 45024581 . C G 98.44 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0866047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4891;QD=8.94928;RBI=0.113079;REFB=-0.0184984;REVB=-0.0727085;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925852;STB=0.572413;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0433042;OID=.;OPOS=45024581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:44:44:29:31:13:13:0.295455:5:8:20:9:5:8:22:9 chr19 45028169 . C T 354.2 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00741093;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1878;QD=15.5691;RBI=0.0143666;REFB=0.00252899;REVB=-0.0123077;RO=53;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876083;STB=0.549425;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00214632;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:53:53:38:38:0.417582:19:19:22:31:19:19:22:31 chr19 45050747 . C T 85.29 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0135695;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8987;QD=10.3384;RBI=0.0166211;REFB=-0.024889;REVB=-0.00959849;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235009;STB=0.662411;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0393779;OID=.;OPOS=45050747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:22:22:10:11:0.333333:7:3:11:11:8:3:11:11 chr19 45162038 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.573;QD=57.8837;RBI=0.0135653;REFB=0;REVB=0.0130683;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00404e-05;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr19 45162189 . C A 937.34 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.868;QD=58.5836;RBI=0.0125369;REFB=0;REVB=0.00872177;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35928e-05;OID=.;OPOS=45162189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr19 45187526 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0517413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.478;QD=5.95905;RBI=0.064366;REFB=-0.00760074;REVB=0.038286;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193723;STB=0.62461;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0188626;OID=.;OPOS=45187526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:12:6:3:3:12:6 chr19 45211407 . C T 405.58 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0201286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.775;QD=22.5321;RBI=0.0364474;REFB=-0.0275949;REVB=0.0303851;RO=31;SAF=11;SAR=29;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105269;STB=0.55304;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00975631;OID=.;OPOS=45211407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:32:40:40:0.555556:29:11:12:19:29:11:12:20 chr19 45389224 . A G 296.31 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0083298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3385;QD=45.5863;RBI=0.00933158;REFB=-0.0243945;REVB=0.00420628;RO=2;SAF=4;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788415;STB=0.54344;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00187811;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:2:2:23:24:0.923077:19:4:1:1:20:4:1:1 chr19 45448036 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.312;QD=60.6087;RBI=0.0365512;REFB=0;REVB=-0.0358906;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53111e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr19 45448465 . T G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00826576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.184;QD=15.8822;RBI=0.0112216;REFB=-0.0316736;REVB=0.00758959;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.024203;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr19 45452694 . G GT 303.3 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0203693;FXX=0.0377287;HRUN=0;LEN=1;MLLD=268.493;QD=23.7885;RBI=0.0205545;REFB=-0.00444169;REVB=-0.00275292;RO=22;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00296495;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:30:53:30:51:21:20:10:14:7:99:22:20:10:15:7 chr19 45476422 . T C 351.69 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.017183;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.234;QD=20.6875;RBI=0.0192389;REFB=-0.0293735;REVB=-0.00865323;RO=32;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853921;STB=0.538441;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0260005;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:35:36:0.529412:22:13:9:23:22:14:10:22 chr19 45490570 . A G 346.46 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0131122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1132;QD=26.6509;RBI=0.03497;REFB=-0.0166252;REVB=-0.0324186;RO=19;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335453;STB=0.518376;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0118983;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:19:14:9:10:19:14:9:10 chr19 45561063 . A G 818.22 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00955319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0433;QD=57.419;RBI=0.0523289;REFB=0;REVB=-0.0514495;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000659944;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:24:31:0:0:24:33:0:0 chr19 45567694 . TG T 57.71 PASS AF=0.590909;AO=8;DP=20;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.144186;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4954;QD=10.4931;RBI=0.215111;REFB=-0.0867861;REVB=0.159634;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187303;STB=0.553111;STBP=0.605;TYPE=del;VARB=0.114465;OID=.;OPOS=45567695;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:8:20:13:22:9:6:7:3:6:39:10:4:4:3:7 chr19 45728059 . T C 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0385446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8736;QD=16.2689;RBI=0.0772957;REFB=0.0190003;REVB=-0.0669996;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248822;STB=0.642672;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0347567;OID=.;OPOS=45728059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:12:6:9:6:12:6 chr19 45728123 . C T 85.23 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00830381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7534;QD=11.3639;RBI=0.0124801;REFB=-0.0360761;REVB=0.00931669;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118643;STB=0.571292;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0348513;OID=.;OPOS=45728123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:3:8:12:7:3:8:12:7 chr19 45790001 . T A 97.64 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0501691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6266;QD=24.4109;RBI=0.0612933;REFB=0.030277;REVB=0.0352127;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256073;STB=0.547855;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00346185;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:6:5:10:11:0.6875:3:7:4:2:3:8:3:2 chr19 45806609 . A G 67.34 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0687026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8459;QD=13.4678;RBI=0.0687387;REFB=-0.0209048;REVB=0.00222764;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29032;STB=0.666369;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0210899;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:1:10:6:3:1:10 chr19 45810035 . A G 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00710408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0816;QD=15.837;RBI=0.0353134;REFB=-0.00253713;REVB=0.0345915;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0061104;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:4:3:5:3:4:3 chr19 45909934 . G A 405.87 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.536;QD=54.1164;RBI=0.0389568;REFB=-0.0789634;REVB=0.0333491;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369927;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:11:18:0:1:12:18:0:0 chr19 45910003 . G T 629.47 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0461701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0038;QD=57.2242;RBI=0.0609134;REFB=-0.111101;REVB=0.0397337;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.524988;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00224634;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:44:1:2:41:42:0.954545:19:22:0:1:19:23:0:2 chr19 45912002 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=407.184;QD=39.2068;RBI=0.0363408;REFB=0;REVB=0.0363214;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111737;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 45912343 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.275;QD=63.2832;RBI=0.022887;REFB=0;REVB=0.0143346;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438101;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr19 45912406 . G A 447.43 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.54;QD=57.7331;RBI=0.0715193;REFB=0;REVB=0.02216;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117868;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:20:9:0:0:22:9:0:0 chr19 45923653 . A G 789.79 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.732;QD=56.4138;RBI=0.0356323;REFB=0;REVB=0.0340599;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93463e-05;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:33:23:0:0 chr19 45971961 . C G 276.85 PASS AF=0.714286;AO=24;DP=33;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.031828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8576;QD=31.6397;RBI=0.0931625;REFB=-0.0309579;REVB=-0.0875571;RO=6;SAF=18;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182608;STB=0.651584;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0274065;OID=.;OPOS=45971961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:33:35:6:10:24:25:0.714286:6:18:2:4:6:19:3:7 chr19 45978375 . A G 427.6 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00422758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4009;QD=51.8305;RBI=0.0343567;REFB=0.0441839;REVB=-0.0340956;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005511;STB=0.502957;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00313346;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:17:14:1:1:17:14:1:1 chr19 45998346 . C A 120.25 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0445669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6542;QD=14.5754;RBI=0.0533778;REFB=-0.00149129;REVB=-0.0293766;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105562;STB=0.560893;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00432856;OID=.;OPOS=45998346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:5:14:9:5:5:14 chr19 46026970 . T A 249.94 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00853532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2615;QD=18.5143;RBI=0.0285928;REFB=0.00755371;REVB=0.0272891;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00507137;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:11:16:16:11:11:16:16:11 chr19 46029187 . T C 198.86 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00296657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.829;QD=14.4626;RBI=0.10312;REFB=0.00175391;REVB=-0.103077;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989141;STB=0.50724;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00237493;OID=.;OPOS=46029187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:28:31:23:24:0.436364:8:15:18:10:9:15:19:12 chr19 46029981 . T C 1917.53 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00290075;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6486;QD=59.9228;RBI=0.00504903;REFB=-0.0168529;REVB=0.0041326;RO=2;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139706;STB=0.507245;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00175491;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:125:126:0.984375:67:58:0:2:68:58:0:2 chr19 46057081 . A G 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.122;QD=48.727;RBI=0.0445878;REFB=0;REVB=0.00936795;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064275;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 46094597 . G A 164.07 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.000353268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.387;QD=17.2709;RBI=0.0019734;REFB=0.00153739;REVB=-0.00194152;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672545;STB=0.552574;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00108903;OID=.;OPOS=46094597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:9:8:8:12:9:9:8:12 chr19 46154806 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00229888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.256;QD=8.6981;RBI=0.0290888;REFB=-0.0230921;REVB=0.0289979;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275446;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0331964;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:2:5:6:7:2:5:7:7 chr19 46154820 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0099633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9186;QD=10.3796;RBI=0.0101106;REFB=-0.0146121;REVB=0.00171944;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589112;STB=0.535635;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0155064;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:8:8:4:5:8:8 chr19 46154902 . G GC 109.57 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00131853;FXX=0.0277701;HRUN=0;LEN=1;MLLD=240.879;QD=12.5218;RBI=0.0120223;REFB=0.00237705;REVB=0.0119498;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893246;STB=0.50908;STBP=0.942;TYPE=ins;VARB=-0.000622227;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:16:37:16:35:19:9:7:11:8:99:21:9:7:12:9 chr19 46154906 . C CT 99.84 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0123305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=362.417;QD=12.102;RBI=0.0159622;REFB=-0.00300131;REVB=-0.0101366;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.003939;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:15:35:15:33:18:9:6:11:7:99:20:9:6:11:9 chr19 46178255 . A C 65.3 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0669702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6418;QD=10.8839;RBI=0.111012;REFB=-0.0143486;REVB=0.0885365;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432923;STB=0.713944;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0272342;OID=.;OPOS=46178255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:16:15:8:9:0.375:3:5:15:1:3:6:14:1 chr19 46181392 . G C 48.91 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.017945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.996;QD=13.9737;RBI=0.0444009;REFB=-0.00600925;REVB=0.040613;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.639615;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00645315;OID=.;OPOS=46181392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:7:7:6:7:0.5:4:2:5:2:4:3:5:2 chr19 46216756 . T TG 36.96 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0999035;FXX=0.0454339;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0407;QD=7.03995;RBI=0.21193;REFB=-0.0591367;REVB=0.186905;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34828;STB=0.551606;STBP=0.695;TYPE=ins;VARB=0.126366;OID=.;OPOS=46216757;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:6:22:9:21:12:6:3:7:5:36:14:5:1:8:6 chr19 46269076 . G A 144.39 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.088535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.373;QD=15.6093;RBI=0.0885459;REFB=-0.0455332;REVB=-0.00139062;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893246;STB=0.505148;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0367952;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:9:12:9:7:9:12 chr19 46269313 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.269;QD=35.5759;RBI=0.0446606;REFB=0;REVB=0.0215786;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817454;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr19 46287200 . C G 340.6 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.981;QD=54.4963;RBI=0.0150483;REFB=0;REVB=-0.0130668;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31074e-05;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr19 46289338 . G A 126.36 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.0224795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7528;QD=18.7198;RBI=0.114818;REFB=-0.0176187;REVB=0.112596;RO=13;SAF=13;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666498;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0150172;OID=.;OPOS=46289338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:0:13:13:0:1:13:13:0 chr19 46289392 . G C 574.33 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0188874;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=219.586;QD=46.884;RBI=0.0313612;REFB=-0.226846;REVB=0.0250358;RO=4;SAF=37;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161949;STB=0.563418;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00293253;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:49:49:4:8:41:41:0.836735:4:37:2:2:4:37:6:2 chr19 46327053 . C T 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0139051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.524;QD=14.6506;RBI=0.0141498;REFB=0.000204653;REVB=-0.00262009;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150708;STB=0.588103;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.000174284;OID=.;OPOS=46327053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:11:8:4:10:11:8 chr19 46330809 . G A 205.29 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0135104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.419;QD=14.6632;RBI=0.0220522;REFB=-0.0229413;REVB=0.0174289;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258604;STB=0.646085;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0347364;OID=.;OPOS=46330809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:9:23:11:13:9:23 chr19 46375779 . C T 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0192886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.473;QD=16.9299;RBI=0.0424216;REFB=-0.00221066;REVB=-0.0377829;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214087;STB=0.623086;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00146404;OID=.;OPOS=46375779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:4:8:5:7:4:8 chr19 46376217 . C A 121.76 PASS AF=0.3125;AO=16;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0339341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5473;QD=10.1468;RBI=0.0397029;REFB=-0.0190565;REVB=0.0206106;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141128;STB=0.550496;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0410382;OID=.;OPOS=46376217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:16:15:0.3125:8:8:12:20:8:7:13:20 chr19 46388379 . C G 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0175903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.434;QD=23.2632;RBI=0.0218952;REFB=-0.0159863;REVB=-0.0130377;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389085;STB=0.52172;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0124625;OID=.;OPOS=46388379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:10:9:12:11:10:9 chr19 46404579 . A G 540.65 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.018;QD=60.0724;RBI=0.0509506;REFB=0;REVB=0.00119188;RO=0;SAF=4;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103773;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:29:4:0:0:30:6:0:0 chr19 46443886 . C A 128.67 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.487;QD=42.8899;RBI=0.083143;REFB=0;REVB=0.0660236;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119199;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:0:11:0:0:1:11:0:0 chr19 46511548 . T C 186.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.975;QD=46.6601;RBI=0.0881901;REFB=0;REVB=0.0595437;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316248;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr19 46520026 . A G 214.29 PASS AF=0.349398;AO=25;DP=81;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.00728004;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.848;QD=10.3271;RBI=0.0181526;REFB=-0.0120728;REVB=-0.0166288;RO=49;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389077;STB=0.682067;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0182289;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:49:54:25:29:0.349398:10:15:12:37:12:17:16:38 chr19 46520028 . C G 36.95 PASS AF=0.0810811;AO=5;DP=77;FAO=6;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0823926;FXX=0.038956;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.5121;QD=1.99708;RBI=0.0852086;REFB=-0.0227253;REVB=-0.0217246;RO=52;SAF=2;SAR=3;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469665;STB=0.571184;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.100243;OID=.;OPOS=46520028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:77:74:52:64:5:6:0.0810811:3:2:23:29:4:2:26:38 chr19 46526272 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.011707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8547;QD=15.5709;RBI=0.0133705;REFB=-0.0497015;REVB=-0.00645883;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189204;STB=0.59979;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0515665;OID=.;OPOS=46526272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:10:1:2:9:10:1:2:10 chr19 46627592 . G A 190.88 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.036922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3834;QD=16.9671;RBI=0.0386574;REFB=-0.0110978;REVB=-0.0114523;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343283;STB=0.686549;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0125198;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:25:19:20:0.444444:14:5:13:8:15:5:14:11 chr19 46811984 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1096;QD=49.5989;RBI=0.039362;REFB=0;REVB=0.0376925;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959048;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr19 46815310 . G A 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0144729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.644;QD=12.9722;RBI=0.0194593;REFB=-0.0150367;REVB=-0.0130077;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061901;STB=0.536523;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0346241;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:7:11:8:4:7:11 chr19 46815499 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6078;QD=56.1868;RBI=0.0440352;REFB=0;REVB=-0.0333114;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.84744e-05;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr19 46815703 . ATATT A,ATCTT 231.7 PASS AF=0.263158,0.736842;AO=5,13;DP=19;FAO=5,14;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=5,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151656,-0.0393063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=223.139,52.3538;QD=48.7798;RBI=0.0350161,0.0703444;REFB=0,0;REVB=-0.0315615,-0.0583383;RO=0;SAF=0,6;SAR=5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00363259,0.0093329;OID=.,.;OPOS=46815704,46815705;OREF=TATT,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.263158,0.736842:5,13:19:5,14:19:0:0,6:5,8:0:0:28:0:0,6:5,7:0:0 chr19 46815711 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.014787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.438;QD=8.24621;RBI=0.0193089;REFB=-0.00575875;REVB=-0.0124168;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365691;STB=0.736049;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0133385;OID=.;OPOS=46815711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:6:9:6:1:6:9 chr19 46823702 . A G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0428725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.288;QD=9.84358;RBI=0.0617342;REFB=-0.0110889;REVB=-0.0444192;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279572;STB=0.670883;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0347854;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:18:20:10:10:0.333333:3:7:8:10:3:7:9:11 chr19 46823751 . C T 689.9 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.622;QD=62.7185;RBI=0.0331658;REFB=0;REVB=-0.0154121;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83524e-05;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr19 46842834 . CGGGGGC CGGGG,CGGGGC 42.49 PASS AF=0.266667,0.0333333;AO=8,4;DP=35;FAO=8,1;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6,0;FSAR=2,1;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0257852,0.0802591;FXX=0.0624805;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.4662,11.7896;QD=5.66512;RBI=0.0955952,0.124701;REFB=-0.069103,-0.0743542;REVB=-0.0920519,-0.0954399;RO=21;SAF=5,0;SAR=3,4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.275046,-0.606674;STB=0.85006,0.984065;STBP=0.049,0.543;TYPE=del,del;VARB=0.163632,0.0652806;OID=.,.;OPOS=46842839,46842835;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.0333333:8,4:35:8,1:30:21:6,0:2,1:4:17:36:21:5,0:3,4:8:13 chr19 46857015 . C T 292.35 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0223901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.429;QD=14.6174;RBI=0.0231688;REFB=-0.0109004;REVB=0.00595645;RO=47;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.506325;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0149815;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:20:13:19:28:20:13:19:28 chr19 46893810 . G A 46.3 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0102481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7748;QD=9.74649;RBI=0.045257;REFB=-0.0223158;REVB=0.0440815;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102163;STB=0.562327;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0417973;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:8:4:3:4:8:4 chr19 46894387 . C CGCTCCCT 45.43 PASS AF=0.148148;AO=7;DP=58;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0626492;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=7;MLLD=167.675;QD=3.36541;RBI=0.0639966;REFB=-0.012284;REVB=-0.0130627;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380565;STB=0.783338;STBP=0.145;TYPE=ins;VARB=0.0523;OID=.;OPOS=46894388;OREF=-;OALT=GCTCCCT;OMAPALT=CGCTCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148148:7:58:8:54:46:3:5:34:12:45:47:3:4:35:12 chr19 46915196 . A AC 35.94 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0136467;FXX=0.0416493;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.2993;QD=6.25043;RBI=0.0163525;REFB=-0.0367697;REVB=0.00900951;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478097;STB=0.697155;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.15991;OID=.;OPOS=46915197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:7:24:8:23:15:2:6:8:7:35:15:1:6:8:7 chr19 46973909 . G A 162.2 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0888218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3378;QD=9.01093;RBI=0.0996612;REFB=0.00680481;REVB=0.0452;RO=48;SAF=10;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287261;STB=0.531617;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0118319;OID=.;OPOS=46973909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:50:22:22:0.305556:12:10:23:25:12:10:25:25 chr19 46973981 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0065414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.724;QD=16.6186;RBI=0.0108197;REFB=-0.00176671;REVB=0.00861838;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240646;STB=0.636247;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00244918;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:10:18:9:14:10:18 chr19 46974233 . G A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0382434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.542;QD=17.7306;RBI=0.0495586;REFB=-0.0130317;REVB=0.0315198;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955401;STB=0.554393;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0157879;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:7:12:9:8:7:12 chr19 47124714 . T G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0233882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.21;QD=16.0337;RBI=0.0235309;REFB=-0.00607959;REVB=-0.00258711;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29437;STB=0.666518;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00988472;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:6:22:10:10:6:22 chr19 47177913 . A G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.857;QD=58.5832;RBI=0.0593324;REFB=0;REVB=-0.0390944;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51191e-05;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr19 47291174 . G C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5909;QD=49.595;RBI=0.0608768;REFB=0;REVB=0.0190566;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221298;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 47543774 . G A 1531.43 PASS AF=0.989899;AO=93;DP=96;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332591;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.323;QD=61.8761;RBI=0.0337614;REFB=0.0166077;REVB=0.00580221;RO=3;SAF=35;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389122;STB=0.506492;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000107529;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:99:3:1:93:98:0.989899:58:35:3:0:60:38:1:0 chr19 47567947 . TG T 221.02 PASS AF=0.735294;AO=23;DP=33;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0627254;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8636;QD=26.0023;RBI=0.160908;REFB=0.0361834;REVB=-0.148179;RO=9;SAF=1;SAR=22;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.260692;SSSB=-0.700178;STB=0.89583;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0136839;OID=.;OPOS=47567948;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.735294:23:33:25:34:9:1:24:8:1:43:9:1:22:8:1 chr19 47585517 . G C 267.02 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0145009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.063;QD=20.1524;RBI=0.0155472;REFB=-0.00616624;REVB=0.00560721;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11169;STB=0.562454;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00594045;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:20:8:10:15:20:8:10:15 chr19 47588325 . G A 166.6 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0388287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4163;QD=15.1454;RBI=0.0410608;REFB=-0.0091265;REVB=-0.0133535;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036135;STB=0.510193;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00951402;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:10:8:12:13:10:8:12:14 chr19 47761646 . G C 375.86 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.214;QD=55.6836;RBI=0.0354535;REFB=0;REVB=0.0138196;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123274;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:10:17:0:0 chr19 47768128 . G C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0122306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5869;QD=9.76035;RBI=0.0404411;REFB=0.000756113;REVB=-0.0385473;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00610724;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:8:4:2:5:8:4 chr19 47770015 . A C 215.11 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0103931;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4944;QD=20.0104;RBI=0.0115149;REFB=-0.058317;REVB=-0.00495737;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920197;STB=0.560331;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0603481;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:21:22:21:21:0.488372:13:8:6:15:13:8:6:16 chr19 47774447 . G A 110.31 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.141351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.181;QD=14.7073;RBI=0.142492;REFB=-0.00428546;REVB=0.0179909;RO=17;SAF=0;SAR=12;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.747753;STB=0.538406;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00655842;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:12:0:1:16:12:1:1:16 chr19 47774772 . T C 129.45 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00051861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.111;QD=12.9448;RBI=0.0197531;REFB=-0.0356514;REVB=-0.0197463;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163677;STB=0.596762;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0430004;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:10:15:11:4:10:15 chr19 47778857 . C G 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0135335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.251;QD=29.5806;RBI=0.0276329;REFB=-0.0497837;REVB=0.0240919;RO=10;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117574;STB=0.506487;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0198937;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:13:8:4:6:13:8:4:6 chr19 47813165 . G A 146.43 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0606639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7963;QD=15.0187;RBI=0.0614259;REFB=-0.0201114;REVB=0.0096454;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11895;STB=0.560709;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0131442;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:16:17:0.435897:4:12:13:7:4:13:15:7 chr19 47823038 . G A 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1722;QD=36.3441;RBI=0.0299088;REFB=0.000595426;REVB=0.0236202;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00190658;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr19 47823484 . T C 708.29 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.069;QD=62.9588;RBI=0.0315758;REFB=0;REVB=0.00136924;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132626;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr19 47823871 . G T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0937;QD=61.3342;RBI=0.0513491;REFB=0;REVB=-0.00482611;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000912088;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr19 47844955 . G A 146.94 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.000669684;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.974;QD=15.0705;RBI=0.0316162;REFB=-0.00830601;REVB=-0.0316091;RO=23;SAF=14;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55912;STB=0.829169;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0229821;OID=.;OPOS=47844955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:2:14:9:14:2:14:9:14 chr19 47935352 . T C 334.49 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.5547;QD=53.5184;RBI=0.0707424;REFB=0;REVB=0.0601491;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75199e-05;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:9:14:0:0:9:16:0:0 chr19 47935572 . G A 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0128238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.043;QD=18.8278;RBI=0.0364896;REFB=-0.0148763;REVB=-0.034162;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563469;STB=0.81494;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0223265;OID=.;OPOS=47935572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:5:15:2:20:5:15:2:20 chr19 47980153 . G A 825.2 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0054489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.463;QD=54.1111;RBI=0.0664009;REFB=-0.168867;REVB=0.0661769;RO=2;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304178;STB=0.516124;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00122486;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:2:2:59:59:0.967213:30:29:0:2:30:29:0:2 chr19 48182787 . C T 172.07 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0252778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2791;QD=18.1127;RBI=0.0296192;REFB=0.0119011;REVB=-0.0154378;RO=20;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340777;STB=0.697423;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00996962;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:3:15:11:9:3:15:11:9 chr19 48182946 . T C 47.84 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2397;QD=31.8932;RBI=0.04058;REFB=0;REVB=0.0343124;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00914019;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:1:4:0:0:1:5:0:0 chr19 48183771 . C T 108.9 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00808895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.97;QD=13.2001;RBI=0.0136973;REFB=-0.00696957;REVB=-0.0110537;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32953;STB=0.710315;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0106247;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:3:10:9:10:3:10:9:11 chr19 48198675 . A G 389.75 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=0.0123632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.811;QD=21.653;RBI=0.0132539;REFB=-0.0120868;REVB=0.00477681;RO=31;SAF=29;SAR=9;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131719;STB=0.588195;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00583476;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:33:38:39:0.541667:9:29:27:4:10:29:29:4 chr19 48244194 . A G 116.11 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0107448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.916;QD=11.3276;RBI=0.02851;REFB=-0.00561948;REVB=-0.0264078;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142158;STB=0.584714;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00849014;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:14:13:5:9:14:13 chr19 48282078 . C G 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00206229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.495;QD=9.11223;RBI=0.00835519;REFB=-0.0087887;REVB=-0.00809668;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741896;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0104247;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:5:11:5:3:5:11 chr19 48389425 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.303;QD=57.1762;RBI=0.0230854;REFB=0;REVB=0.013081;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98246e-05;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr19 48484150 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.708;QD=57.2001;RBI=0.0558305;REFB=0;REVB=-0.0487843;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345508;OID=.;OPOS=48484150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr19 48495304 . G A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1821;QD=63.2847;RBI=0.0963199;REFB=0;REVB=-0.0961628;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000881696;OID=.;OPOS=48495304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr19 48495306 . C T 728.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.781;QD=63.3532;RBI=0.0091913;REFB=0;REVB=0.00141772;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39526e-05;OID=.;OPOS=48495306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr19 48525507 . G A 446.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.899;QD=57.6496;RBI=0.0399236;REFB=0;REVB=0.0384199;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338253;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr19 48537585 . A G 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0107467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.195;QD=16.4163;RBI=0.0107474;REFB=-0.00529638;REVB=0.00012166;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00663132;OID=.;OPOS=48537585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:6:10:9:5:6:10 chr19 48543862 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0154937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.119;QD=17.4015;RBI=0.0173893;REFB=-0.024532;REVB=-0.00789512;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0227969;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:4:9:8:5:4:9 chr19 48543906 . G C 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.000662938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.895;QD=17.3186;RBI=0.00511885;REFB=-0.0166945;REVB=0.00507574;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416401;STB=0.52378;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0183399;OID=.;OPOS=48543906;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:6:12:10:6:6:12 chr19 48544837 . C T 183.91 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0133704;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.189;QD=13.6232;RBI=0.0134713;REFB=-0.00310894;REVB=-0.00164581;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168967;STB=0.617837;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00621136;OID=.;OPOS=48544837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:32:21:22:0.407407:10:11:12:21:10:12:11:21 chr19 48601454 . T C 156.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.031562;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.906;QD=10.782;RBI=0.0315964;REFB=-0.00608995;REVB=-0.00147305;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324776;STB=0.672262;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0186198;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:38:20:20:0.344828:10:10:7:27:10:10:9:29 chr19 48608598 . C G 124.38 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0846819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3811;QD=27.6389;RBI=0.0949403;REFB=-0.0593053;REVB=0.0429261;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609767;STB=0.504498;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0668711;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:17:18:4:5:13:13:0.722222:8:5:1:3:8:5:2:3 chr19 48621036 . C G 473.73 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.667;QD=57.4212;RBI=0.0487988;REFB=0;REVB=0.0220566;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864869;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:19:14:0:0 chr19 48622427 . A G 2431.21 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634981;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2405;QD=61.5496;RBI=0.0638501;REFB=0;REVB=-0.00669542;RO=0;SAF=76;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301984;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:157:158:1:81:76:0:0:81:77:0:0 chr19 48697961 . C T 204.15 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0187222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6408;QD=10.469;RBI=0.0486637;REFB=0.00341825;REVB=0.0449181;RO=50;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104001;STB=0.552804;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00589882;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:52:27:26:0.333333:17:10:23:27:16:10:24:28 chr19 48863386 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.626;QD=62.9809;RBI=0.0401231;REFB=0;REVB=0.00333583;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138888;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr19 48949286 . G T 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00298288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.508;QD=23.2348;RBI=0.0241295;REFB=-0.0535077;REVB=0.0239444;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455938;STB=0.525519;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0293317;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:8:5:8:10:8:5 chr19 48954421 . G A 323.21 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00282463;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.007;QD=11.7531;RBI=0.0141546;REFB=-0.0065958;REVB=0.0138699;RO=70;SAF=17;SAR=23;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177391;STB=0.601393;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0109496;OID=.;OPOS=48954421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:70:70:40:40:0.363636:23:17:41:29:23:17:41:29 chr19 48967588 . C T 202.48 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00723996;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.172;QD=15.5751;RBI=0.00858971;REFB=-0.0108072;REVB=-0.00462235;RO=29;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383606;STB=0.725065;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0110688;OID=.;OPOS=48967588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:29:22:23:0.442308:17:5:17:12:18:5:17:12 chr19 48985178 . TA T 441.75 PASS AF=0.482517;AO=68;DP=144;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00825824;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.2997;QD=12.3567;RBI=0.0629501;REFB=0.00964262;REVB=-0.0624061;RO=70;SAF=29;SAR=39;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551061;STB=0.548716;STBP=0.274;TYPE=del;VARB=-0.00504183;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482517:68:144:69:143:74:29:40:38:36:99:70:29:39:34:36 chr19 49001686 . C T 700.47 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0548172;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4056;QD=20.602;RBI=0.0552344;REFB=-0.0169208;REVB=-0.00677595;RO=65;SAF=28;SAR=41;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210391;STB=0.622225;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0141695;OID=.;OPOS=49001686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:65:67:69:69:0.507353:41:28:42:23:41:28:44:23 chr19 49106995 . G A 31.58 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0287689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6803;QD=14.0354;RBI=0.0870896;REFB=-0.0389307;REVB=-0.0822007;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0675375;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:8:9:3:4:5:5:0.555556:2:3:2:1:2:3:2:2 chr19 49116359 . T C 433.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0867876;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8812;QD=57.8567;RBI=0.087548;REFB=0;REVB=0.0115139;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96007e-05;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr19 49116438 . A G 145.45 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.102012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5212;QD=10.3891;RBI=0.102015;REFB=-0.00845582;REVB=0.000794176;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018383;STB=0.508466;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0178974;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:35:37:19:19:0.339286:10:9:16:19:10:9:18:19 chr19 49116555 . A G 405.06 PASS AF=0.911765;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00255148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8367;QD=47.6542;RBI=0.011513;REFB=-0.157832;REVB=0.0112267;RO=3;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022159;STB=0.502073;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0164166;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:32:34:3:3:29:31:0.911765:19:10:1:2:20:11:1:2 chr19 49133761 . C T 206.16 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0259967;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.306;QD=19.6338;RBI=0.0290799;REFB=-0.0464861;REVB=0.0130311;RO=15;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809188;STB=0.582002;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0534892;OID=.;OPOS=49133761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:15:21:20:20:0.47619:15:5:5:10:15:5:8:13 chr19 49174124 . C T 524.53 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0443236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.936;QD=24.1162;RBI=0.067328;REFB=-0.0174123;REVB=0.0506802;RO=38;SAF=20;SAR=29;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954076;STB=0.552359;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0173941;OID=.;OPOS=49174124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:29:20:20:18:29:20:20:18 chr19 49183705 . G A 183.16 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0038305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6552;QD=17.8697;RBI=0.0378238;REFB=-0.00485429;REVB=0.0376293;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131428;STB=0.58433;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00724743;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:10:9:7:14:10:9:7:15 chr19 49206603 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0411169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6091;QD=15.1602;RBI=0.0697736;REFB=-0.00839918;REVB=0.0563715;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290181;STB=0.516758;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0154369;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:13:9:7:9:13:9 chr19 49206631 . A T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00879413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.972;QD=14.4116;RBI=0.00880202;REFB=-0.0101381;REVB=0.000372722;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169044;STB=0.509793;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0125948;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:16:12:8:10:16:12 chr19 49217261 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0561807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.93;QD=9.476;RBI=0.0951781;REFB=-0.00998563;REVB=-0.0768284;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304965;STB=0.685898;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0347745;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:12:9:7:3:12:9 chr19 49217305 . A G 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0139035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.038;QD=11.3328;RBI=0.0240879;REFB=-0.0141695;REVB=-0.0196702;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140189;STB=0.583215;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0294634;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:15:12:8:6:15:12 chr19 49244219 . CG AA 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0022117;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.323;QD=21.5108;RBI=0.00873777;REFB=-0.0251728;REVB=-0.00845323;RO=15;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129691;STB=0.573681;STBP=0.477;TYPE=mnp;VARB=0.0218156;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:3:15:11:4:3:15:11:4 chr19 49247786 . G A 255.21 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00312316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.114;QD=22.1918;RBI=0.031414;REFB=-0.0187496;REVB=0.0312583;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158788;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:11:11:12:12:11:11 chr19 49259529 . A G 1188.02 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.215;QD=60.1528;RBI=0.0331092;REFB=0;REVB=0.0229459;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156069;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:28:46:0:0:28:51:0:0 chr19 49261368 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.268;QD=43.4862;RBI=0.0146076;REFB=0;REVB=0.00958704;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28735e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr19 49299533 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00335774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.592;QD=12.4135;RBI=0.00463325;REFB=-0.0240658;REVB=0.00319258;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16728;STB=0.595821;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0287064;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:12:25:12:11:12:25 chr19 49344428 . C T 503.58 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0436194;FXX=0.054939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.434;QD=23.4222;RBI=0.0438101;REFB=0.00311535;REVB=-0.00408321;RO=39;SAF=23;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01068;STB=0.510634;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00218444;OID=.;OPOS=49344428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:86:39:39:46:47:0.546512:23:23:19:20:23:24:19:20 chr19 49416456 . G A 117.36 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00512462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.255;QD=21.338;RBI=0.0112919;REFB=-0.00357574;REVB=-0.010062;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223167;STB=0.624829;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00332062;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:1:8:8:5:1:8 chr19 49421966 . T C 155.43 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00413995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.161;QD=15.5429;RBI=0.00434227;REFB=-0.0160086;REVB=0.00131002;RO=21;SAF=14;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373843;STB=0.691759;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0174992;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:23:16:17:0.425:2:14:13:8:3:14:13:10 chr19 49438362 . AG A,AA 405.83 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=4,25;DP=29;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237131,0.0235523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=266.045,286.583;QD=55.9762;RBI=0.030622,0.0315097;REFB=0,0;REVB=0.0193751,0.0209321;RO=0;SAF=0,9;SAR=4,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.039792,-0.000734645;OID=.,.;OPOS=49438363,49438363;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:4,25:29:1,28:29:0:0,9:1,19:0:0:6:0:0,9:4,16:0:0 chr19 49442933 . T C 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.259;QD=59.0141;RBI=0.0244547;REFB=0;REVB=0.0215362;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38476e-05;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr19 49445817 . T C 276.63 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423364;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.295;QD=52.6921;RBI=0.0481532;REFB=0;REVB=-0.0229426;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96452e-05;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 49469087 . T C 113.02 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.089293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.636;QD=17.3869;RBI=0.0897765;REFB=-0.0145404;REVB=0.00930554;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136978;OID=.;OPOS=49469087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:8:5:5:8:8:5 chr19 49481243 . T C 73.71 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-2.31004e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9329;QD=9.82768;RBI=0.027926;REFB=-0.00810264;REVB=-0.027926;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455594;STB=0.7994;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0333846;OID=.;OPOS=49481243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:16:20:10:10:0.333333:2:8:6:10:2:8:7:13 chr19 49513273 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0022972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.204;QD=8.24597;RBI=0.09002;REFB=-0.0176634;REVB=0.0899907;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478097;STB=0.804999;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0252133;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:7:8:1:6:7:8 chr19 49513349 . C G 180.0 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.01663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.827;QD=23.2261;RBI=0.0217585;REFB=-0.0266814;REVB=0.0140312;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207715;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0077994;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:7:11:7:5:7:11:8:5 chr19 49557572 . T C 62.99 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0046743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.392;QD=8.39886;RBI=0.0220987;REFB=-0.0119332;REVB=-0.0215987;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313431;STB=0.687156;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0335036;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:17:4:4:5:17:4 chr19 49559518 . C G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0125732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2051;QD=19.1084;RBI=0.0127892;REFB=-0.0262696;REVB=0.00234053;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436534;STB=0.753262;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0164283;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:1:5:2:7:1:5 chr19 49560461 . G A 149.42 PASS AF=0.607143;AO=12;DP=24;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0517667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.1774;QD=21.3457;RBI=0.1437;REFB=-0.0859921;REVB=0.134052;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387892;STB=0.749642;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0573365;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:28:11:11:12:17:0.607143:10:2:6:5:15:2:6:5 chr19 49573438 . A G 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0239391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.533;QD=21.3763;RBI=0.0294814;REFB=-0.0378077;REVB=0.0172067;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131838;STB=0.566867;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0544417;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:18:5:7:14:18:5:7:15 chr19 49574125 . G C 199.34 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0614957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.752;QD=27.4946;RBI=0.0641096;REFB=-0.0186284;REVB=0.0181195;RO=10;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103167;STB=0.557459;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0134952;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:5:14:6:4:5:14:6:4 chr19 49646066 . GGTG GGT,TGGT 868.86 PASS AF=0.893617,0.106383;AO=27,9;DP=95;FAO=84,10;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=55,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.670193,0.0422649;FXX=0.0208312;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=13.8245,107.085;QD=36.9729;RBI=0.684962,0.132763;REFB=-0.0270331,0.0265661;REVB=0.141472,-0.125856;RO=39;SAF=4,0;SAR=23,9;SRF=25;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0.253927,0;SSSB=-0.552894,-0.759234;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0368533,0.258915;OID=.,.;OPOS=49646069,49646066;OREF=G,GGTG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=GGT,TGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:95:94:39:0:27,9:84,10:0.893617,0.106383:23,9:4,0:25:14:55,10:29,0:0:0 chr19 49671281 . G A 125.8 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00995183;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.846;QD=20.1285;RBI=0.0129208;REFB=-0.00908299;REVB=-0.00824068;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00775911;OID=.;OPOS=49671281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:7:4:5:9:7:4 chr19 49675017 . G T 247.1 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0155873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.893;QD=24.7096;RBI=0.0193021;REFB=-0.0346648;REVB=0.0113845;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042967;STB=0.50239;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0198193;OID=.;OPOS=49675017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:15:8:6:11:15:8:6:11 chr19 49699866 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0228614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9827;QD=21.6127;RBI=0.0228978;REFB=-0.0176357;REVB=0.00129098;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195046;STB=0.595668;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0166639;OID=.;OPOS=49699866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:12:12:16:6:12:12:16:7 chr19 49839015 . T C 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0328228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.628;QD=11.0927;RBI=0.0338688;REFB=0.00749248;REVB=0.0083523;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.037867;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:3:2:3:2:3:2:3:3 chr19 49843443 . TG CT,T 51.43 PASS AF=0.0689655,0.310345;AO=2,12;DP=29;FAO=2,9;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=0,2;FSAR=2,7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0453845,-0.153654;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=182.933,15.4538;QD=7.09352;RBI=0.0521176,0.160171;REFB=-0.011486,-0.137117;REVB=-0.025622,-0.0452241;RO=14;SAF=0,4;SAR=2,8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.234848;SSSB=-0.576453,-0.225663;STB=0.995527,0.764106;STBP=0.094,0.071;TYPE=mnp,del;VARB=0.0570336,0.109944;OID=.,.;OPOS=49843443,49843444;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:29:29:14:18:2,12:2,9:0.0689655,0.310345:2,8:0,4:8:6:2,7:0,2:11:7 chr19 49869051 . T G 148.71 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00924291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.982;QD=10.4357;RBI=0.0667124;REFB=-0.0183607;REVB=-0.066069;RO=36;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390984;STB=0.729494;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0397753;OID=.;OPOS=49869051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:37:19:20:0.350877:5:14:14:22:5:15:15:22 chr19 49878115 . G A 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00895795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.956;QD=20.9182;RBI=0.0112982;REFB=-0.0163871;REVB=0.00688506;RO=26;SAF=19;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277855;STB=0.653622;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0225654;OID=.;OPOS=49878115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:12:19:7:19:12:19:7:19 chr19 49878196 . G A 284.37 PASS AF=0.517241;AO=20;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.000930759;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.945;QD=19.6117;RBI=0.104006;REFB=-0.0418733;REVB=0.104002;RO=29;SAF=18;SAR=2;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411826;STB=0.521725;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0456302;OID=.;OPOS=49878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:28:20:30:0.517241:2:18:19:10:12:18:18:10 chr19 49894152 . C T 205.0 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00886321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.895;QD=15.7691;RBI=0.0119651;REFB=-0.0213193;REVB=-0.00803787;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.565161;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0266856;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:16:13:13:10:16:13 chr19 49899076 . G A 226.73 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0345486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.891;QD=23.8666;RBI=0.0365576;REFB=-0.000132807;REVB=0.0119519;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457773;STB=0.512304;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000830929;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:13:8:7:9:13:9:7:9 chr19 49901318 . T C 116.73 PASS AF=0.35;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00892483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.332;QD=11.6725;RBI=0.0245995;REFB=0.00197237;REVB=-0.0229234;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603055;STB=0.517216;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00521297;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:26:14:14:0.35:10:4:8:16:10:4:8:18 chr19 49930721 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0302829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.867;QD=15.166;RBI=0.0312596;REFB=0.00497697;REVB=-0.0077529;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853845;STB=0.534935;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0109997;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:23:23:0.433962:14:9:9:20:14:9:10:20 chr19 49932762 . G T 495.96 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0255036;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4002;QD=28.3404;RBI=0.0260429;REFB=0.00561743;REVB=-0.0052725;RO=25;SAF=26;SAR=19;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696435;STB=0.537837;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00626991;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:25:25:45:45:0.642857:19:26:17:8:19:26:17:8 chr19 49933997 . C A 35.61 PASS AF=0.1;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.0193545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6162;QD=1.58257;RBI=0.0449842;REFB=-0.00417616;REVB=0.0406076;RO=78;SAF=9;SAR=0;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.726093;STB=0.931777;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0304055;OID=.;OPOS=49933997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:87:90:78:81:9:9:0.1:0:9:22:56:1:8:25:56 chr19 49936785 . C G 247.09 PASS AF=0.575;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0424968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.562;QD=24.7087;RBI=0.0432144;REFB=0.0018582;REVB=-0.00784265;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315453;STB=0.677748;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000851858;OID=.;OPOS=49936785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:22:23:0.575:9:13:3:14:9:14:3:14 chr19 49950298 . C T 1171.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7595;QD=60.8718;RBI=0.0320789;REFB=0;REVB=0.00212157;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205706;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr19 49950356 . C G 926.77 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8179;QD=57.923;RBI=0.088373;REFB=0;REVB=0.0702939;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203698;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:37:22:0:0:40:24:0:0 chr19 49954803 . C T 547.26 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0479126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.646;QD=53.3915;RBI=0.0581335;REFB=-0.175984;REVB=0.0329223;RO=3;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385647;STB=0.520628;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00191563;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:23:15:2:1:23:15:2:1 chr19 49954807 . T G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4774;QD=60.976;RBI=0.0274762;REFB=0;REVB=-0.00392793;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029884;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr19 49964977 . C G 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0272013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.827;QD=10.8233;RBI=0.0371128;REFB=-0.0179844;REVB=-0.0252478;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217007;STB=0.628371;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.026043;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:16:7:6:6:16:7 chr19 49965173 . A T 122.59 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00880112;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4649;QD=14.8587;RBI=0.0194376;REFB=-0.0305999;REVB=-0.0173309;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323285;STB=0.675417;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0470885;OID=.;OPOS=49965173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:19:14:14:0.424242:10:4:11:7:10:4:11:8 chr19 49967680 . G A 319.68 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0598373;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8393;QD=26.6403;RBI=0.0620301;REFB=-0.0643675;REVB=0.016347;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120386;STB=0.566618;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0431246;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:17:11:11:9:17:11:11:9 chr19 50016655 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00152455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.488;QD=16.199;RBI=0.00171108;REFB=-0.0923303;REVB=-0.000776882;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0138244;OID=.;OPOS=50016655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr19 50038017 . C T 95.32 PASS AF=0.4;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00865633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.677;QD=12.7098;RBI=0.0131953;REFB=-0.0184744;REVB=0.00995912;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143835;STB=0.604472;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0341946;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:26:30:15:18:11:12:0.4:8:3:6:9:8:4:9:9 chr19 50129314 . C T 281.96 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0193478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3942;QD=22.5569;RBI=0.0292546;REFB=-0.00967102;REVB=-0.021943;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134988;STB=0.583011;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0172201;OID=.;OPOS=50129314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:12:14:16:7:12:14:17:7 chr19 50138680 . C T 129.97 PASS AF=0.384615;AO=11;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=1;FWDB=0.0177646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.996;QD=13.3301;RBI=0.0205317;REFB=-0.0130255;REVB=0.0102941;RO=20;SAF=11;SAR=0;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.711848;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0195394;OID=.;OPOS=50138680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:24:11:15:0.384615:0:11:20:0:4:11:23:1 chr19 50154615 . C T 183.08 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00295584;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.037;QD=20.3418;RBI=0.0954921;REFB=-0.0272849;REVB=0.0954463;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113657;STB=0.551914;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0365593;OID=.;OPOS=50154615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:17:17:19:0.527778:13:4:6:12:14:5:6:11 chr19 50156896 . T C 600.4 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.336;QD=58.5759;RBI=0.0185329;REFB=0.0186677;REVB=-0.00972803;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00101532;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:1:0:27:13:1:0 chr19 50248501 . T C 68.58 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0186978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.514;QD=14.4374;RBI=0.0192401;REFB=-0.013111;REVB=-0.00453578;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286347;STB=0.670818;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0297439;OID=.;OPOS=50248501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:5:5:7:2:5:5 chr19 50249905 . T C 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0101721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.295;QD=18.6417;RBI=0.0469023;REFB=0.000385405;REVB=0.045786;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22989;STB=0.631986;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000398935;OID=.;OPOS=50249905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:6:7:4:10:6:7 chr19 50249932 . TCTGCTTCTCCTCCGGCTC T 36.58 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=40;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0221854;FXX=0.099975;HRUN=1;LEN=18;MLLD=190.099;QD=4.06445;RBI=0.0269942;REFB=-0.0061656;REVB=0.0153785;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51293;STB=0.816215;STBP=0.134;TYPE=del;VARB=0.0547652;OID=.;OPOS=50249933;OREF=CTGCTTCTCCTCCGGCTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:9:40:6:36:30:5:1:14:16:36:27:8:1:14:13 chr19 50250401 . C T 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00794064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.065;QD=15.0995;RBI=0.0104192;REFB=-0.0283072;REVB=-0.00674577;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082488;STB=0.538429;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0151568;OID=.;OPOS=50250401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:24:24:0.436364:14:10:15:15:14:10:15:16 chr19 50383591 . A G 850.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.356;QD=57.6443;RBI=0.0255689;REFB=0;REVB=0.0250923;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03174e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr19 50411742 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.533;QD=62.6665;RBI=0.0215988;REFB=0;REVB=0.015681;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24871e-06;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr19 50412217 . C G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.989;QD=46.0576;RBI=0.044107;REFB=-0.0407322;REVB=0.0395952;RO=1;SAF=15;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297028;STB=0.516112;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00433282;OID=.;OPOS=50412217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:4:15:1:0:4:15:1:0 chr19 50412417 . G A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.503;QD=45.7987;RBI=0.0495407;REFB=0;REVB=0.0416463;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995455;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 50435747 . T C 223.11 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3923;QD=49.5802;RBI=0.00519977;REFB=0;REVB=0.00519977;RO=2;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160542;OID=.;OPOS=50435747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:2:0:16:18:1:16:0:0:2:18:0:0:0 chr19 50455180 . C T 88.15 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3684;QD=39.1797;RBI=0.0415129;REFB=0;REVB=-0.0344115;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000733887;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 50464023 . C G 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5233;QD=57.6721;RBI=0.052907;REFB=0;REVB=-0.018609;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140661;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr19 50473436 . CTA ACT,CAT,CT 119.31 PASS AF=0.0454545,0,0.681818;AO=3,2,10;DP=24;FAO=1,0,15;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,1;FSAR=1,0,14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000168255,-0.052744,0.0499255;FXX=0.0832986;HRUN=1,1,4;LEN=3,2,1;MLLD=113.045,81.9613,14.981;QD=21.6926;RBI=0.0847365,0.103889,0.177853;REFB=-0.00434227,-0.00986121,-0.0741566;REVB=-0.0847363,-0.0895045,-0.170702;RO=6;SAF=0,0,0;SAR=3,2,10;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.804025,-0.794076,-0.844818;STB=0.994285,0.5,0.84788;STBP=0.148,1,0;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.143059,0.0442417,0.0473791;OID=.,.,.;OPOS=50473436,50473437,50473438;OREF=CTA,TA,A;OALT=ACT,AT,-;OMAPALT=ACT,CAT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:28:24:22:6:6:3,2,10:1,0,15:0.0454545,0,0.681818:3,2,10:0,0,0:6:0:1,0,14:0,0,1:5:1 chr19 50474571 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0418454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.325;QD=11.4398;RBI=0.0419346;REFB=-0.00494596;REVB=-0.00273402;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13278;STB=0.618791;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00993319;OID=.;OPOS=50474571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:12:14:9:9:0.391304:5:4:7:5:5:4:9:5 chr19 50475114 . G C 130.59 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00160384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3166;QD=13.7463;RBI=0.0148987;REFB=0.0170697;REVB=0.0148121;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149229;STB=0.574368;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0257966;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:6:9:10:12:6:9:11:12 chr19 50484234 . G A 648.09 PASS AF=0.458065;AO=70;DP=155;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0717441;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2158;QD=16.7248;RBI=0.0719725;REFB=-0.0180442;REVB=0.00572949;RO=84;SAF=29;SAR=41;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131379;STB=0.575847;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0160195;OID=.;OPOS=50484234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:84:84:70:71:0.458065:41:29:46:38:42:29:46:38 chr19 50562372 . T C 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0122168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.543;QD=13.4576;RBI=0.0137406;REFB=-0.00670677;REVB=-0.00628908;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231583;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0126161;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:6:9:4:7:6:9 chr19 50562459 . T G 129.57 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0040716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2046;QD=9.59776;RBI=0.00569202;REFB=-0.0140675;REVB=0.00397758;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803301;STB=0.54777;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0364057;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:20:17:9:8:20:17 chr19 50726570 . G A 158.64 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00821855;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.083;QD=24.4065;RBI=0.00879959;REFB=-0.0539355;REVB=0.00314455;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676326;STB=0.537995;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0181659;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:4:6:11:5:4:6 chr19 50727391 . G A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00500467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=13.3416;RBI=0.0431617;REFB=-0.000781901;REVB=0.0428706;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715477;STB=0.541361;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00102075;OID=.;OPOS=50727391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:6:15:21:11:6:15:21:11 chr19 50755955 . C T 88.02 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0454914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.074;QD=14.0838;RBI=0.0455203;REFB=-0.000506519;REVB=-0.00162172;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245576;STB=0.642612;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000186879;OID=.;OPOS=50755955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:4:10:5:6:4:10 chr19 50760716 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1945;QD=51.9153;RBI=0.0257098;REFB=0;REVB=-0.0231876;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220265;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:13:7:0:1:14:7:0:0 chr19 50762418 . A G 375.48 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3394;QD=55.6262;RBI=0.0525563;REFB=0;REVB=-0.0482787;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000977321;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr19 50796905 . G A 958.62 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.212;QD=57.2311;RBI=0.0270525;REFB=-0.079632;REVB=0.0178532;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=8.4393e-05;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:40:26:1:0:40:26:1:0 chr19 50826569 . C T 81.02 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00445011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.711;QD=18.0043;RBI=0.00771767;REFB=-0.036184;REVB=-0.00630548;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468762;STB=0.526974;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0309376;OID=.;OPOS=50826569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:6:2:3:7:6:2 chr19 50863023 . A G 272.16 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0118836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.95;QD=19.4397;RBI=0.0130936;REFB=-0.0188788;REVB=-0.00549747;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800724;STB=0.535031;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0206697;OID=.;OPOS=50863023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:13:15:12:15:14:15:12:15 chr19 50881820 . A AAAC 39.8 PASS AF=0.625;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0134581;FXX=0.27248;HRUN=3;LEN=3;MLLD=294.465;QD=19.9009;RBI=0.0224723;REFB=-0.00630071;REVB=-0.0179967;RO=7;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43924;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.00543846;OID=.;OPOS=50881821;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:4:11:5:8:3:4:1:0:3:19:7:3:1:2:5 chr19 50881822 . A ACAG 33.84 PASS AF=0.666667;AO=3;DP=14;FAO=4;FDP=6;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000808633;FXX=0.3996;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.366;QD=22.5576;RBI=0.00305764;REFB=-0.0538458;REVB=-0.00294878;RO=11;SAF=1;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228941;STB=0.599463;STBP=0.614;TYPE=ins;VARB=0.0273233;OID=.;OPOS=50881823;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:3:14:4:6:2:1:3:1:1:15:11:1:2:6:5 chr19 50902141 . C T 83.36 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00827874;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.269;QD=9.01173;RBI=0.0191689;REFB=-0.0115102;REVB=0.017289;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416209;STB=0.623536;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0185112;OID=.;OPOS=50902141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:20:26:11:11:0.297297:4:7:12:8:4:7:12:14 chr19 50905042 . G A 316.94 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0101343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.642;QD=17.8559;RBI=0.02004;REFB=-0.0386119;REVB=0.0172886;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227729;STB=0.627441;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0328109;OID=.;OPOS=50905042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:12:22:15:22:12:22:15:22 chr19 50905074 . G A 170.34 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.108673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3204;QD=11.9535;RBI=0.142739;REFB=-0.0653874;REVB=0.0925449;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206123;STB=0.526292;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0353702;OID=.;OPOS=50905074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:21:22:0.385965:11:10:16:19:11:11:16:19 chr19 50926264 . TG CC 124.72 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00505681;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.438;QD=9.07052;RBI=0.030249;REFB=-0.0475279;REVB=0.0298234;RO=38;SAF=5;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323464;STB=0.714627;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=0.0600156;OID=.;OPOS=50926264;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:38:37:18:18:0.327273:13:5:21:17:13:5:22:15 chr19 50954584 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.928;QD=55.6549;RBI=0.0893405;REFB=0;REVB=0.0527691;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103397;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr19 50957397 . G A 754.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.902;QD=56.9291;RBI=0.0297744;REFB=0;REVB=-0.0103945;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.574e-05;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr19 50965272 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4907;QD=56.1886;RBI=0.0371589;REFB=0;REVB=0.034974;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562259;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr19 50983930 . C T 240.54 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00936492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.131;QD=35.6348;RBI=0.0187211;REFB=-0.103111;REVB=0.0162104;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505295;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0049265;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:27:27:0:6:20:21:0.777778:10:10:0:0:11:10:3:3 chr19 51015404 . T C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00612167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.917;QD=26.6014;RBI=0.0112569;REFB=-0.0112714;REVB=-0.0094469;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.583138;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00347298;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:3:5:1:0:3:5:2:0 chr19 51159571 . T G 155.62 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00783151;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.389;QD=27.0636;RBI=0.0209817;REFB=-0.0549324;REVB=0.0194653;RO=6;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442724;STB=0.646828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0263454;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:6:7:12:14:0.608696:11:1:3:3:11:3:4:3 chr19 51297825 . GC AA,AC 869.87 PASS AF=0.967213,0.0327869;AO=58,3;DP=61;FAO=59,2;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113051,0.032938;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=173.874,123.507;QD=57.0406;RBI=0.0291619,0.0522156;REFB=0,0;REVB=0.0268814,0.0405162;RO=0;SAF=22,3;SAR=36,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00160723,0.0111144;OID=.,.;OPOS=51297825,51297825;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:61:61:0:0:58,3:59,2:0.967213,0.0327869:36,0:22,3:0:0:36,0:23,2:0:0 chr19 51301395 . C T 1508.41 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00840832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.444;QD=57.4631;RBI=0.0355927;REFB=-0.109504;REVB=0.0345853;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.50877;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000271503;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:0:2:103:103:0.980952:47:56:0:0:47:56:2:0 chr19 51301456 . G A 891.35 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476525;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.955;QD=56.5939;RBI=0.0514181;REFB=-0.102578;REVB=0.0193149;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00104731;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:30:32:0:1:30:32:0:1 chr19 51302066 . A G 276.28 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.941;QD=50.233;RBI=0.0120346;REFB=0;REVB=0.00806513;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288438;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:22:0:0:19:22:1:8:11:0:0:11:11:0:0 chr19 51302154 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.042;QD=51.9149;RBI=0.0759309;REFB=0;REVB=0.0708896;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693463;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 51302202 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5415;QD=40.7626;RBI=0.02865;REFB=0;REVB=0.00875689;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702729;OID=.;OPOS=51302202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr19 51321813 . A G 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.756;QD=58.2329;RBI=0.0043636;REFB=0;REVB=-0.00398116;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29839e-06;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr19 51321961 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.124;QD=39.2066;RBI=0.0376041;REFB=0;REVB=0.0196948;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001102;OID=.;OPOS=51321961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 51323232 . T C,TC 726.26 PASS AF=0.942308,0.0576923;AO=45,9;DP=55;FAO=49,3;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25,3;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544427,0.0668107;FXX=0;HRUN=6,0;LEN=1,1;MLLD=88.3913,81.4617;QD=55.8662;RBI=0.0545696,0.0671611;REFB=0,0;REVB=-0.0037204,-0.00685121;RO=0;SAF=25,3;SAR=20,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.000995158,0.000209152;OID=.,.;OPOS=51323232,51323233;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:55:52:0:0:45,9:49,3:0.942308,0.0576923:20,6:25,3:0:0:24,0:25,3:0:0 chr19 51323473 . C G 224.37 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.027731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.547;QD=44.8748;RBI=0.0416179;REFB=-0.0248755;REVB=0.0310329;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000124422;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:0:1:19:19:0.95:9:10:0:0:9:10:1:0 chr19 51323501 . A G 446.71 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7621;QD=57.6395;RBI=0.0529561;REFB=0;REVB=0.040752;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091048;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 51330932 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.525;QD=56.1916;RBI=0.0525016;REFB=0;REVB=0.0432635;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265687;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 51359497 . T C 594.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7581;QD=60.9435;RBI=0.0707693;REFB=0;REVB=-0.0602441;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149409;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr19 51359503 . A G 617.06 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521885;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.041;QD=60.201;RBI=0.0679534;REFB=0;REVB=0.0435204;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152089;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:20:18:0:0:22:19:0:0 chr19 51361315 . C T 582.01 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.00848262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4103;QD=19.0823;RBI=0.0271413;REFB=-0.0035449;REVB=-0.0257817;RO=62;SAF=37;SAR=23;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365393;STB=0.50202;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00276314;OID=.;OPOS=51361315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:23:37:38:24:23:37:38:24 chr19 51361472 . C A 378.31 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00166516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.79;QD=21.017;RBI=0.00275203;REFB=-0.0191084;REVB=0.00219109;RO=33;SAF=11;SAR=27;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155648;STB=0.589903;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0215378;OID=.;OPOS=51361472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:38:39:0.541667:27:11:15:18:28:11:15:18 chr19 51362803 . C T 190.2 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000812332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.331;QD=21.7374;RBI=0.0261721;REFB=-0.0220998;REVB=0.0261595;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217628;STB=0.62315;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0230682;OID=.;OPOS=51362803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:8:8:14:5:8:8 chr19 51379893 . C T 165.94 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0322704;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3313;QD=11.4444;RBI=0.056123;REFB=-0.00102834;REVB=0.0459175;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794425;STB=0.554403;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00401817;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:37:21:21:0.362069:9:12:19:19:9:12:18:19 chr19 51381777 . C T 644.23 PASS AF=0.461538;AO=65;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=54;FWDB=-0.00104547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.048;QD=18.0204;RBI=0.00719489;REFB=-0.00602101;REVB=0.00711853;RO=76;SAF=30;SAR=35;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157853;STB=0.585913;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0063674;OID=.;OPOS=51381777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:77:65:66:0.461538:35:30:23:53:36:30:23:54 chr19 51411636 . G T 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.951;QD=62.9781;RBI=0.0267839;REFB=0;REVB=0.0138882;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45587e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr19 51452250 . T C 714.43 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00172989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.88;QD=52.9211;RBI=0.0140875;REFB=0.00893673;REVB=0.0139809;RO=2;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695;STB=0.511624;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00162998;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:2:1:52:53:0.981481:21:31:1:1:21:32:0:1 chr19 51485622 . A G 2836.44 PASS AF=0.968586;AO=185;DP=191;FAO=185;FDP=191;FR=.;FRO=6;FSAF=109;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00614366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3915;QD=59.4018;RBI=0.0659513;REFB=-0.00470047;REVB=-0.0656646;RO=5;SAF=109;SAR=76;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200492;STB=0.508276;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000144225;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:191:191:5:6:185:185:0.968586:76:109:1:4:76:109:2:4 chr19 51487175 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.698;QD=48.737;RBI=0.0191928;REFB=0;REVB=-0.00759264;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20597e-05;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr19 51530693 . G A 454.08 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0031267;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.916;QD=16.3633;RBI=0.0164973;REFB=-0.0374052;REVB=-0.0161983;RO=59;SAF=28;SAR=22;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503807;STB=0.528674;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0390534;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:59:61:50:50:0.45045:22:28:30:29:22:28:31:30 chr19 51537682 . C A 65.85 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0265231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.33;QD=11.4528;RBI=0.0466797;REFB=-0.0253815;REVB=-0.0384125;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140406;STB=0.599791;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0250508;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:4:5:9:4:4:5:10:4 chr19 51628529 . A G 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=5.2315e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.327;QD=16.3812;RBI=0.0144743;REFB=0.00582404;REVB=0.0144743;RO=47;SAF=9;SAR=28;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16892;STB=0.595689;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0139876;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:28:9:18:29:28:9:18:29 chr19 51630482 . C A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.000488338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.411;QD=14.6975;RBI=0.0214153;REFB=-0.0169646;REVB=0.0214097;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25555;STB=0.646272;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.02318;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:19:11:13:8:19:11 chr19 51670667 . G A 259.89 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770769;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7927;QD=51.9789;RBI=0.121751;REFB=0;REVB=0.0942469;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285915;OID=.;OPOS=51670667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr19 51728477 . C T 368.46 PASS AF=0.725;AO=28;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0740115;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.221;QD=36.8458;RBI=0.0740116;REFB=0.00902944;REVB=7.3374e-05;RO=10;SAF=4;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328983;STB=0.653345;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00174315;OID=.;OPOS=51728477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:28:29:0.725:24:4:6:4:24:5:6:4 chr19 51767309 . C G 256.28 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0233609;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0441;QD=17.9844;RBI=0.0234815;REFB=0.00146866;REVB=-0.00237705;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168275;STB=0.509427;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00242812;OID=.;OPOS=51767309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:15:14:13:15:15:14 chr19 51835892 . T TG 294.14 PASS AF=1;AO=20;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.1434;QD=36.7674;RBI=0.0357049;REFB=0;REVB=0.0355653;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00280098;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:33:32:32:0:10:22:0:0:6:12:9:11:2:10 chr19 51837171 . A G 320.41 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-8.6829e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7814;QD=16.6448;RBI=0.0598315;REFB=-0.00165423;REVB=-0.0598315;RO=42;SAF=11;SAR=24;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212533;STB=0.511939;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00285189;OID=.;OPOS=51837171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:24:11:14:28:24:11:14:28 chr19 51850290 . G A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.494;QD=56.9358;RBI=0.0897432;REFB=0;REVB=0.0482952;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251996;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr19 51919502 . T C 155.63 PASS AF=0.391304;AO=3;DP=49;FAO=18;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0250898;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.555;QD=13.5333;RBI=0.056357;REFB=0.0376151;REVB=-0.050464;RO=23;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201844;STB=0.566935;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0527706;OID=.;OPOS=51919502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:23:26:3:18:0.391304:1:2:11:12:11:7:13:13 chr19 51919507 . T C 230.09 PASS AF=0.480769;AO=21;DP=49;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0233089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.974;QD=17.699;RBI=0.0247301;REFB=-0.00790285;REVB=0.00826278;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150686;STB=0.577275;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00886652;OID=.;OPOS=51919507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:27:27:21:25:0.480769:10:11:10:17:12:13:10:17 chr19 51920196 . G T 175.52 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00634994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0707;QD=13.7666;RBI=0.0129621;REFB=0.00158469;REVB=0.0113002;RO=31;SAF=3;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405083;STB=0.738853;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00159276;OID=.;OPOS=51920196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:17:3:14:17:17:3:14:17 chr19 51920613 . C T 562.15 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9259;QD=57.6566;RBI=0.112214;REFB=-0.00490256;REVB=0.0315413;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939152;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00160118;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:2:1:37:38:0.974359:15:22:1:1:15:23:0:1 chr19 51981753 . G C 1914.97 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.446;QD=61.7732;RBI=0.0444745;REFB=0;REVB=0.0442089;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72583e-05;OID=.;OPOS=51981753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:60:64:0:0:60:64:0:0 chr19 51984725 . T A 2225.37 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993108;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.552;QD=63.582;RBI=0.041445;REFB=0;REVB=0.0402376;RO=0;SAF=69;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79591e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:70:69:0:0:71:69:0:0 chr19 52032964 . C G 567.09 PASS AF=0.84127;AO=39;DP=63;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0407165;FXX=0.0156226;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.263;QD=36.0058;RBI=0.0478762;REFB=-0.156591;REVB=0.0251853;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.510634;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00601229;OID=.;OPOS=52032964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:63:63:1:10:39:53:0.84127:22:17:0:1:23:30:5:5 chr19 52033742 . G A 666.98 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00468483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.254;QD=57.9986;RBI=0.0320464;REFB=-0.0715308;REVB=0.0317021;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408068;STB=0.521729;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000468056;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:22:22:2:0:22:22:2:0 chr19 52076960 . T C 287.24 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.639;QD=52.2247;RBI=0.0549528;REFB=0;REVB=0.0303171;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271512;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:5:17:0:0 chr19 52076974 . C T 306.53 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.964;QD=53.3096;RBI=0.03223;REFB=0;REVB=0.0278322;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001129;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:5:17:0:0:5:18:0:0 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119666;FXX=0;HRUN=4;LEN=8;MLLD=292.704;QD=50.4135;RBI=0.0121447;REFB=0;REVB=0.00207212;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.47211e-05;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:19:19:0:15:4:0:0:4:0:15:4:0:0 chr19 52077069 . G A 313.33 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.032;QD=50.1322;RBI=0.0178156;REFB=0.00542523;REVB=-0.00349642;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280632;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-9.84038e-05;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:23:24:0.96:7:16:1:0:8:16:1:0 chr19 52095980 . G T 57.12 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.224;QD=28.5611;RBI=0.0160299;REFB=-0.151518;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00537105;OID=.;OPOS=52095980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:0:7:1:0:0:7:1:0 chr19 52096033 . GATAAA G 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128012;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=5;MLLD=321.587;QD=53.3336;RBI=0.0128799;REFB=0;REVB=-0.00142207;RO=0;SAF=21;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.86137e-05;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:22:22:0:21:1:0:0:4:0:21:1:0:0 chr19 52096270 . C G 113.65 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2933;QD=41.3264;RBI=0.0402324;REFB=0;REVB=0.0402149;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345955;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:10:1:0:0 chr19 52097461 . A C 724.01 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016141;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.548;QD=52.6552;RBI=0.0163204;REFB=-0.0551316;REVB=0.00241296;RO=2;SAF=29;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313873;STB=0.51666;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000905808;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:53:53:0.963636:24:29:2:0:24:29:2:0 chr19 52115645 . G C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0315278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.424;QD=16.4079;RBI=0.0360104;REFB=-0.0206003;REVB=-0.0173996;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567142;STB=0.532344;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0275667;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:15:6:7:22:15:6:7:22 chr19 52220351 . G A 750.36 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.006164;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.887;QD=63.8604;RBI=0.0582349;REFB=0;REVB=0.0579077;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113728;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr19 52223121 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.002;QD=58.5869;RBI=0.0972062;REFB=0;REVB=0.096784;RO=0;SAF=28;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301642;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:5:28:0:0:5:28:0:0 chr19 52223180 . A G 866.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.011;QD=57.7488;RBI=0.0482101;REFB=0;REVB=0.0149575;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48897e-05;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr19 52249211 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.83;QD=62.3505;RBI=0.0488324;REFB=0;REVB=0.0482338;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128071;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr19 52249680 . T A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0390454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.502;QD=21.1692;RBI=0.0872295;REFB=0.0555917;REVB=-0.0780029;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168825;STB=0.599677;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00343273;OID=.;OPOS=52249680;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:2:1:1:6:2:1 chr19 52249947 . C G 222.28 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0134545;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6288;QD=24.0305;RBI=0.0173556;REFB=-0.0179164;REVB=0.0109633;RO=16;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357462;STB=0.519981;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0131843;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:14:7:6:10:14:7:6:10 chr19 52250216 . A G 1226.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.482;QD=61.3187;RBI=0.0403537;REFB=0;REVB=-0.0147533;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46577e-05;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr19 52328281 . T C 277.56 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00158528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.102;QD=20.5598;RBI=0.0389315;REFB=-0.011442;REVB=0.0388992;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230367;STB=0.627294;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00917508;OID=.;OPOS=52328281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:19:6:15:14:19:6 chr19 52472300 . G A 421.76 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0106103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.581;QD=18.1403;RBI=0.0113055;REFB=0.00309233;REVB=0.00390346;RO=50;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633574;STB=0.535337;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00361728;OID=.;OPOS=52472300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:20:23:30:20:20:23:30:20 chr19 52506985 . T C 175.25 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00559356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7584;QD=22.6134;RBI=0.0608239;REFB=-0.0112377;REVB=0.0605662;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736839;STB=0.515401;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0160374;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:17:18:0.580645:4:13:9:4:5:13:9:4 chr19 52520607 . C T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00221749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.385;QD=35.4869;RBI=0.0302476;REFB=0.00223827;REVB=-0.0301662;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112976;STB=0.562406;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000802648;OID=.;OPOS=52520607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:7:6:0:2:7:6:0:2 chr19 52521296 . G A 104.72 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0146782;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.714;QD=9.97319;RBI=0.0146783;REFB=-0.00926234;REVB=4.93354e-05;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124171;STB=0.585325;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0193625;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:29:13:13:0.309524:6:7:12:16:6:7:12:17 chr19 52537576 . T G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0106658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.153;QD=12.3948;RBI=0.0187525;REFB=-0.0211082;REVB=-0.015424;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446326;STB=0.526278;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0135658;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:13:11:7:7:13:11 chr19 52570397 . C G 128.99 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0315584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5393;QD=17.791;RBI=0.0317592;REFB=0.00348662;REVB=0.00356544;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1854;STB=0.616284;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00691364;OID=.;OPOS=52570397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:8:6:9:5:9:6:9:5 chr19 52618775 . G GT 34.1 PASS AF=0.242424;AO=4;DP=35;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0462307;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.9769;QD=4.13343;RBI=0.0498691;REFB=-0.00347556;REVB=-0.018699;RO=31;SAF=3;SAR=1;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388797;STB=0.903874;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0483737;OID=.;OPOS=52618776;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:4:35:8:33:25:7:1:7:18:34:31:3:1:12:19 chr19 52620269 . G A 44.08 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00832921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0917;QD=6.52966;RBI=0.00942103;REFB=0.00103995;REVB=-0.00440226;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025065;STB=0.516083;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0055818;OID=.;OPOS=52620269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:11:9:3:4:11:9 chr19 52762384 . C A 88.76 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.133244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3738;QD=14.794;RBI=0.164016;REFB=0.0163661;REVB=-0.0956411;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0476369;OID=.;OPOS=52762384;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:6:5:6:6:6:5:6:7 chr19 52793572 . A G 112.22 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0319301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6701;QD=28.0541;RBI=0.147879;REFB=0.00917081;REVB=0.144391;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468493;STB=0.526268;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00327211;OID=.;OPOS=52793572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:16:16:3:3:11:11:0.6875:5:6:2:1:5:6:2:1 chr19 52793580 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0609129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.228;QD=24.4133;RBI=0.0634015;REFB=-0.0141246;REVB=0.0175889;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801957;STB=0.545372;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00515262;OID=.;OPOS=52793580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:2:3:5:6:2:3 chr19 52803669 . CTG C 250.39 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00968414;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.838;QD=17.5713;RBI=0.0199553;REFB=-0.0156702;REVB=-0.017448;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358495;STB=0.525878;STBP=0.693;TYPE=del;VARB=0.0241897;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:27:56:28:57:29:17:11:19:10:99:27:17:10:18:9 chr19 52825032 . C T 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00879444;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.242;QD=16.8738;RBI=0.00891034;REFB=-0.00316008;REVB=-0.00143249;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137865;STB=0.578868;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00478626;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:14:12:12:8:14:12 chr19 52856955 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0156404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.118;QD=15.1597;RBI=0.0283694;REFB=-0.0161243;REVB=-0.0236686;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106752;STB=0.561964;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0171569;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:9:13:11:5:9:13 chr19 52869022 . G T 213.88 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00055092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.682;QD=20.8667;RBI=0.0499713;REFB=0.013061;REVB=-0.0499683;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108694;STB=0.561343;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.013836;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:9:11:14:7:9:11 chr19 52869278 . G C 100.69 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0157174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.31;QD=16.1107;RBI=0.0158235;REFB=-0.00591004;REVB=0.00182951;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.563652;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0103607;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:13:11:12:0.48:4:7:6:6:5:7:6:7 chr19 52869312 . T C 115.06 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0182931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.587;QD=19.1769;RBI=0.0276801;REFB=-0.00653389;REVB=-0.0207738;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513374;STB=0.529366;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00540854;OID=.;OPOS=52869312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:7:4:4:9:7:4 chr19 52869534 . G A 72.95 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0304058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.429;QD=20.8421;RBI=0.0320559;REFB=-0.0297315;REVB=0.0101523;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.624732;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0236211;OID=.;OPOS=52869534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:14:4:5:9:9:0.642857:5:4:4:0:5:4:4:1 chr19 52887145 . TA T 37.17 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0780952;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.4431;QD=9.29211;RBI=0.0780955;REFB=-0.0282662;REVB=-0.000203155;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.705;TYPE=del;VARB=0.0525958;OID=.;OPOS=52887146;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:17:7:16:9:3:4:3:6:37:9:3:4:3:6 chr19 52887246 . T A,TCAA 81.1 PASS AF=0.0588235,0.264706;AO=2,9;DP=34;FAO=2,9;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2,5;FSAR=0,4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.000691706,-0.0148883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=122.096,205.124;QD=9.54124;RBI=0.0223172,0.01489;REFB=-0.00533435,-0.00394191;REVB=-0.0223065,0.000220722;RO=22;SAF=2,5;SAR=0,4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.518239,0.115004;STB=0.994841,0.555432;STBP=0.169,0.733;TYPE=snp,ins;VARB=0.044417,0.0101022;OID=.,.;OPOS=52887246,52887247;OREF=T,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:34:34:22:23:2,9:2,9:0.0588235,0.264706:0,4:2,5:10:12:0,4:2,5:11:12 chr19 52887427 . A C 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0161925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.279;QD=21.2643;RBI=0.0162042;REFB=-0.00620995;REVB=0.000614147;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314531;STB=0.677239;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00745193;OID=.;OPOS=52887427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:6:12:6:14:6:12 chr19 52887437 . A C 214.86 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00732012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6692;QD=21.4855;RBI=0.072764;REFB=0.0102197;REVB=0.0723948;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2965;STB=0.666508;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00712221;OID=.;OPOS=52887437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:7:14:6:13:7:14:6:13 chr19 52917588 . ACG ACA,CAA 437.16 PASS AF=0.794118,0.147059;AO=20,6;DP=36;FAO=27,5;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17,0;FSAR=10,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0420302,-0.027904;FXX=0.0555401;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=51.9039,32.5527;QD=51.43;RBI=0.0592799,0.029728;REFB=-0.187503,-0.053717;REVB=0.041804,0.0102528;RO=0;SAF=16,0;SAR=4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.527758,0.997126;STBP=0.327,0.02;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0129475,-0.0259136;OID=.,.;OPOS=52917590,52917588;OREF=G,ACG;OALT=A,CAA;OMAPALT=ACA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:36:34:0:2:20,6:27,5:0.794118,0.147059:4,6:16,0:0:0:10,5:17,0:2:0 chr19 52937339 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3274;QD=51.1836;RBI=0.137067;REFB=0;REVB=0.0715387;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584562;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 52938361 . C A 1262.19 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261704;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.741;QD=60.1045;RBI=0.052519;REFB=-0.00880101;REVB=-0.0455341;RO=1;SAF=34;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137242;STB=0.507245;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0030057;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:48:34:1:0:49:34:1:0 chr19 52938417 . A G 819.35 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=68;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0195395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.083;QD=48.197;RBI=0.019544;REFB=-0.0685644;REVB=-0.000419838;RO=4;SAF=15;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754214;STB=0.57807;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00670547;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:68:68:4:7:61:61:0.897059:46:15:3:1:46:15:6:1 chr19 52938459 . A G 989.73 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8512;QD=59.0883;RBI=0.0310388;REFB=0;REVB=0.028716;RO=0;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136591;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:47:20:0:0:47:20:0:0 chr19 52941171 . T C 411.13 PASS AF=0.967742;AO=25;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.041057;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.6507;QD=53.0488;RBI=0.0422958;REFB=-0.0739798;REVB=0.0101614;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0035864;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:25:30:0.967742:12:13:0:0:15:15:0:1 chr19 52941540 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.292;QD=43.4862;RBI=0.0269253;REFB=0;REVB=-0.0258873;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135409;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 52941618 . A C 62.31 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.863;QD=35.6049;RBI=0.0809905;REFB=0;REVB=0.049646;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00602803;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr19 52941847 . A T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2706;QD=51.1828;RBI=0.00787091;REFB=0;REVB=-0.00588697;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01502e-05;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr19 52942159 . A G 46.7 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.192857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.047;QD=26.6831;RBI=0.196351;REFB=-0.0914801;REVB=0.0368765;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0096193;OID=.;OPOS=52942159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:7:7:0:1:5:6:0.857143:2:3:0:0:3:3:0:1 chr19 52942445 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.894;QD=33.4285;RBI=0.012321;REFB=0;REVB=0.000104978;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016677;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 52954507 . T C 2240.45 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469592;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.541;QD=63.5589;RBI=0.00486935;REFB=0;REVB=0.00128798;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109797;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:142:141:1:66:76:0:0:65:76:0:0 chr19 53116643 . T C 150.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0780481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4719;QD=19.3656;RBI=0.0782002;REFB=-0.0176057;REVB=-0.00487514;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204358;STB=0.511613;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0110344;OID=.;OPOS=53116643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:10:5:5:11:10:5 chr19 53117531 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.02;QD=51.184;RBI=0.0356984;REFB=0;REVB=-0.0180172;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104205;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr19 53117809 . C A 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3026;QD=62.6639;RBI=0.0249915;REFB=0;REVB=0.0210014;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187122;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr19 53122309 . A G 173.56 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0217167;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0186;QD=18.2689;RBI=0.0481749;REFB=0.00709006;REVB=0.0430024;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788358;STB=0.533296;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00404648;OID=.;OPOS=53122309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:20:18:18:0.473684:7:11:10:9:7:11:11:9 chr19 53269614 . G A 150.59 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0184957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.41;QD=12.2929;RBI=0.0218303;REFB=-0.00556525;REVB=-0.0115962;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191074;STB=0.599886;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0158442;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:32:17:17:0.346939:8:9:11:20:8:9:12:20 chr19 53270384 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0285853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.026;QD=12.0206;RBI=0.0464823;REFB=-0.00895348;REVB=-0.0366536;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126125;STB=0.507452;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0313894;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:14:11:6:8:14:11 chr19 53303527 . A G 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.957;QD=52.6035;RBI=0.0206982;REFB=0;REVB=0.0196069;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162831;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr19 53303890 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.738;QD=51.9153;RBI=0.0367541;REFB=0;REVB=0.0123106;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478435;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr19 53304563 . T C 781.23 PASS AF=0.95;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0123361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0643;QD=52.0816;RBI=0.0841843;REFB=0.0213188;REVB=0.0832756;RO=3;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176765;STB=0.508769;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000106283;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:60:3:3:56:57:0.95:27:29:1:2:28:29:1:2 chr19 53384185 . C T 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00220079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.454;QD=18.793;RBI=0.0274599;REFB=-0.00166162;REVB=-0.0273715;RO=25;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190601;STB=0.614352;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0011924;OID=.;OPOS=53384185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:27:23:23:0.46:6:17:14:11:6:17:15:12 chr19 53384691 . CT C 42.94 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.115544;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9077;QD=10.1043;RBI=0.185766;REFB=-0.0435788;REVB=0.145459;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.676948;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0516799;OID=.;OPOS=53384692;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:8:17:8:17:9:6:2:4:5:35:8:6:2:3:5 chr19 53391402 . A G 209.84 PASS AF=0.258333;AO=31;DP=122;FAO=31;FDP=120;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=20;FWDB=-0.0344991;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.992;QD=6.99473;RBI=0.0357917;REFB=-0.00731749;REVB=-0.00953218;RO=88;SAF=16;SAR=15;SRF=68;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329025;STB=0.694718;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00765604;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:88:89:31:31:0.258333:15:16:68:20:15:16:69:20 chr19 53391486 . A G 57.07 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0201335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0563;QD=19.0244;RBI=0.0201335;REFB=-0.0343034;REVB=0;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190488;OID=.;OPOS=53391486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:12:4:4:7:8:0.666667:0:7:4:0:0:8:4:0 chr19 53454475 . C CACT 86.29 PASS AF=0.315789;AO=10;DP=40;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0369275;FXX=0.0499875;HRUN=0;LEN=3;MLLD=228.691;QD=9.08311;RBI=0.0379666;REFB=-0.000434629;REVB=-0.00882165;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117391;STB=0.61798;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=0.000282407;OID=.;OPOS=53454476;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=CACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:10:40:12:38:26:4:8:13:13:86:26:4:6:13:13 chr19 53454543 . G A 90.95 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0101419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4205;QD=8.26779;RBI=0.0283906;REFB=-0.00673806;REVB=-0.0265173;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738568;STB=0.545379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0213432;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:18:14:6:6:18:14 chr19 53454789 . A T 305.38 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0656367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9685;QD=20.3586;RBI=0.0697016;REFB=0.00623183;REVB=-0.0234549;RO=28;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349901;STB=0.524984;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00555989;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:20:11:11:17:21:11:11:17 chr19 53553125 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00582271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.709;QD=6.92899;RBI=0.0153658;REFB=-0.00746773;REVB=0.0142199;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187526;STB=0.618673;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.018834;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:10:5:3:3:10:5 chr19 53553686 . G A 108.05 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00241261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.477;QD=13.0965;RBI=0.0209255;REFB=-0.0204958;REVB=0.0207859;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145442;STB=0.571317;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0322683;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:8:5:10:9:8:5:10:10 chr19 53576589 . C G 267.43 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00452866;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1772;QD=20.9746;RBI=0.0131179;REFB=-0.00150276;REVB=0.0123113;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266441;STB=0.506325;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00291651;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:27:28:0.54902:13:14:12:11:13:15:12:11 chr19 53577419 . G C 327.65 PASS AF=0.472973;AO=36;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0780871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1756;QD=17.7105;RBI=0.0818898;REFB=0.0272409;REVB=-0.0246648;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965826;STB=0.538741;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0315202;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:36:35:0.472973:19:17:14:24:19:16:15:24 chr19 53612311 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00609057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.193;QD=19.0179;RBI=0.0107782;REFB=-0.012936;REVB=0.00889235;RO=14;SAF=14;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413127;STB=0.744249;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0068477;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:1:14:10:4:1:14:10:4 chr19 53612720 . T C 137.81 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0125631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.815;QD=19.0081;RBI=0.0638637;REFB=-0.0119644;REVB=0.0626158;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131368;STB=0.514267;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00889342;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:9:6:5:8:9:6:6:8 chr19 53612745 . T C 128.97 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00734882;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.974;QD=19.8421;RBI=0.012178;REFB=-0.0117899;REVB=0.00971072;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675494;STB=0.538407;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00655881;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:5:7:7:7:5:7 chr19 53612757 . T G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0250908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7552;QD=16.9313;RBI=0.0287993;REFB=0.0104531;REVB=-0.0141368;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.011679;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:6:6:5:7:6:6 chr19 53612989 . A G 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0143981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.86;QD=12.0144;RBI=0.0146378;REFB=-0.00689703;REVB=-0.00263829;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287874;STB=0.667767;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0284966;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:14:6:19:15:14:6:19:15 chr19 53645291 . T C 105.12 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00279067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1275;QD=11.3646;RBI=0.00435663;REFB=-0.0227287;REVB=0.0033455;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157662;STB=0.604781;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0539655;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:6:7:9:14:6:7:9:15 chr19 53667804 . C T 377.93 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0112443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.966;QD=18.8963;RBI=0.0512038;REFB=0.00720943;REVB=-0.049954;RO=41;SAF=29;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240781;STB=0.634963;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00461062;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:10:29:21:20:10:29:21:20 chr19 53667913 . A G 309.49 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00921282;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.174;QD=16.0772;RBI=0.0188492;REFB=-0.00814535;REVB=-0.0164444;RO=39;SAF=24;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19997;STB=0.617868;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0146594;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:43:34:34:0.441558:10:24:20:19:10:24:22:21 chr19 53667940 . A G 346.22 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0158939;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.901;QD=21.982;RBI=0.0184495;REFB=0.00270944;REVB=-0.00936845;RO=26;SAF=21;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138105;STB=0.576879;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0026068;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:28:35:35:0.555556:14:21:11:15:14:21:12:16 chr19 53669273 . T C 138.12 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0577667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.335;QD=21.2498;RBI=0.0595311;REFB=0.0127459;REVB=0.0143859;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980137;STB=0.555479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00672229;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:5:6:10:5:5:6 chr19 53669492 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00730834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.288;QD=9.09999;RBI=0.014818;REFB=-0.00246403;REVB=0.0128904;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913134;STB=0.555438;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00614397;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:14:5:3:6:14:5 chr19 53727097 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0278928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.511;QD=10.3901;RBI=0.0348596;REFB=-0.00238784;REVB=0.020909;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258458;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0018376;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:3:4:3:7:3:4:3:8 chr19 53741068 . C T 107.4 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0376403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7217;QD=12.6347;RBI=0.049096;REFB=-0.0235281;REVB=0.0315218;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156473;STB=0.590783;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0362932;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:17:4:4:9:17:4 chr19 53741188 . C T 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0174738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.804;QD=18.0726;RBI=0.0180935;REFB=-0.0150036;REVB=-0.00469497;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220763;STB=0.623295;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0211973;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:12:18:11:20:12:18:11:20 chr19 53761775 . C T 502.49 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00265832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.278;QD=19.5142;RBI=0.0107538;REFB=-0.00012492;REVB=0.0104201;RO=51;SAF=33;SAR=19;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120636;STB=0.506664;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=6.38646e-05;OID=.;OPOS=53761775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:19:33:33:18:19:33:33:18 chr19 53770569 . G C 37.46 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0115709;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.94;QD=2.14066;RBI=0.0133215;REFB=-0.000693491;REVB=0.00660121;RO=62;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317732;STB=0.738525;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00436032;OID=.;OPOS=53770569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:71:70:62:62:8:8:0.114286:6:2:32:30:6:2:32:30 chr19 53770764 . G A 243.39 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0187349;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0067;QD=22.6411;RBI=0.0316245;REFB=0.00420254;REVB=-0.0254777;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183616;STB=0.602324;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00690735;OID=.;OPOS=53770764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:6:14:11:12:6:14 chr19 53793042 . G A 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0093634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.932;QD=15.7822;RBI=0.0278756;REFB=0.000498324;REVB=0.026256;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192804;STB=0.612076;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000256026;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:8:9:10:4:8:9 chr19 53793574 . A G 352.74 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0258231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.961;QD=21.0589;RBI=0.0319435;REFB=-0.00658445;REVB=-0.018803;RO=30;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426576;STB=0.514131;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00487407;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:31:36:36:0.537313:15:21:19:11:15:21:19:12 chr19 53793911 . T A 159.72 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0323576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6883;QD=26.6204;RBI=0.103724;REFB=0.047787;REVB=0.0985482;RO=8;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192473;STB=0.605155;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.018972;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:1:15:8:0:1:15:8:0 chr19 53794155 . C A 60.48 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0829581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.053;QD=17.2802;RBI=0.0837132;REFB=-0.0250692;REVB=0.0112179;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0100859;OID=.;OPOS=53794155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:3:3:5:3:3:3 chr19 53794579 . T A 248.91 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0266103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4604;QD=26.9086;RBI=0.0291724;REFB=-0.0126139;REVB=0.011955;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133032;STB=0.573398;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.026009;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:10:4:11:12:10:4 chr19 53794858 . G A 415.05 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0156868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.716;QD=24.7793;RBI=0.0158379;REFB=-0.0306836;REVB=-0.00218222;RO=27;SAF=19;SAR=21;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133;STB=0.572685;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.022566;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:21:19:8:19:21:19:8:19 chr19 53854397 . G C 246.27 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.812;QD=46.9079;RBI=0.0530864;REFB=-0.0225339;REVB=0.050425;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000877686;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:0:1:13:7:0:1 chr19 53879561 . GACA G 1059.12 PASS AF=1;AO=61;DP=73;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222071;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.812;QD=60.5213;RBI=0.0251754;REFB=0;REVB=-0.0118595;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.68562e-05;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:73:70:70:0:38:32:0:0:6:0:34:27:0:0 chr19 53884412 . G A 262.25 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.02958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9406;QD=47.6811;RBI=0.0345773;REFB=0.0231134;REVB=-0.0179057;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00326188;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:20:21:0.954545:9:11:0:0:9:12:0:1 chr19 53911973 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0413346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.049;QD=19.109;RBI=0.0425678;REFB=-0.0123653;REVB=-0.010172;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235001;STB=0.636055;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00620052;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:6:3:4:2:6:3:4:2 chr19 53912242 . G A 90.41 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00543124;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.955;QD=14.466;RBI=0.0585951;REFB=-0.0134623;REVB=-0.0583429;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185395;STB=0.642612;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00763206;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:24:25:13:14:10:11:0.44:5:5:9:4:6:5:10:4 chr19 53952885 . TC T 184.94 PASS AF=0.913043;AO=17;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0072837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.4776;QD=32.1632;RBI=0.157131;REFB=-0.144813;REVB=-0.156962;RO=3;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.00587659;STB=0.506323;STBP=0.875;TYPE=del;VARB=0.0337553;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:17:23:21:23:2:12:9:1:1:5:3:11:6:2:1 chr19 53990002 . G A 1534.49 PASS AF=0.809524;AO=119;DP=149;FAO=119;FDP=147;FR=.;FRO=28;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.017189;FXX=0.0264883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.014;QD=41.7548;RBI=0.0205988;REFB=-0.0106668;REVB=0.0113513;RO=28;SAF=44;SAR=75;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186791;STB=0.509923;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00260754;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:28:28:119:119:0.809524:75:44:9:19:75:44:9:19 chr19 53993764 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.635;QD=55.0981;RBI=0.0058843;REFB=0;REVB=-0.00484131;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45293e-05;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 53995004 . G A 76.38 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0366809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9674;QD=25.4607;RBI=0.0714492;REFB=0.0724791;REVB=-0.0613147;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496942;STB=0.528239;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0330612;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:1:2:5:4:1:2 chr19 54182249 . T C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0289309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.918;QD=8.51176;RBI=0.029804;REFB=-0.00312999;REVB=0.00716113;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238733;STB=0.647842;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0241471;OID=.;OPOS=54182249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:12:12:7:3:12:12 chr19 54263422 . G A 4476.82 PASS AF=0.983333;AO=292;DP=300;FAO=295;FDP=300;FR=.;FRO=5;FSAF=154;FSAR=141;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0251276;FXX=0.0066223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.811;QD=59.6909;RBI=0.0318588;REFB=-0.104755;REVB=-0.0195854;RO=4;SAF=151;SAR=141;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000441702;STB=0.505375;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000691587;OID=.;OPOS=54263422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:300:300:4:5:292:295:0.983333:141:151:2:2:141:154:1:4 chr19 54307322 . G A 118.23 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0401505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7378;QD=12.7814;RBI=0.0499095;REFB=-0.0179639;REVB=0.0296462;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987965;STB=0.558056;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0448797;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:12:11:8:6:12:11 chr19 54308554 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.277;QD=39.2064;RBI=0.0803057;REFB=0;REVB=0.0774388;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581441;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 54327313 . C A 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0228882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.858;QD=17.2457;RBI=0.0306326;REFB=-0.0196483;REVB=0.020359;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699397;STB=0.550849;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0222786;OID=.;OPOS=54327313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:9:12:13:13:9:12:13:14 chr19 54378099 . GA AG 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380613;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.875;QD=33.4281;RBI=0.0386342;REFB=0;REVB=-0.00662834;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00264354;OID=.;OPOS=54378099;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 54378627 . T A 1987.83 PASS AF=0.977778;AO=129;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00759583;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.741;QD=58.8986;RBI=0.00769837;REFB=-0.120999;REVB=-0.00125233;RO=2;SAF=99;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950394;STB=0.502463;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000558142;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:2:3:129:132:0.977778:30:99:2:0:33:99:2:1 chr19 54378789 . C G 2032.07 PASS AF=1;AO=124;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277093;FXX=0.0567336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7964;QD=61.1148;RBI=0.0287803;REFB=0;REVB=0.00777799;RO=0;SAF=42;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00508665;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:124:133:1:82:42:0:0:87:46:0:0 chr19 54379573 . C T 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8742;QD=46.8342;RBI=0.106559;REFB=0;REVB=0.0291411;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317316;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 54385820 . C T 2757.5 PASS AF=0.972973;AO=175;DP=182;FAO=180;FDP=185;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=100;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.014707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.073;QD=59.6216;RBI=0.0273885;REFB=0.0152934;REVB=0.0231049;RO=5;SAF=77;SAR=98;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192509;STB=0.509708;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-8.19213e-05;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:182:185:5:5:175:180:0.972973:98:77:4:1:100:80:4:1 chr19 54394965 . T C 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00388535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.926;QD=17.5685;RBI=0.0141446;REFB=0.000900554;REVB=-0.0136006;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356394;STB=0.519986;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.000717051;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:14:17:17:12:14:17 chr19 54403925 . T C 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0398997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.94;QD=14.1937;RBI=0.0408147;REFB=-0.00768742;REVB=0.00859366;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243126;STB=0.629453;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0128855;OID=.;OPOS=54403925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:10:5:12:9:10:5:12:10 chr19 54600232 . A C 365.44 PASS AF=0.389381;AO=43;DP=114;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0055652;FXX=0.0173898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4842;QD=12.9359;RBI=0.0369574;REFB=0.00120261;REVB=-0.036536;RO=69;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813356;STB=0.510825;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00284957;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:69:69:43:44:0.389381:24:19:31:38:25:19:31:38 chr19 54606209 . T G 145.81 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0126758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.092;QD=25.3581;RBI=0.0278122;REFB=-0.0398582;REVB=-0.0247556;RO=8;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167763;STB=0.594461;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0306969;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:11:4:4:4:11:4:4:4 chr19 54649670 . CT C,CC 205.45 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=5,12;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923397,0.0893619;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=262.051,269.409;QD=48.3401;RBI=0.0924039,0.0894924;REFB=0,0;REVB=-0.00344537,-0.00483067;RO=0;SAF=3,1;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00986763,0.00173542;OID=.,.;OPOS=54649671,54649671;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:5,12:17:1,16:17:0:0,4:1,12:0:0:5:0:3,1:2,11:0:0 chr19 54652203 . T C 105.83 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000836837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.771;QD=21.1654;RBI=0.0487428;REFB=-0.0444901;REVB=-0.0487357;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0552568;OID=.;OPOS=54652203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:4:4:4:8:4:4 chr19 54677759 . T C 734.85 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.138;QD=62.5408;RBI=0.0259892;REFB=0;REVB=0.0229972;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150319;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr19 54697079 . C T 157.72 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0230017;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.441;QD=9.7061;RBI=0.0230112;REFB=-0.00512964;REVB=0.00066043;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306638;STB=0.667486;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0141317;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:44:21:21:0.323077:10:11:11:32:10:11:12:32 chr19 54722275 . G A 331.66 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0511822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9705;QD=21.3973;RBI=0.0540793;REFB=-0.0148771;REVB=0.0174627;RO=28;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104495;STB=0.505777;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0141789;OID=.;OPOS=54722275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:15:19:16:12:15:19:16:12 chr19 54723738 . G C 134.25 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00467061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.191;QD=16.2722;RBI=0.00755699;REFB=-0.0229783;REVB=0.00594083;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0148228;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:9:9:9:6:9:9 chr19 54723898 . T C 74.8 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0954387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8256;QD=8.31149;RBI=0.0957273;REFB=-0.0472802;REVB=0.00742855;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491889;STB=0.832593;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0681259;OID=.;OPOS=54723898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:36:36:26:25:10:11:0.305556:9:1:11:15:10:1:11:14 chr19 54724006 . C A 40.98 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.073173;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.523;QD=12.6097;RBI=0.0735525;REFB=0.00289619;REVB=0.00746189;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.000539648;OID=.;OPOS=54724006;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:6:7:6:6:0.461538:4:2:2:4:4:2:3:4 chr19 54725156 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7348;QD=33.4285;RBI=0.0245167;REFB=0;REVB=0.0185782;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332716;OID=.;OPOS=54725156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 54725798 . G T 271.84 PASS AF=0.916667;AO=23;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00814228;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.4311;QD=45.3058;RBI=0.185791;REFB=-0.0923201;REVB=0.185613;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533304;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0162869;OID=.;OPOS=54725798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:0:2:23:22:0.916667:8:15:0:0:8:14:2:0 chr19 54725930 . C T 165.57 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.025049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5164;QD=14.3972;RBI=0.0927556;REFB=0.00495209;REVB=-0.0893092;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373159;STB=0.532127;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00994298;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:5:13:18:8:5:13:19:9 chr19 54725995 . G A 180.73 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0148337;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8782;QD=15.0611;RBI=0.029269;REFB=0.00254648;REVB=-0.0252317;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652559;STB=0.550405;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.0100137;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:7:12:16:12:7:12:16:13 chr19 54726241 . C T 30.2 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=115;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=-0.0158835;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4903;QD=1.05054;RBI=0.0434819;REFB=0.0017001;REVB=0.040477;RO=104;SAF=6;SAR=3;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2852;STB=0.728808;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0180901;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:115:104:106:9:9:0.0782609:3:6:42:62:3:6:43:63 chr19 54726816 . A T 100.33 PASS AF=0.26;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0434989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.172;QD=8.02655;RBI=0.050972;REFB=-0.0106077;REVB=-0.0265704;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217667;STB=0.645369;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0408995;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:35:37:13:13:0.26:7:6:10:25:7:6:10:27 chr19 54726833 . T C 83.03 PASS AF=0.23913;AO=12;DP=48;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0841078;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2719;QD=7.22001;RBI=0.0886239;REFB=-0.024842;REVB=-0.0279297;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24983;STB=0.691999;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0639066;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:48:46:34:35:12:11:0.23913:6:6:10:24:5:6:10:25 chr19 54726839 . C T 91.94 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00660004;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3619;QD=8.35827;RBI=0.018093;REFB=-0.025499;REVB=-0.0168463;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207674;STB=0.636153;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0353185;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:28:32:12:12:0.272727:6:6:9:19:6:6:10:22 chr19 54726843 . C G 102.49 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.019142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.323;QD=9.31749;RBI=0.0230867;REFB=-0.0142244;REVB=-0.0129067;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151881;STB=0.576399;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0269215;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:7:6:10:20:7:6:11:20 chr19 54726861 . C T 83.54 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00708428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.481;QD=6.68325;RBI=0.0373029;REFB=-0.0033034;REVB=-0.036624;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208955;STB=0.602678;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0238102;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:50:50:35:38:12:12:0.24:7:5:9:26:7:5:11:27 chr19 54726872 . C G 76.73 PASS AF=0.234043;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0413982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.182;QD=6.53038;RBI=0.0481917;REFB=-0.0159891;REVB=-0.0246705;RO=36;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277444;STB=0.639771;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0831771;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:46:47:36:36:10:11:0.234043:5:5:10:26:6:5:10:26 chr19 54744104 . T G 122.98 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0327486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5716;QD=16.3979;RBI=0.0350345;REFB=-0.018645;REVB=-0.0124478;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0185345;OID=.;OPOS=54744104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:7:9:8:6:7:9 chr19 54744209 . TA CG 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00401248;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.977;QD=15.6036;RBI=0.0106348;REFB=-0.00861344;REVB=0.00984883;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203241;STB=0.605757;STBP=0.164;TYPE=mnp;VARB=0.0126678;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:16:14:25:12:16:14:25:13 chr19 54744361 . A C 326.08 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.000301674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9309;QD=13.1749;RBI=0.0277184;REFB=0.00179715;REVB=-0.0277168;RO=56;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556021;STB=0.537302;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00554943;OID=.;OPOS=54744361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:56:62:37:37:0.373737:23:14:24:32:23:14:27:35 chr19 54744387 . C T 294.45 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00072829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.402;QD=15.0998;RBI=0.00808626;REFB=-0.0151466;REVB=-0.0080534;RO=45;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489491;STB=0.52765;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0191392;OID=.;OPOS=54744387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:19:14:17:28:19:14:17:28 chr19 54746051 . A C 665.54 PASS AF=0.396825;AO=74;DP=184;FAO=75;FDP=189;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.0393195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9808;QD=14.0856;RBI=0.0537337;REFB=-0.00282936;REVB=-0.0366236;RO=109;SAF=30;SAR=44;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144756;STB=0.576902;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00557955;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:189:109:114:74:75:0.396825:44:30:59:50:45:30:60:54 chr19 54754752 . T C 235.33 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0254743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.472;QD=13.2581;RBI=0.0258971;REFB=-0.0165091;REVB=0.00466071;RO=42;SAF=19;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172437;STB=0.593042;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0315699;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:9:19:22:20:9:19:23:20 chr19 54754946 . G A 41.34 PASS AF=0.179487;AO=6;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0505402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1385;QD=4.23968;RBI=0.0540919;REFB=-0.0139776;REVB=0.0192774;RO=32;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12023;STB=0.536935;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0193995;OID=.;OPOS=54754946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:39:32:32:6:7:0.179487:4:2:8:24:5:2:8:24 chr19 54755918 . C G 181.07 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0386765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9331;QD=16.0952;RBI=0.0706613;REFB=-0.0126854;REVB=0.0591367;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176226;STB=0.610996;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0123838;OID=.;OPOS=54755918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:8:11:10:15:8:11:10:16 chr19 54767879 . T C 855.12 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.689;QD=53.4447;RBI=0.0553539;REFB=0.00751147;REVB=0.0528234;RO=3;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409966;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000243704;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:3:1:61:63:0.984375:33:28:0:3:35:28:0:1 chr19 54782919 . C T 714.75 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0423239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.93;QD=51.0538;RBI=0.0645119;REFB=-0.117731;REVB=0.0486875;RO=3;SAF=31;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752329;STB=0.504515;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00141946;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:56:56:3:3:52:53:0.946429:21:31:2:1:22:31:2:1 chr19 54783375 . T A 2094.91 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.339;QD=62.5347;RBI=0.0382685;REFB=0;REVB=0.012781;RO=0;SAF=88;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66463e-05;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:132:134:1:44:88:0:0:44:90:0:0 chr19 54783923 . A G 535.95 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0608259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9027;QD=56.4162;RBI=0.0613475;REFB=0.0208304;REVB=0.00798314;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.018634;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:17:19:0:1:17:20:0:1 chr19 54784130 . T C 715.08 PASS AF=1;AO=42;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773189;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5154;QD=55.0064;RBI=0.0774282;REFB=-0.0064289;REVB=0.00411249;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000890832;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:52:1:0:42:52:1:17:25:0:1:27:25:0:0 chr19 54867572 . C T 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00358041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.146;QD=16.3815;RBI=0.00870839;REFB=-0.0212925;REVB=0.00793831;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509961;STB=0.528676;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0210277;OID=.;OPOS=54867572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:20:17:24:23:20:17:24:23 chr19 54871664 . G C 311.27 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0172683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0871;QD=17.2927;RBI=0.0175339;REFB=0.00117415;REVB=-0.00304003;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460455;STB=0.519988;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000445289;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:38:33:34:0.472222:10:23:28:10:10:24:28:10 chr19 54962579 . C T 757.51 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389221;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5655;QD=57.1702;RBI=0.044166;REFB=0;REVB=0.0208734;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970271;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:25:28:0:0 chr19 54965860 . G A 438.98 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.291;QD=56.6429;RBI=0.0388634;REFB=0;REVB=0.0119424;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155362;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:23:5:0:0:25:6:0:0 chr19 54966579 . C G 725.62 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6091;QD=56.9111;RBI=0.03325;REFB=0;REVB=-0.0292223;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484385;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:35:16:0:0 chr19 54973280 . C G 781.73 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.582;QD=56.8528;RBI=0.0218401;REFB=0;REVB=0.0119562;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5311e-05;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:24:28:0:0:26:29:0:0 chr19 54973988 . GCCT G 269.82 PASS AF=0.896552;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0615833;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=209.882;QD=37.2171;RBI=0.063843;REFB=-0.0709822;REVB=0.0168354;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505614;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.00867272;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896552:25:27:26:29:3:10:16:1:2:10:0:10:15:0:0 chr19 55019402 . A G 772.78 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0725412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.943;QD=61.8223;RBI=0.074286;REFB=-0.0587094;REVB=0.0160055;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025416;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000138863;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:18:30:0:1:19:30:0:1 chr19 55044241 . CTT CTC,C,CTTT 30.4 PASS AF=0.3,0.4,0;AO=2,2,2;DP=12;FAO=3,4,0;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2,4,0;FSAR=1,0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0049525,-0.0220535,0.0400926;FXX=0.166528;HRUN=14,14,14;LEN=1,2,1;MLLD=198.142,11.4587,2.80935;QD=12.1598;RBI=0.00918796,0.0494159,0.204753;REFB=0.00757159,0.0377161,-0.0584995;REVB=0.00773895,-0.0442219,0.200789;RO=1;SAF=2,2,2;SAR=0,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.713247,0.5,0.5;STBP=0.746,1,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=-0.0158694,0.160949,-0.0167776;OID=.,.,.;OPOS=55044243,55044242,55044242;OREF=T,TT,-;OALT=C,-,T;OMAPALT=CTC,C,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.4,0:2,2,2:12:3,4,0:10:3:2,4,0:1,0,0:3:0:17:1:2,2,2:0,0,0:1:0 chr19 55045042 . G A 1058.36 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=84;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0378057;FXX=0.0470533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.036;QD=52.2649;RBI=0.0378474;REFB=0.00353512;REVB=0.00177677;RO=6;SAF=41;SAR=33;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551047;STB=0.535669;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-5.67648e-06;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:84:81:6:7:74:74:0.91358:33:41:1:5:33:41:1:6 chr19 55085399 . G A 796.41 PASS AF=0.509434;AO=81;DP=159;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0120832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.926;QD=20.0355;RBI=0.0124253;REFB=-0.026884;REVB=0.00289541;RO=78;SAF=42;SAR=39;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293223;STB=0.51611;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0244065;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:78:78:81:81:0.509434:39:42:43:35:39:42:43:35 chr19 55086775 . C T 1154.96 PASS AF=0.882979;AO=81;DP=93;FAO=83;FDP=94;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00290703;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.705;QD=49.1471;RBI=0.00690484;REFB=-0.109607;REVB=0.00626307;RO=7;SAF=24;SAR=57;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484526;STB=0.530842;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000887189;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:94:7:11:81:83:0.882979:57:24:4:3:57:26:6:5 chr19 55098667 . G A 523.54 PASS AF=0.391892;AO=57;DP=147;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.00550841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9074;QD=14.1497;RBI=0.00582405;REFB=0.0127606;REVB=-0.0018913;RO=89;SAF=31;SAR=26;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137494;STB=0.584885;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0218299;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:89:90:57:58:0.391892:26:31:37:52:26:32:37:53 chr19 55105722 . G C 537.74 PASS AF=0.483607;AO=56;DP=119;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0530446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.496;QD=17.6309;RBI=0.0601395;REFB=-0.011535;REVB=-0.0283378;RO=63;SAF=38;SAR=18;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202569;STB=0.609932;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0375318;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:63:63:56:59:0.483607:18:38:30:33:19:40:30:33 chr19 55105727 . A G 654.43 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0161983;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.465;QD=20.7757;RBI=0.0283813;REFB=-0.0215196;REVB=-0.0233048;RO=58;SAF=43;SAR=22;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175726;STB=0.59444;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0213251;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:58:61:65:65:0.515873:22:43:27:31:22:43:29:32 chr19 55105743 . A G 766.05 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=135;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00295771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.633;QD=22.6978;RBI=0.00600302;REFB=-0.0152353;REVB=-0.00522382;RO=62;SAF=48;SAR=25;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125659;STB=0.568946;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00960336;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:62:62:73:73:0.540741:25:48:32:30:25:48:32:30 chr19 55106317 . A G 334.31 PASS AF=0.344262;AO=42;DP=122;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0302779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.898;QD=10.9609;RBI=0.031276;REFB=-0.00474372;REVB=-0.00783849;RO=80;SAF=24;SAR=18;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103617;STB=0.505964;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0366307;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:80:42:42:0.344262:18:24:45:35:18:24:45:35 chr19 55106338 . A C 281.62 PASS AF=0.310924;AO=37;DP=119;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.00855764;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.948;QD=9.46612;RBI=0.0132876;REFB=-0.0142457;REVB=-0.010165;RO=80;SAF=17;SAR=20;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076841;STB=0.553009;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0311831;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:80:82:37:37:0.310924:20:17:42:38:20:17:44:38 chr19 55106590 . A G 664.71 PASS AF=0.613861;AO=57;DP=97;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0200757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.805;QD=26.325;RBI=0.0226266;REFB=-0.03161;REVB=-0.0104369;RO=39;SAF=26;SAR=31;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423678;STB=0.504949;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0157304;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:39:39:57:62:0.613861:31:26:20:19:31:31:20:19 chr19 55106696 . C T 596.42 PASS AF=0.407186;AO=68;DP=168;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.000790464;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.855;QD=14.2855;RBI=0.00182567;REFB=-0.00760713;REVB=0.00164568;RO=98;SAF=23;SAR=45;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795517;STB=0.542363;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0106109;OID=.;OPOS=55106696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:98:99:68:68:0.407186:45:23:40:58:45:23:40:59 chr19 55106865 . T C 322.72 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00573755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.657;QD=19.2669;RBI=0.00595029;REFB=-0.0155505;REVB=-0.00157685;RO=32;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704614;STB=0.538513;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0129142;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:33:33:34:0.507463:22:11:13:19:23:11:13:20 chr19 55107308 . G C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0292324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.391;QD=20.5466;RBI=0.0338749;REFB=-0.0188777;REVB=-0.0171165;RO=22;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223447;STB=0.626606;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0148466;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:6:16:11:11:6:16:11:11 chr19 55107313 . T C 225.12 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00456377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.042;QD=20.0104;RBI=0.00974893;REFB=-0.0289951;REVB=-0.00861473;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251306;STB=0.639866;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0140117;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:23:21:22:0.488889:6:15:10:12:6:16:11:12 chr19 55107336 . C T 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0447849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0756;QD=13.2106;RBI=0.0451131;REFB=-0.00103555;REVB=0.00543139;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282608;STB=0.66642;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00263085;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:10:12:4:10:10:12 chr19 55107343 . T C 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00170938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.658;QD=9.82175;RBI=0.0275611;REFB=-0.019074;REVB=-0.0275081;RO=23;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457414;STB=0.779804;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.032897;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:2:9:10:13:2:9:10:13 chr19 55142101 . G A 282.06 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5225;QD=51.2843;RBI=0.0202274;REFB=0;REVB=-0.0184118;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147523;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr19 55142739 . A C 575.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.477;QD=60.6187;RBI=0.0304641;REFB=0;REVB=0.0301069;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2389e-05;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr19 55143083 . T C 2409.04 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.477;QD=64.2411;RBI=0.0140146;REFB=0;REVB=0.0124119;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36179e-06;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:78:72:0:0:78:72:0:0 chr19 55143156 . TG CA 915.88 PASS AF=0.55625;AO=88;DP=164;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0213659;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.465;QD=22.897;RBI=0.0225008;REFB=-0.0167844;REVB=0.00705557;RO=68;SAF=40;SAR=48;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948488;STB=0.542458;STBP=0.235;TYPE=mnp;VARB=0.0132378;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:160:68:71:88:89:0.55625:48:40:23:45:48:41:26:45 chr19 55143452 . T C 1623.35 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.127;QD=60.124;RBI=0.00799697;REFB=0;REVB=0.00520749;RO=0;SAF=29;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16582e-06;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:76:29:0:0:77:31:0:0 chr19 55143491 . G T 2290.51 PASS AF=0.993506;AO=150;DP=152;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00800814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.847;QD=59.4938;RBI=0.0323302;REFB=-0.0810157;REVB=0.0313227;RO=1;SAF=62;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760983;STB=0.503937;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000532369;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:154:1:1:150:153:0.993506:88:62:1:0:90:63:1:0 chr19 55148242 . C T 236.51 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00391721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.857;QD=19.7093;RBI=0.00428311;REFB=-0.0111819;REVB=0.00173219;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560942;STB=0.519983;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0165434;OID=.;OPOS=55148242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:12:11:10:14:12:11:11:14 chr19 55148249 . G A 226.13 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0396054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7999;QD=17.0661;RBI=0.0406413;REFB=0.00135811;REVB=-0.00911716;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108765;STB=0.50613;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.000766191;OID=.;OPOS=55148249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:12:16:14:11:12:16 chr19 55176535 . C T 233.64 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00454961;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.659;QD=20.7683;RBI=0.0457622;REFB=-0.0151667;REVB=-0.0455355;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691418;STB=0.535684;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0150142;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:21:22:22:23:0.511111:9:13:14:7:10:13:14:8 chr19 55178162 . A G 199.83 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0270584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1078;QD=13.548;RBI=0.064303;REFB=-0.00172764;REVB=-0.0583328;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217066;STB=0.623854;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=2.30421e-05;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:13:22:10:14:13:22 chr19 55237616 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.755;QD=54.8828;RBI=0.0115145;REFB=-0.000591066;REVB=-0.00358935;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=1.74716e-05;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:0:1:28:26:0:1 chr19 55237677 . C T 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.881;QD=58.2426;RBI=0.0390665;REFB=0.00909398;REVB=0.0284085;RO=1;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158949;STB=0.50847;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.000147274;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:29:10:0:1:29:10:0:1 chr19 55239223 . G A 1230.32 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202074;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.736;QD=58.5866;RBI=0.0559586;REFB=-0.0884467;REVB=0.0521827;RO=1;SAF=50;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937721;STB=0.509613;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00054044;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:81:82:0.97619:31:50:1:0:31:51:2:0 chr19 55246739 . C T 536.6 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.014378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5437;QD=21.4639;RBI=0.0169346;REFB=-0.00160501;REVB=0.00894727;RO=47;SAF=38;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268932;STB=0.641718;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00148664;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:49:51:51:0.51:13:38:22:25:13:38:24:25 chr19 55286650 . T C 257.59 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00710659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.724;QD=18.0766;RBI=0.0085699;REFB=-0.0228582;REVB=-0.00478953;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191387;STB=0.559761;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0206468;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:25:23:25:0.438596:13:10:15:8:13:12:15:10 chr19 55286665 . T A 369.72 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00985677;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.877;QD=19.7182;RBI=0.0155954;REFB=-0.0120617;REVB=-0.0120856;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486782;STB=0.519653;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00928392;OID=.;OPOS=55286665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:37:37:38:0.506667:17:20:18:19:18:20:18:19 chr19 55286767 . G T 320.26 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=124;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0251669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.459;QD=10.331;RBI=0.0403205;REFB=-0.00937711;REVB=-0.031502;RO=79;SAF=20;SAR=21;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222444;STB=0.512007;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0391581;OID=.;OPOS=55286767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:79:83:41:41:0.330645:21:20:37:42:21:20:39:44 chr19 55286770 . C G 322.01 PASS AF=0.336066;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0378346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.982;QD=10.5577;RBI=0.0485406;REFB=-0.00694597;REVB=-0.0304094;RO=81;SAF=20;SAR=21;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357232;STB=0.520615;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0338326;OID=.;OPOS=55286770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:81:81:41:41:0.336066:21:20:37:44:21:20:37:44 chr19 55286773 . AGG GCA 321.81 PASS AF=0.350427;AO=40;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0178222;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=227.792;QD=11.0022;RBI=0.0433909;REFB=-0.00971818;REVB=-0.0395618;RO=73;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539526;STB=0.517737;STBP=0.811;TYPE=mnp;VARB=0.0422439;OID=.;OPOS=55286773;OREF=AGG;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:76:40:41:0.350427:20:20:33:40:21:20:35:41 chr19 55286795 . T C 233.4 PASS AF=0.279661;AO=33;DP=118;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.00428734;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.304;QD=7.91184;RBI=0.00430995;REFB=-0.00264688;REVB=-0.000440897;RO=83;SAF=14;SAR=19;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558188;STB=0.525285;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00954791;OID=.;OPOS=55286795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:83:85:33:33:0.279661:19:14:39:44:19:14:39:46 chr19 55317456 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8758;QD=55.0978;RBI=0.0435681;REFB=0;REVB=0.0434091;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505466;OID=.;OPOS=55317456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr19 55317669 . C G 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.013405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.205;QD=56.7851;RBI=0.013436;REFB=-0.0270042;REVB=0.000911094;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390665;STB=0.520823;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00108686;OID=.;OPOS=55317669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:18:23:2:0:18:23:2:0 chr19 55320279 . G A 1569.22 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8446;QD=64.0499;RBI=0.0273106;REFB=0;REVB=0.0167332;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13326e-05;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:57:40:0:0:58:40:0:0 chr19 55324635 . T C 672.6 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00397732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.893;QD=52.7529;RBI=0.0383316;REFB=-0.152116;REVB=-0.0381247;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209034;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.001432;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:1:2:48:49:0.960784:22:26:0:1:22:27:0:2 chr19 55325455 . G A 308.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100037;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.326;QD=53.6473;RBI=0.0123185;REFB=0;REVB=0.0071883;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710851;OID=.;OPOS=55325455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 55327930 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0319;QD=40.7607;RBI=0.0649126;REFB=0;REVB=-0.0480389;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00385081;OID=.;OPOS=55327930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr19 55327960 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.113;QD=42.1826;RBI=0.0435802;REFB=0;REVB=0.0236221;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840519;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 55328959 . G T 840.74 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0110591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.251;QD=51.7381;RBI=0.0163282;REFB=-0.105284;REVB=-0.0120127;RO=3;SAF=28;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184435;STB=0.517969;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0027204;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:65:65:3:4:61:61:0.938462:33:28:2:1:33:28:3:1 chr19 55328993 . G C 1208.32 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8153;QD=61.181;RBI=0.00497113;REFB=0;REVB=0.00250318;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61313e-05;OID=.;OPOS=55328993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr19 55329021 . A G 990.39 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.58;QD=59.1277;RBI=0.0113982;REFB=0;REVB=-0.00287751;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60595e-05;OID=.;OPOS=55329021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr19 55329783 . A G 560.79 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147655;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5131;QD=60.6264;RBI=0.0780494;REFB=0;REVB=-0.07664;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00070873;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr19 55329901 . A G 501.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.011;QD=59.0064;RBI=0.132807;REFB=0;REVB=0.0114899;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084257;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr19 55329922 . A T 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0576406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8412;QD=50.1335;RBI=0.0901214;REFB=0.0195205;REVB=0.0692779;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00478276;OID=.;OPOS=55329922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr19 55333096 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.389;QD=59.0169;RBI=0.0411179;REFB=0;REVB=0.0407366;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252658;OID=.;OPOS=55333096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr19 55359272 . C G 1226.3 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0387202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8652;QD=57.7083;RBI=0.0444308;REFB=-0.0968422;REVB=0.0217908;RO=2;SAF=35;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262894;STB=0.520543;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0157112;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:2:3:82:82:0.964706:47:35:2:0:47:35:3:0 chr19 55361942 . G T 742.89 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.412;QD=53.0636;RBI=0.0622522;REFB=-0.135845;REVB=0.0582657;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378168;STB=0.502007;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00174226;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:24:30:1:1:24:30:1:1 chr19 55362719 . G T 2043.53 PASS AF=0.992481;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00214749;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.378;QD=61.4596;RBI=0.0209353;REFB=0.00194229;REVB=0.0208249;RO=1;SAF=75;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856253;STB=0.504347;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-9.35063e-05;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:1:1:130:132:0.992481:55:75:0:1:57:75:0:1 chr19 55365320 . G T 1229.31 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.279;QD=59.9665;RBI=0.0235219;REFB=0.0865938;REVB=-0.0195301;RO=1;SAF=50;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937607;STB=0.504949;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-6.18452e-06;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:30:50:1:0:31:50:1:0 chr19 55396900 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.468;QD=57.6803;RBI=0.010063;REFB=0;REVB=0.00868162;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03153e-05;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr19 55420801 . C A 214.67 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0152847;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.016;QD=17.1732;RBI=0.0222619;REFB=-0.0220155;REVB=0.0161855;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038358;STB=0.52172;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0213843;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:11:12:13:14:11:12:13:14 chr19 55423530 . C T 113.52 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00401059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.602;QD=7.96636;RBI=0.0267545;REFB=-0.00774402;REVB=0.0264522;RO=40;SAF=4;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340682;STB=0.700671;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0353423;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:16:16:0.280702:12:4:21:19:12:4:21:20 chr19 55441902 . T C 333.46 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00373075;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.801;QD=51.3013;RBI=0.0173911;REFB=-0.0127479;REVB=0.0169862;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00160127;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:1:0:10:15:1:0 chr19 55441995 . A G 232.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.552;QD=48.8741;RBI=0.0819367;REFB=0;REVB=0.0278071;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036843;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:8:11:0:0 chr19 55485899 . G A 66.25 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0140365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.763;QD=12.0447;RBI=0.0235526;REFB=-0.00271837;REVB=0.0189131;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238988;STB=0.533258;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0252767;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:8:13:9:9:0.409091:3:6:3:5:3:6:8:5 chr19 55494881 . C G 198.09 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0239092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6699;QD=18.4266;RBI=0.0309477;REFB=-0.00469636;REVB=0.0196496;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185001;STB=0.604551;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00526147;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:7:16:10:10:7:16 chr19 55501579 . A C 283.16 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0157336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.812;QD=19.8708;RBI=0.0169616;REFB=-0.0304503;REVB=-0.00633646;RO=27;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320005;STB=0.682255;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0240139;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:27:29:30:0.526316:8:21:10:17:8:22:10:17 chr19 55512137 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.808;QD=60.6096;RBI=0.0422015;REFB=0;REVB=0.00815794;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119041;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr19 55512232 . C A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00537078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.536;QD=10.9409;RBI=0.021372;REFB=-0.0133792;REVB=-0.0206862;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208678;STB=0.624061;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0475375;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:7:13:5:6:7:13 chr19 55525894 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4544;QD=59.0175;RBI=0.0547738;REFB=0;REVB=0.0547361;RO=0;SAF=30;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035892;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:4:30:0:0:4:30:0:0 chr19 55526345 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.784;QD=44.6898;RBI=0.0184853;REFB=0;REVB=-0.00523335;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80612e-05;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr19 55526359 . A T 158.47 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.9;QD=45.2769;RBI=0.0997166;REFB=0;REVB=0.0243874;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104011;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:11:2:0:0:12:2:0:0 chr19 55527081 . C T 826.13 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.505;QD=56.9743;RBI=0.0320724;REFB=0;REVB=0.0307583;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339663;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:29:29:0:0 chr19 55530035 . C T 770.57 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.048246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6085;QD=61.6454;RBI=0.048278;REFB=0.0835965;REVB=-0.0017579;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000250557;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:25:23:0:1:25:24:0:1 chr19 55536595 . G A 754.83 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00207945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.551;QD=54.8967;RBI=0.00276061;REFB=-0.121999;REVB=0.00181573;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000342212;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:29:25:0:0:29:25:0:1 chr19 55538980 . T C 712.14 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000344104;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.785;QD=63.301;RBI=0.00397373;REFB=0;REVB=0.0039588;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94266e-06;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr19 55539061 . A G 1018.94 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6772;QD=56.6075;RBI=0.029269;REFB=0;REVB=0.0197705;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049168;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:72:1:0:66:72:1:30:36:0:1:34:38:0:0 chr19 55539072 . T G 937.9 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.708;QD=58.6185;RBI=0.0149776;REFB=0;REVB=0.0103675;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81392e-06;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:27:35:0:0:29:35:0:0 chr19 55570574 . A G 1129.28 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.49;QD=59.436;RBI=0.0168663;REFB=0;REVB=0.00308799;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3521e-05;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:47:27:0:0:48:28:0:0 chr19 55614923 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0593935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.471;QD=45.8056;RBI=0.0803122;REFB=0;REVB=-0.0540598;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00531361;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr19 55644325 . A C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7578;QD=47.8164;RBI=0.140265;REFB=0;REVB=0.00942447;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00519496;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr19 55653297 . A C 164.71 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0207281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6704;QD=31.374;RBI=0.106885;REFB=0.0346985;REVB=0.104856;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332961;STB=0.523779;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00876296;OID=.;OPOS=55653297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:21:5:5:15:16:0.761905:10:5:2:3:11:5:2:3 chr19 55660537 . T C 393.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1842;QD=56.1529;RBI=0.0618953;REFB=0;REVB=0.0608774;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793687;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 55668509 . A T 915.56 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5326;QD=56.342;RBI=0.0308386;REFB=0;REVB=-0.000454203;RO=1;SAF=21;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302781;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:1:0:59:65:1:38:21:1:0:38:27:0:0 chr19 55671337 . C T 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4155;QD=56.1837;RBI=0.0662061;REFB=0;REVB=0.0533927;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002009;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr19 55671374 . C G,T 100.62 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,7;DP=10;FAO=1,9;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665872,0.0138275;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.159,92.8836;QD=40.2473;RBI=0.0698577,0.045366;REFB=0,0;REVB=0.0211245,0.0432074;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0503548,0.00171744;OID=.,.;OPOS=55671374,55671374;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:10:10:0:0:2,7:1,9:0.1,0.9:2,4:0,3:0:0:1,6:0,3:0:0 chr19 55693244 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00358014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.721;QD=58.7815;RBI=0.00402912;REFB=0;REVB=0.00184836;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88479e-06;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr19 55699454 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6486;QD=63.581;RBI=0.0847628;REFB=0;REVB=-0.0833766;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101498;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr19 55702871 . A G 294.25 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0081313;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.353;QD=17.3087;RBI=0.0133006;REFB=-0.0127033;REVB=0.0105255;RO=34;SAF=22;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212446;STB=0.612631;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00545019;OID=.;OPOS=55702871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:36:31:32:0.470588:9:22:17:17:9:23:19:17 chr19 55703142 . C T 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0694835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1729;QD=14.1369;RBI=0.0721526;REFB=-0.00494264;REVB=0.0194431;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.58683;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0105685;OID=.;OPOS=55703142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:10:10:5:9:10:10 chr19 55708557 . A G 654.97 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173162;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.112;QD=62.3785;RBI=0.018633;REFB=0;REVB=-0.00688023;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139802;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 55713535 . G A 1116.86 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.935;QD=60.3707;RBI=0.0238385;REFB=0;REVB=0.0169038;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41462e-05;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr19 55715319 . C G 1329.96 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00956198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.094;QD=59.7733;RBI=0.0307003;REFB=-0.062901;REVB=-0.0291732;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938213;STB=0.509802;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00124552;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:89:1:2:86:87:0.977528:50:36:0:1:50:37:0:2 chr19 55738634 . T C,G 580.04 PASS AF=0.974359,0.025641;AO=36,3;DP=39;FAO=38,1;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299704,-0.0192912;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.107,107.486;QD=59.4916;RBI=0.121405,0.0223971;REFB=0,0;REVB=0.117648,0.011379;RO=0;SAF=22,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.01189,0.229863;OID=.,.;OPOS=55738634,55738634;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:39:0:0:36,3:38,1:0.974359,0.025641:14,3:22,0:0:0:16,1:22,0:0:0 chr19 55791091 . CA AG,TA 691.94 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,43;DP=47;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159507,0.0180332;FXX=0.0576812;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=127.512,156.273;QD=56.4851;RBI=0.0180407,0.0284973;REFB=0,0;REVB=0.00842869,0.0220659;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.41862e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0520587,-2.9208e-05;OID=.,.;OPOS=55791091,55791091;OREF=CA,C;OALT=AG,T;OMAPALT=AG,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:49:0:0:2,43:2,47:0.0408163,0.959184:2,31:0,12:0:0:2,35:0,12:0:0 chr19 55815159 . C A 306.37 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.032424;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.596;QD=12.1336;RBI=0.0325088;REFB=-0.00854482;REVB=-0.00234654;RO=62;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106691;STB=0.558109;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0186664;OID=.;OPOS=55815159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:62:64:37:37:0.366337:21:16:21:41:21:16:22:42 chr19 55824332 . T G 264.0 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=57;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0368291;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.481;QD=17.6;RBI=0.0527496;REFB=-0.0212933;REVB=-0.0377642;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269811;STB=0.502957;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0259155;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:29:31:27:29:0.483333:16:11:11:18:17:12:13:18 chr19 55856083 . T C 199.72 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0519073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6538;QD=19.9718;RBI=0.0641261;REFB=-0.0432723;REVB=-0.0376534;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308996;STB=0.642704;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0417626;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:20:19:20:0.5:15:4:10:10:15:5:10:10 chr19 55856211 . C T 849.92 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00241642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.8;QD=50.7413;RBI=0.0267706;REFB=0.0101086;REVB=0.0266613;RO=5;SAF=20;SAR=42;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123853;STB=0.506577;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.000312825;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:67:67:5:5:62:62:0.925373:42:20:2:3:42:20:2:3 chr19 55859439 . C A 85.75 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00979875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.785;QD=6.01785;RBI=0.0109565;REFB=-0.00852105;REVB=-0.00490204;RO=44;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115488;STB=0.572889;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.019244;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:8:5:21:23:8:5:21:23 chr19 55870104 . G C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.869;QD=61.8144;RBI=0.020051;REFB=0.0996334;REVB=0.0171272;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=3.53705e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:0:1:30:19:0:1 chr19 55870289 . C T 514.16 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0185;QD=58.7609;RBI=0.0432745;REFB=0;REVB=0.0334305;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486657;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:24:11:0:0 chr19 55870351 . T C 360.08 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0242319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.331;QD=51.4401;RBI=0.024726;REFB=-0.0477194;REVB=-0.0049185;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00527557;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:0:1:25:26:0.928571:14:11:0:0:14:12:0:1 chr19 55870566 . C T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0249354;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.9074;QD=11.5966;RBI=0.0346209;REFB=-0.00208674;REVB=-0.0240174;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39214;STB=0.730411;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00573646;OID=.;OPOS=55870566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:15:6:8:4:15:6 chr19 55870599 . TC T,TG 541.0 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=9,27;DP=36;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649606,-0.0281019;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.216,175.252;QD=60.1109;RBI=0.0655881,0.047227;REFB=0,0;REVB=0.00905137,0.0379562;RO=0;SAF=0,16;SAR=9,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5146e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.082232,-0.00476147;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:9,27:36:1,35:36:0:0,16:1,19:0:0:5:0:0,16:9,11:0:0 chr19 55871019 . A G 109.0 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6626;QD=36.3348;RBI=0.0743716;REFB=-0.0769088;REVB=0.0723454;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0128481;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr19 55872397 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.158;QD=42.1826;RBI=0.0763451;REFB=0;REVB=-0.0427822;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383156;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 55872531 . C G 118.08 PASS AF=0.5;AO=10;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.104662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7466;QD=18.1667;RBI=0.110616;REFB=-0.0147596;REVB=-0.0358004;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.633942;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0143451;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:10:13:0.5:4:6:4:8:5:8:4:8 chr19 55872566 . A G 272.63 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.184;QD=51.9291;RBI=0.152265;REFB=0;REVB=0.0192068;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287833;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:15:4:0:0:15:6:0:0 chr19 55872591 . C T 152.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0384508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.017;QD=30.4307;RBI=0.0443173;REFB=-0.00840832;REVB=-0.0220354;RO=5;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073529;STB=0.540927;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00570653;OID=.;OPOS=55872591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:11:4:2:3:11:4:2:3 chr19 55873642 . C T 340.66 PASS AF=0.634615;AO=31;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00589436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.037;QD=26.2044;RBI=0.0362661;REFB=-0.010845;REVB=0.0357839;RO=19;SAF=22;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285837;STB=0.645818;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0054526;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:19:31:33:0.634615:9:22:6:13:10:23:6:13 chr19 55873726 . G A 255.4 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00806717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.084;QD=14.8055;RBI=0.00809498;REFB=-0.0180092;REVB=0.000670489;RO=40;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180162;STB=0.577267;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0176491;OID=.;OPOS=55873726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:39:29:30:0.434783:20:9:19:21:20:10:18:21 chr19 55879872 . C T 386.25 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.016246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.193;QD=30.8999;RBI=0.0243203;REFB=-0.0180892;REVB=0.0180982;RO=18;SAF=18;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149892;STB=0.582039;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0154153;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:14:18:6:12:14:18:6:12 chr19 55899555 . AG A 47.28 PASS AF=0.404762;AO=18;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.013948;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.58395;QD=4.50244;RBI=0.207508;REFB=-0.0696261;REVB=-0.207038;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.371429;SSSB=-0.163633;STB=0.623319;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=0.0358516;OID=.;OPOS=55899556;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404762:18:41:17:42:25:3:14:8:17:47:16:4:14:6:10 chr19 55913038 . C T 582.44 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.794;QD=58.2443;RBI=0.0321667;REFB=-0.152064;REVB=0.0260865;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00190967;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:1:0:17:22:1:0 chr19 55999993 . A G 1503.05 PASS AF=1;AO=91;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502657;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6188;QD=63.2865;RBI=0.050396;REFB=0;REVB=-0.00362203;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65812e-05;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:91:95:1:36:55:0:0:40:55:0:0 chr19 56011460 . C T 552.77 PASS AF=1;AO=27;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.275053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2285;QD=59.7586;RBI=0.2857;REFB=0;REVB=0.0772653;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00612565;OID=.;OPOS=56011460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:27:37:1:18:9:0:0:22:15:0:0 chr19 56024519 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.639;QD=58.5869;RBI=0.0339427;REFB=0;REVB=0.0164225;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130158;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr19 56041255 . C G 189.52 PASS AF=1;AO=10;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.413;QD=47.3793;RBI=0.105396;REFB=0;REVB=0.0801643;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277194;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:10:16:1:5:5:0:0:7:9:0:0 chr19 56047448 . A G 1287.21 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.903;QD=60.5747;RBI=0.0316854;REFB=-0.0727743;REVB=0.0210287;RO=1;SAF=41;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114132;STB=0.506023;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00198778;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:43:41:1:0:43:41:1:0 chr19 56052337 . A AC,C 195.75 PASS AF=1,0;AO=11,5;DP=24;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271368,-0.221144;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=10.2981,3.54404;QD=32.6245;RBI=0.073688,0.251618;REFB=0,0;REVB=-0.0685093,-0.120029;RO=6;SAF=1,2;SAR=10,3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.310631,0.0621951;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000950349,0;OID=.,.;OPOS=56052338,56052337;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:6:0:11,5:24,0:1,0:10,3:1,2:2:4:19,0:5,0:0:0 chr19 56154518 . GTTT G 40.75 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00775791;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=111.545;QD=5.62052;RBI=0.0142031;REFB=-0.000512827;REVB=-0.0118972;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542292;STB=0.849528;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.00229863;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:7:29:8:29:21:1:7:12:9:40:18:1:6:11:7 chr19 56160399 . T C 688.87 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4443;QD=62.6248;RBI=0.018459;REFB=0;REVB=-0.00111713;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212128;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr19 56162776 . C T 189.7 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.034585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8067;QD=14.8784;RBI=0.0348261;REFB=-0.0164649;REVB=-0.00409027;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117237;STB=0.583252;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0217186;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:30:21:21:0.411765:14:7:12:15:14:7:14:16 chr19 56180968 . C T 405.41 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0247382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.66;QD=25.338;RBI=0.0289486;REFB=-0.0137509;REVB=0.0150348;RO=25;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757214;STB=0.504144;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00854671;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:16:23:15:10:16:23:15:10 chr19 56241265 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.273;QD=63.2861;RBI=0.0178711;REFB=0;REVB=0.00368239;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05233e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr19 56249672 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0161933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.528;QD=10.3903;RBI=0.0176349;REFB=-0.00595931;REVB=-0.00698347;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528175;STB=0.826582;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.01646;OID=.;OPOS=56249672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:4:7:1:6:4:7 chr19 56274086 . G A 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.00347276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.013;QD=3.15728;RBI=0.0248006;REFB=-0.00260705;REVB=0.0245563;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386149;STB=0.761271;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0110332;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:3:3:7:28:3:3:7:29 chr19 56284090 . G A 113.3 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.00143599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3356;QD=6.76442;RBI=0.056048;REFB=-0.0135153;REVB=0.0560296;RO=50;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146429;STB=0.588687;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.022115;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:10:7:15:35:10:7:15:35 chr19 56307553 . G A 242.42 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0751718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1754;QD=14.9184;RBI=0.0751948;REFB=-0.0329596;REVB=-0.00185896;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702261;STB=0.538434;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0392991;OID=.;OPOS=56307553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:37:28:28:0.430769:14:14:20:15:14:14:21:16 chr19 56307583 . A G 823.55 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2809;QD=56.7962;RBI=0.0342116;REFB=0;REVB=0.0123924;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216799;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr19 56320663 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0256341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.462;QD=20.8931;RBI=0.0260656;REFB=-0.00498835;REVB=0.00472328;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144541;STB=0.583159;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00684094;OID=.;OPOS=56320663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:3:3:7:3:3:3 chr19 56321414 . C A 566.92 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.286;QD=59.6759;RBI=0.085446;REFB=0;REVB=0.0817161;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126766;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:14:22:0:0:16:22:0:0 chr19 56369189 . G A 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0338618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.54;QD=18.3413;RBI=0.0341308;REFB=0.000649456;REVB=0.00427687;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237188;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.000337847;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:9:8:8:10:9:8:8:10 chr19 56369215 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00273827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.787;QD=15.7844;RBI=0.0344258;REFB=-0.0116517;REVB=0.0343168;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205028;STB=0.618017;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00847334;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:11:6:8:6:11:6 chr19 56369314 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0258581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.239;QD=10.8843;RBI=0.0269222;REFB=0.00392835;REVB=-0.00749442;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.588033;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00838927;OID=.;OPOS=56369314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:3:6:8:6:3:6:8:7 chr19 56369593 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0192667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.393;QD=16.5351;RBI=0.0196709;REFB=-0.0194224;REVB=0.00396706;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512182;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0228915;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:9:9:11:11:9:9:11:12 chr19 56373462 . G A 239.69 PASS AF=0.5;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0143611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.097;QD=20.8428;RBI=0.0150814;REFB=-0.0181638;REVB=0.00460529;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107592;STB=0.543689;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0171404;OID=.;OPOS=56373462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:21:23:22:23:0.5:12:10:7:14:12:11:9:14 chr19 56392920 . C T 341.83 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00314804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.499;QD=18.4771;RBI=0.018995;REFB=-0.0159819;REVB=-0.0187323;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130022;STB=0.500753;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0168465;OID=.;OPOS=56392920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:17:19:19:18:17:19:20:18 chr19 56410222 . C T 215.9 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.009088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.506;QD=22.1438;RBI=0.032515;REFB=-0.0150337;REVB=0.0312191;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167545;STB=0.58201;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00955322;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:8:13:7:10:8:13:8:10 chr19 56423074 . C G 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.185;QD=53.2643;RBI=0.0422925;REFB=0;REVB=0.0390358;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055931;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr19 56423254 . G A 746.98 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8344;QD=63.5726;RBI=0.0122817;REFB=0;REVB=0.0119976;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03368e-05;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:27:20:0:0 chr19 56423668 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.359;QD=40.7628;RBI=0.053816;REFB=0;REVB=0.0205496;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr19 56423692 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.806;QD=43.4861;RBI=0.00467024;REFB=0;REVB=0.00275912;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81651e-06;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr19 56423728 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.789;QD=46.8467;RBI=0.0463541;REFB=0;REVB=-0.0111255;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475599;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr19 56423893 . G A 494.5 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219391;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.381;QD=54.9448;RBI=0.0251989;REFB=-0.0269478;REVB=-0.012396;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00359764;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:36:1:1:34:35:0.972222:17:17:0:1:18:17:0:1 chr19 56424443 . T C 129.63 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.785;QD=43.2106;RBI=0.0292788;REFB=0;REVB=0.000114806;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294056;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr19 56459342 . C T 290.67 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.88;QD=50.5505;RBI=0.129279;REFB=0;REVB=0.116318;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221226;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr19 56459614 . G C 330.57 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.041687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0302;QD=50.8567;RBI=0.0451928;REFB=-0.147191;REVB=0.0174523;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00502541;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:0:1:11:14:0:1 chr19 56477687 . A G 763.18 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0625728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0413;QD=53.5566;RBI=0.0835204;REFB=0.0968812;REVB=0.05532;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00109186;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:57:57:1:1:55:56:0.982456:26:29:0:1:26:30:0:1 chr19 56477710 . T C 748.15 PASS AF=1;AO=40;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252511;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.913;QD=56.4642;RBI=0.0468659;REFB=0;REVB=0.0394815;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175762;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:40:53:1:16:24:0:0:26:27:0:0 chr19 56485114 . C T 134.87 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0317987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7227;QD=16.8591;RBI=0.0326877;REFB=0.00280871;REVB=-0.00757157;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.002738;OID=.;OPOS=56485114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:9:8:7:8:9:8 chr19 56487603 . A G 1305.54 PASS AF=0.833333;AO=99;DP=120;FAO=100;FDP=120;FR=.;FRO=20;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.00248782;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6099;QD=43.5179;RBI=0.00415232;REFB=-0.0486012;REVB=-0.00332453;RO=20;SAF=62;SAR=37;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200077;STB=0.596134;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0330558;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:20:20:99:100:0.833333:37:62:0:20:38:62:1:19 chr19 56511082 . C G 356.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.567;QD=54.8169;RBI=0.045592;REFB=0;REVB=-0.000913337;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133391;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:7:17:0:0:8:18:0:0 chr19 56515334 . C T 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00448059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.505;QD=23.5964;RBI=0.0045315;REFB=-0.010632;REVB=-0.000677373;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103031;STB=0.557476;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0111487;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:10:15:10:11:10:15:10:11 chr19 56549510 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0191448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.482;QD=13.3141;RBI=0.0307331;REFB=-0.00493394;REVB=0.0240416;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179489;STB=0.588152;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0031956;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:33:22:22:0.4:7:15:16:15:7:15:18:15 chr19 56549532 . A G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00168736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.612;QD=13.774;RBI=0.00623413;REFB=-0.0109221;REVB=0.00600143;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2393;STB=0.63886;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0164995;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:6:14:15:16:6:14:15:16 chr19 56552456 . G T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0149977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9658;QD=14.7984;RBI=0.0629234;REFB=-0.0159545;REVB=0.0611099;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0208652;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:6:7:6:5:6:7 chr19 56565164 . G A 375.5 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.469;QD=55.6294;RBI=0.0778492;REFB=0;REVB=0.0512693;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903705;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr19 56569629 . C G 321.93 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0084866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.692;QD=13.9968;RBI=0.0348069;REFB=-0.0165339;REVB=-0.0337564;RO=56;SAF=26;SAR=10;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273705;STB=0.656645;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0180033;OID=.;OPOS=56569629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:10:26:27:29:10:26:27:29 chr19 56572832 . G A 220.71 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0057468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.845;QD=12.983;RBI=0.00799674;REFB=-0.00544979;REVB=-0.00556076;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493242;STB=0.518854;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0133917;OID=.;OPOS=56572832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:41:26:27:0.397059:16:10:14:27:17:10:14:27 chr19 56572875 . G A 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0137712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.201;QD=15.156;RBI=0.0178799;REFB=-0.0165717;REVB=0.0114037;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588256;STB=0.533307;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0201169;OID=.;OPOS=56572875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:11:21:15:10:11:21 chr19 56663213 . GA G,GG 35.02 PASS AF=0.16,0.12;AO=4,3;DP=25;FAO=4,3;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2,2;FSAR=2,1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.280066,-0.16316;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.7643,29.6913;QD=5.60284;RBI=0.283734,0.167993;REFB=-0.0579954,-0.0265039;REVB=-0.045475,-0.040004;RO=17;SAF=3,2;SAR=1,1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.26482,0.153843;STB=0.54523,0.599317;STBP=0.886,0.709;TYPE=del,snp;VARB=0.0544255,0.171833;OID=.,.;OPOS=56663214,56663214;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16,0.12:4,3:25:4,3:25:18:2,2:2,1:10:8:19:17:3,2:1,1:9:8 chr19 56694505 . C T 152.69 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=60;FAO=20;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.000774969;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.424;QD=9.54304;RBI=0.0174543;REFB=-0.0123877;REVB=-0.0174371;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115578;STB=0.51998;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0460366;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:25:43:15:20:0.3125:7:8:16:9:12:8:16:27 chr19 56703248 . G A 610.79 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.013;QD=61.0794;RBI=0.037718;REFB=0;REVB=0.0297321;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40757e-05;OID=.;OPOS=56703248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr19 56704101 . G A 379.56 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425825;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.993;QD=56.2315;RBI=0.0437001;REFB=0;REVB=0.00982008;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037154;OID=.;OPOS=56704101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 56733425 . C A 577.88 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.000610883;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.057;QD=18.3454;RBI=0.0198978;REFB=-0.00132667;REVB=-0.0198884;RO=64;SAF=23;SAR=37;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224488;STB=0.616628;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0014404;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:66:60:60:0.47619:37:23:40:24:37:23:40:26 chr19 56827938 . C A 263.28 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0923497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7552;QD=19.5019;RBI=0.103751;REFB=-0.0143089;REVB=-0.0472838;RO=25;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632625;STB=0.515141;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00981959;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:26:28:28:0.518519:17:11:10:15:17:11:11:15 chr19 56935527 . A G,T 250.9 PASS AF=0.9,0.1;AO=17,2;DP=19;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614841,0.000261724;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.015,192.207;QD=50.1807;RBI=0.0215813,0.0196442;REFB=0,0;REVB=0.0206869,-0.0196425;RO=0;SAF=9,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0257219,0.0477022;OID=.,.;OPOS=56935527,56935527;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:20:0:0:17,2:18,2:0.9,0.1:8,0:9,2:0:0:9,0:9,2:0:0 chr19 56953584 . T TC 217.6 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.552;QD=45.8103;RBI=0.146969;REFB=0;REVB=-0.0673243;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00100767;OID=.;OPOS=56953585;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:19:19:0:9:10:0:0:4:18:1:1:8:10 chr19 56953585 . T C 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00473879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.924;QD=40.5913;RBI=0.0111152;REFB=-0.0285129;REVB=-0.0100545;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567123;STB=0.503102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000379279;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:9:8:1:1:9:8:1:1 chr19 56953863 . T C 1029.42 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00905992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0507;QD=57.9954;RBI=0.0135681;REFB=-0.0211802;REVB=0.0101001;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145457;STB=0.50769;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000270433;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:38:32:1:0:38:32:1:0 chr19 56981382 . T C 407.59 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0108421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.555;QD=12.9394;RBI=0.0123792;REFB=-0.00775504;REVB=-0.00597445;RO=78;SAF=16;SAR=32;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202467;STB=0.615335;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0138332;OID=.;OPOS=56981382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:32:16:40:38:32:16:40:38 chr19 57036653 . G A 45.0 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00238107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.985;QD=7.82687;RBI=0.0466865;REFB=-0.0159223;REVB=0.0466257;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214682;STB=0.633776;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0345877;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:6:10:3:4:6:10 chr19 57036678 . G A 64.45 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0252636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.437;QD=9.91538;RBI=0.0266927;REFB=0.00918567;REVB=-0.00861698;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292508;STB=0.629974;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00902266;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:17:17:8:9:0.346154:3:5:6:11:4:5:6:11 chr19 57050515 . C G 145.22 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0554969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4304;QD=16.1359;RBI=0.10961;REFB=-0.0527064;REVB=-0.0945217;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108301;STB=0.527743;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0685815;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:15:16:0.444444:8:7:11:8:8:8:11:9 chr19 57058998 . C G 188.24 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0741619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9064;QD=13.2098;RBI=0.0743113;REFB=-0.0143106;REVB=0.00471098;RO=34;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515487;STB=0.502956;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0163052;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:17:6:9:25:17:6:9:25 chr19 57062073 . T C 899.79 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.177;QD=57.1296;RBI=0.0089813;REFB=0;REVB=-0.00646786;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04764e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:27:35:0:1:28:35:0:0 chr19 57065189 . T C 859.32 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0113514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9849;QD=54.5602;RBI=0.0284626;REFB=-0.155963;REVB=0.0261011;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00465227;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:0:2:61:61:0.968254:40:21:0:0:40:21:0:2 chr19 57088850 . T C 190.77 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0314504;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.316;QD=14.6746;RBI=0.0390884;REFB=0.018233;REVB=0.0232116;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978491;STB=0.519213;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0266158;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:21:22:0.423077:10:11:16:14:11:11:16:14 chr19 57089050 . C T 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.034025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0815;QD=16.8711;RBI=0.0351875;REFB=0.00669804;REVB=-0.00896978;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562407;STB=0.532079;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0143604;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:9:17:12:8:9:17 chr19 57132968 . G A 862.8 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029777;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.123;QD=56.5769;RBI=0.0334103;REFB=-0.112813;REVB=0.0151518;RO=1;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103743;STB=0.505493;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000323468;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:45:15:0:1:45:15:0:1 chr19 57135023 . T C 229.68 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0015807;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.086;QD=20.88;RBI=0.0106711;REFB=-0.0053162;REVB=0.0105534;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200242;STB=0.612603;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00774325;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:14:8:13:9:14:8 chr19 57293394 . A G 1177.62 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0471339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8503;QD=58.154;RBI=0.0473618;REFB=-0.00533634;REVB=0.00463991;RO=2;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500156;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000882587;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:2:2:78:79:0.975309:39:39:1:1:40:39:1:1 chr19 57293831 . G A 788.82 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463175;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8408;QD=64.3937;RBI=0.0704544;REFB=0;REVB=-0.0530897;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165629;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr19 57325083 . C T 345.83 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291817;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.105;QD=55.3334;RBI=0.0677971;REFB=0;REVB=0.0611954;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221647;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr19 57433619 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.142;QD=55.0982;RBI=0.00514653;REFB=0;REVB=-0.00493202;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40946e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr19 57433712 . T C 153.16 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000441031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1385;QD=21.8804;RBI=0.040928;REFB=-0.0463136;REVB=-0.0409256;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802345;STB=0.545395;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0679385;OID=.;OPOS=57433712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:8:4:4:12:8:4 chr19 57640938 . G T 30.16 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00561978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.407;QD=8.61675;RBI=0.00563502;REFB=-0.0134385;REVB=-0.000414193;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.748928;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0275836;OID=.;OPOS=57640938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:7:9:5:5:0.357143:1:4:4:3:1:4:4:5 chr19 57641146 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.478;QD=47.8223;RBI=0.0375482;REFB=0;REVB=0.0184679;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501194;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 57642098 . G A 124.44 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.482;QD=41.4806;RBI=0.076008;REFB=0;REVB=0.0756721;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105844;OID=.;OPOS=57642098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr19 57642782 . C A 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176447;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.746;QD=60.2517;RBI=0.0228386;REFB=0;REVB=-0.0145006;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72472e-06;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr19 57643051 . GG AA,AG 822.32 PASS AF=0.0491803,0.934426;AO=3,56;DP=61;FAO=3,57;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27;FSAR=3,30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00360723,0.00321792;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=34.6274,89.4028;QD=53.9226;RBI=0.0120927,0.0109527;REFB=0.0178639,0.0239478;REVB=-0.0115422,-0.0104693;RO=1;SAF=0,26;SAR=3,30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0154585;STB=0.5,0.508194;STBP=1,0.518;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00623836,0.000278796;OID=.,.;OPOS=57643051,57643051;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:61:61:1:1:3,56:3,57:0.0491803,0.934426:3,30:0,26:0:1:3,30:0,27:0:1 chr19 57643099 . G A 575.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4679;QD=60.5943;RBI=0.0579576;REFB=0;REVB=0.00929768;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675047;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr19 57646570 . T C 352.95 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000492655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.256;QD=52.2888;RBI=0.0299451;REFB=-0.0787197;REVB=0.029941;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517096;OID=.;OPOS=57646570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr19 57647015 . A G,T 689.43 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=42,4;DP=47;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16,4;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273559,0.0100371;FXX=0.0425441;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.1605,117.991;QD=61.2824;RBI=0.0274885,0.0194227;REFB=0,0;REVB=-0.00269667,0.0166283;RO=0;SAF=16,4;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00243091,0.0857017;OID=.,.;OPOS=57647015,57647015;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:47:45:0:0:42,4:41,4:0.911111,0.0888889:26,0:16,4:0:0:25,0:16,4:0:0 chr19 57647236 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.618;QD=60.608;RBI=0.0483961;REFB=0;REVB=0.0483068;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250258;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr19 57648277 . A T 939.32 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0379111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.686;QD=50.0968;RBI=0.0379933;REFB=-0.0196073;REVB=-0.00249873;RO=3;SAF=42;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325689;STB=0.538451;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00118387;OID=.;OPOS=57648277;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:75:75:3:7:68:68:0.906667:26:42:3:0:26:42:7:0 chr19 57649900 . C T 757.27 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7973;QD=61.818;RBI=0.117803;REFB=0;REVB=0.104378;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249152;OID=.;OPOS=57649900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:1:0:45:49:1:17:28:1:0:18:31:0:0 chr19 57723007 . G C 460.41 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0368599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.731;QD=21.1683;RBI=0.0382253;REFB=-0.0166463;REVB=0.0101254;RO=42;SAF=16;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110622;STB=0.561262;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0148992;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:29:16:20:22:29:16:20:22 chr19 57723013 . G A 466.49 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0123563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167;QD=22.4815;RBI=0.0126694;REFB=-0.0207299;REVB=0.00279938;RO=38;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809631;STB=0.544658;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0170903;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:29:16:17:21:29:16:17:21 chr19 57742472 . G C 391.78 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3574;QD=54.0383;RBI=0.130819;REFB=0;REVB=0.0874317;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583953;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:18:11:0:0 chr19 57742489 . C T 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155963;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.951;QD=52.6758;RBI=0.0679351;REFB=0;REVB=0.0661206;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103182;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 57760018 . G A 257.79 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00589123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.531;QD=13.3917;RBI=0.00631828;REFB=-0.00878457;REVB=-0.00228343;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156351;STB=0.504851;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0218021;OID=.;OPOS=57760018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:47:30:30:0.38961:17:13:20:26:17:13:20:27 chr19 57760057 . G A 236.73 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00513339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5204;QD=13.5271;RBI=0.00648563;REFB=-0.0179692;REVB=0.0039638;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285564;STB=0.507505;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0231456;OID=.;OPOS=57760057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:17:11:16:25:17:11:16:26 chr19 57764770 . G A 97.06 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.060989;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.849;QD=11.7652;RBI=0.0611685;REFB=-0.0116934;REVB=0.00468271;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439992;STB=0.760766;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00667488;OID=.;OPOS=57764770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:21:21:12:12:0.363636:9:3:14:7:9:3:14:7 chr19 57765432 . A G 350.02 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00360169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.141;QD=25.4559;RBI=0.00515562;REFB=-0.00934545;REVB=-0.00368893;RO=18;SAF=17;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152768;STB=0.599944;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00509734;OID=.;OPOS=57765432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:21:33:34:0.618182:16:17:5:13:17:17:5:16 chr19 57767004 . A T 167.81 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0204729;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.39;QD=16.3719;RBI=0.0296522;REFB=-0.0124893;REVB=0.0214502;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298214;STB=0.54343;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0164037;OID=.;OPOS=57767004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:23:17:18:0.439024:9:8:12:12:10:8:12:11 chr19 57768066 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0554049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2641;QD=9.44623;RBI=0.0993877;REFB=0.00991237;REVB=-0.0825119;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0264133;OID=.;OPOS=57768066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:4:6:2:4:4:6 chr19 57768897 . CTT C 243.69 PASS AF=0.5;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.031701;FXX=0.0540468;HRUN=2;LEN=2;MLLD=177.201;QD=13.9253;RBI=0.0355307;REFB=-0.00165217;REVB=-0.0160463;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818886;STB=0.529395;STBP=0.653;TYPE=del;VARB=0.00185829;OID=.;OPOS=57768898;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:34:74:35:70:35:14:21:16:19:99:34:13:21:16:18 chr19 57769994 . C CTTCCA 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00513522;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=261.132;QD=20.2683;RBI=0.00644814;REFB=-0.0081151;REVB=-0.00389974;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208659;STB=0.61734;STBP=0.155;TYPE=ins;VARB=0.00668953;OID=.;OPOS=57769995;OREF=-;OALT=TTCCA;OMAPALT=CTTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:21:42:21:42:21:12:9:7:14:99:21:12:9:7:14 chr19 57770554 . C A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0135197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.09;QD=13.4852;RBI=0.0408551;REFB=-0.00731522;REVB=-0.0385533;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00988165;OID=.;OPOS=57770554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr19 57771883 . A G 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.053062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.4366;QD=16.1172;RBI=0.0536176;REFB=-0.011814;REVB=0.00769846;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066069;STB=0.538395;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0132165;OID=.;OPOS=57771883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:4:9:9:3:4:9 chr19 57802806 . C T 60.54 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0152046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9322;QD=6.20965;RBI=0.0179559;REFB=0.00642244;REVB=-0.00955166;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961953;STB=0.561271;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0189896;OID=.;OPOS=57802806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:5:4:11:19:5:4:11:19 chr19 57802824 . G A 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00179079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.184;QD=5.54336;RBI=0.00273586;REFB=0.00393393;REVB=-0.00206834;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123349;STB=0.502612;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0144434;OID=.;OPOS=57802824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:33:34:9:9:0.209302:5:4:15:18:5:4:15:19 chr19 57832257 . T C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.051897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.36;QD=18.2477;RBI=0.0520216;REFB=-0.00142455;REVB=0.00359839;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234295;STB=0.633942;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00216941;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:4:8:5:8:4:8 chr19 57838018 . C G 36.97 PASS AF=0.333333;AO=2;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0265161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.618;QD=8.21597;RBI=0.0268225;REFB=-0.00482217;REVB=0.00404317;RO=11;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585255;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00910368;OID=.;OPOS=57838018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:11:12:2:6:0.333333:2:0:6:5:2:4:6:6 chr19 57839150 . A G 71.8 PASS AF=0.6;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00138754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.666;QD=19.1453;RBI=0.0551663;REFB=-0.0446601;REVB=0.0551489;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157607;STB=0.615147;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0269179;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:5:6:9:9:0.6:4:5:4:1:4:5:5:1 chr19 57839567 . T A 190.1 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=2.03468e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0432;QD=15.208;RBI=0.00483498;REFB=0.00510091;REVB=0.00483494;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28558;STB=0.66512;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0107069;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:14:6:17:13:14:6:17:13 chr19 57868336 . A G 320.91 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.409;QD=53.485;RBI=0.020794;REFB=0;REVB=0.0138416;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137069;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr19 57909872 . G A 686.5 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00906092;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.126;QD=54.9204;RBI=0.0108767;REFB=0.0300184;REVB=-0.00601682;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00031729;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:25:24:0:1:25:24:0:1 chr19 57931303 . C A 312.1 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0088073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.088;QD=29.7233;RBI=0.0145136;REFB=-0.0266678;REVB=-0.0115359;RO=14;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588612;STB=0.545747;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0131486;OID=.;OPOS=57931303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:15:27:27:0.642857:16:11:7:7:16:11:8:7 chr19 57932027 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00973235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.861;QD=9.56957;RBI=0.0685617;REFB=0.00372277;REVB=-0.0678674;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303091;STB=0.683772;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00528864;OID=.;OPOS=57932027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:5:10:3:5:5:10 chr19 57956828 . T G 483.03 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6407;QD=58.549;RBI=0.049705;REFB=0;REVB=0.0403936;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119976;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr19 57967049 . G T 142.06 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00439922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1546;QD=9.63115;RBI=0.0264188;REFB=-0.00782372;REVB=-0.0260499;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258017;STB=0.651416;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0265658;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:8:11:14:26:8:11:14:26 chr19 57967133 . G A 203.16 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0033512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8637;QD=21.9629;RBI=0.0110437;REFB=-0.00116094;REVB=0.0105229;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207215;STB=0.615888;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00124983;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:5:12:9:11:5:12 chr19 57984426 . C A 306.05 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0170792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.536;QD=20.4035;RBI=0.0683438;REFB=0.0516219;REVB=-0.0661754;RO=28;SAF=11;SAR=21;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107822;STB=0.559962;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0198944;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:21:11:13:15:21:11:13:15 chr19 57984443 . T G 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0061486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.108;QD=16.4202;RBI=0.0116998;REFB=-0.0095543;REVB=-0.00995385;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327001;STB=0.51842;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00946216;OID=.;OPOS=57984443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:14:20:18:11:14:20 chr19 57984918 . A G 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00716831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.83;QD=14.2406;RBI=0.0179514;REFB=-0.0184337;REVB=0.0164581;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101053;STB=0.565979;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0292499;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:12:18:11:11:12:19 chr19 57985460 . T A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0322359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1627;QD=14.2412;RBI=0.0377725;REFB=0.00454416;REVB=-0.0196879;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301997;STB=0.501729;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.010095;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:14:17:12:10:14:17 chr19 57985566 . G C 453.47 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0132752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.123;QD=19.7162;RBI=0.0134041;REFB=-0.0193852;REVB=-0.0018547;RO=47;SAF=26;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372556;STB=0.520669;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0210053;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:19:26:29:18:19:26:29:18 chr19 57987905 . G A 372.99 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0201829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.509;QD=20.4378;RBI=0.0201903;REFB=-0.0322602;REVB=0.000546418;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892899;STB=0.549393;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0300153;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:18:20:22:13:18:20:22:13 chr19 57988666 . A AGCC 35.1 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=23;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0593459;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=173.506;QD=6.6856;RBI=0.0602092;REFB=-0.022572;REVB=-0.0101594;RO=19;SAF=1;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368775;STB=0.686886;STBP=0.313;TYPE=ins;VARB=0.0603223;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:4:23:6:21:15:2:4:9:6:35:19:1:3:11:8 chr19 58001512 . T A 398.88 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0044546;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.099;QD=21.561;RBI=0.00913714;REFB=-0.00465351;REVB=0.0079777;RO=34;SAF=24;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496435;STB=0.519543;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00454306;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:39:40:0.540541:15:24:19:15:16:24:19:15 chr19 58003008 . G A 634.52 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00017954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.826;QD=21.509;RBI=0.0218105;REFB=-0.0293241;REVB=0.0218097;RO=55;SAF=24;SAR=39;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216833;STB=0.61901;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0209909;OID=.;OPOS=58003008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:55:63:63:0.533898:39:24:35:20:39:24:35:20 chr19 58003488 . A G 222.0 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0147877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4158;QD=14.557;RBI=0.0329768;REFB=-0.019681;REVB=0.0294753;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278593;STB=0.51585;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0156097;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:17:9:13:22:17:9:13:22 chr19 58003580 . A G 624.62 PASS AF=0.454545;AO=64;DP=142;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0311133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.352;QD=17.4718;RBI=0.0319293;REFB=-0.0153269;REVB=0.00717261;RO=78;SAF=20;SAR=44;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798041;STB=0.54743;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0175529;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:78:78:64:65:0.454545:44:20:30:48:45:20:30:48 chr19 58003613 . C T 647.09 PASS AF=0.468085;AO=63;DP=138;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=0.0139857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3922;QD=18.3571;RBI=0.0144587;REFB=-0.0196904;REVB=-0.00366816;RO=74;SAF=16;SAR=47;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101094;STB=0.528756;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0229877;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:74:75:63:66:0.468085:47:16:25:49:47:19:25:50 chr19 58004346 . G C 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0181627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8594;QD=14.6853;RBI=0.0276269;REFB=-0.0020068;REVB=-0.0208173;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715794;STB=0.54061;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00384428;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:18:13:21:22:18:13:21:22 chr19 58017753 . CA AG 105.66 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00932695;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.48;QD=10.3087;RBI=0.0143383;REFB=-0.0147063;REVB=-0.0108902;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391726;STB=0.741585;STBP=0.058;TYPE=mnp;VARB=0.0407219;OID=.;OPOS=58017753;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:28:13:13:0.317073:4:9:9:18:4:9:9:19 chr19 58017757 . TG CC,TC 129.78 PASS AF=0,0.348837;AO=2,15;DP=45;FAO=0,15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=0,10;FSAR=0,5;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.027771,0.0092637;FXX=0.0444346;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=129.614,120.139;QD=12.0725;RBI=0.0392674,0.0322965;REFB=-0.0119823,-0.0274571;REVB=-0.0277615,-0.0309394;RO=28;SAF=2,10;SAR=0,5;SRF=9;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.559993,0.368701;STB=0.5,0.716144;STBP=1,0.049;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0438949;OID=.,.;OPOS=58017757,58017758;OREF=TG,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:43:28:28:2,15:0,15:0,0.348837:0,5:2,10:9:19:0,5:0,10:9:19 chr19 58018618 . A G 281.88 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=3.21421e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.106;QD=14.6433;RBI=0.00178829;REFB=0.00120935;REVB=-0.001788;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582474;STB=0.535752;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0014543;OID=.;OPOS=58018618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:45:32:32:0.415584:18:14:16:26:18:14:17:28 chr19 58019892 . G A 251.02 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0364277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.544;QD=19.6877;RBI=0.0381413;REFB=-0.00212668;REVB=-0.0113039;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173191;STB=0.570499;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00209428;OID=.;OPOS=58019892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:25:26:26:0.509804:14:12:6:17:14:12:8:17 chr19 58024442 . G A 793.89 PASS AF=0.429268;AO=88;DP=207;FAO=88;FDP=205;FR=.;FRO=117;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=75;FWDB=0.00831092;FXX=0.00966137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.311;QD=15.4905;RBI=0.0130141;REFB=-0.0163924;REVB=-0.0100148;RO=117;SAF=42;SAR=46;SRF=42;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122397;STB=0.56806;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0230991;OID=.;OPOS=58024442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:117:117:88:88:0.429268:46:42:42:75:46:42:42:75 chr19 58038964 . T A 1391.6 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.792;QD=61.8489;RBI=0.105644;REFB=0;REVB=0.10228;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999069;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:30:56:0:0:33:57:0:0 chr19 58058536 . A G 1251.12 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9303;QD=60.2948;RBI=0.0602607;REFB=-0.104997;REVB=-0.0565043;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00195766;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:1:0:49:33:1:0 chr19 58058561 . C G 277.19 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0108276;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1448;QD=16.5485;RBI=0.0802768;REFB=-0.057208;REVB=-0.0795432;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080808;STB=0.538437;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0804458;OID=.;OPOS=58058561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:36:31:31:0.462687:16:15:21:16:16:15:20:16 chr19 58058739 . T C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0113365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2232;QD=11.7801;RBI=0.0671869;REFB=0.00203324;REVB=-0.0662236;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228698;STB=0.634303;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00623053;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:20:11:9:7:20:11 chr19 58117083 . A G 276.8 PASS AF=0.452055;AO=27;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0111402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.708;QD=15.1671;RBI=0.0121598;REFB=-0.0134606;REVB=-0.00487412;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704303;STB=0.521978;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0187967;OID=.;OPOS=58117083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:40:27:33:0.452055:12:15:18:19:16:17:19:21 chr19 58117223 . T A 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0224529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.979;QD=13.4407;RBI=0.0334006;REFB=-0.0111022;REVB=0.0247279;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693888;STB=0.906776;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.018683;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:9:1:11:2:9:1:11:2 chr19 58118371 . G A 246.38 PASS AF=0.69697;AO=22;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0152388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.442;QD=29.8646;RBI=0.0506537;REFB=-0.0334995;REVB=0.0483071;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37322e-08;STB=0.519983;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0228166;OID=.;OPOS=58118371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:33:33:11:10:22:23:0.69697:10:12:6:5:10:13:5:5 chr19 58119219 . A G 669.32 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0054314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.539;QD=19.6857;RBI=0.0175431;REFB=-0.00538548;REVB=0.0166811;RO=69;SAF=33;SAR=34;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534377;STB=0.529493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0050109;OID=.;OPOS=58119219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:67:67:0.492647:34:33:38:31:34:33:38:31 chr19 58125712 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.000897229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.545;QD=17.56;RBI=0.0256661;REFB=-0.0118639;REVB=-0.0256504;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209806;STB=0.618178;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0225739;OID=.;OPOS=58125712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:4:17:11:7:4:17 chr19 58144715 . A G 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0212074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.48;QD=7.47114;RBI=0.0490335;REFB=-0.000284665;REVB=-0.04421;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443607;STB=0.780278;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=6.78407e-05;OID=.;OPOS=58144715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:2:9:15:17:2:9:15:17 chr19 58151286 . T C 230.47 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00104294;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.352;QD=9.80726;RBI=0.0343263;REFB=0.00250284;REVB=-0.0343105;RO=64;SAF=17;SAR=12;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837631;STB=0.544273;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0103372;OID=.;OPOS=58151286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:64:65:29:29:0.308511:12:17:33:31:12:17:34:31 chr19 58151294 . T A 253.68 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0295288;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6966;QD=10.6813;RBI=0.0439237;REFB=0.00357636;REVB=0.0325168;RO=62;SAF=19;SAR=12;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149615;STB=0.577298;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00429875;OID=.;OPOS=58151294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:62:64:31:31:0.326316:12:19:30:32:12:19:32:32 chr19 58152361 . T A 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0449908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.782;QD=10.9414;RBI=0.0518643;REFB=0.00946199;REVB=0.0258019;RO=20;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296904;STB=0.681445;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0313995;OID=.;OPOS=58152361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:9:2:8:12:9:2:8:12 chr19 58152795 . C T 134.3 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0197009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.401;QD=16.2785;RBI=0.0197863;REFB=-0.0230212;REVB=-0.00183613;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364105;STB=0.518194;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0426215;OID=.;OPOS=58152795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:9:8:7:8:9:9 chr19 58152817 . G C 110.69 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.032054;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3777;QD=14.2832;RBI=0.0321473;REFB=-0.0074833;REVB=0.00244735;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170229;STB=0.599845;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00556584;OID=.;OPOS=58152817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:18:13:13:0.419355:5:8:7:9:5:8:8:10 chr19 58200099 . T C 210.31 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.000897865;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.139;QD=14.0207;RBI=0.0303184;REFB=0.00394506;REVB=0.0303051;RO=35;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306704;STB=0.517469;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00480926;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:10:15:22:13:10:15:22:13 chr19 58200628 . G T 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0384288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9633;QD=19.6658;RBI=0.0930654;REFB=0.00175744;REVB=-0.0847609;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093917;STB=0.553018;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000999993;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:12:7:9:10:12:7 chr19 58201360 . C T 92.99 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00421981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.558;QD=9.53695;RBI=0.0046799;REFB=-0.00348854;REVB=0.00202353;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206484;STB=0.626639;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00482565;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:3:9:16:11:3:9:16:11 chr19 58202016 . ATTCAT A 67.61 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000615988;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=5;MLLD=229.509;QD=11.7575;RBI=0.0316848;REFB=-0.0109034;REVB=0.0316788;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.555448;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=0.0115664;OID=.;OPOS=58202017;OREF=TTCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:8:24:10:23:13:4:6:4:9:67:12:3:5:4:8 chr19 58213952 . C A 444.41 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0597485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8091;QD=20.4328;RBI=0.0620195;REFB=0.0216703;REVB=0.0166294;RO=43;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343921;STB=0.519034;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0190004;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:18:26:27:16:18:26:27:16 chr19 58258466 . G T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=4.32577e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.49;QD=23.2632;RBI=0.0111922;REFB=-0.00855262;REVB=-0.0111921;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311369;STB=0.671449;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00909915;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:2:17:12:11:2:17 chr19 58301766 . TG T 213.25 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.147035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.4;QD=7.10836;RBI=0.162915;REFB=-0.0272965;REVB=-0.0701557;RO=75;SAF=20;SAR=24;SRF=35;SRR=40;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=-0.0134764;STB=0.526808;STBP=0.693;TYPE=del;VARB=0.0373353;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:44:120:44:120:76:19:25:36:40:99:75:20:24:35:40 chr19 58352522 . G A 225.86 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0393068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.185;QD=13.2857;RBI=0.0410504;REFB=-0.0243615;REVB=0.0118368;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123603;STB=0.562386;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0200326;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:13:14:16:24:13:14:17:24 chr19 58374130 . C T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00602988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.019;QD=24.3901;RBI=0.022257;REFB=-0.0190701;REVB=-0.0214247;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531482;STB=0.529576;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0130446;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:10:4:7:13:10:4 chr19 58378690 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.264;QD=48.7373;RBI=0.0272416;REFB=0;REVB=0.0170674;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173196;OID=.;OPOS=58378690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr19 58385630 . C T 31.53 PASS AF=0.3;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0502745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.7559;QD=6.30651;RBI=0.109131;REFB=-0.0747421;REVB=0.0968605;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177233;STB=0.518456;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.136908;OID=.;OPOS=58385630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:20:13:14:5:6:0.3:3:2:5:8:4:2:5:9 chr19 58385748 . G A 57.35 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0168077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.396;QD=12.7445;RBI=0.0388757;REFB=-0.0437564;REVB=-0.0350546;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.514669;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0305385;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:9:10:7:8:0.444444:3:4:6:3:3:5:6:4 chr19 58385762 . C G 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0200055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0969;QD=11.0867;RBI=0.0755159;REFB=-0.0971743;REVB=-0.0728178;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.100636;OID=.;OPOS=58385762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:4:2:2:3:4:2 chr19 58385953 . G GC 256.33 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283002;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.8666;QD=42.7209;RBI=0.0435505;REFB=0;REVB=0.033102;RO=20;SAF=1;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000266879;OID=.;OPOS=58385954;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:24:24:0:9:15:0:0:3:20:1:2:7:13 chr19 58385954 . T C 207.64 PASS AF=0.7;AO=17;DP=28;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00426672;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=91.1416;QD=27.6848;RBI=0.0411;REFB=0.0191098;REVB=0.0408779;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078141;STB=0.551677;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00141831;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:30:10:9:17:21:0.7:12:5:2:8:13:8:2:7 chr19 58439306 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.65;QD=55.6561;RBI=0.0108497;REFB=0;REVB=-0.00586884;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25797e-05;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 58455381 . C T 903.34 PASS AF=0.984375;AO=48;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.114962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.359;QD=56.4585;RBI=0.115072;REFB=0.0169556;REVB=0.0050335;RO=1;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132549;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-6.80394e-05;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:48:63:0.984375:35:13:0:1:35:28:0:1 chr19 58549593 . C G 340.01 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0796366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9264;QD=48.5729;RBI=0.0868279;REFB=-0.077264;REVB=0.0345992;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.535687;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00218028;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:13:13:0:1:13:13:0:2 chr19 58565052 . G A 242.72 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.03507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7661;QD=22.5783;RBI=0.129627;REFB=-0.0108425;REVB=0.124793;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963201;STB=0.520325;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0162014;OID=.;OPOS=58565052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:20:23:23:0.534884:9:14:13:5:9:14:13:7 chr19 58572959 . G A 169.92 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0147105;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.21;QD=10.4566;RBI=0.0271806;REFB=-0.00653966;REVB=0.0228557;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129613;STB=0.571366;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0117869;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:43:22:22:0.338462:12:10:14:27:12:10:15:28 chr19 58572979 . G A 965.78 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.4227;QD=55.9874;RBI=0.0337303;REFB=-0.158649;REVB=0.0320643;RO=1;SAF=25;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185257;STB=0.503921;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00262069;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:1:2:67:67:0.971014:42:25:1:0:42:25:1:1 chr19 58578578 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0240241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.94;QD=13.4417;RBI=0.0251518;REFB=-0.000470924;REVB=-0.00744683;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133539;STB=0.578788;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000683607;OID=.;OPOS=58578578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:7:6:6:4:7:6 chr19 58581572 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.808;QD=49.5992;RBI=0.0331392;REFB=0;REVB=0.00970303;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180157;OID=.;OPOS=58581572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr19 58581904 . A G 59.54 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0241432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.144;QD=15.8781;RBI=0.0733605;REFB=-0.0335315;REVB=0.0692739;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161108;STB=0.622369;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0209199;OID=.;OPOS=58581904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:2:5:6:1:3:5:6:1 chr19 58718332 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00373835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.712;QD=17.8403;RBI=0.0203244;REFB=0.00785019;REVB=0.0199777;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623504;STB=0.535663;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00728117;OID=.;OPOS=58718332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:8:6:7:7:8:6 chr19 58718360 . A AG 186.27 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.5617;QD=39.2151;RBI=0.0884289;REFB=0;REVB=0.00258084;RO=3;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00532408;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:20:19:19:0:10:9:0:0:4:3:6:9:2:1 chr19 58774071 . A G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0225782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.261;QD=10.8841;RBI=0.136294;REFB=-0.0114814;REVB=-0.134411;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289686;STB=0.67699;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0149637;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:7:8:7:2:7:8 chr19 58790675 . T C 126.87 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0395584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.706;QD=14.9258;RBI=0.0503468;REFB=-0.00568544;REVB=-0.0311438;RO=19;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121279;STB=0.581968;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0227628;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:14:15:0.441176:12:2:4:15:13:2:4:15 chr19 58790713 . G C 85.06 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0505258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5382;QD=22.6833;RBI=0.08637;REFB=-0.0686494;REVB=-0.0700495;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0223234;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:15:15:3:5:9:10:0.666667:6:3:1:2:7:3:1:4 chr19 58806083 . T C 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00350277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.44;QD=5.90508;RBI=0.0125483;REFB=-0.00509745;REVB=-0.0120495;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661942;STB=0.542751;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0171285;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:12:15:4:4:12:15 chr19 58864479 . T C 535.82 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159978;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.518;QD=59.5351;RBI=0.0328062;REFB=0;REVB=0.0286411;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162606;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:14:22:0:0 chr19 58870087 . TGGA TGA,TGAC 358.71 PASS AF=0.455556,0.0111111;AO=36,4;DP=91;FAO=41,1;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=17,1;FSAR=24,0;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.000914001,0.0264595;FXX=0.0217368;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.0046,26.834;QD=15.9427;RBI=0.0575188,0.0353582;REFB=0.019379,0.0109194;REVB=-0.0575115,-0.0234541;RO=48;SAF=13,4;SAR=23,0;SRF=15;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0.445813,0;SSSB=0.0543779,0.63383;STB=0.557831,0.993544;STBP=0.38,0.173;TYPE=del,mnp;VARB=-0.017794,0.0473673;OID=.,.;OPOS=58870088,58870089;OREF=G,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGA,TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455556,0.0111111:36,4:91:41,1:90:48:17,1:24,0:15:33:99:48:13,4:23,0:15:33 chr19 58879965 . A G 74.34 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.919;QD=37.1698;RBI=0.0503404;REFB=0;REVB=-0.0338646;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112856;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:1:7:0:0 chr19 58879976 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.032;QD=40.7612;RBI=0.160527;REFB=0;REVB=0.105158;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.004465;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr19 58880184 . T C 322.18 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0288902;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.824;QD=13.8573;RBI=0.0301086;REFB=-0.00890267;REVB=-0.0084785;RO=58;SAF=11;SAR=25;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340769;STB=0.689756;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0221568;OID=.;OPOS=58880184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:58:57:36:36:0.387097:25:11:36:22:25:11:35:22 chr19 58880242 . T C 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00634361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.32;QD=13.9777;RBI=0.00658837;REFB=-0.00263782;REVB=0.00177908;RO=52;SAF=9;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280221;STB=0.672623;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.002749;OID=.;OPOS=58880242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:54:35:35:0.393258:26:9:26:26:26:9:28:26 chr19 58904396 . G A 336.31 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0252525;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.17;QD=21.6976;RBI=0.0507;REFB=-0.00830768;REVB=0.0439636;RO=28;SAF=24;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060113;STB=0.533313;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00941309;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:28:28:34:34:0.548387:10:24:18:10:10:24:18:10 chr19 58945961 . AC A,AA,AT 347.21 PASS AF=0.222222,0.148148,0.62963;AO=5,4,15;DP=26;FAO=6,4,17;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,6;FSAR=5,4,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185067,0.0287041,0.0172535;FXX=0.0357015;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=66.7415,57.2652,70.2837;QD=51.4387;RBI=0.0206487,0.077945,0.0278895;REFB=0,0,0;REVB=0.00915819,0.0724672,0.0219122;RO=0;SAF=1,0,6;SAR=4,4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00651246,0.00909527,0.00399738;OID=.,.,.;OPOS=58945962,58945962,58945962;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.222222,0.148148,0.62963:5,4,15:26:6,4,17:27:0:1,0,6:5,4,11:0:0:23:0:1,0,6:4,4,9:0:0 chr19 58951123 . T C 406.82 PASS AF=0.451613;AO=40;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0166692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.67;QD=17.4974;RBI=0.0184755;REFB=-0.0183017;REVB=0.0079675;RO=51;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132075;STB=0.559112;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0222573;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:40:42:0.451613:19:21:20:31:21:21:20:31 chr19 58966349 . TC T 32.32 PASS AF=0.4;AO=4;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0999529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2728;QD=8.61773;RBI=0.149155;REFB=-0.0721478;REVB=0.110709;RO=9;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.738373;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.131851;OID=.;OPOS=58966350;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:4:15:6:15:9:5:1:3:6:32:9:4:0:3:6 chr19 58967760 . C T 38.53 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0174366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8057;QD=11.0091;RBI=0.0198594;REFB=-0.0316538;REVB=-0.00950582;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264432;STB=0.66603;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0321167;OID=.;OPOS=58967760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:3:5:5:1:3:5 chr19 58982044 . C T 216.42 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0186354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4643;QD=17.3136;RBI=0.0228507;REFB=0.00311629;REVB=-0.0132241;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884366;STB=0.53157;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.004651;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:28:22:22:0.44:13:9:10:15:13:9:13:15 chr19 58982384 . A G 965.36 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.197;QD=57.6332;RBI=0.0424876;REFB=0;REVB=0.0218749;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04928e-06;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:59:67:1:37:22:0:0:39:28:0:0 chr19 58982386 . A G 34.91 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0543751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.3374;QD=2.05326;RBI=0.0549351;REFB=-0.0210841;REVB=0.0078234;RO=60;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417463;STB=0.800684;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.165644;OID=.;OPOS=58982386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:68:68:60:60:8:8:0.117647:2:6:23:37:2:6:23:37 chr19 58989495 . A C 84.71 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0447783;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.99;QD=19.9312;RBI=0.0485614;REFB=-0.016035;REVB=0.0187912;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207621;STB=0.620002;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0198915;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:3:4:3:7:3:4 chr19 59059729 . G A 497.81 PASS AF=0.52;AO=46;DP=94;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0602005;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4893;QD=19.9123;RBI=0.0954544;REFB=-0.0405665;REVB=0.0740773;RO=46;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396939;STB=0.540943;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.02334;OID=.;OPOS=59059729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:46:48:46:52:0.52:21:25:27:19:25:27:29:19 chr20 76962 . T C 376.92 PASS AF=0.487805;AO=37;DP=79;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0681286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.201;QD=18.3864;RBI=0.0718895;REFB=-0.0770179;REVB=0.0229477;RO=42;SAF=27;SAR=10;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101354;STB=0.50806;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0714185;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:42:42:37:40:0.487805:10:27:31:11:10:30:31:11 chr20 126310 . ACC A 238.22 PASS AF=0.425532;AO=33;DP=92;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0276916;FXX=0.0208312;HRUN=5;LEN=2;MLLD=32.3566;QD=10.1368;RBI=0.0849267;REFB=0.0190387;REVB=0.0802852;RO=44;SAF=10;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255894;STB=0.579024;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=-0.017299;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:33:92:40:94:54:14:26:26:28:99:44:10:23:24:20 chr20 139456 . G A 487.09 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739631;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1287;QD=59.0406;RBI=0.0741038;REFB=0;REVB=-0.00456323;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165315;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr20 139576 . C A 759.46 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8779;QD=63.2886;RBI=0.0457383;REFB=0;REVB=0.0299653;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08953e-05;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:41:48:1:29:12:0:0:30:18:0:0 chr20 170198 . T C 237.16 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0030996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.112;QD=19.7631;RBI=0.0214927;REFB=-0.0117892;REVB=0.021268;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281747;STB=0.666528;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0163943;OID=.;OPOS=170198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:14:9:17:7:14:9:18:7 chr20 210061 . G A 181.11 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0501464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.922;QD=11.3197;RBI=0.0503247;REFB=-0.0160764;REVB=-0.00423272;RO=41;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122832;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179236;OID=.;OPOS=210061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:14:9:16:25:14:9:16:25 chr20 210306 . C G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0182407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.03;QD=10.3788;RBI=0.0218636;REFB=-0.0121319;REVB=-0.0120538;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18252;STB=0.610858;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0457612;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:8:8:3:6:8:8 chr20 238435 . CTGGTCT C 164.08 PASS AF=0.375;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.00792015;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=290.034;QD=13.6737;RBI=0.0168988;REFB=-0.0144497;REVB=0.0149279;RO=28;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277402;STB=0.518053;STBP=0.921;TYPE=del;VARB=0.0268017;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:17:48:18:48:30:2:16:3:27:99:28:2:15:3:25 chr20 256727 . T A 257.65 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0282456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.332;QD=19.819;RBI=0.0471192;REFB=-0.0109772;REVB=0.0377148;RO=23;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200936;STB=0.51514;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0121643;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:25:27:27:0.519231:10:17:15:8:10:17:15:10 chr20 257733 . A G 166.36 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0159311;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.424;QD=20.1653;RBI=0.0167489;REFB=-0.0112183;REVB=-0.00516977;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978135;STB=0.510626;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00630389;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:18:16:17:17:0.515152:5:12:11:7:5:12:11:5 chr20 259956 . C A 1047.76 PASS AF=0.450413;AO=109;DP=242;FAO=109;FDP=242;FR=.;FRO=133;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=48;FSRR=85;FWDB=-0.0131481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.087;QD=17.3183;RBI=0.0286028;REFB=-0.0360736;REVB=0.0254018;RO=132;SAF=35;SAR=74;SRF=47;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038971;STB=0.524639;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0313459;OID=.;OPOS=259956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:132:133:109:109:0.450413:74:35:47:85:74:35:48:85 chr20 259969 . G C 883.42 PASS AF=0.463054;AO=92;DP=202;FAO=94;FDP=203;FR=.;FRO=109;FSAF=22;FSAR=72;FSRF=37;FSRR=72;FWDB=-0.0153805;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.641;QD=17.4072;RBI=0.015408;REFB=-0.0235113;REVB=-0.00092133;RO=108;SAF=21;SAR=71;SRF=36;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132862;STB=0.572799;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0191297;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:108:109:92:94:0.463054:71:21:36:72:72:22:37:72 chr20 279483 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.474;QD=52.613;RBI=0.0415775;REFB=0;REVB=0.0220153;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250026;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr20 279774 . A C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00308055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.112;QD=22.6785;RBI=0.00711481;REFB=0.00180485;REVB=0.00641333;RO=3;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241598;STB=0.63132;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000205539;OID=.;OPOS=279774;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:3:5:10:10:0.666667:6:4:3:0:6:4:4:1 chr20 371972 . T C 1252.8 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.322;QD=61.1124;RBI=0.0341104;REFB=0;REVB=-0.0339096;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511275;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:30:50:0:0:31:51:0:0 chr20 372013 . A AC,C 66.56 PASS AF=0.193878,0;AO=19,8;DP=102;FAO=19,0;FDP=98;FR=.;FRO=79;FSAF=9,0;FSAR=10,0;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0421245,-0.105841;FXX=0.048539;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=20.7105,40.4314;QD=2.71685;RBI=0.0442135,0.12033;REFB=-0.055397,-0.0225313;REVB=0.01343,-0.0572444;RO=73;SAF=14,3;SAR=5,5;SRF=36;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.317101,-0.137286;STB=0.526288,0.5;STBP=0.822,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.213362,0.0445816;OID=.,.;OPOS=372014,372013;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:102:98:73:79:19,8:19,0:0.193878,0:5,5:14,3:36:37:10,0:9,0:40:39 chr20 376857 . G A 1030.28 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.582;QD=58.873;RBI=0.0928729;REFB=0;REVB=0.089778;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152892;OID=.;OPOS=376857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:64:70:1:26:38:0:0:32:38:0:0 chr20 377226 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00054887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.737;QD=46.848;RBI=0.0145426;REFB=0;REVB=0.0145322;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78135e-05;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr20 464616 . C T 164.37 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.016346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.938;QD=13.6971;RBI=0.0357092;REFB=-0.0115256;REVB=0.0317483;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616006;STB=0.535676;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0132406;OID=.;OPOS=464616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:5:13:23:7:5:13:23:7 chr20 464702 . G A 48.83 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00954746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.493;QD=3.98618;RBI=0.0151779;REFB=-0.00879481;REVB=-0.0117989;RO=41;SAF=7;SAR=1;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517609;STB=0.860022;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0845586;OID=.;OPOS=464702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:49:41:41:8:8:0.163265:1:7:19:22:1:7:19:22 chr20 585254 . AGGGGGG AGGGGG,AGGGGGC 321.83 PASS AF=0.423645,0.0640394;AO=66,13;DP=210;FAO=86,13;FDP=203;FR=.;FRO=104;FSAF=52,12;FSAR=34,1;FSRF=30;FSRR=74;FWDB=-0.199377,-0.0626995;FXX=0.0379129;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.2987,24.9787;QD=6.34146;RBI=0.246287,0.121315;REFB=-0.106912,-0.0570366;REVB=0.144588,0.103856;RO=92;SAF=48,13;SAR=18,0;SRF=21;SRR=71;SSEN=0,0;SSEP=0.403509,0;SSSB=0.493824,0.78233;STB=0.668216,0.954893;STBP=0,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.0603767,0.130852;OID=.,.;OPOS=585255,585260;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423645,0.0640394:66,13:210:86,13:203:104:52,12:34,1:30:74:99:92:48,13:18,0:21:71 chr20 590542 . CG GC 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421759;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.028;QD=37.4885;RBI=0.0462984;REFB=0;REVB=-0.019098;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00323801;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr20 642650 . G C 90.3 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0506894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6997;QD=16.4187;RBI=0.0538856;REFB=0.0179529;REVB=-0.0182822;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446081;STB=0.753448;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0178123;OID=.;OPOS=642650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:10:1:7:4:10:1 chr20 741847 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0101281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.05;QD=21.2928;RBI=0.0583568;REFB=-0.00973669;REVB=-0.0574712;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036776;STB=0.520644;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0075157;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:10:15:14:11:10:15:14:11 chr20 744570 . G A 1962.07 PASS AF=0.915584;AO=139;DP=153;FAO=141;FDP=154;FR=.;FRO=13;FSAF=86;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00710261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.126;QD=50.9629;RBI=0.0329523;REFB=-0.231369;REVB=0.0321778;RO=3;SAF=85;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233192;STB=0.533138;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00228471;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:153:154:3:13:139:141:0.915584:54:85:2:1:55:86:3:10 chr20 825678 . T C 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5981;QD=60.5996;RBI=0.0370057;REFB=0;REVB=0.0296229;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08617e-05;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr20 826513 . C G 316.24 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00413685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3283;QD=15.059;RBI=0.0204977;REFB=0.000543905;REVB=-0.020076;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179279;STB=0.605422;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00105678;OID=.;OPOS=826513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:35:35:0.416667:18:17:15:33:18:17:15:34 chr20 826666 . G T 301.75 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00345454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.141;QD=25.1455;RBI=0.00530398;REFB=-0.0120217;REVB=0.00402472;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582875;STB=0.502317;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0107484;OID=.;OPOS=826666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:21:27:27:0.5625:14:13:9:10:14:13:10:11 chr20 853433 . GTT GGT,GT,GTG 416.08 PASS AF=0.0645161,0.935484,0;AO=4,6,17;DP=31;FAO=2,29,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21,0;FSAR=1,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.176468,-0.179646,-0.547486;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.90959,22.7209,16.6964;QD=53.688;RBI=0.229742,0.197564,0.556727;REFB=0,0,0;REVB=-0.147106,-0.0822124,0.101014;RO=0;SAF=2,2,17;SAR=2,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.0182427,-0.00556269,0;OID=.,.,.;OPOS=853434,853434,853435;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGT,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0645161,0.935484,0:4,6,17:31:2,29,0:31:0:1,21,0:1,8,0:0:0:8:0:2,2,17:2,4,0:0:0 chr20 854940 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0618754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6189;QD=14.2617;RBI=0.0619344;REFB=0.0116681;REVB=0.00270195;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145928;STB=0.532217;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.019509;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:4:12:17:6:4:12:17:7 chr20 896790 . T A 269.49 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0283821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.916;QD=18.9118;RBI=0.0285566;REFB=-0.0336841;REVB=0.00315264;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528766;STB=0.514276;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0381854;OID=.;OPOS=896790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:20:9:7:20:20:9:8:20 chr20 1099523 . T G 869.46 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195261;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.871;QD=57.9638;RBI=0.0309323;REFB=0;REVB=0.0239903;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50212e-05;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:58:60:1:38:20:0:0:39:21:0:0 chr20 1210647 . T C 170.86 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0480811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.2339;QD=13.401;RBI=0.0567316;REFB=-0.000279433;REVB=0.0301112;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273629;STB=0.691259;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000537044;OID=.;OPOS=1210647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:19:20:0.392157:10:9:22:8:11:9:24:7 chr20 1214814 . A C 113.96 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0628267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8614;QD=10.1299;RBI=0.0671836;REFB=-0.034546;REVB=-0.0238001;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152128;STB=0.501728;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0738389;OID=.;OPOS=1214814;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:31:14:14:0.311111:5:9:19:10:5:9:20:11 chr20 1221038 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0152233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.405;QD=22.5344;RBI=0.016412;REFB=-0.0241446;REVB=0.00613212;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106918;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0228968;OID=.;OPOS=1221038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:11:15:19:19:0.558824:9:10:4:7:9:10:7:8 chr20 1285933 . G A 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00635394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.791;QD=22.9114;RBI=0.0188063;REFB=-0.00444137;REVB=0.0177004;RO=29;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432887;STB=0.531234;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00366938;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:18:21:14:15:18:21:14:16 chr20 1291076 . G C 1113.36 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.403;QD=60.1816;RBI=0.0770582;REFB=0;REVB=0.0191234;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99597e-05;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:1:0:69:74:1:30:39:1:0:30:44:0:0 chr20 1293008 . C T 1293.34 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.421;QD=59.464;RBI=0.031461;REFB=-0.0482567;REVB=0.0196732;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504817;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00026049;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:0:2:85:85:0.977011:58:27:0:0:58:27:1:1 chr20 1294002 . C T 74.54 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.492;QD=22.9354;RBI=0.109416;REFB=-0.131222;REVB=0.109416;RO=4;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0389587;OID=.;OPOS=1294002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:9:0:0:4:9:0:0:4 chr20 1298794 . G A 523.81 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175569;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.203;QD=59.8637;RBI=0.00647361;REFB=0;REVB=0.00623098;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06528e-05;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr20 1424303 . G A 708.47 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.353;QD=62.975;RBI=0.017345;REFB=0;REVB=-0.00397534;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33762e-05;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr20 1426393 . C T 2330.3 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.352;QD=63.8439;RBI=0.071799;REFB=0;REVB=-0.00962418;RO=0;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140446;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:81:64:0:0:82:64:0:0 chr20 1457910 . C A 1302.0 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.027;QD=62.0002;RBI=0.0255615;REFB=0;REVB=-0.00334843;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10894e-05;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:43:41:0:0 chr20 1459060 . T G 768.6 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233398;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8524;QD=64.0503;RBI=0.0486625;REFB=0;REVB=0.0427;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031281;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr20 1532595 . T C 1268.15 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00249657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.464;QD=60.388;RBI=0.00764278;REFB=-0.0751429;REVB=0.00722352;RO=1;SAF=27;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083837;STB=0.504424;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000229381;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:56:27:0:1:56:27:0:1 chr20 1546911 . C G 422.54 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.579;QD=56.3389;RBI=0.0461671;REFB=0;REVB=0.0429414;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109287;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:16:14:0:0 chr20 1551485 . C T 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.998;QD=62.6625;RBI=0.022196;REFB=0;REVB=0.0166508;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77e-05;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr20 1552430 . T C 4155.77 PASS AF=1;AO=265;DP=266;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110122;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.927;QD=62.7286;RBI=0.0196162;REFB=0;REVB=0.0162336;RO=0;SAF=121;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87208e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27668e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:265:0:0:265:265:1:144:121:0:0:144:121:0:0 chr20 1559101 . T G 5028.21 PASS AF=0.990769;AO=322;DP=325;FAO=322;FDP=325;FR=.;FRO=3;FSAF=169;FSAR=153;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00988556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.007;QD=61.8856;RBI=0.0195809;REFB=-0.0770491;REVB=0.0169023;RO=2;SAF=169;SAR=153;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00561145;STB=0.504399;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000229943;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:325:325:2:3:322:322:0.990769:153:169:2:0:153:169:3:0 chr20 1592152 . AGG GAC 49.37 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914441;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=82.0564;QD=32.9117;RBI=0.0989553;REFB=0;REVB=0.037817;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00570075;OID=.;OPOS=1592152;OREF=AGG;OALT=GAC;OMAPALT=GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:2:4:0:0 chr20 1592175 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.51;QD=43.4862;RBI=0.025919;REFB=0;REVB=0.0225965;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82105e-05;OID=.;OPOS=1592175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr20 1592193 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.346;QD=49.5992;RBI=0.0263885;REFB=0;REVB=0.0249407;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45992e-05;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr20 1592215 . C G 279.48 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.617;QD=48.6048;RBI=0.0822825;REFB=-0.0817333;REVB=0.0794349;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00753542;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr20 1592265 . A G 471.5 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.174;QD=55.471;RBI=0.0244295;REFB=-0.0602526;REVB=0.0204692;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0102508;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:33:33:0.970588:22:11:0:0:22:11:1:0 chr20 1592284 . G A 477.84 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.03;QD=57.92;RBI=0.049943;REFB=0;REVB=0.0322767;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477898;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr20 1592312 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.36;QD=52.6117;RBI=0.0591484;REFB=0;REVB=0.0115863;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747152;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr20 1592343 . T C 69.25 PASS AF=0.888889;AO=9;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.546;QD=30.7795;RBI=0.0237424;REFB=0.00920439;REVB=0.013107;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0118511;OID=.;OPOS=1592343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:9:8:0.888889:7:2:0:0:6:2:0:1 chr20 1610894 . G A 296.37 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.838;QD=49.3951;RBI=0.0160905;REFB=-0.0993768;REVB=0.00210352;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000541122;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:1:0:14:9:1:0 chr20 1610939 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.283;QD=54.5177;RBI=0.00374968;REFB=0;REVB=-6.21536e-05;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35066e-05;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr20 1615959 . T C 1098.03 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7948;QD=60.1661;RBI=0.0343516;REFB=0;REVB=0.0313156;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147488;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:72:73:1:31:41:1:0:31:42:0:0 chr20 1616137 . G A 2299.1 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753669;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2427;QD=63.8639;RBI=0.0877593;REFB=0;REVB=-0.0449614;RO=0;SAF=67;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030165;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:76:67:0:0:76:68:0:0 chr20 1616206 . A C,G 1538.61 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=4,92;DP=97;FAO=6,93;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=3,37;FSAR=3,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611253,-0.0207674;FXX=0.009999;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.814,153.025;QD=62.1662;RBI=0.0100409,0.0209315;REFB=0,0;REVB=0.00796591,-0.00261581;RO=0;SAF=3,37;SAR=1,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.067337,-0.00688183;OID=.,.;OPOS=1616206,1616206;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:97:99:0:0:4,92:6,93:0.0606061,0.939394:1,55:3,37:0:0:3,56:3,37:0:0 chr20 1616892 . A G 2315.29 PASS AF=1;AO=150;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.307;QD=60.1373;RBI=0.0304929;REFB=0;REVB=-0.0105586;RO=0;SAF=73;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594393;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:150:154:1:77:73:0:0:80:74:0:0 chr20 1895889 . G C 118.76 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.040722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2881;QD=33.9321;RBI=0.101914;REFB=-0.077689;REVB=0.0934247;RO=2;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471732;STB=0.526271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0179924;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:4:8:1:1:4:8:1:1 chr20 1895950 . CCT GTC 238.66 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574012;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=143.652;QD=50.2439;RBI=0.0594927;REFB=0;REVB=0.0156359;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000552655;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:5:12:0:0:6:13:0:0 chr20 1895963 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.895;QD=56.1887;RBI=0.0148836;REFB=0;REVB=0.0147795;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5236e-05;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr20 1895965 . C A 376.5 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.581;QD=53.7862;RBI=0.177566;REFB=0;REVB=0.140503;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0082022;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr20 1895984 . C A 536.36 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0273135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.094;QD=55.0115;RBI=0.0286044;REFB=-0.0497297;REVB=-0.00849602;RO=2;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777959;STB=0.541644;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000758592;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:11:26:0:2:11:26:0:2 chr20 1895990 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.855;QD=62.671;RBI=0.00976936;REFB=0;REVB=-0.00542869;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60768e-06;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr20 1896051 . CCGA C,CTGA 686.89 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=43,2;DP=46;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000933673,-0.000591853;FXX=0.039208;HRUN=4,4;LEN=3,1;MLLD=202.69,45.4892;QD=56.0728;RBI=0.0215563,0.000683502;REFB=0,0;REVB=0.0215361,0.000341884;RO=0;SAF=32,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471,0;SSEP=0,0;SSSB=3.61286e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00052287,0.0272796;OID=.,.;OPOS=1896052,1896052;OREF=CGA,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959184,0.0408163:43,2:46:47,2:49:0:33,1:14,1:0:0:7:0:32,1:11,1:0:0 chr20 1896059 . GT AC 702.1 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114948;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.467;QD=57.3145;RBI=0.00363847;REFB=0;REVB=0.00345213;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.33849e-06;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr20 1896100 . C T 774.6 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0414;QD=56.3342;RBI=0.0585569;REFB=0;REVB=0.0552866;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510461;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:21:34:0:0 chr20 1959939 . G A 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.771;QD=60.5818;RBI=0.0146233;REFB=-0.0544565;REVB=0.00617218;RO=1;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823877;STB=0.504347;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000189404;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:57:27:0:1:57:27:0:1 chr20 2082732 . C G 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0151097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3451;QD=11.9522;RBI=0.02619;REFB=-0.0239511;REVB=0.021392;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409206;STB=0.740214;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0350526;OID=.;OPOS=2082732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:9:2:5:3:9:2 chr20 2097688 . T C 371.01 PASS AF=0.527778;AO=36;DP=70;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00699002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.455;QD=20.6115;RBI=0.00699003;REFB=-0.0223731;REVB=-8.86008e-06;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112363;STB=0.565182;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0148449;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:33:34:36:38:0.527778:12:24:18:15:12:26:19:15 chr20 2127684 . C T 2723.65 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00830118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4259;QD=62.2548;RBI=0.0101173;REFB=0;REVB=0.00578354;RO=0;SAF=87;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301044;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:87:87:0:0:88:87:0:0 chr20 2127930 . C T 744.69 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5337;QD=60.791;RBI=0.127809;REFB=0;REVB=0.0994413;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386008;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:1:0:44:49:1:27:17:0:1:29:20:0:0 chr20 2290333 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.346;QD=57.2025;RBI=0.0348814;REFB=0;REVB=0.0213897;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37121e-05;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr20 2321105 . G C 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0136321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.692;QD=18.6165;RBI=0.0275616;REFB=-0.00173166;REVB=-0.0239543;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990423;STB=0.560946;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00162157;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:18:23:20:24:18:23:20:25 chr20 2398017 . G A 512.48 PASS AF=0.459677;AO=52;DP=120;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00264791;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.596;QD=16.5316;RBI=0.00871187;REFB=-0.0282666;REVB=0.00829971;RO=63;SAF=33;SAR=19;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248481;STB=0.602323;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0409068;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:63:67:52:57:0.459677:19:33:24:39:24:33:26:41 chr20 2539387 . G A 775.28 PASS AF=1;AO=41;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8847;QD=57.4284;RBI=0.232624;REFB=0;REVB=0.223799;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368592;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:41:54:1:28:13:0:0:41:13:0:0 chr20 2559795 . T C 203.13 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0112767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1027;QD=21.9597;RBI=0.0327814;REFB=0.00630554;REVB=0.0307807;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124868;STB=0.558679;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00504259;OID=.;OPOS=2559795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:7:13:8:8:7:13:9:8 chr20 2591232 . C T 244.98 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0123609;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.389;QD=17.4983;RBI=0.0153722;REFB=-0.00891235;REVB=-0.00913854;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042321;STB=0.523792;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0101146;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:12:17:17:10:12:17 chr20 2593863 . T C 375.21 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00383347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.688;QD=18.7606;RBI=0.0181379;REFB=0.00274554;REVB=-0.0177281;RO=41;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415841;STB=0.502315;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00282908;OID=.;OPOS=2593863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:16:23:24:17:16:23:24:17 chr20 2618140 . T C 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.518;QD=58.6455;RBI=0.0159954;REFB=0.0473924;REVB=0.0123173;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000225425;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:1:0:17:23:1:0 chr20 2621998 . T C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.011954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.896;QD=25.2555;RBI=0.0151124;REFB=-0.0101888;REVB=-0.00924591;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216974;STB=0.620554;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00340216;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:8:9:2:8:8:9:2:8 chr20 2633936 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.586;QD=57.235;RBI=0.0698563;REFB=0;REVB=-0.0563721;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03212e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr20 2637071 . T C 65.3 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00641526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.298;QD=12.4385;RBI=0.0155988;REFB=-0.00964972;REVB=-0.0142185;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284261;STB=0.624732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0142844;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:20:21:12:12:8:9:0.428571:5:3:8:4:5:4:8:4 chr20 2644407 . C G 464.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4831;QD=58.1157;RBI=0.0572048;REFB=0;REVB=-0.0478948;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154551;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr20 2739583 . T C 286.05 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.03323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8575;QD=20.4319;RBI=0.0346564;REFB=-0.0212153;REVB=-0.00984061;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882131;STB=0.54901;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0179489;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:14:12:17:13:14:12 chr20 2797015 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00189141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.813;QD=7.79731;RBI=0.00577777;REFB=-0.01011;REVB=-0.00545941;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185999;STB=0.511602;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0238331;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:15:8:3:6:15:8 chr20 2945759 . C T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00702875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.503;QD=17.9557;RBI=0.0111861;REFB=-0.00217026;REVB=0.00870204;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279432;STB=0.660802;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00284056;OID=.;OPOS=2945759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:9:8:12:4:9:8 chr20 2996497 . C T 121.55 PASS AF=0.4375;AO=11;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00385971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.762;QD=15.1939;RBI=0.00394635;REFB=-0.0148755;REVB=0.000822342;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336685;STB=0.631397;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0242515;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:12:18:11:14:0.4375:7:4:9:3:8:6:12:6 chr20 3193842 . C A 227.81 PASS AF=0.488889;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0141642;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8188;QD=20.2496;RBI=0.025064;REFB=0.00588956;REVB=0.020678;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455429;STB=0.709873;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00867889;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:20:22:0.488889:5:15:6:17:7:15:6:17 chr20 3193978 . G A 375.81 PASS AF=0.525641;AO=39;DP=75;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0252086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.8008;QD=19.2722;RBI=0.069514;REFB=-0.00330713;REVB=0.0647821;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223805;STB=0.635296;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0111365;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:36:37:39:41:0.525641:18:21:10:26:18:23:10:27 chr20 3204084 . G A 644.58 PASS AF=0.461538;AO=65;DP=142;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0156118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.016;QD=18.0301;RBI=0.0185466;REFB=-0.0152593;REVB=0.0100124;RO=77;SAF=37;SAR=28;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281524;STB=0.511969;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0226293;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:77:77:65:66:0.461538:28:37:46:31:28:38:46:31 chr20 3210082 . A AG 32.33 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.268083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6535;QD=7.18375;RBI=0.270355;REFB=-0.070859;REVB=-0.0349795;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06903;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=ins;VARB=0.126119;OID=.;OPOS=3210083;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:5:19:7:18:11:3:4:5:6:32:13:2:3:6:7 chr20 3214819 . T G 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.563;QD=60.5871;RBI=0.0334514;REFB=0;REVB=0.0216916;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116349;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr20 3214895 . C T 222.95 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.013821;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0751;QD=24.1031;RBI=0.0339157;REFB=-0.024147;REVB=-0.0309719;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18765;STB=0.60557;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0132774;OID=.;OPOS=3214895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:16:16:21:21:0.567568:16:5:7:9:16:5:7:9 chr20 3218634 . G C 639.33 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0375623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9497;QD=59.4725;RBI=0.0536917;REFB=-0.118407;REVB=-0.0383649;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00321616;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:0:1:23:19:0:1 chr20 3231134 . C T 937.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.16;QD=58.5951;RBI=0.0199832;REFB=0;REVB=-0.0163662;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09967e-06;OID=.;OPOS=3231134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr20 3285126 . A T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.000889058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.206;QD=12.869;RBI=0.025303;REFB=-0.00935055;REVB=-0.0252874;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146881;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0149889;OID=.;OPOS=3285126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:5:11:6:5:5:11 chr20 3285140 . T C 375.48 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9135;QD=55.6262;RBI=0.0292264;REFB=0;REVB=0.0287179;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385267;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr20 3362033 . T C 69.33 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0022736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.183;QD=15.4062;RBI=0.0883956;REFB=-0.021948;REVB=0.0883663;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0191546;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:18:18:8:9:9:9:0.5:4:5:5:3:4:5:5:4 chr20 3564672 . C T 739.74 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00571571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.189;QD=54.7957;RBI=0.0395156;REFB=-0.137003;REVB=0.0391001;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000819277;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:33:20:0:0:33:20:1:0 chr20 3577008 . CTTTTTTC CTTTTT,CTTTTTC,CTTTTTCC,TCTTTTTC 110.73 PASS AF=0.459459,0,0,0;AO=7,4,3,2;DP=37;FAO=17,0,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7,0,0,0;FSAR=10,0,0,0;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.189985,0.271423,0.0933098,0.0888795;FXX=0.0263089;HRUN=6,6,6,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=18.1452,9.30377,12.2281,22.0874;QD=11.9709;RBI=0.248679,0.277252,0.236928,0.11548;REFB=-0.0755615,-0.0900976,-0.0147795,-0.0490878;REVB=0.160459,-0.0565551,-0.217781,-0.0737295;RO=13;SAF=4,0,2,0;SAR=3,4,1,2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.5,0.5,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0350874,-0.691137,0.144625,-0.569211;STB=0.521148,0.5,0.5,0.5;STBP=0.848,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.140653,0,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=3577014,3577009,3577014,3577008;OREF=TC,T,T,CT;OALT=-,-,C,TC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTC,CTTTTTCC,TCTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:20:7,4,3,2:17,0,0,0:0.459459,0,0,0:3,4,1,2:4,0,2,0:7:6:10,0,0,0:7,0,0,0:9:11 chr20 3628918 . T C 766.5 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.481;QD=63.8747;RBI=0.00457711;REFB=0;REVB=-0.00425401;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585561;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:24:24:0:0 chr20 3631518 . ACT A 169.19 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0243865;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.583;QD=10.4119;RBI=0.0245703;REFB=-0.0159865;REVB=-0.00299957;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1777;STB=0.584541;STBP=0.356;TYPE=del;VARB=0.0301659;OID=.;OPOS=3631519;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338462:21:66:22:65:43:11:11:16:27:99:41:11:10:15:26 chr20 3672836 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0106341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8833;QD=6.25001;RBI=0.0106742;REFB=-0.0171638;REVB=0.000924841;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489794;STB=0.819797;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0348874;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:10:7:5:1:10:7 chr20 3675333 . G A 735.9 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.826;QD=54.5113;RBI=0.1029;REFB=-0.132558;REVB=0.0967045;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.512816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0032944;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:53:53:0.981481:19:34:0:0:19:34:0:1 chr20 3675498 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.016;QD=53.9112;RBI=0.0144071;REFB=0;REVB=-0.0143683;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09049e-05;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr20 3677357 . T C 975.77 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0682;QD=58.2547;RBI=0.111472;REFB=0;REVB=-0.027914;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146349;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:42:23:0:0:42:25:0:0 chr20 3677736 . T G 463.52 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000660004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.659;QD=57.9404;RBI=0.0331934;REFB=0;REVB=0.0331868;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128553;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:16:16:0:0 chr20 3680106 . G A 166.04 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0211715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.89;QD=22.138;RBI=0.0448626;REFB=-0.0357702;REVB=0.0395528;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380752;STB=0.709479;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.032232;OID=.;OPOS=3680106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:13:0:8:9:13:0 chr20 3682010 . TG CA,TA 1516.34 PASS AF=0.0412371,0.958763;AO=4,92;DP=97;FAO=4,93;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=4,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191457,0.0182185;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=115.597,116.188;QD=62.5293;RBI=0.0198866,0.0392312;REFB=0,0;REVB=0.00537766,0.0347444;RO=0;SAF=0,42;SAR=4,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0614917,-0.000871567;OID=.,.;OPOS=3682010,3682011;OREF=TG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:97:97:0:0:4,92:4,93:0.0412371,0.958763:4,50:0,42:0:0:4,50:0,43:0:0 chr20 3682275 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.619;QD=42.1826;RBI=0.0261076;REFB=0;REVB=0.0234345;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2225e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr20 3684022 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0263117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.116;QD=9.56951;RBI=0.0362235;REFB=-0.00722354;REVB=-0.0248965;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0142505;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:6:9:5:3:6:9 chr20 3684729 . T C 62.72 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0203325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0784;QD=8.09325;RBI=0.0349679;REFB=0.00564645;REVB=-0.028449;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219511;STB=0.651833;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0717583;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:21:22:9:9:0.290323:3:6:10:11:3:6:10:12 chr20 3686436 . C T 1536.11 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358212;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.938;QD=64.0046;RBI=0.0422592;REFB=0;REVB=0.0224207;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32402e-05;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:44:52:0:0:44:52:0:0 chr20 3728939 . C T 65.51 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0459652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.326;QD=4.36701;RBI=0.0466626;REFB=-0.00426338;REVB=-0.00803743;RO=49;SAF=10;SAR=1;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606891;STB=0.902674;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0231723;OID=.;OPOS=3728939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:1:10:21:28:1:10:21:28 chr20 3784110 . C T 213.92 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00788046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.597;QD=20.8703;RBI=0.0084614;REFB=-0.0240146;REVB=0.00308119;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28595;STB=0.661604;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0235711;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:6:15:8:12:6:15:8:12 chr20 3838441 . C G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0838562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7519;QD=13.7266;RBI=0.0839001;REFB=0.0012152;REVB=0.00271314;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206741;STB=0.616877;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=1.64396e-06;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:9:27:14:11:9:27 chr20 3842984 . C T 201.79 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0391354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8573;QD=21.241;RBI=0.039182;REFB=-0.00110705;REVB=-0.0019103;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722218;STB=0.52629;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00103518;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:10:10:7:10:10:10:8:10 chr20 4053254 . A G 1641.95 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.502;QD=60.255;RBI=0.0156172;REFB=0;REVB=0.000233867;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49359e-06;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:54:54:0:0:54:55:0:0 chr20 4124037 . TACACACACACACACACAC T,TAC 154.11 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=2,10;DP=16;FAO=2,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003524,0.0163845;FXX=0.187383;HRUN=1,1;LEN=18,16;MLLD=260.833,399.61;QD=47.4186;RBI=0.00710952,0.0250199;REFB=0,0;REVB=-0.00617468,0.0189088;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0352083,-0.00167151;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACACAC,ACACACACACACACAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:2,10:16:2,11:13:0:2,6:0,5:0:0:11:0:2,6:0,4:0:0 chr20 4163302 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00542067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.18;QD=13.4557;RBI=0.0141251;REFB=-0.0505145;REVB=-0.0130436;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186214;STB=0.607823;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.076083;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:12:3:4:7:12:3 chr20 4164283 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.026762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.457;QD=14.6683;RBI=0.0339017;REFB=-0.0020108;REVB=-0.0208115;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062728;STB=0.535685;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00523215;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:18:14:12:12:18:14 chr20 4705756 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0196606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1255;QD=16.8228;RBI=0.0413742;REFB=-0.0194567;REVB=0.0364044;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258094;STB=0.650752;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0100976;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:4:1:4:3:4:1 chr20 4705865 . T C 232.01 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00153035;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.655;QD=16.5722;RBI=0.0112183;REFB=-0.0295015;REVB=0.0111134;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214652;STB=0.642756;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0284238;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:32:30:26:26:0.464286:13:13:23:9:13:13:23:7 chr20 4706310 . T C 196.79 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00776503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3849;QD=12.904;RBI=0.0611202;REFB=-0.00557908;REVB=0.060625;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714019;STB=0.54095;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0109302;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:12:12:16:21:12:12:16:21 chr20 4707388 . G T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0103897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.129;QD=23.3816;RBI=0.0105354;REFB=-0.0284125;REVB=0.00174618;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343481;STB=0.519211;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0190955;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:6:8:10:9:6:8 chr20 4708713 . T C 113.37 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253958;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3949;QD=37.7893;RBI=0.0262324;REFB=-0.139928;REVB=0.00657227;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00435054;OID=.;OPOS=4708713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:0:1:11:11:0.916667:4:7:0:0:4:7:0:1 chr20 4708778 . T C 207.71 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.463;QD=48.8719;RBI=0.0809226;REFB=0;REVB=-0.00254403;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304587;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:13:1:0:0:15:2:0:0 chr20 4708979 . T C 392.64 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.1512;QD=56.0917;RBI=0.0440858;REFB=0;REVB=0.043631;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321161;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr20 4713176 . A G 187.91 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0299801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.483;QD=20.3144;RBI=0.0302164;REFB=-0.0485332;REVB=-0.00377157;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148563;STB=0.592924;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0414882;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:18:19:0.513514:11:7:10:8:12:7:10:8 chr20 4762869 . G A 1320.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.726;QD=62.1607;RBI=0.0106351;REFB=0;REVB=0.0104563;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82951e-05;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr20 4764629 . G A 215.88 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0340974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8539;QD=15.1497;RBI=0.073917;REFB=-0.0239264;REVB=-0.0655827;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22892;STB=0.619547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.019307;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:11:14:10:21:11:14:11:21 chr20 4764682 . T C 214.28 PASS AF=0.511628;AO=19;DP=40;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0107183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.864;QD=19.9328;RBI=0.0169471;REFB=-0.014559;REVB=0.0131271;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665353;STB=0.507929;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0160412;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:19:21:19:22:0.511628:15:4:5:14:16:6:6:15 chr20 4834338 . C T 172.14 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0267007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7546;QD=26.4824;RBI=0.0355296;REFB=-0.00964945;REVB=-0.0234399;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527584;STB=0.529377;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00429373;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:8:9:4:5:8:9:4:5 chr20 4836440 . C T 188.56 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.000583364;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.674;QD=10.9313;RBI=0.00122299;REFB=-0.0040822;REVB=-0.0010749;RO=45;SAF=16;SAR=8;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276692;STB=0.516115;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00739413;OID=.;OPOS=4836440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:45:45:24:24:0.347826:8:16:29:16:8:16:29:16 chr20 4854682 . A G 288.39 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00203943;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.096;QD=16.7184;RBI=0.00211385;REFB=-0.01894;REVB=-0.000555989;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913281;STB=0.565177;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0280852;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:36:37:31:32:0.463768:16:15:14:22:16:16:14:23 chr20 5282719 . G T 344.38 PASS AF=0.474359;AO=35;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0191464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1878;QD=17.6605;RBI=0.075435;REFB=-0.0218304;REVB=0.0729648;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723135;STB=0.553222;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0297832;OID=.;OPOS=5282719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:41:35:37:0.474359:18:17:23:18:20:17:23:18 chr20 5282731 . G A 336.31 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0374848;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4094;QD=16.8153;RBI=0.0471099;REFB=-0.00732729;REVB=0.0285348;RO=43;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1375;STB=0.57109;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00319961;OID=.;OPOS=5282731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:21:15:24:19:21:15:24:20 chr20 5282850 . C T 246.73 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0133222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3316;QD=17.9442;RBI=0.0182993;REFB=-0.0146971;REVB=0.0125453;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811688;STB=0.545421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0127469;OID=.;OPOS=5282850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:10:18:15:12:10:18 chr20 5283256 . C G 695.81 PASS AF=0.978261;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7016;QD=60.505;RBI=0.0787838;REFB=-0.0462865;REVB=-0.0728672;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.507689;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000778834;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:46:45:0.978261:33:13:0:0:32:13:0:1 chr20 5283375 . CG CA,GC 139.86 PASS AF=0.555556,0;AO=13,2;DP=27;FAO=15,0;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=12,0;FSAR=3,0;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00510292,-0.00304589;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=196.162,160.484;QD=20.7202;RBI=0.0205505,0.0278623;REFB=-0.00698879,-0.00731391;REVB=-0.0199069,-0.0276953;RO=12;SAF=10,2;SAR=3,0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.262554,0.561268;STB=0.666419,0.5;STBP=0.102,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0066345,0;OID=.,.;OPOS=5283376,5283375;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:13,2:15,0:0.555556,0:3,0:10,2:6:6:3,0:12,0:6:6 chr20 5296488 . G C 404.39 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0471193;FXX=0.0202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8671;QD=16.676;RBI=0.0478119;REFB=-0.000183331;REVB=-0.00810833;RO=55;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058877;STB=0.533054;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.000583775;OID=.;OPOS=5296488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:22:20:23:32:22:20:23:32 chr20 5296549 . C T 161.36 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=34;FWDB=0.161273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0707;QD=11.7355;RBI=0.166427;REFB=-0.00613203;REVB=-0.0411003;RO=33;SAF=2;SAR=17;SRF=1;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281641;STB=0.714146;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00962677;OID=.;OPOS=5296549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:33:35:19:20:0.363636:17:2:1:32:16:4:1:34 chr20 5296651 . T G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0397594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.681;QD=16.8224;RBI=0.0462365;REFB=0.0166164;REVB=0.0236009;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763028;STB=0.545316;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0137313;OID=.;OPOS=5296651;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:1:4:6:1:1:4 chr20 5454286 . GC AC,G 129.4 PASS AF=0.421053,0.526316;AO=6,7;DP=17;FAO=8,10;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=3,8;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106566,0.296012;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=135.366,13.5282;QD=27.2419;RBI=0.0464321,0.298492;REFB=-0.0599283,-0.173831;REVB=-0.0451926,-0.0383974;RO=4;SAF=1,5;SAR=5,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0.349363;SSEP=0,0;SSSB=-0.443891,-0.0275654;STB=0.545344,0.599781;STBP=0.621,0.143;TYPE=snp,del;VARB=0.0647592,0.15996;OID=.,.;OPOS=5454286,5454287;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:58:17:19:4:1:6,7:8,10:0.421053,0.526316:5,2:1,5:3:1:5,2:3,8:0:1 chr20 5527291 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0323322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.529;QD=13.4865;RBI=0.0339012;REFB=-0.00969678;REVB=0.0101941;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.014478;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr20 5550862 . G A 481.67 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00207383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.928;QD=17.3573;RBI=0.00521111;REFB=-0.00372134;REVB=-0.00478068;RO=58;SAF=27;SAR=25;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672259;STB=0.532698;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00378;OID=.;OPOS=5550862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:52:52:0.468468:25:27:26:32:25:27:27:32 chr20 5556512 . G A 280.84 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00833607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.303;QD=15.3886;RBI=0.0104258;REFB=-0.018036;REVB=-0.00626151;RO=40;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979804;STB=0.538043;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.02727;OID=.;OPOS=5556512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:41:31:32:0.438356:14:17:18:22:15:17:19:22 chr20 5843812 . T C 125.29 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0212849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0478;QD=11.1364;RBI=0.0301015;REFB=-0.0341303;REVB=0.0212851;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115187;STB=0.522358;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0499509;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:30:14:15:0.333333:7:7:9:14:8:7:13:17 chr20 5903223 . G A 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00870369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.526;QD=5.21519;RBI=0.0169582;REFB=-0.00671294;REVB=0.0145542;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4812;STB=0.821684;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0425514;OID=.;OPOS=5903223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:12:9:5:1:12:9 chr20 5903485 . G A 217.89 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0376237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4825;QD=13.6183;RBI=0.0468152;REFB=-0.0108879;REVB=0.0278589;RO=38;SAF=5;SAR=21;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108481;STB=0.562449;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0163916;OID=.;OPOS=5903485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:21:5:10:28:21:5:10:28 chr20 5903517 . A G 740.83 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767805;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.619;QD=56.9867;RBI=0.0331104;REFB=0;REVB=0.0322078;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218344;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:40:12:0:0:40:12:0:0 chr20 5988095 . A G 1268.62 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0370605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.531;QD=60.4103;RBI=0.0409111;REFB=-0.111211;REVB=-0.0173273;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000207161;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:48:35:1:0:48:35:1:0 chr20 6064710 . A G 747.76 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.396;QD=53.4113;RBI=0.122874;REFB=0;REVB=0.121327;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130291;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:45:56:1:13:32:0:0:24:32:0:0 chr20 6064731 . C T 425.63 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=78;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00714971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1551;QD=21.5509;RBI=0.0304747;REFB=-0.0203872;REVB=0.0296241;RO=37;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133058;STB=0.566335;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0184813;OID=.;OPOS=6064731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:37:37:41:42:0.531646:23:18:22:15:23:19:22:15 chr20 6065729 . C T 367.55 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.426;QD=52.5066;RBI=0.150975;REFB=0;REVB=0.0952005;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0065229;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:26:28:1:5:21:0:0:6:22:0:0 chr20 6065731 . T C 307.63 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00583058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.351;QD=41.0179;RBI=0.0231941;REFB=0.0255633;REVB=-0.0224493;RO=5;SAF=20;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899278;STB=0.548978;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00035694;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:5:20:3:2:5:20:3:2 chr20 6088265 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1519;QD=16.6272;RBI=0.0129637;REFB=0.0072209;REVB=0.0129637;RO=14;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0123423;OID=.;OPOS=6088265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:13:0:0:14:13:0:0:14 chr20 6093177 . A G 491.57 PASS AF=0.777778;AO=42;DP=54;FAO=42;FDP=54;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00164087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.012;QD=36.4123;RBI=0.0117066;REFB=-0.0178859;REVB=-0.011591;RO=12;SAF=24;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299308;STB=0.516121;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00303709;OID=.;OPOS=6093177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:12:12:42:42:0.777778:18:24:6:6:18:24:6:6 chr20 6096632 . G A 273.63 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00181749;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.036;QD=30.4031;RBI=0.00493781;REFB=-0.0184879;REVB=0.00459115;RO=13;SAF=17;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269482;STB=0.660056;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0099878;OID=.;OPOS=6096632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:13:12:24:24:0.666667:7:17:4:9:7:17:3:9 chr20 6100088 . A G 395.2 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0037728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.093;QD=22.9102;RBI=0.0165667;REFB=-0.0104036;REVB=0.0161314;RO=30;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155166;STB=0.585322;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00630763;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:22:17:19:11:22:17:19:11 chr20 6751034 . A G 913.74 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.23;QD=58.0149;RBI=0.02503;REFB=0;REVB=0.0221499;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46574e-05;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:41:21:0:0:41:22:0:0 chr20 6759115 . A T 1077.45 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3044;QD=59.8582;RBI=0.030547;REFB=0;REVB=0.0301965;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017044;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:1:0:71:72:1:35:36:0:1:36:36:0:0 chr20 7863999 . C A 285.04 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00188097;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4809;QD=14.6172;RBI=0.0261457;REFB=-0.00379815;REVB=-0.026078;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047492;STB=0.517316;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0043101;OID=.;OPOS=7863999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:42:46:32:32:0.410256:19:13:19:23:19:13:20:26 chr20 7962707 . C A 880.24 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.592;QD=55.8881;RBI=0.0354853;REFB=-0.0439746;REVB=0.0339902;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00024041;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:35:26:0:1:36:26:0:1 chr20 7963039 . TCC TC,TCT,TGC 834.57 PASS AF=0.205882,0.779412,0.0147059;AO=15,41,4;DP=68;FAO=14,53,1;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=7,32,0;FSAR=7,21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701615,0.113327,-0.0187116;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=17.0298,28.0482,123.42;QD=49.0922;RBI=0.0852752,0.147362,0.0528169;REFB=0,0,0;REVB=-0.0484686,0.0941939,-0.0493913;RO=2;SAF=3,31,2;SAR=12,10,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0934623,0.0297458,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0449034,0.0268917,0.0289698;OID=.,.,.;OPOS=7963040,7963041,7963040;OREF=C,C,C;OALT=-,T,G;OMAPALT=TC,TCT,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.205882,0.779412,0.0147059:15,41,4:68:14,53,1:68:0:7,32,0:7,21,1:0:0:42:2:3,31,2:12,10,2:1:1 chr20 7963043 . G T 143.43 PASS AF=0.313433;AO=18;DP=62;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0769393;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.3351;QD=8.56316;RBI=0.0801847;REFB=-0.0453944;REVB=0.0225817;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358195;STB=0.71911;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0902641;OID=.;OPOS=7963043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:41:46:18:21:0.313433:10:8:31:10:13:8:33:13 chr20 7999642 . G A 1933.51 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4986;QD=61.8724;RBI=0.0196312;REFB=0;REVB=-0.00335628;RO=0;SAF=71;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31853e-05;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:54:71:0:0:54:71:0:0 chr20 8130943 . C T 239.64 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0259354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.299;QD=18.0861;RBI=0.0347138;REFB=-0.02728;REVB=0.0230738;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136531;STB=0.566423;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0187188;OID=.;OPOS=8130943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:12:14:10:16:12:14:11:16 chr20 8696907 . T G 601.42 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.00900804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.629;QD=16.9414;RBI=0.00922931;REFB=-0.0139964;REVB=-0.0020088;RO=78;SAF=38;SAR=25;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215545;STB=0.623188;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0198462;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:78:79:63:63:0.443662:25:38:30:48:25:38:30:49 chr20 8769180 . C T 167.61 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0891073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3362;QD=41.9033;RBI=0.101275;REFB=-0.141071;REVB=-0.0481303;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0136871;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr20 8865006 . C T 719.84 PASS AF=0.475;AO=76;DP=160;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0174973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.369;QD=17.9959;RBI=0.0297724;REFB=-0.00953257;REVB=-0.0240882;RO=80;SAF=36;SAR=40;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122564;STB=0.504949;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0108639;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:80:84:76:76:0.475:40:36:38:42:40:36:39:45 chr20 9288522 . G A 305.51 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00203225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.386;QD=17.7107;RBI=0.0346711;REFB=-0.0161667;REVB=0.0346115;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846987;STB=0.504048;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0151611;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:32:33:0.478261:18:14:15:20:19:14:15:21 chr20 9424810 . A C 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.044408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5258;QD=9.10904;RBI=0.0459097;REFB=-0.00247586;REVB=0.0116459;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34871;STB=0.749375;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0126158;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:14:16:8:8:0.333333:6:2:8:6:6:2:10:6 chr20 9424904 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00319276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.226;QD=11.257;RBI=0.00745943;REFB=-0.00296977;REVB=-0.00674162;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126983;STB=0.576728;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00358344;OID=.;OPOS=9424904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:6:6:5:3:6:6 chr20 9518685 . C T 162.42 PASS AF=0.328358;AO=16;DP=62;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00506646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.961;QD=9.69687;RBI=0.0150908;REFB=-0.00825107;REVB=0.0142149;RO=43;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546255;STB=0.567506;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0171342;OID=.;OPOS=9518685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:43:45:16:22:0.328358:6:10:25:18:12:10:25:20 chr20 9543622 . C T 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4682;QD=60.2226;RBI=0.0157033;REFB=0;REVB=0.0147922;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119723;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr20 9547018 . C G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.399;QD=58.2386;RBI=0.0479135;REFB=0;REVB=0.0185041;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113064;OID=.;OPOS=9547018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr20 10006682 . T A 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9061;QD=56.926;RBI=0.0411279;REFB=0;REVB=-0.0356203;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186906;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr20 10019093 . A G 769.71 PASS AF=1;AO=31;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.073;QD=57.0156;RBI=0.288205;REFB=0;REVB=0.28426;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202657;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:31:54:1:8:23:0:0:27:27:0:0 chr20 10386013 . C A 209.19 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00104166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.263;QD=11.6219;RBI=0.0631166;REFB=-0.0313233;REVB=0.063108;RO=46;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109388;STB=0.563256;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0449145;OID=.;OPOS=10386013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:11:15:22:24:11:15:22:24 chr20 10386059 . G A 143.05 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0150975;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5298;QD=8.05905;RBI=0.0331298;REFB=0.00843319;REVB=-0.0294899;RO=48;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133403;STB=0.575993;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0291451;OID=.;OPOS=10386059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:48:51:20:20:0.28169:13:7:22:26:13:7:23:28 chr20 10393629 . G A 127.18 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0214725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8605;QD=11.5618;RBI=0.0236333;REFB=-0.0119405;REVB=-0.00987245;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120148;STB=0.57821;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0266378;OID=.;OPOS=10393629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:14:15:0.340909:7:7:17:11:8:7:17:12 chr20 10619014 . A C 391.91 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.406;QD=52.2549;RBI=0.0313329;REFB=-0.144685;REVB=0.00996952;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00166335;OID=.;OPOS=10619014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:30:1:1:28:29:0.966667:18:10:1:0:19:10:1:0 chr20 10619659 . TAA TA,T,TTA 387.51 PASS AF=1,0,0;AO=44,8,3;DP=65;FAO=65,0,0;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0,0;FSAR=23,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544712,-0.0269048,-0.0254732;FXX=0.0151492;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=8.25615,9.11942,13.1251;QD=23.8467;RBI=0.0928005,0.0463224,0.0321703;REFB=0.0258435,0.0204796,-0.0388795;REVB=-0.075132,-0.0377081,-0.0196479;RO=6;SAF=30,5,1;SAR=14,3,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00391079,-0.032898,-0.317885;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00188786,-0.0317346,0.0705259;OID=.,.,.;OPOS=10619660,10619660,10619660;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,T,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:44,8,3:65:65,0,0:65:0:42,0,0:23,0,0:0:0:5:6:30,5,1:14,3,2:4:2 chr20 10620275 . G A 2059.05 PASS AF=1;AO=131;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9131;QD=61.009;RBI=0.128154;REFB=-0.122867;REVB=0.116705;RO=1;SAF=58;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292804;OID=.;OPOS=10620275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:0:131:135:1:73:58:1:0:76:59:0:0 chr20 10620386 . A G 838.03 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02279;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.336;QD=57.7951;RBI=0.0247691;REFB=0;REVB=-0.00970189;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181302;OID=.;OPOS=10620386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr20 10633237 . G A 274.17 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.014335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.042;QD=24.925;RBI=0.0184076;REFB=-0.0113878;REVB=0.0115476;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113987;STB=0.563058;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0101085;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:5:14:15:10:5:14 chr20 11790885 . C CTT 145.4 PASS AF=0.5;AO=17;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0233801;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=2;MLLD=37.0062;QD=13.8476;RBI=0.0589743;REFB=0.0103925;REVB=0.0541419;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=ins;VARB=-0.00968892;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:17:43:21:42:21:11:10:10:11:99:22:9:8:11:11 chr20 11791008 . C T 817.44 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8039;QD=57.3644;RBI=0.0761074;REFB=0;REVB=0.0319319;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637012;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr20 11907058 . C T 346.46 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0057212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.393;QD=26.6507;RBI=0.00573671;REFB=0.00951754;REVB=0.000421477;RO=19;SAF=8;SAR=25;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029482;STB=0.516119;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00453082;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:25:8:4:15:25:8:4:15 chr20 13029764 . A C 995.12 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0176071;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.514;QD=55.2844;RBI=0.0176087;REFB=-0.0956915;REVB=-0.000242022;RO=1;SAF=17;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02699;STB=0.504853;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.000649888;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:73:72:1:3:69:69:0.958333:52:17:1:0:52:17:1:2 chr20 13029790 . C T 549.0 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235341;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.127;QD=57.7895;RBI=0.0351114;REFB=-0.138114;REVB=0.0260568;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.519989;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000605097;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:25:12:1:0:25:12:1:0 chr20 13029862 . C T 519.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9988;QD=59.4086;RBI=0.0579434;REFB=0;REVB=0.0558078;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134295;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr20 13029920 . C G 775.05 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.675;QD=54.3894;RBI=0.0562654;REFB=-0.134996;REVB=0.0547391;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000285105;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:54:56:0.982456:27:27:0:1:28:28:0:1 chr20 13134768 . T C 211.13 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0383361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5759;QD=12.2392;RBI=0.0434759;REFB=-0.013369;REVB=0.020506;RO=42;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462228;STB=0.768707;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0267624;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:7:19:12:30:7:19:12:31 chr20 13695680 . C T 284.79 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0429724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1215;QD=15.3941;RBI=0.05049;REFB=0.0063632;REVB=-0.0265068;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091221;STB=0.505151;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0106005;OID=.;OPOS=13695680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:18:24:18:14:18:24 chr20 13740447 . CCTT C 118.5 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0128857;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=307.713;QD=13.1664;RBI=0.0295137;REFB=-0.0013007;REVB=-0.0265522;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540683;STB=0.505045;STBP=0.965;TYPE=del;VARB=0.00142338;OID=.;OPOS=13740448;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:17:35:17:36:19:7:10:8:11:99:17:7:10:6:11 chr20 13747441 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.877;QD=59.6787;RBI=0.0628354;REFB=0;REVB=0.0420814;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361196;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr20 13763601 . A G 371.15 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0126042;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.65;QD=22.1579;RBI=0.0385157;REFB=-0.0216983;REVB=0.036395;RO=29;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351505;STB=0.52813;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.021503;OID=.;OPOS=13763601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:29:30:37:37:0.552239:15:22:16:13:15:22:16:14 chr20 13847420 . A G 463.32 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0111318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.78;QD=52.9509;RBI=0.0165049;REFB=-0.00686442;REVB=-0.0121859;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.527761;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00247638;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:16:17:1:0:16:17:2:0 chr20 13954028 . A G 267.29 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0236278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7515;QD=18.4336;RBI=0.0528441;REFB=-0.00726821;REVB=0.0472676;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924849;STB=0.551688;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0076375;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:13:16:13:16:13:16 chr20 14203735 . T C 1098.35 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8502;QD=60.1834;RBI=0.100654;REFB=0;REVB=0.100641;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514927;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr20 15874325 . A G 772.0 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.549;QD=63.0205;RBI=0.012425;REFB=0;REVB=0.00341913;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308491;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:29:16:0:0:29:20:0:0 chr20 15874488 . G A 701.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4778;QD=62.323;RBI=0.108799;REFB=0;REVB=0.0391474;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830504;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:32:11:0:0:32:13:0:0 chr20 15967719 . T C 341.32 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00243316;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.874;QD=22.0204;RBI=0.00247222;REFB=-0.024395;REVB=-0.000437708;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141176;STB=0.519988;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0203812;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:27:34:35:0.564516:20:14:12:16:21:14:12:15 chr20 16359567 . A G 428.22 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.407;QD=57.0953;RBI=0.0570911;REFB=0;REVB=-0.0553689;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026329;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr20 16486698 . G A 587.95 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0186734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.177;QD=22.6136;RBI=0.0376649;REFB=-0.0046437;REVB=-0.03271;RO=45;SAF=28;SAR=30;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403557;STB=0.517235;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00603705;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:46:58:58:0.557692:30:28:24:21:30:28:24:22 chr20 16493533 . T C 190.71 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=39;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00404652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.118;QD=18.6058;RBI=0.00447278;REFB=-0.00356259;REVB=0.00190564;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05159;STB=0.5135;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00350313;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:20:21:18:20:0.487805:10:8:10:10:11:9:10:11 chr20 16963522 . G C 599.05 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011143;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5577;QD=61.4405;RBI=0.018075;REFB=0;REVB=-0.0180406;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636015;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr20 17189761 . C G 259.36 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00398801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1228;QD=11.9247;RBI=0.0393823;REFB=0.00392066;REVB=0.0391799;RO=56;SAF=10;SAR=21;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086234;STB=0.549885;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00789679;OID=.;OPOS=17189761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:21:10:22:34:21:10:22:34 chr20 17464516 . T C 417.66 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00532078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.143;QD=22.5762;RBI=0.00764137;REFB=-0.0213582;REVB=0.00548451;RO=32;SAF=13;SAR=28;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105732;STB=0.56726;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0155926;OID=.;OPOS=17464516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:28:13:14:18:28:13:15:18 chr20 17469659 . G A 167.6 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0021551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.963;QD=16.3507;RBI=0.0125515;REFB=-0.027624;REVB=-0.0123651;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638092;STB=0.536545;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0327662;OID=.;OPOS=17469659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:10:13:9:9:10:13 chr20 17470035 . C G 538.64 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.182;QD=59.8492;RBI=0.0542761;REFB=0;REVB=0.0271101;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50431e-05;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr20 17474968 . T C 295.71 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00905707;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.792;QD=15.1647;RBI=0.00979759;REFB=-0.0118054;REVB=0.00373662;RO=45;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231943;STB=0.631498;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0147548;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:11:22:20:25:11:22:20:25 chr20 17475217 . C T 306.4 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00815704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.927;QD=22.6963;RBI=0.0118658;REFB=-0.0150236;REVB=-0.00861744;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219267;STB=0.620655;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00789385;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:17:14:17:6:17:14:17:6 chr20 17477592 . C T 253.52 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0130909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4796;QD=19.1339;RBI=0.0625169;REFB=-0.014908;REVB=-0.061131;RO=26;SAF=21;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217898;STB=0.622937;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0126929;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:6:21:15:11:6:21:15:11 chr20 17594714 . GC G 816.57 PASS AF=0.562044;AO=76;DP=139;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.0135105;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.882;QD=23.8415;RBI=0.027588;REFB=-0.0254849;REVB=-0.0240534;RO=59;SAF=34;SAR=42;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131269;STB=0.576643;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0362148;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.562044:76:139:77:137:60:35:42:17:43:99:59:34:42:17:42 chr20 17594729 . G A 530.07 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0119152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.894;QD=15.0374;RBI=0.0119165;REFB=-0.00517986;REVB=0.000176452;RO=82;SAF=10;SAR=48;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387704;STB=0.718741;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00688596;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:82:83:58:58:0.411348:48:10:39:43:48:10:39:44 chr20 17596155 . C A 415.71 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0194326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.625;QD=17.3214;RBI=0.0195121;REFB=-0.0119314;REVB=0.00175907;RO=53;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579095;STB=0.532415;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0166894;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:21:22:24:29:21:22:24:29 chr20 17600357 . G A 325.17 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=99;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0355063;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6946;QD=13.2724;RBI=0.0372667;REFB=-0.0138659;REVB=0.0113185;RO=61;SAF=25;SAR=11;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688937;STB=0.545429;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0376753;OID=.;OPOS=17600357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:61:61:36:37:0.377551:11:25:39:22:11:26:39:22 chr20 17605240 . A T 779.86 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221277;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.023;QD=56.7168;RBI=0.0227045;REFB=0;REVB=0.00508516;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06728e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr20 17640652 . A G 524.18 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0064004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.062;QD=21.3949;RBI=0.0103531;REFB=0.00222539;REVB=0.00813762;RO=48;SAF=26;SAR=24;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131278;STB=0.57234;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00198345;OID=.;OPOS=17640652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:24:26:32:16:24:26:32:16 chr20 17705677 . A G 766.15 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.192;QD=63.8456;RBI=0.0400259;REFB=0;REVB=0.039842;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196294;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr20 17716416 . C G 1121.71 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0605656;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1088;QD=59.0372;RBI=0.0676325;REFB=-0.135204;REVB=0.0300992;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00332906;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:74:75:0.986842:36:38:0:0:37:38:1:0 chr20 17932210 . C T 284.12 PASS AF=0.426667;AO=33;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00288079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.827;QD=15.1533;RBI=0.00359971;REFB=-0.00125303;REVB=-0.00215846;RO=42;SAF=7;SAR=26;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309199;STB=0.667541;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00154827;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:33:32:0.426667:26:7:20:22:25:7:20:23 chr20 17968923 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0366183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1038;QD=17.9559;RBI=0.0369206;REFB=-0.00978985;REVB=-0.0047149;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351234;STB=0.700127;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00691431;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:5:12:5:11:5:12 chr20 18143117 . T G 481.73 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000606511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0634;QD=58.3914;RBI=0.0152763;REFB=0;REVB=-0.0152643;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029684;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:20:11:0:0:22:11:0:0 chr20 18143355 . C T 1698.75 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130347;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.489;QD=60.6697;RBI=0.0215296;REFB=0;REVB=0.0171354;RO=0;SAF=74;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58188e-05;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:38:74:0:0:38:74:0:0 chr20 18167977 . T C 1003.55 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329152;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.367;QD=59.0322;RBI=0.0331064;REFB=0;REVB=-0.00355277;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1091e-05;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:35:31:0:0:35:33:0:0 chr20 18296072 . T A 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.235;QD=59.0076;RBI=0.0333753;REFB=0;REVB=0.00525177;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264028;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr20 18309650 . GT GG,G 724.49 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=2,53;DP=57;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856679,0.0930927;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=6.00136,22.3949;QD=50.8412;RBI=0.0860962,0.0940139;REFB=0,0;REVB=-0.00857741,0.0131291;RO=1;SAF=0,22;SAR=2,31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0209328;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0676623,0.00581908;OID=.,.;OPOS=18309651,18309651;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0175439,0.982456:2,53:57:1,56:57:0:0,23:1,33:0:0:3:1:0,22:2,31:1:0 chr20 18393312 . C G 368.14 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0133938;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1703;QD=19.1241;RBI=0.0366985;REFB=-0.0190394;REVB=-0.034167;RO=38;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118762;STB=0.572564;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0196333;OID=.;OPOS=18393312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:16:22:17:21:16:22:17:22 chr20 18393499 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0117605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.133;QD=10.3791;RBI=0.0119999;REFB=-0.00557894;REVB=0.00238486;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25384;STB=0.651856;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0109402;OID=.;OPOS=18393499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:5:11:4:5:5:11 chr20 18414356 . A G 386.37 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4157;QD=46.8324;RBI=0.148146;REFB=-0.116576;REVB=-0.0351044;RO=3;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023634;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:3:0:29:33:1:16:13:3:0:16:17:0:0 chr20 18433335 . T C 214.13 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00730768;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8252;QD=12.5959;RBI=0.00986898;REFB=0.00220618;REVB=0.00663283;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108659;STB=0.562452;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00479549;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:42:26:26:0.382353:15:11:22:20:15:11:22:20 chr20 18462421 . A G 685.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.747;QD=62.3426;RBI=0.0199168;REFB=0;REVB=-0.000524194;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22693e-05;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr20 18541699 . T TA 114.41 PASS AF=0.595745;AO=22;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0489047;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.9527;QD=9.737;RBI=0.0646098;REFB=-0.0315176;REVB=-0.0422227;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384446;STB=0.546249;STBP=0.46;TYPE=ins;VARB=0.0392374;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.595745:22:48:28:47:19:13:15:11:8:60:24:11:11:11:13 chr20 18810705 . C T 312.88 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0136522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.353;QD=14.3853;RBI=0.013809;REFB=-0.00542799;REVB=-0.00207514;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140556;STB=0.579433;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00897467;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:16:19:35:17:16:19:35:17 chr20 19261623 . G A 526.48 PASS AF=0.414286;AO=57;DP=139;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.00513955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.126;QD=15.0423;RBI=0.0114846;REFB=-0.00954507;REVB=0.0102704;RO=82;SAF=15;SAR=42;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183388;STB=0.606816;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0222075;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:82:82:57:58:0.414286:42:15:34:48:43:15:34:48 chr20 19560664 . G A 1646.35 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00584562;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.918;QD=59.3281;RBI=0.00945591;REFB=-0.0154706;REVB=0.00743255;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.504424;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000312982;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:111:0:1:110:110:0.990991:56:54:0:0:56:54:0:1 chr20 19702049 . G A 347.97 PASS AF=0.4625;AO=34;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0156957;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.85;QD=17.3985;RBI=0.0157332;REFB=0.008632;REVB=-0.00108534;RO=43;SAF=10;SAR=24;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208281;STB=0.642775;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0078463;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:43:34:37:0.4625:24:10:21:22:27:10:22:21 chr20 19970705 . C T 1190.11 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4934;QD=61.0313;RBI=0.0810635;REFB=0;REVB=-0.0173729;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013461;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr20 20006368 . T C 523.37 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00108613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.146;QD=18.6916;RBI=0.00363558;REFB=-0.00218166;REVB=0.00346955;RO=56;SAF=30;SAR=25;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902333;STB=0.545438;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00212064;OID=.;OPOS=20006368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:57:55:55:0.491071:25:30:25:31:25:30:26:31 chr20 20032998 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0684144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3099;QD=23.0938;RBI=0.068506;REFB=-0.0436796;REVB=-0.00354147;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829262;STB=0.546504;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0208683;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:7:5:9:8:7:5 chr20 20033137 . T A 1290.33 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124436;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.116;QD=60.7212;RBI=0.0211656;REFB=0.0342045;REVB=0.0171213;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106431;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=8.16819e-05;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:39:44:1:0:39:45:1:0 chr20 20033242 . A T 251.16 PASS AF=0.466667;AO=29;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0476302;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.134;QD=16.7442;RBI=0.0557286;REFB=-0.0105312;REVB=-0.0289316;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759947;STB=0.527758;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00708957;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:29:28:0.466667:18:11:12:19:17:11:11:21 chr20 20033319 . A G 124.66 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0333601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.306;QD=17.8089;RBI=0.0474766;REFB=-0.0246777;REVB=-0.0337807;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228296;STB=0.639808;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0276824;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:11:14:14:14:0.5:6:8:3:8:6:8:4:10 chr20 20033380 . A G 107.21 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.017417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8455;QD=22.5698;RBI=0.0475312;REFB=-0.0310851;REVB=0.0442251;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197111;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:4:3:5:7:4:3 chr20 20050397 . G A 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.146;QD=57.1015;RBI=0.0133181;REFB=0;REVB=0.00945535;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97153e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr20 20152462 . A C 239.91 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0210154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2972;QD=14.3229;RBI=0.0210216;REFB=0.00830874;REVB=-0.000509277;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456088;STB=0.525948;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0118676;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:17:11:17:22:17:11:17:22 chr20 20341333 . G C 1418.76 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176564;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.79;QD=63.0562;RBI=0.0410557;REFB=0;REVB=0.0370651;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60817e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:38:51:0:0:39:51:0:0 chr20 20350516 . T C,G 868.75 PASS AF=0.0491803,0.95082;AO=3,58;DP=61;FAO=3,58;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=3,29;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434797,0.00979021;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.3193,129.683;QD=56.9672;RBI=0.0211214,0.0149005;REFB=0,0;REVB=-0.020669,0.0112329;RO=0;SAF=3,29;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.107735,-5.88434e-05;OID=.,.;OPOS=20350516,20350516;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:61:61:0:0:3,58:3,58:0.0491803,0.95082:0,29:3,29:0:0:0,29:3,29:0:0 chr20 20377421 . A AC 141.78 PASS AF=1;AO=15;DP=31;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.86952;QD=21.0051;RBI=0.186751;REFB=-0.0435591;REVB=0.185789;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183258;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0142613;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:15:31:27:27:0:13:14:0:0:3:13:8:7:4:9 chr20 20493222 . G A 108.27 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00333815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.855;QD=17.3232;RBI=0.0249444;REFB=-0.00110635;REVB=-0.02472;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191108;STB=0.610503;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00107142;OID=.;OPOS=20493222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:7:5:3:10:7:5 chr20 21142523 . C G 181.93 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0148611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.321;QD=16.9234;RBI=0.0151028;REFB=-0.00652328;REVB=-0.00269139;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149948;STB=0.586113;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.014758;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:11:13:13:6:11:13 chr20 21142813 . T C 184.63 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0159781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2118;QD=18.4633;RBI=0.0324841;REFB=0.00111471;REVB=0.0282829;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09006;STB=0.551127;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-3.56809e-05;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:12:9:10:9:12:9 chr20 21186161 . A AG 589.79 PASS AF=0.984375;AO=54;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.253375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1655;QD=36.8618;RBI=0.254555;REFB=-0.0228011;REVB=0.0244739;RO=10;SAF=26;SAR=28;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063829;STB=0.508194;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=0.0154151;OID=.;OPOS=21186162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984375:54:64:63:64:1:33:30:0:1:4:10:26:28:7:3 chr20 21362703 . TA T 899.82 PASS AF=0.98913;AO=78;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.1629;QD=39.1226;RBI=0.0870467;REFB=-0.0431093;REVB=-0.0798839;RO=5;SAF=38;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0128426;STB=0.505881;STBP=0.308;TYPE=del;VARB=0.00487075;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.98913:78:92:91:92:1:42:49:1:0:9:5:38:40:3:2 chr20 22562674 . T C 626.64 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254161;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.689;QD=59.6801;RBI=0.0313439;REFB=-0.194223;REVB=0.0183429;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00100675;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr20 23028724 . G A 152.2 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0014912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.131;QD=20.9932;RBI=0.0251932;REFB=-0.00457934;REVB=0.025149;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132778;STB=0.575126;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00574943;OID=.;OPOS=23028724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:7:6:10:6:7:6 chr20 23065209 . G A 2877.04 PASS AF=0.925926;AO=199;DP=216;FAO=200;FDP=216;FR=.;FRO=16;FSAF=77;FSAR=123;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0301008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.84;QD=53.2786;RBI=0.0420725;REFB=-0.0775179;REVB=0.0293945;RO=11;SAF=77;SAR=122;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216421;STB=0.515556;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00154248;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:216:216:11:16:199:200:0.925926:122:77:2:9:123:77:3:13 chr20 23065342 . A G 1342.27 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235699;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.755;QD=62.4311;RBI=0.0682488;REFB=0;REVB=-0.0640496;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124007;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:38:47:0:0:39:47:0:0 chr20 23065706 . G A 40.28 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00460782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.105;QD=14.648;RBI=0.0435673;REFB=0.00308181;REVB=-0.0433229;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.739831;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00633602;OID=.;OPOS=23065706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:2:3:1:5:2:3 chr20 23335120 . CTT C 85.17 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00480401;FXX=0.09995;HRUN=3;LEN=2;MLLD=45.534;QD=18.9262;RBI=0.0310216;REFB=0.0165454;REVB=-0.0306474;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345755;STB=0.6996;STBP=0.097;TYPE=del;VARB=-0.0170132;OID=.;OPOS=23335121;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:10:20:10:18:8:3:7:6:2:60:8:3:7:6:2 chr20 23345069 . C T 199.39 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0594859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7918;QD=13.5182;RBI=0.0598989;REFB=-0.0353652;REVB=-0.00702118;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828079;STB=0.535021;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0293875;OID=.;OPOS=23345069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:23:24:0.40678:12:11:14:21:13:11:14:21 chr20 23345844 . A C 789.14 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.093;QD=56.3672;RBI=0.0528439;REFB=0;REVB=0.00936518;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607274;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:38:18:0:0 chr20 23345950 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00838915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.329;QD=15.2926;RBI=0.0187307;REFB=-0.026939;REVB=-0.016747;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280017;STB=0.662315;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0268935;OID=.;OPOS=23345950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:2:7:4:5:2:7 chr20 23352480 . A G 489.99 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0355532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8608;QD=55.9985;RBI=0.037777;REFB=0.018011;REVB=0.0127699;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00981382;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:0:1:13:21:0:1 chr20 23421079 . A G 269.08 PASS AF=0.529412;AO=25;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0128859;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7343;QD=15.8281;RBI=0.0241609;REFB=-0.0118148;REVB=0.0204377;RO=32;SAF=23;SAR=2;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637236;STB=0.611233;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0125196;OID=.;OPOS=23421079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:25:36:0.529412:2:23:13:19:13:23:13:19 chr20 23421101 . G A 333.67 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0918256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2538;QD=19.3434;RBI=0.0923622;REFB=-0.041175;REVB=-0.00994177;RO=32;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141007;STB=0.578902;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0387103;OID=.;OPOS=23421101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:34:35:35:0.507246:21:14:18:14:21:14:19:15 chr20 23424613 . T C 737.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.658;QD=56.752;RBI=0.0403997;REFB=0;REVB=0.0319538;RO=0;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013058;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:41:10:0:0:41:11:0:0 chr20 23424638 . C T 137.85 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0397173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.577;QD=10.0255;RBI=0.0397716;REFB=-0.00963655;REVB=-0.00207868;RO=35;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11651;STB=0.579434;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0209059;OID=.;OPOS=23424638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:37:18:18:0.327273:13:5:7:28:13:5:7:30 chr20 23432528 . A G 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.205;QD=63.281;RBI=0.04287;REFB=0;REVB=0.0104019;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146607;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr20 23472391 . A G 2252.31 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.328;QD=58.5015;RBI=0.0202398;REFB=-0.00887468;REVB=0.00269244;RO=2;SAF=49;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00472839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1208e-05;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:154:2:0:146:154:1:97:49:1:1:99:55:0:0 chr20 23531248 . T C 99.94 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0740898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3148;QD=15.3756;RBI=0.075942;REFB=-0.00350135;REVB=0.0166702;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000595683;OID=.;OPOS=23531248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:11:12:0.461538:6:5:8:5:7:5:9:5 chr20 23531276 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.921;QD=45.8067;RBI=0.0649758;REFB=0;REVB=0.0209364;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890887;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr20 23546639 . T G 1580.79 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.787;QD=63.8705;RBI=0.0298198;REFB=0;REVB=0.0122163;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94425e-05;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:99:0:0:93:99:1:49:44:0:0:52:47:0:0 chr20 23618395 . T C 1509.61 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00241026;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.793;QD=58.6256;RBI=0.0142509;REFB=-0.0743499;REVB=0.0140455;RO=1;SAF=41;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114294;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00070439;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:100:102:0.990291:59:41:1:0:61:41:1:0 chr20 23618427 . C T 268.24 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0311048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4964;QD=21.8971;RBI=0.0327185;REFB=-0.0476076;REVB=-0.0101482;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183948;STB=0.590838;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0452596;OID=.;OPOS=23618427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:13:11:16:8:13:12:16:8 chr20 23667794 . G T 1240.4 PASS AF=0.45614;AO=128;DP=283;FAO=130;FDP=285;FR=.;FRO=155;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=99;FWDB=0.00588077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3582;QD=17.4091;RBI=0.0175702;REFB=-0.00370561;REVB=-0.0165568;RO=154;SAF=71;SAR=57;SRF=56;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186915;STB=0.599525;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00555746;OID=.;OPOS=23667794;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:285:154:155:128:130:0.45614:57:71:56:98:59:71:56:99 chr20 23729722 . G T 3632.69 PASS AF=1;AO=230;DP=237;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116518;FXX=0.0292875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0813;QD=62.6326;RBI=0.0140073;REFB=-0.0626457;REVB=-0.00777441;RO=1;SAF=104;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363764;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:237:232:1:0:230:232:1:126:104:1:0:128:104:0:0 chr20 23731412 . G A 697.92 PASS AF=0.492857;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0332572;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.233;QD=19.9406;RBI=0.0355028;REFB=-0.00355107;REVB=0.0124261;RO=71;SAF=30;SAR=39;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118142;STB=0.565199;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0038665;OID=.;OPOS=23731412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:71:69:69:0.492857:39:30:40:31:39:30:40:31 chr20 23731426 . C T 1903.65 PASS AF=0.969466;AO=126;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.124648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2449;QD=58.1268;RBI=0.126684;REFB=-0.0914186;REVB=0.0226225;RO=1;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748277;STB=0.507514;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.014881;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:131:131:1:4:126:127:0.969466:63:63:0:1:63:64:3:1 chr20 23731494 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7119;QD=57.237;RBI=0.103785;REFB=0;REVB=-0.0163705;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000870895;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr20 23860178 . A G 615.2 PASS AF=0.732394;AO=52;DP=71;FAO=52;FDP=71;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00942912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.026;QD=34.6589;RBI=0.0141051;REFB=-0.0477855;REVB=-0.0104903;RO=18;SAF=25;SAR=27;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357224;STB=0.51219;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0206998;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:18:19:52:52:0.732394:27:25:10:8:27:25:10:9 chr20 24939590 . G C 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0434193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.63;QD=60.1568;RBI=0.0452057;REFB=-0.0133428;REVB=0.0125825;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000450846;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:0:1:25:19:0:1 chr20 24954887 . A T 365.48 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0528504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.553;QD=52.2117;RBI=0.0701006;REFB=-0.0443306;REVB=0.0460536;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040394;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000497179;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:0:1:11:16:0:1 chr20 25027526 . G A 369.63 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0110725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.086;QD=22.402;RBI=0.0185003;REFB=-0.0224356;REVB=-0.014821;RO=29;SAF=14;SAR=22;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161829;STB=0.59362;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0115486;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:36:37:0.560606:22:14:6:23:22:15:6:23 chr20 25059442 . C T 749.79 PASS AF=0.419689;AO=81;DP=193;FAO=81;FDP=193;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=0.0140659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.022;QD=15.5397;RBI=0.0201211;REFB=-0.00973762;REVB=-0.0143879;RO=111;SAF=30;SAR=51;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076926;STB=0.540868;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0103401;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:111:112:81:81:0.419689:51:30:49:62:51:30:49:63 chr20 25187213 . G A 417.37 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0210967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.497;QD=17.2113;RBI=0.0242461;REFB=-0.00880144;REVB=-0.0119499;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172791;STB=0.600904;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0138889;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:43:43:0.443299:20:23:19:34:20:23:19:35 chr20 25193949 . G A 466.96 PASS AF=0.637681;AO=42;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00231186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6963;QD=27.07;RBI=0.0235711;REFB=-0.0147316;REVB=0.0234574;RO=25;SAF=15;SAR=27;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887744;STB=0.554115;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00499258;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:42:44:0.637681:27:15:12:13:29:15:12:13 chr20 25195387 . A AT 166.44 PASS AF=1;AO=9;DP=41;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.162786;FXX=0.121921;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.16757;QD=18.493;RBI=0.192186;REFB=-0.000214486;REVB=-0.102159;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0036632;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:41:36:36:0:22:14:0:0:4:30:4:5:17:13 chr20 25195394 . C T 664.94 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0967;QD=59.1059;RBI=0.0590017;REFB=0;REVB=0.0495973;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298123;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:45:0:0:38:45:1:15:23:0:0:20:25:0:0 chr20 25195509 . A G 859.76 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000100866;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.111;QD=54.5877;RBI=0.00560691;REFB=-0.0602538;REVB=-0.005606;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132969;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-1.86133e-05;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:26:35:1:0:26:35:1:1 chr20 25207074 . T C 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.833;QD=62.3129;RBI=0.0304187;REFB=0;REVB=0.017637;RO=0;SAF=27;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89069e-05;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:59:27:0:0:59:27:0:0 chr20 25259006 . G T 398.96 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00764108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.545;QD=18.3428;RBI=0.0234223;REFB=-0.0117266;REVB=0.0221409;RO=46;SAF=22;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552983;STB=0.530849;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0133756;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:19:22:22:24:19:22:22:24 chr20 25260931 . A G 730.38 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.063152;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.699;QD=53.1188;RBI=0.0651657;REFB=-0.0707339;REVB=0.0160747;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.519992;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00153091;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:29:24:2:0:29:24:2:0 chr20 25262769 . G A 193.81 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0147137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.747;QD=17.6194;RBI=0.0149551;REFB=0.00298436;REVB=0.00267585;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133281;STB=0.563046;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00277968;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:11:8:7:17:12:8:7:17 chr20 25263834 . C G 306.95 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0677321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.043;QD=22.7369;RBI=0.0734026;REFB=-0.0102285;REVB=-0.0282896;RO=23;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092045;STB=0.558103;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0115981;OID=.;OPOS=25263834;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:19:11:6:17:19:12:6:17 chr20 25264814 . T C 753.83 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3635;QD=56.8925;RBI=0.0820784;REFB=0;REVB=0.0820316;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582285;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr20 25268920 . T C 388.7 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.5278;QD=55.5281;RBI=0.14478;REFB=0;REVB=0.141166;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416498;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:15:13:0:0 chr20 25276297 . G A 624.95 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.941;QD=60.9705;RBI=0.053909;REFB=0;REVB=0.0291695;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321545;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr20 25282944 . A G 516.73 PASS AF=0.947368;AO=34;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0362854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.656;QD=54.3925;RBI=0.0363631;REFB=-0.00117913;REVB=0.00237604;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.502957;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=9.95767e-05;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:34:36:0.947368:19:15:1:0:20:16:1:1 chr20 25456888 . A G 1325.91 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216726;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9758;QD=62.3956;RBI=0.0685101;REFB=0;REVB=-0.0649918;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55625e-05;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123826;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=6;MLLD=250.967;QD=46.9858;RBI=0.0176775;REFB=0;REVB=0.0126161;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000105093;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:14:14:0:6:8:0:0:4:0:6:8:0:0 chr20 25591864 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.801;QD=56.7057;RBI=0.103342;REFB=0;REVB=0.0100407;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224413;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr20 25595829 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0213796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.068;QD=13.3417;RBI=0.0285995;REFB=-0.00947256;REVB=-0.0189959;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102751;STB=0.55877;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0164318;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:14:7:8:24:14:7:8:24 chr20 25595868 . G A 267.47 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.00858743;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5154;QD=15.9683;RBI=0.0491095;REFB=0.00527747;REVB=0.0483529;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253701;STB=0.641463;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00669343;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:8:29:16:14:8:29 chr20 25755672 . G T 338.8 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00857479;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.347;QD=12.5481;RBI=0.00895001;REFB=-0.0244684;REVB=0.00256428;RO=67;SAF=17;SAR=24;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243639;STB=0.638232;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0316035;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:67:67:41:41:0.37963:24:17:43:24:24:17:43:24 chr20 26061803 . C A 37.87 PASS AF=0.277778;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0251365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9783;QD=8.41479;RBI=0.0406875;REFB=-0.0380632;REVB=-0.0319943;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20092;STB=0.526212;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00203519;OID=.;OPOS=26061803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:18:9:11:5:5:0.277778:2:3:7:2:2:3:7:4 chr20 26063560 . G A,T 527.48 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657181,0.00475898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.289,183.606;QD=58.6094;RBI=0.0128362,0.0047836;REFB=0,0;REVB=-0.0110263,-0.000484651;RO=0;SAF=15,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.40663e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00536505,0.0265016;OID=.,.;OPOS=26063560,26063560;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:19,1:15,1:0:0:19,1:15,1:0:0 chr20 26094564 . T G 1650.19 PASS AF=0.488166;AO=164;DP=338;FAO=165;FDP=338;FR=.;FRO=173;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=81;FSRR=92;FWDB=-0.0296891;FXX=0.00294977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4252;QD=19.5289;RBI=0.0364572;REFB=-0.00525544;REVB=-0.0211587;RO=162;SAF=80;SAR=84;SRF=76;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169581;STB=0.511626;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00946784;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:162:173:164:165:0.488166:84:80:76:86:84:81:81:92 chr20 26094567 . T C 2192.19 PASS AF=0.589286;AO=194;DP=333;FAO=198;FDP=336;FR=.;FRO=138;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=0.00558369;FXX=0.00296727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.74;QD=26.0975;RBI=0.0164141;REFB=-0.0141571;REVB=0.0154352;RO=137;SAF=92;SAR=102;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169574;STB=0.512472;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.011025;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:336:137:138:194:198:0.589286:102:92:68:69:105:93:69:69 chr20 26094605 . G A 1024.31 PASS AF=0.411552;AO=114;DP=277;FAO=114;FDP=277;FR=.;FRO=163;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=67;FSRR=96;FWDB=-0.0120488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.773;QD=14.7914;RBI=0.0309175;REFB=-0.0265175;REVB=-0.0284731;RO=161;SAF=52;SAR=62;SRF=66;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490888;STB=0.526865;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0325639;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:161:163:114:114:0.411552:62:52:66:95:62:52:67:96 chr20 26094609 . C A 940.89 PASS AF=0.399267;AO=105;DP=268;FAO=109;FDP=273;FR=.;FRO=164;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=67;FSRR=97;FWDB=-0.0209655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1974;QD=13.7859;RBI=0.0266875;REFB=0.00245474;REVB=-0.0165128;RO=163;SAF=45;SAR=60;SRF=67;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194358;STB=0.513924;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00316174;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:273:163:164:105:109:0.399267:60:45:67:96:62:47:67:97 chr20 26188912 . A C 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137766;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.836;QD=45.9661;RBI=0.0313047;REFB=0;REVB=0.0281103;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261477;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr20 29623223 . T C 892.05 PASS AF=0.486486;AO=87;DP=182;FAO=90;FDP=185;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0144017;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.158;QD=19.2877;RBI=0.0164126;REFB=-0.0178516;REVB=0.00787183;RO=92;SAF=44;SAR=43;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015486;STB=0.507813;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0170568;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:92:95:87:90:0.486486:43:44:45:47:46:44:45:50 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 991.2 PASS AF=0.0606061,0.527273;AO=8,84;DP=171;FAO=10,87;FDP=165;FR=.;FRO=68;FSAF=4,41;FSAR=6,46;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0102481,-0.000177279;FXX=0.0406953;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=23.7711,213.334;QD=24.029;RBI=0.0680973,0.029094;REFB=0.067334,-0.00500101;REVB=0.0673218,0.0290934;RO=52;SAF=3,38;SAR=5,46;SRF=32;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283333,-0.114776;STB=0.5998,0.519075;STBP=0.529,0.594;TYPE=snp,del;VARB=-0.0874461,0.00883793;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0606061,0.527273:8,84:171:10,87:165:68:4,41:6,46:35:33:99:52:3,38:5,46:32:20 chr20 29624020 . G GT 64.3 PASS AF=0.517857;AO=22;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0592959;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.54738;QD=4.59294;RBI=0.0850939;REFB=-0.035384;REVB=-0.0610325;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734584;STB=0.570504;STBP=0.305;TYPE=ins;VARB=0.0319704;OID=.;OPOS=29624021;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:22:55:29:56:27:14:15:17:10:59:26:11:11:15:11 chr20 29624070 . G A 178.81 PASS AF=0.25;AO=24;DP=99;FAO=25;FDP=100;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00767342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.538;QD=7.15257;RBI=0.00771712;REFB=-0.00527759;REVB=-0.000820143;RO=75;SAF=12;SAR=12;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024816;STB=0.529952;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0147265;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:75:75:24:25:0.25:12:12:36:39:12:13:36:39 chr20 29625873 . A C 41.65 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0207619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.043;QD=1.71764;RBI=0.0220869;REFB=-0.00252018;REVB=-0.00753469;RO=86;SAF=9;SAR=1;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511268;STB=0.889511;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0480592;OID=.;OPOS=29625873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:97:86:87:10:10:0.103093:1:9:41:45:1:9:42:45 chr20 29625876 . C T 315.14 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0220697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.274;QD=12.6058;RBI=0.0317488;REFB=-0.00564873;REVB=-0.0228235;RO=63;SAF=27;SAR=9;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414833;STB=0.734561;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0160624;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:64:36:36:0.36:9:27:24:39:9:27:25:39 chr20 29625877 . G A 170.9 PASS AF=0.245098;AO=24;DP=101;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.000469998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.355;QD=6.70175;RBI=0.0249056;REFB=-0.00419043;REVB=-0.0249011;RO=74;SAF=11;SAR=13;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849627;STB=0.539514;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00925719;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:74:77:24:25:0.245098:13:11:39:35:13:12:41:36 chr20 29625925 . C CTTG 55.38 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.009886;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=3;MLLD=205.391;QD=2.7013;RBI=0.0202045;REFB=-0.0053701;REVB=-0.0176207;RO=71;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815229;STB=0.557418;STBP=0.748;TYPE=ins;VARB=0.0283139;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134146:11:85:11:82:71:6:5:34:37:55:71:6:5:34:37 chr20 29625935 . A G 135.18 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00500648;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.92;QD=6.51462;RBI=0.00546901;REFB=-0.00811725;REVB=0.00220119;RO=59;SAF=5;SAR=15;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176538;STB=0.629232;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0194151;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:63:20:20:0.240964:15:5:22:37:15:5:25:38 chr20 29625946 . A G 49.39 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.00508013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.787;QD=2.10191;RBI=0.00576459;REFB=-0.00682306;REVB=-0.00272448;RO=80;SAF=4;SAR=7;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774797;STB=0.553653;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0322942;OID=.;OPOS=29625946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:80:83:11:11:0.117021:7:4:34:46:7:4:35:48 chr20 29625950 . G A 48.84 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0392942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.609;QD=2.03482;RBI=0.0648706;REFB=-0.00316537;REVB=-0.0516155;RO=84;SAF=4;SAR=7;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813494;STB=0.555453;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0190895;OID=.;OPOS=29625950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:84:85:11:11:0.114583:7:4:36:48:7:4:36:49 chr20 29625965 . G A 54.45 PASS AF=0.112069;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=116;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.00631327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.754;QD=1.87766;RBI=0.0414302;REFB=-0.000663469;REVB=-0.0409464;RO=102;SAF=4;SAR=9;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180705;STB=0.630045;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0056459;OID=.;OPOS=29625965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:116:102:103:13:13:0.112069:9:4:46:56:9:4:46:57 chr20 29625971 . C A 34.35 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.0335866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2577;QD=1.14494;RBI=0.0557709;REFB=0.00044739;REVB=-0.0445234;RO=110;SAF=4;SAR=6;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315904;STB=0.525721;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0107658;OID=.;OPOS=29625971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:110:110:10:10:0.0833333:6:4:47:63:6:4:47:63 chr20 29625979 . C A 96.22 PASS AF=0.158333;AO=19;DP=121;FAO=19;FDP=120;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.00527077;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.229;QD=3.20726;RBI=0.0319503;REFB=0.000133684;REVB=-0.0315126;RO=98;SAF=7;SAR=12;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922439;STB=0.558841;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.000922328;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:121:120:98:101:19:19:0.158333:12:7:43:55:12:7:44:57 chr20 29625985 . G A 86.19 PASS AF=0.15;AO=18;DP=120;FAO=18;FDP=120;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0294966;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7338;QD=2.87308;RBI=0.0339429;REFB=-0.00349935;REVB=-0.0167951;RO=99;SAF=6;SAR=12;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133803;STB=0.588134;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0301867;OID=.;OPOS=29625985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:120:120:99:102:18:18:0.15:12:6:43:56:12:6:44:58 chr20 29628237 . C A 34.06 PASS AF=0.0615385;AO=16;DP=260;FAO=16;FDP=260;FR=.;FRO=244;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=120;FSRR=124;FWDB=-0.028875;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.104;QD=0.524003;RBI=0.0290151;REFB=-0.0025339;REVB=-0.00284728;RO=225;SAF=11;SAR=5;SRF=114;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196209;STB=0.683954;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0422522;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:260:260:225:244:16:16:0.0615385:5:11:114:111:5:11:120:124 chr20 29628254 . A G 33.33 PASS AF=0.0610687;AO=16;DP=262;FAO=16;FDP=262;FR=.;FRO=246;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=122;FSRR=124;FWDB=-0.0199478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.559;QD=0.508878;RBI=0.019948;REFB=-0.00101923;REVB=-7.83348e-05;RO=244;SAF=7;SAR=9;SRF=120;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570477;STB=0.554902;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0361411;OID=.;OPOS=29628254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:262:262:244:246:16:16:0.0610687:9:7:120:124:9:7:122:124 chr20 29628271 . C T 1523.62 PASS AF=0.576763;AO=136;DP=241;FAO=139;FDP=241;FR=.;FRO=102;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.0120773;FXX=0.0163259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.034;QD=25.2883;RBI=0.0133675;REFB=-0.0356985;REVB=-0.00572963;RO=101;SAF=75;SAR=61;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121739;STB=0.564177;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0196234;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:101:102:136:139:0.576763:61:75:40:61:62:77:41:61 chr20 29628299 . A G 33.31 PASS AF=0.0684211;AO=13;DP=191;FAO=13;FDP=190;FR=.;FRO=177;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=110;FWDB=0.00806479;FXX=0.00523533;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2901;QD=0.701208;RBI=0.0382124;REFB=0.00296811;REVB=0.0373517;RO=176;SAF=5;SAR=8;SRF=66;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011043;STB=0.505994;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0515985;OID=.;OPOS=29628299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:191:190:176:177:13:13:0.0684211:8:5:66:110:8:5:67:110 chr20 29628361 . A C 158.89 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0128476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.854;QD=12.2225;RBI=0.0297305;REFB=-0.0169793;REVB=-0.0268112;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168027;STB=0.602305;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0329813;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:33:19:19:0.365385:9:10:11:19:9:10:12:21 chr20 29628431 . C T 247.99 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00943338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6093;QD=33.0648;RBI=0.0274896;REFB=-0.0101385;REVB=-0.0258203;RO=7;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756942;STB=0.521453;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00240861;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:29:30:7:8:22:22:0.733333:10:12:5:2:10:12:5:3 chr20 29630666 . T C 55.41 PASS AF=0.0980392;AO=15;DP=151;FAO=15;FDP=153;FR=.;FRO=138;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=-0.00653671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7387;QD=1.44865;RBI=0.00687786;REFB=-0.00539131;REVB=0.00213923;RO=136;SAF=9;SAR=6;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763964;STB=0.55193;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0264945;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:151:153:136:138:15:15:0.0980392:6:9:73:63:6:9:75:63 chr20 29630674 . A T 89.99 PASS AF=0.129032;AO=20;DP=155;FAO=20;FDP=155;FR=.;FRO=135;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=0.0129545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.717;QD=2.32232;RBI=0.013382;REFB=-0.00118977;REVB=-0.00335534;RO=135;SAF=13;SAR=7;SRF=70;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167196;STB=0.616888;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00582988;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:155:155:135:135:20:20:0.129032:7:13:70:65:7:13:70:65 chr20 29630681 . G A 54.35 PASS AF=0.0961538;AO=15;DP=156;FAO=15;FDP=156;FR=.;FRO=141;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=69;FWDB=0.00397715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.374;QD=1.3936;RBI=0.00814735;REFB=-0.00269677;REVB=0.00711067;RO=137;SAF=9;SAR=6;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894937;STB=0.581286;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0161782;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:156:156:137:141:15:15:0.0961538:6:9:72:65:6:9:72:69 chr20 29630695 . C A 309.69 PASS AF=0.271084;AO=44;DP=165;FAO=45;FDP=166;FR=.;FRO=121;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=69;FWDB=-0.00939291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.623;QD=7.46249;RBI=0.0354087;REFB=-0.0149188;REVB=-0.0341402;RO=119;SAF=28;SAR=16;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25386;STB=0.639005;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0450864;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:119:121:44:45:0.271084:16:28:51:68:17:28:52:69 chr20 29630697 . A G 70.34 PASS AF=0.109756;AO=18;DP=164;FAO=18;FDP=164;FR=.;FRO=146;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=75;FWDB=0.010256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9652;QD=1.7157;RBI=0.030807;REFB=-0.00522654;REVB=0.0290497;RO=146;SAF=8;SAR=10;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051225;STB=0.537373;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0430564;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:164:164:146:146:18:18:0.109756:10:8:71:75:10:8:71:75 chr20 29630725 . T C 114.46 PASS AF=0.140449;AO=25;DP=178;FAO=25;FDP=178;FR=.;FRO=153;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=69;FSRR=84;FWDB=-0.026389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.96;QD=2.57204;RBI=0.0323845;REFB=-0.00132309;REVB=-0.0187717;RO=152;SAF=8;SAR=17;SRF=69;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176725;STB=0.61823;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00925742;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:152:153:25:25:0.140449:17:8:69:83:17:8:69:84 chr20 29632638 . C A 163.91 PASS AF=0.2875;AO=21;DP=78;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00257373;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.855;QD=8.19545;RBI=0.00673477;REFB=-0.00461362;REVB=-0.00622359;RO=54;SAF=11;SAR=10;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832711;STB=0.553565;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0127475;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:54:57:21:23:0.2875:10:11:32:22:11:12:34:23 chr20 29632660 . G T 56.29 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.00571221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4829;QD=2.37013;RBI=0.0382392;REFB=-0.00881499;REVB=-0.0378102;RO=83;SAF=7;SAR=5;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213549;STB=0.515235;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0827187;OID=.;OPOS=29632660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:83:83:12:12:0.126316:5:7:47:36:5:7:47:36 chr20 29632662 . G C 199.71 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=97;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00150043;FXX=0.0618493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.673;QD=8.77839;RBI=0.0076299;REFB=-0.00465782;REVB=-0.00748092;RO=62;SAF=15;SAR=11;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453761;STB=0.505614;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0170868;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:91:62:65:26:26:0.285714:11:15:36:26:11:15:37:28 chr20 29632674 . T TA 38.17 PASS AF=0.235294;AO=26;DP=104;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.205737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.72795;QD=1.497;RBI=0.211626;REFB=-0.0352232;REVB=-0.0495765;RO=66;SAF=17;SAR=9;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172098;STB=0.534854;STBP=0.703;TYPE=ins;VARB=-0.0748548;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:26:104:24:102:78:14:10:42:36:38:66:17:9:34:32 chr20 29632707 . G A 153.48 PASS AF=0.223214;AO=24;DP=111;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0195175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.122;QD=5.48151;RBI=0.0302038;REFB=-0.00350796;REVB=-0.0230508;RO=87;SAF=16;SAR=8;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287612;STB=0.656171;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0182668;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:87:87:24:25:0.223214:8:16:38:49:9:16:38:49 chr20 29632709 . C T 100.96 PASS AF=0.168142;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=113;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0313611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.57;QD=3.57382;RBI=0.0314212;REFB=-0.00651972;REVB=-0.00194324;RO=93;SAF=9;SAR=10;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000719015;STB=0.504197;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0270591;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:93:94:19:19:0.168142:10:9:44:49:10:9:45:49 chr20 29632714 . CT AG 64.65 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=110;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0066831;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.036;QD=2.35077;RBI=0.00886742;REFB=-0.00354453;REVB=-0.00582814;RO=95;SAF=7;SAR=7;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455378;STB=0.527234;STBP=0.851;TYPE=mnp;VARB=0.0307672;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:110:110:95:96:14:14:0.127273:7:7:44:51:7:7:45:51 chr20 29633887 . G A 58.51 PASS AF=0.117647;AO=13;DP=120;FAO=14;FDP=119;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0378086;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.764;QD=1.96687;RBI=0.0418186;REFB=-0.00371685;REVB=-0.017869;RO=98;SAF=5;SAR=8;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552527;STB=0.57436;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0425911;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:120:119:98:105:13:14:0.117647:8:5:42:56:9:5:46:59 chr20 29633894 . C A 65.3 PASS AF=0.127119;AO=12;DP=119;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.00409517;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.747;QD=2.21357;RBI=0.00972182;REFB=-0.00370788;REVB=0.00881722;RO=105;SAF=4;SAR=8;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12952;STB=0.661123;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0259095;OID=.;OPOS=29633894;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:119:118:105:103:12:15:0.127119:8:4:46:59:11:4:45:58 chr20 29633916 . G T 526.18 PASS AF=0.530612;AO=50;DP=115;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0135555;FXX=0.162379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.416;QD=21.4768;RBI=0.0200457;REFB=-0.0184444;REVB=-0.0147675;RO=43;SAF=13;SAR=37;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.590457;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0190806;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:98:43:46:50:52:0.530612:37:13:17:26:38:14:20:26 chr20 29633927 . C A 283.09 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.0176537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.3;QD=10.0209;RBI=0.0377555;REFB=-0.044824;REVB=0.033374;RO=61;SAF=12;SAR=35;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908418;STB=0.55657;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.210175;OID=.;OPOS=29633927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:61:66:47:47:0.415929:35:12:20:41:35:12:22:44 chr20 29633929 . A G 438.13 PASS AF=0.4375;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0118976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.099;QD=15.6475;RBI=0.0130948;REFB=-0.00424195;REVB=0.0054699;RO=63;SAF=12;SAR=36;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861903;STB=0.536328;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00239045;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:48:49:0.4375:36:12:20:43:36:13:20:43 chr20 29633938 . A G 86.12 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=-0.0130273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0805;QD=3.34431;RBI=0.0388581;REFB=0.00153651;REVB=-0.0366093;RO=85;SAF=4;SAR=12;SRF=27;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104054;STB=0.574751;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.0197476;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:101:103:85:87:16:16:0.15534:12:4:27:58:12:4:28:59 chr20 29633952 . C T 292.53 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0133522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.241;QD=12.4479;RBI=0.0145271;REFB=-0.0179782;REVB=0.00572321;RO=59;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364326;STB=0.517078;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0262393;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:60:34:34:0.361702:24:10:19:40:24:10:19:41 chr20 29652138 . C G 78.97 PASS AF=0.106061;AO=21;DP=208;FAO=21;FDP=198;FR=.;FRO=177;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=80;FSRR=97;FWDB=0.0351383;FXX=0.0616085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2243;QD=1.5954;RBI=0.0362477;REFB=0.00518387;REVB=0.00889947;RO=175;SAF=8;SAR=13;SRF=79;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879657;STB=0.565154;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0507634;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:208:198:175:177:21:21:0.106061:13:8:79:96:13:8:80:97 chr20 29652147 . A G 71.24 PASS AF=0.0995025;AO=20;DP=201;FAO=20;FDP=201;FR=.;FRO=181;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=110;FWDB=-0.0147075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4628;QD=1.41765;RBI=0.0399946;REFB=-0.00191384;REVB=-0.0371921;RO=179;SAF=7;SAR=13;SRF=69;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457532;STB=0.540758;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0236176;OID=.;OPOS=29652147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:201:201:179:181:20:20:0.0995025:13:7:69:110:13:7:71:110 chr20 29652157 . G A 33.06 PASS AF=0.0677083;AO=13;DP=192;FAO=13;FDP=192;FR=.;FRO=179;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=116;FWDB=-0.034225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.97;QD=0.688752;RBI=0.0343756;REFB=-0.00126022;REVB=-0.00321456;RO=179;SAF=5;SAR=8;SRF=63;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379534;STB=0.532597;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0208343;OID=.;OPOS=29652157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:192:192:179:179:13:13:0.0677083:8:5:63:116:8:5:63:116 chr20 29652164 . GC GT,TT 114.33 PASS AF=0.109091,0.0484848;AO=18,8;DP=179;FAO=18,8;FDP=165;FR=.;FRO=139;FSAF=11,1;FSAR=7,7;FSRF=39;FSRR=100;FWDB=0.00495555,0.0200462;FXX=0.0782079;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=57.6758,83.6643;QD=2.77162;RBI=0.060235,0.0333154;REFB=-0.00619667,-0.00521748;REVB=-0.0600308,-0.0266095;RO=139;SAF=11,1;SAR=7,7;SRF=39;SRR=100;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.399701,-0.210046;STB=0.770551,0.722843;STBP=0.027,0.314;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0319926,0.0536172;OID=.,.;OPOS=29652165,29652164;OREF=C,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:179:165:139:139:18,8:18,8:0.109091,0.0484848:7,7:11,1:39:100:7,7:11,1:39:100 chr20 29652166 . G A 86.2 PASS AF=0.118644;AO=19;DP=174;FAO=21;FDP=177;FR=.;FRO=156;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=109;FWDB=-0.028494;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0269;QD=1.94792;RBI=0.0286849;REFB=0.00151405;REVB=-0.00330406;RO=154;SAF=7;SAR=12;SRF=47;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870203;STB=0.618296;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.025358;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:174:177:154:156:19:21:0.118644:12:7:47:107:12:9:47:109 chr20 29652172 . TG CA,CG 1879.48 PASS AF=0.327044,0.572327;AO=51,89;DP=159;FAO=52,91;FDP=159;FR=.;FRO=16;FSAF=13,25;FSAR=39,66;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00749032,-0.00466356;FXX=0.00624961;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=140.411,99.0594;QD=47.2825;RBI=0.0195265,0.0185662;REFB=-0.00399398,0.00443667;REVB=0.0180328,-0.0179709;RO=16;SAF=13,25;SAR=38,64;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0402995,0.033702;STB=0.519992,0.516606;STBP=0.622,0.465;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00133755,0.00740687;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:159:159:16:16:51,89:52,91:0.327044,0.572327:38,64:13,25:3:13:39,66:13,25:3:13 chr20 29652182 . C T 73.69 PASS AF=0.111801;AO=18;DP=160;FAO=18;FDP=161;FR=.;FRO=143;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=107;FWDB=0.00389772;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5484;QD=1.83072;RBI=0.0056959;REFB=-0.00813873;REVB=0.00415344;RO=139;SAF=5;SAR=13;SRF=34;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530942;STB=0.586119;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0566256;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:160:161:139:143:18:18:0.111801:13:5:34:105:12:6:36:107 chr20 29652183 . G A 122.43 PASS AF=0.153374;AO=25;DP=163;FAO=25;FDP=163;FR=.;FRO=138;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=102;FWDB=-0.0395308;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.699;QD=3.00445;RBI=0.0407461;REFB=-0.00515179;REVB=0.00987719;RO=136;SAF=5;SAR=20;SRF=34;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908679;STB=0.573364;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0220453;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:136:138:25:25:0.153374:20:5:34:102:20:5:36:102 chr20 29652190 . T G 35.18 PASS AF=0.0745342;AO=12;DP=161;FAO=12;FDP=161;FR=.;FRO=149;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=112;FWDB=-0.0342656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.864;QD=0.874014;RBI=0.0361415;REFB=-0.00177329;REVB=0.0114923;RO=147;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075978;STB=0.502071;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0299287;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:161:161:147:149:12:12:0.0745342:9:3:36:111:9:3:37:112 chr20 29652191 . C T 1567.15 PASS AF=0.776398;AO=123;DP=159;FAO=125;FDP=161;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=94;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0161486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8059;QD=38.9354;RBI=0.0198052;REFB=-0.0454599;REVB=-0.0114659;RO=35;SAF=30;SAR=93;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743457;STB=0.500599;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0140451;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:35:36:123:125:0.776398:93:30:9:26:94:31:9:27 chr20 29652194 . C T 115.1 PASS AF=0.148148;AO=24;DP=161;FAO=24;FDP=162;FR=.;FRO=138;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=104;FWDB=0.00777739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.536;QD=2.84209;RBI=0.0148391;REFB=-0.00309806;REVB=0.0126377;RO=137;SAF=7;SAR=17;SRF=34;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702972;STB=0.548537;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0265913;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:137:138:24:24:0.148148:17:7:34:103:17:7:34:104 chr20 29652196 . T C 229.68 PASS AF=0.22561;AO=37;DP=161;FAO=37;FDP=164;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=93;FWDB=-0.0426463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9305;QD=5.60183;RBI=0.0430875;REFB=-0.0122266;REVB=0.00615024;RO=124;SAF=7;SAR=30;SRF=32;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126155;STB=0.588183;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0437914;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:124:127:37:37:0.22561:30:7:32:92:30:7:34:93 chr20 29652235 . CG CC,GC 995.39 PASS AF=0.742574,0.0792079;AO=71,7;DP=110;FAO=75,8;FDP=101;FR=.;FRO=18;FSAF=17,1;FSAR=58,7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0311426,-0.0199331;FXX=0.114025;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=87.6431,167.346;QD=39.4214;RBI=0.0368144,0.0258268;REFB=-0.0229272,-0.00228843;REVB=0.0196327,0.0164224;RO=17;SAF=14,0;SAR=57,7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0533684,-0.703954;STB=0.513891,0.676891;STBP=0.666,0.351;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00280265,-0.0110379;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:101:17:18:71,7:75,8:0.742574,0.0792079:57,7:14,0:5:12:58,7:17,1:5:13 chr20 29652254 . G A 126.45 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=58;FWDB=-0.050145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.695;QD=5.16118;RBI=0.0546269;REFB=0.000904548;REVB=0.0216697;RO=77;SAF=3;SAR=17;SRF=19;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191862;STB=0.634586;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00270686;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:77:78:20:20:0.204082:17:3:19:58:17:3:20:58 chr20 29964935 . A G 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0182755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.914;QD=12.2117;RBI=0.0237118;REFB=0.00290835;REVB=0.0151081;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124865;STB=0.573876;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00602707;OID=.;OPOS=29964935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:5:8:11:11:5:8:11:11 chr20 29965014 . T C 291.4 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0239506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4294;QD=16.8926;RBI=0.0329582;REFB=-0.0192034;REVB=0.0226409;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312878;STB=0.517549;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0277717;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:15:22:18:14:15:22 chr20 29978216 . T C 227.61 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0274878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.002;QD=13.5884;RBI=0.0280689;REFB=-0.00208554;REVB=-0.00568181;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520592;STB=0.527007;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00237885;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:38:40:27:27:0.402985:15:12:15:23:15:12:16:24 chr20 30064331 . A G 163.86 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0776356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1749;QD=29.7927;RBI=0.0778472;REFB=-0.0249659;REVB=-0.0057359;RO=6;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564865;STB=0.531212;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0074849;OID=.;OPOS=30064331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:12:4:1:5:12:4:1:5 chr20 30070239 . C A 262.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0230913;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.828;QD=17.2324;RBI=0.0364105;REFB=-0.034113;REVB=0.0281517;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307414;STB=0.509044;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0276569;OID=.;OPOS=30070239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:14:15:15:16:14:15:16:16 chr20 30452782 . C T 327.46 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0171638;FXX=0.043472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.525;QD=19.8463;RBI=0.0207157;REFB=-0.010115;REVB=0.0115994;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07607;STB=0.532768;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00737447;OID=.;OPOS=30452782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:31:32:34:34:0.515152:19:15:11:20:19:15:12:20 chr20 30497577 . G A 492.75 PASS AF=0.404412;AO=54;DP=135;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.000152706;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.605;QD=14.4925;RBI=0.00850724;REFB=-0.0214189;REVB=-0.00850587;RO=80;SAF=27;SAR=27;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529532;STB=0.531114;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0368963;OID=.;OPOS=30497577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:80:81:54:55:0.404412:27:27:44:36:28:27:44:37 chr20 30513735 . C T 114.62 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00501102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.117;QD=11.1819;RBI=0.0472495;REFB=-0.0156801;REVB=0.046983;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933857;STB=0.544685;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0309989;OID=.;OPOS=30513735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:13:14:0.341463:8:5:8:18:9:5:8:19 chr20 30676401 . AGGG AGGA,AGG 390.2 PASS AF=0,1;AO=2,28;DP=38;FAO=0,37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558069,0.0335325;FXX=0.0263089;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=86.2735,16.701;QD=42.1833;RBI=0.106546,0.242608;REFB=-0.0280848,-0.0790262;REVB=0.0907614,0.24028;RO=6;SAF=2,16;SAR=0,12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.618056;SSSB=0.719959,0.131883;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0607427;OID=.,.;OPOS=30676404,30676402;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGA,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,28:38:0,37:37:0:0,19:0,18:0:0:3:6:2,16:0,12:1:5 chr20 30746248 . T C 1244.69 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7507;QD=61.4664;RBI=0.0525369;REFB=0;REVB=0.0458467;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370439;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr20 30777800 . T C 724.44 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185892;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.378;QD=62.9949;RBI=0.053519;REFB=0;REVB=0.0501869;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334096;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:41:46:1:23:18:0:0:27:19:0:0 chr20 30777860 . A G 265.6 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9299;QD=50.5897;RBI=0.0240473;REFB=0;REVB=-0.0196588;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116799;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:12:7:0:0:12:9:0:0 chr20 30795819 . T C,G 872.66 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=50,4;DP=55;FAO=58,4;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=52,4;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054804,0.0382292;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.658,155.401;QD=56.3005;RBI=0.0548367,0.0648115;REFB=0,0;REVB=-0.00189464,-0.052336;RO=0;SAF=44,4;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.84987e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000933339,0.0344993;OID=.,.;OPOS=30795819,30795819;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:55:62:0:0:50,4:58,4:0.935484,0.0645161:6,0:44,4:0:0:6,0:52,4:0:0 chr20 30922398 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904037;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.407;QD=56.2289;RBI=0.00967965;REFB=0;REVB=0.00345938;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50536e-05;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr20 31022959 . T C 787.27 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102234;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.112;QD=57.2563;RBI=0.0273928;REFB=0;REVB=0.0254136;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320612;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:32:21:0:0:33:22:0:0 chr20 31024274 . T C 419.32 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.471;QD=55.909;RBI=0.0238097;REFB=0;REVB=-0.00483823;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017205;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr20 31025163 . A G 475.27 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0096;QD=55.9135;RBI=0.0813682;REFB=-0.0838749;REVB=-0.0108462;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267201;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:34:0:0:31:34:1:16:15:0:0:18:16:0:0 chr20 31025535 . A G 879.89 PASS AF=1;AO=49;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793215;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.04;QD=57.6978;RBI=0.0220794;REFB=0;REVB=0.0206054;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02038e-05;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:49:61:1:25:24:0:0:34:27:0:0 chr20 31025536 . C G 63.26 PASS AF=0.177419;AO=9;DP=61;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00544798;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.0613;QD=4.08152;RBI=0.00660571;REFB=-0.00856494;REVB=0.00373562;RO=52;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508934;STB=0.786949;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.010362;OID=.;OPOS=31025536;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:61:62:52:51:9:11:0.177419:8:1:26:26:9:2:26:25 chr20 31097695 . C T 123.52 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0241472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.082;QD=12.6691;RBI=0.0362372;REFB=-0.0215265;REVB=-0.0270194;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157235;STB=0.606996;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.039629;OID=.;OPOS=31097695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:14:15:0.384615:5:9:12:12:5:10:12:12 chr20 31196471 . A G 182.93 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0292887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9342;QD=17.4221;RBI=0.0294165;REFB=-0.0133001;REVB=0.00273931;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178806;STB=0.601884;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0173417;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:14:9:11:8:14:9 chr20 31386347 . T C 704.92 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0520854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5301;QD=58.7437;RBI=0.0542732;REFB=0.00659947;REVB=0.0152541;RO=2;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518874;STB=0.502761;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000377357;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:20:26:1:1:20:26:1:1 chr20 31388636 . T C 326.51 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709129;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.313;QD=54.4179;RBI=0.082763;REFB=0;REVB=0.0426739;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107732;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr20 31427602 . G A 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00912959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.819;QD=14.3909;RBI=0.00913482;REFB=-0.0103428;REVB=0.000309061;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141176;STB=0.508016;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.016513;OID=.;OPOS=31427602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:14:19:27:21:14:19:27:21 chr20 31427635 . C T 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0425482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.848;QD=19.407;RBI=0.0426006;REFB=-0.0413311;REVB=0.00211152;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225501;STB=0.50234;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0189217;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:28:30:30:0.517241:13:17:16:11:13:17:16:12 chr20 31436747 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.04;QD=51.9162;RBI=0.00579998;REFB=0;REVB=0.00355814;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05898e-05;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr20 31584178 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.729;QD=58.5872;RBI=0.0517936;REFB=0;REVB=0.00976707;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153833;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr20 31587752 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.781;QD=43.4853;RBI=0.0334057;REFB=0;REVB=0.0297521;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164352;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr20 31587793 . A G 289.72 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6691;QD=52.6768;RBI=0.0804104;REFB=0;REVB=0.0789918;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196713;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:14:7:0:0:15:7:0:0 chr20 31622083 . G A 983.47 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0226639;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.069;QD=57.8514;RBI=0.026288;REFB=-0.0782488;REVB=0.0133193;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000449619;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:0:1:35:32:0:1 chr20 31627291 . A G 705.67 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.854;QD=62.7262;RBI=0.0366657;REFB=0;REVB=0.0233833;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100577;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr20 31652292 . G A 863.24 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13469;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2953;QD=57.5491;RBI=0.136222;REFB=0;REVB=0.0203744;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145924;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:56:60:1:26:30:0:0:28:32:0:0 chr20 31656632 . C G 1749.27 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.361;QD=60.8441;RBI=0.040098;REFB=0;REVB=0.036959;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53554e-05;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:50:65:0:0:50:65:0:0 chr20 31673846 . A G 972.73 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5724;QD=58.9535;RBI=0.0489995;REFB=0;REVB=-0.0229063;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104727;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:46:19:0:0:46:20:0:0 chr20 31676804 . A C 1102.23 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00885128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2499;QD=58.7854;RBI=0.0247876;REFB=0.0161878;REVB=-0.0231535;RO=1;SAF=30;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155074;STB=0.508194;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00122555;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:44:30:1:0:44:30:1:0 chr20 31766037 . G A 265.47 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0229757;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.405;QD=15.616;RBI=0.0271073;REFB=-0.0126935;REVB=-0.0143848;RO=38;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176288;STB=0.598665;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0187367;OID=.;OPOS=31766037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:18:12:9:29:18:12:9:29 chr20 31812923 . G A 1143.28 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.514;QD=59.3913;RBI=0.0218572;REFB=-0.0464254;REVB=0.0147378;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453895;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:1:0:76:77:1:38:38:1:0:38:39:0:0 chr20 31897554 . G C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.356;QD=51.9151;RBI=0.002909;REFB=0;REVB=-0.00116938;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74562e-05;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr20 31981849 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0217182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.248;QD=16.3854;RBI=0.0227029;REFB=-0.00674956;REVB=0.00661393;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782009;STB=0.545357;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0141322;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:2:6:6:3:2:6 chr20 32211693 . C T 346.04 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000808902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8009;QD=24.7169;RBI=0.00990612;REFB=-0.00881162;REVB=-0.00987304;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313795;STB=0.517231;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00766655;OID=.;OPOS=32211693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:20:14:10:12:20:14:10:12 chr20 32212690 . C T 118.78 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.013659;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.106;QD=8.79855;RBI=0.0137014;REFB=-0.00899122;REVB=-0.00107664;RO=36;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194803;STB=0.637504;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0189151;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:36:38:16:16:0.296296:11:5:17:19:11:5:19:19 chr20 32248163 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0203313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.998;QD=19.967;RBI=0.0228943;REFB=-0.0233727;REVB=-0.0105255;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157159;STB=0.58704;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0158582;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:16:13:7:19:16:13:7:19 chr20 32295541 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.139;QD=45.8068;RBI=0.0517784;REFB=0;REVB=0.0507891;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064092;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr20 32319801 . T TGTG 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0232148;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.369;QD=18.767;RBI=0.0510256;REFB=-0.00582489;REVB=0.0454388;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00253837;OID=.;OPOS=32319802;OREF=-;OALT=GTG;OMAPALT=TGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:6:9:6:9:3:2:4:1:2:15:3:2:4:1:2 chr20 32379263 . T C 368.34 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.413;QD=54.5694;RBI=0.052666;REFB=0;REVB=0.0525073;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350209;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 108.81 PASS AF=1;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471691;FXX=0.399734;HRUN=2;LEN=3;MLLD=166.184;QD=48.3593;RBI=0.0496186;REFB=0;REVB=0.0153974;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162054;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0008863;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:28:9:9:0:3:6:0:0:3:19:3:6:9:10 chr20 32664866 . G A 158.68 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0953779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.939;QD=22.6688;RBI=0.103276;REFB=-0.0319666;REVB=0.0396096;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334215;STB=0.519628;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.024328;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:12:11:16:17:0.607143:10:6:5:7:10:7:4:7 chr20 32972053 . TGCA T 133.36 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011423;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.509;QD=35.563;RBI=0.0136169;REFB=0.0360284;REVB=-0.00741174;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549926;STBP=0.428;TYPE=del;VARB=-0.00448201;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:12:14:13:15:2:9:4:2:0:10:0:9:3:0:0 chr20 33098083 . G A 106.58 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0203703;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.735;QD=11.2194;RBI=0.0204517;REFB=-0.00460381;REVB=0.00182286;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855449;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00798169;OID=.;OPOS=33098083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:26:25:13:13:0.342105:7:6:14:12:7:6:13:12 chr20 33104592 . G C 395.91 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00701299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2209;QD=20.3033;RBI=0.0704811;REFB=0.0151665;REVB=0.0701313;RO=38;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071055;STB=0.539335;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.013558;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:21:19:15:23:21:19:15:23 chr20 33337751 . T C 191.44 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-2.04e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8898;QD=15.6278;RBI=0.00198114;REFB=-0.013676;REVB=-0.00198103;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600513;STB=0.534449;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0207687;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:19:10:8:12:19:10 chr20 33451148 . G A 558.15 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00767827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2962;QD=18.7612;RBI=0.0993712;REFB=0.00290356;REVB=0.0990741;RO=60;SAF=31;SAR=27;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452929;STB=0.520285;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00250355;OID=.;OPOS=33451148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:60:61:58:58:0.487395:27:31:35:25:27:31:35:26 chr20 33462951 . G T 217.58 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0782986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6674;QD=22.903;RBI=0.082799;REFB=0.0339719;REVB=-0.0269258;RO=17;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555977;STB=0.531219;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0193264;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:17:4:4:13:17:4:4:13 chr20 33470694 . C T 443.24 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0040768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.307;QD=17.7294;RBI=0.00421947;REFB=-0.000721156;REVB=0.00108792;RO=54;SAF=14;SAR=31;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453981;STB=0.532847;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000741729;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:31:14:19:35:31:14:20:35 chr20 33565480 . C T 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0233588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.384;QD=20.8989;RBI=0.0377196;REFB=-0.0362453;REVB=-0.0296164;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215906;STB=0.624687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0240109;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:1:3:3:5:1:3 chr20 33572941 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0152438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.832;QD=6.8134;RBI=0.0775394;REFB=-0.00728818;REVB=-0.0760262;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871158;STB=0.569413;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0141543;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:17:19:7:7:0.269231:5:2:6:11:5:2:7:12 chr20 33578899 . T C 510.78 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0224551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.82;QD=21.2825;RBI=0.0235635;REFB=-0.012121;REVB=-0.0071419;RO=46;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449577;STB=0.530304;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00811791;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:47:49:49:0.510417:22:27:23:23:22:27:23:24 chr20 33581955 . G A 300.79 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0200488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.36;QD=14.1548;RBI=0.0230852;REFB=-0.0174081;REVB=0.0114442;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194626;STB=0.518508;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0414937;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:13:21:30:20:13:21:30:21 chr20 33583331 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1588;QD=49.598;RBI=0.0737497;REFB=0;REVB=-0.0662585;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0033487;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr20 33584289 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0167569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.248;QD=19.6459;RBI=0.0206143;REFB=-0.0138641;REVB=0.0120065;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.64333;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0104322;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:1:7:6:5:1:7 chr20 33657126 . G A 176.8 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0287781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5201;QD=13.3437;RBI=0.030467;REFB=-0.00733038;REVB=-0.0100031;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753835;STB=0.543437;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.01247;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:16:16:9:12:16:16 chr20 33703701 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.014383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.163;QD=19.1804;RBI=0.0144369;REFB=0.0023933;REVB=0.00124653;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334588;STB=0.519055;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0163809;OID=.;OPOS=33703701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:3:8:9:4:3:8 chr20 33764554 . A G 404.54 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0177764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.733;QD=15.5591;RBI=0.0210678;REFB=-0.0173669;REVB=-0.0113072;RO=58;SAF=17;SAR=28;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380078;STB=0.526095;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0226548;OID=.;OPOS=33764554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:58:45:46:0.442308:28:17:24:34:29:17:24:34 chr20 33867924 . G A 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0158994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.409;QD=29.5044;RBI=0.0170266;REFB=-0.0224807;REVB=0.00609217;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152482;STB=0.508374;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0136043;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:14:16:10:8:14:16:10:8 chr20 33872166 . CCG CC,C 162.34 PASS AF=0.952381,0;AO=10,7;DP=24;FAO=20,0;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.208611,0.0807418;FXX=0.0869187;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.0479,9.42441;QD=30.9225;RBI=0.208823,0.24821;REFB=0.0431921,0.137017;REVB=0.00941242,-0.234711;RO=5;SAF=7,1;SAR=3,6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0721239,-0.518377;STB=0.523786,0.5;STBP=0.532,1;TYPE=del,del;VARB=0.0209309,0;OID=.,.;OPOS=33872168,33872167;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381,0:10,7:24:20,0:21:1:10,0:10,0:0:1:3:5:7,1:3,6:4:1 chr20 33874720 . C T 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0925113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.428;QD=17.0299;RBI=0.0925344;REFB=-0.0199527;REVB=-0.00206749;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874523;STB=0.549945;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0268774;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:9:13:9:9:9:13 chr20 33969530 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.866;QD=54.5172;RBI=0.00795315;REFB=0;REVB=0.00526858;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9072e-05;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr20 33971914 . C T 943.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1646;QD=58.0853;RBI=0.00988998;REFB=0;REVB=0.00575632;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00629753;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:34:29:0:0:36:29:0:0 chr20 33974163 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.78;QD=37.4882;RBI=0.0507512;REFB=0;REVB=-0.0429409;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668202;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr20 34144107 . T C 617.49 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0487388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.633;QD=57.4407;RBI=0.049323;REFB=-0.197559;REVB=0.00756895;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208513;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00126589;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:19:22:1:0:19:23:0:1 chr20 34147286 . C T 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.014519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9146;QD=12.7828;RBI=0.014579;REFB=-0.00151974;REVB=0.00132145;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00339517;OID=.;OPOS=34147286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr20 34164422 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9629;QD=56.9349;RBI=0.0337242;REFB=0;REVB=-0.011883;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051532;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr20 34170034 . C CG 148.81 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541178;FXX=0.499821;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.283;QD=42.5161;RBI=0.100123;REFB=-0.0371164;REVB=-0.0842374;RO=24;SAF=0;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00259601;OID=.;OPOS=34170035;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:27:14:14:0:0:14:0:0:6:24:0:3:12:12 chr20 34170035 . C G 272.13 PASS AF=0.793103;AO=22;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0165855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.236;QD=37.5348;RBI=0.019103;REFB=-0.0959207;REVB=0.00947876;RO=4;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141568;STB=0.573072;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0201103;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:29:29:4:6:22:23:0.793103:11:11:0:4:11:12:1:5 chr20 34170316 . C A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000444045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.776;QD=52.6105;RBI=0.0612968;REFB=0;REVB=0.0612952;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210369;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr20 34173046 . C T 526.94 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.105;QD=56.9668;RBI=0.0521478;REFB=-0.136257;REVB=0.0263516;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00149666;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:35:36:0.972973:12:23:0:0:12:24:1:0 chr20 34173178 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.02;QD=51.1846;RBI=0.0153093;REFB=0;REVB=0.0152042;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75296e-05;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr20 34179907 . C T 1353.97 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4954;QD=62.2515;RBI=0.0667634;REFB=0;REVB=-0.0136472;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578038;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr20 35236275 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 79.5 PASS AF=0.235294,0.117647;AO=8,6;DP=50;FAO=12,6;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9,4;FSAR=3,2;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.178112,0.026217;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.79405,23.9106;QD=6.23517;RBI=0.265477,0.106427;REFB=-0.0279754,-0.0166469;REVB=0.19686,0.103148;RO=23;SAF=7,4;SAR=1,2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.480729,0.175337;STB=0.705524,0.654652;STBP=0.109,0.454;TYPE=del,snp;VARB=0.00090405,0.0299194;OID=.,.;OPOS=35236276,35236282;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294,0.117647:8,6:50:12,6:51:33:9,4:3,2:16:17:43:23:7,4:1,2:12:11 chr20 35710453 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9653;QD=59.0179;RBI=0.0484603;REFB=0;REVB=0.00232358;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000628442;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr20 35807787 . GTGG CACT,GTGGCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT 106.81 PASS AF=0.0526316,0.289474;AO=2,8;DP=43;FAO=2,11;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2,7;FSAR=0,4;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0149754,0.000500958;FXX=0.0952154;HRUN=1,1;LEN=4,29;MLLD=363.245,400.376;QD=11.2426;RBI=0.0157492,0.00382769;REFB=-0.0025233,-0.0131307;REVB=-0.00487606,0.00379477;RO=27;SAF=2,5;SAR=0,3;SRF=22;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.365684,-0.272726;STB=0.991946,0.631371;STBP=0.359,0.366;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00825614,0.0107759;OID=.,.;OPOS=35807787,35807791;OREF=GTGG,-;OALT=CACT,CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT;OMAPALT=CACT,GTGGCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:43:38:27:25:2,8:2,11:0.0526316,0.289474:0,3:2,5:22:5:0,4:2,7:20:5 chr20 35945238 . C G 247.18 PASS AF=0.52;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0065628;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9024;QD=19.7742;RBI=0.0641425;REFB=0.0237175;REVB=0.0638059;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160804;STB=0.596199;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0073454;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:25:26:0.52:10:15:10:14:10:16:10:14 chr20 36030939 . G C 1140.66 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113099;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2412;QD=59.2552;RBI=0.0226028;REFB=-0.0999125;REVB=0.0195697;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.505153;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0131659;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:1:75:76:0.987013:47:28:0:0:48:28:0:1 chr20 36146148 . T C 1409.74 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00416613;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.84;QD=61.9667;RBI=0.00529054;REFB=-0.05059;REVB=-0.00326086;RO=1;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957528;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00196946;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:49:41:0:1:49:41:0:1 chr20 36560117 . G A 289.54 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00140335;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.033;QD=18.6802;RBI=0.0172804;REFB=-0.0113085;REVB=0.0172234;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164542;STB=0.597421;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0188726;OID=.;OPOS=36560117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:30:31:0.5:18:12:18:13:19:12:18:13 chr20 36603611 . A C 670.25 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.35;QD=62.3486;RBI=0.0532645;REFB=0;REVB=-0.0499415;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169195;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr20 36603780 . T C 323.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.399;QD=53.8921;RBI=0.0460311;REFB=0;REVB=0.0459002;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345866;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr20 36603807 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.149;QD=48.7373;RBI=0.0269502;REFB=0;REVB=0.0144498;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183156;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr20 36761014 . G A 668.83 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=107;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00490551;FXX=0.0265463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.141;QD=24.3211;RBI=0.00560846;REFB=-0.00856095;REVB=0.0027186;RO=43;SAF=32;SAR=32;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429297;STB=0.527264;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0057614;OID=.;OPOS=36761014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:43:46:64:64:0.581818:32:32:19:24:32:32:20:26 chr20 36761202 . G A 188.79 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00198163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.577;QD=14.2483;RBI=0.0379504;REFB=-0.00663979;REVB=0.0378986;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067306;STB=0.528276;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00827109;OID=.;OPOS=36761202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:13:17:11:11:14:17 chr20 36770588 . C T 234.06 PASS AF=0.383562;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00426148;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.593;QD=12.8251;RBI=0.00789744;REFB=-0.0235983;REVB=0.006649;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221794;STB=0.649564;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0426295;OID=.;OPOS=36770588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:45:27:28:0.383562:13:14:13:29:13:15:13:32 chr20 36775135 . G A 267.08 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00597659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.441;QD=20.1566;RBI=0.0321312;REFB=-0.0149594;REVB=0.0315705;RO=24;SAF=3;SAR=25;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476964;STB=0.782531;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0116414;OID=.;OPOS=36775135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:25:3:12:12:25:3:13:12 chr20 36784455 . C T 399.55 PASS AF=0.569444;AO=37;DP=69;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0136187;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.527;QD=22.1973;RBI=0.0150984;REFB=-0.0242507;REVB=-0.0065186;RO=30;SAF=21;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162097;STB=0.598738;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0102838;OID=.;OPOS=36784455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:30:31:37:41:0.569444:16:21:11:19:17:24:11:20 chr20 36841914 . G A 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.042116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.546;QD=13.5055;RBI=0.0437209;REFB=-0.00543244;REVB=0.0117371;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0109332;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:8:9:5:7:8:9 chr20 36845738 . C T 200.37 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0208374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.011;QD=17.423;RBI=0.0646789;REFB=-0.0114242;REVB=0.0612304;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263634;STB=0.657738;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0180484;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:14:6:14:11:15:6:14:11 chr20 36850940 . G C 274.4 PASS AF=0.454545;AO=32;DP=68;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.010051;FXX=0.0294074;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5491;QD=16.6302;RBI=0.0524587;REFB=-0.0413242;REVB=-0.0514868;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533311;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0401446;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:36:36:32:30:0.454545:16:16:18:18:14:16:17:19 chr20 36851071 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0286073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.258;QD=10.1409;RBI=0.0323221;REFB=-0.00594874;REVB=0.0150446;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178133;STB=0.579327;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00875412;OID=.;OPOS=36851071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:9:4:5:22:9:4:6:22 chr20 36854106 . G T 182.59 PASS AF=0.6;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00665524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.342;QD=24.3454;RBI=0.00928807;REFB=-0.0217693;REVB=0.00647889;RO=6;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210682;STB=0.522363;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0106924;OID=.;OPOS=36854106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:30:6:12:18:18:0.6:8:10:6:0:8:10:6:6 chr20 36856616 . G A 173.17 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0499436;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6354;QD=25.6554;RBI=0.0590012;REFB=-0.00480851;REVB=0.0314131;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237771;STB=0.622491;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00446326;OID=.;OPOS=36856616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:27:9:10:16:17:0.62963:11:5:6:3:12:5:6:4 chr20 36856640 . G A 66.77 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00661009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9148;QD=12.7179;RBI=0.0121365;REFB=0.0215743;REVB=-0.0101785;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110103;STB=0.565077;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0284482;OID=.;OPOS=36856640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:4:8:5:4:4:8 chr20 36859627 . C G 253.17 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0624339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.114;QD=19.1069;RBI=0.102692;REFB=0.0197769;REVB=-0.0815337;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563638;STB=0.531456;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0282288;OID=.;OPOS=36859627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:9:17:16:11:9:17 chr20 36859711 . G A 76.64 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0155941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.179;QD=12.7738;RBI=0.0157576;REFB=-0.0196428;REVB=-0.00226354;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0262836;OID=.;OPOS=36859711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:5:9:6:4:5:9 chr20 36932660 . C T 1331.05 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0638794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9246;QD=59.8224;RBI=0.071657;REFB=-0.134105;REVB=0.0324675;RO=2;SAF=36;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255931;STB=0.51351;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00307349;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:51:36:2:0:51:36:2:0 chr20 36932676 . G C 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.978;QD=60.9143;RBI=0.0166621;REFB=0.00490243;REVB=0.00429454;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=1.84577e-05;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:85:86:0.988506:51:34:0:0:51:35:1:0 chr20 36940314 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00781919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.045;QD=12.4824;RBI=0.00782759;REFB=0.0158449;REVB=-0.000362354;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248755;STB=0.64494;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0134776;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:14:5:6:6:14:5 chr20 36946848 . G A 180.43 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0137733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1984;QD=17.6029;RBI=0.0137733;REFB=-0.0291515;REVB=2.02606e-05;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12534;STB=0.58433;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0311099;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:10:8:7:15:10:9:7:15 chr20 36989381 . G A 239.02 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00498551;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.566;QD=18.0391;RBI=0.0154547;REFB=-0.019062;REVB=0.0146284;RO=27;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306449;STB=0.517228;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0185643;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:7:19:19:8:7:19:19:8 chr20 37005536 . T C 1239.82 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.992;QD=61.2256;RBI=0.0378446;REFB=0;REVB=-0.000452474;RO=0;SAF=14;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02461e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:63:14:0:0:63:18:0:0 chr20 37062583 . T C 743.0 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00255444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.575;QD=59.4402;RBI=0.0131129;REFB=-0.0477226;REVB=0.0128617;RO=2;SAF=14;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625685;STB=0.533319;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00177819;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:34:14:2:0:34:14:2:0 chr20 37203813 . C T 740.22 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.146;QD=56.9397;RBI=0.0265971;REFB=0;REVB=0.0239298;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270622;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr20 37257590 . C G 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00570167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.848;QD=16.8919;RBI=0.0101235;REFB=0.0182526;REVB=-0.00836518;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324803;STB=0.518209;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0208245;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:16:21:27:18:16:21:27:18 chr20 37277271 . C T 124.09 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0144844;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.437;QD=16.012;RBI=0.0150607;REFB=-0.00983938;REVB=-0.00412657;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.590021;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00797988;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:17:14:14:0.451613:12:2:4:12:12:2:4:13 chr20 37390174 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0127531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.23;QD=16.2716;RBI=0.0225768;REFB=-0.0161009;REVB=0.0186299;RO=17;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399955;STB=0.746313;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0160374;OID=.;OPOS=37390174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:3:12:7:10:3:12:7:11 chr20 37390255 . G GTC 967.2 PASS AF=0.909091;AO=68;DP=79;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0329487;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=294.101;QD=50.2441;RBI=0.0335841;REFB=-0.0549109;REVB=0.00650208;RO=8;SAF=35;SAR=33;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524049;STB=0.522088;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.00385775;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:68:79:70:77:7:37:33:2:5:28:8:35:33:2:6 chr20 37396120 . A G 574.91 PASS AF=1;AO=30;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.577;QD=60.5167;RBI=0.0282536;REFB=0;REVB=-0.00934758;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68793e-05;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:30:38:1:13:17:0:0:14:24:0:0 chr20 37501507 . T C 259.7 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00277606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.682;QD=16.7548;RBI=0.0215147;REFB=-0.0257364;REVB=-0.0213348;RO=32;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776196;STB=0.53569;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0430413;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:16:13:17:15:16:13:17:16 chr20 37551346 . T TA 95.94 PASS AF=0.460526;AO=26;DP=83;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0912719;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.6947;QD=5.04944;RBI=0.111263;REFB=-0.0814678;REVB=-0.0636318;RO=48;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430807;STB=0.542833;STBP=0.516;TYPE=ins;VARB=0.0979729;OID=.;OPOS=37551347;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460526:26:83:35:76:41:19:16:19:22:95:48:14:12:24:24 chr20 37551446 . CTTTTTTA ACTTTTTA,CTTTTT,CTTTTTTTA 36.47 PASS AF=0,0.233333,0;AO=2,4,5;DP=35;FAO=0,7,0;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=0,1,0;FSAR=0,6,0;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0164027,-0.0170945,-0.0567278;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=2,2,1;MLLD=29.4416,22.294,9.97901;QD=4.8632;RBI=0.0764499,0.097907,0.166199;REFB=0.0285823,0.0223085,-0.00675046;REVB=0.0746696,0.0964031,-0.156218;RO=16;SAF=2,0,2;SAR=0,4,3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.69647,-0.585341,0.28301;STB=0.5,0.545317,0.5;STBP=1,0.897,1;TYPE=mnp,del,ins;VARB=0,-0.0216196,0.052941;OID=.,.,.;OPOS=37551446,37551452,37551447;OREF=CT,TA,-;OALT=AC,-,T;OMAPALT=ACTTTTTA,CTTTTT,CTTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:35:30:16:23:2,4,5:0,7,0:0,0.233333,0:0,4,3:2,0,2:3:13:0,6,0:0,1,0:4:19 chr20 37977945 . T C 753.48 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.030089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.698;QD=61.5085;RBI=0.0353678;REFB=0.11258;REVB=0.0185886;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0015582;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:0:1:20:28:0:1 chr20 39609426 . C T 211.15 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0152831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6994;QD=12.0657;RBI=0.0307427;REFB=-0.0051931;REVB=0.0266747;RO=43;SAF=18;SAR=8;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684025;STB=0.509084;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.009571;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:8:18:30:13:8:18:31:13 chr20 39634616 . C T 850.59 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4527;QD=57.6669;RBI=0.0636428;REFB=0;REVB=0.042709;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051367;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr20 39797465 . T C 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0156389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.878;QD=20.2683;RBI=0.0160965;REFB=-0.0080323;REVB=-0.00381068;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167799;STB=0.594505;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00807012;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:13:8:12:9:13:8 chr20 39832223 . AG A 46.02 PASS AF=0.45;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.285839;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3052;QD=9.20404;RBI=0.291899;REFB=-0.0213227;REVB=0.0591695;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=0.515529;STB=0.809878;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.00190303;OID=.;OPOS=39832224;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:21:9:20:11:7:2:2:9:46:11:6:2:2:9 chr20 39983322 . G A 409.6 PASS AF=0.417391;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0267418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.411;QD=14.2471;RBI=0.0271653;REFB=-0.0136853;REVB=-0.00477832;RO=64;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694027;STB=0.547806;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0187545;OID=.;OPOS=39983322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:64:67:47:48:0.417391:24:23:27:37:24:24:28:39 chr20 39986085 . A C 154.08 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0520626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2157;QD=14.333;RBI=0.0551604;REFB=0.0111337;REVB=0.018225;RO=26;SAF=3;SAR=14;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569715;STB=0.829806;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0191116;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:14:3:19:7:14:3:19:7 chr20 39986540 . G A 562.42 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0114842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3809;QD=19.7339;RBI=0.0292243;REFB=-0.0298333;REVB=0.0268733;RO=54;SAF=31;SAR=27;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134264;STB=0.571799;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0323181;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:56:58:58:0.508772:27:31:37:17:27:31:38:18 chr20 39990614 . C T 481.94 PASS AF=0.656716;AO=42;DP=65;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00579282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.316;QD=28.7726;RBI=0.00594171;REFB=-0.0173298;REVB=0.00132181;RO=23;SAF=19;SAR=23;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011551;STB=0.501036;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00900141;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:23:23:42:44:0.656716:23:19:10:13:25:19:10:13 chr20 40701456 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.4;QD=64.4152;RBI=0.0415179;REFB=0;REVB=-0.0030247;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09839e-05;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr20 40702071 . G A 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.033;QD=58.5821;RBI=0.028308;REFB=0;REVB=-0.0084091;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128592;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr20 40714479 . G A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0103704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.125;QD=19.3856;RBI=0.0109237;REFB=-0.0158642;REVB=0.00343238;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119952;STB=0.568054;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0180616;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:7:13:11:10:7:13:11:10 chr20 41306600 . A G 524.37 PASS AF=0.459677;AO=54;DP=123;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.000171856;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.119;QD=16.9151;RBI=0.0155764;REFB=0.00422821;REVB=-0.0155755;RO=66;SAF=27;SAR=27;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149335;STB=0.516826;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00397842;OID=.;OPOS=41306600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:66:67:54:57:0.459677:27:27:32:34:28:29:32:35 chr20 41692175 . C T 361.05 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00138279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.617;QD=20.3409;RBI=0.00559851;REFB=-0.0174873;REVB=-0.00542505;RO=34;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215598;STB=0.619998;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0199643;OID=.;OPOS=41692175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:11:26:16:18:11:26:16:18 chr20 42034206 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.787;QD=40.7629;RBI=0.0469792;REFB=0;REVB=0.0276925;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162443;OID=.;OPOS=42034206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr20 42089710 . A G 416.06 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00224018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.147;QD=22.1901;RBI=0.00682692;REFB=0.0107663;REVB=-0.00644891;RO=34;SAF=14;SAR=27;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368526;STB=0.520333;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00850868;OID=.;OPOS=42089710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:27:14:13:21:27:14:13:21 chr20 42164722 . T C 521.51 PASS AF=0.550562;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0052389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5547;QD=23.4386;RBI=0.00577013;REFB=-0.00286123;REVB=0.00241833;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378718;STB=0.515812;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00361792;OID=.;OPOS=42164722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:40:48:49:0.550562:25:23:21:19:25:24:21:19 chr20 42196550 . T G 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0193782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.038;QD=9.48972;RBI=0.0226864;REFB=-0.00418041;REVB=-0.0117966;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553439;STB=0.845286;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0159103;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:10:8:8:1:10:8 chr20 42225114 . G A 215.76 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.76;QD=47.9463;RBI=0.0379486;REFB=0;REVB=0.0367115;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702786;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr20 42310509 . T C 391.05 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.726;QD=55.8641;RBI=0.041106;REFB=0;REVB=0.0295196;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291524;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:14:14:0:0 chr20 42328639 . T C 740.75 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0482;QD=55.9058;RBI=0.0413621;REFB=0;REVB=0.0412052;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543823;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:47:53:1:23:24:0:0:25:28:0:0 chr20 42425127 . G A 212.18 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00326852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.403;QD=17.6813;RBI=0.00556874;REFB=-0.0106639;REVB=0.00450862;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247249;STB=0.640888;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0086313;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:20:20:0.416667:8:12:9:17:8:12:9:17 chr20 42425178 . A G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0397766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.812;QD=13.336;RBI=0.0427293;REFB=-0.0232137;REVB=0.0156082;RO=24;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10328;STB=0.559924;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0297721;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:10:5:6:18:10:5:6:18 chr20 42740361 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0883824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.266;QD=14.979;RBI=0.0915162;REFB=-0.0111298;REVB=0.0237438;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167219;STB=0.59977;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00939838;OID=.;OPOS=42740361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:2:9:9:1:2:9 chr20 42747247 . C T 303.7 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00765688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.063;QD=22.4961;RBI=0.0078916;REFB=-0.0288651;REVB=0.00191038;RO=21;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164006;STB=0.595119;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0458579;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:23:30:31:0.574074:18:12:13:8:19:12:14:9 chr20 42815190 . G A 385.48 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0957413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.195;QD=53.17;RBI=0.10129;REFB=-0.131352;REVB=0.0330644;RO=1;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227089;STB=0.512187;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000633116;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:29:1:1:28:28:0.965517:20:8:0:1:20:8:0:1 chr20 42939750 . T C 69.21 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0232186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2486;QD=30.7619;RBI=0.0479177;REFB=-0.00420092;REVB=0.0419166;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00634227;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr20 43059211 . A C 197.79 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0122466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1186;QD=18.8374;RBI=0.0341125;REFB=-0.0172528;REVB=0.0318383;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20486;STB=0.58938;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0450224;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:14:5:10:12:14:6:10:12 chr20 43089819 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8359;QD=55.0947;RBI=0.0663135;REFB=0;REVB=0.0656711;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014916;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr20 43264927 . C T 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.612;QD=56.0123;RBI=0.0347698;REFB=0.0796399;REVB=-0.0144559;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000526623;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr20 43378770 . A G 955.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000857608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.541;QD=58.7709;RBI=0.0583457;REFB=0;REVB=0.0583394;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111784;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:36:27:0:0:38:27:0:0 chr20 43379264 . A C 50.37 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.598;QD=33.5826;RBI=0.0426597;REFB=0;REVB=0.0426597;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173661;OID=.;OPOS=43379264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:3:6:1:3:0:0:0:6:0:0:0 chr20 43379454 . T C 213.99 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0359183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5087;QD=38.9079;RBI=0.0360479;REFB=-0.00565536;REVB=0.00305406;RO=1;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130187;STB=0.666464;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00823106;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:22:1:3:18:19:0.863636:3:15:0:1:3:16:0:3 chr20 43530234 . A C 101.82 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.029672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7393;QD=8.85354;RBI=0.0391419;REFB=0.00125622;REVB=0.0255277;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12208;STB=0.567575;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00377121;OID=.;OPOS=43530234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:33:13:13:0.282609:3:10:22:10:3:10:23:10 chr20 43547677 . T G 223.0 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0262247;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2901;QD=16.5188;RBI=0.0804385;REFB=-0.0187186;REVB=-0.0760435;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286073;STB=0.504501;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.009502;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:28:29:24:25:0.462963:11:13:16:12:11:14:16:13 chr20 43561803 . C T 93.99 PASS AF=0.48;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0304156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6384;QD=15.0378;RBI=0.0431627;REFB=-0.0161679;REVB=-0.0306254;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140078;STB=0.59984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0348805;OID=.;OPOS=43561803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:25:25:13:13:11:12:0.48:6:5:4:9:6:6:4:9 chr20 43565622 . G A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0256245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.688;QD=18.4948;RBI=0.0264773;REFB=-0.0106887;REVB=-0.00666596;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105627;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:13:17:17:13:13:17:17:13 chr20 43566787 . A G 294.52 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0615652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.697;QD=28.0491;RBI=0.0620688;REFB=-0.03141;REVB=-0.00789055;RO=13;SAF=17;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16973;STB=0.586139;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.013713;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:16:26:26:0.619048:9:17:5:8:9:17:7:9 chr20 43708297 . T G 422.95 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.025933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.143;QD=18.3889;RBI=0.0271348;REFB=-0.00589036;REVB=-0.0079862;RO=48;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129134;STB=0.576578;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0068833;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:21:22:18:30:21:22:18:31 chr20 43933021 . G T 131.38 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0277366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8819;QD=22.8489;RBI=0.0278145;REFB=-0.059507;REVB=-0.00208054;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355542;STB=0.50632;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0413962;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:22:23:8:9:14:14:0.608696:8:6:3:5:8:6:4:5 chr20 43933163 . T C 342.73 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0242811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3901;QD=16.517;RBI=0.0247558;REFB=-0.0190356;REVB=-0.00482447;RO=46;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152245;STB=0.585715;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0235681;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:13:24:23:23:13:24:23:23 chr20 43951032 . C T 476.56 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0124677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.704;QD=19.4516;RBI=0.0763589;REFB=0.00879299;REVB=0.0753342;RO=51;SAF=28;SAR=19;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310327;STB=0.517234;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0081587;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:19:28:32:19:19:28:32:19 chr20 43976991 . A G 214.46 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=26;FWDB=0.0412994;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.027;QD=17.1569;RBI=0.0498513;REFB=-0.0177709;REVB=-0.0279197;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335777;STB=0.684232;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0297811;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:1:26:17:6:1:26 chr20 43995880 . T G 242.16 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0178458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.377;QD=16.9937;RBI=0.0264143;REFB=-0.0204987;REVB=-0.0194742;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235798;STB=0.63323;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0256145;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:19:8:16:14:19:8:16:14 chr20 43996454 . G T 260.08 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0309403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.797;QD=16.7792;RBI=0.0322033;REFB=-0.000932379;REVB=0.00893013;RO=33;SAF=5;SAR=24;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342587;STB=0.695498;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00184809;OID=.;OPOS=43996454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:24:5:15:18:24:5:15:18 chr20 44005936 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0405671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.242;QD=12.0147;RBI=0.0413689;REFB=-0.00976731;REVB=0.00810563;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01598;STB=0.522066;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.020318;OID=.;OPOS=44005936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:7:13:21:12:7:13:21:13 chr20 44038574 . A G 102.05 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.166;QD=40.8182;RBI=0.0169288;REFB=0;REVB=-0.0168273;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154534;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:3:7:0:0 chr20 44052992 . G A 874.75 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00205484;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.818;QD=56.4353;RBI=0.0228327;REFB=0.018751;REVB=-0.02274;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145233;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000114869;OID=.;OPOS=44052992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:0:1:32:29:0:1 chr20 44054349 . T C 2239.29 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192334;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.471;QD=63.5259;RBI=0.0235625;REFB=0;REVB=0.0136113;RO=0;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60596e-05;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:76:65:0:0:76:65:0:0 chr20 44184498 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1255;QD=59.4298;RBI=0.0413553;REFB=0;REVB=0.0313068;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23442e-05;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr20 44238741 . T G 1378.43 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00287512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3877;QD=61.2635;RBI=0.0317831;REFB=-0.0702882;REVB=-0.0316528;RO=1;SAF=54;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869637;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000653643;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:35:54:1:0:35:54:1:0 chr20 44314609 . A G 710.74 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00445731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3126;QD=52.6475;RBI=0.0287481;REFB=0.00118268;REVB=-0.0284005;RO=3;SAF=18;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722352;STB=0.52499;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.000489388;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:3:2:51:52:0.962963:33:18:3:0:33:19:2:0 chr20 44352620 . G A 1026.36 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.242;QD=59.4991;RBI=0.0316584;REFB=0;REVB=-0.0291162;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171183;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:40:28:0:0:40:29:0:0 chr20 44469290 . G A 59.85 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0132563;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.178;QD=14.0815;RBI=0.0148337;REFB=-0.00851934;REVB=-0.00665656;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47841;STB=0.791595;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0158497;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:4:5:1:7:4:5 chr20 44470676 . T C 119.89 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00824866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.114;QD=9.40288;RBI=0.0304194;REFB=-0.0146416;REVB=-0.0292797;RO=36;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523529;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0310485;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:36:36:14:15:0.294118:7:7:18:18:7:8:18:18 chr20 44501458 . A G 53.98 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0218659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.476;QD=8.30411;RBI=0.0649165;REFB=-0.0250891;REVB=-0.0611231;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504198;STB=0.531173;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0720019;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:12:6:3:5:12:6 chr20 44505973 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.004979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.91;QD=8.81138;RBI=0.0361207;REFB=-0.0208602;REVB=-0.0357759;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597745;STB=0.847941;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0129708;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:5:1:8:2:5:1:8:3 chr20 44506418 . G A 193.14 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0043602;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.656;QD=13.796;RBI=0.00894014;REFB=-0.00386124;REVB=-0.00780479;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492149;STB=0.524621;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00577721;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:31:33:23:23:0.410714:10:13:19:12:10:13:20:13 chr20 44512792 . CTG C 58.53 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.034281;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.211;QD=15.6071;RBI=0.050161;REFB=0.000484251;REVB=-0.0366188;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=-0.00138802;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:7:15:8:15:7:2:6:2:5:47:6:2:5:2:4 chr20 44513289 . T C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0266512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8602;QD=11.7417;RBI=0.0454092;REFB=0.004495;REVB=0.0367657;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977291;STB=0.556906;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00589413;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:7:14:21:15:7:14:21:15 chr20 44513357 . G A 203.79 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0179438;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.467;QD=15.6762;RBI=0.018123;REFB=-0.00886979;REVB=0.00254206;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125424;STB=0.55168;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.008531;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:29:22:23:0.442308:10:12:20:10:10:13:19:10 chr20 44523547 . G A 354.2 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.030789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.895;QD=27.7801;RBI=0.0373094;REFB=-0.0162548;REVB=0.0210719;RO=17;SAF=26;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120414;STB=0.559564;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00499106;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:18:33:33:0.647059:7:26:11:6:7:26:12:6 chr20 44578674 . T A 391.44 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00865098;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.465;QD=23.3694;RBI=0.0228086;REFB=-0.00169631;REVB=0.0211044;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700368;STB=0.539504;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00145696;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:38:39:0.58209:19:19:16:11:19:20:17:11 chr20 44578961 . A G 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00367797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.574;QD=8.66917;RBI=0.0148072;REFB=-0.00318383;REVB=-0.0143432;RO=41;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905815;STB=0.559936;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0104059;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:11:7:13:28:11:7:13:29 chr20 44581348 . G A 88.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0134081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.247;QD=13.608;RBI=0.0471562;REFB=0.00304945;REVB=0.0452098;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236675;STB=0.624759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00471798;OID=.;OPOS=44581348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:7:7:8:3:7:8 chr20 44596207 . C G 182.21 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0092511;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.697;QD=15.8446;RBI=0.0166242;REFB=-0.0298892;REVB=-0.0138124;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315625;STB=0.682725;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0331491;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:14:5:15:12:14:5:15:12 chr20 44639692 . G T 412.71 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0101331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.07;QD=27.0627;RBI=0.0294614;REFB=-0.00609459;REVB=0.0276639;RO=22;SAF=19;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215919;STB=0.511778;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00652697;OID=.;OPOS=44639692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:20:19:10:12:20:19:10:12 chr20 44640225 . A G 990.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.011;QD=59.1348;RBI=0.00618669;REFB=0;REVB=-0.00459982;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28312e-05;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr20 44642406 . G C 638.66 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0271968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1045;QD=59.4102;RBI=0.0272217;REFB=-0.0510602;REVB=0.00116353;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00149303;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:26:16:0:0:26:16:1:0 chr20 44642833 . A C 150.48 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.021217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.908;QD=12.2843;RBI=0.0363385;REFB=-0.0158414;REVB=-0.0295013;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281768;STB=0.524971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0422132;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:10:7:12:19:10:7:12:20 chr20 44643111 . G A 1700.67 PASS AF=0.492877;AO=171;DP=349;FAO=173;FDP=351;FR=.;FRO=178;FSAF=64;FSAR=109;FSRF=78;FSRR=100;FWDB=-0.00677305;FXX=0.00284083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6159;QD=19.3809;RBI=0.00727175;REFB=-0.0156067;REVB=0.00264653;RO=177;SAF=63;SAR=108;SRF=78;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704115;STB=0.53642;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0142982;OID=.;OPOS=44643111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:351:177:178:171:173:0.492877:108:63:78:99:109:64:78:100 chr20 44644965 . G A 366.23 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0178899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.761;QD=18.7808;RBI=0.0192352;REFB=-0.024141;REVB=0.00706735;RO=36;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216637;STB=0.610122;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.033831;OID=.;OPOS=44644965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:36:40:38:38:0.487179:25:13:21:15:25:13:22:18 chr20 44678348 . G A 609.44 PASS AF=0.903846;AO=46;DP=51;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0185766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.175;QD=46.8798;RBI=0.0197213;REFB=-0.158198;REVB=-0.00662109;RO=5;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794779;STB=0.542355;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00283757;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:51:52:5:5:46:47:0.903846:27:19:0:5:27:20:0:5 chr20 44680412 . C T 421.11 PASS AF=0.512195;AO=40;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00233714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.652;QD=20.5417;RBI=0.0123735;REFB=-0.00493492;REVB=0.0121508;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882157;STB=0.574409;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00387745;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:40:40:42:0.512195:21:19:13:22:22:20:13:27 chr20 44688665 . G A 608.71 PASS AF=0.443038;AO=62;DP=150;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0224971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3132;QD=15.4105;RBI=0.0348579;REFB=-0.0115448;REVB=0.0266261;RO=88;SAF=37;SAR=25;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907742;STB=0.542037;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0194391;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:158:88:88:62:70:0.443038:25:37:45:43:29:41:45:43 chr20 44688730 . G A 1510.7 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7274;QD=63.6082;RBI=0.0188653;REFB=0;REVB=0.0171653;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97744e-05;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:48:46:0:0:49:46:0:0 chr20 44746982 . T C 230.06 PASS AF=0.7;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0156961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.579;QD=30.6743;RBI=0.0460711;REFB=-0.0210638;REVB=0.0433149;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891533;STB=0.538425;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0140416;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:9:9:20:21:0.7:8:12:4:5:9:12:4:5 chr20 44757213 . A G 246.65 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0108364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.921;QD=26.665;RBI=0.0783757;REFB=-0.0300017;REVB=0.077623;RO=14;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379631;STB=0.530095;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0263566;OID=.;OPOS=44757213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:9:13:9:5:10:13:9:5 chr20 44983517 . G A 125.96 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00152507;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2862;QD=8.99682;RBI=0.00968327;REFB=-0.00622764;REVB=-0.00956242;RO=38;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203458;STB=0.630418;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.036628;OID=.;OPOS=44983517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:39:17:17:0.303571:11:6:20:18:11:6:21:18 chr20 44987318 . C G 173.25 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0140259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.092;QD=12.8332;RBI=0.0140268;REFB=-0.0180566;REVB=0.000159418;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200759;STB=0.505295;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0282029;OID=.;OPOS=44987318;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:32:33:20:21:0.388889:11:9:15:17:11:10:16:17 chr20 44996182 . A G 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.001;QD=61.3294;RBI=0.195679;REFB=0;REVB=0.0164763;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006187;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr20 45194904 . C G 574.12 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=-0.011023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.22;QD=16.4033;RBI=0.0116403;REFB=-0.0137836;REVB=-0.0037405;RO=79;SAF=23;SAR=38;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523532;STB=0.529194;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0162145;OID=.;OPOS=45194904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:61:61:0.435714:38:23:26:53:38:23:26:53 chr20 45204266 . G A 686.35 PASS AF=0.945455;AO=50;DP=53;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0518138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3829;QD=49.9164;RBI=0.0761861;REFB=-0.0560068;REVB=0.0558538;RO=3;SAF=32;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00308114;STB=0.502957;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00596853;OID=.;OPOS=45204266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:55:3:3:50:52:0.945455:18:32:2:1:20:32:2:1 chr20 45242269 . G C 522.46 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0275512;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.317;QD=25.8007;RBI=0.02784;REFB=-0.0106609;REVB=-0.00400015;RO=33;SAF=30;SAR=18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217943;STB=0.619145;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0123271;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:33:33:48:48:0.592593:18:30:11:22:18:30:11:22 chr20 45318042 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00691792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.649;QD=16.8227;RBI=0.0132987;REFB=-0.0334221;REVB=-0.0113577;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.033415;OID=.;OPOS=45318042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:1:4:4:3:1:4 chr20 45354291 . G A 430.51 PASS AF=0.46;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=-0.0141651;FXX=0.0825612;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.494;QD=17.2204;RBI=0.0278003;REFB=-0.00574149;REVB=0.0239209;RO=48;SAF=26;SAR=20;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178432;STB=0.609601;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.029737;OID=.;OPOS=45354291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:100:48:54:46:46:0.46:20:26:36:12:20:26:41:13 chr20 45717954 . C T 784.0 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261059;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.231;QD=55.0174;RBI=0.0445401;REFB=0;REVB=0.0360874;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510835;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:55:57:1:23:32:0:0:23:34:0:0 chr20 45816757 . C T 232.19 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0601692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5791;QD=23.8143;RBI=0.061374;REFB=-0.0158617;REVB=-0.0121012;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458209;STB=0.525524;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0135178;OID=.;OPOS=45816757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:6:11:13:9:6:11 chr20 45817255 . A C 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000490438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6158;QD=58.5941;RBI=0.00649996;REFB=0;REVB=0.00648143;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03169e-05;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr20 45853037 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.55;QD=52.6122;RBI=0.0354716;REFB=0;REVB=-0.0220826;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58308e-05;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr20 45867852 . A G 121.0 PASS AF=0.590909;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0634316;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.599;QD=22;RBI=0.0634881;REFB=-0.0247056;REVB=-0.00267783;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.525508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0151573;OID=.;OPOS=45867852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:7:9:11:13:0.590909:7:4:3:4:8:5:4:5 chr20 46365571 . A G 442.55 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0295466;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.097;QD=19.4526;RBI=0.0374837;REFB=-0.0178338;REVB=-0.0230657;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173013;STB=0.596168;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0245444;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:18:26:19:28:18:26:19:28 chr20 47241618 . A G 209.52 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.037084;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.041;QD=24.6495;RBI=0.0370851;REFB=-0.00632176;REVB=-0.000293279;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196189;STB=0.62263;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00512115;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:15:14:20:20:0.588235:13:7:9:6:13:7:9:5 chr20 47253043 . G A 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0410224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4514;QD=27.8844;RBI=0.0483571;REFB=-0.0131022;REVB=0.0256042;RO=17;SAF=16;SAR=18;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109092;STB=0.567467;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00496205;OID=.;OPOS=47253043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:34:34:0.653846:18:16:5:12:18:16:5:13 chr20 47253150 . T C 905.81 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.018255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9456;QD=56.6131;RBI=0.0371223;REFB=-0.00947492;REVB=0.0323237;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000292799;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:1:0:34:29:1:0 chr20 47256335 . G A 479.34 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00156529;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.486;QD=18.9839;RBI=0.0116264;REFB=-0.00741459;REVB=-0.0115205;RO=51;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268087;STB=0.514846;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00732657;OID=.;OPOS=47256335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:51:51:50:50:0.49505:25:25:24:27:25:25:24:27 chr20 47258761 . G A 464.98 PASS AF=0.369863;AO=53;DP=145;FAO=54;FDP=146;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=65;FWDB=0.0122878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.54;QD=12.7391;RBI=0.0124813;REFB=0.00237657;REVB=-0.00218924;RO=91;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173084;STB=0.587516;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00182566;OID=.;OPOS=47258761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:91:92:53:54:0.369863:30:23:26:65:31:23:27:65 chr20 47261017 . T C 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00152925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.885;QD=21.9722;RBI=0.0115014;REFB=-0.00471007;REVB=0.0113993;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166283;STB=0.592737;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00457854;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:15:6:11:12:15:6 chr20 47265918 . G A 563.9 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0551925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5116;QD=16.5854;RBI=0.0570987;REFB=-0.0057424;REVB=0.0146305;RO=74;SAF=22;SAR=38;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18836;STB=0.612561;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0094196;OID=.;OPOS=47265918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:76:60:60:0.441176:38:22:41:33:38:22:43:33 chr20 47268093 . C G 219.95 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00801595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2887;QD=15.9966;RBI=0.0982433;REFB=-0.0203702;REVB=-0.0979158;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632598;STB=0.525527;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0296184;OID=.;OPOS=47268093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:12:13:17:12:12:13:17:13 chr20 47628605 . T C 38.36 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=7.02674e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2006;QD=10.2281;RBI=0.0407185;REFB=-0.0226604;REVB=0.0407184;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371228;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0297323;OID=.;OPOS=47628605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:9:9:5:6:0.4:2:3:2:7:3:3:2:7 chr20 47775474 . A AC 77.72 PASS AF=0.338983;AO=31;DP=117;FAO=40;FDP=118;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.127742;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.45176;QD=2.63442;RBI=0.133547;REFB=-0.078185;REVB=-0.0389431;RO=75;SAF=16;SAR=15;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117474;STB=0.568829;STBP=0.304;TYPE=ins;VARB=0.0832351;OID=.;OPOS=47775475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338983:31:117:40:118:78:21:19:49:29:77:75:16:15:46:29 chr20 47850182 . C T 802.34 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6011;QD=64.1874;RBI=0.0702425;REFB=0;REVB=-0.0260901;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489544;OID=.;OPOS=47850182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr20 47859217 . G A 138.68 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0137513;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.853;QD=11.3208;RBI=0.0295171;REFB=-0.0064005;REVB=-0.0261183;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155712;STB=0.592291;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0224558;OID=.;OPOS=47859217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:19:14:9:7:19:14 chr20 47862450 . T C 388.09 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5404;QD=51.7458;RBI=0.0572777;REFB=0.0322841;REVB=-0.0537737;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546874;STB=0.529391;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00203185;OID=.;OPOS=47862450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:21:8:1:0:21:8:1:0 chr20 47865372 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.136;QD=60.0305;RBI=0.0244706;REFB=0;REVB=0.0122455;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44298e-05;OID=.;OPOS=47865372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:48:24:0:0:48:24:0:0 chr20 47865509 . G A 233.59 PASS AF=0.869565;AO=18;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00822049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.812;QD=40.6246;RBI=0.0558568;REFB=0.0579878;REVB=0.0552486;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102827;STB=0.509082;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.000731639;OID=.;OPOS=47865509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:2:3:18:20:0.869565:8:10:1:1:8:12:2:1 chr20 47872377 . C G 478.62 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.993;QD=58.0145;RBI=0.0234088;REFB=0;REVB=0.0153999;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186514;OID=.;OPOS=47872377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr20 47886684 . G A 993.98 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169771;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.915;QD=59.3423;RBI=0.0169777;REFB=0;REVB=0.00014407;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00089e-05;OID=.;OPOS=47886684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr20 48120777 . G A 226.42 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0130029;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1764;QD=22.0894;RBI=0.0162426;REFB=-0.0138727;REVB=-0.00973379;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276426;STB=0.625708;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0167374;OID=.;OPOS=48120777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:21:22:0.536585:8:13:5:13:9:13:6:13 chr20 48129706 . G T 325.82 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00472178;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.677;QD=28.9614;RBI=0.0447119;REFB=-0.0262513;REVB=0.0444619;RO=17;SAF=22;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342148;STB=0.689888;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00736571;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:6:22:6:11:6:22:6:11 chr20 48257149 . C T 563.73 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0748452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9524;QD=57.8188;RBI=0.0774942;REFB=0.0419443;REVB=0.0200888;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.519989;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00261297;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:26:12:0:0:26:12:1:0 chr20 48429508 . GG CC 43.55 PASS AF=0.304348;AO=8;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0544443;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.405;QD=7.57335;RBI=0.0567211;REFB=-0.018935;REVB=0.0159091;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129171;STB=0.522323;STBP=0.971;TYPE=mnp;VARB=0.0330156;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:23:23:15:16:8:7:0.304348:5:3:4:11:5:2:5:11 chr20 48491258 . T G 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00571324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.491;QD=20.8719;RBI=0.0124804;REFB=-0.0164888;REVB=-0.0110959;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210923;STB=0.617545;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0173979;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:4:16:12:9:4:16 chr20 48522392 . G A 126.24 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0509717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3003;QD=12.6241;RBI=0.0681233;REFB=-0.0403098;REVB=0.0451959;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380445;STB=0.733022;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0944429;OID=.;OPOS=48522392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:14:15:0.375:4:10:9:16:4:11:9:16 chr20 48522585 . G A 165.03 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-8.05309e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.923;QD=22.0035;RBI=0.00105907;REFB=-0.0341733;REVB=0.001056;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233275;STB=0.646886;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0320368;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:6:11:4:8:6:11:4:9 chr20 48524827 . A G 267.5 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00621833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.677;QD=21.8367;RBI=0.0187643;REFB=0.0177819;REVB=0.017704;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212096;STB=0.619464;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0062796;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:12:12:7:18:12:12 chr20 48569240 . TG T 292.66 PASS AF=0.418803;AO=47;DP=118;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.0438772;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4627;QD=10.0054;RBI=0.0493893;REFB=0.00726018;REVB=0.0226737;RO=67;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143734;STB=0.583689;STBP=0.155;TYPE=del;VARB=-0.00889844;OID=.;OPOS=48569241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418803:47:118:49:117:68:22:27:21:47:99:67:21:26:21:46 chr20 48569278 . T C 395.79 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.00797759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.337;QD=14.0102;RBI=0.0291221;REFB=-0.0174961;REVB=0.0280082;RO=66;SAF=17;SAR=29;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587245;STB=0.526569;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0147983;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:66:67:46:46:0.40708:29:17:21:45:29:17:22:45 chr20 48713049 . G A 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00963552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.216;QD=46.0589;RBI=0.00966614;REFB=-0.0663434;REVB=-0.000768816;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000476131;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:0:1:8:11:0:1 chr20 48729677 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.457;QD=49.5991;RBI=0.111164;REFB=0;REVB=0.108565;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596293;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr20 48746189 . C T 245.23 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00741901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.668;QD=11.0216;RBI=0.0301389;REFB=-0.0068032;REVB=-0.0292115;RO=59;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10544;STB=0.561154;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0164986;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:14:16:26:33:14:16:26:33 chr20 49174413 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00631365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.911;QD=6.57359;RBI=0.0184748;REFB=-0.00515194;REVB=0.0173625;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28974;STB=0.681292;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0135269;OID=.;OPOS=49174413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:12:4:3:3:12:4 chr20 49196284 . C T 65.52 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.121;QD=12.4793;RBI=0.0182885;REFB=-0.00294879;REVB=0.0182885;RO=12;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00776156;OID=.;OPOS=49196284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:21:12:12:6:8:0.380952:6:0:0:12:8:0:0:12 chr20 49214156 . A G 521.13 PASS AF=0.631579;AO=46;DP=75;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00518032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.584;QD=27.4277;RBI=0.00567135;REFB=-0.00665434;REVB=-0.00230836;RO=24;SAF=12;SAR=34;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119088;STB=0.568891;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00462527;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:24:28:46:48:0.631579:34:12:10:14:35:13:12:16 chr20 49367076 . T G 934.91 PASS AF=0.957143;AO=65;DP=69;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0308696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.289;QD=53.4235;RBI=0.10044;REFB=-0.189231;REVB=0.095579;RO=4;SAF=36;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496463;STB=0.519475;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00257489;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:70:4:3:65:67:0.957143:29:36:4:0:30:37:3:0 chr20 49369006 . A G 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0798;QD=57.706;RBI=0.0236059;REFB=0;REVB=0.001534;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54129e-05;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr20 49369605 . C CCT 65.36 PASS AF=0.27027;AO=5;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0120717;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.175;QD=7.06585;RBI=0.0130549;REFB=-0.00848059;REVB=-0.00497053;RO=29;SAF=1;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439309;STB=0.732536;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=0.0271692;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:5:38:10:37:27:3:7:17:10:65:29:1:4:17:12 chr20 49369613 . T TC 91.83 PASS AF=0.478261;AO=8;DP=41;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00776429;FXX=0.11534;HRUN=0;LEN=1;MLLD=175.932;QD=15.9707;RBI=0.0547305;REFB=-0.03404;REVB=-0.0541769;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152349;STB=0.730964;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=0.0122553;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:8:41:11:23:12:7:4:2:10:91:32:5:3:16:16 chr20 49369614 . T C 84.12 PASS AF=0.289474;AO=13;DP=40;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00447311;FXX=0.0499875;HRUN=11;LEN=1;MLLD=138.558;QD=8.85427;RBI=0.0456742;REFB=-0.0251386;REVB=-0.0454546;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231713;STB=0.596983;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0151296;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:40:38:27:27:13:11:0.289474:5:8:11:16:5:6:11:16 chr20 49507230 . G C 184.26 PASS AF=0.62069;AO=14;DP=31;FAO=18;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0649009;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6042;QD=25.4152;RBI=0.0653277;REFB=-0.0200586;REVB=0.00745486;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160162;STB=0.551667;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0109261;OID=.;OPOS=49507230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:31:29:11:11:14:18:0.62069:6:8:4:7:9:9:4:7 chr20 49577065 . AT A 36.65 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0622157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.1711;QD=5.42952;RBI=0.0739629;REFB=-0.029738;REVB=0.0399964;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0.423394;SSEP=0;SSSB=-0.593786;STB=0.788797;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.0891677;OID=.;OPOS=49577066;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:7:27:8:27:19:2:6:13:6:36:19:1:6:13:6 chr20 49620783 . G T 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0174162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.071;QD=14.9033;RBI=0.02002;REFB=-0.0189189;REVB=0.00987297;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08727;STB=0.537162;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0223852;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:16:10:10:23:16:10:11:23 chr20 50217620 . A G 327.58 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0121605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7339;QD=20.4738;RBI=0.0213578;REFB=-0.00126269;REVB=0.0175579;RO=30;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267266;STB=0.648407;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000825957;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:23:11:19:11:23:11:19:11 chr20 50287736 . C T 596.5 PASS AF=0.93617;AO=34;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00980426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.314;QD=50.7658;RBI=0.0876575;REFB=-0.179374;REVB=0.0871074;RO=6;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139535;STB=0.528289;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00304713;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:6:3:34:44:0.93617:17:17:0:6:25:19:0:3 chr20 50287790 . A G 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0681;QD=56.487;RBI=0.0277804;REFB=0.00841562;REVB=0.00105047;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190966;STB=0.510198;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0105584;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:24:11:0:1:24:11:0:1 chr20 50400679 . A T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0192121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.31;QD=16.0647;RBI=0.0218709;REFB=-0.013999;REVB=-0.0104515;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475568;STB=0.527243;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0180843;OID=.;OPOS=50400679;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:7:17:12:6:7:17 chr20 50407162 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.002;QD=56.1885;RBI=0.0485678;REFB=0;REVB=-0.00638507;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315557;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr20 50407502 . A C 460.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.452;QD=57.6166;RBI=0.0255981;REFB=0;REVB=-0.000189577;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204562;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:13:19:0:0 chr20 50408482 . A G 505.57 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545701;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.386;QD=59.4788;RBI=0.0137668;REFB=0;REVB=0.012639;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19698e-05;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr20 50408673 . C T 491.44 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.00416387;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.832;QD=22.0873;RBI=0.0186849;REFB=-0.0169828;REVB=-0.0182151;RO=41;SAF=16;SAR=31;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697428;STB=0.542355;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0147495;OID=.;OPOS=50408673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:41:42:47:47:0.52809:31:16:11:30:31:16:11:31 chr20 51870849 . T C 492.59 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0311672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.649;QD=16.1505;RBI=0.031245;REFB=-0.0191719;REVB=0.00220228;RO=67;SAF=26;SAR=28;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109716;STB=0.510324;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0230284;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:68:54:54:0.442623:28:26:33:34:28:26:34:34 chr20 52105972 . C T 535.6 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126368;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.173;QD=59.511;RBI=0.042758;REFB=0;REVB=0.040848;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887039;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:1:0:35:36:1:15:20:0:1:16:20:0:0 chr20 52184384 . T A 116.48 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=24;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.059001;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.0715;QD=14.5594;RBI=0.0710717;REFB=-0.0285037;REVB=0.0396241;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117403;STB=0.535676;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00884511;OID=.;OPOS=52184384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:32:14:14:9:18:0.5625:7:2:3:11:13:5:3:11 chr20 52198340 . T A 213.33 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00859668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.254;QD=16.1003;RBI=0.00896068;REFB=-0.00848873;REVB=0.00252803;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32448;STB=0.684223;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0223864;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:7:17:11:18:7:17:11:18 chr20 52198967 . A G 244.19 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0106555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.355;QD=23.2559;RBI=0.0108335;REFB=-0.0183183;REVB=0.00195594;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465365;STB=0.525965;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0123178;OID=.;OPOS=52198967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:8:11:12:11:8:11 chr20 52561469 . A G 915.7 PASS AF=0.5;AO=89;DP=180;FAO=92;FDP=184;FR=.;FRO=92;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0109859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.296;QD=19.9066;RBI=0.0146533;REFB=-0.0178191;REVB=-0.00969683;RO=88;SAF=50;SAR=39;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356943;STB=0.516378;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.016016;OID=.;OPOS=52561469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:184:88:92:89:92:0.5:39:50:46:42:42:50:47:45 chr20 52611540 . C A 47.45 PASS AF=0.210526;AO=7;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.025867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5118;QD=4.99421;RBI=0.028428;REFB=-0.0125704;REVB=0.0117919;RO=29;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45692;STB=0.740215;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.106502;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:38:38:29:30:7:8:0.210526:5:2:20:9:5:3:21:9 chr20 52645166 . A G 770.44 PASS AF=0.446237;AO=79;DP=182;FAO=83;FDP=186;FR=.;FRO=103;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.0169291;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0739;QD=16.5686;RBI=0.0319822;REFB=-0.00631697;REVB=-0.0271343;RO=99;SAF=42;SAR=37;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669323;STB=0.543555;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0104363;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:186:99:103:79:83:0.446237:37:42:46:53:37:46:49:54 chr20 52674615 . A G 688.52 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.479;QD=62.5932;RBI=0.0552352;REFB=0;REVB=0.0371965;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238644;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:17:23:0:0:20:24:0:0 chr20 52675188 . G T 63.65 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00663297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3823;QD=9.09244;RBI=0.0100042;REFB=0.00832505;REVB=0.00748914;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375982;STB=0.751486;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00859035;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:8:9:0.321429:2:6:8:11:2:7:8:11 chr20 52675259 . G T 54.71 PASS AF=0.275862;AO=9;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0157353;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.325;QD=7.54655;RBI=0.0352243;REFB=-0.0368401;REVB=0.0315143;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22771;STB=0.620405;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0600353;OID=.;OPOS=52675259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:20:21:9:8:0.275862:4:5:7:13:4:4:7:14 chr20 52771261 . G A 211.88 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0203714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5957;QD=16.6178;RBI=0.0243425;REFB=0.0249244;REVB=-0.0133253;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258211;STB=0.527374;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0309888;OID=.;OPOS=52771261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:12:10:12:16:12:11:12:16 chr20 52775528 . C T 187.72 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00815434;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.656;QD=8.73094;RBI=0.0297158;REFB=0.00175647;REVB=-0.0285751;RO=59;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104796;STB=0.566719;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00728731;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:61:25:25:0.290698:18:7:21:38:18:7:22:39 chr20 52781091 . C T 502.78 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0475331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.612;QD=22.3456;RBI=0.0475381;REFB=0.00251382;REVB=0.000689258;RO=41;SAF=18;SAR=30;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158529;STB=0.593181;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0025544;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:42:48:48:0.533333:30:18:23:18:30:18:24:18 chr20 52786219 . G A 127.12 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0150892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.444;QD=11.5564;RBI=0.0237742;REFB=-0.0108042;REVB=-0.018372;RO=27;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575581;STB=0.831168;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0267212;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:27:29:15:15:0.340909:2:13:10:17:2:13:12:17 chr20 54824029 . G A 190.65 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.000882459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.473;QD=15.252;RBI=0.00658656;REFB=-0.0015483;REVB=-0.00652718;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19927;STB=0.634733;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00196364;OID=.;OPOS=54824029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:30:20:20:0.4:11:9:7:20:11:9:7:23 chr20 54944791 . C G 237.07 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0107983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.27;QD=18.5938;RBI=0.0138875;REFB=-0.000915749;REVB=-0.00873269;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520547;STB=0.536812;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00154678;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:26:24:25:0.490196:8:16:16:10:8:17:16:10 chr20 54961463 . T C 1069.38 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00206083;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.912;QD=58.5962;RBI=0.0198846;REFB=0.000529603;REVB=0.0197775;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116761;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=2.87726e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:71:72:0.986301:40:31:0:1:41:31:0:1 chr20 54961541 . A T 200.27 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00280879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8232;QD=20.5407;RBI=0.0591397;REFB=-0.0475954;REVB=0.059073;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018852;STB=0.510628;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0483179;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:8:11:12:8:8:11 chr20 55033420 . C T 321.59 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0155985;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.175;QD=21.4392;RBI=0.0183317;REFB=-0.0221533;REVB=0.00963;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173745;STB=0.602179;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0185175;OID=.;OPOS=55033420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:27:33:33:0.55:16:17:19:7:16:17:20:7 chr20 55033476 . C G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2829;QD=57.1986;RBI=0.0594301;REFB=0;REVB=0.0569881;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844528;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr20 55033635 . C T 37.71 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0871218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.749;QD=8.87234;RBI=0.0941107;REFB=-0.0435833;REVB=0.0355895;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238861;STB=0.646611;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0406348;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:3:8:3:3:3:8 chr20 55033647 . T C 179.2 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655151;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.158;QD=47.7874;RBI=0.0793482;REFB=0;REVB=0.0447651;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198999;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr20 55033713 . G A 123.17 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.526;QD=37.8971;RBI=0.0612458;REFB=-0.11322;REVB=0.0588491;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393232;STB=0.521703;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0028324;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:11:1:0:1:11:1:0:1 chr20 55072471 . TA T,TG 307.04 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=4,19;DP=25;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.484,97.6216;QD=51.1738;RBI=0.0598609,0.054618;REFB=0,0;REVB=0.0598609,0.054618;RO=0;SAF=0,0;SAR=4,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000844773,-7.82034e-05;OID=.,.;OPOS=55072472,55072472;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:4,19:25:1,23:24:0:0,0:1,23:0:0:5:0:0,0:4,19:0:0 chr20 55088404 . A G 753.51 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00644851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.861;QD=61.511;RBI=0.0325686;REFB=-0.0977433;REVB=0.0319238;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229327;STB=0.511623;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000704664;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:20:27:0:1:21:27:0:1 chr20 55108617 . C A 986.84 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.807;QD=58.916;RBI=0.0665121;REFB=0;REVB=0.0341371;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188899;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:45:21:0:0:45:22:0:0 chr20 55111273 . C T 370.75 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.439;QD=54.9266;RBI=0.0238398;REFB=0;REVB=0.0209067;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224588;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:11:16:0:0 chr20 55111364 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.88;QD=55.0979;RBI=0.0562333;REFB=0;REVB=-0.00762475;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145018;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr20 55263662 . T G 197.67 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5137;QD=43.9268;RBI=0.0352811;REFB=-0.0446893;REVB=-0.0218875;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00204653;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr20 55748206 . G A 854.74 PASS AF=0.983607;AO=50;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142203;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9007;QD=56.0484;RBI=0.0953402;REFB=-0.0711991;REVB=0.0942738;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00131405;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:50:60:0.983607:27:23:0:0:29:31:0:1 chr20 55887006 . C T 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00512568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.116;QD=26.3129;RBI=0.0107818;REFB=0.00614159;REVB=-0.00948548;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293581;STB=0.518849;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00363283;OID=.;OPOS=55887006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:11:12:20:20:0.625:11:9:5:6:11:9:6:6 chr20 55949979 . C T 439.38 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00276629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.343;QD=24.7535;RBI=0.00277697;REFB=-0.00749427;REVB=0.000243326;RO=29;SAF=12;SAR=30;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819305;STB=0.545002;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00494203;OID=.;OPOS=55949979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:30:12:11:18:30:12:11:18 chr20 55974984 . A G 735.63 PASS AF=0.496552;AO=70;DP=143;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00535616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.174;QD=20.2933;RBI=0.00686867;REFB=-0.0141602;REVB=-0.00430002;RO=73;SAF=40;SAR=30;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135549;STB=0.572803;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0112421;OID=.;OPOS=55974984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:73:73:70:72:0.496552:30:40:31:42:31:41:31:42 chr20 56090807 . A G 699.51 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.079;QD=62.1789;RBI=0.0564155;REFB=0;REVB=0.00590422;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377009;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr20 56098733 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5244;QD=55.6544;RBI=0.0319306;REFB=0;REVB=0.0244713;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557651;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr20 56131216 . A G 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0274;QD=59.8299;RBI=0.0445898;REFB=0;REVB=-0.0331503;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001205;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr20 56137895 . G C 500.82 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9505;QD=58.9204;RBI=0.0930141;REFB=0;REVB=0.0760834;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255203;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr20 56139403 . T C 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8563;QD=60.3736;RBI=0.019341;REFB=0;REVB=-0.00106792;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119936;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr20 56179422 . C A 115.61 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.94;QD=42.0386;RBI=0.0235609;REFB=0;REVB=0.0232523;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254253;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr20 56182296 . A C 940.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615504;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.249;QD=57.8928;RBI=0.0665154;REFB=0;REVB=0.0252159;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327358;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:31:34:0:0 chr20 56185303 . G A 309.45 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00367453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7862;QD=16.0755;RBI=0.00850078;REFB=0.00401412;REVB=0.00766558;RO=43;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866279;STB=0.548752;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00388679;OID=.;OPOS=56185303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:16:18:19:24:16:18:19:24 chr20 56186883 . CT C,CC 921.32 PASS AF=0.0153846,0.984615;AO=7,57;DP=65;FAO=1,64;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130082,0.0544191;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.3131,57.2314;QD=56.6964;RBI=0.0969049,0.112165;REFB=0,0;REVB=0.0960278,0.0980791;RO=0;SAF=6,22;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0333177,0.00833102;OID=.,.;OPOS=56186884,56186884;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0153846,0.984615:7,57:65:1,64:65:0:0,28:1,36:0:0:3:0:6,22:1,35:0:0 chr20 56190634 . C T 101.6 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.027517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.383;QD=16.9334;RBI=0.0348109;REFB=0.000696248;REVB=0.0213217;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325459;STB=0.6997;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000701706;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:7:5:9:2:7:5:10:2 chr20 56224602 . G A 305.78 PASS AF=0.56;AO=26;DP=48;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00508474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1415;QD=24.4627;RBI=0.026164;REFB=-0.00927424;REVB=0.0256652;RO=22;SAF=21;SAR=5;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140333;STB=0.521724;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00533925;OID=.;OPOS=56224602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:22:22:26:28:0.56:5:21:18:4:6:22:18:4 chr20 56227514 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0126827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.537;QD=11.4397;RBI=0.108051;REFB=-0.0169498;REVB=-0.107304;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117403;STB=0.507027;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0224423;OID=.;OPOS=56227514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:11:3:2:7:11:3 chr20 56227532 . T C 123.79 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00116482;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.992;QD=15.9725;RBI=0.00607049;REFB=-0.0100105;REVB=0.00595768;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220966;STB=0.627723;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0101196;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:10:7:9:5:10:7 chr20 56285540 . T C 393.1 PASS AF=0.482353;AO=39;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0171276;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.009;QD=18.4986;RBI=0.0172863;REFB=-0.0196883;REVB=0.00233732;RO=44;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795535;STB=0.54241;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0244602;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:39:41:0.482353:21:18:24:20:22:19:24:20 chr20 56807969 . A G 339.2 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00207336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.63;QD=18.586;RBI=0.0161445;REFB=0.00294886;REVB=0.0160108;RO=37;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787748;STB=0.549626;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00280123;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:35:36:0.493151:15:20:18:19:15:21:18:19 chr20 56814892 . G T 238.7 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0253335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9538;QD=14.0414;RBI=0.025684;REFB=0.0162979;REVB=0.00422849;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119498;STB=0.578894;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0287882;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:40:28:28:0.411765:16:12:12:26:16:12:12:28 chr20 56820880 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0431562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.908;QD=15.8392;RBI=0.0462156;REFB=0.00119724;REVB=0.0165354;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.000303321;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:3:4:4:4:3:4 chr20 56821127 . A G 439.49 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00872629;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.173;QD=21.703;RBI=0.0124142;REFB=-0.0087824;REVB=-0.00882973;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046996;STB=0.519255;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00563227;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:21:22:21:16:21:22:21:17 chr20 56822536 . G A 135.02 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0123203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.753;QD=18.6231;RBI=0.025553;REFB=-0.000919552;REVB=0.0223867;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512803;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000876305;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:9:5:5:9:10:5:5:9 chr20 57020573 . A G 552.19 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0115559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5577;QD=22.3106;RBI=0.013938;REFB=-0.0103556;REVB=0.00779295;RO=46;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649122;STB=0.531275;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00911655;OID=.;OPOS=57020573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:46:47:52:52:0.525253:31:21:22:24:31:21:22:25 chr20 57042665 . A G 604.62 PASS AF=0.481203;AO=61;DP=129;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.00059253;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1709;QD=18.1839;RBI=0.018084;REFB=-0.0147307;REVB=-0.0180742;RO=68;SAF=31;SAR=30;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161536;STB=0.578799;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0209261;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:68:69:61:64:0.481203:30:31:23:45:33:31:23:46 chr20 57045667 . T C 644.93 PASS AF=0.417143;AO=70;DP=172;FAO=73;FDP=175;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.00420586;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.541;QD=14.7414;RBI=0.00519474;REFB=-0.0122568;REVB=0.00304894;RO=98;SAF=31;SAR=39;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597878;STB=0.544322;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0174952;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:175:98:102:70:73:0.417143:39:31:49:49:42:31:51:51 chr20 57045765 . A G 256.77 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=41;FWDB=-0.00400077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.059;QD=12.3742;RBI=0.0176896;REFB=-0.0150248;REVB=-0.0172313;RO=50;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148126;STB=0.584304;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0238798;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:52:30:31:0.373494:20:10:11:39:21:10:11:41 chr20 57244493 . G A 394.15 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0293508;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.154;QD=21.8973;RBI=0.0294679;REFB=-0.015705;REVB=-0.00262482;RO=33;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208063;STB=0.614991;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0117083;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:25:14:20:13:25:14:20:13 chr20 57268867 . C A 298.34 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.022312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.694;QD=18.6465;RBI=0.0235478;REFB=-0.0243365;REVB=-0.00752813;RO=32;SAF=3;SAR=29;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19858;STB=0.612594;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0272915;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:29:3:6:26:29:3:6:26 chr20 57280575 . T C 251.26 PASS AF=0.348315;AO=30;DP=88;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.038943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6498;QD=11.2927;RBI=0.0391027;REFB=-0.00376734;REVB=-0.00353071;RO=54;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878084;STB=0.559548;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00834838;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:54:58:30:31:0.348315:16:14:21:33:17:14:21:37 chr20 57290347 . C G 453.14 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0469465;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0477;QD=19.9181;RBI=0.0516678;REFB=-0.0207892;REVB=-0.0215774;RO=42;SAF=20;SAR=24;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109268;STB=0.561377;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0182038;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:42:46:44:45:0.494505:24:20:14:28:25:20:15:31 chr20 57478807 . C T 1625.04 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0412534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5081;QD=59.0923;RBI=0.0422516;REFB=0.0254301;REVB=-0.00912989;RO=2;SAF=52;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179039;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.001022;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:2:1:108:109:0.990909:56:52:2:0:56:53:1:0 chr20 57571763 . A G 135.61 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=54;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0201152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.515;QD=9.51632;RBI=0.0209149;REFB=-0.0209627;REVB=-0.00572821;RO=36;SAF=2;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456256;STB=0.686059;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0444385;OID=.;OPOS=57571763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:36:38:17:19:0.333333:15:2:15:21:15:4:17:21 chr20 57572675 . A G 946.06 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183343;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.525;QD=58.2191;RBI=0.0205247;REFB=0;REVB=0.00922591;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59323e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:30:35:0:0 chr20 57599016 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000195912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.061;QD=52.6126;RBI=0.0192564;REFB=0;REVB=-0.0192554;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267982;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr20 57599402 . G A 86.44 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0165041;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.502;QD=11.1536;RBI=0.0331654;REFB=0.0143939;REVB=0.0287673;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216945;STB=0.609948;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0131862;OID=.;OPOS=57599402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:18:20:11:11:0.354839:2:9:12:6:2:9:14:6 chr20 57610059 . C A 395.63 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0129682;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.09;QD=19.7817;RBI=0.0302126;REFB=-0.0104022;REVB=-0.0272879;RO=38;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666368;STB=0.550353;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00987219;OID=.;OPOS=57610059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:40:40:40:0.5:17:23:19:19:17:23:19:21 chr20 57612390 . C G 784.95 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2781;QD=64.0776;RBI=0.0244627;REFB=0;REVB=0.0165927;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47511e-06;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr20 57767043 . G C 181.5 PASS AF=0.411765;AO=17;DP=47;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0390062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2969;QD=14.235;RBI=0.0603153;REFB=-0.0441001;REVB=0.046005;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091629;STB=0.551677;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0548007;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:30:30:17:21:0.411765:4:13:21:9:8:13:21:9 chr20 57768399 . T C 347.45 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00180901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.216;QD=19.8542;RBI=0.0132924;REFB=-0.00423236;REVB=-0.0131687;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134155;STB=0.500796;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387106;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:34:35:36:0.514286:18:17:16:18:19:17:16:18 chr20 57768657 . T C 85.76 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.009343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.947;QD=12.7049;RBI=0.0363584;REFB=-0.0236217;REVB=-0.0351375;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265032;STB=0.691913;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0269043;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:25:27:16:16:9:11:0.407407:2:7:9:7:2:9:9:7 chr20 57768743 . C T 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0146369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6297;QD=21.2658;RBI=0.0239606;REFB=-0.0102234;REVB=0.0189703;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00768462;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:8:6:8:9:8:6 chr20 57829301 . T C 168.05 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.019685;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.877;QD=14.0041;RBI=0.0265647;REFB=-0.0247331;REVB=-0.0178376;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750195;STB=0.562432;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0215185;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:30:18:18:0.375:9:9:12:16:9:9:12:18 chr20 57833518 . G A 442.92 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.045;QD=57.151;RBI=0.0387551;REFB=0;REVB=0.0167524;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75098e-05;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:16:12:0:0:16:15:0:0 chr20 57833740 . T C 796.91 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654416;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1195;QD=55.9234;RBI=0.0655801;REFB=0;REVB=0.00425988;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253846;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:31:22:0:0:32:25:0:0 chr20 57834150 . A T 627.52 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0999857;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.1186;QD=55.7794;RBI=0.106709;REFB=0.0354237;REVB=0.0372788;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164729;STB=0.517233;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00117312;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:42:43:0.955556:28:14:0:1:28:15:0:2 chr20 58342349 . C T 514.04 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.107061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.446;QD=18.8639;RBI=0.111808;REFB=-0.0211217;REVB=0.0322346;RO=55;SAF=24;SAR=30;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592288;STB=0.532775;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.025718;OID=.;OPOS=58342349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:30:24:28:27:30:24:28:27 chr20 58467393 . A G 291.99 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0439188;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4349;QD=16.4502;RBI=0.0477077;REFB=-0.0251829;REVB=0.0186323;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125694;STB=0.588852;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0255222;OID=.;OPOS=58467393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:37:39:32:32:0.450704:22:10:16:21:22:10:18:21 chr20 58519991 . G T 328.54 PASS AF=0.62;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00291166;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.062;QD=26.2833;RBI=0.00332114;REFB=0.0177142;REVB=-0.00159756;RO=19;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213865;STB=0.511742;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00878247;OID=.;OPOS=58519991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:19:31:31:0.62:14:17:11:8:14:17:11:8 chr20 58523103 . AG A,AA 115.61 PASS AF=0.727273,0.272727;AO=3,7;DP=10;FAO=8,3;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.387,228.032;QD=42.0407;RBI=0.00925669,0.00890159;REFB=0,0;REVB=0.00925669,0.00890159;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0133024,0.0174449;OID=.,.;OPOS=58523104,58523104;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.272727:3,7:10:8,3:11:0:0,0:8,3:0:0:8:0:0,0:3,7:0:0 chr20 60293919 . C A 1501.38 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0533254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3274;QD=61.2807;RBI=0.0582764;REFB=-0.119346;REVB=0.023506;RO=2;SAF=50;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000807504;STB=0.500426;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00215798;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:46:50:1:1:46:50:1:1 chr20 60293986 . G T 416.3 PASS AF=0.379845;AO=48;DP=128;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0219085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2014;QD=12.9085;RBI=0.033431;REFB=-0.00787298;REVB=0.0252518;RO=80;SAF=29;SAR=19;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750759;STB=0.534418;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0247223;OID=.;OPOS=60293986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:80:80:48:49:0.379845:19:29:43:37:20:29:43:37 chr20 60294279 . A G 383.99 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189678;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3766;QD=56.8873;RBI=0.0230928;REFB=0;REVB=0.0131719;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154552;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr20 60485627 . C T 886.85 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=70;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.045834;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.225;QD=51.4118;RBI=0.0814582;REFB=-0.176217;REVB=0.0673401;RO=5;SAF=13;SAR=51;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000659213;STB=0.50035;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00267523;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:70:69:5:5:64:64:0.927536:51:13:1:4:51:13:1:4 chr20 60503350 . A G 2062.21 PASS AF=0.957746;AO=136;DP=142;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0291951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.391;QD=58.0904;RBI=0.0318467;REFB=-0.0106625;REVB=0.0127223;RO=5;SAF=60;SAR=76;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244267;STB=0.516734;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00365886;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:142:142:5:6:136:136:0.957746:76:60:4:1:76:60:5:1 chr20 60509209 . C T 495.03 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0209487;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3329;QD=25.3862;RBI=0.0271147;REFB=-0.0195658;REVB=0.0172152;RO=32;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218324;STB=0.51194;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0159902;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:32:32:46:46:0.589744:20:26:19:13:20:26:19:13 chr20 60572663 . C A 1195.27 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0781571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3492;QD=59.7635;RBI=0.0915008;REFB=-0.122605;REVB=0.0475801;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00145831;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:1:79:79:0.9875:41:38:1:0:41:38:1:0 chr20 60712511 . A G 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00627414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.52;QD=24.157;RBI=0.0243898;REFB=-0.0190131;REVB=0.023569;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888942;STB=0.548987;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00981253;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:8:13:15:15:8:13 chr20 60713311 . G A 186.17 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00448151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.378;QD=12.4114;RBI=0.0239491;REFB=-0.0355331;REVB=0.023526;RO=35;SAF=20;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517226;STB=0.816017;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0392371;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:3:20:16:19:3:20:16:21 chr20 60713332 . A G 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0145824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2769;QD=10.3803;RBI=0.0149146;REFB=0.00889539;REVB=-0.0031302;RO=31;SAF=16;SAR=2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602694;STB=0.864427;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0178646;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:36:18:18:0.333333:2:16:12:19:2:16:14:22 chr20 60718873 . C T 94.57 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0936669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6431;QD=21.0151;RBI=0.0986267;REFB=-0.00679176;REVB=0.0308826;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462643;STB=0.526269;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000756591;OID=.;OPOS=60718873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:1:6:9:2:1:6 chr20 60736519 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=3;FWDB=0.0174365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.071;QD=13.3681;RBI=0.0175548;REFB=-0.0433559;REVB=-0.00203424;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=28;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288995;STB=0.663288;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.05084;OID=.;OPOS=60736519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:5:13:28:3:5:13:28:3 chr20 60768497 . C T 578.28 PASS AF=1;AO=29;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.909;QD=60.872;RBI=0.0562066;REFB=0;REVB=0.0382236;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498929;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:1:0:29:38:1:11:18:1:0:17:21:0:0 chr20 60831300 . G A 620.67 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.901;QD=59.1117;RBI=0.0202996;REFB=-0.0910221;REVB=0.0112286;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.517233;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000858759;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:1:0:27:14:1:0 chr20 60881330 . G A 972.75 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00694663;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.287;QD=54.8028;RBI=0.022849;REFB=-0.0377472;REVB=0.0217674;RO=2;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000794477;STB=0.506427;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=4.09418e-05;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:68:68:0.957746:35:33:1:1:35:33:1:2 chr20 60881780 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7182;QD=62.9827;RBI=0.0497635;REFB=0;REVB=-0.0377624;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000499426;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr20 60887468 . G A 490.04 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.231;QD=56.0049;RBI=0.0552575;REFB=-0.076519;REVB=0.0506738;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00104908;OID=.;OPOS=60887468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:16:18:0:0:16:18:0:1 chr20 60887581 . G A 450.67 PASS AF=1;AO=30;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.248328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1044;QD=54.6269;RBI=0.250396;REFB=0;REVB=0.0321205;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0048844;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:30:33:1:21:9:1:0:21:12:0:0 chr20 60891827 . C G 857.32 PASS AF=0.533333;AO=79;DP=149;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00601329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7266;QD=22.8619;RBI=0.0226987;REFB=0.0101258;REVB=-0.0218877;RO=70;SAF=34;SAR=45;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602757;STB=0.535416;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00932649;OID=.;OPOS=60891827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:70:70:79:80:0.533333:45:34:35:35:46:34:35:35 chr20 60892526 . A G 763.57 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259736;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.204;QD=54.5409;RBI=0.0260455;REFB=-0.063888;REVB=0.0019338;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106897;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:56:1:0:53:56:1:28:25:0:1:30:26:0:0 chr20 60897487 . C T 649.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4917;QD=61.8459;RBI=0.132587;REFB=0;REVB=0.0538643;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274505;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:23:16:0:0:23:19:0:0 chr20 60898581 . T C 136.66 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0781967;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.289;QD=17.6337;RBI=0.0863726;REFB=-0.0149062;REVB=-0.0366811;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286222;STB=0.664884;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0383596;OID=.;OPOS=60898581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:4:11:7:9:4:11:7:9 chr20 60899206 . C T 833.33 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0669907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1341;QD=55.5552;RBI=0.0710386;REFB=-0.122256;REVB=0.0236375;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00274901;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:0:1:58:59:0.983333:32:26:0:0:33:26:1:0 chr20 60900481 . A G 1633.69 PASS AF=1;AO=93;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5956;QD=59.9519;RBI=0.111485;REFB=0;REVB=0.0726229;RO=0;SAF=30;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100409;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:93:109:1:63:30:0:0:74:35:0:0 chr20 60900579 . C A 870.89 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481374;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4382;QD=58.0591;RBI=0.0546522;REFB=0;REVB=0.0258778;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216323;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:43:17:0:0:43:17:0:0 chr20 60904853 . T C 486.4 PASS AF=0.763636;AO=42;DP=55;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0406187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.44;QD=35.3746;RBI=0.0427742;REFB=-0.00777818;REVB=0.0134072;RO=13;SAF=17;SAR=25;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192843;STB=0.60392;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00423226;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:13:13:42:42:0.763636:25:17:11:2:25:17:11:2 chr20 60904854 . G C 90.48 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0187629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.0516;QD=6.70191;RBI=0.0788405;REFB=-0.0636508;REVB=-0.0765752;RO=41;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535207;STB=0.835727;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.169344;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:2:11:17:24:2:11:17:24 chr20 60905878 . A G 101.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.777;QD=40.7489;RBI=0.123199;REFB=0;REVB=-0.123158;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0025573;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr20 60907446 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.049;QD=55.0447;RBI=0.0501051;REFB=-0.00555814;REVB=0.0425652;RO=1;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285458;STB=0.515146;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000233335;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:16:39:0:1:16:39:0:1 chr20 60907675 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.422;QD=57.2003;RBI=0.0367542;REFB=0;REVB=0.0355226;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111743;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr20 60908969 . T C 147.19 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8767;QD=42.053;RBI=0.0455333;REFB=0;REVB=-0.0223252;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163177;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:14:0:0:13:14:1:1:12:0:0:1:13:0:0 chr20 60909060 . A G 482.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.685;QD=58.427;RBI=0.0291372;REFB=0;REVB=-0.0281349;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7771e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:9:22:0:0:10:23:0:0 chr20 60911958 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.731;QD=37.4885;RBI=0.0692976;REFB=0;REVB=-0.0183902;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190964;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr20 60912683 . T C 679.71 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2101;QD=61.792;RBI=0.0308754;REFB=0;REVB=-0.005417;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247949;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:13:29:0:0:14:30:0:0 chr20 60917294 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7912;QD=39.2068;RBI=0.080814;REFB=0;REVB=-0.0726422;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00275487;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr20 60920624 . A G 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.888;QD=44.6761;RBI=0.028592;REFB=0;REVB=0.00261745;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277733;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr20 60920887 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1375;QD=57.2003;RBI=0.0352836;REFB=0;REVB=-0.010994;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319224;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr20 60921643 . T C 222.75 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.763;QD=49.4996;RBI=0.0934256;REFB=0;REVB=0.0750528;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181734;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr20 60922048 . GC G 42.62 PASS AF=0.4;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0838199;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.9324;QD=8.52467;RBI=0.0856478;REFB=-0.0825749;REVB=0.0176002;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496201;STB=0.817487;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.110054;OID=.;OPOS=60922049;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:20:8:20:12:6:2:2:10:42:12:4:2:2:10 chr20 60927349 . C T 739.24 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.476;QD=54.7588;RBI=0.026327;REFB=-0.0402888;REVB=0.0226272;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000217971;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:29:24:1:0:29:24:1:0 chr20 60927412 . G A 536.3 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0706;QD=55.0047;RBI=0.0456283;REFB=-0.12439;REVB=0.0318508;RO=2;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155589;STB=0.508316;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00390721;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:24:13:1:1:24:13:1:1 chr20 60937597 . A G 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5521;QD=61.6691;RBI=0.0233571;REFB=0;REVB=0.00112958;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324359;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr20 60994690 . A G 51.66 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0280551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.627;QD=5.90455;RBI=0.0402955;REFB=0.000273785;REVB=-0.0289248;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29284;STB=0.691801;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00187406;OID=.;OPOS=60994690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:6:2:13:14:6:2:13:14 chr20 61039958 . T C 1019.02 PASS AF=0.946667;AO=70;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0321298;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.753;QD=54.3476;RBI=0.0330652;REFB=-0.0783484;REVB=0.00780903;RO=2;SAF=34;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269982;STB=0.513702;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00508344;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:2:4:70:71:0.946667:36:34:2:0:36:35:3:1 chr20 61040453 . C G 1000.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.633;QD=58.0082;RBI=0.0544686;REFB=0;REVB=0.0525127;RO=0;SAF=49;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379588;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:67:69:1:18:49:0:0:20:49:0:0 chr20 61040951 . C T 256.67 PASS AF=0.4;AO=32;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0326315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3658;QD=13.6889;RBI=0.0370615;REFB=-0.0188975;REVB=0.0175711;RO=41;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139626;STB=0.611035;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0406044;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:45:32:30:0.4:20:12:21:20:20:10:23:22 chr20 61048549 . G A 1045.0 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.914;QD=59.7145;RBI=0.0471669;REFB=0;REVB=0.0347046;RO=0;SAF=16;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169808;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:53:16:0:0:54:16:0:0 chr20 61143487 . T C 278.86 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=69;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0137168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.175;QD=15.4922;RBI=0.0159973;REFB=-0.00649001;REVB=0.00823173;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103695;STB=0.580229;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.010379;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:40:40:29:32:0.444444:13:16:18:22:13:19:18:22 chr20 61326380 . C T 699.3 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.315;QD=54.8469;RBI=0.0225743;REFB=-0.0565507;REVB=0.0163788;RO=1;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285083;STB=0.515145;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000423888;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:16:34:0:1:16:34:0:1 chr20 61331770 . C T 577.37 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0318218;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.503;QD=18.1849;RBI=0.0375705;REFB=-0.00900059;REVB=-0.0199728;RO=67;SAF=25;SAR=35;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429511;STB=0.523802;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00983327;OID=.;OPOS=61331770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:67:67:60:60:0.472441:35:25:25:42:35:25:25:42 chr20 61444939 . G C 272.78 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.033158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.534;QD=24.2466;RBI=0.0344896;REFB=-0.0378184;REVB=0.0094911;RO=19;SAF=4;SAR=21;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241997;STB=0.656107;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0251259;OID=.;OPOS=61444939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:21:4:7:12:21:4:8:12 chr20 61448933 . C A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00131128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.203;QD=11.742;RBI=0.0188597;REFB=-0.00109798;REVB=0.018814;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480403;STB=0.527892;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00158801;OID=.;OPOS=61448933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:17:19:12:9:17:19 chr20 61448969 . C T 261.98 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0154473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.715;QD=25.5593;RBI=0.0165709;REFB=-0.0125633;REVB=0.00599814;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657428;STB=0.536394;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00379013;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:15:9:5:12:15:9:5:12 chr20 61468571 . T C 785.22 PASS AF=0.442708;AO=73;DP=180;FAO=85;FDP=192;FR=.;FRO=107;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=73;FSRR=34;FWDB=-0.00640053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.246;QD=16.3588;RBI=0.00647734;REFB=-0.00813686;REVB=0.000994612;RO=103;SAF=41;SAR=32;SRF=73;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160331;STB=0.555113;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00826039;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:192:103:107:73:85:0.442708:32:41:73:30:35:50:73:34 chr20 61512606 . T C 354.57 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.624;QD=54.5498;RBI=0.119329;REFB=0;REVB=0.0161778;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00574812;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:22:3:0:0:22:4:0:0 chr20 61528074 . T C 603.22 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00255568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.949;QD=18.8506;RBI=0.00292043;REFB=-0.0292293;REVB=0.00141331;RO=66;SAF=27;SAR=35;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464375;STB=0.525705;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0390809;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:66:62:62:0.484375:35:27:32:34:35:27:32:34 chr20 61577275 . T C 761.62 PASS AF=1;AO=43;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408338;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.37;QD=56.4165;RBI=0.0409522;REFB=0;REVB=0.00311226;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249511;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:43:54:1:28:15:0:0:28:26:0:0 chr20 61588159 . A G 210.17 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0374267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5225;QD=15.5678;RBI=0.0456766;REFB=-0.0335711;REVB=-0.0261838;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097989;STB=0.55551;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0327274;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:12:18:12:12:12:18 chr20 61594679 . A G 663.5 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.897;QD=60.3185;RBI=0.0538382;REFB=-0.0872929;REVB=0.0502689;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360142;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:21:22:0:1:22:22:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 677.12 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=44,3;DP=53;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053287,-0.0667193;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=20.3793,8.6906;QD=50.1572;RBI=0.0563211,0.072537;REFB=0,0;REVB=-0.0182365,-0.0284632;RO=0;SAF=18,2;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00294888,0.039854;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.981481,0.0185185:44,3:53:53,1:54:0:24,1:29,0:0:0:5:0:18,2:26,1:0:0 chr20 61834695 . G A 157.88 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0387611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4399;QD=16.6188;RBI=0.0590135;REFB=-0.0103777;REVB=-0.044499;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131045;STB=0.562426;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.01992;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:17:17:0.447368:10:7:11:9:10:7:11:10 chr20 61869607 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.755;QD=37.4885;RBI=0.0521791;REFB=0;REVB=0.0424602;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743148;OID=.;OPOS=61869607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr20 61869826 . C T 211.77 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00576001;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7427;QD=10.8598;RBI=0.0480926;REFB=-0.0098677;REVB=0.0477464;RO=53;SAF=17;SAR=10;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756232;STB=0.528564;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0208103;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:53:51:27:27:0.346154:10:17:30:23:10:17:30:21 chr20 61870727 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00609119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.641;QD=10.0747;RBI=0.0223689;REFB=-0.0178375;REVB=-0.0215236;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226511;STB=0.636048;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0417682;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:10:4:4:4:10:4 chr20 61873080 . T A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0169349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.133;QD=20.1601;RBI=0.025559;REFB=-0.024687;REVB=0.0191434;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157568;STB=0.508917;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0254947;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:5:9:10:6:5:9 chr20 61878950 . A C 67.04 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8032;QD=12.7696;RBI=0.140237;REFB=0.0149271;REVB=0.140237;RO=12;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00951266;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:12:12:8:9:0.428571:8:0:0:12:9:0:0:12 chr20 61879009 . G T 32.94 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.186;QD=16.468;RBI=0.00509241;REFB=-0.0525953;REVB=0.00509241;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501105;OID=.;OPOS=61879009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr20 61880169 . T G 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00337203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.511;QD=19.8495;RBI=0.00374759;REFB=-0.010666;REVB=0.0016352;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238067;STB=0.513496;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00769245;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:4:9:10:5:4:9 chr20 61881296 . A G 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2164;QD=60.0282;RBI=0.0226788;REFB=0;REVB=0.0102768;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166353;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr20 61912715 . T C 214.74 PASS AF=0.511628;AO=19;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.033021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.677;QD=19.976;RBI=0.0357876;REFB=-0.0268159;REVB=-0.0137974;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141531;STB=0.509795;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0219244;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:21:19:22:0.511628:13:6:10:12:13:9:9:12 chr20 61917387 . G A 263.91 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0435651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.706;QD=15.2992;RBI=0.0469497;REFB=-0.00934601;REVB=-0.0175032;RO=38;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275833;STB=0.647632;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0234654;OID=.;OPOS=61917387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:12:18:12:26:12:18:13:26 chr20 61918164 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.96;QD=44.6898;RBI=0.0786579;REFB=0;REVB=0.0781806;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133262;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr20 61938843 . C A 173.05 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.016982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.623;QD=18.7083;RBI=0.0430736;REFB=-0.0235487;REVB=-0.0395847;RO=19;SAF=16;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537545;STB=0.812088;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.028599;OID=.;OPOS=61938843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:2:16:8:11:2:16:8:11 chr20 61941747 . A G 470.19 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.843;QD=56.9921;RBI=0.0712783;REFB=0;REVB=0.0627181;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355626;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:29:33:1:12:17:0:0:15:18:0:0 chr20 61951489 . G C 144.87 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4049;QD=44.5766;RBI=0.0569241;REFB=0;REVB=-0.0569241;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00254785;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr20 61956782 . T C 235.52 PASS AF=0.349398;AO=30;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0207414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9008;QD=11.3504;RBI=0.0324514;REFB=-0.00253248;REVB=-0.0249577;RO=48;SAF=7;SAR=23;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277253;STB=0.674592;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0101567;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:54:30:29:0.349398:23:7:22:26:22:7:26:28 chr20 61981104 . C T 178.63 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0192694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.714;QD=31.0654;RBI=0.0280961;REFB=-0.0398018;REVB=-0.0204471;RO=6;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110583;STB=0.561328;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0112609;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:12:5:3:3:12:5:3:3 chr20 61981134 . G A 132.12 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0308789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.178;QD=24.0223;RBI=0.0355914;REFB=-0.0537334;REVB=0.0176985;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15589;STB=0.588103;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0617179;OID=.;OPOS=61981134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:4:4:10:4:4:4 chr20 61981536 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7733;QD=55.6534;RBI=0.0334304;REFB=0;REVB=0.0326701;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412914;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chr20 61981554 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.327;QD=59.8383;RBI=0.0848163;REFB=0;REVB=0.0734892;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621012;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr20 61982085 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.853;QD=57.236;RBI=0.0262766;REFB=0;REVB=-0.0185656;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86723e-07;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr20 61982124 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.872;QD=59.1427;RBI=0.0223646;REFB=0;REVB=0.0044618;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82457e-05;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr20 62070966 . G A 246.53 PASS AF=0.459016;AO=25;DP=58;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0174664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.649;QD=16.1662;RBI=0.0613485;REFB=-0.0119519;REVB=0.0588095;RO=33;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632707;STB=0.570683;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0134078;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:33:33:25:28:0.459016:9:16:23:10:12:16:23:10 chr20 62126185 . A G 166.83 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00670134;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.875;QD=13.3468;RBI=0.0727604;REFB=-0.0047273;REVB=-0.0724512;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300606;STB=0.656506;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00503055;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:9:10:24:6:9:10:24:7 chr20 62127326 . G A 487.99 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0365582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7731;QD=19.5197;RBI=0.062093;REFB=-0.0175545;REVB=0.0501901;RO=50;SAF=27;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130738;STB=0.582056;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0192616;OID=.;OPOS=62127326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:52:48:48:0.48:21:27:21:29:21:27:21:31 chr20 62172219 . G A 734.64 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.068;QD=56.5106;RBI=0.140393;REFB=0;REVB=0.140375;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391925;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:48:52:1:22:26:0:0:26:26:0:0 chr20 62173562 . G T 619.91 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.391;QD=59.0387;RBI=0.0132347;REFB=-0.11751;REVB=0.00581702;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00678904;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:1:0:26:15:1:0 chr20 62174724 . G A 800.11 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242981;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8701;QD=57.1503;RBI=0.111974;REFB=0;REVB=0.109306;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200873;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:53:56:1:27:26:0:0:30:26:0:0 chr20 62175692 . A G 202.42 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0113672;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.084;QD=9.87431;RBI=0.0138323;REFB=-0.00258468;REVB=-0.00788143;RO=55;SAF=11;SAR=15;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283645;STB=0.65802;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0078582;OID=.;OPOS=62175692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:55:56:26:26:0.317073:15:11:37:18:15:11:37:19 chr20 62187187 . T C 359.0 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.258;QD=55.2308;RBI=0.0714889;REFB=0;REVB=0.053097;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607434;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:11:15:0:0 chr20 62187439 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.173;QD=50.413;RBI=0.0254951;REFB=0;REVB=0.0197422;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73643e-05;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr20 62191321 . A G 549.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.931;QD=59.3833;RBI=0.0177435;REFB=0;REVB=0.0171703;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469915;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr20 62191558 . G A 88.9 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0205627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8358;QD=14.8172;RBI=0.106291;REFB=-0.0478469;REVB=0.104283;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933525;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0398449;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:24:11:13:11:11:0.458333:3:8:7:4:3:8:9:4 chr20 62193019 . C T 195.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.402;QD=45.914;RBI=0.0638439;REFB=0;REVB=0.0581052;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016267;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:6:11:0:0 chr20 62193445 . G A 785.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.361;QD=64.1245;RBI=0.0126384;REFB=0;REVB=-0.00518266;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22626e-05;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr20 62194030 . G C 1242.43 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.643;QD=61.3543;RBI=0.0436151;REFB=0;REVB=0.0176002;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01109e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:42:37:0:0:44:37:0:0 chr20 62194103 . A G 768.36 PASS AF=0.98;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.18;QD=61.4691;RBI=0.0358831;REFB=0.116794;REVB=0.031907;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000410019;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:0:1:47:49:0.98:30:17:0:0:31:18:1:0 chr20 62195220 . C T 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00268302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.3476;QD=49.393;RBI=0.029734;REFB=0.169077;REVB=0.0296127;RO=1;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237537;STB=0.51281;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00187964;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:19:4:0:1:19:4:0:1 chr20 62195672 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6096;QD=54.5167;RBI=0.0248467;REFB=0;REVB=0.0155971;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685694;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr20 62196033 . C T 638.63 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0576761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8869;QD=59.4078;RBI=0.0601063;REFB=-0.103345;REVB=0.0169185;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00390174;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:0:1:18:24:0:1 chr20 62196182 . G C 340.42 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.183;QD=54.4668;RBI=0.0441464;REFB=0;REVB=0.0133289;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155401;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr20 62196807 . T C 579.19 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684076;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.813;QD=60.9678;RBI=0.0714253;REFB=0;REVB=0.071097;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540765;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr20 62196884 . A G 1116.58 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.21;QD=60.3557;RBI=0.0227544;REFB=0;REVB=-0.0226944;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64219e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:33:40:0:0:33:41:0:0 chr20 62198348 . C T 1059.45 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.658;QD=59.6875;RBI=0.0402369;REFB=0;REVB=0.0148952;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8855e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:39:30:0:0:40:31:0:0 chr20 62198662 . A G 160.59 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.52;QD=45.8826;RBI=0.0549154;REFB=0;REVB=-0.0542678;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00462074;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:4:8:0:0:4:10:0:0 chr20 62200575 . TG CA 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241117;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.082;QD=54.5177;RBI=0.0838205;REFB=0;REVB=0.0802776;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000963236;OID=.;OPOS=62200575;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr20 62200860 . A G 747.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.42;QD=63.5978;RBI=0.0462669;REFB=0;REVB=0.0136593;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258414;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:17:28:0:0:17:30:0:0 chr20 62221364 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.926;QD=55.097;RBI=0.0741678;REFB=0;REVB=0.0272587;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533505;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr20 62221610 . T C 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.424;QD=56.9476;RBI=0.0184026;REFB=0;REVB=0.0108048;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97127e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr20 62221766 . C T 420.52 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429394;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.436;QD=58.0033;RBI=0.0054556;REFB=0;REVB=0.00336537;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128055;OID=.;OPOS=62221766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr20 62227081 . A G 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.196;QD=64.1491;RBI=0.0191234;REFB=0;REVB=0.0152748;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36067e-05;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr20 62236148 . T C 668.0 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.813;QD=62.1398;RBI=0.103342;REFB=0;REVB=0.0981563;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394057;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:25:18:0:0 chr20 62309554 . C T 686.18 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00725187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.453;QD=58.3986;RBI=0.0334122;REFB=-0.168273;REVB=0.0326158;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361215;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00103649;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:2:0:20:25:2:0 chr20 62319464 . T C 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.413;QD=57.1924;RBI=0.0217482;REFB=0;REVB=0.0190032;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015827;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr20 62320929 . C T 308.56 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0474253;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4758;QD=17.8875;RBI=0.0479111;REFB=-0.00669661;REVB=-0.00680488;RO=35;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112278;STB=0.559192;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00310221;OID=.;OPOS=62320929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:32:33:0.478261:21:11:16:19:21:12:17:19 chr20 62320968 . T C 642.47 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0057022;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.074;QD=59.7647;RBI=0.0319213;REFB=0.0290648;REVB=0.0314079;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000513745;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:23:19:0:0:23:19:0:1 chr20 62321655 . G A,C 704.13 PASS AF=0.961538,0.0192308;AO=47,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293075,0.00916087;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.748,180.304;QD=54.1639;RBI=0.094957,0.0267182;REFB=-0.161758,-0.0347306;REVB=0.0903211,-0.0250986;RO=0;SAF=30,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512815,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00146208,0.00854787;OID=.,.;OPOS=62321655,62321655;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:52:0:1:47,2:50,1:0.961538,0.0192308:17,2:30,0:0:0:19,1:31,0:0:1 chr20 62322287 . CT C,CC,CG 730.56 PASS AF=0.0188679,0.981132,0;AO=14,37,2;DP=53;FAO=1,52,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27,0;FSAR=0,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010258,0.0397853,-0.000698078;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=139.961,157.087,123.529;QD=55.1367;RBI=0.0252757,0.0475178,0.0184123;REFB=0,0,0;REVB=0.0231005,0.0259822,0.018399;RO=0;SAF=10,17,1;SAR=4,20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.63386e-08,3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0595609,0.00314593,0.0185177;OID=.,.,.;OPOS=62322288,62322288,62322288;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0188679,0.981132,0:14,37,2:53:1,52,0:53:0:1,27,0:0,25,0:0:0:4:0:10,17,1:4,20,1:0:0 chr20 62324289 . C T 1383.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334309;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.445;QD=62.8904;RBI=0.0124714;REFB=0;REVB=0.012015;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403337;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:42:45:0:0:42:46:0:0 chr20 62326110 . A C 1335.85 PASS AF=0.927835;AO=90;DP=97;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0354767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.169;QD=55.0867;RBI=0.0390162;REFB=-0.00750468;REVB=-0.0162378;RO=7;SAF=47;SAR=43;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655355;STB=0.534646;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00792331;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:97:97:7:7:90:90:0.927835:43:47:7:0:43:47:7:0 chr20 62326159 . G A 476.56 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0596875;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0665;QD=21.4182;RBI=0.0625474;REFB=-0.0239457;REVB=0.0186973;RO=43;SAF=15;SAR=31;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230714;STB=0.627791;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0221451;OID=.;OPOS=62326159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:43:43:46:46:0.516854:31:15:25:18:31:15:25:18 chr20 62328375 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.891;QD=62.6695;RBI=0.0188014;REFB=0;REVB=-0.018161;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90721e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr20 62332638 . A AC 662.46 PASS AF=1;AO=67;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311112;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.2956;QD=34.8662;RBI=0.0421045;REFB=0;REVB=-0.0419894;RO=8;SAF=30;SAR=37;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-8.87198e-05;OID=.;OPOS=62332639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:77:76:76:0:37:39:0:0:14:8:30:37:5:3 chr20 62340115 . C G 368.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.155;QD=54.5179;RBI=0.0180658;REFB=0;REVB=0.0174677;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39155e-05;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:21:5:0:0:22:5:0:0 chr20 62372813 . G A 711.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00584178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.475;QD=54.7114;RBI=0.0155316;REFB=-0.150542;REVB=0.0143912;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000453433;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:0:1:32:19:0:1 chr20 62373707 . G T 883.4 PASS AF=0.941176;AO=63;DP=69;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0446055;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.769;QD=51.9649;RBI=0.0668074;REFB=-0.0972086;REVB=0.049735;RO=2;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336963;STB=0.533323;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00137953;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:69:68:2:4:63:64:0.941176:27:36:0:2:28:36:0:4 chr20 62378349 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5093;QD=58.5873;RBI=0.125345;REFB=0;REVB=0.123462;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287803;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:11:21:1:0:11:22:0:0 chr20 62378364 . C T 490.24 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.266;QD=56.0271;RBI=0.0205959;REFB=-0.094881;REVB=0.00341509;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000733354;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:12:22:1:0:12:22:1:0 chr20 62421622 . A G 442.66 PASS AF=0.380597;AO=50;DP=135;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0215251;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.511;QD=13.2136;RBI=0.0216085;REFB=-0.0126687;REVB=0.00189704;RO=83;SAF=26;SAR=24;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643542;STB=0.542506;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0186864;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:83:83:50:51:0.380597:24:26:48:35:25:26:48:35 chr20 62422080 . T C 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00336957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.286;QD=13.9475;RBI=0.00598459;REFB=-0.0122704;REVB=0.00494584;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672357;STB=0.539038;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0174549;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:11:16:9:8:11:16 chr20 62492922 . T A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.042533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3466;QD=21.5452;RBI=0.0483121;REFB=0.00726751;REVB=0.0229129;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110077;STB=0.562409;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00238002;OID=.;OPOS=62492922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:5:5:9:5:5:5 chr20 62493978 . G A 61.35 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00471734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.874;QD=18.8771;RBI=0.00508041;REFB=-0.0287595;REVB=-0.00188608;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.574292;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0252492;OID=.;OPOS=62493978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:1:4:5:3:1:4 chr20 62494027 . G C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0178056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.754;QD=13.486;RBI=0.0219339;REFB=-0.0076022;REVB=0.0128085;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428568;STB=0.749499;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0103592;OID=.;OPOS=62494027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:9:2:6:3:9:2 chr20 62522466 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.923;QD=55.6543;RBI=0.0618606;REFB=0;REVB=0.0612083;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246191;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr20 62540460 . A G 379.9 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103527;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0914;QD=56.2808;RBI=0.0420958;REFB=0;REVB=0.0408029;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00071109;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr20 62571417 . A G 32.65 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=70;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0122098;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.2739;QD=1.76464;RBI=0.0169792;REFB=-0.0200241;REVB=0.011799;RO=49;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150968;STB=0.914846;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0230745;OID=.;OPOS=62571417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:70:74:49:66:12:8:0.108108:5:7:28:21:7:1:44:22 chr20 62576030 . GC G 522.15 PASS AF=0.861111;AO=53;DP=71;FAO=62;FDP=72;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.153107;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6263;QD=29.0083;RBI=0.157034;REFB=-0.0873868;REVB=-0.0348966;RO=15;SAF=22;SAR=31;SRF=7;SRR=8;SSEN=0.451456;SSEP=0;SSSB=-0.0217323;STB=0.525598;STBP=0.271;TYPE=del;VARB=0.0391036;OID=.;OPOS=62576031;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.861111:53:71:62:72:10:30:32:3:7:13:15:22:31:7:8 chr20 62705874 . G A 292.69 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0173633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.082;QD=27.2266;RBI=0.0174002;REFB=-0.0632572;REVB=0.00113301;RO=17;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240878;STB=0.513298;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.047592;OID=.;OPOS=62705874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:16:10:6:11:16:10:6:11 chr20 62714783 . C G 786.48 PASS AF=0.519481;AO=79;DP=154;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=60;FSRF=22;FSRR=52;FWDB=0.0530643;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.588;QD=20.4281;RBI=0.0533429;REFB=-0.0243042;REVB=0.00544475;RO=74;SAF=19;SAR=60;SRF=22;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656843;STB=0.529404;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.023805;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:74:74:79:80:0.519481:60:19:22:52:60:20:22:52 chr20 62737537 . C A 262.33 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0152896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.552;QD=12.6422;RBI=0.0393438;REFB=-0.0057354;REVB=-0.0362514;RO=52;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186681;STB=0.607101;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0369337;OID=.;OPOS=62737537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:12:19:23:29:12:19:23:29 chr20 62737568 . T C 294.82 PASS AF=0.390805;AO=32;DP=85;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00827349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.937;QD=13.5549;RBI=0.0205095;REFB=-0.0282387;REVB=-0.0187667;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240164;STB=0.644346;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0414134;OID=.;OPOS=62737568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:48:53:32:34:0.390805:12:20:19:29:13:21:20:33 chr20 62738311 . G A 408.33 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00399064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.425;QD=20.4167;RBI=0.0116602;REFB=-0.0215445;REVB=0.0109561;RO=38;SAF=18;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392928;STB=0.514279;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0215054;OID=.;OPOS=62738311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:39:41:41:0.5125:23:18:15:23:23:18:16:23 chr21 9907271 . A G 1409.38 PASS AF=0.75817;AO=113;DP=150;FAO=116;FDP=153;FR=.;FRO=37;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0617237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9613;QD=36.8465;RBI=0.0753841;REFB=-0.0362318;REVB=-0.0432777;RO=37;SAF=52;SAR=61;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122222;STB=0.505091;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0115684;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:37:37:113:116:0.75817:61:52:18:19:62:54:18:19 chr21 9907276 . T G 51.08 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=162;FAO=18;FDP=159;FR=.;FRO=141;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=73;FWDB=0.000140765;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.684;QD=1.28513;RBI=0.00188496;REFB=-0.00781076;REVB=-0.0018797;RO=135;SAF=8;SAR=10;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275872;STB=0.53367;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.101787;OID=.;OPOS=9907276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:162:159:135:141:18:18:0.113208:10:8:63:72:10:8:68:73 chr21 9907279 . G T 45.45 PASS AF=0.0853659;AO=14;DP=164;FAO=14;FDP=164;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=-0.00528147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.518;QD=1.10857;RBI=0.00533438;REFB=0.000967696;REVB=0.000749462;RO=146;SAF=7;SAR=7;SRF=68;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396676;STB=0.536533;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00492289;OID=.;OPOS=9907279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:164:164:146:150:14:14:0.0853659:7:7:68:78:7:7:69:81 chr21 9907324 . G C 197.19 PASS AF=0.188172;AO=35;DP=186;FAO=35;FDP=186;FR=.;FRO=151;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=-0.0250106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.153;QD=4.24059;RBI=0.025047;REFB=-0.00932939;REVB=-0.00134856;RO=149;SAF=14;SAR=21;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124903;STB=0.573871;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0288781;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:149:151:35:35:0.188172:21:14:74:75:21:14:74:77 chr21 9907340 . A G 909.5 PASS AF=0.539394;AO=89;DP=165;FAO=89;FDP=165;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00053813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.534;QD=22.0484;RBI=0.0129423;REFB=-0.012283;REVB=-0.0129311;RO=76;SAF=33;SAR=56;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903918;STB=0.549477;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00805824;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:76:76:89:89:0.539394:56:33:36:40:56:33:36:40 chr21 9907343 . G A 76.17 PASS AF=0.115152;AO=18;DP=164;FAO=19;FDP=165;FR=.;FRO=146;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=-0.0142534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.154;QD=1.84652;RBI=0.0574661;REFB=-0.00189052;REVB=0.0556704;RO=144;SAF=7;SAR=11;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438685;STB=0.502944;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0119646;OID=.;OPOS=9907343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:164:165:144:146:18:19:0.115152:11:7:61:83:11:8:61:85 chr21 9907345 . C T 863.2 PASS AF=0.541401;AO=85;DP=157;FAO=85;FDP=157;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0238286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.607;QD=21.9923;RBI=0.0312905;REFB=-0.0150463;REVB=0.0202804;RO=72;SAF=37;SAR=48;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159286;STB=0.508706;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.010609;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:72:72:85:85:0.541401:48:37:30:42:48:37:30:42 chr21 9907375 . T C 987.04 PASS AF=0.773196;AO=74;DP=96;FAO=75;FDP=97;FR=.;FRO=22;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0111307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8516;QD=40.7028;RBI=0.0271097;REFB=-0.0195161;REVB=-0.0247192;RO=22;SAF=35;SAR=39;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274939;STB=0.513136;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00422574;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:22:22:74:75:0.773196:39:35:9:13:40:35:9:13 chr21 9907384 . GC AA,AC 933.41 PASS AF=0.0531915,0.734043;AO=5,67;DP=94;FAO=5,69;FDP=94;FR=.;FRO=20;FSAF=2,32;FSAR=3,37;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0135906,0.0124945;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=160.161,132.187;QD=39.7196;RBI=0.0135925,0.030083;REFB=-0.0211581,-0.0162965;REVB=0.000229756,0.0273656;RO=21;SAF=2,30;SAR=3,37;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0341667,0.00864859;STB=0.5,0.514432;STBP=1,0.648;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0380098,0.00221816;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:94:94:21:20:5,67:5,69:0.0531915,0.734043:3,37:2,30:9:12:3,37:2,32:8:12 chr21 9907397 . C T 703.11 PASS AF=0.686047;AO=59;DP=86;FAO=59;FDP=86;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0257023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1517;QD=32.7026;RBI=0.0372773;REFB=-0.0150788;REVB=-0.0269999;RO=27;SAF=25;SAR=34;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319444;STB=0.517236;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0194714;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:27:27:59:59:0.686047:34:25:10:17:34:25:10:17 chr21 9907416 . C T 297.68 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0143333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.559;QD=15.6673;RBI=0.0150269;REFB=-0.0462349;REVB=-0.00451255;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151239;STB=0.584727;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0382233;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:20:13:11:32:20:13:11:32 chr21 9907419 . A G 137.28 PASS AF=0.27027;AO=19;DP=73;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0440108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.083;QD=7.42068;RBI=0.0549094;REFB=-0.027213;REVB=-0.0328343;RO=54;SAF=3;SAR=16;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336445;STB=0.718495;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0518047;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:54:54:19:20:0.27027:16:3:20:34:17:3:20:34 chr21 9907422 . G A 108.96 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.0105971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8343;QD=6.13853;RBI=0.0328822;REFB=-0.0154683;REVB=0.0311278;RO=53;SAF=3;SAR=14;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286561;STB=0.676687;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0449759;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:54:17:17:0.239437:14:3:19:34:14:3:19:35 chr21 9907434 . T A 56.76 PASS AF=0.169492;AO=9;DP=58;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.057403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.549;QD=3.84826;RBI=0.0579028;REFB=-0.00835312;REVB=0.00759141;RO=49;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994495;STB=0.535201;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0644843;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:58:59:49:49:9:10:0.169492:6:3:13:36:7:3:13:36 chr21 9907438 . A T 60.14 PASS AF=0.175439;AO=9;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.00771368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.559;QD=4.22028;RBI=0.0159956;REFB=-0.00701809;REVB=-0.0140127;RO=47;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115187;STB=0.545368;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0388489;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:9:10:0.175439:6:3:12:35:7:3:12:35 chr21 9907470 . G A 60.62 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00358153;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.795;QD=6.7352;RBI=0.0137956;REFB=0.000256285;REVB=-0.0133225;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22201;STB=0.636106;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.000519568;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:36:27:27:9:9:0.25:6:3:5:22:6:3:5:22 chr21 9908330 . AC GC,GG 1724.45 PASS AF=0.162393,0.837607;AO=19,98;DP=117;FAO=19,98;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=6,50;FSAR=13,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903687,-0.00527515;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=128.476,112.091;QD=58.9556;RBI=0.0243301,0.029686;REFB=0,0;REVB=-0.0225895,-0.0292136;RO=0;SAF=6,50;SAR=13,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,4.35849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0345782,0.00627252;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:98:117:117:0:0:19,98:19,98:0.162393,0.837607:13,48:6,50:0:0:13,48:6,50:0:0 chr21 9909078 . G A 677.13 PASS AF=0.369863;AO=81;DP=219;FAO=81;FDP=219;FR=.;FRO=138;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=-0.00667851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.164;QD=12.3677;RBI=0.0256186;REFB=-0.0298693;REVB=0.0247328;RO=137;SAF=49;SAR=32;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981681;STB=0.553595;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0385195;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:137:138:81:81:0.369863:32:49:71:66:32:49:72:66 chr21 9909079 . C T 129.88 PASS AF=0.136364;AO=30;DP=220;FAO=30;FDP=220;FR=.;FRO=190;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=104;FSRR=86;FWDB=0.00313205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.295;QD=2.36149;RBI=0.0400586;REFB=-0.0110594;REVB=-0.0399359;RO=189;SAF=16;SAR=14;SRF=104;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216561;STB=0.512187;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0686259;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:189:190:30:30:0.136364:14:16:104:85:14:16:104:86 chr21 9909089 . T C 110.44 PASS AF=0.118143;AO=28;DP=230;FAO=28;FDP=237;FR=.;FRO=209;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=116;FSRR=93;FWDB=-0.0200234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.475;QD=1.86402;RBI=0.0660815;REFB=-0.00875887;REVB=-0.0629748;RO=201;SAF=14;SAR=14;SRF=113;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781878;STB=0.548489;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0569689;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:237:201:209:28:28:0.118143:14:14:113:88:14:14:116:93 chr21 9909121 . C T 75.17 PASS AF=0.0896057;AO=25;DP=279;FAO=25;FDP=279;FR=.;FRO=254;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=133;FSRR=121;FWDB=0.0100802;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.338;QD=1.07777;RBI=0.0112861;REFB=-0.0035601;REVB=0.00507594;RO=248;SAF=14;SAR=11;SRF=132;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331972;STB=0.533307;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0331767;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:279:279:248:254:25:25:0.0896057:11:14:132:116:11:14:133:121 chr21 9909122 . G A 86.79 PASS AF=0.0950704;AO=27;DP=284;FAO=27;FDP=284;FR=.;FRO=257;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=138;FSRR=119;FWDB=-0.00980659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.657;QD=1.22239;RBI=0.0213389;REFB=-0.00424898;REVB=-0.018952;RO=257;SAF=11;SAR=16;SRF=138;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154628;STB=0.616095;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0359705;OID=.;OPOS=9909122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:284:284:257:257:27:27:0.0950704:16:11:138:119:16:11:138:119 chr21 9909149 . G A 97.14 PASS AF=0.0993151;AO=29;DP=292;FAO=29;FDP=292;FR=.;FRO=263;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=126;FSRR=137;FWDB=8.44627e-05;FXX=0.00341285;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.658;QD=1.33075;RBI=0.0106789;REFB=-0.00449934;REVB=0.0106785;RO=263;SAF=18;SAR=11;SRF=126;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171283;STB=0.627031;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0447346;OID=.;OPOS=9909149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:292:292:263:263:29:29:0.0993151:11:18:126:137:11:18:126:137 chr21 9909163 . G A 62.98 PASS AF=0.0804196;AO=23;DP=286;FAO=23;FDP=286;FR=.;FRO=263;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=128;FSRR=135;FWDB=-0.00360893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.436;QD=0.880833;RBI=0.0560975;REFB=0.00171254;REVB=0.0559813;RO=263;SAF=10;SAR=13;SRF=128;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059832;STB=0.547912;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0128205;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:286:286:263:263:23:23:0.0804196:13:10:128:135:13:10:128:135 chr21 9909176 . C A 2847.56 PASS AF=0.801471;AO=217;DP=272;FAO=218;FDP=272;FR=.;FRO=54;FSAF=103;FSAR=115;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.054819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4738;QD=41.8759;RBI=0.0555817;REFB=0.0253852;REVB=-0.00917611;RO=52;SAF=102;SAR=115;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101593;STB=0.505585;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00650767;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:52:54:217:218:0.801471:115:102:23:29:115:103:24:30 chr21 9909179 . C A 564.77 PASS AF=0.290566;AO=77;DP=264;FAO=77;FDP=265;FR=.;FRO=188;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=86;FSRR=102;FWDB=0.0126313;FXX=0.0221394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.821;QD=8.52479;RBI=0.0126427;REFB=-0.0129359;REVB=-0.000537272;RO=182;SAF=34;SAR=43;SRF=85;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310512;STB=0.511394;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0386495;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:182:188:77:77:0.290566:43:34:85:97:43:34:86:102 chr21 9909208 . C T 448.11 PASS AF=0.280702;AO=60;DP=228;FAO=64;FDP=228;FR=.;FRO=164;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=69;FSRR=95;FWDB=0.00126758;FXX=0.0172406;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.414;QD=7.86157;RBI=0.0205162;REFB=-0.0127869;REVB=-0.020477;RO=163;SAF=28;SAR=32;SRF=72;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310725;STB=0.545941;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0618948;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:163:164:60:64:0.280702:32:28:72:91:33:31:69:95 chr21 9909218 . GT AC 369.52 PASS AF=0.277174;AO=51;DP=189;FAO=51;FDP=184;FR=.;FRO=133;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=76;FWDB=-0.0332982;FXX=0.0264536;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.001;QD=8.03296;RBI=0.0358801;REFB=-0.0154313;REVB=0.0133645;RO=129;SAF=18;SAR=33;SRF=53;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750162;STB=0.557786;STBP=0.323;TYPE=mnp;VARB=0.0369907;OID=.;OPOS=9909218;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:184:129:133:51:51:0.277174:33:18:53:76:33:18:57:76 chr21 9909274 . G A 76.27 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.00763438;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.615;QD=3.67559;RBI=0.015852;REFB=-0.00172388;REVB=-0.0138926;RO=65;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139726;STB=0.591596;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00773658;OID=.;OPOS=9909274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:80:83:65:69:14:14:0.168675:9:5:17:48:9:5:18:51 chr21 10181174 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000318154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.104;QD=24.2041;RBI=0.0217011;REFB=-0.0106064;REVB=0.0216988;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399999;STB=0.522363;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00768692;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:6:6:8:10:6:6 chr21 10181184 . T C 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.010316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.106;QD=25.3158;RBI=0.0160745;REFB=-0.0340294;REVB=0.0123276;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448418;STB=0.524975;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0193418;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:8:12:7:6:8:12:7:6 chr21 10862599 . C T 709.11 PASS AF=0.398058;AO=82;DP=206;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=70;FSRR=54;FWDB=-0.00176661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.893;QD=13.7692;RBI=0.0201698;REFB=-0.00274091;REVB=-0.0200923;RO=124;SAF=49;SAR=33;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364681;STB=0.520508;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00426494;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:124:124:82:82:0.398058:33:49:70:54:33:49:70:54 chr21 10862618 . T C 1560.89 PASS AF=0.621622;AO=137;DP=227;FAO=138;FDP=222;FR=.;FRO=84;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0124061;FXX=0.0220255;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.873;QD=28.1241;RBI=0.0124476;REFB=-0.00500187;REVB=0.00101492;RO=82;SAF=83;SAR=54;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410605;STB=0.521058;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00433628;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:222:82:84:137:138:0.621622:54:83:45:37:55:83:46:38 chr21 10862846 . A T 1635.47 PASS AF=0.80625;AO=116;DP=147;FAO=129;FDP=160;FR=.;FRO=31;FSAF=44;FSAR=85;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0452071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.426;QD=40.8867;RBI=0.045316;REFB=-0.0244003;REVB=-0.00313913;RO=29;SAF=34;SAR=82;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384118;STB=0.509853;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00357629;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:160:29:31:116:129:0.80625:82:34:11:18:85:44:12:19 chr21 10862853 . G A 287.52 PASS AF=0.265823;AO=42;DP=159;FAO=42;FDP=158;FR=.;FRO=116;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=75;FWDB=0.000406834;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5601;QD=7.27902;RBI=0.00347928;REFB=0.00578935;REVB=0.00345541;RO=115;SAF=15;SAR=27;SRF=40;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125579;STB=0.502957;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0195632;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:115:116:42:42:0.265823:27:15:40:75:27:15:41:75 chr21 10862874 . A G 586.32 PASS AF=0.411043;AO=67;DP=163;FAO=67;FDP=163;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=0.00708936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3594;QD=14.3882;RBI=0.0418849;REFB=-0.0148876;REVB=-0.0412805;RO=94;SAF=26;SAR=41;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176673;STB=0.504808;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0223777;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:96:67:67:0.411043:41:26:38:56:41:26:38:58 chr21 10862947 . G A 560.11 PASS AF=0.412903;AO=62;DP=154;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.00289232;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.957;QD=14.4545;RBI=0.00821724;REFB=-0.0063532;REVB=-0.0076914;RO=90;SAF=30;SAR=32;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870611;STB=0.55098;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0103061;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:90:91:62:64:0.412903:32:30:51:39:33:31:52:39 chr21 10906989 . C T 198.44 PASS AF=0.224638;AO=33;DP=138;FAO=31;FDP=138;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=-0.0345819;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9628;QD=5.75189;RBI=0.0424227;REFB=0.00625115;REVB=-0.0245719;RO=105;SAF=16;SAR=17;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00108552;STB=0.533968;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0309338;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:105:107:33:31:0.224638:17:16:51:54:17:14:53:54 chr21 10910311 . T G 784.7 PASS AF=0.824324;AO=61;DP=74;FAO=61;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00148782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.521;QD=42.4162;RBI=0.0231092;REFB=-0.0115671;REVB=0.0230612;RO=13;SAF=26;SAR=35;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140232;STB=0.507487;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00267195;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:13:13:61:61:0.824324:35:26:5:8:35:26:5:8 chr21 10910340 . C G 55.24 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.01642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.666;QD=2.86951;RBI=0.0532341;REFB=-0.00591768;REVB=-0.0506385;RO=66;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379016;STB=0.526268;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.034091;OID=.;OPOS=10910340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:66:66:11:11:0.142857:6:5:28:38:6:5:28:38 chr21 10910347 . A G 1135.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6058;QD=60.5356;RBI=0.047649;REFB=0;REVB=0.0270932;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331325;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr21 10920098 . T C 1207.64 PASS AF=0.942529;AO=81;DP=86;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0107357;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.5;QD=55.5237;RBI=0.0332489;REFB=-0.0650195;REVB=0.031468;RO=4;SAF=44;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262221;STB=0.520153;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00166969;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:87:4:5:81:82:0.942529:37:44:1:3:37:45:1:4 chr21 10935004 . A T 158.55 PASS AF=0.161458;AO=31;DP=192;FAO=31;FDP=192;FR=.;FRO=161;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=90;FWDB=0.000172045;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.846;QD=3.30313;RBI=0.0137565;REFB=-3.45944e-06;REVB=0.0137554;RO=160;SAF=12;SAR=19;SRF=70;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066575;STB=0.54659;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=3.40583e-05;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:160:161:31:31:0.161458:19:12:70:90:19:12:71:90 chr21 10942756 . G A 663.1 PASS AF=0.305263;AO=87;DP=285;FAO=87;FDP=285;FR=.;FRO=198;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=106;FSRR=92;FWDB=0.00477469;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8233;QD=9.30671;RBI=0.0172144;REFB=0.000653376;REVB=-0.016539;RO=196;SAF=44;SAR=43;SRF=105;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359001;STB=0.520576;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0019479;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:196:198:87:87:0.305263:43:44:105:91:43:44:106:92 chr21 10942924 . CCTT C 152.34 PASS AF=0.255034;AO=37;DP=157;FAO=38;FDP=149;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=0.0204273;FXX=0.080242;HRUN=2;LEN=3;MLLD=179.28;QD=4.08954;RBI=0.0208826;REFB=-0.00263856;REVB=-0.00433706;RO=109;SAF=23;SAR=14;SRF=50;SRR=59;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=0.202463;STB=0.627426;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=0.00802075;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255034:37:157:38:149:111:23:15:48:63:99:109:23:14:50:59 chr21 10942981 . C A 66.14 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=139;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0125081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.279;QD=1.90331;RBI=0.0128435;REFB=-0.000451025;REVB=-0.00291581;RO=122;SAF=7;SAR=9;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382955;STB=0.501368;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00388558;OID=.;OPOS=10942981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:139:139:122:123:16:16:0.115108:9:7:53:69:9:7:54:69 chr21 10943003 . C T 237.83 PASS AF=0.294643;AO=33;DP=112;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0337773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2816;QD=8.49401;RBI=0.0348683;REFB=-0.00797301;REVB=-0.00865413;RO=78;SAF=15;SAR=18;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840726;STB=0.509798;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0233067;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:79:33:33:0.294643:18:15:36:42:18:15:37:42 chr21 10951426 . G T 35.16 PASS AF=0.0609319;AO=16;DP=277;FAO=17;FDP=279;FR=.;FRO=262;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=99;FSRR=163;FWDB=-0.00569625;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6665;QD=0.50404;RBI=0.0503004;REFB=-0.00300258;REVB=-0.0499768;RO=258;SAF=6;SAR=10;SRF=97;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00106302;STB=0.533207;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.042268;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:277:279:258:262:16:17:0.0609319:10:6:97:161:10:7:99:163 chr21 10959806 . G T 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.000987957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.838;QD=2.93559;RBI=0.00366382;REFB=0.00267425;REVB=-0.00352811;RO=44;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355119;STB=0.750612;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0324254;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:44:46:7:7:0.132075:2:5:18:26:2:5:19:27 chr21 10970003 . G A 54.89 PASS AF=0.121212;AO=11;DP=100;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0102459;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.879;QD=2.21768;RBI=0.0111136;REFB=-0.00378548;REVB=0.00430494;RO=86;SAF=6;SAR=5;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546962;STB=0.578284;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0249832;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:100:99:86:87:11:12:0.121212:5:6:43:43:5:7:43:44 chr21 10970017 . C T 54.51 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0131259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1102;QD=2.13777;RBI=0.0135246;REFB=-0.00506722;REVB=-0.00325953;RO=88;SAF=6;SAR=6;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316656;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:102:88:90:12:12:0.117647:6:6:45:43:6:6:45:45 chr21 11029616 . G T 801.81 PASS AF=0.525974;AO=80;DP=149;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0626432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5438;QD=20.8263;RBI=0.0627474;REFB=0.0216476;REVB=-0.00361386;RO=69;SAF=46;SAR=34;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118946;STB=0.554716;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0245153;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:154:69:73:80:81:0.525974:34:46:30:39:34:47:34:39 chr21 11029624 . C T 477.6 PASS AF=0.369427;AO=58;DP=157;FAO=58;FDP=157;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00949715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.911;QD=12.1681;RBI=0.0548094;REFB=-0.00335032;REVB=-0.0539803;RO=98;SAF=37;SAR=21;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189393;STB=0.610986;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00441927;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:98:99:58:58:0.369427:21:37:46:52:21:37:46:53 chr21 11029630 . GC G 465.64 PASS AF=0.365385;AO=55;DP=156;FAO=57;FDP=156;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.0110361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.694;QD=11.9395;RBI=0.0142158;REFB=-0.00353874;REVB=0.00896063;RO=96;SAF=34;SAR=21;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201869;STB=0.607903;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.0105271;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385:55:156:57:156:99:35:22:44:55:99:96:34:21:42:54 chr21 11029653 . C T 112.73 PASS AF=0.148387;AO=23;DP=155;FAO=23;FDP=155;FR=.;FRO=132;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=-0.0274216;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.014;QD=2.90903;RBI=0.0282592;REFB=0.00209476;REVB=-0.00682921;RO=131;SAF=10;SAR=13;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11646;STB=0.580936;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00923578;OID=.;OPOS=11029653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:131:132:23:23:0.148387:13:10:69:62:13:10:70:62 chr21 11029679 . C G 543.64 PASS AF=0.403846;AO=62;DP=154;FAO=63;FDP=156;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.00127735;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.929;QD=13.9395;RBI=0.0403709;REFB=-0.00888771;REVB=-0.0403506;RO=88;SAF=33;SAR=29;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104641;STB=0.555673;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0120903;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:88:93:62:63:0.403846:29:33:38:50:30:33:40:53 chr21 11038796 . T C 81.25 PASS AF=0.0805195;AO=31;DP=385;FAO=31;FDP=385;FR=.;FRO=354;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=176;FSRR=178;FWDB=-0.0255248;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.784;QD=0.844161;RBI=0.0333093;REFB=-0.00153604;REVB=-0.0214008;RO=352;SAF=15;SAR=16;SRF=175;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153827;STB=0.512228;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0192464;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:385:385:352:354:31:31:0.0805195:16:15:175:177:16:15:176:178 chr21 11038802 . G A 787.73 PASS AF=0.292683;AO=106;DP=371;FAO=108;FDP=369;FR=.;FRO=261;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=129;FSRR=132;FWDB=0.0494969;FXX=0.0080643;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0529;QD=8.53906;RBI=0.0498637;REFB=-0.00763887;REVB=-0.00603665;RO=259;SAF=52;SAR=54;SRF=129;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914757;STB=0.502484;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0141689;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:369:259:261:106:108:0.292683:54:52:129:130:55:53:129:132 chr21 11038843 . G C 1665.93 PASS AF=0.571956;AO=154;DP=269;FAO=155;FDP=271;FR=.;FRO=116;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.0472563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3874;QD=24.5894;RBI=0.0576897;REFB=-0.0245311;REVB=0.03309;RO=115;SAF=84;SAR=70;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599524;STB=0.52908;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0205235;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:271:115:116:154:155:0.571956:70:84:54:61:71:84:55:61 chr21 11049584 . C T 80.85 PASS AF=0.110526;AO=21;DP=188;FAO=21;FDP=190;FR=.;FRO=169;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=88;FSRR=81;FWDB=-0.00765122;FXX=0.00523533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.307;QD=1.70213;RBI=0.0137974;REFB=-0.0031781;REVB=-0.0114816;RO=163;SAF=12;SAR=9;SRF=86;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544434;STB=0.545411;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0234057;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:188:190:163:169:21:21:0.110526:9:12:86:77:9:12:88:81 chr21 11049592 . C T 80.79 PASS AF=0.104762;AO=22;DP=209;FAO=22;FDP=210;FR=.;FRO=188;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=94;FSRR=94;FWDB=0.0566016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.536;QD=1.53879;RBI=0.0572361;REFB=-0.00285954;REVB=-0.00849888;RO=186;SAF=12;SAR=10;SRF=93;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554499;STB=0.540691;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0308929;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:209:210:186:188:22:22:0.104762:10:12:93:93:10:12:94:94 chr21 11057855 . A T 467.2 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00715805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.204;QD=28.315;RBI=0.0351191;REFB=-0.00143078;REVB=-0.0343819;RO=22;SAF=25;SAR=18;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228831;STB=0.505778;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000976166;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:23:43:43:0.651515:18:25:12:10:18:25:13:10 chr21 11057866 . C T 64.32 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0513888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6275;QD=3.47648;RBI=0.0563069;REFB=0.00108218;REVB=-0.0230143;RO=60;SAF=8;SAR=4;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130729;STB=0.576791;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0102521;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:72:74:60:62:12:12:0.162162:4:8:34:26:4:8:36:26 chr21 11057888 . T A 269.55 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00490458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.449;QD=14.1871;RBI=0.00495921;REFB=-0.00121393;REVB=-0.000734077;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120702;STB=0.568484;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00114802;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:16:15:27:18:16:15:27:18 chr21 11057929 . T C 34.97 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.000958849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.281;QD=1.84028;RBI=0.00240822;REFB=-0.00457203;REVB=-0.00220911;RO=68;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343719;STB=0.52625;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0234539;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:76:76:68:68:8:8:0.105263:4:4:32:36:4:4:32:36 chr21 11057931 . C A 36.2 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00620037;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.483;QD=1.93053;RBI=0.0169142;REFB=-0.00243555;REVB=-0.0157368;RO=65;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121326;STB=0.592985;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0155102;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:75:75:65:67:8:8:0.106667:5:3:31:34:5:3:32:35 chr21 11058226 . G C 862.48 PASS AF=0.403361;AO=96;DP=237;FAO=96;FDP=238;FR=.;FRO=142;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=79;FSRR=63;FWDB=-0.00774653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.818;QD=14.4954;RBI=0.00861992;REFB=-0.00841671;REVB=-0.0037808;RO=140;SAF=54;SAR=42;SRF=77;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134206;STB=0.503731;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0141174;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:140:142:96:96:0.403361:42:54:77:63:42:54:79:63 chr21 11097557 . A G 48.64 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0156411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0668;QD=4.4214;RBI=0.039057;REFB=-0.0273131;REVB=-0.0357883;RO=36;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370587;STB=0.749376;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.126389;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:44:44:36:36:8:8:0.181818:6:2:20:16:6:2:20:16 chr21 11097574 . T A 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0221925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.045;QD=2.8458;RBI=0.0238057;REFB=-0.00437855;REVB=0.00861417;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975219;STB=0.571225;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0295132;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:4:3:24:23:4:3:24:23 chr21 11098674 . T C 601.39 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0416773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.938;QD=58.6721;RBI=0.044526;REFB=-0.106665;REVB=0.0156705;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000791939;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:0:1 chr21 11098704 . A G 65.29 PASS AF=0.192308;AO=9;DP=50;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0303979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7887;QD=5.02249;RBI=0.039846;REFB=-0.0104738;REVB=-0.0257617;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114444;STB=0.538385;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0383806;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:50:52:39:42:9:10:0.192308:5:4:21:18:5:5:23:19 chr21 11098723 . TG CA,CG 343.68 PASS AF=0.0769231,0.476923;AO=5,31;DP=66;FAO=5,31;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=4,5;FSAR=1,26;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0494368,-0.0419413;FXX=0.0298463;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=158.322,120.796;QD=21.1494;RBI=0.0565923,0.0484985;REFB=-0.0148223,-0.017618;REVB=-0.0275443,-0.0243523;RO=28;SAF=4,5;SAR=1,26;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.296351,-0.428795;STB=0.735818,0.736668;STBP=0.364,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0412685,0.0181536;OID=.,.;OPOS=11098723,11098723;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:66:65:28:29:5,31:5,31:0.0769231,0.476923:1,26:4,5:16:12:1,26:4,5:16:13 chr21 11098728 . C T 50.22 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00795618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.316;QD=2.78981;RBI=0.00796272;REFB=-0.00402091;REVB=0.000322732;RO=59;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120803;STB=0.58316;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0351517;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:59:62:10:10:0.138889:7:3:23:36:7:3:24:38 chr21 11098732 . C T 186.91 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00698726;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.27;QD=10.5304;RBI=0.0297964;REFB=-0.0205511;REVB=0.0289655;RO=47;SAF=3;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487621;STB=0.79157;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0291597;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:47:24:24:0.338028:21:3:22:25:21:3:22:25 chr21 11098756 . C A 263.97 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.011957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.372;QD=15.7596;RBI=0.0203898;REFB=-0.0126994;REVB=0.0165159;RO=37;SAF=6;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282963;STB=0.661534;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00898918;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:24:6:16:21:24:6:16:21 chr21 11098763 . C T 318.02 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00146479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.115;QD=18.1726;RBI=0.022213;REFB=-0.0168083;REVB=0.0221646;RO=35;SAF=7;SAR=27;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25453;STB=0.653584;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0201199;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:27:7:15:20:27:7:16:20 chr21 14419915 . A G 875.14 PASS AF=0.386364;AO=100;DP=263;FAO=102;FDP=264;FR=.;FRO=162;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=-0.00257631;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.08;QD=13.2597;RBI=0.0322672;REFB=-0.0117876;REVB=0.0321642;RO=162;SAF=54;SAR=46;SRF=81;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439798;STB=0.518069;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0201619;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:162:162:100:102:0.386364:46:54:81:81:48:54:81:81 chr21 14420005 . A G 899.52 PASS AF=0.369718;AO=104;DP=287;FAO=105;FDP=284;FR=.;FRO=179;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=95;FSRR=84;FWDB=0.00603244;FXX=0.0173004;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.488;QD=12.6693;RBI=0.0122401;REFB=-0.0109714;REVB=-0.0106504;RO=171;SAF=46;SAR=58;SRF=90;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927177;STB=0.552371;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0165134;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:284:171:179:104:105:0.369718:58:46:90:81:58:47:95:84 chr21 14778721 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6615;QD=48.7358;RBI=0.0290779;REFB=0;REVB=-0.00940589;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429237;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr21 14982721 . A G 99.91 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.115681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.131;QD=15.3705;RBI=0.115834;REFB=-0.042979;REVB=0.00593929;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420327;STB=0.733069;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0745095;OID=.;OPOS=14982721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:0:14:8:4:0:14 chr21 14982886 . G A 217.51 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4881;QD=48.3352;RBI=0.133158;REFB=0;REVB=0.131111;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00680235;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr21 14982952 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.49;QD=40.7629;RBI=0.04178;REFB=0;REVB=0.0331518;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135181;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr21 15013735 . A G 1208.33 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00727526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5205;QD=59.6708;RBI=0.0798669;REFB=-0.118924;REVB=0.0795349;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00141591;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:79:80:0.987654:48:31:0:0:48:32:0:1 chr21 15457003 . C A 237.63 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00436672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3852;QD=18.638;RBI=0.0043669;REFB=-0.0253403;REVB=4.02073e-05;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191936;STB=0.607394;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0251258;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:8:18:12:13:8:18 chr21 15457034 . A T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00834384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.012;QD=20.4403;RBI=0.00836802;REFB=-0.000955481;REVB=0.000635579;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201398;STB=0.611208;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00100154;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:8:21:16:17:8:21 chr21 15457086 . A G 352.5 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0106964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7144;QD=21.0447;RBI=0.0107195;REFB=0.00615245;REVB=-0.000704216;RO=31;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101542;STB=0.505615;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00567749;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:24:12:10:21:24:12:10:21 chr21 15457283 . AA GT 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0144671;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=270.535;QD=5.00557;RBI=0.0148443;REFB=0.00208249;REVB=-0.00332477;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422677;STB=0.78843;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=-0.00807819;OID=.;OPOS=15457283;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:11:11:5:1:11:11 chr21 15457293 . T G 118.19 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00626517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3283;QD=12.7775;RBI=0.0193375;REFB=-0.0192729;REVB=-0.0182944;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530878;STB=0.531205;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00967686;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:11:12:8:6:11:12 chr21 15457297 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0161308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9048;QD=12.7911;RBI=0.025808;REFB=0.00383835;REVB=-0.0201457;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530878;STB=0.531205;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00390451;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:11:12:8:6:11:12 chr21 15457318 . T G 249.7 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0123924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5883;QD=18.4964;RBI=0.016355;REFB=-0.00752598;REVB=-0.0106732;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100449;STB=0.556286;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0044368;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:11:16:13:14:11:16:13:14 chr21 15457339 . T G 412.38 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0261001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7353;QD=24.2573;RBI=0.0401802;REFB=-0.0216522;REVB=0.0305488;RO=27;SAF=28;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202923;STB=0.601176;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0417836;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:40:41:0.602941:12:28:12:15:13:28:12:15 chr21 15457350 . TA CG 420.66 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0164049;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=2;MLLD=275.838;QD=25.4946;RBI=0.0303556;REFB=-0.00359376;REVB=-0.025541;RO=25;SAF=27;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175157;STB=0.604746;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.00184124;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:25:26:40:40:0.606061:13:27:11:14:13:27:11:15 chr21 15457374 . G C 496.54 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0193875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.305;QD=29.2081;RBI=0.0229104;REFB=-0.0101713;REVB=0.0122071;RO=23;SAF=31;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197901;STB=0.607793;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00686197;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:14:31:9:14:14:31:9:14 chr21 15457399 . G C 389.46 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00901717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.58;QD=24.3412;RBI=0.0164343;REFB=6.85441e-05;REVB=-0.0137396;RO=25;SAF=27;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268949;STB=0.641647;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-7.85099e-05;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:26:38:38:0.59375:11:27:9:16:11:27:10:16 chr21 15457410 . C G 310.3 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0114405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1084;QD=22.5675;RBI=0.0301985;REFB=-0.018416;REVB=-0.0279475;RO=23;SAF=27;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456821;STB=0.755063;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0342428;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:5:27:8:15:5:27:8:15 chr21 15457463 . CACACACAGT C 109.37 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888783;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=275.545;QD=39.7693;RBI=0.00889703;REFB=0;REVB=0.000404689;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00221228;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:11:11:0:4:7:0:0:4:0:3:7:0:0 chr21 15481365 . G T 140.96 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0199357;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.948;QD=9.39753;RBI=0.0207145;REFB=-0.0112067;REVB=-0.00562669;RO=41;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359727;STB=0.712112;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0215716;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:41:41:19:19:0.316667:6:13:15:26:6:13:15:26 chr21 15516976 . T A 1039.97 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.32601e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4618;QD=59.4269;RBI=0.0714421;REFB=0;REVB=0.0714421;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569019;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr21 15524921 . C T 158.79 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0564034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2363;QD=11.1432;RBI=0.0828662;REFB=-0.0174204;REVB=-0.060708;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137033;STB=0.567324;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.022957;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:33:36:21:21:0.368421:10:11:13:20:10:11:15:21 chr21 15593495 . T G 189.67 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000229082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.3113;QD=17.2426;RBI=0.0118725;REFB=-0.0233747;REVB=0.0118703;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191767;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0282953;OID=.;OPOS=15593495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:24:19:20:0.454545:11:8:11:14:11:9:10:14 chr21 15596772 . T G 944.21 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0354867;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3865;QD=55.5417;RBI=0.0542523;REFB=-0.0704114;REVB=-0.0410366;RO=2;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341496;STB=0.501808;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00378155;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:68:2:2:66:66:0.970588:29:37:1:1:29:37:1:1 chr21 15646397 . A G 2586.67 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.136;QD=61.5875;RBI=0.0524021;REFB=0;REVB=0.04996;RO=0;SAF=99;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83174e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:168:0:0:160:168:1:61:99:0:0:65:103:0:0 chr21 15646405 . C A 1315.78 PASS AF=0.638889;AO=114;DP=183;FAO=115;FDP=180;FR=.;FRO=65;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0200026;FXX=0.0163925;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.097;QD=29.2395;RBI=0.0207679;REFB=-0.0423853;REVB=-0.00558584;RO=56;SAF=67;SAR=47;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326712;STB=0.512215;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0214757;OID=.;OPOS=15646405;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:180:56:65:114:115:0.638889:47:67:30:26:48:67:40:25 chr21 15744089 . GT AT,TG,TT 40.63 PASS AF=0,0,0.195122;AO=2,3,2;DP=38;FAO=0,0,8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=0,0,2;FSAR=0,0,6;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.0956034,0.0102522,-0.00915739;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=38.9812,45.2182,199.17;QD=3.96355;RBI=0.104253,0.0828261,0.100658;REFB=-0.0688796,-0.0719424,-0.00834866;REVB=0.0415766,0.0821891,0.100241;RO=30;SAF=2,0,2;SAR=0,3,0;SRF=25;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.346358,-0.730445,0.346358;STB=0.5,0.5,0.890465;STBP=1,1,0.099;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0637653;OID=.,.,.;OPOS=15744089,15744089,15744089;OREF=G,GT,G;OALT=A,TG,T;OMAPALT=AT,TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:39:38:41:30:33:2,3,2:0,0,8:0,0,0.195122:0,3,0:2,0,2:25:5:0,0,6:0,0,2:28:5 chr21 15926544 . G A 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.241;QD=61.6934;RBI=0.0103907;REFB=0;REVB=0.000207629;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5418e-05;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chr21 15954528 . G A 344.79 PASS AF=0.5;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00195624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.116;QD=19.1548;RBI=0.0733729;REFB=-0.016318;REVB=-0.0733468;RO=31;SAF=12;SAR=24;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134172;STB=0.545429;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0167451;OID=.;OPOS=15954528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:31:36:36:36:0.5:24:12:15:16:24:12:15:21 chr21 15954593 . G A 424.31 PASS AF=0.511905;AO=39;DP=79;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0369438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4531;QD=20.2054;RBI=0.0576136;REFB=-0.0234004;REVB=-0.0442094;RO=40;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0096648;STB=0.52568;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0196789;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:40:41:39:43:0.511905:23:16:16:24:24:19:16:25 chr21 15954660 . T C 1670.39 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00365258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.903;QD=57.5997;RBI=0.0525596;REFB=-0.110266;REVB=-0.0524325;RO=0;SAF=47;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38221e-08;STB=0.515461;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00063023;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:0:3:113:113:0.974138:66:47:0:0:66:47:3:0 chr21 15964920 . C G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.216;QD=59.4294;RBI=0.0392583;REFB=0;REVB=0.0101105;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360066;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr21 15974409 . T C 724.48 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0143097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.684;QD=47.5069;RBI=0.0246941;REFB=-0.0748751;REVB=0.0201254;RO=5;SAF=20;SAR=35;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395109;STB=0.531634;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00194667;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:61:61:5:6:55:55:0.901639:35:20:3:2:35:20:4:2 chr21 16335469 . T C 646.13 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00889432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.983;QD=23.0759;RBI=0.0366246;REFB=-0.0160666;REVB=0.0355282;RO=49;SAF=39;SAR=24;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576004;STB=0.503149;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0136936;OID=.;OPOS=16335469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:49:63:63:0.5625:24:39:30:19:24:39:30:19 chr21 16335515 . C T 489.52 PASS AF=0.377358;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=159;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.0684576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9983;QD=12.315;RBI=0.11139;REFB=-0.0362389;REVB=-0.0878706;RO=90;SAF=35;SAR=25;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896403;STB=0.561753;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0568236;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:159:90:99:60:60:0.377358:25:35:45:45:25:35:48:51 chr21 16340289 . C T 814.22 PASS AF=0.953846;AO=57;DP=60;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0047328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.6157;QD=50.1057;RBI=0.00664307;REFB=-0.059449;REVB=-0.00466165;RO=3;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367171;STB=0.517641;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00342498;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:65:3:3:57:62:0.953846:37:20:0:3:41:21:0:3 chr21 16424421 . A G 187.32 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0156947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2048;QD=12.7;RBI=0.0271932;REFB=-0.0388105;REVB=0.0222069;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129261;STB=0.584129;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0844313;OID=.;OPOS=16424421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:36:23:23:0.389831:9:14:16:17:9:14:17:19 chr21 16424469 . C T 407.65 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00308715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.28;QD=25.8827;RBI=0.0188267;REFB=-0.0276412;REVB=-0.0185718;RO=24;SAF=15;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140826;STB=0.577074;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0208573;OID=.;OPOS=16424469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:24:15:14:10:24:15:14:10 chr21 17251556 . C A 116.87 PASS AF=0.306122;AO=12;DP=46;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=32;FWDB=-0.0265892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.116;QD=9.54045;RBI=0.032507;REFB=-0.0108373;REVB=0.0187008;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524697;STB=0.749785;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0275914;OID=.;OPOS=17251556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:34:34:12:15:0.306122:7:5:2:32:10:5:2:32 chr21 18827106 . C T 73.79 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.019443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.312;QD=9.83829;RBI=0.0233748;REFB=-0.00407797;REVB=0.0129749;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581876;STB=0.535142;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0105918;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:13:7:4:6:13:7 chr21 19161403 . A G 200.04 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0126851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7742;QD=13.1174;RBI=0.0435845;REFB=-0.00709879;REVB=0.0416976;RO=33;SAF=6;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32309;STB=0.685561;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00752416;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:36:24:25:0.409836:18:6:18:15:18:7:21:15 chr21 19163556 . A C 393.16 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0110259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.831;QD=17.0937;RBI=0.0179594;REFB=-0.00887335;REVB=-0.0141764;RO=51;SAF=25;SAR=16;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214164;STB=0.619995;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0148496;OID=.;OPOS=19163556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:16:25:20:31:16:25:20:31 chr21 19163707 . C T 1176.28 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238434;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.506;QD=61.1055;RBI=0.0252138;REFB=0;REVB=0.00819925;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247371;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:36:41:0:0 chr21 19165259 . ACT A 290.64 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0157907;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.725;QD=15.7101;RBI=0.0455537;REFB=-0.0111443;REVB=-0.0427293;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231996;STB=0.505151;STBP=0.95;TYPE=del;VARB=0.0147936;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:32:77:32:74:42:14:18:18:24:99:41:14:18:17:24 chr21 19165879 . A T 629.63 PASS AF=0.625;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0737703;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.839;QD=28.6197;RBI=0.0738984;REFB=0.0001814;REVB=-0.00434869;RO=33;SAF=27;SAR=28;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088037;STB=0.547809;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000441983;OID=.;OPOS=19165879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:33:33:55:55:0.625:28:27:12:21:28:27:12:21 chr21 19167506 . T C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0226794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.891;QD=12.0831;RBI=0.0300705;REFB=-0.00284032;REVB=0.0197455;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29183;STB=0.66817;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00169673;OID=.;OPOS=19167506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:8:13:12:23:8:13:12:23 chr21 19169218 . G C 163.1 PASS AF=0.344262;AO=13;DP=63;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00190841;FXX=0.031741;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.018;QD=10.6952;RBI=0.0132487;REFB=-0.00778648;REVB=-0.0131105;RO=29;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44048;STB=0.531951;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0138426;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:29:40:13:21:0.344262:2:11:15:14:10:11:19:21 chr21 19666910 . A G 68.88 PASS AF=0.294118;AO=6;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0145933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.934;QD=8.10348;RBI=0.0669874;REFB=-0.00557282;REVB=0.0653785;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04918;STB=0.620003;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.017345;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:34:34:24:24:6:10:0.294118:3:3:11:13:7:3:11:13 chr21 19670118 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00324452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.907;QD=13.0887;RBI=0.0116837;REFB=0.000160355;REVB=-0.0112241;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139475;STB=0.581296;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.000294949;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:10:17:8:8:10:17 chr21 19715835 . T A 354.04 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00437166;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.937;QD=21.1368;RBI=0.0193327;REFB=-0.0183802;REVB=-0.018832;RO=31;SAF=20;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488736;STB=0.527012;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0188338;OID=.;OPOS=19715835;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:16:20:19:12:16:20:19:12 chr21 19726136 . T C 574.57 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0644826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4666;QD=18.2403;RBI=0.0706933;REFB=0.00357923;REVB=0.0289748;RO=65;SAF=24;SAR=36;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738884;STB=0.537447;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00217612;OID=.;OPOS=19726136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:66:60:60:0.47619:36:24:31:34:36:24:31:35 chr21 21728991 . C A 894.32 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00968961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8648;QD=55.0348;RBI=0.0296988;REFB=0.0819317;REVB=0.0280737;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00304887;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:0:2:63:63:0.969231:32:31:0:0:32:31:2:0 chr21 22652886 . ATTTTTTTTCA AATTTTTTTCA,ATTTTTTTCA,ATTTTTTTCAT,ATTTTTTTCTA 47.1 PASS AF=0,0.6,0,0;AO=3,7,2,3;DP=30;FAO=0,18,0,0;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=0,13,0,0;FSAR=0,5,0,0;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0868853,0.0484548,-0.0396096,-0.142584;FXX=0;HRUN=8,8,8,8;LEN=1,1,3,2;MLLD=18.4159,6.67474,194.048,49.1126;QD=6.28054;RBI=0.121473,0.178589,0.0467809,0.142611;REFB=-0.0826994,-0.177091,-0.0201207,-0.0253594;REVB=0.0848924,0.17189,0.0248905,0.0027472;RO=13;SAF=3,3,2,3;SAR=0,4,0,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.64472,-0.0350874,0.569211,0.64472;STB=0.5,0.633989,0.5,0.5;STBP=1,0.084,1,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.191383,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=22652887,22652887,22652894,22652894;OREF=T,T,TCA,TC;OALT=A,-,CAT,CT;OMAPALT=AATTTTTTTCA,ATTTTTTTCA,ATTTTTTTCAT,ATTTTTTTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6,0,0:3,7,2,3:30:0,18,0,0:30:12:0,13,0,0:0,5,0,0:5:7:38:13:3,3,2,3:0,4,0,0:6:7 chr21 22746187 . T C 381.98 PASS AF=0.606557;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00614583;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.238;QD=25.0475;RBI=0.00772352;REFB=-0.0146149;REVB=0.00467777;RO=23;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702251;STB=0.523148;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0120864;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:24:36:37:0.606557:16:20:15:8:16:21:15:9 chr21 24804558 . T C 189.77 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0458816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.364;QD=11.3293;RBI=0.0464379;REFB=-0.000449708;REVB=-0.00716657;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072169;STB=0.549028;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00113214;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:43:24:24:0.358209:13:11:21:19:13:11:23:20 chr21 26965148 . G A 872.66 PASS AF=1;AO=57;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119949;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.353;QD=56.3009;RBI=0.0725165;REFB=0;REVB=0.0715176;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611089;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:57:62:1:19:38:0:0:23:39:0:0 chr21 26965205 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.202;QD=58.2393;RBI=0.0524418;REFB=0;REVB=0.0519216;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015642;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr21 26969703 . T C 696.08 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0200676;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2588;QD=58.0065;RBI=0.0276427;REFB=-0.138987;REVB=0.0190108;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446978;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0036488;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:45:46:0.958333:20:25:0:2:20:26:0:2 chr21 26978950 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0900357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.012;QD=47.8214;RBI=0.0912767;REFB=0;REVB=-0.0150004;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121097;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr21 27056250 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0117075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9275;QD=14.6497;RBI=0.0464479;REFB=-0.0173146;REVB=-0.0449482;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150708;STB=0.588103;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0223302;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:11:8:4:10:11:8 chr21 27563105 . G A 285.03 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00332591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.768;QD=23.7523;RBI=0.0155083;REFB=-0.0292204;REVB=-0.0151474;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211361;STB=0.511775;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0145957;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:9:13:16:10:9:13 chr21 27852724 . A G 728.94 PASS AF=0.948276;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0107341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.814;QD=50.2715;RBI=0.0126815;REFB=-0.0849847;REVB=0.00675269;RO=2;SAF=14;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208418;STB=0.525087;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00223462;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:54:55:0.948276:40:14:1:1:40:15:2:1 chr21 28216657 . CGGGGC CCGGGC,CGGGC,CGGGCG 99.3 PASS AF=0,0.384615,0;AO=2,16,2;DP=51;FAO=0,20,0;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=0,5,0;FSAR=0,15,0;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0715263,-0.112362,-0.175539;FXX=0.0188644;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=22.3071,14.2972,79.4192;QD=7.63842;RBI=0.0985849,0.128298,0.180345;REFB=-0.0548025,-0.0529244,0.00928715;REVB=0.0678452,-0.0619286,-0.0413571;RO=26;SAF=1,5,2;SAR=1,11,0;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0353747,-0.24723,0.460667;STB=0.5,0.735055,0.5;STBP=1,0.009,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0497568,0;OID=.,.,.;OPOS=28216658,28216658,28216661;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CG;OMAPALT=CCGGGC,CGGGC,CGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.384615,0:2,16,2:51:0,20,0:52:32:0,5,0:0,15,0:20:12:99:26:1,5,2:1,11,0:14:12 chr21 28295339 . T C 759.46 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=139;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=-0.0171752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7358;QD=21.855;RBI=0.0202499;REFB=-0.0199738;REVB=0.0107271;RO=65;SAF=36;SAR=37;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173526;STB=0.597721;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0170018;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:66:73:73:0.52518:37:36:19:46:37:36:19:47 chr21 28296324 . A G 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00356789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.522;QD=14.7403;RBI=0.0055262;REFB=-0.00127892;REVB=0.00422007;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194121;STB=0.609595;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00198552;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:27:14:16:14:27:14 chr21 28302355 . A G 378.02 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0117791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.719;QD=18.9008;RBI=0.0135415;REFB=-0.0256045;REVB=0.00668008;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460237;STB=0.525291;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0249615;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:41:38:39:0.4875:19:19:18:22:19:20:19:22 chr21 28326276 . G A 1403.69 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0398317;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.427;QD=55.0468;RBI=0.0407597;REFB=-0.0632869;REVB=0.00864805;RO=4;SAF=42;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242867;STB=0.512818;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000249515;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:102:4:4:98:98:0.960784:56:42:3:1:56:42:3:1 chr21 30250555 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.603;QD=63.2868;RBI=0.0148295;REFB=0;REVB=0.0130871;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37516e-06;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr21 30250615 . T C 756.85 PASS AF=0.981818;AO=55;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208322;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.099;QD=55.0437;RBI=0.0220659;REFB=0.0869954;REVB=0.00727492;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000182422;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:55:54:0.981818:33:22:1:0:32:22:1:0 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 1847.2 PASS AF=0.253968,0.746032;AO=28,89;DP=129;FAO=32,94;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=6,34;FSAR=26,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.183753,-0.0987214;FXX=0.023254;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.7045,37.4517;QD=58.6414;RBI=0.210556,0.114998;REFB=0,0;REVB=-0.102804,-0.0589803;RO=0;SAF=4,30;SAR=24,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0298212,-0.010199;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.253968,0.746032:28,89:129:32,94:126:0:6,34:26,60:0:0:99:0:4,30:24,59:0:0 chr21 30257570 . A C 214.62 PASS AF=0.257576;AO=34;DP=131;FAO=34;FDP=132;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.0346655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.293;QD=6.50353;RBI=0.0418116;REFB=-0.0475088;REVB=-0.0233776;RO=97;SAF=6;SAR=28;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330288;STB=0.699867;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.182023;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:97:98:34:34:0.257576:28:6:38:59:28:6:38:60 chr21 30331935 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0409673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.215;QD=15.1968;RBI=0.0409677;REFB=-0.0172721;REVB=0.000193205;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167604;STB=0.613472;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0173668;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:9:5:9:8:9:5:10:8 chr21 30339120 . C A 45.36 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0130959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.163;QD=12.959;RBI=0.0297174;REFB=-0.0254311;REVB=-0.0266763;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184137;OID=.;OPOS=30339120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:14:6:6:6:6:0.428571:2:4:4:2:2:4:4:2 chr21 30341891 . A G 718.66 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141474;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.598;QD=61.1626;RBI=0.0201364;REFB=-0.000210113;REVB=-0.0143292;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=1.83838e-05;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:0:1:28:18:0:1 chr21 30342933 . C A 308.09 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00204429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.947;QD=15.7995;RBI=0.0249287;REFB=-0.0245925;REVB=-0.0248447;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467837;STB=0.525626;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0254526;OID=.;OPOS=30342933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:44:34:34:0.435897:17:17:19:23:17:17:20:24 chr21 30343017 . T C 359.39 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0135921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0318;QD=17.3199;RBI=0.0136863;REFB=0.00520727;REVB=0.00160294;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937429;STB=0.552402;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00726029;OID=.;OPOS=30343017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:20:18:17:28:20:18:17:28 chr21 30434670 . G T 180.9 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0180239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.863;QD=12.9217;RBI=0.0280014;REFB=-0.015144;REVB=-0.0214293;RO=34;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293628;STB=0.670884;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0164602;OID=.;OPOS=30434670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:17:5:16:18:17:5:16:18 chr21 30511691 . G A 149.81 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0505755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5291;QD=19.33;RBI=0.059742;REFB=-0.0184919;REVB=0.0317998;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24656;STB=0.639826;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00460118;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:10:5:10:6:10:5 chr21 30552839 . A G 249.58 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0193118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.418;QD=14.4683;RBI=0.0194071;REFB=-0.0164078;REVB=-0.00192045;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163213;STB=0.579104;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0417179;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:28:29:0.42029:17:11:22:18:17:12:22:18 chr21 30552877 . T C 366.75 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0125703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.439;QD=16.1209;RBI=0.0139425;REFB=-0.0190465;REVB=0.00603178;RO=52;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120555;STB=0.558661;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0223495;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:52:38:39:0.428571:22:16:28:24:22:17:28:24 chr21 30714776 . T C 212.51 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.000760483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0245;QD=12.5005;RBI=0.0405127;REFB=-0.0155188;REVB=0.0405056;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697491;STB=0.547908;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0230383;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:11:15:21:20:11:15:21:21 chr21 30717151 . C T 1035.41 PASS AF=0.924051;AO=73;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00176904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.601;QD=52.4258;RBI=0.0629429;REFB=0.000185139;REVB=-0.062918;RO=6;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414541;STB=0.521962;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0001051;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:79:6:6:73:73:0.924051:40:33:1:5:40:33:1:5 chr21 30718201 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.467;QD=59.0187;RBI=0.0146514;REFB=0;REVB=0.00299425;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45064e-05;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr21 30718261 . A G 52.8 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0163929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.721;QD=7.03953;RBI=0.0235706;REFB=-0.012756;REVB=-0.0169365;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197182;STB=0.624688;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0486109;OID=.;OPOS=30718261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:12:10:5:3:12:10 chr21 30969901 . T C 561.81 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032699;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.815;QD=60.7362;RBI=0.0202853;REFB=0;REVB=0.0200201;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261137;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr21 30970005 . C G 276.5 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0309449;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7421;QD=18.1313;RBI=0.0314406;REFB=-0.0197109;REVB=0.00556094;RO=29;SAF=8;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294318;STB=0.649381;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0171873;OID=.;OPOS=30970005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:29:31:29:30:0.491803:21:8:17:12:21:9:18:13 chr21 31538692 . C T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0110359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.505;QD=17.3994;RBI=0.0677207;REFB=-0.02806;REVB=0.0668155;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146253;OID=.;OPOS=31538692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:6:7:7:6:6:7 chr21 31587793 . A G 323.14 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.703;QD=53.8572;RBI=0.0540955;REFB=0;REVB=0.052161;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901986;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:9:12:0:0:12:12:0:0 chr21 31587859 . T C 101.18 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0884388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2667;QD=16.8626;RBI=0.10482;REFB=-0.00436197;REVB=0.0562655;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273019;STB=0.681497;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00330019;OID=.;OPOS=31587859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:9:3:6:5:9:3:7:5 chr21 31654809 . C T 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00891216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.346;QD=26.5498;RBI=0.060591;REFB=-0.00919234;REVB=-0.059932;RO=18;SAF=13;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502192;STB=0.514678;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00427351;OID=.;OPOS=31654809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:19:32:32:0.627451:19:13:6:12:19:13:7:12 chr21 31655212 . A C 1597.83 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.516;QD=63.9133;RBI=0.0264724;REFB=0;REVB=0.0143719;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86195e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:47:49:0:0:49:51:0:0 chr21 31661691 . A G 255.61 PASS AF=0.5;AO=27;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0134051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.23;QD=17.6286;RBI=0.074879;REFB=-0.0107143;REVB=0.0736693;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125327;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:29:27:29:0.5:12:15:15:15:14:15:15:14 chr21 31692277 . G T 493.13 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00410413;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.187;QD=18.7859;RBI=0.00794383;REFB=-0.0149987;REVB=0.00680151;RO=53;SAF=24;SAR=28;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253502;STB=0.514027;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0132243;OID=.;OPOS=31692277;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:53:52:52:0.495238:28:24:23:30:28:24:23:30 chr21 31692377 . A C 655.86 PASS AF=0.390625;AO=74;DP=192;FAO=75;FDP=192;FR=.;FRO=117;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=0.00749594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.511;QD=13.6638;RBI=0.00906415;REFB=-0.00650406;REVB=-0.00509605;RO=117;SAF=42;SAR=32;SRF=47;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178716;STB=0.595596;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00886718;OID=.;OPOS=31692377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:117:117:74:75:0.390625:32:42:47:70:33:42:47:70 chr21 31692541 . C T 327.45 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0374045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5538;QD=15.2304;RBI=0.0480258;REFB=-0.0286575;REVB=0.0301227;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216058;STB=0.62204;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0497959;OID=.;OPOS=31692541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:22:14:30:20:22:14:30:20 chr21 31744163 . C G 321.83 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.012753;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.864;QD=18.9309;RBI=0.0215308;REFB=-0.0120086;REVB=0.0173475;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053954;STB=0.530018;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0120917;OID=.;OPOS=31744163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:19:15:13:21:19:15:13:21 chr21 31768539 . G C 734.68 PASS AF=0.546154;AO=70;DP=129;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-9.80219e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.309;QD=22.6055;RBI=0.011881;REFB=-0.0246511;REVB=-0.0118806;RO=57;SAF=34;SAR=36;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189211;STB=0.521121;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0244962;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:57:59:70:71:0.546154:36:34:29:28:37:34:31:28 chr21 31913981 . AG A,AA,TA 321.11 PASS AF=0.508197,0,0.0491803;AO=26,3,4;DP=61;FAO=31,0,3;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=16,0,0;FSAR=15,0,3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0109127,0.0127749,0.0105012;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=216.491,209.32,214.214;QD=21.0563;RBI=0.0120569,0.013802,0.012529;REFB=0.0029169,0.00297624,-0.00355855;REVB=-0.00512652,-0.00522464,0.00683377;RO=28;SAF=13,0,2;SAR=13,3,2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.131991,-0.620269,-0.16402;STB=0.553039,0.5,0.997122;STBP=0.42,1,0.038;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0112642,0,0.0086493;OID=.,.,.;OPOS=31913982,31913982,31913981;OREF=G,G,AG;OALT=-,A,TA;OMAPALT=A,AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:27:26,3,4:31,0,3:0.508197,0,0.0491803:13,3,2:13,0,2:18:10:15,0,3:16,0,0:17:10 chr21 31914000 . T A 303.25 PASS AF=0.52459;AO=30;DP=60;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0127335;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.13;QD=19.8854;RBI=0.0139782;REFB=-0.00908556;REVB=0.00576605;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178947;STB=0.585763;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00854524;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:30:29:30:32:0.52459:18:12:18:12:19:13:17:12 chr21 31964916 . A C 101.99 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0168013;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9317;QD=16.319;RBI=0.021818;REFB=-0.00698281;REVB=-0.0139192;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458151;STB=0.764274;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00401369;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:3:9:3:10:3:9:3:10 chr21 31973516 . T A 616.07 PASS AF=0.584158;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0236266;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.369;QD=24.3988;RBI=0.0239125;REFB=-0.0242019;REVB=0.00368666;RO=42;SAF=20;SAR=39;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153472;STB=0.508377;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0168439;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:42:42:59:59:0.584158:39:20:15:27:39:20:15:27 chr21 32090908 . C T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.02284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.364;QD=20.3164;RBI=0.0522599;REFB=-0.0107126;REVB=-0.0470046;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975482;STB=0.55474;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0110883;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:6:13:14:4:6:13:14:4 chr21 32119495 . C G 354.01 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0215275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.228;QD=18.6319;RBI=0.021751;REFB=-0.00404757;REVB=0.0031099;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462519;STB=0.502578;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0025279;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:16:23:22:15:16:23 chr21 32201822 . G T 152.72 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00656825;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.948;QD=6.8636;RBI=0.00732567;REFB=-0.00123135;REVB=0.00324401;RO=67;SAF=12;SAR=10;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653246;STB=0.539841;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00345583;OID=.;OPOS=32201822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:67:67:22:22:0.247191:10:12:33:34:10:12:33:34 chr21 32201835 . A C 227.59 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00590962;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.956;QD=9.58268;RBI=0.0301616;REFB=-0.00611566;REVB=-0.029577;RO=61;SAF=15;SAR=14;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294976;STB=0.522481;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0193027;OID=.;OPOS=32201835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:66:29:29:0.305263:14:15:30:31:14:15:32:34 chr21 32201866 . A G 292.48 PASS AF=0.352941;AO=35;DP=100;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00296049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.906;QD=11.4696;RBI=0.00537677;REFB=-0.0139114;REVB=-0.00448834;RO=64;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257047;STB=0.51366;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0253078;OID=.;OPOS=32201866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:64:66:35:36:0.352941:20:15:26:38:22:14:27:39 chr21 32201951 . A G 394.34 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00180026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.585;QD=13.8366;RBI=0.00666819;REFB=-0.017137;REVB=0.00642057;RO=68;SAF=12;SAR=34;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231489;STB=0.631745;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0201808;OID=.;OPOS=32201951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:34:12:31:37:34:12:31:37 chr21 32201969 . GAATA GATA,GATAG 1497.36 PASS AF=0.990476,0.00952381;AO=96,5;DP=107;FAO=104,1;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=72,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147876,-0.00683321;FXX=0.0186898;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=24.8268,7.05536;QD=57.0424;RBI=0.0808868,0.0800317;REFB=0,0;REVB=-0.0795236,-0.0797394;RO=0;SAF=31,1;SAR=65,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000618169,-0.017183;OID=.,.;OPOS=32201970,32201971;OREF=A,ATA;OALT=-,TAG;OMAPALT=GATA,GATAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990476,0.00952381:96,5:107:104,1:105:0:32,1:72,0:0:0:5:0:31,1:65,4:0:0 chr21 32253778 . T G 214.98 PASS AF=0.45614;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0410575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.192;QD=15.086;RBI=0.041098;REFB=-0.0168545;REVB=-0.0018242;RO=31;SAF=5;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290492;STB=0.677267;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.019377;OID=.;OPOS=32253778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:31:24:26:0.45614:19:5:14:17:21:5:14:17 chr21 32491426 . A T 72.99 PASS AF=0.292683;AO=3;DP=32;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00346926;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=44.0427;QD=7.12084;RBI=0.0450131;REFB=-0.0398179;REVB=-0.0448792;RO=1;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512175;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.017189;OID=.;OPOS=32491426;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:41:1:29:3:12:0.292683:3:0:0:1:6:6:15:14 chr21 32493031 . A G 830.86 PASS AF=0.502959;AO=84;DP=169;FAO=85;FDP=169;FR=.;FRO=84;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0205835;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1429;QD=19.6654;RBI=0.0420627;REFB=-0.0269895;REVB=-0.0366823;RO=83;SAF=50;SAR=34;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381315;STB=0.520777;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0274483;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:83:84:84:85:0.502959:34:50:46:37:34:51:47:37 chr21 33368188 . T C 261.4 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0204634;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2937;QD=19.0108;RBI=0.0241744;REFB=-0.0327052;REVB=-0.0128705;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800724;STB=0.544715;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0274805;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:12:15:13:15:12:15 chr21 33370900 . T C 175.14 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0334328;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9167;QD=11.8737;RBI=0.0340947;REFB=-0.0130965;REVB=-0.00668591;RO=37;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330566;STB=0.692127;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0318675;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:6:16:16:21:6:16:16:21 chr21 33372749 . T C 668.95 PASS AF=0.482517;AO=62;DP=134;FAO=69;FDP=143;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.00192765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.581;QD=18.712;RBI=0.00230054;REFB=-0.0177904;REVB=0.00125565;RO=70;SAF=34;SAR=28;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019072;STB=0.502741;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0179992;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:143:70:74:62:69:0.482517:28:34:37:33:33:36:39:35 chr21 33374318 . C T 141.0 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00410175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.35;QD=7.94381;RBI=0.0132767;REFB=-0.00750186;REVB=0.0126272;RO=51;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200252;STB=0.619993;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0180672;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:8:12:22:29:8:12:22:29 chr21 33694224 . C G 488.13 PASS AF=0.9;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.188089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6233;QD=48.8133;RBI=0.189916;REFB=-0.0729752;REVB=0.0262776;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517742;STB=0.547593;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00430423;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:36:40:2:4:31:36:0.9:17:14:0:2:19:17:0:4 chr21 33714962 . C T 41.37 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=9;FAO=4;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=0;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.551;QD=18.3863;RBI=0.0108694;REFB=0.000785036;REVB=0.0108694;RO=3;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0054907;OID=.;OPOS=33714962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:9:3:3:4:4:0.444444:4:0:0:3:4:0:0:3 chr21 33719695 . C T 391.79 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0458802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8563;QD=50.5537;RBI=0.0560801;REFB=-0.0287553;REVB=-0.0322488;RO=3;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132186;STB=0.545422;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0215797;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:3:2:28:29:0.935484:9:19:0:3:10:19:0:2 chr21 33749533 . A C 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.668;QD=59.5006;RBI=0.0494478;REFB=0;REVB=0.0306516;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93022e-05;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr21 33840208 . A G 230.56 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0191125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.278;QD=17.7352;RBI=0.020306;REFB=-0.0204228;REVB=-0.00685881;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662893;STB=0.537176;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0236467;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:17:8:7:20:17:8:7:20 chr21 33876255 . C T 116.08 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.105933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9074;QD=20.187;RBI=0.125151;REFB=0.0138344;REVB=-0.0666408;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180782;STB=0.602495;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00792004;OID=.;OPOS=33876255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:3:7:6:7:3:7 chr21 34163742 . A G 726.95 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567678;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.846;QD=57.0154;RBI=0.0598492;REFB=0;REVB=0.0189562;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57089e-05;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr21 34166190 . A T 987.73 PASS AF=0.985915;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1997;QD=55.6468;RBI=0.0322954;REFB=-0.0948802;REVB=-0.00397892;RO=2;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461499;STB=0.508769;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00294341;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:2:1:67:70:0.985915:28:39:1:1:28:42:0:1 chr21 34166343 . C T 838.02 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0342714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4714;QD=51.5703;RBI=0.0570093;REFB=-0.0831362;REVB=0.045558;RO=3;SAF=24;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557215;STB=0.509281;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0346597;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:65:65:3:4:61:61:0.938462:37:24:1:2:37:24:1:3 chr21 34169317 . C CT 532.6 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234221;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.025;QD=47.3422;RBI=0.0285581;REFB=0;REVB=0.0163393;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000126504;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:46:45:45:0:26:19:0:0:10:1:25:18:1:0 chr21 34399401 . A G 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0108123;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.417;QD=15.7539;RBI=0.0111254;REFB=-0.0180748;REVB=0.00262083;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447101;STB=0.758751;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0141255;OID=.;OPOS=34399401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:4:15:10:17:4:15:10:17 chr21 34400463 . C A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00961606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.887;QD=12.546;RBI=0.0103358;REFB=-0.0113062;REVB=0.00378944;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035763;STB=0.520532;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0162986;OID=.;OPOS=34400463;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:18:24:14:12:18:24 chr21 34444106 . C T 201.01 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0171463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9628;QD=9.80539;RBI=0.026381;REFB=0.000508237;REVB=-0.020049;RO=56;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415493;STB=0.524372;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00182955;OID=.;OPOS=34444106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:56:26:26:0.317073:13:13:26:30:13:13:26:30 chr21 34614255 . T G 107.66 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00536663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.061;QD=13.0502;RBI=0.00954632;REFB=-0.00770272;REVB=0.00789504;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23251;STB=0.600783;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00805052;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:12:13:0.393939:8:4:11:9:8:5:11:9 chr21 34666376 . A G 508.36 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.146979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6109;QD=56.4844;RBI=0.147989;REFB=0.0185626;REVB=-0.0172559;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00438091;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr21 34668747 . A G 230.19 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0417215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3954;QD=46.0369;RBI=0.0727799;REFB=-0.0559656;REVB=0.0596341;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00513843;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:5:14:1:0:5:14:1:0 chr21 34715699 . G C 346.06 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.046866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7394;QD=16.8807;RBI=0.0468845;REFB=-0.0364241;REVB=0.00131609;RO=45;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449538;STB=0.525246;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0439064;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:23:14:19:26:23:14:19:26 chr21 34821807 . C T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0576061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0773;QD=44.0923;RBI=0.0790704;REFB=-0.114256;REVB=-0.0541632;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0104615;OID=.;OPOS=34821807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:0:1:10:7:0:1 chr21 34822452 . T C 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.115;QD=51.1741;RBI=0.0222046;REFB=0;REVB=-0.00839698;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118323;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr21 34860749 . CAATTAAATTA CAATTA,CAATTAAAATC 497.54 PASS AF=1,0;AO=30,2;DP=36;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367926,0.0072632;FXX=0.0285633;HRUN=3,2;LEN=5,3;MLLD=192.05,82.9525;QD=58.5335;RBI=0.0670045,0.0335198;REFB=0,0;REVB=0.0669034,0.0327235;RO=0;SAF=20,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00011312,0;OID=.,.;OPOS=34860750,34860757;OREF=AATTA,TTA;OALT=-,ATC;OMAPALT=CAATTA,CAATTAAAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:30,2:36:34,0:34:0:22,0:12,0:0:0:4:0:20,0:10,2:0:0 chr21 34870990 . G A 695.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.056987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.86;QD=60.5088;RBI=0.0572857;REFB=-0.0259704;REVB=0.00584213;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0010259;OID=.;OPOS=34870990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:1:0:25:20:1:0 chr21 34883618 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.124;QD=55.0946;RBI=0.0349313;REFB=0;REVB=0.0345894;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249238;OID=.;OPOS=34883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr21 34897113 . C T 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.066;QD=62.76;RBI=0.0126008;REFB=0;REVB=0.0104729;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15964e-05;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr21 34924243 . T C 506.22 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00159747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.736;QD=25.6316;RBI=0.0362044;REFB=-0.0249887;REVB=0.0361691;RO=31;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900256;STB=0.555772;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0113086;OID=.;OPOS=34924243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:31:32:47:47:0.594937:27:20:17:14:27:20:18:14 chr21 34925142 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000283386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.353;QD=57.3861;RBI=0.0336647;REFB=0;REVB=-0.0336635;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167587;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr21 34925689 . G A 579.6 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0174372;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.932;QD=24.1501;RBI=0.0239127;REFB=-0.0109414;REVB=0.0163635;RO=43;SAF=31;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00294827;STB=0.501618;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00925458;OID=.;OPOS=34925689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:43:43:53:53:0.552083:22:31:25:18:22:31:25:18 chr21 34926260 . C T 605.2 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0112767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.473;QD=20.6905;RBI=0.0138182;REFB=-0.0122433;REVB=-0.0079862;RO=56;SAF=24;SAR=37;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23061;STB=0.626729;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00569282;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:37:24:37:19:37:24:37:19 chr21 34945721 . T C 179.39 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0100879;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.25;QD=13.7988;RBI=0.0103495;REFB=0.00342928;REVB=-0.00231197;RO=31;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794843;STB=0.545413;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0046388;OID=.;OPOS=34945721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:15:6:7:24:15:6:7:24 chr21 34948684 . G GA 700.0 PASS AF=1;AO=60;DP=66;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901571;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.7269;QD=44.4445;RBI=0.111543;REFB=-0.0284168;REVB=0.0656774;RO=6;SAF=24;SAR=36;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119054;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00515676;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:66:63:63:0:24:39:0:0:11:6:24:36:2:4 chr21 34948696 . GAC G,GC,GCC 801.66 PASS AF=0,1,0;AO=6,50,3;DP=59;FAO=0,59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0;FSAR=0,37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475256,0.0509452,0.0491692;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=84.5451,101.736,84.8;QD=54.3496;RBI=0.0475841,0.0527579,0.0552765;REFB=0,0,0;REVB=-0.0023588,0.0137106,0.0252562;RO=0;SAF=5,16,1;SAR=1,34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.000509535,0.0436713;OID=.,.,.;OPOS=34948697,34948697,34948697;OREF=AC,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,50,3:59:0,59,0:59:0:0,22,0:0,37,0:0:0:5:0:5,16,1:1,34,2:0:0 chr21 34951831 . C A 124.42 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00214971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.447;QD=18.4324;RBI=0.0181261;REFB=-0.00912624;REVB=0.0179981;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22989;STB=0.631986;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0139492;OID=.;OPOS=34951831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:7:6:10:4:7:6 chr21 35201281 . G A 319.74 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0403755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.935;QD=18.5359;RBI=0.0405908;REFB=-0.0131974;REVB=-0.00417574;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168735;STB=0.593855;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0175864;OID=.;OPOS=35201281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:12:23:16:18:12:23 chr21 35237608 . T C 61.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0353888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9628;QD=6.80595;RBI=0.0369817;REFB=-0.0110512;REVB=0.0107368;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243717;STB=0.690494;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0121446;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:24:27:9:9:0.25:3:6:11:13:3:6:11:16 chr21 35275955 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1166;QD=57.2012;RBI=0.0445745;REFB=0;REVB=0.0258229;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74484e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr21 35281393 . A G 726.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.057;QD=63.1785;RBI=0.0181424;REFB=0;REVB=0.00769055;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120122;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:17:27:0:0:18:28:0:0 chr21 35281421 . T C 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0331889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.312;QD=9.99305;RBI=0.0338527;REFB=-0.0162897;REVB=-0.006671;RO=35;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277833;STB=0.67229;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0242882;OID=.;OPOS=35281421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:11:6:21:14:11:6:22:14 chr21 35467645 . A G 2512.64 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00295702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.113;QD=60.9126;RBI=0.00517732;REFB=-0.0521012;REVB=-0.00424978;RO=1;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622013;STB=0.503225;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=7.33471e-05;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:1:1:163:164:0.993939:76:87:0:1:77:87:0:1 chr21 35469193 . C A 246.51 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2808;QD=46.9543;RBI=0.0219667;REFB=-0.0681696;REVB=-0.011942;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00401999;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr21 35469708 . G A,GA,GAA 506.65 PASS AF=0.0632911,0.936709,0;AO=8,49,8;DP=78;FAO=5,74,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=4,38,0;FSAR=1,36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214159,0.136375,0.06914;FXX=0;HRUN=4,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=12.8924,7.98055,8.3236;QD=25.6533;RBI=0.11598,0.209969,0.10917;REFB=0,0,0;REVB=-0.113986,-0.159652,-0.0844856;RO=11;SAF=4,25,1;SAR=4,24,7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.409453,-0.137122,-0.690085;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.0269545,0.000868111,-0.0641622;OID=.,.,.;OPOS=35469708,35469709,35469709;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:78:79:11:0:8,49,8:5,74,0:0.0632911,0.936709,0:4,24,7:4,25,1:10:1:1,36,0:4,38,0:0:0 chr21 35469726 . G GT 907.43 PASS AF=1;AO=75;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.0439;QD=45.3716;RBI=0.0779734;REFB=0;REVB=-0.0434867;RO=3;SAF=39;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00158879;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:81:80:80:0:43:37:0:0:17:3:39:36:3:0 chr21 35469852 . C A 867.77 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8842;QD=57.8516;RBI=0.0350199;REFB=0;REVB=0.0340893;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291966;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:34:26:0:0 chr21 35470042 . G T 717.03 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.312;QD=56.2379;RBI=0.0297236;REFB=0;REVB=0.0253412;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09984e-05;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:45:51:1:19:26:0:0:24:27:0:0 chr21 35470210 . T G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000871738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.537;QD=61.8145;RBI=0.0101308;REFB=-0.0162923;REVB=0.0100932;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.57898e-05;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:0:1:26:23:0:1 chr21 35470213 . C A 750.8 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00444268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2441;QD=61.29;RBI=0.00641517;REFB=-0.100808;REVB=-0.00462786;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00103627;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr21 35471815 . T C 658.19 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00530542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.384;QD=51.6228;RBI=0.0242777;REFB=-0.214258;REVB=0.0236909;RO=3;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117099;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00254296;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:3:1:48:50:0.980392:27:21:1:2:29:21:1:0 chr21 35474410 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0862121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.071;QD=56.1913;RBI=0.0863298;REFB=0;REVB=0.00450653;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206226;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr21 35476578 . C T 217.57 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.013937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.435;QD=22.9017;RBI=0.0139472;REFB=-0.0258329;REVB=-0.000533507;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426487;STB=0.507685;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0289532;OID=.;OPOS=35476578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:17:21:21:0.552632:12:9:6:10:12:9:7:10 chr21 35772977 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0386238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.131;QD=16.4545;RBI=0.0704513;REFB=-0.0198551;REVB=0.0589201;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0134873;OID=.;OPOS=35772977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr21 35773137 . C T 352.55 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00996221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6542;QD=21.0479;RBI=0.0140604;REFB=-0.0047749;REVB=-0.00992211;RO=30;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148025;STB=0.575;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00407688;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:36:36:0.537313:22:14:17:13:22:14:17:14 chr21 35821821 . T C,G 374.04 PASS AF=0.896552,0.0689655;AO=25,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9,1;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00209245,-0.000912837;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.582,133.931;QD=51.5917;RBI=0.0179196,0.00168619;REFB=-0.0864674,-0.0353307;REVB=0.017797,0.00141773;RO=1;SAF=9,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0281249,0.25849;STB=0.514275,0.665164;STBP=0.617,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00142686,0.0138055;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:29:1:1:25,2:26,2:0.896552,0.0689655:16,1:9,1:0:1:17,1:9,1:0:1 chr21 35890409 . C T 583.56 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.009407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.147;QD=17.6837;RBI=0.0141803;REFB=-0.0144677;REVB=0.0106109;RO=70;SAF=31;SAR=30;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196133;STB=0.506956;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0189397;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:71:61:61:0.462121:30:31:37:33:30:31:37:34 chr21 35893737 . T C 222.8 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0288865;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4198;QD=16.5035;RBI=0.0301589;REFB=0.00857541;REVB=-0.0086678;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170654;STB=0.591858;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0101987;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:24:25:0.462963:12:12:9:19:13:12:9:20 chr21 36042203 . G C 191.14 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1589;QD=47.7861;RBI=0.0205024;REFB=0;REVB=0.00131772;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837133;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr21 36411119 . G T 165.99 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00154946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.903;QD=22.1325;RBI=0.0135916;REFB=-0.0115686;REVB=0.013503;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26923;STB=0.652773;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0148557;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:13:4:7:6:13:4:7:6 chr21 37429679 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5145;QD=43.4853;RBI=0.0291018;REFB=0;REVB=-0.00125406;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115279;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr21 37507745 . C T 741.08 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685208;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.058;QD=57.0058;RBI=0.00717004;REFB=0;REVB=-0.00211151;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17859e-05;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr21 37507769 . C T 306.73 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0390009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.873;QD=22.7205;RBI=0.0425505;REFB=-0.00429749;REVB=-0.017014;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046216;STB=0.525531;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00288613;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:18:13:11:12:18:13:11:12 chr21 37518706 . G A 181.24 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0602718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.009;QD=16.4768;RBI=0.0630664;REFB=-0.00253969;REVB=0.0185654;RO=25;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239804;STB=0.639832;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00609766;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:16:3:8:17:16:3:8:17 chr21 37609571 . T C 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.061;QD=62.6598;RBI=0.0324268;REFB=0;REVB=0.0207838;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55708e-05;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr21 37617630 . T G 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0248223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.445;QD=46.9586;RBI=0.0279892;REFB=0.0379416;REVB=-0.0129325;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545407;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00691867;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:0:1:20:20:0.952381:15:5:0:0:15:5:1:0 chr21 37618346 . G A 141.92 PASS AF=0.28;AO=20;DP=74;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.037579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.837;QD=7.56905;RBI=0.0381084;REFB=-0.0039604;REVB=0.00632961;RO=54;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149007;STB=0.603676;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0139401;OID=.;OPOS=37618346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:54:54:20:21:0.28:9:11:23:31:9:12:23:31 chr21 37664501 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0131876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5973;QD=16.1196;RBI=0.0392133;REFB=0.0106208;REVB=-0.0369293;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103751;STB=0.559901;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00876891;OID=.;OPOS=37664501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:5:8:6:6:5:8 chr21 37692589 . A T 101.07 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0238129;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.257;QD=13.0416;RBI=0.0328021;REFB=-0.0140785;REVB=0.0225594;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299499;STB=0.672275;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0379761;OID=.;OPOS=37692589;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:3:16:7:5:3:16 chr21 37781046 . C T 250.69 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0894254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3778;QD=16.9962;RBI=0.0932129;REFB=-0.018525;REVB=0.0263008;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108233;STB=0.576218;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0229875;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:31:27:28:0.474576:14:13:11:19:14:14:11:20 chr21 38081562 . T G 32.37 PASS AF=0.625;AO=6;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.163106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8358;QD=16.1837;RBI=0.163679;REFB=-0.00940273;REVB=0.0136769;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00127066;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:6:5:0.625:2:4:0:2:2:3:1:2 chr21 38117040 . G A 2260.17 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235048;FXX=0.0389585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.343;QD=61.0857;RBI=0.0419859;REFB=0;REVB=0.0347899;RO=0;SAF=76;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796278;OID=.;OPOS=38117040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:71:76:0:0:71:77:0:0 chr21 38117505 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7987;QD=59.0159;RBI=0.0758062;REFB=0;REVB=0.0695601;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154472;OID=.;OPOS=38117505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr21 38444863 . C T 1036.73 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0646991;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.087;QD=58.4072;RBI=0.0759954;REFB=-0.123877;REVB=0.0398664;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000522362;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:31:39:0:0:31:39:1:0 chr21 38444881 . G A 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.000253045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.828;QD=21.8389;RBI=0.00178128;REFB=-0.00459477;REVB=-0.00176322;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015115;STB=0.508468;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00531841;OID=.;OPOS=38444881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:14:10:10:15:14:10 chr21 38444890 . A G 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00238021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.314;QD=18.1533;RBI=0.0238104;REFB=0.00165816;REVB=-0.0236912;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019185;STB=0.510907;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00101539;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:15:10:8:13:15:10 chr21 38468958 . A G 329.95 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0079524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.89;QD=18.5885;RBI=0.0125348;REFB=0.0150562;REVB=0.00968917;RO=35;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775422;STB=0.536564;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0132369;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:20:15:18:17:20:15:18:18 chr21 38495269 . GA AT,GAT 741.65 PASS AF=0.0483871,0.935484;AO=3,51;DP=63;FAO=3,58;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=2,26;FSAR=1,32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0781283,-0.0668575;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=99.4001,22.982;QD=47.8481;RBI=0.0803171,0.090226;REFB=-0.0228698,-0.0548614;REVB=-0.0186227,0.0605872;RO=4;SAF=2,19;SAR=1,32;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.413613,-0.0893654;STB=0.59939,0.509431;STBP=0.681,0.289;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0844821,0.011067;OID=.,.;OPOS=38495269,38495271;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:63:62:4:1:3,51:3,58:0.0483871,0.935484:1,32:2,19:4:0:1,32:2,26:1:0 chr21 38512956 . A G 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.004572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.736;QD=11.9913;RBI=0.00457279;REFB=-0.00185044;REVB=-8.51368e-05;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609951;STB=0.526286;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00436509;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:10:8:16:16:10:8:16:17 chr21 38525356 . T C 447.24 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0347962;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.004;QD=16.877;RBI=0.0377773;REFB=-0.00538887;REVB=0.0147087;RO=57;SAF=18;SAR=31;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.510704;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00380593;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:57:57:49:49:0.462264:31:18:22:35:31:18:22:35 chr21 38532058 . TG T 641.75 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.2678;QD=47.5372;RBI=0.046203;REFB=0;REVB=0.0441719;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00149122;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:54:54:54:0:23:31:0:0:12:0:23:30:0:0 chr21 38532068 . G GA 519.62 PASS AF=1;AO=43;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.4982;QD=40.7542;RBI=0.279807;REFB=0;REVB=0.207616;RO=9;SAF=20;SAR=23;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0102133;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:54:51:51:0:21:30:0:0:10:9:20:23:3:6 chr21 38568009 . G C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2897;QD=56.9345;RBI=0.0348591;REFB=0;REVB=0.0333836;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328354;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr21 38568308 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0222568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.046;QD=11.0197;RBI=0.0263293;REFB=-0.013415;REVB=-0.0140664;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195574;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:4:4:3:3:4:4 chr21 38885442 . A G 1194.16 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001743;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.308;QD=61.2389;RBI=0.00433423;REFB=0;REVB=0.00396831;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107742;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:27:51:0:0:27:51:0:0 chr21 38997701 . G A 1476.25 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.279;QD=62.1578;RBI=0.0186001;REFB=-0.135389;REVB=0.00810213;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000221391;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:93:94:0.989474:46:47:0:0:47:47:1:0 chr21 39086965 . T C 102.55 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0180236;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.708;QD=14.65;RBI=0.0198;REFB=-0.0237481;REVB=0.00819713;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723649;STB=0.526271;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0140674;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:16:13:12:0.428571:9:4:6:10:8:4:6:10 chr21 39213020 . G A 287.59 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.03547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4085;QD=25.0078;RBI=0.0408087;REFB=0.000963755;REVB=-0.0201801;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558334;STB=0.521722;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.000588305;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:13:12:11:9:13:13:11:9 chr21 39671476 . G A 1500.88 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327942;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.811;QD=61.8918;RBI=0.0385265;REFB=-0.15682;REVB=0.0202196;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000374176;OID=.;OPOS=39671476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:0:1:95:96:0.989691:51:44:0:0:51:45:1:0 chr21 39672624 . C G 837.38 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958895;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.943;QD=57.75;RBI=0.0409888;REFB=0;REVB=0.0398514;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118066;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr21 39673299 . C T 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00161276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.86;QD=58.0316;RBI=0.0167702;REFB=0.0512339;REVB=0.0166925;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.505745;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=4.18244e-05;OID=.;OPOS=39673299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:69:70:0.985915:42:27:0:0:43:27:0:1 chr21 39870310 . G A 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.324;QD=59.0133;RBI=0.0359837;REFB=0;REVB=0.035442;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94874e-05;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr21 40191431 . T G 337.25 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.00362506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1673;QD=13.0969;RBI=0.0161465;REFB=-0.00855128;REVB=-0.0157343;RO=62;SAF=17;SAR=23;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28182;STB=0.653646;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0228419;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:63:40:40:0.38835:23:17:43:19:23:17:43:20 chr21 40191638 . A G 298.73 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0140761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.797;QD=14.2253;RBI=0.0175795;REFB=-0.00463915;REVB=-0.010531;RO=50;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507753;STB=0.540007;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00821354;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:33:34:0.404762:21:12:16:34:21:13:16:34 chr21 40195164 . ATTTTC ATTTC,ATTTCT 146.25 PASS AF=0.265152,0.106061;AO=41,6;DP=134;FAO=35,14;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=32,14;FSAR=3,0;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.206984,-0.19886;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.0355,15.9521;QD=4.4318;RBI=0.227704,0.212466;REFB=-0.0704549,-0.0367679;REVB=0.094905,0.0748105;RO=62;SAF=37,6;SAR=4,0;SRF=22;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.650182,0.651582;STB=0.883133,0.999249;STBP=0,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.0810623,-0.26629;OID=.,.;OPOS=40195165,40195168;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265152,0.106061:41,6:134:35,14:132:83:32,14:3,0:37:46:93:62:37,6:4,0:22:40 chr21 40195277 . T A 2254.23 PASS AF=0.974359;AO=151;DP=156;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00700137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5307;QD=57.8007;RBI=0.0170125;REFB=-0.0328406;REVB=-0.015505;RO=3;SAF=46;SAR=105;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157201;STB=0.513442;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00413471;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:156:3:4:151:152:0.974359:105:46:2:1:106:46:3:1 chr21 40552307 . A G 444.67 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0361783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.397;QD=17.9665;RBI=0.0374997;REFB=-0.00647933;REVB=0.00986717;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587766;STB=0.538341;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00804104;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:54:44:45:0.454545:23:21:29:25:24:21:29:25 chr21 40567352 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0305317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.35;QD=18.3009;RBI=0.030994;REFB=-0.0135027;REVB=0.00533321;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390473;STB=0.722662;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0186343;OID=.;OPOS=40567352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:15:8:15:5:15:8 chr21 40570963 . A G 96.29 PASS AF=0.375;AO=10;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0237764;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.376;QD=12.0363;RBI=0.0238131;REFB=0.00208748;REVB=-0.00132123;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101142;STB=0.610913;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00390208;OID=.;OPOS=40570963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:21:20:10:12:0.375:7:3:8:13:9:3:8:12 chr21 40571246 . A G 1530.44 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.951;QD=59.4346;RBI=0.0188291;REFB=0;REVB=0.0177082;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35212e-05;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:56:45:0:0:58:45:0:0 chr21 40574305 . A G 918.18 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5033;QD=58.2969;RBI=0.0172928;REFB=0;REVB=0.0170731;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108877;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr21 40584598 . C T 784.57 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2033;QD=57.0599;RBI=0.0266493;REFB=0;REVB=-0.0146046;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60053e-05;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr21 40597041 . A G 388.28 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000237469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.369;QD=21.2754;RBI=0.0211357;REFB=-0.00882025;REVB=-0.0211344;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697879;STB=0.531629;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00650068;OID=.;OPOS=40597041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:34:39:39:0.534247:18:21:14:17:18:21:16:18 chr21 40670460 . G C 470.79 PASS AF=0.5625;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0119687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.521;QD=23.5394;RBI=0.0120154;REFB=-0.0220236;REVB=0.0010581;RO=35;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298316;STB=0.511106;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0122039;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:35:35:44:45:0.5625:23:21:18:17:23:22:18:17 chr21 40686020 . C T 263.49 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0414722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.987;QD=17.5659;RBI=0.0418772;REFB=-0.0123202;REVB=0.00581005;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193074;STB=0.608464;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0181259;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:10:19:14:17:10:19:14:17 chr21 40686078 . G C 756.21 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.117293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.71;QD=50.4138;RBI=0.117507;REFB=-0.00629724;REVB=0.00708636;RO=4;SAF=29;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00224247;STB=0.501191;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00057449;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:27:29:2:2:27:29:2:2 chr21 40686327 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.913;QD=57.6803;RBI=0.0506352;REFB=0;REVB=0.0352768;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83131e-06;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr21 40769290 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0237985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.149;QD=17.8275;RBI=0.0241087;REFB=-0.00967036;REVB=0.00385444;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301131;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0107195;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:8:4:3:7:8:4:4:7 chr21 40823981 . G A 1547.18 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.806;QD=59.5071;RBI=0.0361422;REFB=0;REVB=0.0360802;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9913e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:51:51:0:0:53:51:0:0 chr21 40871810 . T C 301.87 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0106343;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4676;QD=13.879;RBI=0.0184222;REFB=-0.0229789;REVB=0.0150429;RO=49;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396219;STB=0.525573;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.047514;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:53:34:34:0.390805:20:14:22:27:20:14:24:29 chr21 40883671 . G GAGA 168.72 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0206538;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.327;QD=12.9784;RBI=0.0233581;REFB=-0.0358164;REVB=-0.0109097;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268395;STB=0.60636;STBP=0.257;TYPE=ins;VARB=0.0503728;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:18:52:20:52:32:11:9:12:20:99:33:11:7:12:21 chr21 40969826 . G C 902.3 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.727;QD=58.2127;RBI=0.022248;REFB=0;REVB=0.0140972;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77358e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr21 41137499 . A G 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.000143068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.086;QD=16.5617;RBI=0.00282022;REFB=-0.011107;REVB=-0.00281659;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591833;STB=0.533309;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0141217;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:13:18:14:13:13:18 chr21 41137507 . G C 214.12 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.000323047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7891;QD=14.7665;RBI=0.0190332;REFB=-0.0340033;REVB=-0.0190305;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251026;STB=0.514274;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0263019;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:14:19:15:10:14:19 chr21 41165462 . C A 228.69 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00252949;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.81;QD=14.5199;RBI=0.0151011;REFB=-0.0215622;REVB=0.0148878;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283182;STB=0.52642;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0334371;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:26:27:0.428571:13:13:19:17:14:13:19:17 chr21 41416066 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0158866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.225;QD=17.9526;RBI=0.0470116;REFB=-0.00603851;REVB=-0.044246;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072571;STB=0.547303;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00778611;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:10:17:19:8:10:17:20:8 chr21 41434841 . T C 911.73 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0027225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.33;QD=55.2561;RBI=0.00569436;REFB=-0.0603829;REVB=-0.00500137;RO=2;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656076;STB=0.503475;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-1.43113e-05;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:39:25:1:1:39:25:1:1 chr21 41447058 . G C 382.31 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0299769;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3081;QD=19.3577;RBI=0.0325394;REFB=-0.00699564;REVB=-0.0126569;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615937;STB=0.518558;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00741472;OID=.;OPOS=41447058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:38:40:39:39:0.493671:22:17:14:24:22:17:16:24 chr21 41455854 . G A 432.14 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00786015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.221;QD=17.8203;RBI=0.0353251;REFB=-0.0122051;REVB=0.0344395;RO=52;SAF=29;SAR=15;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179537;STB=0.606173;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.011465;OID=.;OPOS=41455854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:15:29:25:27:15:29:25:28 chr21 41684090 . C T 502.46 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0154254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.879;QD=24.813;RBI=0.0392485;REFB=-0.0313095;REVB=-0.0360902;RO=34;SAF=31;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595105;STB=0.532632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0230482;OID=.;OPOS=41684090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:16:31:20:14:16:31:20:14 chr21 41725630 . G C 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0234577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.864;QD=28.5246;RBI=0.0234577;REFB=-0.00614929;REVB=-7.3383e-06;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426433;STB=0.523777;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00298976;OID=.;OPOS=41725630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:11:4:2:4:11:4:2:4 chr21 42539569 . ACCCCC ACCCC,ACCCCG 266.72 PASS AF=0.444444,0.017094;AO=44,5;DP=117;FAO=52,2;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=12,1;FSAR=40,1;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.239196,0.0734643;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.7309,19.3281;QD=9.11866;RBI=0.239216,0.0792712;REFB=-0.020506,-0.0121764;REVB=-0.00313116,-0.0297812;RO=53;SAF=10,1;SAR=34,4;SRF=26;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.296566,-0.323231;STB=0.681743,0.522849;STBP=0,0.861;TYPE=del,snp;VARB=0.0506866,-0.0180941;OID=.,.;OPOS=42539570,42539574;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACCCC,ACCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.017094:44,5:117:52,2:117:63:12,1:40,1:33:30:99:53:10,1:34,4:26:27 chr21 42622786 . C T 787.9 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00489825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.506;QD=55.2912;RBI=0.00516293;REFB=-0.151161;REVB=-0.00163188;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000216799;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:57:1:1:55:56:0.982456:27:28:1:0:28:28:1:0 chr21 42717662 . TG CA,CG 540.83 PASS AF=0.486486,0.513514;AO=18,19;DP=39;FAO=18,19;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11,9;FSAR=7,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444386,0.0686356;FXX=0.0512689;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=134.742,110.371;QD=58.468;RBI=0.046358,0.0718144;REFB=0,0;REVB=0.0132014,0.0211295;RO=0;SAF=11,9;SAR=7,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000837207,0.0143694;OID=.,.;OPOS=42717662,42717662;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:39:37:0:0:18,19:18,19:0.486486,0.513514:7,10:11,9:0:0:7,10:11,9:0:0 chr21 42775555 . A G 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8807;QD=43.4765;RBI=0.126167;REFB=0;REVB=-0.110808;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00887048;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr21 42824661 . A G 294.31 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0217154;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0677;QD=17.3121;RBI=0.0244705;REFB=-0.0201538;REVB=0.0112804;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586817;STB=0.523241;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0170886;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:36:32:32:0.470588:20:12:14:18:20:12:15:21 chr21 42845374 . G A 835.16 PASS AF=0.485876;AO=85;DP=177;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.0311929;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.196;QD=18.8737;RBI=0.0322727;REFB=-0.0477884;REVB=0.00827859;RO=89;SAF=32;SAR=53;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812439;STB=0.547987;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0348061;OID=.;OPOS=42845374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:89:91:85:86:0.485876:53:32:41:48:54:32:42:49 chr21 42848560 . CAG C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0180522;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.515;QD=13.4417;RBI=0.0440588;REFB=0.00092026;REVB=-0.0401908;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538234;STB=0.8268;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=-0.00180783;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:23:10:23:13:1:9:7:6:77:13:1:9:7:6 chr21 42852497 . C T 289.66 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0109902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.652;QD=18.9943;RBI=0.0215952;REFB=-0.00930048;REVB=-0.0185895;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175867;STB=0.509798;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00919947;OID=.;OPOS=42852497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:12:18:18:13:12:18 chr21 42911231 . C T 183.44 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00348291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0937;QD=10.6344;RBI=0.00654233;REFB=-0.0129405;REVB=-0.00553818;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591926;STB=0.534433;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0240662;OID=.;OPOS=42911231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:13:11:23:22:13:11:23:22 chr21 43133144 . AA AG,GG 622.17 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=39,2;DP=42;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067209,0.00111254;FXX=0.0238039;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=218.268,178.773;QD=60.6995;RBI=0.00691965,0.00364842;REFB=0,0;REVB=0.00164652,0.00347466;RO=0;SAF=23,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43889e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=1.05889e-05,-0.00414301;OID=.,.;OPOS=43133145,43133144;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:41:0:0:39,2:39,2:0.95122,0.0487805:16,2:23,0:0:0:16,2:23,0:0:0 chr21 43133714 . G T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.753;QD=59.323;RBI=0.0220028;REFB=0;REVB=0.00649166;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35445e-05;OID=.;OPOS=43133714;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr21 43133829 . A G 712.17 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470977;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.942;QD=63.3035;RBI=0.0482794;REFB=0;REVB=0.0106162;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000927678;OID=.;OPOS=43133829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr21 43161022 . C T 612.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.968;QD=61.2988;RBI=0.0582388;REFB=0;REVB=0.0486116;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663385;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr21 43161357 . T C 556.89 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.229;QD=60.2048;RBI=0.0452447;REFB=0;REVB=0.0351183;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74212e-05;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr21 43161805 . G A 767.52 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.324;QD=53.8612;RBI=0.0590961;REFB=-0.0294451;REVB=0.0575342;RO=2;SAF=30;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303913;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000202929;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:2:1:55:56:0.982456:25:30:2:0:25:31:1:0 chr21 43161877 . C T 714.68 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0657266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.213;QD=60.8236;RBI=0.0657277;REFB=-0.156566;REVB=-0.00039498;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253996;STB=0.513508;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00145753;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:1:0:28:18:1:0 chr21 43162150 . G A 1830.32 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287388;FXX=0.0322555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.102;QD=61.0108;RBI=0.0324476;REFB=0;REVB=0.0323201;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129694;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:118:120:1:60:58:0:0:60:60:0:0 chr21 43164232 . C A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00677153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.626;QD=18.4437;RBI=0.00863008;REFB=-0.0386926;REVB=-0.0053502;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35797;STB=0.685364;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.02382;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:8:3:6:2:8:3:6:3 chr21 43218520 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.713;QD=58.2396;RBI=0.0187818;REFB=0;REVB=0.0180255;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07964e-05;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr21 43218807 . C T 590.84 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360176;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3564;QD=59.084;RBI=0.0744085;REFB=0;REVB=0.0651103;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674471;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:40:0:0:35:40:1:8:27:0:0:12:28:0:0 chr21 43219728 . A T 1047.3 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301551;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.592;QD=59.8458;RBI=0.0302076;REFB=0;REVB=-0.00178062;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00999e-05;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:30:40:0:0:30:40:0:0 chr21 43220380 . C A 714.59 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431693;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.548;QD=62.1383;RBI=0.0196772;REFB=0;REVB=0.0191978;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101248;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:27:17:0:0:29:17:0:0 chr21 43221483 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.21;QD=44.6898;RBI=0.0383982;REFB=0;REVB=-0.0315002;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51697e-05;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr21 43221826 . T C 468.0 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0416771;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.078;QD=53.4851;RBI=0.0497935;REFB=0.0500415;REVB=-0.0272473;RO=2;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389142;STB=0.520821;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.000995013;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:23:10:0:2:23:10:0:2 chr21 43236176 . G A 469.71 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0257932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.056;QD=28.9051;RBI=0.029018;REFB=-0.0209897;REVB=0.0132949;RO=22;SAF=8;SAR=35;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261887;STB=0.643681;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00871002;OID=.;OPOS=43236176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:35:8:11:11:35:8:11:11 chr21 43239972 . A G 597.96 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.368;QD=56.9489;RBI=0.0362015;REFB=0;REVB=0.0298172;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450086;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:42:0:0:38:42:1:12:26:0:0:12:30:0:0 chr21 43243585 . A G 1049.1 PASS AF=0.52;AO=104;DP=207;FAO=104;FDP=200;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.013705;FXX=0.0430601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.571;QD=20.982;RBI=0.0598877;REFB=-0.0273106;REVB=-0.0582984;RO=87;SAF=41;SAR=63;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12382;STB=0.586484;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0305704;OID=.;OPOS=43243585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:200:87:96:104:104:0.52:63:41:47:40:63:41:55:41 chr21 43256252 . C T 340.77 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.00588439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.185;QD=15.6678;RBI=0.00594846;REFB=-0.0157492;REVB=0.000870721;RO=50;SAF=19;SAR=18;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213318;STB=0.619464;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0215036;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:18:19:36:14:18:19:36:14 chr21 43267260 . C T 158.21 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0139512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.759;QD=11.7195;RBI=0.015982;REFB=-0.0158352;REVB=-0.00779666;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905506;STB=0.539545;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.022053;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:19:20:0.37037:12:7:10:24:13:7:10:24 chr21 43305619 . C T 241.22 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00755119;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.765;QD=20.1016;RBI=0.0173661;REFB=-0.00917605;REVB=0.0156384;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791788;STB=0.542459;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0126265;OID=.;OPOS=43305619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:21:25:23:23:0.479167:12:11:12:9:12:11:14:11 chr21 43315057 . C T 186.74 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.939;QD=46.686;RBI=0.00907278;REFB=0;REVB=0.00834451;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225954;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr21 43327793 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00168098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.227;QD=12.4671;RBI=0.00174454;REFB=-0.0173843;REVB=0.000466604;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198102;STB=0.511471;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0266974;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:11:22:13:7:11:22 chr21 43327856 . A G 277.26 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0222377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8164;QD=18.4839;RBI=0.0376058;REFB=-0.00923285;REVB=-0.0303263;RO=30;SAF=6;SAR=24;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087239;STB=0.548985;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.010056;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:24:6:8:22:24:6:8:22 chr21 43408317 . T A,TAAAGA 201.93 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=3,10;DP=19;FAO=3,14;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3,5;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586472,-0.0413128;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,5;MLLD=89.5158,181.767;QD=47.5122;RBI=0.0303926,0.0422949;REFB=0,0;REVB=-0.0298214,0.0090614;RO=2;SAF=3,4;SAR=0,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.177568;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0249192,0.00596045;OID=.,.;OPOS=43408317,43408318;OREF=T,-;OALT=A,AAAGA;OMAPALT=A,TAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:19:17:2:0:3,10:3,14:0.176471,0.823529:0,6:3,4:2:0:0,9:3,5:0:0 chr21 43413338 . G C 356.27 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0654862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.4804;QD=14.2509;RBI=0.0669227;REFB=0.00872524;REVB=-0.0137915;RO=61;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208678;STB=0.618408;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0204135;OID=.;OPOS=43413338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:16:23:24:37:16:23:24:37 chr21 43413731 . C T 1594.66 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.286;QD=63.7866;RBI=0.03032;REFB=0;REVB=0.0140878;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134677;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:48:52:0:0 chr21 43522349 . T C,G 638.05 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=39,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142615,-0.00842045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.847,134.458;QD=60.7663;RBI=0.0234328,0.0253705;REFB=0,0;REVB=0.0185932,0.0239324;RO=0;SAF=15,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000327641,0.0386984;OID=.,.;OPOS=43522349,43522349;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:39,2:40,2:0.952381,0.047619:24,1:15,1:0:0:24,1:16,1:0:0 chr21 43523941 . C A 2611.49 PASS AF=0.994152;AO=166;DP=168;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00573033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.475;QD=61.0874;RBI=0.0292532;REFB=-0.0129308;REVB=0.0286865;RO=1;SAF=71;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498333;STB=0.502538;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000168243;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:171:1:1:166:170:0.994152:95:71:0:1:98:72:0:1 chr21 43531008 . T C 1568.45 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.815;QD=64.0183;RBI=0.0652755;REFB=0;REVB=0.0358503;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35011e-05;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:52:45:0:0:52:46:0:0 chr21 43531553 . A C 746.34 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.147;QD=63.518;RBI=0.0253306;REFB=0;REVB=-0.00175246;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22736e-05;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr21 43531632 . T C 985.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.512;QD=57.9787;RBI=0.0198895;REFB=0;REVB=-0.0129385;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145818;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:37:31:0:0 chr21 43547165 . G A 398.28 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00242291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.844;QD=21.5287;RBI=0.00385313;REFB=-0.000164489;REVB=-0.00299602;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196876;STB=0.612188;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000252874;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:34:39:40:0.540541:24:15:21:13:25:15:21:13 chr21 43547788 . T C 920.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.023;QD=58.4152;RBI=0.0240193;REFB=0;REVB=0.0142814;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93988e-05;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:24:37:0:0:25:38:0:0 chr21 43547873 . G A 651.01 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.0238221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.556;QD=20.5043;RBI=0.0253917;REFB=0.0145523;REVB=-0.00878918;RO=61;SAF=34;SAR=31;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132624;STB=0.568023;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0108459;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:62:65:65:0.511811:31:34:41:20:31:34:41:21 chr21 43557559 . T A 468.07 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00198277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3001;QD=22.8329;RBI=0.019269;REFB=-0.00975606;REVB=0.0191667;RO=37;SAF=17;SAR=28;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231997;STB=0.512755;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00902898;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:28:17:13:24:28:17:13:24 chr21 43708280 . G A 391.56 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.00118769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.062;QD=22.0599;RBI=0.0239916;REFB=-0.025023;REVB=0.0239622;RO=32;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240188;STB=0.631667;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0194516;OID=.;OPOS=43708280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:20:19:25:7:20:19:25:7 chr21 43786606 . G A,C 695.01 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120992,-0.0167386;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.054,89.1648;QD=61.7784;RBI=0.0233584,0.0476248;REFB=0,0;REVB=-0.0199806,-0.0445863;RO=0;SAF=28,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00630574,0.131815;OID=.,.;OPOS=43786606,43786606;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:45:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:15,0:28,2:0:0:15,0:28,2:0:0 chr21 43792869 . C T 308.64 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0120407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.671;QD=18.4261;RBI=0.0145771;REFB=-0.0171363;REVB=0.00821671;RO=33;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567547;STB=0.529271;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0153398;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:32:33:0.492537:23:9:11:22:23:10:12:22 chr21 43810084 . C T 333.64 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.016528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7423;QD=21.878;RBI=0.0175687;REFB=-0.0234792;REVB=-0.00595673;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14523;STB=0.580223;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0187311;OID=.;OPOS=43810084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:20:14:16:11:20:14:16:11 chr21 43815562 . C G 103.54 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0678199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4879;QD=9.86091;RBI=0.0736251;REFB=0.00305094;REVB=-0.0286553;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642032;STB=0.50387;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00460208;OID=.;OPOS=43815562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:18:11:5:8:18:11 chr21 43824106 . A G 2519.63 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.636;QD=61.4543;RBI=0.0956663;REFB=0;REVB=0.0418491;RO=0;SAF=60;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35804e-05;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:164:0:0:154:164:1:94:60:0:0:97:67:0:0 chr21 43824123 . G C 2293.44 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.994;QD=63.7067;RBI=0.0487742;REFB=0;REVB=0.0146175;RO=0;SAF=54;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94831e-05;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:90:54:0:0:90:54:0:0 chr21 43985955 . G A 762.92 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.192;QD=56.5127;RBI=0.0199853;REFB=0;REVB=0.0199285;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41626e-05;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:20:34:0:0 chr21 44189166 . T C 904.61 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.528;QD=56.5379;RBI=0.0192226;REFB=-0.0527936;REVB=0.0145709;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165597;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00109694;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:61:63:0.984375:28:33:0:1:29:34:0:1 chr21 44189172 . A C 937.95 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.282;QD=58.622;RBI=0.0620519;REFB=0;REVB=0.0617731;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43658e-05;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:28:32:0:0:32:32:0:0 chr21 44293744 . C G 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00575911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2926;QD=17.5397;RBI=0.04777;REFB=-0.00900196;REVB=-0.0474216;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307626;STB=0.67478;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00761364;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:12:4:9:6:12:4 chr21 44323461 . G A 297.91 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0117593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.825;QD=20.9062;RBI=0.0118932;REFB=-0.00563629;REVB=0.00177961;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885355;STB=0.548989;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00531878;OID=.;OPOS=44323461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:9:17:17:14:9:17 chr21 44323590 . T G 212.2 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0456551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.774;QD=27.3801;RBI=0.056147;REFB=-0.0442631;REVB=-0.0326817;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177667;STB=0.597914;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0247894;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:9:11:9:2:9:11:9:2 chr21 44324365 . G A 303.46 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000785907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9339;QD=22.0697;RBI=0.0114912;REFB=0.0175235;REVB=-0.0114643;RO=23;SAF=22;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161844;STB=0.582726;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.013167;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:9:22:12:11:9:22:13:11 chr21 44327015 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0940128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.957;QD=19.9927;RBI=0.0940929;REFB=-0.00456256;REVB=-0.00388022;RO=22;SAF=3;SAR=19;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148362;STB=0.577869;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00451288;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:19:3:5:17:19:3:5:18 chr21 44371114 . T C 124.96 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00922215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.316;QD=38.4477;RBI=0.0248778;REFB=-0.155982;REVB=-0.0231053;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00448543;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr21 44430325 . T C 223.45 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.608;QD=49.6545;RBI=0.0153216;REFB=0;REVB=0.0125334;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109059;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr21 44437142 . A G 78.57 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0594765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.11;QD=14.9664;RBI=0.0695466;REFB=-0.00142015;REVB=0.0360455;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255248;STB=0.64533;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0100951;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:1:10:7:3:1:10 chr21 44450392 . T C 64.75 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.119092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.64;QD=10.3592;RBI=0.119483;REFB=-0.0220147;REVB=-0.00965817;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304795;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0744299;OID=.;OPOS=44450392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:6:10:3:6:6:10 chr21 44450394 . T C 114.07 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.127573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.443;QD=18.2508;RBI=0.127852;REFB=-0.0111973;REVB=0.00843797;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495265;STB=0.782706;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.030295;OID=.;OPOS=44450394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:2:10:3:10:2:10 chr21 44450402 . T C 60.64 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0115748;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1848;QD=15.161;RBI=0.0138488;REFB=-0.0583088;REVB=0.00760341;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368153;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0696618;OID=.;OPOS=44450402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:16:7:8:8:8:0.5:6:2:2:5:6:2:3:5 chr21 44480616 . G A 206.46 PASS AF=0.525;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.075007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8185;QD=20.646;RBI=0.0754797;REFB=-0.0515542;REVB=-0.00843418;RO=12;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01703e-08;STB=0.624875;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0422582;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:12:19:20:21:0.525:15:5:3:9:15:6:10:9 chr21 44485551 . C A 438.21 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00571596;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.4134;QD=15.7913;RBI=0.0372832;REFB=0.0190729;REVB=0.0368425;RO=56;SAF=29;SAR=20;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173159;STB=0.587441;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0200924;OID=.;OPOS=44485551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:62:49:49:0.441441:20:29:23:33:20:29:27:35 chr21 44589215 . C T 527.08 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00349938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.339;QD=17.7169;RBI=0.00713136;REFB=-0.0120892;REVB=0.00621374;RO=63;SAF=24;SAR=31;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787545;STB=0.501063;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0126169;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:63:63:55:56:0.470588:31:24:28:35:31:25:28:35 chr21 44748660 . G A 322.27 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.020318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9541;QD=16.5268;RBI=0.0513641;REFB=-0.000872516;REVB=-0.0471747;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743055;STB=0.541644;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00073402;OID=.;OPOS=44748660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:34:35:0.448718:12:22:30:12:13:22:30:13 chr21 44749141 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0197147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.808;QD=16.8227;RBI=0.0197147;REFB=0.00630469;REVB=0;RO=5;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00314709;OID=.;OPOS=44749141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:0:7:5:0:0:7:5:0 chr21 44835508 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.425;QD=44.6898;RBI=0.0646191;REFB=0;REVB=-0.051218;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240857;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr21 44837551 . G A 436.75 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0483971;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.953;QD=51.3823;RBI=0.0855133;REFB=-0.164977;REVB=0.0705;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5364;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00185251;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:34:0:2:31:32:0.941176:5:26:0:0:5:27:1:1 chr21 44837555 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454938;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.594;QD=59.8388;RBI=0.0691099;REFB=0;REVB=0.0520239;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163186;OID=.;OPOS=44837555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:8:28:0:0:8:28:0:0 chr21 44838330 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00839257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.714;QD=19.134;RBI=0.019705;REFB=-0.0322374;REVB=0.0178284;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00376238;OID=.;OPOS=44838330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr21 44846016 . C T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0287743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.207;QD=28.2832;RBI=0.0289278;REFB=-0.0581394;REVB=0.00297559;RO=12;SAF=5;SAR=17;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203729;STB=0.511268;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0271703;OID=.;OPOS=44846016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:17:5:3:9:17:5:3:9 chr21 45092257 . T A 667.44 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00612444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.551;QD=47.6742;RBI=0.0267893;REFB=-0.030533;REVB=0.0260798;RO=5;SAF=20;SAR=31;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704715;STB=0.537557;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00181812;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:56:56:5:5:51:51:0.910714:31:20:4:1:31:20:4:1 chr21 45096206 . G A 495.5 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.742;QD=58.2946;RBI=0.0346798;REFB=0;REVB=0.0297808;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155479;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:13:19:0:0:15:19:0:0 chr21 45107518 . A G 1089.33 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188858;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.925;QD=60.5185;RBI=0.0200568;REFB=0;REVB=0.00675303;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09062e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:44:27:0:0:45:27:0:0 chr21 45107562 . T C 834.36 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.107;QD=57.5417;RBI=0.0363411;REFB=0;REVB=0.0297692;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28827e-05;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:35:23:0:0 chr21 45152500 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0195893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.996;QD=22.5806;RBI=0.020328;REFB=-0.0113399;REVB=0.00543036;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067621;STB=0.538396;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.011268;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:3:4:8:4:3:4 chr21 45181446 . G A 766.94 PASS AF=0.585366;AO=71;DP=122;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00727118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.729;QD=24.941;RBI=0.0774825;REFB=-0.02854;REVB=0.0771405;RO=51;SAF=35;SAR=36;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027967;STB=0.512192;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0235089;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:51:51:71:72:0.585366:36:35:27:24:36:36:27:24 chr21 45181571 . A AG,G 402.98 PASS AF=0.54023,0.0114943;AO=40,5;DP=91;FAO=47,1;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=25,0;FSAR=22,1;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0185995,-0.0228448;FXX=0.0224694;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=18.7856,203.583;QD=18.5279;RBI=0.105672,0.0254091;REFB=0.00918289,-0.00524073;REVB=0.104022,0.0111238;RO=44;SAF=24,0;SAR=16,5;SRF=23;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0742526,-0.609062;STB=0.508681,0.990182;STBP=0.886,0.447;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00231336,0.111754;OID=.,.;OPOS=45181572,45181571;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:87:44:39:40,5:47,1:0.54023,0.0114943:16,5:24,0:23:21:22,1:25,0:20:19 chr21 45209559 . C T 353.22 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00706845;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8962;QD=16.2401;RBI=0.00868904;REFB=-1.81737e-05;REVB=-0.00505335;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681261;STB=0.52057;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.000126967;OID=.;OPOS=45209559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:49:38:38:0.436782:20:18:21:24:20:18:25:24 chr21 45210932 . G A 212.74 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0309735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.268;QD=20.2605;RBI=0.0356117;REFB=-0.00531231;REVB=-0.0175738;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842361;STB=0.547466;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00721619;OID=.;OPOS=45210932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:12:9:11:10:12:9 chr21 45212626 . T C 281.95 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0307934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3496;QD=14.6467;RBI=0.0386531;REFB=-0.00159862;REVB=0.023363;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219062;STB=0.623304;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00374972;OID=.;OPOS=45212626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:16:16:13:32:16:16:13:32 chr21 45215051 . A G 350.98 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0309678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.026;QD=20.646;RBI=0.0383783;REFB=-0.0258861;REVB=-0.0226692;RO=28;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443619;STB=0.555525;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0204473;OID=.;OPOS=45215051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:28:32:36:36:0.529412:16:20:14:14:16:20:14:18 chr21 45217559 . T C 715.47 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0580143;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.234;QD=52.9979;RBI=0.0590522;REFB=-0.144537;REVB=0.0110229;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140615;STB=0.5147;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00122614;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:54:1:2:52:52:0.962963:33:19:0:1:33:19:0:2 chr21 45217929 . T C 275.8 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0154901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.88;QD=18.0852;RBI=0.015847;REFB=-0.0171578;REVB=0.0033441;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222929;STB=0.606417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0137927;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:31:30:30:0.491803:17:13:20:9:17:13:20:11 chr21 45219524 . T C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0136612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1727;QD=12.394;RBI=0.0246541;REFB=-0.00267773;REVB=-0.0205231;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024663;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:12:12:7:7:12:12 chr21 45220787 . A G 754.6 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00798807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.16;QD=54.8802;RBI=0.0256691;REFB=0.0430309;REVB=-0.0243946;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000135044;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:21:33:0:0:21:33:1:0 chr21 45528919 . G A 1475.55 PASS AF=0.945946;AO=103;DP=110;FAO=105;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0292477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.379;QD=53.173;RBI=0.0293957;REFB=-0.121787;REVB=0.00294593;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102034;STB=0.529994;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00126189;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:110:111:1:6:103:105:0.945946:46:57:0:1:47:58:0:6 chr21 45538647 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.475;QD=57.3857;RBI=0.0140028;REFB=0;REVB=-0.00565166;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82932e-05;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr21 45538725 . C A 839.13 PASS AF=0.983871;AO=57;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478268;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.503;QD=54.1371;RBI=0.0490466;REFB=0.0791656;REVB=0.0108705;RO=3;SAF=28;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478872;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-5.97849e-05;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:62:3:1:57:61:0.983871:29:28:3:0:31:30:1:0 chr21 45540919 . A G 1209.48 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.909;QD=61.2397;RBI=0.036689;REFB=0;REVB=-0.00782202;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89714e-05;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:35:44:0:0 chr21 45544594 . T C 1198.06 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.010979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.646;QD=56.3794;RBI=0.0116348;REFB=-0.0600809;REVB=0.00385095;RO=3;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041115;STB=0.516588;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00249918;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:3:4:81:81:0.952941:33:48:0:3:33:48:1:3 chr21 45553596 . T C 347.58 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7948;QD=53.4734;RBI=0.136692;REFB=0;REVB=0.126184;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255504;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:13:8:0:0:17:9:0:0 chr21 45561200 . TCCCGT TCCGT,TCCGTC 96.85 PASS AF=0.391304,0;AO=12,3;DP=42;FAO=18,0;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11,0;FSAR=7,0;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.098191,-0.149907;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=14.2563,18.6115;QD=8.42151;RBI=0.257144,0.204334;REFB=-0.0669292,-0.0123506;REVB=-0.237659,-0.138854;RO=25;SAF=8,3;SAR=4,0;SRF=20;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.18379,0.471252;STB=0.669244,0.5;STBP=0.149,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0683263,0;OID=.,.;OPOS=45561201,45561203;OREF=C,CGT;OALT=-,GTC;OMAPALT=TCCGT,TCCGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0:12,3:42:18,0:46:28:11,0:7,0:24:4:96:25:8,3:4,0:20:5 chr21 45565473 . C T 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00618585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.901;QD=50.8384;RBI=0.0149419;REFB=-0.0838175;REVB=0.0136013;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000377154;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:17:8:0:1:17:8:0:1 chr21 45648880 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00531753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8062;QD=12.7823;RBI=0.0194025;REFB=0.0241832;REVB=0.0186596;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0282657;OID=.;OPOS=45648880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:6:8:5:5:6:8 chr21 45649494 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.54;QD=51.9147;RBI=0.0280017;REFB=0;REVB=0.0277272;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255765;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr21 45649499 . G A 121.95 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00491569;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.985;QD=23.2283;RBI=0.00740206;REFB=-0.0286233;REVB=-0.00553412;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234885;STB=0.631394;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0116958;OID=.;OPOS=45649499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:1:7:7:6:1:7 chr21 45649640 . C T 68.47 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00809519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51;QD=15.216;RBI=0.097434;REFB=-0.0162668;REVB=0.0970972;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496201;STB=0.799199;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0438476;OID=.;OPOS=45649640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:1:8:4:5:1:8:4:5 chr21 45649778 . A G 291.28 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00380815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.091;QD=14.3844;RBI=0.00556762;REFB=-0.010836;REVB=0.00406158;RO=47;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270341;STB=0.657802;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0111069;OID=.;OPOS=45649778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:48:33:33:0.407407:20:13:31:16:20:13:32:16 chr21 45649848 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=-0.000256654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.35;QD=14.2416;RBI=0.00440826;REFB=0.00247535;REVB=0.00440079;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250519;STB=0.640416;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00382222;OID=.;OPOS=45649848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:7:15:27:4:7:15:27:4 chr21 45656774 . C T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00358731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.183;QD=22.1887;RBI=0.0147227;REFB=-0.00339475;REVB=0.0142789;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129597;STB=0.561992;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00415413;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:10:14:9:12:10:14:10:12 chr21 45707457 . G A 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0300343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.384;QD=14.3846;RBI=0.0301508;REFB=-0.0343095;REVB=0.00264793;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188882;STB=0.599943;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0478908;OID=.;OPOS=45707457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:18:16:32:17:18:16:32:18 chr21 45708277 . C T 247.05 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0118235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.601;QD=22.4588;RBI=0.0121274;REFB=-0.0320042;REVB=-0.00269783;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116278;STB=0.555511;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.022023;OID=.;OPOS=45708277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:23:24:0.545455:13:10:6:14:14:10:6:14 chr21 45712977 . T C 1208.42 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.177;QD=61.186;RBI=0.040402;REFB=0;REVB=0.0305465;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59586e-05;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:47:30:0:0:47:32:0:0 chr21 45717550 . T C 2314.8 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120484;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.737;QD=60.9157;RBI=0.0616304;REFB=0;REVB=0.0604412;RO=0;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9522e-05;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:152:0:0:152:152:1:78:74:0:0:77:75:0:0 chr21 45725715 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.725;QD=57.6806;RBI=0.00936381;REFB=0;REVB=-0.00911003;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29697e-05;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr21 45750346 . C A 1143.01 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00988304;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.423;QD=59.3769;RBI=0.0190317;REFB=-0.0582706;REVB=0.0162644;RO=1;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178505;STB=0.509431;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000238197;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:26:50:0:1:26:50:0:1 chr21 45826530 . C T 84.36 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00334288;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.201;QD=9.641;RBI=0.0154712;REFB=-0.0205374;REVB=-0.0151057;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206666;STB=0.642612;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0348241;OID=.;OPOS=45826530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:35:22:24:10:11:0.314286:5:5:15:7:6:5:16:8 chr21 45844751 . A G 2951.53 PASS AF=0.980198;AO=198;DP=204;FAO=198;FDP=202;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0334193;FXX=0.00980344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.808;QD=58.4462;RBI=0.0338038;REFB=-0.06817;REVB=0.00508403;RO=4;SAF=82;SAR=116;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063838;STB=0.501751;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00193845;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:204:202:4:4:198:198:0.980198:116:82:1:3:116:82:2:2 chr21 45878636 . GA G,GG 143.39 PASS AF=0.307692,0.692308;AO=3,11;DP=14;FAO=4,9;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=3,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235589,-0.0288235;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.832,151.097;QD=44.1188;RBI=0.0290385,0.0353348;REFB=0,0;REVB=0.0169768,0.0204389;RO=0;SAF=0,4;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0573357,0.0139081;OID=.,.;OPOS=45878637,45878637;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.307692,0.692308:3,11:14:4,9:13:0:1,3:3,6:0:0:15:0:0,4:3,7:0:0 chr21 45959195 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0446784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.94;QD=10.1737;RBI=0.053634;REFB=-0.044745;REVB=-0.0296723;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0579763;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:4:5:5:1:4:5 chr21 45959312 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.462;QD=33.4285;RBI=0.0263047;REFB=0;REVB=0.00350471;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369118;OID=.;OPOS=45959312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr21 45978090 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.587;QD=40.7617;RBI=0.0303053;REFB=0;REVB=-0.00287068;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798103;OID=.;OPOS=45978090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr21 45994843 . G C 38.69 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00436748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.968;QD=9.67241;RBI=0.0472087;REFB=-0.0149311;REVB=-0.0470062;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712392;STB=0.62453;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0234991;OID=.;OPOS=45994843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:8:10:5:6:0.375:1:4:6:2:1:5:7:3 chr21 46000398 . C T 101.98 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.031053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4333;QD=17.736;RBI=0.115143;REFB=-0.0250326;REVB=0.110877;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0315784;OID=.;OPOS=46000398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:23:11:11:11:12:0.521739:5:6:6:5:6:6:6:5 chr21 46011468 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7896;QD=35.575;RBI=0.113809;REFB=0;REVB=0.0857329;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00899069;OID=.;OPOS=46011468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr21 46011745 . C T 144.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.002;QD=44.3821;RBI=0.0590973;REFB=0;REVB=0.0272536;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111626;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr21 46011751 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.082;QD=40.7624;RBI=0.0828528;REFB=0;REVB=0.077424;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259321;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr21 46012240 . A G 90.27 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00607359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8533;QD=16.4135;RBI=0.0429002;REFB=-0.0194951;REVB=-0.042468;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337697;STB=0.745699;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0161889;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:1:10:7:3:1:10:7:4 chr21 46020527 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0553082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.229;QD=56.0109;RBI=0.0555263;REFB=-0.0410737;REVB=0.00491707;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00106271;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:0:1:14:20:0:1 chr21 46021370 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.11;QD=40.7629;RBI=0.0774166;REFB=0;REVB=-0.0486751;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159346;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr21 46021390 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3524;QD=37.4881;RBI=0.106501;REFB=0;REVB=-0.106299;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00922602;OID=.;OPOS=46021390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr21 46021607 . A G 160.66 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.905;QD=45.9032;RBI=0.0501902;REFB=0;REVB=-0.00463885;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112578;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:4:8:0:0:4:10:0:0 chr21 46021759 . A G 1030.0 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.035114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.68;QD=58.0284;RBI=0.0359284;REFB=-0.0348475;REVB=-0.00760632;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000174394;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:27:42:1:0:28:42:1:0 chr21 46021934 . C T 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0477287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.279;QD=61.8126;RBI=0.05041;REFB=-0.0486983;REVB=0.0162217;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000469217;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:0:1:26:23:0:1 chr21 46021946 . C G 753.69 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5614;QD=56.8824;RBI=0.0412478;REFB=0;REVB=-0.0407258;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306618;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr21 46021954 . CTG C 708.66 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187347;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.882;QD=61.6225;RBI=0.00896811;REFB=0;REVB=-0.00877024;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00200643;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:45:46:46:0:19:27:0:0:4:0:16:27:0:0 chr21 46032094 . A G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.438;QD=54.5118;RBI=0.0403897;REFB=0;REVB=-0.0149181;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022019;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr21 46047633 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.145;QD=56.7057;RBI=0.0174191;REFB=0;REVB=-0.0171554;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215289;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr21 46047710 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.181;QD=56.1916;RBI=0.0413562;REFB=0;REVB=0.034713;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128228;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr21 46047857 . C T 45.58 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00413809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.831;QD=26.0453;RBI=0.00472322;REFB=-0.102426;REVB=-0.00227706;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00584925;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr21 46047925 . G T 92.44 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488095;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.383;QD=41.0855;RBI=0.10739;REFB=0;REVB=0.095657;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181705;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr21 46047971 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5524;QD=39.2062;RBI=0.0857147;REFB=0;REVB=0.0441053;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180954;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr21 46048060 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0124302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.718;QD=14.6506;RBI=0.0162936;REFB=-0.0673256;REVB=-0.0105343;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0342259;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:1:4:5:1:1:4 chr21 46048265 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.588;QD=39.2068;RBI=0.0463451;REFB=0;REVB=0.0455614;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272632;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr21 46057391 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0203964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.357;QD=10.0341;RBI=0.0234372;REFB=0.00356413;REVB=0.0115452;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00241856;OID=.;OPOS=46057391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:5:1:2:3:6:1 chr21 46057393 . T A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00731069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6941;QD=10.0338;RBI=0.0750469;REFB=-0.0322452;REVB=0.07469;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0441474;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:6:1:2:3:6:1 chr21 46057548 . A C 152.3 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9931;QD=40.6138;RBI=0.0407588;REFB=0.0276553;REVB=0.0357294;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00994159;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:1:0:6:8:1:0 chr21 46057590 . A T 222.44 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.014;QD=49.4303;RBI=0.0511446;REFB=0;REVB=0.0501977;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307445;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr21 46057805 . T TA 39.38 PASS AF=1;AO=2;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372564;FXX=0.249688;HRUN=0;LEN=1;MLLD=11.4303;QD=26.2518;RBI=0.0446549;REFB=0;REVB=0.0246174;RO=5;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.121957;OID=.;OPOS=46057806;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:8:6:6:0:3:3:0:0:3:5:2:0:3:2 chr21 46057806 . G A 58.71 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.4564;QD=29.353;RBI=0.228119;REFB=-0.129425;REVB=0.185063;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.124339;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:1:0:6:8:1:2:4:0:1:3:5:0:0 chr21 46057958 . C T 216.02 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5284;QD=45.4777;RBI=0.133551;REFB=-0.0339796;REVB=0.0659613;RO=1;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296514;STB=0.516111;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00889986;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:19:1:1:18:18:0.947368:15:3:0:1:15:3:0:1 chr21 46066764 . C T 35.55 PASS AF=0.352941;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0721118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.991;QD=8.36535;RBI=0.0729975;REFB=-0.067027;REVB=0.0113371;RO=10;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.124964;OID=.;OPOS=46066764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:16:17:10:11:4:6:0.352941:2:2:5:5:2:4:6:5 chr21 46067180 . C T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.110536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2663;QD=12.8596;RBI=0.111582;REFB=-0.143337;REVB=0.0152421;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196457;STB=0.615099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0617182;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:1:7:5:2:1:7 chr21 46077946 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5053;QD=58.5857;RBI=0.0247641;REFB=0;REVB=-0.0104921;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613807;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr21 46086377 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.877;QD=42.1827;RBI=0.0460116;REFB=0;REVB=0.0422667;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675019;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr21 46086718 . GA CG 180.58 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609205;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=2;MLLD=236.277;QD=48.1543;RBI=0.0612701;REFB=0;REVB=0.00653629;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000746968;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr21 46086757 . GC AT,GT 234.73 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=17,2;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492485,0.071496;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=213.628,125.925;QD=49.4159;RBI=0.0514855,0.0734749;REFB=0,0;REVB=0.0150112,0.0169374;RO=0;SAF=6,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0152643,-0.067836;OID=.,.;OPOS=46086757,46086758;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:19:0:0:17,2:17,2:0.894737,0.105263:11,2:6,0:0:0:11,2:6,0:0:0 chr21 46233836 . C A 618.04 PASS AF=0.933333;AO=38;DP=42;FAO=42;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5502;QD=54.937;RBI=0.0544967;REFB=-0.0843627;REVB=0.0519711;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519773;STB=0.524988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00949387;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:45:2:2:38:42:0.933333:21:17:2:0:23:19:2:0 chr21 46271452 . C T 939.41 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360514;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.27;QD=58.713;RBI=0.0368992;REFB=0;REVB=-0.0078641;RO=0;SAF=14;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34081e-05;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:50:14:0:0:50:14:0:0 chr21 46311813 . A G 239.45 PASS AF=0.511111;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0379617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1713;QD=21.2842;RBI=0.0398831;REFB=0.000709987;REVB=-0.0122297;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154739;STB=0.587297;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00184551;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:22:21:23:0.511111:13:8:5:17:14:9:5:17 chr21 46314907 . T A 632.43 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.264;QD=58.8308;RBI=0.0366945;REFB=-0.139176;REVB=0.00344524;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170644;STB=0.509087;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00481265;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:27:14:0:1:27:15:0:1 chr21 46320313 . C T 376.62 PASS AF=0.427184;AO=40;DP=99;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0710216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3999;QD=14.6259;RBI=0.0929386;REFB=-0.00776175;REVB=0.059946;RO=59;SAF=13;SAR=27;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752077;STB=0.502091;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0121605;OID=.;OPOS=46320313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:59:59:40:44:0.427184:27:13:23:36:27:17:23:36 chr21 46328099 . T C 1094.39 PASS AF=0.986842;AO=70;DP=72;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0192572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.394;QD=57.5995;RBI=0.0217653;REFB=0.0254251;REVB=0.0101434;RO=1;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101688;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00170699;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:76:1:1:70:75:0.986842:46:24:0:1:48:27:0:1 chr21 46330628 . C T 874.02 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377599;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.21;QD=57.313;RBI=0.0381193;REFB=-0.0880929;REVB=-0.00522157;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224564;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr21 46354055 . A G 1043.31 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3894;QD=56.3953;RBI=0.0433427;REFB=0;REVB=0.00258368;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286792;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:1:0:65:74:1:25:40:1:0:27:47:0:0 chr21 46572572 . A G 1277.83 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052341;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.773;QD=60.8488;RBI=0.0524208;REFB=0;REVB=-0.00289027;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011161;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:80:84:1:45:35:0:0:48:36:0:0 chr21 46641968 . G A 1540.55 PASS AF=1;AO=80;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.216893;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.126;QD=59.8271;RBI=0.218405;REFB=0;REVB=0.0256587;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27961e-05;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:80:103:1:48:32:0:0:50:53:0:0 chr21 46875564 . T C 961.98 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.062;QD=58.302;RBI=0.0724742;REFB=0;REVB=0.0155023;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.97063e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:37:29:0:0 chr21 46898243 . C G 2302.48 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.286;QD=60.9929;RBI=0.036803;REFB=0;REVB=0.0346872;RO=0;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38794e-05;OID=.;OPOS=46898243;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:137:151:0:0:137:151:1:69:68:0:0:81:70:0:0 chr21 46911188 . C G 1844.06 PASS AF=0.878378;AO=129;DP=148;FAO=130;FDP=148;FR=.;FRO=18;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0203746;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=253.042;QD=49.8394;RBI=0.0284181;REFB=-0.123858;REVB=0.0198107;RO=17;SAF=63;SAR=66;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995451;STB=0.554901;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00137776;OID=.;OPOS=46911188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:148:148:17:18:129:130:0.878378:66:63:16:1:66:64:17:1 chr21 46923906 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0260403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6704;QD=18.1189;RBI=0.0290749;REFB=-0.0100856;REVB=0.0129326;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461927;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.017439;OID=.;OPOS=46923906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:9:11:9:9:9:11 chr21 47329352 . T C 1511.13 PASS AF=1;AO=98;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177346;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.641;QD=58.6845;RBI=0.0198685;REFB=0;REVB=0.00895781;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443336;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:98:103:1:37:61:0:0:40:63:0:0 chr21 47409503 . A G 327.67 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0108472;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.954;QD=20.1645;RBI=0.0117336;REFB=-0.0236428;REVB=-0.004474;RO=28;SAF=32;SAR=2;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300813;STB=0.719829;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0155162;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:31:34:34:0.523077:2:32:23:5:2:32:24:7 chr21 47420725 . TC T,TG 967.57 PASS AF=0.985915,0.0140845;AO=12,50;DP=67;FAO=70,1;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193356,-0.547237;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.2581,26.5131;QD=54.511;RBI=0.0273538,0.547613;REFB=0,0;REVB=0.0193485,0.0202887;RO=0;SAF=0,47;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.54029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00701403,-0.0420496;OID=.,.;OPOS=47420726,47420726;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.985915,0.0140845:12,50:67:70,1:71:0:50,0:20,1:0:0:6:0:0,47:12,3:0:0 chr21 47423509 . C T 240.98 PASS AF=0.733333;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0552729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.509;QD=32.1308;RBI=0.0565912;REFB=-0.0106132;REVB=0.0121436;RO=8;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929886;STB=0.544546;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00408237;OID=.;OPOS=47423509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:21:22:0.733333:9:12:6:2:9:13:6:2 chr21 47538960 . G A 116.14 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00945363;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.411;QD=14.9858;RBI=0.0266821;REFB=-0.0163464;REVB=0.0249513;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349999;STB=0.677198;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0144792;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:7:6:14:3:7:7:14:3 chr21 47540421 . T C 113.25 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.00424025;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8924;QD=9.24494;RBI=0.0887975;REFB=-0.0046138;REVB=-0.0886962;RO=35;SAF=3;SAR=11;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618698;STB=0.862872;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0173544;OID=.;OPOS=47540421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:35:35:14:14:0.285714:11:3:28:7:11:3:28:7 chr21 47542861 . A G 290.92 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0106355;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.658;QD=19.0765;RBI=0.0327924;REFB=-0.0102677;REVB=-0.0310197;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025641;STB=0.507038;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0120375;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:30:31:31:0.508197:18:13:13:16:18:13:13:17 chr21 47544838 . G A 244.35 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0305899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1029;QD=17.4536;RBI=0.0337584;REFB=0.0236711;REVB=0.014279;RO=29;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591297;STB=0.533308;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0254457;OID=.;OPOS=47544838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:20:7:9:20:20:7:9:20 chr21 47545155 . A G 176.13 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.030031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1287;QD=10.2105;RBI=0.0462185;REFB=0.00655605;REVB=-0.0351324;RO=42;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199664;STB=0.645442;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0170138;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:46:23:23:0.333333:15:8:22:20:15:8:26:20 chr21 47545346 . C T 66.68 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0169478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.459;QD=12.7011;RBI=0.025169;REFB=-0.0187663;REVB=-0.0186078;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33333;STB=0.682485;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0306935;OID=.;OPOS=47545346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:2:7:5:6:2:7:6:6 chr21 47545369 . A AC 35.84 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=33;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.201214;FXX=0.0312402;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.83094;QD=4.62511;RBI=0.201876;REFB=-0.094709;REVB=0.0163341;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628668;STB=0.590194;STBP=0.498;TYPE=ins;VARB=0.0552136;OID=.;OPOS=47545370;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:9:33:11:31:20:4:7:10:10:35:20:4:5:9:11 chr21 47556809 . C T 193.29 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0217816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.32;QD=25.7714;RBI=0.0217841;REFB=-0.00146565;REVB=0.00033258;RO=10;SAF=15;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4542;STB=0.755222;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000738976;OID=.;OPOS=47556809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:30:10:11:17:19:0.633333:2:15:4:6:2:17:5:6 chr21 47557222 . G A 178.72 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00719432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8788;QD=22.3397;RBI=0.00765616;REFB=-0.0374487;REVB=0.00261889;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188781;STB=0.613897;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0390679;OID=.;OPOS=47557222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:13:4:6:8:14:4:6:8 chr21 47575372 . C T 46.21 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.057349;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4625;QD=8.03573;RBI=0.0573818;REFB=-0.0208403;REVB=-0.00193772;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480714;STB=0.820921;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.100054;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:17:16:7:7:0.304348:6:1:9:8:6:1:9:7 chr21 47581616 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00129272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.372;QD=12.0157;RBI=0.0169507;REFB=-0.0233684;REVB=0.0169013;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.61502;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0329259;OID=.;OPOS=47581616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:2:5:3:3:2:5 chr21 47602543 . C CT 127.23 PASS AF=0.642857;AO=3;DP=29;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.089506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.6789;QD=18.1762;RBI=0.168992;REFB=0.0501343;REVB=0.143342;RO=26;SAF=3;SAR=0;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522066;STB=0.660183;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=-0.00790976;OID=.;OPOS=47602544;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:3:29:18:28:10:14:4:4:6:40:26:3:0:16:10 chr21 47602545 . C T 149.3 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0771871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4798;QD=19.9068;RBI=0.0774006;REFB=-0.010995;REVB=-0.00574521;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1969;STB=0.634435;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0150475;OID=.;OPOS=47602545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:4:12:7:6:4:12:7:7 chr21 47608580 . G A 219.2 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0160671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.291;QD=13.9174;RBI=0.0191213;REFB=-0.0251517;REVB=-0.0103669;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850411;STB=0.555513;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0286445;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:13:13:21:15:13:13:22:15 chr21 47609677 . A G 126.51 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.00406708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4169;QD=11.5012;RBI=0.0710634;REFB=-0.0125762;REVB=-0.070947;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240851;STB=0.639837;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.016498;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:6:9:23:6:6:9:23:6 chr21 47610066 . T C 117.67 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0430526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.229;QD=12.3862;RBI=0.0437094;REFB=-0.0297847;REVB=-0.0075487;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283311;STB=0.666433;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0270165;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:15:9:9:5:15:9 chr21 47610182 . CT TC 35.08 PASS AF=0.1;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0391191;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=132.984;QD=1.40335;RBI=0.0391505;REFB=-0.000372868;REVB=0.0015683;RO=87;SAF=9;SAR=1;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513813;STB=0.895537;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.018055;OID=.;OPOS=47610182;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:100:100:87:90:10:10:0.1:1:9:41:46:1:9:42:48 chr21 47612466 . A G 203.61 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=80;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0552545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.786;QD=10.0547;RBI=0.0553245;REFB=-0.0244372;REVB=-0.00278224;RO=53;SAF=23;SAR=3;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513585;STB=0.816624;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0598595;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:53:54:26:27:0.333333:3:23:28:25:3:24:28:26 chr21 47612471 . T C 164.16 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0415949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9547;QD=8.52765;RBI=0.0438297;REFB=-0.0187569;REVB=0.0138169;RO=54;SAF=20;SAR=3;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510708;STB=0.80941;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0485749;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:3:20:27:27:3:20:27:27 chr21 47612512 . C CTG,G 73.43 PASS AF=0.227273,0.0227273;AO=9,2;DP=48;FAO=10,1;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7,0;FSAR=3,1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.026225,-0.0183568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=149.51,95.2575;QD=6.67577;RBI=0.0534079,0.0658526;REFB=-0.00931229,-0.0120983;REVB=-0.0465259,-0.0632424;RO=35;SAF=6,0;SAR=3,2;SRF=25;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0675142,-0.555261;STB=0.580144,0.991883;STBP=0.591,0.254;TYPE=ins,snp;VARB=0.0200975,0.186379;OID=.,.;OPOS=47612513,47612512;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:44:35:33:9,2:10,1:0.227273,0.0227273:3,2:6,0:25:10:3,1:7,0:20:13 chr21 47613004 . T C 79.74 PASS AF=0.22449;AO=12;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0355195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1409;QD=6.50934;RBI=0.11433;REFB=-0.0262904;REVB=-0.108672;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135193;STB=0.535252;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0779397;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:49:32:38:12:11:0.22449:7:5:17:15:6:5:19:19 chr21 47613161 . C T 89.21 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.0668032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6866;QD=7.43441;RBI=0.0911498;REFB=-0.0186458;REVB=-0.0620132;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209421;STB=0.626936;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0593529;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:7:29:8:4:7:29 chr21 47613570 . T C 60.63 PASS AF=0.214286;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.102794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5986;QD=5.77444;RBI=0.104278;REFB=-0.0611026;REVB=0.017528;RO=31;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510135;STB=0.867696;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.137141;OID=.;OPOS=47613570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:42:31:33:8:9:0.214286:7:1:16:15:8:1:18:15 chr21 47613623 . C T 30.85 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0537198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3969;QD=1.52351;RBI=0.0925986;REFB=-0.0187;REVB=-0.0754234;RO=67;SAF=3;SAR=8;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139553;STB=0.527211;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.165389;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:81:81:67:72:11:9:0.111111:8:3:25:42:6:3:26:46 chr21 47613639 . C T 35.89 PASS AF=0.114754;AO=9;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0229899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7818;QD=2.35314;RBI=0.0592847;REFB=-0.0064561;REVB=-0.0546456;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271603;STB=0.794631;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.04804;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:61:61:52:54:9:7:0.114754:7:2:22:30:6:1:23:31 chr21 47614443 . A G 232.6 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0886541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2699;QD=17.5545;RBI=0.0887391;REFB=-0.00957544;REVB=-0.00388301;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385395;STB=0.531888;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.01212;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:24:24:0.45283:13:11:13:13:13:11:14:13 chr21 47614469 . A C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0020057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.094;QD=16.5617;RBI=0.0212806;REFB=-0.0111986;REVB=0.0211859;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687579;STB=0.503873;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0138698;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:14:17:15:12:14:17 chr21 47676711 . G A 221.4 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0708865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2172;QD=26.0472;RBI=0.101967;REFB=0.00672843;REVB=0.073297;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823354;STB=0.512808;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000571956;OID=.;OPOS=47676711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:11:9:6:7:12:9:6:7 chr21 47685939 . A G 305.32 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0173585;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.65;QD=17.4467;RBI=0.0323497;REFB=-0.0193264;REVB=0.0272981;RO=35;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208152;STB=0.508375;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0139867;OID=.;OPOS=47685939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:37:33:33:0.471429:12:21:23:12:12:21:23:14 chr21 47734659 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00217765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.009;QD=24.293;RBI=0.0338356;REFB=-0.0245055;REVB=0.0337654;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31583;STB=0.687709;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0190417;OID=.;OPOS=47734659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:12:7:10:2:12:7:11:2 chr21 47738035 . C T 170.65 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0146916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.977;QD=11.1903;RBI=0.0199276;REFB=-0.0166621;REVB=0.0134635;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508189;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0248469;OID=.;OPOS=47738035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:11:11:19:19:11:11:19:20 chr21 47777063 . G A 536.26 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0302557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.662;QD=55.0008;RBI=0.0312943;REFB=-0.00158997;REVB=0.00799544;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659507;STB=0.503524;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=2.6803e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:21:16:1:1:21:16:1:1 chr21 47783796 . T C 594.14 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0855;QD=60.9377;RBI=0.0435603;REFB=0;REVB=-0.0425705;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357114;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr21 47786817 . C G 1040.37 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258112;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8372;QD=60.3114;RBI=0.0575828;REFB=0;REVB=0.0514739;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492972;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr21 47787002 . T C 650.04 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0479;QD=61.9084;RBI=0.0101269;REFB=0;REVB=0.00967734;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13518e-05;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:33:9:0:0:33:9:0:0 chr21 47970581 . G A 688.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.506;QD=62.5661;RBI=0.0503083;REFB=0;REVB=0.0477951;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707526;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr21 47974582 . A G 261.39 PASS AF=0.359551;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=-0.0817987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.53;QD=11.748;RBI=0.083593;REFB=-0.00668303;REVB=-0.0172271;RO=57;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184452;STB=0.528923;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0141976;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:31:32:0.359551:23:8:14:43:23:9:14:43 chr21 47978321 . G C,GC 1317.04 PASS AF=0.0113636,0.988636;AO=6,77;DP=90;FAO=1,87;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=1,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440077,-7.73801e-05;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=6.1162,25.8876;QD=59.8654;RBI=0.112937,0.11239;REFB=0,0;REVB=0.10401,0.11239;RO=3;SAF=4,28;SAR=2,49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0230516;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0534854,0.0018942;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:90:88:3:0:6,77:1,87:0.0113636,0.988636:2,49:4,28:2:1:1,55:0,32:0:0 chr21 48022230 . C G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.225;QD=56.9371;RBI=0.0318255;REFB=0;REVB=-0.00427334;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140023;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr21 48063476 . C G 981.55 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.017687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2741;QD=56.0884;RBI=0.0210655;REFB=0.00741885;REVB=0.0114423;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.50042;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00191389;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:70:0:2:67:68:0.971429:35:32:0:0:35:33:1:1 chr21 48084820 . C G 904.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789223;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.408;QD=58.3731;RBI=0.00944683;REFB=0;REVB=-0.00519185;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169823;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr22 17072483 . A G 582.28 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.369;QD=58.2284;RBI=0.044072;REFB=-0.0837768;REVB=-0.0391473;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.007606;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:1:0:18:21:1:0 chr22 17073066 . A G 136.81 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144755;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.286;QD=45.6029;RBI=0.0201889;REFB=0;REVB=0.014073;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178576;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr22 17073475 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0129183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.999;QD=14.6652;RBI=0.0177762;REFB=0.00887997;REVB=-0.0122111;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329689;STB=0.69066;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00873068;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:7:14:5:10:7:14 chr22 17264565 . G T 183.28 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00478247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.537;QD=11.8243;RBI=0.00564921;REFB=-0.011341;REVB=0.00300691;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302762;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163238;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:22:23:0.370968:13:9:17:22:13:10:17:22 chr22 17265124 . A C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00901284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.277;QD=12.1823;RBI=0.0105864;REFB=0.00958129;REVB=0.00555347;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238149;STB=0.639742;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0125657;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:11:4:5:5:11:4 chr22 17446991 . C T 180.11 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0116275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7426;QD=13.8546;RBI=0.0630447;REFB=0.00437729;REVB=-0.0619632;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741956;STB=0.5254;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00490235;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:31:20:21:0.403846:9:11:18:11:9:12:19:12 chr22 17469026 . G A 242.24 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0410852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.569;QD=22.5335;RBI=0.0414696;REFB=-0.0136835;REVB=-0.00563348;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128376;STB=0.507181;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0135864;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:9:11:13:10:9:11 chr22 17469049 . C A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0130646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.81;QD=15.7009;RBI=0.0180488;REFB=-0.0170714;REVB=-0.012453;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108301;STB=0.562417;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0196742;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:8:11:7:8:8:11 chr22 17586471 . C T 1680.86 PASS AF=0.99115;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0561752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.52;QD=59.4995;RBI=0.0574753;REFB=0.010039;REVB=0.0121555;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.505154;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000124868;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:113:0:1:109:112:0.99115:49:60:0:0:48:64:0:1 chr22 17600293 . G A 38.59 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.120608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8213;QD=11.0271;RBI=0.12296;REFB=-0.031642;REVB=0.0239332;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465896;STB=0.785069;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0270908;OID=.;OPOS=17600293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:7:8:6:6:0.428571:3:3:7:0:3:3:8:0 chr22 17600977 . G A 245.58 PASS AF=0.5;AO=19;DP=44;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0106007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2246;QD=20.4652;RBI=0.158902;REFB=-0.0255612;REVB=0.158548;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233912;STB=0.548345;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0499392;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:23:24:19:24:0.5:12:7:9:14:17:7:9:15 chr22 17602839 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.485;QD=58.5873;RBI=0.0133244;REFB=0;REVB=0.0107318;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114313;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr22 17603477 . A G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00811109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.269;QD=10.0236;RBI=0.0388193;REFB=-0.0202196;REVB=-0.0379624;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313731;STB=0.527243;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0342512;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:18:18:0.327273:9:9:19:17:9:9:20:17 chr22 17603503 . G A 385.31 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0329404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9193;QD=28.5417;RBI=0.0396839;REFB=-0.0276455;REVB=0.0221301;RO=18;SAF=22;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07018;STB=0.538276;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0185505;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:14:22:9:9:14:22:9:9 chr22 17622267 . C T 95.23 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.11559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.284;QD=23.8081;RBI=0.116164;REFB=-0.0269338;REVB=0.0115342;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141787;STB=0.592358;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0210876;OID=.;OPOS=17622267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:16:16:4:4:8:9:0.5625:7:1:1:3:8:1:1:3 chr22 17630486 . C A 299.17 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.343;QD=49.8621;RBI=0.0160633;REFB=-0.144291;REVB=-0.0118105;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00103619;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:1:0:8:15:1:0 chr22 17669306 . T C 179.86 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0909182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8875;QD=17.1292;RBI=0.0953291;REFB=-0.0327008;REVB=0.028662;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.521388;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0282611;OID=.;OPOS=17669306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:10:13:10:9:10:13 chr22 17690430 . C G 402.88 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.033716;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=93.1731;QD=48.8336;RBI=0.0352295;REFB=-0.0747392;REVB=0.0102153;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503266;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00136172;OID=.;OPOS=17690430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:0:3:30:30:0.909091:19:11:0:0:19:11:1:2 chr22 18022241 . C T 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0153741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.697;QD=13.8482;RBI=0.0538619;REFB=-0.0268342;REVB=-0.0516211;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401239;STB=0.523336;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0318489;OID=.;OPOS=18022241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:15:10:7:9:15:10 chr22 18209612 . CA C,CG 396.41 PASS AF=0.241379,0.758621;AO=7,21;DP=28;FAO=7,22;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173413,0.0294459;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.8676,62.2688;QD=54.6769;RBI=0.0504755,0.105923;REFB=0,0;REVB=-0.0474031,-0.101748;RO=0;SAF=7,4;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.45803e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00100687,0.0170362;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.241379,0.758621:7,21:28:7,22:29:0:7,5:0,17:0:0:25:0:7,4:0,17:0:0 chr22 18300240 . T C 430.17 PASS AF=0.456311;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0075462;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.172;QD=16.7056;RBI=0.010712;REFB=-0.00817866;REVB=-0.00760269;RO=53;SAF=30;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196384;STB=0.587446;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0140555;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:53:56:46:47:0.456311:16:30:24:29:17:30:27:29 chr22 18300775 . G A 153.07 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0331255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.633;QD=13.9156;RBI=0.0343842;REFB=-0.00855619;REVB=0.00921825;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252606;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0120089;OID=.;OPOS=18300775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:16:11:11:6:16:11 chr22 18304821 . G A 173.64 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0651441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.458;QD=12.8623;RBI=0.0651479;REFB=-0.0412824;REVB=0.000706952;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559333;STB=0.546573;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.058835;OID=.;OPOS=18304821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:33:21:21:0.388889:13:8:13:17:13:8:15:18 chr22 18304891 . C T 125.94 PASS AF=0.394737;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0657423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.064;QD=13.2572;RBI=0.0659384;REFB=-0.00810564;REVB=0.00508174;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210525;STB=0.590796;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0120552;OID=.;OPOS=18304891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:23:12:15:0.394737:8:4:3:15:9:6:6:17 chr22 18305797 . C T 196.37 PASS AF=0.526316;AO=17;DP=35;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0273095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.466;QD=20.6702;RBI=0.0508049;REFB=-0.0385967;REVB=0.0428407;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685931;STB=0.553789;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0327308;OID=.;OPOS=18305797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:17:18:17:20:0.526316:13:4:5:12:16:4:5:13 chr22 18354766 . C T 341.48 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00225293;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.62;QD=22.0307;RBI=0.022432;REFB=-0.021885;REVB=0.0223186;RO=27;SAF=4;SAR=30;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302222;STB=0.636274;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0157998;OID=.;OPOS=18354766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:27:34:35:0.564516:30:4:9:18:30:5:9:18 chr22 18364030 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT 447.9 PASS AF=0.660494,0.0493827,0;AO=56,10,9;DP=161;FAO=107,8,0;FDP=162;FR=.;FRO=47;FSAF=46,5,0;FSAR=61,3,0;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.142242,0.131835,-0.0206223;FXX=0.0121944;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.9021,10.9254,40.3618;QD=11.0593;RBI=0.155711,0.150029,0.0639144;REFB=-0.158945,-0.132776,-0.0350223;REVB=0.0633481,0.0716113,-0.060496;RO=67;SAF=24,7,1;SAR=32,3,8;SRF=34;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0777178,0.238829,-0.495917;STB=0.505253,0.649855,0.5;STBP=0.86,0.406,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.181545,0.0052895,0;OID=.,.,.;OPOS=18364031,18364036,18364030;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,GC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:67:47:56,10,9:107,8,0:0.660494,0.0493827,0:32,3,8:24,7,1:34:33:61,3,0:46,5,0:21:26 chr22 18571008 . G A 169.43 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00492257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.926;QD=16.5294;RBI=0.0361671;REFB=-0.012314;REVB=0.0358305;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730157;STB=0.550966;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0111148;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:11:7:7:15:11:7:7:16 chr22 18571828 . T C 562.65 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262843;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.642;QD=60.8268;RBI=0.0269547;REFB=0;REVB=0.00597439;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034033;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr22 18572106 . T A 71.79 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00574973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.212;QD=19.1437;RBI=0.0410017;REFB=0.00177188;REVB=-0.0405966;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00161282;OID=.;OPOS=18572106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:4:2:4:5:4:2 chr22 18609642 . C T 250.78 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0446294;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8386;QD=25.7209;RBI=0.0573534;REFB=0.0108736;REVB=0.0360226;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107203;STB=0.55918;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00759502;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:23:23:0.589744:16:7:3:13:16:7:3:13 chr22 18628436 . T C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0104445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.781;QD=17.5598;RBI=0.0216434;REFB=0.00485741;REVB=-0.0189565;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673869;STB=0.538419;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00433787;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:12:9:9:9:12:9 chr22 18628499 . G T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00206078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.231;QD=17.9529;RBI=0.0108626;REFB=-0.010535;REVB=-0.0106653;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339652;STB=0.529633;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0103787;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:11:16:15:12:11:16:15:13 chr22 18628632 . C T 416.5 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0354783;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5312;QD=21.9211;RBI=0.0597934;REFB=-0.00496588;REVB=0.0481304;RO=35;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151438;STB=0.58324;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00453339;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:35:41:41:0.539474:19:22:25:10:19:22:25:10 chr22 18628715 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0222361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.575;QD=12.8692;RBI=0.0223821;REFB=-0.00736618;REVB=-0.00255161;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00934656;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr22 18897756 . C A 249.68 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0314157;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.805;QD=18.4947;RBI=0.037167;REFB=-0.0165175;REVB=-0.0198605;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200936;STB=0.520045;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0185603;OID=.;OPOS=18897756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:27:27:27:0.5:17:10:8:15:17:10:9:18 chr22 18900750 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.713;QD=61.6839;RBI=0.0353719;REFB=0;REVB=0.026645;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221326;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr22 18901004 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.155;QD=43.4861;RBI=0.0397101;REFB=0;REVB=0.0388376;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486711;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr22 18904414 . A G 150.58 PASS AF=0.475;AO=15;DP=38;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0227962;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0838;QD=15.0578;RBI=0.0271773;REFB=-0.0416046;REVB=-0.0147965;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102929;STB=0.533298;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0253966;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:21:15:19:0.475:5:10:12:9:7:12:12:9 chr22 18904489 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0115919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.067;QD=11.0861;RBI=0.0373673;REFB=-0.00969227;REVB=0.0355238;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195541;STB=0.615828;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.023177;OID=.;OPOS=18904489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:16:9:7:6:16:9 chr22 18907124 . G A 157.3 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.010507;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.06;QD=16.1337;RBI=0.0133019;REFB=-0.0298791;REVB=0.00815742;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274563;STB=0.625253;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0229193;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:22:17:17:0.435897:5:12:8:11:5:12:11:11 chr22 18908875 . A G 670.1 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.77;QD=62.3349;RBI=0.135294;REFB=0;REVB=-0.0816222;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041183;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr22 18912677 . CA CG,TG 826.47 PASS AF=0.491525,0.508475;AO=29,31;DP=61;FAO=29,30;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17,13;FSAR=12,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293187,-0.0115452;FXX=0.0327815;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=65.0633,136.845;QD=56.0319;RBI=0.0330405,0.0589779;REFB=0,0;REVB=-0.0152345,-0.0578369;RO=0;SAF=17,13;SAR=12,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.0947e-08,5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00565896,0.011556;OID=.,.;OPOS=18912678,18912677;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:61:59:0:0:29,31:29,30:0.491525,0.508475:12,18:17,13:0:0:12,17:17,13:0:0 chr22 19050750 . C T 213.0 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0157068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4841;QD=19.3633;RBI=0.020189;REFB=-0.0333266;REVB=0.0126844;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145089;STB=0.526675;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0236807;OID=.;OPOS=19050750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:6:15:16:6:7:15:16:6 chr22 19132061 . C T 475.02 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0772973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3203;QD=21.8398;RBI=0.082103;REFB=-0.0302065;REVB=-0.0276771;RO=41;SAF=30;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20761;STB=0.614703;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0445973;OID=.;OPOS=19132061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:16:30:17:24:16:30:17:24 chr22 19163577 . C CAT 754.3 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359178;FXX=0.0535619;HRUN=0;LEN=2;MLLD=275.736;QD=56.9284;RBI=0.0429891;REFB=0;REVB=0.0236215;RO=2;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000136285;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:53:53:0:32:21:0:0:4:2:32:21:1:1 chr22 19167409 . T C 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1412;QD=61.373;RBI=0.00808119;REFB=0;REVB=-0.000548069;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55164e-05;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr22 19172006 . T C,G 1542.32 PASS AF=0.969388,0.0306122;AO=93,4;DP=98;FAO=95,3;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59,3;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535782,0.00269895;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.04,111.314;QD=62.9519;RBI=0.0158872,0.00383391;REFB=0,0;REVB=-0.0149565,0.00272296;RO=0;SAF=58,3;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000816662,0.029432;OID=.,.;OPOS=19172006,19172006;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:98:98:0:0:93,4:95,3:0.969388,0.0306122:35,1:58,3:0:0:36,0:59,3:0:0 chr22 19189003 . A AC,C 638.45 PASS AF=1,0;AO=26,17;DP=45;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016481,-0.267218;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.5974,4.81639;QD=56.7513;RBI=0.161232,0.278568;REFB=0,0;REVB=0.160387,0.0787075;RO=2;SAF=6,15;SAR=20,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0442285,0.299344;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00523528,0.0248446;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:2:0:26,17:45,0:1,0:20,2:6,15:0:2:24,0:21,0:0:0 chr22 19196502 . G A 1072.24 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0100366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.264;QD=57.1859;RBI=0.0116636;REFB=-0.00527052;REVB=-0.00594179;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.511625;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=5.04158e-05;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:31:42:1:0:31:42:2:0 chr22 19197896 . T C 732.31 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458514;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.767;QD=63.6794;RBI=0.0472295;REFB=0;REVB=0.0113258;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104472;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr22 19486600 . C T 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0444769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.141;QD=13.3133;RBI=0.0470516;REFB=-0.0118556;REVB=-0.0153512;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990514;STB=0.557041;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0203167;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:18:15:8:14:18:15 chr22 19750773 . T C 360.56 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.02633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1346;QD=20.313;RBI=0.0279421;REFB=0.0291717;REVB=-0.00935379;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096005;STB=0.532649;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0126226;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:34:37:37:0.521127:21:16:17:14:21:16:17:17 chr22 19766782 . C T 267.31 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00717836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8698;QD=28.1378;RBI=0.00718494;REFB=-0.0247998;REVB=0.000307485;RO=14;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311625;STB=0.517227;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0166751;OID=.;OPOS=19766782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:6:18:10:4:6:18:10:4 chr22 19808769 . C T 250.21 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0535268;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6019;QD=13.7099;RBI=0.0545623;REFB=-0.0341469;REVB=-0.0105796;RO=39;SAF=23;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2393;STB=0.671409;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0673851;OID=.;OPOS=19808769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:39:43:30:30:0.410959:7:23:22:17:7:23:22:21 chr22 19868218 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00567358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7251;QD=14.0963;RBI=0.0515419;REFB=-0.0198983;REVB=-0.0512287;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0144768;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:6:7:6:5:7:7 chr22 19898886 . C T 372.99 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0292295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3151;QD=17.7612;RBI=0.0293612;REFB=-0.00784356;REVB=0.00277713;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16539;STB=0.592545;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00707708;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:24:15:25:20:24:15:25:20 chr22 19907099 . C A 799.61 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0132649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.007;QD=52.4335;RBI=0.0607826;REFB=-0.0459275;REVB=0.0593175;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229889;STB=0.500625;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00528128;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:61:1:3:56:58:0.95082:36:20:1:0:38:20:1:2 chr22 19907118 . G A 758.8 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0486709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.074;QD=60.7036;RBI=0.0609468;REFB=-0.0859579;REVB=0.0366832;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000670928;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:48:49:0.98:34:14:0:0:34:15:1:0 chr22 19920949 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00463983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.431;QD=11.6671;RBI=0.0361472;REFB=-0.00931108;REVB=0.0358482;RO=26;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361256;STB=0.71398;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0115093;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:10:4:16:10:10:4:16:10 chr22 19921003 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00885566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2847;QD=12.6373;RBI=0.010752;REFB=-0.00863146;REVB=-0.00609773;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290777;STB=0.673286;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0125866;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:10:3:10:11:10:3:10:11 chr22 20103915 . C T 315.64 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00167502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6741;QD=14.1861;RBI=0.0795789;REFB=-0.0162664;REVB=-0.0795613;RO=51;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273054;STB=0.527623;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0791741;OID=.;OPOS=20103915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:53:36:36:0.404494:20:16:24:27:20:16:26:27 chr22 20136379 . C A 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2592;QD=58.056;RBI=0.0873634;REFB=0;REVB=0.0870717;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430481;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr22 20137723 . C T 489.81 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.117;QD=55.9784;RBI=0.0245289;REFB=-0.159857;REVB=0.00201003;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00109018;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:26:8:0:0:26:8:0:1 chr22 20138105 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.031;QD=57.1757;RBI=0.044616;REFB=0;REVB=0.0367104;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65898e-05;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr22 20771144 . A T 681.88 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026009;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.23;QD=60.6119;RBI=0.0260294;REFB=-0.12294;REVB=-0.00103108;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.511623;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00138973;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:23:21:0:0:23:21:1:0 chr22 20784050 . T A 223.5 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0159051;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.052;QD=18.6249;RBI=0.0282248;REFB=-0.000893322;REVB=0.0233167;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14408;STB=0.581324;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.000958;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:8:18:12:10:8:18 chr22 20800835 . A G 810.31 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.203;QD=54.9365;RBI=0.0209138;REFB=-0.0736223;REVB=0.0167241;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00178627;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:25:32:1:0:25:33:1:0 chr22 20847472 . A T 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0111588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.885;QD=21.4742;RBI=0.0125402;REFB=-0.00102972;REVB=0.00572172;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579039;STB=0.531999;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.000812392;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:8:17:19:12:8:17 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 322.66 PASS AF=0.394737,0.421053;AO=15,13;DP=39;FAO=15,16;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=5,0;FSAR=10,16;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00863421,-0.101384;FXX=0.0256345;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=219.843,20.3409;QD=33.9636;RBI=0.0167691,0.196162;REFB=0.000539784,-0.0870176;REVB=0.0143754,0.167932;RO=10;SAF=5,0;SAR=10,13;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263413,-0.837614;STB=0.705618,0.999129;STBP=0.01,0;TYPE=ins,del;VARB=-0.00409656,0.125053;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.394737,0.421053:15,13:39:15,16:38:7:5,0:10,16:7:0:99:10:5,0:10,13:7:3 chr22 20937601 . C T 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00503197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.008;QD=19.9728;RBI=0.0195265;REFB=-0.00052968;REVB=0.018867;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477426;STB=0.527;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00071509;OID=.;OPOS=20937601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:8:12:13:7:8:12 chr22 20940085 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=9;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0233244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4845;QD=19.9283;RBI=0.0591872;REFB=-0.0629957;REVB=0.0543975;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152945;STB=0.586078;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0352782;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:9:12:0.571429:7:2:1:8:9:3:1:8 chr22 21044848 . A T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0100602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.327;QD=18.2512;RBI=0.0219681;REFB=-0.0209213;REVB=-0.0195292;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227272;STB=0.631385;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0169925;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:3:12:9:6:3:12:9:6 chr22 21044917 . G A 53.39 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00826386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.959;QD=7.6276;RBI=0.0444876;REFB=0.00160026;REVB=-0.0437134;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718033;STB=0.545336;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0195303;OID=.;OPOS=21044917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:14:6:2:6:14:6 chr22 21045337 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00366998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.051;QD=12.8607;RBI=0.0271766;REFB=-0.0272094;REVB=-0.0269276;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538351;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0239814;OID=.;OPOS=21045337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:3:4:4:3:3:4:4:4 chr22 21045398 . G T 52.16 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0207783;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.826;QD=13.9103;RBI=0.0259099;REFB=-0.0662341;REVB=-0.0154786;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308464;STB=0.685728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0523573;OID=.;OPOS=21045398;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:3:5:2:5:3:5 chr22 21045405 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00769547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.278;QD=13.631;RBI=0.00781366;REFB=-0.0292254;REVB=-0.00135387;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0388212;OID=.;OPOS=21045405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr22 21066789 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0151558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.507;QD=19.3862;RBI=0.0167114;REFB=-0.0210336;REVB=-0.00704081;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173788;STB=0.598827;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0208723;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:6:14:11:10:6:14:11:10 chr22 21079909 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00208051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.365;QD=17.4014;RBI=0.0130305;REFB=-0.00418878;REVB=0.0128633;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265234;STB=0.650946;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00663625;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:10:3:7:6:10:3 chr22 21141300 . T C 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.019489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.341;QD=13.3674;RBI=0.0194985;REFB=-0.0153888;REVB=0.000606074;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215144;STB=0.624866;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0300976;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:20:11:10:8:20:11 chr22 21167787 . G A 188.33 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0241881;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.693;QD=14.2132;RBI=0.0325366;REFB=-0.00757215;REVB=0.0217616;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592711;STB=0.544462;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0108366;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:31:22:22:0.415094:13:9:14:16:13:9:15:16 chr22 21213416 . A G 230.23 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00713908;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.841;QD=21.9267;RBI=0.00812855;REFB=-0.00813878;REVB=-0.00388676;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388945;STB=0.502181;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00703102;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:11:9:10:12:11:9 chr22 21304408 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0113337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2296;QD=14.7013;RBI=0.0428218;REFB=-0.0176847;REVB=-0.0412947;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152525;STB=0.588097;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0297383;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:4:11:7:5:4:11 chr22 21306743 . A G 92.82 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0184726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5851;QD=11.603;RBI=0.021386;REFB=-0.0278284;REVB=0.0107762;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035838;STB=0.521241;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0282569;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:9:11:7:5:9:11 chr22 21331043 . A T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.971;QD=51.1827;RBI=0.0792009;REFB=0;REVB=0.0726196;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171907;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 21335259 . C A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00686921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.48;QD=13.7844;RBI=0.00739443;REFB=-0.024129;REVB=-0.00273707;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165412;STB=0.509458;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0330888;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:15:8:11:22:15:8:11:22 chr22 21335606 . C T 363.27 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111149;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3207;QD=55.8873;RBI=0.016117;REFB=0;REVB=0.0116711;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031911;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr22 21335611 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.609;QD=56.1916;RBI=0.00594739;REFB=0;REVB=0.00523504;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.443e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr22 21337325 . G A 332.65 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0282417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.884;QD=19.0086;RBI=0.0284533;REFB=-0.0220562;REVB=-0.00346355;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112786;STB=0.573548;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.028391;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:35:35:33:35:0.5:13:20:17:18:13:22:17:18 chr22 21348914 . C T 469.09 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032159;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.984;QD=58.6356;RBI=0.0465515;REFB=0;REVB=0.0336576;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102874;OID=.;OPOS=21348914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr22 21354970 . C G 1039.94 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.916;QD=59.425;RBI=0.0429041;REFB=0;REVB=0.0403715;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08307e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:27:40:0:0:28:42:0:0 chr22 21356824 . G A 1388.38 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00256239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.42;QD=60.3644;RBI=0.0221754;REFB=-0.036347;REVB=0.0220269;RO=2;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185782;STB=0.509802;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0050881;OID=.;OPOS=21356824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:2:2:89:90:0.978261:50:39:0:2:50:40:0:2 chr22 21356892 . AAGAC A 673.73 PASS AF=1;AO=50;DP=58;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072397;FXX=0.0847314;HRUN=3;LEN=4;MLLD=237.827;QD=49.9062;RBI=0.0749921;REFB=0;REVB=0.0195573;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000144962;OID=.;OPOS=21356893;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:58:54:54:0:16:38:0:0:12:0:14:36:0:0 chr22 21356925 . T A 553.0 PASS AF=1;AO=28;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011631;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.9389;QD=56.7177;RBI=0.0338773;REFB=-0.0292206;REVB=0.0318181;RO=6;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00636691;OID=.;OPOS=21356925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:39:6:0:28:39:1:16:12:1:5:23:16:0:0 chr22 21377301 . C A 329.66 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0108238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.634;QD=15.6979;RBI=0.010825;REFB=-0.0131391;REVB=-0.000163145;RO=48;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395612;STB=0.52883;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.019917;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:48:35:36:0.428571:21:14:21:27:22:14:21:27 chr22 21385277 . C T 267.0 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0410792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1053;QD=20.1513;RBI=0.0488625;REFB=-0.0317663;REVB=0.0264584;RO=25;SAF=5;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359253;STB=0.702722;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0280497;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:23:5:13:12:23:5:13:12 chr22 21385843 . G A 158.49 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0314156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4646;QD=18.1134;RBI=0.0507641;REFB=0.00716189;REVB=-0.0398754;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831558;STB=0.515134;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00995057;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:18:16:17:0.485714:7:9:8:9:8:9:9:9 chr22 21386019 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000523952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.96;QD=16.8229;RBI=0.0403987;REFB=-0.0251956;REVB=0.0403953;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00612619;OID=.;OPOS=21386019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr22 21570296 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.106;QD=35.5759;RBI=0.0298493;REFB=0;REVB=-0.0298493;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103097;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr22 21570340 . G A 138.31 PASS AF=0.736842;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.131113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2953;QD=29.1168;RBI=0.131882;REFB=-0.036059;REVB=-0.0142191;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042346;STB=0.50561;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0127556;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:19:5:5:13:14:0.736842:11:2:1:4:11:3:1:4 chr22 21797094 . C G 442.37 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0105154;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=27.5401;QD=45.3712;RBI=0.11681;REFB=-0.114314;REVB=0.116336;RO=5;SAF=16;SAR=18;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784386;STB=0.542144;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0169144;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:39:39:5:5:34:34:0.871795:18:16:4:1:18:16:4:1 chr22 21797099 . CCCGCCG CCCCCCG,CCCCCG,CCCCG,CCCCGCT,CCCG 549.39 PASS AF=0,0.923077,0,0.0769231,0;AO=10,11,6,3,5;DP=38;FAO=0,36,0,3,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0,0,0;FSAR=0,16,0,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.216154,0.216167,0.175047,0.264681,0.0801682;FXX=0;HRUN=1,1,1,1,2;LEN=1,1,2,4,3;MLLD=157.607,161.714,158.963,62.2142,150.38;QD=56.3482;RBI=0.21616,0.21617,0.175048,0.265115,0.0801685;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.00156715,-0.00112155,-0.00052519,0.0151675,0.000242232;RO=0;SAF=0,6,6,0,4;SAR=10,5,0,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp,del;VARB=0,0.00212459,0.0602105,0.135962,0.0157396;OID=.,.,.,.,.;OPOS=21797102,21797102,21797101,21797102,21797100;OREF=G,G,CG,GCCG,CCG;OALT=C,-,-,CGCT,-;OMAPALT=CCCCCCG,CCCCCG,CCCCG,CCCCGCT,CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.923077,0,0.0769231,0:10,11,6,3,5:38:0,36,0,3,0:39:0:0,20,0,0,0:0,16,0,3,0:0:0:8:0:0,6,6,0,4:10,5,0,3,1:0:0 chr22 21800444 . T C,G 957.56 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=62,3;DP=65;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465064,-0.022616;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.91,56.2423;QD=58.0337;RBI=0.0556505,0.0295955;REFB=0,0;REVB=0.0305636,-0.0190894;RO=0;SAF=24,2;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00162074,0.126419;OID=.,.;OPOS=21800444,21800444;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:65:66:0:0:62,3:64,2:0.969697,0.030303:38,1:24,2:0:0:40,0:24,2:0:0 chr22 21801588 . T A 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.191;QD=57.236;RBI=0.0241104;REFB=0;REVB=0.00403308;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93485e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr22 21822725 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5079;QD=63.5811;RBI=0.00908119;REFB=0;REVB=-0.0075856;RO=0;SAF=7;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86471e-05;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:40:7:0:0:40:7:0:0 chr22 21834251 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00877836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.877;QD=21.3769;RBI=0.00977235;REFB=-0.0113331;REVB=-0.0042941;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207035;STB=0.511618;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0128632;OID=.;OPOS=21834251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:10:12:12:11:10:12 chr22 21977936 . GC G 48.78 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.227161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.7658;QD=6.72849;RBI=0.231056;REFB=-0.101445;REVB=-0.0422467;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0.555556;SSEP=0;SSSB=-0.37532;STB=0.75295;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0985707;OID=.;OPOS=21977937;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:11:28:12:29:17:2:10:9:8:48:16:2:9:8:8 chr22 22049783 . C T 544.82 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00681847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.928;QD=22.9398;RBI=0.00954183;REFB=-0.00616244;REVB=-0.00667496;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300418;STB=0.516522;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0054953;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:44:51:51:0.536842:26:25:20:24:26:25:20:24 chr22 22118333 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00344356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.175;QD=12.73;RBI=0.0189677;REFB=-0.00299919;REVB=-0.0186525;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196246;STB=0.615148;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00453621;OID=.;OPOS=22118333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:9:3:4:5:9:3 chr22 22277571 . A C 259.1 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=42;FWDB=-0.0122511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.841;QD=12.3382;RBI=0.0315177;REFB=-0.0127162;REVB=-0.0290392;RO=50;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163054;STB=0.566889;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0259686;OID=.;OPOS=22277571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:53:31:31:0.369048:21:10:10:40:22:9:11:42 chr22 22330082 . T C 167.41 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0197253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.265;QD=23.0913;RBI=0.12133;REFB=-0.0032534;REVB=-0.119716;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136952;STB=0.546504;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00762573;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:29:29:8:12:15:17:0.586207:7:8:6:2:9:8:7:5 chr22 22453513 . C T 232.03 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0355172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.095;QD=14.7323;RBI=0.0423612;REFB=-0.00530319;REVB=-0.0230869;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102296;STB=0.557988;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00948348;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:15:21:13:14:15:21 chr22 22516998 . C T 934.87 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00629535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.119;QD=53.4209;RBI=0.0160644;REFB=-0.139861;REVB=0.0147795;RO=4;SAF=34;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253568;STB=0.506197;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00182655;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:70:70:4:3:66:67:0.957143:32:34:3:1:32:35:2:1 chr22 22517026 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.972;QD=62.022;RBI=0.0236453;REFB=0;REVB=-0.00352086;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24634e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr22 22550450 . C G 510.94 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.042828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6106;QD=24.3307;RBI=0.0486841;REFB=-0.00652945;REVB=0.0231497;RO=35;SAF=25;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504846;STB=0.502981;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00384568;OID=.;OPOS=22550450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:36:48:48:0.571429:23:25:18:17:23:25:19:17 chr22 22550510 . T G 1145.48 PASS AF=0.898876;AO=80;DP=90;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0124918;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.297;QD=51.4822;RBI=0.0127475;REFB=0.0131203;REVB=0.0025403;RO=8;SAF=40;SAR=40;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428817;STB=0.51685;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00180645;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:90:89:8:9:80:80:0.898876:40:40:6:2:40:40:6:3 chr22 22550511 . C G 30.58 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00823358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.5895;QD=1.34432;RBI=0.00826278;REFB=0.00380631;REVB=0.000694098;RO=83;SAF=6;SAR=2;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303214;STB=0.745239;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00336895;OID=.;OPOS=22550511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:83:83:8:8:0.0879121:2:6:40:43:2:6:40:43 chr22 22569448 . T A 250.18 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0118159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3461;QD=19.6223;RBI=0.0543627;REFB=-0.0154367;REVB=-0.0530631;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356249;STB=0.528679;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0143971;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:12:13:12:13:12:14:12:13 chr22 22569554 . C A 209.56 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00192124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2213;QD=19.4943;RBI=0.00665856;REFB=-0.052693;REVB=-0.00637536;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151158;STB=0.585503;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0607753;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:8:13:10:12:8:13:10:12 chr22 22569640 . T G 66.7 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0276521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3399;QD=12.7049;RBI=0.086061;REFB=-0.027194;REVB=0.0814976;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413789;STB=0.687091;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0191485;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:8:9:0.428571:2:6:4:8:3:6:4:8 chr22 22681962 . T C 489.64 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=1.82976e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.555;QD=24.7917;RBI=0.0212635;REFB=-0.00360363;REVB=0.0212635;RO=31;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912932;STB=0.562233;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00278092;OID=.;OPOS=22681962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:33:46:46:0.582278:25:21:18:13:25:21:20:13 chr22 22698027 . A G 629.1 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0317046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.132;QD=57.1906;RBI=0.0404825;REFB=-0.0464221;REVB=-0.0251725;RO=2;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620919;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00971594;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:24:18:1:1:24:18:1:1 chr22 22707275 . C A 771.93 PASS AF=0.605042;AO=69;DP=119;FAO=72;FDP=119;FR=.;FRO=47;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0259451;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.512;QD=25.9474;RBI=0.0284533;REFB=-0.022475;REVB=-0.0116808;RO=46;SAF=42;SAR=27;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237838;STB=0.628895;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0130322;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:46:47:69:72:0.605042:27:42:13:33:27:45:14:33 chr22 22707299 . A C 767.35 PASS AF=0.590164;AO=72;DP=123;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.029427;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9335;QD=25.1591;RBI=0.0294522;REFB=-0.0233678;REVB=-0.00121683;RO=47;SAF=43;SAR=29;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156485;STB=0.597195;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0121239;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:47:50:72:72:0.590164:29:43:18:29:29:43:18:32 chr22 22707309 . C T 201.84 PASS AF=0.242188;AO=31;DP=129;FAO=31;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=0.0239907;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3864;QD=6.30764;RBI=0.0446799;REFB=-0.0102958;REVB=0.0376927;RO=98;SAF=19;SAR=12;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228245;STB=0.642057;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0350158;OID=.;OPOS=22707309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:98:97:31:31:0.242188:12:19:42:56:12:19:41:56 chr22 22707316 . T C 56.57 PASS AF=0.110236;AO=14;DP=124;FAO=14;FDP=127;FR=.;FRO=113;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=-0.0199367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.599;QD=1.78181;RBI=0.0368498;REFB=-0.00927423;REVB=-0.0309908;RO=110;SAF=11;SAR=3;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425175;STB=0.808227;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0671755;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:124:127:110:113:14:14:0.110236:3:11:47:63:3:11:48:65 chr22 22707349 . C A 176.04 PASS AF=0.25;AO=26;DP=104;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.00221343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.708;QD=6.77067;RBI=0.0133792;REFB=-0.0090157;REVB=-0.0131948;RO=78;SAF=13;SAR=13;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159568;STB=0.596083;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0279041;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:78:78:26:26:0.25:13:13:29:49:13:13:29:49 chr22 22707351 . G C 166.51 PASS AF=0.240385;AO=25;DP=104;FAO=25;FDP=104;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.052316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.489;QD=6.40431;RBI=0.0538961;REFB=-0.00721378;REVB=-0.0129546;RO=77;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210195;STB=0.615179;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0170524;OID=.;OPOS=22707351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:79:25:25:0.240385:12:13:27:50:12:13:29:50 chr22 22707361 . T C 101.9 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0519496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9804;QD=4.68499;RBI=0.0615515;REFB=-0.00221577;REVB=-0.0330125;RO=67;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175452;STB=0.583241;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0141019;OID=.;OPOS=22707361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:70:17:17:0.195402:10:7:19:48:10:7:22:48 chr22 22707456 . C T 50.45 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00446626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.637;QD=4.80489;RBI=0.00478152;REFB=-0.00697176;REVB=-0.00170748;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38777;STB=0.749465;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0203155;OID=.;OPOS=22707456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:3:5:10:24:3:5:10:24 chr22 22707473 . C G 164.64 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0501448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5647;QD=13.7199;RBI=0.0667591;REFB=0.00829726;REVB=0.0440712;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185813;STB=0.608572;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0113165;OID=.;OPOS=22707473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:15:15:12:6:15:15 chr22 22707493 . T C 83.4 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0156137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5063;QD=6.29437;RBI=0.024931;REFB=0.000152624;REVB=-0.0194363;RO=41;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276553;STB=0.67471;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00293467;OID=.;OPOS=22707493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:4:8:18:23:4:8:18:23 chr22 22707527 . C T 79.87 PASS AF=0.226415;AO=11;DP=52;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00637352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.718;QD=6.02793;RBI=0.0143262;REFB=-0.0122413;REVB=-0.0128304;RO=41;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295117;STB=0.706985;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0344243;OID=.;OPOS=22707527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:52:53:41:41:11:12:0.226415:4:7:16:25:4:8:16:25 chr22 22707555 . A G 152.85 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0533528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.901;QD=11.9881;RBI=0.0631312;REFB=0.00250341;REVB=0.0337495;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173367;STB=0.601637;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00446249;OID=.;OPOS=22707555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:18:15:11:7:18:15 chr22 22707557 . C G 250.17 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.02889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6253;QD=20.0137;RBI=0.0501997;REFB=-0.0463809;REVB=0.0410533;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073882;STB=0.541632;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0513831;OID=.;OPOS=22707557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:14:12:13:11:14:12 chr22 22707576 . T A 99.91 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00305222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.564;QD=7.40092;RBI=0.00606029;REFB=-0.00459001;REVB=0.00523555;RO=40;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563528;STB=0.534709;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0193181;OID=.;OPOS=22707576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:6:8:21:19:6:8:21:19 chr22 22707597 . A G 51.63 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0116101;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.857;QD=4.91677;RBI=0.0117757;REFB=-0.00741499;REVB=0.00196796;RO=36;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223999;STB=0.670598;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0477413;OID=.;OPOS=22707597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:44:42:36:34:8:8:0.190476:6:2:15:21:6:2:15:19 chr22 22707601 . C T 41.03 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.04424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2635;QD=3.73016;RBI=0.044369;REFB=-0.0300713;REVB=-0.00337974;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400456;STB=0.789759;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0201698;OID=.;OPOS=22707601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:6:1:16:21:6:1:16:21 chr22 22707608 . C A 41.47 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0262845;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.99;QD=3.68647;RBI=0.0267672;REFB=0.000844227;REVB=0.00506075;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241783;STB=0.666223;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00538423;OID=.;OPOS=22707608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:14:24:3:4:14:24 chr22 22707621 . G A 49.9 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0461948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.475;QD=4.53599;RBI=0.0736135;REFB=-0.0113342;REVB=-0.0573148;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868535;STB=0.568015;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0538672;OID=.;OPOS=22707621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:44:35:36:8:8:0.181818:4:4:15:20:4:4:15:21 chr22 22707638 . AG GA 42.91 PASS AF=0.175;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0064643;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=2;MLLD=183.889;QD=4.29133;RBI=0.00684162;REFB=-0.00309318;REVB=-0.00224065;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139864;STB=0.595474;STBP=0.649;TYPE=mnp;VARB=0.0291842;OID=.;OPOS=22707638;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:42:40:33:33:7:7:0.175:3:4:15:18:3:4:15:18 chr22 22707646 . T C 41.83 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0289763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.361;QD=4.29004;RBI=0.0470003;REFB=-0.00435857;REVB=-0.0370055;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125246;STB=0.608391;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.023579;OID=.;OPOS=22707646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:39:30:32:7:7:0.179487:3:4:14:16:3:4:14:18 chr22 22707713 . G T 35.9 PASS AF=0.24;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0263029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.084;QD=5.74404;RBI=0.0266798;REFB=0.00600889;REVB=0.0044684;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331721;STB=0.719408;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0126779;OID=.;OPOS=22707713;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:25:18:19:6:6:0.24:3:3:4:14:3:3:4:15 chr22 22707728 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0381832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.906;QD=5.44286;RBI=0.0407313;REFB=-0.0139787;REVB=0.0141803;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367368;STB=0.730163;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0340998;OID=.;OPOS=22707728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:4:16:3:3:4:16 chr22 22712467 . T G 472.71 PASS AF=0.651515;AO=41;DP=64;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0534935;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.23;QD=28.6489;RBI=0.0561436;REFB=-0.036809;REVB=0.0170455;RO=22;SAF=28;SAR=13;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000820257;STB=0.517233;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0184916;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:22:23:41:43:0.651515:13:28:15:7:15:28:16:7 chr22 22724394 . T C 1433.83 PASS AF=0.962264;AO=101;DP=108;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0520707;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.567;QD=54.1066;RBI=0.0537632;REFB=-0.086036;REVB=0.0133839;RO=3;SAF=61;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154153;STB=0.523805;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000259806;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:108:106:3:4:101:102:0.962264:40:61:1:2:40:62:0:4 chr22 22730359 . C T 194.71 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0308409;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.39;QD=10.8173;RBI=0.0327175;REFB=-0.00766921;REVB=0.0109214;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136187;STB=0.518504;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0144287;OID=.;OPOS=22730359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:47:25:25:0.347222:14:11:19:23:14:11:22:25 chr22 22730595 . T A 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00326949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.356;QD=3.63756;RBI=0.00941409;REFB=0.00150666;REVB=0.00882811;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435407;STB=0.803858;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00881392;OID=.;OPOS=22730595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:36:38:7:7:0.155556:5:2:24:12:5:2:26:12 chr22 22730619 . TC AT 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0382037;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.289;QD=7.78045;RBI=0.0387881;REFB=-0.0146696;REVB=0.00670801;RO=44;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224132;STB=0.634137;STBP=0.199;TYPE=mnp;VARB=0.0397327;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:9:8:29:15:9:8:29:15 chr22 22730634 . G A 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0106944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0808;QD=7.78029;RBI=0.0361541;REFB=0.0149292;REVB=0.0345362;RO=44;SAF=14;SAR=3;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449909;STB=0.775768;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0333462;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:3:14:21:23:3:14:21:23 chr22 22730696 . C T 217.32 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0550284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4938;QD=9.5525;RBI=0.0582159;REFB=-0.00459144;REVB=-0.0189994;RO=62;SAF=10;SAR=18;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260676;STB=0.657742;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00948095;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:63:28:28:0.307692:18:10:36:26:18:10:37:26 chr22 22730702 . A G 282.63 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0134429;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.608;QD=12.2884;RBI=0.0153994;REFB=-0.00155505;REVB=-0.007512;RO=58;SAF=11;SAR=22;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281225;STB=0.676153;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00169115;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:58:59:33:33:0.358696:22:11:34:24:22:11:36:23 chr22 22730787 . GG AA,GA 197.93 PASS AF=0.315068,0.0410959;AO=23,3;DP=73;FAO=23,3;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=8,1;FSAR=15,2;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00445882,-0.0181801;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=95.343,48.1511;QD=10.8455;RBI=0.0102976,0.0251684;REFB=0.00761623,0.0109087;REVB=-0.00928224,-0.017405;RO=46;SAF=8,1;SAR=15,2;SRF=27;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.271181,-0.233988;STB=0.664882,0.73274;STBP=0.063,0.499;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0122939,-0.00560987;OID=.,.;OPOS=22730787,22730788;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:23,3:23,3:0.315068,0.0410959:15,2:8,1:27:19:15,2:8,1:28:19 chr22 22730799 . GA CC 150.66 PASS AF=0.327869;AO=18;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00621998;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=167.097;QD=9.87922;RBI=0.00780123;REFB=-0.00373022;REVB=0.00470862;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200392;STB=0.664853;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=0.00676974;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:40:18:20:0.327869:13:5:13:16:13:7:24:16 chr22 22730829 . G A 74.4 PASS AF=0.234043;AO=10;DP=45;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0250967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5296;QD=6.33191;RBI=0.0260269;REFB=0.00849325;REVB=0.00689596;RO=35;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271785;STB=0.683889;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0312402;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:45:47:35:36:10:11:0.234043:6:4:22:13:7:4:22:14 chr22 22782150 . G A 244.33 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0034196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.978;QD=17.4521;RBI=0.0172941;REFB=-0.00205215;REVB=-0.0169526;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285789;STB=0.659681;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00298148;OID=.;OPOS=22782150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:16:11:21:8:16:11:21:8 chr22 22786392 . G T 406.92 PASS AF=0.6;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0339511;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6804;QD=25.0414;RBI=0.0375382;REFB=0.00934982;REVB=0.0160138;RO=26;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472594;STB=0.531085;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00333224;OID=.;OPOS=22786392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:26:26:38:39:0.6:21:17:10:16:21:18:10:16 chr22 22842206 . T C 200.89 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00198879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.766;QD=15.1614;RBI=0.00792659;REFB=0.00114719;REVB=0.00767304;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269023;STB=0.652604;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00192758;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:14:9:20:10:14:9:20:10 chr22 22842957 . T G 423.1 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00937778;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.005;QD=18.1979;RBI=0.0138992;REFB=-0.00428043;REVB=-0.0102589;RO=47;SAF=14;SAR=29;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122828;STB=0.566743;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00586128;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:50:43:43:0.462366:29:14:21:26:29:14:22:28 chr22 22843118 . C T 171.08 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0353425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.266;QD=17.1077;RBI=0.0355492;REFB=-0.0164847;REVB=0.00382799;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299457;STB=0.680025;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0194802;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:12:5:13:9:13:5:13:9 chr22 22899234 . A G 339.94 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0137397;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.67;QD=23.0468;RBI=0.0293816;REFB=-0.0391574;REVB=-0.0259711;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04144;STB=0.522808;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0194374;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:25:25:34:34:0.576271:14:20:16:9:14:20:16:9 chr22 22986606 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.705;QD=35.5759;RBI=0.0397926;REFB=0;REVB=-0.0337792;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337808;OID=.;OPOS=22986606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr22 22986764 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.002;QD=39.2068;RBI=0.0512357;REFB=0;REVB=0.0304481;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239316;OID=.;OPOS=22986764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr22 22989256 . A G 288.89 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.393;QD=52.5246;RBI=0.0271497;REFB=0;REVB=-0.0240999;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38434e-05;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr22 22989270 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00618618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.378;QD=14.1699;RBI=0.0301031;REFB=-0.00642921;REVB=-0.0294606;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00502223;OID=.;OPOS=22989270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:6:6:5:5:6:6 chr22 22989281 . T C 78.67 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0164171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.909;QD=14.9838;RBI=0.0172823;REFB=-0.0218009;REVB=0.00539972;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0205443;OID=.;OPOS=22989281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:5:6:5:5:5:6 chr22 22989520 . G T 208.01 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0166703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1741;QD=15.4078;RBI=0.0198354;REFB=0.00998798;REVB=0.0107491;RO=30;SAF=20;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236457;STB=0.636235;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0168454;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:4:20:20:10:4:20:20:10 chr22 22989622 . T C 120.42 PASS AF=0.301887;AO=17;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.121192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1017;QD=9.08814;RBI=0.121347;REFB=-0.00506258;REVB=0.0061435;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968805;STB=0.528267;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0294223;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:17:16:0.301887:8:9:16:20:8:8:17:20 chr22 23029263 . T C 1231.06 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.090593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8303;QD=58.6219;RBI=0.0936832;REFB=0.00275172;REVB=-0.0238634;RO=1;SAF=42;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111424;STB=0.500582;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00134409;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:84:1:2:82:82:0.97619:40:42:1:0:39:43:1:1 chr22 23029698 . T C 415.29 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570248;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.208;QD=57.2806;RBI=0.0255721;REFB=0;REVB=0.0249281;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20494e-05;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr22 23047069 . C A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0077686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.042;QD=22.9824;RBI=0.00859712;REFB=-0.030077;REVB=0.0036823;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159844;STB=0.589401;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0252083;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:10:12:9:16:10:12 chr22 23047104 . G A 201.1 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0206998;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.7123;QD=12.0062;RBI=0.0210364;REFB=-0.0164129;REVB=0.00374802;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470914;STB=0.507853;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0149398;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:42:25:25:0.373134:11:14:18:17:11:14:23:19 chr22 23047144 . C T 322.64 PASS AF=0.448718;AO=33;DP=75;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00165145;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.763;QD=16.5458;RBI=0.0137571;REFB=-0.0165929;REVB=0.0136576;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439658;STB=0.523796;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0232545;OID=.;OPOS=23047144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:42:43:33:35:0.448718:14:19:24:18:14:21:24:19 chr22 23047290 . G A 865.22 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0259552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0175;QD=53.2441;RBI=0.0617335;REFB=-0.144804;REVB=0.0560121;RO=1;SAF=33;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140928;STB=0.506232;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00789192;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:1:3:62:62:0.953846:29:33:1:0:29:33:2:1 chr22 23054916 . G T 93.73 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0413322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.79;QD=10.1329;RBI=0.0505616;REFB=-0.00448703;REVB=-0.0291225;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481035;STB=0.539841;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.02168;OID=.;OPOS=23054916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:24:25:12:12:0.324324:7:5:9:15:7:5:9:16 chr22 23055421 . G A 696.25 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.111;QD=60.5433;RBI=0.0221822;REFB=-0.17434;REVB=0.0135267;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000797084;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:46:1:1:44:45:0.978261:23:21:0:1:24:21:0:1 chr22 23055440 . C A 632.5 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.476;QD=61.7077;RBI=0.0573988;REFB=0;REVB=0.0372738;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277699;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr22 23055533 . G A 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.376;QD=63.1951;RBI=0.0125639;REFB=0;REVB=0.0113619;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00004e-05;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:56:36:0:0:56:36:0:0 chr22 23055539 . G T 1475.26 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2841;QD=62.1164;RBI=0.0348681;REFB=-0.103975;REVB=0.00204486;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00556517;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:58:36:0:0:58:36:1:0 chr22 23063178 . C T 176.47 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0252842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6482;QD=13.3188;RBI=0.0334174;REFB=-0.0406762;REVB=0.0218503;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662365;STB=0.503813;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0736068;OID=.;OPOS=23063178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:20:12:8:13:20:12 chr22 23077555 . T C 727.22 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.537;QD=63.2368;RBI=0.0493973;REFB=0;REVB=0.0491213;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293245;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:16:28:0:0:16:30:0:0 chr22 23089941 . ACT A 303.35 PASS AF=0.574074;AO=29;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0121918;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.699;QD=22.4701;RBI=0.0125541;REFB=-0.0271049;REVB=0.00299449;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846746;STB=0.548356;STBP=0.431;TYPE=del;VARB=0.014228;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574074:29:55:31:54:23:14:17:13:10:99:21:12:17:11:10 chr22 23101216 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.017;QD=49.5992;RBI=0.0128584;REFB=0;REVB=-0.000188551;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50097e-05;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr22 23101221 . A G 227.53 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415321;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.83;QD=50.5617;RBI=0.0586355;REFB=0;REVB=0.0413909;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021157;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr22 23101247 . GC AT 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00805808;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.3;QD=11.6341;RBI=0.0288182;REFB=-0.00767676;REVB=0.0276687;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015192;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=mnp;VARB=0.0101936;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:11:5:3:7:11:5 chr22 23101280 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.554;QD=58.1399;RBI=0.0261709;REFB=0;REVB=0.0163784;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164616;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr22 23101301 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.159;QD=59.8394;RBI=0.011057;REFB=0;REVB=0.0100175;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82628e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr22 23101523 . G A 631.2 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0133628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.609;QD=17.7802;RBI=0.016041;REFB=-0.016927;REVB=-0.00887409;RO=75;SAF=20;SAR=45;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140281;STB=0.579927;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0212475;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:77:65:65:0.457746:45:20:33:42:45:20:34:43 chr22 23101559 . G T 1709.63 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00326887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.956;QD=57.9536;RBI=0.00715101;REFB=-0.0497875;REVB=-0.00636015;RO=3;SAF=40;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168603;STB=0.502713;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000866519;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:118:118:3:2:115:116:0.983051:75:40:2:1:75:41:1:1 chr22 23101568 . T G 540.25 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0041386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.756;QD=18.0082;RBI=0.00568726;REFB=-0.0070375;REVB=-0.00390089;RO=63;SAF=18;SAR=39;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526879;STB=0.529284;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00738292;OID=.;OPOS=23101568;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:39:18:23:40:39:18:23:40 chr22 23101698 . C T 169.02 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0226783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.863;QD=12.0725;RBI=0.0236601;REFB=-0.0212011;REVB=-0.0067453;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365853;STB=0.68403;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0336124;OID=.;OPOS=23101698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:15:5:20:15:15:6:20:15 chr22 23114327 . T C 429.21 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464323;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.161;QD=55.3826;RBI=0.0464776;REFB=-0.0382198;REVB=-0.00205168;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151248;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:11:20:0:0 chr22 23114350 . A G 278.06 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486091;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.265;QD=52.9628;RBI=0.050971;REFB=0;REVB=-0.0153361;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012606;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:21:0:0:22:21:1:11:11:0:0:11:10:0:0 chr22 23114993 . G A 718.73 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=132;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0033881;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.688;QD=22.2863;RBI=0.00757406;REFB=-0.0173639;REVB=0.00677401;RO=58;SAF=35;SAR=34;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491497;STB=0.534341;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0143818;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:129:58:60:69:69:0.534884:34:35:26:32:34:35:26:34 chr22 23161646 . A G 172.33 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0394354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.152;QD=18.1398;RBI=0.0398875;REFB=-0.0227481;REVB=-0.00598855;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209548;STB=0.592487;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0261978;OID=.;OPOS=23161646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:12:5:10:10:12:6:10:10 chr22 23241705 . G A 93.06 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0391317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4961;QD=18.613;RBI=0.0391966;REFB=-0.0232876;REVB=0.00225564;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.713979;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0233303;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:20:20:0:9:11:11:0.55:5:6:0:0:5:6:9:0 chr22 23241751 . GCT CTA,GCTA,GCTAG,GTA 497.36 PASS AF=0,0.972973,0.027027,0;AO=4,22,4,4;DP=37;FAO=0,36,1,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0,0;FSAR=0,17,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000299212,-0.000634947,-0.00159609,0.000897529;FXX=0.0263089;HRUN=4,0,0,1;LEN=3,1,2,2;MLLD=114.942,128.662,118.05,90.7803;QD=53.7689;RBI=0.0165844,0.0469078,0.0535761,0.0451092;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0165817,0.0469035,0.0535523,-0.0451003;RO=1;SAF=1,17,1,0;SAR=3,5,3,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.119989,0.0837163,0.119989,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,ins,mnp;VARB=0.0710412,-0.00154778,0.0467306,0.0144474;OID=.,.,.,.;OPOS=23241751,23241754,23241754,23241752;OREF=GCT,-,-,CT;OALT=CTA,A,AG,TA;OMAPALT=CTA,GCTA,GCTAG,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:37:37:1:0:4,22,4,4:0,36,1,0:0,0.972973,0.027027,0:3,5,3,4:1,17,1,0:0:1:0,17,1,0:0,19,0,0:0:0 chr22 23247082 . C G 1641.12 PASS AF=0.705882;AO=137;DP=199;FAO=144;FDP=204;FR=.;FRO=60;FSAF=95;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=0.00403074;FXX=0.00487781;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.3685;QD=32.1788;RBI=0.0084208;REFB=-0.0409204;REVB=0.00739344;RO=60;SAF=88;SAR=49;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466951;STB=0.518874;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0210535;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:204:60:60:137:144:0.705882:49:88:43:17:49:95:43:17 chr22 23248758 . G A 112.73 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00117002;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.687;QD=10.0204;RBI=0.00183398;REFB=-0.0169778;REVB=0.00141228;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00552001;STB=0.545388;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0352294;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:6:8:17:13:5:9:18:13 chr22 23256464 . G C 1884.23 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6563;QD=61.2759;RBI=0.0603063;REFB=0;REVB=-0.00122326;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329232;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:123:0:0:120:123:1:65:55:0:0:66:57:0:0 chr22 23263602 . C T 1484.25 PASS AF=0.983333;AO=63;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0191757;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.679;QD=49.4749;RBI=0.102607;REFB=-0.247564;REVB=0.100799;RO=0;SAF=46;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30331e-08;STB=0.510415;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00555052;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:121:120:0:2:63:118:0.983333:17:46:0:0:71:47:2:0 chr22 23438191 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0240936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.358;QD=11.8297;RBI=0.0461371;REFB=-0.037358;REVB=0.0393463;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199273;STB=0.619488;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0638734;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:10:8:3:8:10:8 chr22 23466388 . G GTT,T 109.83 PASS AF=0.36,0.2;AO=5,4;DP=26;FAO=9,5;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8,1;FSAR=1,4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.11547,0.00161806;FXX=0.0384468;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=21.9631,182.562;QD=17.5729;RBI=0.286715,0.0224337;REFB=-0.103494,-0.0133064;REVB=0.262435,0.0223753;RO=14;SAF=5,2;SAR=0,2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.677099,-0.161868;STB=0.77345,0.755664;STBP=0.065,0.215;TYPE=ins,snp;VARB=0.0086511,0.0375726;OID=.,.;OPOS=23466389,23466388;OREF=-,G;OALT=TT,T;OMAPALT=GTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:25:14:11:5,4:9,5:0.36,0.2:0,2:5,2:9:5:1,4:8,1:6:5 chr22 23474972 . A G 142.61 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0236214;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5921;QD=8.26716;RBI=0.0236823;REFB=0.000483625;REVB=-0.00169781;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16715;STB=0.599615;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00147082;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:49:49:20:20:0.289855:9:11:20:29:9:11:20:29 chr22 23482460 . A G 191.32 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0310633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3695;QD=9.4478;RBI=0.0312072;REFB=-0.0112585;REVB=-0.00299258;RO=54;SAF=19;SAR=6;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327411;STB=0.695954;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0250047;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:56:25:25:0.308642:6:19:27:27:6:19:28:28 chr22 23503121 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0115812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.761;QD=17.542;RBI=0.017192;REFB=0.00550909;REVB=0.012706;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286222;STB=0.664884;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00537555;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:4:11:7:9:4:11:7:9 chr22 23503170 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00465904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.94;QD=22.3411;RBI=0.0529435;REFB=-0.0287694;REVB=-0.0527381;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233972;STB=0.638141;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0452411;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:11:6:9:5:12:6:9:5 chr22 23503205 . G C 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0038562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.668;QD=16.6276;RBI=0.0245966;REFB=-0.0107426;REVB=0.0242924;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449157;STB=0.763427;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0151732;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:11:2:8:6:11:2:8:6 chr22 23504862 . C T 111.43 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00245613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.008;QD=15.9187;RBI=0.0134006;REFB=-0.0400176;REVB=0.0131736;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349123;STB=0.680587;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0419707;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:5:8:3:11:5:8:4:11 chr22 23504916 . G A 191.57 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0167097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.77;QD=12.9878;RBI=0.0185718;REFB=-0.00805517;REVB=0.00810522;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205552;STB=0.616364;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0242059;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:23:24:0.40678:11:12:11:23:11:13:12:23 chr22 23504959 . C T 255.59 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0126051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.62;QD=13.2772;RBI=0.0336596;REFB=-0.0192591;REVB=0.0312103;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181184;STB=0.616364;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0243204;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:47:29:30:0.38961:14:15:16:30:14:16:16:31 chr22 23513128 . C G 410.47 PASS AF=0.401639;AO=48;DP=122;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00512985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0322;QD=13.4581;RBI=0.012012;REFB=-0.0192612;REVB=-0.0108616;RO=71;SAF=16;SAR=32;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545368;STB=0.546539;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0242906;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:73:48:49:0.401639:32:16:27:44:33:16:29:44 chr22 23513523 . A C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2903;QD=53.9057;RBI=0.0608489;REFB=0;REVB=0.0477239;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20193e-05;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr22 23523630 . C A 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0199262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.678;QD=28.0291;RBI=0.0425086;REFB=-0.0254215;REVB=0.037549;RO=17;SAF=21;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131241;STB=0.507241;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0319352;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:6:21:13:4:6:21:13:4 chr22 23541488 . C T 312.09 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0065557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.203;QD=29.7225;RBI=0.0147873;REFB=-0.0117698;REVB=0.0132547;RO=15;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293365;STB=0.516117;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0058368;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:12:15:9:6:12:15:9:6 chr22 23585132 . A G 225.23 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0233045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.28;QD=15.2698;RBI=0.0246444;REFB=-0.0166099;REVB=-0.0080153;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382838;STB=0.714491;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0264528;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:7:26:10:16:7:26 chr22 23627369 . A G 770.57 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.376;QD=55.0409;RBI=0.0511009;REFB=-0.123391;REVB=0.0143019;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.506022;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00106683;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:41:14:0:0:41:14:0:1 chr22 23962744 . T TTTC 155.21 PASS AF=0.4;AO=15;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0180939;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=256.11;QD=13.796;RBI=0.0196406;REFB=-0.0160641;REVB=0.00763956;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223614;STB=0.571347;STBP=0.433;TYPE=ins;VARB=0.0264934;OID=.;OPOS=23962745;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:15:46:18:45:27:12:6:15:12:99:29:11:4:16:13 chr22 24034288 . A G 224.45 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00667142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9753;QD=15.4795;RBI=0.0234297;REFB=-0.0010648;REVB=0.0224598;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155806;STB=0.593596;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00469312;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:29:32:24:26:0.448276:13:11:18:11:15:11:19:13 chr22 24035970 . C T 274.5 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.054653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.196;QD=19.9636;RBI=0.0550174;REFB=-0.0300788;REVB=-0.00632166;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112359;STB=0.562457;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0268434;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:14:15:10:16:14:15:10:16 chr22 24038847 . T C 186.05 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0425109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9908;QD=18.1515;RBI=0.0463651;REFB=-0.00264696;REVB=0.0185081;RO=18;SAF=15;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371427;STB=0.697456;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0614301;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:18:21:18:20:0.487805:3:15:9:9:4:16:10:11 chr22 24086107 . A G 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00916699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.047;QD=12.2154;RBI=0.0537623;REFB=-0.00608151;REVB=-0.052975;RO=27;SAF=2;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365982;STB=0.721869;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0146678;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:13:2:10:17:13:2:10:17 chr22 24143502 . C G 296.41 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.046;QD=49.4009;RBI=0.0263319;REFB=-0.0604128;REVB=0.0130685;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555504;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000496653;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:19:4:0:0:19:4:1:0 chr22 24158899 . C A 327.34 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362939;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.356;QD=54.5564;RBI=0.0307587;REFB=0;REVB=-0.0305438;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328744;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr22 24180581 . G C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00842193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4446;QD=8.25427;RBI=0.0206025;REFB=0.0116964;REVB=0.0188025;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.610759;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0187517;OID=.;OPOS=24180581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:4:8:3:3:4:8 chr22 24459438 . T C 1675.18 PASS AF=0.99115;AO=104;DP=106;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0688494;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5531;QD=59.2983;RBI=0.075982;REFB=-0.130286;REVB=0.0321408;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504504;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000993668;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:113:1:1:104:112:0.99115:52:52:0:1:55:57:0:1 chr22 24535243 . TTA T,TTT 261.83 PASS AF=0.6875,0;AO=7,15;DP=50;FAO=33,0;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0;FSAR=29,0;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.213449,0.169375;FXX=0.020404;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.3401,10.9125;QD=21.8193;RBI=0.24736,0.169889;REFB=-0.106966,-0.00689967;REVB=0.125006,0.0132012;RO=22;SAF=2,0;SAR=5,15;SRF=3;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.254577,-0.767698;STB=0.508767,0.5;STBP=0.945,1;TYPE=del,snp;VARB=0.062086,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875,0:7,15:50:33,0:48:15:4,0:29,0:2:13:99:22:2,0:5,15:3:19 chr22 24579049 . G A 153.48 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.000551375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.927;QD=8.89708;RBI=0.00857113;REFB=-0.00574487;REVB=0.00855338;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702845;STB=0.541627;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0121617;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:10:11:28:20:10:11:28:20 chr22 24579157 . GA TC 89.0 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0070927;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=2;MLLD=237.954;QD=4.68432;RBI=0.0200386;REFB=-0.00615022;REVB=-0.0187414;RO=61;SAF=7;SAR=8;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133488;STB=0.585254;STBP=0.511;TYPE=mnp;VARB=0.0265791;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:77:76:61:61:15:15:0.197368:8:7:35:26:8:7:35:26 chr22 24717518 . G A 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00258036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.23;QD=25.287;RBI=0.132611;REFB=-0.00166828;REVB=-0.132585;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106158;STB=0.571347;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00122661;OID=.;OPOS=24717518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:8:9:16:16:0.64:4:12:7:1:4:12:8:1 chr22 24717850 . A G 239.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.665;QD=50.3342;RBI=0.0169171;REFB=0;REVB=0.0168092;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126885;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr22 24761464 . G GA 208.64 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131692;FXX=0.281979;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8234;QD=29.8058;RBI=0.152639;REFB=-0.0394485;REVB=0.0771744;RO=34;SAF=4;SAR=0;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00415779;OID=.;OPOS=24761465;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:38:28:28:0:22:6:0:0:4:34:4:0:18:16 chr22 24761467 . G A 593.68 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.951;QD=60.8901;RBI=0.0704318;REFB=0;REVB=0.0522254;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545892;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:15:22:0:0:16:23:0:0 chr22 24811667 . G A 223.59 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0439462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.276;QD=26.3052;RBI=0.0551601;REFB=-0.0230567;REVB=0.0333371;RO=13;SAF=16;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342186;STB=0.691163;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0112957;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:5:16:4:9:5:16:4:9 chr22 24837301 . T C 838.99 PASS AF=0.49711;AO=84;DP=173;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.010637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.923;QD=19.3987;RBI=0.0147019;REFB=-0.0178924;REVB=-0.0101488;RO=87;SAF=47;SAR=37;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123688;STB=0.572582;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0129704;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:87:84:86:0.49711:37:47:37:50:37:49:37:50 chr22 24898310 . C T 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00729225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0479;QD=13.0349;RBI=0.0347493;REFB=-0.0186262;REVB=-0.0339755;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524461;STB=0.539956;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0204075;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:9:9:14:17:9:9:14:18 chr22 24964128 . T C 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.94;QD=60.2263;RBI=0.0188843;REFB=0;REVB=0.0152923;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90155e-05;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr22 25003922 . G A 339.76 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0377078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.108;QD=17.8822;RBI=0.0471985;REFB=-0.029302;REVB=0.028387;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853826;STB=0.553906;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0217127;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:36:36:0.473684:17:19:17:22:17:19:17:23 chr22 25003934 . G A 126.07 PASS AF=0.271429;AO=20;DP=71;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0114792;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.853;QD=7.20421;RBI=0.0128617;REFB=-0.0174889;REVB=-0.005801;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248221;STB=0.632509;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0357583;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:50:51:20:19:0.271429:14:6:25:25:13:6:25:26 chr22 25145453 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00565889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.907;QD=18.8272;RBI=0.0471142;REFB=-0.0377764;REVB=-0.0467732;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155711;STB=0.5999;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0299878;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:8:12:9:12:8:12:9:13 chr22 25264776 . G A 166.46 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0103589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.955;QD=14.4745;RBI=0.0300202;REFB=-0.00525368;REVB=0.0281763;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145054;STB=0.597979;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00649054;OID=.;OPOS=25264776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:9:8:17:11:10:8:17:11 chr22 25291182 . TTTC T 45.01 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.052459;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=181.138;QD=8.57355;RBI=0.05628;REFB=-0.0275886;REVB=-0.0203835;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885977;STB=0.555391;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=0.0335103;OID=.;OPOS=25291183;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:2:5:5:9:45:14:2:5:5:9 chr22 25294369 . G A 64.41 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0702562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8935;QD=9.90881;RBI=0.0751409;REFB=-0.00208858;REVB=0.02665;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00096459;OID=.;OPOS=25294369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:7:10:6:3:7:10 chr22 25294376 . C T 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0411267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2565;QD=11.1305;RBI=0.0523906;REFB=-0.00489578;REVB=-0.0324556;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129954;STB=0.578349;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00869883;OID=.;OPOS=25294376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:7:10:7:3:7:10 chr22 25425282 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0297232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4539;QD=13.6309;RBI=0.0373615;REFB=0.0189336;REVB=-0.0226366;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32619;STB=0.713922;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0769603;OID=.;OPOS=25425282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:9:8:8:0.470588:6:2:0:7:6:2:0:9 chr22 25425403 . T C 126.65 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0271002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4315;QD=19.4851;RBI=0.0648809;REFB=-0.0276459;REVB=-0.0589501;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0147644;OID=.;OPOS=25425403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:6:6:6:8:6:6 chr22 25425439 . A C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.111602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.183;QD=15.293;RBI=0.112696;REFB=-0.00667139;REVB=-0.0156639;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321841;STB=0.679722;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00625354;OID=.;OPOS=25425439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:0:9:8:1:0:9 chr22 25436904 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.48;QD=55.0981;RBI=0.0235926;REFB=0;REVB=0.0107395;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86391e-05;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr22 25570273 . G A 699.61 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417149;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7237;QD=55.9688;RBI=0.0125697;REFB=0;REVB=-0.0118573;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021672;OID=.;OPOS=25570273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr22 25577688 . G A 165.64 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0268266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.765;QD=14.4036;RBI=0.0427307;REFB=-0.00502198;REVB=0.0332603;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585465;STB=0.533943;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0103949;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:14:14:8:10:14:14 chr22 25577733 . T C 106.28 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00970172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.791;QD=11.8089;RBI=0.0118827;REFB=-0.000640075;REVB=0.0068612;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180844;STB=0.510713;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00111017;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:11:12:7:6:11:12 chr22 25601196 . C G 766.25 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3831;QD=63.854;RBI=0.0526085;REFB=0;REVB=0.0367226;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15317e-05;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr22 25714218 . A T 88.33 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0188142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.82;QD=10.3916;RBI=0.0500085;REFB=-0.0132882;REVB=0.0463344;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485978;STB=0.810349;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0322343;OID=.;OPOS=25714218;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:33:34:20:22:11:12:0.352941:8:3:15:5:9:3:17:5 chr22 25715909 . CAA CA,CAC,CCA 677.16 PASS AF=0.901408,0.056338,0;AO=11,4,4;DP=68;FAO=64,4,0;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=44,0,0;FSAR=20,4,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.848626,0.131,0.444404;FXX=0.013887;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=14.3419,155.891,7.98824;QD=38.1499;RBI=0.849586,0.139943,0.445233;REFB=-0.0423634,-0.0257051,-0.0469707;REVB=0.0403756,-0.0492269,0.0271554;RO=45;SAF=1,0,0;SAR=10,4,4;SRF=41;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.805132,-0.802005,-0.802005;STB=0.534873,0.5,0.5;STBP=0.019,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0310471,0.0842991,0.0731037;OID=.,.,.;OPOS=25715910,25715911,25715910;OREF=A,A,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=CA,CAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.901408,0.056338,0:11,4,4:68:64,4,0:71:3:44,0,0:20,4,0:0:3:15:45:1,0,0:10,4,4:41:4 chr22 25753231 . G A 417.82 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.000754897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.939;QD=19.8962;RBI=0.0221457;REFB=-0.0104025;REVB=0.0221329;RO=39;SAF=27;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226858;STB=0.631786;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0264169;OID=.;OPOS=25753231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:42:42:42:0.5:15:27:15:24:15:27:16:26 chr22 26159289 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286669;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.117;QD=53.9112;RBI=0.029952;REFB=0;REVB=0.00867926;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06514e-05;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr22 26164079 . C T 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.505;QD=43.0151;RBI=0.0368561;REFB=-0.00409193;REVB=-0.0332289;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000346698;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr22 26164413 . C T 128.68 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.164701;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=34.5065;QD=16.0852;RBI=0.164846;REFB=-0.0546576;REVB=-0.0069191;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146539;STB=0.594477;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0681909;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:9:6:4:12:9:6:4:13 chr22 26166900 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.689;QD=62.9828;RBI=0.0286216;REFB=0;REVB=0.0195778;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3427e-05;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr22 26173661 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.171;QD=57.6806;RBI=0.0569859;REFB=0;REVB=0.0420588;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66844e-06;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr22 26193982 . C G 345.53 PASS AF=0.545455;AO=34;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0198661;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.953;QD=20.9413;RBI=0.0198663;REFB=-0.0273188;REVB=-0.000100075;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233923;STB=0.614556;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.031724;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:30:34:36:0.545455:14:20:7:18:16:20:9:21 chr22 26194045 . T C 213.5 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00742471;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.847;QD=19.4093;RBI=0.018545;REFB=-0.0421032;REVB=-0.0169938;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178614;STB=0.599914;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0242919;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:4:19:14:7:4:19 chr22 26239850 . C A 237.89 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2722;QD=50.0817;RBI=0.00700319;REFB=0;REVB=-0.00325496;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125758;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:14:5:0:0 chr22 26247456 . G A 323.89 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.017549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.641;QD=22.3372;RBI=0.0241575;REFB=-0.0242732;REVB=-0.0166018;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129534;STB=0.575712;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0195517;OID=.;OPOS=26247456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:25:32:33:0.568966:18:14:14:9:19:14:15:10 chr22 26422454 . T C 315.96 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0215641;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.424;QD=20.0609;RBI=0.0237657;REFB=-0.0123589;REVB=0.00998977;RO=29;SAF=22;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21976;STB=0.615313;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0101766;OID=.;OPOS=26422454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:11:22:12:17:11:22:13:17 chr22 26422980 . A G 423.37 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0155452;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.906;QD=16.7671;RBI=0.0173715;REFB=-0.00700716;REVB=-0.00775342;RO=55;SAF=25;SAR=20;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116936;STB=0.570047;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0070928;OID=.;OPOS=26422980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:45:46:0.455446:20:25:24:31:20:26:24:31 chr22 26692935 . C G 517.68 PASS AF=0.448;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0223674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.858;QD=16.5658;RBI=0.0282435;REFB=-0.00746756;REVB=0.017245;RO=65;SAF=18;SAR=38;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189884;STB=0.623835;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0148865;OID=.;OPOS=26692935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:69:56:56:0.448:38:18:33:32:38:18:37:32 chr22 26853905 . C A 569.94 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219266;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.886;QD=58.4553;RBI=0.0221033;REFB=-0.0575131;REVB=0.00278949;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75949e-05;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:39:1:0:38:39:1:25:13:1:0:25:14:0:0 chr22 26854441 . G A 490.04 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.723;QD=56.0043;RBI=0.0312899;REFB=-0.0297462;REVB=0.0274065;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0018916;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:0:1:22:12:0:1 chr22 26859942 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.91;QD=56.1915;RBI=0.0219343;REFB=0;REVB=0.0175796;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58837e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr22 26860269 . G C 283.0 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00852447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6844;QD=19.8599;RBI=0.0236148;REFB=-0.0445927;REVB=0.0220226;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441809;STB=0.524574;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0233807;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:13:14:14:16:13:14 chr22 26862041 . G A 234.7 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00655355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7707;QD=15.3901;RBI=0.00924817;REFB=-0.0024428;REVB=0.00652531;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747963;STB=0.522517;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00769307;OID=.;OPOS=26862041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:34:26:27:0.442623:13:13:19:14:13:14:19:15 chr22 26862212 . T C 586.88 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.066;QD=60.1923;RBI=0.0256918;REFB=0;REVB=0.0149991;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46703e-05;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:18:21:0:0 chr22 26879967 . A G 42.73 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.656;QD=24.4157;RBI=0.0462743;REFB=-0.0182115;REVB=0.0422203;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00542951;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr22 26884039 . G A 689.37 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0208069;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.697;QD=58.6701;RBI=0.0208474;REFB=0.0163391;REVB=-0.00129918;RO=2;SAF=28;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323923;STB=0.517234;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000537735;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:17:28:2:0:17:28:2:0 chr22 26895337 . G A 530.0 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.746;QD=57.2971;RBI=0.0454805;REFB=-0.125283;REVB=0.0282186;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193622;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:37:0:0:35:37:1:16:19:0:0:18:19:0:0 chr22 26936766 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0172863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.901;QD=17.8006;RBI=0.0173031;REFB=-0.00425721;REVB=0.000761682;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348872;STB=0.684039;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00524115;OID=.;OPOS=26936766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:8:12:5:18:8:12:6:18 chr22 26937327 . C G 556.58 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.974;QD=60.1712;RBI=0.0564227;REFB=0;REVB=0.0444623;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113411;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr22 27012203 . TGGGGC TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG 261.3 PASS AF=0,1,0,0;AO=4,8,3,3;DP=28;FAO=0,26,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0,0;FSAR=0,14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.30562,-0.186146,0.559072,-0.992496;FXX=0;HRUN=4,4,4,5;LEN=2,2,1,1;MLLD=6.44405,19.3837,11.4368,8.64912;QD=40.1994;RBI=0.35703,0.20056,0.656469,1.11379;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.184572,0.0746583,-0.344079,0.505457;RO=9;SAF=0,2,0,3;SAR=4,6,3,0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0.594203,0.594203,0.594203,0;SSEP=0,0,0,0.416667;SSSB=-0.831617,-0.60135,-0.826066,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,-0.00232571,0.0271416,0;OID=.,.,.,.;OPOS=27012204,27012207,27012204,27012208;OREF=GG,GC,G,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0,0:4,8,3,3:28:0,26,0,0:26:0:0,12,0,0:0,14,0,0:0:0:5:9:0,2,0,3:4,6,3,0:9:0 chr22 27021457 . T C 451.95 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272635;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.778;QD=54.7813;RBI=0.0371999;REFB=0.0844312;REVB=0.0253087;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529392;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000748601;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:30:31:0.939394:8:22:0:0:8:23:0:1 chr22 27021589 . A G 314.16 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00213093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.826;QD=30.6502;RBI=0.0215212;REFB=-0.0474652;REVB=-0.0214154;RO=14;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12808;STB=0.570008;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0245782;OID=.;OPOS=27021589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:16:11:3:11:16:11:3:11 chr22 28316591 . T TG 316.51 PASS AF=1;AO=39;DP=53;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=9.17244;QD=27.5226;RBI=0.225728;REFB=-0.0111262;REVB=-0.222016;RO=9;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00363396;OID=.;OPOS=28316592;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:53:46:46:0:19:27:0:0:6:9:17:22:1:8 chr22 28378472 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00191676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.721;QD=15.6255;RBI=0.0118063;REFB=-0.00179651;REVB=0.0116497;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316306;STB=0.683978;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00144742;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:13:4:12:11:13:4:12:11 chr22 28379058 . C T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.029925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.903;QD=19.7024;RBI=0.0302511;REFB=-0.0281319;REVB=-0.00442996;RO=16;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236955;STB=0.636183;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0186308;OID=.;OPOS=28379058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:14:3:6:10:14:3:6:10 chr22 28379262 . T A 339.5 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0278861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1029;QD=21.5553;RBI=0.0555197;REFB=0.00889011;REVB=0.0480083;RO=28;SAF=10;SAR=24;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213348;STB=0.621817;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00412133;OID=.;OPOS=28379262;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:24:10:15:13:25:10:15:13 chr22 29182500 . C A 344.57 PASS AF=0.5;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0151822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.328;QD=19.1426;RBI=0.0162978;REFB=-0.00457396;REVB=-0.00592614;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401221;STB=0.528286;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00455482;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:36:36:0.5:20:16:14:21:20:16:14:22 chr22 29446611 . A C 396.46 PASS AF=0.448718;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0295867;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.953;QD=20.3314;RBI=0.0439487;REFB=-0.0176015;REVB=0.0324979;RO=38;SAF=26;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247304;STB=0.590854;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0144079;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:37:33:35:0.448718:7:26:22:16:9:26:22:15 chr22 29450923 . A G 224.77 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0568399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.241;QD=19.9795;RBI=0.0593804;REFB=-0.0317655;REVB=-0.0171832;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258326;STB=0.644324;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0414277;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:5:18:11:11:5:18 chr22 29453027 . A G 181.27 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0277064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.637;QD=24.1698;RBI=0.0277174;REFB=-0.00763613;REVB=0.000781255;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942134;STB=0.559929;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0220921;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:13:4:4:8:14:4:4:8 chr22 29453193 . G C 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00859762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.283;QD=16.7534;RBI=0.0173449;REFB=-0.0129263;REVB=0.0150641;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133365;STB=0.575103;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0152186;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:19:9:11:13:19:9 chr22 29456733 . T C 388.24 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.00918808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4614;QD=11.6764;RBI=0.0110216;REFB=-0.00855005;REVB=-0.00608729;RO=86;SAF=28;SAR=19;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435914;STB=0.524989;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0149604;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:86:86:47:47:0.353383:19:28:48:38:19:28:48:38 chr22 29517463 . G T 268.19 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00672858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3675;QD=23.3212;RBI=0.0494061;REFB=-0.00200942;REVB=0.0489458;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956004;STB=0.563208;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00471475;OID=.;OPOS=29517463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:21:25:25:0.543478:13:12:12:8:13:12:13:8 chr22 29540198 . T G 197.37 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0119223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.192;QD=14.896;RBI=0.01379;REFB=-0.0166961;REVB=0.0069298;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158969;STB=0.574404;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0234061;OID=.;OPOS=29540198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:30:22:23:0.433962:9:13:13:17:10:13:13:17 chr22 29542182 . AT A,GA 1698.24 PASS AF=0.991667,0;AO=95,8;DP=115;FAO=119,0;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=38,0;FSAR=81,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0938566,0.0968878;FXX=0.00826378;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=24.5903,4.64027;QD=56.6079;RBI=0.0940001,0.0971496;REFB=0.0758023,0.0970235;REVB=0.00519149,0.00712752;RO=2;SAF=31,1;SAR=64,7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00769791,-0.233526;STB=0.503067,0.5;STBP=0.583,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000665266,0;OID=.,.;OPOS=29542183,29542182;OREF=T,AT;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:120:2:1:95,8:119,0:0.991667,0:64,7:31,1:1:1:81,0:38,0:0:1 chr22 29542748 . C A 1072.97 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.17899e-05;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4571;QD=59.6093;RBI=0.0187899;REFB=0;REVB=-0.0187899;RO=0;SAF=17;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105146;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:70:72:1:53:17:0:0:55:17:0:0 chr22 29621128 . C G 182.44 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.928;QD=42.9258;RBI=0.0170066;REFB=-0.0372988;REVB=-0.000710086;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101073;STB=0.555483;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00100622;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:4:12:0:1:4:12:0:1 chr22 29656389 . G T 431.58 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0308656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.456;QD=17.7971;RBI=0.0342053;REFB=-0.0228718;REVB=0.0147416;RO=51;SAF=13;SAR=31;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042809;STB=0.528299;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0253562;OID=.;OPOS=29656389;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:53:44:44:0.453608:31:13:17:34:31:13:18:35 chr22 29727866 . C T 468.8 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388686;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1212;QD=58.6006;RBI=0.0466915;REFB=0;REVB=0.0258714;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206727;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:26:5:0:0:26:6:0:0 chr22 29727886 . T C 229.83 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8303;QD=48.3849;RBI=0.0503411;REFB=0;REVB=0.0274925;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424688;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:14:19:1:12:2:0:0:17:2:0:0 chr22 29755888 . T C 756.74 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00257525;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.959;QD=61.7748;RBI=0.00984211;REFB=0.0674341;REVB=0.00949923;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00042796;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr22 29885473 . C T 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0374528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.534;QD=28.226;RBI=0.0659463;REFB=-0.0569;REVB=0.054279;RO=4;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193102;STB=0.608509;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0114291;OID=.;OPOS=29885473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:4:8:1:3:4:8:1:3 chr22 29885861 . T C 64.86 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.006201;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.179;QD=18.5304;RBI=0.00625943;REFB=-0.0823843;REVB=0.000853257;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0604039;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:13:14:5:6:7:8:0.571429:4:3:1:4:5:3:1:5 chr22 29886413 . A G 201.21 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0247511;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2597;QD=20.121;RBI=0.0253386;REFB=-0.0154581;REVB=0.00542474;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199571;STB=0.602996;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0105533;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:20:20:20:0.5:11:9:5:16:11:9:5:15 chr22 29908072 . C T 690.15 PASS AF=0.977778;AO=36;DP=48;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147237;FXX=0.081616;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.566;QD=61.347;RBI=0.0147436;REFB=0.0592134;REVB=-0.000765191;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00035061;OID=.;OPOS=29908072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:45:0:1:36:44:0.977778:22:14:0:0:28:16:1:0 chr22 29913272 . C T 785.52 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.989;QD=64.1238;RBI=0.0538044;REFB=0;REVB=0.052251;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019001;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr22 29925221 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0130978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.411;QD=18.427;RBI=0.0268496;REFB=-0.00938869;REVB=-0.0234382;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167838;STB=0.577291;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.016006;OID=.;OPOS=29925221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:27:28:0.5:19:8:13:15:19:9:13:15 chr22 30221201 . G A 146.84 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0109834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0666;QD=13.0528;RBI=0.024836;REFB=-0.0264759;REVB=0.0222754;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313996;STB=0.518303;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.068804;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:14:14:8:9:14:14 chr22 30234192 . TGCC T 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00311931;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=161.132;QD=11.0932;RBI=0.0162154;REFB=-0.0601417;REVB=-0.0159126;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=0.0746686;OID=.;OPOS=30234193;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:5:12:5:11:6:2:3:2:4:30:5:2:3:1:4 chr22 30367014 . A T 93.47 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0504203;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2956;QD=17.8041;RBI=0.0508818;REFB=0.0429836;REVB=0.00683759;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.575089;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0180239;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:3:7:6:5:3:7 chr22 30403996 . C T 274.89 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0309927;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.309;QD=17.1804;RBI=0.0309948;REFB=-0.0197377;REVB=-0.00036227;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190167;STB=0.579658;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.018773;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:31:34:30:30:0.46875:14:16:10:21:14:16:13:21 chr22 30423744 . G A 228.75 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0470741;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.364;QD=20.7955;RBI=0.0539253;REFB=0.00288768;REVB=-0.0263052;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267774;STB=0.524207;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00227413;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:21:22:0.5:13:8:9:13:14:8:9:13 chr22 30638721 . G A 133.38 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.113325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3366;QD=15.6919;RBI=0.114446;REFB=0.00597059;REVB=0.0159782;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143553;STB=0.582175;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.0119612;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:5:14:9:6:5:14 chr22 30681257 . C G 109.31 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.993;QD=39.7479;RBI=0.038879;REFB=0;REVB=0.0329814;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00746718;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:7:11:1:2:5:0:0:4:7:0:0 chr22 30685364 . G A 518.35 PASS AF=0.5;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0177871;FXX=0.0181802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.033;QD=19.198;RBI=0.0308934;REFB=-0.0380597;REVB=-0.0252591;RO=53;SAF=40;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251131;STB=0.645104;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0321008;OID=.;OPOS=30685364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:53:54:54:54:0.5:14:40:26:27:14:40:26:28 chr22 30689998 . G A 297.01 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0204269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.099;QD=15.632;RBI=0.0213622;REFB=-0.0211593;REVB=0.00625185;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201485;STB=0.603956;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0258982;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:43:32:33:0.434211:16:16:13:30:17:16:13:30 chr22 30700607 . T G 87.89 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.033239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.753;QD=16.7402;RBI=0.037496;REFB=-0.039388;REVB=0.0173527;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0176031;OID=.;OPOS=30700607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:9:11:0.52381:5:4:5:5:5:6:5:5 chr22 30714684 . A C 309.2 PASS AF=1;AO=16;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.412;QD=53.7742;RBI=0.159329;REFB=0;REVB=0.159144;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890429;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:16:23:1:4:12:0:0:11:12:0:0 chr22 30733111 . C A 246.82 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=30;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00626819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.798;QD=31.8471;RBI=0.0071242;REFB=-0.0238651;REVB=0.00338585;RO=9;SAF=17;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261363;STB=0.618065;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00826807;OID=.;OPOS=30733111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:9:9:21:22:0.709677:4:17:4:5:5:17:4:5 chr22 30762140 . G A 140.92 PASS AF=0.28169;AO=17;DP=69;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=0.0076454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.874;QD=7.93927;RBI=0.015889;REFB=-0.0160029;REVB=-0.0139287;RO=49;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431962;STB=0.597471;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0312294;OID=.;OPOS=30762140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:49:51:17:20:0.28169:12:5:13:36:12:8:14:37 chr22 30765502 . G A 233.86 PASS AF=0.545455;AO=21;DP=42;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.008241;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.1536;QD=21.2598;RBI=0.0174087;REFB=-0.0794787;REVB=0.0153346;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390249;STB=0.706362;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0405512;OID=.;OPOS=30765502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:20:20:21:24:0.545455:13:8:17:3:15:9:17:3 chr22 30770603 . T A 842.87 PASS AF=0.968254;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00746608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.632;QD=53.5153;RBI=0.0139767;REFB=-0.044887;REVB=0.0118155;RO=2;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000524089;STB=0.50026;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000191796;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:63:2:2:59:61:0.968254:30:29:1:1:31:30:1:1 chr22 30770626 . G C 365.89 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00772672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.6;QD=20.0488;RBI=0.00774476;REFB=-0.00736754;REVB=-0.000528348;RO=35;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155801;STB=0.586211;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00724797;OID=.;OPOS=30770626;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:21:17:22:13:21:17:22:13 chr22 30771554 . T G 816.5 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.988;QD=57.2983;RBI=0.0413623;REFB=0;REVB=-0.034052;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49003e-05;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:24:33:0:0 chr22 30775675 . G A 35.99 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00958304;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.483;QD=5.53663;RBI=0.0178503;REFB=-0.0169463;REVB=-0.0150599;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215052;STB=0.514238;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0311588;OID=.;OPOS=30775675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:7:13:4:2:7:13 chr22 30776095 . C T 469.75 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00219618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.617;QD=23.1974;RBI=0.0118594;REFB=-0.0139154;REVB=0.0116543;RO=35;SAF=21;SAR=24;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152181;STB=0.514845;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0109256;OID=.;OPOS=30776095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:36:45:45:0.555556:24:21:17:18:24:21:18:18 chr22 30782731 . G A 64.48 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00144529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.581;QD=9.9194;RBI=0.0368573;REFB=0.000961849;REVB=0.036829;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250529;STB=0.514254;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00199443;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:5:11:6:3:6:11 chr22 30794719 . C T 200.58 PASS AF=0.367647;AO=26;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0346411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2327;QD=11.7988;RBI=0.045067;REFB=-0.000159657;REVB=0.0288275;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114361;STB=0.543994;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00177515;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:26:25:0.367647:14:12:15:27:14:11:16:27 chr22 30819758 . G A 482.03 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.000449811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7859;QD=20.5118;RBI=0.0438181;REFB=0.00690839;REVB=-0.0438158;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057735;STB=0.531959;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00753136;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:24:23:20:27:24:23:20:27 chr22 30820707 . A G 213.91 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00151706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.05;QD=20.8695;RBI=0.010204;REFB=-0.0121654;REVB=0.0100906;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705105;STB=0.539838;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0125563;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:16:5:6:14:16:5:6:14 chr22 30823113 . T G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00319169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.912;QD=5.44272;RBI=0.0074133;REFB=-0.00399259;REVB=0.00669104;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141693;STB=0.59427;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0148981;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:11:9:2:4:11:9 chr22 30823196 . T C 105.76 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00513467;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.229;QD=10.5763;RBI=0.0137194;REFB=0.00462435;REVB=0.0127223;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640667;STB=0.538402;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0084421;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:27:13:13:0.325:6:7:13:14:6:7:13:14 chr22 30857373 . A C 165.66 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0280159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.007;QD=11.4252;RBI=0.0304947;REFB=-0.00783131;REVB=-0.0120431;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17531;STB=0.602309;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0106927;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:7:14:19:18:7:14:19:18 chr22 30857448 . A G 134.14 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0119041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.719;QD=16.2592;RBI=0.0187634;REFB=-0.0271785;REVB=-0.0145037;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121036;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0212341;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:18:15:15:0.454545:9:6:9:8:9:6:9:9 chr22 30862400 . T A 212.71 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00843234;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.819;QD=20.7522;RBI=0.00852319;REFB=-0.0140876;REVB=0.00124113;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353438;STB=0.698229;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0194234;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:15:5:14:7:15:5 chr22 30864610 . A G 205.08 PASS AF=0.42;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0382395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.228;QD=16.4062;RBI=0.0408838;REFB=-0.00799675;REVB=-0.0144648;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377983;STB=0.508764;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00618983;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:20:21:0.42:11:9:12:17:12:9:12:17 chr22 30864792 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0434933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7079;QD=12.3955;RBI=0.0690942;REFB=-0.0473909;REVB=0.0536875;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0622055;OID=.;OPOS=30864792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:0:5:4:1:0:5 chr22 30927975 . C T 279.97 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0706245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6351;QD=48.6903;RBI=0.0934908;REFB=-0.163784;REVB=0.0612594;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0111028;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:12:10:0:0:12:10:1:0 chr22 30934816 . T C 308.17 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0516363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4393;QD=28.0153;RBI=0.0535797;REFB=0.0344371;REVB=-0.0142993;RO=17;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333678;STB=0.684252;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.031023;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:19:8:13:4:19:8:13:4 chr22 30934887 . G A 177.34 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.052642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.918;QD=21.4955;RBI=0.0813754;REFB=-0.0265424;REVB=0.0620546;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325719;STB=0.683999;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0245059;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:10:5:13:5:10:5 chr22 30953295 . C T 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.037618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.802;QD=13.4583;RBI=0.0770103;REFB=-0.00932091;REVB=0.0671973;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226376;STB=0.631421;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0236404;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:17:9:9:7:17:9 chr22 31090066 . CT CTCCACAACTA,TA 109.62 PASS AF=0.351351,0.027027;AO=11,2;DP=37;FAO=13,1;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7,1;FSAR=6,0;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0282594,-0.012518;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=9,2;MLLD=309.052,120.009;QD=11.8507;RBI=0.0284855,0.0125317;REFB=-0.0119854,-0.00350368;REVB=-0.00358152,0.000585612;RO=23;SAF=7,1;SAR=4,1;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190881,-0.306671;STB=0.660576,0.984583;STBP=0.196,0.522;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0196675,0.0177184;OID=.,.;OPOS=31090068,31090066;OREF=-,CT;OALT=CCACAACTA,TA;OMAPALT=CTCCACAACTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:11,2:13,1:0.351351,0.027027:4,1:7,1:18:5:6,0:7,1:18:5 chr22 31302125 . C G 338.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5173;QD=54.154;RBI=0.0782686;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=24;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006746;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:0:24:0:0:0:25:0:0 chr22 31302233 . T C 795.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.23;QD=63.6416;RBI=0.062596;REFB=0;REVB=0.0601003;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154831;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:45:50:1:23:22:0:0:25:25:0:0 chr22 31303619 . TAA TA,T,TAT 526.73 PASS AF=0.610619,0.212389,0.176991;AO=39,18,22;DP=119;FAO=69,24,20;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=37,17,9;FSAR=32,7,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581389,-0.0289071,-0.010996;FXX=0.0504159;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=5.63238,8.84618,178.825;QD=18.6454;RBI=0.13606,0.0706583,0.0335084;REFB=0.0414858,0.0279473,0.00142792;REVB=0.123013,0.0644746,-0.0316528;RO=18;SAF=20,16,9;SAR=19,2,13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0397141,0.516555,-0.0292275;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0125346,0.0429917,0.0123127;OID=.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303621;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,T,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.610619,0.212389,0.176991:39,18,22:119:69,24,20:113:0:37,17,9:32,7,11:0:0:99:18:20,16,9:19,2,13:8:10 chr22 31333631 . T C 1273.11 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654302;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2065;QD=61.3548;RBI=0.0239788;REFB=0;REVB=0.0230688;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675596;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:79:83:1:40:39:0:0:43:40:0:0 chr22 31342376 . G C 1015.24 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132586;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.966;QD=58.0135;RBI=0.0549385;REFB=-0.123318;REVB=0.0533146;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000471735;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr22 31352752 . C T 157.71 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0115259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6789;QD=16.6012;RBI=0.0662556;REFB=-0.0334945;REVB=-0.0652454;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291976;STB=0.516759;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0505649;OID=.;OPOS=31352752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:13:8:6:11:13:8 chr22 31354653 . G A 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.671;QD=52.6961;RBI=0.0116381;REFB=-0.0425994;REVB=-0.00359843;RO=2;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427252;STB=0.522718;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=8.38106e-06;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:21:28:0:2:21:28:0:2 chr22 31494813 . G C 322.93 PASS AF=0.363636;AO=39;DP=109;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00102395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.088;QD=11.7429;RBI=0.00844238;REFB=-0.0258994;REVB=0.00838006;RO=70;SAF=16;SAR=23;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117275;STB=0.573492;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.039653;OID=.;OPOS=31494813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:70:70:39:40:0.363636:23:16:36:34:24:16:36:34 chr22 31521404 . G A 220.34 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=-0.0148218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1981;QD=14.2153;RBI=0.0320179;REFB=-0.0121829;REVB=0.0283806;RO=36;SAF=2;SAR=24;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108383;STB=0.562447;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0173271;OID=.;OPOS=31521404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:24:2:4:32:24:2:4:32 chr22 31521850 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.696;QD=37.4885;RBI=0.0639128;REFB=0;REVB=0.0174917;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073164;OID=.;OPOS=31521850;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr22 31535872 . G C 129.02 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.101309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2671;QD=17.2022;RBI=0.102928;REFB=0.0106146;REVB=0.018184;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309186;STB=0.677477;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.019288;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:9:6:11:4:9:6 chr22 31536133 . A C 693.5 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6366;QD=61.6444;RBI=0.0458691;REFB=0;REVB=0.0333294;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561603;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:24:21:0:0 chr22 31602671 . C T 144.28 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0228364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.743;QD=8.61386;RBI=0.0233659;REFB=0.0132068;REVB=-0.00494592;RO=47;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233819;STB=0.640875;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0114589;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:15:5:20:27:15:5:20:27 chr22 31655184 . A G 47.22 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0124061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9915;QD=3.5634;RBI=0.0224143;REFB=0.00753112;REVB=-0.0186679;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30958;STB=0.700889;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0515088;OID=.;OPOS=31655184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:53:44:45:8:8:0.150943:3:5:16:28:3:5:17:28 chr22 31663842 . C G 103.04 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0214626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.239;QD=12.8799;RBI=0.0219624;REFB=-0.0171124;REVB=-0.00465878;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205969;STB=0.636147;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0434631;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:8:4:10:9:9:4:10:9 chr22 31679110 . G C 142.75 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0084379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.263;QD=17.3029;RBI=0.0118811;REFB=-0.0136995;REVB=0.00836437;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382512;STB=0.599867;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0127195;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:17:16:16:0.484848:4:12:10:4:4:12:10:7 chr22 31723034 . AG A 123.13 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141865;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=6.56511;QD=21.4147;RBI=0.261989;REFB=0;REVB=0.261604;RO=4;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=-0.642277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0219054;OID=.;OPOS=31723035;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:23:23:0:7:16:0:0:3:4:0:3:1:3 chr22 31741067 . G A 260.47 PASS AF=0.405063;AO=25;DP=72;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0312698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.7;QD=13.1883;RBI=0.0313018;REFB=-0.0109007;REVB=0.00141634;RO=47;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24038;STB=0.642545;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0255101;OID=.;OPOS=31741067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:47:47:25:32:0.405063:10:15:18:29:12:20:18:29 chr22 31859859 . A G 249.59 PASS AF=0.676471;AO=22;DP=33;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0114903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3006;QD=29.3642;RBI=0.0597855;REFB=-0.00175838;REVB=-0.0586709;RO=11;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27252;STB=0.636247;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00120373;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:34:11:11:22:23:0.676471:14:8:9:2:14:9:9:2 chr22 31971258 . T C 530.54 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00936701;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8868;QD=57.3555;RBI=0.038921;REFB=-0.126332;REVB=0.037777;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374036;STB=0.519989;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00424963;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:37:1:1:36:36:0.972973:12:24:0:1:12:24:0:1 chr22 32011225 . T C 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0817822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2477;QD=14.6536;RBI=0.0932931;REFB=-0.0101181;REVB=-0.0448918;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00436657;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:11:4:5:6:6:0.545455:4:2:1:3:4:2:2:3 chr22 32015450 . T G 175.09 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00940986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.061;QD=20.01;RBI=0.050921;REFB=-0.0357491;REVB=0.050044;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986999;STB=0.555497;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0147029;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:6:12:13:4:6:12:13:4 chr22 32109204 . T G 49.72 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.035267;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.322;QD=4.41976;RBI=0.0388915;REFB=0.00541861;REVB=-0.0163948;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14306;STB=0.571265;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0372031;OID=.;OPOS=32109204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:45:35:37:8:8:0.177778:6:2:6:29:6:2:7:30 chr22 32377135 . T C 80.08 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249111;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.14;QD=40.0392;RBI=0.0375616;REFB=0;REVB=0.0281124;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00574838;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr22 32545579 . G C 1585.88 PASS AF=0.568702;AO=148;DP=263;FAO=149;FDP=262;FR=.;FRO=113;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-4.51458e-05;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9959;QD=24.2119;RBI=0.0125518;REFB=-0.0174617;REVB=0.0125518;RO=114;SAF=62;SAR=86;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869826;STB=0.543283;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0141509;OID=.;OPOS=32545579;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:114:113:148:149:0.568702:86:62:60:54:86:63:59:54 chr22 32754103 . A C 1148.05 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.873;QD=58.1291;RBI=0.0636387;REFB=-0.165731;REVB=0.0627639;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114041;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000490312;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:36:41:1:0:37:41:1:0 chr22 32754230 . A G 1016.71 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.932;QD=58.9397;RBI=0.0158127;REFB=0;REVB=0.0147738;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96715e-05;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:30:36:0:0:30:39:0:0 chr22 32754232 . C T 955.63 PASS AF=0.971014;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.042582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.198;QD=55.3988;RBI=0.0522445;REFB=-0.0157586;REVB=0.0302698;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165719;STB=0.517236;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000182325;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:1:2:65:67:0.971014:28:37:0:1:28:39:0:2 chr22 32754306 . T C 1501.52 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309102;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.258;QD=63.8946;RBI=0.041479;REFB=0;REVB=0.0276598;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207638;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:50:43:0:0:51:43:0:0 chr22 32756407 . A G 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.264;QD=60.028;RBI=0.0558074;REFB=0;REVB=-0.0556718;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162561;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:25:47:0:0:25:47:0:0 chr22 32756555 . G C 2443.63 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566957;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6921;QD=61.0907;RBI=0.0588915;REFB=0;REVB=0.0159312;RO=0;SAF=66;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101355;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:92:66:0:0:93:67:0:0 chr22 32756744 . A G 684.64 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00598325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4102;QD=50.714;RBI=0.0164825;REFB=-0.00263703;REVB=-0.0153582;RO=3;SAF=39;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141078;STB=0.507505;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000586069;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:12:39:2:1:12:39:2:1 chr22 32759025 . G C 947.49 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0339758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.307;QD=55.7348;RBI=0.0412677;REFB=-0.0873962;REVB=0.0234236;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.500894;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000980124;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:1:2:66:66:0.970588:35:31:0:1:35:31:1:1 chr22 32784051 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.044;QD=52.6125;RBI=0.0144379;REFB=0;REVB=0.0121711;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09648e-05;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr22 32795641 . C T 791.69 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0212959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1519;QD=53.674;RBI=0.0683374;REFB=-0.135311;REVB=0.0649345;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507184;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00626176;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:57:57:0.966102:18:39:0:0:18:39:1:1 chr22 32811952 . A G 431.89 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327004;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3645;QD=53.9858;RBI=0.0549145;REFB=-0.121165;REVB=0.0441167;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00431731;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:0:1:15:16:0:1 chr22 32875190 . G A 423.96 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0245012;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.21;QD=20.6809;RBI=0.0295449;REFB=-0.0136752;REVB=-0.0165104;RO=39;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161768;STB=0.595111;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0137695;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:39:40:42:42:0.512195:24:18:24:15:24:18:25:15 chr22 32887150 . C T 265.1 PASS AF=0.518519;AO=29;DP=58;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0189448;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.1;QD=19.6373;RBI=0.0193882;REFB=-0.006527;REVB=0.00412259;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930683;STB=0.537011;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00639443;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:54:29:26:29:28:0.518519:15:14:11:18:14:14:11:15 chr22 33253280 . T C 324.32 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00345998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0693;QD=19.6556;RBI=0.00944612;REFB=-0.0133608;REVB=-0.00878963;RO=32;SAF=9;SAR=25;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256661;STB=0.643475;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0111927;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:25:9:17:15:25:9:17:15 chr22 34022284 . G A 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0130749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.834;QD=17.223;RBI=0.0203331;REFB=-0.00338347;REVB=0.0155719;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855021;STB=0.54794;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00426928;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:19:17:18:14:19:17 chr22 35463162 . A G 425.27 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0105766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.702;QD=16.8424;RBI=0.0120161;REFB=-0.0317985;REVB=0.00570289;RO=52;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079763;STB=0.562853;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0300946;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:55:45:46:0.455446:21:24:32:20:22:24:35:20 chr22 35463179 . T C 456.46 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0422881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7882;QD=16.7506;RBI=0.0459968;REFB=-0.0109413;REVB=-0.0180948;RO=58;SAF=27;SAR=23;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281768;STB=0.51054;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00719012;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:59:50:50:0.458716:23:27:33:25:23:27:33:26 chr22 35463249 . C T 420.78 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00106781;FXX=0.0444395;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.576;QD=19.5712;RBI=0.0019238;REFB=-0.0227276;REVB=0.00160024;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856193;STB=0.547596;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0206045;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:86:44:44:42:42:0.488372:19:23:20:24:19:23:20:24 chr22 35660875 . G T 132.64 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00410058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7738;QD=9.14747;RBI=0.0129172;REFB=-0.00137393;REVB=0.012249;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207073;STB=0.62251;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00473909;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:10:8:25:15:10:8:25:15 chr22 35679951 . T C 610.12 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00304756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.377;QD=25.4217;RBI=0.0392256;REFB=-0.0105443;REVB=-0.0391071;RO=41;SAF=27;SAR=28;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736918;STB=0.540281;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0139805;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:28:27:24:17:28:27:24:17 chr22 35806815 . T C 391.61 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00381623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6343;QD=22.0623;RBI=0.00772382;REFB=0.0139057;REVB=-0.00671519;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197917;STB=0.510911;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00765075;OID=.;OPOS=35806815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:21:18:14:18:21:18:14:18 chr22 35815880 . G A 954.78 PASS AF=0.463636;AO=98;DP=217;FAO=102;FDP=220;FR=.;FRO=118;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=0.0288366;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.852;QD=17.3596;RBI=0.0884861;REFB=-0.0130872;REVB=0.0836555;RO=117;SAF=60;SAR=38;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125177;STB=0.55805;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0111993;OID=.;OPOS=35815880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:220:117:118:98:102:0.463636:38:60:57:60:41:61:58:60 chr22 36007045 . G A 725.89 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275369;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.071;QD=54.7841;RBI=0.0656415;REFB=-0.0695547;REVB=0.0595863;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000694948;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:51:52:0.981132:23:28:0:0:24:28:0:1 chr22 36007075 . C T 651.04 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0196;QD=62.004;RBI=0.0198186;REFB=0;REVB=-0.00737087;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255203;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr22 36122517 . T C 36.55 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0122891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.988;QD=7.30984;RBI=0.126778;REFB=0.000503589;REVB=-0.126181;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343123;STB=0.74925;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00309091;OID=.;OPOS=36122517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:12:14:6:6:0.3:2:4:4:8:2:4:4:10 chr22 36122930 . C T 332.15 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0146502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.205;QD=13.8395;RBI=0.0271021;REFB=-0.020379;REVB=-0.0228012;RO=58;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012088;STB=0.511635;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.032086;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:59:37:37:0.385417:20:17:26:32:20:17:26:33 chr22 36123083 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0268466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.661;QD=19.5231;RBI=0.0400323;REFB=-0.0290077;REVB=0.0296958;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152284;STB=0.58609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0253338;OID=.;OPOS=36123083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:9:3:6:8:9:3 chr22 36124860 . C G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0317259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.933;QD=16.1716;RBI=0.0317371;REFB=-0.00656866;REVB=-0.000841434;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787552;STB=0.568875;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0099773;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:12:4:6:13:12:4:7:13 chr22 36537500 . A T 104.44 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00963787;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.673;QD=17.4068;RBI=0.0152281;REFB=-0.00439224;REVB=-0.0117901;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00678024;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:11:12:12:12:0.5:6:6:5:6:6:6:6:6 chr22 36545137 . A T 899.3 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.672;QD=58.0196;RBI=0.0119544;REFB=0;REVB=0.00398972;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26723e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:28:32:0:0:29:33:0:0 chr22 36556823 . G T 853.83 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00769978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0726;QD=55.9889;RBI=0.0180906;REFB=-0.130651;REVB=0.0163702;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00453022;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:29:31:0:0:29:31:0:1 chr22 36573945 . A G 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.007749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8393;QD=10.8232;RBI=0.0183582;REFB=-0.00246986;REVB=0.0166426;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208428;STB=0.62421;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00994796;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:14:9:7:5:14:9 chr22 36575664 . G A 462.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00027485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.908;QD=16.2358;RBI=0.0159786;REFB=-0.00320209;REVB=0.0159763;RO=63;SAF=32;SAR=19;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242824;STB=0.635563;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00423854;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:19:32:24:39:19:32:24:39 chr22 36587202 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0560688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.965;QD=14.6539;RBI=0.0593102;REFB=0.0202497;REVB=-0.0193387;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0188098;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr22 36587223 . G T 49.53 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00232202;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.627;QD=11.6541;RBI=0.00373158;REFB=-0.00826096;REVB=-0.00292112;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0138597;OID=.;OPOS=36587223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:18:17:9:10:6:7:0.411765:3:3:3:6:3:4:4:6 chr22 36587279 . A G 173.96 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0241966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7073;QD=19.3288;RBI=0.0265882;REFB=-0.0252576;REVB=-0.0110208;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804767;STB=0.528271;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0205195;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:10:8:6:11:10:8:7:11 chr22 36587404 . G A 393.51 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0378443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0762;QD=15.4317;RBI=0.0555148;REFB=0.0114079;REVB=0.0406165;RO=57;SAF=28;SAR=16;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184375;STB=0.599226;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00957396;OID=.;OPOS=36587404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:44:44:0.431373:16:28:26:31:16:28:27:31 chr22 36587486 . A G 284.92 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0139369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0121;QD=18.0903;RBI=0.0285197;REFB=-0.00918607;REVB=0.0248825;RO=29;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115405;STB=0.558785;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00997123;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:32:31:31:0.492063:12:19:14:15:12:19:16:16 chr22 36587511 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6275;QD=63.2862;RBI=0.0290269;REFB=0;REVB=-0.0282787;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460269;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr22 36587845 . A ACT,T 149.87 PASS AF=0.333333,0.102564;AO=13,4;DP=40;FAO=13,4;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4,1;FSAR=9,3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00890808,-0.0218791;FXX=0.0249938;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=201.545,91.0251;QD=15.3716;RBI=0.00994373,0.0220471;REFB=-0.00644028,-0.00115892;REVB=0.00441859,0.00271708;RO=22;SAF=4,1;SAR=9,3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.260252,-0.335891;STB=0.654301,0.748753;STBP=0.2,0.374;TYPE=ins,snp;VARB=0.0152346,0.0396799;OID=.,.;OPOS=36587846,36587845;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:13,4:13,4:0.333333,0.102564:9,3:4,1:12:10:9,3:4,1:12:10 chr22 36587952 . C T 36.85 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0318959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3973;QD=7.75775;RBI=0.0580845;REFB=0.00808519;REVB=0.0485433;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373394;STB=0.732613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0349456;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:4:9:2:4:4:9 chr22 36591380 . A G 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0145671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.196;QD=21.943;RBI=0.0300013;REFB=-0.0154985;REVB=0.0262274;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154264;STB=0.587265;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0167052;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:11:5:6:6:11:5:6:6 chr22 36598049 . C G 501.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6811;QD=58.9951;RBI=0.044698;REFB=0;REVB=0.0372122;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935497;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr22 36598058 . T C 491.61 PASS AF=0.921053;AO=33;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00425698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.121;QD=51.7484;RBI=0.00428927;REFB=-0.00578992;REVB=-0.000525386;RO=3;SAF=7;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987465;STB=0.553814;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00105195;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:3:3:33:35:0.921053:26:7:2:1:28:7:2:1 chr22 36623731 . T C 1121.39 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.252;QD=59.8075;RBI=0.0344354;REFB=0;REVB=0.0336944;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3259e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:33:41:0:0:34:41:0:0 chr22 36650956 . G A 113.99 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0387005;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7531;QD=9.49899;RBI=0.0861211;REFB=0.00519255;REVB=-0.0769358;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115902;STB=0.577534;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0363516;OID=.;OPOS=36650956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:33:34:14:14:0.291667:6:8:22:11:6:8:23:11 chr22 36661330 . G A 362.64 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0106571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.251;QD=20.7223;RBI=0.0109345;REFB=0.0046554;REVB=-0.00244714;RO=33;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191119;STB=0.510583;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00404548;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:21:16:15:18:21:16:15:18 chr22 36661536 . C A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00488978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8226;QD=10.2398;RBI=0.010041;REFB=0.00349101;REVB=0.00876993;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00696809;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:9:10:5:5:9:10 chr22 36661566 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0113547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.537;QD=11.1978;RBI=0.014302;REFB=-0.0124013;REVB=-0.00869576;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887244;STB=0.553101;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0256164;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:9:13:8:4:9:13 chr22 36661646 . G A 222.77 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0474883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6241;QD=18.9589;RBI=0.0486293;REFB=-0.0471485;REVB=-0.0104726;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806656;STB=0.513606;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0546974;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:22:25:22:22:0.468085:12:10:12:10:12:10:12:13 chr22 36677400 . G A 232.9 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00104736;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.724;QD=23.2897;RBI=0.0189479;REFB=-0.013603;REVB=0.0189189;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292275;STB=0.51634;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0114378;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:9:13:10:8:9:13:10:8 chr22 36678314 . CGGGGGC CGGGGC,CGGGGCA,GCGGGGC 156.32 PASS AF=0.756098,0.0243902,0;AO=20,3,2;DP=41;FAO=31,1,0;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=15,1,0;FSAR=16,0,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.192986,-0.0339415,0.0640417;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=9.12696,148.141,16.9111;QD=15.2509;RBI=0.202375,0.0410246,0.0697016;REFB=-0.17516,-0.0287682,-0.115854;REVB=-0.0609277,-0.0230432,-0.0275131;RO=15;SAF=7,3,0;SAR=13,0,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0.322581,0,0;SSSB=-0.196189,0.589173,-0.583083;STB=0.50888,0.990139,0.5;STBP=0.837,0.495,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.146254,-0.0368935,0;OID=.,.,.;OPOS=36678315,36678319,36678314;OREF=G,GC,CG;OALT=-,CA,GC;OMAPALT=CGGGGC,CGGGGCA,GCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:41:41:15:9:20,3,2:31,1,0:0.756098,0.0243902,0:13,0,2:7,3,0:9:6:16,0,0:15,1,0:4:5 chr22 36678453 . C G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0044761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.056;QD=16.7274;RBI=0.0135944;REFB=-0.0449591;REVB=0.0128363;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154651;STB=0.571341;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0428667;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:16:16:0.457143:8:8:12:6:8:8:12:7 chr22 36678476 . C A 73.82 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0216827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.531;QD=9.52557;RBI=0.029851;REFB=-0.02306;REVB=0.0205169;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192793;STB=0.584246;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0299665;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:19:21:10:10:0.322581:6:4:11:8:6:4:11:10 chr22 36684354 . T C 291.06 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0170486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.794;QD=26.4595;RBI=0.0224158;REFB=-0.00356527;REVB=-0.0145538;RO=17;SAF=17;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21955;STB=0.611423;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00333421;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:9:17:6:11:9:17:7:11 chr22 36684358 . C A 315.03 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0214742;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.442;QD=28.6395;RBI=0.0373704;REFB=-0.0358366;REVB=0.0305844;RO=16;SAF=18;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16323;STB=0.554755;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.041142;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:27:28:0.636364:9:18:7:9:10:18:8:8 chr22 36691607 . A C,T 756.44 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248752,-0.0488177;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.98,84.522;QD=56.0329;RBI=0.0257879,0.049067;REFB=0,0;REVB=0.00679996,0.00494025;RO=0;SAF=24,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000399627,0.183095;OID=.,.;OPOS=36691607,36691607;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:0:51,2:52,2:0.962963,0.037037:27,0:24,2:0:0:28,0:24,2:0:0 chr22 36700175 . A G 315.21 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0202416;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.438;QD=17.0385;RBI=0.0202473;REFB=-0.00231997;REVB=-0.000480707;RO=39;SAF=9;SAR=25;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801205;STB=0.540251;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00282889;OID=.;OPOS=36700175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:40:34:34:0.459459:25:9:13:26:25:9:13:27 chr22 36900271 . T C 409.11 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00438558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.324;QD=17.9829;RBI=0.017587;REFB=-0.017356;REVB=0.0170315;RO=49;SAF=16;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681279;STB=0.538108;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.013895;OID=.;OPOS=36900271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:26:16:22:27:26:16:22:27 chr22 36900806 . A G 111.21 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0405202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1464;QD=15.8876;RBI=0.0423982;REFB=0.0208367;REVB=0.0124788;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199351;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0253415;OID=.;OPOS=36900806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:9:6:8:5:9:6 chr22 37163329 . C T 751.99 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4218;QD=61.3866;RBI=0.0577251;REFB=-0.0688483;REVB=0.0504955;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00139527;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:21:27:0:1:21:27:0:1 chr22 37196971 . C A 85.17 PASS AF=0.25;AO=8;DP=44;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00824081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.905;QD=7.09789;RBI=0.00864191;REFB=-0.0171699;REVB=0.00260224;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244182;STB=0.523771;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0677789;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:44:48:33:36:8:12:0.25:4:4:10:23:8:4:11:25 chr22 37267767 . A G 94.6 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0552807;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.013;QD=9.95775;RBI=0.055618;REFB=-0.0127867;REVB=-0.00611537;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296676;STB=0.666389;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0205659;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:38:25:26:12:12:0.315789:8:4:15:10:8:4:15:11 chr22 37268257 . C T 277.62 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0113532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.051;QD=20.5642;RBI=0.0121211;REFB=0.00863401;REVB=0.00424585;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168497;STB=0.603021;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00762222;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:11:18:10:14:11:18:10:15 chr22 37271882 . T C 120.88 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0124521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.823;QD=14.6527;RBI=0.0263355;REFB=-0.0335832;REVB=-0.0232057;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246357;STB=0.628635;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0294964;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:5:9:7:11:5:9:8:11 chr22 37332594 . G A 207.83 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0142106;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.429;QD=15.3948;RBI=0.0147897;REFB=-0.0214097;REVB=-0.00409833;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115483;STB=0.504655;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0229588;OID=.;OPOS=37332594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:23:24:0.444444:11:12:16:14:11:13:16:14 chr22 37333794 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.705;QD=46.8473;RBI=0.0510891;REFB=0;REVB=0.0481557;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367819;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr22 37398195 . C T 1217.1 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225532;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4089;QD=61.6255;RBI=0.0271416;REFB=0;REVB=0.0151004;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357878;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr22 37398201 . C A,G 1283.99 PASS AF=0.929412,0.0705882;AO=78,6;DP=85;FAO=79,6;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47,4;FSAR=32,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161464,0.00187041;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.95,110.02;QD=60.4229;RBI=0.0250509,0.0145081;REFB=0,0;REVB=0.0191531,-0.014387;RO=0;SAF=46,4;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.5329e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000399491,0.134022;OID=.,.;OPOS=37398201,37398201;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:85:85:0:0:78,6:79,6:0.929412,0.0705882:32,2:46,4:0:0:32,2:47,4:0:0 chr22 37407106 . CTG CT,GCT 40.96 PASS AF=0.636364,0;AO=5,2;DP=22;FAO=14,0;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0112178,-0.0576709;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=7.01101,79.1399;QD=7.44765;RBI=0.293712,0.0601455;REFB=-0.1591,-0.0355623;REVB=0.293498,0.017075;RO=11;SAF=1,1;SAR=4,1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.218963,0.142187;STB=0.633602,0.5;STBP=0.136,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.154535,0;OID=.,.;OPOS=37407108,37407106;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:22:22:11:8:5,2:14,0:0.636364,0:4,1:1,1:4:7:10,0:4,0:5:3 chr22 37409319 . T C 682.69 PASS AF=0.961538;AO=51;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0134685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.586;QD=52.5148;RBI=0.0458454;REFB=0.0324295;REVB=0.0438224;RO=1;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129032;STB=0.513883;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00127302;OID=.;OPOS=37409319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:51:50:0.961538:36:15:0:1:35:15:0:2 chr22 37453452 . C T 486.12 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0744733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.417;QD=49.8583;RBI=0.0747205;REFB=-0.152029;REVB=0.00607336;RO=2;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435799;STB=0.521469;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00454868;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:39:2:4:35:35:0.897436:19:16:1:1:19:16:1:3 chr22 37462926 . G A 362.98 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0378396;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.457;QD=15.446;RBI=0.0396056;REFB=-0.0114839;REVB=0.0116946;RO=54;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129551;STB=0.565675;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0178374;OID=.;OPOS=37462926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:55:39:39:0.414894:22:17:17:37:22:17:18:37 chr22 37462936 . A G 393.29 PASS AF=0.450549;AO=39;DP=88;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0214922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1253;QD=17.2873;RBI=0.022817;REFB=-0.0290145;REVB=-0.00766169;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112402;STB=0.567446;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0337802;OID=.;OPOS=37462936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:49:50:39:41:0.450549:22:17:16:33:23:18:16:34 chr22 37465114 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0722526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8898;QD=21.8412;RBI=0.0959074;REFB=-0.0833331;REVB=0.0630699;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418591;STB=0.749058;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0301335;OID=.;OPOS=37465114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:2:0:5:1:2:0 chr22 37469591 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0130598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.063;QD=16.8837;RBI=0.0162497;REFB=0.0239701;REVB=0.00966938;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458804;STB=0.526281;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0354749;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:6:11:9:6:6:11 chr22 37480797 . C T 127.07 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0105989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2211;QD=15.4027;RBI=0.0545956;REFB=-0.0374413;REVB=-0.0535569;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748824;STB=0.533288;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0569603;OID=.;OPOS=37480797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:17:18:14:15:0.454545:4:10:11:6:5:10:11:7 chr22 37485724 . T C 507.34 PASS AF=0.36747;AO=61;DP=167;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=0.00495353;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.119;QD=12.2251;RBI=0.00612331;REFB=-0.00882518;REVB=-0.00359965;RO=103;SAF=35;SAR=26;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192648;STB=0.602942;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0151618;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:103:105:61:61:0.36747:26:35:41:62:26:35:43:62 chr22 37492731 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.039687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.621;QD=14.411;RBI=0.0400289;REFB=-0.0117338;REVB=-0.00522051;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107325;STB=0.562429;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0170033;OID=.;OPOS=37492731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:12:16:12:6:12:16 chr22 37524619 . G T 453.51 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00297141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2246;QD=20.3824;RBI=0.065123;REFB=-0.00839261;REVB=-0.0650552;RO=42;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139676;STB=0.562947;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00807669;OID=.;OPOS=37524619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:44:45:45:0.505618:21:24:29:13:21:24:29:15 chr22 37531436 . G A 165.22 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0320006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.705;QD=12.4697;RBI=0.0320072;REFB=-0.0172038;REVB=-0.000653486;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191977;STB=0.511471;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0215175;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:33:20:20:0.377358:13:7:10:20:13:7:11:22 chr22 37540141 . T TC 67.2 PASS AF=0.368421;AO=11;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0547341;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.518;QD=7.07405;RBI=0.110264;REFB=-0.0342735;REVB=-0.0957203;RO=26;SAF=1;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.658071;STB=0.856633;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0432297;OID=.;OPOS=37540142;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:11:38:14:38:24:2:12:17:7:67:26:1:10:17:9 chr22 37578579 . C T 222.31 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0356459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.587;QD=18.92;RBI=0.0362206;REFB=-0.000671979;REVB=0.006427;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115537;STB=0.574402;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00220086;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:11:11:15:9:11:11:16:9 chr22 37578807 . G A 243.68 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00380346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.732;QD=10.711;RBI=0.00412193;REFB=-0.0054641;REVB=0.00158872;RO=60;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505151;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0131238;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:61:30:30:0.32967:16:14:28:32:16:14:28:33 chr22 37580442 . A T 297.81 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0108675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2121;QD=20.8989;RBI=0.0217323;REFB=-0.0369107;REVB=0.0188199;RO=26;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569432;STB=0.531625;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0307511;OID=.;OPOS=37580442;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:21:10:10:16:21:10:10:16 chr22 37581485 . C A 90.67 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0157571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.833;QD=6.71616;RBI=0.0169263;REFB=-0.0050108;REVB=0.00618161;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229157;STB=0.501431;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016973;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:7:6:19:22:7:6:19:22 chr22 37602583 . G C,GC 222.5 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,16;DP=21;FAO=1,20;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230424,0.0836376;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=16.0025,17.9369;QD=42.38;RBI=0.0417001,0.127885;REFB=0,0;REVB=-0.0347556,-0.096744;RO=2;SAF=1,6;SAR=1,10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.390188,-0.129916;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0746229,0.0209566;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:21:21:2:0:2,16:1,20:0.047619,0.952381:1,10:1,6:2:0:0,12:1,8:0:0 chr22 37603390 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0330171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.51;QD=24.3281;RBI=0.044473;REFB=-0.071406;REVB=0.0297946;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.012744;OID=.;OPOS=37603390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr22 37603744 . C T 73.02 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0251601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.093;QD=9.12745;RBI=0.0462354;REFB=-0.0159673;REVB=-0.0387902;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15422;STB=0.593569;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0549507;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:8:14:5:5:8:14 chr22 37637653 . G C 326.67 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.02261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.717;QD=15.0192;RBI=0.0253333;REFB=0.00036458;REVB=-0.0114265;RO=51;SAF=11;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203962;STB=0.615949;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.000645125;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:25:11:25:26:25:11:25:26 chr22 37678551 . A G 623.53 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234227;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.439;QD=59.3834;RBI=0.03673;REFB=-0.246837;REVB=0.0282926;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00847284;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr22 37678565 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00543452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.434;QD=16.0289;RBI=0.0176533;REFB=-0.0178458;REVB=0.016796;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247048;STB=0.638981;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0222214;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:21:9:14:11:21:9 chr22 37699377 . T C 243.26 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0494083;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.4805;QD=14.9698;RBI=0.0668143;REFB=-0.0222692;REVB=-0.0449774;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487122;STB=0.50276;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0170211;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:17:20:15:13:17:20 chr22 37770066 . G T 1376.63 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.219;QD=62.5742;RBI=0.0204159;REFB=0;REVB=-0.019308;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33004e-05;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr22 37770357 . A G 685.33 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0273439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.9601;QD=50.7654;RBI=0.0305149;REFB=-0.0861558;REVB=-0.0135453;RO=3;SAF=34;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030777;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:17:34:2:1:17:34:2:1 chr22 37771158 . G A 727.92 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7063;QD=63.2975;RBI=0.0963776;REFB=0;REVB=0.0827502;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171893;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr22 37771985 . A G 740.28 PASS AF=1;AO=40;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.19;QD=56.9446;RBI=0.0820247;REFB=0;REVB=0.0218848;RO=0;SAF=6;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21163e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031273;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:40:52:1:34:6:0:0:45:7:0:0 chr22 37906308 . GCTCCTT G 1197.44 PASS AF=0.616667;AO=106;DP=141;FAO=111;FDP=180;FR=.;FRO=69;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0315912;FXX=0.0721612;HRUN=1;LEN=6;MLLD=179.898;QD=26.6099;RBI=0.0364406;REFB=-0.0212371;REVB=0.0181635;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525419;STBP=0.397;TYPE=del;VARB=0.0194925;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.616667:106:141:111:180:69:49:62:35:34:99:0:44:62:0:0 chr22 37962638 . GCCCCCCC CGCCCCCC,GCCCCCC,GCCCCCCG 67.27 PASS AF=0,0.777778,0.111111;AO=2,7,2;DP=19;FAO=0,14,2;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=0,3,2;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0153196,-0.00647113,-0.056957;FXX=0.0526039;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=20.1732,7.28053,17.8434;QD=14.9486;RBI=0.136613,0.0417614,0.05753;REFB=-0.0636906,-0.157878,-0.0903854;REVB=-0.135751,-0.041257,0.00809919;RO=4;SAF=0,0,2;SAR=2,7,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.569412,-0.760919,0.687939;STB=0.5,0.54161,0.994977;STBP=1,0.601,0.131;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.111833,0.0200732;OID=.,.,.;OPOS=37962638,37962639,37962645;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CGCCCCCC,GCCCCCC,GCCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:11:19:18:4:2:2,7,2:0,14,2:0,0.777778,0.111111:2,7,0:0,0,2:1:3:0,11,0:0,3,2:0:2 chr22 38035851 . A G 212.6 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0806444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9633;QD=20.2472;RBI=0.0807226;REFB=-0.00737933;REVB=0.00355097;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434181;STB=0.524452;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00466888;OID=.;OPOS=38035851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:13:8:9:12:13:8 chr22 38051999 . C T 400.57 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=6;FWDB=-0.0172765;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.099;QD=19.7812;RBI=0.0412491;REFB=-0.00921187;REVB=-0.0374568;RO=40;SAF=27;SAR=14;SRF=34;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205328;STB=0.612577;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00761963;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:40:40:41:41:0.506173:14:27:34:6:14:27:34:6 chr22 38065655 . A G 146.15 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00914134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.81;QD=16.703;RBI=0.0276124;REFB=-0.0206559;REVB=-0.0260553;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266267;STB=0.664136;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0123745;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:6:12:6:10:6:13 chr22 38074434 . G A 187.45 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0276995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6723;QD=14.7023;RBI=0.0662678;REFB=-0.0319199;REVB=0.060201;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949451;STB=0.572423;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0415522;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:30:21:21:0.411765:11:10:16:12:11:10:18:12 chr22 38119213 . G A 225.15 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0462653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.487;QD=27.291;RBI=0.0466987;REFB=-0.023944;REVB=-0.00634727;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120634;STB=0.588147;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0201953;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:11:12:21:21:0.636364:6:15:6:5:6:15:6:6 chr22 38119754 . TCAA T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0258009;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.182;QD=12.0157;RBI=0.0275409;REFB=-0.0206698;REVB=0.00963415;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=del;VARB=0.024821;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:6:13:6:13:7:2:4:4:3:38:7:2:4:4:3 chr22 38119789 . G A 46.39 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00886277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.833;QD=9.76585;RBI=0.0108934;REFB=-0.0316683;REVB=-0.00633384;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0561245;OID=.;OPOS=38119789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:11:12:7:7:0.368421:4:3:6:5:4:3:7:5 chr22 38121152 . C A 154.75 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0071656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0588;QD=15.0979;RBI=0.0214421;REFB=-0.0103526;REVB=-0.0202094;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260364;STB=0.65198;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0145451;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:11:13:13:4:11:13 chr22 38122122 . T C 261.97 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=42;FWDB=-0.0264563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6246;QD=12.4747;RBI=0.0297793;REFB=-0.00296896;REVB=-0.01367;RO=53;SAF=6;SAR=25;SRF=11;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241474;STB=0.513897;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00403631;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:25:6:11:42:25:6:11:42 chr22 38122448 . C T 78.66 PASS AF=0.588235;AO=5;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.221078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5833;QD=18.5083;RBI=0.22187;REFB=-0.0324796;REVB=-0.0187307;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0371392;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:5:7:5:10:0.588235:3:2:2:3:6:4:3:4 chr22 38122462 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.78;QD=48.7359;RBI=0.0157126;REFB=0;REVB=-0.0120526;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357356;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:7:5:0:0:10:7:0:0 chr22 38129332 . G A 461.28 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0394489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7028;QD=18.0892;RBI=0.107734;REFB=-0.0407965;REVB=0.100252;RO=52;SAF=31;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177252;STB=0.585831;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0419974;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:52:53:48:49:0.480392:17:31:24:28:18:31:25:28 chr22 38130459 . G T 250.63 PASS AF=0.5;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00615104;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.047;QD=21.7941;RBI=0.0242863;REFB=-0.00293234;REVB=0.0234944;RO=13;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299445;STB=0.609764;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00861266;OID=.;OPOS=38130459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:13:22:22:23:0.5:16:6:9:4:17:6:10:12 chr22 38130472 . T C,G 728.55 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=49,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204363,-0.0168295;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=79.9171,12.0812;QD=56.0424;RBI=0.0209861,0.0187963;REFB=0,0;REVB=-0.00477237,-0.00837062;RO=0;SAF=17,2;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.70321e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00307232,0.0774376;OID=.,.;OPOS=38130472,38130472;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:49,2:50,2:0.961538,0.0384615:32,0:17,2:0:0:33,0:17,2:0:0 chr22 38164106 . C T 281.22 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.000141007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.807;QD=21.2239;RBI=0.00621414;REFB=-0.0136537;REVB=0.00621254;RO=24;SAF=10;SAR=19;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885111;STB=0.548929;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0111477;OID=.;OPOS=38164106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:19:10:6:18:19:10:6:18 chr22 38170026 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0191729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.73;QD=17.2294;RBI=0.118281;REFB=0.0160419;REVB=0.116716;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00857971;OID=.;OPOS=38170026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:3:3:3:5:3:3 chr22 38202398 . A AC 70.2 PASS AF=0.461538;AO=3;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0199847;FXX=0.0370233;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.2771;QD=10.7995;RBI=0.0199847;REFB=-0.00635993;REVB=0;RO=23;SAF=3;SAR=0;SRF=23;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.125426;OID=.;OPOS=38202399;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:3:27:12:26:14:12:0:14:0:70:23:3:0:23:0 chr22 38202399 . T C 86.14 PASS AF=0.44;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0257171;FXX=0.0740466;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2264;QD=13.783;RBI=0.0257171;REFB=-0.00977657;REVB=0;RO=12;SAF=10;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0919515;OID=.;OPOS=38202399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:25:12:14:10:11:0.44:0:10:12:0:0:11:14:0 chr22 38202552 . T C 650.95 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1464;QD=61.9955;RBI=0.0339747;REFB=0;REVB=-0.0295194;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146109;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr22 38202641 . G GT 87.28 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486925;FXX=0.0999001;HRUN=0;LEN=1;MLLD=176.927;QD=38.7903;RBI=0.129072;REFB=0;REVB=-0.119535;RO=9;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00290126;OID=.;OPOS=38202642;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:11:9:9:0:4:5:0:0:4:9:0:2:6:3 chr22 38202642 . G T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0164649;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.542;QD=26.6017;RBI=0.0287001;REFB=0.125365;REVB=-0.0235075;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218484;STB=0.624686;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00226159;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:0:2:3:5:0:2 chr22 38202734 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.992;QD=46.848;RBI=0.0156836;REFB=0;REVB=0.00869962;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47704e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr22 38204089 . C T 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0163155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.254;QD=12.4027;RBI=0.0217856;REFB=-0.0162793;REVB=-0.0144366;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30176;STB=0.677647;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0231016;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:5:11:12:17:5:11:12:17 chr22 38205989 . T C 157.95 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00367848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.307;QD=16.6265;RBI=0.0165612;REFB=-0.0348728;REVB=0.0161475;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05124;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0396884;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:10:11:8:9:10:11 chr22 38341134 . T C 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2504;QD=59.4228;RBI=0.0809187;REFB=0;REVB=-0.0474117;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014115;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr22 38369976 . A G 145.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.814;QD=44.6525;RBI=0.0309185;REFB=0;REVB=0.0308371;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180707;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr22 38382304 . G A 576.1 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0360504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5986;QD=24.0039;RBI=0.0360537;REFB=-0.0126462;REVB=-0.000490769;RO=42;SAF=23;SAR=30;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015077;STB=0.503596;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0189611;OID=.;OPOS=38382304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:43:53:53:0.552083:30:23:19:23:30:23:19:24 chr22 38474696 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.536;QD=51.9166;RBI=0.0428391;REFB=0;REVB=-0.00414942;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357714;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr22 38477930 . G A 223.96 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0504374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8583;QD=42.6584;RBI=0.0570103;REFB=-0.0463799;REVB=-0.0265753;RO=2;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656807;STB=0.535678;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0410409;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:13:6:0:2:13:6:0:2 chr22 38506509 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.556;QD=53.2772;RBI=0.0157277;REFB=0;REVB=0.0156662;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98603e-05;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr22 38507867 . C T 126.58 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.171329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1022;QD=29.7831;RBI=0.20809;REFB=0.0210714;REVB=-0.1181;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207333;STB=0.642641;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0213585;OID=.;OPOS=38507867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:16:17:3:4:13:13:0.764706:5:8:0:3:5:8:0:4 chr22 38565347 . C T 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0505157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.772;QD=14.5581;RBI=0.0543876;REFB=-0.00925823;REVB=0.0201536;RO=35;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072117;STB=0.540952;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0117551;OID=.;OPOS=38565347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:13:13:20:15:13:13:20:15 chr22 38611080 . C G 680.38 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0286017;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8004;QD=17.2248;RBI=0.0605012;REFB=-0.0275638;REVB=-0.0533135;RO=82;SAF=21;SAR=52;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112734;STB=0.569361;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0250177;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:82:85:73:73:0.462025:52:21:32:50:52:21:34:51 chr22 38612372 . A C 30.54 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0160286;FXX=0.0713776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.0344;QD=9.39736;RBI=0.0176688;REFB=0.00948186;REVB=0.0074344;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987559;STB=0.562247;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00984307;OID=.;OPOS=38612372;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:8:8:5:5:0.384615:3:2:4:4:3:2:4:4 chr22 38615536 . A T 165.74 PASS AF=0.888889;AO=3;DP=9;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.028105;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=93.3655;QD=36.8305;RBI=0.0878268;REFB=0.0461995;REVB=0.0832086;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538415;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000386981;OID=.;OPOS=38615536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:9:18:0:2:3:16:0.888889:3:0:0:0:12:4:0:2 chr22 38823136 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0989414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7318;QD=53.2757;RBI=0.0996508;REFB=0;REVB=0.0118693;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013135;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr22 39022289 . C A 263.75 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.02566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6536;QD=19.537;RBI=0.0355397;REFB=-0.0259998;REVB=-0.0245893;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288887;STB=0.516117;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0356857;OID=.;OPOS=39022289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:14:12:12:16:14:12 chr22 39034786 . C T 533.18 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.9514;QD=56.1245;RBI=0.041901;REFB=0;REVB=0.0418104;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0400408;OID=.;OPOS=39034786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:31:38:1:8:23:0:0:15:23:0:0 chr22 39082018 . G A 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00803799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.847;QD=17.8595;RBI=0.0225131;REFB=0.000728457;REVB=0.0210292;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115175;STB=0.564319;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000688414;OID=.;OPOS=39082018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:22:15:18:16:22:15 chr22 39095987 . A G 685.63 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0227335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.98;QD=50.7873;RBI=0.0326761;REFB=-0.113543;REVB=0.0234717;RO=3;SAF=22;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599843;STB=0.531902;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00202972;OID=.;OPOS=39095987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:29:22:3:0:29:22:3:0 chr22 39122038 . C T 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232926;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.863;QD=57.2354;RBI=0.0390893;REFB=0;REVB=-0.0313916;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42243e-05;OID=.;OPOS=39122038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr22 39125529 . G A 1522.97 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2815;QD=62.162;RBI=0.0245955;REFB=-0.0207085;REVB=0.0180157;RO=1;SAF=45;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104212;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00138205;OID=.;OPOS=39125529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:95:97:0.989796:50:45:1:0:52:45:1:0 chr22 39127727 . A C 76.06 PASS AF=0.24;AO=10;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.201709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.0974;QD=6.08474;RBI=0.273454;REFB=-0.0718998;REVB=-0.184636;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178962;STB=0.732835;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.154594;OID=.;OPOS=39127727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:50:50:17:38:10:12:0.24:1:9:14:3:1:11:29:9 chr22 39127758 . GAA GA,GAC 303.39 PASS AF=0.961538,0;AO=14,8;DP=26;FAO=25,0;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=1,0;FSAR=24,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463908,0.0307536;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.5408,13.9222;QD=46.6759;RBI=0.245336,0.123028;REFB=0.00652566,-0.11608;REVB=0.24091,-0.119123;RO=2;SAF=1,0;SAR=13,8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.265818,-0.793829;STB=0.666494,0.5;STBP=0.022,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0152838,0.0167222;OID=.,.;OPOS=39127759,39127760;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GA,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538,0:14,8:26:25,0:26:1:1,0:24,0:1:0:6:2:1,0:13,8:1:1 chr22 39130843 . C G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00563089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.752;QD=52.7696;RBI=0.00874283;REFB=0.00303167;REVB=-0.00668806;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-4.3246e-05;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:1:0:13:15:1:0 chr22 39134713 . CCT CCC,CC,C 700.03 PASS AF=0,1,0;AO=17,20,16;DP=56;FAO=0,55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=0,37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.504525,-0.104284,0.394761;FXX=0.017854;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=5.60262,17.6714,4.37164;QD=50.9109;RBI=0.539947,0.119797,0.468552;REFB=0,0,0;REVB=0.192346,-0.0589594,-0.252399;RO=0;SAF=17,0,0;SAR=0,20,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.00312543,0;OID=.,.,.;OPOS=39134715,39134715,39134714;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:17,20,16:56:0,55,0:55:0:0,18,0:0,37,0:0:0:4:0:17,0,0:0,20,16:0:0 chr22 39138332 . G A 306.58 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6884;QD=51.0968;RBI=0.0440065;REFB=0;REVB=0.0117771;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112078;OID=.;OPOS=39138332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:19:5:0:0 chr22 39138399 . G A 120.23 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00825713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.941;QD=14.1442;RBI=0.0365013;REFB=-0.0188981;REVB=0.035555;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983446;STB=0.557438;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0143423;OID=.;OPOS=39138399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:11:9:5:9:11:9 chr22 39178701 . A G 627.65 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4621;QD=59.7759;RBI=0.0680994;REFB=0;REVB=0.027433;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202223;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:21:20:1:0:21:21:0:0 chr22 39222652 . G A 401.6 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00279546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5741;QD=27.2268;RBI=0.00479546;REFB=-0.0237687;REVB=-0.0038964;RO=19;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483297;STB=0.52541;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0137841;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:21:38:38:0.644068:19:19:11:8:19:19:12:9 chr22 39440149 . C T 100.22 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0526858;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8435;QD=14.317;RBI=0.0573961;REFB=0.00909727;REVB=-0.0227712;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.624777;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0115596;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:16:12:12:0.428571:9:3:6:9:9:3:7:9 chr22 39441096 . G T 195.95 PASS AF=0.261261;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.0199136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.592;QD=7.06134;RBI=0.0238432;REFB=-0.00580075;REVB=-0.0131128;RO=80;SAF=14;SAR=15;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205038;STB=0.619909;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0132281;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:80:82:29:29:0.261261:15:14:52:28:15:14:53:29 chr22 39441203 . C T 191.56 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0210342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.272;QD=15.9631;RBI=0.0286023;REFB=-0.00557324;REVB=-0.0193818;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046966;STB=0.527;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00731652;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:13:7:11:17:13:7:11:17 chr22 39445554 . G A 219.75 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.107126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.672;QD=17.5799;RBI=0.10713;REFB=-0.00658355;REVB=-0.000940242;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20984;STB=0.620292;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00884474;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:16:6:13:15:16:6:13:15 chr22 39496322 . TAAC T 171.27 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00188603;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=3;MLLD=252.362;QD=9.13427;RBI=0.00500364;REFB=-0.0072743;REVB=0.00463458;RO=35;SAF=21;SAR=7;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28727;STB=0.651739;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.0142808;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386667:28:69:29:75:46:22:7:25:21:99:35:21:7:17:18 chr22 39496336 . G T 270.45 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0148998;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.164;QD=15.6781;RBI=0.015937;REFB=-0.0470858;REVB=0.00565525;RO=38;SAF=23;SAR=7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274225;STB=0.665064;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.015028;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:38:39:30:30:0.434783:7:23:20:18:7:23:20:19 chr22 39496412 . G C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0169366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.985;QD=22.5827;RBI=0.0221912;REFB=-0.0146996;REVB=-0.0143388;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657384;STB=0.536813;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0119115;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:8:18:15:9:8:18:15:9 chr22 39497404 . G C 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0197422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.076;QD=12.8072;RBI=0.0277543;REFB=-0.0184852;REVB=-0.0195077;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106257;STB=0.506088;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0246672;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:12:17:28:19:12:17:28:19 chr22 39497452 . A G 82.39 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0701698;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0729;QD=8.03775;RBI=0.0728137;REFB=0.000671819;REVB=-0.0194429;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382442;STB=0.736417;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00590866;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:41:41:30:30:11:11:0.268293:8:3:18:12:8:3:18:12 chr22 39497454 . G C 108.15 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0713314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.9771;QD=10.5508;RBI=0.0746302;REFB=-0.0251281;REVB=-0.0219431;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253517;STB=0.606746;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0318187;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:26:27:13:14:0.341463:8:5:16:10:8:6:16:11 chr22 39497509 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8729;QD=46.8478;RBI=0.066916;REFB=0;REVB=0.00504987;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00246453;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr22 39498038 . G C 88.73 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00711464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.416;QD=14.7888;RBI=0.00883768;REFB=-0.0172789;REVB=0.00524276;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0562298;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr22 39570168 . A G 145.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0378721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.909;QD=16.1691;RBI=0.0385471;REFB=-0.00767952;REVB=-0.00718216;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359388;STB=0.709791;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0069014;OID=.;OPOS=39570168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:13:3:10:10:13:3:10:10 chr22 39570230 . G A 310.74 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0177532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9442;QD=19.1223;RBI=0.0228755;REFB=-0.0289721;REVB=0.0144261;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140362;STB=0.569781;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0344796;OID=.;OPOS=39570230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:32:33:0.507692:16:16:11:21:17:16:11:21 chr22 39709009 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.879;QD=62.3509;RBI=0.0799126;REFB=0;REVB=0.0405046;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353151;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr22 39712981 . A G 488.73 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000462711;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.134;QD=59.24;RBI=0.0156362;REFB=0;REVB=0.0156293;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14618e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr22 39770597 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7729;QD=46.8472;RBI=0.0633895;REFB=0;REVB=-0.0191175;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105914;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 710.25 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281858;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=273.104;QD=54.6347;RBI=0.0284582;REFB=-0.0893041;REVB=-0.00392816;RO=4;SAF=31;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016523;STB=0.50746;STBP=0.543;TYPE=ins;VARB=0.0010798;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980769:48:53:51:52:1:33:18:1:0:4:4:31:17:3:1 chr22 39781585 . C T 692.87 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406431;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7397;QD=62.9882;RBI=0.0453455;REFB=0;REVB=0.0201085;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487191;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr22 39815564 . T G 270.58 PASS AF=0.455882;AO=24;DP=60;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00872256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.259;QD=15.9165;RBI=0.00957642;REFB=-0.0284163;REVB=-0.00395281;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102812;STB=0.580593;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0372727;OID=.;OPOS=39815564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:68:34:37:24:31:0.455882:11:13:15:19:13:18:16:21 chr22 39917515 . A C 124.16 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0118455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.256;QD=17.7373;RBI=0.0153506;REFB=-0.0252676;REVB=0.00976345;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233662;STB=0.549925;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0208572;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:13:14:12:14:0.5:3:9:10:3:3:11:10:4 chr22 39966856 . C T 483.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8322;QD=58.5706;RBI=0.129154;REFB=0;REVB=0.128327;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264245;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr22 40054948 . T C 187.16 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0687333;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1274;QD=44.0366;RBI=0.0687457;REFB=0.0130779;REVB=0.00130272;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.521712;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00131762;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:0:1:15:16:0.941176:4:11:0:0:5:11:1:0 chr22 40057273 . T C 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.436;QD=60.3714;RBI=0.0499914;REFB=0;REVB=0.0480068;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79447e-05;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr22 40574170 . T A 83.9 PASS AF=0.5;AO=7;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00465418;FXX=0.0370233;HRUN=8;LEN=1;MLLD=18.8816;QD=12.907;RBI=0.0168503;REFB=-0.00764045;REVB=-0.0161948;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488979;STB=0.576354;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0456455;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:8:13:7:13:0.5:6:1:5:3:7:6:8:5 chr22 40673999 . C T 580.69 PASS AF=0.975;AO=36;DP=37;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0223237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8541;QD=58.0693;RBI=0.0762664;REFB=-0.0271738;REVB=-0.0729261;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511105;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000905194;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:40:1:1:36:39:0.975:15:21:1:0:17:22:1:0 chr22 40720704 . A G 617.76 PASS AF=0.387978;AO=70;DP=182;FAO=71;FDP=183;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.0327738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2536;QD=13.5029;RBI=0.0347067;REFB=0.0116589;REVB=-0.0114205;RO=110;SAF=41;SAR=29;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103583;STB=0.556752;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.020828;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:110:112:70:71:0.387978:29:41:54:56:29:42:56:56 chr22 40722745 . A G 272.31 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0107148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.139;QD=17.2895;RBI=0.0145901;REFB=-0.0293148;REVB=-0.00990264;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523686;STB=0.529392;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.034905;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:15:18:18:12:15:18 chr22 40726749 . C T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00603096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.807;QD=13.8495;RBI=0.0162843;REFB=-0.000656007;REVB=-0.0151263;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917819;STB=0.553776;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0010357;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:8:17:12:4:8:17 chr22 40726762 . A G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0405738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2523;QD=13.2115;RBI=0.0405781;REFB=-0.00505218;REVB=-0.00059543;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214111;STB=0.646828;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00568211;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:11:3:8:13:11:3:9:13 chr22 40803111 . G GT 53.82 PASS AF=0.310345;AO=4;DP=37;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0228678;FXX=0.216158;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.2509;QD=7.42391;RBI=0.0236203;REFB=0.00400506;REVB=-0.0059146;RO=32;SAF=2;SAR=2;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695182;STB=0.647789;STBP=0.388;TYPE=ins;VARB=-0.00841045;OID=.;OPOS=40803112;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:4:37:9:29:20:7:2:12:8:53:32:2:2:18:14 chr22 40803112 . C T 106.5 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0373431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.276;QD=11.5131;RBI=0.0471449;REFB=-0.0302957;REVB=-0.0287773;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254625;STB=0.503931;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.049021;OID=.;OPOS=40803112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:23:12:14:0.378378:6:6:11:10:6:8:13:10 chr22 40803186 . G T 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0452483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7388;QD=14.7944;RBI=0.045638;REFB=-0.0338429;REVB=0.00595127;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096183;STB=0.544505;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0440496;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:18:18:0.4:10:8:14:12:10:8:14:13 chr22 40808676 . A T 330.66 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0200775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1559;QD=18.3699;RBI=0.0210118;REFB=-0.026049;REVB=-0.00619589;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629696;STB=0.54104;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0194653;OID=.;OPOS=40808676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:35:35:0.486111:19:16:14:22:19:16:14:23 chr22 41075543 . A G 158.49 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0622899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0877;QD=37.2919;RBI=0.0648765;REFB=0.0453454;REVB=-0.0181362;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908241;STB=0.545396;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.007047;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:17:2:2:14:15:0.882353:9:5:0:2:10:5:0:2 chr22 41075695 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.267;QD=49.599;RBI=0.0330883;REFB=0;REVB=0.0123625;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195836;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr22 41548008 . A G 127.01 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0152325;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.187;QD=18.1444;RBI=0.0152628;REFB=-0.00922602;REVB=-0.000959811;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254209;STB=0.634404;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00995314;OID=.;OPOS=41548008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:3:11:7:6:3:11:8:6 chr22 41551039 . T A 518.19 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00217663;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.829;QD=24.9729;RBI=0.0205677;REFB=0.00670794;REVB=-0.0204522;RO=34;SAF=17;SAR=31;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160484;STB=0.582732;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00721913;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:34:35:48:48:0.578313:31:17:19:15:31:17:19:16 chr22 41604399 . G A 33.51 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0297126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8792;QD=19.149;RBI=0.0583544;REFB=-0.0387197;REVB=-0.0502234;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00805728;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:0:2:1:4:0:2 chr22 41610024 . G A 332.81 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0140509;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.986;QD=21.4718;RBI=0.0176385;REFB=0.00668605;REVB=0.0106624;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268655;STB=0.524257;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00320025;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:28:34:34:0.548387:20:14:12:15:20:14:13:15 chr22 41613188 . C T 212.67 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0419205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.576;QD=20.2538;RBI=0.0421928;REFB=-0.00329282;REVB=0.00478592;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00369291;OID=.;OPOS=41613188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:11:10:10:11:11:10 chr22 41617318 . G C 752.88 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.138;QD=54.7547;RBI=0.0470111;REFB=-0.0495061;REVB=0.0423239;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00221041;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:55:0:1:51:54:0.981818:24:27:0:0:25:29:1:0 chr22 41623351 . A G 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0149986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.637;QD=32.2578;RBI=0.0210592;REFB=-0.0202206;REVB=0.0147829;RO=8;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160545;STB=0.588152;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00800371;OID=.;OPOS=41623351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:9:12:2:6:9:12:2:6 chr22 41623890 . T A 77.18 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00195327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.022;QD=13.4221;RBI=0.0313251;REFB=-0.0235806;REVB=0.0312641;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0313094;OID=.;OPOS=41623890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr22 41645757 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.458;QD=43.4861;RBI=0.0359345;REFB=0;REVB=-0.0054414;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464373;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 41726053 . G A 236.79 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.103039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7152;QD=26.3094;RBI=0.103058;REFB=0.0326166;REVB=0.00199621;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048372;STB=0.526857;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0179654;OID=.;OPOS=41726053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:8:6:8:14:8:6 chr22 41734292 . CGCCA C 101.84 PASS AF=0.4;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0348507;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=4;MLLD=233.946;QD=13.5784;RBI=0.0635806;REFB=0.00515121;REVB=0.0531783;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276931;STB=0.642672;STBP=0.416;TYPE=del;VARB=-0.0072374;OID=.;OPOS=41734293;OREF=GCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:11:32:12:30:18:10:2:17:1:99:18:9:2:17:1 chr22 41752747 . G A 100.43 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00162161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.424;QD=7.17328;RBI=0.0341561;REFB=-0.00149771;REVB=0.0341176;RO=40;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149486;STB=0.582623;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00492062;OID=.;OPOS=41752747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:9:6:21:19:9:6:21:20 chr22 41783659 . C T 36.25 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0126996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3228;QD=6.90556;RBI=0.0211745;REFB=-0.000577639;REVB=0.0169434;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493865;STB=0.818575;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00106068;OID=.;OPOS=41783659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:9:6:5:1:9:6 chr22 41833116 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0199686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.176;QD=8.81111;RBI=0.0204169;REFB=-0.00766637;REVB=0.00425467;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561709;STB=0.847941;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0147569;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:3:8:1:5:3:8 chr22 41903813 . A C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00674823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.828;QD=13.2875;RBI=0.0094289;REFB=-0.0211751;REVB=-0.00658526;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267923;STB=0.653351;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0360181;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:18:9:24:17:18:9:24:17 chr22 41973050 . C G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0217302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3953;QD=18.8202;RBI=0.0237271;REFB=-0.00210086;REVB=0.00952738;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00347623;OID=.;OPOS=41973050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr22 42059768 . G T 271.54 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0181063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3175;QD=19.3956;RBI=0.0207957;REFB=-0.0390319;REVB=-0.0102285;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414135;STB=0.533227;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0425499;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:12:17:14:12:12:17:14:13 chr22 42089623 . T C 343.97 PASS AF=0.659091;AO=28;DP=43;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0111849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.164;QD=31.2696;RBI=0.0111893;REFB=-0.009812;REVB=-0.000313537;RO=13;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180792;STB=0.628008;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00498162;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:13:15:28:29:0.659091:19:9:8:5:20:9:10:5 chr22 42159229 . G T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0142211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7674;QD=16.5356;RBI=0.0174664;REFB=-0.0375069;REVB=-0.0101409;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149345;STB=0.585274;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0484241;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:15:8:9:9:15:8 chr22 42276742 . G C 394.29 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0389619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1837;QD=14.8788;RBI=0.0392231;REFB=0.0198274;REVB=0.00451895;RO=60;SAF=26;SAR=19;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966804;STB=0.549893;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0327563;OID=.;OPOS=42276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:60:61:45:45:0.424528:19:26:29:31:19:26:30:31 chr22 42341308 . A G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0238873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.091;QD=10.157;RBI=0.0304482;REFB=-0.0037715;REVB=-0.0188809;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490009;STB=0.52937;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0139836;OID=.;OPOS=42341308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:8:6:12:19:8:6:12:19 chr22 42343091 . G A 268.71 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0131677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9583;QD=22.3929;RBI=0.0293078;REFB=-0.00935903;REVB=0.0261831;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113563;STB=0.506347;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00979909;OID=.;OPOS=42343091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:16:9:8:15:16:9:8:15 chr22 42354389 . A C 328.98 PASS AF=0.425287;AO=33;DP=83;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00988444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.089;QD=15.1256;RBI=0.042505;REFB=-0.0188088;REVB=0.0413397;RO=50;SAF=14;SAR=19;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225331;STB=0.617585;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0363309;OID=.;OPOS=42354389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:50:50:33:37:0.425287:19:14:32:18:21:16:32:18 chr22 42416056 . A G 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00932741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.208;QD=16.5329;RBI=0.0105202;REFB=-0.00918095;REVB=-0.00486561;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149685;STB=0.586108;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0247775;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:11:12:12:6:11:12 chr22 42423110 . G C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0223281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.971;QD=7.96592;RBI=0.0291616;REFB=0.00549271;REVB=-0.0187578;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199615;STB=0.62474;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0122412;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:14:12:3:7:14:12 chr22 42428727 . A T 334.27 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0323923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.418;QD=15.0234;RBI=0.0379335;REFB=0.0256583;REVB=0.0197405;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017999;STB=0.517232;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0299449;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:36:37:0.41573:16:20:28:24:16:21:28:24 chr22 42463814 . C T 293.66 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00470748;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.379;QD=26.1035;RBI=0.0229061;REFB=-0.0013657;REVB=-0.0224171;RO=19;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143699;STB=0.579829;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000527664;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:26:26:0.577778:9:17:9:10:9:17:9:10 chr22 42473603 . C T 269.05 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0162133;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.145;QD=21.9636;RBI=0.0401718;REFB=-0.0396242;REVB=-0.0367547;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764207;STB=0.551683;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0341617;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:24:25:25:0.510204:13:12:9:14:13:12:9:15 chr22 42474138 . C G 96.51 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0040042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.055;QD=12.4529;RBI=0.00942313;REFB=-0.0164554;REVB=0.00853005;RO=19;SAF=1;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604058;STB=0.873443;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0237142;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:11:12:0.387097:10:1:11:8:11:1:11:8 chr22 42474676 . A ATTCTGC 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0216373;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=279.024;QD=7.52562;RBI=0.0216411;REFB=-0.0083831;REVB=0.000407404;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203659;STB=0.647597;STBP=0.359;TYPE=ins;VARB=0.0169336;OID=.;OPOS=42474677;OREF=-;OALT=TTCTGC;OMAPALT=ATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:9:35:9:33:24:5:4:18:6:62:25:5:4:18:7 chr22 42486723 . G A 399.96 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00771122;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.61;QD=20.251;RBI=0.0324617;REFB=-0.0342854;REVB=0.0315325;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694137;STB=0.53163;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0262303;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:20:20:16:22:20:20:17:22 chr22 42522613 . G C 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.000268034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.761;QD=29.0933;RBI=0.00186523;REFB=-0.0301042;REVB=0.00184587;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756913;STB=0.55501;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0110064;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:11:13:5:7:11:13:5:8 chr22 42523943 . A G 132.72 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0137207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.833;QD=15.1681;RBI=0.019837;REFB=-0.00214782;REVB=-0.0143265;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382624;STB=0.721708;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00319036;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:13:7:11:4:13:7 chr22 42524795 . A G 76.77 PASS AF=0.244898;AO=9;DP=46;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0186973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9751;QD=6.26681;RBI=0.0394282;REFB=-0.0508568;REVB=0.034713;RO=37;SAF=8;SAR=1;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425132;STB=0.53725;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0988432;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:46:49:37:37:9:12:0.244898:1:8:23:14:4:8:23:14 chr22 42525132 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00445543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.633;QD=19.1336;RBI=0.0065009;REFB=-0.08408;REVB=-0.00473401;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0208496;OID=.;OPOS=42525132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr22 42537404 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.553;QD=57.3856;RBI=0.0327249;REFB=0;REVB=-0.021578;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021411;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr22 42537597 . A G 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00142386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.693;QD=12.1195;RBI=0.0264925;REFB=-0.0059531;REVB=-0.0264543;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566105;STB=0.532597;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0105161;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:9:14:25:13:9:14:25:13 chr22 42538029 . A G 207.65 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0134237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.306;QD=15.1018;RBI=0.0149234;REFB=-0.0217876;REVB=0.00652018;RO=31;SAF=5;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339972;STB=0.666518;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0253968;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:31:23:24:0.436364:18:5:16:15:18:6:16:15 chr22 42538508 . AG GA 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0256406;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.757;QD=36.8926;RBI=0.0382356;REFB=-0.0705283;REVB=-0.028364;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.555478;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=0.00389111;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:8:6:0:2:8:6:0:2 chr22 42538514 . T TC 144.54 PASS AF=0.875;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.160245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.5151;QD=36.1351;RBI=0.161231;REFB=0.0370528;REVB=-0.0178108;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112976;STB=0.555478;STBP=0.274;TYPE=ins;VARB=0.00243612;OID=.;OPOS=42538515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:13:16:14:16:2:6:8:0:2:9:2:6:7:0:2 chr22 42538669 . C T 57.41 PASS AF=0.380952;AO=9;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00606894;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.267;QD=10.9346;RBI=0.0189236;REFB=-0.043647;REVB=0.017924;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865477;STB=0.648251;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0352339;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:12:13:9:8:0.380952:6:3:5:7:6:2:6:7 chr22 42538876 . A T 272.21 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.718;QD=51.8495;RBI=0.0404616;REFB=0;REVB=0.0391691;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328143;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr22 42610099 . T C 277.55 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00730387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.677;QD=20.5595;RBI=0.0107553;REFB=-0.0184429;REVB=0.00789487;RO=25;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21704;STB=0.62083;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0118691;OID=.;OPOS=42610099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:10:19:10:15:10:19:10:15 chr22 42912106 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.197;QD=54.5173;RBI=0.0470356;REFB=0;REVB=0.0205538;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311458;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr22 42961277 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.107;QD=46.8479;RBI=0.0242238;REFB=0;REVB=-0.0190702;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03377e-05;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr22 42965167 . C A,CA 261.99 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,18;DP=25;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181189,-0.0267494;FXX=0.039984;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=170.294,21.6524;QD=43.665;RBI=0.0195851,0.0854515;REFB=-0.00416911,0.00276202;REVB=-0.00743517,-0.0811568;RO=4;SAF=1,11;SAR=1,7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237547,0.12193;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0387735,-0.0141786;OID=.,.;OPOS=42965167,42965168;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:25:24:4:0:2,18:1,23:0.0416667,0.958333:1,7:1,11:1:3:0,11:1,12:0:0 chr22 42970032 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.021;QD=44.6888;RBI=0.0509635;REFB=0;REVB=0.00706242;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528662;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr22 43036245 . G A 676.83 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.577;QD=60.1625;RBI=0.0227042;REFB=-0.150226;REVB=0.0110368;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=1.45719e-05;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:25:19:0:0:25:19:1:0 chr22 43089055 . G C 191.14 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.6825;QD=47.7857;RBI=0.0417967;REFB=0;REVB=-0.0234682;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427794;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr22 43193641 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0126805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.97;QD=10.0753;RBI=0.013031;REFB=-0.0338705;REVB=-0.00300193;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653494;STB=0.892703;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.015825;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:3:11:1:7:3:11 chr22 43206950 . A C 271.81 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0508935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3567;QD=19.4152;RBI=0.0912461;REFB=-0.0103176;REVB=0.0757344;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920479;STB=0.551415;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0123892;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:15:12:10:19:15:12 chr22 43455432 . G A 410.99 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00862512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.182;QD=23.8253;RBI=0.00866411;REFB=-0.0038874;REVB=0.000821031;RO=29;SAF=20;SAR=20;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395849;STB=0.521728;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00251675;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:20:20:13:16:20:20:13:16 chr22 43459855 . G A 240.75 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00705458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.645;QD=14.5907;RBI=0.0448726;REFB=-0.0105793;REVB=0.0443145;RO=38;SAF=8;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223373;STB=0.633703;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00662696;OID=.;OPOS=43459855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:19:8:19:19:20:8:19:19 chr22 43529314 . G C 453.67 PASS AF=0.511364;AO=41;DP=84;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0179169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.246;QD=20.6212;RBI=0.0238516;REFB=-0.0256376;REVB=0.0157443;RO=43;SAF=13;SAR=28;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802103;STB=0.533318;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0239704;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:43:43:41:45:0.511364:28:13:17:26:30:15:17:26 chr22 43558926 . A C,G 769.11 PASS AF=0.0545455,0.945455;AO=3,52;DP=55;FAO=3,52;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=3,26;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103924,-0.0117781;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.607,51.4147;QD=55.9353;RBI=0.0364374,0.0118071;REFB=0,0;REVB=-0.034924,0.000827448;RO=0;SAF=3,26;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.121355,-0.00306223;OID=.,.;OPOS=43558926,43558926;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:55:55:0:0:3,52:3,52:0.0545455,0.945455:0,26:3,26:0:0:0,26:3,26:0:0 chr22 43558972 . G A 261.75 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.000741816;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.316;QD=19.0366;RBI=0.0360306;REFB=-0.00414041;REVB=0.036023;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146798;STB=0.581761;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00409377;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:18:9:14:14:18:9 chr22 43563672 . A G 36.51 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.000349626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6168;QD=6.954;RBI=0.0156242;REFB=0.0101823;REVB=-0.0156203;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239465;STB=0.666173;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0295842;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:14:15:6:6:0.285714:3:3:4:10:3:3:4:11 chr22 43565703 . C T 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00855422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.422;QD=12.142;RBI=0.00872028;REFB=-0.0135644;REVB=-0.00169366;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760025;STB=0.503265;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0220995;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:12:7:12:20:12:7:12:21 chr22 43568512 . C T 230.76 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0136009;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0758;QD=11.9874;RBI=0.025943;REFB=-0.00179533;REVB=0.0220919;RO=48;SAF=11;SAR=17;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185979;STB=0.600858;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00660022;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:49:28:28:0.363636:17:11:27:21:17:11:27:22 chr22 43569789 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00212692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.717;QD=13.4416;RBI=0.083415;REFB=-0.0210529;REVB=0.0833879;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0254072;OID=.;OPOS=43569789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:7:6:4:6:7:6 chr22 43576904 . G A 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0109833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.608;QD=32.6186;RBI=0.0880313;REFB=-0.0473432;REVB=0.0873434;RO=4;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361573;STB=0.519974;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0139658;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:10:5:1:3:10:5:1:3 chr22 43606143 . C G,T 1247.13 PASS AF=0.0843373,0.915663;AO=7,76;DP=83;FAO=7,76;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=6,28;FSAR=1,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186429,0.0270486;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.594,55.8553;QD=60.1027;RBI=0.0160224,0.0300451;REFB=0,0;REVB=-0.0159136,0.0130799;RO=0;SAF=6,28;SAR=1,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.86654e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.112439,-0.000122027;OID=.,.;OPOS=43606143,43606143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:83:83:0:0:7,76:7,76:0.0843373,0.915663:1,48:6,28:0:0:1,48:6,28:0:0 chr22 43614316 . C G 784.77 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.534;QD=57.0738;RBI=0.0520421;REFB=0;REVB=0.0066244;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95132e-05;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr22 43623395 . C G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3334;QD=40.7602;RBI=0.12125;REFB=0;REVB=0.0906207;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102847;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr22 43976396 . G A 888.45 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836925;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.194;QD=58.2588;RBI=0.0225164;REFB=0;REVB=0.0209032;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48719e-05;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr22 44131786 . T C 1415.03 PASS AF=0.959596;AO=92;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0111567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6758;QD=57.1729;RBI=0.032043;REFB=-0.00599851;REVB=0.030038;RO=4;SAF=34;SAR=58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011007;STB=0.504684;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0059338;OID=.;OPOS=44131786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:99:4:4:92:95:0.959596:58:34:2:2:58:37:2:2 chr22 44221565 . C A,CAATA 499.11 PASS AF=0,0.880952;AO=3,30;DP=43;FAO=0,37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=0,19;FSAR=0,18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000948377,-0.0561769;FXX=0.0869376;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=144.236,111.064;QD=47.5346;RBI=0.00892968,0.056274;REFB=-0.00462036,0.0216932;REVB=-0.00887918,0.00330412;RO=7;SAF=1,14;SAR=2,16;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.240731,-0.0366878;STB=0.5,0.510304;STBP=1,0.758;TYPE=snp,ins;VARB=0.0903032,-0.00267375;OID=.,.;OPOS=44221565,44221566;OREF=C,-;OALT=A,AATA;OMAPALT=A,CAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:43:42:7:5:3,30:0,37:0,0.880952:2,16:1,14:4:3:0,18:0,19:3:2 chr22 44282276 . A G 727.38 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.285;QD=63.2508;RBI=0.0610863;REFB=0;REVB=-0.0607567;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105745;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr22 44282307 . G A 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.747;QD=60.6061;RBI=0.0437855;REFB=0;REVB=0.023793;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313005;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr22 44285765 . A G 462.61 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.504;QD=57.8259;RBI=0.0339052;REFB=0;REVB=0.0325716;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018511;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr22 44286950 . G A 211.1 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0423851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.625;QD=27.2387;RBI=0.0434178;REFB=-0.0546177;REVB=0.00941313;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293581;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0263284;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:11:9:5:6:11:9:5:6 chr22 44287062 . A G 366.64 PASS AF=0.645833;AO=30;DP=44;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0372971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3352;QD=30.5532;RBI=0.0742282;REFB=-0.0846304;REVB=-0.0641775;RO=14;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223166;STB=0.535496;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0267172;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:14:17:30:31:0.645833:16:14:6:8:17:14:6:11 chr22 44324727 . C G 321.2 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00279507;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.488;QD=18.62;RBI=0.0129723;REFB=-0.00742632;REVB=-0.0126676;RO=34;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189275;STB=0.613173;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0102987;OID=.;OPOS=44324727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:35:34:34:0.492754:22:12:19:15:22:12:20:15 chr22 44324730 . C T 359.33 PASS AF=0.544118;AO=34;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00317792;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9012;QD=21.1369;RBI=0.00350501;REFB=-0.00943505;REVB=-0.00147849;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157938;STB=0.593497;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00658776;OID=.;OPOS=44324730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:31:34:37:0.544118:21:13:17:13:23:14:18:13 chr22 44342116 . A G 619.92 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.121;QD=59.0398;RBI=0.0269445;REFB=-0.0277063;REVB=0.0115425;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000940613;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:18:23:0:0:18:23:0:1 chr22 44368122 . A G 317.13 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.016976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7059;QD=25.8879;RBI=0.0284359;REFB=0.00815982;REVB=0.0228126;RO=21;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10345;STB=0.557336;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00719279;OID=.;OPOS=44368122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:11:17:10:11:11:17:10:11 chr22 44368204 . A G 1245.25 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0697987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5697;QD=60.012;RBI=0.0709969;REFB=-0.0662367;REVB=-0.0129882;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000574729;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:0:1:41:41:0:1 chr22 44372632 . C T 90.58 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0132829;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.878;QD=15.0974;RBI=0.0142593;REFB=-0.0346685;REVB=0.00518571;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0418292;OID=.;OPOS=44372632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:5:8:6:5:5:8 chr22 44379822 . T C,G 613.51 PASS AF=0.86,0;AO=39,4;DP=50;FAO=43,0;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=28,0;FSAR=15,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0011611,-0.0333857;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=166.42,44.9646;QD=49.081;RBI=0.0481875,0.0524301;REFB=0.0355524,-0.0237843;REVB=0.0481735,-0.0404266;RO=3;SAF=25,3;SAR=14,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00372627,0.0725463;STB=0.55443,0.5;STBP=0.076,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00189051,0;OID=.,.;OPOS=44379822,44379822;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:50:50:3:7:39,4:43,0:0.86,0:14,1:25,3:2:1:15,0:28,0:2:5 chr22 44379838 . A G 700.22 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225705;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.449;QD=52.8465;RBI=0.0314067;REFB=-0.116137;REVB=0.0218393;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00227299;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:53:1:1:51:52:0.981132:24:27:1:0:24:28:1:0 chr22 44386281 . C T 350.75 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0188571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6451;QD=15.4175;RBI=0.0251125;REFB=-0.00935199;REVB=0.0165846;RO=52;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589608;STB=0.540125;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0112044;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:53:38:38:0.417582:24:14:22:30:24:14:23:30 chr22 44395451 . T C 164.11 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0404995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7134;QD=17.2749;RBI=0.0405865;REFB=-0.0370704;REVB=0.00265686;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844149;STB=0.559813;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0420107;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:7:10:10:10:7:11:10:10 chr22 44489868 . T C 426.44 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8411;QD=56.8588;RBI=0.0772161;REFB=0;REVB=-0.0626013;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150972;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr22 44489896 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.483;QD=52.6112;RBI=0.101532;REFB=0;REVB=0.00995996;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039161;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr22 44546582 . A G 358.07 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0276877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.867;QD=19.6202;RBI=0.0298037;REFB=-0.0204555;REVB=-0.0110295;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842007;STB=0.533614;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0160252;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:36:37:37:0.506849:21:16:18:16:21:16:18:18 chr22 44582499 . T C,G 719.83 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=47,2;DP=49;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213624,0.00243839;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.447,133.582;QD=56.4574;RBI=0.0218155,0.0220028;REFB=0,0;REVB=0.00442309,0.0218673;RO=0;SAF=28,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000480359,0.0585749;OID=.,.;OPOS=44582499,44582499;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:49:51:0:0:47,2:50,1:0.980392,0.0196078:19,0:28,2:0:0:19,0:31,1:0:0 chr22 44594584 . C G 334.4 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00911039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.644;QD=19.3857;RBI=0.0145042;REFB=-0.0142477;REVB=0.0112859;RO=32;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193365;STB=0.621709;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0158346;OID=.;OPOS=44594584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:34:35:35:0.507246:22:13:19:13:22:13:21:13 chr22 44602229 . A C 1442.29 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104033;FXX=0.0480723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.258;QD=58.2745;RBI=0.0225039;REFB=-0.122218;REVB=0.0199549;RO=0;SAF=75;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31921e-08;STB=0.503225;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000852626;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:99:0:1:96:98:0.989899:21:75:0:0:21:77:1:0 chr22 44891370 . T C 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.011682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.029;QD=18.3452;RBI=0.0119952;REFB=-0.00299026;REVB=0.00272297;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281066;STB=0.659813;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00370714;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:6:12:6:11:6:12 chr22 44893563 . A G 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0124254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.738;QD=13.4846;RBI=0.0390483;REFB=-0.0385949;REVB=-0.0370186;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176743;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0424155;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:4:7:4:5:4:7 chr22 44965320 . G A 164.94 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00938741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9216;QD=11.5747;RBI=0.0476717;REFB=-0.0122784;REVB=0.0467382;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724467;STB=0.535679;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0247181;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:15:6:12:23:15:6:12:24 chr22 45075738 . T C 556.75 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.894;QD=60.1886;RBI=0.0218017;REFB=0;REVB=0.013608;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09594e-05;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:26:10:0:0:26:11:0:0 chr22 45126775 . TA AC,CA 1387.94 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=4,83;DP=90;FAO=3,87;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231661,-0.0186723;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=46.0922,87.7306;QD=61.6863;RBI=0.0315473,0.0296048;REFB=0,0;REVB=-0.021414,0.0229737;RO=0;SAF=4,29;SAR=0,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0595398,-0.00373059;OID=.,.;OPOS=45126775,45126775;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:90:90:0:0:4,83:3,87:0.0333333,0.966667:0,54:4,29:0:0:0,54:3,33:0:0 chr22 45128232 . T C 422.85 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=55;FWDB=0.0119515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3392;QD=13.7512;RBI=0.0183158;REFB=-0.0143027;REVB=-0.0138791;RO=71;SAF=12;SAR=37;SRF=17;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00778465;STB=0.509547;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00923454;OID=.;OPOS=45128232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:74:49:49:0.398374:37:12:17:54:37:12:19:55 chr22 45198009 . A G 449.5 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9086;QD=56.1877;RBI=0.0813351;REFB=0;REVB=-0.0355547;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114119;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:9:21:0:0:10:22:0:0 chr22 45221398 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0149598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.945;QD=22.9572;RBI=0.0169107;REFB=0.00919449;REVB=0.00788509;RO=11;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323044;STB=0.683952;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00369546;OID=.;OPOS=45221398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:13:3:6:5:13:3:6:5 chr22 45244930 . C T 242.68 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0657489;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.96;QD=18.6673;RBI=0.0661941;REFB=0.00299694;REVB=0.00766469;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00478813;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:26:26:26:0.5:17:9:8:17:17:9:9:17 chr22 45255580 . G C 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0362698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.655;QD=12.7371;RBI=0.0374255;REFB=-0.0339662;REVB=-0.00922836;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755148;STB=0.51722;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0613453;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:9:7:12:15:9:7:13:15 chr22 45255637 . G C 982.55 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9872;QD=56.1458;RBI=0.0523893;REFB=-0.0978545;REVB=-0.0510066;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.516124;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00137138;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:70:1:2:67:68:0.971429:38:29:1:0:38:30:2:0 chr22 45258324 . C T 158.67 PASS AF=0.309859;AO=21;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0543854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.897;QD=8.9391;RBI=0.0555872;REFB=-0.00480996;REVB=-0.0114964;RO=47;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714285;STB=0.524399;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0119793;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:49:21:22:0.309859:12:9:23:24:12:10:24:25 chr22 45277909 . A G 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.016191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.615;QD=17.4268;RBI=0.018135;REFB=-0.0225021;REVB=0.00816894;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269215;STB=0.653306;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0261238;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:8:15:7:12:8:15 chr22 45278187 . A T 561.11 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144407;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.485;QD=60.6605;RBI=0.0187756;REFB=0;REVB=-0.0119994;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82557e-06;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr22 45566843 . A G 277.65 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00429964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.073;QD=23.6295;RBI=0.0125496;REFB=-0.00124105;REVB=0.0117901;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251022;STB=0.625311;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00114314;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:16:9:14:7:16:10:14:7 chr22 45566912 . C A 131.25 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00675223;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.032;QD=13.4612;RBI=0.010017;REFB=-0.00196849;REVB=-0.00739911;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827523;STB=0.562416;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00259841;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:24:15:15:0.384615:9:6:11:12:9:6:12:12 chr22 45577231 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000207584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.328;QD=17.1566;RBI=0.0117985;REFB=-0.0147566;REVB=0.0117966;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116975;STB=0.555489;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0103921;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:11:6:9:10:11:6:9:11 chr22 45580789 . C A 200.66 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00315656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9246;QD=15.1442;RBI=0.0745721;REFB=-0.0364053;REVB=-0.0745052;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448457;STB=0.525513;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0582018;OID=.;OPOS=45580789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:13:17:12:11:13:17 chr22 45583299 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAGA 123.93 PASS AF=0.0526316,0,0.578947,0.315789,0.0526316,0;AO=3,2,6,2,2,2;DP=19;FAO=1,0,11,6,1,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,2,2,0,0;FSAR=1,0,9,4,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.733119,-0.016873,-0.450379,-0.0663147,-0.29172,-0.113069;FXX=0.049975;HRUN=14,1,14,14,14,14;LEN=1,1,2,1,3,1;MLLD=4.05882,182.969,6.77188,182.535,6.30313,171.648;QD=26.0907;RBI=0.754838,0.0188562,0.460378,0.0669279,0.298734,0.113494;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=0.179767,0.00841782,0.0954286,0.00903889,0.0643543,0.00982113;RO=1;SAF=0,0,1,0,0,2;SAR=3,2,5,2,2,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0.0789211,0,0,0.697199;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,ins,del,snp,del,snp;VARB=-0.0923317,0.00844327,0.0520853,-0.0186599,0.130691,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=45583300,45583313,45583300,45583312,45583300,45583311;OREF=A,-,AA,A,AAA,A;OALT=-,G,-,G,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.0526316,0,0.578947,0.315789,0.0526316,0:3,2,6,2,2,2:19:1,0,11,6,1,0:19:0:0,0,2,2,0,0:1,0,9,4,1,0:0:0:28:1:0,0,1,0,0,2:3,2,5,2,2,0:0:1 chr22 45583898 . A G 703.95 PASS AF=0.94;AO=46;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00287682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.412;QD=56.3156;RBI=0.0101299;REFB=-0.0970558;REVB=0.00971277;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170451;STB=0.510634;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000808409;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:2:3:46:47:0.94:22:24:1:1:23:24:1:2 chr22 45592378 . T C 353.79 PASS AF=0.4;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00891602;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9261;QD=13.4777;RBI=0.0168515;REFB=-0.0275088;REVB=0.0142996;RO=62;SAF=21;SAR=21;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509895;STB=0.523798;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0380107;OID=.;OPOS=45592378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:62:63:42:42:0.4:21:21:28:34:21:21:29:34 chr22 45681878 . C G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0414434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6028;QD=13.0879;RBI=0.042751;REFB=0.00886137;REVB=0.0104925;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410987;STB=0.740872;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0127668;OID=.;OPOS=45681878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:12:4:17:10:12:4:17:10 chr22 45683246 . C T 726.58 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.671;QD=61.8367;RBI=0.0793313;REFB=0;REVB=0.052209;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784821;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:43:47:1:26:17:0:0:28:19:0:0 chr22 45683304 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.755;QD=47.8224;RBI=0.0359896;REFB=0;REVB=-0.00693181;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80792e-05;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr22 45685002 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.814;QD=55.6559;RBI=0.0219549;REFB=0;REVB=0.0123453;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55531e-05;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr22 45691594 . A G 537.07 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8408;QD=58.0613;RBI=0.0537152;REFB=0;REVB=0.0530013;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148708;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:35:37:1:17:18:0:1:18:19:0:0 chr22 45723807 . G C 374.71 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0117224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.257;QD=26.2954;RBI=0.0654458;REFB=0.0209302;REVB=-0.0643874;RO=21;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817617;STB=0.544774;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.0120654;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:13:23:11:10:13:23:11:10 chr22 45723842 . G A 371.02 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0118746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.493;QD=27.483;RBI=0.0120802;REFB=-0.0121302;REVB=0.00221944;RO=18;SAF=23;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104391;STB=0.549459;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0051694;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:19:35:35:0.648148:12:23:9:9:12:23:10:9 chr22 45728370 . G A 260.05 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0353576;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.678;QD=18.9125;RBI=0.0404366;REFB=-0.0154658;REVB=0.0196203;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156464;STB=0.586898;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0153972;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:20:7:12:16:20:7 chr22 45767369 . A G 242.57 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00805462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7739;QD=22.5648;RBI=0.033641;REFB=-0.00282098;REVB=-0.0326625;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10094;STB=0.556403;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00303068;OID=.;OPOS=45767369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:12:8:12:11:12:8 chr22 45767391 . C T 95.95 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0125343;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.877;QD=10.9657;RBI=0.0248357;REFB=-0.00559585;REVB=-0.0214407;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257001;STB=0.66637;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0102395;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:35:24:23:12:12:0.342857:3:9:13:11:3:9:12:11 chr22 45767455 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.091;QD=53.2759;RBI=0.039141;REFB=0;REVB=-0.0142145;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019811;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr22 45782903 . T C 311.34 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0171104;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.46;QD=12.0909;RBI=0.0211443;REFB=-0.0102382;REVB=-0.0124223;RO=63;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260084;STB=0.514555;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0145605;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:63:65:38:38:0.368932:19:19:33:30:19:19:34:31 chr22 45789642 . A C 451.42 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809868;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6296;QD=58.2482;RBI=0.0545377;REFB=0;REVB=0.053933;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890995;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr22 45821887 . G A 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.93;QD=58.1339;RBI=0.0278366;REFB=0;REVB=0.027564;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118512;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr22 45821956 . C G 276.44 PASS AF=1;AO=12;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.107;QD=52.6547;RBI=0.13433;REFB=0;REVB=0.134078;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172685;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:21:0:0:12:21:1:4:8:0:0:13:8:0:0 chr22 45826880 . G A 730.48 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0962192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.667;QD=58.4386;RBI=0.0999012;REFB=-0.092948;REVB=0.0268721;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412433;STB=0.502537;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00257381;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:26:21:1:1:27:21:1:1 chr22 45898117 . T C 195.1 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0114076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5429;QD=12.587;RBI=0.0115159;REFB=-0.0230575;REVB=0.00157548;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209784;STB=0.622118;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0422295;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:36:38:24:24:0.387097:16:8:19:17:16:8:20:18 chr22 45898130 . A T 192.13 PASS AF=0.4;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.059403;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7296;QD=12.8089;RBI=0.0594365;REFB=-0.0292875;REVB=-0.0019936;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247221;STB=0.620587;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0444905;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:23:24:0.4:16:7:19:17:16:8:19:17 chr22 45923827 . A G 1585.55 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.642;QD=59.8321;RBI=0.010382;REFB=0;REVB=0.00114789;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29576e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:45:60:0:0:45:61:0:0 chr22 45937149 . C T 358.02 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0904876;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.469;QD=13.5102;RBI=0.0910408;REFB=-0.0238013;REVB=-0.0100203;RO=60;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594609;STB=0.533198;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0374915;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:64:42:42:0.396226:20:22:28:32:20:22:30:34 chr22 45961022 . G A 283.15 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00224632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6337;QD=23.1146;RBI=0.024991;REFB=-0.0179602;REVB=-0.0248898;RO=23;SAF=5;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216082;STB=0.595159;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0148971;OID=.;OPOS=45961022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:23:25:26:0.530612:20:5:9:14:20:6:9:14 chr22 45996239 . G A 681.33 PASS AF=0.463087;AO=65;DP=145;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.0135838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8206;QD=18.2908;RBI=0.0391066;REFB=-0.0216105;REVB=0.0366716;RO=79;SAF=32;SAR=33;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101112;STB=0.54314;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0414307;OID=.;OPOS=45996239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:79:80:65:69:0.463087:33:32:47:32:34:35:47:33 chr22 46318285 . A G 95.16 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000142387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8614;QD=11.1956;RBI=0.00280062;REFB=-0.00751861;REVB=0.002797;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363333;STB=0.521702;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0133544;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:14:8:4:8:14:8 chr22 46403039 . G A 557.45 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00487795;FXX=0.0149243;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.29;QD=16.8924;RBI=0.00703915;REFB=-0.00579894;REVB=0.00507496;RO=71;SAF=32;SAR=27;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897833;STB=0.557358;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00560937;OID=.;OPOS=46403039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:73:59:59:0.44697:27:32:32:39:27:32:32:41 chr22 46447714 . T C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0205769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.347;QD=14.6969;RBI=0.0205859;REFB=0.000690845;REVB=0.000610955;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172758;STB=0.599877;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00134152;OID=.;OPOS=46447714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:14:9:9:7:14:9 chr22 46493852 . C T 203.94 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0770175;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.305;QD=14.3115;RBI=0.077088;REFB=-0.0303551;REVB=-0.00329721;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07133;STB=0.540508;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0400603;OID=.;OPOS=46493852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:16:8:9:24:16:8:9:24 chr22 46677607 . T C 444.14 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0693024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3878;QD=52.2512;RBI=0.0758354;REFB=-0.217473;REVB=0.0307927;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026903;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:2:2:31:32:0.941176:16:15:1:1:16:16:1:1 chr22 46722400 . T C 483.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.528;QD=58.5692;RBI=0.0277286;REFB=0;REVB=-0.0174224;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0963e-05;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr22 46929692 . A G 178.58 PASS AF=0.32;AO=23;DP=74;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00927365;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.926;QD=9.5245;RBI=0.0162297;REFB=-0.0140964;REVB=-0.0133192;RO=51;SAF=8;SAR=15;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171195;STB=0.580137;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0248963;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:51:23:24:0.32:15:8:25:26:15:9:25:26 chr22 46931077 . G C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0214125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.756;QD=15.1604;RBI=0.0224904;REFB=-0.00956177;REVB=0.00687921;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454969;STB=0.526283;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.019367;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:12:10:8:8:12:10 chr22 46931402 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0326676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.077;QD=11.9196;RBI=0.0342262;REFB=-0.00123979;REVB=0.0102107;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318742;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00285386;OID=.;OPOS=46931402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:2:7:3:4:2:7 chr22 46931793 . G C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0235416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.304;QD=8.81109;RBI=0.0238506;REFB=-0.0226267;REVB=-0.00382664;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0313487;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:5:6:4:2:5:6 chr22 46931838 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00175337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.894;QD=13.631;RBI=0.00230331;REFB=0.00962608;REVB=-0.00149362;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.596769;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0158637;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:4:5:3:5:4:5 chr22 47058992 . T C 2281.07 PASS AF=0.92638;AO=145;DP=163;FAO=151;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=92;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0400282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2148;QD=55.9773;RBI=0.0623856;REFB=-0.0599902;REVB=-0.0478509;RO=4;SAF=86;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180671;STB=0.51102;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00246717;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:163:163:4:6:145:151:0.92638:59:86:1:3:59:92:2:4 chr22 47075462 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00332484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.423;QD=17.7323;RBI=0.0402008;REFB=-0.0343917;REVB=-0.0400631;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540683;STB=0.553204;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.029987;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:19:17:17:0.472222:10:7:6:11:10:7:6:13 chr22 47085924 . G A 284.29 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0148935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.742;QD=17.7678;RBI=0.0157989;REFB=-0.00810812;REVB=0.00527142;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566704;STB=0.531702;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00997462;OID=.;OPOS=47085924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:18:15:16:15:18:15 chr22 47185265 . G T 57.96 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00641726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9364;QD=13.6367;RBI=0.00790082;REFB=-0.00220686;REVB=0.00460889;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00199258;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:4:5:4:4:4:5 chr22 47311404 . A G,T 889.69 PASS AF=0.0483871,0.951613;AO=3,59;DP=63;FAO=3,59;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351578,-0.00617442;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.592,119.706;QD=57.3994;RBI=0.0407477,0.03623;REFB=0,0;REVB=0.0205986,0.0357;RO=0;SAF=2,33;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.00382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0368141,0.00163449;OID=.,.;OPOS=47311404,47311404;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:63:62:0:0:3,59:3,59:0.0483871,0.951613:1,26:2,33:0:0:1,26:2,33:0:0 chr22 47569571 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.208;QD=47.8221;RBI=0.0607448;REFB=0;REVB=0.0342716;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000828233;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr22 47569605 . G C 74.81 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3688;QD=37.4074;RBI=0.156657;REFB=0;REVB=0.141112;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146698;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr22 48023241 . G T 907.64 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123273;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.307;QD=56.7277;RBI=0.0146736;REFB=-0.0243399;REVB=-0.00795954;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000380158;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:32:31:1:0:32:31:1:0 chr22 48940553 . T C 648.89 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.916;QD=61.7989;RBI=0.0299587;REFB=0;REVB=0.00745395;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19096e-05;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:19:23:0:0 chr22 48940644 . C T 271.67 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0229872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4169;QD=14.6846;RBI=0.0364114;REFB=-0.0250225;REVB=-0.0282379;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852993;STB=0.548356;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0388275;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:14:17:20:23:14:17:20:23 chr22 48942315 . T G 508.46 PASS AF=0.644737;AO=42;DP=75;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0474165;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.3218;QD=26.7608;RBI=0.087329;REFB=-0.0784018;REVB=0.0733351;RO=17;SAF=37;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130474;STB=0.565189;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0359579;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:17:27:42:49:0.644737:5:37:13:4:10:39:18:9 chr22 49246723 . A C 734.37 PASS AF=0.448864;AO=78;DP=181;FAO=79;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=64;FWDB=-0.093533;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2093;QD=16.6902;RBI=0.0979236;REFB=-0.0322415;REVB=-0.0289932;RO=79;SAF=25;SAR=53;SRF=16;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130876;STB=0.512736;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0211194;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:176:79:96:78:79:0.448864:53:25:16:63:51:28:32:64 chr22 49834747 . C T 458.08 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00301186;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.965;QD=16.0728;RBI=0.0030889;REFB=-0.0227634;REVB=-0.000685577;RO=64;SAF=24;SAR=26;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902493;STB=0.560515;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0245395;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:63:50:51:0.447368:26:24:25:39:26:25:24:39 chr22 50017234 . A G 912.65 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6633;QD=57.946;RBI=0.0649316;REFB=0;REVB=0.0628171;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283935;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:58:63:1:28:30:0:0:33:30:0:0 chr22 50018045 . G A 118.11 PASS AF=0.714286;AO=11;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0688909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8751;QD=22.4972;RBI=0.106889;REFB=-0.179281;REVB=-0.0817266;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256744;OID=.;OPOS=50018045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:2:6:11:15:0.714286:5:6:1:1:5:10:4:2 chr22 50018069 . A G 355.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.594;QD=54.7075;RBI=0.0491394;REFB=0;REVB=0.013719;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247575;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:13:11:0:0:13:13:0:0 chr22 50018497 . G A 789.13 PASS AF=0.516779;AO=71;DP=143;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0676527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.32;QD=21.1848;RBI=0.0696613;REFB=-0.00947197;REVB=0.0166074;RO=69;SAF=29;SAR=42;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506802;STB=0.53466;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.009142;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:149:69:72:71:77:0.516779:42:29:32:37:45:32:35:37 chr22 50216605 . G A 61.66 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.000591422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.148;QD=12.3321;RBI=0.0553529;REFB=-0.0189831;REVB=0.0553497;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594079;STB=0.517197;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0145843;OID=.;OPOS=50216605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:20:10:11:8:8:0.4:2:6:7:3:2:6:8:3 chr22 50277835 . T C 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526243;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.25;QD=52.6748;RBI=0.010224;REFB=0;REVB=-0.00876566;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28971e-05;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr22 50277883 . A G 345.93 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452216;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.838;QD=55.3479;RBI=0.0454477;REFB=0;REVB=-0.00452751;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295744;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr22 50278438 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.163;QD=59.0183;RBI=0.00765247;REFB=0;REVB=-0.00733176;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66724e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:22:12:0:0 chr22 50278568 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.76;QD=48.7315;RBI=0.0591702;REFB=0;REVB=0.0148906;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371658;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr22 50278642 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.752;QD=55.0985;RBI=0.0827434;REFB=0;REVB=0.0289508;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258932;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr22 50280136 . T C 680.81 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177361;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.545;QD=60.5161;RBI=0.0249641;REFB=-0.0638724;REVB=0.017568;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00105027;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr22 50280924 . A AC 32.69 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00856383;FXX=0.0587889;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.9377;QD=8.17254;RBI=0.0705251;REFB=-0.0229808;REVB=-0.0700032;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.624609;STBP=0.495;TYPE=ins;VARB=0.0455257;OID=.;OPOS=50280925;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:17:6:16:10:3:3:7:3:32:11:3:3:7:4 chr22 50281917 . A G 709.86 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00715129;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.04;QD=54.6047;RBI=0.0134735;REFB=-0.160278;REVB=0.0114191;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000196044;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:0:1:51:51:0.980769:21:30:0:0:21:30:1:0 chr22 50315361 . G A 227.88 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0234142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7574;QD=11.5384;RBI=0.0241292;REFB=0.0077659;REVB=-0.00583039;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592706;STB=0.534222;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0112705;OID=.;OPOS=50315361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:15:13:21:30:15:13:21:30 chr22 50354819 . C A 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.988;QD=50.8356;RBI=0.0560123;REFB=-0.0554196;REVB=-0.0467911;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711625;STB=0.53843;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00576621;OID=.;OPOS=50354819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:6:19:0:1:6:19:0:1 chr22 50356693 . T C 240.03 PASS AF=0.42029;AO=24;DP=64;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0129074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.061;QD=13.9147;RBI=0.013187;REFB=-0.0256139;REVB=0.00270128;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149034;STB=0.616938;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0262309;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:37:40:24:29:0.42029:9:15:18:19:9:20:20:20 chr22 50435480 . A G 797.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.068;QD=56.9705;RBI=0.0982434;REFB=0;REVB=-0.0963805;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101559;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr22 50468907 . C G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00275715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.044;QD=21.3533;RBI=0.0116154;REFB=-0.0120228;REVB=-0.0112834;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29985;STB=0.67316;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0076884;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:2:11:5:4:2:11:5:4 chr22 50480108 . C T 231.31 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0433844;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3872;QD=12.1743;RBI=0.103103;REFB=0.0170531;REVB=0.0935304;RO=48;SAF=18;SAR=10;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161054;STB=0.592955;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0303705;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:48:28:28:0.368421:10:18:24:24:10:18:24:24 chr22 50529105 . T TG,TTG 352.09 PASS AF=0,0.789474;AO=5,16;DP=47;FAO=0,30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=0,18;FSAR=0,12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0184532,0.0190201;FXX=0.0499875;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=89.8688,99.6836;QD=37.0623;RBI=0.0692,0.0847562;REFB=-0.118872,-0.130569;REVB=0.0666943,0.0825945;RO=25;SAF=0,11;SAR=5,5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.686269,0.144556;STB=0.5,0.505491;STBP=1,0.926;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0471797;OID=.,.;OPOS=50529106,50529106;OREF=-,-;OALT=G,TG;OMAPALT=TG,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.789474:5,16:47:0,30:38:8:0,18:0,12:5:3:51:25:0,11:5,5:14:11 chr22 50547247 . A G 1102.06 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201245;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.189;QD=60.3869;RBI=0.00206878;REFB=0;REVB=-0.000479478;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30824e-06;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:45:27:0:0:45:28:0:0 chr22 50555619 . C T 1431.91 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0234446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.342;QD=56.1532;RBI=0.0335544;REFB=-0.0139132;REVB=0.0240052;RO=1;SAF=49;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958248;STB=0.515148;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000461794;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:102:1:3:99:99:0.970588:50:49:1:0:51:48:3:0 chr22 50585528 . G A 365.18 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011694;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.3688;QD=54.1014;RBI=0.0212385;REFB=0;REVB=0.0177292;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918312;OID=.;OPOS=50585528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:13:14:0:0 chr22 50646936 . G C 416.84 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00175424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5938;QD=47.6384;RBI=0.0118642;REFB=-0.0590686;REVB=0.0117338;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090009;STB=0.56246;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0122897;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:35:35:3:4:31:31:0.885714:17:14:3:0:17:14:4:0 chr22 50657010 . C G 901.83 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1326;QD=58.1826;RBI=0.130942;REFB=0;REVB=0.0392103;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843986;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr22 50658424 . T C 691.76 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487298;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5176;QD=62.8876;RBI=0.0495242;REFB=0;REVB=0.00883467;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868264;OID=.;OPOS=50658424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr22 50664612 . A G 1171.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1061;QD=60.8716;RBI=0.0403088;REFB=0;REVB=0.0216773;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48583e-05;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr22 50688348 . A G 908.28 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013413;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7229;QD=58.5987;RBI=0.0408631;REFB=0;REVB=0.038599;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136982;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chr22 50693521 . C T 55.87 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3593;QD=31.927;RBI=0.266058;REFB=0;REVB=0.146385;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0329808;OID=.;OPOS=50693521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:1:0:5:7:1:1:4:1:0:1:6:0:0 chr22 50693534 . A G 91.21 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.259;QD=36.4827;RBI=0.0443888;REFB=0;REVB=0.0289973;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894387;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:10:0:0:8:10:1:2:6:0:0:2:8:0:0 chr22 50693537 . C A,CA 124.29 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,2;DP=13;FAO=1,12;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255446,0.0263863;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=80.997,84.5482;QD=38.2439;RBI=0.118428,0.106256;REFB=0,0;REVB=0.11564,0.102928;RO=9;SAF=2,0;SAR=0,2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.476258,-0.751971;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0853205,-0.000409721;OID=.,.;OPOS=50693537,50693538;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:13:13:9:0:2,2:1,12:0.0769231,0.923077:0,2:2,0:8:1:0,3:1,9:0:0 chr22 50693538 . G A,C 120.74 PASS AF=0.769231,0.153846;AO=9,2;DP=13;FAO=10,2;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0;FSAR=1,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00320089,-0.0226304;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=122.726,15.4119;QD=37.1509;RBI=0.125904,0.110429;REFB=0.0044629,0.138841;REVB=0.125864,0.108085;RO=2;SAF=8,0;SAR=1,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0990128,-0.727176;STB=0.526264,0.993266;STBP=0.652,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.000569295,0.0412984;OID=.,.;OPOS=50693538,50693538;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:13:2:1:9,2:10,2:0.769231,0.153846:1,2:8,0:2:0:1,2:9,0:1:0 chr22 50693554 . A G 206.77 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.425;QD=48.6525;RBI=0.0479797;REFB=0;REVB=0.0344806;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344805;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:4:10:0:0:5:12:0:0 chr22 50694297 . A G 432.38 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.564;QD=54.0469;RBI=0.0463356;REFB=0.0306639;REVB=0.0399898;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.538436;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=3.75706e-06;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:31:31:0.96875:6:25:0:0:6:25:0:1 chr22 50696662 . C T 249.98 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0378257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4017;QD=43.4743;RBI=0.0489362;REFB=-0.13617;REVB=0.0310479;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571357;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00809839;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:23:0:2:21:21:0.913043:14:7:0:0:15:6:2:0 chr22 50705466 . A G 129.73 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000740229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.488;QD=34.5935;RBI=0.0289287;REFB=-0.0189563;REVB=-0.0289192;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149612;STB=0.571319;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000461187;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:15:2:2:12:13:0.866667:7:5:2:0:7:6:2:0 chr22 50713866 . G C 410.75 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.309;QD=56.6556;RBI=0.0504787;REFB=0;REVB=0.046789;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418145;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chr22 50716167 . G A 997.27 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.714;QD=57.8128;RBI=0.0639507;REFB=0;REVB=0.0496346;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168171;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:69:0:0:63:69:1:36:27:0:0:39:30:0:0 chr22 50719251 . A G 786.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.642;QD=64.1905;RBI=0.0273867;REFB=0;REVB=-0.0271916;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73982e-05;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr22 50720622 . C T 549.78 PASS AF=0.402685;AO=59;DP=148;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.00116448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7121;QD=14.7591;RBI=0.0550791;REFB=-0.00971664;REVB=0.0550668;RO=87;SAF=35;SAR=24;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105977;STB=0.553654;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0158114;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:87:89:59:60:0.402685:24:35:43:44:25:35:44:45 chr22 50722134 . T C,G 800.99 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=53,3;DP=56;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=31,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878825,0.0705855;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.569,107.536;QD=56.21;RBI=0.0879986,0.0708318;REFB=0,0;REVB=0.00451844,0.00590179;RO=0;SAF=22,1;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.76368e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00408328,0.10139;OID=.,.;OPOS=50722134,50722134;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:56:57:0:0:53,3:54,3:0.947368,0.0526316:31,2:22,1:0:0:31,2:23,1:0:0 chr22 50725553 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.326;QD=45.8067;RBI=0.0246126;REFB=0;REVB=0.0209342;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220777;OID=.;OPOS=50725553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr22 50728062 . T C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0363242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6534;QD=52.7681;RBI=0.0428451;REFB=-0.138891;REVB=0.0227213;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00320412;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:13:15:0:0:13:15:0:1 chr22 50751529 . G C 269.81 PASS AF=0.402597;AO=28;DP=73;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00671511;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=133.196;QD=14.0162;RBI=0.00676348;REFB=-0.0103173;REVB=-0.00080748;RO=16;SAF=6;SAR=22;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318952;STB=0.649194;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0155491;OID=.;OPOS=50751529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:16:46:28:31:0.402597:22:6:10:6:24:7:20:26 chr22 50752150 . C T 392.37 PASS AF=0.533333;AO=37;DP=73;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0270785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0637;QD=20.9265;RBI=0.0502333;REFB=-0.0348413;REVB=0.04231;RO=33;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823774;STB=0.521192;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0340611;OID=.;OPOS=50752150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:33:35:37:40:0.533333:12:25:25:8:13:27:25:10 chr22 50753334 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0235308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.076;QD=12.0152;RBI=0.0466324;REFB=-0.0340863;REVB=-0.0402603;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32987;STB=0.699353;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0534;OID=.;OPOS=50753334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:2:5:2:4:2:5 chr22 50754466 . C T 233.11 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00863406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.423;QD=15.5405;RBI=0.0138451;REFB=0.00151052;REVB=0.0108232;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149471;STB=0.501853;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00131966;OID=.;OPOS=50754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:26:27:0.45:13:13:16:17:14:13:16:17 chr22 50754648 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0137696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.977;QD=9.11042;RBI=0.0157679;REFB=-0.00315019;REVB=-0.0076828;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00507885;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:7:9:5:3:7:9 chr22 50757470 . T C 95.19 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0170569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.027;QD=11.1987;RBI=0.0225939;REFB=0.00316995;REVB=-0.0148171;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24837;STB=0.649732;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00675942;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:10:12:9:3:10:12 chr22 50877166 . G C 589.6 PASS AF=1;AO=26;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.265;QD=60.4715;RBI=0.0654457;REFB=0;REVB=0.0259477;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283544;OID=.;OPOS=50877166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:26:39:1:9:17:0:0:12:27:0:0 chr22 50895020 . C T 68.06 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896026;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4505;QD=38.889;RBI=0.0896026;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154316;OID=.;OPOS=50895020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr22 50898026 . G A 1565.18 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0415424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.355;QD=56.9156;RBI=0.0507937;REFB=-0.107823;REVB=0.0292272;RO=3;SAF=48;SAR=59;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287383;STB=0.515149;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00241856;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:110:3:3:107:107:0.972727:59:48:3:0:59:48:3:0 chr22 50901009 . C T 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.283;QD=62.9803;RBI=0.0369674;REFB=0;REVB=0.0310506;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109252;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr22 50923042 . C G 98.72 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340587;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7676;QD=35.8999;RBI=0.0766328;REFB=-0.0542215;REVB=0.0686483;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0124778;OID=.;OPOS=50923042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr22 50923217 . T C 284.85 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.574;QD=51.7912;RBI=0.0590397;REFB=0;REVB=0.0273446;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437683;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr22 50944163 . G A 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.078;QD=62.6669;RBI=0.07537;REFB=0;REVB=0.0272356;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394575;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr22 50961169 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.347;QD=35.5759;RBI=0.0240356;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142742;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr22 50962208 . T G 1487.29 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.189;QD=62.6227;RBI=0.0355938;REFB=0;REVB=0.0222519;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147974;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:95:0:0:93:95:1:37:56:0:0:38:57:0:0 chr22 50962782 . C G 549.14 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4623;QD=57.8043;RBI=0.0371088;REFB=-0.117693;REVB=-0.00525207;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00772724;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr22 50988062 . G T 1103.18 PASS AF=0.95;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0159486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2017;QD=55.1592;RBI=0.042169;REFB=-0.10599;REVB=-0.0390368;RO=4;SAF=35;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510575;STB=0.526309;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00981223;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:79:80:4:4:75:76:0.95:40:35:4:0:40:36:4:0 chr22 50988193 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.206;QD=35.5759;RBI=0.0373222;REFB=0;REVB=0.0283008;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172726;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr22 50989326 . A G 124.74 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2652;QD=38.3804;RBI=0.0736508;REFB=-0.185768;REVB=-0.0715;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0103325;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:13:13:0:1:12:12:0.923077:6:6:0:0:6:6:1:0 chr22 51011376 . G C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.291;QD=51.5087;RBI=0.0521608;REFB=0.0718301;REVB=0.00610162;RO=1;SAF=1;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303346;STB=0.6665;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000152504;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:25:1:1:0:25:1:1:0 chr22 51012311 . G T 786.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.248;QD=64.1857;RBI=0.0235864;REFB=0;REVB=0.0100006;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24629e-05;OID=.;OPOS=51012311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:31:18:0:0 chr22 51012358 . G C 519.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.598;QD=59.403;RBI=0.0384523;REFB=0;REVB=0.0270121;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224258;OID=.;OPOS=51012358;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr22 51012775 . C T 576.52 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00205728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4798;QD=52.4106;RBI=0.035039;REFB=0.0554215;REVB=0.0349786;RO=4;SAF=15;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225152;STB=0.512042;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00161278;OID=.;OPOS=51012775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:25:15:2:2:25:15:2:2 chr22 51015838 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8049;QD=52.6114;RBI=0.044394;REFB=0;REVB=-0.0330883;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143677;OID=.;OPOS=51015838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr22 51048400 . A G 331.19 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.346;QD=52.991;RBI=0.191307;REFB=0;REVB=0.0459518;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227718;OID=.;OPOS=51048400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:20:4:0:0:21:4:0:0 chr22 51048402 . GC G 118.21 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.053188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4037;QD=19.7018;RBI=0.113282;REFB=-0.0951771;REVB=0.10002;RO=6;SAF=1;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0.311321;SSEP=0;SSSB=-0.47811;STB=0.782197;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0453633;OID=.;OPOS=51048403;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:18:24:19:24:5:1:18:3:2:25:6:1:17:3:3 chr22 51063806 . G C 277.41 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00602156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.62;QD=18.4941;RBI=0.00929445;REFB=-0.0221004;REVB=-0.00708009;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025298;OID=.;OPOS=51063806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:16:14:14:16:16:14:14:16 chr22 51064416 . T C 417.84 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6991;QD=53.9149;RBI=0.0208703;REFB=-0.0212055;REVB=0.0121183;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000893799;OID=.;OPOS=51064416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:0:1:14:16:0:1 chr22 51160707 . G A 389.58 PASS AF=0.40708;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0708836;FXX=0.00877116;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.4843;QD=13.7906;RBI=0.0723459;REFB=-0.0273734;REVB=0.0144722;RO=63;SAF=27;SAR=18;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473649;STB=0.521062;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0346305;OID=.;OPOS=51160707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:63:67:45:46:0.40708:18:27:35:28:19:27:37:30 chr22 51171497 . G A 3163.39 PASS AF=0.957627;AO=172;DP=230;FAO=226;FDP=236;FR=.;FRO=10;FSAF=95;FSAR=131;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00614911;FXX=0.0125518;HRUN=6;LEN=1;MLLD=154.853;QD=53.6168;RBI=0.0316011;REFB=0.0200519;REVB=0.0309971;RO=0;SAF=50;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509609;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000481575;OID=.;OPOS=51171497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:230:236:0:10:172:226:0.957627:122:50:0:0:131:95:2:8 chrX 200860 . T C 476.35 PASS AF=0.519231;AO=44;DP=92;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0159329;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.995;QD=18.3211;RBI=0.0198643;REFB=-0.0495094;REVB=0.011863;RO=37;SAF=21;SAR=23;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230632;STB=0.592558;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0381593;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:104:37:50:44:54:0.519231:23:21:28:9:32:22:30:20 chrX 207362 . C T 557.08 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00937594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.426;QD=20.2576;RBI=0.0118064;REFB=-0.0159298;REVB=0.00717517;RO=53;SAF=33;SAR=24;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223604;STB=0.512311;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0115867;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:24:33:32:21:24:33:32:21 chrX 228903 . G A 413.6 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0471555;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.179;QD=51.7;RBI=0.0473015;REFB=-0.0649825;REVB=-0.00371457;RO=2;SAF=29;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452552;STB=0.749764;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00187916;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:32:2:2:30:30:0.9375:1:29:0:2:1:29:0:2 chrX 228940 . A G 390.6 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0567825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6781;QD=44.6399;RBI=0.0642748;REFB=-0.0269482;REVB=0.0301165;RO=6;SAF=29;SAR=0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.86967;STB=0.730878;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00981667;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:6:5:29:30:0.857143:0:29:3:3:1:29:3:2 chrX 229137 . A G 832.91 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00879329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0406;QD=55.5276;RBI=0.0875291;REFB=-0.0411972;REVB=0.0870863;RO=0;SAF=52;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504671;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00425715;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:60:0:1:56:59:0.983333:4:52:0:0:6:53:1:0 chrX 229389 . G GTACCCC 49.89 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=6;MLLD=267.668;QD=33.2611;RBI=0.000770445;REFB=0;REVB=-0.000770445;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.14772e-05;OID=.;OPOS=229390;OREF=-;OALT=TACCCC;OMAPALT=GTACCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:7:6:6:0:0:6:0:0:4:1:0:5:0:1 chrX 229542 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.32;QD=41.8678;RBI=0.0484389;REFB=0.113858;REVB=0.0256446;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523778;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00405609;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:10:5:0:0:10:5:0:1 chrX 295132 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6203;QD=42.1809;RBI=0.0320078;REFB=0;REVB=-0.0200856;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026674;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chrX 295231 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000744394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.465;QD=53.9047;RBI=0.0233269;REFB=0;REVB=0.023315;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101496;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chrX 299362 . A G 625.92 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.632;QD=61.0652;RBI=0.0231914;REFB=0;REVB=0.0108641;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356475;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:18:23:0:0 chrX 299591 . A G 1464.89 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.463;QD=63.0062;RBI=0.0381966;REFB=0;REVB=-0.000374138;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07186e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:38:53:0:0:39:54:0:0 chrX 305984 . G A 78.44 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0778401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5725;QD=14.9411;RBI=0.077842;REFB=0.00572827;REVB=-0.000552639;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.517207;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00167565;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:2:8:7:3:3:8 chrX 306056 . G A 166.59 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0300229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.003;QD=31.7312;RBI=0.0351072;REFB=-0.0206869;REVB=0.0181973;RO=5;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164255;STB=0.50908;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0198392;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:7:9:3:2:7:9:3:2 chrX 306152 . T G 207.26 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.583;QD=48.7661;RBI=0.0999802;REFB=0;REVB=0.0889529;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037654;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:11:2:0:0:13:4:0:0 chrX 322161 . A G 2253.94 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.75;QD=63.4911;RBI=0.0430855;REFB=0;REVB=-0.0367071;RO=0;SAF=88;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83397e-05;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:53:88:0:0:53:89:0:0 chrX 322193 . C T 2754.84 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=181;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129778;FXX=0.0165737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1506;QD=61.9064;RBI=0.0229461;REFB=-0.158252;REVB=0.0189235;RO=1;SAF=105;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656568;STB=0.503448;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000707444;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:178:1:1:177:177:0.994382:72:105:0:1:72:105:0:1 chrX 610715 . C G 944.74 PASS AF=0.435345;AO=101;DP=235;FAO=101;FDP=232;FR=.;FRO=131;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=-0.0121823;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.798;QD=16.2886;RBI=0.0141685;REFB=-0.0101603;REVB=0.00723445;RO=127;SAF=55;SAR=46;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487791;STB=0.523087;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.013046;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:232:127:131:101:101:0.435345:46:55:63:64:46:55:66:65 chrX 970760 . G A 214.95 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.116224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.66;QD=19.995;RBI=0.116548;REFB=-0.0249999;REVB=-0.00869315;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510629;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0260757;OID=.;OPOS=970760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:21:22:0.511628:11:10:10:11:12:10:10:11 chrX 1422868 . G A 2684.17 PASS AF=0.988764;AO=172;DP=178;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00235185;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.383;QD=60.3184;RBI=0.0132037;REFB=-0.111981;REVB=0.0129926;RO=4;SAF=103;SAR=69;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181223;STB=0.504629;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=7.05628e-05;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:178:178:4:2:172:176:0.988764:69:103:4:0:69:107:2:0 chrX 1460740 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00245791;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.177;QD=18.1186;RBI=0.0135761;REFB=0.000453579;REVB=-0.0133517;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351087;STB=0.700371;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000898391;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:7:13:5:13:7:13 chrX 1506224 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0147715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.303;QD=24.1896;RBI=0.0204222;REFB=-0.0387475;REVB=0.0141021;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148851;OID=.;OPOS=1506224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:5:6:7:12:0.666667:3:4:2:3:8:4:2:4 chrX 1531648 . C T 2232.98 PASS AF=0.972973;AO=144;DP=148;FAO=144;FDP=148;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0302843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6824;QD=60.3508;RBI=0.0303016;REFB=-0.115244;REVB=-0.00102516;RO=3;SAF=73;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673608;STB=0.500188;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0033117;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:148:148:3:4:144:144:0.972973:71:73:1:2:71:73:2:2 chrX 1537002 . C G 1917.25 PASS AF=0.984375;AO=124;DP=127;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0396702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.065;QD=59.914;RBI=0.0442909;REFB=-0.196612;REVB=0.0196965;RO=2;SAF=57;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163764;STB=0.508473;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00533896;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:128:2:2:124:126:0.984375:67:57:2:0:68:58:2:0 chrX 1546792 . G A 410.73 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.795;QD=56.652;RBI=0.0353857;REFB=0;REVB=0.0150475;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62779e-05;OID=.;OPOS=1546792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:12:14:0:0:14:15:0:0 chrX 1546876 . AC CG,GC 719.32 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=2,42;DP=45;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336502,0.0108567;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=67.1782,103.028;QD=62.5497;RBI=0.0149345,0.0108883;REFB=0,0;REVB=-0.0145505,-0.000829635;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0419366,0.000534955;OID=.,.;OPOS=1546876,1546876;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:45:46:0:0:2,42:1,45:0.0217391,0.978261:2,19:0,23:0:0:1,21:0,24:0:0 chrX 1713021 . C T 492.43 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.0105421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7555;QD=16.0139;RBI=0.0138973;REFB=0.00589545;REVB=-0.00905522;RO=68;SAF=21;SAR=33;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699267;STB=0.533257;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00742236;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:69:54:54:0.439024:33:21:22:46:33:21:23:46 chrX 1718360 . G A 105.59 PASS AF=0.846154;AO=9;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0598252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2267;QD=32.489;RBI=0.145928;REFB=-0.131344;REVB=0.133102;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179867;STB=0.522347;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0157259;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:9:11:0.846154:5:4:1:1:7:4:1:1 chrX 2139186 . C T 1005.81 PASS AF=0.561404;AO=96;DP=172;FAO=96;FDP=171;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0351112;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.003;QD=23.5277;RBI=0.0356246;REFB=-0.0035822;REVB=0.00602581;RO=74;SAF=40;SAR=56;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542942;STB=0.525778;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00305339;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:74:75:96:96:0.561404:56:40:26:48:56:40:27:48 chrX 2139200 . T C 2412.83 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00393854;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.12;QD=60.3208;RBI=0.0083071;REFB=0.0172252;REVB=0.00731408;RO=0;SAF=62;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50259;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-5.64801e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:0:1:158:159:0.99375:96:62:0:0:96:63:0:1 chrX 2161129 . C G 294.85 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00150036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.257;QD=11.2323;RBI=0.0378676;REFB=-0.00971391;REVB=0.0378379;RO=68;SAF=12;SAR=25;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252636;STB=0.645676;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0250353;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:68:37:37:0.352381:25:12:37:31:25:12:37:31 chrX 2408437 . G A 247.33 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0166744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.077;QD=26.0342;RBI=0.0330727;REFB=-0.0501411;REVB=0.0285616;RO=13;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475754;STB=0.530779;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0356959;OID=.;OPOS=2408437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:15:23:23:0.605263:9:14:7:6:9:14:8:7 chrX 2609717 . G T 213.84 PASS AF=0.412698;AO=24;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00973254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.912;QD=13.5773;RBI=0.0285546;REFB=-0.0155977;REVB=0.0268448;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859044;STB=0.571375;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.02001;OID=.;OPOS=2609717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:37:24:26:0.412698:11:13:23:14:13:13:23:14 chrX 2645366 . G C 1285.33 PASS AF=0.439873;AO=139;DP=315;FAO=139;FDP=316;FR=.;FRO=177;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=73;FSRR=104;FWDB=0.00308572;FXX=0.00628911;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.102;QD=16.27;RBI=0.00319788;REFB=-0.00843288;REVB=-0.000839511;RO=175;SAF=52;SAR=87;SRF=73;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455725;STB=0.522657;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0104241;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:316:175:177:139:139:0.439873:87:52:73:102:87:52:73:104 chrX 2656261 . A G 1281.0 PASS AF=0.568075;AO=121;DP=213;FAO=121;FDP=213;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00923854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.123;QD=24.0563;RBI=0.0259163;REFB=-0.0247485;REVB=-0.0242137;RO=90;SAF=48;SAR=73;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117958;STB=0.512217;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0177579;OID=.;OPOS=2656261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:90:92:121:121:0.568075:73:48:37:53:73:48:39:53 chrX 2656283 . A T 810.71 PASS AF=0.533333;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0663335;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.95;QD=21.6188;RBI=0.0669783;REFB=-0.0121193;REVB=0.00927135;RO=70;SAF=31;SAR=49;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238865;STB=0.513086;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00975094;OID=.;OPOS=2656283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:70:70:80:80:0.533333:49:31:29:41:49:31:29:41 chrX 2715425 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.108;QD=48.7372;RBI=0.0387286;REFB=0;REVB=-0.0135516;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181333;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chrX 2724760 . T C 505.04 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.994;QD=59.4164;RBI=0.109085;REFB=0;REVB=0.109063;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453175;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:28:34:1:18:10:0:0:24:10:0:0 chrX 2748253 . G C 890.97 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440598;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.596;QD=58.424;RBI=0.0637893;REFB=0;REVB=0.0461281;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020523;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:27:33:0:0:27:34:0:0 chrX 2777985 . C T 1877.53 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9714;QD=61.5585;RBI=0.0251881;REFB=0;REVB=0.00993155;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120688;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:70:52:0:0:70:52:0:0 chrX 2779570 . A G 1434.2 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5428;QD=63.0418;RBI=0.019216;REFB=0;REVB=0.0157796;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68239e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:59:32:0:0:59:32:0:0 chrX 2832668 . A G 107.59 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0296287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.626;QD=7.82449;RBI=0.0361611;REFB=-0.00296342;REVB=-0.0207309;RO=40;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205727;STB=0.62361;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00559665;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:7:8:28:12:7:8:28:12 chrX 2832696 . T C 147.35 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00345916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.111;QD=8.93051;RBI=0.00612775;REFB=-0.00931419;REVB=0.00505802;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187017;STB=0.604589;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0287408;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:46:20:20:0.30303:9:11:31:13:9:11:32:14 chrX 2832708 . G T 156.11 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.000987193;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.724;QD=9.32009;RBI=0.00903146;REFB=-0.00789783;REVB=-0.00897734;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20326;STB=0.61949;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0167551;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:43:46:21:21:0.313433:10:11:30:13:10:11:32:14 chrX 2832715 . T C 164.47 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00596983;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6298;QD=9.67451;RBI=0.00668401;REFB=-0.0134146;REVB=0.00300616;RO=47;SAF=11;SAR=10;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187158;STB=0.588964;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0349351;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:46:21:22:0.323529:10:11:32:15:10:12:31:15 chrX 2832742 . G C 203.26 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00880673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4906;QD=10.8405;RBI=0.019583;REFB=-0.0163239;REVB=-0.0174911;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149776;STB=0.586602;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0361589;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:13:13:31:18:13:13:31:18 chrX 2832771 . C T 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0401156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.924;QD=10.8313;RBI=0.042034;REFB=0.0047686;REVB=-0.0125535;RO=50;SAF=13;SAR=13;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905804;STB=0.552592;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00838511;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:13:13:29:21:13:13:29:21 chrX 2832787 . A G 197.9 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00499702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.697;QD=11.1492;RBI=0.0133637;REFB=-0.0190768;REVB=0.0123943;RO=46;SAF=12;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143289;STB=0.582895;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0212599;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:13:12:28:18:13:12:28:18 chrX 2833643 . C A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00579552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.384;QD=5.44272;RBI=0.012705;REFB=-0.00601872;REVB=-0.0113062;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176343;STB=0.575523;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0257265;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:4:2:4:15:4:2:5:15 chrX 2835863 . G T 621.11 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0097531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.312;QD=15.6254;RBI=0.0148446;REFB=-0.00324691;REVB=-0.011191;RO=88;SAF=29;SAR=40;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466329;STB=0.526698;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0039891;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:90:69:69:0.433962:40:29:41:47:40:29:42:48 chrX 2835964 . G A 418.57 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00372285;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.664;QD=17.8114;RBI=0.0223553;REFB=-0.0106144;REVB=0.0220431;RO=46;SAF=16;SAR=27;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401942;STB=0.509351;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00980799;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:46:50:43:44:0.468085:27:16:19:27:28:16:19:31 chrX 2835985 . G A 212.39 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0993172;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6404;QD=12.1365;RBI=0.119234;REFB=-0.0864969;REVB=0.0659758;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869012;STB=0.533048;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.178503;OID=.;OPOS=2835985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:39:29:31:0.442857:19:10:15:20:20:11:16:23 chrX 2835989 . A C 250.71 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0185762;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.821;QD=14.5341;RBI=0.0198596;REFB=-0.0130283;REVB=0.00702325;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712137;STB=0.549804;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0132945;OID=.;OPOS=2835989;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:19:10:16:23:19:10:17:23 chrX 2835993 . G A 230.57 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0431475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8204;QD=14.4104;RBI=0.0432363;REFB=0.0215168;REVB=-0.00277021;RO=36;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612872;STB=0.54542;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0233794;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:37:27:27:0.421875:18:9:14:22:18:9:15:22 chrX 2835995 . C A 164.4 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=59;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0568803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.466;QD=10.7802;RBI=0.0670529;REFB=-0.0457763;REVB=0.0355067;RO=35;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273874;STB=0.509277;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0463878;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:35:35:24:26:0.42623:15:9:14:21:16:10:14:21 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C 140.45 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.020557;FXX=0.081616;HRUN=3;LEN=9;MLLD=257.646;QD=12.4846;RBI=0.0213226;REFB=-0.00223275;REVB=0.00566255;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113182;STB=0.54834;STBP=0.547;TYPE=del;VARB=0.00250369;OID=.;OPOS=2835999;OREF=CCACGCCGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:20:47:21:45:24:7:14:10:14:99:22:6:14:9:13 chrX 2836041 . A T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0145604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.938;QD=17.1566;RBI=0.0223792;REFB=-0.0240411;REVB=-0.0169948;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244692;STB=0.622504;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0335038;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:8:9:5:14:8:9:6:14 chrX 2836047 . C T 132.78 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0345639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.889;QD=15.175;RBI=0.0347685;REFB=-0.0251497;REVB=-0.00376617;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228813;STB=0.631413;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0190619;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:6:14:7:8:6:14 chrX 2836060 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0136222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.611;QD=10.3788;RBI=0.031572;REFB=0.00203533;REVB=-0.028482;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363009;STB=0.71749;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00688228;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:5:11:3:6:5:11 chrX 2836138 . G A 46.28 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000108242;FXX=0.0416493;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.21;QD=8.0486;RBI=0.0227487;REFB=-0.00851717;REVB=-0.0227484;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185114;STB=0.633776;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.024596;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:9:6:4:3:10:6 chrX 2836181 . A T 64.35 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00971039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.345;QD=10.2964;RBI=0.0600625;REFB=-0.00234437;REVB=0.0592724;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160269;STB=0.529345;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00354792;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:16:16:8:9:0.36:2:6:10:6:3:6:10:6 chrX 2836184 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0101144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5942;QD=10.3792;RBI=0.0564218;REFB=-0.00427356;REVB=-0.0555079;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484;STB=0.529345;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00173259;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:10:6:3:6:10:6 chrX 2836211 . A T 60.09 PASS AF=0.36;AO=7;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00311081;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.951;QD=9.61487;RBI=0.0139846;REFB=0.0028579;REVB=-0.0136342;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885977;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00130138;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:25:25:14:16:7:9:0.36:2:5:9:5:4:5:9:7 chrX 2836238 . G A 86.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0418019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0916;QD=12.3278;RBI=0.047567;REFB=-0.000584753;REVB=0.0226986;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444202;STB=0.526268;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0044269;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:7:10:6:5:7:10 chrX 2852951 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.111;QD=56.9369;RBI=0.044597;REFB=0;REVB=-0.00831964;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171115;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chrX 2856155 . C T 539.58 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.424;QD=59.9538;RBI=0.0950366;REFB=0;REVB=0.0915662;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375194;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:10:24:0:0:12:24:0:0 chrX 2942109 . T C 606.07 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0495974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1953;QD=56.3786;RBI=0.0587674;REFB=-0.0574922;REVB=0.0315231;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223561;STB=0.50171;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00929802;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:40:41:0.953488:21:19:1:1:22:19:1:1 chrX 3002687 . A G 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6908;QD=34.6606;RBI=0.0210679;REFB=0.0705197;REVB=-0.00348502;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0371118;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:0:1:10:10:0.909091:9:1:0:0:9:1:0:1 chrX 3228411 . G A 222.93 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.874;QD=49.5404;RBI=0.0192889;REFB=0;REVB=-0.0183453;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113522;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chrX 3228891 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.375;QD=62.0206;RBI=0.01659;REFB=0;REVB=0.0089949;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74457e-05;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chrX 3235724 . C T 1599.12 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00375048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.047;QD=57.1114;RBI=0.0173534;REFB=-0.0457643;REVB=0.0169432;RO=3;SAF=70;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169865;STB=0.508954;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000144151;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:3:3:109:109:0.973214:39:70:1:2:39:70:1:2 chrX 3238167 . T G 1409.0 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.138;QD=62.6223;RBI=0.034341;REFB=0;REVB=0.0337282;RO=0;SAF=22;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25936e-05;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:66:22:0:0:68:22:0:0 chrX 3238733 . G A 770.59 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2472;QD=55.0423;RBI=0.0188921;REFB=-0.0115711;REVB=0.0139193;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129164;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000628608;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:36:19:0:1:36:19:0:1 chrX 3239545 . C T 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8329;QD=56.6914;RBI=0.0548517;REFB=0;REVB=-0.0437616;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186223;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chrX 3240343 . G A 724.95 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0517863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5397;QD=59.1794;RBI=0.0522859;REFB=-0.120982;REVB=0.00721071;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519992;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00306962;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:49:0:2:45:47:0.959184:21:24:0:0:23:24:2:0 chrX 3241050 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.077;QD=56.7047;RBI=0.0244514;REFB=0;REVB=-0.0191251;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030701;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chrX 3241256 . T C 454.85 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281679;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6248;QD=58.6899;RBI=0.0285921;REFB=0;REVB=0.00490649;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306708;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chrX 3241284 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.319;QD=58.5856;RBI=0.0178668;REFB=0;REVB=0.00897489;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47228e-05;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chrX 3241317 . T C,G 436.29 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=29,2;DP=31;FAO=29,3;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16,3;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228325,-0.00667948;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.695,75.4481;QD=54.5359;RBI=0.0248183,0.00770393;REFB=0,0;REVB=-0.00972746,0.00383863;RO=0;SAF=17,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.0947e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00441758,0.0288644;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:31:32:0:0:29,2:29,3:0.90625,0.09375:12,0:17,2:0:0:13,0:16,3:0:0 chrX 3241791 . G A 556.55 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.082;QD=60.1674;RBI=0.014851;REFB=0;REVB=-0.013337;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.83083e-05;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chrX 3261847 . G C 44.27 PASS AF=0.140625;AO=8;DP=63;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0754071;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1819;QD=2.76686;RBI=0.0819213;REFB=-0.0066892;REVB=-0.0320137;RO=54;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222138;STB=0.524421;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0957028;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:63:64:54:55:8:9:0.140625:4:4:26:28:5:4:26:29 chrX 5810090 . A G 227.55 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0793845;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1286;QD=45.5108;RBI=0.12262;REFB=-0.139203;REVB=0.0934543;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00753647;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:18:19:0.95:13:5:1:0:13:6:1:0 chrX 6451856 . A G 198.84 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00362338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.741;QD=19.399;RBI=0.0456955;REFB=-0.0236176;REVB=-0.0455516;RO=17;SAF=2;SAR=18;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604133;STB=0.875265;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0281038;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:21:20:20:0.487805:18:2:12:5:18:2:16:5 chrX 6975752 . G T 212.83 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0435534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4475;QD=37.013;RBI=0.0506229;REFB=-0.113225;REVB=-0.0258026;RO=4;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13106;STB=0.571357;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0952241;OID=.;OPOS=6975752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:12:7:0:4:12:7:0:4 chrX 6975782 . C G 464.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7607;QD=58.1182;RBI=0.0170153;REFB=0;REVB=-0.0144487;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263878;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chrX 6995315 . C G,T 875.04 PASS AF=0.031746,0.952381;AO=3,60;DP=63;FAO=2,60;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=2,39;FSAR=0,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0281162,-0.00538659;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.8752,217.878;QD=55.5578;RBI=0.107093,0.0346966;REFB=-0.0654425,0.0141918;REVB=0.103336,0.0342759;RO=0;SAF=3,39;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.506327;STBP=1,0.499;TYPE=snp,snp;VARB=0.104455,-2.39788e-05;OID=.,.;OPOS=6995315,6995315;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:63:63:0:1:3,60:2,60:0.031746,0.952381:0,21:3,39:0:0:0,21:2,39:1:0 chrX 7066051 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.772;QD=45.8068;RBI=0.0678592;REFB=0;REVB=0.0154631;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289854;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chrX 7812017 . C T 48.56 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0414458;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9877;QD=24.2789;RBI=0.04763;REFB=-0.111499;REVB=0.0234703;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0141197;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:8:1:2:6:6:0.75:4:2:1:0:4:2:2:0 chrX 8138080 . G C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3227;QD=43.0156;RBI=0.0229636;REFB=0.0230155;REVB=0.0169936;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00162811;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:0:1:7:9:0:1 chrX 8138160 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6169;QD=43.4844;RBI=0.0521297;REFB=0;REVB=-0.0400629;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00375343;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chrX 8138165 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.253;QD=43.4862;RBI=0.0361779;REFB=0;REVB=-0.0117475;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519103;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chrX 8138170 . CT GC 107.7 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686913;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.061;QD=39.164;RBI=0.177834;REFB=0;REVB=0.164032;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00492435;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chrX 8138182 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.499;QD=40.7629;RBI=0.0163133;REFB=0;REVB=-0.0154723;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98578e-05;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chrX 8503641 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1634;QD=53.2746;RBI=0.0623969;REFB=0;REVB=-0.0614062;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00128751;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chrX 8504833 . C T 782.58 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651518;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.73;QD=54.9181;RBI=0.0752802;REFB=-0.0569083;REVB=-0.0377142;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183695;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:0:55:57:1:24:31:0:0:26:31:0:0 chrX 9370301 . TATAG TAAAT,T 219.99 PASS AF=0.0384615,0.903846;AO=6,25;DP=43;FAO=2,47;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=0,32;FSAR=2,15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0395387,-0.0779454;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=142.902,67.1707;QD=16.9224;RBI=0.0397661,0.0787245;REFB=-0.0191661,-0.0825207;REVB=-0.00424672,0.0110488;RO=0;SAF=0,21;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.661e-08;STB=0.993997,0.500978;STBP=0.169,0.949;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0634105,0.0228406;OID=.,.;OPOS=9370303,9370302;OREF=TAG,ATAG;OALT=AAT,-;OMAPALT=TAAAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0384615,0.903846:6,25:43:2,47:52:3:0,32:2,15:2:1:27:0:0,21:6,4:0:0 chrX 9684778 . G A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000847966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.808;QD=61.6813;RBI=0.056666;REFB=0;REVB=-0.0566596;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258386;OID=.;OPOS=9684778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chrX 9859098 . A G 2301.65 PASS AF=1;AO=149;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164863;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.452;QD=60.9709;RBI=0.0183079;REFB=0;REVB=-0.00796113;RO=0;SAF=85;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45003e-05;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:149:151:1:64:85:0:0:66:85:0:0 chrX 10085674 . T C 145.44 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.524;QD=44.7494;RBI=0.0603169;REFB=0;REVB=0.0416014;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62081e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:7:4:0:0:8:5:0:0 chrX 10202343 . C T 164.43 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403808;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.743;QD=46.9787;RBI=0.0412186;REFB=0;REVB=0.00826817;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127234;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chrX 12725701 . C G 1500.98 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142986;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.654;QD=60.0392;RBI=0.0398704;REFB=0;REVB=0.0372182;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20872e-05;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chrX 12809661 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.298;QD=35.5758;RBI=0.0538602;REFB=0;REVB=0.0386468;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168174;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrX 12939928 . T C 284.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.53;QD=51.8019;RBI=0.0441931;REFB=0;REVB=0.0441406;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152814;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:10:10:0:0:11:11:0:0 chrX 15332558 . A G 868.1 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1163;QD=57.8735;RBI=0.0149732;REFB=0;REVB=0.0148801;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30223e-05;OID=.;OPOS=15332558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chrX 15838366 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.736;QD=61.3747;RBI=0.0273476;REFB=0;REVB=-0.0178813;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9831e-05;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chrX 16859628 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.553;QD=59.5016;RBI=0.0235908;REFB=0;REVB=0.0225989;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50104e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chrX 16860134 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5143;QD=42.1826;RBI=0.0374978;REFB=0;REVB=0.0374978;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019125;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chrX 17166219 . C T 854.0 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.864;QD=55.9997;RBI=0.0132332;REFB=-0.109659;REVB=-0.00183834;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000814887;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:58:60:0.983607:26:32:0:1:27:33:0:1 chrX 17705849 . TC CT,TCT 1484.45 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=6,93;DP=115;FAO=2,112;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=2,68;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679274,0.0190311;FXX=0.0086949;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=7.04347,20.6063;QD=52.086;RBI=0.0933906,0.0288454;REFB=0,0;REVB=0.0640911,0.0216766;RO=3;SAF=6,59;SAR=0,34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.754681,-0.00205988;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.084804,-0.00011348;OID=.,.;OPOS=17705849,17705851;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:115:114:3:0:6,93:2,112:0.0175439,0.982456:0,34:6,59:2:1:0,44:2,68:0:0 chrX 17745878 . G GA 32.3 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=33;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00534888;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.21217;QD=4.78514;RBI=0.0716578;REFB=-0.0850625;REVB=-0.0714578;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117753;STB=0.583179;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.0656443;OID=.;OPOS=17745879;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:9:33:11:27:16:4:7:8:8:32:20:4:5:11:9 chrX 17819377 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.195;QD=33.4284;RBI=0.0846336;REFB=0;REVB=0.0161946;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216332;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 18195834 . G A 958.54 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.96;QD=57.2264;RBI=0.0172816;REFB=0.0256509;REVB=0.00953806;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129446;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=2.62914e-05;OID=.;OPOS=18195834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:36:30:0:1:36:30:0:1 chrX 18230715 . A C 674.08 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207232;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.877;QD=58.6152;RBI=0.0213008;REFB=-0.0126107;REVB=0.00492684;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000255721;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:46:1:1:43:45:0.978261:24:19:0:1:26:19:0:1 chrX 18342034 . G A 1212.19 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102335;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.949;QD=61.3767;RBI=0.0153254;REFB=0;REVB=0.0114081;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.128e-06;OID=.;OPOS=18342034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:41:38:0:0 chrX 19041592 . C T 1148.32 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0288788;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.103;QD=58.143;RBI=0.0295958;REFB=-0.0505708;REVB=0.00647519;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502198;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00041936;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:0:2:77:77:0.974684:45:32:0:0:45:32:1:1 chrX 19482476 . C T 188.9 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.265128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0087;QD=44.4463;RBI=0.26552;REFB=0;REVB=0.0144159;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00934833;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:2:0:15:17:1:9:6:2:0:9:8:0:0 chrX 21861434 . A G 1825.26 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101854;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.59;QD=61.3533;RBI=0.00668511;REFB=0;REVB=-0.00660707;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1637e-05;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:66:53:0:0:66:53:0:0 chrX 21876112 . A G 177.92 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0898875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8163;QD=41.8633;RBI=0.100516;REFB=-0.139995;REVB=0.0449853;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00842629;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:15:16:0.941176:8:7:1:0:9:7:1:0 chrX 23019399 . A G 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.735;QD=56.6994;RBI=0.0348602;REFB=0;REVB=0.027431;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76881e-05;OID=.;OPOS=23019399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chrX 23928489 . C T 358.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4811;QD=55.077;RBI=0.0442988;REFB=0;REVB=0.0204962;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465149;OID=.;OPOS=23928489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chrX 24232095 . C T 1213.37 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.292;QD=59.9195;RBI=0.0233236;REFB=-0.164104;REVB=0.0147373;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000300354;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:1:0:43:37:1:0 chrX 24381387 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.687;QD=49.5992;RBI=0.0279237;REFB=0;REVB=-0.0129907;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151533;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chrX 24382950 . G A 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6828;QD=56.1667;RBI=0.0644678;REFB=0;REVB=0.0590095;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198916;OID=.;OPOS=24382950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chrX 24383061 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.954;QD=59.4351;RBI=0.0550238;REFB=0;REVB=-0.02688;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284825;OID=.;OPOS=24383061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chrX 24578803 . C T 624.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3609;QD=60.9638;RBI=0.0440208;REFB=0;REVB=-0.0432907;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256052;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chrX 24751958 . T C 1366.41 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000519539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.917;QD=62.1095;RBI=0.0454046;REFB=0;REVB=0.0454016;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34571e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:47:39:0:0:49:39:0:0 chrX 26157220 . C T 1119.65 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=83;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0135289;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.957;QD=54.6173;RBI=0.0138441;REFB=-0.126933;REVB=-0.00293704;RO=2;SAF=43;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215028;STB=0.50257;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00348278;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:82:2:5:77:77:0.939024:34:43:2:0:34:43:3:2 chrX 26157792 . C T 668.34 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0558021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3469;QD=58.1163;RBI=0.0563964;REFB=-0.1491;REVB=0.00816546;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218451;STB=0.50099;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00304357;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:46:46:1:2:44:44:0.956522:23:21:1:0:23:21:1:1 chrX 26212251 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6299;QD=35.5727;RBI=0.108532;REFB=0;REVB=-0.105354;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0102523;OID=.;OPOS=26212251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chrX 26212256 . G A 62.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.487;QD=35.5545;RBI=0.245203;REFB=0;REVB=0.243416;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00778237;OID=.;OPOS=26212256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chrX 26213020 . C T 221.33 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3437;QD=49.1849;RBI=0.0727129;REFB=0;REVB=0.063918;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00784526;OID=.;OPOS=26213020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:4:12:0:0:5:13:0:0 chrX 26213219 . T C 298.24 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.983;QD=51.8674;RBI=0.0144855;REFB=0;REVB=0.00807598;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647431;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:18:4:0:0:19:4:0:0 chrX 26213364 . T TTGTC,TTTGTC 342.92 PASS AF=0,0.928571;AO=3,23;DP=29;FAO=0,26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=0,8;FSAR=0,18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0289076,-0.0195386;FXX=0.0344709;HRUN=4,4;LEN=4,5;MLLD=289.21,307.825;QD=48.988;RBI=0.0478249,0.0449176;REFB=-0.0206748,-0.0166724;REVB=0.0380995,0.0404455;RO=2;SAF=1,7;SAR=2,16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.39997,-0.115122;STB=0.5,0.555511;STBP=1,0.081;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00151619;OID=.,.;OPOS=26213365,26213365;OREF=-,-;OALT=TGTC,TTGTC;OMAPALT=TTGTC,TTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.928571:3,23:29:0,26:28:2:0,8:0,18:2:0:10:2:1,7:2,16:2:0 chrX 26808285 . T G 2339.09 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00305191;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.738;QD=63.2186;RBI=0.0298016;REFB=-0.0237809;REVB=0.0296449;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.503999;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=6.04283e-05;OID=.;OPOS=26808285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:148:0:1:147:147:0.993243:62:85:0:0:62:85:0:1 chrX 27479339 . A G 512.21 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182544;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.94;QD=56.9121;RBI=0.0471302;REFB=-0.126817;REVB=0.0434515;RO=1;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164193;STB=0.508767;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00152358;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:28:7:0:1:28:7:0:1 chrX 27839572 . T C 939.81 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0013953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2761;QD=56.9585;RBI=0.037953;REFB=-0.141928;REVB=-0.0379274;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00260754;OID=.;OPOS=27839572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:33:32:0:0:33:32:0:1 chrX 27999146 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1037;QD=46.8479;RBI=0.10016;REFB=0;REVB=0.0992222;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00499079;OID=.;OPOS=27999146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chrX 30236878 . G A 2295.99 PASS AF=0.993151;AO=143;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00667654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1137;QD=62.9039;RBI=0.0239439;REFB=0.158633;REVB=0.0229942;RO=2;SAF=72;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.17405e-05;STB=0.503401;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00270426;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:2:1:143:145:0.993151:71:72:1:1:72:73:1:0 chrX 30254361 . G A 526.66 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.067048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0979;QD=56.9367;RBI=0.0707188;REFB=-0.0558682;REVB=-0.0224881;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000331265;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:26:10:1:0:26:10:1:0 chrX 30254376 . T C 432.19 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0282761;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.31;QD=52.387;RBI=0.0303082;REFB=-0.0972314;REVB=0.0109109;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523794;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00181751;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:33:0:2:31:31:0.939394:20:11:0:0:20:11:0:2 chrX 30254530 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0776072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0914;QD=55.0985;RBI=0.0851411;REFB=0;REVB=0.0350161;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101262;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chrX 30255520 . C T 1132.84 PASS AF=1;AO=65;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.665;QD=59.6233;RBI=0.0543973;REFB=0;REVB=0.0501598;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729326;OID=.;OPOS=30255520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:65:76:1:37:28:0:0:43:33:0:0 chrX 30261002 . A G 651.96 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.187;QD=62.0917;RBI=0.0299698;REFB=0;REVB=0.0239398;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31506e-05;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:27:14:1:0:27:15:0:0 chrX 30261158 . G C 135.91 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455022;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.238;QD=45.3029;RBI=0.0490218;REFB=0;REVB=0.0182397;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104405;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chrX 30269887 . T A 973.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.678;QD=58.9732;RBI=0.0123368;REFB=0;REVB=-0.00522032;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09036e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:35:31:0:0 chrX 30323916 . T G 279.57 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.05466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3745;QD=48.6201;RBI=0.0802577;REFB=-0.0575122;REVB=0.0587672;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00733308;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:11:11:0:0:11:11:1:0 chrX 30326983 . C T 75.08 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1631;QD=37.5375;RBI=0.174071;REFB=0;REVB=0.173111;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148573;OID=.;OPOS=30326983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:5:3:0:0 chrX 30577846 . A C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.683;QD=55.0092;RBI=0.0146418;REFB=-0.02361;REVB=0.00559059;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00208319;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chrX 30715827 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.117;QD=58.9627;RBI=0.0277907;REFB=0;REVB=0.0241113;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78128e-05;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chrX 30848628 . T A 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00620506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.163;QD=57.2001;RBI=0.00876967;REFB=-0.0414774;REVB=-0.00619712;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084084;STB=0.504482;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.000179796;OID=.;OPOS=30848628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:25:17:1:1:25:17:1:1 chrX 30872602 . A G 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1264;QD=57.7077;RBI=0.0205974;REFB=0;REVB=0.00303785;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101985;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chrX 31139593 . GGTTTTTA GGTTTTAA,GGTTTTAT,GGTTTTTTA,GTTTTA 64.9 PASS AF=0,0.0425532,0.0638298,0.191489;AO=4,2,6,6;DP=50;FAO=0,2,3,9;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=0,1,0,7;FSAR=0,1,3,2;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0539246,-0.0378355,-0.0272243,-0.0865918;FXX=0.020829;HRUN=5,5,5,4;LEN=1,2,1,2;MLLD=26.7905,24.0266,13.6795,27.5774;QD=5.52327;RBI=0.11738,0.0788535,0.0975352,0.17663;REFB=0.0228998,0.0134473,-0.0103563,-0.0179557;REVB=-0.10426,-0.0691835,0.0936587,-0.153948;RO=25;SAF=4,1,1,3;SAR=0,1,5,3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.648487,0.0558778,-0.368667,0.0710764;STB=0.5,0.599047,0.995768,0.79318;STBP=1,0.743,0.134,0.064;TYPE=snp,mnp,ins,del;VARB=0,0.0534337,0.0982122,0.145335;OID=.,.,.,.;OPOS=31139599,31139599,31139595,31139594;OREF=T,TA,-,GT;OALT=A,AT,T,-;OMAPALT=GGTTTTAA,GGTTTTAT,GGTTTTTTA,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.0425532,0.0638298,0.191489:4,2,6,6:50:0,2,3,9:47:33:0,1,0,7:0,1,3,2:13:20:48:25:4,1,1,3:0,1,5,3:11:14 chrX 31496350 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.93;QD=60.2287;RBI=0.00697714;REFB=0;REVB=-0.00593162;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54251e-06;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chrX 31697636 . A G 1047.67 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000125018;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9989;QD=59.8669;RBI=0.00539069;REFB=0;REVB=-0.00538924;RO=0;SAF=20;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89079e-05;OID=.;OPOS=31697636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:50:20:0:0:50:20:0:0 chrX 32053662 . G C 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9502;QD=61.6691;RBI=0.0964776;REFB=0;REVB=0.0962762;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158509;OID=.;OPOS=32053662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chrX 34962909 . A C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8718;QD=56.1862;RBI=0.0148202;REFB=0;REVB=0.00238111;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335677;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chrX 38144822 . C T 811.86 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7367;QD=56.9728;RBI=0.0370972;REFB=0;REVB=0.0130855;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172308;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chrX 38144856 . G A 763.13 PASS AF=1;AO=41;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106131;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.157;QD=56.528;RBI=0.0215458;REFB=0;REVB=0.0187506;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311237;OID=.;OPOS=38144856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:41:54:1:21:20:0:0:25:29:0:0 chrX 38144857 . T A 53.63 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00548542;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=70.9819;QD=3.9001;RBI=0.0263797;REFB=-0.00334818;REVB=0.0258031;RO=46;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546597;STB=0.876764;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00693418;OID=.;OPOS=38144857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:55:46:46:9:9:0.163636:1:8:21:25:1:8:21:25 chrX 38467534 . CAAAAA CAAAA,CAAAAT 35.78 PASS AF=0.175,0.075;AO=11,2;DP=44;FAO=7,3;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3,3;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.159034,-0.0188153;FXX=0.0908884;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.71442,245.4;QD=3.57778;RBI=0.160181,0.0204034;REFB=-0.130604,-0.00659558;REVB=-0.01913,-0.00789187;RO=25;SAF=5,2;SAR=6,0;SRF=2;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.480572,0.771278;STB=0.762206,0.998585;STBP=0.262,0;TYPE=del,snp;VARB=0.117807,0.0429645;OID=.,.;OPOS=38467535,38467539;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175,0.075:11,2:44:7,3:40:30:3,3:4,0:4:26:26:25:5,2:6,0:2:23 chrX 38505492 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=4.06278e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.915;QD=61.5112;RBI=0.0189447;REFB=0.00486036;REVB=0.0189447;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-9.27391e-05;OID=.;OPOS=38505492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:24:24:0:0:24:24:0:1 chrX 38547862 . G A 1291.02 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.432;QD=60.0472;RBI=0.0369778;REFB=-0.00336735;REVB=0.00762553;RO=1;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956859;STB=0.504853;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=9.78447e-05;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:83:85:0.988372:49:34:0:1:51:34:0:1 chrX 39932907 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.333;QD=33.4285;RBI=0.144578;REFB=0;REVB=0.039251;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045139;OID=.;OPOS=39932907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrX 39933339 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.71;QD=59.4355;RBI=0.041119;REFB=0;REVB=0.0385116;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118499;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chrX 40506356 . CTTTT CTTTA,CTTT 93.19 PASS AF=0.0263158,0.684211;AO=2,19;DP=38;FAO=1,26;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=1,25;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0468674,0.0273424;FXX=0.0256345;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=78.7335,8.93495;QD=9.80901;RBI=0.0514302,0.0348386;REFB=-0.011525,-0.17281;REVB=-0.0211781,-0.02159;RO=14;SAF=2,18;SAR=0,1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0.487805;SSEP=0,0;SSSB=0.547468,0.605053;STB=0.991762,0.872953;STBP=0.286,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0425767,0.165522;OID=.,.;OPOS=40506360,40506357;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CTTTA,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0263158,0.684211:2,19:38:1,26:38:11:1,25:0,1:4:7:59:14:2,18:0,1:7:7 chrX 41030903 . T A 453.76 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.889;QD=55.0014;RBI=0.0517711;REFB=-0.116216;REVB=0.0434649;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00695346;OID=.;OPOS=41030903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chrX 41198279 . AT TA,TT 117.54 PASS AF=0,0.255814;AO=3,8;DP=43;FAO=0,11;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=0,10;FSAR=0,1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0340831,0.00362224;FXX=0.0652032;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=16.1986,213.238;QD=10.934;RBI=0.289772,0.049086;REFB=-0.0772048,-0.0064098;REVB=-0.287761,0.0489521;RO=13;SAF=0,7;SAR=3,1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.76561,0.0627332;STB=0.5,0.776061;STBP=1,0.066;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0359198,0.00757814;OID=.,.;OPOS=41198279,41198279;OREF=AT,A;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:88:43:43:13:20:3,8:0,11:0,0.255814:3,1:0,7:11:2:0,1:0,10:13:7 chrX 41556195 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.47;QD=48.7373;RBI=0.0444815;REFB=0;REVB=0.0426881;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152217;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:5:11:0:0:5:12:0:0 chrX 41587218 . T C 1025.77 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248815;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.737;QD=58.6154;RBI=0.048839;REFB=0;REVB=0.0420257;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245558;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:0:67:69:0.985714:43:24:0:0:44:25:0:0 chrX 41587569 . C G 490.21 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8011;QD=57.6722;RBI=0.0585579;REFB=0;REVB=0.0550046;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226764;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chrX 41588169 . T C 1011.75 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459927;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.161;QD=59.5148;RBI=0.0186067;REFB=0;REVB=0.0180293;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67752e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:29:37:0:0:30:38:0:0 chrX 42033560 . A G 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.059;QD=59.8323;RBI=0.0569706;REFB=0;REVB=0.0567876;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569095;OID=.;OPOS=42033560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chrX 44202890 . G C,GC 900.51 PASS AF=0,1;AO=3,58;DP=72;FAO=0,63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556934,0.00887508;FXX=0.0869439;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=3.80569,24.0084;QD=57.175;RBI=0.0827095,0.103335;REFB=0,0;REVB=0.0611483,0.102953;RO=9;SAF=1,21;SAR=2,37;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00785501;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00235513;OID=.,.;OPOS=44202890,44202891;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:72:63:9:0:3,58:0,63:0,1:2,37:1,21:3:6:0,40:0,23:0:0 chrX 45051111 . C T 842.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.561;QD=57.1082;RBI=0.0475743;REFB=0;REVB=0.0443165;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52983e-05;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:23:31:0:0:26:33:0:0 chrX 46618321 . C G 722.85 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653895;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6734;QD=56.6943;RBI=0.0788861;REFB=0;REVB=-0.0441275;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286683;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:1:0:50:51:1:24:26:1:0:24:27:0:0 chrX 46740032 . G A 463.41 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0134089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.039;QD=50.0982;RBI=0.0152314;REFB=0.025822;REVB=-0.00722482;RO=3;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117878;STB=0.503815;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00329923;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:37:37:3:3:33:34:0.918919:24:9:1:2:24:10:1:2 chrX 46920599 . C A 691.86 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00220769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.693;QD=46.906;RBI=0.0157665;REFB=0.00982537;REVB=0.0156111;RO=5;SAF=22;SAR=31;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251778;STB=0.508861;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00018606;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:5:6:53:53:0.898305:31:22:2:3:31:22:3:3 chrX 46946966 . T C 727.82 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.074;QD=63.2882;RBI=0.0559713;REFB=0;REVB=0.0524978;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151574;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:20:24:0:0:21:25:0:0 chrX 47057647 . A G 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.588;QD=61.6774;RBI=0.0337594;REFB=0;REVB=0.0330906;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115946;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chrX 47070539 . T TC 31.47 PASS AF=0.227273;AO=12;DP=49;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0485856;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.7231;QD=2.86056;RBI=0.0514252;REFB=-0.0200814;REVB=-0.016852;RO=37;SAF=12;SAR=0;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.770235;STB=0.881536;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.20242;OID=.;OPOS=47070540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:12:49:10:44:34:9:1:15:19:31:37:12:0:17:20 chrX 47082672 . C T 576.73 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0109984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.16;QD=52.43;RBI=0.0435495;REFB=-0.0714812;REVB=0.0421378;RO=4;SAF=24;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719999;STB=0.538443;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000918257;OID=.;OPOS=47082672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:16:24:4:0:16:24:4:0 chrX 47487912 . T TG 291.71 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3246;QD=43.2158;RBI=0.0449715;REFB=0;REVB=0.040647;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000462696;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:27:27:27:0:16:11:0:0:5:1:15:10:0:1 chrX 47695547 . T C 2028.25 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466555;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.264;QD=62.4076;RBI=0.0666315;REFB=0;REVB=0.0475713;RO=0;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121127;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:61:69:0:0:61:69:0:0 chrX 47695742 . CTTG CCTG,CTG,CTGC 429.76 PASS AF=0.15625,0.84375,0;AO=6,24,2;DP=33;FAO=5,27,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11,0;FSAR=3,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439762,-0.00561283,-0.0327514;FXX=0.0588062;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=13.5478,23.7819,67.6022;QD=53.7206;RBI=0.0534992,0.0241928,0.0335372;REFB=0,0,0;REVB=0.0304674,0.0235327,-0.00721737;RO=0;SAF=2,11,0;SAR=4,13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0359847,0.0136665,0;OID=.,.,.;OPOS=47695743,47695743,47695744;OREF=T,T,TG;OALT=C,-,GC;OMAPALT=CCTG,CTG,CTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15625,0.84375,0:6,24,2:33:5,27,0:32:0:2,11,0:3,16,0:0:0:21:0:2,11,0:4,13,2:0:0 chrX 47918205 . G A 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1822;QD=33.417;RBI=0.0244683;REFB=0;REVB=-0.0113603;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119297;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 48049666 . C T 537.6 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.46;QD=59.733;RBI=0.037219;REFB=0;REVB=-0.0271183;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97042e-05;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chrX 48054740 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.539;QD=59.0186;RBI=0.0330629;REFB=0;REVB=0.0249669;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157473;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chrX 48125798 . T C 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6818;QD=63.2798;RBI=0.0753029;REFB=0;REVB=0.0658425;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106631;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chrX 48156264 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.478;QD=55.0982;RBI=0.051139;REFB=0;REVB=0.0140707;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044948;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chrX 48161189 . A G 182.84 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0035837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.549;QD=43.021;RBI=0.0558354;REFB=-0.127212;REVB=-0.0557202;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0092804;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chrX 48163105 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.738;QD=57.1962;RBI=0.0474179;REFB=0;REVB=0.0378404;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92385e-05;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chrX 48163717 . C T 631.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.943;QD=61.6486;RBI=0.0399094;REFB=0;REVB=0.0294503;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76387e-05;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chrX 48382174 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.527;QD=52.6131;RBI=0.0766952;REFB=0;REVB=-0.0761264;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227727;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chrX 48418126 . A G 785.1 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0037933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.053;QD=55.095;RBI=0.0269575;REFB=-0.0659124;REVB=0.0266892;RO=1;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125721;STB=0.506664;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00152796;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:37:18:0:1:37:19:0:1 chrX 48418659 . G A 826.59 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.413;QD=57.0062;RBI=0.0904255;REFB=0;REVB=0.0707877;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495878;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chrX 48435928 . C T 323.34 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.35;QD=53.8896;RBI=0.0498284;REFB=0;REVB=0.0201976;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449563;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chrX 48459102 . C G 284.9 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0555939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4732;QD=39.2971;RBI=0.0556856;REFB=-0.02071;REVB=-0.00319472;RO=1;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238057;STB=0.547583;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0587491;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:1:4:25:25:0.862069:19:6:0:1:19:6:0:4 chrX 48460314 . A G 746.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000892366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6653;QD=63.573;RBI=0.0879791;REFB=0;REVB=-0.0879746;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000921662;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chrX 48620201 . C T 1421.53 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0840748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4216;QD=58.6199;RBI=0.0842099;REFB=-0.158543;REVB=0.00476856;RO=3;SAF=36;SAR=56;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172184;STB=0.504894;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00605077;OID=.;OPOS=48620201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:97:3:4:92:93:0.958763:56:36:2:1:57:36:2:2 chrX 48751471 . A G 393.03 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6457;QD=56.1475;RBI=0.0341709;REFB=0;REVB=0.00539544;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960796;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chrX 48759204 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.452;QD=54.5157;RBI=0.0455199;REFB=0;REVB=0.0434256;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308631;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chrX 48900727 . C G 101.83 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0981;QD=40.7339;RBI=0.0436058;REFB=0;REVB=-0.0235625;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830533;OID=.;OPOS=48900727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chrX 49021256 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.717;QD=58.7817;RBI=0.0434789;REFB=0;REVB=0.000365588;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47855e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chrX 49021537 . G C 728.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.542;QD=57.156;RBI=0.0498821;REFB=0;REVB=-0.0480447;RO=0;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431482;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:39:12:0:0:39:12:0:0 chrX 49022700 . T C 324.68 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.056;QD=54.1135;RBI=0.0418364;REFB=0;REVB=0.0279863;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174112;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:9:12:0:0:12:12:0:0 chrX 49071964 . A G 110.56 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.838;QD=40.2044;RBI=0.0860755;REFB=0;REVB=-0.00679052;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419247;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chrX 49081291 . G A 684.76 PASS AF=0.98;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0628774;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.597;QD=54.7804;RBI=0.075362;REFB=-0.114285;REVB=0.0415435;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00402901;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:50:0:1:49:49:0.98:32:17:0:0:32:17:0:1 chrX 49767832 . A G 198.66 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327507;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.943;QD=44.1458;RBI=0.0330037;REFB=-0.155955;REVB=-0.00407833;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00158217;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:0:1:17:17:0.944444:8:9:0:0:8:9:1:0 chrX 49767835 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462213;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.155;QD=49.5992;RBI=0.0480458;REFB=0;REVB=0.0131146;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027304;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chrX 50054170 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000932441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.164;QD=50.4132;RBI=0.025995;REFB=0;REVB=-0.0259783;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233979;OID=.;OPOS=50054170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chrX 50121146 . A AG 529.71 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6026;QD=46.0615;RBI=0.174784;REFB=0;REVB=0.0114987;RO=2;SAF=17;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00550338;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:48:46:46:0:18:28:0:0:10:2:17:28:2:0 chrX 51075841 . A G 67.45 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.000413165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.667;QD=4.65162;RBI=0.0449812;REFB=-0.00469443;REVB=-0.0449793;RO=47;SAF=9;SAR=2;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428614;STB=0.784686;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0151361;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:2:9:23:24:2:9:23:24 chrX 51075901 . G A 47.26 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0434749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.029;QD=2.39288;RBI=0.0502791;REFB=-0.00154953;REVB=-0.0252572;RO=69;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50079;STB=0.847311;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0218657;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:2:8:25:44:2:8:25:44 chrX 51076018 . C T 847.15 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367592;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.698;QD=56.4768;RBI=0.0513163;REFB=-0.0930891;REVB=0.0358068;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000833289;OID=.;OPOS=51076018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:1:0:28:31:1:0 chrX 51150441 . G T 2524.39 PASS AF=0.994012;AO=156;DP=158;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0883586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0866;QD=60.4645;RBI=0.0894211;REFB=-0.0403312;REVB=0.0137437;RO=1;SAF=80;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590994;STB=0.502825;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000429188;OID=.;OPOS=51150441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:158:167:1:1:156:166:0.994012:76:80:1:0:78:88:1:0 chrX 51637471 . C T 601.26 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.97;QD=60.1262;RBI=0.0616875;REFB=0;REVB=0.0278852;RO=1;SAF=1;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317256;OID=.;OPOS=51637471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:38:1:0:1:39:1:0:0 chrX 52825546 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7567;QD=60.2303;RBI=0.0565818;REFB=0;REVB=-0.0222818;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101693;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chrX 52891619 . GT G 79.32 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0735254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.9072;QD=6.34569;RBI=0.0748849;REFB=-0.00699205;REVB=-0.0142043;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132566;STB=0.538426;STBP=0.646;TYPE=del;VARB=0.0292926;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:21:50:22:50:28:14:8:16:12:79:23:13:8:11:12 chrX 52891645 . A G 178.79 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0421209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7654;QD=15.2159;RBI=0.0427596;REFB=0.0117576;REVB=-0.00736243;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118707;STB=0.568467;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0201774;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:15:13:11:8:15:13 chrX 52891653 . C T 152.29 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0782166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1765;QD=13.8446;RBI=0.0808428;REFB=-0.0232543;REVB=-0.0204383;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178843;STB=0.60427;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.033015;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:14:13:11:6:14:13 chrX 53401216 . A AC 30.23 PASS AF=0.291667;AO=9;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0959862;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.8922;QD=5.03808;RBI=0.0960446;REFB=-0.00592721;REVB=0.0033482;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284865;STB=0.602915;STBP=0.662;TYPE=ins;VARB=0.127127;OID=.;OPOS=53401217;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:9:24:7:24:17:2:5:3:14:30:15:1:8:4:11 chrX 53457622 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.751;QD=56.7052;RBI=0.00938648;REFB=0;REVB=0.00597902;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35553e-06;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chrX 53563589 . A G 291.86 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0833879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3064;QD=48.6436;RBI=0.0836364;REFB=-0.147902;REVB=-0.00644219;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51281;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00318558;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:24:0:1:22:23:0.958333:18:4:0:0:19:4:0:1 chrX 53641647 . T C 499.48 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0462444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.656;QD=53.9978;RBI=0.0534619;REFB=-0.167288;REVB=0.026826;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511539;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00215476;OID=.;OPOS=53641647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:0:2:35:35:0.945946:24:11:0:0:24:11:1:1 chrX 53652838 . G A 123.2 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.155;QD=37.9082;RBI=0.037235;REFB=-0.10729;REVB=0.0155546;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00244821;OID=.;OPOS=53652838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chrX 53652846 . G T 183.0 PASS AF=0.782609;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00104439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.586;QD=31.8259;RBI=0.0467466;REFB=-0.115288;REVB=0.046735;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24788;STB=0.60858;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00260334;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:23:23:6:5:17:18:0.782609:8:9:0:6:9:9:0:5 chrX 53652852 . T G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.035;QD=59.8394;RBI=0.021511;REFB=0;REVB=0.0196986;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6361e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chrX 53659047 . C A,T 1814.56 PASS AF=0.0168067,0.983193;AO=11,109;DP=120;FAO=2,117;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=0,53;FSAR=2,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768598,0.0416916;FXX=0.0403193;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.047,73.7202;QD=60.9935;RBI=0.0088057,0.0423227;REFB=0,0;REVB=-0.00429721,0.00728143;RO=0;SAF=9,46;SAR=2,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.61771e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0763123,-0.0197698;OID=.,.;OPOS=53659047,53659047;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:120:119:0:0:11,109:2,117:0.0168067,0.983193:2,63:9,46:0:0:2,64:0,53:0:0 chrX 54209387 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.231;QD=39.2065;RBI=0.0327083;REFB=0;REVB=0.0240122;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72109e-05;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chrX 54224413 . TG GT,T 32.98 PASS AF=0.0769231,0.128205;AO=3,5;DP=39;FAO=3,5;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2,3;FSAR=1,2;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0386181,0.0825256;FXX=0.0487686;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=39.806,14.7582;QD=3.38265;RBI=0.0391897,0.0852391;REFB=0.00437195,0.0210063;REVB=-0.0066692,-0.0213362;RO=27;SAF=2,1;SAR=1,4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.26727,-0.275728;STB=0.739278,0.676753;STBP=0.473,0.499;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0309565,-0.0266635;OID=.,.;OPOS=54224413,54224414;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:39:39:27:31:3,5:3,5:0.0769231,0.128205:1,4:2,1:11:16:1,2:2,3:12:19 chrX 54521756 . G A 180.59 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.978;QD=45.1466;RBI=0.0669545;REFB=0;REVB=0.0522709;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672328;OID=.;OPOS=54521756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:1:0:15:16:1:6:9:1:0:6:10:0:0 chrX 54836361 . A G 817.04 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.78;QD=57.3361;RBI=0.0410229;REFB=0;REVB=0.0286714;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34454e-06;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:27:30:0:0 chrX 54836505 . A G 481.43 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0309567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.881;QD=53.4924;RBI=0.050995;REFB=-0.0873778;REVB=0.0405236;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776698;STB=0.541642;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0011262;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:11:23:0:2:11:23:0:2 chrX 54837340 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.992;QD=57.8849;RBI=0.00985404;REFB=0;REVB=-0.00811047;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20116e-06;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chrX 54838077 . C T 431.98 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0158935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8628;QD=49.3693;RBI=0.0458509;REFB=-0.065966;REVB=0.0430081;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405228;STB=0.526299;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0362243;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:35:1:3:31:32:0.914286:11:20:0:1:12:20:1:2 chrX 55116466 . C G 951.47 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2188;QD=58.552;RBI=0.0553709;REFB=0;REVB=0.0399031;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631893;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chrX 55172537 . G A 1436.67 PASS AF=0.79562;AO=109;DP=138;FAO=109;FDP=137;FR=.;FRO=28;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0387484;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6497;QD=41.9465;RBI=0.0389197;REFB=0.0191502;REVB=0.00364698;RO=28;SAF=59;SAR=50;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255217;STB=0.51358;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00426531;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:28:28:109:109:0.79562:50:59:17:11:50:59:17:11 chrX 55172630 . G A 45.36 PASS AF=0.0695971;AO=19;DP=274;FAO=19;FDP=273;FR=.;FRO=254;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=141;FSRR=113;FWDB=-0.00442371;FXX=0.00727246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.5019;QD=0.664564;RBI=0.0298488;REFB=-0.000994839;REVB=0.0295192;RO=253;SAF=13;SAR=6;SRF=140;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148697;STB=0.625925;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00943701;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:274:273:253:254:19:19:0.0695971:6:13:140:113:6:13:141:113 chrX 55172645 . C T 2628.4 PASS AF=0.796813;AO=195;DP=271;FAO=200;FDP=251;FR=.;FRO=51;FSAF=121;FSAR=79;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00498132;FXX=0.0872696;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6892;QD=41.8869;RBI=0.00803709;REFB=-0.0196401;REVB=0.00630725;RO=47;SAF=120;SAR=75;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056163;STB=0.532291;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00694462;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:251:47:51:195:200:0.796813:75:120:22:25:79:121:23:28 chrX 55172659 . A G 317.44 PASS AF=0.202206;AO=55;DP=275;FAO=55;FDP=272;FR=.;FRO=217;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=129;FSRR=88;FWDB=-0.0332041;FXX=0.0109087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5315;QD=4.66827;RBI=0.03553;REFB=-0.012546;REVB=-0.0126441;RO=217;SAF=33;SAR=22;SRF=129;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739775;STB=0.504586;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0395036;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:272:217:217:55:55:0.202206:22:33:129:88:22:33:129:88 chrX 55172685 . ACT ACC,GTC 2389.19 PASS AF=0.823256,0;AO=174,18;DP=238;FAO=177,0;FDP=215;FR=.;FRO=38;FSAF=119,0;FSAR=58,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.010424,-0.0246841;FXX=0.0966346;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=56.7377,141.446;QD=44.45;RBI=0.0254674,0.0434836;REFB=0.00356316,0.00649659;REVB=-0.0232363,-0.0357983;RO=37;SAF=118,12;SAR=56,6;SRF=15;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0993457,0.295556;STB=0.548698,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00102307,0;OID=.,.;OPOS=55172687,55172685;OREF=T,ACT;OALT=C,GTC;OMAPALT=ACC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:215:37:38:174,18:177,0:0.823256,0:56,6:118,12:15:22:58,0:119,0:16:22 chrX 55172708 . T G 2248.79 PASS AF=0.811321;AO=171;DP=211;FAO=172;FDP=212;FR=.;FRO=40;FSAF=133;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0296796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.573;QD=42.43;RBI=0.0316152;REFB=0.00561594;REVB=-0.0108921;RO=39;SAF=132;SAR=39;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151827;STB=0.579407;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00160343;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:39:40:171:172:0.811321:39:132:17:22:39:133:18:22 chrX 55172716 . C T 196.95 PASS AF=0.17734;AO=36;DP=203;FAO=36;FDP=203;FR=.;FRO=167;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=119;FSRR=48;FWDB=-0.0098819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.427;QD=3.88073;RBI=0.0103516;REFB=-0.00232089;REVB=-0.00308263;RO=166;SAF=27;SAR=9;SRF=119;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544617;STB=0.53941;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00861907;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:166:167:36:36:0.17734:9:27:119:47:9:27:119:48 chrX 55185568 . A G 299.03 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0136731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.38;QD=16.1635;RBI=0.0200429;REFB=-0.00159511;REVB=-0.0146549;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25045;STB=0.640368;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0015324;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:28:13:19:14:28:13 chrX 55187581 . G T 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00156832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.771;QD=4.53685;RBI=0.00421829;REFB=-0.00435503;REVB=0.00391591;RO=35;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385727;STB=0.764834;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0166943;OID=.;OPOS=55187581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:35:36:8:8:0.181818:7:1:13:22:7:1:13:23 chrX 55247030 . C G 1395.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.907;QD=62.7233;RBI=0.0107621;REFB=0;REVB=0.00719714;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92041e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chrX 55289774 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.646;QD=62.6708;RBI=0.0193433;REFB=0;REVB=0.0144562;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76765e-06;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chrX 55514818 . C T 507.81 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0841982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3463;QD=56.4235;RBI=0.0847445;REFB=-0.0698433;REVB=0.00960642;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00458713;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:22:13:1:0:22:13:1:0 chrX 55651001 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.171;QD=46.8479;RBI=0.0187647;REFB=0;REVB=0.0177071;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277863;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chrX 55652537 . GA AA,G 32.7 PASS AF=0,0.140187;AO=5,27;DP=98;FAO=0,15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=0,4;FSAR=0,11;FSRF=62;FSRR=30;FWDB=-0.00387588,-0.0612629;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=165.105,8.1403;QD=1.22243;RBI=0.0112716,0.078806;REFB=-0.00080076,-0.0515847;REVB=-0.0105842,-0.0495706;RO=57;SAF=4,17;SAR=1,10;SRF=34;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.241133,0.0405917;STB=0.5,0.815372;STBP=1,0.016;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0464999;OID=.,.;OPOS=55652537,55652538;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:98:107:57:92:5,27:0,15:0,0.140187:1,10:4,17:34:23:0,11:0,4:62:30 chrX 57020653 . AAT A 34.43 PASS AF=0.32;AO=5;DP=27;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0407243;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=2;MLLD=22.144;QD=5.50914;RBI=0.0411239;REFB=-0.06621;REVB=-0.00571927;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507656;STB=0.810245;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.152535;OID=.;OPOS=57020654;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:5:27:8:25:17:3:5:15:2:34:19:2:3:16:3 chrX 57405163 . T C 719.56 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000478537;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.448;QD=61.2393;RBI=0.0236202;REFB=-0.0498198;REVB=0.0236153;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00279248;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:0:1:23:23:0:1 chrX 57475132 . T C 340.64 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2178;QD=54.5027;RBI=0.0748211;REFB=0;REVB=0.0570154;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225769;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chrX 57619648 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.401;QD=62.6707;RBI=0.0417496;REFB=0;REVB=0.0084064;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110269;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chrX 62857791 . AGGGTC AGGTC,AGGTCG 87.74 PASS AF=0.48,0.08;AO=4,6;DP=23;FAO=12,2;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=1,0;FSAR=11,2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.117953,0.0280376;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=15.9465,67.157;QD=14.0384;RBI=0.174998,0.105105;REFB=-0.076175,-0.0241502;REVB=0.129273,-0.101296;RO=7;SAF=1,0;SAR=3,6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0.295057,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.545627,-0.808918;STB=0.85365,0.995406;STBP=0.004,0.081;TYPE=del,mnp;VARB=0.113616,0.162321;OID=.,.;OPOS=62857792,62857794;OREF=G,GTC;OALT=-,TCG;OMAPALT=AGGTC,AGGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0.08:4,6:23:12,2:25:11:1,0:11,2:7:4:64:7:1,0:3,6:6:1 chrX 65382685 . T C 688.58 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807108;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7411;QD=57.3814;RBI=0.00815048;REFB=0;REVB=-0.00113486;RO=0;SAF=5;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270581;OID=.;OPOS=65382685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:48:48:1:43:5:0:0:43:5:0:0 chrX 65393487 . CCG CCC,CC,C 127.03 PASS AF=0,0,0.25;AO=7,18,24;DP=131;FAO=0,0,29;FDP=116;FR=.;FRO=87;FSAF=0,0,9;FSAR=0,0,20;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.110192,-0.258251,-0.152166;FXX=0.0413189;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=20.4287,12.5732,25.1533;QD=4.38045;RBI=0.123261,0.258676,0.167079;REFB=0.000963633,-0.0428781,-0.0417491;REVB=-0.0552353,0.0148285,0.069001;RO=75;SAF=1,13,9;SAR=6,5,15;SRF=44;SRR=31;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.54717,0;SSSB=-0.47435,0.187631,-0.259077;STB=0.5,0.5,0.704086;STBP=1,1,0.017;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0353433,0.164123;OID=.,.,.;OPOS=65393489,65393489,65393488;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.25:7,18,24:131:0,0,29:116:87:0,0,9:0,0,20:51:36:99:75:1,13,9:6,5,15:44:31 chrX 65822607 . T C 1868.53 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.173;QD=61.2633;RBI=0.0120672;REFB=0;REVB=-0.00820984;RO=0;SAF=45;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37306e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:76:45:0:0:77:45:0:0 chrX 65824986 . C T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.043;QD=62.4655;RBI=0.0275361;REFB=0;REVB=0.0249674;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63246e-06;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chrX 68749598 . T C,TC 39.36 PASS AF=0,0.27907;AO=2,10;DP=42;FAO=0,12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=0,3;FSAR=0,9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0249951,0.166711;FXX=0.0444346;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=128.493,8.84482;QD=3.66145;RBI=0.0482031,0.17435;REFB=-0.00664347,-0.150528;REVB=-0.0412163,0.0510429;RO=28;SAF=1,0;SAR=1,10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210523,-0.807519;STB=0.5,0.722509;STBP=1,0.085;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.142567;OID=.,.;OPOS=68749598,68749599;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:42:43:28:31:2,10:0,12:0,0.27907:1,10:1,0:20:8:0,9:0,3:17:14 chrX 69510335 . C T 648.1 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00448819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.885;QD=57.609;RBI=0.0144938;REFB=-0.0146346;REVB=0.0137814;RO=2;SAF=12;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226323;STB=0.512065;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000774145;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:31:12:1:1:31:12:1:1 chrX 69652762 . A G 428.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4585;QD=57.1758;RBI=0.0653695;REFB=0;REVB=-0.0415957;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198824;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chrX 69774517 . A T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.229;QD=59.8371;RBI=0.00823891;REFB=0;REVB=-0.000676432;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20073e-05;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chrX 70073159 . T C 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00733058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.118;QD=39.3205;RBI=0.0123632;REFB=-0.0877749;REVB=-0.00995544;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000966088;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chrX 70146398 . A G 1202.77 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0189301;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.487;QD=58.6718;RBI=0.0218587;REFB=-0.0354613;REVB=0.0109295;RO=2;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000577374;STB=0.500305;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00156164;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:2:2:80:80:0.97561:41:39:1:1:41:39:1:1 chrX 70146475 . G C 1035.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.209;QD=59.1611;RBI=0.0482829;REFB=0;REVB=0.0179609;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228669;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chrX 70282764 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000620408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.347;QD=47.8199;RBI=0.0835427;REFB=0;REVB=-0.0835404;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121314;OID=.;OPOS=70282764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chrX 70323034 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.891;QD=40.7615;RBI=0.0133709;REFB=0;REVB=0.00813866;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260648;OID=.;OPOS=70323034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chrX 70344192 . A G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0159393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9332;QD=6.26173;RBI=0.0330617;REFB=0.00134993;REVB=0.0289657;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257095;STB=0.651721;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0105305;OID=.;OPOS=70344192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:5:2:10:10:5:2:10:11 chrX 70389634 . GCCC GCCG,GCC 112.31 PASS AF=0.0217391,0.413043;AO=2,20;DP=45;FAO=1,19;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=0,1;FSAR=1,18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0445982,-0.150308;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=88.3869,15.7333;QD=9.76598;RBI=0.0637039,0.163533;REFB=-0.00400206,-0.0976131;REVB=-0.0454884,-0.064425;RO=23;SAF=0,2;SAR=2,18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0.52;SSEP=0,0;SSSB=-0.522115,-0.563644;STB=0.990532,0.899467;STBP=0.294,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0864145,0.0845101;OID=.,.;OPOS=70389637,70389635;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCG,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0217391,0.413043:2,20:45:1,19:46:26:0,1:1,18:14:12:99:23:0,2:2,18:13:10 chrX 71351519 . C A 69.22 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6823;QD=30.7654;RBI=0.0268259;REFB=-0.0499922;REVB=-0.0121197;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0502502;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:5:3:0:0:5:3:0:1 chrX 71360934 . G A 1171.89 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390899;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.932;QD=60.0969;RBI=0.0400613;REFB=0;REVB=-0.00876841;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107068;OID=.;OPOS=71360934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:35:40:0:0:38:40:0:0 chrX 71363415 . C T 272.92 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0211027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.938;QD=45.487;RBI=0.0240746;REFB=-0.0317375;REVB=0.0115872;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.531222;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000566456;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:22:22:0.916667:7:15:1:0:7:15:2:0 chrX 71379881 . G A 757.61 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.515;QD=63.134;RBI=0.0656943;REFB=0;REVB=0.0282752;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296754;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:26:18:0:0:30:18:0:0 chrX 71406301 . T C 955.13 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1991;QD=56.184;RBI=0.0397773;REFB=-0.108395;REVB=0.0367607;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506171;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00359503;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:65:67:0.985294:40:25:0:1:40:27:0:1 chrX 71416721 . C T 1048.13 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.897;QD=58.2293;RBI=0.0316448;REFB=-0.00336765;REVB=0.0159078;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0023018;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:36:35:1:0:36:35:1:0 chrX 71418669 . C A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00221726;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.133;QD=36.3484;RBI=0.0480763;REFB=-0.1158;REVB=0.0480251;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0086107;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:1:0:6:5:1:0 chrX 71521867 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.987;QD=55.0984;RBI=0.0162931;REFB=0;REVB=-0.00283213;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117329;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chrX 71549512 . G C 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0298;QD=60.7141;RBI=0.0314801;REFB=0;REVB=-0.000959203;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221334;OID=.;OPOS=71549512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chrX 71791912 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.725;QD=63.583;RBI=0.0458499;REFB=0;REVB=0.0455655;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151264;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chrX 71819691 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.014;QD=62.98;RBI=0.0276666;REFB=0;REVB=0.022115;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12104e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chrX 73043817 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.523;QD=52.6121;RBI=0.0448265;REFB=0;REVB=0.0318652;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53747e-06;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chrX 73066439 . T C 714.96 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0398454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.909;QD=60.848;RBI=0.046384;REFB=-0.0866732;REVB=0.0237449;RO=1;SAF=38;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122151;STB=0.506491;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00131261;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:8:38:1:0:8:38:1:0 chrX 73462520 . T C 954.32 PASS AF=0.957143;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00263114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.884;QD=54.5323;RBI=0.0718863;REFB=-0.0485857;REVB=0.0718381;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513885;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00565853;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:0:2:66:67:0.957143:30:36:0:0:32:35:2:0 chrX 73641569 . T C 145.15 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.035;QD=44.6623;RBI=0.0462253;REFB=0;REVB=-0.0249628;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116507;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:9:4:0:0 chrX 73811695 . A G 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0169606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1906;QD=5.39711;RBI=0.111894;REFB=-0.00053851;REVB=0.110601;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378578;STB=0.742365;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0127513;OID=.;OPOS=73811695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:6:3:23:12:6:3:23:12 chrX 73811737 . T A 101.16 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0170889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.005;QD=8.42983;RBI=0.0223173;REFB=-0.0192027;REVB=0.0143538;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107347;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0463875;OID=.;OPOS=73811737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:13:13:0.270833:6:7:18:16:6:7:19:16 chrX 73811739 . A G 101.15 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00243659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1957;QD=8.42905;RBI=0.0234866;REFB=-0.00464617;REVB=-0.0233598;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524962;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0111961;OID=.;OPOS=73811739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:6:7:19:16:6:7:19:16 chrX 73811755 . C G 92.56 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.018874;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.33;QD=7.87739;RBI=0.0420816;REFB=-0.0256038;REVB=-0.0376116;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333935;STB=0.553104;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.048689;OID=.;OPOS=73811755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:49:47:36:35:12:12:0.255319:6:6:19:17:6:6:20:15 chrX 73811761 . G T 101.09 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0482832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7697;QD=8.4242;RBI=0.0646389;REFB=-0.0074489;REVB=0.0429758;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625855;STB=0.538402;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0249098;OID=.;OPOS=73811761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:6:7:17:18:6:7:17:18 chrX 73811792 . C T 88.61 PASS AF=0.25;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00284045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.62;QD=7.38409;RBI=0.0210996;REFB=-0.0100275;REVB=-0.0209075;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090061;STB=0.562397;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0554468;OID=.;OPOS=73811792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:47:48:33:36:12:12:0.25:6:6:19:14:6:6:21:15 chrX 73811809 . T C 93.76 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0148522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.2;QD=7.81363;RBI=0.0212053;REFB=-0.0118845;REVB=-0.0151353;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171003;STB=0.517658;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.03763;OID=.;OPOS=73811809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:47:48:35:35:12:13:0.270833:6:6:18:17:6:7:18:17 chrX 74494470 . T G 571.36 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.678;QD=60.1435;RBI=0.0709686;REFB=0;REVB=0.00402461;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214272;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:27:10:0:0:27:11:0:0 chrX 74511202 . G C 905.16 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509836;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3325;QD=58.3976;RBI=0.0568883;REFB=0;REVB=0.0252379;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071486;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chrX 75004529 . C A 955.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1388;QD=58.7707;RBI=0.0855091;REFB=0;REVB=-0.0805096;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000535962;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chrX 76937963 . G C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.832;QD=56.1905;RBI=0.0348193;REFB=0;REVB=-0.033913;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93126e-05;OID=.;OPOS=76937963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrX 77298857 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.439;QD=51.9167;RBI=0.0139855;REFB=0;REVB=0.0136557;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51879e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 77528317 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.878;QD=62.9811;RBI=0.0214916;REFB=0;REVB=-0.0171197;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08938e-05;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chrX 78011737 . T C,G 528.24 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=33,2;DP=35;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700338,-0.00332732;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.565,119.873;QD=58.6929;RBI=0.0743203,0.0178531;REFB=0,0;REVB=0.0248751,0.0175403;RO=0;SAF=12,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00319873,0.105712;OID=.,.;OPOS=78011737,78011737;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:35:36:0:0:33,2:34,2:0.944444,0.0555556:21,2:12,0:0:0:22,2:12,0:0:0 chrX 78216024 . A C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.515;QD=62.0194;RBI=0.0314765;REFB=0;REVB=0.0299385;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75506e-05;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 298.89 PASS AF=0.708333,0.25;AO=14,7;DP=25;FAO=17,6;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=10,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0984282,0.0745033;FXX=0.0768935;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=141.688,115.874;QD=49.8154;RBI=0.0990728,0.0746215;REFB=-0.0244099,-0.00768731;REVB=0.0112832,-0.00419841;RO=1;SAF=5,1;SAR=9,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0478651,0.0674964;STB=0.523782,0.5;STBP=0.522,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000188978,0.0303733;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.708333,0.25:14,7:25:17,6:24:1:7,0:10,6:0:1:39:1:5,1:9,6:0:1 chrX 79943569 . T C 2186.24 PASS AF=0.966443;AO=139;DP=143;FAO=144;FDP=149;FR=.;FRO=5;FSAF=86;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0550207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0992;QD=58.691;RBI=0.0776831;REFB=0.0336588;REVB=0.0548397;RO=3;SAF=82;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106252;STB=0.500097;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00240605;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:143:149:3:5:139:144:0.966443:57:82:1:2:58:86:3:2 chrX 79989018 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2439;QD=59.4351;RBI=0.0157557;REFB=0;REVB=-0.0136965;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113189;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chrX 80185102 . A G 129.06 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.88;QD=43.0185;RBI=0.0895156;REFB=0;REVB=0.0483811;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169222;OID=.;OPOS=80185102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:1:0:11:12:1:2:9:0:1:3:9:0:0 chrX 80185266 . G T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.861;QD=61.3364;RBI=0.0365993;REFB=0;REVB=0.0360372;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39929e-05;OID=.;OPOS=80185266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chrX 80191990 . G C 893.13 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00350613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.856;QD=54.962;RBI=0.0035542;REFB=-0.00169655;REVB=-0.000582554;RO=2;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304354;STB=0.516124;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=5.88012e-05;OID=.;OPOS=80191990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:30:32:0:2:30:33:0:2 chrX 83371299 . TAAAAAAAAGA TAAAAAAAAG,TAAAAAAAGA 36.96 PASS AF=0,0.328358;AO=9,16;DP=69;FAO=0,22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=0,12;FSAR=0,10;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.12735,0.0432478;FXX=0.0289813;HRUN=3,8;LEN=1,1;MLLD=12.002,7.4299;QD=2.20637;RBI=0.332466,0.114275;REFB=0.0269537,-0.0773564;REVB=-0.307108,0.105775;RO=20;SAF=3,9;SAR=6,7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0.299213,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.295649,-0.0369908;STB=0.5,0.538009;STBP=1,0.645;TYPE=del,del;VARB=0,0.0962018;OID=.,.;OPOS=83371309,83371300;OREF=A,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAAAAAG,TAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.328358:9,16:69:0,22:67:45:0,12:0,10:22:23:38:20:3,9:6,7:12:8 chrX 84350010 . A G 182.81 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4422;QD=43.0149;RBI=0.0802039;REFB=0.0405378;REVB=0.0711817;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000454877;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:15:16:0.941176:7:8:1:0:7:9:1:0 chrX 84358864 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.681;QD=56.19;RBI=0.0231217;REFB=0;REVB=-0.0139327;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115703;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chrX 84363140 . A G,T 1454.25 PASS AF=0.959596,0.040404;AO=93,4;DP=98;FAO=95,4;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=53,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322825,-0.0629902;FXX=0.0198;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.6679,78.8474;QD=58.7575;RBI=0.0340505,0.0637057;REFB=0,0;REVB=0.0108295,-0.0095215;RO=0;SAF=41,0;SAR=52,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.90048e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000152085,0.109232;OID=.,.;OPOS=84363140,84363140;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:98:99:0:0:93,4:95,4:0.959596,0.040404:52,4:41,0:0:0:53,4:42,0:0:0 chrX 84534383 . A C 769.36 PASS AF=0.966667;AO=31;DP=65;FAO=58;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0253065;FXX=0.0624902;HRUN=10;LEN=1;MLLD=111.626;QD=51.2907;RBI=0.0977561;REFB=-0.0982184;REVB=0.0944237;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.502341;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00358043;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:65:60:1:2:31:58:0.966667:19:12:0:1:33:25:1:1 chrX 84563135 . T A 1949.95 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.743;QD=61.4159;RBI=0.025037;REFB=0;REVB=0.0245809;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5799e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:127:0:0:122:127:1:67:55:0:0:70:57:0:0 chrX 88008423 . A C 766.05 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6977;QD=63.8378;RBI=0.0451802;REFB=0;REVB=0.0203916;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563881;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:18:30:0:0 chrX 88009322 . A G 1026.18 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.296;QD=59.4888;RBI=0.00805705;REFB=0;REVB=-0.00378986;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40977e-06;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:48:21:0:0:48:21:0:0 chrX 89177673 . G A 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.311;QD=49.5809;RBI=0.00705556;REFB=0;REVB=0.0068306;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38815e-05;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chrX 90693458 . A T 2014.81 PASS AF=1;AO=103;DP=137;FAO=135;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.31569e-06;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.68;QD=59.698;RBI=0.115913;REFB=-0.0391441;REVB=0.115913;RO=1;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135853;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:137:135:1:0:103:135:1:54:49:0:1:75:60:0:0 chrX 91585410 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.954;QD=45.8066;RBI=0.0267123;REFB=0;REVB=0.0048721;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151131;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:9:5:0:0 chrX 91675554 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.513;QD=51.1845;RBI=0.0421588;REFB=0;REVB=-0.0145291;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28921e-05;OID=.;OPOS=91675554;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chrX 91873778 . G C 554.71 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00900684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.06;QD=55.4706;RBI=0.014287;REFB=-0.107132;REVB=0.0110903;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584497;STB=0.531233;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000138034;OID=.;OPOS=91873778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:23:15:2:0:23:15:2:0 chrX 92927634 . G C 710.54 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.053;QD=54.657;RBI=0.0412993;REFB=-0.155951;REVB=0.0238993;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000555274;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:22:29:0:0:22:29:0:1 chrX 99355146 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.872;QD=56.7066;RBI=0.0157249;REFB=0;REVB=-0.00831625;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12759e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chrX 99849017 . G A 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0863603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.889;QD=56.6998;RBI=0.0877523;REFB=0;REVB=0.0155679;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510237;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chrX 99941705 . T C 417.58 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00375068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3899;QD=53.8813;RBI=0.0732216;REFB=-0.0980755;REVB=0.0731255;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519987;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0045344;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:12:18:0:0:12:18:0:1 chrX 100169583 . A G 373.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.901;QD=55.2647;RBI=0.153592;REFB=0;REVB=0.151131;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111598;OID=.;OPOS=100169583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chrX 100243459 . G T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.956;QD=57.8836;RBI=0.0300527;REFB=0;REVB=0.0123831;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64227e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chrX 100245606 . A G 458.2 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110561;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5147;QD=55.5392;RBI=0.0314799;REFB=-0.124663;REVB=0.0294745;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.511104;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00284539;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:10:22:1:0:10:22:1:0 chrX 100543990 . T C 473.75 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0226969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.184;QD=51.2165;RBI=0.116455;REFB=-0.0311848;REVB=0.114222;RO=3;SAF=23;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571746;STB=0.530595;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0186486;OID=.;OPOS=100543990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:11:23:3:0:11:23:3:0 chrX 100547933 . A G 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.061;QD=57.3794;RBI=0.0496212;REFB=0;REVB=-0.0466591;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313582;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chrX 100748078 . A G 374.72 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1654;QD=55.5133;RBI=0.0437114;REFB=0;REVB=-0.0341766;RO=0;SAF=24;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15056e-05;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:2:24:0:0:2:25:0:0 chrX 100880857 . G A 610.65 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564763;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4681;QD=61.0646;RBI=0.0601604;REFB=0;REVB=0.0207293;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650616;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chrX 100911066 . C T 374.43 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2891;QD=55.4716;RBI=0.0466321;REFB=0;REVB=-0.00454981;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000714151;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chrX 100946613 . T C 2302.75 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.765;QD=60.2027;RBI=0.0533413;REFB=0;REVB=0.0102224;RO=0;SAF=66;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21401e-05;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:140:153:0:0:140:153:1:74:66:0:0:77:76:0:0 chrX 101138792 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.87403e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.984;QD=45.8067;RBI=0.0654988;REFB=0;REVB=0.0654987;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645141;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chrX 101139758 . C T 954.41 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7195;QD=56.9798;RBI=0.0465933;REFB=0.0475885;REVB=0.0443568;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129424;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00439618;OID=.;OPOS=101139758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:29:36:1:0:30:36:1:0 chrX 101395780 . T G,TG 159.99 PASS AF=0,1;AO=2,11;DP=20;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115213,0.217257;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=23.3821,14.4366;QD=35.5524;RBI=0.0276488,0.229289;REFB=0,0;REVB=-0.025134,-0.0732996;RO=7;SAF=2,6;SAR=0,5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.539624,-0.117729;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0234594;OID=.,.;OPOS=101395780,101395781;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:20:18:7:0:2,11:0,18:0,1:0,5:2,6:5:2:0,6:0,12:0:0 chrX 101933644 . G T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6996;QD=47.8205;RBI=0.0651161;REFB=0;REVB=-0.02252;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00307538;OID=.;OPOS=101933644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chrX 102006226 . G A 411.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6005;QD=56.6942;RBI=0.0574966;REFB=0;REVB=-0.0438208;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119975;OID=.;OPOS=102006226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chrX 102564583 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.474;QD=62.9829;RBI=0.00580303;REFB=0;REVB=0.00484365;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47096e-06;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chrX 102979486 . T C 769.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.791;QD=56.9821;RBI=0.0233637;REFB=0;REVB=0.0230674;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156519;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:23:29:0:0:24:30:0:0 chrX 103046526 . TGGGGGTA TGGGGTA,TGGGGTAG 450.25 PASS AF=1,0;AO=36,2;DP=45;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790274,0.0166607;FXX=0.0666519;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=14.0239,67.9911;QD=42.8808;RBI=0.112073,0.0183868;REFB=0,0;REVB=0.0794675,-0.00777788;RO=2;SAF=14,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0406685,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00616639,0;OID=.,.;OPOS=103046527,103046531;OREF=G,GTA;OALT=-,TAG;OMAPALT=TGGGGTA,TGGGGTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:36,2:45:42,0:42:0:14,0:28,0:0:0:3:2:14,0:22,2:0:2 chrX 103267865 . C G,T 1080.43 PASS AF=0.0526316,0.934211;AO=4,71;DP=76;FAO=4,71;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=4,39;FSAR=0,32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141963,0.102757;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.147,64.0159;QD=56.8648;RBI=0.0143004,0.111205;REFB=-0.12254,-0.123538;REVB=-0.0017227,0.0425148;RO=1;SAF=4,39;SAR=0,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0119714;STB=0.5,0.506327;STBP=1,0.502;TYPE=snp,snp;VARB=0.249394,0.00266903;OID=.,.;OPOS=103267865,103267865;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:76:76:1:1:4,71:4,71:0.0526316,0.934211:0,32:4,39:1:0:0,32:4,39:1:0 chrX 103294760 . C T 673.69 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188407;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.302;QD=62.6688;RBI=0.0238242;REFB=0;REVB=-0.0145815;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57818e-06;OID=.;OPOS=103294760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chrX 105153001 . A G 483.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4423;QD=58.5554;RBI=0.0705245;REFB=0;REVB=0.0674153;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016638;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chrX 105937499 . GC G 45.74 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0342079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.6455;QD=6.77596;RBI=0.145577;REFB=-0.100749;REVB=-0.141501;RO=14;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0.298794;SSEP=0;SSSB=-0.40571;STB=0.740185;STBP=0.11;TYPE=del;VARB=0.0953522;OID=.;OPOS=105937500;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:10:25:11:27:16:1:10:5:11:45:14:1:9:5:9 chrX 106200202 . G A 1510.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.555;QD=63.6128;RBI=0.0104004;REFB=0;REVB=-0.00816129;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65269e-06;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chrX 107037795 . C A 1553.03 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.951;QD=62.7487;RBI=0.0279274;REFB=-0.0879912;REVB=-0.0231513;RO=1;SAF=44;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106577;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000357476;OID=.;OPOS=107037795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:54:44:1:0:54:44:1:0 chrX 107084075 . A C 781.6 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5651;QD=56.844;RBI=0.0781469;REFB=0;REVB=-0.0763038;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662663;OID=.;OPOS=107084075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:35:20:0:0 chrX 107417730 . G A,C 1938.78 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=111,16;DP=129;FAO=115,15;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=53,9;FSAR=62,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247657,0.0115183;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.114,107.761;QD=59.6547;RBI=0.0352564,0.0198775;REFB=0,0;REVB=0.0250933,0.0162001;RO=0;SAF=52,9;SAR=59,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00102254,0.06066;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:129:130:0:0:111,16:115,15:0.884615,0.115385:59,7:52,9:0:0:62,6:53,9:0:0 chrX 107418906 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.712;QD=63.8716;RBI=0.0178466;REFB=0;REVB=-0.0176425;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43236e-05;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chrX 107422627 . GA AG,G 161.2 PASS AF=0.611111,0.277778;AO=11,4;DP=17;FAO=11,5;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=0,3;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0659733,0.143422;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=183.146,20.4922;QD=35.8212;RBI=0.0718604,0.245383;REFB=-0.138184,-0.11536;REVB=0.0284857,0.199105;RO=2;SAF=0,3;SAR=11,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.407562;STB=0.5,0.666029;STBP=1,0.303;TYPE=mnp,del;VARB=0.0196783,0.128454;OID=.,.;OPOS=107422627,107422628;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:17:18:2:2:11,4:11,5:0.611111,0.277778:11,1:0,3:0:2:11,2:0,3:0:2 chrX 108297332 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.654;QD=43.4862;RBI=0.012312;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11174e-05;OID=.;OPOS=108297332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chrX 108297336 . TG AA 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00096178;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=233.59;QD=53.9112;RBI=0.00096178;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=24;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.27665e-06;OID=.;OPOS=108297336;OREF=TG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:0:24:0:0:0:24:0:0 chrX 108297345 . TTTT AGCA 489.85 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405385;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=4;MLLD=306.196;QD=59.3757;RBI=0.00405385;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=33;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000237897;OID=.;OPOS=108297345;OREF=TTTT;OALT=AGCA;OMAPALT=AGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:0:33:0:0:0:33:0:0 chrX 108297375 . T C 7088.95 PASS AF=1;AO=442;DP=446;FAO=447;FDP=447;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=311;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146993;FXX=0.00445424;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1164;QD=63.4358;RBI=0.0243992;REFB=0.0398982;REVB=-0.0194744;RO=2;SAF=135;SAR=307;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136711;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:446:447:2:0:442:447:1:307:135:1:1:311:136:0:0 chrX 108297445 . A G 11061.2 PASS AF=1;AO=690;DP=697;FAO=705;FDP=705;FR=.;FRO=0;FSAF=269;FSAR=436;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574362;FXX=0.00983132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.291;QD=62.7585;RBI=0.00668503;REFB=0.0150785;REVB=-0.0034206;RO=5;SAF=258;SAR=432;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000382797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53091e-05;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:697:705:5:0:690:705:1:432:258:2:3:436:269:0:0 chrX 108297500 . G C 7856.88 PASS AF=0.976967;AO=508;DP=521;FAO=509;FDP=521;FR=.;FRO=12;FSAF=202;FSAR=307;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0252558;FXX=0.00382402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.69;QD=60.3216;RBI=0.0281803;REFB=-0.0648257;REVB=0.0125008;RO=10;SAF=201;SAR=307;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785666;STB=0.502479;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.000786769;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:521:521:10:12:508:509:0.976967:307:201:6:4:307:202:6:6 chrX 108297570 . C CG 637.32 PASS AF=0.95122;AO=22;DP=156;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0527487;FXX=0.247684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1442;QD=31.0887;RBI=0.287895;REFB=0.036946;REVB=-0.283022;RO=132;SAF=1;SAR=21;SRF=50;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566987;STB=0.564687;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=-0.00862731;OID=.;OPOS=108297571;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.95122:22:156:78:82:4:6:72:2:2:3:132:1:21:50:82 chrX 108297573 . A G 1382.35 PASS AF=0.93578;AO=97;DP=108;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0329151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6095;QD=50.7284;RBI=0.0385996;REFB=-0.0317867;REVB=-0.0201624;RO=8;SAF=27;SAR=70;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509674;STB=0.50173;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00260729;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:108:109:8:7:97:102:0.93578:70:27:2:6:75:27:2:5 chrX 108297602 . T C 1596.82 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.667;QD=59.6942;RBI=0.0163784;REFB=0;REVB=0.00802203;RO=1;SAF=17;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29955e-05;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:107:1:0:100:107:1:83:17:0:1:90:17:0:0 chrX 108297641 . G A 1746.46 PASS AF=0.951613;AO=115;DP=123;FAO=118;FDP=124;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=105;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0880975;FXX=0.0387567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6481;QD=56.3373;RBI=0.101737;REFB=-0.0825827;REVB=0.0508839;RO=4;SAF=12;SAR=103;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100468;STB=0.562016;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00374712;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:123:124:4:6:115:118:0.951613:103:12:3:1:105:13:4:2 chrX 108297698 . GT CC,GC 983.06 PASS AF=0.0821918,0.876712;AO=6,64;DP=73;FAO=6,64;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=0,6;FSAR=6,58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0010326,-0.00524315;FXX=0.0135117;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=113.033,142.821;QD=53.866;RBI=0.0124533,0.0140506;REFB=-0.014462,-0.0230638;REVB=0.0124104,0.0130357;RO=3;SAF=0,6;SAR=6,58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.778585,-0.126111;STB=0.997391,0.567214;STBP=0.032,0.015;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0189377,0.00284733;OID=.,.;OPOS=108297698,108297699;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:73:73:3:3:6,64:6,64:0.0821918,0.876712:6,58:0,6:2:1:6,58:0,6:2:1 chrX 108297702 . A G 700.0 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0221855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.79;QD=51.8518;RBI=0.0244864;REFB=-0.0282802;REVB=0.0103627;RO=2;SAF=6;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133574;STB=0.571397;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0017475;OID=.;OPOS=108297702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:50:50:0.925926:44:6:2:0:44:6:2:0 chrX 108297713 . T C 240.24 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00415412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.514;QD=43.6806;RBI=0.0214168;REFB=-0.0311387;REVB=0.02101;RO=2;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227232;STB=0.624857;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00208121;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:17:3:2:0:17:3:2:0 chrX 108297794 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.206;QD=35.5759;RBI=0.0224175;REFB=0;REVB=-0.00106256;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86107e-05;OID=.;OPOS=108297794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chrX 108297832 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.495;QD=33.4285;RBI=0.0618372;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129728;OID=.;OPOS=108297832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chrX 108708516 . C T 902.24 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247043;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.993;QD=58.2092;RBI=0.00535477;REFB=0;REVB=-0.00475084;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45259e-05;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:40:22:0:0:40:22:0:0 chrX 109937543 . C T 1329.93 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296893;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.189;QD=61.1464;RBI=0.0372885;REFB=0;REVB=0.0225605;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172809;OID=.;OPOS=109937543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:85:87:1:59:26:0:0:60:27:0:0 chrX 111698036 . T C 975.97 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000132172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9567;QD=57.4098;RBI=0.0120548;REFB=-0.0375167;REVB=0.0120541;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00533203;OID=.;OPOS=111698036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:0:1:35:32:0:1 chrX 111698613 . T C 804.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.977;QD=64.3856;RBI=0.0318926;REFB=0;REVB=0.0238574;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24101e-05;OID=.;OPOS=111698613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:20:30:0:0 chrX 111699028 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0087351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.711;QD=43.016;RBI=0.0121632;REFB=0.00252602;REVB=-0.00846408;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000104692;OID=.;OPOS=111699028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chrX 111700104 . GC TT 300.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304969;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.148;QD=52.2583;RBI=0.0313415;REFB=0;REVB=-0.00722705;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000180306;OID=.;OPOS=111700104;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:9:14:0:0 chrX 112099286 . G A 929.3 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.387;QD=55.4806;RBI=0.0149096;REFB=0.000229422;REVB=-0.000520725;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000433733;STB=0.50023;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=8.93342e-06;OID=.;OPOS=112099286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:33:32:1:1:33:32:1:1 chrX 114141174 . G T 957.19 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.484;QD=56.3053;RBI=0.0344079;REFB=0.0354764;REVB=0.0249611;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011386;STB=0.510201;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00111851;OID=.;OPOS=114141174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:41:25:0:1:43:24:1:0 chrX 114425196 . G A 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0498152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.619;QD=31.2414;RBI=0.054636;REFB=-0.0579795;REVB=-0.0224395;RO=3;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180627;STB=0.624826;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0264274;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:3:4:14:14:0.777778:6:8:0:3:6:8:0:4 chrX 114425400 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6572;QD=39.2063;RBI=0.191437;REFB=0;REVB=0.128146;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00761642;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chrX 114426171 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7821;QD=37.4858;RBI=0.0655355;REFB=0;REVB=0.0446503;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00484007;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chrX 114426917 . C T 321.01 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.269;QD=53.5023;RBI=0.111108;REFB=0;REVB=0.0931269;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096304;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chrX 115590299 . C G 907.19 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3282;QD=55.8272;RBI=0.0559766;REFB=-0.107397;REVB=0.0532542;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.506665;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00629402;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:36:27:0:1:37:27:0:1 chrX 117526923 . A G 120.08 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0017947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8805;QD=9.41822;RBI=0.0768808;REFB=-0.00771826;REVB=0.0768599;RO=36;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485317;STB=0.793255;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0194578;OID=.;OPOS=117526923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:3:12:14:22:3:12:14:22 chrX 117700141 . A G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0977682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7406;QD=59.0121;RBI=0.102308;REFB=0;REVB=0.0301377;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237928;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chrX 117907882 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.124;QD=57.6807;RBI=0.0164965;REFB=0;REVB=-0.0147261;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81994e-05;OID=.;OPOS=117907882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chrX 117938928 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.8;QD=63.583;RBI=0.0168846;REFB=0;REVB=-0.0121384;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01288e-07;OID=.;OPOS=117938928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chrX 118108785 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.449;QD=62.9788;RBI=0.0219433;REFB=0;REVB=0.0142827;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63587e-05;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chrX 118219347 . T C 374.54 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.503;QD=55.4874;RBI=0.0668774;REFB=0;REVB=0.0668488;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137111;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:4:22:0:0:5:22:0:0 chrX 118220720 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.625;QD=53.9075;RBI=0.0541971;REFB=0;REVB=-0.0308978;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186714;OID=.;OPOS=118220720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chrX 118222360 . T A 491.86 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00562426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.068;QD=51.775;RBI=0.0301657;REFB=-0.0316788;REVB=0.0296367;RO=2;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104939;STB=0.505491;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0168693;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:2:3:35:35:0.921053:14:21:1:1:14:21:2:1 chrX 118281538 . C A 619.84 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00818059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3809;QD=59.0328;RBI=0.0416334;REFB=-0.0991226;REVB=0.0408218;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00363587;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:0:1:21:20:0:1 chrX 118603729 . G A 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0252256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.646;QD=5.56793;RBI=0.0358287;REFB=0.00664193;REVB=0.0254434;RO=39;SAF=2;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516019;STB=0.830153;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0271201;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:8:2:25:14:8:2:25:14 chrX 118603742 . A C 63.78 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0181354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.243;QD=4.72413;RBI=0.0275747;REFB=-0.00360342;REVB=-0.0207718;RO=44;SAF=2;SAR=8;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512306;STB=0.832716;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0232586;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:8:2:28:16:8:2:28:16 chrX 118603747 . A T 58.7 PASS AF=0.169492;AO=9;DP=58;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0247758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.302;QD=3.97949;RBI=0.0279042;REFB=0.00341458;REVB=0.0128376;RO=48;SAF=1;SAR=8;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627849;STB=0.853045;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0142287;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:58:59:48:49:9:10:0.169492:8:1:32:16:8:2:33:16 chrX 118603773 . T C 60.96 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.049824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.962;QD=3.69473;RBI=0.0498379;REFB=-0.00820601;REVB=0.00117658;RO=54;SAF=3;SAR=8;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386627;STB=0.761451;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0352899;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:54:55:11:11:0.166667:8:3:32:22:8:3:33:22 chrX 118603818 . T G 45.9 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0165627;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.784;QD=2.91431;RBI=0.0243487;REFB=-0.0150126;REVB=-0.0178476;RO=54;SAF=2;SAR=7;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331507;STB=0.748503;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.064324;OID=.;OPOS=118603818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:64:63:54:54:9:9:0.142857:7:2:26:28:7:2:27:27 chrX 118699320 . A G 1108.04 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7787;QD=59.8942;RBI=0.0232207;REFB=0;REVB=0.021835;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143042;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:36:36:0:0:38:36:0:0 chrX 118829479 . G A 2199.56 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365413;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.274;QD=63.2967;RBI=0.0348415;REFB=0;REVB=0.0346494;RO=0;SAF=54;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.407e-05;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:137:139:1:83:54:0:0:85:54:0:0 chrX 119005705 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.322;QD=45.8068;RBI=0.065557;REFB=0;REVB=0.00031348;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538875;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chrX 120008979 . T C 217.11 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.949;QD=48.2468;RBI=0.0850107;REFB=0;REVB=0.0746645;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338233;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:2:14:0:0:2:16:0:0 chrX 122250996 . G T 774.97 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.184;QD=56.3616;RBI=0.0648226;REFB=0;REVB=0.0409042;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610997;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:35:20:0:0 chrX 122318386 . A AG 1547.75 PASS AF=1;AO=102;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038918;FXX=0.0095229;HRUN=0;LEN=1;MLLD=258.28;QD=59.5289;RBI=0.0394641;REFB=0;REVB=0.00654215;RO=1;SAF=40;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.98477e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:106:104:104:0:41:63:0:0:9:1:40:62:1:0 chrX 122336600 . T TG 591.54 PASS AF=1;AO=54;DP=67;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2698;QD=37.5581;RBI=0.0615266;REFB=0;REVB=0.0600362;RO=10;SAF=23;SAR=31;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0015902;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:67:63:63:0:29:34:0:0:12:10:23:31:7:3 chrX 125298690 . G A 1369.35 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253445;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.899;QD=61.5439;RBI=0.085859;REFB=0.0559737;REVB=0.0820331;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977072;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000124381;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:1:1:88:88:0.988764:40:48:1:0:40:48:1:0 chrX 125299188 . T G 478.16 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.567;QD=57.9583;RBI=0.0507525;REFB=0;REVB=-0.0499906;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94212e-05;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:11:20:0:0:12:21:0:0 chrX 125299467 . G T 842.96 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9211;QD=56.197;RBI=0.0634605;REFB=-0.0679391;REVB=0.0520764;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227112;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:27:33:0:0 chrX 125955428 . G A 2165.35 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.717;QD=62.7637;RBI=0.0186498;REFB=0;REVB=0.00161169;RO=0;SAF=89;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99028e-05;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:47:89:0:0:47:91:0:0 chrX 128880614 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.5;QD=59.3217;RBI=0.0341184;REFB=0;REVB=0.00355193;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82421e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chrX 129147079 . T C 129.32 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9029;QD=43.1066;RBI=0.122437;REFB=0;REVB=0.12234;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00690619;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chrX 130223137 . G A 773.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.631;QD=63.1232;RBI=0.0242889;REFB=0;REVB=-0.00489371;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601006;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:22:24:0:0:25:24:0:0 chrX 130416958 . C T 772.26 PASS AF=0.90625;AO=54;DP=60;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.078376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7532;QD=48.2661;RBI=0.0874817;REFB=-0.0223327;REVB=0.038862;RO=6;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155963;STB=0.583303;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00286698;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:60:64:6:6:54:58:0.90625:15:39:0:6:15:43:0:6 chrX 130420006 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.876;QD=57.2373;RBI=0.0203144;REFB=0;REVB=0.00236021;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46182e-05;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chrX 130420415 . T C 650.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0895263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5281;QD=61.9994;RBI=0.0962843;REFB=0;REVB=0.0354359;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000493105;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chrX 130678467 . A G 894.1 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0410241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.459;QD=55.0217;RBI=0.0412757;REFB=-0.0224442;REVB=-0.00455022;RO=2;SAF=17;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523598;STB=0.527769;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=6.21167e-05;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:46:17:2:0:46:17:2:0 chrX 130678844 . A C 215.89 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.389;QD=47.9758;RBI=0.0945368;REFB=0;REVB=-0.0035307;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516148;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:16:18:1:14:2:0:0:14:4:0:0 chrX 131072890 . AG A 30.07 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0637841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8403;QD=8.01808;RBI=0.123827;REFB=-0.104666;REVB=0.106135;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0.368794;SSEP=0;SSSB=0.492481;STB=0.776953;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=0.12066;OID=.;OPOS=131072891;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:8:15:8:15:7:7:1:3:4:29:6:7:1:2:4 chrX 133379551 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.118;QD=60.6103;RBI=0.0235767;REFB=0;REVB=-0.0101404;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48866e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 367.85 PASS AF=0,0.793103,0.137931;AO=2,10,7;DP=38;FAO=0,23,4;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=0,18,2;FSAR=0,5,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00277504,0.053073,0.0578564;FXX=0.23678;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=39.9974,90.715,103.798;QD=50.7384;RBI=0.0718161,0.0609088,0.0579884;REFB=-0.0708364,-0.270486,-0.157881;REVB=0.0717625,0.0298854,0.00391132;RO=1;SAF=2,7,5;SAR=0,3,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.697199,0.126911,0.173072;STB=0.5,0.531991,0.5;STBP=1,0.377,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0128045,0.0435889,0.0211102;OID=.,.,.;OPOS=133380036,133380035,133380063;OREF=T,GT,GT;OALT=A,-,AC;OMAPALT=AGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.793103,0.137931:2,10,7:38:0,23,4:29:2:0,18,2:0,5,2:1:1:38:1:2,7,5:0,3,2:0:1 chrX 134807790 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.732;QD=46.8479;RBI=0.045646;REFB=0;REVB=0.00917904;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083684;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chrX 134948034 . A G 149.42 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226129;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.548;QD=45.9745;RBI=0.0312976;REFB=0;REVB=-0.0312158;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286796;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chrX 135307045 . T TA 145.57 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.166713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4225;QD=36.3927;RBI=0.170128;REFB=0;REVB=-0.033914;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.736637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0141338;OID=.;OPOS=135307046;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:16:16:0:4:12:0:0:4:15:2:0:2:13 chrX 135307049 . G A 177.14 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00486253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5622;QD=39.364;RBI=0.0824901;REFB=-0.0118152;REVB=-0.0823467;RO=2;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963741;STB=0.553121;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0194125;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:13:3:1:1:13:3:1:1 chrX 135310785 . T C 1156.87 PASS AF=0.987179;AO=68;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000334302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.351;QD=59.3268;RBI=0.0184153;REFB=0.0216979;REVB=0.0184122;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000186581;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:68:77:0.987179:34:34:0:0:34:43:1:0 chrX 135313034 . T G 699.47 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00788929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.819;QD=54.8604;RBI=0.0119315;REFB=-0.0797114;REVB=0.00895102;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=4.99221e-05;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:49:50:0.980392:22:27:0:0:23:27:0:1 chrX 135474420 . C A 770.72 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.392;QD=55.0514;RBI=0.0179003;REFB=-0.138909;REVB=0.0138054;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000860624;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:30:25:0:0:30:25:1:0 chrX 135474444 . AGAT A 698.27 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107037;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=3;MLLD=234.692;QD=57.0016;RBI=0.0135291;REFB=0;REVB=0.00827446;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.00278e-06;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:53:49:49:0:22:27:0:0:4:0:22:27:0:0 chrX 135480126 . T C 466.82 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0167252;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.2018;QD=54.9196;RBI=0.070685;REFB=-0.134969;REVB=-0.0686778;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00128265;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:0:1:15:18:0:1 chrX 135496398 . G A 1175.1 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147818;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.966;QD=61.0444;RBI=0.0544844;REFB=0;REVB=-0.0524409;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141808;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chrX 135961587 . G T 203.23 PASS AF=0.904762;AO=13;DP=15;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8797;QD=38.7097;RBI=0.0408445;REFB=-0.0490872;REVB=0.0378048;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555497;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000586407;OID=.;OPOS=135961587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:15:21:0:2:13:19:0.904762:7:6:0:0:8:11:0:2 chrX 138067202 . A G 824.99 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0556579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4009;QD=54.0976;RBI=0.0575577;REFB=0.0646705;REVB=-0.0146658;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.501971;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00952537;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:59:59:0.967213:33:26:1:0:33:26:1:1 chrX 138774209 . C T 1546.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.362;QD=63.1359;RBI=0.0228229;REFB=0;REVB=0.0221993;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244644;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:58:37:0:0:61:37:0:0 chrX 138811003 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4636;QD=56.9377;RBI=0.0510522;REFB=0;REVB=0.018319;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279695;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chrX 138897130 . A C 788.25 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.974;QD=57.3271;RBI=0.102457;REFB=0;REVB=0.0111403;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618965;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:48:55:1:27:21:0:0:27:28:0:0 chrX 139038443 . G A 651.45 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.12;QD=62.043;RBI=0.0541346;REFB=0;REVB=0.046303;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182973;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chrX 139099827 . T G 236.83 PASS AF=1;AO=6;DP=45;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224299;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=7.84136;QD=23.6834;RBI=0.272562;REFB=0;REVB=0.154855;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.275836;OID=.;OPOS=139099827;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:40:32:0:6:40:1:3:3:14:18:22:18:0:0 chrX 139099828 . T A 544.72 PASS AF=0.851064;AO=35;DP=46;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.012071;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4182;QD=46.3594;RBI=0.0394106;REFB=0.0187885;REVB=0.0375165;RO=7;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18567;STB=0.594547;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00320493;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:46:47:7:7:35:40:0.851064:21:14:7:0:25:15:7:0 chrX 140008385 . G T 2011.04 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.614;QD=61.4058;RBI=0.0467042;REFB=-0.0356503;REVB=-0.00598711;RO=1;SAF=34;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137708;STB=0.507245;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000127364;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:96:34:1:0:96:34:1:0 chrX 140270418 . T C 108.06 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194889;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.011;QD=43.2248;RBI=0.0770814;REFB=0;REVB=0.0745769;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408807;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chrX 140983064 . G A 2382.59 PASS AF=0.993865;AO=155;DP=161;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.153631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8073;QD=58.4686;RBI=0.165053;REFB=-0.0432557;REVB=0.0603317;RO=4;SAF=63;SAR=92;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292441;STB=0.503649;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00169388;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:161:163:4:1:155:162:0.993865:92:63:4:0:94:68:1:0 chrX 140983127 . G A 3224.23 PASS AF=0.990654;AO=206;DP=210;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0173743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.807;QD=60.266;RBI=0.0173831;REFB=0.0332713;REVB=-0.000550765;RO=2;SAF=89;SAR=117;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00126803;STB=0.500536;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.000134668;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:210:214:2:2:206:212:0.990654:117:89:1:1:118:94:1:1 chrX 140993642 . C T 1156.77 PASS AF=0.930233;AO=79;DP=86;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0264027;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.352;QD=53.8033;RBI=0.0531551;REFB=-0.155398;REVB=-0.0461342;RO=6;SAF=28;SAR=51;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275921;STB=0.514898;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00351382;OID=.;OPOS=140993642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:86:86:6:6:79:80:0.930233:51:28:1:5:51:29:1:5 chrX 140994171 . C G 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179084;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.007;QD=45.966;RBI=0.0219255;REFB=0;REVB=0.0126497;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33844e-05;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chrX 140996364 . G A 607.85 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=8.52126e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1998;QD=56.5445;RBI=0.0219343;REFB=-0.114268;REVB=0.0219341;RO=2;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055096;STB=0.529397;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0329922;OID=.;OPOS=140996364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:16:25:0:2:16:25:0:2 chrX 141290865 . C T 793.33 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408447;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6233;QD=56.6665;RBI=0.043288;REFB=0;REVB=0.0143375;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279878;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chrX 142517782 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.45;QD=40.7629;RBI=0.041745;REFB=0;REVB=0.030564;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60621e-05;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chrX 142716114 . G A 1362.58 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00475313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.915;QD=61.2394;RBI=0.00584688;REFB=0.00220803;REVB=0.00340495;RO=1;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101908;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-3.8456e-06;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:46:42:0:1:46:42:0:1 chrX 142795225 . G A 94.28 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0287826;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.906;QD=17.1424;RBI=0.0370525;REFB=-0.0568536;REVB=0.0233334;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576918;STB=0.603574;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0370683;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:22:9:11:11:11:0.5:3:8:6:3:3:8:6:5 chrX 142968355 . TAAAAAAAG TAAAAAAGT 35.31 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=47;FAO=8;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0165273;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=27.3823;QD=2.94222;RBI=0.020905;REFB=-0.043922;REVB=0.0128011;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596056;STB=0.891241;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.168649;OID=.;OPOS=142968362;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=TAAAAAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:7:47:8:48:40:7:1:15:25:32:31:6:1:10:21 chrX 144904882 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.967;QD=50.4135;RBI=0.0212404;REFB=0;REVB=-0.012909;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38329e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 144906697 . T C 44.82 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0;FXX=0;HRUN=22;LEN=1;MLLD=137.853;QD=7.47071;RBI=0.00310989;REFB=0.000334577;REVB=-0.00310989;RO=17;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432211;OID=.;OPOS=144906697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:7:0:0:17:7:0:0:17 chrX 144910142 . G A 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.301;QD=60.031;RBI=0.017161;REFB=0;REVB=-0.00259767;RO=0;SAF=19;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45198e-05;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:53:19:0:0:53:19:0:0 chrX 144910936 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.014;QD=55.6561;RBI=0.0363593;REFB=0;REVB=0.00809886;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107684;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chrX 147014960 . C T 1524.32 PASS AF=0.972477;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00664811;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3605;QD=55.9384;RBI=0.0104621;REFB=-0.0877387;REVB=-0.00807823;RO=4;SAF=46;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133145;STB=0.50282;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00217217;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:4:3:105:106:0.972477:59:46:1:3:60:46:1:2 chrX 147088249 . C T 998.04 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.754;QD=58.7083;RBI=0.0204262;REFB=0;REVB=0.00557035;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91834e-05;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:34:32:0:0:35:33:0:0 chrX 147903704 . C T 1303.76 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0554822;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7151;QD=60.64;RBI=0.0598684;REFB=-0.0845525;REVB=-0.0224935;RO=1;SAF=36;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129756;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000110381;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:84:85:0.988372:48:36:1:0:48:37:1:0 chrX 147903927 . C T 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000582303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.774;QD=57.1933;RBI=0.0105689;REFB=0;REVB=-0.0105529;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88806e-05;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chrX 148628490 . A T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.206;QD=42.1793;RBI=0.0459942;REFB=0;REVB=-0.0452712;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433661;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chrX 149013727 . A G 366.01 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.962;QD=54.224;RBI=0.017832;REFB=0;REVB=-0.0162489;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46553e-05;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:5:22:0:0:5:22:0:0 chrX 149931106 . C T 591.65 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00831315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.878;QD=56.3472;RBI=0.00968906;REFB=0.0592908;REVB=0.00497689;RO=2;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223561;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=5.90974e-05;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:19:21:1:1:19:21:1:1 chrX 149933341 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.717;QD=56.7066;RBI=0.046891;REFB=0;REVB=0.0390573;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220295;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chrX 150573587 . AG A,GA 33.03 PASS AF=0.222222,0.037037;AO=4,2;DP=27;FAO=6,1;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4,0;FSAR=2,1;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.158532,0.0587759;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=15.8915,33.5115;QD=4.89337;RBI=0.164132,0.0821175;REFB=-0.0765149,-0.0289552;REVB=0.0425099,0.057347;RO=19;SAF=1,1;SAR=3,1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.213651,0.0776352;STB=0.699354,0.987881;STBP=0.314,0.454;TYPE=del,mnp;VARB=0.136286,-0.0106271;OID=.,.;OPOS=150573588,150573587;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:27:27:19:20:4,2:6,1:0.222222,0.037037:3,1:1,1:8:11:2,1:4,0:8:12 chrX 150840185 . T C 465.01 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.828;QD=58.1265;RBI=0.0284605;REFB=0;REVB=0.0278912;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98421e-05;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:16:14:0:0:18:14:0:0 chrX 150867321 . C T 1548.66 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389349;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.735;QD=63.8622;RBI=0.053639;REFB=0;REVB=0.0368947;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192476;OID=.;OPOS=150867321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chrX 150869267 . A G 808.42 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127471;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.409;QD=57.744;RBI=0.0128672;REFB=0;REVB=0.0017538;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94862e-05;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chrX 151092220 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2586;QD=57.1053;RBI=0.0488054;REFB=0;REVB=-0.044697;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000629416;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chrX 151092653 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6991;QD=62.9804;RBI=0.0256847;REFB=0;REVB=-0.0167492;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21837e-05;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chrX 151125971 . A G 1116.72 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0967;QD=60.3634;RBI=0.0297478;REFB=0;REVB=0.0284829;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131096;OID=.;OPOS=151125971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:52:22:0:0:52:22:0:0 chrX 151129822 . G A 1338.56 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00282857;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.285;QD=60.8435;RBI=0.0102817;REFB=-0.102784;REVB=-0.00988496;RO=1;SAF=29;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160551;STB=0.508473;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=5.07896e-05;OID=.;OPOS=151129822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:86:87:0.988636:57:29:1:0:58:29:1:0 chrX 151138179 . A C 1056.53 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160553;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9332;QD=58.6959;RBI=0.0379638;REFB=-0.0666827;REVB=0.0344017;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00593912;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:72:1:1:71:71:0.986111:39:32:0:1:39:32:0:1 chrX 151303393 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.938;QD=51.184;RBI=0.0358248;REFB=0;REVB=0.00790162;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184799;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chrX 151303596 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00623767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.534;QD=42.1826;RBI=0.019354;REFB=0;REVB=-0.0183212;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133226;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chrX 151821277 . T A 1734.16 PASS AF=0.784884;AO=131;DP=170;FAO=135;FDP=172;FR=.;FRO=37;FSAF=43;FSAR=92;FSRF=33;FSRR=4;FWDB=0.0175864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.184;QD=40.3293;RBI=0.017733;REFB=0.000129256;REVB=0.00227554;RO=0;SAF=42;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.62864e-08;STB=0.628757;STBP=0;TYPE=snp;VARB=3.55112e-06;OID=.;OPOS=151821277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:0:37:131:135:0.784884:89:42:0:0:92:43:33:4 chrX 151870629 . A T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351192;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.08;QD=35.573;RBI=0.0480472;REFB=0;REVB=-0.03279;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8917e-05;OID=.;OPOS=151870629;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrX 151909156 . A G 334.22 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0159994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.68;QD=46.0991;RBI=0.0160127;REFB=-0.00999587;REVB=0.000651039;RO=2;SAF=18;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488675;STB=0.503103;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.000525864;OID=.;OPOS=151909156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:2:3:26:26:0.896552:8:18:2:0:8:18:2:1 chrX 152018831 . GT G,GG 694.06 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=5,39;DP=44;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144758,0.0027547;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=262.962,275.573;QD=61.6944;RBI=0.0387461,0.0336035;REFB=0,0;REVB=0.0387191,0.0334904;RO=0;SAF=1,14;SAR=4,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0123218,0.0028891;OID=.,.;OPOS=152018832,152018832;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:5,39:44:1,44:45:0:0,15:1,29:0:0:5:0:1,14:4,25:0:0 chrX 152226542 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7296;QD=53.9091;RBI=0.119039;REFB=0;REVB=0.115361;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305027;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chrX 152227132 . C T 1457.64 PASS AF=0.990099;AO=96;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000237435;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9753;QD=57.7284;RBI=0.055476;REFB=-0.330374;REVB=0.0554755;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.504853;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00636427;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:100:101:0:1:96:100:0.990099:47:49:0:0:49:51:1:0 chrX 152482198 . G A 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.26;QD=59.4229;RBI=0.0207281;REFB=-0.0908391;REVB=-0.0133971;RO=1;SAF=29;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015915;STB=0.508471;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00240243;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:13:29:1:0:13:29:1:0 chrX 152482917 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1227;QD=53.2749;RBI=0.0438574;REFB=0;REVB=0.034101;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010119;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chrX 152609668 . T C 1475.3 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220842;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4866;QD=63.4539;RBI=0.0510532;REFB=0;REVB=0.0460295;RO=0;SAF=60;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99908e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197848;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:29:60:0:0:34:59:0:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158034;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=9;MLLD=321.709;QD=56.7419;RBI=0.0170841;REFB=0;REVB=0.00648985;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.97157e-05;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:28:28:0:14:14:0:0:4:0:14:14:0:0 chrX 152610985 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.74;QD=57.3858;RBI=0.041645;REFB=0;REVB=-0.00638765;RO=0;SAF=48;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.95838e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98165e-05;OID=.;OPOS=152610985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:9:48:0:0:9:48:0:0 chrX 152613112 . C T 489.76 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5416;QD=55.9727;RBI=0.107127;REFB=-0.123643;REVB=0.0149107;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00407294;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:17:17:0:0:17:17:0:1 chrX 152613702 . A G 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.643;QD=58.529;RBI=0.012679;REFB=0.0728398;REVB=0.0032007;RO=1;SAF=47;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998727;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000243828;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:54:47:1:0:54:47:1:0 chrX 152615053 . ATT A,AT 40.61 PASS AF=0,0.5;AO=3,11;DP=30;FAO=0,15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=0,13;FSAR=0,2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0671083,-0.124282;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=15.9515,8.63493;QD=5.41457;RBI=0.0959251,0.177116;REFB=-0.0319347,-0.0585096;REVB=0.0685427,0.126191;RO=12;SAF=3,9;SAR=0,2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637912,0.347389;STB=0.5,0.702381;STBP=1,0.065;TYPE=del,del;VARB=0.0580797,0.00765157;OID=.,.;OPOS=152615054,152615054;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:3,11:30:0,15:30:15:0,13:0,2:9:6:38:12:3,9:0,2:6:6 chrX 152616261 . T C 519.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3223;QD=59.4061;RBI=0.0180033;REFB=0;REVB=-0.00369616;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277876;OID=.;OPOS=152616261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chrX 152616430 . T G 167.53 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.362;QD=41.8812;RBI=0.042815;REFB=-0.114508;REVB=0.0328401;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00242059;OID=.;OPOS=152616430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:11:4:0:1:11:4:0:1 chrX 152616701 . C A 239.36 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.906;QD=50.3923;RBI=0.0231533;REFB=0;REVB=0.0216934;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111902;OID=.;OPOS=152616701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 152616741 . A T 411.36 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.975;QD=56.7396;RBI=0.04321;REFB=0;REVB=0.0350639;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369843;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chrX 152616952 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.041;QD=56.9553;RBI=0.00848089;REFB=0;REVB=0.00299469;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07398e-05;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chrX 152747937 . G A 948.58 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0407395;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.6479;QD=54.2047;RBI=0.0444081;REFB=-0.163579;REVB=0.0176741;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.510914;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00167048;OID=.;OPOS=152747937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:70:70:0:3:67:67:0.957143:28:39:0:0:28:39:1:2 chrX 152770230 . G A 1632.15 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0240797;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.677;QD=58.291;RBI=0.0284046;REFB=-0.145057;REVB=0.0150661;RO=2;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155598;STB=0.508195;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=1.25254e-05;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:2:2:110:110:0.982143:60:50:0:2:60:50:0:2 chrX 152815089 . A G 394.53 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.513;QD=56.361;RBI=0.0829982;REFB=0;REVB=0.012263;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424364;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:13:9:0:0:14:14:0:0 chrX 152823728 . G C 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3499;QD=64.4096;RBI=0.118872;REFB=0;REVB=0.0570639;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216408;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chrX 153010014 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00572856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.918;QD=6.78771;RBI=0.0100366;REFB=-0.0120671;REVB=0.00824122;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140986;STB=0.521685;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0244255;OID=.;OPOS=153010014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:22:23:8:8:0.258065:3:5:14:8:3:5:15:8 chrX 153010019 . AG GT 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00112166;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.764;QD=7.52633;RBI=0.0152937;REFB=-0.00604229;REVB=-0.0152525;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529808;STB=0.533258;STBP=0.86;TYPE=mnp;VARB=0.0153297;OID=.;OPOS=153010019;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:15:9:3:6:15:9 chrX 153010059 . G T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0197878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.036;QD=11.5638;RBI=0.0213496;REFB=-0.0181634;REVB=-0.00801563;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13133;STB=0.577877;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0342031;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:6:9:14:15:6:9:14:15 chrX 153010066 . C T 327.96 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0091685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.138;QD=30.5083;RBI=0.0460226;REFB=-0.00265814;REVB=0.0451001;RO=14;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108259;STB=0.54723;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00493809;OID=.;OPOS=153010066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:28:28:0.651163:15:13:9:5:15:13:9:6 chrX 153010083 . G A 312.01 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0261412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7881;QD=29.7152;RBI=0.069126;REFB=-0.0230036;REVB=0.0639925;RO=15;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143633;STB=0.578889;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0122508;OID=.;OPOS=153010083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:15:12:10:5:15:12:10:5 chrX 153010090 . G A 115.63 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0400951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8986;QD=11.0125;RBI=0.0447814;REFB=-0.0180546;REVB=0.0199437;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239502;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0397955;OID=.;OPOS=153010090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:12:16:5:9:12:16 chrX 153010092 . G A 117.38 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0191879;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.519;QD=11.4512;RBI=0.0294372;REFB=-0.0320289;REVB=0.0223243;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259176;STB=0.653761;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0289164;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:11:16:5:9:11:16 chrX 153010137 . C T 40.21 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0113837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.232;QD=5.74479;RBI=0.0219192;REFB=-0.00990292;REVB=-0.0187314;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658431;STB=0.914349;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0363308;OID=.;OPOS=153010137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:27:28:21:21:6:7:0.25:1:5:4:17:1:6:4:17 chrX 153039502 . G C 307.22 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.487;QD=51.2033;RBI=0.0605466;REFB=0;REVB=-0.017519;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116546;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:13:10:1:0:13:11:0:0 chrX 153041544 . T C 411.57 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.595;QD=56.7676;RBI=0.0215046;REFB=0;REVB=0.01466;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192502;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chrX 153042419 . G A 2439.93 PASS AF=0.970238;AO=163;DP=168;FAO=163;FDP=168;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=105;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.01095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4384;QD=58.0936;RBI=0.0340549;REFB=-0.0261843;REVB=0.0322465;RO=4;SAF=58;SAR=105;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194636;STB=0.514297;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000483798;OID=.;OPOS=153042419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:168:168:4:5:163:163:0.970238:105:58:3:1:105:58:4:1 chrX 153048657 . A C 381.31 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325909;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.871;QD=56.4901;RBI=0.0733296;REFB=0;REVB=0.0656891;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23137e-05;OID=.;OPOS=153048657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:23:3:0:0:24:3:0:0 chrX 153068407 . TC GA 554.45 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0338765;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.512;QD=58.3629;RBI=0.0344189;REFB=-0.158675;REVB=-0.00608631;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=mnp;VARB=0.00375555;OID=.;OPOS=153068407;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:38:0:1:37:37:0.973684:22:15:0:0:22:15:1:0 chrX 153149708 . G GC,GCT 548.51 PASS AF=1,0;AO=30,6;DP=43;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265199,-0.0213861;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=211.89,187.421;QD=59.2987;RBI=0.0308914,0.0294682;REFB=0,0;REVB=0.0158422,0.0202734;RO=7;SAF=10,1;SAR=20,5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0904184,-0.413635;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-6.18165e-05,0;OID=.,.;OPOS=153149709,153149709;OREF=-,-;OALT=C,CT;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:30,6:43:37,0:37:0:12,0:25,0:0:0:4:7:10,1:20,5:4:3 chrX 153149715 . C G 527.69 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.461;QD=57.0476;RBI=0.0408167;REFB=-0.0617071;REVB=-0.0392441;RO=1;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191068;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000684119;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:24:12:0:1:24:12:0:1 chrX 153178459 . G GC 428.9 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.39;QD=36.502;RBI=0.221112;REFB=0;REVB=0.220882;RO=6;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00723561;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:46:47:47:0:21:26:0:0:9:6:19:20:1:5 chrX 153278829 . G A 743.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.814;QD=63.3107;RBI=0.136866;REFB=0;REVB=0.13202;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311693;OID=.;OPOS=153278829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:18:26:0:0:21:26:0:0 chrX 153284192 . A G 1463.06 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00829535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.328;QD=60.3322;RBI=0.00982933;REFB=-0.0156473;REVB=-0.00527284;RO=2;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220383;STB=0.511361;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000447941;OID=.;OPOS=153284192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:97:2:2:93:95:0.979381:42:51:0:2:43:52:0:2 chrX 153284483 . G A 632.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5355;QD=61.6709;RBI=0.121553;REFB=0;REVB=0.0581098;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254056;OID=.;OPOS=153284483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chrX 153292179 . GT G,GC 705.18 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=5,41;DP=46;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246908,0.037278;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.8776,67.8529;QD=61.3202;RBI=0.028153,0.0496426;REFB=0,0;REVB=0.013526,0.0327833;RO=0;SAF=3,18;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0725254,0.00267149;OID=.,.;OPOS=153292180,153292180;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0652174,0.934783:5,41:46:3,43:46:0:2,19:1,24:0:0:11:0:3,18:2,23:0:0 chrX 153609616 . GC CT 397.59 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866636;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.089;QD=56.798;RBI=0.0879194;REFB=0;REVB=0.0148064;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.63238e-05;OID=.;OPOS=153609616;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:25:3:0:0:25:3:0:0 chrX 153629155 . A G 283.41 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197169;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7353;QD=49.2887;RBI=0.0300411;REFB=-0.0233962;REVB=0.0226652;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0143156;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chrX 153633359 . G C 646.52 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0326835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.35;QD=48.7939;RBI=0.03962;REFB=-0.111165;REVB=0.0223949;RO=4;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569499;STB=0.530291;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00137612;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:31:18:0:4:31:18:0:4 chrX 153649813 . G C 1480.27 PASS AF=1;AO=86;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.241103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.168;QD=58.6244;RBI=0.241148;REFB=0;REVB=0.00465502;RO=0;SAF=11;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017222;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:86:101:1:75:11:0:0:78:23:0:0 chrX 153657083 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.685;QD=43.4861;RBI=0.0511468;REFB=0;REVB=-0.0241501;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480637;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:10:1:0:0:11:1:0:0 chrX 153696498 . C T 501.31 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0106;QD=58.9781;RBI=0.0714522;REFB=0;REVB=0.068832;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155037;OID=.;OPOS=153696498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chrX 153994596 . G T 725.94 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0185216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.02;QD=52.7956;RBI=0.0202668;REFB=-0.142089;REVB=-0.00822768;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00109252;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:0:2:53:53:0.963636:27:26:0:0:27:26:1:1 chrX 154020114 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.837;QD=51.1843;RBI=0.0238173;REFB=0;REVB=-0.000662482;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242984;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:14:6:0:0 chrX 154456747 . A G 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.674;QD=57.6722;RBI=0.00766356;REFB=0;REVB=0.00299801;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41056e-05;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chrX 155004437 . G T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0113648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0555;QD=19.156;RBI=0.014957;REFB=0.00680357;REVB=-0.00972378;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100971;STB=0.557321;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00921475;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:10:13:14:7:10:13 chrX 155005254 . C T 1521.12 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9939;QD=59.0726;RBI=0.0328009;REFB=0;REVB=0.0324946;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167352;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:102:103:1:62:40:0:0:63:40:0:0 chrX 155006050 . C T 489.99 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0333201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6329;QD=55.999;RBI=0.0333325;REFB=-0.0262897;REVB=-0.000907728;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00461906;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:0:1:16:18:0:1 chrX 155006982 . A T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0826;QD=60.9757;RBI=0.0602755;REFB=0;REVB=0.0208432;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729356;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chrX 155007278 . G A 160.5 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0740052;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.655;QD=18.3431;RBI=0.0748398;REFB=-0.00983321;REVB=-0.0111454;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380381;STB=0.543347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0100629;OID=.;OPOS=155007278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:11:5:5:13:11:6:5:13 chrX 155007299 . A T 55.73 PASS AF=0.272727;AO=4;DP=15;FAO=3;FDP=11;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=0;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.03852;FXX=0.214133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.988;QD=20.2665;RBI=0.0404953;REFB=0.00400064;REVB=-0.0124933;RO=4;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126606;OID=.;OPOS=155007299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:15:11:4:4:4:3:0.272727:4:0:0:4:3:0:0:4 chrX 155008583 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.499;QD=55.0093;RBI=0.0313517;REFB=-0.0887561;REVB=-0.026743;RO=1;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845286;STB=0.545424;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00175537;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:5:27:0:1:5:27:0:1 chrX 155008671 . G A 1231.29 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.747;QD=60.0631;RBI=0.0150935;REFB=-0.0472857;REVB=0.000111102;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000162255;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:42:39:0:1:42:39:0:1 chrX 155009102 . G A 961.67 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120534;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.411;QD=59.1797;RBI=0.120669;REFB=0;REVB=0.00569293;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46547e-05;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:39:22:0:0:40:25:0:0 chrX 155009225 . C T 311.73 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418038;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5908;QD=54.2147;RBI=0.0426183;REFB=0;REVB=-0.00829208;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209435;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chrX 155009661 . A C 121.77 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0186361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.764;QD=15.2208;RBI=0.0186905;REFB=0.00785479;REVB=0.0014241;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202481;STB=0.631397;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0150418;OID=.;OPOS=155009661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:6:7:6:12:6:8:6:12 chrX 155009829 . C T 758.26 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00705681;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.533;QD=53.211;RBI=0.00766386;REFB=-0.0964622;REVB=-0.00298933;RO=2;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427299;STB=0.502267;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-6.62147e-05;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:2:2:55:55:0.964912:24:31:1:1:24:31:1:1 chrX 155009856 . T C 256.09 PASS AF=0.529412;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.022455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.921;QD=20.0858;RBI=0.022631;REFB=-0.00378274;REVB=0.00281669;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453611;STB=0.504501;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00282739;OID=.;OPOS=155009856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:23:24:25:27:0.529412:11:14:13:10:11:16:14:10 chrX 155009935 . C A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00417227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.488;QD=18.3009;RBI=0.0272795;REFB=-0.0164417;REVB=0.0269586;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188537;STB=0.606792;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0181933;OID=.;OPOS=155009935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:15:8:11:9:15:8 chrX 155010062 . G A 800.76 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7817;QD=57.1971;RBI=0.039666;REFB=0;REVB=0.0271699;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21641e-06;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chrX 155010077 . G A 699.04 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.523;QD=54.827;RBI=0.0201474;REFB=-0.0115394;REVB=0.015606;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000153554;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:0:1:49:50:0.980392:19:30:0:0:20:30:1:0 chrX 155010230 . A C 131.17 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0374202;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3203;QD=11.9244;RBI=0.0376208;REFB=-0.0192133;REVB=0.00388028;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118055;STB=0.587066;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.065207;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:29:15:15:0.340909:4:11:18:10:4:11:18:11 chrX 155010308 . G A 740.73 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568334;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7325;QD=56.9793;RBI=0.0694809;REFB=0;REVB=-0.0399696;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122475;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chrX 155011012 . T C 449.64 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00671278;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.926;QD=20.9137;RBI=0.029342;REFB=-0.00453709;REVB=0.0285638;RO=41;SAF=13;SAR=31;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162251;STB=0.5975;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00411677;OID=.;OPOS=155011012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:42:44:44:0.511628:31:13:19:22:31:13:20:22 chrX 155011216 . T A 276.57 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.92526e-05;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.963;QD=52.6803;RBI=0.00280738;REFB=0;REVB=-0.00280626;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118723;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chrX 155011276 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.578;QD=53.9111;RBI=0.0212817;REFB=0;REVB=0.0152845;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37648e-05;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chrX 155011472 . T A 734.95 PASS AF=0.888889;AO=56;DP=63;FAO=56;FDP=63;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0130425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.184;QD=46.6636;RBI=0.0186279;REFB=-0.0945874;REVB=0.0133001;RO=4;SAF=30;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270755;STB=0.511941;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00278773;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:63:63:4:7:56:56:0.888889:26:30:3:1:26:30:3:4 chrX 155011926 . T C 733.69 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=146;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.00227126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.677;QD=20.1011;RBI=0.00236877;REFB=0.000835246;REVB=0.000672644;RO=72;SAF=35;SAR=37;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759028;STB=0.541019;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000703869;OID=.;OPOS=155011926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:72:74:72:72:0.493151:37:35:29:43:37:35:30:44 chrX 155227464 . C T 1074.39 PASS AF=0.522843;AO=98;DP=191;FAO=103;FDP=197;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=78;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.00347448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.108;QD=21.815;RBI=0.0331754;REFB=-0.0163753;REVB=0.032993;RO=87;SAF=22;SAR=76;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170251;STB=0.600196;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0227708;OID=.;OPOS=155227464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:197:87:94:98:103:0.522843:76:22:33:54:78:25:39:55 chrX 155235014 . C T 704.23 PASS AF=0.458824;AO=72;DP=163;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.00794192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.834;QD=16.5701;RBI=0.0138498;REFB=-0.0154647;REVB=0.0113464;RO=90;SAF=39;SAR=33;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184275;STB=0.595514;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0134769;OID=.;OPOS=155235014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:170:90:92:72:78:0.458824:33:39:32:58:37:41:32:60 chrX 155252868 . T A 52.77 PASS AF=0.108333;AO=13;DP=120;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.0396631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.97;QD=1.75916;RBI=0.0449269;REFB=-0.00973527;REVB=-0.0211014;RO=107;SAF=8;SAR=5;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198894;STB=0.646244;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0547566;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:120:120:107:107:13:13:0.108333:5:8:48:59:5:8:48:59 chrY 10034887 . CC TG 78.33 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0138282;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.511;QD=17.4069;RBI=0.0160966;REFB=-0.0161386;REVB=0.00823908;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=mnp;VARB=0.0181737;OID=.;OPOS=10034887;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:18:18:8:8:7:7:0.388889:5:2:4:4:5:2:4:4 chrY 10035086 . T G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0194356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.913;QD=7.83719;RBI=0.0221669;REFB=-0.0056814;REVB=0.0106597;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248764;STB=0.657425;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0159741;OID=.;OPOS=10035086;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:8:8:5:2:8:8 chrY 10035128 . C T 36.51 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0121375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.614;QD=7.30247;RBI=0.0137942;REFB=-0.00841667;REVB=0.00655447;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308307;STB=0.620278;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00981915;OID=.;OPOS=10035128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:11:14:6:6:0.3:4:2:7:4:4:2:7:7 chrY 10035424 . A G 46.27 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0509772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2203;QD=3.4273;RBI=0.0527003;REFB=0.00374117;REVB=-0.0133659;RO=45;SAF=1;SAR=7;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477174;STB=0.837612;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0263482;OID=.;OPOS=10035424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:53:54:45:46:8:8:0.148148:7:1:22:23:7:1:22:24 chrY 10035433 . T C 92.42 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00517259;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.331;QD=7.24858;RBI=0.0211587;REFB=-0.0284632;REVB=0.0205167;RO=38;SAF=2;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419557;STB=0.779659;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0355258;OID=.;OPOS=10035433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:51:51:38:38:12:13:0.254902:10:2:18:20:11:2:18:20 chrY 10035449 . G C 125.63 PASS AF=0.348837;AO=12;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00464247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5662;QD=11.6861;RBI=0.00496934;REFB=0.000469771;REVB=0.00177251;RO=28;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401745;STB=0.776461;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00147525;OID=.;OPOS=10035449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:12:15:0.348837:10:2:13:15:13:2:13:15 chrY 10035664 . C G 698.92 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00399317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7304;QD=54.8174;RBI=0.0257916;REFB=0.0132442;REVB=0.0254806;RO=1;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125559;STB=0.506664;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-1.40977e-05;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:37:13:0:1:37:13:0:1 chrY 10036057 . GT AC 561.75 PASS AF=0.851064;AO=38;DP=50;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00163944;FXX=0.059988;HRUN=2;LEN=2;MLLD=133.284;QD=47.8088;RBI=0.00915971;REFB=-0.000513858;REVB=-0.0090118;RO=7;SAF=23;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946434;STB=0.547802;STBP=0.126;TYPE=mnp;VARB=0.000135076;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:50:47:7:7:38:40:0.851064:15:23:2:5:16:24:2:5 chrY 10036088 . A G 4861.71 PASS AF=0.969512;AO=318;DP=329;FAO=318;FDP=328;FR=.;FRO=10;FSAF=196;FSAR=122;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00910806;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.697;QD=59.2891;RBI=0.0116991;REFB=-0.0043982;REVB=0.00734252;RO=10;SAF=196;SAR=122;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100423;STB=0.500527;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-5.29999e-05;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:329:328:10:10:318:318:0.969512:122:196:6:4:122:196:6:4 chrY 10036105 . T C 7239.0 PASS AF=0.965377;AO=472;DP=492;FAO=474;FDP=491;FR=.;FRO=17;FSAF=357;FSAR=117;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00853551;FXX=0.00405671;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.326;QD=58.9736;RBI=0.0448887;REFB=-0.0496509;REVB=0.0440697;RO=12;SAF=357;SAR=115;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110336;STB=0.515643;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000608142;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:492:491:12:17:472:474:0.965377:115:357:7:5:117:357:7:10 chrY 10036107 . T C 7392.06 PASS AF=0.979879;AO=479;DP=497;FAO=487;FDP=497;FR=.;FRO=10;FSAF=366;FSAR=121;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.011688;FXX=0.00995996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.675;QD=59.4934;RBI=0.0116886;REFB=-0.0509659;REVB=-0.000118233;RO=11;SAF=363;SAR=116;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123054;STB=0.504065;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000204245;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:497:497:11:10:479:487:0.979879:116:363:6:5:121:366:6:4 chrY 10036132 . T C 8370.59 PASS AF=0.971581;AO=540;DP=562;FAO=547;FDP=563;FR=.;FRO=16;FSAF=424;FSAR=123;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0407928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9587;QD=59.4713;RBI=0.0475041;REFB=0.0416934;REVB=0.024343;RO=16;SAF=423;SAR=117;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02749;STB=0.513557;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00116656;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:562:563:16:16:540:547:0.971581:117:423:7:9:123:424:7:9 chrY 10036156 . G C 7929.53 PASS AF=0.959335;AO=518;DP=542;FAO=519;FDP=541;FR=.;FRO=22;FSAF=409;FSAR=110;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0107142;FXX=0.00184498;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.101;QD=58.6287;RBI=0.0268;REFB=-0.0535157;REVB=0.0245652;RO=20;SAF=408;SAR=110;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349872;STB=0.519835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00187694;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:542:541:20:22:518:519:0.959335:110:408:9:11:110:409:10:12 chrY 10036164 . T C 7950.45 PASS AF=0.962894;AO=518;DP=539;FAO=519;FDP=539;FR=.;FRO=20;FSAF=408;FSAR=111;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00748102;FXX=0.00185182;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.692;QD=59.0015;RBI=0.0145727;REFB=-0.06289;REVB=0.0125059;RO=17;SAF=408;SAR=110;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333365;STB=0.518159;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000631813;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:539:539:17:20:518:519:0.962894:110:408:7:10:111:408:9:11 chrY 10036171 . A G 8022.77 PASS AF=0.970149;AO=518;DP=539;FAO=520;FDP=536;FR=.;FRO=16;FSAF=410;FSAR=110;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0337197;FXX=0.00740727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.341;QD=59.8714;RBI=0.0338904;REFB=-0.0150877;REVB=0.00339817;RO=16;SAF=409;SAR=109;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450792;STB=0.52344;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000316695;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:539:536:16:16:518:520:0.970149:109:409:4:12:110:410:4:12 chrY 10036189 . C CCGTT 7474.85 PASS AF=0.96139;AO=472;DP=540;FAO=498;FDP=518;FR=.;FRO=20;FSAF=395;FSAR=103;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00578176;FXX=0.0263153;HRUN=2;LEN=4;MLLD=198.347;QD=57.7209;RBI=0.0106327;REFB=-0.0261293;REVB=-0.00892329;RO=33;SAF=369;SAR=103;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523868;STB=0.525301;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-2.53625e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96139:472:540:498:518:20:395:103:7:13:16:33:369:103:16:17 chrY 10036204 . T C 7433.4 PASS AF=0.961014;AO=492;DP=514;FAO=493;FDP=513;FR=.;FRO=20;FSAF=403;FSAR=90;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0434294;FXX=0.00194549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1461;QD=57.9602;RBI=0.0702704;REFB=-0.0418305;REVB=0.0552432;RO=20;SAF=402;SAR=90;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559251;STB=0.532404;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00180926;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:514:513:20:20:492:493:0.961014:90:402:7:13:90:403:6:14 chrY 10036229 . T C 5353.09 PASS AF=0.956989;AO=353;DP=371;FAO=356;FDP=372;FR=.;FRO=16;FSAF=319;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00599657;FXX=0.00268089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.08;QD=57.5601;RBI=0.00872926;REFB=0.0120915;REVB=0.00634358;RO=16;SAF=317;SAR=36;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118385;STB=0.560875;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000318116;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:371:372:16:16:353:356:0.956989:36:317:5:11:37:319:5:11 chrY 10036233 . G C 4602.97 PASS AF=0.936937;AO=308;DP=330;FAO=312;FDP=333;FR=.;FRO=21;FSAF=289;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0274404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.768;QD=55.2909;RBI=0.0313123;REFB=-0.0225529;REVB=-0.0150827;RO=22;SAF=285;SAR=23;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165034;STB=0.588271;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00108312;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:330:333:22:21:308:312:0.936937:23:285:11:11:23:289:10:11 chrY 10036269 . A G 1145.68 PASS AF=0.880435;AO=81;DP=92;FAO=81;FDP=92;FR=.;FRO=11;FSAF=74;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.021852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.091;QD=49.812;RBI=0.0472841;REFB=0.0225449;REVB=0.0419318;RO=11;SAF=74;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321808;STB=0.673082;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00392275;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:92:92:11:11:81:81:0.880435:7:74:3:8:7:74:3:8 chrY 10036277 . A G 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00972451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.445;QD=32.2574;RBI=0.0104367;REFB=-0.0117339;REVB=-0.00378934;RO=8;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331013;STB=0.681647;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00117778;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:7:14:0:8:7:14:0:8 chrY 10036280 . A G 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00857479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.26;QD=32.2576;RBI=0.00888649;REFB=-0.0151514;REVB=0.00233296;RO=8;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331013;STB=0.681647;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00093285;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:7:14:0:8:7:14:0:8 chrY 10036408 . C A 55.9 PASS AF=0.227273;AO=5;DP=23;FAO=5;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0596739;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.645;QD=10.1637;RBI=0.0608401;REFB=-0.034207;REVB=-0.0118554;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548753;STB=0.7988;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0071378;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:22:9:11:5:5:0.227273:1:4:2:7:1:4:4:7 chrY 10036422 . C T 37.05 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00442925;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.008;QD=5.48882;RBI=0.0225454;REFB=-0.00119358;REVB=-0.0221061;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329408;STB=0.745344;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0083912;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:29:27:20:21:6:6:0.222222:1:5:12:8:1:5:12:9 chrY 10036438 . C T 78.68 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00825911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.621;QD=6.55646;RBI=0.0440195;REFB=-0.000631118;REVB=-0.0432377;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289077;STB=0.666389;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00412611;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:6:5:25:11:6:5:25:12 chrY 10036439 . A C 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0146582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.252;QD=2.70779;RBI=0.0229379;REFB=-0.00744408;REVB=-0.0176433;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395162;STB=0.768455;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0366551;OID=.;OPOS=10036439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:41:42:6:6:0.125:4:2:28:13:4:2:28:14 chrY 10036445 . G C 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0414118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9019;QD=3.78986;RBI=0.0475958;REFB=0.00697021;REVB=0.023461;RO=42;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476701;STB=0.822315;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0381658;OID=.;OPOS=10036445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:51:42:43:8:8:0.156863:6:2:28:14:6:2:29:14 chrY 10036453 . T G 40.86 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=50;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00867554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.06;QD=3.14333;RBI=0.0102356;REFB=0.000566138;REVB=0.00543154;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410213;STB=0.826892;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00115506;OID=.;OPOS=10036453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:52:43:44:6:8:0.153846:4:2:30:13:6:2:30:14 chrY 10036483 . T C 171.24 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0110619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.914;QD=12.4535;RBI=0.0377366;REFB=-0.0122287;REVB=0.0360789;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354585;STB=0.708908;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00346424;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:13:8:24:9:13:8:25:9 chrY 10036486 . C G 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0130003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.139;QD=11.1844;RBI=0.0132539;REFB=0.00178559;REVB=-0.00258018;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336705;STB=0.683438;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0103607;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:19:19:0.351852:11:8:25:9:11:8:25:10 chrY 10036503 . T C 38.07 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0275813;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7814;QD=2.71963;RBI=0.0282354;REFB=-0.00614282;REVB=-0.00604255;RO=46;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846491;STB=0.581152;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0358853;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:56:56:46:49:7:7:0.125:2:5:30:16:2:5:31:18 chrY 10036512 . G A 50.66 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0422263;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0346;QD=3.43446;RBI=0.0424248;REFB=-0.0174025;REVB=0.00409876;RO=50;SAF=4;SAR=5;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237981;STB=0.64545;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0864868;OID=.;OPOS=10036512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:5:4:32:18:5:4:31:19 chrY 10036518 . C T 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0172006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.024;QD=5.18076;RBI=0.0182142;REFB=-0.00582012;REVB=0.00599151;RO=49;SAF=5;SAR=8;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346822;STB=0.71668;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0197109;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:8:5:33:16:8:5:33:16 chrY 10036519 . G A,GTTGA 75.9 PASS AF=0.0491803,0.163934;AO=3,10;DP=62;FAO=3,10;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=2,5;FSAR=1,5;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0215796,-0.000295606;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=134.827,184.34;QD=4.97712;RBI=0.02248,0.0141033;REFB=-0.000547165,-0.00494464;REVB=0.00629862,0.0141002;RO=49;SAF=2,5;SAR=1,5;SRF=31;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0339542,-0.165488;STB=0.542567,0.60325;STBP=0.919,0.537;TYPE=snp,ins;VARB=0.0167489,0.009665;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:62:61:49:48:3,10:3,10:0.0491803,0.163934:1,5:2,5:31:18:1,5:2,5:30:18 chrY 10036530 . A G 178.89 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00729761;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.37;QD=12.554;RBI=0.0199464;REFB=-0.0431666;REVB=-0.0185635;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233441;STB=0.562427;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0343014;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:21:28:17:17:0.298246:8:9:6:15:8:9:12:16 chrY 10036544 . CT CC,TC 323.23 PASS AF=0.516129,0.0483871;AO=31,3;DP=62;FAO=32,3;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=18,2;FSAR=14,1;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0191798,-0.0620479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=151.503,99.8936;QD=20.8532;RBI=0.0209122,0.0623883;REFB=-0.00491495,-0.0130096;REVB=-0.00833405,-0.00650879;RO=28;SAF=17,2;SAR=14,1;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0822308,0.0273668;STB=0.531434,0.536338;STBP=0.639,0.917;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00254045,0.0086957;OID=.,.;OPOS=10036545,10036544;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:27:31,3:32,3:0.516129,0.0483871:14,1:17,2:18:10:14,1:18,2:17:10 chrY 10036549 . A C 220.9 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0187049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.872;QD=14.4855;RBI=0.0244846;REFB=-0.00831101;REVB=-0.0157995;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101811;STB=0.533398;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0103721;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:35:25:26:0.42623:8:17:20:14:9:17:21:14 chrY 10036552 . C T 65.5 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.00279245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.157;QD=4.36681;RBI=0.0098492;REFB=-0.0078868;REVB=-0.00944505;RO=48;SAF=4;SAR=7;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385897;STB=0.751017;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0261809;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:48:49:11:11:0.183333:7:4:33:15:7:4:34:15 chrY 10036561 . T C 234.94 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00569908;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.765;QD=15.4056;RBI=0.0124905;REFB=-0.00885813;REVB=0.0111146;RO=35;SAF=18;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408099;STB=0.554895;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00865175;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:34:26:27:0.442623:8:18:23:12:8:19:21:13 chrY 10036586 . TG CA,CG 381.06 PASS AF=0.181818,0.545455;AO=8,24;DP=44;FAO=8,24;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=2,16;FSAR=6,8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.017135,-0.00577858;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=177.989,105.38;QD=34.6416;RBI=0.017138,0.00824331;REFB=0.00991697,0.0263152;REVB=0.000317506,-0.0058788;RO=11;SAF=2,16;SAR=6,8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.380618,0.0193479;STB=0.749375,0.5;STBP=0.087,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0316302,-0.0294081;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:98:44:44:11:12:8,24:8,24:0.181818,0.545455:6,8:2,16:7:4:6,8:2,16:8:4 chrY 10036590 . T G 50.09 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00377979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.356;QD=4.65936;RBI=0.0359404;REFB=-0.00472875;REVB=-0.0357411;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494962;STB=0.820358;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0298518;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:6:2:24:11:6:2:24:11 chrY 10036600 . C CG 83.58 PASS AF=0.5;AO=9;DP=36;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0653957;FXX=0.133289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6415;QD=12.858;RBI=0.0909791;REFB=0.0441242;REVB=0.0632502;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344464;STB=0.543555;STBP=0.669;TYPE=ins;VARB=-0.045479;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:36:13:26:13:9:4:8:5:76:25:6:3:16:9 chrY 10036606 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00448264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.504;QD=14.6574;RBI=0.00740231;REFB=-0.00827964;REVB=-0.00589068;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112273;STB=0.56561;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00606371;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:10:7:4:9:10:7 chrY 10036613 . T G 107.73 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.039432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.006;QD=14.3639;RBI=0.0418119;REFB=-0.00347281;REVB=0.0139052;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189151;STB=0.56561;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.01701;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:3:9:10:7:4:9:10:7 chrY 10036621 . TG CA,CC,CG 238.17 PASS AF=0.142857,0.142857,0.5;AO=4,4,14;DP=29;FAO=4,4,14;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=2,1,11;FSAR=2,3,3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0102566,-0.0236776,-0.0367795;FXX=0.0344709;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=82.5918,49.5398,48.6307;QD=34.0237;RBI=0.0221747,0.0374354,0.0527662;REFB=-0.0763772,-0.0620163,-0.0748792;REVB=0.0196601,0.0289962,0.0378356;RO=6;SAF=2,1,11;SAR=2,3,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.156622,-0.388047,0.0888882;STB=0.599519,0.748749,0.549925;STBP=0.653,0.307,0.594;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0641354,-0.006155,0.0263689;OID=.,.,.;OPOS=10036621,10036621,10036621;OREF=TG,TG,T;OALT=CA,CC,C;OMAPALT=CA,CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:45:29:28:6:6:4,4,14:4,4,14:0.142857,0.142857,0.5:2,3,3:2,1,11:4:2:2,3,3:2,1,11:4:2 chrY 10036627 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00186678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.076;QD=14.0968;RBI=0.0795329;REFB=-0.0235133;REVB=-0.079511;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323019;STB=0.678877;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.011824;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:2:9:7:6:2:9:8:6 chrY 10036638 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00347959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.942;QD=14.0959;RBI=0.0333912;REFB=-0.00790929;REVB=-0.0332095;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299811;STB=0.678877;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0117669;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:8:6:2:9:8:6 chrY 10036672 . A G 45.06 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0259471;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8898;QD=20.0284;RBI=0.0343789;REFB=-0.0127488;REVB=-0.0225534;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.002408;OID=.;OPOS=10036672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:2:1:1:5:2:1 chrY 10037768 . T C 3654.06 PASS AF=0.848101;AO=268;DP=316;FAO=268;FDP=316;FR=.;FRO=48;FSAF=146;FSAR=122;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00939142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.716;QD=46.2539;RBI=0.0122807;REFB=-0.00929612;REVB=0.00791312;RO=48;SAF=146;SAR=122;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189801;STB=0.510028;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00142308;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:48:48:268:268:0.848101:122:146:23:25:122:146:23:25 chrY 10037786 . G A 59.85 PASS AF=0.0677966;AO=28;DP=406;FAO=28;FDP=413;FR=.;FRO=385;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=228;FSRR=157;FWDB=-0.00776487;FXX=0.0024154;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.979;QD=0.579693;RBI=0.040356;REFB=-0.00194832;REVB=-0.0396019;RO=376;SAF=16;SAR=12;SRF=226;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338407;STB=0.519872;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0309665;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:406:413:376:385:28:28:0.0677966:12:16:226:150:12:16:228:157 chrY 10037791 . C G 5206.18 PASS AF=0.876777;AO=370;DP=423;FAO=370;FDP=422;FR=.;FRO=52;FSAF=224;FSAR=146;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00683918;FXX=0.00236401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.732;QD=49.3476;RBI=0.0185599;REFB=-0.0359562;REVB=0.0172539;RO=50;SAF=224;SAR=146;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024779;STB=0.513514;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00415109;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:422:50:52:370:370:0.876777:146:224:25:25:146:224:26:26 chrY 10037797 . T C 5356.65 PASS AF=0.87156;AO=375;DP=437;FAO=380;FDP=436;FR=.;FRO=56;FSAF=234;FSAR=146;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00649598;FXX=0.00456611;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.183;QD=49.1436;RBI=0.0292641;REFB=-0.00597629;REVB=0.028534;RO=55;SAF=230;SAR=145;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447605;STB=0.522742;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000570368;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:436:55:56:375:380:0.87156:145:230:24:31:146:234:25:31 chrY 10037807 . T C 6058.37 PASS AF=0.901919;AO=408;DP=459;FAO=423;FDP=469;FR=.;FRO=46;FSAF=252;FSAR=171;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0284858;FXX=0.00424619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.514;QD=51.6705;RBI=0.0453285;REFB=0.000819982;REVB=-0.0352595;RO=46;SAF=238;SAR=170;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121695;STB=0.507513;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-3.08756e-05;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:469:46:46:408:423:0.901919:170:238:24:22:171:252:24:22 chrY 10037819 . T C 6503.64 PASS AF=0.910569;AO=444;DP=496;FAO=448;FDP=492;FR=.;FRO=44;FSAF=257;FSAR=191;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0023378;FXX=0.00806435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0434;QD=52.8752;RBI=0.106372;REFB=-0.105652;REVB=0.106346;RO=45;SAF=256;SAR=188;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156694;STB=0.50672;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0104163;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:492:45:44:444:448:0.910569:188:256:22:23:191:257:22:22 chrY 10037877 . G GC 2608.16 PASS AF=0.994638;AO=288;DP=423;FAO=371;FDP=373;FR=.;FRO=2;FSAF=209;FSAR=162;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0364474;FXX=0.0235596;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.101;QD=27.9695;RBI=0.213496;REFB=-0.0405631;REVB=0.210362;RO=126;SAF=169;SAR=119;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436788;STB=0.500345;STBP=0.865;TYPE=ins;VARB=0.0259098;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.994638:288:423:371:373:2:209:162:1:1:19:126:169:119:73:53 chrY 10037892 . A G 3822.91 PASS AF=0.912281;AO=149;DP=290;FAO=260;FDP=285;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=149;FSAR=111;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0784128;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.919;QD=53.6549;RBI=0.0792634;REFB=-0.04216;REVB=-0.011581;RO=26;SAF=41;SAR=108;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246601;STB=0.522533;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0033671;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:290:285:26:25:149:260:0.912281:108:41:9:17:111:149:8:17 chrY 10037899 . T C 3113.28 PASS AF=0.89243;AO=222;DP=250;FAO=224;FDP=251;FR=.;FRO=27;FSAF=133;FSAR=91;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.000684381;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9791;QD=49.614;RBI=0.0084749;REFB=-0.0506523;REVB=0.00844723;RO=27;SAF=133;SAR=89;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484402;STB=0.524672;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0136425;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:250:251:27:27:222:224:0.89243:89:133:10:17:91:133:10:17 chrY 10037912 . T G 1853.12 PASS AF=0.889655;AO=128;DP=144;FAO=129;FDP=145;FR=.;FRO=16;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0211155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.927;QD=51.1205;RBI=0.0230759;REFB=-0.00305056;REVB=-0.00930778;RO=16;SAF=55;SAR=73;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252225;STB=0.512889;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.000771067;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:144:145:16:16:128:129:0.889655:73:55:5:11:74:55:5:11 chrY 10037914 . T C 1793.03 PASS AF=0.899281;AO=124;DP=138;FAO=125;FDP=139;FR=.;FRO=14;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0433599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.654;QD=51.598;RBI=0.0480009;REFB=-0.0396291;REVB=0.0205912;RO=14;SAF=55;SAR=69;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168335;STB=0.508483;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0112109;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:138:139:14:14:124:125:0.899281:69:55:5:9:70:55:5:9 chrY 13262908 . C G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0163285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.159;QD=28.6823;RBI=0.0258001;REFB=-0.0240301;REVB=-0.0199756;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990128;STB=0.555441;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00658457;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:1:8:2:0:1:8:2:0 chrY 13262943 . AC A 486.46 PASS AF=0.921569;AO=45;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0390913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.4882;QD=38.154;RBI=0.0797905;REFB=-0.021376;REVB=-0.0695586;RO=4;SAF=38;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=-0.046957;STB=0.5238;STBP=0.484;TYPE=del;VARB=0.000466697;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.921569:45:51:47:51:4:40:7:4:0:6:4:38:7:4:0 chrY 13262950 . G A 43.83 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=6;FWDB=-0.0416821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.779;QD=3.02284;RBI=0.044957;REFB=-0.00877216;REVB=-0.0168444;RO=50;SAF=7;SAR=1;SRF=44;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140528;STB=0.509975;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0775302;OID=.;OPOS=13262950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:1:7:44:6:1:7:44:6 chrY 13263067 . A T 821.23 PASS AF=0.83871;AO=84;DP=110;FAO=104;FDP=124;FR=.;FRO=20;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0620489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.845;QD=26.4913;RBI=0.117546;REFB=-0.123356;REVB=0.0998345;RO=16;SAF=44;SAR=40;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116726;STB=0.511021;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.025957;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:110:124:16:20:84:104:0.83871:40:44:9:7:45:59:10:10 chrY 13263091 . G A 1152.4 PASS AF=0.833333;AO=89;DP=109;FAO=90;FDP=108;FR=.;FRO=18;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0228241;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.081;QD=42.6814;RBI=0.0524828;REFB=-0.0536267;REVB=0.04726;RO=17;SAF=48;SAR=41;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385922;STB=0.524098;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00709234;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:109:108:17:18:89:90:0.833333:41:48:7:10:42:48:7:11 chrY 13263170 . A C 156.55 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.109433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.662;QD=24.0843;RBI=0.111543;REFB=-0.0404589;REVB=0.0215949;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207891;STB=0.56513;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0322018;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:10:10:15:16:0.615385:13:2:3:7:13:3:3:7 chrY 13263175 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0535572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8495;QD=24.027;RBI=0.0553433;REFB=-0.0548889;REVB=-0.0139464;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334373;STB=0.51884;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0464865;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:11:3:2:6:11:3:2:6 chrY 13263194 . T A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0188706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.029;QD=17.6433;RBI=0.0372677;REFB=-0.0353021;REVB=0.0321369;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249071;STB=0.648255;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0285889;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:2:5:8:1:2:5 chrY 21152662 . CAA C 247.65 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0393735;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.021;QD=15.4781;RBI=0.0487609;REFB=0.0187211;REVB=0.0287637;RO=26;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50134;STBP=0.971;TYPE=del;VARB=-0.0143181;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546875:34:65:35:64:29:18:17:15:14:99:26:17:17:13:13 chrY 21152701 . G T 353.57 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0148243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.864;QD=23.9706;RBI=0.0259249;REFB=0.00754248;REVB=-0.0212684;RO=24;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413829;STB=0.522736;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0111248;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:17:18:11:13:17:18:11:13 chrY 21152719 . T C 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00576415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.858;QD=23.1237;RBI=0.00799186;REFB=-0.00917762;REVB=0.00553573;RO=22;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515385;STB=0.528478;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00692583;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:17:13:11:11:17:13:11:11 chrY 21153609 . T C 510.28 PASS AF=0.486486;AO=52;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0186887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.281;QD=18.3883;RBI=0.0277484;REFB=0.00360173;REVB=0.0205112;RO=57;SAF=26;SAR=26;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909344;STB=0.549531;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00194989;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:57:52:54:0.486486:26:26:23:34:27:27:23:34 chrY 21154466 . T A 368.43 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0400362;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.893;QD=16.5586;RBI=0.042827;REFB=-0.00214058;REVB=0.0152071;RO=49;SAF=28;SAR=11;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3539;STB=0.694523;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00272886;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:50:39:39:0.438202:11:28:18:31:11:28:19:31